JP2021525070A - ヒト由来のアレルゲン特異的抗体を単離する方法およびその使用 - Google Patents

ヒト由来のアレルゲン特異的抗体を単離する方法およびその使用 Download PDF

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Abstract

一態様では、アレルゲンに特異的に結合するヒトモノクローナル抗体を生成する方法が提供される。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、アレルゲンに対してアレルギーであるヒト対象から単離された単一Ｂ細胞から同定された配列から生成される。

Description

アレルギーは、世界中で高まっている健康上の関心事であり、本来であれば無害なタンパク質に誤って方向付けられた獲得免疫応答を特徴とする。特に、食物アレルギーの場合、個人は、アレルゲン曝露や他の潜在的に致死的なアレルギー反応の危険を避けるように注意しなければならない。アレルギーに対する治療は存在せず、免疫療法等の脱感作レジメンはある程度の臨床的利益を示しているが、アレルギーの個人の生活の質を向上させることができる速効性かつ効果的な介入に対する必要性が存在する。
一態様では、本開示は、アレルゲンに特異的に結合するヒトモノクローナル抗体を生成する方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、
（ａ）ヒト対象由来の試料から単一Ｂ細胞を単離する工程であり、対象がアレルゲンに対してアレルギーである、工程、
（ｂ）工程（ａ）の単一Ｂ細胞からｃＤＮＡを生成する工程であり、ｃＤＮＡ配列が、免疫グロブリン重鎖の全部または一部をコードする第１の配列、および免疫グロブリン軽鎖の全部または一部をコードする第２の配列を含む、工程、
（ｃ）工程（ｂ）からのｃＤＮＡの配列を決定する工程、
（ｄ）工程（ｃ）において決定した配列を分析して、ＩｇＥ定常領域またはＩｇＧ４定常領域を含む第１の配列を含む単一Ｂ細胞を同定する工程、
（ｅ）工程（ｄ）の単一Ｂ細胞から、（ｉ）ＩｇＥ定常領域またはＩｇＧ４定常領域を含む免疫グロブリン重鎖における重鎖可変領域配列、および（ｉｉ）同じ単一Ｂ細胞における免疫グロブリン重鎖と共発現する免疫グロブリン軽鎖における軽鎖可変領域配列を同定する工程、
（ｆ）工程（ｅ）からの重鎖可変領域配列および軽鎖可変領域配列を含む抗体を発現させる工程、ならびに
（ｇ）アレルゲンに特異的に結合する、工程（ｆ）からの１種または複数種の抗体を同定する工程
を含む。
一部の実施形態では、工程（ａ）は、試料中の細胞を蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ：ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ）によって選別することを含む。一部の実施形態では、工程（ａ）は、細胞表面ＩｇＥおよび／または細胞表面ＩｇＧ４の発現のために単一Ｂ細胞を選択することを含む。一部の実施形態では、工程（ａ）は、抗体分泌Ｂ細胞および／または記憶Ｂ細胞を単離することを含む。
一部の実施形態では、方法は、細胞表面ＩｇＥの発現のために選択される単一Ｂ細胞を単離すること、およびＩｇＥ定常領域を含む免疫グロブリン重鎖をコードする配列を同定することを含む。一部の実施形態では、工程（ａ）は、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体および抗ヒトＩｇＥ抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＥ発現Ｂ細胞を選択することを含む。一部の実施形態では、方法は、Ｂ細胞マーカーを発現し、非ＩｇＥアイソタイプに関して陰性である単一Ｂ細胞を単離することを含む。一部の実施形態では、工程（ａ）は、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗ヒトＩｇＧ抗体、抗ヒトＩｇＡ抗体、および抗ヒトＩｇＤ抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＭ−ＩｇＧ−ＩｇＡ−ＩｇＤ−Ｂ細胞を選択することを含む。
一部の実施形態では、方法は、細胞表面ＩｇＧ４の発現のために選択される単一Ｂ細胞を単離すること、およびＩｇＧ４定常領域を含む免疫グロブリン重鎖をコードする配列を同定することを含む。一部の実施形態では、工程（ａ）は、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体および抗ヒトＩｇＧ４抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＧ４発現Ｂ細胞を選択することを含む。一部の実施形態では、方法は、Ｂ細胞マーカーを発現し、非ＩｇＧ４アイソタイプに関して陰性である単一Ｂ細胞を単離することを含む。一部の実施形態では、工程（ａ）は、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗ヒトＩｇＥ抗体、抗ヒトＩｇＡ抗体、抗ヒトＩｇＤ抗体、抗ヒトＩｇＧ１抗体、抗ヒトＩｇＧ２抗体、および抗ヒトＩｇＧ３抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＭ−ＩｇＥ−ＩｇＡ−ＩｇＤ−ＩｇＧ１−ＩｇＧ２−ＩｇＧ３−Ｂ細胞を選択することを含む。
一部の実施形態では、工程（ｂ）は、単一Ｂ細胞由来のＲＮＡからｃＤＮＡを逆転写すること、およびｃＤＮＡを増幅することを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡはｍＲＮＡである。一部の実施形態では、方法は、単一Ｂ細胞からの免疫グロブリン重鎖および軽鎖配列を増幅することを含む。一部の実施形態では、方法は、単一Ｂ細胞のトランスクリプトームを増幅することを含む。
一部の実施形態では、工程（ｆ）は、工程（ｅ）からの重鎖可変領域配列および軽鎖可変領域配列を宿主細胞において発現させること、ならびに抗体を精製することを含む。一部の実施形態では、工程（ｆ）は、工程（ｅ）からの重鎖可変領域配列および軽鎖可変領域配列、ならびにＩｇＧ４定常領域またはＩｇＧ１定常領域を含む抗体を発現させることを含む。
一部の実施形態では、方法は、工程（ｇ）において同定した抗体の定常領域を野生型ＩｇＧ４定常領域または改変ＩｇＧ４定常領域と置換することをさらに含む。
一部の実施形態では、試料は末梢血を含む。一部の実施形態では、試料は組織（例えば扁桃組織）を含む。
一部の実施形態では、アレルゲンは、食物アレルゲン、植物アレルゲン、真菌アレルゲン、動物アレルゲン、薬物アレルゲン、化粧品アレルゲン、またはラテックスアレルゲンである。一部の実施形態では、アレルゲンは、乳アレルゲン、卵アレルゲン、ナッツアレルゲン（ｎｕｔ ａｌｌｅｒｇｅｎ）、魚アレルゲン、甲殻類アレルゲン、ダイズアレルゲン、豆類アレルゲン（ｌｅｇｕｍｅ ａｌｌｅｒｇｅｎ）、種子アレルゲン、およびコムギアレルゲンからなる群から選択される食物アレルゲンである。一部の実施形態では、食物アレルゲンは落花生アレルゲンである。一部の実施形態では、食物アレルゲンは木の実アレルゲン（ｔｒｅｅ ｎｕｔ ａｌｌｅｒｇｅｎ）である。一部の実施形態では、食物アレルゲンは乳アレルゲンである。一部の実施形態では、アレルゲンは真菌アレルゲンである。一部の実施形態では、真菌アレルゲンはアスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）アレルゲンである。
別の態様では、本明細書に開示される方法に従って産生されるモノクローナル抗体が提供される。
さらに別の態様では、本明細書に開示される方法に従って産生されるモノクローナル抗体を含む医薬組成物が提供される。一部の実施形態では、医薬組成物は複数のモノクローナル抗体を含み、各モノクローナル抗体は本明細書に開示される方法に従って産生され、モノクローナル抗体は異なるエピトープを認識するか、あるいは異なる抗原（例えば、同じ種類もしくはクラスのアレルゲン内における、または異なる種類もしくはクラスのアレルゲンにおける異なるアレルゲン）に特異的に結合する。
さらに別の態様では、アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体またはその抗原結合部分が提供される。一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）アレルゲンに対してアレルギーであるヒト対象由来のＩｇＥまたはＩｇＧ４産生単一Ｂ細胞からの免疫グロブリン重鎖に由来する重鎖可変領域配列、
（ｂ）重鎖ＩｇＧ定常領域配列、
（ｃ）ヒト対象由来のＩｇＥ産生またはＩｇＧ４産生単一Ｂ細胞からの免疫グロブリン軽鎖に由来する軽鎖可変領域配列、および
（ｄ）（ｃ）の免疫グロブリン軽鎖と同じクラスの軽鎖定常領域配列
を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合部分は、１ｎＭ未満の結合親和性（ＫＤ）によりアレルゲンに特異的に結合する。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合部分は、２５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、または５ｎＭ未満の結合親和性（ＫＤ）によりアレルゲンに特異的に結合する。一部の実施形態では、抗体は、１ｎＭ〜２５０ｎＭの結合親和性（ＫＤ）によりアレルゲンに結合する。一部の実施形態では、アレルゲンは、食物アレルゲン、植物アレルゲン、真菌アレルゲン、動物アレルゲン、チリダニアレルゲン、薬物アレルゲン、化粧品アレルゲン、またはラテックスアレルゲンである。一部の実施形態では、アレルゲンは、乳アレルゲン、卵アレルゲン、ナッツアレルゲン、魚アレルゲン、甲殻類アレルゲン、ダイズアレルゲン、豆類アレルゲン、種子アレルゲン、およびコムギアレルゲンからなる群から選択される食物アレルゲンである。一部の実施形態では、食物アレルゲンは落花生アレルゲンまたは木の実アレルゲンである。一部の実施形態では、食物アレルゲンは乳アレルゲンである。一部の実施形態では、アレルゲンは真菌アレルゲンである。一部の実施形態では、真菌アレルゲンはアスペルギルス抗原である。一部の実施形態では、抗体は２種の異なる抗原と交差反応性である。一部の実施形態では、抗体はアレルゲンの第１の種類の第１の抗原およびアレルゲンの第１の種類と異なるアレルゲンの第２の種類の第２の抗原と交差反応性である。一部の実施形態では、抗体は落花生アレルゲンおよび木の実アレルゲンと交差反応性である。一部の実施形態では、抗体は２種以上の木の実抗原と交差反応性である。
一部の実施形態では、抗体は、ＩｇＥ産生ヒトＢ細胞またはＩｇＧ４産生ヒトＢ細胞に由来する重鎖可変領域配列および軽鎖可変領域配列を含む。
さらに別の態様では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体またはその抗原結合部分が提供される。一部の実施形態では、抗体は、１ｎＭ未満の結合親和性（ＫＤ）により落花生アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合部分は、２５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、または５ｎＭ未満の結合親和性（ＫＤ）により落花生アレルゲンに特異的に結合する。一部の実施形態では、抗体は、１ｎＭ〜２５０ｎＭの結合親和性（ＫＤ）により落花生アレルゲンに結合する。
一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合部分は、落花生アレルゲンＡｒａ ｈ２、Ａｒａ ｈ３、またはＡｒａ ｈ１に特異的に結合する。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合部分は、１００ｐＭ未満のＫＤによりＡｒａ ｈ２に特異的に結合する。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合部分は、少なくとも２種の落花生アレルゲンと交差反応性である。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合部分は、Ａｒａ ｈ２およびＡｒａ ｈ３と交差反応性である。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合部分は、１ｎＭ未満のＫＤによりＡｒａ ｈ２に特異的に結合し、１μＭ未満のＫＤによりＡｒａ ｈ３に特異的に結合する。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合部分は、アミノ酸モチーフＤＰＹＳＰＳ（配列番号７０４）を含むエピトープに結合する。その上、さらなる落花生特異的抗体がこれらの実験中に発見された。抗体ＰＡ１２Ｐ３Ｅ０９およびＰＡ１２Ｐ３Ｅ１１は、落花生抽出物と結合し、天然落花生アレルゲンＡｒａ ｈ２にはほとんどまたは全く結合しなかったが、抗体ＰＡ１２Ｐ１Ｄ０２、ＰＡ１２Ｐ１Ｇ１１、ＰＡ１３Ｐ１Ｈ０３、ＰＡ１２Ｐ３Ｃ０１、およびＰＡ１２Ｐ３Ｅ０４は、落花生抽出物および天然落花生アレルゲンＡｒａ ｈ２の両方に強力に結合した。一部の実施形態では、落花生特異的抗体は、落花生抽出物に結合するが、天然落花生アレルゲンＡｒａ ｈ２とは結合しない。
一部の実施形態では、抗体は、
配列番号２、１０、１７、２５、３３、４１、４７、５８、１１３、１２９、１９９、３４１、３４８、４０９、４５９、または５９３のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、
配列番号３、１１、１８、２６、３４、４８、５９、１３０、２００、３４２、３４９、４１０、４６０、５３９、または５９４のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、
配列番号４、１２、１９、２７、３５、４２、４９、５５、６０、１３１、２０１、３５０、４１１、４６１、５４０、または５９５のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、
配列番号６、１４、２１、２９、３７、４４、５１、６２、１３３、２０３、３４３、３５２、４１３、４６３、５４２、または５９７のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号７、１５、２２、３０、３８、５２、７８、８６、１２６、１４９、１９６、３４５、３５３、または５９８のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号８、２３、３１、３９、４５、５３、６３、１３４、２０４、３４６、３５４、４１４、４６４、５４３、または５９９のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号１と５、９と１３、１６と２０、２４と２８、３２と３６、４０と４３、４６と５０、５４と５６、５７と６１、５７と５、１と６１、６４と５、６５と５、６６と５、６７と５、１２８と１３２、３４０と３４４、３４７と３５１、４０６と４０７、４０８と４１２、４５８と４６２、５３８と５４１、および５９２と５９６からなる群から選択される重鎖可変領域と軽鎖可変領域との配列対内に含有される重鎖および軽鎖ＣＤＲ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）それぞれ配列番号２、３、４、６、７、および８、または
（ｂ）それぞれ配列番号１０、１１、１２、１４、１５、および８、または
（ｃ）それぞれ配列番号１７、１８、１９、２１、２２、および２３、または
（ｄ）それぞれ配列番号２５、２６、２７、２９、３０、および３１、または
（ｅ）それぞれ配列番号３３、３４、３５、３７、３８、および３９、または
（ｆ）それぞれ配列番号４１、３４、３５、３７、３８、および３９、または
（ｇ）それぞれ配列番号４７、４８、４９、５１、５２、および５３、または
（ｈ）それぞれ配列番号４７、４８、５５、５１、５２、および５３、または
（ｉ）それぞれ配列番号５８、５９、６０、６２、３０、および６３、または
（ｊ）それぞれ配列番号５８、５９、６０、６、７、および８、または
（ｋ）それぞれ配列番号２、３、４、６２、３０、および６３、または
（ｌ）それぞれ配列番号５８、３、４、６、７、および８、または
（ｍ）それぞれ配列番号２、５９、４、６、７、および８、または
（ｎ）それぞれ配列番号２、３、６０、６、７、および８、または
（ｏ）それぞれ配列番号１２９、１３０、１３１、１３３、１２６、および１３４、または
（ｐ）それぞれ配列番号３４１、３４２、３４３、３４５、７８、および３４６、または
（ｑ）それぞれ配列番号３４８、３４９、３５０、３５２、３５３、および３５４、または
（ｒ）それぞれ配列番号１９９、２００、２０１、２０３、１４９、および２０４、または
（ｓ）それぞれ配列番号４０９、４１０、４１１、４１３、８６、および４１４、または
（ｔ）それぞれ配列番号４５９、４６０、４６１、４６３、１９６、および４６４、または
（ｕ）それぞれ配列番号１１３、５３９、５４０、５４２、１９６、および５４３、または
（ｖ）それぞれ配列番号５９３、５９４、５９５、５９７、５９８、および５９９
のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号１、９、１６、２４、３２、４０、４６、５４、５７、６４、６５、６６、６７、１２８、３４０、３４７、４０６、４０８、４５８、５３８、または５９２のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号５、１３、２０、２８、３６、４３、５０、５６、６１、１３２、３４４、３５１、４０７、４１２、４６２、５４１、または５９６のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｂ）配列番号９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号１３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｃ）配列番号１６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号２０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｄ）配列番号２４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号２８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｅ）配列番号３２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号３６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｆ）配列番号４０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号４３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｇ）配列番号４６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｈ）配列番号５４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｉ）配列番号５７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号６１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｊ）配列番号５７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｋ）配列番号１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号６１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｌ）配列番号６４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｍ）配列番号６５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｎ）配列番号６６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｏ）配列番号６７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｐ）配列番号１２８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号１３２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｑ）配列番号３４０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号３４４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｒ）配列番号３４７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号３５１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｓ）配列番号４０６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号４０７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｔ）配列番号４０８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号４１２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｕ）配列番号４５８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号４６２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｖ）配列番号５３８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５４１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｗ）配列番号５９２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５９６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
さらに別の態様では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体またはその抗原結合部分が提供される。一部の実施形態では、抗体は、２５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、または５ｎＭ未満の結合親和性（ＫＤ）により木の実アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、抗体は、１ｎＭ未満の結合親和性（ＫＤ）により木の実アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、抗体は、１ｎＭ〜２５０ｎＭの結合親和性（ＫＤ）により木の実アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、木の実アレルゲンは、カシュー、ピスタチオ、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、および／またはマカダミアナッツである。
一部の実施形態では、抗体は、
配列番号１１３、１６７、１７５、２２７、３１１、３１８、４３８、４６６、６２１、６６５、または６９２のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、
配列番号１６８、１７６、２００、３１２、３１９、４３９、５３９、６６６、または６９３のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、
配列番号１６９、１７７、２２８、３１３、３２０、４４０、４６７、５４０、６６７、または６９４のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、
配列番号１７１、１７９、２３０、３１５、３２２、４４２、４６９、５４２、６２３、６６９、または６９６のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号３０、９４、１４９、１７２、１８０、１９６、３２３、または６７０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号１７３、１８１、２３１、３１６、３２４、４４３、４７０、５４３、６２４、６７１、または６９７のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）それぞれ配列番号６９２、６９３、６９４、６９６、９４、および６９７、または
（ｂ）それぞれ配列番号３１８、３１９、３２０、３２２、３２３、および３２４、または
（ｃ）それぞれ配列番号２２７、２００、２２８、２３０、１４９、および２３１、または
（ｄ）それぞれ配列番号１１３、５３９、５４０、５４２、１９６、および５４３、または
（ｅ）それぞれ配列番号３１１、３１２、３１３、３１５、９４、および３１６、または
（ｆ）それぞれ配列番号６６５、６６６、６６７、６６９、６７０、および６７１、または
（ｇ）それぞれ配列番号４６６、２００、４６７、４６９、１４９、および４７０、または
（ｈ）それぞれ配列番号１６７、１６８、１６９、１７１、１７２、および１７３、または
（ｉ）それぞれ配列番号６２１、１７６、１７７、６２３、１８０、および６２４、または
（ｊ）それぞれ配列番号１７５、１７６、１７７、１７９、１８０、および１８１、または
（ｋ）それぞれ配列番号４３８、４３９、４４０、４４２、３０、および４４３
のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号１６６、１７４、２２６、３１０、３１７、４３７、４６５、５３８、６２０、６６４、または６９１のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号１７０、１７８、２２９、３１４、３２１、４４１、４６８、５４１、６２２、６６８、または６９５のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号６９１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号６９５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｂ）配列番号３１７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号３２１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｃ）配列番号２２６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号２２９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｄ）配列番号５３８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５４１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｅ）配列番号３１０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号３１４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｆ）配列番号６６４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号６６８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｇ）配列番号４６５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号４６８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｈ）配列番号１６６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号１７０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｉ）配列番号６２０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号６２２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｊ）配列番号１７４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号１７８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｋ）配列番号４３７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号４４１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
さらに別の態様では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体またはその抗原結合部分が提供される。一部の実施形態では、抗体は、２５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、または５ｎＭ未満の結合親和性（ＫＤ）により乳アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、抗体は、１ｎＭ未満の結合親和性（ＫＤ）により乳アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、抗体は、１ｎＭ〜２５０ｎＭの結合親和性（ＫＤ）により乳アレルゲンに結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
配列番号１２１、７５０、７５７、７６５、７７２、７７９、７８５、７９３、８００、８０７、８１４、８２１、８３３、８３８、８４６、８５３、８６０、８６８、８７４、８８１、８８９、８９５、９０３、９１１、９１８、または９２６のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、
配列番号３７８、５３２、７５１、７５８、７６６、７７３、７８６、７９４、８０１、８０８、８１５、８２２、８２６、８３９、８４７、８５４、８６１、８７５、８８２、８９０、８９６、９０４、９１２、９１９、または９２７のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、
配列番号７５２、７５９、７６７、７７４、７８０、７８７、７９５、８０２、８０９、８１６、８２７、８４０、８４８、８５５、８６２、８６９、８７６、８８３、８９１、８９７、９０５、９１３、９２０、または９２８のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、
配列番号５２３、７５４、７６１、７６９、７７６、７８２、７８９、７９７、８０４、８１１、８１８、８２９、８３５、８４２、８５０、８５７、８６４、８７１、８７８、８８５、８９９、９０７、９１５、９２２、または９３０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２２、３０、９４、１１０、１４９、１８６、１９６、３８９、４０４、５０９、６６２、６８２、７６２、７９０、８３０、８４３、８６５、８８６、９００、９０８、９２３、または９３１のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号７５５、７６３、７７０、７７７、７８３、７９１、７９８、８０５、８１２、８１９、８２４、８３１、８３６、８４４、８５１、８５８、８６６、８７２、８７９、８８７、８９３、９０１、９０９、９１６、９２４、または９３２のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）それぞれ配列番号８００、８０１、８０２、８０４、１１０、および８０５、または
（ｂ）それぞれ配列番号１２１、８２６、８２７、８２９、８３０、および８３１、または
（ｃ）それぞれ配列番号８３３、８２６、８２７、８３５、１４９、および８３６、または
（ｄ）それぞれ配列番号８５３、８５４、８５５、８５７、６６２、および８５８、または
（ｅ）それぞれ配列番号８６０、８６１、８６２、８６４、８６５、および８６６、または
（ｆ）それぞれ配列番号８６８、３７８、８６９、８７１、６８２、および７８２
のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号７４９、７５６、７６４、７７１、７７８、７８４、７９２、７９９、８０６、８１３、８２０、８２５、８３２、８３７、８４５、８５２、８５９、８６７、８７３、８８０、８８８、８９４、９０２、９１０、９１７、または９２５のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号７５３、７６０、７６８、７７５、７８１、７８８、７９６、８０３、８１０、８１７、８２３、８２８、８３４、８４１、８４９、８５６、８６３、８７０、８７７、８８４、８９２、８９８、９０６、９１４、９２１、または９２９のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号７９９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８０３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｂ）配列番号８２５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８２８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｃ）配列番号８３２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８３４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｄ）配列番号８５２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８５６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｅ）配列番号８５９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８６３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｆ）配列番号８６７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８７０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、アレルゲンへの結合に関して（例えば、落花生アレルゲン、木の実アレルゲン、または乳アレルゲン等の食物アレルゲンへの結合に関して）本明細書に開示されるモノクローナル抗体と競合する抗体である。
さらに別の態様では、真菌アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体またはその抗原結合部分が提供される。一部の実施形態では、真菌アレルゲンはアスペルギルスアレルゲンである。一部の実施形態では、抗体は、２５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、または５ｎＭ未満の結合親和性（ＫＤ）により真菌アレルゲン（例えばアスペルギルスアレルゲン）に結合する。一部の実施形態では、抗体は、１ｎＭ未満の結合親和性（ＫＤ）により真菌アレルゲン（例えばアスペルギルスアレルゲン）に結合する。一部の実施形態では、抗体は、１ｎＭ〜２５０ｎＭの結合親和性（ＫＤ）により真菌アレルゲンに結合する。
一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合部分は、アレルゲンであるアスペルギルス・フミガーツス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ）、および／またはアスペルギルス・ニデュランス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ）に特異的に結合する。一部の実施形態では、抗体は、アレルゲンであるアスペルギルス・フミガーツス１（Ａｓｐ ｆ１）に特異的に結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
配列番号７１０、７１８、７２６、７３４、または７４２のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、
配列番号７１１、７１９、７２７、７３５、または７４３のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、
配列番号７１２、７２０、７２８、７３６、または７４４のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、
配列番号７１４、７２２、７３０、７３８、または７４６のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号７１５、７２３、７３１、７３９、または７４７のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号７１６、７２４、７３２、７４０、または７４８のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号７０９と７１３、７１７と７２１、７２５と７２９、７３３と７３７、および７４１と７４５からなる群から選択される重鎖可変領域と軽鎖可変領域との配列対内に含有される重鎖および軽鎖ＣＤＲ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）それぞれ配列番号７１０、７１１、７１２、７１４、７１５、および７１６、または
（ｂ）それぞれ配列番号７１８、７１９、７２０、７２２、７２３、および７２４、または
（ｃ）それぞれ配列番号７２６、７２７２、７２８、７３０、７３１、および７３２、または
（ｄ）それぞれ配列番号７３４、７３５、７３６、７３８、７３９、および７４０、または
（ｅ）それぞれ配列番号７４２、７４３、７４４、７４６、７４７、および７４８
のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号７０９、７１７、７２５、７３３、または７４１のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号７１３、７２１、７２９、７３７、または７４５のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号７０９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７１３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｂ）配列番号７１７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７２１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｃ）配列番号７２５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７２９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｄ）配列番号７３３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７３７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
（ｅ）配列番号７４１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７４５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、真菌アレルゲンへの結合に関して（例えばアスペルギルスアレルゲンへの結合に関して）本明細書に開示されるモノクローナル抗体と競合する抗体である。
別の態様では、本明細書に開示されるモノクローナル抗体または抗原結合部分を含む医薬組成物が提供される。一部の実施形態では、医薬組成物は、本明細書に開示される複数のモノクローナル抗体を含み、モノクローナル抗体は異なるエピトープを認識するか、あるいは異なる抗原（例えば、同じ種類もしくはクラスのアレルゲン内における、または異なる種類もしくはクラスのアレルゲンにおける異なるアレルゲン）に特異的に結合する。
別の態様では、本明細書に開示されるモノクローナル抗体またはその抗原結合部分を含む抗体−薬物コンジュゲートが提供される。一部の実施形態では、抗体−薬物コンジュゲートは、本明細書に開示される真菌アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体またはその抗原結合部分を含み、抗真菌剤をさらに含む。一部の実施形態では、抗真菌剤はアムホテリシンＢである。
さらに別の態様では、本明細書に開示されるモノクローナル抗体をコードするヌクレオチド配列を含む単離されたポリヌクレオチド。本明細書に開示されるポリヌクレオチドを含むベクターおよび宿主細胞もまた本明細書において提供される。
別の態様では、治療方法が提供される。一部の実施形態では、治療方法は、対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法である。一部の実施形態では、治療方法は、落花生アレルギーを有する対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法である。一部の実施形態では、治療方法は、木の実アレルギーを有する対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法である。一部の実施形態では、治療方法は、真菌アレルギーを有する対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法である。一部の実施形態では、治療方法は、乳アレルギーを有する対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法である。一部の実施形態では、方法は、治療有効量の本明細書に開示されるモノクローナル抗体または医薬組成物を対象に投与することを含む。
別の態様では、キットが提供される。一部の実施形態では、キットは、本明細書に開示されるモノクローナル抗体または医薬組成物を含む。一部の実施形態では、キットは、本明細書に開示される治療方法を実施することにおける使用のためのものである。
図１。アレルゲン特異的モノクローナル抗体を生成する方法に関する例示的なワークフローの流れ図。
図２Ａ〜２Ｇ。新鮮ヒト末梢血から単離された単一Ｂ細胞の特性解析。（Ａ）主要成分分析（左）は、確立された転写因子およびマーカー遺伝子の発現［右；ナイーブ／記憶Ｂ細胞は縞なし、形質芽球（ＰＢ）Ｂ細胞は縞あり］によって同定されたナイーブ／記憶（黒色の点）および形質芽球（ＰＢ、灰色の点）Ｂ細胞サブセットを分離する。（Ｂ）ＩＧＨＥが黒色の点であり、他のアイソタイプが灰色の点である、Ｂ細胞のアイソタイプ。（Ｃ）（Ａ）における各亜型に属する細胞の、アイソタイプごとの数［ナイーブ／記憶Ｂ細胞は縞なし、形質芽球（ＰＢ）Ｂ細胞は縞あり］。（Ｄ〜Ｇ）クローンファミリー（ＣＦ）の分析。（Ｄ）ＣＦ１つ当たりの細胞の数の分布。（Ｅ）複数メンバーＣＦに属する各アイソタイプの細胞の割合。（Ｆ）複数メンバーＣＦ内の各細胞の、アイソタイプ、Ｂ細胞亜型、突然変異の頻度、および起源の患者。本文中において言及されるＣＦには名称が付されている。（Ｇ）（Ｆ）におけるＣＦに関する重（右）および軽（左）鎖ＣＤＲ３配列および類似性ヒートマップ。 同上 同上 同上
図３Ａ〜３Ｇ。単一Ｂ細胞からの８９種のＩｇＥ抗体の特性解析。（Ａ）ＩＧＨＶ遺伝子（背景模様）、起源の患者（ノード模様）、および突然変異頻度（ノードサイズ）によって構成された抗体重鎖の系統発生的描写。（Ｂ）所与の重鎖および軽鎖ＣＤＲ３長を有する細胞の数を示すヒートマップ。（Ｃ）各細胞の重鎖および軽鎖突然変異頻度。（Ｄ）重鎖および軽鎖内の領域ごとのサイレント（Ｓ）および置き換え（Ｒ）突然変異。（Ｅ）ＩｇＥ ＰＢと他のアイソタイプのＰＢとの間の差示的遺伝子発現。正の対数倍率変化は、ＩｇＥ ＰＢにおいて富化した遺伝子を示す。（Ｆ）遺伝子座が５’から３’方向に配向された、ナイーブ／記憶Ｂ細胞（上段）およびＰＢ（下段）に関するアイソタイプごとの重鎖定常領域包括度ヒストグラム。記載された細胞の数（ｎ）に関する平均正規化リード深度および９５％信頼区間は、それぞれ実線および陰を付けた区域によって示される。膜エクソンは、各アイソタイプの２つの最大の３’エクソンである。（Ｇ）（Ｆ）の概要であるが、任意の膜エクソン包括度を有する各アイソタイプの細胞の割合を示す。 同上
図４Ａ〜４Ｃ。２名の関連のない個体（ＰＡ１２およびＰＡ１３）における高親和性かつ交差反応性のＩｇＥ抗体の収斂。抗体パターンはパネル間で保存されている。（Ａ）領域ごとのサイレント（Ｓ）および置き換え（Ｒ）突然変異の頻度。（Ｂ）全てのクラススイッチ抗体と比較した突然変異頻度パーセンタイル。（Ｃ）６種の収斂抗体およびＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８の８種の変異体の、主なアレルゲン落花生タンパク質Ａｒａ ｈ２およびＡｒａ ｈ３に関する解離定数（ＫＤ）。短縮した抗体変異体名は、以下の略記を使用して「重−軽」として指定される：Ｎ＝未改変、Ｒ＝復帰、ＦＷＲ＝フレームワーク領域。「ｒ」という接頭辞は、その領域のみが復帰していることを示す。
図５Ａ〜５Ｅ。生殖細胞系列転写は単一Ｂ細胞におけるクラススイッチ初回刺激を明らかにする。（Ａ）アイソタイプごとの、アイソタイプそれぞれを発現する細胞の数と一緒にした、Ｃε生殖細胞系列転写物スプライスドナーの同定。（Ｂ）εＧＬＴを発現する細胞のアイソタイプごとの割合。（Ｃ）ＩｇＥ定常領域エクソン内のフェージングした変異体の同定が同じ患者由来の他のＢ細胞における二対立遺伝子ＧＬＴ発現のその後の検証を可能にする、個体ＰＡ１１からの例。（Ｄ）所与のＧＬＴを発現する所与のアイソタイプの細胞の割合を示す網羅的生殖細胞系列転写状態ヒートマップ。上側：全てのＧＬＴアイソタイプに関するＧＬＴアイソタイプ発現頻度、但し自己アイソタイプＧＬＴ発現を除外する。（Ｅ）各細胞において発現した非自己ＧＬＴアイソタイプの数のヒストグラム。
図６。研究概略。血漿を新鮮血液から抽出して循環ＩｇＥレベルを測定し、細胞画分をＦＡＣＳ前にＢ細胞に関して濃縮した。単一細胞を９６ウェルプレートの個々のウェルに選別し、ｓｃＲＮＡ−ｓｅｑを用いて処理して、遺伝子発現を算出しスプライシングを評価するためにゲノムに対してアラインメントされ、重鎖および軽鎖配列を再構築するためにアセンブルされる配列決定リードを生成した。特異性および親和性データを、組換え発現させた抗体に関して生成した。
図７Ａ〜７Ｃ。血漿ＩｇＥレベル。（Ａ）アレルゲン特異的およびアレルゲン成分（ヘーゼルナッツ、落花生）濃度。（Ｂ）総ＩｇＥ濃度。（Ｃ）総血漿ＩｇＥレベルと確認されたＩｇＥ＋Ｂ細胞の数との間の正の相関。各点は個体である。
図８Ａ〜８Ｃ。ＦＡＣＳゲーティングおよび分析。（Ａ）単一Ｂ細胞を選別するためのゲーティング戦略。ＩｇＥ＋Ｂ細胞は濃い灰色の点としてオーバーレイされている。（Ｂ）重鎖転写物アセンブリーごとに決定された最終ＩｇＥゲート内におけるアイソタイプ同定。ＮＤ＝決定せず。（Ｃ）参考として、推定好塩基球（ＣＤ１９−ＩｇＥ＋）はＩｇＥ＋Ｂ細胞よりも高いＩｇＥ表面発現を表す。
図９Ａ〜９Ｇ。単一細胞ＲＮＡ−ｓｅｑデータ概略および品質管理。（Ａ）細胞は５つのライブラリーにおいて約１〜２百万リード／細胞の深度まで配列決定された。（Ｂ）細胞１個当たりの遺伝子のヒストグラム。９５０未満の遺伝子を発現した細胞は廃棄された。（Ｃ）検出された遺伝子の数を、各Ｂ細胞亜型における８個の無作為に選択された細胞に関する配列決定深度の関数として描く希薄化曲線。実線および陰を付けた部分はそれぞれ、遺伝子数に関する平均および９５％信頼区間に相当する。（Ｄ）保持された細胞に関するリードマッピング分布。特有にマッピングされた大半のリード（Ｅｎｓｅｍｂｌ参照アノテーション）および多重マッピングされたリードは、大部分がｃｈｒ２１および未配置スキャフォールド上のＲＮＡ１８Ｓ５反復配列に属した。（Ｅ）遺伝子本体にわたるリードマッピングは最小の３’または５’偏向を示した。（Ｆ）鎖ごとのＶ遺伝子アセンブリー長ヒストグラム。（Ｇ）バッチ補正前（上段）および後（下段）の上位５００の最も可変的な遺伝子に関するＰＣＡ。
図１０Ａ〜１０Ｄ。Ｂ細胞亜型分類を支持する補助データ。ＰＢ（縞あり）は、ナイーブ／記憶Ｂ細胞サブセット（縞なし）と比較して、より大きいＦＡＣＳ前方および側方散乱（Ａ）、ＳｍａｒｔＳｅｑ２前増幅後のより多いｃＤＮＡ（Ｂ）を有し、抗体軽鎖および重鎖のより多い遺伝子発現（Ｃ）を有する。（Ｄ）各サブセットに関する上位の差示的に発現した遺伝子。
図１１Ａ〜１１Ｋ。アイソタイプにわたるＢ細胞比較。（Ａ〜Ｉ）アイソタイプおよび鎖ごとの所与のＶおよびＪ遺伝子を有する細胞の数。（Ａ）ＩＧＨＭ。（Ｂ）ＩＧＨＤ。（Ｃ）ＩＧＨＧ３。（Ｄ）ＩＧＨＧ１。（Ｅ）ＩＧＨＡ１。（Ｆ）ＩＧＨＧ２。（Ｇ）ＩＧＨＧ４。（Ｈ）ＩＧＨＥ。（Ｉ）ＩＧＨＡ２。（Ｊ）アイソタイプごとの重鎖突然変異頻度。（Ｋ）アイソタイプごとのラムダおよびカッパ軽鎖の相対的利用。 同上 同上
図１２Ａ〜１２Ｈ。抗体特異性および親和性特性解析。（Ａ）収斂抗体、対照、ＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８変異体、および他のクローンファミリーからの抗体の半定量的間接ＥＬＩＳＡ。ヒトＩｇＧアイソタイプ対照（ａｂｃａｍ ＃ａｂ２０６１９５）は陰性対照として役立ち、陽性対照にはＩｎｄｏｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓから購入した抗Ａｒａ ｈマウスモノクローナル抗体が含まれた。（Ｂ〜Ｇ）バイオレイヤー干渉法を使用した、Ａｒａ ｈ２（Ｂ〜Ｄ）およびＡｒａ ｈ３（Ｅ〜Ｇ）に結合する抗体の動態特性解析。抗体は命名され、本明細書に記載される。（Ｈ）対象ＰＡ１１、ＰＡ１２、ＰＡ１３、ＰＡ１４、ＰＡ１５、およびＰＡ１６由来の組換えモノクローナル抗体（行）の、アレルゲン抽出物、天然落花生アレルゲンＡｒａ ｈ２、およびウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）（列）への結合を示す間接ＥＬＩＳＡ。各抗体のアイソタイプは左側に示される。より高い値はより強力な結合を示す。ＯＤ＝光学密度。示された値は、ヒトＩｇＧアイソタイプ対照の減算後の値に相当する。０．２５超の任意のＯＤ値を有する試験された抗体のみが示される。 同上 同上 同上 同上 同上
図１３Ａ〜１３Ｅ。ＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８抗体変異体を構築することにおいて使用された重鎖および軽鎖の配列。（Ａ）推測ナイーブ重鎖ＣＤＲ３および周辺のアミノ酸の由来。（Ｂ）未改変および復帰重鎖配列、ならびに重鎖の領域が推測ナイーブ再構成に復帰している配列。「ｒ」という接頭辞を含む表示は、その領域のみが復帰していることを示す。ＦＷＲ＝フレームワーク。（Ｃ）推測ナイーブ軽鎖ＣＤＲ３および周辺のアミノ酸の由来。（Ｄ）未改変および復帰軽鎖配列。（Ｅ）別の抗体、すなわち、本発明者らがＥＬＩＳＡによっていかなる落花生アレルゲンも結合しないことを確認したＰＡ１２Ｐ４Ｈ０３から得た軽鎖の配列。 同上 同上
図１４。全てのアイソタイプに関するＧＬＴスプライシング。説明を明確にするために、各アイソタイプに関して最初の３つの定常領域エクソンのみが示されていることに注意されたい。
図１５。ＩＬ−４、ＬＰＳ、およびＢＡＦＦを用いて刺激した単一マウスＢ細胞におけるεＧＬＴを示すｉｇｈｅ定常領域遺伝子座に関するＩＧＶ包括度ヒストグラムおよびスプライス接合部（Wu et al. 2017）。矢印はｉｇｈｅ ＧＬＴスプライスドナーを示す。
図１６。クローンＰＡ１２Ｐ３Ｆ１０、ＰＡ１２Ｐ３Ｄ０８、ＰＡ１２Ｐ１Ｃ０７、ＰＡ１３Ｐ１Ｅ１０、ＰＡ１３Ｐ３Ｇ０９、およびＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８からの重鎖ＣＤＲ３配列（配列番号１９、３５、４２、１２、２７、４）、ならびに別個の落花生アレルギー免疫レパートリー配列決定研究（６２）における複数の患者に由来する３つの重鎖ＣＤＲ３配列のペアワイズＣＤＲ３配列同一性。この別個の研究からの各配列は、本研究からの１つまたは複数の配列と少なくとも７０％の同一性を有する。全ての配列は、ＩＧＨＶ３−３０およびＩＧＨＪ６遺伝子セグメントを共有し、１７アミノ酸長のＣＤＲ３を有する。
図１７Ａ。二次ヤギ抗ヒトＩｇＧおよび対照マウスモノクローナル抗ＨＡ抗体と抗原由来ペプチドとのバックグラウンド相互作用の非存在を確認するマイクロアレイ走査。対照抗体は、ペプチドマイクロアレイを構成する予期されたＨＡ対照スポットパターン（白色の点）をもたらした。
図１７Ｂおよび１７Ｃ。ＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８のＡｒａ ｈ２（「Ａｈ２」）およびＡｒａ ｈ３（「Ａｈ３」）ペプチドに対するマイクロアレイエピトープマッピング。（Ｂ）抗体が抗原ペプチドに結合すること（薄い灰色）および予期されたＨＡ対照スポットパターン（白色の点）を例証するマイクロアレイ走査。（Ｃ）抗原ペプチドごとのマイクロアレイ蛍光強度。高い強度を有するＡｒａ ｈ２モチーフがアノテーションされる。
図１８。乳アレルギーの対象ＰＡ０１およびアスペルギルス研究対象１００３３２０１の、一般的な食物アレルゲンならびにアスペルギルス・フミガーツスおよびアスペルギルス・ニガーに対する血漿ＩｇＥレベル。ＮＰ＝実施せず。総ＩｇＥは、ＰＡ０１および１００３３２０１に関してそれぞれ３５３ｋＵ／Ｌおよび３５２８ｋＵ／Ｌであった。アッセイは、ＣＬＩＡ認可されたＪｏｈｎｓ Ｈｏｐｋｉｎｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｄｅｒｍａｔｏｌｏｇｙ，Ａｌｌｅｒｇｙ，ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙによって、ＩｍｍｕｎｏＣＡＰシステムを使用して実施された。
図１９。組換えモノクローナル抗体（列）の抗原（行）への結合を示す間接ＥＬＩＳＡ。抗原には、アスペルギルス・フミガーツス、アスペルギルス・ニガー、およびアスペルギルス・ニデュランスの抽出物、ならびに精製組換えアレルゲンであるアスペルギルス・フミガーツス１（ｒＡｓｐ ｆ１）が含まれる。ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）は、陰性抗原対照として役立つ。Ａｓｐ ｆ１（「抗Ａｓｐ ｆ１」）に対するモノクローナル抗体は、このアレルゲンに対する陽性対照として役立つ。より高い値はより強力な結合を示す。ＯＤ＝光学密度。ｈＩｇＧ＝ヒトＩｇＧアイソタイプ対照。
図２０。対象ＰＡ０１由来の組換えモノクローナル抗体（行）の、アレルゲン抽出物、天然落花生アレルゲンＡｒａ ｈ２、およびＢＳＡ（列）への結合を示す間接ＥＬＩＳＡ。各抗体のアイソタイプは左側に示される。より高い値はより強力な結合を示す。ＯＤ＝光学密度。示された値は、ヒトＩｇＧアイソタイプ対照の減算後の値に相当する。
表１
表１は、本明細書において論じられるタンパク質および核酸配列を含む。ポリペプチド配列は、標準的な１文字コードを使用して提供される。アミノ酸配列を提供された当業者は、アミノ酸配列が、読者および本発明者らが各アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列に対する理解（ｐｏｓｅｓｓｉｏｎ）を有しているような、定義された１組のヌクレオチド配列によってコードされていてもよいことを理解するだろう。ポリヌクレオチドをコードする核酸配列は、天然に存在するヒト配列であってもよい。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドをコードする核酸配列は、天然に存在するヒト配列ではない。ポリヌクレオチドをコードする核酸配列は、ヒト細胞もしくは具体的な細胞型、真核細胞、細菌細胞、またはその他における発現に関してコドン最適化される配列であってもよい。あるコドンを、同じアミノ酸をコードし、特定の宿主細胞におけるより高い出現頻度を有する別のコドンによって置き換えるコドン最適化は、宿主の、核酸によってコードされるポリペプチドを産生する能力を向上させるために実施することができる［例えば、Mauro, BioDrugs 32(1):69-81, 2018、およびKato, Int J Mol Sci. 20(4), 2019を参照のこと］。
ある特定の実施形態では、変異体配列が本明細書に開示される方法および組成物において使用され得ることが企図される。例えば、一態様では、配列番号１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を有する抗体が記載される。配列同一性または類似性の程度は、技術分野において公知の方法を使用して決定することができる。１つの手法では、２つのヌクレオチドまたはポリペプチド配列または部分配列の同一性は、配列がアラインメントされ、必要な場合はギャップを導入して最大パーセントの配列同一性を達成した後に同一または等しい位置の百分率として算出される。配列アラインメントの方法は、技術分野において公知の方法であり、これらに限定されないが、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈ大域アラインメントアルゴリズム［Needleman and Wunsch (1970) J. Mol. Biol. 48(3):443-453 (30)］、ＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎ局所相同性検索アルゴリズム［Smith, Temple F. & Waterman, Michael S. (1981) J. Mol. Biol. 147 (1): 195−197.］、手動アラインメントおよび検査、またはこれらのアルゴリズムのコンピュータ化された実装、例えばＥＭＢＯＳＳソフトウェアパッケージ［Rice, P. et al., Trends in Genetics 16(6): 276-277 (31)、様々なソースに関してＥＭＢｎｅｔから入手可能なバージョン６．３．１］の一部として配布されている「ｎｅｅｄｌｅ」プログラムが挙げられる。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される方法または組成物は、１つまたは複数のアミノ酸置換によって本明細書（例えば表１）において提供されるポリペプチド配列と異なることが企図される。一部の実施形態では、配列は、本明細書に記載される配列または配列の組合せに対して少なくとも９０％の配列同一性（または本明細書において以下に開示される他の配列同一性の程度）を有し得る。一実施形態では、ポリペプチド配列は、１つのアミノ酸置換によって参照配列（例えば表１）と異なる。一実施形態では、ポリペプチド配列は、２つのアミノ酸置換によって参照配列（例えば表１）と異なる。一実施形態では、ポリペプチド配列は、２つのアミノ酸置換によって参照配列と異なる。一実施形態では、ポリペプチド配列は、３つのアミノ酸置換によって参照配列と異なる。一実施形態では、ポリペプチド配列は、４つのアミノ酸置換によって参照配列と異なる。一実施形態では、ポリペプチド配列は、５つのアミノ酸置換によって参照配列と異なる。一実施形態では、ポリペプチド配列は、６つのアミノ酸置換によって参照配列と異なる。一実施形態では、ポリペプチド配列は、７つのアミノ酸置換によって参照配列と異なる。一実施形態では、ポリペプチド配列は、８つのアミノ酸置換によって参照配列と異なる。一実施形態では、ポリペプチド配列は、９つのアミノ酸置換によって参照配列と異なる。一実施形態では、ポリペプチド配列は、１０のアミノ酸置換によって参照配列と異なる。ある特定の実施形態では、ポリペプチド配列は、１〜１０のアミノ酸置換、場合により１〜５つのアミノ酸置換によって参照配列と異なる。場合によっては、参照配列と比べて基本特性（例えば結合特異性）を変化させないアミノ酸置換が選択される。場合によっては、結合親和性を変化させるが結合特異性を変化させないアミノ酸置換が選択される。場合によっては、置換は、当技術分野において公知であるかまたは本明細書において以下に記載される特性を変化させるように選択される（例えば、エフェクター機能または半減期に影響を及ぼす置換）。一部の実施形態では、アミノ酸置換は保存的置換である。保存的アミノ酸置換は、あるアミノ酸の、類似した特性、例えば極性、電荷、疎水性、および芳香族性を有する別のアミノ酸への置換として当技術分野において認識されている。保存的アミノ酸置換はまた、アミノ酸の側鎖特徴、例えば硫黄、ヒドロキシル、またはアミドを含有することに基づいて行うこともできる。保存的アミノ酸置換の非限定的な例は以下に記載される。
Figure 2021525070
Ｉ．序論
一態様では、本開示は、ヒトアレルゲン特異的モノクローナル抗体、および単一ＩｇＥまたはＩｇＧ４発現ヒトＢ細胞からのヒトアレルゲン特異的モノクローナル抗体を生成するための方法を提供する。ヒトにおける存在量が最も少ない抗体のクラスであるＩｇＥ抗体は、アレルギー反応の症状を引き起こすことが公知である。例えば、蕁麻疹（ｕｒｔｉｃａｒｉａ）から潜在的に致死的なアナフィラキシーの範囲にわたる食物アレルギー症状は、表面結合ＩｇＥ抗体によるアレルギー性の食物タンパク質の認識によって誘導される、肥満細胞および好塩基球の脱顆粒に起因する。免疫およびアレルギー疾患におけるこの中心的な役割にもかかわらず、ヒトＩｇＥ抗体は、その少なさのために依然として十分に特性解析されていない。Fitzsimmons et al., Front Immunol., 2014, 5:61。同様に、ＩｇＧ４アイソタイプを取り巻く知識は不足しているが、抗原遮断を介した免疫療法および早期アレルゲン曝露に付随する低下した臨床的アレルゲン反応性を媒介することにおける潜在的な役割のために、関心は高まっている。Tordesillas et al., Immunity, 2017, 47:32-50。
本開示は、本明細書に開示される１種または複数種のアレルゲン特異的モノクローナル抗体またはその抗原結合部分を用いて、アレルギーを有するヒト対象を処置するか、またはヒト対象における１つもしくは複数のアレルギー症状を軽減するための治療方法を提供する。一部の実施形態では、特定の機構に拘束される（ｂｏｕｄ）ことを意図するものではないが、本明細書に開示されるアレルゲン特異的モノクローナル抗体は遮断抗体として治療的に使用され、これは多くの場合、受動免疫療法と称される。
本明細書に記載されるように、本開示の方法は、目的の抗原に対するアレルギーを有するヒト対象由来の試料から、目的のアレルゲンに関する高い親和性を有する抗体を産生する候補である、遺伝子型が確認されたＩｇＥまたはＩｇＧ４単一Ｂ細胞のプールを生成するために使用することができる。以下の実施例の節に記載されるように、免疫グロブリン重鎖定常領域のｃＤＮＡ配列を分析して単一Ｂ細胞のアイソタイプを同定することは、Ｂ細胞アイソタイプが細胞表面マーカーによって細胞を選別すること（例えば、典型的にはＦＡＣＳ細胞表面染色において行われる）に基づいて決定される場合に生じることが公知である誤ったアイソタイプ特性解析の問題を回避することが見出された。この誤ったアイソタイプ特性解析という問題は、マーカーＣＤ２３が非ＩｇＥ Ｂ細胞の表面のＩｇＥを捕捉する「低親和性」ＩｇＥ受容体であるために、ＩｇＥ Ｂ細胞にとりわけ広く見られることが公知である。Berkowska et al., J Allergy Clin Immunol, 2014, 134:688-697を参照のこと。したがって、本開示の方法は、アレルゲンに関する高い親和性を有する抗体を産生する可能性がはるかに高い単一Ｂ細胞のプールを生成する。さらに、本明細書に開示される方法に従って生成された抗体は、今日までに発見された最も高い親和性の自然ヒト抗体のうちの１種であり、異なる抗原に対する交差反応性を呈することが見出された。
ＩＩ．定義
本発明の範囲は添付の特許請求の範囲によってのみ限定されるため、本明細書において使用される用語は、特定の実施形態を説明するためのものに過ぎず、限定することを意図していない。別段の定義がない限り、本明細書において使用される全ての技術および科学用語は、本発明が属する技術分野における当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書およびそれに続く特許請求の範囲では、反対の意図が明らかでない限り以下の意味を有すると定義されるいくつかの用語に対する参照がなされる。場合によっては、一般的に理解される意味を有する用語は、説明を明確にするためおよび／または即時参照のために本明細書に定義されるのであり、そのような定義の本明細書への包含は、当技術分野において一般に理解される用語の定義に対する実質的な差に相当すると解釈されるべきではない。
範囲を含む全ての数値指定、例えば、ｐＨ、温度、時間、濃度、および分子量は、適宜、０．１または１．０単位で（＋）または（−）に変動する近似値である。常に明示的に述べられるわけではないが、全ての数値指定が「約」という用語によって先行されることは理解されるべきである。
単数形の「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」は、文脈上別段の指示が明確にない限り、複数の指示対象を含む。したがって、例えば「１つの化合物（ａ ｃｏｍｐｏｕｎｄ）」への言及は、複数の化合物を含む。
「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、化合物、組成物、および方法が、記載された要素を含むが、他の要素を除外しないことを意味すると意図される。「から本質的になる」は、化合物、組成物、および方法を定義するために使用される場合、特許請求される発明の基本的かつ新規な特徴に実質上影響を及ぼし得る他の要素を除外することを意味するものとする。「からなる」は、特許請求の範囲において明記されていないあらゆる要素、工程、または構成成分を除外することを意味するものとする。これらの移行用語のそれぞれによって定義される実施形態は、本発明の範囲内にある。
「アレルゲン」という用語は、対象によるアレルギー反応をもたらす、対象における免疫応答を誘導する物質を指す。
本明細書において使用される場合、「抗体」という用語は、抗原と特異的に結合して認識する、免疫グロブリン遺伝子またはその機能的断片によってコードされるポリペプチドを指す。本明細書において使用される場合、「抗体」という用語には、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、およびｓｃＦｖを含むがこれらに限定されない、結合特異性を保持する抗体断片も含まれる。認識される免疫グロブリン遺伝子としては、カッパ、ラムダ、アルファ、ガンマ、デルタ、イプシロン、およびミュー定常領域遺伝子、ならびに無数の免疫グロブリン可変領域遺伝子が挙げられる。軽鎖は、カッパまたはラムダのいずれかとして分類される。重鎖は、ガンマ、ミュー、アルファ、デルタ、またはイプシロンとして分類され、これらは順に免疫グロブリンクラスのＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、およびＩｇＥをそれぞれ定義する。
例示的な免疫グロブリン（抗体）構造単位は、同一な２対のポリペプチド鎖を含み、各対は１本の「軽」鎖（約２５ｋＤａ）と１本の「重」鎖（約５０〜７０ｋＤａ）を有する。各鎖のＮ末端は、抗原認識を主に担う約１００〜１１０個またはそれ以上のアミノ酸の可変領域を定義する。したがって、「可変重鎖」または「ＶＨ」という用語は、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ｄｓＦｖ、またはＦａｂを含む免疫グロブリン重鎖の可変領域を指し、「可変軽鎖」または「ＶＬ」という用語は、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ｄｓＦｖ、またはＦａｂを含む免疫グロブリン軽鎖の可変領域を指す。
「可変領域」という用語は、抗体に抗原への結合に関する特異性を付与する、抗体重鎖または軽鎖におけるドメインを指す。典型的には、抗体可変領域は、３つの超可変的な「相補性決定領域」が間に挿入されている４つの保存された「フレームワーク」領域を含む。
「相補性決定領域」または「ＣＤＲ」という用語は、軽鎖および重鎖可変領域によって確立された４つのフレームワーク領域を中断する、各鎖における３つの超可変領域を指す。ＣＤＲは、抗原のエピトープへの結合を主に担う。各鎖のＣＤＲは典型的には、Ｎ末端から逐次番号付けされて、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３と称され、また典型的には、特定のＣＤＲが位置している鎖ごとに同定される。したがって、ＶＨ ＣＤＲ３は、それが見出される抗体の重鎖の可変ドメインに位置しており、ＶＬ ＣＤＲ１は、それが見出される抗体の軽鎖の可変ドメインからのＣＤＲ１である。
指摘したように、ＣＤＲに含有されない可変領域の部分はフレームワークと称される。異なる軽鎖または重鎖の「フレームワーク領域」は、種において比較的保存されている。抗体のフレームワーク領域、すなわち構成要素である軽鎖および重鎖の組み合わされたフレームワーク領域は、ＣＤＲを三次元空間に位置付け、アラインメントするのに役立つ。フレームワーク配列は、生殖細胞系列抗体遺伝子配列を含む公的なＤＮＡデータベースまたは公開された参考文献から取得することができる。例えば、ヒト重鎖および軽鎖可変領域遺伝子に関する生殖細胞系列ＤＮＡ配列は、ヒトおよびマウス配列に関する「ＶＢＡＳＥ２」生殖細胞系列可変遺伝子配列データベースに見出すことができる。
ＣＤＲおよびフレームワーク領域のアミノ酸配列は、当技術分野において周知の様々な定義を使用して決定することができる。ＣＤＲの位置および長さは、Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, U.S. Department of Health and Human Services, 1983, 1987等によって正確に定義されている。例えば、Johnson and Wu, Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1; 28(1): 214-218、Johnson et al., Nucleic Acids Res., 29:205-206 (2001)、Chothia & Lesk, (1987) J. Mol. Biol. 196, 901-917、Chothia et al. (1989) Nature 342, 877-883、Chothia et al. (1992) J. Mol. Biol. 227, 799-817、Al-Lazikani et al., J.Mol.Biol 1997, 273(4))、およびMacCallum et al., J. Mol. Biol., 262:732-745 (1996)を参照のこと。また、国際免疫遺伝学データベース（ＩＭＧＴ）、ＡｂＭ、および観察された抗原接触も参照のこと。
「抗原結合部分」および「抗原結合断片」という用語は、本明細書において互換的に使用され、抗原（例えばアレルゲン、例えばＡｒａ ｈ２またはＡｒａ ｈ３）に特異的に結合する能力を保持する抗体の１つまたは複数の断片を指す。抗体結合断片の例としては、これらに限定されないが、Ｆａｂ断片（ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ、およびＣＨ１ドメインからなる一価断片）、Ｆ（ａｂ’）２断片（ヒンジ領域におけるジスルフィド架橋によって連結した２つのＦａｂ断片を含む二価断片）、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ジスルフィド連結Ｆｖ（ｄｓＦｖ）、相補性決定領域（ＣＤＲ）、ＶＬ（軽鎖可変領域）、ＶＨ（重鎖可変領域）、ナノボディ、ならびにこれらの任意の組合せ、または標的抗原に結合することができる免疫グロブリンペプチドの任意の他の機能的部分が挙げられる。抗体およびその抗原結合部分としては、ドメイン特異的抗体、単一ドメイン抗体、ドメイン欠失抗体、キメラ抗体、ＣＤＲ移植抗体、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ミニボディ、ナノボディ（例えば一価ナノボディ、二価ナノボディ等）、低分子モジュール免疫医薬品（ＳＭＩＰ：ｓｍａｌｌ ｍｏｄｕｌａｒ ｉｍｍｕｎｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ）、およびサメ可変ＩｇＮＡＲドメインが挙げられる。本発明の抗体の抗原結合断片内に見出され得る可変および定常ドメインの例示的な配置としては、（ａ）ＶＨ−ＣＨＩ、（ｂ）ＶＨ−ＣＨ２、（ｃ）ＶＨ−ＣＨ３、（ｄ）ＶＨ−ＣＨ１−ＣＨ２、（ｅ）ＶＨ−Ｃｈ１−Ｃｈ２−Ｃｈ３、（ｆ）ＶＨ−Ｃｈ２−Ｃｈ３、（ｇ）ＶＨ−ＣＬ、（ｈ）ＶＬ−ＣＨ１、（ｉ）ＶＬ−Ｃｈ２、（Ｘ）ＶＬ−Ｃｈ３、（ｊ）ＶＬ−ＣＨ１−ＣＨ２、（ｋ）ＶＬ−ＣＨ１−ＣＨ２−ＣＨ３、（ｌ）ＶＬ−ＣＨ２−ＣＨ３、および（ｍ）ＶＬ−ＣＬが挙げられる［例えば、それぞれが参照によって本明細書に組み込まれる、FUNDAMENTAL IMMUNOLOGY (Paul ed., 4th ed. 2001)、Gruber et al. (1994) J Immunol. 152:5368-5374、McCartney, et al., 1995 Protein Eng. 8:301-314、Shukra et al., 2014, “Production of recombinant antibodies using bacteriophages” Eur J Microbiol Immunol (Bp). 4(2): 91-98、Todorovska, 2001, “Design and application of diabodies、triabodies and tetrabodies for cancer targeting” J Immunol Methods; 248(1-2):47-66、Salvador et al., 2019, “Nanobody: outstanding features for diagnostic and therapeutic applications” Anal Bioanal Chem. 411(9):1703-1713、Gill et al., 2006, “Biopharmaceutical drug discovery using novel protein scaffolds.” Curr Opin Biotechnol., (6):653-8、およびUbah et al., 2016, “Phage Display Derived IgNAR V Region Binding Domains for Therapeutic Development” Curr Pharm Des. 22(43):6519-6526を参照のこと。
「エピトープ」という用語は、抗体が特異的に結合する抗原の区域または領域、すなわち抗体と物理的に接触している区域または領域を指し、数個のアミノ酸または数個のアミノ酸の部分、例えば５もしくは６個以上、例えば２０個以上のアミノ酸、またはそれらのアミノ酸の部分が含まれ得る。場合によっては、エピトープとしては、例えば炭水化物、核酸、または脂質由来の非タンパク質成分が挙げられる。場合によっては、エピトープは三次元部位である。したがって、例えば、標的がタンパク質である場合、エピトープは、連続するアミノ酸、またはタンパク質フォールディングによって近接したタンパク質の異なる部分由来のアミノ酸（例えば不連続エピトープ）から構成される可能性がある。
「モノクローナル抗体」とは、細胞の単一クローンまたは単一細胞株によって産生され、一次アミノ酸配列が同一である抗体分子からなるかまたはから本質的になる抗体を指す。一部の実施形態では、モノクローナル抗体調製物は、モノクローナル抗体産生中に生じる突然変異を除いては同一であり、抗原の同じエピトープに結合する抗体の集団を含む。別段の明記がなく、文脈から明確でもない限り、「モノクローナル抗体」という用語には合成抗体およびその抗原結合断片が含まれる。
「ヒト抗体」とは、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来する可変および定常領域を有する抗体を指す。本開示のヒト抗体は、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列によってコードされていないアミノ酸残基［例えば、インビトロ（ｉｎ ｖｉｔｒｏ）におけるランダムもしくは部位特異的突然変異誘発、またはインビボ（ｉｎ ｖｉｖｏ）における体細胞突然変異によって導入される突然変異］を含んでもよい。「ヒト抗体」という用語は、非ヒト種（例えばマウス）の生殖細胞系列または免疫細胞に由来するＣＤＲ配列がヒトフレームワーク配列に移植されているキメラまたはヒト化抗体を含むことを意図していない。
「特異的に結合する」という用語は、試料中の標的に対する、非標的化合物に結合するよりも大きい親和性により、アビディティにより、より容易に、および／またはより長い持続時間によりその標的に結合する分子（例えば抗体または抗体断片）を指す。一部の実施形態では、標的（例えばアレルゲン、例えばＡｒａ ｈ２またはＡｒａ ｈ３）と特異的に結合する抗体またはその抗原結合部分は、非標的化合物よりも少なくとも２倍大きい親和性、例えば、少なくとも３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、２５倍、または５０倍以上大きい親和性により標的に結合する抗体または抗原結合部分である。例えば、一部の実施形態では、アレルゲン標的、例えばＡｒａ ｈ２またはＡｒａ ｈ３に特異的に結合する抗体は典型的には、非アレルゲン標的に対するよりも少なくとも２倍大きい親和性によりアレルゲン標的に結合することができる。第１の標的に特異的または優先的に結合する抗体は第２の標的に特異的または優先的に結合してもよいし、しなくてもよいということは当業者によって理解されるだろう。
「結合親和性」という用語は、本明細書において使用される場合、２つの分子、例えば抗体（またはその抗原結合断片）と抗原との間の非共有結合性相互作用の強さを指す。したがって、例えば、この用語は、別段の指示がなく、文脈から明確でもない限り、抗体（またはその抗原結合断片）と抗原との間の１：１の相互作用を指すことがある。結合親和性は、会合速度定数（ｋａ、時間−１Ｍ−１）で割った解離速度定数（ｋｄ、時間−１）を指す平衡解離定数（ＫＤ）を測定することによって定量化することができる。ＫＤは、例えば、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）法、例えばＢｉａｃｏｒｅ（商標）システム；ＫｉｎＥｘＡ（登録商標）等の結合平衡除外法；およびバイオレイヤー干渉法［例えばＦｏｒｔｅＢｉｏ（登録商標）Ｏｃｔｅｔプラットフォームを使用］を使用した、複合体形成および解離の動力学の測定によって決定することができる。本明細書において使用される場合、「結合親和性」には、正規の結合親和性、例えば抗体（またはその抗原結合断片）と抗原との間の１：１の相互作用を反映する結合親和性だけでなく、強い結合を反映し得るＫＤが算出される見かけの親和性も含まれる。
「交差反応する」という用語は、本明細書において使用される場合、２種以上の抗原に結合する抗体の能力を指す。非限定的な例として、一部の実施形態では、第１のアレルゲン標的（例えば第１の落花生アレルゲン、例えばＡｒａ ｈ２）に特異的に結合する抗体は、第２のアレルゲン標的（例えば第２の落花生アレルゲン、例えばＡｒａ ｈ３）と交差反応性を呈することができる。
「単離された」という用語は、核酸またはタンパク質（例えば抗体）に関連して使用される場合、核酸またはタンパク質が天然状態において会合している他の細胞成分を本質的に含まないことを表す。核酸またはタンパク質は、好ましくは均一状態である。純度および均一性は典型的には、分析化学技法、例えば電気泳動（例えばポリアクリルアミドゲル電気泳動）、またはクロマトグラフィー（例えば高速液体クロマトグラフィー）を使用して決定される。一部の実施形態では、単離された核酸またはタンパク質（例えば抗体）は、少なくとも８５％純粋、少なくとも９０％純粋、少なくとも９５％純粋、または少なくとも９９％純粋である。
「ポリペプチド」、「ペプチド」、および「タンパク質」という用語は、本明細書において互換的に使用されて、アミノ酸残基のポリマーを指す。これらの用語は、１つまたは複数のアミノ酸残基が、対応する天然に存在するアミノ酸の人工的な化学模倣体であるアミノ酸ポリマー、ならびに天然に存在するアミノ酸ポリマー、および非天然に存在するアミノ酸ポリマーに適用される。本明細書において使用される場合、これらの用語は、アミノ酸残基が共有ペプチド結合によって連結する、全長タンパク質を含む任意の長さのアミノ酸鎖を包含する。
「アミノ酸」という用語は、天然に存在するアミノ酸および合成アミノ酸、ならびに天然に存在するアミノ酸と同様に機能するアミノ酸類似体およびアミノ酸模倣体を指す。天然に存在するアミノ酸とは、遺伝コードによってコードされるアミノ酸、ならびに後に修飾されるアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸、およびＯ−ホスホセリンである。アミノ酸類似体とは、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造、すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基、およびＲ基に結合したａ炭素（ａ ｃａｒｂｏｎ）を有する化合物、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。そのような類似体は、修飾されたＲ基（例えばノルロイシン）または修飾されたペプチド骨格を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造を保持する。「アミノ酸模倣体」とは、アミノ酸の一般の化学構造と異なる構造を有するが、天然に存在するアミノ酸と同様に機能する化学化合物を指す。
アミノ酸は、本明細書では、一般的に知られている３文字の記号、またはＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ生化学命名委員会によって推奨される１文字の記号のいずれかによって言及され得る。同様に、ヌクレオチドは、一般的に認められている１文字コードによって言及され得る。
本明細書において使用される場合、「核酸」および「ポリヌクレオチド」という用語は互換的に使用される。「ポリヌクレオチド」という用語の使用には、オリゴヌクレオチド（すなわち短いポリヌクレオチド）が含まれる。この用語はまた、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、および天然に存在する変異体も指し、例えば、限定されないが、ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、メチルホスホネート、キラルメチルホスホネート、２−Ｏ−メチルリボヌクレオチド、ペプチド核酸（ＰＮＡ）等のような合成および／または非天然に存在する核酸（すなわち、核酸類似体または修飾された骨格残基もしくは連結を含む）も指すことができる。別段の指示がない限り、特定の核酸配列は、明示的に示された配列だけでなく、特定の核酸配列の保存的に改変された変異体（例えば縮重コドン置換）および相補配列も暗示的に包含する。具体的には、縮重コドン置換は、１つもしくは複数の選択された（または全ての）コドンの第３の位置が混合塩基および／またはデオキシイノシン残基と置換されている配列を生成することによって達成され得る［例えば、Batzer et al., Nucleic Acid Res. 19:5081 (1991)、Ohtsuka et al, J. Biol. Chem. 260:2605-2608 (1985)、Rossolini et al, Mol. Cell. Probes 8:91-98 (1994)を参照のこと］。
「試料」という用語は、本明細書において使用される場合、ヒトまたは非ヒト哺乳動物対象から取得した生体試料を指す。一部の実施形態では、試料は、血液、血液画分、または血液製剤（例えば、血清、血漿、血小板、赤血球、末梢血単核細胞等）；喀痰または唾液；便、尿、他の生体液（例えば、リンパ液、唾液、前立腺液、胃液、腸液、腎液、肺液、脳脊髄液等）、組織（例えば、腎臓、肺、肝臓、心臓、脳、神経組織、甲状腺、眼、骨格筋、軟骨、もしくは骨組織）、培養細胞（例えば、初代培養、外植片、形質転換細胞、もしくは幹細胞）、または生検試料を含む。
「対象」および「患者」という用語は、本明細書において互換的に使用される場合、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類（例えば、ラット、マウス、およびモルモット）、ウサギ、ウシ、ブタ、ウマ、ならびに他の哺乳動物種を含むがこれらに限定されない哺乳動物を指す。一実施形態では、対象または患者はヒトである。
「処置する」、「処置すること」、および「処置」という用語は、任意の客観的または主観的パラメータを含む損傷、疾患、または状態の処置または改善における任意の成功の兆候、例えば、寛解；軽快；症状の減少、または損傷、疾患、もしくは状態を対象に対してより忍容可能にすること；悪化または増悪の速度の緩徐化；悪化の最終点をより衰弱していないものにすること；および／あるいは対象の身体的または精神的健康を向上することを指す。症状の処置または改善は、客観的または主観的パラメータに基づくことができる。処置の効果は、処置を受けていない個体もしくは個体のプール、または処置前もしくは処置中の異なる時点における同じ患者と比較することができる。
「医薬組成物」という用語は、対象への投与に好適な組成物を指す。概して、医薬組成物は無菌であり、好ましくは、対象との望ましくない応答を誘発するおそれがある汚染物質を含まない。医薬組成物は、経口、静脈内、口腔、直腸、非経口、腹腔内、皮内、気管内、筋肉内、皮下、吸入等を含むいくつかの異なる投与経路を介したそれを必要とする対象への投与のために設計することができる。
「薬学的に許容される賦形剤」という用語は、ヒトまたは動物における使用に関して生物学的または薬理学的に適合性の医薬品非有効成分、例えば、これらに限定されないが、緩衝液、担体、または保存剤を指す。
本明細書において使用される場合、薬剤（例えば本明細書に開示されるモノクローナル抗体）の「治療量」または「治療有効量」は、患者生存を処置、改善、寛解、軽快、向上するか、生存時間もしくは生存率を増加するか、症状を減少するか、損傷、疾患、もしくは状態（例えばアレルギー）をより忍容可能にするか、悪化もしくは増悪の速度を緩徐化するか、または患者の身体的もしくは精神的健康を向上する薬剤の量である。例えば、所与のパラメータに関して、治療有効量は、治療効果の少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、４０％、５０％、６０％、７５％、８０％、９０％、または１００％の増大または低下を示し得る。また、治療有効性は、「倍数」による増大または低下として表現することができる。例えば、治療有効量は、対照の少なくとも１．２倍、１．５倍、２倍、または５倍以上の効果を有することができる。
「投与する」、「投与される」、または「投与すること」という用語は、薬剤、化合物、または組成物を所望の生物作用部位にデリバリーする方法を指す。これらの方法としては、これらに限定されないが、局所デリバリー、非経口デリバリー、静脈内デリバリー、皮内デリバリー、筋肉内デリバリー、直腸デリバリー、または腹腔内デリバリーが挙げられる。本明細書に記載される薬剤および方法と共に用いられてもよい投与技法としては、例えば、Goodman and Gilman, The Pharmacological Basis of Therapeutics, current ed.; Pergamon、およびRemington's, Pharmaceutical Sciences (current edition), Mack Publishing Co., Easton, PAにおいて論じられているようなものが挙げられる。
ＩＩＩ．アレルゲン特異的抗体を生成する方法
一態様では、ヒト試料からアレルゲン特異的モノクローナル抗体を生成する方法が提供される。一部の実施形態では、方法は、
（ａ）ヒト対象由来の試料から単一Ｂ細胞を単離する工程であり、対象がアレルゲンに対してアレルギーである、工程、
（ｂ）工程（ａ）の単一Ｂ細胞からｃＤＮＡを生成する工程であり、ｃＤＮＡ配列が、免疫グロブリン重鎖の全部または一部をコードする第１の配列、および免疫グロブリン軽鎖の全部または一部をコードする第２の配列を含む、工程、
（ｃ）工程（ｂ）からのｃＤＮＡの配列を決定する工程、
（ｄ）工程（ｃ）において決定した配列を分析して、ＩｇＥ定常領域またはＩｇＧ４定常領域を含む第１の配列を含む単一Ｂ細胞を同定する工程、
（ｅ）工程（ｄ）の単一Ｂ細胞から、（ｉ）ＩｇＥ定常領域またはＩｇＧ４定常領域を含む免疫グロブリン重鎖における重鎖可変領域配列、および（ｉｉ）同じ単一Ｂ細胞における免疫グロブリン重鎖と共発現する免疫グロブリン軽鎖における軽鎖可変領域配列を同定する工程、
（ｆ）工程（ｅ）からの重鎖可変領域配列および軽鎖可変領域配列を含む抗体を発現させる工程、ならびに
（ｇ）アレルゲンに特異的に結合する、工程（ｆ）からの１種または複数種の抗体を同定する工程
を含む。
対象集団および試料
一部の実施形態では、アレルゲン特異的モノクローナル抗体を生成する方法は、ヒト対象由来の生体試料からＢ細胞を単離することを含む。一部の実施形態では、試料は、全血、末梢血、または白血球除去製剤を含む。一部の実施形態では、試料は末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含む。一部の実施形態では、試料は、ヒト対象由来の組織、例えば、扁桃組織、脾臓、または骨髄を含む。血液および組織試料からＢ細胞を単離する方法は、当技術分野に記載されている。例えば、Heine et al., Curr Protoc. Immunol., 2011, 94:7.5.1-7.5.14、およびZuccolo et al., BMC Immunol, 2009, 10:30, doi:10.1186/1471-2172-10-30を参照のこと。
一部の実施形態では、アレルゲン特異的抗体は、アレルゲンに対するアレルギーを有するヒト対象から生成される。一部の実施形態では、アレルギーを有するヒト対象は成人である。一部の実施形態では、アレルギーを有するヒト対象は未成年者である。一部の実施形態では、ヒト対象は、食物アレルゲン、植物アレルゲン、真菌アレルゲン、動物アレルゲン、チリダニアレルゲン、薬物アレルゲン、化粧品アレルゲン、またはラテックスアレルゲンに対するアレルギーを有する。一部の実施形態では、ヒト対象は、２種以上のアレルゲン、例えば、食物アレルゲン、植物アレルゲン、真菌アレルゲン、動物アレルゲン、チリダニアレルゲン、薬物アレルゲン、化粧品アレルゲン、またはラテックスアレルゲンのうちの２種以上に対するアレルギーを有する。一部の実施形態では、ヒト対象は、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０種以上のアレルゲンに対するアレルギーを有する。一部の実施形態では、ヒト対象は、あるクラスのアレルゲンにおける２つ以上の異なる種類の抗原（アレルゲン）に対するアレルギー、例えば、２種以上の異なる食物アレルゲンに対するアレルギー（例えば、２種以上の異なる落花生抗原に対するアレルギー、または落花生アレルゲンと非落花生アレルゲン、例えば木の実、卵、もしくは乳アレルゲンとに対するアレルギー）、あるいは２種以上の異なる真菌アレルゲンに対するアレルギー（例えば、アスペルギルスの２つ以上の異なる種に対するアレルギー）を有する。一部の実施形態では、ヒト対象は、２つ以上の異なるクラスのアレルゲンに対するアレルギー（例えば、１種または複数種の食物アレルゲンと１種または複数種の植物アレルゲンとに対するアレルギー）を有する。一部の実施形態では、ヒト対象は、１つのクラスのアレルゲンのみに対するアレルギーを有する（例えば、対象は、１種もしくは複数種の食物アレルゲンに対するアレルギーを有するが、非食物アレルゲンに対するアレルギーを有しない、または対象は、１種もしくは複数種の真菌アレルゲンに対するアレルギーを有するが、非真菌アレルゲンに対するアレルギーを有しない）。
一部の実施形態では、ヒト対象は食物アレルゲンに対するアレルギーを有する。一部の実施形態では、食物アレルゲンは、乳アレルゲン、卵アレルゲン、ナッツアレルゲン、木の実アレルゲン、魚アレルゲン、甲殻類アレルゲン、ダイズアレルゲン、豆類アレルゲン、種子アレルゲン、またはコムギアレルゲンである。一部の実施形態では、食物アレルゲンは落花生アレルゲンである。
一部の実施形態では、ヒト対象は植物アレルゲンまたは真菌アレルゲンに対するアレルギーを有する。一部の実施形態では、アレルゲンは真菌アレルゲン（例えばアスペルギルス、例えばＡｓｐ．フミガーツス、Ａｓｐ．ニガー、またはＡｓｐ．ニデュランス）である。一部の実施形態では、アレルゲンは花粉アレルゲン（例えば、樹木花粉、芝花粉、もしくは草花粉）またはカビアレルゲンである。一部の実施形態では、ヒト対象は動物アレルゲンに対するアレルギーを有する。一部の実施形態では、アレルゲンは鱗屑アレルゲンまたは昆虫刺傷である。
一部の実施形態では、アレルゲン特異的モノクローナル抗体を生成する方法は、対象から試料を取得する前に、アレルゲンを用いてヒト対象を免疫することもヒト対象をアレルゲンに曝露することも含まない。
Ｂ細胞単離およびスクリーニング
一部の実施形態では、単一Ｂ細胞は、アレルゲンに対するアレルギーを有する対象由来の試料から単離される。一部の実施形態では、単一Ｂ細胞は、別個の区分、例えばマルチウェルプレートの別個のウェルに分離されるか、液滴に封入されるか、またはマイクロウェルに分散される。一部の実施形態では、少なくとも１０、５０、１００、５００、１，０００、５，０００、または１０，０００個以上のＢ細胞が、試料から単離され、別個の区分に分離される。
一部の実施形態では、単離する工程は、試料中の細胞を蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）によって選別することを含む。ＦＡＣＳ選別は、細胞を細胞表面マーカー発現、細胞サイズ、および／または粒度に基づいて選別し、細胞をウェル、例えば９６ウェルまたは３８４ウェル組織培養またはＰＣＲプレートに個々にデリバリーするために使用することができる。細胞集団をＦＡＣＳによって単離および精製する方法は、当技術分野に記載されている。例えば、Basu et al., J Vis Exp, 2010, 41:1546, doi:10.3791/1546を参照のこと。
一部の実施形態では、液滴マイクロ流体プラットフォームは、単一Ｂ細胞を別個の液滴に分注するために使用することができる。一部の実施形態では、液滴中の単一細胞の核酸（例えばｍＲＮＡ）は、液滴に特有なヌクレオチド配列、例えば固有分子識別子バーコードヌクレオチド配列を用いて標識され、それによって複数のＢ細胞からの配列に関する下流の処理工程が単一反応容器において実施されることを可能にする。単一細胞を液滴に封入する方法は、当技術分野に記載されている。例えば、Macosko et al., Cell, 2015, 161: 1202-1214、Zhang et al., Scientific Reports, 2017, 7:41192, doi:10.1038/srep41192を参照のこと。
一部の実施形態では、細胞は、単一細胞を捉えるように設計されたマイクロウェルに分散される。単一細胞マイクロウェル捕獲の方法は、当技術分野に記載されている。例えばHan et al., Cell, 2018, 172:5, doi:10.1016/j.cell.2018.02.001を参照のこと。
一部の実施形態では、試料由来の細胞は、１種または複数種のマーカーの存在、非存在、または発現のレベルに関してスクリーニングされ、単一Ｂ細胞は、１種または複数種のＢ細胞マーカー（例えば、１、２、３、４、５、６、７、または８種以上のマーカー）の存在または発現のレベルに基づいて単離される。一部の実施形態では、細胞は、１種または複数種の細胞表面Ｂ細胞マーカー、例えば、これらに限定されないが、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ４０、ＣＤ７２、またはＣＤ７９の存在、非存在、または発現のレベルに関してスクリーニングされる。一部の実施形態では、細胞は、Ｂ細胞マーカーのうちの１種または複数種に関して陽性である、例えば、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ４０、ＣＤ７２、またはＣＤ７９のうちの１種または複数種に関して陽性である場合、Ｂ細胞であると決定される。一部の実施形態では、単一ＣＤ１９＋Ｂ細胞が単離される。
一部の実施形態では、試料由来の細胞は、１種もしくは複数種の免疫グロブリンアイソタイプ、例えば、これらに限定されないが、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、もしくはＩｇＤ、またはそれらのサブクラスの存在、非存在、または発現のレベルに関してスクリーニングされる。一部の実施形態では、単離される単一Ｂ細胞は、細胞表面ＩｇＥの発現および／または細胞表面ＩｇＧ４の発現のために選択される。一部の実施形態では、単一Ｂ細胞は、１種または複数種の免疫グロブリンアイソタイプの発現のために選択することなく（例えば、細胞表面ＩｇＥの発現および／または細胞表面ＩｇＧ４の発現のために選択することなく）単離される。
ＩｇＥ選択
一部の実施形態では、方法は、細胞表面ＩｇＥの発現のために選択される単一Ｂ細胞を単離することを含む。一部の実施形態では、単離する工程は、試料の細胞を抗ヒトＩｇＥ抗体と接触させること、およびＩｇＥを細胞表面に発現する細胞を選択することを含む。一部の実施形態では、単離する工程は、試料の細胞をＢ細胞マーカーに対する抗体（例えば、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ４０、ＣＤ７２、またはＣＤ７９に対する抗体）および抗ヒトＩｇＥ抗体と接触させること、ならびにＢ細胞マーカーを発現し、ＩｇＥを細胞表面に発現する細胞を選択することを含む。一部の実施形態では、単離する工程は、試料の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体および抗ヒトＩｇＥ抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＥ発現Ｂ細胞を選択することを含む。
一部の実施形態では、単離する工程は、試料の細胞をＢ細胞マーカーに対する抗体（例えば、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ４０、ＣＤ７２、またはＣＤ７９に対する抗体）、抗ヒトＩｇＥ抗体、および１種もしくは複数種の免疫グロブリンアイソタイプに対する抗体（例えば、抗ヒトＩｇＧ抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗ヒトＩｇＡ抗体、および／もしくは抗ヒトＩｇＤ抗体）またはそれらのサブクラスに対する抗体と接触させること、ならびにＢ細胞マーカーを発現し、ＩｇＥを細胞表面に発現し、検出可能なレベルの、スクリーニングされている１種または複数種の他の免疫グロブリンアイソタイプを発現しない細胞を選択することを含む。一部の実施形態では、単離する工程は、試料の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体、抗ヒトＩｇＥ抗体、および抗ヒトＩｇＧ抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗ヒトＩｇＡ抗体、または抗ヒトＩｇＤ抗体のうちの１種または複数種と接触させること、ならびにＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、またはＩｇＤ細胞表面発現に関して陰性であるＣＤ１９＋ＩｇＥ発現Ｂ細胞を選択することを含む。
一部の実施形態では、単離する工程は、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体、抗ヒトＩｇＥ抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、および抗ヒトＩｇＧ抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＭ−ＩｇＧ−ＩｇＥ発現Ｂ細胞を選択することを含む。一部の実施形態では、単離する工程は、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体、抗ヒトＩｇＥ抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗ヒトＩｇＧ抗体、抗ヒトＩｇＡ抗体、および抗ヒトＩｇＤ抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＭ−ＩｇＧ−ＩｇＡ−ＩｇＤ−ＩｇＥ発現Ｂ細胞を選択することを含む。
一部の実施形態では、単離する工程は、試料の細胞をＢ細胞マーカーに対する抗体（例えば、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ４０、ＣＤ７２、またはＣＤ７９に対する抗体）、および非ＩｇＥアイソタイプに対する抗体（例えば、抗ヒトＩｇＧ抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗ヒトＩｇＡ抗体、および抗ヒトＩｇＤ抗体）またはそのサブクラスに対する抗体と接触させること、ならびにＢ細胞マーカーを発現し、検出可能なレベルの非ＩｇＥアイソタイプを発現しない細胞を選択することを含む。一部の実施形態では、単離する工程は、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗ヒトＩｇＧ抗体、抗ヒトＩｇＡ抗体、および抗ヒトＩｇＤ抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＭ−ＩｇＧ−ＩｇＡ−ＩｇＤ−Ｂ細胞を選択することを含む。
一部の実施形態では、方法は、抗体分泌Ｂ細胞（例えば形質芽球または形質細胞）であるＩｇＥ発現Ｂ細胞を単離することを含む。一部の実施形態では、方法は、記憶Ｂ細胞であるＩｇＥ発現Ｂ細胞を単離することを含む。一部の実施形態では、方法は、ＩｇＥ発現抗体分泌Ｂ細胞およびＩｇＥ発現記憶Ｂ細胞を単離することを含む。
ＩｇＧ４選択
一部の実施形態では、方法は、細胞表面ＩｇＧ４の発現のために選択される単一Ｂ細胞を単離することを含む。一部の実施形態では、単離する工程は、試料の細胞を抗ヒトＩｇＧ４抗体と接触させること、およびＩｇＧ４を細胞表面に発現する細胞を選択することを含む。一部の実施形態では、単離する工程は、試料の細胞をＢ細胞マーカーに対する抗体（例えば、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ４０、ＣＤ７２、またはＣＤ７９に対する抗体）および抗ヒトＩｇＧ４抗体と接触させること、ならびにＢ細胞マーカーを発現し、ＩｇＧ４を細胞表面に発現する細胞を選択することを含む。一部の実施形態では、単離する工程は、試料の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体および抗ヒトＩｇＧ４抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＧ４発現Ｂ細胞を選択することを含む。
一部の実施形態では、単離する工程は、試料の細胞をＢ細胞マーカーに対する抗体（例えば、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ４０、ＣＤ７２、またはＣＤ７９に対する抗体）、抗ヒトＩｇＧ４抗体、および１種または複数種のＩｇＧサブクラスに対する抗体（例えば、抗ヒトＩｇＧ１抗体、抗ヒトＩｇＧ２抗体、抗ヒトＩｇＧ３抗体）と接触させること、ならびにＢ細胞マーカーを発現し、ＩｇＧ４を細胞表面に発現し、検出可能なレベルの、スクリーニングされている１種または複数種の他のＩｇＧサブクラスを発現しない細胞を選択することを含む。一部の実施形態では、単離する工程は、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体、抗ヒトＩｇＧ１抗体、抗ヒトＩｇＧ２抗体、抗ヒトＩｇＧ３抗体、および抗ヒトＩｇＧ４抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＧ１−ＩｇＧ２−ＩｇＧ３−ＩｇＧ４発現Ｂ細胞を選択することを含む。
一部の実施形態では、単離する工程は、試料の細胞をＢ細胞マーカーに対する抗体（例えば、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ４０、ＣＤ７２、またはＣＤ７９に対する抗体）、抗ヒトＩｇＧ４抗体、および１種もしくは複数種の免疫グロブリンアイソタイプに対する抗体（例えば、抗ヒトＩｇＥ抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗ヒトＩｇＡ抗体、および／もしくは抗ヒトＩｇＤ抗体）またはそれらのサブクラスに対する抗体と接触させること、ならびにＢ細胞マーカーを発現し、ＩｇＧ４を細胞表面に発現し、検出可能なレベルの、スクリーニングされている１種または複数種の他の免疫グロブリンアイソタイプを発現しない細胞を選択することを含む。一部の実施形態では、単離する工程は、試料の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体、抗ヒトＩｇＧ４抗体、および抗ヒトＩｇＥ抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗ヒトＩｇＡ抗体、または抗ヒトＩｇＤ抗体のうちの１種または複数種と接触させること、ならびにＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、またはＩｇＤ細胞表面発現に関して陰性であるＣＤ１９＋ＩｇＧ４発現Ｂ細胞を選択することを含む。
一部の実施形態では、単離する工程は、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体、抗ヒトＩｇＧ４抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、および抗ヒトＩｇＧ抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＭ−ＩｇＥ−ＩｇＧ４発現Ｂ細胞を選択することを含む。一部の実施形態では、単離する工程は、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体、抗ヒトＩｇＧ４抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗ヒトＩｇＥ抗体、抗ヒトＩｇＡ抗体、および抗ヒトＩｇＤ抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＭ−ＩｇＥ−ＩｇＡ−ＩｇＤ−ＩｇＧ４発現Ｂ細胞を選択することを含む。
一部の実施形態では、単離する工程は、試料の細胞をＢ細胞マーカーに対する抗体（例えば、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ４０、ＣＤ７２、またはＣＤ７９に対する抗体）および非ＩｇＧアイソタイプに対する抗体（例えば、抗ヒトＩｇＥ抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗ヒトＩｇＡ抗体、および抗ヒトＩｇＤ抗体）またはその非ＩｇＧ４アイソタイプに対する抗体と接触させること、ならびにＢ細胞マーカーを発現し、検出可能なレベルの非ＩｇＧアイソタイプも非ＩｇＧ４アイソタイプも発現しない細胞を選択することを含む。一部の実施形態では、単離する工程は、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗ヒトＩｇＥ抗体、抗ヒトＩｇＡ抗体、および抗ヒトＩｇＤ抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＭ−ＩｇＥ−ＩｇＡ−ＩｇＤ−Ｂ細胞を選択することを含む。一部の実施形態では、単離する工程は、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗ヒトＩｇＥ抗体、抗ヒトＩｇＡ抗体、抗ヒトＩｇＤ抗体、抗ヒトＩｇＧ１抗体、抗ヒトＩｇＧ２抗体、および抗ヒトＩｇＧ３抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＭ−ＩｇＥ−ＩｇＡ−ＩｇＤ−ＩｇＧ１−ＩｇＧ２−ＩｇＧ３−Ｂ細胞を選択することを含む。
一部の実施形態では、方法は、抗体分泌Ｂ細胞であるＩｇＧ４発現Ｂ細胞を単離することを含む。一部の実施形態では、方法は、記憶Ｂ細胞であるＩｇＧ４発現Ｂ細胞を単離することを含む。一部の実施形態では、方法は、ＩｇＧ４発現抗体分泌Ｂ細胞およびＩｇＧ４発現記憶Ｂ細胞を単離することを含む。
ｃＤＮＡの生成および配列決定
一部の実施形態では、ｃＤＮＡは、試料から単離された単一Ｂ細胞から（例えば、ＩｇＥもしくはＩｇＧ４等の免疫グロブリンアイソタイプの発現に関してスクリーニングされた単一Ｂ細胞から、または免疫グロブリンアイソタイプの発現に関してスクリーニングされていない単一Ｂ細胞から）生成される。一部の実施形態では、ｃＤＮＡライブラリーは単一Ｂ細胞から調製される。一部の実施形態では、各単一Ｂ細胞に関して生成されるｃＤＮＡにおいて、ｃＤＮＡ配列は、免疫グロブリン重鎖をコードする配列と免疫グロブリン軽鎖をコードする配列とを含む。
一部の実施形態では、ｃＤＮＡは、単一Ｂ細胞由来のＲＮＡ（例えば総ＲＮＡまたはｍＲＮＡ）からｃＤＮＡ配列を逆転写し、ｃＤＮＡ配列を増幅することによって生成される。ｃＤＮＡを生成することに関して、一部の実施形態では、単一Ｂ細胞は溶解され、ｃＤＮＡ配列は細胞溶解物に存在するｍＲＮＡから逆転写される。一部の実施形態では、ＲＮＡは単一Ｂ細胞から単離され、ｃＤＮＡは単離されたＲＮＡから逆転写される。
一部の実施形態では、方法は、単一Ｂ細胞のトランスクリプトームを増幅することを含む。例えば、一部の実施形態では、方法は、ＲＮＡ（例えばポリアデニル化ｍＲＮＡ）を逆転写してｃＤＮＡを合成し、次いでｃＤＮＡを、例えばＰＣＲによって増幅することを含む。ポリアデニル化ｍＲＮＡを逆転写し、単一細胞のトランスクリプトームを増幅するための例示的な方法は、Darmanis et al., Cell Reports, 2017, 21:1399-1410、およびPicelli et al., Nature Protocols, 9, 2014, 171-181に記載されている。
一部の実施形態では、方法は、単一Ｂ細胞からの免疫グロブリン重鎖および軽鎖配列を増幅することを含む。例えば、一部の実施形態では、方法は、ＲＮＡ（例えば総ＲＮＡ）を逆転写してｃＤＮＡを合成し、次いでｃＤＮＡを、例えば免疫グロブリン重鎖可変領域および定常領域に関するプライマーを使用するＰＣＲによって増幅することを含む。一部の実施形態では、方法は、免疫グロブリン特異的プライマー（例えば定常領域特異的プライマー）を使用してＲＮＡを逆転写して、免疫グロブリン配列を含むｃＤＮＡを合成し、次いでｃＤＮＡを、免疫グロブリン重鎖可変領域および定常領域に関するプライマーを使用して増幅することを含む。単一細胞からの免疫グロブリン重鎖および軽鎖配列を増幅するための例示的な方法は、Tiller et al., J. Immunol. Methods, 2008, 329:112-124に記載されている。
ｃＤＮＡが生成された後、一部の実施形態では、方法は、ｃＤＮＡの配列を決定することを含む。一部の実施形態では、ｃＤＮＡは配列決定に供される。一部の実施形態では、方法は、単一Ｂ細胞のトランスクリプトームを配列決定することを含む。一部の実施形態では、方法は、標的遺伝子（例えば免疫グロブリン遺伝子、例えば免疫グロブリン重鎖可変領域および定常領域、ならびに免疫グロブリン軽鎖可変領域および定常領域）を配列決定することを含む。
ハイスループット配列決定のための方法を含む配列決定方法は、当技術分野において公知である。例えば、そのような配列決定技術としては、これらに限定されないが、パイロシーケンシング、ライゲーションによる配列決定、単一分子配列決定、合成によるシーケンス（ＳＢＳ：ｓｅｑｕｅｎｃｅ−ｂｙ−ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）、超並列クローン、超並列単一分子ＳＢＳ、超並列単一分子リアルタイム、超並列単一分子リアルタイムナノポア技術等が挙げられる。ＭｏｒｏｚｏｖａおよびＭａｒｒａは、その全体が参照によって本明細書に組み込まれるGenomics, 92: 255 (2008)において一部のそのような技術の概説を提供している。
一部の実施形態では、配列決定はハイスループット配列決定を含む。ハイスループット配列決定では、複数の鋳型および複数のプライマーを使用する並列配列決定反応は、ゲノムまたは大部分のゲノムの急速な配列決定を可能にする。ハイスループット配列決定方法としては、鋳型増幅を典型的に使用する方法および使用しない方法が挙げられる。増幅を利用する配列決定方法としては、Ｒｏｃｈｅによって４５４技術プラットフォーム（例えばＧＳ２０およびＧＳ ＦＬＸ）として商品化されているパイロシーケンシング、ＩｌｌｕｍｉｎａによってＮｅｘｔＳｅｑ等のシステムと共に商品化されているクローンアレイ形成および合成による配列決定（ＳＢＳ：ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｂｙ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）化学、ならびにＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓによって商品化されている支持オリゴヌクレオチドライゲーションおよび検出（ＳＯＬｉＤ：Ｓｕｐｐｏｒｔｅｄ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｌｉｇａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ）プラットフォームが挙げられる。単一分子配列決定としても公知である非増幅手法は、Ｈｅｌｉｃｏｓ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓによって商品化されているＨｅｌｉＳｃｏｐｅプラットフォーム、ならびにＶｉｓｉＧｅｎ、Ｏｘｆｏｒｄ Ｎａｎｏｐｏｒｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｌｔｄ．、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／Ｉｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔ、およびＰａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓによってそれぞれ商品化されているプラットフォームによって例示される。
一部の実施形態では、ＮｅｘｔＳｅｑ等のＩｌｌｕｍｉｎａ配列決定プラットフォームが使用される。この配列決定技術は、クローンアレイ形成および合成による配列決定を利用して、配列を大規模に作成する。この方法では、配列決定鋳型はフローセル表面に固定化され、次いで固相増幅が各鋳型分子のコピー（最大１，０００個の同一のコピー）を非常に近接して作成し、ポリヌクレオチド配列の高密度の「クラスター」を形成する。クラスターを配列決定することに関して、蛍光標識ヌクレオチドが、フローセル表面のクラスターを並行して配列決定するために使用される。各配列決定サイクルに関して、単一標識化可逆的ターミネーター結合ｄＮＴＰが核酸鎖に付加される。取り込まれたヌクレオチドの配列は取込み後の蛍光の検出によって決定され、次いで蛍光色素は次のサイクルのｄＮＴＰ付加前に除去され、結果的に１塩基ごとの配列決定となる。典型的には、配列リード長は約３０ヌクレオチドから１５０ヌクレオチド超の範囲である。目的の標的ｃＤＮＡがより長い長さを有する場合、配列は、全長標的ｃＤＮＡの配列を決定するために、バイオインフォマティクスにより短い配列決定リード間の重複に基づいて再びアセンブルされ得る。
ＩｇＥまたはＩｇＧ４アイソタイプを有するＢ細胞の同定
一部の実施形態では、ｃＤＮＡの配列が単一Ｂ細胞に関して決定された後、方法は、ｃＤＮＡの配列を分析して、ＩｇＥアイソタイプおよび／またはＩｇＧ４アイソタイプの定常領域を有する免疫グロブリン重鎖を発現する単一Ｂ細胞を同定することを含む。本明細書に記載されるように、ＦＡＣＳ免疫グロブリン表面染色ではなく重鎖転写物の配列に基づいてＢ細胞のアイソタイプを決定することは、Ｂ細胞集団における偽陽性ＩｇＥ細胞の数を実質的に減少させ、したがって結果的に、Ｂ細胞の起源であるヒト対象がアレルギーであるアレルゲンに特異的に結合する抗体を生じる可能性がはるかに高いＢ細胞の集団をもたらすことが見出された。
一部の実施形態では、方法は、ＩｇＥ定常領域を含む免疫グロブリン重鎖をコードする配列を同定することを含む。一部の実施形態では、方法は、ＩｇＧ４定常領域を含む免疫グロブリン重鎖をコードする配列を同定することを含む。一部の実施形態では、ｃＤＮＡ配列は、配列を既知のＩｇＥ定常領域配列または既知のＩｇＧ４定常領域配列と比較することによって分析される。例えば、目的のｃＤＮＡ配列（例えばＢ細胞からの「試験」配列）の比較は、既知のＩｇＥまたはＩｇＧ４定常領域配列（例えば「参照」配列）と、配列をアラインメントすることによって比較することができる。比較のための配列のアラインメントの方法は、当技術分野において公知である。比較のための配列の最適なアラインメントは、例えば、Smith & Waterman, Adv. Appl. Math. 2:482 (1981)の局所相同性アルゴリズム、Needleman & Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443 (1970)の相同性アラインメントアルゴリズム、Pearson & Lipman, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 85:2444 (1988)の類似性検索法、これらのアルゴリズムのコンピュータ化された実装（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩにおけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ）、または手動アラインメントおよび目視検査によって実行することができる。配列同一性パーセントおよび配列類似性を決定するのに好適なアルゴリズムは、それぞれAltschul et al. (1990) J. Mol. Biol. 215: 403-410およびAltschul et al. (1977) Nucleic Acids Res. 25: 3389-3402に記載されているＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ２．０アルゴリズムである。ＢＬＡＳＴ分析を実施するためのソフトウェアは、米国立生物工学情報センター（ＮＣＢＩ）のウェブサイトを通じて公的に入手可能である。
試験配列をＩｇＥまたはＩｇＧ４定常領域参照配列と比較することに関して、一部の実施形態では、参照配列は、ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓ（ＩＭＧＴ）データベースにおいて公的に入手可能なＩｇＥまたはＩｇＧ４定常領域配列等の公開されている配列である。例えば、Camacho et al., BMC Bioinformatics, 2009, 10:421、Lefranc et al., Nucleic Acids Res, 2009, 37:D1006-1012を参照のこと。試験配列を分析してＩｇＥアイソタイプおよび／またはＩｇＧ４アイソタイプの免疫グロブリン重鎖定常領域を含む配列を同定する方法は、以下の表１にも記載されている。
一部の実施形態では、配列を分析してＩｇＥ定常領域またはＩｇＧ４定常領域を含む免疫グロブリン重鎖配列を含む単一Ｂ細胞を同定および選択することに加えて、方法は、単一Ｂ細胞における１つまたは複数の他の遺伝子の配列および／または発現のレベルを決定することをさらに含む。例えば、一部の実施形態では、方法は、Ｂ細胞の特定の型に関する「シグネチャー」である１組の遺伝子の配列および／または発現のレベルを決定することを含む。
一部の実施形態では、ＩｇＥ定常領域またはＩｇＧ４定常領域を含む免疫グロブリン重鎖を有すると同定されるＢ細胞に関して、方法は、同じＢ細胞から、細胞によって発現される重鎖可変領域配列および細胞によって発現される軽鎖可変領域配列を同定することをさらに含む。
抗体発現
典型的には、ＩｇＥまたはＩｇＧ４定常領域配列を含むｃＤＮＡを有すると同定される単一Ｂ細胞に関して、単一Ｂ細胞からの重鎖可変領域および軽鎖可変領域配列は、目的のアレルゲンに対する特異性を有する候補となる抗体配列である。したがって、一部の実施形態では、方法は、単一Ｂ細胞からの重鎖可変領域および軽鎖可変領域配列を含む抗体を発現させること、ならびに発現した抗体が目的のアレルゲンに特異的に結合するか否かを同定することを含む。組換え抗体の発現および精製のための方法は、当技術分野に記載されている。例えば、Frenzel et al., Front Immunol., 2013, 4:217, doi:10.3389/fimmu.2013.00217、Siegemund et al., Methods Mol Biol., 2014, 1131:273-295を参照のこと。
一部の実施形態では、単一Ｂ細胞からの重鎖可変領域および軽鎖可変領域配列は、単一Ｂ細胞から増幅され、発現ベクターにクローニングされる。一部の実施形態では、単一Ｂ細胞からの重鎖可変領域および軽鎖可変領域配列は合成される。一部の実施形態では、重鎖可変領域配列および／または軽鎖可変領域配列は、例えば発現系による抗体発現を増加させるためにコドン最適化される。例えば、Ayyar et al., Methods, 2017, 116:51-62を参照のこと。
単一Ｂ細胞からの重鎖可変領域および軽鎖可変領域配列は、原核および真核発現系を含む任意の数の発現系を使用して発現させることができる。一部の実施形態では、発現系は、哺乳動物細胞発現、例えばハイブリドーマ、またはＣＨＯもしくはＨＥＫ２９３細胞発現系である。多くのそのような系は、商業的供給業者から広く入手可能である。細胞発現系もまた当技術分野に記載されている。例えば、Kunert and Reinhart, 2016, “Advances in recombinant antibody manufacturing” Appl Microbiol Biotechnol. 100:3451-61、Jager et al., BMC Proc., 2015, 9:P40, doi:10.1186/1753-6561-9-S9-P40、およびそれらに引用されている参考文献を参照のこと。一部の実施形態では、重鎖および軽鎖は、例えばジシストロニック発現ユニットにおいて、または異なるプロモーターの制御下において単一ベクターを使用して発現させる。他の実施形態では、重鎖および軽鎖は、別個のベクターを使用して発現させる。一部の実施形態では、本明細書に開示される重鎖可変領域配列および／または軽鎖可変領域配列を発現させるための発現ベクターは、所望の重鎖アイソタイプまたは軽鎖サブクラスの定常領域を含むベクターである。例えば、本明細書に開示される重鎖可変領域配列は、ヒトＩｇＧ（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４）重鎖定常領域を含むベクターにクローニングすることができ、本明細書に開示される軽鎖可変領域配列は、ヒトラムダまたはカッパ軽鎖定常領域を含むベクターにクローニングすることができる。
本明細書に開示される単一Ｂ細胞からの重鎖可変領域配列および軽鎖可変領域配列を含む抗体が発現し精製された後、一部の実施形態では、方法は、抗体がアレルゲンに特異的に結合するか否かを決定することを含む。結合親和性および結合動態を分析するための方法は、当技術分野において公知である。例えば、Ernst et al., Determination of Equilibrium Dissociation Constants, Therapeutic Monoclonal Antibodies (Wiley & Sons ed. 2009)を参照のこと。これらの方法としては、これらに限定されないが、固相結合アッセイ（例えばＥＬＩＳＡアッセイ）、免疫沈降法、表面プラズモン共鳴［ＳＰＲ、例えばＢｉａｃｏｒｅ（商標）（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）］、結合平衡除外法［例えばＫｉｎＥｘＡ（登録商標）］、フローサイトメトリー、蛍光性活性化細胞選別（ＦＡＣＳ：ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ）、バイオレイヤー干渉法［例えばＯｃｔｅｔ（商標）（ＦｏｒｔｅＢｉｏ，Ｉｎｃ．、Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ、ＣＡ）］、およびウェスタンブロット分析が挙げられる。ＳＰＲ技法は、例えばHahnfeld et al. Determination of Kinetic Data Using SPR Biosensors, Molecular Diagnosis of Infectious Diseases (2004)に概説されている。典型的なＳＰＲ実験では、一方の相互作用物質（標的または標的剤）はフローセルにおけるＳＰＲ活性の金被覆ガラススライドに固定化され、他方の相互作用物質を含有する試料は表面を流れるように導入される。所与の波長の光が表面に向けられると、金の光学反射率の変化が結合および結合の動態を示す。一部の実施形態では、結合平衡除外法が親和性を決定するために使用される。この技法は、例えばDarling et al., Assay and Drug Development Technologies Vol. 2, number 6 647-657 (2004)に記載されている。一部の実施形態では、バイオレイヤー干渉法アッセイが親和性を決定するために使用される。この技法は、例えばWilson et al., Biochemistry and Molecular Biology Education, 38:400-407 (2010)、Dysinger et al., J. Immunol. Methods, 379:30-41 (2012)に記載されている。
一部の実施形態では、発現した抗体は、高い親和性によりアレルゲンに特異的に結合する。一部の実施形態では、抗体は、アレルゲンに関して２５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、５ｎＭ未満、１ｎＭ未満、５００ｐＭ未満、２５０ｐＭ未満、１５０ｐＭ未満、１００ｐＭ未満、５０ｐＭ未満、４０ｐＭ未満、３０ｐＭ未満、２０ｐＭ未満、約１０ｐＭ未満、または１ｐＭ未満の結合親和性（ＫＤ）を有する。一部の実施形態では、抗体は、１ｎＭ〜２５０ｎＭの結合親和性（ＫＤ）によりアレルゲンに結合する。
核酸、ベクター、および宿主細胞
一部の実施形態では、本明細書に記載されるアレルゲン特異的モノクローナル抗体は、組換え法を使用して調製される。したがって、一部の態様では、本発明は、本明細書に記載されるアレルゲン特異的モノクローナル抗体のいずれか（例えば本明細書に記載されるＣＤＲのいずれか１つまたは複数）をコードする核酸配列を含む単離された核酸；そのような核酸を含むベクター；ならびに核酸が導入される宿主細胞であって、抗体をコードする核酸を複製するため、および／または抗体を発現させるために使用される宿主細胞を提供する。一部の実施形態では、宿主細胞は真核、例えばヒト細胞、例えばＨＥＫ−２９３である。
一部の実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば単離されたポリヌクレオチド）は、本明細書に記載される（例えば以下の第ＩＶ節に記載される）抗体またはその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、以下の表１に開示される１つまたは複数のアミノ酸配列（例えばＣＤＲ、重鎖可変領域、または軽鎖可変領域）をコードするヌクレオチド配列を含む。
さらなる態様では、本明細書に記載されるアレルゲン特異的モノクローナル抗体を作製する方法が提供される。一部の実施形態では、方法は、本明細書に記載される宿主細胞（例えば本明細書に記載されるポリヌクレオチドまたはベクターを発現する宿主細胞）を抗体の発現に好適な条件下で培養することを含む。一部の実施形態では、抗体はその後、宿主細胞（または宿主細胞培養培地）から除去される。
本開示の抗体またはその断片をコードするポリヌクレオチドを含有する好適なベクターとしては、クローニングベクターおよび発現ベクターが挙げられる。選択されるクローニングベクターは、使用することが意図される宿主細胞に応じて変更してもよいが、有用なクローニングベクターは、全般に自己複製する能力を有し、特定の制限エンドヌクレアーゼのために単一の標的を持ち得る、および／またはベクターを含有するクローンを選択する際に使用することができるマーカーとしての遺伝子を保有し得る。例としては、プラスミドおよび細菌ウイルス、例えば、ｐＵＣ１８、ｐＵＣ１９、Ｂｌｕｅｓｃｒｉｐｔ（例えばｐＢＳ ＳＫ＋）およびその誘導体、ｍｐｌ８、ｍｐｌ９、ｐＢＲ３２２、ｐＭＢ９、ＣｏｌＥ１、ｐＣＲ１、ＲＰ４、ファージＤＮＡ、ならびにｐＳＡ３およびｐＡＴ２８等のシャトルベクターが挙げられる。クローニングベクターは、ＢｉｏＲａｄ、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、およびＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ等の商業的販売業者から入手可能である。
発現ベクターは全般に、本開示の核酸を含有する複製可能なポリヌクレオチドコンストラクトである。発現ベクターは、宿主細胞においてエピソームまたは染色体ＤＮＡの不可欠な部分のいずれかとして複製し得る。好適な発現ベクターとしては、これらに限定されないが、プラスミド、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルスを含むウイルスベクター、および任意の他のベクターが挙げられる。
ＩＶ．アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体
別の態様では、本明細書に開示される方法に従ってヒト試料から生成されるアレルゲン特異的モノクローナル抗体およびその抗原結合部分が提供される。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、上の第ＩＩＩ節に開示された方法に従って生成される抗体である。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、食物アレルゲン、植物アレルゲン、真菌アレルゲン、動物アレルゲン、チリダニアレルゲン、薬物アレルゲン、化粧品アレルゲン、またはラテックスアレルゲンに対するアレルギーを有するヒト対象由来の試料から生成される抗体であり、食物アレルゲン、植物アレルゲン、真菌アレルゲン、動物アレルゲン、チリダニアレルゲン、薬物アレルゲン、化粧品アレルゲン、またはラテックスアレルゲンに特異的に結合する。
一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体は、全長抗体、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆｖ、一本鎖抗体、または一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）抗体である。一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体はＩｇＧ４定常領域を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体は単一特異性抗体である。一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体は多重特異性抗体である。特に、本明細書に記載される抗体は、２種の異なるアレルゲンに結合する二重特異性抗体であり得る。例えば、一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体は、落花生アレルゲンおよび木の実アレルゲンに結合することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体は、落花生アレルゲンおよび乳アレルゲンに結合することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体は、落花生アレルゲンおよび真菌アレルゲンに結合することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体は、木の実アレルゲンおよび乳アレルゲンに結合することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体は、木の実アレルゲンおよび真菌アレルゲンに結合することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体は、乳アレルゲンおよび真菌アレルゲンに結合することができる。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体またはその抗原結合部分は、
（ａ）ヒト対象由来の試料から単一Ｂ細胞を単離する工程であり、対象がアレルゲンに対してアレルギーである、工程、
（ｂ）工程（ａ）の単一Ｂ細胞からｃＤＮＡを生成する工程であり、ｃＤＮＡ配列が、免疫グロブリン重鎖の全部または一部をコードする第１の配列、および免疫グロブリン軽鎖の全部または一部をコードする第２の配列を含む、工程、
（ｃ）工程（ｂ）からのｃＤＮＡの配列を決定する工程、
（ｄ）工程（ｃ）において決定した配列を分析して、ＩｇＥ定常領域またはＩｇＧ４定常領域を含む第１の配列を含む単一Ｂ細胞を同定する工程、
（ｅ）工程（ｄ）の単一Ｂ細胞から、（ｉ）ＩｇＥ定常領域またはＩｇＧ４定常領域を含む免疫グロブリン重鎖における重鎖可変領域配列、および（ｉｉ）同じ単一Ｂ細胞における免疫グロブリン重鎖と共発現する免疫グロブリン軽鎖における軽鎖可変領域配列を同定する工程
を含む方法に従って同定される重鎖可変領域配列および軽鎖可変領域配列を含むアレルゲン特異的抗体である。
一部の実施形態では、重鎖可変領域および軽鎖可変領域は、ＩｇＥ定常領域を含む免疫グロブリンを含むＢ細胞からのものである。一部の実施形態では、重鎖可変領域および軽鎖可変領域は、ＩｇＧ４定常領域を含む免疫グロブリンを含むＢ細胞からのものである。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体またはその抗原結合部分は、
（ａ）アレルゲンに対してアレルギーであるヒト対象由来のＩｇＥまたはＩｇＧ４産生単一Ｂ細胞からの免疫グロブリン重鎖に由来する重鎖可変領域配列、
（ｂ）重鎖ＩｇＧ定常領域配列、
（ｃ）ヒト対象由来のＩｇＥまたはＩｇＧ４産生単一Ｂ細胞からの免疫グロブリン軽鎖に由来する軽鎖可変領域配列、
（ｄ）（ｃ）の免疫グロブリン軽鎖と同じクラスの軽鎖定常領域配列
を含むアレルゲン特異的抗体である。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、ＩｇＥ産生ヒトＢ細胞に由来する重鎖可変領域配列および軽鎖可変領域配列を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、ＩｇＧ４産生ヒトＢ細胞に由来する重鎖可変領域配列および軽鎖可変領域配列を含む。
アレルゲン特異的モノクローナル抗体の特徴
一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、食物アレルゲン、植物アレルゲン、真菌アレルゲン、動物アレルゲン、チリダニアレルゲン、薬物アレルゲン、化粧品アレルゲン、またはラテックスアレルゲンに特異的に結合する抗体である。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、食物アレルゲン、例えば、乳アレルゲン、卵アレルゲン、ナッツアレルゲン、魚アレルゲン、甲殻類アレルゲン、ダイズアレルゲン、豆類アレルゲン、種子アレルゲン、またはコムギアレルゲンに特異的に結合する抗体である。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、落花生アレルゲンに特異的に結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、乳アレルゲンに特異的に結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、卵アレルゲンに特異的に結合する。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、５ｎＭ未満、１ｎＭ未満、５００ｐＭ未満、２５０ｐＭ未満、１５０ｐＭ未満、１００ｐＭ未満、５０ｐＭ未満、４０ｐＭ未満、３０ｐＭ未満、２０ｐＭ未満、約１０ｐＭ未満、または１ｐＭ未満の結合親和性（ＫＤ）によりアレルゲン（例えば、食物アレルゲン、植物アレルゲン、真菌アレルゲン、動物アレルゲン、チリダニアレルゲン、薬物アレルゲン、化粧品アレルゲン、またはラテックスアレルゲン）に特異的に結合する。一部の実施形態では、抗体は、１ｎＭ〜２５０ｎＭの結合親和性（ＫＤ）によりアレルゲンに結合する。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、少なくとも２種の異なる抗原（例えばアレルゲン）、例えば、少なくとも２種の食物アレルゲン、少なくとも２種の植物アレルゲン、少なくとも２種の真菌アレルゲン、少なくとも２種の動物アレルゲン、少なくとも２種のチリダニアレルゲン、少なくとも２種の薬物アレルゲン、少なくとも２種の化粧品アレルゲン、または少なくとも２種のラテックスアレルゲンと交差反応性を呈する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、少なくとも２種の乳アレルゲン、少なくとも２種の卵アレルゲン、少なくとも２種のナッツアレルゲン、少なくとも２種の魚アレルゲン、少なくとも２種の甲殻類アレルゲン、少なくとも２種のダイズアレルゲン、少なくとも２種の豆類アレルゲン、少なくとも２種の種子アレルゲン、または少なくとも２種のコムギアレルゲンと交差反応性を呈する。多くの異なるアレルゲン、例えば多くの植物性食物アレルゲンが少数のタンパク質ファミリーに大別され得ることは当業者によって理解されるだろう。例えば、全ての植物性食物アレルゲンの半分超は、以下の４つの構造タンパク質ファミリー：プロラミンスーパーファミリー、クピン（ｃｕｐｉｎ）スーパーファミリー、プロフィリン、およびＢｅｔ ｖ−１関連タンパク質のうちの１つに類別することができる。特定の種類のアレルゲン（例えば「落花生」アレルゲン）に関して、アレルゲンとなるペプチドまたはタンパク質が２種以上存在し得ることもまた当業者によって理解されるだろう。非限定的な例として、１２種の既知の落花生アレルゲンが存在する。Mueller et al., Curr Allergy Asthma Rep, 2014, 14:429を参照のこと。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、異なる種類またはクラスの抗原である２種以上の異なる抗原と交差反応性を呈する。非限定的な例として、一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、落花生アレルゲンである抗原およびナッツ（例えば木の実）アレルゲンである抗原と交差反応性を呈する。
モノクローナル抗体が少なくとも２種の異なる抗原（例えばアレルゲン）と交差反応性を呈する実施形態において、一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、５ｎＭ未満、１ｎＭ未満、５００ｐＭ未満、２５０ｐＭ未満、１５０ｐＭ未満、１００ｐＭ未満、５０ｐＭ未満、４０ｐＭ未満、３０ｐＭ未満、２０ｐＭ未満、約１０ｐＭ未満、または１ｐＭ未満のＫＤにより少なくとも１種のアレルゲンに特異的に結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、５ｎＭ未満、１ｎＭ未満、５００ｐＭ未満、２５０ｐＭ未満、１５０ｐＭ未満、１００ｐＭ未満、５０ｐＭ未満、４０ｐＭ未満、３０ｐＭ未満、２０ｐＭ未満、約１０ｐＭ未満、または１ｐＭ未満のＫＤにより第１の抗原（例えば第１のアレルゲン）に特異的に結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、または１ｎＭ未満のＫＤにより第２の抗原（例えば第２のアレルゲン）に特異的に結合する。
可変領域における操作された変異
一部の実施形態では、モノクローナル抗体の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域は、アレルゲンに対するアレルギーを有するヒト対象由来のＩｇＥ産生またはＩｇＧ４産生単一Ｂ細胞によってコードされる重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域に対して同一な配列を有する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域は、１つまたは複数の改変、例えばアミノ酸置換、欠失、または挿入を含む。
以下の実施例の節に記載されるように、本明細書に記載される抗体（例えば落花生アレルゲン特異的モノクローナル抗体、例えばクローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｅ１０、クローンＰＡ１２Ｐ３Ｆ１０、クローンＰＡ１３Ｐ３Ｇ０９、クローンＰＡ１２Ｐ３Ｄ０８、クローンＰＡ１２Ｐ１Ｃ０７、クローンＰＡ１５Ｐ１Ｄ１２、クローンＰＡ１５Ｐ１Ｄ０５、またはクローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８変異体）の重鎖可変領域配列および／または軽鎖可変領域配列は、重鎖可変領域配列および／または軽鎖可変領域配列に１つまたは複数の変異を含めるように操作することができる。一部の実施形態では、操作された変異は、アレルゲンに関する抗体の結合親和性を向上させる。一部の実施形態では、操作された変異は、第２のアレルゲンに関する抗体の交差反応性を向上させる。
一部の実施形態では、操作された変異は、１つまたは複数のＣＤＲにおける変異、例えば本明細書に記載される重鎖ＣＤＲおよび／または軽鎖ＣＤＲにおけるアミノ酸置換である。一部の実施形態では、操作された変異は、１つまたは複数のフレームワーク領域における変異、例えば重鎖フレームワーク領域および／または軽鎖フレームワーク領域におけるアミノ酸置換である。一部の実施形態では、操作された変異は、重鎖および／または軽鎖配列の領域の、推測ナイーブ配列への復帰である。推測ナイーブ免疫グロブリン配列を決定するための方法は、当技術分野に記載されている。例えば、Magnani et al., PLoS Negl Trop Dis, 2017, 11:e0005655, doi:10.1371/ journal.pntd.0005655を参照のこと。
一部の実施形態では、親和性成熟は、アレルゲンに関する抗体の結合親和性を増強させるか、または第２のアレルゲンに関する抗体の交差反応性を増強させるさらなる突然変異を操作するために使用される。親和性成熟を実施するための方法は、当技術分野において公知である。例えば、Renaut et al., Methods Mol Biol, 2012, 907:451-461を参照のこと。
定常領域およびアイソタイプスイッチ
一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、ＩｇＥ産生ヒトＢ細胞またはＩｇＧ４産生ヒトＢ細胞に由来する重鎖可変領域配列および軽鎖可変領域配列を含み、カッパまたはラムダ軽鎖定常領域をさらに含む。一部の実施形態では、軽鎖定常領域（カッパまたはラムダ）は、ＩｇＥ産生ヒトＢ細胞またはＩｇＧ４産生ヒトＢ細胞に由来した軽鎖可変領域と同じ種類の軽鎖（すなわちカッパまたはラムダ）からのものであり、非限定的な例として、ＩｇＥ産生ヒトＢ細胞がカッパ軽鎖を含む場合、産生されるモノクローナル抗体は、ＩｇＥ産生Ｂ細胞からの軽鎖可変領域を含み、カッパ軽鎖定常領域をさらに含む。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、ＩｇＥ産生ヒトＢ細胞またはＩｇＧ４産生ヒトＢ細胞に由来する重鎖可変領域配列および軽鎖可変領域配列を含み、ＩｇＧアイソタイプ（例えばＩｇＧ４）、ＩｇＡアイソタイプ（例えばＩｇＡ１）、ＩｇＭアイソタイプ、ＩｇＤアイソタイプを有するか、またはＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、もしくはＩｇＤアイソタイプに由来する（例えば改変ＩｇＧ４定常領域である）重鎖定常領域をさらに含む。異なる重鎖アイソタイプ（ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭ）が、重鎖定常領域によって媒介される異なるエフェクター機能を有すること、ならびにある特定の使用に関して、特定のアイソタイプ（例えばＩｇＧ）のエフェクター機能を有する抗体を有することが望ましい場合があることは、当業者によって理解されるだろう。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、未改変（すなわち野生型）ヒトＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、またはＩｇＤ定常領域を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、未改変ヒトＩｇＧ１定常領域、未改変ヒトＩｇＧ２定常領域、未改変ヒトＩｇＧ３定常領域、未改変ヒトＩｇＧ４定常領域、未改変ヒトＩｇＡ１定常領域、未改変ヒトＩｇＡ２定常領域、未改変ヒトＩｇＭ定常領域、または未改変ヒトＩｇＤ定常領域を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、１つまたは複数の改変を含む重鎖定常領域を含む。アミノ酸置換等の改変がエフェクター機能を調節する重鎖定常領域内の１つまたは複数の残基において行われ得ることは当業者によって理解されるだろう。一部の実施形態では、改変はエフェクター機能を低下させる、例えば、エフェクター機能を媒介するエフェクター細胞に発現したＦｃ受容体に結合する際にある特定の生物学的機能を誘導する能力の低下を結果的にもたらす。一部の実施形態では、改変（例えばアミノ酸置換）は、望ましくない効果を導入して抗体の治療有効性を低下させるおそれがあるインビボにおけるＦａｂアーム交換を防止する。例えば、Silva et al., J Biol Chem, 2015, 280:5462-5469を参照のこと。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、未改変（すなわち野生型）ヒトＩｇＭ定常領域、ヒトＩｇＤ定常領域、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、もしくはＩｇＧ４に由来するヒトＩｇＧ定常領域、またはＩｇＡ１もしくはＩｇＡ２に由来するヒトＩｇＡ定常領域を含み、エフェクター機能を調節する１つまたは複数の改変を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、ヒトＩｇＭ定常領域、ヒトＩｇＤ定常領域、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、もしくはＩｇＧ４に由来するヒトＩｇＧ定常領域、またはＩｇＡ１もしくはＩｇＡ２に由来するヒトＩｇＡ定常領域を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、未改変（すなわち野生型）ヒトＩｇＭ定常領域、ヒトＩｇＤ定常領域、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、もしくはＩｇＧ４に由来するヒトＩｇＧ定常領域、またはＩｇＡ１もしくはＩｇＡ２に由来するヒトＩｇＡ定常領域を含み、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０以上の改変（例えばアミノ酸置換）を含む。一部の実施形態では、定常領域は、エフェクター機能を低下させる変異（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０以上のアミノ酸置換）を含む。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、本明細書に記載される（例えば以下の表１に開示される）、ＩｇＥまたはＩｇＧ４ Ｂ細胞由来の抗体からのＣＤＲ配列、重鎖可変領域、および／または軽鎖可変領域を含み、ＣＤＲ配列および／または可変領域配列が由来するＩｇＥまたはＩｇＧ４ Ｂ細胞からの抗体に対して異種である重鎖定常領域および／または軽鎖定常領域をさらに含む。例えば、一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、ＩｇＥ Ｂ細胞からの抗体のＣＤＲ配列および／または可変領域配列を含み、ＩｇＥ Ｂ細胞からの抗体に対して異種である重鎖定常領域および軽鎖定常領域をさらに含む［例えば、重鎖定常領域および／もしくは軽鎖定常領域は、野生型もしくは改変ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、もしくはＩｇＧ４定常領域であるか、または重鎖定常領域および／もしくは軽鎖定常領域は、ＩｇＥ Ｂ細胞からの抗体の未改変定常領域と比べて１つもしくは複数の改変（例えばアミノ酸置換）を含む］。
落花生および／または木の実アレルゲンに特異的に結合する抗体
一部の実施形態では、本明細書に開示されるモノクローナル抗体またはその抗原結合部分は、落花生アレルゲンおよび／または木の実アレルゲンに特異的に結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、落花生アレルゲンに特異的に結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、Ａｒａ ｈ１、Ａｒａ ｈ２、Ａｒａ ｈ３、またはＡｒａ ｈ６である落花生アレルゲンに特異的に結合する。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、少なくとも２種の落花生アレルゲンと交差反応性を呈する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、落花生アレルゲンＡｒａ ｈ１、Ａｒａ ｈ２、Ａｒａ ｈ３、およびＡｒａ ｈ６のうちの２種以上と交差反応性を呈する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、５ｎＭ未満、１ｎＭ未満、５００ｐＭ未満、２５０ｐＭ未満、１５０ｐＭ未満、１００ｐＭ未満、５０ｐＭ未満、４０ｐＭ未満、３０ｐＭ未満、２０ｐＭ未満、約１０ｐＭ未満、または１ｐＭ未満のＫＤにより上記落花生アレルゲンのうちの少なくとも１種に特異的に結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、１００ｎＭ未満（例えば、５０ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、５ｎＭ未満、または１ｎＭ未満）のＫＤにより第１の落花生アレルゲンに特異的に結合し、１μＭ未満（例えば、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、または１ｎＭ未満）のＫＤにより第２の落花生アレルゲンに特異的に結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、１００ｎＭ未満（例えば、５０ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、５ｎＭ未満、または１ｎＭ未満）のＫＤによりＡｒａ ｈ２に特異的に結合し、１μＭ未満（例えば、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、または１ｎＭ未満）のＫＤによりＡｒａ ｈ１、Ａｒａ ｈ３、またはＡｒａ ｈ６に特異的に結合する。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、アミノ酸モチーフＤＰＹＳＰＳ（配列番号７０４）を含むかまたはからなるエピトープを認識する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、アミノ酸配列ＤＳＹＧＲＤＰＹＳＰＳ（配列番号７０５）、ＹＳＰＳＱＤＰＹＳＰＳ（配列番号７０６）、またはＰＤＲＲＤＰＹＳＰＳ（配列番号７０７）含むかまたはからなるエピトープを認識する。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体またはその抗原結合部分は、木の実アレルゲンに特異的に結合する。一部の実施形態では、木の実アレルゲンは、カシュー、ピスタチオ、アーモンド、松の実、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、またはマカダミアナッツアレルゲンである。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、少なくとも２種の木の実アレルゲンと交差反応性を呈する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、カシューアレルゲンおよびピスタチオアレルゲンの両方と交差反応性を呈する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、ペカンアレルゲンおよびクルミアレルゲンの両方と交差反応性を呈する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、およびマカダミアナッツアレルゲンのうちの２種以上と交差反応性を呈する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、５ｎＭ未満、１ｎＭ未満、５００ｐＭ未満、２５０ｐＭ未満、１５０ｐＭ未満、１００ｐＭ未満、５０ｐＭ未満、４０ｐＭ未満、３０ｐＭ未満、２０ｐＭ未満、約１０ｐＭ未満、または１ｐＭ未満のＫＤにより上記木の実アレルゲンのうちの少なくとも１種に特異的に結合する。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体またはその抗原結合部分は、落花生アレルゲンおよび木の実アレルゲンに特異的に結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、落花生アレルゲン、およびカシュー、ピスタチオ、アーモンド、松の実、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、またはマカダミアナッツアレルゲンのうちの１種または複数種（例えば、１、２、３、または４種以上）に特異的に結合する。
落花生特異的抗体配列
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合する（例えば、Ａｒａ ｈ１、Ａｒａ ｈ２、Ａｒａ ｈ３、またはＡｒａ ｈ６に特異的に結合する）モノクローナル抗体は、以下の表１に開示される重鎖ＣＤＲおよび／または軽鎖ＣＤＲを含む。一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、以下の表１に開示される軽鎖可変領域配列および／または重鎖可変領域配列を含む。一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、表１に開示される重鎖可変領域配列に対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有し、その重鎖可変領域配列のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに表１に開示される軽鎖可変領域配列に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有し、その軽鎖可変領域配列のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合する（例えば、Ａｒａ ｈ１、Ａｒａ ｈ２、Ａｒａ ｈ３、またはＡｒａ ｈ６に特異的に結合する）モノクローナル抗体は、本明細書に記載される以下の抗体：クローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｅ１０、クローンＰＡ１２Ｐ３Ｆ１０、クローンＰＡ１３Ｐ３Ｇ０９、クローンＰＡ１２Ｐ３Ｄ０８、クローンＰＡ１２Ｐ１Ｃ０７、クローンＰＡ１５Ｐ１Ｄ１２、クローンＰＡ１５Ｐ１Ｄ０５、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８の変異体（例えば、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８のＲ−Ｒ変異体、Ｒ−Ｎ変異体、Ｎ−Ｒ変異体、ｒＣＤＲ１−Ｎ変異体、ｒＣＤＲ２−Ｎ変異体、ｒＣＤＲ３−Ｎ変異体、もしくはｒＦＷＲ−Ｎ変異体）、クローンＰＡ１２Ｐ４Ｄ０２、クローンＰＡ１２Ｐ３Ｅ０９、クローンＰＡ１２Ｐ３Ｅ１１、クローンＰＡ１２Ｐ１Ｄ０２、クローンＰＡ１２Ｐ１Ｇ１１、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０３、クローンＰＡ１２Ｐ３Ｃ０１、またはクローンＰＡ１２Ｐ３Ｅ０４のいずれかに由来する、軽鎖配列もしくはその部分および／または重鎖配列もしくはその部分を含む。クローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｅ１０、クローンＰＡ１２Ｐ３Ｆ１０、クローンＰＡ１３Ｐ３Ｇ０９、クローンＰＡ１２Ｐ３Ｄ０８、クローンＰＡ１２Ｐ１Ｃ０７、クローンＰＡ１５Ｐ１Ｄ１２、クローンＰＡ１５Ｐ１Ｄ０５、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８変異体、クローンＰＡ１２Ｐ４Ｄ０２、クローンＰＡ１２Ｐ３Ｅ０９、クローンＰＡ１２Ｐ３Ｅ１１、クローンＰＡ１２Ｐ１Ｄ０２、クローンＰＡ１２Ｐ１Ｇ１１、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０３、クローンＰＡ１２Ｐ３Ｃ０１、およびクローンＰＡ１２Ｐ３Ｅ０４のＣＤＲ、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）、および重鎖可変ドメイン（ＶＨ）のアミノ酸配列は、以下の表１に記載されている。
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、
（ａ）配列番号２、１０、１７、２５、３３、４１、４７、５８、１１３、１２９、１９９、３４１、３４８、４０９、４５９、または５９３のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、
（ｂ）配列番号３、１１、１８、２６、３４、４８、５９、１３０、２００、３４２、３４９、４１０、４６０、５３９、または５９４のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、
（ｃ）配列番号４、１２、１９、２７、３５、４２、４９、５５、６０、１３１、２０１、３５０、４１１、４６１、５４０、または５９５のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、
（ｄ）配列番号６、１４、２１、２９、３７、４４、５１、６２、１３３、２０３、３４３、３５２、４１３、４６３、５４２、または５９７のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、
（ｅ）配列番号７、１５、２２、３０、３８、５２、７８、８６、１２６、１４９、１９６、３４５、３５３、または５９８のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および
（ｆ）配列番号８、２３、３１、３９、４５、５３、６３、１３４、２０４、３４６、３５４、４１４、４６４、５４３、または５９９のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３
のうちの１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、または６つ全て）を含む。
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、
（ａ）それぞれ配列番号２、３、４、６、７、および８、または
（ｂ）それぞれ配列番号１０、１１、１２、１４、１５、および８、または
（ｃ）それぞれ配列番号１７、１８、１９、２１、２２、および２３、または
（ｄ）それぞれ配列番号２５、２６、２７、２９、３０、および３１、または
（ｅ）それぞれ配列番号３３、３４、３５、３７、３８、および３９、または
（ｆ）それぞれ配列番号４１、３４、３５、３７、３８、および３９、または
（ｇ）それぞれ配列番号４７、４８、４９、５１、５２、および５３、または
（ｈ）それぞれ配列番号４７、４８、５５、５１、５２、および５３、または
（ｉ）それぞれ配列番号５８、５９、６０、６２、３０、および６３、または
（ｊ）それぞれ配列番号５８、５９、６０、６、７、および８、または
（ｋ）それぞれ配列番号２、３、４、６２、３０、および６３、または
（ｌ）それぞれ配列番号５８、３、４、６、７、および８、または
（ｍ）それぞれ配列番号２、５９、４、６、７、および８、または
（ｎ）それぞれ配列番号２、３、６０、６、７、および８、または
（ｏ）それぞれ配列番号１２９、１３０、１３１、１３３、１２６、および１３４、または
（ｐ）それぞれ配列番号３４１、３４２、３４３、３４５、７８、および３４６、または
（ｑ）それぞれ配列番号３４８、３４９、３５０、３５２、３５３、および３５４、または
（ｒ）それぞれ配列番号１９９、２００、２０１、２０３、１４９、および２０４、または
（ｓ）それぞれ配列番号４０９、４１０、４１１、４１３、８６、および４１４、または
（ｔ）それぞれ配列番号４５９、４６０、４６１、４６３、１９６、および４６４、または
（ｕ）それぞれ配列番号１１３、５３９、５４０、５４２、１９６、および５４３、または
（ｖ）それぞれ配列番号５９３、５９４、５９５、５９７、５９８、および５９９
のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む。
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号１、９、１６、２４、３２、４０、４６、５４、５７、６４、６５、６６、６７、１２８、３４０、３４７、４０６、４０８、４５８、５３８、または５９２のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号５、１３、２０、２８、３６、４３、５０、５６、６１、１３２、３４４、３５１、４０７、４１２、４６２、５４１、または５９６のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号１、９、１６、２４、３２、４０、４６、５４、５７、６４、６５、６６、６７、１２８、３４０、３４７、４０６、４０８、４５８、５３８、または５９２のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５、１３、２０、２８、３６、４３、５０、５６、６１、１３２、３４４、３５１、４０７、４１２、４６２、５４１、または５９６のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号１、９、１６、２４、３２、４０、４６、５４、５７、６４、６５、６６、６７、１２８、３４０、３４７、４０６、４０８、４５８、５３８、または５９２のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、その配列番号のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号５、１３、２０、２８、３６、４３、５０、５６、６１、１３２、３４４、３５１、４０７、４１２、４６２、５４１、または５９６のいずれか１つに対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、その配列番号のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、
（ａ）配列番号１、９、１６、２４、３２、４０、４６、５４、５７、６４、６５、６６、６７、１２８、３４０、３４７、４０６、４０８、４５８、５３８、または５９２のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、その配列番号のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号５、１３、２０、２８、３６、４３、５０、５６、６１、１３２、３４４、３５１、４０７、４１２、４６２、５４１、または５９６のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、その配列番号のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
クローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号３のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号４のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号７のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号８のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号１に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号２、３、および４のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号５に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号６、７、および８のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号１に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号１のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号２、３、４、６、７、および８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号１のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１３Ｐ１Ｅ１０
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号１１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号１２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号８のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号９に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号１０、１１、および１２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号１３に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号１４、１５、および８のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号９に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号１３に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号１３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号１０、１１、１２、１４、１５、および８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号１３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１２Ｐ３Ｆ１０
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号１７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号１８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号２１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２２のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号２３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号１６に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号１７、１８、および１９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号２０に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号２１、２２、および２３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号１６に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号２０に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号１６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号２０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号１７、１８、１９、２１、２２、および２３のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号１６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号２０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１３Ｐ３Ｇ０９
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号２５のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号２６のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号２７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号２９のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号３０のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号３１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号２４に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号２５、２６、および２７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号２８に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号２９、３０、および３１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号２４に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号２８に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号２４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号２８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号２５、２６、２７、２９、３０、および３１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号２４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号２８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１２Ｐ３Ｄ０８
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号３３のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号３４のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号３５のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号３７のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号３８のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号３９のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号３２に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号３３、３４、および３５のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号３６に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号３７、３８、および３９のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号３２に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号３６に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号３２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号３６のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号３３、３４、３５、３７、３８、および３９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号３２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号３６のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１２Ｐ１Ｃ０７
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号４１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号３４のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号４２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号４４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号３０のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号４５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号４０に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号４１、３４、および４２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号４３に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号４４、３０、および４５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号４０に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号４３に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号４０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号４３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号４１、３４、４２、４４、３０、および４５のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号４０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号４３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１５Ｐ１Ｄ１２
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号４７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号４８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号４９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号５１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５２のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号５３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号４６に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号４７、４８、および４９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号５０に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号５１、５２、および５３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号４６に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５０に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号４６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号４１、３４、４２、４４、３０、および４５のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号４６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１５Ｐ１Ｄ０５
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号４７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号４８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号５５のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号５１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５２のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号５３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号５４に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号４７、４８、および５５のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号５６に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号５１、５２、および５３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号５４に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５６に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号５４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５６のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号４７、４８、５５、５１、５２、および５３のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号５４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５６のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
変異体配列
一部の実施形態では、アレルゲン特異的モノクローナル抗体は、本明細書に開示される１つまたは複数のＣＤＲ、重鎖、および／または軽鎖配列において１つまたは複数の変異（例えばアミノ酸置換）（例えば、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｅ１０、クローンＰＡ１２Ｐ３Ｆ１０、クローンＰＡ１３Ｐ３Ｇ０９、クローンＰＡ１２Ｐ３Ｄ０８、クローンＰＡ１２Ｐ１Ｃ０７、クローンＰＡ１５Ｐ１Ｄ１２、クローンＰＡ１５Ｐ１Ｄ０５の１つまたは複数のＣＤＲ、重鎖、および／または軽鎖配列において１つまたは複数の突然変異）を含む。一部の実施形態では、１つまたは複数の置換は、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８のＣＤＲ、重鎖、または軽鎖配列において行われる。以下の実施例の節に記載されるように、変異体はクローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８から作製され、ここで重鎖および／または軽鎖における１つまたは複数の領域は推測ナイーブ再構成に復帰させた。ナイーブ軽鎖または重鎖配列を含む抗体配列が落花生アレルゲンＡｒａ ｈ２に結合することができることが見出された。また、驚くべきことに、復帰ＣＤＲ−Ｈ２配列を含むクローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８の変異体が、Ａｒａ ｈ２落花生アレルゲンに関するナノモル以下の親和性を有することに加えて、第２の落花生アレルゲン（Ａｒａ ｈ３）に対して有意に向上した交差反応性を呈することも見出された。したがって、一部の実施形態では、突然変異は、クローンの「未改変」形態からの配列の少なくとも一部分（すなわち、表１に開示されるクローンのＣＤＲ、重鎖可変領域、または軽鎖可変領域配列）を推測ナイーブ免疫グロブリン配列に復帰させるアミノ酸置換である。
一部の実施形態では、アレルゲン特異的モノクローナル抗体は、本明細書に開示されるクローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８変異体の１つまたは複数の変異体配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８の重鎖可変領域および軽鎖可変領域の両方が推測ナイーブ再構成に戻されている、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８変異体「Ｒ−Ｒ」の配列のうちの１つを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号５７を含む復帰重鎖可変領域配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号６１を含む復帰軽鎖可変領域配列を含む。
一部の実施形態では、抗体は、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８の重鎖可変領域が推測ナイーブ再構成に戻されており、軽鎖可変領域がクローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８の未改変配列（すなわち配列番号５）を保持している、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８変異体「Ｒ−Ｎ」の配列のうちの１つを含む。一部の実施形態では、抗体は、重鎖可変領域がクローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８の未改変配列（すなわち配列番号１）を保持しており、軽鎖可変領域がクローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８の推測ナイーブ再構成に戻されている、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８変異体「Ｎ−Ｒ」の配列のうちの１つを含む。
一部の実施形態では、抗体は、１つまたは複数の復帰ＣＤＲ配列、例えば１つもしくは複数の復帰重鎖ＣＤＲ配列、および／または１つもしくは複数の復帰軽鎖ＣＤＲ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号５８を含む復帰ＣＤＲ−Ｈ１、配列番号５９を含む復帰ＣＤＲ−Ｈ２、または配列番号６０を含む復帰ＣＤＲ−Ｈ３のうちの１つまたは複数を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号６２を含む復帰ＣＤＲ−Ｌ１、配列番号３０を含む復帰ＣＤＲ−Ｌ２、または配列番号６３を含む復帰ＣＤＲ−Ｌ３のうちの１つまたは複数を含む。一部の実施形態では、抗体は、１つまたは複数の復帰フレームワーク領域、例えば配列番号６７の、復帰フレームワーク領域を含む重鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号２または配列番号５８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号３または配列番号５９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号４または配列番号６０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号６または配列番号６２のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号７または配列番号３０のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号８または配列番号６３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号１、配列番号５７、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、または配列番号６７に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５または配列番号６１に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号５７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号６１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号５７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号１のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号６１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号６４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号６５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号６６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号６７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号６５に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号２、５９、および４のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号５に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号６、７、および８のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
木の実特異的抗体配列
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合する（例えば、カシュー、ピスタチオ、アーモンド、松の実、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、またはマカダミアナッツアレルゲンに特異的に結合する）モノクローナル抗体は、以下の表１に開示される重鎖ＣＤＲおよび／または軽鎖ＣＤＲを含む。一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、以下の表１に開示される軽鎖可変領域配列および／または重鎖可変領域配列を含む。一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、表１に開示される重鎖可変領域配列に対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有し、その重鎖可変領域配列のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに表１に開示される軽鎖可変領域配列に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有し、その軽鎖可変領域配列のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、本明細書に記載される以下の抗体：クローンＰＡ１４Ｐ３Ｈ０８、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｄ１１、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｇ１０、クローンＰＡ１２Ｐ４Ｄ０２、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｄ１２、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｆ０３、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｃ０４、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｇ０４、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｅ０１、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｃ１１、またはクローンＰＡ１１Ｐ１Ｃ０３のいずれかに由来する、軽鎖配列もしくはその部分および／または重鎖配列もしくはその部分を含む。クローンＰＡ１４Ｐ３Ｈ０８、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｄ１１、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｇ１０、クローンＰＡ１２Ｐ４Ｄ０２、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｄ１２、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｆ０３、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｃ０４、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｇ０４、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｅ０１、クローンＰＡ１１Ｐ１Ｃ１１、およびクローンＰＡ１１Ｐ１Ｃ０３のＣＤＲ、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）、および重鎖可変ドメイン（ＶＨ）のアミノ酸配列は、以下の表１に記載されている。
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、
（ａ）配列番号１１３、１６７、１７５、２２７、３１１、３１８、４３８、４６６、６２１、６６５、または６９２のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、
（ｂ）配列番号１６８、１７６、２００、３１２、３１９、４３９、５３９、６６６、または６９３のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、
（ｃ）配列番号１６９、１７７、２２８、３１３、３２０、４４０、４６７、５４０、６６７、または６９４のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、
（ｄ）配列番号１７１、１７９、２３０、３１５、３２２、４４２、４６９、５４２、６２３、６６９、または６９６のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、
（ｅ）配列番号３０、９４、１４９、１７２、１８０、１９６、３２３、または６７０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および
（ｆ）配列番号１７３、１８１、２３１、３１６、３２４、４４３、４７０、５４３、６２４、６７１、または６９７のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３
のうちの１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、または６つ全て）を含む。
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号１６６、１７４、２２６、３１０、３１７、４３７、４６５、５３８、６２０、６６４、もしくは６９１のいずれか１つの配列を含むか、またはそれに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号１７０、１７８、２２９、３１４、３２１、４４１、４６８、５４１、６２２、６６８、もしくは６９５のいずれか１つの配列を含むか、またはそれに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号１６６、１７４、２２６、３１０、３１７、４３７、４６５、５３８、６２０、６６４、もしくは６９１のいずれか１つの配列を含むか、またはそれに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号１７０、１７８、２２９、３１４、３２１、４４１、４６８、５４１、６２２、６６８、もしくは６９５のいずれか１つの配列を含むか、またはそれに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、
（ａ）配列番号１６６、１７４、２２６、３１０、３１７、４３７、４６５、５３８、６２０、６６４、または６９１のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、その配列番号のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号１７０、１７８、２２９、３１４、３２１、４４１、４６８、５４１、６２２、６６８、または６９５のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、その配列番号のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、および／またはマカダミアナッツアレルゲンに特異的に結合し、
（ａ）配列番号１１３、２２７、３１１、３１８、６６５、または６９２のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、
（ｂ）配列番号２００、３１２、３１９、５３９、６６６、または６９３のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、
（ｃ）配列番号２２８、３１３、３２０、５４０、６６７、または６９４のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、
（ｄ）配列番号２３０、３１５、３２２、５４２、６６９、または６９６のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、
（ｅ）配列番号９４、１４９、１９６、３２３、または６７０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および
（ｆ）配列番号２３１、３１６、３２４、５４３、６７１、または６９７のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３
のうちの１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、または６つ全て）を含む。
一部の実施形態では、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、および／またはマカダミアナッツアレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号２２６、３１０、３１７、５３８、６６４、もしくは６９１のいずれか１つの配列を含むか、またはそれに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、および／またはマカダミアナッツアレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号２２９、３１４、３２１、５４１、６６８、もしくは６９５のいずれか１つの配列を含むか、またはそれに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、および／またはマカダミアナッツアレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号２２６、３１０、３１７、４３７、５３８、６６４、もしくは６９１のいずれか１つの配列を含むか、またはそれに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号２２９、３１４、３２１、５４１、６６８、もしくは６９５のいずれか１つの配列を含むか、またはそれに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、カシューおよび／またはピスタチオアレルゲンに特異的に結合し、
（ａ）配列番号１６７、１７５、２２７、４３８、４６６、または６２１のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、
（ｂ）配列番号１６８、１７６、２００、または４３９のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、
（ｃ）配列番号１６９、１７７、４４０、または４６７のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、
（ｄ）配列番号１７１、１７９、４４２、４６９、または６２３のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、
（ｅ）配列番号３０、１４９、１７２、または１８０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および
（ｆ）配列番号１７３、１８１、４４３、４７０、または６２４のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３
のうちの１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、または６つ全て）を含む。
一部の実施形態では、カシューおよび／またはピスタチオアレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号１６６、１７４、４３７、４６５、もしくは６２０のいずれか１つの配列を含むか、またはそれに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、カシューおよび／またはピスタチオアレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号１７０、１７８、４４１、４６８、もしくは６２２のいずれか１つの配列を含むか、またはそれに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、カシューおよび／またはピスタチオアレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号１６６、１７４、４３７、４６５、もしくは６２０のいずれか１つの配列を含むか、またはそれに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号１７０、１７８、４４１、４６８、もしくは６２２のいずれか１つの配列を含むか、またはそれに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、
（ａ）それぞれ配列番号６９２、６９３、６９４、６９６、９４、および６９７、または
（ｂ）それぞれ配列番号３１８、３１９、３２０、３２２、３２３、および３２４、または
（ｃ）それぞれ配列番号２２７、２００、２２８、２３０、１４９、および２３１、または
（ｄ）それぞれ配列番号１１３、５３９、５４０、５４２、１９６、および５４３、または
（ｅ）それぞれ配列番号３１１、３１２、３１３、３１５、９４、および３１６、または
（ｆ）それぞれ配列番号６６５、６６６、６６７、６６９、６７０、および６７１、または
（ｇ）それぞれ配列番号４６６、２００、４６７、４６９、１４９、および４７０、または
（ｈ）それぞれ配列番号１６７、１６８、１６９、１７１、１７２、および１７３、または
（ｉ）それぞれ配列番号６２１、１７６、１７７、６２３、１８０、および６２４、または
（ｊ）それぞれ配列番号１７５、１７６、１７７、１７９、１８０、および１８１、または
（ｋ）それぞれ配列番号４３８、４３９、４４０、４４２、３０、および４４３
のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む。
クローンＰＡ１４Ｐ３Ｈ０８
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号６９２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号６９３のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号６９４のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号６９６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号６９７のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は２種以上の木の実アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、および／またはマカダミアナッツアレルゲンに結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号６９１に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号６９２、６９３、および６９４のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号６９５に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号６９６、９４、および６９７のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号６９１に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号６９５に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号６９１のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号６９５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号６９２、６９３、６９４、６９６、９５、および６９７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号６９１のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号６９５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１１Ｐ１Ｄ１１
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号３１８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号３１９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号３２０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号３２２のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号３２３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号３２４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は２種以上の木の実アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、および／またはマカダミアナッツアレルゲンに結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号３１７に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号３１８、３１９、および３２０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号３２１に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号３２２、３２３、および３２４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号３１７に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号３２１に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号３１７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号３２１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号３１８、３１９、３２０、３２２、３２３、および３２４のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号３１７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号３２１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１１Ｐ１Ｇ１０
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号２２７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号２００のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号２３０のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４９のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号２３１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は２種以上の木の実アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、および／またはマカダミアナッツアレルゲンに結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号２２６に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号２２７、２００、および２２８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号２２９に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号２３０、１４９、および２３１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号２２６に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号２２９に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号２２６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号２２９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号２２７、２００、２２８、２３０、１４９、および２３１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号２２６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号２２９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１２Ｐ４Ｄ０２
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号１１３のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号５３９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号５４０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号５４２のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１９６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号５４３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は２種以上の木の実アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、および／またはマカダミアナッツアレルゲンに結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号５３８に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号１１３、５３９、および５４０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号５４１に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号５４２、１９６、および５４３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号５３８に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５４１に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号５３８のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号１１３、５３９、５４０、５４２、１９６、および５４３のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号５３８のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号５４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１１Ｐ１Ｄ１２
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号６９２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号６９３のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号６９４のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号６９６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号６９７のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は２種以上の木の実アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、および／またはマカダミアナッツアレルゲンに結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号３１０に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号３１１、３１２、および３１３のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号３１４に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号３１５、９４、および３１６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号３１０に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号３１４に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号３１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号３１４のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号３１１、３１２、３１３、３１５、９４、および３１６のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号３１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号３１４のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１１Ｐ１Ｆ０３
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号６６５のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号６６６のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号６６７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号６６９のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号６７０のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号６７１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は２種以上の木の実アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、および／またはマカダミアナッツアレルゲンに結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号６６４に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号６６５、６６６、および６６７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号６６８に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号６６９、６７０、および６７１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号６６４に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号６６８に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号６６４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号６６８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号６６５、６６６、６６７、６６９、６７０、および６７１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号６６４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号６６８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１１Ｐ１Ｃ０４
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号４６６のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号２００のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号４６７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号４６９のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４９のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号４７０のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は２種以上の木の実アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、カシューおよび／またはピスタチオアレルゲンに結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号４６５に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号４６６、２００、および４６７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号４６８に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号４６９、１４９、および４７０のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号４６５に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号４６８に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号４６５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号４６８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号４６６、２００、４６７、４６９、１４９、および４７０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号４６５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号４６８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１１Ｐ１Ｇ０４
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号１６７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号１６８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１７２のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号１７３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は２種以上の木の実アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、カシューおよび／またはピスタチオアレルゲンに結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号１６６に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号１６７、１６８、および１６９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号１７０に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号１７１、１７２、および１７３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号１６６に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号１７０に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号１６６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号１７０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号１６７、１６８、１６９、１７１、１７２、および１７３のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号１６６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号１７０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１１Ｐ１Ｅ０１
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号６２１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号１７６のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号１７７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号６２３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８０のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号６２４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は２種以上の木の実アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、カシューおよび／またはピスタチオアレルゲンに結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号６２０に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号６２１、１７６、および１７７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号６２２に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号６２３、１８０、および６２４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号６２０に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号６２２に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号６２０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号６２２のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号６２１、１７６、１７７、６２３、１８０、および６２４のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号６２０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号６２２のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１１Ｐ１Ｃ１１
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号１７５のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号１７６のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号１７７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７９のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８０のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号１８１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は２種以上の木の実アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、カシューおよび／またはピスタチオアレルゲンに結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号１７４に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号１７５、１７６、および１７７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号１７８に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号１７９、１８０、および１８１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号１７４に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号１７８に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号１７４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号１７８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号１７５、１７６、１７７、１７９、１８０、および１８１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号１７４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号１７８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ１１Ｐ１Ｃ０３
一部の実施形態では、木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号４３８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号４３９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号４４０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号４４２のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号３０のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号４４３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は２種以上の木の実アレルゲンに結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、カシューおよび／またはピスタチオアレルゲンに結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号４３７に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号４３８、４３９、および４４０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号４４１に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号４４２、３０、および４４３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号４３７に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号４４１に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号４３７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号４４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号４３８、４３９、４４０、４４２、３０、および４４３のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号４３７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号４４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
乳アレルゲンに特異的に結合する抗体
一部の実施形態では、モノクローナル抗体またはその抗原結合部分は、乳アレルゲン（例えば牛乳アレルゲン）に特異的に結合する。一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、以下の表１に開示される重鎖ＣＤＲおよび／または軽鎖ＣＤＲを含む。一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、以下の表１に開示される軽鎖可変領域配列および／または重鎖可変領域配列を含む。一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、表１に開示される重鎖可変領域配列に対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有し、その重鎖可変領域配列のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに表１に開示される軽鎖可変領域配列に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有し、その軽鎖可変領域配列のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、本明細書に記載される以下の抗体：クローンＰＡ０１Ｐ２Ｃ０５、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｂ０３、クローンＰＡ０１Ｐ２Ａ１２、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｃ１２、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｅ１０、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｃ０９、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｄ０６、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｅ０８、クローンＰＡ０１Ｐ２Ａ０５、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｂ０４、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｅ０５、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｄ０４、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｂ１２、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｄ１１、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｂ１０、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｄ１０、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｄ０９、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｂ０５、クローンＰＡ０１Ｐ４Ｃ１１、クローンＰＡ０１Ｐ３Ｅ０８、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｅ０６、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｅ０７、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｇ０７、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｂ０９、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｃ０４、またはクローンＰＡ０１Ｐ２Ｈ０８のいずれかに由来する、軽鎖配列もしくはその部分および／または重鎖配列もしくはその部分を含む。クローンＰＡ０１Ｐ２Ｃ０５、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｂ０３、クローンＰＡ０１Ｐ２Ａ１２、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｃ１２、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｅ１０、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｃ０９、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｄ０６、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｅ０８、クローンＰＡ０１Ｐ２Ａ０５、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｂ０４、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｅ０５、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｄ０４、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｂ１２、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｄ１１、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｂ１０、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｄ１０、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｄ０９、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｂ０５、クローンＰＡ０１Ｐ４Ｃ１１、クローンＰＡ０１Ｐ３Ｅ０８、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｅ０６、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｅ０７、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｇ０７、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｂ０９、クローンＰＡ０１Ｐ２Ｃ０４、およびクローンＰＡ０１Ｐ２Ｈ０８のＣＤＲ、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）、および重鎖可変ドメイン（ＶＨ）のアミノ酸配列は、以下の表１に記載されている。
一部の実施形態では、落花生アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、
（ａ）配列番号１２１、７５０、７５７、７６５、７７２、７７９、７８５、７９３、８００、８０７、８１４、８２１、８３３、８３８、８４６、８５３、８６０、８６８、８７４、８８１、８８９、８９５、９０３、９１１、９１８、または９２６のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、
（ｂ）配列番号３７８、５３２、７５１、７５８、７６６、７７３、７８６、７９４、８０１、８０８、８１５、８２２、８２６、８３９、８４７、８５４、８６１、８７５、８８２、８９０、８９６、９０４、９１２、９１９、または９２７のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、
（ｃ）配列番号７５２、７５９、７６７、７７４、７８０、７８７、７９５、８０２、８０９、８１６、８２７、８４０、８４８、８５５、８６２、８６９、８７６、８８３、８９１、８９７、９０５、９１３、９２０、または９２８のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、
（ｄ）配列番号５２３、７５４、７６１、７６９、７７６、７８２、７８９、７９７、８０４、８１１、８１８、８２９、８３５、８４２、８５０、８５７、８６４、８７１、８７８、８８５、８９９、９０７、９１５、９２２、または９３０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、
（ｅ）配列番号２２、３０、９４、１１０、１４９、１８６、１９６、３８９、４０４、５０９、６６２、６８２、７６２、７９０、８３０、８４３、８６５、８８６、９００、９０８、９２３、または９３１のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および
（ｆ）配列番号７５５、７６３、７７０、７７７、７８３、７９１、７９８、８０５、８１２、８１９、８２４、８３１、８３６、８４４、８５１、８５８、８６６、８７２、８７９、８８７、８９３、９０１、９０９、９１６、９２４、または９３２のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３
のうちの１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、または６つ全て）を含む。
一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、
（ａ）それぞれ配列番号７５０、７５１、７５２、７５４、１９６、および７５５、または
（ｂ）それぞれ配列番号７５７、７５８、７５９、７６１、７６２、および７６３、または
（ｃ）それぞれ配列番号７６５、７６６、７６７、７６９、３０、および７７０、または
（ｄ）それぞれ配列番号７７２、７７３、７７４、７７６、３８９、および７７７、または
（ｅ）それぞれ配列番号７７９、５３２、７８０、７８２、４０４、および７８３、または
（ｆ）それぞれ配列番号７８５、７８６、７８７、７８９、７９０、および７９１、または
（ｇ）それぞれ配列番号７９３、７９４、７９５、７９７、３０、および７９８、または
（ｈ）それぞれ配列番号８００、８０１、８０２、８０４、１１０、および８０５、または
（ｉ）それぞれ配列番号８０７、８０８、８０９、８１１、５０９、および８１２、または
（ｊ）それぞれ配列番号８１４、８１５、８１６、８１８、９４、および８１９、または
（ｋ）それぞれ配列番号８２１、８２２、７８７、７７６、７９０、および８２４、または
（ｌ）それぞれ配列番号１２１、８２６、８２７、８２９、８３０、および８３１、または
（ｍ）それぞれ配列番号８３３、８２６、８２７、８３５、１４９、および８３６、または
（ｎ）それぞれ配列番号８３８、８３９、８４０、８４２、８４３、および８４４、または
（ｏ）それぞれ配列番号８４６、８４７、８４８、８５０、１９６、および８５１、または
（ｐ）それぞれ配列番号８５３、８５４、８５５、８５７、６６２、および８５８、または
（ｑ）それぞれ配列番号８６０、８６１、８６２、８６４、８６５、および８６６、または
（ｒ）それぞれ配列番号８６８、３７８、８６９、８７１、６８２、および８７２、または
（ｓ）それぞれ配列番号８７４、８７５、８７６、８７８、２２、および８７９、または
（ｔ）それぞれ配列番号８８１、８８２、８８３、８８５、８８６、および８８７、または
（ｕ）それぞれ配列番号８８９、８９０、８９１、５２３、７６２、および８９３、または
（ｖ）それぞれ配列番号８９５、８９６、８９７、８９９、９００、および９０１、または
（ｗ）それぞれ配列番号９０３、９０４、９０５、９０７、９０８、および９０９、または
（ｘ）それぞれ配列番号９１１、９１２、９１３、９１５、１４９、および９１６、または
（ｙ）それぞれ配列番号９１８、９１９、９２０、９２２、９２３、および９２４、または
（ｚ）それぞれ配列番号９２６、９２７、９２８、９３０、９３１、および９３２
のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む。
一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号７４９、７５６、７６４、７７１、７７８、７８４、７９２、７９９、８０６、８１３、８２０、８２５、８３２、８３７、８４５、８５２、８５９、８６７、８７３、８８０、８８８、８９４、９０２、９１０、９１７、または９２５のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号７５３、７６０、７６８、７７５、７８１、７８８、７９６、８０３、８１０、８１７、８２３、８２８、８３４、８４１、８４９、８５６、８６３、８７０、８７７、８８４、８９２、８９８、９０６、９１４、９２１、または９２９のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号７４９、７５６、７６４、７７１、７７８、７８４、７９２、７９９、８０６、８１３、８２０、８２５、８３２、８３７、８４５、８５２、８５９、８６７、８７３、８８０、８８８、８９４、９０２、９１０、９１７、または９２５のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７５３、７６０、７６８、７７５、７８１、７８８、７９６、８０３、８１０、８１７、８２３、８２８、８３４、８４１、８４９、８５６、８６３、８７０、８７７、８８４、８９２、８９８、９０６、９１４、９２１、または９２９のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号７４９、７５６、７６４、７７１、７７８、７８４、７９２、７９９、８０６、８１３、８２０、８２５、８３２、８３７、８４５、８５２、８５９、８６７、８７３、８８０、８８８、８９４、９０２、９１０、９１７、または９２５のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、その配列番号のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号７５３、７６０、７６８、７７５、７８１、７８８、７９６、８０３、８１０、８１７、８２３、８２８、８３４、８４１、８４９、８５６、８６３、８７０、８７７、８８４、８９２、８９８、９０６、９１４、９２１、または９２９のいずれか１つに対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、その配列番号のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、
（ａ）配列番号７４９に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号７４９の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７５３に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号７５３の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｂ）配列番号７５６に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号７５６の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７６０に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号７６０の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｃ）配列番号７６４に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号７６４の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７６８に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号７６８の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｄ）配列番号７７１に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号７７１の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７７５に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号７７５の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｅ）配列番号７７８に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号７７８の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７８１に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号７８１の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｆ）配列番号７８４に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号７８４の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７８８に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号７８８の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｇ）配列番号７９２に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号７９２の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７９６に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号７９６の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｈ）配列番号７９９に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号７９９の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８０３に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８０３の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｉ）配列番号８０６に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８０６の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８１０に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８１０の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｊ）配列番号８１３に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８１３の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８１７に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８１７の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｋ）配列番号８２０に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８２０の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８２３に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８２３の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｌ）配列番号８２５に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８２５の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８２８に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８２８の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｍ）配列番号８３２に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８３２の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８３４に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８３４の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｎ）配列番号８３７に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８３７の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８４１に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８４１の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｏ）配列番号８４５に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８４５の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８４９に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８４９の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｐ）配列番号８５２に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８５２の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８５６に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８５６の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｑ）配列番号８５９に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８５９の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８６３に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８６３の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｒ）配列番号８６７に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８６７の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８７０に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８７０の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｓ）配列番号８７３に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８７３の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８７７に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８７７の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｔ）配列番号８８０に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８８０の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８８４に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８８４の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｕ）配列番号８８８に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８８８の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８９２に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８９２の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｖ）配列番号８９４に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８９４の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８９８に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号８９８の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｗ）配列番号９０２に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号９０２の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号９０６に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号９０６の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｘ）配列番号９１０に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号９１０の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号９１４に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号９１４の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｙ）配列番号９１７に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号９１７の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号９２１に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号９２１の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、あるいは
（ｚ）配列番号９２５に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号９２５の配列を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号９２９に対して少なくとも９０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％）の配列同一性を有するか、または配列番号９２９の配列を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
クローンＰＡ０１Ｐ２Ｄ０９
一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号８６０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号８６１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号８６２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号８６４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号８６５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号８６６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号８５９に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号８６０、８６１、および８６２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号８６３に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号８６４、８６５、および８６６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号８５９に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８６３に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号８５９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８６３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号８６０、８６１、８６２、８６４、８６５、および８６６のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号８５９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８６３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ０１Ｐ２Ｄ０４
一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号１２１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号８２６のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号８２７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号８２９のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号８３０のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号８３１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号８２５に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号１２１、８２６、および８２７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号８２８に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号８２９、８３０、および８３１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号８２５に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８２８に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号８２５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８２８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号１２１、８２６、８２７、８２９、８３０、および８３１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号８２５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８２８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ０１Ｐ２Ｂ１２
一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号８３３のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号８２６のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号８２７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号８３５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４９のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号８３６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号８３２に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号８３３、８２６、および８２７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号８３４に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号８３５、１４９、および８３６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号８３２に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８３４に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号８３２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８３４のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号８３３、８２６、８２７、８３５、１４９、および８３６のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号８３２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８３４のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ０１Ｐ２Ｂ０５
一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号８６８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号３７８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号８６９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号８７１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号６８２のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号８７２のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号８６７に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号８６８、３７８、および８６９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号８７０に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号８７１、６８２、および８７２のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号８６７に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８７０に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号８６７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８７０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号８６８、３７８、８６９、８７１、６８２、および８７２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号８６７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８７０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ０１Ｐ２Ｄ１０
一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号８５３のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号８５４のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号８５５のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号８５７のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号６６２のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号８５８のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号８５２に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号８５３、８５４、および８５５のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号８５６に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号８５７、６６２、および８５８のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号８５２に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８５６に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号８５２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８５６のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号８５３、８５４、８５５、８５７、６６２、および８５８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号８５２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８５６のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローンＰＡ０１Ｐ２Ｅ０８
一部の実施形態では、乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号８００のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号８０１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号８０２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号８０４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１１０のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号８０５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号７９９に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号８００、８０１、および８０２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号８０３に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号８０４、１１０、および８０５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号７９９に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８０３に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号７９９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８０３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号８００、８０１、８０２、８０４、１１０、および８０５のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号７９９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号８０３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
真菌アレルゲンに特異的に結合する抗体
一部の実施形態では、モノクローナル抗体またはその抗原結合部分は、真菌アレルゲンに特異的に結合する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、アスペルギルス・フミガーツス、アスペルギルス・ニガー、またはアスペルギルス・ニデュランスアレルゲン（例えば、アスペルギルス・フミガーツス、アスペルギルス・ニガー、またはアスペルギルス・ニデュランスの抽出物）である真菌アレルゲンに特異的に結合する。一部の実施形態では、真菌アレルゲンはアスペルギルス・フミガーツス１（Ａｓｐ ｆ１）、例えば精製組換えアレルゲンであるアスペルギルス・フミガーツス１（ｒＡｓｐ ｆ１）である。
一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、少なくとも２種の真菌アレルゲンと交差反応性を呈する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、２種以上のアスペルギルスアレルゲン（例えばアスペルギルスの２つ以上の種）と交差反応性を呈する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、真菌アレルゲンであるアスペルギルス・フミガーツス、アスペルギルス・ニガー、およびアスペルギルス・ニデュランスのうちの２種以上と交差反応性を呈する。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、５ｎＭ未満、１ｎＭ未満、５００ｐＭ未満、２５０ｐＭ未満、１５０ｐＭ未満、１００ｐＭ未満、５０ｐＭ未満、４０ｐＭ未満、３０ｐＭ未満、２０ｐＭ未満、約１０ｐＭ未満、または１ｐＭ未満のＫＤにより上記真菌アレルゲンのうちの少なくとも１種に特異的に結合する。
抗体配列
一部の実施形態では、真菌アレルゲンに特異的に結合する（例えばアスペルギルスアレルゲンに特異的に結合する）モノクローナル抗体は、以下の表１に開示される重鎖ＣＤＲおよび／または軽鎖ＣＤＲを含む。一部の実施形態では、真菌アレルゲン（ａｌｌｅｒｇｅ）（例えばアスペルギルスアレルゲン）に特異的に結合するモノクローナル抗体は、以下の表１に開示される軽鎖可変領域配列および／または重鎖可変領域配列を含む。一部の実施形態では、真菌アレルゲン（例えばアスペルギルスアレルゲン）に特異的に結合するモノクローナル抗体は、表１に開示される重鎖可変領域配列に対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有し、その重鎖可変領域配列のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに表１に開示される軽鎖可変領域配列に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有し、その軽鎖可変領域配列のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、真菌アレルゲンに特異的に結合する（例えばアスペルギルスアレルゲンに特異的に結合する）モノクローナル抗体は、本明細書に記載される以下の抗体：クローン１００３３２０１０１＿Ｄ６、クローン１００３３２０１０５＿Ｄ６、クローン１００３３２０１０７＿Ｃ５、クローン１００３３２０１０７＿Ｆ３、またはクローン１００３３２０１０７＿Ｆ８のいずれかに由来する、軽鎖配列もしくはその部分および／または重鎖配列もしくはその部分を含む。クローン１００３３２０１０１＿Ｄ６、クローン１００３３２０１０５＿Ｄ６、クローン１００３３２０１０７＿Ｃ５、クローン１００３３２０１０７＿Ｆ３、およびクローン１００３３２０１０７＿Ｆ８のＣＤＲ、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）、および重鎖可変ドメイン（ＶＨ）のアミノ酸配列は、以下の表１に記載されている。
一部の実施形態では、真菌アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、
（ａ）配列番号７１０、７１８、７２６、７３４、または７４２のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、
配列番号７１１、７１９、７２７、７３５、または７４３のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、
配列番号７１２、７２０、７２８、７３６、または７４４のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、
配列番号７１４、７２２、７３０、７３８、または７４６のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号７１５、７２３、７３１、７３９、または７４７のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号７１６、７２４、７３２、７４０、または７４８のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３
のうちの１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、または６つ全て）を含む。
一部の実施形態では、真菌アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、
（ａ）それぞれ配列番号７１０、７１１、７１２、７１４、７１５、および７１６、または
（ｂ）それぞれ配列番号７１８、７１９、７２０、７２２、７２３、および７２４、または
（ｃ）それぞれ配列番号７２６、７２７２、７２８、７３０、７３１、および７３２、または
（ｄ）それぞれ配列番号７３４、７３５、７３６、７３８、７３９、および７４０、または
（ｅ）それぞれ配列番号７４２、７４３、７４４、７４６、７４７、および７４８
のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む。
一部の実施形態では、真菌アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号７０９、７１７、７２５、７３３、または７４１のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、真菌アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号７１３、７２１、７２９、７３７、または７４５のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、真菌アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号７０９、７１７、７２５、７３３、または７４１のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７１３、７２１、７２９、７３７、または７４５のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、真菌アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号７０９、７１７、７２５、７３３、または７４１のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有し、その配列番号のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、真菌アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号７１３、７２１、７２９、７３７、または７４５のいずれか１つに対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有し、その配列番号のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、真菌アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体は、
（ａ）配列番号７０９、７１７、７２５、７３３、または７４１のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有し、その配列番号のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号７１３、７２１、７２９、７３７、または７４５のいずれか１つに対して少なくとも７５％の配列同一性（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有し、その配列番号のＣＤＲに対して同一であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
クローン１００３３２０１０１＿Ｄ６
一部の実施形態では、真菌アレルゲン（例えばアスペルギルスアレルゲン）に特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号７１０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号７１１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号７１２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号７１４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号７１５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号７１６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、抗体は真菌アレルゲンであるアスペルギルス・フミガーツスに特異的に結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号７０９に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号７１０、７１１、および７１２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号７１３に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号７１４、７１５、および７１６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号７０９に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７１３に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号７０９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７１３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号７１０、７１１、７１２、７１４、７１５、および７１６のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号７０９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７１３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローン１００３３２０１０５＿Ｄ６
一部の実施形態では、真菌アレルゲン（例えばアスペルギルスアレルゲン）に特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号７１８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号７１９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号７２０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号７２２のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号７２３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号７２４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、抗体は真菌アレルゲンであるアスペルギルス・フミガーツスに特異的に結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号７１７に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号７１８、７１９、および７２０
のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号７２１に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号７２２、７２３、および７２４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号７１７に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７２１に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号７１７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７２１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号７１８、７１９、７２０、７２２、７２３、および７２４のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号７１７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７２１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローン１００３３２０１０７＿Ｃ５
一部の実施形態では、真菌アレルゲン（例えばアスペルギルスアレルゲン）に特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号７２６のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号７２７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号７２８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号７３０のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号７３１のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号７３２のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、抗体は真菌アレルゲンであるアスペルギルス・フミガーツスに特異的に結合する。一部の実施形態では、抗体は真菌アレルゲンであるアスペルギルス・ニガーに特異的に結合する。一部の実施形態では、抗体は真菌アレルゲンであるアスペルギルス・ニデュランスに特異的に結合する。一部の実施形態では、抗体は組換えアスペルギルス抗原（例えばｒＡｓｐ ｆ１）に特異的に結合する。一部の実施形態では、抗体は、交差反応性によりアスペルギルス・フミガーツス、アスペルギルス・ニガー、アスペルギルス・ニデュランス、または組換えアスペルギルス抗原（例えばｒＡｓｐ ｆ１）のうちの２種以上に特異的に（ｓｐｅｃｉｆｉｃｉａｌｌｙ）結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号７２５に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号７２６、７２７、および７２８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号７２９に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号７３０、７３１、および７３２のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号７２５に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７２９に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号７２５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７２９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号７２６、７２７、７２８、７３０、７３１、および７３２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号７２５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７２９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローン１００３３２０１０７＿Ｆ３
一部の実施形態では、真菌アレルゲン（例えばアスペルギルスアレルゲン）に特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号７３４のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号７３５のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号７３６のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号７３８のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号７３９のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号７４０のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、抗体は組換えアスペルギルス抗原（例えばｒＡｓｐ ｆ１）に特異的に結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号７３３に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号７３４、７３５、および７３６のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号７３７に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号７３８、７３９、および７４０のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号７３３に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７３７に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号７３３のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７３７のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号７３４、７３５、７３６、７３８、７３９、および７４０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号７３３のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７３７のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
クローン１００３３２０１０７＿Ｆ８
一部の実施形態では、真菌アレルゲン（例えばアスペルギルスアレルゲン）に特異的に結合するモノクローナル抗体は、配列番号７４２のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号７４３のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号７４４のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号７４６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号７４７のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号７４８のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、抗体は真菌アレルゲンであるアスペルギルス・フミガーツスに特異的に結合する。
一部の実施形態では、抗体は、
（ａ）配列番号７４１に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号７４２２２、７４３、および７４４のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｂ）配列番号７４５に対して少なくとも７０％の配列同一性（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有し、それぞれ配列番号７４６、７４７、および７４８のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号７４１に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７４５に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号７４１のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７４５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、結合に関して本明細書に記載される抗体（例えば、それぞれ配列番号７４２、７４３、７４４、７４６、７４７、および７４８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む抗体、または配列番号７４１のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含み、配列番号７４５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む抗体）と競合する抗体である。
抗原結合断片
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体（例えば、第ＩＶ節に開示される、食物アレルゲン、植物アレルゲン、真菌アレルゲン、動物アレルゲン、チリダニアレルゲン、薬物アレルゲン、化粧品アレルゲン、またはラテックスアレルゲンに結合する抗体）は、抗原結合部分（本明細書において抗原結合断片とも称される）である。抗原結合断片の例としては、これらに限定されないが、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、二価ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体、またはダイアボディが挙げられる。様々な技法が抗原結合断片の製造のために開発されている。従来、これらの断片は、完全抗体のタンパク質消化を介して誘導されていた［例えば、Morimoto et al., J. Biochem. Biophys. Meth., 24:107-117 (1992)、およびBrennan et al., Science, 229:81 (1985)を参照のこと］。しかしながら、現在これらの断片は、組換え宿主細胞を使用して直接製造することができる。例えば、抗原結合断片は、抗体ファージライブラリーから単離することができる。あるいは、Ｆａｂ’−ＳＨ断片は大腸菌細胞から直接回収し、化学的にカップリングしてＦ（ａｂ’）２断片を形成することができる［例えば、Carter et al., BioTechnology, 10:163-167 (1992)を参照のこと］。別の手法に従えば、Ｆ（ａｂ’）２断片は組換え宿主細胞培養から直接単離することができる。抗原結合断片の製造のための他の技法は、当技術分野において公知である。
抗体コンジュゲート
一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、別の分子、例えばポリエチレングリコール（ＰＥＧ化）または血清アルブミンにコンジュゲートして、インビボにおける延長した半減期を実現することができる。抗原結合断片のＰＥＧ化の例は、Knight et al. Platelets 15:409, 2004（アブキシマブの場合）、Pedley et al., Br. J. Cancer 70:1126, 1994（抗ＣＥＡ抗体の場合）、Chapman et al., Nature Biotech. 17:780, 1999、およびHumphreys, et al., Protein Eng. Des. 20: 227, 2007)において提供されている。
一部の実施形態では、本明細書に記載されるモノクローナル抗体または抗原結合断片を含む抗体−薬物コンジュゲートが提供される。一部の実施形態では、モノクローナル抗体または抗原結合断片（例えば食物アレルゲンまたは真菌アレルゲンに特異的に結合する抗体または抗原結合断片）は、細胞毒性薬に共有結合的に連結する。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は真菌アレルゲンに特異的に結合する抗体であり、薬物は抗真菌薬である。好適な抗真菌薬としては、これらに限定されないが、アムホテリシンＢ、アゾール系抗真菌物質（例えば、ケトコナゾール、フルコナゾール、イサブコナゾール、イトラコナゾール、ポサコナゾール、またはボリコナゾール）、エキノカンジン系（例えば、アニデュラファンギン、カスポファンギン、またはミカファンギン）、およびフルシトシンが挙げられる。抗体−薬物コンジュゲートを作製するための方法は、例えば、Chudasama et al., Nature Chemistry, 2016, 8:114-119、ＷＯ２０１３／０６８８７４、およびＵＳ８，５３５，６７８に記載されている。
合成抗体、抗体組成物、および抗体産生細胞
本明細書に記載されるある特定の抗体は、アレルゲンに曝露されたヒト対象から単離されたＢ細胞に由来する。ある特定の実施形態では、本発明の抗体、抗体組成物、および細胞は、天然に存在する抗体、組成物、および細胞と、１つまたは複数の点で区別可能である。区別可能な抗体、組成物、および細胞は、「合成」と称されてもよく、その抗体もしくは組成物は「天然に存在しない」という条件によって、または肯定的に「非天然に存在する」と同定されてもよい。本明細書において使用される場合、「対応する抗体」および「に対応する」という用語は、（１）６つの明記されるＣＤＲ配列を特徴とし、以下の実施例に記載される研究対象の免疫細胞によって産生される抗体と（２）同じ６つのＣＤＲ配列を含む合成抗体との関係を説明する。
合成抗体
本発明の合成抗体は、同じＣＤＲを有する天然に存在する抗体と構造の点で異なっていてもよい。すなわち、明記されたＣＤＲによって同定された合成抗体は、以下の実施例に記載される研究対象の細胞によって産生される明記されたＣＤＲを含む抗体と構造的に異なっていてもよい。可能性のある差異としては以下のものが挙げられる。
対応する天然に存在する抗体と異なる可変領域配列
ある手法では、抗体重鎖は、本明細書に記載されるクローン（例えばＰＡ１３Ｐ１Ｅ１０）のＣＤＲを含むが、但し、本明細書に記載される該クローンと関連する重鎖可変領域配列を含まない。例えば、一実施形態では、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｅ１０のＣＤＲを含む抗体は、配列番号９を含む重鎖可変領域を有しない。別の手法では、抗体軽鎖は、本明細書に記載されるクローン（例えばＰＡ１３Ｐ１Ｅ１０）のＣＤＲを含むが、但し、本明細書に記載される該クローンと関連する軽鎖可変領域配列を含まない。例えば、一実施形態では、クローンＰＡ１３Ｐ１Ｅ１０のＣＤＲを含む抗体は、配列番号１３を含む軽鎖可変領域を有しない）。ある手法では、本発明の抗体の重鎖および軽鎖可変領域の両方は、本明細書に開示される配列以外のアミノ酸配列を有する。
ラムダおよびカッパ軽鎖
一部の実施形態では、合成抗体はラムダ型軽鎖を含む。一部の実施形態では、合成抗体はカッパ型軽鎖を含む。
アイソタイプ
一部の実施形態では、明記されたＣＤＲを有する合成抗体は、明記されたＣＤＲを有するＢ細胞が由来した研究対象と関連することが見出されたアイソタイプ以外のアイソタイプである。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体は、ＩｇＧ１以外のアイソタイプである。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体は、ＩｇＧ２以外のアイソタイプである。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体は、ＩｇＧ３以外のアイソタイプである。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体は、ＩｇＧ４以外のアイソタイプである。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体は、ＩｇＭ以外のアイソタイプである。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体は、ＩｇＡ以外のアイソタイプである。
アロタイプ
一部の実施形態では、明記されたＣＤＲを有する合成抗体は、明記されたＣＤＲを有するＢ細胞が由来した研究対象と関連することが見出されたアロタイプ以外のアロタイプである。一部の実施形態では、本発明の合成抗体は、対応する研究対象由来の抗体のアロタイプと異なる、以下の表２に列挙されるものから選択されるアロタイプを含む。一部の実施形態では、本発明の合成抗体は、表２に列挙されるものから選択される任意の個々のアロタイプを含むが、但し、該アロタイプは研究対象由来の抗体の対応するアロタイプと異なる。
Figure 2021525070
定常ドメイン変異体
本発明の合成抗体は、合成抗体の特性を対応する天然に存在する抗体と比べて変化させるために、重鎖定常領域に変異を含んでもよい。例示的な変化としては、抗体エフェクター機能（例えば、補体に基づくエフェクター機能またはＦｃγＲに基づくエフェクター機能）を調節するか、半減期（ｈａｌｆ−ｌｉｋｅ）を変えるか、抗原とＦｃγＲとの相互結合を調節するか、グリコシル化モチーフを導入または除去する（糖操作する）突然変異が挙げられる。それぞれがあらゆる目的のために参照によって本明細書に組み込まれる、Fonseca et al., 2018, “Boosting half-life and effector functions of therapeutic antibodies by Fc-engineering: An interaction-function review” Int J Biol Macromol. 19:306-311、Wang et al., 2018, “IgG Fc engineering to modulate antibody effector functions” Protein Cell 2018, 9(1):63-73、Schlothauer, 2016, “Novel human IgG1 and IgG4 Fc-engineered antibodies with completely abolished immune effector functions,” Protein Engineering, Design and Selection 29(10):457-466、Tam et al., 2017, “Functional, Biophysical, and Structural Characterization of Human IgG1 and IgG4 Fc Variants with Ablated Immune Functionality” Antibodies 6, 12を参照のこと。
合成抗体組成物
本発明の合成抗体組成物は、天然に存在する組成物と、以下の点：（ｉ）組成物が、精製されている、すなわち、ヒトの体において、適宜、製造された賦形剤もしくは媒介物質（ｍｅｄｉｕｍ）において会合している組織もしくは細胞材料から分離している抗体を含む、ならびに／または（ｉｉ）本発明の抗体組成物が、組成物における全ての抗体が同じ構造および特異性を有するように単一の抗体種を含有する（モノクローナルである）、のうちの少なくとも１つまたは複数において異なっていてもよい。
合成抗体産生細胞
本明細書に記載される抗体は、ヒトまたは非ヒト細胞における組換え発現によって産生されてもよい。合成抗体産生細胞としては、重鎖、軽鎖、または重鎖および軽鎖の両方を発現する非ヒト細胞；重鎖、軽鎖、または重鎖および軽鎖の両方を産生する免疫細胞ではないヒト細胞；ならびに重鎖または軽鎖を産生するが、重鎖および軽鎖の両方は産生しないヒトＢ細胞が挙げられる。本発明の合成抗体は、ヒトＢ細胞以外の細胞、例えば、非ヒト細胞、およびＢ細胞以外、適宜免疫細胞以外のヒト細胞、ならびに適宜Ｂ細胞系列における細胞以外の細胞においてインビトロまたはインビボにより異種発現させてもよい。
Ｖ．使用の方法
別の態様では、本開示は、本明細書に開示される１種または複数種のアレルゲン特異的モノクローナル抗体またはその抗原結合部分を用いてヒト対象を処置するための治療方法を提供する。一部の実施形態では、アレルギーを処置する方法が提供される。一部の実施形態では、対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法が提供される。一部の実施形態では、本明細書に開示されるアレルゲン特異的モノクローナル抗体は遮断抗体として治療的に使用され、これは多くの場合、受動免疫療法と称される。特定の理論に拘束されるものではないが、本明細書に開示されるアレルゲン特異的モノクローナル抗体は、ＩｇＥに対するアレルゲン結合を遮断するか、またはアレルゲン結合に関して内在性ＩｇＥを凌ぎ、このことがアレルギーカスケードの開始を予防または減少させると仮定される。特定の機構に拘束されることを意図するものではないが、一部の実施形態では、本発明の抗体は、肥満細胞および／または好塩基球の阻害受容体と結合することによって治療利益を提供する。
一部の実施形態では、方法は、治療有効量の本明細書に開示される１種または複数種のアレルゲン特異的モノクローナル抗体（例えば上の第ＩＶ節に開示された１種または複数種のアレルゲン特異的モノクローナル抗体）を対象に投与することを含む。一部の実施形態では、方法は、１種または複数種のアレルゲン特異的モノクローナル抗体を含む、治療有効量の本明細書に開示される医薬組成物（例えば以下の第ＶＩ節に開示される医薬組成物）を対象に投与することを含む。
一部の実施形態では、方法は、ヒトＩｇＧ４アイソタイプ等のヒトＩｇＧアイソタイプである治療有効量のアレルゲン特異的モノクローナル抗体、またはヒトＩｇＧもしくはＩｇＧ４アイソタイプ定常領域配列の少なくとも一部分を含むその抗原結合部分を対象に投与することを含む。
一部の実施形態では、方法は、治療有効量のアレルゲン特異的モノクローナル抗体またはその抗原結合部分を対象に投与することを含む。一部の実施形態では、方法は、２種以上のアレルゲン特異的モノクローナル抗体（例えば２種以上のアレルゲン特異的モノクローナル抗体を含む医薬組成物における）を対象に投与することを含む。一部の実施形態では、方法は、同じアレルゲンに特異的に結合する２種以上の抗体を投与することを含む。一部の実施形態では、方法は、同じアレルゲンの異なるエピトープに特異的に結合する２種以上の抗体を投与することを含む。一部の実施形態では、方法は、２種以上の異なるアレルゲンに特異的に結合する２種以上の抗体を投与することを含む。
一部の実施形態では、治療抗体は、本明細書に記載される（例えば以下の表１に開示される）ＣＤＲ配列、重鎖可変領域、および／または軽鎖可変領域を含み、未改変または改変ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ３、ＩｇＧ１、ＩｇＡ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ４、またはＩｇＡ２重鎖定常領域をさらに含む抗体である。
一部の実施形態では、治療抗体は、例えば上の第ＩＶ節に記載された薬物にコンジュゲートする。
一部の実施形態では、処置されるヒト対象は成人である。一部の実施形態では、ヒト対象は未成年者である。
一部の実施形態では、処置されるヒト対象は、食物アレルゲン、植物アレルゲン、真菌アレルゲン、動物アレルゲン、チリダニアレルゲン、薬物アレルゲン、化粧品アレルゲン、またはラテックスアレルゲンに対するアレルギーを有する。一部の実施形態では、ヒト対象は食物アレルゲンに対するアレルギーを有する。一部の実施形態では、食物アレルゲンは、乳アレルゲン、卵アレルゲン、ナッツアレルゲン、魚アレルゲン、甲殻類アレルゲン、ダイズアレルゲン、豆類アレルゲン、種子アレルゲン、またはコムギアレルゲンである。一部の実施形態では、食物アレルゲンは落花生アレルゲンである。一部の実施形態では、食物アレルゲンは乳アレルゲンである。一部の実施形態では、食物アレルゲンは卵アレルゲンである。一部の実施形態では、ヒト対象は植物アレルゲンまたは真菌アレルゲン（例えばアスペルギルスアレルゲン）に対するアレルギーを有する。一部の実施形態では、アレルゲンは花粉アレルゲン（例えば、樹木花粉、芝花粉、もしくは草花粉）またはカビアレルゲンである。一部の実施形態では、ヒト対象は動物アレルゲンに対するアレルギーを有する。一部の実施形態では、アレルゲンは鱗屑アレルゲンまたは昆虫刺傷である。
一部の実施形態では、処置されるヒト対象は、２種以上のアレルゲン、例えば、食物アレルゲン、植物アレルゲン、真菌アレルゲン、動物アレルゲン、チリダニアレルゲン、薬物アレルゲン、化粧品アレルゲン、またはラテックスアレルゲンのうちの２種以上に対するアレルギーを有する。一部の実施形態では、ヒト対象は、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０種以上のアレルゲンに対するアレルギーを有する。一部の実施形態では、ヒト対象は、あるクラスのアレルゲンにおける２つ以上の異なる種類の抗原（アレルゲン）に対するアレルギー、例えば、２種以上の異なる食物アレルゲンに対するアレルギー（例えば、２種以上の異なる落花生抗原に対するアレルギー、または落花生アレルゲンと非落花生アレルゲン、例えば卵もしくは乳アレルゲンとに対するアレルギー）を有する。一部の実施形態では、ヒト対象は、２つ以上の異なるクラスのアレルゲンに対するアレルギー（例えば、１種または複数種の食物アレルゲンと１種または複数種の植物アレルゲンとに対するアレルギー）を有する。一部の実施形態では、ヒト対象は、同じアレルゲンのクラスにおける１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０種以上のアレルゲンに対するアレルギーを有するが、他のアレルゲンのクラスにおけるアレルゲンに対するいかなる既知のアレルギーも有しない。例えば、一部の実施形態では、ヒト対象は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０種以上の食物アレルゲンに対するアレルギーを有するが、非食物アレルゲンに対するいかなる既知のアレルギーも有しない。一部の実施形態では、ヒト対象は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０種以上の真菌アレルゲンに対するアレルギーを有するが、非真菌アレルゲンに対するいかなる既知のアレルギーも有しない。
一部の実施形態では、本明細書に開示される治療方法は、対象におけるアレルギーの１つまたは複数の症状を軽減する。アレルギー反応と関連する症状が、アレルギー反応を誘導するアレルゲンの種類に応じて変動し得ることは当業者によって理解されるだろう。アレルギー反応症状の例としては、これらに限定されないが、発疹（ｈｉｖｅｓ）、皮疹、湿疹紅斑、皮膚の発赤、口の痒み、眼の痒み、悪心、嘔吐、下痢、胃痛、鼻閉（ｎａｓａｌ ｃｏｎｇｅｓｔｉｏｎ）、鼻汁、鼻詰まり（ｓｔｕｆｆｙ ｎｏｓｅ）、くしゃみ、咳、疲労、咽喉痛、口唇、舌、もしくは咽喉の腫脹、頭痛、嚥下障害（ｔｒｏｕｂｌｅ ｓｗａｌｌｏｗｉｎｇ）、息切れ、喘鳴、血圧低下、または弱脈が挙げられる。一部の実施形態では、本明細書に開示される治療方法は、アレルギーの１つまたは複数の症状の重症度を軽減する。本明細書に記載される治療方法の一部の実施形態では、対象におけるアレルギー症状は、鼻汁、皮膚発疹、皮膚発赤、皮膚腫脹、口および／または咽喉の中または周りの掻痒感または刺痛、嚥下困難（ｄｉｆｆｉｃｕｌｔｙ ｓｗａｌｌｏｗｉｎｇ）、流涙、下痢、胃痙攣、悪心、嘔吐、咽喉の絞扼感、息切れまたは短い喘鳴（ｓｈｏｒｔｎｅｓｓ ｏｆ ｂｒｅａｔｈ ｏｒ ｗｈｅｅｚｉｎｇ）、息切れ、ならびにアナフィラキシーのうちの１つまたは複数を含む。一部の実施形態では、本明細書に開示される治療方法は、アレルギーの１つまたは複数の症状の持続時間の長さを減少させる。
一部の実施形態では、本明細書に開示される治療方法は、食物アレルゲン（例えば落花生アレルゲン）等のアレルゲンに対するアレルギー反応の１つまたは複数の症状、例えば、これらに限定されないが、発疹、皮疹、湿疹紅斑、皮膚の発赤、口の痒み、悪心、嘔吐、下痢、胃痛、鼻閉、鼻汁、くしゃみ、乾性咳、口唇、舌、もしくは咽喉の腫脹、嚥下障害、息切れ、喘鳴、血圧低下、または弱脈を軽減する。一部の実施形態では、本明細書に開示される１種または複数種のアレルゲン特異的モノクローナル抗体の投与は、上記の症状のうちの１つもしくは複数の重症度を軽減する、および／または上記の症状のうちの１つもしくは複数の持続時間の長さを減少させる。
一部の実施形態では、本明細書に開示されるアレルゲン特異的モノクローナル抗体は、治療有効量または用量においてヒト対象に投与される。一部の実施形態では、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５００ｍｇ／ｋｇ、または約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約２００ｍｇ／ｋｇ、または約１ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇ、または約１０ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇの１日用量範囲が使用され得る。しかしながら、投薬量は、選択された投与経路、組成物の配合、患者応答、状態の重症度、対象の体重、および処方医の判断を含むいくつかの因子に応じて変更してもよい。投薬量は、個々の患者によって必要とされる場合、経時的に増加または減少させることができる。ある特定の場合、患者は最初に低用量を投与され、次いで患者に忍容可能な有効な投薬量に増加する。有効量の決定は十分に当業者の能力の範囲内である。
本明細書に記載される抗体または抗体を含む組成物の投与経路は、皮膚もしくは経皮、吸入、腸内、静脈内、筋肉内、腹腔内、髄腔内、病巣内、気管支内、経鼻、眼もしくは耳デリバリー、経口、直腸、皮下、局所、経粘膜、または当技術分野において公知である任意の他の方法であり得る。一部の実施形態では、抗体または組成物は、注入（例えば静脈内）または注射（例えば皮下）によって投与される。一部の実施形態では、本明細書に記載される方法のいずれかにおける、抗体または抗体を含む組成物の投与経路は、皮下、静脈内、または鼻腔内である。
一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体または抗体を含む組成物の単回用量の投与は、アレルギーを処置することまたはアレルギーの１つもしくは複数の症状を軽減することに対して効果的である。一部の実施形態では、抗体または組成物の複数回用量が投与される。一部の実施形態では、第２の用量は、第１の用量の投与の、少なくとも１日、２日、３日、４日、５日、６日、または７日以上、例えば、少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、もしくは８週間以上後に投与される。一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体または抗体を含む組成物は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０週間ごとに対象に投与される。一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体または抗体を含む組成物は、長期間にわたって、例えば、少なくとも３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、または３５０日間以上対象に投与される。
一部の実施形態では、本明細書に記載される方法のいずれかにおいて、対象は、追加の薬剤、例えば、抗ヒスタミン薬、エピネフリン、うっ血除去薬、気管支拡張薬、またはコルチコステロイドをさらに投与される。一部の実施形態では、モノクローナル抗体および追加の薬剤は、実質的に同時に、すなわち、同じ医薬組成物においてかまたは実質的に同時刻に投与される（例えば互いに数秒以内に投与される）別個の医薬組成物において投与される。一部の実施形態では、モノクローナル抗体および追加の薬剤は別個に投与される。一部の実施形態では、モノクローナル抗体が初めに投与され、続いて追加の薬剤の投与が行われる。一部の実施形態では、追加の薬剤が初めに投与され、続いてモノクローナル抗体の投与が行われる。
一部の実施形態では、本明細書に記載される方法のいずれかにおいて、方法は、対象におけるアレルギー症状（例えば、落花生アレルギー、木の実アレルギー、乳アレルギー、または真菌アレルギーに関連するアレルギー症状）の軽減を評価する工程をさらに含むことができる。一部の実施形態では、アレルギー症状の軽減は、鼻閉感、掻痒感、および鼻漏に関しては０（無し）〜３（重度）の尺度、くしゃみに関しては０（無し）〜３（５回以上のくしゃみ）により段階分けされた、４つの症状の患者評価から作成される総合鼻症状スコア（ＴＮＳＳ）によって測定することができる。４つの症状のそれぞれは、以下の尺度、０＝無し、１＝軽度、２＝中等度、または３＝重度を使用して評価する。ＴＮＳＳは可能性のあるスコアとして０〜１２を有する。他の実施形態では、アレルギー症状の軽減は、多くの場合アレルギー負荷を軽度、中等度、および重度に分類するために使用される視覚的アナログ尺度（ＶＡＳ）鼻症状スコアによって測定することができる。０（鼻症状無し）〜１００（最大の鼻症状）の範囲のＶＡＳ鼻症状スコアは、組み合わされた鼻症状の重症度を評価するために使用することができる。他の実施形態では、アレルギー症状の軽減は、鼻スパイロメータを使用して患者における鼻空気流量（１／分として測定される）を測定する最大鼻吸気流量（ＰＮＩＦ）によって測定することができる。さらに他の実施形態では、アレルギー症状の軽減は、皮膚の反応性の存在および程度を眼、鼻、肺、腸、および皮膚等の標的器官内の感作に関するマーカーとして使用するアレルゲン皮膚試験、例えば皮膚プリック試験（ＳＰＴ）によって測定することができる。関連性のあるアレルゲン（例えば、落花生アレルゲン、木の実アレルゲン、乳アレルゲン、または真菌アレルゲン）が皮膚に導入される場合、皮膚におけるアレルギー反応は膨疹および紅斑応答を引き起こし、膨疹および紅斑応答は、例えば膨疹の直径を使用して定量化することができる。さらに他の実施形態では、アレルギー症状の軽減は、フローサイトメトリーを利用してアレルゲン刺激後の好塩基球の表面における活性化のマーカーの発現を定量する好塩基球活性化試験によって測定することができる。さらに他の実施形態では、アレルギー症状の軽減は、熟練したアレルギー専門医または免疫学者の監督下において漸増用量のアレルゲンをアレルギーの個体に投与することを含む食物経口負荷によって測定することができる。食物経口負荷は、非盲検、単盲検、または二重盲検形式に従って実行することができるが、ゴールドスタンダードは二重盲検およびプラセボ対照の両方である。
さらに別の態様では、本開示は、本明細書に開示される１種または複数種のアレルゲン特異的モノクローナル抗体またはその抗原結合部分を使用する診断および検出方法を提供する。一部の実施形態では、アレルゲン特異的モノクローナル抗体またはその抗原結合部分は、対象由来の試料がアレルゲン（例えば、落花生アレルゲン、木の実アレルゲン、もしくは乳アレルゲン等の食物アレルゲン）、植物アレルゲン、真菌アレルゲン、動物アレルゲン、チリダニアレルゲン、薬物アレルゲン、化粧品アレルゲン、またはラテックスアレルゲンに対するアレルギー反応性を有するか否かを検出するために使用される。一部の実施形態では、アレルゲン特異的モノクローナル抗体またはその抗原結合部分は、対象由来の試料がアレルゲンの特異的エピトープに対するアレルギー反応性を有するか否かを検出する（例えばアレルゲンの特異的エピトープに結合することが公知である抗体を使用して）ために使用される。一部の実施形態では、方法は、対象由来の試料（例えば血液または血漿試料）を本明細書に開示されるアレルゲン特異的モノクローナル抗体または抗原結合部分と接触させることを含む。
ＶＩ．組成物およびキット
別の態様では、ヒトＢ細胞から生成される１種または複数種のアレルゲン特異的モノクローナル抗体またはその抗原結合部分を含む組成物およびキットが提供される。
医薬組成物
一部の実施形態では、１種または複数種のアレルゲン特異的モノクローナル抗体またはその抗原結合部分を含む医薬組成物が提供される。一部の実施形態では、医薬組成物は、本明細書に記載される、例えば上の第ＩＶ節に開示されたモノクローナル抗体を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、対象における１つまたは複数のアレルギー症状（例えば、食物アレルゲン、植物アレルゲン、真菌アレルゲン、動物アレルゲン、チリダニアレルゲン、薬物アレルゲン、化粧品アレルゲン、またはラテックスアレルゲンに対するアレルギーに起因するアレルギー症状）を軽減する方法における使用のためのものである。一部の実施形態では、医薬組成物は、食物アレルギー、例えば落花生アレルギーを有する対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法における使用のためのものである。一部の実施形態では、医薬組成物は、２種以上のアレルゲン（例えば２種以上の食物アレルゲン、例えば落花生アレルギーおよび木の実アレルギー）に対するアレルギーを有する対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法における使用のためのものである。一部の実施形態では、医薬組成物は、真菌アレルギーを有する対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法における使用のためのものである。
一部の実施形態では、医薬組成物は、本明細書に記載される２種以上のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０種以上の抗体またはその抗原結合部分）を含む。一部の実施形態では、組成物は、同じアレルゲンに特異的に結合する２種以上のモノクローナル抗体を含む。一部の実施形態では、組成物は、同じアレルゲンの異なるエピトープに特異的に結合する２種以上のモノクローナル抗体を含む。一部の実施形態では、組成物は、２種以上の異なるアレルゲンに特異的に結合する２種以上のモノクローナル抗体を含む。特定の種類またはクラスのアレルゲン、例えばある種類の食物アレルゲン、例えば落花生アレルゲンに関して、その種類またはクラスの、アレルギー応答を誘導するアレルゲン内において２種以上の物質（例えばペプチドまたはタンパク質）が存在し得ることもまた当業者によって理解されるだろう。一部の実施形態では、組成物は、特定の種類またはクラスのアレルゲン内における異なるアレルゲン、例えば、同じ種類またはクラスのアレルゲンである２種以上の異なるペプチドまたはタンパク質（例えば落花生アレルゲンである２種以上の異なるタンパク質）に特異的に結合する２種以上のモノクローナル抗体を含む。一部の実施形態では、組成物は、同じ第１のアレルゲンに特異的に結合する２種以上のモノクローナル抗体を含み、第２のアレルゲンに特異的に結合する１種または複数種のモノクローナル抗体をさらに含む。
製剤を調製するための手引きは、当業者に公知である医薬品調製および製剤化のための多数の手引書に見出すことができる。例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 21st Edition, Philadelphia, PA. Lippincott Williams & Wilkins, 2005を参照のこと。
一部の実施形態では、医薬組成物は、組成物が用いられ得る特定の投与経路に適切な１種または複数種の薬学的に許容される担体、アジュバント、および／または媒体（ｖｅｈｉｃｌｅ）をさらに含む。一部の実施形態では、担体、アジュバント、および／または媒体は、静脈内、筋肉内、経口、腹腔内、経皮、局所、または皮下投与に好適である。一部の実施形態では、医薬組成物は、静脈内または皮下投与のために製剤化される。注射または注入（例えば皮下もしくは筋肉内注射または静脈内注入）のための抗体を製剤化する方法はまた、当技術分野に記載されている。例えばＵＳ２０１３／０２０９４６５を参照のこと。
薬学的に許容される担体は、当技術分野において周知である。例えば、Handbook of Pharmaceutical Excipients (5th ed., Ed. Rowe et al., Pharmaceutical Press, Washington, D.C.)を参照のこと。薬学的に許容される担体の例としては、これらに限定されないが、水性溶液、例えば水または生理学的に適合性の緩衝液、例えば、ハンクス液、リンガー液、もしくは生理食塩水緩衝液が挙げられる。
典型的には、インビボ投与における使用のための医薬組成物は無菌である。無菌化は、当技術分野において公知である方法、例えば、加熱滅菌、蒸気滅菌、滅菌ろ過、または照射に従って遂行することができる。
本開示の医薬組成物の投薬量および所望の薬物濃度は、想定される特定の使用に応じて変動してもよい。適切な投薬量または投与経路の決定は十分に当業者の技術の範囲内である。好適な投薬量は上の第Ｖ節にも記載されている。
一部の実施形態では、本明細書に開示される１種または複数種のアレルゲン特異的モノクローナル抗体またはその抗原結合部分を含む抗体製剤が提供される。一部の実施形態では、抗体製剤は、抗体またはその抗原結合部分、および緩衝液を含む。
一部の実施形態では、緩衝液は、酢酸、クエン酸、ヒスチジン、コハク酸、リン酸、またはヒドロキシメチルアミノメタン緩衝液である。一部の実施形態では、抗体製剤は、塩、界面活性剤、ポリオール／二糖／多糖、アミノ酸、および／または抗酸化剤等の１種または複数種の追加の賦形剤をさらに含む。一部の実施形態では、抗体製剤は、ポリソルベート８０（Ｔｗｅｅｎ８０）、ポリソルベート２０（Ｔｗｅｅｎ２０）、またはポロキサマー１８８等の界面活性剤を含む。一部の実施形態では、抗体製剤は、マンニトール、ソルビトール、スクロース、トレハロース、またはデキストラン４０等のポリオール／二糖／多糖を含む。一部の実施形態では、抗体製剤は、塩化ナトリウム等の塩を含む。一部の実施形態では、抗体製剤は、グリシンまたはアルギニン等のアミノ酸を含む。一部の実施形態では、抗体製剤は、アスコルビン酸、メチオニン、またはエチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）等の抗酸化剤を含む。一部の実施形態では、抗体製剤は凍結乾燥製剤である。一部の実施形態では、抗体製剤は液体製剤である。
キット
一部の実施形態では、本明細書に開示される１種もしくは複数種のアレルゲン特異的モノクローナル抗体もしくはその抗原結合部分、または本明細書に開示される１種もしくは複数種のアレルゲン特異的モノクローナル抗体もしくはその抗原結合部分を含む医薬組成物を含むキットが提供される。一部の実施形態では、キットは、本明細書に記載される、例えば上の第ＩＶ節に開示されたモノクローナル抗体を含む。一部の実施形態では、キットは、本明細書に記載される２種以上のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０種以上の抗体またはその抗原結合部分）を含む。一部の実施形態では、キットは、対象における１つまたは複数のアレルギー症状（例えば、食物アレルゲン、植物アレルゲン、真菌アレルゲン、動物アレルゲン、チリダニアレルゲン、薬物アレルゲン、化粧品アレルゲン、またはラテックスアレルゲンに対するアレルギーに起因するアレルギー症状）を軽減する方法における使用のためのものである。一部の実施形態では、キットは、食物アレルギー、例えば落花生アレルギーを有する対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法における使用のためのものである。一部の実施形態では、キットは、真菌アレルギーを有する対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法における使用のためのものである。一部の実施形態では、キットは、２種以上のアレルゲン（例えば２種以上の食物アレルゲン、例えば落花生アレルゲンおよび木の実アレルゲン）に対するアレルギーを有する対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法における使用のためのものである。
一部の実施形態では、キットは、本発明の方法の実施のための指示書（すなわちプロトコル）を含有する説明資料（例えばアレルギーを処置するためのキットを使用することに関する説明書）をさらに含むことができる。説明資料は典型的には、記憶装置に書き込まれた（ｗｒｉｔｔｅｎ）または印刷された資料を含むが、そのようなものに限定されない。そのような説明書を記憶し最終使用者に伝達することができる任意の媒体は本発明によって企図される。そのような媒体としては、これらに限定されないが、電子記憶媒体（例えば、磁気ディスク、テープ、カートリッジ、チップ）、光媒体（例えばＣＤ ＲＯＭ）等が挙げられる。そのような媒体としては、そのような説明資料を提供するインターネットサイトのアドレスを挙げることができる。
ＶＩＩ．実施例
以下の実施例は、特許請求される発明を限定するためではなく、例証するために提供される。
実施例１−アレルギーの個体由来のヒトＩｇＥ産生細胞およびその抗体の単一細胞トランスクリプトーム分析
要約
ＩｇＥ抗体は、蠕虫感染症に対する免疫を提供するが、生命を脅かすアレルギー反応を引き起こすおそれもある。ヒトの健康に対する重要性にもかかわらず、これらの抗体および抗体を産生する細胞は、ヒトにおける少なさのために依然として不可解であり、それらの特性に関する本発明者らの知識の多くもモデル生物に由来している。本実施例では、食物アレルギーを有する個体の血液からのＩｇＥ産生Ｂ細胞の単離が記載され、続いて単一細胞ＲＮＡ配列決定（ｓｃＲＮＡｓｅｑ）によるそれらの特性の詳細な研究が記載される。ＩｇＥ Ｂ細胞は膜免疫グロブリン発現が欠損していること、およびＩｇＥ形質芽球状態は他の抗体産生細胞の状態よりも未熟であることが発見されている。単一細胞に由来するモノクローナル抗体の組換え発現を介して、主な落花生アレルゲンであるＡｒａ ｈ２およびＡｒａ ｈ３の両方に関して特異的な交差反応性ＩｇＥ抗体が発見および特性解析され、これらは今日までに発見された最も高い親和性の自然ヒト抗体のうちの１種である。驚くべきことに、落花生アレルゲンに対するほぼ同一の抗体を独立して進化させた関連のない個体における収斂進化の一例が見出された。最終的に、全てのアイソタイプのＢ細胞内におけるスプライシングは、ＩｇＧ４ではなくＩｇＥアイソタイプの極性化生殖細胞系列転写、および生殖細胞系列転写物の二対立遺伝子発現のいくつかの例を明らかにすることが発見された。これらの結果は、ＩｇＥ Ｂ細胞トランスクリプトーム、クローン性、および制御に対する洞察を提供し、獲得免疫収斂の際立った例を提供し、ＩｇＥ介在性疾患の根底にあるまれなＢ細胞集団を単一細胞解析において特性解析することによって機構的な疾患理解を加速するための手法を提供する。
序論
ＩｇＥ抗体クラスは、ヒトにおける全てのアイソタイプのうち最も存在量が少なく、寄生虫感染に対する宿主防御において重要な役割を果たすが（１）、その他の点では無害な抗原に誤って方向付けられるようになるおそれもある。食物アレルギーはこの誤った方向付けの一例であり、蕁麻疹から潜在的に致死的なアナフィラキシーの範囲にわたる症状は、表面結合ＩｇＥ抗体によるアレルギー性の食物タンパク質の認識によって誘導される、肥満細胞および好塩基球の脱顆粒に起因する。免疫およびアレルギー疾患におけるこの中心的な役割にもかかわらず、ヒトＩｇＥ抗体は、その少なさのために依然として十分に特性解析されていない（２）。大量エピトープマッピング実験は、ＩｇＥ抗体がポリクローナルでありエピトープが異種であることを明らかにしているが（３）、同じアレルギーを有する個体は、中核となる１組の１種または数種のアレルゲンタンパク質を認識する傾向がある（４）。大量蛍光性活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）免疫表現型決定（５、６）および免疫レパートリーディープ配列決定（７）を適用した近年の研究はＩｇＥ Ｂ細胞起源を推測し、落花生アレルゲン特異的単一細胞選別（８、９）を実施した研究はＩｇＥ抗体が属するクローンファミリーを記載している。しかしながら、いずれも、単一ＩｇＥ産生細胞も個々のＩｇＥ抗体を含む対になった重鎖および軽鎖配列も成功裏に単離しておらず、そのような抗体の機能特性、これらの細胞の転写プログラム、およびこれらの特色のいずれかが個体全体で共有される程度に関する問題に依然として答えていない。同様に、ＩｇＧ４アイソタイプを取り巻く知識は不足しているが、抗原遮断を介した免疫療法および早期アレルゲン曝露に付随する低下した臨床的アレルゲン反応性を媒介することにおける潜在的な役割のために、関心は高まっている（１０）。ここでは、ヒト由来の単一ＩｇＥおよびＩｇＧ４産生Ｂ細胞の初めての成功した単離およびトランスクリプトーム特性解析を報告する。本発明者らは、単一細胞ＲＮＡ配列決定（ｓｃＲＮＡ−ｓｅｑ）を機能的抗体アッセイと組み合わせて、ＩｇＥの制御の根底にある機構を解明し、関連のない個体において高親和性かつ交差反応性の落花生特異的抗体を発見した。
末梢血からの単一Ｂ細胞の特性解析
食物アレルギーの個体の末梢血から単離したＢ細胞に対してｓｃＲＮＡ−ｓｅｑを実施して、各細胞の遺伝子発現、スプライス変異体、ならびに重鎖および軽鎖抗体配列を特性解析することを可能にした（図６）。初めに６名の落花生アレルギーの個体由来の新鮮末梢血を血漿および細胞画分に分離し、血漿は保管して後にアレルゲン特異的ＩｇＥ濃度測定のために使用し（図７Ａ〜７Ｃ）、細胞画分はＢ細胞に関して濃縮した後にＦＡＣＳを行った（材料および方法を参照のこと）。全てのアイソタイプのＣＤ１９＋Ｂ細胞を、免疫グロブリン表面発現に基づき、ＩｇＥ Ｂ細胞捕捉を最大化することを重視して排他的に選別した（図８Ａ〜８Ｃ）。細胞同一性を複雑な多色ゲーティングスキームではなくｓｃＲＮＡ−ｓｅｑから決定したため、細胞を高感度において選別および捕捉することができた。この手法は、ＦＡＣＳゲート純度に関する厳密な要件を伴わずにＩｇＥ Ｂ細胞捕捉の見通しを多くの実験室に利用可能にする。
単一細胞を９６ウェルプレートに選別し、ＳｍａｒｔＳｅｑ２プロトコルの改変版（１１）を使用して処理し、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑにおいて２×１５０ｂｐリードにより細胞１個当たり１〜２百万リードの平均深度まで配列決定した（図９Ａ〜９Ｇ）。配列決定リードを独立してアラインメントし、アセンブルして、遺伝子発現集計表を作成し、抗体重鎖および軽鎖をそれぞれ再構築した（図６、材料および方法）。アラインメントのためにＳＴＡＲ（１２）を使用することもまた、単一細胞内におけるスプライシングの評価を容易にした。細胞を厳密にろ過して、低品質の細胞、推定好塩基球、および生産的な単一重鎖および軽鎖を欠く細胞を除去し、さらなる分析のために総計９７３個の細胞を得た（材料および方法）。各細胞のアイソタイプ同一性をその生産的な重鎖アセンブリーによって決定して、ＦＡＣＳ免疫グロブリン表面染色に基づくアイソタイプの誤分類、すなわち非ＩｇＥ Ｂ細胞の表面のＩｇＥを捕捉する「低親和性」ＩｇＥ受容体であるＣＤ２３のためにＩｇＥ Ｂ細胞にとりわけ広く見られる問題（６）を回避する（図８Ｂ）。
バッチ効果補正後の正規化遺伝子発現の主要成分分析（図９Ａ〜９Ｇ、ならびに材料および方法）は、細胞を形質芽球（ＰＢ）およびナイーブ／記憶Ｂ細胞として同定可能な２つの別々のクラスターに分離した（図２Ａ）。ＰＢは、形質細胞分化を駆動する三つ組の転写因子のＢＬＩＭＰ１（ＰＲＤＭ１）、ＸＢＰ１、およびＩＲＦ４（１３）、ならびにＪ鎖等の抗体分泌と関連する遺伝子を発現し、ナイーブおよび記憶細胞は、標準的な成熟Ｂ細胞表面マーカーのＣＤ２０（ＭＳ４Ａ１）、およびＰＢの運命に拮抗し、代わりに胚中心応答を促進する転写因子であるＩＲＦ８（１４）を発現した。追加のデータはこの細胞亜型帰属を裏付け、ＰＢはより大きなサイズおよび増加した粒度に一致したより大きなＦＡＣＳ前方および側方散乱を有し、ＰＢ ｃＤＮＡ濃度は前増幅後により高く、ＰＢはより多くの抗体重鎖および軽鎖転写物を発現した（図１０Ａ〜１０Ｄ）。
各Ｂ細胞亜型内のアイソタイプ分布を評価し、他のアイソタイプと著しく対照的に、ＩｇＥ Ｂ細胞が圧倒的にＰＢ亜型に属することを見出した（図２Ｂ〜２Ｃ）。この発見は、ＩｇＥ Ｂ細胞のＰＢへの優先的な分化というマウスにおける観察と一致する（１５）。他のアイソタイプの亜型比率は予期通りであり、主にナイーブであるＩｇＭ Ｂ細胞は最も低いＰＢ百分率を有し、ＩｇＡ Ｂ細胞は粘膜恒常性を維持することにおける分泌の役割に従って最も高いＰＢ百分率を有した。興味深いことに、本発明者らは、各個体の循環ＩｇＥ Ｂ細胞の数が総血漿ＩｇＥレベルと相関することを見出し（図７Ｃ）、類似した現象は高ＩｇＥ症候群の症例において指摘されている（１６）。
抗体をクローンファミリー（ＣＦ）にクラスタリングすることによって、体細胞超突然変異、クラススイッチ、および運命決定等の古典的な胚中心現象の要素を本発明者らのデータにおいて観察することができた。初めに抗体重鎖配列をＶおよびＪ遺伝子によって分割し、それらのアミノ酸ＣＤＲ３配列が少なくとも７５％の類似性を共有する場合にクラスタリングした。４９本の重鎖のみが複数のメンバーを有するＣＦを形成したが、潜在的な免疫グロブリン遺伝子再構成の広大な多様性を考慮すればこれは驚くべきことではなかった（図２Ｄ）。本発明者らは、他のアイソタイプと対照的に、ＩｇＥおよびＩｇＧ４は、ＩｇＥおよびＩｇＧ４抗体の２０％超がそのような複数メンバーＣＦに属するため、驚くほどクローン性であることを見出した（図２Ｅ）。複数メンバーＣＦは多様であり、２〜６つの配列を含有し、可変アイソタイプメンバーシップ（ノード模様）を有し、突然変異の頻度（ノードサイズ）の包括的な分布を有した。ＣＦは、６つの大きく突然変異したＩｇＥ ＰＢ配列であって、３つそれぞれが後に徹底的に論じられる個体ＰＡ１２およびＰＡ１３由来である、ＩｇＥ ＰＢ配列を含有する１つのＣＦ（ＣＦ１）を除いて、個体に特異的であった（ノードの形）。４つのＣＦは、ＰＢおよび記憶Ｂ細胞の両方を含有するという点で、胚中心の２つの可能性のある最終分化経路を例証した。他のＣＦは、後に論じられる、ＩｇＥ ＰＢおよびＩｇＧ４ ＰＢを含有する特定の目的のＣＦ（ＣＦ３）を含め、複数のアイソタイプに属する細胞を含有した。本発明者らは、類似した起源を有する細胞の集合としてのＣＦの前提を検証して、軽鎖ＣＤＲ３配列が、多くの場合、ファミリー内で同等であることを見出した（図２Ｇ）。
ＩｇＥ抗体は、遺伝子使用、ＣＤＲ３長、および突然変異頻度の点で幅広く変動した（図３Ａ〜３Ｃ）。単一細胞内の重鎖の突然変異頻度と軽鎖の突然変異頻度との間に中等度の相関が存在し（図３Ｃ）、これは、フレームワーク（ＦＷＲ）領域に存在しない、重鎖ＣＤＲ１およびＣＤＲ２におけるサイレント突然変異と比べた置換突然変異の濃縮を介した選択の証拠を伴った。軽鎖は、ＣＤＲ１、およびそれよりも小さい程度ではあるがＦＷＲ１において、置換突然変異のために同様に濃縮された（図３Ｄ）。他のアイソタイプと比較して、ＩｇＥ Ｂ細胞は、重鎖突然変異頻度、カッパ軽鎖に対するラムダ軽鎖の相対的利用、ならびに重鎖ＶおよびＪ遺伝子使用の類似した分布を有した（図１１Ａ〜１１Ｋ）。
Ｂ細胞固有因子はＩｇＥ細胞状態を定義する
ＰＢ活性化、生存、および分化に影響を及ぼすＢ細胞固有因子を解明するために、ＩｇＥ ＰＢと他のアイソタイプのＰＢとの間で差示的に発現した遺伝子を評価した（図３Ｅ）。ＭＨＣ遺伝子の宿主はＩｇＥ ＰＢにおいて堅牢に上方制御し、これは、ＰＢの形質細胞への成熟中におけるＭＨＣ−ＩＩの確立された喪失を考慮すると、より未熟な転写プログラムを示唆した（１７）（１８）（１９）。「低親和性」ＩｇＥ受容体であるＦＣＥＲ２（ＣＤ２３）もまた高度に上方制御したが、ＩｇＥ ＰＢ内におけるその正確な役割は不明確であり、ＩｇＥ産生の自己阻害は、膜ＩｇＥ（ｍＩｇＥ）およびＣＤ２１の膜ＣＤ２３介在性同時ライゲーションに起因する可能性があった（２０）。ＩｇＥ産生はまた、可溶性ＣＤ２３の拮抗効果を介して上方制御する可能性があり（２１）、可溶性ＣＤ２３は、ＩｇＥ ＰＢのサブセットにおいて共発現することを本発明者らが見出しているディスインテグリンおよびメタロプロテイナーゼドメイン含有タンパク質であるＡＤＡＭ１０による切断後に産生される（２２）。Ｂ細胞活性化、ＢＣＲ発現、および抗体産生の負の制御因子であるＬＡＰＴＭ５（２３）は上方制御し、これは、ＩｇＥ ＰＢの損なわれた活性化能および増殖能を示唆する。下方制御した遺伝子には、ＬＩＬＲＢ４（２４）、形質細胞の生存を支持するガレクチン１（ＬＧＡＬＳ１）（２５）、ならびに低下した増殖および生存シグナル伝達を示し得るＳ１００タンパク質のＳ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ６、およびＳ１００Ａ１０（２６、２７）が含まれた。ＩｇＥ ＰＢにおいて最も有意に下方制御した遺伝子のうちの１つは、脾臓関連チロシンキナーゼ（ＳＹＫ）であり、これは、ＢＣＲシグナル伝達において必須の役割を果たし（２８）、ナイーブの形質細胞への分化および記憶Ｂ細胞の生存に必要である（２９）。総合すると、この遺伝子発現プログラムは、ＩｇＥ ＰＢ細胞状態が減弱化した活性化能、増殖能、および生存能のために他のＰＢと比べて未熟であることを示す。これはまた、アレルギーのマウスモデルにおいて説明され仮定された短命なＩｇＥ ＰＢ表現型（１５）に関する潜在的なトランスクリプトーム機構も提供する。
Ｂ細胞固有因子はまた、マウスモデルにおいて、弱められた記憶形成を介してＩｇＥ産生を制御する（３０、３１）。実際、本発明者らは、ナイーブ／記憶サブセットに属するヒトＩｇＥ Ｂ細胞は他の一般的なアイソタイプと比較して重鎖膜免疫グロブリンエクソンスプライシングが欠損していることを見出した。さらに、膜エクソンスプライシングは、非ＩｇＥ ＰＢでは低いレベルにおいて検出されたが、ＩｇＥ ＰＢでは検出されなかった（図３Ｆおよび３Ｇ）。実際、ｍＩｇＥスプライシングの非存在は、別々のシグナル伝達特徴を有することが公知である（３２、３３）ｍＩｇＥの２種のスプライス変異体の相対的利用を評価することを不可能にした。成熟ｍＩｇＥ転写物の不足は、ｍＲＮＡ前駆体の不十分なプロセシングによって説明することができ（３４）、本発明者らがＦＡＣＳによって測定した低ＩｇＥ表面タンパク質と一致し、実際、真正ＩｇＥ Ｂ細胞におけるｍＩｇＥ表面タンパク質レベルは、おそらくはＣＤ２３媒介捕捉の結果として表面ＩｇＥを表す一部の非ＩｇＥ Ｂ細胞のレベルを超えなかった（図８Ｂ）。まとめると、これらの結果は、インビボにおける循環記憶ＩｇＥ Ｂ細胞の少なさはＩｇＥ Ｂ細胞の記憶区画への侵入および／または記憶Ｂ細胞の生存を損なう弱められた膜ＩｇＥ発現に起因する可能性があったことを示唆する。マウス研究は、そのような仮説を支持し、ＩｇＥ応答はｍＩｇＥドメインの除去または改変によって低下するが、これらのドメインのＩｇＧ１のドメインへの交換によって増強することを示した（３５）。
落花生特異的ＩｇＥおよびＩｇＧ４抗体の特性解析
驚くべきことに、本発明者らのクローン分析は、複数の個体に属する細胞の１つのＣＦを生じ（ＣＦ１、図２Ｆおよび２Ｇ）、これは個体ＰＡ１２由来の３個のＩｇＥ ＰＢおよび個体ＰＡ１３由来の３個のＩｇＥ ＰＢを含有した。これらの６個の細胞によって産生された抗体は、全てがＩＧＨＶ３−３０＊１８およびＩＧＨＪ６＊０２重鎖遺伝子ならびにＩＧＫＶ３−２０＊０１およびＩＧＫＪ２＊０１軽鎖遺伝子を利用したため、きわめて類似しており、ペアワイズＣＤＲ３アミノ酸配列同一性は、重鎖に関して６５％〜９４％、軽鎖に関して７０％〜１００％の範囲であった。これらの抗体はまた、両鎖の相補性決定領域内の置き換え突然変異において高度に突然変異し、濃縮した（図４Ａ）。実際、他の全てのクラススイッチ抗体と比較して、これらは最も突然変異した抗体のうちの１種であり、突然変異頻度に関して重鎖は７６パーセンタイル以上であり、軽鎖の全ては９６パーセンタイル以上であった（図４Ｂ）。
この収斂クローンファミリーに属する６種のＩｇＥ抗体を組換え発現させて、主なアレルゲン落花生［アラキス・ヒポゲア（Ａｒａｃｈｉｓ ｈｙｐｏｇａｅａ）］タンパク質Ａｒａ ｈ１、Ａｒａ ｈ２、またはＡｒａ ｈ３の天然形態と結合するか否かを評価した。全ての特性解析した落花生アレルゲンのうち、Ａｒａ ｈ２は、アレルギーの個体によって最も一般的に認識され、免疫学的応答（３６）およびアレルギー状況を識別すること（３７、３８）の両方の点で最も臨床的に関連性がある。間接ＥＬＩＳＡを結合に関する半定量的スクリーンとして使用して、これらの６種の抗体が、Ａｒａ ｈ２には強力に、Ａｒａ ｈ３には中程度に、Ａｒａ ｈ１には非常に弱く結合することを見出した（図１２Ａ〜１２Ｈ）。次いで、バイオレイヤー干渉法を使用して、Ａｒａ ｈ２およびＡｒａ ｈ３に関する各抗体の解離定数を決定し、結果としてＡｒａ ｈ２に関して１７ピコモル（ｐＭ）からｐＭ以下、Ａｒａ ｈ３に関してマイクロモルからナノモル以下の親和性を得た（図４Ｃおよび図１２Ａ〜１２Ｇ）。これらの親和性は、ＨＩＶ、インフルエンザ、およびマラリア等の病原体に関して発見された最も高い親和性の自然ヒト抗体の一部に匹敵する（３９〜４３）。加えて、複数の落花生アレルゲンに対する高い親和性は、そのような抗体またはその変異体が、ネコアレルギーの処置に有効であることが近年示された手法である（４４）、アレルゲンタンパク質に関して内在性ＩｇＥを凌ぐことが意図された遮断抗体として治療的に使用される場合、好都合であるだろう。
各鎖およびそこにおける突然変異が結合特性に影響を及ぼす程度を調査するために、推測ナイーブ再構成に復帰した重および／または軽鎖における１つまたは複数の領域をそれぞれが有する、抗体ＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８の８種の変異体を組換え発現させた。重鎖ＣＤＲ３の復帰は、前述の重鎖ＶおよびＪ遺伝子セグメント（ｓｅｇｅｍｅｎｔ）、ならびにＩＧＨＤ４−１１＊０１ Ｄ遺伝子、およびＶ遺伝子とＤ遺伝子との間の推測非鋳型ヌクレオチドＴＹＣＴに基づいて実施した。軽鎖ＣＤＲ３の復帰は、前述の軽鎖ＶおよびＪ遺伝子に基づいて実施した。軽鎖を別のカッパ軽鎖に取り換える一方で未改変重鎖を保持することは、両方のアレルゲンタンパク質に結合することを妨げたが、両鎖を復帰させることは、Ａｒａ ｈ３特異性を消失させ、Ａｒａ ｈ２親和性を劇的に低下させた（図４Ｃ）。重鎖または軽鎖のみを復帰させることは、Ａｒａ ｈ２およびＡｒａ ｈ３に対する親和性を低下させたが、不均衡に低下させ、軽鎖突然変異は重鎖突然変異よりもＡｒａ ｈ３親和性に寄与した。本発明者らはまた、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、またはフレームワーク領域の独立した復帰がそれぞれ親和性のわずかな減少を引き起こした一方で、親和性に対する重鎖突然変異の相乗的な寄与も見出した。興味深いことに、重鎖ＣＤＲ２の復帰はＡｒａ ｈ３親和性を高めたが、Ａｒａ ｈ２親和性を少し減少させるのみであった。これらの結果は、ナイーブに組換えた抗体配列は最も臨床的に関連性のある落花生アレルゲンであるＡｒａ ｈ２と結合することができるが、Ａｒａ ｈ３に対して交差反応性である高親和性抗体を生成するためには、とりわけ軽鎖における突然変異が必要であることを示す。より広義には、これは、２名の関連のない個体が、Ａｒａ ｈ２と結合し、クラススイッチ、親和性成熟、分化、およびクローン増大を受け、最終的にＡｒａ ｈ３に対する交差反応性を有する高親和性抗体を分泌する複数の循環ＩｇＥ ＰＢの存在をもたらす、同一に再構成されたナイーブＢ細胞を産生したことを示す。
本発明者らはまた、他の２つのＣＦからの抗体を発現させた。ＣＦ２は、個体ＰＡ１６由来の３個のＩｇＥ ＰＢ（そのうちの２個は同一であった）を含有したが、それらの組換え発現した抗体は、Ａｒａ ｈ１とも２とも３とも結合せず、これは、この個体が低い血漿落花生特異的ＩｇＥレベルおよび他のアレルゲンに特異的なＩｇＥを有していたことを考慮すれば、驚くべきことではなかった（図７Ａ〜７Ｃ）。他方、ＣＦ３は、ＩｇＥ ＰＢ（ＰＡ１５Ｐ１Ｄ０５）およびＩｇＧ４ ＰＢ（ＰＡ１５Ｐ１Ｄ１２）を含有し、それらからの組換え発現した抗体は、Ａｒａ ｈ１とは結合しなかったが、ナノモルの親和性によりＡｒａ ｈ３と結合し、ナノモル以下の親和性によりＡｒａ ｈ２と結合した（図１２Ａ〜１２Ｈ）。興味深いことに、これらの２種の抗体は、ＣＦ１の６種の収斂抗体と同じ軽鎖Ｖ遺伝子、および高度に類似した重鎖Ｖ遺伝子（ＩＧＨＶ３−３０−３＊０１）を利用し、このことは、Ａｒａ ｈ２結合におけるこれらのＶ遺伝子の重要性に対する追加の支持を提供する。さらに、アレルギーの個体内の同じＣＦにおける落花生特異的ＩｇＥおよびＩｇＧ４の存在は、アレルギー反応性および潜在的に減少する感作のそれぞれにおけるＩｇＥおよびＩｇＧ４の役割を考慮すると、拮抗する細胞の運命の特有の例を提供する。
極性化生殖細胞系列転写およびクラススイッチ初回刺激
獲得免疫系の調整された応答は、部分的には、特異的なエフェクター機能を有する抗体の産生をもたらす、Ｂ細胞におけるクラススイッチ組換え（ＣＳＲ）を開始する活性化誘導シチジンデアミナーゼ（ＡＩＤ）の能力のために可能である。ＣＳＲは、Ｉエクソン、スイッチ（Ｓ）領域、および重鎖定常領域エクソンを含有する非生産的生殖細胞系列転写物（ＧＬＴ）がＡＩＤをＳ領域に導くサイトカイン誘導生殖細胞系列転写によって先行される（４５）。重要なことに、ＧＬＴプロセシングは、ＣＳＲに必要であり（４６、４７）、２つの種、すなわちイントロンＳ領域ラリアットと、定常領域エクソンにスプライシングされるＩエクソンからなる成熟ポリアデニル化転写物とを標準的に生じる（４８）。本発明者らのｓｃＲＮＡ−ｓｅｑデータにおいて、後者の複数のスプライスアイソフォームを観察し、ここで近位の定常領域エクソンは、複数のスプライスドナーに関する排他的なスプライスアクセプターとして役立つ。ＩｇＥは、本発明者らがサンガー配列決定によって確認した、５つと最も多い別々のＧＬＴを有し（図５Ａおよび図１４）、これらは、種々のアイソタイプの数多くの細胞において、および全ての個体にわたって、しかし不均一な頻度において発現した（図５Ａ）。Ｉエクソンは、最も一般的なスプライスドナー部位であり（図５Ａ、ＧＬＴ ＃１）、複数のスプライスドナーを提供することができることが公知であるが（４９〜５１）、スイッチ領域内のεＧＬＴスプライスドナーもまた観察された。
本発明者らは、クラススイッチするための刺激の２４時間後に採取したマウスＢ細胞からの以前に公開されたｓｃＲＮＡ−ｓｅｑデータセット（５２）における複数のＩｇＥ ＧＬＴスプライスドナーに関する独立した証拠を見出した（図１５）。また、εＧＬＴを発現するアイソタイプにおける変異を評価した。ＩｇＧ４アイソタイプは、εＧＬＴを発現する細胞の最も高い比率を有し（図５Ｂ）、ＩｇＥ Ｂ細胞自体もまた一般的にεＧＬＴを発現した。残りのアイソタイプはεＧＬＴのかなり低い発現を有した。
ＧＬＴ産生はＩｇＥ遺伝子座に限定されない。本発明者らは、分析を全てのアイソタイプに拡大し、自分自身（自己）または別のアイソタイプのＧＬＴを産生する各アイソタイプの細胞の割合を例証する網羅的クラススイッチ初回刺激状態図（図５Ｄ）の構築を可能にした。本発明者らは、ＩｇＥと対照的に、これらのアレルギーの個体ではＩｇＧ４ ＧＬＴ発現をほとんど見出さないことを観察する。また、上昇したＩｇＧ２ ＧＬＴ産生も観察し、これはＣＨ１ ＩｇＧ２エクソンの上流ｌｉｎｃＲＮＡへのスプライシングによって説明することができる。興味深いことに、本発明者らは、ＩｇＭ ＧＬＴ、およびクラススイッチアイソタイプの上流の他のアイソタイプのＧＬＴの一般的な発現によって証明されるように、代替対立遺伝子から生じるＧＬＴ発現が一般的であることを観察する（図５Ｄにおける対角線より下のシグナル）。ヒトクラススイッチの様相（５３）を反映して、ＧＬＴ産生が遠位の下流アイソタイプよりもむしろ近位の下流アイソタイプに関してより高いという傾向を観察する。以前の報告（５４）と異なり、ＧＬＴ発現を有する細胞が単一ＧＬＴアイソタイプの発現に極性化する傾向があることを見出したが、大半の細胞においていかなる非自己ＧＬＴ産生も検出しなかった（図５Ｅ）。
単一細胞解析におけるＢリンパ球トランスクリプトームの研究は他の利点を提供し、例えば本発明者らは、単一Ｂ細胞の遺伝子座内にヘテロ接合型一塩基変異体を有する個体由来の単一Ｂ細胞における重鎖定常領域ハプロタイプフェージングを介した（ｔｈｏｕｇｈ）二対立遺伝子ＧＬＴ発現の複数の事例を発見した。二対立遺伝子εＧＬＴ発現を実証するこの過程の一例を図５Ｃに示す。
木の実特異的ＩｇＥおよびＩｇＧ４抗体の特性解析
一部の対象が落花生に加えて他のアレルゲンに対する血漿ＩｇＥも有したことを考慮して（図７Ａ）、本発明者らは、対象ＰＡ１１、ＰＡ１２、ＰＡ１３、ＰＡ１４、ＰＡ１５、およびＰＡ１６由来の組換えモノクローナル抗体が落花生に由来するアレルゲン抽出物だけでなく、カシュー、ピスタチオ、ラテックス、ＢＳＡ、ダイズ、ゴマ、乳、卵、アーモンド、松の実、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、およびマカダミアを含む他のアレルゲンに由来するアレルゲン抽出物にも結合するか否かを評価した。間接ＥＬＩＳＡの結果を図１２Ｈに示す。総計８９種の抗体を試験したが、０．２５超の任意のＯＤ値を有する抗体のみを図１２Ｈに示す。示していない抗体としては、ＰＡ１２Ｐ１Ｄ０４、ＰＡ１２Ｐ１Ｇ０２、ＰＡ１６Ｐ１Ｂ０９、ＰＡ１６Ｐ１Ｅ１１、ＰＡ１６Ｐ１Ｅ１２、ＰＡ１１Ｐ１Ｃ０１、ＰＡ１１Ｐ１Ｃ１２、ＰＡ１１Ｐ１Ｃ０６、ＰＡ１１Ｐ１Ｃ０８、ＰＡ１１Ｐ１Ｄ０７、ＰＡ１１Ｐ１Ｅ０８、ＰＡ１１Ｐ１Ｆ１０、ＰＡ１１Ｐ１Ｆ０２、ＰＡ１１Ｐ１Ｇ０６、ＰＡ１１Ｐ１Ｇ０７、ＰＡ１３Ｐ２Ｈ１０、ＰＡ１５Ｐ１Ｃ０３、ＰＡ１５Ｐ１Ｅ０１、ＰＡ１５Ｐ１Ｅ０２、ＰＡ１３Ｐ１Ｃ０１、ＰＡ１３Ｐ１Ｃ０９、ＰＡ１３Ｐ１Ｄ０２、ＰＡ１３Ｐ１Ｅ０６、ＰＡ１４Ｐ１Ｃ１０、ＰＡ１４Ｐ１Ｃ１２、ＰＡ１４Ｐ１Ｃ０２、ＰＡ１４Ｐ１Ｃ０４、ＰＡ１４Ｐ１Ｃ０６、ＰＡ１４Ｐ１Ｃ０７、ＰＡ１４Ｐ１Ｃ０８、ＰＡ１４Ｐ１Ｄ１０、ＰＡ１４Ｐ１Ｄ０２、ＰＡ１４Ｐ１Ｄ０７、ＰＡ１４Ｐ１Ｄ０９、ＰＡ１４Ｐ１Ｅ１０、ＰＡ１４Ｐ１Ｅ１１、ＰＡ１４Ｐ１Ｅ１２、ＰＡ１４Ｐ１Ｅ０４、ＰＡ１４Ｐ１Ｅ０６、ＰＡ１４Ｐ１Ｅ０８、ＰＡ１４Ｐ１Ｅ０９、ＰＡ１４Ｐ１Ｆ１０、ＰＡ１４Ｐ１Ｆ１１、ＰＡ１４Ｐ１Ｆ０５、ＰＡ１４Ｐ１Ｆ０７、ＰＡ１４Ｐ１Ｇ０１、ＰＡ１４Ｐ１Ｇ１１、ＰＡ１４Ｐ１Ｇ１２、ＰＡ１４Ｐ１Ｇ０３、ＰＡ１４Ｐ１Ｈ０１、ＰＡ１４Ｐ１Ｈ１１、ＰＡ１４Ｐ１Ｈ１２、ＰＡ１４Ｐ１Ｈ０２、ＰＡ１４Ｐ１Ｈ０５、ＰＡ１４Ｐ１Ｈ０９、ＰＡ１２Ｐ３Ｃ０５、ＰＡ１２Ｐ３Ｃ０９、ＰＡ１２Ｐ３Ｄ１１、ＰＡ１２Ｐ３Ｄ０９、ＰＡ１２Ｐ３Ｅ０６、ＰＡ１２Ｐ３Ｅ０７、ＰＡ１２Ｐ３Ｆ０２、ＰＡ１２Ｐ３Ｆ０７、ＰＡ１３Ｐ３Ｇ０４、ＰＡ１４Ｐ３Ｆ１０、ＰＡ１４Ｐ３Ｆ０２、ＰＡ１４Ｐ３Ｈ１０、ＰＡ１４Ｐ３Ｈ１２、ＰＡ１２Ｐ４Ｇ０３、およびＰＡ１２Ｐ４Ｇ０６が挙げられる。
図１２Ｈに示すように、いくつかの抗体は、複数の木の実アレルゲンに関する特異性を呈した。抗体ＰＡ１４Ｐ３Ｈ０８は、ペカン、クルミ、ヘーゼルナッツ、およびマカダミアアレルゲンに強力に結合し、抗体ＰＡ１１Ｐ１Ｄ１１は、ペカン、クルミ、およびマカダミアアレルゲンに結合し、抗体ＰＡ１１Ｐ１Ｅ０１、ＰＡ１１Ｐ１Ｃ１１、およびＰＡ１１Ｐ１Ｃ０３は、それぞれカシューおよびピスタチオアレルゲンに強力に結合し、抗体ＰＡ１１Ｐ１Ｃ０４は、カシューおよびピスタチオアレルゲンにより弱く結合した。一部の抗体は、落花生アレルゲンおよび木の実アレルゲンの両方に関する特異性を呈した。例えば、抗体ＰＡ１１Ｐ１Ｇ１０は、ペカンアレルゲンおよびクルミアレルゲンの両方に強力に結合し、落花生アレルゲンにも結合（より弱くではあるが）し、抗体ＰＡ１２Ｐ４Ｄ０２は、落花生アレルゲンに強力に、クルミアレルゲンにより弱く結合したが、天然落花生アレルゲンＡｒａ ｈ２とは結合しなかった。他の抗体は、単一の木の実アレルゲンに関する特異性を呈した。例えば、抗体ＰＡ１１Ｐ１Ｇ０４はピスタチオアレルゲンに結合し、ＰＡ１１Ｐ１Ｆ０３はペカンアレルゲンに結合し、ＰＡ１１Ｐ１Ｄ１２はマカダミアアレルゲンに結合した。その上、さらなる落花生特異的抗体がこれらの実験中に発見された。抗体ＰＡ１２Ｐ３Ｅ０９およびＰＡ１２Ｐ３Ｅ１１は、落花生抽出物と結合し、天然落花生アレルゲンＡｒａ ｈ２にはほとんどまたは全く結合しなかったが、抗体ＰＡ１２Ｐ１Ｄ０２、ＰＡ１２Ｐ１Ｇ１１、ＰＡ１３Ｐ１Ｈ０３、ＰＡ１２Ｐ３Ｃ０１、およびＰＡ１２Ｐ３Ｅ０４は、落花生抽出物および天然落花生アレルゲンＡｒａ ｈ２の両方に強力に結合した。
結論
ｓｃＲＮＡ−ｓｅｑを使用して、本発明者らは、循環ヒトＩｇＥ Ｂ細胞およびそれらが産生する抗体の初めてのトランスクリプトーム特性解析を提供する。本発明者らのデータは、ヒトにおけるＩｇＥ制御の根底にある２つの機構、すなわち、膜免疫グロブリン発現欠損、ならびに減弱化した活性化能、増殖能、および生存能を示唆するＩｇＥ ＰＢ遺伝子発現プログラムを示唆する。これらの結果は、アレルギーのマウスモデルにおけるｍＩｇＥシグナル伝達およびＩｇＥ記憶の広範な研究と大部分一致し、この疾患のための動物モデルの使用を支持する証拠を提供する。（５５〜５９）。さらに、単一Ｂ細胞内のＧＬＴスプライス変異体、極性化、および二対立遺伝子発現情報を獲得できることは、ＧＬＴおよびＣＳＲの今後の機構的研究のためのｓｃＲＮＡ−ｓｅｑの刺激的な適用を提示する。
関連のない個体における高親和性抗体の収斂進化に対する洞察は、ワクチン設計を導き、集団レベルの受動免疫のための戦略をもたらすことができるが、収斂進化は、インフルエンザ（６０）、ＨＩＶ（４３）、および肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（６１）等のいくつかの病原体に対する応答において生じることが議論されている過程でもある。ここでは、２名の関連のない個体がそれぞれの重鎖および軽鎖内の同一の遺伝子再構成から構成された高親和性かつ交差反応性の落花生特異的抗体を産生したという収斂の際立った症例を見出した。第３の個体は、類似した重Ｖ遺伝子および同じ軽鎖Ｖ遺伝子を利用するＡｒａ ｈ２特異的抗体を有する。これは小さな試料サイズであるが、落花生アレルギー集団内におけるこれらの遺伝子の重要性をより広く支持する証拠が存在し、落花生アレルギーの個体由来のＩｇＥ重鎖配列の１つの独立したデータセット（６２）は、本発明者らのデータセットにおける６種の収斂抗体のうちの１種または複数種と同一のＶおよびＪ遺伝子を利用し、少なくとも７０％のＣＤＲ３同一性を共有するＩｇＥ重鎖を含有し（図１６）、別のデータセット（９）は、類似したＩＧＨＶ３−３０遺伝子を利用するＩｇＧおよびＩｇＭ Ｂ細胞に属するＡｒａ ｈ２特異的抗体を含有する。
精製アレルゲンおよび血漿ＩｇＥを用いる交差阻害実験は、ＩｇＥ抗体の交差反応性が落花生アレルギーの個体内においても一般的であり得（６３）、本発明者らがここで単離した抗体がこれらの所見の明確な一例を提供することを示した。さらに、これらの高親和性抗体が循環において見出される分泌型ＩｇＥ ＰＢによって産生されていたという事実は、微量のアレルゲンがいかにして重度のアレルギー反応を誘発することができるかということの理解に寄与する。本発明者らはまた、これらの抗体自体またはそれらの操作された変異体のいずれかが治療薬としての適用を見出し得ると予期し、近年の臨床結果は、操作されたアレルゲン特異的ＩｇＧ抗体はヒトに投与することができ、おそらく抗原に関して未改変ＩｇＥを凌ぐことによって、ネコひげアレルギーに効果的な処置を提供することを示している（４４）。
方法
研究対象
全ての研究対象に同意を得て、Ｓｔａｎｆｏｒｄ ＩＲＢ承認プロトコルによってスクリーニングした。参加者は、落花生アレルギーが食物経口負荷および委員会認定のアレルギー専門医によって確認された場合、適格であった。落花生に対する報告された反応性を有する落花生アレルギーの個体は８〜１７歳の範囲であり、場合によっては他の食物アレルゲンに対する感受性を呈した（図７Ａ〜７Ｃ）。
血漿ＩｇＥ測定およびＢ細胞単離
血漿画分および細胞画分の両方を、Ｋ２ ＥＤＴＡチューブに収集した最大４５ｍＬの新鮮末梢血から抽出した。血漿抽出に関しては、血液を１５ｍＬファルコンチューブに移し、１６００ｇにおいて１０分間遠心した。上部血漿層を抽出し、２ｍＬ Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆタンパク質ＬｏＢｉｎｄチューブに移し、１６０００ｇにおいて再び遠心して、血漿画分をさらに精製した。結果として得た上清を、新しいチューブに移動させた後、ドライアイス上に置き、後に−８０℃に移した。アレルゲン特異的血漿ＩｇＥ測定は、ＣＬＩＡ認可されたＪｏｈｎｓ Ｈｏｐｋｉｎｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｄｅｒｍａｔｏｌｏｇｙ，Ａｌｌｅｒｇｙ，ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（ＤＡＣＩ） Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙによって、ＩｍｍｕｎｏＣＡＰシステムを使用して実施された。血漿抽出後に残っているＢ細胞を精製するために、ネガティブセレクション抗体カクテルであるＲｏｓｅｔｔｅＳｅｐヒトＢ細胞濃縮カクテル（Ｓｔｅｍｃｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を、血漿画分をＰＢＳ＋２％ウシ胎児血清（ＦＢＳ）に置き換えた後で添加した。２０分のインキュベーション後、血液を次いでＰＢＳ＋２％ＦＢＳを用いて２倍に希釈した後、１５ｍＬ Ｆｉｃｏｌｌ−Ｐｌａｑｕｅ ＰＬＵＳ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を含有するＳｅｐｍａｔｅ ５０ｍＬチューブ（Ｓｔｅｍｃｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）に移した。濃縮Ｂ細胞集団を１０分間の１２００ｇにおける遠心後に達成し、ブレーキをかけ、新しいチューブに移した。次いで、残留赤血球を、ＡＣＫ溶解緩衝液（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を使用して除去し、細胞を、染色緩衝液（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いて洗浄した。細胞を、以下のＢｉｏＬｅｇｅｎｄ抗体を製造業者の説明書に従って用いて、氷上で染色した：ＰＥ抗ヒトＩｇＥクローンＭＨＥ−１８、Ｂｒｉｌｌｉａｎｔ Ｖｉｏｌｅｎｔ４２１抗ヒトＣＤ１９クローンＨＩＢ１９、ＡＰＣ抗ヒトＩｇＭクローンＭＨＭ−８８、およびＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ４８８抗ヒトＩｇＧクローンＭ１３１０Ｇ０５。細胞をさらに２回洗浄した後に選別を行った。
フローサイトメトリーおよび単一細胞選別
単一細胞選別を、５つのレーザー配置（３５５、４０５、４８８、５６１、および６４０ｎｍ励起）を備えるＦＡＣＳＡｒｉａ ＩＩ特注研究品（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｏｒｄｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐｒｏｄｕｃｔ）（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）において実施した。蛍光体補正を、ＯｎｅＣｏｍｐ ｅＢｅａｄｓ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を使用する各選別の前に実施したが、蛍光体パネルおよびレーザー配置のために最小の補正が必要とされた。等しいレーザー出力設定を各選別に関して使用した。細胞を、「単一細胞」純度モードを使用して、溶解緩衝液（１１）およびＥＲＣＣ合成ＲＮＡスパイクインミックス（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を含有する冷却した９６ウェルプレート（Ｂｉｏｒａｄ ＨＳＰ９６４１）に選別した。プレートを遠心し、ドライアイス上に置いた後直ちに−８０℃にて保管した。
ｃＤＮＡ生成、ライブラリー調製、および配列決定
ＳｍａｒｔＳｅｑ２プロトコルの改変版（６４）を以前に記載した通りに（１１）使用した。総計で１１６５個の細胞を、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑにおける２×１５０ｂｐ Ｉｌｌｕｍｉｎａ高出力キットを使用した５回のランにわたって配列決定した。
配列決定リードアラインメント、遺伝子発現、およびスプライシング
配列決定リードをゲノムに対してアラインメントして、遺伝子発現を決定し、スプライス変異体を同定し、リード包括度を評価した。遺伝子発現集計表を作成するために、初めにリードを、２−ｐａｓｓモードにおいて実行したＳＴＡＲ ｖ２．５．３ａ（１２）を使用して、ＧＲＣｈ３８ヒトゲノムに対してアラインメントした。次いで、遺伝子数を、ｉｎｔｅｒｓｅｃｔｉｏｎ−ｎｏｎｅｍｐｔｙモードにおいて実行したｈｔｓｅｑ−ｃｏｕｎｔ（６５）を使用して決定した。ＳＴＡＲおよびｈｔｓｅｑ−ｃｏｕｎｔの両方に供給したＧＴＦアノテーションファイルは、誤ったＩｇ転写物、例えばＶ遺伝子または定常領域のいずれかとしてアノテーションされているが、Ｖ遺伝子および定常領域エクソンの両方を含有している転写物が手動で取り除かれたＥｎｓｅｍｂｌ９０公開データ（ｒｅｌｅａｓｅ）であった。ＳＴＡＲゲノム生成中、重鎖ＣＨ１エクソンおよびＩＧＨＪ遺伝子の全ての組合せ間のスプライシングを含めた追加のスプライス接合部ファイルを提供して、これらの接合部にわたるリードマッピングを向上させた。遺伝子発現を、ＥＲＣＣに属する数を除去した後、百万あたりのｌｏｇ２数を使用して正規化した。９５０未満の発現した遺伝子を有する細胞は、推定好塩基球と同様に、高ＦＡＣＳ ＩｇＥ、存在しないかまたは低品質の抗体アセンブリー、ならびにヒスチジンデカルボキシラーゼ（ＨＤＣ）およびシャルコー・ライデン結晶タンパク質／ガレクチン１０（ＣＬＣ）の発現によって同定して、分析前に除外した。ナイーブ／記憶Ｂ細胞サブセットに大半の場合に影響を及ぼすバッチ効果は、５００の最も可変的な遺伝子に関するＰＣＡを使用してクラスタリングすることによって、選別間で指摘され、この遺伝子セットは、ＦＯＳ、ＦＯＳＢ、ＪＵＮ、ＪＵＮＢ、ＪＵＮＤ、ＨＳＰＡ８等の、試料処理によって影響を受けることが公知である遺伝子（６６）において富化された。選別バッチ間で差示的に発現した遺伝子の除外後のＰＣＡ（マン・ホイットニー検定、ボンフェローニ補正後のｐ値＜０．０１）は、選別バッチによっても、個体によっても、配列決定ライブラリーによっても偏っていない、ナイーブ／記憶細胞クラスターおよびＰＢ細胞クラスターの両方において十分に混合された集団を生じた（図９Ｇ）。ＩｇＥ ＰＢと非ＩｇＥ ＰＢとの間の差示的発現分析に関して、少なくとも１０個のＰＢにおいて発現した遺伝子を、技術的共変量として供給された選別バッチおよび配列決定ライブラリーを用いるｖｏｏｍ−ｌｉｍｍａ（６７）によって分析した。ＩＧＨＥおよびＩＧＨＡ１等の定常領域遺伝子は、比較の設計を行うことによって差示的に発現することを考慮して、除外した。
ＧＬＴ発現を含むスプライシングの分析は、ＳＴＡＲによって呼び出されるスプライス接合部に依存した。接合部は３つ未満の特有リードを含有する場合に廃棄され、ＧＬＴスプライスドナーは少なくとも３個の細胞において観察された場合にのみ考慮した。ＧＬＴの二対立遺伝子発現は、ｂｃｆｔｏｏｌｓを使用して重鎖定常領域内に発見された変異体のヘテロ接合型発現に基づいて決定した（６８）。
抗体重鎖および軽鎖アセンブリー
アラインメントに加えて、配列決定リードをさらに独立してアセンブリーして、全長重鎖および軽鎖転写物を再構築した。ＢＡＳＩＣ（６９）を、抗体再構築のための所期の使用を考慮して、主なアセンブラーとして使用し、全トランスクリプトームアセンブラーであるＢｒｉｄｇｅｒ（７０）を、ＢＡＳＩＣが機能的重および／または軽鎖をアセンブルしなかった場合の代替として使用した。重鎖アイソタイプまたは軽鎖の種類（ラムダもしくはカッパ）を、ＩＭＧＴ配列（７２）から構築した重鎖および軽鎖定常領域のＢＬＡＳＴ（７１）データベースを使用して決定した。ここで、ＦＡＣＳ免疫グロブリン表面染色ではなく重鎖転写物の存在を使用したアイソタイプ決定の必要性を指摘することは重要であり、実際、ＩｇＥ Ｂ細胞選別ゲートにおける３０％のＢ細胞のみがＩｇＥ転写物を産生していた（図８Ｂ）。これは、非ＩｇＥ Ｂ細胞のＣＤ２３によって捕捉された表面結合ＩｇＥの存在に起因する可能性が高く、酸洗浄はＣＤ２３によって結合したＩｇＥを除去することができるが（７３）、本発明者らは細胞に対するトランスクリプトーム摂動を最小限にするためにこの粗野な処理法を回避した。免疫グロブリン可変ドメイン遺伝子セグメント帰属を、ＩＭＧＴからのヒト生殖細胞系列遺伝子セグメントのデータベースを使用するＩｇＢＬＡＳＴ（７４）ｖ１．８．０を使用して実施した。ＩｇＢＬＡＳＴ出力を、Ｃｈａｎｇｅ−Ｏを用いて解析し、突然変異頻度を、ＳＨａｚａＭ（７５）を用いて呼び出した。全てナイーブ／記憶細胞クラスターのメンバーであった、生産的な単一重鎖および生産的な単一軽鎖を有しない細胞を除外し、最終的に総計９７３個の細胞を残した。ワークフローエンジンＳｎａｋｅｍａｋｅ（７６）を使用して、これらの分析パイプラインを実行した。
組換え抗体発現
選択抗体を特異性および親和性アッセイのために組み換えて発現させた。全ての重鎖はヒトＩｇＧ１として発現させ、軽鎖は適宜ラムダまたはカッパのいずれかとして発現させた。重鎖および軽鎖配列を、コドン最適化後にＧｅｎｓｃｒｉｐｔによって合成し、ＨＥＫ２９３−６Ｅ細胞に一過性にトランスフェクトした。抗体を、ＲｏｂｏＣｏｌｕｍｎ Ｅｓｈｍｕｎｏ（登録商標）Ａカラム（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を用いて精製し、ヤギ抗ヒトＩｇＧ−ＨＲＰ、および適宜ヤギ抗ヒトカッパ−ＨＲＰまたはヤギ抗ヒトラムダ−ＨＲＰを用いてＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウェスタンブロットによって還元および非還元条件下で確認した。
機能的抗体特性解析
ＥＬＩＳＡを２つの手段のうちの１つとして実施した。ＣＦ１、ＣＦ２、またはＣＦ３に由来する抗体に関して、精製落花生アレルゲンを使用して、落花生アレルゲン結合を半定量的に評価した。Ｉｎｄｏｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓから購入した精製天然Ａｒａ ｈ１（ＮＡ−ＡＨ１−１）、Ａｒａ ｈ２（ＮＡ−ＡＨ２−１）、およびＡｒａ ｈ３（ＮＡ−ＡＨ３−１）を、２ｎｇ／μＬの濃度において５０μＬ使用して、４℃において一晩固定した。３回の洗浄後、ウェルを、１００μＬのＰＢＳＴ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）＋２％ＢＳＡを用いて２時間ブロッキングした。２回の洗浄後、１００μＬの一次抗体を、ブロッキング緩衝液中２ｎｇ／μＬの濃度において２時間インキュベートした。４回の洗浄後、１００μＬのウサギ抗ヒトＨＲＰ（ａｂｃａｍ ＃ａｂ６７５９）またはウサギ抗マウスＨＲＰ（ａｂｃａｍ ＃ａｂ６７２８）二次抗体を、ブロッキング緩衝液中１／１０００の希釈度において２時間インキュベートした。５回の洗浄後、１５０μＬの１−Ｓｔｅｐ ＡＢＴＳ基質溶液（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）をウェルに添加した。発色を８〜２０分後にプレートリーダー上で４０５ｎｍにおいて測定し、報告されたＯＤ値は無抗体ウェルからのシグナルの減算後のものである。陰性対照には、抗原としての固定化ＢＳＡ、およびヒトアイソタイプ対照一次抗体（ａｂｃａｍ ＃ａｂ２０６１９５）が含まれた。組換え発現させた１種の無作為なＩｇＭ／ＩｇＫ抗体（ＰＡ１２Ｐ４Ｈ３）もまた、いかなる結合も呈しなかった。陽性対照は、それぞれＡｒａ ｈ１、Ａｒａ ｈ２、およびＡｒａ ｈ３に関して特異的なモノクローナルマウス抗体２Ｃ１２、１Ｃ４、および１Ｅ８（Ｉｎｄｏｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）からなった。
組換え抗体をアレルゲン抽出物の広いパネルに対して試験するＥＬＩＳＡに関して、以下を実施した。初めに、アレルゲンを取得した。生ナッツアレルゲン、ゴマ種子、落花生、乾燥脱脂乳、およびダイズ粉を地域の食料品市場にて購入し、噴霧乾燥全卵を米国立標準技術研究所から購入し（ＲＭ ８４４５）、天然ゴム遠心分離ラテックスおよび水を含有する液体ラテックスをＡｍａｚｏｎから取得した。必要な場合、乳鉢および乳棒を使用して、固体アレルゲンを粉砕し、その後１００ｍｇを、５ｍｍのステンレス鋼ビーズおよび１．７ｍＬのＰＢＳと一緒に２ｍＬ Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆタンパク質ＬｏＢｉｎｄチューブに添加した。ＴｉｓｓｕｅＬｙｓｅｒシステム（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、試料を３０Ｈｚにおいて１０分間均質化した。その後、試料を２０分間、２００００ｇおよび４℃において遠心した。次いで、水性層を新しいチューブに移した。次いで、これらのアレルゲン抽出物のタンパク質濃度を、Ｐｉｅｒｃｅ ６６０ｎｍタンパク質アッセイキット（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）をマイクロプレートフォーマットにおいて製造業者の説明書に従って使用して、決定した。ＥＬＩＳＡを、以下の工程に従って、３８４ウェルフォーマットにおいて実施した。初めに、２０μＬの１５種のアレルゲンおよびＢＳＡを、それぞれ２ｎｇ／μＬの濃度にて、４℃において一晩インキュベートした。次いで、プレートを、Ｉｎｔｅｇｒａ ＶＩＡＦＬＯを使用して、１回の洗浄につきウェル１つ当たり６２．５μＬの１×ＰＢＳＴを用いて３回洗浄した。次いで、ウェルを、１×ＰＢＳＴおよび２％ＢＳＡからなる５０μＬのブロッキング緩衝液を使用して２時間ブロッキングした。次に、２０μＬの組換え抗体を、ブロッキング緩衝液中２ｎｇ／μＬの濃度においてインキュベートした。４回の洗浄後、ブロッキング緩衝液中に１／１０００に希釈した２０μＬのウサギ抗ヒトＨＲＰ（ａｂｃａｍ ＃ａｂ６７５９）を２時間インキュベートした。５回の洗浄後、４０μＬのＡＢＴＳを添加し、４０５ｎｍプレート吸光度を、ＢｉｏＴｅｋ Ｎｅｏ２を使用して測定した。
天然精製アレルゲン落花生タンパク質との抗体相互作用の動態特性解析を、アッセイ緩衝液として１×ＰＢＳＴを有する抗ヒトＩｇＧ Ｆｃ捕捉（ＡＨＣ）バイオセンサーを使用したＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｏｃｔｅｔ９６におけるバイオレイヤー干渉法を使用して達成した。アッセイを、以下のプロトコルを用いて実行した：最大６００秒のベースライン、１２０〜１５０秒の抗体負荷、１２０〜３００秒のベースライン、最大３００秒の会合、および高親和性抗体−抗原相互作用に関して最大３０分継続した変動する長さの解離時間。バイオセンサーを、各実験後、緩衝液とｐＨ１．５グリシンとのサイクルによって再生した。抗体を１０〜２５ｎＭの濃度にて負荷し、最適な落花生タンパク質濃度を実験的に決定した（図１２Ａ〜１２Ｈ）。データを、１：１結合モデル、および参照センサー（リガンドだが、分析物を含まない）減算後の全体的適合度を使用するＦｏｒｔｅＢｉｏソフトウェアを使用して処理した。
実施例２−モノクローナル抗体ＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８に関するコンセンサスＡｒａ ｈ２結合モチーフ
方法
組換えＩｇＧ１ ＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８抗体の線形エピトープマッピングを、切断ペプチドを回避するためにＮおよびＣ末端に中性ＧＳＧＳＧＳＧリンカーを連結して伸長したＡｒａ ｈ２およびＡｒａ ｈ３配列に対して実施した。連結した抗原配列を、１４個のアミノ酸のペプチド−ペプチド重複を有する直鎖状の１５アミノ酸ペプチドに翻訳した。結果として得たＡｒａ ｈ２およびＡｒａ ｈ３ペプチドマイクロアレイは、２連においてプリントされた６６８種の異なるペプチド（１，３３６個のペプチドスポット）、および内部品質管理として、マイクロアレイを構成するインフルエンザウイルスヘマグルチニン（ＨＡ）ペプチドＹＰＹＤＶＰＤＹＡＧの９０個のスポットを含有した。
初めに、マイクロアレイを、洗浄緩衝液（０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０を含むＰＢＳ、ｐＨ７．４）における１５分間の予備膨潤、続いてブロッキング緩衝液（Ｒｏｃｋｌａｎｄブロッキング緩衝液ＭＢ−０７０）における３０分間の予備膨潤に供した。マイクロアレイを、インキュベーション緩衝液（１０％ブロッキング緩衝液を含む洗浄緩衝液）中１μｇ／ｍｌの濃度のＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８ ＩｇＧ１抗体と共に、１４０ｒｐｍにより振盪しながら４℃において１６時間インキュベートした。次いで、マイクロアレイを、インキュベーション緩衝液中で室温において４５分間、二次ヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）ＤｙＬｉｇｈｔ６８０抗体（１：５０００）および対照マウスモノクローナル抗ＨＡ（１２ＣＡ５）ＤｙＬｉｇｈｔ８００抗体（１：２０００）を用いて染色した。読み出しを、ＬＩ−ＣＯＲ Ｏｄｙｓｓｅｙイメージングシステムを以下のパラメータにより用いて実施した：走査オフセット０．６５ｍｍ、分解能２１μｍ、７／７（赤＝７００ｎｍ／緑＝８００ｎｍ）の走査強度。スポット強度の定量化およびペプチドアノテーションを、ＰｅｐＳｌｉｄｅ（登録商標）Ａｎａｌｙｚｅｒを用いて行った。
ペプチドマイクロアレイの同一のコピーを、ＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８抗体のインキュベーションを含まない上記の手順に供した。これは、二次および対照抗体と両方の抗原の６６８種の異なるペプチドとのバックグラウンド相互作用を分析するための対照として役立った。
結果
ＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８抗体および伸長によりＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８と類似した抗体が直鎖落花生アレルゲンエピトープと結合することができるか否かを評価するために、落花生アレルゲンＡｒａ ｈ２およびＡｒａ ｈ３からの１５アミノ酸ペプチドを含有するマイクロアレイを合成した。本発明者らは、Ａｒａ ｈ２およびＡｒａ ｈ３ ペプチドマイクロアレイの二次および対照抗体染色が、主要なアッセイを妨害し得るいかなるバックグラウンド相互作用も強調しなかったことを見出した（図１７Ａ）。対照的に、Ａｒａ ｈ２の非常に類似したコンセンサスモチーフＤＳＹＧＲＤＰＹＳＰＳ、ＹＳＰＳＱＤＰＹＳＰＳ、およびＰＤＲＲＤＰＹＳＰＳに対して、高いシグナル対ノイズ比を有する強力なＰＡ１３Ｐ１Ｈ０８抗体応答を観察した。類似した応答は、一般的なＤＰＹＳＰＳモチーフを有する複数の反復単位を含む領域において見出された（図１７Ｂおよび１７Ｃ）。このモチーフは、Ａｒａ ｈ２アイソフォームＡｒａ ｈ２．０２０１（配列番号７０８、ＷＨＯ／ＩＵＩＳアレルゲン命名法、Ｕｎｉｐｒｏｔ ＩＤ：Ｑ６ＰＳＵ２−１）では３回現れる。
実施例３−ヒトＩｇＥ Ｂ細胞に由来するアスペルギルス特異的抗体
本実施例は、ヒトＩｇＥ Ｂ細胞に由来するアスペルギルス特異的抗体の生成および特性解析を記載する。実施例１の方法を使用してアスペルギルス特異的抗体を取得したが、以下の相違を有した：Ｂ細胞が単離された血液は、食物アレルギーではなくアスペルギルスに対するアレルギー反応性を有する対象（対象番号１００３３２０１）を起源とした。したがって、対象の血漿を一般的な食物アレルゲンに関してだけでなくアスペルギルス特異的ＩｇＥに関しても試験し、図１８に示すように、血漿ＩｇＥレベルはアスペルギルス感作を示すが、交絡する食物感作を示さない。
機能的アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を実施例１に記載した通りに実施して、Ｓｔａｌｌｅｒｇｅｎｅｓ Ｇｒｅｅｒから購入した、静的に成長させ、脱脂し、粉末化し、乾燥させたアスペルギルス種、およびＩｎｄｏｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓから購入した組換えアスペルギルス・フミガーツス抗原Ａｓｐ ｆ１に関する取得した抗体の特異性を半定量的に評価した。図１９に示すように、モノクローナル抗体クローン１００３３２０１０１＿Ｄ６、１００３３２０１０５＿Ｄ６、および１００３３２０１０７＿Ｆ８はそれぞれ、アスペルギルス・フミガーツスへの特異的結合を呈した。クローン１００３３２０１０７＿Ｆ３は、精製組換えアレルゲンであるアスペルギルス・フミガーツス１（ｒＡｓｐ ｆ１）への特異的結合を呈した。さらに、クローン１００３３２０１０７＿Ｃ５は、アレルゲンであるアスペルギルス・フミガーツス、アスペルギルス・ニガー、およびアスペルギルス・ニデュランスのそれぞれ、ならびにｒＡｓｐ Ｆ１に特異的に結合した。これらの結果は、単一ＩｇＥまたはＩｇＧ４発現ヒトＢ細胞からの抗体を生成するための、本明細書に開示される方法がアレルギー疾患の種類とは無関係にアレルゲン特異的抗体を堅牢に単離することができることを実証する。
実施例４−ヒトＩｇＥ Ｂ細胞に由来する乳アレルゲン特異的抗体
本実施例は、ヒトＩｇＥ Ｂ細胞に由来する乳特異的抗体の生成および特性解析を記載する。実施例１の方法を使用して乳特異的抗体を取得したが、以下の相違を有した：Ｂ細胞が単離された血液は、牛乳に対するアレルギー反応性を有するが、他の食物アレルゲンに対するアレルギー反応性を有しない対象（ＰＡ０１）を起源とした。対象の血漿を、乳を含む一般的な食物アレルゲンに関して試験した。図１８に示すように、対象由来の血漿ＩｇＥレベルは乳感作を示すが、交絡する食物感作を示さない。
機能的アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を実施例１に記載した通りに実施して、取得したＩｇＥおよびＩｇＧ４抗体の特異性を半定量的に評価した。図２０に示すように、モノクローナル抗体（ａｎｔｉｂｏｄ）クローンＰＡ０１Ｐ２Ｄ０９、ＰＡ０１Ｐ２Ｄ０４、ＰＡ０１Ｐ２Ｂ１２、ＰＡ０１Ｐ２Ｂ０５、およびＰＡ０１Ｐ２Ｄ１０はそれぞれ、乳抽出物に強力に結合し、抗体ＰＡ０１Ｐ２Ｅ０８は中程度に結合した。これらの結果は、単一ＩｇＥまたはＩｇＧ４発現ヒトＢ細胞からの抗体を生成するための、本明細書に開示される方法がアレルギー疾患の種類とは無関係にアレルゲン特異的抗体を堅牢に単離することができることを実証する。
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上述の発明は、理解を明確にするために例証および例としてある程度詳細に記載されたが、当業者は、ある特定の変更および修正が添付の特許請求の範囲内において実施され得るということを理解するだろう。加えて、本明細書において提供された各参考文献は、それぞれが個々に参照によって組み込まれる場合と同じ程度に、その全体が参照によって組み込まれる。

Claims (83)

  1. アレルゲンに特異的に結合するヒトモノクローナル抗体を生成する方法であって、
    （ａ）ヒト対象由来の試料から単一Ｂ細胞を単離する工程であり、対象がアレルゲンに対してアレルギーである、工程、
    （ｂ）工程（ａ）の単一Ｂ細胞からｃＤＮＡを生成する工程であり、ｃＤＮＡ配列が、免疫グロブリン重鎖の全部または一部をコードする第１の配列、および免疫グロブリン軽鎖の全部または一部をコードする第２の配列を含む、工程、
    （ｃ）工程（ｂ）からのｃＤＮＡの配列を決定する工程、
    （ｄ）工程（ｃ）において決定した配列を分析して、ＩｇＥ定常領域またはＩｇＧ４定常領域を含む第１の配列を含む単一Ｂ細胞を同定する工程、
    （ｅ）工程（ｄ）の単一Ｂ細胞から、（ｉ）ＩｇＥ定常領域またはＩｇＧ４定常領域を含む免疫グロブリン重鎖における重鎖可変領域配列、および（ｉｉ）同じ単一Ｂ細胞における免疫グロブリン重鎖と共発現する免疫グロブリン軽鎖における軽鎖可変領域配列を同定する工程、
    （ｆ）工程（ｅ）からの重鎖可変領域配列および軽鎖可変領域配列を含む抗体を発現させる工程、ならびに
    （ｇ）アレルゲンに特異的に結合する、工程（ｆ）からの１種または複数種の抗体を同定する工程
    を含む、方法。
  2. 工程（ａ）が、試料中の細胞を蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）によって選別することを含む、請求項１に記載の方法。
  3. 工程（ａ）が、細胞表面ＩｇＥおよび／または細胞表面ＩｇＧ４の発現のために単一Ｂ細胞を選択することを含む、請求項１に記載の方法。
  4. 細胞表面ＩｇＥの発現のために選択される単一Ｂ細胞を単離すること、およびＩｇＥ定常領域を含む免疫グロブリン重鎖をコードする配列を同定することを含む、請求項１に記載の方法。
  5. 工程（ａ）が、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体および抗ヒトＩｇＥ抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＥ発現Ｂ細胞を選択することを含む、請求項４に記載の方法。
  6. 工程（ａ）が、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体、抗ヒトＩｇＥ抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、および抗ヒトＩｇＧ抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＭ−ＩｇＧ−ＩｇＥ発現Ｂ細胞を選択することを含む、請求項４に記載の方法。
  7. Ｂ細胞マーカーを発現し、非ＩｇＥアイソタイプに関して陰性である単一Ｂ細胞を単離することを含む、請求項１に記載の方法。
  8. 工程（ａ）が、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗ヒトＩｇＧ抗体、抗ヒトＩｇＡ抗体、および抗ヒトＩｇＤ抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＭ−ＩｇＧ−ＩｇＡ−ＩｇＤ−Ｂ細胞を選択することを含む、請求項７に記載の方法。
  9. 細胞表面ＩｇＧ４の発現のために選択される単一Ｂ細胞を単離すること、およびＩｇＧ４定常領域を含む免疫グロブリン重鎖をコードする配列を同定することを含む、請求項１に記載の方法。
  10. 工程（ａ）が、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体および抗ヒトＩｇＧ４抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＧ４発現Ｂ細胞を選択することを含む、請求項９に記載の方法。
  11. Ｂ細胞マーカーを発現し、非ＩｇＧ４アイソタイプに関して陰性である単一Ｂ細胞を単離することを含む、請求項１に記載の方法。
  12. 工程（ａ）が、試料由来の細胞を抗ヒトＣＤ１９抗体、抗ヒトＩｇＭ抗体、抗ヒトＩｇＥ抗体、抗ヒトＩｇＡ抗体、抗ヒトＩｇＤ抗体、抗ヒトＩｇＧ１抗体、抗ヒトＩｇＧ２抗体、および抗ヒトＩｇＧ３抗体と接触させること、ならびにＣＤ１９＋ＩｇＭ−ＩｇＥ−ＩｇＡ−ＩｇＤ−ＩｇＧ１−ＩｇＧ２−ＩｇＧ３−Ｂ細胞を選択することを含む、請求項１１に記載の方法。
  13. 工程（ａ）が、抗体分泌Ｂ細胞および／または記憶Ｂ細胞を単離することを含む、請求項１に記載の方法。
  14. 工程（ｂ）が、単一Ｂ細胞由来のＲＮＡからｃＤＮＡを逆転写すること、およびｃＤＮＡを増幅することを含む、請求項１に記載の方法。
  15. ＲＮＡがｍＲＮＡである、請求項１４に記載の方法。
  16. 単一Ｂ細胞からの免疫グロブリン重鎖および軽鎖配列を増幅することを含む、請求項１４に記載の方法。
  17. 単一Ｂ細胞のトランスクリプトームを増幅することを含む、請求項１４に記載の方法。
  18. 工程（ｆ）が、工程（ｅ）からの重鎖可変領域配列および軽鎖可変領域配列を宿主細胞において発現させること、ならびに抗体を精製することを含む、請求項１に記載の方法。
  19. 工程（ｆ）が、工程（ｅ）からの重鎖可変領域配列および軽鎖可変領域配列、ならびにＩｇＧ１定常領域を含む抗体を発現させることを含む、請求項１に記載の方法。
  20. 工程（ｇ）において同定した抗体の定常領域を野生型ＩｇＧ４定常領域または改変ＩｇＧ４定常領域と置換することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
  21. 試料が末梢血を含む、請求項１に記載の方法。
  22. アレルゲンが、食物アレルゲン、植物アレルゲン、真菌アレルゲン、動物アレルゲン、薬物アレルゲン、化粧品アレルゲン、またはラテックスアレルゲンである、請求項１に記載の方法。
  23. アレルゲンが、乳アレルゲン、卵アレルゲン、ナッツアレルゲン、魚アレルゲン、甲殻類アレルゲン、ダイズアレルゲン、豆類アレルゲン、種子アレルゲン、およびコムギアレルゲンからなる群から選択される食物アレルゲンである、請求項２２に記載の方法。
  24. 食物アレルゲンが落花生アレルゲンである、請求項２３に記載の方法。
  25. 食物アレルゲンが木の実アレルゲンである、請求項２３に記載の方法。
  26. 食物アレルゲンが乳アレルゲンである、請求項２３に記載の方法。
  27. アレルゲンが真菌アレルゲンである、請求項２２に記載の方法。
  28. 真菌アレルゲンがアスペルギルスアレルゲンである、請求項２７に記載の方法。
  29. １００ｎＭ未満の結合親和性（ＫＤ）により落花生アレルゲンおよび／または木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体またはその抗原結合部分であって、抗体が、
    配列番号２、１０、１７、２５、３３、４１、４７、５８、１１３、１２９、１９９、３４１、３４８、４０９、４５９、または５９３のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、
    配列番号３、１１、１８、２６、３４、４８、５９、１３０、２００、３４２、３４９、４１０、４６０、５３９、または５９４のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、
    配列番号４、１２、１９、２７、３５、４２、４９、５５、６０、１３１、２０１、３５０、４１１、４６１、５４０、または５９５のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、
    配列番号６、１４、２１、２９、３７、４４、５１、６２、１３３、２０３、３４３、３５２、４１３、４６３、５４２、または５９７のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、
    配列番号７、１５、２２、３０、３８、５２、７８、８６、１２６、１４９、１９６、３４５、３５３、または５９８のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および
    配列番号８、２３、３１、３９、４５、５３、６３、１３４、２０４、３４６、３５４、４１４、４６４、５４３、または５９９のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３
    を含む、モノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  30. 配列番号１と５、９と１３、１６と２０、２４と２８、３２と３６、４０と４３、４６と５０、５４と５６、５７と６１、５７と５、１と６１、６４と５、６５と５、６６と５、６７と５、１２８と１３２、３４０と３４４、３４７と３５１、４０６と４０７、４０８と４１２、４５８と４６２、５３８と５４１、および５９２と５９６からなる群から選択される重鎖可変領域と軽鎖可変領域との配列対内に含有される重鎖および軽鎖ＣＤＲ配列を含む、請求項２９に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  31. （ａ）それぞれ配列番号２、３、４、６、７、および８、または
    （ｂ）それぞれ配列番号１０、１１、１２、１４、１５、および８、または
    （ｃ）それぞれ配列番号１７、１８、１９、２１、２２、および２３、または
    （ｄ）それぞれ配列番号２５、２６、２７、２９、３０、および３１、または
    （ｅ）それぞれ配列番号３３、３４、３５、３７、３８、および３９、または
    （ｆ）それぞれ配列番号４１、３４、３５、３７、３８、および３９、または
    （ｇ）それぞれ配列番号４７、４８、４９、５１、５２、および５３、または
    （ｈ）それぞれ配列番号４７、４８、５５、５１、５２、および５３、または
    （ｉ）それぞれ配列番号５８、５９、６０、６２、３０、および６３、または
    （ｊ）それぞれ配列番号５８、５９、６０、６、７、および８、または
    （ｋ）それぞれ配列番号２、３、４、６２、３０、および６３、または
    （ｌ）それぞれ配列番号５８、３、４、６、７、および８、または
    （ｍ）それぞれ配列番号２、５９、４、６、７、および８、または
    （ｎ）それぞれ配列番号２、３、６０、６、７、および８、または
    （ｏ）それぞれ配列番号１２９、１３０、１３１、１３３、１２６、および１３４、または
    （ｐ）それぞれ配列番号３４１、３４２、３４３、３４５、７８、および３４６、または
    （ｑ）それぞれ配列番号３４８、３４９、３５０、３５２、３５３、および３５４、または
    （ｒ）それぞれ配列番号１９９、２００、２０１、２０３、１４９、および２０４、または
    （ｓ）それぞれ配列番号４０９、４１０、４１１、４１３、８６、および４１４、または
    （ｔ）それぞれ配列番号４５９、４６０、４６１、４６３、１９６、および４６４、または
    （ｕ）それぞれ配列番号１１３、５３９、５４０、５４２、１９６、および５４３、または
    （ｖ）それぞれ配列番号５９３、５９４、５９５、５９７、５９８、および５９９
    のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む、請求項２９に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  32. 配列番号１、９、１６、２４、３２、４０、４６、５４、５７、６４、６５、６６、６７、１２８、３４０、３４７、４０６、４０８、４５８、５３８、または５９２のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、請求項２９に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  33. 配列番号５、１３、２０、２８、３６、４３、５０、５６、６１、１３２、３４４、３５１、４０７、４１２、４６２、５４１、または５９６のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、請求項２９に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  34. （ａ）配列番号１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｂ）配列番号９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号１３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｃ）配列番号１６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号２０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｄ）配列番号２４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号２８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｅ）配列番号３２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号３６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｆ）配列番号４０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号４３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｇ）配列番号４６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｈ）配列番号５４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｉ）配列番号５７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号６１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｊ）配列番号５７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｋ）配列番号１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号６１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｌ）配列番号６４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｍ）配列番号６５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｎ）配列番号６６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｏ）配列番号６７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｐ）配列番号１２８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号１３２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｑ）配列番号３４０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号３４４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｒ）配列番号３４７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号３５１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｓ）配列番号４０６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号４０７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｔ）配列番号４０８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号４１２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｕ）配列番号４５８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号４６２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｖ）配列番号５３８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５４１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｗ）配列番号５９２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５９６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
    を含む、請求項２９に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  35. 抗原結合部分が、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、二価ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体、またはダイアボディである、請求項２９から３４のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  36. 請求項２９から３５のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分、および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
  37. 請求項２９から３５のいずれかに記載の複数のモノクローナル抗体を含む医薬組成物であって、モノクローナル抗体が異なるエピトープを認識するか、または異なるアレルゲンに特異的に結合する、医薬組成物。
  38. １００ｎＭ未満の結合親和性（ＫＤ）により木の実アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体またはその抗原結合部分であって、抗体が、
    配列番号１１３、１６７、１７５、２２７、３１１、３１８、４３８、４６６、６２１、６６５、または６９２のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、
    配列番号１６８、１７６、２００、３１２、３１９、４３９、５３９、６６６、または６９３のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、
    配列番号１６９、１７７、２２８、３１３、３２０、４４０、４６７、５４０、６６７、または６９４のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、
    配列番号１７１、１７９、２３０、３１５、３２２、４４２、４６９、５４２、６２３、６６９、または６９６のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、
    配列番号３０、９４、１４９、１７２、１８０、１９６、３２３、または６７０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および
    配列番号１７３、１８１、２３１、３１６、３２４、４４３、４７０、５４３、６２４、６７１、または６９７のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３
    を含む、モノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  39. 配列番号１６６と１７０、１７４と１７８、２２６と２２９、３１０と３１４、３１７と３２１、４３７と４４１、４６５と４６８、５３８と５４１、６２０と６２２、６６４と６６８、および６９１と６９５からなる群から選択される重鎖可変領域と軽鎖可変領域との配列対内に含有される重鎖および軽鎖ＣＤＲ配列を含む、請求項３８に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  40. （ａ）それぞれ配列番号６９２、６９３、６９４、６９６、９４、および６９７、または
    （ｂ）それぞれ配列番号３１８、３１９、３２０、３２２、３２３、および３２４、または
    （ｃ）それぞれ配列番号２２７、２００、２２８、２３０、１４９、および２３１、または
    （ｄ）それぞれ配列番号１１３、５３９、５４０、５４２、１９６、および５４３、または
    （ｅ）それぞれ配列番号３１１、３１２、３１３、３１５、９４、および３１６、または
    （ｆ）それぞれ配列番号６６５、６６６、６６７、６６９、６７０、および６７１、または
    （ｇ）それぞれ配列番号４６６、２００、４６７、４６９、１４９、および４７０、または
    （ｈ）それぞれ配列番号１６７、１６８、１６９、１７１、１７２、および１７３、または
    （ｉ）それぞれ配列番号６２１、１７６、１７７、６２３、１８０、および６２４、または
    （ｊ）それぞれ配列番号１７５、１７６、１７７、１７９、１８０、および１８１、または
    （ｋ）それぞれ配列番号４３８、４３９、４４０、４４２、３０、および４４３
    のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む、請求項３８に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  41. 配列番号１６６、１７４、２２６、３１０、３１７、４３７、４６５、５３８、６２０、６６４、または６９１のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、請求項３８に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  42. 配列番号１７０、１７８、２２９、３１４、３２１、４４１、４６８、５４１、６２２、６６８、または６９５のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、請求項３８に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  43. 抗体が、
    （ａ）配列番号６９１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号６９５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｂ）配列番号３１７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号３２１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｃ）配列番号２２６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号２２９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｄ）配列番号５３８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号５４１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｅ）配列番号３１０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号３１４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｆ）配列番号６６４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号６６８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｇ）配列番号４６５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号４６８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｈ）配列番号１６６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号１７０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｉ）配列番号６２０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号６２２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｊ）配列番号１７４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号１７８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｋ）配列番号４３７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号４４１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
    を含む、請求項３８に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  44. 抗原結合部分が、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、二価ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体、またはダイアボディである、請求項３８から４３のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  45. 請求項３８から４４のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分、および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
  46. １００ｎＭ未満の結合親和性（ＫＤ）によりアスペルギルスアレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体またはその抗原結合部分であって、抗体が、
    配列番号７１０、７１８、７２６、７３４、または７４２のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、
    配列番号７１１、７１９、７２７、７３５、または７４３のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、
    配列番号７１２、７２０、７２８、７３６、または７４４のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、
    配列番号７１４、７２２、７３０、７３８、または７４６のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、
    配列番号７１５、７２３、７３１、７３９、または７４７のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および
    配列番号７１６、７２４、７３２、７４０、または７４８のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３
    を含む、モノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  47. 配列番号７０９と７１３、７１７と７２１、７２５と７２９、７３３と７３７、および７４１と７４５からなる群から選択される重鎖可変領域と軽鎖可変領域との配列対内に含有される重鎖および軽鎖ＣＤＲ配列を含む、請求項４６に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  48. （ａ）それぞれ配列番号７１０、７１１、７１２、７１４、７１５、および７１６、または
    （ｂ）それぞれ配列番号７１８、７１９、７２０、７２２、７２３、および７２４、または
    （ｃ）それぞれ配列番号７２６、７２７２、７２８、７３０、７３１、および７３２、または
    （ｄ）それぞれ配列番号７３４、７３５、７３６、７３８、７３９、および７４０、または
    （ｅ）それぞれ配列番号７４２、７４３、７４４、７４６、７４７、および７４８
    のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む、請求項４６に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  49. 配列番号７０９、７１７、７２５、７３３、または７４１のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、請求項４６に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  50. 配列番号７１３、７２１、７２９、７３７、または７４５のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、請求項４６に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  51. 抗体が、
    （ａ）配列番号７０９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７１３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｂ）配列番号７１７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７２１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｃ）配列番号７２５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７２９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｄ）配列番号７３３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７３７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｅ）配列番号７４１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号７４５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
    を含む、請求項４６に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  52. 抗原結合部分が、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、二価ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体、またはダイアボディである、請求項４６から５１のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  53. 請求項４６から５２のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分、および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
  54. 請求項４６から５２のいずれかに記載の複数のモノクローナル抗体を含む医薬組成物であって、モノクローナル抗体が異なるエピトープを認識するか、または異なるアレルゲンに特異的に結合する、医薬組成物。
  55. １００ｎＭ未満の結合親和性（ＫＤ）により乳アレルゲンに特異的に結合するモノクローナル抗体またはその抗原結合部分であって、抗体が、
    配列番号１２１、７５０、７５７、７６５、７７２、７７９、７８５、７９３、８００、８０７、８１４、８２１、８３３、８３８、８４６、８５３、８６０、８６８、８７４、８８１、８８９、８９５、９０３、９１１、９１８、または９２６のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、
    配列番号３７８、５３２、７５１、７５８、７６６、７７３、７８６、７９４、８０１、８０８、８１５、８２２、８２６、８３９、８４７、８５４、８６１、８７５、８８２、８９０、８９６、９０４、９１２、９１９、または９２７のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、
    配列番号７５２、７５９、７６７、７７４、７８０、７８７、７９５、８０２、８０９、８１６、８２７、８４０、８４８、８５５、８６２、８６９、８７６、８８３、８９１、８９７、９０５、９１３、９２０、または９２８のいずれか１つのアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、
    配列番号５２３、７５４、７６１、７６９、７７６、７８２、７８９、７９７、８０４、８１１、８１８、８２９、８３５、８４２、８５０、８５７、８６４、８７１、８７８、８８５、８９９、９０７、９１５、９２２、または９３０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、
    配列番号２２、３０、９４、１１０、１４９、１８６、１９６、３８９、４０４、５０９、６６２、６８２、７６２、７９０、８３０、８４３、８６５、８８６、９００、９０８、９２３、または９３１のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、および
    配列番号７５５、７６３、７７０、７７７、７８３、７９１、７９８、８０５、８１２、８１９、８２４、８３１、８３６、８４４、８５１、８５８、８６６、８７２、８７９、８８７、８９３、９０１、９０９、９１６、９２４、または９３２のいずれか１つのアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３
    を含む、モノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  56. （ａ）それぞれ配列番号８００、８０１、８０２、８０４、１１０、および８０５、または
    （ｂ）それぞれ配列番号１２１、８２６、８２７、８２９、８３０、および８３１、または
    （ｃ）それぞれ配列番号８３３、８２６、８２７、８３５、１４９、および８３６、または
    （ｄ）それぞれ配列番号８５３、８５４、８５５、８５７、６６２、および８５８、または
    （ｅ）それぞれ配列番号８６０、８６１、８６２、８６４、８６５、および８６６、または
    （ｆ）それぞれ配列番号８６８、３７８、８６９、８７１、６８２、および７８２
    のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む、請求項５５に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  57. 配列番号７４９、７５６、７６４、７７１、７７８、７８４、７９２、７９９、８０６、８１３、８２０、８２５、８３２、８３７、８４５、８５２、８５９、８６７、８７３、８８０、８８８、８９４、９０２、９１０、９１７、または９２５のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、請求項５５に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  58. 配列番号７５３、７６０、７６８、７７５、７８１、７８８、７９６、８０３、８１０、８１７、８２３、８２８、８３４、８４１、８４９、８５６、８６３、８７０、８７７、８８４、８９２、８９８、９０６、９１４、９２１、または９２９のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、請求項５５に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  59. 抗体が、
    （ａ）配列番号７９９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８０３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｂ）配列番号８２５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８２８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｃ）配列番号８３２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８３４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｄ）配列番号８５２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８５６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｅ）配列番号８５９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８６３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、または
    （ｆ）配列番号８６７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号８７０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
    を含む、請求項５５に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  60. 抗原結合部分が、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、二価ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体、またはダイアボディである、請求項５５から５９のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分。
  61. 請求項５５から６０のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分、および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
  62. 請求項２９から３５、３８から４４、４６から５２、または５５から６０のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分を含む抗体−薬物コンジュゲート。
  63. 請求項４６から５２のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分を含み、薬物が抗真菌剤である、請求項６２に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  64. 抗真菌剤がアムホテリシンＢである、請求項６３に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  65. 請求項２９から３５、３８から４４、４６から５２、または５５から６０のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体をコードするヌクレオチド配列を含む単離されたポリヌクレオチド。
  66. 請求項６５に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
  67. 請求項６５に記載のポリヌクレオチドまたは請求項６６に記載のベクターを含む宿主細胞。
  68. 請求項２９から３５、３８から４４、４６から５２、もしくは５５から６０のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体、請求項３６、３７、４５、５３、５４、もしくは６１のいずれか一項に記載の医薬組成物、または請求項６２から６４のいずれか一項に記載の抗体−薬物コンジュゲートを含むキット。
  69. 対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法であって、治療有効量の、請求項２９から３５、３８から４４、４６から５２、もしくは５５から６０のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体もしくはその抗原結合部分、請求項３６、３７、４５、５３、５４、もしくは６１のいずれか一項に記載の医薬組成物、または請求項６２から６４のいずれか一項に記載の抗体−薬物コンジュゲートを対象に投与することを含む、方法。
  70. 落花生アレルギーを有する対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法であって、治療有効量の、請求項２９から３５のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体もしくはその抗原結合部分、または請求項３６もしくは３７に記載の医薬組成物を対象に投与することを含む、方法。
  71. 木の実アレルギーを有する対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法であって、治療有効量の、請求項３８から４４のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体もしくはその抗原結合部分、または請求項４５に記載の医薬組成物を対象に投与することを含む、方法。
  72. 真菌アレルギーを有する対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法であって、治療有効量の、請求項４６から５２のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体もしくはその抗原結合部分、請求項５３もしくは５４に記載の医薬組成物、または請求項６２から６４のいずれか一項に記載の抗体−薬物コンジュゲートを対象に投与することを含む、方法。
  73. 乳アレルギーを有する対象における１つまたは複数のアレルギー症状を軽減する方法であって、治療有効量の、請求項５５から６０のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体もしくはその抗原結合部分、請求項６１に記載の医薬組成物、または請求項６２から６４のいずれか一項に記載の抗体−薬物コンジュゲートを対象に投与することを含む、方法。
  74. モノクローナル抗体またはその抗原結合部分が、皮下、静脈内、または鼻腔内投与される、請求項６９から７３のいずれか一項に記載の方法。
  75. アレルギー症状が、鼻汁、皮膚膨疹、皮膚発赤、皮膚腫脹、口および／または咽喉の中または周りの掻痒感または刺痛、嚥下困難、流涙、下痢、胃痙攣、悪心、嘔吐、咽喉の絞扼感、息切れまたは短い喘鳴、息切れ、ならびにアナフィラキシーのうちの１つまたは複数を含む、請求項６９から７４のいずれか一項に記載の方法。
  76. 対象が追加の薬剤をさらに投与される、請求項６９から７５のいずれか一項に記載の方法。
  77. 追加の薬剤が、抗ヒスタミン薬、エピネフリン、うっ血除去薬、気管支拡張薬、またはコルチコステロイドである、請求項７６に記載の方法。
  78. モノクローナル抗体またはその抗原結合部分、および追加の薬剤が、実質的に同時にまたは別個に投与される、請求項７６または７７に記載の方法。
  79. 対象におけるアレルギー症状の軽減を評価することをさらに含む、請求項６９から７８のいずれか一項に記載の方法。
  80. 評価することが、アレルギー症状の軽減を、総合鼻症状スコア（ＴＮＳＳ）、視覚的アナログ尺度（ＶＡＳ）鼻症状スコア、最大鼻吸気流量（ＰＮＩＦ）の向上、アレルゲン皮膚試験、好塩基球活性化試験、または食物経口負荷によって測定することを含む、請求項７９に記載の方法。
  81. モノクローナル抗体が、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、またはＩｇＧアイソタイプである、請求項２９から３５、３８から４４、４６から５２、および５５から６０のいずれかに記載のモノクローナル抗体もしくはその抗原結合部分、または請求項３６、３７、４５、５４、もしくは６１のいずれかに記載の医薬組成物、または請求項６９から８０のいずれかに記載の方法。
  82. 抗体がＩｇＧ４である、請求項８１に記載のモノクローナル抗体、抗原結合部分、医薬組成物（ｃｏｍｐｏｓｔｉｏｎ）、または方法。
  83. 抗体が、改変ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ３、ＩｇＧ１、ＩｇＡ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ４、またはＩｇＡ２重鎖定常領域を含む、請求項８１に記載のモノクローナル抗体、抗原結合部分、医薬組成物、または方法。
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