DE102005013846A1 - Identification of surface-associated antigens for tumor diagnosis and therapy - Google Patents
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Abstract
Erfindungsgemäß wurden Tumor-assoziierte Genprodukte und die dafür kodierenden Nukleinsäuren identifiziert. Die vorliegende Erfindung betrifft die Therapie und Diagnose von Erkrankungen, bei denen diese Tumor-assoziierten Genprodukte aberrant exprimiert werden. Des weiteren betrifft die Erfindung Proteine, Polypeptide und Peptide, die Tumor-assoziiert exprimiert werden, und die dafür kodierenden Nukleinsäuren.In accordance with the invention, tumor-associated gene products and the nucleic acids coding therefor have been identified. The present invention relates to the therapy and diagnosis of diseases in which these tumor-associated gene products are aberrantly expressed. Furthermore, the invention relates to proteins, polypeptides and peptides which are expressed tumor-associated, and the nucleic acids coding therefor.
Description
Trotz interdisziplinärer Ansätze und Ausreizung klassischer Therapiemodalitäten gehören Krebserkrankungen weiterhin zu den führenden Todesursachen. Neuere therapeutische Konzepte zielen darauf ab, das patienteneigene Immunsystem durch Einsatz von rekombinanten Tumorvakzinen und anderen spezifischen Maßnahmen wie Antikörpertherapie in das therapeutische Gesamtkonzept mit einzubeziehen. Voraussetzung für den Erfolg einer solchen Strategie ist die Erkennung von Tumor-spezifischen oder Tumor-assoziierten Antigenen bzw. Epitopen durch das Immunsystem des Patienten, dessen Effektorfunktionen interventionell verstärkt werden sollen. Tumorzellen unterscheiden sich biologisch wesentlich von ihren nichtmalignen Ursprungszellen. Diese Differenzen sind durch während der Tumorentwicklung erworbene genetische Veränderungen bedingt und führen u.a. auch zur der Bildung qualitativ oder quantitativ veränderter molekularer Strukturen in den Krebszellen. Werden solche Tumor-assoziierten Strukturen vom spezifischen Immunsystem des tumortragenden Wirtes erkannt, spricht man von Tumor-assoziierten Antigenen.In spite of interdisciplinary approaches and spreading classical therapies include cancer to the leading ones Causes of death. Newer therapeutic concepts aim to the patient's own immune system through the use of recombinant Tumor vaccines and other specific measures such as antibody therapy into the overall therapeutic concept. requirement for the Success of such a strategy is the detection of tumor-specific or tumor-associated antigens or epitopes by the immune system of the patient whose effector functions are interventionally enhanced should. Tumor cells differ significantly from biological their non-malignant cells of origin. These differences are through while the tumor development acquired genetic changes and cause u.a. also for the formation qualitatively or quantitatively changed molecular structures in the cancer cells. Become such tumor-associated Structures of the specific immune system of the tumor-bearing host Recognized, it is called tumor-associated antigens.
An der spezifischen Erkennung von Tumor-assoziierten Antigenen sind zelluläre und humorale Mechanismen beteiligt, die zwei miteinander funktionell vernetzte Einheiten darstellen: CD4+ und CD8+ T-Lymphozyten erkennen prozessierte Antigene, die auf den Molekülen der MHC- (Major Histocompatibility complex = Histokompatibilitäts-Antigene) Klassen II bzw. I präsentiert werden, während B-Lymphozyten zirkulierende Antikörpermoleküle produzieren, die direkt an unprozessierte Antigene binden.The specific recognition of tumor-associated antigens involves cellular and humoral mechanisms, which represent two units which are functionally crosslinked with one another: CD4 + and CD8 + T lymphocytes recognize processed antigens which are located on the molecules of the MHC (Major Histocompatibility Complex = Histocompatibility Complex). Antigens) classes II or I, while B lymphocytes produce circulating antibody molecules that bind directly to unprocessed antigens.
Die potentielle klinisch-therapeutische Bedeutung von Tumor-assoziierten Antigenen ergibt sich aus der Tatsache, dass die Erkennung von Antigenen auf neoplastischen Zellen durch das Immunsystem zur Initiierung von cytotoxischen Effektormechanismen führt und bei Vorhandensein von T-Helferzellen die Elimination der Krebszellen bewirken kann (Pardoll, Nat. Med. 4:525-31, 1998). Entsprechend ist es eine zentrale Zielsetzung der Tumorimmunologie, diese Strukturen molekular zu definieren. Die molekulare Natur dieser Antigene blieb lange enigmatisch. Erst als entsprechende Klonierungstechniken entwickelt wurden, gelang es, durch Analyse der Zielstrukturen von cytotoxischen T-Lymphozyten (CTL) (van der Bruggen et al., Science 254:1643-7, 1991) bzw. mit zirkulierenden Autoantikörpern (Sahin et al., Curr. Opin. Immunol. 9:709-16, 1997) als Sonden cDNA- Expressionbanken von Tumoren systematisch auf Tumor-assoziierte Antigene zu screenen. Hierzu wurden cDNA-Expressionsbanken aus frischem Tumorgewebe hergestellt und in geeigneten Systemen als Proteine rekombinant exprimiert. Aus Patienten isolierte Immuneffektoren, nämlich CTL-Klone mit Tumor-spezifischem Lysemuster, oder zirkulierende Autoantikörper wurden genutzt, um die respektiven Antigene zu klonieren.The potential clinical-therapeutic significance of tumor-associated Antigens arises from the fact that the detection of antigens on neoplastic cells by the immune system for initiation of cytotoxic effector mechanisms and in the presence of Helper T cells can cause the elimination of cancer cells (Pardoll, Nat. Med. 4: 525-31, 1998). Accordingly, it is a central objective tumor immunology, to define these structures molecularly. The The molecular nature of these antigens has long remained enigmatic. Only when appropriate cloning techniques were developed, it was possible by analyzing the target structures of cytotoxic T lymphocytes (CTL) (van der Bruggen et al., Science 254: 1643-7, 1991) or with circulating autoantibodies (Sahin et al., Curr. Opin., Immunol., 9: 709-16, 1997) as probe cDNA expression libraries tumors to screen systematically for tumor-associated antigens. For this purpose, cDNA expression libraries were prepared from fresh tumor tissue and recombinantly expressed in suitable systems as proteins. Immune effectors isolated from patients, namely CTL clones with tumor-specific Lysis patterns, or circulating autoantibodies were used to determine the to clone respective antigens.
Durch diese Ansätze sind in den letzten Jahren eine Vielzahl von Antigenen in verschiedenen Neoplasien definiert worden. Von großem Interesse ist dabei die Klasse der Cancer/Testis-Antigene (CTA). CTA und sie kodierende Gene (Cancer/Testis-Gene oder CTG) sind durch ihr charakteristisches Expressionsmuster definiert (Türeci et al., Mol. Med. Today 3:342-9, 1997). Sie finden sich nicht in Normalgeweben bis auf Testis bzw. Keimzellen, werden jedoch in einer Reihe von humanen Malignomen exprimiert und zwar nicht tumortypspezifisch, sondern mit unterschiedlicher Häufigkeit in Tumorentitäten ganz unterschiedlicher Herkunft (Chen & Old, Cancer J. Sci. Am. 5:16-7, 1999). Auch Serumreaktivitäten gegen CTA finden sich nicht in gesunden Kontrollen, sondern lediglich in Tumorpatienten. Insbesondere aufgrund ihrer Gewebeverteilung ist diese Antigenklasse von besonderem Wert für immuntherapeutische Vorhaben und wird in derzeit laufenden klinischen Patientenstudien getestet (Marchand et al., Int. J. Cancer 80:219-30, 1999; Knuth et al., Cancer Chemother. Pharmacol. 46: S46-51, 2000).By these approaches In recent years, a variety of antigens in various neoplasms been defined. Of great Interest is the class of Cancer / Testis antigens (CTA). CTA and her coding Genes (Cancer / Testis genes or CTG) are characterized by their characteristic expression pattern defined (Türeci et al., Mol. Med. Today 3: 342-9, 1997). They do not find themselves in Normal tissues except for testis or germ cells, however, are in one Series of human malignancies, and not tumor type-specific, but with different frequency in tumor entities of very different origin (Chen & Old, Cancer J. Sci. Am. 5: 16-7, 1999). Also serum reactivities against CTA are not found in healthy controls, but only in tumor patients. In particular, due to their tissue distribution this antigen class is of particular value for immunotherapeutic projects and is being tested in ongoing clinical patient trials (Marchand et al., Int J. Cancer 80: 219-30, 1999, Knuth et al. Cancer Chemother. Pharmacol. 46: S46-51, 2000).
Allerdings nutzen die oben dargestellten klassischen Verfahren zur Antigenidentifizierung Immuneffektoren (zirkulierende Autoantikörper oder CTL-Klone) aus Patienten mit in der Regel bereits fortgeschrittenem Krebs als Sonden. Aus einer Reihe von Daten geht hervor, dass Tumore z.B. zur Tolerisierung und Anergisierung von T-Zellen führen können und gerade im Verlauf der Erkrankung diejenigen Spezifitäten aus dem Immuneffektorenrepertoire verloren gehen, die eine effektive Immunerkennung bewirken könnten. Aus laufenden Patientenstudien hat sich noch kein gesicherter Beweis für eine tatsächliche Wirkung der bisher entdeckten und genutzten Tumor-assoziierten Antigene ergeben. Entsprechend kann nicht ausgeschlossen werden, dass spontane Immunantworten evozierende Proteine die falschen Zielstrukturen sind.Indeed use the classical methods of antigen identification outlined above Immune effectors (circulating autoantibodies or CTL clones) from patients with usually advanced cancer as probes. Out a number of data indicate that tumors e.g. for tolerization and anergization of T cells can and especially in the course of the disease those specificities lost to the immunoeffector repertoire, which is an effective Immune detection could cause. Ongoing patient studies have not yet secured evidence for one actual Effect of previously discovered and used tumor-associated antigens result. Accordingly, it can not be ruled out that spontaneous immune responses evoking proteins are the wrong target structures.
Es war die Aufgabe der vorliegenden Erfindung Zielstrukturen für eine Diagnose und Therapie von Krebserkrankungen bereitzustellen.It The object of the present invention was target structures for a diagnosis and to provide therapy for cancers.
Diese Aufgabe wird erfindungsgemäß durch den Gegenstand der Patentansprüche gelöst.These The object is achieved by the Subject of the claims solved.
Erfindungsgemäß wurde eine Strategie für eine Identifizierung und Bereitstellung Tumor-assoziiert exprimierter Antigene und der dafür kodierenden Nukleinsäuren verfolgt. Diese Strategie beruht auf der Auswertung humaner Protein- und Nukleinsäuredatenbanken im Hinblick auf potenzielle, auf der Zelloberfläche zugängliche, krebsspezifische Antigene. Die Definition der dafür notwendigen Filterkriterien zusammen mit einer Hochdurchsatz-Methodik zur Analyse möglichst aller Proteine bilden den zentralen Bestandteil der Erfindung. Durch Datamining wird zunächst eine möglichst komplette Liste aller bekannter Gene aufgestellt, die dem Grundprinzip Gen zu mRNA zu Protein folgend auf das Vorhandensein einer oder mehrerer Transmembrandomänen hin untersucht werden. Hieran schließen sich eine Homologiesuche, eine Einteilung der Treffer in gewebsspezifische Gruppen (u.a. Tumorgewebe) und eine Überprüfung der realen Existenz der mRNA an. Schließlich werden die so identifizierten Proteine z.B. durch Expressionsanalysen und proteinchemische Verfahren auf ihre aberrante Aktivierung in Tumoren evaluiert.In accordance with the present invention, a strategy has been developed for identifying and providing tumor-associated expressed antigens and those coding for them Tracked nucleic acids. This strategy is based on the evaluation of human protein and nucleic acid databases with regard to potential, cell-surface-accessible, cancer-specific antigens. The definition of the necessary filter criteria together with a high-throughput methodology for the analysis of as many proteins as possible form the central component of the invention. By data mining, as complete a list as possible of all known genes is set up, which are examined in accordance with the basic principle of gene to mRNA to protein following the presence of one or more transmembrane domains out. This is followed by a homology search, a classification of the hits in tissue-specific groups (including tumor tissue) and a review of the real existence of the mRNA. Finally, the proteins thus identified are evaluated for their aberrant activation in tumors, for example by expression analyzes and protein-chemical methods.
Datamining ist ein bekanntes Verfahren zur Identifizierung von Tumor-assoziierten Genen. Bei den herkömmlichen Strategien werden allerdings in der Regel Transkriptome von Normalgewebebanken elektronisch von Tumorgewebsbanken subtrahiert unter der Annahme, dass die verbleibenden Gene Tumor-spezifisch sind (Schmitt et al., Nucleic Acids Res. 27:4251-60, 1999; Vasmatzis et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 95:300-4, 1998; Scheurle et al., Cancer Res. 60:4037-43, 2000).Data Mining is a known method of identifying tumor-associated Genes. In the conventional However, strategies usually become transcriptomics of normal tissue banks electronically subtracted from tumor tissue banks on the assumption that the remaining Genes are tumor-specific (Schmitt et al., Nucleic Acids Res. 27: 4251-60, 1999; Vasmatzis et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 95: 300-4, 1998; Scheurle et al., Cancer Res. 60: 4037-43, 2000).
Das erfindungsgemäße Konzept, das sich als viel erfolgreicher erwiesen hat, beruht jedoch darauf, Datamining zur elektronischen Extraktion aller Gene, die für auf der Zelloberfläche zugängliche, krebsspezifische Antigene kodieren, zu nutzen und diese sodann auf ektope Expression in Tumoren zu evaluieren.The inventive concept, which has proved to be much more successful, however, is based on Data mining for the electronic extraction of all genes necessary for on the cell surface accessible, cancer-specific Encoding antigens and then using them for ectopic expression in tumors.
Somit betrifft die Erfindung in einem Aspekt eine Strategie zur Identifizierung von differentiell in Tumoren exprimierten Genen. Diese kombiniert Datamining von öffentlichen Sequenzbanken ("in silico") mit darauffolgenden evaluierenden labor-experimentellen ("wet bench") Untersuchungen.Consequently In one aspect, the invention relates to a strategy for identification of differentially expressed in tumors genes. This combined Datamining of public Sequence banks ("in silico ") with following evaluating laboratory-experimental ("wet bench") investigations.
Eine kombinierte Strategie basierend auf unterschiedlichen bioinformatischen Skripten ermöglichte erfindungsgemäß die Identifizierung von Genen, die für auf der Zelloberfläche zugängliche, krebsspezifische Antigene kodieren. Die Identifizierung und Bereitstellung dieser Tumor-assoziierten Gene und der dadurch kodierten Genprodukte erfolgte erfindungsgemäß unabhängig von einer immunogenen Wirkung.A Combined strategy based on different bioinformatics Scripts enabled According to the invention, the identification of genes responsible for on the cell surface accessible, cancer-specific Encode antigens. The identification and provision of this Tumor-associated genes and the gene products encoded thereby took place according to the invention independent of an immunogenic effect.
Die erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigene weisen eine Aminosäuresequenz auf, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist bestehend aus (a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus SEQ ID NOs: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 29, 33, 37, 41, 45, 49, 53, 57, 61, 65, 69, 73, 77, 81, 85, 89, 93, 97, 101, 105, 109, 113, 117, 121, 125, 129, 133, 137, 141, 145, 149, 153, 157, 161, 165, 169, 173, 175, 179, 183, 187, 191, 195, 199, 203, 207, 211, 215, 219, 223, 227, 231, 235, 239, 243, 247, 251, 255, 259, 263, 267, 269, 271, 273, 275, 277, 279, 309 des Sequenzprotokolls, einem Teil oder Derivat davon (b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert, (c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist, und (d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist. In einer bevorzugten Ausführungsform weist ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen eine Aminosäuresequenz auf, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus SEQ ID NOs: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 29, 33, 37, 41, 45, 49, 53, 57, 61, 65, 69, 73, 77, 81, 85, 89, 93, 97, 101, 105, 109, 113, 117, 121, 125, 129, 133, 137, 141, 145, 149, 153, 157, 161, 165, 169, 173, 175, 179, 183, 187, 191, 195, 199, 203, 207, 211, 215, 219, 223, 227, 231, 235, 239, 243, 247, 251, 255, 259, 263, 267, 269, 271, 273, 275, 277, 279, 309 des Sequenzprotokolls. In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform umfasst ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen eine Aminosäuresequenz, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus SEQ ID NOs: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 30, 34, 38, 42, 46, 50, 54, 58, 62, 66, 70, 74, 78, 82, 86, 90, 94, 98, 102, 106, 110, 114, 118, 122, 126, 130, 134, 138, 142, 146, 150, 154, 158, 162, 166, 170, 174, 176, 180, 184, 188, 192, 196, 200, 204, 208, 212, 216, 220, 224, 228, 232, 236, 240, 244, 248, 252, 256, 260, 264, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280 bis 308, 310 des Sequenzprotokolls, einem Teil oder Derivat davon.The identified according to the invention Tumor-associated antigens have an amino acid sequence derived from a nucleic acid which is selected from the group consisting of (a) one Nucleic acid, which comprises a nucleic acid sequence, selected from the group is, consisting of SEQ ID NOs: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 29, 33, 37, 41, 45, 49, 53, 57, 61, 65, 69, 73, 77, 81, 85, 89, 93, 97, 101, 105, 109, 113, 117, 121, 125, 129, 133, 137, 141, 145, 149, 153, 157, 161, 165, 169, 173, 175, 179, 183, 187, 191, 195, 199, 203, 207, 211, 215, 219, 223, 227, 231, 235, 239, 243, 247, 251, 255, 259, 263, 267, 269, 271, 273, 275, 277, 279, 309 of the Sequence Listing, a part or derivative thereof (b) of a nucleic acid which is under stringent Conditions with the nucleic acid hybridized under (a), (c) a nucleic acid which, with respect to the nucleic acid under (a) or (b) is degenerate, and (d) a nucleic acid which to the nucleic acid under (a), (b) or (c) is complementary. In a preferred embodiment has an inventively identified Tumor-associated Antigen an amino acid sequence on top of a nucleic acid which is selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 29, 33, 37, 41, 45, 49, 53, 57, 61, 65, 69, 73, 77, 81, 85, 89, 93, 97, 101, 105, 109, 113, 117, 121, 125, 129, 133, 137, 141, 145, 149, 153, 157, 161, 165, 169, 173, 175, 179, 183, 187, 191, 195, 199, 203, 207, 211, 215, 219, 223, 227, 231, 235, 239, 243, 247, 251, 255, 259, 263, 267, 269, 271, 273, 275, 277, 279, 309 of the Sequence Listing. In another preferred embodiment includes an inventively identified Tumor-associated antigen is an amino acid sequence selected from the group selected is, consisting of SEQ ID NOs: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 30, 34, 38, 42, 46, 50, 54, 58, 62, 66, 70, 74, 78, 82, 86, 90, 94, 98, 102, 106, 110, 114, 118, 122, 126, 130, 134, 138, 142, 146, 150, 154, 158, 162, 166, 170, 174, 176, 180, 184, 188, 192, 196, 200, 204, 208, 212, 216, 220, 224, 228, 232, 236, 240, 244, 248, 252, 256, 260, 264, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280 to 308, 310 of the Sequence Listing, a part or derivative thereof.
Die vorliegende Erfindung betrifft allgemein die Verwendung von erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigenen oder von Teilen oder Derivaten davon, von dafür kodierenden Nukleinsäuren oder von Nukleinsäuren, die gegen die kodierenden Nukleinsäuren gerichtet sind, oder von Antikörpern, die gegen die erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigene oder Teile oder Derivate davon gerichtet sind, für die Therapie und Diagnose. Diese Nutzung kann einzelne, aber auch Kombinationen von mehreren dieser Antigene, funktionalen Fragmente, Nukleinsäuren, Antikörper etc. betreffen, in einer Ausführungsform auch in Kombination mit anderen Tumor-assoziierten Genen und Antigenen für eine Diagnose, Therapie und Verlaufskontrolle.The The present invention relates generally to the use of tumor-associated identified according to the invention Antigens or parts or derivatives thereof, coding therefrom nucleic acids or of nucleic acids, which are directed against the coding nucleic acids, or of antibodies those against the tumor-associated identified according to the invention Antigens or parts or derivatives thereof are directed for therapy and diagnosis. This use can be individual, but also combinations of several of these antigens, functional fragments, nucleic acids, antibodies, etc. in one embodiment also in combination with other tumor-associated genes and antigens for diagnosis, Therapy and follow-up.
Die Eigenschaft der erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigene, dass sie auf oder an der Zelloberfläche lokalisiert sind, qualifiziert sie als geeignete Ziele oder Mittel für die Therapie und Diagnose. Besonders geeignet hierfür ist ein Teil der erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigene, der dem Nichttransmembrananteil, insbesondere dem extrazellulären Anteil der Antigene entspricht oder davon umfasst wird. Somit ist erfindungsgemäß ein Teil der erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigene, der dem Nichttransmembrananteil der Antigene entspricht oder davon umfasst ist, oder ein entsprechender Teil der für die erfindungsgemäß identifizierten Antigene kodierenden Nukleinsäuren für eine Therapie oder Diagnose bevorzugt. Ähnlich ist die Verwendung von Antikörpern bevorzugt, die gegen einen Teil der erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigene gerichtet sind, der dem Nichttransmembrananteil der Antigene entspricht oder davon umfasst ist.The property of the inventively identified tumor-associated antigens that they or located on the cell surface qualifies them as suitable targets or agents for therapy and diagnosis. Particularly suitable for this purpose is part of the tumor-associated antigens identified according to the invention, which corresponds to or is comprised by the non-transmembrane component, in particular the extracellular component of the antigens. Thus, according to the invention, part of the tumor-associated antigens identified according to the invention which corresponds to or is comprised of the non-transmembrane portion of the antigens or a corresponding portion of the nucleic acids coding for the antigens identified according to the invention is preferred for therapy or diagnosis. Similarly, it is preferred to use antibodies directed against a portion of the tumor-associated antigens identified according to the present invention which corresponds to or is comprised by the non-transmembrane portion of the antigens.
Bevorzugte Erkrankungen für eine Therapie und/oder Diagnose sind solche, bei denen eine selektive Expression oder abnormale Expression von einem oder mehreren der erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigenen vorliegt.preferred Diseases for a therapy and / or diagnosis are those in which a selective Expression or abnormal expression of one or more of the identified according to the invention Tumor-associated antigens is present.
Die Erfindung betrifft auch Genprodukte, d.h. Nukleinsäuren und Proteine bzw. Peptide, die Tumor-assoziiert exprimiert werden und durch verändertes Spleißen (Spleißvarianten) bekannter Gene bzw. durch veränderte Translation unter Nutzung alternativer offener Leserahmen entstehen. In diesem Aspekt betrifft die Erfindung Nukleinsäuren, die eine Nukleinsäuresequenz ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus den Sequenzen gemäß SEQ ID NO: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 29, 33, 37, 41, 45, 49, 53, 57, 61, 65, 69, 73, 77, 81, 85, 89, 93, 97, 101, 105, 109, 113, 117, 121, 125, 129, 133, 137, 141, 145, 149, 153, 157, 161, 165, 169, 173, 175, 179, 183, 187, 191, 195, 199, 203, 207, 211, 215, 219, 223, 227, 231, 235, 239, 243, 247, 251, 255, 259, 263, 267, 269, 271, 273, 275, 277, 279, 309 des Sequenzprotokolls umfassen. Ferner betrifft die Erfindung in diesem Aspekt Proteine bzw. Peptide, die eine Aminosäuresequenz ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus den Sequenzen gemäß SEQ ID NOs: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 30, 34, 38, 42, 46, 50, 54, 58, 62, 66, 70, 74, 78, 82, 86, 90, 94, 98, 102, 106, 110, 114, 118, 122, 126, 130, 134, 138, 142, 146, 150, 154, 158, 162, 166, 170, 174, 176, 180, 184, 188, 192, 196, 200, 204, 208, 212, 216, 220, 224, 228, 232, 236, 240, 244, 248, 252, 256, 260, 264, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280 bis 308, 310 des Sequenzprotokolls umfassen. Die erfindungsgemäßen Spleißvarianten sind erfindungsgemäß als Targets für die Diagnostik und Therapie von Tumorerkrankungen verwendbar.The The invention also relates to gene products, i. Nucleic acids and Proteins or peptides that are expressed tumor-associated and through changed Splice (Splice variants) known genes or by altered Translation using alternative open reading frames arise. In this aspect, the invention relates to nucleic acids comprising a nucleic acid sequence selected from the group consisting of the sequences according to SEQ ID NO: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 29, 33, 37, 41, 45, 49, 53, 57, 61, 65, 69, 73, 77, 81, 85, 89, 93, 97, 101, 105, 109, 113, 117, 121, 125, 129, 133, 137, 141, 145, 149, 153, 157, 161, 165, 169, 173, 175, 179, 183, 187, 191, 195, 199, 203, 207, 211, 215, 219, 223, 227, 231, 235, 239, 243, 247, 251, 255, 259, 263, 267, 269, 271, 273, 275, 277, 279, 309 of the sequence listing. Furthermore, the invention relates to In this aspect, proteins or peptides that have an amino acid sequence selected from the group consisting of the sequences according to SEQ ID NOs: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 30, 34, 38, 42, 46, 50, 54, 58, 62, 66, 70, 74, 78, 82, 86, 90, 94, 98, 102, 106, 110, 114, 118, 122, 126, 130, 134, 138, 142, 146, 150, 154, 158, 162, 166, 170, 174, 176, 180, 184, 188, 192, 196, 200, 204, 208, 212, 216, 220, 224, 228, 232, 236, 240, 244, 248, 252, 256, 260, 264, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280 to 308, 310 of the Sequence Listing. The splice variants according to the invention are according to the invention as targets for diagnostics and therapy of tumor diseases.
Für die Entstehung von Spleißvarianten können verschiedenste Mechanismen ursächlich sein, beispielsweise
- – die Nutzung variabler Transkriptionsinitiationsstellen
- – die Nutzung zusätzlicher Exons
- – vollständiges oder unvollständiges Ausspleißen von einzelnen oder mehreren Exons,
- – über Mutation veränderte Spleißregulatorsequenzen (Deletion bzw. Schaffung neuer Donor/Akzeptorsequenzen),
- – die unvollständige Elimination von Intronsequenzen.
- - the use of variable transcription initiation sites
- - the use of additional exons
- Complete or incomplete splicing of single or multiple exons,
- Mutation-modified splice regulatory sequences (deletion or creation of new donor / acceptor sequences),
- - the incomplete elimination of intron sequences.
Das veränderte Spleißen eines Gens führt zu einer veränderten Transkriptsequenz (Spleißvariante). Wird eine Spleißvariante im Bereich ihrer veränderten Sequenz translatiert, resultiert ein verändertes Protein, welches sich von dem ursprünglichen in Struktur und Funktion deutlich unterscheiden kann. Bei tumorassoziierten Spleißvarianten können tumorassoziierte Transkripte und tumorassoziierte Proteine/Antigene entstehen. Diese können als molekulare Marker sowohl zum Nachweis von Tumorzellen als auch zum therapeutischen Targeting von Tumoren genutzt werden. Die Detektion von Tumorzellen z.B. im Blut, Serum, Knochenmark, Sputum, Bronchial-Lavage, Körpersekreten und Gewebsbiopsien kann erfindungsgemäß z.B. nach Extraktion von Nukleinsäuren durch PCR-Amplifikation mit Spleißvarianten-spezifischen Oligonukleotiden erfolgen.The changed Splice a gene leads to an altered one Transcript sequence (splice variant). Will a splice variant in the field of their changed Sequence translated results in a modified protein, which is from the original one clearly distinguishable in structure and function. In tumor-associated splice variants can tumor-associated transcripts and tumor-associated proteins / antigens arise. these can as molecular markers for the detection of tumor cells as well used for the therapeutic targeting of tumors. The detection of tumor cells e.g. in the blood, serum, bone marrow, sputum, bronchial lavage, body secretions and tissue biopsies may be performed according to the invention e.g. after extraction of nucleic acids by PCR amplification with splice variant-specific oligonucleotides respectively.
Zum Nachweis eignen sich erfindungsgemäß alle Sequenz-abhängigen Detektionssysteme. Neben der PCR sind diese z.B. Genchip-/Microarraysysteme, Northern-Blot, RNAse protection assays (RDA) und andere. Allen Detektionssystemen ist gemeinsam, dass die Detektion auf einer spezifischen Hybridisierung mit mindestens einer Spleißvarianten-spezifischen Nukleinsäuresequenz basiert. Die Detektion von Tumorzellen kann jedoch auch erfindungsgemäß durch Antikörper erfolgen, die ein durch die Spleißvariante kodiertes spezifisches Epitop erkennen. Für die Herstellung der Antikörper können Peptide zur Immunisierung verwendet werden, die für diese Spleißvariante spezifisch sind. In diesem Aspekt betrifft die Erfindung insbesondere Peptide, die eine Sequenz ausgewählt aus SEQ ID NO: 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280 und 281 des Sequenzprotokolls aufweisen bzw. umfassen und dagegen gerichtete spezifische Antikörper. Die Detektion von Tumorzellen kann auch durch Antikörper erfolgen, die tumorspezifisch veränderte Glykosylierungsvarianten erkennen. Für die Generierung von derartigen Antikörpern können Peptidregionen genutzt werden, die sich in Tumorzellen und gesunden Zellen glykosylierungsbedingt unterscheiden. In diesem Aspekt betrifft die Erfindung insbesondere Peptide, die eine Sequenz ausgewählt aus SEQ ID NO: 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280 und 281 des Sequenzprotokolls aufweisen bzw. umfassen und dagegen gerichtete spezifische Antikörper. Durch endogene Deglykosylierung von N-gekoppelten Zuckerresten wird Asparagin in Asparaginsäure transformiert. Erfindungsgemäß können daher die hier beschriebenen Proteine tumorspezifisch sequenzverändert sein und damit andere biochemische und Antikörper-Bindungseigenschaften aufweisen. Für die Immunisierung eignen sich besonders die Aminosäuren, die deutliche Epitopunterschiede zu der/den Variante(n) des Genprodukts aufweisen, welche bevorzugt in gesunden Zellen gebildet wird/werden. Der Nachweis der Tumorzellen mit Antikörper kann dabei an einer vom Patienten isolierten Probe oder als Imaging mit intravenös applizierten Antikörpern erfolgen.For detection, all sequence-dependent detection systems are suitable according to the invention. In addition to PCR, these are eg gene chip / microarray systems, Northern blot, RNAse protection assays (RDA) and others. All detection systems have in common that the detection is based on a specific hybridization with at least one splice variant-specific nucleic acid sequence. However, the detection of tumor cells can also be carried out according to the invention by antibodies that recognize a coded by the splice variant specific epitope. For the production of the antibodies peptides for immunization can be used that are specific for this splice variant. In particular, in this aspect, the invention relates to peptides comprising a sequence selected from SEQ ID NOs: 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280 and 281 of the Sequence Listing and to specific antibodies directed against them. The detection of tumor cells can also be carried out by antibodies that recognize tumor-specific altered Glykosylierungsvarianten. For the generation of such antibodies, peptide regions can be used which differ in tumor cells and healthy cells due to glycosylation. In particular, in this aspect, the invention relates to peptides comprising a sequence selected from SEQ ID NOs: 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280 and 281 of the Sequence Listing and to specific antibodies directed against them. Endogenous deglycosylation of N-linked sugar residues results in Aspa ragin transformed into aspartic acid. According to the invention, therefore, the proteins described herein may be tumor-specific sequence-modified and thus have different biochemical and antibody binding properties. Particularly suitable for the immunization are the amino acids which have distinct epitope differences to the variant (s) of the gene product, which are preferably formed in healthy cells. The detection of tumor cells with antibodies can be done on a sample isolated from the patient or as imaging with intravenously applied antibodies.
Neben der diagnostischen Nutzbarkeit stellen Spleißvarianten, die neue oder veränderte Epitope aufweisen, attraktive Targets für die Immuntherapie dar. Die erfindungsgemäßen Epitope können zum Targeting von therapeutisch wirksamen monoklonalen Antikörpern oder T-Lymphozyten genutzt werden. Bei der passiven Immuntherapie werden hierbei Antikörper oder T-Lymphozyten adoptiv transferiert, die Spleißvarianten-spezifische Epitope erkennen. Die Generierung von Antikörpern kann wie bei anderen Antigenen auch unter Nutzung von Standardtechnologien (Immunisierung von Tieren, Panningstrategien zur Isolation von rekombinanten Antikörpern) unter Nutzung von Polypeptiden, die diese Epitope beinhalten, erfolgen. Alternativ können zur Immunisierung Nukleinsäuren genutzt werden, die für Oligo- oder Polypeptide kodieren, die diese Epitope beinhalten. Verschiedene Techniken zur in vitro oder in vivo Generierung von epitopspezifischen T-Lymphozyten sind bekannt und ausführlich beschrieben z.B. (Kessler JH, et al. 2001, Sahin et al., 1997) und basieren ebenfalls auf der Nutzung von Oligo- oder Polypeptide, die die Spleißvarianten-spezifischen Epitope beinhalten, oder Nukleinsäuren, die für diese kodieren. Oligo- oder Polypeptide, die die Spleißvarianten-spezifischen Epitope beinhalten, oder Nukleinsäuren, die für diese Polypeptide kodieren, sind auch für die Nutzung als pharmazeutisch wirksame Substanzen bei der aktiven Immuntherapie (Vakzinierung, Vakzintherapie) verwendbar.Next the diagnostic usability provide splice variants, the new or altered epitopes have attractive targets for the immunotherapy. The epitopes according to the invention can be used for targeting used by therapeutically effective monoclonal antibodies or T lymphocytes become. In passive immunotherapy this antibody or T lymphocytes adoptively transferred, the splice variant-specific epitopes detect. The generation of antibodies can be like other antigens also using standard technologies (immunization of animals, Panning strategies for the isolation of recombinant antibodies) under use of polypeptides containing these epitopes. alternative can to immunize nucleic acids be used for Oligo- or polypeptides encode these epitopes. Different techniques for In vitro or in vivo generation of epitope-specific T lymphocytes are known and detailed described e.g. (Kessler JH, et al., 2001, Sahin et al., 1997) and are also based on the use of oligo- or polypeptides, the splice variant-specific Epitopes include, or nucleic acids that code for them. Oligo or Polypeptides that contain the splice variant-specific Include epitopes, or nucleic acids encoding these polypeptides, are also for the use as pharmaceutically active substances in the active Immunotherapy (vaccination, vaccine therapy) usable.
Die aberrante Expression von Genen in Tumorzellen kann auf veränderte Methylierungsmuster ihrer Promotoren beruhen (De Smet C. et al., Mol. Cell Biol. 24:4781-90, 2004; De Smet C., et al., Mol. Cell Biol. 19:7327-35, 1999; De Smet C. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93:7149-53, 1996). Diese Methylierungsunterschiede können als indirekter Marker für den im Tumor veränderten Zustand des entsprechenden Gens genutzt werden. Dementsprechend kann die Zunahme oder Abnahme von Basenmethylierungen im Promotorbereich für diagnostische Zwecke genutzt werden.The aberrant expression of genes in tumor cells may be due to altered methylation patterns of their Promoters are based (De Smet C et al., Mol. Cell Biol. 24: 4781-90, 2004; De Smet C., et al., Mol. Cell Biol. 19: 7327-35, 1999; De Smet C. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93: 7149-53, 1996). These methylation differences can as an indirect marker for changed in the tumor State of the corresponding gene can be used. Accordingly, can the increase or decrease of base methylations in the promoter region for diagnostic Purposes are used.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung auch posttranslational modifizierte Proteindomänen wie zum Beispiel Glykosylierungen oder Myristilierungen. Diese Art von Modifikationen kann zu einem differentiellen Erkennungsmuster eines Antigens durch z.B. einen Antikörper führen und verschiedene, unter Umständen krankheitsassoziierte Zustände erkennen. Vor allem durch den Einsatz von Antikörpern kann diese Differenzierung eines Antigens sowohl diagnostisch als auch therapeutisch genutzt werden. Für Tumorzellen ist publiziert, dass die tumorassoziierte zelluläre Entartung zu veränderten posttranslationalen Modifikationen führen kann (Durand & Seta, Clin. Chem. 46:795-8052000; Granovsky et al., Nat. Med. 6:306-312, 2000). Insbesondere Glykosylierungsmuster sind auf Tumorzellen stark verändert. Erfindungsgemäß können diese speziellen Epitope diagnostisch Tumorzellen von nicht karzinogenen Zellen unterscheiden. Sollte ein posttranslational modifizierbares Epitop in normalen, nicht entarteten Zellen glykosyliert und in Tumorzellen deglykosyliert sein, erlaubt diese Situation die Entwicklung eines tumorspezifischen therapeutischen Antikörpers im Sinne der Erfindung.In In another aspect, the invention also relates post-translationally modified protein domains such as glycosylations or myristilations. This kind from modifications can lead to a differential recognition pattern an antigen by e.g. lead an antibody and various, under circumstances disease-associated conditions detect. Especially through the use of antibodies can this differentiation an antigen used both diagnostically and therapeutically become. For Tumor cells is published that tumor-associated cellular degeneration to changed post-translational Modifications lead Can (Durand & Seta, Clin. Chem. 46: 795-8052000; Granovsky et al., Nat. Med. 6: 306-312, 2000). In particular, glycosylation patterns are greatly altered on tumor cells. According to the invention, these special epitopes diagnostic tumor cells of non-carcinogenic Distinguish cells. Should be a posttranslational modifiable Epitope glycosylated in normal, non-degenerated cells and in Tumor cells deglycosylated, this situation allows the development of a Tumor-specific therapeutic antibody in the context of the invention.
Die Analyse von Proteinmodifikationen kann im Western-Blot erfolgen. Vor allem Glykosylierungen, die in der Regel eine Größe von mehreren kDa haben, führen zu einer größeren Gesamtmasse des Zielproteins, die sich in der SDS-PAGE auftrennen lässt. Zum Nachweis von spezifischen O- und N-glykosidischen Bindungen werden Proteinlysate vor der Denaturierung durch SDS mit O- oder N-Glykosylasen inkubiert (nach Angaben des jeweiligen Herstellers, z.B. PNgase, Endoglykosidase F, Endoglykosidase H, Roche Diagnostics). Anschließend erfolgt ein Western Blot. Bei Verringerung der Größe eines Zielproteins kann so nach Inkubation mit einer Glykosidase eine spezifische Glykosylierung nachgewiesen und auf diesem Weg auch die Tumorspezifität einer Modifikation analysiert werden. Von besonderem Interesse sind Proteinbereiche, die in Tumorzellen und gesunden Zellen differenziell glykosyliert sind. Derartige Glykosylierungsunterschiede sind jedoch bisher für wenige Zelloberflächenproteine (z.B. Muc1) beschrieben.The Analysis of protein modifications can be done in Western Blot. Especially glycosylations, which are usually a size of several kDa have lead to a larger total mass of the target protein, which can be separated in SDS-PAGE. To the Detection of specific O- and N-glycosidic bonds Protein lysates prior to denaturation by SDS with O- or N-glycosylases incubated (according to the manufacturer's instructions, for example PNgase, Endoglycosidase F, endoglycosidase H, Roche Diagnostics). Subsequently, a Western blot. When reducing the size of a target protein can so after incubation with a glycosidase a specific glycosylation demonstrated and in this way also the tumor specificity of a Modification are analyzed. Of particular interest are protein regions, which is differentially glycosylated in tumor cells and healthy cells are. However, such glycosylation differences have so far been few Cell surface proteins (e.g., Muc1).
In einem Aspekt betrifft die Erfindung eine pharmazeutische Zusammensetzung, umfassend ein Mittel, das das erfindungsgemäß identifizierte Tumor-assoziierte Antigen erkennt und vorzugsweise selektiv für Zellen ist, die eine Expression oder abnormale Expression eines erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens aufweisen. Das Mittel kann in bestimmten Ausführungsformen die Induktion des Zelltods, die Reduktion des Zellwachstums, die Schädigung der Zellmembran oder die Sekretion von Zytokinen bewirken und weist vorzugsweise eine tumorhemmende Aktivität auf. In einer Ausführungsform ist das Mittel eine Antisense-Nukleinsäure, die selektiv mit der Nukleinsäure hybridisiert, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert. In einer weiteren Ausführungsform ist das Mittel ein Antikörper, der selektiv an das Tumor-assoziierte Antigen bindet, insbesondere ein komplementaktivierter Antikörper oder Toxin-konjugierter Antikörper, der selektiv an das Tumor-assoziierte Antigen bindet. In einer weiteren Ausführungsform umfasst das Mittel mehrere Mittel, die jeweils selektiv verschiedene Tumor-assoziierte Antigene erkennen, wobei mindestens eines der Tumor-assoziierten Antigene ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen ist. Die Erkennung muss nicht direkt mit einer Hemmung von Aktivität oder Expression des Antigens einhergehen. In diesem Aspekt der Erfindung dient das selektiv auf Tumoren beschränkte Antigen vorzugsweise als Markierung zur Rekrutierung von Effektormechanismen an diesen spezifischen Ort. In einer bevorzugten Ausführungsform ist das Mittel ein cytotoxischer T-Lymphozyt, der das Antigen auf einem HLA-Molekül erkennt und die derartig markierte Zelle lysiert. In einer weiteren Ausführungsform ist das Mittel ein Antikörper, der selektiv an das Tumor-assoziierte Antigen bindet und somit natürliche oder artifizielle Effektormechanismen zu dieser Zelle rekrutiert. In einer weiteren Ausführungsform ist das Mittel ein Helfer-T-Lymphozyt, der Effektorfunktionen von anderen Zellen, die spezifisch dieses Antigen erkennen, stärkt.In one aspect, the invention relates to a pharmaceutical composition comprising an agent which recognizes the tumor-associated antigen identified according to the invention and is preferably selective for cells having expression or abnormal expression of a tumor-associated antigen identified according to the invention. In certain embodiments, the agent may cause induction of cell death, reduction of cell growth, damage to the cell membrane, or secretion of cytokines, and preferably has antitumor activity. In one embodiment, the agent is an antisense nucleic acid that selectively hybridizes to the nucleic acid encoding the tumor-associated antigen. In another embodiment, the agent is an anti body that selectively binds to the tumor-associated antigen, in particular a complement-activated antibody or toxin-conjugated antibody that selectively binds to the tumor-associated antigen. In another embodiment, the agent comprises a plurality of agents, each of which selectively recognizes various tumor-associated antigens, wherein at least one of the tumor-associated antigens is a tumor-associated antigen identified according to the invention. The recognition need not be directly associated with an inhibition of the activity or expression of the antigen. In this aspect of the invention, the antigen selectively restricted to tumors preferably serves as a label for recruiting effector mechanisms at that specific site. In a preferred embodiment, the agent is a cytotoxic T lymphocyte which recognizes the antigen on an HLA molecule and lyses the cell so labeled. In another embodiment, the agent is an antibody that selectively binds to the tumor-associated antigen, thus recruiting natural or artificial effector mechanisms to that cell. In another embodiment, the agent is a helper T lymphocyte that enhances effector functions of other cells that specifically recognize that antigen.
In einem Aspekt betrifft die Erfindung eine pharmazeutische Zusammensetzung, umfassend ein Mittel, das die Expression oder Aktivität eines erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens hemmt. In einer bevorzugten Ausführungsform ist das Mittel eine Antisense-Nukleinsäure, die selektiv mit der Nukleinsäure hybridisiert, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert. In einer weiteren Ausführungsform ist das Mittel ein Antikörper, der selektiv an das Tumor-assoziierte Antigen bindet. In einer weiteren Ausführungsform umfasst das Mittel mehrere Mittel, die jeweils selektiv die Expression oder Aktivität verschiedener Tumor-assoziierter Antigene hemmen, wobei mindestens eines der Tumor-assoziierten Antigene ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen ist.In In one aspect, the invention relates to a pharmaceutical composition, comprising an agent expressing the expression or activity of a identified according to the invention Tumor-associated Antigens inhibits. In a preferred embodiment, the agent is an antisense nucleic acid which selectively with the nucleic acid hybridized for the tumor-associated Encoded antigen. In a further embodiment, the agent is a Antibody, which binds selectively to the tumor-associated antigen. In another embodiment For example, the agent comprises several agents, each selectively expressing or activity inhibit various tumor-associated antigens, at least one of the tumor-associated Antigens identified according to the invention Tumor-associated antigen.
Die Aktivität eines erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens kann eine jegliche Aktivität eines Proteins oder Peptids sein. Somit können die erfindungsgemäßen Therapie- und Diagnoseverfahren auch auf Hemmung oder Reduktion dieser Aktivität oder auf ein Testen dieser Aktivität abzielen.The activity an inventively identified Tumor-associated antigen can be any activity of a Be protein or peptide. Thus, the therapeutic and diagnostic methods also on inhibition or reduction of this activity or on a test of this activity are targeting.
Des weiteren betrifft die Erfindung eine pharmazeutische Zusammensetzung, die ein Mittel umfasst, das bei einer Verabreichung selektiv die Menge an Komplexen zwischen einem HLA-Molekül und einem Peptidepitop aus dem erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigen erhöht. Das Mittel umfasst in einer Ausführungsform einen oder mehrere Bestandteile, die aus der Gruppe ausgewählt sind bestehend aus (i) dem Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon, (ii) einer Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon kodiert, (iii) einer Wirtszelle, die das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon exprimiert, und (iv) isolierten Komplexen zwischen Peptidepitopen aus dem Tumor-assoziierten Antigen und einem MHC-Molekül. In einer Ausführungsform umfasst das Mittel mehrere Mittel, die jeweils selektiv die Menge an Komplexen zwischen MHC-Molekülen und Peptidepitopen verschiedener Tumor-assoziierter Antigene erhöhen, wobei mindestens eines der Tumor-assoziierten Antigene ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen ist.Of Furthermore, the invention relates to a pharmaceutical composition, which comprises an agent which, when administered, selectively releases the Amount of complexes between an HLA molecule and a peptide epitope identified according to the invention Tumor-associated Antigen increased. The means comprises in one embodiment one or more constituents selected from the group consisting from (i) the tumor-associated antigen or a part thereof, (ii) a nucleic acid, the for the Tumor-associated antigen or a part thereof encoded, (iii) one Host cell containing the tumor-associated antigen or part of it and (iv) isolated complexes between peptide epitopes from the tumor-associated antigen and an MHC molecule. In a embodiment The agent comprises several agents, each of which selectively increases the amount Complexes between MHC molecules and Peptide epitopes of various tumor-associated antigens increase, wherein at least one of the tumor-associated antigens identified according to the invention Tumor-associated antigen.
Des weiteren betrifft die Erfindung eine pharmazeutische Zusammensetzung, die einen oder mehrere Bestandteile umfasst, die aus der Gruppe ausgewählt sind bestehend aus (i) einem erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon, (ii) einer Nukleinsäure, die für ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen oder einen Teil davon kodiert, (iii) einem Antikörper, der an ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen oder einen Teil davon bindet, (iv) einer Antisense-Nukleinsäure, die spezifisch mit einer Nukleinsäure, die für ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen kodiert, hybridisiert, (v) einer Wirtszelle, die ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen oder einen Teil davon exprimiert, und (vi) isolierten Komplexen zwischen einem erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon und einem HLA-Molekül.Of Furthermore, the invention relates to a pharmaceutical composition, comprising one or more ingredients selected from the group consisting of (i) a tumor-associated identified according to the invention Antigen or a part thereof, (ii) a nucleic acid which for a identified according to the invention Tumor-associated antigen or a part thereof encoded, (iii) an antibody, which is identified to an inventively Tumor-associated antigen or a part thereof binds, (iv) one Antisense nucleic acid, which is specifically associated with a nucleic acid which is identified according to the invention Tumor-associated Antigen encodes, hybridizes, (v) a host cell which is an inventively identified Tumor-associated antigen or a part thereof expressed, and (vi) isolated complexes between one identified according to the invention Tumor-associated antigen or a part thereof and an HLA molecule.
Eine Nukleinsäure, die für ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen oder einen Teil davon kodiert, kann in der pharmazeutische Zusammensetzung in einem Expressionsvektor vorliegen und funktionell mit einem Promotor verbunden sein.A Nucleic acid, the for an inventively identified Tumor-associated antigen or part thereof may be encoded in the pharmaceutical composition is present in an expression vector and functionally linked to a promoter.
Eine in einer erfindungsgemäßen pharmazeutischen Zusammensetzung enthaltene Wirtszelle kann das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon sekretieren, auf der Oberfläche exprimieren oder kann zusätzlich ein HLA-Molekül exprimieren, das an das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon bindet. In einer Ausführungsform exprimiert die Wirtszelle das HLA-Molekül endogen. In einer weiteren Ausführungsform exprimiert die Wirtszelle das HLA-Molekül und/oder das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon rekombinant. Vorzugsweise ist die Wirtszelle nicht proliferativ. In einer bevorzugten Ausführungsform ist die Wirtszelle eine Antigen-präsentierende Zelle, insbesondere eine dendritische Zelle, ein Monozyt oder ein Makrophage.A in a pharmaceutical according to the invention Composition contained host cell may be the tumor-associated To secrete antigen or part of it, to express it on the surface or in addition an HLA molecule express that is associated with the tumor Antigen or part of it binds. In one embodiment the host cell expresses the HLA molecule endogenously. In another embodiment the host cell expresses the HLA molecule and / or the tumor-associated Antigen or part of it recombinant. Preferably, the host cell not proliferative. In a preferred embodiment, the host cell is an antigen-presenting Cell, in particular a dendritic cell, a monocyte or a Macrophage.
Ein in einer erfindungsgemäßen pharmazeutischen Zusammensetzung enthaltener Antikörper kann ein monoklonaler Antikörper sein. In weiteren Ausführungsformen ist der Antikörper ein chimärer oder humanisierter Antikörper, ein Fragment eines natürlichen Antikörpers oder ein synthetischer Antikörper, die durch kombinatorische Techniken hergestellt werden können. Der Antikörper kann mit einem therapeutisch oder diagnostisch nützlichen Mittel gekoppelt sein.An antibody contained in a pharmaceutical composition of the invention may be a monoclonal antibody. In further embodiments, the antibody is a chimeric or humanized antibody, a fragment of a natural antibody, or a synthetic antibody that can be produced by combinatorial techniques. The antibody may be coupled to a therapeutically or diagnostically useful agent.
Eine in einer erfindungsgemäßen pharmazeutischen Zusammensetzung enthaltene Antisense-Nukleinsäure kann eine Sequenz von 6-50, insbesondere 10-30, 15-30 oder 20-30 zusammenhängenden Nukleotiden aus der Nukleinsäure, die für das erfindungsgemäß identifizierte Tumor-assoziierte Antigen kodiert, umfassen.A in a pharmaceutical according to the invention Composition containing antisense nucleic acid may have a sequence of 6-50, in particular 10-30, 15-30 or 20-30 contiguous nucleotides from the Nucleic acid, the for identified according to the invention Encoded tumor-associated antigen.
In weiteren Ausführungsformen bindet ein durch eine erfindungsgemäße pharmazeutische Zusammensetzung entweder direkt oder durch die Expression einer Nukleinsäure bereitgestelltes Tumor-assoziiertes Antigen oder ein Teil davon an MHC-Moleküle auf der Oberfläche von Zellen, wobei die Bindung vorzugsweise eine cytolytische Reaktion hervorruft und/oder eine Zytokinausschüttung induziert.In further embodiments binds by a pharmaceutical composition according to the invention either directly or provided by the expression of a nucleic acid Tumor-associated antigen or part of it on MHC molecules on the surface of Cells, wherein the binding preferably causes a cytolytic reaction and / or a cytokine secretion induced.
Eine erfindungsgemäße pharmazeutische Zusammensetzung kann einen pharmazeutisch verträglichen Träger und/oder ein Adjuvans umfassen. Das Adjuvans kann aus Saponin, GM-CSF, CpG-Nukleotiden, RNA, einem Zytokin oder einem Chemokin ausgewählt sein. Eine erfindungsgemäße pharmazeutische Zusammensetzung wird vorzugsweise zur Behandlung einer Erkrankung eingesetzt, die sich durch die selektive Expression oder abnormale Expression eines Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet. In einer bevorzugten Ausführungsform ist die Erkrankung Krebs.A inventive pharmaceutical composition can be a pharmaceutically acceptable carrier and / or an adjuvant. The adjuvant may consist of saponin, GM-CSF, CpG nucleotides, RNA, a cytokine or a chemokine. A pharmaceutical according to the invention Composition is preferably for the treatment of a disease used by selective or abnormal expression Expression of a tumor-associated antigen distinguishes. In a preferred embodiment the disease is cancer.
Des weiteren betrifft die Erfindung Verfahren zur Behandlung, Diagnose oder Überwachung, d.h. Bestimmung der Regression, des Verlaufs und/oder des Ausbruchs, einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines oder mehrerer Tumor-assoziierter Antigene auszeichnet.Of Furthermore, the invention relates to methods for treatment, diagnosis or monitoring, i.e. Determination of regression, course and / or outbreak, a disorder characterized by expression or abnormal expression one or more tumor-associated antigens.
In einer Ausführungsform umfasst die Behandlung die Verabreichung einer erfindungsgemäßen pharmazeutischen Zusammensetzung.In an embodiment the treatment comprises the administration of a pharmaceutical according to the invention Composition.
Die erfindungsgemäßen Diagnoseverfahren und/oder Verfahren zur Überwachung betreffen allgemein die Verwendung von Mitteln für den Nachweis und/oder die Bestimmung bzw. Überwachung der Menge (i) einer Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, oder eines Teils davon und/oder (ii) des Tumor-assoziierten Antigens oder eines Teils davon, und/oder (iii) eines Antikörpers gegen das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon und/oder (iv) von cytotoxischen oder Helfer-T-Lymphozyten, die für das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon spezifisch sind, in einer aus einem Patienten isolierten biologischen Probe.The inventive diagnostic method and / or Procedure for monitoring generally concern the use of means for detection and / or detection Determination or monitoring of the Amount of (i) a nucleic acid, the for the tumor-associated antigen encodes, or a part thereof and / or (ii) the tumor-associated antigen or a part thereof, and / or (iii) an antibody against the tumor-associated antigen or a part thereof and / or (iv) cytotoxic or helper T lymphocytes responsible for the tumor-associated antigen or part of it, in one of a patient isolated biological sample.
In einem Aspekt betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Diagnose einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet. Das Verfahren umfasst den Nachweis (i) einer Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, oder eines Teils davon und/oder (ii) den Nachweis des Tumor-assoziierten Antigens oder eines Teils davon, und/oder (iii) den Nachweis eines Antikörpers gegen das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon und/oder (iv) den Nachweis von cytotoxischen oder Helfer-T-Lymphozyten, die für das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon spezifisch sind in einer aus einem Patienten isolierten biologischen Probe. In bestimmten Ausführungsformen umfasst der Nachweis (i) die Kontaktierung der biologischen Probe mit einem Mittel, das spezifisch an die Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, oder den Teil davon, an das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon, an den Antikörper oder an cytotoxische oder Helfer-T-Lymphozyten, die für das Tumor-assoziierte Antigen oder Teile davon spezifisch sind, bindet und (ii) den Nachweis der Komplexbildung zwischen dem Mittel und der Nukleinsäure oder dem Teil davon, dem Tumor-assoziierten Antigen oder dem Teil davon, dem Antikörper oder den cytotoxischen oder Helfer-T-Lymphozyten. In einer Ausführungsform zeichnet sich die Erkrankung durch die Expression oder abnormale Expression mehrerer verschiedener Tumor-assoziierter Antigene aus und der Nachweis umfasst einen Nachweis mehrerer Nukleinsäuren, die für die mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene kodieren, oder von Teilen davon, den Nachweis der mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene oder von Teilen davon, den Nachweis mehrerer Antikörper, die an die mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene oder an Teile davon binden, oder den Nachweis mehrerer cytotoxischer oder Helfer-T-Lymphozyten, die für die mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene spezifisch sind. In einer weiteren Ausführungsform wird die isolierte biologische Probe aus dem Patienten mit einer vergleichbaren normalen biologischen Probe verglichen.In In one aspect, the invention relates to a method for diagnosing a Disease resulting from expression or abnormal expression an inventively identified Tumor-associated antigen distinguishes. The method includes detection (i) a nucleic acid, the for the tumor-associated antigen encodes, or a part thereof and / or (ii) the detection of the tumor-associated antigen or part thereof, and / or (iii) the detection of an antibody to the tumor-associated Antigen or a part thereof and / or (iv) the detection of cytotoxic or helper T lymphocytes responsible for the tumor-associated antigen or a part thereof are specific in a biological sample isolated from a patient. In particular embodiments the detection comprises (i) the contacting of the biological sample with an agent specific to the nucleic acid responsible for the tumor-associated antigen or the part thereof, to the tumor-associated antigen or the Part of it, to the antibody or to cytotoxic or helper T lymphocytes responsible for the tumor Antigen or parts thereof, binds and (ii) the detection the complex formation between the agent and the nucleic acid or the Part of it, the tumor-associated antigen or part thereof, the antibody or the cytotoxic or helper T lymphocytes. In one embodiment The disease is characterized by expression or abnormal Expression of several different tumor-associated antigens and the detection comprises detection of multiple nucleic acids that for the several different tumor-associated Antigens encode, or parts of, the proof of several various tumor-associated antigens or parts thereof, the Detection of several antibodies, which belongs to the several different tumor-associated antigens or bind to parts of it, or the detection of several cytotoxic or helper T lymphocytes responsible for the several different tumor-associated antigens specific are. In a further embodiment is the isolated biological sample from the patient with a compared to comparable normal biological sample.
Die erfindungsgemäßen Diagnoseverfahren können auch veränderte Methylierungsmuster des Promotorbereiches des jeweiligen Tumor-assoziierten Genproduktes nutzen. Der Nachweis solcher Methylierungsmuster kann unter Nutzung von auf PCR basierenden Verfahren, mit Hilfe von Restriktionsenzymen oder durch Sequenzierung erfolgen. Ein dazu geeignetes Test kann dabei folgendermaßen aufgebaut sein: (1) Extraktion von DNA aus Gewebeproben von Patienten z.B. unter Nutzung von paraffineingebettetem Material, (2) Behandlung der DNA mit Bisulfit-haltigen Reagenzien (z.B. wie beschrieben in Clark SJ et al., Nucleic Acids Res. 22(15):2990-7, 1994), (3) Amplifikation von DNA mit PCR, und (4) Analyse durch Bestimmung der Menge sequenzspezifischer Amplifikationsprodukte (z.B. durch quantitative PCR, Hybridisierungsverfahren wie Microarrayverfahren).The diagnostic methods according to the invention can also use altered methylation patterns of the promoter region of the respective tumor-associated gene product. Detection of such methylation patterns can be accomplished using PCR-based methods, restriction enzymes or sequencing. A suitable test can be constructed as follows: (1) extraction of DNA from tissue pro (2) treatment of the DNA with bisulfite-containing reagents (eg as described in Clark SJ et al., Nucleic Acids Res. 22 (15): 2990-7, 1994), (3 ) Amplification of DNA by PCR, and (4) analysis by determination of the amount of sequence-specific amplification products (eg by quantitative PCR, hybridization methods such as microarray method).
Die erfindungsgemäßen Diagnoseverfahren können auch eine Nutzung der erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigene als prognostische Marker betreffen, um eine Metastatisierung z.B. durch Testen des Migrationsverhalten von Zellen und daher einen verschlechterten Krankheitsverlauf zu prädizieren, wodurch unter anderem die Planung einer aggressiveren Therapie ermöglicht wird.The Diagnostic methods according to the invention can also a use of inventively identified Involve tumor-associated antigens as prognostic markers, for metastatization e.g. by testing the migration behavior of cells and therefore a worsening disease course too predict, which, among other things, enables the planning of a more aggressive therapy.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Bestimmung der Regression, des Verlaufs oder des Ausbruchs einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, umfassend die Überwachung einer Probe aus einem Patienten, der die Erkrankung aufweist oder in Verdacht steht, an der Erkrankung zu erkranken in Bezug auf einen oder mehrere Parameter, die aus der Gruppe ausgewählt sind bestehend aus (i) der Menge der Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, oder eines Teil davon, (ii) der Menge des Tumor-assoziierten Antigens oder eines Teils davon, (iii) der Menge an Antikörpern, die an das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon binden, und (iv) der Menge an cytolytischen T-Zellen oder Helfer-T-Zellen, die für einen Komplex zwischen dem Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon und einem MHC-Molekül spezifisch sind. Vorzugsweise umfasst das Verfahren die Bestimmung des oder der Parameter zu einem ersten Zeitpunkt in einer ersten Probe und zu einem zweiten Zeitpunkt in einer weiteren Probe, wobei durch einen Vergleich der beiden Proben der Verlauf der Erkrankung ermittelt wird. In bestimmten Ausführungsformen zeichnet sich die Erkrankung durch die Expression oder abnormale Expression mehrerer verschiedener Tumor-assoziierter Antigene aus und die Überwachung umfasst eine Überwachung (i) der Menge mehrerer Nukleinsäuren, die für die mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene kodieren, oder von Teilen davon und/oder (ii) der Menge der mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene oder von Teilen davon und/oder (iii) der Menge mehrerer Antikörper, die an die mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene oder an Teile davon binden, und/oder (iv) der Menge mehrerer cytolytischer T-Zellen oder Helfer-T-Zellen, die für Komplexe zwischen den mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigenen oder von Teilen davon und MHC-Molekülen spezifisch sind.In In another aspect, the invention relates to a method for determining the regression, the course or the onset of a disease that characterized by the expression or abnormal expression of an inventively identified Tumor-associated antigen, comprising monitoring a sample from a patient having the disease or is suspected of contracting the disease in relation to one or several parameters selected from the group consisting of (i) the amount of nucleic acid, the for encodes the tumor-associated antigen, or part of it, (ii) the amount of tumor-associated antigen or part thereof, (iii) the amount of antibodies, which bind to the tumor-associated antigen or a part thereof, and (iv) the amount of cytolytic T cells or helper T cells, the for a complex between the tumor-associated antigen or a Part of it and a MHC molecule are specific. Preferably, the method comprises the determination of the parameter or parameters at a first time in a first Sample and at a second time in another sample, wherein by comparing the two samples the course of the disease is determined. In certain embodiments, it is distinguished the disease by the expression or abnormal expression of several different tumor-associated antigens and monitoring includes a surveillance (i) the amount of several nucleic acids, the for code the several different tumor-associated antigens, or parts thereof and / or (ii) the amount of several different tumor-associated Antigens or parts thereof and / or (iii) the amount of several Antibody, which belongs to the several different tumor-associated antigens or bind to parts thereof, and / or (iv) the amount of several cytolytic T cells or helper T cells responsible for complexes between the several various tumor-associated antigens or parts thereof and MHC molecules specific are.
Ein Nachweis einer Nukleinsäure oder eines Teils davon oder eine Bestimmung bzw. Überwachung der Menge einer Nukleinsäure oder eines Teils davon kann erfindungsgemäß mit einer Polynukleotid-Sonde erfolgen, die spezifisch mit der Nukleinsäure oder dem Teil davon hybridisiert, oder kann durch selektive Amplifikation der Nukleinsäure oder des Teils davon erfolgen. In einer Ausführungsform umfasst die Polynukleotid-Sonde eine Sequenz von 6-50, insbesondere 10-30, 15-30 oder 20-30 zusammenhängenden Nukleotiden aus der Nukleinsäure.One Detection of a nucleic acid or part thereof or a provision or monitoring the amount of a nucleic acid or part thereof can according to the invention with a polynucleotide probe which hybridizes specifically with the nucleic acid or the part thereof, or may be by selective amplification of the nucleic acid or of the part thereof. In one embodiment, the polynucleotide probe comprises a sequence of 6-50, especially 10-30, 15-30 or 20-30 contiguous Nucleotides from the nucleic acid.
In bestimmten Ausführungsformen der erfindungsgemäßen Diagnoseverfahren erfolgt eine selektive Amplifikation des Promotorbereichs oder eines Teils davon einer Nukleinsäure, die für ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen kodiert und in Form von genomischer DNA vorliegt, nach Behandlung mit einem bisulfithaltigen Reagenz. Die Nukleinsäure wird vorzugsweise vor einer Behandlung mit dem bisulfithaltigen Reagenz aus einer Probe eines zu untersuchenden Patienten isoliert. Die bei einer solchen Amplifikation verwendeten Oligonukleotide weisen vorzugsweise eine Sequenz auf, die an die mit dem bisulfithaltigen Reagenz behandelte Nukleinsäure binden, vorzugsweise dazu vollständig komplementär sind. Vorzugsweise sind die Oligonukleotide einem unterschiedlichen Grad einer Methylierung der Nukleinsäure angepasst und bedingen differenzierbare Amplifikationsprodukte.In certain embodiments the diagnostic method according to the invention there is a selective amplification of the promoter region or a Part of it a nucleic acid, the for an inventively identified Tumor-associated antigen encoded and in the form of genomic DNA present, after treatment with a bisulfite-containing reagent. The nucleic acid is preferably before treatment with the bisulfite-containing Reagent isolated from a sample of a patient to be examined. The oligonucleotides used in such amplification preferably have a sequence similar to that with the bisulfite-containing Reagent treated nucleic acid bind, preferably completely complementary are. Preferably, the oligonucleotides are a different one Adjusted degree of methylation of the nucleic acid and condition differentiable amplification products.
Ein Nachweis eines Tumor-assoziierten Antigens oder eines Teils davon oder eine Bestimmung bzw. Überwachung der Menge eines Tumor-assoziierten Antigens oder eines Teils davon kann erfindungsgemäß mit einem Antikörper erfolgen, der spezifisch an das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon bindet.One Detection of a tumor-associated antigen or a part thereof or a determination or monitoring the amount of a tumor-associated antigen or part thereof can according to the invention with a antibody done specifically to the tumor-associated antigen or part binds from it.
In bestimmten Ausführungsformen liegt das nachzuweisende Tumor-assoziierte Antigen oder der Teil davon in einem Komplex mit einem MHC-Molekül, insbesondere einem HLA-Molekül vor.In certain embodiments is the tumor-associated antigen or part to be detected thereof in a complex with an MHC molecule, in particular an HLA molecule.
Ein Nachweis eines Antikörpers oder die Bestimmung bzw. Überwachung der Menge an Antikörpern kann erfindungsgemäß mit einem Protein oder Peptid erfolgen, das spezifisch an den Antikörper bindet.One Detection of an antibody or the determination or monitoring the amount of antibodies can according to the invention with a Protein or peptide that binds specifically to the antibody.
Ein Nachweis von cytolytischen T-Zellen oder Helfer-T-Zellen oder die Bestimmung bzw. Überwachung der Menge an cytolytischen T-Zellen oder Helfer-T-Zellen, die für Komplexe zwischen einem Antigen oder einem Teil davon und MHC-Molekülen spezifisch sind, kann erfindungsgemäß mit einer Zelle erfolgen, die den Komplex zwischen dem Antigen oder dem Teil davon und einem MHC-Molekül präsentiert.Detection of cytolytic T cells or helper T cells or the determination of the amount of cytolytic T cells or helper T cells specific for complexes between an antigen or a part thereof and MHC molecules, can be carried out according to the invention with a cell containing the complex between the antigen or the part thereof and a MHC moles presented.
Die für einen Nachweis oder für eine Bestimmung bzw. Überwachung verwendete Polynukleotid-Sonde, der Antikörper, das Protein oder Peptid oder die Zelle sind vorzugsweise nachweisbar markiert. In bestimmten Ausführungsformen ist der nachweisbare Marker ein radioaktiver Marker oder ein Enzymmarker. Der Nachweis von T-Lymphozyten kann zusätzlich durch Nachweis ihrer Proliferation, ihrer Zytokinproduktion, sowie ihrer cytotoxischen Aktivität erfolgen, die durch die spezifische Stimulation mit dem Komplex aus MHC und Tumor-assoziiertem Antigen oder Teilen davon ausgelöst wird. Der Nachweis von T-Lymphozyten kann ferner durch ein rekombinantes MHC-Molekül oder auch einen Komplex aus mehreren MHC-Molekülen, die mit dem jeweiligen immunogenen Fragment aus einem oder mehreren der Tumor-assoziierten Antigene beladen sind, und durch Kontaktierung des spezifischen T-Zell-Rezeptors erfolgen, wodurch spezifische T-Lymphozyten identifiziert werden können.The for one Proof or for a determination or monitoring used polynucleotide probe, antibody, protein or peptide or the cells are preferably detectably labeled. In particular embodiments the detectable marker is a radioactive marker or an enzyme marker. The detection of T-lymphocytes can additionally by proof of their Proliferation, its cytokine production, as well as its cytotoxic Activity, by the specific stimulation with the complex of MHC and Tumor-associated antigen or parts thereof is triggered. The detection of T-lymphocytes may also be by a recombinant MHC molecule or also a complex of several MHC molecules, which correspond to the respective one immunogenic fragment from one or more of the tumor-associated Antigens are loaded, and by contacting the specific T cell receptor done, creating specific T-lymphocytes can be identified.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Behandlung, Diagnose oder Überwachung einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, umfassend die Verabreichung eines Antikörpers, der an das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon bindet und mit einem therapeutischen oder diagnostischen Mittel oder Stoff gekoppelt ist. Der Antikörper kann ein monoklonaler Antikörper sein. In weiteren Ausführungsformen ist der Antikörper ein chimärer oder humanisierter Antikörper oder ein Fragment eines natürlichen Antikörpers.In In another aspect, the invention relates to a method of treatment, Diagnosis or monitoring a disorder characterized by expression or abnormal expression an inventively identified Tumor-associated antigen, comprising the administration an antibody, which binds to the tumor-associated antigen or a part thereof and coupled with a therapeutic or diagnostic agent or substance is. The antibody can be a monoclonal antibody be. In further embodiments is the antibody a chimera or humanized antibody or a fragment of a natural one Antibody.
Die Erfindung betrifft auch ein Verfahren zur Behandlung eines Patienten mit einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, umfassend (i) die Entfernung einer Probe mit immunreaktiven Zellen aus dem Patienten, (ii) die Kontaktierung der Probe mit einer Wirtszelle, die das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon exprimiert, unter Bedingungen, die eine Produktion cytolytischer T-Zellen gegen das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon begünstigen, und (iii) das Einbringen der cytolytischen T-Zellen in den Patienten in einer Menge, die geeignet ist, Zellen zu lysieren, die das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon exprimieren. Die Erfindung betrifft ebenfalls die Klonierung des T-Zell-Rezeptors von cytolytischen T-Zellen gegen das Tumor-assoziierte Antigen. Dieser kann in andere T-Zellen transferiert werden, die damit die erwünschte Spezifität erhalten und wie unter (iii) in den Patienten eingebracht werden können.The The invention also relates to a method for treating a patient with a disorder characterized by expression or abnormal Expression of an inventively identified Tumor-associated antigen comprising (i) the removal a sample with immunoreactive cells from the patient, (ii) the Contacting the sample with a host cell containing the tumor-associated antigen or part of it expressed under conditions that produce cytolytic T cells against the tumor-associated antigen or favor a part of it, and (iii) introducing the cytolytic T cells into the patient in an amount that is suitable to lyse cells containing the tumor-associated antigen or a part express it. The invention also relates to cloning of the T-cell receptor of cytolytic T-cells against the tumor-associated Antigen. This can be transferred to other T cells, the with it the desired specificity and introduced into the patient as in (iii) can.
In einer Ausführungsform exprimiert die Wirtszelle ein HLA-Molekül endogen. In einer weiteren Ausführungsform exprimiert die Wirtszelle ein HLA-Molekül und/oder das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon rekombinant. Vorzugsweise ist die Wirtszelle nicht proliferativ. In einer bevorzugten Ausführungsform ist die Wirtszelle eine Antigen-präsentierende Zelle, insbesondere eine dendritische Zelle, ein Monozyt oder ein Makrophage.In an embodiment the host cell expresses an endogenous HLA molecule. In another embodiment the host cell expresses an HLA molecule and / or the tumor-associated antigen or the part thereof recombinant. Preferably, the host cell not proliferative. In a preferred embodiment, the host cell is an antigen-presenting Cell, in particular a dendritic cell, a monocyte or a Macrophage.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Behandlung eines Patienten mit einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, umfassend (i) die Identifizierung einer für ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen kodierenden Nukleinsäure, die von Zellen exprimiert wird, die mit der Erkrankung assoziiert sind, (ii) die Transfektion einer Wirtszelle mit der Nukleinsäure oder einem Teil davon, (iii) die Kultivierung der transfizierten Wirtszelle für eine Expression der Nukleinsäure (dies ist bei Erreichen einer hohen Transfektionsrate nicht obligat) und (iv) das Einbringen der Wirtszellen oder eines Extrakts davon in den Patienten in einer Menge, die geeignet ist, die Immunreaktion gegen die Zellen des Patienten, die mit der Erkrankung assoziiert sind, zu erhöhen. Das Verfahren kann ferner die Identifizierung eines MHC-Moleküls, das das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon präsentiert, umfassen, wobei die Wirtszelle das identifizierte MHC-Molekül exprimiert und das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon präsentiert. Die Immunreaktion kann eine B-Zellen-Reaktion oder eine T-Zellen-Reaktion umfassen. Des weiteren kann eine T-Zellen-Reaktion die Produktion von cytolytischen T-Zellen und/oder Helfer-T-Zellen umfassen, die spezifisch für die Wirtszellen sind, die das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon präsentieren oder spezifisch für Zellen des Patienten sind, die das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon exprimieren.In In another aspect, the invention relates to a method of treatment of a patient with a disease that is manifested by expression or abnormal expression of a tumor-associated Antigen (s) comprising (i) the identification of a tumor-associated one identified according to the invention Antigen-encoding nucleic acid, which is expressed by cells associated with the disease (ii) the transfection of a host cell with the nucleic acid or part thereof; (iii) culturing the transfected host cell for expression the nucleic acid (this is not obligatory when reaching a high transfection rate) and (iv) introducing the host cells or an extract thereof into the patient in an amount that is appropriate to the immune response against the cells of the patient associated with the disease are to increase. The method may further include the identification of an MHC molecule, the presenting the tumor-associated antigen or a part thereof, wherein the host cell expresses the identified MHC molecule and presenting the tumor-associated antigen or part thereof. The immune response may be a B-cell response or a T-cell response include. Furthermore, a T cell reaction can stop production cytolytic T cells and / or helper T cells comprising specific for the host cells are the tumor-associated antigen or a Present part of it or specific to Cells of the patient are the tumor-associated antigen or express a part of it.
Die Erfindung betrifft auch ein Verfahren zur Behandlung einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, umfassend (i) die Identifikation von Zellen aus dem Patienten, die abnormale Mengen des Tumor-assoziierten Antigens exprimieren, (ii) die Isolierung einer Probe der Zellen, (iii) die Kultivierung der Zellen und (iv) das Einbringen der Zellen in den Patienten in einer Menge, die geeignet ist, eine Immunreaktion gegen die Zellen auszulösen.The Invention also relates to a method for treating a disease, which are identified by the expression or abnormal expression of an inventively identified Tumor-associated Antigen, comprising (i) the identification of cells from the patient, the abnormal amounts of the tumor-associated antigen (ii) the isolation of a sample of the cells, (iii) the Cultivating the cells; and (iv) introducing the cells into the cells Patients in an amount that is appropriate to an immune response to trigger the cells.
Vorzugsweise sind die erfindungsgemäß verwendeten Wirtszellen nicht proliferativ oder werden nicht proliferativ gemacht. Eine Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, ist insbesondere Krebs.Preferably, the host cells used according to the invention are not proliferative or are not made proliferative. A disease characterized by the expression or abnormal expression of a tumor-associated antigen, is especially cancer.
Des weiteren betrifft die vorliegende Erfindung eine Nukleinsäure, die aus der Gruppe ausgewählt ist bestehend aus (a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe ausgewählt ist bestehend aus SEQ ID NO: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 29, 33, 37, 41, 45, 49, 53, 57, 61, 65, 69, 73, 77, 81, 85, 89, 93, 97, 101, 105, 109, 113, 117, 121, 125, 129, 133, 137, 141, 145, 149, 153, 157, 161, 165, 169, 173, 175, 179, 183, 187, 191, 195, 199, 203, 207, 211, 215, 219, 223, 227, 231, 235, 239, 243, 247, 251, 255, 259, 263, 267, 269, 271, 273, 275, 277, 279, 309 des Sequenzprotokolls, einem Teil oder Derivat davon, (b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert, (c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist, und (d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist. Des weiteren betrifft die Erfindung eine Nukleinsäure, die für ein Protein oder Polypeptid kodiert, das eine Aminosäuresequenz umfasst, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 30, 34, 38, 42, 46, 50, 54, 58, 62, 66, 70, 74, 78, 82, 86, 90, 94, 98, 102, 106, 110, 114, 118, 122, 126, 130, 134, 138, 142, 146, 150, 154, 158, 162, 166, 170, 174, 176, 180, 184, 188, 192, 196, 200, 204, 208, 212, 216, 220, 224, 228, 232, 236, 240, 244, 248, 252, 256, 260, 264, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280 bis 308, 310 des Sequenzprotokolls, einem Teil oder Derivat davon.Of Furthermore, the present invention relates to a nucleic acid, the selected from the group is composed of (a) a nucleic acid containing a nucleic acid sequence which is selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 29, 33, 37, 41, 45, 49, 53, 57, 61, 65, 69, 73, 77, 81, 85, 89, 93, 97, 101, 105, 109, 113, 117, 121, 125, 129, 133, 137, 141, 145, 149, 153, 157, 161, 165, 169, 173, 175, 179, 183, 187, 191, 195, 199, 203, 207, 211, 215, 219, 223, 227, 231, 235, 239, 243, 247, 251, 255, 259, 263, 267, 269, 271, 273, 275, 277, 279, 309 of the Sequence Listing, a part or derivative thereof, (b) a nucleic acid, under stringent conditions with the nucleic acid under (a) hybridizes, (c) a nucleic acid which, with respect to the nucleic acid, under (a) or (b) is degenerate, and (d) a nucleic acid which to the nucleic acid under (a), (b) or (c) is complementary. Furthermore it concerns the invention a nucleic acid, the for a Protein or polypeptide comprising an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 30, 34, 38, 42, 46, 50, 54, 58, 62, 66, 70, 74, 78, 82, 86, 90, 94, 98, 102, 106, 110, 114, 118, 122, 126, 130, 134, 138, 142, 146, 150, 154, 158, 162, 166, 170, 174, 176, 180, 184, 188, 192, 196, 200, 204, 208, 212, 216, 220, 224, 228, 232, 236, 240, 244, 248, 252, 256, 260, 264, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280 to 308, 310 the sequence listing, a part or derivative thereof.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung Promotorsequenzen von erfindungsgemäßen Nukleinsäuren. Diese können funktionell mit einem anderen Gen vorzugsweise in einem Expressionsvektor verbunden werden, und somit die selektive Expression dieses Gens in entsprechenden Zellen gewährleisten.In In another aspect, the invention relates to promoter sequences of Nucleic acids according to the invention. These can functional with another gene, preferably in an expression vector and thus the selective expression of this gene in appropriate cells.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung ein rekombinantes Nukleinsäuremolekül, insbesondere DNA- oder RNA-Molekül, das eine erfindungsgemäße Nukleinsäure umfasst.In In another aspect, the invention relates to a recombinant nucleic acid molecule, in particular DNA or RNA molecule, which comprises a nucleic acid according to the invention.
Die Erfindung betrifft auch Wirtszellen, die eine erfindungsgemäße Nukleinsäure oder ein rekombinantes Nukleinsäuremolekül, das eine erfindungsgemäße Nukleinsäure umfasst, enthalten.The The invention also relates to host cells comprising a nucleic acid according to the invention or a recombinant nucleic acid molecule having a Nucleic acid according to the invention comprises, contain.
Die Wirtszelle kann ferner eine Nukleinsäure umfassen, die für ein HLA-Molekül kodiert. In einer Ausführungsform exprimiert die Wirtszelle das HLA-Molekül endogen. In einer weiteren Ausführungsform exprimiert die Wirtszelle das HLA-Molekül und/oder die erfindungsgemäße Nukleinsäure oder einen Teil davon rekombinant. Vorzugsweise ist die Wirtszelle nicht proliferativ. In einer bevorzugten Ausführungsform ist die Wirtszelle eine Antigen-präsentierende Zelle, insbesondere eine dendritische Zelle, ein Monozyt oder ein Makrophage.The The host cell may further comprise a nucleic acid encoding an HLA molecule. In one embodiment the host cell expresses the HLA molecule endogenously. In another embodiment the host cell expresses the HLA molecule and / or the nucleic acid according to the invention or a Part of it recombinant. Preferably, the host cell is not proliferative. In a preferred embodiment the host cell is an antigen-presenting cell, in particular a dendritic cell, a monocyte or a macrophage.
In einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung Oligonukleotide, die mit einer erfindungsgemäß identifizierten Nukleinsäure hybridisieren und als genetische Sonden oder als "Antisense"-Moleküle verwendet werden können. Nukleinsäuremoleküle in der Form von Oligonukleotid-Primern oder kompetenten Proben, die mit einer erfindungsgemäß identifizierten Nukleinsäure oder Teilen davon hybridisieren, können zum Auffinden von Nukleinsäuren verwendet werden, die zu der erfindungsgemäß identifizierten Nukleinsäure homolog sind. PCR-Amplifikation, Southern- und Northern-Hybridisierung können zum Auffinden homologer Nukleinsäuren eingesetzt werden. Die Hybridisierung kann unter niedrig-, besser unter mittel- und am besten unter hoch-stringenten Bedingungen erfolgen. Der Begriff „stringente Bedingungen" betrifft erfindungsgemäß Bedingungen, die eine spezifische Hybridisierung zwischen Polynukleotiden erlauben.In a further embodiment The invention relates to oligonucleotides which are identified with an inventively identified nucleic acid hybridize and used as genetic probes or as "antisense" molecules can be. Nucleic acid molecules in the Form of oligonucleotide primers or competent samples with an inventively identified nucleic acid or parts thereof can be used to detect nucleic acids which are identified according to the invention nucleic acid are homologous. PCR amplification, Southern and Northern hybridization can to Find homologous nucleic acids be used. Hybridization may be lower, better under medium and best under highly stringent conditions. The term "stringent Conditions " according to the invention conditions allow specific hybridization between polynucleotides.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung ein Protein, Polypeptid oder Peptid, das von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist bestehend aus (a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NO: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 29, 33, 37, 41, 45, 49, 53, 57, 61, 65, 69, 73, 77, 81, 85, 89, 93, 97, 101, 105, 109, 113, 117, 121, 125, 129, 133, 137, 141, 145, 149, 153, 157, 161, 165, 169, 173, 175, 179, 183, 187, 191, 195, 199, 203, 207, 211, 215, 219, 223, 227, 231, 235, 239, 243, 247, 251, 255, 259, 263, 267, 269, 271, 273, 275, 277, 279, 309 des Sequenzprotokolls einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist, (b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert, (c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist, und (d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist. In einer bevorzugten Ausführungsform betrifft die Erfindung ein Protein oder Polypeptid, das eine Aminosäuresequenz umfasst, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 30, 34, 38, 42, 46, 50, 54, 58, 62, 66, 70, 74, 78, 82, 86, 90, 94, 98, 102, 106, 110, 114, 118, 122, 126, 130, 134, 138, 142, 146, 150, 154, 158, 162, 166, 170, 174, 176, 180, 184, 188, 192, 196, 200, 204, 208, 212, 216, 220, 224, 228, 232, 236, 240, 244, 248, 252, 256, 260, 264, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280 bis 308, 310 des Sequenzprotokolls, einem Teil oder Derivat davon.In In another aspect, the invention relates to a protein, polypeptide or peptide encoded by a nucleic acid derived from the Group selected is composed of (a) a nucleic acid containing a nucleic acid sequence consisting of the group consisting of SEQ ID NO: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 29, 33, 37, 41, 45, 49, 53, 57, 61, 65, 69, 73, 77, 81, 85, 89, 93, 97, 101, 105, 109, 113, 117, 121, 125, 129, 133, 137, 141, 145, 149, 153, 157, 161, 165, 169, 173, 175, 179, 183, 187, 191, 195, 199, 203, 207, 211, 215, 219, 223, 227, 231, 235, 239, 243, 247, 251, 255, 259, 263, 267, 269, 271, 273, 275, 277, 279, 309 of the Sequence Listing a part or derivative thereof, (b) a nucleic acid, under stringent conditions with the nucleic acid under (a) hybridizes, (c) a nucleic acid which, with respect to the nucleic acid, under (a) or (b) is degenerate, and (d) a nucleic acid which to the nucleic acid under (a), (b) or (c) is complementary. In a preferred embodiment For example, the invention relates to a protein or polypeptide having an amino acid sequence includes, selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 30, 34, 38, 42, 46, 50, 54, 58, 62, 66, 70, 74, 78, 82, 86, 90, 94, 98, 102, 106, 110, 114, 118, 122, 126, 130, 134, 138, 142, 146, 150, 154, 158, 162, 166, 170, 174, 176, 180, 184, 188, 192, 196, 200, 204, 208, 212, 216, 220, 224, 228, 232, 236, 240, 244, 248, 252, 256, 260, 264, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280 to 308, 310 the sequence listing, a part or derivative thereof.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung ein immunogenes Fragment eines erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens. Das Fragment bindet vorzugsweise an einen menschlichen HLA-Rezeptor oder menschlichen Antikörper. Vorzugsweise umfasst ein erfindungsgemäßes Fragment eine Sequenz von mindestens 6, insbesondere mindestens 8, mindestens 10, mindestens 12, mindestens 15, mindestens 20, mindestens 30 oder mindestens 50 Aminosäuren.In a further aspect, the invention relates to an immunogenic fragment of a tumor-associated antigen identified according to the invention. The fragment preferably binds to a human HLA receptor or human An tikörper. A fragment according to the invention preferably comprises a sequence of at least 6, in particular at least 8, at least 10, at least 12, at least 15, at least 20, at least 30 or at least 50 amino acids.
In diesem Aspekt betrifft die Erfindung insbesondere ein Peptid, das eine Sequenz, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NO: 282-308, einem Teil oder Derivat davon aufweist oder umfasst.In In this aspect, the invention relates in particular to a peptide which a sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 282-308, a part or derivative thereof or comprises.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung ein Mittel, das an ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen oder an einen Teil davon bindet. In einer bevorzugten Ausführungsform ist das Mittel ein Antikörper. In weiteren Ausführungsformen ist der Antikörper ein chimärer, ein humanisierter oder mit kombinatorischen Techniken hergestellte Antikörper oder ein Fragment eines Antikörpers. Des weiteren betrifft die Erfindung einen Antikörper, der selektiv an einen Komplex aus (i) einem erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon und (ii) einem MHC-Molekül bindet, an das das erfindungsgemäß identifizierte Tumor-assoziierte Antigen oder der Teil davon bindet, wobei der Antiköper nicht alleine an (i) oder (ii) bindet. Ein erfindungsgemäßer Antikörper kann ein monoklonaler Antikörper sein. In weiteren Ausführungsformen ist der Antikörper ein chimärer oder humanisierter Antikörper oder ein Fragment eines natürlichen Antikörpers.In In another aspect, the invention relates to a means that an inventively identified Tumor-associated antigen or to a part thereof binds. In a preferred embodiment the agent is an antibody. In further embodiments is the antibody a chimera, a humanized or combinatorial technique antibody or a fragment of an antibody. Furthermore, the invention relates to an antibody which selectively binds to a Complex of (i) a tumor-associated antigen identified according to the invention or a part thereof and (ii) an MHC molecule to which the invention identified Tumor-associated antigen or the part thereof binds, wherein the antibodies does not bind to (i) or (ii) alone. An antibody according to the invention can a monoclonal antibody be. In further embodiments is the antibody a chimera or humanized antibody or a fragment of a natural one Antibody.
Des weiteren betrifft die Erfindung ein Konjugat zwischen einem erfindungsgemäßen Mittel, das an ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen oder an einen Teil davon bindet, oder einem erfindungsgemäßen Antikörper und einem therapeutischen oder diagnostischen Mittel oder Stoff. In einer Ausführungsform ist das therapeutische oder diagnostische Mittel ein Toxin.Of Furthermore, the invention relates to a conjugate between a composition according to the invention, that to an inventively identified Tumor-associated antigen or binds to a part thereof, or one antibodies of the invention and a therapeutic or diagnostic agent or substance. In an embodiment the therapeutic or diagnostic agent is a toxin.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung einen Kit zum Nachweis der Expression oder abnormalen Expression eines erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens, umfassend Mittel zum Nachweis (i) der Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, oder eines Teils davon, (ii) des Tumor-assoziierten Antigens oder eines Teils davon, (iii) von Antikörpern, die an das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon binden, und/oder (iv) von T-Zellen, die für einen Komplex zwischen dem Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon und einem MHC-Molekül spezifisch sind. In einer Ausführungsform sind die Mittel zum Nachweis der Nukleinsäure oder des Teils davon Nukleinsäuremoleküle für die selektive Amplifikation der Nukleinsäure, die insbesondere eine Sequenz von 6-50, insbesondere 10-30, 15-30 oder 20-30 zusammenhängenden Nukleotiden aus der Nukleinsäure umfassen.In In another aspect, the invention relates to a kit for detection the expression or abnormal expression of an inventively identified Tumor-associated antigen comprising means for detecting (i) the Nucleic acid, the for the tumor-associated antigen encodes, or a part thereof, (ii) the tumor-associated antigen or a part thereof, (iii) of antibodies which bind to the tumor-associated antigen or a part thereof, and / or (iv) T cells responsible for a complex between the Tumor-associated antigen or a part thereof and an MHC molecule are specific. In one embodiment For example, the means for detecting the nucleic acid or portion thereof are nucleic acid molecules for the selective one Amplification of the nucleic acid, in particular a sequence of 6-50, especially 10-30, 15-30 or 20-30 contiguous Nucleotides from the nucleic acid include.
Detaillierte Beschreibung der Erfindungdetailed Description of the invention
Erfindungsgemäß werden Gene beschrieben, die in Tumorzellen selektiv exprimiert oder aberrant exprimiert werden und Tumor-assoziierte Antigene darstellen.According to the invention Genes that are selectively expressed or aberrant in tumor cells expressed and represent tumor-associated antigens.
Erfindungsgemäß sind diese Gene und/oder deren Genprodukte und/oder ihre Derivate und/oder Teile bevorzugte Zielstrukturen für therapeutische Ansätze. Konzeptionell können die therapeutischen Ansätze auf eine Hemmung der Aktivität des selektiv exprimierten Tumor-assoziierten Genproduktes zielen. Dies ist dann sinnvoll, wenn die aberrante respektive selektive Expression funktionell von tumorpathogenetischer Bedeutung ist und ihre Unterbindung mit einer selektiven Schädigung der entsprechenden Zellen einhergeht. Andere therapeutische Konzepte betrachten Tumor-assoziierte Antigene als Markierungen, die Effektormechanismen mit zellschädigendem Potential selektiv zu Tumorzellen rekrutieren. Hierbei ist die Funktion des Zielmoleküls selbst und seine Rolle bei der Tumorentstehung vollkommen unerheblich.According to the invention these are Genes and / or their gene products and / or their derivatives and / or parts preferred target structures for therapeutic approaches. Conceptually, you can the therapeutic approaches on an inhibition of activity of the selectively expressed tumor-associated gene product. This is useful if the aberrant or selective Expression is functionally of tumor pathogenetic importance and their ligation with a selective damage to the corresponding cells accompanied. Other therapeutic concepts consider tumor-associated Antigens as markers, the effector mechanisms with cell damaging Recruit potential selectively to tumor cells. Here is the function of the target molecule itself and its role in tumorigenesis completely irrelevant.
Mit „Derivat" einer Nukleinsäure ist erfindungsgemäß gemeint, dass einzelne oder multiple Nukleotidsubstitutionen, -deletionen und/oder -additionen in der Nukleinsäure vorliegen. Weiterhin umfasst der Begriff „Derivat" auch eine chemische Derivatisierung einer Nukleinsäure an einer Nukleotidbase, am Zucker oder am Phosphat eines Nukleotids. Der Begriff „Derivat" umfasst auch Nukleinsäuren, die nicht in der Natur vorkommende Nukleotide und Nukleotidanaloga enthalten.With "derivative" of a nucleic acid according to the invention that single or multiple nucleotide substitutions, deletions and / or additions in the nucleic acid. Furthermore includes the term "derivative" is also a chemical Derivatization of a nucleic acid at a nucleotide base, at the sugar or at the phosphate of a nucleotide. Of the The term "derivative" also includes nucleic acids that contain non-naturally occurring nucleotides and nucleotide analogs.
Eine Nukleinsäure ist erfindungsgemäß vorzugsweise Desoxyribonukleinsäure (DNA) oder Ribonukleinsäure (RNA). Nukleinsäuren umfassen erfindungsgemäß genomische DNA, cDNA, mRNA, rekombinant hergestellte und chemisch synthetisierte Moleküle. Eine Nukleinsäure kann erfindungsgemäß als einzelsträngiges oder doppelsträngiges und lineares oder kovalent kreisförmig geschlossenes Molekül vorliegen.A nucleic acid is preferred according to the invention deoxyribonucleic acid (DNA) or ribonucleic acid (RNA). nucleic acids include genomic according to the invention DNA, cDNA, mRNA, recombinantly produced and chemically synthesized molecules. A nucleic acid can according to the invention as a single-stranded or double and linear or covalently circular closed molecule.
Die erfindungsgemäß beschriebenen Nukleinsäuren sind vorzugsweise isoliert. Der Begriff „isolierte Nukleinsäure" bedeutet erfindungsgemäß, dass die Nukleinsäure (i) in vitro amplifiziert wurde, zum Beispiel durch Polymerase-Kettenreaktion (PCR), (ii) rekombinant durch Klonierung produziert wurde, (iii) gereinigt wurde, zum Beispiel durch Spaltung und gelelektrophoretische Auftrennung, oder (iv) synthetisiert wurde, zum Beispiel durch chemische Synthese. Eine isolierte Nukleinsäure ist eine Nukleinsäure, die für eine Manipulierung durch rekombinante DNA-Techniken zur Verfügung steht.The described according to the invention nucleic acids are preferably isolated. The term "isolated nucleic acid" means according to the invention that the nucleic acid (i) was amplified in vitro, for example by polymerase chain reaction (PCR), (ii) was produced recombinantly by cloning, (iii) purified was, for example, by cleavage and gel electrophoretic separation, or (iv) has been synthesized, for example by chemical synthesis. An isolated nucleic acid is a nucleic acid that for one Manipulation by recombinant DNA techniques is available.
Eine Nukleinsäure ist dann zu einer anderen Nukleinsäure „komplementär", wenn die beiden Sequenzen miteinander hybridisieren und ein stabiles Duplexmolekül eingehen können, wobei die Hybridisierung vorzugsweise unter Bedingungen erfolgt, die eine spezifische Hybridisierung zwischen Polynukleotiden erlauben (stringente Bedingungen). Stringente Bedingungen sind beispielsweise in Molecular Cloning: A Laboratory Manual, J. Sambrook et al., Hrsg., 2. Auflage, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989, oder Current Protocols in Molecular Biology, F.M. Ausubel et al., Hrsg., John Wiley & Sons, Inc., New York beschrieben und betreffen beispielsweise die Hybridisierung bei 65°C in Hybridisierungspuffer (3,5 × SSC, 0,02% Ficoll, 0,02% Polyvinylpyrrolidon, 0,02% Rinderserumalbumin, 2,5 mM NaH2PO4 (pH 7), 0,5% SDS, 2 mM EDTA). SSC ist eine Lösung mit jeweils 0,15 M Natriumchlorid und Natriumcitrat, pH 7. Nach der Hybridisierung wird die Membran, auf die die DNA übertragen wurde, beispielsweise in 2 × SSC bei Raumtemperatur und sodann in 0,1 – 0,5 × SSC/0,1 × SDS bei Temperaturen bis 68°C gewaschen.One nucleic acid is then another Nucleic acid "complementary" if the two sequences hybridize with one another and can form a stable duplex molecule, the hybridization preferably taking place under conditions allowing specific hybridization between polynucleotides (stringent conditions) Stringent conditions are described, for example, in Molecular Cloning: A Laboratory Manual, J. Sambrook et al., Eds., 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989, or Current Protocols in Molecular Biology, FM Ausubel et al., Eds., John Wiley & Sons, Inc., New York, and refer, for example, to hybridization at 65 ° C in hybridization buffer (3.5x SSC, 0.02% Ficoll, 0.02% polyvinylpyrrolidone, 0.02% bovine serum albumin, 2.5mM NaH 2 PO 4 (pH 7), 0.5% SDS, 2 mM EDTA.) SSC is a solution of 0.15 M sodium chloride and sodium citrate, pH 7, respectively. After hybridization, the membrane to which DNA has been transferred becomes, for example, 2 × SDS 0.5 × SSC / 0.1 at temperatures up to 68 ° C - SSC at room temperature and then in 0.1.
Komplementäre Nukleinsäuren weisen erfindungsgemäß mindestens 40%, insbesondere mindestens 50%, mindestens 60%, mindestens 70%, mindestens 80%, mindestens 90% und vorzugsweise mindestens 95%, mindestens 98% oder mindestens 99% Identität der Nukleotide auf.Have complementary nucleic acids at least according to the invention 40%, in particular at least 50%, at least 60%, at least 70%, at least 80%, at least 90% and preferably at least 95%, at least 98% or at least 99% identity the nucleotides.
Nukleinsäuren, die für Tumor-assoziierte Antigene kodieren, können erfindungsgemäß alleine oder in Kombination mit anderen Nukleinsäuren, insbesondere heterologen Nukleinsäuren, vorliegen. In bevorzugten Ausführungsformen liegt eine Nukleinsäure funktionell in Verbindung mit Expressionskontrollsequenzen oder regulatorischen Sequenzen vor, die in Bezug zu der Nukleinsäure homolog oder heterolog sein können. Eine kodierende Sequenz und eine regulatorische Sequenz sind dann „funktionell" miteinander verbunden, falls sie derart kovalent miteinander verknüpft sind, dass die Expression oder Transkription der kodierenden Sequenz unter der Kontrolle oder unter dem Einfluss der regulatorischen Sequenz steht. Falls die kodierende Sequenz in ein funktionelles Protein translatiert werden soll, führt bei einer funktionellen Verbindung einer regulatorischen Sequenz mit der kodierenden Sequenz eine Induktion der regulatorischen Sequenz zu einer Transkription der kodierenden Sequenz, ohne dass es zu einer Leserasterverschiebung in der kodierenden Sequenz oder zu einem Unvermögen der kodierenden Sequenz kommt, in das gewünschte Protein oder Peptid translatiert zu werden.Nucleic acids that for tumor-associated Encode antigens alone or according to the invention in combination with other nucleic acids, in particular heterologous nucleic acids, available. In preferred embodiments is a nucleic acid functionally in conjunction with expression control sequences or regulatory sequences that are homologous with respect to the nucleic acid or heterologous. A coding sequence and a regulatory sequence are then "functionally" linked together, if they are covalently linked such that expression or transcription of the coding sequence under control or under the influence of the regulatory sequence. if the coding sequence are translated into a functional protein should, leads in a functional connection of a regulatory sequence with the coding sequence an induction of the regulatory sequence to transcribe the coding sequence without causing it a frame shift in the coding sequence or to an inability the coding sequence is translated into the desired protein or peptide to become.
Der Begriff „Expressionskontrollsequenz" oder „regulatorische Sequenz" umfasst erfindungsgemäß Promotoren, Enhancer und andere Kontrollelemente, die die Expression eines Gens steuern. In bestimmten erfindungsgemäßen Ausführungsformen sind die Expressionskontrollsequenzen regulierbar. Die genaue Struktur von regulatorischen Sequenzen kann speziesabhängig oder zelltypusabhängig variieren, umfasst jedoch im allgemeinen 5'-nicht-transkribierte und 5'-nicht-translatierte Sequenzen, die an der Initiation der Transkription bzw. Translation beteiligt sind wie TATA-Box, Capping-Sequenz, CAAT-Sequenz und ähnliches. Insbesondere umfassen 5'-nicht-transkribierte Regulationssequenzen eine Promotorregion, die eine Promotorsequenz für eine transkriptionelle Kontrolle des funktionell verbundenen Gens einschließt. Regulatorische Sequenzen können auch Enhancer-Sequenzen oder stromaufwärts gelegene Aktivatorsequenzen umfassen.Of the Term "expression control sequence" or "regulatory Sequence "includes according to the invention promoters, Enhancers and other controls that control the expression of a gene Taxes. In certain embodiments of the invention, the expression control sequences are adjustable. The exact structure of regulatory sequences can be species dependent or cell type dependent but generally includes 5'-untranscribed and 5'-untranslated Sequences involved in the initiation of transcription or translation involved are like TATA box, capping sequence, CAAT sequence and the like. In particular, 5'-non-transcribed ones Regulatory sequences a promoter region containing a promoter sequence for a transcriptional Includes control of the functionally linked gene. regulatory Sequences can also enhancer sequences or upstream include activator sequences.
Zum einen können also die hier dargestellten Tumorassoziierten Antigene mit beliebigen Expressionskontrollsequenzen und Promotoren kombiniert werden. Zum anderen aber können erfindungsgemäß die Promotoren der hier dargestellten Tumor-assoziierten Genprodukte mit beliebigen anderen Genen kombiniert werden. Dies erlaubt, die selektive Aktivität dieser Promotoren zu nutzen.To the one can So the tumor associated antigens shown here with any Expression control sequences and promoters are combined. To the but others can According to the promoters the tumor-associated gene products shown here with any other genes are combined. This allows the selective activity of this To use promoters.
Des weiteren kann eine Nukleinsäure erfindungsgemäß in Verbindung mit einer anderen Nukleinsäure vorliegen, die für ein Polypeptid kodiert, das eine Sekretion des durch die Nukleinsäure kodierten Proteins oder Polypeptids aus einer Wirtszelle steuert. Auch kann eine Nukleinsäure erfindungsgemäß in Verbindung mit einer anderen Nukleinsäure vorliegen, die für ein Polypeptid kodiert, das eine Verankerung des kodierten Proteins oder Polypeptids auf der Zellmembran der Wirtszelle oder seine Kompartimentalisierung in bestimmte Organellen dieser Zelle herbeiführt. Gleichermaßen kann eine Verbindung mit einer Nukleinsäure erfolgen, die ein Reportergen oder einen beliebigen „Tag" darstellt.Of another may be a nucleic acid according to the invention in conjunction with another nucleic acid present for a polypeptide encoding a secretion of the protein encoded by the nucleic acid or polypeptide from a host cell. Also, a nucleic acid according to the invention in combination with another nucleic acid present for encodes a polypeptide anchoring the encoded protein or polypeptide on the cell membrane of the host cell or its compartmentalization into certain organelles of this cell. Likewise connect to a nucleic acid containing a reporter gene or represents any "day".
In einer bevorzugten Ausführungsform ist ein rekombinantes DNA-Molekül erfindungsgemäß ein Vektor, gegebenenfalls mit einem Promotor, der die Expression einer Nukleinsäure, z.B. einer Nukleinsäure, die für eine erfindungsgemäßes Tumor-assoziiertes Antigen kodiert, steuert. Der Begriff „Vektor" wird dabei in seiner allgemeinsten Bedeutung verwendet und umfasst jegliche intermediären Vehikel für eine Nukleinsäure, die es z.B. ermöglichen, die Nukleinsäure in prokaryontische und/oder in eukaryontische Zellen einzubringen und gegebenenfalls in ein Genom zu integrieren. Solche Vektoren werden vorzugsweise in der Zelle repliziert und/oder exprimiert. Ein intermediäres Vehikel kann z.B. für den Gebrauch bei der Elektroporation, beim Mikroprojektilbeschuss, bei der liposomalen Verabreichung, beim Transfer mit Hilfe von Agrobakterien oder bei der Insertion über DNA- oder RNA-Viren angepasst sein. Vektoren umfassen Plasmide, Phagemide, Bacteriophage oder Virusgenome.In a preferred embodiment is a recombinant DNA molecule According to the invention, a vector, optionally with a promoter which promotes expression of a nucleic acid, e.g. a nucleic acid, the for an inventive tumor-associated Antigen encodes controls. The term "vector" is used in its most general Meaning uses and includes any intermediate vehicle for a nucleic acid, the it e.g. enable, the nucleic acid in prokaryotic and / or eukaryotic cells and, if appropriate, to integrate into a genome. Such vectors are preferably replicated and / or expressed in the cell. An intermediary Vehicle may e.g. For use in electroporation, in microprojectile bombardment, in liposomal administration, when transferred by Agrobacteria or at the insertion over DNA or RNA viruses be adjusted. Vectors include plasmids, phagemids, bacteriophages or virus genomes.
Die Nukleinsäuren, die für ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen kodieren, können für eine Transfektion von Wirtszellen eingesetzt werden. Mit Nukleinsäuren ist dabei sowohl rekombinante DNA wie auch RNA gemeint. Rekombinante RNA kann durch in vitro-Transkription von einer DNA-Matritze hergestellt werden. Sie kann des weiteren vor Applikation durch stabilisierende Sequenzen, Capping und Poly-Adenylierung modifiziert werden.The nucleic acids, the for an inventively identified Tumor-associated antigen encoding can be used for transfection of host cells be used. With nucleic acids is meant both recombinant DNA as well as RNA. recombinant RNA can be produced by in vitro transcription from a DNA template become. It can further stabilize before application by Sequences, capping and polyadenylation are modified.
Der Begriff „Wirtszelle" betrifft erfindungsgemäß jede Zelle, die mit einer exogenen Nukleinsäure transformierbar oder transfizierbar ist. Der Begriff „Wirtszellen" umfasst erfindungsgemäß prokaryontische (z.B. E. coli) oder eukaryontische (z.B. dendritische Zellen, B-Zellen, CHO-Zellen, COS-Zellen, K562-Zellen, Hefezellen und Insektenzellen). Besonders bevorzugt sind Säugerzellen wie Zellen aus Mensch, Maus, Hamster, Schwein, Ziege und Primaten. Die Zellen können aus einer Vielzahl von Gewebetypen abgeleitet sein und umfassen primäre Zellen und Zelllinien. Spezifische Beispiele umfassen Keratinozyten, periphere Blutleukozyten, Stammzellen des Knochenmarks und embryonale Stammzellen. In weiteren Ausführungsformen ist die Wirtszelle eine Antigen-präsentierende Zelle, insbesondere eine dendritische Zelle, ein Monozyt oder Makrophage. Eine Nukleinsäure kann in der Wirtszelle in einer einzigen oder in mehreren Kopien vorliegen und wird in einer Ausführungsform in der Wirtszelle exprimiert.Of the Term "host cell" refers to any cell according to the invention, which can be transformed with an exogenous nucleic acid or transfectable. The term "host cells" according to the invention comprises prokaryotic (e.g., E. coli) or eukaryotic (e.g., dendritic cells, B cells, CHO cells, COS cells, K562 cells, yeast cells and insect cells). Particularly preferred are mammalian cells like cells of human, mouse, hamster, pig, goat and primate. The cells can be derived from a variety of tissue types and include primary Cells and cell lines. Specific examples include keratinocytes, peripheral blood leukocytes, bone marrow stem cells and embryonic Stem cells. In further embodiments the host cell is an antigen-presenting cell, in particular a dendritic cell, a monocyte or macrophage. A nucleic acid can present in the host cell in a single or multiple copies and is in one embodiment expressed in the host cell.
Der Begriff "Expression" wird erfindungsgemäß in seiner allgemeinsten Bedeutung verwendet und umfasst die Produktion von RNA oder von RNA und Protein. Er umfasst auch eine teilweise Expression von Nukleinsäuren. Des weiteren kann die Expression transient oder stabil erfolgen. Bevorzugte Expressionssysteme in Säugerzellen umfassen pcDNA3.l und pRc/CMV (Invitrogen, Carlsbad, CA), die einen selektierbaren Marker enthalten wie ein Gen, das eine Resistenz gegenüber G418 verleiht (und somit eine Selektion stabil transfizierter Zelllinien ermöglicht), und die Enhancer-Promotor-Sequenzen von Cytomegalovirus (CMV).Of the Term "expression" according to the invention in its used most general meaning and includes the production of RNA or RNA and protein. It also includes partial expression of nucleic acids. Furthermore, the expression can be transient or stable. Preferred expression systems in mammalian cells include pcDNA3.l and pRc / CMV (Invitrogen, Carlsbad, CA) containing a selectable Markers contain a gene that has resistance to G418 confers (and thus a selection of stably transfected cell lines ) Allows and the cytomegalovirus (CMV) enhancer-promoter sequences.
In den Fällen der Erfindung, in denen ein HLA-Molekül ein Tumor-assoziiertes Antigen oder einen Teil davon präsentiert, kann ein Expressionsvektor auch eine Nukleinsäuresequenz umfassen, die für das HLA-Molekül kodiert. Die Nukleinsäuresequenz, die für das HLA-Molekül kodiert, kann auf demselben Expressionsvektor wie die Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon kodiert, vorliegen oder beide Nukleinsäuren können auf verschiedenen Expressionsvektoren vorliegen. Im letzteren Fall können die beiden Expressionsvektoren in eine Zelle cotransfiziert werden. Falls eine Wirtszelle weder das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon noch das HLA-Molekül exprimiert, werden beide dafür kodierenden Nukleinsäuren entweder auf demselben Expressionsvektor oder auf verschiedenen Expressionsvektoren in die Zelle transfiziert. Falls die Zelle bereits das HLA-Molekül exprimiert, kann nur die Nukleinsäuresequenz, die für das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon kodiert, in die Zelle transfiziert werden.In the cases of the invention in which an HLA molecule is a tumor-associated antigen or part of it presented, For example, an expression vector may also comprise a nucleic acid sequence encoding the HLA molecule. The nucleic acid sequence, the for the HLA molecule encoded, may be on the same expression vector as the nucleic acid, the for the tumor-associated Antigen or part of it encoded, or both nucleic acids can be present on different Expression vectors are present. In the latter case, the both expression vectors are cotransfected into a cell. If a host cell neither the tumor-associated antigen or the Part of it still the HLA molecule Both are used for expressing encoding nucleic acids either on the same expression vector or on different Expression vectors are transfected into the cell. If the cell already expressing the HLA molecule, only the nucleic acid sequence, the for the tumor-associated antigen or part thereof is encoded into the Cell transfected.
Erfindungsgemäß umfasst sind Kits zur Amplifikation einer Nukleinsäure, die für ein Tumor-assoziiertes Antigen kodiert. Solche Kits umfassen beispielsweise ein Paar von Amplifikationsprimern, die an die Nukleinsäure hybridisieren, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert. Die Primer umfassen vorzugsweise eine Sequenz von 6-50, insbesondere 10-30, 15-30 oder 20-30 zusammenhängenden Nukleotiden aus der Nukleinsäure und sind nicht-überlappend, um die Bildung von Primer-Dimeren zu vermeiden. Einer der Primer wird an einen Strang der Nukleinsäure hybridisieren, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, und der andere Primer wird an den komplementären Strang in einer Anordnung hybridisieren, die eine Amplifikation der Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, erlaubt.According to the invention are kits for amplifying a nucleic acid encoding a tumor-associated antigen. Such Kits include, for example, a pair of amplification primers, to the nucleic acid hybridize for the tumor-associated antigen encodes. The primers preferably comprise a sequence of 6-50, especially 10-30, 15-30 or 20-30 contiguous nucleotides from the nucleic acid and are non-overlapping, to avoid the formation of primer dimers. One of the primers will hybridize to a strand of nucleic acid that is associated with the tumor Antigen encodes and the other primer attaches to the complementary strand hybridize in an arrangement involving amplification of the nucleic acid, the for the Tumor-associated antigen encoded, allowed.
„Antisense"-Moleküle oder „Antisense"-Nukleinsäuren können zur Regulierung, insbesondere der Reduktion der Expression einer Nukleinsäure verwendet werden. Der Begriff „Antisense-Molekül" oder „Antisense-Nukleinsäure" betrifft erfindungsgemäß ein Oligonukleotid, das ein Oligoribonukleotid, Oligodesoxyribonukleotid, modifiziertes Oligoribonukleotid oder modifiziertes Oligodesoxyribonukleotid ist und das unter physiologischen Bedingungen an DNA, die ein bestimmtes Gen umfasst, oder mRNA dieses Gens hybridisiert, wodurch die Transkription dieses Gens und/oder die Translation dieser mRNA gehemmt wird. Ein "Antisense-Molekül" umfasst erfindungsgemäß auch ein Konstrukt, das eine Nukleinsäure oder einen Teil davon in reverser Orientierung in Bezug auf ihren natürlichen Promotor enthält. Ein Antisense-Transkript einer Nukleinsäure oder eines Teils davon kann ein Duplexmolekül mit der natürlich vorkommenden mRNA, die das Enzym spezifiziert, eingehen und so eine Akkumulation von oder die Translation der mRNA in das aktive Enzym verhindern. Eine weitere Möglichkeit ist die Verwendung von Ribozymen zur Inaktivierung einer Nukleinsäure. Bevorzugte erfindungsgemäße Antisense-Oligonukleotide weisen eine Sequenz von 6-50, insbesondere 10-30, 15-30 oder 20-30 zusammenhängenden Nukleotiden aus der Ziel-Nukleinsäure auf und sind vorzugsweise vollständig zu der Ziel-Nukleinsäure oder einem Teil davon komplementär."Antisense" molecules or "antisense" nucleic acids can be used for Regulation, in particular the reduction of expression of a nucleic acid used become. The term "antisense molecule" or "antisense nucleic acid" refers to an oligonucleotide according to the invention, that is an oligoribonucleotide, oligodeoxyribonucleotide, modified Oligoribonucleotide or modified oligodeoxyribonucleotide and that under physiological conditions to DNA that has a specific Gene, or mRNA of this gene hybridizes, thereby transcribing this gene Gene and / or translation of this mRNA is inhibited. An "antisense molecule" according to the invention also includes a Construct a nucleic acid or part of it in reverse orientation with respect to its natural Contains promoter. One Antisense transcript of a nucleic acid or a part thereof can be a duplex molecule with the course occurring mRNA, which specifies the enzyme, enter and so on Accumulation of or translation of the mRNA into the active enzyme prevent. One more way is the use of ribozymes to inactivate a nucleic acid. preferred have antisense oligonucleotides according to the invention a sequence of 6-50, especially 10-30, 15-30 or 20-30 contiguous Nucleotides from the target nucleic acid are and are preferred Completely to the target nucleic acid or a part of it complementary.
In bevorzugten Ausführungsformen hybridisiert das Antisense-Oligonukleotid mit einer N-terminalen oder 5'-stromaufwärts gelegenen Stelle wie einer Translationsinitiations-, Transkriptionsinitiations- oder Promotorstelle. In weiteren Ausführungsformen hybridisiert das Antisense-Oligonukleotid mit einer 3'-nicht-translatierten Region oder mRNA-Spleiß-Stelle.In preferred embodiments, the antisense oligonucleotide hybridizes to an N-terminal or 5'-upstream site, such as a translation initiation, transcriptional initiation or promoter site. In further embodiments, the antisense oligonucleotide hybridizes to a 3 'untranslated region or mRNA splice site.
In einer Ausführungsform besteht ein erfindungsgemäßes Oligonukleotid aus Ribonukleotiden, Desoxyribonukleotiden oder einer Kombination davon. Dabei sind das 5'-Ende eines Nukleotids und das 3'-Ende eines anderen Nukleotids durch eine Phosphodiesterbindung miteinander verknüpft. Diese Oligonukleotide können in herkömmlicher Weise synthetisiert oder rekombinant produziert werden.In an embodiment there is an oligonucleotide according to the invention from ribonucleotides, deoxyribonucleotides or a combination from that. Here are the 5 'end of a nucleotide and the 3'-end another nucleotide by a phosphodiester bond with each other connected. These oligonucleotides can in conventional Be synthesized or produced recombinantly.
In bevorzugten Ausführungsformen ist ein erfindungsgemäßes Oligonukleotid ein „modifiziertes" Oligonukleotid. Dabei kann das Oligonukleotid, um beispielsweise seine Stabilität oder therapeutische Wirksamkeit zu erhöhen, auf verschiedenste Art und Weise modifiziert sein ohne dass seine Fähigkeit, an sein Ziel zu binden, beeinträchtigt wird. Der Begriff „modifiziertes Oligonukleotid" bedeutet erfindungsgemäß ein Oligonukleotid, bei dem (i) mindestens zwei seiner Nukleotide durch eine synthetische Internukleosidbindung (d.h. eine Internukleosidbindung, die keine Phosphodiesterbindung ist) miteinander verknüpft sind und/oder (ii) eine chemische Gruppe kovalent mit dem Oligonukleotid verbunden ist, die normalerweise nicht bei Nukleinsäuren auftritt. Bevorzugte synthetische Internukleosidbindungen sind Phosphorothioate, Alkylphosphonate, Phosphorodithioate, Phosphatester, Alkylphosphonothioate, Phosphoramidate, Carbamate, Carbonate, Phosphattriester, Acetamidate, Carboxymethylester und Peptide.In preferred embodiments is an oligonucleotide according to the invention a "modified" oligonucleotide. In this case, the oligonucleotide, for example, its stability or therapeutic Increase effectiveness, be modified in a variety of ways without his Ability, to bind to its target, impaired becomes. The term "modified Oligonucleotide "means an oligonucleotide according to the invention, in which (i) at least two of its nucleotides are linked by a synthetic internucleoside bond (i.e., an internucleoside bond lacking a phosphodiester bond is) linked together and / or (ii) a chemical group is covalent with the oligonucleotide which does not normally occur with nucleic acids. Preferred synthetic internucleoside bonds are phosphorothioates, Alkylphosphonates, phosphorodithioates, phosphate esters, alkylphosphonothioates, phosphoramidates, Carbamates, carbonates, phosphate triesters, acetamidates, carboxymethyl esters and peptides.
Der Begriff „modifiziertes Oligonukleotid" umfasst auch Oligonukleotide mit einer kovalent modifizierten Base und/oder Zucker. „Modifizierte Oligonukleotide" umfassen beispielsweise Oligonukleotide mit Zuckerresten, die kovalent an organische Gruppen mit einem geringen Molekulargewicht gebunden sind, die keine Hydroxylgruppe an der 3'-Position und keine Phosphatgruppe an der 5'-Position sind. Modifizierte Oligonukleotide können beispielsweise einen 2'-O-alkylierten Riboserest oder einen anderen Zucker anstelle von Ribose wie Arabinose umfassen.Of the Term "modified Oligonucleotide " also oligonucleotides with a covalently modified base and / or Sugar. "Modified Oligonucleotides " For example, oligonucleotides with sugar residues, the covalently organic groups are bound with a low molecular weight, the no hydroxyl group at the 3'-position and no phosphate group the 5'-position are. Modified oligonucleotides can, for example, a 2'-O-alkylated ribose or another sugar instead of ribose such as arabinose.
Die erfindungsgemäß beschriebenen Proteine und Polypeptide sind vorzugsweise isoliert. Die Begriffe „isoliertes Protein" oder „isoliertes Polypeptid" bedeuten, dass das Protein oder Polypeptid von seiner natürlichen Umgebung getrennt ist. Ein isoliertes Protein oder Polypeptid kann in einem im wesentlichen aufgereinigten Zustand vorliegen. Der Begriff „im wesentlichen aufgereinigt" bedeutet, dass das Protein oder Polypeptid im wesentlichen frei von anderen Substanzen vorliegt, mit denen es in der Natur oder in vivo vorliegt.The described according to the invention Proteins and polypeptides are preferably isolated. The terms "isolated Protein "or" isolated Polypeptide "mean that the protein or polypeptide is separated from its natural environment. An isolated protein or polypeptide may be present in a substantially have been cleaned up. The term "substantially purified" means that the protein or polypeptide is substantially free of other substances, with which it is present in nature or in vivo.
Solche Proteine und Polypeptide dienen beispielsweise der Herstellung von Antikörpern und sind in einem immunologischen oder diagnostischen Assay oder als Therapeutika einsetzbar. Erfindungsgemäß beschriebene Proteine und Polypeptide können aus biologischen Proben wie Gewebe- oder Zellhomogenaten isoliert werden und können auch rekombinant in einer Vielzahl pro- oder eukaryontischer Expressionssysteme exprimiert werden.Such Proteins and polypeptides serve, for example, for the production of antibodies and are in an immunological or diagnostic assay or can be used as therapeutics. Proteins described in accordance with the invention and Polypeptides can be out biological samples such as tissue or cell homogenates and can also recombinant in a variety of pro- or eukaryotic expression systems are expressed.
„Derivate" eines Proteins oder Polypeptids oder einer Aminosäuresequenz im Sinne dieser Erfindung umfassen Aminosäure-Insertionsvarianten, Aminosäure-Deletionsvarianten und/oder Aminosäure-Substitutionsvarianten."Derivatives" of a protein or Polypeptide or an amino acid sequence For the purposes of this invention, amino acid insertion variants include amino acid deletion variants and / or amino acid substitution variants.
Aminosäure-Insertionsvarianten umfassen amino- und/oder carboxyterminale Fusionen, sowie Insertionen von einzelnen oder mehreren Aminosäuren in einer bestimmten Aminosäuresequenz. Bei Aminosäure-Sequenzvarianten mit einer Insertion werden ein oder mehrere Aminosäurereste in eine vorbestimmte Stelle in einer Aminosäuresequenz eingebracht, obwohl eine zufällige Insertion mit geeignetem Screening des resultierenden Produkts auch möglich ist. Aminosäure-Deletionsvarianten sind durch das Entfernen von einer oder mehreren Aminosäuren aus der Sequenz charakterisiert. Aminosäure-Substitutionsvarianten zeichnen sich dadurch aus, dass wenigstens ein Rest in der Sequenz entfernt und ein anderer Rest an dessen Stelle eingefügt wird. Vorzugsweise befinden sich die Modifikationen an Positionen in der Aminosäuresequenz, die zwischen homologen Proteinen oder Polypeptiden nicht konserviert sind. Vorzugsweise werden Aminosäuren durch andere mit ähnlichen Eigenschaften, wie Hydrophobizität, Hydrophilizität, Elektronegativität, Volumen der Seitenkette und ähnliches, ersetzt (konservative Substitution). Konservative Substitutionen betreffen beispielsweise den Austausch einer Aminosäure durch eine andere, wobei beide Aminosäuren in derselben nachstehenden Gruppe aufgeführt sind:
- 1. kleine aliphatische, nicht-polare oder leicht-polare Reste: Ala, Ser, Thr (Pro, Gly)
- 2. negativ geladene Reste und ihre Amide: Asn, Asp, Glu, Gln
- 3. positiv geladene Reste: His, Arg, Lys
- 4. große aliphatische, nicht-polare Reste: Met, Leu, Ile, Val (Cys)
- 5. große aromatische Reste: Phe, Tyr, Trp.
- 1. small aliphatic, non-polar or slightly polar residues: Ala, Ser, Thr (Pro, Gly)
- 2. negatively charged residues and their amides: Asn, Asp, Glu, Gln
- 3. positively charged residues: His, Arg, Lys
- 4. large aliphatic, non-polar residues: Met, Leu, Ile, Val (Cys)
- 5. large aromatic residues: Phe, Tyr, Trp.
Drei Reste sind aufgrund ihrer besonderen Rolle für die Proteinarchitektur in Klammern gesetzt. Gly ist der einzige Rest ohne eine Seitenkette und verleiht der Kette somit Flexibilität. Pro besitzt eine ungewöhnliche Geometrie, die die Kette stark einschränkt. Cys kann eine Disulfidbrücke bilden.Three Residues are due to their special role in protein architecture in Brackets set. Gly is the only remainder without a side chain and thus gives the chain flexibility. Pro has an unusual one Geometry that severely restricts the chain. Cys can form a disulfide bridge.
Die oben beschriebenen Aminosäure-Varianten können leicht mit Hilfe von bekannten Peptidsynthesetechniken wie z.B. durch „Solid Phase Synthesis" (Merrifield, 1964) und ähnliche Verfahren oder durch rekombinante DNA-Manipulation hergestellt werden. Techniken, um Substitutionsmutationen an vorbestimmten Stellen in DNA einzubringen, die eine bekannte oder teilweise bekannte Sequenz besitzt, sind gut bekannt und umfassen z.B. M13-Mutagenese. Die Manipulation von DNA-Sequenzen zur Herstellung von Proteinen mit Substitutionen, Insertionen oder Deletionen ist z.B. in Sambrook et. al. (1989) ausführlich beschrieben.The above-described amino acid Vari Antennas can be readily prepared by known peptide synthesis techniques such as Solid Phase Synthesis (Merrifield, 1964) and the like, or by recombinant DNA manipulation Techniques to introduce substitution mutations at predetermined sites into DNA that are known or partially known The manipulation of DNA sequences for the production of proteins with substitutions, insertions or deletions is described in detail, for example, in Sambrook et al. (1989).
„Derivate" von Proteinen oder Polypeptiden umfassen erfindungsgemäß auch einzelne oder multiple Substitutionen, Deletionen und/oder Additionen jeglicher Moleküle, die mit dem Enzym assoziiert sind, wie Kohlenhydrate, Lipide und/oder Proteine oder Polypeptide. Ferner erstreckt sich der Begriff „Derivat" auch auf alle funktionellen chemischen Äquivalente der Proteine oder Polypeptide."Derivatives" of proteins or Polypeptides according to the invention also comprise single or multiple Substitutions, deletions and / or additions of any molecules that associated with the enzyme, such as carbohydrates, lipids and / or Proteins or polypeptides. Furthermore, the term "derivative" extends to all functional ones chemical equivalents the proteins or polypeptides.
Ein Teil oder Fragment eines Tumor-assoziierten Antigens weist erfindungsgemäß eine funktionelle Eigenschaft des Polypeptids auf, aus dem es abgeleitet ist. Solche funktionellen Eigenschaften umfassen die Interaktion mit Antikörpern, die Interaktion mit anderen Polypeptiden oder Proteinen, die selektive Bindung von Nukleinsäuren und eine enzymatische Aktivität. Eine bedeutende Eigenschaft ist die Fähigkeit, einen Komplex mit HLA einzugehen und gegebenenfalls eine Immunreaktion zu erzeugen. Diese Immunreaktion kann auf Stimulation von cytotoxischen oder Helfer-T-Zellen beruhen. Vorzugsweise umfasst ein erfindungsgemäßer Teil oder Fragment eines Tumor-assoziierten Antigens eine Sequenz von mindestens 6, insbesondere mindestens 8, mindestens 10, mindestens 12, mindestens 15, mindestens 20, mindestens 30 oder mindestens 50 aufeinanderfolgenden Aminosäuren aus dem Tumor-assoziierten Antigen. Ein Teil oder Fragment eines Tumor-assoziierten Antigens ist vorzugsweise ein Teil des Tumor-assoziierten Antigens, der dem Nichttransmembrananteil, insbesondere dem extrazellulären Anteil des Antigens entspricht oder davon umfasst wird.One Part or fragment of a tumor-associated antigen according to the invention has a functional Property of the polypeptide from which it is derived. Such functional properties include the interaction with antibodies that Interaction with other polypeptides or proteins that are selective Binding of nucleic acids and an enzymatic activity. An important feature is the ability to complex with To enter HLA and optionally to produce an immune response. These Immune response may be due to stimulation of cytotoxic or helper T cells based. Preferably, a part or fragment according to the invention comprises a Tumor-associated antigen a sequence of at least 6, in particular at least 8, at least 10, at least 12, at least 15, at least 20, at least 30 or at least 50 consecutive amino acids the tumor-associated antigen. A part or fragment of a tumor-associated Antigen is preferably a part of the tumor-associated antigen, the non-transmembrane portion, especially the extracellular portion of the antigen corresponds or is included.
Ein Teil oder ein Fragment einer Nukleinsäure, die für ein Tumor-assoziiertes Antigen kodiert, betrifft erfindungsgemäß den Teil der Nukleinsäure, der zumindest für das Tumor-assoziierte Antigen und/oder für einen Teil oder ein Fragment des Tumor-assoziierten Antigens wie vorstehend definiert kodiert. Vorzugsweise ist ein Teil oder Fragment einer Nukleinsäure, die für ein Tumor-assoziiertes Antigen kodiert, derjenige Teil, der dem offenen Leserahmen, insbesondere wie im Sequenzprotokoll angegeben entspricht.One Part or fragment of a nucleic acid responsible for a tumor-associated antigen encoded according to the invention relates to the part the nucleic acid, at least for the tumor-associated Antigen and / or for a portion or fragment of the tumor-associated antigen such as encoded as defined above. Preferably, a part or fragment a nucleic acid, the for encodes a tumor-associated antigen, that part which belongs to the open reading frame, in particular as indicated in the Sequence Listing.
Die Isolierung und Identifizierung von Genen, die für Tumor-assoziierte Antigene kodieren, ermöglicht auch die Diagnose einer Erkrankung, die sich durch die Expression von einem oder mehreren Tumor-assoziierten Antigenen auszeichnet. Diese Verfahren umfassen die Bestimmung einer oder mehrerer Nukleinsäuren, die für ein Tumor-assoziiertes Antigen kodieren, und/oder die Bestimmung der kodierten Tumor-assoziierten Antigene und/oder von davon abgeleiteten Peptiden. Eine Bestimmung der Nukleinsäure kann in herkömmlicher Weise erfolgen, einschließlich durch Polymerase-Kettenreaktion oder Hybridisierung mit einer markierten Sonde. Eine Bestimmung von Tumor-assoziierten Antigenen oder davon abgeleiteten Peptiden kann durch ein Screening von Patienten-Antiseren in Bezug auf eine Erkennung des Antigens und/oder der Peptide erfolgen. Sie kann auch durch ein Screening von T-Zellen des Patienten auf Spezifität für das entsprechende Tumor-assoziierte Antigen erfolgen.The Isolation and identification of genes responsible for tumor-associated antigens encode enabled also the diagnosis of a disease that is manifested by the expression characterized by one or more tumor-associated antigens. These methods include the determination of one or more nucleic acids that for a Encode tumor-associated antigen, and / or the determination of the encoded Tumor-associated antigens and / or peptides derived therefrom. A determination of the nucleic acid can in conventional Manner, including by polymerase chain reaction or hybridization with a labeled Probe. A determination of tumor-associated antigens or thereof Derived peptides can be detected by screening patient antisera with respect to recognition of the antigen and / or the peptides. It can also be done by screening the patient for T cells specificity for the appropriate tumor-associated antigen done.
Die vorliegende Erfindung ermöglicht auch die Isolierung von Proteinen, die an hier beschriebene Tumor-assoziierte Antigene binden, einschließlich Antikörper und zelluläre Bindepartner der Tumor-assoziierten Antigene.The present invention enables also the isolation of proteins associated with tumor-associated here described Bind antigens, including antibodies and cellular Binding partner of the tumor-associated antigens.
Erfindungsgemäß werden auch in bestimmten Ausführungsformen „dominant negative" Polypeptide bereitgestellt, die von Tumor-assoziierten Antigenen abgeleitet sind. Ein dominant negatives Polypeptid ist eine inaktive Variante eines Proteins, die durch Interaktion mit der zellulären Maschinerie ein aktives Protein von seiner Interaktion mit der zellulären Maschinerie verdrängt oder mit dem aktiven Protein kompetitiert, wodurch die Wirkung des aktiven Proteins verringert wird. Zum Beispiel kann ein dominant negativer Rezeptor, der einen Liganden bindet, jedoch kein Signal in Reaktion auf die Bindung des Liganden erzeugt, die biologische Wirkung des Liganden verringern. In ähnlicher Weise kann eine dominant negative katalytisch-inaktive Kinase, die normalerweise mit Zielproteinen interagiert, jedoch die Zielproteine nicht phosphoryliert, die Phosphorylierung der Zielproteine in Reaktion auf ein zelluläres Signal verringern. In ähnlicher Weise kann ein dominant negativer Transkriptionsfaktor, der an eine Promotorstelle in der Kontrollregion eines Gens bindet, jedoch die Transkription des Gens nicht erhöht, die Wirkung eines normalen Transkriptionsfaktors durch die Besetzung von Promotorbindestellen ohne eine Erhöhung der Transkription verringern.According to the invention also in certain embodiments "dominant negative "polypeptides provided derived from tumor-associated antigens are. A dominant negative polypeptide is an inactive variant a protein that interacts with the cellular machinery active protein from its interaction with the cellular machinery repressed or competes with the active protein, whereby the effect of the active protein is reduced. For example, a dominant Negative receptor that binds ligand, but no signal produced in response to the binding of the ligand, the biological Reduce the effect of the ligand. Similarly, a dominant negative catalytically-inactive kinase normally associated with target proteins however, the target proteins do not phosphorylate, phosphorylation of the target proteins in response to a cellular signal. In similar Way, a dominant negative transcription factor attached to a promoter site in the control region of a gene, but transcription of the gene does not increase, the Effect of a normal transcription factor on the occupation of promoter binding sites without increasing transcription.
Das Ergebnis der Expression eines dominant negativen Polypeptids in einer Zelle ist eine Verringerung der Funktion aktiver Proteine. Der Fachmann kann dominant negative Varianten eines Proteins beispielsweise durch herkömmliche Mutageneseverfahren und Bewerten der dominant negativen Wirkung des Varianten-Polypeptids herstellen.The Result of Expression of a Dominant Negative Polypeptide in a cell is a reduction in the function of active proteins. The skilled person can, for example, dominant negative variants of a protein by conventional Mutagenesis method and evaluation of the dominant negative effect of the variant polypeptide.
Erfindungsgemäß umfasst sind auch Stoffe wie Polypeptide, die an Tumor-assoziierte Antigene binden. Solche Bindestoffe können z.B. in Screening-Assays für einen Nachweis von Tumor-assoziierten Antigenen und Komplexen von Tumor-assoziierten Antigenen mit ihren Bindepartnern sowie bei einer Aufreinigung der Tumor-assoziierten Antigene und von Komplexen davon mit ihren Bindepartnern Verwendung finden. Solche Stoffe können auch für eine Hemmung der Aktivität Tumor-assoziierter Antigene beispielsweise durch Bindung an solche Antigene Verwendung finden.According to the invention are also substances such as polypeptides that bind to tumor-associated antigens. Such binders can e.g. in screening assays for a detection of tumor-associated antigens and complexes of Tumor-associated antigens with their binding partners and in a Purification of tumor-associated antigens and complexes thereof find use with their binding partners. Such substances can also for one Inhibition of activity Tumor-associated antigens, for example by binding to such Find antigens use.
Erfindungsgemäß umfasst sind daher Bindestoffe wie z.B. Antikörper oder Antikörperfragmente, die die Fähigkeit aufweisen, selektiv an Tumor-assoziierte Antigene zu binden. Antikörper umfassen polyklonale und monoklonale Antikörper, die in herkömmlicher Weise hergestellt werden.According to the invention therefore binders such as e.g. Antibodies or antibody fragments, the ability have to selectively bind to tumor-associated antigens. Antibodies include polyclonal and monoclonal antibodies, in conventional Be made way.
Solche Antikörper können Proteine in nativem und/oder denaturiertem Zustand erkennen (Anderson et al., J. Immunol. 143: 1899-1904, 1989; Gardsvoll, J. Immunol. Methods 234: 107-116, 2000; Kayyem et al., Eur. J. Biochem. 208: 1-8, 1992; Spiller et al., J. Immunol. Methods 224: 51-60, 1999).Such antibody can Recognize proteins in their native and / or denatured state (Anderson et al., J. Immunol. 143: 1899-1904, 1989; Gardsvoll, J. Immunol. Methods 234: 107-116, 2000; Kayyem et al., Eur. J. Biochem. 208: 1-8, 1992; Spiller et al., J. Immunol. Methods 224: 51-60, 1999).
Antiseren, die spezifische Antikörper enthalten, die an das Zielprotein spezifisch binden, können über verschiedene Standardverfahren hergestellt werden; vgl. beispielsweise „Monoclonal Antibodies: A Practical Approach" von Philip Shepherd, Christopher Dean ISBN 0-19-963722-9, „Antibodies: A Laboratory Manual" von Ed Harlow, David Lane ISBN: 0879693142 und „Using Antibodies: A Laboratory Manual: Portable Protocol NO" von Edward Harlow, David Lane, Ed Harlow ISBN: 0879695447. Dabei ist auch möglich, affine und spezifische Antikörper zu generieren, die komplexe Membranproteine in ihrer nativen Form erkennen (Azorsa et al., J. Immunol. Methods 229: 35-48, 1999; Anderson et al., J. Immunol. 143: 1899-1904, 1989; Gardsvoll, J. Immunol. Methods. 234: 107-116, 2000). Dies ist vor allem für die Herstellung von Antikörpern von Bedeutung, die therapeutisch eingesetzt werden sollen, aber auch für viele diagnostische Anwendungen. Dazu kann sowohl mit dem gesamten Protein, mit extrazellulären Teilsequenzen, wie auch mit Zellen, die das Zielmolekül in physiologisch gefalteter Form exprimieren, immunisiert werden.antisera the specific antibodies which bind specifically to the target protein may be different Standard methods are produced; see. for example, "Monoclonal Antibodies: A Practical Approach "by Philip Shepherd, Christopher Dean ISBN 0-19-963722-9, "Antibodies: A Laboratory Manual "by Ed Harlow, David Lane ISBN: 0879693142 and "Using Antibodies: A Laboratory Manual:" Portable Protocol NO "by Edward Harlow, David Lane, Ed. Harlow ISBN: 0879695447. And so is possible, affine and specific antibodies to generate the complex membrane proteins in their native form (Azorsa et al., J. Immunol., Methods 229: 35-48, 1999; Anderson et al., J. Immunol. 143: 1899-1904, 1989; Gardsvoll, J. Immunol. Methods. 234: 107-116, 2000). This is mainly for the production of antibodies from Meaning that should be used therapeutically, but also for many diagnostic applications. This can be done with both the entire protein, with extracellular partial sequences, as well as with cells that have the target molecule in physiologically folded Express form, be immunized.
Monoklonale Antikörper werden traditionell mit Hilfe der Hybridoma-Technologie hergestellt (Technische Details: siehe „Monoclonal Antibodies: A Practical Approach" von Philip Shepherd, Christopher Dean ISBN 0-19-963722-9; „Antibodies: A Laboratory Manual" von Ed Harlow, David Lane ISBN: 0879693142, „Using Antibodies: A Laboratory Manual: Portable Protocol NO" von Edward Harlow, David Lane, Ed Harlow ISBN: 0879695447).monoclonal antibody are traditionally made with the help of the Hybridoma technology (Technical Details: see "Monoclonal Antibodies: A Practical Approach "by Philip Shepherd, Christopher Dean ISBN 0-19-963722-9; "Antibodies: A Laboratory Manual "by Ed Harlow, David Lane ISBN: 0879693142, "Using Antibodies: A Laboratory Manual: Portable Protocol NO "by Edward Harlow, David Lane, Ed Harlow ISBN: 0879695447).
Es ist bekannt, dass nur ein kleiner Teil eines Antikörpermoleküls, das Paratop, an der Bindung des Antikörpers an sein Epitop beteiligt ist (vgl. Clark, W.R. (1986), The Experimental Foundations of Modern Immunology, Wiley & Sons, Inc., New York; Roitt, I. (1991), Essential Immunology, 7. Auflage, Blackwell Scientific Publications, Oxford). Die pFc'- und Fc-Regionen sind z.B. Effektoren der Komplementkaskade, sind jedoch nicht an der Antigenbindung beteiligt. Ein Antikörper, von dem die pFc'-Region enzymatisch abgespalten wurde oder der ohne die pFc'-Region hergestellt wurde, bezeichnet als F(ab')2-Fragment, trägt beide Antigenbindestellen eines vollständigen Antikörpers. In ähnlicher Weise trägt ein Antikörper, von dem die Fc-Region enzymatisch abgespalten wurde oder der ohne die Fc-Region hergestellt wurde, bezeichnet als Fab-Fragment, eine Antigenbindestelle eines intakten Antikörpermoleküls. Des weiteren bestehen Fab-Fragmente aus einer kovalent gebundenen leichten Kette eines Antikörpers und einem Teil der schweren Kette des Antikörpers, bezeichnet als Fd. Die Fd-Fragmente sind die Haupt-Determinanten der Antikörper-Spezifität (ein einzelnes Fd-Fragment kann mit bis zu zehn verschiedenen leichten Ketten assoziiert werden, ohne die Spezifität des Antikörpers zu verändern) und Fd-Fragmente behalten bei einer Isolierung die Fähigkeit, an ein Epitop zu binden.It is known that only a small portion of an antibody molecule, the paratope, is involved in the binding of the antibody to its epitope (see Clark, WR (1986), The Experimental Foundations of Modern Immunology, Wiley & Sons, Inc., New York, Roitt, I. (1991), Essential Immunology, 7th Edition, Blackwell Scientific Publications, Oxford). The pFc 'and Fc regions are, for example, effectors of the complement cascade but are not involved in antigen binding. An antibody from which the pFc 'region has been enzymatically cleaved or which has been produced without the pFc' region, termed the F (ab ') 2 fragment, carries both antigen binding sites of a complete antibody. Similarly, an antibody from which the Fc region has been enzymatically cleaved or which has been produced without the Fc region, termed a Fab fragment, carries an antigen binding site of an intact antibody molecule. Furthermore, Fab fragments consist of a covalently linked light chain of an antibody and part of the heavy chain of the antibody, designated Fd. The Fd fragments are the major determinants of antibody specificity (a single Fd fragment can be up to ten different light chains are associated without altering the specificity of the antibody) and Fd fragments retain the ability to bind to an epitope upon isolation.
Innerhalb des Antigen-bindenden Teils eines Antikörpers befinden sich komplementaritätsbestimmende Regionen (CDRs), die direkt mit dem Epitop des Antigens wechselwirken, und Gerüstregionen (FRs), die die Tertiärstruktur des Paratops aufrechterhalten. Sowohl in dem Fd-Fragment der schweren Kette als auch in der leichten Kette von IgG-Immunglobulinen befinden sich vier Gerüstregionen (FR1 bis FR4), die jeweils durch drei komplementaritätsbestimmende Regionen (CDR1 bis CDR3) getrennt sind. Die CDRs und insbesondere die CDR3-Regionen und noch mehr die CDR3-Region der schweren Kette sind größtenteils für die Antikörper-Spezifität verantwortlich.Within of the antigen-binding portion of an antibody are complementarity-determining Regions (CDRs) that interact directly with the epitope of the antigen, and Scaffolding Regions (FRs), the tertiary structure of the paratops. Both in the Fd fragment of the heavy chain as well as in the light chain of IgG immunoglobulins four skeletal regions (FR1 to FR4), each by three complementarity determining Regions (CDR1 to CDR3) are separated. The CDRs and in particular the CDR3 regions and even more the CDR3 heavy chain region are mostly for the Responsible for antibody specificity.
Man weiß, dass die Nicht-CDR-Regionen eines Säuger-Antikörpers durch ähnliche Regionen von Antikörpern mit der gleichen oder einer anderen Spezifität ersetzt werden können, wobei die Spezifität für das Epitop des ursprünglichen Antikörpers erhalten bleibt. Dies ermöglichte die Entwicklung sogenannter „humanisierter" Antikörper, bei denen nicht-menschliche CDRs kovalent mit menschlichen FR- und/oder Fc/pFc'-Regionen für die Herstellung eines funktionellen Antikörpers verbunden sind.you White, that the non-CDR regions of a mammalian antibody by similar Regions of antibodies can be replaced with the same or a different specificity, where the specificity for the Epitope of the original antibody preserved. This enabled the development of so-called "humanized" antibodies which non-human CDRs are covalently linked to human FR and / or Fc / pFc regions for the Production of a functional antibody are connected.
Dies nutzt die sogenannte „SLAM"-Technologie. Hierbei werden B-Zellen aus Vollblut isoliert und die Zellen monoklonalisiert. Anschließend wird der Überstand der vereinzelten B-Zelle auf ihre Antikörperspezifität hin analysiert. Im Gegensatz zur Hybridomatechnologie wird anschließend die variable Region des Antikörpergens durch eine Einzelzell-PCR amplifiziert und in einen geeigneten Vektor kloniert. Auf diese Art und Weise wird die Gewinnung von monoklonalen Antikörpern beschleunigt (de Wildt et al. J. Immunol. Methods 207:61-67, 1997).This is done using the so-called "SLAM" technology, which isolates B cells from whole blood and monoclonalizes the cells, then analyzes the supernatant of the isolated B cell for antibody specificity, in contrast to Hybri Dom.-technology is then the variable region of the antibody gene amplified by a single-cell PCR and cloned into a suitable vector. In this way, the recovery of monoclonal antibodies is accelerated (de Wildt et al., J. Immunol., Methods 207: 61-67, 1997).
Als anderes Beispiel beschreibt die WO 92/04381 die Herstellung und Verwendung von humanisierten RSV-Antikörpern aus Maus, bei denen mindestens ein Teil der FR-Regionen aus Maus durch FR-Regionen eines menschlichen Ursprungs ersetzt wurden. Solche Antikörper, einschließlich Fragmente intakter Antikörper mit einer Antigen-Bindefähigkeit werden oft als „chimäre" Antikörper bezeichnet.When another example, WO 92/04381 describes the preparation and Use of mouse humanized RSV antibodies in which at least a part of mouse FR regions through FR regions of a human Origin were replaced. Such antibodies, including fragments intact antibody with an antigen-binding ability are often referred to as "chimeric" antibodies.
Erfindungsgemäß werden auch F(ab')2-, Fab-, Fv- und Fd-Fragmente von Antikörpern, chimäre Antikörper, bei denen die Fc- und/oder FR- und/oder CDR1- und/oder CDR2- und/oder leichte Kette-CDR3-Regionen durch homologe menschliche oder nicht-menschliche Sequenzen ersetzt wurden, chimäre F(ab')2-Fragment-Antikörper, bei denen die FR- und/oder CDR1- und/oder CDR2- und/oder leichte Kette-CDR3-Regionen durch homologe menschliche oder nicht-menschliche Sequenzen ersetzt wurden, chimäre Fab-Fragment-Antikörper, bei denen die FR- und/oder CDR1- und/oder CDR2- und/oder leichte Kette-CDR3-Regionen durch homologe menschliche oder nicht-menschliche Sequenzen ersetzt wurden, und chimäre Fd-Fragment-Antikörper, bei denen die FR- und/oder CDR1- und/oder CDR2-Regionen durch homologe menschliche oder nicht-menschliche Sequenzen ersetzt wurden, bereitgestellt. Erfindungsgemäß umfasst sind auch sogenannte einzelkettige Antikörper.According to the invention, F (ab ') 2 , Fab, Fv and Fd fragments of antibodies, chimeric antibodies, in which the Fc and / or FR and / or CDR1 and / or CDR2 and / or light Chain CDR3 regions have been replaced by homologous human or non-human sequences, chimeric F (ab ') 2 fragment antibodies in which the FR and / or CDR1 and / or CDR2 and / or light chain CDR3 Regions were replaced by homologous human or non-human sequences, chimeric Fab fragment antibodies in which the FR and / or CDR1 and / or CDR2 and / or light chain CDR3 regions are replaced by homologous human or non-human human chimeric Fd fragment antibodies in which the FR and / or CDR1 and / or CDR2 regions have been replaced by homologous human or non-human sequences. Also included according to the invention are so-called single-chain antibodies.
Vorzugsweise ist ein erfindungsgemäß verwendeter Antikörper gegen eine der Sequenzen gemäß SEQ ID NOs: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 30, 34, 38, 42, 46, 50, 54, 58, 62, 66, 70, 74, 78, 82, 86, 90, 94, 98, 102, 106, 110, 114, 118, 122, 126, 130, 134, 138, 142, 146, 150, 154, 158, 162, 166, 170, 174, 176, 180, 184, 188, 192, 196, 200, 204, 208, 212, 216, 220, 224, 228, 232, 236, 240, 244, 248, 252, 256, 260, 264, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280 bis 308, 310 des Sequenzprotokolls, einen Teil oder ein Derivat davon, insbesondere eine Sequenz gemäß SEQ ID NOs: 281 bis 308 des Sequenzprotokolls gerichtet und/oder kann durch Immunisierung mit diesen Peptiden erhalten werden.Preferably is an inventively used antibody against one of the sequences according to SEQ ID NOs: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 30, 34, 38, 42, 46, 50, 54, 58, 62, 66, 70, 74, 78, 82, 86, 90, 94, 98, 102, 106, 110, 114, 118, 122, 126, 130, 134, 138, 142, 146, 150, 154, 158, 162, 166, 170, 174, 176, 180, 184, 188, 192, 196, 200, 204, 208, 212, 216, 220, 224, 228, 232, 236, 240, 244, 248, 252, 256, 260, 264, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280 to 308, 310 of the Sequence Listing, a part or a derivative thereof, in particular a sequence according to SEQ ID NOs: 281 to 308 of the Sequence Listing and / or can by Immunization can be obtained with these peptides.
Erfindungsgemäß umfasst sind auch Polypeptide, die spezifisch an Tumor-assoziierte Antigene binden. Beispielsweise können solche Polypeptid-Bindestoffe durch degenerierte Peptid-Bibliotheken bereitgestellt werden, die einfach in Lösung in einer immobilisierten Form oder als Phagen-Display-Bibliotheken hergestellt werden können. Kombinatorische Bibliotheken aus Peptiden mit einer oder mehreren Aminosäuren können ebenfalls hergestellt werden. Ferner können Bibliotheken aus Peptoiden und nicht peptidischen synthetischen Resten hergestellt werden.According to the invention are also polypeptides specific to tumor-associated antigens tie. For example, you can such polypeptide binding agents by degenerate peptide libraries which are simply immobilized in solution Form or as phage display libraries. Combinatorial Libraries of peptides with one or more amino acids may also be used getting produced. Furthermore, can Libraries of peptoids and non-peptide synthetic Residues are produced.
Phagen-Display kann besonders wirksam bei der Identifizierung erfindungsgemäßer Bindepeptide sein. Dabei wird beispielsweise eine Phagen-Bibliothek (durch Verwendung beispielsweise des m13-, fd- oder lambda-Phagen) hergestellt, die Inserts einer Länge von 4 bis etwa 80 Aminosäureresten präsentiert. Es werden sodann Phagen ausgewählt, die Inserts tragen, die an das Tumor-assoziierte Antigen binden. Dieser Prozess kann über mehrere Zyklen einer Rückselektion von Phagen wiederholt werden, die an das Tumor-assoziierte Antigen binden. Wiederholte Runden führen zu einer Anreicherung von Phagen, die bestimmte Sequenzen tragen. Es kann eine Analyse von DNA-Sequenzen erfolgen, um die Sequenzen der exprimierten Polypeptide zu identifizieren. Der kleinste lineare Anteil der Sequenz, der an das Tumor-assoziierte Antigen bindet, kann bestimmt werden. Das „two-hybrid-System" aus Hefe kann auch für die Identifizierung von Polypeptiden eingesetzt werden, die an ein Tumor-assoziiertes Antigen binden. Erfindungsgemäß beschriebene Tumor-assoziierte Antigene oder Fragmente davon können für ein Screening von Peptid-Bibliotheken, einschließlich Phagen-Display-Bibliotheken, eingesetzt werden, um Peptid-Bindepartner der Tumor-assoziierten Antigene zu identifizieren und selektieren. Solche Moleküle können beispielsweise für Screening-Assays, Aufreinigungsprotokolle, für eine Interferenz mit der Funktion des Tumor-assoziierten Antigens und für andere Zwecke, die dem Fachmann bekannt sind, verwendet werden.Phage display may be particularly effective in identifying binding peptides of the invention be. In this case, for example, a phage library (by use for example, the m13, fd or lambda phage), the Inserts of a length from 4 to about 80 amino acid residues presents. Phages are then selected, carry the inserts that bind to the tumor-associated antigen. This process can be over several cycles of a backselection be repeated by phages attached to the tumor-associated antigen tie. Repeated laps lead to an accumulation of phages carrying certain sequences. It For example, an analysis of DNA sequences can be made to sequence the sequences to identify expressed polypeptides. The smallest linear Proportion of the sequence that binds to the tumor-associated antigen be determined. The "two-hybrid system" from yeast can also for the Identification of polypeptides that are associated with a tumor-associated Bind antigen. Tumor-associated described according to the invention Antigens or fragments thereof can for a Screening of peptide libraries, including phage display libraries, be used to peptide binding partner to identify and select the tumor-associated antigens. Such molecules can for example Screening Assays, Purification Protocols, for Interference with the Function of the tumor-associated antigen and for other purposes to those skilled in the art are known to be used.
Die vorstehend beschriebenen Antikörper und andere Bindemoleküle können beispielsweise für die Identifizierung von Gewebe verwendet werden, das ein Tumor-assoziiertes Antigen exprimiert. Antikörper können auch an spezifische diagnostische Stoffe für eine Darstellung von Zellen und Geweben gekoppelt werden, die Tumor-assoziierte Antigene exprimieren. Sie können ferner an therapeutisch nützliche Stoffe gekoppelt werden. Diagnostische Stoffe umfassen in nicht begrenzender Weise Bariumsulfat, Iocetaminsäure, Iopansäure, Calcium-Ipodat, Natrium-Diatrizoat, Meglumin-Diatrizoat, Metrizamid, Natrium-Tyropanoat und Radiodiagnostika, einschließlich Positronen-Emitter wie Fluor-18 und Kohlenstoff-11, gamma-Emitter wie Iod-123, Technetium-99m, Iod-131 und Indium-111, Nuklide für magnetische Kernresonanz wie Fluor und Gadolinium. Der Begriff „therapeutisch nützlicher Stoff" meint erfindungsgemäß jedes therapeutische Molekül, das wunschgemäß selektiv zu einer Zelle geführt wird, die ein oder mehrere Tumor-assoziierte Antigene exprimiert, einschließlich Antikrebsmittel, mit radioaktivem Iod versehene Verbindungen, Toxine, cytostatische oder cytolytische Arzneistoffe, usw. Antikrebsmittel umfassen beispielsweise Aminoglutethimid, Azathioprin, Bleomycinsulfat, Busulfan, Carmustin, Chlorambucil, Cisplatin, Cyclophosphamid, Cyclosporin, Cytarabin, Dacarbazin, Dactinomycin, Daunorubin, Doxorubicin, Taxol, Etoposid, Fluoruracil, Interferon-α, Lomustin, Mercaptopurin, Methotrexat, Mitotan, Procarbazin-HCl, Thioguanin, Vinblastinsulfat und Vincristinsulfat. Weitere Antikrebsmittel sind beispielsweise in Goodman und Gilman, „The Pharmacological Basis of Therapeutics", B. Auflage, 1990, McGraw-Hill, Inc., insbesondere Kapitel 52 (Antineoplastic Agents (Paul Calabresi und Bruce A. Chabner)) beschrieben. Toxine können Proteine wie Pokeweed-antivirales Protein, Choleratoxin, Perlussistoxin, Ricin, Gelonin, Abrin, Diphtherie-Exotoxin oder Pseudomonas-Exotoxin sein. Toxinreste können auch Hochenergie-emittierende Radionuklide wie Kobalt-60 sein.For example, the antibodies and other binding molecules described above can be used to identify tissue that expresses a tumor-associated antigen. Antibodies may also be coupled to specific diagnostic agents for imaging cells and tissues that express tumor-associated antigens. They can also be coupled to therapeutically useful substances. Diagnostic agents include, but are not limited to, barium sulfate, iocetamic acid, iopanoic acid, calcium ipodate, sodium diatrizoate, meglumine diatrizoate, metrizamide, sodium tylopanoate, and radiodiagnostics, including positron emitters such as fluorine-18 and carbon-11, gamma-emitters Iodine-123, technetium-99m, iodine-131 and indium-111, nuclides for nuclear magnetic resonance such as fluorine and gadolinium. The term "therapeutically useful substance" means according to the invention any therapeutic molecule that is desirably selectively delivered to a cell that expresses one or more tumor-associated antigens, including anticancer agents, with radioactivity anticancer agents include, for example, aminoglutethimide, azathioprine, bleomycin sulfate, busulfan, carmustine, chlorambucil, cisplatin, cyclophosphamide, cyclosporin, cytarabine, dacarbazine, dactinomycin, daunorubin, doxorubicin, taxol, etoposide, fluorouracil , Interferon-α, lomustine, mercaptopurine, methotrexate, mitotane, procarbazine-HCl, thioguanine, vinblastine sulfate and vincristine sulfate. Other anticancer agents are described, for example, in Goodman and Gilman, "The Pharmacological Basis of Therapeutics", B. Auflage, 1990, McGraw-Hill, Inc., especially Chapter 52 (Antineoplastic Agents (Paul Calabresi and Bruce A. Chabner)) Proteins such as pokeweed antiviral protein, cholera toxin, perlussistoxin, ricin, gelonin, abrin, diphtheria exotoxin, or Pseudomonas exotoxin. Toxin residues can also be high energy emitting radionuclides such as cobalt-60.
Der Begriff „Patient" bedeutet erfindungsgemäß Mensch, nicht menschlicher Primat oder ein anderes Tier, insbesondere Säugetier wie Kuh, Pferd, Schwein, Schaf, Ziege, Hund, Katze oder Nagetier wie Maus und Ratte. In einer besonders bevorzugten Ausführungsform ist der Patient ein Mensch.Of the Term "patient" means according to the invention human, non-human primate or another animal, in particular mammal like cow, horse, pig, sheep, goat, dog, cat or rodent like Mouse and rat. In a particularly preferred embodiment the patient is a human.
Der Begriff „Erkrankung" betrifft erfindungsgemäß jeden pathologischen Zustand, bei dem Tumor-assoziierte Antigene exprimiert oder abnormal exprimiert werden. „Abnormale Expression" bedeutet erfindungsgemäß, dass die Expression gegenüber dem Zustand bei einem gesunden Individuum verändert, vorzugsweise erhöht ist. Eine Erhöhung der Expression betrifft eine Erhöhung um mindestens 10%, insbesondere mindestens 20%, mindestens 50% oder mindestens 100%. In einer Ausführungsform wird das Tumor-assoziierte Antigen nur in Gewebe eines erkrankten Individuums exprimiert, während die Expression bei einem gesunden Individuum reprimiert ist. Ein Beispiel einer solchen Erkrankung ist Krebs, wober der Begriff „Krebs" erfindungsgemäß Leukämien, Seminome, Melanome, Teratome, Gliome, Darm-, Colon-, Rektal-, Kolorektal-, Magen-, Gastrointestinal-, Speiseröhren-, Hals, Nasen, Ohren (HNO)-, Nieren-, Nebennieren-, Schilddrüsen-, Lymphknoten-, Brust-, Prostata-, Gebärmutter-, Ovarial-, Endometrial-, Leber, Pankreas-, Haut-, Gehirn- und Lungenkrebs und deren Metastasen umfasst.Of the The term "disease" refers to anyone according to the invention pathological condition in which tumor-associated antigens are expressed or expressed abnormally. "Abnormal expression" means according to the invention that the expression opposite the Condition changed in a healthy individual, preferably increased. An increase Expression is an increase by at least 10%, in particular at least 20%, at least 50% or at least 100%. In one embodiment the tumor-associated Antigen expressed only in tissue of a diseased individual while the Expression is repressed in a healthy individual. An example such a disease is cancer, whereby the term "cancer" according to the invention leukemias, seminomas, Melanomas, teratomas, gliomas, colon, colon, rectal, colorectal, Stomach, gastrointestinal, esophageal, cervical, nasal, ear (ENT) -, Renal, Adrenal, Thyroid, Lymph Node, Breast, prostate, uterus, Ovarian, endometrial, liver, pancreatic, dermal, cerebral and lung cancers and their metastases.
Eine biologische Probe kann erfindungsgemäß eine Gewebe- und/oder zelluläre Probe sein und kann für eine Verwendung in den verschiedenen, hier beschriebenen Verfahren in herkömmlicher Weise gewonnen werden, wie durch Gewebebiopsie, einschließlich Stanzbiopsie, und Entnahme von Blut, Bronchialaspirat, Urin, Fäces oder anderen Körperflüssigkeiten.A biological sample can according to the invention a tissue and / or cellular sample be and can for a use in the various methods described herein in conventional Be obtained by tissue biopsy, including punch biopsy, and removal of blood, bronchial aspirate, urine, feces or other body fluids.
Der Begriff „immunreaktive Zelle" bedeutet erfindungsgemäß eine Zelle, die in eine Immunzelle (wie B-Zelle, Helfer-T-Zelle oder cytolytische T-Zelle) bei geeigneter Stimulierung reifen kann. Immunreaktive Zellen umfassen CD34+ hämatopoietische Stammzellen, unreife und reife T-Zellen sowie unreife und reife B-Zellen. Falls die Herstellung cytolytischer oder Helfer-T-Zellen, die ein Tumor-assoziiertes Antigen erkennen, gewünscht ist, wird die immunreaktive Zelle mit einer Zelle, die ein Tumor-assoziiertes Antigen exprimiert, unter Bedingungen in Kontakt gebracht, die eine Produktion, Differenzierung und/oder Selektion von cytolytischen sowie Helfer-T-Zellen begünstigen. Die Differenzierung von T-Zell-Vorläufern in eine cytolytische T-Zelle bei einer Exposition gegenüber einem Antigen ist ähnlich zur klonalen Selektion des Immunsystems.The term "immunoreactive cell" means according to the invention a cell which can mature into an immune cell (such as B-cell, helper-T-cell or cytolytic T-cell) with appropriate stimulation Immunoreactive cells include CD34 + hematopoietic stem cells, immature and mature T Cells and immature and mature B cells If the production of cytolytic or helper T cells recognizing a tumor-associated antigen is desired, the immunoreactive cell is challenged with a cell expressing a tumor-associated antigen Differentiation of T cell progenitors into a cytolytic T cell upon exposure to an antigen is similar to clonal selection of the immune system ,
Manche therapeutische Verfahren beruhen auf einer Reaktion des Immunsystems eines Patienten, die zu einer Lyse Antigen-präsentierender Zellen führt, wie Krebszellen, die ein oder mehrere Tumor-assoziierte Antigene präsentieren. Dabei werden beispielsweise autologe cytotoxische T-Lymphozyten, die für einen Komplex aus einem Tumor-assoziierten Antigen und einem MHC-Molekül spezifisch sind, an einen Patienten mit einer Zellabnormalie verabreicht. Die Produktion solcher cytotoxischer T-Lymphozyten in vitro ist bekannt. Ein Beispiel für ein Verfahren zur Differenzierung von T-Zellen findet sich in der WO-A-96/33265. Im Allgemeinen wird eine Probe mit Zellen wie Blutzellen aus dem Patienten entnommen und die Zellen werden mit einer Zelle in Kontakt gebracht, die den Komplex präsentiert und eine Vermehrung von cytotoxischen T-Lymphozyten auslösen kann (z.B. dendritische Zellen). Die Zielzelle kann eine transfizierte Zelle wie eine COS-Zelle sein. Diese transfizierten Zellen präsentieren den gewünschten Komplex auf ihrer Oberfläche und stimulieren bei einer Kontaktierung mit cytotoxischen T-Lymphozyten deren Vermehrung. Die klonal expandierten autologen cytotoxischen T-Lymphozyten werden sodann an den Patienten verabreicht.Some Therapeutic procedures are based on a reaction of the immune system a patient that leads to lysis of antigen-presenting cells, such as Cancer cells presenting one or more tumor-associated antigens. For example, autologous cytotoxic T lymphocytes, the for a complex of a tumor-associated antigen and an MHC molecule are specific, administered to a patient with a cell abnormality. The production of such cytotoxic T lymphocytes in vitro is known. An example for a Methods for differentiation of T cells can be found in WO-A-96/33265. In general a sample of cells, such as blood cells, is removed from the patient and the cells are brought into contact with a cell containing the Complex presented and can cause an increase of cytotoxic T lymphocytes (e.g., dendritic cells). The target cell can be transfected Cell be like a COS cell. Present these transfected cells the wished Complex on its surface and stimulate upon contact with cytotoxic T lymphocytes their multiplication. The clonally expanded autologous cytotoxic T lymphocytes are then administered to the patient.
Bei einem anderen Verfahren zur Selektion Antigen-spezifischer cytotoxischer T-Lymphozyten werden fluorogene Tetramere von MHC-Klasse I-Molekül/Peptid-Komplexen für einen Nachweis spezifischer Klone von cytotoxischen T-Lymphozyten verwendet (Altman et al., Science 274:94-96, 1996; Dunbar et al., Curr. Biol. 8:413-416, 1998). Lösliche MHC-Klasse I-Moleküle werden in vitro in Gegenwart von β2-Mikroglobulin und eines Peptid-Antigens, das an das Klasse I-Molekül bindet, gefaltet. Nach Aufreinigung der MHC/Peptid-Komplexe werden diese mit Biotin markiert. Tetramere werden durch Mischen der biotinylierten Peptid-MHC-Komplexe mit markiertem Avidin (z.B. Phycoerythrin) bei einem molaren Verhältnis von 4:1 gebildet. Tetramere werden sodann mit cytotoxischen T-Lymphozyten wie peripherem Blut oder Lymphknoten in Kontakt gebracht. Die Tetramere binden an cytotoxische T-Lymphozyten, die den Peptid-Antigen/MHC-Klasse I-Komplex erkennen. Zellen, die an die Tetramere gebunden werden, können durch Fluoreszenz-gesteuerte Zellsortierung für eine Isolierung reaktiver cytotoxischer T-Lymphozyten sortiert werden. Die isolierten cytotoxischen T-Lymphozyten können sodann in vitro vermehrt werden.In another method of selecting antigen-specific cytotoxic T lymphocytes, fluorogenic tetramers of MHC class I molecule / peptide complexes are used for detection of specific clones of cytotoxic T lymphocytes (Altman et al., Science 274: 94-96 , Dunbar, et al., Curr. Biol. 8: 413-416, 1998). Soluble MHC class I molecules are folded in vitro in the presence of β 2 -microglobulin and a peptide antigen that binds to the class I molecule. After purification of the MHC / peptide complexes, they are labeled with biotin. Tetramers are formed by mixing the biotinylated peptide-MHC complexes with labeled avidin (eg, phycoerythrin) at a 4: 1 molar ratio. Tetramers are then treated with cytotoxic T lymphocytes such as peripheral Blood or lymph nodes brought into contact. The tetramers bind to cytotoxic T lymphocytes that recognize the peptide antigen / MHC class I complex. Cells that bind to the tetramers can be sorted by fluorescence-directed cell sorting to isolate reactive cytotoxic T lymphocytes. The isolated cytotoxic T lymphocytes can then be propagated in vitro.
Bei einem therapeutischen Verfahren, das als adoptiver Transfer bezeichnet wird (Greenberg, J. Immunol. 136(5):1917, 1986; Riddel et al., Science 257:238, 1992; Lynch et al., Eur. J. Immunol. 21:1403-1410, 1991; Kast et al., Cell 59:603-614, 1989), werden Zellen, die den gewünschten Komplex präsentieren (z.B. dendritische Zellen), mit cytotoxischen T-Lymphozyten des zu behandelnden Patienten kombiniert, was zu einer Vermehrung spezifischer cytotoxischer T-Lymphozyten führt. Die vermehrten cytotoxischen T-Lymphozyten werden sodann an einen Patienten mit einer zellulären Abnormalie verabreicht, die sich durch bestimmte abnormale Zellen auszeichnet, die den spezifischen Komplex präsentieren. Die cytotoxischen T-Lymphozyten lysieren sodann die abnormalen Zellen, wodurch eine gewünschte therapeutische Wirkung erreicht wird.at a therapeutic procedure called adoptive transfer (Greenberg, J. Immunol., 136 (5): 1917, 1986; Riddle et al., Science 257: 238; 1992; Lynch et al., Eur. J. Immunol. 21: 1403-1410, 1991; Kast et al., Cell 59: 603-614, 1989), cells which are the desired Present complex (e.g., dendritic cells) with cytotoxic T lymphocytes of the patient to be treated combined, resulting in an increase of specific cytotoxic T lymphocytes leads. The increased cytotoxic T lymphocytes are then sent to a patient with a cellular abnormality administered, which is characterized by certain abnormal cells, that present the specific complex. The cytotoxic T lymphocytes then lyse the abnormal cells, making a desired therapeutic effect is achieved.
Oft lassen sich aus dem T-Zell-Repertoire eines Patienten lediglich niedrig-affine T-Zellen gegen einen solchen spezifischen Komplex vermehren, da die hochaffinen durch Toleranzentwicklung ausgelöscht worden sind. Eine Alternative kann hier ein Transfer des T-Zell-Rezeptors selbst sein. Hierfür werden ebenfalls Zellen, die den gewünschten Komplex präsentieren (z.B. dendritische Zellen), mit cytotoxischen T-Lymphozyten von Gesunden kombiniert. Dies führt zu einer Vermehrung hochaffiner spezifischer cytotoxischer T-Lymphozyten, wenn die T-Lymphozyten aus einem Spenderorganismus kommen, der mit dem spezifischen Komplex bisher keinen Kontakt hatte. Der hochaffine T-Zell-Rezeptor aus diesen vermehrten spezifischen T-Lymphozyten wird kloniert und kann durch Gentransfer z.B. mit retroviralen Vektoren beliebig in T-Zellen von anderen Patienten transduziert werden. Adoptiver Transfer erfolgt dann mit diesen genetisch veränderten T-Lymphozyten (Stanislawski et al., Nat. Immunol. 2:962-70, 2001; Kessels et al., Nat. Immunol. 2:957-61, 2001).Often can be derived from the T-cell repertoire of a patient only low affinity T cells against such a specific complex multiply because the high-affine have been extinguished by tolerance development are. An alternative here is a transfer of the T cell receptor itself be. For this will be also cells that have the desired Present complex (e.g., dendritic cells) with cytotoxic T lymphocytes of Healthy combined. this leads to to an increase of high affinity specific cytotoxic T-lymphocytes, when the T lymphocytes come from a donor organism that interacts with the specific complex had previously had no contact. The high-affine T cell receptor from these increased specific T lymphocytes is cloned and can be purified by gene transfer e.g. with retroviral vectors be transduced as desired in T cells from other patients. Adoptive transfer then takes place with these genetically modified T lymphocytes (Stanislawski et al., Nat. Immunol., 2: 962-70, 2001; Kessels et al., Nat. Immunol. 2: 957-61, 2001).
Die vorstehenden therapeutischen Aspekte gehen davon aus, dass zumindest manche der abnormalen Zellen des Patienten einen Komplex aus einem Tumor-assoziierten Antigen und einem HLA-Molekül präsentieren. Eine Identifizierung solcher Zellen kann in an sich bekannter Weise erfolgen. Sobald Zellen, die den Komplex präsentieren, identifiziert wurden, können sie mit einer Probe aus dem Patienten, die cytotoxische T-Lymphozyten enthält, kombiniert werden. Falls die Zellen, die den Komplex präsentieren, durch die cytotoxischen T-Lymphozyten lysiert werden, kann angenommen werden, dass ein Tumor-assoziiertes Antigen präsentiert wird.The The above therapeutic aspects assume that at least Some of the patient's abnormal cells are a complex of one Presenting tumor-associated antigen and an HLA molecule. An identification such cells can be done in a conventional manner. As soon as Cells that present the complex are identified were, can she with a sample from the patient, the cytotoxic T lymphocytes contains be combined. If the cells that present the complex be lysed by the cytotoxic T lymphocytes, it can be assumed that a tumor-associated antigen is presented.
Der adoptive Transfer ist nicht die einzige Therapieform, die erfindungsgemäß anwendbar ist. Cytotoxische T-Lymphozyten können auch in vivo in an sich bekannter Weise erzeugt werden. Bei einem Verfahren werden nicht proliferative Zellen verwendet, die den Komplex exprimieren. Die Zellen, die dabei verwendet werden, werden diejenigen sein, die normalerweise den Komplex exprimieren, wie bestrahlte Tumorzellen oder Zellen, die mit einem oder beiden Genen transfiziert wurden, die für eine Präsentation des Komplexes notwendig sind (d.h. das Antigen-Peptid und das präsentierende HLA-Molekül). Verschiedene Zelltypen können eingesetzt werden. Des weiteren können Vektoren verwendet werden, die eines oder beide der interessierenden Gene tragen. Virale oder bakterielle Vektoren sind besonders bevorzugt. Zum Beispiel können Nukleinsäuren, die für ein Tumor-assoziiertes Antigen oder einen Teil davon kodieren, funktionell mit Promotor- und Enhancersequenzen verknüpft werden, die eine Expression des Tumor-assoziierten Antigens oder eines Fragments davon in bestimmten Geweben oder Zelltypen steuern. Die Nukleinsäure kann in einen Expressionsvektor eingebaut werden. Expressionsvektoren können nicht-modifizierte extrachromosomale Nukleinsäuren, Plasmide oder virale Genome sein, in die eine Insertion exogener Nukleinsäuren möglich ist. Nukleinsäuren, die für ein Tumor-assoziiertes Antigen kodieren, können auch in ein retrovirales Genom inseriert werden, wodurch die Integration der Nukleinsäure in das Genom des Zielgewebes oder der Zielzelle ermöglicht wird. Bei diesen Systemen trägt ein Mikroorganismus wie Vacciniavirus, Poxvirus, Herpes simplex-Virus, Retrovirus oder Adenovirus das interessierende Gen und „infiziert" de facto Wirtszellen. Eine weitere bevorzugte Form ist die Einbringung des Tumor-assoziierten Antigens in Form von rekombinanter RNA. Diese kann z.B. durch liposomalen Transfer oder durch Elektroporation in Zellen eingebracht werden. Die resultierenden Zellen präsentieren den interessierenden Komplex und werden von autologen cytotoxischen T-Lymphozyten erkannt, die sich sodann vermehren.Of the Adoptive transfer is not the only form of therapy that can be used according to the invention is. Cytotoxic T lymphocytes may also be in vivo in themselves be generated in a known manner. In a procedure will not proliferative cells expressing the complex. The Cells that are used will be the ones that normally express the complex, such as irradiated tumor cells or cells, who were transfected with one or both genes for a presentation of the complex (i.e., the antigenic peptide and the presenting one HLA molecule). Different cell types can be used. Furthermore, vectors can be used carrying one or both of the genes of interest. Viral or bacterial vectors are particularly preferred. For example, nucleic acids that for a Tumor-associated Encode antigen or a part thereof, functionally with promoter and enhancer sequences linked be an expression of the tumor-associated antigen or control a fragment thereof in certain tissues or cell types. The nucleic acid can be incorporated into an expression vector. expression vectors can unmodified extrachromosomal nucleic acids, plasmids or viral Genome in which an insertion of exogenous nucleic acids is possible. nucleic acids, the for can encode a tumor-associated antigen, also in a retroviral Genome be inserted, whereby the integration of the nucleic acid in the Genome of the target tissue or the target cell is made possible. In these systems carries a microorganism such as vaccinia virus, poxvirus, herpes simplex virus, retrovirus or Adenovirus the gene of interest and "actually" infects host cells preferred form is the introduction of the tumor-associated antigen in the form of recombinant RNA. This can e.g. by liposomal Transfer or by electroporation into cells. Present the resulting cells the complex of interest and are cytotoxic by autologous T lymphocytes recognized, which then multiply.
Eine ähnliche Wirkung kann durch Kombination des Tumor-assoziierten Antigens oder eines Fragments davon mit einem Adjuvans erreicht werden, um einen Einbau in Antigen-präsentierende Zellen in vivo zu ermöglichen. Das Tumor-assoziierte Antigen oder ein Fragment davon können als Protein, als DNA (z.B. innerhalb eines Vektors) oder als RNA repräsentiert sein. Das Tumor-assoziierte Antigen wird prozessiert, um einen Peptidpartner für das HLA-Molekül zu ergeben, während ein Fragment davon präsentiert werden kann, ohne dass eine weitere Prozessierung erforderlich ist. Letzteres ist insbesondere der Fall, wenn diese an HLA-Moleküle binden können. Verabreichungsformen, bei denen das Gesamt-Antigen in vivo von einer dendritischen Zelle prozessiert wird, sind bevorzugt, da hier auch Helfer-T-Zell-Antworten entstehen können. Eine effektive Immunantwort benötigt diese (Ossendorp et al., Immunol. Lett. 74:75-9, 2000; Ossendorp et al., J. Exp. Med. 187:693-702, 1998). Im allgemeinen kann eine wirksame Menge des Tumor-assoziierten Antigens an einen Patienten z.B. durch eine intradermale Injektion verabreicht werden. Die Injektion kann aber auch intranodal in einen Lymphknoten erfolgen (Maloy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:3299-303, 2001). Sie kann auch in Kombination mit Reagenzien erfolgen, die eine Aufnahme in dendritische Zellen erleichtern. Bevorzugte Tumor-assoziierte Antigene umfassen diejenigen, die mit allogenen Krebs-Antiseren oder mit T-Zellen vieler Krebs-Patienten reagieren. Von besonderem Interesse sind aber auch solche, gegen die keine spontanen Immunantworten vorbestehen. Gegen diese können nachweislich Immunantworten induziert werden, die Tumoren lysieren können (Keogh et al., J. Immunol. 167:787-96, 2001; Appella et al., Biomed. Pept. Proteins Nucleic Acids 1:177-84, 1995; Wentworth et al., Mol. Immunol. 32:603-12, 1995).A similar effect can be achieved by combining the tumor-associated antigen or a fragment thereof with an adjuvant to allow incorporation into antigen-presenting cells in vivo. The tumor-associated antigen or a fragment thereof may be represented as protein, as DNA (eg within a vector) or as RNA. The tumor-associated antigen is processed to give a peptide partner for the HLA molecule while a fragment there from being presented without further processing being required. The latter is especially the case when they can bind to HLA molecules. Forms of administration in which the total antigen is processed in vivo by a dendritic cell are preferred because helper T cell responses may also arise. An effective immune response requires these (Ossendorp et al., Immunol Lett., 74: 75-9, 2000; Ossendorp et al., J. Exp. Med. 187: 693-702, 1998). In general, an effective amount of the tumor-associated antigen can be administered to a patient, for example, by intradermal injection. However, the injection can also take place intranodally in a lymph node (Maloy et al., Proc Natl Acad Sci USA 98: 3299-303, 2001). It can also be used in combination with reagents that facilitate uptake into dendritic cells. Preferred tumor-associated antigens include those that react with allogeneic cancer antisera or with T cells from many cancer patients. Of particular interest, however, are also those against which no spontaneous immune responses exist. Immune responses capable of lysing tumors can be shown to be effective against them (Keogh et al., J. Immunol., 167: 787-96, 2001; Appella et al., Biomed., Pept., Nucleic Acids 1: 177-84, 1995; Wentworth et al., Mol. Immunol., 32: 603-12, 1995).
Die erfindungsgemäß beschriebenen pharmazeutischen Zusammensetzungen können auch als Vakzinen für die Immunisierung eingesetzt werden. Die Begriffe „Immunisierung" oder „Vakzinierung" bedeuten erfindungsgemäß eine Erhöhung oder Aktivierung einer Immunreaktion gegenüber einem Antigen. Tiermodelle können für ein Testen einer immunisierenden Wirkung gegenüber Krebs durch Verwendung eines Tumor-assoziierten Antigens oder einer dafür kodierenden Nukleinsäure eingesetzt werden. Zum Beispiel können menschliche Krebszellen in eine Maus für die Schaffung eines Tumors eingebracht werden und eine oder mehrere Nukleinsäuren, die für Tumor-assoziierte Antigene kodieren, können verabreicht werden. Die Wirkung auf die Krebszellen (beispielsweise Verringerung der Tumorgröße) kann als Maß für die Wirksamkeit einer Immunisierung durch die Nukleinsäure gemessen werden.The described according to the invention Pharmaceutical compositions may also be used as vaccines for immunization be used. The terms "immunization" or "vaccination" mean according to the invention an increase or Activation of an immune response to an antigen. animal models can for a Testing an immunizing effect against cancer by use a tumor-associated antigen or a nucleic acid encoding it. For example, you can human cancer cells in a mouse for the creation of a tumor are introduced and one or more nucleic acids, the for tumor-associated Encoding antigens can be administered become. The effect on the cancer cells (for example, reduction tumor size) as a measure of effectiveness an immunization can be measured by the nucleic acid.
Als Teil der Zusammensetzung für eine Immunisierung werden eines oder mehrere Tumor-assoziierte Antigene oder stimulierende Fragmente davon mit einem oder mehreren Adjuvanzien für eine Induktion einer Immunreaktion oder eine Erhöhung einer Immunreaktion verabreicht. Ein Adjuvans ist eine Substanz, die in das Antigen eingebaut oder gemeinsam mit diesem verabreicht wird und die Immunreaktion verstärkt. Adjuvanzien können die Immunreaktion durch Bereitstellen eines Antigen-Reservoirs (extrazellulär oder in Makrophagen), Aktivierung von Makrophagen und/oder Stimulierung bestimmter Lymphozyten verstärken. Adjuvanzien sind bekannt und umfassen in nicht begrenzender Weise Monophosphoryl-Lipid-A (MPL, SmithKline Beecham), Saponine wie QS21 (SmithKline Beecham), DQS21 (SmithKline Beecham; WO 96/33739), QS7, QS17, QS18 und QS-L1 (So et al., Mol. Cells 7:178-186, 1997), unvollständiges Freundsches Adjuvans, vollständiges Feundsches Adjuvans, Vitamin E, Montanid, Alaun, CpG-Nukleotide (vgl. Krieg et al., Nature 374:546-9, 1995) und verschiedene Wasser-in-Öl-Emulsionen, die aus biologisch abbaubaren Ölen wie Squalen und/oder Tocopherol hergestellt werden. Vorzugsweise werden die Peptide in einer Mischung mit DQS21/MPL verabreicht. Das Verhältnis von DQS21 zu MPL beträgt typischerweise etwa 1:10 bis 10:1, vorzugsweise etwa 1:5 bis 5:1 und insbesondere etwa 1:1. Für eine Verabreichung an den Menschen sind DQS21 und MPL typischerweise in einer Vakzine-Formulierung in einem Bereich von etwa 1 μg bis etwa 100 μg vorhanden.When Part of the composition for An immunization will be one or more tumor-associated antigens or stimulating fragments thereof with one or more adjuvants for an induction an immune response or an increase in an immune response. An adjuvant is a substance that is incorporated into the antigen or administered together with it and enhances the immune response. adjuvants can the immune response by providing an antigen reservoir (extracellular or in Macrophages), activation of macrophages and / or stimulation strengthen certain lymphocytes. Adjuvants are known and include in a non-limiting manner Monophosphoryl lipid A (MPL, SmithKline Beecham), saponins such as QS21 (SmithKline Beecham), DQS21 (SmithKline Beecham; WO 96/33739), QS7, QS17, QS18 and QS-L1 (So et al., Mol. Cells 7: 178-186, 1997), incomplete Freund's Adjuvant, complete Feud's adjuvant, vitamin E, montanide, alum, CpG nucleotides (see Krieg et al., Nature 374: 546-9, 1995) and various water-in-oil emulsions, made of biodegradable oils as squalene and / or tocopherol are produced. Preferably the peptides are administered in a mixture with DQS21 / MPL. The relationship from DQS21 to MPL typically about 1:10 to 10: 1, preferably about 1: 5 to 5: 1 and in particular about 1: 1. For an administration to humans are typically DQS21 and MPL in a vaccine formulation ranging from about 1 μg to about 100 μg present.
Andere Stoffe, die eine Immunreaktion des Patienten stimulieren, können auch verabreicht werden. Zum Beispiel sind Zytokine bei einer Vakzinierung aufgrund ihrer regulatorischen Eigenschaften auf Lymphozyten verwendbar. Solche Zytokine umfassen z.B. Interleukin-12 (IL-12), von dem gezeigt wurde, dass es die schützenden Wirkungen von Vakzinen verstärkt (vgl. Science 268:1432-1434, 1995), GM-CSF und IL-18.Other Substances that stimulate an immune response of the patient can also be administered. For example, cytokines are at a vaccination due to their regulatory properties on lymphocytes usable. Such cytokines include e.g. Interleukin-12 (IL-12), which was shown to that it's the protective one Increases effects of vaccines (see Science 268: 1432-1434, 1995), GM-CSF and IL-18.
Es gibt eine Reihe von Verbindungen, die eine Immunreaktion verstärken und die daher bei einer Vakzinierung eingesetzt werden können. Diese umfassen co-stimulierende Moleküle, die in Form von Proteinen oder Nukleinsäuren bereitgestellt werden. Solche co-stimulierenden Moleküle sind beispielsweise B7-1 und B7-2 (CD80 bzw. CD86), die auf dendritischen Zellen (DC) exprimiert werden und mit dem auf den T-Zellen exprimierten CD28-Molekül interagieren. Diese Interaktion stellt eine Co-Stimulierung (Signal 2) für eine Antigen/MHC/TCR-stimulierte (Signal 1) T-Zelle bereit, wodurch die Vermehrung der T-Zelle und die Effektorfunktion verstärkt wird. B7 interagiert auch mit CTLA4 (CD152) auf T-Zellen und Untersuchungen, die CTLA4- und B7-Liganden einbeziehen, zeigen, dass die B7-CTLA4-Interaktion eine Antitumor-Immunität und CTL-Vermehrung verstärken kann (Zheng, P. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95(11):6284-6289 (1998)).It There are a number of compounds that enhance an immune response and which can therefore be used in a vaccination. These include co-stimulatory molecules, which are provided in the form of proteins or nucleic acids. Such co-stimulatory molecules For example, B7-1 and B7-2 (CD80 and CD86, respectively) are dendritic Cells (DC) and expressed with that expressed on the T cells Interact with the CD28 molecule. This interaction provides a co-stimulation (signal 2) for an antigen / MHC / TCR-stimulated (Signal 1) T cell ready, reducing T cell proliferation and effector function is reinforced. B7 also interacts with CTLA4 (CD152) on T cells and studies that target CTLA4 and B7 ligands show that the B7-CTLA4 interaction has anti-tumor immunity and CTL proliferation strengthen (Zheng, P. et al., Proc Natl Acad Sci., USA 95 (11): 6284-6289 (1998)).
B7 wird typischerweise nicht auf Tumorzellen exprimiert, so dass diese keine wirksamen Antigen-präsentierenden Zellen (APCs) für T-Zellen sind. Eine Induktion der B7-Expression würde ermöglichen, dass Tumorzellen wirksamer eine Vermehrung von cytotoxischen T-Lymphozyten und eine Effektorfunktion stimulieren. Eine Co-Stimulierung durch eine Kombination von B7/IL-6/IL-12 zeigte eine Induktion des IFN-gamma- und Th1-Zytokin-Profils in einer T-Zell-Population, was zu einer weiter verstärkten T-Zell-Aktivität führt (Gajewski et al., J. Immunol. 154:5637-5648 (1995)).B7 is typically not expressed on tumor cells, so they are not effective antigen presenting cells (APCs) for T cells. Induction of B7 expression would allow tumor cells to more effectively stimulate proliferation of cytotoxic T lymphocytes and effector function. Co-stimulation by a combination of B7 / IL-6 / IL-12 showed induction of the IFN gamma and Th1 cytokine profile in a T cell population, resulting in further enhanced T cell activity (Gajewski et al., J. Immunol 154: 5637-5648 (1995)).
Eine vollständige Aktivierung von cytotoxischen T-Lymphozyten und eine vollständige Effektorfunktion erfordert eine Mitwirkung von T-Helferzellen durch die Interaktion zwischen dem CD40-Liganden auf den T-Helferzellen und dem CD40-Molekül, das von dendritischen Zellen exprimiert wird (Ridge et al., Nature 393:474 (1998), Bennett et al., Nature 393:478 (1998), Schönberger et al., Nature 393:480 (1998)). Der Mechanismus dieses co-stimulierenden Signals betrifft wahrscheinlich die Steigerung der B7- und assoziierten IL-6/IL-12-Produktion durch die dendritischen Zellen (Antigen-präsentierenden Zellen). Die CD40-CD40L-Interaktion komplementiert so die Interaktionen des Signals 1 (Antigen/MHC-TCR) und des Signals 2 (B7-CD28).A full Activation of cytotoxic T lymphocytes and complete effector function requires involvement of T helper cells through the interaction between the CD40 ligand on the T helper cells and the CD40 molecule derived from dendritic cells (Ridge et al., Nature 393: 474 (1998), Bennett et al., Nature 393: 478 (1998), Schonberger et al., Nature 393: 480 (1998)). The mechanism of this co-stimulating signal probably affects the increase in B7 and associated IL-6 / IL-12 production by the dendritic cells (antigen-presenting cells). The CD40-CD40L interaction thus complements the interactions of signal 1 (antigen / MHC-TCR) and the signal 2 (B7-CD28).
Die Verwendung von anti-CD40-Antikörpern für eine Stimulierung von dendritischen Zellen würde erwartungsgemäß direkt eine Reaktion gegenüber Tumor-Antigenen verstärken, die normalerweise außerhalb des Bereichs einer entzündlichen Reaktion liegen oder von nicht-professionellen Antigen-präsentierenden Zellen (Tumorzellen) präsentiert werden. In diesen Situationen werden T-Helfer- und B7-co-stimulierende Signale nicht bereitgestellt. Dieser Mechanismus könnte im Zusammenhang mit Therapien verwendet werden, die auf Antigen-gepulsten dendritischen Zellen basieren, oder in Situationen, bei denen T-Helfer-Epitope nicht in bekannten TRA-Vorläufern definiert wurden.The Use of anti-CD40 antibodies for stimulation As expected, dendritic cells would be direct a reaction to tumor antigens strengthen normally outside the area of an inflammatory Reaction or non-professional Antigen-presenting Cells (tumor cells) presented become. In these situations, T helper and B7 co-stimulatory Signals not provided. This mechanism could be in the Related to therapies used on antigen-pulsed dendritic Cells are based, or in situations where T helper epitopes not in known TRA precursors were defined.
Erfindungsgemäß vorgesehen ist auch eine Verabreichung von Nukleinsäuren, Polypeptiden oder Peptiden. Eine Verabreichung von Polypeptiden und Peptiden kann in an sich bekannter Weise erfolgen. In einer Ausführungsform erfolgt die Verabreichung von Nukleinsäuren durch ex vivo-Verfahren, d.h. durch Entfernung von Zellen aus einem Patienten, genetische Veränderung der Zellen, um ein Tumor-assoziiertes Antigen einzubauen, und Wiedereinbringung der veränderten Zellen in den Patienten. Dies umfasst im Allgemeinen das Einbringen einer funktionellen Kopie eines Gens in die Zellen eines Patienten in vitro und die Rückführung der genetisch veränderten Zellen in den Patienten. Die funktionelle Kopie des Gens steht unter funktioneller Kontrolle von regulatorischen Elementen, die eine Expression des Gens in den genetisch veränderten Zellen erlauben. Transfektions- und Transduktionsverfahren sind dem Fachmann bekannt. Erfindungsgemäß vorgesehen ist auch eine Verabreichung von Nukleinsäuren in vivo durch die Verwendung von Vektoren wie Viren und zielgesteuerten Liposomen.Provided according to the invention is also administration of nucleic acids, polypeptides or peptides. Administration of polypeptides and peptides may be per se done in a known manner. In one embodiment, the administration takes place of nucleic acids by ex vivo methods, i. by removing cells from one Patients, genetic change of the cells to incorporate a tumor-associated antigen and reintroduction the changed Cells in the patient. This generally includes the introduction a functional copy of a gene into the cells of a patient in vitro and the repatriation of the genetically modified Cells in the patient. The functional copy of the gene is below functional control of regulatory elements that have a Allow expression of the gene in the genetically modified cells. transfection and transduction methods are known in the art. Provided according to the invention is also administration of nucleic acids in vivo by use of vectors such as viruses and targeted liposomes.
In einer bevorzugten Ausführungsform ist ein viraler Vektor für die Verabreichung einer Nukleinsäure, die für ein Tumor-assoziiertes Antigen kodiert, aus der Gruppe ausgewählt bestehend aus Adenoviren, Adeno-assoziierten Viren, Poxviren, einschließlich Vacciniavirus und attenuierten Poxviren, Semliki-Forest-Virus, Retroviren, Sindbis-Virus und Ty-Virus-ähnlichen Partikeln. Besonders bevorzugt sind Adenoviren und Retroviren. Die Retroviren sind üblicherweise replikationsdefizient (d.h. sie sind unfähig, infektiöse Partikel zu erzeugen).In a preferred embodiment is a viral vector for the administration of a nucleic acid, the for encodes a tumor-associated antigen selected from the group consisting from adenoviruses, adeno-associated viruses, poxviruses, including vaccinia virus and attenuated poxviruses, Semliki forest virus, retroviruses, Sindbis virus and Ty virus-like Particles. Particularly preferred are adenoviruses and retroviruses. The Retroviruses are common replication-deficient (i.e., they are incapable of infectious particles to create).
Verschiedene Verfahren können eingesetzt werden, um erfindungsgemäß Nukleinsäuren in Zellen in vitro oder in vivo einzubringen. Solche Verfahren umfassen die Transfektion von Nukleinsäure-Kalziumphosphat-Präzipitaten, die Transfektion von Nukleinsäuren, die mit DEAE assoziiert sind, die Transfektion oder Infektion mit den vorstehenden Viren, die die interessierenden Nukleinsäuren tragen, die Liposomen-vermittelte Transfektion und ähnliches. In bestimmten Ausführungsformen ist eine Steuerung der Nukleinsäure an bestimmte Zellen bevorzugt. In solchen Ausführungsformen kann ein Träger, der für die Verabreichung einer Nukleinsäure an eine Zelle (z.B. ein Retrovirus oder ein Liposom) eingesetzt wird, ein gebundenes Zielsteuerungsmolekül aufweisen. Zum Beispiel kann ein Molekül wie ein Antikörper, der für ein Oberflächenmembran-Protein auf der Zielzelle spezifisch ist, oder ein Ligand für einen Rezeptor auf der Zielzelle in den Nukleinsäureträger eingebaut oder daran gebunden werden. Bevorzugte Antikörper umfassen Antikörper, die selektiv ein Tumor-assoziiertes Antigen binden. Falls eine Verabreichung einer Nukleinsäure durch Liposomen erwünscht ist, können Proteine, die an ein Oberflächenmembran-Protein binden, das mit der Endozytose assoziiert ist, in die Liposomenformulierung eingebaut werden, um eine Zielsteuerung und/oder Aufnahme zu ermöglichen. Solche Proteine umfassen Kapsid-Proteine oder Fragmente davon, die für einen bestimmten Zelltyp spezifisch sind, Antikörper gegen Proteine, die internalisiert werden, Proteine, die eine intrazelluläre Stelle ansteuern, und ähnliches.Various Procedures can be used to according to the invention nucleic acids in cells in vitro or in vivo. Such methods include transfection of nucleic acid-calcium phosphate precipitates, the transfection of nucleic acids, that are associated with DEAE, transfection or infection with the above viruses carrying the nucleic acids of interest, liposome-mediated transfection and the like. In certain embodiments is a control of the nucleic acid preferred to certain cells. In such embodiments, a carrier that for administration a nucleic acid to a cell (e.g., a retrovirus or a liposome) will have a bound targeting molecule. For example, can a molecule like an antibody, the one for one Surface membrane protein is specific on the target cell, or a ligand for one Receptor on the target cell incorporated into or bound to the nucleic acid carrier become. Preferred antibodies include Antibody, which selectively bind a tumor-associated antigen. If an administration a nucleic acid desired by liposomes is, can Proteins attached to a surface membrane protein bind associated with endocytosis into the liposome formulation be installed to allow a target control and / or recording. Such Proteins include capsid proteins or fragments thereof which are suitable for a specific cell types, antibodies to proteins that internalize be, proteins that drive an intracellular site, and the like.
Die erfindungsgemäßen therapeutischen Zusammensetzungen können in pharmazeutisch verträglichen Zubereitungen verabreicht werden. Solche Zubereitungen können gewöhnlich pharmazeutisch verträgliche Konzentrationen von Salzen, Pufferstoffen, Konservierungsstoffen, Trägern, ergänzenden immunitätssteigernden Stoffen wie Adjuvanzien (z.B. CpG-Nukleotide) und Zytokinen und gegebenenfalls andere therapeutische Wirkstoffe enthalten.The therapeutic according to the invention Compositions can in pharmaceutically acceptable Preparations are administered. Such preparations may usually have pharmaceutically acceptable concentrations of salts, buffers, preservatives, carriers, supplemental immunity enhancing Substances such as adjuvants (e.g., CpG nucleotides) and cytokines and optionally contain other therapeutic agents.
Die erfindungsgemäßen therapeutischen Wirkstoffe können auf jedem herkömmlichen Weg verabreicht werden, einschließlich durch Injektion oder durch Infusion. Die Verabreichung kann beispielsweise oral, intravenös, intraperitoneal, intramuskulär, subkutan oder transdermal erfolgen. Eine therapeutische Verabreichung von Antikörpern erfolgt vorzugsweise durch ein Lungenaerosol. Die Verabreichung von Antisense-Nukleinsäuren erfolgt vorzugsweise durch langsame intravenöse Verabreichung.The therapeutic agents of the present invention can be administered by any conventional route, including injection or infusion. The administration may be, for example, oral, intravenous, intraperitoneal, intramuscular, subcutaneous or transdermal. A Therapeutic administration of antibodies is preferably by a lung aerosol. The administration of antisense nucleic acids is preferably by slow intravenous administration.
Die erfindungsgemäßen Zusammensetzungen werden in wirksamen Mengen verabreicht. Eine „wirksame Menge" betrifft die Menge, die alleine oder zusammen mit weiteren Dosen eine gewünschte Reaktion oder eine gewünschte Wirkung erzielt. Im Fall einer Behandlung einer bestimmten Erkrankung oder eines bestimmten Zustands, der sich durch die Expression eines oder mehrerer Tumor-assoziierter Antigene auszeichnet, betrifft die gewünschte Reaktion die Hemmung des Krankheitsverlaufs. Dies umfasst die Verlangsamung des Fortschreitens der Erkrankung und insbesondere eine Unterbrechung des Fortschreitens der Erkrankung. Die gewünschte Reaktion bei einer Behandlung einer Erkrankung oder eines Zustands kann auch die Verzögerung des Ausbruchs oder eine Verhinderung des Ausbruchs der Erkrankung oder des Zustands sein.The Compositions of the invention are administered in effective amounts. An "effective amount" refers to the amount alone or together with other doses a desired reaction or a desired one Achieved effect. In case of treatment of a certain disease or a particular condition resulting from the expression of a or more tumor-associated antigens the desired Reaction the inhibition of disease progression. This includes the slowdown the progression of the disease and in particular an interruption the progression of the disease. The desired reaction during a treatment illness or condition can also delay the delay Outbreak or prevention of the onset of the disease or of the state.
Eine wirksame Menge einer erfindungsgemäßen Zusammensetzung wird von dem zu behandelnden Zustand, der Schwere der Krankheit, den individuellen Parametern des Patienten, einschließlich Alter, physiologischer Zustand, Größe und Gewicht, der Dauer der Behandlung, der Art einer begleitenden Therapie (falls vorhanden), dem spezifischen Verabreichungsweg und ähnlichen Faktoren abhängen.A effective amount of a composition of the invention is of the condition to be treated, the severity of the disease, the individual Parameters of the patient, including age, physiological Condition, height and weight, the Duration of treatment, type of concomitant therapy (if available), the specific route of administration and the like Depend on factors.
Die erfindungsgemäßen pharmazeutischen Zusammensetzungen sind vorzugsweise steril und enthalten eine wirksame Menge der therapeutisch wirksamen Substanz für die Erzeugung der gewünschten Reaktion oder der gewünschten Wirkung.The pharmaceutical compositions of the invention are preferably sterile and contain an effective amount of the therapeutically effective Substance for the generation of the desired Reaction or desired Effect.
Die Dosen der erfindungsgemäßen Zusammensetzungen, die verabreicht werden, können von verschiedenen Parametern wie der Verabreichungsart, dem Zustand des Patienten, dem gewünschten Verabreichungszeitraum, usw. abhängen. Für den Fall, dass eine Reaktion bei einem Patienten bei einer anfänglichen Dosis unzureichend ist, können höhere Dosen (oder effektiv höhere Dosen, die durch einen anderen, stärker lokalisierten Verabreichungsweg erzielt werden) eingesetzt werden.The Doses of the compositions according to the invention, which can be administered of various parameters such as the mode of administration, the condition the patient, the desired administration period, etc. depend on. In the case, that a reaction in a patient at an initial Dose is insufficient higher Cans (or effectively higher Canned by another, more localized route of administration be achieved) are used.
Im Allgemeinen werden für eine Behandlung oder für eine Erzeugung oder Erhöhung einer Immunreaktion Dosen des Tumor-assoziierten Antigens von 1 ng bis 1 mg, vorzugsweise von 10 ng bis 100 μg formuliert und verabreicht. Falls die Verabreichung von Nukleinsäuren (DNA sowie RNA), die für Tumor-assoziierte Antigene kodieren, erwünscht ist, werden Dosen von 1 ng bis 0,1 mg formuliert und verabreicht.in the Generally be for a treatment or for a generation or increase an immune response doses of the tumor-associated antigen of 1 ng to 1 mg, preferably from 10 ng to 100 ug formulated and administered. In case of administration of nucleic acids (DNA as well as RNA) that are associated with tumor Encode antigens, desired For example, doses of 1 ng to 0.1 mg are formulated and administered.
Die erfindungsgemäßen pharmazeutischen Zusammensetzungen werden im Allgemeinen in pharmazeutisch verträglichen Mengen und in pharmazeutisch verträglichen Zusammensetzungen verabreicht. Der Begriff „pharmazeutisch verträglich" betrifft ein nicht-toxisches Material, das nicht mit der Wirkung des aktiven Bestandteils der pharmazeutischen Zusammensetzung wechselwirkt. Solche Zubereitungen können gewöhnlich Salze, Pufferstoffe, Konservierungsstoffe, Träger und gegebenenfalls andere therapeutische Wirkstoffe enthalten. Bei einer Verwendung in der Medizin sollten die Salze pharmazeutisch verträglich sein. Nicht-pharmazeutisch verträgliche Salze können jedoch für die Herstellung pharmazeutisch verträglicher Salze davon verwendet werden und sind erfindungsgemäß umfasst. Solche pharmakologisch und pharmazeutisch verträglichen Salze umfassen in nicht begrenzender Weise diejenigen, die aus den nachstehenden Säuren hergestellt werden: Chlorwasserstoff-, Bromwasserstoff-, Schwefel-, Salpeter-, Phosphor-, Malein-, Essig-, Salicyl-, Citronen-, Ameisen-, Malon-, Bernsteinsäure und ähnliches. Pharmazeutisch verträgliche Salze können auch als Alkalimetall- oder Erdalkalimetallsalze wie Natrium-, Kalium- oder Calciumsalze hergestellt werden.The pharmaceutical compositions of the invention are generally in pharmaceutically acceptable amounts and in pharmaceutical acceptable Administered compositions. The term "pharmaceutically acceptable" refers to a non-toxic material, not with the effect of the active ingredient of the pharmaceutical Composition interacts. Such preparations can usually be salts, Buffering agents, preservatives, carriers and optionally others contain therapeutic agents. When used in the In medicine, the salts should be pharmaceutically acceptable. Non-pharmaceutically compatible Salts can however for the preparation of pharmaceutically acceptable salts thereof can be used and are included according to the invention. Such pharmacologically and pharmaceutically acceptable salts do not include in limiting, those made from the following acids: hydrogen chloride, Hydrobromic, sulfuric, nitric, phosphoric, maleic, acetic, Salicylic, citric, formic, malonic, succinic and the like. Pharmaceutically acceptable Salts can also as alkali metal or alkaline earth metal salts such as sodium, potassium or calcium salts.
Eine erfindungsgemäße pharmazeutische Zusammensetzung kann einen pharmazeutisch verträglichen Träger umfassen. Der Begriff „pharmazeutisch verträglicher Träger" betrifft erfindungsgemäß einen oder mehrere kompatible feste oder flüssige Füllstoffe, Verdünnungsmittel oder Kapselsubstanzen, die für eine Verabreichung an einen Menschen geeignet sind. Der Begriff „Träger" betrifft einen organischen oder anorganischen Bestandteil, natürlicher oder synthetischer Natur, in dem der aktive Bestandteil kombiniert wird, um eine Anwendung zu erleichtern. Die Bestandteile der erfindungsgemäßen pharmazeutischen Zusammensetzung sind gewöhnlich derart, dass keine Interaktion auftritt, die die gewünschte pharmazeutische Wirksamkeit wesentlich beeinträchtigt.A inventive pharmaceutical composition can be a pharmaceutically acceptable carrier include. The term "pharmaceutical compatible Carrier "according to the invention relates to a or more compatible solid or liquid fillers, diluents or capsule substances used for suitable for administration to a human. The term "carrier" refers to an organic or inorganic component, natural or synthetic Nature in which the active ingredient is combined to an application to facilitate. The components of the pharmaceutical according to the invention Compositions are usually such that no interaction occurs that has the desired pharmaceutical efficacy significantly impaired.
Die erfindungsgemäßen pharmazeutischen Zusammensetzungen können geeignete Pufferstoffe wie Essigsäure in einem Salz, Citronensäure in einem Salz, Borsäure in einem Salz und Phosphorsäure in einem Salz enthalten.The pharmaceutical compositions of the invention can suitable buffering agents such as acetic acid in a salt, citric acid in one Salt, boric acid in a salt and phosphoric acid contained in a salt.
Die pharmazeutischen Zusammensetzungen können auch gegebenenfalls geeignete Konservierungsstoffe wie Benzalkoniumchlorid, Chlorbutanol, Parabene und Thimerosal enthalten.The Pharmaceutical compositions may also be suitable as appropriate Preservatives such as benzalkonium chloride, chlorobutanol, parabens and thimerosal.
Die pharmazeutischen Zusammensetzungen werden gewöhnlich in einer einheitlichen Dosisform dargeboten und können in an sich bekannter Weise hergestellt werden. Erfindungsgemäße pharmazeutische Zusammensetzungen können beispielsweise in Form von Kapseln, Tabletten, Lutschpastillen, Lösungen, Suspensionen, Sirupen, Elixieren oder als Emulsion vorliegen.The pharmaceutical compositions are usually presented in a unit dosage form and can be prepared in a manner known per se. Pharmaceutical compositions according to the invention can be used in For example, in the form of capsules, tablets, lozenges, solutions, suspensions, syrups, elixirs or as an emulsion.
Zusammensetzungen, die für eine parenterale Verabreichung geeignet sind, umfassen gewöhnlich eine sterile wässrige oder nicht-wässrige Zubereitung des Wirkstoffs, die vorzugsweise mit dem Blut des Empfängers isotonisch ist. Verträgliche Träger und Lösungsmittel sind beispielsweise Ringer-Lösung und isotonische Natriumchloridlösung.compositions the for suitable for parenteral administration, usually include one sterile aqueous or non-aqueous preparation of the active ingredient, preferably isotonic with the blood of the recipient is. Compatible carriers and solvent are for example Ringer's solution and isotonic sodium chloride solution.
Zusätzlich werden gewöhnlich sterile, fixierte Öle als Lösungs- oder Suspensionsmedium eingesetzt.In addition will be usually sterile, fixed oils as a solution or suspension medium used.
Die vorliegende Erfindung wird durch die nachstehenden Abbildungen und Beispiele ausführlich beschrieben, die ausschließlich der Erläuterung dienen und nicht begrenzend zu verstehen sind. Dem Fachmann sind aufgrund der Beschreibung und der Beispiele weitere Ausführungsformen zugänglich, die ebenfalls erfindungsgemäß umfasst sind.The The present invention is illustrated by the following figures and Examples in detail described exclusively to serve the explanation and are not meant to be limiting. The skilled person is due the description and the examples further embodiments accessible which also comprises according to the invention are.
Abbildungen:pictures:
Quantitative
Expressionsanalyse von SEQ ID NO: 1 in gesundem Hautgewebe, Testisgewebe
und Melanomen. Logarithmische Darstellung der relativen Expression
(-fache Aktivierung). Eine tumorselektive Expression ist ersichtlich.
Quantitative expression analysis of SEQ ID NO: 1 in healthy skin tissue, testis tissue and melanomas. Logarithmic representation of relative expression (fold activation). Tumor-selective expression is evident.
RT-PCR-Expressionsanalyse
von SEQ ID NO: 1 (FLJ31461) in Melanomen (n = 14) und Melanomzelllinien
(n = 4) im Vergleich zur gesunden Haut (n = 4) und zur Testis (n
= 3).
RT-PCR expression analysis of SEQ ID NO: 1 (FLJ31461) in melanoma (n = 14) and melanoma cell lines (n = 4) compared to healthy skin (n = 4) and testis (n = 3).
Quantitative
Expressionsanalyse von SEQ ID NO: 5 in Normalgeweben und verschiedenen
Tumoren (Pools aus jeweils 3-5 Einzelproben, rechte Seite). A: Logarithmische
Darstellung der relativen Expression (-fache Aktivierung). B: Bild
nach gelelektrophoretischer Auftrennung der amplifizierten Fragmente. Eine
tumorselektive Expression ist ersichtlich.
Quantitative expression analysis of SEQ ID NO: 5 in normal tissues and different tumors (pools of 3-5 individual samples each, right side). A: Logarithmic representation of relative expression (fold activation). B: Image after gel electrophoretic separation of the amplified fragments. Tumor-selective expression is evident.
A: Quantitative Expressionsanalyse von SEQ
ID NO: 5 in verschiedenen HNO-, Nieren- und Uterustumoren im Vergleich
zur Expression in den dazugehörigen
Normalgeweben. Logarithmische Darstellung. B: Bild nach gelelektrophoretischer
Auftrennung der amplifizierten Fragmente. Eine tumorselektive Expression
ist ersichtlich.
A: Quantitative expression analysis of SEQ ID NO: 5 in various ENT, kidney and uterine tumors compared to expression in the associated normal tissues. Logarithmic representation. B: Image after gel electrophoretic separation of the amplified fragments. Tumor-selective expression is evident.
Hybridisierung einer DIG-markierten
DNA-Sonde, die durch PCR-Amplifikation mit den Primern gemäß SEQ ID
NO: 7 und 8 hergestellt wurden, mit Testis-spezifischer RNA. Spur
1: 2 μg
Testis-spezifische RNA; Spur 2: 1 μg Testis-spezifische RNA.
Hybridization of a DIG-labeled DNA probe prepared by PCR amplification with the primers according to SEQ ID NO: 7 and 8, with testis-specific RNA. Lane 1: 2 μg of testis-specific RNA; Lane 2: 1 μg of testis-specific RNA.
Wie aus den RT-PCR-Reaktionen zu erwarten, konnte
mit einem spezifischen Antiserum auch das Protein gemäß SEQ ID
NO: 5 in Hodengewebe (A) als auch in Nierenzellkarzinomen (B) nachgewiesen werden.
As expected from the RT-PCR reactions, the protein according to SEQ ID NO: 5 could be detected in testicular tissue (A) as well as in renal cell carcinomas (B) using a specific antiserum.
Eine
Tumorzelllinie wurde mit einem Konstrukt, das für ein Fusionskonstrukt aus
green-fluorescence
protein (GFP) und LOC203413 kodiert, transfiziert. Die Bereiche,
an denen sich Protein anlagert, leuchten grün (A). Diese Zelle wurde mit
dem Antikörper
angefärbt
(B). Eine Übereinanderlagerung
(C) zeigt, dass der Antikörper
spezifisch für
das Protein ist.
A tumor cell line was transfected with a construct encoding a fusion construct of green-fluorescence protein (GFP) and LOC203413. The areas where protein attaches are green (A). This cell was stained with the antibody (B). Overlapping (C) shows that the antibody is specific for the protein.
Zellen
wurden mit dem spezifischen Gen als Fusionskonstrukt mit eGFP transfiziert
(A) und mit einem spezifischen Antikörper gegen dieses Genprodukt angefärbt (B).
Spezifität
wird durch die Überlagerung (C)
der Färbungen
mittels Immunfluoreszenz nachgewiesen.
Cells were transfected with the specific gene as a fusion construct with eGFP (A) and stained with a specific antibody against this gene product (B). Specificity is demonstrated by the overlay (C) of the stains by immunofluorescence.
Spuren 1 & 6:
293-Zellen, Spuren 2 & 7:
293-Zellen, transfiziert mit LOC90625 und getaggt mit GFP, Spuren
3, 4, 9 & 8:
293-Zellen, transfiziert mit LOC90625 allein.
Lanes 1 & 6: 293 cells, lanes 2 & 7: 293 cells transfected with LOC90625 and tagged with GFP, Spu 3, 4, 9 & 8: 293 cells transfected with LOC90625 alone.
Keimzellen
des Hodens sind die einzigen normalen Zellen, die dieses Genprodukt
exprimieren. Tumoren wie das hier dargestellte Prostatakarzinom
exprimieren ebenfalls.
Testis germ cells are the only normal cells that express this gene product. Tumors like the prostate cancer shown here also express.
Quantitative RT-PCR-Expressionsanalyse von FAM26A
in Ovarial-, Magen-, Ösophagus-,
Pankreas- und Leberkarzinomen im Vergleich zum jeweiligen gesunden
Gewebe. Lineare Darstellung der relativen Expression (-fache Aktivierung).
Eine tumorselektive Expression ist ersichtlich.
Quantitative RT-PCR expression analysis of FAM26A in ovarian, gastric, esophageal, pancreatic and hepatic carcinomas compared to the respective healthy tissue. Linear representation of relative expression (fold activation). Tumor-selective expression is evident.
Western
Blot-Analyse der Antiseren, die durch Immunisierung mit dem Peptid
gemäß SEQ ID
NO: 291 (A) bzw. 292 (B) generiert wurden. Analysiert wurden Extrakte
von CHO-Zellen nach Transfektion mit jeweils Epitop-spezifischen
(A 1, 3; B 2, 4) bzw. jeweils Epitop-unspezifischen (A2, 4; B 1, 3) Plasmiden.
Der Pfeil bezeichnet die spezifischen Fragmente.
Western blot analysis of the antisera generated by immunization with the peptide of SEQ ID NO: 291 (A) and 292 (B), respectively. Extracts of CHO cells were analyzed after transfection with epitope-specific (A 1, 3, B 2, 4) or respectively epitope-nonspecific (A2, 4; B 1, 3) plasmids. The arrow indicates the specific fragments.
Nachweis
von FAM26A in Zervix-, Ovarial- und Pankreastumoren mittels FAM26A-spezifischen Antikörpern (SEQ
ID NO: 292).
Detection of FAM26A in cervical, ovarian and pancreatic tumors using FAM26A-specific antibodies (SEQ ID NO: 292).
Analyse
des FAM26A-Proteins in Zelllinien mit Hilfe von SEQ ID NO: 291-spezifischen
Antikörpern.
Western Blot-Analyse mit Präimmunserum
als Spezifitätskontrolle
(Spuren 1-5) und FAM26A-spezifischen Antikörpern.
Analysis of the FAM26A protein in cell lines using SEQ ID NO: 291-specific antibodies. Western blot analysis with preimmune serum as specificity control (lanes 1-5) and FAM26A-specific antibodies.
Konstitutiv
exprimiertes Protein ist zellmembranständig.
Constitutively expressed protein is cell membrane.
A: Immunhistochemische Analyse des FAM26A-Proteins
in Pankreaskarzinomproben (40-fache
Vergrößerung,
Verdünnung
1:300) mit Hilfe des SEQ ID NO: 292-spezifischen Antiserums. B:
Keimzellen des menschlichen Hodens.
A: Immunohistochemical analysis of the FAM26A protein in pancreatic carcinoma samples (40-fold magnification, dilution 1: 300) using the SEQ ID NO: 292-specific antiserum. B: germ cells of the human testicle.
Quantitative
Expressionsanalyse von SEMA5B in Normalgeweben (links) und Tumorproben
(Pools aus jeweils 3-5 Einzelproben, rechts). Lineare Darstellung
der relativen Expression (-fache
Aktivierung).
Quantitative expression analysis of SEMA5B in normal tissues (left) and tumor samples (pools of 3-5 individual samples, right). Linear representation of relative expression (fold activation).
Quantitative Expressionsanalyse
von SEMA5B in A) Nierenzellkarzinomproben (T1-T12) im Vergleich
zu gesundem Nierengewebe (N; n = 3) und B) Mammakarzinomen (T1-T12)
im Vergleich zu gesundem Brustgewebe (N; n = 3); Logarithmische
Darstellung der relativen Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of SEMA5B in A) renal cell carcinoma samples (T1-T12) compared to healthy kidney tissue (N; n = 3) and B) breast cancer (T1-T12) compared to healthy breast tissue (N; n = 3); Logarithmic representation of relative expression (fold activation).
Spuren
4 & 7 sind kontrolltransfizierte
Zellen. Spuren 5, 6, 8 & 9
sind mit einem Fusionskonstrukt aus GJB5 und GFP transfiziert. Das
spezifische Fusionsprotein weist die erwartete Größe von etwa
50 kDa auf.
Lanes 4 & 7 are control transfected cells. Lanes 5, 6, 8 & 9 are transfected with a fusion construct of GJB5 and GFP. The specific fusion protein has the expected size of about 50 kDa.
Quantitative
Expressionsanalyse von KLK5 in gesunden Gewebeproben (links) und
Tumoren (Pools aus jeweils 3-5 Einzelproben, rechts). Lineare Darstellung
der relativen Expression (fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of KLK5 in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Linear representation of relative expression (fold activation).
293-Zellen
wurden mit für
KLK5 kodierenden Konstrukten (Spur 3) transfiziert und mit Kontrollen
(Spuren 1 und 2) verglichen.
293 cells were transfected with KLK5-encoding constructs (lane 3) and compared to controls (lanes 1 and 2).
Der
Antikörper
ist gegen einen extrazellulären
Bereich des Proteins, der nach Prozessierung des zu sezernierenden
Anteils verbleibt, gerichtet. A: Primärer Brusttumor; B: Brusttumor,
Metastase; C: normale Brustdrüse.
The antibody is directed against an extracellular region of the protein that remains after processing the portion to be secreted. A: primary breast tumor; B: breast tumor, metastasis; C: normal mammary gland.
Quantitative Expressionsanalyse von LOC352765 in gesunden
Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils 3-5 Einzelproben,
rechts). Logarithmische Darstellung der relativen Expression (-fache
Aktivierung).
Quantitative expression analysis of LOC352765 in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Logarithmic representation of relative expression (fold activation).
Quantitative Expressionsanalyse
von LOC352765 in Mammakarzinomen (n = 12) im Vergleich zu gesunden
Gewebeproben. Logarithmische Darstellung der relativen Expression
(-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of LOC352765 in breast cancer (n = 12) compared to healthy tissue samples. Logarithmic representation of relative expression (fold activation).
Quantitative
Expressionsanalyse von SVCT1 in gesunden Gewebeproben (links) und
Tumoren (Pools aus jeweils 3-5 Einzelproben, rechts). Logarithmische
Darstellung der relativen Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of SVCT1 in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Logarithmic representation of relative expression (fold activation).
Quantitative Expressionsanalyse
von SVCT1 in A Nierenkarzinomen (n = 12), B Zervixtumoren (n = 4) und
HNO-Tumoren (n = 5) im Vergleich zu gesunden Gewebeproben. Logarithmische
Darstellung der relativen Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of SVCT1 in A renal carcinomas (n = 12), B cervical tumors (n = 4) and ENT tumors (n = 5) compared to healthy tissue samples. Logarithmic representation of relative expression (fold activation).
Quantitative
Expressionsanalyse von LOC199953 in Nierenzellkarzinomen (n = 12)
und HNO-Tumoren
(n = 5) im Vergleich zu gesunden Nieren- und Haut-spezifischen Gewebeproben.
Lineare Darstellung der relativen Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of LOC199953 in renal cell carcinoma (n = 12) and ENT tumors (n = 5) compared to healthy kidney and skin specific tissue samples. Linear representation of relative expression (fold activation).
Quantitative
Expressionsanalyse von TMEM31 in gesunden Gewebeproben (links) und
Tumoren (Pools aus jeweils 3-5 Einzelproben, rechts). Logarithmische
Darstellung der relativen Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of TMEM31 in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Logarithmic representation of relative expression (fold activation).
Quantitative Expressionsanalyse
von TMEM31 in A Magenkarzinomen (n = 10) und B Mammakarzinomen (n
= 12) im Vergleich zu gesunden Gewebeproben. Logarithmische Darstellung
der relativen Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of TMEM31 in A gastric carcinoma (n = 10) and B breast cancer (n = 12) compared to healthy tissue samples. Logarithmic representation of relative expression (fold activation).
Quantitative
Expressionsanalyse von FLJ25132 in Ovarialtumoren (n = 8) und Prostatakarzinomen
(n = 10) im Vergleich zu gesunden Gewebeproben. Lineare Darstellung
der relativen Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of FLJ25132 in ovarian tumors (n = 8) and prostate carcinomas (n = 10) compared to healthy tissue samples. Linear representation of relative expression (fold activation).
Quantitative Expressionsanalyse von SEQ ID NO 57 in
gesunden Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils 3-5
Einzelproben, rechts). Lineare Darstellung der relativen Expression
(-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of SEQ ID NO 57 in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Linear representation of relative expression (fold activation).
Quantitative Expressionsanalyse
von SEQ ID NO: 57 in A Ösophagustumoren
(n = 10), B Leberkarzinomen (n = 8), C Nierenkarzinomen und D Zervix-
und HNO-Tumoren im Vergleich zu jeweils gesunden Gewebeproben. Lineare
(A, B, D) bzw. logarithmische (C) Darstellung der relativen Expression
(-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of SEQ ID NO: 57 in A esophageal tumors (n = 10), B liver carcinomas (n = 8), C renal carcinomas and D cervical and ENT tumors compared to healthy tissue samples. Linear (A, B, D) or logarithmic (C) representation of relative expression (fold activation).
Quantitative Expressionsanalyse von LOC119395 in gesunden
Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils 3-5 Einzelproben,
rechts). Lineare Darstellung der relativen Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of LOC119395 in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Linear representation of relative expression (fold activation).
Quantitative Expressionsanalyse
von LOC119395 in A Brusttumoren (n = 12), B Ösophaguskarzinomen (n = 8)
und C Kolon- und Magenkarzinomen im Vergleich zu gesunden Gewebeproben.
Logarithmische Darstellung der relativen Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of LOC119395 in A breast tumors (n = 12), B esophageal carcinomas (n = 8) and C colon and gastric carcinomas compared to healthy tissue samples. Logarithmic representation of relative expression (fold activation).
A Quantitative Analyse der LOC121838-spezifischen Expression
in gesunden Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils
3-5 Einzelproben, rechts). Lineare Darstellung der relativen Expression (-fache
Aktivierung). B Detailanalyse von LOC121838-spezifischer RNA in
Ovarialgeweben, logarithmische Darstellung.
A Quantitative analysis of LOC121838-specific expression in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Linear representation of relative expression (fold activation). B Detailed analysis of LOC121838-specific RNA in ovarian tissues, logarithmic representation.
Quantitative Expressionsanalyse von LOC221103-RNA
in gesunden Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils
3-5 Einzelproben, rechts). Lineare Darstellung der relativen Expression
(-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of LOC221103 RNA in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Linear representation of relative expression (fold activation).
Quantitative Expressionsanalyse
von LOC221103-RNA in Lebertumoren (n = 8) und einer gesunden Leberprobe
(N). Lineare Darstellung der relativen Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of LOC221103 RNA in liver tumors (n = 8) and a healthy liver sample (N). Linear representation of relative expression (fold activation).
Quantitative Expressionsanalyse von LOC338579-spezifischer
RNA in gesunden Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils
3-5 Einzelproben, rechts). Logarithmische Darstellung der relativen
Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of LOC338579-specific RNA in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Logarithmic representation of relative expression (fold activation).
Quantitative Expressionsanalyse von LOC90342-spezifischer
RNA in gesunden Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils
3-5 Einzelproben, rechts). Logarithmische Darstellung der relativen
Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of LOC90342-specific RNA in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Logarithmic representation of relative expression (fold activation).
Quantitative
Expressionsanalyse von LRFN1-spezifischer RNA in gesunden Gewebeproben
(links) und Tumoren (Pools aus jeweils 3-5 Einzelproben, rechts).
Logarithmische Darstellung der relativen Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of LRFN1-specific RNA in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Logarithmic representation of relative expression (fold activation).
A Quantitative Analyse der LOC285916-spezifischen Expression
in gesunden Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils
3-5 Einzelproben, rechts). Lineare Darstellung der relativen Expression (-fache
Aktivierung). B Detailanalyse von LOC285916-spezifischer RNA in
Nierengeweben und HNO-Tumoren, logarithmische Darstellung.
A Quantitative analysis of LOC285916-specific expression in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Linear representation of relative expression (fold activation). B Detailed analysis of LOC285916-specific RNA in kidney tissues and ENT tumors, logarithmic representation.
A Quantitative Analyse der MGC71744-spezifischen Expression
in gesunden Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils
3-5 Einzelproben, rechts). Lineare Darstellung der relativen Expression (-fache
Aktivierung). B Detailanalyse von MGC71744-spezifischer RNA in verschiedenen
Nierengeweben, logarithmische Darstellung.
A Quantitative analysis of MGC71744-specific expression in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Linear representation of relative expression (fold activation). B Detailed analysis of MGC71744-specific RNA in various kidney tissues, logarithmic representation.
Quantitative Expressionsanalyse von LOC342982-spezifischer
RNA in gesunden Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils
3-5 Einzelproben, rechts). Logarithmische Darstellung der relativen
Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of LOC342982-specific RNA in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Logarithmic representation of relative expression (fold activation).
A Quantitative Analyse der LOC343169-spezifischen Expression
in gesunden Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils
3-5 Einzelproben, rechts). Lineare Darstellung der relativen Expression (-fache
Aktivierung). B Detailanalyse von LOC343169-spezifischer RNA in
verschiedenen Ovarialgeweben, logarithmische Darstellung.
A Quantitative analysis of LOC343169-specific expression in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Linear representation of relative expression (fold activation). B Detailed analysis of LOC343169-specific RNA in various ovarian tissues, logarithmic representation.
A Quantitative Analyse der LOC340204-spezifischen Expression
in gesunden Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils
3-5 Einzelproben, rechts). Lineare Darstellung der relativen Expression (-fache
Aktivierung). B Gelbild ausgewählter
Gewebeproben nach gelelektrophoretischer Auftrennung.
A Quantitative analysis of LOC340204-specific expression in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Linear representation of relative expression (fold activation). B Gel image of selected tissue samples after gel electrophoretic separation.
Quantitative Expressionsanalyse von LOC340067-spezifischer
RNA in gesunden Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils
3-5 Einzelproben, rechts). Logarithmische Darstellung der relativen
Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of LOC340067-specific RNA in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Logarithmic representation of relative expression (fold activation).
Quantitative Expressionsanalyse von LOC342780-spezifischer
RNA in gesunden Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils
3-5 Einzelproben, rechts). Logarithmische Darstellung der relativen
Expression (-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of LOC342780-specific RNA in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Logarithmic representation of relative expression (fold activation).
A Quantitative Analyse der LOC339511-spezifischen Expression
in gesunden Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils
3-5 Einzelproben, rechts). Lineare Darstellung der relativen Expression (-fache
Aktivierung). B Detailanalyse von LOC339511-spezifischer RNA in
verschiedenen Leber-spezifischen Geweben, lineare Darstellung.
A Quantitative analysis of LOC339511-specific expression in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Linear representation of relative expression (fold activation). B Detailed analysis of LOC339511-specific RNA in different liver-specific tissues, linear representation.
Quantitative Expressionsanalyse von C14orf37 in
gesunden Gewebeproben (links) und Tumoren (Pools aus jeweils 3-5
Einzelproben, rechts). Lineare Darstellung der relativen Expression
(-fache Aktivierung).
Quantitative expression analysis of C14orf37 in healthy tissue samples (left) and tumors (pools of 3-5 individual samples, right). Linear representation of relative expression (fold activation).
A
Quantitative Expressionsanalyse von ATP1A4 in gesunden Gewebeproben
und Tumoren (Pools aus jeweils 3-5 Einzelproben). Logarithmische
Darstellung der relativen Expression (-fache Aktivierung). B Detailanalyse
von ATP1A4-spezifischer RNA in verschiedenen Brust-spezifischen Geweben,
logarithmische Darstellung.
A Quantitative expression analysis of ATP1A4 in healthy tissue samples and tumors (pools of 3-5 individual samples each). Logarithmic representation of relative expression (fold activation). B Detailed analysis of ATP1A4-specific RNA in different breast-specific tissues, logarithmic representation.
Beispiele:Examples:
Material und Methodenmaterial and methods
Die Begriffe „in silico", und „elektronisch" beziehen sich rein auf die Nutzung von auf Datenbanken beruhenden Verfahren, mit denen auch Labor-experimentelle Vorgänge simuliert werden können.The Terms "in silico ", and" electronic "refer purely to the use of database-based procedures that allow also laboratory experimental procedures can be simulated.
Alle anderen Begriffe und Termini sind, falls nicht explizit anders definiert, so verwendet, wie sie der Fachmann versteht. Die genannten Techniken und Verfahren erfolgen in an sich bekannter Weise und sind z.B. in Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2. Auflage (1989), Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. beschrieben. Alle Verfahren, die die Verwendung von Kits und Reagenzien einschließen, sind entsprechend den Angaben der Hersteller durchgeführt.All other terms and terms are, unless explicitly defined otherwise, used as understood by those skilled in the art. The techniques mentioned and methods are carried out in a manner known per se and are described, for example, in Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Edition (1989), Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY. All procedures involving the use of kits and reagents are carried out according to the manufacturer's instructions.
A. Datamining-basierte Strategie zur Identifizierung von Tumor-assoziierten AntigenenA. Datamining-based Strategy for the identification of tumor-associated antigens
Erfindungsgemäß wurden öffentliche humane Protein- und Nukleinsäuredatenbanken im Hinblick auf krebsspezifische Antigene untersucht, die auf der Zelloberfläche zugänglich sind. Die Definition der dafür notwendigen Filterkriterien zusammen mit einer Hochdurchsatz-Methodik zur Analyse möglichst aller Proteine bildeten den zentralen Bestandteil dieser Strategie.According to the invention were public human protein and nucleic acid databases with regard to cancer specific antigens, which are based on cell surface accessible are. The definition of that necessary filter criteria together with a high throughput methodology for analysis as possible of all proteins formed the central component of this strategy.
Den Ausgangspunkt bildeten die hauptsächlich aus dem humanen Genomprojekt vorhergesagten potenziellen Gene, die in der „RefSeq" Datenbank (Pruitt et al., Trends Genet. Jan;16(1):44-47, 2000) des „National Center for Biotechnology Information" (NCBI) als rein modellhafte Protein- (XP-) bzw. mRNA-Einträge (XM-) abgelegt sind. In einem weiteren Ansatz wurden auch die validierten Proteineinträge (NP-) bzw. die korrespondierenden mRNAs (NM-) derselben Datenbank in gleicher Weise analysiert. Dem Grundprinzip (hypothetisches) Gen zu mRNA zu Protein folgend wurden die Proteine unter Kombination mehrerer Prädiktionsprogramme für Proteinanalyse zunächst auf das Vorhanden sein von Transmembrandomänen hin untersucht. Aus der humanen XP-Fraktion der „RefSeq" Datenbank wurden insgesamt 19.544 Einträge analysiert, wobei 2.025 hypothetische Proteine den Filterkriterien genügten. Die humane NP-Fraktion lieferte insgesamt 19.110 Einträge mit einem Anteil von 4.634 gefilterten Proteinen.The The starting point was formed mainly by the human genome project predicted potential genes identified in the RefSeq database (Pruitt et al., Trends Genet. Jan; 16 (1): 44-47, 2000) of the "National Center for Biotechnology Information "(NCBI) as a purely model protein (XP) or mRNA entries (XM-) are stored. In another approach, the validated protein items (NP-) or the corresponding mRNAs (NM-) of the same database analyzed in the same way. The basic principle (hypothetical) Following gene to mRNA to protein, the proteins were combined several prediction programs for protein analysis first being examined for the presence of transmembrane domains. From the human XP fraction of the "RefSeq" database have been total 19,544 entries analyzed, with 2,025 hypothetical proteins meeting the filter criteria enough. The Human NP Group delivered a total of 19,110 entries with a Proportion of 4,634 filtered proteins.
Die korrespondierende mRNA jedes dieser 2.025 bzw. 4.634 Proteine wurde anschließend einer Homologiesuche in der EST-Datenbank (Boguski et al., Nat. Genet. 4(4):332-333, 1993) des NCBI mit Hilfe des „BLAST" Algorithmus (Altschul et al., Nucleic Acids Res.25:3389-3402, 1997) unterzogen. Die Filterkriterien wurden bei dieser Suche stringent eingestellt. Insgesamt 1.270 hypothetische mRNAs erzielten dabei mindestens einen Treffer in der EST-Datenbank, wobei die Anzahl der Treffer in Einzelfällen mehr als 1.000 betrug.The corresponding mRNA of each of these 2,025 and 4,634 proteins, respectively subsequently a homology search in the EST database (Boguski et al., Nat. Genet. 4 (4): 332-333, 1993) of the NCBI using the "BLAST" algorithm (Altschul et al., Nucleic Acids Res. 25: 3389-3402, 1997). The filter criteria were set stringently in this search. A total of 1,270 hypothetical mRNAs achieved at least one hit in the EST database, the number of hits in individual cases was more than 1,000.
Für jeden Einzelnen dieser validen Treffer wurde anschließend die gewebsspezifische Herkunft der zugrunde liegenden cDNA Bibliothek sowie der Name der Bibliothek ermittelt. Die daraus resultierenden Gewebe wurden in vier verschiedene Gruppen eingeteilt, die von dispensiblen Organen (Gruppe 3) bis hin zu absolut lebensnotwendigen Organen reichten (Gruppe 0). Eine weitere Gruppe 4 bildeten alle Proben, die aus Krebsgewebe gewonnen wurden. Die Verteilung der Treffer auf die fünf Gruppen wurde in einer Tabelle festgehalten, die nach dem besten Verhältnis der Summe der Gruppen 3 und 4 gegenüber der Summe der Gruppen 0-2 sortiert wurde. Dabei erreichten diejenigen mRNAs einen Spitzenplatz, deren EST Treffer ausschließlich Krebsgewebe entstammten, gefolgt von denjenigen, die darüber hinaus noch in Geweben dispensibler Organe der Gruppe 3 zu finden sind. Ein weiteres Kriterium für die Aussagekraft dieser Verteilung bildete die Anzahl der unabhängigen cDNA-Bibliotheken, aus denen die ESTs gewonnen wurden und die in einer eigenen Spalte in der Tabelle festgehalten wurde.For each Some of these valid scores subsequently became the tissue-specific one Origin of the underlying cDNA library as well as the name of the Library determined. The resulting tissues were in divided into four different groups, by dispensible organs (Group 3) to absolutely vital organs (Group 0). Another group 4 formed all the samples Cancerous tissues were recovered. The distribution of hits on the five groups was recorded in a table based on the best ratio of Sum of groups 3 and 4 opposite the sum of groups 0-2 was sorted. They reached those mRNAs occupy a top spot whose EST hits exclusively cancerous tissue came from, followed by those who still in tissues to be found in the dispensable organs of group 3. Another criterion for the informative value This distribution formed the number of independent cDNA libraries from which the ESTs were derived were recorded in a separate column in the table has been.
Da es sich bei den im ersten Ansatz ermittelten Transkripten und den korrespondierenden Proteinen zunächst um hypothetische Konstrukte handelt, wurden noch weitere Filterkriterien hinzugezogen, die die reale Existenz der mRNAs und damit auch der Proteine belegen sollten. Dazu wurde jede mRNA mit Hilfe des Programms „Spidey" (Wheelan et al., Genome Res. 11(11):1952-1957, 2001) dem vorhergesagten Genlokus verglichen. Nur diejenigen Transkripte, die mindestens einen Spleißvorgang aufweisen, d.h. die sich auf mindestens 2 Exons verteilen, wurden für weitergehende Analysen verwendet.There it is in the first approach detected transcripts and the corresponding proteins first are hypothetical constructs, were even more filter criteria involved the real existence of the mRNAs and thus also the proteins should prove. For this purpose, each mRNA was analyzed using the program "Spidey" (Wheelan et al. Genome Res. 11 (11): 1952-1957, 2001) to the predicted gene locus compared. Only those transcripts that have at least one splicing operation have, i. which were distributed to at least 2 exons were for more advanced Used analyzes.
Die sequenzielle Anwendung aller genannten Filter führte zu den erfindungsgemäßen Tumor-assoziierten Antigenen, die aufgrund einer vorhergesagten Transmembrandomäne und der damit verbundenen Topologie als von extrazellulär zugänglich anzusehen sind. Das aus den EST-Daten abgeleitete Expressionsprofil weist in allen Fällen auf eine krebsspezifische Expression hin, die sich höchstens noch auf dispensible Organe erstrecken kann.The Sequential application of all mentioned filters led to the tumor-associated antigens according to the invention, due to a predicted transmembrane domain and the associated topology are considered to be of extracellular accessibility. The Expression profile derived from the EST data is evident in all cases a cancer-specific expression out, the most at least dispensible Organs can extend.
B. Validierungsstrategie der durch in silico Analyse identifizierten Tumor-assoziierten AntigeneB. Validation strategy the tumor-associated antigens identified by in silico analysis
Zur Nutzung der Targets für immuntherapeutische Zwecke (Antikörpertherapie mittels monoklonaler Antikörper, Vakzinierung, T-Zell Rezeptor-vermittelte therapeutische Ansätze; vgl. EP-B-0 879 282) oder andere zielgerichtete Ansätze (small compounds, siRNA etc.) bei der Krebstherapie sowie für diagnostische Fragestellungen ist die Validierung der erfindungsgemäß identifizierten Targets von zentraler Bedeutung. Die Validierung erfolgt dabei durch Expressionsanalyse sowohl auf RNA als auch auf Proteinebene.to Use of the targets for immunotherapeutic purposes (antibody therapy using monoclonal Antibody, Vaccination, T cell receptor-mediated therapeutic approaches; see. EP-B-0 879 282) or other targeted approaches (small compounds, siRNA etc.) in cancer therapy as well as for diagnostic issues is the validation of the inventively identified targets of central importance. The validation is carried out by expression analysis at both RNA and protein level.
1. Untersuchung der RNA Expression1. investigation the RNA expression
Die erste Charakterisierung der identifizierten Tumorantigene erfolgt mit Hilfe von RNA, die aus verschiedenen Geweben bzw. aus gewebespezifischen Zelllinien gewonnen wird. Weil das differentielle Expressionsmuster aus gesundem Gewebe im Vergleich zu Tumorgewebe eine entscheidende Bedeutung für die spätere therapeutische Anwendung hat, erfolgt die Charakterisierung der Zielgene bevorzugt mit Hilfe dieser Gewebeproben.The first characterization of the identified tumor antigens is carried out with the aid of RNA, which from different tissues or tissue-specific cell lines. Because the differential expression pattern of healthy tissue compared to tumor tissue is of crucial importance for the subsequent therapeutic application, the characterization of the target genes is preferably carried out with the aid of these tissue samples.
Die Isolierung von Gesamt-RNA aus nativen Gewebeproben oder aus Tumorzelllinien erfolgt mit Verfahren, die in der Molekularbiologie Standard sind. Zum Beispiel kann die Isolierung mit Hilfe des RNeasy Maxi Kits (Qiagen, Kat. Nr. 75162) nach Vorschrift durch den Hersteller erfolgen. Dieses Isolierungsverfahren beruht auf der Verwendung von Guanidiniumisothiocyanat als chaotropes Reagenz. Alternativ kann die Isolierung mit saurem Phenol durchgeführt werden (Chomczynski & Sacchi, Anal. Biochem. 162: 156-159, 1987). Nach Aufarbeitung des Gewebes mittels Guanidiniumisothiocyanat wird die RNA mit saurem Phenol extrahiert, anschließend die RNA mit Isopropanol gefällt und in DEPC-behandeltes Wasser aufgenommen.The Isolation of total RNA from native tissue samples or from tumor cell lines is done with procedures that are standard in molecular biology. For example, the isolation can be done using the RNeasy Maxi Kit (Qiagen, Cat. No. 75162) according to the instructions of the manufacturer. This isolation method relies on the use of guanidinium isothiocyanate as a chaotropic reagent. Alternatively, the isolation with acid Phenol performed become (Chomczynski & Sacchi, Anal. Biochem. 162: 156-159, 1987). After workup of the tissue Guanidinium isothiocyanate makes the RNA with acidic phenol extracted, then the RNA is precipitated with isopropanol and taken up in DEPC-treated water.
2-4 μg der so isolierten RNA werden anschließend z.B. mittels Superscript II (Invitrogen) entsprechend dem Protokoll des Herstellers in cDNA umgeschrieben. Das Priming der cDNA Synthese erfolgt dabei mit Hilfe von zufälligen Hexameren (z.B. Roche Diagnostics) nach Standardprotokollen des jeweiligen Herstellers. Zur Qualitätskontrolle werden die cDNAs mit Primern in 30 Zyklen amplifiziert, die spezifisch für das nur gering exprimierte p53 Gen sind. Nur p53 positive cDNA Proben werden für die weiteren Reaktionsschritte verwendet.2-4 μg of the so isolated RNA are subsequently added e.g. using Superscript II (Invitrogen) according to the protocol rewritten by the manufacturer in cDNA. The priming of cDNA synthesis takes place with the help of random Hexamers (e.g., Roche Diagnostics) according to standard protocols of each Manufacturer. For quality control For example, the cDNAs are amplified with primers in 30 cycles that are specific for the are only slightly expressed p53 gene. Only p53 positive cDNA samples be for the further reaction steps used.
Zur detaillierten Analyse der Targets wird auf Basis eines cDNA-Archivs, das aus verschiedenen Normal- und Tumorgeweben sowie aus Tumorzelllinien isoliert wurde, eine Expressionsanalyse mittels PCR bzw. quantitativer PCR (qPCR) durchgeführt. Dazu werden 0,5 μl cDNA aus dem obigen Ansatz mit einer DNA-Polymerase (z.B. 1 U HotStarTaq DNA-Polymerase, Qiagen) analog den Protokollen des jeweiligen Herstellers amplifiziert (Gesamtvolumen des Ansatzes: 25-50 μl). Neben der Polymerase enthält der Amplifikationsansatz 0,3 mM dNTPs, Reaktionsbuffer (Endkonzentration 1 x, abhängig vom Hersteller der DNA-Polymerase) und je 0,3 mM des gen-spezifischen „sense"- und „antisense"-Primers.to detailed analysis of the targets is based on a cDNA archive, that from different normal and tumor tissues as well as tumor cell lines was isolated, an expression analysis by means of PCR or quantitative PCR (qPCR) performed. To 0.5 μl cDNA from the above approach with a DNA polymerase (e.g., 1 U HotStarTaq DNA polymerase, Qiagen) amplified analogously to the protocols of the respective manufacturer (total volume of the mixture: 25-50 μl). In addition to the polymerase contains the amplification mixture 0.3 mM dNTPs, reaction buffer (final concentration 1 x, depending from the manufacturer of the DNA polymerase) and in each case 0.3 mM of the gene-specific "sense" and "antisense" primers.
Die spezifischen Primer des Zielgens werden, soweit möglich, so ausgewählt, das sie in zwei unterschiedlichen Exons liegen und somit genomische Kontaminationen nicht zu falsch positiven Ergebnissen führen. Bei einer nicht quantitativen Endpunkt-PCR wird die cDNA typischerweise 15 Minuten bei 95°C inkubiert, um die DNA zu denaturieren und um das Hot-Start-Enzyms zu aktivieren. Anschließend wird die DNA in 35 Zyklen amplifiziert (1 min 95°C, 1 min Primer spezifische Hybridisierungstemperatur (ca. 55-65°C), 1 min 72°C zur Elongation der Amplifikate). 10 μl des PCR Ansatzes werden anschließend auf Agarosegelen aufgetragen und im elektrischen Feld aufgetrennt. Durch Färben mit Ethidiumbromid wird die DNA in den Gelen sichtbar gemacht und das Ergebnis der PCR durch ein Foto dokumentiert.The specific primers of the target gene are, as far as possible, so selected, that they are in two different exons and thus genomic Contaminations do not lead to false positive results. at a non-quantitative endpoint PCR, the cDNA is typically 15 minutes at 95 ° C incubated to denature the DNA and to activate the hot-start enzyme. Subsequently The DNA is amplified in 35 cycles (1 min 95 ° C, 1 min primer specific Hybridization temperature (about 55-65 ° C), 1 min 72 ° C for elongation of the amplificates). 10 μl of PCR approach will follow applied on agarose gels and separated in the electric field. By dyeing with ethidium bromide, the DNA is visualized in the gels and the result of the PCR is documented by a photo.
Alternativ zur konventionellen PCR kann die Expressionsanalyse eines Zielgens auch durch quantitative real time PCR erfolgen. Zu dieser Analyse sind inzwischen verschiedene Analysesysteme erhältlich, die bekanntesten sind das ABI PRISM Sequence detection system (TaqMan, Applied Biosystems), der iCycler (Biorad) sowie der Light cycler (Roche Diagnostics). Wie oben beschrieben wird ein spezifischer PCR Ansatz einem Lauf in den „real time"-PCR-Geräten unterzogen. Durch Zusatz eines DNA interkalierenden Farbstoffes (z.B Ethidiumbromid, CybrGreen) wird die neu synthetisierte DNA durch spezifische Lichtanregung (nach Angaben der Farbstoffhersteller) sichtbar gemacht. Durch eine Vielzahl von Messpunkten während der Amplifikation kann der gesamte Prozess verfolgt und eine quantitative Bestimmung der Nukleinsäurekonzentration des Zielgens durchgeführt werden. Die Normalisierung des PCR Ansatzes erfolgt durch Messung eines „housekeeping Gens" (z.B. 18S RNA, β-Actin). Alternative Strategien über Fluoreszenz-markierte DNA-Sonden erlauben ebenfalls die quantitative Bestimmung des Zielgens aus einer spezifischen Gewebeprobe (siehe TaqMan Applikationen der Fa. Applied Biosystems).alternative for conventional PCR, the expression analysis of a target gene also be done by quantitative real time PCR. To this analysis Meanwhile, various analysis systems are available, the most well-known the ABI PRISM Sequence Detection System (TaqMan, Applied Biosystems), the iCycler (Biorad) and the Light cycler (Roche Diagnostics). As described above, a specific PCR approach is run in the "real subjected to time "-PCR devices. By adding a DNA-intercalating dye (e.g. ethidium bromide, CybrGreen) is the newly synthesized DNA by specific light excitation (according to the dye manufacturer) made visible. Through a variety of measuring points during the amplification can track the entire process and a quantitative Determination of nucleic acid concentration of Target gene performed become. The normalization of the PCR approach is performed by measurement a "housekeeping Gene "(e.g., 18S RNA, β-actin). Alternative strategies over Fluorescence-labeled DNA probes also allow the quantitative Determination of the target gene from a specific tissue sample (see TaqMan applications of the company Applied Biosystems).
2. Klonierung2. Cloning
Die Klonierung des gesamten Zielgens, die für die weitere Charakterisierung des Tumorantigens notwendig ist, erfolgt nach gängigen molekularbiologischen Verfahren (z.B. in „Current Protocols in Molecular Biology", John Wiley & Sons Ltd., Wiley InterScience). Zur Klonierung bzw. Sequenzanalyse des Zielgens wird dieses zunächst mit einer DNA-Polymerase mit „proof reading Funktion" (z.B. pfu, Roche Diagnostics) amplifiziert. Das Amplifikat wird anschließend mit Standardverfahren in einen Klonierungsvektor ligiert. Positive Klone werden durch Sequenzanalyse identifiziert und anschließend mit Hilfe von Prädiktionsprogrammen und bekannten Algorithmen charakterisiert.The Cloning of the entire target gene, for further characterization The tumor antigen is necessary, according to common molecular biological Method (e.g., in "Current Protocols in Molecular Biology ", John Wiley & Sons Ltd., Wiley InterScience). For cloning or sequence analysis of Target gene will this first with a DNA polymerase with "proof reading function "(e.g. pfu, Roche Diagnostics). The amplificate is then with Standard procedure ligated into a cloning vector. Positive clones are identified by sequence analysis and then with Help of prediction programs and known algorithms.
3. Prädiktion des Proteins3. Prediction of the protein
Viele erfindungsgemäß gefundene Gene (insbesondere aus der XM Domäne der RefSeq) sind Gen-Neuentdeckungen, für die das Volllänge-Gen kloniert, das offene Leseraster ermittelt und die Proteinsequenz abgeleitet und analysiert werden muss.Lots found according to the invention Genes (especially from the XM domain of RefSeq) are gene new discoveries, for the cloned the full length gene, the open reading frame is determined and the protein sequence deduced and needs to be analyzed.
Für die Volllängeklonierung der Sequenz haben wir gängige Protokolle zur „Rapid amplification of cDNA ends", sowie Screening von cDNA Expressionsbanken mit genspezifischen Sonden verwendet (Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2. Auflage (1989), Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N. Y.). Nach Zusammensetzung der so gefundenen Fragmente wurden potentielle Offene Leseraster (ORF) durch gängige Prädiktionsprogramme prädiziert. Da durch die Position des PolyA-Schwanzes und Polyadenylierungs-Motiven die Orientierung des potentiellen Genproduktes vorgegeben wird, verbleiben von möglichen 6 Leserastern nur noch die 3 der jeweiligen Orientierung. Oft ergibt sich aus diesen nur ein hinreichend großes offenes Leseraster, das für ein Protein kodieren kann, während die anderen Leseraster zu viele Stop-Codons aufweisen und für kein realistisches Proteine kodieren würden. Bei alternativen offenen Leserastern unterstützt die Berücksichtigung der Kozak-Kriterien für optimale Transkriptions-Initierung sowie die Analyse der sich potentiell ergebenden abgeleiteten Proteinsequenzen die Identifizierung des authentischen ORF. Dies wird weiter verifiziert durch Generierung von Immunseren gegen abgeleitete Proteine der potentiellen ORFs und ihre Analyse auf Erkennung eines realen Proteins in Geweben und Zelllinien.For the full-length cloning of the sequence ha We use common protocols for rapid amplification of cDNA ends, as well as screening of cDNA expression libraries with gene-specific probes (Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed. (1989), Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY) After assembling the fragments thus found, potential open reading frames (ORFs) have been predicted by common prediction programs, since the position of the polyA tail and polyadenylation motifs dictate the orientation of the potential gene product, leaving only a possible 6 reading frames Often, these give rise to only one sufficiently large open reading frame that can code for one protein, while the other reading frames have too many stop codons and would not code for realistic proteins, while alternative open reading frames support this consideration the Kozak criteria for optimal transcription Initiation as well as analysis of potentially resulting deduced protein sequences identifying the authentic ORF. This is further verified by generating immune sera against deduced proteins of the potential ORFs and analyzing them for recognition of a real protein in tissues and cell lines.
4. Gewinnung von Antikörpern4. extraction of antibodies
Die Charakterisierung der erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigene erfolgt beispielsweise durch die Verwendung von Antikörpern. Ferner umfasst die Erfindung die diagnostische oder therapeutische Verwendung von Antikörpern. Dabei können Antikörper Proteine in nativem und/oder denaturierten Zustand erkennen (Anderson et al., J. Immunol. 143: 1899-1904, 1989; Gardsvoll, J. Immunol. Methods 234: 107-116, 2000; Kayyem et al., Eur. J. Biochem. 208: 1-8, 1992; Spiller et al., J. Immunol. Methods 224: 51-60, 1999).The Characterization of the tumor-associated identified according to the invention Antigens occur, for example, through the use of antibodies. Further For example, the invention includes the diagnostic or therapeutic use of antibodies. there can antibody Recognize proteins in native and / or denatured state (Anderson et al., J. Immunol. 143: 1899-1904, 1989; Gardsvoll, J. Immunol. Methods 234: 107-116, 2000; Kayyem et al., Eur. J. Biochem. 208: 1-8, 1992; Spiller et al., J. Immunol. Methods 224: 51-60, 1999).
Antiseren, die spezifische Antikörper enthalten, die an das Zielprotein spezifisch binden, können über verschiedene Standardverfahren hergestellt werden; vgl. beispielsweise „Monoclonal Antibodies: A Practical Approach" von Philip Shepherd, Christopher Dean ISBN 0-19-963722-9, „Antibodies: A Laboratory Manual" von Ed Harlow, David Lane ISBN: 0879693142 und „Using Antibodies: A Laboratory Manual: Portable Protocol NO" von Edward Harlow, David Lane, Ed Harlow ISBN: 0879695447. Dabei ist auch möglich, affine und spezifische Antikörper zu generieren, die komplexe Membranproteine in ihrer nativen Form erkennen (Azorsa et al., J. Immunol. Methods 229: 35-48, 1999; Anderson et al., J. Immunol. 143: 1899-1904, 1989; Gardsvoll, J. Immunol. Methods. 234: 107-116, 2000). Dies ist vor allem für die Herstellung von therapeutischen Antikörpern von Bedeutung, hat aber auch für viele diagnostische Anwendungen eine hohe Bedeutung. Dazu kann sowohl mit dem gesamten Protein als auch mit extrazellulären Teilsequenzen immunisiert werden.antisera the specific antibodies which bind specifically to the target protein may be different Standard methods are produced; see. for example, "Monoclonal Antibodies: A Practical Approach "by Philip Shepherd, Christopher Dean ISBN 0-19-963722-9, "Antibodies: A Laboratory Manual "by Ed Harlow, David Lane ISBN: 0879693142 and "Using Antibodies: A Laboratory Manual:" Portable Protocol NO "by Edward Harlow, David Lane, Ed. Harlow ISBN: 0879695447. And so is possible, affine and specific antibodies to generate the complex membrane proteins in their native form (Azorsa et al., J. Immunol., Methods 229: 35-48, 1999; Anderson et al., J. Immunol. 143: 1899-1904, 1989; Gardsvoll, J. Immunol. Methods. 234: 107-116, 2000). This is especially for the production of therapeutic antibodies important, but also has Many diagnostic applications are very important. This can both with the whole protein as well as with extracellular partial sequences be immunized.
Immunisierung und Gewinnung von polyklonalen AntikörpernImmunization and extraction of polyclonal antibodies
Verschiedenste Immunisierungsprotokolle sind publiziert. Eine Spezies (z.B. Kaninchen, Mäuse) wird durch eine erste Injektion des gewünschten Zielproteins immunisiert. Durch eine zweite oder dritte Immunisierung innerhalb eines definierten Zeitraums (ca. 2-4 Wochen nach der letzten Immunisierung) lässt sich die Immunantwort des Tieres gegen das Immunogen verstärken. Wiederum nach verschiedenen definierten Zeitabständen (1. Blutung nach 4 Wochen, anschließend alle 2-3 Wochen bis zu 5 Entnahmen) wird den Tieren Blut entnommen und Immunserum gewonnen. Die so entnommenen Immunseren enthalten polyklonalen Antikörper, mit denen das Zielprotein im Western Blot, durch die Durchflusszytometrie, Immunfluoreszenz oder Immunhistochemie nachgewiesen und charakterisiert werden kann.various Immunization protocols are published. One species (e.g., rabbit, mice) is immunized by a first injection of the desired target protein. By a second or third immunization within a defined Period (about 2-4 weeks after the last immunization) can be enhance the immune response of the animal to the immunogen. In turn after different defined time intervals (1st bleeding after 4 weeks, subsequently every 2-3 weeks up to 5 withdrawals) the animals are bled and gained immune serum. The immune sera thus obtained contain polyclonal Antibody, with which the target protein in the Western Blot, by the flow cytometry, Immunofluorescence or immunohistochemistry detected and characterized can be.
Die Immunisierung der Tiere erfolgt in der Regel über eines von vier gut etablierten Verfahren, wobei auch andere Verfahren existieren. Immunisiert werden kann dabei mit für das Zielprotein spezifischen Peptiden, dem gesamten Protein, mit extrazellulären Teilsequenzen eines Proteins, das experimentell oder über Prädiktionsprogramme identifiziert werden kann. Da die Prädiktionsprogramme nicht immer fehlerfrei arbeiten wird u.U. auch mit zwei Domänen gearbeitet, die voneinander durch eine Transmembrandomäne getrennt sind. Eine der beiden Domänen muss dann extrazellulär sein, was dann experimentell belegt werden kann (siehe nachstehend). Die Durchführung einer Immunisierung wird als Service von verschiedenen Dienstleistern kommerziell angeboten.
- (1) Im ersten Fall werden Peptide (Länge: 8-12 Aminosäuren) über in vitro Verfahren synthetisiert (durch einen kommerziellen Service möglich) und diese Peptide zur Immunisierung verwendet. In der Regel erfolgen 3 Immunisierungen (z.B. mit einer Konzentration von 5-100 μg/Immunisierung).
- (2) Alternativ kann die Immunisierung durch rekombinante Proteine erfolgen. Dazu wird die klonierte DNA des Zielgens in einen Expressionsvektor kloniert und das Zielprotein analog den Bedingungen des jeweiligen Herstellers (z.B. Roche Diagnostics, Invitrogen, Clontech, Qiagen) z.B. zellfrei in vitro, in Bakterien (z.B. E. coli), in Hefe (z.B. S. pombe), in Insektenzellen oder in Säugetierzellen synthetisiert. Dabei ist auch die Synthese des Zielproteins mit Hilfe von viralen Expressionssystemen möglich (z.B. Baculovirus, Vacciniavirus, Adenovirus). Nach Synthese in einem der Systeme wird das Zielprotein aufgereinigt. Die Aufreinigung erfolgt dabei in der Regel über chromatographische Verfahren. Dabei können auch Proteine für die Immunisierung verwendet werden, die über einen molekularen Anker als Hilfsmittel zur Reinigung verfügen (z.B. His-Tag, Qiagen; FLAG-Tag, Roche Diagnostics; GST-Fusionsproteine). Eine Vielzahl von Protokollen befinden sich z.B. in den „Current Protocols in Molecular Biology", John Wiley & Sons Ltd., Wiley InterScience. Nach Reinigung des Zielproteins erfolgt eine Immunisierung wie vorstehend beschrieben.
- (3) Falls eine Zelllinie zur Verfügung steht, die das gewünschte Protein endogen synthetisiert, kann auch diese Zelllinie direkt zur Herstellung des spezifischen Antiserums verwendet werden. Die Immunisierung erfolgt dabei in 1-3 Injektionen mit jeweils ca. 1-5 × 107 Zellen.
- (4) Die Immunisierung kann auch durch Injektion von DNA (DNA-Immunisierung) erfolgen. Dazu wird das Zielgen zunächst in einen Expressionsvektor kloniert, so dass die Zielsequenz unter der Kontrolle eines starken eukaryontischen Promotors steht (z.B. CMV-Promotor). Anschließend wird DNA (z.B. 1-10 μg pro Injektion) als Immunogen mit einer „gene gun" in stark durchblutete, kapillare Bereiche eines Organismus transferiert (z.B. Maus, Kaninchen). Die transferierte DNA wird von Zellen des Tieres aufgenommen, das Zielgen wird exprimiert und das Tier entwickelt schließlich eine Immunantwort gegen das Zielprotein (Jung et al., Mol. Cells 12: 41-49, 2001; Kasinrerk et al., Hybrid Hybridomics 21: 287-293, 2002).
- (1) In the first case, peptides (8-12 amino acids in length) are synthesized by in vitro methods (possible through a commercial service) and these peptides are used for immunization. As a rule, 3 immunizations are carried out (eg with a concentration of 5-100 μg / immunization).
- (2) Alternatively, immunization may be by recombinant proteins. For this purpose, the cloned DNA of the target gene is cloned into an expression vector and the target protein analogously to the conditions of the respective manufacturer (eg Roche Diagnostics, Invitrogen, Clontech, Qiagen) cell-free in vitro, in bacteria (eg E. coli), in yeast (eg pombe), in insect cells or in mammalian cells. It is also the synthesis of the target protein using viral expression systems possible (eg baculovirus, vaccinia virus, adenovirus). After synthesis in one of the syste the target protein is purified. The purification is usually carried out by chromatographic methods. Proteins can also be used for immunization which have a molecular anchor as a cleaning aid (eg His-Tag, Qiagen, FLAG-Tag, Roche Diagnostics, GST fusion proteins). A variety of protocols are found, for example, in "Current Protocols in Molecular Biology," John Wiley & Sons Ltd, Wiley InterScience. After purification of the target protein, immunization is performed as described above.
- (3) If a cell line is available which endogenously synthesizes the desired protein, this cell line can also be used directly for the production of the specific antiserum. The immunization is carried out in 1-3 injections, each with about 1-5 × 10 7 cells.
- (4) Immunization may also be by injection of DNA (DNA immunization). For this purpose, the target gene is first cloned into an expression vector, so that the target sequence is under the control of a strong eukaryotic promoter (eg CMV promoter). Subsequently, DNA (eg 1-10 μg per injection) as an immunogen is transferred with a "gene gun" into strongly perfused, capillary areas of an organism (eg mouse, rabbit) The transferred DNA is taken up by cells of the animal, the target gene is expressed and the animal eventually develops an immune response against the target protein (Jung et al., Mol. Cells 12: 41-49, 2001; Kasinrerk et al., Hybrid Hybridomics 21: 287-293, 2002).
Gewinnung monoklonaler AntikörperObtaining monoclonal antibody
Monoklonale Antikörper werden traditionell mit Hilfe der Hybridoma Technologie hergestellt (Technische Details: siehe „Monoclonal Antibodies: A Practical Approach" von Philip Shepherd, Christopher Dean ISBN 0-19-963722-9; „Antibodies: A Laboratory Manual" von Ed Harlow, David Lane ISBN: 0879693142, „Using Antibodies: A Laboratory Manual: Portable Protocol NO" von Edward Harlow, David Lane, Ed Harlow ISBN: 0879695447). Als ein neues Verfahren wird auch die so genannte „SLAM" Technologie eingesetzt. Hierbei werden B-Zellen aus Vollblut isoliert und die Zellen monoklonalisiert. Anschließend wird der Überstand der vereinzelten B-Zelle auf ihre Antikörperspezifität hin analysiert. Im Gegensatz zur Hybridomatechnologie wird anschließend die variable Region des Antikörpergens durch eine Einzelzell-PCR amplifiziert und in einen geeigneten Vektor kloniert. Auf diese Art und Weise wird die Gewinnung von monoklonalen Antikörpern beschleunigt (de Wildt et al. J. Immunol. Methods 207:61-67, 1997).monoclonal antibody are traditionally made with the help of the Hybridoma technology (Technical Details: see "Monoclonal Antibodies: A Practical Approach "by Philip Shepherd, Christopher Dean ISBN 0-19-963722-9; "Antibodies: A Laboratory Manual "by Ed Harlow, David Lane ISBN: 0879693142, "Using Antibodies: A Laboratory Manual: Portable Protocol NO "by Edward Harlow, David Lane, Ed Harlow ISBN: 0879695447). As a new method is also the so-called "SLAM" technology used B cells isolated from whole blood and the cells monoclonalized. Subsequently becomes the supernatant the isolated B-cell analyzed for their antibody specificity. In contrast to hybridoma technology, the variable region of the antibody gene amplified by a single cell PCR and cloned into a suitable vector. In this way, the recovery of monoclonal antibodies is accelerated (de Wildt et al., J. Immunol., Methods 207: 61-67, 1997).
5. Validierung der Targets mit proteinchemischen Verfahren unter Verwendung von Antikörpern5. Validation the targets with protein-chemical methods using antibodies
Mit den Antikörpern, die wie vorstehend beschrieben herstellbar sind, lassen sich eine Reihe von wichtigen Aussagen zu dem Targetprotein treffen. Im Einzelnen sind die nachstehenden Analysen zur Validierung des Zielproteins sinnvoll:With the antibodies, which can be produced as described above, can be a Make a series of important statements about the target protein. In detail are the following analyzes for the validation of the target protein sense:
Spezifität des AntikörpersSpecificity of the antibody
Um zu zeigen, dass ein Antikörper spezifisch nur an das gewünschte Zielprotein bindet, eignen sich am besten auf Zellkultur-basierende Tests mit anschließendem Western Blot (verschiedene Variationen sind z.B. in „Current Protocols in Proteinchemistry", John Wiley & Sons Ltd., Wiley InterScience, beschrieben). Für den Nachweis werden Zellen mit einer cDNA für das Zielprotein transfiziert, die unter Kontrolle eines starken eukaryontischen Promotors steht (z.B. Cytomegalievirus-Promotor; CMV). Zur Transfektion von Zelllinien mit DNA sind die verschiedensten Verfahren (z.B. Elektroporation, auf Liposomen basierende Transfektion, Kalziumphosphatpräzipitation) gut etabliert (z.B. Lemoine et al., Methods Mol. Biol. 75: 441-7, 1997). Alternativ können auch Zelllinien verwendet werden, die das Zielgen endogen exprimieren (Nachweis über Zielgen-spezifische RT-PCR). Zur Kontrolle werden im Experiment im Idealfall homologe Gene mit transfiziert, um im folgenden Western Blot die Spezifität des analysierten Antikörpers nachweisen zu können.Around to show that an antibody specifically only to the desired Target protein binds, is best suited to cell culture-based Tests with following Western Blot (various variations are described, for example, in "Current Protocols in Protein Chemistry ", John Wiley & Sons Ltd., Wiley InterScience). For detection, cells with a cDNA for transfected the target protein under the control of a strong eukaryotic promoter (e.g., cytomegalovirus promoter; CMV). The transfection of cell lines with DNA are the most diverse Methods (e.g., electroporation, liposome-based transfection, calcium phosphate precipitation) well established (e.g., Lemoine et al., Methods Mol. Biol. 75: 441-7, 1997). Alternatively you can Cell lines expressing the target gene endogenously can also be used (Proof of Target gene-specific RT-PCR). To control are in the experiment ideally homologous genes are transfected with, in the following Western Blot the specificity of the analyzed antibody to be able to prove.
Im anschließenden Western Blot werden Zellen aus Zellkultur oder Gewebeproben, die das Zielprotein enthalten könnten, in einer 1%igen SDS Lösung lysiert und die Proteine dabei denaturiert. Die Lysate werden auf 8-15%igen denaturierenden Polyacrylamidgelen (enthalten 1 % SDS) der Größe nach elekrophoretisch aufgetrennt (SDS-Polyacrylamid Gelelektrophorese, SDS-PAGE). Anschließend werden die Proteine durch eines von mehreren Blotting Verfahren (z.B. semi-dry Elektroblot; Biorad) auf eine spezifische Membran transferiert (z.B. Nitrozellulose, Schleicher & Schüll). Auf dieser Membran kann das gewünschte Protein sichtbar gemacht werden. Dazu wird die Membran zunächst mit dem Antikörper, der das Zielprotein erkennt (Verdünnung ca. 1:20-1:200, je nach Spezifität des Antikörpers), für 60 Minuten inkubiert. Nach einem Waschschritt wird die Membran mit einem zweiten, mit einem Marker (z.B. Enzyme wie Peroxidase oder alkalische Phosphatase) gekoppelten Antikörper inkubiert, der den ersten Antikörper erkennt. In einer Farb- oder chemilumineszenten Reaktion kann anschließend das Zielprotein auf der Membran sichtbar gemacht werden (z.B. ECL, Amersham Bioscience). Ein Antikörper mit einer hohen Spezifität für das Zielprotein sollte im Idealfall nur das gewünschte Protein selbst erkennen.in the subsequent Western Blot are cells from cell culture or tissue samples that could contain the target protein, in a 1% SDS solution lysed and thereby denaturing the proteins. The lysates will be on 8-15% denaturing polyacrylamide gels (contain 1% SDS) electrophoretically in size separated (SDS-polyacrylamide gel electrophoresis, SDS-PAGE). Then be the proteins by one of several blotting methods (e.g., semi-dry electroblotted; Biorad) to a specific membrane (e.g. Nitrocellulose, Schleicher & Schull). On This membrane can do the desired Protein be visualized. For this purpose, the membrane is first with the antibody, which recognizes the target protein (dilution about 1: 20-1: 200, depending on specificity the antibody), for 60 Incubated for a few minutes. After a washing step, the membrane is with a second, with a marker (e.g., enzymes such as peroxidase or alkaline phosphatase) coupled antibody, the first Detects antibodies. In a color or chemiluminescent reaction, the Target protein on the membrane (e.g., ECL, Amersham Bioscience). An antibody with a high specificity for the Target protein should ideally recognize only the desired protein itself.
Lokalisation des ZielproteinsLocalization of the target protein
Zur Bestätigung der im „in silico"-Ansatz identifizierten Membranlokalisation des Zielproteins werden verschiedene Verfahren verwendet. Ein wichtiges und gut etabliertes Verfahren unter Verwendung der vorstehend beschriebenen Antikörper ist die Immunfluoreszenz (IF). Dazu werden Zellen etablierter Zelllinien benutzt, die entweder das Zielprotein synthetisieren (Nachweis der RNA in der RT-PCR oder des Proteins im Western Blot) oder aber mit Plasmid-DNA transfiziert worden sind. Zur Transfektion von Zelllinien mit DNA sind die verschiedensten Verfahren (z.B. Elektroporation, auf Liposomen basierende Transfektion, Kalziumphosphatpräzipitation) gut etabliert (z.B. Lemoine et al., Methods Mol. Biol. 75: 441-7, 1997). Das in die Zellen transfizierte Plasmid kann bei der Immunfluoreszenz das unmodifizierte Protein kodieren oder aber auch unterschiedliche Aminosäuremarker an das Zielprotein koppeln. Die wichtigsten Marker sind z.B. das fluoreszierende „green fluorescent protein" (GFP) in seinen verschiedenen differentiell fluoreszierenden Formen, kurze Peptidsequenzen von 6-12 Aminosäuren, für die hoch affine und spezifische Antikörper zur Verfügung stehen, oder die kurze Aminosäuresequenz Cys-Cys-X-X-Cys-Cys, die über ihre Cysteine spezifische fluoreszierende Substanzen binden kann (Invitrogen). Zellen, die das Zielprotein synthetisieren, werden z.B. mit Paraformaldehyd oder Methanol fixiert. Anschließend können die Zellen bei Bedarf durch Inkubation mit Detergenzien (z.B. 0,2% Triton X-100) permeabilisiert werden. Anschließend werden die Zellen mit einem primären Antikörper inkubiert, der gegen das Zielprotein oder gegen einen der gekoppelten Marker gerichtet ist. Nach einem Waschschritt wird der Ansatz mit einem zweiten, mit einem fluoreszierenden Marker (z.B. Fluorescin, Texas Red, Dako) gekoppelten Antikörper inkubiert, der an den ersten Antikörper bindet. Anschließend werden die so markierten Zellen mit Glycerin überschichtet und mit Hilfe eines Fluoreszenzmikroskops nach den Angaben des Herstellers analysiert. Spezifische Fluoreszenzemissionen werden dabei, abhängig von den eingesetzten Substanzen, durch spezifische Anregung erreicht. Die Analyse erlaubt in der Regel die sichere Lokalisation des Zielproteins, wobei zur Bestätigung der Antikörperqualität und des Zielproteins in Doppelfärbungen zusätzlich zum Zielprotein auch die gekoppelten Aminosäuremarker oder andere Markerproteine angefärbt werden, deren Lokalisation bereits in der Literatur beschrieben ist. Ein Sonderfall stellt das GFP und seine Derivate dar, die direkt angeregt werden können und selbst fluoreszieren. Die Membranpermeabilität, die durch den Einsatz von Detergenzien gesteuert werden kann, erlaubt in der Immunfluoreszenz die Demonstration, ob ein immunogenes Epitop innerhalb oder außerhalb der Zelle lokalisiert ist. Die Prädiktion der ausgewählten Proteine kann so experimentell untermauert werden. Alternativ kann der Nachweis von extrazellulären Domänen mittels Durchflusszytometrie erfolgen. Dazu werden Zellen unter nicht permeabilisierenden Bedingungen (z.B. mit PBS/Na-Azid/2% FCS/5 mM EDTA) fixiert und im Durchflusszytometer nach Angaben des Herstellers analysiert. Nur extrazelluläre Epitope können bei diesem Verfahren von dem zu analysierenden Antikörper erkannt werden. Im Unterschied zu Immunfluoreszenz kann durch Verwendung von z.B. Propidiumiodid oder Trypanblau zwischen toten und lebenden Zellen unterschieden werden und damit falsch positive Ergebnisse vermieden werden.to confirmation the one in the "in silico "approach identified Membrane localization of the target protein will be different procedures used. An important and well established method using The antibody described above is immunofluorescence (IF). For this cells of established cell lines are used, which either synthesize the target protein (detection of the RNA in the RT-PCR or of the protein in Western blot) or transfected with plasmid DNA have been. The transfection of cell lines with DNA are the most diverse Methods (e.g., electroporation, liposome-based transfection, calcium phosphate precipitation) well established (e.g., Lemoine et al., Methods Mol. Biol. 75: 441-7, 1997). The transfected into the cells plasmid can in immunofluorescence encode the unmodified protein or even different amino acid markers couple to the target protein. The most important markers are e.g. the fluorescent "green fluorescent protein "(GFP) in its different differentially fluorescent forms, short Peptide sequences of 6-12 amino acids for which high affine and specific antibodies to disposal or the short amino acid sequence Cys-Cys-X-X-Cys-Cys, the above their cysteines can bind specific fluorescent substances (Invitrogen). Cells that synthesize the target protein become e.g. fixed with paraformaldehyde or methanol. Subsequently, the Cells on demand by incubation with detergents (e.g., 0.2% Triton X-100) be permeabilized. Subsequently, the cells with a primary antibody incubated against the target protein or against one of the coupled Marker is directed. After a washing step, the approach with a second, with a fluorescent marker (e.g., fluorescein, Texas Red, Dako) coupled antibody incubated at the first antibody binds. Subsequently the cells marked in this way are overlaid with glycerol and with the help of of a fluorescence microscope according to the manufacturer's instructions. Specific fluorescence emissions are thereby, depending on the substances used, achieved by specific excitation. The analysis usually allows the safe localization of the target protein, being for confirmation the antibody quality and the Target protein in double stains additionally the target protein also the coupled amino acid marker or other marker proteins stained whose localization has already been described in the literature is. A special case is the CFP and its derivatives, which are direct can be stimulated and even fluoresce. The membrane permeability caused by the use of detergents can be controlled, allows in immunofluorescence the demonstration, whether an immunogenic epitope is located inside or outside the cell is. The prediction the selected one Proteins can thus be underpinned experimentally. Alternatively, you can the detection of extracellular domains done by flow cytometry. These cells are under non-permeabilizing conditions (e.g., with PBS / Na azide / 2% FCS / 5 mM EDTA) and in the flow cytometer according to the manufacturer analyzed. Only extracellular Epitopes can recognized in this method by the antibody to be analyzed become. In contrast to immunofluorescence, by use from e.g. Propidium iodide or trypan blue between dead and living Cells are distinguished and thus false positive results be avoided.
Ein weiterer wichtiger Nachweis erfolgt durch die Immunhistochemie (IHC) an spezifischen Gewebeproben. Ziel dieses Verfahrens ist es, die Lokalisation eines Proteins in einem funktionell intakten Gewebeverband zu identifizieren. Die IHC dient im einzelnen dazu, um (1) die Menge an Zielprotein in Tumor- und Normalgeweben abschätzen zu können, (2) zu analysieren, wie viele Zellen in Tumor- und gesundem Gewebe das Zielgen synthetisieren, und (3) den Zelltyp in einem Gewebe (Tumor, gesunde Zellen) zu definieren, in dem das Zielprotein nachweisbar ist. Alternativ können die Proteinmengen eines Zielgens durch Gewebsimmunfluoreszenz mittels Digitalkamera und geeigneter Software (z.B. Tillvision, Till-photonics, Deutschland) quantifiziert werden. Die Technologie ist häufig publiziert worden, Details für Färbung und Mikroskopie sind daher z.B. „Diagnostic Immunohistochemistry" von David J., MD Dabbs ISBN: 0443065667 oder in „Microscopy, Immunohistochemistry, and Antigen Retrieval Methods: For Light and Electron Microscopy" ISBN: 0306467704 zu entnehmen. Zu beachten ist, dass aufgrund der Eigenschaften von Antikörpern unterschiedliche Protokolle verwendet werden müssen (nachstehend ist ein Beispiel beschrieben), um zu einem aussagekräftigen Ergebnis zu kommen.One further important evidence is provided by immunohistochemistry (IHC) on specific tissue samples. The aim of this procedure is to Localization of a protein in a functionally intact tissue association to identify. The IHC serves in detail to (1) the amount to be able to estimate target protein in tumor and normal tissues, (2) to analyze how many cells in tumor and healthy tissue synthesize the target gene, and (3) to define the cell type in a tissue (tumor, healthy cells), in which the target protein is detectable. Alternatively, the Protein amounts of a target gene by tissue immunofluorescence using Digital camera and appropriate software (e.g., Tillvision, Till-photonics, Germany). The technology is widely published been, details for coloring and Microscopy is therefore e.g. "Diagnostic Immunohistochemistry" by David J., MD Dabbs ISBN: 0443065667 or in "Microscopy, Immunohistochemistry, and Antigen Retrieval Methods: For Light and Electron Microscopy "ISBN: 0306467704 refer to. It should be noted that due to the properties of antibodies different protocols must be used (below is an example described) in order to come to a meaningful result.
In der Regel werden histologisch definierte Tumorgewebe und als Referenz vergleichbare gesunde Gewebe in der IHC eingesetzt. Als Positiv- und Negativkontrollen können dabei auch Zelllinien dienen, bei denen die Präsenz des Zielgens durch RT-PCR Analysen bekannt ist. Eine Hintergrundkontrolle ist immer mitzuführen.In usually histologically defined tumor tissue and as a reference comparable healthy tissue used in the IHC. As a positive and negative controls can It also serve cell lines in which the presence of the target gene by RT-PCR Analyzes is known. A background check is always to be carried.
Formalin-fixierte (ein anderes Fixierungsverfahren mit z.B. Methanol ist auch möglich) und in Paraffin eingebettete Gewebestücke mit einer Dicke von 4μm werden auf einem Glasträger aufgebracht und z.B. mit Xylol deparaffiniert. Die Proben werden mit TBS-T gewaschen und in Serum blockiert. Anschließend erfolgt die Inkubation mit dem ersten Antikörper (Verdünnung: 1:2 bis 1:2000) für 1-18 Stunden, wobei in der Regel affinitätsgereinigete Antikörper verwendet werden. Nach einem Waschschritt erfolgt eine ca. 30-60 minütige Inkubation mit einem zweiten Antikörper, der mit einer Alkalischen Phosphatase (alternativ: z.B. Peroxidase) gekoppelt und gegen den ersten Antikörper gerichtet ist. Anschließend erfolgt eine Farbreaktion unter Verwendung der Alkalischen Phosphatase (vgl. beispielsweise Shi et al., J. Histochem. Cytochem. 39: 741-748, 1991; Shin et al., Lab. Invest. 64: 693-702, 1991). Zum Nachweis der Antikörper-Spezifität kann die Reaktion durch vorherige Zugabe des Immunogens kompetitiert werden.Formalin-fixed (another fixation method with eg methanol is also possible) and paraffin-embedded pieces of tissue with a thickness of 4 .mu.m are applied to a glass substrate and, for example, deparaffinized with xylene. The samples are washed with TBS-T and blocked in serum. This is followed by incubation with the first antibody (dilution: 1: 2 to 1: 2000) for 1-18 hours, affinity-purified antibodies being generally used. After a washing step, a 30-60 minute incubation with a second antibody, which is carried out with an alkaline phosphatase (Alternatively: eg peroxidase) is coupled and directed against the first antibody. Subsequently, a color reaction is carried out using alkaline phosphatase (see, for example, Shi et al., J. Histochem Cytochem., 39: 741-748, 1991, Shin et al., Lab. Invest., 64: 693-702, 1991). For detection of antibody specificity, the reaction can be competed by prior addition of the immunogen.
Analyse von ProteinmodifikationenAnalysis of protein modifications
Sekundäre Proteinmodifikationen wie zum Beispiel N- und O-Glykosylierungen oder Myristilierungen können die Zugänglichkeit von immunogenen Epitopen behindern oder sogar ganz verhindern und damit die Wirksamkeit von Antikörpertherapien in Frage stellen. Zudem konnte vielfach nachgewiesen werden, dass sich Art und Menge der sekundären Modifikationen in Normal- und Tumorgewebe unterscheiden (z.B. Durand & Seta, 2000; Clin. Chem. 46: 795-805; Hakomori, 1996; Cancer Res. 56: 5309-18). Die Analyse dieser Modifikationen ist daher essentiell für den Therapieerfolg eines Antikörpers. Potentielle Bindestellen lassen sich durch spezifische Algorithmen prädizieren.Secondary protein modifications such as N- and O-glycosylations or myristilations can the accessibility inhibit or even completely prevent immunogenic epitopes and thus the efficacy of antibody therapies question. In addition, it has been proven many times that Type and amount of secondary modifications in normal and tumor tissues (e.g., Durand & Seta, 2000; Clin. Chem. 46: 795-805; Hakomori, 1996; Cancer Res. 56: 5309-18). The Analysis of these modifications is therefore essential for therapeutic success an antibody. Potential binding sites can be determined by specific algorithms predict.
Die Analyse von Proteinmodifikationen erfolgt in der Regel im Western Blot (siehe vorstehend). Vor allem Glykosylierungen, die in der Regel eine Größe von mehreren kDa haben, führen zu einer größeren Gesamtmasse des Zielproteins, die sich in der SDS-PAGE auftrennen lässt. Zum Nachweis von spezifischen O- und N-glycosidischen Bindungen werden Proteinlysate vor der Denaturierung durch SDS mit O- oder N-Glykosylasen inkubiert (nach Angaben des jeweiligen Herstellers, z.B. PNgase, Endoglykosidase F, Endoglykosidase H, Roche Diagnostics). Anschließend erfolgt ein Western Blot wie vorstehend beschrieben. Bei Verringerung der Größe eines Zielproteins kann so nach Inkubation mit einer Glykosidase eine spezifische Glykosylierung nachgewiesen und auf diesem Weg auch die Tumorspezifität einer Modifikation analysiert werden.The Analysis of protein modifications usually occurs in Western Blot (see above). Especially glycosylations, which in the Usually a size of several kDa have lead to a larger total mass of the target protein, which can be separated in SDS-PAGE. To the Detection of specific O- and N-glycosidic bonds Protein lysates prior to denaturation by SDS with O- or N-glycosylases incubated (according to the manufacturer's instructions, for example PNgase, Endoglycosidase F, endoglycosidase H, Roche Diagnostics). Then done a Western blot as described above. In reducing the Size of one Target protein can be so after incubation with a glycosidase detected specific glycosylation and in this way also the tumor specificity a modification are analyzed.
Funktionsanalyse des ZielgensFunctional analysis of the target gene
Die Funktion des Zielmoleküls kann entscheidend für seinen therapeutischen Nutzen sein, so dass funktionelle Analysen ein wichtiger Baustein bei der Charakterisierung von therapeutisch nutzbaren Molekülen sind. Die Funktionsanalyse kann entweder in Zellen in Zellkulturexperimenten oder aber in vivo mit Hilfe von Tiermodellen erfolgen. Dabei wird das Gen des Zielmoleküls entweder durch Mutation ausgeschaltet („knockout") oder aber die Zielsequenz in die Zelle bzw. den Organismus eingefügt („knockin"). Man kann so funktionelle Veränderungen im zellulären Kontext einerseits durch den Funktionsverlust des zu analysierenden Genes („loss of function") analysieren. Im zweiten Fall lassen sich Veränderungen analysieren, die durch die Ergänzung des analysierten Genes verursacht werden („gain of function").The Function of the target molecule can be crucial for its therapeutic benefit, allowing functional analysis an important building block in the characterization of therapeutic usable molecules are. The functional analysis can be done either in cells in cell culture experiments or in vivo using animal models. This is the Gene of the target molecule either knocked out by mutation or the target sequence into the cell or the organism inserted ("knockin") Changes in the cellular Context on the one hand by the loss of function of the analyzed Genes ("loss of function "). In the second case, changes can be made analyze that by the supplement caused by the analyzed gene ("gain of function").
a. Funktionsanalyse in Zellena. Functional analysis in cell
Transfektion. Zur Analyse des „gain of function" muss das Gen des Zielmoleküls in die Zelle transferiert werden. Dazu werden Zellen mit einer DNA tansfiziert, die die Synthese des Zielmoleküls erlauben. In der Regel steht das Gen des Zielmoleküls dabei unter Kontrolle eines starken eukaryontischen Promotors (z.B. Cytomegalievirus-Promotor; CMV). Zur Transfektion von Zelllinien mit DNA sind die verschiedensten Verfahren (z.B. Elektroporation, auf Liposomen basierende Transfektion, Kalziumphosphatpräzipitation) gut etabliert (z.B. Lemoine et al., Methods Mol. Biol. 75: 441-7, 1997). Das Gen kann dabei entweder ohne genomische Integration transient oder aber mit genomischer Integration nach Selektion mit z.B. Neomycin stabil synthetisiert werden.Transfection. To analyze the "gain of function "must the gene of the target molecule be transferred to the cell. These are cells with a DNA tansfiziert, which allow the synthesis of the target molecule. Usually stands the gene of the target molecule thereby under the control of a strong eukaryotic promoter (e.g. Cytomegalovirus promoter; CMV). For transfection of cell lines with DNA are a variety of methods (e.g., electroporation, on Liposome-based transfection, calcium phosphate precipitation) well established (e.g., Lemoine et al., Methods Mol. Biol. 75: 441-7, 1997). The gene can either transient without genomic integration or with genomic integration after selection with e.g. neomycin be stably synthesized.
RNA interference (siRNA). Eine Expressionsinhibition des Zielgens, die unter Umständen einen vollständigen Funktionsverlust des Zielmoleküls in Zellen induziert, kann durch die „RNA interference" (siRNA) Technologie in Zellen erzeugt werden (Hannon, GJ. 2002. RNA interference. Nature 418: 244-51; Czauderna et al. 2003. Nucl. Acid Res. 31: 670-82). Dazu werden Zellen mit kurzen, ca. 20-25 Nukleotide langen, doppelsträngigen RNA Molekülen transfiziert, die für das Zielmolekül spezifisch sind. Ein enzymatischer Prozess führt anschließend zum Abbau der spezifischen RNA des Zielgens, was in einer verminderten Expression des Zielproteins resultiert, und ermöglicht damit die funktionelle Analyse des Zielgens.RNA interference (siRNA). An expression inhibition of the target gene, the in certain circumstances a complete one Functional loss of the target molecule in Cells induced by the "RNA interference" (siRNA) technology in cells (Hannon, GJ 2002. RNA interference 418: 244-51; Czauderna et al. 2003. Nucl. Acid Res. 31: 670-82). These are cells with short, about 20-25 nucleotides long, double-stranded RNA Molecules transfected, the for the target molecule are specific. An enzymatic process subsequently leads to degradation the specific RNA of the target gene, resulting in decreased expression of the target protein, thus enabling the functional Analysis of the target gene.
Zelllinien, die mittels Transfektion oder siRNA modifiziert wurden, können anschließend auf unterschiedliche Art und Weise analysiert werden. Nachstehend sind die geläufigsten Beispiele aufgeführt.Cell lines which were modified by means of transfection or siRNA, can subsequently different way to be analyzed. Below are the most common Examples listed.
1. Proliferation und Zellzyklusverhalten1. Proliferation and cell cycle behavior
Eine Vielzahl von Verfahren sind zur Analyse der Zellproliferation etabliert und werden von verschiedenen Unternehmen kommerziell angeboten (z.B. Roche Diagnostics, Invitrogen, Details zu den Testverfahren sind in den zahlreichen Applikationsprotokollen beschrieben). Die Zellzahl in Zellkulturexperimenten lässt sich durch einfaches Auszählen oder durch kolometrische Tests ermitteln, die die metabolische Aktivität der Zellen messen (z.B. wst-1, Roche Diagnostics). Metabolische Testverfahren messen indirekt über enzymatische Marker die Zellzahl in einem Experiment. Direkt kann die Zellproliferation durch Analyse der DNA Syntheserate z.B. durch Zugabe von Bromdesoxyuridin (BrdU) gemessen werden, der Nachweis des integrierten BrdU erfolgt über spezifische Antikörper kolometrisch.A large number of methods are established for the analysis of cell proliferation and are commercially available from various companies (eg Roche Diagnostics, Invitrogen, details of the test methods are described in the numerous application protocols). The cell count in cell culture experiments can be determined by simple counting or by colometric tests that measure the metabolic activity of the cells (eg, wst-1, Roche Diagnostics). Metabolic test methods indirectly measure the number of cells in an experiment via enzymatic markers. Direct cell proliferation by analysis of the DNA synthesis rate eg can be measured by addition of bromodeoxyuridine (BrdU), the detection of the integrated BrdU is carried out by specific antibodies using a colometric method.
2. Apoptose und Zytotoxizität2. Apoptosis and cytotoxicity
Eine große Anzahl von Testsystemen zum Nachweis von zellulärer Apoptose und von Zytotoxizität sind verfügbar. Ein entscheidendes Charakteristikum ist die spezifische, enzymabhängige Fragmentierung der genomischen DNA, die irreversibel ist und sicher zum Tod der Zelle fuhrt. Verfahren zum Nachweis dieser spezifischen DNA Fragmente sind kommerziell erhältlich. Als zusätzliches Verfahren steht der „TUNEL assay" zur Verfügung, der DNA Einzelstrangbrüche auch in Gewebeschnitten nachweisen kann. Zytotoxizität wird vor allem über eine veränderte Zellpermeabilität nachgewiesen, die als Marker für den Vitalitätszustand von Zellen dient. Dazu werden entweder im Zellkulturüberstand Marker analysiert, die normalerweise intrazellulär zu finden sind. Alternativ kann auch die Aufnahmefähigkeit von Farbmarkern analysiert werden, die von intakten Zellen nicht aufgenommen werden. Die bekanntesten Beispiele für Farbmarker sind Trypanblau und Propidiumiodid, ein üblicher intrazellulärer Marker ist die Laktatdehydrogenase, die im Überstand enzymatisch nachgewiesen werden kann. Unterschiedliche Testsysteme stehen von verschiedenen kommerziellen Anbietern (z.B. Roche Diagnostics, Invitrogene) zur Verfügung.A size Number of assay systems for detecting cellular apoptosis and cytotoxicity are available. One the crucial characteristic is the specific, enzyme-dependent fragmentation the genomic DNA that is irreversible and sure to kill the Cell leads. Method for detecting these specific DNA fragments are commercially available. As an additional Procedure is the "TUNEL assay ", the DNA single-strand breaks can also detect in tissue sections. Cytotoxicity is present everything over a changed one cell permeability detected as markers for the vitality state of cells. These are either in cell culture supernatant Analyzes markers that are normally found intracellularly. alternative can also absorb capacity be analyzed by color markers that are not recorded by intact cells become. The best known examples of color markers are trypan blue and propidium iodide, a common one intracellular Marker is the lactate dehydrogenase, which is detected enzymatically in the supernatant can be. Different test systems are different commercial suppliers (e.g., Roche Diagnostics, Invitrogene) Available.
3. Migrationsassay3. Migration assay
Die Fähigkeit von Zellen zur Migration wird in einem spezifischen Migrationstest vorzugsweise mit Hilfe einer Boyden Kammer (Corning Costar) analysiert (Cinamon G., Alon R. J. Immunol. Methods. 2003 Feb; 273(1-2):53-62; Stockton et al. 2001. Mol. Biol. Cell. 12: 1937-56). Dazu werden Zellen auf einem Filter mit spezifischer Porengröße kultiviert. Zellen, die migrieren können, sind in der Lage, durch diesen Filter in ein weiteres darunter liegendes Kulturgefäß zu wandern. Eine anschließende mikroskopische Analyse erlaubt dann die Bestimmung eines möglicherweise veränderten Migrationsverhaltens, dass durch den „gain of function" bzw. „loss of function" des Zielmoleküls induziert wurde.The ability cells to migrate is in a specific migration test preferably analyzed using a Boyden chamber (Corning Costar) (Cinamon G., Alon R.J. Immunol., Methods, 2003 Feb; 273 (1-2): 53-62; Stockton et al. 2001. Mol. Biol. Cell. 12: 1937-56). To do this Cells on a filter with specific pore size cultivated. Cells that can migrate are able to pass through this filter into another underneath Hiking culture vessel. A subsequent one Microscopic analysis then allows the determination of one possibly changed Migration behavior that is due to the "gain of function" or "loss of Function "of the target molecule induced has been.
b. Funktionsanalyse in Tiermodellenb. Functional analysis in animal models
Alternativ zu Zellkulturexperimenten bieten sich zur Analyse der Zielgenfunktion aufwendige in vivo Experimente in Tiermodellen an. Diese Modelle haben im Vergleich zu den zellbasierenden Verfahren den Vorteil, dass sie Fehlentwicklungen bzw. Krankheiten nachweisen können, die erst im Kontext des gesamten Organismus nachweisbar sind. Eine Vielzahl von Modellen für humane Erkrankungen sind inzwischen verfügbar (Abate-Shen & Shen. 2002. Trends in Genetics S1-5; Matsusue et. al. 2003. J. Clin. Invest. 111:737-47). Verschiedene Tiermodelle wie zum Beispiel Hefe, Nematoden oder Zebrafische sind inzwischen intensiv charakterisiert worden. Bevorzugte Modelle sind aber im Vergleich zu anderen Spezies mammale Tiermodelle wie zum Beispiel die Maus (Mus musculus), weil sie die biologischen Prozesse im humanen Kontext am besten abbilden können. Für Mäuse sind in den letzten Jahren sowohl transgene Verfahren etabliert worden, die neue Gene in das Mausgenom integrieren („gain of function"; Jegstrup I. et al. 2003. Lab Anim. 2003 Jan.;37(1):1-9). Alternativ werden durch andere methodische Ansätze Gene im Mausgenom ausgeschaltet und so ein Funktionsverlust eines gewünschten Gens induziert (knockout Modelle, „loss of function"; Zambrowicz BP & Sands AT. 2003. Nat. Rev. Drug Discov. 2003 Jan;2(1):38-51; Niwa H. 2001. Cell Struct. Funct. 2001 Jun;26(3):137-48.); technische Details sind vielfältig publiziert.alternative Cell culture experiments offer an analysis of the target gene function elaborate in vivo experiments in animal models. These models have Compared to the cell-based method the advantage that they can prove aberrations or diseases that only in the context of the whole organism are detectable. A variety of models for Human diseases are now available (Abate-Shen & Shen. 2002. Trends in Genetics S1-5; Matsusue et. al. 2003. J. Clin. Invest. 111: 737-47). Various animal models such as yeast, nematodes or zebrafish are been intensively characterized. Preferred models are but compared to other species mammal animal models such as Example, the mouse (Mus musculus) because they are the biological processes in the humane context. For mice are in recent years Both transgenic methods have been established, the new genes in the Integrate mouse genome ("gain of function "; Jegstrup I. et al. 2003. Lab Anim. 2003 Jan.; 37 (1): 1-9). Alternatively through other methodological approaches Genes in the mouse genome turned off and so a loss of function of a desired Gene induces (knockout models, "loss of function"; Zambrowicz BP & Sands AT. Nat. Rev. Drug Discov. 2003 Jan; 2 (1): 38-51; Niwa H. 2001. Cell Struct. Funct. 2001 Jun; 26 (3): 137-48.); technical details are widely published.
Nach Generierung der Mausmodelle können Veränderungen, die durch das Transgen bzw. durch den Funktionsverlust eines Gens induziert wurden, im Kontext des Gesamtorganismus analysiert werden (Balling R, 2001. Ann. Rev. Genomics Hum. Genet. 2:463-92). So sind zum Beispiel Verhaltenstests genauso wie biochemische Untersuchen etablierter Blutparameter möglich. Histologische Analysen, Immunhistochemie oder die Elektronenmikroskopie ermöglichen die Charakterisierung von Veränderungen auf zellulärer Ebene. Das spezifische Expressionsmuster eines Genes kann durch eine in situ Hybridisierung nachgewiesen werden (Peters T. et. al. 2003. Hum. Mol. Genet 12: 2109-20).To Generation of mouse models can change, by the transgene or by the loss of function of a gene be analyzed in the context of the whole organism (Balling R, 2001 Ann. Rev. Genomics Hum Genet 2: 463-92). So are for example behavioral tests as well as biochemical investigations established blood parameters possible. Histological analysis, immunohistochemistry or electron microscopy enable the characterization of changes cellular Level. The specific expression pattern of a gene can by In situ hybridization can be detected (Peters T. et al. 2003. Hum. Mol. Genet 12: 2109-20).
Beispiel 1: Identifizierung der SEQ ID NO: 1/2 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 1: Identification SEQ ID NO: 1/2 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Die SEQ ID NO: 1 (Nukleinsäuresequenz) wird von einem neuen Gen auf Chromosom 6 (6q26-27) kodiert und repräsentiert die abgeleitete Proteinsequenz (SEQ ID NO: 2). Ein alternatives offenes Leseraster dieses Genlocus ist SEQ ID NO : 267, die für die abgeleitete Proteinsequenz SEQ ID NO: 268 kodiert. Beide Proteinsequenzen zeigen keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.The SEQ ID NO: 1 (nucleic acid sequence) is encoded and represented by a new gene on chromosome 6 (6q26-27) the deduced protein sequence (SEQ ID NO: 2). An alternative open reading frame of this gene locus is SEQ ID NO: 267, which is derived for the Protein sequence SEQ ID NO: 268 encoded. Both protein sequences show no homologies to already known proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer spezifischen quantitativen RT-PCR (Primerpaar
SEQ ID NO: 3 und 4) die Menge der genspezifischen Transkripte in
gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht. Das Transkript
ließ sich
in keiner der analysierten Normalgewebe nachweisen. Überraschend
detektierten wir ganz spezifisch substantielle Mengen dieses Transkripts
in fast allen untersuchten Melanomproben, obwohl das Gen in normaler
Haut als Ursprungsgewebe nicht exprimiert ist (
Wir zeigen damit, dass dieses Gen ein absolut spezifischer Marker für Melanomzellen ist und durch sein fehlen in jedem untersuchten Normalgewebe für zielgerichtete Therapie- und Diagnostik Ansätze als Biomarker geeignet ist.We show that this gene is an absolutely specific marker for melanoma cells is and by its absence in each examined normal tissue for purposeful Therapy and diagnostics approaches is suitable as a biomarker.
Insbesondere extrazelluläre Anteile von SEQ ID NO: 2 bzw. 268 können erfindungsgemäß als Zielstruktur von monoklonalen Antikörpern genutzt werden. Dies betrifft u.a. folgende Epitope: Aminosäuren 1-50, bezogen auf die SEQ ID NO: 2; Aminosäuren 1-12, bezogen auf die SEQ ID NO: 268, Aminosäuren 70-88 bezogen auf die SEQ ID NO: 2, Aminosäuren 33-129 bezogen auf die SEQ ID NO: 268, sowie SEQ ID NO: 281.Especially extracellular According to the invention, proportions of SEQ ID NO: 2 or 268 can serve as the target structure of monoclonal antibodies be used. This affects u.a. following epitopes: amino acids 1-50, based on SEQ ID NO: 2; Amino acids 1-12, based on the SEQ ID NO: 268, amino acids 70-88 with reference to SEQ ID NO: 2, amino acids 33-129 based on SEQ ID NO: 268, and SEQ ID NO: 281.
Erfindungsgemäß sind therapeutisch auch andere zielorientierte Ansätze wie Vakzine und Therapien mit „small compounds" denkbar, die nur dieses Gen als Zielstruktur haben und somit keine gesunden Zellen betreffen. Auch diagnostisch kann dieses Gen aufgrund seiner Selektivität für Tumorzellen genutzt werden.According to the invention are therapeutic also other goal-oriented approaches like vaccines and therapies with "small compounds "conceivable, which only have this gene as the target structure and therefore no healthy ones Affect cells. Also diagnostically, this gene may be due to its selectivity used for tumor cells become.
Beispiel 2: Identifizierung der SEQ ID NO: 5/6 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 2: Identification SEQ ID NO: 5/6 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Die SEQ ID NO: 5 (Nukleinsäuresequenz) wird von einem neuen Gen auf Chromosom 11 (11 q 12.1) kodiert und repräsentiert die abgeleitete Proteinsequenz (SEQ ID NO 6). Ein alternatives offenes Leseraster dieses Genlokus ist SEQ ID NO: 269, die für die abgeleitete Proteinsequenz SEQ ID NO: 270 kodiert. Beide Proteinsequenzen zeigen keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.The SEQ ID NO: 5 (nucleic acid sequence) is encoded and represented by a new gene on chromosome 11 (11 q 12.1) the deduced protein sequence (SEQ ID NO 6). An alternative open reading frame this gene locus is SEQ ID NO: 269, which is for the deduced protein sequence SEQ ID NO: 270 encoded. Both protein sequences show no homologies to already known proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer genspezifischen quantitativen RT-PCR (Primerpaar
SEQ ID NO: 7 und 8) die Menge der genspezifischen Transkripte in
gesundem Gewebe und in Karzinomproben (jeweils Pool von Proben)
untersucht. Spezifische RNA detektierten wir mit Ausnahme von Testis
gar nicht oder aber nur in geringen Mengen in den von uns untersuchten
gesunden Geweben (
Der Genlokus ist somit ein typischer Vertreter der Klasse der sog. Cancer/Testis-Antigene, die in Normalgeweben fast ausschließlich in den Keimzellen der Testis exprimiert sind. In Tumoren jedoch werden Cancer/Testis-Antigene häufig eingeschaltet, obwohl sie in den zugrunde liegenden somatischen Normalgewebszellen nicht exprimiert werden. Mehrere Mitglieder dieser funktionell und strukturell heterogenen Klasse werden aufgrund ihrer attraktiven selektiven Gewebsverteilung bereits für spezifische immuntherapeutischen Ansätze bei Krebserkrankungen in Phase I/II Studien getestet (z.B. Scanlan MJ, Gure AO, Jungbluth AA, Old LJ, Chen YT. 2002. Immunol Rev. 2002 Oct; 188: 22-32).Of the Genlokus is thus a typical representative of the class of so-called. Cancer / testis antigens, in normal tissues almost exclusively in the germ cells of the Testis are expressed. In tumors, however, become cancer / testis antigens often even though they are in the underlying somatic normal tissue cells not expressed. Several members of this functional and structurally heterogeneous class are due to their attractive selective tissue distribution already for specific immunotherapeutic approaches in cancers in Phase I / II studies (e.g., Scanlan MJ, Gure AO, Jungbluth AA, Old LJ, Chen YT. 2002. Immunol Rev. 2002 Oct; 188: 22-32).
Zur
Herstellung von Antikörpern
können
u.a. die Peptide SEQ ID NO: 282 und 283 genutzt werden. Insbesondere
die extrazellulären
Domänen
der SEQ ID NO: 6 bzw. SEQ ID NO: 270 können erfindungsgemäß als Zielstruktur
von monoklonalen Antikörpern
genutzt werden. Die Immunisierung von Tieren mit diesen Peptiden
resultierte in der Verfügbarkeit
von Antikörpern,
mit denen wir die Daten der PCR-Untersuchung auch auf Proteinebene
durch immunhistochemische Untersuchungen bestätigen konnten. Immunhistochemische
Färbungen
von Testis als Positivkontrolle aber auch von Nierentumoren (
Beispiel 3: Identifizierung von LOC203413 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 3: Identification of LOC203413 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das Gen bzw. Protein des Genlokus LOC203413 (Nukleinsäuresequenz: SEQ ID NO: 9; Aminosäuresequenz: SEQ ID NO 10) ist ein bisher nicht charakterisiertes Gen auf dem X-Chromosom (Xq24). Es hat außer einer Transmembrandomäne keine weiteren funktionellen Motive und keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.The gene or protein of the gene locus LOC203413 (nucleic acid sequence: SEQ ID NO: 9; Amino acid sequence: SEQ ID NO 10) is a hitherto uncharacterized gene on the X chromosome (Xq24). Apart from a transmembrane domain, it has no other functional motifs and no homologies to previously known proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer LOC203413-spezifischen quantitativen RT-PCR
(Primerpaar SEQ ID NO: 11 und 12) die Menge des Transkripts in gesundem
Gewebe und in Karzinomproben (
LOC203413 ist somit ein typischer Vertreter der Klasse der sog. Cancer/Testis-Antigene, die in Normalgeweben ausschließlich in den Keimzellen der Testis exprimiert sind. In Tumoren jedoch werden Cancer/Testis-Antigene häufig eingeschaltet, obwohl sie in den zugrunde liegenden somatischen Normalgewebszellen nicht exprimiert werden. Mehrere Mitglieder dieser funktionell und strukturell heterogenen Klasse werden aufgrund ihrer attraktiven selektiven Gewebsverteilung bereits für spezifische immuntherapeutischen Ansätze bei Krebserkrankungen in Phase I/II Studien getestet (z.B. Scanlan MJ, Gure AO, Jungbluth AA, Old LJ, Chen YT. 2002. Immunol Rev. 2002 Oct; 188: 22-32).LOC203413 is thus a typical representative of the class of so-called. Cancer / testis antigens, those in normal tissues exclusively are expressed in the germ cells of the testis. In tumors, however Cancer / Testis antigens are common even though they are in the underlying somatic Normal tissue cells are not expressed. Several members of this Functionally and structurally heterogeneous class are due to their attractive selective tissue distribution already for specific immunotherapeutic approaches in cancers in Phase I / II studies (e.g., Scanlan MJ, Gure AO, Jungbluth AA, Old LJ, Chen YT. 2002. Immunol Rev. 2002 Oct; 188: 22-32).
Insbesondere die extrazelluläre Domäne von LOC203413 kann erfindungsgemäß als Zielstruktur von monoklonalen Antikörpern genutzt werden. So sind die Aminosäuren 22-113 (SEQ ID NO: 284) als Epitope interessant. In der Sequenz sind bezogen auf die SEQ ID NO: 10 an den Aminosäureposition 34 und 83 konservierte N-Glykosylierungsmotive lokalisiert, die sich unter Umständen besonders für die Herstellung von tumorspezifischen Antikörpern eignen. Zur Herstellung von LOC203413-spezifischen Antikörpern wurden die unter SEQ ID NO: 285 und 286 aufgeführten Peptide verwendet.Especially the extracellular domain of LOC203413 can be used according to the invention as a target structure of monoclonal antibodies be used. Thus, amino acids 22-113 (SEQ ID NO: 284) interesting as epitopes. In the sequence, with reference to SEQ ID NO: 10 at amino acid position 34 and localized 83 conserved N-glycosylation motifs that are in certain circumstances especially for the production of tumor-specific antibodies are suitable. For the production of LOC203413-specific antibodies the peptides listed under SEQ ID NO: 285 and 286 were used.
Wir
konnten nachweisen, dass solche Antikörper spezifisch Zellen, die
mit dem genannten Genprodukt transfiziert sind und es exprimieren,
anfärben kann
(
Beispiel 4: Identifizierung von LOC90625 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 4: Identification of LOC90625 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das Gen LOC90625 (Nukleinsäuresequenz: SEQ ID NO: 13) ist ein bisher nicht charakterisiertes Gen auf Chromosom 21 (21q22.3). Es kodiert für ein Protein (Aminosäuresequenz: SEQ ID NO: 14) mit einer Transmembrandomäne aber ansonsten keinerlei Homologien zu bereits bekannten Proteinen.The Gen LOC90625 (nucleic acid sequence: SEQ ID NO: 13) is a hitherto uncharacterized gene on chromosome 21 (21q22.3). It codes for a protein (amino acid sequence: SEQ ID NO: 14) with a transmembrane domain but otherwise no homologies to already known proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer LOC90625-spezifischen quantitativen RT-PCR
(Primerpaar SEQ ID NO: 15 und 16) die Menge an genspezifischen Transkripten
in gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht (
Überraschenderweise
detektierten wir LOC90625-spezifische Überexpression in verschiedenen
Tumortypen. Insbesondere in Prostata-, Ösophagus- und Pankreaskarzinomen
war LOC90625 im Vergleich zu den jeweiligen gesunden Gewebeproben
stark überexprimiert
(
LOC90625 ist ein selektiv exprimiertes Antigen, das offensichtlich in proliferierenden Geweben verstärkt exprimiert wird. Diese selektive Überexpression in Tumoren ist diagnostisch und therapeutisch nutzbar.LOC90625 is a selectively expressed antigen that is evident in proliferating Reinforced tissues is expressed. This selective overexpression in tumors is can be used diagnostically and therapeutically.
Insbesondere die extrazelluläre Domäne von LOC90625 kann erfindungsgemäß als Zielstruktur von monoklonalen Antikörpern genutzt werden. Dies können z.B. 1-19 (SEQ ID NO: 287) oder aber die Aminosäuren 40-160 (SEQ ID NO: 288) sein. Zur Herstellung von LOC203413-spezifischen Antikörpern wurden die Peptide gemäß SEQ ID NO: 289 und 290 verwendet.Especially the extracellular domain of LOC90625 can be used according to the invention as a target structure of monoclonal antibodies be used. This can e.g. 1-19 (SEQ ID NO: 287) or amino acids 40-160 (SEQ ID NO: 288) be. For the preparation of LOC203413-specific antibodies were the peptides according to SEQ ID NO: 289 and 290 used.
Wir
konnten nachweisen, dass ein solcher Antikörper spezifisch Zellen, die
mit dem genannten Genprodukt transfiziert sind und es exprimieren,
anfärben
kann (
Erfindungsgemäß sind therapeutisch auch andere zielorientierte Ansätze wie Vakzine und Therapien mit „small compounds" denkbar, die nur dieses Gen als Zielstruktur haben und somit keine gesunden Zellen betreffen. Auch diagnostisch kann dieses Gen aufgrund seiner Selektivität für Tumorzellen genutzt werden.According to the invention are therapeutic also other goal-oriented approaches like vaccines and therapies with "small compounds "conceivable, which only have this gene as the target structure and therefore no healthy ones Affect cells. Also diagnostically, this gene may be due to its selectivity used for tumor cells become.
Beispiel 5: Identifizierung des Proteins FAM26A als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 5: Identification of the protein FAM26A as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das Gen FAM26A (SEQ ID NO: 17; NM_182494), das auf Chromosom 10 (10q24) lokalisiert ist, kodiert das Genprodukt der SEQ ID NO: 18 (NP_872300). FAM26A besitzt mehrere Transmembrandomänen. An Aminosäureposition 142 ist ein Motiv für eine N-Glykosylierung lokalisiert.The Gene FAM26A (SEQ ID NO: 17; NM_182494) located on chromosome 10 (10q24) is located, encodes the gene product of SEQ ID NO: 18 (NP_872300). FAM26A has multiple transmembrane domains. At amino acid position 142 is a motive for an N-glycosylation localized.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer FAM26A-spezifischen quantitativen RT-PCR (Primerpaar SEQ
ID NO: 19 und 20) die Menge der genspezifischen Transkripte in gesundem Geweben
und in Tumorproben untersucht (
FAM26A-spezifische
Antikörper
wurden durch Immunisierung von Tieren hergestellt, unter anderem
unter Verwendung der unter SEQ ID NO 291 und 292 aufgeführten Peptide.
Die Spezifität
der Antikörper
wurde durch Western Blot-Analyse in COS-Zellen, die mit einem für ein FAM26-Fragment kodierenden
Plasmidkonstrukt transfiziert worden waren, nachgewiesen (
Das
endogene FAM26A-Protein konnte in SW480-Zellen mittels Immunfluoreszenz
unter Verwendung eines SEQ ID NO: 291-spezifischen Antikörpers nachgewiesen
werden. Die Analyse zeigt eine Lokalisation in der Plasmamembran
(
Erfindungsgemäß sind auch therapeutisch auch andere zielorientierte Ansätze wie Vakzine und Therapien mit „small compounds" denkbar, die nur dieses Gen als Zielstruktur haben und somit keine gesunden Zellen betreffen. Auch diagnostisch kann dieses Gen aufgrund seiner Selektivität für Tumorzellen genutzt werden.Also according to the invention therapeutically, other goal-oriented approaches such as vaccines and therapies with "small compounds "conceivable, which only have this gene as the target structure and therefore no healthy ones Affect cells. Also diagnostically, this gene may be due to its selectivity for tumor cells be used.
Beispiel 6: Identifizierung von SEMA5B als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 6: Identification of SEMA5B as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das Gen Semaphorin 5B (SEMA5B; SEQ ID NO: 21), dass das Protein der SEQ ID NO: 22 kodiert, ist auf Chromosom 3 (3q21.1) lokalisiert. SEMA5B ist ein Typ-I-Transmembranprotein und gehört zur Familie der Semaphorine.The Gene Semaphorin 5B (SEMA5B; SEQ ID NO: 21) that the protein of the SEQ ID NO: 22 is located on chromosome 3 (3q21.1). SEMA5B is a type I transmembrane protein and heard to the family of semaphorins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer SEMA5B-spezifischen quantitativen RT-PCR (Primerpaar SEQ
ID NO: 23 und 24) die Menge an genspezifischen Transkripten in gesundem
Gewebe und in Karzinomproben untersucht (
Die selektive Überexpression in Tumoren ist therapeutisch nutzbar.The selective overexpression in tumors is therapeutically usable.
Insbesondere die extrazelluläre Domäne von SEMA5B (Aminosäuren 20-1035; SEQ ID NO: 296) kann erfindungsgemäß als Zielstruktur von Antikörpern genutzt werden. SEMA5B ist ein Typ-I-Transmembrandomänenprotein (TM-Aminosäuren 1035-1057), dessen C-Terminus im Inneren der Zelle lokalisiert ist (Aminosäuren: 1058-1151). Zur Herstellung SEMA5B-spezifischer Antikörper wurden die Peptide gemäß SEQ ID NO: 297 und 298 verwendet.Especially the extracellular domain of SEMA5B (amino acids 20-1035; SEQ ID NO: 296) can be used according to the invention as a target structure of antibodies become. SEMA5B is a type I transmembrane domain protein (TM amino acids 1035-1057), whose C-terminus is located inside the cell (amino acids: 1058-1151). For making SEMA5B-specific antibody were the peptides according to SEQ ID NO: 297 and 298 used.
Beispiel 7: Identifizierung von GJB5 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 7: Identification of GJB5 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das Protein GBJ5 (Nukleinsäuresequenz: SEQ ID NO: 25; Aminosäuresequenz: SEQ ID NO: 26) ist ein Mitglied der Connexin-Familie. Das Gen besteht aus zwei Exons und liegt auf Chromosom 1 (1p35.1). Die abgeleitete Aminosäuresequenz kodiert für ein Protein mit 273 Aminosäuren. Connexine haben eine wichtige Funktion bei Zell-Zell-Kontakten über sogenannte „Gap Junctions", die dem Austausch von kleinen cytoplasmatischen Molekülen, Ionen und Sekundärtransmittern dienen und somit die Kommunikation zwischen individuellen Zellen ermöglichen. Gap Junctions bestehen aus mehreren Connexinuntereinheiten, die einen Membrankanal ausbilden. Bisher wurden 11 verschiedene Mitglieder der Connexine beschrieben, die alle in einem Genkluster auf Chromosom 1 lokalisiert sind (Richard, G.; Nature Genet. 20: 366-369, 1998). GBJ5 hat vier Transmembrandomänen, der N- und C-Terminus des Proteins sind im Innern der Zelle lokalisiert.The Protein GBJ5 (nucleic acid sequence: SEQ ID NO: 25; Amino acid sequence: SEQ ID NO: 26) is a member of the connexin family. The gene exists from two exons and is located on chromosome 1 (1p35.1). The derived amino acid sequence encodes for a protein with 273 amino acids. Connexins have an important function in cell-cell contacts via so-called "gap junctions" that exchange of small cytoplasmic molecules, ions and secondary transmitters serve and thus the communication between individual cells enable. Gap junctions consist of several connexin subunits, the to form a membrane channel. So far, 11 different members of the Connexins are described, all in a genome on chromosome 1 (Richard, G., Nature Genet 20: 366-369, 1998). GBJ5 has four transmembrane domains, the N- and C-terminus of the protein are located inside the cell.
Erfindungsgemäß wurde
nach Etablierung einer GBJ5-spezifischen quantitativen RT-PCR (Primerpaar
SEQ ID NO: 27, 28) die Menge der genspezifischen Transkripte in
gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht (Pool von Proben,
die Anzahl ist in der Abb. angegeben). Unsere Untersuchungen zeigen
eine differentielle Verteilung der Expression in Normalgeweben.
GBJ5-Transkripte fanden wir fast ausschließlich im Ösophagus und in der Haut exprimiert,
in allen anderen analysierten Geweben, ist eine Transkription sehr
schwach oder nicht nachweisbar (
Insbesondere
die extrazellulären
Domänen von
GBJ5 können
erfindungsgemäß als Zielstruktur von
therapeutischen Antikörpern
genutzt werden. Bezogen auf die SEQ ID NO: 26 sind die Aminosäuren 41-75
(SEQ ID NO: 299) sowie der Bereich zwischen den Aminosäuren 150
und 187 (SEQ ID NO: 300) extrazellulär lokalisiert. Zur Herstellung
von GJB5-spezifischen Antikörpern
wurden die Peptide mit der SEQ ID NO: 301 und 302 verwendet und
führten
zur erfolgreichen Herstellung von spezifischen Antikörpern, die
lediglich das entsprechende Molekül im Western Blot erkennen
(
Beispiel 8: Identifizierung von KLK5 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 8: Identification of KLK5 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das Gen KLK5 (SEQ ID NO: 29) und sein Translationsprodukt (SEQ ID NO: 30) ist ein Mitglied der Kallikrein Familie, einer Gruppe von Serinproteasen mit unterschiedlichsten physiologischen Funktionen. Das Gen liegt auf Chromosom 19 (19q13.3-13.4) und kodiert für eine Serinprotease. KLK5 wird als Proform synthetisiert und im Stratum Corneum durch Proteolyse aktiviert. (Brattsand, M et al; J. Biol. Chem. 274: 1999). Die aktive Protease (Aminosäuren 67-293) wird sekretiert und ist im Prozess der Hautabschilferung beteiligt. Das Propeptid (Aminosäuren 30-67) verbleibt über die Transmembrandomäne (Aminosäuren 1-29) an der Zelloberfläche gebunden (Ekholm, E et al; Jour Investigative Dermatol, 114; 2000).The Gene KLK5 (SEQ ID NO: 29) and its translation product (SEQ ID NO: 30) is a member of the kallikrein family, a group of serine proteases with different physiological functions. The gene is on chromosome 19 (19q13.3-13.4) and encodes a serine protease. KLK5 is synthesized as a proform and in the stratum corneum by proteolysis activated. (Brattsand, M et al; J. Biol. Chem. 274: 1999). The active one Protease (amino acids 67-293) is secreted and is in the process of skin assessment involved. The propeptide (amino acids 30-67) remains over the transmembrane domain (Amino acids 1-29) bound to the cell surface (Ekholm, E et al; Jour Investigative Dermatol, 114, 2000).
Erfindungsgemäß wurde
nach Etablierung einer KLK5-spezifischen quantitativen RT-PCR (Primerpaar
SEQ ID NO: 31, 32) die selektive Verteilung von KLK5-spezifischen
Transkripten in Karzinomproben im Vergleich zu gesundem Gewebe untersucht (
Insbesondere
die extrazelluläre
Domäne
von KLK5 kann erfindungsgemäß als Zielstruktur
von therapeutischen Antikörpern
genutzt werden (SEQ ID NO: 303). Ein Teil dieser Domäne wird
nach Verschiebung des Proteins an die Zelloberfläche abgespalten und sezerniert.
Dieser Teil des Proteins ist als Epitop für therapeutische Antikörper weniger
geeignet als vorzugsweise der Bereich des Propeptids (Aminosäure 30 bis
67), der nach Prozessierung des zu sekretierenden Anteils an die
Zellmembran verankert verbleibt. Zur Herstellung von KLK5-spezifischen Antikörpern wurden
das Peptid gemäß SEQ ID
NO: 304 verwendet. Im Western Blot ist die Spezifität dieses
Peptides für
die Sequenz das Genproduktes KLK5 gezeigt (
Diese Daten unterstützen, dass dieses Genprodukt tatsächlich zu Protein translatiert wird, dass es nicht in Normalgeweben außer Testis, aber in Tumoren nachweisbar ist, und dass Tumorzellen eines Patienten tatsächlich auf der Oberfläche angefärbt werden. Des weiteren unterstützen diese Daten, dass dieses Genprodukt mit seiner außerordentlichen Tumorzell-Selektivität als Zielstruktur für einen therapeutisch und diagnostisch einsetzbaren Antikörper dienen kann, wie auch dass prinzipiell solche Antikörper gegen dieses Genprodukt generiert werden können.These Support data, that this gene product actually translates to protein that it is not in normal tissues other than testis, but is detectable in tumors, and that tumor cells of a patient indeed on the surface to be stained. Further support this data that this gene product with its extraordinary Tumor cell selectivity as target for a therapeutic and diagnostically useful antibodies, as well as that in principle such antibodies against this gene product can be generated.
Beispiel 9: Identifizierung von LOC352765 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 9: Identification of LOC352765 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Der Genlokus LOC352765 ist auf Chromosom 9 (9q34.12) lokalisiert, sein Gen (SEQ ID NO: 33) kodiert ein das Genprodukt der SEQ ID NO: 34. Das LOC352765-Protein besitzt eine Transmembrandomäne am N-Terminus. Das hypothetische Protein zeigt keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.Of the Genlokus LOC352765 is located on chromosome 9 (9q34.12) Gene (SEQ ID NO: 33) encodes the gene product of SEQ ID NO: 34 LOC352765 protein has a transmembrane domain at the N-terminus. The hypothetical Protein shows no homologies to already known proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer LOC352765-spezifischen quantitativen RT-PCR
(Primerpaar SEQ ID NO: 35 und 36) die Menge an genspezifischen Transkripten
in gesundem Gewebe und in Karzinomproben (Pool von Proben) untersucht
(
LOC352765 ist aufgrund seiner selektiven Überexpression in Tumoren therapeutisch nutzbar. Insbesondere die extrazelluläre Domäne von LOC352765 (Aminosäuren 44-211, SEQ ID NO: 34) kann erfindungsgemäß als Zielstruktur von Antikörpern und anderen zielgerichteten Therapieformen genutzt werden. Zur Herstellung von spezifischen Antikörpern wurde die Peptide gemäß SEQ ID NO: 305 und 306 verwendet.LOC352765 is due to its selective overexpression therapeutically usable in tumors. In particular, the extracellular domain of LOC352765 (Amino acids 44-211, SEQ ID NO: 34) can be used according to the invention as a target structure of antibodies and other targeted therapies are used. For the production of specific antibodies was the peptides according to SEQ ID NO: 305 and 306 used.
Beispiel 10: Identifizierung von SVCT1 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 10: Identification of SVCT1 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das Gen SVCT1 (SEQ ID NO: 37) ist auf Chromosom 7 (7q33) lokalisiert und kodiert für das Genprodukt der SEQ ID NO 38. Das SVCT1 Protein hat vier Transmembrandomänen und zeigt keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.The Gene SVCT1 (SEQ ID NO: 37) is located on chromosome 7 (7q33) and encodes for the gene product of SEQ ID NO 38. The SVCT1 protein has four transmembrane domains and shows no homologies to already known proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer SVCT1-spezifischen quantitativen RT-PCR (Primerpaar SEQ
ID NO: 39 und 40) die Menge an genspezifischen Transkripten in gesundem
Gewebe und in Karzinomproben (Pool von Proben) untersucht (
SVCT1 ist aufgrund seiner selektiven Überexpression in Tumoren therapeutisch nutzbar. Insbesondere die extrazellulären Domänen von SVCT1 können erfindungsgemäß als Zielstruktur von Antikörpern oder anderen zielgerichteten Therapieformen genutzt werden. Zur Herstellung spezifischer Antikörper wurden die Peptide der SEQ ID NO: 307 und 308 verwendet.SVCT1 is due to its selective overexpression therapeutically usable in tumors. In particular, the extracellular domains of SVCT1 can according to the invention as a target structure of antibodies or other targeted therapies. to Production of specific antibodies For example, the peptides of SEQ ID NOs: 307 and 308 were used.
Beispiel 11: Identifizierung von LOC199953 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 11: Identification of LOC199953 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das Gen bzw. Protein des Genlokus LOC199953 (Nukleinsäuresequenz: SEQ ID NO: 41; Aminosäuresequenz: SEQ ID NO: 42) ist auf Chromosom 1 (1q36.22) lokalisiert. Das Protein besitzt mehrere Transmembrandomänen. Alternative offene Leserahmen dieses Genlokus stellen die SEQ ID NO: 271 mit ihrem Genprodukt SEQ ID NO: 272 und die SEQ ID NO: 273 mit dem dazugehörigen Genprodukt SEQ ID NO: 274 dar. Darüber hinaus zeigt das hypothetische Protein keine weiteren Homologien zu bereits bekannten Proteindomänen.The Gene or protein of gene locus LOC199953 (nucleic acid sequence: SEQ ID NO: 41; Amino acid sequence: SEQ ID NO: 42) is located on chromosome 1 (1q36.22). The protein has several transmembrane domains. Alternative open reading frames of this gene locus represent the SEQ ID NO: 271 with its gene product SEQ ID NO: 272 and SEQ ID NO: 273 with the associated Gene product SEQ ID NO: 274. In addition, the hypothetical Protein no further homologies to already known protein domains.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer LOC199953-spezifischen quantitativen RT-PCR
(Primerpaar SEQ ID NO: 43 und 44) die Menge der genspezifischen
Transkripte in gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht.
LOC 199953 ist in gesunden Geweben selektiv exprimiert und in einigen
Tumoren überexprimiert.
Insbesondere konnte in HNO- und
Nierenkarzinomen (
Die extrazellulären Domänen von LOC199953 können erfindungsgemäß als Zielstruktur von Antikörpern genutzt werden.The extracellular domains from LOC199953 according to the invention as a target structure of antibodies be used.
Beispiel 12: Identifizierung von TMEM31 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 12: Identification of TMEM31 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das Gen TMEM31 (SEQ ID NO: 45) des Genlokus LOC203562 ist auf Chromosom X (Xq22.2) lokalisiert. Das Gen kodiert für das Protein der SEQ ID NO: 46. Das Protein hat zwei Transmembrandomänen und zeigt sonst keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.The Gene TMEM31 (SEQ ID NO: 45) of the gene locus LOC203562 is on chromosome X (Xq22.2) localized. The gene encodes the protein of SEQ ID NO: 46. The protein has two transmembrane domains and shows no homologies otherwise to already known proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer TMEM31-spezifischen quantitativen RT-PCR (Primerpaar SEQ
ID NO: 47 und 48) die Menge der genspezifischen Transkripte in gesundem Gewebe
und in Karzinomproben untersucht. TMEM31 ist in gesunden Geweben
sehr selektiv vor allem auf Testis beschränkt (
TMEM31 ist somit ein typischer Vertreter der Klasse der sog. Cancer/Testis-Antigene, die in Normalgeweben ausschließlich in den Keimzellen der Testis exprimiert sind. In Tumoren jedoch werden Cancer/Testis-Antigene häufig eingeschaltet, obwohl sie in den zugrunde liegenden somatischen Normalgewebszellen nicht exprimiert werden. Mehrere Mitglieder dieser funktionell und strukturell heterogenen Klasse werden aufgrund ihrer attraktiven selektiven Gewebsverteilung bereits für spezifische immuntherapeutischen Ansätze bei Krebserkrankungen in Phase I/II Studien getestet (z.B. Scanlan MJ, Gure AO, Jungbluth AA, Old LJ, Chen YT. 2002. Immunol Rev. 2002 Oct; 188: 22-32).TMEM31 is thus a typical representative of the class of so-called. Cancer / testis antigens, those in normal tissues exclusively are expressed in the germ cells of the testis. In tumors, however Cancer / Testis antigens are common even though they are in the underlying somatic Normal tissue cells are not expressed. Several members of this Functionally and structurally heterogeneous class are due to their attractive selective tissue distribution already for specific immunotherapeutic approaches in cancers in Phase I / II studies (e.g., Scanlan MJ, Gure AO, Jungbluth AA, Old LJ, Chen YT. 2002. Immunol Rev. 2002 Oct; 188: 22-32).
Die extrazellulären Domänen von TMEM31 können erfindungsgemäß als Zielstruktur von Antikörpern genutzt werden.The extracellular domains from TMEM31 according to the invention as a target structure of antibodies be used.
Beispiel 13: Identifizierung von FLJ25132 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 13: Identification of FLJ25132 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das Gen/Protein FLJ25132 (Nukleinsäuresequenz: SEQ ID NO: 49; Aminosäuresequenz: SEQ ID NO: 50) ist auf Chromosom 17 (17q25.3) lokalisiert. FLJ25132 besitzt eine Transmembrandomäne, sonst zeigen sich keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.The Gene / protein FLJ25132 (nucleic acid sequence: SEQ ID NO: 49; Amino acid sequence: SEQ ID NO: 50) is located on chromosome 17 (17q25.3). FLJ25132 has a transmembrane domain, otherwise show no homologies to already known proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer FLJ25132-spezifischen quantitativen RT-PCR (Primerpaar SEQ
ID NO: 51 und 52) die Menge der genspezifischen Transkripte in gesundem Gewebe
und in Karzinomproben untersucht. FLJ25132 ist in den von uns untersuchten
Karzinomproben im Vergleich zum gesunden Gewebe teilweise überexprimiert
(
Die extrazellulären Domänen von FLJ25132 können erfindungsgemäß als Zielstruktur von Antikörpern genutzt werden.The extracellular domains from FLJ25132 according to the invention as a target structure of antibodies be used.
Beispiel 14: Identifizierung von LOC143724, LOC284263, LOC283435 und LOC349260 als diagnostische und therapeutische Krebs-TargetsExample 14: Identification from LOC143724, LOC284263, LOC283435 and LOC349260 as diagnostic and therapeutic cancer targets
Die Genloci (mit den entsprechend kodierten Genen und Genprodukten) LOC143724, LOC284263, LOC283435 und LOC349260 sind aufgrund ihres ähnlichen Profils zusammengefasst.The Gene loci (with the appropriately encoded genes and gene products) LOC143724, LOC284263, LOC283435 and LOC349260 are due to their similarity Profiles summarized.
Das im Genlokus LOC143724 enthaltene Gen mit der SEQ ID NO: 53 auf Chromosom 11 (11q13.1) kodiert als Genprodukt die SEQ ID NO: 54. Ein alternatives offenes Leseraster dieses Genlokus ist durch die SEQ ID NO: 275 mit ihrem Genprodukt SEQ ID NO: 276 repräsentiert und stellt entweder ein eigenständiges Transkript oder eine Spleißvariante von SEQ ID NO: 53 dar. Für die genspezifische Amplifikation des Gens wurden die Primer gemäß SEQ ID NO: 55 und 56 verwendet.The in Genlokus LOC143724 contained gene with the SEQ ID NO: 53 on chromosome 11 (11q13.1) encodes SEQ ID NO: 54 as a gene product. An alternative open reading frame of this gene locus is represented by SEQ ID NO: 275 with its gene product SEQ ID NO: 276 and represents either an independent one Transcript or a splice variant of SEQ ID NO: 53. For the gene-specific amplification of the gene were the primers according to SEQ ID NO: 55 and 56 used.
Das im Genlokus LOC284263 enthaltene Gen mit der SEQ ID NO: 89 auf Chromosom 18 (18q21.1) kodiert das Genprodukt mit der SEQ ID NO: 90. Für die genspezifische Amplifikation des Gens wurden die Primer gemäß SEQ ID NO: 91 und 92 verwendet.The in the gene locus LOC284263 gene containing SEQ ID NO: 89 on chromosome 18 (18q21.1) encodes the gene product with SEQ ID NO: 90. For gene-specific For amplification of the gene, the primers according to SEQ ID NO: 91 and 92 were used.
Das im Genlokus LOC283435 enthaltene Gen mit der SEQ ID NO: 117 auf Chromosom 12 (12q24.32) kodiert das Genprodukt mit der SEQ ID NO: 118. Für die genspezifische Amplifikation des Gens wurden die Primer gemäß SEQ ID NO: 119 und 120 verwendet. Das im Genlokus LOC349260 enthaltene Gen mit der SEQ ID NO: 121 auf Chromosom 9 (9q11.2) kodiert das Genprodukt mit der SEQ ID NO: 122. Für die genspezifische Amplifikation des Gens wurden die Primer gemäß SEQ ID NO: 123 und 124 verwendet. Alle Proteine besitzen Transmembrandomänen und zeigen zusätzlich keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.The gene contained in the gene locus LOC283435 with SEQ ID NO: 117 on chromosome 12 (12q24.32) encodes the gene product having SEQ ID NO: 118. For the gene-specific amplification of the gene, the primers according to SEQ ID NO: 119 and 120 were used , The gene contained in the gene locus LOC349260 with the SEQ ID NO: 121 on chromosome 9 (9q11.2) encodes the gene product having SEQ ID NO: 122. For the gene-specific amplification of the gene, the primers according to SEQ ID NO: 123 and 124 were used. All proteins have transmembrane domains and in addition show no homologies to already known proteins.
Erfindungsgemäß wurde nach der Etablierung von spezifischen quantitativen RT-PCR Analysen die Menge der genspezifischen Transkripte in gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht. Alle vier Gene lassen sich mit Ausnahme von Testis in keinem der von uns untersuchten gesunden Gewebe nachweisen. Die Gene sind demnach mit hoher Wahrscheinlichkeit keimzellspezifisch. Überraschenderweise findet man aber signifikante Expression in verschiedenen Tumorproben.According to the invention was after the establishment of specific quantitative RT-PCR analyzes the amount of gene-specific transcripts in healthy tissue and examined in carcinoma samples. All four genes can be except of Testis in any of the healthy tissues we examined. The genes are therefore germ cell-specific with high probability. Surprisingly but one finds significant expression in different tumor samples.
Die vier Gene sind somit typische Vertreter der Klasse der sog. Cancer/Testis-Antigene, die in Normalgeweben ausschließlich in den Keimzellen der Testis exprimiert sind. In Tumoren jedoch werden Cancer/Testis-Antigene häufig eingeschaltet, obwohl sie in den zugrunde liegenden somatischen Normalgewebszellen nicht exprimiert werden. Mehrere Mitglieder dieser funktionell und strukturell heterogenen Klasse werden aufgrund ihrer attraktiven selektiven Gewebsverteilung bereits für spezifische immuntherapeutischen Ansätze bei Krebserkrankungen in Phase I/II Studien getestet (z.B. Scanlan MJ, Gure AO, Jungbluth AA, Old LJ, Chen YT. 2002. Immunol Rev. 2002 Oct; 188: 22-32).The four genes are thus typical representatives of the class of the so-called cancer / testis antigens, those in normal tissues exclusively are expressed in the germ cells of the testis. In tumors, however Cancer / Testis antigens are common even though they are in the underlying somatic Normal tissue cells are not expressed. Several members of this Functionally and structurally heterogeneous class are due to their attractive selective tissue distribution already for specific immunotherapeutic approaches in cancers in Phase I / II studies (e.g., Scanlan MJ, Gure AO, Jungbluth AA, Old LJ, Chen YT. 2002. Immunol Rev. 2002 Oct; 188: 22-32).
Die extrazellulären Domänen der vier Gene können erfindungsgemäß als Zielstruktur von Antikörpern genutzt werden.The extracellular domains of the four genes can according to the invention as a target structure of antibodies be used.
Beispiel 15: Identifizierung der SEQ ID NO: 57 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 15: Identification SEQ ID NO: 57 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Die Sequenz gemäß SEQ ID NO: 57 ist von einem Gen auf Chromosom 1 (1p21.3) abgeleitet und kodiert die Proteinsequenz gemäß SEQ ID NO: 58. Ein alternatives Transkript des Genlokus ist durch die Sequenz gemäß SEQ ID NO: 277 mit seinem Genprodukt SEQ ID NO: 278 repräsentiert. Das Transmembranprotein zeigt keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.The Sequence according to SEQ ID NO: 57 is derived from a gene on chromosome 1 (1p21.3) and encoded the protein sequence according to SEQ ID NO: 58. An alternative transcript of the gene locus is through the sequence according to SEQ ID NO: 277 with its gene product SEQ ID NO: 278. The transmembrane protein shows no homologies to already known Proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer spezifischen quantitativen RT-PCR (Primerpaar
SEQ ID NO: 59 und 60) die Menge der genspezifischen Transkripte
in gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht. Die SEQ ID
NO: 57 ist in den von uns untersuchten gesunden Geweben selektiv
exprimiert (
Die extrazellulären Domänen der SEQ ID NO: 58 können erfindungsgemäß als Zielstruktur von Antikörpern genutzt werden, insbesondere die Aminosäuren 20-38 und 90-133 sind extrazellulär lokalisiert.The extracellular domains of SEQ ID NO: 58 according to the invention as a target structure of antibodies in particular, are amino acids 20-38 and 90-133 extracellular localized.
Beispiel 16: Identifizierung von LOC119395 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 16: Identification of LOC119395 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das im Genlokus LOC119395 auf Chromosom 17 (17q25.3) enthaltene Gen mit der SEQ ID NO: 61 kodiert ein Genprodukt mit der SEQ ID NO: 62. Das Transmembranprotein zeigt keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.The gene contained in gene locus LOC119395 on chromosome 17 (17q25.3) SEQ ID NO: 61 encodes a gene product having SEQ ID NO: 62. The transmembrane protein shows no homologies to already known Proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer LOC119395-spezifischen quantitativen RT-PCR
(Primerpaar SEQ ID NO: 63 und 64) die Menge der genspezifischen
Transkripte in gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht (
Die extrazelluläre Domäne von LOC119395 (Aminosäuren 44-129) kann erfindungsgemäß als Zielstruktur von Antikörpern genutzt werden.The extracellular domain of LOC119395 (amino acids 44-129) can according to the invention as a target structure of antibodies be used.
Beispiel 17: Identifizierung von LOC121838 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 17: Identification of LOC121838 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das im Genlokus LOC121838 auf Chromosom 13 (13q14.11) lokalisierte Gen mit dem Transkript der SEQ ID NO: 65 kodiert das Protein mit der SEQ ID NO: 66. Das Transmembranprotein zeigt keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.The located in gene locus LOC121838 on chromosome 13 (13q14.11) gene with the transcript of SEQ ID NO: 65, the protein encodes SEQ ID NO: 66. The transmembrane protein shows no homologies to already known proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer LOC121838-spezifischen quantitativen RT-PCR
(Primerpaar SEQ ID NO: 67 und 68) die Menge der genspezifischen
Transkripte in gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht (
Die extrazellulären Domänen von LOC121838 können erfindungsgemäß als Zielstruktur von Antikörpern genutzt werden.The extracellular domains from LOC121838 according to the invention as a target structure of antibodies be used.
Beispiel 18: Identifizierung von LOC221103 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 18: Identification of LOC221103 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das im Genlokus LOC221103 auf Chromosom 11 (11q12.3) lokalisierte Gen mit dem Transkript der SEQ ID NO: 69 kodiert das Protein mit der SEQ ID NO: 70. Das Transmembranprotein zeigt keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.The located in gene locus LOC221103 on chromosome 11 (11q12.3) gene with the transcript of SEQ ID NO: 69, the protein encodes with the SEQ ID NO: 70. The transmembrane protein does not show homology already known proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer LOC221103-spezifischen quantitativen RT-PCR
(Primerpaar SEQ ID NO: 71 und 72) die Menge der genspezifischen
Transkripte in gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht. LOC221103
ist in den von uns untersuchten gesunden Geweben lediglich in der
Leber exprimiert und ansonsten nicht nachweisbar (
Die extrazellulären Domänen von LOC221103 können erfindungsgemäß als Zielstruktur von Antikörpern genutzt werden.The extracellular domains from LOC221103 according to the invention as a target structure of antibodies be used.
Beispiel 19: Identifizierung von LOC338579 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 19: Identification of LOC338579 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das im Genlokus LOC338579 auf Chromosom 10 (10q11.21) lokalisierte Gen mit dem Transkript der SEQ ID NO: 73 kodiert das Protein mit der SEQ ID NO: 74. Das Transmembranprotein zeigt keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.The located in gene locus LOC338579 on chromosome 10 (10q11.21) gene with the transcript of SEQ ID NO: 73, the protein encodes SEQ ID NO: 74. The transmembrane protein shows no homologies to already known proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer LOC338579-spezifischen quantitativen RT-PCR
(Primerpaar SEQ ID NO: 75 und 76) die Menge der genspezifischen
Transkripte in gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht.
Expression fanden wir in gesunden Geweben ausschließlich in
Testis und schwächer
in der Leber und im Thymus. Überraschenderweise
fanden wir eine Überexpression
von LOC338579 in Kolon- und Leberkarzinomen im Vergleich zum gesunden
Gewebe (
Die extrazellulären Domänen von LOC338579 können erfindungsgemäß als Zielstruktur von Antikörpern genutzt werden.The extracellular domains from LOC338579 according to the invention as a target structure of antibodies be used.
Beispiel 20: Identifizierung von LOC90342 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 20: Identification of LOC90342 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das im Genlokus LOC90342 auf Chromosom 2 (2q11.2) lokalisierte Gen mit dem Transkript der SEQ ID NO: 77 kodiert das Protein mit der SEQ ID NO: 78. Das Transmembranprotein enthält ein in Proteinkinase C und verschiedenen Phospholipasen konserviertes calciumbindendes Motiv (Ca1B).The in gene locus LOC90342 on chromosome 2 (2q11.2) localized gene the transcript of SEQ ID NO: 77 encodes the protein having the SEQ ID NO: 78. The transmembrane protein contains a protein kinase C and various phospholipases conserved calcium-binding motif (CA1B).
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer LOC90342-spezifischen quantitativen RT-PCR
(Primerpaar SEQ ID NO: 79 und 80) die Menge der genspezifischen
Transkripte in gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht (
Das Membranprotein besitzt eine einzige Transmembrandomäne (Aminosäuren 707-726). Die extrazelluläre Domäne von LOC90342 kann erfindungsgemäß als Zielstruktur von therapeutischen Antikörpern genutzt werden.The Membrane protein has a single transmembrane domain (amino acids 707-726). The extracellular domain of LOC90342 can according to the invention as a target structure of therapeutic antibodies be used.
Beispiel 21: Identifizierung von LRFN1 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 21: Identification of LRFN1 as a diagnostic and therapeutic cancer target
LRFN1 (SEQ ID NO: 81) ist ein Gen, das auf Chromosom 19 (19q13.2) lokalisiert ist. Das Gen kodiert für das Protein der SEQ ID NO: 82 Das Protein enthält eine Transmembrandomäne und zeigt Homologien zur Myb-DNA-Bindungsdomäne und zu einer Immunglobulindomäne vom C2-Typ.LRFN1 (SEQ ID NO: 81) is a gene located on chromosome 19 (19q13.2) is. The gene codes for the protein of SEQ ID NO: 82 The protein contains a transmembrane domain and shows Homologies to the Myb DNA binding domain and to a C2-type immunoglobulin domain.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer LRFN1-spezifischen quantitativen RT-PCR (Primerpaar SEQ
ID NO: 83 und 84) die Menge der genspezifischen Transkripte in gesundem Gewebe
und in Karzinomproben untersucht. LRFN1 ist in den meisten untersuchten
Normalgeweben bis auf aktivierte PBMC und Hirn sehr schwach exprimiert.
(
Das Protein enthält eine Transmembrandomäne (Aminosäuren 448-470). Die extrazellulären Domänen von LRFN1 können erfindungsgemäß als Zielstruktur von therapeutischen Antikörpern genutzt werden.The protein contains a transmembrane domain (amino acids 448-470). The extracellular domains of LRFN1 can be used according to the invention as the target structure of therapeutic antibodies become.
Beispiel 22: Identifizierung von LOC285916 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 22: Identification of LOC285916 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das im Genlokus LOC285916 auf Chromosom 7 (7p22.3) lokalisierte Gen mit dem Transkript der SEQ ID NO: 85 kodiert das Protein mit der SEQ ID NO: 86. Das Transmembranprotein zeigt keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.The located in gene locus LOC285916 on chromosome 7 (7p22.3) gene with the transcript of SEQ ID NO: 85, the protein encodes with the SEQ ID NO: 86. The transmembrane protein shows no homologies already known proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer LOC285916-spezifischen quantitativen RT-PCR
(Primerpaar SEQ ID NO: 87 und 88) die Menge der genspezifischen
Transkripte in gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht. LOC285916
ist in den von uns untersuchten gesunden Geweben selektiv in Testis
exprimiert, in allen anderen untersuchten Geweben konnten wir das Gen
nicht oder nur gering nachweisen (
Die extrazellulären Domänen von LOC285916 (Aminosäuren 42 bis 93) können erfindungsgemäß als Zielstruktur von Antikörpern genutzt werden.The extracellular domains of LOC285916 (amino acids 42 to 93) according to the invention as a target structure of antibodies be used.
Beispiel 23: Identifizierung von MGC71744 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 23: Identification of MGC71744 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das Gen MGC71744 mit der SEQ ID NO: 93 auf Chromosom 17 (17p13.2) kodiert das Protein mit der SEQ ID NO: 94. Das Transmembranprotein zeigt keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.The Gene MGC71744 with SEQ ID NO: 93 coded on chromosome 17 (17p13.2) the protein having SEQ ID NO: 94. The transmembrane protein does not show any Homologies to already known proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer MGC71744-spezifischen quantitativen RT-PCR
(Primerpaar SEQ ID NO: 95 und 96) die Menge an genspezifischen Transkripten
in gesundem Gewebe und in Karzinomproben (Pool von Proben) untersucht
(
Insbesondere die extrazelluläre Domäne von MGC71744 (N-Terminus, Aminosäuren 67-85) kann erfindungsgemäß als Zielstruktur von Antikörpern genutzt werden.Especially the extracellular domain of MGC71744 (N-terminus, amino acids 67-85) can be used according to the invention as a target structure of antibodies be used.
Beispiel 24: Identifizierung von LOC342982 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 24: Identification of LOC342982 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das im Genlokus LOC342982 auf Chromosom 19 (19p13.13) lokalisierte Gen mit dem Transkript der SEQ ID NO: 97 kodiert das Protein mit der SEQ ID NO: 98. Das Transmembranprotein zeigt Homologien zur Kohlenhydratbindungsdomäne des C-Typ der Lektine.The in gene locus LOC342982 on chromosome 19 (19p13.13) located gene with the transcript of SEQ ID NO: 97, the protein encodes SEQ ID NO: 98. The transmembrane protein shows homology to the carbohydrate-binding domain of the C-type the lectins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer LOC342982-spezifischen quantitativen RT-PCR
(Primerpaar SEQ ID NO: 99 und 100) die Menge der genspezifischen
Transkripte in gesundem Gewebe und in Karzinomproben (Pool von Proben) untersucht.
LOC342982-spezifische
RNA ist selektiv exprimiert, in vielen analysierten Normalgewebe
war nur eine geringe oder keine Expression nachweisbar (
Insbesondere die extrazelluläre Domäne von LOC342982 (Aminosäuren 178-339) kann erfindungsgemäß als Zielstruktur von monoklonalen Antikörpern genutzt werden.Especially the extracellular domain of LOC342982 (amino acids 178-339) can according to the invention as a target structure of monoclonal antibodies be used.
Beispiel 25: Identifizierung von LOC343169/OR6F1 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 25: Identification of LOC343169 / OR6F1 as a Diagnostic and Therapeutic Cancer Target
Das im Genlokus LOC343169 auf Chromosom 1 (1q44) lokalisierte Gen OR6F1 mit dem Transkript der SEQ ID NO: 101 kodiert das Protein mit der SEQ ID NO: 102. OR6F1 hat mehrere Transmembrandomänen und gehört zur Familie der olfaktorischen Rezeptoren und somit zur großen Familie der G-Protein gekoppelten Rezeptoren.The in gene locus LOC343169 on chromosome 1 (1q44) localized gene OR6F1 with the transcript of SEQ ID NO: 101, the protein encodes SEQ ID NO: 102. OR6F1 has multiple transmembrane domains and belongs to the olfactory family Receptors and thus the big one Family of G-protein coupled receptors.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer LOC343169/OR6F1-spezifischen quantitativen
RT-PCR (Primerpaar SEQ ID NO: 103 und 104) die Menge an genspezifischen
Transkripten in gesundem Gewebe und in Karzinomproben (Pool von
Proben) untersucht (
LOC343169/OR6F1 ist ein selektiv exprimiertes Antigen, das offensichtlich in proliferierenden Geweben verstärkt exprimiert wird. Es ist somit eine selektive Überexpression in Tumoren zu beobachten, die therapeutisch nutzbar ist. insbesondere die extrazellulären Domänen können erfindungsgemäß als Zielstrukturen von monoklonalen Antikörpern genutzt werden.LOC343169 / OR6F1 is a selectively expressed antigen that is evident in proliferating tissues reinforced is expressed. It is thus a selective overexpression in tumors too observe that is therapeutically usable. In particular, the extracellular domains can be used according to the invention as target structures of monoclonal antibodies be used.
Beispiel 26: Identifizierung von LOC340204 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 26: Identification of LOC340204 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das im Genlokus LOC340204 auf Chromosom 6 (6p21.31) lokalisierte Gen mit dem Transkript der SEQ ID NO: 105 kodiert das Protein mit der SEQ ID NO: 106. Das Protein besitzt eine Transmembrandomäne. Darüber zeigt das Protein eine starke Homologie zu einer „Colipase"-Domäne. Der Colipase wird eine Funktion als Cofaktor für die Pankreaslipase zugeschrieben. Ein alternatives Transkript des Genlokus ist durch SEQ ID NO: 279 und dem Genprodukt SEQ ID NO: 280 repräsentiert und könnte sowohl ein eigenständiges Transkript als auch eine Spleißvariante der SEQ ID NO: 105 darstellen.The located in gene locus LOC340204 on chromosome 6 (6p21.31) gene with the transcript of SEQ ID NO: 105, the protein encodes with the SEQ ID NO: 106. The protein has a transmembrane domain. About it shows the protein has strong homology to a "colipase" domain. Colipase is believed to function as a cofactor for pancreatic lipase. An alternative transcript of the gene locus is represented by SEQ ID NO: 279 and the gene product SEQ ID NO: 280 and could both an independent one Transcript as well as a splice variant SEQ ID NO: 105.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer LOC340204-spezifischen quantitativen RT-PCR
(Primerpaar SEQ ID NO: 107 und 108) die Menge der genspezifischen
Transkripte in gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht. LOC340204
ist in gesunden Geweben selektiv exprimiert und in einigen Tumoren
stark überexprimiert. Insbesondere
in Magen-, Pankreas-, Ovarial-, Lungen- und Ösophaguskarzinomen (
Die extrazellulären Domänen von LOC340204 können erfindungsgemäß als Zielstruktur von monoklonalen Antikörpern genutzt werden.The extracellular domains from LOC340204 according to the invention as a target structure of monoclonal antibodies be used.
Beispiel 27: Identifizierung von LOC340067 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 27: Identification of LOC340067 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das im Genlokus LOC340067 auf Chromosom 5 (5q22.3) lokalisierte Gen mit dem Transkript der SEQ ID NO: 109 kodiert das Protein mit der SEQ ID NO: 110. Das Transmembranprotein zeigt keine Homologien zu anderen Proteindomänen.The located in gene locus LOC340067 on chromosome 5 (5q22.3) gene with the transcript of SEQ ID NO: 109, the protein codes with the SEQ ID NO: 110. The transmembrane protein does not show homology other protein domains.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer für
die LOC340067-spezifischen quantitativen RT-PCR (Primerpaar SEQ
ID NO: 111 und 112) die Menge der genspezifischen Transkripte in
gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht. Die LOC340067
ist in gesunden Geweben selektiv exprimiert und in einigen Tumoren
stark überexprimiert (
Die extrazelluläre Domäne von LOC340067 kann erfindungsgemäß als Zielstruktur von monoklonalen Antikörpern genutzt werden.The extracellular domain of LOC340067 can according to the invention as a target structure of monoclonal antibodies be used.
Beispiel 28: Identifizierung von LOC342780 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 28: Identification of LOC342780 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das im Genlokus LOC342780 auf Chromosom 18 (18q21.32) lokalisierte Gen mit dem Transkript der SEQ ID NO: 309 kodiert das Protein mit der SEQ ID NO: 310. Das Transmembranprotein enthält eine Acyltransferase-Domäne, die in vielen bisher nicht weiter charakterisierten Proteinen aus C. elegans vorkommt.The located in gene locus LOC342780 on chromosome 18 (18q21.32) gene with the transcript of SEQ ID NO: 309, the protein encodes SEQ ID NO: 310. The transmembrane protein contains an acyltransferase domain, the in many previously uncharacterized proteins from C. elegans occurs.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer LOC342780-spezifischen quantitativen RT-PCR
(Primerpaar SEQ ID NO: 311 und 312) die Menge an genspezifischen
Transkripten in gesundem Gewebe und in Karzinomproben (Pool von
Proben, die Anzahl ist in der Abb. angegeben) untersucht. LOC342780
ist in gesundem Gewebe sehr selektiv exprimiert, spezifische Transkripte
sind vor allem in Prostata, Magen, Testis, Lunge und der Brustdrüse nachweisbar
(
LOC342780 ist ein selektiv exprimiertes Antigen das offensichtlich in proliferierenden Geweben verstärkt exprimiert wird. Es ist somit eine selektive Überexpression in Tumoren zu beobachten, die therapeutisch nutzbar ist. Die extrazellulär lokalisierten Aminosäuren 76-89, 316-345, 399-493 sowie 650-665 (bezogen auf SEQ ID NO: 310) können erfindungsgemäß als Zielstrukturen von monoklonalen Antikörpern genutzt werden.LOC342780 is a selectively expressed antigen that is apparently proliferating Reinforced tissues is expressed. It is thus a selective overexpression in tumors too observe that is therapeutically usable. The extracellular localized amino acids 76-89, 316-345, 399-493 and 650-665 (based on SEQ ID NO: 310) can be used according to the invention as target structures of monoclonal antibodies be used.
Beispiel 29: Identifizierung von LOC339511 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 29: Identification of LOC339511 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Die Sequenz gemäß SEQ ID NO: 113 ist ein Gen, das auf Chromosom 1 (1q23.1) lokalisiert ist. Das Gen kodiert das Protein gemäß SEQ ID NO: 114. Das Transmembranprotein zeigt Homologien zur Gruppe der olfaktorischen 7-Transmembranrezeptoren.The Sequence according to SEQ ID NO: 113 is a gene located on chromosome 1 (1q23.1). The Gene encodes the protein according to SEQ ID NO: 114. The transmembrane protein shows homology to the group of olfactory 7-transmembrane receptors.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer für
LOC339511-spezifischen quantitativen RT-PCR (Primerpaar SEQ ID NO:
115 und 116) die Menge der genspezifischen Transkripte in gesundem Gewebe
und in Karzinomproben untersucht. LOC339511 ist in gesunden Geweben
selektiv in der Leber exprimiert (
Die extrazellulären Domänen der SEQ ID NO: 113 können erfindungsgemäß als Zielstrukturen von monoklonalen Antikörpern genutzt werden. Insbesondere die extrazellulär lokalisierten Aminosäurereste 1-23, 82-100, 167-175, 226-236 eignen sich daher besonders zur Herstellung von monoklonalen Antikörpern.The extracellular domains of SEQ ID NO: 113 According to the invention as target structures of monoclonal antibodies be used. In particular, the extracellular localized amino acid residues 1-23, 82-100, 167-175, 226-236 are therefore particularly suitable for the preparation of monoclonal antibodies.
Beispiel 30: Identifizierung der Sequenz C14orf37 (SEQ ID NO: 125/126) als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 30: Identification the sequence C14orf37 (SEQ ID NO: 125/126) as a diagnostic and therapeutic cancer target
C14orf37 (SEQ ID NO: 125) ist ein auf Chromosom 14 (14q22.3) lokalisiertes Gen, das das Genprodukt mit der SEQ ID NO: 126 kodiert. Das Transmembranprotein zeigt keine Homologien zu bereits bekannten Proteinen.C14orf37 (SEQ ID NO: 125) is located on chromosome 14 (14q22.3) A gene encoding the gene product having SEQ ID NO: 126. The transmembrane protein shows no homologies to already known proteins.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer für
die C14orf37-spezifischen quantitativen RT-PCR (Primerpaar SEQ ID
NO: 127 und 128) die Menge der genspezifischen Transkripte in gesundem
Gewebe und Karzinomproben untersucht. Die C14orf37 ist in verschiedenen
gesunden Geweben und am stärksten
in dem Testis exprimiert (
Die extrazelluläre Domäne der SEQ ID NO 126 kann erfindungsgemäß als Zielstruktur von monoklonalen Antikörpern genutzt werden.The extracellular domain SEQ ID NO 126 can according to the invention as a target structure of monoclonal antibodies be used.
Beispiel 31: Identifizierung von ATP1A4 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-TargetExample 31: Identification of ATP1A4 as a diagnostic and therapeutic cancer target
Das Gen ATP1A4 (SEQ ID NO: 129) ist auf Chromosom 1 (1q21-23) lokalisiert. Das Gen kodiert für ein Protein gemäß SEQ ID NO: 130. ATP1A4 ist ein integrales Transmembranprotein mit acht Transmembrandomänen, das in der Plasmamembran lokalisiert ist. ATP1A4 ist Teil eines Proteinkomplexes, wobei der katalytische Teil der Natrium/Kalium-ATPase N-terminal gelegen ist (Woo et al. J. 2000. Biol Chem. 275, 20693- 99). ATP1A4 zeigt starke Homologien zu zahlreichen anderen Vertretern der Kation-ATPase-Familie.The Gene ATP1A4 (SEQ ID NO: 129) is located on chromosome 1 (1q21-23). The gene codes for a protein according to SEQ ID NO: 130. ATP1A4 is an integral transmembrane protein with eight Transmembrane domains, which is located in the plasma membrane. ATP1A4 is part of a Protein complex, wherein the catalytic part of the sodium / potassium ATPase N-terminal (Woo et al., J. 2000. Biol. Chem. 275, 20693-99). ATP1A4 shows strong homologies to many other members of the cation ATPase family.
Erfindungsgemäß wurde
nach der Etablierung einer ATP1A4-spezifischen quantitativen RT-PCR (Primerpaar SEQ
ID NO: 131 und 132) die Menge der genspezifischen Transkripte in
gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht. ATP1A4 ist in
gesunden Geweben selektiv vor allem in der Testis exprimiert (
Die extrazellulären Domänen von ATP1A4 können erfindungsgemäß als Zielstruktur von monoklonalen Antikörpern genutzt werden. Die folgenden Aminosäurereste in Bezug auf die SEQ ID NO 130 sind extrazellulär lokalisiert: Aminosäurereste 129-137, 321-329, 816-857, und 977-990.The extracellular domains from ATP1A4 according to the invention as a target structure of monoclonal antibodies be used. The following amino acid residues with respect to SEQ ID NO 130 are extracellular localized: amino acid residues 129-137, 321-329, 816-857, and 977-990.
Beispiel 32: Identifizierung der SEQ ID NO: 133 bis 264 als diagnostische und therapeutische Krebs-TargetsExample 32: Identification SEQ ID NO: 133 to 264 as a diagnostic and therapeutic Cancer Targets
Bei den SEQ ID NO: 133-266 handelt es sich um insgesamt 33 Gene jeweils inklusive Nukleinsäuresequenz, Aminosäuresequenz, „sense"-PCR-Primer und „antisense"-PCR-Primer für spezifische RT-PCR Reaktionen. Alle Proteine verfügen über eine oder mehrere Transmembrandomänen, über Homologien zu Proteindomänen ist wenig bekannt.at SEQ ID NO: 133-266 is a total of 33 genes each including nucleic acid sequence, Amino acid sequence, "sense" PCR primer and "antisense" PCR primer for specific RT-PCR Reactions. All proteins have one or multiple transmembrane domains, via homologies to protein domains is little known.
Erfindungsgemäß wurden für diese Gene in spezifischen quantitativen RT-PCR-Reaktionen die Menge der jeweiligen genspezifischen Transkripte in gesundem Gewebe und in Karzinomproben untersucht. Für alle Gene konnte in Tumorproben eine im Vergleich zum jeweiligen gesunden Gewebe zum Teil starke Überexpression nachgewiesen werden.According to the invention were for this Genes in specific quantitative RT-PCR reactions the amount of respective gene-specific transcripts in healthy tissue and in Carcinoma samples examined. For all genes could be compared to the respective one in tumor samples healthy tissue, partly strong overexpression be detected.
Die Gruppe dieser Gene ist therapeutisch und diagnostisch nutzbar. Die extrazellulären Domänen können erfindungsgemäß als Zielstruktur von Antikörpern genutzt werden.The Group of these genes can be used therapeutically and diagnostically. The extracellular domains can according to the invention as a target structure of antibodies be used.
Es folgt ein Sequenzprotokoll nach WIPO St. 25.It follows a sequence listing according to WIPO St. 25. Dieses kann von der amtlichen Veröffentlichungsplattform des DPMA heruntergeladen werden.This can from the official publication platform downloaded from the DPMA.
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Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE102006060824A1 (en) * | 2006-12-21 | 2008-06-26 | Johannes-Gutenberg-Universität Mainz | Identifying the preferential target antigens of antitumor T cells comprises transfecting autologous dendritic or B cells with a selection of mRNAs coding for tumor-associated antigens |
Families Citing this family (25)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE102005013846A1 (en) | 2005-03-24 | 2006-10-05 | Ganymed Pharmaceuticals Ag | Identification of surface-associated antigens for tumor diagnosis and therapy |
EP2060583A1 (en) * | 2007-10-23 | 2009-05-20 | Ganymed Pharmaceuticals AG | Identification of tumor-associated markers for diagnosis and therapy |
EP2249159A1 (en) * | 2009-04-29 | 2010-11-10 | Ganymed Pharmaceuticals AG | Identification of tumor-associated markers for diagnosis and therapy |
TWI520744B (en) | 2009-07-29 | 2016-02-11 | 凱宜製藥股份有限公司 | Therapeutic agents for reducing parathyroid hormone levels |
US8486657B2 (en) * | 2010-03-22 | 2013-07-16 | Xiaohong Cai | Anti-preproprotein and anti-preprotein antibodies as immunohistochemical markers |
TW201302800A (en) * | 2011-06-10 | 2013-01-16 | Oncotherapy Science Inc | SEMA5B peptides and vaccines including the same |
JP2016502499A (en) * | 2012-12-04 | 2016-01-28 | オンコセラピー・サイエンス株式会社 | SEMA5B peptide and vaccine containing the same |
JP6164759B2 (en) | 2013-11-21 | 2017-07-19 | Repertoire Genesis株式会社 | Analysis system for T cell receptor and B cell receptor repertoire and its use for therapy and diagnosis |
US11304976B2 (en) | 2015-02-18 | 2022-04-19 | Enlivex Therapeutics Ltd | Combination immune therapy and cytokine control therapy for cancer treatment |
US11000548B2 (en) | 2015-02-18 | 2021-05-11 | Enlivex Therapeutics Ltd | Combination immune therapy and cytokine control therapy for cancer treatment |
US11497767B2 (en) | 2015-02-18 | 2022-11-15 | Enlivex Therapeutics R&D Ltd | Combination immune therapy and cytokine control therapy for cancer treatment |
US11596652B2 (en) | 2015-02-18 | 2023-03-07 | Enlivex Therapeutics R&D Ltd | Early apoptotic cells for use in treating sepsis |
US11318163B2 (en) | 2015-02-18 | 2022-05-03 | Enlivex Therapeutics Ltd | Combination immune therapy and cytokine control therapy for cancer treatment |
AU2016221305B2 (en) | 2015-02-18 | 2021-05-27 | Enlivex Therapeutics Rdo Ltd | Combination immune therapy and cytokine control therapy for cancer treatment |
JP6803339B2 (en) | 2015-04-21 | 2020-12-23 | エンリヴェックス セラピューティクス リミテッド | Therapeutic pooled blood apoptotic cell preparations and their use |
GB201520550D0 (en) | 2015-11-23 | 2016-01-06 | Immunocore Ltd & Adaptimmune Ltd | Peptides |
GB201520564D0 (en) * | 2015-11-23 | 2016-01-06 | Immunocore Ltd & Adaptimmune Ltd | Peptides |
GB201520568D0 (en) | 2015-11-23 | 2016-01-06 | Immunocore Ltd | Peptides |
AU2016369519B2 (en) | 2015-12-16 | 2023-04-20 | Gritstone Bio, Inc. | Neoantigen identification, manufacture, and use |
EP3402571A4 (en) | 2016-01-15 | 2019-08-28 | The J. David Gladstone Institutes | Methods of treating disease by metabolic control of t-cell differentiation |
JP6884155B2 (en) | 2016-02-18 | 2021-06-09 | エンリヴェックス セラピューティクス リミテッド | Combination immunotherapy and cytokine control therapy for cancer treatment |
KR20200026898A (en) * | 2017-07-07 | 2020-03-11 | 이매틱스 바이오테크놀로지스 게엠베하 | Novel peptides and combinations of peptides for use in immunotherapy against lung and other cancers such as NSCLC, SCLC |
AU2018348165A1 (en) | 2017-10-10 | 2020-05-21 | Gritstone Bio, Inc. | Neoantigen identification using hotspots |
JP2021503897A (en) | 2017-11-22 | 2021-02-15 | グリットストーン オンコロジー インコーポレイテッド | Reduced junction epitope presentation for nascent antigens |
WO2022256620A1 (en) * | 2021-06-03 | 2022-12-08 | The Broad Institute, Inc. | Novel targets for enhancing anti-tumor immunity |
Family Cites Families (21)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US2191A (en) | 1841-07-23 | Constructing the surgical instrument denominated the | ||
GB9019812D0 (en) | 1990-09-11 | 1990-10-24 | Scotgen Ltd | Novel antibodies for treatment and prevention of infection in animals and man |
US5677139A (en) | 1995-04-21 | 1997-10-14 | President And Fellows Of Harvard College | In vitro differentiation of CD34+ progenitor cells into T lymphocytes |
UA56132C2 (en) | 1995-04-25 | 2003-05-15 | Смітклайн Бічем Байолоджікалс С.А. | Vaccine composition (variants), method for stabilizing qs21 providing resistance against hydrolysis (variants), method for manufacturing vaccine |
DE69723230T2 (en) | 1996-01-17 | 2004-05-27 | Imperial College Innovations Ltd. | IMMUNOTHERAPY USING CYTOTOXIC T LYMPHOCYTES (CTL) |
CA2281059A1 (en) | 1997-02-24 | 1998-08-27 | Genetics Institute, Inc. | Secreted proteins and polynucleotides encoding them |
CA2293296A1 (en) * | 1997-06-03 | 1998-12-10 | Sagami Chemical Research Center | Human proteins having transmembrane domains and dnas encoding these proteins |
JP2002539767A (en) * | 1998-12-22 | 2002-11-26 | ジェンセット | Complementary DNA-encoding protein containing signal peptide |
US20030204075A9 (en) * | 1999-08-09 | 2003-10-30 | The Snp Consortium | Identification and mapping of single nucleotide polymorphisms in the human genome |
WO2002012343A2 (en) | 2000-08-07 | 2002-02-14 | Curagen Corporation | Proteins and nucleic acids encoding g-protein coupled receptors |
USH2191H1 (en) | 2000-10-24 | 2007-06-05 | Snp Consortium | Identification and mapping of single nucleotide polymorphisms in the human genome |
WO2002068579A2 (en) * | 2001-01-10 | 2002-09-06 | Pe Corporation (Ny) | Kits, such as nucleic acid arrays, comprising a majority of human exons or transcripts, for detecting expression and other uses thereof |
CA2444691A1 (en) * | 2001-04-18 | 2002-10-31 | Protein Design Labs, Inc. | Methods of diagnosis of lung cancer, compositions and methods of screening for modulators of lung cancer |
DK1410011T3 (en) * | 2001-06-18 | 2011-07-18 | Netherlands Cancer Inst | Diagnosis and prognosis of breast cancer patients |
US7171311B2 (en) * | 2001-06-18 | 2007-01-30 | Rosetta Inpharmatics Llc | Methods of assigning treatment to breast cancer patients |
US20040076955A1 (en) | 2001-07-03 | 2004-04-22 | Eos Biotechnology, Inc. | Methods of diagnosis of bladder cancer, compositions and methods of screening for modulators of bladder cancer |
DE10211088A1 (en) * | 2002-03-13 | 2003-09-25 | Ugur Sahin | Gene products differentially expressed in tumors and their use |
DE10254601A1 (en) * | 2002-11-22 | 2004-06-03 | Ganymed Pharmaceuticals Ag | Gene products differentially expressed in tumors and their use |
AU2003263660A1 (en) * | 2003-08-29 | 2005-03-16 | Pantarhei Bioscience B.V. | Prenatal diagnosis of down syndrome by detection of fetal rna markers in maternal blood |
DE10344799A1 (en) * | 2003-09-26 | 2005-04-14 | Ganymed Pharmaceuticals Ag | Identification of surface-associated antigens for tumor diagnosis and therapy |
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Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE102006060824A1 (en) * | 2006-12-21 | 2008-06-26 | Johannes-Gutenberg-Universität Mainz | Identifying the preferential target antigens of antitumor T cells comprises transfecting autologous dendritic or B cells with a selection of mRNAs coding for tumor-associated antigens |
DE102006060824B4 (en) * | 2006-12-21 | 2011-06-01 | Johannes-Gutenberg-Universität Mainz | Detection of Individual T Cell Response Patterns Against Tumor-associated Antigens (TAA) in Tumor Patients as a Basis for Individual Therapeutic Vaccination of Patients |
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