KR101449418B1 - A method of providing Nutrigenomic information for obesity and a device using the same - Google Patents

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Abstract

본 발명은 비만에 대하여 실험 DEG(Database of Essential Gene) 기반 유전 정보, MOA (Mode of Action) 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보로부터 유전정보를 독립적으로 수집하여 입력하는 입력부; 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보를 선별하는 연산부; 상기 선별된 유전정보를 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 1 그룹; 실험 DEG 기반 유전 정보 및 MOA 분석 기반 유전정보의 공통된 유전정보에 관한 제 2 그룹; MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 3 그룹;및 실험 DEG 기반 유전 정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 4 그룹으로 구분하여 저장하는 저장부; 및 상기 저장된 유전정보에 대하여 영양체 섭취 이전 및 영양체 섭취 이후의 유전자 발현 수준 및 단백질 발현 수준을 비교하여 출력하는 비만 관련 영양체 유전정보를 구축하기 위한 장치를 제공한다. 이를 통하여, 목적하는 질병에 대한 관련 유전자를 선행적으로 제공함으로써, 보다 효율적으로 유전자의 용도를 연구할 수 있을 뿐만 아니라, 영양 유전체에 대한 정보를 제공할 수 있다.The present invention relates to an input unit for independently collecting and inputting genetic information from genetic information based on experimental DEG (Database of Essential Gene), genetic information based on MOA (Mode of Action) analysis, and literature based genetic information on obesity; An operation unit for selecting common genetic information of experimental DEG-based genetic information, MOA analysis-based genetic information, and document-based genetic information; A first group of the selected genetic information on common genetic information of experimental DEG-based genetic information, MOA analysis based genetic information and literature based genetic information; A second group on common genetic information of experimental DEG-based genetic information and MOA-based genetic information; A third group of common genetic information of MOA analysis based genetic information and document based genetic information, and a fourth group of common genetic information of experimental DEG based genetic information and document based genetic information; And an apparatus for constructing obesity-related nourishing genetic information by comparing gene expression levels and protein expression levels before and after nutrient intake with respect to the stored genetic information. Through this, it is possible to provide information on the nutritional genome as well as to study the use of the gene more efficiently by proactively providing the related gene for the desired disease.

Description

비만에 대한 영양 유전체 정보를 제공하는 방법 및 이를 이용한 장치{A method of providing Nutrigenomic information for obesity and a device using the same}[0001] The present invention relates to a method for providing nutritional information on obesity and a device using the same,

본 발명은 비만에 대한 영양 유전체 정보를 제공하는 방법 및 이를 이용한 장치에 관한 것이다.The present invention relates to a method for providing nutritional information on obesity and an apparatus using the same.

오믹스 수준 정보 데이터베이스는 오믹스 데이터 분석 도구와 유전자 기능과 작용 메커니즘에 대한 해석 정보를 지원하는 통합분석 시스템이다. 일반적으로 오믹스 수준 정보 데이터베이스는 유전자 정보, 전사 조절자 정보, 단백질 기능 및 구조 정보, 신호전달, 물질대사와 단백질 상호작용 네트워크, 질병, CNV, SNP 등의 정보를 포함한 데이터베이스이다. 사용자 요구에 따라 필요한 데이터를 추가 할 수 있으며, 주기적으로 최신 정보로 갱신되어 최상의 연구 환경을 지원한다.       The omix level information database is an integrated analysis system that supports analysis of omix data and analysis of gene function and action mechanism. In general, the omix level information database is a database containing information on gene information, transcriptional regulator information, protein function and structure information, signal transduction, metabolism and protein interaction network, disease, CNV, SNP and the like. It can add the necessary data according to the user's demand and it is updated periodically with the latest information to support the best research environment.

종래에 기초구조 분석을 수행하기 위한 컴퓨터 시스템 조작 방법 및 대응하는 컴퓨터 시스템을 제공하기 위한 것으로, 먼저 분자 구조의 데이타베이스가 접근될 때, 분자 구조정보 및 생물학적 및/또는 화학적 특성에 의해 검색 가능한 방법은 있었다(한국 공개 특허 제10-2003-0059196로 참조)       A method for operating a computer system and a corresponding computer system for performing a basic structure analysis in the past, and a method for searching a database by molecular structure information and biological and / or chemical characteristics (See Korean Patent Publication No. 10-2003-0059196)

하지만, 비만을 포함하는 목적하는 질병에 대한 영양유전체학 정보의 제공 및 데이터베이스 방법에 대해서는 알려진 바가 없었다. 이에 비만관련 유전자 정보 및 단백질 정보를 수집하여 오믹스 수준 정보 데이터베이스를 구축하고 Mode-of-Action 기법에 의한 분석 방법을 통하여 본 발명을 고안하였다.However, there is no known method of providing and databaseing nutritional genomics information for the desired disease, including obesity. Thus, obesity-related gene information and protein information were collected, an omix level information database was constructed, and the present invention was devised through an analysis method using a mode-of-action technique.

본 발명은 설정된 목적하는 질병에 대하여 실험 DEG(Database of Essential Gene) 기반 유전 정보, MOA(Mode of Action) 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보를 선별하여 목적하는 질병에 대한 유전 정보를 제공하는 방법 또는 목적하는 질병에 대한 유전 정보의 데이타베이스를 구축하는 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다.The present invention relates to a method for screening genetic information for a target disease by selecting genetic information based on experimental DEG (Database of Essential Gene) -based genetic information, MOA (Mode of Action) -based genetic information, and literature- Or a method for constructing a database of genetic information for a desired disease.

또한 본 발명은 비만에 대하여 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보로부터 유전정보를 독립적으로 저장하고, 상기 저장된 유전정보에 대하여 영양체 섭취 이전 및 영양체 섭취 이후의 유전자 발현 수준 및 단백질 발현 수준을 비교하여 비만 관련 영양체 유전정보를 구축하는 방법 및 이를 이용한 장치를 제공하는 것을 목적으로 한다.The present invention also provides a method of independently storing genetic information from experimental DEG-based genetic information, MOA-based genetic information, and literature-based genetic information on obesity, and genetically expressing the genetic information before and after nutrient intake Level and protein expression level of the obesity-related nutrition genetic information, and to provide an apparatus using the same.

일 구체예에서, 본 발명의 "비만"은 일반적으로 체중이 많이 나가지만 비만이 아니더라도 근육이 많은 사람은 체중이 많이 나갈 수 있기 때문에 체내에 지방조직이 과다한 상태로, 이에 한정하지는 않지만, 진단 시 신체비만지수(체질량지수, Body mass index: 체중(kg)을 신장(m)의 제곱으로 나눈 값)가 25 이상이면 비만이라고 한다(서양인은 30 이상이며, 인종간의 차이를 고려하여 우리나라에서는 25 이상임). 생화학적으로 혈장으로부터 지방세포로 유입된 지방산과 포도당이 에스테르화하여 주로 중성지방의 형태로 축적되고, 오랜 기간에 걸쳐 에너지 소비량에 비해 영양소를 과다 섭취할 경우 에너지 불균형에 의해 비만이 유발된다. 비만으로 인해 당뇨병 및 고지혈증이 생길 가능성이 높아지고, 성기능 장애, 관절염, 심혈관계 질환의 발병 위험이 커진다. 담석증이 생길 수 있으며 일부의 경우 암의 발생과도 연관이 있다.In one embodiment, the term "obesity" of the present invention is generally associated with an excess of fat tissue in the body, such as, but not limited to, Obesity is considered to be obesity if the body mass index (body mass index, body weight index divided by the square of height) is 25 or more (Western people are over 30, ). Biochemically, the fatty acids and glucose that enter the adipocytes from the plasma are esterified and accumulate mainly in the form of triglycerides. Overdose of the nutrients over a long period of time causes obesity by energy imbalance. Obesity increases the likelihood of diabetes and hyperlipidemia, and increases the risk of sexual dysfunction, arthritis and cardiovascular disease. Cholelithiasis can occur and, in some cases, is associated with cancer.

일 구체예에서, 본 발명의 "오믹스 수준 정보 데이터베이스"는 오믹스 데이터 분석 도구와 유전자 기능과 작용 메커니즘에 대한 해석 정보트 통합하여 지원하는 시스템으로, 이에 한정하지 않지만, 유전자 정보, 전사 조절자 정보, 단백질 기능 및 구조 정보, 신호전달, 물질대사와 단백질 상호작용 네트워크, 질병, CNV, SNP 등의 정보를 포함하는 데이터베이스이다. 사용자 요구에 따라 필요한 데이터를 추가 할 수 있으며, 주기적으로 최신 정보로 갱신되어 최상의 연구 환경을 지원한다.In one embodiment, the "omix level information database" of the present invention is a system for integrating and analyzing omix data analysis tools and analysis information on gene functions and action mechanisms, including, but not limited to, genetic information, Information, protein function and structure information, signal transduction, metabolism and protein interaction network, disease, CNV, SNP, and the like. It can add the necessary data according to the user's demand and it is updated periodically with the latest information to support the best research environment.

일 구체예에서, "비만에 대한 문헌 기반 유전정보"는 공개된 정보로써 OGMDB(obesity gene map database)에서 제공하는 인간 비만 유전자 정보(379개에서 중복서열 제거로 374개로 수정) 및 OMIM DB(Online Mendelian Inheritance in Man Database) 내에서 비만에 관련된 유전자정보(465개)를 수집한다. 수집된 비만 유전자 정보로 1차로 수집한 비만유전자는 geneMap(human: 107개/ mouse: 179개) + Mob(mouse: 31개) + OMIM(human: 465개) + OGMDB(human: 374개 - 중복 서열 제거)를 기준으로 중복서열을 제거하면, 총 973개(human: 763개 / mouse: 210개)이다. 얼터너티브 스프라이싱(Alternative splicing: AS)정보를 활용한 단백질 데이터베이스 구축은 비만 유전자 정보를 활용한 아이소폼(isoform) 정보를 수집하기 위하여 관련 데이터베이스 선정하는데, ECgene (Genome Annotation for Alternative Splicing)( http://genome.ewha.ac.kr/ECgene/)를 이용할 수 있고, ECgene 데이터(약 20만개 정도이고 2008년 수집한 좀 오래된 데이터)에 비하여 BioMart (http://asia.ensembl.org/biomart/martview) 내의 얼터너티브 스프라이싱 정보는 좀 더 많기 때문에(human 2,598,730개 + mouse 925,735) 데이터세트를 교체할 수 있다. 비만관련 유전자 정보 분류는 특징 유형에 따른 유전자 정보를 분류할 수 있는데, 유전형 관련 정보가 없거나 AS정보를 갖지 않는 비 단백질 코딩 유전자를 분류하고, 표현형(53) + 비 표현형(920)으로 분류할 수 있다. AS 관련 정보 분석 및 비만유전자와 연결정보 확인은 BioMart 내의 Ensembl gene ID -gene ID에 대하여 총 795개를 맵핑하였으며, 구성한 AS 정보는 5298개(transcript_ID)로 구성되었다. 이때, 비만관련 유전자 정보 분류는 표현형을 4가지로 분류하여 표현형, 비단백질 코팅, 슈도진(pesudogene), RNA_클러스터(RNA_cluster)로 지정한 후 54개로 분류하였다. 유전자 기준으로 SNP 및 CNV 정보를 구축하기 위하여 사용할 데이터베이스 및 데이터 수집은 인간 및 마우스에 대하여 NCBI 의 유전자 관련 SNP 정보를 수집 하고 이 SNP 정보를 rs_ID로 분류하여 구축하며, CNV 정보는 유전변이체 DB( Database of Genomic Variants (http://projects.tcag.ca/variation/)의 정보를 활용하여 수집 후 비만유전자와 매핑하여 구축하며, CNV 정보를 가공하여 비만유전자 정보와 연동 후 게놈 내 위치 정보 표기한다.In one embodiment, "literature-based genetic information on obesity" is published information, including human obesity gene information (374 modified by 374 duplicate sequences) and OMIM DB (Online) provided by the obesity gene map database Mendelian Inheritance in Man Database) to collect 465 genes related to obesity. Obesity genes that were collected primarily by obesity gene information were geneMap (human: 107 / mouse: 179) + Mob (mouse: 31) + OMIM (human: 465) + OGMDB The number of deleted duplicate sequences is 973 (human: 763 / mouse: 210). A protein database using alternative spicing (AS) information is selected for the collection of isoform information using obesity gene information. ECGene (Genome Annotation for Alternative Splicing) /genome.ewha.ac.kr/ECgene/) and compared to ECgene data (some older data collected in 2008, about 200,000), BioMart (http://asia.ensembl.org/biomart/martview ) There are more alternate sprints of information (human 2,598,730 + mouse 925,735). Obesity related gene information classification can classify genetic information according to characteristic type. Non-protein coding genes without genetic information or AS information can be classified and classified into phenotype (53) + non-phenotype (920) have. Analysis of AS-related information and identification of obesity genes and connection information were performed by mapping 795 sequences of Ensembl gene ID-gene IDs in BioMart. The constructed AS information was composed of 5298 (transcript_ID). At this time, the classification of the obesity related gene information was classified into phenotypes, non-protein coatings, pseudogins, and RNA_clusters, and classified into 54 categories. The database and data collection used to construct SNP and CNV information on the basis of the genome collect NCBI gene related SNP information for human and mouse, classify this SNP information as rs_ID, and CNV information includes genetic mutation DB of genomic variants (http://projects.tcag.ca/variation/), and then mapping them to obesity genes. CNV information is processed to indicate the location information in the genome after linking with obesity gene information.

일 구체예에서, 본 발명은 영양유전체학 정보 데이터베이스를 구축하기 위하여, 비만관련 유전자 정보 및 단백질 정보를 수집하여 오믹스 수준 정보 데이터베이스를 구축하고 Mode-of-Action 기법에 의한 마이크로어레이 데이터 분석 방법을 구축하여 비만 관련 마이크로어레이 분석 및 분석 결과의 오믹스 수준 해석이 가능한 시스템 구축 방법을 수행하기 위한 장치를 제공한다. 상기 장치는 컴퓨터에 의해 직접 판독되고 엑세스될 수 있는 저장부로써 임의의 기록매체를 포함하고, 이에 한정하지는 않지만, 플로피 디스크, 하드 디스크, 자기 테이프 등의 자기기록매체, CD-ROM, CD-R, CD, RW, DVD-ROM, DVD-RAM, DVD-RW 등의 광학기록매체, RAM이나 ROM 등의 전기 기록매체 및 이들 범주의 혼합물(예: MO 등의 자기/광학기록매체)를 포함한다. 상기한 장치에 기록 또는 입력시키기 위한 기기 또는 기록매체 중의 정보를 판독하기 위한 기기 또는 장치의 선택은 기록매체의 종류와 엑세스 방법에 근거한다. 또한 여러 가지 데이터 프로세서 프로그램, 소프트웨어, 컴퍼레이터 및 포맷이 본 발명의 방법을 수행하기 위한 프로그램을 당해 매체에 기록시키기 위해 사용된다. 당해 정보는, 이에 한정하지는 않지만, 시판하는 소프트웨어로 포맷된 바이너리 파일(binary file), 텍스트 파일 또는 ASCII 파일의 형태로 나타낼 수 있다.In one embodiment, the present invention provides an omix level information database by collecting obesity-related gene information and protein information in order to construct a nutritional genomics information database and constructing a microarray data analysis method by Mode-of-Action technique And a system for constructing a system capable of analyzing an omix level of an analysis result of an obesity-related microarray. The apparatus may be any type of storage medium such as a floppy disk, a hard disk, a magnetic recording medium such as a magnetic tape, a CD-ROM, a CD-R , Optical recording media such as CD, RW, DVD-ROM, DVD-RAM and DVD-RW, electric recording media such as RAM and ROM and mixtures of these categories (for example, magnetic / optical recording media such as MO) . The selection of the device for recording or inputting the above-mentioned device or the device or the device for reading information in the recording medium is based on the type of the recording medium and the access method. In addition, various data processor programs, software, comparators, and formats are used to record the program for performing the method of the present invention on the medium. The information may be represented in the form of a binary file, a text file, or an ASCII file formatted by a commercially available software, though it is not limited thereto.

일 구체예에서, 본 발명은 목적하는 질병을 설정하는 단계; 설정된 목적하는 질병에 대하여 실험 DEG(Database of Essential Gene) 기반 유전 정보, MOA (Mode of Action) 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보로부터 유전정보를 독립적으로 수집하는 단계; 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보를 선별하는 단계; 및 상기 선별된 유전정보를 출력하는 단계를 포함하는 목적하는 질병에 대한 유전 정보를 제공하는 방법을 제공한다. 상기 구체예에서, 설정된 목적하는 질병은 비만인 목적하는 질병에 대한 유전 정보를 제공하는 방법을 제공하고, 상기 선별된 유전정보는 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 1 그룹; 실험 DEG 기반 유전 정보 및 MOA 분석 기반 유전정보의 공통된 유전정보에 관한 제 2 그룹; MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 3 그룹;및 실험 DEG 기반 유전 정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 4 그룹으로 구분되는 목적하는 질병에 대한 유전 정보를 제공하는 방법을 제공하며, 상기 선별된 유전정보는 Mogat1, Apom, Asns, Cox8b, Cyp2a4, fbln2, fgfr1, Gprc5b,Lpin1, Pparg, Sult1c2 및 Sdcbp2인 목적하는 질병에 대한 유전 정보를 제공하는 방법을 제공한다.In one embodiment, the invention provides a method comprising: establishing a desired disease; Independently collecting genetic information from genetic information based on experimental DEG (Database of Essential Gene), MOA (Mode of Action) -based genetic information and literature-based genetic information for a set target disease; Selecting genetic information common to experimental DEG based genetic information, MOA analysis based genetic information and literature based genetic information; And outputting the selected genetic information. The present invention also provides a method for providing genetic information on a desired disease. In this embodiment, the set objective disease provides a method of providing genetic information for an obesity-targeted disease, wherein the selected genetic information is selected from the group consisting of experimental DEG-based genetic information, MOA-based genetic information, A first group of genetic information; A second group on common genetic information of experimental DEG-based genetic information and MOA-based genetic information; A third group on common genetic information based on MOA analysis-based genetic information and literature-based genetic information; and genetic information on the desired disease classified into the fourth group on experimental GEN-based genetic information and common genetic information based on literature-based genetic information Wherein the selected genetic information comprises at least one of genetic information for a desired disease of Mogat1, Apom, Asns, Cox8b, Cyp2a4, fbln2, fgfr1, Gprc5b, Lpin1, Pparg, Sult1c2 and Sdcbp2 to provide.

일 구체예에서, 본 발명은 목적하는 질병을 설정하는 단계; 설정된 목적하는 질병에 대하여 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보로부터 유전정보를 독립적으로 수집하는 단계; 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보를 선별하는 단계; 상기 선별된 유전정보에 대하여 영양체 섭취 이전 및 영양체 섭취 이후의 유전자 발현 수준 및 단백질 발현 수준을 비교하여 영양체에 관한 유전정보를 제공하는 방법을 제공한다. 상기 구체예에서, 설정된 목적하는 질병은 비만인 영양체에 관한 유전정보를 제공하는 방법을 제공하고, 선별된 유전정보는 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 1 그룹; 실험 DEG 기반 유전 정보 및 MOA 분석 기반 유전정보의 공통된 유전정보에 관한 제 2 그룹; MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 3 그룹;및 실험 DEG 기반 유전 정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 4 그룹으로 구분되는 영양체에 관한 유전정보를 제공하는 방법을 제공한다.In one embodiment, the invention provides a method comprising: establishing a desired disease; Independently collecting genetic information from experimental DEG-based genetic information, MOA-based genetic information, and literature-based genetic information for a set target disease; Selecting genetic information common to experimental DEG based genetic information, MOA analysis based genetic information and literature based genetic information; The present invention provides a method for providing genetic information on a nutrient by comparing the gene expression level and the protein expression level of the selected genetic information before nutrient intake and after nutrient intake. In this embodiment, the set disease of interest provides a method of providing genetic information about obese nutrients, and the selected genetic information includes genetic information based on experimental DEG, genetic information based on MOA analysis, and common genetic information Lt; / RTI > A second group on common genetic information of experimental DEG-based genetic information and MOA-based genetic information; A third group on common genetic information based on MOA analysis-based genetic information and literature-based genetic information; and genetic information on nutrients divided into experimental group 4 on genetic information based on DEG-based genetic information and literature-based genetic information Provide a method to provide.

일 구체예에서, 본 발명은 비만에 대하여 실험 DEG(Database of Essential Gene) 기반 유전 정보, MOA (Mode of Action) 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보로부터 유전정보를 독립적으로 수집하는 단계; 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보를 선별하여, 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 1 그룹; 실험 DEG 기반 유전 정보 및 MOA 분석 기반 유전정보의 공통된 유전정보에 관한 제 2 그룹; MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 3 그룹;및 실험 DEG 기반 유전 정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 4 그룹으로 구분하여 저장하는 단계; 및 상기 저장된 유전정보에 대하여 영양체 섭취 이전 및 영양체 섭취 이후의 유전자 발현 수준 및 단백질 발현 수준을 비교하여 비만 관련 영양체 유전정보를 구축하는 방법을 제공한다. 상기 구체예에서, 저장된 유전정보는 Mogat1, Apom, Asns, Cox8b, Cyp2a4, fbln2, fgfr1, Gprc5b,Lpin1, Pparg, Sult1c2 및 Sdcbp2인 비만 관련 영양체 유전정보를 구축하는 방법을 제공한다.In one embodiment, the invention provides a method comprising: independently collecting genetic information from an experimental DEG (Database of Essential Gene) based genetic information, MOA (Mode of Action) based genetic information and literature based genetic information on obesity; A first group on the common genetic information of experimental DEG-based genetic information, MOA-based genetic information and literature based genetic information by screening common genetic information of experimental DEG-based genetic information, MOA analysis based genetic information, and literature based genetic information; A second group on common genetic information of experimental DEG-based genetic information and MOA-based genetic information; A third group of common genetic information of MOA analysis-based genetic information and document-based genetic information, and a fourth group of common genetic information of experimental DEG-based genetic information and document-based genetic information; And a method for constructing obesity-related nourishing genetic information by comparing gene expression levels and protein expression levels before and after nutrient intake with respect to the stored genetic information. In this embodiment, the stored genetic information provides a method for constructing obesity-related nutritional genetic information, Mogat1, Apom, Asns, Cox8b, Cyp2a4, fbln2, fgfr1, Gprc5b, Lpin1, Pparg, Sult1c2 and Sdcbp2.

일 구체예에서, 본 발명은 비만에 대하여 실험 DEG(Database of Essential Gene) 기반 유전 정보, MOA (Mode of Action) 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보로부터 유전정보를 독립적으로 수집하여 입력하는 입력부; 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보를 선별하는 연산부; 상기 선별된 유전정보를 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 1 그룹; 실험 DEG 기반 유전 정보 및 MOA 분석 기반 유전정보의 공통된 유전정보에 관한 제 2 그룹; MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 3 그룹;및 실험 DEG 기반 유전 정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 4 그룹으로 구분하여 저장하는 저장부; 및 상기 저장된 유전정보에 대하여 영양체 섭취 이전 및 영양체 섭취 이후의 유전자 발현 수준 및 단백질 발현 수준을 비교하여 출력하는 비만 관련 영양체 유전정보를 구축하기 위한 장치를 제공한다. 상기 구체예에서, 저장된 유전정보는 Mogat1, Apom, Asns, Cox8b, Cyp2a4, fbln2, fgfr1, Gprc5b,Lpin1, Pparg, Sult1c2 및 Sdcbp2인 비만 관련 영양체 유전정보를 구축하기 위한 장치를 제공한다.In one embodiment, the present invention provides an input unit for independently collecting and inputting genetic information from genetic information based on experimental DEG (Database of Essential Gene), genetic information based on MOA (Mode of Action) analysis, and literature based genetic information on obesity; An operation unit for selecting common genetic information of experimental DEG-based genetic information, MOA analysis-based genetic information, and document-based genetic information; A first group of the selected genetic information on common genetic information of experimental DEG-based genetic information, MOA analysis based genetic information and literature based genetic information; A second group on common genetic information of experimental DEG-based genetic information and MOA-based genetic information; A third group of common genetic information of MOA analysis based genetic information and document based genetic information, and a fourth group of common genetic information of experimental DEG based genetic information and document based genetic information; And an apparatus for constructing obesity-related nourishing genetic information by comparing gene expression levels and protein expression levels before and after nutrient intake with respect to the stored genetic information. In this embodiment, the stored genetic information provides an apparatus for constructing obesity-related nutritional genetic information, Mogat1, Apom, Asns, Cox8b, Cyp2a4, fbln2, fgfr1, Gprc5b, Lpin1, Pparg, Sult1c2 and Sdcbp2.

목적하는 질병에 대한 관련 유전자를 선행적으로 제공함으로써, 보다 효율적으로 유전자의 용도를 연구할 수 있을 뿐만 아니라, 영양 유전체에 대한 정보를 제공할 수 있다.By providing the relevant genes for the desired disease proactively, not only can we study the use of genes more efficiently, but also provide information about the nutritional genome.

도 1은 비만관련 유전자 정보 및 단백질 정보를 수집하여 오믹스 수준 정보 데이터베이스를 구축하고 Mode-of-Action 기법에 의한 마이크로어레이 데이터 분석 방법을 구축하여 비만 관련 마이크로어레이 분석 및 분석 결과의 오믹스 수준 해석이 가능한 시스템 구축 방법이다.FIG. 1 is a block diagram illustrating a method of analyzing obesity-related microarray data by analyzing obesity-related gene information and protein information, constructing an omix level information database, and constructing a microarray data analysis method using a mode-of- This is a possible system building method.

이하, 본 발명을 하기의 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다. Hereinafter, the present invention will be described in detail with reference to the following examples. However, the following examples are illustrative of the present invention, and the contents of the present invention are not limited by the following examples.

실시예Example 1. 비만관련 유전자의 선별 1. Selection of obesity-related genes

MOA 분석 방법을 위하여, 하기와 같은 아규먼트(argument)에 대하여 값을 설정하였다.For the MOA analysis method, values are set for the following arguments.

argument 항목argument item 내용Contents iterationiteration MOA core algorithm의 반복 횟수Number of repetitions of MOA core algorithm thPthP Perturbed gene의 선택 역치(threshold)The threshold of the perturbed gene QQ 차원 축소(reduced dimensions)의 수Number of reduced dimensions MODZMODZ 변환된 Z score값을 ranking을 위해 사용하려면 1로 설정Set to 1 to use the converted Z score value for ranking NROUNDSNROUNDS tournament의 round의 수Number of tournament rounds KEEPFRACKEEPFRAC tournament 각각의 round에서 유지시킬 gene의 수tournament Number of genes to keep in each round rank.numrank.num Rank로 뽑아낼 순위의 개수The number of rankings to pull out as a Rank

또한, 실험 주요 DEG 유전정보를 GEO 데이터베이스에 공개되어 있는 임의의 비만 관련 실험 데이터(GSE21903)로부터 수득하였다.In addition, the experimental major DEG genetic information was obtained from any obesity-related experimental data (GSE21903) published in the GEO database.

또한, 문헌 기반 유전정보를 웹에 공개되어 있는 비만 관련 연구 자료들을 대상으로 데이터 마이닝 기법을 통해 선별하여 수득하였다.In addition, literature-based genetic information was obtained by selecting data mining techniques for obesity-related research data that are available on the Web.

그 결과를 정리하면 하기 표 2와 같다:The results are summarized in Table 2 below:

항목Item 실험
주요 DEG
Experiment
Major DEG
MOA 분석 결과 중
상위 목록
MOA analysis result
Top list
문헌에 기반하여 수집된
obesity 관련 유전자 그룹
Collected based on literature
obesity-related gene group
유전자의 수Number of genes 8585 8686 210210

이때, 선별된 유전정보는 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 1 그룹; 실험 DEG 기반 유전 정보 및 MOA 분석 기반 유전정보의 공통된 유전정보에 관한 제 2 그룹; MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 3 그룹;및 실험 DEG 기반 유전 정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 4 그룹으로 구분될 수 있고, 이를 정리하면 하기 표 3과 같다:Wherein the selected genetic information comprises a first group of common genetic information of experimental DEG-based genetic information, MOA-based genetic information, and literature based genetic information; A second group on common genetic information of experimental DEG-based genetic information and MOA-based genetic information; A third group of common genetic information of MOA analysis-based genetic information and literature-based genetic information, and a fourth group of common genetic information of experimental DEG-based genetic information and document based genetic information. Table 3 shows:

그룹group 1One 22 33 44 유전자gene Mogat1Mogat1 Apom, Asns, Cox8b, Cyp2a4
fbln2, fgfr1, Gprc5b, Mogat1
Apom, Asns, Cox8b, Cyp2a4
fbln2, fgfr1, Gprc5b, Mogat1
Lpin1, Mogat1, Pparg, Sult1c2Lpin1, Mogat1, Pparg, Sult1c2 Mogat1, Sdcbp2Mogat1, Sdcbp2

또한 각 그룹의 유전 정보에 관한 기능, 공정 및 구성은 하기와 같다:The function, process and composition of the genetic information of each group are as follows:

제 1그룹 The first group

Mogat1Mogat1 기능function 2-acylglycerol O-acyltransferase activity
diacylglycerol O-acyltransferase activity
transferase activity
transferase activity, transferring acyl groups
transferase activity, transferring acyl groups other than amino-acyl groups
2-acylglycerol O-acyltransferase activity
diacylglycerol O-acyltransferase activity
Transferase Activity
transferase activity, transferring acyl groups
transferase activity, transferring acyl groups other than amino-acyl groups
공정fair diacylglycerol biosynthetic process
glycerol metabolic process
lipid metabolic process
디아이클리체cohol
기 glycerol metabolic process
가시 메그릭스 공정
구정Chinese New Year endoplasmic reticulum
integral to membrane
membrane
endoplasmic reticulum
integral to membrane
membrane

제 2 그룹The second group

ApomApom 기능function antioxidant activity
lipid transporter activity
phospholipid binding
Antioxidant Activity
궤도 전기기 활성
포소포드 비 링
공정fair cholesterol efflux
high-density lipoprotein particle assembly
high-density lipoprotein particle clearance
high-density lipoprotein particle remodeling
lipid transport
lipoprotein metabolic process
negative regulation of plasma lipoprotein particle oxidation
reverse cholesterol transport
transport
cholesterol efflux
고도 밀도 lipoprotein particle assembly
고도 다치 lipoprotein particle clearance
high-density lipoprotein particle remodeling
lipid transport
리피oprotein metabolic process
negative regulation of plasma lipoprotein particle oxidation
reverse cholesterol transport
transport
구정Chinese New Year discoidal high-density lipoprotein particle
extracellular region
extracellular space
high-density lipoprotein particle
low-density lipoprotein particle
spherical high-density lipoprotein particle
very-low-density lipoprotein particle
discoidal high-density lipoprotein particle
궤도 영역
광사
고도 밀도 lipoprotein particle
low-density lipoprotein particle
구형 고분
고도 - Low-density lipoprotein particle

AsnsAsns 기능function ATP binding
asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing) activity
cofactor binding
ligase activity
nucleotide binding
protein homodimerization activity
ATP binding
asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing) activity
cofactor binding
ligase activity
nucleotide binding
protein homodimerization activity
공정fair asparagine biosynthetic process
cellular amino acid biosynthetic process
cellular response to glucose starvation
glutamine metabolic process
metabolic process
negative regulation of apoptotic process
positive regulation of mitotic cell cycle
asparagine biosynthetic process
cellular amino acid biosynthetic process
cellular response to glucose starvation
과산산산성 공정
metabolic process
A negative regulation of apoptotic process
positive regulation of mitotic cell cycle

Cox8bCox8b 기능function cytochrome-c oxidase activitycytochrome-c oxidase activity 공정fair oxidation-reduction process산화물 구정Chinese New Year integral to membrane
membrane
mitochondrial inner membrane
mitochondrion
integral to membrane
membrane
mitochondrial inner membrane
mitochondrion

fbln2fbln2 기능function calcium ion binding
extracellular matrix binding
protein binding
calcium ion binding
광사
protein binding
공정fair positive regulation of cell-substrate adhesionpositive regulation of cell-substrate adhesion 구정Chinese New Year xtracellular region
proteinaceous extracellular matrix
xtracellular region
proteinaceous extracellular matrix


fgfr1fgfr1 기능function ATP binding
cell adhesion molecule binding
fibroblast growth factor binding
fibroblast growth factor-activated receptor activity
glycoprotein binding
heparin binding
identical protein binding
kinase activity
nucleotide binding
protein binding
protein complex binding
protein homodimerization activity
protein kinase activity
protein tyrosine kinase activity
transferase activity
transferase activity, transferring phosphorus-containing groups
transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity
ATP binding
셀 adhesion molec
fibroblast growth factor binding
fibroblast growth factor-activated receptor activity
glycoprotein binding
heparin binding
identical protein binding
kinase activity
nucleotide binding
protein binding
protein complex binding
protein homodimerization activity
protein kinase activity
protein tyrosine kinase activity
Transferase Activity
transferase activity, transferring phosphorus-containing groups
transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity
공정fair angiogenesis
auditory receptor cell development
blood vessel morphogenesis
brain development
branching involved in salivary gland morphogenesis
cell maturation
central nervous system neuron development
chondrocyte differentiation
embryonic limb morphogenesis
fibroblast growth factor receptor signaling pathway
fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development
generation of neurons
in utero embryonic development
inner ear morphogenesis
lung development
lung development
lung-associated mesenchyme development
mesenchymal cell differentiation
midbrain development
middle ear morphogenesis
motogenic signaling involved in postnatal olfactory bulb interneuron migration
negative regulation of apoptotic process
angiogenesis
auditory receptor cell development
혈기 혈 Morphogenesis
진공 개발
branching involved in salivary gland morphogenesis
셀 마화화
central nervous system neuron development
chondrocyte differentiation
embryonic limb morphogenesis
fibroblast growth factor receptor signaling pathway
fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development
generation of neurons
in utero embryonic development
inner ear morphogenesis
경 개발
경 개발
노인교
mesenchymal cell differentiation
미드 브래
middle ear morphogenesis
motogenic signaling involved in postnatal olfactory bulb interneuron migration
A negative regulation of apoptotic process
구정Chinese New Year cytoplasm
cytoplasmic vesicle
integral to membrane
membrane
nucleus
plasma membrane
cytoplasm
cytoplasmic vesicle
integral to membrane
membrane
nucleus
플라즈마 막

Cyp2a4Cyp2a4 기능function aromatase activity
electron carrier activity
heme binding
iron ion binding
metal ion binding
monooxygenase activity
oxidoreductase activity
oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen
oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen
aromatase activity
전자 캐리어 Activities
heme binding
이 이온 부합
금속 이온 결합
monooxygenase activity
oxidoreductase activity
oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen
oxidoreductase activity, acting on paired donors, incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen
공정fair oxidation-reduction process산화물 구정Chinese New Year endoplasmic reticulum
intracellular membrane-bounded organelle
membrane
endoplasmic reticulum
intracellular membrane-bounded organelle
membrane

Gprc5bGprc5b 기능function G-protein coupled receptor activity
molecular_function
signal transducer activity
G-protein coupled receptor activity
Molecular_Function
신호 변환기 활성
공정fair G-protein coupled receptor signaling pathway
biological_process
signal transduction
G-protein coupled receptor signaling pathway
biological_process
신호 변환기
구정Chinese New Year Golgi apparatus
integral to membrane
intracellular membrane-bounded organelle
membrane
nucleolus
nucleus
plasma membrane
Golgi apparatus
integral to membrane
intracellular membrane-bounded organelle
membrane
nucleolus
nucleus
플라즈마 막

제 3 그룹Group 3

Lpin1Lpin1 기능function RNA polymerase II transcription factor binding
histone deacetylase binding
hydrolase activity
peroxisome proliferator activated receptor binding
phosphatidate phosphatase activity
protein binding
transcription coactivator activity
RNA polymerase II transcription factor binding
histone deacetylase binding
hydrolase activity
과사
포파트티이트 포화체 activity
protein binding
전인기 코activator activity
공정fair actin cytoskeleton reorganization
cellular response to insulin stimulus
dephosphorylation
fat cell differentiation
fatty acid catabolic process
lipid metabolic process
mitochondrial fission
negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
positive regulation of histone deacetylation
regulation of fat cell differentiation
regulation of transcription, DNA-dependent
ruffle organization
transcription, DNA-dependent
triglyceride mobilization
actin cytoskeleton reorganization
cellular response to insulin stimulus
dephosphorylation
fat cell differentiation
fatty acid catabolic process
가시 메그릭스 공정
mitochondrial fission
negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
positive regulation of histone deacetylation
regulation of fat cell differentiation
regulation of transcription, DNA-dependent
ruffle organization
transcription, DNA-dependent
트리 라이ceride mobilization
구정Chinese New Year cytoplasm
endoplasmic reticulum
membrane
mitochondrial outer membrane
mitochondrion
nuclear membrane
nucleus
transcription factor complex
cytoplasm
endoplasmic reticulum
membrane
mitochondrial outer membrane
mitochondrion
nuclear membrane
nucleus
트랜스cription factor complex

Sult1c2Sult1c2 기능function sulfotransferase activity
transferase activity
sulfotransferase activity
Transferase Activity
공정fair sulfationsulfation 구정Chinese New Year lysosome
microtubule cytoskeleton
lysosome
microtubule cytoskeleton

PpargPparg 기능function RNA polymerase II regulatory region DNA binding
activating transcription factor binding
arachidonic acid binding
chromatin binding
drug binding
enzyme binding
ligand-activated sequence-specific DNA binding RNA polymerase II transcription factor activity
metal ion binding
protein binding
retinoid X receptor binding
sequence-specific DNA binding
sequence-specific DNA binding transcription factor activity
steroid hormone receptor activity
transcription regulatory region DNA binding
zinc ion binding
RNA polymerase II regulatory region DNA binding
activating transcription factor binding
arachidonic acid binding
chromatin binding
약속
enzyme binding
ligand-activated sequence-specific DNA binding RNA polymerase II transcription factor activity
금속 이온 결합
protein binding
retinoid X receptor binding
sequence-specific DNA binding
sequence-specific DNA binding transcription factor activity
세르르르드 론론 receptor activity
transcription regulatory region DNA binding
zinc ion 링
공정fair activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process
brown fat cell differentiation
cell fate commitment
cell maturation
cellular response to insulin stimulus
cellular response to lithium ion
cellular response to organic cyclic compound
epithelial cell differentiation
fat cell differentiation
fatty acid oxidation
glucose homeostasis
induction of apoptosis
inflammatory response
intracellular receptor mediated signaling pathway
lipoprotein transport
long-chain fatty acid transport
low-density lipoprotein particle receptor biosynthetic process
monocyte differentiation
negative regulation of acute inflammatory response
negative regulation of cell growth
negative regulation of cell proliferation
negative regulation of cholesterol storage
negative regulation of cytokine production
activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process
brown fat cell differentiation
cell fate commitment
셀 마화화
cellular response to insulin stimulus
cellular response to lithium ion
cellular response to organic cyclic compound
epithelial cell differentiation
fat cell differentiation
fatty acid oxidation
glucose homeostasis
induction of apoptosis
inflamatory response
intracellular receptor mediated signaling pathway
lipoprotein transport
long-chain fatty acid transport
low-density lipoprotein particle receptor biosynthetic process
단교기
a negative regulation of acute inflammatory response
negative regulation of cell growth
negative regulation of cell proliferation
negative regulation of cholesterol storage
negative regulation of cytokine production
구정Chinese New Year cytoplasm
cytosol
nucleus
cytoplasm
cytosol
nucleus

제 4 그룹Group 4

Sdcbp2Sdcbp2 기능function protein C-terminus binding
protein heterodimerization activity
protein homodimerization activity
protein C-terminus binding
protein heterodimerization activity
protein homodimerization activity
공정fair biological_process biological_process 구정Chinese New Year cytoplasm cytoplasm

또한, MOA 분석 결과의 상위 랭크 유전자 목록 및 그 기능은 하기 와 같다.Also, the upper ranked gene list of MOA analysis result and its function are as follows.

랭킹ranking entrezIDentrezID 명칭designation 유전자 내용Gene content 1One 237422237422 Ric8bRic8b resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog B (C. elegans)resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog B (C. elegans) 22 7008270082 Lysmd2Lysmd2 LysM, putative peptidoglycan-binding, domain containing 2LysM, putative peptidoglycan-binding, domain containing 2 33 2705327053 AsnsAsns asparagine synthetaseasparagine synthetase 44 7780577805 Esco1Esco1 establishment of cohesion 1 homolog 1 (S. cerevisiae)establishment of cohesion 1 homolog 1 (S. cerevisiae) 55 6429764297 Gprc5bGprc5b G protein-coupled receptor, family C, group 5, member BG protein-coupled receptor, family C, group 5, member B 66 6902969029 1500032L24Rik1500032L24Rik RIKEN cDNA 1500032L24 geneRIKEN cDNA 1500032L24 gene 77 228071228071 Sestd1Sestd1 SEC14 and spectrin domains 1SEC14 and spectrin domains 1 88 1181011810 Apobec1Apobec1 apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide 1apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide 1 99 105887105887 Ugt3a1Ugt3a1 UDP glycosyltransferases 3 family, polypeptide A1UDP glycosyltransferases 3 family, polypeptide A1 1010 1538215382 Hnrnpa1Hnrnpa1 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 1111 218103218103 Slc17a2Slc17a2 solute carrier family 17 (sodium phosphate), member 2solute carrier family 17 (sodium phosphate), member 2 1212 7272772727 B3gat3B3gat3 beta-1,3-glucuronyltransferase 3 (glucuronosyltransferase I)beta-1,3-glucuronyltransferase 3 (glucuronosyltransferase I) 1313 228071228071 Sestd1Sestd1 SEC14 and spectrin domains 1SEC14 and spectrin domains 1 1414 1303413034 CtseCtse cathepsin Ecathepsin E 1515 7000570005 Znf41-psZnf41-ps ZNF41, pseudogeneZNF41, pseudogene 1616 328425328425 Dleu2Dleu2 deleted in lymphocytic leukemia, 2deleted in lymphocytic leukemia, 2 1717 170737170737 Znrf1Znrf1 zinc and ring finger 1zinc and ring finger 1 1818 215708215708 Fam73aFam73a family with sequence similarity 73, member Afamily with sequence similarity 73, member A 1919 5654656546 Sec1Sec1 secretory blood group 1secretory blood group 1 2020 7442074420 4933406P04Rik4933406P04Rik RIKEN cDNA 4933406P04 geneRIKEN cDNA 4933406P04 gene 2121 230103230103 Npr2Npr2 natriuretic peptide receptor 2natriuretic peptide receptor 2 2222 6839368393 Mogat1Mogat1 monoacylglycerol O-acyltransferase 1monoacylglycerol O-acyltransferase 1 2323 7923379233 Zfp319Zfp319 zinc finger protein 319zinc finger protein 319 2424 5593855938 ApomApom apolipoprotein Mapolipoprotein M 2525 1411514115 Fbln2Fbln2 fibulin 2fibulin 2 2626 5672756727 MioxMiox myo-inositol oxygenase미오오 inositol oxygenase 2727 215632215632 Psd4Psd4 pleckstrin and Sec7 domain containing 4pleckstrin and Sec7 domain containing 4 2828 1678516785 RpsaRpsa ribosomal protein SAribosomal protein SA 2929 229715229715 Amigo1Amigo1 adhesion molecule with Ig like domain 1adhesion molecule with Ig like domain 1 3030 1286912869 Cox8bCox8b cytochrome c oxidase, subunit VIIIbcytochrome c oxidase, subunit VIIIb 3131 7366073660 Cabp4Cabp4 calcium binding protein 4calcium binding protein 4 3232 6916569165 Cd209bCd209b CD209b antigenCD209b antigen

rankrank entrezIDentrezID symbolsymbol gene descriptiongene description 3333 381605381605 Tbc1d2Tbc1d2 TBC1 domain family, member 2TBC1 domain family, member 2 3434 7360873608 Marveld3Marveld3 MARVEL (membrane-associating) domain containing 3MARVEL (membrane-associating) domain containing 3 3535 7008370083 MetrnMetrn meteorin, glial cell differentiation regulatormeteorin, glial cell differentiation regulator 3636 1256112561 Cdh4Cdh4 cadherin 4cadherin 4 3737 5852158521 Eid1Eid1 EP300 interacting inhibitor of differentiation 1EP300 interacting inhibitor of differentiation 1 3838 5632356323 Dnajb5Dnajb5 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily B, member 5DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily B, member 5 3939 5824258242 Nudt11Nudt11 nudix (nucleoside diphosphate linked moiety X)-type motif 11nudix (nucleoside diphosphate linked moiety X) -type motif 11 4040 1691716917 Lmx1bLmx1b LIM homeobox transcription factor 1 betaLIM homeobox transcription factor 1 beta 4141 5777657776 Ttyh1Ttyh1 tweety homolog 1 (Drosophila)tweety homolog 1 (Drosophila) 4242 6626466264 Ccdc28bCcdc28b coiled coil domain containing 28Bcoiled coil domain containing 28B 4343 230101230101 Gba2Gba2 glucosidase beta 2glucosidase beta 2 4444 101351101351 EogtEogt EGF domain-specific O-linked N-acetylglucosamine (GlcNAc) transferaseEGF domain-specific O-linked N-acetylglucosamine (GlcNAc) transferase 4545 7691776917 Flywch2Flywch2 FLYWCH family member 2FLYWCH family member 2 4646 112422112422 2610305D13Rik2610305D13Rik RIKEN cDNA 2610305D13 geneRIKEN cDNA 2610305D13 gene 4747 235048235048 Zfp599Zfp599 zinc finger protein 599zinc finger protein 599 4848 270624270624 Spin4Spin4 spindlin family, member 4spindlin family, member 4 4949 7019070190 2610036A22Rik2610036A22Rik RIKEN cDNA 2610036A22 geneRIKEN cDNA 2610036A22 gene 5050 2083220832 Ssr4Ssr4 signal sequence receptor, deltasignal sequence receptor, delta 5151 1226312263 C2C2 complement component 2 (within H-2S)complement component 2 (within H-2S) 5252 7375073750 WhrnWhrn whirlinwhirlin 5353 1785717857 Mx1Mx1 myxovirus (influenza virus) resistance 1myxovirus (influenza virus) resistance 1 5454 269261269261 Rpl12Rpl12 ribosomal protein L12ribosomal protein L12 5555 276829276829 Smtnl2Smtnl2 smoothelin-like 2smoothelin-like 2 5656 2705027050 Rps3Rps3 ribosomal protein S3ribosomal protein S3 5757 2072520725 Serpinb8Serpinb8 serine (or cysteine) peptidase inhibitor, clade B, member 8serine (or cysteine) peptidase inhibitor, clade B, member 8 5858 7335373353 Actrt2Actrt2 actin-related protein T2actin-related protein T2 5959 7159171591 Zfp251Zfp251 zinc finger protein 251zinc finger protein 251 6060 7757477574 Fam115aFam115a family with sequence similarity 115, member Afamily with sequence similarity 115, member A 6161 103963103963 Rpn1Rpn1 ribophorin Iribophorin I 6262 1459414594 Ggta1Ggta1 glycoprotein galactosyltransferase alpha 1, 3glycoprotein galactosyltransferase alpha 1, 3 6363 1922119221 PtgfrnPtgfrn prostaglandin F2 receptor negative regulatorprostaglandin F2 receptor negative regulator 6464 7577075770 Brsk2Brsk2 BR serine/threonine kinase 2BR serine / threonine kinase 2

rankrank entrezIDentrezID symbolsymbol gene descriptiongene description 6565 2228722287 Scgb1a1Scgb1a1 secretoglobin, family 1A, member 1 (uteroglobin)secretoglobin, family 1A, member 1 (uteroglobin) 6666 625603625603 Gm6607Gm6607 40S ribosomal protein S20 pseudogene40S ribosomal protein S20 pseudogene 6767 7000570005 Znf41-psZnf41-ps ZNF41, pseudogeneZNF41, pseudogene 6868 328425328425 Dleu2Dleu2 deleted in lymphocytic leukemia, 2deleted in lymphocytic leukemia, 2 6969 170930170930 Sumo2Sumo2 SMT3 suppressor of mif two 3 homolog 2 (yeast)SMT3 suppressor of mif two 3 homolog 2 (yeast) 7070 5622456224 Tspan5Tspan5 tetraspanin 5tetraspanin 5 7171 6839368393 Mogat1Mogat1 monoacylglycerol O-acyltransferase 1monoacylglycerol O-acyltransferase 1 7272 229715229715 Amigo1Amigo1 adhesion molecule with Ig like domain 1adhesion molecule with Ig like domain 1 7373 228765228765 Sdcbp2Sdcbp2 syndecan binding protein (syntenin) 2syndecan binding protein (syntenin) 2 7474 218232218232 Ptpdc1Ptpdc1 protein tyrosine phosphatase domain containing 1protein tyrosine phosphatase domain containing 1 7575 228545228545 Vps18Vps18 vacuolar protein sorting 18 (yeast)vacuolar protein sorting 18 (yeast) 7676 6839368393 Mogat1Mogat1 monoacylglycerol O-acyltransferase 1monoacylglycerol O-acyltransferase 1 7777 1418214182 Fgfr1Fgfr1 fibroblast growth factor receptor 1fibroblast growth factor receptor 1 7878 7054670546 Zdhhc2Zdhhc2 zinc finger, DHHC domain containing 2zinc finger, DHHC domain containing 2 7979 2083220832 Ssr4Ssr4 signal sequence receptor, deltasignal sequence receptor, delta 8080 7648676486 Ly6kLy6k lymphocyte antigen 6 complex, locus Klymphocyte antigen 6 complex, locus K 8181 2181421814 Tgfbr3Tgfbr3 transforming growth factor, beta receptor IIItransforming growth factor, beta receptor III 8282 195531195531 Gm13152Gm13152 predicted gene 13152predicted gene 13152 8383 1876218762 PrkczPrkcz protein kinase C, zetaprotein kinase C, zeta 8484 1982119821 Rnf2Rnf2 ring finger protein 2ring finger protein 2 8585 1183711837 Rplp0Rplp0 ribosomal protein, large, P0ribosomal protein, large, P0 8686 6429664296 Abhd8Abhd8 abhydrolase domain containing 8abhydrolase domain containing 8 8787 1308613086 Cyp2a4Cyp2a4 cytochrome P450, family 2, subfamily a, polypeptide 4cytochrome P450, family 2, subfamily a, polypeptide 4

Claims (11)

비만에 대하여 실험 DEG(Database of Essential Gene) 기반 유전 정보, MOA (Mode of Action) 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보로부터 유전정보를 독립적으로 수집하는 단계;
실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보를 선별하는 단계; 및
상기 선별된 유전정보를 출력하는 단계를 포함하고, 상기 선별된 유전정보는 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 1 그룹; 실험 DEG 기반 유전 정보 및 MOA 분석 기반 유전정보의 공통된 유전정보에 관한 제 2 그룹; MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 3 그룹; 및 실험 DEG 기반 유전 정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 4 그룹으로 구분되는, 비만에 대한 유전 정보를 제공하는 방법.
Collecting genetic information independently from experimental DEG (Database of Essential Gene) based genetic information, MOA (Mode of Action) based genetic information and literature based genetic information on obesity;
Selecting genetic information common to experimental DEG based genetic information, MOA analysis based genetic information and literature based genetic information; And
And outputting the selected genetic information, wherein the selected genetic information comprises a first group of common genetic information of experimental DEG-based genetic information, MOA-based genetic information, and document-based genetic information; A second group on common genetic information of experimental DEG-based genetic information and MOA-based genetic information; Group 3 on common genetic information of MOA-based genetic information and literature-based genetic information; And genetic information on obesity, wherein said genetic information is divided into a fourth group of genetic information based on DEG-based genetic testing and document-based genetic information.
삭제delete 삭제delete 제 1항에 있어서,
선별된 유전정보는 Mogat1, Apom, Asns, Cox8b, Cyp2a4, fbln2, fgfr1, Gprc5b,Lpin1, Pparg, Sult1c2 및 Sdcbp2인 비만에 대한 유전 정보를 제공하는 방법.
The method according to claim 1,
Wherein the selected genetic information provides genetic information for obesity that is Mogat1, Apom, Asns, Cox8b, Cyp2a4, fbln2, fgfr1, Gprc5b, Lpin1, Pparg, Sult1c2 and Sdcbp2.
비만에 대하여 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보로부터 유전정보를 독립적으로 수집하는 단계;
실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보를 선별하는 단계;
상기 선별된 유전정보에 대하여 영양체 섭취 이전 및 영양체 섭취 이후의 유전자 발현 수준 및 단백질 발현 수준을 비교하는 단계를 포함하고, 상기 선별된 유전정보는 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 1 그룹; 실험 DEG 기반 유전 정보 및 MOA 분석 기반 유전정보의 공통된 유전정보에 관한 제 2 그룹; MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 3 그룹;및 실험 DEG 기반 유전 정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 4 그룹으로 구분되는, 영양체에 관한 유전정보를 제공하는 방법.
Collecting genetic information independently from experimental DEG based genetic information, MOA analysis based genetic information and literature based genetic information on obesity;
Selecting genetic information common to experimental DEG based genetic information, MOA analysis based genetic information and literature based genetic information;
Comparing the gene expression level and protein expression level of the selected genetic information prior to and after the nutrient intake, wherein the selected genetic information includes at least one of experimental DEG-based genetic information, MOA-based genetic information, A first group of common genetic information of document-based genetic information; A second group on common genetic information of experimental DEG-based genetic information and MOA-based genetic information; A third group on common genetic information of MOA-based genetic information and literature-based genetic information; and a fourth group on experimental genetic information based on DEG and common genetic information on literature-based genetic information / RTI >
삭제delete 삭제delete 비만에 대하여 실험 DEG(Database of Essential Gene) 기반 유전 정보, MOA (Mode of Action) 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보로부터 유전정보를 독립적으로 수집하는 단계;
실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보를 선별하여, 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 1 그룹; 실험 DEG 기반 유전 정보 및 MOA 분석 기반 유전정보의 공통된 유전정보에 관한 제 2 그룹; MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 3 그룹;및 실험 DEG 기반 유전 정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 4 그룹으로 구분하여 저장하는 단계; 및
상기 저장된 유전정보에 대하여 영양체 섭취 이전 및 영양체 섭취 이후의 유전자 발현 수준 및 단백질 발현 수준을 비교하는 단계를 포함하는, 비만 관련 영양체 유전정보를 구축하는 방법.
Collecting genetic information independently from experimental DEG (Database of Essential Gene) based genetic information, MOA (Mode of Action) based genetic information and literature based genetic information on obesity;
A first group on the common genetic information of experimental DEG-based genetic information, MOA-based genetic information and literature based genetic information by screening common genetic information of experimental DEG-based genetic information, MOA analysis based genetic information, and literature based genetic information; A second group on common genetic information of experimental DEG-based genetic information and MOA-based genetic information; A third group of common genetic information of MOA analysis-based genetic information and document-based genetic information, and a fourth group of common genetic information of experimental DEG-based genetic information and document-based genetic information; And
Comparing the gene expression level and protein expression level with the stored genetic information prior to and after the nutrient ingestion.
제 8항에 있어서,
저장된 유전정보는 Mogat1, Apom, Asns, Cox8b, Cyp2a4, fbln2, fgfr1, Gprc5b,Lpin1, Pparg, Sult1c2 및 Sdcbp2인, 비만 관련 영양체 유전정보를 구축하는 방법.
9. The method of claim 8,
Wherein the stored genetic information is Mogat1, Apom, Asns, Cox8b, Cyp2a4, fbln2, fgfr1, Gprc5b, Lpin1, Pparg, Sult1c2 and Sdcbp2.
비만에 대하여 실험 DEG(Database of Essential Gene) 기반 유전 정보, MOA (Mode of Action) 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보로부터 유전정보를 독립적으로 수집하여 입력하는 입력부;
실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보를 선별하는 연산부;
상기 선별된 유전정보를 실험 DEG 기반 유전 정보, MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 1 그룹; 실험 DEG 기반 유전 정보 및 MOA 분석 기반 유전정보의 공통된 유전정보에 관한 제 2 그룹; MOA 분석 기반 유전정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 3 그룹;및 실험 DEG 기반 유전 정보 및 문헌 기반 유전 정보의 공통된 유전정보에 관한 제 4 그룹으로 구분하여 저장하는 저장부; 및
상기 저장된 유전정보에 대하여 영양체 섭취 이전 및 영양체 섭취 이후의 유전자 발현 수준 및 단백질 발현 수준을 비교하여 출력하는 출력부를 포함하는, 비만 관련 영양체 유전정보를 구축하기 위한 장치.
An input unit for collecting and inputting genetic information independently from genetic information based on experimental DEG (Database of Essential Gene), MOA (Mode of Action) -based genetic information and literature based genetic information;
An operation unit for selecting common genetic information of experimental DEG-based genetic information, MOA analysis-based genetic information, and document-based genetic information;
A first group of the selected genetic information on common genetic information of experimental DEG-based genetic information, MOA analysis based genetic information and literature based genetic information; A second group on common genetic information of experimental DEG-based genetic information and MOA-based genetic information; A third group of common genetic information of MOA analysis based genetic information and document based genetic information, and a fourth group of common genetic information of experimental DEG based genetic information and document based genetic information; And
And an output unit for comparing the gene expression level and the protein expression level of the stored genetic information before and after the nutrient intake and after the nutrient intake, and outputting the output.
제 10항에 있어서,
저장된 유전정보는 Mogat1, Apom, Asns, Cox8b, Cyp2a4, fbln2, fgfr1, Gprc5b,Lpin1, Pparg, Sult1c2 및 Sdcbp2인, 비만 관련 영양체 유전정보를 구축하기 위한 장치.
11. The method of claim 10,
Wherein the stored genetic information is Mogat1, Apom, Asns, Cox8b, Cyp2a4, fbln2, fgfr1, Gprc5b, Lpin1, Pparg, Sult1c2 and Sdcbp2.
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