EA008007B1 - Noval lipases and uses thereof - Google Patents
Noval lipases and uses thereof Download PDFInfo
- Publication number
- EA008007B1 EA008007B1 EA200500391A EA200500391A EA008007B1 EA 008007 B1 EA008007 B1 EA 008007B1 EA 200500391 A EA200500391 A EA 200500391A EA 200500391 A EA200500391 A EA 200500391A EA 008007 B1 EA008007 B1 EA 008007B1
- Authority
- EA
- Eurasian Patent Office
- Prior art keywords
- bie
- tht
- zeg
- azp
- rgo
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
- C12N9/18—Carboxylic ester hydrolases (3.1.1)
- C12N9/20—Triglyceride splitting, e.g. by means of lipase
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Bakery Products And Manufacturing Methods Therefor (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
Abstract
Description
Изобретение относится к недавно идентифицированной полинуклеотидной последовательности, содержащей ген, кодирующий новый липолитический фермент из АкретдШик шдет. Признаками настоящего изобретения являются нуклеотидная последовательность нового гена полной длины, кДНК последовательность, содержащая полную длину последовательности, кодирующей новый липолитический фермент, а также аминокислотная последовательность липолитического фермента полной длины и его функциональные эквиваленты. Настоящее изобретение также относится к способам использования этих ферментов в промышленных процессах и способах диагностики грибковых инфекций. В настоящее изобретение также включены клетки, трансформированные полинуклеотидом согласно настоящему изобретению, и клетки, в которых липолитический фермент согласно настоящему изобретению является генетически модифицированным для усиления активности и/или уровня экспрессии.The invention relates to a newly identified polynucleotide sequence containing a gene encoding a new lipolytic enzyme from Accret Shik sdel. The features of the present invention are the nucleotide sequence of a new full-length gene, the cDNA sequence containing the full-length sequence encoding a new lipolytic enzyme, and the amino acid sequence of a full-length lipolytic enzyme and its functional equivalents. The present invention also relates to methods for using these enzymes in industrial processes and methods for diagnosing fungal infections. Also included in the present invention are cells transformed with the polynucleotide of the present invention and cells in which the lipolytic enzyme of the present invention is genetically modified to enhance activity and / or expression level.
Сущность изобретенияSUMMARY OF THE INVENTION
Печеные изделия, такие как хлеб, готовят из теста, которое обычно изготавливают из основных ингредиентов (пшеничной) муки, воды и необязательно соли. В зависимости от печеных изделий другими добавленными ингредиентами могут быть сахар и прочие вкусовые добавки. Для продуктов с применением разрыхлителей, в основном используют хлебопекарные дрожжи наряду с химическими разрыхляющими системами, такими как комбинация кислот (генерирующее соединение) и бикарбонатов.Baked products, such as bread, are made from dough, which is usually made from the main ingredients of (wheat) flour, water and optionally salt. Depending on the baked goods, the other added ingredients may be sugar and other flavors. For products using disintegrants, baker's yeast is mainly used along with chemical disintegrating systems, such as a combination of acids (generating compound) and bicarbonates.
Для улучшения свойств разделки теста и/или конечных свойств печеных изделий осуществляют непрерывные попытки развития вспомогательных веществ обработки с улучшенными свойствами. Вспомогательные вещества обработки в настоящем описании определены как соединения, которые улучшают свойства разделки теста и/или конечные свойства печеных изделий. Свойства теста, которые могут быть улучшены, включают способность механической обработки, способность аккумулировать газ, уменьшенную липкость, эластичность, растяжимость, пластичность и т.д. Свойства печеных изделий, которые могут быть улучшены, включают объем батона, жесткость корочки, текстуру и мягкость хлебного мякиша, привкус, связанный с несвежестью и сроком хранения. Такие вспомогательные вещества, улучшающие обработку теста и/или печеных изделий, можно подразделить на две группы: химические добавки и ферменты (также упоминаемые как хлебопекарные ферменты).To improve the properties of cutting dough and / or the final properties of baked products, continuous attempts are made to develop processing auxiliary substances with improved properties. Processing aids are defined herein as compounds that improve the cutting properties of the dough and / or the final properties of baked products. Properties of the test that can be improved include machining ability, gas storage ability, reduced stickiness, elasticity, extensibility, ductility, etc. Properties of baked products that can be improved include loaf volume, crust hardness, texture and softness of bread crumb, flavor associated with stale and shelf life. Such excipients that improve the processing of dough and / or baked products can be divided into two groups: chemical additives and enzymes (also referred to as baking enzymes).
Дрожжи, ферменты и химические добавки обычно добавляют в тесто отдельно. Дрожжи могут быть добавлены в виде жидкой суспензии, в прессованном виде или в виде сухих активных (ΑΌΥ) или сухих неактивных дрожжей (ΙΌΥ). Различием между такими составами дрожжей является содержание воды и сухого вещества дрожжей. Жидкие дрожжи имеют содержание сухого вещества дрожжей менее чем 25% (веса к объему). Дрожжи в виде пасты имеют содержание сухого вещества дрожжей от 17 до 23% (веса к объему). Прессованные дрожжи имеют содержание сухого вещества дрожжей между 25-35% (веса к объему), в то время как составы сухих дрожжей имеют содержание сухого вещества дрожжей между 92-98% (веса к объему).Yeast, enzymes and chemical additives are usually added to the dough separately. Yeast can be added as a liquid suspension, in compressed form, or as dry active (ΑΌΥ) or dry inactive yeast (ΙΌΥ). The difference between such yeast compositions is the water and dry matter content of the yeast. Liquid yeast has a dry matter content of yeast of less than 25% (weight to volume). The yeast in the form of a paste has a dry matter content of yeast from 17 to 23% (weight to volume). Compressed yeast has a dry matter content of yeast between 25-35% (w / v), while dry yeast compositions have a dry matter content of yeast between 92-98% (w / v).
Ферменты могут быть добавлены в сухом, например гранулированном, виде или в жидком виде. Химические добавки в большинстве случаев добавляют в виде порошка. Также композиции вспомогательных веществ, которые разработаны для специфических применений выпечки, могут быть составлены из специально предназначенных смесей химических добавок и ферментов.Enzymes can be added in a dry, for example granular, form or in liquid form. Chemical additives in most cases are added in powder form. Also, excipient compositions that are formulated for specific baking applications can be composed of specially formulated mixtures of chemical additives and enzymes.
Приготовление теста из ингредиентов и вспомогательных веществ, описанных выше, хорошо известно специалистам в данной области техники и содержит смешивание упомянутых ингредиентов и вспомогательных веществ и один или несколько этапов формования и ферментации.The preparation of the dough from the ingredients and excipients described above is well known to those skilled in the art and comprises mixing said ingredients and excipients and one or more molding and fermentation steps.
Приготовление печеных изделий из такого теста также хорошо известно специалистам в данной области техники и может содержать формование и придание формы и дополнительное брожение теста, с последующей выпечкой при необходимых температурах и времени выпечки.The preparation of baked products from such a dough is also well known to specialists in this field of technology and may contain molding and shaping and additional fermentation of the dough, followed by baking at the required temperatures and baking times.
Химические добавки с улучшенными свойствами содержат окисляющие агенты, такие как аскорбиновую кислоту, броматы и азодикарбонаты, восстанавливающие агенты, такие как Ь-цистеин и глутатион, эмульгаторы, действующие как улучшители свойств теста, такие как эфиры моно- и диглицеридов диацетилвинной кислоты (ΌΑΤΕΜ), стеароиллактилат натрия (88Ь) или стеароиллактилат калия (С8Ь), или действующие как размягчители хлебного мякиша, такие как моностеарат глицерина (ΟΜ8) и т.д., жирные вещества, такие как триглицериды (жир) или лецитин и др.Chemical additives with improved properties contain oxidizing agents such as ascorbic acid, bromates and azodicarbonates, reducing agents such as L-cysteine and glutathione, emulsifiers acting as improvers of the test properties, such as diacetyl tartaric acid esters of mono- and diglycerides (ΌΑΤΕΜ), sodium stearoyl lactylate (88b) or potassium stearoyl lactylate (C8b), or acting as bread crumb softeners, such as glycerol monostearate (ΟΜ8), etc., fatty substances such as triglycerides (fat) or lecithin, etc.
В результате из-за диктуемой потребителем необходимости замещения химических добавок более натуральными продуктами, разработаны некоторые хлебопекарные ферменты со свойствами, улучшающими тесто и/или печеные изделия, и, которые могут быть использованы во всевозможных комбинациях, в зависимости от специфических условий применения выпечки. Подходящие ферменты включают ферменты, разрушающие крахмал, ферменты, разрушающие арабиноксилан и другую гемицеллюлозу, ферменты, разрушающие целлюлозу, ферменты окисления, ферменты, расщепляющие жирные вещества, ферменты, разрушающие, модифицирующие или сшивающие белки.As a result, due to the need dictated by the consumer to replace chemical additives with more natural products, some baking enzymes have been developed with properties that improve the dough and / or baked goods, and which can be used in all kinds of combinations, depending on the specific conditions of baking. Suitable enzymes include starch degrading enzymes, arabinoxylan and other hemicellulose degrading enzymes, cellulose degrading enzymes, oxidation enzymes, fatty degrading enzymes, enzymes degrading, modifying or crosslinking proteins.
Ферментами, разрушающими крахмал, являются, например, ферменты, действующие внутри, такие как альфа-амилаза, мальтогенная амилаза, пуллуланаза, или другие ферменты расщепления разветвленной структуры, и ферменты, действующие снаружи, которые расщепляют до глюкозы (амилоглюкозидаза), мальтозы (бета-амилаза), мальтотриозы, мальтотетрозы и более высокие олигосахариды.Starch-degrading enzymes are, for example, internally acting enzymes such as alpha-amylase, maltogenic amylase, pullulanase, or other branched-structure cleavage enzymes, and externally acting enzymes that break down to glucose (amyloglucosidase), maltose (beta amylase), maltotrioses, maltotetrosis and higher oligosaccharides.
- 1 008007- 1 008007
Ферментами, разрушающими арабиноксилан- и другую гемицеллюлозу, являются, например, ксиланазы, пентозаназы, гемицеллюлаза, арабинофуранозидаза, глюконаза и др.Enzymes that destroy arabinoxylan and other hemicelluloses are, for example, xylanases, pentosanases, hemicellulases, arabinofuranosidases, gluconases, etc.
Ферментами, разрушающими целлюлозу, являются, например, целлюлаза, целлобиогидролаза и бета-глюкозидаза.Cellulose degrading enzymes are, for example, cellulase, cellobiohydrolase and beta-glucosidase.
Ферментами окисления являются, например, глюкозооксидаза, гексозооксидаза, пиранозоксидаза, сульфгидрил-оксидаза, липоксигеназа, лакказа, полифенолоксидаза и др.Oxidation enzymes are, for example, glucose oxidase, hexose oxidase, pyranosoxidase, sulfhydryl oxidase, lipoxygenase, laccase, polyphenol oxidase, etc.
Ферментами, расщепляющими жирные вещества, являются, например, липолитические ферменты, такие как триацилглицероллипазы, фосфолипазы (такие как Аь А2, В, С и Ό) и галактолипазы.Fatty-degrading enzymes are, for example, lipolytic enzymes such as triacylglycerolipases, phospholipases (such as A b A 2 , B, C and Ό) and galactolipases.
Ферментами, разрушающими, модифицирующими или сшивающими белки, являются, например, эндопротеазы (серинпротеазы, металлопротеазы, аспартилпротеазы, тиолпротеазы), экзопептидазы, которые расщепляют до одной аминокислоты или дипептида, трипептида и т.д. с Ν-терминального (аминопептидазы) или С-терминального (карбоксипептидазы) концов полипептидной цепи, ферменты, разрушающие глутамин или аспарагины, такие как деамидаза и пептидоглутаминаза, или сшивающие ферменты, такие как трансглютаминаза.Enzymes that break down, modify or cross-link proteins are, for example, endoproteases (serine proteases, metalloproteases, aspartyl proteases, thiol proteases), exopeptidases that cleave to one amino acid or dipeptide, tripeptide, etc. from the Ν-terminal (aminopeptidase) or C-terminal (carboxypeptidase) ends of the polypeptide chain, enzymes that destroy glutamine or asparagines, such as deamidase and peptidoglutaminase, or crosslinking enzymes, such as transglutaminase.
Хлебопекарные ферменты как правило могут производиться микроорганизмами. Микробные хлебопекарные ферменты являются доступными из различных источников; ВасШик крес. являются обычным источником ферментов бактерий, несмотря на то, что ферменты грибов обычно производят АкретдШик крес.Bakery enzymes can usually be produced by microorganisms. Microbial baking enzymes are available from various sources; VasShik kres. are a common source of bacterial enzymes, despite the fact that fungal enzymes usually produce AccretedShik Cres.
Хлебопекарные ферменты могут быть использованы в многообразии хлебопекарных изделий. Термин хлебопекарные изделия в настоящем описании определен как содержащий хлебные изделия, такие как хлеб, батоны хлеба, французский батон, а также булочки, пирожные, пирожки, горячая сдоба, пончики из дрожжевого и недрожжевого теста и т. п.Bakery enzymes can be used in a variety of bakery products. The term bakery products in the present description is defined as containing bread products, such as bread, bread loaves, French loaf, as well as rolls, cakes, pies, hot buns, donuts from yeast and non-yeast dough, etc.
В процессах, упомянутых выше, существует преимущество использования хлебопекарных ферментов, которые получены при помощи ДНК-рекомбинантных технологий. Такие рекомбинантные ферменты имеют некоторые преимущества перед традиционно очищенными аналогами. Рекомбинантные ферменты могут быть созданы по низкой себестоимости, с высоким выходом, свободными от загрязняющих агентов, подобных бактериям или вирусам, а также свободными от бактериальных токсинов или других загрязняющих ферментативных активностей.In the processes mentioned above, there is the advantage of using baking enzymes that are obtained using DNA recombinant technologies. Such recombinant enzymes have some advantages over traditionally purified analogues. Recombinant enzymes can be created at low cost, in high yield, free of contaminants like bacteria or viruses, and free of bacterial toxins or other contaminating enzymatic activities.
Задача изобретенияObject of the invention
Задачей настоящего изобретения является предоставление новых полинуклеотидов, кодирующих новые липолитические ферменты с улучшенными свойствами. Дополнительной задачей является предоставление липолитических ферментов, продуцируемых естественным путем и рекомбинантным способом, а также рекомбинантных штаммов, их продуцирующих. Также частью настоящего изобретения являются слитые полипептиды, а также способы создания и использования полинуклеотидов и полипептидов согласно настоящему изобретению.The present invention is the provision of new polynucleotides encoding new lipolytic enzymes with improved properties. An additional objective is the provision of lipolytic enzymes produced naturally and recombinantly, as well as recombinant strains producing them. Also part of the present invention are fusion polypeptides, as well as methods for creating and using polynucleotides and polypeptides according to the present invention.
Задачей настоящего изобретения также является предоставление новых липолитических ферментов, которые решают по меньшей мере одну из вышеупомянутых проблем или предоставляют новые липолитические ферменты, которые имеют одно или несколько улучшенных свойств при использовании в тесте и/или печеных изделиях, выбранных из группы увеличенной прочности теста, увеличенной эластичности теста, увеличенной стабильности теста, уменьшенной черствости теста, улучшенной растяжимости теста, улучшенной способности теста к механической обработке, увеличенного объема печеного изделия, улучшенной структуры хлебного мякиша печеного изделия, улучшенной мягкости печеного изделия, улучшенного вкуса печеного изделия, улучшенной устойчивости к черствлению печеного изделия, улучшенного цвета печеного изделия, улучшенной корки печеного изделия или которые имеют особенность хлебного субстрата.An object of the present invention is also to provide new lipolytic enzymes that solve at least one of the above problems or provide new lipolytic enzymes that have one or more improved properties when used in dough and / or baked products selected from the group of increased dough strength, increased elasticity of the dough, increased stability of the dough, reduced callousness of the dough, improved extensibility of the dough, improved ability of the dough to be machined, velichennogo volume of the baked product, improved crumb structure of the baked product, improved softness of the baked product, improved flavor of the baked product, improved resistance to cherstvleniyu baked product, improved color of the baked product, improved crust of the baked product or which have a characteristic grain substrate.
Сущность изобретенияSUMMARY OF THE INVENTION
Настоящее изобретение предоставляет новые полинуклеотиды, кодирующие новые липолитические ферменты. Более конкретно, настоящее изобретение предоставляет полинуклеотиды, имеющие нуклеотидную последовательность, которая гибридизируется предпочтительно при условиях высокой жесткости с последовательностью, выбранной из группы, состоящую из БЕЦ ΙΌ N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38. Следовательно, изобретение предоставляет нуклеиновые кислоты, которые являются более чем на 40%, такие как примерно 60%, предпочтительно 65%, более предпочтительно 70%, даже более предпочтительно 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98 или 99% гомологичными последовательностям, выбранным из группы, состоящей из 8ЕЦ ΙΌ N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38.The present invention provides novel polynucleotides encoding novel lipolytic enzymes. More specifically, the present invention provides polynucleotides having a nucleotide sequence that hybridizes preferably under high stringency conditions with a sequence selected from the group consisting of Betz Е N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 and 38. Therefore, the invention provides nucleic acids that are more than 40%, such as about 60%, preferably 65%, more preferably 70%, even more preferably 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98 or 99% homologous to characteristics selected from the group consisting of 8EC ΙΌ N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 and 38.
В более предпочтительном варианте осуществления настоящее изобретение предоставляет такие выделенные полинуклеотиды, получаемые из мицельных грибов, в частности АкретдШик шдет является предпочтительным.In a more preferred embodiment, the present invention provides such isolated polynucleotides derived from mycelial fungi, in particular, Accrett Schick is preferred.
В одном из вариантов осуществления настоящее изобретение предоставляет выделенный полинуклеотид, содержащий последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептид с аминокислотной последовательностью, выбранной из группы, состоящей из 8ЕЦ ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39 или их функциональных эквивалентов.In one embodiment, the present invention provides an isolated polynucleotide comprising a nucleic acid sequence encoding a polypeptide with an amino acid sequence selected from the group consisting of 8EC ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 and 39 or their functional equivalents.
- 2 008007- 2 008007
В дополнительном варианте осуществления настоящее изобретение предоставляет выделенный полинуклеотид, кодирующий по меньшей мере один функциональный домен полинуклеотида, выбранного из группы, состоящей из 8ЕО ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39 или их функциональных эквивалентов.In an additional embodiment, the present invention provides an isolated polynucleotide encoding at least one functional domain of a polynucleotide selected from the group consisting of 8EO ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33 , 36 and 39 or their functional equivalents.
В предпочтительном варианте осуществления настоящее изобретение предоставляет ген липолитического фермента, выбранный из группы, состоящей из 8ЕО ΙΌ N0: 1, 4, 7, 10, 13, 16, 19, 22, 25, 28, 31, 34 и 37. В другом аспекте настоящее изобретение предоставляет полинуклеотид, предпочтительно кДНК, кодирующую липолитический фермент АкретдШик шдет, чью аминокислотную последовательность выбирают из группы, состоящей из 8Е0 ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39 или варианты или фрагменты такого полипептида. В предпочтительном варианте осуществления кДНК имеет последовательность, выбранную из группы, состоящей из 8Е0 ΙΌ N0: 2, 5, 8, 11, 14, 17, 20, 23, 26, 29, 32, 35 и 38 или их функциональных эквивалентов.In a preferred embodiment, the present invention provides a lipolytic enzyme gene selected from the group consisting of 8EO ΙΌ N0: 1, 4, 7, 10, 13, 16, 19, 22, 25, 28, 31, 34 and 37. In another aspect the present invention provides a polynucleotide, preferably cDNA, encoding the Acretd Schick lipolytic enzyme, whose amino acid sequence is selected from the group consisting of 8E0 ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 and 39 or variants or fragments of such a polypeptide. In a preferred embodiment, the cDNA has a sequence selected from the group consisting of 8E0 ΙΌ N0: 2, 5, 8, 11, 14, 17, 20, 23, 26, 29, 32, 35, and 38 or their functional equivalents.
В еще одном предпочтительном варианте осуществления настоящее изобретение предоставляет полинуклеотид, содержащий кодирующую последовательность полинуклеотидов согласно настоящему изобретению, причем предпочтительной является полинуклеотидная последовательность, выбранная из группы, состоящей из 8Е0 ΙΌ N0: 2, 5, 8, 11, 14, 17, 20, 23, 26, 29, 32, 35 и 38.In another preferred embodiment, the present invention provides a polynucleotide comprising the coding sequence of polynucleotides according to the present invention, with a polynucleotide sequence selected from the group consisting of 8E0 ΙΌ N0: 2, 5, 8, 11, 14, 17, 20, 23 being preferred. , 26, 29, 32, 35, and 38.
Настоящее изобретение также относится к векторам, содержащим полинуклеотидную последовательность согласно настоящему изобретению, и праймерам, зондам и фрагментам, которые могут быть использованы для амплификации или обнаружения ДНК согласно настоящему изобретению.The present invention also relates to vectors containing a polynucleotide sequence according to the present invention, and primers, probes and fragments that can be used to amplify or detect DNA according to the present invention.
В дополнительном предпочтительном варианте осуществления предоставляют вектор, в котором полинуклеотидная последовательность согласно настоящему изобретению является функционально связанной с регуляторными последовательностями, подходящими для экспрессии кодируемой аминокислотной последовательности в подходящей клетке хозяина, такой как ЛкретдШик шдет или ЛкретдШик огухае. Настоящее изобретение также предоставляет способы приготовления полинуклеотидов и векторов согласно настоящему изобретению.In a further preferred embodiment, a vector is provided in which the polynucleotide sequence of the present invention is operably linked to regulatory sequences suitable for expressing the encoded amino acid sequence in a suitable host cell, such as Lkretdshik shdet or Lkretdshik oguhahe. The present invention also provides methods for preparing polynucleotides and vectors according to the present invention.
Настоящее изобретение также относится к рекомбинантно продуцируемым клеткам хозяина, которые содержат гетерологичные или гомологичные полинуклеотиды согласно настоящему изобретению.The present invention also relates to recombinantly produced host cells that contain heterologous or homologous polynucleotides according to the present invention.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение предоставляет рекомбинантные клетки хозяина, в которых экспрессия липолитического фермента согласно настоящему изобретению существенно увеличена или в которых увеличена активность липолитического фермента.In another embodiment, the present invention provides recombinant host cells in which the expression of the lipolytic enzyme according to the present invention is significantly increased or in which the activity of the lipolytic enzyme is increased.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение предоставляет клетку хозяина продуцируемую рекомбинантным способом, которая содержит гетерологичный или гомологичный полинуклеотид согласно настоящему изобретению и, где клетка способна продуцировать функциональный липолитический фермент согласно настоящему изобретению, предпочтительно клетка способна к чрезмерной экспрессии липолитического фермента согласно настоящему изобретению, например штамм АкретдШик, содержащий увеличенное количество копий гена или кДНК в настоящем изобретении.In another embodiment, the present invention provides a host cell produced by a recombinant method that contains a heterologous or homologous polynucleotide according to the present invention and, where the cell is capable of producing a functional lipolytic enzyme according to the present invention, preferably the cell is capable of overexpressing the lipolytic enzyme according to the present invention, for example, the AkretdShik strain containing an increased number of copies of a gene or cDNA is currently invention.
В еще одном аспекте настоящего изобретения предоставлен очищенный полипептид. Полипептиды согласно настоящему изобретению включают полипептиды, кодируемые полинуклеотидами согласно настоящему изобретению. Особенно предпочтительным является полипептид, выбранный из группы, состоящей из 8Е0 ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39 или их функциональных эквивалентов.In yet another aspect of the present invention, a purified polypeptide is provided. Polypeptides of the present invention include polypeptides encoded by polynucleotides of the present invention. Particularly preferred is a polypeptide selected from the group consisting of 8E0 ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36, and 39 or their functional equivalents.
Следовательно, в одном из аспектов настоящее изобретение предоставляет композицию липолитического фермента, содержащую в качестве активного ингредиента фермент, выбранный из группы, состоящей из 8Е0 ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39 или их функциональных эквивалентов.Therefore, in one aspect, the present invention provides a lipolytic enzyme composition comprising, as an active ingredient, an enzyme selected from the group consisting of 8E0 ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 and 39 or their functional equivalents.
В другом аспекте настоящее изобретение предоставляет способ получения печеных изделий, в котором в тесто включены используемые для изготовления печеных изделий один или несколько ферментов, выбранных из группы, состоящей из 8Е0 ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39 или их функциональных эквивалентов.In another aspect, the present invention provides a method for producing baked goods, in which one or more enzymes selected from the group consisting of 8E0 ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, used for making baked goods, are included in the dough. 24, 27, 30, 33, 36 and 39 or their functional equivalents.
Слитые белки, содержащие полипепти, согласно настоящему изобретению также находятся в объеме настоящего изобретения. Настоящее изобретение также предоставляет способы получения полипептидов согласно настоящему изобретению.Fusion proteins containing the polypeptides of the present invention are also within the scope of the present invention. The present invention also provides methods for producing the polypeptides of the present invention.
Настоящее изобретение также относится к использованию липолитического фермента согласно настоящему изобретению в любом промышленном процессе как изложено в настоящем описании.The present invention also relates to the use of the lipolytic enzyme according to the present invention in any industrial process as described herein.
Осуществление изобретенияThe implementation of the invention
Липолитический фермент определен в настоящем описании как фермент, проявляющий себя, по меньшей мере, как один, а предпочтительно два, или три, или четыре, или более из следующих липолитических активностей: триацилглицерол липазы, фосфолипазы А1, фосфолипазы А2, фосфолипазы В, фосфолипазы С, фосфолипазы Ό, лизофосфолипазы и галактолипазы.A lipolytic enzyme is defined in the present description as an enzyme that manifests itself as at least one, and preferably two, or three, or four, or more of the following lipolytic activities: triacylglycerol lipases, phospholipases A 1 , phospholipases A 2 , phospholipases B, phospholipase C, phospholipase Ό, lysophospholipase and galactolipase.
ПолинуклеотидыPolynucleotides
Настоящее изобретение представляет нуклеотиды, кодирующие липолитические ферменты, имеющие аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из 8Е0 ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12,The present invention provides nucleotides encoding lipolytic enzymes having an amino acid sequence selected from the group consisting of 8E0 ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12,
- 3 008007- 3 008007
15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39 или их функциональных эквивалентов. Последовательности семи генов, кодирующих липолитические ферменты ΝΒΕ028, ΝΒΕ029, ΝΒΕ030, ΝΒΕ031, ΝΒΕ032, ΝΒΕ033, ΝΒΕ034, ΝΒΕ036, ΝΒΕ038, ΝΒΕ039, ΝΒΕ043, ΝΒΕ045 и ΝΒΕ042 соответственно были определены путем секвенирования геномных клонов, полученных из ЛзрегдШиз шдег. Настоящее изобретение представляет полинуклеотидные последовательности, содержащие гены, кодирующие липолитические ферменты ΝΒΕ028, ΝΒΕ029, ΝΒΕ030, ΝΒΕ031, ΝΒΕ032, ΝΒΕ033, ΝΒΕ034, ΝΒΕ036, ΝΒΕ038, ΝΒΕ039, ΝΒΕ043, ΝΒΕ045 и ΝΒΕ042, а также их полные последовательности кДНК и их кодирующие последовательности (табл. 1). Следовательно, настоящее изобретение относится к выделенным полинуклеотидам, содержащим нуклеотидные последовательности, выбранные из группы, состоящей из 8Ε0 ΙΟ ΝΟ: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38 или их функциональных эквивалентов.15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36, and 39 or their functional equivalents. Sequences of seven genes encoding the lipolytic enzymes ΝΒΕ028, ΝΒΕ029, ΝΒΕ030, ΝΒΕ031, ΝΒΕ032, ΝΒΕ033, ΝΒΕ034, ΝΒΕ036, ΝΒΕ038, ΝΒΕ039, ΝΒΕ043, ΝΒΕ045 and ΝΒΕ042, respectively, were determined by sequencing of genomic clones obtained from Lreg. The present invention provides polynucleotide sequences containing genes encoding the lipolytic enzymes ΝΒΕ028, ΝΒΕ029, ΝΒΕ030, ΝΒΕ031, ΝΒΕ032, ΝΒΕ033, ΝΒΕ034, ΝΒΕ036, ΝΒΕ038, ΝΒΕ039, ΝΒΕ043, ΝΒΕ045 and ΝΒΕ042, as well as their full cDNA sequences and their cDNA sequences and table . 1). Therefore, the present invention relates to isolated polynucleotides containing nucleotide sequences selected from the group consisting of 8Ε0 ΙΟ ΝΟ: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20 , 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37, and 38 or their functional equivalents.
Таблица 1Table 1
Более конкретно, настоящее изобретение относится к выделенному полинуклеотиду, гибридизуемому в жестких условиях, предпочтительно в условиях высокой жесткости, в полинуклеотиды, выбранные из группы, состоящей из 8Ш Ш ΝΟ: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38. Преимущественно, такие полинуклеотиды могут быть получены из мицельных грибов, в частности из ЛзрегдШиз шдег. Более конкретно, настоящее изобретение относится к выделенному полинуклеотиду, имеющему нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из 8ΕΌ Ю ΝΟ: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38.More specifically, the present invention relates to an isolated polynucleotide hybridizable under stringent conditions, preferably under high stringency conditions, to polynucleotides selected from the group consisting of 8III W ΝΟ: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 and 38. Advantageously, such polynucleotides can be obtained from mycelium fungi, in particular from LzregdShiz Shdeg. More specifically, the present invention relates to an isolated polynucleotide having a nucleotide sequence selected from the group consisting of 8 ΕΌ S ΝΟ: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 and 38.
Настоящее изобретение также относится к выделенному полинуклеотиду, кодирующему по меньшей мере один функциональный домен полинуклеотида, имеющего аминокислотные последовательности, выбранные из группы, состоящей из 8ЕО ΙΟ ΝΟ: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39 или их функциональных эквивалентов.The present invention also relates to an isolated polynucleotide encoding at least one functional domain of a polynucleotide having amino acid sequences selected from the group consisting of 8EO ΙΟ ΝΟ: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30 , 33, 36 and 39 or their functional equivalents.
Как используется в настоящем описании, термины ген и рекомбинантный ген относятся к молекулам нуклеиновой кислоты, которые могут быть выделены из хромосомной ДНК, которая включает открытую рамку считывания, кодирующую белок, например, липолитический фермент ЛзрегдШиз шдег. Ген может включать в себя кодирующие последовательности, некодирующие последовательности, интроны и регуляторные последовательности. Более того, ген относится к выделенной молекуле нуклеиновой кислоты, как определено в настоящем описании.As used in the present description, the terms gene and recombinant gene refer to nucleic acid molecules that can be isolated from chromosomal DNA, which includes an open reading frame encoding a protein, for example, the lipolytic enzyme Lzregdis schizdeus. A gene may include coding sequences, non-coding sequences, introns, and regulatory sequences. Moreover, a gene refers to an isolated nucleic acid molecule, as defined herein.
Молекула нуклеиновой кислоты настоящего изобретения, такая как молекула нуклеиновой кислоты, имеющая нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из 8Ε0 ΙΟ ΝΟ: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38 или их функциональных эквивалентов, может быть выделена с использованием стандартных техник молекулярной биологии и информации последовательностей, предоставленной настоящим описанием. Например, используя всю или часть последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из 8Ε0 ΙΟ ΝΟ: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38 в качестве гибридизационного зонда, молекулы нуклеиновых кислот согласно настоящему изобретению могут быть выделеныA nucleic acid molecule of the present invention, such as a nucleic acid molecule having a nucleotide sequence selected from the group consisting of 8Ε0 ΙΟ ΝΟ: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37, and 38 or their functional equivalents, can be isolated using standard molecular biology techniques and sequence information provided by this description. For example, using all or part of a nucleic acid sequence selected from the group consisting of 8Ε0 ΙΟ ΝΟ: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 and 38 as a hybridization probe, nucleic acid molecules of the present invention can be isolated
- 4 008007 с использованием стандартных техник гибридизации и клонирования (например, как описано у 8атЬгоок, ί.. ЕтйкЬ, Е.Е. и МапаШ, Т. Мо1еси1аг С1ошид: А ЬаЬога1огу Мапиа1. 2'1. еб., Со1б 8ртшд НагЬог ЬаЬога1огу, Со1б 8ртшд НагЬог ЬаЬота1огу Рге55. Со1б 8ртшд НагЬог, ΝΥ, 1989).- 4 008007 using standard hybridization and cloning techniques (e.g., as described in 8atgook, ί .. Etyk, EE and MapaSh, T. Mo1esi1ag S1oshid: A aoga1ogu Mapia1 2 '1 eb, So1b 8rtshd Nagog aoga1ogu... , S1b 8prtsd Nagbog Laota1ogu Prge55. S1b 8rtsdg Nagbog, V, 1989).
Более того, молекула нуклеиновой кислоты, охватывающая всю или часть последовательности нуклеиновой кислоты из группы, состоящей из 8Ер ГО N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38, может быть выделена полимеразной цепной реакцией (ПЦР) с использованием синтетических олигонуклеотидных праймеров, разработанных на основании информации о последовательности, содержащейся в последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из 8ЕР ГО N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38.Moreover, a nucleic acid molecule encompassing all or part of a nucleic acid sequence from the group consisting of 8Er GO N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20 , 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37, and 38, can be isolated by polymerase chain reaction (PCR) using synthetic oligonucleotide primers designed based on sequence information contained in the sequence nucleic acid selected from the group consisting of 8EP GO N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28 , 29, 31, 32, 34, 35, 37, and 38.
Нуклеиновая кислота настоящего изобретения может быть амплифицирована с использованием кДНК, мРНК или, в качестве альтернативы, геномной ДНК, в качестве матрицы и подходящих олигонуклеотидных праймеров согласно стандартным техникам ПЦР амплификации. Нуклеиновая кислота, амплифицированная таким образом, может быть клонирована в подходящий вектор и охарактеризована при помощи анализа последовательности ДНК.The nucleic acid of the present invention can be amplified using cDNA, mRNA, or, alternatively, genomic DNA, as a template and suitable oligonucleotide primers according to standard PCR amplification techniques. A nucleic acid amplified in this way can be cloned into a suitable vector and characterized by DNA sequence analysis.
Более того, олигонуклеотиды, соответствующие или гибридизуемые с нуклеотидными последовательностями согласно настоящему изобретению, могут быть приготовлены при помощи стандартных техник синтеза, например, используя автоматизированный ДНК синтезатор.Moreover, oligonucleotides corresponding to or hybridizable to nucleotide sequences of the present invention can be prepared using standard synthesis techniques, for example, using an automated DNA synthesizer.
В одном из предпочтительных вариантов осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты настоящего изобретения содержит последовательность нуклеотидов, представленную в 8ЕР ГО N0:2. Последовательность 8ЕР ГО N0:2 соответствует области кодирования гена АкретдШик шдет, представленного в 8ЕР ГО N0:1. Такая кДНК содержит последовательность, кодирующую полипептид NΒЕ028 АкретдШик шдет, как показано в 8ЕР ГО N0:3.In one preferred embodiment, the isolated nucleic acid molecule of the present invention comprises the nucleotide sequence shown in 8EP GO N0: 2. The sequence of 8EP GO N0: 2 corresponds to the coding region of the gene Acredet Schick, presented in 8ER GO N0: 1. Such a cDNA contains a sequence coding for the N0E028 AccretDic Schick polypeptide, as shown in 8EP GO N0: 3.
Во втором предпочтительном варианте осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты настоящего изобретения содержит последовательность нуклеотидов, представленную в 8 Ер ГО N0:5. Последовательность 8ЕР ГО N0:5 соответствует области кодирования гена АкретдШик шдет, предоставленного в 8ЕР ГО N0:4. Такая кДНК содержит последовательность, кодирующую полипептид NΒЕ029 АкретдШик шдет, как показано в 8ЕР ГО N0:6.In a second preferred embodiment, the isolated nucleic acid molecule of the present invention contains the nucleotide sequence shown in 8 Ep GO N0: 5. The sequence of 8EP GO N0: 5 corresponds to the coding region of the gene AkretdShik shdes provided in 8ER GO N0: 4. Such a cDNA contains a sequence encoding the NΒE029 AccretDic Schick polypeptide, as shown in 8EP GO N0: 6.
В третьем предпочтительном варианте осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты настоящего изобретения содержит последовательность нуклеотидов, представленную в 8Ер ГО N0:8. Последовательность 8Ер ГО N0:8 соответствует области кодирования гена АкретдШик шдет, предоставленного в 8Ер ГО N0:7. Такая кДНК содержит последовательность, кодирующую полипептид NΒЕ030 АкретдШик шдет, как показано в 8Ер ГО N0:9.In a third preferred embodiment, the isolated nucleic acid molecule of the present invention contains the nucleotide sequence shown in 8Er GO N0: 8. The sequence of 8 Ep GO N0: 8 corresponds to the coding region of the gene AcrektShik shdes provided in 8 Ep GO N0: 7. Such a cDNA contains a sequence encoding the NΒE030 AccretDish Schick polypeptide, as shown in 8Er GO N0: 9.
В четвертом предпочтительном варианте осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты настоящего изобретения содержит последовательность нуклеотидов, представленную в 8Ер ГО N0:11. Последовательность 8Ер ГО N0:11 соответствует области кодирования гена АкретдШик пре г, предоставленного в 8Ер ГО N0:10. Такая кДНК содержит последовательность, кодирующую полипептид NΒЕ031 АкретдШик шдет, как показано в 8Ер ГО N0:12.In a fourth preferred embodiment, the isolated nucleic acid molecule of the present invention contains the nucleotide sequence shown in 8Er GO N0: 11. The sequence of 8Er GO N0: 11 corresponds to the coding region of the AkretdShik gene r provided in 8Er GO N0: 10. Such a cDNA contains a sequence encoding the NΒE031 polypeptide of Accretum Schick, as shown in 8Er GO N0: 12.
В пятом предпочтительном варианте осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты настоящего изобретения содержит последовательность нуклеотидов, представленную в 8Ер ГО N0:14. Последовательность 8Ер ГО N0:14 соответствует области кодирования гена АкретдШик шдет, предоставленного в 8Ер ГО N0:13. Такая кДНК содержит последовательность, кодирующую полипептид NΒЕ032 АкретдШик шдет, как показано в 8Ер ГО N0:15.In a fifth preferred embodiment, the isolated nucleic acid molecule of the present invention contains the nucleotide sequence shown in 8Er GO N0: 14. The sequence of 8 Ep GO N0: 14 corresponds to the coding region of the gene AcrektShik shdes provided in 8 Ep GO N0: 13. Such a cDNA contains a sequence encoding the NΒE032 AccretDic Schick polypeptide, as shown in 8Er GO N0: 15.
В шестом предпочтительном варианте осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты настоящего изобретения содержит последовательность нуклеотидов, представленную в 8Ер ГО N0:17. Последовательность 8Ер ГО N0:17 соответствует области кодирования гена АкретдШик шдет, предоставленного в 8Ер ГО N0:16. Такая кДНК содержит последовательность, кодирующую полипептид NΒЕ033, АкретдШик шдет, как показано в 8Ер ГО N0:18.In a sixth preferred embodiment, the isolated nucleic acid molecule of the present invention contains the nucleotide sequence shown in 8Er GO N0: 17. The sequence of 8 Ep GO N0: 17 corresponds to the coding region of the gene AcrektShik shdes provided in 8 Ep GO N0: 16. Such a cDNA contains a sequence encoding an NΒE033 polypeptide; Ancredean Schick is shown as shown in 8Er GO N0: 18.
В седьмом предпочтительном варианте осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты настоящего изобретения содержит последовательность нуклеотидов, представленную в 8Ер ГО N0:20. Последовательность 8Ер ГО N0:20 соответствует области кодирования гена АкретдШик шдет, предоставленного в 8Ер ГО N0:19. Такая кДНК содержит последовательность, кодирующую полипептид NΒЕ034 АкретдШик шдет, как показано в 8Ер ГО N0:21.In a seventh preferred embodiment, the isolated nucleic acid molecule of the present invention contains the nucleotide sequence shown in 8Er GO N0: 20. The sequence of 8 Ep GO N0: 20 corresponds to the coding region of the gene AcrektShik shdes provided in 8 Ep GO N0: 19. Such a cDNA contains a sequence encoding the NΒE034 polypeptide of Accretum Schick, as shown in 8Er GO N0: 21.
В восьмом предпочтительном варианте осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты настоящего изобретения содержит последовательность нуклеотидов, представленную в 8Ер ГО N0:23. Последовательность 8Ер ГО N0:23 соответствует области кодирования гена АкретдШик шдет, предоставленного в 8Ер ГО N0:22. Такая кДНК содержит последовательность, кодирующую полипептид NΒЕ034 АкретдШик шдет, как показано в 8Ер ГО N0:24.In an eighth preferred embodiment, the isolated nucleic acid molecule of the present invention contains the nucleotide sequence shown in 8Er GO N0: 23. The sequence of 8 Ep GO N0: 23 corresponds to the coding region of the gene AcrektShik shdes provided in 8 Ep GO N0: 22. Such a cDNA contains a sequence encoding the NΒE034 AccretDic Schick polypeptide, as shown in 8Er GO N0: 24.
В девятом предпочтительном варианте осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты настоящего изобретения содержит последовательность нуклеотидов, представленную в 8Ер ГО N0:265. Последовательность 8Ер ГО N0:26 соответствует области кодирования гена АкретдШик шдет, предоставленного в 8Ер ГО N0:25. Такая кДНК содержит последовательность, кодирующую полипептид NΒЕ034In a ninth preferred embodiment, the isolated nucleic acid molecule of the present invention contains the nucleotide sequence shown in 8Er GO N0: 265. The sequence of 8 Ep GO N0: 26 corresponds to the coding region of the gene AcretdShik shdes provided in 8 Ep GO N0: 25. Such a cDNA contains a sequence encoding an NΒE034 polypeptide
- 5 008007- 5 008007
ЛзрегдШиз шдег. как показано в 8ЕЦ Ш N0:27.LzregdShiz Shdeg. as shown in 8EC W N0: 27.
В десятом предпочтительном варианте осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты настоящего изобретения содержит последовательность нуклеотидов. представленную в 8ЕО Ш N0:29. Последовательность 8Е0 Ш N0:29 соответствует области кодирования гена ЛзрегдШиз шдег. предоставленного в 8Е0 Ш N0:28. Такая кДНК содержит последовательность. кодирующую полипептид ΝΒΕ034 ЛзрегдШиз шдег. как показано в 8ЕЦ Ш N0:30.In a tenth preferred embodiment, the isolated nucleic acid molecule of the present invention comprises a nucleotide sequence. presented in 8EO W N0: 29. The sequence 8E0 W N0: 29 corresponds to the coding region of the Lzregd Schiz gene gene. provided in 8E0 W N0: 28. Such a cDNA contains a sequence. the coding polypeptide ΝΒΕ034 Lzregd Schiz shdeg. as shown in 8EC W N0: 30.
В одиннадцатом предпочтительном варианте осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты настоящего изобретения содержит последовательность нуклеотидов. представленную в 8Е0 Ш N0:32. Последовательность 8Е0 Ш N0:32 соответствует области кодирования гена ЛзрегдШиз шдег. предоставленного в 8Е0 Ш N0:31. Такая кДНК содержит последовательность. кодирующую полипептид ПВЕ034 ЛзрегдШиз шдег. как показано в 8ЕЦ Ш N0:33.In an eleventh preferred embodiment, the isolated nucleic acid molecule of the present invention comprises a nucleotide sequence. presented in 8E0 W N0: 32. The sequence 8E0 W N0: 32 corresponds to the coding region of the Lzregd Schiz gene gene. provided in 8E0 W N0: 31. Such a cDNA contains a sequence. the coding polypeptide PVE034 LzregdShiz shdeg. as shown in 8EC W N0: 33.
В двенадцатом предпочтительном варианте осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты настоящего изобретения содержит последовательность нуклеотидов. представленную в 8Е0 Ш N0:35. Последовательность 8Е0 Ш N0:35 соответствует области кодирования гена ЛзрегдШиз шдег. предоставленного в 8Е0 Ш N0:34. Такая кДНК содержит последовательность. кодирующую полипептид NΒЕ034 ЛзрегдШиз шдег. как показано в 8ЕЦ Ш N0:36.In a twelfth preferred embodiment, the isolated nucleic acid molecule of the present invention comprises a nucleotide sequence. presented in 8E0 W N0: 35. The sequence 8E0 W N0: 35 corresponds to the coding region of the Lzregd Schiz gene gene. provided in 8E0 W N0: 34. Such a cDNA contains a sequence. the coding polypeptide NΒE034 Lzregschiz schdeg. as shown in 8EC W N0: 36.
В тринадцатом предпочтительном варианте осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты настоящего изобретения содержит последовательность нуклеотидов. представленную в 8Е0 Ш N0:38. Последовательность 8Е0 Ш N0:38 соответствует области кодирования гена ЛзрегдШиз шдег. предоставленного в 8Е0 Ш N0:37. Такая кДНК содержит последовательность. кодирующую полипептид NΒЕ034 ЛзрегдШиз шдег. как показано в 8ЕЦ Ш N0:39.In a thirteenth preferred embodiment, the isolated nucleic acid molecule of the present invention contains a nucleotide sequence. presented in 8E0 W N0: 38. The sequence 8E0 W N0: 38 corresponds to the coding region of the Lzregd Schiz gene gene. provided in 8E0 W N0: 37. Such a cDNA contains a sequence. the coding polypeptide NΒE034 as shown in 8EC W N0: 39.
В другом предпочтительном варианте осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты настоящего изобретения содержит молекулу нуклеиновой кислоты. которая комплементарна нуклеотидной последовательности. выбранной из группы. состоящей из 8Е0 Ш N0: 1. 2. 4. 5. 7. 8. 10. 11. 13. 14. 16. 17. 19. 20. 22. 23. 25. 26. 28. 29. 31. 32. 34. 35. 37 и 38 или функциональных эквивалентов таких нуклеотидных последовательностей. Молекула нуклеиновой кислоты. которая комплементарна другой нуклеотидной последовательности. является молекулой. которая достаточно комплементарна другой нуклеотидной последовательности так. что она может гибридизоваться с другой нуклеотидной последовательностью. таким образом. образуя стабильный дуплекс.In another preferred embodiment, the isolated nucleic acid molecule of the present invention comprises a nucleic acid molecule. which is complementary to the nucleotide sequence. selected from the group. consisting of 8Е0 Ш N0: 1. 2. 4. 5. 7. 8. 10. 11. 11. 14. 16. 17. 19. 20. 22. 23. 25. 26. 28. 29. 31. 32. 34. 35. 37 and 38 or functional equivalents of such nucleotide sequences. Nucleic acid molecule. which is complementary to another nucleotide sequence. is a molecule. which is quite complementary to another nucleotide sequence like that. that it can hybridize to a different nucleotide sequence. thus. forming a stable duplex.
Один из аспектов настоящего изобретения имеет отношение к выделенным молекулам нуклеиновых кислот. которые кодируют полипептид настоящего изобретения или его функциональный эквивалент. такой как биологически активный фрагмент или домен. а также к молекулам нуклеиновых кислот. достаточным для использования в качестве гибридизационных зондов для идентификации молекул нуклеиновых кислот. кодирующих полипептид настоящего изобретения. и к фрагментам таких молекул нуклеиновых кислот. подходящих для использования в качестве праймеров ПЦР для амплификации или мутации молекул нуклеиновых кислот. Выделенный полинуклеотид или выделенная нуклеиновая кислота представляет собой ДНК или РНК. которая не является непосредственно граничащей с обеими кодирующими последовательностями. с которыми она непосредственно граничит (одна на 5' и одна на 3' концах) в природном геноме организма. из которого получена. Таким образом. в одном из вариантов осуществления выделенная нуклеиновая кислота включает в себя несколько или все 5' некодирующие (например. промотор) последовательности. которые непосредственно примыкают к кодирующей последовательности. Следовательно. термин включает в себя. например. рекомбинантную ДНК. которая включена в вектор. в автономно реплицирующуюся плазмиду или вирус. или в геномную ДНК прокариота или эукариота. или которая существует как отдельная молекула (например. кДНК или фрагмент геномной ДНК. полученной при помощи ПЦР или обработкой рестрикционными эндонуклеазами) независимо от других последовательностей. Она также включает в себя рекомбинантную ДНК. которая является частью гибридного гена. кодирующего дополнительный полипептид. который является по существу свободным от клеточного вещества. вирусного вещества или культуральной среды (при продуцировании ДНК при помощи ДНК-рекомбинантных техник). или химических предшественников. или других химических веществ (при химическом синтезе). Более того. выделенный фрагмент нуклеиновой кислоты является фрагментом нуклеиновой кислоты. который не является природным. как фрагмент. и не может быть найден в природном состоянии.One aspect of the present invention relates to isolated nucleic acid molecules. which encode the polypeptide of the present invention or its functional equivalent. such as a biologically active fragment or domain. as well as to nucleic acid molecules. sufficient for use as hybridization probes to identify nucleic acid molecules. encoding the polypeptide of the present invention. and fragments of such nucleic acid molecules. suitable for use as PCR primers for amplification or mutation of nucleic acid molecules. An isolated polynucleotide or an isolated nucleic acid is DNA or RNA. which is not directly adjacent to both coding sequences. with which it directly borders (one at 5 'and one at 3' ends) in the natural genome of the body. from which is derived. Thus. in one embodiment, the isolated nucleic acid comprises some or all 5 'non-coding (e.g., promoter) sequences. which are directly adjacent to the coding sequence. Consequently. The term includes. eg. recombinant DNA. which is included in the vector. into an autonomously replicating plasmid or virus. or into the genomic DNA of a prokaryote or eukaryote. or which exists as a separate molecule (for example, a cDNA or a fragment of genomic DNA obtained by PCR or restriction endonuclease treatment) independently of other sequences. It also includes recombinant DNA. which is part of a hybrid gene. encoding an additional polypeptide. which is essentially free of cellular matter. viral substance or culture medium (when producing DNA using DNA recombinant techniques). or chemical precursors. or other chemicals (in chemical synthesis). Moreover. an isolated nucleic acid fragment is a nucleic acid fragment. which is not natural. like a fragment. and cannot be found in its natural state.
Как используются в настоящем описании. термины полинуклеотид или молекула нуклеиновой кислоты включают в себя молекулы ДНК (например. кДНК или геномной ДНК) и молекулы РНК (например. мРНК) и аналоги ДНК или РНК. созданные с использованием нуклеотидных аналогов. Молекула нуклеиновой кислоты может быть одноцепочечной или двухцепочечной. но предпочтительно. является двухцепочечной ДНК. Нуклеиновая кислота может быть синтезирована с использованием аналогов олигонуклеотидов или производных (например. нуклеотидов инозина или фосфоротиоата). Такие олигонуклеотиды могут быть использованы. например. для приготовления нуклеиновых кислот. которые имеют измененные способности спаривания оснований. или увеличенную устойчивость к нуклеазам.As used in the present description. the terms polynucleotide or nucleic acid molecule include DNA molecules (eg. cDNA or genomic DNA) and RNA molecules (eg. mRNA) and DNA or RNA analogs. created using nucleotide analogues. The nucleic acid molecule may be single-stranded or double-stranded. but preferably. is double stranded DNA. A nucleic acid can be synthesized using oligonucleotide analogues or derivatives (e.g., inosine or phosphorothioate nucleotides). Such oligonucleotides may be used. eg. for the preparation of nucleic acids. which have altered base pairing abilities. or increased resistance to nucleases.
Другой вариант осуществления настоящего изобретения предоставляет выделенную молекулу нуклеиновой кислоты. которая является антисмысловой к молекуле нуклеиновой кислоты согласно настояAnother embodiment of the present invention provides an isolated nucleic acid molecule. which is antisense to the nucleic acid molecule according to the present
- 6 008007 щему изобретению. Также включенными в объем настоящего изобретения являются комплементарные нити молекул нуклеиновых кислот, изложенные в настоящем описании.- 6 008007 to the present invention. Also included within the scope of the present invention are the complementary strands of nucleic acid molecules described herein.
Ошибки секвенированияSequencing Errors
Информацию о последовательности, представленную в настоящем описании, не следует толковать настолько узко, чтобы не требовать включения ошибочно идентифицированных оснований. Определенные последовательности, раскрытые в настоящем описании, могут быть легко использованы для выделения полного гена из мицельных грибов, в частности ЛкретдШик гиде г, который, в свою очередь, может быть легко подвергнут дополнительному анализу последовательности, таким образом, идентифицируя ошибки секвенирования.The sequence information presented in the present description should not be construed so narrowly as not to require the inclusion of erroneously identified bases. Certain sequences disclosed herein can be easily used to isolate a complete gene from mycelial fungi, in particular the Lkretdshik guide g, which, in turn, can be easily subjected to additional sequence analysis, thereby identifying sequencing errors.
Если не оговорено иное, все нуклеотидные последовательности, определенные путем секвенирования молекулы ДНК, в настоящем описании определены с использованием автоматизированного ДНК секвенатора, и все аминокислотные последовательности полипептидов, кодированные молекулами ДНК, определенными в настоящем описании, были предсказаны при помощи трансляции последовательности ДНК, определенной как упомянуто выше. Следовательно, как известно в данной области техники, для любой последовательности ДНК, определенной при помощи такого автоматизированного способа, любая нуклеотидная последовательность, определенная в настоящем описании, может содержать некоторые ошибки. Нуклеотидные последовательности, определенные при помощи автоматов, обычно являются по меньшей мере на примерно 90% идентичными, более обычно по меньшей мере от примерно 95% до по меньшей мере примерно 99,9% идентичными реальной нуклеотидной последовательности молекулы секвенированной ДНК. Реальная последовательность может быть более точно определена при помощи других способов, включающих в себя способы секвенирования ДНК вручную, хорошо известные в данной области техники. Как известно в данной области техники, единичная вставка или делеция в определенной нуклеотидной последовательности по сравнению с реальной последовательностью может вызвать сдвиг рамки при трансляции нуклеотидной последовательности таким образом, что предсказанная аминокислотная последовательность, кодированная определенной нуклеотидной последовательностью, может полностью отличаться от аминокислотной последовательности, действительно кодируемой молекулой секвенированной ДНК, начиная с точки такой вставки или делеции.Unless otherwise specified, all nucleotide sequences determined by sequencing a DNA molecule in the present description are determined using an automated DNA sequencer, and all amino acid sequences of the polypeptides encoded by the DNA molecules defined in the present description were predicted by translation of the DNA sequence defined as mentioned above. Therefore, as is known in the art, for any DNA sequence determined by such an automated method, any nucleotide sequence defined in the present description may contain some errors. The nucleotide sequences determined by the machines are usually at least about 90% identical, more usually at least about 95% to at least about 99.9% identical to the actual nucleotide sequence of the sequenced DNA molecule. The actual sequence can be more accurately determined using other methods, including methods for manually sequencing DNA, well known in the art. As is known in the art, a single insertion or deletion in a specific nucleotide sequence compared to a real sequence can cause a frame shift during translation of the nucleotide sequence so that the predicted amino acid sequence encoded by a specific nucleotide sequence can be completely different from the amino acid sequence actually encoded a sequenced DNA molecule, starting at the point of insertion or deletion.
Специалист в данной области техники способен идентифицировать такие ошибочно идентифицированные основания и знает, как откорректировать такие ошибки.A person skilled in the art is able to identify such erroneously identified bases and knows how to correct such errors.
Фрагменты нуклеиновых кислот, зонды и праймерыNucleic acid fragments, probes, and primers
Молекула нуклеиновой кислоты согласно настоящему изобретению может содержать только часть или фрагмент последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из 8ЕО ΙΌ N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38, например фрагмент, который может быть использован в качестве зонда или праймера, или фрагмент, кодирующий часть белка, согласно настоящему изобретению. Нуклеотидная последовательность, определенная из клонирования гена липолитического фермента и кДНК, позволяет создавать зонды и праймеры, разработанные для использования при идентификации и/или клонировании других членов семейства липолитических ферментов, а также гомологов липолитического фермента из других видов. Зонд/праймер обычно содержит по существу очищенный олигонуклеотид, который обычно содержит область нуклеотидной последовательности, которая гибридизуется предпочтительно в условиях высокой жесткости до, по меньшей мере, примерно 12 или 15, предпочтительно примерно 18 или 20, предпочтительно примерно 22 или 25, более предпочтительно примерно 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65 или 75, или более следующих друг за другом нуклеотидов нуклеиновой последовательности, выбранной из группы, состоящей из 8ЕО ΙΌ N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38 или их функциональных эквивалентов.The nucleic acid molecule according to the present invention may contain only a part or fragment of a nucleic acid sequence selected from the group consisting of 8EO ΙΌ N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37, and 38, for example, a fragment that can be used as a probe or primer, or a fragment encoding part of a protein according to the present invention. The nucleotide sequence determined from the cloning of a lipolytic enzyme gene and cDNA allows the creation of probes and primers designed for use in the identification and / or cloning of other members of the lipolytic enzyme family, as well as homologs of the lipolytic enzyme from other species. The probe / primer typically contains a substantially purified oligonucleotide that typically contains a region of a nucleotide sequence that hybridizes, preferably under high stringency, to at least about 12 or 15, preferably about 18 or 20, preferably about 22 or 25, more preferably about 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, or 75, or more consecutive nucleotides of a nucleic acid sequence selected from the group consisting of 8EO ΙΌ N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 and 38, or x functional equivalents.
Зонды, основанные на нуклеотидных последовательностях, предоставленных в настоящем описании, могут быть использованы для обнаружения транскриптов или геномных последовательностей, кодирующих одни и те же или гомологичные белки, например, в других организмах. В предпочтительных вариантах осуществления зонд дополнительно содержит группу-метку, прикрепленную к нему, например, группа-метка может быть радиоизотопом, флуоресцентным соединением, ферментом или кофактором фермента. Такие зонды также могут быть использованы в качестве части набора диагностического теста для идентификации клеток, которые экспрессируют липолитический ферментативный белок.Probes based on the nucleotide sequences provided herein can be used to detect transcripts or genomic sequences encoding the same or homologous proteins, for example, in other organisms. In preferred embodiments, the probe further comprises a tag group attached to it, for example, the tag group can be a radioisotope, a fluorescent compound, an enzyme, or an enzyme cofactor. Such probes can also be used as part of a diagnostic test kit to identify cells that express a lipolytic enzymatic protein.
Идентичность и гомологияIdentity and homology
Термины гомология или процент идентичности в настоящем описании используются взаимозаменяемо. Для цели настоящего изобретения в настоящем описании определено, что для определения процента идентичности двух аминокислотных последовательностей или двух последовательностей нуклеиновых кислот, последовательности совмещают с целью оптимального сравнения (например, могут быть введены пробелы в последовательность первой аминокислоты или последовательность нуклеиновой кислоты для оптимального совмещения со второй последовательностью амино- или нуклеиновой кислоты). Затем сравнивают остатки аминокислоты или нуклеотиды в соответствующих позициях аминокислоты или позициях нуклеотидов. Если позиция в первой последовательности занята таким же остатком аминокислоты или нуклеотида, как соответствующая позиция второй последовательности, то моThe terms homology or percent identity are used interchangeably herein. For the purpose of the present invention, in the present description, it is determined that to determine the percent identity of two amino acid sequences or two nucleic acid sequences, the sequences are combined for optimal comparison (for example, spaces can be entered in the sequence of the first amino acid or nucleic acid sequence for optimal alignment with the second sequence amino or nucleic acid). The amino acid residues or nucleotides at the corresponding amino acid positions or nucleotide positions are then compared. If the position in the first sequence is occupied by the same amino acid or nucleotide residue as the corresponding position of the second sequence, then
- 7 008007 лекулы являются идентичными в этой позиции. Процент идентичности между двумя последовательностями является функцией количества идентичных позиций, присутствующих в двух последовательностях (т.е. % идентичности=количество идентичных позиций/общее количество позиций (т.е. перекрывающихся позиций) х100). Предпочтительно, две последовательности имеют одинаковую длину.- 7 008007 patterns are identical in this position. The percentage of identity between two sequences is a function of the number of identical positions present in two sequences (i.e.,% identity = number of identical positions / total number of positions (i.e. overlapping positions) x100). Preferably, the two sequences have the same length.
Специалисту в данной области техники известен факт, что некоторые различные компьютерные программы являются пригодными для определения гомологии между двумя последовательностями. Например, сравнение последовательностей и определение процента идентичности между двумя последовательностями может сопровождаться использованием математического алгоритма. В предпочтительном варианте осуществления процент идентичности между двумя аминокислотными последовательностями определяют, используя алгоритм №еб1етап апб ХУипксй (1. Μοί. ΒίοΙ. (48): 444-453 (1970)), который встроен в программу САР в пакете программного обеспечения ССС (доступного на 1Шр://\\л\л\7дсд.со1п). используя либо матрикс В1о8§от 62, либо матрикс РАМ250, и вес пробела 16, 14, 12, 10, 8, 6 или 4 и вес длины 1, 2, 3, 4, 5 или 6. Специалисту в данной области техники очевидно, что все указанные различные параметры могут приводить к незначительно различающимся результатам, но что общий процент идентичности двух последовательностей значимо не изменяется при использовании разных алгоритмов.One skilled in the art will recognize that several different computer programs are useful for determining homology between two sequences. For example, comparison of sequences and determination of percent identity between two sequences may be accompanied by the use of a mathematical algorithm. In a preferred embodiment, the percentage of identity between two amino acid sequences is determined using algorithm No. eb1etap apb HUipksy (1. ίοί. ΒίοΙ. (48): 444-453 (1970)), which is built into the CAP program in the CCC software package (available on 1Wr: // \\ l \ l \ 7dd.so1n). using either a B1o8§ot 62 matrix or a PAM250 matrix, and a space weight of 16, 14, 12, 10, 8, 6, or 4 and a weight of length 1, 2, 3, 4, 5, or 6. It will be apparent to those skilled in the art that all these various parameters can lead to slightly different results, but that the overall percentage of identity of the two sequences does not significantly change when using different algorithms.
В другом варианте осуществления процент идентичности между двумя нуклеотидными последовательностями определяют с использованием САР программы в пакете программного обеспечения ССС (доступного на 1Шр://\\л\л\7дсд.со1п) , используя матрикс Ы^8дарбпа.СМР и вес пробела 40, 50, 60, 70 или 80 и вес длины 1, 2, 3, 4, 5 или 6. В другом варианте осуществления процент идентичности двух аминокислотных последовательностей или последовательностей нуклеотидов определяют с использованием алгоритма Е. Меуега апб ХУ.МШег (САВЮ8, 4: 11-17 (1989)), который встроен в АЫСЫ программу (версия 2,0) (доступный на: Ьбр://уедаддб.спгк.1г/Ь1п/а11дп-диекк.сд1), используя таблицу весов остатков РАМ120, штраф длины пробела 12 и штраф пробела 4.In another embodiment, the percentage of identity between two nucleotide sequences is determined using the CAP program in the CCC software package (available at 1Bp: // \\ l \ l \ 7dd.co1n), using the matrix L ^ 8 darbpa. CMP and a gap weight of 40, 50, 60, 70, or 80 and a weight of length 1, 2, 3, 4, 5, or 6. In another embodiment, the percentage of identity of two amino acid or nucleotide sequences is determined using the E. Meueg apb X.M. algorithm (SAVU8, 4: 11-17 (1989)), which is built into ASYS programs (Version 2.0) (available at: br: //uedaddb.spgk.1g/1p/a11dp-diekk.sd1) using a weighting table RAM120 residues fine gap length penalty of 12 and gap 4.
Последовательности нуклеиновых кислот и белков настоящего изобретения дополнительно могут быть использованы в качестве последовательности-запроса для выполнения поиска в общедоступных базах данных, например, для идентификации других членов семейства или родственных последовательностей. Такие типы поиска могут быть выполнены с использованием программ Β6Α8ΤΝ и ВЬА8ТХ (версия 2,0) АбксЬи1 и др. (1990) I. Μοί. Βίοί. 215: 403-10. ВЬА8Т поиски нуклеотидов могут быть выполнены программой ΒΕ-Λ8ΤΝ, объем=100, длина слова=12 для получения нуклеотидных последовательностей, гомологичных молекулам РЬР03 нуклеиновых кислот настоящего изобретения. ВЬА8Т поиски белков могут быть выполнены ВЬА8ТХ программой, объем=50, длина слова=3 для получения аминокислотных последовательностей, гомологичных белковым молекулам РЬР03 настоящего изобретения. Для получения совмещений, содержащих пробелы, с целью сравнения, может быть использована Сарреб ВЬА8Т, описанная АЙксби1 и др. (1997) №с1ею АДбк Век. 25(17):3389-3402. При использовании программ ВЬА8Т и Сарреб ВЬА8Т могут быть применены параметры по умолчанию соответствующих программ (например, Β^Λ8ΤN и ВЬА8ТХ). См. Ьбр://^^^.ηсЬ^.η^т.η^Ь.дον.The nucleic acid and protein sequences of the present invention can further be used as a query sequence to search public databases, for example, to identify other family members or related sequences. Such types of searches can be performed using the programs Β6Α8ΤΝ and ВАА8ТХХ (version 2.0) Abxiu1 et al. (1990) I. Μοί. Βίοί. 215: 403-10. BAB8T nucleotide searches can be performed using the ΒΕ-Λ8ΤΝ program, volume = 100, word length = 12 to obtain nucleotide sequences homologous to the PbP03 nucleic acid molecules of the present invention. The BAB8T protein searches can be performed by the BAB8TX program, volume = 50, word length = 3 to obtain amino acid sequences homologous to the Pb03 protein molecules of the present invention. To obtain combinations containing spaces, for comparison, the Sarreb BAB8T described by Aixby1 et al. (1997) No. s1eyu ADbk Vek can be used. 25 (17): 3389-3402. When using the BAB8T and Sarreb BAB8T programs, the default settings of the respective programs can be applied (for example, Β ^ Λ8ΤN and BAB8TX). See bbr: //^^^.ηсЬ^.η^т.η^Ь.дον.
ГибридизацияHybridization
Как используется в настоящем описании, термин гибридизация предназначен для описания условий гибридизации и промывки, при которых нуклеотидные последовательности по меньшей мере примерно на 50%, по меньшей мере примерно на 60%, по меньшей мере примерно на 70%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 80%, даже более предпочтительно по меньшей мере примерно от 85 до 90%, более предпочтительно по меньшей мере на 95% гомологичные друг другу обычно остаются гибридизованными друг с другом.As used herein, the term hybridization is intended to describe hybridization and washing conditions under which the nucleotide sequences are at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, more preferably at least about 80%, even more preferably at least about 85 to 90%, more preferably at least 95%, homologous to each other usually remain hybridized to each other.
Предпочтительным, не ограничивающим примером таких условий гибридизации является гибридизация в 6х растворе хлорида натрия/цитрата натрия (88С) при примерно 45°С, с последующей одной или двумя промывками в 1-кратном 88С, 0,1% 8Ό8 при 50°С, предпочтительно при 55°С, предпочтительно при 60°С, даже более предпочтительно при 65°С.A preferred, non-limiting example of such hybridization conditions is hybridization in a 6x solution of sodium chloride / sodium citrate (88 ° C) at about 45 ° C, followed by one or two washes in 1x 88 ° C, 0.1% 8-8 at 50 ° C, preferably at 55 ° C, preferably at 60 ° C, even more preferably at 65 ° C.
Условия высокой жесткости включают в себя, например, гибридизацию при 68°С в 5-кратном 88С/5-кратном растворе Денхарда/1,0% 8Ό8 и промывкой в 0,2-кратном 88С/0,1% 8Ό8 при комнатной температуре. В качестве альтернативы промывка может быть выполнена при 42°С.High stringency conditions include, for example, hybridization at 68 ° C in a 5-fold 88C / 5-fold Denhard solution / 1.0% 8Ό8 and washing in a 0.2-fold 88C / 0.1% 8Ό8 at room temperature. Alternatively, washing may be performed at 42 ° C.
Специалисту в данной области техники известно, какие условия применяются в жестких и условиях высокой жесткости гибридизации. Дополнительным руководством относительно таких условий является легко доступное в данной области техники, например, в ЗатЬгсюк и др., 1989, ΜοΕαιΕίΓ Οοηίη§, А ΕηόοгаЮгу Мапиа1, Со1б 8рппд ΗπιΓογ Ргекк, Ν.Υ.; и АикиЬе1 и др. (ебк.), 1995, Ситтеп! Р^οΐοсο1κ ίη ΜοΕαιΕίΓ ВюЕду, (.^кп \УПеу & δο^, Ν.Υ.).One skilled in the art knows which conditions apply under stringent and high stringency hybridization conditions. Additional guidance on such conditions is readily available in the art, for example, in Zatgsiuk et al., 1989, ΜοΕαιΕίΓ Οοηίη§, and ΕηόοгаУгу Мапия1, Со1б 8рппд ΗπιΓογ Регекк, Ν.Υ .; and AikiLe1 et al. (ebk.), 1995, Sittep! P ^ οΐοсο1κ ίη ΜοΕαιΕίΓ VyuEdu, (. ^ Kp \ UPeu & δο ^, Ν.Υ.).
Конечно, полинуклеотид, который гибридизуется только с поли(А) последовательностью (такой как 3' терминальный поли(А) участок мРНК), или с комплементарным фрагментом Т (И) остатков, не может быть включен в полинуклеотид настоящего изобретения, используемый для специфической гибридизации с частью нуклеиновой кислоты настоящего изобретения, поскольку такой нуклеотид будет гибридизоваться с любой молекулой нуклеиновой кислоты, содержащей фрагмент поли(А) или комплементарный ему (например, практически любой клон двухцепочечной ДНК).Of course, a polynucleotide that hybridizes only with a poly (A) sequence (such as a 3 'terminal poly (A) mRNA region), or with a complementary fragment of T (I) residues, cannot be included in the polynucleotide of the present invention used for specific hybridization with a part of the nucleic acid of the present invention, since such a nucleotide will hybridize with any nucleic acid molecule containing a poly (A) fragment or complementary to it (for example, almost any double-stranded DNA clone).
- 8 008007- 8 008007
Получение ДНК полной длины из других организмовObtaining full-length DNA from other organisms
В обычном подходе кДНК библиотеки конструируют из других организмов, например, мицельных грибов, в частности может быть проведен скрининг из видов АкрегдШик.In the usual approach, cDNA libraries are constructed from other organisms, for example, mycelium fungi, in particular, screening from AkregdShik species can be carried out.
Например, штаммы АкретдШик могут быть скринированы для гомологичных полинуклеотидов Нозерн-блот анализом. При обнаружении транскриптов, гомологичных полинуклеотидам согласно настоящему изобретению, кДНК библиотеки могут быть сконструированы из РНК, выделенной из подходящего штамма с использованием стандартных техник, хорошо известных специалистам в данной области техники. В качестве альтернативы может быть скринирована полная библиотека геномной ДНК с использованием зонда, гибридизуемого с полинуклеотидом согласно настоящему изобретению.For example, Accret Shik strains can be screened for homologous polynucleotides by Northern blot analysis. Upon detection of transcripts homologous to the polynucleotides of the present invention, cDNA libraries can be constructed from RNA isolated from a suitable strain using standard techniques well known to those skilled in the art. Alternatively, a complete library of genomic DNA can be screened using a probe hybridizable to the polynucleotide of the present invention.
Гомологичные последовательности генов могут быть выделены, например, путем выполнения ПЦР с использованием двух пулов праймеров вырожденных олигонуклеотидов, разработанных на основе нуклеотидных последовательностей в качестве примера настоящего описания.Homologous gene sequences can be isolated, for example, by performing PCR using two primer pools of degenerate oligonucleotides developed on the basis of nucleotide sequences as an example of the present description.
Матрицей для реакции может быть кДНК, полученная при помощи обратной транскрипции мРНК, приготовленной из штаммов известных или предполагаемых как экспрессирующие полинуклеотид согласно настоящему изобретению. Продукт ПЦР может быть субклонирован и секвенирован для гарантии, что амплифицированные последовательности представляют собой последовательности новой РЬР03 последовательности нуклеиновой кислоты или ее функциональный эквивалент.The matrix for the reaction may be cDNA obtained by reverse transcription of mRNA prepared from strains known or suspected of expressing a polynucleotide according to the present invention. The PCR product can be subcloned and sequenced to ensure that the amplified sequences are the sequences of the new PbP03 nucleic acid sequence or its functional equivalent.
Затем может быть использован ПЦР фрагмент для выделения кДНК клона полной длины при помощи множества известных способов. Например, амплифицированный фрагмент может быть помечен и использован для скрининга бактериофага или космидной кДНК библиотеки. В качестве альтернативы, может быть использован меченый фрагмент для скрининга геномной библиотеки.Then, a PCR fragment can be used to isolate the full length clone cDNA using a variety of known methods. For example, an amplified fragment can be labeled and used for screening a bacteriophage or cosmid cDNA library. Alternatively, a labeled fragment can be used to screen the genomic library.
Технология ПЦР может быть использована для выделения последовательностей кДНК полной длины из других организмов. Например, РНК может быть выделена следующими ниже стандартными процедурами из подходящего клеточного или тканевого источника. Реакция обратной транскрипции может быть выполнена на РНК с использованием олигонуклеотидного праймера, специфичного для наибольшего 5' конца амплифицированного фрагмента для праймирования первого стандартного синтеза.PCR technology can be used to isolate full-length cDNA sequences from other organisms. For example, RNA can be isolated by the following standard procedures from a suitable cellular or tissue source. The reverse transcription reaction can be performed on RNA using an oligonucleotide primer specific for the largest 5 ′ end of the amplified fragment to prime the first standard synthesis.
Полученный в результате гибрид РНК/ДНК затем может быть терминирован (например, гуанинами) с использованием стандартной реакции терминальной трансферазы, гибрид может быть расщеплен РНКазой Н, и затем может быть праймирован вторым стандартным синтезом (например, поли-С праймером). Таким образом, последовательности кДНК выше амплифицированного фрагмента могут быть легко выделены. Для обзора пригодных стратегий клонирования см., например, 8ашЬтоок и др., указаного выше; и Лн5нЬе1 и др., указанного выше.The resulting RNA / DNA hybrid can then be terminated (e.g. with guanines) using a standard terminal transferase reaction, the hybrid can be digested with RNase H, and then primed with a second standard synthesis (e.g. poly-C primer). Thus, cDNA sequences above the amplified fragment can be easily isolated. For a review of suitable cloning strategies, see, for example, Sambox et al., Cited above; and Ln5nbe1 et al., supra.
ВекторыVectors
Другой аспект настоящего изобретения имеет отношение к векторам, предпочтительно векторам экспрессии, содержащим нуклеиновую кислоту, кодирующую белок согласно настоящему изобретению или его функциональный эквивалент. Как используется в настоящем описании, термин вектор относится к молекуле нуклеиновой кислоты, способной транспортировать другую нуклеиновую кислоту, к которой она присоединена. Один тип вектора является плазмидой, которая относится к петле кольцевой двухцепочечной ДНК, в которую могут быть вшиты дополнительные ДНК сегменты. Другой тип вектора является вирусным вектором, в котором дополнительные сегменты ДНК могут быть вшиты в вирусный геном. Некоторые векторы способны автономно реплицироваться в клетке хозяина, в которую они введены (например, бактериальные векторы, имеющие бактериальный источник репликации и эписомальные векторы млекопитающих). Другие векторы (например, неэписомальные векторы млекопитающих) интегрируют в геном клетки хозяина при введении в клетку хозяина, и таким образом, реплицируют в направлении генома хозяина. Более того, некоторые векторы способны к направленной экспрессии генов, к которым они оперативно присоединены. Такие векторы относятся в настоящем описании к векторам экспрессии. В общем случае, векторы экспрессии, полезные в рекомбинантных техниках ДНК, часто находятся в виде плазмид. Термины плазмида и вектор могут быть использованы взаимозаменяемо в настоящем описании, поскольку плазмида является наиболее обычно используемой формой вектора. Однако настоящее изобретение включает в себя другие формы векторов экспрессии, такие как вирусные векторы (например, ретровирусы с поврежденной репликацией, аденовирусы и аденоассоциированные вирусы), которые служат эквивалентным функциям.Another aspect of the present invention relates to vectors, preferably expression vectors, containing a nucleic acid encoding a protein of the present invention or a functional equivalent thereof. As used herein, the term vector refers to a nucleic acid molecule capable of transporting another nucleic acid to which it is attached. One type of vector is a plasmid, which refers to a loop of circular double-stranded DNA into which additional DNA segments can be inserted. Another type of vector is a viral vector in which additional segments of DNA can be inserted into the viral genome. Some vectors are capable of autonomously replicating in the host cell into which they are introduced (for example, bacterial vectors having a bacterial replication source and episomal mammalian vectors). Other vectors (e.g., non-episomal mammalian vectors) integrate into the genome of the host cell when introduced into the host cell, and thus replicate towards the host genome. Moreover, some vectors are capable of directed expression of the genes to which they are operatively linked. Such vectors are referred to herein as expression vectors. In general, expression vectors useful in recombinant DNA techniques are often in the form of plasmids. The terms plasmid and vector can be used interchangeably in the present description, since the plasmid is the most commonly used form of the vector. However, the present invention includes other forms of expression vectors, such as viral vectors (e.g., damaged replication retroviruses, adenoviruses and adeno-associated viruses) that serve equivalent functions.
Рекомбинантные векторы экспрессии настоящего изобретения содержат нуклеиновую кислоту настоящего изобретения в форме, подходящей для экспрессии нуклеиновой кислоты в клетке хозяина, что означает, что рекомбинантный вектор экспрессии включает в себя одну или несколько регуляторных последовательностей, выбранных из оснований клеток хозяина, предназначенных для экспрессии, которые оперативно связываются с нуклеиновой последовательностью, предназначенной для экспрессии. В пределах рекомбинантного вектора экспрессии эффективно связанный предназначен для обозначения, что интересующая нуклеотидная последовательность связана с регуляторной последовательностью(последовательностями) способом, который позволяет экспрессию нуклеотидной последовательности (например, в ίη νίίτο системе транскрипции/трансляции или в клетке хозяина, если вектор введен в клетку хозяина). Термин регуляторная последовательность включает в себя промоторы, энхансеры иThe recombinant expression vectors of the present invention contain the nucleic acid of the present invention in a form suitable for expression of the nucleic acid in the host cell, which means that the recombinant expression vector includes one or more regulatory sequences selected from the bases of the host cells for expression, which are operatively bind to a nucleic acid sequence for expression. Within a recombinant expression vector, efficiently linked is intended to indicate that the nucleotide sequence of interest is linked to the regulatory sequence (s) in a manner that allows expression of the nucleotide sequence (for example, in the transcription / translation system or in the host cell, if the vector is introduced into the host cell ) The term regulatory sequence includes promoters, enhancers and
- 9 008007 другие элементы управления экспрессией (например, сигнал полиаденилирования). Такие регуляторные последовательности описаны, например, в Соеббе1; Сепе Ехргекк1оп ТесЬпокду: МеШобк ίη Епхутокду 185, Асабетк Ргекк, 8аи О|едо. СА (1990). Регуляторные последовательности включают в себя такие, которые управляют конститутивной или индуцируемой экспрессией нуклеотидной последовательности во многих типах клеток хозяина, и такими, которые управляют экспрессией нуклеотидной последовательности только в некоторых клетках хозяина (например, тканеспецифические регуляторные последовательности).- 9 008007 other expression control elements (e.g., polyadenylation signal). Such regulatory sequences are described, for example, in Soebbe1; Sepe Exrgekkop Tespokdu: Mesobk ίη Ephutokdu 185, Asabetk Rgekk, 8ai and | CA (1990). Regulatory sequences include those that control the constitutive or inducible expression of the nucleotide sequence in many types of host cells, and those that control the expression of the nucleotide sequence in only certain host cells (e.g., tissue-specific regulatory sequences).
Специалистам в данной области техники будет очевидно, что разработка вектора экспрессии может зависеть от таких факторов, как выбор клетки хозяина, предназначенной для трансформации, уровня экспрессии желаемого белка и т.п. Векторы экспрессии настоящего изобретения могут быть введены в клетку хозяина, таким образом, для продуцирования белков или пептидов, кодируемых нуклеиновыми кислотами, как изложено в настоящем описании (например, липолитических ферментов, мутированных липолитических ферментов, их фрагментов, вариантов или их функциональных эквивалентов, слитых белков и т.п.).It will be apparent to those skilled in the art that the development of an expression vector may depend on factors such as the choice of host cell to be transformed, the expression level of the desired protein, and the like. The expression vectors of the present invention can be introduced into the host cell, thus, for the production of proteins or peptides encoded by nucleic acids, as described herein (for example, lipolytic enzymes, mutated lipolytic enzymes, fragments thereof, variants or functional equivalents thereof, fusion proteins etc.).
Рекомбинантные векторы экспрессии настоящего изобретения могут быть разработаны для экспрессии липолитических ферментов в прокариотических или эукариотических клетках. Например, белок согласно настоящему изобретению может быть экспрессирован в бактериальных клетках, таких как Е. сой и ВасШик крескк, клетках насекомых (с использованием векторов экспрессии бакуловируса), дрожжевых клетках или клетках млекопитающих. Соответствующие клетки хозяина дополнительно обсуждены в Соеббе1, Сепе Ехргекккп Тес1по1оду: Мебюбк ίη Епхуто1оду 185, Асабетк Ргекк, 8ап Экдо, СА (1990). В качестве альтернативы рекомбинантный вектор экспрессии может быть транскрибирован и транслирован ίη νίϋΌ, например, с использованием Т7 регуляторных последовательностей промотора и Т7 полимеразы.Recombinant expression vectors of the present invention can be designed to express lipolytic enzymes in prokaryotic or eukaryotic cells. For example, the protein of the present invention can be expressed in bacterial cells, such as E. soy and Vaschik kraskk, insect cells (using baculovirus expression vectors), yeast cells, or mammalian cells. Corresponding host cells are further discussed in Soebbe1, Sep Exhrkkkp Tes1poodu: Mebubk ίη Ephutoodu 185, Asabetk Rgekk, 8ap Ekdo, CA (1990). Alternatively, the recombinant expression vector can be transcribed and translated ίη νίϋΌ, for example, using the T7 regulatory sequences of the promoter and T7 polymerase.
Векторы экспрессии, пригодные в настоящем изобретении, включают хромосомные, эписомные и вирусные векторы, например, векторы, полученные из бактериальных плазмид, бактериофага, эписомы дрожжей, хромосомных элементов дрожжей, вирусов, таких как бакуловирусы, паповавирусы, вирусы коровьей оспы, аденовирусы, вирусы оспы птиц, вирусы псевдобешенства и ретровирусы, и векторы, полученные из их комбинаций, таких как полученные из плазмиды и генетических элементов бактериофага, таких как космиды и фагемиды.Expression vectors suitable in the present invention include chromosomal, episomal and viral vectors, for example, vectors derived from bacterial plasmids, bacteriophage, yeast episomes, chromosomal yeast elements, viruses such as baculoviruses, papovaviruses, vaccinia viruses, adenoviruses, smallpox viruses birds, pseudorabies viruses and retroviruses, and vectors derived from combinations thereof, such as those derived from plasmids and bacteriophage genetic elements such as cosmids and phagemids.
Вставка ДНК должна быть оперативно связана с подходящим промотором, таким как РЬ промотор лямбда фага, 1ас Е.сой, промоторы 1гр и 1ас, 8У40 ранний и поздний промоторы и промоторы ЬТК ретровируса, что приведено в качестве некоторых примеров. Специалисту в данной области техники хорошо известны другие подходящие промоторы. В определенном варианте осуществления промоторы предпочтительно являются такими, которые способны управлять высоким уровнем экспрессии липолитических ферментов в мицельных грибах. Такие промоторы известны в данной области техники. Конструкции экспрессии могут содержать сайты инициации транскрипции, терминации, а в транскрибируемых областях - сайт связывания с рибосомой для трансляции. Часть кодирования зрелых транскриптов, экспрессируемых при помощи конструкции, включает в себя АИС, инициирующий трансляцию, в начале и кодон терминации, расположенный соответственно в конце полипептида, предназначенного для трансляции.The DNA insert should be operatively linked to a suitable promoter, such as the Pb lambda phage promoter, 1ac E. coi, 1gr and 1ac promoters, 8Y40 early and late promoters and LTK retrovirus promoters, which are given as some examples. Other suitable promoters are well known to those skilled in the art. In a specific embodiment, the promoters are preferably those that are capable of controlling the high level of expression of lipolytic enzymes in mycelial fungi. Such promoters are known in the art. Expression constructs may contain transcription, termination, and, in transcribed regions, a ribosome binding site for translation. Part of the coding for mature transcripts expressed by the construct includes an AIS that initiates translation at the beginning and a termination codon located respectively at the end of the translation polypeptide.
Вектор ДНК может быть введен в прокариотические или эукариотические клетки посредством обычных техник трансформации или трансфекции. Как использовано в настоящем описании, термины трансформация и трансфекция предназначены для обозначения различных техник, известных в данной области техники, для введения чужой нуклеиновой кислоты (например, ДНК) в клетку хозяина, включающую в себя преципитацию фосфатом кальция или хлоридом кальция, ЭЕАЕ-декстранопосредованную трансфекцию, трансдукцию, инфекцию, липофекцию, трансфекцию с катионными липидами, или электропорацию. Подходящие способы для трансформации или трансфекции клеток хозяина могут быть найдены в 8атЬгоок и др. (Мо1еси1аг С1ошпд: А ЬаЬогаГогу Мапиа1, 2пб, еб. Со1б 8рппд НагЬог ЬаЬогакгу, Со1б 8ргшд НагЬог ЬаЬогакгу Ргекк, Со1б 8рппд НагЬог, ΝΥ, 1989), ΟπνΕ и др., Вакк Мебюбк ίη Мо1еси1аг Вю1оду (1986) и в других лабораторных руководствах.The DNA vector can be introduced into prokaryotic or eukaryotic cells using conventional transformation or transfection techniques. As used herein, the terms transformation and transfection are intended to refer to various techniques known in the art for introducing foreign nucleic acid (e.g., DNA) into a host cell, including precipitation with calcium phosphate or calcium chloride, EEAE-dextran-mediated transfection transduction, infection, lipofection, transfection with cationic lipids, or electroporation. Suitable methods for transforming or transfecting host cells can be found in 8atgook et al (Mo1esi1ag S1oshpd: A aogaGogu Mapia1, 2 pb, ee So1b 8rppd Nagog aogakgu, So1b 8rgshd Nagog aogakgu Rgekk, So1b 8rppd Nagog, ΝΥ, 1989.)., ΟπνΕ et al., Wack Mebubk ίη Mo1eci1ag Vu1odu (1986) and other laboratory manuals.
Для стабильной трансфекции клеток млекопитающих известно, что в зависимости от используемых вектора экспрессии и техники трансфекции, только небольшая фракция клеток может интегрировать чужую ДНК в свой геном. Для идентификации и отбора таких интегрантов, обычно в клетки хозяина вместе с интересующим геном вводят ген, кодирующий селектируемый маркер (например, устойчивый к антибиотикам). Предпочтительные селектируемые маркеры включают такие, которые предоставляют устойчивость к лекарственным веществам, таким как С418, гигромицин и метатриксат. Нуклеиновую кислоту, кодирующую селектируемый маркер, предпочтительно вводят в клетку хозяина на тот же самый вектор, который кодирует белок согласно настоящему изобретению или могут ввести на отдельный вектор. Клетки, стабильно трансфецируемые введенной нуклеиновой кислотой, могут быть идентифицированы при помощи отбора лекарственным препаратом (например, клетки, которые имеют встроенный ген селектируемого маркера, будут выживать, в то время как другие клетки вымрут).For stable transfection of mammalian cells, it is known that, depending on the expression vector and transfection technique used, only a small fraction of cells can integrate foreign DNA into its genome. To identify and select such integrants, usually a gene encoding a selectable marker (for example, resistant to antibiotics) is introduced into the host cells with the gene of interest. Preferred breeding markers include those that provide resistance to drug substances such as C418, hygromycin and metatrixate. A nucleic acid encoding a selectable marker is preferably introduced into the host cell on the same vector that encodes a protein according to the present invention or can be introduced on a separate vector. Cells stably transfected with the introduced nucleic acid can be identified by drug selection (for example, cells that have an integrated selectable marker gene will survive while other cells die out).
Экспрессию белков в прокариотах часто осуществляют в векторах Е. сой, содержащих конститутивные или индуцируемые промоторы, управляющие экспрессией либо слитых, либо неслитых белков.The expression of proteins in prokaryotes is often carried out in E. soy vectors containing constitutive or inducible promoters that control the expression of either fusion or non-fusion proteins.
- 10 008007- 10 008007
Слитые векторы добавляют некоторое количество аминокислот в белок, кодируемый ими, например, к амино концу рекомбинантного белка. Такие слитые векторы обычно служат для трех целей: 1) для увеличения экспрессии рекомбинантного белка; 2) для увеличения растворимости рекомбинантного белка; и 3) с целью очистки рекомбинантного белка путем воздействия в качестве лиганда при аффинной очистке. Часто, в слитых векторах экспрессии сайт протеолитического расщепления вводят в место соединения слитой группы и рекомбинантного белка для возможного отделения рекомбинантного белка от слитой группы после очистки слитого белка. Такие ферменты, и их родственные узнаваемые последовательности, включают в себя фактор Ха, тромбин и энтерокиназу.Fusion vectors add a certain amount of amino acids to the protein encoded by them, for example, to the amino terminus of a recombinant protein. Such fusion vectors usually serve three purposes: 1) to increase the expression of a recombinant protein; 2) to increase the solubility of the recombinant protein; and 3) for the purification of a recombinant protein by exposure as a ligand in affinity purification. Often, in fusion expression vectors, the proteolytic cleavage site is introduced at the junction of the fusion group and the recombinant protein to possibly separate the recombinant protein from the fusion group after purification of the fusion protein. Such enzymes, and their related recognizable sequences, include factor Xa, thrombin, and enterokinase.
Как указано, векторы экспрессии предпочтительно могут содержать селектируемые маркеры. Такие маркеры включают дигидрофолат редуктазу или устойчивость к неомицину для культуры эукариотических клеток и устойчивость к тетрацилину или ампициллину для культивирования в Е. сой и других бактериях. Представленные примеры подходящих хозяев включают в себя бактериальные клетки, такие как Е. сой, 8!гер!отусек и 8а1топе11а !урй1тигшт; клетки грибов, таких как дрожжи; клетки насекомых, таких как Эгокорййа 82 и 8робор!ега 8Г9; клетки животных, такие как СНО, С08 и меланомы Вотек; и клетки растений. Подходящие культуральные среды и условия для выше описанных клеток хозяина известны специалистам в данной области техники.As indicated, expression vectors may preferably contain selectable markers. Such markers include dihydrofolate reductase or neomycin resistance for eukaryotic cell culture and tetracycline or ampicillin resistance for cultivation in E. soybean and other bacteria. Presented examples of suitable hosts include bacterial cells, such as E. soy, 8! Ger! Otus and 8a1top11a! Urty1sht; fungal cells such as yeast; insect cells such as Egokoryya 82 and 8boron! ega 8G9; animal cells such as CHO, C08 and Votek melanoma; and plant cells. Suitable culture media and conditions for the host cells described above are known to those skilled in the art.
Среди векторов предпочтительными для использования в бактериях являются рЦЕ70, рЦЕ60 и РОЕ-9, доступные от Ц1адеп; рВ8 векторы, Рйадекспр! векторы, В1иекспр! векторы, рNΗ8А, рNΗ16А, рNΗ18А, рNΗ46А, доступные от 8!га!адепе; и р!гс99а рКК223-3, рКК233-3, рЭЯ540, рЯГГ5, доступные от РНагтааа. Среди предпочтительных эукариотических векторов - Р\\'ЪКР0 р8У2САТ р0044 р2Т1 и р8О, доступные от 8!га!адепе; и р8УК3, рВРУ, рМ8О и р8УЪ, доступные от Рйагташа. Другие подходящие векторы могут быть легко очевидными для специалистов в данной области техники.Among the vectors, pCE70, pCEE60 and POE-9, available from C1adep, are preferred for use in bacteria; RV8 vectors, Ryadekspr! vectors, B1expr! vectors, pNΗ8A, pNΗ16A, pNΗ18A, pNΗ46A, available from 8! ha! adepe; and r! gs99a rKK223-3, rKK233-3, rEYA540, rYAGG5, available from RNagtaaa. Among the preferred eukaryotic vectors are P \\ bKP0 p8U2CAT p0044 p2T1 and p8O, available from 8! Ha! Adepe; and p8UK3, pVRU, pM8O and p8U3, available from Ryagtash. Other suitable vectors may be readily apparent to those skilled in the art.
Известные бактериальные промоторы для использования в настоящем изобретения включают в себя 1ас1 и 1ас2 промоторы Е.сой, Т3 и Т7 промоторы, др! промотор, лямбда РЯ, РЬ промоторы и !рг промотор, промотор тимидин киназы Η8ν, 8У40 ранние и поздние промоторы, ЬТЯ промоторы ретровируса, такого как вируса саркомы Рауса ('Έ8ν), промоторы металлотионина, такие как промотор металлотионина-Ι мыши.Known bacterial promoters for use in the present invention include the 1ac1 and 1ac2 E.soy promoters, T3 and T7 promoters, etc. the promoter, lambda Pb, Pb promoters and! pg promoter, thymidine kinase promoter Η8ν, 8У40 early and late promoters, bTH promoters of retrovirus, such as Routh sarcoma virus (Έ Έ8ν), metallotionin promoters, such as mouse metallothionine promoter.
Вставка энхансерной последовательности в вектор может увеличить транскрипцию ДНК, кодирующую полипептиды настоящего изобретения у высших эукариот. Энхансеры являются цисдействующими элементами ДНК, обычно примерно от 10 до 300 п.н., которые действуют для увеличения транскрипционной активности промотора в данном типе клетки хозяина. Примеры энхансеров включают 8ν40 энхансер, который расположен на дальней по отношению к началу репликации стороне на от п. н. 100 до 270, энхансер раннего промотора цитомегаловируса, энхансер полиомы на дальней по отношению к началу репликации стороне и энхансеры аденовирусов.The insertion of an enhancer sequence into a vector can increase the transcription of DNA encoding the polypeptides of the present invention in higher eukaryotes. Enhancers are cis-acting DNA elements, usually from about 10 to 300 bp, which act to increase the transcriptional activity of a promoter in a given type of host cell. Examples of enhancers include the 8ν40 enhancer, which is located on the side furthest from the start of replication. 100 to 270, enhancer of the early promoter of cytomegalovirus, enhancer of the polyoma on the far side with respect to the beginning of replication, and enhancers of adenoviruses.
Для секреции транслированного белка в просвет эндоплазматического ретикулума, в пространство периплазмы или в окружающую среду вне клетки, в эспрессируемый полипептид может быть вставлен подходящий сигнал секреции. Сигналы могут быть эндогенными для полипептида или они могут быть гетерологичными сигналами.For secretion of the translated protein into the lumen of the endoplasmic reticulum, into the periplasm space or into the environment outside the cell, a suitable secretion signal can be inserted into the expressed polypeptide. The signals may be endogenous to the polypeptide or they may be heterologous signals.
Полипептид может быть экспрессирован в модифицированном виде, таком как слитый белок, и может включать в себя не только сигналы секреции, а также дополнительные гетерологичные функциональные области. Таким образом, например, область дополнительных аминокислот, частично измененных аминокислот, может быть добавлена к Ν-концу полипептида для улучшения стабильности и персистенции в клетке хозяина, во время очистки или во время последующей обработки и хранения. Также для облегчения очистки к полипептиду могут быть добавлены пептидные группы.The polypeptide may be expressed in a modified form, such as a fusion protein, and may include not only secretion signals, but also additional heterologous functional regions. Thus, for example, a region of additional amino acids, partially altered amino acids, can be added to the Ν-terminus of the polypeptide to improve stability and persistence in the host cell, during purification or during subsequent processing and storage. Also, peptide groups can be added to the polypeptide to facilitate purification.
Полипептиды согласно настоящему изобретениюPolypeptides of the Invention
Настоящее изобретение представляет выделенные полипептиды, имеющие аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из 8ЕО ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39, аминокислотную последовательность, получаемую путем экспрессии полинуклеотида, выбранного из группы, состоящей из 8ЕО ΙΌ N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 34, 35, 37 и 38 в подходящем хозяине. Также пептид или полипептид, содержащий функциональный эквивалент выше указанных полипептидо, включен в настоящее изобретение. Выше указанные полипептиды совместно включены в термин полипептиды согласно настоящему изобретению.The present invention provides isolated polypeptides having an amino acid sequence selected from the group consisting of 8EO ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36, and 39, the amino acid sequence obtained by expression of a polynucleotide selected from the group consisting of 8EO ΙΌ N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 34, 35, 37 and 38 in a suitable host. Also, a peptide or polypeptide containing a functional equivalent of the above polypeptides is included in the present invention. The above polypeptides are collectively included in the term polypeptides of the present invention.
Термины пептид и олигопептид считаются синонимами (что является общепризнанным) и каждый термин может быть использован взаимозаменяемо, как требуется по контексту, для указания цепи, по меньшей мере, из двух аминокислот, связанных пептидными связями. Слово полипептид используется в настоящем описании для цепей, содержащих более семи аминокислотных остатков. Все формулы или последовательности олигопептидов и пептидов в настоящем описании написаны слева направо и в направлении от аминоконца к карбоксильному концу. Однобуквенный код аминокислот, используемый в настоящем описании, обычно известен специалистам в данной области техники и может быть найден в 8атЬгоок и др. (Мо1еси1аг С1ошпд: А ЬаЬога!огу Мапиа1, 2пб, еб. Со1б 8ргшд НагЬог ЬаЬога!огу, Со1б 8ргшд НагЬог ЬаЬога!огу Ргекк, Со1б 8ргшд НагЬог, NΥ, 1989).The terms peptide and oligopeptide are considered synonyms (which is universally recognized) and each term can be used interchangeably, as required by context, to indicate a chain of at least two amino acids linked by peptide bonds. The word polypeptide is used in the present description for chains containing more than seven amino acid residues. All formulas or sequences of oligopeptides and peptides in the present description are written from left to right and in the direction from the amino terminus to the carboxyl end. The one-letter code of amino acids used herein is commonly known to those skilled in the art and can be found in 8atgook et al (Mo1esi1ag S1oshpd:.! A aoga OSU Mapia1, 2 pb, ee So1b 8rgshd Nagog aoga OSU, So1b 8rgshd Nagog.! Lebogo ogu Rheck, Co1b 8rgd Nagbog, NΥ, 1989).
Под выделенным полипептидом или белком подразумевается полипептид или белок, удаленныйBy an isolated polypeptide or protein is meant a polypeptide or protein deleted
- 11 008007 из его естественного окружения. Например, рекомбинантно продуцируемые полипептиды и белки, экспрессируемые в клетках хозяина, считаются выделенными для цели настоящего изобретения, поскольку являются природными или рекомбинантными полипептидами, которые были по существу очищены любым подходящим способом, таким как, например, способ одноэтапной очистки, описанный в διηίΐΐι и 1ойп8оп, Сепе 67:31-40 (1988) .- 11 008007 from its natural surroundings. For example, recombinantly produced polypeptides and proteins expressed in host cells are considered isolated for the purpose of the present invention because they are natural or recombinant polypeptides that have been essentially purified by any suitable method, such as, for example, the one-step purification method described in διηίΐΐι and 1пп8оп Sepe 67: 31-40 (1988).
Липолитический фермент согласно настоящему изобретению может быть восстановлен и очищен из рекомбинантных клеточных культур при помощи хорошо известных способов, включающих в себя преципитацию сульфатом аммония или спиртом, экстракцию кислотой, анион- или катион-обменную хроматографию, хроматографию на фосфоцеллюлозе, хроматографию гидрофобных взаимодействий, афинную хроматографию, хроматографию с гидроксиапатитом и хроматографию на лектине. Наиболее предпочтительно для очистки используют метод высокоэффективной жидкостной хроматографии (ВЭЖХ).The lipolytic enzyme according to the present invention can be restored and purified from recombinant cell cultures using well-known methods, including precipitation with ammonium sulfate or alcohol, acid extraction, anion or cation exchange chromatography, chromatography on phosphocellulose, chromatography of hydrophobic interactions, affinity chromatography hydroxyapatite chromatography and lectin chromatography. Most preferably, high performance liquid chromatography (HPLC) is used for purification.
Полипептиды настоящего изобретения включают очищенные естественным путем продукты, продукты способов химического синтеза и продукты, полученные рекомбинантными техниками от прокариотического или эукариотического хозяина, включающего, например, бактериальные дрожжевые клетки, клетки высших растений, насекомых и млекопитающих. В зависимости от используемого хозяина в способе получения рекомбинанта полипептиды настоящего изобретения могут быть гликозилированными или могут быть негликозилированными. Дополнительно, полипептиды настоящего изобретения могут также включать исходно модифицированный остаток метионина, в некоторых случаях, как результат процессов опосредованных хозяином.The polypeptides of the present invention include naturally purified products, products of chemical synthesis methods and products obtained by recombinant techniques from a prokaryotic or eukaryotic host, including, for example, bacterial yeast cells, cells of higher plants, insects and mammals. Depending on the host used in the recombinant production method, the polypeptides of the present invention may be glycosylated or may be non-glycosylated. Additionally, the polypeptides of the present invention may also include an initially modified methionine residue, in some cases, as a result of host-mediated processes.
Липолитический фермент согласно настоящему изобретению может быть преимущественно использован в хлебопекарных процессах. Количество фермента, которое должно быть добавлено в тесто, определяют эмпирически. Это может зависеть от качества используемой муки, степени улучшения, которая требуется, вида хлеба или печеных изделий, способа приготовления теста, пропорции других ингредиентов и т. д.The lipolytic enzyme according to the present invention can be advantageously used in baking processes. The amount of enzyme to be added to the dough is determined empirically. This may depend on the quality of the flour used, the degree of improvement that is required, the type of bread or baked goods, the method of preparation of the dough, the proportion of other ingredients, etc.
Фрагменты белковProtein fragments
Отличительными особенностями настоящего изобретения являются биологически активные фрагменты полипептидов согласно настоящему изобретению.Distinctive features of the present invention are biologically active fragments of the polypeptides according to the present invention.
Биологически активные фрагменты полипептида согласно настоящему изобретению включают полипептиды, содержащие аминокислотные последовательности, в достаточной степени идентичные или полученные из аминокислотной последовательности липолитического фермента (например, аминокислотная последовательность, выбранная из группы, состоящей из 8ЕО ГО N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39), которая включает в себя меньше аминокислот, чем белок полной длины, и проявляет по меньшей мере одну биологическую активность соответствующего белка полной длины. Обычно биологически активные фрагменты содержат домен или основу по меньшей мере одной с активностью соответствующего белка полной длины.Biologically active fragments of the polypeptide according to the present invention include polypeptides containing amino acid sequences that are sufficiently identical or derived from the amino acid sequence of a lipolytic enzyme (for example, an amino acid sequence selected from the group consisting of 8EO GO N0: 3, 6, 9, 12, 15 (18, 21, 24, 27, 30, 33, 36, and 39), which includes less amino acids than the full-length protein, and exhibits at least one biological activity of the corresponding full-length protein. Typically, biologically active fragments contain a domain or base of at least one with the activity of the corresponding full-length protein.
Биологически активный фрагмент белка согласно настоящему изобретению может быть полипептидом, который, например, представляет собой в длину 10, 25, 50, 100 или более аминокислот. Более того, другие биологически активные части, в которых удалены другие области белка, могут быть приготовлены при помощи рекомбинантных техник и оценены для одной или более биологических активностей природной формы полипептида настоящего изобретения.The biologically active fragment of the protein according to the present invention may be a polypeptide, which, for example, is a length of 10, 25, 50, 100 or more amino acids. Moreover, other biologically active parts in which other regions of the protein have been removed can be prepared using recombinant techniques and evaluated for one or more biological activities of the natural form of the polypeptide of the present invention.
Отличительными особенностями настоящего изобретения также являются фрагменты нуклеиновых кислот, которые кодируют выше описанные биологически активные фрагменты липолетического ферментативного белка.Distinctive features of the present invention are also nucleic acid fragments that encode the above-described biologically active fragments of a lipolytic enzymatic protein.
Слитые белкиFusion proteins
Белки настоящего изобретения или их функциональные эквиваленты, например, их биологически активные части, могут быть эффективно присоединены к нелиполитическому ферментативному полипептиду (например, гетерологичные аминокислотные последовательности) для образования слитых белков. Как используется в настоящем описании, химерный белок или слитый белок липолитического фермента содержит липолитический ферментативный белок, оперативно связанный с нелиполитическим ферментативным белком. Липолитический ферментативный полипептид относится к полипептиду, имеющему аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из 8ЕО ГО N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39, тогда как нелиполитический ферментативный полипептид относится к полипептиду, имеющему аминокислотную последовательность, соответствующую белку, который не является по существу гомологичным липолитическому ферменту, например, белку, который отличается от липолитического фермента и который получен из того же самого или другого организма. В липолитическом ферментативном слитом белке липолитический ферментативный полипептид может соответствовать всему или части липолитического ферментативного белка. В предпочтительном варианте осуществления липолитический ферментативный слитый белок содержит по меньшей мере один биологически активный фрагмент липолитического ферментативного белка. В другом предпочтительном варианте осуществления липолитический ферментативный слитый белок содержит по меньшей мере две биологически активные части липолитического ферментативного белка. В слитом белке термин эффекThe proteins of the present invention or their functional equivalents, for example, their biologically active parts, can be efficiently attached to a non-lipolytic enzymatic polypeptide (for example, heterologous amino acid sequences) to form fusion proteins. As used herein, a chimeric protein or lipolytic enzyme fusion protein comprises a lipolytic enzymatic protein operably linked to a non-lipolytic enzymatic protein. A lipolytic enzymatic polypeptide refers to a polypeptide having an amino acid sequence selected from the group consisting of 8EO GO N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 and 39, while non-political Enzymatic polypeptide refers to a polypeptide having an amino acid sequence corresponding to a protein that is not substantially homologous to a lipolytic enzyme, for example, a protein that is different from a lipolytic enzyme and which is derived from the same or another organism. In a lipolytic enzymatic fusion protein, the lipolytic enzymatic polypeptide may correspond to all or part of the lipolytic enzymatic protein. In a preferred embodiment, the lipolytic enzymatic fusion protein comprises at least one biologically active fragment of the lipolytic enzymatic protein. In another preferred embodiment, the lipolytic enzymatic fusion protein comprises at least two biologically active parts of the lipolytic enzymatic protein. In fusion protein, the term effec
- 12 008007 тивно связанный предназначен для обозначения того, что липолитический ферментативный полипептид и нелиполитический ферментативный полипептид соединены друг с другом с сохранением рамки считывания. Нелиполитический ферментативный полипептид может быть присоединен к Ν-концу или С-концу липолитического ферментативного полипептида.- 12 008007 active binding is intended to indicate that the lipolytic enzymatic polypeptide and the non-lipolytic enzymatic polypeptide are connected to each other while maintaining the reading frame. The non-lipolytic enzymatic polypeptide may be attached to the Ν-terminus or C-terminus of the lipolytic enzymatic polypeptide.
Например, в одном из вариантов осуществления слитый белок является С8Т липолитическим ферментативным слитым белком, в котором липолитическая ферментативная последовательность присоединена к С-концу С8Т последовательности. Такие слитые белки могут облегчить очистку рекомбинантного липолитического фермента(ферментов). В другом варианте осуществления слитый белок является липолитическим ферментативным белком, содержащим гетерологичную сигнальную последовательность на Ν-конце. В некоторых клетках хозяина (например, клетках хозяина млекопитающих и дрожжей) экспрессия и/или секреция липолитического фермента может быть увеличена путем использования гетерологичной сигнальной последовательности.For example, in one embodiment, the fusion protein is a C8T lipolytic enzymatic fusion protein in which the lipolytic enzymatic sequence is attached to the C-terminus of the C8T sequence. Such fusion proteins may facilitate the purification of the recombinant lipolytic enzyme (s). In another embodiment, the fusion protein is a lipolytic enzymatic protein containing a heterologous signal sequence at the конце-terminus. In some host cells (e.g., mammalian and yeast host cells), expression and / or secretion of a lipolytic enzyme can be increased by using a heterologous signal sequence.
В другом примере др67 секреторная последовательность белка оболочки бакуловируса может быть использована в качестве гетерологичной сигнальной последовательности (Ситгеи! Рто1оео18 ίη Мо1еси1аг Βίοίοβν. Ли8иЬе1 и др., 1о1ш \Убеу & 8оп5. 1992). Другие примеры гетерологичной сигнальной последовательности эукариот включают в себя секреторные последовательности мелиттина и плацентарной алкалин фосфатазы человека (81та1адепе; Ьа 1о11а, Калифорния). В еще одном примере пригодные гетерологичные сигнальные последовательности прокариот включают в себя р1юА секреторный сигнал (8ашЬтоок и др., указанный выше) и секреторный сигнал протеина А (Рйатшаша Вю1ес11; Р18са1а^ау, Νο\ν 1ет§еу).In another example, d67, the secretory sequence of the baculovirus envelope protein can be used as a heterologous signal sequence (Sitgei! Ptoleo18 ίη Mo1eci1ag Βίοίοβν. Li8uBe1 et al., 1o1sh \ Ubeu & 8op5. 1992). Other examples of the heterologous eukaryotic signal sequence include the secretory sequences of human melittin and placental alkaline phosphatase (81ta1 adepe; La 1-11a, California). In yet another example, suitable heterologous prokaryotic signal sequences include a p1yuA secretory signal (8AbOtok et al., Above) and a protein A secretory signal (Ryatshasha Vy1es11; P18ca1a ^ ay, \ο \ ν 1еtееу).
Сигнальная последовательность может быть использована для облегчения секреции и выделения белка или полипептида настоящего изобретения. Сигнальная последовательность обычно характеризуется кором гидрофобных аминокислот, которые обычно отрезаются от белка во время секреции за одно или несколько отрезаний. Такие сигнальные пептиды содержат сайты процессинга, которые позволяют отрезать сигнальную последовательность от созревших белков, пока они проходят путь секреции. Сигнальная последовательность управляет секрецией белка, такого как из эукариотической клетки хозяина, в которую трансформируют вектор экспрессии, и сигнальная последовательность последовательно или одновременно отрезается. Затем белок может быть быстро очищен от внеклеточной среды при помощи известных в данной области техники способов. В качестве альтернативы, сигнальная последовательность может быть присоединена к интересующему белку с использованием последовательности, которая легко очищается, к такой как с С8Т доменом. Таким образом, например, последовательность, кодирующая полипептид, может быть слита с последовательностью маркера, такой как последовательность, кодирующая пептид, который облегчает очистку слитого полипептида. В некоторых вариантах осуществления такого аспекта настоящего изобретения последовательность маркера является пептидом гексагистидина, таким как 1ад, предоставляемый в рЦЕ векторе (Ц1адеп, 1пс), который является одним из многих, которые коммерчески доступны. Как описано в Сеп1х и др., Ргос. №И. Асаб. 8с1 И8А 86:821-824 (1989), например, гексагистидин предоставлен для обычной очистки слитого белка. Например, НА метка является другим пептидом, пригодным для очистки, который соответствует эпитопу полученного белка гриппа гемаглютинина, который описан ^йкоп и др., Се11 37:767 (1984).The signal sequence can be used to facilitate the secretion and isolation of the protein or polypeptide of the present invention. The signal sequence is usually characterized by a core of hydrophobic amino acids, which are usually cut off from the protein during secretion in one or more cuts. Such signal peptides contain processing sites that allow the signal sequence to be cut off from mature proteins as they pass the secretion path. The signal sequence controls the secretion of a protein, such as from a eukaryotic host cell into which the expression vector is transformed, and the signal sequence is sequentially or simultaneously cut off. Then the protein can be quickly purified from the extracellular medium using methods known in the art. Alternatively, the signal sequence can be attached to the protein of interest using a sequence that is easily purified, such as with a C8T domain. Thus, for example, a sequence encoding a polypeptide can be fused to a marker sequence, such as a sequence encoding a peptide, which facilitates purification of the fusion polypeptide. In some embodiments of such an aspect of the present invention, the marker sequence is a hexahistidine peptide, such as 1 ad, provided in the pCE vector (C1adep, 1ps), which is one of many that are commercially available. As described in Sep1x et al., Proc. No. And. Asab. 8c1 I8A 86: 821-824 (1989), for example, hexahistidine is provided for routine purification of a fusion protein. For example, the HA tag is another peptide suitable for purification that corresponds to the epitope of the obtained hemaglutinin flu protein, which is described by JCop et al., Ce11 37: 767 (1984).
Предпочтительно химерный или слитый белок настоящего изобретения получают при помощи стандартных ДНК-рекомбинантных техник. Например, ДНК фрагменты, кодирующие различные полипептидные последовательности, соединены вместе с сохранением рамки считывания согласно обычным техникам, например, путем использования тупых или выступающих концов для сшивки, расщепления рестриктазами для обеспечения подходящих концов, соответственно заполнения липких концов, обработки алкалин фосфатазой для исключения нежелательных соединений и ферментативной сшивки. В другом варианте осуществления слитый белок может быть синтезирован обычными способами, включающими в себя автоматизированные ДНК синтезаторы. В качестве альтернативы, ПЦР амплификация генных фрагментов может быть осуществлена с использованием праймеров якорей, которые повышают комплементарность выступов между двумя последовательными генными фрагментами, которые затем могут быть гибридизованы и снова амплифицированы для создания химерной генной последовательности (см., например, Сштеп! РтоФсок ίη Мо1еси1аг Вю1оду, еб§. Аи8иЬе1 и др. 1о1ш \Убеу & 8оп§: 1992). Более того, многие векторы экспрессии являются коммерчески доступными, которые уже кодируют слитые компоненты (например, С8Т полипептид). Липолитические нуклеиновые кислоты, кодирующие фермент, могут быть клонированы в такие векторы экспрессии из условия, чтобы слитый компонент являлся связанным с сохранением рамки считывания с липолитическим ферментативным белком.Preferably, the chimeric or fusion protein of the present invention is obtained using standard DNA recombinant techniques. For example, DNA fragments encoding various polypeptide sequences are linked together with a reading frame according to conventional techniques, for example, by using blunt or protruding ends for crosslinking, restriction enzyme cleavage to provide suitable ends, respectively filling sticky ends, treating alkaline phosphatase to eliminate undesired compounds and enzymatic crosslinking. In another embodiment, the fusion protein can be synthesized by conventional methods, including automated DNA synthesizers. Alternatively, PCR amplification of gene fragments can be carried out using anchor primers that increase the complementarity of the protrusions between two consecutive gene fragments, which can then be hybridized and amplified again to create a chimeric gene sequence (see, for example, Stp! RtoFsok ίη Mo1esi1ag Wuodu, ebg. Ai8bie1 et al. Moreover, many expression vectors are commercially available that already encode fusion components (e.g., C8T polypeptide). Lipolytic nucleic acids encoding an enzyme can be cloned into expression vectors such that the fusion component is associated with maintaining a reading frame with a lipolytic enzymatic protein.
Функциональные эквивалентыFunctional Equivalents
Термины функциональные эквиваленты и функциональные варианты используются в настоящем описании взаимозаменяемо. Функциональные эквиваленты ДНК, кодирующей липолитический фермент, являются выделенными фрагментами ДНК, которые кодируют полипептид, проявляющий конкретную функцию липолитического фермента АхрегдШих шдет, как изложено в настоящем описании. Функциональный эквивалент липолитического ферментативного полипептида согласно настоящему изобретению является полипептидом, который проявляет по меньшей мере одну функцию липолитического фермента АкретщПик шдет, как изложено в настоящем описании. Следовательно, функциональные эквиThe terms functional equivalents and functional variants are used interchangeably herein. The functional equivalents of the DNA encoding the lipolytic enzyme are isolated DNA fragments that encode a polypeptide that exhibits the specific function of the lipolytic enzyme Aggregdell, as described herein. The functional equivalent of the lipolytic enzymatic polypeptide according to the present invention is a polypeptide that exhibits at least one function of the lipolytic enzyme AkretchPik sits, as described in the present description. Therefore, functional equi
- 13 008007 валенты также охватывают активные фрагменты.- 13 008007 valents also cover active fragments.
Функциональные эквиваленты белка или полипептида могут содержать только консервативные замены одной или нескольких аминокислот в аминокислотных последовательностях, выбранных из группы, состоящей из 8ЕЦ ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39 или замен, вставок или делеций несущественных аминокислот. Следовательно, несущественная аминокислота является остатком, который может быть замещен в аминокислотных последовательностях, выбранных из группы, состоящей из 8ЕЦ ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39 без существенных изменений биологической функции. Например, считается, что аминокислотные остатки, которые сохранены среди липолитических ферментативных белков настоящего изобретения, являются особенно устойчивыми к изменениям. Помимо этого, аминокислоты, сохраненные среди липолитических ферментативных белков согласно настоящему изобретению и других липолитических ферментов, не являются легко подверженными изменению.Functional equivalents of a protein or polypeptide may contain only conservative substitutions of one or more amino acids in amino acid sequences selected from the group consisting of 8EC ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 and 39, or substitutions, insertions, or deletions of non-essential amino acids. Therefore, the non-essential amino acid is a residue that can be substituted in amino acid sequences selected from the group consisting of 8EC ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 and 39 without significant changes in biological function. For example, it is believed that amino acid residues that are stored among the lipolytic enzymatic proteins of the present invention are particularly resistant to changes. In addition, amino acids stored among the lipolytic enzymatic proteins of the present invention and other lipolytic enzymes are not readily susceptible to change.
Термин защитная замена предназначен для обозначения такой замены, при которой аминокислотный остаток замещается аминокислотным остатком, имеющим такую же боковую цепь. Такие семейства известны в данной области техники и включают в себя аминокислоты с основными боковыми цепями (например, лизин, аргинин и гистидин), кислыми боковыми цепями (например, аспартановая кислота, глутаминовая кислота), боковыми цепями с неизмененной полярностью (например, глицин, аспарагины, глутамин, серин, треонин, тирозин, цистеин), неполярными боковыми цепями (например, аланин, валин, лейцин, изолейцин, пролин, фенилаланин, метионин, триптофан), бета-ответвленными боковыми цепями (например, треонин, валин, изолейцин) и ароматическими боковыми цепями (например, тирозин, фенилаланин, триптофан, гистидин).The term protective substitution is intended to mean a substitution in which the amino acid residue is replaced by an amino acid residue having the same side chain. Such families are known in the art and include amino acids with basic side chains (e.g., lysine, arginine and histidine), acidic side chains (e.g., aspartic acid, glutamic acid), unchanged polarity side chains (e.g., glycine, asparagines , glutamine, serine, threonine, tyrosine, cysteine), non-polar side chains (e.g. alanine, valine, leucine, isoleucine, proline, phenylalanine, methionine, tryptophan), beta-branched side chains (e.g. threonine, valine, isoleucine) and aromatic E side chains (e.g., tyrosine, phenylalanine, tryptophan, histidine).
Функциональные эквиваленты нуклеиновых кислот обычно могут содержать молчащие мутации или мутации, которые не изменяют биологическую функцию кодируемого полипептида. Следовательно, настоящее изобретение предоставляет молекулы нуклеиновых кислот, кодирующие липолитические ферментативные белки, которые содержат изменения в аминокислотных остатках, которые не являются существенными для конкретной биологической активности. Такие липолитические ферментативные белки различаются в аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из 8ЕЦ ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39 все еще сохраняя по меньшей мере одну биологическую активность. В одном варианте осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты содержит нуклеотидную последовательность, кодирующую белок, причем белок содержит по существу гомологичную аминокислотную последовательность по меньшей мере на 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичную аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из 8ЕЦ ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39.Functional equivalents of nucleic acids can usually contain silent mutations or mutations that do not alter the biological function of the encoded polypeptide. Therefore, the present invention provides nucleic acid molecules encoding lipolytic enzymatic proteins that contain changes in amino acid residues that are not essential for a particular biological activity. Such lipolytic enzymatic proteins differ in the amino acid sequence selected from the group consisting of 8EC ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 and 39 while still retaining at least one biological activity. In one embodiment, the isolated nucleic acid molecule contains a nucleotide sequence encoding a protein, the protein containing a substantially homologous amino acid sequence of at least 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99 % or more homologous to the amino acid sequence selected from the group consisting of 8EC ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 and 39.
Например, руководство, относительно того, как создавать фенотипически молчащие аминокислотные замены, предоставлено в Всшае, ТИ. и др., 8с1епсе 247:1306-1310 (1990), в котором авторы указывают, что существует два основных подхода для изучения толерантности аминокислотной последовательности к изменению. Первый способ относится к процессу эволюции, в котором мутации являются либо допускаемыми, либо отбракованными естественным отбором. Второй подход использует генетическую инженерию для введения аминокислотных изменений в определенных позициях клонированного гена и отбирает или проводит скрининг для идентификации последовательностей, которые поддерживают функциональность. Как утверждают авторы, такие исследования установили, что белки являются удивительно толерантными аминокислотными веществами. Дополнительно авторы указали, какие изменения являются возможными, чтобы быть разрешенными в некоторых позициях белка. Например, для большинства внутренних аминокислотных остатков требуются неполярные боковые цепи, тогда как некоторые признаки поверхностных боковых цепей, как правило, сохраняются. Другие такие фенотипически молчащие замены описаны в Во\\зе и др., указанный выше, и ссылках упомянутых в настоящем описании.For example, guidance on how to create phenotypically silent amino acid substitutions is provided in United States, TI. et al., 8c1epse 247: 1306-1310 (1990), in which the authors indicate that there are two main approaches for studying the tolerance of the amino acid sequence to change. The first method relates to an evolutionary process in which mutations are either permissible or rejected by natural selection. The second approach uses genetic engineering to introduce amino acid changes at specific positions of the cloned gene and selects or screening to identify sequences that support functionality. According to the authors, such studies have found that proteins are surprisingly tolerant amino acids. In addition, the authors indicated what changes are possible in order to be allowed in some positions of the protein. For example, most internal amino acid residues require non-polar side chains, while some signs of surface side chains tend to persist. Other such phenotypically silent substitutions are described in Woj et al., Supra, and references cited in the present description.
Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая белок, гомологичный белку, выбранному из группы, состоящей из 8ЕЦ ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39 может быть создана путем введения одной или более нуклеотидных замен, вставок или делеций в соответствующие кодирующие нуклеотидные последовательности (табл. 1) таким образом, что одну или несколько аминокислотных замен, делеций или вставок вводят в кодируемый белок. Такие мутации могут быть введены стандартными техниками, такими как сайт-направленный мутагенез и мутагенез при помощи ПЦР.An isolated nucleic acid molecule encoding a protein homologous to a protein selected from the group consisting of 8EC ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 and 39 can be created by introducing one or more nucleotide substitutions, insertions, or deletions into the corresponding coding nucleotide sequences (Table 1) such that one or more amino acid substitutions, deletions, or insertions are introduced into the encoded protein. Such mutations can be introduced by standard techniques, such as site-directed mutagenesis and mutagenesis using PCR.
Термин функциональные эквиваленты также охватывает ортологи липолитических ферментов АкрегдШик шдег, предоставленных в настоящем описании. Ортологи липолитических ферментов АкрегдШик шдег являются белками, которые могут быть выделены из других штаммов или видов и обладают похожей или идентичной биологической активностью. Такие ортологи могут быть легко идентифицированы, как содержащие аминокислотную последовательность, которая по существу гомологична аминокислотным последовательностям, выбранным из группы, состоящей из 8ЕЦ ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39.The term functional equivalents also encompasses the orthologs of the lipolytic enzymes AkregdSchik Schdeg provided in the present description. Orthologs of lipolytic enzymes AkregdShik Schdeg are proteins that can be isolated from other strains or species and have similar or identical biological activity. Such orthologs can be easily identified as containing an amino acid sequence that is substantially homologous to amino acid sequences selected from the group consisting of 8EC ΙΌ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33 , 36 and 39.
Как определено в настоящем описании, термин по существу гомологичный относится к первой аминокислотной или нуклеотидной последовательности, которая содержит достаточное или минимальAs defined herein, the term substantially homologous refers to a first amino acid or nucleotide sequence that contains sufficient or minimal
- 14 008007 ное количество идентичных или эквивалентных (например, с такой же боковой цепью) аминокислот или нуклеотидов второй аминокислотной или нуклеотидной последовательности таким образом, что первая и вторая аминокислотная или нуклеотидная последовательности имеют общий домен. Например, аминокислотные или нуклеотидные последовательности, которые содержат общий домен, имеющий примерно 60%, предпочтительно 65%, более предпочтительно 70, даже более предпочтительно 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98 или 99% идентичность или более, определены в настоящем описании как достаточно идентичные.- 14 008007 the number of identical or equivalent (for example, with the same side chain) amino acids or nucleotides of the second amino acid or nucleotide sequence so that the first and second amino acid or nucleotide sequences have a common domain. For example, amino acid or nucleotide sequences that contain a common domain having about 60%, preferably 65%, more preferably 70, even more preferably 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, or 99% identity or more, defined in the present description as quite identical.
Также, нуклеиновые кислоты, кодирующие другие члены семейства липолитических ферментов, которые, таким образом, имеют нуклеотидную последовательность, отличающуюся от нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из 8ЕС ГО N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38 находятся в объеме настоящего изобретения. Более того, нуклеиновые кислоты, кодирующие липолитические ферментативные белки из других видов, которые, таким образом, имеют нуклеотидную последовательность, которая отличается от нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из 8ЕС ГО N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38 находятся в объеме настоящего изобретения.Also, nucleic acids encoding other members of the lipolytic enzyme family, which thus have a nucleotide sequence different from the nucleotide sequence selected from the group consisting of 8EC GO N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 and 38 are within the scope of the present invention. Moreover, nucleic acids encoding lipolytic enzymatic proteins from other species, which, therefore, have a nucleotide sequence that differs from the nucleotide sequence selected from the group consisting of 8ES GO N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 and 38 are within the scope of the present invention.
Молекулы нуклеиновых кислот, соответствующие вариантам (например, природные аллельные варианты), и гомология полинуклеотидов настоящего изобретения могут быть выделены, основываясь на их гомологии с нуклеиновыми кислотами, раскрытыми в настоящем описании, с использованием кДНК, раскрытой в настоящем описании, или ее подходящего фрагмента, в качестве гибридизационного зонда согласно стандартным гибридизационным техникам предпочтительно в условиях высокой жесткости гибридизации.Variant nucleic acid molecules (e.g., natural allelic variants) and polynucleotide homology of the present invention can be isolated based on their homology with the nucleic acids disclosed herein, using the cDNA disclosed herein, or a suitable fragment thereof, as a hybridization probe according to standard hybridization techniques, preferably under conditions of high stringency hybridization.
Дополнительно к природным аллельным вариантам последовательностей АкрегдШик шдет, предоставленным в настоящем описании, специалистам в данной области техники будет очевидно, что изменения могут быть введены при помощи мутации в нуклеотидных последовательностях, выбранных из группы, состоящей из 8ЕС ГО N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38, таким образом, приводя к изменениям в аминокислотной последовательности липолитического ферментативного белка без существенных изменений функции этого белка.In addition to the natural allelic variants of the AkregdShik sequence shown in the present description, it will be apparent to those skilled in the art that changes can be introduced by mutation in nucleotide sequences selected from the group consisting of 8ES GO N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 and 38, thus leading to changes in the amino acid sequence of the lipolytic enzymatic protein without significant changes in the function of this protein.
В другом аспекте настоящего изобретения представляют улучшенные липолитические ферменты. Улучшенные липолитичекие ферменты являются белками, в которых по меньшей мере одна биологическая активность является улучшенной. Такие белки могут быть получены путем случайного введения мутаций во всей или части последовательности, кодирующей липолитический фермент, таким как мутагенез, и полученные в результате мутации могут быть рекомбинантно экспрессированы, и скринированы для биологической активности. Например, в существующем уровне техники имеются способы стандартного анализа для измерения ферментативной активности биологических ферментов и, таким образом, с легкостью могут быть выбраны улучшенные белки.In another aspect of the present invention, improved lipolytic enzymes are provided. Improved lipolytic enzymes are proteins in which at least one biological activity is improved. Such proteins can be obtained by randomly introducing mutations in all or part of the sequence encoding a lipolytic enzyme, such as mutagenesis, and the resulting mutations can be recombinantly expressed and screened for biological activity. For example, in the state of the art there are standard assay methods for measuring the enzymatic activity of biological enzymes, and thus improved proteins can be easily selected.
В предпочтительном варианте осуществления липолитический фермент имеет аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из 8ЕС ГО N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39. В другом варианте осуществления липолитический фермент является по существу гомологичным аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из 8ЕС ГО N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39, и сохраняет по меньшей мере одну биологическую активность полипептида, выбранного из группы, состоящей из 8ЕС ГО N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39, еще отличается аминокислотной последовательностью вследствие естественного изменения или мутагенеза, как описано выше.In a preferred embodiment, the lipolytic enzyme has an amino acid sequence selected from the group consisting of 8EC GO N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36, and 39. In another embodiment the lipolytic enzyme is essentially homologous to an amino acid sequence selected from the group consisting of 8EC GO N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36, and 39, and retains at least one biological activity of a polypeptide selected from the group consisting of 8ES GO N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 and 39, the amino acid is still different otnoy sequence due to natural variation or mutagenesis as described above.
В дополнительном варианте осуществления липолитический фермент имеет аминокислотную последовательность, кодируемую при помощи выделенного фрагмента нуклеиновой кислоты, способного к гибридизации с нуклеиновой кислотой, выбранной из группы, состоящей из 8ЕС ГО N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38 предпочтительно при условиях высокой жесткости гибридизации.In a further embodiment, the lipolytic enzyme has an amino acid sequence encoded by an isolated nucleic acid fragment capable of hybridization with a nucleic acid selected from the group consisting of 8EC GO N0: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11 , 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 and 38, preferably under conditions of high stringency hybridization.
Следовательно, липолитический фермент является белком, который содержит аминокислотную последовательность, по меньшей мере, примерно на 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичную аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из 8ЕС ГО N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39, и сохраняет по меньшей мере одну функциональную активность полипептида, выбранного из группы, состоящей из 8ЕС ГО N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39.Therefore, a lipolytic enzyme is a protein that contains an amino acid sequence of at least about 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% or more homologous to an amino acid sequence selected from the group consisting of 8ES GO N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 and 39, and retains at least one functional activity of the polypeptide selected from the group consisting of 8ES GO N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 and 39.
Более конкретно, липолитический фермент является белком, который содержит аминокислотную последовательность, по меньшей мере, примерно на 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичную аминокислотной последовательности, показанной в 8ЕС ГО N0: 3, или липолитический фермент является белком, который содержит аминокислотную последовательность, по меньшей мере, примерно на 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичную аминокислотной последовательности, показанной в 8ЕС ГО N0: 6, или липолитический фермент является белком, который содержит аминокислотную последовательность, по меньшей мере, примерно на 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичную аминокислотной последовательности, показанной в 8ЕСMore specifically, a lipolytic enzyme is a protein that contains an amino acid sequence of at least about 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% or more homologous the amino acid sequence shown in 8EC GO N0: 3, or the lipolytic enzyme is a protein that contains an amino acid sequence of at least about 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% or more homologous to the amino acid sequence shown in 8EC GO N0: 6, or the lipolytic enzyme is a protein that win amino acid sequence at least about 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% or more homologous to the amino acid sequence shown in 8ES
- 15 008007- 15 008007
ΙΌ N0: 9, или липолитический фермент является белком, который содержит аминокислотную последовательность по меньшей мере примерно на 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичную аминокислотной последовательности, показанной в 8ЕЦ ГО N0: 12, или липолитический фермент является белком, который содержит аминокислотную последовательность по меньшей мере примерно на 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичную аминокислотной последовательности, показанной в 8ЕЦ ГО N0: 15, или липолитический фермент является белком, который содержит аминокислотную последовательность по меньшей мере примерно на 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичную аминокислотной последовательности, показанной в 8ЕЦ ГО N0: 18, или липолитический фермент является белком, который содержит аминокислотную последовательность по меньшей мере примерно на 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичную аминокислотной последовательности, показанной в 8ЕЦ ГО N0: 21, или липолитический фермент является белком, который содержит аминокислотную последовательность по меньшей мере примерно на 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичную аминокислотной последовательности, показанной в 8ЕЦ ГО N0: 24, или липолитический фермент является белком, который содержит аминокислотную последовательность по меньшей мере примерно на 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичную аминокислотной последовательности, показанной в 8ЕЦ ГО N0: 27, или липолитический фермент является белком, который содержит аминокислотную последовательность по меньшей мере примерно на 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичную аминокислотной последовательности, показанной в 8ЕЦ ГО N0: 30, или липолитический фермент является белком, который содержит аминокислотную последовательность по меньшей мере примерно на 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичную аминокислотной последовательности, показанной в 8ЕЦ ГО N0: 33, или липолитический фермент является белком, который содержит аминокислотную последовательность по меньшей мере примерно на 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичную аминокислотной последовательности, показанной в 8ЕЦ ГО N0: 36, или липолитический фермент является белком, который содержит аминокислотную последовательность по меньшей мере примерно на 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичную аминокислотной последовательности, показанной в 8ЕЦ ГО N0: 39.ΙΌ N0: 9, or the lipolytic enzyme is a protein that contains an amino acid sequence of at least about 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% or more homologous to the amino acid sequence shown in 8EC GO N0: 12, or the lipolytic enzyme is a protein that contains an amino acid sequence of at least about 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85 , 90, 95, 96, 97, 98, 99% or more homologous to the amino acid sequence shown in 8EC GO N0: 15, or the lipolytic enzyme is a protein that the fifth contains an amino acid sequence of at least about 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% or more homologous to the amino acid sequence shown in 8EC GO N0: 18, or the lipolytic enzyme is a protein that contains an amino acid sequence of at least about 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% or more homologous to the amino acid sequence shown in 8EC GO N0: 21, or the lipolytic enzyme is a protein that contains an amino acid sequence of at least approximately 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% or more homologous to the amino acid sequence shown in 8EC GO N0: 24, or a lipolytic enzyme is a protein that contains an amino acid sequence of at least about 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% or more homologous the amino acid sequence shown in 8EC GO N0: 27, or the lipolytic enzyme is a protein that contains an amino acid sequence of at least about 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% sludge more homologous to the amino acid sequence shown in 8EC GO N0: 30, or the lipolytic enzyme is a protein that contains an amino acid sequence of at least about 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% or more homologous to the amino acid sequence shown in 8EC GO N0: 33, or the lipolytic enzyme is a protein that contains an amino acid sequence of at least about 40, 45, 50, 55, 60, 65 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% or more homologous to the amino acid sequence, shown in 8EC GO N0: 36, or the lipolytic enzyme is a protein that contains an amino acid sequence of at least about 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97 , 98, 99% or more homologous to the amino acid sequence shown in 8EC GO N0: 39.
Функциональные эквиваленты белка согласно настоящему изобретению также могут быть идентифицированы, например, при помощи комбинаторных библиотек скрининга мутантов, например мутантов процессинга, белка настоящего изобретения для активности липолитического фермента. В одном из вариантов настоящего изобретения создают смешанную библиотеку вариантов путем комбинаторного мутагенеза на уровне нуклеиновых кислот. Смешанная библиотека вариантов может быть получена, например, ферментативной сшивкой смеси синтетических олигонуклеотидов в последовательностях генов таким образом, что вырожденный набор потенциальных белковых последовательностей экспрессируют как отдельные полипептиды, или в качестве альтернативы, как набор больших слитых белков (например, для обнаружения фага). Существуют различные способы, которые могут быть использованы для получения библиотек потенциальных вариантов полипептидов настоящего изобретения из вырожденной олигонуклеотидной последовательности. Способы синтеза вырожденных олигонуклеотидов известны специалистам в данной области техники (см., например, №1гап§ (1983) Тейайебгои 39:3; Йакига и др. (1984) Апп. Неу. Вюсйега. 53:323; Йакига и др. (1984) 8с1еисе 198:1056; П<е и др. (1983) №.1с1е1с АсИ Нез. 11:477).The functional equivalents of the protein according to the present invention can also be identified, for example, using combinatorial screening libraries of mutants, for example processing mutants, the protein of the present invention for lipolytic enzyme activity. In one embodiment of the present invention, a mixed library of variants is created by combinatorial mutagenesis at the nucleic acid level. A mixed library of variants can be obtained, for example, by enzymatic crosslinking of a mixture of synthetic oligonucleotides in gene sequences in such a way that a degenerate set of potential protein sequences is expressed as separate polypeptides, or alternatively, as a set of large fusion proteins (for example, to detect phage). There are various methods that can be used to obtain libraries of potential variants of the polypeptides of the present invention from a degenerate oligonucleotide sequence. Methods for the synthesis of degenerate oligonucleotides are known to those skilled in the art (see, for example, No. 1gap§ (1983) Teyayebgoy 39: 3; Yakiga et al. (1984) App. Neu. Vusyega. 53: 323; Yakiga et al. (1984 ) 8c1eise 198: 1056; P <e et al. (1983) No. 1c1e1s AcI Nez. 11: 477).
Дополнительно, библиотеки фрагментов кодирующих последовательностей полипептидов настоящего изобретения могут быть использованы для создания смешанной популяции полипептидов для скрининга последовательностей вариантов. Например, библиотека фрагментов кодирующих последовательностей может быть создана путем обработки двухнитевого ПЦР фрагмента интересующей кодирующей последовательности нуклеазой в условиях, при которых происходит однонитевой разрыв только примерно один раз на молекулу, денатурируя двухнитевую ДНК, ренатурируя ДНК для образования двунитевой ДНК, которая может включать в себя смысловые/антисмысловые пары из различных продуктов с однонитевым разрывом, удаляя однонитевые части из снова образованных дуплексов путем обработки 81 нуклеазой, и сшивая полученную в результате библиотеку фрагментов в вектор экспрессии. При помощи такого способа может быть получена библиотека экспрессии, которая кодирует №концевые и внутренние фрагменты разных размеров белка настоящего изобретения.Additionally, libraries of fragments of the coding sequences of the polypeptides of the present invention can be used to create a mixed population of polypeptides for screening sequences of variants. For example, a library of fragments of coding sequences can be created by processing a double-stranded PCR fragment of a nuclease of interest to the coding sequence under conditions in which a single-strand break occurs only about once per molecule, denaturing double-stranded DNA, renaturing DNA to form double-stranded DNA, which can include semantic / antisense pairs from various products with single-stranded rupture, removing single-stranded parts from newly formed duplexes by processing 81 nuclei oh and stitching the resulting fragment library into an expression vector. Using this method, an expression library that encodes the N-terminal and internal fragments of different sizes of the protein of the present invention can be obtained.
В данной области техники известны некоторые способы для скрининга генных продуктов комбинаторных библиотек, созданных при помощи точечных мутаций процессинга, и для скрининга кДНК библиотек для генных продуктов, имеющих выбранное свойство. Наиболее широко используемые способы, которые обеспечивают высокую производительность анализа, для скрининга больших генных библиотек обычно включают в себя клонирование генной библиотеки в реплицируемые векторы экспрессии, трансформацию подходящих клеток полученной в результате библиотекой векторов и экспрессию комбинаторных генов в условиях, при которых обнаружение желаемой активности облегчает выделение вектора, кодирующего ген, продукт которого был обнаружен. Мутагенез рекурентного множества (НЕМ), техника, которая усиливает частоту функциональных мутаций в библиотеках, может быть использован в сочетании с анализом скрининга для идентификации разновидностей белка настоящего изобретенияSeveral methods are known in the art for screening gene products of combinatorial libraries created using point mutations in processing, and for screening cDNA libraries for gene products having a selected property. The most widely used methods that provide high analysis performance for screening large gene libraries typically include cloning a gene library into replicable expression vectors, transforming suitable cells into the resulting vector library, and expressing combinatorial genes under conditions in which the detection of the desired activity facilitates the isolation a vector encoding a gene whose product has been detected. Recurrent Set Mutagenesis (HEM), a technique that enhances the frequency of functional mutations in libraries, can be used in conjunction with screening analysis to identify protein varieties of the present invention.
- 16 008007 (Аткт и Уоигуап (1992) Ргос. №11. Асаб. 8с1. И8А 89:7811-7815; Эе1дгауе и др. (1993) Рго1еш Бпдшеегтд 6(3):327-331).- 16 008007 (Attct and Woiguap (1992) Proc. No. 11. Asab. 8c1. I8A 89: 7811-7815; E1dgaue et al. (1993) Prgoesh Bpdsheegtd 6 (3): 327-331).
Специалистам в данной области техники очевидно, что полиморфизм последовательности ДНК, который может приводить к изменениям в аминокислотной последовательности липолитического фермента, может существовать внутри данной популяции. Такой генетический полиморфизм может существовать в клетках из разных популяций или внутри популяции вследствие природного аллельного варианта. Аллельные варианты также могут включать функциональные эквиваленты.It will be apparent to those skilled in the art that DNA sequence polymorphism, which can lead to changes in the amino acid sequence of a lipolytic enzyme, can exist within a given population. Such genetic polymorphism may exist in cells from different populations or within a population due to a natural allelic variant. Allelic variants may also include functional equivalents.
Фрагменты полинуклеотидов согласно настоящему изобретению также могут содержать полинуклеотиды, не кодирующие функциональные полипептиды. Такие полинуклеотиды могут работать как зонды или праймеры для ПЦР реакции.Fragments of polynucleotides according to the present invention may also contain polynucleotides that do not encode functional polypeptides. Such polynucleotides can work as probes or primers for the PCR reaction.
Нуклеиновые кислоты согласно настоящему изобретению безотносительно, кодируют ли они функциональные или нефункциональные полипептиды, могут быть использованы в качестве гибридизационных зондов или праймеров полимеразной цепной реакции (ПЦР). Применение молекул нуклеиновых кислот настоящего изобретения, которые не кодируют полипептиды, имеющие липолитическую ферментативную активность, включают, между прочим, (1) выделение гена, кодирующего липолитический ферментативный белок, или его аллельные варианты из библиотеки кДНК, например, из других организмов, а не из АкрегдШш шдег; (2) гибридизацию ίη Ши (например, ΕΙ8Η) для митофазных хромосомных препаратов для обеспечения точного хромосомного положения гена липолитического фермента, как описано в Уегта и др., Нитап Сйтотокотек: а Мапиа1 οί Ба51с Тес11пк.|ие5. Регдатоп Рге§8, Нью Йорк (1988); (3) Нозерн-блот анализ для обнаружения экспрессии мРНК липолитического фермента в определенных тканях и/или клетках и (4) зонды или праймеры, которые могут быть использованы в качестве диагностического инструмента для анализа наличия нуклеиновой последовательности, гибридизуемой с зондом липолитического фермента в данном биологическом (например, ткани) образце.Nucleic acids according to the present invention, regardless of whether they encode functional or non-functional polypeptides, can be used as hybridization probes or primers for polymerase chain reaction (PCR). The use of nucleic acid molecules of the present invention that do not encode polypeptides having lipolytic enzymatic activity include, among other things, (1) isolation of a gene encoding a lipolytic enzymatic protein or its allelic variants from a cDNA library, for example, from other organisms, and not from AkregdShsh shdeg; (2) ίη Shi hybridization (e.g., ΕΙ8Η) for mitophase chromosome preparations to ensure the exact chromosomal position of the lipolytic enzyme gene, as described in Wegta et al. Regdatop Rge§8, New York (1988); (3) Northern blot analysis to detect expression of lipolytic enzyme mRNA in certain tissues and / or cells; and (4) probes or primers that can be used as a diagnostic tool to analyze the presence of a nucleic sequence that hybridizes with a lipolytic enzyme probe in a given biological (e.g. tissue) sample.
Также охваченным настоящим изобретением является способ получения функционального эквивалента гена или кДНК, кодирующих липолитический фермент. Такой способ определяет порядок получения меченного зонда, который включает в себя выделенную нуклеиновую кислоту, которая кодирует всю или часть последовательности, выбранной из группы, состоящей из 8ΕΟ ΙΌ ΝΟ: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39, или их варианты; проведение скрининга библиотеки фрагментов нуклеиновой кислоты меченным зондом в условиях, которые позволяют гибридизацию настоящего зонда с фрагментами нуклеиновой кислоты в библиотеке, таким образом образуя дуплексы нуклеиновых кислот, и приготовление последовательности гена полной длины из фрагментов нуклеиновой кислоты в любом меченном дуплексе для получения гена, имеющего отношение к липолитическому ферменту.Also covered by the present invention is a method of obtaining a functional equivalent of a gene or cDNA encoding a lipolytic enzyme. This method determines the procedure for obtaining a labeled probe, which includes an isolated nucleic acid that encodes all or part of a sequence selected from the group consisting of 8ΕΟ ΙΌ ΝΟ: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27 , 30, 33, 36, and 39, or variants thereof; screening a library of nucleic acid fragments with a labeled probe under conditions that allow hybridization of the present probe with nucleic acid fragments in the library, thereby forming nucleic acid duplexes, and preparing a full-length gene sequence from nucleic acid fragments in any labeled duplex to obtain a gene related to lipolytic enzyme.
В одном из вариантов настоящего изобретения нуклеиновая кислота настоящего изобретения является, по меньшей мере, на 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичной последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из 8ΕΟ ΙΌ ΝΟ: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11,13, 14,16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 и 38, или их дополнения.In one embodiment of the present invention, the nucleic acid of the present invention is at least 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99%, or more homologous nucleic acid sequence selected from the group consisting of 8ΕΟ ΙΌ ΝΟ: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11,13, 14,16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 34, 35, 37 and 38, or their additions.
В другом предпочтительном варианте настоящего изобретения полипептид настоящего изобретения является по меньшей мере на 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% или более гомологичным аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из 8ΕΟ ΙΌ ΝΟ: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39.In another preferred embodiment of the present invention, the polypeptide of the present invention is at least 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99% or more homologous to the amino acid a sequence selected from the group consisting of 8ΕΟ ΙΌ ΝΟ: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36, and 39.
Клетки хозяинаHost cells
Отличительной особенностью в другом варианте настоящего изобретения являются клетки, например, трансформированные клетки хозяина или рекомбинантные клетки хозяина, которые содержат нуклеиновые кислоты, охваченные настоящим изобретением. Трансформированная клетка или рекомбинантная клетка является клеткой, в которую (или в предшественника которой) введена, при помощи ДНК-рекомбинантных техник, нуклеиновая кислота настоящего изобретения. Включены как прокариотические, так и эукариотические клетки, например бактериальные, грибные, дрожжевые и т. п., особенно предпочтительными являются клетки из мицельных грибов, более конкретно АкрегдШик шдег.A distinctive feature in another embodiment of the present invention are cells, for example, transformed host cells or recombinant host cells that contain the nucleic acids encompassed by the present invention. A transformed cell or recombinant cell is a cell into which (or in a precursor of which) a nucleic acid of the present invention has been introduced, using DNA recombinant techniques. Both prokaryotic and eukaryotic cells are included, for example, bacterial, fungal, yeast, etc., cells from mycelial fungi, more particularly AkregdShik Schdeg, are particularly preferred.
Клетка хозяина может быть выбрана таким образом, чтобы модулировать экспрессию интересующих последовательностей, или модификации и процессы генного продукта в определенной, желаемой форме. Такие модификации (например, гликозилирование) и процессинг (например, разрезание) белковых продуктов можно облегчить оптимальным функционированием белка.The host cell can be selected in such a way as to modulate the expression of the sequences of interest, or modifications and processes of the gene product in a specific, desired form. Such modifications (e.g., glycosylation) and processing (e.g., cutting) of protein products can be facilitated by the optimal functioning of the protein.
Различные клетки хозяина имеют характерные и определенные механизмы для посттрансляционного процессинга и модификации белков и генных продуктов. Подходящие клеточные линии или системы хозяина, хорошо знакомые специалистам в данной области молекулярной биологиии/или микробиологии, могут быть выбраны с гарантией желательной и правильной модификации и процессинга экспрессии чужеродного белка. С этой целью могут быть использованы эукариотические клетки хозяина, которые обладают клеточным механизмом подходящего процессинга первичной транскрипции, гликолизирования и фосфорилирования генного продукта. Такие клетки хозяина хорошо известны в данной области техники.Various host cells have characteristic and specific mechanisms for post-translational processing and modification of proteins and gene products. Suitable cell lines or host systems that are well known to those skilled in the field of molecular biology / or microbiology can be selected to guarantee the desired and correct modification and processing of the expression of a foreign protein. For this purpose, eukaryotic host cells that possess the cellular mechanism of suitable processing of the primary transcription, glycolization and phosphorylation of the gene product can be used. Such host cells are well known in the art.
Клетки хозяина также включают, но не ограничивают, линии клеток млекопитающих, такие как СНО, ΥΕΡΌ, ΒΗΚ, НеЬа, ОД8, МОСК, 293, 3Т3, ^138 и линии клеток хориоидного сплетения.Host cells also include, but are not limited to, mammalian cell lines, such as CHO, ΥΕΡΌ, ΒΗΚ, HeLa, OD8, MOSC, 293, 3T3, ^ 138, and choroid plexus cell lines.
- 17 008007- 17 008007
При желании полипептиды согласно настоящему изобретению могут быть продуцированы при помощи стабильно трансфецируемой клеточной линии. Некоторые векторы, подходящие для стабильной трансфекции клеток млекопитающих, являются доступными, способы для конструирования клеточных линий также являются хорошо известными, например в Ли8иЬе1 и др. (указанный выше).If desired, the polypeptides of the present invention can be produced using a stably transfected cell line. Some vectors suitable for stable transfection of mammalian cells are available, methods for constructing cell lines are also well known, for example, in Li8iLe1 et al. (Mentioned above).
АнтителаAntibodies
Дополнительной особенностью настоящего изобретения являются антитела, такие как моноклональные или поликлональные антитела, которые специфически связывают липолитические ферментативные белки согласно настоящему изобретению.An additional feature of the present invention are antibodies, such as monoclonal or polyclonal antibodies, which specifically bind the lipolytic enzymatic proteins of the present invention.
Как используется в настоящем описании, термин антитело (АЬ) или моноклональное антитело (МаЬ) включает в себя интактные молекулы, а также фрагменты антител (таких как, например, фрагменты ЕаЬ и Е(аЬ')2), которые способны специфически связываться с липолитическим ферментативным белком. Фрагменты ЕаЬ и Е(аЬ')2 не имеют Ес фрагмента интактного антитела, более быстро выводятся из кровообращения и могут иметь меньшее неспецифично-тканевое связывание интактного антитела (\Уа111 и др., 1. Ыис1. Мед., 24:316-325 (1983)). Таким образом, такие фрагменты являются предпочтительными.As used herein, the term antibody (AB) or monoclonal antibody (MAb) includes intact molecules as well as antibody fragments (such as, for example, fragments EaB and E (ab ') 2 ) that are capable of specifically binding to a lipolytic enzymatic protein. Fragments EaB and E (ab ') 2 do not have an Ec fragment of an intact antibody, are more rapidly excreted from the blood circulation, and may have less nonspecific tissue binding of an intact antibody (\ Ba111 et al., 1. Liis. Med., 24: 316-325 (1983)). Thus, such fragments are preferred.
Антитела настоящего изобретения могут быть приготовлены любым из множества способов. Например, клетки, экспрессирующие липолитический ферментативный белок или его антигенный фрагмент, могут быть введены в животное, чтобы вызвать продуцирование сыворотки, содержащей поликлональные антитела. В предпочтительном способе препарат липолитического ферментативного белка готовят и очищают, чтобы предоставить его по существу свободным от природных загрязнений. Такой препарат затем вводят в животное для продуцирования поликлональных антисывороток более высокой специфичной активности.Antibodies of the present invention can be prepared by any of a variety of methods. For example, cells expressing a lipolytic enzymatic protein or antigenic fragment thereof can be introduced into an animal to induce the production of serum containing polyclonal antibodies. In a preferred method, a lipolytic enzymatic protein preparation is prepared and purified to provide it substantially free of natural contaminants. Such a preparation is then administered to an animal to produce polyclonal antisera of higher specific activity.
В наиболее предпочтительном способе антитела настоящего изобретения являются моноклональными антителами настоящего изобретения (или их фрагментами, связывающимися с липолитическим ферментативным белком). Такие моноклональные антитела могут быть приготовлены с использованием технологии гибридомы (КоЫег и др., Ыа1иге 256:495 (1975); КоЫег и др., Еиг. 1. 1ттипо1. 6: 511 (1976); Наттег1шд и др., в: Мопос1опа1 АпдЬоФек апд Т-Се11 НуЬпдотак, ЕЫеуег.НУ.. стр. 563-681 (1981)). В общем случае, такие процедуры включают в себя иммунизацию животного (предпочтительно мышь) антигеном липолитического ферментативного белка или клеткой, экспрессирующей липолитический ферментативный белок. Спленоциты таких мышей экстрагируют и сливают с подходящей клеточной линией миеломы. Может быть использована любая подходящая линия клеток миеломы согласно настоящему изобретению; однако предпочтительна для использования родительская линия клеток миеломы (8Р2О), доступная из американской коллекции типов культур, ВоскуШе, Мэрилэнд. После слияния полученные в результате клетки гибридомы избирательно поддерживают в среде НАТ и затем клонируют путем предельного разбавления, как описано \Уапд5 и др. (6а81то-еп1его1оду 80: 225-232 (1981)). Клетки гибридомы, полученные путем такого отбора, затем анализируют для идентификации клонов, которые секретируют антитела, способные к связыванию антигена липолитического ферментативного белка. В общем случае, полипептиды могут быть соединены с белком носителем, таким как КЕН, как описано в Аи8иЬе1 и др., указанный выше, смешены с адъювантом и инъецированы в млекопитающее хозяина.In a most preferred method, the antibodies of the present invention are monoclonal antibodies of the present invention (or fragments thereof binding to a lipolytic enzymatic protein). Such monoclonal antibodies can be prepared using hybridoma technology (CoGeer et al., LaGeig 256: 495 (1975); CoGeg et al., Eig. 1. 1tipo1. 6: 511 (1976); Nuttegd et al., In: Mopos1op1 Updofekd up T-Ce11 NuPdotak, Eeebeg. NU .. p. 563-681 (1981)). In general, such procedures include immunizing an animal (preferably a mouse) with an antigen of a lipolytic enzyme protein or a cell expressing a lipolytic enzyme protein. The splenocytes of such mice are extracted and fused to a suitable myeloma cell line. Any suitable myeloma cell line according to the present invention may be used; however, the parental myeloma cell line (8P 2 O), available from the American collection of culture types, Wosco She, Maryland, is preferred. After fusion, the resulting hybridoma cells are selectively maintained in NAT medium and then cloned by limiting dilution, as described by Wapd5 et al. (6a81to-epolego 80: 225-232 (1981)). Hybridoma cells obtained by this selection are then analyzed to identify clones that secrete antibodies capable of binding the antigen of a lipolytic enzymatic protein. In general, the polypeptides can be coupled to a carrier protein, such as KEN, as described in Au8b1e et al., Supra, mixed with an adjuvant and injected into the host mammal.
Более конкретно, различные животные хозяева могут быть иммунизированы путем инъекции интересующего полипептида. Примеры подходящих животных хозяев включают кроликов, мышей, морских свинок и крыс. Могут быть использованы различные адьюванты для увеличения иммунологического ответа, в зависимости от вида хозяина включающие в себя, без ограничений, адъювант Фрейнда (полный и неполный), адьювантные минеральные гели, такие как гидроксид алюминия, поверхностно-активные вещества, такие как лизолецитин, поверхностно-активные полиолы, полианионы, пептиды, масляные имульсии, гемоцианин лимфы улитки, динитрофенол, ВСС (бацилла Калметта-Герена) и СотупеЬас1етшт ратуит.More specifically, various animal hosts can be immunized by injection of the polypeptide of interest. Examples of suitable animal hosts include rabbits, mice, guinea pigs and rats. Various adjuvants can be used to increase the immunological response, depending on the type of host, including, without limitation, Freund's adjuvant (complete and incomplete), adjuvant mineral gels, such as aluminum hydroxide, surfactants, such as lysolecithin, surfactants active polyols, polyanions, peptides, oil emulsions, cochlear lymphocytes hemocyanin, dinitrophenol, BCC (Kalmett-Guerin bacillus), and Sotupas acinensis.
Поликлональные антитела являются гетерогенными популяциями молекул антител, полученных из сывороток иммунизированных животных.Polyclonal antibodies are heterogeneous populations of antibody molecules derived from the sera of immunized animals.
Такие антитела могут быть любым классом иммуноглобулина, включая 1дС, 1дМ, 1дЕ, 1дА, 1дЭ и любым его подклассом. Гибридомы, продуцирующие тАЬ§ настоящего изобретения, могут быть культивированы 1п У11то или 1п У1Уо.Such antibodies can be any class of immunoglobulin, including 1dC, 1dM, 1dE, 1dA, 1dE and any subclass thereof. Hybrids producing the TAB3 of the present invention can be cultured with 1n U11to or 1n Y1Uo.
После продуцирования поликлональные или моноклональные антитела тестируют для специфического определения белка согласно настоящему изобретению или его функционального эквивалента иммуноанализом, таким как Вестерн-блот или анализ иммунопреципитации с использованием стандартных техник, например, как описано в Аи8иЬе1 и др., указанный выше. Антитела, которые специфически связываются с белком согласно настоящему изобретению или его функциональным эквивалентом, являются пригодными в настоящем изобретении. Например, такие антитела могут быть использованы в иммуноанализе для обнаружения белка согласно настоящему изобретению в патогенных или непатогенных штаммах АкретдШик (например, в АкретдШик ех1тас18).After production, polyclonal or monoclonal antibodies are tested to specifically determine the protein of the present invention or its functional equivalent by an immunoassay, such as Western blot or immunoprecipitation analysis using standard techniques, for example, as described in Au8e1 et al., Supra. Antibodies that specifically bind to a protein of the present invention or its functional equivalent are useful in the present invention. For example, such antibodies can be used in an immunoassay to detect the protein of the present invention in pathogenic or non-pathogenic strains of AkretdShik (for example, in AkretdShik ex1tac18).
Предпочтительно, антитела настоящего изобретения продуцируют, используя фрагменты белка согласно настоящему изобретению, который проявляет себя как антигенный, при помощи критерия, такого как высокая частота измененных остатков. Например, такие фрагменты могут быть созданы при помощиPreferably, the antibodies of the present invention are produced using fragments of a protein according to the present invention, which manifests itself as antigenic, using criteria such as a high frequency of altered residues. For example, such fragments can be created using
- 18 008007 стандартных техник ПЦР и затем клонированы в рСЕХ вектор экспрессии (АикиЬе1 и др., указанный выше). Затем слитые белки могут быть экспрессированы в Е. сой и очищены с использованием матрикса сродства с глутатион агарозой, как описано в ЛикиЬе1 и др., указанный выше. При желании некоторые (например, два или три) слияния могут быть созданы для каждого белка, и каждое слияние может быть инъецировано по меньшей мере в двух крыс. Антисыворотка может быть увеличена путем серий инъекций, обычно включающих в себя по меньшей мере три бустер-инъекции. Обычно антисыворотки исследуют на их способность к иммунопреципитации белка согласно настоящему изобретению или его функциональных эквивалентов, тогда как неродственные белки могут быть полезными в качестве контроля на специфичность иммунной реакции.- 18 008007 standard PCR techniques and then cloned into the pXEX expression vector (AikLe1 et al., Supra). Fusion proteins can then be expressed in E. soybean and purified using a matrix of affinity for glutathione agarose, as described in Lycie1 et al., Supra. If desired, some (for example, two or three) fusions can be created for each protein, and each fusion can be injected in at least two rats. The antiserum can be increased by a series of injections, usually including at least three booster injections. Typically, antisera are tested for their ability to immunoprecipitate the protein of the present invention or its functional equivalents, while unrelated proteins may be useful as a control on the specificity of the immune response.
В качестве альтернативы, техники, описанные для продуцирования одноцепочечных антител (патенты США 4946778 и 4704692), могут быть адаптированы для продуцирования одноцепочечных антител к белку согласно настоящему изобретению или его функциональных эквивалентов. Наборы для создания и скрининга библиотек обнаружения фага являются коммерчески доступными, например, от Рйатшае1а.Alternatively, the techniques described for the production of single chain antibodies (US Pat. Nos. 4,946,778 and 4,704,692) can be adapted to produce single chain antibodies to a protein of the present invention or functional equivalents thereof. Kits for the creation and screening of phage detection libraries are commercially available, for example, from Ryatschae.
Дополнительно, примеры способов и реагентов, особенно пригодных для использования при создании и скрининге библиотеки обнаружения антител, могут быть найдены, например, в патенте США 5223409; заявке РСТ №092/18619; заявке РСТ №091/17271, заявке РСТ №020791; заявке РСТ №092/20791; заявке РСТ №092/15679; заявке РСТ №093/01288; заявке РСТ №092/01047; заявке РСТ №092/09690; заявке РСТ №090/02809; Еиейк и др. (1991) Вю/Теейпо1оду 9:370-1372; Нау и др. (1992) Нит. ЛпИЬоб. НуЬпботак 3:81-85; Нике и др. (1989) 8е1епее 246: 1275-1281; Οτίίϊϊΐκ и др. (1993) ЕМВ0 1. 12: 725-734.Additionally, examples of methods and reagents particularly suitable for use in the creation and screening of an antibody detection library can be found, for example, in US Pat. No. 5,223,409; PCT Application No. 092/18619; PCT application No. 091/17271, PCT application No. 020791; PCT Application No. 092/20791; PCT Application No. 092/15679; PCT Application No. 093/01288; PCT Application No. 092/01047; PCT Application No. 092/09690; PCT Application No. 090/02809; Eiyek et al. (1991) Vyu / Teeypoodod 9: 370-1372; Nau et al. (1992) Nit. Lob. Well done 3: 81-85; Nike et al. (1989) 8e1eeee 246: 1275-1281; Οτίίϊϊΐκ et al. (1993) EMB0.1.12: 725-734.
Поликлональные и моноклональные антитела, которые специфично связываются с белком настоящего изобретения или его функциональными эквивалентами, например, могут быть использованы для обнаружения экспрессии гена, кодирующего белок согласно настоящему изобретению или его функциональные эквиваленты, например, в другом штамме АкретдШик. Например, белок согласно настоящему изобретению может быть быстро обнаружен при обычном иммуноанализе клеток АкретдШик или экстрактах. Примеры подходящего анализа включают в себя, без ограничений, Вестерн-блоттинг, ЕЙ18А, радиоиммунный анализ и т. п.Polyclonal and monoclonal antibodies that specifically bind to the protein of the present invention or its functional equivalents, for example, can be used to detect the expression of a gene encoding the protein of the present invention or its functional equivalents, for example, in another Accret Shik strain. For example, the protein of the present invention can be quickly detected by routine immunoassay of AccretDish cells or extracts. Examples of suitable assays include, but are not limited to, Western blotting, E18A, radioimmunoassay, and the like.
Под специфически связывает имеется в виду, что антитело узнает и связывает конкретный антиген, например, белок согласно настоящему изобретению, но не предназначен по существу для узнавания и связывания других неродственных молекул в образце.By specifically binds, it is meant that the antibody recognizes and binds to a particular antigen, for example, a protein according to the present invention, but is not intended to essentially recognize and bind other unrelated molecules in the sample.
Антитела могут быть очищены, например, при помощи способов аффинной хроматографии, в которых антиген полипептида иммобилизуют на смоле.Antibodies can be purified, for example, using affinity chromatography methods in which a polypeptide antigen is immobilized on a resin.
Антитело, направленное против полипептида настоящего изобретения (например, моноклональное антитело), может быть использовано для выделения полипептида стандартными техниками, такими как аффинная хроматография или иммунопреципитация. Помимо этого, такое антитело может быть использовано для обнаружения белка (например, в клеточном лизате или супернатанте клеток) для оценки большого количества и образца экспрессии полипептида. Антитела также могут быть использованы диагностически для контролирования уровней белка в клетках или ткани в качестве части процедуры клинического тестирования, например, для, к примеру, определения эффективности данного режима обработки или при диагностике АкретдШоДк.An antibody directed against the polypeptide of the present invention (e.g., a monoclonal antibody) can be used to isolate the polypeptide by standard techniques, such as affinity chromatography or immunoprecipitation. In addition, such an antibody can be used to detect protein (for example, in a cell lysate or cell supernatant) to evaluate a large number and sample expression of a polypeptide. Antibodies can also be used diagnostically to monitor protein levels in cells or tissue as part of a clinical testing procedure, for example, for example, to determine the effectiveness of a given treatment regimen or in the diagnosis of AccretDioCa.
Обнаружение может быть облегчено путем присоединения антитела к обнаружимому веществу. Примеры обнаружимых веществ включают в себя различные ферменты, простетические группы, флуоресцентные вещества, люминесцентные вещества, биолюминесцентные вещества и радиоактивные вещества. Примеры подходящих ферментов включают в себя пероксидазу хрена, алкалин фосфатазу, βгалактозидазу или ацетилхолинэстеразу; примеры подходящих флуоресцентных веществ включают в себя умбеллиферон, флуоресцеин, изотиоционат флуоресцеина, родамин, дихлортриазиниламин флуоресцеин, хлорид дансила или фикоэритрин; пример подходящего люминесцентного вещества включает в себя люминол; примеры подходящих биолюминесцентных веществ включают в себя луциферазу, луциферин и акворин, примеры подходящих радиоактивных веществ включают в себя 1251, 1311, 358 или 3Н.Detection can be facilitated by attaching an antibody to a detectable substance. Examples of detectable substances include various enzymes, prosthetic groups, fluorescent substances, luminescent substances, bioluminescent substances and radioactive substances. Examples of suitable enzymes include horseradish peroxidase, alkaline phosphatase, β-galactosidase or acetylcholinesterase; examples of suitable fluorescent substances include umbelliferone, fluorescein, fluorescein isothiocyanate, rhodamine, dichlorotriazinylamine fluorescein, dansil chloride or phycoerythrin; an example of a suitable luminescent substance includes luminol; examples of suitable bioluminescent substances include luciferase, luciferin and aquorin, examples of suitable radioactive substances include 125 1, 131 1, 35 8 or 3 N.
Предпочтительные эпитопы, охваченные антигенными пептидами, являются областями, которые размещены на поверхности белка, например, гидрофильные области. Точки гидрофобности белка настоящего изобретения могут быть использованы для идентификации гидрофильных областей.Preferred epitopes encompassed by antigenic peptides are regions that are located on the surface of a protein, for example, hydrophilic regions. The hydrophobicity points of a protein of the present invention can be used to identify hydrophilic regions.
Антигенный пептид белка настоящего изобретения содержит 7 (предпочтительно 10, 15, 20 или 30) следующих друг за другом аминокислотных остатков аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из 8Е0 Ш N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39, и охватывает эпитоп белка таким образом, что антитело против белка образовывало специфический иммунный комплекс с белком.The antigenic peptide of the protein of the present invention contains 7 (preferably 10, 15, 20 or 30) successive amino acid residues of an amino acid sequence selected from the group consisting of 8E0 W N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36, and 39, and encompasses an epitope of the protein such that the anti-protein antibody forms a specific immune complex with the protein.
Предпочтительные эпитопы, охваченные антигенным белком, являются областями белка настоящего изобретения, которые расположены на поверхности белка, например, гидрофильные области, гидрофобные области, альфа области, бета области, кольцевые области, измененные области и гибкие области.Preferred epitopes encompassed by the antigenic protein are regions of the protein of the present invention that are located on the surface of the protein, for example, hydrophilic regions, hydrophobic regions, alpha regions, beta regions, ring regions, altered regions and flexible regions.
- 19 008007- 19 008007
ИммуноанализImmunoassay
Качественное или количественное определение полипептида согласно настоящему изобретению в биологическом образце можно проводить с использованием любого хорошо известного в данной области техники способа. Техники, основанные на антителах, обеспечивают ряд преимуществ для анализа уровней определенного полипептида в биологическом образце.Qualitative or quantitative determination of the polypeptide according to the present invention in a biological sample can be carried out using any method well known in the art. Antibody-based techniques provide several advantages for analyzing levels of a particular polypeptide in a biological sample.
В связи с этим, специфическое узнавание обеспечивают при помощи первичного антитела (поликлонального или моноклонального), но система вторичного обнаружения может использовать флуоресцентные, ферментативные или другие связанные вторичные антитела. В результате получают иммунокомплекс.In this regard, specific recognition is provided using a primary antibody (polyclonal or monoclonal), but the secondary detection system can use fluorescent, enzymatic or other related secondary antibodies. The result is an immunocomplex.
Следовательно, изобретение представляет способ для диагностирования, инфицирован ли определенный организм ЛкрегдШик, содержащий этапы, на которых выделяют биологический образец из упомянутого организма, подозреваемого в том, что он инфецирован ЛкрегдШш;Therefore, the invention provides a method for diagnosing whether a specific LkregdSik organism is infected, comprising the steps of isolating a biological sample from said organism suspected of being infected with LgregsSh;
проводят реакцию упомянутого образца с антителом согласно настоящему изобретению; определяют, образовался ли иммунокомплекс.carrying out a reaction of said sample with an antibody according to the present invention; determine if an immunocomplex has formed.
Ткани также могут быть экстрагированы, например мочевиной и нейтральным детергентом, для выделения белка для Вестерн-блоттинга или дот/слот блотов. Такая техника также может быть применима для жидкостей тела.Tissues can also be extracted, for example with urea and a neutral detergent, to isolate protein for Western blotting or dot / slot blots. This technique may also be applicable to body fluids.
Другие способы, основанные на антителах, пригодные для определения белка согласно настоящему изобретению, включают в себя иммуноанализ, такой как связанный с ферментом иммуносорбент (ЕЬ18Л) и радиоиммуноанализ (ИЛ). Например, моноклональные антитела к белку согласно настоящему изобретению могут быть использованы как в качестве иммуносорбента, так и в качестве зонда, меченного ферментом, для обнаружения и качественного определения белка согласно настоящему изобретению. Количество белка, присутствующего в образце, может быть вычислено по количеству, присутствующему в стандартном препарате, используя компьютерный алгоритм линейной регрессии. В другом анализе ЕЫ8Л могут быть использованы два вида разных специфических моноклональных антител для обнаружения в биологической жидкости белка согласно настоящему изобретению. В таком анализе одно из антител используют в качестве иммуно-абсорбента, а другое в качестве зонда, меченого ферментом.Other antibody-based methods suitable for determining the protein of the present invention include immunoassays, such as enzyme-linked immunosorbent (EL18L) and radioimmunoassay (IL). For example, monoclonal antibodies to a protein according to the present invention can be used both as an immunosorbent and as an enzyme-labeled probe for the detection and qualitative determination of a protein according to the present invention. The amount of protein present in a sample can be calculated from the amount present in a standard preparation using a linear regression computer algorithm. In another analysis of E8L, two kinds of different specific monoclonal antibodies can be used to detect the protein of the present invention in the biological fluid. In such an assay, one of the antibodies is used as an immuno-absorbent, and the other as an enzyme labeled probe.
Выше описанные техники могут быть проведены как одноэтапное или двухэтапное исследование. Одноэтапное исследование включает контактирование белка согласно настоящему изобретению с иммобилизованным антителом и, без промывки, контактирование смеси с меченым антителом. Двухэтапное исследование включает промывку перед контактированием смеси с меченым антителом. Другие обычные способы могут быть использованы, соответственно. Обычно желательно иммобилизовать один компонент системы анализа на подложке, таким образом, позволяя другим компонентам системы войти в контакт с компонентом и быть легко извлеченными из образца.The techniques described above can be carried out as a one-stage or two-stage study. One-step research involves contacting the protein of the present invention with an immobilized antibody and, without washing, contacting the mixture with a labeled antibody. A two-step study involves washing before contacting the mixture with a labeled antibody. Other conventional methods may be used, respectively. It is usually desirable to immobilize one component of an analysis system on a substrate, thereby allowing other components of the system to come into contact with the component and be easily removed from the sample.
Подходящие ферментативные метки включают, например, метки из группы оксидаз, которые катализируют продуцирование перекиси водорода путем реакции с субстратом. Активность оксидазной метки может быть проанализирована путем измерения концентрации перекиси водорода, образованного реакцией антитело, меченное ферментом/субстрат.Suitable enzyme labels include, for example, oxidase labels that catalyze the production of hydrogen peroxide by reaction with a substrate. The activity of the oxidase tag can be analyzed by measuring the concentration of hydrogen peroxide formed by the reaction of an enzyme-labeled antibody / substrate.
По сравнению с ферментами, другие подходящие метки включают в себя радиоизотопы, такие как йод (126Ι, 125Ι), углерод (14С), серу (358), тритий (3Н), индий (112Ιη) и технеций (99тТс) и флуоресцентные метки, такие как флуоресцин, родамин и биотин.Compared to enzymes, other suitable labels include radioisotopes such as iodine ( 126 Ι, 125 Ι), carbon ( 14 C), sulfur ( 35 8), tritium ( 3 N), indium ( 112 Ιη) and technetium ( 99t Tc) and fluorescent labels such as fluorescein, rhodamine and biotin.
Специфическое связывание вещества теста с белком согласно настоящему изобретению может быть обнаружено, например, ίη νίίτο путем обратимой и необратимой иммобилизации белка согласно настоящему изобретению на субстрате, например, поверхности лунки 96-луночного микротитровального планшета из полистирола. Способы иммобилизации полипептидов и других небольших молекул хорошо известны в данной области техники. Например, микротитровальные планшеты могут быть покрыты белком согласно настоящему изобретению путем добавления белка в раствор (обычно, концентрацией от 0,05 до 1 мг/мл в объеме 1-100 мкл) в каждую лунку, и инкубирования планшетов при комнатной температуре до 37°С в течение от 0,1 до 36 ч. Белки, которые не связались с планшетом при комнатной температуре, могут быть удалены путем встряхивания избытка раствора из планшета, и затем промывкой планшета (один раз или неоднократно) водой или буфером. Обычно белок содержат в воде или буфере. Затем планшет промывают буфером, который не имеет связанного белка. Для блокирования на планшете свободных участков, связывающих белок, планшеты блокируют белком, который не является родственным связанному белку. Например, являются подходящими 300 мкл альбумина бычьей сыворотки (В8А) при концентрации 2 мг/мл в Трис-НС1. Подходящие субстраты включают такие субстраты, которые содержат определенные химические соединения с поперечными сшивками (например, пластиковые субстраты, такие как полистироловые, стироловые или полипропиленовые субстраты из Сотшпд СоЧаг Согр. (СашЬпбде. МА), например). При желании в качестве субстрата могут быть использованы частицы в виде шариков, например шарообразная агароза или шарообразная сефароза.Specific binding of the test substance to the protein of the present invention can be detected, for example, ίη νίίτο by reversibly and irreversibly immobilizing the protein of the present invention on a substrate, for example, the surface of a well of a 96-well polystyrene microtiter plate. Methods for immobilizing polypeptides and other small molecules are well known in the art. For example, microtiter plates can be coated with the protein of the present invention by adding protein to the solution (typically from 0.05 to 1 mg / ml in a volume of 1-100 μl) to each well, and incubating the plates at room temperature up to 37 ° C. within 0.1 to 36 hours. Proteins that did not contact the plate at room temperature can be removed by shaking the excess solution from the plate, and then washing the plate (once or repeatedly) with water or buffer. Typically, the protein is contained in water or buffer. The plate is then washed with a buffer that does not have a bound protein. To block free protein binding sites on a tablet, the tablets are blocked with a protein that is not related to the bound protein. For example, 300 μl of bovine serum albumin (B8A) at a concentration of 2 mg / ml in Tris-HC1 are suitable. Suitable substrates include those substrates that contain certain crosslinked chemical compounds (for example, plastic substrates such as polystyrene, styrene or polypropylene substrates from Sotpd Cohag Coag. (Sachpbde. MA), for example). If desired, particles in the form of spheres, for example spherical agarose or spherical sepharose, can be used as a substrate.
Связывание вещества теста с полипептидами согласно настоящему изобретению может быть обнаружено любым из множества способов, известных в данной области техники. Например, в иммуноаналиThe binding of the test substance to the polypeptides of the present invention can be detected by any of a variety of methods known in the art. For example, in the immunoassay
- 20 008007 зе может быть использовано специфическое антитело. При желании, антитело может быть меченым (например, флуоресцентно или радиоизотопом) и сразу обнаружено (см., например, \Уе51 и МсМакоп, 1. Се11 Βίο1. 74:264, 1977). В качестве альтернативы, для обнаружения может быть использовано второе антитело (например, меченое антитело, которое связывает Ес часть анти-А№97 антитела). При альтернативном способе обнаружения метят белок согласно настоящему изобретению, и обнаруживают метку (например, при помощи мечения белка согласно настоящему изобретению радиоизотопом, флуорофором, хромофором или т.п.). В еще одном способе белок согласно настоящему изобретению продуцируют как слитый белок с белком, который может быть визуально обнаружен, например, зеленым флуоресцентным белком (который может быть обнаружен под УФ светом). В альтернативном способе белок согласно настоящему изобретению может быть ковалентно связан с ферментом, имеющим обнаружимую ферментативную активность, или слит с ним, таким как пероксидаза хрена, алкалин фосфатаза, альфа-галактозидаза или глюкозооксидаза. Гены, кодирующие все эти ферменты, клонированы и легко доступны для использования специалистами в данной области техники. При желании, слитый белок может включать в себя антиген, и такой антиген может быть обнаружен и измерен поликлональным или моноклональным антителом, используя обычные способы. Подходящие антигены включают в себя ферменты (например, пероксидазу хрена, алкалин фосфатазу и альфа-галактозидазу) и неферментативные полипептиды (например, белки сыворотки, такие как В8А и глобины, и молочные белки, такие как казеины).- 20 008007 the specific antibody can be used. If desired, the antibody can be labeled (for example, fluorescently or with a radioisotope) and immediately detected (see, for example, \ Ge51 and McMacak, 1. Ce11 1ο1. 74: 264, 1977). Alternatively, a second antibody can be used for detection (for example, a labeled antibody that binds the Ec part of the anti-A # 97 antibody). In an alternative detection method, the protein of the present invention is labeled and a label is detected (for example, by labeling the protein of the present invention with a radioisotope, fluorophore, chromophore or the like). In yet another method, the protein of the present invention is produced as a fusion protein with a protein that can be visually detected, for example, by a green fluorescent protein (which can be detected under UV light). In an alternative method, the protein of the present invention may be covalently linked to or fused to an enzyme having detectable enzymatic activity, such as horseradish peroxidase, alkaline phosphatase, alpha-galactosidase or glucose oxidase. Genes encoding all of these enzymes are cloned and readily available for use by those skilled in the art. If desired, a fusion protein may include an antigen, and such an antigen can be detected and measured by a polyclonal or monoclonal antibody using conventional methods. Suitable antigens include enzymes (e.g., horseradish peroxidase, alkaline phosphatase and alpha-galactosidase) and non-enzymatic polypeptides (e.g., serum proteins, such as B8A and globins, and milk proteins, such as caseins).
Эпитопы, антигены и иммуногеныEpitopes, antigens and immunogens
В другом аспекте настоящее изобретение представляет пептид или полипептид, содержащий часть, несущую эпитоп, полипептида настоящего изобретения. Эпитоп такой части полипептида является иммуногенным или антигенным эпитопом полипептида настоящего изобретения. Иммуногенный эпитоп определен как часть белка, которая вызывает ответ антитела, если весь белок является иммуногеном. Предполагается, что такие иммуногенные эпитопы должны быть ограничены некоторыми локусами на молекуле. С другой стороны, область белковой молекулы, к которой может присоединиться антитело, определен как антигенный эпитоп. Количество иммуногенных эпитопов белка обычно меньше, чем количество антигенных эпитопов. См., например, Сеуъеп. Н.М. и др. Ргос. №111. Асаб. 8с1. США 81:39984002 (1984).In another aspect, the present invention provides a peptide or polypeptide comprising an epitope-bearing moiety of a polypeptide of the present invention. The epitope of such a portion of the polypeptide is an immunogenic or antigenic epitope of the polypeptide of the present invention. An immunogenic epitope is defined as the part of a protein that elicits an antibody response if the entire protein is an immunogen. It is contemplated that such immunogenic epitopes should be limited to certain loci on the molecule. On the other hand, the region of a protein molecule that an antibody can attach to is defined as an antigenic epitope. The number of immunogenic protein epitopes is usually less than the number of antigenic epitopes. See, for example, Seup. N.M. and others. Rgos. No. 111. Asab. 8s1. U.S. 81: 39984002 (1984).
В отношении выбора пептидов или полипептидов, несущих антигенный эпитоп (т.е. такое содержание области молекулы белка, с которой может связаться антитело), специалистам в данной области техники хорошо известно, что относительно короткие синтетические пептиды, которые имитируют часть последовательности белка, способны обычным способом активировать антисыворотку, которая реагирует с частично имитированным белком. См., например, 8и1с11ГГе, 1.6. и др. 8с1епсе 219:660-666 (1984). Пептиды, способные активировать сыворотки, реагирующие с белком, зачастую представлены в первичной последовательности белка, могут быть охарактеризованы при помощи набора правил химических образцов, и не ограничены ни иммунодоминантными областями интактных белков (т.е. иммуногенными эпитопами), ни аминными или карбоксильными концами. Пептиды, которые являются чрезвычайно гидрофобными, и пептиды шести или менее остатков обычно являются неэффективными при индуцировании антител, которые связываются с имитированным белком; более длинные растворимые пептиды, особенно такие, которые содержат остатки пролина, обычно являются эффективными. 8н1с11ГГе и др., указанный выше, на 661. Например, 18 из 20 пептидов, разработанных согласно таким рекомендациям, содержащие 8-39 остатков, покрывающих 75% цепи полипептида гемагглютинина НА1 вируса гриппа, стимулировали антитела, которые прореагировали с НА1 белком или интактным вирусом; и 12/12 пептидов из МиЬУ полимеразы и 18/18 из гликопротеина вируса бешенства стимулировали антитела, которые преципитировали соответствующие белки.With respect to the selection of peptides or polypeptides carrying an antigenic epitope (i.e., the content of a region of a protein molecule that an antibody can bind to), those skilled in the art are well aware that relatively short synthetic peptides that mimic part of a protein sequence are capable of conventional a way to activate an antiserum that reacts with a partially simulated protein. See, for example, 8i1s11GGe, 1.6. et al. 8c1epse 219: 660-666 (1984). Peptides capable of activating serums that react with a protein are often presented in the primary protein sequence, can be characterized using a set of rules for chemical samples, and are not limited to immunodominant regions of intact proteins (i.e., immunogenic epitopes), nor to amine or carboxyl ends. Peptides that are extremely hydrophobic and peptides of six or less residues are usually ineffective in inducing antibodies that bind to a mimic protein; longer soluble peptides, especially those that contain proline residues, are usually effective. 8n1c11GGe et al., Supra, at 661. For example, 18 of 20 peptides designed according to such recommendations, containing 8-39 residues covering 75% of the influenza hemagglutinin HA1 polypeptide chain, stimulated antibodies that reacted with the HA1 protein or intact virus ; and 12/12 peptides from MiLU polymerase and 18/18 from rabies virus glycoprotein stimulated antibodies that precipitated the corresponding proteins.
Следовательно, пептиды и полипептиды, несущие антигенный эпитоп, настоящего изобретения пригодны для индуцирования антител, включающих в себя моноклональные антитела, которые связываются специфически с полипептидом настоящего изобретения. Таким образом, высокое соотношение гибридов, полученных слиянием клеток селезенки от донора, иммунизированного пептидом, несущим эпитоп антигена, как правило, секретируют антитело, реагирующее с природным белком. 8и1с11ГГе и др., указанный выше, на 663. Антитела, индуцированные пептидами, несущими антигенный эпитоп, или полипептиды являются пригодными для обнаружения имитированного белка, а антитела к различным пептидам могут быть использованы для отслеживания судьбы различных областей предшественника белка, который подвергнут процессингу после трансляции. Пептиды и антитела к пептидам могут быть использованы во множестве количественных или качественных исследований имитированного белка, например, в сравнительном анализе, так как показано, что даже короткие пептиды (например, около 9 аминокислот) могут связываться и замещать большие пептиды в анализе иммунопреципитации. См., например, ^Шоп, 1.А. и др. Се11 37:767-778 на 777 (1984). Антитела к пептидам настоящего изобретения также являются пригодными для очистки имитированного белка, например, путем адсорбционной хроматографии, используя способы, хорошо известные в данной области техники.Therefore, the peptides and polypeptides bearing the antigenic epitope of the present invention are suitable for inducing antibodies including monoclonal antibodies that bind specifically to the polypeptide of the present invention. Thus, a high ratio of hybrids obtained by fusion of spleen cells from a donor immunized with a peptide carrying an antigen epitope, as a rule, secrete an antibody that reacts with a natural protein. 8i1c11GGe et al., Supra, at 663. Antibodies induced by peptides carrying an antigenic epitope or polypeptides are useful for detecting a mimic protein, and antibodies to different peptides can be used to track the fate of various regions of a protein precursor that is processed after translation . Peptides and antibodies to peptides can be used in many quantitative or qualitative studies of a simulated protein, for example, in a comparative analysis, since it has been shown that even short peptides (for example, about 9 amino acids) can bind and replace large peptides in an immunoprecipitation assay. See, for example, ^ Shop, 1.A. et al. Ce11 37: 767-778 at 777 (1984). Antibodies to the peptides of the present invention are also suitable for purification of a simulated protein, for example, by adsorption chromatography, using methods well known in the art.
Пептиды и полипептиды, несущие антигенный эпитоп, настоящего изобретения, разработанные согласно выше описанным рекомендациям, предпочтительно содержат последовательность по меньшей мере семь, более предпочтительно по меньшей мере девять и наиболее предпочтительно по меньшейPeptides and polypeptides bearing the antigenic epitope of the present invention, developed according to the above recommendations, preferably contain a sequence of at least seven, more preferably at least nine and most preferably at least
- 21 008007 мере от примерно 15 до примерно 30 аминокислот, находящихся внутри аминокислотной последовательности полипептида настоящего изобретения. Однако пептиды или полипептиды, содержащие большую часть аминокислотной последовательности полипептида настоящего изобретения, содержащие от примерно 30 до примерно 50 аминокислот, или любую длину до, включая всю аминокислотную последовательность полипептида настоящего изобретения, также считаются пептидами или полипептидами настоящего изобретения, несущими эпитоп, и также являются пригодными для стимулирования антител, которые реагируют с имитированным белком. Предпочтительно аминокислотную последовательность пептида, несущего эпитоп, выбирают для обеспечения существенной растворимости в водных растворителях (т.е. последовательность включает в себя относительно гидрофильные остатки, а высоко гидрофобные последовательности предпочтительно устраняют); и последовательности, содержащие остатки пролина, являются особенно предпочтительными.- 21 008007 from at least about 15 to about 30 amino acids within the amino acid sequence of the polypeptide of the present invention. However, peptides or polypeptides containing most of the amino acid sequence of the polypeptide of the present invention, containing from about 30 to about 50 amino acids, or any length up to, including the entire amino acid sequence of the polypeptide of the present invention, are also considered to be peptides or polypeptides of the present invention carrying an epitope, and are also suitable for stimulating antibodies that react with a simulated protein. Preferably, the amino acid sequence of the epitope-bearing peptide is selected to provide substantial solubility in aqueous solvents (i.e., the sequence includes relatively hydrophilic residues, and highly hydrophobic sequences are preferably eliminated); and sequences containing proline residues are particularly preferred.
Пептиды и полипептиды настоящего изобретения, несущие эпитоп, могут быть продуцированы при помощи любого обычного способа создания пептидов или полипептидов, включая рекомбинантные способы, использующие молекулы нуклеиновых кислот настоящего изобретения. Например, короткая аминокислотная последовательность, несущая эпитоп, может быть слита с более большим полипептидом, который действует в качестве носителя во время продуцирования и очистки рекомбинанта, а также во время иммунизации для продуцирования антител к пептиду.The peptides and polypeptides of the present invention carrying an epitope can be produced using any conventional method for creating peptides or polypeptides, including recombinant methods using the nucleic acid molecules of the present invention. For example, a short amino acid sequence carrying an epitope can be fused to a larger polypeptide, which acts as a carrier during the production and purification of the recombinant, as well as during immunization to produce antibodies to the peptide.
Пептиды, несущие эпитоп, также могут быть синтезированы с использованием известных способов химического синтеза. Например, НоидЫеп описал простой способ синтеза большого количества пептидов, таких как 10-20 мг 248 различных пептидов из 13 остатков, представляющих собой единичные варианты аминокислот сегмента НА1 полипептида, который приготовили и охарактеризовали (при помощи исследований, связывающих ЕЫ8А тип) менее чем за четыре недели. НоидЫеп. К.А., Ргос. №111. Асаб. 8с1. США 82:5131-5135 (1985). Такой процесс одновременного синтеза множества пептидов (8МР8) дополнительно описан в патенте США 4631211 НоидЫеп и др. (1986). В этой процедуре отдельные смолы для синтеза в твердой фазе различных пептидов содержат в отдельных пакетах, проницаемых для растворителя, способствующих оптимальному использованию многих идентичных повторяющихся этапов, включенных в твердофазные способы.Peptides bearing an epitope can also be synthesized using known chemical synthesis methods. For example, NoIDEP described a simple method for the synthesis of a large number of peptides, such as 10-20 mg of 248 different peptides from 13 residues, which are single amino acid variants of the HA1 segment of the polypeptide, which was prepared and characterized (using studies linking the E8A type) in less than four weeks. Noidep. K.A., Rgos. No. 111. Asab. 8s1. US 82: 5131-5135 (1985). Such a process for the simultaneous synthesis of multiple peptides (8MP8) is additionally described in US Pat. No. 4,631,211 to Noid et al. (1986). In this procedure, individual resins for the synthesis in the solid phase of the various peptides are contained in separate solvent-permeable bags that facilitate the optimal use of many identical repeating steps included in the solid phase methods.
Полностью ручная процедура позволяет проводить одновременно 500-1000 или более синтезов. НоидЫеп и др., указанный выше, на 5134.A completely manual procedure allows 500-1000 or more syntheses to be performed simultaneously. Noidep et al., Cited above, at 5134.
Пептиды и полипептиды настоящего изобретения, несущие эпитоп, используют для индуцирования антител согласно способам, хорошо известным в данной области техники. См., например, 8и1с11йе и др., указанный выше; ^бкоп и др., указанный выше; Сйоте, М. и др., Ргос. №111. Асаб. США 82:910-914; и ВИПе, Р.1. и др. 1. Сеп. У1го1. 66:2347-2354 (1985).The peptides and polypeptides of the present invention carrying an epitope are used to induce antibodies according to methods well known in the art. See, for example, 8i1s11ye and others, indicated above; ^ bcop et al. above; Cioté, M. et al., Proc. No. 111. Asab. US 82: 910-914; and VIP, R.1. et al. 1. Sep. U1go1. 66: 2347-2354 (1985).
Обычно животные могут быть иммунизированы свободными пептидами; однако может быть усилен титр антител к белку путем присоединения пептида к носителю-макромолекуле, такому как гемоцианин лимфы улитки (КЬН) или столбнячный анатоксин. Например, пептиды, содержащие цистеин, могут быть соединены с носителем с использованием линкера, такого как малеимидобензоил-№гидроксисукцинимидовый эфир (МВ8), в то время как другие пептиды могут быть соединены с носителем с использованием более обычного связывающего агента, такого как глутаральдегид.Typically, animals can be immunized with free peptides; however, the titer of antibodies to the protein can be enhanced by attaching the peptide to a macromolecule carrier such as cochlear lymphocyte hemocyanin (KHN) or tetanus toxoid. For example, cysteine-containing peptides can be coupled to a carrier using a linker, such as maleimidobenzoyl-N-hydroxysuccinimide ester (MB8), while other peptides can be coupled to the carrier using a more conventional binding agent, such as glutaraldehyde.
Животных, таких как кролики, крысы и мыши, иммунизируют либо свободными, либо связанными с носителем пептидами, например при помощи интраперитонеального и/или интрадермального введения инъекции эмульсии, содержащей примерно 100 мкг пептида или белка-носителя и адъюванта Фрейнда. Для некоторых инъекций может потребоваться повторная иммунизация, например, с интервалом в две недели, для обеспечения пригодного титра антитела к белку, который может быть обнаружен, например, при помощи ЕЫ8А анализа с использованием свободного белка, адсорбированного на твердой поверхности. Титр антител к белку в сыворотке из иммунизированного животного может быть увеличен путем отбора антител к пептиду, например, путем адсорбции пептида на твердой подложке и элюции отобранных антител согласно способам, хорошо известным в данной области техники.Animals, such as rabbits, rats, and mice, are immunized with either free or carrier-bound peptides, for example, by intraperitoneal and / or intradermal injection of an emulsion containing about 100 μg of peptide or carrier protein and Freund's adjuvant. For some injections, re-immunization may be required, for example, at two-week intervals, to provide a suitable titer of an antibody to a protein that can be detected, for example, by an E8A assay using free protein adsorbed on a solid surface. The serum antibody titer of a protein from an immunized animal can be increased by selecting antibodies to the peptide, for example, by adsorbing the peptide on a solid support and eluting the selected antibodies according to methods well known in the art.
Иммуногенные пептиды настоящего изобретения, несущие эпитоп, т.е. такие части белка, которые вызывают ответ антитела, когда весь белок является иммуногеном, идентифицируют согласно способам, хорошо известным в данной области техники. Например, у Сеукеп и др., 1984, указанный выше, раскрыта процедура быстрого конкурентного синтеза на твердых подложках сотен пептидов достаточной очистки для реакции в исследовании иммуносорбента, подобного ферменту. Взаимодействие синтезированных пептидов с антителами затем легко обнаруживают без удаления их с подложки. В таком способе пептиды, несущие иммуногенный эпитоп желаемого белка, могут быть просто идентифицированы специалистом в данной области техники. Например, иммунологически важный эпитоп в белке оболочки вируса ящура был локализован Сеукеп и др. анализом нескольких аминокислот при помощи синтеза покрывающего набора всех 208 возможных гексапептидов, покрывающих полностью 213 аминокислотную последовательность белка. Затем был синтезирован полный набор замещений пептидов, в котором все 20 аминокислот были заменены, в свою очередь, в каждой позиции эпитопа и были определены конкретные аминокислоты, представляющие специфичность для реакции с антителом. Таким образом, пептиды, аналоги пептидов, несущих эпитоп, настоящего изобретения могут быть без затруднения созданы такимThe immunogenic peptides of the present invention carrying an epitope, i.e. such portions of a protein that elicit an antibody response when the entire protein is an immunogen are identified according to methods well known in the art. For example, Seukep et al., 1984, cited above, disclose a procedure for the rapid competitive synthesis on solid substrates of hundreds of peptides of sufficient purification for a reaction in an immunosorbent-like enzyme assay. The interaction of the synthesized peptides with antibodies is then easily detected without removing them from the substrate. In such a method, peptides carrying the immunogenic epitope of the desired protein can simply be identified by a person skilled in the art. For example, the immunologically important epitope in the FMD virus envelope protein was localized by Seucep et al. By analysis of several amino acids using the synthesis of a covering set of all 208 possible hexapeptides covering the entire 213 amino acid sequence of the protein. Then, a complete set of peptide substitutions was synthesized, in which all 20 amino acids were replaced, in turn, at each position of the epitope and specific amino acids that were specific for the reaction with the antibody were determined. Thus, peptides, analogues of peptides bearing the epitope of the present invention can be created without difficulty by such
- 22 008007 способом. Патент США 4708781 Сеукеп (1987) дополнительно раскрывает способ идентификации пептида, несущего иммунологический эпитоп желаемого белка.- 22 008007 way. US Patent 4,708,781 Seucep (1987) further discloses a method for identifying a peptide carrying an immunological epitope of a desired protein.
Более того, патент США 5194392 Сеукеп (1990) раскрыл обычный способ обнаружения или определения последовательности мономеров (аминокислот или других соединений), которая является топологическим эквивалентом пептида (т.е. имитирующим эпитопом), который комплементарен конкретному паратопу (сайту, связывающему антиген) интересующего антитела. В более общих выражениях, патент США 4433092 Сеукеп (1989) раскрыл способ обнаружения или определения последовательности мономеров, которая является топографическим эквивалентом лиганда, который является комплементарным лиганду, связывающему сайт конкретного интересующего рецептора. Подобным способом, патент США 5480971 НоидЫеп и др. (1996) на смесях пералкилированных аминопептидов раскрыл линию С1-С7алкил пералкилированных олигопептидов и наборы, и библиотеки таких пептидов, а также способы для использования таких наборов и библиотек пептидов для определения последовательности пералкилированного олигопептида, который предпочтительно связывается с интересующей молекулой акцептора. Таким образом, непептиды, аналоги пептидов, несущих эпитоп, настоящего изобретения также могут быть без затруднения изготовлены такими способами.Moreover, US Pat. No. 5,194,392 to Seukep (1990) disclosed a conventional method for detecting or determining a sequence of monomers (amino acids or other compounds) that is the topological equivalent of a peptide (i.e., an imitating epitope) that is complementary to a particular paratope (antigen binding site) of interest antibodies. In more general terms, US Pat. No. 4,433,092 to Seucup (1989) disclosed a method for detecting or determining the sequence of monomers, which is the topographic equivalent of a ligand, which is complementary to the ligand that binds the site of a particular receptor of interest. In a similar manner, US Pat. No. 5,480,971 to NoidEp et al. (1996), on mixtures of peralkylated amino peptides, disclosed a line of C1-C7 alkyl peralkylated oligopeptides and kits and libraries of such peptides, as well as methods for using such kits and peptide libraries to determine the sequence of a peralkylated oligopeptide, which is preferably binds to the acceptor molecule of interest. Thus, non-peptides, analogues of peptides bearing the epitope of the present invention can also be made without difficulty by such methods.
Использование липолитических ферментов в промышленных процессахThe use of lipolytic enzymes in industrial processes
Настоящее изобретение также относится к использованию липолитического фермента согласно настоящему изобретению в определенных промышленных процессах. Несмотря на длительный опыт, приобретенный в таких процессах, липолитический фермент согласно настоящему изобретению имеет несколько отличительных существенных преимуществ по сравнению с ныне используемыми ферментами. В зависимости от конкретного применения такие преимущества могут включать в себя аспекты, подобно более низкой цене производства, более высокой специфичности в отношении субстрата, меньшей аллергенности, меньшего количества нежелательных побочных активностей, более высокое получение при продуцировании в подходящем микроорганизме, более подходящий рН и температурные режимы, улучшенный вкус и конечное изделие, а также аспекты качества пищи и чистоты продукта.The present invention also relates to the use of the lipolytic enzyme according to the present invention in certain industrial processes. Despite the long experience gained in such processes, the lipolytic enzyme according to the present invention has several distinct significant advantages over the currently used enzymes. Depending on the specific application, such advantages may include aspects like a lower production price, higher specificity for the substrate, less allergenicity, less undesirable side activities, higher production when produced in a suitable microorganism, more suitable pH and temperature conditions , improved taste and final product, as well as aspects of food quality and product purity.
Настоящее изобретение также относится к способам приготовления теста или печеного изделия, содержащего включенное в тесто эффективное количество липолитического фермента настоящего изобретения, которое улучшает одно или несколько свойств теста или печеного изделия, полученного из этого теста относительно теста или печеного изделия, в которые не включен полипептид.The present invention also relates to methods for preparing a dough or a baked product containing an effective amount of a lipolytic enzyme included in the dough of the present invention, which improves one or more properties of the dough or baked product obtained from this test with respect to the dough or baked product, in which the polypeptide is not included.
Фраза включен в тесто определена в настоящем описании как добавка липолитического фермента согласно настоящему изобретению в тесто, любой ингредиент, из которого может быть сделано тесто, и/или любую смесь ингредиентов теста, из которых может быть сделано тесто. Другими словами, липолитический фермент согласно настоящему изобретению может быть добавлен на любом этапе приготовления теста и может быть добавлен в один, два или несколько этапов. Липолитический фермент согласно настоящему изобретению добавляют в ингредиенты теста, которые замешивают и пекут для изготовления печеного изделия с использованием способов, хорошо известных в данной области техники. См., например, патент США 4567046, ЕР-А-426,211, ДР-А-60-78529, ХР-А-62-111629 и ДР-А-63-258528.The phrase included in the dough is defined herein as the addition of the lipolytic enzyme according to the present invention to the dough, any ingredient from which the dough can be made, and / or any mixture of dough ingredients from which the dough can be made. In other words, the lipolytic enzyme according to the present invention can be added at any step in the preparation of the dough and can be added in one, two or more steps. The lipolytic enzyme of the present invention is added to dough ingredients that are kneaded and baked to make a baked product using methods well known in the art. See, for example, US Pat. No. 4,567,046, EP-A-426,211, DR-A-60-78529, XP-A-62-111629 and DR-A-63-258528.
Термин эффективное количество определен в настоящем описании как количество липолитического фермента согласно настоящему изобретению, которое достаточно для обеспечения измеряемого эффекта, по меньшей мере, интересующего свойства теста и/или печеного изделия.The term effective amount is defined herein as the amount of a lipolytic enzyme according to the present invention which is sufficient to provide a measurable effect of at least the properties of the dough and / or baked product of interest.
Термин улучшенное свойство определен в настоящем описании как любое свойство теста и/или изделия, полученного из теста, особенно печеного изделия, которое улучшено действием липолитического фермента согласно настоящему изобретению относительно теста или продукта, в которые не включен липолитический фермент согласно настоящему изобретению. Улучшенное свойство может включать, без ограничений, увеличенную прочность теста, увеличенную эластичность теста, увеличенную стабильность теста, уменьшенную липкость теста, улучшенную растяжимость теста, улучшенный вкус печеного изделия, улучшенное античерствление печеного изделия.The term “enhanced property” is defined herein as any property of a dough and / or product obtained from a dough, especially a baked product, which is enhanced by the action of the lipolytic enzyme according to the present invention with respect to the test or product that does not include the lipolytic enzyme according to the present invention. An improved property may include, without limitation, increased strength of the dough, increased elasticity of the dough, increased stability of the dough, reduced stickiness of the dough, improved extensibility of the dough, improved taste of the baked product, improved anti-baking of the baked product.
Улучшенное свойство может быть определено путем сравнения теста и/или печеного изделия, приготовленного с добавлением полипептида настоящего изобретения согласно способам настоящего изобретения, описанным ниже в примерах, или без добавления. Органолептические качества могут быть оценены с использованием процедур, хорошо отработанных в хлебопекарной промышленности, и могут включать, например, использование группы квалифицированных экспертов-дегустаторов.An improved property can be determined by comparing the dough and / or the baked product prepared with or without adding the polypeptide of the present invention according to the methods of the present invention described below in the examples. Organoleptic qualities can be evaluated using procedures well-established in the baking industry, and may include, for example, the use of a group of qualified expert tasters.
Термин увеличенная прочность теста определен в настоящем описании как свойство теста, которое обычно имеет эластичные свойства и/или требует большего вклада работы в формование и придание формы.The term increased strength of the dough is defined in the present description as a property of the dough, which usually has elastic properties and / or requires a greater contribution of work to molding and shaping.
Термин увеличенная эластичность теста определен в настоящем описании как свойство теста, которое обычно имеет большую тенденцию к восстановлению своей первоначальной формы после того, как оно было подвергнуто некоторому физическому растяжению.The term increased elasticity of the test is defined in the present description as a property of the test, which usually has a great tendency to restore its original shape after it has been subjected to some physical stretching.
Термин увеличенная стабильность теста определен в настоящем описании как свойство теста, которое менее восприимчиво к механическим воздействиям, таким образом, лучше поддерживающее свою форму и объем.The term increased stability of the test is defined in the present description as a property of the test, which is less susceptible to mechanical stress, thus, better supporting its shape and volume.
Термин уменьшенная липкость теста определен в настоящем описании как свойство теста, котоThe term reduced stickiness of the test is defined in the present description as a property of the test, which
- 23 008007 рое имеет уменьшенную тенденцию прилипания к поверхности, например, при механическом производстве теста, и является легко оцениваемым эмпирически пекарем-лаборантом или измеряемым с использованием анализатора текстуры (например, ТАХТ2), известными в данной области техники.- 23 008007 Roy has a reduced tendency to adhere to the surface, for example, in the mechanical production of dough, and is an easily evaluated empirically laboratory baker or measured using a texture analyzer (e.g., TACT2) known in the art.
Термин улучшенная растяжимость теста определен в настоящем описании как свойство теста, которое может быть подвергнуто увеличенному натяжению или растяжению без разрыва.The term improved elongation of the test is defined in the present description as a property of the test, which can be subjected to increased tension or stretching without breaking.
Термин улучшенная способность теста к механической обработке определен в настоящем описании как свойство теста, которое является обычно менее тягучим, и/или более плотным, и/или более эластичным.The term improved machining ability of the dough is defined in the present description as a property of the dough, which is usually less viscous and / or more dense and / or more elastic.
Термин увеличенный объем печеного изделия измеряется как определенный объем данного батона хлеба (объем/вес), обычно определяемый традиционным способом определения с использованием рапсового семени.The term increased volume of a baked product is measured as the specific volume of a given loaf of bread (volume / weight), usually defined by the traditional method of determination using rapeseed.
Термин улучшенная структура хлебного мякиша печеного изделия определен в настоящем описании как свойство печеного изделия с более удлиненными и/или тонкими стенками ячеек в хлебном мякише и/или более однородным и/или гомогенным распределением ячеек в хлебном мякише и обычно оценивается эмпирически пекарем-лаборантом.The term improved structure of the bread crumb of a baked product is defined in the present description as a property of a baked product with more elongated and / or thiner cell walls in the bread crumb and / or a more uniform and / or homogeneous distribution of cells in the bread crumb and is usually evaluated empirically by a laboratory assistant.
Термин улучшенная мягкость печеного изделия противопоставлен твердости и определен в настоящем описании как свойство печеного изделия, которое является более легко сжимаемым и легко оценивается эмпирически пекарем-лаборантом или измеряется с использованием анализатора (например, ТАХТ2), известным в данной области техники.The term improved softness of a baked product is opposed to hardness and is defined in the present description as a property of a baked product, which is more easily compressible and is easily evaluated empirically by a laboratory assistant or measured using an analyzer (e.g., TAXT2) known in the art.
Термин улучшенный вкус печеного изделия оценивают при помощи группы квалифицированных дегустаторов.The term improved taste of a baked product is evaluated using a group of qualified tasters.
Термин улучшенное античерствление печеного изделия определен в настоящем описании как свойства печеного изделия, которые имеют уменьшенную скорость ухудшения параметров качества, например, мягкости и/или эластичности, во время хранения.The term improved anti-curing of a baked product is defined herein as properties of a baked product that have a reduced rate of deterioration of quality parameters, for example, softness and / or elasticity, during storage.
Термин тесто определен в настоящем описании как смесь муки и других ингредиентов, достаточно плотных для замешивания или раскатывания. Тесто может быть свежим, замороженным, предварительно раскатанным или подвергнутым предварительной термообработке. Приготовление замороженного теста описано Ки1р и йогеп/ в Егохеп апб РеГпдеШеб ЭоидН апб Вайегк.The term dough is defined herein as a mixture of flour and other ingredients that are sufficiently dense to knead or roll. The dough can be fresh, frozen, pre-rolled or pre-cooked. The preparation of the frozen dough is described by Ki1r and yogep / in Ehekhep ap ReGpdeSheb EoidN apb Vayegk.
Термин печеное изделие определен в настоящем описании как любой продукт, приготовленный из теста, либо мягкого, либо хрустящего типа. Примеры печеных изделий, любых белого, серого или черного типа, которые могут быть преимущественно изготовлены при помощи настоящего изобретения, являются хлебом (более конкретно белым хлебом, хлебом из ржаной муки или ржаного шрота) обычно в виде батонов или бубликов, длинного французского хлеба, макаронных изделий, лаваша, тортильи, тако, тортов, блинов, бисквитов, булочек, хлебной крошки, парового хлеба и хрустящего хлеба или т.п.The term baked product is defined herein as any product made from dough, either soft or crunchy. Examples of baked goods, of any white, gray or black type, which can be predominantly made using the present invention, are bread (more specifically white bread, rye flour bread or rye meal), usually in the form of loaves or bagels, long French bread, pasta products, pita bread, tortilla, tacos, cakes, pancakes, biscuits, rolls, bread crumbs, steamed bread and crisp bread, etc.
Липолитический фермент настоящего изобретения и/или дополнительные ферменты, предназначенные для использования в способах настоящего изобретения, могут быть в любом виде, подходящем для рассматриваемого использования, например, в виде сухого порошка, быстрорастворимого порошка, или гранулята, более конкретно, непорошкообразного гранулята, жидкости, более конкретно, стабилизированной жидкости или защищенного фермента, такого как описано в А001/11974 и А002/26044. Гранулы и быстрорастворимые порошки могут быть приготовлены обычными способами, например путем распыления липолитического фермента согласно настоящему изобретению на носитель в гранулятор с псевдоожиженным слоем. Носитель может состоять из отдельных ядер, имеющих подходящие размеры частиц. Носитель может быть растворимым и нерастворимым, например солью (такой как №С1 или сульфат натрия), сахаром (таким как сахароза или лактоза), сахарным спиртом (таким как сорбитол), крахмалом, рисом, измельченным зерном или соей. Липолитический фермент согласно настоящему изобретению и/или дополнительные ферменты могут содержаться в препаратах замедленного освобождения. Способы приготовления препаратов замедленного освобождения хорошо известны в данной области техники. Добавление пригодных для пищи стабилизаторов, таких как сахар, сахарный спирт или других полиолей и/или молочной кислоты или другой органической кислоты согласно установленным способам могут, например, стабилизировать жидкие ферментативные препараты.The lipolytic enzyme of the present invention and / or additional enzymes intended for use in the methods of the present invention may be in any form suitable for the intended use, for example, in the form of a dry powder, instant powder, or granulate, more specifically, non-powdered granulate, liquid, more specifically, a stabilized liquid or a protected enzyme, such as described in A001 / 11974 and A002 / 26044. Granules and instant powders can be prepared by conventional methods, for example by spraying the lipolytic enzyme of the present invention onto a carrier in a fluidized bed granulator. The carrier may consist of individual nuclei having suitable particle sizes. The carrier may be soluble and insoluble, for example, a salt (such as No. C1 or sodium sulfate), sugar (such as sucrose or lactose), sugar alcohol (such as sorbitol), starch, rice, ground grain or soy. The lipolytic enzyme of the present invention and / or additional enzymes may be contained in sustained release formulations. Methods for preparing sustained release preparations are well known in the art. The addition of edible stabilizers such as sugar, sugar alcohol or other polyols and / or lactic acid or other organic acid according to established methods can, for example, stabilize liquid enzyme preparations.
Липолитический фермент согласно настоящему изобретению также может быть включен в дрожжи, содержащие композиции, такие как раскрытые в ЕР-А-0619947, ЕР-А-0659344 и А002/49441.The lipolytic enzyme according to the present invention can also be included in yeast containing compositions, such as disclosed in EP-A-0619947, EP-A-0659344 and A002 / 49441.
Преимуществом является то, что для добавления в заранее приготовленные смеси муки полипептиды согласно настоящему изобретению находятся в виде сухого продукта, например непорошкообразно гранулированного, в то время как для добавления вместе с жидкостью он находится преимущественно в жидком виде.An advantage is that for addition to flours prepared in advance, the polypeptides of the present invention are in the form of a dry product, for example powder granular, while for addition together with the liquid it is predominantly in liquid form.
Один или несколько дополнительных ферментов также могут быть добавлены в тесто. Дополнительный фермент может быть любого происхождения, включая животное или растительное, и предпочтительно микробное (бактериальное, дрожжевое или грибковое) происхождение и может быть получен при помощи техник, обычно используемых в данной области техники.One or more additional enzymes can also be added to the dough. The additional enzyme can be of any origin, including animal or plant, and preferably microbial (bacterial, yeast or fungal) origin and can be obtained using techniques commonly used in the art.
В предпочтительном варианте осуществления дополнительный фермент может быть амилазой, такой как альфа-амилаза (пригодная для обеспечения сахара, способного к брожению при помощи дрожIn a preferred embodiment, the additional enzyme may be amylase, such as alpha-amylase (suitable for providing sugar that is capable of fermentation by yeast
- 24 008007 жей и замедляющая черствление) или бета-амилаза. циклодекстрин глюканотрансфераза. пептидаза. более конкретно. экзопептидаза (пригодная для усиления вкуса). трансглутаминаза. липаза (пригодная для модификации липидов. присутствующих в тесте или компонентах теста для размягчения теста). фосфолипаза. целлюлаза. гемицеллюлаза. более конкретно. пентозаназа. такая как ксиланаза (пригодная для частичного гидролиза пентозанов. которые увеличивают растяжимость теста). протеаза (пригодная для ослабления клейковины. более конкретно. при использовании муки из твердой пшеницы). изомераза дисульфидных белков. например. изомераза дисульфидных белков. как раскрыто в \У095/00636. гликозилтрансфераза. пероксидаза (пригодная для улучшения консистенции теста). лакказа или оксидаза. например глюкозооксидаза. гексозооксидаза. альдозооксидаза. пиранозооксидаза. липоксигеназа или оксидаза Ь-аминокислот (пригодная для улучшения консистенции теста).- 24 008007 dj and retardation of stiffening) or beta-amylase. cyclodextrin glucanotransferase. peptidase. more specific. exopeptidase (suitable for enhancing taste). transglutaminase. lipase (suitable for modifying lipids present in the test or components of the test to soften the test). phospholipase. cellulase. hemicellulase. more specific. pentosanase. such as xylanase (suitable for partial hydrolysis of pentosans. which increase the elongation of the dough). protease (suitable for weakening gluten. more specifically. when using durum wheat flour). disulfide protein isomerase. eg. disulfide protein isomerase. as disclosed in \ U095 / 00636. glycosyltransferase. peroxidase (suitable for improving the consistency of the test). laccase or oxidase. for example glucose oxidase. hexose oxidase. aldose oxidase. pyranose oxidase. L-amino acid lipoxygenase or oxidase (suitable for improving the consistency of the test).
Если одна или несколько активностей дополнительных ферментов добавлены по способам настоящего изобретения. такие активности могут быть добавлены отдельно или вместе с полипептидом согласно настоящему изобретению. необязательно в качестве компонента(компонентов) композиции. улучшающей хлеб и/или улучшающей муку. Другие ферментативные активности могут быть любыми ферментами. описанными выше и могут быть дозированы согласно установленной практике хлебопечения.If one or more activities of additional enzymes are added according to the methods of the present invention. such activities may be added separately or together with the polypeptide of the present invention. optionally as a component (s) of the composition. improving bread and / or improving flour. Other enzymatic activities may be any enzymes. described above and can be dosed according to established bakery practice.
Настоящее изобретение также относится к способам приготовления печеных изделий. включающих выпекание теста. полученного способом настоящего изобретения для производства печеного изделия. Выпекание теста для производства печеного изделия может быть выполнено с использованием способов. хорошо известных в данной области техники.The present invention also relates to methods for preparing baked goods. including baking dough. obtained by the method of the present invention for the production of a baked product. Baking dough for the production of a baked product can be performed using methods. well known in the art.
Настоящее изобретение также относится к тесту и печеным изделиям. соответственно. произведенным способами настоящего изобретения.The present invention also relates to dough and baked goods. respectively. produced by the methods of the present invention.
Настоящее изобретение дополнительно относится к предварительной смеси. например. в виде композиции муки. для теста и/или печеных изделий. приготовленных из теста. причем предварительная смесь содержит полипептид настоящего изобретения. Термин предварительная смесь определен в настоящем описании для понимания ее в обычном значении. т.е. как смесь агентов печения. обычно включающих в себя муку. которая может быть использована не только в установках/оборудовании промышленного хлебопечения. но также в пекарнях розничной продажи. Предварительная смесь может быть приготовлена путем смешивания полипептида или композиции. улучшающей хлеб и/или улучшающей тесто настоящего изобретения. содержащей полипептид. с подходящим носителем. таким как мука. крахмал. сахар или соль. Предварительная смесь может содержать другие добавки. улучшающие тесто и/или улучшающие хлеб. например. любые добавки. включающие ферменты. упомянутые выше.The present invention further relates to a premix. eg. in the form of a flour composition. for dough and / or baked products. cooked from dough. moreover, the preliminary mixture contains the polypeptide of the present invention. The term pre-mix is defined in the present description to understand it in its usual meaning. those. as a mixture of baking agents. usually including flour. which can be used not only in plants / equipment for industrial bakery. but also in retail bakeries. A pre-mix can be prepared by mixing the polypeptide or composition. improving bread and / or improving the dough of the present invention. containing a polypeptide. with a suitable carrier. such as flour. starch. sugar or salt. The premix may contain other additives. improving dough and / or improving bread. eg. any additives. including enzymes. mentioned above.
Настоящее изобретение дополнительно относится к хлебопекарным добавкам в виде гранулированного или быстрорастворимого порошка. который содержит полипептид настоящего изобретения. Дополнительная хлебопекарная добавка предпочтительно имеет узкое распределение размера частиц с более чем 95% (по весу) частиц в области от 25 до 500 мкм.The present invention further relates to bakery additives in the form of a granular or instant powder. which contains the polypeptide of the present invention. The additional baking additive preferably has a narrow particle size distribution with more than 95% (by weight) of particles in the region of 25 to 500 microns.
Для теста и хлеба производство настоящего изобретения может быть использовано в комбинации со вспомогательными веществами обработки. определенными ранее в настоящем описании. такими как вспомогательные вещества химической обработки. таким как оксиданты (например аскорбиновая кислота). восстанавливающие агенты (например Ь-цистеин). оксидоредуктазы (например. глюкозооксидаза) и/или другие ферменты. такие как ферменты. модифицирующие полисахариды (например. α-амилаза. гемицеллюлаза. ферменты для печения и т.д.). и/или ферменты. модифицирующие белки (эндопротеаза. экзопротеаза. ферменты для печения и т.д.).For dough and bread, the manufacture of the present invention can be used in combination with processing aids. defined earlier in the present description. such as chemical processing aids. such as oxidizing agents (e.g. ascorbic acid). reducing agents (e.g. b-cysteine). oxidoreductases (e.g. glucose oxidase) and / or other enzymes. such as enzymes. modifying polysaccharides (e.g. α-amylase. hemicellulase. liver enzymes, etc.). and / or enzymes. modifying proteins (endoprotease. exoprotease. enzymes for liver, etc.).
Пример 1. Ферментация АзретдШиз шдетExample 1. Fermentation Azretd Schiz
Липолитические ферменты. кодируемые нуклеотидной последовательностью. как предусмотрено в настоящем описании. получили путем конструирования плазмид экспрессии. содержащих последовательности ДНК. трансформации штамма А. шдет такой плазмидой и культивирования штаммов А. шдет следующим ниже способом.Lipolytic enzymes. encoded by the nucleotide sequence. as provided herein. obtained by constructing expression plasmids. containing DNA sequences. the transformation of strain A. sits with such a plasmid and the cultivation of strains of A. sows in the following manner.
Свежие споры (106-107) штаммов А. шдет инокулировали в 20 мл С8Ь среды (100 мл флакон. перегородка) и культивировали в течение 20-24 ч при 34°С и 170 об./мин. После инокуляции 5-10 мл С8Ь перед культивированием в 100 мл С8М среде (500 мл флакон. перегородка) штаммы ферментировали при 34°С и 170 об./мин в течение 3-5 дней.Fresh spores (10 6 -10 7 ) of A. shade strains were inoculated into 20 ml of C8b medium (100 ml vial. Septum) and cultured for 20-24 hours at 34 ° C and 170 rpm. After inoculation of 5-10 ml of C8L before cultivation in 100 ml of C8M medium (500 ml vial septum), the strains were fermented at 34 ° C and 170 rpm for 3-5 days.
Бесклеточные супернатанты получили центрифугированием в 50 мл флаконах Стешет (30 мин. 5000 об./мин). Супернатанты предварительно отфильтровали микроволокнистым фильтром СЕ/А \УНа1тап С1азз (150 мм Е) для удаления более больших частиц. до рН 5 доводили 4 н КОН (по необходимости) и стерильно отфильтровали 0.2 мкм (с бутылочным верхом) фильтром со всасыванием для удаления грибкового материала. Супернатанты хранили при 4°С (или -20°С).Cell-free supernatants were obtained by centrifugation in 50 ml Steshet vials (30 min. 5000 rpm). The supernatants were pre-filtered with a CE / A \ UNA1tap C1azz microfiber filter (150 mm E) to remove larger particles. 4 N KOH was adjusted to pH 5 (if necessary) and 0.2 μm (bottle top) was sterile filtered with a suction filter to remove fungal material. Supernatants were stored at 4 ° C (or -20 ° C).
Среда С8Ь состояла из (в количестве на 1 л): 100 г Сот 81еер 8о11бз (ИоциеПе). 1 г NаΗ2Ρ04Ή20. 0.5 г Мд804-7Н20. 10 г глюкоза-Н20 и 0.25 г Вазйбоп (пеногаситель). Ингредиенты растворили в половине объема воды и рН довели до рН 5.8 при помощи №10Н или Н2804; 100 мл флакон с перегородкой и шариком для вспенивания заполнили 20 мл бульона ферментации и стерилизовали в течение 20 мин при 120°С. после чего 200 мкл раствора. содержащего 5000 ΐυ/мл пенициллина и 5 мг/мл стрептомицина. добавили в каждый флакон после охлаждения до комнатной температуры.The C8b medium consisted of (in an amount per 1 liter): 100 g Sot 81eer 8o11bz (Iocepe). 1 g NaΗ 2 Ρ 0 4 Ή 2 0. 0.5 g MD80 4 -7H 2 0. 10 g glucose-H 2 0 and 0.25 g Wazybop (antifoam). The ingredients were dissolved in half the volume of water and the pH was adjusted to pH 5.8 using No. 10H or H 2 80 4 ; A 100 ml vial with a septum and a foaming ball was filled with 20 ml of fermentation broth and sterilized for 20 min at 120 ° C. then 200 μl of solution. containing 5000 ΐυ / ml penicillin and 5 mg / ml streptomycin. added to each vial after cooling to room temperature.
- 25 008007- 25 008007
С8М среда состояла из (в количестве на литр): 150 г мальтоза-Н20, 60 г 8оу1опе (пептон), 1 г №Н2Р04-Н20, 15 г Мд804-7Н20, 0,08 Твин 80, 0,02 г Вазййоп (пеногаситель), 20 г МЕ8, 1 г Ь-аргинина. Ингредиенты растворили в половине объема воды и рН довели до рН 6,2 при помощи №0Н или Н2804; 100 мл флакон с перегородкой и шариком для вспенивания заполнили 100 мл бульона ферментации и стерилизовали в течение 120 мин при 120°С, после чего 1 мл раствора, содержащего 5000 ГО/мл пенициллина и 5 мг/мл стрептомицина, добавили в каждый флакон после охлаждения до комнатной температуры.C8M medium consisted of (in amount per liter): 150 g maltose-H 2 0, 60 g 8ou1ope (peptone), 1 g WH 2 P0 4 H 2 0, 15 g Md80 4 -7H 2 0, 0.08 Tween 80, 0.02 g Wazyop (antifoam), 20 g ME8, 1 g L-arginine. The ingredients were dissolved in half the volume of water and the pH was adjusted to a pH of 6.2 using No. 0H or H 2 80 4 ; A 100 ml vial with a septum and a foaming ball was filled with 100 ml of fermentation broth and sterilized for 120 min at 120 ° C, after which 1 ml of a solution containing 5000 GO / ml of penicillin and 5 mg / ml streptomycin was added to each bottle after cooling to room temperature.
Пример 2. Очистка липолитических ферментов настоящего изобретенияExample 2. Purification of lipolytic enzymes of the present invention
Этап 1 - Приготовление ультрафильтратовStage 1 - Preparation of ultrafiltrates
Выполнили ультрафильтрацию супернатантов культур, которые получены в примере 1, для удаления низкомолекулярных загрязнений, которые могут мешать при определении ферментативной активности и тестах при выпечке. Ультрафильтрацию 30 мл супернатанта проводили системой МйНроге ЕаЬзса1е ТЕЕ, оборудованной фильтром с 10 кОа границей пропускания.Ultrafiltration of the culture supernatants obtained in Example 1 was performed to remove low molecular weight contaminants that may interfere with enzymatic activity determination and baking tests. Ultrafiltration of 30 ml of the supernatant was carried out by a MyNrohe Ebz1e TEE system equipped with a filter with a 10 kOa transmission boundary.
В зависимости от цвета образцы промывали 3-5 раз 40 мл объемами 100 мМ холодного фосфатного буфера рН 6,0, включающего в себя 0,5 мМ СаС12. Конечный объем раствора фермента составил 30 мл и далее он упоминается как ультрафильтрат.Depending on the color, the samples were washed 3-5 times with 40 ml in volumes of 100 mm cold phosphate buffer pH 6.0, including 0.5 mm CaCl 2 . The final volume of the enzyme solution was 30 ml and is hereinafter referred to as ultrafiltrate.
Этап 2 - Определение концентрации липолитических ферментов при помощи А280 и НР8ЕС.Stage 2 - Determination of the concentration of lipolytic enzymes using A280 and HP8ES.
Концентрацию липолитических ферментов в ультрафильтрате вычислили из экстинкции при 280 нм (А280), свойственной липолитическим ферментам, и вычислили коэффициент молекулярной экстинкции липолитических ферментов. Измерение А280 выполнили спектрометром Иу1коп ХБ 8есошаш (Веип 4е Копйе, АЬсоийе, Нидерланды).The concentration of lipolytic enzymes in the ultrafiltrate was calculated from extinction at 280 nm (A280) inherent to lipolytic enzymes, and the molecular extinction coefficient of lipolytic enzymes was calculated. Measurement of A280 was carried out by a Hu1kop HB 8esoshash spectrometer (Beip 4e Kopie, Alsoye, the Netherlands).
Коэффициент молекулярной экстинкции фермента может быть вычислен из количества остатков тирозина, триптофана и цистеина на молекулу (8.С. С111 Р.Н. уоп Н1рре1, Апа1.Вюсйеш. 182, 319-326 (1989)). Коэффициент молекулярной экстинкции этих аминокислот составляет 1280, 5690 и 120 М1-см-1, соответственно. Количество остатков тирозина, триптофана и цистеина в липолитических ферментах настоящего изобретения может быть выведено из последовательностей 8ЕЦ ΙΏ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 и 39. Вычисленные коэффициенты ослабления липолитических ферментов настоящего изобретения суммированы в табл. 2.The molecular extinction coefficient of the enzyme can be calculated from the number of tyrosine, tryptophan, and cysteine residues per molecule (8.C. C111 R.N. uop H1pre1, Apa1. Vyusyesh. 182, 319-326 (1989)). The molecular extinction coefficient of these amino acids is 1280, 5690 and 120 M 1 -cm -1 , respectively. The amount of tyrosine, tryptophan and cysteine residues in the lipolytic enzymes of the present invention can be deduced from the sequences 8EC ΙΏ N0: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36 and 39. The calculated attenuation coefficients lipolytic enzymes of the present invention are summarized in table. 2.
Таблица 2table 2
Экстинкция ультрафильтрата при 280 нм (А280), которая является свойством липолитических ферментов, зависит от чистоты образца фермента. Чистота, определенная с использованием НР8ЕС (высокоразрешающей хроматографией по размеру молекул) с Т8К 8\¥-Х1. колонкой (300-7,8 мм; область М^ 10-300 кОа). Буфер для элюции состоял из 25 мМ натрий фосфатного буфера рН 6,0 и был использован поток 1 мл/мин. Инъецировали 5-100 мкл образцы. Измерили поглощение при 280 нм.The extinction of the ultrafiltrate at 280 nm (A280), which is a property of lipolytic enzymes, depends on the purity of the enzyme sample. Purity determined using HP8ES (high resolution molecular size chromatography) with T8K 8 \ ¥ -X1. column (300-7.8 mm; region M ^ 10-300 kOa). The elution buffer consisted of 25 mM sodium phosphate buffer pH 6.0 and a flow of 1 ml / min was used. 5-100 μl samples were injected. The absorbance was measured at 280 nm.
А280 в ультрафильтратах, свойственное липолитическому ферменту настоящего изобретения, получили из отношения поверхности пика к пику соответствующего липолитического фермента в хроматограмме и общей поверхности пиков поглощения при 280 нм. Затем для каждого липолитического фермента вычислили концентрацию липолитического фермента в ультрафильтрате путем умножения А280 ультрафильтрата на отношение, описанное выше, и разделили на вычисленный коэффициент экстинкцииA280 in ultrafiltrates, characteristic of the lipolytic enzyme of the present invention, was obtained from the ratio of the peak surface to the peak of the corresponding lipolytic enzyme in the chromatogram and the total surface of the absorption peaks at 280 nm. Then, for each lipolytic enzyme, the concentration of the lipolytic enzyme in the ultrafiltrate was calculated by multiplying the A280 ultrafiltrate by the ratio described above, and divided by the calculated extinction coefficient
- 26 008007 (1 мг/мл раствора - табл. 2 - самая большая правая колонка). Пример 3. Измерения активностей- 26 008007 (1 mg / ml of solution - table. 2 - the largest right column). Example 3. Measurement of activities
Бесклеточные супернатанты, полученные в примере 1, исследовали при помощи липазы, фосфолипазы и галактолипазы, что показано в табл. 3.Cell-free supernatants obtained in example 1 were investigated using lipase, phospholipase and galactolipase, as shown in table. 3.
Таблица 3. Активности липолитических ферментов в бесклеточных супернатантах, как приготовлено в примере 1Table 3. The activity of lipolytic enzymes in acellular supernatants, as prepared in example 1
= нет отличия от контроля;= no difference from control;
+/++/+++ =выше, чем контроль.+ / ++ / +++ = higher than control.
Активность липазы определили спектрофотометрически с использованием 2,3-меркапто-1пропанолтрибутирата (ТВОИ?) в качестве субстрата. Липаза гидролизует сульфидные связи ТВОИР, таким образом, освобождая тиобутановую кислоту, которая в последующей реакции с 4,4дитиодипиридином (ЭТЭР) образует 4-тиопиридон. Последний находится в таутомерном равновесии с 4-меркаптопиридином, который поглощается при 334 нм. Реакция протекает в 0,1М ацетатном буфере рН 5,0, содержащем 0,2% Тритон Х-100, 0,65 мМ ТВО1ЛР и 0,2 мМ ЭТЭР, при 37°С. Одна единица липазы определена, как количество фермента, которое высвобождает 1 мкмоль 4 тиобутановой кислоты в 1 мин в установившихся условиях реакции.Lipase activity was determined spectrophotometrically using 2,3-mercapto-1-propanol tributyrate (TBOI?) As a substrate. Lipase hydrolyzes the sulfide bonds of TBOIR, thereby releasing thiobutanoic acid, which in the subsequent reaction with 4,4dithiodipyridine (ETER) forms 4-thiopyridone. The latter is in tautomeric equilibrium with 4-mercaptopropyridine, which is absorbed at 334 nm. The reaction proceeds in 0.1 M acetate buffer, pH 5.0, containing 0.2% Triton X-100, 0.65 mM TBO1LR and 0.2 mM ETER, at 37 ° C. One unit of lipase is defined as the amount of enzyme that releases 1 μmol of 4 thiobutanoic acid in 1 min under steady state reaction conditions.
Фосфолипазу А определили спектрофотометрически с использованием 1,2-дитиодиоктаноилфосфатдихолина в качестве субстрата. Фосфолипаза А гидролизует сульфидную связь в 1 положении (РЬА1) или 2 положении (РЬА2), таким образом освобождая 4 тиооктановую кислоту, которая в последующей реакции реагирует с 4,4' -дитиопиридином для образования 4-тиопиридона. Последний находится в таутомерном равновесии с 4-меркаптопиридином, который поглощается при 334 нм. Реакция протекает в 0,1 М ацетатном буфере рН 4,0, содержащем 0,2% Тритон Х-100, 0,65 мМ субстрата и 0,2 мМ □ТОР, при 37°С. Одна единица фосфолипазы А (РЬА) определена как количество фермента, которое высвобождает 1 мкмоль 4 тиооктановой кислоты в 1 мин в установившихся условиях реакции.Phospholipase A was determined spectrophotometrically using 1,2-dithiodioctanoylphosphate dicholine as a substrate. Phospholipase A hydrolyzes the sulfide bond at the 1 position (PBA1) or 2 position (PBA2), thereby releasing 4 thiooctanoic acid, which in the subsequent reaction reacts with 4,4'-dithiopyridine to form 4-thiopyridone. The latter is in tautomeric equilibrium with 4-mercaptopropyridine, which is absorbed at 334 nm. The reaction proceeds in 0.1 M acetate buffer, pH 4.0, containing 0.2% Triton X-100, 0.65 mm substrate and 0.2 mm □ TOP, at 37 ° C. One unit of phospholipase A (PBA) is defined as the amount of enzyme that releases 1 μmol of 4 thiooctanoic acid in 1 min under steady state reaction conditions.
Активность лизофосфолипазы определили 31Р-ЯМР спектроскопией с использованием лизофосфатидилхолина в качестве субстрата. Лизофосфолипаза гидролизует эфирную связь, таким образом освобождая жирную кислоту из группы глицерина. Образованный таким образом глицеринфосфохолин количественно определили, используя ЯМР. Реакция протекала в 50 мМ ацетатном буфере рН 4,5, дополнительно содержащем 1 мг/мл лизофосфатидилхолин и 5мМ СаС12, в течение 30 мин при 55°С. Одна единица лизофосфолипазы (ЬРС) определена как количество фермента, которое образует 1 мкмоль 4 глицеринфосфохолина кислоты в 1 мин в установившихся условиях реакции.Lysophospholipase activity was determined by 31 P-NMR spectroscopy using lysophosphatidylcholine as a substrate. Lysophospholipase hydrolyzes the ester bond, thereby releasing the fatty acid from the glycerol group. The glycerolphosphocholine thus formed was quantified using NMR. The reaction proceeded in 50 mM acetate buffer pH 4.5, additionally containing 1 mg / ml lysophosphatidylcholine and 5 mM CaCl 2 , for 30 min at 55 ° C. One unit of lysophospholipase (LRS) is defined as the amount of enzyme that forms 1 µmol of 4 glycerolphosphocholine acid in 1 min under steady state reaction conditions.
Активность галактолипазы определили ЯМР спектроскопией с использованием дигалактозилдиглицерида в качестве субстрата согласно способу, описанному ИЛауата и Μаί8иба (1972) Ацпс. Вю1. С1ет. 36, 1831. Галактолипаза гидролизует эфирную связь между жирными кислотами и глицериновой основой, таким образом, освобождая одну или две жирные кислоты. Реакция протекает в 50 мМ ацетатном буфере рН 4,5, дополнительно содержащем 5мМ СаС12, 0,2% Тритон Х-100 и 1 мг/мл дигалактозилдиглицерида (липидные продукты), в течение 30 мин при 30°С. Одна единица галактолипазы определена как количество фермента, которое образует 1 мкмоль жирной кислоты в 1 мин в установившихся условиях реакции.The activity of galactolipase was determined by NMR spectroscopy using digalactosyldiglyceride as a substrate according to the method described by ILauat and Μaί8iba (1972) ACPS. Vu1. C1. 36, 1831. Galactolipase hydrolyzes the ester bond between the fatty acids and the glycerol base, thereby releasing one or two fatty acids. The reaction proceeds in 50 mM acetate buffer pH 4.5, additionally containing 5 mM CaCl 2 , 0.2% Triton X-100 and 1 mg / ml digalactosyl diglyceride (lipid products), for 30 min at 30 ° C. One galactolipase unit is defined as the amount of enzyme that forms 1 μmol of fatty acid in 1 min under steady state reaction conditions.
Ультрафильтраты, полученные в примере 2, подвергли РАИ измерению активности фермента. Активность грибковой альфа-амилазы измерили с использованием тестовых таблеток Р1абеЬак Ату1аке (РБагтаыа). Таблетки РБабеЬаз содержат субстрат водонерастворимого крахмала и голубой краситель, связанный поперечными связями с субстратом. Субстрат гидролизовали грибковой амилазой, освобождая окрашенные растворимые мальтодекстрины, которые перешли в раствор. Кривую калибровки пригоThe ultrafiltrates obtained in Example 2 subjected the RAI to measurement of enzyme activity. The activity of fungal alpha-amylase was measured using test tablets P1abeAbAtuAke (RBagtaa). RBabe3 tablets contain a substrate of water-insoluble starch and a blue dye, linked by cross-linking with the substrate. The substrate was hydrolyzed with fungal amylase, releasing colored soluble maltodextrins, which passed into solution. Curve calibration
- 27 008007 товили при помощи раствора, содержащего упомянутую активность грибковой альфа-амилазы. Из стандарта и неизвестных образцов в 50 мМ буфере малеиновой кислоты рН 5,5 приготовили соответствующие разбавления. Образцы по 5 мл инкубировали при 30°С в течение 5 мин, добавили РйабеЬак таблетку и после 15 мин реакцию остановили путем добавления 1,0 мл 0,5 н гидроксида натрия. Смеси оставили остывать до комнатной температуры в течение 5 мин, после чего добавили 4,0 мл воды, после встряхивания руками в течение 15 мин образцы центрифугировали при 4700 об./мин в течение 10 мин. Экстинкцию верхних слоев измерили при 620 нм. ΟΏ 620 нм является единицей измерения для активности грибковой альфа-амилазы. Одна единица грибковой альфа-амилазы (РАИ) определена в настоящем описании как количество фермента, которое превращает 1 г крахмала (100% сухого вещества) за 1 ч в продукт, обладающий прозрачностью при 620 нм после реакции с йодным раствором известной концентрации в установившихся условиях реакции.- 27 008007 was prepared using a solution containing the mentioned activity of fungal alpha-amylase. Appropriate dilutions were prepared from standard and unknown samples in 50 mM maleic acid buffer pH 5.5. Samples of 5 ml were incubated at 30 ° C for 5 minutes, a Ryabeak tablet was added, and after 15 minutes the reaction was stopped by adding 1.0 ml of 0.5 N sodium hydroxide. The mixture was allowed to cool to room temperature over 5 minutes, after which 4.0 ml of water was added, after shaking with hands for 15 minutes, the samples were centrifuged at 4700 rpm for 10 minutes. The extinction of the upper layers was measured at 620 nm. ΟΏ 620 nm is the unit of measure for the activity of fungal alpha-amylase. One unit of fungal alpha-amylase (RAI) is defined in the present description as the amount of an enzyme that converts 1 g of starch (100% dry matter) in 1 h to a product with transparency at 620 nm after reaction with an iodine solution of known concentration under steady-state reaction conditions .
Таблица 4. Аи и белок в ультрафильтратах, приготовленных в примере 2Table 4. Au and protein in ultrafiltrates prepared in example 2
Дополнительно к активностям, приведенным в табл. 4, также присутствуют незначительные активности глюкоамилазы, однако в таких низких количествах, что эти ферменты не мешают в экспериментах хлебопечения, описанных в примере 4.In addition to the activities given in table. 4, insignificant glucoamylase activities are also present, however, in such low quantities that these enzymes do not interfere with the baking experiments described in Example 4.
Пример 4. Эксперименты 1 хлебопечения - батоны хлебаExample 4. Experiments 1 bakery - loaves of bread
Батоны хлеба выпекли из 150-граммовых кусков теста, полученного путем смешивания 200 г муки (Ко11Ьп™/1Ык™ в соотношении 80/20), 1,4 г сухих хлебопекарных дрожжей (Регт1рап®), 4 г соли, 3 г сахара, 10 мг аскорбиновой кислоты, 116 г воды и 2 г жира. После перемешивания в течение 6 мин и 15 с в стержневом миксере, тесто разделили на куски по 150 г и поставили для брожения в течение 45 мин при 30°С, обмяли и поставили для брожения в течение еще 25 мин, отформовали и приготовили. Брожение проводили при относительной влажности 90-100%. После финального брожения в течение 70 мин при 30°С тесто пекли в течение 20 мин при 225°С.Loafs of bread were baked from 150-gram slices of dough obtained by mixing 200 g of flour (Ko11Ln ™ / 1Yk ™ in a ratio of 80/20), 1.4 g of dry baker's yeast (Regt1rap®), 4 g of salt, 3 g of sugar, 10 mg of ascorbic acid, 116 g of water and 2 g of fat. After stirring for 6 minutes and 15 seconds in a rod mixer, the dough was divided into 150 g pieces and set for fermentation for 45 minutes at 30 ° C, kneaded and set for fermentation for another 25 minutes, molded and prepared. Fermentation was carried out at a relative humidity of 90-100%. After the final fermentation for 70 minutes at 30 ° C, the dough was baked for 20 minutes at 225 ° C.
Различное воздействие (табл. 5 и 6) липолитических ферментов в экспериментах хлебопечения сравнили с контролем, содержащим такое же количество грибковой амилазы, которую добавили иным способом при помощи дозировки ультрафильтрата (для активности грибковой амилазы в ультрафильтратах см. табл. 4). Это было необходимо, так как количество грибковой амилазы, добавленной с липолитическими ферментами, особенно повлияло на объем хлеба, а не на другие параметры. Объем батонов хлеба с добавленным контрольным количеством грибковой амилазы приняли за 100%.The different effects (Tables 5 and 6) of lipolytic enzymes in baking experiments were compared with a control containing the same amount of fungal amylase, which was added in another way by dosing ultrafiltrate (for the activity of fungal amylase in ultrafiltrates, see table 4). This was necessary, since the amount of fungal amylase added with lipolytic enzymes especially affected the volume of bread, and not other parameters. The volume of loaves of bread with an added control amount of fungal amylase was taken as 100%.
- 28 008007- 28 008007
Таблица 5Table 5
Объем батона определили при помощи измерителя объема хлеба БУМ-3 (ΚΙ Сагдз 1п81гитеп18 АБ, У1кеп, 8\\'е4еп). Принцип такого измерения основан на отражении ультразвука, измеренного при помощи датчика вокруг вращающегося хлеба. Время измерения составляло 45 с.The loaf volume was determined using a BUM-3 bread volume meter (ΚΙ Sagdz 1p81gitep18 AB, U1kep, 8 \\ 'e4ep). The principle of this measurement is based on the reflection of ultrasound measured with a sensor around a rotating bread. The measurement time was 45 s.
Липкость теста и растяжимость оценили при помощи квалифицированного пекаря, используя шкалу, изображенную в табл. 5. Измеряли среднее значение 2 батонов на один объект.The stickiness of the dough and extensibility was evaluated using a qualified baker, using the scale shown in the table. 5. The average value of 2 loaves per object was measured.
После таких тестов куски теста округлили и первое брожение проводили в течение 45 мин при 30°С и после этого тесто обмяли, отформовали, приготовили и поставили для брожения в течение 75 мин при 30°С. Относительная влажность во время брожения составляла 85%.After such tests, the dough pieces were rounded and the first fermentation was carried out for 45 min at 30 ° С and after that the dough was kneaded, molded, prepared and set for fermentation for 75 min at 30 ° С. Relative humidity during fermentation was 85%.
Затем оценили стабильность теста после брожения при помощи наличия пузырьков, корочки с оборванными краями и нерегулярных кривых поверхностей корочки. Куски теста выпекали в течение 20 мин при 225°С. Объемы батонов определили способом ΒνΜ-3: в таблице представлены средние значения 2 хлебов, которые выпекали как один объект.The stability of the test after fermentation was then evaluated using the presence of bubbles, a crust with dangling edges, and irregular curved surfaces of the crust. Pieces of dough were baked for 20 minutes at 225 ° C. The loaf volumes were determined using the ΒνΜ-3 method: the table shows the average values of 2 loaves that were baked as a single object.
Структуру хлебного мякиша оценили при помощи профессионального пекаря, используя шкалу, изображенную в табл. 5. После хранения батонов в течение 3 дней в полиэтиленовых сумках при комнатной температуре измерили твердость хлебного мякиша, используя 81еуепз анализатор текстуры. Два ломтика толщиной 2 см из центра каждого батона проанализировали анализатором текстуры, используя пробу диаметром 1,5 дюйма, глубиной давления 5 мм (25%) и скоростью давления 0,5 мм/с. В таблице показано среднее значение двух измерений.The structure of the bread crumb was evaluated using a professional baker, using the scale shown in table. 5. After storing the loaves for 3 days in plastic bags at room temperature, the hardness of the bread crumb was measured using a 81e texture analyzer. Two slices 2 cm thick from the center of each loaf were analyzed by a texture analyzer using a sample with a diameter of 1.5 inches, a pressure depth of 5 mm (25%) and a pressure speed of 0.5 mm / s. The table shows the average of two measurements.
Цвет корочки оценивали при помощи профессионального пекаря согласно шкале, изображенной в табл. 5. В качестве контроля использовали стандартный рецепт хлеба с датской формой для выпечки.The color of the crust was evaluated using a professional baker according to the scale shown in the table. 5. As a control, a standard bread recipe with a Danish baking dish was used.
Цвет хлебного мякиша оценивали при помощи профессионального пекаря согласно оценке, изображенной в табл. 5. Цвет хлебного мякиша контрольного хлеба оценили как норму (3). В качестве положительного контроля батоны 2 объектов использовали с одной и той же композицией как контроль плюс 0,5% соевая мука. Процедуры брожения и выпечки такие же как и для контроля без соевой муки. Последний оценили как отличный.The color of the crumb was evaluated using a professional baker according to the assessment depicted in table. 5. The color of the bread crumb of the control bread was rated as the norm (3). As a positive control, loaves of 2 objects were used with the same composition as control plus 0.5% soy flour. Fermentation and baking procedures are the same as for control without soy flour. The latter was rated as excellent.
Нависающую верхушку хлеба оценивали путем нависания верхушки относительно формы для выпечки, более нижние кромки верхушки - более низкая оценка. Меньше нависания, более лучшая оценка.The hanging top of the bread was evaluated by overhanging the top relative to the baking dish, the lower edges of the top - a lower score. Less overhang, better score.
Черствление хлеба оценили путем ощущения твердости хлебного мякиша ломтиков хлеба. Перед нарезкой ломтиков хлеб хранили в пластиковой сумке при комнатной температуре в течение 4 дней. Более мягкий хлебный мякиш ломтиков имеет более лучшую оценку.The staleness of the bread was evaluated by feeling the hardness of the crumb bread slices. Before slicing, the bread was stored in a plastic bag at room temperature for 4 days. A softer bread crumb of slices has a better rating.
- 29 008007- 29 008007
Таблица 6Table 6
Пример 5. Эксперименты 2 хлебопечения - батардExample 5. Experiments 2 bakery - batard
Хлебопекарные качества липолитических ферментов согласно настоящему изобретению протестировали с французским типом хлеба, называемым батард. Приготовление батардов в стандартном процессе хлебопечения было осуществлено путем смешивания 3000 г белой муки при примерно 20°С. 70 г прессованных дрожжей, 60 г соли, 68 ч./млн аскорбиновой кислоты, 30 ч./млн Ваке7уте® Н82000 (грибковая гемицеллюлоза), 7 ч./млн Ваке7уте® Р500 (грибковая α-амилаза) и 1680 мл воды (8-10°С) в спиральном миксере (Оюкпа:2 мин со скоростью 1; 100 Вт-ч подавали при скорости 2). Температура теста составляла 27°С. Механически обработанное тесто проанализировали вручную при помощи профессионального пекаря. Тесто подвергли 15-минутной проверке на увеличение объема в герметичном шкафу при 32°С и 90% влажности. Позже тесто разделили на 6 кусков по 350 г, раскатали и поставили для брожения в течение 15 мин при 32°С и 90% влажности. В конце этого периода куски теста отформовали, придали форму и последний раз поставили тесто для брожения на 90 мин при 32°С и 90% влажности. Полностью подошедшее тесто разрезали по длине кусков теста и выпекали в печи при 240°С в течение 30 мин в присутствии пара. После остывания до комнатной температуры объемы батонов определили ВVМ способом (см. пример 4).The baking properties of the lipolytic enzymes according to the present invention were tested with a French type of bread called batard. The preparation of bardards in a standard baking process was carried out by mixing 3000 g of white flour at about 20 ° C. 70 g of compressed yeast, 60 g of salt, 68 ppm ascorbic acid, 30 ppm Vake7ute® H8 2000 (fungal hemicellulose), 7 ppm Vake7ute® P500 (fungal α-amylase) and 1680 ml of water ( 8-10 ° C) in a spiral mixer (Oyukpa: 2 min at a speed of 1; 100 Wh-h served at a speed of 2). The test temperature was 27 ° C. Machined dough was analyzed manually using a professional baker. The dough was subjected to a 15-minute test to increase the volume in a sealed cabinet at 32 ° C and 90% humidity. Later, the dough was divided into 6 pieces of 350 g, rolled out and set for fermentation for 15 minutes at 32 ° C and 90% humidity. At the end of this period, the dough pieces were molded, shaped, and the last time the dough was placed for fermentation for 90 min at 32 ° C and 90% humidity. The fully matched dough was cut along the length of the dough pieces and baked in an oven at 240 ° C for 30 min in the presence of steam. After cooling to room temperature, the loaf volumes were determined by the BBM method (see Example 4).
Разламывание, разрезание и форму батонов проанализировали сразу после остывания до комнатной температуры при помощи профессионального пекаря, используя оценку в табл. 7. После 16 ч (всю ночь) хранения в закрытом ящике при комнатной температуре проанализировали качество хлебного мякиша при помощи профессионального пекаря. Оценку батонов (табл. 8) получали от 1 объекта.The breaking, cutting and shape of the loaves were analyzed immediately after cooling to room temperature using a professional baker, using the score in table. 7. After 16 hours (all night) of storage in a closed box at room temperature, the quality of bread crumb was analyzed using a professional baker. The evaluation of loaves (tab. 8) was obtained from 1 object.
- 30 008007- 30 008007
Таблица 7Table 7
Таблица 8. Выполнение хлебопечения липолитическими ферментами настоящего изобретенияTable 8. Performing bakery lipolytic enzymes of the present invention
* в ч./млн, основанном на весе муки и весе фермента, определенном А280 способом.* ppm based on the weight of the flour and the weight of the enzyme determined by the A280 method.
Claims (24)
Applications Claiming Priority (13)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP02102168 | 2002-08-19 | ||
EP02102183 | 2002-08-19 | ||
EP02102170 | 2002-08-19 | ||
EP02102173 | 2002-08-19 | ||
EP02102176 | 2002-08-19 | ||
EP02102172 | 2002-08-19 | ||
EP02102171 | 2002-08-19 | ||
EP02102169 | 2002-08-19 | ||
EP02102174 | 2002-08-19 | ||
EP02102179 | 2002-08-19 | ||
EP02102181 | 2002-08-19 | ||
EP02102178 | 2002-08-19 | ||
PCT/EP2003/009145 WO2004018660A2 (en) | 2002-08-19 | 2003-08-15 | Novel lipases and uses thereof |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
EA200500391A1 EA200500391A1 (en) | 2005-08-25 |
EA008007B1 true EA008007B1 (en) | 2007-02-27 |
Family
ID=31951005
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
EA200500391A EA008007B1 (en) | 2002-08-19 | 2003-08-15 | Noval lipases and uses thereof |
EA200601823A EA200601823A1 (en) | 2002-08-19 | 2003-08-15 | NEW LIPASE AND THEIR APPLICATION |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
EA200601823A EA200601823A1 (en) | 2002-08-19 | 2003-08-15 | NEW LIPASE AND THEIR APPLICATION |
Country Status (13)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US7550280B2 (en) |
EP (2) | EP2338986B1 (en) |
JP (1) | JP2005535352A (en) |
CN (1) | CN1675355A (en) |
AR (1) | AR042417A1 (en) |
AU (1) | AU2003270088A1 (en) |
CA (1) | CA2495198C (en) |
DK (1) | DK2338986T3 (en) |
EA (2) | EA008007B1 (en) |
ES (1) | ES2527924T3 (en) |
MX (1) | MXPA05001978A (en) |
PL (2) | PL375355A1 (en) |
WO (1) | WO2004018660A2 (en) |
Families Citing this family (23)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6936289B2 (en) | 1995-06-07 | 2005-08-30 | Danisco A/S | Method of improving the properties of a flour dough, a flour dough improving composition and improved food products |
AU752215B2 (en) | 1998-07-21 | 2002-09-12 | Dupont Nutrition Biosciences Aps | Foodstuff |
DE60220155T2 (en) | 2001-05-18 | 2008-02-07 | Danisco A/S | PROCESS FOR PREPARING DOUGH WITH AN ENZYME |
WO2004018660A2 (en) * | 2002-08-19 | 2004-03-04 | Dsm Ip Assets B.V. | Novel lipases and uses thereof |
MXPA05007653A (en) | 2003-01-17 | 2005-09-30 | Danisco | Method. |
US20050196766A1 (en) | 2003-12-24 | 2005-09-08 | Soe Jorn B. | Proteins |
US7955814B2 (en) | 2003-01-17 | 2011-06-07 | Danisco A/S | Method |
US7906307B2 (en) | 2003-12-24 | 2011-03-15 | Danisco A/S | Variant lipid acyltransferases and methods of making |
US7718408B2 (en) | 2003-12-24 | 2010-05-18 | Danisco A/S | Method |
GB0716126D0 (en) | 2007-08-17 | 2007-09-26 | Danisco | Process |
GB0405637D0 (en) | 2004-03-12 | 2004-04-21 | Danisco | Protein |
AU2005263954B2 (en) | 2004-07-16 | 2011-04-07 | Dupont Nutrition Biosciences Aps | Enzymatic oil-degumming method |
WO2006047469A2 (en) | 2004-10-21 | 2006-05-04 | Novozymes, Inc. | Polypeptides having lipase activity and polynucleotides encoding same |
CN101389644B (en) * | 2006-02-23 | 2015-06-17 | 帝斯曼知识产权资产管理有限公司 | Novel lipases and uses thereof |
CN101652474B (en) | 2007-01-25 | 2012-06-27 | 丹尼斯科有限公司 | Production of a lipid acyltransferase from transformed bacillus licheniformis cells |
DK2119781T3 (en) | 2007-01-30 | 2012-11-26 | Mitsubishi Kagaku Foods Corp | glyceroglycolipid lipase |
CN101960008B (en) * | 2008-02-29 | 2016-04-13 | 诺维信公司 | There are the polypeptide of lipase activity and the polynucleotide of this polypeptide of coding |
US9370193B2 (en) | 2009-01-16 | 2016-06-21 | Dupont Nutrition Biosciences Aps | Enzymatic generation of functional lipids from cereals or cereal bi-streams |
WO2010130622A1 (en) * | 2009-05-11 | 2010-11-18 | Dsm Ip Assets B.V. | Enzyme composition for the treatment of prancreatic insufficiency |
KR101724614B1 (en) * | 2014-05-27 | 2017-04-19 | 주식회사 제노포커스 | New Catalase Signal Sequences and Expression Method Using The Same |
AU2017369532B2 (en) * | 2016-11-30 | 2022-03-24 | Novozymes A/S | Method of baking |
CN113301812A (en) * | 2018-10-17 | 2021-08-24 | 完美日股份有限公司 | Recombinant components and compositions for food products |
WO2023203080A1 (en) | 2022-04-20 | 2023-10-26 | Novozymes A/S | Process for producing free fatty acids |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0687734A1 (en) * | 1994-06-17 | 1995-12-20 | SOLVAY (Société Anonyme) | Expression system for aspergillus foetidus |
WO2000056762A2 (en) * | 1999-03-22 | 2000-09-28 | Novozymes Biotech, Inc. | Methods for monitoring multiple gene expression |
WO2001027251A1 (en) * | 1999-10-14 | 2001-04-19 | Novozymes A/S | Lysophospholipase from aspergillus |
Family Cites Families (29)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4433092A (en) | 1981-03-09 | 1984-02-21 | Champion Spark Plug Company | Green ceramic of lead-free glass, conductive carbon, silicone resin and AlPO4, useful, after firing, as an electrical resistor |
JPS6030488B2 (en) | 1982-11-10 | 1985-07-17 | 協和醗酵工業株式会社 | Fabric improvers and fabrics containing them |
JPS6078529A (en) | 1983-10-07 | 1985-05-04 | 協和醗酵工業株式会社 | Dough sheet |
CA1255586A (en) | 1984-07-24 | 1989-06-13 | Hendrik M. Geysen | Method of determining mimotopes |
US4631211A (en) | 1985-03-25 | 1986-12-23 | Scripps Clinic & Research Foundation | Means for sequential solid phase organic synthesis and methods using the same |
LU86128A1 (en) | 1985-10-18 | 1987-06-02 | Vander Poorten Henri | PROCESS FOR PRINTING OR COATING CERAMIC SIMULTANEOUSLY TO ITS ELECTROFORMING AND CONDUCTING SINGLE-COOKING TO DECORATIVE OR TECHNICAL PRODUCTS |
JPS62111629A (en) | 1985-11-09 | 1987-05-22 | キユーピー株式会社 | Production of cake |
US4946778A (en) | 1987-09-21 | 1990-08-07 | Genex Corporation | Single polypeptide chain binding molecules |
US4704692A (en) | 1986-09-02 | 1987-11-03 | Ladner Robert C | Computer based system and method for determining and displaying possible chemical structures for converting double- or multiple-chain polypeptides to single-chain polypeptides |
JPS63258528A (en) | 1987-04-15 | 1988-10-26 | キユーピー株式会社 | Production of sponge cake |
JP3771253B2 (en) | 1988-09-02 | 2006-04-26 | ダイアックス コープ. | Generation and selection of novel binding proteins |
US5223409A (en) | 1988-09-02 | 1993-06-29 | Protein Engineering Corp. | Directed evolution of novel binding proteins |
DE69004782T2 (en) | 1989-09-29 | 1994-03-17 | Unilever Nv | Food containing dried lysophospholipoprotein. |
US5427908A (en) | 1990-05-01 | 1995-06-27 | Affymax Technologies N.V. | Recombinant library screening methods |
ES2139598T3 (en) | 1990-07-10 | 2000-02-16 | Medical Res Council | PROCEDURES FOR THE PRODUCTION OF SPECIFIC UNION COUPLE MEMBERS. |
GB9015198D0 (en) | 1990-07-10 | 1990-08-29 | Brien Caroline J O | Binding substance |
DK0564531T3 (en) | 1990-12-03 | 1998-09-28 | Genentech Inc | Enrichment procedure for variant proteins with altered binding properties |
EP1820858B1 (en) | 1991-03-01 | 2009-08-12 | Dyax Corporation | Chimeric protein comprising micro-protein having two or more disulfide bonds and embodiments thereof |
CA2108147C (en) | 1991-04-10 | 2009-01-06 | Angray Kang | Heterodimeric receptor libraries using phagemids |
DE4122599C2 (en) | 1991-07-08 | 1993-11-11 | Deutsches Krebsforsch | Phagemid for screening antibodies |
DE69402752T2 (en) | 1993-03-31 | 1997-07-31 | Gist Brocades Nv | Yeast formulation for the production of baked goods |
US5480971A (en) | 1993-06-17 | 1996-01-02 | Houghten Pharmaceuticals, Inc. | Peralkylated oligopeptide mixtures |
DK76893D0 (en) | 1993-06-28 | 1993-06-28 | Novo Nordisk As | |
ATE202674T1 (en) | 1993-12-24 | 2001-07-15 | Dsm Nv | DRY YEAST COMPOSITIONS |
BE1008737A3 (en) * | 1994-01-28 | 1996-07-02 | Solvay | Expression system, integration and vector cell transformed by the vector integration. |
ATE292387T1 (en) | 1999-08-17 | 2005-04-15 | Dsm Ip Assets Bv | LIQUID BREAD IMPROVEMENT |
AU2002223022A1 (en) | 2000-09-28 | 2002-04-08 | Dsm N.V. | Liquid bread improving compositions |
EP1345496A2 (en) | 2000-12-20 | 2003-09-24 | Dsm N.V. | Liquid yeast compositions |
WO2004018660A2 (en) * | 2002-08-19 | 2004-03-04 | Dsm Ip Assets B.V. | Novel lipases and uses thereof |
-
2003
- 2003-08-15 WO PCT/EP2003/009145 patent/WO2004018660A2/en active Application Filing
- 2003-08-15 MX MXPA05001978A patent/MXPA05001978A/en unknown
- 2003-08-15 CA CA2495198A patent/CA2495198C/en not_active Expired - Fee Related
- 2003-08-15 EP EP10174801.0A patent/EP2338986B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2003-08-15 ES ES10174801.0T patent/ES2527924T3/en not_active Expired - Lifetime
- 2003-08-15 AU AU2003270088A patent/AU2003270088A1/en not_active Abandoned
- 2003-08-15 AR ARP030102985A patent/AR042417A1/en not_active Application Discontinuation
- 2003-08-15 PL PL03375355A patent/PL375355A1/en not_active Application Discontinuation
- 2003-08-15 EA EA200500391A patent/EA008007B1/en not_active IP Right Cessation
- 2003-08-15 US US10/524,983 patent/US7550280B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2003-08-15 CN CNA038197421A patent/CN1675355A/en active Pending
- 2003-08-15 DK DK10174801.0T patent/DK2338986T3/en active
- 2003-08-15 EP EP03750417A patent/EP1530630A2/en not_active Withdrawn
- 2003-08-15 PL PL392183A patent/PL214792B1/en not_active IP Right Cessation
- 2003-08-15 EA EA200601823A patent/EA200601823A1/en unknown
- 2003-08-15 JP JP2004530194A patent/JP2005535352A/en active Pending
-
2009
- 2009-05-06 US US12/453,292 patent/US8216586B2/en not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0687734A1 (en) * | 1994-06-17 | 1995-12-20 | SOLVAY (Société Anonyme) | Expression system for aspergillus foetidus |
WO2000056762A2 (en) * | 1999-03-22 | 2000-09-28 | Novozymes Biotech, Inc. | Methods for monitoring multiple gene expression |
WO2001027251A1 (en) * | 1999-10-14 | 2001-04-19 | Novozymes A/S | Lysophospholipase from aspergillus |
Non-Patent Citations (9)
Title |
---|
DATABASE EMBL 'Online! A. nidulans lipA gene 30 November 2000 (2000-11-30), BRITO A.G. ET AL.: "Aspergillus nidulans lipase (lipA) gene, where mutation confers resistance to undecanoic acid", XP002278120, retrieved from EBI accession no. AF315651, abstract * |
DATABASE EMBL 'Online! Aspergillus niger EST. 20 September 2000 (2000-09-20), TSANG A. AND STORMS R.: "Aspergillus niger Expressed Sequence Tags", XP002278119, retrieved from EBI accession no. BE760259, abstract * |
DATABASE GENESEQ 'Online! XP002280788, retrieved from EBI accession no. AAF11551, abstract & WO 0056762 A2 (NOVONORDISK AS; NOVONORDISK BIOTECH INC (US)), 28 September 2000 (2000-09-28), page 1793, claim 87 * |
DATABASE UNIPROT 'Online! 1 June 2003 (2003-06-01), BRITO A.G. ET AL.: "Apergillus nidulans triacylglycerol lipase (lipA) gene, wild type allele", XP002278118, retrieved from EBI accession no. Q876R3, abstract * |
DATABASE UNIPROT 'Online! Lipase 2 precursor (EC 3.1.1.3), Candida rugosa, 1 October 1993 (1993-10-01), XP002278121, retrieved from EBI accession no. P32946, abstract * |
DATABASE UNIPROT 'Online! Lipase 5 precursor (EC 3.1.1.3), Candida rugosa, 1 October 1993 (1993-10-01), XP002278122, retrieved from EBI accession no. P32949 abstract * |
NAMBOODIRI V. M. ET AL.: "Purification and biochemical characterization of a novel thermostable lipase from Aspergillus niger", LIPIDS. UNITED STATES, MAY 2000, vol. 35, no. 5, May 2000 (2000-05), pages 495-502, XP009029850, ISSN: 0024-4201, abstract, page 495, page 498, right-hand column, line 5-line 10 * |
SUGIHARA A. ET AL.: "PURIFICATION AND CHARACTERIZATION OF ASPERGILLUS-NIGER LIPASE", AGRICULTURAL AND BIOLOGICAL CHEMISTRY, vol. 52, no. 6, 1988, pages 1591-1592, XP009029849, ISSN: 0002-1369, page 1591, left-hand column, line 1-line 10, page 1592, left-hand column, line 3-line 4, page 1592, left-hand column, line 11-line 12 * |
TOROSSIAN K. ET AL.: "PURIFICATION AND CHARACTERIZATION OF AN ACID-RESISTANT TRIACYLGLYCEROL LIPASE FROM ASPERGILLUS-NIGER", BIOTECHNOLOGY AND APPLIED BIOCHEMISTRY, vol. 13, no. 2, 1991, pages 205-211, XP009029851, ISSN: 0885-4513, abstract, page 207, line 1-line 3, page 210, line 20-line 21 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
ES2527924T3 (en) | 2015-02-02 |
WO2004018660A2 (en) | 2004-03-04 |
CA2495198A1 (en) | 2004-03-04 |
AR042417A1 (en) | 2005-06-22 |
PL214792B1 (en) | 2013-09-30 |
WO2004018660A3 (en) | 2004-10-28 |
MXPA05001978A (en) | 2005-04-28 |
US8216586B2 (en) | 2012-07-10 |
US20090232936A1 (en) | 2009-09-17 |
US20060281080A1 (en) | 2006-12-14 |
AU2003270088A1 (en) | 2004-03-11 |
US7550280B2 (en) | 2009-06-23 |
EA200601823A1 (en) | 2007-02-27 |
EP2338986A1 (en) | 2011-06-29 |
JP2005535352A (en) | 2005-11-24 |
EP2338986B1 (en) | 2014-10-29 |
EA200500391A1 (en) | 2005-08-25 |
EP1530630A2 (en) | 2005-05-18 |
CN1675355A (en) | 2005-09-28 |
PL375355A1 (en) | 2005-11-28 |
CA2495198C (en) | 2014-03-11 |
DK2338986T3 (en) | 2015-01-19 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
EA008007B1 (en) | Noval lipases and uses thereof | |
US7838274B2 (en) | Phospholipases and uses thereof | |
AU753578B2 (en) | Carbohydrate oxidase and use thereof in baking | |
CN106929494B (en) | Methods of producing GH8 xylanase variants | |
CN100591212C (en) | Method of improving dough and bread quality | |
JP2012527230A (en) | use | |
EA015172B1 (en) | Novel lipases and uses thereof | |
WO2004018662A2 (en) | Cellulases and hemicellulases and uses thereof | |
EP2456865A1 (en) | Carbohydrate oxidases | |
US7060474B1 (en) | Carbohydrate oxidase and use thereof in baking | |
RU2380414C2 (en) | Protein | |
ZA200500794B (en) | Novel lipases and uses thereof |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MM4A | Lapse of a eurasian patent due to non-payment of renewal fees within the time limit in the following designated state(s) |
Designated state(s): RU |