KR101106358B1

KR101106358B1 - System for organizing multiple objects of interest in field of interest

Info

Publication number: KR101106358B1
Application number: KR1020057023804A
Authority: KR
Inventors: 데이비드 제이. 자흐니세
Original assignee: 사이틱 코포레이션
Priority date: 2003-06-12
Filing date: 2004-06-02
Publication date: 2012-01-18
Also published as: CN1795375B; EP1631817B1; AU2004271106A1; AU2004271106B2; HK1083368A1; EP1631817A1; CA2524687C; AU2004271106C1; KR20060022265A; BRPI0411242A; CN1795375A; US20040254738A1; JP4391527B2; JP2007516429A; US7590492B2; WO2005024395A1; ATE539342T1; CA2524687A1

Abstract

본 발명은 생물학적 표본을 스크리닝하기 위한 및 스크리닝을 보조하기 의한 시스템에 관한 것이다. 생물학적 표본의 이미지가 수득되며, 이미지 데이터는 상기 이미지로부터 생성된다. 관심물체(OOI)를 상기 이미지 데이터로부터 확인한다. 상기 OOI는 다른 FOI에 OOI의 배정을 적어도 부분적으로 토대로 각각의 다수의 관심필드(FOI)에 배정된다. 예를들면, 다른 FOI에 이전에 배정되지 않은 OOI는 선택된 FOI에 배정될 수 있다. 상기 OOI는 FOI내에 포함된 OOI의 수를 최대화하기 위해 또는 다르게는 모든 OOI를 포함하기 위해 필요한 FOI의 수를 최소화하기 위해 FOI내에 그룹화될 수 있다. OOI의 배정이 완성되며, 기술자가 관찰하도록 상기 OOI를 제시하기 위해 관측시야(FOV)는 각 FOI와 관련하여 스캔될 수 있다.The present invention relates to a system for screening biological specimens and by assisting screening. An image of the biological specimen is obtained, and image data is generated from the image. The object of interest (OOI) is identified from the image data. The OOI is assigned to each of a plurality of fields of interest (FOI) based at least in part on the assignment of the OOI to other FOIs. For example, an OOI not previously assigned to another FOI may be assigned to the selected FOI. The OOIs can be grouped within a FOI to maximize the number of OOIs contained within the FOI or otherwise minimize the number of FOIs needed to include all OOIs. The assignment of the OOI is complete and the field of view (FOV) can be scanned in association with each FOI to present the OOI for the technician to observe.

FOV, FOI, OOI, 이미징 스테이션, 리뷰잉 스테이션, 프로세서 FOV, FOI, OOI, Imaging Station, Reviewing Station, Processor

Description

SYSTEM FOR ORGANIZING MULTIPLE MATERIALS OF INTEREST FIELD

본 발명은 세포학적 표본을 분석하기 위한 시스템 및 더 구체적으로는 관심필드에서 세포 검사기사가 디스플레이하기 위해 세포 물질을 조직화하기 위한 시스템에 관한 것이다.The present invention relates to a system for analyzing cytological specimens and more specifically to a system for organizing cellular material for display by a cytopathologist in a field of interest.

의료분야에서, 세포 검사기사와 같은 실험실 기술자는 특정화된 세포 유형의 존재에 대한 세포학적 표본을 관찰할 필요가 있다. 예를들면, 악성 또는 예비-악성 세포의 존재에 대한 자궁경부-질 파파니콜라우(Pap) 스미어 슬라이드를 관찰할 필요가 있다. Pap 스미어는 50년전에 도입되었기 때문에, 자궁경부 암 또는 예비암 병변을 검출하는데 강력한 도구이다. 그 기간동안, Pap 스미어는 자궁경부 암의 치사율을 70%만큼이나 감소시켰다. 사망률의 급격한 감소는 느려졌지만, 미국에서 이 예방가능한 질병에 대한 치사율은 80년대 중반 이후로 해마다 약 5,000명으로 실질적으로 일정하게 유지되었다. 그러므로, 자궁경부 암으로 진단받은 15,000의 여성중 3분의 1이 해마다 여전히 사망하는 바, 이는 암의 발견이 너무 늦기 때문이다. 국가 암 위원회 데이터에 따르면, 1986년 이후로 50세 미만의 백인 여성에서 침윤성 자궁경부 암의 발병률이 해마다 3% 증가하였다.In the medical field, laboratory technicians, such as cell testers, need to observe cytological specimens for the presence of specified cell types. For example, it is necessary to observe cervical-vaginal Papani smear slides for the presence of malignant or pre-malignant cells. Since Pap smear was introduced 50 years ago, it is a powerful tool for detecting cervical or precancerous lesions. During that time, Pap Smear reduced the mortality rate of cervical cancer by 70%. Although the sharp decline in mortality has slowed, the mortality rate for this preventable disease in the United States has remained substantially constant at about 5,000 per year since the mid-80s. Therefore, one-third of the 15,000 women diagnosed with cervical cancer still die each year because the cancer discovery is too late. According to National Cancer Council data, the incidence of invasive cervical cancer has increased by 3% annually in Caucasian women under 50 since 1986.

이러한 경향에 무수히 많은 인자가 기여하지만, 많은 여성이, 특히 위험성이 높은 집단이 정기적인 자궁경부 암 검사를 여전히 하지 않기 때문이다. 많은 사람이 공감하는 다른 원인은 통상적인 Pap 스미어 방법의 제한성 때문이다.While countless factors contribute to this trend, many women, especially those at high risk, still do not routinely screen for cervical cancer. Another cause that many people sympathize with is the limitation of conventional Pap smear methods.

자궁경부 검사방법의 신뢰성 및 효능은 잘못된 양성 진단(특이성)을 피하는 동시에 예비-암 병변(민감성)을 진단하는 그 능력에 의해 측정된다. 그 결과, 이들 기준은 세포학적 해석의 정확성에 따라 다르다. 통상적인 Pap 스미어는 10-50% 범위의 잘못된 음성 비율을 나타낸다. 이는 소수의 악성 또는 예비-악성 세포의 가능한 존재를 측정하기 위해, 기술자가 관찰해야 하는 다수의 세포 및 물체(일반적으로 100,000 내지 200,000만큼 많이)에 주로 기인한다. 따라서, 생물학적 물질의 상세한 검토에 필요한 다른 실험뿐만 아니라 Pap 스미어는 기술자의 피로 때문에 잘못된 높은 음성 비율을 나타낸다.The reliability and efficacy of cervical screening methods are measured by their ability to diagnose pre-cancer lesions (sensitivity) while avoiding false positive diagnosis (specificity). As a result, these criteria depend on the accuracy of the cytological interpretation. Typical Pap smears show false negative rates in the 10-50% range. This is mainly due to the large number of cells and objects (typically as much as 100,000 to 200,000) that a technician must observe to determine the possible presence of a few malignant or pre-malignant cells. Thus, Pap smears, as well as other experiments required for a detailed review of biological material, show false negative rates due to technician fatigue.

이 관찰과정을 촉진하기 위해, 자동화된 시스템이 개발되어 추가 관찰로부터 남아있는 세포를 폐기할 가능성을 갖는 기술자가 가장 적절한 세포에 집중할 수 있게 되었다. 일반적인 자동화된 시스템은 이미저(imager) 및 자동화된 광학현미경을 포함한다. 요약하면, 상기 이미저는 슬라이드의 다른 부분을 각각 나타내는 세포학적 표본 슬라이드의 연속적인 다양한 이미지를 제공하도록 작동될 수 있다. 상기 이미저는 이어, 이들 이미지를 처리하여 슬라이드 상에서 관찰하기 위한 가장 적절한 생물학적 물체 및 슬라이드 상의 이들의 위치(x-y 좌표)를 측정한다. 이 정보는이어, 현미경으로 전달되어, 기술자가 관찰하기 위한 생물학적 물체상의 중심 및 x-y 좌표는 자동적으로 처리된다. 이 관찰과정 동안, 현미경은 x-y 좌표를 통해 생 물학적 물질을 연속적으로 단계로 나누며, 그 관측시야의 중심내에 생물학적 물체를 놓는다. 예를들면, 관찰할 적절한 생물학적 물체의 수가 22와 같다면, 현미경이 자동적으로 또는 반-자동적으로 관측시야를 생물학적 물체의 한정된 x-y 좌표로 움직임에 따라 기술자는 슬라이드상의 22 영역을 관찰할 것이다. 기술자는 이어, 병리학자에 의해 추가 검토가 필요하다고 여겨지는 슬라이드상의 임의의 물질, 예를들면 악성 또는 예비-악성 세포와 일치하는 임의의 물체를 표시할 것이다.To facilitate this observation, an automated system has been developed that allows the technician with the possibility of discarding the remaining cells from further observations to focus on the most appropriate cells. Common automated systems include imagers and automated optical microscopes. In summary, the imager can be operated to provide a series of diverse images of cytological specimen slides, each representing a different portion of the slide. The imager then processes these images to determine the most appropriate biological objects for viewing on the slide and their position on the slide (x-y coordinates). This information is then transmitted to the microscope so that the center and x-y coordinates on the biological object for the technician to observe are automatically processed. During this observation, the microscope sequentially divides the biological material through x-y coordinates and places the biological object in the center of the viewing field. For example, if the number of suitable biological objects to observe is equal to 22, the technician will observe 22 regions on the slide as the microscope automatically or semi-automatically moves the viewing field to the defined x-y coordinates of the biological object. The technician will then mark any material on the slide deemed necessary for further review by the pathologist, such as any object that matches a malignant or pre-malignant cell.

일반적으로, 이 자동화된 방법은 성공적인 것으로 입증되었는 바, 그 이유는 기술자가 한정된 수의 물질에 집중하여 표본상의 다수의 물체(생물학적 또는 생물학적이 아닌)를 재관찰할 필요를 없애기 때문이다. 기술자는 일반적으로 하루에 수백개의 슬라이드를 관찰해야 하기 때문에 쉽게 피곤해진다. Pap 스미어 표본과 같이 실험실에서 세포학적 표본을 관찰하기 위한 비용, 기술자가 각 슬라이드를 관찰하는데 걸리는 시간 등 상업적인 면이 고려되어야 한다. 즉, 기술자가 관찰하는데 시간이 더 걸릴수록, 더 많은 비용이 발생한다. 이와 반대로, 관찰하는데 시간이 덜 걸릴수록, 더 많은 돈을 절약할 수 있다.In general, this automated method has proven successful because it eliminates the need for technicians to revisit many objects (non-biological or non-biological) on a sample by concentrating on a limited number of materials. Technicians are often tired because they have to watch hundreds of slides a day. Commercial aspects such as the cost of observing cytological specimens in the laboratory, such as Pap smear specimens, and the time it takes the technician to view each slide, should be considered. In other words, the more time the technician takes to observe, the greater the cost. Conversely, the less time it takes to observe, the more money you can save.

발명의 요약Summary of the Invention

본 발명의 한 구체예로서, OOI를 제시하기 위한 생물학적 스크리닝 시스템이 제공된다. 상기 시스템은 표본 슬라이드의 이미지 수득 및 상기 이미지로부터 이미지 데이터 생성을 위한 이미징 스테이션을 포함한다. 상기 시스템은 관심물체(OOI; OBJECT OF INTEREST)를 수득하기 위해 상기 이미지의 필터링 및/또는 프로세싱하기 위한 및 적어도 부분적으로 다른 관심필드(FOI; FIELD OF INTEREST)에 OOI의 배정을 토대로 각 FOI에 하나 이상의 OOI를 배정하기 위한 하나 이상의 프로세서를 또한 포함한다. 각 FOI에 OOI의 배정은 상술한 바와 동일한 방식으로 실시될 수 있다. 상기 시스템은 각 FOI의 해당 관측시야(FOV)를 스캐닝하여 각 FOI내의 하나 이상의 OOI를 제시하기 위한 자동화된 또는 반-자동화된 현미경을 또한 포함한다.In one embodiment of the present invention, a biological screening system for presenting an OOI is provided. The system includes an imaging station for obtaining an image of a specimen slide and generating image data from the image. The system includes one for each FOI based on the assignment of the OOI to at least partially another field of interest (FOI) for filtering and / or processing the image to obtain an object of interest (OOI). It also includes one or more processors for assigning more than one OOI. The assignment of OOI to each FOI can be done in the same manner as described above. The system also includes an automated or semi-automated microscope to scan the corresponding field of view (FOV) of each FOI to present one or more OOIs within each FOI.

도 1은 생물학적 표본이 있는 표준 현미경 슬라이드의 평면도이며;1 is a top view of a standard microscope slide with a biological specimen;

도 2는 본 발명의 한 구체예에 따라 제작된 생물학적 스크리닝 시스템의 평면도이며;2 is a top view of a biological screening system constructed in accordance with one embodiment of the present invention;

도 3은 도2의 시스템에 사용된 현미경의 관측시야(FOV)를 통해 도시된 관심필드(FOI) 및 마커 인디케이터(marker indicator)의 도면이며;3 is a diagram of a field of interest (FOI) and a marker indicator shown through the field of view (FOV) of a microscope used in the system of FIG. 2;

도 4는 FOI에 관심물체(OOI)를 배정하기 위해 도 2 시스템의 FOI 프로세서에 의해 사용된 단계의 플로 다이아그램이며;4 is a flow diagram of the steps used by the FOI processor of the FIG. 2 system to assign an object of interest (OOI) to the FOI;

도 5는 OOI가 FOI에 이전에 배정된 OOI와 배치가능한 지를 결정하기 위해 FOI 프로세서에 의해 사용된 한 단계의 플로 다이아그램이며;5 is a flow diagram of one step used by the FOI processor to determine if an OOI can be placed with an OOI previously assigned to the FOI;

도 6은 OOI를 포함하기 위해 확장된 경계 박스의 다이아그램이며;6 is a diagram of a bounding box expanded to include an OOI;

도 7은 다른 OOI를 포함하기 위해 확장된 도 6의 경계 박스의 다이아그램이며; 및7 is a diagram of the bounding box of FIG. 6 expanded to include another OOI; And

도 8은 또 다른 OOI를 포함하기 위해 확장된 도 6의 경계 박스의 다이아그램이다.8 is a diagram of the bounding box of FIG. 6 expanded to include another OOI.

발명의 상세한 설명Detailed description of the invention

도 2와 관련하여, 본 발명의 한 구체예에 따라 제작된 생물학적 스크리닝 시스템(10)이 개시되어 있다. 상기 시스템(10)은 현미경 슬라이드(14, 도 1에 가장 잘 도시되어 있음)상에 놓인 생물학적 표본(12)을 제시하여 이어, 세포검사기사와 같은 기술자가 생물학적 표본(12)내의 관심물체(OOI)를 관찰할 수 있다. 상기 OOI는 슬라이드(14)의 일부분을 덮는 다수의 관심필드(FOI, 도 3에 도시되어 있는 것 중 하나)내에 있으므로, 세포검사기사는 적절하지 않는 슬라이드 영역보다는 FOI내의 OOI에 계속해서 집중할 수 있다. 상기 슬라이드(14)는 기준 마크(16)가 구비되어 있다.2, a biological screening system 10 constructed in accordance with one embodiment of the present invention is disclosed. The system 10 presents a biological sample 12 that is placed on a microscope slide 14 (best shown in FIG. 1), whereby a technician, such as a cytology engineer, may have an object of interest (OOI) in the biological sample 12. ) Can be observed. Since the OOI is in a number of fields of interest (FOI, one of those shown in FIG. 3) covering a portion of the slide 14, the cytology engineer can continue to focus on the OOI in the FOI rather than the unsuitable slide area. . The slide 14 is provided with a reference mark 16.

추가 관찰을 필요로 하는 임의의 생물학적 표본(또는 심지어는 컴퓨터 칩과 같은 비-생물학적 표본)을 제시하기 위해 상기 시스템(10)이 사용될 수 있지만, 상기 시스템(10)은 Pap 스미어 슬라이드상에서 일반적으로 발견되는 것과 같은 세포학적 자궁경부 또는 질 세포 물질의 제시에 적합하다. 이 경우, 상기 OOI는 악성 또는 예비-악성과 같은 비정상적인 상태의 존재를 체크하기 위해 재관찰되는 개별적인 세포 및 세포 클러스터의 형태를 취한다. 상기 생물학적 표본(12)은 얇은 세포 층으로서 슬라이드(14)상에 놓인다. 바람직하게는, 커버 슬립(도시되지 않음)이 상기 표본(12)에 부착됨으로써 상기 슬라이드(14)상에 상기 표본(12)을 고정시킨다. 상기 표본(12)은 파파니콜라우 염색과 같이 임의의 적합한 염료에 의해 염색될 것이다.The system 10 can be used to present any biological specimen (or even non-biological specimen such as a computer chip) that requires further observation, but the system 10 is generally found on Pap smear slides. It is suitable for the presentation of cytological cervical or vaginal cell materials such as those. In this case, the OOI takes the form of individual cells and cell clusters that are re-observed to check for the presence of abnormal conditions such as malignant or pre-malignant. The biological specimen 12 is placed on the slide 14 as a thin layer of cells. Preferably, a cover slip (not shown) is attached to the specimen 12 to secure the specimen 12 on the slide 14. The specimen 12 will be dyed with any suitable dye, such as Papa Nicholau staining.

상기 시스템(10)은 (1) 상기 슬라이드(14)상의 생물학적 물질의 이미지 수득 및 상기 이미지로부터 전자 이미지 데이터 생성을 위한 이미징 스테이션(18); (2) OOI를 확인하기 위해 상기 이미지 데이터의 필터링 및 프로세싱 및 각 FOI에 하나 이상의 OOI 배정을 위한 서버(20); 및 (3) 세포검사기사가 관찰하기 위한 OOI를 제시하기 위해 각 FOI의 스캔된 해당 관측시야(FOV, 도 3에 도시됨)를 제공하는 다수의 리뷰잉 스테이션(22)을 포함한다. 상기 시스템(10)은 모니터, 키보드 및 마우스(모두 도시되지 않음)를 비롯하여 사용자 인터페이스(도시되지 않음)를 또한 포함하므로, 세포검사기사가 상기 시스템(10)과 상호작용할 수 있다.The system (10) comprises: (1) an imaging station (18) for obtaining an image of a biological material on the slide (14) and generating electronic image data from the image; (2) a server (20) for filtering and processing the image data to assign OOIs and assigning one or more OOIs to each FOI; And (3) a plurality of reviewing stations 22 that provide a scanned corresponding field of view (FOV, shown in FIG. 3) of each FOI to present an OOI for the cytographer to observe. The system 10 also includes a user interface (not shown), including a monitor, keyboard, and mouse (all not shown), such that a cytology engineer can interact with the system 10.

상기 이미징 스테이션(18)은 다른 슬라이드와 함께 카세트(도시되지 않음)내에 있는 상기 슬라이드(14)를 이미지한다. 이미징 단계 동안, 상기 슬라이드는 각각의 카세트로부터 제거되고 이미지화되고 이어, 연속적인 방식으로 카세트로 다시 보내진다. 도시된 구체예로서, 상기 이미징 스테이션(18)은 약 16시간동안 10개의 카세트를 프로세싱할 수 있으며, 각 카세트는 25개의 슬라이드를 보유할 수 있다.The imaging station 18 images the slide 14 in a cassette (not shown) along with the other slides. During the imaging step, the slide is removed from each cassette, imaged and then sent back to the cassette in a continuous manner. In the illustrated embodiment, the imaging station 18 can process 10 cassettes for about 16 hours, each cassette having 25 slides.

상기 이미징 스테이션(18)은 카메라(24), 현미경(26) 및 모터라이즈드 스테이지(28)를 포함한다. 상기 카메라(24)는 현미경(26)을 통해 슬라이드(14)의 확대된 이미지를 캡쳐한다. 상기 카메라(24)는 아날로그/디지털(A/D) 컨버터와 같은 다른 구성요소와 함께 또는 단독으로, 전하 결합 소자(CCD) 카메라와 같은 임의의 다수의 통상적인 카메라일 수 있으며, 640 x 480 화소의 해상도를 갖는 디지털 이미지와 같은 캡쳐된 이미지의 프로세싱을 허용하는 충분한 해상도의 디지털 출력을 생성할 수 있다. 바람직하게는, 각 화소는 화소를 통과하는 빛의 최소량에 대해 배정된 값이“00000000”이며, 화소를 통과하는 빛의 최대량에 대해 배정된 값“ 11111111”을 갖는 그 광학 투과율에 따라 8-비트 값(0 내지 255)으로 변환된다.The imaging station 18 includes a camera 24, a microscope 26 and a motorized stage 28. The camera 24 captures an enlarged image of the slide 14 through the microscope 26. The camera 24 may be any number of conventional cameras, such as charge coupled device (CCD) cameras, alone or in combination with other components such as analog / digital (A / D) converters, 640 x 480 pixels. A digital output of sufficient resolution can be generated that allows processing of the captured image, such as a digital image with a resolution of. Preferably, each pixel has 8-bits according to its optical transmittance having a value assigned to the minimum amount of light passing through the pixel is "00000000" and a value assigned to the maximum amount of light passing through the pixel "11111111". Is converted to a value (0 to 255).

상기 슬라이드(14)는 현미경(26) 관찰 영역의 상기 슬라이드(14)를 스캔하는 모터라이즈드 스테이지(28)상에 장착되며, 상기 카메라(24)는 생물학적 표본(12)의 다양한 영역에 대한 이미지를 캡쳐한다. 상기 카메라(24)의 셔터 속도는 바람직하게는 비교적 높으므로, 이미지의 스캐닝 속도 및/또는 수는 최대화될 수 있다. 모터라이즈드 스테이지(28)는 상기 카메라(24)에 의해 이미지가 캡쳐될 때 이미지의 x-y 좌표를 쫓는다. 예를들면, 인코더(도시되지 않음)는 이미징중에 x- 및 y-방향으로 이동한 순 거리를 탐지하기 위해 모터라이즈드 스테이지(28)의 각 모터에 결합될 수 있다. 이들 좌표는 상기 슬라이드(14, 도 1에 도시됨)에 고정된 기준 마크(16)에 대해 측정된다. 이들 기준 마크(16)는 후술하는 바와 같이, 관찰 단계중에 상기 슬라이드(14)의 x-y 좌표가 이미징 단계중에 수득된 상기 슬라이드의 x-y 좌표와 상호관련될 수 있음을 확인하기 위해 리뷰잉 스테이션(22)에 의해 또한 사용될 수 있다.The slide 14 is mounted on a motorized stage 28 that scans the slide 14 of the microscope 26 viewing area, and the camera 24 is an image of various areas of the biological specimen 12. Capture it. Since the shutter speed of the camera 24 is preferably relatively high, the scanning speed and / or number of images can be maximized. Motorized stage 28 follows the x-y coordinates of the image when the image is captured by camera 24. For example, an encoder (not shown) may be coupled to each motor of motorized stage 28 to detect the net distance traveled in the x- and y-directions during imaging. These coordinates are measured relative to the reference mark 16 fixed to the slide 14 (shown in FIG. 1). These reference marks 16 are reviewed station 22 to confirm that the xy coordinates of the slide 14 during the observation step may be correlated with the xy coordinates of the slide obtained during the imaging step, as described below. It can also be used by.

본 발명을 이해하는데 적절하지 않은 다른 프로세싱 성분중에서, 상기 서버(20)는 (1) 상기 카메라(24)로부터 획득한 이미지 데이터로부터 OOI를 확인하는 이미지 프로세서(30); (2) 각 FOI에 OOI를 배정하는 FOI 프로세서(32); (3) 리뷰잉 스테이션(22)이 한개의 FOI에서 그 다음을 스캔하기 위해 사용하는 경로 패스를 찾는 경로 프로세서(34); 및 (4) OOI 및 FOI, OOI의 등급 및 x-y 좌표 및 FOI에 대한 경로 패스를 저장하는 메모리(36)를 포함한다. 각각의 프로세서(30, 32, 34)에 의해 수행되는 기능은 단일 프로세서 또는 다르게는 세개 이상의 프로세서에 의해 수행될 수 있음을 이해해야 한다. 마찬가지로, 상기 메모리(36)는 수개의 메모리로 분류될 수 있음을 이해해야 한다.Among other processing components that are not suitable for understanding the present invention, the server 20 includes: (1) an image processor (30) for identifying an OOI from image data obtained from the camera (24); (2) an FOI processor 32 assigning an OOI to each FOI; (3) a path processor 34 looking for a path path that the reviewing station 22 uses to scan the next in one FOI; And (4) a memory 36 that stores the OOI and FOI, the rank of the OOI and the x-y coordinates and the path path to the FOI. It should be understood that the functions performed by each processor 30, 32, 34 may be performed by a single processor or alternatively by three or more processors. Similarly, it should be understood that the memory 36 can be classified into several memories.

상기 이미지 프로세서(30)는 적절한 방식으로 카메라(24)로부터 수득한 디지털 이미지를 조정함으로써 생물학적 표본(12)내의 OOI를 확인한다. 구체예로서, 상기 이미지 프로세서(30)는 1차 및 2차 세그멘테이션 작업에 의해 이를 달성한다.The image processor 30 identifies the OOI in the biological specimen 12 by adjusting the digital image obtained from the camera 24 in an appropriate manner. In an embodiment, the image processor 30 accomplishes this by primary and secondary segmentation operations.

1차 세그멘테이션 작업으로서, 상기 이미지 프로세서(30)는 추가 고찰로부터 인공산물을 제거한다. 상기 이미지 프로세서(30)는 광에 의해 세포핵일 것 같지않는 추가 고찰로부터 디지털 이미지 데이터의 화소를 마스킹함으로써 이를 달성한다. 디지털 이미지의 남아있는 화소는 모든 형상과 크기를 갖는 블랍(blob)을 형성한다. 상기 이미지 프로세서(30)는 이어, 직경이 극히 소수의 화소인 블랍 및 블랍으로부터 연장된 또는 인접한 블랍을 연결하는 좁은 스트랜드를 추가 고찰로부터 제거하기 위해, 블랍상의 침식 단계를 실시한다. 상기 이미지 프로세서(30)는 이어, 블럽의 화소 수에 따라 상기 이미지의 각 블랍이 개별적인 물체인지 또는 클러스터화 물체인지를 결정한다. 예를들면, 500화소 이상을 갖는 블랍은 클러스터화 물체로 간주되는 반면, 500 또는 그 미만 화소를 갖는 블랍은 개별적인 물체로 간주 될 것이다. 개별적인 물체의 경우, 블랍은 총 영역, 영역 비율에 대한 페리미터, 광학 밀도 표준 이탈에 관한 특정 기준을 만족시키지 않으며 그레이스케일 평균 화소값은 추가로 고려되지 않는다.As a primary segmentation task, the image processor 30 removes artifacts from further consideration. The image processor 30 accomplishes this by masking pixels of the digital image data from further considerations that are unlikely to be cell nuclei by light. The remaining pixels of the digital image form blobs of all shapes and sizes. The image processor 30 then performs an erosion step on the blobs to remove from further consideration the blobs of very few pixels in diameter and the narrow strands connecting the blobs extending from or adjacent to the blobs. The image processor 30 then determines whether each blob in the image is an individual object or a clustered object according to the number of pixels in the blob. For example, a blob with 500 pixels or more would be considered a clustered object, while a blob with 500 or fewer pixels would be considered an individual object. For individual objects, the blobs do not meet specific criteria for total area, perimeter for area ratio, deviation from optical density standard, and grayscale average pixel values are not considered further.

2차 세그멘테이션 작업으로서, 상기 이미지 프로세서(30)는 개별적인 세포 또는 클러스터화 세포일 것 같지않는 블랍을 제거한다. 개별적인 물체의 경우, 상 기 이미지 프로세서(30)는 작은 물체를 제거하며 남아있는 블랍으로부터 투사를 제거하는 연속적인 침식 작업 및 남아있는 블랍으로부터 구멍을 제거하는 확장 작업을 실시한다. 클러스터와 물체의 경우, 상기 이미지 프로세서(30)는 한정된 경계를 제공하기 위해 물체의 가장자리를 날카롭게 한다. 상기 한정된 클러스터화 물체로부터, 상기 이미지 프로세서(30)는 이어, 높은 집적 광 밀도를 갖는 개별적인 물체 또는 물체들을 선별한다. 클러스터화 물체로부터 추출된 상기 개별적인 물체들은 클러스터-추출된 물체로서 표시될 것이다.As a secondary segmentation operation, the image processor 30 removes blobs that are unlikely to be individual cells or clustered cells. In the case of individual objects, the image processor 30 performs a continuous erosion operation that removes small objects and removes projections from the remaining blobs and an expansion operation that removes holes from the remaining blobs. In the case of clusters and objects, the image processor 30 sharpens the edges of the object to provide a defined boundary. From the confined clustered object, the image processor 30 then selects individual objects or objects with high integrated light density. The individual objects extracted from the clustered object will be represented as a cluster-extracted object.

분류 작업으로서, 상기 이미지 프로세서(30)는 각각의 개별적인 물체 및 클러스터화 물체의 다양한 특징을 측정하며 이어, 이들 특징의 측정된 값을 토대로 각 물체의 점수를 계산한다. 이 점수를 토대로, 상기 이미지 프로세서(30)는 인공산물일 것 같은 개별적인 물체 및 클러스터화 물체를 제거한다. 남아있는 물체들은 OOI로 간주되는 바, 개별적인 물체는 개별적인 OOI(IOOI)를 의미하며, 클러스터화 물체는 클러스터화 OOI(COOI)를 의미한다. 상기 이미지 프로세서(30)는 이어, 이들의 핵 집적 또는 평균 광학 밀도에 대한 OOI를 측정하며 이들의 광학 밀도값에 따라 OOI의 등급을 매긴다. 각각의 디지털 이미지에 있어서, 상기 이미지 프로세서(30)는 OOI의 상대적인 등급 및 좌표와 함께, 메모리(36)내에 프레임 데이터 레코드(FDR)로서 OOI를 저장한다. 도시된 구체예로서, 각 슬라이드(14)에 있어서 약 2000개 디지털 이미지가 수득되므로, 약 2000개 FDR이 메모리(36)에 저장될 것이다. 도시된 구체예로서, 상기 이미지 프로세서(30)는 개별적인 OOI에 있어서는 10개 및 클러스터화 OOI에 있어서는 3개로 각 FDR에 함유된 OOI의 수를 제한한다.As a classification task, the image processor 30 measures various features of each individual object and clustered object, and then calculates the score of each object based on the measured values of these features. Based on this score, the image processor 30 removes individual and clustered objects that may be artifacts. The remaining objects are regarded as OOI, where individual objects mean individual OOIs (IOOIs) and clustered objects mean clustered OOIs (COOIs). The image processor 30 then measures OOIs for their nuclear integration or average optical density and ranks the OOIs according to their optical density values. For each digital image, the image processor 30 stores the OOI as a frame data record (FDR) in the memory 36, along with the relative rank and coordinates of the OOI. In the illustrated embodiment, about 2000 digital images are obtained for each slide 14, so about 2000 FDRs will be stored in the memory 36. In the illustrated embodiment, the image processor 30 limits the number of OOIs contained in each FDR to 10 for individual OOIs and 3 for clustered OOIs.

상기 FOI 프로세서(32)는 OOI 등급을 토대로 각 FOI에 OOI를 배정한다. OOI의 배정은 다른 FOI내에 이미 배정되어 있는 FOI에 OOI의 배정을 피하는 방식으로 이루어진다. 이 방법에서, 상기 OOI는 동일한 방식으로 FOI(구체예에서, 고정된 수를 가짐)내에 그룹으로 될 수 있으므로, FOI내에 포함되는 OOI의 수는 최대화될 수 있다. 다르게는, FOI의 수가 고정되지 않으면, 모든 OOI를 포함하기 위해 필요한 FOI의 수는 최소화될 수 있다. 한 구체예로서, 20개 IOOI 우선의 FOI 및 2개 COOI 우선의 FOI가 생성될 것이다. 따라서, 세포검사기사에 의한 연속적인 관찰을 위해 IOOI 및 COOI 모두 FOI내에 포함될 것이다.The FOI processor 32 assigns an OOI to each FOI based on the OOI class. The allocation of an OOI is done in a way that avoids assigning an OOI to an FOI already assigned to another FOI. In this way, the OOIs can be grouped in an FOI (in a specific example, having a fixed number) in the same way, so that the number of OOIs contained within the FOI can be maximized. Alternatively, if the number of FOIs is not fixed, the number of FOIs needed to contain all OOIs can be minimized. In one embodiment, 20 IOOI first FOIs and two COOI first FOIs will be generated. Thus, both IOOI and COOI will be included in the FOI for subsequent observation by cytology technicians.

도 4와 관련하여, OOI 우선의 FOI(이 경우에는, 20)를 생성하기 위해 FOI 프로세서(32)에 의해 사용되는 단계가 상세하게 개시될 것이다. 먼저, 상기 FOI 프로세서(32)는 현재 슬라이드(14)에 대해 메모리(36)에 저장된 FDR을 입수하며 IOOI 리스트 및 COOI 리스트를 만들기 위해(액션 블럭 50) IOOI 및 COOI를 추출한다. 다르게는, 상기 개별적인 OOI 및 클러스터화 OOI는 단일 리스트로 조합될 수 있다. 상기 클러스터-추출된 IOOI(즉, 상기 IOOI는 클러스터로부터 추출됨)는 클러스터-추출된 IOOI로서 표시될 것이다. 한 구체예로서, 상기 리스트는 예비결정된 수의 OOI, 예를들면 각각의 리스트에 대해 100개 IOOI 및 20개 COOI를 함유한다. 이 방법에서, 연속적인 프로세싱 및 사람의 재관찰 시간은 FOI 프로세서(32) 및 세포검사기사에 의한 추가 고찰로부터 위험 OOI를 내리는 것을 배제함으로써 최소화된다.4, the steps used by the FOI processor 32 to generate an OOI preferred FOI (in this case 20) will be described in detail. First, the FOI processor 32 obtains the FDR stored in the memory 36 for the current slide 14 and extracts the IOOI and COOI to create an IOOI list and a COOI list (action block 50). Alternatively, the individual OOIs and clustered OOIs can be combined into a single list. The cluster-extracted IOOI (ie, the IOOI is extracted from the cluster) will be represented as a cluster-extracted IOOI. In one embodiment, the list contains a predetermined number of OOIs, for example 100 IOOIs and 20 COOIs for each list. In this method, continuous processing and human reobservation time are minimized by excluding the risk OOI from further consideration by the FOI processor 32 and cytology technicians.

상기 FOI 프로세서(32)는 이어, x-y 좌표 및 OOI의 등급을 토대로 FOI에 x-y 좌표를 배정함으로써 예비결정된 크기를 갖는 FOI를 생성한다. 특이적으로, 상기 FOI 프로세서(32)는 처음 FOI에 최고 등급의 IOOI(즉, 상기 리스트에서 첫번째 IOOI)를 배정한다(액션 블록 52). 상기 FOI 프로세서(32)는 이어, 그 다음 등급의 IOOI(이 경우에는, 두번째 등급의 IOOI)를 현재 IOOI로서 선별하며(액션 블록 54), 상기 현재 IOOI 및 처음 FOI에 이전에 배정된 상기 IOOI가 처음 FOI내에 배치될 수 있는지를 결정한다(결정 블록 56). 특히, 상기 첫번째 패스에서 두번째 등급의 IOOI가 현재 IOOI일 것이며, 이전에 배정된 IOOI는 처음(즉, 첫번째 등급의) IOOI를 포함할 것이다.The FOI processor 32 then generates an FOI having a predetermined size by assigning the x-y coordinates to the FOI based on the x-y coordinates and the rank of the OOI. Specifically, the FOI processor 32 assigns the first FOI the highest rated IOOI (ie, the first IOOI in the list) (action block 52). The FOI processor 32 then selects the next class of IOOI (in this case, the second class of IOOI) as the current IOOI (action block 54), wherein the IOOI previously assigned to the current IOOI and the first FOI is Determine if it can be placed in the first FOI (decision block 56). In particular, in the first pass the second class IOOI will be the current IOOI, and the previously assigned IOOI will include the first (ie, first class) IOOI.

상기 현재 IOOI가 이전에 배정된 IOOI와 함께 배치될 수 있다면, 상기 현재 IOOI는 배치가능한 IOOI로서 확인되며 처음 FOI에 배정된다(액션 블록 58). 상기 현재 IOOI가 이전에 배정된 IOOI와 함께 배치될 수 없다면, 상기 현재 IOOI는 배치가능하지 않는 IOOI로서 확인되며 처음 FOI에 배정되지 않는다(액션 블록 60). 상기 FOI 프로세서(32)는 이어, 상기 현재 IOOI가 마지막 등급의 IOOI인지를 결정한다(결정 블록 62). 그렇지 않다면, 상기 과정은 그 다음 등급의 IOOI가 현재 IOOI로서 선택되는 블록 54로 되돌아간다. 따라서, 상기 FOI 프로세서(32)는 처음 FOI에 모든 배치가능한 IOOI를 배정하기 위해 블록 54-60을 반복함을 이해할 것이다. 반복 횟수는 리스트의 IOOI의 수에서 1을 뺀(즉, 상기 처음 FOI를 뺀) 것과 같을 것이며, 이 경우에서는 99회일 것이다.If the current IOOI can be deployed with a previously assigned IOOI, then the current IOOI is identified as a deployable IOOI and assigned to the first FOI (action block 58). If the current IOOI cannot be deployed with a previously assigned IOOI, then the current IOOI is identified as an IOOI that is not deployable and is not assigned to the first FOI (action block 60). The FOI processor 32 then determines whether the current IOOI is the last class IOOI (decision block 62). If not, the process then returns to block 54 where the next class of IOOI is selected as the current IOOI. Thus, it will be appreciated that the FOI processor 32 repeats blocks 54-60 to assign all deployable IOOIs to the first FOI. The number of iterations will be equal to the number of IOOIs in the list minus one (i.e., subtracting the first FOI above), in this case 99.

상기 현재 IOOI가 마지막 등급의 IOOI일 경우, 상기 FOI 프로세서(32)는 처음 FOI에 임의의 배치가능한 COOI를 배정하기 위해 COOI 리스트를 반복할 것이다. 특이적으로, 상기 FOI 프로세서(32)는 그 다음 등급의 COOI를 현재 COOI로서 선택 하며(액션 블록 64), 상기 현재 COOI가 미리 배정된 IOOI 및 COOI와 함께 배치될 수 있는지를 결정한다(결정 블록 66). 물론, 최고 등급의 COOI가 그 다음 등급의 COOI일 경우, 상기 FOI 프로세서(32)는 현재 COOI가 이전에 배정된 IOOI와 함께 배치가능할 수 있는지를 결정할 필요가 있는 바, 그 이유는 처음 FOI에 이전에 배정된 COOI가 없기 때문이다. 임의의 경우에서, 상기 현재 COOI가 이전에 배정된 IOOI와 함께 배치가능하다면, 상기 현재 COOI는 배치가능한 IOOI로서 확인되며 처음 FOI에 배정된다(액션 블록 68). 상기 현재 COOI가 이전에 배정된 IOOI와 함께 배치가능하지 않다면, 상기 현재 COOI는 배치가능하지 않는 IOOI로서 확인되며 처음 FOI에 배정되지 않는다(액션 블록 70).If the current IOOI is the last class IOOI, the FOI processor 32 will repeat the COOI list to assign any deployable COOI to the first FOI. Specifically, the FOI processor 32 selects the next class of COOI as the current COOI (action block 64) and determines whether the current COOI can be collocated with the preassigned IOOI and COOI (decision block). 66). Of course, if the highest grade COOI is the next grade COOI, the FOI processor 32 needs to determine if the current COOI may be deployable with a previously assigned IOOI, because the transfer to the first FOI This is because there is no COOI assigned to. In any case, if the current COOI is deployable with a previously assigned IOOI, the current COOI is identified as a deployable IOOI and assigned to the first FOI (action block 68). If the current COOI is not deployable with a previously assigned IOOI, then the current COOI is identified as an undeployable IOOI and is not assigned to the first FOI (action block 70).

상기 FOI 프로세서(32)는 이어, 상기 현재 COOI가 마지막 등급의 COOI인지를 결정한다(결정 블록 72). 그렇지 않다면, 상기 과정은 그 다음 등급의 COOI가 현재 COOI로서 선택되는 블록 64로 되돌아간다. 따라서, 상기 FOI 프로세서(32)는 처음 FOI에 모든 배치가능한 COOI를 배정하기 위해 블록 64-70을 반복함을 이해할 것이다. 반복 횟수는 리스트의 COOI의 수와 같을 것이며, 이 경우에서는 20회일 것이다. The FOI processor 32 then determines whether the current COOI is the last class COOI (decision block 72). Otherwise, the process returns to block 64 where the next class of COOI is selected as the current COOI. Thus, it will be appreciated that the FOI processor 32 repeats blocks 64-70 to assign all deployable COOIs to the first FOI. The number of iterations will be equal to the number of COOIs in the list, in this case 20.

상기 현재 COOI가 마지막 등급의 COOI일 경우, 처음 FOI는 모든 배치가능한 OOI(IOOI 및 COOI)를 포함하는 방법으로 처음 FOI에 x-y 좌표를 배정함으로써 한정될 것이다. 하기에 상세하게 개시하는 바와 같이, x-y 좌표가 처음 FOI에 배정되는 상기 방법은 주로 상기 OOI가 배치가능한지를 결정하는 방법에 따라 다를 것이다.If the current COOI is the last class COOI, the first FOI will be defined by assigning x-y coordinates to the first FOI in a way that includes all deployable OOIs (IOOI and COOI). As described in detail below, the method by which the x-y coordinates are initially assigned to the FOI will depend primarily on the method of determining whether the OOI is deployable.

다음에, 상기 FOI 프로세서(32)는 FOI에 이전에 배정되지 않은 배치가능한 IOOI를 배정함으로써 그 다음 FOI를 한정한다. 특이적으로, 상기 FOI 프로세서(32)는 그 다음 FOI를 현재 FOI로서 선택하며(액션 블록 76) 현재 FOI에 가장 높은 등급의 이전에 배정되지 않는 IOOI를 배정한다(액션 등급 78). 예를들어, 상기 첫번째 및 두번째 등급의 IOOI가 이전에 배정되었지만 세번째 등급의 IOOI가 배정되지 않았다면, 상기 세번째 등급의 IOOI는 현재 FOI에 배정될 것이다. 상기 FOI 프로세서(32)는 이어, 이전에 배정되지 않은 그 다음 등급의 IOOI를 현재 IOOI로서 선택한다(액션 블록 80). 예를들어, 다섯번째, 여섯번째 및 일곱번째 등급의 IOOI가 이전에 배정되었지만, 여덟번째 등급의 IOOI가 배정되지 않았다면, 상기 여덟번째 등급의 IOOI는 현재 IOOI로서 선택될 것이다.Next, the FOI processor 32 defines the next FOI by assigning a deployable IOOI not previously assigned to the FOI. Specifically, the FOI processor 32 then selects the FOI as the current FOI (action block 76) and assigns the highest unassigned IOOI to the current FOI (action class 78). For example, if the first and second class IOOIs were previously assigned but the third class IOOI was not assigned, then the third class IOOI would be assigned to the current FOI. The FOI processor 32 then selects the next class of IOOI that has not been previously assigned as the current IOOI (action block 80). For example, if a fifth, sixth, and seventh class IOOI was previously assigned, but no eighth class IOOI was assigned, then the eighth class IOOI would be selected as the current IOOI.

처음 FOI와 관련하여 상술한 동일한 방법으로, 상기 FOI 프로세서(32)는 현재 IOOI가 현재 FOI에 이전에 배정된 IOOI와 함께 배치가능한지를 결정할 것이다(결정 블록 82). 특히, 첫번째 패스에서 이전에 배정된 IOOI는 현재 FOI에 처음에 배정된 IOOI를 포함할 것이다. 배치가능하다면, 상기 현재 IOOI는 현재 FOI에 배정될 것이며(액션 블록 84), 그렇지않다면 상기 현재 IOOI는 현재 FOI에 배정되지 않을 것이다(액션 블록 86). 상기 FOI 프로세서(32)는 이어, 현재 IOOI가 마지막 등급의 이전에 배정되지 않은 IOOI인지를 결정한다(결정 블록 88). 그렇지않다면, 상기 과정은 그 다음 등급의 이전에 배정되지 않은 IOOI가 현재 IOOI로서 선택되는 액션 블록 80으로 되돌아간다. 따라서, 상기 FOI 프로세서(32)는 현재 FOI에 이전에 배정되지 않은 배치가능한 모든 IOOI를 배정하기 위해 블록 80-86을 반복함을 이해할 것이다.In the same manner described above with respect to the first FOI, the FOI processor 32 will determine if the current IOOI is deployable with an IOOI previously assigned to the current FOI (decision block 82). In particular, the previously assigned IOOI in the first pass will include the IOOI initially assigned to the current FOI. If deployable, the current IOOI will be assigned to the current FOI (action block 84), otherwise the current IOOI will not be assigned to the current FOI (action block 86). The FOI processor 32 then determines whether the current IOOI is an IOOI not previously assigned to the last class (decision block 88). Otherwise, the process then returns to action block 80 where a previously unassigned IOOI of the next class is selected as the current IOOI. Thus, it will be appreciated that the FOI processor 32 repeats blocks 80-86 to assign all deployable IOOIs that have not been previously assigned to the current FOI.

상기 현재 IOOI가 마지막 등급의 IOOI일 경우, 상기 FOI 프로세서(32)는 처음 FOI와 관련하여 상술한 동일한 방법으로 현재 FOI에 임의의 이전에 배정되지 않은 배치가능한 COOI를 배정하기 위해 COOI 리스트를 반복할 것이다. 특이적으로, 상기 FOI 프로세서(32)는 그 다음 등급의 이전에 배정되지 않은 COOI를 현재 COOI로서 선택하며(액션 블록 90), 상기 현재 COOI가 이전에 배정된 IOOI 및 COOI와 함께 배치가능할 수 있는지를 결정한다(결정 블록 92). 한번 더, 가장 높은 등급의 이전에 배정되지 않는 COOI가 그 다음 등급의 COOI일 경우, 상기 FOI 프로세서(32)는 현재 COOI가 이전에 배정된 IOOI와 함께 배치가능할 수 있는지를 결정할 필요가 있는 바, 그 이유는 FOI에 이전에 배정된 COOI가 없기 때문이다. 배치가능하다면, 상기 현재 COOI는 현재 FOI에 배정될 것이며(액션 블록 94) 그렇지않다면, 상기 현재 COOI는 현재 FOI에 배정되지 않을 것이다(액션 블록 96). 상기 FOI 프로세서(32)는 이어, 현재 COOI가 마지막 등급의 이전에 배정되지 않은 COOI인지를 결정한다(결정 블록 98). 그렇지않다면, 상기 과정은 그 다음 등급의 이전에 배정되지 않은 COOI가 현재 COOI로서 선택되는 액션 블록 90으로 되돌아간다. 따라서, 상기 FOI 프로세서(32)는 현재 FOI에 모든 이전에 배정되지 않은 배치가능한 COOI를 배정하기 위해 블록 90-96을 반복함을 이해할 것이다. 상기 현재 COOI가 마지막 등급의 COOI일 경우, 현재 FOI는 모든 배치가능한 OOI(IOOI 및 COOI)를 포함하는 방법으로 현재 FOI에 x-y 좌표를 배정함으로써 한정될 것이다(액션 블록 100).If the current IOOI is the last class IOOI, the FOI processor 32 will repeat the COOI list to assign any previously unassignable deployable COOI to the current FOI in the same manner described above with respect to the first FOI. will be. Specifically, the FOI processor 32 selects a next class of previously unassigned COOI as the current COOI (action block 90), and whether the current COOI may be collocable with the previously assigned IOOI and COOI. (Decision block 92). Once again, if the highest class previously unassigned COOI is the next class COOI, the FOI processor 32 needs to determine whether the current COOI may be deployable with the previously assigned IOOI. This is because there is no previously assigned COOI in the FOI. If deployable, the current COOI will be assigned to the current FOI (action block 94) otherwise the current COOI will not be assigned to the current FOI (action block 96). The FOI processor 32 then determines whether the current COOI is a previously unassigned COOI of the last class (decision block 98). Otherwise, the process then returns to action block 90 where a previously unassigned COOI of the next class is selected as the current COOI. Thus, it will be appreciated that the FOI processor 32 repeats blocks 90-96 to assign all previously unassignable deployable COOIs to the current FOI. If the current COOI is the last class COOI, the current FOI will be defined by assigning x-y coordinates to the current FOI in a way that includes all deployable OOIs (IOOI and COOI) (action block 100).

상기 FOI 프로세서(32)는 이어, 현재 FOI가 마지막 IOOI 우선의 FOI(이 경우에서, 20번째 FOI)인지를 결정할 것이다(결정 블록 102). 그렇지않다면, 그 다음 FOI가 현재 FOI로 선택되는 블록 76으로 되돌아가며, 이어 이전에 배정되지 않은 배치가능한 IOOI 및 COOI가 현재 FOI에 배정된다.The FOI processor 32 will then determine if the current FOI is the FOI prior to the last IOOI (in this case, the 20th FOI) (decision block 102). If not, then the process returns to block 76 where the FOI is selected as the current FOI, and then the previously assignable deployable IOOI and COOI are assigned to the current FOI.

현재 FOI가 마지막 IOOI 우선의 FOI일 경우, 상기 과정은 종결하며(액션 블록 104) 이어, 상기 FOI 프로세서(32)는 블록 76-100에 제시된 FOI를 생성하기 위해 사용되는 것과 유사한 방법으로 COOI 우선의 FOI(이 경우에서, 마지막 2개 FOI)를 생성할 것이다. 중요한 차이는 이전에 배정되지 않은 IOOI가 FOI에 배정되기 전에, 이전에 배정되지 않은 배치가능한 COOI가 FOI에 배정될 것이라는 것이다. 다른 차이는 20개 IOOI 우선의 FOI가 생성된 후 2개 미만의 이전에 배정되지 않은 COOI가 남겨질 수 있으므로, 하나 이상의 COOI 우선의 FOI가 COOI에 의해 초기화될 수 없다는 사실로부터 비롯된다. 이 경우, 상기 FOI 프로세서(32)는 FOI에 이전에 배정되지 않은 클러스터-추출된 IOOI(즉, 클러스터로부터 추출된 것으로 표시된 IOOI)의 배정을 시도할 것이다. 이전에 배정되지 않은 클러스터-추출된 IOOI가 충분하지 않을 경우, 상기 FOI 프로세서(32)는 FOI에 클러스터로부터 추출되지 않은 이전에 배정되지 않은 IOOI를 배정할 것이다.If the current FOI is the last IOOI-priority FOI, the process terminates (action block 104), and the FOI processor 32 then uses the COOI-priority method in a manner similar to that used to generate the FOI presented in blocks 76-100. Will generate the FOI (in this case, the last two FOIs). An important difference is that before a previously assigned IOOI is assigned to the FOI, a previously assignable deployable COOI will be assigned to the FOI. Another difference stems from the fact that less than two previously unassigned COOIs may be left after the 20 IOOI preferred FOIs have been created, so that more than one COOI preferred FOI cannot be initialized by the COOI. In this case, the FOI processor 32 will attempt to assign a cluster-extracted IOOI that is not previously assigned to the FOI (ie, IOOI marked as extracted from the cluster). If there is not enough cluster-extracted IOOI previously assigned, the FOI processor 32 will assign a previously unassigned IOOI not extracted from the cluster to the FOI.

상술한 바와 같이, 상기 OOI가 배치가능한지를 결정하는 방법 및 상기 x-y 좌표가 FOI에 배정되는 방법은 상호관련있다. 예를들면, 상기 x-y 좌표가 FOI에 배정되면, x-y 좌표는 FOI에 배정된 처음 OOI에 대해 중심이 되며, 상기 FOI는 고정될 것이며, 이 고정된 FOI의 경계내에 포함되는 OOI는 배치가능할 것으로 간주되는 반면, 상기 고정된 FOI의 경계외부에 포함되는 OOI는 배치가능하지 않는 것으로 간주될 것이다. 상기 x-y 좌표가 FOI에 배정되면, x-y 좌표는 OOI 그룹에 대해 결국 중심이 되므로 처음 배정된 OOI로부터 이동할 수 있으며, 현재 배치가능한 OOI가 FOI의 경계외부에 포함되도록 유도함없이, 역동적으로 이동가능한 FOI의 경계내에 포함되는 OOI(상기 FOI가 이동하여 OOI 및 현재 배치가능한 OOI를 수용한다면)는 배치가능할 것으로 간주되는 반면, 역동적으로 이동가능한 FOI의 경계의 외부에 포함되는 OOI 또는 현재 배치가능한 OOI가 FOI의 경계외부에 포함되도록 유도하는 OOI는 배치가능하지 않을 것으로 간주된다. 후자 방법이 전자보다 더 바람직한 바, 그 이유는 후자 방법이 주어진 FOI내에 더 많은 OOI가 배치가능하도록 하기 때문이다.As mentioned above, the method of determining whether the OOI is deployable and the way the x-y coordinates are assigned to the FOI are interrelated. For example, if the xy coordinate is assigned to an FOI, then the xy coordinate is centered relative to the first OOI assigned to the FOI, the FOI will be fixed, and the OOI contained within the bounds of this fixed FOI will be considered deployable. On the other hand, OOIs included outside the bounds of the fixed FOI will be considered not deployable. Once the xy coordinates are assigned to the FOI, the xy coordinates are eventually centered with respect to the OOI group so that they can be moved from the first assigned OOI, and that the currently deployable OOIs can be included outside the boundary of the FOI, without inducing the dynamic movement of the FOI. An OOI contained within a boundary (if the FOI moves to accept an OOI and a currently deployable OOI) is considered deployable, while an OOI or currently deployable OOI contained outside the boundary of a dynamically moveable FOI is considered to be deployable. An OOI leading to inclusion outside the boundary is considered not deployable. The latter method is more preferable than the former because the latter method allows more OOIs to be deployable within a given FOI.

FOI는 확장가능한 바운딩 박스를 사용함으로써 배치가능한 OOI(IOOI 및 COOI 모두 또는 그 중 하나)의 그룹에 대해 알맞게 중심이 될 수 있다. 특히 도 5-8과 관련하여, FOI가 배치가능한지를 반복해서 결정하기 위한 확장가능한 바운딩 박스(150)의 사용이 개시되어 있다. 먼저, 포인트로서 시작할 상기 바운딩 박스(150)는 처음 OOI(도 6에 OOI₀으로서 도시됨)의 좌표와 같은 바운딩 박스(150)의 x-y 좌표를 만듬으로써 초기화될 것이다(액션 블록 160). 그 다음 OOI(도 6에 OOI₁로서 도시됨)는 현재 OOI로서 확인되며(액션 블록 162), 상기 바운딩 박스(150)는 이어 확장되어 현재 OOI를 포함한다(액션 블록 164). The FOI can be moderately centered on a group of deployable OOIs (both IOOI and COOI or one of them) by using an extensible bounding box. In particular with respect to FIGS. 5-8, the use of an expandable bounding box 150 to repeatedly determine if a FOI is deployable is disclosed. First, the bounding box 150 to start as a point will be initialized by creating the xy coordinates of the bounding box 150, such as the coordinates of the first OOI (shown as OOI ₀ in FIG. 6) (action block 160). The OOI (shown as OOI ₁ in FIG. 6) is then identified as the current OOI (action block 162), and the bounding box 150 is then expanded to include the current OOI (action block 164).

중요하게도, 현재 OOI를 포함하는데 필요한 상기 바운딩 박스(150)의 측면만이 확장된다. 즉, 현재 OOI의 x-좌표가 상기 바운딩 박스(150)의 최소 x 좌표보다 적을 경우, 상기 바운딩 박스(150)의 왼쪽 면이 확장될 것이므로 상기 바운딩 박스 (150)의 최소 x-좌표가 현재 OOI의 x-좌표와 맞는다. 유사하게, 현재 OOI의 y-좌표가 상기 바운딩 박스(150)의 최소 y-좌표보다 적을 경우, 상기 바운딩 박스(150)의 바닥 면이 확장될 것이므로 상기 바운딩 박스(150)의 최소 y-좌표가 현재 OOI의 y-좌표와 맞는다. 현재 OOI의 x-좌표가 상기 바운딩 박스(150)의 최대 x-좌표보다 더 큰 경우, 상기 바운딩 박스(150)의 오른쪽 면이 확장될 것이므로 상기 바운딩 박스(150)의 최대 x-좌표가 현재 OOI의 x-좌표와 맞는다. 현재 OOI의 y-좌표가 상기 바운딩 박스(150)의 최대 y-좌표보다 더 큰 경우, 상기 바운딩 박스(150)의 꼭대기 면이 확장될 것이므로 상기 바운딩 박스(150)의 최대 y-좌표가 현재 OOI의 y-좌표와 맞는다. Importantly, only the side of the bounding box 150 currently needed to include the OOI is expanded. That is, when the x-coordinate of the current OOI is less than the minimum x coordinate of the bounding box 150, the left side of the bounding box 150 will be expanded, so the minimum x-coordinate of the bounding box 150 is the current OOI. Matches the x-coordinate of. Similarly, if the y-coordinate of the current OOI is less than the minimum y-coordinate of the bounding box 150, the bottom y-coordinate of the bounding box 150 will be expanded since the bottom surface of the bounding box 150 will be expanded. Matches the y-coordinate of the current OOI. If the x-coordinate of the current OOI is greater than the maximum x-coordinate of the bounding box 150, the maximum x-coordinate of the bounding box 150 is the current OOI because the right side of the bounding box 150 will be expanded. Matches the x-coordinate of. If the y-coordinate of the current OOI is greater than the maximum y-coordinate of the bounding box 150, the top y-coordinate of the bounding box 150 will be expanded since the top surface of the bounding box 150 will be expanded to the current OOI. Matches the y-coordinate of.

도 6과 관련하여, OOI₁의 x-좌표는 상기 바운딩 박스(150)(본질적으로 포인트임)의 최소 x 좌표보다 더 적으므로, 상기 바운딩 박스(150)의 왼쪽 면은 밖으로 확장되어 상기 바운딩 박스(150)의 최소 x 좌표는 OOI₁의 x-좌표와 맞는다. OOI₁의 y-좌표는 상기 바운딩 박스(150)의 최대 y 좌표보다 더 크므로, 상기 바운딩 박스(150)의 꼭대기 면은 밖으로 확장되어 상기 바운딩 박스(150)의 최대 y 좌표는 OOI₁의 y-좌표와 맞는다. With respect to FIG. 6, the x-coordinate of OOI ₁ is less than the minimum x coordinate of the bounding box 150 (which is essentially a point), so the left side of the bounding box 150 extends outward to extend the bounding box. The minimum x coordinate of 150 fits the x-coordinate of OOI ₁ . Since the y-coordinate of OOI ₁ is greater than the maximum y coordinate of the bounding box 150, the top surface of the bounding box 150 extends outward so that the maximum y coordinate of the bounding box 150 is y of OOI ₁ . -Matches the coordinates.

확장 후 임의 크기의 상기 바운딩 박스(150)가 현재 FOI의 크기를 능가하는지를 결정한다(결정 블록 166). 그렇지않다면, 현재 OOI는 배치가능한 것으로 확인되며(액션 블록 168), 상기 확장된 바운딩 박스는 그 다음 반복을 위한 새로운 바운딩 박스로서 설정될 것이다(액션 블록 172). 이와 대조로, 확장 후 상기 바운딩 박스(150)가 현재 FOI의 크기를 능가한다면, 상기 현재 OOI는 배치가능하지 않은 것으로서 확인되며(액션 블록 170), 상기 확장된 바운딩 박스는 이전의 바운딩 박스(즉, 이전의 바운딩 박스는 그 다음 반복을 위한 새로운 바운딩 박스일 것이다)로 되돌아 갈 것이다.It is determined whether the bounding box 150 of any size after expansion exceeds the size of the current FOI (decision block 166). Otherwise, the current OOI is identified as deployable (action block 168), and the extended bounding box will be set as a new bounding box for the next iteration (action block 172). In contrast, if the bounding box 150 exceeds the size of the current FOI after expansion, then the current OOI is identified as not deployable (action block 170), and the expanded bounding box is the previous bounding box (i.e. Will return to the previous bounding box, which will then be a new bounding box for iterations).

도 8과 관련하여, 그 다음 OOI가 OOI₃로서 도시되어 있다. OOI₃의 x-좌표는 새로운 바운딩 박스(150)의 최대 x-좌표보다 더 크므로, 상기 바운딩 박스(150)의 오른쪽 면은 밖으로 확장되어 상기 바운딩 박스(150)의 최대 x-좌표는 OOI₃의 x-좌표와 맞는다. 도 8에 도시된 바와 같이, OOI₃를 포함하기 위해 확장될 때 상기 새로운 바운딩 박스의 크기는 300㎛ x 100㎛이다. 이 경우, 상기 바운딩 박스의 양쪽 크기는 현재 FOI의 크기보다 더 적으므로, OOI₃는 배치가능한 것으로 확인될 것이며, 상기 확장된 바운딩 박스는 다음 반복을 위한 새로운 바운딩 박스로서 설정될 것이다. 상기 바운딩 박스가 최종적으로 설정되면, 상기 FOI 프로세서(32)는 상기 바운딩 박스(150)의 최소 및 최대 x-좌표의 평균과 동일한 FOI에 x-좌표를 배정함으로써 및 상기 바운딩 박스(150)의 최소 및 최대 y-좌표의 평균과 동일한 FOI에 y-좌표를 배정함으로써 배치된 OOI에 대해 FOI를 용이하게 중심으로 할 수 있다.With reference to FIG. 8, the next OOI is shown as OOI ₃ . Since the x-coordinate of OOI ₃ is greater than the maximum x-coordinate of the new bounding box 150, the right side of the bounding box 150 extends outward so that the maximum x-coordinate of the bounding box 150 is OOI _3. Matches the x-coordinate of. As shown in FIG. 8, the size of the new bounding box is 300 μm × 100 μm when expanded to include OOI ₃ . In this case, since both sizes of the bounding box are smaller than the size of the current FOI, OOI ₃ will be identified as deployable, and the extended bounding box will be set as a new bounding box for the next iteration. Once the bounding box is finally set, the FOI processor 32 assigns an x-coordinate to the same FOI as the average of the minimum and maximum x-coordinates of the bounding box 150 and the minimum of the bounding box 150. And by assigning the y-coordinate to the FOI equal to the average of the maximum y-coordinates, the FOI can be easily centered on the placed OOI.

22개의 모든 FOI가 생성된 후, 상기 FOI 프로세서(32)는 경로 프로세서(34)에 의한 나중 사용을 위해 메모리(36)의 모든 FOI의 x-y 좌표를 저장한다. 특히, 상기 경로 프로세서(34)는 변형된“트래블링 세일즈맨”알고리즘과 같은 적절한 경로 알고리즘을 사용하여 FOI의 x-y 좌표를 나타내는 바, 이는 리뷰잉 스테이션(22) 의 FOI를 제시하기 위한 가장 효과적인 관찰 경로를 결정한다. 상기 경로 프로세서(34)는 이어, 리뷰잉 스테이션(22)에 의한 연속적인 엑세스를 위한 메모리(36)의 FOI의 x-y 좌표를 경로 계획(구체예로서, 관찰될 순서대로 FOI를 리스트함으로써 이루어짐)과 함께 저장한다.After all 22 FOIs have been generated, the FOI processor 32 stores the x-y coordinates of all FOIs in the memory 36 for later use by the path processor 34. In particular, the path processor 34 represents the xy coordinates of the FOI using an appropriate path algorithm, such as a modified “traveling salesman” algorithm, which is the most effective observation path for presenting the FOI of the reviewing station 22. Determine. The route processor 34 then uses the xy coordinates of the FOI of the memory 36 for subsequent access by the reviewing station 22 to the route plan (specifically, by listing the FOIs in the order to be observed) and Save it together.

도 2로 되돌아가 한 구체예로서, 총 3개의 리뷰잉 스테이션(22)은 서버(20)에 결합되어, 세명의 세포검사기사가 상기 서버(20)에 저장된 적절한 정보에 동시에 엑세스한다. 특히, 상기 시스템(10)은 세포검사 기사가 슬라이드를 관찰하는 것보다 훨씬 빠르게 상기 슬라이드(14)를 프로세스할 수 있다. 상기 시스템(10)의 표본 프로세싱 속도가 세포검사 기사의 표본 관찰 속도보다 더 느리지만, 상기 시스템(10)은 하루 24시간 작동할 수 있는 반면, 세포검사 기사는 하루에 8시간만 작업할 것이다. 그러므로, 스크리닝 프로세스의 장애 즉, 슬라이드(14)상에 함유된 생물학적 물질의 상세한 관찰은 사람 수준으로 발생한다. 그러므로, 다수의 리뷰잉 스테이션(22)의 사용은 이러한 장애를 경감시킴으로써 더 효과적인 프로세스를 제공한다.Returning to FIG. 2, in one embodiment, a total of three reviewing stations 22 are coupled to the server 20 so that three cytologists simultaneously access the appropriate information stored in the server 20. In particular, the system 10 can process the slide 14 much faster than the cytographer observes the slide. Although the sample processing speed of the system 10 is slower than the cytology sample viewing rate, the system 10 can operate 24 hours a day, whereas the cytographer will only work 8 hours a day. Therefore, a disturbance of the screening process, ie, detailed observation of the biological material contained on the slide 14 occurs at the human level. Therefore, the use of multiple reviewing stations 22 provides a more effective process by alleviating this obstacle.

리뷰잉 스테이션(22)에 대해 상세히 설명하기 전에, 도 3은 각 리뷰잉 스테이션이 FOI에 대해 중심이 되는 FOV의 예를 도시한다. 도시된 구체예로서, 상기 FOV는 직경이 2.2mm이며, 상기 FOI는 FOV에 의해 외접된 0.4mm x 0.4mm 평방으로 한정된다. 실제적인 구체예로서, 상기 FOI의 경계는 가상적이며 보이지 않으므로, 임의의 OOI에 대한 세포검사 기사의 관찰은 차단되지 않는다. 더 빨리 세포검사 기사의 주의를 FOI에 유도하기 위해 및 상기 FOI의 가상적인 경계에 의해 결합된 정확한 영역을 일반적으로 나타내는 기준을 제공하기 위해, L-모양의 마크 인디케이터(152)가 제공된다. 상기 마크 인디케이터(152)는 FOI를 캡쳐한다(즉, 마크 인디케이터(152)의 개방된 스퀘어 부분(154)은 FOI의 왼쪽 및 바닥면과 경계를 이룬다). 마크 인디케이터(152) 경계 및 FOI의 가상적인 경계사이에 0.05mm 여백이 제공되어 FOI의 왼쪽 및 바닥 경계의 외부로 연장되는 OOI의 일부분(FOI내에 포함되지만 FOI의 왼쪽 또는 바닥 경계 근처를 중심으로 하는 OOI로부터 생성된)은 마크 인디케이터(152)에 의해 차단되지 않는다. 상기 마크 인디케이터(152)는 병리학자의 추가 관찰을 필요로 할 때(예를들면, OOI가 악성 또는 예비-악성 특성을 갖는 경우), 세포검사 기사가 상기 FOI를 전기적으로 마크하게 하는 수단(예를들면, 상기 마크 인디케이터(152)를 전기적으로 채색하는 버튼을 누름으로써)을 제공한다.Before describing the reviewing station 22 in detail, FIG. 3 shows an example of a FOV in which each reviewing station is centered with respect to the FOI. In the illustrated embodiment, the FOV is 2.2 mm in diameter and the FOI is defined by 0.4 mm x 0.4 mm square circumscribed by the FOV. In a practical embodiment, the boundaries of the FOI are imaginary and invisible, so the observation of the cytographer for any OOI is not blocked. L-shaped mark indicators 152 are provided to more quickly direct the attention of the cytologist to the FOI, and to provide a criterion that generally represents the exact region bounded by the virtual boundary of the FOI. The mark indicator 152 captures the FOI (ie, the open square portion 154 of the mark indicator 152 borders the left and bottom surfaces of the FOI). A portion of the OOI that extends outside of the left and bottom boundaries of the FOI, centered within the foI but near the left or bottom boundary of the FOI, is provided with a 0.05 mm margin between the mark indicator 152 boundary and the FOI's imaginary boundary. Generated from the OOI) is not blocked by the mark indicator 152. When the mark indicator 152 requires further observation by a pathologist (e.g., when the OOI has malignant or pre-malignant properties), the means for causing the cytographer to electrically mark the FOI (e.g., For example, by pressing a button for electrically coloring the mark indicator 152).

도 2와 관련하여, 각 리뷰잉 스테이션(22)은 현미경(38) 및 모터라이즈드 스테이지(40)를 포함한다. 상기 슬라이드(14)(이미지 프로세싱 후)는 모터라이즈드 스테이지(40)상에 장착되는 바, 이는 메모리(36)로부터 수득한 FOI의 x-y 좌표의 경로 계획 및 변형을 토대로 현미경(38) 관찰 영역으로 상기 슬라이드(14)를 움직인다. 특히, 이미징 스테이션(18)의 x-y 좌표 시스템에 대해 획득된 이들 x-y 좌표는 상기 슬라이드(14)에 고정된 기준 마크(도 1에 도시됨)를 사용하여 리뷰잉 스테이션(22)의 x-y 좌표 시스템으로 변형될 것이다. 따라서, 리뷰잉 프로세스중의 상기 슬라이드(14)의 x-y 좌표는 이미징 프로세스중의 x-y 좌표와 상호관련됨이 확실하다. 상기 모터라이즈드 스테이지(40)는 이어, 경로 계획에 나타난 바와 같이, FOI의 변형된 x-y 좌표에 따라 이동할 것이다.In connection with FIG. 2, each reviewing station 22 includes a microscope 38 and a motorized stage 40. The slide 14 (after image processing) is mounted on the motorized stage 40, which enters the viewing area of the microscope 38 based on the path planning and modification of the xy coordinates of the FOI obtained from the memory 36. The slide 14 is moved. In particular, these xy coordinates obtained for the xy coordinate system of the imaging station 18 are transferred to the xy coordinate system of the reviewing station 22 using a reference mark (shown in FIG. 1) fixed to the slide 14. Will be modified. Thus, it is certain that the x-y coordinates of the slide 14 during the reviewing process are correlated with the x-y coordinates during the imaging process. The motorized stage 40 will then move according to the modified x-y coordinates of the FOI, as shown in the route plan.

도시된 구체예로서, 한개의 FOI에서 다른 FOI로 진행하기 위해 세포검사 기사는 액티베이션 스위치(도시되지 않음)를 누른다. 이 점에서, 상기 리뷰잉 스테이션(22)은 반-자동이다. 다르게는, 상기 FOI는 한개에서 다른 것으로 자동적으로 진행한다. 이 경우, 상기 모터라이즈드 스테이지(40)는 각 FOI에 대해 예비결정된 시간의 양을 선택적으로 중지할 수 있다. 이 점에서, 상기 리뷰잉 스테이션(22)은 완전 자동이다. In the illustrated embodiment, the cytographer presses an activation switch (not shown) to progress from one FOI to another. In this respect, the reviewing station 22 is semi-automatic. Alternatively, the FOI automatically proceeds from one to the other. In this case, the motorized stage 40 may selectively stop the amount of time predetermined for each FOI. At this point, the reviewing station 22 is fully automatic.

선택된 FOI가 현미경(38)의 FOV에 존재할 때, 세포검사 기사는 FOI를 관찰하며 세포의 비정상의 정도(존재한다면)를 결정한다. 세포검사 기사는 의심되는 임의의 FOI를 전기적으로 표시한다. 세포검사 기사는 이전에 관찰된 FOI로 되돌아갈 수 있으며, FOI가 둘러싸지 않은 슬라이드상의 (관찰)위치로 수동적으로 이동할 수 있다. 상기 슬라이드(14)를 관찰한 후, 세포검사 기사에 의해 임의의 FOI가 표시되어 있다면, 상기 리뷰잉 스테이션(22)은 전체 생물학적 표본(12)을 자동적으로 스캔하여 100% 관찰 커버리지가 확보된다. 세포검사 기사는 슬라이드상의 위치의 재배치 및 엑세스하기 위해 자동스캔를 중지할 수 있으며, 상기 스테이지(40)를 움직일 수 있다.When the selected FOI is in the FOV of the microscope 38, the cytographer looks at the FOI and determines the extent of abnormality of the cell (if present). Cytologists electrically mark any suspected FOI. Cytographers can return to the previously observed FOI and manually move to the (observation) position on the slide that is not surrounded by the FOI. After observing the slide 14, if any FOI is indicated by the cytographer, the reviewing station 22 automatically scans the entire biological specimen 12 to ensure 100% observation coverage. The cytographer can stop the autoscan and move the stage 40 to reposition and access the position on the slide.

Claims

A biological screening system for presenting an object of interest (OOI) located on a microscope slide in a field of interest (FOI) covering a portion of the slide,

An imaging station for obtaining a scanned image of a slide and for generating image data from the scanned image;

Assigning one or more objects of interest (OOI) to each field of interest (FOI) based on filtering of image data and at least partially assigning the objects of interest (OOI) to other fields of interest (FOI) to obtain an object of interest (OOI). One or more processors for; And

An automated or semi-automated microscope to scan the corresponding field of view (FOV) of each field of interest (FOI) to present one or more objects of interest (OOI) of each field of interest (FOI),

The one or more processors,

Successively selecting an object of interest (OOI) not assigned to any field of interest (FOI);

Assign an initially selected object of interest (OOI) to the field of interest (FOI);

Determine whether each successive selected object of interest (OOI) can be placed with the object of interest (OOI) previously assigned to the field of interest (FOI); And

By assigning each placeable object of interest (OOI) to a field of interest (FOI),

Assign one or more objects of interest (OOI) to each field of interest (FOI),

In addition, the one or more processors,

First defining a current boundary comprising the initially selected object of interest (OOI), which boundary is geometrically similar to the field of interest (FOI); And

For each successively selected object of interest (OOI), the current boundary is expanded to include a successively selected object of interest (OOI), each size of the expanded boundary being equal to the corresponding size of the field of interest (FOI). Or, if smaller, by continuously identifying the selected object of interest (OOI) and setting the extended boundary as a new current boundary,

A biological screening system that determines whether each successively selected object of interest (OOI) can be placed with an object of interest (OOI) previously assigned to the field of interest (FOI).

delete

The biological screening system of claim 1, wherein the field of interest (FOI) has a predetermined size.

The biological screening system of claim 1, wherein the number of fields of interest is fixed.

The biological screening system of claim 1, wherein the one or more processors are also centered around each field of interest (FOI) for an initially assigned object of interest (OOI).

2. The biological screening system of claim 1, wherein the one or more processors are also centered around each field of interest (FOI) for a group of interested entities (OOI).

The biological screening system of claim 1, wherein the object of interest (OOI) is a cell.

The biological screening system of claim 1, wherein the one or more processors are also for grading the object of interest (OOI) and the object of interest (OOI) is selected according to the rating of the object of interest (OOI).

The biological screening system of claim 8, wherein the object of interest (OOI) is a cell.

10. The biological screening system of claim 9, wherein the cells are ranked according to the likelihood that the cells are at risk of abnormal disease.

The biological screening system of claim 10, wherein the abnormal disease is malignant or pre-malignant.

delete

The method of claim 1, wherein the field of interest (FOI) is classified into a primary field of interest (FOI) and a secondary field of interest (FOI), and the object of interest (OOI) is a primary object of interest (OOI) and a secondary interest. Classified as an object (OOI), wherein the one or more processors are configured to assign at least one primary interest field (FOI) to each primary interest field (FOI) based at least in part on the assignment of the primary interest object (OOI) to another primary interest field (FOI). Assignment of one or more secondary interests (OOIs) to each secondary interest field (FOI) based on the assignment of objects (OOIs) and at least partially different secondary interest fields (FOIs). Biological Screening System

The processor of claim 13, wherein the one or more processors are

Successively selecting a primary interest object (OOI) that is not assigned to any primary interest field (FOI);

Assign a initially selected primary interest object (OOI) to the primary interest field (FOI);

Determine whether each successively selected primary object of interest (OOI) can be placed with the primary object of interest (OOI) previously assigned to the primary field of interest (FOI);

Identifying each primary interest object (OOI) selected successively as a primary object of interest (OOI) that can be disposed based on the determination; And

Assign one or more primary interest objects (OOI) to each primary interest field (FOI) by assigning each deployable primary interest object (OOI) to the primary interest field (FOI); And

Successively selecting a secondary interest object (OOI) that is not assigned to any secondary interest field (FOI);

Assign a initially selected secondary interest object (OOI) to the secondary interest field (FOI);

Determine whether each successively selected secondary object of interest (OOI) can be placed with a secondary object of interest (OOI) previously assigned to the field of interest (FOI);

Identifying each secondary interest object (OOI) selected in succession as a secondary object of interest (OOI) dispositionable based on the determination; And

A biological screening system that assigns one or more secondary interests (OOIs) to each secondary interest field (FOI) by assigning each deployable secondary interest of interest (OOI) to the secondary interest field (FOI).

The method of claim 13, wherein the one or more processors are also based on the assignment of secondary interests (OOIs) to at least partially different primary interest fields (FOIs) and secondary interest fields (FOIs). Biological screening system for the assignment of one or more secondary interests (OOIs).

The processor of claim 15, wherein the one or more processors are

Assign one or more secondary interests (OOI) to each secondary interest field (FOI) by assigning each deployable secondary interest (OOI) to the secondary interest field (FOI); And

Continuously select a secondary interest object (OOI) that is not assigned to any primary interest field (FOI) or secondary interest field (FOI), the secondary interest object (OOI) being a primary interest object (OOI). Selected next;

Determine whether each successively selected secondary object of interest (OOI) can be placed with a primary or secondary object of interest (OOI) previously assigned to the primary field of interest (FOI);

Identifying each secondary interest object (OOI) selected as a secondary object of interest (OOI) deployable based on the determination; And

A biological screening system that assigns each deployable secondary interest (OOI) to the primary interest field (FOI) by assigning one or more secondary interests (OOI) to each primary interest field (FOI).

14. The method of claim 13, wherein the one or more processors are also configured to at least partially each secondary interest field (FOI) based at least in part on the assignment of a primary interest object (OOI) to a primary interest field (FOI) and another secondary interest field (FOI). Biological screening system for the assignment of one or more primary interests (OOIs).

18. The system of claim 17, wherein the one or more processors are

Successively selecting a primary interest object (OOI) that is not assigned to any primary interest field (FOI) or secondary interest field (FOI), wherein the primary interest object (OOI) is a secondary interest object (OOI). Selected next;

Determine whether each successively selected primary interest object (OOI) can be placed with a primary or secondary interest object (OOI) previously assigned to the secondary interest field (FOI);

Identifying each primary object of interest (OOI) selected as a primary object of interest (OOI) deployable based on the determination; And

A biological screening system that assigns one or more secondary interests (OOIs) to each primary interest field (FOI) by assigning each deployable primary interest of interest (OOI) to the secondary interest field (FOI).

The biological screening system of claim 13, wherein the primary object of interest (OOI) is an individual cell and the secondary object of interest (OOI) is a cluster of cells.