JPWO2020180741A5 - - Google Patents
Download PDFInfo
- Publication number
- JPWO2020180741A5 JPWO2020180741A5 JP2021549902A JP2021549902A JPWO2020180741A5 JP WO2020180741 A5 JPWO2020180741 A5 JP WO2020180741A5 JP 2021549902 A JP2021549902 A JP 2021549902A JP 2021549902 A JP2021549902 A JP 2021549902A JP WO2020180741 A5 JPWO2020180741 A5 JP WO2020180741A5
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- cancer
- target
- item
- stranded
- oligonucleotide
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Description
均等物
当業者は、ルーチンを超えない実験を使用して、本明細書に記載の本発明の具体的な実施形態に対する多くの均等物が分かるか、または確認することができるであろう。別段に示されていない限り、または矛盾もしくは不整合性が生じるであろうことが当業者に明らかでない限り、本発明は、列挙されている特許請求の範囲のうちの１つまたは複数からの１つまたは複数の限定、要素、項目、記述用語などが、同じ基本請求項（または、関連する任意の他の請求項として）に従属する別の請求項に導入されるすべての変形形態、組合せ、及び順列を包含することは理解されるべきである。さらに、具体的な除外が本明細書に記載されているかどうかにかかわらず、本発明の任意の実施形態または態様は、特許請求の範囲から明らかに除外され得ることも理解されるべきである。本発明の範囲は、上記の記載に限定されることは意図されてなく、むしろ次の特許請求の範囲に記載されている。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
方法であって、
（ａ）目的の生物学的実体を含み得る試料を、標的をそれぞれ指向する検出プローブの少なくとも１つのセットと接触させることであって、そのセットが少なくとも、第１の標的のための第１の検出プローブ及び第２の標的のための第２の検出プローブを含むので、前記目的の実体及び検出プローブの前記セットを含む組合せが生じ、
その際、前記第１の検出プローブが、第１の標的結合部分と、前記第１の標的結合部分にカップリングしている第１のオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記第１のオリゴヌクレオチドドメインが、第１の二本鎖部分と、前記第１のオリゴヌクレオチドドメインの一方の末端から伸長している第１の一本鎖オーバーハングとを含み；
前記第２の検出プローブが、第２の標的結合部分と、前記第２の標的結合部分にカップリングしている第２のオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記第２のオリゴヌクレオチドドメインが、第２の二本鎖部分と、前記第２のオリゴヌクレオチドドメインの一方の末端から伸長している第２の一本鎖オーバーハングとを含み、前記第２の一本鎖オーバーハングが、前記第１の一本鎖オーバーハングの少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、それにより、前記第１の一本鎖オーバーハングとハイブリダイズすることができ；かつ
前記第１のオリゴヌクレオチドドメイン及び前記第２のオリゴヌクレオチドドメインが、前記第１及び第２の標的が前記目的の実体上に同時に存在し、かつ検出プローブの前記セットの前記プローブが前記目的の実体上のそれらのそれぞれの標的に結合した場合に、前記第１の一本鎖オーバーハング及び前記第２の一本鎖オーバーハングが一緒にハイブリダイズし得るような合計長さを有する、前記接触させること；
（ｂ）前記目的の実体が前記第１の標的及び前記第２の標的を含む場合に、前記第１の検出プローブ及び前記第２の検出プローブが前記目的の実体に結合して二本鎖複合体を形成するように、検出プローブの前記セットが前記目的の実体上のそれらのそれぞれの標的に結合することを可能にする条件下で、前記組み合わせを維持すること；
（ｃ）前記二本鎖複合体を核酸リガーゼと接触させて、前記第１の二本鎖部分の鎖及び前記第２の二本鎖部分の鎖を含むライゲートされたテンプレートを生成すること；ならびに（ｄ）前記ライゲートされたテンプレートを検出することであって、その際、前記ライゲートされたテンプレートの存在が、前記第１の標的及び前記第２の標的を含む前記目的の実体が前記試料中に存在することを示す、前記検出すること
を含む、前記方法。
(項目２)
前記検出が、前記ライゲートされたテンプレートの増幅を実行すること、及び前記増幅産物の存在を検出することを含む、項目１に記載の方法。
(項目３)
前記増幅が、定量的ポリメラーゼ連鎖反応であるか、またはそれを含む、項目２に記載の方法。
(項目４)
前記第１の一本鎖オーバーハング及び／または前記第２の一本鎖オーバーハングが４ヌクレオチド長を有する、項目１～３のいずれか１項に記載の方法。
(項目５)
前記第１の一本鎖オーバーハングまたは前記第２の一本鎖オーバーハングがＧＡＧＴのヌクレオチド配列を有する、項目４に記載の方法。
(項目６)
前記合計長さが２００ｎｍ以下である、項目１～５のいずれか１項に記載の方法。
(項目７)
前記目的の実体が固体基材上に固定化されている、項目１～６のいずれか１項に記載の方法。
(項目８)
前記固体基材がビーズであるか、またはそれを含む、項目７に記載の方法。
(項目９)
前記固体基材が表面であるか、またはそれを含む、項目７に記載の方法。
(項目１０)
前記表面が、フィルター、マトリックス、膜、プレート、管、及び／またはウェルの捕捉表面である、項目９に記載の方法。
(項目１１)
ステップ（ｃ）の接触前に、前記二本鎖複合体を、前記第１のオリゴヌクレオチドを前記第２のオリゴヌクレオチドドメインと会合させるコネクターオリゴヌクレオチドと接触させることを含まない、項目１～１０のいずれか１項に記載の方法。
(項目１２)
前記コネクターオリゴヌクレオチドが、前記第１のオリゴヌクレオチドドメインの少なくとも一部分及び前記第２のオリゴヌクレオチドドメインの少なくとも一部分とハイブリダイズする、項目１１に記載の方法。
(項目１３)
前記第１の標的結合部分及び／または前記第２の標的結合部分が抗体因子を含む、項目１～１２のいずれか１項に記載の方法。
(項目１４)
検出プローブの前記セットがさらに、第３の標的のための追加の検出プローブを含み、前記追加の検出プローブが、第３の標的結合部分と、前記第３の標的結合部分にカップリングしている第３のオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記第３のオリゴヌクレオチドドメインが、二本鎖部分と、前記第３のオリゴヌクレオチドドメインのそれぞれの末端から伸長している第３の一本鎖オーバーハングとを含む、項目１～１３のいずれか１項に記載の方法。
(項目１５)
検出プローブの前記セットが、それぞれ特異的標的のための２～２０の検出プローブを含み、前記検出プローブのそれぞれが、標的結合部分と、前記標的結合部分にカップリングしているオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記オリゴヌクレオチドドメインが、二本鎖部分と、前記オリゴヌクレオチドドメインの少なくとも１つの末端から伸長している一本鎖オーバーハングとを含む、項目１～１４のいずれか１項に記載の方法。
(項目１６)
（ｉ）検出プローブの前記セットが２つの別個の検出プローブを含み；かつ（ｉｉ）前記二本鎖複合体が、前記二本鎖複合体の各鎖が核酸リガーゼの存在下でライゲート可能であることにおいて特徴づけられる、項目１～１３のいずれか１項に記載の方法。
(項目１７)
（ｉ）検出プローブの前記セットが少なくとも３つまたはそれ以上の別個の検出プローブを含み；かつ（ｉｉ）前記二本鎖複合体が、前記二本鎖複合体の一方の鎖が、核酸リガーゼの存在下でライゲート可能である一方で、前記二本鎖複合体の別の鎖が、核酸リガーゼの存在下でライゲート不可能であることにおいて特徴づけられる、項目１４に記載の方法。
(項目１８)
前記二本鎖複合体の前記ライゲート不可能な鎖がギャップを含む、項目１７に記載の方法。
(項目１９)
検出プローブの前記セットがさらに、対照プローブを含み、その際、前記対照プローブが、前記目的の実体への前記対照プローブの結合により、ライゲートされたテンプレートの生成が阻害される、及び／または非標的生物学的実体からのライゲートされたテンプレートの増幅が阻害されることにおいて特徴づけられる、項目１～１８のいずれか１項に記載の方法。
(項目２０)
前記対照プローブが、対照基準に結合するように構成されている、項目１９に記載の方法。
(項目２１)
前記核酸リガーゼが、ＤＮＡリガーゼ（例えば、Ｔ４またはＴ７ＤＮＡリガーゼ）であるか、またはそれを含む、項目１～２０のいずれか１項に記載の方法。
(項目２２)
前記試料が、対象の血液由来試料（例えば、血漿または血液試料）に由来する、項目１～２１のいずれか１項に記載の方法。
(項目２３)
前記目的の実体が、インタクトな細胞またはその断片であるか、またはそれを含む、項目１～２２のいずれか１項に記載の方法。
(項目２４)
前記目的の実体が、細胞外小胞であるか、またはそれを含む、項目１～２２のいずれか１項に記載の方法。
(項目２５)
前記オリゴヌクレオチドドメインが、共有結合手段により、前記標的結合部分にカップリングしている、項目１～２４のいずれか１項に記載の方法。
(項目２６)
前記試料がヒト対象に由来する、項目１～２５のいずれか１項に記載の方法。
(項目２７)
検出プローブの前記セットが、がん特異的であり；かつ前記ライゲートされたテンプレートの存在が、ヒト対象ががんに罹患しているか、またはがんを発症するリスクを有することを示す、項目２６に記載の方法。
(項目２８)
前記がんが、急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、胆管癌、膀胱癌、脳癌、乳癌、子宮頸癌、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、胃腸癌、ホジキンリンパ腫、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、多発性骨髄腫、非ホジキンリンパ腫、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、肉腫、皮膚癌、及び胃癌からなる群から選択される、項目２７に記載の方法。
(項目２９)
前記がんが結腸直腸癌である、項目２７に記載の方法。
(項目３０)
前記がんが肺癌である、項目２７に記載の方法。
(項目３１)
前記がんが乳癌である、項目２７に記載の方法。
(項目３２)
前記がんが卵巣癌である、項目２７に記載の方法。
(項目３３)
前記ヒト対象が無症候性ヒト対象である、項目２６～３２のいずれか１項に記載の方法。
(項目３４)
前記無症候性ヒト対象が、がんの家族歴を有する、項目３３に記載の方法。
(項目３５)
前記無症候性ヒト対象が、がんについて以前に処置されたことがある、項目３３に記載の方法。
(項目３６)
前記無症候性ヒト対象が、がん処置後にがん再発のリスクを有する、項目３３に記載の方法。
(項目３７)
前記無症候性ヒト対象が、がん処置後に寛解している、項目３３に記載の方法。
(項目３８)
前記無症候性ヒト対象が、少なくとも１つのがんバイオマーカーの存在について以前に、または周期的にスクリーニングされている、項目３３～３７のいずれか１項に記載の方法。
(項目３９)
前記ヒト対象が、がんについて以前にスクリーニングされている、項目２６～３２のいずれか１項に記載の方法。
(項目４０)
前記ヒト対象が、がんに罹患しているか、または易罹患性であると以前に診断された、項目３９に記載の方法。
(項目４１)
無症候性ヒト対象を、早期ステージがんまたはがん再発について周期的にスクリーニングするために実行する、項目２６～４０のいずれか１項に記載の方法。
(項目４２)
前記ヒト対象が、がんに罹患していると決定されたヒト対象である、項目２６～３２のいずれか１項に記載の方法。
(項目４３)
前記ヒト対象が、前記ライゲートされたテンプレートの存在及び／または量に基づき、治療に応答する可能性があるかどうかを決定することをさらに含む、項目４２に記載の方法。
(項目４４)
前記ライゲートされたテンプレートの存在及び／または量に基づき、前記ヒト対象に投与するための治療を選択することをさらに含む、項目４２または４３に記載の方法。
(項目４５)
前記ヒト対象が、治療を受けているヒト対象である、項目２６～３３のいずれか１項に記載の方法。
(項目４６)
前記ヒト対象を一時期にわたって処置した後に、前記ヒト対象からの第２の試料で、前記方法の前記ステップ（ａ）～（ｄ）を繰り返すことをさらに含む、項目４５に記載の方法。
(項目４７)
前記ライゲートされたテンプレートの量の変化に基づき、前記ヒト対象が受けた治療の有効性を評価することをさらに含む、項目４６に記載の方法。
(項目４８)
標的をそれぞれ指向する検出プローブの少なくとも１つのセットを含むキットであって：
ａ．第１の標的結合部分と、前記第１の標的結合部分にカップリングしている第１のオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記第１のオリゴヌクレオチドドメインが、第１の二本鎖部分と、前記第１のオリゴヌクレオチドドメインの一方の末端から伸長している第１の一本鎖オーバーハングとを含む、第１の標的のための第１の検出プローブ；及び
ｂ．第２の標的結合部分と、前記第２の標的結合部分にカップリングしている第２のオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記第２のオリゴヌクレオチドドメインが、第２の二本鎖部分と、前記第２のオリゴヌクレオチドドメインの一方の末端から伸長している第２の一本鎖オーバーハングとを含み、その際、前記第２の一本鎖オーバーハングが、前記第１の一本鎖オーバーハングの少なくとも一部分と相補的であるヌクレオチド配列を含み、それにより、前記第１の一本鎖オーバーハングとハイブリダイズし得る、第２の標的のための第２の検出プローブ
を含み；
その際、前記第１のオリゴヌクレオチドドメイン及び前記第２のオリゴヌクレオチドドメインが、前記第１及び第２の標的が目的の実体（例えば、目的の生物学的実体）上に同時に存在し、かつ検出プローブの前記セットの前記プローブが前記目的の実体上のそれらのそれぞれの標的に結合した場合に、前記第１の一本鎖オーバーハング及び前記第２の一本鎖オーバーハングが一緒にハイブリダイズし得るような合計長さを有する、前記キット。
(項目４９)
検出プローブの前記セットが、それぞれ特異的標的のための２～２０の検出プローブを含み、前記検出プローブのそれぞれが、標的結合部分と、前記標的結合部分にカップリングしているオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記オリゴヌクレオチドドメインが、二本鎖部分と、前記オリゴヌクレオチドドメインの少なくとも１つの末端から伸長している一本鎖オーバーハングとを含む、項目４８に記載のキット。
(項目５０)
検出プローブの複数のセットを含み、その際、検出プローブの前記複数のセットが：
（ａ）それぞれのセットが、同じがんのための少なくとも１つの別個のバイオマーカーを認識する；または
（ｂ）それぞれのセットが、異なるがんのための少なくとも１つの別個のバイオマーカーを認識する；または；
（ｃ）それぞれのセットが、同じがんのための（例えば、少なくとも２つの）バイオマーカーの別個の組合せを認識する；または
（ｂ）それぞれのセットが、異なるがんのための（例えば、少なくとも２つの）バイオマーカーの別個の組合せを認識する
ことにおいて特徴づけられ；
その際、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のそれぞれのセットが、少なくとも２つまたはそれ以上の検出プローブを含み、前記検出プローブのそれぞれが、標的結合部分と、前記標的結合部分にカップリングしているオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記オリゴヌクレオチドドメインが、二本鎖部分と、前記オリゴヌクレオチドドメインの少なくとも１つの末端から伸長している一本鎖オーバーハングとを含む、項目４８に記載のキット。
(項目５１)
前記がんが、急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、胆管癌、膀胱癌、脳癌、乳癌、子宮頸癌、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、胃腸癌、ホジキンリンパ腫、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、多発性骨髄腫、非ホジキンリンパ腫、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、肉腫、皮膚癌、及び胃癌からなる群から選択される、項目５０に記載のキット。
(項目５２)
目的の実体を捕捉するための固体基材をさらに含む、項目４８～５１のいずれか１項に記載のキット。
(項目５３)
固定剤をさらに含む、項目４８～５２のいずれか１項に記載のキット。
(項目５４)
透過化剤をさらに含む、項目４８～５３のいずれか１項に記載のキット。
(項目５５)
遮断剤をさらに含む、項目４８～５４のいずれか１項に記載のキット。
(項目５６)
核酸リガーゼをさらに含む、項目４８～５５のいずれか１項に記載のキット。
(項目５７)
増幅されるテンプレートのためのプライマーの１つまたは複数の対をさらに含む、項目４８～５６のいずれか１項に記載のキット。
(項目５８)
早期ステージがんについて対象をスクリーニングする際に使用するための、項目４８～５７のいずれか１項に記載のキット。
(項目５９)
前記対象が無症候性ヒト対象である、項目５８に記載のキット。
(項目６０)
前記無症候性ヒト対象ががんの家族歴を有する、項目５９に記載のキット。
(項目６１)
前記無症候性ヒト対象が、がんについて以前に処置されたことがある、項目５９に記載のキット。
(項目６２)
前記無症候性ヒト対象が、がん処置後にがん再発のリスクを有する、項目５９に記載のキット。
(項目６３)
前記無症候性ヒト対象が、がん処置後に寛解している、項目５９に記載のキット。
(項目６４)
前記対象が、がんについて以前にスクリーニングされている、項目５８～６３のいずれか１項に記載のキット。
(項目６５)
前記ヒト対象が、がんに罹患しているか、または易罹患性であると以前に診断された、項目６４に記載のキット。
(項目６６)
がんについて処置されたことがある対象において、腫瘍再発をモニターする際に使用するための、項目４８～５７のいずれか１項に記載のキット。
(項目６７)
コンパニオン診断として、がん処置と組み合わせて使用するための、項目４８～５７のいずれか１項に記載のキット。
(項目６８)
それを必要とする対象に投与された治療の有効性をモニターまたは評価する際に使用するための、項目４８～５７のいずれか１項に記載のキット。
(項目６９)
それを必要とする対象のための治療を選択する際に使用するための、項目４８～５７のいずれか１項に記載のキット。
(項目７０)
二本鎖複合体であって、
（ａ）第１の標的及び第２の標的を含む目的の実体（例えば、目的の生物学的実体）；
（ｂ）第１の標的結合部分と、前記第１の標的結合部分にカップリングしている第１のオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記第１のオリゴヌクレオチドドメインが、第１の二本鎖部分と、前記第１のオリゴヌクレオチドドメインの一方の末端から伸長している第１の一本鎖オーバーハングとを含む、前記第１の標的結合部分を介して第１の標的に結合している第１の検出プローブ；及び
（ｃ）第２の標的結合部分と、前記第２の標的結合部分にカップリングしている第２のオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記第２のオリゴヌクレオチドドメインが、第２の二本鎖部分と、前記第２のオリゴヌクレオチドドメインの一方の末端から伸長している第２の一本鎖オーバーハングとを含み、前記第２の標的結合部分を介して第２の標的に結合している第２の検出プローブ
を含み、
その際、前記第１の一本鎖オーバーハングが、前記第２の一本鎖オーバーハングとハイブリダイズしている、前記二本鎖複合体。
(項目７１)
第３の標的結合部分と、前記第３の標的結合部分にカップリングしている第３のオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記第３のオリゴヌクレオチドドメインが、第３の二本鎖部分と、前記第３のオリゴヌクレオチドドメインの少なくとも一方の末端から伸長している第３の一本鎖オーバーハングとを含む、第３の標的結合部分を介して前記目的の実体上に存在する第３の標的に結合している第３の検出プローブをさらに含み、かつ
前記第３の一本鎖オーバーハングが、前記第１及び／または第２の一本鎖オーバーハングとハイブリダイズしており；かつ
前記オリゴヌクレオチドドメインの鎖を含む前記二本鎖複合体の一方の鎖が、核酸リガーゼの存在下でライゲート可能である一方で、前記オリゴヌクレオチドドメインの鎖を含む前記二本鎖複合体の他方の鎖が、核酸リガーゼの存在下でライゲート不可能である、項目７０に記載の二本鎖複合体。
(項目７２)
前記ライゲート不可能な鎖がギャップを含む、項目７１に記載の二本鎖複合体。
(項目７３)
前記ギャップが、少なくとも２～８ヌクレオチド長のものである、項目７２に記載の二本鎖複合体。
(項目７４)
前記ギャップが、少なくとも６ヌクレオチド長のものである、項目７２に記載の二本鎖複合体。
(項目７５)
前記オーバーハングが８ヌクレオチド長を有する、項目７０～７４のいずれか１項に記載の二本鎖複合体。
(項目７６)
目的の実体（例えば、目的の生物学的実体）において少なくとも２つの標的を検出するための検出プローブのセットを提供する方法であって、
ａ．第１の標的結合部分と、前記第１の標的結合部分にカップリングしている第１のオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記第１のオリゴヌクレオチドドメインが、第１の二本鎖部分と、前記第１のオリゴヌクレオチドドメインの一方の末端から伸長している第１の一本鎖オーバーハングとを含み、その際、前記第１のオリゴヌクレオチドドメインが約２０ｎｍ～約５００ｎｍの長さを有する、第１の標的のための第１の候補検出プローブを得ること；
ｂ．第２の標的結合部分と、前記第２の標的結合部分にカップリングしている第２のオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記第２のオリゴヌクレオチドドメインが、第２の二本鎖部分と、前記第２のオリゴヌクレオチドドメインの一方の末端から伸長している第２の一本鎖オーバーハングとを含み、その際、前記第２の一本鎖オーバーハングが、前記第１の一本鎖オーバーハングの少なくとも一部分と相補的であるヌクレオチド配列を含み、それにより、前記第１の一本鎖オーバーハングとハイブリダイズすることができ、その際、前記第２のオリゴヌクレオチドドメインが約２０ｎｍ～約５００ｎｍの長さを有する、第２の標的のための第２の候補検出プローブを得ること；
ｃ．前記第１の標的及び前記第２の標的を含む目的の実体を、前記第１の候補検出プローブ及び前記第２の候補検出プローブと接触させること；及び
ｄ．前記第１の一本鎖オーバーハングが、二本鎖複合体中で前記第２の一本鎖オーバーハングとハイブリダイズしている、前記目的の実体、前記目的の実体に結合している前記第１の候補検出プローブ、及び前記目的の実体に結合している前記第２の候補検出プローブを含む前記二本鎖複合体の形成を検出することを含み、
それにより、前記二本鎖複合体の存在に基づき、前記第１のオリゴヌクレオチドドメイン及び前記第２のオリゴヌクレオチドドメインの長さを選択して、第１の標的のための第１の検出プローブ及び第２の標的のための第２の検出プローブを含む検出プローブのセットを得る、前記方法。
(項目７７)
前記第１のオリゴヌクレオチドドメインを、前記第１の標的結合部分にカップリングさせることをさらに含む、項目７６に記載の方法。
(項目７８)
前記第２のオリゴヌクレオチドドメインを前記第２の標的結合部分にカップリングさせることをさらに含む、項目７６または７７に記載の方法。
(項目７９)
前記目的の実体が、細胞外小胞であるか、またはそれを含む、項目７６～７８のいずれか１項に記載の方法。
(項目８０)
前記第１のオリゴヌクレオチドドメインが約２０ｎｍ～約１００ｎｍの長さを有し；かつ前記第２のオリゴヌクレオチドドメインが約２０ｎｍ～約１００ｎｍの長さを有する、項目７９に記載の方法。
(項目８１)
方法であって：
（Ａ）対象から血液由来試料を用意する、または得るステップ；
（Ｂ）前記血液由来試料中で、疾患、障害、または状態についての標的バイオマーカーシグネチャーを発現する細胞外小胞（「標的バイオマーカーシグネチャー発現細胞外小胞」）を検出するステップであって、その際、
（ａ）前記標的バイオマーカーシグネチャー発現細胞外小胞を、前記標的バイオマーカーシグネチャーの標的バイオマーカーをそれぞれ指向する検出プローブのセットと接触させることであって、そのセットが、少なくとも２つの検出プローブを含むので、前記細胞外小胞及び検出プローブの前記セットを含む組合せが生じ、
前記セット中の少なくとも２つの検出プローブのそれぞれが：
（ｉ）前記標的バイオマーカーシグネチャーの標的バイオマーカーを指向する標的結合部分と；
（ｉｉ）前記標的結合部分にカップリングしているオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記オリゴヌクレオチドドメインが二本鎖部分と、前記オリゴヌクレオチドドメインの一方の末端から伸長している一本鎖オーバーハング部分とを含み、
前記少なくとも２つの検出プローブの一本鎖オーバーハング部分が、前記少なくとも２つの検出プローブが同じ細胞外小胞に結合している場合に、相互にハイブリダイズし得ることにおいて特徴づけられる、前記接触させること
（ｂ）前記組合せを、前記少なくとも２つの検出プローブが、前記細胞外小胞上のそれらのそれぞれの標的に結合することを可能にする条件下で維持して、前記少なくとも２つの検出プローブが、前記標的バイオマーカーシグネチャーを発現する同じ細胞外小胞に結合して、二本鎖複合体を形成し得るようにすること；
（ｃ）前記二本鎖複合体を核酸リガーゼと接触させて、ライゲートされたテンプレートを生成すること；及び
（ｄ）前記ライゲートされたテンプレートを検出／測定することであって、その際、前記ライゲートされたテンプレートの存在が、前記血液由来試料における前記標的バイオマーカーシグネチャー発現細胞外小胞の存在及び／またはレベルを示す、前記検出／測定すること
を含む検出アッセイを含む、前記検出するステップ；
（Ｃ）前記検出アッセイから得られた試料情報を、基準閾値レベルを含む基準情報と比較するステップ；
（Ｄ）前記血液由来試料が、前記基準閾値レベルと比べて上昇したレベルの標的バイオマーカーシグネチャー発現細胞外小胞を示す場合に、前記対象を、疾患、障害、または状態を有する、またはそれに易罹患性であると分類するステップを含む、前記方法。
(項目８２)
前記検出アッセイが、前記核酸リガーゼとの接触前に、前記二本鎖複合体を、前記少なくとも２つの検出プローブの前記オリゴヌクレオチドドメインを会合させるコネクターオリゴヌクレオチドと接触させることを含まない、項目８１に記載の方法。
(項目８３)
前記コネクターオリゴヌクレオチドが、前記少なくとも２つの検出プローブの前記オリゴヌクレオチドドメインのそれぞれの少なくとも一部分とハイブリダイズする、項目８２に記載の方法。
(項目８４)
前記セットが、前記標的バイオマーカーシグネチャーの標的バイオマーカーをそれぞれ指向する少なくとも３つの検出プローブを含む、項目８１～８３のいずれか１項に記載の方法。
(項目８５)
前記セットが、前記標的バイオマーカーシグネチャーの標的バイオマーカーをそれぞれ指向する２～５０の検出プローブまたは３～５０の検出プローブを含む、項目８１～８４のいずれか１項に記載の方法。
(項目８６)
前記基準閾値レベルを、基準対象の集団からの比較可能な試料において観察された標的バイオマーカーシグネチャー発現細胞外小胞のレベルにより決定する、項目８１～８５のいずれか１項に記載の方法。
(項目８７)
前記基準対象の集団が、次の対象集団：健康な対象、良性腫瘍または腫瘤と診断されている対象、ならびに無関係の疾患、障害、及び／または状態を有する対象のうちの１つまたは複数を含む、項目８６に記載の方法。
(項目８８)
前記標的バイオマーカーシグネチャーが、（１）細胞外小胞関連膜結合ポリペプチドを含む第１の標的バイオマーカー；ならびに（２）表面タンパク質バイオマーカー、小胞内タンパク質バイオマーカー、及び小胞内ＲＮＡバイオマーカーからなる群から選択される標的バイオマーカーを含む第２の標的バイオマーカーを含み、その際、前記第２の標的バイオマーカーが、前記表面タンパク質バイオマーカーの１つまたは複数から選択される場合、前記選択された表面タンパク質バイオマーカー（複数可）及び前記第１の標的バイオマーカーの前記細胞外小胞関連膜結合ポリペプチドが異なる、項目８１～８７のいずれか１項に記載の方法。
(項目８９)
細胞外小胞を含む目的のサイズ範囲を有するナノ粒子を（例えば、前記血液由来試料から直接）単離するために、前記血液由来試料がサイズ排除クロマトグラフィーに掛けられている、項目８１～８８のいずれか１項に記載の方法。
(項目９０)
前記検出ステップが捕捉アッセイをさらに含む、項目８１～８９のいずれか１項に記載の方法。
(項目９１)
前記検出アッセイの前に、前記捕捉アッセイを実行する、項目９０に記載の方法。
(項目９２)
前記捕捉アッセイが、前記血液由来試料を、細胞外小胞関連膜結合ポリペプチドを含む前記第１の標的バイオマーカーに結合する標的捕捉部分を含む捕捉因子と接触させることを含む、項目９０または９１に記載の方法。
(項目９３)
前記捕捉因子が、コンジュゲートした前記標的捕捉部分を含む固体基材であるか、またはそれを含む、項目９２に記載の方法。
(項目９４)
前記固体基材が磁気ビーズを含む、項目９３に記載の方法。
(項目９５)
前記標的捕捉部分が抗体因子であるか、またはそれを含む、項目９２～９４のいずれか１項に記載の方法。
(項目９６)
前記検出プローブの前記標的結合部分が前記第２の標的バイオマーカーを指向する、項目８８～９５のいずれか１項に記載の方法。
(項目９７)
前記検出プローブの前記標的結合部分が、前記第２の標的バイオマーカーを指向する少なくとも１つの抗体因子であるか、またはそれを含む、項目８８～９６のいずれか１項に記載の方法。
(項目９８)
前記少なくとも２つの検出プローブの前記標的結合部分が、前記標的バイオマーカーシグネチャーの同じ標的バイオマーカーを指向する、項目８１～９７のいずれか１項に記載の方法。
(項目９９)
前記少なくとも２つの検出プローブの前記オリゴヌクレオチドドメインが異なる、項目９８に記載の方法。
(項目１００)
前記標的バイオマーカーシグネチャーが少なくとも１つの小胞内ＲＮＡバイオマーカーを含む場合、前記検出アッセイが逆転写ＰＣＲをさらに含む、項目８８～９９のいずれか１項に記載の方法。
(項目１０１)
前記標的バイオマーカーシグネチャーが少なくとも１つの小胞内タンパク質バイオマーカーを含む場合、前記標的バイオマーカーシグネチャー発現細胞外小胞を、前記検出アッセイの前に、固定化及び／または透過化を含めて処理する、項目８８～１００のいずれか１項に記載の方法。
(項目１０２)
前記標的バイオマーカーシグネチャーが少なくとも１つの表面タンパク質バイオマーカー及び／または小胞内タンパク質バイオマーカーを含む場合、前記検出アッセイが、イムノアッセイ（例えば、免疫－ＰＣＲ、及び／または近接ライゲーションアッセイを含む）をさらに含む、項目８８～１０１のいずれか１項に記載の方法。
(項目１０３)
前記標的バイオマーカーシグネチャーが特異的である疾患、障害、または状態が、がんである、項目８１～１０２のいずれか１項に記載の方法。
(項目１０４)
前記対象において早期ステージがん、後期ステージがん、または再発がんについてスクリーニングするために実行する、項目１０３に記載の方法。
(項目１０５)
前記がんが、急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、胆管癌、膀胱癌、脳癌、乳癌、子宮頸癌、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、胃腸癌、ホジキンリンパ腫、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、多発性骨髄腫、非ホジキンリンパ腫、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、肉腫、皮膚癌、及び胃癌からなる群から選択される、項目１０３または１０４に記載の方法。
(項目１０６)
前記対象が、次の特徴：
（ｉ）がんに易罹患性である無症候性対象（例えば、がんについて平均的集団リスクを有する（すなわち、遺伝的リスクを有さない）、または遺伝的リスクを有する）；
（ｉｉ）がんの家族歴を有する対象（例えば、１人または複数の一等親血縁者ががんの履歴を有する対象）；
（ｉｉｉ）１つまたは複数のがん関連遺伝子において１つまたは複数の生殖細胞系変異を有すると決定された対象；
（ｉｖ）例えば、６５歳またはそれ以上の年齢の高齢対象；
（ｖ）がんの１つまたは複数の非特異的症状を有する対象；及び
（ｖｉ）周期的ながんスクリーニングを推奨されている対象；
（ｖｉｉ）画像で確認される腫瘤を有すると診断されている対象；
（ｖｉｉｉ）リスクを低減する外科的介入を施される前の、がんについて遺伝的リスクを有する対象；
（ｉｘ）良性腫瘍を有する対象；及び
（ｘ）がんについて以前に処理されたことがある対象
のうちの少なくとも１つまたはそれ以上を有する、項目１０３～１０５のいずれか１項に記載の方法。
(項目１０７)
次の診断アッセイ：
（ｉ）前記対象の毎年の理学的検査；
（ｉｉ）がんスクリーニング検査；
（ｉｉｉ）がんに関連する循環腫瘍ＤＮＡ及び／またはタンパク質バイオマーカーにおける遺伝子変異について、血漿をスクリーニングするための遺伝子アッセイ；
（ｉｖ）細胞表現型及びマーカー発現を同定するための免疫蛍光染色、続いて、次世代シーケンシングによる増幅及び分析を含むアッセイ；ならびに
（ｖ）生殖細胞系及び体細胞突然変異アッセイ、または細胞非含有腫瘍ＤＮＡ、リキッドバイオプシー、血清タンパク質及び細胞非含有ＤＮＡ、及び／または循環腫瘍細胞を伴うアッセイ
のうちの１つまたは複数と組み合わせて使用する、項目１０３～１０６のいずれか１項に記載の方法。
(項目１０８)
抗がん治療の処置に対する応答について、及び／またはがん再発／転移についてがん患者をモニターするために実行する、項目１０３～１０７のいずれか１項に記載の方法。
(項目１０９)
疾患、障害、または状態（例えば、がん）を検出するためのキットであって：
（ａ）細胞外小胞関連膜結合ポリペプチドを指向する標的捕捉部分を含む捕捉因子；及び（ｂ）疾患、障害、または状態（例えば、がん）についての標的バイオマーカーシグネチャーの標的バイオマーカーをそれぞれ指向する少なくとも２つの検出プローブを含む、検出プローブのセット
を含み、
その際、前記少なくとも２つの検出プローブのそれぞれが：
（ｉ）前記標的バイオマーカーシグネチャーの前記標的バイオマーカーを指向する標的結合部分；及び
（ｉｉ）前記標的結合部分にカップリングしているオリゴヌクレオチドドメインであって、二本鎖部分と、前記オリゴヌクレオチドドメインの一方の末端から伸長している一本鎖オーバーハング部分とを含む、前記オリゴヌクレオチドドメイン
を含み、
前記少なくとも２つの検出プローブの前記一本鎖オーバーハング部分が、前記少なくとも２つの検出プローブが同じ細胞外小胞に結合している場合に、それらが相互にハイブリダイズし得ることにおいて特徴づけられ；
疾患、障害、または状態（例えば、がん）についての前記標的バイオマーカーシグネチャーが：
少なくとも１つの細胞外小胞関連膜結合ポリペプチドと、
表面タンパク質バイオマーカー、小胞内タンパク質バイオマーカー、及び小胞内ＲＮＡバイオマーカーからなる群から選択される少なくとも１つの標的バイオマーカーとを含み、
前記少なくとも１つの標的バイオマーカーが、前記表面タンパク質バイオマーカーのうちの１つまたは複数から選択される場合、前記選択された表面タンパク質バイオマーカー（複数可）及び前記少なくとも１つの細胞外小胞関連膜結合ポリペプチドが異なる、前記キット。
(項目１１０)
前記少なくとも２つの検出プローブの前記標的結合部分がそれぞれ、前記標的バイオマーカーシグネチャーの同じ標的バイオマーカーを指向する、項目１０９に記載のキット。
(項目１１１)
前記少なくとも２つの検出プローブの前記オリゴヌクレオチドドメインが異なる、項目１１０に記載のキット。
(項目１１２)
前記少なくとも２つの検出プローブの前記標的結合部分がそれぞれ、前記標的バイオマーカーシグネチャーの別個の標的バイオマーカーを指向する、項目１０９～１１１のいずれか１項に記載のキット。
(項目１１３)
少なくとも１つの追加の試薬（例えば、リガーゼ、固定化剤、及び／または透過化剤）をさらに含む、項目１０９～１１２のいずれか１項に記載のキット。
(項目１１４)
複合体であって：
（ａ）疾患、障害、または状態（例えば、がん）についての標的バイオマーカーシグネチャーを発現する細胞外小胞であって、前記標的バイオマーカーシグネチャーが、（１）少なくとも１つの細胞外小胞関連膜結合ポリペプチドを含む第１の標的バイオマーカーと；（２）表面タンパク質バイオマーカー、小胞内タンパク質バイオマーカー、及び小胞内ＲＮＡバイオマーカーからなる群から選択される少なくとも１つの標的バイオマーカーを含む第２の標的バイオマーカーとを含み、
前記第２の標的バイオマーカーが、前記表面タンパク質バイオマーカーのうちの１つまたは複数から選択される場合、前記第２の標的バイオマーカーの前記選択された表面タンパク質バイオマーカー（複数可）及び前記第１の標的バイオマーカーの前記少なくとも１つの細胞外小胞関連膜結合タンパク質が異なり；
前記細胞外小胞関連膜結合ポリペプチドを指向する標的捕捉部分を含む固体基材上に固定化されている、前記細胞外小胞と；
（ｂ）第１の検出プローブ及び第２の検出プローブであって、それぞれが、
（ｉ）前記標的バイオマーカーシグネチャーの前記第２の標的バイオマーカーを指向する標的結合部分；及び
（ｉｉ）前記標的結合部分にカップリングしているオリゴヌクレオチドドメインであって、二本鎖部分と、前記オリゴヌクレオチドドメインの一方の末端から伸長している一本鎖オーバーハング部分とを含む、前記オリゴヌクレオチドドメイン
を含み、
前記第１及び第２の検出プローブの前記一本鎖オーバーハング部分が相互にハイブリダイズしている、前記細胞外小胞にそれぞれ結合している、前記第１の検出プローブ及び第２の検出プローブとを含む、前記複合体。
(項目１１５)
前記少なくとも２つの検出プローブの前記標的結合部分がそれぞれ、前記標的バイオマーカーシグネチャーの同じ標的バイオマーカーを指向する、項目１１４に記載の複合体。
(項目１１６)
前記少なくとも２つの検出プローブの前記オリゴヌクレオチドドメインが異なる、項目１１５に記載の複合体。
(項目１１７)
前記少なくとも２つの検出プローブの前記標的結合部分がそれぞれ、前記標的バイオマーカーシグネチャーの別個の標的バイオマーカーを指向する、項目１１４に記載の複合体。
(項目１１８)
前記固体基材が磁気ビーズを含む、項目１１４～１１７のいずれか１項に記載の複合体。
(項目１１９)
前記標的捕捉部分が、抗体因子であるか、またはそれを含む、項目１１４～１１８のいずれか１項に記載の複合体。
Equivalents Those skilled in the art will recognize, or be able to ascertain using no more than routine experimentation, many equivalents to the specific embodiments of the invention described herein. Unless otherwise indicated or apparent to those skilled in the art that a contradiction or inconsistency would arise, the present invention resides in one or more of the claims recited. any variation, combination, in which one or more of the limitations, elements, items, descriptive terms, etc., is introduced into another claim that is dependent on the same base claim (or as any other related claim); and permutations. Furthermore, it should also be understood that any embodiment or aspect of the invention may be expressly excluded from the claims, regardless of whether a specific exclusion is stated herein. The scope of the invention is not intended to be limited by the above description, but rather is set forth in the following claims.
The present invention provides, for example, the following items.
(Item 1)
a method,
(a) contacting a sample, which may contain a biological entity of interest, with at least one set of detection probes each directed to a target, the set comprising at least a first comprising a detection probe and a second detection probe for a second target, resulting in a combination comprising said entity of interest and said set of detection probes;
In so doing, said first detection probe comprises a first target binding moiety and a first oligonucleotide domain coupled to said first target binding moiety, said first oligonucleotide domain comprising , a first double-stranded portion and a first single-stranded overhang extending from one end of said first oligonucleotide domain;
Said second detection probe comprises a second target binding moiety and a second oligonucleotide domain coupled to said second target binding moiety, said second oligonucleotide domain comprising a second and a second single-stranded overhang extending from one end of said second oligonucleotide domain, wherein said second single-stranded overhang extends from said first comprising a nucleotide sequence complementary to at least a portion of a single-stranded overhang, thereby being capable of hybridizing with said first single-stranded overhang; and
Said first oligonucleotide domain and said second oligonucleotide domain are configured such that said first and second targets are simultaneously present on said entity of interest, and said probes of said set of detection probes are located on said entity of interest. having a total length such that the first single-stranded overhang and the second single-stranded overhang can hybridize together when bound to their respective targets above. matter;
(b) when said entity of interest comprises said first target and said second target, said first detection probe and said second detection probe bind to said entity of interest to form a double-stranded complex; maintaining said combination under conditions that allow said sets of detection probes to bind to their respective targets on said entity of interest to form a body;
(c) contacting the double-stranded complex with a nucleic acid ligase to generate a ligated template comprising strands of the first double-stranded portion and strands of the second double-stranded portion; and (d) detecting said ligated template, wherein the presence of said ligated template indicates that said entity of interest, including said first target and said second target, is present in said sample; to indicate the presence of, to detect
The above method, comprising
(Item 2)
2. The method of item 1, wherein said detecting comprises performing amplification of said ligated template and detecting the presence of said amplification product.
(Item 3)
3. The method of item 2, wherein said amplification is or comprises a quantitative polymerase chain reaction.
(Item 4)
Method according to any one of items 1 to 3, wherein said first single-stranded overhang and/or said second single-stranded overhang has a length of 4 nucleotides.
(Item 5)
5. The method of item 4, wherein said first single-stranded overhang or said second single-stranded overhang has the nucleotide sequence of GAGT.
(Item 6)
The method according to any one of items 1 to 5, wherein the total length is 200 nm or less.
(Item 7)
A method according to any one of items 1 to 6, wherein said entity of interest is immobilized on a solid substrate.
(Item 8)
8. The method of item 7, wherein the solid substrate is or comprises a bead.
(Item 9)
8. The method of item 7, wherein the solid substrate is or comprises a surface.
(Item 10)
10. Method according to item 9, wherein said surface is a capture surface of a filter, matrix, membrane, plate, tube and/or well.
(Item 11)
of items 1-10, without contacting said double-stranded complex with a connector oligonucleotide that associates said first oligonucleotide with said second oligonucleotide domain prior to contacting in step (c). A method according to any one of paragraphs.
(Item 12)
12. The method of item 11, wherein the connector oligonucleotide hybridizes with at least a portion of the first oligonucleotide domain and at least a portion of the second oligonucleotide domain.
(Item 13)
13. The method of any one of items 1-12, wherein said first target binding portion and/or said second target binding portion comprises an antibody factor.
(Item 14)
The set of detection probes further comprises an additional detection probe for a third target, the additional detection probe coupled to a third target binding moiety and to the third target binding moiety. a third oligonucleotide domain, said third oligonucleotide domain comprising a double-stranded portion and third single-stranded overhangs extending from each end of said third oligonucleotide domain. The method according to any one of items 1 to 13, comprising
(Item 15)
wherein said set of detection probes comprises between 2 and 20 detection probes each for a specific target, each of said detection probes comprising a target binding moiety and an oligonucleotide domain coupled to said target binding moiety; 15. The method of any one of items 1-14, wherein said oligonucleotide domain comprises a double-stranded portion and a single-stranded overhang extending from at least one end of said oligonucleotide domain. .
(Item 16)
(i) said set of detection probes comprises two separate detection probes; and (ii) said double-stranded complex is such that each strand of said double-stranded complex is ligatable in the presence of a nucleic acid ligase. 14. A method according to any one of items 1 to 13, characterized in that
(Item 17)
(i) said set of detection probes comprises at least three or more distinct detection probes; and (ii) said double-stranded complex is composed of a nucleic acid ligase 15. The method of item 14, wherein the other strand of said double-stranded complex is characterized in being ligatable in the presence of a nucleic acid ligase while being ligatable in the presence of the nucleic acid ligase.
(Item 18)
18. The method of item 17, wherein said non-ligatable strand of said double-stranded complex comprises a gap.
(Item 19)
Said set of detection probes further comprises a control probe, wherein binding of said control probe to said entity of interest inhibits production of ligated template and/or is non-targeting 19. Method according to any one of items 1 to 18, characterized in that amplification of the ligated template from the biological entity is inhibited.
(Item 20)
20. The method of item 19, wherein the control probe is configured to bind to a control standard.
(Item 21)
21. A method according to any one of items 1 to 20, wherein said nucleic acid ligase is or comprises a DNA ligase (eg T4 or T7 DNA ligase).
(Item 22)
22. The method of any one of items 1-21, wherein the sample is derived from a blood-derived sample (eg plasma or blood sample) of the subject.
(Item 23)
23. A method according to any one of items 1 to 22, wherein said entity of interest is or comprises an intact cell or fragment thereof.
(Item 24)
23. A method according to any one of items 1 to 22, wherein said entity of interest is or comprises an extracellular vesicle.
(Item 25)
25. The method of any one of items 1-24, wherein said oligonucleotide domain is coupled to said target binding moiety by covalent means.
(Item 26)
26. The method of any one of items 1-25, wherein said sample is derived from a human subject.
(Item 27)
Item 26, wherein said set of detection probes is cancer-specific; and the presence of said ligated template indicates that the human subject has cancer or is at risk of developing cancer. The method described in .
(Item 28)
The cancer is acute lymphocytic leukemia, acute myeloid leukemia, cholangiocarcinoma, bladder cancer, brain cancer, breast cancer, cervical cancer, chronic lymphocytic leukemia, chronic myelogenous leukemia, colorectal cancer, endometrial cancer , esophageal cancer, gastrointestinal cancer, Hodgkin's lymphoma, renal cancer, liver cancer, lung cancer, multiple myeloma, non-Hodgkin's lymphoma, ovarian cancer, pancreatic cancer, prostate cancer, sarcoma, skin cancer, and gastric cancer , item 27.
(Item 29)
28. The method of item 27, wherein said cancer is colorectal cancer.
(Item 30)
28. The method of item 27, wherein the cancer is lung cancer.
(Item 31)
28. The method of item 27, wherein the cancer is breast cancer.
(Item 32)
28. The method of item 27, wherein the cancer is ovarian cancer.
(Item 33)
33. The method of any one of items 26-32, wherein said human subject is an asymptomatic human subject.
(Item 34)
34. The method of item 33, wherein said asymptomatic human subject has a family history of cancer.
(Item 35)
34. The method of item 33, wherein said asymptomatic human subject has been previously treated for cancer.
(Item 36)
34. The method of item 33, wherein said asymptomatic human subject is at risk of cancer recurrence after cancer treatment.
(Item 37)
34. The method of item 33, wherein the asymptomatic human subject is in remission after cancer treatment.
(Item 38)
38. The method of any one of items 33-37, wherein said asymptomatic human subject has been previously or periodically screened for the presence of at least one cancer biomarker.
(Item 39)
33. The method of any one of items 26-32, wherein the human subject has been previously screened for cancer.
(Item 40)
40. The method of item 39, wherein said human subject was previously diagnosed as having or being susceptible to cancer.
(Item 41)
41. The method of any one of items 26-40, wherein the asymptomatic human subject is performed to periodically screen for early stage cancer or cancer recurrence.
(Item 42)
33. The method of any one of items 26-32, wherein the human subject is a human subject determined to be suffering from cancer.
(Item 43)
43. The method of item 42, further comprising determining whether said human subject is likely to respond to treatment based on the presence and/or amount of said ligated template.
(Item 44)
44. The method of paragraphs 42 or 43, further comprising selecting a therapy to administer to said human subject based on the presence and/or amount of said ligated template.
(Item 45)
34. The method of any one of items 26-33, wherein the human subject is a human subject undergoing treatment.
(Item 46)
46. The method of item 45, further comprising repeating said steps (a)-(d) of said method with a second sample from said human subject after treating said human subject for a period of time.
(Item 47)
47. The method of item 46, further comprising assessing the efficacy of treatment received by the human subject based on changes in the amount of ligated template.
(Item 48)
A kit comprising at least one set of detection probes each directed to a target, wherein:
a. a first target-binding portion; and a first oligonucleotide domain coupled to said first target-binding portion, said first oligonucleotide domain comprising a first double-stranded portion and said a first detection probe for the first target, comprising a first single-stranded overhang extending from one end of the first oligonucleotide domain; and
b. a second target-binding portion; and a second oligonucleotide domain coupled to said second target-binding portion, said second oligonucleotide domain comprising a second double-stranded portion and said and a second single-stranded overhang extending from one end of the second oligonucleotide domain, wherein said second single-stranded overhang is identical to said first single-stranded overhang. a second detection probe for a second target comprising a nucleotide sequence complementary to at least a portion of and thereby hybridizable with said first single-stranded overhang
includes;
wherein said first oligonucleotide domain and said second oligonucleotide domain are such that said first and second targets are simultaneously present on an entity of interest (e.g., a biological entity of interest) and detected said first single-stranded overhang and said second single-stranded overhang hybridize together when said probes of said set of probes bind to their respective targets on said entity of interest; The kit having a total length to obtain.
(Item 49)
wherein said set of detection probes comprises between 2 and 20 detection probes each for a specific target, each of said detection probes comprising a target binding moiety and an oligonucleotide domain coupled to said target binding moiety; 49. The kit of item 48, wherein said oligonucleotide domain comprises a double-stranded portion and a single-stranded overhang extending from at least one end of said oligonucleotide domain.
(Item 50)
comprising multiple sets of detection probes, wherein said multiple sets of detection probes:
(a) each set recognizes at least one distinct biomarker for the same cancer; or
(b) each set recognizes at least one distinct biomarker for a different cancer; or;
(c) each set recognizes a distinct combination of (e.g., at least two) biomarkers for the same cancer; or
(b) each set recognizes a distinct combination of (eg, at least two) biomarkers for a different cancer;
characterized in that;
Then, each set of (a), (b), (c) or (d) comprises at least two or more detection probes, each of said detection probes comprising a target binding moiety and said target an oligonucleotide domain coupled to a binding moiety, said oligonucleotide domain comprising a double-stranded portion and a single-stranded overhang extending from at least one end of said oligonucleotide domain; A kit according to item 48.
(Item 51)
The cancer is acute lymphocytic leukemia, acute myeloid leukemia, cholangiocarcinoma, bladder cancer, brain cancer, breast cancer, cervical cancer, chronic lymphocytic leukemia, chronic myelogenous leukemia, colorectal cancer, endometrial cancer , esophageal cancer, gastrointestinal cancer, Hodgkin's lymphoma, renal cancer, liver cancer, lung cancer, multiple myeloma, non-Hodgkin's lymphoma, ovarian cancer, pancreatic cancer, prostate cancer, sarcoma, skin cancer, and gastric cancer , item 50.
(Item 52)
52. Kit according to any one of items 48-51, further comprising a solid substrate for entrapping the entity of interest.
(Item 53)
53. The kit of any one of items 48-52, further comprising a fixative.
(Item 54)
54. The kit of any one of items 48-53, further comprising a permeabilizing agent.
(Item 55)
55. The kit of any one of items 48-54, further comprising a blocking agent.
(Item 56)
56. The kit of any one of items 48-55, further comprising a nucleic acid ligase.
(Item 57)
57. Kit according to any one of items 48-56, further comprising one or more pairs of primers for the template to be amplified.
(Item 58)
58. The kit of any one of items 48-57 for use in screening a subject for early stage cancer.
(Item 59)
59. The kit of item 58, wherein said subject is an asymptomatic human subject.
(Item 60)
60. The kit of item 59, wherein said asymptomatic human subject has a family history of cancer.
(Item 61)
60. The kit of item 59, wherein said asymptomatic human subject has been previously treated for cancer.
(Item 62)
60. The kit of item 59, wherein said asymptomatic human subject is at risk of cancer recurrence after cancer treatment.
(Item 63)
60. The kit of item 59, wherein said asymptomatic human subject is in remission after cancer treatment.
(Item 64)
64. The kit of any one of items 58-63, wherein said subject has been previously screened for cancer.
(Item 65)
65. The kit of item 64, wherein said human subject was previously diagnosed as having or being susceptible to cancer.
(Item 66)
58. A kit according to any one of items 48-57 for use in monitoring tumor recurrence in a subject who has been treated for cancer.
(Item 67)
Kit according to any one of items 48-57, for use in combination with cancer treatment as a companion diagnostic.
(Item 68)
58. A kit according to any one of items 48-57 for use in monitoring or evaluating the efficacy of a treatment administered to a subject in need thereof.
(Item 69)
58. A kit according to any one of items 48-57 for use in selecting a treatment for a subject in need thereof.
(Item 70)
a double-stranded complex,
(a) an entity of interest (e.g., a biological entity of interest) comprising a first target and a second target;
(b) comprising a first target binding moiety and a first oligonucleotide domain coupled to said first target binding moiety, said first oligonucleotide domain being a first double-stranded moiety; and a first single-stranded overhang extending from one end of the first oligonucleotide domain. 1 detection probe; and
(c) a second target binding moiety and a second oligonucleotide domain coupled to said second target binding moiety, said second oligonucleotide domain being a second double-stranded moiety; and a second single-stranded overhang extending from one end of said second oligonucleotide domain, and is bound to a second target via said second target-binding moiety. 2 detection probes
including
Said double-stranded complex, wherein said first single-stranded overhang is hybridized with said second single-stranded overhang.
(Item 71)
a third target-binding portion; and a third oligonucleotide domain coupled to said third target-binding portion, said third oligonucleotide domain comprising a third double-stranded portion and said a third single-stranded overhang extending from at least one end of the third oligonucleotide domain; further comprising an attached third detection probe, and
said third single-stranded overhang hybridizes with said first and/or second single-stranded overhang; and
one strand of said double-stranded complex comprising strands of said oligonucleotide domain is ligatable in the presence of a nucleic acid ligase, while the other strand of said double-stranded complex comprising strands of said oligonucleotide domain 71. The double-stranded complex of item 70, wherein the strands are incapable of ligating in the presence of nucleic acid ligase.
(Item 72)
72. The double-stranded complex of item 71, wherein said non-ligatable strands contain gaps.
(Item 73)
The double-stranded complex of item 72, wherein said gap is of at least 2-8 nucleotides in length.
(Item 74)
The double-stranded complex of item 72, wherein said gap is of at least 6 nucleotides in length.
(Item 75)
75. The double-stranded complex of any one of items 70-74, wherein said overhang has a length of 8 nucleotides.
(Item 76)
A method of providing a set of detection probes for detecting at least two targets in an entity of interest (e.g., a biological entity of interest), comprising:
a. a first target-binding portion; and a first oligonucleotide domain coupled to said first target-binding portion, said first oligonucleotide domain comprising a first double-stranded portion and said a first single-stranded overhang extending from one end of the first oligonucleotide domain, wherein said first oligonucleotide domain has a length of about 20 nm to about 500 nm; obtaining a first candidate detection probe for one target;
b. a second target-binding portion; and a second oligonucleotide domain coupled to said second target-binding portion, said second oligonucleotide domain comprising a second double-stranded portion and said and a second single-stranded overhang extending from one end of the second oligonucleotide domain, wherein said second single-stranded overhang is identical to said first single-stranded overhang. and thereby capable of hybridizing to said first single-stranded overhang, wherein said second oligonucleotide domain extends from about 20 nm to about 500 nm obtaining a second candidate detection probe for a second target, having a length;
c. contacting an entity of interest comprising said first target and said second target with said first candidate detection probe and said second candidate detection probe; and
d. said entity of interest wherein said first single-stranded overhang is hybridized with said second single-stranded overhang in a double-stranded complex; said entity of interest bound to said entity of interest; detecting formation of said double-stranded complex comprising one candidate detection probe and said second candidate detection probe bound to said entity of interest;
whereby, based on the presence of said double-stranded complex, the length of said first oligonucleotide domain and said second oligonucleotide domain are selected to provide a first detection probe for a first target and Obtaining a set of detection probes comprising a second detection probe for a second target.
(Item 77)
77. The method of item 76, further comprising coupling said first oligonucleotide domain to said first target binding moiety.
(Item 78)
78. The method of items 76 or 77, further comprising coupling said second oligonucleotide domain to said second target binding moiety.
(Item 79)
79. The method of any one of items 76-78, wherein said entity of interest is or comprises an extracellular vesicle.
(Item 80)
80. The method of item 79, wherein said first oligonucleotide domain has a length of about 20 nm to about 100 nm; and said second oligonucleotide domain has a length of about 20 nm to about 100 nm.
(Item 81)
A method comprising:
(A) providing or obtaining a blood-derived sample from a subject;
(B) detecting in said blood-derived sample extracellular vesicles expressing a target biomarker signature for a disease, disorder, or condition (“target biomarker signature-expressing extracellular vesicles”), that time,
(a) contacting said target biomarker signature-expressing extracellular vesicle with a set of detection probes each directed to a target biomarker of said target biomarker signature, said set comprising at least two detection probes; resulting in a combination comprising said extracellular vesicle and said set of detection probes,
Each of at least two detection probes in said set:
(i) a target binding moiety directed to a target biomarker of said target biomarker signature;
(ii) an oligonucleotide domain coupled to said target binding moiety, said oligonucleotide domain comprising a double-stranded portion and a single-stranded overhang portion extending from one end of said oligonucleotide domain; and
characterized in that the single-stranded overhang portions of the at least two detection probes are capable of hybridizing to each other when the at least two detection probes are bound to the same extracellular vesicle; matter
(b) maintaining said combination under conditions that allow said at least two detection probes to bind to their respective targets on said extracellular vesicles, said at least two detection probes comprising: capable of binding to the same extracellular vesicle expressing said target biomarker signature to form a double-stranded complex;
(c) contacting the double-stranded complex with a nucleic acid ligase to generate a ligated template; and
(d) detecting/measuring said ligated template, wherein the presence of said ligated template determines the presence of said target biomarker signature-expressing extracellular vesicles in said blood-derived sample and/or indicating a level, said detecting/measuring
the detecting step comprising a detection assay comprising
(C) comparing sample information obtained from said detection assay to reference information comprising reference threshold levels;
(D) determining that the subject has or is susceptible to a disease, disorder, or condition if the blood-derived sample exhibits an elevated level of target biomarker signature-expressing extracellular vesicles compared to the reference threshold level; The above method, comprising the step of classifying as susceptible.
(Item 82)
82. Clause 81, wherein said detection assay does not comprise contacting said double-stranded complex with a connector oligonucleotide that associates said oligonucleotide domains of said at least two detection probes prior to contacting said nucleic acid ligase. described method.
(Item 83)
83. The method of item 82, wherein said connector oligonucleotide hybridizes to at least a portion of each of said oligonucleotide domains of said at least two detection probes.
(Item 84)
84. The method of any one of items 81-83, wherein said set comprises at least three detection probes each directed to a target biomarker of said target biomarker signature.
(Item 85)
85. The method of any one of items 81-84, wherein said set comprises 2-50 detection probes or 3-50 detection probes each directed to a target biomarker of said target biomarker signature.
(Item 86)
86. The method of any one of items 81-85, wherein said reference threshold level is determined by the level of target biomarker signature-expressing extracellular vesicles observed in comparable samples from a population of reference subjects.
(Item 87)
The population of reference subjects includes one or more of the following populations of subjects: healthy subjects, subjects diagnosed with benign tumors or masses, and subjects with unrelated diseases, disorders, and/or conditions. , item 86.
(Item 88)
(1) a first target biomarker comprising an extracellular vesicle-associated membrane-associated polypeptide; and (2) a surface protein biomarker, an intravesicle protein biomarker, and an intravesicle RNA biomarker. a second target biomarker comprising a target biomarker selected from the group consisting of markers, wherein said second target biomarker is selected from one or more of said surface protein biomarkers; 88. The method of any one of items 81-87, wherein the extracellular vesicle-associated membrane-associated polypeptides of the selected surface protein biomarker(s) and the first target biomarker are different.
(Item 89)
wherein said blood-derived sample is subjected to size exclusion chromatography to isolate nanoparticles having a desired size range, including extracellular vesicles (e.g., directly from said blood-derived sample), items 81-88 A method according to any one of
(Item 90)
89. The method of any one of items 81-89, wherein said detecting step further comprises a capture assay.
(Item 91)
91. The method of item 90, wherein said capture assay is performed prior to said detection assay.
(Item 92)
Item 90 or 91, wherein said capture assay comprises contacting said blood-derived sample with a capture agent comprising a target capture moiety that binds to said first target biomarker comprising an extracellular vesicle-associated membrane-associated polypeptide. The method described in .
(Item 93)
93. The method of item 92, wherein said capture agent is or comprises a solid substrate comprising said target capture moiety conjugated.
(Item 94)
94. The method of item 93, wherein the solid substrate comprises magnetic beads.
(Item 95)
95. The method of any one of items 92-94, wherein said target capture moiety is or comprises an antibody agent.
(Item 96)
96. The method of any one of items 88-95, wherein said target binding portion of said detection probe is directed to said second target biomarker.
(Item 97)
97. The method of any one of items 88-96, wherein said target binding portion of said detection probe is or comprises at least one antibody agent directed against said second target biomarker.
(Item 98)
98. The method of any one of items 81-97, wherein said target binding portions of said at least two detection probes are directed to the same target biomarker of said target biomarker signature.
(Item 99)
99. The method of item 98, wherein the oligonucleotide domains of the at least two detection probes are different.
(Item 100)
99. The method of any one of items 88-99, wherein if said target biomarker signature comprises at least one intravesicular RNA biomarker, said detection assay further comprises reverse transcription PCR.
(Item 101)
If said target biomarker signature comprises at least one intravesicular protein biomarker, said target biomarker signature-expressing extracellular vesicles are treated prior to said detection assay, including immobilization and/or permeabilization. , items 88-100.
(Item 102)
If said target biomarker signature comprises at least one surface protein biomarker and/or intravesicular protein biomarker, said detection assay further comprises an immunoassay (e.g., including immuno-PCR, and/or proximity ligation assay). 102. The method of any one of items 88-101, comprising:
(Item 103)
103. The method of any one of items 81-102, wherein the disease, disorder or condition for which said target biomarker signature is specific is cancer.
(Item 104)
104. The method of item 103, performed to screen for early stage cancer, late stage cancer, or recurrent cancer in said subject.
(Item 105)
The cancer is acute lymphocytic leukemia, acute myeloid leukemia, cholangiocarcinoma, bladder cancer, brain cancer, breast cancer, cervical cancer, chronic lymphocytic leukemia, chronic myelogenous leukemia, colorectal cancer, endometrial cancer , esophageal cancer, gastrointestinal cancer, Hodgkin's lymphoma, renal cancer, liver cancer, lung cancer, multiple myeloma, non-Hodgkin's lymphoma, ovarian cancer, pancreatic cancer, prostate cancer, sarcoma, skin cancer, and gastric cancer , item 103 or 104.
(Item 106)
Said subject is characterized by:
(i) an asymptomatic subject who is susceptible to cancer (e.g., has an average population risk for cancer (i.e., has no genetic risk) or has a genetic risk;
(ii) subjects with a family history of cancer (e.g., subjects with a history of cancer in one or more first-degree relatives);
(iii) a subject determined to have one or more germline mutations in one or more cancer-associated genes;
(iv) elderly subjects, e.g., 65 years of age or older;
(v) a subject with one or more non-specific symptoms of cancer; and
(vi) subjects for whom periodic cancer screening is recommended;
(vii) a subject diagnosed with an imaging-confirmed mass;
(viii) subjects at genetic risk for cancer prior to undergoing a risk-reducing surgical intervention;
(ix) a subject with a benign tumor; and
(x) subjects who have been previously treated for cancer
106. The method of any one of items 103-105, having at least one or more of
(Item 107)
The following diagnostic assays:
(i) annual physical examination of said subject;
(ii) cancer screening tests;
(iii) genetic assays to screen plasma for genetic alterations in circulating tumor DNA and/or protein biomarkers associated with cancer;
(iv) assays including immunofluorescent staining to identify cell phenotype and marker expression, followed by amplification and analysis by next-generation sequencing; and
(v) Germline and somatic mutation assays, or assays involving cell-free tumor DNA, liquid biopsies, serum proteins and cell-free DNA, and/or circulating tumor cells
107. The method of any one of items 103-106, used in combination with one or more of
(Item 108)
108. A method according to any one of items 103-107, carried out to monitor a cancer patient for response to treatment with anti-cancer therapy and/or for cancer recurrence/metastasis.
(Item 109)
A kit for detecting a disease, disorder, or condition (e.g., cancer) comprising:
(a) a capture agent comprising a target capture moiety directed against an extracellular vesicle-associated membrane-associated polypeptide; and (b) a target biomarker of a target biomarker signature for a disease, disorder, or condition (e.g., cancer). A set of detection probes comprising at least two detection probes directed toward each other
including
wherein each of said at least two detection probes:
(i) a target binding moiety directed to said target biomarker of said target biomarker signature; and
(ii) an oligonucleotide domain coupled to said target binding moiety, said oligonucleotide domain comprising a double-stranded portion and a single-stranded overhang portion extending from one end of said oligonucleotide domain; oligonucleotide domain
including
said single-stranded overhanging portions of said at least two detection probes are characterized in that they are capable of hybridizing to each other when said at least two detection probes are bound to the same extracellular vesicle;
wherein said target biomarker signature for a disease, disorder, or condition (e.g., cancer) is:
at least one extracellular vesicle-associated membrane-bound polypeptide;
at least one target biomarker selected from the group consisting of surface protein biomarkers, intravesicular protein biomarkers, and intravesicular RNA biomarkers;
When said at least one target biomarker is selected from one or more of said surface protein biomarkers, said selected surface protein biomarker(s) and said at least one extracellular vesicle associated membrane Said kit, wherein the binding polypeptides are different.
(Item 110)
110. The kit of item 109, wherein said target binding portions of said at least two detection probes are each directed to the same target biomarker of said target biomarker signature.
(Item 111)
111. The kit of item 110, wherein the oligonucleotide domains of the at least two detection probes are different.
(Item 112)
112. The kit of any one of items 109-111, wherein said target binding portions of said at least two detection probes are each directed to a distinct target biomarker of said target biomarker signature.
(Item 113)
Kit according to any one of items 109-112, further comprising at least one additional reagent (eg ligase, fixative and/or permeabilizing agent).
(Item 114)
is complex and:
(a) extracellular vesicles expressing a target biomarker signature for a disease, disorder, or condition (e.g., cancer), wherein said target biomarker signature is (1) associated with at least one extracellular vesicle; (2) at least one target biomarker selected from the group consisting of a surface protein biomarker, an intravesicular protein biomarker, and an intravesicular RNA biomarker; a second target biomarker comprising
When said second target biomarker is selected from one or more of said surface protein biomarkers, said selected surface protein biomarker(s) of said second target biomarker and said second the at least one extracellular vesicle-associated membrane-associated protein of one target biomarker is different;
said extracellular vesicles immobilized on a solid substrate comprising a target capture moiety directed against said extracellular vesicle-associated membrane-bound polypeptide;
(b) a first detection probe and a second detection probe, each comprising:
(i) a target binding moiety directed to said second target biomarker of said target biomarker signature; and
(ii) an oligonucleotide domain coupled to said target binding moiety, said oligonucleotide domain comprising a double-stranded portion and a single-stranded overhang portion extending from one end of said oligonucleotide domain; oligonucleotide domain
including
said first and second detection probes respectively bound to said extracellular vesicles, wherein said single-stranded overhang portions of said first and second detection probes are hybridized to each other; and the complex.
(Item 115)
115. The conjugate of item 114, wherein said target binding portions of said at least two detection probes are each directed to the same target biomarker of said target biomarker signature.
(Item 116)
116. The conjugate of item 115, wherein the oligonucleotide domains of the at least two detection probes are different.
(Item 117)
115. The conjugate of item 114, wherein said target binding portions of said at least two detection probes are each directed to a distinct target biomarker of said target biomarker signature.
(Item 118)
The composite of any one of items 114-117, wherein said solid substrate comprises magnetic beads.
(Item 119)
The conjugate of any one of items 114-118, wherein said target capture moiety is or comprises an antibody factor.
Claims (23)
（ａ）目的の生物学的実体を含み得る試料を、標的をそれぞれ指向する検出プローブの少なくとも１つのセットと接触させることであって、そのセットが少なくとも、第１の標的のための第１の検出プローブ及び第２の標的のための第２の検出プローブを含むので、前記目的の実体及び検出プローブの前記セットを含む組合せが生じ、
その際、前記第１の検出プローブが、第１の標的結合部分と、前記第１の標的結合部分にカップリングしている第１のオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記第１のオリゴヌクレオチドドメインが、第１の二本鎖部分と、前記第１のオリゴヌクレオチドドメインの一方の末端から伸長している第１の一本鎖オーバーハングとを含み；
前記第２の検出プローブが、第２の標的結合部分と、前記第２の標的結合部分にカップリングしている第２のオリゴヌクレオチドドメインとを含み、前記第２のオリゴヌクレオチドドメインが、第２の二本鎖部分と、前記第２のオリゴヌクレオチドドメインの一方の末端から伸長している第２の一本鎖オーバーハングとを含み、前記第２の一本鎖オーバーハングが、前記第１の一本鎖オーバーハングの少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、それにより、前記第１の一本鎖オーバーハングとハイブリダイズすることができ；かつ
前記第１のオリゴヌクレオチドドメイン及び前記第２のオリゴヌクレオチドドメインが、前記第１及び第２の標的が前記目的の実体上に同時に存在し、かつ検出プローブの前記セットの前記プローブが前記目的の実体上のそれらのそれぞれの標的に結合した場合に、前記第１の一本鎖オーバーハング及び前記第２の一本鎖オーバーハングが一緒にハイブリダイズし得るような合計長さを有する、前記接触させること；
（ｂ）前記目的の実体が前記第１の標的及び前記第２の標的を含む場合に、前記第１の検出プローブ及び前記第２の検出プローブが前記目的の実体に結合して二本鎖複合体を形成するように、検出プローブの前記セットが前記目的の実体上のそれらのそれぞれの標的に結合することを可能にする条件下で、前記組み合わせを維持すること；
（ｃ）前記二本鎖複合体を核酸リガーゼと接触させて、前記第１の二本鎖部分の鎖及び前記第２の二本鎖部分の鎖を含むライゲートされたテンプレートを生成すること；ならびに（ｄ）前記ライゲートされたテンプレートを検出することであって、その際、前記ライゲートされたテンプレートの存在が、前記第１の標的及び前記第２の標的を含む前記目的の実体が前記試料中に存在することを示す、前記検出すること
を含む、前記方法。 a method,
(a) contacting a sample, which may contain a biological entity of interest, with at least one set of detection probes each directed to a target, the set comprising at least a first comprising a detection probe and a second detection probe for a second target, resulting in a combination comprising said entity of interest and said set of detection probes;
In so doing, said first detection probe comprises a first target binding moiety and a first oligonucleotide domain coupled to said first target binding moiety, said first oligonucleotide domain comprising , a first double-stranded portion and a first single-stranded overhang extending from one end of said first oligonucleotide domain;
Said second detection probe comprises a second target binding moiety and a second oligonucleotide domain coupled to said second target binding moiety, said second oligonucleotide domain comprising a second and a second single-stranded overhang extending from one end of said second oligonucleotide domain, wherein said second single-stranded overhang extends from said first comprising a nucleotide sequence complementary to at least a portion of a single-stranded overhang, thereby being hybridizable with said first single-stranded overhang; and said first oligonucleotide domain and said second When said first and second targets are simultaneously present on said entity of interest and said probes of said set of detection probes bind to their respective targets on said entity of interest. , said contacting having a total length such that said first single-stranded overhang and said second single-stranded overhang can hybridize together;
(b) when said entity of interest comprises said first target and said second target, said first detection probe and said second detection probe bind to said entity of interest to form a double-stranded complex; maintaining said combination under conditions that allow said sets of detection probes to bind to their respective targets on said entity of interest to form a body;
(c) contacting the double-stranded complex with a nucleic acid ligase to generate a ligated template comprising strands of the first double-stranded portion and strands of the second double-stranded portion; and (d) detecting said ligated template, wherein the presence of said ligated template indicates that said entity of interest, including said first target and said second target, is present in said sample; The method comprising said detecting indicating presence.
（ｉ）がんに易罹患性である無症候性対象；(i) an asymptomatic subject who is susceptible to cancer;
（ｉｉ）がんの家族歴を有する対象；(ii) a subject with a family history of cancer;
（ｉｉｉ）１つまたは複数のがん関連遺伝子において１つまたは複数の生殖細胞系変異を有すると決定された対象；(iii) a subject determined to have one or more germline mutations in one or more cancer-associated genes;
（ｉｖ）高齢対象；(iv) elderly subjects;
（ｖ）がんの１つまたは複数の非特異的症状を有する対象； (v) a subject with one or more non-specific symptoms of cancer;
（ｖｉ）周期的ながんスクリーニングを推奨されている対象；(vi) subjects for whom periodic cancer screening is recommended;
（ｖｉｉ）画像で確認される腫瘤を有すると診断されている対象；(vii) a subject diagnosed with an imaging-confirmed mass;
（ｖｉｉｉ）リスクを低減する外科的介入を施される前の、がんについて遺伝的リスクを有する対象；(viii) subjects at genetic risk for cancer prior to undergoing a risk-reducing surgical intervention;
（ｉｘ）良性腫瘍を有する対象；及び(ix) a subject with a benign tumor; and
（ｘ）がんについて以前に処理されたことがある対象(x) subjects who have been previously treated for cancer
のうちの少なくとも１つまたはそれ以上を有する、請求項１７に記載の方法。18. The method of claim 17, having at least one or more of
（ｉ）前記対象の毎年の理学的検査；(i) annual physical examination of said subject;
（ｉｉ）がんスクリーニング検査；(ii) cancer screening tests;
（ｉｉｉ）がんに関連する循環腫瘍ＤＮＡ及び／またはタンパク質バイオマーカーにおける遺伝子変異について、血漿をスクリーニングするための遺伝子アッセイ；(iii) genetic assays to screen plasma for genetic alterations in circulating tumor DNA and/or protein biomarkers associated with cancer;
（ｉｖ）細胞表現型及びマーカー発現を同定するための免疫蛍光染色、続いて、次世代シーケンシングによる増幅及び分析を含むアッセイ；ならびに(iv) assays including immunofluorescent staining to identify cell phenotype and marker expression, followed by amplification and analysis by next-generation sequencing; and
（ｖ）生殖細胞系及び体細胞突然変異アッセイ、または細胞非含有腫瘍ＤＮＡ、リキッドバイオプシー、血清タンパク質及び細胞非含有ＤＮＡ、及び／または循環腫瘍細胞を伴うアッセイ(v) Germline and somatic mutation assays, or assays involving cell-free tumor DNA, liquid biopsies, serum proteins and cell-free DNA, and/or circulating tumor cells
のうちの１つまたは複数と組み合わせて使用する、used in combination with one or more of
請求項１７に記載の方法。18. The method of claim 17.
Applications Claiming Priority (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201962812878P | 2019-03-01 | 2019-03-01 | |
| US62/812,878 | 2019-03-01 | ||
| US202062962722P | 2020-01-17 | 2020-01-17 | |
| US62/962,722 | 2020-01-17 | ||
| PCT/US2020/020529 WO2020180741A1 (en) | 2019-03-01 | 2020-02-28 | Systems, compositions, and methods for target entity detection |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2022521781A JP2022521781A (en) | 2022-04-12 |
| JPWO2020180741A5 true JPWO2020180741A5 (en) | 2023-03-09 |
| JP7344973B2 JP7344973B2 (en) | 2023-09-14 |
Family
ID=72338354
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2021549902A Active JP7344973B2 (en) | 2019-03-01 | 2020-02-28 | Systems, compositions, and methods for detecting target entities |
Country Status (9)
| Country | Link |
|---|---|
| US (3) | US11085089B2 (en) |
| EP (2) | EP3998349A3 (en) |
| JP (1) | JP7344973B2 (en) |
| KR (1) | KR102599718B1 (en) |
| CN (1) | CN113748217B (en) |
| AU (2) | AU2020233286B2 (en) |
| CA (1) | CA3129868A1 (en) |
| SG (1) | SG11202109423TA (en) |
| WO (1) | WO2020180741A1 (en) |
Families Citing this family (13)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN113748217B (en) | 2019-03-01 | 2023-08-25 | 仁慈生物分析公司 | Systems, compositions, and methods for target entity detection |
| EP4301782A1 (en) | 2021-03-05 | 2024-01-10 | Go Therapeutics, Inc. | Anti-glyco-cd44 antibodies and their uses |
| WO2023004081A1 (en) * | 2021-07-21 | 2023-01-26 | Mercy Bioanalytics, Inc. | Compositions and methods for detection of esophageal cancer |
| CA3227119A1 (en) * | 2021-07-21 | 2023-01-26 | Mercy Bioanalytics, Inc. | Compositions and methods for detection of breast cancer |
| EP4374173A2 (en) * | 2021-07-21 | 2024-05-29 | Mercy Bioanalytics, Inc. | Compositions and methods for cancer detection |
| WO2023004083A2 (en) * | 2021-07-21 | 2023-01-26 | Mercy Bioanalytics, Inc. | Compositions and methods for detection of bile duct cancer |
| WO2023004079A2 (en) * | 2021-07-21 | 2023-01-26 | Mercy Bioanalytics, Inc. | Compositions and methods for detection of liver cancer |
| WO2023004082A1 (en) * | 2021-07-21 | 2023-01-26 | Mercy Bioanalytics, Inc. | Compositions and methods for detection of prostate cancer |
| WO2023004077A2 (en) * | 2021-07-21 | 2023-01-26 | Mercy Bioanalytics, Inc. | Compositions and methods for detection of colorectal cancer |
| WO2023004080A2 (en) * | 2021-07-21 | 2023-01-26 | Mercy Bioanalytics, Inc. | Compositions and methods for detection of pancreatic cancer |
| WO2023014863A1 (en) | 2021-08-05 | 2023-02-09 | Go Therapeutics, Inc. | Anti-glyco-muc4 antibodies and their uses |
| AU2022339819A1 (en) | 2021-09-03 | 2024-04-11 | Go Therapeutics, Inc. | Anti-glyco-lamp1 antibodies and their uses |
| AU2022339667A1 (en) | 2021-09-03 | 2024-04-11 | Go Therapeutics, Inc. | Anti-glyco-cmet antibodies and their uses |
Family Cites Families (57)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5795714A (en) * | 1992-11-06 | 1998-08-18 | Trustees Of Boston University | Method for replicating an array of nucleic acid probes |
| CA2118759C (en) | 1993-04-21 | 2004-06-22 | William Jeffrey Allard | Diagnosis and monitoring of lung cancer patients by measurement of nca 50/90 in blood |
| US20020025519A1 (en) | 1999-06-17 | 2002-02-28 | David J. Wright | Methods and oligonucleotides for detecting nucleic acid sequence variations |
| US7306904B2 (en) | 2000-02-18 | 2007-12-11 | Olink Ab | Methods and kits for proximity probing |
| CA2462819A1 (en) | 2001-11-23 | 2003-05-30 | Simon Fredriksson | Method and kit for proximity probing with multivalent proximity probes |
| CA2522753C (en) | 2003-04-18 | 2014-06-10 | Becton, Dickinson And Company | Immuno-amplification |
| EP1633888B1 (en) * | 2003-06-17 | 2009-03-25 | Keygene N.V. | Means and method for the detection of target nucleotide sequences using ligation assays with improved oligonucleotide probe pairs |
| EP1774035A4 (en) | 2004-06-14 | 2009-02-18 | Univ Leland Stanford Junior | Methods and compositions for use in analyte detection using proximity probes |
| GB0605584D0 (en) | 2006-03-20 | 2006-04-26 | Olink Ab | Method for analyte detection using proximity probes |
| WO2007127848A1 (en) | 2006-04-26 | 2007-11-08 | University Of Louisville Research Foundation, Inc | Isolation of membrane vesicles from biological fluids and methods of using same |
| CA2705486C (en) | 2007-11-19 | 2019-04-02 | Celera Corporation | Lung cancer markers and uses thereof |
| US8481698B2 (en) | 2009-03-19 | 2013-07-09 | The President And Fellows Of Harvard College | Parallel proximity ligation event analysis |
| GB201004292D0 (en) | 2010-03-15 | 2010-04-28 | Olink Ab | Assay for localised detection of analytes |
| US10669569B2 (en) | 2010-10-15 | 2020-06-02 | Navinci Diagnostics Ab | Dynamic range methods |
| US20130295574A1 (en) | 2010-11-10 | 2013-11-07 | Exosome Diagnostics, Inc. | Method for Isolation of Nucleic Acid Containing Particles and Extraction of Nucleic Acids Therefrom |
| GB201101621D0 (en) | 2011-01-31 | 2011-03-16 | Olink Ab | Method and product |
| WO2012155014A1 (en) | 2011-05-11 | 2012-11-15 | Exosome Diagnostics, Inc. | Nucleic acid extraction from heterogeneous biological materials |
| CN106434871B (en) * | 2011-05-17 | 2020-08-18 | 德克斯特里蒂诊断公司 | Methods and compositions for detecting target nucleic acids |
| GB201108678D0 (en) | 2011-05-24 | 2011-07-06 | Olink Ab | Multiplexed proximity ligation assay |
| EP2776587A4 (en) | 2011-11-10 | 2015-07-15 | Exosome Diagnostics Inc | Cerebrospinal fluid assay |
| US9029086B2 (en) | 2012-01-26 | 2015-05-12 | Masood Kamali Moghaddam | Detection of single and multimodal analytes |
| US20150176073A1 (en) | 2012-07-18 | 2015-06-25 | Exosome Diagnostics, Inc. | Use of microvesicles in diagnosis, prognosis, and treatment of medical diseases and conditions |
| EP2903597B1 (en) | 2012-10-03 | 2019-12-18 | Exosome Diagnostics Inc. | Use of microvesicles in diagnosis, prognosis, and treatment of medical diseases and conditions |
| US10174366B2 (en) | 2012-11-14 | 2019-01-08 | Olink Bioscience Ab | Localised RCA-based amplification method |
| EP2920320B1 (en) | 2012-11-14 | 2016-12-28 | Olink Bioscience AB | Rca reporter probes and their use in detecting nucleic acid molecules |
| US9086412B2 (en) | 2012-12-31 | 2015-07-21 | University Of Louisville Research Foundation, Inc. | Extracellular vesicle-associated protein markers of cancer |
| CN105026911B (en) | 2013-01-03 | 2019-01-22 | 外来体诊断公司 | Method for separating microcapsule bubble |
| CN106029900B (en) | 2013-08-06 | 2020-02-28 | 外来体诊断公司 | Urine biomarker populations, gene expression signatures, and methods of use thereof |
| JP2016533752A (en) * | 2013-08-28 | 2016-11-04 | カリス ライフ サイエンシズ スウィッツァーランド ホー | Oligonucleotide probes and uses thereof |
| WO2015047186A1 (en) | 2013-09-30 | 2015-04-02 | Di Wu | Methods to profile molecular complexes by using proximity bar-coding |
| GB201401885D0 (en) | 2014-02-04 | 2014-03-19 | Olink Ab | Proximity assay with detection based on hybridisation chain reaction (HCR) |
| DK3110977T3 (en) | 2014-02-28 | 2018-07-23 | Exosome Sciences Inc | BRAIN SPECIFIC EXOSOME-BASED DIAGNOSTIC AND EXTRACORPORAL THERAPIES |
| CN112239774A (en) * | 2014-05-15 | 2021-01-19 | 中尺度技术有限责任公司 | Improved assay method |
| EP4170044A1 (en) | 2014-06-06 | 2023-04-26 | Cornell University | Method for identification and enumeration of nucleic acid sequence, expression, copy, or dna methylation changes, using combined nuclease, ligase, polymerase, and sequencing reactions |
| WO2015193427A1 (en) | 2014-06-19 | 2015-12-23 | Olink Ab | Determination and analysis of biomarkers in clinical samples |
| WO2016093838A1 (en) * | 2014-12-11 | 2016-06-16 | New England Biolabs, Inc. | Enrichment of target sequences |
| US11175286B2 (en) * | 2015-01-09 | 2021-11-16 | Spot Biosystems Ltd. | Immunolipoplex nanoparticle biochip containing molecular probes for capture and characterization of extracellular vesicles |
| AU2016229076B2 (en) * | 2015-03-09 | 2022-01-20 | Caris Science, Inc. | Oligonucleotide probes and uses thereof |
| WO2017053516A1 (en) * | 2015-09-22 | 2017-03-30 | Trustees Of Boston University | Multiplexed phenotyping of nanovesicles |
| GB201518655D0 (en) | 2015-10-21 | 2015-12-02 | Olink Ab | Method for generating proximity probes |
| US10526665B2 (en) | 2016-03-04 | 2020-01-07 | University Of Notre Dame Du Lac | Exosomal biomarkers diagnostic of tuberculosis |
| EP4372102A2 (en) | 2016-06-06 | 2024-05-22 | RedVault Biosciences, LP | Target reporter constructs and uses thereof |
| CN110446790B (en) * | 2016-11-30 | 2023-03-31 | 外来体诊断公司 | Methods and compositions for detecting mutations in plasma using exosome RNAs and cell-free DNAs |
| WO2018119455A1 (en) | 2016-12-23 | 2018-06-28 | Exosome Diagnostics, Inc. | Biofluid analysis and quantitation systems and methods |
| CN111133106A (en) * | 2017-07-12 | 2020-05-08 | 外来体诊断公司 | Method for isolating and enriching extracellular vesicles from biological fluid sources and methods of use thereof |
| US11345957B2 (en) | 2017-07-18 | 2022-05-31 | Exosome Diagnostics, Inc. | Methods of treating glioblastoma in a subject informed by exosomal RNA signatures |
| WO2019022542A2 (en) | 2017-07-26 | 2019-01-31 | ㈜로제타엑소좀 | Method for isolating extracellular vesicles using cations |
| EP3660142A4 (en) | 2017-07-26 | 2021-05-05 | Rosetta Exosome | Method for isolating extracellular vesicles using cations |
| WO2019066501A1 (en) | 2017-09-27 | 2019-04-04 | ㈜로제타엑소좀 | Analysis method for extracellular vesicles, using size exclusion chromatography, and use for same |
| WO2019103548A2 (en) | 2017-11-24 | 2019-05-31 | ㈜로제타엑소좀 | Method for isolation of extracellular vesicle by using semi-dry size exclusion chromatography |
| EP3793715A2 (en) * | 2018-05-17 | 2021-03-24 | Meso Scale Technologies, LLC | Methods for isolating surface marker displaying agents |
| WO2019236853A1 (en) | 2018-06-06 | 2019-12-12 | Exosome Diagnostics, Inc. | Methods for developing urine biomarkers and for detecting bladder cancer |
| US20210255189A1 (en) | 2018-06-15 | 2021-08-19 | Olink Proteomics Ab | Biomarker panel for ovarian cancer |
| US20210382043A1 (en) * | 2018-10-23 | 2021-12-09 | Meso Scale Technologies, Llc. | Methods for isolating surface marker displaying agents |
| WO2020106853A1 (en) | 2018-11-20 | 2020-05-28 | Exosome Diagnostics, Inc. | Compositions and methods for internal controls of microvesicle isolations |
| CN113748217B (en) | 2019-03-01 | 2023-08-25 | 仁慈生物分析公司 | Systems, compositions, and methods for target entity detection |
| KR20220129591A (en) * | 2020-01-17 | 2022-09-23 | 메르시 바이오애널리틱스, 인코포레이티드 | Compositions and methods for detection of ovarian cancer |
-
2020
- 2020-02-28 CN CN202080017641.1A patent/CN113748217B/en active Active
- 2020-02-28 AU AU2020233286A patent/AU2020233286B2/en active Active
- 2020-02-28 US US16/805,637 patent/US11085089B2/en active Active
- 2020-02-28 US US17/435,697 patent/US20220155304A1/en active Pending
- 2020-02-28 WO PCT/US2020/020529 patent/WO2020180741A1/en unknown
- 2020-02-28 KR KR1020217031580A patent/KR102599718B1/en active IP Right Grant
- 2020-02-28 SG SG11202109423TA patent/SG11202109423TA/en unknown
- 2020-02-28 EP EP21201011.0A patent/EP3998349A3/en active Pending
- 2020-02-28 EP EP20766432.7A patent/EP3931351A4/en active Pending
- 2020-02-28 JP JP2021549902A patent/JP7344973B2/en active Active
- 2020-02-28 CA CA3129868A patent/CA3129868A1/en active Pending
-
2021
- 2021-03-17 US US17/204,773 patent/US20210214806A1/en active Pending
-
2022
- 2022-10-03 AU AU2022241629A patent/AU2022241629A1/en active Pending
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| ES2492498T3 (en) | Biomarker panel for the diagnosis and prediction of graft rejection | |
| US20080206756A1 (en) | Biomarker panel for colorectal cancer | |
| JP2009529880A (en) | Primary cell proliferation | |
| JP2009515553A (en) | Cancer prognosis and prognosis, and cancer treatment monitoring | |
| US11827938B2 (en) | Methods of prostate cancer prognosis | |
| EP1339872A2 (en) | Genetic markers for tumors | |
| WO2006062118A1 (en) | Novel markers for predicting prognosis of papillary carcinoma of the thyroid | |
| CN105431737A (en) | System for predicting prognosis of locally advanced gastric cancer | |
| WO2017210372A1 (en) | Molecular tagging methods and sequencing libraries | |
| JPWO2020180741A5 (en) | ||
| JP2010518868A (en) | Prostate cancer survival and recurrence | |
| CN106795557A (en) | For the method and system of pulmonary cancer diagnosis | |
| JP2023533970A (en) | Compositions and methods for detecting lung cancer | |
| CN113502326B (en) | Biomarker-based pulmonary arterial hypertension diagnosis product and application thereof | |
| CN113493829B (en) | Application of biomarker in pulmonary hypertension diagnosis and treatment | |
| Macerola et al. | NanoString in the screening of genetic abnormalities associated with thyroid cancer | |
| CN102947446B (en) | The method for prediction of prognosis of adenocarcinoma of lung, the detection kit of adenocarcinoma of lung and be used for the treatment of the medical composition of adenocarcinoma of lung | |
| CN110004229A (en) | Application of the polygenes as EGFR monoclonal antibody class Drug-resistant marker | |
| JP2007532142A (en) | Breast cancer gene expression biomarker | |
| WO2020194057A1 (en) | Biomarkers for disease detection | |
| CN108913772B (en) | bMSI detection technology based on capture sequencing | |
| US20230368915A1 (en) | Metastasis predictor | |
| KR102343240B1 (en) | Biomarker composition for predicition of cetuximab treatment effects in colorectal cancer | |
| AU2019375136A1 (en) | Method for diagnosing a cancer and associated kit | |
| WO2018186687A1 (en) | Method for determining nucleic acid quality of biological sample |