DE102005022823A1 - Sample carrier with an ultraphobic surface, useful for isolating and analyzing biomolecules, has an affinity zone and a waste zone and/or a zone covered with a matrix-assisted laser desorption/ionization matrix - Google Patents
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Abstract
Description
Die vorliegende Erfindung betrifft einen Probenträger mit einer ultraphoben Oberfläche, der einen Affinitätsbereich, einen Bereich, der mit einer MALDI-Matrix belegt ist, und gegebenenfalls einen Abfallbereich aufweist und dass die Bereiche jeweils durch einen ultraphoben Abschnitt voneinander getrennt sind. Des weiteren betrifft die vorliegende Erfindung ein Verfahren zum Isolieren einer Substanz aus einem Substanzgemisch und deren anschließende Aufbereitung sowie ein Verfahren zum Reinigen einer Substanz.The The present invention relates to a sample carrier having an ultraphobic surface an affinity region, an area populated with a MALDI matrix, and optionally has a waste area and that the areas each by an ultraphoben section are separated from each other. Furthermore The present invention relates to a method for isolating a Substance from a mixture of substances and their subsequent treatment and a method for purifying a substance.
Bei
der Analyse von Biomolekülen
durch Massenspektroskopie mit lonisierung durch Matrix-unterstützte Laserdesorption
müssen
die zu isolierenden Substanzen, in der Regel die Biomoleküle, vorher
aus einem Substanzgemisch isoliert und/oder gereinigt werden. Dies
erfolgt oftmals mit sogenannten Affinitätssubstanzen. Es hat deshalb
in der Vergangenheit nicht an Versuchen gefehlt, Probenträger und/oder
Verfahren zur Isolierung/Reinigung von Biomolekülen vor deren Analyse zur Verfügung zu
stellen. Beispielhaft seien hier lediglich die
Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist es deshalb, einen Probenträger zur Verfügung zu stellen, der die Nachteile des Standes der Technik nicht aufweist.task The present invention is therefore a sample carrier for disposal to provide that does not have the disadvantages of the prior art.
Gelöst wird die Aufgabe mit einem Probenträger, der einen Affinitätsbereich, einen Bereich, der mit einer MALDI-Matrix belegt ist und gegebenenfalls einen Abfallbereich, aufweist und bei dem diese Bereiche jeweils durch einen ultraphoben Abschnitt voneinander getrennt sind.Is solved the task with a sample carrier, one affinity area, an area populated with a MALDI matrix and possibly one Waste area, and in which these areas each by an ultraphoben section are separated from each other.
Es war für den Fachmann überaus erstaunlich und nicht zu erwarten, dass mit dem erfindungsgemäßen Probenträger eine einfache Aufkonzentrierung und/oder Reinigung der zu analysierenden Biomoleküle möglich ist. Der erfindungsgemäße Probenträger ist einfach und kostengünstig herzustellen. Der Probenträger wird zur MALDI-Analyse der isolierten Moleküle eingesetzt.It was for the expert very much amazing and not to be expected that with the sample carrier according to the invention a simple concentration and / or purification of the analyte biomolecules possible is. The sample carrier according to the invention is easy and inexpensive manufacture. The sample carrier used for MALDI analysis of isolated molecules.
Ein Probenträger im Sinne der Erfindung ist jeder beliebige Formkörper mit einer beliebig gestalteten Oberfläche. Vorzugsweise ist der Probenträger jedoch eine Platte mit einer ebenen Oberfläche, ganz besonders bevorzugt ein Probenträger, der vorzugsweise keine Einbuchtungen aufweist. Am meisten bevorzugt ist der Probenträger eine Folie oder weist eine Folie auf, die eine ultraphobe Oberfläche aufweist. Vorzugsweise ist die Oberfläche des erfindungsgemäßen Flächengebildes im Wesentlichen plan; d. h. sie weist die für ultraphobe Oberflächen geeignete Topographie, jedoch keine Mikrovolumina auf, in denen Flüssigkeit gesammelt werden kann.One sample carrier Within the meaning of the invention, any desired shaped body with an arbitrarily shaped Surface. Preferably, however, the sample carrier is a plate with a flat surface, most preferred a sample carrier, which preferably has no recesses. Most preferred is the sample carrier a film or comprises a film having an ultraphobic surface. Preferably, the surface is of the fabric according to the invention essentially plan; d. H. it has those suitable for ultraphobic surfaces Topography, however, no microvolumes on, in which liquid can be collected.
Erfindungsgemäß weist der erfindungsgemäße Probenträger einen Affinitätsbereich auf. Der Affinitätsbereich dient entweder dazu, ein Substanzgemisch zu reinigen und/oder eine oder mehrere Substanz(en) aus einem Substanzgemisch zu isolieren. Eine Substanz im Sinne der vorliegenden Patentanmeldung kann eine oder mehrere Molekülarten umfassen. Vorzugsweise handelt es sich bei den Molekülen um Biomoleküle, wie beispielsweise Proteine, Peptide und/oder DNA-Mischungen. Für die Reinigung/Isolierung weist der Affinitätsbereich vorzugsweise ein Affinitätssorbens auf, an die aus dem Substanzgemisch zu entfernende Substanzen adsorbieren oder chemisch binden und/oder an die die zu isolierende Substanz adsorbiert oder chemisch gebunden wird. Für die Aufreinigung von Peptid/-Protein oder DNA-Mischungen haben sich bisher beispielweise schwammartige Mikrokügelchen aus Sorbensmaterial (Poros, PE Biosystems) oder magnetisierbare Kügelchen vorzugsweise mit C4–C18-Belegung bewährt. Die Affinitätsbereiche können auf der dem Fachmann geläufigen Art und Weise auf dem Probenträger aufgebracht werden. Beispielweise kann das Affinitätssorbens aus der Gasphase abgeschieden werden, wobei der Probenträger mit einer Schablone abgedeckt wird, die die Teile des Probenträgers, der nicht mit dem Affinitätssorbens beschichtet werden soll abgedeckt.According to the invention the sample carrier according to the invention a affinity region on. The affinity area serves either to purify a substance mixture and / or a or isolate several substance (s) from a mixture of substances. A substance in the sense of the present patent application may be a or more molecular species. Preferably, the molecules are biomolecules, such as For example, proteins, peptides and / or DNA mixtures. For cleaning / insulation indicates the affinity region preferably an affinity sorbent to adsorb to the substances to be removed from the substance mixture or chemically bind and / or to which the substance to be isolated adsorbed or chemically bound. For the purification of peptide / protein or For example, DNA mixtures have sponge-like microspheres made of sorbent material (Poros, PE Biosystems) or magnetizable globule preferably proven with C4-C18 occupancy. The affinity regions can on the familiar to the expert Way on the sample carrier be applied. For example, the affinity sorbent are deposited from the gas phase, wherein the sample carrier with a template is covered, the parts of the sample holder, the not with the affinity sorbent to be coated.
Weiterhin erfindungsgemäß weist der Probenträger einen Bereich auf, der mit einer MALDI-Matrix belegt ist.Farther according to the invention the sample carrier an area occupied by a MALDI matrix.
Eine MALDI-Matrix im Sinne der Erfindung wird zur Durchführung der sogenannten MALDI-Massenspektroskopie, die beispielsweise in Nordhoff et. al. „ MALDI-MS as a new method for the analysis of nucleic acid (DNA and RNA) with molecular masses up to 150,000 Dalton, Application of modern mass spectrometric methods to plant science research, Oxford University press, (1996) Seite 86–101 beschrieben ist, benötigt.A MALDI matrix according to the invention is used to carry out the so-called MALDI mass spectroscopy, which, for example, in Nordhoff et. al. "MALDI-MS as a new method for the analysis of nucleic acids (DNA and RNA) with molecular masses up to 150,000 Daltons, Application of modern mass spectrometric Methods to Plant Science Research, Oxford University Press, (1996) Page 86-101 described is needed.
Bevorzugte
MALDI-Matrices sind 3-Hydroxypicolinsäure, α-Cyano-4-hydroxyzimtsäure, 2,5
Dihydroxybenzoesäure,
Sinapinsäure,
2,4,6 Trihydroxyacetophenon, Nitrobenzylalkohol, Nikotinsäure, Ferulasäure, Kaffeesäure, 2-Aminobenzoesäure, Picolinsäure, 3-Aminobenzoesäure, 2,3,4-Trihydroxyacetophenon,
6-Aza-2-thiothymidin, Harnstoff, Bernsteinsäure, Adipinsäure, Malonsäure oder
deren Mischung. Vorzugsweise wird die MALDI-Matrix auf dem Probenträger durch
Desublimation angeordnet, wie sie beispielsweise in der
Vorzugsweise weist der erfindungsgemäße Probenträger einen Abfallbereich auf, auf dem entweder der Tropfen, aus dem bestimmte Moleküle an dem Affinitätsbereich adsorbiert worden sind, oder die Waschflüssigkeit, die benötigt wird, um beispielsweise die Peptid-, Protein- oder DNA-Mischung aufzureinigen, zu entsorgen. Der Affinitätsbereich befindet sich erfindungsgemäß direkt auf dem Probenträger und vorzugsweise in der Nachbarschaft des Affinitätsbereiches. Er ist von einem ultraphoben Abschnitt vollständig umschlossen.Preferably the sample carrier according to the invention has a Waste area on which either the drop, from the particular molecules at the affinity region adsorbed or the washing liquid needed for example, to purify the peptide, protein or DNA mixture, dispose. The affinity area is according to the invention directly on the sample carrier and preferably in the vicinity of the affinity region. It is completely enclosed by an ultraphobic section.
Vorzugsweise weist der Probenträger eine Vielzahl von Affinitätsbereichen, Bereichen, die mit einer MALDI-Matrix belegt sind und gegebenenfalls Abfallbereichen auf. Diese sind besonders bevorzugt in einem regelmäßigen Muster angeordnet.Preferably has the sample carrier a variety of affinity regions, Areas occupied by a MALDI matrix and, where appropriate, waste areas on. These are especially preferred in a regular pattern arranged.
Erfindungsgemäß sind die Bereiche jeweils durch Abschnitte mit einer ultraphoben Oberfläche voneinander getrennt. Eine ultraphobe Oberfläche im Sinne der Erfindung zeichnet sich dadurch aus, dass der Kontaktwinkel eines Wasser- und/oder Öltropfens, der an der Oberfläche liegt, mehr als 150°, vorzugsweise mehr als 160° und ganz besonders bevorzugt mehr als 170° beträgt und der Abrollwinkel 10° nicht überschreitet. Als Abrollwinkel wird der Neigungswinkel einer grundsätzlich planen aber strukturierten Oberfläche gegen die Horizontale verstanden, bei dem ein stehender Wasser- und/oder Öltropfen mit einem Volumen von 10 μl aufgrund der Schwerkraft bei einer Neigung der Oberfläche bewegt wird. Solche ultraphoben Oberflächen sind zum Beispiel in der WO 98/23549, WO 96/04123, WO 96/21523, WO 99/10323, WO 00/39368, WO 00/39239, WO 00/39051, WO 00/38845 und WO 96/34697 offenbart, die hiermit als Referenz eingeführt werden und somit als Teil der Offenbarung gelten.According to the invention Regions each through sections with an ultraphobic surface from each other separated. An ultraphobic surface in the context of the invention is characterized in that the contact angle a drop of water and / or oil, the on the surface is more than 150 °, preferably more than 160 ° and most preferably more than 170 ° and the rolling angle does not exceed 10 °. As a rolling angle, the angle of inclination of a plan in principle but structured surface understood as being horizontal, where a standing water and / or oil drops with a volume of 10 μl moved due to gravity at a slope of the surface becomes. Such ultraphobic surfaces are described, for example, in WO 98/23549, WO 96/04123, WO 96/21523, WO 99/10323, WO 00/39368, WO 00/39239, WO 00/39051, WO 00/38845 and WO 96/34697, which are incorporated herein by reference and thus as part of the disclosure.
In einer bevorzugten Ausführungsform weist die ultraphobe Oberfläche eine Oberflächentopographie auf, bei der die Ortsfrequenz der einzelnen Fourierkomponenten und deren Amplitude a (f) ausgedrückt durch das Integral S(log(f)) = a(f). f errechnet zwischen den Integrationsgrenzen log (f1/μm-1) = -3 und log (f2/μm-1) = 3 mindestens 0,3 beträgt und die aus einem hydrophoben oder insbesondere oleophoben Material besteht oder mit einem haltbar hydrophobierten und/oder insbesondere haltbar oleophobierten Material überzogen sind. Eine solche ultraphobe Oberfläche ist in der internationalen Patentanmeldung WO 00/39240 beschrieben, die hiermit als Referenz eingeführt wird und somit als Teil der Offenbarung gilt.In a preferred embodiment, the ultraphobic surface has a surface topography in which the spatial frequency of the individual Fourier components and their amplitude a (f) expressed by the integral S (log (f)) = a (f). f calculated between the integration limits log (f 1 / μm -1 ) = -3 and log (f 2 / μm -1 ) = 3 is at least 0.3 and which consists of a hydrophobic or especially oleophobic material or with a durable hydrophobic and / or in particular durable oleophobierten material are coated. Such an ultraphobic surface is described in international patent application WO 00/39240, which is hereby incorporated by reference and thus forms part of the disclosure.
Weiterhin bevorzugt sind der Affinitätsbereich, der Bereich, der mit der MALDI-Matrix belegt ist und der Abfallbereich oleophiler und/oder hydrophiler als die ultraphobe Oberfläche. Hydrophiler und/oder oleophiler im Sinne der Erfindung bedeutet insbesondere, dass ein Wasser- und/oder Öltropfen auf diesen Bereichen ablegbar ist; d. h. ein Wasser und/oder Öltropfen, der an einem Pipettiersystem hängend mit dem hydrophilen und/oder oleophilen Bereich in Kontakt gebracht wird, bleibt daran hängen und löst sich somit zumindest teilweise von dem Pipettiersystem. Vorzugsweise nimmt ein Wasser- oder Öltropfen mit einem Volumen von 10 μl auf den hydrophilen und/oder oleophilen Bereich einen Randwinkel < 140°, vorzugsweise < 120° ganz besonders bevorzugt < 90° ein und/oder der Abrollwinkel dieses Tropfens überschreitet 10°. Derartige Abfallbereiche können beispielsweise durch Zerstörung der ultraphoben Beschichtung erzeugt werden. Der Affinitäts- und der MALDI-Bereich können dadurch erzeugt werden, dass eine ultraphober Probenträger mit der jeweiligen Affinitätssubstanz bzw. der MALDI-Matrix beschichtet wird.Farther preferred are the affinity region, the area occupied by the MALDI matrix and the waste area oleophilic and / or hydrophilic than the ultraphobic surface. Hydrophilic and / or oleophilic in the sense of the invention means in particular that a Water and / or oil drops on be deductible in these areas; d. H. a water and / or oil drop, the hanging on a pipetting system contacted with the hydrophilic and / or oleophilic region will stay attached and solve thus at least partially from the pipetting system. Preferably takes a drop of water or oil with a volume of 10 μl on the hydrophilic and / or oleophilic area a contact angle <140 °, preferably <120 ° very particularly preferably <90 ° and / or the roll angle of this drop exceeds 10 °. such Waste areas can for example, by destroying the ultraphoben coating be generated. The affinity and the MALDI area can be generated by using an ultraphobic sample carrier the respective affinity substance or the MALDI matrix is coated.
Vorzugsweise ist der Abfallbereich größer als der Affinitätsbereich.Preferably the waste area is greater than the affinity area.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist ein Verfahren zum Isolieren einer Substanz aus einem Substanzgemisch und deren anschließender Aufbereitung, bei dem ein die zu isolierende Substanz enthaltender Tropfen auf einen Affinitätsbereich dosiert wird, die zu isolierende Substanz an dem Affinitätsbereich immobilisiert, vorzugsweise gebunden wird. Anschließend wird der Tropfen von dem Affinitätsbereich entfernt, vorzugsweise auf den Abfallbereich verschoben. Weiterhin kann dann eine Wachsflüssigkeit auf den Affinitätsbereich dosiert werden, die die restliche Substanz des Probentropfens verdünnt. Diese Waschflüssigkeit wird dann wiederum vom Affinitätsbereich entfernt, vorzugsweise auf den Abfallbereich verschoben. Der Vorgang des Waschens durch Aufbringen einer Waschflüssigkeit auf den Affinitätsbereich kann ein- oder mehrmals wiederholt werden. Die am Affinitätsbereich immobilisierte Substanz wird dann mit einem Elutionsmittel vom Affinitätsbereich abgelöst und in dem Elutionsmittel-Tropfen auf einen anderen Bereich verschoben, der mit einer Analysensubstanz, vorzugsweise einer MALDI-Matrix, versetzt ist.One Another object of the present invention is a method for isolating a substance from a mixture of substances and their followed by Preparation in which a substance containing the substance to be isolated Drops on an affinity area is metered, the substance to be isolated at the affinity region immobilized, preferably bound. Subsequently, will the drop from the affinity region removed, preferably shifted to the waste area. Farther can then be a wax liquid on the affinity area be dosed, which dilutes the remaining substance of the sample drop. These washing liquid will then turn from the affinity region removed, preferably shifted to the waste area. The process of Washing by applying a washing liquid to the affinity region can be repeated one or more times. The at the affinity area immobilized substance is then treated with an eluent from the affinity region superseded and in the eluent drops moved to another area, with an analyte, preferably a MALDI matrix, is offset.
Es war für den Fachmann überaus erstaunlich und nicht zu erwarten, dass es mit dem erfindungsgemäßen Verfahren einfach und kostengünstig gelingt, eine Substanz aus einem Substanzgemisch zu isolieren und anschließend zu analysieren. Hinsichtlich Affinitätsbereich und dem Bereich, nach dem der Tropfen nach der Elution verschoben wird, wird auf die oben gemachte Offenbarung verwiesen.It was extremely surprising for the person skilled in the art and it was not to be expected that the method according to the invention would make it simple and inexpensive to isolate a substance from a substance mixture and then to analyze it. down The range of affinity and the range after which the drop is displaced after elution are referred to the above disclosure.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist ein Verfahren zum Reinigen einer Substanz unter Verwendung des erfindungsgemäßen Probenträgers, bei dem ein die zu isolierende Substanz enthaltender Tropfen auf einen Affinitätsbereich dosiert und die Substanz an dem Affinitätsbereich immobilisiert, vorzugsweise gebunden. Der Probentropfen wird anschließend auf einen anderen Bereich verschoben, der mit einer Analysensubstanz, vorzugsweise einer MALDI-Matrix, versetzt ist.One Another object of the present invention is a method for purifying a substance using the sample carrier of the present invention a drop containing the substance to be isolated on a affinity region dosed and the substance is immobilized on the affinity region, preferably bound. The sample drop is then moved to another area, with an analyte, preferably a MALDI matrix, is offset.
Es war für den Fachmann überaus erstaunlich und nicht zu erwarten, dass das erfindungsgemäße Verfahren einfach und kostengünstig durchzuführen ist. Mit dem erfindungsgemäßen Verfahren gelingt es insbesondere, eine Substanz von beispielsweise bei der nachfolgenden Analyse störenden Stoffen zu befreien. Vorzugsweise wird die Waschflüssigkeit so lange in Form von kleinen Mengen dosiert, die auf den Affinitätsbereich einen wachsenden Tropfen bildet, bis der größte Teil des Tropfens selbsttätig von dem Affinitätsbereich auf den Abfallbereich übergeht. Sobald der Tropfen eine gewisse Größe und/oder damit eine gewisse Nähe zu dem Abfall erreicht, wird der Tropfen nahezu vollständig auf den Abfallbereich gezogen.It was for the expert very much amazing and not to be expected that the inventive method easy and inexpensive perform is. With the method according to the invention In particular, it succeeds, a substance of example in the subsequent analysis of interfering substances to free. Preferably, the washing liquid is in the form of dosed small amounts, which on the affinity area a growing drop forms until the largest part of the drop automatically from the affinity region goes over to the waste sector. Once the drop has a certain size and / or a certain amount Close to reached the waste, the drop is almost completely on pulled the waste area.
Weiterhin bevorzugt erfolgt die Zugabe der Waschflüssigkeit mehrfach hintereinander immer dann, wenn der jeweilige Tropfen von dem Affinitätsbereich auf den Abfallbereich übergesprungen ist. Die Zugabe kann kontinuierlich oder tropfenweise erfolgen.Farther The addition of the washing liquid preferably takes place several times in succession whenever the particular drop from the affinity region jumped over to the waste area is. The addition can be continuous or dropwise.
In einer anderen bevorzugten Ausführungsform wird Waschflüssigkeit auf den Affinitätsbereich dosiert und nach einer bestimmten Zeit wieder entfernt und vorzugsweise auf dem Abfallbereich abgelegt. Dieser Waschschritt wird vorzugsweise mehrfach hintereinander wiederholt.In another preferred embodiment becomes washing liquid dosed to the affinity region and after a certain time away again and preferably deposited on the waste area. This washing step is preferably repeated several times in succession.
Die zu reinigende Substanz ist vorzugsweise ein Biomolekül und die Analysensubstanz besonders bevorzugt eine MALDI-Matrix.The substance to be purified is preferably a biomolecule and the Analysis substance particularly preferably a MALDI matrix.
Im
Folgenden wird die Erfindung anhand der
In
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den
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