附图说明
图1.从人黑素瘤细胞培养物上清液中纯化的外来体的检测。
A.用于外来体检测和定量的ExoTest(ELISA)装置示意图。
B.通过ExoTest对纯化的CD63+外来体进行剂量递增分析。初始浓度相当于50μg外来体,并且将外来体以2倍稀加入。
C.在从人黑素瘤细胞(Me501)培养上清液纯化的不同量的外来体中的CD63、Rab5b和Lamp-1表达的蛋白质印迹分析。
D.在从Me501细胞上清液纯化并涂覆至乳胶珠的黑素瘤来源的外来体中的Rab5b和CD63表达的FACS分析。
图2.移入人黑素瘤的SCID小鼠的血浆外来体的检测。
A.通过ExoTest对从移入人黑素瘤细胞的SCID小鼠的血浆中纯化的肿瘤外来体进行的剂量递增分析。
B.在从移入人黑素瘤细胞(Me501)的SCID小鼠血浆纯化的外来体中进行的Rab-5b和CD63表达的FACS分析。
C.在肿瘤生长的不同时间分析的移入Me501的SCID小鼠中的血浆外来体水平与肿瘤大小的相关性。每个时间点用5只动物表示小鼠组。外来体水平表示为OD450×1000。
图3.外来体中窖蛋白-1(Cav-1)表达的表征
A.人黑素瘤细胞和巨噬细胞的细胞提取物和外来体中Cav-1的蛋白质印迹分析。
B.从Me501细胞、移入Me501的SCID小鼠血浆以及肿瘤阴性SCID小鼠血浆纯化的外来体中CD64、Rab-5b和Cav-1的蛋白质印迹分析。
C.从移入了Me501的SCID小鼠血浆纯化的外来体中Cav-1表达的FACS分析。
D.来自携带黑素瘤并在移入后5周处死的SCID小鼠的CD63+和Cav1+外来体的血浆水平。
图4.来自黑素瘤患者的血浆中的外来体的定量。
使用CD63(A)或窖蛋白-1(B)作为检测抗原,通过ExoTest对从健康供体和黑素瘤患者的血浆纯化的外来体进行定量。用箱线图示表示数据:每个箱中的水平线和垂直线分别表示中位数和第一四分位数-第三四分位数。黑点表示离群值。外来体水平表示为OD450×10000。通过曼-惠特尼检验(Mann-Whitney test)评价了组间差异。
图5.未分离(unfractioned)样品的ExoTest(Elisa)测试
A.与人巨噬细胞、黑素瘤细胞的未分离培养上清液(50ml)以及黑素瘤患者的血浆相比,测定了纯化的外来体(50μg蛋白)中可检测外来体的量。数据表示为平均值+/-SD。
B.在患者(n=9,实心菱形)和健康供体(n=4,空心菱形)的纯化的或未分离的血浆样品中测定的CD63+外来体的血浆水平的回归分析。外来体水平表示为OD450×1000。
图6.黑素瘤患者血浆中外来体的定量
使用CD63或如gp100和MART-1的典型黑素瘤蛋白作为检测抗原,通过ExoTest对从黑素瘤患者(MEL)和健康供体(HD)血浆纯化的外来体进行定量。数据表示为平均值±SD。外来体水平表示为OD450×1000。
发明详述
外来体是大小介于30-120nm之间的微泡,通过正常细胞以及肿瘤细胞将其活跃地分泌到胞外环境中。考虑到对外来体在癌症发展中的作用理解的深入以及对发现新治疗、改善对肿瘤恶性程度以及生长的诊断和随访的需求不断提高的这一事实,因此需要检测和测定人体液中外来体的方法和工具。由于通过一系列对肿瘤微环境有害的作用外来体潜地参与了疾病发展的促进,因此通过灵敏、特异并且可行的测定对人血浆或血清中外来体进行定量的可能性成为关键问题。如果这种测定可用,则它将成为评价这些微泡在癌症预后中潜在作用的基础工具以及作为检测或监测肿瘤性疾病的新型预后因子或标志物。但是,目前使用的方法(例如TEM和WB)不能定量或者定量性较差,借此明确地需要定量检测和测定人体液中外来体的方法。因此,本发明公开的目标是为临床肿瘤学家提供诊断癌症患者并对其进行随访研究的新型工具。此外,本发明公开的目标是提供用于诊断其它人类疾病的新方法,如病毒或朊病毒疾病,其中颗粒在微泡中传播。
本文公开的新型定量测试是基于ELISA介导的外来体检测,并且它是第一个简单、灵敏并且可靠的外来体定量测试。通过本方法检测的蛋白不是外来体特异性的,而是仅由如内涵体和溶酶体的胞质细胞器共有的,这些细胞器的膜不会作为质膜结构回收利用。该特征排除了检测坏死肿瘤细胞来源的碎片上的这些蛋白或它们的溶解形式的可能性。
本发明公开的测定优选地包括通用肿瘤标志物(窖蛋白1),其允许优先检测肿瘤分泌的外来体。通过以下实施例中所述的不同比较性方法(蛋白质印迹(Western blotting)和流式细胞术)以及不同实验条件进行的一系列综合研究,证明了本发明公开的新型测试的可靠性。
本发明公开的新型方法是基于我们称为ExoTest的夹心ELISA测试,其基于持家蛋白(CD63和Rab-5)以及肿瘤相关标志物窖蛋白-1的表达对血浆外来体进行捕获和定量。ExoTest使用抗-Rab5抗体捕获纯化的外来体制备物中存在的外来体。作为检测抗体,ExoTest使用识别外来体抗原(CD63)或由外来体的细胞来源表达的其它抗原如窖蛋白-1(与肿瘤转移行为有关的蛋白)的抗体。在第一组实验中,我们使用了来自人肿瘤细胞系培养基的外来体制备物,并且将ExoTest的结果与通过蛋白质印迹和FACS获得的那些结果进行比较。结果表明使用所有三种方法时,外来体制备物中的典型外来体抗原均为可检测的。然而,与FACS或WB(蛋白质印迹)分析相比,ExoTest允许对具有更少量起始材料的相同制备物中的外来体和更广泛的蛋白组进行定量分析。当对血浆样品进行分析时,该技术特征极其重要。实际上,使用WB时,对移入人黑素瘤或结肠癌细胞的SCID小鼠的血浆混合物的分析经常是不可重复的或者至少是很难重复的,但是ExoTest允许对人肿瘤-SCID小鼠血浆中的外来体水平进行定量分析。新颖且重要的发现是,基于ExoTest结果,血浆中的外来体水平与肿瘤大小显著相关并且在移入后随时间增加。此外,循环的外来体连同典型的蛋白呈现出由在小鼠中生长的人肿瘤表达的肿瘤标志物(未显示)。因此,使用CD63作为检测抗原的ExoTest能够对黑素瘤患者和健康受试者的血浆中的外来体进行定量。由于肿瘤细胞分泌大量外来体,因此未发现黑素瘤患者和健康对照人的血浆中CD63阳性外来体水平之间的差异的确令我们感到吃惊。为了鉴别可能的肿瘤特异性外来体,我们使用窖蛋白-1作为检测抗原进行了ExoTest。最近的出版物已报道了循环的窖蛋白-1的血浆水平与转移性前列腺腺癌显著相关。有趣的是,窖蛋白-1已经参与了致癌细胞转化的病理发生、肿瘤发生和转移。首先,我们通过FACS和WB证明窖蛋白-1存在于从移入肿瘤的SCID小鼠和肿瘤患者的血浆纯化的人肿瘤来源的外来体中。然后,通过使用ExoTest,我们能够观察到与健康个体的血浆相比,肿瘤患者中窖蛋白-1阳性外来体的血浆水平显著提高,这表明窖蛋白-1可能代表了特异性肿瘤标志物,并且ExoTest是定量这种提高的成功测试。
总之,结果表明检测外来体的ExoTest能够发挥作用并且对人循环外来体的检测和定量可用。此外,该测试提供了检测血浆外来体制备物中不同蛋白的可能性,其对于特定类型的肿瘤患者具有潜在的应用。本发明公开还提供了基于血浆外来体定量和表征的用于肿瘤患者的新型预后/诊断工具。这与黑素瘤患者特别相关,因为灵敏并且可靠的血清标志物仍然有限并且LDH(乳酸脱氢酶)水平仍然是用于评价疾病过程和预后的唯一预后性血清因子。
以下详细说明了本发明。公开了实施例和实验的细节以便为本领域技术人员提供更多的理解和指导。本发明的范围由随附的权利要求确定。
实施例
实施例1
1.外来体的来源
A.细胞培养上清液
我们使用了两类人肿瘤细胞系,即黑素瘤和结肠癌。Mel 501和Mel BS是通过手术切除(Istituto Nazionale dei Tumori,Milan,Italy)从患者黑素瘤损伤部位获得的两种转移性黑素瘤细胞系。我们还使用了两种结直肠癌细胞系Colo206(从结直肠癌患者的肝转移中产生)和1869 col(由IstitutoSuperiore di Sanita’的Maccalli博士提供)。所有细胞系均在RPMI 1640培养基上培养,其中添加了100IU/ml青霉素、100μg/ml链霉素(Gibco)、2mM谷氨酰胺I(Gibco)和10%胎牛血清(FCS)(Invitrogen,Milan,Italy)。使用CD14磁珠(Milteny Biotec,Germany)和GM-CSF(500U/ml)培养5天,从健康血液供体的白细胞层获得了人单核细胞源巨噬细胞(MDM)。
B.人肿瘤SCID-小鼠血浆
使用4-5周龄的CB.17 SCID/SCID雌性小鼠(Harlan,S.Pietro al Natisone,Italy)并且将其保持在特定的无病原体的条件下。根据UKCCR准则执行所有动物程序。将SCID小鼠饲养在小型隔离笼中,并且所有食物、水和草垫在使用前高压灭菌。在小鼠右侧皮下注射人黑素瘤或结肠癌细胞,每只小鼠注射2.5×106个细胞。用卡尺测定肿瘤生长并且如前所述(Luciani L等人,J.Natl.Cancer Inst.,2004)根据以下公式估计肿瘤重量:肿瘤重量(mg)=长度(mm)×宽度2(mm)/2。使移入的肿瘤生长至500mg重,并且从在肿瘤生长不同时间点处死的不同动物中收集移入肿瘤的小鼠的500μl血浆。
C.人供体和肿瘤患者的血浆
从来自患有原发性或转移性黑素瘤的患者以及年龄和性别相当的健康供体并经过EDTA处理的全血中收集人血浆样品。将样品储存于-70℃直至分析。
2.体外和体内外来体的制备
从T-175烧瓶中72h汇合的细胞培养物中收集人黑素瘤和结肠癌细胞系的上清液,并且按照先前的说明(Andreola等人,J.Exp.Med.2002)稍加修改进行微泡分离。简而言之,在300×g离心10分钟使细胞成颗粒之后,将上清液在1200×g离心20分钟,接着在10000×g离心30分钟。使用0.22μm滤器(StericupTM,Millipore Corp.,Bedford,Massachusetts,USA)过滤该上清液,然后在Beckman超速离心机(Beckman Coulter)中以100000×g离心1小时从而使外来体成颗粒。用大量磷酸盐缓冲液(PBS)清洗一次后,将外来体悬浮于少量PBS中或悬浮于适当的裂解缓冲液中,并将其储存于-80℃直至进一步实验分析。
为了从血浆样品中获得外来体,将来自移入人肿瘤的SCID小鼠或来自肿瘤患者和健康供体的肝素化血液在400×g离心20分钟。然后收集血浆、将其分成等份并储存于-70℃直至分析。使用对小体积进行超速离心的Beckman TL100对血浆样品进行如上所述的相同离心程序以分离外来体。
3.外来体的流式细胞术分析
在结合于乳胶珠的纯化外来体上通过流式细胞术分析确定了外来体上的抗原表达。将外来体制备物(5-10μg)与5μl直径4μm的醛/硫酸盐乳胶珠(Interfacial Dynamics,Portland,OR)一同培育,并重悬浮于含有2%FCS的400μl PBS中。将外来体涂覆的珠(20μl)在4℃与下列抗体培育30分钟:抗-Rab5(Santa Cruz)、抗-CD63-FITC(Pharmigen)、抗-CD81-PE(Pharmingen)、抗窖蛋白-1(N-20克隆,Santa Cruz),然后,如果需要,与PE-或FITC-偶联的二抗一同培育并在FACSCalibur流式细胞仪(BDBiosciences)上进行分析。
4.外来体的蛋白质印迹分析
在含有1%Triton X-100、0.1%SDS、0.1M Tris HCl(pH 7)和蛋白酶抑制剂(10μg/ml抑肽酶、10μg/ml亮肽素和2mM苯甲磺酰氟)(Sigma)的裂解缓冲液中裂解纯化的外来体。通过Bradford微测定方法(Bio-RadLaboratories,Hercules,CA)确定外来体蛋白的浓度。将总计50μg的蛋白重悬浮于SDS样品缓冲液并煮沸5分钟,在10%的SDS-PAGE凝胶上分离并在硝酸纤维素上进行电转染(Protran BA85,Schleicher and Schuell)。将膜与CD63(1∶50稀释)和Rab-5b(1∶50稀释)的抗体进行印迹反应,用适当的HRP偶联二抗(Amersham Pharmacia)培育并通过增强化学发光法显像(ECL,Pierce)。
5.开发用于外来体的ELISA测试(ExoTest)
根据本发明公开的新型ELISA测试(ExoTest)是基于外来体中存在的特异性蛋白。如内涵体和溶酶体的胞质细胞器共有这些蛋白(分别为Rab-5和CD63),所述细胞器的膜不像质膜结构一样会脱落或重利用,因此排除了存在来源于膜破裂的结构的可能性。
将96孔板(Nunc,Milan,Italy)用多克隆抗-Rab-5b抗体(A-20克隆,Santa Cruz)包被,每孔加入100μl的pH 9.6的碳酸盐缓冲液,其中所述抗体的最终浓度为4μg/ml,将该孔板在4℃培育过夜。用PBS清洗3次后,每孔加入100μl的封闭溶液(含有0.5%BSA的PBS)并在室温下保持1小时。用PBS清洗3次后,加入50μg纯化的外来体(最终体积为100μl/孔)并在37℃培育过夜。用PBS清洗3次后,用封闭溶液将适当的检测抗体(抗-CD63单抗(H5C6克隆,Pharmingen)或抗窖蛋白-1单抗(2297克隆,Pharmingen))稀释为4μg/ml,每孔为100μl,并将其在37℃培育1小时。用PBS清洗3次后,在室温下将该板与用封闭溶液1∶50000稀释的100μl HRP-偶联抗-小鼠过氧化物酶二抗(Pierce,Milan,Italy)一同培育1小时。用PBS清洗最后3次后,用POD(Roche Applied Science,Milan,Italy)使反应显色,并用1N的H2SO4封闭,使用450nm的滤光器(Biorad)通过ELISA读数仪记录光密度。
实施例2
ExoTest提供了对细胞培养制备物中所存在外来体的定量并且与蛋白质印迹分析相比,它具有更高的外来体蛋白检测灵敏度。
根据标准程序处理黑素瘤和结肠癌细胞系的培养上清液以获得如上所述的纯化外来体。对通过差速离心从细胞培养上清液中获得的外来体制备物进行建立以检测外来体的夹心ELISA(ExoTest,见图1A)。ExoTest能够提供对细胞培养上清液中所存在外来体的定量,从而使CD63+外来体以剂量依赖的方式可检测(图1B)。以来源于10000g离心后所获得颗粒的部分、仅从细胞培养基纯化的外来体以及仅以二抗为代表的阴性对照产生了几乎不可检测的光密度(OD=0.07+/-0.01)。对在三个不同平板上进行的相同制备物的6个重复计算了检验内和检验间差异,并且分别为30%和35%。
相同的纯化外来体制备物的蛋白质印迹和FACS分析确认了通过ExoTest获得的定性数据。事实上,通过外来体裂解物中的WB,Rab-5b、Lamp-1以及在较少程度上的CD63蛋白均在多种外来体制备物中是可检测的(图1C)而通过对结合于乳胶珠上的外来体进行的FACS,Rab-5b和CD63是可检测的(图1D)。但是,相对于WB分析,通过ExoTest进行的外来体检测和定量对CD63蛋白的检测表现出更高灵敏度(图1C)。确实,通过WB正确检测CD63或Rab-5b需要至少12.5μg外来体蛋白,而ExoTest能够以最少3μg的纯化外来体制备物的量明确地检测外来体。
实施例3
通过FACS、WB和ExoTest获得的移入人肿瘤的SCID小鼠的体内外来体制备物的定性和定量结果的比较
为了验证使用ExoTest进行人肿瘤源外来体体内检测的可能性,我们首先进行了向SCID小鼠皮下注射人黑素瘤(Me501)和结肠癌细胞系的实验。在第一个实验中,将从携带移入肿瘤(100-500mg)的SCID小鼠处死时获得的血浆样品进行外来体纯化程序。与从细胞培养上清液纯化的外来体一样,通过ExoTest(图2A)和FACS(图2B)也能够清楚并且特异地检测从小鼠血浆纯化的外来体。从对照SCID小鼠(未移入人肿瘤)的血浆获得的外来体制备物所产生的背景光密度与空白样品相当(OD=0.08±0.03),因此表明在免疫缓和的动物中不存在外来体,或者小鼠外来体与人CD63和Rab-5b不产生交叉反应。再次,为了获得与使用WB分析相当的结果,ExoTest所需的外来体制备物的量显著较少。
证明可以通过ExoTest回收并检测人外来体后,为了评价人肿瘤-SCID小鼠中血浆外来体的量是否与肿瘤负荷相关,我们进行了时程实验。在这些实验中,使黑素瘤肿瘤在早期移入后生长达5周,从移入后第14天开始并且在随后的3周内,从各个动物的血浆纯化并定量外来体。结果显示ExoTest所检测的人外来体的量随时间平行于肿瘤大小的增加而增加(图2C);这表明血浆外来体的定量是监测肿瘤生长的重要方法。使用MeBS细胞获得了相似的结果(未显示)。
实施例4
肿瘤外来体表达窖蛋白-1
由于已知外来体代表了细胞间交流的重要并且特异的途径,因此我们推断肿瘤源外来体可能与正常生理条件下的循环外来体不同。最近已报道了从前列腺癌PC-3细胞系分离的前列腺小体(由前列腺癌细胞分泌的膜囊)含有窖蛋白-1蛋白,它是细胞膜穴样内陷的主要成分。另外还已知与健康受试者相比,前列腺癌患者中窖蛋白-1的血清水平升高(Tahir,2003 #21)。但是,现有技术均未表明该蛋白与血液中的膜囊的关系。因此,我们评价了从移入黑素瘤肿瘤的SCID小鼠的血浆中获得的外来体上是否存在窖蛋白-1。如图3A上结果所证明的,Cav1在人黑素瘤细胞体外分泌的外来体上强烈表达,而在细胞提取物和来自正常人细胞(如,例如原发性单核细胞源巨噬细胞(MDM))的外来体上检测不到。这些结果表明以外来体包埋形式分泌的Ca1可能是黑素瘤细胞的特异性特征,因此代表了肿瘤源外来体离体分析的潜在标志物。因此,我们研究了从移入黑素瘤肿瘤的SCID小鼠的血浆中获得的外来体上是否存在Cav1。通过蛋白质印迹(图3B)、流式细胞术(图3C)和ExoTest(图3D),在来源于移入黑素瘤肿瘤的SCID小鼠血浆的外来体制备物中检测了Cav1,而在对照动物血浆源外来体中未检测到Cav1(图3B、3D)。与黑素瘤和结直肠癌(CRC)患者的结果一致,通过ExoTest可以使用其它肿瘤标志物(如,黑素瘤的MelanA/Mart-1和CRC的CEA)检测带有肿瘤的SCID小鼠中肿瘤外来体的体内释放,其结果与通过Cav1获得的结果相当。但是,由于黑素瘤表达的MelanA/MART-1可能是不均匀的或表达量较低(特别是在转移水平时),并且CEA主要以溶解形式存在于CRC患者的血清中,因此Cav1是更可靠并且可重复的肿瘤标志物。因此,在进一步包括抗-Cav1-特异性抗体的情况下发展了ExoTest。
实施例5
通过ExoTest对肿瘤患者血浆的体内外来体制备物进行定量:以血浆中外来体的量作为预后工具
从人肿瘤-SCID小鼠模型中获得的数据促使我们研究了ExoTest是否也能够检测和表征从人血浆纯化的外来体。如果有可能进行定量,那么我们的目标是验证肿瘤患者的循环血浆外来体在数量和/或质量上是否不同于健康供体血浆中的那些外来体。从肿瘤患者(n=62)和健康供体(n=37)的血浆中纯化了外来体,然后对其进行ExoTest和蛋白质印迹以确定是否存在Rab5和CD63。表1示出了基于CD63和Cav1表达通过ExoTest进行的外来体定量。
表1.研究群组中血浆外来体和LDH水平。CD63+和Cav 1+exo为用OD450×1000表示的血浆外来体。血浆LDH值表示为IU/L。数据用平均值表示(95%C.I.)
|
CD63+ |
Cav1+exo |
LDH |
黑素瘤患者(n=62) |
478(390至566) |
524(458至590) |
438(321至555) |
健康供体(n=37) |
236(188至285) |
213(180至246) |
360(240至480) |
ExoTest测试允许对从黑素瘤患者和健康供体的血浆纯化的外来体中的外来体蛋白进行检测(图4A),与健康供体相比,黑素瘤患者血浆中的外来体水平高达四倍(p<0.001)。为了确定基于检测两种外来体蛋白标志物的ExoTest的灵敏度和特异性,我们计算了表达CD63和Cav1的血浆外来体的截止值(健康供体样品中的平均值+/-2SD),其分别为526和411(OD450×1000)。ExoTest对CD63+外来体的检测表现出低灵敏度(36%)和良好的特异性(97.3%),而ExoTest对Cav1+外来体的检测具有较高的灵敏度(62%)和相似的特异性(97.3%)。与该观察一致,黑素瘤患者中Cav1+外来体的血浆水平显著高于CD63+外来体的水平(P=0.04)。这些结果表明:
i)循环Cav1可能与黑素瘤患者中的外来体有关;和ii)可以认为带有Ca1的血浆外来体的定量是有用的肿瘤标志物。
另外,我们发现血浆LDH即不与CD63+血浆外来体相关也不与Cav1+血浆外来体相关,而在CD63+和Ca1+血浆外来体之间观察到了显著的相关性(史匹曼系数(Spearman coefficient)为0.25,P=0.04)(图4C)。此外,ExoTest揭示了在癌或黑素瘤患者的血浆中存在肿瘤抗原,如MART-1或CEA(图6)。
分析中所包括的多数患者(62位中有57位)受到晚期疾病(III-IV期)的影响。通过ExoTest检测了所有疾病阶段中血浆外来体水平的广泛分布,其表明不同患者外周循环中存在的外来体量的变化可能反映不同的肿瘤侵袭性水平,并且因此可能成为黑素瘤的新型独立预后因子。美国癌症联合会(AJCC)所指明的其它预后因子包括原发性黑素瘤厚度和溃疡、转移性淋巴结数目以及远处转移的位点和数目,如本发明公开的结果所表明的,它们也可能与外来体血清含量相关。
实施例6
全血浆可以用于外来体定量
ExoTest用于临床目的的潜在应用促使我们验证了ExoTest是否可以用于未分离生物液体中外来体的检测,这将允许进行简单并且可重复的分析以避免超速离心步骤。因此,我们比较了来自未分离样品(人巨噬细胞和黑素瘤细胞的细胞培养上清液以及人血浆)的CD63+外来体以及从相同样品纯化的外来体的检测和定量。为了提高测试的灵敏度,对于这些特定的实验,将HRP-偶联的单抗培育30分钟而不是15分钟。如图5A所示,ExoTest可检测来自未分离的巨噬细胞和黑素瘤培养上清液以及来自9位黑素瘤患者血浆的外来体的存在性。此外,我们对来自4位健康供体的血浆进行了相同的分析,并且所分析的全部样品(9位患者+4位健康供体)的回归分析显示在这两种类型的测定之间存在显著的相关性(图5B)。这些结果表明了ExoTest在临床环境中的潜在应用,其能够使用全血浆并避免复杂且耗时的外来体纯化程序。
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