JP2023130528A - Compound, method and pharmaceutical composition for modulating plp1 expression - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、動物におけるProteolipid protein 1(PLP1)の
pre mRNAレベル、mRNAレベル及びタンパク質レベルのうち、少なくとも一つを低減するための化合物、該化合物を用いる方法、及び該化合物を含有する医薬組成物に関する。本発明の方法は、PLP1関連疾患、例えば、ペリツェウス・メルツバッハー病(Pelizaeus-Merzbacher Disease: PMD)を治療し、
予防し、又は進行遅延化するために有用である。
The present invention provides a compound for reducing at least one of the pre-mRNA level, mRNA level, and protein level of Proteolipid protein 1 (PLP1) in animals, a method of using the compound, and a pharmaceutical composition containing the compound. Regarding. The method of the invention treats a PLP1-related disease, such as Pelizaeus-Merzbacher Disease (PMD),
Useful for prevention or delay of progression.
ペリツェウス・メルツバッハー病(PMD)は、20-50万人に1人の概算頻度で発症する、先天性大脳白質形成不全症で最も頻度が高い疾患である。多くの患者は眼振、頭部の振戦が発現し、その後に痙攣、痙性麻痺などに進展する。 Pelizaus-Merzbacher disease (PMD) is the most common congenital cerebral leukodysplasia, with an estimated incidence of 1 in 200,000 to 500,000 people. Many patients develop nystagmus and head tremors, which then progress to convulsions and spastic paralysis.
PMDの発症の原因として、プロピオリピドプロテイン遺伝子(PLP1遺伝子)の変異が報告されている(非特許文献1~4)。PMDは、PLP1遺伝子の変異の種類によって、胎児型PMDと古典型PMDに分類される。胎児型PMDは、PLP1遺伝子の点変異によるアミノ酸置換やスプライシング異常により引き起こされ、PLP1遺伝子変異を持つ患者全体の約15~25%を占める。重症で、出生もしくは新生児期より発症し、乳幼児期に死亡する。古典型PMDは、PLP1遺伝子の重複により引き起こされ、同50~75%を占める。乳児期早期より発症し幼小児期に死亡する。 Mutations in the propiolipid protein gene (PLP1 gene) have been reported as a cause of the onset of PMD (Non-Patent Documents 1 to 4). PMD is classified into fetal PMD and classical PMD depending on the type of mutation in the PLP1 gene. Fetal PMD is caused by amino acid substitutions and splicing abnormalities due to point mutations in the PLP1 gene, and accounts for approximately 15 to 25% of all patients with PLP1 gene mutations. It is a severe disease that develops at birth or during the neonatal period, resulting in death in infancy. Classic PMD is caused by duplication of the PLP1 gene and accounts for 50-75% of cases. Onset begins in early infancy and death occurs in early childhood.
これまでに、PMDの治療のために複数の治療方法が試みられてきた。山内らは、MAPK経路活性化を阻害する物質を用いた治療方法を試みた(特許文献1)が、一般的にキナーゼ阻害剤には標的分子特異性の低さに起因する安全性に課題があると考えられる。また、井上らによるPLP1の発現を抑制するmiRNAを含むベクターを用いた遺伝子治療やTESARらによる遺伝子治療によるゲノム編集も試みられた(特許文献2,3)。さらに、アンチセンス核酸を用いた治療方法も試みられており、Elittらは、PLP1遺伝子のイントロン領域の塩基配列に相補的なアンチセンス核酸を用いてPLP1の発現を抑制することで、胎児型PMD様症状を発症する疾患モデルマウスで治療効果を示すことを確認している(非特許文献5)。しかしながら、上記のアンチセンス核酸はマウスPLP1遺伝子の塩基配列をもとに設計された方法であるため、実際のPMD患者の治療方法として臨床応用することは困難である。 To date, multiple therapeutic methods have been attempted for the treatment of PMD. Yamauchi et al. attempted a treatment method using a substance that inhibits MAPK pathway activation (Patent Document 1), but kinase inhibitors generally have safety issues due to low target molecule specificity. It is believed that there is. In addition, gene therapy using a vector containing miRNA that suppresses the expression of PLP1 by Inoue et al. and genome editing by gene therapy by TESAR et al. have also been attempted (Patent Documents 2 and 3). Furthermore, treatment methods using antisense nucleic acids have been attempted, and Elit et al. have found that suppressing the expression of PLP1 using an antisense nucleic acid complementary to the base sequence of the intron region of the PLP1 gene can treat fetal PMD. It has been confirmed that it exhibits therapeutic effects in disease model mice that develop similar symptoms (Non-Patent Document 5). However, since the above-mentioned antisense nucleic acid was designed based on the base sequence of the mouse PLP1 gene, it is difficult to apply it clinically as an actual method for treating PMD patients.
現在のところ、PMD治療法としては根本的な治療がなく、てんかん、ジストニア、精神発達遅延などへの対症療法としての投薬や療育などであり、効果は不十分で患者の負担は大きい。したがって、本発明の課題はPMDなどのPLP1関連疾患を治療、予防、遅延、又は改善するための化合物、組成物および方法を提供することである。 At present, there is no fundamental treatment for PMD, and medications and therapy are used as symptomatic treatments for conditions such as epilepsy, dystonia, and mental retardation, which are insufficiently effective and place a heavy burden on patients. It is therefore an object of the present invention to provide compounds, compositions and methods for treating, preventing, delaying or ameliorating PLP1-related diseases such as PMD.
本発明の課題はまた、PLP1発現を抑制するための化合物、方法、及び医薬組成物を提供することにある。 It is also an object of the present invention to provide compounds, methods, and pharmaceutical compositions for suppressing PLP1 expression.
本発明者らは鋭意検討を行い、PLP1発現を強力に抑制する修飾オリゴヌクレオチドを見出し、当該修飾オリゴヌクレオチドがPMDなどのPLP1関連疾患の治療や予防に有効であることを見出し、本発明を完成させるに至った。 The present inventors conducted extensive studies, discovered a modified oligonucleotide that strongly inhibits PLP1 expression, discovered that the modified oligonucleotide is effective in treating and preventing PLP1-related diseases such as PMD, and completed the present invention. I ended up letting it happen.
本発明の要旨は以下の通りである。
[1]12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10014~10152位、10180~10252位または14033~14113位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%相補性を有する、Proteolipid protein 1(PLP1)の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
[2]12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10036~10055位、10064~10089位、10101~10130位、10202~10230位または14055~14091位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%相補性を有する、PLP1の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
[3]12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10101~10130位、10202~10230位または14055~14091位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%相補性を有する、PLP1の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
[4]配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10104~10119位、10109~10124位、10114~10129位、10202~10217位、10203~10218位、14056~14071位、14057~14072位、14074~14089位または14075~14090位のいずれかに相補的な核酸塩基配列から成る、PLP1の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
[5]一本鎖である、[1]~[4]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[6]修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオシドが修飾糖を含む、[1]~[5]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[7]修飾糖が二環式糖、2’-O-メトキシエチルで修飾された糖、および2’-O-メチルで修飾された糖からなる群から選択される、[6]に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[8]二環式糖が、LNA、ENA、cEt、GuNA、ALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Oxz]、またはALNA[Trz]の糖部分から選択される、[7]に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[9]前記修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含む、[1]~[8]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[10]修飾核酸塩基が、5-メチルシトシンである、[9]に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[11]前記修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオシド間結合が修飾ヌクレオシド間結合である、[1]~[10]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[12]修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、[1
1]に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[13]前記修飾オリゴヌクレオチドが、
1)ギャップセグメントと、
2)5’ウイングセグメントと、
3)3’ウイングセグメント、を含み、
前記ギャップセグメントが、前記5’ウイングセグメントと前記3’ウイングセグメントとの間に位置付けられ、
前記5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントを構成するヌクレオシドが修飾糖を含むものである、[1]~[12]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[14][1]~[13]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドまたはその医薬的に許容可能な塩、および薬学的に許容可能な担体を含む医薬組成物。
[15]PLP1関連疾患の治療、予防、またはその進行の遅延化のための、[14]に記載の医薬組成物。
[16]前記PLP1関連疾患がペリツェウス・メルツバッハー病である、[15]に記載の医薬組成物。
[17]前記ペリツェウス・メルツバッハー病が胎児型ペリツェウス・メルツバッハー病または古典型ペリツェウス・メルツバッハー病である、[16]に記載の医薬組成物。
[18][1]~[13]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドの治療的有効量をそれを必要とする被験者に投与することを特徴とする、被験者におけるPLP1関連疾患の治療、予防またはその進行の遅延化のための方法。
[19]PLP1関連疾患の治療、予防またはその進行の遅延化のための医薬の製造における、[1]~[13]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドの使用。
[20]PLP1関連疾患の治療、予防またはその進行の遅延化のための、[1]~[13]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
The gist of the invention is as follows.
[1] A modified oligonucleotide consisting of 12 to 30 residues, and any one of positions 10014 to 10152, 10180 to 10252, or 14033 to 14113 from the 5' end of the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing. at least 8 consecutive nucleobase sequences complementary to equal-length portions, and the full-length nucleobase sequence of the modified oligonucleotide is at least 85% complementary to the equal-length portion of the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing. A modified oligonucleotide that suppresses the expression of Proteolipid protein 1 (PLP1).
[2] A modified oligonucleotide consisting of 12 to 30 residues, and positions 10036 to 10055, 10064 to 10089, 10101 to 10130, and 10202 to 10230 from the 5' end of the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing. The modified oligonucleotide contains at least 8 consecutive nucleobase sequences complementary to the isometric portion of position 1 or 14055 to 14091, and the full-length nucleobase sequence of the modified oligonucleotide is the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing. A modified oligonucleotide that suppresses the expression of PLP1, having at least 85% complementarity to an isometric portion of.
[3] A modified oligonucleotide consisting of 12 to 30 residues, and any one of positions 10101 to 10130, 10202 to 10230, or 14055 to 14091 from the 5' end of the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing. at least 8 consecutive nucleobase sequences complementary to equal-length portions, and the full-length nucleobase sequence of the modified oligonucleotide is at least 85% complementary to the equal-length portion of the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing. A modified oligonucleotide that suppresses the expression of PLP1.
[4] Positions 10104-10119, 10109-10124, 10114-10129, 10202-10217, 10203-10218, 14056-14071, 14057- from the 5' end of the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing A modified oligonucleotide that suppresses the expression of PLP1, comprising a nucleobase sequence complementary to any one of positions 14072, 14074 to 14089, or 14075 to 14090.
[5] The modified oligonucleotide according to any one of [1] to [4], which is single-stranded.
[6] The modified oligonucleotide according to any one of [1] to [5], wherein at least one nucleoside constituting the modified oligonucleotide contains a modified sugar.
[7] The modified sugar according to [6] is selected from the group consisting of a bicyclic sugar, a sugar modified with 2'-O-methoxyethyl, and a sugar modified with 2'-O-methyl. Modified oligonucleotides.
[8] the bicyclic sugar is selected from the sugar moiety of LNA, ENA, cEt, GuNA, ALNA[Ms], ALNA[mU], ALNA[ipU], ALNA[Oxz], or ALNA[Trz], The modified oligonucleotide described in [7].
[9] The modified oligonucleotide according to any one of [1] to [8], wherein at least one nucleoside constituting the modified oligonucleotide contains a modified nucleobase.
[10] The modified oligonucleotide according to [9], wherein the modified nucleobase is 5-methylcytosine.
[11] The modified oligonucleotide according to any one of [1] to [10], wherein at least one internucleoside bond constituting the modified oligonucleotide is a modified internucleoside bond.
[12] The modified internucleoside bond is a phosphorothioate internucleoside bond, [1
1].
[13] The modified oligonucleotide is
1) gap segment;
2) 5' wing segment;
3) a 3' wing segment;
the gap segment is positioned between the 5′ wing segment and the 3′ wing segment;
The modified oligonucleotide according to any one of [1] to [12], wherein the nucleosides constituting the 5' wing segment and 3' wing segment contain a modified sugar.
[14] A pharmaceutical composition comprising the modified oligonucleotide or a pharmaceutically acceptable salt thereof according to any one of [1] to [13], and a pharmaceutically acceptable carrier.
[15] The pharmaceutical composition according to [14] for treating, preventing, or delaying the progression of a PLP1-related disease.
[16] The pharmaceutical composition according to [15], wherein the PLP1-related disease is Pelizaeus-Merzbacher disease.
[17] The pharmaceutical composition according to [16], wherein the Pelizaus-Merzbacher disease is fetal Pelizaus-Merzbacher disease or classical Pelizaus-Merzbacher disease.
[18] Treatment, prevention, or prevention of PLP1-related diseases in a subject, characterized by administering a therapeutically effective amount of the modified oligonucleotide according to any one of [1] to [13] to a subject in need thereof. Methods for slowing down its progress.
[19] Use of the modified oligonucleotide according to any one of [1] to [13] in the manufacture of a medicament for treating, preventing, or delaying the progression of a PLP1-related disease.
[20] The modified oligonucleotide according to any one of [1] to [13] for treating, preventing, or delaying the progression of a PLP1-related disease.
本発明によれば、効率よくPLP1発現を抑制することができ、PLP1関連疾患、例えば、ペリツェウス・メルツバッハー病の症状を改善することができ、当該疾患の予防や治療に有効な医薬が提供される。 According to the present invention, it is possible to efficiently suppress PLP1 expression, improve the symptoms of a PLP1-related disease, for example, Pelizaus-Merzbacher disease, and provide a medicament that is effective for the prevention and treatment of the disease. .
前述の概要及び以下の詳細な説明の両方とも例示的且つ説明的なものに過ぎず、請求される本発明を制限するものではないことを理解されたい。本明細書では、別段の記載がない限り、単数形の使用は複数形を含む。本明細書では、用語「含むこと(including)」並びに他の形態、例えば「含む(includes)」及び「含まれる(included)」の使用は、限定的なものではない。さらに、別段の記載がない限り、「要素」などの用語は、1つのユニットを含む要素と1つを超えるサブユニットを含む要素を包含する。 It is to be understood that both the foregoing summary and the following detailed description are exemplary and explanatory only and are not intended to limit the invention as claimed. In this specification, the use of the singular includes the plural unless specifically stated otherwise. As used herein, the use of the term "including" as well as other forms such as "includes" and "included" is not limiting. Additionally, unless otherwise stated, terms such as "element" encompass elements containing one unit and elements containing more than one subunit.
本明細書で使用されるセクションの見出しは、構成上の目的のためだけであり、記載される主題を制限するものとして解釈されるべきでない。これらに限定されないが、特許、特許出願、記事、書籍及び論文を含めた、本出願で引用されるすべての文書又は文書の一部分は、本明細書で論じる文書の一部分に関して、及びその全体が、参照により本明細書に明確に組み込まれる。 The section headings used herein are for organizational purposes only and should not be construed as limiting the subject matter described. All documents or portions of documents cited in this application, including, but not limited to, patents, patent applications, articles, books, and papers, with respect to any portion of the documents discussed herein, and in their entirety. expressly incorporated herein by reference.
(定義)
具体的な定義が与えられない限り、本明細書に記載の分析化学、有機合成化学、並びに医化学及び薬化学に関連して利用される命名法、及びそれらの手順及び技法は、当技術分野で周知であり、一般に使用されるものである。標準的な技法を、本明細書中で使用する化学合成及び化学分析に使用することができる。許容される場合、本明細書の開示の全体を通して言及される、すべての特許、出願、公開出願及び他の刊行物、国立バイオテクノロジー情報センター(NCBI)などのデータベースを通して入手可能なGenBank受託番号及び関連する配列情報並びに他のデータは、本明細書に論じる文書の一部分に関して、及びその全体が、参照により組み込まれる。
また、本明細書は、電子フォーマットの配列表と共に出願するが、当該電子フォーマット中に記載する配列表の情報は、参照によりその全体が本明細書中に組み込まれる。
(definition)
Unless specific definitions are given, the nomenclature utilized in connection with analytical chemistry, synthetic organic chemistry, and medicinal and medicinal chemistry, and the procedures and techniques thereof described herein, are those of ordinary skill in the art. It is well known and commonly used. Standard techniques can be used for the chemical synthesis and analysis used herein. Where permissible, all patents, applications, published applications and other publications referenced throughout this disclosure, including GenBank accession numbers and numbers available through databases such as the National Center for Biotechnology Information (NCBI); Related sequence information and other data are incorporated by reference with respect to portions of the documents discussed herein, as well as in their entirety.
Further, although this specification is filed with a sequence listing in electronic format, the information of the sequence listing described in the electronic format is incorporated herein by reference in its entirety.
別段の指示がない限り、以下の用語は以下の意味を有する。 Unless otherwise specified, the following terms have the following meanings:
「核酸塩基」は、別の核酸の塩基と対形成することができる複素環部分を意味する。 "Nucleobase" means a heterocyclic moiety that is capable of pairing with a base of another nucleic acid.
「核酸塩基配列」は、本発明のオリゴヌクレオチドを構成する、連続的な核酸塩基の順序を意味する。 "Nucleobase sequence" means the sequential order of nucleobases that make up the oligonucleotide of the invention.
「ヌクレオシド」は、糖と核酸塩基が連結した分子を意味する。ある種の実施態様では、ヌクレオシドはリン酸基に連結している。 "Nucleoside" means a molecule in which a sugar and a nucleobase are linked. In certain embodiments, the nucleoside is linked to a phosphate group.
「ヌクレオチド」は、ヌクレオシドの糖部分にリン酸基が結合した分子を意味する。天然に存在するヌクレオチドは糖部分がリボース又はデオキシリボースであり、リン酸基を介してホスホジエステル結合により共有結合している。 "Nucleotide" refers to a molecule in which a phosphate group is attached to the sugar moiety of a nucleoside. The sugar moiety of naturally occurring nucleotides is ribose or deoxyribose, which are covalently bonded via a phosphate group by a phosphodiester bond.
「オリゴマー化合物」又は「オリゴマー」は、核酸分子の少なくとも一領域にハイブリダイズすることができる、連結モノマーサブユニットのポリマーを意味する。 "Oligomeric compound" or "oligomer" means a polymer of linked monomer subunits that can hybridize to at least one region of a nucleic acid molecule.
「オリゴヌクレオチド」は、各ヌクレオシド及び各ヌクレオシド間結合が、互いに独立して連結したヌクレオシドのポリマーを意味する。 "Oligonucleotide" means a polymer of nucleosides in which each nucleoside and each internucleoside linkage are independently linked to each other.
「ヌクレオシド間結合」は、ヌクレオシド間の化学結合を指す。 "Internucleoside linkage" refers to a chemical bond between nucleosides.
「天然に存在するヌクレオシド間結合」は、3’-5’ホスホジエステル結合を意味する。 "Naturally occurring internucleoside linkage" means a 3'-5' phosphodiester linkage.
「修飾ヌクレオシド間結合」は、天然に存在するヌクレオシド間結合(すなわち、ホスホジエステルヌクレオシド間結合)からの置換又は任意の変化を指す。例えば、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合があるが、これに限定されない。 "Modified internucleoside linkage" refers to a substitution or any change from a naturally occurring internucleoside linkage (ie, a phosphodiester internucleoside linkage). Examples include, but are not limited to, phosphorothioate internucleoside linkages.
「ホスホロチオエートヌクレオシド間結合」は、非架橋酸素原子の1つを硫黄原子で置き換えることによってホスホジエステル結合が修飾される、ヌクレオシド間の結合を意味する。ホスホロチオエート結合は、当該修飾ヌクレオシド間結合の1例である。 "Phosphorothioate internucleoside linkage" means an internucleoside linkage in which the phosphodiester linkage is modified by replacing one of the non-bridging oxygen atoms with a sulfur atom. A phosphorothioate linkage is one example of such a modified internucleoside linkage.
「修飾核酸塩基」は、アデニン、シトシン、グアニン、チミジン又はウラシル以外の任意の核酸塩基を指す。例えば、5-メチルシトシンがあるが、これに限定されない。「非修飾核酸塩基」は、プリン塩基のアデニン(A)及びグアニン(G)、並びにピリミジン塩基のチミン(T)、シトシン(C)及びウラシル(U)を意味する。 "Modified nucleobase" refers to any nucleobase other than adenine, cytosine, guanine, thymidine or uracil. Examples include, but are not limited to, 5-methylcytosine. "Unmodified nucleobase" refers to the purine bases adenine (A) and guanine (G) and the pyrimidine bases thymine (T), cytosine (C) and uracil (U).
「修飾オリゴヌクレオチド」は、少なくとも1つの当該修飾ヌクレオシド及び/又は当該修飾ヌクレオシド間結合を含むオリゴヌクレオチドを意味する。 "Modified oligonucleotide" means an oligonucleotide comprising at least one such modified nucleoside and/or such modified internucleoside linkage.
「塩」とは酸に含まれている1つ以上の解離しうる水素イオンを、金属イオンやアンモニウムイオンなどの陽イオンで置換した化合物の総称であり、修飾オリゴヌクレオチドの塩としては、ホスホロチオエート、もしくはホスホジエステル上、又は修飾核酸塩基内の官能基(例えば、アミノ基)上で、無機物イオン(例えば、ナトリウムイオン、マグネシウムイオン)と形成される塩(例えば、ナトリウム塩、マグネシウム塩)を挙げることができるが、これらに限定されない。 "Salt" is a general term for compounds in which one or more dissociable hydrogen ions contained in an acid are replaced with a cation such as a metal ion or ammonium ion. Salts of modified oligonucleotides include phosphorothioate, or salts (e.g., sodium salts, magnesium salts) formed with inorganic ions (e.g., sodium ions, magnesium ions) on phosphodiesters or on functional groups (e.g., amino groups) in modified nucleobases. However, it is not limited to these.
「糖」又は「糖部分」は、天然糖部分又は修飾糖部分を意味する。 "Sugar" or "sugar moiety" refers to a natural sugar moiety or a modified sugar moiety.
「修飾糖」は、天然の糖からの置換又は変化を指す。修飾糖としては、例えば、置換糖部分及び二環式糖が挙げられる。 "Modified sugar" refers to a substitution or change from a naturally occurring sugar. Modified sugars include, for example, substituted sugar moieties and bicyclic sugars.
「置換糖部分」は、RNA又はDNAの天然糖以外のフラノシルを意味する。 "Substituted sugar moiety" means a furanosyl other than the naturally occurring sugar of RNA or DNA.
「二環式糖」は、同一環上に存在する2つの異なる炭素原子の架橋によって修飾されるフラノシル環を意味する。 "Bicyclic sugar" means a furanosyl ring modified by a bridge of two different carbon atoms on the same ring.
「一本鎖オリゴヌクレオチド」は、相補鎖とハイブリダイズしていないオリゴヌクレオチドを意味する。 "Single-stranded oligonucleotide" means an oligonucleotide that has not hybridized to a complementary strand.
「PLP1」は、Proteolipid protein 1といわれる核酸又はタ
ンパク質を意味する。PLP1は、例えば、PLP1遺伝子から転写される各種スプライシングバリアント、一塩基置換体(SNP)などの配列バリアントを含むものであってもよい。
"PLP1" means a nucleic acid or protein called Proteolipid protein 1. PLP1 may include, for example, sequence variants such as various splicing variants and single nucleotide substitutions (SNPs) transcribed from the PLP1 gene.
「相補的」は、第一の核酸と第二の核酸の核酸塩基間の対形成に対する能力を意味する。ある種の実施態様では、アデニンはチミジン又はウラシルと相補的である。ある種の実施態様では、シトシンはグアニンと相補的である。ある種の実施態様では5-メチルシトシンは、グアニンと相補的である。 "Complementary" refers to the capacity for pairing between the nucleobases of a first nucleic acid and a second nucleic acid. In certain embodiments, adenine is complementary to thymidine or uracil. In certain embodiments, cytosine is complementary to guanine. In certain embodiments, 5-methylcytosine is complementary to guanine.
「完全に相補的(相補性ともいう)」又は「100%相補的(相補性ともいう)」は、第一の核酸の核酸塩基配列が完全に第二の核酸の核酸塩基配列と相補的であることを意味する。ある種の実施態様では、第一の核酸は修飾オリゴヌクレオチドであり、標的核酸が第二の核酸である。 "Completely complementary (also referred to as complementarity)" or "100% complementary (also referred to as complementarity)" means that the nucleobase sequence of a first nucleic acid is completely complementary to the nucleobase sequence of a second nucleic acid. It means something. In certain embodiments, the first nucleic acid is a modified oligonucleotide and the target nucleic acid is a second nucleic acid.
「ミスマッチ」又は「非相補的核酸塩基」は、第一の核酸の核酸塩基が、第二の核酸又は標的核酸の対応する核酸塩基と対形成できない場合を指す。 A "mismatch" or "non-complementary nucleobase" refers to when a nucleobase of a first nucleic acid is unable to pair with a corresponding nucleobase of a second or target nucleic acid.
「標的核酸」、「標的RNA」及び「標的RNA転写産物」はすべて、修飾オリゴヌクレオチドが標的とすることができる核酸を指す。ある種の実施態様では、標的核酸はPLP1 mRNA又はPLP1 pre-mRNAの領域を含む。 "Target nucleic acid," "target RNA," and "target RNA transcript" all refer to a nucleic acid that can be targeted by a modified oligonucleotide. In certain embodiments, the target nucleic acid comprises a region of PLP1 mRNA or PLP1 pre-mRNA.
「モチーフ」は、修飾オリゴヌクレオチド中の化学的に異質な領域の組み合わせを意味する。 "Motif" refers to a combination of chemically heterogeneous regions in a modified oligonucleotide.
「医薬的に許容可能な塩」は、本発明の修飾オリゴヌクレオチドの生理学的及び医薬的に許容可能な塩、すなわち、修飾オリゴヌクレオチドの所望の生物活性を保持し、望ましくない毒性効果をそれに与えない塩を意味する。 "Pharmaceutically acceptable salts" are physiologically and pharmaceutically acceptable salts of the modified oligonucleotides of the present invention, i.e., those that retain the desired biological activity of the modified oligonucleotide and do not impart undesirable toxic effects to it. Means no salt.
「投与すること」は、薬剤を動物に与えることを意味し、これらに限定されないが、医療専門家による投与及び自己投与が挙げられる。 "Administering" means giving the drug to an animal, including, but not limited to, administration by a medical professional and self-administration.
「改善」は、関連する疾患、障害又は状態の少なくとも1つの指標、徴候又は症状を減らすことを指す。指標の重度は、当業者に既知の主観的又は客観的尺度によって決定することができる。 "Amelioration" refers to reducing at least one indicator, sign or symptom of an associated disease, disorder or condition. The severity of an indicator can be determined by subjective or objective measures known to those skilled in the art.
「動物」は、ヒト、又はこれらに限定されないが、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタを含めた非ヒト動物、並びにこれらに限定されないが、サル及びチンパンジーを含めた非ヒト霊長類を指す。 "Animal" means humans or non-human animals, including but not limited to mice, rats, rabbits, dogs, cats, pigs, and non-human primates, including but not limited to monkeys and chimpanzees. Point.
「有効量」は、薬剤を必要としている個体において所望の生理的転帰を実現するのに十分である、本発明の修飾オリゴヌクレオチドの量を意味する。有効量は、処置される個体の健康及び身体状態、処置される個体の分類群、組成物の製剤、個体の医学的状態の評価並びに他の関連する因子に応じて、個体の間で変動し得る。 "Effective amount" means an amount of a modified oligonucleotide of the invention that is sufficient to achieve the desired physiological outcome in an individual in need of the drug. Effective amounts will vary among individuals depending on the health and physical condition of the individual being treated, the taxonomic group of the individual being treated, the formulation of the composition, the assessment of the individual's medical condition, and other relevant factors. obtain.
「個体」は、処置又は療法について選択されたヒト又は非ヒト動物を意味する。 "Individual" means a human or non-human animal selected for treatment or therapy.
「予防する」は、数分から無期限の期間にわたって、疾患、障害もしくは好ましくない健康状態、又は当該疾患、障害もしくは好ましくない健康状態に関連する1つ以上の症状
の発症又は発生を遅延させるか又は未然に防ぐことを意味する。予防するは、疾患、障害又は好ましくない健康状態を発生する危険性を低減させることも意味する。
"Prevent" means delaying the onset or occurrence of a disease, disorder, or undesirable health condition, or one or more symptoms associated with the disease, disorder, or undesirable health condition, for a period of minutes to an indefinite period; or It means to prevent something from happening. Preventing also means reducing the risk of developing a disease, disorder or undesirable health condition.
「治療する」は、疾患、障害もしくは好ましくない健康状態、又は当該疾患、障害もしくは好ましくない健康状態に関連する1つ以上の症状、を軽減するか、もしくは排除するか、又は、当該疾患、障害、もしくは好ましくない健康状態自体の1つもしくはそれ以上の原因を部分的に解消するか又は根絶することを意味する。 "Treat" means to reduce or eliminate a disease, disorder, or undesirable health condition, or one or more symptoms associated with the disease, disorder, or undesirable health condition; or to partially eliminate or eradicate one or more causes of the undesirable health condition itself.
(具体的実施態様)
下記に示すある種の具体的実施態様は、これらに限定するものではないが、PLP1の発現を抑制するための化合物、該化合物を用いる方法、及び該化合物を含有する医薬組成物を提供する。
(Specific implementation)
Certain specific embodiments set forth below provide, but are not limited to, compounds for inhibiting the expression of PLP1, methods of using the compounds, and pharmaceutical compositions containing the compounds.
(1)修飾オリゴヌクレオチド
本発明の修飾オリゴヌクレオチド(以下、「本発明化合物」又は「本発明修飾オリゴヌクレオチド」と称することがある)は、PLP1発現を抑制する活性を有するPLP1のアンチセンスオリゴヌクレオチドである。本発明におけるPLP1発現(レベル)の抑制とは、PLP1遺伝子から転写されたpre-mRNAレベル、pre-mRNAからスプライシングを受けたmRNAレベル及びmRNAから翻訳されたPLP1タンパク質レベル(これらをまとめて「PLP1発現レベル」と称することがある)のうち、少なくとも1つを抑制することを意味する。PLP1 mRNAは、特に制限されず、配列バリエーションを含むものであってもよいが、例えば、GenBank受託番号NG_0088
63.2:4996-21109に記載の配列(配列表の配列番号1)で示されるものが
挙げられる。
(1) Modified oligonucleotide The modified oligonucleotide of the present invention (hereinafter sometimes referred to as "compound of the present invention" or "modified oligonucleotide of the present invention") is an antisense oligonucleotide of PLP1 having the activity of suppressing PLP1 expression. It is. Suppression of PLP1 expression (level) in the present invention refers to the pre-mRNA level transcribed from the PLP1 gene, the mRNA level spliced from the pre-mRNA, and the PLP1 protein level translated from the mRNA (these are collectively referred to as "PLP1 (sometimes referred to as "expression level"). PLP1 mRNA is not particularly limited and may include sequence variations, but for example, GenBank accession number NG_0088
63.2:4996-21109 (SEQ ID NO: 1 in the sequence listing).
本発明化合物が有するPLP1発現の抑制の程度は、PLP1のpre-mRNAレベル、mRNAレベル及びタンパク質レベルのうち、少なくとも1つが当該化合物を投与しない場合に比べて低下し、その結果としてPLP1関連疾患に伴う症状の予防及び/又は改善が認められる程度であればいずれの程度でもよいが、具体的には、例えば、後述するin vitro PLP1発現測定方法において、本発明化合物と細胞を接触させた後、PLP1発現レベルが、非接触時又は陰性コントロール物質接触時と比較して、少なくとも70%以下、好ましくは50%以下、より好ましくは40%以下、さらに好ましくは30%以下、特に好ましくは20%以下であるものが用いられる。また、後述するin vitro PLP1発現測定方法において、IC50が好ましくは100nM以下、より好ましくは50nM以下、より好ましくは20nM以下のものが用いられる。 The degree of suppression of PLP1 expression by the compound of the present invention is that at least one of the pre-mRNA level, mRNA level, and protein level of PLP1 is reduced compared to when the compound is not administered, and as a result, PLP1-related diseases are reduced. Any degree may be used as long as prevention and/or improvement of accompanying symptoms is observed, but specifically, for example, in the in vitro PLP1 expression measurement method described below, after contacting cells with the compound of the present invention, The PLP1 expression level is at least 70% or less, preferably 50% or less, more preferably 40% or less, even more preferably 30% or less, particularly preferably 20% or less, compared to the non-contact state or the negative control substance contact state. is used. Furthermore, in the in vitro PLP1 expression measurement method described below, those having an IC 50 of preferably 100 nM or less, more preferably 50 nM or less, and even more preferably 20 nM or less are used.
本発明化合物の活性の検証方法としては、本発明化合物がPLP1発現を抑制することを検証できる方法であればいかなるものでもよく、後述の「本発明化合物の評価方法」に記載された方法が例示される。 As a method for verifying the activity of the compound of the present invention, any method may be used as long as it can verify that the compound of the present invention suppresses PLP1 expression, and the method described in "Method for evaluating the compound of the present invention" below is exemplified. be done.
本発明化合物は、PLP1発現を抑制する活性を有する、12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10014~10152位、10180~10252位または14033~14113位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列(以下「PLP1相補的核酸塩基配列」と称する)を含むものであればいずれのものでもよい。また、上記PLP1相補的核酸塩基配列は、8~25個の連続する核酸塩基配列であることが好ましく、12~20個の連続する核酸塩基配列であることがより好ましく、さらに好ましくは16、17、18、19又は20個の連続する核酸塩基配列である。 The compound of the present invention is a modified oligonucleotide consisting of 12 to 30 residues that has the activity of suppressing PLP1 expression, and is located at positions 10014 to 10152, 10180 to 10180 from the 5' end of the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing. Any sequence containing at least 8 consecutive nucleobase sequences (hereinafter referred to as "PLP1 complementary nucleobase sequence") that are complementary to the isometric portion of either position 10252 or 14033 to 14113. good. Further, the PLP1 complementary nucleobase sequence is preferably a sequence of 8 to 25 consecutive nucleobases, more preferably a sequence of 12 to 20 consecutive nucleobases, and still more preferably 16, 17 consecutive nucleobases. , 18, 19 or 20 consecutive nucleobase sequences.
本発明化合物は、PLP1発現を抑制する活性を有する、12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10036~10055位、10064~10089位、10101~10130位、10202~10230位または14055~14091位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列(以下「PLP1相補的核酸塩基配列」と称する)を含むものであればいずれのものでもよい。また、上記PLP1相補的核酸塩基配列は、8~25個の連続する核酸塩基配列であることが好ましく、12~20個の連続する核酸塩基配列であることがより好ましく、さらに好ましくは16、17、18、19又は20個の連続する核酸塩基配列である。 The compound of the present invention is a modified oligonucleotide consisting of 12 to 30 residues and has the activity of suppressing PLP1 expression, and is located at positions 10036 to 10055, 10064 to 10055 from the 5' end of the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing. At least 8 consecutive nucleobase sequences complementary to the equal length portion of any of positions 10089, 10101 to 10130, 10202 to 10230, or 14055 to 14091 (hereinafter referred to as "PLP1 complementary nucleobase sequence") Any type of material may be used as long as it contains the following. Further, the PLP1 complementary nucleobase sequence is preferably a sequence of 8 to 25 consecutive nucleobases, more preferably a sequence of 12 to 20 consecutive nucleobases, and still more preferably 16, 17 consecutive nucleobases. , 18, 19 or 20 consecutive nucleobase sequences.
本発明化合物は、PLP1発現を抑制する活性を有する、12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10101~10130位、10202~10230位または14055~14091位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列(以下「PLP1相補的核酸塩基配列」と称する)を含むものであればいずれのものでもよい。また、上記PLP1相補的核酸塩基配列は、8~25個の連続する核酸塩基配列であることが好ましく、12~20個の連続する核酸塩基配列であることがより好ましく、さらに好ましくは16、17、18、19又は20個の連続する核酸塩基配列である。 The compound of the present invention is a modified oligonucleotide consisting of 12 to 30 residues that has the activity of suppressing PLP1 expression, and is located at positions 10101 to 10130, 10202 to 10202 from the 5' end of the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing. Any sequence containing at least eight consecutive nucleobase sequences (hereinafter referred to as "PLP1 complementary nucleobase sequences") that are complementary to the isometric portion of either position 10230 or 14055 to 14091. good. Further, the PLP1 complementary nucleobase sequence is preferably a sequence of 8 to 25 consecutive nucleobases, more preferably a sequence of 12 to 20 consecutive nucleobases, and still more preferably 16, 17 consecutive nucleobases. , 18, 19 or 20 consecutive nucleobase sequences.
PLP1相補的核酸塩基配列としては、配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10036~10051位、10037~10052位、10038~10053位、10039~10054位、10040~10055位、10064~10079位、10065~10080位、10066~10081位、10067~10082位、1
0068~10083位、10069~10084位、10070~10085位、10071~10086位、10072~10087位、10073~10088位、10074~10089位、10101~10116位、10102~10117位、10103~10118位、10104~10119位、10105~10120位、10106~10121位、10107~10122位、10108~10123位、10109~10124位、10110~10125位、10111~10126位、10112~10127位、10113~10128位、10114~10129位、10115~10130位、10202~10217位、10203~10218位、10204~10219位、10205~10220位、10206~10221位、10207~10222位、10208~10223位、10209~10224位、10210~10225位、10211~10226位、10212~10227位、10213~10228位、10214~10229位、10215~10230位、14055~14070位、14056~14071位、14057~14072位、14062~14077位、14063~14078位、14074~14089位、14075~14090位、14076~14091位のいずれかに相補的な核酸塩基配列であってもよい。
PLP1 complementary nucleobase sequences include positions 10036 to 10051, 10037 to 10052, 10038 to 10053, 10039 to 10054, 10040 to 10055, and 10064 from the 5' end of the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing. ~10079th place, 10065th to 10080th place, 10066th to 10081st place, 10067th to 10082nd place, 1
0068-10083rd, 10069-10084, 10070-10085, 10071-10086, 10072-10087, 10073-10088, 10074-10089, 10101-10116, 10102-10117, 10103 ~10118th place, 10104-10119, 10105-10120, 10106-10121, 10107-10122, 10108-10123, 10109-10124, 10110-10125, 10111-10126, 10112-10127, 1011 3rd to 10128th place, 10114-10129, 10115-10130, 10202-10217, 10203-10218, 10204-10219, 10205-10220, 10206-10221, 10207-10222, 10208-10223, 1020 9th to 10224th place, 10210-10225, 10211-10226, 10212-10227, 10213-10228, 10214-10229, 10215-10230, 14055-14070, 14056-14071, 14057-14072, 1406 2~14077th place, It may be a nucleobase sequence complementary to any of positions 14063-14078, 14074-14089, 14075-14090, and 14076-14091.
ここで、本発明の修飾オリゴヌクレオチドは、上記PLP1相補的核酸塩基配列以外にその全長が12~30残基となる範囲で、またその全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%相補性を有するものであれば、その5’末端側及び/又は3’末端側に付加配列を有してもよい。さらに、付加配列は、本発明の修飾オリゴヌクレオチドがPLP1発現を抑制する活性を有するものであれば、いかなるものでよい。 Here, the modified oligonucleotide of the present invention has a total length of 12 to 30 residues in addition to the above-mentioned PLP1 complementary nucleobase sequence, and the entire length of the nucleobase sequence is the nucleobase of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing. Additional sequences may be present at the 5' end and/or 3' end as long as they have at least 85% complementarity to the equal length portion of the sequence. Furthermore, any additional sequence may be used as long as the modified oligonucleotide of the present invention has the activity of suppressing PLP1 expression.
前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列は配列表の配列番号1の等長部分に少なくとも85%の相補性を有するものであるが、その相補性は好ましくは90%、より好ましくは95%、さらに好ましくは100%であるものである。ここで、等長部分とは、本発明の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列と、PLP1 pre-mRNA又はmRNAの核酸塩基配列とで例えばBLAST等のソフトウェアを用いてアラインした際に、相同性を有する部分として検出される部分を意味する。つまり、本発明のオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、PLP1 pre-mRNA又はmRNAの核酸塩基配列の等長部分に対して完全相補的であることが望ましいが、1つ又は複数のミスマッチ核酸塩基を有していてもよく、85%以上、90%以上、好ましくは95%以上の相補性を有するものが用いられる。 The full-length nucleobase sequence of the modified oligonucleotide has at least 85% complementarity to the equal length portion of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing, and the complementarity is preferably 90%, more preferably 95%, More preferably, it is 100%. Here, the term "equal-length portion" refers to a portion that has homology when the nucleobase sequence of the modified oligonucleotide of the present invention and the nucleobase sequence of PLP1 pre-mRNA or mRNA are aligned using software such as BLAST. It means a part that is detected as a part. In other words, it is desirable that the nucleobase sequence of the oligonucleotide of the present invention be completely complementary to an equal length portion of the nucleobase sequence of PLP1 pre-mRNA or mRNA, but may contain one or more mismatched nucleobases. Complementarity of 85% or more, 90% or more, preferably 95% or more is used.
上記ミスマッチ核酸塩基は、連続していてもよく、PLP1相補的核酸塩基配列が挟まれていてもよい。PLP1 pre-mRNA又はmRNAとの本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドの相補性パーセントは、当技術分野で既知のBLASTプログラム(basic local alignment searchtools)及びPowerB
LASTプログラム(Altschul et al.,J.Mol.Biol.,1990,215,403 410;Zhang and Madden,Genome Res.,1997,7,649 656)を使用して、慣例的に決定することができる。相同性
パーセント、配列同一性又は相補性は、例えば、ギャッププログラム(Wisconsin Sequence Analysis Package,Version 8 for Unix,Genetics Computer Group,University Re
search Park,Madison Wis.)によって、Smith and Waterman(Adv.Appl.Math.,1981,2,482 489)のアル
ゴリズムを使用するデフォルト設定を使用して決定することができる。例えば、修飾オリゴヌクレオチドの20個の核酸塩基のうちの18個が、PLP1 pre-mRNAの等長部分に相補的でありハイブリダイズする時、修飾オリゴヌクレオチドは、90パーセントの相補性を有する。
The above-mentioned mismatched nucleobases may be continuous, or PLP1 complementary nucleobase sequences may be sandwiched between them. The percent complementarity of the antisense oligonucleotides of the invention with PLP1 pre-mRNA or mRNA was determined using the BLAST program (basic local alignment search tools) and PowerB, which are known in the art.
can be routinely determined using the LAST program (Altschul et al., J. Mol. Biol., 1990, 215, 403 410; Zhang and Madden, Genome Res., 1997, 7, 649 656). . Percent homology, sequence identity, or complementarity can be measured using, for example, the GAP program (Wisconsin Sequence Analysis Package, Version 8 for Unix, Genetics Computer Group, University Re
search Park, Madison Wis. ), using default settings using the algorithm of Smith and Waterman (Adv. Appl. Math., 1981, 2, 482 489). For example, when 18 of the 20 nucleobases of the modified oligonucleotide are complementary to and hybridize to an equal length portion of PLP1 pre-mRNA, the modified oligonucleotide has 90 percent complementarity.
本発明の修飾オリゴヌクレオチドの具体的な核酸塩基配列の一例としては、
TACCGTTGCGCTCAGG(配列番号1の10104~10119位の相補配列)(配列表の配列番号2)
CCTGTTACCGTTGCGC(配列番号1の10109~10124位の相補配列)(配列表の配列番号3)
GGCCCCCTGTTACCGT(配列番号1の10114~10129位の相補配列)(配列表の配列番号4)
TCGGGATGTCCTAGCC(配列番号1の10202~10217位の相補配列)(配列表の配列番号5)
GTCGGGATGTCCTAGC(配列番号1の10203~10218位の相補配列)(配列表の配列番号6)
ATGAGTTTAAGGACGG(配列番号1の14056~14071位の相補配列)(配列表の配列番号7)
CATGAGTTTAAGGACG(配列番号1の14057~14072位の相補配列)(配列表の配列番号8)
AACTTGGTGCCTCGGC(配列番号1の14074~14089位の相補配列)(配列表の配列番号9)、または
GAACTTGGTGCCTCGG(配列番号1の14075~14090位の相補配列)(配列表の配列番号10)
に記載される核酸塩基配列が挙げられる。
As an example of a specific nucleobase sequence of the modified oligonucleotide of the present invention,
TACCGTTGCGCTCAGG (complementary sequence of positions 10104 to 10119 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 2 in the sequence listing)
CCTGTTACCGTTGCGC (complementary sequence of positions 10109 to 10124 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 3 in the sequence listing)
GGCCCCCTGTTACCGT (complementary sequence of positions 10114 to 10129 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 4 in the sequence listing)
TCGGGATGTCCTAGCC (complementary sequence of positions 10202 to 10217 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 5 in the sequence listing)
GTCGGGATGTCCTAGC (complementary sequence of positions 10203 to 10218 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 6 in the sequence listing)
ATGAGTTTAAGGACGG (complementary sequence of positions 14056 to 14071 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 7 in the sequence listing)
CATGAGTTTAAGGACG (complementary sequence of positions 14057 to 14072 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 8 in the sequence listing)
AACTTGGTGCCTCGGC (complementary sequence of positions 14074 to 14089 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 9 in the sequence listing), or
GAACTTGGTGCCTCGG (complementary sequence of positions 14075 to 14090 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 10 in the sequence listing)
Examples include the nucleobase sequences described in .
本発明修飾オリゴヌクレオチドは、2本鎖修飾オリゴヌクレオチドであってもよいが、1本鎖修飾オリゴヌクレオチドが好ましく用いられる。 Although the modified oligonucleotide of the present invention may be a double-stranded modified oligonucleotide, a single-stranded modified oligonucleotide is preferably used.
(修飾糖)
本発明修飾オリゴヌクレオチドは、それを構成する少なくとも1つのヌクレオシドが修飾糖を含むものが好ましく用いられる。本発明において修飾糖とは、糖部分が修飾されたものをいい、当該修飾糖を1つ以上含む修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼ安定性の増強、結合親和性の増大等の有利な特徴を有する。修飾糖のうち少なくとも一つは、二環式糖、2’-MOEで修飾された糖、及び2’-OMeで修飾された糖からなる群から選択されることが好ましい。二環式糖としては、例えば、以下に示すように、LNA、ENA、cEt、GuNA、ALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Oxz]、又はALNA[Trz]の糖部分があげられ、ALNA[Ms]の糖部分が好ましく用いられる。
(Modified sugar)
The modified oligonucleotide of the present invention is preferably used in which at least one nucleoside constituting the oligonucleotide contains a modified sugar. In the present invention, a modified sugar refers to one in which the sugar moiety has been modified, and a modified oligonucleotide containing one or more of the modified sugars has advantageous characteristics such as enhanced nuclease stability and increased binding affinity. Preferably, at least one of the modified sugars is selected from the group consisting of bicyclic sugars, 2'-MOE-modified sugars, and 2'-OMe-modified sugars. Examples of bicyclic sugars include sugars of LNA, ENA, cEt, GuNA, ALNA [Ms], ALNA [mU], ALNA [ipU], ALNA [Oxz], or ALNA [Trz], as shown below. The sugar moiety of ALNA[Ms] is preferably used.
置換糖部分の例としては、これらに限定されないが、5’-ビニル、5’-メチル(R又はS)、4’-S、2’-F、2’-OCH3(2’-OMe)、2’-OCH2CH3、2’-OCH2CH2F及び2’-O(CH2)2OCH3(2’-MOE)置換基を含むヌクレオシドが挙げられる。2’位の置換基は、アリル、アミノ、アジド、チオ、O-アリル、O-C1~C10アルキル、OCF3、OCH2F、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)、O-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn)及びO-CH2-C(=O)-N(Rl)-(CH2)2-N(Rm)(Rn)(式中、各Rl、Rm及びRnは独立に、H又は置換もしくは無置換のC1~C10アルキルである)から選択することができる。 Examples of substituted sugar moieties include, but are not limited to, 5'-vinyl, 5'-methyl (R or S), 4'-S, 2'-F, 2'- OCH (2'-OMe). , 2'-OCH 2 CH 3 , 2'-OCH 2 CH 2 F and 2'-O(CH 2 ) 2 OCH 3 (2'-MOE) substituents. Substituents at the 2' position include allyl, amino, azide, thio, O-allyl, O-C 1 -C 10 alkyl, OCF 3 , OCH 2 F, O(CH 2 ) 2 SCH 3 , O(CH 2 ) 2 -O-N(R m )(R n ), O-CH 2 -C(=O)-N(R m )(R n ) and O-CH 2 -C(=O)-N(R l )-(CH 2 ) 2 -N(R m )(R n ) (wherein each R l , R m and R n is independently H or substituted or unsubstituted C 1 -C 10 alkyl) You can choose from.
二環式糖を有するヌクレオシドの例としては、これらに限定されないが、4’と2’のリボシル環原子の間の架橋を含むヌクレオシドが挙げられる。ある種の実施態様では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、架橋が以下の式の1つを含む、1つ又は複数の二環式糖を有するヌクレオシドを含む:4’-(CH2)-O-2’(LNA);4’
-(CH2)-S-2’;4’-(CH2)2-O-2’(ENA);4’-CH(CH3)-O-2’(cEt)及び4’-CH(CH2OCH3)-O-2’(及びそれらの類似物。米国特許7,399,845号を参照されたい);4’-C(CH3)(CH3)-O-2’(及びそれらの類似物。WO2009/006478号を参照されたい);4’-CH2-N(OCH3)-2’(及びそれらの類似物。WO2008/150729号を参照されたい);4’-CH2-O-N(CH3)-2’(及びそれらの類似物。US2004-0171570号を参照されたい);4’-CH2-N(R)-O-2’(式中、Rは、H、C1~C12アルキル又は保護基である)(米国特許7,427,672号を参照されたい);4’-CH2-C(H)(CH3)-2’(及びそれらの類似物。Chattopadhyaya et al.,J.Org.Chem.,2009,74,118-134を参照されたい);並びに4’-CH2-C(=CH2)-2’(及びそれらの類似物。WO2008/154401号を参照されたい)。
Examples of nucleosides with bicyclic sugars include, but are not limited to, nucleosides that include a bridge between the 4' and 2' ribosyl ring atoms. In certain embodiments, the oligonucleotides provided herein include a nucleoside with one or more bicyclic sugars, where the bridge comprises one of the following formulas: 4'-( CH2 )-O-2'(LNA);4'
-(CH 2 )-S-2';4'-(CH 2 ) 2 -O-2'(ENA);4'-CH (CH 3 )-O-2' (cEt) and 4'-CH ( CH 2 OCH 3 )-O-2' (and analogs thereof; see US Pat. No. 7,399,845); 4'-C(CH 3 )(CH 3 )-O-2' (and analogs thereof, see WO 2009/006478); 4'-CH 2 -N(OCH 3 )-2' (and analogs thereof, see WO 2008/150729); 4'-CH 2 -O-N(CH 3 )-2' (and analogs thereof, see US 2004-0171570); 4'-CH 2 -N(R)-O-2' (wherein R is , H, C1-C12 alkyl or protecting group) (see US Pat. No. 7,427,672); 4'-CH 2 -C(H)(CH 3 )-2' (and similar (see Chattopadhyaya et al., J. Org. Chem., 2009, 74, 118-134); and 4'- CH2 -C(= CH2 )-2' (and analogs thereof). Please refer to WO2008/154401).
さらなる二環式糖を有するヌクレオシドが、発表文献に報告されている(例えば:Srivastava et al.,J.Am.Chem.Soc.,2007,129(26)8362-8379;Frieden et al.,Nucleic Acids Research,2003,21,6365-6372;Elayadi et al.,Curr.Opinion Invens.Drugs,2001,2,558-561
;Braasch et al.,Chem.Biol.,2001,8,1-7;Orum et al.,Curr.Opinion Mol.Ther.,2001,3,23
9-243;Wahlestedt et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,2000,97,5633-5638;Singh et al.,Chem.Commun.,1998,4,455-456;Koshkin et al.,Tetrahedron,1998,54,3607-3630;Kumar et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222;Singh et al.,;米国特許7,399,845号;6,770,748号;6,525,191号;6,268,490号;米国US2008-0039618号;US2007-0287831号;US2004-0171570号;US2009-0012281号;WO2010/036698;WO 2009/067647号;WO2
009/067647号;WO2007/134181号;WO2005/021570号;WO2004/106356号;WO94/14226号;WO 2009/0064
78号;WO2008/154401号;及びWO2008/150729号を参照されたい)。前述の二環式糖を有するヌクレオシドのそれぞれは、例えばα-L-リボフラノース及びβ-D-リボフラノースを含む1つ又は複数の立体化学的糖配置を有して、調製することができる。
Nucleosides with additional bicyclic sugars have been reported in the published literature (eg: Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc., 2007, 129(26) 8362-8379; Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372; Elayadi et al., Curr. Opinion Invens. Drugs, 2001, 2, 558-561
; Braasch et al. , Chem. Biol. , 2001, 8, 1-7; Orum et al. , Curr. Opinion Mol. Ther. ,2001,3,23
9-243; Wahlestedt et al. , Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , 2000, 97, 5633-5638; Singh et al. , Chem. Commun. , 1998, 4, 455-456; Koshkin et al. , Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Kumar et al. , Bioorg. Med. Chem. Lett. , 1998, 8, 2219-2222; Singh et al. , ; United States Patent No. 7,399,845; No. 6,770,748; No. 6,525,191; No. 6,268,490; United States Patent No. 2008-0039618; No. 0012281; WO2010/036698; WO 2009/067647; WO2
009/067647; WO2007/134181; WO2005/021570; WO2004/106356; WO94/14226; WO 2009/0064
78; WO2008/154401; and WO2008/150729). Each of the foregoing bicyclic sugar-bearing nucleosides can be prepared with one or more stereochemical sugar configurations, including, for example, α-L-ribofuranose and β-D-ribofuranose.
二環式糖を有するヌクレオシドのGuNAはグアニジン架橋を有する人工ヌクレオシドとして報告されている(WO2014/046212号、WO2017/047816号を参照されたい)。二環式ヌクレオシドのALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Trz]及びALNA[Oxz]は架橋型人工核酸アミノLNA(ALNA)として報告されている(WO2020/100826号を参照されたい)。 GuNA, a nucleoside with a bicyclic sugar, has been reported as an artificial nucleoside with a guanidine bridge (see WO2014/046212, WO2017/047816). Bicyclic nucleosides ALNA [Ms], ALNA [mU], ALNA [ipU], ALNA [Trz] and ALNA [Oxz] have been reported as cross-linked artificial nucleic acid amino LNA (ALNA) (see WO2020/100826). Please refer).
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは、ペントフラノシル糖部分の4’と2’の炭素原子の間に架橋を含み、これらには限定されないが、-[C(Ra)(Rb)]n-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(Ra)=N-、-C(=NRa)-、-C(=O)-、-C(=S)-、-N(Ra)-、-O-、-Si(Ra)2-及び-S(=O)x-から独立に選択される1つ又は1つから4つの連結基を含む架橋が含まれ、式中、Xは0、1又は2であり;nは1、2、3又は4であり;各Ra及びRbは、独立に、H、保護基、ヒドロキシル、C1~C12アルキル、置換C1~C12アルキル
、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、芳香環基、置換芳香環基、複素環基、置換複素環基、C5~C7脂環基、置換C5~C7脂環基、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、アシル(C(=O)-H)、置換アシル、CN、スルホニル(S(=O)2-J1)又はスルホキシル(S(=O)-J1)であり、
各J1及びJ2は、独立に、H、C1~C12アルキル、置換C1~C12アルキル、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、芳香環基、置換芳香環基、アシル(C(=O)-H)、置換アシル、複素環基、置換複素環基、C1~C12アミノアルキル、置換C1~C12アミノアルキル又は保護基である。
In certain embodiments, nucleosides having bicyclic sugars include a bridge between the 4' and 2' carbon atoms of the pentofuranosyl sugar moiety, including, but not limited to, -[C(R a )(R b )] n -, -C(R a )=C(R b )-, -C(R a )=N-, -C(=NR a )-, -C(=O)-, One or one to four independently selected from -C(=S)-, -N(R a )-, -O-, -Si(R a ) 2 - and -S(=O) x - where X is 0, 1 or 2; n is 1, 2, 3 or 4; each R a and R b is independently H, a protecting group , hydroxyl, C 1 -C 12 alkyl, substituted C 1 -C 12 alkyl, C 2 -C 12 alkenyl, substituted C 2 -C 12 alkenyl, C 2 -C 12 alkynyl, substituted C 2 -C 12 alkynyl, aromatic ring group, substituted aromatic ring group, heterocyclic group, substituted heterocyclic group, C 5 - C 7 alicyclic group, substituted C 5 - C 7 alicyclic group, halogen, OJ 1 , NJ 1 J 2 , SJ 1 , N 3 , COOJ 1 is acyl (C(=O)-H), substituted acyl, CN, sulfonyl (S(=O) 2 -J 1 ) or sulfoxyl (S(=O)-J 1 ),
Each J 1 and J 2 is independently H, C 1 -C 12 alkyl, substituted C 1 -C 12 alkyl, C 2 -C 12 alkenyl, substituted C 2 -C 12 alkenyl, C 2 -C 12 alkynyl, Substituted C 2 -C 12 alkynyl, aromatic ring group, substituted aromatic ring group, acyl (C(=O)-H), substituted acyl, heterocyclic group, substituted heterocyclic group, C 1 -C 12 aminoalkyl, substituted C 1 to C 12 aminoalkyl or a protecting group.
ある種の実施態様では、二環式糖部分の架橋は、-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(RaRb)-N(R)-O-又はC(RaRb)-O-N(R)-である。ある種の実施態様では、架橋は、4’-CH2-2’、4’-(CH2)2-2’、4’-(CH2)3-2’、4’-CH2-O-2’(この場合の二環式糖を有するヌクレオシドをLNAともいう)、4’-(CH2)2-O-2’(この場合の二環式糖を有するヌクレオシドをENAともいう)、4’-CH(CH3)-O-2’ (この場合の二環式糖を有するヌクレオシドをcEtともいう)、4’-CH2
-O-N(R)-2’及び4’-CH2-N(R)-O-2’-であり、式中、各Rは独立に、H、保護基又はC1~C12アルキルである。
In certain embodiments, the bridge of the bicyclic sugar moiety is -[C(R a )(R b )] n -, -[C(R a )(R b )] n -O-, -C (R a R b )-N(R)-O- or C(R a R b )-O-N(R)-. In certain embodiments, the bridges include 4'-CH 2 -2', 4'-(CH 2 ) 2 -2', 4'-(CH 2 ) 3 -2', 4'-CH 2 -O -2' (the nucleoside having a bicyclic sugar in this case is also referred to as LNA), 4'-(CH 2 ) 2 -O-2' (the nucleoside having a bicyclic sugar in this case is also referred to as ENA), 4'-CH(CH 3 )-O-2' (the nucleoside having a bicyclic sugar in this case is also referred to as cEt), 4'-CH 2
-O-N(R)-2' and 4'-CH 2 -N(R)-O-2'-, where each R is independently H, a protecting group, or a C 1 -C 12 alkyl It is.
ある種の実施態様では、二環式糖部分の架橋は、4’-CH2-O-2’-(LNA)又はCH2-N(R)-であり、式中、各Rは独立に-SO2-CH3(ALNA[Ms])、-CO-NH-CH3(ALNA[mU])、1,5-ジメチル-1,2,4-トリア
ゾール-3-イル(ALNA[Trz])、-CO-NH-CH(CH3)2(ALNA
[ipU])、5-メチル-1,2,4-オキサジアゾール-3-イル(ALNA[Ox
z])である(WO2020/100826号)。
In certain embodiments, the bridge of the bicyclic sugar moiety is 4'- CH2 -O-2'-(LNA) or CH2 -N(R)-, where each R is independently -SO 2 -CH 3 (ALNA[Ms]), -CO-NH-CH 3 (ALNA[mU]), 1,5-dimethyl-1,2,4-triazol-3-yl (ALNA[Trz]) , -CO-NH-CH(CH 3 ) 2 (ALNA
[ipU]), 5-methyl-1,2,4-oxadiazol-3-yl (ALNA[Ox
z]) (WO2020/100826).
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは、異性体立体配置によってさらに定義される。例えば、4’-(CH2)-O-2’架橋を含むヌクレオシドは、α-L-立体配置で存在してもよいし、β-D-立体配置で存在してもよい。 In certain embodiments, nucleosides having bicyclic sugars are further defined by isomeric configuration. For example, a nucleoside containing a 4'-(CH 2 )-O-2' bridge may exist in the α-L-configuration or in the β-D-configuration.
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは、4’-2’架橋を有するものを含み、そうした架橋としては、これらに限定されないが、α-L-4’-(CH2)-O-2’、β-D-4’-CH2-O-2’、4’-(CH2)2-O-2’、4’-CH2-O-N(R)-2’、4’-CH2-N(R)-O-2’、4’-CH(CH3)-O-2’、4’-CH2-S-2’、4’-CH2-CH(CH3)-2’及び4’-(CH2)3-2’(式中、Rは、H、保護基、C1~C12アルキル、又はC1~C12アルキルで置換されてもよいウレアもしくはグアニジンである)が挙げられる。 In certain embodiments, nucleosides with bicyclic sugars include those with 4'-2' bridges, including, but not limited to, α-L-4'-(CH 2 ). -O-2', β-D-4'-CH 2 -O-2', 4'-(CH 2 ) 2 -O-2', 4'-CH 2 -O-N(R)-2' , 4'-CH 2 -N(R)-O-2', 4'-CH(CH 3 )-O-2', 4'-CH 2 -S-2', 4'-CH 2 -CH( CH 3 )-2' and 4'-(CH 2 ) 3 -2' (wherein R is optionally substituted with H, a protecting group, C 1 -C 12 alkyl, or C 1 -C 12 alkyl) urea or guanidine).
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の式を有する:
Bxは複素環塩基部分であり;
Ta及びTbはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
Zaは、C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル、置換C1~C6アルキル、置換C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルキニル、アシル、置換アシル、置換アミド、チオール又は置換チオールである。
In certain embodiments, the nucleoside having a bicyclic sugar has the formula:
Bx is a heterocyclic base moiety;
T a and T b each independently represent a hydrogen atom, a hydroxyl group protecting group, an optionally substituted phosphoric acid group, a phosphorus moiety, or a covalent bond to a support;
Z a is C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, C 2 -C 6 alkynyl, substituted C 1 -C 6 alkyl, substituted C 2 -C 6 alkenyl, substituted C 2 -C 6 alkynyl, acyl , substituted acyl, substituted amide, thiol or substituted thiol.
ある種の実施態様では、置換基のそれぞれは独立に、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、OJc、NJcJd、SJc、N3、OC(=X)Jc及びNJeC(=X)NJcJd(式中、各Jc、Jd及びJeは独立に、H、C1~C6アルキル又は置換C1~C6アルキルであり、XはO又はNJcである)から独立に選択される置換基で一置換又は多置換される。 In certain embodiments, each of the substituents is independently halogen, oxo, hydroxyl, OJ c , NJ c J d , SJ c , N 3 , OC(=X) J c and NJ e C(=X) from NJ c J d (wherein each J c , J d and J e is independently H, C 1 -C 6 alkyl or substituted C 1 -C 6 alkyl, and X is O or NJ c ) Mono- or polysubstituted with independently selected substituents.
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の式を有する:
Bxは複素環塩基部分であり;
Ta及びTbはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
Zbは、C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル、置換C1~C6アルキル、置換C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルキニル又は置換アシル(C(=O)-)である。
In certain embodiments, the nucleoside having a bicyclic sugar has the formula:
Bx is a heterocyclic base moiety;
T a and T b each independently represent a hydrogen atom, a hydroxyl group protecting group, an optionally substituted phosphoric acid group, a phosphorus moiety, or a covalent bond to a support;
Z b is C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, C 2 -C 6 alkynyl, substituted C 1 -C 6 alkyl, substituted C 2 -C 6 alkenyl , substituted C 2 -C 6 alkynyl or substituted Acyl (C(=O)-).
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の式を有する:
Bxは複素環塩基部分であり;
Ta及びTbはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
Rdは、C1~C6アルキル、置換C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル又は置換C2~C6アルキニルであり;
各qa、qb、qc及びqdは独立に、H、ハロゲン、C1~C6アルキル、置換C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル又は置換C2~C6アルキニル、C1~C6アルコキシル、置換C1~C6アルコキシル、アシル、置換アシル、C1~C6アミノアルキル又は置換C1~C6アミノアルキ
ルである。
In certain embodiments, the nucleoside having a bicyclic sugar has the formula:
Bx is a heterocyclic base moiety;
T a and T b each independently represent a hydrogen atom, a hydroxyl group protecting group, an optionally substituted phosphoric acid group, a phosphorus moiety, or a covalent bond to a support;
R d is C 1 -C 6 alkyl, substituted C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, substituted C 2 -C 6 alkenyl, C 2 -C 6 alkynyl or substituted C 2 -C 6 alkynyl; ;
Each q a , q b , q c and q d independently represents H, halogen, C 1 -C 6 alkyl, substituted C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, substituted C 2 -C 6 alkenyl, C 2 -C 6 alkynyl or substituted C 2 -C 6 alkynyl, C 1 -C 6 alkoxyl, substituted C 1 -C 6 alkoxyl, acyl, substituted acyl, C 1 -C 6 aminoalkyl or substituted C 1 -C 6 amino It is an alkyl.
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の式を有する:
Bxは複素環塩基部分であり;
Ta及びTbはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
qa、qb、qe及びqfはそれぞれ独立に、水素、ハロゲン、C1~C12アルキル、置換C1~C12アルキル、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、C1~C12アルコキシ、置換C1~C12アルコキシ、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(=O)OJj、C(=O)NJjJk、C(=O)Jj、O-C(=O)NJjJk、N(H)C(=NH)NJjJk、N(H)C(=O)-NJjJkもしくはN
(H)C(=S)NJjJkであり;
又は、qe及びqfは共に=C(qg)(qh)であり;
qg及びqhはそれぞれ独立に、H、ハロゲン、C1~C12アルキルもしくは置換C1~C12アルキルである。
In certain embodiments, the nucleoside having a bicyclic sugar has the formula:
Bx is a heterocyclic base moiety;
T a and T b each independently represent a hydrogen atom, a hydroxyl group protecting group, an optionally substituted phosphoric acid group, a phosphorus moiety, or a covalent bond to a support;
q a , q b , q e and q f each independently represent hydrogen, halogen, C 1 -C 12 alkyl, substituted C 1 -C 12 alkyl, C 2 -C 12 alkenyl, substituted C 2 -C 12 alkenyl, C 2 -C 12 alkynyl, substituted C 2 -C 12 alkynyl, C 1 -C 12 alkoxy, substituted C 1 -C 12 alkoxy, OJ j , SJ j , SOJ j , SO 2 J j , NJ j J k , N 3 , CN, C(=O)OJj, C(=O)NJ j J k , C(=O)J j , OC(=O)NJ j J k , N(H)C(=NH) NJ j J k , N(H)C(=O)-NJ j J k or N
(H)C(=S)NJ j J k ;
Or, q e and q f are both =C(q g )(q h );
q g and q h are each independently H, halogen, C 1 -C 12 alkyl or substituted C 1 -C 12 alkyl.
4’-CH2-O-2’架橋を有する、アデニン、シトシン、グアニン、5-メチル-シトシン、チミン及びウラシル二環式ヌクレオシド(LNAともいう)の合成及び調製は、それらのオリゴマー化及び核酸認識特性と共に記載されている(Koshkin et al.,Tetrahedron,1998,54,3607-3630)。二環式糖を有するヌクレオシドの合成は、WO98/39352及びWO99/14226にも記載されている。 The synthesis and preparation of adenine, cytosine, guanine, 5-methyl-cytosine, thymine and uracil bicyclic nucleosides (also referred to as LNA) with 4'-CH2- O -2' bridges are important for their oligomerization and nucleic acid It has been described along with its recognition properties (Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630). The synthesis of nucleosides with bicyclic sugars is also described in WO98/39352 and WO99/14226.
4’-CH2-O-2’(この場合の二環式ヌクレオシドをLNAともいう)及び4’-CH2-S-2’などの4’-2’架橋基を有する様々な二環式ヌクレオシドの類似物も、調製されている(Kumar et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222)。核酸ポリメラーゼの基質として使用するための、二環式ヌクレオシドを含むオリゴデオキシリボヌクレオチド二本鎖の調製も記載されている(Wengel et al.,WO99/14226)。さらに、2’-アミノ-LNA(この場合の二環式ヌクレオシドをALNAともいう)、すなわち立体構造的に制限された高親和性オリゴヌクレオチド類似物の合成が、当技術分野で記載されている(Singh et al.,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039)。さらに、2’-アミノ-及び2’-メチルアミノ-LNAが調製されており、相補的なRNA鎖及びDNA鎖との二本鎖の熱安定性が以前に報告されている。 Various bicyclics with a 4' - 2' bridging group, such as 4'-CH 2 -O-2' (the bicyclic nucleoside in this case is also referred to as LNA) and 4'-CH 2 -S-2'. Nucleoside analogs have also been prepared (Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222). The preparation of oligodeoxyribonucleotide duplexes containing bicyclic nucleosides for use as substrates for nucleic acid polymerases has also been described (Wengel et al., WO 99/14226). Additionally, the synthesis of 2'-amino-LNA (bicyclic nucleosides in this case also referred to as ALNA), conformationally restricted high affinity oligonucleotide analogs, has been described in the art ( Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039). Additionally, 2'-amino- and 2'-methylamino-LNAs have been prepared and their duplex thermal stability with complementary RNA and DNA strands has been previously reported.
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の式を有する:
Bxは複素環塩基部分であり;
Ta及びTbはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
各qi、qj、qk及びqlは独立に、H、ハロゲン、C1~C12アルキル、置換C1~C12アルキル、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、C1~C12アルコキシル、置換C1~C12アルコキシル、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(=O)OJj、C(=O)NJjJk、C(=O)Jj、O-C(=O)NJjJk、N(H)C(=NH)NJjJk、N(H)C(=O)NJjJk又はN(H)C(=S)NJjJkであり;
qi及びqj又はql及びqkは共に=C(qg)(qh)であり、式中、qg及びqhはそれぞれ独立に、H、ハロゲン、C1~C12アルキル又は置換C1~C12アルキルである。
In certain embodiments, the nucleoside having a bicyclic sugar has the formula:
Bx is a heterocyclic base moiety;
T a and T b each independently represent a hydrogen atom, a hydroxyl group protecting group, an optionally substituted phosphoric acid group, a phosphorus moiety, or a covalent bond to a support;
Each q i , q j , q k and q l independently represents H, halogen, C 1 -C 12 alkyl, substituted C 1 -C 12 alkyl, C 2 -C 12 alkenyl, substituted C 2 -C 12 alkenyl, C 2 -C 12 alkynyl, substituted C 2 -C 12 alkynyl, C 1 -C 12 alkoxyl, substituted C 1 -C 12 alkoxyl, OJ j , SJ j , SOJ j , SO 2 J j , NJ j J k , N 3 , CN, C(=O)OJ j , C(=O)NJ j J k , C(=O)J j , OC(=O)NJ j J k , N(H)C(=NH )NJ j J k , N(H)C(=O)NJ j J k or N(H)C(=S)NJ j J k ;
q i and q j or q l and q k are both =C(q g )(q h ), where q g and q h each independently represent H, halogen, C 1 -C 12 alkyl, or Substituted C 1 -C 12 alkyl.
4’-(CH2)3-2’架橋及びアルケニル類似物架橋4’-CH=CH-CH2-2’を有する1つの炭素環式二環式ヌクレオシドが記載されている(Frier et al.,Nucleic Acids Research,1997,25(22),4429-4443及びAlbaek et al.,J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740)。炭素環式二環式ヌクレオシドの合成及び調製も、そのオリゴマー化及び生化学的な研究と共に記載されている(Srivastava et al.,J.Am.Chem.Soc.2007,129(26),8362-8379)。 One carbocyclic bicyclic nucleoside has been described with a 4'-(CH 2 )3-2' bridge and an alkenyl analog bridge 4'-CH=CH-CH 2 -2' (Frier et al. , Nucleic Acids Research, 1997, 25(22), 4429-4443 and Albaek et al., J. Org. Chem., 2006, 71, 7731-7740). The synthesis and preparation of carbocyclic bicyclic nucleosides along with their oligomerization and biochemical studies have also been described (Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc. 2007, 129(26), 8362- 8379).
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドとしては、これらに限定されないが、以下に示すような化合物が挙げられる。 In certain embodiments, nucleosides with bicyclic sugars include, but are not limited to, compounds such as those shown below.
ある種の実施態様(LNA)では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の一般式:
Bは、核酸塩基であり;
X及びYは、それぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等]で表されるヌクレオシドを挙げることができる(WO98/39352を参照)。典型的な具体例は、下記式:
B is a nucleobase;
X and Y can each independently represent a nucleoside represented by a hydrogen atom, a hydroxyl group protecting group, an optionally substituted phosphoric acid group, a phosphorus moiety, a covalent bond to a support, etc. (WO98/ 39352). A typical example is the following formula:
ある種の実施態様(GuNA)では、二環式を含むヌクレオシドは下記一般式:
で表されるヌクレオシドである(例えば、WO2014/046212号、WO2017/047816号を参照)。
In certain embodiments (GuNA), the bicyclic-containing nucleoside has the following general formula:
(For example, see WO2014/046212 and WO2017/047816).
ある種の実施態様(ALNA[mU])では、二環式糖を含むヌクレオシドは下記一般式(I):
Bは、核酸塩基であり;
R1、R2、R3及びR4は各々独立して、水素原子、又は1つ以上の置換基で置換されていてもよいC1-6アルキル基であり;
R5及びR6は各々独立して、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
mは、1又は2であり;
Xは、下記式(II-1):
式(II-1)中に記載の記号:
R7及びR8の一方が水素原子であり、他方が1つ以上の置換基で置換されてもよいメ
チル基である。]
で表されるヌクレオシドである(例えば、WO2020/100826号を参照)。典型的な具体例は、R7及びR8の一方が水素原子であり、他方が無置換のメチル基である、ヌクレオシドである。
In certain embodiments (ALNA [mU]), the bicyclic sugar-containing nucleoside has the following general formula (I):
B is a nucleobase;
R 1 , R 2 , R 3 and R 4 are each independently a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group optionally substituted with one or more substituents;
R 5 and R 6 are each independently a hydrogen atom, a hydroxyl group protecting group, an optionally substituted phosphoric acid group, a phosphorus moiety, a covalent bond to a support, etc.;
m is 1 or 2;
X is the following formula (II-1):
Symbols described in formula (II-1):
One of R 7 and R 8 is a hydrogen atom, and the other is a methyl group which may be substituted with one or more substituents. ]
(For example, see WO2020/100826). A typical example is a nucleoside in which one of R 7 and R 8 is a hydrogen atom and the other is an unsubstituted methyl group.
ある種の実施態様(ALNA[ipU])では、二環式糖を含むヌクレオシドは上記のALNA[mU]において定義する一般式(I)を有するヌクレオシドであって、該式中、
Xが、下記式(II-1):
R7及びR8の一方が水素原子であり、他方が1つ以上の置換基で置換されてもよいイソプロピル基である(例えば、WO2020/100826号を参照)。典型的な具体例は、R7及びR8の一方が水素原子であり、他方が無置換のイソプロピル基である、ヌクレオシドである。
In certain embodiments (ALNA[ipU]), the bicyclic sugar-containing nucleoside is a nucleoside having the general formula (I) as defined in ALNA[mU] above, where:
X is the following formula (II-1):
One of R 7 and R 8 is a hydrogen atom, and the other is an isopropyl group that may be substituted with one or more substituents (see, for example, WO2020/100826). A typical example is a nucleoside in which one of R 7 and R 8 is a hydrogen atom and the other is an unsubstituted isopropyl group.
ある種の実施態様(ALNA[Trz])では、二環式を含むヌクレオシドは上記一般式(I)を有するヌクレオシドであって、該式中、Xが、下記式(II-2):
Aが、1つ以上の置換基で置換されていてもよいトリアゾリル基である(例えば、特願2018-212424を参照)。ALNA[Trz]の典型的な具体例は、Aが、1又は複数のメチル基を有してもよいトリアゾリル基であり、より具体的には、1,5-ジメ
チル-1,2,4-トリアゾール-3-イル基である、ヌクレオシドである。
In certain embodiments (ALNA[Trz]), the bicyclic-containing nucleoside is a nucleoside having the general formula (I) above, where X is the following formula (II-2):
A is a triazolyl group optionally substituted with one or more substituents (see, for example, Japanese Patent Application No. 2018-212424). A typical example of ALNA[Trz] is a triazolyl group in which A may have one or more methyl groups, more specifically, 1,5-dimethyl-1,2,4- It is a nucleoside that is a triazol-3-yl group.
ある種の実施態様(ALNA[Oxz])では、上記のALNA[mU]において定義する一般式(I)を有するヌクレオシドであって、該式中、
Xが、下記式(II-2):
Aが、1つ以上の置換基で置換されていてもよいオキサジアゾリル基である(例えば、特願2018-212424を参照)。典型的な具体例は、Aが1又は複数のメチル基を有してもよいオキサジアゾリル基であり、より具体的には、5-メチル-1,2,4-オキサジアゾール-3-イル基である、ヌクレオシド又はヌクレオチドである。
In certain embodiments (ALNA[Oxz]), a nucleoside having the general formula (I) as defined in ALNA[mU] above, wherein:
X is the following formula (II-2):
A is an oxadiazolyl group which may be substituted with one or more substituents (see, for example, Japanese Patent Application No. 2018-212424). A typical example is an oxadiazolyl group in which A may have one or more methyl groups, more specifically a 5-methyl-1,2,4-oxadiazol-3-yl group. is a nucleoside or nucleotide.
ある種の実施態様(ALNA[Ms])では、二環式を含むヌクレオシドは上記一般式(I)を有するヌクレオシドであって、該式中、Xが、下記一般式(II-3):
Mは、1つ以上の置換基で置換されていてもよいメチル基で置換された、スルホニル基である(例えば、WO2020/100826号を参照)。ALNA[Ms]の典型的な具体例は、Mが無置換のメチル基で置換されたスルホニル基である、ヌクレオシドである。
In certain embodiments (ALNA[Ms]), the bicyclic-containing nucleoside is a nucleoside having the general formula (I) above, where X is the following general formula (II-3):
M is a sulfonyl group substituted with a methyl group optionally substituted with one or more substituents (see, for example, WO2020/100826). A typical example of ALNA[Ms] is a nucleoside in which M is a sulfonyl group substituted with an unsubstituted methyl group.
ある種の実施態様では、ヌクレオシドは、糖代用物とのリボシル環の置き換えによって修飾される。そうした修飾としては、これらに限定されないが、代用環系(DNA類似物と言われることもある)、例えば、モルホリノ環、シクロヘキセニル環、シクロヘキシル環又はテトラヒドロピラニル環、例えば以下の式のうちの1つを有するものとのリボシル環の置き換えが挙げられる:
ある種の実施態様では、以下の式を有する糖代用物が選択される:
Bxは複素環塩基部分であり;
T3及びT4はそれぞれ独立に、テトラヒドロピランヌクレオシド類似物をオリゴマー化合物に連結するヌクレオシド間連結基、又はT3及びT4の一方は、テトラヒドロピランヌクレオシド類似物をオリゴマー化合物もしくはオリゴヌクレオチドに連結するヌクレオシド間連結基であり、T3及びT4の他方は、H、ヒドロキシル保護基、連結共役基又は5’もしくは3’-末端基であり;
q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7はそれぞれ独立に、H、C1~C6アルキル、置換C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル又は置換C2~C6アルキニルであり;
R1及びR2の一方は水素であり、他方はハロゲン、置換又は無置換のアルコキシ、NJ1J2、SJ1、N3、OC(=X)J1、OC(=X)NJ1J2、NJ3C(=X)NJ1J2及びCN(式中、XはO、S又はNJ1であり、各J1、J2及びJ3は独立に、H又はC1~C6アルキルである)から選択される。
In certain embodiments, a sugar substitute having the following formula is selected:
Bx is a heterocyclic base moiety;
T 3 and T 4 are each independently an internucleoside linking group that links the tetrahydropyran nucleoside analog to the oligomeric compound, or one of T 3 and T 4 connects the tetrahydropyran nucleoside analog to the oligomeric compound or oligonucleotide. an internucleoside linking group, the other of T 3 and T 4 being H, a hydroxyl protecting group, a linking conjugate group, or a 5' or 3'-terminal group;
q 1 , q 2 , q 3 , q 4 , q 5 , q 6 and q 7 are each independently H, C 1 -C 6 alkyl, substituted C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, substituted C 2 -C 6 alkenyl, C 2 -C 6 alkynyl or substituted C 2 -C 6 alkynyl;
One of R 1 and R 2 is hydrogen, and the other is halogen, substituted or unsubstituted alkoxy, NJ 1 J 2 , SJ 1 , N 3 , OC(=X)J 1 , OC(=X)NJ 1 J 2 , NJ 3 C ( = X)NJ 1 J 2 and CN ( wherein, alkyl).
ある種の実施態様では、q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7はそれぞれHである。ある種の実施態様では、q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7の少なくとも1つはH以外である。ある種の実施態様では、q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7の少なくとも1つはメチルである。ある種の実施態様では、R1及びR2の一方がFであるTHPヌクレオシドが提供される。ある種の実施態様では、R1がフルオロであり、且つR2がHであり;R1がメトキシであり、且つR2がHであり、及びR1がメトキシエトキシであり、且つR2がHである。 In certain embodiments, q 1 , q 2 , q 3 , q 4 , q 5 , q 6 and q 7 are each H. In certain embodiments, at least one of q 1 , q 2 , q 3 , q 4 , q 5 , q 6 and q 7 is other than H. In certain embodiments, at least one of q 1 , q 2 , q 3 , q 4 , q 5 , q 6 and q 7 is methyl. In certain embodiments, THP nucleosides are provided where one of R 1 and R 2 is F. In certain embodiments, R 1 is fluoro and R 2 is H; R 1 is methoxy and R 2 is H, and R 1 is methoxyethoxy, and R 2 is It is H.
そうした糖代用物としては、これらに限定されないが、当技術分野で、ヘキシトール核酸(HNA)、アルトリトール核酸(ANA)及びマンニトール核酸(MNA)と言われるものが挙げられる(Leumann,C.J.,Bioorg.& Med.Chem
.,2002,10,841-854を参照されたい)。
Such sugar substitutes include, but are not limited to, those referred to in the art as hexitol nucleic acid (HNA), altritol nucleic acid (ANA), and mannitol nucleic acid (MNA) (Leumann, C.J.). , Bioorg. & Med.Chem
.. , 2002, 10, 841-854).
ある種の実施態様では、糖代用物は、5つを超える原子及び1つを超えるヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド及びオリゴマー化合物でのその使用が報告されている(例えば、Braasch et al.,Biochemistry,2002,41,4503-4510;並びに米国特許5,698,685;5,166,315;5,185,444;及び5,034,506を参照されたい)。 In certain embodiments, the sugar substitute includes a ring with more than 5 atoms and more than 1 heteroatom. For example, its use in nucleoside and oligomeric compounds containing morpholino sugar moieties has been reported (e.g., Braasch et al., Biochemistry, 2002, 41, 4503-4510; and US Pat. No. 5,698,685; 5,166 , 315; 5,185,444; and 5,034,506).
本明細書で使用する場合、用語「モルホリノ」は以下の構造を有する糖代用物を意味する:
ある種の実施態様では、例えば、上記のモルホリノ構造から様々な置換基を付加する又は変えることによって、モルホリノを修飾することができる。そうした糖代用物は、本明細書で「修飾モルホリノ」と言われる。 In certain embodiments, morpholinos can be modified, for example, by adding or changing various substituents from the morpholino structures described above. Such sugar substitutes are referred to herein as "modified morpholinos."
ある種の実施態様では、オリゴヌクレオチドは、天然に存在するヌクレオシドのペントフラノシル残基の代わりに6員シクロヘキセニルを有するヌクレオシドである、1つ又は複数の修飾シクロヘキセニルヌクレオシドを含む。修飾シクロヘキセニルヌクレオシドとしては、これらに限定されないが、当技術分野で記載されたものが挙げられる(例えば、共有に係る、2010年4月10日に公開されたWO2010/036696、Robeyns et al.,J.Am.Chem.Soc.,2008,130(6),1979-1984;Horvath et al.,Tetrahedron Letters
,2007,48,3621-3623;Nauwelaerts et al.,J.Am.Chem.Soc.,2007,129(30),9340-9348;Gu et al.,Nucleosides,Nucleotides & Nucleic Aci
ds,2005,24(5-7),993-998;Nauwelaerts et al.,Nucleic Acids Research,2005,33(8),2452-2463;Robeyns et al.,Acta Crystallographic
a,Section F:Structural Biology and Crystallization Communications,2005,F61(6),585-
586;Gu et al.,Tetrahedron,2004,60(9),2111-2123;Gu et al.,Oligonucleotides,2003,13(6),479-489;Wang et al.,J.Org.Chem.,2003,68,4499-4505;Verbeure et al.,Nucleic Acids Research,2001,29(24),4941-4947;Wang etal
.,J.Org.Chem.,2001,66,8478-82;Wang et al.,Nucleosides,Nucleotides & Nucleic Acids,
2001,20(4-7),785-788;Wang et al.,J.Am.Chem.,2000,122,8595-8602;WO06/047842号;及びWO01/049687号を参照されたい;それぞれのテキストは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)。
In certain embodiments, the oligonucleotide comprises one or more modified cyclohexenyl nucleosides, which are nucleosides that have a 6-membered cyclohexenyl in place of the naturally occurring nucleoside pentofuranosyl residue. Modified cyclohexenyl nucleosides include, but are not limited to, those described in the art (e.g., co-owned WO 2010/036696, published April 10, 2010, Robeyns et al., J. Am. Chem. Soc., 2008, 130 (6), 1979-1984; Horvath et al., Tetrahedron Letters
, 2007, 48, 3621-3623; Nauwelaerts et al. , J. Am. Chem. Soc. , 2007, 129(30), 9340-9348; Gu et al. , Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Aci
ds, 2005, 24(5-7), 993-998; Nauwelaerts et al. , Nucleic Acids Research, 2005, 33(8), 2452-2463; Robeyns et al. , Acta Crystallographic
a, Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, 2005, F61(6), 585-
586; Gu et al. , Tetrahedron, 2004, 60(9), 2111-2123; Gu et al. , Oligonucleotides, 2003, 13(6), 479-489; Wang et al. , J. Org. Chem. , 2003, 68, 4499-4505; Verbeure et al. , Nucleic Acids Research, 2001, 29(24), 4941-4947; Wang et al.
.. , J. Org. Chem. , 2001, 66, 8478-82; Wang et al. , Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids,
2001, 20(4-7), 785-788; Wang et al. , J. Am. Chem. , 2000, 122, 8595-8602; WO 06/047842; and WO 01/049687; each text of which is incorporated herein by reference in its entirety).
ある種の修飾シクロヘキセニルヌクレオシドは以下の式を有する:
Bxは複素環塩基部分であり;
T3及びT4はそれぞれ独立に、シクロヘキセニルヌクレオシド類似物をオリゴヌクレオチド化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、又はT3及びT4の一方は、テトラヒドロピランヌクレオシド類似物をオリゴヌクレオチド化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、T3及びT4の他方は、H、ヒドロキシル保護基、連結共役基もしくは5’-もしくは3’-末端基であり;
q1、q2、q3、q4、q5、q6、q7、q8及びq9はそれぞれ独立に、H、C1~C6アルキル、置換C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル、置換C2~C6アルキニル又は他の糖置換基である。
Certain modified cyclohexenyl nucleosides have the formula:
Bx is a heterocyclic base moiety;
T 3 and T 4 are each independently an internucleoside linking group that links the cyclohexenyl nucleoside analog to the oligonucleotide compound, or one of T 3 and T 4 connects the tetrahydropyran nucleoside analog to the oligonucleotide compound. an internucleoside linking group, and the other of T 3 and T 4 is H, a hydroxyl protecting group, a linking conjugate group, or a 5'- or 3'-terminal group;
q 1 , q 2 , q 3 , q 4 , q 5 , q 6 , q 7 , q 8 and q 9 each independently represent H, C 1 to C 6 alkyl, substituted C 1 to C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, substituted C 2 -C 6 alkenyl, C 2 -C 6 alkynyl, substituted C 2 -C 6 alkynyl or other sugar substituents.
オリゴヌクレオチドに組み込むためのヌクレオシドを修飾するのに使用することができる、多くの他の二環式及び三環式の糖代用環系が当技術分野で既知である(例えば、総説:Leumann,Christian J.,Bioorg.& Med.Chem.,2002,10,841-854を参照されたい)。そうした環系は、活性を増強するために様々なさらなる置換を受けることができる。 Many other bicyclic and tricyclic sugar surrogate ring systems are known in the art that can be used to modify nucleosides for incorporation into oligonucleotides (e.g., review: Leumann, Christian J., Bioorg. & Med. Chem., 2002, 10, 841-854). Such ring systems can undergo a variety of further substitutions to enhance activity.
修飾糖の調製方法は当業者に周知である。そうした修飾糖の調製を教示するいくつかの代表的なU.S.特許は、これらに限定されないが、U.S.:4,981,957;5,118,800;5,319,080;5,359,044;5,393,878;5,446,137;5,466,786;5,514,785;5,519,134;5,567,811;5,576,427;5,591,722;5,597,909;5,610,300;5,627,053;5,639,873;5,646,265;5,670,633;5,700,920;5,792,847及び6,600,032並びにWO2005/121371号が挙げられ、これらのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。 Methods for preparing modified sugars are well known to those skilled in the art. Several representative U.S. publications teach the preparation of such modified sugars. S. Patents include, but are not limited to, U. S. :4,981,957;5,118,800;5,319,080;5,359,044;5,393,878;5,446,137;5,466,786;5,514,785;5 ,519,134;5,567,811;5,576,427;5,591,722;5,597,909;5,610,300;5,627,053;5,639,873;5,646 , 265; 5,670,633; 5,700,920; 5,792,847 and 6,600,032 and WO2005/121371, each of which is incorporated herein by reference in its entirety. It will be done.
修飾糖部分を有するヌクレオチドでは、核酸塩基部分(天然、修飾又はそれらの組み合わせ)は、適切な核酸標的とのハイブリダイゼーションの間維持される。 For nucleotides with modified sugar moieties, the nucleobase moiety (natural, modified or a combination thereof) is maintained during hybridization with an appropriate nucleic acid target.
好ましい修飾糖はALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Oxz]、又はALNA[Trz]の糖部分であり、この中ではALNA[Ms]の糖部分がより好ましい。すなわち、ある種の実施態様では、本発明の修飾オリゴヌクレオチドは、PLP1発現を抑制する活性を有する、12~25残基、好ましくは、16,17、18、19又は20塩基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、又は少なくとも95%の相補性を有し、当該オリゴヌクレオチドを構成するヌクレオシドのうち少なくとも1つがALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Oxz]、又はALNA[Trz]の糖部分から選択される修飾糖を有する、修飾オリゴヌクレオチドである。 Preferred modified sugars are the sugar moieties of ALNA[Ms], ALNA[mU], ALNA[ipU], ALNA[Oxz], or ALNA[Trz], among which the sugar moiety of ALNA[Ms] is more preferred. That is, in certain embodiments, the modified oligonucleotide of the present invention is a modified oligonucleotide consisting of 12 to 25 residues, preferably 16, 17, 18, 19 or 20 bases, which has the activity of suppressing PLP1 expression. and the nucleobase sequence of the modified oligonucleotide has at least 85%, at least 90%, or at least 95% complementarity to an equal length portion of the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing, and At least one of the constituent nucleosides is a modified oligonucleotide having a modified sugar selected from the sugar moiety of ALNA[Ms], ALNA[mU], ALNA[ipU], ALNA[Oxz], or ALNA[Trz]. .
(修飾核酸塩基)
核酸塩基(又は塩基)の修飾又は置換は、天然に存在する又は合成の非修飾核酸塩基と構造的に識別可能であり、こうした非修飾核酸塩基とさらに機能的に互換性がある。天然及び修飾核酸塩基の両方とも、水素結合に関与することができる。そうした核酸塩基修飾は、ヌクレアーゼ安定性、結合親和性又はいくつかの他の有益な生物学的特性をオリゴヌクレオチド化合物に与えることができる。本発明修飾オリゴヌクレオチドは、それを構成する少なくとも1つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含むものが好ましく用いられる。修飾核酸塩基としては、例えば、5-メチルシトシン(5-me-C)があげられる。5-メチルシトシンは、5位に結合したメチル基で修飾されたシトシンを意味する。5-メチルシトシン置換を含めたある種の核酸塩基置換は、オリゴヌクレオチドの結合親和性を増大させるのに特に有用である。例えば、5-メチルシトシン置換は、核酸の二本鎖安定性を0.6~1.2℃増大させることが示されている(Sanghvi,Y.S.,Crooke,S.T.and Lebleu,B.,eds.,Antisense Research and Applications,CRC Press,Boca Raton,1993,pp.276-278)。
(modified nucleobase)
Modifications or substitutions of nucleobases (or bases) are structurally distinct from, and functionally compatible with, naturally occurring or synthetic unmodified nucleobases. Both natural and modified nucleobases can participate in hydrogen bonding. Such nucleobase modifications can confer nuclease stability, binding affinity or some other beneficial biological property to the oligonucleotide compound. The modified oligonucleotide of the present invention, in which at least one nucleoside constituting the oligonucleotide contains a modified nucleobase, is preferably used. Examples of modified nucleobases include 5-methylcytosine (5-me-C). 5-Methylcytosine means a cytosine modified with a methyl group attached to the 5-position. Certain nucleobase substitutions, including 5-methylcytosine substitutions, are particularly useful in increasing the binding affinity of oligonucleotides. For example, 5-methylcytosine substitutions have been shown to increase the duplex stability of nucleic acids by 0.6-1.2°C (Sanghvi, Y.S., Crooke, S.T. and Lebleu, B., eds., Antisense Research and Applications, CRC Press, Boca Raton, 1993, pp. 276-278).
さらなる修飾核酸塩基としては、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニン及びグアニンの6-メチル及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの2-プロピル及び他のアルキル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン及び2-チオシトシン、5-ハロウラシル及びシトシン、5-プロピニル(-C≡C-CH3)ウラシル及びシトシン並びにピリミジン塩基の他のアルキニル誘導体、6-アゾウラシル、シトシン及びチミン、5-ウラシル(シュードウラシル)、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオール、8-チオアルキル、8-ヒドロキシル及び他の8-置換アデニン及びグアニン、5-ハロ、特に5-ブロモ、5-トリフルオロメチル及び他の5-置換ウラシル及びシトシン、7-メチルグアニン及び7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノ-アデニン、8-アザグアニン及び8-アザアデニン、7-デアザグアニン及び7-デアザアデニン、3-デアザグアニン及び3-デアザアデニンが挙げられる。 Further modified nucleobases include 5-hydroxymethylcytosine, xanthine, hypoxanthine, 2-aminoadenine, 6-methyl and other alkyl derivatives of adenine and guanine, 2-propyl and other alkyl derivatives of adenine and guanine, 2 -thiouracil, 2-thiothymine and 2-thiocytosine, 5-halouracil and cytosine, 5-propynyl (-C≡C-CH 3 )uracil and cytosine and other alkynyl derivatives of pyrimidine bases, 6-azouracil, cytosine and thymine, 5 - uracil (pseudouracil), 4-thiouracil, 8-halo, 8-amino, 8-thiol, 8-thioalkyl, 8-hydroxyl and other 8-substituted adenines and guanines, 5-halo, especially 5-bromo, 5 - trifluoromethyl and other 5-substituted uracils and cytosines, 7-methylguanine and 7-methyladenine, 2-F-adenine, 2-amino-adenine, 8-azaguanine and 8-azaadenine, 7-deazaguanine and 7- Examples include deazaadenine, 3-deazaguanine and 3-deazaadenine.
複素環塩基部分は、プリン又はピリミジン塩基が他の複素環、例えば、7-デアザ-アデニン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン及び2-ピリドンで置き換えられているものを含むこともできる。修飾オリゴヌクレオチドの結合親和性を増大させるのに特に有用な核酸塩基としては、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン及びN-2、N-6及びO-6置換プリン(2-アミノプロピルアデニン、5-プロピニルウラシル及び5-プロピニルシトシンを含める)が挙げられる。 Heterocyclic base moieties can also include those in which purine or pyrimidine bases are replaced with other heterocycles, such as 7-deaza-adenine, 7-deazaguanosine, 2-aminopyridine, and 2-pyridone. Nucleobases particularly useful for increasing the binding affinity of modified oligonucleotides include 5-substituted pyrimidines, 6-azapyrimidine and N-2, N-6 and O-6 substituted purines (2-aminopropyladenine, 5-propynyluracil and 5-propynylcytosine).
(修飾ヌクレオシド間結合)
RNA及びDNAの天然に存在するヌクレオシド間結合は、3’-5’ホスホジエステル結合である。1つ又は複数の修飾された、すなわち天然に存在しない、ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドは、例えば、細胞取り込みの増強、標的核酸に対する親和性の増強及びヌクレアーゼの存在下での安定性の増大などの特性が理由で、天然に存在するヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドよりも好ましいことが多い。
(Modified internucleoside bond)
The naturally occurring internucleoside linkages in RNA and DNA are 3'-5' phosphodiester linkages. Oligonucleotides with one or more modified, i.e., non-naturally occurring, internucleoside linkages may have, for example, enhanced cellular uptake, enhanced affinity for target nucleic acids, and increased stability in the presence of nucleases. are often preferred over oligonucleotides with naturally occurring internucleoside linkages because of their properties.
修飾ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドは、リン原子を保持するヌクレオシド間結合及びリン原子を有さないヌクレオシド間結合を含む。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、これらに限定されないが、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホルアミデート及びホスホロチオエートの1つ以上が挙げられる。リン含有及び非リン含有結合の調製方法は周知である。 Oligonucleotides with modified internucleoside linkages include internucleoside linkages that retain a phosphorus atom and internucleoside linkages that do not have a phosphorus atom. Representative phosphorus-containing internucleoside linkages include, but are not limited to, one or more of phosphodiester, phosphotriester, methylphosphonate, phosphoramidate, and phosphorothioate. Methods for preparing phosphorus-containing and non-phosphorus-containing linkages are well known.
本発明修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、修飾オリゴヌクレオチドがPLP1発現を抑制する活性を有するものであればいかなるものでもよいが、少なくとも1
つのヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含むものが好ましく用いられ、例えば、全てヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であってもよい。
The internucleoside bonds of the modified oligonucleotide of the present invention may be of any type as long as the modified oligonucleotide has the activity of suppressing PLP1 expression, but at least one
One in which one of the internucleoside bonds comprises a phosphorothioate internucleoside bond is preferably used; for example, all the internucleoside bonds may be phosphorothioate internucleoside bonds.
(修飾オリゴヌクレオチドモチーフ)
ある種の実施態様では、本発明の修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼによる分解に対する抵抗性の増大、細胞取り込みの増大、標的核酸に対する結合親和性の増大及び/又はPLP1発現抑制活性の増大を獲得するために、ギャップマーモチーフを有することができる。
(modified oligonucleotide motif)
In certain embodiments, the modified oligonucleotides of the invention are modified to acquire increased resistance to nuclease degradation, increased cellular uptake, increased binding affinity for a target nucleic acid, and/or increased PLP1 expression suppression activity. can have a gapmer motif.
「ギャップマー」は、RNase Hによる切断を支援する複数のヌクレオシドを有する内部領域が、1つ又は複数のヌクレオシドを有する外部領域間に位置する、修飾オリゴヌクレオチドを意味する。内部領域は、「ギャップセグメント」と言うことができ、外部領域は「ウイングセグメント」と言うことができる。ギャップセグメントより5’側に存在するウイングセグメントを「5’ウイングセグメント」と言うことができ、ギャップセグメントより3’側に存在するウイングセグメントを「3’ウイングセグメント」と言うことができる。ギャップマーでは、ギャップへ接近している各々のウィングのヌクレオシド(5’-ウィングの最も3’側のヌクレオシド及び3’-ウィングの最も5’側のヌクレオシド)の糖部分は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分とは異なる。例えば、5’-ウィングの最も3’側のヌクレオシド及び3’-ウィングの最も5’側のヌクレオシドの糖部分は、修飾糖であり、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分は、天然のDNAの糖部分である。 "Gapmer" refers to a modified oligonucleotide in which an internal region with multiple nucleosides that supports cleavage by RNase H is located between an external region with one or more nucleosides. The inner region can be referred to as a "gap segment" and the outer region can be referred to as a "wing segment." A wing segment existing on the 5' side of the gap segment can be referred to as a "5' wing segment", and a wing segment existing on the 3' side of the gap segment can be referred to as a "3' wing segment". In gapmers, the sugar moiety of each wing nucleoside that approaches the gap (the 3'-most nucleoside of the 5'-wing and the 5'-most nucleoside of the 3'-wing) is It is different from the sugar part. For example, the sugar moieties of the 3'-most nucleoside of the 5'-wing and the 5'-most nucleoside of the 3'-wing are modified sugars, and the sugar moieties of the adjacent gap nucleosides are the sugar moieties of the natural DNA. It is.
ある種の実施態様では、本発明修飾オリゴヌクレオチドは、1)ギャップセグメント、2)5’ウイングセグメント及び3)3’ウイングセグメント、を含み、前記ギャップセグメントが、前記5’ウイングセグメントと前記3’ウイングセグメントとの間に位置付けられ、前記5’ウイングセグメント及び3’ウイングセグメントのヌクレオシドが修飾糖を有するヌクレオシドを含む、修飾オリゴヌクレオチドである。ギャップセグメントのヌクレオシドは、天然のDNAの糖を有するもののみでもよいし、1又はそれ以上の修飾糖を有するヌクレオシドでもよい。修飾糖としては、二環式糖、2’-MOEで修飾された糖、及び2’-OMeで修飾された糖からなる群から選択されることが好ましく、二環式糖としては、例えば、LNA、ENA、cEt、GuNA、ALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Oxz]及びALNA[Trz]の少なくとも1つの糖部分があげられる。 In certain embodiments, the modified oligonucleotide of the present invention comprises: 1) a gap segment, 2) a 5' wing segment, and 3) a 3' wing segment, wherein the gap segment has the 5' wing segment and the 3' wing segment. The modified oligonucleotide is positioned between the wing segment and the nucleosides of the 5' wing segment and the 3' wing segment include nucleosides having modified sugars. The nucleosides of the gap segment may have only natural DNA sugars or may have one or more modified sugars. The modified sugar is preferably selected from the group consisting of bicyclic sugars, 2'-MOE-modified sugars, and 2'-OMe-modified sugars, and the bicyclic sugars include, for example, Examples include at least one sugar moiety of LNA, ENA, cEt, GuNA, ALNA [Ms], ALNA [mU], ALNA [ipU], ALNA [Oxz] and ALNA [Trz].
ギャップセグメント、5’ウイングセグメント及び3’ウイングセグメントに含まれるヌクレオシドの数は、PLP1発現阻害抑制を有すればいかなるものでもよい。 The number of nucleosides contained in the gap segment, 5' wing segment, and 3' wing segment may be any number as long as it inhibits PLP1 expression.
ある種の実施態様では、ヌクレアーゼ安定性などの特性を増強するため、修飾オリゴヌクレオチドの一方又は両方の末端に、キャップ構造が含まれる。好適なキャップ構造には、4’,5’-メチレンヌクレオチド、1-(β-D-エリトロフラノシル)ヌクレオチド、4’-チオヌクレオチド、炭素環式ヌクレオチド、1,5-アンヒドロヘキシトールヌクレオチド、L-ヌクレオチド、α-ヌクレオチド、修飾塩基ヌクレオチド、ホスホロジチオアート結合、スレオ-ペントフラノシルヌクレオチド、非環式3’,4’-セコヌクレオチド、非環式3,4-ジヒドロキシブチルヌクレオチド、非環式3,5-ジヒドロキシペンチルヌクレオチド、3’-3’-逆位ヌクレオチド部分、3’-3’-逆位脱塩基部分、3’-2’-逆位ヌクレオチド部分、3’-2’-逆位脱塩基部分、1,4-ブタンジオールホスフェート、3’-ホスホルアミデート、ヘキシルホスフェート、アミノヘキシルホスフェート、3’-ホスフェート、3’-ホスホロチオエート、ホスホロジチオアート、架橋メチルホスホネート部分及び非架橋メチルホスホネート部分、5’-アミ
ノ-アルキルホスフェート、1,3-ジアミノ-2-プロピルホスフェート、3-アミノプロピルホスフェート、6-アミノヘキシルホスフェート、1,2-アミノドデシルホスフェート、ヒドロキシプロピルホスフェート、5’-5’-逆位ヌクレオチド部分、5’-5’-逆位脱塩基部分、5’-ホスホルアミデート、5’-ホスホロチオエート、5’-アミノ、架橋及び/又は非架橋5’-ホスホルアミデート、ホスホロチオエート、並びに5’-メルカプト部分がある。
In certain embodiments, a cap structure is included at one or both ends of the modified oligonucleotide to enhance properties such as nuclease stability. Suitable cap structures include 4',5'-methylene nucleotides, 1-(β-D-erythrofuranosyl) nucleotides, 4'-thionucleotides, carbocyclic nucleotides, 1,5-anhydrohexitol. Nucleotides, L-nucleotides, α-nucleotides, modified base nucleotides, phosphorodithioate bonds, threo-pentofuranosyl nucleotides, acyclic 3',4'-seconucleotides, acyclic 3,4-dihydroxybutyl nucleotides, Acyclic 3,5-dihydroxypentyl nucleotide, 3'-3'-reverse nucleotide moiety, 3'-3'-reverse abasic moiety, 3'-2'-reverse nucleotide moiety, 3'-2' - inverted abasic moiety, 1,4-butanediol phosphate, 3'-phosphoramidate, hexyl phosphate, aminohexyl phosphate, 3'-phosphate, 3'-phosphorothioate, phosphorodithioate, bridged methylphosphonate moiety and Non-crosslinked methylphosphonate moiety, 5'-amino-alkyl phosphate, 1,3-diamino-2-propyl phosphate, 3-aminopropyl phosphate, 6-aminohexyl phosphate, 1,2-aminododecyl phosphate, hydroxypropyl phosphate, 5 '-5'-reverse nucleotide moiety, 5'-5'-reverse abasic moiety, 5'-phosphoramidate, 5'-phosphorothioate, 5'-amino, bridged and/or non-bridged 5'-phospho ruamidate, phosphorothioate, as well as 5'-mercapto moieties.
(本発明化合物の評価方法)
本発明化合物の評価方法としては、本発明化合物がPLP1の細胞内における発現レベルの抑制を検証できる方法であればいかなるものでもよいが、具体的には、例えば、以下に示すin vitro及びin vivo PLP1発現測定方法が用いられる。
(Method for evaluating compounds of the present invention)
The compound of the present invention may be evaluated using any method as long as it can verify that the compound of the present invention suppresses the expression level of PLP1 in cells, but specifically, for example, the following in vitro and in vivo A method for measuring PLP1 expression is used.
本発明化合物の細胞内におけるPLP1発現の抑制を評価するための、in vitro PLP1発現測定方法は、PLP1が発現している細胞(以下、「PLP1発現細胞」と称することがある)であればいずれのものも用いることができるが、例えば、A375細胞(ヒト悪性黒色腫細胞、例えば、ATCC CRL-1619)があげられる。 The in vitro PLP1 expression measurement method for evaluating the inhibition of intracellular PLP1 expression by the compound of the present invention can be carried out in any cell in which PLP1 is expressed (hereinafter sometimes referred to as "PLP1-expressing cells"). For example, A375 cells (human malignant melanoma cells, eg, ATCC CRL-1619) can be used.
本発明化合物をPLP1発現細胞に接触させる方法も特に制限はないが、一般的に核酸を細胞内へ導入するために用いられる方法が挙げられる。具体的には、例えば、リポフェクション法やエレクトロポレーション法、Gymnosis法等である。リポフェクション法では、本発明化合物は、例えば、終濃度3、10、30又は100nMで処理することができる。 There are no particular limitations on the method of contacting the compound of the present invention with PLP1-expressing cells, but examples include methods generally used to introduce nucleic acids into cells. Specifically, for example, lipofection method, electroporation method, gymnosis method, etc. are used. In the lipofection method, the compound of the invention can be treated, for example, at a final concentration of 3, 10, 30 or 100 nM.
PLP1の細胞内におけるmRNAレベルは、当技術分野で既知の様々な方法でアッセイすることができる。具体的には、例えば、ノーザンブロット解析、競合的ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)又は定量的リアルタイムPCR等が挙げられる。 Intracellular mRNA levels of PLP1 can be assayed by various methods known in the art. Specific examples include Northern blot analysis, competitive polymerase chain reaction (PCR), quantitative real-time PCR, and the like.
PLP1の細胞内におけるタンパク質レベルは、当技術分野で既知の様々な方法でアッセイすることができる。具体的には、例えば、免疫沈降法、ウェスタンブロット解析(免疫ブロット法)、酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)、定量的タンパク質アッセイ、タンパク質活性アッセイ(例えば、カスパーゼ活性アッセイ)、免疫組織化学法、免疫細胞化学法又は蛍光活性化セルソーティング(FACS)等があげられる。 Intracellular protein levels of PLP1 can be assayed by various methods known in the art. Specifically, for example, immunoprecipitation, Western blot analysis (immunoblot), enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), quantitative protein assay, protein activity assay (e.g., caspase activity assay), immunohistochemistry. , immunocytochemistry, or fluorescence-activated cell sorting (FACS).
本発明化合物の細胞内におけるPLP1発現の抑制を評価するための、in vivo
PLP1発現測定方法は、例えば、PLP1を発現する動物に対して、本発明化合物を投与し、当該細胞において上述のPLP1発現レベルの解析を行う方法が挙げられる。
In vivo for evaluating the suppression of PLP1 expression in cells of the compound of the present invention
Examples of methods for measuring PLP1 expression include a method in which the compound of the present invention is administered to an animal that expresses PLP1, and the above-mentioned PLP1 expression level is analyzed in the cells.
本発明化合物は、市販されているDNA・RNA合成用アミダイト(LNAも含む)を使用してホスホロアミダイト法により合成することができる。人工核酸ALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Oxz]及びALNA[Trz]は、WO2020/100826号に記載された方法によりオリゴマーを合成することができる。 The compound of the present invention can be synthesized by the phosphoramidite method using commercially available amidites for DNA/RNA synthesis (including LNA). Oligomers of the artificial nucleic acids ALNA [Ms], ALNA [mU], ALNA [ipU], ALNA [Oxz], and ALNA [Trz] can be synthesized by the method described in WO2020/100826.
(本発明化合物によるPLP1関連疾患の治療)
本発明化合物はPLP1発現を抑制することにより、PLP1関連疾患を治療することができる。PLP1関連疾患としては、PLP1遺伝子の異常により引き起こされる疾患であれば特に制限はないが、先天性大脳白質形成不全症が例示される。
(Treatment of PLP1-related diseases using the compound of the present invention)
The compounds of the present invention can treat PLP1-related diseases by suppressing PLP1 expression. PLP1-related diseases are not particularly limited as long as they are caused by abnormalities in the PLP1 gene, and congenital cerebral leukodystrophy is exemplified.
PLP1遺伝子の異常により引き起こされる先天性大脳白質形成不全症としては、ペリツェウス・メルツバッハー病が例示され、ペリツェウス・メルツバッハー病は胎児型ペリ
ツェウス・メルツバッハー病および古典型ペリツェウス・メルツバッハー病を含む。
An example of congenital cerebral white matter hypoplasia caused by an abnormality in the PLP1 gene is Pellizaeus-Merzbacher disease, which includes fetal Pellizaus-Merzbacher disease and classical Pellizaeus-Merzbacher disease.
したがって、本発明は、PLP1関連疾患の治療、予防又は進行遅延化に使用するための修飾オリゴヌクレオチド;PLP1関連疾患の治療、予防又は進行遅延化に使用するための医薬組成物;PLP1関連疾患を治療、予防又は進行遅延化するための修飾オリゴヌクレオチドの使用;PLP1関連疾患の治療、予防又は進行遅延化用医薬の製造における修飾オリゴヌクレオチドの使用;PLP1関連疾患の治療、予防又は進行遅延化用医薬の製造に使用するための修飾オリゴヌクレオチド;有効量の修飾オリゴヌクレオチドを、その必要のある対象に投与することを含む、PLP1関連疾患の治療、予防又は進行遅延化方法;を提供する。 Therefore, the present invention provides modified oligonucleotides for use in treating, preventing or delaying the progression of PLP1-related diseases; pharmaceutical compositions for use in treating, preventing or delaying the progression of PLP1-related diseases; Use of a modified oligonucleotide for the treatment, prevention or delay of progression; Use of a modified oligonucleotide in the manufacture of a medicament for the treatment, prevention or delay of progression of a PLP1-related disease; Use of a modified oligonucleotide for the treatment, prevention or delay of progression of a PLP1-related disease A modified oligonucleotide for use in the manufacture of a medicament; a method for treating, preventing or delaying the progression of a PLP1-related disease, which comprises administering an effective amount of the modified oligonucleotide to a subject in need thereof;
(2)修飾オリゴヌクレオチドを含む医薬組成物
本発明化合物、又はその医薬的に許容可能な塩、及び薬学的に許容可能な担体を含む本発明化合物は、医薬組成物として用いることができる。医薬組成物の調製のために、修飾オリゴヌクレオチドを1つ以上の医薬的に許容可能な活性又は不活性な物質と混合することができる。医薬組成物の製剤化のための組成物及び方法は、投与経路、疾患の程度又は投与される用量を含めたいくつかの判断基準によって選択することができる。
例えば、非経口投与のための組成物としては、例えば、注射剤が用いられる。かかる注射剤は、自体公知の方法に従って、例えば、上記修飾オリゴヌクレオチドを通常注射剤に用いられる無菌の水性もしくは油性液に溶解、懸濁又は乳化することによって調製する。注射用の水性液としては、例えば、リン酸緩衝食塩水、生理食塩水、ブドウ糖やその他の補助薬を含む等張液などが用いられ、適当な溶解補助剤、例えば、アルコール(例、エタ
ノール)、ポリアルコール(例、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール)、非イ
オン界面活性剤〔例、ポリソルべート80、HCO-50(polyoxyethylene(50mo1)adduct of hydrogenated castor oil)〕などと併用してもよい。また、緩衝剤、pH調整剤、等張化剤
、無痛化剤、保存剤、安定化剤などを含むことができる。かかる組成物は公知の方法によって製造される。
(2) Pharmaceutical composition containing modified oligonucleotide The compound of the present invention, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, and the compound of the present invention containing a pharmaceutically acceptable carrier can be used as a pharmaceutical composition. For the preparation of pharmaceutical compositions, modified oligonucleotides can be mixed with one or more pharmaceutically acceptable active or inert substances. Compositions and methods for formulating pharmaceutical compositions can be selected according to a number of criteria, including route of administration, severity of disease, or dose administered.
For example, an injection can be used as a composition for parenteral administration. Such injections are prepared according to methods known per se, for example, by dissolving, suspending, or emulsifying the above-mentioned modified oligonucleotide in a sterile aqueous or oily liquid commonly used for injections. Aqueous solutions for injection include, for example, phosphate buffered saline, physiological saline, isotonic solutions containing glucose and other adjuvants, and suitable solubilizing agents, such as alcohol (e.g., ethanol). , polyalcohol (eg, propylene glycol, polyethylene glycol), nonionic surfactant (eg, polysorbate 80, HCO-50 (polyoxyethylene (50 mo1) adduct of hydrogenated castor oil), etc. may be used in combination. It may also contain buffering agents, pH adjusting agents, tonicity agents, soothing agents, preservatives, stabilizing agents, and the like. Such compositions are manufactured by known methods.
非経口投与としては、例えば、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、頭蓋内投与、髄腔内投与、脳室内投与があげられる。投与は、持続的又は長期的でもよいし、短期的又は断続的でもよい。 Examples of parenteral administration include subcutaneous administration, intravenous administration, intramuscular administration, intraarterial administration, intraperitoneal administration, intracranial administration, intrathecal administration, and intraventricular administration. Administration may be continuous or chronic, short term or intermittent.
経口投与のための組成物としては、固体又は液体の剤形、具体的には錠剤(糖衣錠、フ
イルムコーティング錠を含む)、丸剤、顆粒剤、散剤、カプセル剤(ソフトカプセル剤を含む)、シロツプ剤、乳剤、懸濁剤などがあげられる。かかる組成物は公知の方法によって
製造され、製剤分野において通常用いられる担体、希釈剤もしくは賦形剤を含有するものである。錠剤用の担体、賦形剤としては、例えば、乳糖、でんぶん、蔗糖、ステアリン酸マグネシウムなどが用いられ、希釈剤としては、例えば、生理食塩水が用いられる。
Compositions for oral administration include solid or liquid dosage forms, in particular tablets (including sugar-coated tablets and film-coated tablets), pills, granules, powders, capsules (including soft capsules), and syrups. Agents, emulsions, suspensions, etc. Such compositions are manufactured by known methods and contain carriers, diluents or excipients commonly used in the pharmaceutical field. Examples of carriers and excipients for tablets include lactose, starch, sucrose, and magnesium stearate, and examples of diluents include physiological saline.
また、本発明の医薬組成物には、核酸導入用試薬を含むことができる。該核酸導入用試薬としては、リポソーム、リポフェクチン、リポフェクタミン、DOGS(トランスフェクタム)、DOPE、DOTAP、DDAB、DHDEAB、HDEAB、ポリブレン、あるいはポリ(エチレンイミン)(PEI)等の陽イオン性脂質等を用いることができる。 Furthermore, the pharmaceutical composition of the present invention can contain a reagent for introducing nucleic acid. As the reagent for introducing the nucleic acid, cationic lipids such as liposome, lipofectin, lipofectamine, DOGS (transfectam), DOPE, DOTAP, DDAB, DHDEAB, HDEAB, polybrene, or poly(ethyleneimine) (PEI) are used. Can be used.
また、本発明の医薬組成物に含まれる修飾オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の場所で、コレステロール、糖質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、ビタミン、ペプチド、葉酸塩、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン及び色素のコンジュゲート基とコンジュゲートしたものが好ましく用いられる。上記コンジュゲートした修飾オリゴヌクレオチドは公知の方法によって製造され、その活
性、細胞分布又は細胞取り込みを増強するものを選択することができる。
The modified oligonucleotides included in the pharmaceutical compositions of the present invention may also include cholesterol, carbohydrates, phospholipids, biotin, phenazine, vitamins, peptides, folate, phenanthridine, anthraquinone, acridine, etc. at one or more locations. , fluorescein, rhodamine, coumarin and dyes conjugated with conjugate groups are preferably used. The conjugated modified oligonucleotides described above can be produced by known methods and selected to enhance their activity, cellular distribution, or cellular uptake.
上記コンジュゲート基は修飾オリゴヌクレオチドに直接結合しているものか、あるいはコンジュゲート基は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、不飽和部分(例えば、二重又は三重結合)、8-アミノ-3,6-ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシニミジル4-(N-マレイミドメチル)シクロヘキサン-1-カルボキシレート(SMCC)、6-アミノヘキサン酸(AHEX又はAHA)、置換C1~C10アルキル、置換若しくは非置換C2~C10アルケニル、及び置換若しくは非置換C2~C10アルキニルから選択される連結部分により修飾オリゴヌクレオチドに結合している。ここで、置換基は、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルから選択される。 The conjugate group may be directly attached to the modified oligonucleotide, or the conjugate group may be an amino, hydroxyl, carboxylic acid, thiol, unsaturated moiety (e.g., double or triple bond), 8-amino-3 , 6-dioxaoctanoic acid (ADO), succinimidyl 4-(N-maleimidomethyl)cyclohexane-1-carboxylate (SMCC), 6-aminohexanoic acid (AHEX or AHA), substituted C1-C10 alkyl, substituted or unsubstituted The modified oligonucleotide is attached by a linking moiety selected from substituted C2-C10 alkenyl, and substituted or unsubstituted C2-C10 alkynyl. Here, the substituents are selected from amino, alkoxy, carboxy, benzyl, phenyl, nitro, thiol, thioalkoxy, halogen, alkyl, aryl, alkenyl and alkynyl.
本発明の医薬組成物の投与形態としては、経口投与、静脈内投与又は動脈内投与などの全身投与であってもよいし、頭蓋内投与、髄腔内投与又は脳室内投与などの局所投与であってもよい。本発明の医薬組成物の投与量は、使用目的、疾患の重篤度、患者の年齢、体重、性別等により適宜変更し得るが、通常、修飾オリゴヌクレオチド量として、0.1ng~100mg/kg/日、好ましくは、1ng~10mg/kg/日の範囲から選ぶことができる。 The administration form of the pharmaceutical composition of the present invention may be systemic administration such as oral administration, intravenous administration, or intraarterial administration, or local administration such as intracranial administration, intrathecal administration, or intraventricular administration. There may be. The dosage of the pharmaceutical composition of the present invention can be changed as appropriate depending on the purpose of use, severity of disease, patient's age, weight, sex, etc., but usually the amount of modified oligonucleotide is 0.1 ng to 100 mg/kg. /day, preferably from the range of 1 ng to 10 mg/kg/day.
非限定開示及び参照による組み込み
本明細書に記載のある種の化合物、組成物及び方法は、ある種の実施態様に従って特異的に記載されているが、以下の実施例は、本明細書に記載の化合物を例示する役割を果たすにすぎず、これを限定することを意図しない。本出願に記載される参考文献のそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
NON-LIMITING DISCLOSURE AND INCORPORATION BY REFERENCE While certain compounds, compositions and methods described herein are specifically described in accordance with certain embodiments, the following examples are incorporated herein by reference. It serves only to exemplify and is not intended to be limiting. Each of the references mentioned in this application is herein incorporated by reference in its entirety.
実施例1
In vitro評価用修飾オリゴヌクレオチド化合物の合成及び精製
表1記載の塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチド化合物(配列番号2~54)を、オリゴヌクレオチド類縁体の一般的なオリゴ核酸の固相合成法およびALNA[Ms]アミダイト(WO2020/100826号に記載された方法により合成)を用いて,日本ジーン社により合成および精製された。
Example 1
Synthesis and purification of modified oligonucleotide compounds for in vitro evaluation
Modified oligonucleotide compounds (SEQ ID NOs: 2 to 54) having the base sequences listed in Table 1 were synthesized using a general oligonucleotide analog solid-phase synthesis method and ALNA[Ms]amidite (described in WO2020/100826). It was synthesized and purified by Nippon Gene Co., Ltd. using the following method.
合成した修飾オリゴヌクレオチド化合物の標的位置を表1に示す。標的位置は標的開始位置~標的終了位置で示し、標的開始位置は、修飾オリゴヌクレオチドのPLP1 pre-mRNA5’標的部位(修飾オリゴヌクレオチドの3’末端に対応する配列表の配列番号1の位置)を示し、標的終了位置は、修飾オリゴヌクレオチドのPLP1 pre-mRNA3’標的部位(修飾オリゴヌクレオチドの5’末端に対応する配列表の配列番号1の位置)を示す。
各修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合はホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各修飾オリゴヌクレオチドは5-メチルシトシン及び/又はALNA[Ms]の糖部分を含んでいる。
Table 1 shows the target positions of the synthesized modified oligonucleotide compounds. The target position is indicated from the target start position to the target end position, and the target start position is the PLP1 pre-mRNA 5' target site of the modified oligonucleotide (the position of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing, which corresponds to the 3' end of the modified oligonucleotide). and the target end position indicates the PLP1 pre-mRNA 3' target site of the modified oligonucleotide (position of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing, which corresponds to the 5' end of the modified oligonucleotide).
The internucleoside linkages of each modified oligonucleotide are phosphorothioate internucleoside linkages, and each modified oligonucleotide contains a sugar moiety of 5-methylcytosine and/or ALNA [Ms].
実施例2
In vitro PLP1 ノックダウン活性試験
合成した修飾オリゴヌクレオチドとLipofectamine RNAi Reagentを混合したトランスフェクション試薬上に、A375細胞を3×103 cells/wellとなるように播種し、CO2インキュベーターで24時間程度培養した。その後、SuperPrep II Lysis & RT Kit for qPCR(TOYOBO)を用いて、RNAの調製と逆転写反応を行い、cDNAを合成した。合成
したcDNAを用いて定量的リアルタイムPCRにより、mRNA発現量を測定した。定量的リアルタイムPCRにはPLP1遺伝子(Hs.PT.58.39005119、INTEGRATED DNA TECHNOLOGIES)とHPRT1遺伝子(Hs.PT.58v.45621572、INTEGRATED DNA TECHNOLOGIES)のプローブを用い、ΔΔCt法により、HPRT1 mRNA発現量で補正したPLP1 mRNAの相対発現量を算出した。修飾オリゴヌクレオチドを添加した際のPLP1 mRNA発現量の減少率から修飾オリゴヌクレオチドの抑制率を百分率で算出し、抑制率50%を挟む2点の濃度からIC50値を算出した。結果を表1に示した。その結果、本発明の修飾オリゴヌクレオチドは優れたPLP1発現抑制効果を有することがわかった。
Example 2
In vitro PLP1 knockdown activity test
A375 cells were seeded at 3×10 3 cells/well on a transfection reagent containing a mixture of the synthesized modified oligonucleotide and Lipofectamine RNAi Reagent, and cultured in a CO 2 incubator for about 24 hours. Thereafter, using SuperPrep II Lysis & RT Kit for qPCR (TOYOBO), RNA preparation and reverse transcription reaction were performed to synthesize cDNA. The mRNA expression level was measured by quantitative real-time PCR using the synthesized cDNA. For quantitative real-time PCR, probes for PLP1 gene (Hs.PT.58.39005119, INTEGRATED DNA TECHNOLOGIES) and HPRT1 gene (Hs.PT.58v.45621572, INTEGRATED DNA TECHNOLOGIES) were used, and ΔΔ HPRT1 mRNA expression level by Ct method The relative expression level of PLP1 mRNA was calculated. The inhibition rate of the modified oligonucleotide was calculated as a percentage from the rate of decrease in the expression level of PLP1 mRNA when the modified oligonucleotide was added, and the IC 50 value was calculated from the two concentrations that sandwiched the 50% inhibition rate. The results are shown in Table 1. As a result, it was found that the modified oligonucleotide of the present invention has an excellent effect of suppressing PLP1 expression.
Claims (20)
1)ギャップセグメントと、
2)5’ウイングセグメントと、
3)3’ウイングセグメント、を含み、
前記ギャップセグメントが、前記5’ウイングセグメントと前記3’ウイングセグメントとの間に位置付けられ、
前記5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントを構成するヌクレオシドが修飾糖を含むものである、請求項1~12のいずれか1項に記載の修飾オリゴヌクレオチド。 The modified oligonucleotide is
1) gap segment;
2) 5' wing segment;
3) a 3' wing segment;
the gap segment is positioned between the 5′ wing segment and the 3′ wing segment;
The modified oligonucleotide according to any one of claims 1 to 12, wherein the nucleosides constituting the 5' wing segment and the 3' wing segment contain a modified sugar.
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