KR100868765B1 - 항생제 내성 박테리아의 표적 서열을 증폭시킬 수 있는프라이머 세트, 박테리아의 표적 서열에 특이적으로혼성화하는 프로브 세트, 상기 프로브 세트가 고정화되어있는 마이크로어레이 및 상기 프로브 세트를 이용하여박테리아의 존재를 검출하는 방법 - Google Patents
항생제 내성 박테리아의 표적 서열을 증폭시킬 수 있는프라이머 세트, 박테리아의 표적 서열에 특이적으로혼성화하는 프로브 세트, 상기 프로브 세트가 고정화되어있는 마이크로어레이 및 상기 프로브 세트를 이용하여박테리아의 존재를 검출하는 방법 Download PDFInfo
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Abstract
본 발명은 항생제 내성 박테리아의 표적 서열을 증폭시킬 수 있는 프라이머 세트, 상기 박테리아의 표적 서열에 특이적으로 혼성화하는 프로브 세트, 상기 프로브 세트가 고정화되어 있는 마이크로어레이 및 상기 프로브 세트를 이용하여 항생제 내성 박테리아의 존재를 검출하는 방법을 제공한다.
프라이머, 프로브, 항생제 내성
Description
도 1은 5개 표적 서열을 단일 및 다중 PCR에 의하여 증폭한 결과를 나타내는 도면이다.
도 2는 21개 표적 서열을 단일 및 다중 PCR에 의하여 증폭한 결과를 나타내는 도면이다.
도 3a 및 b는 상기 21개 세트를 모두 포함하는 프라이머 세트를 프라이머로 사용하고, 특정한 항생제 내성 박테리아 종의 게놈 DNA를 주형으로 한 PCR을 통하여 증폭된 산물을, 표 7에 나타낸 바와 같은 특이적인 올리고뉴클레오티드 프로브 레이아웃을 갖는 마이크로어레이 상에 혼성화한 결과를 나타내는 도면이다.
도 3c는 상기 5개 세트를 모두 포함하는 프라이머 세트를 프라이머로 사용하 고, 특정한 항생제 내성 박테리아 종의 게놈 DNA를 주형으로 한 PCR을 통하여 증폭된 산물을, 표 8에 나타낸 바와 같은 특이적인 올리고뉴클레오티드 프로브 레이아웃을 갖는 마이크로어레이 상에 혼성화한 결과를 나타내는 도면이다.
본 발명은 항생제 내성을 갖는 박테리아의 표적 서열을 증폭시킬 수 있는 프라이머 세트, 항생제 내성을 갖는 박테리아의 표적 서열에 특이적으로 혼성화하는 프로브 세트, 상기 프로브 세트가 고정화되어 있는 마이크로어레이 및 상기 프로브 세트를 이용하여 항생제 내성을 갖는 박테리아의 존재를 검출하는 방법에 관한 것이다.
종래 호흡기 질환과 관련되는 박테리아를 검출하기 위한 프로브가 알려져 있었다. 예를 들면, 미국특허 제5,830,654호에는 약 14 내지 18 뉴클레오티드의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae)를 위한 혼성화 분석용 프로브가 개시되어 있다. 미국특허 제5,525,718호에는 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus)의 특정한 유전자 (예, entE)에 선택적으로 혼성화하는 올리고뉴클레오티드가 개시되어 있다. 또한, 미국특허 제6,001,564호에는 각 에세리리키아 콜리 (Escherichia coli), 클렙시엘라 뉴모니아 (Klebsiella pneumoniae), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 프로테우스 미라빌리스 (Proteus mirabilis), 스트렙토코커스 뉴모니아 (Streptococcus pneumoniae), 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus), 스타필로코커스 에피데미스 (Staphylococcus epidermis), 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae) 및 모락셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis)에 특이적 프라이머 또는 프로브가 개시되어 있다.
상기한 바와 같은 종래 기술에 의하더라도 호흡기 질환과 관련되는 것으로 알려진 항생제 내성을 갖는 박테리아의 항생제 내성 부여 유전자의 표적 서열을 증폭할 수 있는 프라이머 세트는 개시된 바 없다. 또한, 이들 표적 서열에 대하여 특이적인 프로브는 개시된 바 없다.
뉴클레오티드로 구성된 핵산의 2개의 단일가닥은 혼성화하여 이중나선 구조를 형성하는데, 반대 방향으로 달리는 상기 2개의 폴리뉴클레오티드는 매치되는 "염기" 쌍 사이의 수소 결합에 의하여 결합되어 있다. 핵산의 제1 단일 가닥이 제2 단일가닥에 충분하게 상보적인 경우 상기 2개의 가닥은 혼성화를 촉진하는 조건하에서 결합하여, 이중 가닥 핵산이 얻어진다. 적절한 조건 하에서, DNA/DNA, RNA/DNA 또는 RNA/RNA 혼성체가 형성될 수 있다.
넓게는, 2개의 기본적 핵산 혼성화 과정이 있다. 하나는 "용액 중 (in solution)" 혼성화로 알려져 있으며, "프로브" 핵산 서열과 시험 시료로부터의 핵산 분자는 용액 중에 유리되어 있다. 다른 방법은, 상기 시료 핵산이 보통은 고체 기판에 고정화되어 있고, 프로브 서열은 용액 중에 유리되어 있다.
프로브는 검출될 핵산 서열 ("표적 서열")에 어떤 특정한 정도로 상보적인 단일가닥 핵산 서열일 수 있다. 프로브는 표지되어 있을 수 있다. 특정한 핵산 서 열의 검출을 위한 과정으로서 핵산 혼성화를 사용하는 것에 대한 사항은 미국특허 제4,851,330호 및 제5,288,611호에 개시되어 있으며, 그 전체 내용은 원용에 의하여 본 명세서에 포함되어진다.
본 발명의 목적은 항생제 내성을 갖는 박테리아의 표적 서열을 증폭할 수 있는 프라이머 세트를 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 본 발명의 프라이머 세트를 이용하여 증폭된 표적 서열에 특이적인, 항생제 내성 박테리아 중 하나 이상을 검출하기 위한 프로브 세트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 본 발명의 프로브 세트가 고정화되어 있는 마이크로어레이를 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 상기 프라이머 세트를 이용하여 항생제 내성을 갖는 박테리아 중 하나 이상을 동시에 검출하는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명은 서열번호 1의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 2의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 3의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성 되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 4의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 5의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 6의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 7의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 8의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드세트로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 9의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 10의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 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본 발명에 있어서, Spn은 스트렙토코커스 뉴모니애 (Streptococcus pneumoniae), Pae는 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), Sau는 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus), Kpn은 클렙시엘라 뉴모니애 (Klebsiella pneumoniae), Aba는 아시네토박터 바우마니 (Acinetobacter baumannii), Eco는 에세리키아 콜리 (Escherichia coli), Ecl은 엔테로박터 클로아케 (Enterobacter cloacae), Eae는 엔테로박터 에어로젠스 (Enterobacter aerogenes)를 나타낸다.
본 발명의 일 구체예는, 본 발명의 프라이머 세트에 있어서 상기 표적 서열은 aataph의 425번 내지 890번 뉴클레오티드 영역, ant의 343번 내지 722번 뉴클레오티드 영역, aph의 1618번 내지 2081번 뉴클레오티드 영역, CMY1의 256번 내지 449번 뉴클레오티드 영역, CMY2의 508번 내지 738번 뉴클레오티드 영역, CTX1의 55번 내지 571번 뉴클레오티드 영역, CTX2의 346번 내지 688번 뉴클레오티드 영역, DHA의 630번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역, IMP의 361번 내지 639번 뉴클레오티드 영역, OXA의 436번 내지 865번 뉴클레오티드 영역, PER의 370번 내지 559번 뉴클레오티드 영역, SHV의 116번 내지 336번 뉴클레오티드 영역, TEM의 425번 내지 783번 뉴클레오티드 영역, VIM의 572번 내지 848번 뉴클레오티드 영역, ermA의 138번 내지 597번 뉴클레오티드 영역, ermB의 127번 내지 390번 뉴클레오티드 영역, ermC의 40번 내지 290번 뉴클레오티드 영역, mef의 46번 내지 288번 뉴클레오티드 영역, mecA의 2933번 내지 3216번 뉴클레오티드 영역, Spn pbp2b의 294번 내지 975번 뉴클레오티드 영역, Pae gyrA의 399번 내지 703번 뉴클레오티드 영역, Sau gyrA의 164번 내지 317번 뉴클레오티드 영역, Sau parC의 38번 내지 497번 뉴클레오티드 영역, Sau parE의 1166번 내지 1501번 뉴클레오티드 영역, vanA의 106번 내지 442번 뉴클레오티드 영역, 및 vanB의 847번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역으로 이루어진 것이다. 본 발명에 있어서, 영역을 나타내는 데 사용된 숫자는 5' 말단으로부터의 위치를 의미한다.
본 발명의 일 구체예는, 본 발명의 프라이머 세트에 있어서 서열번호 1 및 서열번호 2의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 3 및 서열번호 4의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 5 및 서열번호 6의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 7 및 서열번호 8의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 9 및 서열번호 10의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 11 및 서열번호 12의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 13 및 서열번호 14의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 15 및 서열번호 16의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 17 및 서열번호 18의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 19 및 서열번호 20의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 21 및 서열번호 22의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 23 및 서열번호 24의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 25 및 서열번호 26의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 27 및 서열번호 28의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 29 및 서열번호 30의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 31 및 서열번호 32의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 33 및 서열번호 34의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 35 및 서열번호 36의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 37 및 서열번호 38의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 39 및 서열번호 40의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 41 및 서열번호 42의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 43 및 서열번호 44의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 45 및 서열번호 46의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 47 및 서열번호 48의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 49 및 서열번호 50의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 및 서열번호 51 및 서열번호 52의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트;로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 세트를 포함하는, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB 중의 하나 이상의 표적 서열을 증폭하기 위한 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트이다.
본 발명의 일 구체예는, 본 발명의 프라이머 세트에 있어서 서열번호 1 및 서열번호 2의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 3 및 서열번호 4의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 5 및 서열번호 6의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 7 및 서열번호 8의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 9 및 서열번호 10의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 11 및 서열번호 12의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 13 및 서열번호 14의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 15 및 서열번호 16의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 17 및 서열번호 18의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 19 및 서열번호 20의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 21 및 서열번호 22의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 23 및 서열번호 24의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 25 및 서열번호 26의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 27 및 서열번호 28의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 29 및 서열번호 30의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 31 및 서열번호 32의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레 오티드 세트; 서열번호 33 및 서열번호 34의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 35 및 서열번호 36의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 37 및 서열번호 38의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 39 및 서열번호 40의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 41 및 서열번호 42의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 43 및 서열번호 44의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 45 및 서열번호 46의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 47 및 서열번호 48의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 49 및 서열번호 50의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 및 서열번호 51 및 서열번호 52의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트;를 포함하는, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 표적 서열을 증폭하기 위한 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트이다.
본 발명의 프라이머 세트는 항생제 내성 박테리아의 항생제 내성을 부여하는 유전자의 영역으로부터 제작되었다. 상기 항생제 내성 박테리아에는 Spn, Sau, Kpn, Mca, Hin, Kpn, Eco, Pae, Mpn, Cpn 및 Lpn가 포함된다. 그러나, 상기 항생제 내성을 부여하는 유전자는 일반적으로 플라스미드를 통하여 종과 종 사이에서 전달될 수 있으며, 그 전달에 의하여 상기 항생제 내성 유전자가 도입된 박테리아는 항 생제 내성을 갖게 되기 때문에, 상기 항생제 내성 박테리아가 상기한 예에 한정되는 것은 아니다. 종래 알려진 항생제 내성 박테리아 종 및 그에 의하여 발현되는 항생제 내성을 부여하는 유전자는 표 1 및 2에 나타낸 바와 같다.
표 1.
| 항생제 내성 균 | 감수성 약재 | 내성약재 | 주 |
| Spn | 페니실린, 카바페넴, 제3세대 세파계, 반코마이신 | 아미노글리코시드, 신규 퀴놀론(일부) | 페니실린에 대한 내성이 증가되고 있음 |
| 메시실린 감수성 Sau | 페니실린, 카바페넴, 반코마이신, 마크롤리드, 아미노글리코시드 | 구 퀴놀론, 제3세대 세파계, 모노락탐 | 마크롤리드약은 고도의 에리스로마이신 유도 내성균이 있다. |
| 메시실린 저항성 Sau(MRSA) | 반코마이신, 알베카인, 리팜피신(일부 고도내성) | 베타 락탐, 마크롤리드, 아미노글리코시드 | 미노사이클린, 카바페넴에도 내성균이 많다. |
| 모락셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis) | 신규 퀴놀론, 카바페넴, 마크롤리드, 베타-락탐마제 저해제를 배합한 베타 락탐 | 페니실린 G | 베타 락타마제 생성균이 약 90%를 차지함. |
| Hin | 페니실린, 신규 퀴놀론, 제2, 3세대 세파계, 아목시실린/클라불라네이트 | 마크롤리드 | 베타 락타마제 생성균이 약 15% 나타난다. |
| Kpn | 페니실린, 신규 퀴놀론, 아미노글리코시드 (겐타미신 등) | 페니실린, 마크롤리드, 테트라사이클린 | 페니실리나제를 생산하므로 페니실린 내성 |
| Eco | 세페넴, 카바페넴, 신규 퀴놀론, 겐타미신 | 마크롤리드 | - |
| Pae | 피페라실린, 세프타지딤, 겐타미신, 신규 퀴놀론 | 마크롤리드, 암피실린, 테트라사이클린 | 활성을 나타내는 약제는 한정되어 있다. |
| Mpn | 테트라사이클린, 마크롤리드, 신규 퀴놀론(일부) | 베타-락탐계 | - |
| Cpn | 테트라사이클린, 마크롤리드, 신규 퀴놀론(일부) | 베타-락탐계, 아미노글리코시드 | - |
| Lpn | 마크롤리드 (에리스로마이신), 테트라사이클린, 리팜피신 | 베타-락탐계, 아미노글리코시드 | - |
표 2.
| 항생제 분류 | 분자적 검출 | 항생제 내성 균 | 표적 유전자 | 발생빈도 | 참조문헌 |
| 아미노글리코시드 | 유전자 유무확인 | Sau, Spn, Kpn, Pae, Aba, Eco, Ecl Eae | aat/aph ant aph | 78% 45% 50% | J Korean Med. Sci 2003;18:631-6 |
| 베타 락탐 | 유전자 유무확인 | Kpn, Pae, Aba, Eco, Ecl, Eae | CMY-1, CMY-2, CTX-1, CTX-2, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, DHA | 국내출현빈도 100% | J. of antimicrobial Chemotherapy(2004)54,634-639, FEMS Microbiology letters 245(2005)93-98 |
| 퀴놀론계 | 아미노산 변화확인 | Sau Kpn Pae | gyrA parC parE | 98%(Pae),95%(Sau) 86%(Sau) 71%(Sau) | Antimicrobial agents and Chemotherapy Feb, 1999,p.406-409 |
| 메시실린 | 유전자 유무확인 | Sau | mecA | 98% | |
| 페니실린 | 아미노산 변화확인 | Spn | PBP2b | 99% | J. clin. Microbiol.34:592-596 |
| 반코마이신 | 유전자 유무확인 | Sau, Ecl Eae | VanA, VanB | 100% | |
| 에리스로마이신 | 유전자 유무확인 | Sau, Ecl, Eae | ermA, ermB, ermC, mef | 100% |
표 1과 2에 나타낸 상기 항생제 대하여는 내성을 부여하는 유전자 aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB는 각각 순서대로 서열번호 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180 및 181의 뉴클레오티드 서열을 갖는 유전자일 수 있다. 상기 서열 번호 156 내지 181의 뉴클레오티드 서열을 갖는 유전자는 동일한 기능을 갖는 여러 유전자의 표준화된 서열이다.
본 발명의 프라이머 세트를 사용하여 PCR하는 경우, 증폭할 수 있는 표적 서열 영역은 aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB는 각각 순서대로 서열번호 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180 및 181의 뉴클레오티드 서열을 기준으로, 상기 표적 서열은 aataph의 425번 내지 890번 뉴클레오티드 영역, ant의 343번 내지 722번 뉴클레오티드 영역, aph의 1618번 내지 2081번 뉴클레오티드 영역, CMY1의 256번 내지 449번 뉴클레오티드 영역, CMY2의 508번 내지 738번 뉴클레오티드 영역, CTX1의 55번 내지 571번 뉴클레오티드 영역, CTX2의 346번 내지 688번 뉴클레오티드 영역, DHA의 630번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역, IMP의 361번 내지 639번 뉴클레오티드 영역, OXA의 436번 내지 865번 뉴클레오티드 영역, PER의 370번 내지 559번 뉴클레오티드 영역, SHV의 116번 내지 336번 뉴클레오티드 영역, TEM의 425번 내지 783번 뉴클레오티드 영역, VIM의 572번 내지 848번 뉴클레오티드 영역, ermA의 138번 내지 597번 뉴클레오티드 영역, ermB의 127번 내지 390번 뉴클레오티드 영역, ermC의 40번 내지 290번 뉴클레오티드 영역, mef의 46번 내지 288번 뉴클레오티드 영역, mecA의 2933번 내지 3216번 뉴클레오티드 영역, Spn pbp2b의 294번 내지 975번 뉴클레오티드 영역, Pae gyrA의 399번 내지 703번 뉴클레오티드 영역, Sau gyrA 의 164번 내지 317번 뉴클레오티드 영역, Sau parC의 38번 내지 497번 뉴클레오티드 영역, Sau parE의 1166번 내지 1501번 뉴클레오티드 영역, vanA의 106번 내지 442번 뉴클레오티드 영역, 및 vanB의 847번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역일 수 있다.
항생제 유형에 따른 작용기작은 다음과 같다.
표 3.
| 항생제 유형 | 작용 기작 | 주요 저항기작 |
| 베타 락탐 | PBP(펩티도글리칸 합성) 불활성화 | 베타 락타마제 저 친화성 PBP 감소된 수송 |
| 글리코펩티드 | 펩티도글리칸 전구체에 결합 | 전구체 변형 |
| 아미노글리코시드 | 단백질 합성 저해 (30S 서브유니트에 결합) | 변형시키는 효소 (아데닐 또는 PO4 첨가) |
| 마크롤리드 | 단백질 합성 저해 (30S 서브유니트에 결합) | rRNA 메틸화 배출 펌프(efflux pumps) |
| 퀴놀론계 | 토포이소머라제 저해(DNA 합성) | 변화된 표적 효소 배출 펌프 |
상기 아미노글리코시드계 항생제에는 아미카신 (amikacin)이 포함된다. 베타 락탐계 항생제에는, 세파클로르 (cefaclor), 세프로질 (cefprozil), 세푸록심 (cefuroxime), 세픽심 (cefixime), 세팍심 (cefotaxime), 세포독신 (cefpodoxine),세프타지딤 (ceftazidime), 세프티족심 (ceftizoxime), 세프트리아옥손 (ceftriaxone), 세페핌 (cefepime), 이미페넴-실라스틴 (imipenem-cilastatin), 메로페넴 (meropenem), 아즈트레오남 (aztreonam), 페니실린 등이 포함된다. 퀴놀론계 항생제에는 시프로플록사신(Ciprofloxacin), 가티플록사신(Gatifloxacin), 제미플록사신 (gemifloxacin), 레보플록사신 (levofloxacin), 목시플록사신 (moxifloxacin), 노르플록사신 (norfloxacin), 오플록사신 (ofloxacin)이 포함된 다. 에리스로마이신 계 항생제에는 에리스로마이신이 포함된다. 반코마이신 계 항생제에는 반코마이신이 포함된다.
본 발명의 프라이머 세트는 상기 11종의 항생제 내성 박테리아 즉, Spn, Sau, Kpn, Mca, Hin, Kpn, Eco, Pae, Mpn, Cpn 및 Lpn에서 발현되는 각 항생제 내성을 코딩하는 유전자 내의 표적 서열로 구성된다. 바람직한 프라이머 세트의 일 예 및 그에 의하여 증폭되는 표적 서열 구간은 하기 표 4에 나타낸 바와 같다.
표 4. 본 발명의 프라이머 세트의 일 예 및 그에 의하여 증폭되는 표적 구간
| 항생제 내성 유전자 | 프라이머 (서열번호) | 증폭구간 |
| aataph | 1 | 425번 내지 890번 뉴클레오티드 |
| 2 | ||
| ant | 3 | 343번 내지 722번 뉴클레오티드 |
| 4 | ||
| aph | 5 | 1618번 내지 2081번 뉴클레오티드 |
| 6 | ||
| CMY1 | 7 | 256번 내지 449번 뉴클레오티드 |
| 8 | ||
| CMY2 | 9 | 508번 내지 738번 뉴클레오티드 |
| 10 | ||
| CTX1 | 11 | 55번 내지 571번 뉴클레오티드 |
| 12 | ||
| CTX2 | 13 | 346번 내지 688번 뉴클레오티드 |
| 14 | ||
| DHA | 15 | 630번 내지 1045번 뉴클레오티드 |
| 16 | ||
| IMP | 17 | 361번 내지 639번 뉴클레오티드 |
| 18 | ||
| OXA | 19 | 436번 내지 865번 뉴클레오티드 |
| 20 | ||
| PER | 21 | 370번 내지 559번 뉴클레오티드 |
| 22 | ||
| SHV | 23 | 116번 내지 336번 뉴클레오티드 |
| 24 | ||
| TEM | 25 | 425번 내지 783번 뉴클레오티드 |
| 26 | ||
| VIM | 27 | 572번 내지 848번 뉴클레오티드 |
| 28 | ||
| ermA | 29 | 138번 내지 597번 뉴클레오티드 |
| 30 | ||
| ermB | 31 | 127번 내지 390번 뉴클레오티드 |
| 32 | ||
| ermC | 33 | 40번 내지 290번 뉴클레오티드 |
| 34 |
표 4(계속)
| 항생제 내성 유전자 | 프라이머 (서열번호) | 증폭구간 |
| mef | 35 | 46번 내지 288번 뉴클레오티드 |
| 36 | ||
| mecA | 37 | 2933번 내지 3216번 뉴클레오티드 |
| 38 | ||
| Spn pbp2b | 39 | 294번 내지 975번 뉴클레오티드 |
| 40 | ||
| Pae gyrA | 41 | 399번 내지 703번 뉴클레오티드 |
| 42 | ||
| Sau gyrA | 43 | 164번 내지 317번 뉴클레오티드 |
| 44 | ||
| Sau parC | 45 | 38번 내지 497번 뉴클레오티드 |
| 46 | ||
| Sau parE | 47 | 1166번 내지 1501번 뉴클레오티드 |
| 48 | ||
| vanA | 49 | 106번 내지 442번 뉴클레오티드 |
| 50 | ||
| vanB | 51 | 847번 내지 1045번 뉴클레오티드 |
| 52 |
본 발명은 또한,
서열번호 53 내지 55로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, aataph의 425번 내지 890번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 56 내지 57로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ant의 343번 내지 722번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 58 내지 59로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, aph의 1618번 내지 2081번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 60 내지 61로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CMY1의 256번 내지 449번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 62 내지 64로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CMY2의 508번 내지 738번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 65 내지 66로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CTX1의 55번 내지 571번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 67 내지 68로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CTX2의 346번 내지 688번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 69 내지 70로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, DHA의 630번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 71 내지 73으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, IMP의 361번 내지 639번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 74 내지 75로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, OXA의 436번 내지 865번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 76 내지 77로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, PER의 370번 내지 559번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 78 내지 79로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, SHV의 116번 내지 336번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 80 내지 81로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, TEM의 425번 내지 783번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 82 내지 83로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, VIM의 572번 내지 848번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 84 내지 85로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermA의 138번 내지 597번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 86 내지 87로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermB의 127번 내지 390번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 88 내지 92로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermC의 40번 내지 290번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 93 내지 95로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, mef의 46번 내지 288번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 96 내지 101로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, mecA의 2933번 내지 3216번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 102 내지 103로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, vanA의 106번 내지 442번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 104 내지 105로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, vanB의 847번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 106,108,110,112,114,116,118,120,및 122로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Pae 야생형 gyrA의 399번 내지 703번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 124,126,128,및 130로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서 열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 gyrA의 164번 내지 317번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 132,134, 및 136로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 parC의 38번 내지 497번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 138,및 140로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 parE의 1166번 내지 1501번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브; 및
서열번호 142,144,146,148 및 150으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Spn 야생형 pbp2b의 294번 내지 975번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;로 이루어진 군으로부터 선택된, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 하나 이상의 표적 서열의 존재 또는 부존재를 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트를 제공한다.
본 발명의 일 구체예는, 본 발명의 프로브 또는 프로브 세트에 있어서 서열번호 53 내지 55의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, aataph의 425번 내지 890번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 56 내지 57의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ant의 343번 내지 722번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 58 내지 59의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, aph의 1618번 내지 2081번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 60 내지 61의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CMY1의 256번 내지 449번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 62 내지 64의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CMY2의 508번 내지 738번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 65 내지 66의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CTX1의 55번 내지 571번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 67 내지 68의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CTX2의 346번 내지 688번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 69 내지 70의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, DHA의 630번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 71 내지 73의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, IMP의 361번 내지 639번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 74 내지 75의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, OXA의 436번 내지 865번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 76 내지 77의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, PER의 370번 내지 559번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 78 내지 79의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, SHV의 116번 내지 336번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 80 내지 81의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, TEM의 425번 내지 783번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 82 내지 83의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, VIM의 572번 내지 848번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 84 내지 85의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermA의 138번 내지 597번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 86 내지 87의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermB의 127번 내지 390번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 88 내지 92의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermC의 40번 내지 290번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 93 내지 95의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, mef의 46번 내지 288번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 96 내지 101의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, mecA의 2933번 내지 3216번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 102 내지 103의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, vanA의 106번 내지 442번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 104 내지 105의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, vanB의 847번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 106,108,110,112,114,116,118,120,및 122의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Pae 야생형 gyrA의 399번 내지 703번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 124,126,128,및 130의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 gyrA의 164번 내지 317번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 132,134, 및 136의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 parC의 38번 내지 497번 뉴클레오티드 영역에 혼 성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 138,및 140의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 parE의 1166번 내지 1501번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브; 및
서열번호 142,144,146,148,150,152 및 154의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Spn 야생형 pbp2b의 294번 내지 975번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;로 이루어진 군으로부터 선택된, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 하나 이상의 표적 서열의 존재 또는 부존재를 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트이다.
본 발명의 일 구체예는, 본 발명의 프로브 또는 프로브 세트에 있어서 서열번호 53 내지 55의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, aataph의 425번 내지 890번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 56 내지 57의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ant의 343번 내지 722번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 58 내지 59의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, aph의 1618번 내지 2081번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 60 내지 61의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CMY1의 256번 내지 449번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 62 내지 64의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CMY2의 508번 내지 738번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 65 내지 66의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CTX1의 55번 내지 571번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 67 내지 68의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CTX2의 346번 내지 688번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 69 내지 70의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, DHA의 630번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 71 내지 73의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, IMP의 361번 내지 639번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 74 내지 75의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, OXA의 436번 내지 865번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 76 내지 77의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, PER의 370번 내지 559번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 78 내지 79의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, SHV의 116번 내지 336번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 80 내지 81의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, TEM의 425번 내지 783번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 82 내지 83의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, VIM의 572번 내지 848번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 84 내지 85의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermA의 138 번 내지 597번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 86 내지 87의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermB의 127번 내지 390번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 88 내지 92의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermC의 40번 내지 290번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 93 내지 95의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, mef의 46번 내지 288번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 96 내지 101의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, mecA의 2933번 내지 3216번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 102 내지 103의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, vanA의 106번 내지 442번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 104 내지 105의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, vanB의 847번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 106,108,110,112,114,116,118,120,및 122의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Pae 야생형 gyrA의 399번 내지 703번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 124,126,128,및 130의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 gyrA의 164번 내지 317번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 132,134, 및 136의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 parC의 38번 내지 497번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 138,및 140의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 parE의 1166번 내지 1501번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브; 및
서열번호 142,144,146,148,150,152 및 154의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Spn 야생형 pbp2b의 294번 내지 975번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;로 이루어진 군으로부터 선택된, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 하나 이상의 표적 서열의 존재 또는 부존재를 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트이다.
본 발명의 일 구체예는, 본 발명의 프로브 또는 프로브 세트에 있어서 서열번호 107,109,111,113,115,117,119,121,및 123로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Pae 돌연변이형 gyrA의 399번 내지 703번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 125,127,129,및 131로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 gyrA의 164번 내지 317번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 133,135, 및 137로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 parC의 38번 내지 497번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 139,및 141로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 parE의 1166번 내지 1501번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브; 및
서열번호 143,145,147,149,151,153 및 155로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Spn 돌연변이형 pbp2b의 294번 내지 975번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;로 이루어진 군으로부터 선택된 Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 유전자의 하나 이상의 상기 항생제 내성 활성 상실 돌연변이 유전자에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트를 더 포함하는, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 하나 이상의 표적 서열의 존재 또는 부존재를 검출하 기 위한 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트이다.
본 발명의 일 구체예는, 본 발명의 상기 프로브 또는 프로브 세트에 있어서 서열번호 107,109,111,113,115,117,119,121,및 123의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Pae 돌연변이형 gyrA의 399번 내지 703번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 125,127,129,및 131의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 gyrA의 164번 내지 317번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 133,135, 및 137의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 parC의 38번 내지 497번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 139,및 141의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 parE의 1166번 내지 1501번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브; 및
서열번호 143,145,147,149,151,153 및 155의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Spn 돌연변이형 pbp2b의 294번 내지 975번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;로 이루어진 군으로부터 선택된 Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 유전자의 하나 이상의 상기 항생제 내성 활성 상실 돌연변이 유전자에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트를 더 포함하는, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 하나 이상의 표적 서열의 존재 또는 부존재를 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트이다.
본 발명의 일 구체예는, 본 발명의 프로브 또는 프로브 세트에 있어서, 서열번호 107,109,111,113,115,117,119,121,및 123의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Pae 돌연변이형 gyrA의 399번 내지 703번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 125,127,129,및 131의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 gyrA의 164번 내지 317번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 133,135, 및 137의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그 의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 parC의 38번 내지 497번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;
서열번호 139,및 141의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 parE의 1166번 내지 1501번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브; 및
서열번호 143,145,147,149,151,153 및 155의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Spn 돌연변이형 pbp2b의 294번 내지 975번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;로 이루어진 군으로부터 선택된 Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 유전자의 상기 항생제 내성 활성 상실 돌연변이 유전자에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트를 더 포함하는, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 하나 이상의 표적 서열의 존재 또는 부존재를 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트이다.
본 발명의 프로브 세트는 각각 본 발명의 프라이머 세트를 프라이머로 사용한 PCR을 통하여 증폭된 PCR 산물로서, 항생제 내성 박테리아에서 발현되는 항생제 내성 부여 유전자의 표적 영역에 특이적으로 결합한다. 따라서, 본 발명의 프로브 세트는 항생제 내성을 갖는 박테리아 중에서 항생제 대한 내성을 갖는 박테리아를 구별할 수 있다. 본 발명의 프로브 세트는 항생제 내성을 갖는 박테리아 중에서, 아미노글리코시드계, 베타락탐, 에리스로마이신, 메시실린, 페니실린, 퀴놀론, 및 반코마이신에 대하여 내성을 갖는 박테리아 및 그에 관련된 유전자를 탐색하고, 각 국가별로 그 출현빈도를 조사하여 빈도가 높은 것을 표적 서열로서 선택하고 프라이머 및 프로브를 선발하였다.
본 명세서에 있어서, "프로브"란 상보적인 단일가닥 표적 서열과 조합하여 이중가닥 이중가닥 분자 (혼성체)를 형성하는 단일가닥 핵산 서열을 말한다.
본 명세서에 있어서, "혼성화"란 핵산의 2개의 상보적 가닥이 조합하여 이중가닥 분자 (혼성체)를 형성하는 과정을 말한다.
또한, 본 명세서에 있어서, "엄격도 (stringency)"란 혼성화 및 그후의 처리 단계 동안 존재하는 온도 및 용매 조성을 기술하기 위하여 사용되는 용어이다. 높은 엄격도 조건하에서는 고도로 상동적인 핵산 혼성체가 형성될 것이다. 즉, 충분한 정도의 상보성이 없는 혼성체는 형성되지 않을 것이다. 따라서, 분석 조건의 엄격도는 혼성체를 형성하는 2 핵산 가닥 사이에 필요한 상보성의 양을 결정한다. 엄격도는 표적과 비표적 핵산과 형성된 혼성체 사이의 안정성의 차이를 최대화하기 위하여 선택된다.
본 발명은 또한, 본 발명에 따른 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트가 고정화되어 있는 기판을 갖는 마이크로어레 이를 제공한다.
본 발명의 마이크로어레이에 있어서, "마이크로어레이"란 기판 상에 폴리뉴클레오티드의 그룹이 높은 밀도로 고정화되어 있는 것으로서, 상기 폴리뉴클레오티드 그룹은 각각 일정한 영역에 고정화되어 있는 마이크로어레이를 의미한다. 이러한 마이크로어레이는 당업계에 잘 알려져 있다. 마이크로어레이에 관하여는 예를 들면, 미국특허 제5,445,934호 및 제5,744,305호에 개시되어 있으며, 이들 특허의 내용은 참조에 의하여 본 명세서에 포함되어진다. 상기 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트에 대하여는 상기한 바와 같다.
본 발명은 또한,
시료를 본 발명에 따른 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트와 접촉시켜 상기 시료 중의 표적 서열과 프로브 서열을 혼성화시키는 단계; 및
상기 프로브와 시료 중의 표적 서열 사이의 혼성화 정도를 검출하는 단계를 포함하는, 아미노글리코시드, 베타락탐, 에리스로마이신, 메시실린, 반코마이신, 및 퀴놀론계 항생제 중 어느 하나 이상에 대하여 내성을 갖는 박테리아의 존재를 검출하는 방법을 제공한다.
본 발명의 일 구체예는, 본 발명의 방법에 있어서 상기 혼성화 결과, aataph, ant 및 aph로 이루어진 군으로부터 선택된 하나이상의 유전자가 존재하는 것으로 결정되는 경우에는 아미노글리코시드계 항생제에 대하여 내성을 갖는 박테리아가 존재하는 것으로 결정하고,
CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, 및 VIM로 이루어진 군으로부터 선택된 하나이상의 유전자가 존재하는 것으로 결정되는 경우에는 베타 락탐계 항생제에 대하여 내성을 갖는 박테리아가 존재하는 것으로 결정하고,
ermA, ermB, ermC, 및 mef로 이루어진 군으로부터 선택된 하나이상의 유전자가 존재하는 것으로 결정되는 경우에는 에리스로마이신 항생제에 대하여 내성을 갖는 박테리아가 존재하는 것으로 결정하고,
mecA가 존재하는 것으로 결정되는 경우에는 메시실린 항생제에 대하여 내성을 갖는 박테리아가 존재하는 것으로 결정하고,
vanA, 및 vanB로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자가 존재하는 것으로 결정되는 경우에는 반코마이신 항생제에 대하여 내성을 갖는 박테리아가 존재하는 것으로 결정하고,
돌연변이형의 Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, 및 Spn pbp2b로 이루어진 군으로부터 선택된 하나이상의 유전자가 존재하는 것으로 결정되는 경우에는 퀴놀론계 항생제에 대하여 내성을 갖는 박테리아가 존재하는 것으로 결정하는 것인, 아미노글리코시드, 베타락탐, 에리스로마이신, 메시실린, 반코마이신, 및 퀴놀론계 항생제 중 어느 하나 이상에 대하여 내성을 갖는 박테리아의 존재를 검출하는 방법이다.
본 발명의 일 구체예는, 본 발명의 방법에 있어서 상기 혼성화 결과, 돌연변이형의 Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE,및 Spn pbp2b로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자가 존재하는 것으로 결정되는 경우에는 퀴놀론계 항생제에 대하여 내성을 갖는 박테리아가 존재하지 않는 것으로 결정하는 것인, 아미노글리코시드, 베타락탐, 에리스로마이신, 메시실린, 반코마이신, 및 퀴놀론계 항생제 중 어느 하나 이상에 대하여 내성을 갖는 박테리아의 존재를 검출하는 방법이다. 여기에서, 상기 돌연변이는 서열번호 106 내지 155의 프로브에 나타나 있는 바와 같은, 돌연변이를 의미한다 (표 5 참조).
본 발명의 방법에 있어서, 상기 항생제 내성 박테리아는 Spn, Sau, Kpn, Mca, Hin, Kpn, Eco, Pae, Mpn, Cpn 및 Lpn로 이루어진 것일 수 있다.
본 발명의 방법에 있어서, 상기 시료는 본 발명에 따른 프라이머 세트를 프라이머로 하고, 시험 시료 중의 핵산을 주형으로 한 PCR을 통하여 얻어진 PCR 산물을 포함하는 것일 수 있다. 상기 PCR에는 단일 PCR 및 다중 PCR이 모두 포함된다.
본 발명의 방법의 일 구체예는, 본 발명의 방법에 있어서 상기 핵산은 염색체 DNA, cDNA 및 이들의 단편으로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 방법이다.
본 발명의 방법의 일 구체예는, 본 발명의 프로브 또는 프로브 세트에 있어서 상기 표적 서열은 검출가능한 표지 물질로 표지되어 있는 것인 방법이다. 본 구체예에서, 상기 표지 물질은 형광, 인광 및 방사성을 발하는 물질일 수 있다. 바람직하게는, 상기 표지 물질은 Cy-5 또는 Cy-3이다.
본 발명의 방법의 일 구체예는, 본 발명의 방법에 있어서 상기 프로브 또는 프로브 세트는 마이크로어레이의 기판 상에 고정화되어 있는 것인 방법이다.
본 발명의 방법의 일 구체예는, 본 발명의 방법에 있어서 상기 혼성화는 높은 엄격도 혼성화 조건하에서 수행되는 것인 방법이다. 본 구체예에서, 상기 높은 엄격도 혼성화 조건은 바람직하게는 65℃에서 동일한 몰의 Na2HPO4 및 NaH2PO4, 1mM EDTA 및 0.02% 소듐 도데실 설페이트를 포함하는 0.12 M 포스페이트 버퍼를 포함하는 것이다.
본 발명의 방법에 있어서, "PCR"이란 중합효소 연쇄반응을 의미하는 것으로, 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다. 이러한 PCR 방법에는 한 번에 하나의 표적만을 증폭하는 단일 PCR과 한 번에 복수의 표적을 증폭하는 다중 PCR이 포함된다. 다중 PCR에서는 복수의 프라이머 쌍이 이용된다.
본 발명의 방법에 있어서, 상기 하나 이상의 박테리아의 검출은 검출가능한 신호를 발생시키는 물질로 상기 PCR 산물을 표지하고, 이를 상기 프로브 올리고뉴클레오티드와 혼성화시키고, 그로부터 발생하는 신호를 검출하여 이루어질 수 있다. 상기 검출가능한 신호는 예를 들면, 광학적 신호 또는 전기적 신호가 될 수 있으나, 이들 예에 한정되는 것은 아니다. 상기 광학적 활성 물질은 형광 또는 인광을 발생시키는 물질일 수 있다. 상기 형광 물질은 예를 들면, 플루오로레신 (fluorescein), Cy-5 및 Cy-3 일 수 있다. 또한, 상기 PCR 산물은 혼성화 전 또는 후에 검출가능한 신호를 발생시키는 물질로 표지되거나, 표지되어 있지 않을 수 있다. 표지되어 있지 않은 경우의 상기 PCR 산물과 프로브 올리고뉴클레오티드의 혼성화 결과는 예를 들면, 전기적 신호를 통하여 검출할 수 있으나, 이들 예에 한정 되는 것은 아니다.
본 발명은 또한, 본 발명에 따른 프라이머 세트 및 사용 설명서를 포함하는, 시료 중 아미노글리코시드, 베타락탐, 에리스로마이신, 메시실린, 반코마이신, 및 퀴놀론계 항생제 중 어느 하나 이상에 대하여 내성을 갖는 박테리아의 존재를 검출하기 위한 키트를 제공한다.
본 발명의 키트에 있어서, 상기 프라이머 세트에 대하여는 상기한 바와 같다. 상기 사용 설명서는 상기 프라이머 세트는 항생제에 대하여 내성을 갖는 박테리아에서 발현되는 항생제 내성 부여 유전자를 증폭하기 위한 증폭용 프라이머로서 사용할 수 있도록 지시하는 내용을 포함한다. 상기 키트는 상기 프라이머 세트를 프라이머로 사용한 증폭반응 예를 들면, PCR에서 항생제 내성 부여 유전자가 존재하는 경우, 항생제 내성 박테리아가 존재하는 것으로 판단하도록 한다. 상기 키트에는 증폭용 시약, 및 검출을 위한 표지를 포함할 수 있다.
본 발명의 키트의 일 예는, 본 발명에 따른 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트를 추가로 포함하는, 시료 중 아미노글리코시드, 베타락탐, 에리스로마이신, 메시실린, 반코마이신, 및 퀴놀론계 항생제 중 어느 하나 이상에 대하여 내성을 갖는 박테리아의 존재를 검출하기 위한 키트이다. 상기 프로브는 상기 프라이머 세트를 프라이머로 사용한 증폭반응에서 얻어진 산물을 검출할 수 있도록 한다.
본 발명의 키트에 있어서, 상기 항생제 내성 박테리아에는 Spn, Sau, Kpn, Mca, Hin, Kpn, Eco, Pae, Mpn, Cpn 및 Lpn가 포함될 수 있으나, 이들 예에 한정되 는 것은 아니다.
이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예
실시예 1: 항생제 내성을 갖는 박테리아 종 선발 , 그의 항생제 내성 부여 유전자 및 그를 증폭하기 위한 프라이머의 선발
본 실시예에서는 항생제 내성을 갖는 박테리아, 주로 호흡기 질환을 야기시키는 박테리아를 선별하고, 상기 박테리아에서 발현되는 항생제 내성 부여 유전자 및 그를 증폭할 수 있는 프라이머 세트 및 프로브를 설계하였다.
(1) 프라이머의 설계
먼저, 호흡기 질환 관련된 데이터베이스 (예, http://medinfo.ufl.edu/year2/mmid/bms5300/bugs/virufact.html) 및 관련 문헌조사를 통하여 박테리아 종 및 그의 항생제 내성 부여 유전자를 선발하였다. 상기 항생제로는 아미노글리코시드, 베타 락탐, 퀴놀론, 에리스로마이신, 메시실린 (methicillin), 페니실린, 및 반코마이신을 사용하였다.
선발된 항생제 내성 호흡기 질환을 야기시키는 박테리아 및 그의 유전자로부터 프라이머를 설계하였다. 상기 선발된 항생제 내성 부여 유전자로부터 상기 항생제 내성 부여 유전자에 특이적인 프라이머를 설계하였다. 프라이머 설계에는, Santalucia 98 파라미터 (Santalucia J, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:1460-1465 (1998))를 활용하여 열역학적 계수를 결정하였다.
그 결과, 표 2에 나타낸 바와 같은 항생제 내성 부여 유전자를 표적으로 하는 프라이머 세트를 설계하였다.
(2) 프로브의 설계
DNAstar 프로그램을 이용하여 각 유전자의 증폭된 영역으로부터 프로브를 선발하였다. 그 결과는 표 5에 나타낸 바와 같다.
표 5.
| 항생제 | 유전자 | 형태 | 서열 | 결합위치 | 서열번호 |
| 아미노글리코시드 | aataph | TAATTCATGTTCTGGCAAATCTTC | 469 | 53 | |
| 아미노글리코시드 | aataph | TAGTGGTTATGATAGTGTGGCATA | 627 | 54 | |
| 아미노글리코시드 | aataph | TAACAATCTTCTTTTTTGCCCTCG | 495 | 55 | |
| 아미노글리코시드 | ant | GTTATGACCATCTGTGCCAGTTCG | 620 | 56 | |
| 아미노글리코시드 | ant | CTACGATAAGGGCACAAATCGCA | 408 | 57 | |
| 아미노글리코시드 | aph | GAACTTGTCTTTTCCCACGGCGAC | 2010 | 58 | |
| 아미노글리코시드 | aph | GCTTTCCTTCCAGCCATAGCATCA | 1651 | 59 | |
| 베타락탐 | CMY1 | CAATTCCCCGAGGAGGTGGATT | 430 | 60 | |
| 베타락탐 | CMY1 | GTGGTCAAGGGAGCGATGCAG | 304 | 61 | |
| 베타락탐 | CMY2 | ACCCTCAGGAATGAGTTACGAAGA | 552 | 62 | |
| 베타락탐 | CMY2 | TCTTCGTAACTCATTCCTGAGGGT | 552 | 63 | |
| 베타락탐 | CMY2 | GGCGGTGAAACCCTCAGGAATGAG | 543 | 64 | |
| 베타락탐 | CTX1 | GGACGATGTCACTGGCTGAGC | 353 | 65 | |
| 베타락탐 | CTX1 | GACGTGCTTTTCCGCAATCGGAT | 326 | 66 | |
| 베타락탐 | CTX2 | GTATTCAGCGTAGGTTCAGTGCG | 499 | 67 | |
| 베타락탐 | CTX2 | ATGGCGGTATTCAGCGTAGGTTC | 505 | 68 | |
| 베타락탐 | DHA | ATTACTGTGCCGGAAAGTGCGCA | 724 | 69 | |
| 베타락탐 | DHA | ATCATTAACGGTGTGACCAACGA | 1006 | 70 | |
| 베타락탐 | IMP | TATTATTCGGTGGTTGTTTT | 497 | 71 | |
| 베타락탐 | IMP | AACTGGTTGTTCCAAGTCAC | 611 | 72 | |
| 베타락탐 | IMP | AAATATGGTAAGGCAAAACT | 595 | 73 | |
| 베타락탐 | OXA | AGCCATGCTTCTGTTAATCCGTT | 549 | 74 | |
| 베타락탐 | OXA | ACGCAGGAATTGAATTTGTTC | 591 | 75 | |
| 베타락탐 | PER | GTAAACAGGGCTAAGGTTTT | 440 | 76 | |
| 베타락탐 | PER | CAGAATACCTGGGCTCCGAT | 461 | 77 | |
| 베타락탐 | SHV | GTGACGAACAGCTGGAGCGAA | 248 | 78 |
표 5(계속)
| 베타락탐 | SHV | GTGGATGCCGGTGACGAACAG | 238 | 79 | |
| 베타락탐 | TEM | CTCGTCGTTTGGTATGGCTTCAT | 503 | 80 | |
| 베타락탐 | TEM | TGGCTTCATTCAGCTCCGGTTC | 490 | 81 | |
| 베타락탐 | VIM | CTGAGCGATTTGTGTGCGCTTTT | 799 | 82 | |
| 베타락탐 | VIM | CTCAGTCGTTGAGTAGCAGGCA | 817 | 83 | |
| 에리스로마이신 | ermA | ATTAATGGTGGAGATGGAT | 435 | 84 | |
| 에리스로마이신 | ermA | TCTGCAACGAGCTTTGGGTTTAC | 411 | 85 | |
| 에리스로마이신 | ermB | GTGGTTTTTGAAAGCCATGCG | 337 | 86 | |
| 에리스로마이신 | ermB | TGCGTCTGACATCTATCTGAT | 354 | 87 | |
| 에리스로마이신 | ermC | AGAGGGTTATAATGAACGAGAA | 130 | 88 | |
| 에리스로마이신 | ermC | AAATACAAAACGCTCATTGGC | 548 | 89 | |
| 에리스로마이신 | ermC | AAGAGGGTTATAATGAACGAGAAA | 129 | 90 | |
| 에리스로마이신 | ermC | TTTGAAATCGGCTCAGGAAAA | 243 | 91 | |
| 에리스로마이신 | ermC | ACAAAACGCTCATTGGCATTA | 552 | 92 | |
| 에리스로마이신 | mef | TGTCTATGGCTTCATTAGTAGGTT | 142 | 93 | |
| 에리스로마이신 | mef | CCATTTGCAGGATGGCACTAGTGA | 73 | 94 | |
| 에리스로마이신 | mef | TGGCTTCATTAGTAGGTTTTTTAC | 148 | 95 | |
| 메시실린 | mecA | TGCTTCTGCAGGATCTTGGTTTGG | 3169 | 96 | |
| 메시실린 | mecA | CAAGTGCTAATAATTCACCTGTT | 1151 | 97 | |
| 메시실린 | mecA | GTATGGCATGAGTAACGAAGA | 1208 | 98 | |
| 메시실린 | mecA | AAATCAGAATCAAGAAGTGCTC | 2982 | 99 | |
| 메시실린 | mecA | CAGTACCTGAGCCATAATCATT | 1116 | 100 | |
| 메시실린 | mecA | TTTATGTATGGCATGAGTAACG | 1203 | 101 | |
| 반코마이신 | vanA | CATTCCGCGCAAGGTTTTTCGCA | 154 | 102 | |
| 반코마이신 | vanA | CGTTGACATACATCGTTGCGAA | 401 | 103 | |
| 반코마이신 | vanB | ACGGCAAAGAAAGTATATCGGG | 1000 | 104 |
표 5(계속)
| 반코마이신 | vanB | CCTGATGGATGCGGAAGATACC | 892 | 105 | |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | wp | aagaaatccGCCcgwgtggt | 454 | 106 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | mp | aagaaatccTCCcgwgtggt | 454 | 107 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | wp | aaatcckcycgTgtggtcggcg | 457 | 108 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | mp | aaatcckcycgAgtggtcggcg | 457 | 109 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | wp | tcgccgtgCgggtggt | 785 | 110 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | mp | tcgccgtgTgggtggt | 785 | 111 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | wp | cggcgacaCcscrgtcta | 504 | 112 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | mp | cggcgacaTcscrgtcta | 504 | 113 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | wp | cscrgtctacGacaccatcgt | 513 | 114 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | mp | cscrgtctacCacaccatcgt | 513 | 115 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | wp | cacgatggtGTCgtagacygsg | 513 | 116 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | mp | cacgatggtTGGgtagacygsg | 513 | 117 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | wp | cscrgtctacGacaccatcgt | 513 | 118 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | mp | cscrgtctacAacaccatcgt | 513 | 119 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | wp1 | cscrgtctacGacaccatcgt | 513 | 120 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | mp1 | cscrgtctacAacaccatcgt | 513 | 121 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | wp2 | cscrgtctacGacaccatcgtc | 513 | 122 |
| 퀴놀론 | Pae gyrA | mp2 | cscrgtctacAacaccatcgtc | 513 | 123 |
| 퀴놀론 | Sau gyrA | wp | ctcatggtgactCayctatytat | 239 | 124 |
| 퀴놀론 | Sau gyrA | mp | ctcatggtgactTayctatytat | 239 | 125 |
| 퀴놀론 | Sau gyrA | wp | catggtgactIaTCTatytatrIagc | 241 | 126 |
| 퀴놀론 | Sau gyrA | mp | catggtgactIaCCTatytatrIagc | 241 | 127 |
| 퀴놀론 | Sau gyrA | wp | tIayctatytatGAAgcaatggtac | 250 | 128 |
| 퀴놀론 | Sau gyrA | mp | tIayctatytatAAAgcaatggtac | 250 | 129 |
| 퀴놀론 | Sau gyrA | wp | cgtaccattgcTTCataratagrt | 252 | 130 |
표 5(계속)
| 퀴놀론 | Sau gyrA | mp | cgtaccattgcTCCataratagrt | 252 | 131 |
| 퀴놀론 | Sau parC | wp | acayggagactCctcrgtgtac | 228 | 132 |
| 퀴놀론 | Sau parC | mp | acayggagactTctcrgtgtac | 228 | 133 |
| 퀴놀론 | Sau parC | wp | acayggagactCctcrgtgtac | 228 | 134 |
| 퀴놀론 | Sau parC | mp | acayggagactActcrgtgtac | 228 | 135 |
| 퀴놀론 | Sau parC | wp | accattgcTTCgtacacygag | 252 | 136 |
| 퀴놀론 | Sau parC | mp | accattgcTTTgtacacygag | 252 | 137 |
| 퀴놀론 | Sau parE | wp | aaaaayacwgaAaaaaatgaattg | 1255 | 138 |
| 퀴놀론 | Sau parE | mp | aaaaayacwgaTaaaaatgaattg | 1255 | 139 |
| 퀴놀론 | Sau parE | wp | ccgattgtgtGgataattgtat | 1421 | 140 |
| 퀴놀론 | Sau parE | mp | ccgattgtgtAgataattgtat | 1421 | 141 |
| 페니실린 | Spn pbp2b | wp | tattcatcHaatACCtayatggtIca | 721 | 142 |
| 페니실린 | Spn pbp2b | mp | tattcatcHaatGCTtayatggtIca | 721 | 143 |
| 페니실린 | Spn pbp2b | wp | attcatcwaatACCtayatggtIca | 814 | 144 |
| 페니실린 | Spn pbp2b | mp | attcatcwaatGCTtayatggtIca | 814 | 145 |
| 페니실린 | Spn pbp2b | wp | cIgctatggAGaaaytkcgtIc | 853 | 146 |
| 페니실린 | Spn pbp2b | mp | cIgctatggGAaaaytkcgtIc | 853 | 147 |
| 페니실린 | Spn pbp2b | wp | gcttgggbActgcgac | 853 | 148 |
| 페니실린 | Spn pbp2b | mp | gcttgggbGctgcgac | 853 | 149 |
| 페니실린 | Spn pbp2b | wp | gcttgggbActgcgachg | 853 | 150 |
| 페니실린 | Spn pbp2b | mp | gcttgggbGctgcgachg | 853 | 151 |
| 페니실린 | Spn pbp2b | wp | gYttgggbActgcgac | 853 | 152 |
| 페니실린 | Spn pbp2b | mp | gYttgggbTctgcgac | 853 | 153 |
| 페니실린 | Spn pbp2b | wp | tggYttgIgbActgcgacIgg | 851 | 154 |
| 페니실린 | Spn pbp2b | mp | tggYttgIgbTctgcgacIgg | 851 | 155 |
표 5에서, wp 및 mp는 야생형 및 돌연변이형에 대한 프로브를 나타내고, Spn은 스트렙토코커스 뉴모니애 (Streptococcus pneumoniae), Pae는 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), Sau는 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus)를 나타낸다. I는 이노신을 나타낸다.
실시예
2: 본 발명의
프라이머
세트를 이용한 항생제 내성
박테리아에서
발현되는 항생제 내성 부여 유전자의 증폭
본 발명의 프라이머 세트를 이용하여, 표 2에 나타낸 항생제 내성 박테리아에 발현되는 항생제 내성 유전자를 단일 PCR 및 다중 PCR에 의하여 증폭하였다. 모든 전위 프라이머 및 역위 프라이머에는 5' 말단이 Cy-3로 표지된 프라이머를 사용하였다. 프라이머로는 서열번호 1 내지 52의 올리고뉴클레오티드 (26개의 프라이머 세트)를 사용하였다.
(1) 박테리아 배양물의 준비
11종의 항생제 내성 박테리아의 배양 분리체 (cultural isolate)는 아태감염연구재단 (Asian-Pacific Research Foundation for Infectious Diseases, ARFID)에서 제공받을 것을 사용하였다. 상기 11종의 항생제 내성 박테리아는 상기 항생제 내성 박테리아에는 Spn, Sau, Kpn, Mca, Hin, Kpn, Eco, Pae, Mpn, Cpn 및 Lpn이었다.
(2) 단일 PCR
먼저, 21개 프라이머 세트 (aataph (서열번호 1 및 2), ant(서열번호 3 및 4), aph (서열번호 5 및 6), CMY1 (서열번호 7 및 8), CMY2 (서열번호 9 및 10), CTX1 (서열번호 11 및 12),CTX2 (서열번호 13 및 14), DHA (서열번호 15 및 16), IMP (서열번호 17 및 18), OXA (서열번호 19 및 20), PER (서열번호 21 및 22), SHV (서열번호 23 및 24), TEM (서열번호 25 및 26), VIM (서열번호 27 및 28), ermA (서열번호 29 및 30),ermB (서열번호 31 및 32), ermC (서열번호 33 및 34), mef(서열번호 35 및 36), mecA (서열번호 37 및 38), vanA (서열번호 49 및 50), 및 vanB (서열번호 51 및 52)) 중 각 프라이머 세트와 그에 대응되는 균주의 게놈 DNA를 주형으로 하여 PCR을 수행하였다.
또한, 5개 프라이머 세트 (Spn pbp2b (서열번호 39 및 40), Pae gyrA (서열번호 41 및 42), Sau gyrA (서열번호 43 및 44), Sau parC (서열번호 45 및 46), Sau parE (서열번호 47 및 48) 중 각각의 프라이머 세트 및 그에 대응되는 균주의 게놈 DNA를 주형으로 하여 PCR을 수행하였다.
단일 PCR (single PCR) 조건은 다음과 같다. MgCl2 1.5mM, dNTP 250 mM, 트리스-HCl (pH 9.0) 10 mM 및 Taq 폴리머라제 1 유니트, 프라이머 약 2 pmol을 포함하는 혼합액 중에 G-스핀 게놈 DNA 추출 키트 (iNtRON 사)로부터 추출된 게놈 DNA 2㎕를 포함하는 20㎕의 반응액을 95℃에서의 변성 10초, 60℃에서의 어닐링 10초 및 60℃에서의 연장 13초를 25회 반복하였으며, 작동시간은 29분 5초이었다.
그 결과, 각 단일 PCR에 의하여 상기 항생제 내성 11개의 종의 항생제 내성 유전자의 표적서열이 특이적으로 증폭되었다. 도 1은 5개 프라이머 세트 (Spn pbp2b (서열번호 39 및 40), Pae gyrA (서열번호 41 및 42), Sau gyrA (서열번호 43 및 44), Sau parC (서열번호 45 및 46), Sau parE (서열번호 47 및 48) 중 각각의 프라이머 세트 및 그에 대응되는 균주의 게놈 DNA를 주형으로 하여 단일 PCR한 결과 및 5개 프라이머 세트 모두를 포함하는 프라이머 세트와 각 균주의 게놈 DNA를 주형으로 한 PCR를 수행한 결과를 나타내는 도면이다. 도 1에서, 레인 1, 3, 5, 7 및 9는 Spn pbp2b 프라이머 세트 (서열번호 39 및 40), Pae gyrA 프라이머 세트(서열번호 41 및 42), Sau gyrA 프라이머 세트 (서열번호 43 및 44), Sau parC 프라이머 세트 (서열번호 45 및 46), 또는 Sau parE 프라이머 세트 (서열번호 47 및 48)를 프라이머로 하고, 각각 순서대로 Spn, Pae, Sau, Sau 및 Sau의 게놈을 주형으로 한 단일 PCR 결과를 나타내는 것이다. 또한, 도 1에서 레인 2, 4, 6, 8, 및 10은 Spn pbp2b 프라이머 세트 (서열번호 39 및 40), Pae gyrA 프라이머 세트(서열번호 41 및 42), Sau gyrA 프라이머 세트 (서열번호 43 및 44), Sau parC 프라이머 세트 (서열번호 45 및 46), 및 Sau parE 프라이머 세트 (서열번호 47 및 48))를 모두 포함하는 프라이머 세트를 프라이머로 하고 각각 순서대로 Spn, Pae, Sau, Sau 및 Sau의 게놈을 주형으로 한 다중 PCR 결과를 나타내는 것이다.
도 2a,b 및 c는 21 프라이머 세트 (aataph (서열번호 1 및 2), ant(서열번호 3 및 4), aph (서열번호 5 및 6), CMY1 (서열번호 7 및 8), CMY2 (서열번호 9 및 10), CTX1 (서열번호 11 및 12), CTX2 (서열번호 13 및 14), DHA (서열번호 15 및 16), IMP (서열번호 17 및 18), OXA (서열번호 19 및 20), PER (서열번호 21 및 22), SHV (서열번호 23 및 24), TEM (서열번호 25 및 26), VIM (서열번호 27 및 28), ermA (서열번호 29 및 30),ermB (서열번호 31 및 32), ermC (서열번호 33 및 34), mef(서열번호 35 및 36), mecA (서열번호 37 및 38), vanA (서열번호 49 및 50), 및 vanB (서열번호 51 및 52)) 중 각각의 프라이머 세트 및 상기 각 내성 유전자를 포함하는 균주의 게놈 DNA를 주형으로 하여 단일 PCR (single PCR)한 결과 및 21개 프라이머 세트 모두를 포함하는 프라이머 세트와 상기 각 내성 유전자를 포함하는 균주의 게놈 DNA를 주형으로 한 다중 PCR (multiplex PCR) 를 수행한 결과를 나타내는 도면이다. 도 2에서, 레인 군 aataph, ant4, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, IMP1, OXA8, PER2, SHV, TEM, VIM, DHA, mecA, VanA, VanB, ermA, ermB, ermC, 및 mef는 각각 다음 표 6에 나타낸 바와 같은 항생제 내성 유전자 타입을 플라스미드에 포함하는 균주 (이하 "표적 균주"라 함)의 DNA를 주형으로 사용하였다.
표 6.
| 레인군 | 표적 균주 | 표적균주의 유전자 구성 | 비고 |
| aataph | Sau | aataph, ant, aph | |
| ant4 | Sau | aataph, ant, aph | |
| aph | Sau | aataph, ant, aph | |
| CMY1 | Kpn | CMY1 | |
| CMY2 | Eco | TEM,CMY2 | |
| CTX1 | Kpn | SHV,CTX-1,OXA,TEM | |
| CTX2 | Eco | TEM,CTX-2 | |
| IMP1 | Acinetobacter genospecies 3 | IMP | Aba의 일종 |
| OXA8 | Eco | OXA,TEM,CTX-1 | |
| PER2 | Aba | PER | |
| SHV | Kpn | SHV,OXA | |
| TEM | Enterobacter cloacae | DHA,TEM | |
| VIM | A. phenon 6/ ct13TU | VIM | Aba의 일종 |
| DHA | Enterobacter aerogenes | DHA,SHV | |
| mecA | Sau | aataph,ant,ermA,mecA | |
| VanA | Enterococcus faecalis | VanA | |
| VanB | Enterococcus faecalis | VanB | |
| ermA | Sau | aataph,ant,ermA,mecA | |
| ermB | Enterococcus faecalis | vanA,aataph,ermB,aph | |
| ermC | Sau | aataph,ant,ermC,mecA,mecA | |
| mef | S.pyogens mef | mef |
상기 표에 일부 표적 균주는 자연적으로 존재하는 항생제 내성 균주가 아니라, 항생제 내성 유전자를 포함하는 플라스미드를 도입시켜 얻어진 항생제 내성 형질전환 균주이다. 이는 일부 항생제 내성 균주는 그 케이스의 빈도가 아주 낮아 입수하기 힘들거나, 아주 치명적인 위험성이 있기 때문에 모델로서 사용한 것이다.
각 레인 군에서, 1번 레인: 단일 PCR, 2번 레인: 다중 PCR; 3 및 4번 레인: 2 레인 다중 PCR 조건에서 각각 베타인 0.5% 및 0.25%를 포함시켜 반응시킨 것임.
도 1과 2에 나타낸 바와 같이, 각 단일 PCR에서 표적 서열은 특이적으로 증폭되었다.
(3) 다중 PCR
다음으로, 본 실시예에서는 21개 프라이머 세트 (aataph (서열번호 1 및 2), ant(서열번호 3 및 4), aph (서열번호 5 및 6), CMY1 (서열번호 7 및 8), CMY2 (서열번호 9 및 10), CTX1 (서열번호 11 및 12),CTX2 (서열번호 13 및 14), DHA (서열번호 15 및 16), IMP (서열번호 17 및 18), OXA (서열번호 19 및 20), PER (서열번호 21 및 22), SHV (서열번호 23 및 24), TEM (서열번호 25 및 26), VIM (서열번호 27 및 28), ermA (서열번호 29 및 30),ermB (서열번호 31 및 32), ermC (서열번호 33 및 34), mef(서열번호 35 및 36), mecA (서열번호 37 및 38), vanA (서열번호 49 및 50), 및 vanB (서열번호 51 및 52))를 프라이머로 하고, 각 표적 유전자를 포함하는 균주의 게놈 DNA를 주형으로 하여 PCR을 수행하였다.
또한, 5개 프라이머 세트 (Spn pbp2b (서열번호 39 및 40), Pae gyrA (서열번호 41 및 42), Sau gyrA (서열번호 43 및 44), Sau parC (서열번호 45 및 46), Sau parE (서열번호 47 및 48))를 프라이머로 하고, 각 표적 유전자를 포함하는 균주의 게놈 DNA를 주형으로 하여 PCR을 수행하였다.
다중 PCR에 사용된 PCR 믹스 조성은 다음과 같았다. 증류수 10.5㎕, 10x버퍼 7.5㎕, dNTP 200 μM (각각) 1㎕, 말단 표지된 프라이머 400nM (각각) (Bioneer, 한국) 20㎕, 추출된 게놈 DNA 5㎕, Taq 폴리머라제 5 유니트 1㎕를 포함하는 총 50㎕ 반응액을 사용하였다.
다중 PCR 조건은 95℃에서 1분 동안 초기 변성, 95℃에서 5초 동안 변성 및 62℃에서 13초 동안 어닐링 및 72℃에서 15초 동안 연장 반응을 25회 반복하고, 72℃에서 1분 동안 연장반응을 수행하였다.
도 1 및 2(a, b 및 c)는 각각 5개 및 21개 표적을 증폭하기 위한 다중 PCR 결과를 나타내는 아가로즈 겔 전기영동 사진이다.
본 실시예에서는, 얻어진 다중 PCR 산물은 상기 표 4에 나타낸 항생제 내성 유전자에 특이적인 올리고뉴클레오티드 프로브가 고정화되어 있는 마이크로어레이 상에서 혼성화시키고, 그로부터 발생하는 형광을 측정하였다.
상기 프로브가 고정화된 마이크로어레이는 다음과 같이 제조하였다. 먼저, 에탄올 중의 GAPTES (감마-아미노프로필트리에톡시 실란) (γ-aminopropyltriethoxysilane) 용액 (농도 20% (v/v)) 또는 GAPDES (감마-아미노프로필디에톡시실란) 용액 (농도 20% (v/v))을 스핀 코팅하였다. 스핀 코팅은 CEE 사의 스핀 코터 모델 CEE 70을 이용하였다. 스핀 코팅은 초기 코팅 500 rpm/10 sec과 주코팅 2000 rpm/10 sec에 의하여 수행되었다. 스핀 코팅이 완료된 다음, 기판을 테플론 웨이퍼 캐리어에 고정하여 120 ℃에서 40 분 동안 경화시켰다. 경화된 기판은 물에 10 분 동안 침지시킨 후 15 분 동안 초음파 세척, 다시 물에서 10 분 동안 침지한 후 건조하였다. 건조는 스핀 드라이를 통하여 수행하였다. 모든 실험은 대부분의 먼지 입자들이 충분히 제거된 클린룸-클라스 1000에서 수행하였다.
위와 같이 제조된 아미노 기로 활성화된 기판상에 상기 표 4에 나타낸 항생제 내성 유전자에 특이적인 올리고뉴클레오티드 프로브 세트를 기판상에 스폿팅하여 고정화하여, 마이크로어레이를 제작하였다.
얻어진 마이크로어레이에 상기 증폭 산물을 첨가하고 42℃에서 1시간 동안 혼성화하였다. 세척 버퍼로 세척한 다음, GenePix Scanner (Molecular Device 사, 미국)를 이용하여 형광을 측정하였다.
사용된 마이크로어레이 상에 고정화된 프로브의 위치는 아래 표 7에 나타낸 바와 같다.
표 7. 유전자 유무의 확인을 통한 항생제 내성 확인용 마이크로어레이 레이아웃
| 열1-3 | 열4-6 | 열7-9 | 열10-12 | |
| 행1 | 53 | 54 | 55 | 57 |
| 행2 | 56 | 59 | 58 | 61 |
| 행3 | 60 | 63 | 62 | 64 |
| 행4 | 65 | 66 | 67 | 68 |
| 행5 | 71 | 72 | 73 | 75 |
| 행6 | 74 | 77 | 76 | 79 |
| 행7 | 78 | 81 | 80 | 83 |
| 헹8 | 82 | 70 | 69 | 99 |
| 행9 | 96 | 103 | 102 | 105 |
| 행10 | 104 | 85 | 84 | 87 |
| 행11 | 86 | 90 | 88 | 91 |
| 행12 | 93 | 95 | 94 | + |
| 행13 | + | + | 89 | 92 |
| 행14 | 100 | 97 | 101 | 98 |
표 7에서, 각 숫자는 서열번호 (SEQ ID NO)를 나타내고, +는 양성 대조군 프로브를 나타낸다.
표 8. 돌연변이 유무의 확인을 통한 항생제 내성 확인용 마이크로어레이 레이아웃
| 열1-3 | 열4-6 | 열7-9 | 열10-12 | |
| 행1 | 106 | 107 | 108 | 109 |
| 행2 | 110 | 111 | 112 | 113 |
| 행3 | 114 | 115 | 116 | 117 |
| 행4 | 118 | 119 | 124 | 125 |
| 행5 | 126 | 127 | 128 | 129 |
| 행6 | 130 | 131 | 132 | 133 |
| 행7 | 134 | 135 | 136 | 137 |
| 헹8 | 138 | 139 | 140 | 141 |
| 행9 | 142 | 143 | 150 | 151 |
| 행10 | 144 | 145 | 138 | 139 |
| 행11 | 144 | 145 | + | + |
| 행12 | 134 | 135 | 148 | 149 |
| 행13 | 120 | 121 | 122 | 123 |
| 행14 | 148 | 149 | - | - |
표 8에서, 각 숫자는 서열번호 (SEQ ID NO)를 나타내고, + 및 -는 각각 양성 대조군 및 음성 대조군 프로브를 나타낸다.
도 3a 및 b는 상기 21개 세트를 모두 포함하는 프라이머 세트를 프라이머로 사용하고, 특정한 항생제 내성 박테리아 종의 게놈 DNA를 주형으로 한 PCR을 통하여 증폭된 산물을, 표 7에 나타낸 바와 같은 특이적인 올리고뉴클레오티드 프로브 레이아웃을 갖는 마이크로어레이 상에 혼성화한 결과를 나타내는 도면이다.
도 3a 및 b에서 항생제 내성이 있는지 여부를 분석하기 위한 대상이 되는 균주 및 그의 유전자 형은 다음 표 9와 같다. 상기 항생제 내성 유전자형은 PCR을 통하여 확인한 것이다. 도 3a 및 b에 나타낸 바와 같이, 다중 PCR 결과 얻어진 산물을 마이크로어레이 상에서 프로브 혼성화시킴으로써 시료 중의 박테리아가 항생제 내성 유전자를 가지고 있는지 여부를 확인할 수 있었다. 대부분의 항생제 내성 박테리아는 2 이상의 항생제 내성 유전자를 가지고 있었다.
표 9. 확인 대상 균주 및 항생제 내성 유전자 형
| 마이크로어레이 | 종 | 항생제 유전자형 |
| AC02 | Aba | PER |
| AC05 | Aba | TEM |
| AC12 | Aba | VIM, IMP |
| AC17 | Aba | IMP |
| EC02 | Eco | SHV,TEM |
| EC04 | Eco | SHV, CTX-2 |
| EC06 | Eco | TEM, CTX-1, OXA |
| EC14 | Eco | TEM, CMY-2 |
| F01 | Enetrobacter faecalis | vanA, ermB, aac(6')/aph(2") |
| F02 | Enetrobacter faecalis | vanA, aph, ermB |
| F06 | Enetrobacter faecalis | vanA, aataph, aph, ermA, ermB |
| EN09 | Enterobacter facium | DHA, TEM |
| SA01 | Sau | aataph, aph, ermA, mecA |
| SA14 | Sau | aataph, ant4, ermC |
도 3c는 상기 5개 세트를 모두 포함하는 프라이머 세트를 프라이머로 사용하고, 특정한 항생제 내성 박테리아 종의 게놈 DNA를 주형으로 한 PCR을 통하여 증폭된 산물을, 표 8에 나타낸 바와 같은 특이적인 올리고뉴클레오티드 프로브 레이아웃을 갖는 마이크로어레이 상에 혼성화한 결과를 나타내는 도면이다. 도 3c에 나타낸 바와 같이, 다중 PCR 결과 얻어진 산물을 마이크로어레이 상에서 프로브 혼성화시킴으로써 시료 중의 박테리아가 항생제 내성 유전자를 가지고 있는지 여부를 확인할 수 있었다. 여기서 상기 프로브는 유전자 중의 돌연변이에 의하여 항생제 내성을 갖게 된 유전자에 특이적인 프로브이다. 도 3c에서, SA10-10, SA10-13, SA1420, SPN120 및 Pae 01은 각각 시료의 일련 번호를 나타낸다.
본 발명의 핵산 프라이머 세트에 의하면, 항생제 내성 박테리아로부터 항생 제 내성 부여 유전자를 증폭할 수 있다.
본 발명의 프로브 세트에 의하면, 본 발명의 프라이머 세트를 이용하여 증폭된 PCR 산물에 존재하는 표적 서열에 특이적으로 결합하여, 항생제 내성을 갖는 박테리아 중 하나 이상을 검출하는 데 사용될 수 있다.
본 발명의 마이크로어레이에 의하면, 항생제 내성을 갖는 박테리아 중 하나 이상을 검출하는 데 사용될 수 있다.
본 발명의 검출 방법에 의하면, 항생제 내성을 갖는 박테리아를 높은 특이성을 가지고 효율적으로 검출할 수 있다.
<110> Samsung Electronics Co., Ltd.
<120> A primer set for amplifying target sequences of bacterial species
causing respiratory diseases, probe set specifically hybridizable
with the target sequences of the bacterial species, a microarray
having immobilized the probe set and a method for detecting the
presence of one or more of the bacterial species
<130> PN069344
<160> 181
<170> KopatentIn 1.71
<210> 1
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer : forward
<400> 1
caagagcaat aagggcatac ca 22
<210> 2
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer :reverse
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ctggcaatat ctcgttttaa ca 22
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer : forward
<400> 3
tcaggtggat acttagagaa ag 22
<210> 4
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer : reverse
<400> 4
actatatatc cgtgtcgttc tg 22
<210> 5
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer : forward
<400> 5
ggaccaccta tgatgtggaa cg 22
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer: reverse
<400> 6
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<211> 21
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<213> Artificial Sequence
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<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<211> 21
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer : forward
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<211> 21
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<213> Artificial Sequence
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atcacccaca gtccacgacg t 21
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<211> 21
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<213> Artificial Sequence
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cgtcagattc cgcagagttt g 21
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<211> 21
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<213> Artificial Sequence
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer : reverse
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer: forward
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> primer: reverse
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<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer: forward
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<211> 22
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<213> Artificial Sequence
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<400> 20
tttagaatgg tgatcgcatt tt 22
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> primer : forward
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> primer : forward
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<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer : reverse
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<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer : forward
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer: reverse
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<211> 21
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer : forward
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accgacaact tagttgtgta c 21
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<212> DNA
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<213> Artificial Sequence
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<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<211> 22
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<213> Artificial Sequence
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<223> primer: reverse
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> primer : forward
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tatgggcagg gcaagcagta tc 22
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer: reverse
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 39
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer: reverse
<400> 40
ttgctacata ctgagccaac tg 22
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer : forward
<400> 41
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer: reverse
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<213> Artificial Sequence
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<223> primer : forward
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<213> Artificial Sequence
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<223> primer: reverse
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<213> Artificial Sequence
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<223> primer : forward
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer : forward
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cacgtaaagc tcgtgaagat g 21
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer: reverse
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catcagtatc agcatcagtc at 22
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer : forward
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<220>
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<223> probe
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<223> probe
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<213> Artificial Sequence
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<223> probe
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<220>
<223> probe
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<213> Artificial Sequence
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<211> 21
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<220>
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 83
ctcagtcgtt gagtagcagg ca 22
<210> 84
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 84
attaatggtg gagatggat 19
<210> 85
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 85
tctgcaacga gctttgggtt tac 23
<210> 86
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 86
gtggtttttg aaagccatgc g 21
<210> 87
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 87
tgcgtctgac atctatctga t 21
<210> 88
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 88
agagggttat aatgaacgag aa 22
<210> 89
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<400> 89
aaatacaaaa cgctcattgg c 21
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<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> probe
<400> 90
aagagggtta taatgaacga gaaa 24
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<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 91
tttgaaatcg gctcaggaaa a 21
<210> 92
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 92
acaaaacgct cattggcatt a 21
<210> 93
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 93
tgtctatggc ttcattagta ggtt 24
<210> 94
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 94
ccatttgcag gatggcacta gtga 24
<210> 95
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 95
tggcttcatt agtaggtttt ttac 24
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<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 96
tgcttctgca ggatcttggt ttgg 24
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 97
caagtgctaa taattcacct gtt 23
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<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
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gtatggcatg agtaacgaag a 21
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 99
aaatcagaat caagaagtgc tc 22
<210> 100
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 100
cagtacctga gccataatca tt 22
<210> 101
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 101
tttatgtatg gcatgagtaa cg 22
<210> 102
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 102
cattccgcgc aaggtttttc gca 23
<210> 103
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 103
cgttgacata catcgttgcg aa 22
<210> 104
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 104
acggcaaaga aagtatatcg gg 22
<210> 105
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 105
cctgatggat gcggaagata cc 22
<210> 106
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 106
aagaaatccg cccgwgtggt 20
<210> 107
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 107
aagaaatcct cccgwgtggt 20
<210> 108
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 108
aaatcckcyc gtgtggtcgg cg 22
<210> 109
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 109
aaatcckcyc gagtggtcgg cg 22
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<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> probe
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tcgccgtgcg ggtggt 16
<210> 111
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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tcgccgtgtg ggtggt 16
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> probe
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cggcgacacc scrgtcta 18
<210> 113
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 113
cggcgacatc scrgtcta 18
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<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> probe
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cscrgtctac gacaccatcg t 21
<210> 115
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 115
cscrgtctac cacaccatcg t 21
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
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cacgatggtg tcgtagacyg sg 22
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 117
cacgatggtt gggtagacyg sg 22
<210> 118
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 118
cscrgtctac gacaccatcg t 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 119
cscrgtctac aacaccatcg t 21
<210> 120
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 120
cscrgtctac gacaccatcg t 21
<210> 121
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 121
cscrgtctac aacaccatcg t 21
<210> 122
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 122
cscrgtctac gacaccatcg tc 22
<210> 123
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 123
cscrgtctac aacaccatcg tc 22
<210> 124
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 124
ctcatggtga ctcayctaty tat 23
<210> 125
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 125
ctcatggtga cttayctaty tat 23
<210> 126
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe wherein n represents inosine
<400> 126
catggtgact natctatyta trnagc 26
<210> 127
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe wherein n represents inosine
<400> 127
catggtgact nacctatyta trnagc 26
<210> 128
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe wherein n represents inosine
<400> 128
tnayctatyt atgaagcaat ggtac 25
<210> 129
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe wherein n represents inosine
<400> 129
tnayctatyt ataaagcaat ggtac 25
<210> 130
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 130
cgtaccattg cttcatarat agrt 24
<210> 131
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 131
cgtaccattg ctccatarat agrt 24
<210> 132
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 132
acayggagac tcctcrgtgt ac 22
<210> 133
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 133
acayggagac ttctcrgtgt ac 22
<210> 134
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 134
acayggagac tcctcrgtgt ac 22
<210> 135
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 135
acayggagac tactcrgtgt ac 22
<210> 136
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 136
accattgctt cgtacacyga g 21
<210> 137
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 137
accattgctt tgtacacyga g 21
<210> 138
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 138
aaaaayacwg aaaaaaatga attg 24
<210> 139
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 139
aaaaayacwg ataaaaatga attg 24
<210> 140
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 140
ccgattgtgt ggataattgt at 22
<210> 141
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 141
ccgattgtgt agataattgt at 22
<210> 142
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe wherein n represents inosine
<400> 142
tattcatcha atacctayat ggtnca 26
<210> 143
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe wherein n represents inosine
<400> 143
tattcatcha atgcttayat ggtnca 26
<210> 144
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe wherein n represents inosine
<400> 144
attcatcwaa tacctayatg gtnca 25
<210> 145
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe wherein n represents inosine
<400> 145
attcatcwaa tgcttayatg gtnca 25
<210> 146
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe wherein n represents inosine
<400> 146
cngctatgga gaaaytkcgt nc 22
<210> 147
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe wherein n represents inosine
<400> 147
cngctatggg aaaaytkcgt nc 22
<210> 148
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 148
gcttgggbac tgcgac 16
<210> 149
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 149
gcttgggbgc tgcgac 16
<210> 150
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 150
gcttgggbac tgcgachg 18
<210> 151
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 151
gcttgggbgc tgcgachg 18
<210> 152
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 152
gyttgggbac tgcgac 16
<210> 153
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe
<400> 153
gyttgggbtc tgcgac 16
<210> 154
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe wherein n represents inosine
<400> 154
tggyttgngb actgcgacng g 21
<210> 155
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> probe wherein n represents inosine
<400> 155
tggyttgngb tctgcgacng g 21
<210> 156
<211> 1024
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of aataph gene
<400> 156
atgaatatag ttgaaaatga aatatgtata agaactttaa tagatgatga ttttcctttg 60
atgttaaaat ggttaactga tgaaagagta ttagaatttt atggtggtag agataaaaaa 120
tatacattag aatcattaaa aaaacattat acagagcctt gggaagatga agtttttaga 180
gtaattattg aatataacaa tgttcctatt ggatatggac aaatatataa aatgtatgat 240
gagttatata ctgattatca ttatccaaaa actgatgaga tagtctatgg tatggatcaa 300
tttataggag agccaaatta ttggagtaaa ggaattggta caagatatat taaattgatt 360
tttgaatttt tgaaaaaaga aagaaatgct aatgcagtta ttttagaccc tcataaaaat 420
aatccaagag caataagggc ataccaaaaa tctggtttta gaattattga agatttgcca 480
gaacatgaat tacacgaggg caaaaaagaa gattgttatt taatggaata tagatatgat 540
gatawtgcca caaatgttaa ggcaatgaaa tatttaattg agcattactt tgataatttc 600
aaagtagata gtattgaaat aatcggtagt ggttatgata gtgtggcata tttagttaat 660
aatgaataca tttttaaaac aaaatttagt actaataaga aaaaaggtta tgcaaaagaa 720
aaagcaatat ataatttttt aaatacaaat ttagaaacta atgtaaaaat tcctaatatt 780
gaatattcgt atattagtga tgaattatct atactaggtt ataaagaaat taaaggaact 840
tttttaacac cagaaattta ttctactatg tcagaagaag aacaaaattt gttaaaacga 900
gatattgcca gttttttaag acaaatgcac ggtttagatt atacagatat tagtgaatgt 960
actattgata ataaacaaaa tgtattagaa gagtatatat tgttgcgtga aactatttat 1020
aatg 1024
<210> 157
<211> 771
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of ant gene
<400> 157
atgagaatag tgaatggacc aataataatg actagagaag aaagaatgaa gattgttcat 60
gaaattaagg aacgaatatt ggataaatat ggggatgatg ttaaggctat tggtgtttat 120
ggctctcttg gtcgtcagac tgatgggccc tattcggata ttgagatgat gtgtgtcatg 180
tcaacagarg aagcagagtt cagccatgaa tggacaaccg gtgagtggaa ggtggaagtg 240
aattttkata gcgaagagat tctactagat tatgcatctc aggtggaatc agattggcck 300
cttacacatg gtcaattttt ctctattttg ccgatttatg attcaggtgg atacttagag 360
aaagtgtatc aaactgctaa atcggtagaa gcccaaamgt tccacgatgc gatttgtgcc 420
cttatcgtag aagagctgtt tgaatatgca ggcaaatggc gtaatattcg tgtgcaagga 480
ccgacaacat ttctaccatc cttgactgta caggtagcaa tggcaggtgc catgttgatt 540
ggtctgcatc atcgcatctg ttatacgacg agcgcttcgg tcttaactga agcagttaag 600
caatcagatc ttccttcagg ttatgaccat ctgtgccagt tcgtaatgtc tggtcaactt 660
tccgactctg agaaacttct ggaatcgcta gagaatttct ggaatgggat tcaggagtgg 720
acagaacgac acggatatat agtggatgtg tcaaaacgca taccattttg a 771
<210> 158
<211> 1024
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of aph gene
<400> 158
ggaggggtca cgcgcaaata ttaatatacc taaagatgaa tttcaggatt atgatattac 60
atattttgta agtgatatag aaccgtttat atctaatgat gactggctta atcaatttgg 120
gaatataata atgatgcaaa agccggagga tatggaatta ttcccacctg aagaaaaggg 180
attttcctat cttatgctat ttgatgatta caataaaatt gatcttacct tattgccctt 240
ggaagagtta gataattacc taaagggcga taaattaata aaggttctaa ttgataaaga 300
ttgtagaatt aaaagggaca tagttccgac tgatatagat tatcatgtaa gaaagccaag 360
cgcaagggag tatgatgatt gctgcaatga attttggaat gtaacacctt atgttattaa 420
aggattgtgc cgtaaggaaa ttttatttgc tattgatcat tttaatcaga ttgttcgcca 480
tgagctgctg agaatgatat catggaaggt cggcatcgaa acaggcttta aattaagtgt 540
aggcaagaac tataagttta ttgaaaggta tatatccgag gatttgtggg agaaactttt 600
gtccacctac cggatggatt cctatgaaaa catatgggaa gcattatttc tatgccatca 660
attgttcagg gcggtatccg gtgaggtggc ggaaaggctt cattatgcct atccggagta 720
tgataggaat ataacaaaat ataccaggga catgtataaa aaatacactg gtaaaaccgg 780
ctgcctggat agcacatatg ccgctgatat agaagagagg cgggaacagt gattacagaa 840
atgaaagcag ggcacctgaa agatatcgat aaacccagcg aaccatttga ggtgataggt 900
aagattatac cgaggtatga aaacgagaat tggaccttta cagaattact ctatgaagcg 960
ccatatttaa aaagctacca agacgaagag gatgaagagg atgaggaggc agattgcctt 1020
gaat 1024
<210> 159
<211> 1024
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of CMY1 gene
<400> 159
atgcaacaac gacaatccat cctgtggggg gccgtggcca ccctgatgtg ggccggtctg 60
gcccatgcag gtgaggcttc accggtcgat cccctgcgcc ccgtggtgga tgccagcatc 120
cagccgctgc tcaaggagca caggatcccg ggcatggcgg tggccgtgct caaggatggc 180
aaggcccact ayttcaatta cggggtggcc aaccgggaga gcggggccrg cgtcagcgag 240
cagaccctgt tcgakatagg atccgtgagc aagaccctga ctgcgaccct gggggcctat 300
gcggtggtca agggagcgat gcagctggat gacaaggcga gccggcacgc gccctggctc 360
aagggatccg yctttgacag catcaccatg ggggagcttg ccacctacag cgccggaggc 420
ctgccactgc aattccccga ggaggtggat tcatccgaga agatgcgcgc ctactaccgc 480
cagtgggccc ctgtctattc gccgggctcc catcgccagt actccaaccc cagcataggg 540
ctgttcggcc acctggcggc gagcagcctg aagcagccrt ttgcccmstt gatggagcag 600
accctgctgc ccgggctcgg catgcaccac acctatgtca atgtgccgaa gcaggccatg 660
gcgagttatg cctatggcta ttcgaaagag gacaagccca tccgkgtcaa ccctggcatg 720
ctggcggacg aggcctaygg catcaagacc agctcggcgg atctgctsss yttygtgaag 780
gccaacatcg gcggggttga tgacaaggcg ttgcagcagg ccatctccct gacccacmaa 840
gggcattact cggtaggcgg gatgacccag gggctgggtt gggagagtta cgcctatccc 900
gtcaccgagc agacattgct ggcgggcaat tcggccaagg tgakcctcga agccaatccg 960
acggcggckc cccgggagtc ggggagccag gtgctcttca acaagaccgg ctcgaccaat 1020
ggct 1024
<210> 160
<211> 993
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of CMY2 gene, wherein n is unknown nucleotide
<400> 160
atgatgaaaa aatcgttatg ctgcgctctg ctgctgacag cctctttctc cacatttgct 60
gccgcaaaaa cagaacaaca gattgccgat atcgttaatc gcaccatcac cccgttgatg 120
caggagcagg ctattccggg tatggccgtt gccgttatct accagggaaa accctattat 180
ttcacctggg gtaaagccga tatcgccaat aaccacccag tcacgcagca aacgctgttt 240
gagctaggat cggttagtaa gacgtttaac ggcgtgttgg gcggcgatgc tatcgcccgc 300
ggcgaaatta agctcagcga tccggtcacg aaatactggc cagaactgac aggcaaacag 360
tggcagggta tccgcctgct gcacttagcc acctatacgg caggcggcct accgctgcag 420
atccccgatg acgttaggga taaagccgca ttactgcatt tttatcaaaa ctggcagccg 480
caatggactc cgggcgctaa gcgactttac gctaactcca gcattggtct gtttggcgmg 540
ctggcggtga aaccctcagg aatgagttac gaagaggcaa tgaccagacg cgtcctgcaa 600
ccattaaaac tggcgcatac ctggattacg gttccgcaga acgaacaaaa agattatgcc 660
wggggctatc gcgaagggaa gcccgtacac gtttctccgg gamaacttga cgccgaagcc 720
tatggcgtga aatccagcgt tattgatatg gcccgctggg ttcaggccaa catggatgcc 780
agccacgttc aggagaaaac gctccagcag ggcattgcgc ttgcgcagtc tcgctactgg 840
cgtattggcg atatgtacca gggattaggc tgggagatgc tgaactggcc gctgaaagct 900
gattcgatca tcaacggcan nnnnngcgac agcaaagtgg cattggcagc gcttcccgcc 960
gttgaggtaa acccgcccgc ccccgcagtg aaa 993
<210> 161
<211> 876
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of CTX1 gene
<400> 161
atggttaaaa aatcactgcg ccagttcacg ctgatggcga cggcaaccgt cacgctgttg 60
ttaggaagtg tgccgctgta tgcgcaaacg gcggacgtac agcaaaaact tgccgaatta 120
gagcggcagt cgggaggcag actgggtgtg gcattgatta acacagcaga taattcgcaa 180
atactttatc gtgctgatga gcgctttgcg atgtgcagca ccagtaaagt gatggccgcg 240
gccgcggtgc tgaagaaaag tgaaagcgaa ccgaatctgt taaatcagcg agttgagatc 300
aaaaaatctg accttgttaa ctataatccg attgcggaaa agcacgtcaa tgggacgatg 360
tcactggctg agcttagcgc ggccgcgcta cagtacagcg ataacgtggc gatgaataag 420
ctgattgctc acgttggcgg cccggctagc gtcaccgcgt tcgcccgaca gctgggagac 480
gaaacgttcc gtctcgaccg taccgagcmg acgttaaaca ccgccattcc gggcgatccg 540
cgtgatacca cttcacctcg ggcaatggcg caaactctgc ggaatctgac gctgggtaaa 600
gcattgggcg acagccaacg ggcgcagctg gtgacatgga tgaaaggcaa taccaccggt 660
gcagcgagca ttcaggctgg actgcctgct tcctgggttg tgggggataa aaccggcagc 720
ggtgrctatg gcaccaccaa cgatatcgcg gtgatctggc caaaagatcg tgcgccgctg 780
attctggtca cttacttcac ccagcctcaa cctaaggcag aaagccgtcg cgatgtatta 840
gcgtcggcgg ctaaaatcgt caccgacggt ttgtaa 876
<210> 162
<211> 876
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of CTX2 gene
<400> 162
atggtgacaa agagagtgca acggatgatg ttcgcggcgg cggcgtgcat tccgctgctg 60
ctgggcagcg cgccgcttta tgcgcagacg agtgcggtgc agcaaaagct ggcggcgctg 120
gagaaaagca gcggagggcg gctgggcgtc gcgctcatcg ataccgcaga taatacgcag 180
gtgctttatc gcggtgatga acgctttcca atgtgcagta ccagtaaagt tatggcggcc 240
gcggcggtgc ttaagcagag tgaaacgcaa aagcagctgc ttaatcagcc tgtcgagatc 300
aagcctgccg atctggttaa ctacaatccg attgccgaaa aacacgtcaa cggcacaatg 360
acgctggcag aactgagcgc ggccgcgttg cagtacagcg acaataccgc catgaacaaa 420
ttgattgccc agctcggtgg cccgggaggc gtgacggctt ttgcccgcgc gatcggcgat 480
gagacgtttc gtctggatcg cactgaacct acgctgaata ccgccattcc cggcgacccg 540
agagacacca ccacgccgcg ggcgatggcg cagacgttgc gtcagcttac gctgggtcat 600
gcgctgggcg aaacccagcg ggcgcagttg gtgacgtggc tcaaaggcaa tacgaccggc 660
gcagccagca ttcgggccgg cttaccgacg tcgtggactg tgggtgataa gaccggcagc 720
ggcgactacg gcaccaccaa tgatattgcg gtgatctggc cgcagggtcg tgcgccgctg 780
gttctggtga cctattttac ccagccgcaa cagaacgcag agagccgccg cgatgtgctg 840
gcttcagcgg cgagaatcat cgccgaaggg ctgtaa 876
<210> 163
<211> 1024
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of DHA gene
<400> 163
tgtaagtttt tctttaggct cttgttataa ataaccgttt gttctgtccg gtgaatctga 60
cgatacttgc cgccgttact cacacacgga aggttaattc tgatgaaaaa atcgttatct 120
gcaacactga tttccgctct gctggcgttt tccgccccgg ggttttctgc cgctgataat 180
gtcgcggcgg tggtggacag caccattaaa ccgctgatgg cacagcagga tattcccggg 240
atggcggttg ccgtctccgt aaagggtaag ccctattatt tcaattatgg ttttgccgat 300
attcaggcaa aacagccggt cactgaaaat acactatttg agctcggatc tgtaagtaaa 360
actttcacag gtgtgctggg tgcggtttct gtggcgaaaa aagagatggc gctgaatgat 420
ccggcggcaa aataccagcc ggagctggct ctgccgcagt ggaaggggat cacattgctg 480
gatctggcta cctataccgc aggcggactg ccgttacagg tgccggatgc ggtaaaaagc 540
cgtgcggatc tgctgaattt ctatcagcag tggcagccgt cccggaaacc gggcgatatg 600
cgtctgtatg caaacagcag tatcggcctg tttggtgctc tgaccgcaaa cgcggcgggg 660
atgccgtatg agcagttgct gactgcacgg atcctggcac cgctggggtt atctcacacc 720
tttattactg tgccggaaag tgcgcaaagc cagtatgcgt acggttataa aaacaaaaaa 780
ccggtccgcg tgtcgccggg acagcttgat gcggaatctt acggcgtgaa atccgcctca 840
aaagatatgc tgcgctgggc ggaaatgaat atggagccgt cacgggccgg taatgcggat 900
ctggaaatgg caatgtatct cgcccagacc cgctactata aaaccgccgc gattaaccag 960
gggctgggct gggaaatgta tgactggccg cagcagaaag atatgatcat taacggtgtg 1020
acca 1024
<210> 164
<211> 729
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of IMP gene
<400> 164
gtattcttta tatttttgtt ttgyagcatt gctaccgcag cagagycttt gccagattta 60
aaaattgaaa arcttgatga aggcgtttat gttcatactt cgtttgaaga agttaacggg 120
tggggcgttk ttcctaaaca tggtttggtk gttcttgtar atgctgargc ttayctaatt 180
gacactccat ttacggctaa agatactgaa aagttagtca cttggtttgt ggarcgtggc 240
tataaaataa aaggcagyat ttcctctcat tttcatagyg acagcacggg cggaatagag 300
tggcttaatt ctcratcyat ccccacgtat gcrtctgaat taacwaatga rctgcttaaa 360
aaagacggta aggttcaagc yamaaattca tttrgcggrg ttaactattg gctagttaaa 420
aataaaattg aagtttttta tccaggcccr ggacacactc cagataacst agtrgtttgg 480
ytgcctgaaa ggaaaatatt attcggtggt tgttttatta aaccgtacgg tytaggyaat 540
ttgggtgacg caaatwtaga agcttggcca aagtccgcya aattattaaw rtccaaatat 600
ggtaaggcaa aactggttgt tccaagtcac agtgaagytg gagacgcatc actcttgaaa 660
cttacattag agcaggcggt taaaggrtta aacgaaagta aaaaaccatc aaaacyaagc 720
aaytaawtt 729
<210> 165
<211> 998
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of OXA gene
<400> 165
gttgggcgaa cccggagcct cattaattgt tagccgttaa aattaagccc tttaccaaac 60
caatacttat tatgaaaaac acaatacata tcaacttcgc tattttttta ataattgcaa 120
atattatcta cagcagcgcc agtgcatcaa cagatatctc tactgttgca tctccattat 180
ttgaaggaac tgaaggttgt tttttacttt acgatgyatc cacaaacgct gaaattgctc 240
aattcaataa agcaaagtgt gcaacgcaaa tggcaccaga ttcaactttc aagatcgcat 300
tatcacttat ggcatttgat gcggaaataa tagatcagaa aaccatattc aaatgggata 360
aaacccccaa aggaatggag atctggaaca gcaatcatac accaaagacg tggatgcaat 420
tttctgttgt ttgggtttcg caagaaataa cccaaaaaat tggattaaat aaaatcaaga 480
attatctcaa agattttgat tatggaaatc aagacttctc tggagataaa gaaagaaaca 540
acggattaac agaagcatgg ctcgaaagta gcttaaaaat ttcaccagaa gaacaaattc 600
aattcctgcg taaaattatt aatcacaatc tcccagttaa aaactcagcc atagaaaaca 660
ccatagagaa catgtatcta caagatctgg akaatagtac aaaactgtat gggaaaactg 720
gtgcaggatt cacagcaaat agaaccttac aaaacggatg gtttgaaggg tttattataa 780
gcaaatcagg acataaatat gtttttgtgt ccgcacttac aggaaacttg gggtcgaatt 840
taacatcaag cataaaagcc aagaaaaatg cgatcaccat tctaaacaca ctaaatttat 900
aaaaaatcta atggcaaaat cgcccaaccc ttcaatcaag tcgggacggc caaaagcaag 960
cttttggctc ccctcgctcg gcgcccctta tttcaaac 998
<210> 166
<211> 1024
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of PER gene
<400> 166
ttcaaaaatg gttgaaaatg cggtaatctg attttgcttc attcgtttta gccctctggg 60
cgttctattt tattcgcaaa atcaattaga tcacgaatga agcacctatt caaatcctaa 120
agatcatacg tatgaaaagg acaatccgat gaatgtcatt ataaaagctg tagttactgc 180
ctcgacgcta ctgatggtat cttttagttc attcgaaacc tcagcgcaat ccccactgtt 240
aaaagagcaa attgaatcca tagtcattgg aaaaaaagcc actgtaggcg ttgcagtgtg 300
ggggcctgac gatctggaac ctttactgat taatcctttt gaaaaattcc caatgcaaag 360
tgtatttaaa ttgcatttag ctatgttggt actgcatcag gttgatcagg gaaagttgga 420
tttaaatcag accgttatcg taaacagggc taaggtttta cagaatacct gggctccgat 480
aatgaaagcg tatcagggag acgagtttag tgttccagtg cagcaactgc tgcaatactc 540
ggtctcgcac agcgataacg tggcctgtga tttgttattt gaactggttg gtggaccagc 600
tgctttgcat gactatatcc agtctatggg tataaaggag accgctgtgg tcgcaaatga 660
agcgcagatg cacgccgatg atcaggtgca gtatcaaaac tggacctcga tgaaaggtgc 720
tgcagagatc ctgaaaaagt ttgagcaaaa aacacagctg tctgaaacct cgcaggcttt 780
gttatggaag tggatggtcg aaaccaccac aggaccagag cggttaaaag gtttgttacc 840
agctggtact gtggtcgcac ataaaactgg tacttcgggt atcaaagccg gaaaaactgc 900
ggccactaat gatttaggta tcattctgtt gcctgatgga cggcccttgc tggttgctgt 960
ttttgtgaaa gactcagccg agtcaagccg aaccaatgaa gctatcattg cgcaggttgc 1020
tcag 1024
<210> 167
<211> 861
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of SHV gene wherein n is unknown nucleotide.
<400> 167
atgcgttatw ttcgcctgtg tattatctcc ctgttagcca ccmtgccgct ggcggtacac 60
gccagcccgc agccgcttga gcaaattaaa cwaagcgaaa gccagctgtc gggcmgcgta 120
ggcatgatag aaatggatct ggccagcnnn cgcacsctga ccgcctggcg cgccgatgra 180
cgctttccca tgatragcac ctttaaagta gtgctctgcg gcgcagtgct ggcgcgggtg 240
gatgccggtg acgaacagct ggagcgaaag atccactatc gccagcagga tctggtggac 300
tactcgccgg tcagcgaaaa acaycttgcc gacggcatga cggtcggcga actctgygcc 360
gccgycatta ccatgagcga taacagcgyc gccaatctrc trytssssac cgtcggcggc 420
cccgyaggat tgactgcctt tttgcgccag atcgrcgaca acgtcacccg ccttgaccgc 480
tgggaaacgg aactgaatga ggcgcttccc ggcgaygccc gcgacaccac taccccggcc 540
agcatggccg cgaccctgcg caasstgctg accagccagc gtctgagcgc ccgttcgcaa 600
ckgcagctgc tgcagtggat ggtggacgat cgrgtcgccg gaccgttgat ccgytccgtg 660
ctgycggcgg gctggtttat cgccgataag accggagctr scrarcgggg tgcgcgcggs 720
attgtcgccc tgcttggccc gaataacaaa gcagagcgsa tygtggtgat ttatctgcgg 780
gatacscygg cgagcatggc cgagcgaaat cagcaaatcg ccgggatcgg cgcggcgctg 840
atcgagcact ggcaacgcta a 861
<210> 168
<211> 1024
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of TEM gene
<400> 168
atgagtattc aacatttycg tgtcgccctt attccctttt ttgcggcatt ttgccttcct 60
gtttttgctc acccagaaac gctggtgaaa gtaraagatg ctgaagatma gttgggtgca 120
cgagtgggtt acatcgarct ggatctcaac agcggtaaga tycttgagag ttttcgcccc 180
gaagaacgtt ttccaatgnt gagcactttt aaagttctgc tatgtggygc ggtattatcc 240
cgtgttgacg ccgggcaaga gcaactcggt cgccgcatac actattctca gaatgacttg 300
gttragtact caccagtcac agaaaagcat cttacggatg gcatgacagt aagagaatta 360
tgcartgctg ccrtaaccat grgtgataac actgckgcca acttacttct gacaacratc 420
ggaggaccga aggagctaac cgcttttttg crcaacatgg gggatcatgt aacycgcctt 480
gatcrtygkg aaccggagct gaatgaagcc ataccaaacg acgagcgtga caccacgayg 540
cctgcagcaa tggcaacaac gttgcgcaaa ctattaactg gcgaactact tactctagct 600
tcccrgcaac aattaataga ctggatggag gcggataaag ttgcaggacc acttctgcgc 660
tcggcccttc cggctggctg gtttattgct gataaatctg gagcyrgtra gcgtggrtct 720
vgcggtatca ttgcagcact ggggccagat ggtaagccct cccgtatcgt agttatctac 780
acgacgggga gtcaggcaac tatggatgaa craratagac agatcgyyga gataggtgcc 840
tcactgatta agcattggta actgtcagac caagtttact catatatact ttagattgat 900
ttaaaacttc atttttaatt taaaaggatc taggtgaaga tcctttttga taatctcatg 960
accaaaatcc cttaacgtga gttttcgttc cactgagcgt cagaccccga taatgctctg 1020
ccgc 1024
<210> 169
<211> 913
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of VIM gene
<400> 169
gttatgccgc actcaccccc atggagtttt gatgttcaaa cttttgagta agttattggt 60
ctatttgacc gcgtctatca tggctattgc gagtccgctc gctttttccg tagattctag 120
cggygagtat ccgacagtca gcgaaattcc ggtcggggag gtccggcttt accagattgc 180
cgatggtgtt tggtcgcata tcgcaacgca gtcgtttgat ggcgcagtct acccgtccaa 240
tggtctcatt gtccgtgatg gtgatgagtt gcttttgatt gatacagcgt ggggtgcgaa 300
aaacacagcg gcacttctcg cggagattga gaagcaratt ggacttcctg taacgcgtgc 360
agtctccacg cactttcatg acgaccgcgt cggcggcgtt gatgtccttc gggcggctgg 420
ggtggcaacg tacgcatcac cgtcgacacg ccggctagcc gaggtagagg ggaacgagat 480
tcccacgcac tctctagaag gactctcatc gagcggggac gcagtgcgct tyggtccagt 540
agaactcttc tatcctggtg ctgcgcattc gaccgacaac ttagttgtgt acgtcccgtc 600
tgcgagtgtg ctctatggtg gttgtgcgat ttatgagttg tcacgcacgt ctgcggggaa 660
cgtggccgat gccgatctgg ctgaatggcc cacctccatt gagcggattc aacaacacta 720
cccggaagca cagttcgtca ttccggggca cggcctgccg ggcggtctag acttgctcaa 780
gcacacaacg aatgttgtaa aagcgcacac aaatcgctca gtcgttgagt agcaggcaga 840
tgcggcataa catgaagttg cagccgacca tcactccgct gcgctccgtt ctggcggctg 900
aacttcggcg tta 913
<210> 170
<211> 732
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of ermA gene
<400> 170
atgaaccaga aaaaccctaa agacacgcaa aattttatta cttctaaaaa gcatgtaaaa 60
gaaatattga atcacacgaa tatcagtaaa caagacaacg taatagaaat cggatcagga 120
aaaggacatt ttaccaaaga gctagtcaaa atgagtcgat cagttactgc tatagaaatt 180
gatggaggct tatgtcaagt gactaaagaa gcggtaaacc cctctgagaa tataaaagtg 240
attcaaacgg atattctaaa attttccttc ccaaaacata taaactataa gatatatggt 300
aatattcctt ataacatcag tacggatatt gtcaaaagaa ttacctttga aagtcaggct 360
aaatatagct atcttatcgt tgagaaggga tttgcgaaaa gattgcaaaa tctgcaacga 420
gctttgggtt tactattaat ggtggagatg gatataaaaa tgctcaaaaa agtaccacca 480
ctatattttc atcctaagcc aagtgtagac tctgtattga ttgttcttga rcgacatcaa 540
ccattgattt caaagaagga ctacaaaaag tatcgatctt ttgtttataa gtgggtaaac 600
cgtgaatatc gtgttctttt cactaaaaac caattccgac aggctttgaa gcatgcaaat 660
gtcactaata ttaataaact atcgaaggaa caatttcttt ctattttcaa tagttacaaa 720
ttgtttcact aa 732
<210> 171
<211> 738
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of Spn ermB gene
<400> 171
atgaacaaaa atataaaata ttctcaaaac tttttaacga gtgaaaaagt actcaaccaa 60
ataataaaac aattgaattt aaaagaaacc gataccgttt acgaaattgg aacaggtaaa 120
gggcatttaa cgacgaaact ggctaaaata agtaaacagg taacgtctat tgaattagac 180
agtcatctat tcaacttatc gtcagaaaaa ttaaaactga acattcgtgt cactttaatt 240
caccaagata ttctacagtt tcaattccct aacaaacaga ggtataaaat tgttgggaat 300
attccttacc atttaagcac acaaattatt aaaaaagtgg tttttgaaag ccatgcgtct 360
gacatctatc tgattgttga agaaggattc tacaagcgta ccttggatat tcaccgaaca 420
ctagggttgc tcttgcacac tcaagtctcg attcagcaat tgcttaagct gccagcggaa 480
tgctttcatc ctaaaccaaa agtaaacagt gtcttaataa aacttacccg ccataccaca 540
gatgttccag ataaatattg gaagctatat acgtactttg tttcaaaatg ggtcaatcga 600
gaatatcgtc aactgtttac taaaaatcag tttcatcaag caatgaaaca cgccaaagta 660
aacaatttaa gtaccgttac ttatgagcaa gtattgtcta tttttaatag ttatctatta 720
tttaacggga ggaaataa 738
<210> 172
<211> 875
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of ermC gene
<400> 172
attttataag gaggaaaaaa tatgggcatt tttagtattt ttgtaatcag cacagttcat 60
tatcaaccaa acaaaaaata agtggttata atgaatcgtt aataagcaaa attcatataa 120
ccaaattaaa gagggttata atgaacgaga aaaatataaa acacagtcaa aactttatta 180
cttcaaaaca taatatagat aaaataatga caaatataag attaaatgaa catgataata 240
tctttgaaat cggctcagga aaaggscatt ttacccttga attagtamag aggtgtaatt 300
tcgtaactgc cattgaaata gaccataaat tatgcaaaac tacagaaaat aaacttgttg 360
atcacgataa tttccaagtt ttaaacaagg atatattgca gtttaaattt cctaaaaacc 420
aatcctataa aatatwyggt aatatacctt ataacataag tacrgatata atacgcaaaa 480
ttgtttttga tagtatagct ratgagattt atttaatcgt ggaatacgrg tttgctaaaa 540
gattattaaa tacaaaacgc tcattggcat tayttttaat ggcagaagtt gatatttcta 600
tattaagtat ggttccaaga gaatattttc atcctaaacc taaagtgaat agctcactta 660
tcagattaaa tagaaaaaaa tcaagaatat cacacaaaga taaacagaag tataattatt 720
tcgttatgaa atgggttrac aaagaataca agaaaatatt tacaaaaaat caatttaaca 780
attccttaaa acatgcagga attgacgatt taaacaatat tagctttgaa caattcttat 840
ctcttttcaa tagctataaa ttatttaata agtaa 875
<210> 173
<211> 1024
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of mef gene
<400> 173
aaattatgga aaaatacaac aattggaaac gaaaatttta tgcaatatgg gcagggcaag 60
cagtatcatt aatcactagt gccatcctgc aaatggcgat tattttttac cttacagaaa 120
aaacaggatc tgcgatggtc ttgtctatgg cttcattagt aggtttttta ccctatgcga 180
ttttgggacc tgccattggt gtgctagtgg atcgtcatga taggaagaag ataatgattg 240
gtgccgattt aattatcgca gcagctggtg cagtgcttgc tattgttgca ttctgtatgg 300
agctacctgt ctggatgatt atgatagtat tgtttatccg tagcattgga acagcttttc 360
ataccccagc actcaatgcg gttacaccac ttttagtacc agaagaacag ctaacgaaat 420
gcgcaggcta tagtcagtct ttgcagtcta taagctatat tgttagtccg gcagttgcag 480
cactcttata ctccgtttgg gatttaaatg ctattattgc catcgacgta ttgggtgctg 540
tgattgcatc tattacggta gcaattgtac gtatacctaa gctgggtaat caagtgcaaa 600
gtttagaacc aaatttcata agggagatga aagaaggagt tgtggttctg agacaaaaca 660
aaggattgtt tgccttatta ctcttaggaa cactatatac ttttgtttat atgccaatca 720
atgcactatt tcctttaata agcatggaac actttaatgg aacgcctgtg catatttcta 780
ttacggaaat ttcctttgca tttgggatgc tagcaggagg cttattatta ggaagattag 840
ggggcttcga aaagcatgta ttactaataa caagttcatt ttttataatg gggaccagtt 900
tagccgtttc gggaatactt cctccaaatg gatttgtaat attcgtagtt tgctgtgcaa 960
taatggggct ttcggtgcca ttttatagcg gtgtgcaaac agctcttttt caggagaaaa 1020
ttaa 1024
<210> 174
<211> 1024
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of mecA gene
<400> 174
ctccatatca caaaaattat aacattattt tgacataaat actacatttg taatatacta 60
caaatgtagt cttatataag gaggatattg atgaaaaaga taaaaattgt tccacttatt 120
ttaatagttg tagttgtcgg gtttggtata tatttttatg cttcmaaaga taaagaaatt 180
aataatacta ttgatgcaat tgaagataaa aatttcaaac aagtttataa agatagcagt 240
tatatttcta aaagcgataa tggtgaagta gaaatgactg aacgtccgat aaaaatatat 300
aatagtttag gcgttaaaga tataaacatt caggatcgta aaataaaaaa agtatctaaa 360
aataaaaaac gagtagatgc tcaatataaa attaaaacaa actacggtaa cattgatcgc 420
aacgttcaat ttaattttgt taaagaagat ggtatgtgga agttagattg ggatcatagc 480
gtcattattc caggaatgca gaaagaccaa agcatacata ttgaaaawtt aaaatcagaa 540
cgtggtaaaa ttttagaccg aaacaatgtg gaattggcca atacaggaac agcatatgag 600
attaggcatc gttccaaaga atgtatctaa aaaagattat aaagcaatcg ctaaagaact 660
aagtatttct gaagactata tcaaacaaca aatggatcaa aaktgggtac aagatgatac 720
cttcgttcca ctttaaaacc gttaaaaaaa tggatgaata tttaagkgat ttcgcaaaaa 780
aatttcatct tacaactaat gaaacagaaa gtcgtaacta tcctctagra aaagcgactt 840
cacatctatt aggttatgtt ggtcccatta actctgaaga attaaaacaa aaagaatata 900
aaggctataa agatgatgca gttattggta aaaagggact cgaaaaactt tacgataaaa 960
agctccaaca tgaagatggc tatcgtgtca caatcgttga cgataatagc aatacaatcg 1020
caca 1024
<210> 175
<211> 1024
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of pbp2b gene
<400> 175
atggctgtta ttgcctctat ttcaaaggag atgcctggca ttagtatttc tacttcttgg 60
gatagaaagg ttttrgaaac ytcyctttct tctatagtwg gkagtgtatc cagtgaaaaa 120
gctggtctcc cagcggaaga agyrgawrcc tatcttaaaa aaggytattc tctaaatgay 180
cgtgtwggaa cctcctattt ggaaaagcaa tatgaagaga ccttacaagg raaacgctcg 240
gtaaaagaaa tccatctgga taaatatggc aayatggaaa gygtggatac aattgaggaa 300
ggtagtaagg gaaacaatat caaactgacc attgatttgg ctttcaagat agygtggatg 360
ctttrytgaa aagttatttc aattcygagc tagraaatgg kggagccaag tattctgarg 420
gtgtytatgc agtygcyytk aayccmaaaa caggtgckgt tttgtctatg tcaggrmtya 480
aacatgacyt gaamacggga gagttrackc ckgattcctt gggaacggta accaatgtct 540
ttgtyccagg ktcrgtwgty aaggcbgcka ccatcagctc wggytgggaa aatggwgtyt 600
trtcaggaaa ccaraccttr acagaycagy cyattgtytt ycaaggttca kctccmatyw 660
attcttggta tamwydggcw tayggwtcwt tycctatyac agcdgtssaa gcyytggagt 720
attcatcwaa trsytayatg gtycaaacmg cyytwggwmt yatgggscar acytaycaac 780
cmaatatgtt tgtyggmacc agcaatytrg arwcwgctat ggrraaaytk cgtkcracct 840
ttggcgaata tggcttgggb dctgcgachg grattgacct accagatgaa tctactggat 900
ttgttcccaa agagtatagc tttgctaatt acatyacyaa tgcctttggg cagtttgata 960
actatacgcc satgcagttg gctcagtatg tagcaactat tgcaaatrat ggtgttcgtg 1020
tggc 1024
<210> 176
<211> 1024
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of Pae gyrA gene wherein n is unknown
nucleotide.
<400> 176
nnnnnnnvvn vnnnnnnnnn tgcattgaac gaggcgactg gaggtcgtcc ccgccagggc 60
ctttgccttg ggctggggcg tgggctgtgg taagctccga cggttattcg agcgccccgc 120
ggaggggcct cgagagtgcg cgaatccttg actcaagtcg ttgatttgta gtgagttggc 180
gctgctcggg catgcgccga cctacttcgt ttgcctcagg atcgaggcgg cgaagttcca 240
ccagaaaaag gaaccaggct tctcatgggc gaactggcca aagaaattct cccggtcaat 300
atcgaagacg agctgaaaca gtcctatctc gactacgcga tgagcgtgat cgtcgggcgg 360
gccctgccgg atgcacgtga cggcctgaag ccggtgcacc gccgtgtgct ttatgccatg 420
agcgagctgg gcaacgactg gaacaagccc tacaagaaat cckcycgwgt ggtcggcgac 480
gtgatcggta agtaccaccc rcacggcgac aycscrgtct acvvmaccat cgtgcgyatg 540
gcgcagccgt tctcgctgcg ctacatgctg gtagacggcc wgggcaactt cggttcggtg 600
gacggcgaca acgccgcagc catgcgatac accgaagtgc gcatggccaa gctggcccac 660
gaactgctgg cggacctgga aaaggaaacc gtcgactggg tgcccaacta cgatggcacc 720
gagcagatcc cggcggtcat gccgaccaag attcccaacc tgctggtcaa cggttccagc 780
ggtatcgccg tgggcatggc gaccaacatc ccgccgcaca acctcggcga agtgatcgac 840
ggctgcctgg cgctgatgga caaccccgac ctgaccgtcg atgagctgat gcagtacatc 900
cccggtccgg acttccccac cgccggcatc atcaacggcc gcgccgggat catcgaggcc 960
taccgcaccg gtcgcgggcg catctacatc cgtgcccgcg ccgtcgtcga ggagatggag 1020
aagg 1024
<210> 177
<211> 1024
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of Sau gyrA gene
<400> 177
atggctgaat tacctcaatc aagaataaat gaacgaaata ttaccagtga aatgcgtgaa 60
tcatttttag attatgcgat gagygttatc gttgctcgtg cattgccaga tgttcgtgac 120
ggtttaaaac cagtacatcg tcgtatacta tatggattaa atgaacaagg tatgacaccg 180
gataaatcat ataaaaaatc agcacgtatc gttggtgacg taatgggtaa atatcaccct 240
catggtgact yayctatyta trragcaatg gtacgtatgg ctcaagattt cagttatcgt 300
tatccgctkg ttgatggcca aggtaacttt ggttcaatgg atggagatgg cgcagcagca 360
atgcgttata ctgaagcrcg tatgactaaa atcacacttg aactgttacg tgatattaat 420
aaagatacaa tagattttat cgataactat gatggtaatg aaagagagcc gtcagtctta 480
cctgctcgat tccctaaytt rttagccaat ggwgcatcag gtatmgcggt aggtatggca 540
acgaatattc caccacataa cttaacagaa ttratcaatg gtgtacttag cttaagtaag 600
aaycctgata tttcaattgc tgagttaatg gargatattg aaggtcctga tttcccwact 660
gctggactta ttttaggtaa gagtggtatt agacgygcat atgaaacagg tcgtggttca 720
attcaaatgc gttctcgtgc agttattgaa gaacgtggag gcsgacgtca acgtattgtt 780
gtcactgaaa ttcctttcca agtgaataag gctcgtatga ttgaaaaaat tgcagarcty 840
gttcgtgaca agaaaattga cggtatyact gatttacgtg atgaaacaag tttacgtact 900
ggtgtgcgtg tcgttattga tgtgcgtaag gatgcmaatg ctagtgtcat tttaaataac 960
ttatacaaac aaacrccwct tcaaacatca tttggtgtga atatgattgc wctwgtraat 1020
ggta 1024
<210> 178
<211> 1024
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of Sau ParC
<400> 178
gtgagtgaaa taattcaaga tttatcactt gaagatgttt taggtgatcg ctttggaaga 60
tatagtaaat atattattca agagcgtgca ttgccagatg ttcgtgatgg tttaaaaccm 120
gtacaacgtc gtattttata ygcaatgtat tcaagtggta atacacacga taaaaatttc 180
cgtaaaagtg cgaaaacagt cggtgatgtt attggtcaat atcatccaca tggagacthc 240
tcagtgtacr ragcaatggt ccgtttaagt caagactgga agttacgaca tgtcttaata 300
gaaatgcatg gtaataatgg tagtatcgat aatgatccrc cagcggcaat gcgttacact 360
gaagctaagt taagcytact agctgaagag ttattacgtg atattaataa agagacagtt 420
tcyttcatty caaactatga tgatacgacr ctcgaaccaa tggtattgcc atcaagattt 480
cctaacttac tagtgaatgg ttctacaggt atatctgcag gttacgcgac agatatacca 540
ccacataatt tagctgaagt gattcaagca acacttaaat atattgataa tccrgatatt 600
acagtcaatc aattaatgaa atatattaaa ggtcctgatt ttccaactgg yggtattatt 660
caaggtattg atggtattaa aaaagcttat gaatcaggta aaggtagaat tatagttcgt 720
tctaaagttg aagaagaaac tttacgcaat ggacgtaaac agttaattat tactgaaatt 780
ccatatgaag tgaacaaarg tagcttagta aaacgtatcg atgaattacg tgctgacaaa 840
aaagtcgatg gtatcgttga agtacgtgat gaaactgata gaactggttt acgaatagca 900
attgaattga aaaaagatgt gaacagtgaa tcaatcaaaa attatcttta taaaaactct 960
gatttacaga tttcatataa tttcaacatg gtcgctatta gtgatggtcg tccaaaattg 1020
atgg 1024
<210> 179
<211> 1024
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of Sau ParE gene
<400> 179
atgaataaac aaaataatta ttcagatgat tcaatacagg ttttagaggg gttagaagca 60
gttcgtaaaa gacctggtat gtatattgga tcaactgata aacggggatt acatcatcta 120
gtatatgaaa ttgtcgataa ctccgtcgat gaagtattga atggttacgg taacgaaata 180
gatgtaacaa ttaataaaga tggtagtatt tctatagaag ataatggacg tggtatgcca 240
acaggtatac ataaatcagg taaaccgaca gtcgaagtta tctttactgt tttacatgca 300
ggaggtaaat ttggacaagg yggctataaa acttcaggtg gtcttcacgg ygttggtgct 360
tcagtkgtaa atgcattgag tgaatggctt gaagttgaaa tccatcgaga tggtartata 420
tatcatcaaa gttttaaaaa cggtggttcg ccatcttcwg gtttagtgaa aaaaggtaaa 480
actaagaaaa caggtaccaa agtaacattt aaacctgatg acacaatttt taaagcatct 540
acatcattta attttgatgt tttaagygaa cgactacaag agtctgcgtt cttattgaaa 600
aatttaaaaa taacgcttaa tgatttacgc agtggtaaag agcgtcaaga gcattaccat 660
tatgaagaag gaatcaaaga gtttgttagt tatgtcaatg aaggaaaaga agttttgcat 720
gacgtggcta cattttcagg tgaagcaaat ggtatagagg tagacgtagc tttccaatat 780
aatgatcaat attcagaaag tattttaagt tttgtaaata atgtacgtac taaagatggt 840
ggtacacatg aagttggttt taaaacagca atgacacgyg tatttaatga ttatgcacgt 900
cgtattaatg aacttaaaac aaaagataaa aacttagatg gtaatgatat tcgtgaaggt 960
ttaacagctg ttgtgtctgt tcgtattcca gaagaattat trcaatttga aggacaaacg 1020
aaat 1024
<210> 180
<211> 1024
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of VanA gene
<400> 180
atgaatagaa taaaagttgc aatactgttt gggggttgct cagaggagca tgacgtatcg 60
gtaaaatctg caatagagat agccgctaac attaataaag aaaaatacga gccgttatac 120
attggaatta cgaaatctgg tgtatggaaa atgtgcgaaa aaccttgcgc ggaatgggaa 180
aacgacaatt gctattcagc tgtactctcg ccggataaaa aaatgcacgg attacttgtt 240
aaaaagaacc atgaatatga aatcaaccat gttgatgtag cattttcagc tttgcatggc 300
aagtcaggtg aagatggatc catacaaggt ctgtttgaat tgtccggtat cccttttgta 360
ggctgcgata ttcaaagctc agcaatttgt atggacaaat cgttgacata catcgttgcg 420
aaaaatgctg ggatagctac tcccgccttt tgggttatta ataaagatga taggccggtg 480
gcagctacgt ttacctatcc tgtttttgtt aagccggcgc gttcaggctc atccttcggt 540
gtgaaaaaag tcaatagcgc ggacgaattg gactacgcaa ttgaatcggc aagacaatat 600
gacagcaaaa tcttaattga gcaggctgtt tcgggctgtg aggtcggttg tgcggtattg 660
ggaaacagtg ccgcgttagt tgttggcgag gtggaccaaa tcaggctgca gtacggaatc 720
tttcgtattc atcaggaagt cgagccggaa aaaggctctg aaaacgcagt tataaccgtt 780
cccgcagacc tttcagcaga ggagcgagga cggatacagg aaacggcaaa aaaaatatat 840
aaagcgctcg gctgtagagg tctagcccgt gtggatatgt ttttacaaga taacggccgc 900
attgtactga acgaagtcaa tactctgccc ggtttcacgt catacagtcg ttatccccgt 960
atgatggccg ctgcaggtat tgcacttccc gaactgattg accgcttgat cgtattagcg 1020
ttaa 1024
<210> 181
<211> 1024
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> nucleotide sequence of VanB gene wherein n is unkown nucleotide
<400> 181
tcagtttgtt tataccgatt gctcgcagaa agtgcttgac catccctttt tgtcgcagct 60
tttaaggatg ccgaatgtga tcatcacacc ccatacggcg tactacactg agcgtgtgct 120
gcrrgatacy acagaaaann caatcaggaa ttgtctyaay tttgaaagga gtttacagca 180
tgaataraat aaaagtcgca atyatcttcg gcggttgctc ggaggaacat gatgtgtcgg 240
taaaatccgc aatagaaatt gctgcgaaca ttratackga aaaattcgat ccgcactaca 300
tcggaattac aaaaarsggy gtatggaagc tatgcaagaa gccatgtacg gaatgggaag 360
ccgayagtct ccccgccata ytctccccgg ataggaaaac gcatggkctg cttgtcatga 420
aagaaagmga atacgaaacw cggcgtattg aygtggcttt cccrgttttg catggcaaat 480
gcggggagga yggntgcgat mcagggdytr tttgwattgt ctggyatccc ctatgtrggc 540
tgygatattc aaagctccgc agyttgcrtg gacaaatcac tggcctacat tcttacaaaa 600
aatgcgggca tcgccgtycc cgaatttcaa atkattgawa aaggtgacaa rccggagrcg 660
rgkrcgctta cctaccctgt ctttgtgaag ccggcacggt caggttcgtc ctttggckta 720
accaaagtaa acrgtacgga agaactwaac gctgcgatag aagcrgcagg acaatatgat 780
ggaaaaatct taattgagca agcgatttcg ggctgtgagg tcggstgygc ggtyatgggr 840
aacgaggatg atttgattgt cggcgaagtg gatcaaatcc ggytgagcca yggtatcttc 900
cgcatccatc aggaaaacga gccggaaaaa ggmtcagara atgcgatgat taymgttcch 960
gcagacatyc crgtcgrgga acgaaawcgg gtgcargaaa cggcaaagaa agtatatcgg 1020
gtgc 1024
Claims (21)
- 서열번호 1의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 2의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 3의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 4의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 5의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 6의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 7의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 8의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오 티드세트로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 9의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 10의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 11의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 12의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드세트로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 13의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 14의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 15의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 16의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 17의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 18의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 19의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 20의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드세트로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 21의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 22의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 23의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 24의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드세트; 서열번호 25의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 26의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 27의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 28의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 29의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 30의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 31의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 32의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드세트로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 33의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고 뉴클레오티드 및 서열번호 34의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 35의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 36의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드세트로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 37의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 38의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 39의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 40의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 41의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 42의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레 오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 43의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 44의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드세트로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 45의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 46의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 47의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 48의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드세트; 서열번호 49의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 50의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택 된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 및 서열번호 51의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 52의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드세트;로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 세트로 이루어진 군으로부터 선택된 aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB 중의 하나 이상의 표적 서열을 증폭하기 위한 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트.
- 제1항에 있어서, 상기 표적 서열은 aataph의 425번 내지 890번 뉴클레오티드 영역, ant의 343번 내지 722번 뉴클레오티드 영역, aph의 1618번 내지 2081번 뉴클레오티드 영역, CMY1의 256번 내지 449번 뉴클레오티드 영역, CMY2의 508번 내지 738번 뉴클레오티드 영역, CTX1의 55번 내지 571번 뉴클레오티드 영역, CTX2의 346번 내지 688번 뉴클레오티드 영역, DHA의 630번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역, IMP의 361번 내지 639번 뉴클레오티드 영역, OXA의 436번 내지 865번 뉴클레오티드 영역, PER의 370번 내지 559번 뉴클레오티드 영역, SHV의 116번 내지 336번 뉴클레오티드 영역, TEM의 425번 내지 783번 뉴클레오티드 영역, VIM의 572번 내지 848번 뉴클레오티드 영역, ermA의 138번 내지 597번 뉴클레오티드 영역, ermB의 127번 내 지 390번 뉴클레오티드 영역, ermC의 40번 내지 290번 뉴클레오티드 영역, mef의 46번 내지 288번 뉴클레오티드 영역, mecA의 2933번 내지 3216번 뉴클레오티드 영역, Spn pbp2b의 294번 내지 975번 뉴클레오티드 영역, Pae gyrA의 399번 내지 703번 뉴클레오티드 영역, Sau gyrA의 164번 내지 317번 뉴클레오티드 영역, Sau parC의 38번 내지 497번 뉴클레오티드 영역, Sau parE의 1166번 내지 1501번 뉴클레오티드 영역, vanA의 106번 내지 442번 뉴클레오티드 영역, 및 vanB의 847번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역으로 이루어진 것인 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트.
- 제1항에 있어서, 서열번호 1 및 서열번호 2의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 3 및 서열번호 4의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 5 및 서열번호 6의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 7 및 서열번호 8의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 9 및 서열번호 10의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 11 및 서열번호 12의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 13 및 서열번호 14의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 15 및 서열번호 16의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 17 및 서열번호 18의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 19 및 서열번호 20의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 21 및 서열번호 22의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고 뉴클레오티드 세트; 서열번호 23 및 서열번호 24의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 25 및 서열번호 26의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 27 및 서열번호 28의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 29 및 서열번호 30의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 31 및 서열번호 32의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 33 및 서열번호 34의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 35 및 서열번호 36의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 37 및 서열번호 38의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 39 및 서열번호 40의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 41 및 서열번호 42의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 43 및 서열번호 44의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 45 및 서열번호 46의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 47 및 서열번호 48의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 49 및 서열번호 50의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 및 서열번호 51 및 서열번호 52의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트;로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 세트를 포함하는, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB 중의 하나 이상의 표적 서열을 증폭하기 위한 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트.
- 제3항에 있어서, 서열번호 1 및 서열번호 2의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 3 및 서열번호 4의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 5 및 서열번호 6의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 7 및 서열번호 8의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 9 및 서열번호 10의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 11 및 서열번호 12의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 13 및 서열번호 14의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 15 및 서열번호 16의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 17 및 서열번호 18의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 19 및 서열번호 20의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 21 및 서열번호 22의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 23 및 서열번호 24의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 25 및 서열번호 26의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 27 및 서열번호 28의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 29 및 서열번호 30의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 31 및 서열번호 32의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 33 및 서열번 호 34의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 35 및 서열번호 36의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 37 및 서열번호 38의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 39 및 서열번호 40의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 41 및 서열번호 42의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 43 및 서열번호 44의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 45 및 서열번호 46의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 47 및 서열번호 48의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 서열번호 49 및 서열번호 50의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트; 및 서열번호 51 및 서열번호 52의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 세트;를 포함하는, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 표적 서열을 증폭하기 위한 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트.
- 서열번호 53 내지 55로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, aataph의 425번 내지 890번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 56 내지 57로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ant의 343번 내지 722번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 58 내지 59로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, aph의 1618번 내지 2081번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 60 내지 61로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CMY1의 256번 내지 449번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 62 내지 64로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CMY2의 508번 내지 738번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 65 내지 66로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CTX1의 55번 내지 571번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 67 내지 68로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CTX2의 346번 내지 688번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 69 내지 70로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, DHA의 630번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 71 내지 73으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, IMP의 361번 내지 639번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 74 내지 75로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, OXA의 436번 내지 865번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 76 내지 77로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, PER의 370번 내지 559번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 78 내지 79로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, SHV의 116번 내지 336번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 80 내지 81로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, TEM의 425번 내지 783번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 82 내지 83로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, VIM의 572번 내지 848번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 84 내지 85로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermA의 138번 내지 597번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 86 내지 87로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermB의 127번 내지 390번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 88 내지 92로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermc의 40번 내지 290번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 93 내지 95로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, mef의 46번 내지 288번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 96 내지 101로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, mecA의 2933번 내지 3216번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 102 내지 103로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, vanA의 106번 내지 442번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 104 내지 105로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, vanB의 847번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 106,108,110,112,114,116,118,120,및 122로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Pae 야생형 gyrA의 399번 내지 703번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 124,126,128,및 130로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 gyrA의 164번 내지 317번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 132,134, 및 136로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 parC의 38번 내지 497번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 138,및 140로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 parE의 1166번 내지 1501번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브; 및서열번호 142,144,146,148,150,152 및 154로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Spn 야생형 pbp2b의 294번 내지 975번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;로 이루어진 군으로부터 선택된, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 하나 이상의 표적 서열의 존재 또는 부존재를 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트.
- 제5항에 있어서, 서열번호 53 내지 55의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, aataph의 425번 내지 890번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 56 내지 57의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ant의 343번 내지 722번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 58 내지 59의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보 적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, aph의 1618번 내지 2081번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 60 내지 61의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CMY1의 256번 내지 449번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 62 내지 64의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CMY2의 508번 내지 738번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 65 내지 66의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CTX1의 55번 내지 571번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 67 내지 68의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CTX2의 346번 내지 688번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 69 내지 70의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보 적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, DHA의 630번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 71 내지 73의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, IMP의 361번 내지 639번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 74 내지 75의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, OXA의 436번 내지 865번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 76 내지 77의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, PER의 370번 내지 559번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 78 내지 79의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, SHV의 116번 내지 336번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 80 내지 81의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보 적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, TEM의 425번 내지 783번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 82 내지 83의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, VIM의 572번 내지 848번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 84 내지 85의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermA의 138번 내지 597번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 86 내지 87의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermB의 127번 내지 390번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 88 내지 92의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermc의 40번 내지 290번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 93 내지 95의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보 적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, mef의 46번 내지 288번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 96 내지 101의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, mecA의 2933번 내지 3216번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 102 내지 103의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, vanA의 106번 내지 442번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 104 내지 105의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, vanB의 847번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 106,108,110,112,114,116,118,120,및 122의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Pae 야생형 gyrA의 399번 내지 703번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 124,126,128,및 130의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 gyrA의 164번 내지 317번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 132,134, 및 136의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 parC의 38번 내지 497번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 138,및 140의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 parE의 1166 내지 1501번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브; 및서열번호 142,144,146,148,150,152 및 154의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Spn 야생형 pbp2b의 294번 내지 975번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;로 이루어진 군으로부터 선택된, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 하나 이상의 표적 서열의 존재 또는 부존재를 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트.
- 제5항에 있어서, 서열번호 53 내지 55의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, aataph의 425번 내지 890번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 56 내지 57의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ant의 343번 내지 722번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 58 내지 59의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, aph의 1618번 내지 2081번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 60 내지 61의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CMY1의 256번 내지 449번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 62 내지 64의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CMY2의 508번 내지 738번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 65 내지 66의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CTX1의 55번 내지 571번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 67 내지 68의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, CTX2의 346번 내지 688번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 69 내지 70의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, DHA의 630번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 71 내지 73의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, IMP의 361번 내지 639번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 74 내지 75의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, OXA의 436번 내지 865번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 76 내지 77의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, PER의 370번 내지 559번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 78 내지 79의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, SHV의 116번 내지 336번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 80 내지 81의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상 보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, TEM의 425번 내지 783번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 82 내지 83의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, VIM의 572번 내지 848번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 84 내지 85의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermA의 138번 내지 597번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 86 내지 87의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermB의 127번 내지 390번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 88 내지 92의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, ermc의 40번 내지 290번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 93 내지 95의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, mef의 46번 내지 288번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 96 내지 101의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, mecA의 2933번 내지 3216번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프 로브;서열번호 102 내지 103의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, vanA의 106번 내지 442번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 104 내지 105의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, vanB의 847번 내지 1045번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 106,108,110,112,114,116,118,120,및 122의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Pae 야생형 gyrA의 399번 내지 703번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 124,126,128,및 130의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 gyrA의 164번 내지 317번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 132,134, 및 136의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 parC의 38번 내지 497번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레 오티드 프로브;서열번호 138,및 140의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 야생형 parE의 1166번 내지 1501번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브; 및서열번호 142,144,146,148,150,152 및 154의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Spn 야생형 pbp2b의 294번 내지 975번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;로 이루어진 군으로부터 선택된, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 하나 이상의 표적 서열의 존재 또는 부존재를 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트.
- 제5항에 있어서, 서열번호 107,109,111,113,115,117,119,121,및 123로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Pae 돌연변이형 gyrA의 399번 내지 703번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴 클레오티드 프로브;서열번호 125,127,129,및 131로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 gyrA의 164번 내지 317번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 133,135, 및 137로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 parC의 38번 내지 497번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 139,및 141로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 parE의 1166번 내지 1501번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브; 및서열번호 143,145,147,149,151,153 및 155로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열 내의 10개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Spn 돌연변이형 pbp2b의 294번 내지 975번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;로 이루어진 군으로부터 선택된 Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 유전자의 하나 이상의 상기 항생제 내성 활성 상실 돌연변이 유전자에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트를 더 포함하는, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 하나 이상의 표적 서열의 존재 또는 부존재를 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트.
- 제6항에 있어서, 서열번호 107,109,111,113,115,117,119,121,및 123의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Pae 돌연변이형 gyrA의 399번 내지 703번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 125,127,129,및 131의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 gyrA의 164번 내지 317번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 133,135, 및 137의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 parC의 38번 내지 497번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 139,및 141의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 parE의 1166번 내지 1501번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브; 및서열번호 143,145,147,149,151,153 및 155의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Spn 돌연변이형 pbp2b의 294번 내지 975번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;로 이루어진 군으로부터 선택된 Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 유전자의 하나 이상의 상기 항생제 내성 활성 상실 돌연변이 유전자에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트를 더 포함하는, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 하나 이상의 표적 서열의 존재 또는 부존재를 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트.
- 제7항에 있어서, 서열번호 107,109,111,113,115,117,119,121,및 123의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 및 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Pae 돌연변이형 gyrA의 399번 내지 703번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 125,127,129,및 131의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 gyrA의 164번 내지 317번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 133,135, 및 137의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 parC의 38번 내지 497번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;서열번호 139,및 141의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Sau 돌연변이형 parE의 1166번 내지 1501번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브; 및서열번호 143,145,147,149,151,153 및 155의 서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드들 또는 그의 상보적 올리고뉴클레오티드로 구성되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, Spn 돌연변이형 pbp2b의 294번 내지 975번 뉴클레오티드 영역에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브;로 이루어진 군으로부터 선택된 Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 유전자의 상기 항생제 내성 활성 상실 돌연변이 유전자에 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트를 더 포함하는, aataph, ant, aph, CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, VIM, ermA, ermB, ermC, mef, mecA, Spn pbp2b, Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, vanA, 및 vanB로 이루어진 항생제 내성 활성을 코딩하는 하나 이상의 표적 서열의 존재 또는 부존재를 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트.
- 시료를 제5항에 따른 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트와 접촉시켜 상기 시료 중의 표적 서열과 프로브 서열을 혼성화시키는 단계; 및상기 프로브와 시료 중의 표적 서열 사이의 혼성화 정도를 검출하는 단계를 포함하는, 아미노글리코시드, 베타락탐, 에리스로마이신, 메시실린, 반코마이신, 및 퀴놀론계 항생제 중 어느 하나 이상에 대하여 내성을 갖는 박테리아의 존재를 검출하는 방법.
- 제11항에 있어서, 상기 혼성화 결과, aataph, ant 및 aph로 이루어진 군으로부터 선택된 하나이상의 유전자가 존재하는 것으로 결정되는 경우에는 아미노글리코시드계 항생제에 대하여 내성을 갖는 박테리아가 존재하는 것으로 결정하고,CMY1, CMY2, CTX1, CTX2, DHA, IMP, OXA, PER, SHV, TEM, 및 VIM로 이루어진 군으로부터 선택된 하나이상의 유전자가 존재하는 것으로 결정되는 경우에는 베타 락탐계 항생제에 대하여 내성을 갖는 박테리아가 존재하는 것으로 결정하고,ermA, ermB, ermC, 및 mef로 이루어진 군으로부터 선택된 하나이상의 유전자가 존재하는 것으로 결정되는 경우에는 에리스로마이신 항생제에 대하여 내성을 갖는 박테리아가 존재하는 것으로 결정하고,mecA가 존재하는 것으로 결정되는 경우에는 메시실린 항생제에 대하여 내성을 갖는 박테리아가 존재하는 것으로 결정하고,vanA, 및 vanB로 이루어진 군으로부터 선택된 하나이상의 유전자가 존재하는 것으로 결정되는 경우에는 반코마이신 항생제에 대하여 내성을 갖는 박테리아가 존재하는 것으로 결정하고,돌연변이형의 Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE, 및 Spn pbp2b로 이루어진 군으로부터 선택된 하나이상의 유전자가 존재하는 것으로 결정되는 경우에는 퀴놀론계 항생제에 대하여 내성을 갖는 박테리아가 존재하는 것으로 결정하는 것인, 아미노글리코시드, 베타락탐, 에리스로마이신, 메시실린, 반코마이신, 및 퀴놀론계 항생제 중 어느 하나 이상에 대하여 내성을 갖는 박테리아의 존재를 검출하는 방법.
- 제12항에 있어서, 상기 혼성화 결과, 돌연변이형의 Pae gyrA, Sau gyrA, Sau parC, Sau parE,및 Spn pbp2b로 이루어진 군으로부터 선택된 하나이상의 유전자가 존재하는 것으로 결정되는 경우에는 퀴놀론계 항생제에 대하여 내성을 갖는 박테리 아가 존재하지 않는 것으로 결정하는 것인, 아미노글리코시드, 베타락탐, 에리스로마이신, 메시실린, 반코마이신, 및 퀴놀론계 항생제 중 어느 하나 이상에 대하여 내성을 갖는 박테리아의 존재를 검출하는 방법.
- 제11항에 있어서, 상기 시료는 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 따른 프라이머 세트를 프라이머로 하고, 시험 시료 중의 핵산을 주형으로 한 PCR을 통하여 얻어진 PCR 산물을 포함하는 것인 방법.
- 제11항에 있어서, 상기 박테리아는 Spn, Sau, Kpn, Mca, Hin, Kpn, Eco, Pae, Mpn, Cpn 및 Lpn로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 박테리아인 것인 방법.
- 제14항에 있어서, 상기 표적 서열은 검출가능한 표지 물질로 표지되어 있는 것인 방법.
- 제16항에 있어서, 상기 표지 물질은 형광, 인광 및 방사성을 발하는 물질인 방법.
- 제11항에 있어서, 상기 프로브 또는 프로브 세트는 마이크로어레이의 기판 상에 고정화되어 있는 것인 방법.
- 제1항에 따른 프라이머 세트 및 사용 설명서를 포함하는, 시료 중 아미노글리코시드, 베타락탐, 에리스로마이신, 메시실린, 반코마이신, 및 퀴놀론계 항생제 중 어느 하나 이상에 대하여 내성을 갖는 박테리아의 존재를 검출하기 위한 키트.
- 제19항에 있어서, 제5항 내지 제10항 중 어느 한 항에 따른 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 올리고뉴클레오티드 프로브 세트를 추가로 포함하는, 시료 중 아미노글리코시드, 베타락탐, 에리스로마이신, 메시실린, 반코마이신, 및 퀴놀론계 항생제 중 어느 하나 이상에 대하여 내성을 갖는 박테리아의 존재를 검출하기 위한 키트.
- 제19항에 있어서, 상기 박테리아는 Spn, Sau, Kpn, Mca, Hin, Kpn, Eco, Pae, Mpn, Cpn 및 Lpn로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 박테리아인 것인 키트.
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