RU2575608C2 - Treatment of diseases, associated with protein of prostate apoptotic response par4, by inhibition of natural antisense transcript of par4 gene - Google Patents
Treatment of diseases, associated with protein of prostate apoptotic response par4, by inhibition of natural antisense transcript of par4 gene Download PDFInfo
- Publication number
- RU2575608C2 RU2575608C2 RU2012146816/10A RU2012146816A RU2575608C2 RU 2575608 C2 RU2575608 C2 RU 2575608C2 RU 2012146816/10 A RU2012146816/10 A RU 2012146816/10A RU 2012146816 A RU2012146816 A RU 2012146816A RU 2575608 C2 RU2575608 C2 RU 2575608C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- oligonucleotide
- par4
- antisense
- oligonucleotides
- rna
- Prior art date
Links
- 230000000692 anti-sense Effects 0.000 title claims abstract description 169
- 101700032631 PAWR Proteins 0.000 title claims abstract description 28
- 101710038724 F2RL3 Proteins 0.000 title claims abstract description 27
- 201000010099 disease Diseases 0.000 title description 75
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 title description 42
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title description 42
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 title description 13
- 102100014639 PAWR Human genes 0.000 title description 5
- 210000002307 Prostate Anatomy 0.000 title description 4
- 230000001640 apoptogenic Effects 0.000 title description 4
- 230000004044 response Effects 0.000 title description 4
- 229920000272 Oligonucleotide Polymers 0.000 claims abstract description 359
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 139
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 120
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 117
- 229920000023 polynucleotide Polymers 0.000 claims abstract description 75
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims abstract description 75
- 230000001965 increased Effects 0.000 claims abstract description 29
- 206010059512 Apoptosis Diseases 0.000 claims abstract description 26
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 claims abstract description 26
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims abstract description 15
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims abstract description 5
- 102100002592 F2RL3 Human genes 0.000 claims abstract 23
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 171
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 139
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 130
- 210000004027 cells Anatomy 0.000 claims description 101
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 74
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 claims description 47
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims description 45
- 238000006011 modification reaction Methods 0.000 claims description 45
- 230000000875 corresponding Effects 0.000 claims description 38
- -1 trietherphosphate Chemical compound 0.000 claims description 38
- 229920001850 Nucleic acid sequence Polymers 0.000 claims description 33
- 210000001519 tissues Anatomy 0.000 claims description 31
- 108020004459 Small Interfering RNA Proteins 0.000 claims description 24
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims description 18
- 125000005642 phosphothioate group Chemical group 0.000 claims description 13
- 229920002224 Peptide nucleic acid Polymers 0.000 claims description 11
- 239000004055 small Interfering RNA Substances 0.000 claims description 11
- 229920001985 Small interfering RNA Polymers 0.000 claims description 10
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims description 10
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 5
- YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-L methylphosphonate(2-) Chemical compound CP([O-])([O-])=O YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 5
- 125000005600 alkyl phosphonate group Chemical group 0.000 claims description 4
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 claims description 4
- 239000000546 pharmaceutic aid Substances 0.000 claims description 3
- 210000004962 mammalian cells Anatomy 0.000 claims description 2
- DLFVBJFMPXGRIB-UHFFFAOYSA-N acetamide Chemical compound CC(N)=O DLFVBJFMPXGRIB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 4
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 4
- BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L Carbonate dianion Chemical compound [O-]C([O-])=O BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims 3
- 125000002619 bicyclic group Chemical group 0.000 claims 3
- KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M carbamate Chemical compound NC([O-])=O KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims 3
- PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-L phosphoramidate Chemical compound NP([O-])([O-])=O PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims 3
- CXHHBNMLPJOKQD-UHFFFAOYSA-N methyl hydrogen carbonate Chemical compound COC(O)=O CXHHBNMLPJOKQD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- GEGPMWUYMRCINJ-DELVFIHMSA-N (3R,4S)-4-hydroxy-3-[(2,2,2-trifluoroacetyl)amino]-2-[(1R,2S)-1,2,3-trihydroxypropyl]-3,4-dihydro-2H-pyran-6-carboxylic acid Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)C1OC(C(O)=O)=C[C@H](O)[C@H]1NC(=O)C(F)(F)F GEGPMWUYMRCINJ-DELVFIHMSA-N 0.000 claims 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K [O-]P([O-])([O-])=O Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 claims 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 26
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract description 11
- 230000025458 RNA interference Effects 0.000 description 117
- 108020004999 Messenger RNA Proteins 0.000 description 74
- 108020000948 Antisense Oligonucleotides Proteins 0.000 description 72
- 239000000074 antisense oligonucleotide Substances 0.000 description 72
- 229920002106 messenger RNA Polymers 0.000 description 60
- 230000000051 modifying Effects 0.000 description 59
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 description 52
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 45
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 41
- 229920000160 (ribonucleotides)n+m Polymers 0.000 description 34
- 230000000295 complement Effects 0.000 description 29
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 28
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 24
- 238000000034 method Methods 0.000 description 23
- 230000002255 enzymatic Effects 0.000 description 22
- 229920000978 Start codon Polymers 0.000 description 21
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 21
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 21
- 201000010874 syndrome Diseases 0.000 description 21
- 230000002708 enhancing Effects 0.000 description 20
- 229920002676 Complementary DNA Polymers 0.000 description 19
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 19
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 19
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 18
- 239000000047 product Substances 0.000 description 18
- 229920001405 Coding region Polymers 0.000 description 17
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 17
- 239000012097 Lipofectamine 2000 Substances 0.000 description 17
- 239000002609 media Substances 0.000 description 17
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 17
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 17
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 description 16
- 229920002033 ribozyme Polymers 0.000 description 16
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 16
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 15
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 15
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 15
- 229940079593 drugs Drugs 0.000 description 14
- 150000002632 lipids Chemical group 0.000 description 14
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 13
- 108091006028 chimera Proteins 0.000 description 13
- 239000001963 growth media Substances 0.000 description 13
- 241000894007 species Species 0.000 description 13
- 108020005350 Initiator Codon Proteins 0.000 description 12
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N Thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 description 12
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 12
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 12
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 12
- HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N (3β)-Cholest-5-en-3-ol Chemical compound C1C=C2C[C@@H](O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(C)C)[C@@]1(C)CC2 HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N 0.000 description 11
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Natural products NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 11
- 101700080605 NUC1 Proteins 0.000 description 11
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 101700006494 nucA Proteins 0.000 description 11
- 230000035515 penetration Effects 0.000 description 11
- 230000001225 therapeutic Effects 0.000 description 11
- 229960000643 Adenine Drugs 0.000 description 10
- 108020004461 Double-Stranded RNA Proteins 0.000 description 10
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 10
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 description 10
- 108010058731 nopaline synthase Proteins 0.000 description 10
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 10
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 9
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 9
- 238000005755 formation reaction Methods 0.000 description 9
- 125000002467 phosphate group Chemical class [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 9
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 9
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 9
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 9
- 230000002194 synthesizing Effects 0.000 description 9
- 108020005544 Antisense RNA Proteins 0.000 description 8
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 8
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 8
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 8
- 229920002332 Noncoding DNA Polymers 0.000 description 8
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 8
- 201000009030 carcinoma Diseases 0.000 description 8
- 238000003197 gene knockdown Methods 0.000 description 8
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 8
- 230000002452 interceptive Effects 0.000 description 8
- 229920001239 microRNA Polymers 0.000 description 8
- 238000011160 research Methods 0.000 description 8
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 8
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 description 8
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 8
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 8
- 210000001218 Blood-Brain Barrier Anatomy 0.000 description 7
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N Guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 7
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 7
- 108020004417 Untranslated RNA Proteins 0.000 description 7
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 7
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 7
- 229920002847 antisense RNA Polymers 0.000 description 7
- 238000004166 bioassay Methods 0.000 description 7
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 7
- 125000002091 cationic group Chemical group 0.000 description 7
- 235000014113 dietary fatty acids Nutrition 0.000 description 7
- 239000000194 fatty acid Substances 0.000 description 7
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 7
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 7
- 230000003612 virological Effects 0.000 description 7
- UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N 1-[(1S,2R,3R,4S,5R,6R)-3-carbamimidamido-6-{[(2R,3R,4R,5S)-3-{[(2S,3S,4S,5R,6S)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)-3-(methylamino)oxan-2-yl]oxy}-4-formyl-4-hydroxy-5-methyloxolan-2-yl]oxy}-2,4,5-trihydroxycyclohexyl]guanidine Chemical compound CN[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@](C=O)(O)[C@H](C)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@H]1O UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N 0.000 description 6
- 210000003169 Central Nervous System Anatomy 0.000 description 6
- 229940104302 Cytosine Drugs 0.000 description 6
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N Cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 229920002459 Intron Polymers 0.000 description 6
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 6
- 229940113082 Thymine Drugs 0.000 description 6
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M buffer Substances [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- 230000003197 catalytic Effects 0.000 description 6
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 6
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 6
- 230000035510 distribution Effects 0.000 description 6
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 150000004665 fatty acids Chemical class 0.000 description 6
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000000670 limiting Effects 0.000 description 6
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 6
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 6
- GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N 5-flurouricil Chemical compound FC1=CNC(=O)NC1=O GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 229940107161 Cholesterol Drugs 0.000 description 5
- 206010012289 Dementia Diseases 0.000 description 5
- 101710003775 ERVK-10 Proteins 0.000 description 5
- 101710037030 ERVK-11 Proteins 0.000 description 5
- 101710009283 ERVK-18 Proteins 0.000 description 5
- 101710009286 ERVK-19 Proteins 0.000 description 5
- 102000033147 ERVK-25 Human genes 0.000 description 5
- 101710035700 ERVK-25 Proteins 0.000 description 5
- 101710038044 ERVK-6 Proteins 0.000 description 5
- 101710014468 ERVK-7 Proteins 0.000 description 5
- 101710014482 ERVK-8 Proteins 0.000 description 5
- 229960002949 Fluorouracil Drugs 0.000 description 5
- 101710043924 HERVK_113 Proteins 0.000 description 5
- 210000002510 Keratinocytes Anatomy 0.000 description 5
- FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N L-methotrexate Chemical compound C=1N=C2N=C(N)N=C(N)C2=NC=1CN(C)C1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N 0.000 description 5
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 5
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 5
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 5
- 102000003923 Protein Kinase C Human genes 0.000 description 5
- 108090000315 Protein Kinase C Proteins 0.000 description 5
- 101710006375 RNASEH1 Proteins 0.000 description 5
- 101700078434 RT67 Proteins 0.000 description 5
- 241000580858 Simian-Human immunodeficiency virus Species 0.000 description 5
- 229940035893 Uracil Drugs 0.000 description 5
- 150000001408 amides Chemical group 0.000 description 5
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 5
- 235000012000 cholesterol Nutrition 0.000 description 5
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 5
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 5
- 230000001404 mediated Effects 0.000 description 5
- 229960000485 methotrexate Drugs 0.000 description 5
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 5
- 230000000275 pharmacokinetic Effects 0.000 description 5
- 229920000768 polyamine Polymers 0.000 description 5
- 230000001105 regulatory Effects 0.000 description 5
- 101700086982 rnh Proteins 0.000 description 5
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 description 5
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 5
- RYVNIFSIEDRLSJ-UHFFFAOYSA-N 5-Hydroxymethylcytosine Chemical compound NC=1NC(=O)N=CC=1CO RYVNIFSIEDRLSJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-Methylcytosine Chemical compound CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 206010002026 Amyotrophic lateral sclerosis Diseases 0.000 description 4
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N DEOXYTHYMIDINE Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 4
- 229940088598 Enzyme Drugs 0.000 description 4
- FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N Hypoxanthine Chemical compound O=C1NC=NC2=C1NC=N2 FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 4
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 4
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 4
- 239000012124 Opti-MEM Substances 0.000 description 4
- 206010033799 Paralysis Diseases 0.000 description 4
- 239000004952 Polyamide Substances 0.000 description 4
- 208000006664 Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma Diseases 0.000 description 4
- 206010039491 Sarcoma Diseases 0.000 description 4
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 206010043207 Temporal arteritis Diseases 0.000 description 4
- 229920000401 Three prime untranslated region Polymers 0.000 description 4
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 4
- LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N Xanthine Chemical compound O=C1NC(=O)NC2=C1NC=N2 LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000003213 activating Effects 0.000 description 4
- 201000005510 acute lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 4
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 description 4
- 239000002775 capsule Substances 0.000 description 4
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 4
- 230000024881 catalytic activity Effects 0.000 description 4
- 238000011161 development Methods 0.000 description 4
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 4
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 4
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 4
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 4
- 238000000099 in vitro assay Methods 0.000 description 4
- 238000001802 infusion Methods 0.000 description 4
- 229960003136 leucine Drugs 0.000 description 4
- 230000003211 malignant Effects 0.000 description 4
- 230000000926 neurological Effects 0.000 description 4
- 230000003285 pharmacodynamic Effects 0.000 description 4
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 4
- 150000004713 phosphodiesters Chemical class 0.000 description 4
- 230000004962 physiological condition Effects 0.000 description 4
- 229920002647 polyamide Polymers 0.000 description 4
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 4
- 239000000843 powder Substances 0.000 description 4
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 4
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 4
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 4
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 4
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 4
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 4
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 4
- MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 2,6-Diaminopurine Chemical compound NC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- AOTQGWFNFTVXNQ-UHFFFAOYSA-N 2-(1-adamantyl)acetic acid Chemical compound C1C(C2)CC3CC2CC1(CC(=O)O)C3 AOTQGWFNFTVXNQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 125000004200 2-methoxyethyl group Chemical group [H]C([H])([H])OC([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 3
- 108020004491 Antisense DNA Proteins 0.000 description 3
- 229920000195 Bacterial small RNA Polymers 0.000 description 3
- 210000004556 Brain Anatomy 0.000 description 3
- 102000010170 Death domain Human genes 0.000 description 3
- 108050001718 Death domain Proteins 0.000 description 3
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 3
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 3
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 3
- 208000004343 Lateral Medullary Syndrome Diseases 0.000 description 3
- 210000004072 Lung Anatomy 0.000 description 3
- 206010025650 Malignant melanoma Diseases 0.000 description 3
- 206010029260 Neuroblastoma Diseases 0.000 description 3
- 206010053643 Neurodegenerative disease Diseases 0.000 description 3
- 206010029331 Neuropathy peripheral Diseases 0.000 description 3
- 206010031127 Orthostatic hypotension Diseases 0.000 description 3
- 208000002193 Pain Diseases 0.000 description 3
- 229940049954 Penicillin Drugs 0.000 description 3
- JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N Penicillin G Chemical compound N([C@H]1[C@H]2SC([C@@H](N2C1=O)C(O)=O)(C)C)C(=O)CC1=CC=CC=C1 JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N 0.000 description 3
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 description 3
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N Purine Chemical compound N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102000000574 RNA-Induced Silencing Complex Human genes 0.000 description 3
- 108010016790 RNA-Induced Silencing Complex Proteins 0.000 description 3
- 229920001891 Small hairpin RNA Polymers 0.000 description 3
- 241000251131 Sphyrna Species 0.000 description 3
- 229960005322 Streptomycin Drugs 0.000 description 3
- 102000001742 Tumor Suppressor Proteins Human genes 0.000 description 3
- 108010040002 Tumor Suppressor Proteins Proteins 0.000 description 3
- 206010047802 Waldenstrom's macroglobulinaemias Diseases 0.000 description 3
- 208000008383 Wilms Tumor Diseases 0.000 description 3
- 230000001594 aberrant Effects 0.000 description 3
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 3
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 description 3
- 201000011452 adrenoleukodystrophy Diseases 0.000 description 3
- 125000001931 aliphatic group Chemical group 0.000 description 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 3
- 239000003816 antisense DNA Substances 0.000 description 3
- 229960000626 benzylpenicillin Drugs 0.000 description 3
- 239000003613 bile acid Substances 0.000 description 3
- 239000003833 bile salt Substances 0.000 description 3
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 3
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 3
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 3
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 3
- 230000001413 cellular Effects 0.000 description 3
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 3
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 3
- 238000007374 clinical diagnostic method Methods 0.000 description 3
- 230000004059 degradation Effects 0.000 description 3
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 3
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 3
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 3
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 3
- 238000003633 gene expression assay Methods 0.000 description 3
- 125000003827 glycol group Chemical group 0.000 description 3
- 125000005842 heteroatoms Chemical group 0.000 description 3
- 238000010842 high-capacity cDNA reverse transcription kit Methods 0.000 description 3
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 3
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 3
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 description 3
- 125000000956 methoxy group Chemical group [H]C([H])([H])O* 0.000 description 3
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 3
- 201000008026 nephroblastoma Diseases 0.000 description 3
- 201000001119 neuropathy Diseases 0.000 description 3
- 239000002547 new drug Substances 0.000 description 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 3
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 3
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 3
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 3
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 3
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 3
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 3
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 3
- 230000002987 rna-interference Effects 0.000 description 3
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 3
- 239000003826 tablet Substances 0.000 description 3
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 3
- 150000003568 thioethers Chemical class 0.000 description 3
- 239000012049 topical pharmaceutical composition Substances 0.000 description 3
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 3
- 239000000225 tumor suppressor protein Substances 0.000 description 3
- 125000002948 undecyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 3
- QGVQZRDQPDLHHV-DPAQBDIFSA-N (3S,8S,9S,10R,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-6-methylheptan-2-yl]-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16,17-dodecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3-thiol Chemical group C1C=C2C[C@@H](S)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(C)C)[C@@]1(C)CC2 QGVQZRDQPDLHHV-DPAQBDIFSA-N 0.000 description 2
- JUDOLRSMWHVKGX-UHFFFAOYSA-N 1,1-dioxo-1$l^{6},2-benzodithiol-3-one Chemical compound C1=CC=C2C(=O)SS(=O)(=O)C2=C1 JUDOLRSMWHVKGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 289-95-2 Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020005345 3' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 2
- LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 5-Bromouracil Chemical compound BrC1=CNC(=O)NC1=O LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZLAQATDNGLKIEV-UHFFFAOYSA-N 5-methyl-2-sulfanylidene-1H-pyrimidin-4-one Chemical compound CC1=CNC(=S)NC1=O ZLAQATDNGLKIEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- UJBCLAXPPIDQEE-UHFFFAOYSA-N 5-prop-1-ynyl-1H-pyrimidine-2,4-dione Chemical compound CC#CC1=CNC(=O)NC1=O UJBCLAXPPIDQEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QNNARSZPGNJZIX-UHFFFAOYSA-N 6-amino-5-prop-1-ynyl-1H-pyrimidin-2-one Chemical compound CC#CC1=CNC(=O)N=C1N QNNARSZPGNJZIX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LOSIULRWFAEMFL-UHFFFAOYSA-N 7-Deazaguanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1CC=N2 LOSIULRWFAEMFL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010000565 Acquired immunodeficiency syndrome Diseases 0.000 description 2
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 description 2
- 241000432074 Adeno-associated virus Species 0.000 description 2
- 208000009956 Adenocarcinoma Diseases 0.000 description 2
- 208000009746 Adult T-Cell Leukemia-Lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 206010001413 Adult T-cell lymphoma/leukaemia Diseases 0.000 description 2
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 2
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 2
- 206010001897 Alzheimer's disease Diseases 0.000 description 2
- 208000000252 Angiomatosis Diseases 0.000 description 2
- HEBKCHPVOIAQTA-QWWZWVQMSA-N Arabitol Chemical compound OC[C@@H](O)C(O)[C@H](O)CO HEBKCHPVOIAQTA-QWWZWVQMSA-N 0.000 description 2
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 2
- 206010003101 Arnold-Chiari malformation Diseases 0.000 description 2
- 206010003591 Ataxia Diseases 0.000 description 2
- 206010003840 Autonomic nervous system imbalance Diseases 0.000 description 2
- 241000271566 Aves Species 0.000 description 2
- 206010004277 Benign intracranial hypertension Diseases 0.000 description 2
- 206010005003 Bladder cancer Diseases 0.000 description 2
- 229960001561 Bleomycin Drugs 0.000 description 2
- 108010006654 Bleomycin Proteins 0.000 description 2
- 210000001124 Body Fluids Anatomy 0.000 description 2
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 2
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 2
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-O CC[NH+](CC)CC Chemical compound CC[NH+](CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 2
- 208000008787 Cardiovascular Disease Diseases 0.000 description 2
- 210000001175 Cerebrospinal Fluid Anatomy 0.000 description 2
- 241000282994 Cervidae Species 0.000 description 2
- BHQCQFFYRZLCQQ-OELDTZBJSA-N Cholic acid Chemical compound C([C@H]1C[C@H]2O)[C@H](O)CC[C@]1(C)[C@@H]1[C@@H]2[C@@H]2CC[C@H]([C@@H](CCC(O)=O)C)[C@@]2(C)[C@@H](O)C1 BHQCQFFYRZLCQQ-OELDTZBJSA-N 0.000 description 2
- 239000004380 Cholic acid Substances 0.000 description 2
- 206010008958 Chronic lymphocytic leukaemia Diseases 0.000 description 2
- IAKHMKGGTNLKSZ-INIZCTEOSA-N Colchicine Chemical compound C1([C@@H](NC(C)=O)CC2)=CC(=O)C(OC)=CC=C1C1=C2C=C(OC)C(OC)=C1OC IAKHMKGGTNLKSZ-INIZCTEOSA-N 0.000 description 2
- 108020004394 Complementary RNA Proteins 0.000 description 2
- 241000938605 Crocodylia Species 0.000 description 2
- UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N Cytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 2
- UHDGCWIWMRVCDJ-XVFCMESISA-N Cytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-XVFCMESISA-N 0.000 description 2
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 description 2
- 210000000805 Cytoplasm Anatomy 0.000 description 2
- GZCGUPFRVQAUEE-KCDKBNATSA-N D-(+)-Galactose Natural products OC[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C=O GZCGUPFRVQAUEE-KCDKBNATSA-N 0.000 description 2
- 102100016170 DAP Human genes 0.000 description 2
- 101700075701 DAP Proteins 0.000 description 2
- STQGQHZAVUOBTE-VGBVRHCVSA-N DAUNOMYCIN Chemical compound O([C@H]1C[C@@](O)(CC=2C(O)=C3C(=O)C=4C=CC=C(C=4C(=O)C3=C(O)C=21)OC)C(C)=O)[C@H]1C[C@H](N)[C@H](O)[C@H](C)O1 STQGQHZAVUOBTE-VGBVRHCVSA-N 0.000 description 2
- 108009000097 DNA Replication Proteins 0.000 description 2
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 2
- 229960000640 Dactinomycin Drugs 0.000 description 2
- 108010092160 Dactinomycin Proteins 0.000 description 2
- GHVNFZFCNZKVNT-UHFFFAOYSA-N Decanoic acid Chemical compound CCCCCCCCCC(O)=O GHVNFZFCNZKVNT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010053770 Deoxyribonucleases Proteins 0.000 description 2
- 102000016911 Deoxyribonucleases Human genes 0.000 description 2
- RGLYKWWBQGJZGM-ISLYRVAYSA-N Diethylstilbestrol Chemical compound C=1C=C(O)C=CC=1C(/CC)=C(\CC)C1=CC=C(O)C=C1 RGLYKWWBQGJZGM-ISLYRVAYSA-N 0.000 description 2
- 239000012594 Earle’s Balanced Salt Solution Substances 0.000 description 2
- 206010014623 Encephalopathy Diseases 0.000 description 2
- 208000002980 Facial Hemiatrophy Diseases 0.000 description 2
- 108010060309 Glucuronidase Proteins 0.000 description 2
- NYHBQMYGNKIUIF-PXMDKTAGSA-N Guanosine Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1[C@H]1O[C@@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-PXMDKTAGSA-N 0.000 description 2
- 229940029575 Guanosine Drugs 0.000 description 2
- 208000007514 Herpes Zoster Diseases 0.000 description 2
- 210000001320 Hippocampus Anatomy 0.000 description 2
- 201000001971 Huntington's disease Diseases 0.000 description 2
- UGQMRVRMYYASKQ-KMPDEGCQSA-N Inosine Natural products O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1N1C(N=CNC2=O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KMPDEGCQSA-N 0.000 description 2
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 2
- 229920001204 Intergenic region Polymers 0.000 description 2
- 108020004391 Introns Proteins 0.000 description 2
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P L-argininium(2+) Chemical compound NC(=[NH2+])NCCC[C@H]([NH3+])C(O)=O ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P 0.000 description 2
- 201000005802 Landau-Kleffner syndrome Diseases 0.000 description 2
- POULHZVOKOAJMA-UHFFFAOYSA-N Lauric acid Chemical compound CCCCCCCCCCCC(O)=O POULHZVOKOAJMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920001320 Leader sequence (mRNA) Polymers 0.000 description 2
- 206010024324 Leukaemias Diseases 0.000 description 2
- 208000000429 Leukemia, Lymphocytic, Chronic, B-Cell Diseases 0.000 description 2
- 208000008456 Leukemia, Myelogenous, Chronic, BCR-ABL Positive Diseases 0.000 description 2
- 229960004452 Methionine Drugs 0.000 description 2
- 206010049567 Miller Fisher syndrome Diseases 0.000 description 2
- 208000005264 Motor Neuron Disease Diseases 0.000 description 2
- 210000002161 Motor Neurons Anatomy 0.000 description 2
- 206010028003 Motor neurone disease Diseases 0.000 description 2
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 2
- 210000003205 Muscles Anatomy 0.000 description 2
- 206010028570 Myelopathy Diseases 0.000 description 2
- 208000010316 Myotonia Congenita Diseases 0.000 description 2
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000009025 Nervous System Disease Diseases 0.000 description 2
- 208000004296 Neuralgia Diseases 0.000 description 2
- 208000008457 Neurologic Manifestations Diseases 0.000 description 2
- 206010029592 Non-Hodgkin's lymphomas Diseases 0.000 description 2
- 229910004679 ONO2 Inorganic materials 0.000 description 2
- 206010025310 Other lymphomas Diseases 0.000 description 2
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 description 2
- 208000008443 Pancreatic Carcinoma Diseases 0.000 description 2
- LPXQRXLUHJKZIE-UHFFFAOYSA-N Pathocidin Chemical compound NC1=NC(O)=C2NN=NC2=N1 LPXQRXLUHJKZIE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000001428 Peripheral Nervous System Anatomy 0.000 description 2
- 208000006781 Prolymphocytic Leukemia Diseases 0.000 description 2
- 102000001253 Protein Kinases Human genes 0.000 description 2
- 208000001381 Pseudotumor Cerebri Diseases 0.000 description 2
- XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J Pyrophosphate Chemical compound [O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 2
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 2
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 2
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 2
- 210000002356 Skeleton Anatomy 0.000 description 2
- 201000003696 Sotos syndrome Diseases 0.000 description 2
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 2
- 210000000278 Spinal Cord Anatomy 0.000 description 2
- 208000002320 Spinal Muscular Atrophy Diseases 0.000 description 2
- 206010061367 Spinal cord disease Diseases 0.000 description 2
- 206010062261 Spinal cord neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 2
- XOAAWQZATWQOTB-UHFFFAOYSA-N Taurine Chemical compound NCCS(O)(=O)=O XOAAWQZATWQOTB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MUMGGOZAMZWBJJ-DYKIIFRCSA-N Testostosterone Chemical compound O=C1CC[C@]2(C)[C@H]3CC[C@](C)([C@H](CC4)O)[C@@H]4[C@@H]3CCC2=C1 MUMGGOZAMZWBJJ-DYKIIFRCSA-N 0.000 description 2
- ZEMGGZBWXRYJHK-UHFFFAOYSA-N Thiouracil Chemical compound O=C1C=CNC(=S)N1 ZEMGGZBWXRYJHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229940104230 Thymidine Drugs 0.000 description 2
- 206010044390 Transient ischaemic attack Diseases 0.000 description 2
- 206010044652 Trigeminal neuralgia Diseases 0.000 description 2
- 208000006961 Tropical Spastic Paraparesis Diseases 0.000 description 2
- 206010050360 Wallenberg syndrome Diseases 0.000 description 2
- SRBFZHDQGSBBOR-SQOUGZDYSA-N Xylose Natural products O[C@@H]1CO[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-SQOUGZDYSA-N 0.000 description 2
- 101700063227 aPKC Proteins 0.000 description 2
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 2
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 2
- RJURFGZVJUQBHK-IIXSONLDSA-N actinomycin D Chemical compound C[C@H]1OC(=O)[C@H](C(C)C)N(C)C(=O)CN(C)C(=O)[C@@H]2CCCN2C(=O)[C@@H](C(C)C)NC(=O)[C@H]1NC(=O)C1=C(N)C(=O)C(C)=C2OC(C(C)=CC=C3C(=O)N[C@@H]4C(=O)N[C@@H](C(N5CCC[C@H]5C(=O)N(C)CC(=O)N(C)[C@@H](C(C)C)C(=O)O[C@@H]4C)=O)C(C)C)=C3N=C21 RJURFGZVJUQBHK-IIXSONLDSA-N 0.000 description 2
- 125000003342 alkenyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000005083 alkoxyalkoxy group Chemical group 0.000 description 2
- 125000000304 alkynyl group Chemical group 0.000 description 2
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 2
- 125000005122 aminoalkylamino group Chemical group 0.000 description 2
- 229960003121 arginine Drugs 0.000 description 2
- 235000009697 arginine Nutrition 0.000 description 2
- 125000003710 aryl alkyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000000477 aza group Chemical group 0.000 description 2
- 230000003115 biocidal Effects 0.000 description 2
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- OYVAGSVQBOHSSS-UAPAGMARSA-O bleomycin A2 Chemical compound N([C@H](C(=O)N[C@H](C)[C@@H](O)[C@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@H](O)C)C(=O)NCCC=1SC=C(N=1)C=1SC=C(N=1)C(=O)NCCC[S+](C)C)[C@@H](O[C@H]1[C@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@H](CO)O1)O[C@@H]1[C@H]([C@@H](OC(N)=O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1)O)C=1N=CNC=1)C(=O)C1=NC([C@H](CC(N)=O)NC[C@H](N)C(N)=O)=NC(N)=C1C OYVAGSVQBOHSSS-UAPAGMARSA-O 0.000 description 2
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 2
- 238000006555 catalytic reaction Methods 0.000 description 2
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 2
- 230000030833 cell death Effects 0.000 description 2
- 230000002490 cerebral Effects 0.000 description 2
- 229960002471 cholic acid Drugs 0.000 description 2
- 235000019416 cholic acid Nutrition 0.000 description 2
- 230000001684 chronic Effects 0.000 description 2
- 201000006934 chronic myeloid leukemia Diseases 0.000 description 2
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 description 2
- 125000001651 cyanato group Chemical group [*]OC#N 0.000 description 2
- 125000000753 cycloalkyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000001995 cyclobutyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])(*)C1([H])[H] 0.000 description 2
- 230000002354 daily Effects 0.000 description 2
- 239000008367 deionised water Substances 0.000 description 2
- 230000001419 dependent Effects 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 229960000452 diethylstilbestrol Drugs 0.000 description 2
- 239000001177 diphosphate Substances 0.000 description 2
- 235000011180 diphosphates Nutrition 0.000 description 2
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 2
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 2
- 239000002552 dosage form Substances 0.000 description 2
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 2
- 201000002491 encephalomyelitis Diseases 0.000 description 2
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 2
- 150000002194 fatty esters Chemical class 0.000 description 2
- 238000003260 fluorescence intensity Methods 0.000 description 2
- 230000002068 genetic Effects 0.000 description 2
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 2
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000003394 haemopoietic Effects 0.000 description 2
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 description 2
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 description 2
- 125000000592 heterocycloalkyl group Chemical group 0.000 description 2
- MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N hydrogen peroxide Chemical compound OO MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000001771 impaired Effects 0.000 description 2
- 200000000018 inflammatory disease Diseases 0.000 description 2
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 2
- NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N insulin Chemical compound N1C(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(NC(=O)CN)C(C)CC)CSSCC(C(NC(CO)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CSSCC(NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2C=CC(O)=CC=2)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(C)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2NC=NC=2)NC(=O)C(CO)NC(=O)CNC2=O)C(=O)NCC(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC(O)=CC=3)C(=O)NC(C(C)O)C(=O)N3C(CCC3)C(=O)NC(CCCCN)C(=O)NC(C)C(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(O)=O)=O)NC(=O)C(C(C)CC)NC(=O)C(CO)NC(=O)C(C(C)O)NC(=O)C1CSSCC2NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CC(N)=O)NC(=O)C(NC(=O)C(N)CC=1C=CC=CC=1)C(C)C)CC1=CN=CN1 NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000138 intercalating agent Substances 0.000 description 2
- 238000007917 intracranial administration Methods 0.000 description 2
- 238000007913 intrathecal administration Methods 0.000 description 2
- 238000007914 intraventricular administration Methods 0.000 description 2
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 2
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 2
- 201000000564 macroglobulinemia Diseases 0.000 description 2
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 2
- 239000011859 microparticle Substances 0.000 description 2
- 230000003278 mimic Effects 0.000 description 2
- 239000007758 minimum essential media Substances 0.000 description 2
- 150000004712 monophosphates Chemical class 0.000 description 2
- YNAVUWVOSKDBBP-UHFFFAOYSA-N morpholine Chemical group C1COCCN1 YNAVUWVOSKDBBP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 201000006417 multiple sclerosis Diseases 0.000 description 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 2
- 201000002481 myositis Diseases 0.000 description 2
- 239000002105 nanoparticle Substances 0.000 description 2
- 230000001613 neoplastic Effects 0.000 description 2
- 125000004433 nitrogen atoms Chemical group N* 0.000 description 2
- 125000001893 nitrooxy group Chemical group [O-][N+](=O)O* 0.000 description 2
- 229920001894 non-coding RNA Polymers 0.000 description 2
- 125000001181 organosilyl group Chemical group [SiH3]* 0.000 description 2
- 210000000056 organs Anatomy 0.000 description 2
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 2
- 125000000913 palmityl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 201000002528 pancreatic cancer Diseases 0.000 description 2
- 238000007911 parenteral administration Methods 0.000 description 2
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 2
- 150000003904 phospholipids Chemical class 0.000 description 2
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 2
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 2
- 101710038852 pkc-3 Proteins 0.000 description 2
- 239000011528 polyamide (building material) Substances 0.000 description 2
- 230000002062 proliferating Effects 0.000 description 2
- 230000001737 promoting Effects 0.000 description 2
- 230000001681 protective Effects 0.000 description 2
- 238000001243 protein synthesis Methods 0.000 description 2
- 108010054624 red fluorescent protein Proteins 0.000 description 2
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 2
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 2
- 238000003196 serial analysis of gene expression Methods 0.000 description 2
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 2
- 239000007921 spray Substances 0.000 description 2
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 description 2
- IIACRCGMVDHOTQ-UHFFFAOYSA-M sulfamate Chemical class NS([O-])(=O)=O IIACRCGMVDHOTQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000000829 suppository Substances 0.000 description 2
- 230000004083 survival Effects 0.000 description 2
- 239000002562 thickening agent Substances 0.000 description 2
- WYWHKKSPHMUBEB-UHFFFAOYSA-N tioguanine Chemical compound N1C(N)=NC(=S)C2=C1N=CN2 WYWHKKSPHMUBEB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000000699 topical Effects 0.000 description 2
- 230000002103 transcriptional Effects 0.000 description 2
- 230000001052 transient Effects 0.000 description 2
- 125000000876 trifluoromethoxy group Chemical group FC(F)(F)O* 0.000 description 2
- 125000002023 trifluoromethyl group Chemical group FC(F)(F)* 0.000 description 2
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 2
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-I triphosphate(5-) Chemical compound [O-]P([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 2
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 2
- 201000004810 vascular dementia Diseases 0.000 description 2
- 229940075420 xanthine Drugs 0.000 description 2
- 108091005946 yellow fluorescent protein Proteins 0.000 description 2
- CFCUWKMKBJTWLW-BGLFSJPPSA-N (2S,3S)-2-[(2S,4R,5R,6R)-4-[(2S,4R,5R,6R)-4-[(2S,4S,5R,6R)-4,5-dihydroxy-4,6-dimethyloxan-2-yl]oxy-5-hydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy-5-hydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy-3-[(1S,3S,4R)-3,4-dihydroxy-1-methoxy-2-oxopentyl]-6-[(2S,4R,5S,6R)-4-[(2S,4R,5S,6R)-4,5-dih Chemical compound O([C@@H]1C[C@@H](O[C@H](C)[C@@H]1O)OC=1C=C2C=C3C[C@H]([C@@H](C(=O)C3=C(O)C2=C(O)C=1C)O[C@@H]1O[C@H](C)[C@@H](O)[C@H](O[C@@H]2O[C@H](C)[C@@H](O)[C@H](O[C@@H]3O[C@H](C)[C@@H](O)[C@@](C)(O)C3)C2)C1)[C@H](OC)C(=O)[C@@H](O)[C@@H](C)O)[C@H]1C[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](C)O1 CFCUWKMKBJTWLW-BGLFSJPPSA-N 0.000 description 1
- NRUKOCRGYNPUPR-QBPJDGROSA-N (5S,5aR,8aR,9R)-5-[[(2R,4aR,6R,7R,8R,8aS)-7,8-dihydroxy-2-thiophen-2-yl-4,4a,6,7,8,8a-hexahydropyrano[3,2-d][1,3]dioxin-6-yl]oxy]-9-(4-hydroxy-3,5-dimethoxyphenyl)-5a,6,8a,9-tetrahydro-5H-[2]benzofuro[6,5-f][1,3]benzodioxol-8-one Chemical compound COC1=C(O)C(OC)=CC([C@@H]2C3=CC=4OCOC=4C=C3[C@@H](O[C@H]3[C@@H]([C@@H](O)[C@@H]4O[C@@H](OC[C@H]4O3)C=3SC=CC=3)O)[C@@H]3[C@@H]2C(OC3)=O)=C1 NRUKOCRGYNPUPR-QBPJDGROSA-N 0.000 description 1
- OMJKFYKNWZZKTK-POHAHGRESA-N (5Z)-5-(dimethylaminohydrazinylidene)imidazole-4-carboxamide Chemical compound CN(C)N\N=C1/N=CN=C1C(N)=O OMJKFYKNWZZKTK-POHAHGRESA-N 0.000 description 1
- FYADHXFMURLYQI-UHFFFAOYSA-N 1,2,4-triazine Chemical class C1=CN=NC=N1 FYADHXFMURLYQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LRANPJDWHYRCER-UHFFFAOYSA-N 1,2-Diazepine Chemical compound N1C=CC=CC=N1 LRANPJDWHYRCER-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CITHEXJVPOWHKC-UUWRZZSWSA-N 1,2-di-O-myristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine Chemical compound CCCCCCCCCCCCCC(=O)OC[C@H](COP([O-])(=O)OCC[N+](C)(C)C)OC(=O)CCCCCCCCCCCCC CITHEXJVPOWHKC-UUWRZZSWSA-N 0.000 description 1
- MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 1-Methylimidazole Chemical compound CN1C=CN=C1 MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KSQPABRRLYOJAM-UHFFFAOYSA-N 1-cyclohexyl-3-methyl-1-nitrosourea Chemical compound CNC(=O)N(N=O)C1CCCCC1 KSQPABRRLYOJAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DBPWSSGDRRHUNT-CEGNMAFCSA-N 17α-hydroxyprogesterone Chemical compound C1CC2=CC(=O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@@](C(=O)C)(O)[C@@]1(C)CC2 DBPWSSGDRRHUNT-CEGNMAFCSA-N 0.000 description 1
- UHUHBFMZVCOEOV-UHFFFAOYSA-N 1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-amine Chemical compound NC1=NC=CC2=C1N=CN2 UHUHBFMZVCOEOV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 2,3,4,5-tetrahydroxypentanal Chemical compound OCC(O)C(O)C(O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QSHACTSJHMKXTE-UHFFFAOYSA-N 2-(2-aminopropyl)-7H-purin-6-amine Chemical compound CC(N)CC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 QSHACTSJHMKXTE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PIINGYXNCHTJTF-UHFFFAOYSA-N 2-(2-azaniumylethylamino)acetate Chemical group NCCNCC(O)=O PIINGYXNCHTJTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XIFVTSIIYVGRHJ-UHFFFAOYSA-N 2-N,2-N,4-N,4-N,6-N-pentamethyl-1,3,5-triazine-2,4,6-triamine Chemical compound CNC1=NC(N(C)C)=NC(N(C)C)=N1 XIFVTSIIYVGRHJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YNFSUOFXEVCDTC-UHFFFAOYSA-N 2-N-methyl-7H-purine-2,6-diamine Chemical compound CNC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 YNFSUOFXEVCDTC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZBMRKNMTMPPMMK-UHFFFAOYSA-N 2-amino-4-[hydroxy(methyl)phosphoryl]butanoic acid;azane Chemical compound [NH4+].CP(O)(=O)CCC(N)C([O-])=O ZBMRKNMTMPPMMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FZWGECJQACGGTI-UHFFFAOYSA-N 2-imino-7-methyl-1,2,3,7-tetrahydro-6H-purin-6-one Chemical compound NC1=NC(O)=C2N(C)C=NC2=N1 FZWGECJQACGGTI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BHQCQFFYRZLCQQ-UMZBRFQRSA-N 4-[(3R,5S,7R,12S)-3,7,12-trihydroxy-10,13-dimethyl-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-17-yl]pentanoic acid Chemical class C([C@H]1C[C@H]2O)[C@H](O)CCC1(C)C1C2C2CCC(C(CCC(O)=O)C)C2(C)[C@@H](O)C1 BHQCQFFYRZLCQQ-UMZBRFQRSA-N 0.000 description 1
- PJVWKTKQMONHTI-UHFFFAOYSA-N 4-hydroxy-3-(3-oxo-1-phenylbutyl)-1-benzopyran-2-one Chemical compound OC=1C2=CC=CC=C2OC(=O)C=1C(CC(=O)C)C1=CC=CC=C1 PJVWKTKQMONHTI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OVONXEQGWXGFJD-UHFFFAOYSA-N 4-sulfanylidene-1H-pyrimidin-2-one Chemical compound SC=1C=CNC(=O)N=1 OVONXEQGWXGFJD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020003589 5' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 1
- JDBGXEHEIRGOBU-UHFFFAOYSA-N 5-hydroxymethyluracil Chemical compound OCC1=CNC(=O)NC1=O JDBGXEHEIRGOBU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VMAQYKGITHDWKL-UHFFFAOYSA-N 5-methylimidazolidine-2,4-dione Chemical compound CC1NC(=O)NC1=O VMAQYKGITHDWKL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920001383 5S-rRNA precursor Polymers 0.000 description 1
- PLUDYDNNASPOEE-UHFFFAOYSA-N 6-(aziridin-1-yl)-1H-pyrimidin-2-one Chemical compound C1=CNC(=O)N=C1N1CC1 PLUDYDNNASPOEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SXQMWXNOYLLRBY-UHFFFAOYSA-N 6-(methylamino)purin-8-one Chemical compound CNC1=NC=NC2=NC(=O)N=C12 SXQMWXNOYLLRBY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KXBCLNRMQPRVTP-UHFFFAOYSA-N 6-amino-1,5-dihydroimidazo[4,5-c]pyridin-4-one Chemical compound O=C1NC(N)=CC2=C1N=CN2 KXBCLNRMQPRVTP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DCPSTSVLRXOYGS-UHFFFAOYSA-N 6-amino-1H-pyrimidine-2-thione Chemical compound NC1=CC=NC(S)=N1 DCPSTSVLRXOYGS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CKOMXBHMKXXTNW-UHFFFAOYSA-N 6-methylaminopurine Chemical compound CNC1=NC=NC2=C1N=CN2 CKOMXBHMKXXTNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HCGHYQLFMPXSDU-UHFFFAOYSA-N 7-methyladenine Chemical compound C1=NC(N)=C2N(C)C=NC2=N1 HCGHYQLFMPXSDU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VKKXEIQIGGPMHT-UHFFFAOYSA-N 7H-purine-2,8-diamine Chemical compound NC1=NC=C2NC(N)=NC2=N1 VKKXEIQIGGPMHT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PEHVGBZKEYRQSX-UHFFFAOYSA-N 7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1C=CN2 PEHVGBZKEYRQSX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HRYKDUPGBWLLHO-UHFFFAOYSA-N 8-azaadenine Chemical compound NC1=NC=NC2=NNN=C12 HRYKDUPGBWLLHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100004948 ABCD1 Human genes 0.000 description 1
- AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N ADRIAMYCIN Chemical compound O([C@H]1C[C@@](O)(CC=2C(O)=C3C(=O)C=4C=CC=C(C=4C(=O)C3=C(O)C=21)OC)C(=O)CO)[C@H]1C[C@H](N)[C@H](O)[C@H](C)O1 AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N 0.000 description 1
- 101700019344 ASPA Proteins 0.000 description 1
- 102100001910 ASPA Human genes 0.000 description 1
- 206010052075 Acquired epileptic aphasia Diseases 0.000 description 1
- DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N Acridine Chemical compound C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3N=C21 DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000002552 Acute Disseminated Encephalomyelitis Diseases 0.000 description 1
- 206010001019 Acute promyelocytic leukaemia Diseases 0.000 description 1
- 229940023040 Acyclovir Drugs 0.000 description 1
- OIRDTQYFTABQOQ-SXVXDFOESA-N Adenosine Natural products Nc1ncnc2c1ncn2[C@@H]3O[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H]3O OIRDTQYFTABQOQ-SXVXDFOESA-N 0.000 description 1
- 210000000577 Adipose Tissue Anatomy 0.000 description 1
- 208000000819 Adrenocortical Hyperfunction Diseases 0.000 description 1
- 206010064930 Age-related macular degeneration Diseases 0.000 description 1
- 208000003136 Agenesis of Cerebellar Vermis Diseases 0.000 description 1
- 208000006888 Agnosia Diseases 0.000 description 1
- 241001047040 Agnosia Species 0.000 description 1
- 201000000013 Alexander disease Diseases 0.000 description 1
- 208000005875 Alternating hemiplegia of childhood Diseases 0.000 description 1
- UUVWYPNAQBNQJQ-UHFFFAOYSA-N Altretamine Chemical compound CN(C)C1=NC(N(C)C)=NC(N(C)C)=N1 UUVWYPNAQBNQJQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010061888 Amaurotic familial idiocy Diseases 0.000 description 1
- 241000269328 Amphibia Species 0.000 description 1
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N Ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 1
- XCPGHVQEEXUHNC-UHFFFAOYSA-N Amsacrine Chemical compound COC1=CC(NS(C)(=O)=O)=CC=C1NC1=C(C=CC=C2)C2=NC2=CC=CC=C12 XCPGHVQEEXUHNC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960001220 Amsacrine Drugs 0.000 description 1
- 108009000433 Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) Proteins 0.000 description 1
- 206010002027 Amyotrophy Diseases 0.000 description 1
- 206010002320 Anencephaly Diseases 0.000 description 1
- 206010002329 Aneurysm Diseases 0.000 description 1
- 208000009575 Angelman Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 206010002660 Anoxia Diseases 0.000 description 1
- 241000976983 Anoxia Species 0.000 description 1
- RZVHIXYEVGDQDX-UHFFFAOYSA-N Anthraquinone Chemical compound C1=CC=C2C(=O)C3=CC=CC=C3C(=O)C2=C1 RZVHIXYEVGDQDX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010003062 Apraxia Diseases 0.000 description 1
- 241000239223 Arachnida Species 0.000 description 1
- 208000004231 Arachnoid Cysts Diseases 0.000 description 1
- 206010003074 Arachnoiditis Diseases 0.000 description 1
- 229960001230 Asparagine Drugs 0.000 description 1
- 229960005261 Aspartic Acid Drugs 0.000 description 1
- 201000006062 Asperger syndrome Diseases 0.000 description 1
- 206010003484 Asperger's disease Diseases 0.000 description 1
- 206010003571 Astrocytoma Diseases 0.000 description 1
- 206010003594 Ataxia telangiectasia Diseases 0.000 description 1
- 102000007371 Ataxin-3 Human genes 0.000 description 1
- 108010032947 Ataxin-3 Proteins 0.000 description 1
- 206010003694 Atrophy Diseases 0.000 description 1
- 208000006096 Attention Deficit Disorder with Hyperactivity Diseases 0.000 description 1
- 206010003736 Attention deficit/hyperactivity disease Diseases 0.000 description 1
- 206010003805 Autism Diseases 0.000 description 1
- 210000003403 Autonomic Nervous System Anatomy 0.000 description 1
- 229960002756 Azacitidine Drugs 0.000 description 1
- 210000003719 B-Lymphocytes Anatomy 0.000 description 1
- 101700047109 BEL1 Proteins 0.000 description 1
- 208000008035 Back Pain Diseases 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 206010004146 Basal cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000009137 Behcet Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 201000008335 Behcet's disease Diseases 0.000 description 1
- 208000006373 Bell Palsy Diseases 0.000 description 1
- 208000007911 Benign essential blepharospasm Diseases 0.000 description 1
- HAVZTGSQJIEKPI-UHFFFAOYSA-N Benzothiadiazine Chemical compound C1=CC=C2C=NNSC2=C1 HAVZTGSQJIEKPI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940093761 Bile Salts Drugs 0.000 description 1
- 206010004593 Bile duct cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010005159 Blepharospasm Diseases 0.000 description 1
- 201000004940 Bloch-Sulzberger syndrome Diseases 0.000 description 1
- 210000003461 Brachial Plexus Anatomy 0.000 description 1
- 208000004020 Brain Abscess Diseases 0.000 description 1
- 208000008581 Brain Disease Diseases 0.000 description 1
- 208000001183 Brain Injury Diseases 0.000 description 1
- 208000003174 Brain Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 210000000133 Brain Stem Anatomy 0.000 description 1
- 210000004958 Brain cells Anatomy 0.000 description 1
- 208000003362 Bronchogenic Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 206010068597 Bulbospinal muscular atrophy congenital Diseases 0.000 description 1
- YXNFFSXHFLOZEA-KIUQBJHFSA-N C(CCCCC)NC(=O)C1([C@@H]([C@]2(CC[C@@H]3[C@]4(CC[C@@H](CC4=CC[C@H]3[C@@H]2C1)O)C)C)[C@H](C)CCCC(C)C)O Chemical group C(CCCCC)NC(=O)C1([C@@H]([C@]2(CC[C@@H]3[C@]4(CC[C@@H](CC4=CC[C@H]3[C@@H]2C1)O)C)C)[C@H](C)CCCC(C)C)O YXNFFSXHFLOZEA-KIUQBJHFSA-N 0.000 description 1
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 description 1
- 229940116592 CENTRAL NERVOUS SYSTEM DIAGNOSTIC RADIOPHARMACEUTICALS Drugs 0.000 description 1
- ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-L CHEBI:8154 Chemical class [O-]P([O-])=O ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 206010067608 Canavan disease Diseases 0.000 description 1
- 241000282465 Canis Species 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 239000005632 Capric acid (CAS 334-48-5) Substances 0.000 description 1
- 208000002458 Carcinoid Tumor Diseases 0.000 description 1
- 208000003295 Carpal Tunnel Syndrome Diseases 0.000 description 1
- IVUMCTKHWDRRMH-UHFFFAOYSA-N Carprofen Chemical compound C1=CC(Cl)=C[C]2C3=CC=C(C(C(O)=O)C)C=C3N=C21 IVUMCTKHWDRRMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000001387 Causalgia Diseases 0.000 description 1
- 210000000170 Cell Membrane Anatomy 0.000 description 1
- 208000009885 Central Pontine Myelinolysis Diseases 0.000 description 1
- 206010064012 Central pain syndrome Diseases 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- 210000001638 Cerebellum Anatomy 0.000 description 1
- 206010065559 Cerebral arteriosclerosis Diseases 0.000 description 1
- 206010008096 Cerebral atrophy Diseases 0.000 description 1
- 206010053684 Cerebrohepatorenal syndrome Diseases 0.000 description 1
- 206010008342 Cervix carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 201000011470 Charcot-Marie-Tooth disease Diseases 0.000 description 1
- WIIZWVCIJKGZOK-RKDXNWHRSA-N Chloramphenicol Chemical compound ClC(Cl)C(=O)N[C@H](CO)[C@H](O)C1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 WIIZWVCIJKGZOK-RKDXNWHRSA-N 0.000 description 1
- 229960005091 Chloramphenicol Drugs 0.000 description 1
- 108010035563 Chloramphenicol O-Acetyltransferase Proteins 0.000 description 1
- HAWPXGHAZFHHAD-UHFFFAOYSA-N Chlormethine Chemical compound ClCCN(C)CCCl HAWPXGHAZFHHAD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000005243 Chondrosarcoma Diseases 0.000 description 1
- 206010008748 Chorea Diseases 0.000 description 1
- 208000006332 Choriocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 210000003483 Chromatin Anatomy 0.000 description 1
- 108010077544 Chromatin Proteins 0.000 description 1
- 210000000349 Chromosomes Anatomy 0.000 description 1
- 208000000094 Chronic Pain Diseases 0.000 description 1
- 210000000860 Cochlear Nerve Anatomy 0.000 description 1
- 208000001353 Coffin-Lowry Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 102000008186 Collagen Human genes 0.000 description 1
- 108010035532 Collagen Proteins 0.000 description 1
- 210000001072 Colon Anatomy 0.000 description 1
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010010071 Coma Diseases 0.000 description 1
- 206010010254 Concussion Diseases 0.000 description 1
- 206010010356 Congenital anomaly Diseases 0.000 description 1
- 208000001260 Congenital facial diplegia Diseases 0.000 description 1
- 206010010904 Convulsion Diseases 0.000 description 1
- 210000000877 Corpus Callosum Anatomy 0.000 description 1
- 229940064701 Corticosteroid nasal preparations for topical use Drugs 0.000 description 1
- 229960001334 Corticosteroids Drugs 0.000 description 1
- 210000003792 Cranial Nerves Anatomy 0.000 description 1
- 208000008208 Craniocerebral Trauma Diseases 0.000 description 1
- 206010070976 Craniocerebral injury Diseases 0.000 description 1
- 208000009798 Craniopharyngioma Diseases 0.000 description 1
- 208000009283 Craniosynostosis Diseases 0.000 description 1
- 206010049889 Craniosynostosis Diseases 0.000 description 1
- 208000003407 Creutzfeldt-Jakob Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 201000010450 Creutzfeldt-Jakob disease Diseases 0.000 description 1
- 206010011652 Cushing's syndrome Diseases 0.000 description 1
- CMSMOCZEIVJLDB-UHFFFAOYSA-N Cyclophosphamide Chemical compound ClCCN(CCCl)P1(=O)NCCCO1 CMSMOCZEIVJLDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960004397 Cyclophosphamide Drugs 0.000 description 1
- 206010011732 Cyst Diseases 0.000 description 1
- 208000002445 Cystadenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 229960002433 Cysteine Drugs 0.000 description 1
- 229960000684 Cytarabine Drugs 0.000 description 1
- 208000001763 Cytomegalovirus Retinitis Diseases 0.000 description 1
- 206010048843 Cytomegalovirus chorioretinitis Diseases 0.000 description 1
- 206010011831 Cytomegalovirus infection Diseases 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-CCXZUQQUSA-N Cytosar Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-CCXZUQQUSA-N 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-CUHNMECISA-N D-Cellobiose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-CUHNMECISA-N 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N D-Glucitol Natural products OC[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N D-Maltose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N D-glucitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N 0.000 description 1
- SRBFZHDQGSBBOR-AGQMPKSLSA-N D-lyxopyranose Chemical compound O[C@@H]1COC(O)[C@@H](O)[C@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-AGQMPKSLSA-N 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UWTATZPHSA-N D-serine Chemical compound OC[C@@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UWTATZPHSA-N 0.000 description 1
- GZDFHIJNHHMENY-UHFFFAOYSA-N DMPC Chemical compound COC(=O)OC(=O)OC GZDFHIJNHHMENY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000003863 Dandy-Walker syndrome Diseases 0.000 description 1
- 229960000975 Daunorubicin Drugs 0.000 description 1
- 208000004275 Demyelinating Disease Diseases 0.000 description 1
- 206010061811 Demyelinating polyneuropathy Diseases 0.000 description 1
- 229920002307 Dextran Polymers 0.000 description 1
- 208000001636 Diabetic Neuropathy Diseases 0.000 description 1
- 206010012680 Diabetic neuropathy Diseases 0.000 description 1
- 208000004986 Diffuse Cerebral Sclerosis of Schilder Diseases 0.000 description 1
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 1
- 229960004679 Doxorubicin Drugs 0.000 description 1
- 206010058319 Dysgraphia Diseases 0.000 description 1
- 206010013932 Dyslexia Diseases 0.000 description 1
- 206010058314 Dysplasia Diseases 0.000 description 1
- 208000010118 Dystonia Diseases 0.000 description 1
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 1
- 238000008157 ELISA kit Methods 0.000 description 1
- AOJJSUZBOXZQNB-VTZDEGQISA-N EPIRUBICIN Chemical compound O([C@H]1C[C@@](O)(CC=2C(O)=C3C(=O)C=4C=CC=C(C=4C(=O)C3=C(O)C=21)OC)C(=O)CO)[C@H]1C[C@H](N)[C@@H](O)[C@H](C)O1 AOJJSUZBOXZQNB-VTZDEGQISA-N 0.000 description 1
- 229960001904 EPIRUBICIN Drugs 0.000 description 1
- 206010014599 Encephalitis Diseases 0.000 description 1
- 206010049020 Encephalitis periaxialis diffusa Diseases 0.000 description 1
- 208000002403 Encephalocele Diseases 0.000 description 1
- 206010014625 Encephalopathy Diseases 0.000 description 1
- 206010014733 Endometrial cancer Diseases 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 241000792859 Enema Species 0.000 description 1
- 229940079360 Enema for Constipation Drugs 0.000 description 1
- 210000001353 Entorhinal Cortex Anatomy 0.000 description 1
- 206010014967 Ependymoma Diseases 0.000 description 1
- 206010015037 Epilepsy Diseases 0.000 description 1
- 208000010416 Epileptic Encephalopathy, Early Infantile, 3 Diseases 0.000 description 1
- 241000283086 Equidae Species 0.000 description 1
- 241000283073 Equus caballus Species 0.000 description 1
- 208000002047 Essential Thrombocythemia Diseases 0.000 description 1
- 229960005420 Etoposide Drugs 0.000 description 1
- VJJPUSNTGOMMGY-MRVIYFEKSA-N Etoposide Chemical compound COC1=C(O)C(OC)=CC([C@@H]2C3=CC=4OCOC=4C=C3[C@@H](O[C@H]3[C@@H]([C@@H](O)[C@@H]4O[C@H](C)OC[C@H]4O3)O)[C@@H]3[C@@H]2C(OC3)=O)=C1 VJJPUSNTGOMMGY-MRVIYFEKSA-N 0.000 description 1
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 1
- 230000036826 Excretion Effects 0.000 description 1
- 229920000665 Exon Polymers 0.000 description 1
- 102000013165 Exonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108060002716 Exonucleases Proteins 0.000 description 1
- 201000005603 Fabry disease Diseases 0.000 description 1
- 206010063006 Facial spasm Diseases 0.000 description 1
- 208000002091 Febrile Seizure Diseases 0.000 description 1
- 241000282324 Felis Species 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- ZPAKPRAICRBAOD-UHFFFAOYSA-N Fenbufen Chemical compound C1=CC(C(=O)CCC(=O)O)=CC=C1C1=CC=CC=C1 ZPAKPRAICRBAOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960004369 Flufenamic Acid Drugs 0.000 description 1
- LPEPZBJOKDYZAD-UHFFFAOYSA-N Flufenamic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1NC1=CC=CC(C(F)(F)F)=C1 LPEPZBJOKDYZAD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940014144 Folate Drugs 0.000 description 1
- PNNNRSAQSRJVSB-SLPGGIOYSA-N Fucose Natural products C[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)C=O PNNNRSAQSRJVSB-SLPGGIOYSA-N 0.000 description 1
- 229950002499 Fytic acid Drugs 0.000 description 1
- 102100011343 GLB1 Human genes 0.000 description 1
- 102100004985 GUSB Human genes 0.000 description 1
- 241000287828 Gallus gallus Species 0.000 description 1
- 229960002963 Ganciclovir Drugs 0.000 description 1
- IRSCQMHQWWYFCW-UHFFFAOYSA-N Ganciclovir Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2COC(CO)CO IRSCQMHQWWYFCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010017758 Gastric cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010018048 Gaucher's disease Diseases 0.000 description 1
- SDUQYLNIPVEERB-QPPQHZFASA-N Gemcitabine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1C(F)(F)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 SDUQYLNIPVEERB-QPPQHZFASA-N 0.000 description 1
- CEAZRRDELHUEMR-URQXQFDESA-N Gentamicin Chemical compound O1[C@H](C(C)NC)CC[C@@H](N)[C@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](NC)[C@@](C)(O)CO2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N CEAZRRDELHUEMR-URQXQFDESA-N 0.000 description 1
- 208000007223 Gerstmann Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 208000007465 Giant Cell Arteritis Diseases 0.000 description 1
- 210000004907 Glands Anatomy 0.000 description 1
- 206010018338 Glioma Diseases 0.000 description 1
- 208000010055 Globoid Cell Leukodystrophy Diseases 0.000 description 1
- 229960002989 Glutamic Acid Drugs 0.000 description 1
- 229960002743 Glutamine Drugs 0.000 description 1
- 229960002449 Glycine Drugs 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N HCl Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100012716 HEXA Human genes 0.000 description 1
- 101700075495 HEXA Proteins 0.000 description 1
- 206010019196 Head injury Diseases 0.000 description 1
- 206010019233 Headache Diseases 0.000 description 1
- 208000001258 Hemangiosarcoma Diseases 0.000 description 1
- 208000004095 Hemifacial Spasm Diseases 0.000 description 1
- 206010073071 Hepatocellular carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000002972 Hepatolenticular Degeneration Diseases 0.000 description 1
- 208000008675 Hereditary Spastic Paraplegia Diseases 0.000 description 1
- 208000009889 Herpes Simplex Diseases 0.000 description 1
- 206010063491 Herpes zoster oticus Diseases 0.000 description 1
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 1
- 229960002885 Histidine Drugs 0.000 description 1
- 206010020243 Hodgkin's disease Diseases 0.000 description 1
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 1
- 102000005319 Human Immunodeficiency Virus tat Gene Products Human genes 0.000 description 1
- 108010070875 Human Immunodeficiency Virus tat Gene Products Proteins 0.000 description 1
- 241000725303 Human immunodeficiency virus Species 0.000 description 1
- 208000003906 Hydrocephalus Diseases 0.000 description 1
- 206010020583 Hypercalcaemia Diseases 0.000 description 1
- 206010021143 Hypoxia Diseases 0.000 description 1
- 229940021015 I.V. solution additive Amino Acids Drugs 0.000 description 1
- 101700085547 ICP0 Proteins 0.000 description 1
- HEFNNWSXXWATRW-UHFFFAOYSA-N Ibuprofen Chemical compound CC(C)CC1=CC=C(C(C)C(O)=O)C=C1 HEFNNWSXXWATRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960000908 Idarubicin Drugs 0.000 description 1
- XDXDZDZNSLXDNA-TZNDIEGXSA-N Idarubicin hydrochloride Chemical compound C1[C@H](N)[C@H](O)[C@H](C)O[C@H]1O[C@@H]1C2=C(O)C(C(=O)C3=CC=CC=C3C3=O)=C3C(O)=C2C[C@@](O)(C(C)=O)C1 XDXDZDZNSLXDNA-TZNDIEGXSA-N 0.000 description 1
- 206010021639 Incontinence Diseases 0.000 description 1
- 208000007031 Incontinentia Pigmenti Diseases 0.000 description 1
- 208000008310 Infantile Epileptic-Dyskinetic Encephalopathy Diseases 0.000 description 1
- 208000008498 Infantile Refsum Disease Diseases 0.000 description 1
- 206010021750 Infantile spasms Diseases 0.000 description 1
- 206010022158 Injury to brachial plexus due to birth trauma Diseases 0.000 description 1
- CDAISMWEOUEBRE-GPIVLXJGSA-N Inositol Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O CDAISMWEOUEBRE-GPIVLXJGSA-N 0.000 description 1
- 229960000367 Inositol Drugs 0.000 description 1
- IMQLKJBTEOYOSI-GPIVLXJGSA-N Inositol-hexakisphosphate Chemical compound OP(O)(=O)O[C@H]1[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](OP(O)(O)=O)[C@H](OP(O)(O)=O)[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H]1OP(O)(O)=O IMQLKJBTEOYOSI-GPIVLXJGSA-N 0.000 description 1
- 102000004877 Insulin Human genes 0.000 description 1
- 108090001061 Insulin Proteins 0.000 description 1
- RCINICONZNJXQF-MZXODVADSA-N Intaxel Chemical compound O([C@@H]1[C@@]2(C[C@@H](C(C)=C(C2(C)C)[C@H](C([C@]2(C)[C@@H](O)C[C@H]3OC[C@]3([C@H]21)OC(C)=O)=O)OC(=O)C)OC(=O)[C@H](O)[C@@H](NC(=O)C=1C=CC=CC=1)C=1C=CC=CC=1)O)C(=O)C1=CC=CC=C1 RCINICONZNJXQF-MZXODVADSA-N 0.000 description 1
- 206010061521 Intervertebral disc disease Diseases 0.000 description 1
- 206010022773 Intracranial pressure increased Diseases 0.000 description 1
- UWKQSNNFCGGAFS-XIFFEERXSA-N Irinotecan Chemical compound C1=C2C(CC)=C3CN(C(C4=C([C@@](C(=O)OC4)(O)CC)C=4)=O)C=4C3=NC2=CC=C1OC(=O)N(CC1)CCC1N1CCCCC1 UWKQSNNFCGGAFS-XIFFEERXSA-N 0.000 description 1
- XQCZBXHVTFVIFE-UHFFFAOYSA-N Isocytosine Chemical compound NC1=NC=CC(O)=N1 XQCZBXHVTFVIFE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DRAVOWXCEBXPTN-UHFFFAOYSA-N Isoguanine Chemical compound NC1=NC(=O)NC2=C1NC=N2 DRAVOWXCEBXPTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000008645 Joubert syndrome Diseases 0.000 description 1
- SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N Kanamycin Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N 0.000 description 1
- 206010048804 Kearns-Sayre syndrome Diseases 0.000 description 1
- 201000008166 Kennedy's disease Diseases 0.000 description 1
- DKYWVDODHFEZIM-UHFFFAOYSA-N Ketoprofen Chemical compound OC(=O)C(C)C1=CC=CC(C(=O)C=2C=CC=CC=2)=C1 DKYWVDODHFEZIM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000006541 Klippel-Feil Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 201000011451 Krabbe disease Diseases 0.000 description 1
- 206010023497 Kuru Diseases 0.000 description 1
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- LKDRXBCSQODPBY-NSHGFSBMSA-N L-fructose Chemical compound OCC1(O)OC[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O LKDRXBCSQODPBY-NSHGFSBMSA-N 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N L-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N L-histidine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N L-proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- SHZGCJCMOBCMKK-JFNONXLTSA-N L-rhamnopyranose Chemical compound C[C@@H]1OC(O)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O SHZGCJCMOBCMKK-JFNONXLTSA-N 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- 208000005870 Lafora Disease Diseases 0.000 description 1
- 206010054030 Lafora's myoclonic epilepsy Diseases 0.000 description 1
- 201000010743 Lambert-Eaton myasthenic syndrome Diseases 0.000 description 1
- 208000006404 Large Granular Lymphocytic Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 239000005639 Lauric acid Substances 0.000 description 1
- 201000006792 Lennox-Gastaut syndrome Diseases 0.000 description 1
- 208000005749 Leukemia, Promyelocytic, Acute Diseases 0.000 description 1
- 206010024381 Leukodystrophy Diseases 0.000 description 1
- 206010068202 Leukodystrophy Diseases 0.000 description 1
- OJMMVQQUTAEWLP-KIDUDLJLSA-N Lincomycin Chemical compound CN1C[C@H](CCC)C[C@H]1C(=O)N[C@H]([C@@H](C)O)[C@@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](SC)O1 OJMMVQQUTAEWLP-KIDUDLJLSA-N 0.000 description 1
- 206010024627 Liposarcoma Diseases 0.000 description 1
- 206010048911 Lissencephaly Diseases 0.000 description 1
- 210000004185 Liver Anatomy 0.000 description 1
- 206010024855 Loss of consciousness Diseases 0.000 description 1
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 1
- 108060001084 Luciferase family Proteins 0.000 description 1
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 1
- 206010025135 Lupus erythematosus Diseases 0.000 description 1
- 206010025169 Lyme disease Diseases 0.000 description 1
- 206010025224 Lymphangiosarcomas Diseases 0.000 description 1
- 210000004698 Lymphocytes Anatomy 0.000 description 1
- 208000003543 Lymphoma, T-Cell, Cutaneous Diseases 0.000 description 1
- 208000003002 Lymphoma, T-Cell, Peripheral Diseases 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-YUPRTTJUSA-N Lyxose Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-YUPRTTJUSA-N 0.000 description 1
- 101710029649 MDV043 Proteins 0.000 description 1
- 102100014726 MECP2 Human genes 0.000 description 1
- 101700029603 MECP2 Proteins 0.000 description 1
- 208000002569 Machado-Joseph Disease Diseases 0.000 description 1
- 208000002780 Macular Degeneration Diseases 0.000 description 1
- PBUUPFTVAPUWDE-HSLMEMBISA-N Mafosfamide Chemical compound OS(=O)(=O)CCS[C@@H]1CCOP(=O)(N(CCCl)CCCl)N1 PBUUPFTVAPUWDE-HSLMEMBISA-N 0.000 description 1
- 229950000547 Mafosfamide Drugs 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- 229960004961 Mechlorethamine Drugs 0.000 description 1
- 208000007054 Medullary Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000000172 Medulloblastoma Diseases 0.000 description 1
- 208000005767 Megalencephaly Diseases 0.000 description 1
- SGDBTWWWUNNDEQ-LBPRGKRZSA-N Melphalan Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(N(CCCl)CCCl)C=C1 SGDBTWWWUNNDEQ-LBPRGKRZSA-N 0.000 description 1
- 108010049137 Member 1 Subfamily D ATP Binding Cassette Transporter Proteins 0.000 description 1
- 210000004379 Membranes Anatomy 0.000 description 1
- 206010027183 Meniere's disease Diseases 0.000 description 1
- 206010027191 Meningioma Diseases 0.000 description 1
- 208000008948 Menkes Kinky Hair Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 201000001964 Menkes disease Diseases 0.000 description 1
- 230000036740 Metabolism Effects 0.000 description 1
- 208000004141 Microcephaly Diseases 0.000 description 1
- 206010027599 Migraine Diseases 0.000 description 1
- 208000008085 Migraine Disorders Diseases 0.000 description 1
- 208000005894 Mitochondrial Myopathy Diseases 0.000 description 1
- 229960004857 Mitomycin Drugs 0.000 description 1
- KKZJGLLVHKMTCM-UHFFFAOYSA-N Mitoxantrone Chemical compound O=C1C2=C(O)C=CC(O)=C2C(=O)C2=C1C(NCCNCCO)=CC=C2NCCNCCO KKZJGLLVHKMTCM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960001156 Mitoxantrone Drugs 0.000 description 1
- 201000002983 Mobius syndrome Diseases 0.000 description 1
- 206010027802 Moebius II syndrome Diseases 0.000 description 1
- 241000713869 Moloney murine leukemia virus Species 0.000 description 1
- 206010069681 Monomelic amyotrophy Diseases 0.000 description 1
- 208000009433 Moyamoya Disease Diseases 0.000 description 1
- 208000002678 Mucopolysaccharidosis Diseases 0.000 description 1
- 210000004400 Mucous Membrane Anatomy 0.000 description 1
- 208000005314 Multi-Infarct Dementia Diseases 0.000 description 1
- 208000001089 Multiple System Atrophy Diseases 0.000 description 1
- 208000007101 Muscle Cramp Diseases 0.000 description 1
- 208000008238 Muscle Spasticity Diseases 0.000 description 1
- 206010028334 Muscle spasms Diseases 0.000 description 1
- 206010052904 Musculoskeletal stiffness Diseases 0.000 description 1
- 229940087004 Mustargen Drugs 0.000 description 1
- 206010028417 Myasthenia gravis Diseases 0.000 description 1
- 206010028424 Myasthenic syndrome Diseases 0.000 description 1
- 210000000066 Myeloid Cells Anatomy 0.000 description 1
- 208000002033 Myoclonus Diseases 0.000 description 1
- CDAISMWEOUEBRE-UHFFFAOYSA-N Myoinositol Natural products OC1C(O)C(O)C(O)C(O)C1O CDAISMWEOUEBRE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010028640 Myopathy Diseases 0.000 description 1
- NWIBSHFKIJFRCO-WUDYKRTCSA-N Mytomycin Chemical compound C1N2C(C(C(C)=C(N)C3=O)=O)=C3[C@@H](COC(N)=O)[C@@]2(OC)[C@@H]2[C@H]1N2 NWIBSHFKIJFRCO-WUDYKRTCSA-N 0.000 description 1
- 208000001611 Myxosarcoma Diseases 0.000 description 1
- GZCNJTFELNTSAB-UHFFFAOYSA-N N'-(7H-purin-6-yl)hexane-1,6-diamine Chemical compound NCCCCCCNC1=NC=NC2=C1NC=N2 GZCNJTFELNTSAB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PYUSHNKNPOHWEZ-UHFFFAOYSA-N N-Formylmethionine Chemical compound CSCCC(C(O)=O)NC=O PYUSHNKNPOHWEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100020123 NSD1 Human genes 0.000 description 1
- 101700056580 NSD1 Proteins 0.000 description 1
- 210000001577 Neostriatum Anatomy 0.000 description 1
- 241000772415 Neovison vison Species 0.000 description 1
- 102000007072 Nerve Growth Factors Human genes 0.000 description 1
- 108010008267 Nerve Growth Factors Proteins 0.000 description 1
- 208000009905 Neurofibromatosis Diseases 0.000 description 1
- 208000005890 Neuroma Diseases 0.000 description 1
- 206010072359 Neuromyotonia Diseases 0.000 description 1
- 208000002537 Neuronal Ceroid-Lipofuscinosis Diseases 0.000 description 1
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 1
- 108020003217 Nuclear RNA Proteins 0.000 description 1
- 108091005503 Nucleic proteins Proteins 0.000 description 1
- 206010068106 Occipital neuralgia Diseases 0.000 description 1
- 241000282939 Odocoileus hemionus columbianus Species 0.000 description 1
- 206010030155 Oesophageal carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000001292 Olivopontocerebellar Atrophy Diseases 0.000 description 1
- 208000005225 Opsoclonus-Myoclonus Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 208000003435 Optic Neuritis Diseases 0.000 description 1
- 206010069350 Osmotic demyelination syndrome Diseases 0.000 description 1
- 241000283898 Ovis Species 0.000 description 1
- 229910003873 O—P—O Inorganic materials 0.000 description 1
- 102100004920 PEX7 Human genes 0.000 description 1
- 108060006186 PHYH Proteins 0.000 description 1
- 101710006422 PNK/PNL Proteins 0.000 description 1
- 102100017813 PTPN1 Human genes 0.000 description 1
- 101700050499 PTPN1 Proteins 0.000 description 1
- RXWNCPJZOCPEPQ-NVWDDTSBSA-N PUROMYCIN Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C[C@H](N)C(=O)N[C@H]1[C@@H](O)[C@H](N2C3=NC=NC(=C3N=C2)N(C)C)O[C@@H]1CO RXWNCPJZOCPEPQ-NVWDDTSBSA-N 0.000 description 1
- 229950010131 PUROMYCIN Drugs 0.000 description 1
- 229960001592 Paclitaxel Drugs 0.000 description 1
- 208000005877 Painful Neuropathy Diseases 0.000 description 1
- 208000004019 Papillary Adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 206010033775 Paraesthesia Diseases 0.000 description 1
- 206010061536 Parkinson's disease Diseases 0.000 description 1
- 208000007697 Partial Epilepsy Diseases 0.000 description 1
- 206010061334 Partial seizure Diseases 0.000 description 1
- 208000001293 Peripheral Nervous System Disease Diseases 0.000 description 1
- 206010034606 Peripheral neuropathy Diseases 0.000 description 1
- 206010034699 Peroneal muscular atrophy Diseases 0.000 description 1
- 229940072417 Peroxidase Drugs 0.000 description 1
- 108090000437 Peroxidases Proteins 0.000 description 1
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 1
- RDOWQLZANAYVLL-UHFFFAOYSA-N Phenanthridine Chemical compound C1=CC=C2C3=CC=CC=C3C=NC2=C1 RDOWQLZANAYVLL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PCNDJXKNXGMECE-UHFFFAOYSA-N Phenazine Chemical compound C1=CC=CC2=NC3=CC=CC=C3N=C21 PCNDJXKNXGMECE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005190 Phenylalanine Drugs 0.000 description 1
- 229960002895 Phenylbutazone Drugs 0.000 description 1
- 229940067631 Phospholipids Drugs 0.000 description 1
- LLKYUHGUYSLMPA-UHFFFAOYSA-N Phosphoramidite Chemical compound NP([O-])[O-] LLKYUHGUYSLMPA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091000081 Phosphotransferases Proteins 0.000 description 1
- 229940068041 Phytic Acid Drugs 0.000 description 1
- 208000007641 Pinealoma Diseases 0.000 description 1
- 208000007913 Pituitary Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 1
- 229960003171 Plicamycin Drugs 0.000 description 1
- 208000005987 Polymyositis Diseases 0.000 description 1
- 206010036172 Porencephaly Diseases 0.000 description 1
- 206010036376 Post herpetic neuralgia Diseases 0.000 description 1
- 206010071366 Post-traumatic neck syndrome Diseases 0.000 description 1
- 208000010366 Postpoliomyelitis Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 201000010769 Prader-Willi syndrome Diseases 0.000 description 1
- XOFYZVNMUHMLCC-ZPOLXVRWSA-N Prednisone Chemical compound O=C1C=C[C@]2(C)[C@H]3C(=O)C[C@](C)([C@@](CC4)(O)C(=O)CO)[C@@H]4[C@@H]3CCC2=C1 XOFYZVNMUHMLCC-ZPOLXVRWSA-N 0.000 description 1
- 208000003055 Prion Disease Diseases 0.000 description 1
- CPTBDICYNRMXFX-UHFFFAOYSA-N Procarbazine Chemical compound CNNCC1=CC=C(C(=O)NC(C)C)C=C1 CPTBDICYNRMXFX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010036807 Progressive multifocal leukoencephalopathy Diseases 0.000 description 1
- 229960002429 Proline Drugs 0.000 description 1
- 108060006633 Protein Kinases Proteins 0.000 description 1
- 108020004412 RNA 3' Polyadenylation Signals Proteins 0.000 description 1
- 230000026279 RNA modification Effects 0.000 description 1
- MUPFEKGTMRGPLJ-ZQSKZDJDSA-N Raffinose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO[C@@H]2[C@@H]([C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O2)O)O1 MUPFEKGTMRGPLJ-ZQSKZDJDSA-N 0.000 description 1
- 206010071141 Rasmussen encephalitis Diseases 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 208000005587 Refsum Disease Diseases 0.000 description 1
- 208000006265 Renal Cell Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000005793 Restless Legs Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 206010038997 Retroviral infection Diseases 0.000 description 1
- 208000006289 Rett Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 201000007981 Reye syndrome Diseases 0.000 description 1
- IWUCXVSUMQZMFG-AFCXAGJDSA-N Ribavirin Chemical compound N1=C(C(=O)N)N=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 IWUCXVSUMQZMFG-AFCXAGJDSA-N 0.000 description 1
- 229960000329 Ribavirin Drugs 0.000 description 1
- HEBKCHPVOIAQTA-ZXFHETKHSA-N Ribitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO HEBKCHPVOIAQTA-ZXFHETKHSA-N 0.000 description 1
- 101710017605 Rv2228c Proteins 0.000 description 1
- 201000008894 Sandhoff disease Diseases 0.000 description 1
- 208000000729 Schizencephaly Diseases 0.000 description 1
- 206010039911 Seizure Diseases 0.000 description 1
- 229920000972 Sense strand Polymers 0.000 description 1
- 208000002477 Septo-Optic Dysplasia Diseases 0.000 description 1
- 210000002966 Serum Anatomy 0.000 description 1
- 235000015076 Shorea robusta Nutrition 0.000 description 1
- 241000700584 Simplexvirus Species 0.000 description 1
- 206010040767 Sjogren's syndrome Diseases 0.000 description 1
- 208000006641 Skin Disease Diseases 0.000 description 1
- 208000000927 Sleep Apnea Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 206010040979 Sleep apnoea syndrome Diseases 0.000 description 1
- 206010041232 Sneezing Diseases 0.000 description 1
- 206010064387 Sotos' syndrome Diseases 0.000 description 1
- 206010041415 Spastic paralysis Diseases 0.000 description 1
- 208000008513 Spinal Cord Injury Diseases 0.000 description 1
- 206010041823 Squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000006011 Stroke Diseases 0.000 description 1
- 206010042265 Sturge-Weber syndrome Diseases 0.000 description 1
- 206010042297 Subacute sclerosing panencephalitis Diseases 0.000 description 1
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 1
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-L Sulphite Chemical compound [O-]S([O-])=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- MDKGKXOCJGEUJW-UHFFFAOYSA-N Suprofen Chemical compound C1=CC(C(C(O)=O)C)=CC=C1C(=O)C1=CC=CS1 MDKGKXOCJGEUJW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960004492 Suprofen Drugs 0.000 description 1
- 210000004243 Sweat Anatomy 0.000 description 1
- 206010042732 Sydenham's chorea Diseases 0.000 description 1
- 206010042772 Syncope Diseases 0.000 description 1
- 206010042928 Syringomyelia Diseases 0.000 description 1
- 208000000389 T-Cell Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 210000001744 T-Lymphocytes Anatomy 0.000 description 1
- 201000008717 T-cell large granular lymphocyte leukemia Diseases 0.000 description 1
- 102100008904 TFRC Human genes 0.000 description 1
- NKANXQFJJICGDU-QPLCGJKRSA-N Tamoxifen Chemical compound C=1C=CC=CC=1C(/CC)=C(C=1C=CC(OCCN(C)C)=CC=1)/C1=CC=CC=C1 NKANXQFJJICGDU-QPLCGJKRSA-N 0.000 description 1
- 229960001603 Tamoxifen Drugs 0.000 description 1
- 206010043118 Tardive dyskinesia Diseases 0.000 description 1
- 229960003080 Taurine Drugs 0.000 description 1
- 201000008902 Tay-Sachs disease Diseases 0.000 description 1
- 229960001278 Teniposide Drugs 0.000 description 1
- 206010057644 Testis cancer Diseases 0.000 description 1
- 229960003604 Testosterone Drugs 0.000 description 1
- 229960002180 Tetracycline Drugs 0.000 description 1
- OFVLGDICTFRJMM-WESIUVDSSA-N Tetracycline Chemical compound C1=CC=C2[C@](O)(C)[C@H]3C[C@H]4[C@H](N(C)C)C(O)=C(C(N)=O)C(=O)[C@@]4(O)C(O)=C3C(=O)C2=C1O OFVLGDICTFRJMM-WESIUVDSSA-N 0.000 description 1
- 239000004098 Tetracycline Substances 0.000 description 1
- 210000001103 Thalamus Anatomy 0.000 description 1
- 229960005454 Thioguanine Drugs 0.000 description 1
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 1
- UCFGDBYHRUNTLO-QHCPKHFHSA-N Topotecan Chemical compound C1=C(O)C(CN(C)C)=C2C=C(CN3C4=CC5=C(C3=O)COC(=O)[C@]5(O)CC)C4=NC2=C1 UCFGDBYHRUNTLO-QHCPKHFHSA-N 0.000 description 1
- 208000000323 Tourette Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 206010044126 Tourette's disease Diseases 0.000 description 1
- 231100000765 Toxin Toxicity 0.000 description 1
- 108010033576 Transferrin Receptors Proteins 0.000 description 1
- 208000009174 Transverse Myelitis Diseases 0.000 description 1
- 208000005765 Traumatic Brain Injury Diseases 0.000 description 1
- 206010044565 Tremor Diseases 0.000 description 1
- 229960004319 Trichloroacetic Acid Drugs 0.000 description 1
- YNJBWRMUSHSURL-UHFFFAOYSA-N Trichloroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(Cl)(Cl)Cl YNJBWRMUSHSURL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010044696 Tropical spastic paresis Diseases 0.000 description 1
- 208000009999 Tuberous Sclerosis Diseases 0.000 description 1
- 229960004441 Tyrosine Drugs 0.000 description 1
- NMUSYJAQQFHJEW-KVTDHHQDSA-N U-18,496 Chemical compound O=C1N=C(N)N=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 NMUSYJAQQFHJEW-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- 208000003443 Unconsciousness Diseases 0.000 description 1
- 206010046298 Upper motor neurone lesion Diseases 0.000 description 1
- RUDATBOHQWOJDD-UZVSRGJWSA-N Ursodeoxycholic acid Chemical compound C([C@H]1C[C@@H]2O)[C@H](O)CC[C@]1(C)[C@@H]1[C@@H]2[C@@H]2CC[C@H]([C@@H](CCC(O)=O)C)[C@@]2(C)CC1 RUDATBOHQWOJDD-UZVSRGJWSA-N 0.000 description 1
- 206010050040 VIIth nerve paralysis Diseases 0.000 description 1
- 206010063661 Vascular encephalopathy Diseases 0.000 description 1
- 206010047115 Vasculitis Diseases 0.000 description 1
- 229960003636 Vidarabine Drugs 0.000 description 1
- 229960003048 Vinblastine Drugs 0.000 description 1
- JXLYSJRDGCGARV-WWYNWVTFSA-N Vinblastine Natural products O=C(O[C@H]1[C@](O)(C(=O)OC)[C@@H]2N(C)c3c(cc(c(OC)c3)[C@]3(C(=O)OC)c4[nH]c5c(c4CCN4C[C@](O)(CC)C[C@H](C3)C4)cccc5)[C@@]32[C@H]2[C@@]1(CC)C=CCN2CC3)C JXLYSJRDGCGARV-WWYNWVTFSA-N 0.000 description 1
- 229960004528 Vincristine Drugs 0.000 description 1
- 229960005080 Warfarin Drugs 0.000 description 1
- 201000005634 Werdnig-Hoffmann disease Diseases 0.000 description 1
- 201000006791 West syndrome Diseases 0.000 description 1
- 208000007121 Whiplash Injury Diseases 0.000 description 1
- 206010049644 Williams syndrome Diseases 0.000 description 1
- 201000001203 Wilson disease Diseases 0.000 description 1
- 208000006269 X-Linked Bulbo-Spinal Atrophy Diseases 0.000 description 1
- HEBKCHPVOIAQTA-SCDXWVJYSA-N Xylitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)CO HEBKCHPVOIAQTA-SCDXWVJYSA-N 0.000 description 1
- 229960002675 Xylitol Drugs 0.000 description 1
- 201000004525 Zellweger syndrome Diseases 0.000 description 1
- HMNZFMSWFCAGGW-XPWSMXQVSA-N [3-[hydroxy(2-hydroxyethoxy)phosphoryl]oxy-2-[(E)-octadec-9-enoyl]oxypropyl] (E)-octadec-9-enoate Chemical compound CCCCCCCC\C=C\CCCCCCCC(=O)OCC(COP(O)(=O)OCCO)OC(=O)CCCCCCC\C=C\CCCCCCCC HMNZFMSWFCAGGW-XPWSMXQVSA-N 0.000 description 1
- VUSHQLWDOJFSGF-UHFFFAOYSA-L [Na+].[Na+].Cl.[O-]C(=O)CC(O)(C(=O)O)CC([O-])=O Chemical compound [Na+].[Na+].Cl.[O-]C(=O)CC(O)(C(=O)O)CC([O-])=O VUSHQLWDOJFSGF-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 1
- DPXJVFZANSGRMM-UHFFFAOYSA-N acetic acid;2,3,4,5,6-pentahydroxyhexanal;sodium Chemical compound [Na].CC(O)=O.OCC(O)C(O)C(O)C(O)C=O DPXJVFZANSGRMM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 229960001138 acetylsalicylic acid Drugs 0.000 description 1
- 229960004150 aciclovir Drugs 0.000 description 1
- 239000008186 active pharmaceutical agent Substances 0.000 description 1
- MKUXAQIIEYXACX-UHFFFAOYSA-N acyclovir Chemical compound N1C(N)=NC(=O)C2=C1N(COCCO)C=N2 MKUXAQIIEYXACX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000005917 acylation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 1
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 description 1
- 230000001919 adrenal Effects 0.000 description 1
- 239000000443 aerosol Substances 0.000 description 1
- 230000032683 aging Effects 0.000 description 1
- 239000000556 agonist Substances 0.000 description 1
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N aldehydo-D-arabinose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N 0.000 description 1
- PNNNRSAQSRJVSB-DPYQTVNSSA-N aldehydo-D-fucose Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C=O PNNNRSAQSRJVSB-DPYQTVNSSA-N 0.000 description 1
- GZCGUPFRVQAUEE-SLPGGIOYSA-N aldehydo-D-glucose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C=O GZCGUPFRVQAUEE-SLPGGIOYSA-N 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-UOWFLXDJSA-N aldehydo-D-lyxose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UOWFLXDJSA-N 0.000 description 1
- 125000004416 alkarylalkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 150000001336 alkenes Chemical class 0.000 description 1
- 125000002877 alkyl aryl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000005804 alkylation reaction Methods 0.000 description 1
- 229960000473 altretamine Drugs 0.000 description 1
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000908 ammonium hydroxide Substances 0.000 description 1
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 1
- 201000003076 angiosarcoma Diseases 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 230000003042 antagnostic Effects 0.000 description 1
- 239000005557 antagonist Substances 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 230000003110 anti-inflammatory Effects 0.000 description 1
- 230000000561 anti-psychotic Effects 0.000 description 1
- 102000004965 antibodies Human genes 0.000 description 1
- 108090001123 antibodies Proteins 0.000 description 1
- 239000003472 antidiabetic agent Substances 0.000 description 1
- 239000003443 antiviral agent Substances 0.000 description 1
- 201000007201 aphasia Diseases 0.000 description 1
- 238000003782 apoptosis assay Methods 0.000 description 1
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- 239000007900 aqueous suspension Substances 0.000 description 1
- OIRDTQYFTABQOQ-UHTZMRCNSA-N arabinosyl adenine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-UHTZMRCNSA-N 0.000 description 1
- 201000001182 arteriovenous malformation Diseases 0.000 description 1
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 1
- BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N aspirin Chemical compound CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(O)=O BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000003149 assay kit Methods 0.000 description 1
- 230000003143 atherosclerotic Effects 0.000 description 1
- 201000006287 attention deficit hyperactivity disease Diseases 0.000 description 1
- 201000002055 autistic disease Diseases 0.000 description 1
- GVLZYMDNTPNTLV-UHFFFAOYSA-N barbiturate(1-) Chemical compound O=C1[CH-]C(=O)NC(=O)N1 GVLZYMDNTPNTLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 125000003236 benzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)=O 0.000 description 1
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 1
- 201000007180 bile duct carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 201000001531 bladder carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000000744 blepharospasm Effects 0.000 description 1
- 108091005941 blue fluorescent protein Proteins 0.000 description 1
- 201000005216 brain cancer Diseases 0.000 description 1
- 229910052794 bromium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 1
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004432 carbon atoms Chemical group C* 0.000 description 1
- 239000001768 carboxy methyl cellulose Substances 0.000 description 1
- 229960003184 carprofen Drugs 0.000 description 1
- 150000001767 cationic compounds Chemical class 0.000 description 1
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 1
- 229920002092 cellular RNA Polymers 0.000 description 1
- 230000004700 cellular uptake Effects 0.000 description 1
- 150000001780 cephalosporins Chemical class 0.000 description 1
- 201000010881 cervical cancer Diseases 0.000 description 1
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 1
- 239000005081 chemiluminescent agent Substances 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 210000000038 chest Anatomy 0.000 description 1
- 229910052801 chlorine Inorganic materials 0.000 description 1
- 201000005262 chondroma Diseases 0.000 description 1
- 201000001973 choreatic disease Diseases 0.000 description 1
- 229960004316 cisplatin Drugs 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 229960001338 colchicine Drugs 0.000 description 1
- 229920001436 collagen Polymers 0.000 description 1
- 229960005188 collagen Drugs 0.000 description 1
- 238000003340 combinatorial analysis Methods 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 201000009541 complex regional pain syndrome Diseases 0.000 description 1
- 239000008139 complexing agent Substances 0.000 description 1
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 1
- 230000001268 conjugating Effects 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 230000001054 cortical Effects 0.000 description 1
- 239000003246 corticosteroid Substances 0.000 description 1
- ZYGHJZDHTFUPRJ-UHFFFAOYSA-N coumarin Natural products C1=CC=C2OC(=O)C=CC2=C1 ZYGHJZDHTFUPRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000001671 coumarin Nutrition 0.000 description 1
- 150000004775 coumarins Chemical class 0.000 description 1
- 230000001808 coupling Effects 0.000 description 1
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- 239000006071 cream Substances 0.000 description 1
- 210000004748 cultured cells Anatomy 0.000 description 1
- 230000001186 cumulative Effects 0.000 description 1
- 201000007241 cutaneous T cell lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- 229960003901 dacarbazine Drugs 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing Effects 0.000 description 1
- 230000000593 degrading Effects 0.000 description 1
- 239000003398 denaturant Substances 0.000 description 1
- 239000005549 deoxyribonucleoside Substances 0.000 description 1
- 201000001981 dermatomyositis Diseases 0.000 description 1
- 238000010612 desalination reaction Methods 0.000 description 1
- 230000000368 destabilizing Effects 0.000 description 1
- 230000001809 detectable Effects 0.000 description 1
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 1
- 238000009792 diffusion process Methods 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BPHQZTVXXXJVHI-UHFFFAOYSA-N dimyristoyl phosphatidylglycerol Chemical compound CCCCCCCCCCCCCC(=O)OCC(COP(O)(=O)OCC(O)CO)OC(=O)CCCCCCCCCCCCC BPHQZTVXXXJVHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960003724 dimyristoylphosphatidylcholine Drugs 0.000 description 1
- 229960005160 dimyristoylphosphatidylglycerol Drugs 0.000 description 1
- NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-K dioxido-sulfanylidene-sulfido-$l^{5}-phosphane Chemical class [O-]P([O-])([S-])=S NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000002270 dispersing agent Substances 0.000 description 1
- GTZOYNFRVVHLDZ-UHFFFAOYSA-N dodecane-1,1-diol Chemical group CCCCCCCCCCCC(O)O GTZOYNFRVVHLDZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000006196 drop Substances 0.000 description 1
- 238000007876 drug discovery Methods 0.000 description 1
- 239000003596 drug target Substances 0.000 description 1
- 201000008009 early infantile epileptic encephalopathy Diseases 0.000 description 1
- 201000009028 early myoclonic encephalopathy Diseases 0.000 description 1
- 230000005014 ectopic expression Effects 0.000 description 1
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 1
- 239000007920 enema Substances 0.000 description 1
- 230000002449 erythroblastic Effects 0.000 description 1
- 210000000267 erythroid cells Anatomy 0.000 description 1
- 201000004101 esophageal cancer Diseases 0.000 description 1
- 201000006517 essential tremor Diseases 0.000 description 1
- HZAXFHJVJLSVMW-UHFFFAOYSA-N ethanolamine Chemical compound NCCO HZAXFHJVJLSVMW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 230000029142 excretion Effects 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 230000002349 favourable Effects 0.000 description 1
- 229960001395 fenbufen Drugs 0.000 description 1
- 201000008808 fibrosarcoma Diseases 0.000 description 1
- 238000011049 filling Methods 0.000 description 1
- 239000000796 flavoring agent Substances 0.000 description 1
- 238000000799 fluorescence microscopy Methods 0.000 description 1
- 238000001506 fluorescence spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 125000001153 fluoro group Chemical group F* 0.000 description 1
- 239000006260 foam Substances 0.000 description 1
- 201000007186 focal epilepsy Diseases 0.000 description 1
- OVBPIULPVIDEAO-LBPRGKRZSA-N folic acid Chemical compound C=1N=C2NC(N)=NC(=O)C2=NC=1CNC1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 OVBPIULPVIDEAO-LBPRGKRZSA-N 0.000 description 1
- 235000019152 folic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011724 folic acid Substances 0.000 description 1
- VVIAGPKUTFNRDU-ABLWVSNPSA-N folinic acid Chemical compound C1NC=2NC(N)=NC(=O)C=2N(C=O)C1CNC1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 VVIAGPKUTFNRDU-ABLWVSNPSA-N 0.000 description 1
- 235000008191 folinic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011672 folinic acid Substances 0.000 description 1
- 235000013355 food flavoring agent Nutrition 0.000 description 1
- 201000011240 frontotemporal dementia Diseases 0.000 description 1
- 235000019525 fullness Nutrition 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 1
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000037240 fusion proteins Human genes 0.000 description 1
- 229960005277 gemcitabine Drugs 0.000 description 1
- 102000034448 gene-regulatory proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091006088 gene-regulatory proteins Proteins 0.000 description 1
- 229960002518 gentamicin Drugs 0.000 description 1
- 201000010915 glioblastoma multiforme Diseases 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- 235000004554 glutamine Nutrition 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Polymers 0.000 description 1
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N glycerol Substances OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003899 glycosylation Effects 0.000 description 1
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000008187 granular material Substances 0.000 description 1
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 1
- 201000009277 hairy cell leukemia Diseases 0.000 description 1
- 231100000869 headache Toxicity 0.000 description 1
- 230000003067 hemagglutinative Effects 0.000 description 1
- 201000002222 hemangioblastoma Diseases 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-UHFFFAOYSA-N hexane-1,2,3,4,5,6-hexol Chemical compound OCC(O)C(O)C(O)C(O)CO FBPFZTCFMRRESA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000002430 hydrocarbons Chemical class 0.000 description 1
- 125000004435 hydrogen atoms Chemical class [H]* 0.000 description 1
- 229910000041 hydrogen chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 229920001477 hydrophilic polymer Polymers 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 229960001330 hydroxycarbamide Drugs 0.000 description 1
- 229960002899 hydroxyprogesterone Drugs 0.000 description 1
- VSNHCAURESNICA-UHFFFAOYSA-N hydroxyurea Chemical compound NC(=O)NO VSNHCAURESNICA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940027318 hydroxyurea Drugs 0.000 description 1
- 230000000148 hypercalcaemia Effects 0.000 description 1
- 230000002390 hyperplastic Effects 0.000 description 1
- 230000001146 hypoxic Effects 0.000 description 1
- 229960001680 ibuprofen Drugs 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 239000005414 inactive ingredient Substances 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 230000002458 infectious Effects 0.000 description 1
- 230000002757 inflammatory Effects 0.000 description 1
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 1
- 239000003999 initiator Substances 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory Effects 0.000 description 1
- 229910001411 inorganic cation Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 238000001361 intraarterial administration Methods 0.000 description 1
- 201000009941 intracranial hypertension Diseases 0.000 description 1
- 239000007927 intramuscular injection Substances 0.000 description 1
- 238000010255 intramuscular injection Methods 0.000 description 1
- 239000007928 intraperitoneal injection Substances 0.000 description 1
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 1
- 238000010253 intravenous injection Methods 0.000 description 1
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011630 iodine Substances 0.000 description 1
- PNDPGZBMCMUPRI-UHFFFAOYSA-N iodine Chemical compound II PNDPGZBMCMUPRI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960004768 irinotecan Drugs 0.000 description 1
- 125000001449 isopropyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 229960000318 kanamycin Drugs 0.000 description 1
- 229960000991 ketoprofen Drugs 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 description 1
- 230000002045 lasting Effects 0.000 description 1
- 201000010901 lateral sclerosis Diseases 0.000 description 1
- 201000003723 learning disability Diseases 0.000 description 1
- 229960001691 leucovorin Drugs 0.000 description 1
- 230000004446 light reflex Effects 0.000 description 1
- 229960005287 lincomycin Drugs 0.000 description 1
- 230000004807 localization Effects 0.000 description 1
- 239000006210 lotion Substances 0.000 description 1
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 1
- 201000007919 lymphoplasmacytic lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 229960003646 lysine Drugs 0.000 description 1
- 235000018977 lysine Nutrition 0.000 description 1
- 108009000345 mRNA Processing Proteins 0.000 description 1
- 239000006249 magnetic particle Substances 0.000 description 1
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 1
- 238000009115 maintenance therapy Methods 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 229960001924 melphalan Drugs 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 201000009906 meningitis Diseases 0.000 description 1
- GLVAUDGFNGKCSF-UHFFFAOYSA-N mercaptopurine Chemical compound S=C1NC=NC2=C1NC=N2 GLVAUDGFNGKCSF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960001428 mercaptopurine Drugs 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- 230000035786 metabolism Effects 0.000 description 1
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 description 1
- 201000011442 metachromatic leukodystrophy Diseases 0.000 description 1
- WDWDWGRYHDPSDS-UHFFFAOYSA-N methanimine Chemical compound N=C WDWDWGRYHDPSDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000325 methylidene group Chemical group [H]C([H])=* 0.000 description 1
- IDBOAVAEGRJRIZ-UHFFFAOYSA-N methylidenehydrazine Chemical group NN=C IDBOAVAEGRJRIZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YNPFMWCWRVTGKJ-UHFFFAOYSA-N mianserin hydrochloride Chemical compound [H+].[Cl-].C1C2=CC=CC=C2N2CCN(C)CC2C2=CC=CC=C21 YNPFMWCWRVTGKJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004530 micro-emulsion Substances 0.000 description 1
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 1
- 238000010208 microarray analysis Methods 0.000 description 1
- 239000008185 minitablet Substances 0.000 description 1
- 229940113083 morpholine Drugs 0.000 description 1
- 201000009457 movement disease Diseases 0.000 description 1
- 201000009251 multiple myeloma Diseases 0.000 description 1
- 201000010770 muscular disease Diseases 0.000 description 1
- 230000000869 mutational Effects 0.000 description 1
- 101700045377 mvp1 Proteins 0.000 description 1
- 201000005962 mycosis fungoide Diseases 0.000 description 1
- 201000009623 myopathy Diseases 0.000 description 1
- 201000003631 narcolepsy Diseases 0.000 description 1
- 239000006199 nebulizer Substances 0.000 description 1
- 210000000653 nervous system Anatomy 0.000 description 1
- 201000004931 neurofibromatosis Diseases 0.000 description 1
- 230000016273 neuron death Effects 0.000 description 1
- 230000017511 neuron migration Effects 0.000 description 1
- 201000008051 neuronal ceroid lipofuscinosis Diseases 0.000 description 1
- 210000002569 neurons Anatomy 0.000 description 1
- 239000003900 neurotrophic factor Substances 0.000 description 1
- 230000001264 neutralization Effects 0.000 description 1
- 229940021182 non-steroidal anti-inflammatory drugs Drugs 0.000 description 1
- 239000012457 nonaqueous media Substances 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 230000000414 obstructive Effects 0.000 description 1
- 239000002674 ointment Substances 0.000 description 1
- 201000003497 olivopontocerebellar atrophy Diseases 0.000 description 1
- 230000003204 osmotic Effects 0.000 description 1
- 201000008968 osteosarcoma Diseases 0.000 description 1
- 239000007800 oxidant agent Substances 0.000 description 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 1
- MYMOFIZGZYHOMD-UHFFFAOYSA-N oxygen Chemical compound O=O MYMOFIZGZYHOMD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000010198 papillary carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000001314 paroxysmal Effects 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 230000000149 penetrating Effects 0.000 description 1
- ONTNXMBMXUNDBF-UHFFFAOYSA-N pentatriacontane-17,18,19-triol Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCC(O)C(O)C(O)CCCCCCCCCCCCCCCC ONTNXMBMXUNDBF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000737 periodic Effects 0.000 description 1
- 201000007923 peripheral T-cell lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 201000007188 pervasive developmental disease Diseases 0.000 description 1
- 238000005020 pharmaceutical industry Methods 0.000 description 1
- 230000000144 pharmacologic effect Effects 0.000 description 1
- VYMDGNCVAMGZFE-UHFFFAOYSA-N phenylbutazonum Chemical compound O=C1C(CCCC)C(=O)N(C=2C=CC=CC=2)N1C1=CC=CC=C1 VYMDGNCVAMGZFE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004437 phosphorous atoms Chemical group 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000000865 phosphorylative Effects 0.000 description 1
- RLCKHJSFHOZMDR-UHFFFAOYSA-N phytanic acid Chemical compound CC(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)CC(O)=O RLCKHJSFHOZMDR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000467 phytic acid Substances 0.000 description 1
- 235000002949 phytic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000000049 pigment Substances 0.000 description 1
- 201000004123 pineal gland cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000000902 placebo Substances 0.000 description 1
- 229940068196 placebo Drugs 0.000 description 1
- 229920000728 polyester Polymers 0.000 description 1
- 229920000570 polyether Polymers 0.000 description 1
- 229920000155 polyglutamine Polymers 0.000 description 1
- 108010040003 polyglutamine Proteins 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 150000004804 polysaccharides Polymers 0.000 description 1
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- 230000023603 positive regulation of transcription initiation, DNA-dependent Effects 0.000 description 1
- 229960003101 pranoprofen Drugs 0.000 description 1
- 229960004618 prednisone Drugs 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 201000009395 primary hyperaldosteronism Diseases 0.000 description 1
- 230000000861 pro-apoptotic Effects 0.000 description 1
- 229960000624 procarbazine Drugs 0.000 description 1
- 230000005522 programmed cell death Effects 0.000 description 1
- 230000000750 progressive Effects 0.000 description 1
- 201000002212 progressive supranuclear palsy Diseases 0.000 description 1
- 230000000069 prophylaxis Effects 0.000 description 1
- 238000000575 proteomic Methods 0.000 description 1
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 description 1
- 150000003230 pyrimidines Chemical class 0.000 description 1
- 238000000163 radioactive labelling Methods 0.000 description 1
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 239000000018 receptor agonist Substances 0.000 description 1
- 230000002829 reduced Effects 0.000 description 1
- 238000006722 reduction reaction Methods 0.000 description 1
- 201000001947 reflex sympathetic dystrophy Diseases 0.000 description 1
- 238000007634 remodeling Methods 0.000 description 1
- 108091007521 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 201000000582 retinoblastoma Diseases 0.000 description 1
- 230000001177 retroviral Effects 0.000 description 1
- 201000009410 rhabdomyosarcoma Diseases 0.000 description 1
- 239000002342 ribonucleoside Substances 0.000 description 1
- 229910052594 sapphire Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010980 sapphire Substances 0.000 description 1
- 238000009738 saturating Methods 0.000 description 1
- 238000010187 selection method Methods 0.000 description 1
- 201000010208 seminoma Diseases 0.000 description 1
- 229960001153 serine Drugs 0.000 description 1
- 230000001743 silencing Effects 0.000 description 1
- 125000005373 siloxane group Chemical group [SiH2](O*)* 0.000 description 1
- 201000002859 sleep apnea Diseases 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 235000019812 sodium carboxymethyl cellulose Nutrition 0.000 description 1
- 229920001027 sodium carboxymethylcellulose Polymers 0.000 description 1
- 229910001415 sodium ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 159000000000 sodium salts Chemical class 0.000 description 1
- QLNOOKSBAYIHQI-SKZICHJRSA-M sodium;2,3-dihydroxypropyl [(2R)-2,3-di(tetradecanoyloxy)propyl] phosphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCCC(=O)OC[C@H](COP([O-])(=O)OCC(O)CO)OC(=O)CCCCCCCCCCCCC QLNOOKSBAYIHQI-SKZICHJRSA-M 0.000 description 1
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000600 sorbitol Substances 0.000 description 1
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- REYJJPSVUYRZGE-UHFFFAOYSA-N stearylamine Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCCCN REYJJPSVUYRZGE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003431 steroids Chemical class 0.000 description 1
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 1
- 201000011549 stomach cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000002739 subcortical Effects 0.000 description 1
- 239000007929 subcutaneous injection Substances 0.000 description 1
- 238000005670 sulfation reaction Methods 0.000 description 1
- 150000003456 sulfonamides Chemical group 0.000 description 1
- 150000003457 sulfones Chemical group 0.000 description 1
- 150000003462 sulfoxides Chemical class 0.000 description 1
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N sulfur Chemical compound [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011593 sulfur Substances 0.000 description 1
- 230000002459 sustained Effects 0.000 description 1
- 230000002195 synergetic Effects 0.000 description 1
- 235000020357 syrup Nutrition 0.000 description 1
- 239000006188 syrup Substances 0.000 description 1
- 229930003347 taxol Natural products 0.000 description 1
- 201000003120 testicular cancer Diseases 0.000 description 1
- 235000019364 tetracycline Nutrition 0.000 description 1
- 150000003536 tetrazoles Chemical class 0.000 description 1
- 125000003831 tetrazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229960002898 threonine Drugs 0.000 description 1
- 201000002510 thyroid cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000003860 topical agent Substances 0.000 description 1
- 229940083878 topical for treatment of hemorrhoids and anal fissures Corticosteroids Drugs 0.000 description 1
- 229960000303 topotecan Drugs 0.000 description 1
- 230000002588 toxic Effects 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 1
- 108020003112 toxins Proteins 0.000 description 1
- 230000035916 transactivation Effects 0.000 description 1
- 201000010875 transient cerebral ischemia Diseases 0.000 description 1
- LXZZYRPGZAFOLE-UHFFFAOYSA-L transplatin Chemical compound [H][N]([H])([H])[Pt](Cl)(Cl)[N]([H])([H])[H] LXZZYRPGZAFOLE-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 230000000472 traumatic Effects 0.000 description 1
- 125000002221 trityl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1C([*])(C1=C(C(=C(C(=C1[H])[H])[H])[H])[H])C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- 210000004881 tumor cells Anatomy 0.000 description 1
- 241001529453 unidentified herpesvirus Species 0.000 description 1
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 1
- 230000003827 upregulation Effects 0.000 description 1
- 201000005112 urinary bladder cancer Diseases 0.000 description 1
- 229960004295 valine Drugs 0.000 description 1
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 1
- 230000002861 ventricular Effects 0.000 description 1
- JXLYSJRDGCGARV-XQKSVPLYSA-N vincaleukoblastine Chemical compound C([C@@H](C[C@]1(C(=O)OC)C=2C(=CC3=C([C@]45[C@H]([C@@]([C@H](OC(C)=O)[C@]6(CC)C=CCN([C@H]56)CC4)(O)C(=O)OC)N3C)C=2)OC)C[C@@](C2)(O)CC)N2CCC2=C1NC1=CC=CC=C21 JXLYSJRDGCGARV-XQKSVPLYSA-N 0.000 description 1
- OGWKCGZFUXNPDA-XQKSVPLYSA-N vincristine Chemical compound C([N@]1C[C@@H](C[C@]2(C(=O)OC)C=3C(=CC4=C([C@]56[C@H]([C@@]([C@H](OC(C)=O)[C@]7(CC)C=CCN([C@H]67)CC5)(O)C(=O)OC)N4C=O)C=3)OC)C[C@@](C1)(O)CC)CC1=C2NC2=CC=CC=C12 OGWKCGZFUXNPDA-XQKSVPLYSA-N 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
- 208000006542 von Hippel-Lindau Disease Diseases 0.000 description 1
- 230000003442 weekly Effects 0.000 description 1
- 239000000811 xylitol Substances 0.000 description 1
- 235000010447 xylitol Nutrition 0.000 description 1
- HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N zinc Chemical compound [Zn] HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011701 zinc Substances 0.000 description 1
- 229910052725 zinc Inorganic materials 0.000 description 1
- SHZGCJCMOBCMKK-SXUWKVJYSA-N α-L-fucose Chemical compound C[C@@H]1O[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O SHZGCJCMOBCMKK-SXUWKVJYSA-N 0.000 description 1
Images
Abstract
Description
ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИFIELD OF TECHNOLOGY
[0001] Данная заявка испрашивает приоритет на основании предварительной заявки на патент США №61/334933, поданной 14 мая 2010 года, полное содержание которой включено в настоящее описание посредством ссылки.[0001] This application claims priority based on provisional application for US patent No. 61/334933, filed May 14, 2010, the full contents of which are incorporated into this description by reference.
[0002] Варианты реализации настоящего изобретения включают олигонуклеотиды, модулирующие экспрессию и/или функцию гена PAR4 и связанных с ним молекул.[0002] Embodiments of the present invention include oligonucleotides that modulate the expression and / or function of the PAR4 gene and its associated molecules.
УРОВЕНЬ ТЕХНИКИBACKGROUND
[0003] Гибридизация ДНК-РНК и РНК-РНК важна для многих аспектов функционирования нуклеиновых кислот, включая репликацию ДНК, транскрипцию и трансляцию. Процесс гибридизации также является основным во множестве технологий, которые позволяют либо обнаруживать конкретную нуклеиновую кислоту, либо изменять ее экспрессию. Антисмысловые нуклеотиды, например, нарушают экспрессию генов за счет гибридизации с РНК-мишенью, таким образом препятствуя сплайсингу РНК, транскрипции, трансляции и репликации. Антисмысловая ДНК обладает дополнительной особенностью, заключающейся в том, что гибриды ДНК-РНК выступают в качестве субстрата для ферментативного расщепления рибонуклеазой Н, активность которой присутствует в большинстве типов клеток. Антисмысловые молекулы могут быть доставлены в клетки, как в случае для олигодезоксинуклеотидов (ОДН), или они могут представлять собой продукты экспрессии эндогенных генов в виде молекул РНК. Недавно Федеральное агентство по контролю за лекарственными средствами США (FDA) одобрило антисмысловое лекарственное средство, Витравен (VITRAVENE™) (для лечения цитомегаловирусного ретинита), что отражает полезность этого антисмыслового препарата для терапевтических целей.[0003] Hybridization of DNA-RNA and RNA-RNA is important for many aspects of the functioning of nucleic acids, including DNA replication, transcription and translation. The hybridization process is also fundamental in many technologies that allow either the detection of a specific nucleic acid or altering its expression. Antisense nucleotides, for example, disrupt gene expression due to hybridization with the target RNA, thereby interfering with RNA splicing, transcription, translation and replication. Antisense DNA has the additional feature that DNA-RNA hybrids act as a substrate for enzymatic cleavage by ribonuclease H, the activity of which is present in most cell types. Antisense molecules can be delivered to cells, as is the case for oligodeoxynucleotides (ONE), or they can be the products of expression of endogenous genes in the form of RNA molecules. The US Federal Drug Control Agency (FDA) recently approved an antisense drug, Vitravene ™ (for the treatment of cytomegalovirus retinitis), which reflects the usefulness of this antisense drug for therapeutic purposes.
КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯSUMMARY OF THE INVENTION
[0004] Настоящее краткое описание предлагает краткое описание настоящего изобретения с той целью, чтобы вкратце обозначить предмет и сущность настоящего изобретения. Краткое описание представляют с пониманием того, что его не следует применять для толкования или ограничения объема или смыслового содержания формулы изобретения.[0004] This brief description provides a brief description of the present invention in order to briefly describe the subject and essence of the present invention. A brief description is presented with the understanding that it should not be used to interpret or limit the scope or meaning of the claims.
[0005] В одном варианте реализации согласно изобретению предложены способы для ингибирования действия природного антисмыслового транскрипта путем применения антисмыслового олигонуклеотида (олигонуклеотидов), нацеленного на любую области природного антисмыслового транскрипта, приводящего к увеличению экспрессии соответствующего смыслового гена. Авторы настоящей заявки также предполагают, что ингибирование природного антисмыслового транскрипта может быть достигнуто с помощью малых интерферирующих РНК (миРНК), рибозимов и малых молекул, рассматриваемых в рамках настоящего изобретения.[0005] In one embodiment, the invention provides methods for inhibiting the action of a natural antisense transcript by using an antisense oligonucleotide (oligonucleotides) targeting any region of a natural antisense transcript, leading to increased expression of the corresponding sense gene. The authors of this application also suggest that inhibition of the natural antisense transcript can be achieved using small interfering RNAs (siRNAs), ribozymes, and small molecules contemplated by the present invention.
[0006] Согласно одному варианту реализации предложен способ модулирования функции и/или экспрессии полинуклеотида PAR4 в клетках или тканях пациента in vivo или in vitro, включающий осуществление контакта указанных клеток или тканей с антисмысловым олигонуклеотидом длиной от 5 до 30 нуклеотидов, при этом указанный олигонуклеотид имеет по меньшей мере 50% идентичность последовательности с последовательностью, которая представляет собой обратный комплемент полинуклеотида, содержащего от 5 до 30 последовательных нуклеотидов в пределах нуклеотидов 1-354, соответствующих SEQ ID NO:2, что приводит к модулированию функции и/или экспрессии полинуклеотида PAR4 в клетках или тканях пациента in vivo или in vitro.[0006] According to one embodiment, a method for modulating the function and / or expression of a PAR4 polynucleotide in a patient’s cells or tissues in vivo or in vitro, comprising contacting said cells or tissues with an antisense oligonucleotide of 5 to 30 nucleotides in length, wherein said oligonucleotide has at least 50% sequence identity with a sequence that is the reverse complement of a polynucleotide containing 5 to 30 consecutive nucleotides within nucleotides 1-354 corresponding to SEQ ID NO: 2, which leads to modulation of the function and / or expression of the PAR4 polynucleotide in the cells or tissues of the patient in vivo or in vitro.
[0007] В одном варианте реализации олигонуклеотид нацелен на природную антисмысловую последовательность для полинуклеотида PAR4, например, против нуклеотидов, указанных в последовательности, соответствующей SEQ ID NOS:2, и любых вариантов, аллелей, гомологов, мутантов, производных, фрагментов и последовательностей, которые представляют собой их комплемент. Примеры антисмысловых олигонуклеотидов указаны в виде последовательностей, соответствующих SEQ ID NOS:3-9.[0007] In one embodiment, the oligonucleotide targets a natural antisense sequence for the PAR4 polynucleotide, for example, against nucleotides indicated in the sequence corresponding to SEQ ID NOS: 2, and any variants, alleles, homologs, mutants, derivatives, fragments and sequences that represent their complement. Examples of antisense oligonucleotides are indicated as sequences corresponding to SEQ ID NOS: 3-9.
[0008] Согласно другому варианту реализации предложен способ модулирования функции и/или экспрессии полинуклеотида PAR4 в клетках или тканях пациента in vivo или in vitro, включающий осуществление контакта указанных клеток или тканей с антисмысловым олигонуклеотидом длиной от 5 до 30 нуклеотидов, при этом указанный олигонуклеотид имеет по меньшей мере 50% идентичность последовательности с последовательностью, которая представляет собой обратный комплемент антисмысловой последовательности для полинуклеотида PAR4; что приводит к модулированию функции и/или экспрессии полинуклеотида PAR4 в клетках или тканях пациента in vivo или in vitro.[0008] According to another embodiment, a method for modulating the function and / or expression of a PAR4 polynucleotide in a patient’s cells or tissues in vivo or in vitro, comprising contacting said cells or tissues with an antisense oligonucleotide of 5 to 30 nucleotides in length, said oligonucleotide having at least 50% sequence identity with a sequence that is the reverse complement of the antisense sequence for the PAR4 polynucleotide; resulting in modulation of the function and / or expression of the PAR4 polynucleotide in the cells or tissues of the patient in vivo or in vitro.
[0009] Согласно другому варианту реализации предложен способ модулирования функции и/или экспрессии полинуклеотида PAR4 в клетках или тканях пациента in vivo или in vitro, включающий осуществление контакта указанных клеток или тканей с антисмысловым олигонуклеотидом длиной от 5 до 30 нуклеотидов, при этом указанный олигонуклеотид имеет по меньшей мере 50% идентичность последовательности с антисмысловым олигонуклеотидом для антисмыслового полинуклеотида гена PAR4; что приводит к модулированию функции и/или экспрессии полинуклеотида PAR4 в клетках или тканях пациента in vivo или in vitro.[0009] According to another embodiment, a method for modulating the function and / or expression of a PAR4 polynucleotide in a patient’s cells or tissues in vivo or in vitro, comprising contacting said cells or tissues with an antisense oligonucleotide of 5 to 30 nucleotides in length, said oligonucleotide having at least 50% sequence identity with the antisense oligonucleotide for the antisense polynucleotide of the PAR4 gene; resulting in modulation of the function and / or expression of the PAR4 polynucleotide in the cells or tissues of the patient in vivo or in vitro.
[0010] В одном варианте реализации композиция содержит один или более антисмысловых олигонуклеотидов, которые связываются со смысловыми и/или антисмысловыми полинуклеотидами гена PAR4.[0010] In one embodiment, the composition comprises one or more antisense oligonucleotides that bind to sense and / or antisense polynucleotides of the PAR4 gene.
[0011] В одном варианте реализации олигонуклеотиды содержат один или более модифицированных или замещенных нуклеотидов.[0011] In one embodiment, the oligonucleotides comprise one or more modified or substituted nucleotides.
[0012] В одном варианте реализации олигонуклеотиды содержат одну или более модифицированных связей.[0012] In one embodiment, the oligonucleotides comprise one or more modified bonds.
[0013] В еще одном варианте реализации модифицированные нуклеотиды содержат модифицированные основания, включая молекулы фосфотиоатных, метилфосфонатных производных нуклеиновых кислот, пептидо-нуклеиновых кислот, 2'-O-метил-, фтор- или углерод-, метилен- или других закрытых нуклеиновых кислот (ЗНК; locked nucleic acids, LNA). Предпочтительно, модифицированные нуклеотиды представляют собой молекулы закрытых нуклеиновых кислот, включая ЗНК с α-L-рибо-конфигурацией (α-L-ЗНК).[0013] In another embodiment, the modified nucleotides comprise modified bases, including molecules of phosphothioate, methylphosphonate derivatives of nucleic acids, peptidic nucleic acids, 2'-O-methyl, fluoro or carbon, methylene or other closed nucleic acids ( ZNA; locked nucleic acids, LNA). Preferably, the modified nucleotides are closed nucleic acid molecules, including α-L-ribo configurations (α-L-LNAs).
[0014] В одном варианте реализации олигонуклеотиды вводят пациенту подкожно, внутримышечно, внутривенно или интраперитонеально.[0014] In one embodiment, the oligonucleotides are administered to the patient subcutaneously, intramuscularly, intravenously or intraperitoneally.
[0015] В одном варианте реализации олигонуклеотиды вводят в составе фармацевтической композиции. Схема лечения включает по меньшей мере однократное введение антисмысловых соединений пациенту; однако, это лечение может быть модифицировано до введения многократных доз в течение некоторого периода времени. Лечение может быть объединено с одним или более другими типами терапии.[0015] In one embodiment, the oligonucleotides are administered in a pharmaceutical composition. The treatment regimen includes at least a single administration of antisense compounds to a patient; however, this treatment may be modified prior to the administration of multiple doses over a period of time. Treatment may be combined with one or more other types of therapy.
[0016] В одном варианте реализации олигонуклеотиды инкапсулированы в липосому или присоединены к молекуле-носителю (например, холестерину, ТАТ-пептиду).[0016] In one embodiment, the oligonucleotides are encapsulated in a liposome or attached to a carrier molecule (eg, cholesterol, TAT peptide).
[0017] Другие аспекты описаны ниже.[0017] Other aspects are described below.
КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ЧЕРТЕЖЕЙBRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS
[0018] Фигура 1 иллюстрирует кратность изменения и стандартное отклонение числа копий мРНК гена PAR4 в клетках HepG2 через 48 часов после обработки олигонуклеотидами, содержащими фосфотиоатные группы, вводимыми с применением агента для трансфекции Липофектамин 2000 (Lipofectamine 2000), по сравнению с контролем. Результаты анализов методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) в режиме реального времени свидетельствуют о том, что уровни мРНК гена PAR4 в клетках HepG2 значимо повышаются через 48 часов после обработки двумя из всех тестируемых олигонуклеотидов, нацеленных на антисмысловую последовательности jortybo.aApr07 для гена PAR4. Столбцы диаграммы, обозначенные как CUR-1564 - CUR-1570, соответствуют образцам, обработанным олигонуклеотидами, соответствующими SEQ ID NOS:3-9, соответственно.[0018] Figure 1 illustrates the fold and standard deviation of the number of copies of the PAR4 gene mRNA in HepG2 cells 48 hours after treatment with oligonucleotides containing phosphothioate groups introduced using the Lipofectamine 2000 transfection agent (Lipofectamine 2000), compared to the control. Real-time polymerase chain reaction (PCR) analysis results indicate that PAR4 mRNA levels in HepG2 cells significantly increase 48 hours after treatment with two of all tested oligonucleotides that target the jortybo.aApr07 antisense sequence for the PAR4 gene. The columns of the diagram designated as CUR-1564 to CUR-1570 correspond to samples treated with oligonucleotides corresponding to SEQ ID NOS: 3-9, respectively.
[0019] Фигура 2 иллюстрирует кратность изменения и стандартное отклонение числа копий мРНК гена PAR4 в клетках А549 через 48 часов после обработки олигонуклеотидами, содержащими фосфотиоатные группы, вводимыми с применением агента для трансфекции Липофектамин 2000, по сравнению с контролем. Результаты анализов методом ПЦР в режиме реального времени свидетельствуют о том, что уровни мРНК гена PAR4 в клетках А549 значимо повышаются через 48 часов после обработки олигонуклеотидом CUR-1566, нацеленным на антисмысловую последовательность jortybo.aApr07 для гена PAR4. Столбец диаграммы, обозначенный как CUR-1566, соответствует образцу, обработанному олигонуклеотидом, соответствующим SEQ ID NO:5.[0019] Figure 2 illustrates the fold and standard deviation of the number of copies of the PAR4 gene mRNA in A549 cells 48 hours after treatment with oligonucleotides containing phosphothioate groups administered using the Lipofectamine 2000 transfection agent compared to the control. Real-time PCR analyzes indicate that the PAR4 gene mRNA levels in A549 cells significantly increase 48 hours after treatment with the CUR-1566 oligonucleotide, which targets the jortybo.aApr07 antisense sequence for the PAR4 gene. The column of the diagram designated as CUR-1566 corresponds to a sample treated with an oligonucleotide corresponding to SEQ ID NO: 5.
[0020] Фигура 3 иллюстрирует увеличение уровня апоптоза в клетках HEK293 через 48 часов после обработки олигонуклеотидом CUR-1566, вводимым с применением агента для трансфекции Липофектамин 2000, по сравнению с контролем. Столбец диаграммы, обозначенный как CUR-1566, соответствует образцу, обработанному олигонуклеотидом, соответствующим SEQ ID NO:5.[0020] Figure 3 illustrates the increase in apoptosis in HEK293 cells 48 hours after treatment with CUR-1566 oligonucleotide administered using the Lipofectamine 2000 transfection agent compared to the control. The column of the diagram designated as CUR-1566 corresponds to a sample treated with an oligonucleotide corresponding to SEQ ID NO: 5.
[0021] Фигура 4 иллюстрирует увеличение уровня апоптоза в кератиноцитах через 48 часов после обработки олигонуклеотидом CUR-1566, вводимым с применением агента для трансфекции Липофектамин 2000, по сравнению с контролем. Столбец диаграммы, обозначенный как CUR-1566, соответствует образцу, обработанному олигонуклеотидом, соответствующим SEQ ID NO:5.[0021] Figure 4 illustrates the increase in the level of apoptosis in keratinocytes 48 hours after treatment with the CUR-1566 oligonucleotide administered using the Lipofectamine 2000 transfection agent compared to the control. The column of the diagram designated as CUR-1566 corresponds to a sample treated with an oligonucleotide corresponding to SEQ ID NO: 5.
[0022] Фигура 5 иллюстрирует увеличение уровня апоптоза в клетках HepG2 через 48 часов после обработки олигонуклеотидами, содержащими фосфотиоатные группы, вводимыми с применением агента для трансфекции Липофектамин 2000, по сравнению с контролем. Столбцы диаграммы, обозначенные как CUR-1565, CUR-1566 и CUR-1568, соответствуют образцам, обработанным олигонуклеотидами, соответствующими SEQ ID NO:4, 5 и 7.[0022] Figure 5 illustrates the increase in apoptosis in HepG2 cells 48 hours after treatment with oligonucleotides containing phosphotioate groups administered using the Lipofectamine 2000 transfection agent compared to the control. The columns of the diagram designated as CUR-1565, CUR-1566 and CUR-1568 correspond to samples treated with oligonucleotides corresponding to SEQ ID NO: 4, 5 and 7.
[0023] Фигура 6 иллюстрирует увеличение уровня апоптоза в клетках MCF-7 через 48 часов после обработки олигонуклеотидом CUR-1566, вводимым с применением агента для трансфекции Липофектамин 2000, по сравнению с контролем. Столбцы диаграммы, обозначенные как CUR-1565, CUR-1566 и CUR-1568, соответствуют образцам, обработанным олигонуклеотидами, соответствующими SEQ ID NO:4, 5 и 7.[0023] Figure 6 illustrates the increase in the level of apoptosis in MCF-7 cells 48 hours after treatment with the CUR-1566 oligonucleotide administered using the Lipofectamine 2000 transfection agent compared to the control. The columns of the diagram designated as CUR-1565, CUR-1566 and CUR-1568 correspond to samples treated with oligonucleotides corresponding to SEQ ID NO: 4, 5 and 7.
[0024] Описание Перечня последовательностей - SEQ ID NO:1: Регулятор протеинкиназы С (PRKC), апоптоза, белка-супрессора опухоли Вильмса (WT1) человека (PAWR), мРНК (номер последовательности в базе данных NCBI (Национального центра биотехнологической информации США): NM_002583); SEQ ID NO:2: Природная антисмысловая последовательность (jortybo.aApr07) для гена PAR4; SEQ ID NOs:3-9: Антисмысловые олигонуклеотиды. Символ "*" обозначает фосфотиоатную связь.[0024] Description of the Sequence Listing - SEQ ID NO: 1: Regulator of protein kinase C (PRKC), apoptosis, human Wilms tumor suppressor protein (WT1) (PAWR), mRNA (sequence number in the NCBI database (National Center for Biotechnological Information, USA) : NM_002583); SEQ ID NO: 2: Natural antisense sequence (jortybo.aApr07) for the PAR4 gene; SEQ ID NOs: 3-9: Antisense Oligonucleotides. The symbol "*" indicates a phosphotioate bond.
ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕDETAILED DESCRIPTION
[0025] Некоторые аспекты изобретения описаны ниже со ссылкой на примеры применения для иллюстрации. Следует понимать, что многочисленные конкретные детали, связи и способы приведены с целью обеспечения полного понимания изобретения. Однако специалист в данной области техники без труда обнаружит, что изобретение может быть применено на практике без одной или более конкретных деталей или с другими способами. Настоящее изобретение не ограничивается упорядочиванием действий или событий, так как некоторые действия могут быть осуществлены в разных порядках и/или одновременно с другими действиями или событиями. Кроме того, не все проиллюстрированные действия или события требуются для реализации методологии в соответствии с настоящим изобретением.[0025] Some aspects of the invention are described below with reference to examples of use for illustration. It should be understood that numerous specific details, communications, and methods are provided in order to provide a thorough understanding of the invention. However, one skilled in the art will readily find that the invention can be practiced without one or more specific details or with other methods. The present invention is not limited to the ordering of actions or events, as some actions can be carried out in different orders and / or simultaneously with other actions or events. In addition, not all illustrated acts or events are required to implement a methodology in accordance with the present invention.
[0026] Все гены, названия генов и продукты генов, описанные в настоящей заявке, соответствуют гомологам из организмов любых видов, для которых применимы композиции и способы, предложенные в настоящей заявке. Таким образом, данные термины включают, но без ограничения, гены и генные продукты из организмов людей и мышей. Понимают, что, когда предложен ген или продукт гена из организма конкретного вида, этот элемент изобретения представлен исключительно в качестве примера, и его не следует истолковывать как ограничение, если контекст, в котором он появляется, ясно не предписывает иное. Соответственно, например, гены, описанные в настоящей заявке, которые в некоторых вариантах реализации относятся к нуклеиновым кислотам и аминокислотным последовательностям млекопитающих, охватывают гомологичные и/или ортологичные гены и продукты генов из организмов других животных, включая, но без ограничения, других млекопитающих, рыб, земноводных, пресмыкающихся и птиц. В одном варианте реализации гены или нуклеотидные последовательности представляют собой гены или последовательности человека.[0026] All genes, gene names, and gene products described herein correspond to homologs from organisms of any species for which the compositions and methods provided herein are applicable. Thus, these terms include, but are not limited to, genes and gene products from humans and mice. It is understood that when a gene or gene product from a particular species is proposed, this element of the invention is provided solely as an example, and should not be construed as limiting unless the context in which it appears clearly requires otherwise. Accordingly, for example, the genes described in this application, which in some embodiments relate to the nucleic acids and amino acid sequences of mammals, encompass homologous and / or orthologous genes and gene products from organisms of other animals, including, but not limited to, other mammals, fish amphibians, reptiles and birds. In one embodiment, the genes or nucleotide sequences are human genes or sequences.
ОпределенияDefinitions
[0027] Терминология, применяемая в настоящей заявке, служит исключительно для описания конкретных вариантов реализации и не ограничивает изобретение. В настоящей заявке неопределенная и определенная формы единственного числа также включают множественные формы, если контекст ясно не предписывает иное. Кроме того, в той мере, в какой термины "включающий", "включает", "имеющий", "имеет", "с" или их варианты применяют в подробном описании и/или формуле изобретения, такие термины подразумевают включение в себя подобно термину "содержащий".[0027] The terminology used in this application serves solely to describe specific embodiments and does not limit the invention. In the present application, the indefinite and definite singular forms also include the plural forms unless the context clearly dictates otherwise. In addition, to the extent that the terms “including,” “includes,” “having,” “has,” “c,” or variants thereof are used in the detailed description and / or claims, such terms are intended to include, like the term "containing".
[0028] Термин "примерно" или "приблизительно" обозначает нахождение внутри диапазона приемлемой погрешности для конкретной величины, определенного специалистом в данной области техники, который будет зависеть отчасти от того, каким образом величину измеряют или определяют, т.е. от ограничений измерительной системы. Например, термин "примерно" может означать, что величина находится в пределах 1 или более чем 1 стандартного отклонения, как показывает практика в данной области техники. Альтернативно, термин "примерно" может означать диапазон погрешности, составляющий вплоть до 20%, предпочтительно вплоть до 10%, более предпочтительно вплоть до 5% и еще наиболее предпочтительно вплоть до 1% от заданной величины. Альтернативно, применительно к биологическим системам или процессам, термин может означать нахождение в пределах порядка величины, предпочтительно в пределах пятикратного значения и более предпочтительно двукратного значения величины. В тех случаях, когда в заявке и формуле изобретения приведены конкретные значения, то, если не указано иное, следует предполагать термин "примерно", обозначающий нахождение внутри диапазона приемлемой погрешности для конкретной величины.[0028] The term “about” or “approximately” means that an acceptable error is within a range for a specific quantity determined by one of ordinary skill in the art, which will depend in part on how the quantity is measured or determined, i.e. from the limitations of the measuring system. For example, the term “about” may mean that the value is within 1 or more than 1 standard deviation, as practice in the art shows. Alternatively, the term “about” may mean an error range of up to 20%, preferably up to 10%, more preferably up to 5% and even more preferably up to 1% of a predetermined value. Alternatively, with respect to biological systems or processes, the term may mean being within an order of magnitude, preferably within a fivefold value and more preferably a twofold value. In those cases where specific values are given in the application and claims, then unless otherwise indicated, the term "about" should be assumed to mean that the acceptable error is within a range for a specific value.
[0029] В настоящей заявке термин "мРНК" обозначает известный на настоящий момент мРНК-транскрипт(ы) гена-мишени и любые дополнительные транскрипты, происхождение которых может быть объяснено.[0029] In the present application, the term "mRNA" refers to the currently known mRNA transcript (s) of the target gene and any additional transcripts whose origin can be explained.
[0030] С помощью терминов "антисмысловые олигонуклеотиды" или "антисмысловое соединение" обозначают молекулу РНК или ДНК, которая связывается с другой РНК или ДНК (РНК-, ДНК-мишенью). Например, если антисмысловое соединение представляет собой олигорибонуклеотид, оно связывается с другой РНК-мишенью за счет РНК-РНК-взаимодействий и изменяет активность РНК-мишени. Антисмысловой олигонуклеотид может увеличивать или подавлять экспрессию и/или функцию конкретного полинуклеотида. Определение включает любую чужеродную молекулу ДНК или РНК, подходящую с терапевтической, диагностической или другой точки зрения. Такие молекулы включают, например, молекулы антисмысловых ДНК или РНК, молекулы интерферирующих РНК (РНКи), микроРНК, ложных РНК, миРНК, ферментативные РНК, РНК, применяемые в исправляющей терапии, и РНК, имеющие свойства агонистов и антагонистов, антисмысловые олигомерные соединения, антисмысловые олигонуклеотиды, олигонуклеотиды внешней направляющей последовательности (EGS), сплайс-варианты, праймеры, зонды и другие олигомерные соединения, которые гибридизуются с по меньшей мере частью нуклеиновой кислоты-мишени. В связи с этим данные соединения могут быть введены в форме одноцепочечных, двухцепочечных, частично одноцепочечных или кольцевых олигомерных соединений.[0030] Using the terms "antisense oligonucleotides" or "antisense compound" refers to an RNA or DNA molecule that binds to another RNA or DNA (target RNA, DNA). For example, if the antisense compound is an oligoribonucleotide, it binds to another target RNA through RNA-RNA interactions and changes the activity of the target RNA. An antisense oligonucleotide may enhance or inhibit the expression and / or function of a particular polynucleotide. The definition includes any foreign DNA or RNA molecule that is suitable from a therapeutic, diagnostic or other point of view. Such molecules include, for example, antisense DNA or RNA molecules, interfering RNA (RNAi) molecules, microRNAs, mock RNAs, siRNAs, enzymatic RNAs, RNAs used in corrective therapy, and RNAs having the properties of agonists and antagonists, antisense oligomeric compounds, antisense oligonucleotides, oligonucleotides of an external guide sequence (EGS), splice variants, primers, probes, and other oligomeric compounds that hybridize with at least a portion of the target nucleic acid. In this regard, these compounds can be introduced in the form of single-chain, double-stranded, partially single-stranded or ring oligomeric compounds.
[0031] В контексте настоящего изобретения термин "олигонуклеотид" относится к олигомеру или полимеру рибонуклеиновой кислоты (РНК) или дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) или их миметикам. Термин "олигонуклеотид" также включает линейные или кольцевые олигомеры природных и/или модифицированных мономеров или связей, включая дезоксирибонуклеозиды, рибонуклеозиды, их замещенные и альфа-аномерные формы, пептидо-нуклеиновые кислоты (ПНК), закрытые нуклеиновые кислоты (ЗНК; locked nucleic acids, LNA), фосфотиоатные, метилфосфонатные производные и т.п. Олигонуклеотиды способны к специфическому связыванию с полинуклеотидом-мишенью за счет регулярных взаимодействий между мономерными звеньями, такими как Уотсон-Криковский тип спаривания оснований, Хугстиновский или обратный Хугстиновский типы спаривания оснований и т.п.[0031] In the context of the present invention, the term "oligonucleotide" refers to an oligomer or polymer of ribonucleic acid (RNA) or deoxyribonucleic acid (DNA) or their mimetics. The term “oligonucleotide” also includes linear or ring oligomers of natural and / or modified monomers or bonds, including deoxyribonucleosides, ribonucleosides, their substituted and alpha-anomeric forms, peptide nucleic acids (PNAs), closed nucleic acids (LNAs), locked nucleic acids, LNA), phosphothioate, methylphosphonate derivatives and the like. Oligonucleotides are capable of specific binding to the target polynucleotide due to regular interactions between monomeric units, such as the Watson-Cricova type of base pairing, the Hoogsteen or reverse Hoogsteen type of base pairing, etc.
[0032] Олигонуклеотид может быть "химерным", то есть составленным из разных областей. В контексте настоящего изобретения "химерные" соединения представляют собой олигонуклеотиды, которые содержат две или более химически отличные области, например, область (области) ДНК, область (области) РНК, область (области) ПНК и т.д. Каждая химически отличная область состоит из по меньшей мере одной мономерной единицы, т.е. нуклеотида в случае олигонуклеотидного соединения. Эти олигонуклеотиды, как правило, содержат по меньшей мере одну область, в которой олигонуклеотид модифицирован с целью проявления одного или более желаемых свойств. Желаемые свойства олигонуклеотида включают, но без ограничения, например, повышенную устойчивость к деградации нуклеазами, повышенное клеточное поглощение и/или повышенную способность к связыванию с нуклеиновой кислотой-мишенью. Разные области олигонуклеотида могут, таким образом, обладать разными свойствами. Химерные олигонуклеотиды согласно настоящему изобретению могут быть получены в виде смешанных структур из двух или более олигонуклеотидов, модифицированных олигонуклеотидов, олигонуклеозидов и/или аналогов олигонуклеотидов, описанных выше.[0032] The oligonucleotide may be "chimeric", that is, composed of different regions. In the context of the present invention, “chimeric” compounds are oligonucleotides that contain two or more chemically distinct regions, for example, a region (s) of DNA, a region (s) of RNA, a region (s) of PNA, etc. Each chemically distinct region consists of at least one monomer unit, i.e. nucleotide in the case of an oligonucleotide compound. These oligonucleotides typically contain at least one region in which the oligonucleotide is modified to exhibit one or more desired properties. Desired oligonucleotide properties include, but are not limited to, for example, increased resistance to degradation by nucleases, increased cellular uptake, and / or increased ability to bind to a target nucleic acid. Different regions of an oligonucleotide may thus have different properties. Chimeric oligonucleotides according to the present invention can be obtained in the form of mixed structures from two or more oligonucleotides, modified oligonucleotides, oligonucleosides and / or analogs of the oligonucleotides described above.
[0033] Олигонуклеотид может быть составлен из областей, которые могут быть соединены в "ряд", то есть когда мономеры соединены последовательно, как в нативной ДНК, или соединены посредством спейсеров. Спейсеры формируют ковалентный "мостик" между областями и имеют в предпочтительных случаях длину, не превышающую примерно 100 углеродных атомов. Спейсеры могут иметь разные функциональные характеристики, например, нести положительный или отрицательный заряд, обладать свойствами специфичного связывания нуклеиновых кислот (интеркаляторы, вещества, связывающиеся с бороздками, токсины, флуорофоры и т.д.), быть липофильными, индуцировать образование специфических вторичных структур, как, например, аланинсодержащие пептиды, которые индуцируют образование альфа-спиралей.[0033] The oligonucleotide can be composed of regions that can be connected in a “row”, that is, when the monomers are connected in series, as in native DNA, or connected by spacers. Spacers form a covalent “bridge” between regions and, in preferred cases, have a length not exceeding about 100 carbon atoms. Spacers can have different functional characteristics, for example, carry a positive or negative charge, possess the properties of specific binding of nucleic acids (intercalators, substances that bind to grooves, toxins, fluorophores, etc.), be lipophilic, and induce the formation of specific secondary structures, such as for example, alanine-containing peptides that induce the formation of alpha helices.
[0034] В настоящей заявке термин "ген PAR4" включает все члены семейства, мутанты, аллели, фрагменты, виды, кодирующие и некодирующие последовательности, смысловые и антисмысловые полинуклеотидные цепи и т.д.[0034] In the present application, the term "PAR4 gene" includes all family members, mutants, alleles, fragments, species, coding and non-coding sequences, sense and antisense polynucleotide chains, etc.
[0035] В настоящем описании слова PAR4, par-4, Par-4, белок-регулятор протеинкиназы С (PRKC), апоптоза, белка-супрессора опухоли Вильмса (WT1), белок апоптозного ответа простаты 4 рассматривают как имеющие одно и то же значение в литературе и применяют взаимозаменяемо в настоящей заявке.[0035] In the present description, the words PAR4, par-4, Par-4, protein kinase C regulator protein (PRKC), apoptosis, Wilms tumor suppressor protein (WT1), prostate
[0036] В настоящей заявке термин "олигонуклеотид, специфичный к" или "олигонуклеотид, нацеленный на" относится к олигонуклеотиду, содержащему последовательность, (I) способную образовывать стабильный комплекс с частью гена-мишени или (ii) способную образовывать стабильный дуплекс с частью мРНК-транскрипта гена-мишени. Стабильность комплексов и дуплексов может быть определена посредством теоретических расчетов и/или анализов in vitro. Типовые анализы для определения стабильности гибридизационных комплексов и дуплексов описаны в Примерах ниже.[0036] As used herein, the term “oligonucleotide specific for” or “oligonucleotide aimed at” refers to an oligonucleotide containing a sequence (I) capable of forming a stable complex with a portion of a target gene or (ii) capable of forming a stable duplex with a portion of an mRNA transcript of the target gene. The stability of complexes and duplexes can be determined by theoretical calculations and / or in vitro analyzes. Typical assays for determining the stability of hybridization complexes and duplexes are described in the Examples below.
[0037] В настоящей заявке термин "нуклеиновая кислота-мишень" охватывает ДНК, РНК (содержащую пре-мРНК и мРНК), транскрибируемую с такой ДНК, и также кДНК, получаемую на матрице такой РНК, кодирующие, некодирующие последовательности, смысловые или антисмысловые полинуклеотиды. Специфическая гибридизация олигомерного соединения с его нуклеиновой кислотой-мишенью препятствует нормальной функции нуклеиновой кислоты. Это модулирование функции нуклеиновой кислоты-мишени с помощью соединений, которые специфически гибридизуются с последней, в общем случае называют "антисенс-технологией". Затрагиваемые функции ДНК включают, например, репликацию и транскрипцию. Затрагиваемые функции РНК включают все жизненно важные функции, такие как, например, транслокация РНК к месту трансляции белков, трансляция белков на матрице РНК, сплайсинг РНК с образованием одного или более видов мРНК и каталитическая активность, которая может присутствовать у РНК или которой РНК может способствовать. Суммарный эффект такого препятствия функции нуклеиновой кислоты-мишени заключается в модулировании экспрессии кодируемого продукта или олигонуклеотидов.[0037] In the present application, the term "target nucleic acid" encompasses DNA, RNA (containing pre-mRNA and mRNA) transcribed from such DNA, and also cDNA obtained on the matrix of such RNA, coding, non-coding sequences, sense or antisense polynucleotides . The specific hybridization of the oligomeric compound with its target nucleic acid interferes with the normal function of the nucleic acid. This modulation of the function of the target nucleic acid using compounds that specifically hybridize with the latter is generally referred to as “antisense technology”. Affected DNA functions include, for example, replication and transcription. Affected RNA functions include all vital functions, such as, for example, translating RNA to a protein translation site, translating proteins on an RNA matrix, splicing RNA to form one or more types of mRNA, and catalytic activity that may be present on RNA or which RNA may contribute to . The overall effect of such an obstruction of the function of the target nucleic acid is to modulate the expression of the encoded product or oligonucleotides.
[0038] РНК-интерференция "РНКи" опосредована молекулами двухцепочечной РНК (дцРНК), которые имеют последовательности, гомологичные их нуклеотидным последовательностям-"мишеням". В некоторых вариантах реализации настоящего изобретения посредники представляют собой дуплексы "малых интерферирующих" РНК (миРНК) длиной 5-25 нуклеотидов. миРНК образуются в результате разрезания дцРНК ферментом-РНКазой, известным как Дайсер (Dicer). Дуплексные продукты миРНК включаются в состав мультибелкового комплекса, называемого RISC (индуцируемый РНК комплекс сайленсинга). Без привязки к какой-либо конкретной теории, комплекс RISC, как полагают, нацелен на нуклеиновую кислоту-мишень (на роль которой подходит мРНК), при этом дуплекс миРНК взаимодействует с мРНК за счет комплементарности их последовательностей, вызывая расщепление мРНК каталитическим путем. Малые интерферирующие РНК, которые могут быть применены согласно настоящему изобретению, могут быть синтезированы и применены в соответствии со способами, которые хорошо известны в данной области техники и которые будут хорошо знакомы специалисту в данной области техники. Малые интерферирующие РНК для применения в соответствии со способами согласно настоящему изобретению подходящим образом содержат от примерно 1 до примерно 50 нуклеотидов (нт). В примерах неограничивающих вариантов реализации миРНК могут содержать от примерно 5 до примерно 40 нт, от примерно 5 до примерно 30 нт, от примерно 10 до примерно 30 нт, от примерно 15 до примерно 25 нт или примерно 20-25 нуклеотидов.[0038] RNAi RNA interference is mediated by double-stranded RNA molecules (dsRNAs) that have sequences homologous to their target nucleotide sequences. In some embodiments, the mediators are duplexes of “small interfering” RNAs (siRNAs) of 5-25 nucleotides in length. siRNAs are formed by cutting dsRNA with an RNAse enzyme known as Dicer. Duplex siRNA products are incorporated into a multi-protein complex called RISC (RNA-induced silencing complex). Without reference to any specific theory, the RISC complex is believed to be targeted at the target nucleic acid (the role of which is suitable for mRNA), while the miRNA duplex interacts with mRNA due to the complementarity of their sequences, causing the mRNA to cleave catalytically. Small interfering RNAs that can be used according to the present invention can be synthesized and used in accordance with methods that are well known in the art and which will be familiar to one skilled in the art. Small interfering RNAs for use in accordance with the methods of the present invention suitably contain from about 1 to about 50 nucleotides (nt). In examples of non-limiting embodiments, siRNAs may contain from about 5 to about 40 nt, from about 5 to about 30 nt, from about 10 to about 30 nt, from about 15 to about 25 nt, or about 20-25 nucleotides.
[0039] Выбор подходящих олигонуклеотидов облегчают путем применения компьютерных программ, которые автоматически выравнивают нуклеотидные последовательности и отмечают идентичные или гомологичные области. Такие программы применяют для сравнения нуклеотидных последовательностей, полученных, например, в результате поиска в базах данных, таких как GenBank, или посредством секвенирования ПЦР-продуктов. Сравнение нуклеотидных последовательностей из организмов ряда видов позволяет выбрать нуклеотидные последовательности, которые обнаруживают подходящую степень идентичности между видами. В случае генов, которые не были просеквенированы, проводят блоттинги по Саузерну с целью определения степени идентичности между генами вида-мишени и других видов. Путем проведения блоттингов по Саузерну при различных степенях строгости условий гибридизации, как хорошо известно в данной области техники, можно получить приблизительную меру идентичности. Эти процедуры позволяют осуществить выбор олигонуклеотидов, которые показывают высокую степень комплементарности нуклеотидным последовательностям-мишеням субъекта, подлежащего контролю, и меньшую степень комплементарности соответствующим нуклеотидным последовательностям других видов. Специалист в данной области техники обнаружит, что существует значительная свобода при выборе подходящих областей генов для применения согласно настоящему изобретению.[0039] The selection of suitable oligonucleotides is facilitated by the use of computer programs that automatically align nucleotide sequences and mark identical or homologous regions. Such programs are used to compare nucleotide sequences obtained, for example, by searching databases such as GenBank, or by sequencing PCR products. Comparison of nucleotide sequences from organisms of a number of species allows the selection of nucleotide sequences that exhibit a suitable degree of identity between species. In the case of genes that have not been sequenced, Southern blots are performed to determine the degree of identity between the genes of the target species and other species. By conducting Southern blotting at varying degrees of stringency of hybridization conditions, as is well known in the art, an approximate measure of identity can be obtained. These procedures allow the selection of oligonucleotides that show a high degree of complementarity to the target nucleotide sequences of the subject to be controlled, and a lower degree of complementarity to the corresponding nucleotide sequences of other species. One skilled in the art will find that there is considerable freedom in choosing suitable gene regions for use in accordance with the present invention.
[0040] С помощью термина "ферментативная РНК" обозначают молекулу РНК, обладающую ферментативной активностью (Cech, (1988) J. American. Med. Assoc. 260, 3030-3035). Ферментативные нуклеиновые кислоты (рибозимы) действуют за счет, во-первых, связывания с РНК-мишенью. Такое связывание происходит через участок ферментативной нуклеиновой кислоты, связывающий РНК-мишень, который находится в непосредственной близости к ферментативному участку молекулы, катализирующему расщепление РНК-мишени. Таким образом, ферментативная нуклеиновая кислота сперва распознает и далее связывает РНК-мишень за счет спаривания оснований, и, как только происходит связывание с нужным сайтом, проявляет ферментативную активность, разрезая РНК-мишень.[0040] By the term "enzymatic RNA" is meant an RNA molecule having enzymatic activity (Cech, (1988) J. American. Med. Assoc. 260, 3030-3035). Enzymatic nucleic acids (ribozymes) act due, firstly, to binding to the target RNA. Such binding occurs through a portion of the enzymatic nucleic acid that binds the target RNA, which is in close proximity to the enzymatic portion of the molecule that catalyzes the cleavage of the target RNA. Thus, the enzymatic nucleic acid first recognizes and then binds the target RNA by base pairing, and as soon as binding to the desired site occurs, it exhibits enzymatic activity by cutting the target RNA.
[0041] С помощью термина "ложная РНК" обозначают молекулу РНК, которая имитирует природный связывающий домен для лиганда. Ложная РНК, таким образом, конкурирует с природной связывающей мишенью за связывание конкретного лиганда. Например, было показано, что сверхэкспрессия РНК-элемента трансактивационного ответа (TAR) ВИЧ может действовать как "ложная" и эффективно связывает белок tat (транскрипционный трансактиватор) ВИЧ, таким образом препятствуя связыванию этого белка с последовательностями TAR, кодируемыми РНК ВИЧ. Подразумевают, что приведенная информация представляет собой конкретный пример. Специалисты в данной области техники обнаружат, что это всего лишь один пример, и другие варианты реализации могут быть легко разработаны с применением методик, общеизвестных в данной области техники.[0041] By the term "false RNA" is meant an RNA molecule that mimics the natural binding domain for a ligand. False RNA thus competes with a natural binding target for binding to a particular ligand. For example, it has been shown that overexpression of the HIV transactivation response (TAR) RNA element can act as a “false” and effectively binds HIV tat (transcriptional transactivator) protein, thereby inhibiting the binding of this protein to TAR sequences encoded by HIV RNA. The information provided is intended to be a specific example. Those skilled in the art will find that this is just one example, and other implementations can be easily developed using techniques well known in the art.
[0042] В настоящей заявке термин "мономеры", как правило, обозначает мономеры, соединенные посредством фосфодиэфирных связей или их аналогов с образованием олигонуклеотидов, размеры которых изменяются в пределах от нескольких мономерных единиц, например, от примерно 3-4, до примерно нескольких сотен мономерных единиц. Аналоги фосфодиэфирных связей включают: фосфотиоатные, фосфодитиоатные, метилфосфонатные, фосфоселеноатные, фосфорамидатные связи и т.п., как более подробно описано ниже.[0042] In the present application, the term "monomers" generally refers to monomers connected by phosphodiester bonds or their analogues to form oligonucleotides, the sizes of which vary from several monomer units, for example, from about 3-4 to about several hundred monomer units. Analogues of phosphodiester bonds include: phosphothioate, phosphodithioate, methylphosphonate, phosphoselenate, phosphoramidate bonds and the like, as described in more detail below.
[0043] Термин "нуклеотид" распространяется на встречающиеся в природе нуклеотиды, а также не встречающиеся в природе нуклеотиды. Специалисту в данной области техники должно быть ясно, что различные нуклеотиды, которые ранее считали "не встречающимися в природе", были впоследствии найдены в природе. Таким образом, термин "нуклеотиды" включает не только известные молекулы, содержащие пуриновые и пиримидиновые гетероциклы, но также и их гетероциклические аналоги и таутомеры. Иллюстративные примеры других типов нуклеотидов представляют собой молекулы, содержащие аденин, гуанин, тимин, цитозин, урацил, пурин, ксантин, диаминопурин, 8-оксо-N6-метиладенин, 7-деазаксантин, 7-деазагуанин, N4,N4-этаноцитозин, N6,N6-этано-2,6-диаминопурин, 5-метилцитозин, 5-(С3-С6)-алкинилцитозин, 5-фторурацил, 5-бромурацил, псевдоизоцитозин, 2-гидрокси-5-метил-4-триазолпиридин, изоцитозин, изогуанин, инозин и "не встречающиеся в природе" нуклеотиды, описанные в публикации Benner et al., Патент США №5432272. Термин "нуклеотид" распространяется на каждый и все из этих примеров, а также их аналоги и таутомеры. Особенно интересными нуклеотидами являются те из них, которые содержат аденин, гуанин, тимин, цитозин и урацил, которые рассматривают как встречающиеся в природе нуклеотиды относительно терапевтического и диагностического применения у людей. Нуклеотиды содержат природные 2'-дезокси- и 2'-гидроксисахара, например, описанные в Kornberg and Baker, DNA Replication, 2nd Ed. (Freeman, San Francisco, 1992), a также их аналоги.[0043] The term "nucleotide" refers to naturally occurring nucleotides as well as non-naturally occurring nucleotides. One skilled in the art will appreciate that various nucleotides that were previously considered "not found in nature" were subsequently found in nature. Thus, the term "nucleotides" includes not only known molecules containing purine and pyrimidine heterocycles, but also their heterocyclic analogues and tautomers. Illustrative examples of other types of nucleotides are molecules containing adenine, guanine, thymine, cytosine, uracil, purine, xanthine, diaminopurin, 8-oxo-N6-methyladenine, 7-deazaxanthin, 7-deazaguanin, N4, N4-ethanocytosine, N6, N6-ethano-2,6-diaminopurine, 5-methylcytosine, 5- (C3-C6) alkynylcytosine, 5-fluorouracil, 5-bromouracil, pseudoisocytosine, 2-hydroxy-5-methyl-4-triazolopyridine, isocytosine, isoguanine, inosine and "non-naturally occurring" nucleotides described in Benner et al., US Patent No. 5,432,272. The term "nucleotide" applies to each and all of these examples, as well as their analogues and tautomers. Particularly interesting nucleotides are those that contain adenine, guanine, thymine, cytosine and uracil, which are considered naturally occurring nucleotides for therapeutic and diagnostic use in humans. Nucleotides contain naturally occurring 2'-deoxy and 2'-hydroxysugars, for example as described in Kornberg and Baker, DNA Replication, 2nd Ed. (Freeman, San Francisco, 1992), as well as their analogues.
[0044] Термин "аналоги" в применении к нуклеотидам включает синтетические нуклеотиды, содержащие модифицированные основания и/или модифицированные сахара (см., например, аналоги, описанные, в основном, в Scheit, Nucleotide Analogs, John Wiley, New York, 1980; Freier & Altmann, (1997) Nucl. Acid. Res., 25(22), 4429-4443, Toulmé, J.J, (2001) Nature Biotechnology 19:17-18; Manoharan M., (1999) Biochemica et Biophysica Acta 1489:117-139; Freier S. M., (1997) Nucleic Acid Research, 25:4429-4443, Uhlman, E., (2000) Drug Discovery & Development, 3: 203-213, Herdewin P., (2000) Antisense & Nucleic Acid Drug Dev., 10:297-310); 2'-O, 3'-C-соединенные [3.2.0]бициклоарабинонуклеозиды. Такие аналоги включают синтетические нуклеотиды, направленные на усиление связывающих свойств, например, стабильности дуплексов или триплексов, специфичности и т.п.[0044] The term "analogues" as applied to nucleotides includes synthetic nucleotides containing modified bases and / or modified sugars (see, for example, analogues described mainly in Scheit, Nucleotide Analogs, John Wiley, New York, 1980; Freier & Altmann, (1997) Nucl. Acid. Res., 25 (22), 4429-4443, Toulmé, JJ, (2001) Nature Biotechnology 19: 17-18; Manoharan M., (1999) Biochemica et Biophysica Acta 1489 : 117-139; Freier SM, (1997) Nucleic Acid Research, 25: 4429-4443, Uhlman, E., (2000) Drug Discovery & Development, 3: 203-213, Herdewin P., (2000) Antisense & Nucleic Acid Drug Dev., 10: 297-310); 2'-O, 3'-C-linked [3.2.0] bicycloarabinonucleosides. Such analogs include synthetic nucleotides aimed at enhancing binding properties, for example, duplex or triplex stability, specificity, and the like.
[0045] В настоящей заявке термин "гибридизация" обозначает спаривание практически комплементарных цепей олигомерных соединений. Один механизм спаривания задействует образование водородных связей, которые могут представлять собой Уотсон-Криковские, Хугстиновские или обратные Хугстиновские водородные связи между комплементарными основаниями нуклеозидов или нуклеотидов (нуклеотидами) цепей олигомерных соединений. Например, аденин и тимин являются комплементарными нуклеотидами, которые спариваются за счет образования водородных связей. Гибридизация может происходить при различных условиях.[0045] In the present application, the term "hybridization" refers to the pairing of almost complementary chains of oligomeric compounds. One pairing mechanism involves the formation of hydrogen bonds, which can be Watson-Cricova, Hoogsteen or inverse Hoogsteen hydrogen bonds between complementary bases of nucleosides or nucleotides (nucleotides) of the chains of oligomeric compounds. For example, adenine and thymine are complementary nucleotides that mate due to the formation of hydrogen bonds. Hybridization can occur under various conditions.
[0046] Антисмысловое соединение является "специфически гибридизуемым", если связывание соединения с нуклеиновой кислотой-мишенью препятствует нормальной функции нуклеиновой кислоты-мишени, модулируя функцию и/или активность последней, и обеспечена достаточная степень комплементарности во избежание неспецифического связывания антисмыслового соединения с нуклеотидными последовательностями, не являющимися мишенями, при условиях, в которых желательно специфическое связывание, т.е. при физиологических условиях в случае анализов in vivo или терапевтического лечения и при условиях, в которых проводят анализы в случае анализов in vitro.[0046] An antisense compound is "specifically hybridizable" if the binding of the compound to the target nucleic acid interferes with the normal function of the target nucleic acid, modulating the function and / or activity of the latter, and a sufficient degree of complementarity is provided to avoid non-specific binding of the antisense compound to the nucleotide sequences, non-targets under conditions in which specific binding is desired, i.e. under physiological conditions in the case of in vivo assays or therapeutic treatment and under the conditions under which the analyzes are carried out in the case of in vitro assays.
[0047] В настоящей заявке фраза "строгие условия гибридизации" или "строгие условия" относится к условиям, при которых соединение согласно изобретению будет гибридизоваться со своей последовательностью-мишенью, но с минимальным количеством других последовательностей. Строгие условия зависят от последовательности и будут различаться в разных обстоятельствах, и, в контексте настоящего изобретения, "строгие условия", при которых олигомерные соединения гибридизуются с последовательностью-мишенью, определяются природой и составом олигомерных соединений и видами анализов, посредством которых их исследуют. В общем случае, строгие условия гибридизации включают низкие концентрации (<0,15 М) солей, содержащих неорганические катионы, такие как Na++ или K++ (т.е. низкую ионную силу), температуру выше точки, расположенной на 20°С-25°С ниже Тпл комплекса олигомерное соединение:последовательность-мишень, и присутствие денатурантов, таких как формамид, диметилформамид, диметилсульфоксид или детергент додецилсульфат натрия (ДСН). Например, скорость гибридизации снижается на 1,1% на каждый добавленный 1% формамида. Примером условий гибридизации с высокой степенью строгости является гибридизация с применением 0,1X буфера хлорид натрия-цитрат натрия (SSC, стандартный цитратно-солевой)/0,1% (масс./об.) ДСН при 60°С в течение 30 минут.[0047] In the present application, the phrase "stringent hybridization conditions" or "stringent conditions" refers to conditions under which a compound of the invention will hybridize with its target sequence, but with a minimum number of other sequences. The stringent conditions are sequence dependent and will vary in different circumstances, and, in the context of the present invention, the “stringent conditions” under which the oligomeric compounds hybridize to the target sequence are determined by the nature and composition of the oligomeric compounds and the types of assays by which they are examined. In general, stringent hybridization conditions include low concentrations (<0.15 M) of salts containing inorganic cations, such as Na ++ or K ++ (i.e. low ionic strength), temperatures above a 20 ° point C-25 ° C below the Tm complex oligomeric compound: target sequence, and the presence of denaturants such as formamide, dimethylformamide, dimethyl sulfoxide or detergent sodium dodecyl sulfate (SDS). For example, the hybridization rate is reduced by 1.1% for each added 1% formamide. An example of hybridization conditions with a high degree of stringency is hybridization using 0.1X sodium chloride-sodium citrate (SSC, standard citrate-salt) / 0.1% (w / v) SDS buffer at 60 ° C. for 30 minutes.
[0048] В настоящей заявке термин "комплементарный" относится к способности точного спаривания между двумя нуклеотидами или одной или двумя олигомерными цепями. Например, если нуклеиновое основание в определенном положении цепи антисмыслового соединения способно к образованию водородных связей с нуклеиновым основанием в определенном положении цепи нуклеиновой кислоты-мишени, причем, указанная нуклеиновая кислота-мишень представляет собой молекулу ДНК, РНК или олигонуклеотида, то положение, в котором происходит образование водородных связей между олигонуклеотидом и нуклеиновой кислотой-мишенью, считают комплементарным положением. Олигомерное соединение и дополнительная молекула ДНК, РНК или олигонуклеотида комплементарны друг другу, когда достаточное число комплементарных положений в каждой молекуле заняты нуклеотидами, способными образовывать водородные связи друг с другом. Таким образом, термины "специфически гибридизуемый" и "комплементарный" применяют для обозначения достаточной степени точного спаривания, или комплементарности, в пределах достаточного числа нуклеотидов, так что между олигомерным соединением и нуклеиновой кислотой-мишенью происходит стабильное и специфичное связывание.[0048] As used herein, the term "complementary" refers to the ability to precisely mate between two nucleotides or one or two oligomeric chains. For example, if a nucleic base at a specific position in an antisense compound chain is capable of forming hydrogen bonds with a nucleic base at a specific position of a target nucleic acid chain, wherein said target nucleic acid is a DNA, RNA, or oligonucleotide molecule, then the position at which the formation of hydrogen bonds between the oligonucleotide and the target nucleic acid is considered a complementary position. An oligomeric compound and an additional DNA, RNA or oligonucleotide molecule are complementary to each other when a sufficient number of complementary positions in each molecule are occupied by nucleotides capable of forming hydrogen bonds with each other. Thus, the terms “specifically hybridizable” and “complementary” are used to mean a sufficient degree of exact pairing, or complementarity, within a sufficient number of nucleotides, so that a stable and specific binding occurs between the oligomeric compound and the target nucleic acid.
[0049] Как понимают специалисты в данной области техники, последовательность олигомерного соединения не обязательно должна быть на 100% комплементарна последовательности его нуклеиновой кислоты-мишени для того, чтобы соединение было способно к специфичной гибридизации. Кроме того, олигонуклеотид может гибридизоваться поверх одного или более сегментов, так что промежуточные или соседние сегменты оказываются не вовлеченными в процесс гибридизации (например, петлевая структура, отсутствие комплементарности или шпилечная структура). Олигомерные соединения согласно настоящему изобретению содержат последовательность, комплементарную на по меньшей мере примерно 70%, или по меньшей мере примерно 75%, или по меньшей мере примерно 80%, или по меньшей мере примерно 85%, или по меньшей мере примерно 90%, или по меньшей мере примерно 95%, или по меньшей мере примерно 99% области-мишени в пределах нуклеотидной последовательности-мишени, на которую эти соединения нацелены. Например, антисмысловое соединение, в котором 18 из 20 нуклеотидов антисмыслового соединения комплементарны области-мишени и, следовательно, специфически гибридизовались бы с ним, характеризовалось бы 90% комплементарностью. В данном примере остальные некомплементарные нуклеотиды могут располагаться в кластерах комплементарных нуклеотидов или чередоваться с комплементарными нуклеотидами и не обязательно должны примыкать друг к другу или к комплементарным нуклеотидам. По этой причине антисмысловое соединение длиной 18 нуклеотидов, содержащее 4 (четыре) некомплементарных нуклеотида, которые фланкированы двумя областями, полностью комплементарными нуклеиновой кислоте-мишени, в целом характеризовалось бы 77,8% комплементарностью с нуклеиновой кислотой-мишенью и попадало бы, таким образом, в рамки настоящего изобретения. Процент комплементарности антисмыслового соединения с областью нуклеиновой кислоты-мишени может быть определен обычным способом с применением программ BLAST (средства поиска основного локального выравнивания) и программ PowerBLAST, известных в данной области техники. Процент гомологии, идентичности последовательностей или комплементарности может быть определен с помощью, например, программы Gap (Wisconsin Sequence Analysis Package, Version 8 for Unix, Genetics Computer Group, University Research Park, Madison Wis.) с применением параметров, установленных по умолчанию, которая использует алгоритм Смита-Ватермана (Adv. Appl. Math., (1981)2, 482-489).[0049] As those skilled in the art understand, the sequence of an oligomeric compound does not need to be 100% complementary to its target nucleic acid sequence in order for the compound to be capable of specific hybridization. In addition, the oligonucleotide can hybridize on top of one or more segments, so that the intermediate or adjacent segments are not involved in the hybridization process (e.g., loop structure, lack of complementarity or hairpin structure). The oligomeric compounds of the present invention comprise a sequence complementary to at least about 70%, or at least about 75%, or at least about 80%, or at least about 85%, or at least about 90%, or at least about 95%, or at least about 99% of the target region within the target nucleotide sequence on which these compounds are targeted. For example, an antisense compound in which 18 of the 20 nucleotides of the antisense compound are complementary to the target region and, therefore, would specifically hybridize with it, would be characterized by 90% complementarity. In this example, the remaining non-complementary nucleotides can be located in clusters of complementary nucleotides or alternate with complementary nucleotides and do not have to be adjacent to each other or to complementary nucleotides. For this reason, an 18-nucleotide antisense compound containing 4 (four) non-complementary nucleotides that are flanked by two regions that are completely complementary to the target nucleic acid would generally have been 77.8% complementary to the target nucleic acid and would thus fall within the scope of the present invention. The percentage of complementarity of the antisense compound with the region of the target nucleic acid can be determined in the usual way using BLAST programs (search tools for basic local alignment) and PowerBLAST programs known in the art. The percentage of homology, sequence identity, or complementarity can be determined using, for example, the Gap program (Wisconsin Sequence Analysis Package,
[0050] В настоящей заявке термин "температура плавления (Тпл)" относится к температуре, в условиях определенной ионной силы, рН и концентрации нуклеиновой кислоты, при которой 50% олигонуклеотидов, комплементарных последовательности-мишени, гибридизуются с последовательностью-мишенью в состоянии равновесия. Как правило, строгие условия гибридизации будут отличаться тем, что концентрация соли составляет по меньшей мере примерно от 0,01 до 1,0 М концентрации ионов Na (или других солей) при рН, равном 7,0-8,3, и температура равна по меньшей мере примерно 30°С для коротких олигонуклеотидов (например, длиной от 10 до 50 нуклеотидов). Строгие условия могут также быть достигнуты путем добавления дестабилизирующих агентов, таких как формамид.[0050] In the present application, the term "melting point (T PL )" refers to the temperature, under conditions of a specific ionic strength, pH and nucleic acid concentration, at which 50% of the oligonucleotides complementary to the target sequence hybridize to the target sequence in equilibrium . Typically, stringent hybridization conditions will differ in that the salt concentration is at least about 0.01 to 1.0 M concentration of Na ions (or other salts) at a pH of 7.0-8.3, and the temperature is at least about 30 ° C for short oligonucleotides (e.g., 10 to 50 nucleotides long). Strict conditions can also be achieved by adding destabilizing agents such as formamide.
[0051] В настоящей заявке термин "модулирование" обозначает либо увеличение (стимулирование), либо ослабление (ингибирование) экспрессии гена.[0051] In the present application, the term "modulation" means either an increase (stimulation) or a decrease (inhibition) of gene expression.
[0052] Термин "вариант", применительно к последовательности полинуклеотида, может охватывать последовательность полинуклеотида, относящегося к гену дикого типа. Это определение может также включать, например, "аллельные", "сплайс-", "видовые" или "полиморфные" варианты. Сплайс-вариант может быть в значительной степени идентичным исходной молекуле, но будет в общем случае содержать большее или меньшее число полинуклеотидов вследствие альтернативного сплайсинга экзонов во время процессинга мРНК. Соответствующий полипептид может обладать дополнительными функциональными доменами или отличаться отсутствием доменов. Видовые варианты представляют собой последовательности полинуклеотидов, которые варьируют от одного вида к другому. Особенно полезными согласно настоящему изобретению являются варианты продуктов генов дикого типа. Варианты могут возникнуть в результате по меньшей мере одной мутации в нуклеотидной последовательности и могут приводить к появлению измененных мРНК или полипептидов, структура или функция которых могут быть или могут не быть изменены. Любой отдельно взятый природный или рекомбинантный ген может не иметь или иметь одну или много аллельных форм. Обычные мутационные изменения, вызывающие возникновение вариантов, в общем случае приписывают природным делениям, вставкам или заменам нуклеотидов. Каждый из этих типов изменений может произойти отдельно или в комбинации с остальными типами, один или более раз в данной последовательности.[0052] The term "variant", as applied to a polynucleotide sequence, may encompass a sequence of a polynucleotide related to a wild-type gene. This definition may also include, for example, “allelic”, “splice”, “species” or “polymorphic” variants. The splice variant may be substantially identical to the original molecule, but will generally contain more or less polynucleotides due to alternative exon splicing during mRNA processing. The corresponding polypeptide may have additional functional domains or differ in the absence of domains. Species variants are sequences of polynucleotides that vary from one species to another. Especially useful according to the present invention are variants of wild type gene products. Variants may result from at least one mutation in the nucleotide sequence and may lead to the appearance of altered mRNAs or polypeptides, the structure or function of which may or may not be altered. Any single natural or recombinant gene may not have or have one or many allelic forms. The usual mutational changes that give rise to variants are generally attributed to natural divisions, insertions or nucleotide substitutions. Each of these types of changes can occur individually or in combination with other types, one or more times in a given sequence.
[0053] Итоговые полипептиды в общем случае будут характеризоваться значительной идентичностью аминокислотных последовательностей относительно друг друга. Полиморфный вариант представляет собой вариацию в полинуклеотидной последовательности конкретного гена между отдельными особями данного вида. Полиморфные варианты также могут охватывать "одиночные нуклеотидные полиморфизмы" (ОНП), или мутации, затрагивающие одно основание, при которых полинуклеотидная последовательность изменяется на одно основание. Наличие ОНП может указывать на, например, некоторую популяцию со склонностью к болезненному состоянию, что отражает восприимчивость против устойчивости.[0053] The resulting polypeptides in the General case will be characterized by a significant identity of amino acid sequences relative to each other. A polymorphic variant is a variation in the polynucleotide sequence of a particular gene between individual individuals of a given species. Polymorphic variants may also encompass "single nucleotide polymorphisms" (SNPs), or mutations affecting one base, in which the polynucleotide sequence changes to one base. The presence of SNPs may indicate, for example, a certain population with a tendency to a disease state, which reflects susceptibility versus resistance.
[0054] Производные полинуклеотиды включают нуклеиновые кислоты, подвергнутые химической модификации, например, замещению водорода на алкил, ацил или аминогруппу. Производные, например, производные олигонуклеотиды, могут содержать не встречающиеся в природе фрагменты, такие как измененные остатки Сахаров или связи между остатками сахаров. Типовыми среди них являются фосфотиоатные и другие содержащие серу виды связей, которые известны в данной области техники. Производные нуклеиновые кислоты могут также содержать метки, включая радионуклеотиды, ферменты, флуоресцентные агенты, хемилюминесцентные агенты, хромогенные агенты, субстраты, кофакторы, ингибиторы, магнитные частицы и т.п.[0054] Derivatives of polynucleotides include nucleic acids subjected to chemical modification, for example, substitution of hydrogen with an alkyl, acyl or amino group. Derivatives, for example, oligonucleotide derivatives, may contain non-naturally occurring fragments, such as altered sugar residues or bonds between sugar residues. Typical among them are phosphothioate and other sulfur containing types of bonds that are known in the art. Derivatives of nucleic acids may also contain labels, including radionucleotides, enzymes, fluorescent agents, chemiluminescent agents, chromogenic agents, substrates, cofactors, inhibitors, magnetic particles, and the like.
[0055] "Производным" полипептидом или пептидом является тот, который модифицирован, например, посредством гликозилирования, пегилирования, фосфорилирования, сульфатирования, восстановления/алкилирования, ацилирования, химического сочетания или мягкой обработки формалином. Производное может также быть модифицировано добавлением детектируемой метки, либо напрямую, либо косвенно, включая, но без ограничения, радиоизотопную, флуоресцентную и ферментативную метку.[0055] A “derivative” polypeptide or peptide is one that is modified, for example, by glycosylation, pegylation, phosphorylation, sulfation, reduction / alkylation, acylation, chemical coupling or mild formalin treatment. The derivative can also be modified by the addition of a detectable label, either directly or indirectly, including, but not limited to, a radioisotope, fluorescent and enzymatic label.
[0056] В настоящей заявке термин "животное" или "пациент" включает, например, людей, овцу, лосей, оленя, чернохвостого оленя, норок, млекопитающих, обезьян, лошадей, крупный рогатый скот, свиней, коз, собак, кошек, крыс, мышей, птиц, курицу, пресмыкающихся, рыбу, насекомых и паукообразных.[0056] As used herein, the term “animal” or “patient” includes, for example, humans, sheep, moose, deer, black tailed deer, mink, mammals, monkeys, horses, cattle, pigs, goats, dogs, cats, rats , mice, birds, chicken, reptiles, fish, insects and arachnids.
[0057] Термин "млекопитающее" распространяется на теплокровных млекопитающих, которым, как правило, оказывают медицинскую помощь (например, люди и одомашненные животные). Примеры включают кошачьих, псовых, лошадиных, бычьих, и человека, а также только человека.[0057] The term "mammal" extends to warm-blooded mammals, which are typically provided with medical care (eg, humans and domesticated animals). Examples include feline, canine, equine, bovine, and human, as well as human only.
[0058] Термин "лечение" распространяется на лечение болезненного состояния у млекопитающего и включает: (а) предотвращение возникновения болезненного состояния у млекопитающего, в частности, когда такое млекопитающее предрасположено к болезненному состоянию, но оно еще не было диагностировано у субъекта; (b) ингибирование болезненного состояния, например, остановку его развития; и/или (с) облегчение болезненного состояния, например, индукцию ремиссии болезненного состояния, до тех пор, пока не будет достигнут желаемый результат. Лечение также включает уменьшение интенсивности симптома заболевания (например, уменьшение боли или дискомфорта), при этом такое уменьшение интенсивности симптомов может напрямую влиять или не влиять на заболевание (например, причину, передачу, проявление и т.д.).[0058] The term "treatment" refers to the treatment of a disease state in a mammal and includes: (a) preventing the occurrence of a disease state in a mammal, in particular when such a mammal is predisposed to a disease state, but has not yet been diagnosed in a subject; (b) inhibiting a disease state, for example, arresting its development; and / or (c) alleviating the disease state, for example, inducing remission of the disease state, until the desired result is achieved. Treatment also includes a decrease in the intensity of the symptom of the disease (e.g., a decrease in pain or discomfort), while such a decrease in the intensity of the symptoms may or may not directly affect the disease (e.g., cause, transmission, manifestation, etc.).
[0059] В настоящей заявке термин "рак" относится ко всем типам рака или новообразований или злокачественных опухолей, обнаруженных у млекопитающих, включая, но без ограничения: лейкемии, лимфомы, меланомы, карциномы и саркомы. Рак проявляется в виде "опухоли" или ткани, содержащей злокачественные раковые клетки. Примеры опухолей включают саркомы и карциномы, такие как, но без ограничения: фибро саркома, миксосаркома, липосаркома, хондросаркома, остеогенная саркома, хондрома, ангиосаркома, эндотелио саркома, лимфангиосаркома, лимфангиоэндотелиосаркома, синовиома, мезотелиома, саркома Юинга, лейомио саркома, рабдомиосаркома, карцинома толстой кишки, рак поджелудочной железы, рак молочной железы, рак яичника, рак предстательной железы, плоскоклеточная карцинома, базальноклеточная карцинома, аденокарцинома, карцинома потовых желез, карцинома сальной железы, папиллярная карцинома, папиллярные аденокарциномы, цистаденокарцинома, медуллярная карцинома, бронхогенная карцинома, почечно-клеточная карцинома, гепатома, карцинома желчного протока, хориокарцинома, семинома, эмбриональная карцинома, опухоль Вильмса, рак шейки матки, опухоль яичка, карцинома легкого, мелкоклеточная карцинома легкого, карцинома мочевого пузыря, эпителиальная карцинома, глиома, астроцитома, медуллобластома, краниофарингиома, эпендимома, пинеалома, гемангиобластома, неврома слухового нерва, олигодендроглиома, менингиома, меланома, нейробластома и ретинобластома. Дополнительные виды рака, которые можно лечить с применением предложенной композиции согласно изобретению, включают, но без ограничения, например, болезнь Ходжкина, неходжкинскую лимфому, множественную миелому, нейробластому, рак молочной железы, рак яичника, рак легкого, рабдомиосаркому, первичный тромбоцитоз, первичную макроглобулинемию, мелкоклеточные опухоли легкого, первичные опухоли мозга, рак желудка, рак толстой кишки, злокачественную инсулиному поджелудочной железы, злокачественный карциноид, рак мочевого пузыря, рак желудочно-кишечного тракта, предраковые заболевания кожи, рак яичка, лимфомы, рак щитовидной железы, нейробластому, рак пищевода, рак мочеполового тракта, злокачественную гиперкальциемию, рак шейки матки, рак эндометрия, рак коры надпочечников и рак предстательной железы. Термин "апоптоз" обозначает программируемую клеточную смерть. Он также обозначает "клеточную смерть" или "направленную клеточную смерть", которая происходит в случае введения антисмыслового олигонуклеотида, описанного в настоящей заявке, для лечения или облегчения заболеваний или расстройств, связанных с неконтролируемым ростом клеток и/или нарушением нормального протекания процесса апоптоза и/или функцией сигнальных путей апоптоза.[0059] As used herein, the term "cancer" refers to all types of cancer or neoplasms or malignant tumors found in mammals, including but not limited to leukemia, lymphoma, melanoma, carcinoma and sarcoma. Cancer manifests itself as a “tumor” or tissue containing malignant cancer cells. Examples of tumors include sarcomas and carcinomas, such as, but not limited to: fibro sarcoma, myxosarcoma, liposarcoma, chondrosarcoma, osteogenic sarcoma, chondroma, angiosarcoma, endothelio sarcoma, lymphangiosarcoma, lymphangioendotheliosarcoma, leukangiotheliosarcoma, sarcoma, leukangiotheliosarcoma, colon, pancreatic cancer, breast cancer, ovarian cancer, prostate cancer, squamous cell carcinoma, basal cell carcinoma, adenocarcinoma, sweat carcinoma, carcinoma sal gland, papillary carcinoma, papillary adenocarcinomas, cystadenocarcinoma, medullary carcinoma, bronchogenic carcinoma, renal cell carcinoma, hepatoma, bile duct carcinoma, choriocarcinoma, seminoma, carcinoma of the cell, carcinoma, carcinoma, tumor lung, bladder carcinoma, epithelial carcinoma, glioma, astrocytoma, medulloblastoma, craniopharyngioma, ependymoma, pinealoma, hemangioblastoma, auditory nerve neuroma, oligodendrogli ma, meningioma, melanoma, neuroblastoma and retinoblastoma. Additional types of cancer that can be treated using the proposed composition according to the invention include, but are not limited to, for example, Hodgkin’s disease, non-Hodgkin’s lymphoma, multiple myeloma, neuroblastoma, breast cancer, ovarian cancer, lung cancer, rhabdomyosarcoma, primary thrombocytosis, primary macroglobulinemia , small cell lung tumors, primary brain tumors, gastric cancer, colon cancer, pancreatic cancer insulin malignant, carcinoid cancer, bladder cancer, ventricular cancer of tract precancerous skin disease, testicular cancer, lymphoma, thyroid cancer, neuroblastoma, esophageal cancer, genitourinary tract, malignant hypercalcemia, cervical cancer, endometrial cancer, adrenal cortical cancer, and prostate cancer. The term "apoptosis" refers to programmed cell death. It also means "cell death" or "directed cell death" that occurs when an antisense oligonucleotide described herein is administered to treat or alleviate diseases or disorders associated with uncontrolled cell growth and / or impaired normal apoptosis and / or a function of the signaling pathways of apoptosis.
[0060] В настоящей заявке термин "неврологическое заболевание или расстройство" относится к любому заболеванию или расстройству нервной системы и/или зрительной системы. "Неврологическое заболевание или расстройство" включает заболевание или расстройства, которые затрагивают центральную нервную систему (мозг, ствол мозга и мозжечок), периферическую нервную систему (включая черепные нервы) и вегетативную нервную систему (части которой находятся и в центральной, и в периферической нервной системе). Неврологическое заболевание или расстройство включает, но без ограничения, приобретенную эпилептиформную афазию; острый диссеминированный энцефаломиелит; адренолейкодистрофию; возрастную макулярную дегенерацию; агенезию мозолистого тела; агнозию; синдром Айкарди; болезнь Александера; болезнь Альпера; альтернирующую гемиплегию; болезнь Альцгеймера; сосудистую деменцию; боковой амиотрофический склероз; анэнцефалию; синдром Ангельмана; ангиоматоз; аноксию; афазию; апраксию; арахноидальные кисты; арахноидит; мальформацию Арнольда-Киари; артериовенозную мальформацию; синдром Аспергера; атаксию-телеангиэктазию; синдром дефицита внимания и гиперактивности; аутизм; вегетативную дисфункцию; боль в спине; болезнь Баттена; болезнь Бехчета; паралич Белла; доброкачественный эссенциальный блефароспазм; доброкачественную фокальную эпилепсию; амиотрофию; доброкачественную внутричерепную гипертензию; болезнь Бинсвангера; блефароспазм; синдром Блоха-Сульцбергера; повреждение плечевого сплетения; абсцесс мозга; травму головного мозга; опухоли мозга (включая мультиформную глиобластому); опухоль спинного мозга; синдром Броун-Секара; болезнь Канавана; синдром запястного канала; каузалгию; центральный болевой синдром; центральный понтинный миелинолиз; цефалический синдром; аневризму сосудов головного мозга; церебральный артериосклероз; церебральную атрофию; церебральный гигантизм; церебральный паралич; болезнь Шарко-Мари-Тута; невропатию и невропатическую боль, вызванные химиотерапией; мальформацию Киари; хорею; хроническую воспалительную демиелинизирующую полинейропатию; хроническую боль; хронический региональный болевой синдром; синдром Коффина-Лоури; кому, включающую устойчивое вегетативное состояние; врожденную лицевую диплегию; кортикобазальную дегенерацию; височный артериит; краниосиностоз; болезнь Крейтцфельдта-Якоба; кумулятивные травматические расстройства; синдром Кушинга; инклюзионную цитомегалию; цитомегаловирусную инфекцию; синдром танцующих глаз-танцующих ног; синдром Денди-Уокера; болезнь Доусона; синдром Де Морсье; паралич Дежерин-Клюмпке; деменцию; дерматомиозит; диабетическую нейропатию; диффузный склероз; вегетативную дистонию; дисграфию; дислексию; дистонию; раннюю инфантильную эпилептическую энцефалопатию; синдром пустого турецкого седла; энцефалит; энцефалоцеле; энцефалотригеминальный ангиоматоз; эпилепсию; паралич Эрба; эссенциальный тремор; болезнь Фабри; синдром Фара; потерю сознания; семейный спастический паралич; фебрильные судороги; синдром Фишера; атаксию Фридрейха; лобно-височную деменцию и другие "таупатии"; болезнь Гоше; синдром Герстманна; гигантоклеточный артериит; гигантоклеточную инклюзионную болезнь; глобоидно-клеточную лейкодистрофию; синдром Гийена-Барре; HTLV-1-ассоциированную миелопатию (миелопатию, ассоциированную с вирусом Т-клеточного лейкоза человека); болезнь Галлервордена-Шпатца; травму головы; головную боль; гемифациальный спазм; наследственную спастическую параплегию; наследственную полиневропатическую атаксию; синдром коленчатого узла; опоясывающий лишай; синдром Хираямы; ВИЧ-ассоциированные деменцию и нейропатию (также неврологические проявления СПИДа); голопрозэнцефалию; болезнь Хантингтона и другие заболевания, обусловленные наличием полиглутаминовых повторов; гидроанэнцефалию; гидроцефалию; гиперкортицизм; гипоксию; иммуноопосредованный энцефаломиелит; миозит с включениями телец; недержание пигмента; инфантильную форму болезни накопления фитановой кислоты; инфантильную болезнь Рефсума; инфантильные спазмы; воспалительную миопатию; внутричерепную кисту; внутричерепную гипертензию; синдром Жубера; синдром Кернса-Сейра; болезнь Кеннеди; синдром Kinsboume; синдром Клиппеля-Фейля; болезнь Краббе; болезнь Кугельберга-Веландер; куру; болезнь Лафора; миастенический синдром Ламберта-Итона; синдром Ландау-Клеффнера; боковой медуллярный синдром (синдром Валленберга); необучаемость; болезнь Лея; синдром Леннокса-Гасто; синдром Леша-Нихена; лейкодистрофию; деменцию с тельцами Леви; лиссэнцефалию; синдром окружения; болезнь Лу Герига (например, болезнь двигательных нейронов, или боковой амиотрофический склероз); заболевание поясничных дисков; болезнь Лайма - неврологические осложнения; болезнь Мачадо-Джозефа; макроэнцефалию; мегацефалию; синдром Мелькерссона-Розенталя; болезнь Меньера; менингит; болезнь Менкеса; метахроматическую лейкодистрофию; микроцефалию; мигрень; синдром Миллера-Фишера; миниинсульты; митохондриальные миопатии; синдромом Мебиуса; мономелическую амиотрофию; болезнь двигательных нейронов; болезнь мойя-мойя; мукополисахаридозы; мультиинфарктную деменцию; моторную мультифокальную невропатию; рассеянный склероз и другие демиелинизирующие расстройства; множественную системную атрофию с ортостатической гипотензией; мышечную дистрофию; тяжелую псевдопаралитическую миастению; диффузный миелинокластический склероз; раннюю миоклоническую энцефалопатию; миоклонус; миопатию; врожденную миотонию; нарколепсию; нейрофиброматоз; злокачественный нейролептический синдром; неврологические проявления СПИДа; неврологические осложнения после волчанки; нейромиотонию; нейрональный цероидный липофусциноз; нарушения миграции нейронов; болезнь Ниманна-Пика; синдром О'Салливана-МакЛауда; затылочную невралгию; скрытую дизрафию спинного мозга; синдром Охтахара; оливопонтоцеребеллярную атрофию; опсоклонус-миоклонус синдром; неврит зрительного нерва; ортостатическую гипотензию; синдром перегрузки; парестезию; нейродегенеративное заболевание или расстройство (болезнь Паркинсона, болезнь Хантингтона, болезнь Альцгеймера, боковой амиотрофический склероз (БАС), деменция, рассеянный склероз и другие заболевания и расстройства, связанные с гибелью нейронов); врожденную парамиотонию; паранеопластические заболевания; пароксизмальные приступы; синдром Парри-Ромберга; болезнь Пелицеуса-Мерцбахера; периодические параличи; периферическую нейропатию; болезненную нейропатию и нейропатическую боль; устойчивое вегетативное состояние; первазивные расстройства развития; световой рефлекс чихания; болезнь накопления фитановой кислоты; болезнь Пика; защемление нерва; опухоли гипофиза; полимиозит; порэнцефалию; постполиомиелитный синдром; постгерпетическую невралгию; постинфекционный энцефаломиелит; ортостатическую гипотензию; синдром Прадера-Вилли; первичный боковой склероз; прионные заболевания; прогрессирующую гемифациальную атрофию; прогрессирующую многоочаговую лейкоэнцефалопатию; прогрессирующую склерозирующую полиодистрофию; прогрессирующий надъядерный паралич; доброкачественную внутричерепную гипертензию; синдром Рамсея-Ханта (типы I и II); энцефалит Расмуссена; синдром рефлекторной симпатической дистрофии; болезнь Рефсума; повторяющиеся расстройства движения; туннельный синдром; синдром беспокойных ног; миелопатию, ассоциированную с ретровирусной инфекцией; синдром Ретта; синдром Рейе; пляску Святого Витта; болезнь Сандхоффа; болезнь Шильдера; шизэнцефалию; септо-оптическую дисплазию; синдром детского сотрясения; опоясывающий лишай; синдром Шая-Дрейджера; синдром Шегрена; апноэ во сне; синдром Сотоса; спастичность; расщепленный позвоночник; повреждение спинного мозга; опухоли спинного мозга; спинальную мышечную атрофию; синдром мышечной скованности; инсульт; синдром Стерджа-Вебера; подострый склерозирующий панэнцефалит; подкорковую атеросклеротическую энцефалопатию; хорею Сиденгама; обмороки; сирингомиелию; позднюю дискинезию; болезнь Тея-Сакса; височный артериит; синдром фиксированного спинного мозга; болезнь Томсена; синдром верхней апертуры грудной клетки; невралгию тройничного нерва; паралич Тодда; синдром Туретта; транзиторную ишемическую атаку; трансмиссивные спонгиоформные энцефалопатии; поперечный миелит; черепно-мозговую травму; тремор; тригеминальную невралгию; тропический спастический парапарез; туберозный склероз; сосудистую деменцию (мультиинфарктную деменцию); васкулит, в том числе височный артериит; болезнь Гиппеля-Линдау; синдром Валленберга; болезнь Верднига-Гоффмана; синдром Веста; хлыстовую травму; синдром Вильямса; болезнь Вильсона и синдром Цельвегера.[0060] As used herein, the term “neurological disease or disorder" refers to any disease or disorder of the nervous system and / or visual system. A “neurological disease or disorder” includes a disease or disorders that affect the central nervous system (brain, brain stem and cerebellum), the peripheral nervous system (including cranial nerves) and the autonomic nervous system (parts of which are located in the central and peripheral nervous system ) A neurological disease or disorder includes, but is not limited to, acquired epileptiform aphasia; acute disseminated encephalomyelitis; adrenoleukodystrophy; age-related macular degeneration; agenesis of the corpus callosum; agnosia; Aycardi syndrome; Alexander's disease Alper's disease; alternating hemiplegia; Alzheimer's disease; vascular dementia; amyotrophic lateral sclerosis; anencephaly; Angelman syndrome; angiomatosis; anoxia aphasia; apraxia; arachnoid cysts; arachnoiditis; Arnold-Chiari malformation; arteriovenous malformation; Asperger Syndrome; ataxia-telangiectasia; attention deficit hyperactivity disorder; autism; autonomic dysfunction; backache; Batten's disease; Behcet's disease; Bell palsy; benign essential blepharospasm; benign focal epilepsy; amyotrophy; benign intracranial hypertension; Binswanger's disease; blepharospasm; Bloch-Sulzberger syndrome; damage to the brachial plexus; brain abscess brain injury; brain tumors (including glioblastoma multiforme); spinal cord tumor; Brown-Secar syndrome; Canavan disease carpal tunnel syndrome; causalgia; central pain syndrome; central pontine myelinolysis; cephalic syndrome; cerebral vascular aneurysm; cerebral arteriosclerosis; cerebral atrophy; cerebral gigantism; cerebral paralysis; Charcot-Marie-Tooth disease; neuropathy and neuropathic pain caused by chemotherapy; Chiari malformation; chorea; chronic inflammatory demyelinating polyneuropathy; chronic pain chronic regional pain syndrome; Coffin-Lowry syndrome; coma, including a steady vegetative state; congenital facial diplegia; corticobasal degeneration; temporal arteritis; craniosynostosis; Creutzfeldt-Jakob disease; cumulative traumatic disorders; Cushing's syndrome; inclusion cytomegaly; cytomegalovirus infection; syndrome of dancing eye-dancing legs; Dandy Walker syndrome; Dawson's disease; De Morsier syndrome; Dejerine-Klumpke paralysis; dementia dermatomyositis; diabetic neuropathy; diffuse sclerosis; vegetative dystonia; dysgraphia; dyslexia dystonia; early infantile epileptic encephalopathy; empty Turkish saddle syndrome; encephalitis; encephalocele; encephalotrigeminal angiomatosis; epilepsy Erb's palsy; essential tremor; Fabry disease; Farah's syndrome; loss of consciousness; familial spastic paralysis; febrile seizures; Fisher's syndrome; ataxia of Friedreich; frontotemporal dementia and other "taupathy"; Gaucher disease Gerstmann syndrome; giant cell arteritis; giant cell inclusive disease; globoid cell leukodystrophy; Guillain-Barré syndrome; HTLV-1-associated myelopathy (myelopathy associated with human T-cell leukemia virus); Gallerwarden-Spatz disease; head injury; headache; hemifacial spasm; hereditary spastic paraplegia; hereditary polyneuropathic ataxia; crankshaft syndrome; shingles; Hirayama syndrome; HIV-associated dementia and neuropathy (also neurological manifestations of AIDS); holoproencephaly; Huntington's disease and other diseases caused by the presence of polyglutamine repeats; hydroencephaly; hydrocephalus; hypercorticism; hypoxia; immune mediated encephalomyelitis; myositis with inclusions of the Taurus; pigment incontinence; infantile form of phytanic acid accumulation disease; infantile Refsum disease; infantile cramps; inflammatory myopathy; intracranial cyst; intracranial hypertension; joubert's syndrome; Kearns-Sayre syndrome; Kennedy's disease; Kinsboume syndrome; Klippel-Feil syndrome; crabbe disease; Kugelberg-Velander disease; Kuru; Lafora disease; Lambert-Eaton myasthenic syndrome; Landau-Kleffner syndrome; lateral medullary syndrome (Wallenberg syndrome); learning disabilities; lei's disease; Lennox-Gastaut syndrome; Lesch-Nyhen syndrome leukodystrophy; dementia with Levy bodies; lissencephaly; environmental syndrome; Lou Gehrig's disease (for example, motor neuron disease, or amyotrophic lateral sclerosis); lumbar disc disease; Lyme disease - neurological complications; Machado-Joseph disease; macroencephaly; megacephaly; Melkerssson-Rosenthal syndrome; Meniere's disease; meningitis; Menkes disease; metachromatic leukodystrophy; microcephaly; migraine; Miller-Fisher syndrome; mini-strokes; mitochondrial myopathies; Moebius syndrome; monomelic amyotrophy; motor neuron disease; moya-moya disease; mucopolysaccharidoses; multi-infarct dementia; motor multifocal neuropathy; multiple sclerosis and other demyelinating disorders; multiple systemic atrophy with orthostatic hypotension; muscle dystrophy; severe pseudoparalytic myasthenia gravis; diffuse myelinclastic sclerosis; early myoclonic encephalopathy; myoclonus; myopathy congenital myotonia; narcolepsy; neurofibromatosis; malignant antipsychotic syndrome; neurological manifestations of AIDS; neurological complications after lupus; neuromyotonia; neuronal ceroid lipofuscinosis; impaired neuronal migration; Nimann-Peak disease; O'Sullivan-MacLeod syndrome; occipital neuralgia; hidden dysraphy of the spinal cord; Okhtakhar syndrome; olivopontocerebellar atrophy; opsoclonus-myoclonus syndrome; optic neuritis; orthostatic hypotension; overload syndrome; paresthesia; neurodegenerative disease or disorder (Parkinson's disease, Huntington's disease, Alzheimer's disease, amyotrophic lateral sclerosis (ALS), dementia, multiple sclerosis and other diseases and disorders associated with neuronal death); congenital paramiotonia; paraneoplastic diseases; paroxysmal seizures; Parry-Romberg syndrome; Peliceus-Merzbacher disease; periodic paralysis; peripheral neuropathy; painful neuropathy and neuropathic pain; steady vegetative state; pervasive developmental disorders; light reflex of sneezing; phytic acid accumulation disease; Peak's disease; pinched nerve; pituitary tumors; polymyositis; porencephaly; post poliomyelitis syndrome; postherpetic neuralgia; postinfectious encephalomyelitis; orthostatic hypotension; Prader-Willi syndrome; primary lateral sclerosis; prion diseases; progressive hemifacial atrophy; progressive multifocal leukoencephalopathy; progressive sclerosing polyodystrophy; progressive supranuclear palsy; benign intracranial hypertension; Ramsay-Hunt syndrome (types I and II); Rasmussen encephalitis; reflex sympathetic dystrophy syndrome; Refsum disease; recurring movement disorders; tunnel syndrome; restless legs syndrome; myelopathy associated with retroviral infection; rett syndrome; Reye's syndrome; St. Witt's dance; Sandhoff disease; Schilder's disease; schizencephaly; septo-optical dysplasia; baby concussion syndrome; shingles; Shay-Drager syndrome; Sjogren's syndrome; sleep apnea; Sotos syndrome; spasticity; split spine; spinal cord injury; spinal cord tumors; spinal muscular atrophy; muscle stiffness syndrome; stroke; Sturge-Weber syndrome; subacute sclerosing panencephalitis; subcortical atherosclerotic encephalopathy; Sydenham's chorea; fainting syringomyelia; tardive dyskinesia; Tay-Sachs disease; temporal arteritis; fixed spinal cord syndrome; Thomsen's disease; upper chest aperture syndrome; trigeminal neuralgia; Todd's palsy; Tourette's syndrome; transient ischemic attack; transmissible spongioform encephalopathies; transverse myelitis; traumatic brain injury; tremor; trigeminal neuralgia; tropical spastic paraparesis; tuberous sclerosis; vascular dementia (multi-infarction dementia); vasculitis, including temporal arteritis; Hippel-Lindau disease; Wallenberg syndrome; Werdnig-Hoffmann disease; West syndrome; whiplash injury; Williams syndrome; Wilson’s disease and Zellweger syndrome.
[0061] "Пролиферативное заболевание или расстройство" включает, но без ограничения, гемопоэтические неопластические расстройства с участием гиперпластических/неопластических клеток гемопоэтического происхождения, возникающих из миелоидных, лимфоидных или эритроидных ростков или их клеток-предшественников. Эти заболевания включают, но без ограничения, эритробластный лейкоз; острый промиелоцитарный лейкоз (ОПЛ); хронический миелоидный лейкоз (ХМЛ); злокачественные лимфомы, включая, но без ограничения, острый лимфобластный лейкоз (ОЛЛ), который включает В-клеточный ОЛЛ и Т-клеточный ОЛЛ, хронический лимфоцитарный лейкоз (ХЛЛ), пролимфоцитарный лейкоз (ПЛЛ); волосатоклеточный лейкоз (ВКЛ) и макроглобулинемию Вальденстрема (MB). Дополнительные формы злокачественных лимфом включают, но без ограничения, неходжкинскую лимфому и ее варианты, периферические Т-клеточные лимфомы, Т-клеточный лейкоз-лимфому взрослых (ATL), кожную Т-клеточную лимфому (КТКЛ), крупногранулярный лимфоцитарный лейкоз (LGF), болезнь Ходжкина и болезнь Рид-Штернберга.[0061] A “proliferative disease or disorder" includes, but is not limited to, hematopoietic neoplastic disorders involving hyperplastic / neoplastic cells of hematopoietic origin originating from myeloid, lymphoid or erythroid cells or their progenitor cells. These diseases include, but are not limited to, erythroblastic leukemia; acute promyelocytic leukemia (OPL); chronic myeloid leukemia (CML); malignant lymphomas, including but not limited to acute lymphoblastic leukemia (ALL), which includes B-cell ALL and T-cell ALL, chronic lymphocytic leukemia (CLL), prolymphocytic leukemia (PLL); hairy cell leukemia (ON) and Waldenstrom macroglobulinemia (MB). Additional forms of malignant lymphomas include, but are not limited to, non-Hodgkin’s lymphoma and its variants, peripheral T-cell lymphomas, adult T-cell leukemia lymphoma (ATL), cutaneous T-cell lymphoma (KTKL), large-granular lymphocytic leukemia (LGF), disease Hodgkin and Reed-Sternberg disease.
Полинуклеотидные и олигонуклеотидные композиции и молекулыPolynucleotide and Oligonucleotide Compositions and Molecules
[0062] Мишени: В одном варианте реализации мишени включают нуклеотидные последовательности гена PAR4, включая, без ограничения, смысловые и/или антисмысловые некодирующие и/или кодирующие последовательности, связанные с геном PAR4.[0062] Targets: In one embodiment, the targets include nucleotide sequences of the PAR4 gene, including, without limitation, sense and / or antisense non-coding and / or coding sequences associated with the PAR4 gene.
[0063] Белок апоптозного ответа простаты 4 (PAR4) представляет собой белок массой 38 кДа, первоначально идентифицированный как продукт гена, экспрессия которого специфически повышается в опухолевых клетках простаты, претерпевающих апоптоз. В соответствии с важной ролью белка PAR4 в апоптозе, индукцию гена PAR4 в культивируемых клетках обнаруживают исключительно во время протекания апоптоза, и было показано, что эктопическая экспрессия гена PAR4 в клетках N1H-3T3, нейронах, клетках рака предстательной железы и меланомы повышала чувствительность этих клеток к апоптотическим стимулам. Кроме того, понижение экспрессии гена PAR4 имеет решающее значение для индуцированного газ-белками выживания и прогрессирования опухоли, и подавление синтеза белка PAR4 с помощью антисенс-технологии предотвращает апоптоз в нескольких системах, включая разные модели нейродегенеративных расстройств, дополнительно подчеркивая важную роль белка PAR4 в апоптозе. На С-конце белок PAR4 содержит как домен, содержащий лейциновую молнию, так и частично перекрывающийся с ним домен смерти (Par4DD, аминокислотные остатки 258-332). Удаление этой C-концевой части аннулирует проапоптотическую функцию белка PAR4. С другой стороны, сверхэкспрессия фрагмента белка PAR4, содержащего лейциновую молнию/домен смерти, доминантно-негативным образом предотвращает апоптоз, индуцируемый полноразмерным белком PAR4. Фрагмент белка PAR4, содержащий лейциновую молнию/домен смерти, опосредует взаимодействие белка PAR4 с другими белками, за счет распознаваня двух разных видов мотивов: домена "цинковые пальцы" белка-супрессора опухоли Вильмса WT1 и типичных изоформ протеинкиназы С и богатого аргинином домена из киназы Dik, подобной смерть-ассоциированному белку (DAP). Среди этих взаимодействий связывание белка PAR4 с атипичными протеинкиназами С (aPKCs) и происходящее в результате ингибирование их ферментативной активности имеет особую функциональную значимость, так как aPKCs, как известно, выполняют ключевую роль в выживании клеток и их сверхэкспрессия, как было показано, аннулирует способность белка PAR4 индуцировать апоптоз.[0063] The Prostate Apoptotic Response 4 (PAR4) protein is a 38 kDa protein, originally identified as a gene product, the expression of which specifically increases in prostate tumor cells undergoing apoptosis. In accordance with the important role of the PAR4 protein in apoptosis, PAR4 gene induction in cultured cells was detected exclusively during apoptosis, and ectopic expression of the PAR4 gene in N1H-3T3 cells, neurons, prostate cancer cells, and melanoma cells was shown to increase the sensitivity of these cells to apoptotic stimuli. In addition, a decrease in PAR4 gene expression is crucial for gas-protein-induced tumor survival and progression, and suppression of PAR4 protein synthesis by antisense technology prevents apoptosis in several systems, including different models of neurodegenerative disorders, further emphasizing the important role of PAR4 protein in apoptosis . At the C-terminus, PAR4 protein contains both a domain containing leucine zipper and a partially overlapping death domain (Par4DD, amino acid residues 258-332). Removal of this C-terminal portion cancels the proapoptotic function of the PAR4 protein. On the other hand, overexpression of a PAR4 protein fragment containing a leucine zipper / death domain in a dominantly negative manner prevents apoptosis induced by the full-length PAR4 protein. The PAR4 protein fragment containing the leucine zipper / death domain mediates the interaction of the PAR4 protein with other proteins by recognizing two different types of motifs: the zinc finger domain of the Wilms tumor suppressor protein WT1 and typical isoforms of protein kinase C and the arginine-rich domain from Dik kinase similar to death-associated protein (DAP). Among these interactions, the binding of PAR4 protein to atypical protein kinases C (aPKCs) and the resulting inhibition of their enzymatic activity is of particular functional significance, since aPKCs are known to play a key role in cell survival and their overexpression has been shown to nullify the ability of the protein PAR4 induce apoptosis.
[0064] В одном варианте реализации антисмысловые олигонуклеотиды применяют для предотвращения или лечения заболеваний или расстройств, связанных с членами семейства PAR4. Типовые заболевания и расстройства, опосредованные белком PAR4, которые можно лечить с помощью клеток/тканей, регенерированных из стволовых клеток, полученных с применением антисмысловых соединений, включают: заболевание или расстройство, связанное с аномальными функцией и/или экспрессией гена PAR4, рак, аберрантный апоптоз, пролиферативное заболевание или расстройство, сердечно-сосудистое заболевание или расстройство, воспалительное заболевание или расстройство, неврологическое заболевание или расстройство и старение.[0064] In one embodiment, antisense oligonucleotides are used to prevent or treat diseases or disorders associated with members of the PAR4 family. Typical diseases and disorders mediated by the PAR4 protein that can be treated with cells / tissues regenerated from stem cells obtained using antisense compounds include: a disease or disorder associated with abnormal function and / or expression of the PAR4 gene, cancer, aberrant apoptosis , a proliferative disease or disorder, a cardiovascular disease or disorder, an inflammatory disease or disorder, a neurological disease or disorder, and aging.
[0065] В одном из вариантов реализации модулирование гена PAR4 с помощью одного или более антисмысловых олигонуклеотидов представляет собой введение последних пациенту, нуждающемуся в этом, для предотвращения или лечения любого заболевания или расстройства, связанного с аномальными экспрессией, функцией, активностью белка PAR4 по сравнению с нормальным контролем.[0065] In one embodiment, the modulation of the PAR4 gene with one or more antisense oligonucleotides is the administration of the latter to a patient in need thereof to prevent or treat any disease or disorder associated with abnormal expression, function, or activity of the PAR4 protein compared to normal control.
[0066] В одном варианте реализации олигонуклеотиды специфичны для полинуклеотидов гена PAR4, которые содержат, без ограничения, некодирующие области. Мишени гена PAR4 включают варианты гена PAR4; мутанты гена PAR4, в том числе ОНП; некодирующие последовательности гена PAR4; аллели, фрагменты и т.п. Предпочтительно, олигонуклеотид представляет собой молекулу антисмысловой РНК.[0066] In one embodiment, the oligonucleotides are specific for the PAR4 gene polynucleotides that contain, without limitation, non-coding regions. PAR4 gene targets include PAR4 gene variants; mutants of the PAR4 gene, including SNPs; non-coding sequences of the PAR4 gene; alleles, fragments, etc. Preferably, the oligonucleotide is an antisense RNA molecule.
[0067] В соответствии с вариантами реализации изобретения, молекула нуклеиновой кислоты-мишени не ограничивается одними полинуклеотидами PAR4, но распространяется на любые из изоформ, рецепторов, гомологов, некодирующих областей гена PAR4 и т.п.[0067] In accordance with embodiments of the invention, the target nucleic acid molecule is not limited to PAR4 polynucleotides alone, but extends to any of the isoforms, receptors, homologs, non-coding regions of the PAR4 gene, and the like.
[0068] В одном варианте реализации олигонуклеотид нацелен на природную антисмысловую последовательность (природную антисмысловую последовательность для кодирующих и некодирующих областей) для мишеней PAR4, включая, без ограничения, варианты, аллели, гомологи, мутанты, производные, фрагменты и последовательности, которые представляют собой их комплемент. Предпочтительно, олигонуклеотид представляет собой молекулу антисмысловой РНК или ДНК.[0068] In one embodiment, the oligonucleotide targets a natural antisense sequence (a natural antisense sequence for coding and non-coding regions) for PAR4 targets, including, without limitation, variants, alleles, homologs, mutants, derivatives, fragments and sequences that represent them complement. Preferably, the oligonucleotide is an antisense RNA or DNA molecule.
[0069] В одном варианте реализации олигомерные соединения согласно настоящему изобретению также включают варианты, в которых разные основания находятся в одном или более нуклеотидных положениях в соединении. Например, если первый нуклеотид представляет собой аденин, то могут быть получены варианты, содержащие тимидин, гуанозин, цитидин или другие природные или неприродные нуклеотиды в этом положении. Это может быть выполнено в любой из позиций антисмыслового соединения. Эти соединения далее исследуют применяя способы, описанные в настоящей заявке, с целью определения их способности ингибировать экспрессию нуклеиновой кислоты-мишени.[0069] In one embodiment, the oligomeric compounds of the present invention also include variants in which different bases are at one or more nucleotide positions in the compound. For example, if the first nucleotide is adenine, variants containing thymidine, guanosine, cytidine, or other natural or unnatural nucleotides at this position can be obtained. This can be done in any of the positions of the antisense compound. These compounds are further investigated using the methods described in this application, in order to determine their ability to inhibit the expression of the target nucleic acid.
[0070] В некоторых вариантах реализации гомология, идентичность последовательностей или комплементарность между антисмысловым соединением и мишенью составляет от примерно 50% до примерно 60%. В некоторых вариантах реализации гомология, идентичность последовательностей или комплементарность составляет от примерно 60% до примерно 70%. В некоторых вариантах реализации гомология, идентичность последовательностей или комплементарность составляет от примерно 70% до примерно 80%. В некоторых вариантах реализации гомология, идентичность последовательностей или комплементарность составляет от примерно 80% до примерно 90%. В некоторых вариантах реализации гомология, идентичность последовательностей или комплементарность составляет примерно 90%, примерно 92%, примерно 94%, примерно 95%, примерно 96%, примерно 97%, примерно 98%, примерно 99% или примерно 100%.[0070] In some embodiments, the homology, sequence identity, or complementarity between the antisense compound and the target is from about 50% to about 60%. In some embodiments, homology, sequence identity, or complementarity is from about 60% to about 70%. In some embodiments, homology, sequence identity, or complementarity is from about 70% to about 80%. In some embodiments, homology, sequence identity, or complementarity is from about 80% to about 90%. In some embodiments, homology, sequence identity, or complementarity is about 90%, about 92%, about 94%, about 95%, about 96%, about 97%, about 98%, about 99%, or about 100%.
[0071] Антисмысловое соединение способно к специфичной гибридизации, когда связывание соединения с нуклеиновой кислотой-мишенью препятствует нормальной функции нуклеиновой кислоты-мишени, вызывая потерю активности, и обеспечена достаточная степень комплементарности во избежание неспецифического связывания антисмыслового соединения с нуклеотидными последовательностями, не являющимися мишенями, при условиях, в которых желательно специфическое связывание. Такие условия включают, например, физиологические условия в случае анализов in vivo или терапевтического лечения и условия, в которых проводят анализы в случае анализов in vitro.[0071] The antisense compound is capable of specific hybridization when binding of the compound to the target nucleic acid interferes with the normal function of the target nucleic acid, causing loss of activity, and a sufficient degree of complementarity is provided to avoid non-specific binding of the antisense compound to non-target nucleotide sequences when conditions in which specific binding is desired. Such conditions include, for example, physiological conditions in the case of in vivo assays or therapeutic treatment, and the conditions under which the analyzes are performed in the case of in vitro assays.
[0072] Антисмысловое соединения, будь то ДНК, РНК, химерное соединение, замещенное соединение и т.д., является специфически гибридизуемым, когда связывание соединения с молекулой ДНК- или РНК-мишени препятствует нормальной функции ДНК- или РНК-мишени, вызывая потерю функции, и обеспечена достаточная степень комплементарности во избежание неспецифического связывания антисмыслового соединения с последовательностями, не являющимися мишенями, при условиях, в которых желательно специфическое связывание, т.е. при физиологических условиях в случае анализов in vivo или терапевтического лечения и, в случае анализов in vitro, при условиях, в которых проводят анализы.[0072] The antisense compound, whether DNA, RNA, a chimeric compound, a substituted compound, etc., is specifically hybridizable when the binding of the compound to the target DNA or RNA molecule interferes with the normal function of the target DNA or RNA, causing loss functions, and a sufficient degree of complementarity is ensured to avoid nonspecific binding of the antisense compound to non-target sequences under conditions in which specific binding is desired, i.e. under physiological conditions in the case of in vivo assays or therapeutic treatment; and in the case of in vitro assays, under the conditions in which the assays are performed.
[0073] В одном варианте реализации направленное воздействие на ген PAR4, включающее, без ограничения, антисмысловые последовательности, идентифицируемые и раскрываемые с применением, например, ПЦР, гибридизации и т.д., одну или несколько последовательностей, соответствующих SEQ ID NOS:2, и т.п., модулирует экспрессию или функцию гена PAR4. В одном варианте реализации экспрессия или функция увеличиваются по сравнению с контролем. В одном варианте реализации экспрессия или функция подавляются по сравнению с контролем.[0073] In one embodiment, the targeted effect on the PAR4 gene, including, without limitation, antisense sequences identified and disclosed using, for example, PCR, hybridization, etc., one or more sequences corresponding to SEQ ID NOS: 2, and the like, modulates the expression or function of the PAR4 gene. In one embodiment, expression or function is increased compared to a control. In one embodiment, expression or function is suppressed compared to control.
[0074] В одном варианте реализации олигонуклеотиды содержат нуклеотидные последовательности, соответствующие SEQ ID NOS:3-9, включая антисмысловые последовательности, идентифицируемые и раскрываемые с применением, например, ПЦР, гибридизации и т.д. Эти олигонуклеотиды могут содержать один или более модифицированных нуклеотидов, более короткие или более длинные фрагменты, модифицированные связи и т.п. Примеры модифицированных связей или межнуклеотидных связей включают фосфотиоатные, фосфодитиоатные связи и т.п. В одном варианте реализации нуклеотиды содержат фосфатное производное. Фосфатное производное (или модифицированная фосфатная группа), которое может быть присоединено к остатку сахара или аналогу остатка сахара в модифицированных олигонуклеотидах согласно настоящему изобретению, может представлять собой монофосфат, дифосфат, трифосфат, алкилфосфат, alkanephosphate, фосфотиоат и т.п. Получение указанных выше аналогов фосфата и их включение в состав нуклеотидов, модифицированных нуклеотидов и олигонуклеотидов, по сути, также известно и не обязательно должно быть описано в настоящей заявке.[0074] In one embodiment, the oligonucleotides comprise nucleotide sequences corresponding to SEQ ID NOS: 3-9, including antisense sequences identified and disclosed using, for example, PCR, hybridization, etc. These oligonucleotides may contain one or more modified nucleotides, shorter or longer fragments, modified bonds, and the like. Examples of modified bonds or internucleotide bonds include phosphothioate, phosphodithioate bonds and the like. In one embodiment, the nucleotides comprise a phosphate derivative. The phosphate derivative (or modified phosphate group) that can be attached to the sugar residue or an analog of the sugar residue in the modified oligonucleotides of the present invention can be monophosphate, diphosphate, triphosphate, alkyl phosphate, alkanephosphate, phosphotioate and the like. Obtaining the above phosphate analogues and their inclusion in the composition of nucleotides, modified nucleotides and oligonucleotides, in fact, is also known and does not have to be described in this application.
[0075] Специфичность и чувствительность антисмысловой последовательности также используются специалистами в данной области техники для терапевтического применения. Антисмысловые олигонуклеотиды были применены в качестве терапевтических агентов для лечения болезненных состояний у животных и человека. Антисмысловые олигонуклеотиды были безопасно и эффективно введены людям, и многочисленные клинические испытания в настоящее время находятся в стадии реализации. Таким образом, установлено, что олигонуклеотиды могут представлять собой подходящие терапевтические средства, которые могут быть сконфигурированы так, чтобы подходить к режимам лечения для обработки клеток, тканей и животных, особенно людей.[0075] The specificity and sensitivity of the antisense sequence are also used by those skilled in the art for therapeutic use. Antisense oligonucleotides have been used as therapeutic agents for the treatment of disease states in animals and humans. Antisense oligonucleotides have been safely and effectively administered to humans, and numerous clinical trials are currently underway. Thus, it has been found that oligonucleotides can be suitable therapeutic agents that can be configured to suit treatment regimens for treating cells, tissues and animals, especially humans.
[0076] В вариантах реализации настоящего изобретения олигомерные антисмысловые соединения, в частности, олигонуклеотиды, связываются с молекулами нуклеиновых кислот-мишеней и модулируют экспрессию и/или функцию молекул, кодируемых геном-мишенью. Затрагиваемые функции ДНК включают, например, репликацию и транскрипцию. Затрагиваемые функции РНК включают все жизненно важные функции, такие как, например, транслокация РНК к месту трансляции белков, трансляция белков на матрице РНК, сплайсинг РНК с образованием одного или более видов мРНК и каталитическая активность, которая может присутствовать у РНК или которой РНК может способствовать. Функции могут быть усилены или ингибированы в зависимости от желаемых функций.[0076] In embodiments of the present invention, oligomeric antisense compounds, in particular oligonucleotides, bind to target nucleic acid molecules and modulate the expression and / or function of the molecules encoded by the target gene. Affected DNA functions include, for example, replication and transcription. Affected RNA functions include all vital functions, such as, for example, translating RNA to a protein translation site, translating proteins on an RNA matrix, splicing RNA to form one or more types of mRNA, and catalytic activity that may be present on RNA or which RNA may contribute to . Functions may be enhanced or inhibited depending on the desired functions.
[0077] Антисмысловые соединения включают антисмысловые олигомерные соединения, антисмысловые олигонуклеотиды, олигонуклеотиды внешней направляющей последовательности (EGS), сплайс-варианты, праймеры, зонды и другие олигомерные соединения, которые гибридизуются с по меньшей мере частью нуклеиновой кислоты-мишени. Сами по себе эти соединения могут быть введены в форме одноцепочечных, двухцепочечных, частично одноцепочечных или кольцевых олигомерных соединений.[0077] Antisense compounds include antisense oligomeric compounds, antisense oligonucleotides, oligonucleotides of an external guide sequence (EGS), splice variants, primers, probes, and other oligomeric compounds that hybridize with at least a portion of the target nucleic acid. By themselves, these compounds can be introduced in the form of single chain, double chain, partially single chain or ring oligomeric compounds.
[0078] Нацеливание антисмыслового соединения на молекулу конкретной нуклеиновой кислоты, в контексте настоящего изобретения, может представлять собой многоступенчатый процесс. Процесс обычно начинается с идентификации нуклеиновой кислоты-мишени, функция которой подлежит модулированию. Эта нуклеиновая кислота-мишень может являться, например, клеточным геном (или мРНК, транскрибируемой на матрице гена), экспрессия которого связана с конкретным расстройством или болезненным состоянием, или молекулой нуклеиновой кислоты из инфекционного агента. Согласно настоящему изобретению нуклеиновая кислота-мишень кодирует ген PAR4.[0078] Targeting an antisense compound to a particular nucleic acid molecule, in the context of the present invention, may be a multi-step process. The process usually begins with the identification of the target nucleic acid, the function of which is modulated. This target nucleic acid may be, for example, a cellular gene (or mRNA transcribed on a gene matrix), the expression of which is associated with a particular disorder or disease state, or a nucleic acid molecule from an infectious agent. According to the present invention, the target nucleic acid encodes the PAR4 gene.
[0079] Процесс нацеливания обычно также включает определение по меньшей мере одной области-мишени, сегмента или сайта в пределах нуклеиновой кислоты-мишени для того, чтобы антисмысловое взаимодействие могло произойти, так что желаемый эффект, например, модулирование экспрессии, будет достигнут.В контексте настоящего изобретения термин "область" определяют как часть нуклеиновой кислоты-мишени, имеющую по меньшей мере одну поддающуюся идентификации структуру, функцию или характеристику. Внутри областей нуклеиновых кислот-мишеней находятся сегменты. "Сегменты" определяют как меньшие области или части областей в пределах нуклеиновой кислоты-мишени. "Сайты" в настоящем изобретении определяют как позиции в пределах нуклеиновой кислоты-мишени.[0079] The targeting process usually also includes determining at least one target region, segment or site within the target nucleic acid so that antisense interaction can occur, so that the desired effect, for example, modulation of expression, is achieved. of the present invention, the term "region" is defined as part of a target nucleic acid having at least one identifiable structure, function or characteristic. Segments are located within the regions of the target nucleic acids. "Segments" are defined as smaller regions or portions of regions within a target nucleic acid. “Sites” in the present invention are defined as positions within a target nucleic acid.
[0080] В одном варианте реализации антисмысловые олигонуклеотиды связываются с природными антисмысловыми последовательностями гена PAR4 и модулируют экспрессию и/или функцию гена PAR4 (соответствующего SEQ ID NO:1). Примеры антисмысловых последовательностей включают последовательности, соответствующие SEQ ID NOS:2-9.[0080] In one embodiment, the antisense oligonucleotides bind to the natural antisense sequences of the PAR4 gene and modulate the expression and / or function of the PAR4 gene (corresponding to SEQ ID NO: 1). Examples of antisense sequences include sequences corresponding to SEQ ID NOS: 2-9.
[0081] В одном варианте реализации антисмысловые олигонуклеотиды связываются с одним или более сегментами полинуклеотидов PAR4 и модулируют экспрессию и/или функцию гена PAR4. Сегменты содержат по меньшей мере пять последовательных нуклеотидов смысловых или антисмысловых полинуклеотидов PAR4.[0081] In one embodiment, antisense oligonucleotides bind to one or more PAR4 polynucleotide segments and modulate the expression and / or function of the PAR4 gene. Segments contain at least five consecutive nucleotides of sense or antisense PAR4 polynucleotides.
[0082] В одном варианте реализации антисмысловые олигонуклеотиды специфичны к природным антисмысловым последовательностям для гена PAR4, при этом связывание олигонуклеотидов с природными антисмысловыми последовательностями для гена PAR4 модулирует экспрессию и/или функцию гена PAR4.[0082] In one embodiment, the antisense oligonucleotides are specific for the natural antisense sequences for the PAR4 gene, wherein the binding of oligonucleotides to the natural antisense sequences for the PAR4 gene modulates the expression and / or function of the PAR4 gene.
[0083] В одном варианте реализации олигонуклеотидные соединения содержат последовательности, соответствующие SEQ ID NOS:3-9, антисмысловые последовательности, идентифицируемые и раскрываемые с применением, например, ПЦР, гибридизации и т.д. Эти олигонуклеотиды могут содержать один или более модифицированных нуклеотидов, более короткие или более длинные фрагменты, модифицированные связи и т.п. Примеры модифицированных связей или межнуклеотидных связей включают фосфотиоатные, фосфодитиоатные связи и т.п. В одном варианте реализации нуклеотиды содержат фосфатное производное. Фосфатное производное (или модифицированная фосфатная группа), которое может быть присоединено к остатку сахара или аналогу остатка сахара в модифицированных олигонуклеотидах согласно настоящему изобретению, может представлять собой монофосфат, дифосфат, трифосфат, алкилфосфат, алканфосфат, фосфотиоат и т.п. Получение указанных выше аналогов фосфата и их включение в состав нуклеотидов, модифицированных нуклеотидов и олигонуклеотидов, по сути, также известно и не обязательно должно быть описано в настоящей заявке.[0083] In one embodiment, the oligonucleotide compounds comprise sequences corresponding to SEQ ID NOS: 3-9, antisense sequences identified and disclosed using, for example, PCR, hybridization, etc. These oligonucleotides may contain one or more modified nucleotides, shorter or longer fragments, modified bonds, and the like. Examples of modified bonds or internucleotide bonds include phosphothioate, phosphodithioate bonds and the like. In one embodiment, the nucleotides comprise a phosphate derivative. The phosphate derivative (or modified phosphate group) that can be attached to the sugar residue or an analogue of the sugar residue in the modified oligonucleotides of the present invention can be monophosphate, diphosphate, triphosphate, alkyl phosphate, alkane phosphate, phosphotioate and the like. Obtaining the above phosphate analogues and their inclusion in the composition of nucleotides, modified nucleotides and oligonucleotides, in fact, is also known and does not have to be described in this application.
[0084] Поскольку, как известно в данной области техники, инициаторный кодон представляет собой, как правило, 5'-AUG (в транскрибируемых молекулах мРНК; 5'-ATG в соответствующей молекуле ДНК), инициаторный кодон также часто называют "AUG кодон", "старт-кодон" или "AUG старт-кодон". Меньшая часть генов имеет инициаторный кодон, содержащий последовательность РНК 5'-GUG, 5'-UUG или 5'-CUG; и 5'-AUA, 5'-ACG и 5'-CUG, как было показано, функционируют in vivo. Таким образом, термин "инициаторный кодон" и "старт-кодон" может охватывать множество последовательностей кодонов, хотя инициаторная аминокислота в каждом случае представляет собой, как правило, метионин (у эукариот) или формилметионин (у прокариот). Эукариотические и прокариотические гены могут содержать два или более альтернативных старт-кодона, любой из которых может быть предпочтительно использоваться для инициации трансляции в конкретном типе клеток или ткани, или при конкретном наборе условий. В контексте настоящего изобретения, "старт-кодон" и "инициаторный кодон" относятся к кодону или кодонам, которые используются in vivo для инициации трансляции мРНК, транскрибируемой на матрице гена, кодирующего белок PAR4, независимо от последовательности (последовательностей) таких кодонов. Кодон терминации трансляции (или "стоп-кодон") гена может иметь одну из трех последовательностей, т.е. 5'-UAA, 5'-UAG и 5'-UGA (соответствующими последовательностями ДНК являются 5'-ТАА, 5'-TAG и 5'-TGA, соответственно).[0084] Since, as is known in the art, the initiator codon is typically 5'-AUG (in transcribed mRNA molecules; 5'-ATG in the corresponding DNA molecule), the initiator codon is also often referred to as the “AUG codon”, “start codon” or “AUG start codon”. A smaller portion of the genes has an initiator codon containing a 5'-GUG, 5'-UUG or 5'-CUG RNA sequence; and 5'-AUA, 5'-ACG and 5'-CUG have been shown to function in vivo. Thus, the terms “initiator codon” and “start codon” can encompass multiple codon sequences, although the initiator amino acid in each case is typically methionine (in eukaryotes) or formylmethionine (in prokaryotes). Eukaryotic and prokaryotic genes can contain two or more alternative start codons, any of which can preferably be used to initiate translation in a particular type of cell or tissue, or under a specific set of conditions. In the context of the present invention, “start codon” and “initiator codon” refer to a codon or codons that are used in vivo to initiate translation of mRNA transcribed on a matrix of a gene encoding a PAR4 protein, regardless of the sequence (s) of such codons. A translation termination codon (or “stop codon”) of a gene can have one of three sequences, i.e. 5'-UAA, 5'-UAG and 5'-UGA (the corresponding DNA sequences are 5'-TAA, 5'-TAG and 5'-TGA, respectively).
[0085] Термины "область старт-кодона" и "область инициаторного кодона" относятся к части такой мРНК или гена, которая охватывает от примерно 25 до примерно 50 последовательных нуклеотидов в любом направлении (т.е. 5' или 3') от инициаторного кодона. Аналогично, термины "область стоп-кодона" и "область кодона терминации трансляции" относятся к части такой мРНК или гена, охватывает от примерно 25 до примерно 50 последовательных нуклеотидов в любом направлении (т.е. 5' или 3') от кодона терминации трансляции. Следовательно, "область старт-кодона" (или "область инициаторного кодона") и "область стоп-кодона" (или "область кодона терминации трансляции") обе являются областями, на которые могут быть эффективно нацелены антисмысловые соединения согласно настоящему изобретению.[0085] The terms “start codon region” and “initiator codon region” refer to a portion of such an mRNA or gene that spans from about 25 to about 50 consecutive nucleotides in any direction (ie, 5 ′ or 3 ′) from the initiator codon. Similarly, the terms “stop codon region” and “translation termination codon region” refer to a portion of such an mRNA or gene, spanning from about 25 to about 50 consecutive nucleotides in any direction (i.e., 5 ′ or 3 ′) from the termination codon broadcasts. Therefore, the "start codon region" (or the "initiator codon region") and the "stop codon region" (or the "translation termination codon region") are both regions that the antisense compounds of the present invention can effectively target.
[0086] Открытая рамка считывания (ОРС) или "кодирующая область", которая, как известно в данной области техники, относится к области между инициаторным кодоном и кодоном терминации трансляции, также представляет собой область, на которую может быть эффективно направлено воздействие. В контексте настоящего изобретения область-мишень является внутригенной областью, включающей инициаторный кодон или кодон терминации трансляции открытой рамки считывания (ОРС) гена.[0086] An open reading frame (OPC) or "coding region", which, as is known in the art, refers to the region between the initiator codon and the translation termination codon, is also an area that can be effectively targeted. In the context of the present invention, the target region is an intragenic region, including an initiator codon or translation termination codon of an open reading frame (OPC) of a gene.
[0087] Другая область-мишень включает 5'-нетранслируемую область (5'-НТО), обозначающую в данной области техники часть мРНК в 5'-направлении от инициаторного кодона и, таким образом, содержащую нуклеотиды между 5'-сайтом кэпирования и инициаторным кодоном мРНК (или соответствующие нуклеотиды гена). Еще одна область-мишень включает 3'-нетранслируемую область (3'-НТО), обозначающую в данной области техники часть мРНК в 3'-направлении от кодона терминации трансляции и, таким образом, содержащую нуклеотиды между кодоном терминации трансляции и 3'-концом мРНК (или соответствующие нуклеотиды гена). 5'-сайт кэпирования мРНК содержит N7-метилированный остаток гуанозина, присоединенный к самому крайнему 5'-остатку мРНК посредством 5'-5'-трифосфатной связи. Область 5'-кэпа мРНК, как считают, включает собственно структуру 5'-кэпа, а также первых 50 нуклеотидов, прилегающие к сайту кэпирования. Другая область-мишень согласно настоящему изобретению представляет собой область 5'-кэпа.[0087] Another target region includes a 5'-untranslated region (5'-UTR) denoting in the art the portion of mRNA in the 5'-direction from the initiator codon and, thus, containing nucleotides between the 5'-capping site and the initiator codon of mRNA (or the corresponding nucleotides of the gene). Another target region includes a 3'-untranslated region (3'-UTR), denoting in the art a portion of mRNA in the 3'-direction from the translation termination codon, and thus containing nucleotides between the translation termination codon and the 3'-end mRNA (or the corresponding nucleotides of the gene). The 5'-site of mRNA capping contains an N7-methylated guanosine residue attached to the outermost 5'-residue of mRNA via a 5'-5'-triphosphate bond. The region of the 5'-cap of mRNA is believed to include the actual structure of the 5'-cap, as well as the first 50 nucleotides adjacent to the capping site. Another target region of the present invention is a 5′-cap region.
[0088] Несмотря на то, что некоторые эукариотические мРНК-транскрипты прямо транслируются, многие из них содержат одну или более областей, известных как "интроны", которые вырезаются из транскрипта, прежде чем он подвергается трансляции. Остальные (и, таким образом, транслируемые) области известны как "экзоны", и они соединяются друг с другом с образованием непрерывной последовательности мРНК. В одном варианте реализации нацеливание на сайты сплайсинга, т.е. на места соединения интрон-экзон или места соединения экзон-интрон, особенно подходит в случаях, в которых аберрантный сплайсинг вовлечен в развитие заболевания или в которых сверхсинтез конкретного продукта сплайсинга вовлечен в развитие заболевания. Соединение в результате аберрантного слияния вследствие перестройки или делеции представляет собой другой вариант реализации сайта-мишени. мРНК-транскрипты, полученные в результате процесса сплайсинга двух (или более) мРНК из различных источников гена известны как "транскрипты слияния". Интроны могут быть эффективно задействованы в качестве мишени с применением антисмысловых соединений, нацеленных на, например, ДНК или пре-мРНК.[0088] Although some eukaryotic mRNA transcripts are directly translated, many of them contain one or more regions known as "introns" that are excised from the transcript before it is translated. The remaining (and thus translated) regions are known as “exons,” and they bind to each other to form a continuous mRNA sequence. In one embodiment, targeting to splicing sites, i.e. to the intron-exon junction or the exon-intron junction, is particularly suitable in cases in which aberrant splicing is involved in the development of the disease or in which the supersynthesis of a particular splicing product is involved in the development of the disease. An aberrant merger due to rearrangement or deletion is another embodiment of the target site. mRNA transcripts obtained from the splicing process of two (or more) mRNAs from different gene sources are known as “fusion transcripts”. Introns can be effectively used as a target using antisense compounds aimed at, for example, DNA or pre-mRNA.
[0089] В одном варианте реализации антисмысловые олигонуклеотиды связываются с кодирующими и/или некодирующими областями полинуклеотида-мишени и модулируют экспрессию и/или функцию молекулы-мишени.[0089] In one embodiment, antisense oligonucleotides bind to the coding and / or non-coding regions of the target polynucleotide and modulate the expression and / or function of the target molecule.
[0090] В одном варианте реализации антисмысловые олигонуклеотиды связываются с природными антисмысловыми полинуклеотидами и модулируют экспрессию и/или функцию молекулы-мишени.[0090] In one embodiment, antisense oligonucleotides bind to naturally occurring antisense polynucleotides and modulate the expression and / or function of the target molecule.
[0091] В одном варианте реализации антисмысловые олигонуклеотиды связываются со смысловыми полинуклеотидами и модулируют экспрессию и/или функцию молекулы-мишени.[0091] In one embodiment, antisense oligonucleotides bind to sense polynucleotides and modulate the expression and / or function of the target molecule.
[0092] Альтернативные РНК-транскрипты могут быть получены из одной и той же геномной области ДНК. Эти альтернативные транскрипты в общем случае известны как "варианты". Конкретнее, "варианты пре-мРНК" представляют собой транскрипты, получаемые из одной и той же геномной ДНК, которые отличаются от других транскриптов, получаемых из этой же геномной ДНК, положением их либо старт-, либо стоп-кодона и содержат как интронные, так и экзонные последовательности.[0092] Alternative RNA transcripts can be obtained from the same genomic region of DNA. These alternative transcripts are generally known as “variants”. More specifically, “pre-mRNA variants” are transcripts derived from the same genomic DNA that differ from other transcripts derived from the same genomic DNA by the position of their start or stop codon and contain both intron and and exon sequences.
[0093] После удаления одной или более экзонной или интроной областей или их частей в процессе сплайсинга варианты пре-мРНК становятся источниками меньших "вариантов мРНК". Следовательно, варианты мРНК являются процессированными вариантами пре-мРНК, и каждый уникальный вариант пре-мРНК должен всегда давать уникальный вариант мРНК в результате сплайсинга. Эти варианты мРНК также известны как "альтернативные сплайс-варианты". Если сплайсинга варианта пре-мРНК не происходит, то вариант пре-мРНК идентичен варианту мРНК.[0093] After removal of one or more exon or intron regions or parts thereof during the splicing process, pre-mRNA variants become sources of smaller “mRNA variants”. Therefore, mRNA variants are processed pre-mRNA variants, and each unique pre-mRNA variant should always produce a unique mRNA variant as a result of splicing. These mRNA variants are also known as “alternative splice variants”. If splicing of the pre-mRNA variant does not occur, then the pre-mRNA variant is identical to the mRNA variant.
[0094] Варианты могут быть получены путем применения альтернативных сигналов для запуска или остановки транскрипции. Пре-мРНК и мРНК могут иметь более одного старт-кодона или стоп-кодона. Варианты, которые происходят из пре-мРНК или мРНК, использующих альтернативные старт-кодоны, известны как "альтернативные старт-варианты" этих пре-мРНК или мРНК. Те транскрипты, которые используют альтернативный стоп-кодон, известны как "альтернативные стоп-варианты" этих пре-мРНК или мРНК. Один конкретный тип альтернативного стоп-варианта представляет собой "полиА-вариант", в котором множественные получаемые транскрипты являются результатом альтернативного выбора одного из "полиА-стоп-сигналов" транскрипционным аппаратом, что приводит к получению транскриптов, которые заканчиваются на уникальных полиА-сайтах. В контексте настоящего изобретения типы вариантов, описанные в настоящей заявке, также представляют собой варианты реализации нуклеиновых кислот-мишеней.[0094] Variants can be obtained by using alternative signals to start or stop transcription. Pre-mRNA and mRNA can have more than one start codon or stop codon. Variants that originate from pre-mRNAs or mRNAs using alternative start codons are known as “alternative start-ups” of these pre-mRNAs or mRNAs. Those transcripts that use an alternative stop codon are known as “alternative stop variants” of these pre-mRNAs or mRNAs. One particular type of alternative stop-variant is the “polyA-variant”, in which multiple transcripts obtained are the result of the alternative selection of one of the “polyA-stop-signals” by a transcription apparatus, which results in transcripts that end up at unique polyA-sites. In the context of the present invention, the types of variants described in this application are also embodiments of target nucleic acids.
[0095] Области в целевой нуклеиновой кислоте, с которыми гибридизуются антисмысловые соединения, определяют как часть области-мишени длиной по меньшей мере 5 нуклеотидов, на которую нацелено активное антисмысловое соединение.[0095] The regions in the target nucleic acid with which antisense compounds hybridize are defined as part of the target region of at least 5 nucleotides in length that the active antisense compound is targeted at.
[0096] В то время как специфические последовательности некоторых типовых сегментов-мишеней приведены в настоящей заявке, как будет обнаружено специалистом в данной области техники, эти последовательности служат для иллюстрации и описания конкретных вариантов реализации в рамках настоящего изобретения. Дополнительные сегменты-мишени легко поддаются идентификации специалистом в данной области техники в свете настоящего описания.[0096] While the specific sequences of some exemplary target segments are provided herein, as one skilled in the art will recognize, these sequences serve to illustrate and describe specific embodiments within the scope of the present invention. Additional target segments are easily identifiable by a person skilled in the art in light of the present description.
[0097] Сегменты-мишени длиной 5-100 нуклеотидов, содержащие цепь из по меньшей мере пяти (5) последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидов в пределах иллюстративных предпочтительных сегментов-мишеней, как полагают, также являются подходящими для нацеливания.[0097] 5-100 nucleotide target segments containing a chain of at least five (5) consecutive nucleotides selected from nucleotides within the illustrative preferred target segments are also believed to be suitable for targeting.
[0098] Сегменты-мишени могут включать последовательности ДНК или РНК, которые содержат по меньшей мере 5 последовательных нуклеотидов с 5'-конца одного из иллюстративных предпочтительных сегментов-мишеней (остальные нуклеотиды представляют собой последовательную цепь той же самой ДНК или РНК, начинающуюся непосредственно выше от 5'-конца сегмента-мишени и продолжающуюся в пределах от примерно 5 до примерно 100 нуклеотидов). Аналогично предпочтительные сегменты-мишени представлены последовательностями ДНК или РНК, которые содержат по меньшей мере 5 последовательных нуклеотидов с 3'-конца одного из иллюстративных предпочтительных сегментов-мишеней (остальные нуклеотиды представляют собой последовательную цепь той же самой ДНК или РНК, начинающуюся непосредственно ниже 3'-конца сегмента-мишени и продолжающуюся в пределах от примерно 5 до примерно 100 нуклеотидов). Специалист в данной области техники, имеющий в наличии сегменты-мишени, проиллюстрированные в настоящей заявке, будет способен без проведения лишних экспериментов идентифицировать далее предпочтительные сегменты-мишени.[0098] Target segments can include DNA or RNA sequences that contain at least 5 consecutive nucleotides from the 5'-end of one of the illustrative preferred target segments (the remaining nucleotides are a sequence of the same DNA or RNA, starting immediately above from the 5'-end of the target segment and extending from about 5 to about 100 nucleotides). Similarly, preferred target segments are represented by DNA or RNA sequences that contain at least 5 consecutive nucleotides from the 3 ′ end of one of the illustrative preferred target segments (the remaining nucleotides are a sequence of the same DNA or RNA starting immediately below 3 ′ the end of the target segment and lasting from about 5 to about 100 nucleotides). A person skilled in the art having target segments illustrated in this application will be able to identify further preferred target segments without further experimentation.
[0099] Как только одну или более областей-мишеней, сегментов-мишеней или сайтов-мишеней идентифицируют, выбирают антисмысловые соединения, которые в достаточной степени комплементарны мишени, т.е. гибридизуются достаточно хорошо и с достаточной специфичностью с получением желаемого эффекта.[0099] Once one or more target regions, target segments, or target sites are identified, antisense compounds that are sufficiently complementary to the target are selected, i.e. hybridize quite well and with sufficient specificity to obtain the desired effect.
[00100] В вариантах реализации настоящего изобретения олигонуклеотиды связываются с антисмысловой цепью конкретной мишени. Олигонуклеотиды имеют длину по меньшей мере 5 нуклеотидов и могут быть синтезированы таким образом, что каждый олигонуклеотид нацелен на перекрывающиеся последовательности, так что олигонуклеотиды синтезируют для покрытия всей длины полинуклеотида-мишени. Указанные мишени также включают и кодирующие, и некодирующие области.[00100] In embodiments of the present invention, oligonucleotides bind to the antisense strand of a particular target. Oligonucleotides have a length of at least 5 nucleotides and can be synthesized in such a way that each oligonucleotide targets overlapping sequences so that the oligonucleotides are synthesized to cover the entire length of the target polynucleotide. These targets also include coding and non-coding regions.
[00101] В одном варианте реализации предпочитают воздействовать на конкретные нуклеиновые кислоты антисмысловыми олигонуклеотидами. Нацеливание антисмыслового соединения на конкретную нуклеиновую кислоту представляет собой многоступенчатый процесс. Процесс обычно начинается с идентификации последовательности нуклеиновой кислоты, функция которой подлежит модулированию. Эта последовательность может представлять собой, например, клеточный ген (или мРНК, транскрибируемую на матрице этого гена), экспрессия которого связана с конкретным расстройством или болезненным состоянием, или некодирующий полинуклеотид, такой как, например, некодирующая РНК (нкРНК).[00101] In one embodiment, it is preferred to target specific nucleic acids with antisense oligonucleotides. Targeting an antisense compound to a specific nucleic acid is a multi-step process. The process usually begins by identifying a nucleic acid sequence whose function is to be modulated. This sequence may be, for example, a cell gene (or mRNA transcribed on a matrix of that gene), the expression of which is associated with a particular disorder or disease state, or a non-coding polynucleotide, such as, for example, non-coding RNA (ncRNA).
[00102] Молекулы РНК могут быть классифицированы на (1) матричные РНК (мРНК), которые транслируются в белки, и (2) РНК, не кодирующие белки (нк РНК). нкРНК включают микроРНК, антисмысловые транскрипты и другие единицы транскрипции (ЕТ), содержащие высокую плотность стоп-кодонов и не имеющие каких-либо протяженных "открытых рамок считывания". Многие нкРНК, по-видимому, начинаются с сайтов инициации в 3'-нетранслируемых областях (3'-НТО) кодирующих белок локусов. нкРНК, как правило, редки и по меньшей мере половина из нкРНК, которые были просеквенированы Международным консорциумом по анализу РНК (FANTOM), по-видимому, не являются полиаденилированными. Большинство исследователей по очевидным причинам сфокусировали внимание на полиаденилированных мРНК, которые подвергаются процессингу и экспорту в цитоплазму. Недавно было показано, что набор неполиаденилированных ядерных РНК может быть очень большим и что многие такие транскрипты появляются из так называемых межгенных областей. Механизм, посредством которого нкРНК могут регулировать экспрессию генов, заключается в спаривании оснований с транскриптами-мишенями. РНК, которые функционируют за счет спаривания оснований, могут быть сгруппированы в (1) цис-кодируемые РНК, которые кодируются в одном и том же участке гена, но на противоположной цепи по отношению к РНК, на которые они воздействуют, показывая, таким образом, совершенную комплементарность их мишени, и (2) транс-кодируемые РНК, которые кодируются в участках хромосом, отличных от участков для РНК, на которые они воздействуют, и не показывают в совершенной степени потенциального спаривания оснований с их мишенями.[00102] RNA molecules can be classified into (1) messenger RNAs (mRNAs), which are translated into proteins, and (2) RNAs that do not encode proteins (NK RNAs). ncRNAs include microRNAs, antisense transcripts, and other transcription units (ETs) that contain high density stop codons and do not have any extended “open reading frames”. Many ncRNAs apparently start at the initiation sites in the 3'-untranslated regions (3'-UTR) of protein loci encoding. ncRNAs are generally rare and at least half of the ncRNAs that have been sequenced by the FANTOM International RNA Analysis Consortium are not likely to be polyadenylated. Most researchers, for obvious reasons, have focused on polyadenylated mRNAs that are processed and exported to the cytoplasm. It has recently been shown that the collection of unpolyadenylated nuclear RNAs can be very large and that many such transcripts appear from the so-called intergenic regions. The mechanism by which ncRNAs can regulate gene expression is through base pairing with target transcripts. RNAs that function by base pairing can be grouped into (1) cis-encoded RNAs that are encoded in the same portion of a gene, but on the opposite chain to the RNAs that they act, thus showing perfect complementarity of their target, and (2) trans-encoded RNAs, which are encoded in chromosome regions other than the RNA regions on which they act, and do not show a perfect degree of potential base pairing with their targets.
[00103] Без привязки к какой-либо конкретной теории, модификация антисмыслового полинуклеотида антисмысловыми олигонуклеотидами, описанными в настоящей заявке, может изменять экспрессию соответствующих смысловых информационных РНК. Однако такая регуляция может быть либо несогласованной (антисмысловой "нокдаун" приводит к повышению уровня информационной РНК), либо согласованной (антисмысловой "нокдаун" приводит к сопутствующему понижению уровня информационной РНК). В этих случаях антисмысловые олигонуклеотиды могут быть нацелены на перекрывающиеся или неперекрывающиеся части антисмыслового транскрипта, в результате чего происходит его "нокдаун" или секвестрирование. Кодирующие, а также некодирующие антисмысловые {молекулы} можно нацеливать одинаковым образом, и обе категории способны регулировать соответствующие смысловые транскрипты - либо согласованным, либо несогласованным образом. Стратегии, которые применяют для выявления новых олигонуклеотидов для взаимодействия с мишенями, могут быть основаны на "нокдауне" антисмысловых РНК-транскриптов антисмысловыми олигонуклеотидами или на любых других способах модулирования желаемой мишени.[00103] Without reference to any particular theory, modification of an antisense polynucleotide with antisense oligonucleotides described herein may alter the expression of corresponding sense information RNAs. However, such regulation can be either inconsistent (antisense “knockdown” leads to an increase in the level of information RNA) or consistent (antisense “knockdown” leads to a concomitant decrease in the level of information RNA). In these cases, the antisense oligonucleotides can be targeted at the overlapping or non-overlapping parts of the antisense transcript, resulting in its "knockdown" or sequestration. Coding as well as non-coding antisense {molecules} can be targeted in the same way, and both categories are able to regulate the corresponding semantic transcripts - either in a coordinated or inconsistent manner. Strategies that are used to identify new oligonucleotides for interacting with targets can be based on the “knockdown” of antisense RNA transcripts with antisense oligonucleotides or any other modulation of the desired target.
[00104] Стратегия 1: В случае несогласованной регуляции "нокдаун" антисмыслового транскрипта повышает экспрессию обычного (смыслового) гена. В случае, если этот ген кодирует известную или предполагаемую мишень для лекарственного средства, то "нокдаун" его антисмыслового эквивалента может предположительно имитировать действие агониста рецептора или стимулятора фермента.[00104] Strategy 1: In the case of inconsistent knockdown regulation of the antisense transcript, the expression of the normal (sense) gene is increased. If this gene encodes a known or suspected drug target, then the “knockdown” of its antisense equivalent can presumably mimic the action of a receptor agonist or enzyme stimulator.
[00105] Стратегия 2: В случае согласованной регуляции можно одновременно осуществить "нокдаун" как антисмыслового, так и смыслового транскриптов и тем самым добиться синергетического уменьшения экспрессии обычного (смыслового) гена. Если, например, антисмысловой олигонуклеотид применяют для достижения "нокдауна", тогда эта стратегия может быть применена для нацеленного воздействия одним антисмысловым олигонуклеотидом на смысловой транскрипт и другим антисмысловым олигонуклеотидом на соответствующий антисмысловой транскрипт или единственным энергетически симметричным антисмысловым олигонуклеотидом, одновременно нацеленным на перекрывающиеся смысловые и антисмысловые транскрипты.[00105] Strategy 2: In the case of coordinated regulation, it is possible to simultaneously “knock down” both antisense and sense transcripts and thereby achieve a synergistic decrease in the expression of the usual (sense) gene. If, for example, an antisense oligonucleotide is used to achieve a “knockdown”, then this strategy can be used to target a single antisense oligonucleotide to a sense transcript and another antisense oligonucleotide to a corresponding antisense transcript or a single energetically symmetric antisense oligonucleotide transcripts.
[00106] Согласно настоящему изобретению, антисмысловые соединения включают антисмысловые олигонуклеотиды, рибозимы, олигонуклеотиды внешней направляющей последовательности (EGS), миРНК соединения, одно- или двухцепочечные РНК-интерферирующие (РНКи) соединения, такие как миРНК соединения, и другие олигомерные соединения, которые гибридизуются с по меньшей мере частью нуклеиновой кислоты-мишени и модулируют ее функцию. Соответственно, они могут представлять собой ДНК, РНК, ДНК-подобные соединения, РНК-подобные соединения или их смеси или могут представлять собой миметики одного или более из указанных соединений. Такие соединения могут представлять собой одноцепочечные, двухцепочечные, кольцевые или шпилькообразные олигомерные соединения и могут содержать структурные элементы, такие как внутренние или концевые выпетливания, некомплементарные положения или петли. Антисмысловые соединения обычно получают в виде линейных соединений, но они могут быть соединены или получены иным способом для получения кольцевых и/или разветвленных соединений. Антисмысловые соединения могут включать такие конструкты, как, например, две гибридизованных цепи, образующих полностью или частично двухцепочечное соединение или одиночную цепь с самокомплементарностью, достаточной для гибридизации и образования полностью или частично двухцепочечного соединения. Указанные две цепи могут быть связаны внутренними связями, имея свободные 3'- или 5'-концы, или могут быть связаны с образованием непрерывной шпилькообразной структуры или петли. Указанная шпилькообразная структура может содержать липкий конец либо на 5'-, либо на 3'-конце, образующий удлинение одноцепочечного характера. Указанные двухцепочечные соединения необязательно могут содержать липкие концы. Другие модификации могут включать конъюгированные группы, присоединенные к одному из концов, нуклеотидам в определенных положениях, сахарам в определенных положениях или к одной из межнуклеозидных связей. Альтернативно, указанные две цепи могут быть связаны посредством не-нуклеинового фрагмента или линкерной группы. Образованная только одиночной цепью дцРНК может принимать форму самокомплементарной шпилькообразной молекулы, складывающейся с самой собой с образованием дуплекса. Таким образом, указанные дцРНК могут быть полностью или частично двухцепочечными. Специфическое модулирование экспрессии генов может быть достигнуто за счет стабильной экспрессии шпилек дцРНК в трансгенных клеточных линиях, однако, в некоторых вариантах реализации указанные экспрессия или функция генов увеличиваются. При образовании из двух цепей или одиночной цепи, принимающей форму самокомплементарной шпилькообразной молекулы, складывающейся с самой собой с образованием дуплекса, указанные две цепи (или образующие дуплекс области одиночной цепи) представляют собой комплементарные цепи РНК, которые спариваются основаниями по Уотсону-Крику.[00106] According to the present invention, antisense compounds include antisense oligonucleotides, ribozymes, external guide sequence oligonucleotides (EGS), siRNA compounds, single or double stranded RNA interfering (RNAi) compounds, such as siRNA compounds, and other oligomeric compounds that hybridize with at least a portion of the target nucleic acid and modulate its function. Accordingly, they may be DNA, RNA, DNA-like compounds, RNA-like compounds or mixtures thereof, or may be mimetics of one or more of these compounds. Such compounds may be single-stranded, double-stranded, ring or hairpin oligomeric compounds and may contain structural elements, such as internal or terminal loops, non-complementary positions or loops. Antisense compounds are usually prepared as linear compounds, but they can be combined or otherwise prepared to produce ring and / or branched compounds. Antisense compounds may include constructs such as, for example, two hybridized chains forming a fully or partially double-stranded compound or a single chain with self-complementarity sufficient to hybridize and form a fully or partially double-stranded compound. These two chains can be connected by internal bonds, having free 3'- or 5'-ends, or can be connected with the formation of a continuous hairpin-like structure or loop. The specified hairpin-like structure may contain a sticky end at either the 5'- or 3'-end, forming an extension of a single-chain nature. These double-stranded compounds may optionally contain sticky ends. Other modifications may include conjugated groups attached to one of the ends, nucleotides at specific positions, sugars at certain positions, or to one of the internucleoside bonds. Alternatively, these two chains may be linked via a non-nucleic fragment or linker group. Formed by a single strand of dsRNA, it can take the form of a self-complementary hairpin molecule, folding with itself to form a duplex. Thus, these dsRNAs can be fully or partially double stranded. Specific modulation of gene expression can be achieved by stable expression of dsRNA hairpins in transgenic cell lines, however, in some embodiments, these gene expression or function is increased. When formed from two chains or a single chain, which takes the form of a self-complementary hairpin molecule, folding with itself to form a duplex, these two chains (or duplex-forming regions of a single chain) are complementary RNA chains that pair with Watson-Crick bases.
[00107] При попадании в систему, соединения согласно настоящему изобретению могут вызывать действие одного или нескольких ферментов или структурных белков по расщеплению или другим модификациям нуклеиновой кислоты-мишени или могут работать по механизму "занятия положения" (occupancy-based mechanism). В общем случае, нуклеиновые кислоты (в том числе олигонуклеотиды) могут быть описаны как "ДНК-подобные" (т.е. содержащие, как правило, один или более 2'-дезоксисахаров и, как правило, преимущественно Т, а не U основания) или "РНК-подобные" (т.е. содержащие, как правило, один или более 2'-гидрокси- или 2'-модифицированных Сахаров и, как правило, преимущественно U, а не Т основания). Спирали нуклеиновых кислот могут быть представлены структурами более чем одного типа, чаще всего А- и В-формами. Считают, что, в общем случае, олигонуклеотиды, которые имеют структуру, подобную В-форме, являются "ДНК-подобными", а олигонуклеотиды, которые имеют структуру, подобную А-форме, являются "РНК-подобными". В некоторых (химерных) вариантах реализации антисмысловое соединение может содержать области как А-, так и В-формы.[00107] When introduced into the system, the compounds of the present invention can cause the action of one or more enzymes or structural proteins by cleavage or other modifications of the target nucleic acid, or they can work by the occupancy-based mechanism. In general, nucleic acids (including oligonucleotides) can be described as “DNA-like” (that is, containing, as a rule, one or more 2'-deoxysugars and, as a rule, predominantly T rather than U bases ) or "RNA-like" (i.e., containing, as a rule, one or more 2'-hydroxy or 2'-modified Sugars and, as a rule, mainly U rather than T bases). Nucleic acid helices can be represented by structures of more than one type, most often A- and B-forms. It is believed that, in the general case, oligonucleotides that have a structure similar to the B form are "DNA-like" and oligonucleotides that have a structure similar to the A-form are "RNA-like." In some (chimeric) embodiments, the antisense compound may contain both A- and B-form regions.
[00108] В одном варианте реализации желаемые олигонуклеотиды или антисмысловые соединения содержат по меньшей мере одно из следующего: антисмысловую РНК, антисмысловую ДНК, химерные антисмысловые олигонуклеотиды, антисмысловые олигонуклеотиды, содержащие модифицированные связи, интерферирующие РНК (РНКи), малые интерферирующие РНК (миРНК); микро интерферирующие РНК (микро-РНК); малые временные РНК (мвРНК); или короткие шпилечные РНК (кшРНК); малые РНК индуцированной активации гена (РНКа); малые активирующие РНК (маРНК) или их комбинации.[00108] In one embodiment, the desired oligonucleotides or antisense compounds comprise at least one of the following: antisense RNA, antisense DNA, chimeric antisense oligonucleotides, antisense oligonucleotides containing modified bonds, interfering RNAs (RNAs), small interfering RNAs (miRs); micro interfering RNA (micro RNA); small transient RNA (mvRNA); or short hairpin RNAs (kshRNA); small RNA-induced gene activation (RNA); small activating RNAs (mRNAs) or combinations thereof.
[00109] дцРНК может также активировать экспрессию генов, механизм, который получил название "малые РНК индуцированной активации генов" или РНКа. дцРНК, нацеленные на промоторы генов, вызывают мощную транскрипционную активацию ассоциированных генов. РНКа была продемонстрирована в клетках человека с помощью синтетических дцРНК, называемых "малые активирующие РНК" (маРНК). В настоящее время неизвестно, консервативна ли РНКа в других организмах.[00109] dsRNA can also activate gene expression, a mechanism called "small RNA-induced gene activation" or RNA. dsRNAs targeted at gene promoters induce powerful transcriptional activation of associated genes. RNA has been demonstrated in human cells using synthetic dsRNAs called “small activating RNAs” (mRNAs). It is currently unknown whether RNA is conserved in other organisms.
[00110] Было обнаружено, что малые двухцепочечные РНК (дцРНК), такие как малые интерферирующие РНК (миРНК) и микроРНК (микро-РНК), запускают эволюционно консервативный механизм, известный как РНК-интерференция (РНКи). РНКи неизбежно ведет к выключению (сайленсингу) генов за счет ремоделирования хроматина, что приводит к подавлению транскрипции, деградации комплементарной мРНК или блокированию трансляции белка. Тем не менее, в примерах, подробно описанных в последующей экспериментальной части, показано, что олигонуклеотиды вызывают увеличение экспрессии и/или функции полинуклеотидов PAR4 и кодируемых ими продуктов. дцРНК может также выступать в качестве малых активирующих РНК (маРНК). Без привязки к какой-либо конкретной теории, посредством нацеленного действия на последовательности в промоторах генов-мишеней маРНК индуцируют экспрессию гена-мишени в результате явления, называемого дцРНК индуцированной транскрипционной активацией (РНКа).[00110] It has been found that small double-stranded RNAs (dsRNAs), such as small interfering RNAs (miRNAs) and miRNAs (microRNAs), trigger an evolutionarily conserved mechanism known as RNA interference (RNAi). RNAi inevitably leads to silencing of genes due to chromatin remodeling, which leads to inhibition of transcription, degradation of complementary mRNA, or block protein translation. Nevertheless, in the examples described in detail in the subsequent experimental part, it was shown that oligonucleotides cause an increase in the expression and / or function of PAR4 polynucleotides and the products encoded by them. dsRNA can also act as small activating RNA (mRNA). Without reference to any particular theory, by targeting sequences in the promoters of target genes, mRNAs induce expression of the target gene as a result of a phenomenon called dsRNA-induced transcriptional activation (RNA).
[00111] Согласно другому варианту реализации "предпочтительные сегменты-мишени", определенные в настоящей заявке, можно применять для отбора дополнительных соединений, которые модулируют экспрессию полинуклеотидов PAR4. "Модуляторы" представляют собой соединения, понижающие или повышающие экспрессию молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей PAR4, и содержащие по меньшей мере 5-нуклеотидный участок, комплементарный предпочтительному сегменту-мишени. Способ отбора включает этапы осуществления контакта предпочтительного сегмента- мишени молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей смысловые или природные антисмысловые полинуклеотиды PAR4 с одним или несколькими потенциальными модуляторами, и отбор одного или более потенциального модулятора, понижающего или повышающего экспрессию молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей полинуклеотиды PAR4, например, SEQ ID NO:3-9. После того, как подтверждена способность потенциального(ых) модулятора(ов) к модулированию (например, понижению или повышению) экспрессии молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей полинуклеотиды PAR4, указанный модулятор можно применять для дальнейших исследований функций полинуклеотидов PAR4, или для применения в качестве агента для исследований, диагностики или лечения согласно настоящему изобретению.[00111] According to another embodiment, the “preferred target segments” defined herein can be used to select additional compounds that modulate the expression of PAR4 polynucleotides. "Modulators" are compounds that lower or increase the expression of a nucleic acid molecule encoding PAR4 and contain at least a 5-nucleotide region complementary to a preferred target segment. The selection method includes the steps of contacting a preferred target segment of a nucleic acid molecule encoding sense or natural antisense PAR4 polynucleotides with one or more potential modulators, and selecting one or more potential modulator lowering or increasing the expression of a nucleic acid molecule encoding PAR4 polynucleotides, for example, SEQ ID NO: 3-9. After the ability of the potential modulator (s) to modulate (e.g., decrease or increase) the expression of a nucleic acid molecule encoding PAR4 polynucleotides has been confirmed, this modulator can be used for further studies of the functions of PAR4 polynucleotides, or for use as an agent for research, diagnosis or treatment according to the present invention.
[00112] Нацеленное воздействие при помощи природной антисмысловой последовательности предпочтительно модулирует функцию гена-мишени. Например, гена PAR4 (в частности, под номером доступа NM_019113). Согласно одному из вариантов реализации мишень представляет собой антисмысловой полинуклеотид гена PAR4. Согласно одному из вариантов реализации антисмысловой олигонуклеотид нацелен на смысловые и/или природные антисмысловые последовательности полинуклеотидов PAR4 (в частности, под номером доступа NM_019113), их варианты, аллели, изоформы, гомологи, мутанты, производные, фрагменты и комплементарные последовательности. Предпочтительно, указанный олигонуклеотид представляет собой антисмысловую молекулу, и указанные мишени включают кодирующие и некодирующие участки антисмысловых и/или смысловых полинуклеотидов PAR4.[00112] Targeted exposure via a natural antisense sequence preferably modulates the function of the target gene. For example, the PAR4 gene (in particular, under access number NM_019113). In one embodiment, the target is an antisense polynucleotide of the PAR4 gene. According to one embodiment, the antisense oligonucleotide is aimed at sense and / or natural antisense sequences of PAR4 polynucleotides (in particular, under accession number NM_019113), their variants, alleles, isoforms, homologs, mutants, derivatives, fragments and complementary sequences. Preferably, said oligonucleotide is an antisense molecule, and said targets include coding and non-coding regions of antisense and / or sense PAR4 polynucleotides.
[00113] Предпочтительные целевые сегменты согласно настоящему изобретению могут также быть скомбинированы с соответствующими комплементарными антисмысловыми соединениями, предложенными в настоящем изобретении, с формированием стабилизированных двухцепочечных (дуплексных) олигонуклеотидов.[00113] Preferred target segments of the present invention can also be combined with the corresponding complementary antisense compounds of the present invention to form stabilized double-stranded (duplex) oligonucleotides.
[00114] В данной области техники показано, что такие двухцепочечные олигонуклеотидные фрагменты модулируют экспрессию мишеней и регулируют трансляцию, а также процессинг РНК, посредством антисмыслового механизма. Кроме того, указанные двухцепочечные фрагменты могут подвергаться химическим модификациям. Например, показано, что такие двуцепочечные фрагменты ингибируют мишень посредством классической гибридизации антисмысловой цепи указанного дуплекса с мишенью, запуская тем самым ферментное расщепление мишени.[00114] It has been shown in the art that such double-stranded oligonucleotide fragments modulate target expression and regulate translation, as well as RNA processing, through an antisense mechanism. In addition, these double-stranded fragments can undergo chemical modifications. For example, it has been shown that such double-stranded fragments inhibit the target by classical hybridization of the antisense strand of the indicated duplex with the target, thereby triggering enzymatic cleavage of the target.
[00115] Согласно одному из вариантов реализации антисмысловой олигонуклеотид нацелен на полинуклеотиды PAR4 (в частности, под номером доступа NM_019113), их варианты, аллели, изоформы, гомологи, мутанты, производные, фрагменты и комплементарные последовательности. Предпочтительно, указанный олигонуклеотид представляет собой антисмысловую молекулу.[00115] According to one embodiment, the antisense oligonucleotide targets PAR4 polynucleotides (in particular, access number NM_019113), their variants, alleles, isoforms, homologs, mutants, derivatives, fragments, and complementary sequences. Preferably, said oligonucleotide is an antisense molecule.
[00116] Согласно вариантам реализации настоящего изобретения целевая молекула нуклеиновой кислоты не ограничивается собственно PAR4 и может быть представлена любыми изоформами, рецепторами, гомологами и т.п. молекулами PAR4.[00116] According to embodiments of the present invention, the target nucleic acid molecule is not limited to PAR4 per se and can be represented by any isoforms, receptors, homologs, and the like. PAR4 molecules.
[00117] Согласно одному из вариантов реализации олигонуклеотид нацелен на природную антисмысловую последовательность полинуклеотидов PAR4, например, полинуклеотидов, представленных в последовательностях SEQ ID NO:2, и любых их вариантов, аллелей, гомологов, мутантов, производных, фрагментов и комплементарных последовательностей. Примеры антисмысловых олигонуклеотидов представлены последовательностями SEQ ID NO:3-9.[00117] According to one embodiment, the oligonucleotide targets a natural antisense sequence of PAR4 polynucleotides, for example, polynucleotides shown in SEQ ID NO: 2, and any variants, alleles, homologs, mutants, derivatives, fragments and complementary sequences thereof. Examples of antisense oligonucleotides are represented by the sequences of SEQ ID NO: 3-9.
[00118] Согласно одному из вариантов реализации указанные олигонуклеотиды комплементарны или связываются с нуклеиновыми кислотами антисмысловых последовательностей PAR4, включая, не ограничиваясь указанными, некодирующие смысловые и/или антисмысловые последовательности, связанные с полинуклеотидами PAR4, и модулируют экспрессию и/или функцию молекул PAR4.[00118] According to one embodiment, said oligonucleotides are complementary or bind to nucleic acids of PAR4 antisense sequences, including, but not limited to, non-coding sense and / or antisense sequences associated with PAR4 polynucleotides, and modulate the expression and / or function of PAR4 molecules.
[00119] Согласно одному из вариантов реализации указанные олигонуклеотиды комплементарны природным антисмысловым последовательностям нуклеиновых кислот PAR4, представленным в последовательностях SEQ ID NO:2 или связываются с ними, и модулируют экспрессию и/или функцию молекул PAR4.[00119] According to one embodiment, said oligonucleotides are complementary to or bind to the natural antisense PAR4 nucleic acid sequences of SEQ ID NO: 2 and modulate the expression and / or function of PAR4 molecules.
[00120] Согласно одному из вариантов реализации олигонуклеотиды содержат последовательности, состоящие по меньшей мере из 5 последовательных нуклеотидов последовательностей SEQ ID NO:3-9, и модулируют экспрессию и/или функцию молекул PAR4.[00120] According to one embodiment, the oligonucleotides comprise sequences of at least 5 consecutive nucleotides of the sequences SEQ ID NO: 3-9, and modulate the expression and / or function of PAR4 molecules.
[00121] Указанные полинуклеотидные мишени включают PAR4, в том числе представителей этого семейства, варианты PAR4; мутанты PAR4, в том числе SNP; некодирующие последовательности PAR4; аллели PAR4; видовые варианты, фрагменты и т.п. Предпочтительно, указанный олигонуклеотид представляет собой антисмысловую молекулу.[00121] These polynucleotide targets include PAR4, including members of this family, variants of PAR4; mutants PAR4, including SNP; non-coding sequences of PAR4; PAR4 alleles; species options, fragments, etc. Preferably, said oligonucleotide is an antisense molecule.
[00122] В одном из вариантов реализации олигонуклеотид, который нацелен на полинуклеотиды PAR4, включает: антисмысловую РНК, интерферирующую РНК (иРНК), малую интерферирующую РНК (миРНК); микро интерферирующую РНК (микроРНК), малую, временную РНК (мвРНК), или короткую шпилечную РНК (кшРНК); малую РНК-индуцированной активации гена (РНКа), или малую активирующую РНК (маРНК).[00122] In one embodiment, an oligonucleotide that targets PAR4 polynucleotides includes: antisense RNA, interfering RNA (mRNA), small interfering RNA (siRNA); micro-interfering RNA (miRNA), small, transient RNA (mvRNA), or short hairpin RNA (kshRNA); small RNA-induced gene activation (RNA), or small activating RNA (mRNA).
[00123] Согласно одному из вариантов реализации направленное воздействие на полинуклеотиды PAR4, например, SEQ ID NO:2, модулирует экспрессию или функцию таких мишеней. Согласно одному из вариантов реализации экспрессия или функция регулируются повышающим образом по сравнению с контролем. Согласно одному из вариантов реализации экспрессия или функция регулируются понижающим образом по сравнению с контролем.[00123] In one embodiment, the targeted action on PAR4 polynucleotides, for example, SEQ ID NO: 2, modulates the expression or function of such targets. In one embodiment, expression or function is up-regulated as compared to control. In one embodiment, expression or function is down-regulated as compared to control.
[00124] Согласно одному из вариантов реализации антисмысловые соединения включают последовательности, представленные в последовательностях SEQ ID NO:3-6. Такие олигонуклеотиды могут содержать один или более модифицированный нуклеотид, более короткие или более длинные фрагменты, модифицированные связи и т.п.[00124] In one embodiment, antisense compounds include the sequences shown in SEQ ID NO: 3-6. Such oligonucleotides may contain one or more modified nucleotides, shorter or longer fragments, modified bonds, and the like.
[00125] Согласно одному из вариантов реализации последовательности SEQ ID NO:3-9 содержат один или более ЗНК-нуклеотид. В таблице 1 приведены типовые антисмысловые олигонуклеотиды, подходящие для применения в способах согласно настоящему изобретению.[00125] According to one embodiment of the sequence, SEQ ID NO: 3-9 comprise one or more ZNA nucleotides. Table 1 shows typical antisense oligonucleotides suitable for use in the methods of the present invention.
[00126] Модулирование нужной целевой нуклеиновой кислоты может быть осуществлена несколькими известными в данной области техники способами. Например, антисмысловые олигонуклеотиды, миРНК и т.д. Молекулы ферментативной нуклеиновой кислоты (например, рибозимы) представляют собой молекулы нуклеиновой кислоты, способные катализировать одну или несколько разнообразных реакций, включая способность многократно расщеплять другие отдельные молекулы нуклеиновой кислоты чувствительным к последовательности нуклеиновых оснований сиквенс-специфичным образом. Такие молекулы ферментативной нуклеиновой кислоты могут применяться, например, для нацеленного действия на практически любой РНК-транскрипт.[00126] Modulation of the desired target nucleic acid can be accomplished by several methods known in the art. For example, antisense oligonucleotides, siRNAs, etc. Enzymatic nucleic acid molecules (e.g., ribozymes) are nucleic acid molecules capable of catalyzing one or more of a variety of reactions, including the ability to repeatedly cleave other individual nucleic acid molecules in a sequence-specific manner in a sequence-sensitive manner. Such enzymatic nucleic acid molecules can be used, for example, for targeted action on almost any RNA transcript.
[00127] Из-за сиквенс-специфичности транс-расщепляющие молекулы ферментативной нуклеиновой кислоты являются многообещающими потенциальными терапевтическими агентами для лечения заболеваний человека. Ферментативные молекулы нуклеиновых кислот могут быть сконструированы для расщепления конкретных РНК мишеней в общем пуле клеточной РНК. Такое расщепление делает указанные мРНК нефункциональными и отменяет экспрессию белка с этой РНК. Таким образом, синтез белка, связанного с болезненным состоянием может быть избирательно заблокирована.[00127] Due to sequence specificity, trans-cleaving enzymatic nucleic acid molecules are promising potential therapeutic agents for treating human diseases. Enzymatic nucleic acid molecules can be designed to cleave specific RNA targets in a common pool of cellular RNA. This cleavage makes these mRNAs non-functional and cancels the expression of the protein from this RNA. Thus, protein synthesis associated with a disease state can be selectively blocked.
[00128] В общем случае, ферментативные нуклеиновые кислоты с активностью по расщеплению РНК действуют, во-первых, за счет связывания с РНК-мишенью. Такое связывание происходит посредством мишень-связывающего фрагмента ферментативной нуклеиновой кислоты, который располагается в непосредственной близости к ферментативному фрагменту указанной молекулы, расщепляющему целевую РНК. Таким образом, указанная ферментативная нуклеиновая кислота сначала распознает целевую РНК, а потом связывается с ней посредством комплементарного спаривания оснований, и после связывания с соответствующим участком ферментативно расщепляет целевую РНК. Стратегическое расщепление такой целевой РНК уничтожит ее способность к прямому синтезу кодируемого белка. После того, как ферментативная нуклеиновая кислота связала и расщепила целевую РНК, она отсоединяется от этой РНК, освобождается для другой мишени и может повторно связывать и расщеплять новые мишени.[00128] In general, enzymatic nucleic acids with RNA cleavage activity act, firstly, by binding to the target RNA. This binding occurs through a target-binding fragment of the enzymatic nucleic acid, which is located in close proximity to the enzymatic fragment of the specified molecule that cleaves the target RNA. Thus, this enzymatic nucleic acid first recognizes the target RNA, and then binds to it by complementary base pairing, and after binding to the corresponding site enzymatically cleaves the target RNA. The strategic cleavage of such a target RNA will destroy its ability to directly synthesize the encoded protein. After the enzymatic nucleic acid has bound and cleaved the target RNA, it is disconnected from this RNA, freed for another target and can re-bind and cleave new targets.
[00129] Ряд подходов, таких как in vitro стратегии отбора (извлечения) (Orgel, (1979) Proc. R. Soc. London, В 205, 435), были использованы для получения новых нуклеиновых катализаторов, способных катализировать различные реакции, такие как расщепление и лигирование фосфодиэфирных связей и амидных связей.[00129] A number of approaches, such as in vitro selection (extraction) strategies (Orgel, (1979) Proc. R. Soc. London, B 205, 435), have been used to produce novel nucleic catalysts capable of catalyzing various reactions, such as cleavage and ligation of phosphodiester bonds and amide bonds.
[00130] Получение рибозимов, обладающих оптимальной каталитической активностью, внесет существенный вклад в любую стратегию, включающую применение РНК-расщепляющих рибозимов для регулирования генной экспрессии. Рибозим типа «головка молотка», например, функционирует со скоростью каталитической реакции (kcat) приблизительно 1 мин-1 в присутствии насыщающих (10 мМ) концентраций кофактора Mg2+. Показано, что синтетический «РНК-лигазный» рибозим катализирует соответствующую реакцию самоизменения со скоростью приблизительно 100 мин-1. Кроме того, известно, что определенные модифицированные рибозимы типа «головка молота», имеющие связывающие субстрат состоящие из ДНК «ручки», катализируют расщепление РНК со скоростями оборотов, достигающими 100 мин-1. Наконец, замещение специфического остатка каталитического ядра «головки молота» определенными нуклеотидными аналогами дает модифицированные рибозимы, демонстрирующие повышение скорости каталитической реакции вплоть до 10-кратного. Эти результаты показывают, что рибозимы могут обеспечивать химические преобразования с каталитическими скоростями, значительно превышающими таковые, демонстрируемые in vitro большинством природных саморасщепляющих рибозимов. В этом случае возможно, что структуры некоторых саморасщепляющих рибозимов можно оптимизировать, чтобы получить максимальную каталитическую активность, или что могут быть получены совершенно новые РНК мотивы, демонстрирующие значительно увеличенные скорости фосфодиэфирного расщепления РНК.[00130] Obtaining ribozymes with optimal catalytic activity will make a significant contribution to any strategy involving the use of RNA-cleaving ribozymes for regulating gene expression. The hammerhead type ribozyme, for example, functions at a catalytic reaction rate (kcat) of about 1 min-1 in the presence of saturating (10 mM) Mg2 + cofactor concentrations. It was shown that the synthetic “RNA-ligase” ribozyme catalyzes the corresponding self-change reaction at a rate of approximately 100 min-1. In addition, it is known that certain modified hammerhead-type ribozymes with substrate-binding DNA consisting of “handles” catalyze RNA cleavage at speeds of up to 100 min-1. Finally, substitution of a specific residue of the catalytic core of the “hammer head” with specific nucleotide analogues gives modified ribozymes that demonstrate an increase in the catalytic reaction rate up to 10-fold. These results show that ribozymes can provide chemical transformations with catalytic rates far exceeding those demonstrated in vitro by most natural self-cleaving ribozymes. In this case, it is possible that the structures of some self-cleaving ribozymes can be optimized in order to obtain maximum catalytic activity, or that completely new RNA motifs can be obtained that demonstrate significantly increased rates of phosphodiester cleavage of RNA.
[00131] Внутримолекулярное расщепление РНК-субстрата РНК катализатором, соответствующим модели «головка молота», впервые было показано в 1987 (Uhlenbeck, О.С. (1987) Nature, 328:596-600). Указанный РНК катализатор был выделен и вступал в реакцию с различными РНК-молекулами, подтверждая, что он действительно является катализатором.[00131] Intramolecular cleavage of an RNA substrate by an RNA catalyst corresponding to the hammerhead model was first shown in 1987 (Uhlenbeck, O.S. (1987) Nature, 328: 596-600). The specified RNA catalyst was isolated and reacted with various RNA molecules, confirming that it really is a catalyst.
[00132] Каталитические РНК, сконструированные на основе мотива «головка молота», применялись для расщепления специфических целевых последовательностей осуществлением подходящего спаривания оснований в каталитической РНК для обеспечения необходимого спаривания оснований с целевыми последовательностями. Это позволило применить указанную каталитическую РНК для расщепления специфических целевых последовательностей и показать, что каталитические РНК, сконструированные согласно модели «головка молота», предположительно способны расщеплять специфические субстратные РНК in vivo.[00132] Catalytic RNAs constructed on the basis of the hammerhead motif were used to cleave specific target sequences by carrying out suitable base pairing in the catalytic RNA to provide the necessary base pairing with the target sequences. This made it possible to use the indicated catalytic RNA to cleave specific target sequences and show that catalytic RNAs constructed according to the hammerhead model are thought to be capable of cleaving specific substrate RNAs in vivo.
[00133] РНК-интерференция (РНКи) стала мощным инструментом модулирования генной экспрессии у млекопитающих и в клетках млекопитающих. Этот подход предполагает получение малых интерферирующих РНК (миРНК) в виде самой РНК или в виде ДНК, с применением экспрессионной плазмиды или вируса и кодирующей последовательности для малых шпилечных РНК, которые процессируются в миРНК. Эта система обеспечивает эффективный транспорт пре-миРНК в цитоплазму, где они проявляют активность, и позволяет применение регулируемых и тканеспецифичных промоторов генной экспрессии[00133] RNA interference (RNAi) has become a powerful tool for modulating gene expression in mammals and mammalian cells. This approach involves the production of small interfering RNAs (siRNAs) as RNA itself or as DNA, using an expression plasmid or virus and the coding sequence for small hairpin RNAs that are processed in siRNAs. This system provides efficient transport of pre-miRNAs to the cytoplasm, where they are active, and allows the use of regulated and tissue-specific gene expression promoters
[00134] Согласно одному из вариантов реализации олигонуклеотид или антисмысловое соединение содержит олигомер или полимер рибонуклеиновой кислоты (РНК) и/или дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), или их миметик, химеру, аналог или гомолог. Этот термин включает олигонуклеотиды, состоящие из встречающихся в природе нуклеотидов, сахаров и ковалентных межнуклеозидных (скелетных) связей, а также олигонуклеотиды, содержащие не встречающиеся в природе фрагменты, функционирующие сходным образом. Такие модифицированные или замещенные олигонуклеотиды часто предпочтительнее нативных форм, так как они обладают необходимыми свойствами, такими как, например, увеличенное поглощение клетками, увеличенная связывающая способность в отношении целевой нуклеиновой кислоты и повышенная стабильность в присутствии нуклеаз.[00134] In one embodiment, the oligonucleotide or antisense compound comprises an oligomer or polymer of ribonucleic acid (RNA) and / or deoxyribonucleic acid (DNA), or a mimetic, chimera, analog or homolog thereof. This term includes oligonucleotides consisting of naturally occurring nucleotides, sugars and covalent internucleoside (skeletal) bonds, as well as oligonucleotides containing non-naturally occurring fragments that function in a similar way. Such modified or substituted oligonucleotides are often preferable to the native forms, as they possess the necessary properties, such as, for example, increased uptake by cells, increased binding capacity for the target nucleic acid, and increased stability in the presence of nucleases.
[00135] Согласно настоящему изобретению указанные олигонуклеотиды или «антисмысловые соединения» включают антисмысловые олигонуклеотиды (например, РНК, ДНК, их миметики, химеры, аналоги или гомологи), рибозимы, олигонуклеотиды внешних вспомогательных последовательностей (EGS), миРНК соединения, одно- или двуцепочечные РНК-интерферирующие (РНКи) соединения, такие как миРНК соединения, каРНК, аРНК, и другие олигомерные соединения, которые гибридизуются по меньшей мере с частью целевой нуклеиновой кислоты и модулируют ее функцию. Соответственно, они могут представлять собой ДНК, РНК, ДНК-подобные соединения, РНК-подобные соединения или их смеси, или могут представлять собой миметики одного или более из указанных соединений. Такие соединения могут представлять собой одноцепочечные, двухцепочечные, кольцевые или шпилькообразные олигомерные соединения и могут содержать структурные элементы, такие как внутренние или концевые выпетливания, некомплементарные положения или петли. Антисмысловые соединения обычно получают в виде линейных соединений, но они могут быть объединены или получены иным способом для получения кольцевых или и/или разветвленных соединений. Антисмысловые соединения могут включать такие конструкты, как, например, две гибридизованных цепи, формирующих полностью или частично двухцепочечное соединение, или одиночная цепь с достаточной самокомплементарностью для гибридизации и формирования полностью или частично двухцепочечного соединения. Указанные две цепи могут быть связаны внутренними связями, имея свободные 3' или 5' концы, или могут связываться с образованием непрерывной шпилькообразной структуры или петли. Указанная шпилькообразная структура может содержать липкий конец на 5' или на 3' конце, образующий удлинение одноцепочечного характера. Указанные двуцепочечные соединения в некоторых случаях могут содержать липкие концы. Другие модификации могут включать конъюгированные группы, присоединенные к одному из концов, нуклеотидам в определенных положениях, сахарам в определенных положениях или к одной из межнуклеозидных связей. Как вариант, указанные две цепи могут быть связаны посредством не-нуклеинового фрагмента или линкерной группы. Сформированная одиночной цепью дцРНК может принимать форму самокомплементарной шпилькообразной молекулы, складывающейся с самой собой с образованием дуплекса. Таким образом, указанные дцРНК могут быть полностью или частично двуцепочечными. Специфическое модулирование генной экспрессии может быть достигнуто стабильной экспрессией дцРНК-шпилек в трансгенных клеточных линиях. При формировании из двух цепей или одиночной цепи, принимающей форму самокомплементарной шпилькообразной молекулы, складывающейся с самой собой с формированием дуплекса, указанные две цепи (или формирующие дуплекс участки одиночной цепи) представляют собой комплементарные цепи РНК, которые спариваются по Уотсону-Крику.[00135] According to the present invention, said oligonucleotides or “antisense compounds” include antisense oligonucleotides (eg, RNA, DNA, their mimetics, chimeras, analogues or homologs), ribozymes, external auxiliary sequence oligonucleotides (EGS), siRNA compounds, single or double stranded RNA interfering (RNAi) compounds, such as siRNA compounds, kRNAs, arRNAs, and other oligomeric compounds that hybridize with at least a portion of the target nucleic acid and modulate its function. Accordingly, they may be DNA, RNA, DNA-like compounds, RNA-like compounds or mixtures thereof, or may be mimetics of one or more of these compounds. Such compounds may be single-stranded, double-stranded, ring or hairpin oligomeric compounds and may contain structural elements, such as internal or terminal loops, non-complementary positions or loops. Antisense compounds are usually prepared as linear compounds, but they can be combined or otherwise prepared to produce ring or / and branched compounds. Antisense compounds may include constructs such as, for example, two hybridized chains forming a fully or partially double-stranded compound, or a single chain with sufficient self-complementarity to hybridize and form a fully or partially double-stranded compound. These two chains can be connected by internal bonds having free 3 'or 5' ends, or can bind to form a continuous hairpin structure or loop. The specified hairpin-like structure may contain a sticky end at the 5 'or 3' end, forming an extension of a single-chain nature. These double-stranded compounds in some cases may contain sticky ends. Other modifications may include conjugated groups attached to one of the ends, nucleotides at specific positions, sugars at certain positions, or to one of the internucleoside bonds. Alternatively, these two chains can be linked via a non-nucleic fragment or linker group. The dsRNA formed by a single chain can take the form of a self-complementary hairpin molecule, folding with itself with the formation of a duplex. Thus, these dsRNAs can be fully or partially double stranded. Specific modulation of gene expression can be achieved by stable expression of dsRNA hairpins in transgenic cell lines. When forming from two chains or a single chain, which takes the form of a self-complementary hairpin molecule, folding with itself with the formation of a duplex, these two chains (or duplex-forming sections of a single chain) are complementary RNA chains that pair according to Watson-Crick.
[00136] При введении в систему соединения, предложенные в настоящем изобретении, могут приводить к активации одного или более ферментов или структурных белков, влияя на расщепление или иные модификации целевой нуклеиновой кислоты, либо могут действовать через механизмы «заполнения». Как правило, нуклеиновые кислоты (включая олигонуклеотиды) могут быть названы «ДНК-подобными» (т.е., как правило, содержащими один или более 2'-дезокси-сахар и, как правило, преимущественно Т, а не U, основания) или «РНК-подобными» (т.е., как правило, содержащими один или более 2'- гидроксил или 2'-модифицированные сахара и, как правило, преимущественно Т, а не U, основания). Спирали нуклеиновых кислот могут быть представлены структурами более чем одного типа, чаще всего А- и В-формами. Предполагают, что, как правило, олигонуклеотиды, имеющие структуру типа В-формы, «ДНК-подобны», а имеющие структуру типа А-формы, «РНК-подобны». Согласно некоторым вариантам реализации (с химерами) антисмысловое соединение может содержать участки как А-, так и В-формы.[00136] When introduced into the system, the compounds of the present invention can lead to the activation of one or more enzymes or structural proteins, affecting cleavage or other modifications of the target nucleic acid, or they can act through “filling” mechanisms. Typically, nucleic acids (including oligonucleotides) can be called "DNA-like" (ie, typically containing one or more 2'-deoxy sugar and, as a rule, predominantly T rather than U, bases) or "RNA-like" (ie, typically containing one or more 2'-hydroxyl or 2'-modified sugars and, as a rule, predominantly T rather than U, bases). Nucleic acid helices can be represented by structures of more than one type, most often A- and B-forms. Assume that, as a rule, oligonucleotides having a structure of type B-form, "DNA-like", and having a structure of type A-form, "RNA-like." In some embodiments (with chimeras), the antisense compound may contain both A- and B-shaped regions.
[00137] Антисмысловые соединения согласно настоящему изобретению могут содержать антисмысловой фрагмент приблизительно от 5 до приблизительно 80 нуклеотидов (т.е. приблизительно от 5 до приблизительно 80 связанных нуклеозидов) длиной. Это относится к длине указанной антисмысловой цепи или части указанного антисмыслового соединения. Иными словами, одноцепочечное антисмысловое соединение, предложенное в настоящем изобретении, содержит от 5 до приблизительно 80 нуклеотидов, а двуцепочечное антисмысловое соединение, предложенное в настоящем изобретении, (такие как, например, дцРНК) содержит смысловую и антисмысловую цепь или фрагменты от 5 до приблизительно 80 нуклеотидов длиной. Специалисту в данной области техники будет ясно, что под этим понимаются антисмысловые фрагменты, составляющие в длину 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79 или 80 нуклеотидов, или принадлежащие любому диапазону в пределах указанного.[00137] The antisense compounds of the present invention may comprise an antisense fragment of about 5 to about 80 nucleotides (ie, from about 5 to about 80 linked nucleosides) in length. This refers to the length of said antisense chain or part of said antisense compound. In other words, the single-stranded antisense compound proposed in the present invention contains from 5 to about 80 nucleotides, and the double-stranded antisense compound proposed in the present invention (such as, for example, dsRNA) contains a sense and antisense strand or fragments from 5 to about 80 nucleotides long. It will be clear to a person skilled in the art that by this are meant antisense fragments of 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79 or 80 nucleotides, or belonging to any range within the specified.
[00138] Согласно одному из вариантов реализации антисмысловые соединения, предложенные в настоящем изобретении, содержат антисмысловые фрагменты 10-50 нуклеотидов длиной. Специалисту в данной области техники будет ясно, что сюда включены олигонуклеотиды, содержащие антисмысловые фрагменты, составляющие в длину 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, или 50 нуклеотидов, или принадлежащие любому диапазону в пределах указанного. Согласно некоторым вариантам реализации длина указанных олигонуклеотидов составляет 15 нуклеотидов.[00138] In one embodiment, the antisense compounds of the present invention comprise antisense fragments of 10-50 nucleotides long. It will be clear to a person skilled in the art that oligonucleotides are included that contain antisense fragments of 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, or 50 nucleotides, or belonging to any range within the specified. In some embodiments, the length of said oligonucleotides is 15 nucleotides.
[00139] Согласно одному из вариантов реализации антисмысловые или олигонуклеотидные соединения, предложенные в настоящем изобретении, содержат антисмысловые фрагменты, составляющие от 12 или 13 до 30 нуклеотидов в длину. Специалисту в данной области техники будет ясно, что сюда включены антисмысловые соединения, содержащие антисмысловые фрагменты, составляющие в длину 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 или 30 нуклеотидов, или принадлежащие любому диапазону в пределах указанного.[00139] According to one embodiment, the antisense or oligonucleotide compounds of the present invention comprise antisense fragments of 12 or 13 to 30 nucleotides in length. It will be clear to a person skilled in the art that antisense compounds containing
[00140] Согласно одному из вариантов реализации олигомерные соединения, предложенные в настоящем изобретении, также включают варианты, в которых в одном или нескольких положениях нуклеотидов указанного соединения присутствуют различающиеся основания. Например, если первый нуклеотид представляет собой аденозин, могут быть получены варианты, которые содержат тимидин, гуанозин или цитидин в этом положении. Это может быть осуществлено в любом положении указанного антисмыслового или дцРНК-соединения. Такие соединения затем тестируют с применением способов, описанных в настоящей заявке, для определения их способности ингибировать экспрессию целевой нуклеиновой кислоты.[00140] In one embodiment, the oligomeric compounds of the present invention also include those in which different bases are present at one or more nucleotide positions of the compound. For example, if the first nucleotide is adenosine, variants that contain thymidine, guanosine or cytidine at this position can be obtained. This can be done at any position of said antisense or dsRNA compound. Such compounds are then tested using the methods described in this application to determine their ability to inhibit the expression of the target nucleic acid.
[00141] Согласно некоторым вариантам реализации степень гомологии, идентичности последовательностей или комплементарно сти между указанным антисмысловым соединением и мишенью составляет от приблизительно 40% до приблизительно 60%. Согласно некоторым вариантам реализации степень гомологии, идентичности последовательностей или комплементарности составляют приблизительно от 60% до приблизительно 70%. Согласно некоторым вариантам реализации степень гомологии, идентичности последовательностей или комплементарности составляют приблизительно от 70% до приблизительно 80%. Согласно некоторым вариантам реализации степень гомологии, идентичности последовательностей или комплементарности составляют приблизительно от 80% до приблизительно 90%. Согласно некоторым вариантам реализации гомология, идентичность последовательностей или комплементарность составляют приблизительно 90%, приблизительно 92%, приблизительно 94%, приблизительно 95%, приблизительно 96%, приблизительно 97%, приблизительно 98%, приблизительно 99% или приблизительно 100%.[00141] In some embodiments, the degree of homology, sequence identity, or complementarity between said antisense compound and target is from about 40% to about 60%. In some embodiments, the degree of homology, sequence identity, or complementarity is from about 60% to about 70%. In some embodiments, the degree of homology, sequence identity, or complementarity is from about 70% to about 80%. In some embodiments, the degree of homology, sequence identity, or complementarity is from about 80% to about 90%. In some embodiments, homology, sequence identity, or complementarity is about 90%, about 92%, about 94%, about 95%, about 96%, about 97%, about 98%, about 99%, or about 100%.
[00142] Согласно одному из вариантов реализации антисмысловые олигонуклеотиды, такие как, например, молекулы нуклеиновой кислоты, представленные в последовательностях SEQ ID NO:2-9, включают одну или более чем одну замену или модификацию. Согласно одному из вариантов реализации указанные нуклеотиды заменены закрытыми нуклеиновыми кислотами (ЗНК).[00142] In one embodiment, antisense oligonucleotides, such as, for example, the nucleic acid molecules shown in SEQ ID NOS: 2-9, include one or more substitutions or modifications. In one embodiment, said nucleotides are replaced by closed nucleic acids (NNAs).
[00143] Согласно одному из вариантов реализации указанные олигонуклеотиды нацеленно взаимодействуют с одним или более участком молекул нуклеиновой кислоты смысловых и/или антисмысловых кодирующих и/или некодирующих последовательностей, связанных с PAR4, и последовательностей, представленных в последовательностях SEQ ID NO:1 и 2. Олигонуклеотиды также нацелены на перекрывающиеся участки, соответствующие SEQ ID NO:1 и 2.[00143] According to one embodiment, said oligonucleotides specifically target one or more regions of nucleic acid molecules of sense and / or antisense coding and / or non-coding sequences associated with PAR4 and the sequences shown in SEQ ID NO: 1 and 2. Oligonucleotides also target overlapping regions corresponding to SEQ ID NO: 1 and 2.
[00144] Некоторые предпочтительные олигонуклеотиды, предложенные в настоящем изобретении, представляют собой химерные олигонуклеотиды. «Химерные олигонуклеотиды» или «химеры» в контексте настоящего изобретения представляют собой олигонуклеотиды, которые содержат два или более химически отличных участка, каждый из которых состоит по меньшей мере из одного нуклеотида. Такие олигонуклеотиды, как правило, содержат по меньшей мере один участок модифицированных нуклеотидов, обеспечивающий одно или более полезное свойство (такое как, например, увеличенная устойчивость к нуклеазам, увеличенное поглощение клетками, повышенная связывающая способность по отношению к мишени) и участок, который представляет собой субстрат для ферментов, способных к расщеплению РНК:ДНК или РНК:РНК гибридов. Как пример, РНКаза Н представляет собой клеточную эндонуклеазу, которая расщепляет РНК-цепь РНК:ДНК дуплекса. Активация РНКазы Н, таким образом, приводит к расщеплению целевой РНК, тем самым значительно повышая эффективность антисмыслового модулирования генной экспрессии. Соответственно, при использовании химерных олигонуклеотидов сопоставимые результаты часто могут быть получены с более короткими олигонуклеотидами, по сравнению с использованием фосфоротиоатных дезоксиолигонуклеотидов, гибридизующихся с тем же целевым участком. Расщепление целевой РНК можно определять стандартным способом посредством гель-электрофореза и, при необходимости, сопутствующих методик гибридизации нуклеиновых кислот, известных в данной области техники. Согласно одному из вариантов реализации химерный олигонуклеотид содержит по меньшей мере один участок, модифицированный для увеличения способности связываться с мишенью, и, как правило, участок, функционирующий как субстрат РНКазы Н. Связывающая способность олигонуклеотида по отношению к мишени (в данном случае, нуклеиновой кислоте, кодирующей ras) определяется стандартным способом измерением температуры плавления пары олигонуклеотид/мишень, представляющим собой температуру, при которой олигонуклеотид и мишень диссоциируют; диссоциацию определяют спектрофотометрически. Чем выше температура плавления, тем больше связывающая способность указанного олигонуклеотида по отношению к мишени.[00144] Some preferred oligonucleotides of the present invention are chimeric oligonucleotides. "Chimeric oligonucleotides" or "chimeras" in the context of the present invention are oligonucleotides that contain two or more chemically distinct regions, each of which consists of at least one nucleotide. Such oligonucleotides typically contain at least one region of modified nucleotides that provides one or more useful properties (such as, for example, increased resistance to nucleases, increased absorption by cells, increased binding ability with respect to the target) and a site that represents substrate for enzymes capable of cleaving RNA: DNA or RNA: RNA hybrids. As an example, RNase H is a cellular endonuclease that cleaves the RNA chain of RNA: DNA duplex. Activation of RNase H, thus, leads to cleavage of the target RNA, thereby significantly increasing the efficiency of antisense modulation of gene expression. Accordingly, when using chimeric oligonucleotides, comparable results can often be obtained with shorter oligonucleotides compared to using phosphorothioate deoxy oligonucleotides hybridizing with the same target region. The cleavage of the target RNA can be determined in a standard way by gel electrophoresis and, if necessary, the concomitant nucleic acid hybridization techniques known in the art. In one embodiment, the chimeric oligonucleotide comprises at least one region modified to increase its ability to bind to the target, and typically a region that functions as an RNase H substrate. The binding ability of the oligonucleotide with respect to the target (in this case, nucleic acid, encoding ras) is determined in a standard way by measuring the melting point of an oligonucleotide / target pair, which is the temperature at which the oligonucleotide and target dissociate; dissociation is determined spectrophotometrically. The higher the melting point, the greater the binding ability of the indicated oligonucleotide with respect to the target.
[00145] Химерные антисмысловые соединения, предложенные в настоящем изобретении, могут быть получены в виде составных структур из двух или более олигонуклеотидов, модифицированных олигонуклеотидов, олигонуклеозидов и/или миметиков олигонуклеотидов согласно приведенным выше описаниям. Такие соединения также известны в данной области техники как гибриды или гапмеры. Примеры патентов США, в которых описано получение таких гибридных структур, включают, не ограничиваясь перечисленными, патенты США 5013830; 5149797; 5220007; 5256775; 5366878; 5403711; 5491133; 5565350; 5623065; 5652355; 5652356; и 5700922, каждый из которых включен в настоящую заявку посредством ссылки.[00145] The chimeric antisense compounds of the present invention can be prepared as composite structures of two or more oligonucleotides, modified oligonucleotides, oligonucleosides and / or oligonucleotide mimetics according to the above descriptions. Such compounds are also known in the art as hybrids or hapmers. Examples of US patents describing the preparation of such hybrid structures include, but are not limited to, US Pat. No. 5,013,830; 5,149,797; 522,0007; 5,256,775; 5,366,878; 5,407,711; 5,491,133; 5,565,350; 5,623,065; 5652355; 5652356; and 5700922, each of which is incorporated into this application by reference.
[00146] Согласно одному из вариантов реализации модифицируемый участок указанного олигонуклеотида содержит по меньшей мере один нуклеотид, модифицированный по Т положению сахара, наиболее предпочтительно 2'-O-алкил, 2'-O-алкил-O-алкил или 2'-фтор-модифицированный нуклеотид. Согласно другому варианту реализации РНК модификации включают 2'-фтор, 2'-амино и 2'-O-метильные модификации рибозы пиримидинов, лишенные азотистого основания остатки или обратное основание на 3'-конце указанной РНК. Такие модификации олигонуклеотидов осуществляют стандартными способами; показано, что такие олигонуклеотиды имеют более высокую температуру плавления (т.е. большую способность связываться с мишенью), чем 2'-дезоксиолигонуклеотиды, относительно определенной мишени. В результате такой повышенной связывающей способности значительно усиливается ингибирование генной экспрессии РНКи-олигонуклеотидом. РНКаза Н представляет собой клеточную эндонуклеазу, расщепляющую РНК цепь РНК:ДНК дуплексов; активация этого фермента, таким образом, приводит к расщеплению целевой РНК, и, следовательно, может значительно увеличивать эффективность РНКи ингибирования. Расщепление целевой РНК может быть подтверждено обычным способом посредством гель-электрофореза. Согласно одному из вариантов реализации указанный химерный олигонуклеотид также модифицирован для увеличения устойчивости к нуклеазе. Клетки содержат множество экзо- и эндонуклеаз, способных разлагать нуклеиновые кислоты. Показано, что некоторые нуклеотидные и нуклеозидные модификации придают олигонуклеотиду, в состав которого они входят, большую устойчивость к нуклеазному расщеплению по сравнению с нативным олигодезоксинуклеотидом. Устойчивость к нуклеазам измеряют обычным способом, инкубируя олигонуклеотиды с клеточными экстрактами или растворами с выделенными нуклеазами и измеряя содержание интактных олигонуклеотидов спустя определенное время, как правило, посредством гель-электрофореза. Олигонуклеотиды, модифицированные для увеличения устойчивости к нуклеазам, остаются интактными на протяжении более длительного времени по сравнению с немодифицированными олигонуклеотидами. Показано, что ряд модификаций олигонуклеотидов усиливают или придают им устойчивость к нуклеазам. Олигонуклеотиды, которые содержат по меньшей мере одну фосфоротиоатную модификацию, на настоящий момент более предпочтительны. В некоторых случаях модификации олигонуклеотидов, усиливающие способность связываться с мишенью также, независимым образом, способны повышать устойчивость к нуклеазам.[00146] According to one embodiment, the modifiable portion of said oligonucleotide comprises at least one nucleotide modified at the T position of sugar, most preferably 2'-O-alkyl, 2'-O-alkyl-O-alkyl or 2'-fluoro- modified nucleotide. In another embodiment, RNA modifications include 2'-fluoro, 2'-amino and 2'-O-methyl modifications of pyrimidine ribose, nitrogen-free residues or a reverse base at the 3'-end of said RNA. Such modifications of the oligonucleotides are carried out by standard methods; it was shown that such oligonucleotides have a higher melting point (i.e., greater ability to bind to the target) than 2'-deoxyoligonucleotides relative to a specific target. As a result of this increased binding capacity, the inhibition of gene expression of the RNAi oligonucleotide is significantly enhanced. RNase H is a cellular endonuclease that cleaves the RNA RNA chain: duplex DNA; activation of this enzyme, thus, leads to cleavage of the target RNA, and, therefore, can significantly increase the efficiency of RNAi inhibition. The cleavage of the target RNA can be confirmed in the usual way by gel electrophoresis. In one embodiment, said chimeric oligonucleotide is also modified to increase nuclease resistance. Cells contain many exo- and endonucleases capable of degrading nucleic acids. It was shown that some nucleotide and nucleoside modifications give the oligonucleotide, which they are part of, greater resistance to nuclease cleavage compared to the native oligodeoxynucleotide. Resistance to nucleases is measured in the usual way, incubating oligonucleotides with cell extracts or solutions with isolated nucleases and measuring the content of intact oligonucleotides after a certain time, usually by gel electrophoresis. Oligonucleotides modified to increase resistance to nucleases remain intact for a longer time compared to unmodified oligonucleotides. It has been shown that a number of modifications of oligonucleotides enhance or confer resistance to nucleases. Oligonucleotides that contain at least one phosphorothioate modification are currently more preferred. In some cases, oligonucleotide modifications that enhance the ability to bind to the target are also, independently, able to increase resistance to nucleases.
[00147] Специфические примеры некоторых предпочтительных олигонуклеотидов, предусмотренных настоящим изобретением, включают содержащие модифицированные остовы, например, фосфоротиоаты, фосфотриэфиры, метилфосфонаты, алкильные с короткой цепью или циклоалкильные связи между сахарами или гетероатомные с короткой цепью или гетероциклические связи между сахарами. Наиболее предпочтительными являются олигонуклеотиды с фосфоротиоатными остовами и с гетероатомными остовами, в частности, СН2-NH-O-CH2, CH,-N(CH3)-O-CH2 [известный как метилен(метилимино) или MMI остов], СН2-O-N(СН3)-СН2, СН2-N(CH3)-N(СН3)-СН2 и O-N(СН3)-СН2-СН2 остовы, где нативный фосфодиэфирный остов представлен в виде O-Р-О-СН,). Амидные остовы, описанные в De Mesmaeker et al. (1995) Асе. Chem. Res. 28:366-374, также являются предпочтительными. Также предпочтительными являются олигонуклеотиды, содержащие морфолиновые остовы (Summerton and Weller, патент США 5034506). Согласно другому варианту реализации, такому как остов на основе пептидной нуклеиновой кислоты (ПНК), фосфодиэфирный остов олигонуклеотида заменен полиамидным остовом, нуклеотиды связаны прямо или непрямо с азотными атомами азагрупп полиамидного остова. Олигонуклеотиды могут также содержать один или более фрагмент замещенного сахара. Предпочтительные олигонуклеотиды содержат один из следующих заместителей в положении 2': ОН, SH, SCH3, F, OCN, ОСН3 ОСН3, ОСН3 O(СН2)n СН3, O(CH2)n NH2 или O(СН2)n СН3, где n принимает значения от 1 до приблизительно 10; С1-С10 низшие алкилы, алкоксиалкокси, замещенные низшие алкилы, алкарил или аралкил; Cl; Br; CN; CF3; OCF3; O-, S-, или N-алкил; О-, S-, или N-алкенил; SOCH3; SO2 СН3; ONO2; NO2; N3; NH2; гетероциклоалкил; гетероциклоалкарил; аминоалкиламино; полиалкиламино; замещенные силилы; РНК расщепляющую группу; репортерную группу; интеркалятор; группу, улучшающую фармакокинетические свойства олигонуклеотида; или группу, улучшающую фармакодинамические свойства олигонуклеотида, и другие заместители, обладающие сходными свойствами. Предпочтительная модификация включает 2'-метоксиэтокси [2'-O-СН2 СН2 ОСН3, также известный как 2'-O-(2-метоксиэтил)]. Другие предпочтительные модификации включают 2'-метокси (2'-O-СН3), 2'-пропокси (2'-ОСН2 СН2СН3) и 2'-фтор (2'-F). Сходные модификации могут быть также осуществлены в других положениях олигонуклеотида, в частности, по 3' положению сахара 3' концевого нуклеотида и 5' положению 5' концевого нуклеотида. Олигонуклеотиды могут также содержать миметики сахаров, такие как циклобутилы, вместо пентофуранозильной группы.[00147] Specific examples of certain preferred oligonucleotides of the present invention include modified backbones, for example phosphorothioates, phosphotriethers, methylphosphonates, short chain alkyl or cycloalkyl bonds between sugars or short chain heteroatomic or heterocyclic bonds between sugars. Most preferred are oligonucleotides with phosphorothioate backbones and heteroatom backbones, in particular CH2-NH-O-CH2, CH, -N (CH3) -O-CH2 [known as methylene (methylimino) or MMI backbone], CH2-ON ( CH3) -CH2, CH2-N (CH3) -N (CH3) -CH2 and ON (CH3) -CH2-CH2 backbones, where the native phosphodiester backbone is presented as O-P-O-CH,). Amide cores described in De Mesmaeker et al. (1995) Ace. Chem. Res. 28: 366-374 are also preferred. Also preferred are oligonucleotides containing morpholine backbones (Summerton and Weller, US Pat. No. 5,034,506). According to another embodiment, such as a peptide nucleic acid (PNA) backbone, the oligonucleotide phosphodiester backbone is replaced by a polyamide backbone, the nucleotides are directly or indirectly bound to the nitrogen atoms of the azagroups of the polyamide backbone. Oligonucleotides may also contain one or more substituted sugar moieties. Preferred oligonucleotides contain one of the following substituents at position 2 ': OH, SH, SCH3, F, OCN, OCH3 OCH3, OCH3 O (CH2) n CH3, O (CH2) n NH2 or O (CH2) n CH3, where n accepts values from 1 to about 10; C1-C10 lower alkyls, alkoxyalkoxy, substituted lower alkyls, alkaryl or aralkyl; Cl; Br; CN; CF3; OCF3; O-, S-, or N-alkyl; O-, S-, or N-alkenyl; SOCH3; SO2 CH3; ONO2; NO2; N3; NH2; heterocycloalkyl; heterocycloalkaryl; aminoalkylamino; polyalkylamino; substituted silyl; RNA cleavage group; reporter group; intercalator; a group that improves the pharmacokinetic properties of the oligonucleotide; or a group that improves the pharmacodynamic properties of the oligonucleotide, and other substituents having similar properties. A preferred modification includes 2'-methoxyethoxy [2'-O-CH2 CH2 OCH3, also known as 2'-O- (2-methoxyethyl)]. Other preferred modifications include 2'-methoxy (2'-O-CH3), 2'-propoxy (2'-OCH2 CH2CH3) and 2'-fluoro (2'-F). Similar modifications can also be made at other positions of the oligonucleotide, in particular at the 3 'position of the sugar 3' of the terminal nucleotide and 5 'position of the 5' terminal nucleotide. Oligonucleotides may also contain sugar mimetics, such as cyclobutyls, instead of the pentofuranosyl group.
[00148] Олигонуклеотиды могут также содержать, дополнительно или альтернативно, модификации или замены нуклеинового основания (часто называемого в данной области техники просто «основанием»). Используемые в настоящей заявке термины «немодифицированные» или «природные» нуклеотиды включают аденин (А), гуанин (G), тимин (Т), цитозин (С) и урацил (U). Модифицированные нуклеотиды включают нуклеотиды, обнаруживаемые в природных нуклеиновых кислотах редко или временно, например, гипоксантин, 6-метиладенин, 5-Ме пиримидины, в частности, 5-метилцитозин (также называемый 5-метил-2' дезоксицитозин и часто упоминаемый в данной области техники как 5-Ме-С), 5-гидроксиметилцитозин (ГМЦ), гликозил ГМЦ и гентобиозил ГМЦ, а также синтетические нуклеотиды, например, 2-аминоаденин, 2-(метиламино)аденин, 2-(имидазолилалкил)аденин, 2-(аминоалкиламино)аденин или другие гетерозамещенные алкиладенины, 2-тиоурацил, 2-тиотимин, 5-бромурацил, 5-гидроксиметилурацил, 8-азагуанин, 7-деазагуанин, N6 (6-аминогексил)аденин и 2,6-диаминопурин. «Универсальное» основание из известных в данной области техники, например, инозин, может также быть включено. Показано, что 5-Ме-С замещения увеличивают стабильность дуплексов нуклеиновых кислот на 0,6-1,2°С и на настоящий момент являются предпочтительными замещениями оснований.[00148] Oligonucleotides may also contain, optionally or alternatively, modifications or substitutions of the nucleic base (often referred to simply as “base” in the art). As used herein, the terms “unmodified” or “natural” nucleotides include adenine (A), guanine (G), thymine (T), cytosine (C), and uracil (U). Modified nucleotides include nucleotides found rarely or temporarily in natural nucleic acids, for example, hypoxanthine, 6-methyladenine, 5-Me pyrimidines, in particular 5-methylcytosine (also called 5-methyl-2 'deoxycytosine and often referred to in the art such as 5-Me-C), 5-hydroxymethylcytosine (HMC), glycosyl HMC and gentobiosil HMC, as well as synthetic nucleotides, for example, 2-aminoadenine, 2- (methylamino) adenine, 2- (imidazolylalkyl) adenine, 2- (aminoalkylamino adenine or other heterosubstituted alkyladenins, 2-thiouracil, 2 -thiothymine, 5-bromouracil, 5-hydroxymethyluracil, 8-azaguanine, 7-deazaguanine, N6 (6-aminohexyl) adenine and 2,6-diaminopurin. A “universal” base known in the art, for example, inosine, may also be included. It has been shown that 5-Me-C substitutions increase the stability of nucleic acid duplexes by 0.6-1.2 ° C and are currently preferred base substitutions.
[00149] Другая модификация олигонуклеотидов, предложенных в настоящем изобретении, включает химическое связывание с указанным олигонуклеотидом одного или нескольких фрагментов или конъюгатов, увеличивающих активность или поглощение клетками указанного олигонуклеотида. Такие фрагменты включают, не ограничиваясь перечисленными, липидные фрагменты, такие как фрагменты холестерина, фрагмент холестерила, алифатические цепи, например, додекандиольные или ундецильные остатки, цепь полиамина или полиэтиленгликоля, или адамантан-уксусную кислоту. Олигонуклеотиды, содержащие липофильные фрагменты, и способы получения таких олигонуклеотидов известны в данной области техники, см., например, патенты США 5138045, 5218105 и 5459255.[00149] Another modification of the oligonucleotides of the present invention includes chemically binding one or more fragments or conjugates to said oligonucleotide to increase the activity or uptake of said oligonucleotide by cells. Such fragments include, but are not limited to, lipid moieties such as cholesterol moieties, cholesteryl moieties, aliphatic chains, for example, dodecanediol or undecyl moieties, a polyamine or polyethylene glycol chain, or adamantane-acetic acid. Oligonucleotides containing lipophilic fragments and methods for preparing such oligonucleotides are known in the art, see, for example, US Pat. Nos. 5,138,045, 5,218,105 and 5,459,255.
[00150] Необязательно, чтобы все положения конкретного нуклеотида были модифицированы единообразно, и на самом деле в одном олигонуклеотиде, или даже в одном нуклеозиде в составе олигонуклеотида может содержаться более одной из упомянутых выше модификаций. Настоящее изобретение также включает олигонуклеотиды, которые представляют собой химерные олигонуклеотиды согласно данному выше определению.[00150] It is not necessary that all positions of a particular nucleotide be modified uniformly, and in fact, more than one of the above modifications may be contained in one oligonucleotide, or even in one nucleoside in the oligonucleotide. The present invention also includes oligonucleotides that are chimeric oligonucleotides as defined above.
[00151] Согласно другому варианту реализации молекула нуклеиновой кислоты, предложенная в настоящем изобретении, конъюгирована с другим фрагментом, включая, но не ограничиваясь перечисленными, лишенные оснований нуклеотиды, полиэфиры, полиамины, полиамиды, пептиды, углеводороды, липиды или полиуглеводородные соединения. Специалистам в данной области техники будет ясно, что такие молекулы могут быть связаны с любым одним или более чем одним нуклеотидом, содержащим молекулу нуклеиновой кислоты, в нескольких положениях на сахаре, основании или фосфатной группе.[00151] According to another embodiment, the nucleic acid molecule of the present invention is conjugated to another fragment, including, but not limited to, baseless nucleotides, polyesters, polyamines, polyamides, peptides, hydrocarbons, lipids or polycarbon compounds. It will be clear to those skilled in the art that such molecules can be linked to any one or more than one nucleotide containing a nucleic acid molecule in several positions on a sugar, base or phosphate group.
[00152] Олигонуклеотиды, применяемые согласно настоящему изобретению, могут быть удобно и просто получены с применением общеизвестной техники твердофазного синтеза. Оборудование для такого синтеза коммерчески доступно от ряда поставщиков, включая Applied Biosystems. Можно также применять любые другие способы такого синтеза; фактический синтез указанного олигонуклеотида не представляет трудностей для среднего специалиста в данной области техники. Также общеизвестна возможность применения сходных методик для получения других олигонуклеотидов, таких как фосфоротиоатные и алкилатные производные. Также общеизвестна возможность применения сходных техник и коммерчески доступных модифицированных амидитов и продуктов на основе стекла с контролируемым размером пор (CPG), таких как биотин-, флуоресцеин-, акридин- или псорален-модифицированные амидиты и/или CPG (доступные от Glen Research, Sterling VA) для синтеза флуоресцентно меченых, биотинилированных или других модифицированных олигонуклеотидов, таких как холестерин-модифицированные олигонуклеотиды.[00152] Oligonucleotides used according to the present invention can be conveniently and simply obtained using the well-known solid-phase synthesis technique. Equipment for such synthesis is commercially available from a number of suppliers, including Applied Biosystems. You can also apply any other methods of such synthesis; the actual synthesis of the indicated oligonucleotide is not difficult for the average person skilled in the art. It is also well known that similar techniques can be used to obtain other oligonucleotides, such as phosphorothioate and alkylate derivatives. It is also well known that similar techniques and commercially available modified amidites and glass-based products with controlled pore size (CPG), such as biotin-, fluorescein-, acridine- or psoralen-modified amidites and / or CPG (available from Glen Research, Sterling, are available) VA) for the synthesis of fluorescently labeled, biotinylated or other modified oligonucleotides, such as cholesterol-modified oligonucleotides.
[00153] В соответствии с настоящим изобретением подразумевается применение модификаций, например, применение мономеров ЗНК для усиления силы, специфичности и продолжительности действия и расширение диапазона путей введения олигонуклеотидов, состоящих из конкретных компонентов, таких как МОЭ, АНК, ФАНК, ФТ и т.д. Это может быть достигнуто замещением некоторых мономеров в конкретных олигонуклеотидах ЗНК-мономерами. ЗНК-модифицированный олигонуклеотид может иметь размер, соответствующий исходному соединению, или может быть больше, либо, предпочтительно, меньше. Предпочтительно, чтобы такие ЗНК-модифицированные олигонуклеотиды содержали менее чем приблизительно 70%, более предпочтительно менее чем приблизительно 60%, наиболее предпочтительно менее чем приблизительно 50% мономеров ЗНК, и чтобы их размеры составляли приблизительно от 5 до 25 нуклеотидов, более предпочтительно приблизительно от 12 до 20 нуклеотидов.[00153] In accordance with the present invention, the use of modifications is contemplated, for example, the use of ZNA monomers to enhance the strength, specificity and duration of action and extend the range of routes of administration of oligonucleotides consisting of specific components such as MOE, ANC, FANK, FT, etc. . This can be achieved by replacing certain monomers in specific oligonucleotides with LNA monomers. The ZNA-modified oligonucleotide may have a size corresponding to the parent compound, or may be larger, or, preferably, smaller. Preferably, such ZNA-modified oligonucleotides contain less than about 70%, more preferably less than about 60%, most preferably less than about 50% of ZNA monomers, and their sizes are from about 5 to 25 nucleotides, more preferably from about 12 up to 20 nucleotides.
[00154] Предпочтительные модифицированные олигонуклеотидные остовы включают, не ограничиваясь перечисленными: фосфоротиоаты, хиральные фосфоротиоаты, фосфородитиоаты, фосфотриэфиры, аминоалкилфосфотриэфиры, метил- и другие алкилфосфонаты, включая 3'алкиленфосфонаты и хиральные фосфонаты, фосфинаты, фосфорамидаты, включая 3'-амино фосфорамидат и аминоалкилфосфорамидаты, тионофосфорамидаты, тионоалкилфосфонаты, тионоалкилфосфотриэфиры, и боранофосфаты, включающие нормальные 3'-5' связи, 2'-5' связанные аналоги, и имеющие обращенную полярность, где соседние пары нуклеозидных единиц связаны 3'-5' к 5'-3' или 2'-5' к 5'-Т. Различные соли, смешанные соли и свободные кислоты также включены.[00154] Preferred modified oligonucleotide backbones include, but are not limited to: phosphorothioates, chiral phosphorothioates, phosphorodithioates, phosphotriethers, aminoalkylphosphotriethers, methyl and other alkylphosphonates, including 3'alkylene phosphonates, and chiral phosphonates, amido phosphonates, aminosulfonates, , thionophosphoramidates, thionoalkylphosphonates, thionoalkylphosphotriethers, and boranophosphates, including normal 3'-5 'bonds, 2'-5' linked analogues, and having polar reversed Th, where adjacent pairs of nucleoside units are linked 3'-5 'to 5'-3' or 2'-5 'to 5'-T. Various salts, mixed salts and free acids are also included.
[00155] Примеры патентов США, раскрывающих получение вышеприведенных фосфорсодержащих связей, включают, не ограничиваясь перечисленными, патенты США 3687808; 4469863; 4476301; 5023243; 5177196; 5188897; 5264423; 5276019; 5278302; 5286717; 5321131; 5399676; 5405939; 5453496; 5455233; 5466677; 5476925; 5519126; 5536821; 5541306; 5550111; 5563253; 5571799; 5587361; и 5625050, каждый из которых включен в настоящую заявку посредством ссылки.[00155] Examples of US patents disclosing the preparation of the above phosphorus-containing bonds include, but are not limited to, US patents 3,687,808; 4,469,863; 4,476,301; 50,23243; 5,177,196; 5,188,897; 5,264,423; 5,276,019; 5,278,302; 5,286,717; 5,321,131; 5,399,676; 5,405,939; 5453496; 5455233; 5,466,677; 5,476,925; 5,519,126; 5,536,821; 5,541,306; 5550111; 5,563,253; 5,571,799; 5,587,361; and 5625050, each of which is incorporated into this application by reference.
[00156] Предпочтительные модифицированные олигонуклеотидные остовы, не включающие атомы фосфора, образованы алкильными с короткой цепью или циклоалкильными межнуклеозидными связями, смешанными гетероатомными и алкильными или циклоалкильными межнуклеозидными связями, или одной или более гетероатомными с короткой цепью или гетероциклическими межнуклеозидными связями. Они включают остовы с морфолиновыми связями (образованными частично сахаром нуклеозида); силоксановые остовы; сульфидные, сульфоксидные и сульфоновые остовы; формацетильные и тиоформацетильные остовы; метиленформацетильные и тиоформацетильные остовы; алкенсодержащие остовы; сульфаматные остовы; метилениминовые и метиленгидразиновые остовы; сульфонатные и сульфонамидные остовы; амидные остовы; и другие, содержащие смешанные N, О, S и СН2-компоненты.[00156] Preferred modified oligonucleotide backbones that do not include phosphorus atoms are formed by short chain alkyl or cycloalkyl internucleoside bonds, mixed heteroatom and alkyl or cycloalkyl internucleoside bonds, or one or more short chain heteroatomic or heterocyclic internucleols. These include skeletons with morpholine bonds (partially formed by nucleoside sugar); siloxane cores; sulfide, sulfoxide and sulfone cores; formacetyl and thioformacetyl backbones; methyleneformyl and thioform acetyl backbones; alkene-containing cores; sulfamate skeletons; methyleneimine and methylenehydrazine backbones; sulfonate and sulfonamide backbones; amide cores; and others containing mixed N, O, S, and CH2 components.
[00157] Примеры патентов США, содержащие указание по получению описанных выше олигонуклеотидов, включают, не ограничиваясь перечисленными, патенты США 5034506; 5166315; 5185444; 5214134; 5216141; 5235033; 5264562; 5264564; 5405938; 5434257; 5466677; 5470967; 5489677; 5541307; 5561225; 5596086; 5602240; 5610289; 5602240; 5608046; 5610289; 5618704; 5623070; 5663312; 5633360; 5677437; и 5677439, каждый из которых включен в настоящую заявку посредством ссылки.[00157] Examples of US patents containing guidance on obtaining the above oligonucleotides include, but are not limited to, US patents 5034506; 5,166,315; 5,185,444; 5,214,134; 5,216,141; 5,235,033; 5,264,562; 5,264,564; 5405938; 5,434,257; 5,466,677; 5,470,967; 5,489,677; 5,541,307; 5,561,225; 5,596,086; 5602240; 5,610,289; 5602240; 5,608,046; 5,610,289; 5,618,704; 5,630,070; 5,663,312; 5,633,360; 5,677,437; and 5677439, each of which is incorporated into this application by reference.
[00158] В других предпочтительных миметиках олигонуклеотидов и сахара, и межнуклеозидная связь, т.е. остов, нуклеотидных единиц, заменены новыми группами. Основания сохраняют для гибридизации с подходящим целевым соединением нуклеиновой кислоты. Одно из таких олигомерных соединений, олигонуклеотидный миметик, продемонстрировавший прекрасную способность к гибридизации, называют пептидной нуклеиновой кислотой (ПНК). В ПНК-соединениях сахарный остов олигонуклеотида заменен амидсодержащим остовом, например, аминоэтилглициновым остовом. Основания нуклеиновых кислот сохранены и связаны прямо или непрямо с азотными атомами азагрупп амидной части остова. Примеры патентов США, в которых описано получение ПНК-соединений, включают, не ограничиваясь перечисленными, патенты США 5539082; 5714331; и 5719262, каждый из которых включен в настоящую заявку посредством ссылки. Дальнейшее описание ПНК-соединений можно найти у Nielsen, et al. (1991) Science 254, 1497-1500.[00158] In other preferred oligonucleotide and sugar mimetics, and an internucleoside bond, i.e. the backbone, nucleotide units replaced by new groups. The bases are kept for hybridization with a suitable target nucleic acid compound. One of these oligomeric compounds, an oligonucleotide mimetic that has demonstrated excellent hybridization ability, is called peptide nucleic acid (PNA). In PNA compounds, the sugar backbone of the oligonucleotide is replaced by an amide-containing backbone, for example, an aminoethyl glycine backbone. The nucleic acid bases are stored and bound directly or indirectly to the nitrogen atoms of the azagroups of the amide part of the core. Examples of US patents that describe the preparation of PNA compounds include, but are not limited to, US patents 5539082; 5,714,331; and 5719262, each of which is incorporated into this application by reference. Further description of PNA compounds can be found in Nielsen, et al. (1991) Science 254, 1497-1500.
[00159] Согласно варианту реализации изобретения олигонуклеотиды с фосфоротиоатными остовами и олигонуклеозиды с гетероатомными остовами, и в частности- CH2-NH-O-CH2-, -CH2-N (СН3)-O-СН2-, известным как метилен (метилимино) или MMI остов, - CH2-O-N (СН3)-СН2-, -CH2N(CH3)-N(CH3)CH2- и -O-N(CH3)-CH2-CH2-, где нативный фосфодиэфирный остов представлен как -O-Р-O-СН2- согласно упомянутому выше патенту США 5489677, и амидные остовы согласно упомянутому выше патенту США 5602240. Также предпочтительными являются олигонуклеотиды, содержащие морфолиновые остовы согласно вышеупомянутому патенту США 5034506.[00159] According to an embodiment of the invention, oligonucleotides with phosphorothioate backbones and oligonucleosides with heteroatom backbones, and in particular CH2-NH-O-CH2-, -CH2-N (CH3) -O-CH2-, known as methylene (methylimino) or MMI backbone, - CH2-ON (CH3) -CH2-, -CH2N (CH3) -N (CH3) CH2- and -ON (CH3) -CH2-CH2-, where the native phosphodiester backbone is represented as -O-P-O -CH2- according to the aforementioned US patent 5489677, and amide cores according to the aforementioned US patent 5602240. Oligonucleotides containing morpholine cores according to the aforementioned US patent are also preferred. 5034506.
[00160] Модифицированные олигонуклеотиды могут также содержать один или более фрагмент замещенного сахара. Предпочтительные олигонуклеотиды содержат один из следующих заместителей по положению 2': ОН; F; О-, S-, или N-алкил; О-, S-, или N-алкенил; О-, S- или N-алкинил; или О алкил-O-алкил, где указанные алкил, алкенил и алкинил могут представлять собой замещенный или незамещенный С→СО алкил или С2→СО алкенил и алкинил. В частности, предпочтительными являются O(СН2)n OmCH3, O(CH2)n, OCH3, O(CH2)nNH2, O(CH2)nCH3, O(CH2)nONH2 и O(CH2nON(CH2)nCH3)2, где n и m могут принимать значения от 1 до приблизительно 10. Другие предпочтительные олигонуклеотиды содержат один из следующих заместителей по положению 2': С→СО, (низшие алкилы, замещенные низшие алкилы, алкарил, аралкил, O-алкарил или O-аралкил, SH, SCH3, OCN, Cl, Br, CN, CF3, OCF3, SOCH3, SO2CH3, ONO2, NO2, N3, NH2, гетероциклоалкил, гетероциклоалкарил, аминоалкиламино, полиалкиламино, замещенные силилы, РНК расщепляющую группу, репортерную группу, интеркалятор, группу, улучшающую фармакокинетические свойства олигонуклеотида, или группу, улучшающую фармакодинамические свойства олигонуклеотида, и другие заместители, обладающие сходными свойствами. Предпочтительная модификация включает 2'-метоксиэтокси (2'-O-CH2CH2OCH3, также известную как 2'-O-(2-метоксиэтил) или 2'-МОЭ), т.е. алкоксиалкокси группу. Еще одна предпочтительная модификация включает 2'-диметиламинооксиэтокси, т.е., O(CH2)2ON(CH3)2 группу, также известную как 2'-ДМАОЭ, согласно описанию в приведенных ниже в настоящей заявке примерах, и 2'- диметиламиноэтоксиэтокси (также известной в данной области техники как 2'-O-диметиламиноэтоксиэтил или 2'-ДМАЭОЭ), т.е., 2'-O-CH2-O-CH2-N(CH2)2.[00160] Modified oligonucleotides may also contain one or more substituted sugar moieties. Preferred oligonucleotides contain one of the following substituents at
[00161] Другие предпочтительные модификации включают 2'-метокси (2'-O СН3), 2'-аминопропокси (2'-O CH2CH2CH2NH2) и 2'-фтор (2'-F). Сходные модификации могут быть также осуществлены в других положениях олигонуклеотида, в частности, по 3' положению сахара 3' концевого нуклеотида или в 2'-5'связанных олигонуклеотидах и 5' положению 5' концевого нуклеотида. Олигонуклеотиды могут также содержать миметики сахаров, например, циклобутильные фрагменты вместо пентофуранозильного сахара. Примеры патентов США, в которых описано получение таких модифицированных сахарных структур, включают, не ограничиваясь перечисленными, патенты США 4981957; 5118800; 5319080; 5359044; 5393878; 5446137; 5466786; 5514785; 5519134; 5567811; 5576427; 5591722; 5597909; 5610300; 5627053; 5639873; 5646265; 5658873; 5670633; и 5700920, каждый из которых включен в настоящую заявку посредством ссылки.[00161] Other preferred modifications include 2'-methoxy (2'-O CH3), 2'-aminopropoxy (2'-O CH2CH2CH2NH2) and 2'-fluoro (2'-F). Similar modifications can also be made at other positions of the oligonucleotide, in particular at the 3 'position of the sugar 3' terminal nucleotide or in the 2'-5 'linked oligonucleotides and 5' position 5 'of the terminal nucleotide. Oligonucleotides may also contain sugar mimetics, for example, cyclobutyl fragments instead of pentofuranosyl sugar. Examples of US patents describing the preparation of such modified sugar structures include, but are not limited to, US patents 4,981,957; 5,118,800; 5319080; 5,359,044; 5,393,878; 5,446,137; 5,466,786; 5,514,785; 5,519,134; 5,567,811; 5,576,427; 5,591,722; 5,597,909; 5,610,300; 5,627,053; 5,639,873; 5,646,265; 5658873; 5,670,633; and 5700920, each of which is incorporated into this application by reference.
[00162] Олигонуклеотиды могут также содержать модифицированные или замещенные нуклеиновые основания (часто называемое в данной области техники просто «основания»). В контексте настоящей заявки «немодифицированные» или «природные» нуклеотиды включают пуриновые основания аденин (А) и гуанин (G), и пиримидиновые основания тимин (Т), цитозин (С) и урацил (U). Модифицированные нуклеотиды включают другие синтетические и природные нуклеотиды, такие как 5-метилцитозин (5-me-С), 5-гидроксиметил цитозин, ксантин, гипоксантин, 2-аминоаденин, 6-метил и другие алкильные производные аденина и гуанина, 2-пропил и другие алкильные производные аденина и гуанина, 2-тиоурацил, 2-тиотимин и 2-тиоцитозин, 5-галогенурацил и цитозин, 5-пропинил урацил и цитозин, 6-азо урацил, цитозин и тимин, 5-урацил (псевдо-урацил), 4-тиоурацил, 8-галоген, 8-амино, 8-тиол, 8-тиоалкил, 8-гидроксил и другие 8-замещенные аденины и гуанины, 5-галоген, в частности, 5-бром, 5-трифторметил и другие 5-замещенные урацилы и цитозины, 7-метилгуанин и 7-метиладенин, 8-азагуанин и 8-азааденин, 7-деазагуанин и 7-деазааденин и 3-деазагуанин и 3-деазааденин.[00162] Oligonucleotides may also contain modified or substituted nucleic bases (often referred to simply as “bases” in the art). As used herein, “unmodified” or “natural” nucleotides include purine bases adenine (A) and guanine (G), and pyrimidine bases thymine (T), cytosine (C) and uracil (U). Modified nucleotides include other synthetic and natural nucleotides, such as 5-methylcytosine (5-me-C), 5-hydroxymethyl cytosine, xanthine, hypoxanthine, 2-aminoadenine, 6-methyl and other alkyl derivatives of adenine and guanine, 2-propyl and other alkyl derivatives of adenine and guanine, 2-thiouracil, 2-thiothymine and 2-thiocytosine, 5-halogenouracil and cytosine, 5-propynyl uracil and cytosine, 6-azo uracil, cytosine and thymine, 5-uracil (pseudo-uracil 4-thiouracil, 8-halogen, 8-amino, 8-thiol, 8-thioalkyl, 8-hydroxyl and other 8-substituted adenines and guanines, 5-halogen, in astnosti, 5-bromo, 5-trifluoromethyl and other 5-substituted uracils and cytosines, 7-methylguanine and 7-methyladenine, 8-azaguanine and 8-azaadenin, 7-deazaguanine and 7-deazaadenine and 3-deazaguanine and 3-deazaadenine.
[00163] Далее, нуклеотиды включают описанные в патенте США 3687808, описанные в 'The Concise Encyclopedia of Polymer Science And Engineering', стр.858-859, Kroschwitz, J.I., ed. John Wiley & Sons, 1990, описанные у Englisch et al., 'Angewandle Chemie, International Edition', 1991, 30, стр.613, и описанные у Sanghvi, Y.S., Chapter 15, 'Antisense Research and Applications', стр.289-302, Crooke, S.T. и Lebleu, B. ea., CRC Press, 1993. Некоторые из этих нуклеотидов подходят, в частности, для увеличения связывающей способности олигомерных соединений, предложенных в настоящем изобретении. Такие включают 5-замещенные пиримидины, 6- азапиримидины и N-2, N-6 и 0-6 замещенные пурины, в том числе 2-аминопропиладенин, 5-пропинилурацил и 5-пропинилцитозин. 5-метилцитозиновые замещения, как было показано, повышают стабильность дуплексов нуклеиновых кислот на 0,6-1,2°С (Sanghvi, Y.S., Crooke, S.T., Lebleu, В., eds, 'Antisense Research and Applications', CRC Press, Boca Raton, 1993, pp.276-278) и на настоящий момент являются предпочтительными замещениями оснований, в частности, в комбинации с 2'-O-метоксиэтиловыми модификациями сахаров.[00163] Further, nucleotides include those described in US Pat. No. 3,687,808, described in 'The Concise Encyclopedia of Polymer Science And Engineering', pp. 858-859, Kroschwitz, J. I., ed. John Wiley & Sons, 1990, described by Englisch et al., 'Angewandle Chemie, International Edition', 1991, 30, p. 613, and described by Sanghvi, YS, Chapter 15, 'Antisense Research and Applications', p. 289 -302, Crooke, ST and Lebleu, B. ea., CRC Press, 1993. Some of these nucleotides are suitable, in particular, to increase the binding capacity of the oligomeric compounds of the present invention. Such include 5-substituted pyrimidines, 6-azapyrimidines and N-2, N-6 and 0-6 substituted purines, including 2-aminopropyladenine, 5-propynyluracil and 5-propynylcytosine. 5-methylcytosine substitutions have been shown to increase the stability of nucleic acid duplexes by 0.6-1.2 ° C (Sanghvi, YS, Crooke, ST, Lebleu, B., eds, 'Antisense Research and Applications', CRC Press, Boca Raton, 1993, pp. 276-278) and are currently preferred base substitutions, in particular in combination with 2'-O-methoxyethyl sugar modifications.
[00164] Примеры патентов США, в которых описано получение вышеупомянутых модифицированных нуклеотидов, а также других модифицированных нуклеотидов, включают, не ограничиваясь перечисленными, патенты США 3687808, а также 4845205; 5130302; 5134066; 5175273; 5367066; 5432272; 5457187; 5459255; 5484908; 5502177; 5525711; 5552540; 5587469; 5596091; 5614617; 5750692 и 5681941, каждый из которых включен в настоящую заявку посредством ссылки.[00164] Examples of US patents that describe the preparation of the aforementioned modified nucleotides as well as other modified nucleotides include, but are not limited to, US patents 3,687,808, as well as 4,845,205; 5,130,302; 5,134,066; 5,175,273; 5,367,066; 5,432,272; 5,457,187; 5,459,255; 5,484,908; 5502177; 5,525,711; 5,552,540; 5,587,469; 5,596,091; 5,614,617; 5750692 and 5681941, each of which is incorporated into this application by reference.
[00165] Другая модификация олигонуклеотидов, предложенных в настоящем изобретении, подразумевает химическое связывание с олигонуклеотидом одного или более фрагмента или конъюгата, стимулирующего активность, распределение в клетках или поглощение клетками указанного олигонуклеотида.[00165] Another modification of the oligonucleotides of the present invention is to chemically bind to the oligonucleotide one or more moieties or conjugates that stimulate activity, distribution in cells, or uptake of said oligonucleotide by cells.
[00166] Такие фрагменты содержат, не ограничиваясь перечисленными, липидные фрагменты, такие как фрагменты холестерина, холевая кислота, тиоэфир, например, гексил-S-тритилтиол, тиохолестерин, алифатические цепи, например, додекандиольные или ундецильные остатки, фосфолипид, например, ди-гексадецил-rac-глицерин или триэтиламмоний 1,2-ди-О-гексадецил-rac-глицеро-3-Н-фосфонат, цепь полиамина или полиэтиленгликоля, или адамантан-уксусную кислоту, пальмитиловый фрагмент, или октадециламиновый или гексиламино-карбонил-t оксихолестериновый фрагмент.[00166] Such fragments contain, but are not limited to lipid fragments, such as cholesterol fragments, cholic acid, a thioether, for example hexyl-S-tritylthiol, thiocholesterol, aliphatic chains, for example, dodecandiol or undecyl residues, for example, di- hexadecyl-rac-glycerol or
[00167] Примеры патентов США, в которых описано получение таких олигонуклеотидных конъюгатов, включают, не ограничиваясь перечисленными, патенты США 4828979; 4948882; 5218105; 5525465; 5541313; 5545730; 5552538; 5578717, 5580731; 5580731; 5591584; 5109124; 5118802; 5138045; 5414077; 5486603; 5512439; 5578718; 5608046; 4587044; 4605735; 4667025; 4762779; 4789737; 4824941; 4835263; 4876335; 4904582; 4958013; 5082830; 5112963; 5214136; 5082830; 5112963; 5214136; 5245022; 5254469; 5258506; 5262536; 5272250; 5292873; 5317098; 5371241, 5391723; 5416203, 5451463; 5510475; 5512667; 5514785; 5565552; 5567810; 5574142; 5585481; 5587371; 5595726; 5597696; 5599923; 5599928 и 5688941, каждый из которых включен в настоящую заявку посредством ссылки.[00167] Examples of US patents that describe the preparation of such oligonucleotide conjugates include, but are not limited to, US patents 4,828,979; 4,948,882; 5,218,105; 5,525,465; 5,541,313; 5,545,730; 5,552,538; 5578717, 5580731; 5,580,731; 5,591,584; 5,109,124; 5,118,802; 5,138,045; 5,441,077; 5,486,603; 5,512,439; 5,578,718; 5,608,046; 4,588,044; 4,605,735; 4,667,025; 4,762,779; 4,789,737; 4,824,941; 4,835,263; 4,876,335; 4,904,582; 4,958,013; 5082830; 5,112,963; 5,214,136; 5082830; 5,112,963; 5,214,136; 5,245,022; 5,254,469; 5,258,506; 5,262,536; 5,272,250; 5,292,873; 5,371,098; 5371241, 5391723; 5,416,203; 5451463; 5,510,475; 5,512,667; 5,514,785; 5,565,552; 5,567,810; 5,574,142; 5,585,481; 5,587,371; 5,595,726; 5,597,696; 5,599,923; 5599928 and 5688941, each of which is incorporated into this application by reference.
[00168] Поиск новых лекарственных средств: Соединения, предложенные в настоящем изобретении, могут также применяться для поиска новых лекарств и валидации мишеней. Настоящее изобретение включает применение описанных в настоящей заявке соединений и предпочтительных целевых сегментов при поиске новых лекарственных средств для выяснения взаимосвязей, существующих между полинуклеотидами PAR4 и болезнью, фенотипом или состоянием. Такие способы включают определение или модуляцию полинуклеотидов PAR4, включая контактирование образца, ткани, клетки или организма с соединениями, предложенными в настоящем изобретении, измерение уровня нуклеиновой кислоты или белка полинуклеотидов PAR4 и/или оценка соответствующего фенотипического или химического конечного состояния через некоторое время после лечения, и, в некоторых случаях, сравнение измеряемой величины с необработанными образцами или образцами, обработанными другими предложенными в настоящем изобретении соединениями. Эти способы могут применяться параллельно или в комбинации с другими экспериментами по определению функций неизвестных генов в процессе валидации мишеней или для определения обоснованности применения конкретного генного продукта в качестве мишени для лечения или предотвращения конкретного заболевания, состояния или фенотипа.[00168] Search for new drugs: The compounds proposed in the present invention can also be used to search for new drugs and validation of targets. The present invention includes the use of the compounds described herein and preferred target segments in the search for new drugs to elucidate the relationships between PAR4 polynucleotides and a disease, phenotype or condition. Such methods include determining or modulating PAR4 polynucleotides, including contacting a sample, tissue, cell or organism with the compounds of the present invention, measuring the level of a nucleic acid or protein of the PAR4 polynucleotides and / or evaluating the corresponding phenotypic or chemical end state some time after treatment, and, in some cases, comparison of the measured value with untreated samples or samples treated with other proposed in the present invention is connected iai. These methods can be used in parallel or in combination with other experiments to determine the functions of unknown genes in the process of target validation or to determine the validity of using a particular gene product as a target for treating or preventing a specific disease, condition or phenotype.
Оценка повышающего регулирования или ингибирования экспрессии генов:Evaluation of up-regulation or inhibition of gene expression:
[00169] Перенос экзогенной нуклеиновой кислоты в клетку-хозяина или в организм-хозяина может быть оценен прямым определением присутствия указанной нуклеиновой кислоты в указанных клетке или организме. Такое определение может быть проведено несколькими известными специалистам в данной области техники способами. Например, присутствие экзогенной нуклеиновой кислоты может быть определено посредством саузерн-блоттинга или полимеразной цепной реакции (ПЦР) с применением праймеров, специфически амплифицирующих нуклеотидные последовательности, связанные с указанной нуклеиновой кислотой. Экспрессия указанных экзогенных нуклеиновых кислот также может быть измерена с применением общепринятых способов, в том числе анализа генной экспрессии. Например, иРНК, полученная из экзогенной нуклеиновой кислоты, может быть обнаружена и количественно определена с применением нозерн-блоттинга и ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР).[00169] Transfer of exogenous nucleic acid to a host cell or to a host organism can be evaluated by directly determining the presence of said nucleic acid in said cell or organism. Such a determination can be made by several methods known to those skilled in the art. For example, the presence of exogenous nucleic acid can be determined by southern blotting or polymerase chain reaction (PCR) using primers that specifically amplify the nucleotide sequences associated with the specified nucleic acid. The expression of these exogenous nucleic acids can also be measured using conventional methods, including analysis of gene expression. For example, mRNA derived from exogenous nucleic acid can be detected and quantified using Northern blotting and reverse transcription PCR (RT-PCR).
[00170] Экспрессия РНК с указанной экзогенной нуклеиновой кислоты может также быть определена измерением ферментативной активности или активности репортерного белка. Например, антисмысловая модулирующая активность может быть непрямо измерена через понижение или повышение экспрессии целевой нуклеиновой кислоты в качестве показателя того, что экзогенная нуклеиновая кислота производит эффекторную РНК. Используя консервативность последовательностей, можно сконструировать праймеры и использовать для амплификации кодирующих участков указанных генов-мишеней. Сначала можно использовать наиболее активно экспрессируемую кодирующая область каждого гена для построения модели контрольного гена, хотя может быть использована любая кодирующая или некодирующая область. Каждый контрольный ген получен встраиванием каждой кодирующей области между кодирующей репортер областью и ее поли(А)-сигналом. Эти плазмиды производят иРНК с репортерным геном в вышележащей части гена и потенциальной мишенью РНКи в 3' некодирующей области. Эффективность индивидуальных антисмысловых олигонуклеотидов может быть проанализирована по модулированию репортерного гена. Репортерные гены, подходящие для применения в способах, предложенных в настоящем изобретении, включают гены синтазы ацетогидроксикислот (АГКС), щелочной фосфатазы (ЩФ), бетагалактозидазы (LacZ), бета глюкоронидазы (GUS), хлорамфеникол ацетилтрансферазы (ХАТ), зеленого флуоресцентного белка (GFP), красного флуоресцентного белка (RFP), желтого флуоресцентного белка (YFP), голубого флуоресцентного белка (CFP), пероксидазы хрена (ПОХ), люциферазы (Luc), нопалин синтазы (NOS), октопин синтазы (OCS) и их производных. Доступны различные селективные маркеры, придающие устойчивость к ампициллину, блеомицину, хлорамфениколу, гентамицину, гигромицину, канамицину, линкомицину, метотрексату, фосфинотрицину, пуромицину и тетрациклину. Способы определения модулирования репортерного гена хорошо известны в данной области техники, и включают, не ограничиваясь перечисленными: флуорометрические способы (например, флуоресцентная спектроскопия, сортировка флуоресцентно-активированных клеток (FACS), флуоресцентная микроскопия), определение устойчивости к антибиотику.[00170] The expression of RNA from the indicated exogenous nucleic acid can also be determined by measuring the enzymatic activity or activity of the reporter protein. For example, antisense modulating activity can be indirectly measured by decreasing or increasing the expression of a target nucleic acid as an indicator that exogenous nucleic acid produces effector RNA. Using sequence conservatism, primers can be designed and used to amplify the coding regions of these target genes. First, you can use the most actively expressed coding region of each gene to build a model of the control gene, although any coding or non-coding region can be used. Each control gene is obtained by inserting each coding region between the coding region of the reporter region and its poly (A) signal. These plasmids produce mRNA with a reporter gene in the overlying part of the gene and a potential target for RNAi in the 3 'non-coding region. The effectiveness of individual antisense oligonucleotides can be analyzed by modulating the reporter gene. Reporter genes suitable for use in the methods of the present invention include genes for the synthesis of acetohydroxy acids (AGCS), alkaline phosphatase (ALP), betagalactosidase (LacZ), beta glucuronidase (GUS), chloramphenicol acetyltransferase (HAT), green protein fluorescent (GFP) ), red fluorescent protein (RFP), yellow fluorescent protein (YFP), blue fluorescent protein (CFP), horseradish peroxidase (POX), luciferase (Luc), nopaline synthase (NOS), octopin synthase (OCS) and their derivatives. Various selective markers are available that confer resistance to ampicillin, bleomycin, chloramphenicol, gentamicin, hygromycin, kanamycin, lincomycin, methotrexate, phosphinotricin, puromycin and tetracycline. Methods for determining the modulation of a reporter gene are well known in the art and include, but are not limited to: fluorometric methods (e.g., fluorescence spectroscopy, sorting of fluorescence-activated cells (FACS), fluorescence microscopy), determination of antibiotic resistance.
[00171] Экспрессия белка и иРНК PAR4 может быть проанализирована с применением известных специалистам в данной области техники способов, описанных в любом из разделов настоящей заявки. Например, для измерения уровней белка могут применяться методы иммуноанализа, такие как ELISA. Наборы ELISA для анализа PAR4 коммерчески доступны, например, от R&D Systems (Minneapolis, MN).[00171] The expression of PAR4 protein and mRNA can be analyzed using methods known to those skilled in the art as described in any of the sections of this application. For example, immunoassay methods such as ELISA can be used to measure protein levels. PAR4 assay ELISA kits are commercially available, for example, from R&D Systems (Minneapolis, MN).
[00172] Согласно вариантам реализации экспрессия PAR4 (например, иРНК или белка) в образце (например, в клетках или тканях in vivo или in vitro), обработанном с применением антисмыслового олигонуклеотида, предложенного в настоящем изобретении, оценивается посредством сравнения с экспрессией PAR4 в контрольном образце. Например, экспрессия белка или нуклеиновой кислоты может сравниваться с применением известных специалистам в данной области техники способов с таковой в плацебо-образце или в необработанном образце. Как вариант, может быть проведено сравнение с образцом, обработанным контрольным антисмысловым олигонуклеотидом (например, имеющим измененную или иную последовательность), в зависимости от того, какую информацию необходимо получить. Согласно другому варианту реализации различие в экспрессии белка или нуклеиновой кислоты PAR4 между необработанным и обработанным образцами может сравниваться с различием в экспрессии различных нуклеиновых кислот (включая любые стандартные, признанные исследователем подходящими, например, конститутивный ген) в обработанном и необработанном образцах.[00172] According to embodiments, the expression of PAR4 (eg, mRNA or protein) in a sample (eg, in cells or tissues in vivo or in vitro) processed using the antisense oligonucleotide of the present invention is evaluated by comparison with PAR4 expression in the control sample. For example, expression of a protein or nucleic acid can be compared using methods known to those skilled in the art with that of a placebo sample or an untreated sample. Alternatively, a comparison can be made with a sample treated with a control antisense oligonucleotide (for example, having an altered or different sequence), depending on what information needs to be obtained. According to another embodiment, the difference in the expression of PAR4 protein or nucleic acid between the untreated and treated samples can be compared with the difference in the expression of various nucleic acids (including any standard, recognized by the researcher as suitable, for example, a constitutive gene) in the processed and untreated samples.
[00173] Наблюдаемые различия могут быть выражены в удобной форме, например, в виде пропорции или доли, для сравнения с контролем. Согласно вариантам реализации уровень иРНК или белка PAR4 в образце, обработанном антисмысловым олигонуклеотидом, предложенным в настоящем изобретении, повышается или снижается приблизительно 1,25-кратно-10-кратно или более относительно необработанного образца или образца, обработанного контрольной нуклеиновой кислотой. Согласно вариантам реализации уровень иРНК или белка PAR4 повышается или снижается по меньшей мере приблизительно 1,25-кратно, по меньшей мере приблизительно 1,3-кратно, по меньшей мере приблизительно 1,4-кратно, по меньшей мере приблизительно 1,5-кратно, по меньшей мере приблизительно 1,6-кратно, по меньшей мере приблизительно 1,7-кратно, по меньшей мере приблизительно 1,8-кратно, по меньшей мере приблизительно 2-кратно, по меньшей мере приблизительно 2,5-кратно, по меньшей мере приблизительно 3-кратно, по меньшей мере приблизительно 3,5-кратно, по меньшей мере приблизительно 4-кратно, по меньшей мере приблизительно 4,5-кратно, по меньшей мере приблизительно 5-кратно, по меньшей мере приблизительно 5,5-кратно, по меньшей мере приблизительно 6-кратно, по меньшей мере приблизительно 6,5-кратно, по меньшей мере приблизительно 7-кратно, по меньшей мере приблизительно 7,5-кратно, по меньшей мере приблизительно 8-кратно, по меньшей мере приблизительно 8,5-кратно, по меньшей мере приблизительно 9-кратно, по меньшей мере приблизительно 9,5-кратно, или по меньшей мере приблизительно 10-кратно или более.[00173] The observed differences can be expressed in a convenient form, for example, as a proportion or proportion, for comparison with a control. In embodiments, the level of mRNA or PAR4 protein in the sample treated with the antisense oligonucleotide of the present invention increases or decreases by about 1.25-fold-10-fold or more relative to the untreated sample or the sample treated with the control nucleic acid. In embodiments, the level of mRNA or PAR4 protein rises or falls at least about 1.25 times, at least about 1.3 times, at least about 1.4 times, at least about 1.5 times at least about 1.6 times, at least about 1.7 times, at least about 1.8 times, at least about 2 times, at least about 2.5 times, at at least about 3 times, at least about 3.5 times, at least at least about 4 times, at least about 4.5 times, at least about 5 times, at least about 5.5 times, at least about 6 times, at least about 6.5 at least about 7 times, at least about 7.5 times, at least about 8 times, at least about 8.5 times, at least about 9 times, at least about 9.5 times, or at least about 10 times or more.
Наборы, исследования реагенты, диагностика и терапияKits, research reagents, diagnostics and therapy
[00174] Соединения, предложенные в настоящем изобретении, можно применять для диагностики, лечения и профилактики, а также в качестве реагентов для исследований и компонентов наборов. Кроме того, антисмысловые олигонуклеотиды, способные ингибировать генную экспрессию с высокой специфичностью, часто используются специалистами в данной области техники для выяснения функций отдельных генов или распознавания функций различных компонентов биологического пути.[00174] The compounds of the present invention can be used for diagnosis, treatment and prevention, as well as research reagents and kit components. In addition, antisense oligonucleotides capable of inhibiting gene expression with high specificity are often used by those skilled in the art to ascertain the functions of individual genes or to recognize the functions of various components of a biological pathway.
[00175] Для применения в наборах и для диагностики, и в различных биологических системах, соединения, предложенные в настоящем изобретении, по отдельности или в комбинации с другими соединениями или терапевтическими средствами подходят в качестве инструмента дифференциального и/или комбинаторного анализа для определения паттернов экспрессии части или всего набора генов, экспрессируемых в клетках и тканях.[00175] For use in kits for both diagnostics and various biological systems, the compounds of the present invention, individually or in combination with other compounds or therapeutic agents, are suitable as a differential and / or combinatorial analysis tool for determining patterns of expression of a portion or the entire set of genes expressed in cells and tissues.
[00176] Используемый в настоящей заявке термин «биологическая система» или «система» определен как любой организм, клетка, клеточная культура или ткань, экспрессирующая, или с приобретенной способностью экспрессировать, продукты генов PAR4. Они включают, не ограничиваясь перечисленными: человека, трансгенных животных, клетки, культуры клеток, ткани, ксенотрансплантаты, трансплантаты и их комбинации.[00176] As used herein, the term “biological system” or “system” is defined as any organism, cell, cell culture or tissue expressing, or with acquired ability to express, PAR4 gene products. These include, but are not limited to: human, transgenic animals, cells, cell cultures, tissues, xenografts, grafts, and combinations thereof.
[00177] Согласно одному из неограничивающих примеров паттерны экспрессии в клетках или тканях, обработанных одним или несколькими антисмысловыми соединениями, сравнивают с контрольными клетками или тканями, не обработанными антисмысловыми соединениями, и исходя из полученных паттернов анализируют дифференциальные уровни генной экспрессии, так как они связаны, например, с болезнью, сигнальными путями, локализацией в клетках, уровнями экспрессии, размером, структурой или функцией изучаемых генов. Эти исследования могут быть выполнены на стимулированных или не стимулированных клетках в присутствии или в отсутствие других соединений, которые влияют на паттерны экспрессии.[00177] According to one non-limiting example, expression patterns in cells or tissues treated with one or more antisense compounds are compared with control cells or tissues not treated with antisense compounds, and differential levels of gene expression are analyzed based on the patterns obtained, since they are related, for example, with disease, signaling pathways, localization in cells, expression levels, size, structure or function of the genes under study. These studies can be performed on stimulated or non-stimulated cells in the presence or absence of other compounds that affect expression patterns.
[00178] Примеры способов анализа генной экспрессии, известных в данной области техники, включают анализ на ДНК-чипах или на микрочипах, SAGE (серийный анализ экспрессии генов), READS (рестриктазная амплификация расщепляемых кДНК), TOGA (полный анализ генной экспрессии), белковые чипы и протеомику, секвенирование меток экспрессируемой последовательности (EST), вычитающий РНК фингерпринтинг (SuRF), вычитающее клонирование, дифференциальный дисплей (DD), сравнительная геномная гибридизация, FISH (флуоресцентная гибридизация in situ) и масс-спектрометрические методы.[00178] Examples of gene expression analysis methods known in the art include DNA or microarray analysis, SAGE (serial analysis of gene expression), READS (restriction enzyme amplification of cleavable cDNAs), TOGA (complete analysis of gene expression), protein chips and proteomics, express sequence label sequencing (EST), RNA subtracting fingerprinting (SuRF), cloning subtracting, differential display (DD), comparative genomic hybridization, FISH (in situ fluorescence hybridization) and mass spectrometric meshes Toda.
[00179] Соединения, предложенные в настоящем изобретении, подходят для исследований и диагностики, поскольку такие соединения гибридизуются с нуклеиновыми кислотами, кодирующими PAR4. Например, олигонуклеотиды, гибридизующиеся с эффективностью и в условиях, описанных в настоящей заявке, являясь эффективными модуляторами PAR4, представляют собой эффективные праймеры или зонды в условиях, благоприятных для амплификации или определения гена, соответственно. Такие праймеры и зонды подходят для способов, требующих специфического определения молекул нуклеиновой кислоты, кодирующих PAR4, и для амплификации указанных молекул нуклеиновой кислоты для определения или для применения в дальнейших исследованиях PAR4. Гибридизация указанных антисмысловых олигонуклеотидов, в частности, праймеров и зондов, предложенных в настоящем изобретении, с нуклеиновой кислотой, кодирующей PAR4, может быть определена при помощи известных в данной области техники способов. Такие способы могут включать конъюгирование фермента с указанным олигонуклеотидом, радиоактивное мечение указанного олигонуклеотида и любые другие подходящие способы детекции. Могут также быть подготовлены наборы для определения уровней PAR4 в образце при помощи таких способов определения.[00179] The compounds of the present invention are suitable for research and diagnosis, since such compounds hybridize to nucleic acids encoding PAR4. For example, oligonucleotides that hybridize with efficiency and under the conditions described in this application, being effective PAR4 modulators, are effective primers or probes under conditions favorable for amplification or gene determination, respectively. Such primers and probes are suitable for methods that require specific determination of nucleic acid molecules encoding PAR4, and for amplification of these nucleic acid molecules for determination or for use in further studies of PAR4. Hybridization of these antisense oligonucleotides, in particular the primers and probes of the present invention, with a nucleic acid encoding PAR4 can be determined using methods known in the art. Such methods may include conjugating an enzyme to said oligonucleotide, radioactive labeling of said oligonucleotide, and any other suitable detection methods. Kits can also be prepared for determining PAR4 levels in a sample using such determination methods.
[00180] Специфичность и чувствительность антисмысловых соединений также используются специалистами в данной области техники для терапевтических целей. Антисмысловые соединения применялись в качестве терапевтических компонентов при лечении болезненных состояний у животных, в том числе человека. Лекарственные средства на основе антисмысловых олигонуклеотидов безопасно и эффективно вводили людям, и в настоящее время проводятся многочисленные клинические испытания. Таким образом, установлено, что антисмысловые соединения могут применяться в качестве терапевтических средств, которые могут быть модифицированы под терапевтические схемы для лечения клеток, тканей и животных, в особенности человека.[00180] The specificity and sensitivity of antisense compounds are also used by those skilled in the art for therapeutic purposes. Antisense compounds have been used as therapeutic components in the treatment of disease states in animals, including humans. Antisense oligonucleotide-based drugs have been safely and effectively administered to humans, and numerous clinical trials are currently under way. Thus, it was found that antisense compounds can be used as therapeutic agents, which can be modified under therapeutic regimens for the treatment of cells, tissues and animals, especially humans.
[00181] В случае терапевтических средств животное, предпочтительно человек, у которого, предположительно, имеется заболевание или расстройство, лечение которого может проводиться модулированием экспрессии полинуклеотидов PAR4, получает лечение в виде введения антисмысловых соединений в соответствии с настоящим изобретением. Например, согласно одному из неограничивающих вариантов реализации указанные способы включают этап введения животному, нуждающемуся в лечении, терапевтически эффективного количества модулятора PAR4. Модуляторы PAR4, предложенные в настоящем изобретении, эффективно модулируют активность PAR4 или модулируют экспрессию белка PAR4. Согласно одному из вариантов реализации указанные активность или экспрессия PAR4 у животного подавлены приблизительно на 10% по сравнению с контролем. Предпочтительно, указанные активность или экспрессия PAR4 у животного подавлены приблизительно на 30%. Более предпочтительно, указанные активность или экспрессия PAR4 у животного подавлены приблизительно на 50% или более. Таким образом, указанные олигомерные соединения модулируют экспрессию иРНК PAR4 по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, или на 100% относительно контроля.[00181] In the case of therapeutic agents, an animal, preferably a person who is suspected to have a disease or disorder that can be treated by modulating the expression of PAR4 polynucleotides, is treated with the introduction of antisense compounds in accordance with the present invention. For example, in one non-limiting embodiment, said methods include the step of administering to the animal in need of treatment a therapeutically effective amount of a PAR4 modulator. The PAR4 modulators of the present invention effectively modulate PAR4 activity or modulate the expression of PAR4 protein. In one embodiment, the activity or expression of PAR4 in an animal is down-regulated by about 10% compared to a control. Preferably, said animal activity or expression of PAR4 is inhibited by approximately 30%. More preferably, said activity or expression of PAR4 in an animal is suppressed by about 50% or more. Thus, these oligomeric compounds modulate the expression of PAR4 mRNA by at least 10%, at least 50%, at least 25%, at least 30%, at least 40%, at least 50 %, at least 60%, at least 70%, at least 75%, at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% at least 98%, at least 99%, or 100% relative to the control.
[00182] Согласно одному из вариантов реализации указанные активность и/или экспрессия PAR4 у животного повышены приблизительно на 10% по сравнению с контролем. Предпочтительно, указанные активность или экспрессия PAR4 у животного повышены приблизительно на 30%. Более предпочтительно, указанные активность или экспрессия PAR4 у животного повышены на 50% или более. Таким образом, указанные олигомерные соединения изменяют экспрессию иРНК PAR4 по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, или на 100% относительно контроля.[00182] According to one embodiment, said animal activity and / or PAR4 expression is increased by about 10% compared to the control. Preferably, said animal activity or expression of PAR4 is increased by about 30%. More preferably, said animal activity or expression of PAR4 is increased by 50% or more. Thus, these oligomeric compounds alter the expression of PAR4 mRNA by at least 10%, at least 50%, at least 25%, at least 30%, at least 40%, at least 50 %, at least 60%, at least 70%, at least 75%, at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% at least 98%, at least 99%, or 100% relative to the control.
[00183] Например, снижение экспрессии PAR4 может быть определено в сыворотке, крови, жировой ткани, печени или любой другой жидкости организма, ткани или органе указанного животного. Предпочтительно, клетки, содержащиеся в указанных анализируемых жидкостях, тканях или органах, содержат молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую пептиды PAR4 и/или собственно белок PAR4.[00183] For example, a decrease in PAR4 expression can be detected in serum, blood, adipose tissue, liver, or any other body fluid, tissue, or organ of a specified animal. Preferably, the cells contained in said test liquids, tissues or organs contain a nucleic acid molecule encoding the PAR4 peptides and / or the PAR4 protein itself.
[00184] Соединения, предложенные в настоящем изобретении, применять в фармацевтических композициях посредством добавления эффективного количества соединения к подходящему фармацевтически приемлемому разбавителю или носителю. Применение соединений и способов, предложенных в настоящем изобретении, может также подходить для профилактики.[00184] The compounds of the present invention are used in pharmaceutical compositions by adding an effective amount of the compound to a suitable pharmaceutically acceptable diluent or carrier. The use of the compounds and methods of the present invention may also be suitable for prophylaxis.
КонъюгатыConjugates
[00185] Другая модификация олигонуклеотидов, предложенных в настоящем изобретении, включает химическое связывание с указанным олигонуклеотидом одного или нескольких фрагментов или конъюгатов, которые повышают активность, усиливают клеточное распределение или поглощение клетками указанного олигонуклеотида. Такие фрагменты или конъюгаты могут включать конъюгированные группы, ковалентно связанные с функциональными группами, такими как первичные или вторичные гидроксильные группы. Конъюгированные группы, предложенные в настоящем изобретении, включают интеркаляторы, репортерные молекулы, полиамины, полиамиды, полиэтиленгликоли, простые полиэфиры, группы, улучшающие фармакодинамические свойства олигомеров, и группы, улучшающие фармакокинетические свойства олигомеров. Типовые конъюгированные группы включают холестерины, липиды, фосфолипиды, биотин, феназин, фолат, фенантридин, антрахинон, акридин, флуоресцеины, родамины, кумарины и красители. Группы, усиливающие фармакодинамические свойства, в контексте настоящего изобретения включают группы, улучшающие поглощение, повышающие сопротивление разрушению и/или усиливающие сиквенс-специфичную гибридизацию с целевой нуклеиновой кислотой. Группы, улучшающие фармакокинетические свойства, в контексте настоящего изобретения включают группы, улучшающие поглощение, распределение, метаболизм или выведение соединений, предложенных в настоящем изобретении. Типовые конъюгированные группы описаны в международной заявке на патент PCT/US92/09196, поданной 23 октября 1992, и патенте США 6287860, включенных в настоящую заявку посредством ссылки. Конъюгированные фрагменты включают, не ограничиваясь перечисленными: липидные фрагменты, такие как фрагменты холестерина, холевую кислоту, тиоэфир, например, гексил-5-тритилтиол, тиохолестерин, алифатические цепи, например, додекандиольные или ундецильные остатки, фосфолипид, например, ди-гексадецил-rac-глицерин или триэтиламмоний 1,2-ди-О-гексадецил-rac-глицеро-3-Нфосфонат, цепь полиамина или полиэтиленгликоля, или адамантан-уксусную кислоту, пальмитиловый фрагмент, октадециламин или фрагмент гексиламино-карбонил-оксихолестерина. Олигонуклеотиды, предложенные в настоящем изобретении, могут быть также конъюгированы с активными лекарственными веществами, например, аспирином, варфарином, фенилбутазоном, ибупрофеном, супрофеном, фенбуфеном, кетопрофеном, (S)-(+)-пранопрофеном, карпрофеном, дансилсаркозином, 2,3,5-трийодбензойной кислотой, флуфенамовой кислотой, фолиновой кислотой, бензотиадиазидом, хлортиазидом, диазепином, индометицином, барбитуратом, цефалоспорином, сульфамидным препаратом, антидиабетическим средством, антибактериальным веществом или антибиотиком.[00185] Another modification of the oligonucleotides of the present invention includes chemically binding one or more fragments or conjugates to said oligonucleotide that increase activity, enhance cell distribution or uptake of said oligonucleotide by cells. Such fragments or conjugates may include conjugated groups covalently linked to functional groups, such as primary or secondary hydroxyl groups. The conjugated groups of the present invention include intercalators, reporter molecules, polyamines, polyamides, polyethylene glycols, polyethers, pharmacodynamic properties of oligomers, and pharmacokinetic properties of oligomers. Exemplary conjugated groups include cholesterol, lipids, phospholipids, biotin, phenazine, folate, phenanthridine, anthraquinone, acridine, fluoresceins, rhodamines, coumarins and dyes. Pharmacodynamic enhancing groups in the context of the present invention include absorption enhancing groups, resistance to degradation, and / or enhancing sequence-specific hybridization with the target nucleic acid. Pharmacokinetic enhancing groups in the context of the present invention include groups that improve the uptake, distribution, metabolism or excretion of the compounds of the present invention. Exemplary conjugated groups are described in international patent application PCT / US92 / 09196, filed October 23, 1992, and US patent 6287860, incorporated into this application by reference. Conjugated fragments include, but are not limited to: lipid fragments, such as cholesterol fragments, cholic acid, a thioether, for example, hexyl-5-tritylthiol, thiocholesterol, aliphatic chains, for example, dodecandiol or undecyl residues, phospholipid, for example, di-hexade -glycerol or
[00186] Примеры патентов США, в которых описано получение таких олигонуклеотидных конъюгатов, включают, не ограничиваясь перечисленными: патенты США 4828979; 4948882; 5218105; 5525465; 5541313; 5545730; 5552538; 5578717, 5580731; 5580731; 5591584; 5109124; 5118802; 5138045; 5414077; 5486603; 5512439; 5578718; 5608046; 4587044; 4605735; 4667025; 4762779; 4789737; 4824941; 4835263; 4876335; 4904582; 4958013; 5082830; 5112963; 5214136; 5082830; 5112963; 5214136; 5245022; 5254469; 5258506; 5262536; 5272250; 5292873; 5317098; 5371241, 5391723; 5416203, 5451463; 5510475; 5512667; 5514785; 5565552; 5567810; 5574142; 5585481; 5587371; 5595726; 5597696; 5599923; 5599928 и 5688941.[00186] Examples of US patents that describe the preparation of such oligonucleotide conjugates include, but are not limited to: US patents 4828979; 4,948,882; 5,218,105; 5,525,465; 5,541,313; 5,545,730; 5,552,538; 5578717, 5580731; 5,580,731; 5,591,584; 5,109,124; 5,118,802; 5,138,045; 5,441,077; 5,486,603; 5,512,439; 5,578,718; 5,608,046; 4,588,044; 4,605,735; 4,667,025; 4,762,779; 4,789,737; 4,824,941; 4,835,263; 4,876,335; 4,904,582; 4,958,013; 5082830; 5,112,963; 5,214,136; 5082830; 5,112,963; 5,214,136; 5,245,022; 5,254,469; 5,258,506; 5,262,536; 5,272,250; 5,292,873; 5,371,098; 5371241, 5391723; 5,416,203; 5451463; 5,510,475; 5,512,667; 5,514,785; 5,565,552; 5,567,810; 5,574,142; 5,585,481; 5,587,371; 5,595,726; 5,597,696; 5,599,923; 5599928 and 5688941.
СоставыCompositions
[00187] Соединения, предложенные в настоящем изобретении, также могут быть смешаны, инкапсулированы, конъюгированы или иным образом связаны с другими молекулами, молекулярными структурами или смесями соединений, например, липосомами, молекулами-мишенями рецепторов, составами для перорального, ректального, местного или иного пути введения, для способствования поглощению, распределению и/или абсорбции. Примеры патентов США, в которых описано получение таких способствующих поглощению, распределению и/или абсорбции составов, включают, не ограничиваясь перечисленными: патенты США 5108921; 5354844; 5416016; 5459127; 5521291; 5543165; 5547932; 5583020; 5591721; 4426330; 4534899; 5013556; 5108921; 5213804; 5227170; 5264221; 5356633; 5395619; 5416016; 5417978; 5462854; 5469854; 5512295; 5527528; 5534259; 5543152; 5556948; 5580575; и 5595756, каждый из которых включен в настоящую заявку посредством ссылки.[00187] the Compounds proposed in the present invention can also be mixed, encapsulated, conjugated or otherwise associated with other molecules, molecular structures or mixtures of compounds, for example, liposomes, target molecules of receptors, compositions for oral, rectal, local or other routes of administration, to facilitate absorption, distribution and / or absorption. Examples of US patents that describe the preparation of such absorption, distribution, and / or absorption promoting compositions include, but are not limited to: US Pat. No. 5,108,921; 5,354,844; 5,416,016; 5,459,127; 5,521,291; 5,543,165; 5,547,932; 5,583,020; 5,591,721; 4,426,330; 4,534,899; 5013556; 5,108,921; 5,213,804; 5,227,170; 5,264,221; 5,356,633; 5,395,619; 5,416,016; 5,417,978; 5,462,854; 5,469,854; 5,512,295; 5,527,528; 5,534,259; 5,543,152; 5,556,948; 5,580,575; and 5595756, each of which is incorporated into this application by reference.
[00188] Хотя указанные антисмысловые олигонуклеотиды не обязательно должны вводиться при помощи вектора, чтобы модулировать экспрессию и/или функцию мишени, варианты реализации настоящего изобретения включают векторные конструкции для экспрессии антисмысловых олигонуклеотидов, включая промоторы, последовательности генов составных промоторов и обладающие выраженной конститутивной промоторной активностью, или промоторной активностью, которая может быть индуцирована при необходимости.[00188] Although these antisense oligonucleotides do not have to be introduced using a vector to modulate the expression and / or function of a target, embodiments of the present invention include vector constructs for expression of antisense oligonucleotides, including promoters, gene sequences of compound promoters and having pronounced constitutive promoter activity, or promoter activity, which can be induced if necessary.
[00189] Согласно одному из вариантов реализации осуществление изобретения включает введение по меньшей мере одного из вышеуказанных антисмысловых олигонуклеотидов при помощи подходящей системы доставки на основе нуклеиновой кислоты. Согласно одному из вариантов реализации такая система включает невирусный вектор, функционально связанный с указанным полинуклеотидом. Примеры таких невирусных векторов включают собственно олигонуклеотид (например, любая(ые) из последовательностей SEQ ID NO:3-9) или его комбинацию с подходящим белковым, полисахаридным или липидным составом.[00189] In one embodiment, the invention includes the administration of at least one of the above antisense oligonucleotides using a suitable nucleic acid delivery system. In one embodiment, such a system comprises a non-viral vector operably linked to said polynucleotide. Examples of such non-viral vectors include the oligonucleotide itself (for example, any of the sequences SEQ ID NO: 3-9) or a combination thereof with a suitable protein, polysaccharide or lipid composition.
[00190] Дополнительно, подходящие системы доставки нуклеиновой кислоты включают вирусные векторы, как правило, на основе последовательности одного или нескольких аденовирусов, аденоассоциированного вируса (ААВ), хелпер-зависимого аденовируса, ретровируса, или липосомального комплекса с японским гемагглютинирующим вирусом (HVJ). Предпочтительно, указанный вирусный вектор содержит сильный эукариотический промотор, функционально связанный с указанным полинуклеотидом, например, промотор цитомегаловируса (ЦМВ).[00190] Additionally, suitable nucleic acid delivery systems include viral vectors, typically based on the sequence of one or more adenoviruses, adeno-associated virus (AAB), helper-dependent adenovirus, retrovirus, or liposomal complex with Japanese hemagglutinating virus (HVJ). Preferably, said viral vector contains a strong eukaryotic promoter operably linked to said polynucleotide, for example, a cytomegalovirus (CMV) promoter.
[00191] Дополнительные предпочтительные векторы включают вирусные векторы, белки слияния и химические конъюгаты. Ретровирусные векторы включают вирусы мышиного лейкоза Молони и ВИЧ-вирусы. Один из предпочтительных ВИЧ-вирусных векторов содержит по меньшей мере два вектора, где гены gag и pol происходят из генома ВИЧ, а ген env - из другого вируса. Предпочтительными являются ДНК-вирусные векторы. Такие векторы включают рох-векторы, такие как ортопокс- или авипокс-векторы, герпесвирусные векторы, такие как векторы на основе вируса простого герпеса (HSV) I, аденовирусные векторы и векторы на основе аденоассоциированного вируса.[00191] Additional preferred vectors include viral vectors, fusion proteins, and chemical conjugates. Retroviral vectors include Moloney murine leukemia viruses and HIV viruses. One of the preferred HIV virus vectors contains at least two vectors, where the gag and pol genes originate from the HIV genome and the env gene from another virus. DNA viral vectors are preferred. Such vectors include pox vectors, such as orthopox or avipox vectors, herpesvirus vectors, such as herpes simplex virus (HSV) I vectors, adenovirus vectors and adeno-associated virus vectors.
[00192] Антисмысловые соединения, предложенные в настоящем изобретении, включают любые фармацевтически приемлемые соли, сложные эфиры или соли таких сложных эфиров, или любое другое соединение, которое при введении животному, включая человека, способно обеспечить получение (прямо или непрямо) биологически активного метаболита или его компонента.[00192] The antisense compounds provided by the present invention include any pharmaceutically acceptable salts, esters or salts of such esters, or any other compound which, when administered to an animal, including humans, is capable of producing (directly or indirectly) a biologically active metabolite or its component.
[00193] Термин «фармацевтически приемлемые соли» относится к физиологически и фармацевтически приемлемым солям соединений, предложенных в настоящем изобретении: т.е. солям, сохраняющим необходимую биологическую активность исходного соединения и, кроме того, не дающих нежелательных токсических эффектов. Предпочтительные примеры фармацевтически приемлемых солей олигонуклеотидов и их применение подробнее описаны в патенте США 6287860, включенном в настоящую заявку посредством ссылки.[00193] The term "pharmaceutically acceptable salts" refers to the physiologically and pharmaceutically acceptable salts of the compounds of the present invention: i.e. salts retaining the necessary biological activity of the starting compound and, in addition, not giving undesirable toxic effects. Preferred examples of pharmaceutically acceptable salts of oligonucleotides and their use are described in more detail in US patent 6287860, incorporated into this application by reference.
[00194] Настоящее изобретение также включает фармацевтические композиции и составы, содержащие антисмысловые соединения, предложенные в настоящем изобретении. Фармацевтические композиции, предложенные в настоящем изобретении, могут вводиться различными способами в зависимости от того, требуется ли местное или системное лечение, и от того, на какую область необходимо воздействовать. Введение может быть местным (в том числе через глаза и через слизистые оболочки, включая вагинальное и ректальное введение), через легкие, например, посредством вдыхания или вдувания порошков или аэрозолей, в том числе при помощи небулайзера; интратрахеально, интраназально, эпидермально и трансдермально), пероральным или парентеральным. Парентеральное введение включает внутривенные, внутриартериальные, подкожные, внутрибрюшинные или внутримышечные инъекцию или инфузию; или внутричерепное, например, интратекальное или интравентрикулярное, введение.[00194] The present invention also includes pharmaceutical compositions and compositions containing antisense compounds proposed in the present invention. The pharmaceutical compositions of the present invention may be administered in various ways, depending on whether topical or systemic treatment is required and on which area to be affected. The introduction can be local (including through the eyes and through the mucous membranes, including vaginal and rectal administration), through the lungs, for example, by inhaling or injecting powders or aerosols, including using a nebulizer; intratracheal, intranasal, epidermal and transdermal), oral or parenteral. Parenteral administration includes intravenous, intraarterial, subcutaneous, intraperitoneal or intramuscular injection or infusion; or intracranial, for example, intrathecal or intraventricular, administration.
[00195] При лечении тканей центральной нервной системы введение может осуществляться, например, инъекцией или инфузией в спинномозговую жидкость. Введение антисмысловой РНК в спинномозговую жидкость описано, например, в заявке на патент США, опубликованной под номером 2007/0117772, "Methods for slowing familial ALS disease progression» («Способы замедления развития наследственного заболевания БАС»), включенной в настоящую заявку посредством ссылки во всей полноте.[00195] In the treatment of central nervous system tissues, administration can be carried out, for example, by injection or infusion into the cerebrospinal fluid. The introduction of antisense RNA into the cerebrospinal fluid is described, for example, in US patent application published under number 2007/0117772, "Methods for slowing familial ALS disease progression", which is incorporated into this application by reference in fullness.
[00196] Если предполагается введение антисмыслового олигонуклеотида, предложенного в настоящем изобретении, в клетки центральной нервной системы, введение может осуществляться совместно с одним или несколькими агентами, способными обеспечить проникновение указанного антисмыслового олигонуклеотида через гематоэнцефалический барьер. Инъекция может быть сделана, например, в энторинальную область коры или гиппокамп. Доставка нейротрофических факторов введением аденовирусного вектора в двигательные нейроны мышечной ткани описана, например, в патенте США 6632427, "Adenoviral-vector-mediated gene transfer into medullary motor neurons» («Перенос генов в двигательные нейроны мозга, опосредованный аденовирусным вектором»), включенном в настоящую заявку посредством ссылки. Доставка векторов непосредственно в мозг, например, в стриатум, таламус, гиппокамп или черную субстанцию известна в данной области техники и описана, например, в патенте США 6756523, «Adenovirus vectors for the transfer of foreign genes into cells of the central nervous system particularly in brain» («Аденовирусные векторы для переноса чужеродных генов в клетки центральной нервной системы, в частности, клетки мозга»), включенном в настоящую заявку посредством ссылки. Введение может быть быстрым в случае инъекции или осуществляться в течение некоторого промежутка времени в случае медленной инфузии или введения составов с замедленным высвобождением.[00196] If it is contemplated that the antisense oligonucleotide of the present invention is introduced into the cells of the central nervous system, it can be administered in conjunction with one or more agents capable of penetrating the antisense oligonucleotide through the blood-brain barrier. Injection can be done, for example, in the entorhinal cortex or hippocampus. The delivery of neurotrophic factors by introducing an adenoviral vector into the motor neurons of muscle tissue is described, for example, in US Pat. No. 6,632,427, "Adenoviral-vector-mediated gene transfer into medullary motor neurons" included in the adenoviral vector mediated) The present application is by reference Delivery of vectors directly to the brain, for example, to the striatum, thalamus, hippocampus or black substance, is known in the art and is described, for example, in US Pat. No. 6,756,523, “Adenovirus vectors for the transfer of foreign genes into cells of the cent ral nervous system particularly in brain "(" Adenoviral vectors for transferring foreign genes into cells of the central nervous system, in particular brain cells "), incorporated herein by reference. The introduction can be quick in case of injection or over a period of time in the case of a slow infusion or administration of sustained release formulations.
[00197] Рассматриваемые антисмысловые олигонуклеотиды могут быть связаны или конъюгированы с агентами, обеспечивающими необходимые фармацевтические или фармакокинетические свойства. Например, указанный антисмысловой олигонуклеотид может сочетаться с любым веществом, которое, как известно в данной области техники, способствует проникновению или транспорту через гематоэнцефалический барьер, таким как антитело к рецептору трансферрина, и вводимому путем внутривенной инъекции. Указанное антисмысловое соединение может быть связано с вирусным вектором, например, придающим указанному антисмысловому соединению большую эффективность и/или усиливающим транспорт указанного антисмыслового соединения через гематоэнцефалический барьер. Осмотическое преодоление гематоэнцефалического барьера может также быть достигнуто, например, инфузией сахаров, включая, но не ограничиваясь перечисленными, мезоэритрит, ксилит, D(+) галактозу, D(+) лактозу, D(+) ксилозу, дульцит, миоинозитол, L(-) фруктозу, D(-) маннит, D(+) глюкозу, D(+) арабинозу, D(-) арабинозу, целлобиозу, D(+) мальтозу, D(+) раффинозу, L(+) рамнозу, D(+) мелибиозу, D(-) рибозу, адонит, D(+) арабит, L(-) арабит, D(+) фукозу, L(-) фукозу, D(-) ликсозу, L(+) ликсозу и L(-) ликсозу, или аминокислот, включая, но не ограничиваясь перечисленными, глутамин, лизин, аргинин, аспарагин, аспарагиновую кислоту, цистеин, глутаминовую кислоту, глицин, гистидин, лейцин, метионин, фенилаланин, пролин, серин, треонин, тирозин, валин и таурин. Способы и материалы для повышения проникновения через гематоэнцефалический барьер описаны, например, в патенте США 4866042, «Method for the delivery of genetic material across the blood brain barrier» («Способы доставки генетического материала через гематоэнцефалический барьер»), патенте США 6294520, «Material for passage through the blood-brain barrier» («Материал для прохождения через гематоэнцефалический барьер») и патенте США 6936589, «Parenteral delivery systems» («Парентеральные системы доставки»), включенных в настоящую заявку посредством ссылки во всей полноте.[00197] Considered antisense oligonucleotides can be associated or conjugated with agents that provide the necessary pharmaceutical or pharmacokinetic properties. For example, said antisense oligonucleotide can be combined with any substance that is known in the art to penetrate or transport through the blood-brain barrier, such as an antibody to transferrin receptor, and administered by intravenous injection. The indicated antisense compound may be associated with a viral vector, for example, giving the specified antisense compound greater efficiency and / or enhancing the transport of the indicated antisense compound through the blood-brain barrier. Osmotic overcoming of the blood-brain barrier can also be achieved, for example, by infusion of sugars, including, but not limited to, mesoerythritis, xylitol, D (+) galactose, D (+) lactose, D (+) xylose, dulcite, myoinositol, L (- ) fructose, D (-) mannitol, D (+) glucose, D (+) arabinose, D (-) arabinose, cellobiose, D (+) maltose, D (+) raffinose, L (+) rhamnose, D (+ ) melibiosis, D (-) ribose, adonite, D (+) arabite, L (-) arabite, D (+) fucose, L (-) fucose, D (-) lyxose, L (+) lyxose and L (- ) lyxose, or amino acids, including, but not limited to, glutamine, lysine, arginine, asparagine, aspartic acid, cysteine, glutamic acid, glycine, histidine, leucine, methionine, phenylalanine, proline, serine, threonine, tyrosine, valine and taurine. Methods and materials for increasing penetration through the blood-brain barrier are described, for example, in US Pat. No. 4,866,042, Methods for the delivery of genetic material across the blood brain barrier, US 6294520, Material for passage through the blood-brain barrier ”and“ US Pat. No. 6,936589, “Parenteral delivery systems”, incorporated herein by reference in their entirety.
[00198] Рассматриваемые антисмысловые соединения могут быть смешаны, инкапсулированы, конъюгированы или иным образом связаны с другими молекулами, молекулярными структурами или смесями соединений, например, липосомами, молекулами-мишенями рецепторов, составами для перорального, ректального, местного или иного пути введения, для способствования поглощению, распределению и/или абсорбции. Например, катионные липиды могут также быть включены в указанный состав для облегчения поглощения олигонуклеотидов. Одной из таких композиций, как показано, способствующей поглощению, является LIPOFECTIN (доступный у GIBCO-BRL, Bethesda, MD).[00198] Considered antisense compounds can be mixed, encapsulated, conjugated or otherwise associated with other molecules, molecular structures or mixtures of compounds, for example, liposomes, target molecules of receptors, compositions for oral, rectal, local or other route of administration, to facilitate absorption, distribution and / or absorption. For example, cationic lipids may also be included in the composition to facilitate the uptake of oligonucleotides. One such composition as shown to promote absorption is LIPOFECTIN (available from GIBCO-BRL, Bethesda, MD).
[00199] Олигонуклеотиды, содержащие по меньшей мере одну 2'-O-метоксиэтильную модификацию, предположительно подходят, в частности, для перорального введения. Фармацевтические композиции и составы для местного применения могут включать трансдермальные пластыри, мази, лосьоны, кремы, гели, капли, суппозитории, спреи, жидкости и порошки. Обычные фармакологические носители, водные, порошковые или масляные основы, загустители и т.п. могут быть необходимы или желательны. Подходящие применения включают также покрытия для презервативов, перчаток и т.п.[00199] Oligonucleotides containing at least one 2'-O-methoxyethyl modification are believed to be suitable, in particular, for oral administration. Topical pharmaceutical compositions and formulations may include transdermal patches, ointments, lotions, creams, gels, drops, suppositories, sprays, liquids and powders. Conventional pharmacological carriers, aqueous, powder or oil bases, thickeners, and the like. may be necessary or desirable. Suitable applications also include coatings for condoms, gloves, and the like.
[00200] Фармацевтические составы, предложенные в настоящем изобретении, которые могут быть представлены в виде удобной единичной дозированной формы, могут быть получены согласно общепринятым методикам, хорошо известным в области фармацевтической индустрии. Такие техники включают этап соединения активных ингредиентов с фармацевтическими носителями и вспомогательными веществами. Как правило, указанные составы получают равномерным глубоким соединением активных ингредиентов с жидкими носителями или тонкомолотыми твердыми носителями, или с ними обоими, и затем, при необходимости, придают продукту форму.[00200] The pharmaceutical compositions of the present invention, which can be presented in a convenient unit dosage form, can be prepared according to generally accepted methods well known in the pharmaceutical industry. Such techniques include the step of combining the active ingredients with pharmaceutical carriers and excipients. Typically, these formulations are prepared by uniformly deeply combining the active ingredients with liquid carriers or with finely ground solid carriers, or both of them, and then, if necessary, shape the product.
[00201] Композиции, предложенные в настоящем изобретении, могут быть получены в виде любой из многих возможных лекарственных форм, включая, но не ограничиваясь перечисленными, таблетки, капсулы, гелевые капсулы, жидкие сиропы, мягкие гели, суппозитории и клизмы. Композиции, предложенные в настоящем изобретении, могут также быть получены в виде суспензий на основе водных, неводных или смешанных сред. Водные суспензии могут дополнительно содержать вещества, увеличивающие вязкость суспензии, включая, например, натрия карбоксиметилцеллюлозу, сорбит и/или декстран. Указанная суспензия может также содержать стабилизаторы.[00201] The compositions of the present invention can be prepared in any of many possible dosage forms, including, but not limited to tablets, capsules, gel capsules, liquid syrups, soft gels, suppositories and enemas. The compositions proposed in the present invention can also be obtained in the form of suspensions based on aqueous, non-aqueous or mixed media. Aqueous suspensions may further contain substances that increase the viscosity of the suspension, including, for example, sodium carboxymethyl cellulose, sorbitol and / or dextran. The suspension may also contain stabilizers.
[00202] Фармацевтические композиции, предложенные в настоящем изобретении, включают, не ограничиваясь перечисленными: растворы, эмульсии, пены и содержащие липосомы составы. Фармацевтические композиции и составы, предложенные в настоящем изобретении, могут содержать один или более усилители проникновения, носители, вспомогательные вещества или другие активные или неактивные ингредиенты.[00202] The pharmaceutical compositions of the present invention include, but are not limited to: solutions, emulsions, foams, and liposome-containing formulations. The pharmaceutical compositions and compositions proposed in the present invention may contain one or more penetration enhancers, carriers, excipients or other active or inactive ingredients.
[00203] Эмульсии представляют собой, как правило, гетерогенные системы, где одна жидкость распределена в другой в виде капель, как правило, более 0,1 мкм в диаметре. Эмульсии могут содержать дополнительные компоненты помимо дисперсных фаз, и активное лекарственное вещество может присутствовать в растворе в водной фазе, масляной фазе или быть представлено отдельной фазой. Микроэмульсии также относятся к вариантам реализации настоящего изобретения. Эмульсии и их применение хорошо известны в данной области техники и подробнее описаны в патенте США 6287860.[00203] Emulsions are typically heterogeneous systems where one liquid is distributed in another in the form of droplets, typically more than 0.1 microns in diameter. Emulsions may contain additional components in addition to the dispersed phases, and the active drug substance may be present in solution in the aqueous phase, the oil phase, or be a separate phase. Microemulsions also relate to embodiments of the present invention. Emulsions and their use are well known in the art and are described in more detail in US patent 6287860.
[00204] Составы, предложенные в настоящем изобретении, включают липосомальные составы. В контексте настоящего изобретения термин «липосома» означает пузырьки, состоящие из амфифильных липидов, образующих один или более чем один сферический бислой. Липосомы представляют собой однослойные или многослойные пузырьки с мембраной, образованной липофильными веществами и водной внутренней фазой, где содержится композиция, которую необходимо доставить. Катионные липосомы представляют собой положительно заряженные липосомы, которые предположительно взаимодействуют с отрицательно заряженными молекулами ДНК с образованием стабильного комплекса. рН-чувствительные или отрицательно заряженные липосомы, предположительно, скорее захватывают ДНК, чем образуют с ней комплексы. Как катионные, так и некатионные липосомы применялись для доставки ДНК в клетки.[00204] the Formulations proposed in the present invention include liposomal formulations. In the context of the present invention, the term "liposome" means vesicles consisting of amphiphilic lipids forming one or more spherical bilayers. Liposomes are monolayer or multilayer vesicles with a membrane formed by lipophilic substances and an aqueous internal phase, which contains the composition to be delivered. Cationic liposomes are positively charged liposomes that are thought to interact with negatively charged DNA molecules to form a stable complex. pH-sensitive or negatively charged liposomes are thought to capture DNA rather than form complexes with it. Both cationic and non-cationic liposomes have been used to deliver DNA to cells.
[00205] Липосомы также включают «стерически стабилизированные» липосомы, что при использовании в настоящей заявке относится к липосомам, содержащим один или более специализированный липид. После включения в липосомы эти специализированные липиды образуют липосомы с увеличенной продолжительностью существования по сравнению с липосомами, не содержащими таких специализированных липидов. Примеры стерически стабилизированных липосом являются такие, в которых часть образующего пузырек липидного компонента липосомы содержит один или более гликолипид или дериватизирован одним или несколькими гидрофильными полимерами, таких как фрагмент полиэтиленгликоля (ПЭГ). Липосомы и их применение подробнее описаны в патенте США 6287860.[00205] Liposomes also include "sterically stabilized" liposomes, which when used in this application refers to liposomes containing one or more specialized lipids. After incorporation into liposomes, these specialized lipids form liposomes with an extended lifespan compared to liposomes that do not contain such specialized lipids. Examples of sterically stabilized liposomes are those in which a portion of the bubble forming lipid component of the liposome contains one or more glycolipids or is derivatized with one or more hydrophilic polymers such as a polyethylene glycol (PEG) fragment. Liposomes and their use are described in more detail in US patent 6287860.
[00206] Фармацевтические составы и композиции, предложенные в настоящем изобретении, могут также включать поверхностно-активные вещества. Применение поверхностно-активных веществ в лекарственных продуктах, составах и эмульсиях хорошо известно в данной области техники. Поверхностно-активные вещества и их применение подробнее описаны в патенте США 6287860, включенном в настоящую заявку посредством ссылки.[00206] The pharmaceutical compositions and compositions provided by the present invention may also include surfactants. The use of surfactants in medicinal products, compositions and emulsions is well known in the art. Surfactants and their use are described in more detail in US patent 6287860, incorporated into this application by reference.
[00207] Согласно одному из вариантов реализации настоящее изобретение включает различные усилители проникновения, способствующие эффективной доставке нуклеиновых кислот, в частности, олигонуклеотидов. Кроме способствования диффузии нелипофильных препаратов через клеточные мембраны, усилители проникновения повышают проникающую способность липофильных препаратов. Усилители проникновения могут быть разделены на пять больших категорий, а именно, поверхностно-активные вещества, жирные кислоты, соли желчных кислот, хелатирующие агенты, и нехелатирующие не-ПАВ-вещества. Усилители проникновения и их применение подробнее описаны в патенте США 6287860, включенном в настоящую заявку посредством ссылки.[00207] In one embodiment, the present invention includes various penetration enhancers that facilitate the efficient delivery of nucleic acids, in particular oligonucleotides. In addition to promoting the diffusion of non-lipophilic drugs across cell membranes, penetration enhancers increase the penetration of lipophilic drugs. Penetration enhancers can be divided into five broad categories, namely surfactants, fatty acids, bile salts, chelating agents, and non-chelating non-surfactants. Penetration enhancers and their use are described in more detail in US Pat. No. 6,287,860, incorporated herein by reference.
[00208] Специалисту в данной области техники будет понятно, что составы получают согласно стандартным методикам в соответствии с их назначением, т.е. способом введения.[00208] One skilled in the art will understand that the formulations are prepared according to standard procedures in accordance with their intended use, i.e. route of administration.
[00209] Предпочтительные составы для местного применения включают такие, в которых олигонуклеотиды, предложенные в настоящем изобретении, смешаны с агентами для местного введения, такими как липиды, липосомы, жирные кислоты, сложные эфиры жирных кислот, стероиды, хелатирующие агенты и поверхностно-активные вещества. Предпочтительные липиды и липосомы включают нейтральные (например, диолеилфосфатидил DOPE этаноламин, димиристоилфосфатидил холин DMPC, дистеаролфосфатидилхолин) отрицательно заряженные (например, димиристоилфосфатидил глицерина DMPG) и катионные (например, диолеилтетраметиламинопропил DOTAP и диолеилфосфатидил этаноламин DOTMA).[00209] Preferred topical formulations include those in which the oligonucleotides of the present invention are mixed with topical agents such as lipids, liposomes, fatty acids, fatty acid esters, steroids, chelating agents and surfactants . Preferred lipids and liposomes include neutral (e.g., dioleylphosphatidyl DOPE ethanolamine, dimyristoylphosphatidyl choline DMPC, distearolphosphatidylcholine) negatively charged (e.g., dimyristoylphosphatidyl glycerol DMPG) and cationic (e.g., dioleyltetolamine-di-tetramidetol-tetramidetol-tetramidetamide di-methyltropylamide di-tetramidetolamine tetramide).
[00210] Для местного или другого применения олигонуклеотиды, предложенные в настоящем изобретении, могут быть инкапсулированы в липосомы или входить в состав липосомальных комплексов, в частности, с катионными липосомами. Как вариант, олигонуклеотиды могут входить в состав липидных комплексов, в частности с катионными липидами. Предпочтительные жирные кислоты и сложные эфиры, их фармацевтически приемлемые соли, и их применение подробнее описаны в патенте США 6287860.[00210] For topical or other uses, the oligonucleotides of the present invention can be encapsulated in liposomes or form part of liposome complexes, in particular with cationic liposomes. Alternatively, oligonucleotides can be part of lipid complexes, in particular with cationic lipids. Preferred fatty acids and esters, their pharmaceutically acceptable salts, and their use are described in more detail in US patent 6287860.
[00211] Композиции и составы для перорального введения включают порошки или гранулы, содержащие микрочастицы, наночастицы, суспензии или растворы в воде или неводных средах, капсулы, гелевые капсулы, порционные упаковки, таблетки или минитаблетки. Присутствие загустителей, вкусоароматических агентов, разбавителей, эмульгаторов, диспергирующих агентов или связующих веществ может быть желательным. Предпочтительными составами для перорального приема являются такие, в которых олигонуклеотиды, предложенные в настоящем изобретении, вводятся совместно с одним или несколькими усилителями проникновения, поверхностно-активными веществами и хелатирующими веществами. Предпочтительные поверхностно-активные вещества включают жирные кислоты и/или сложные эфиры или их соли, желчные кислоты и/или их соли. Предпочтительные желчные кислоты/соли и жирные кислоты и их применение подробнее описаны в патенте США 6287860, включенном в настоящую заявку посредством ссылки. Также предпочтительными являются комбинации усилителей проникновения, например, жирные кислоты/соли в комбинации с желчными кислотами/солями. В частности, предпочтительной является комбинация натриевой соли лауриновой кислоты, каприновой кислоты и УДХК. Другие усилители проникновения включают полиоксиэтилен-9-лауриловый эфир, полиоксиэтилен-20-цетиловый эфир. Олигонуклеотиды, предложенные в настоящем изобретении, могут быть введены перорально, в гранулированной форме, включая высушенные распылением частицы, или в составе комплексов микро- или наночастиц. Комплексообразующие агенты для олигонуклеотидов и их применение подробнее описаны в патенте США 6287860, включенном в настоящую заявку посредством ссылки.[00211] Compositions and compositions for oral administration include powders or granules containing microparticles, nanoparticles, suspensions or solutions in water or non-aqueous media, capsules, gel capsules, portioned packets, tablets or mini-tablets. The presence of thickening agents, flavoring agents, diluents, emulsifiers, dispersing agents or binders may be desirable. Preferred oral formulations are those in which the oligonucleotides of the present invention are administered together with one or more penetration enhancers, surfactants and chelating agents. Preferred surfactants include fatty acids and / or esters or their salts, bile acids and / or their salts. Preferred bile acids / salts and fatty acids and their use are described in more detail in US patent 6287860, incorporated into this application by reference. Also preferred are combinations of penetration enhancers, for example, fatty acids / salts in combination with bile acids / salts. In particular, a combination of the sodium salt of lauric acid, capric acid and UDCA is preferred. Other penetration enhancers include polyoxyethylene-9-lauryl ether, polyoxyethylene-20-cetyl ether. The oligonucleotides of the present invention can be administered orally, in granular form, including spray dried particles, or as part of complexes of micro- or nanoparticles. Complexing agents for oligonucleotides and their use are described in more detail in US patent 6287860, incorporated into this application by reference.
[00212] Композиции и составы для парентерального, интратекального или интравентрикулярного введения могут включать стерильные водные растворы, которые могут также содержать буферы, разбавители и другие подходящие добавки, включая, но не ограничиваясь перечисленными, усилители проникновения, переносчики и другие фармацевтически приемлемые носители или вспомогательные вещества.[00212] Compositions and compositions for parenteral, intrathecal or intraventricular administration may include sterile aqueous solutions, which may also contain buffers, diluents and other suitable additives, including, but not limited to, penetration enhancers, carriers and other pharmaceutically acceptable carriers or excipients .
[00213] Определенные варианты реализации настоящего изобретения включают фармацевтические композиции, содержащие одно или более олигомерное соединение и один или более другой химиотерапевтический агент, действующий с помощью не-антисмыслового механизма. Примеры таких химиотерапевтических агентов включают, не ограничиваясь перечисленными, химиотерапевтические лекарственные средства для лечения рака, такие как даунорубицин, дауномицин, дактиномицин, доксорубицин, эпирубицин, идарубицин, эзорубицин, блеомицин, мафосфамид, ифосфамид, цитозина арабинозид, бис-хлорэтил-нитрозомочевина, бусульфан, митомицин С, актиномицин D, митрамицин, преднизон, гидроксипрогестерон, тестостерон, тамоксифен, дакарбазин, прокарбазин, гексаметилмеламин, пентаметилмеламин, митоксантрон, амсакрин, хлорамбуцил, метилциклогексилнитрозомочевина, мустарген, мелфалан, циклофосфамид, 6-меркаптопурин, 6-тиогуанин, цитарабин, 5- азацитидин, гидроксимочевина, дезоксикоформицин, 4-гидроксипероксицикло-фосфорамид, 5-фторурацил (5-FU), 5-фтордезоксиуридин (5-FUdR), метотрексат (МТХ), колхицин, таксол, винкристин, винбластин, этопозид (VP-16), триметрексат, иринотекан, топотекан, гемцитабин, тенипозид, цисплатин и диэтилстильбэстрол(DES). При применении с соединениями, предложенными в настоящем изобретении, такие химиотерапевтические агенты могут применяться индивидуально (например, 5-FU и олигонуклеотид), последовательно (например, 5-FU и олигонуклеотид в течение некоторого времени, затем МТХ и олигонуклеотид), или в комбинации с одним или несколькими другими такими химиотерапевтическими агентами (например, 5-FU, МТХ и олигонуклеотид, или 5-FU, лучевая терапия и олигонуклеотид). Противовоспалительные лекарственные средства, включая, но не ограничиваясь перечисленными, нестероидные противовоспалительные лекарственные средства и кортикостероиды, и противовирусные лекарственные средства, включая, но не ограничиваясь перечисленными, рибавирин, видарабин, ацикловир и ганцикловир, могут также быть скомбинированы в композициях, предложенных в настоящем изобретении. Комбинации антисмысловых соединений и других не-антисмысловых лекарственных средств также входят в объем настоящего изобретения. Два или более скомбинированных соединения могут применяться совместно или последовательно.[00213] Certain embodiments of the present invention include pharmaceutical compositions comprising one or more oligomeric compounds and one or more other chemotherapeutic agents that act by a non-antisense mechanism. Examples of such chemotherapeutic agents include, but are not limited to, chemotherapeutic drugs for treating cancer, such as daunorubicin, daunomycin, dactinomycin, doxorubicin, epirubicin, idarubicin, ezorubicin, bleomycin, mafosfamide, ifosfamino-azithozitozitozitozitozitozitozitozitozitozitozitozitozitozitozitozitozitozitozitozitozinitozitozinitozitozinitozitozinitozitozinito mitomycin C, actinomycin D, mitramycin, prednisone, hydroxyprogesterone, testosterone, tamoxifen, dacarbazine, procarbazine, hexamethylmelamine, pentamethylmelamine, mitoxantrone, amsacrine, chlorambuci , methylcyclohexyl nitrosourea, mustargen, melphalan, cyclophosphamide, 6-mercaptopurine, 6-thioguanine, cytarabine, 5-azacytidine, hydroxyurea, deoxy formoficin, 4-hydroxyperoxycyclo-phosphoramide, 5-fluorouracil-5-F-5-f-5-f-5-f-5-f-5-f-5-d-5-f-5-d-5-f-5-d-5-f-5-d-5-f-5-d-5-f-5-d-5-5-fluoride-5-d-5-5-d-l-5-5-d-d-dl (5-fluorourazide) , methotrexate (MTX), colchicine, taxol, vincristine, vinblastine, etoposide (VP-16), trimerexate, irinotecan, topotecan, gemcitabine, teniposide, cisplatin and diethylstilbestrol (DES). When used with the compounds of the present invention, such chemotherapeutic agents can be used individually (e.g., 5-FU and oligonucleotide), sequentially (e.g., 5-FU and oligonucleotide for some time, then MTX and oligonucleotide), or in combination with one or more other such chemotherapeutic agents (e.g., 5-FU, MTX and oligonucleotide, or 5-FU, radiation therapy and oligonucleotide). Anti-inflammatory drugs, including, but not limited to, non-steroidal anti-inflammatory drugs and corticosteroids, and antiviral drugs, including, but not limited to, ribavirin, vidarabine, acyclovir, and ganciclovir, can also be combined in the compositions of the present invention. Combinations of antisense compounds and other non-antisense drugs are also within the scope of the present invention. Two or more combined compounds may be used together or sequentially.
[00214] Согласно другому сходному варианту осуществления композиции, предложенные в настоящем изобретении, могут содержать одно или несколько антисмысловых соединений, в частности, олигонуклеотидов, нацеленных на первую нуклеиновую кислоту, и одно или несколько дополнительных антисмысловых соединений, нацеленных на вторую нуклеиновую кислоту. Например, первой мишенью может быть конкретная антисмысловая последовательность PAR4, а второй мишенью может быть участок другой нуклеотидной последовательности. Как вариант, композиции, предложенных в настоящем изобретении, могут содержать два антисмысловых соединения или более, нацеленных на разные участки одной и той же целевой нуклеиновой кислоты PAR4. Многочисленные примеры антисмысловых соединений приведены в настоящей заявке, другие могут быть выбраны из подходящих соединений, известных в данной области техники. Два или более скомбинированных соединения могут применяться совместно или последовательно.[00214] According to another similar embodiment, the compositions of the present invention may contain one or more antisense compounds, in particular oligonucleotides targeting the first nucleic acid, and one or more additional antisense compounds targeting the second nucleic acid. For example, the first target may be a specific antisense sequence of PAR4, and the second target may be a portion of another nucleotide sequence. Alternatively, the compositions of the present invention may contain two or more antisense compounds targeting different regions of the same target PAR4 nucleic acid. Numerous examples of antisense compounds are provided herein, others may be selected from suitable compounds known in the art. Two or more combined compounds may be used together or sequentially.
Дозирование:Dosage:
[00215] Получение фармацевтических композиций и их последующее введение (дозирование) должны быть знакомы специалистам в данной области техники. Дозы зависят от тяжести и чувствительности к лечению болезненного состояния-мишени терапии, курс лечения может длиться от нескольких дней до нескольких месяцев, или до излечения, или до облегчения болезненного состояния. Оптимальный режим дозирования может быть рассчитан на основании измерений накопления препарата в организме пациента. Специалист без труда определит оптимальные дозировки, методологию дозировок и частоту повторения. Оптимальные дозы могут варьировать в зависимости от относительной эффективности конкретных олигонуклеотидов, и, как правило, могут быть рассчитаны исходя из ЕС50, эффективных для животных моделей in vitro и in vivo. Как правило, доза составляет от 0,01 мкг до 100 г на кг массы тела, и может вводиться однократно или чаще ежедневно, еженедельно, ежемесячно или ежегодно, или даже каждые 2-20 лет. Специалист без труда может рассчитать частоту введения доз, основанную на времени удержания и концентрациях лекарства в жидкостях или тканях организма. После проведения эффективного лечения может быть желательно применение поддерживающей терапии у пациента для предотвращения рецидива заболевания, при этом указанный олигонуклеотид вводится в поддерживающих дозах, варьирующих от 0,01 мкг до 100 г на кг массы тела, от однократного или более частого ежедневного приема до однократного приема один раз в 20 лет.[00215] The preparation of pharmaceutical compositions and their subsequent administration (dosing) should be familiar to those skilled in the art. Doses depend on the severity and sensitivity to treatment of the disease state, the target of treatment, the course of treatment can last from several days to several months, or until cure, or to alleviate the disease state. The optimal dosage regimen can be calculated based on measurements of drug accumulation in the patient’s body. The specialist will easily determine the optimal dosage, dosage methodology and frequency of repetition. Optimal doses may vary depending on the relative efficacy of specific oligonucleotides, and, as a rule, can be calculated based on EC50 effective for animal models in vitro and in vivo. As a rule, the dose is from 0.01 μg to 100 g per kg of body weight, and can be administered once or more daily, weekly, monthly or yearly, or even every 2-20 years. One skilled in the art can easily calculate the frequency of dosing based on retention time and drug concentrations in body fluids or tissues. After effective treatment, it may be desirable to use maintenance therapy in a patient to prevent recurrence of the disease, wherein said oligonucleotide is administered in maintenance doses ranging from 0.01 μg to 100 g per kg body weight, from a single or more frequent daily intake to a single dose once every 20 years.
[00216] Согласно вариантам реализации пациент получает дозу лекарственного средства, составляющую по меньшей мере приблизительно 1, по меньшей мере приблизительно 2, по меньшей мере приблизительно 3, по меньшей мере приблизительно 4, по меньшей мере приблизительно 5, по меньшей мере приблизительно 6, по меньшей мере приблизительно 7, по меньшей мере приблизительно 8, по меньшей мере приблизительно 9, по меньшей мере приблизительно 10, по меньшей мере приблизительно 15, по меньшей мере приблизительно 20, по меньшей мере приблизительно 25, по меньшей мере приблизительно 30, по меньшей мере приблизительно 35, по меньшей мере приблизительно 40, по меньшей мере приблизительно 45, по меньшей мере приблизительно 50, по меньшей мере приблизительно 60, по меньшей мере приблизительно 70, по меньшей мере приблизительно 80, по меньшей мере приблизительно 90, или по меньшей мере приблизительно 100 мг/кг массы тела. Некоторые вводимые дозировки антисмысловых олигонуклеотидов описаны, например, в патенте США 7563884, «Antisense modulation of PTP1B expression» («Антисмысловое модулирование экспрессии PTP1B»), включенном в настоящую заявку посредством ссылки во всей полноте.[00216] In embodiments, the patient receives a dosage of at least about 1, at least about 2, at least about 3, at least about 4, at least about 5, at least about 6, at least about 7, at least about 8, at least about 9, at least about 10, at least about 15, at least about 20, at least about 25, at least e about 30, at least about 35, at least about 40, at least about 45, at least about 50, at least about 60, at least about 70, at least about 80, at least about 90, or at least about 100 mg / kg body weight. Some administration dosages of antisense oligonucleotides are described, for example, in US Pat. No. 7,563,884, “Antisense modulation of PTP1B expression”, which is incorporated herein by reference in its entirety.
[00217] Хотя выше и были описаны различные варианты реализации настоящего изобретения, следует понимать, что они представлены только в качестве примеров, а не для ограничения. Многочисленные модификации раскрытых вариантов реализации могут быть осуществлены согласно описаниям в настоящей заявке, не выходя за рамки сущности и объема настоящего изобретения. Таким образом, объем и сущность настоящего изобретения не ограничены какими-либо из приведенных выше вариантов реализации.[00217] Although various embodiments of the present invention have been described above, it should be understood that they are presented only as examples, and not for limitation. Numerous modifications of the disclosed embodiments may be carried out as described herein, without departing from the spirit and scope of the present invention. Thus, the scope and spirit of the present invention is not limited to any of the above embodiments.
[00218] Все упоминаемые здесь документы включены в настоящую заявку посредством ссылок. Все публикации и патентные документы, упомянутые в настоящей заявке, включены посредством ссылок в том же объеме, как если бы каждая публикация или каждый патентный документ были упомянуты в индивидуальном порядке. Цитируя различные источники в данном документе, заявители не признают, что какой-либо из источников представляет «предшествующий уровень техники» относительно настоящего изобретения. Варианты реализации предложенных в изобретении композиций и способов проиллюстрированы приведенными ниже примерами.[00218] All documents referred to herein are incorporated into this application by reference. All publications and patent documents referred to in this application are incorporated by reference to the same extent as if each publication or each patent document were individually mentioned. Citing the various sources in this document, the applicants do not recognize that any of the sources represents the "prior art" regarding the present invention. Embodiments of the compositions and methods of the invention are illustrated by the following examples.
ПРИМЕРЫEXAMPLES
[00219] Следующие неограничивающие Примеры предназначены для иллюстрации некоторых вариантов реализации настоящего изобретения. Следует иметь в виду, что вариации содержания и вариантов элементов описанных компонентов очевидны специалистам в данной области и входят в объем настоящего изобретения.[00219] The following non-limiting Examples are intended to illustrate certain embodiments of the present invention. It should be borne in mind that variations in the content and variations of the elements of the described components are obvious to experts in this field and are included in the scope of the present invention.
Пример 1: Конструирование антисмысловых олигонуклеотидов, специфичных к молекуле нуклеиновой кислоты, антисмысловой к PAR4 и/или смысловой цепи полинуклеотида PAR4Example 1: Construction of antisense oligonucleotides specific for a nucleic acid molecule antisense to PAR4 and / or sense strand of a PAR4 polynucleotide
[00220] Как указано выше, термин «олигонуклеотид, специфичный для» или «олигонуклеотид с нацеленным действием» относится к олигонуклеотиду, имеющему последовательность, (i) способную формировать стабильный комплекс с фрагментом гена-мишени или (ii) способную формировать стабильный дуплекс с фрагментом иРНК транскрипта гена-мишени.[00220] As indicated above, the term “specific oligonucleotide” or “targeted oligonucleotide” refers to an oligonucleotide having a sequence (i) capable of forming a stable complex with a fragment of a target gene or (ii) capable of forming a stable duplex with a fragment mRNA transcript of the target gene.
[00221] Отбор подходящих олигонуклеотидов упрощается при применении компьютерных программ (например, IDT AntiSense Design, IDT OligoAnalyzer), автоматически идентифицирующих в каждой конкретной последовательности субпоследовательности из IP-25 нуклеотидов, способных образовывать гибриды с целевой полинуклеотидной последовательностью, имеющие требуемую температуру плавления (как правило, 50-60°С) и не образующие гомодимеров или других комплексных вторичных структур.[00221] The selection of suitable oligonucleotides is simplified by the use of computer programs (for example, IDT AntiSense Design, IDT OligoAnalyzer) that automatically identify, in each particular sequence, sub-sequences of IP-25 nucleotides capable of forming hybrids with the target polynucleotide sequence having the desired melting point (typically , 50-60 ° C) and not forming homodimers or other complex secondary structures.
[00222] Отбор подходящих олигонуклеотидов выполняют с применением компьютерных программ, которые автоматически выравнивают последовательности нуклеиновых кислот и определяют участки идентичности или гомологии. Такие программы применяют для сравнения последовательностей нуклеиновых кислот, полученных, например, из баз данных, таких как GenBank, или секвенированием продуктов ПЦР. Сравнение последовательностей нуклеиновых кислот различных генов и межгенных областей конкретного генома позволяет отобрать последовательности нуклеиновых кислот, которым свойственна необходимая степень специфичности к нужному гену. Такие процедуры позволяют провести отбор олигонуклеотидов, проявляющих значительную степень комплементарности целевым последовательностям нуклеиновых кислот и более низкую степень комплементарности другим последовательностям нуклеиновых кислот из конкретного генома. Специалисту в данной области техники будет ясно, что существует значительная свобода выбора подходящих участков генов для применения согласно настоящему изобретению.[00222] The selection of suitable oligonucleotides is performed using computer programs that automatically align nucleic acid sequences and determine regions of identity or homology. Such programs are used to compare nucleic acid sequences obtained, for example, from databases such as GenBank, or by sequencing PCR products. Comparison of the nucleic acid sequences of different genes and intergenic regions of a particular genome allows you to select nucleic acid sequences that are characterized by the necessary degree of specificity for the desired gene. Such procedures allow selection of oligonucleotides exhibiting a significant degree of complementarity to target nucleic acid sequences and a lower degree of complementarity to other nucleic acid sequences from a particular genome. One skilled in the art will appreciate that there is considerable freedom of choice of suitable gene regions for use in accordance with the present invention.
[00223] Антисмысловое соединение является «специфически гибридизуемым», если связывание указанного соединения с целевой нуклеиновой кислотой нарушает нормальное функционирование целевой нуклеиновой кислоты, приводя к модулированию функции и/или активности, и степень комплементарности достаточна, чтобы избежать неспецифичного связывания указанного антисмыслового соединения с нецелевыми последовательностями нуклеиновой кислоты в условиях, при которых необходимо специфическое связывание, т.е., в физиологических условиях в случае in vivo методик анализа или терапевтического воздействия, и в условиях, при которых проводится анализ, в случае исследований in vitro.[00223] An antisense compound is “specifically hybridizable” if the binding of the compound to the target nucleic acid interferes with the normal functioning of the target nucleic acid, modulating the function and / or activity, and the degree of complementarity is sufficient to avoid non-specific binding of the antisense compound to non-target sequences nucleic acid under conditions that require specific binding, i.e., under physiological conditions in the case of in vivo analysis methods or therapeutic effects, and under the conditions under which the analysis is carried out, in the case of in vitro studies.
[00224] Характеристики гибридизации олигонуклеотидов, описанных в настоящей заявке, могут быть определены с применением одного или более in vitro способа анализа из известных специалистам в данной области техники. Например, указанные характеристики олигонуклеотидов, описанных в настоящей заявке, могут быть получены путем определения силы связывания целевых природных антисмысловых последовательностей и молекул потенциального лекарственного средства с применением анализа кривых плавления.[00224] The hybridization characteristics of the oligonucleotides described herein can be determined using one or more in vitro assay methods known to those skilled in the art. For example, the indicated characteristics of the oligonucleotides described in this application can be obtained by determining the binding strength of the target natural antisense sequences and potential drug molecules using analysis of melting curves.
[00225] Сила связывания целевых природных антисмысловых последовательностей и молекулы потенциального лекарственного средства (далее - Молекулы) может быть оценена с применением любых стандартных способов измерения силы межмолекулярных взаимодействий, например, анализа кривых плавления.[00225] The binding strength of the target natural antisense sequences and the potential drug molecule (hereinafter referred to as the Molecule) can be evaluated using any standard method for measuring the strength of intermolecular interactions, for example, analysis of melting curves.
[00226] Анализ кривых плавления определяет температуру, при которой происходит быстрый переход от двуцепочечной к одноцепочечной конформации комплекса природной антисмысловой последовательности/Молекулы. Эта температура широко используется как надежная мера силы взаимодействия между двумя молекулами.[00226] An analysis of the melting curves determines the temperature at which a rapid transition from double-stranded to single-stranded conformation of the natural antisense sequence / Molecule complex occurs. This temperature is widely used as a reliable measure of the strength of the interaction between two molecules.
[00227] Анализ кривых плавления может быть выполнен с применением кДНК-копии актуальной природной антисмысловой молекулы РНК или синтетического нуклеотида ДНК или РНК, соответствующего связывающему сайту Молекулы. Доступны многочисленные наборы, включающие все необходимые реагенты для проведения анализа (например, набор MeltDoctor от Applied Biosystems Inc.). Такие наборы содержат подходящий буферный раствор, содержащий один из связывающих двуцепочечную ДНК (дцДНК) красителей (таких как красители HRM от ABI, SYBR Green, SYTO и т.д.). Свойства дцДНК красителей таковы, что они практически не флуоресцируют в свободной форме, но очень выражение флуоресцируют при связывании с дцДНК.[00227] Analysis of the melting curves can be performed using a cDNA copy of the actual natural antisense RNA molecule or a synthetic DNA or RNA nucleotide corresponding to the binding site of the Molecule. Numerous kits are available that include all the necessary reagents for analysis (for example, the MeltDoctor kit from Applied Biosystems Inc.). Such kits contain a suitable buffer solution containing one of the double-stranded DNA (dsDNA) binding dyes (such as HRI dyes from ABI, SYBR Green, SYTO, etc.). The properties of dsDNA dyes are such that they practically do not fluoresce in free form, but fluoresce very much upon binding to dsDNA.
[00228] Для проведения анализа указанную кДНК или соответствующий олигонуклеотид смешивают с Молекулой в концентрациях, определенных согласно протоколам конкретных производителей. Смесь подогревают до 95°С для диссоциации пре-формированных комплексов дцДНК, затем медленно охлаждают до комнатной температуры или другой более низкой температуры, указанной производителем набора, для ренатурации молекул ДНК. Вновь сформировавшиеся комплексы затем медленно нагревают до 95°С, одновременно непрерывно измеряя интенсивность флуоресценции в результате реакции. Интенсивность флуоресценции обратно пропорциональна количеству присутствующих в реакции дцДНК. Информация может быть получена с применением инструмента на основе ПНР в реальном времени, совместимого с набором (например, StepOne Plus Real Time PCR System от ABI или инструмент lightTyper от Roche Diagnostics, Lewes, UK).[00228] For analysis, said cDNA or corresponding oligonucleotide is mixed with the Molecule at concentrations determined according to the protocols of particular manufacturers. The mixture is heated to 95 ° C to dissociate the preformed dsDNA complexes, then slowly cooled to room temperature or another lower temperature specified by the kit manufacturer to renature the DNA molecules. The newly formed complexes are then slowly heated to 95 ° C, while continuously measuring the fluorescence intensity as a result of the reaction. The fluorescence intensity is inversely proportional to the number of dsDNAs present in the reaction. Information can be obtained using a real-time PNR tool, compatible with the kit (for example, StepOne Plus Real Time PCR System from ABI or lightTyper from Roche Diagnostics, Lewes, UK).
[00229] Пики плавления получают построением графика зависимости отрицательной производной флуоресценции по температуре (-d(Флуоресценция)/dT) по оси у) от температуры (ось x) с применением подходящего программного обеспечения (например, lightTyper (Roche) или SDS Dissociation Curve, ABI). Информацию анализируют с целью определить температуру быстрого перехода комплекса дцДНК в одноцепочечные молекулы. Эту температуру называют температурой плавления и она прямо пропорциональна силе взаимодействия между двумя молекулами. Как правило, температура плавления превышает 40°С.[00229] Melting peaks are obtained by plotting the temperature dependence of the negative derivative of fluorescence (-d (Fluorescence) / dT) along the y axis) versus temperature (x axis) using suitable software (eg lightTyper (Roche) or SDS Dissociation Curve, ABI). The information is analyzed in order to determine the temperature of the rapid transition of the dsDNA complex into single-stranded molecules. This temperature is called the melting point and it is directly proportional to the strength of the interaction between the two molecules. As a rule, the melting temperature exceeds 40 ° C.
Пример 2: Модулирование полинуклеотидов PAR4Example 2: Modulation of PAR4 Polynucleotides
Обработка клеток HepG2 антисмысловыми олигонуклеотидамиTreatment of HepG2 cells with antisense oligonucleotides
[00230] Все антисмысловые олигонуклеотиды, используемые в Примере 2, были сконструированы согласно описанию в Примере 1. Производителю (IDT Inc., Coralville, IA (Коралвилль, Айова)) был проинструктирован относительно получения синтетических содержащих фосфотиоатную связь олигонуклеотидов и обеспечил синтетические фосфотиоатные аналоги, приведенные в таблице 1. Звездочкой в нуклеотидах обозначено наличие фосфотиоатной связи. Олигонуклеотиды, необходимые для эксперимента из Примера 2, могут быть синтезированы с применением любого подходящего способа, соответствующего существующему уровню данной области техники, например, способа, применяемого IDT: на твердой подложке, такой как 5-микронные стеклянные бусы с контролируемой пористостью (CPG), с применением фосфорамидитовых мономеров (стандартные нуклеотиды с защитой всех активных групп защитными группами, например, тритильная группа на сахаре, бензоил на А и С и N-2-изобутирил на G). Защитные группы предотвращают нежелательные реакции во время синтеза олигонуклеотидов. Защитные группы удаляют в конце процесса синтеза. Исходный нуклеотид связывается с твердой подложкой через 3'-углерод и синтез протекает в направлении от 3' к 5'. Добавление нового основания в растущую цепь олигонуклеотида происходит в четыре этапа: 1) защитную группу удаляют с 5' кислорода иммобилизованного нуклеотида с помощью трихлоруксусной кислоты; 2) указанный иммобилизованный нуклеотид и следующий в очереди нуклеотид связывают при помощи тетразола; указанная реакция протекает с образованием промежуточного тетразолильного производного фосфорамидита. 3) непрореагировавшие свободные нуклеотиды и побочные продукты реакции отмывают и непрореагировавшие иммобилизованные олигонуклеотиды кэпируют для предупреждения их участия в следующем цикле синтеза; кэпирование осуществляют ацетилированием свободных 5'-гидроксилов с применением уксусного ангидрида и N-метилимидазола; 4) для стабилизации связи между нуклеотидами фосфор окисляют с применением йода и воды, если необходимо получить фосфодиэфирную связь, либо реагента Beaucage (3Н-1,2-бензодитиол-3-он-1,1-диоксида), если требуется фосфотиоатная связь. С помощью варьирования указанных двух окисляющих агентов можно сконструировать гибридный остов. Цикл из четырех описанных выше этапов повторяют для каждого нуклеотида в последовательности. Когда последовательность синтезирована полностью, олигонуклеотид отщепляют от твердой подложки и удаляют защитные группы с применением гидроксида аммония при высокой температуре. Защитные группы отмывают обессоливанием, и оставшиеся олигонуклеотиды лиофилизируют.[00230] All antisense oligonucleotides used in Example 2 were constructed as described in Example 1. The manufacturer (IDT Inc., Coralville, IA (Coralville, Iowa)) was instructed in the preparation of synthetic phosphotioate-linked oligonucleotides and provided synthetic phosphotioate analogs, are given in table 1. An asterisk in the nucleotides indicates the presence of a phosphotioate bond. The oligonucleotides necessary for the experiment of Example 2 can be synthesized using any suitable method corresponding to the current level of technology, for example, the method used by IDT: on a solid substrate, such as 5 micron glass beads with controlled porosity (CPG), using phosphoramidite monomers (standard nucleotides with protection of all active groups with protective groups, for example, the trityl group on sugar, benzoyl on A and C and N-2-isobutyryl on G). Protecting groups prevent unwanted reactions during the synthesis of oligonucleotides. Protecting groups are removed at the end of the synthesis process. The starting nucleotide binds to the solid support through 3'-carbon and the synthesis proceeds from 3 'to 5'. The addition of a new base to the growing chain of the oligonucleotide takes place in four stages: 1) the protective group is removed from 5 'of the oxygen of the immobilized nucleotide using trichloroacetic acid; 2) the indicated immobilized nucleotide and the next nucleotide in the queue are linked using tetrazole; this reaction proceeds with the formation of an intermediate tetrazolyl derivative of phosphoramidite. 3) unreacted free nucleotides and reaction by-products are washed and unreacted immobilized oligonucleotides are capped to prevent their participation in the next synthesis cycle; capping is carried out by acetylation of free 5'-hydroxyls using acetic anhydride and N-methylimidazole; 4) to stabilize the bond between nucleotides, phosphorus is oxidized using iodine and water, if it is necessary to obtain a phosphodiester bond, or Beaucage reagent (3H-1,2-benzodithiol-3-one-1,1-dioxide), if a phosphotioate bond is required. By varying these two oxidizing agents, a hybrid skeleton can be constructed. The cycle of the four steps described above is repeated for each nucleotide in the sequence. When the sequence is fully synthesized, the oligonucleotide is cleaved from the solid support and the protecting groups are removed using ammonium hydroxide at high temperature. The protecting groups are washed with desalination, and the remaining oligonucleotides are lyophilized.
[00231] Для осуществления эксперимента, смоделированного в Примере 3, клетки HepG2 от АТСС (cat# HB-8065) выращивали на ростовой среде (MEM/EBSS (Hyclone cat #SH30024, либо Mediatech cat # MT-10-010-CV)+10% ЭБС (Mediatech cat# MT35-011-CV)+пенициллин/стрептомицин (Mediatech cat# MT30-002-CI)) при 37°С и 5% СО2. За день до эксперимента клетки пересевали с плотностью 0,5×104/мл в 6-луночные планшеты и инкубировали при 37°С и 5% СО2 в течение ночи. В день эксперимента среду в 6-луночных планшетах заменяли на свежую ростовую среду.[00231] For the experiment modeled in Example 3, HepG2 cells from ATCC (cat # HB-8065) were grown on growth medium (MEM / EBSS (Hyclone cat # SH30024, or Mediatech cat # MT-10-010-CV) + 10% EBL (Mediatech cat # MT35-011-CV) + penicillin / streptomycin (Mediatech cat # MT30-002-CI)) at 37 ° C and 5% CO 2 . The day before the experiment, the cells were reseeded with a density of 0.5 × 10 4 / ml in 6-well plates and incubated at 37 ° C and 5% CO 2 overnight. On the day of the experiment, the medium in 6-well plates was replaced with fresh growth medium.
[00232] Олигонуклеотиды, полученные от производителя в лиофилизованной форме, разводили до концентрации 20 мкмоль в деионизированной воде, не содержащей РНКаз и ДНКаз. Два мкл этого раствора инкубировали с 400 мкл среды Opti-MEM (Gibco cat# 31985-070) и 4 мкл липофектамина 2000 (Invitrogen cat# 11668019) при комнатной температуре в течение 20 мин, затем по капле вводили в одну ячейку 6-луночного планшета с клетками HepG2. Сходную смесь, содержащую 2 мкл воды вместо раствора олигонуклеотида, применяли для контрольной «пустой» трансфекции. После 3-18 ч инкубации при 37°С и 5% CO2 среду заменяли на свежую ростовую среду. Через 48 ч после добавления антисмысловых олигонуклеотидов среду удаляли и выделяли РНК из клеток с применением SV Total RNA Isolation System от Promega (cat# Z3105) или набора RNeasy Total RNA Isolation kit от Qiagen (cat# 74181), следуя инструкциям производителя. 600 нг выделенной РНК вводили в реакцию обратной транскрипции, проводимую с применением кДНК-набора Verso cDNAkit от Thermo Scientific (cat# AB 1453B) или набора High Capacity cDNA Reverse Transcription Kit (cat# 4368813) согласно описанию в протоколе производителя. кДНК, полученные в результате реакции обратной транскрипции, применяли для мониторинга генной экспрессии при помощи ПЦР в реальном времени с применением ABI Taqman Gene Expression Mix (cat# 4369510) и праймеров/зондов, сконструированных ABI (Applied Biosystems Taqman Gene Expression Assay: Hs01088574_ml (PAR4) от Applied Biosystems Inc., Foster City CA). Использовали следующий цикл ПЦР: 50°С в течение 2 мин, 95°С в течение 10 мин, 40 циклов при (95°С в течение 15 секунд, 60°С в течение 1 мин) с применением аппарата для ПЦР в реальном времени StepOne Plus Real Time PCR Machine (Applied Biosystems). Изменение кратности генной экспрессии после обработки антисмысловыми олигонуклеотидами вычисляли на основании разности значений dCt, нормализованных по 18S, между обработанными и контрольными образцами.[00232] Oligonucleotides obtained from the manufacturer in lyophilized form were diluted to a concentration of 20 μmol in deionized water that did not contain RNase and DNase. Two μl of this solution was incubated with 400 μl of Opti-MEM medium (Gibco cat # 31985-070) and 4 μl of lipofectamine 2000 (Invitrogen cat # 11668019) at room temperature for 20 minutes, then dropwise injected into one well of a 6-well plate with HepG2 cells. A similar mixture containing 2 μl of water instead of the oligonucleotide solution was used for the control "empty" transfection. After 3-18 hours of incubation at 37 ° C and 5% CO2, the medium was replaced with fresh growth medium. 48 hours after the addition of antisense oligonucleotides, the medium was removed and RNA was isolated from cells using the SV Total RNA Isolation System from Promega (cat # Z3105) or the RNeasy Total RNA Isolation kit from Qiagen (cat # 74181), following the manufacturer's instructions. 600 ng of isolated RNA was introduced into the reverse transcription reaction using the Verso cDNAkit cDNA kit from Thermo Scientific (cat # AB 1453B) or the High Capacity cDNA Reverse Transcription Kit (cat # 4368813) as described in the manufacturer's protocol. cDNA obtained from the reverse transcription reaction was used to monitor gene expression using real-time PCR using ABI Taqman Gene Expression Mix (cat # 4369510) and primers / probes designed by ABI (Applied Biosystems Taqman Gene Expression Assay: Hs01088574_ml (PAR4 ) from Applied Biosystems Inc., Foster City CA). The following PCR cycle was used: 50 ° C for 2 min, 95 ° C for 10 min, 40 cycles at (95 ° C for 15 seconds, 60 ° C for 1 min) using a StepOne real-time PCR apparatus Plus Real Time PCR Machine (Applied Biosystems). The change in the frequency of gene expression after treatment with antisense oligonucleotides was calculated based on the difference between the dCt values normalized to 18S between the treated and control samples.
Результаты: Результаты ПЦР в режиме реального времени показывают, что уровни иРНК PAR4 в клетках HepG2 значительно повышаются в течение 48 ч после обработки двумя из олигонуклеотидов, сконструированных для антисмысловой последовательности PAR4 jortybo.aApr07 (Фиг.1).Results: Real-time PCR results show that PAR4 mRNA levels in HepG2 cells significantly increase within 48 hours after treatment with two of the oligonucleotides designed for the antisense sequence of PAR4 jortybo.aApr07 (Figure 1).
Обработка клеток А549 антисмысловыми олигонуклеотидамиTreatment of A549 cells with antisense oligonucleotides
[00233] Клетки А549 от АТСС (cat# CCL-185) выращивали в ростовой среде (F-12K (АТСС 30-2004)+10% ЭБС (Mediatech #35-011-CV)+пенициллин/стрептомицин (Mediatech cat# MT30-002-CI)) при 37°C и 5% СО2. За один день до эксперимента клетки пересеивали с плотностью 1,5×105/мл в 6-луночные планшеты и инкубировали при 37°С и 5% СО2. В день эксперимента среду в 6-луночных планшетах заменяли на свежую ростовую среду. Все антисмысловые олигонуклеотиды разбавляли до концентрации 20 мкМ. Два мкл этого раствора инкубировали с 400 мкл среды Opti-MEM (Gibco cat# 31985-070) и 4 мкл Липофектамина 2000 (Invitrogen cat# 11668019) при комнатной температуре в течение 20 мин и добавляли в каждую лунку 6-луночных планшетов с клетками А549. Аналогичную смесь, содержащую 2 мкл воды вместо раствора олигонуклеотида, применяли для контрольной «пустой» трансфекции. После инкубации в течение 3-18 ч при температуре 37°C и 5% СО2 среду заменяли на свежую ростовую среду. Через 48 ч после добавления антисмысловых олигонуклеотидов среду удаляли и РНК выделяли из клеток с применением SV Total RNA Isolation System от Promega (cat# Z3105) или набора RNeasy Total RNA Isolation kit от Qiagen (cat# 74181), следуя инструкциям производителя. 600 нг РНК вводили в реакцию обратной транскрипции, проводимую с применением кДНК-набора Verso от Thermo Scientific (cat# AB 1453B) или набора High Capacity cDNA Reverse Transcription Kit (cat# 4368813) согласно протоколу производителя. кДНК, полученную в результате этой реакции обратной транскрипции, применяли для мониторинга экспрессии гена при помощи ПЦР в режиме реального времени с применением ABI Taqman Gene Expression Mix (cat# 4369510) и праймеров/зондов, сконструированных ABI (Applied Biosystems Taqman Gene Expression Assay: Hs01058874_ml от Applied Biosystems Inc., Foster City СА). Применяли следующий цикл ПЦР: 50°С в течение 2 мин, 95°С в течение 10 мин, 40 циклов из (95°С в течение 15 секунд, 60°С в течение 1 мин) в термоциклере Мх4000 (Stratagene) или аппарате для ПЦР в режиме реального времени StepOne Plus Real Time PCR Machine (Applied Biosystems). Изменение кратности экспрессии гена после обработки антисмысловыми олигонуклеотидами вычисляли на основании разности значений dCt, нормализованных по 18S, между обработанными и контрольными образцами.[00233] A549 cells from ATCC (cat # CCL-185) were grown in growth medium (F-12K (ATCC 30-2004) + 10% EBL (Mediatech # 35-011-CV) + penicillin / streptomycin (Mediatech cat # MT30 -002-CI)) at 37 ° C and 5% CO 2 . One day before the experiment, the cells were seeded with a density of 1.5 × 10 5 / ml in 6-well plates and incubated at 37 ° C and 5% CO 2 . On the day of the experiment, the medium in 6-well plates was replaced with fresh growth medium. All antisense oligonucleotides were diluted to a concentration of 20 μM. Two μl of this solution was incubated with 400 μl of Opti-MEM medium (Gibco cat # 31985-070) and 4 μl of Lipofectamine 2000 (Invitrogen cat # 11668019) at room temperature for 20 minutes and 6-well A549 cells were added to each well. . A similar mixture containing 2 μl of water instead of the oligonucleotide solution was used for the control "empty" transfection. After incubation for 3-18 hours at 37 ° C and 5% CO 2, the medium was replaced with fresh growth medium. 48 hours after the addition of antisense oligonucleotides, the medium was removed and RNA was isolated from cells using the SV Total RNA Isolation System from Promega (cat # Z3105) or the RNeasy Total RNA Isolation kit from Qiagen (cat # 74181) following the manufacturer's instructions. 600 ng of RNA was introduced into a reverse transcription reaction using the Verso cDNA kit from Thermo Scientific (cat # AB 1453B) or the High Capacity cDNA Reverse Transcription Kit (cat # 4368813) according to the manufacturer's protocol. The cDNA obtained from this reverse transcription reaction was used to monitor gene expression using real-time PCR using ABI Taqman Gene Expression Mix (cat # 4369510) and primers / probes designed by ABI (Applied Biosystems Taqman Gene Expression Assay: Hs01058874_ml from Applied Biosystems Inc., Foster City CA). The following PCR cycle was used: 50 ° C for 2 min, 95 ° C for 10 min, 40 cycles of (95 ° C for 15 seconds, 60 ° C for 1 min) in a MX4000 thermal cycler (Stratagene) or apparatus for Real-time PCR StepOne Plus Real Time PCR Machine (Applied Biosystems). The change in the gene expression after treatment with antisense oligonucleotides was calculated based on the difference between the 18C normalized dCt values between the treated and control samples.
Результат: Результаты ПЦР в режиме реального времени показывают, что уровни мРНК гена PAR4 в клетках А549 значительно повышаются через 48 ч после обработки олигонуклеотидом CUR-1566, нацеленным на антисмысловую последовательность гена PAR4 jortybo.aApr07.Result: Real-time PCR results show that PAR4 mRNA levels in A549 cells significantly increase 48 hours after treatment with the CUR-1566 oligonucleotide aimed at the antisense sequence of the PAR4 gene jortybo.aApr07.
Обработка клеток HEK293 антисмысловыми олигонуклеотидамиTreatment of HEK293 Cells with Antisense Oligonucleotides
[00234] Клетки HEK293 от АТСС (cat# CRL-1573) выращивали в ростовой среде (MEM/EBSS (Hyclone cat# SH30024 или Mediatech cat# MT-10-010-CV)+10% ЭБС (Mediatech cat# MT-35-011-CV)+пенициллин/стрептомицин (Mediatech cat# MT30-002-CI)) при 37°С и 5% СО2. За один день до эксперимента клетки пересеивали с плотностью 1,5×105/мл в 6-луночные планшеты и инкубировали при 37°С и 5% СО2. В день эксперимента среду в 6-луночных планшетах заменяли на свежую ростовую среду. Все антисмысловые олигонуклеотиды разбавляли до концентрации 20 мкМ. Два мкл этого раствора инкубировали с 400 мкл среды Opti-MEM (Gibco cat# 31985-070) и 4 мкл Липофектамина 2000 (Invitrogen cat# 11668019) при комнатной температуре в течение 20 мин и добавляли в каждую лунку 6-луночных плат с клетками HEK293. Аналогичную смесь, содержащую 2 мкл воды вместо раствора олигонуклеотида, применяли для контрольной «пустой» трансфекции. После инкубации в течение 3-18 ч при температуре 37°С и 5% CO2 среду заменяли на свежую ростовую среду. Через 48 ч после добавления антисмысловых олигонуклеотидов среду удаляли и РНК выделяли из клеток с применением SV Total RNA Isolation System от Promega (cat# Z3105) или набора RNeasy Total RNA Isolation kit от Qiagen (cat# 74181), следуя инструкциям производителя. 600 нг РНК вводили в реакцию обратной транскрипции, проводимую с применением кДНК-набора Verso от Thermo Scientific (cat# AB 1453B) или набора High Capacity cDNA Reverse Transcription Kit (cat# 4368813) согласно протоколу производителя. кДНК, полученную в результате этой реакции обратной транскрипции, применяли для мониторинга экспрессии гена при помощи ПЦР в режиме реального времени с применением ABI Taqman Gene Expression Mix (cat# 4369510) и праймеров/зондов, сконструированных ABI (Applied Biosystems Taqman Gene Expression Assay: Hs01088574_ml от Applied Biosystems Inc., Foster City CA). Применяли следующий цикл ПЦР: 50°С в течение 2 мин, 95°С в течение 10 мин, 40 циклов из (95°С в течение 15 секунд, 60°С в течение 1 мин) в термоциклере Мх4000 (Stratagene) или аппарате для ПЦР в режиме реального времени StepOne Plus Real Time PCR Machine (Applied Biosystems). Изменение кратности экспрессии гена после обработки антисмысловыми олигонуклеотидами вычисляли на основании разности значений dCt, нормализованных по 18S, между обработанными и контрольными образцами.[00234] ATCC HEK293 cells (cat # CRL-1573) were grown in growth medium (MEM / EBSS (Hyclone cat # SH30024 or Mediatech cat # MT-10-010-CV) + 10% EBL (Mediatech cat # MT-35 -011-CV) + penicillin / streptomycin (Mediatech cat # MT30-002-CI)) at 37 ° C and 5% CO 2 . One day before the experiment, the cells were seeded with a density of 1.5 × 10 5 / ml in 6-well plates and incubated at 37 ° C and 5% CO 2 . On the day of the experiment, the medium in 6-well plates was replaced with fresh growth medium. All antisense oligonucleotides were diluted to a concentration of 20 μM. Two μl of this solution was incubated with 400 μl of Opti-MEM medium (Gibco cat # 31985-070) and 4 μl of Lipofectamine 2000 (Invitrogen cat # 11668019) at room temperature for 20 minutes and 6-well plates with HEK293 cells were added to each well . A similar mixture containing 2 μl of water instead of the oligonucleotide solution was used for the control "empty" transfection. After incubation for 3-18 hours at a temperature of 37 ° C and 5% CO2, the medium was replaced with fresh growth medium. 48 hours after the addition of antisense oligonucleotides, the medium was removed and RNA was isolated from cells using the SV Total RNA Isolation System from Promega (cat # Z3105) or the RNeasy Total RNA Isolation kit from Qiagen (cat # 74181) following the manufacturer's instructions. 600 ng of RNA was introduced into a reverse transcription reaction using the Verso cDNA kit from Thermo Scientific (cat # AB 1453B) or the High Capacity cDNA Reverse Transcription Kit (cat # 4368813) according to the manufacturer's protocol. The cDNA obtained from this reverse transcription reaction was used to monitor gene expression using real-time PCR using ABI Taqman Gene Expression Mix (cat # 4369510) and primers / probes designed by ABI (Applied Biosystems Taqman Gene Expression Assay: Hs01088574_ml from Applied Biosystems Inc., Foster City CA). The following PCR cycle was used: 50 ° C for 2 min, 95 ° C for 10 min, 40 cycles of (95 ° C for 15 seconds, 60 ° C for 1 min) in a MX4000 thermal cycler (Stratagene) or apparatus for Real-time PCR StepOne Plus Real Time PCR Machine (Applied Biosystems). The change in the gene expression after treatment with antisense oligonucleotides was calculated based on the difference between the 18C normalized dCt values between the treated and control samples.
Результат: Фигура 3 иллюстрирует повышение уровня апоптоза в клетках HEK293 через 48 ч после обработки олигонуклеотидом CUR-1566, введенным с применением Липофектамина 2000, по сравнению с контролем.Result: Figure 3 illustrates the increase in apoptosis in HEK293 cells 48 hours after treatment with CUR-1566 oligonucleotide introduced using Lipofectamine 2000, compared to the control.
Обработка первичных кератиноцитов антисмысловыми олигонуклеотидамиTreatment of primary keratinocytes with antisense oligonucleotides
[00235] Первичные кератиноциты (от Lifeline Technologies) выращивали в ростовой среде (Среда для культивирования кератиноцитов, Lifeline cat# LM0004 + Lifeline факторы роста! 030) при 37°С и 5% СО2. За один день до эксперимента клетки пересеивали с плотностью приблизительно 5×104 /мл (или около разведения на 1/3 от 90% слияния) в 24-луночные покрытые коллагеном планшеты (Beckton Dickinson BioCoat plates cat# 35 6408) и инкубировали при 37°С и 5% СО2 в течение ночи. В день эксперимента среду в 24-луночных планшетах заменяли на 1 мл свежей ростовой среды. Олигонуклеотиды, поставляемые производителем в лиофилизированной форме, разбавили до концентрации 20 мкМ в деионизированной воде, не содержащей РНКазы/ДНКазы. Два мкл этого раствора инкубировали с 400 мкл среды OptiMEM (Gibco cat# 31985-070) и 4 мкл агента для трансфекции TransIT®-LT1 (Mirus cat# MIR 2300) при комнатной температуре в течение 20 мин, затем добавили по каплям в одну лунку 6-луночного планшета с клетками HepG2. Аналогичную смесь, содержащую 2 мкл воды вместо раствора олигонуклеотида, применяли для контрольной «пустой» трансфекции. После дозирования планшеты инкубировали в течение ночи при 37°С, 5% СО2. Через 24 часа после добавления антисмысловых олигонуклеотидов среду заменяли на свежую ростовую среду и повторяли дозирование, описанное выше. Через 24 ч после второго дозирования РНК выделяли из клеток с применением SV Total RNA Isolation System от Promega (cat# Z3105), следуя инструкциям производителя. 600 нг общей РНК вводили в реакцию обратной транскрипции, проводимую с применением кДНК-набора High Capacity cDNA kit от Applied Biosystems (cat# 4368813) согласно протоколу производителя. кДНК, полученную в результате этой реакции обратной транскрипции, применяли для мониторинга экспрессии гена при помощи ПЦР в режиме реального времени с применением ABI Taqman Gene Expression Mix (cat# 4369510) и праймеров/зондов, сконструированных ABI (Hs01088574_ml). Применяли следующий цикл ПЦР: 50°С в течение 2 мин, 95°С в течение 10 мин, 40 циклов из (95°С в течение 15 секунд, 60°С в течение 1 мин) в аппарате для ПЦР в режиме реального времени StepOne Plus Real Time PCR Machine (Applied Biosystems). Изменение кратности экспрессии гена после обработки антисмысловыми олигонуклеотидами вычисляли на основании разности значений dCt, нормализованных по 18S, между обработанными и контрольными образцами.[00235] Primary keratinocytes (from Lifeline Technologies) were grown in growth medium (Keratinocyte culture medium, Lifeline cat # LM0004 + Lifeline growth factors! 030) at 37 ° C and 5% CO 2 . One day before the experiment, the cells were transplanted with a density of approximately 5 × 10 4 / ml (or about 1/3 dilution from 90% confluence) into 24-well collagen coated plates (Beckton Dickinson BioCoat plates cat # 35 6408) and incubated at 37 ° C and 5% CO 2 during the night. On the day of the experiment, the medium in 24-well plates was replaced with 1 ml of fresh growth medium. The oligonucleotides supplied by the manufacturer in lyophilized form were diluted to a concentration of 20 μM in deionized water not containing RNase / DNase. Two μl of this solution was incubated with 400 μl of OptiMEM medium (Gibco cat # 31985-070) and 4 μl of TransIT®-LT1 transfection agent (Mirus cat # MIR 2300) at room temperature for 20 minutes, then added dropwise to one well 6-well plate with HepG2 cells. A similar mixture containing 2 μl of water instead of the oligonucleotide solution was used for the control "empty" transfection. After dosing, the plates were incubated overnight at 37 ° C, 5% CO 2 . 24 hours after the addition of antisense oligonucleotides, the medium was replaced with fresh growth medium and the dosage described above was repeated. 24 hours after the second dosing, RNA was isolated from cells using the SV Total RNA Isolation System from Promega (cat # Z3105) following the manufacturer's instructions. 600 ng of total RNA was introduced into the reverse transcription reaction using the High Capacity cDNA kit cDNA kit from Applied Biosystems (cat # 4368813) according to the manufacturer's protocol. The cDNA obtained from this reverse transcription reaction was used to monitor gene expression using real-time PCR using ABI Taqman Gene Expression Mix (cat # 4369510) and primers / probes designed by ABI (Hs01088574_ml). The following PCR cycle was used: 50 ° C for 2 min, 95 ° C for 10 min, 40 cycles of (95 ° C for 15 seconds, 60 ° C for 1 min) in a StepOne real-time PCR apparatus Plus Real Time PCR Machine (Applied Biosystems). The change in the gene expression after treatment with antisense oligonucleotides was calculated based on the difference between the 18C normalized dCt values between the treated and control samples.
Результат: Фигура 4 иллюстрирует повышение уровня апоптоза в кератиноцитах через 48 ч после обработки олигонуклеотидом CUR-1566, введенным с применением Липофектамина 2000, по сравнению с контролем (Фиг.4).Result: Figure 4 illustrates the increase in the level of apoptosis in keratinocytes 48 hours after treatment with the CUR-1566 oligonucleotide introduced using Lipofectamine 2000, compared with the control (Figure 4).
Пример 3: Исследования апоптоза in vitroExample 3: In vitro Apoptosis Studies
[00236] Уровень апоптоза определяли в клетках с применением набора НТ Titer TACS Assay kit, следуя протоколу производителя (Trevigen cat# 4822-96-K). Кратко, через 48 часов после трансфекции олигонуклеотидами клетки обрабатывали трипсином, подсчитывали и пересеивали в 96-луночные планшеты с плотностью 100000 клеток/лунка. 96-луночные планшеты инкубировали в течение ночи при 37°С, 5% CO2. На следующее утро среду удаляли, и клетки фиксировали в 3,7% растворе формальдегида в буфере (Sigma-252549), промывали ФСБ и 100% метанолом (Sigma-M1775-1GA) и хранили в 80% этаноле (Sigma-493511) при +4°С.[00236] Apoptosis levels were determined in cells using the Titer TACS Assay kit NT following the manufacturer's protocol (Trevigen cat # 4822-96-K). Briefly, 48 hours after transfection with oligonucleotides, the cells were trypsinized, counted and plated in 96-well plates with a density of 100,000 cells / well. 96-well plates were incubated overnight at 37 ° C, 5% CO 2 . The next morning, the medium was removed, and the cells were fixed in a 3.7% solution of formaldehyde in buffer (Sigma-252549), washed with FSB and 100% methanol (Sigma-M1775-1GA) and stored in 80% ethanol (Sigma-493511) at + 4 ° C.
[00237] Для отметки разрывов ДНК этанол удаляли и клетки промывали ФСБ и инкубировали с раствором протеиназы К при комнатной температуре в течение 15 минут, промывали в воде и ФСБ, затем инкубировали с раствором TACS Nuclease Solution в течение 10 минут при температуре 37°С.После инкубации клетки промывали ФСБ и добавляли раствор перекиси водорода (Sigma-MKBD1394) на 5 минут при комнатной температуре. Затем клетки инкубировали еще в течение 5 минут при комнатной температуре с меткой 1x TdT Labeling. Буфер удаляли, и клетки последовательно инкубировали с реакционной смесью для мечения Labeling Reaction mix при 37°С в течение одного часа, а затем добавляли буфер для остановки реакции 1x TdT Stop Buffer на 5 минут. После остановки реакции введения метки клетки промывали ФСБ, инкубировали с раствором Strep-HRP стрептавидина, конъюгированного с пероксидазой, при комнатной температуре в течение 10 минут, промывали смесью ФСБ/Твин и инкубировали с цветным субстратом TACS-Sapphire в темноте в течение 30 минут. Реакцию останавливали добавлением 0,2н HCl (Fluka-343102), и измеряли оптическую плотность в ридере для планшетов при длине волны 450 нм.[00237] To mark DNA breaks, ethanol was removed and the cells were washed with PBS and incubated with proteinase K solution at room temperature for 15 minutes, washed with water and PBS, then incubated with TACS Nuclease Solution for 10 minutes at 37 ° C. After incubation, the cells were washed with PBS and a solution of hydrogen peroxide (Sigma-MKBD1394) was added for 5 minutes at room temperature. The cells were then incubated for another 5 minutes at room temperature with a 1x TdT Labeling tag. The buffer was removed and cells were sequentially incubated with the Labeling Reaction mix labeling reaction at 37 ° C for one hour, and then a buffer was added to stop the 1x TdT Stop Buffer reaction for 5 minutes. After stopping the introduction reaction, the cells were washed with FSB, incubated with streptavidin-conjugated streptavidin Strep-HRP solution at room temperature for 10 minutes, washed with FSB / Tween mixture and incubated with TACS-Sapphire color substrate in the dark for 30 minutes. The reaction was stopped by the addition of 0.2 N HCl (Fluka-343102), and the absorbance was measured in a tablet reader at a wavelength of 450 nm.
1. Клетки Hep G2 (АТСС Cat# HB-8065) трансфицировали олигонуклеотидами CUR-1565, CUR-1566 и CUR-1568 в концентрации 20 нМ с применением агента для трансфекции Липофектамин 2000 (Lipofectamine™ 2000) (Invitrogen). Популяцию клеток также трансфицировали 20 нМ CUR-1505 (неактивным олигонуклеотидом) и с Липофектамином 2000 и водой (ложная трансфекция).1. Hep G2 cells (ATCC Cat # HB-8065) were transfected with 20 nM CUR-1565, CUR-1566 and CUR-1568 oligonucleotides using Lipofectamine 2000 (Lipofectamine ™ 2000) transfection agent (Invitrogen). The cell population was also transfected with 20 nM CUR-1505 (inactive oligonucleotide) and with Lipofectamine 2000 and water (false transfection).
Результаты: Апоптоз значительно увеличивается в клетках HepG2 через 48 часов после обработки фосфотиоатными олигонуклеотидами, введенными с применением Липофектамина 2000, по сравнению с контролем (Фиг.5).Results: Apoptosis significantly increased in HepG2 cells 48 hours after treatment with phosphothioate oligonucleotides introduced using Lipofectamine 2000, compared with the control (Figure 5).
2. Клетки MCF-7 клеток от АТСС (cat# HTB-22) трансфицировали олигонуклеотидами CUR-1565, CUR-1566 и CUR-1568 в концентрации 20 мМ с применением агента для трансфекции Липофектамин 2000 (Lipofectamine™ 2000) (Invitrogen).2. MCF-7 cells from ATCC (cat # HTB-22) were transfected with 20 mM CUR-1565, CUR-1566 and CUR-1568 oligonucleotides using Lipofectamine 2000 (Lipofectamine ™ 2000) transfection agent (Invitrogen).
Результаты: Апоптоз значительно увеличивается в клетках MCF-7 через 48 часов после обработки олигонуклеотидом CUR-1566, введенным с применением Липофектамина 2000, по сравнению с контролем (Фиг.6).Results: Apoptosis significantly increased in MCF-7 cells 48 hours after treatment with the CUR-1566 oligonucleotide introduced using Lipofectamine 2000, compared with the control (Figure 6).
[00238] Хотя настоящее изобретение проиллюстрировано и описано посредством ссылок на один или несколько вариантов реализации, эквивалентные изменения и модификации будут очевидны для специалистов после прочтения и понимания настоящего описания и прилагаемых чертежей. Кроме того, хотя конкретные свойства согласно настоящему изобретению могут раскрываться только в одном из нескольких вариантов реализации, такие свойства могут быть скомбинированы с одним или несколькими другими свойствами других вариантов реализации, что может быть необходимо и полезно для любого или частного случая применения.[00238] Although the present invention has been illustrated and described by reference to one or more embodiments, equivalent changes and modifications will be apparent to those skilled in the art after reading and understanding the present description and the accompanying drawings. In addition, although the specific properties according to the present invention can be disclosed in only one of several embodiments, such properties can be combined with one or more other properties of other embodiments, which may be necessary and useful for any or particular application.
[00239] Реферат настоящего изобретения позволит читателю быстро понять техническую суть изобретения. Подразумевается, что он не будет использован для целей толкования или ограничения сути и объема приведенной ниже формулы изобретения.[00239] The abstract of the present invention will allow the reader to quickly understand the technical essence of the invention. It is understood that it will not be used for the purpose of interpreting or limiting the spirit and scope of the claims below.
СсылкиReferences
1. Vogelstein В, Kinzler KW. Cancer genes and the pathways they control. Nat Med. 2004; 10:789-799.1. Vogelstein, Kinzler KW. Cancer genes and the pathways they control. Nat Med. 2004; 10: 789-799.
2. Hanahan D, Weinberg RA. The hallmarks of cancer. Cell. 2000, 100:57-70.2. Hanahan D, Weinberg RA. The hallmarks of cancer. Cell. 2000, 100: 57-70.
3. Evan GI, Wyllie AH, Gilbert CS, et al. Induction of apoptosis in fibroblasts by c-myc protein. Cell. 1992; 69:119-128.3. Evan GI, Wyllie AH, Gilbert CS, et al. Induction of apoptosis in fibroblasts by c-myc protein. Cell. 1992; 69: 119-128.
4. Askew DS, Ashmun RA, Simmons ВС, Cleveland JL. Constitutive c-myc expression in IL-3-dependent myeloid cell line suppresses cycle arrest and accelerates apoptosis. Oncogene. 1991; 6:1915-1922.4. Askew DS, Ashmun RA, Simmons BC, Cleveland JL. Constitutive c-myc expression in IL-3-dependent myeloid cell line suppresses cycle arrest and accelerates apoptosis. Oncogene. 1991; 6: 1915-1922.
5. Klefstrom J, Vastrik I, Saksela E, Valle J, Eilers M, Alitalo K. c-Myc induces cellular susceptibility to the cytotoxic action of TNF-alpha. EMBO J. 1994; 13:5442-5450.5. Klefstrom J, Vastrik I, Saksela E, Valle J, Eilers M, Alitalo K. c-Myc induces cellular susceptibility to the cytotoxic action of TNF-alpha. EMBO J. 1994; 13: 5442-5450.
6. Lutz W, Fulda S, Jeremias I, Debatin KM, Schwab M. MycN and IFNγ cooperate in apoptosis of human neuroblastoma cells. Oncogene. 1998; 17:339-346.6. Lutz W, Fulda S, Jeremias I, Debatin KM, Schwab M. MycN and IFNγ cooperate in apoptosis of human neuroblastoma cells. Oncogene. 1998; 17: 339-346.
7. Fadeel В, Orrenius S. Apoptosis: a basic biological phenomenon with wide-ranging implications in human disease. J Intern Med. 2005; 258:479-517.7. Fadeel B, Orrenius S. Apoptosis: a basic biological phenomenon with wide-ranging implications in human disease. J Intern Med. 2005; 258: 479-517.
8. Lowe SW, Cepero E, Evan G. Intrinsic tumour suppression. Nature. 2004; 432:307-315.8. Lowe SW, Cepero E, Evan G. Intrinsic tumor suppression. Nature. 2004; 432: 307-315.
9. Kaufmann SH, Vaux DL. Alterations in the apoptotic machinery and their potential role in anticancer drug resistance. Oncogene. 2003; 22:7414-7430.9. Kaufmann SH, Vaux DL. Alterations in the apoptotic machinery and their potential role in anticancer drug resistance. Oncogene. 2003; 22: 7414-7430.
10. Fesik SW. Promoting apoptosis as a strategy for cancer drug discovery. Nat Rev Cancer. 2005; 5:876-885.10. Fesik SW. Promoting apoptosis as a strategy for cancer drug discovery. Nat Rev Cancer. 2005; 5: 876-885.
11. Fischer U, Schulze-Osthoff K. New approaches and therapeutics targeting apoptosis in disease. Pharmacol Rev. 2005; 57:187-215.11. Fischer U, Schulze-Osthoff K., New approaches and therapeutics targeting apoptosis in disease. Pharmacol Rev. 2005; 57: 187-215.
12. Reed JC. Drug insight: cancer therapy strategies based on restoration of endogenous cell death mechanisms. Nat Clin Pract Oncol. 2006; 3:388-398.12. Reed JC. Drug insight: cancer therapy strategies based on restoration of endogenous cell death mechanisms. Nat Clin Pract Oncol. 2006; 3: 388-398.
13. Reed JC, Pellecchia M. Apoptosis-based therapies for hematologic malignancies. Blood. 2005; 106:408-418.13. Reed JC, Pellecchia M. Apoptosis-based therapies for hematologic malignancies. Blood 2005; 106: 408-418.
14. Decaudin D, Marzo I, Brenner C, Kroemer G. Mitochondria in chemotherapy-induced apoptosis: a prospective novel target of cancer therapy (Review). Int J Oncol. 1998; 12:141-152.14. Decaudin D, Marzo I, Brenner C, Kroemer G. Mitochondria in chemotherapy-induced apoptosis: a prospective novel target of cancer therapy (Review). Int J Oncol. 1998; 12: 141-152.
15. Filomenko R, Prevotat L, Rebe C, et al. Caspase-10 involvement in cytotoxic drug-induced apoptosis of tumor cells. Oncogene. 2006; 25:7635-7645.15. Filomenko R, Prevotat L, Rebe C, et al. Caspase-10 involvement in cytotoxic drug-induced apoptosis of tumor cells. Oncogene. 2006; 25: 7635-7645.
16. Fulda S, Meyer E, Friesen C, Susin SA, Kroemer G, Debatin KM. Cell type specific involvement of death receptor and mitochondrial pathways in drug-induced apoptosis. Oncogene. 2001; 20:1063-1075.16. Fulda S, Meyer E, Friesen C, Susin SA, Kroemer G, Debatin KM. Cell type specific involvement of death receptor and mitochondrial pathways in drug-induced apoptosis. Oncogene. 2001; 20: 1063-1075.
17. Lacour S, Hammann A, Wotawa A, Corcos L, Solary E, Dimanche-Boitrel MT. Anticancer agents sensitize tumor cells to tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand-mediated caspase-8 activation and apoptosis. Cancer Res. 2001; 61:1645-1651.17. Lacour S, Hammann A, Wotawa A, Corcos L, Solary E, Dimanche-Boitrel MT. Anticancer agents sensitize tumor cells to tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand-mediated caspase-8 activation and apoptosis. Cancer Res. 2001; 61: 1645-1651.
18. Micheau O, Solary E, Hammann A, Dimanche-Boitrel MT. Fas ligand-independent, FADD-mediated activation of the Fas death pathway by anticancer drugs. J Biol Chem. 1999; 19; 274:7987-7992.18. Micheau O, Solary E, Hammann A, Dimanche-Boitrel MT. Fas ligand-independent, FADD-mediated activation of the Fas death pathway by anticancer drugs. J Biol Chem. 1999; 19; 274: 7987-7992.
19. Mollinedo F, Gajate C. Microtubules, microtubule-interfering agents and apoptosis. Apoptosis. 2003; 8:413-450.19. Mollinedo F, Gajate C. Microtubules, microtubule-interfering agents and apoptosis. Apoptosis 2003; 8: 413-450.
20. Park SJ, Wu CH, Gordon JD, Zhong X, Emami A, Safa AR. Taxol induces caspase-10-dependent apoptosis. J Biol Chem. 2004; 279:51057-51067.20. Park SJ, Wu CH, Gordon JD, Zhong X, Emami A, Safa AR. Taxol induces caspase-10-dependent apoptosis. J Biol Chem. 2004; 279: 51057-51067.
21. Perkins C, Kim CN, Fang G, Bhalla KN. Overexpression of Apaf-1 promotes apoptosis of untreated and paclitaxel- or etoposide-treated HL-60 cells. Cancer Res. 1998; 58:4561-4566.21. Perkins C, Kim CN, Fang G, Bhalla KN. Overexpression of Apaf-1 promotes apoptosis of untreated and paclitaxel- or etoposide-treated HL-60 cells. Cancer Res. 1998; 58: 4561-4566.
22. Fridman JS, Lowe SW. Control of apoptosis by p53. Oncogene. 2003; 22:9030-9040.22. Fridman JS, Lowe SW. Control of apoptosis by p53. Oncogene. 2003; 22: 9030-9040.
23. Yu J, Zhang L. The transcriptional targets of p53 in apoptosis control. Biochem Biophys Res Commun. 2005; 331:851-858.23. Yu J, Zhang L. The transcriptional targets of p53 in apoptosis control. Biochem Biophys Res Commun. 2005; 331: 851-858.
24. Ashkenazi A, Pai RC, Fong S, et al. Safety and antitumor activity of recombinant soluble Apo2 ligand. J Clin Invest. 1999; 104:155-162.24. Ashkenazi A, Pai RC, Fong S, et al. Safety and antitumor activity of recombinant soluble Apo2 ligand. J Clin Invest. 1999; 104: 155-162.
25. Lee JM, Bernstein, A. p53 mutations increase resistance to ionizing radiation. Proc Natl Acad Sci USA. 1993; 90:5742-5746.25. Lee JM, Bernstein, A. p53 mutations increase resistance to ionizing radiation. Proc Natl Acad Sci USA. 1993; 90: 5742-5746.
26. Bunz F, Hwang PM, Torrance C, et al. Disruption of p53 in human cancer cells alters the response to therapeutic agents. J Clin Invest. 1999; 104:263-269.26. Bunz F, Hwang PM, Torrance C, et al. Disruption of p53 in human cancer cells alters the response to therapeutic agents. J Clin Invest. 1999; 104: 263-269.
27. Ashkenazi A, Holland P, Eckhardt SG. Ligand-based targeting of apoptosis in cancer: the potential of recombinant human apoptosis ligand 2/tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand (rhApo2L/TRAIL). J Clin Oncol. 2008; 26:3621-3630.27. Ashkenazi A, Holland P, Eckhardt SG. Ligand-based targeting of apoptosis in cancer: the potential of recombinant
28. Ashkenazi A. Targeting death and decoy receptors of the tumour-necrosis factor superfamily. Nat Rev Cancer. 2002; 2:420-430.28. Ashkenazi A. Targeting death and decoy receptors of the tumor-necrosis factor superfamily. Nat Rev Cancer. 2002; 2: 420-430.
29. Odoux С, Albers A, Amoscato AA, Lotze MT, Wong MK. TRAIL, FasL and a blocking anti-DR5 antibody augment paclitaxel-induced apoptosis in human non-small-cell lung cancer. Int J Cancer. 2002; 97:458-465.29. Odoux C, Albers A, Amoscato AA, Lotze MT, Wong MK. TRAIL, FasL and a blocking anti-DR5 antibody augment paclitaxel-induced apoptosis in human non-small-cell lung cancer. Int J Cancer. 2002; 97: 458-465.
30. Muhlethaler-Mottet A, Bourloud KB, Auderset K, Joseph JM, Gross N. Drug-mediated sensitization to TRAIL-induced apoptosis in caspase-8-complemented neuroblastoma cells proceeds via activation of intrinsic and extrinsic pathways and caspase-dependent cleavage of XIAP, Bcl-xL and RIP. Oncogene. 2004; 23:5415-5425.30. Muhlethaler-Mottet A, Bourloud KB, Auderset K, Joseph JM, Gross N. Drug-mediated sensitization to TRAIL-induced apoptosis in caspase-8-complemented neuroblastoma cells proceeds via activation of intrinsic and extrinsic pathways and caspase-dependent cleavage of XIAP, Bcl-xL and RIP. Oncogene. 2004; 23: 5415-5425.
31. Ravi R, Jain AJ, Schulick RD, et al. Elimination of hepatic metastases of colon cancer cells via p53-independent cross-talk between irinotecan and Apo2 ligand/TRAIL. Cancer Res. 2004; 64:9105-9114.31. Ravi R, Jain AJ, Schulick RD, et al. Elimination of hepatic metastases of colon cancer cells via p53-independent cross-talk between irinotecan and Apo2 ligand / TRAIL. Cancer Res. 2004; 64: 9109-9114.
32. Jansen B, Schlagbauer-Wadl H, Brown BD, et al. Bcl-2 antisense therapy chemosensitizes human melanoma in SCID mice. Nat Med. 1998; 4:232-234.32. Jansen B, Schlagbauer-Wadl H, Brown BD, et al. Bcl-2 antisense therapy chemosensitizes human melanoma in SCID mice. Nat Med. 1998; 4: 232-234.
33. Klasa RJ, Gillum AM, Klem RE, Frankel SR. Oblimersen Bcl-2 antisense: facilitating apoptosis in anticancer treatment. Antisense Nucleic Acid Drug Dev. 2002; 12:193-213.33. Klasa RJ, Gillum AM, Klem RE, Frankel SR. Oblimersen Bcl-2 antisense: facilitating apoptosis in anticancer treatment. Antisense Nucleic Acid Drug Dev. 2002; 12: 193-213.
34. Letai A. Pharmacological manipulation of Bcl-2 family members to control cell death. J Clin Invest. 2005; 115:2648-2655.34. Letai A. Pharmacological manipulation of Bcl-2 family members to control cell death. J Clin Invest. 2005; 115: 2648-2655.
35. Ashkenazi A. Directing cancer cells to self-destruct with pro-apoptotic receptor agonists. Nat Rev Drug Discov. 2008; 7:1001-1012.35. Ashkenazi A. Directing cancer cells to self-destruct with pro-apoptotic receptor agonists. Nat Rev Drug Discov. 2008; 7: 1001-1012.
Claims (28)
2′-O-метоксиэтил-модифицированного остатка сахара, 2′-метокси-модифицированного остатка сахара, 2′-О-алкил-модифицированного остатка сахара, бициклического остатка сахара и их комбинации.18. The oligonucleotide according to claim 11, characterized in that said oligonucleotide contains at least one modified sugar residue selected from:
2′-O-methoxyethyl-modified sugar residue, 2′-methoxy-modified sugar residue, 2′-O-alkyl-modified sugar residue, bicyclic sugar residue, and combinations thereof.
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US33493310P | 2010-05-14 | 2010-05-14 | |
US61/334,933 | 2010-05-14 | ||
PCT/US2011/036557 WO2011143640A2 (en) | 2010-05-14 | 2011-05-14 | Treatment of par4 related diseases by inhibition of natural antisense transcript to par4 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2012146816A RU2012146816A (en) | 2014-06-20 |
RU2575608C2 true RU2575608C2 (en) | 2016-02-20 |
Family
ID=
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20040203024A1 (en) * | 1996-06-06 | 2004-10-14 | Baker Brenda F. | Modified oligonucleotides for use in RNA interference |
RU2249216C1 (en) * | 2003-08-18 | 2005-03-27 | Государственное учреждение Нижегородская государственная медицинская академия | Method for diagnosing mammary gland tumors |
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20040203024A1 (en) * | 1996-06-06 | 2004-10-14 | Baker Brenda F. | Modified oligonucleotides for use in RNA interference |
RU2249216C1 (en) * | 2003-08-18 | 2005-03-27 | Государственное учреждение Нижегородская государственная медицинская академия | Method for diagnosing mammary gland tumors |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6738841B2 (en) | Treatment of BDNF-related diseases by inhibition of natural antisense transcripts for brain-derived neurotrophic factor (BDNF) | |
RU2585229C2 (en) | Treatment of diseases associated with atonal homolog 1 (aton1) by inhibiting natural antisense transcript of gene aton1 | |
RU2615450C2 (en) | Treating diseases associated with nuclear respiratory factor 1 (nrf1) by inhibition of natural antisense transcript to nrf1 | |
RU2620980C2 (en) | Treatment of diseases associated with frataxin (fxn), by inhibiting natural antisense fxn transcript | |
RU2588654C2 (en) | Treatment of sodium channel, voltage-gated, alpha subunit (scna) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to scna | |
RU2611191C2 (en) | Treatment of diseases, associated with sex hormones binding globulin (shbg), by inhibition of natural antisense transcript to shbg | |
RU2597972C2 (en) | Treatment of alpha-l-iduronidase (idua) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to idua | |
RU2639550C2 (en) | Treatment of diseases connected with site-1 membrane-impacted peptidase of transcription factors (mbtps1), by inhibiting natural antisense transcript to mbtps1 | |
US10100315B2 (en) | Treatment of PAR4 related diseases by inhibition of natural antisense transcript to PAR4 | |
RU2616283C2 (en) | Treatment of diseases associated with substrate of insulin receptor 2 (irs2) by inhibition of natural antisense transcript to irs2 | |
RU2619185C2 (en) | Treatment of diseases associated with uncoupling proteins 2 (ucp2), by inhibiting of natural antisense transcript to ucp2 | |
US20190040394A1 (en) | Treatment of glial cell derived neurotrophic factor (gdnf) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to gdnf | |
RU2611190C2 (en) | Treatment of diseases related with gene dlg by inhibition of natural antisense transcript of dlg gene | |
RU2611195C2 (en) | Treatment of interferon-related developmental regulator 1 (ifrd1) associated diseases by inhibition of natural antisense transcript to ifrd1 | |
RU2611192C2 (en) | TREATMENT OF RNase H1 RELATED DISEASES BY INHIBITION OF NATURAL ANTISENSE TRANSCRIPT TO RNase H1 | |
ES2627763T3 (en) | Treatment of diseases related to the delta 1 homologue (dlk1) by inhibition of natural antisense transcript to dlk1 | |
RU2624048C2 (en) | Treatment of diseases associated with the sialidase 4 (neu4) gene, by gene neu4 natural antisense transcript inhibition | |
RU2611187C2 (en) | Treatment diseases, associated with interferon-regulatory factor 8 (irf8), by inhibition of natural antisense transcript to irf8 | |
RU2608493C2 (en) | Treating diseases, associated with nanog, by inhibition of natural antisense nanog transcript | |
JP5964232B2 (en) | Treatment of IQGAP-related diseases by inhibition of natural antisense transcripts against 'IQ motif-containing GTPase-activating protein' (IQGAP) | |
WO2011146674A2 (en) | Treatment of bcl2-like 11 (bcl2l11) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to bcl2l11 | |
RU2575608C2 (en) | Treatment of diseases, associated with protein of prostate apoptotic response par4, by inhibition of natural antisense transcript of par4 gene |