WO2025057789A1 - バクテロイドータ門の魚類病原性細菌を防除する方法 - Google Patents

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WO2025057789A1
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fish
bacterium
bacteria
mutant
predatory
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友樹 西岡
祐也 滝本
秀幸 玉木
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National Institute of Advanced Industrial Science and Technology AIST
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National Institute of Advanced Industrial Science and Technology AIST
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    • A01K61/00—Culture of aquatic animals
    • A01K61/10—Culture of aquatic animals of fish
    • A01K61/13—Prevention or treatment of fish diseases
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01N—PRESERVATION OF BODIES OF HUMANS OR ANIMALS OR PLANTS OR PARTS THEREOF; BIOCIDES, e.g. AS DISINFECTANTS, AS PESTICIDES OR AS HERBICIDES; PEST REPELLANTS OR ATTRACTANTS; PLANT GROWTH REGULATORS
    • A01N63/00—Biocides, pest repellants or attractants, or plant growth regulators containing microorganisms, viruses, microbial fungi, animals or substances produced by, or obtained from, microorganisms, viruses, microbial fungi or animals, e.g. enzymes or fermentates
    • A01N63/20—Bacteria; Substances produced thereby or obtained therefrom
    • A—HUMAN NECESSITIES
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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N1/00—Microorganisms; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
    • C12N1/20—Bacteria; Culture media therefor

Definitions

  • the present invention relates to a method for controlling fish pathogenic bacteria of the phylum Bacteroidota present in fish or in fish habitats, and a method for suppressing the occurrence of infectious diseases in fish caused by the fish pathogenic bacteria.
  • the present invention also relates to a predatory bacterium or a mutant thereof that preys on fish pathogenic bacteria of the phylum Bacteroidota.
  • Stable production through aquaculture is essential for a sustainable and stable supply of fish.
  • aquaculture ponds and other such facilities where farmed organisms live at high densities and there is little water exchange, the water tends to become eutrophic due to the excrement and surplus feed of the farmed organisms.
  • fish diseases occur due to the abnormal proliferation of microorganisms that have adapted to the environment. Once fish diseases occur, they can lead to mass deaths, so it is important to prevent them before they occur.
  • the main disease control method has been the administration of antibiotics through feeding, but there is a strong demand both in Japan and overseas to reduce their use due to concerns about the impact on ecosystems and the emergence of drug-resistant microorganisms. Furthermore, in order to increase the effectiveness of vaccinations for young fish, they must be combined with effective adjuvants. Against this background, research and development is being conducted in the fisheries industry focusing on bacterivorous bacteria (meaning “Bdellovibrio and similar microorganisms", also written as "BALOs”) as a disease control technique to replace the administration of antibiotics.
  • BALOs bacterivorous bacteria
  • the genus Flavobacterium in the phylum Bacteroideta is known as one of the three major pathogenic bacterial genera for fish, along with the genera Vibrio and Aeromonas in the phylum Pseudomonadota (formerly Proteobacteria).
  • Diseases caused by pathogenic bacteria from each genera include bacterial cold water disease (Flavobacterium psychrophilum), columnar disease (Flavobacterium columnaris), bacterial gill disease (Fravobacterium branchiophilum), vibriosis (Vibrio anguillarum and Vibrio harveyi), and furunculosis (Aeromonas salmonicida).
  • Most farmed freshwater fish including salmon, sweetfish, trout, eels, carp, and goldfish, are affected by at least one of the following diseases: bacterial coldwater disease, columnaris disease, and bacterial gill disease, all of which are caused by Flavobacterium bacteria.
  • Non-Patent Documents 1-4 Bdellovibrio bacteria that prey on Aeromonas hydrophila
  • Non-Patent Document 1 Bacteriovorax bacteria that prey on Vibrio parahaemolyticus
  • Non-Patent Document 3 Bdellovibrio bacteria that prey on Aeromonas hydrophila, Vibrio harveyi, etc.
  • Non-Patent Document 4 Bdellovibrio bacteria that prey on Aeromonas veronii
  • Patent Document 1 also reports a method for treating Vibrio infections in seafood using Bdellovibrio bacteria.
  • the inventors discovered bacteria that prey on bacteria of the phylum Bacteroideta in soil, and completed the present invention. Specifically, they discovered three strains of bacteria of the family Bacteriovoracaceae: strains HFL-1, HFL-10, and HFL-13. They also discovered that these strains have the same prey range and are capable of efficiently controlling fish-pathogenic bacteria of the phylum Bacteroideta present in fish or fish habitats, and thus completed the present invention.
  • the present invention provides the following.
  • [1] A method for controlling fish pathogenic bacteria of the phylum Bacteroides present in fish or fish habitats, the method comprising applying to the fish or fish habitat a predatory bacterium or a mutant thereof that preys on the fish pathogenic bacteria.
  • [2] A method for suppressing the occurrence of fish infectious diseases caused by fish pathogenic bacteria of the phylum Bacteroides present in fish or fish habitats, the method being characterized in that it comprises applying to the fish or fish habitat a predatory bacterium or a mutant thereof that preys on the fish pathogenic bacteria.
  • the method according to [1] or [2], wherein the predatory bacterium or its mutant is a strain belonging to the Bacteriovoracaceae family or a mutant thereof.
  • the base sequence of the 16S rRNA gene contained in the predatory bacterium or its mutant is (i) having a sequence identity of more than 94.8% to the base sequence of the 16S rRNA gene represented by SEQ ID NO: 6; (ii) having a sequence identity of more than 94.7% to the base sequence of the 16S rRNA gene represented by SEQ ID NO: 7; or (iii) having a sequence identity of more than 96.1% to the base sequence of the 16S rRNA gene represented by SEQ ID NO: 8.
  • the predatory bacterium or a mutant thereof is a Bacteriovoracaceae family bacterium HFL-1 strain (deposit number NITE ABP-03906), a Bacteriovoracaceae family bacterium HFL-10 strain (deposit number NITE ABP-03907), a Bacteriovoracaceae family bacterium HFL-13 strain (deposit number NITE ABP-03908), or a mutant thereof.
  • [6] The method according to any one of [1] to [5], wherein the predatory bacterium or its mutant contains a 16S rRNA gene having a sequence identity of more than 97.9% to the consensus base sequence of the 16S rRNA gene represented by SEQ ID NO: 15.
  • [7] The method according to any one of [1] to [6], wherein the fish pathogenic bacterium belongs to the class Flavobacteriia.
  • [8] The method according to any one of [1] to [7], wherein the fish pathogenic bacterium belongs to the family Flavobacteriaceae or Weeksellaceae.
  • the predatory bacterium or its mutant comprises a 16S rRNA gene having a sequence identity of more than 97.9% to the consensus base sequence of the 16S rRNA gene represented by SEQ ID NO: 15.
  • the base sequence of the 16S rRNA gene contained in the predatory bacterium or its mutant is (i) having a sequence identity of more than 94.8% to the base sequence of the 16S rRNA gene represented by SEQ ID NO: 6; (ii) having a sequence identity of more than 94.7% to the base sequence of the 16S rRNA gene represented by SEQ ID NO: 7; or (iii) having a sequence identity of more than 96.1% to the base sequence of the 16S rRNA gene represented by SEQ ID NO: 8.
  • a predatory bacterium or a mutant thereof according to any one of [13] to [15].
  • Flavobacterium bacterium is Flavobacterium psychrophilum, Flavobacterium columnare, or Flavobacterium branchiophilum.
  • a strain of bacteria belonging to the Bacteriovoracaseaceae family or a mutant strain thereof can efficiently control fish pathogenic bacteria of the phylum Bacteroides that are present in fish or in fish habitats.
  • 1 shows the predatory activity of strains HFL-1, HFL-10, and HFL-13 against Flavobacterium psychrophilum NBRC100250 (bacterial cold water disease bacterium) over time at (A) 28° C., (B) 18° C., and (C) 10° C.
  • the control shows HEPES buffer not inoculated with predatory bacteria.
  • 2 shows the predatory activity of strains HFL-1, HFL-10, and HFL-13 against Flavobacterium columnare NBRC100251 (columnaritis disease bacterium) over time at (A) 28° C., (B) 18° C., and (C) 10° C.
  • the control shows HEPES buffer not inoculated with predatory bacteria.
  • Flavobacterium branchiophyllum NBRC15030 bacterial gill disease bacterium
  • the control shows HEPES buffer not inoculated with predatory bacteria.
  • a first embodiment of the present invention is a method for controlling fish pathogenic bacteria of the phylum Bacteroides present in fish or in a fish habitat, characterized in that a predatory bacterium or a mutant thereof that preys on the fish pathogenic bacteria is applied to the fish or in the fish habitat.
  • “present in fish” means present on the body surface of the fish or within the body of the fish via food or the like.
  • the term “predatory bacteria” refers to "obligate predatory bacteria” that, upon collision with a host bacterium of the phylum Bacteroideta, invades the cell and simultaneously causes the death of the host cell.
  • the invading predatory bacteria grow sufficiently within the host cell, self-multiply, and then destroy the host cell and are released outside the cell.
  • the "predatory bacteria" of the present invention may be any bacteria that can prey on bacteria of the phylum Bacteroideta, and may further be any bacteria that belong to the family Bacteriovoracaseaceae and can prey on bacteria of the phylum Bacteroideta. Note that the predatory bacteria of the present invention do not prey on bacteria of the phylum Pseudomonadota, Actinomycetota (formerly Actinobacteriota), Bacillota (formerly Firmicutes), etc., as described in Example 2 below.
  • Bacteria known as "facultative predatory bacteria” are also sometimes called predatory bacteria, but facultative predatory bacteria are nutritionally dependent and use lytic enzymes and the like to dissolve other microorganisms and then absorb the decomposition products, and are therefore clearly distinguished from the predatory bacteria of the present invention.
  • soil generally refers to a mixture of naturally occurring, as a whole, solid inorganic matter such as minerals, rocks, sand, etc.; organic matter such as biological products, excrement, corpses, and humic substances; natural liquids such as petroleum, precursors to petroleum, petroleum spring water, mineral water, hot spring water, river water, lake water, and seawater; and living organisms (living organisms).
  • bacteria of the present invention the predatory bacteria of the present invention
  • strain of the present invention when referring to a specific strain, will be referred to as “strain of the present invention.”
  • strain of the present invention the term “bacteria” of the present invention may be used to mean “bacteria or a mutant thereof,” and the term “strain” of the present invention may be used to mean “strain or a mutant thereof.”
  • the strain of the present invention can be isolated by standard methods (see, for example, Jurkevitch, E. (2012). Current protocols in microbiology, 26(1), 7B-1). Specifically, the soil is suspended in a washing solution, centrifuged, and the supernatant is obtained. This supernatant is further centrifuged to obtain a solid, and the solid suspension is used to detect plaques (bacteriolytic spots) by the double plate method.
  • the taxonomic type strain closely related to the HFL-1, HFL-10, and HFL-13 strains is the Perezibacter stari A3.12 strain (accession number AF084852) belonging to the Bacteriovoracaseaceae family, and that the base sequence of the 16S rRNA gene of the A3.12 strain (SEQ ID NO: 5) has 93.6%, 93.4%, and 95.7% base sequence identity to the base sequences of the 16S rRNA genes of the HFL-1, HFL-10, and HFL-13 strains (SEQ ID NOs: 6, 7, and 8, respectively).
  • the HFL-1, HFL-10, and HFL-13 strains were all identified as novel strains belonging to the family Bacteriovoracaseaceae.
  • identity analysis of the base sequence of the 16S rRNA gene using the BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) program was performed, and it was found that a known bacterial species closely related to the HFL-1, HFL-10, and HFL-13 strains is uncultured bacterium SSmCB08-70 (accession number AB176231), and the base sequence of the 16S rRNA gene of the SSmCB08-70 (SEQ ID NO: 9) has at least 94.7% base sequence identity to the base sequences of the 16S rRNA genes of the HFL-1, HFL-10, and HFL-13 strains (represented by SEQ ID NOs: 6, 7, and 8, respectively).
  • the base sequence of the 16S rRNA gene of SSmCB08-70 has 94.8%, 94.7%, and 96.1% base sequence identity to the base sequences of the 16S rRNA genes of the HFL-1 strain, HFL-10 strain, and HFL-13 strain, respectively.
  • sequence identity refers to a value that can be calculated by appropriately aligning at least two sequences to be compared, determining the number of identical bases present in each sequence, determining the number of matching sites, and then dividing the number of matching sites by the total number of bases in the sequence region to be compared, and multiplying the obtained value by 100.
  • sequence identity can be calculated, for example, by phylogenetic analysis software (EZBioCloud Microbiome Taxonomic Profiling) or the BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) program (Altschul et al., J. Mol. Biol., (1990), 215(3):403-10), or the like.
  • phylogenetic analysis software EZBioCloud Microbiome Taxonomic Profiling
  • BLAST Basic Local Alignment Search Tool
  • the present inventors applied to deposit the above three strains at the Patent Microorganism Depositary Center, Biotechnology Center, National Institute of Technology and Evaluation (Room 122, 2-5-8 Kazusa Kamatari, Kisarazu City, Chiba Prefecture), and the above three strains were deposited on June 13, 2023 under the following deposit numbers (notification date: July 27, 2023), and are currently preserved at the institution.
  • HFL-1 strain accession number NITE P-03906
  • HFL-10 strain accession number NITE P-03907
  • HFL-13 strain accession number NITE P-03908
  • the strain of the present invention may be a live bacterial cell, and a culture solution containing the live bacterial cell may also be preferably used.
  • the live bacterial cell may be in a form that allows it to survive and be active on the surface of the fish body, inside the fish body, or in the fish habitat to which it is applied.
  • mutants of the HFL-1, HFL-10 or HFL-13 strain of the present invention may be any mutant derived from the strain of the present invention (a) as long as it has the effect of preying on fish pathogenic bacteria of the Bacteroides phylum.
  • mutants include strains generated by natural mutations that occur in natural conditions, including culturing and subculture of strains; strains produced by artificial mutations artificially induced by the action of radiation, ultraviolet rays, X-rays and chemicals; strains produced by genetic recombination; strains produced by genome editing, etc.
  • the "mutant" of the strain of the present invention also includes (b) any strain that is not derived from the strain of the present invention, has high affinity to the strain of the present invention and has predatory activity.
  • the mutant of the present invention preferably has a base sequence of its 16S rRNA gene that has greater than 94.8%, greater than 94.7%, and greater than 96.1% sequence identity to the base sequences of the 16S rRNA genes represented by SEQ ID NOs: 6, 7, and 8, respectively.
  • the mutant of the present invention has a base sequence of its 16S rRNA gene that (i) has greater than 94.8% sequence identity to the base sequence of the 16S rRNA gene represented by SEQ ID NO: 6, (ii) has greater than 94.7% sequence identity to the base sequence of the 16S rRNA gene represented by SEQ ID NO: 7, or (iii) has greater than 96.1% sequence identity to the base sequence of the 16S rRNA gene represented by SEQ ID NO: 8. More preferably, the mutant of the present invention has a sequence identity of more than 97.9% to the consensus base sequence (SEQ ID NO: 15) of the 16S rRNA gene of each of the HFL-1, HFL-10, and HFL-13 strains.
  • the term "consensus base sequence” refers to a calculated sequence that represents the most frequent nucleotide residue found at each position in the base sequence of the 16S rRNA gene of each of the HFL-1, HFL-10, and HFL-13 strains.
  • the consensus base sequence is determined by sequence alignment, and similar sequences are compared with each other to calculate similar sequence motifs. For details, see Example 3 below.
  • the base sequence of the genes in the entire genome of each of the mutants of the HFL-1 strain, HFL-10 strain, and HFL-13 strain of the present invention is preferably at least 70%, more preferably at least 75%, more preferably at least 80%, more preferably at least 85%, more preferably at least 90%, more preferably at least 95%, more preferably at least 96.2%, more preferably at least 97%, more preferably at least 98%, more preferably at least 99%, more preferably at least 99.1%, more preferably at least It has a sequence identity of 99.2%, more preferably at least 99.3%, more preferably at least 99.4%, more preferably at least 99.5%, more preferably at least 99.6%, more preferably at least 99.7%, more preferably at least 99.9%, more preferably at least 99.91%, more preferably at least 99.92%, more preferably at least 99.93%, more preferably at least 99.94%, at least 99.95%, more preferably at least 99.96%, more
  • fish includes, for example, saltwater fish, freshwater fish, crustaceans, shellfish, echinoderms, mollusks, amphibians, etc.
  • saltwater fish such as salmon, trout, yellowtail, yellowtail, red sea bream, amberjack, pufferfish, flounder, bluefin tuna, striped jack, horse mackerel, yellowtail amberjack, stonefish, filefish, rockfish, scorpionfish, black porgy, black rockfish, sea bass, red sea bream, grunt, big croaker, black sea bream, chub mackerel, grouper, grouper, coho salmon, etc.
  • freshwater fish such as carp, rainbow trout, eel, sweetfish, dace, goldfish, mediterranean fish, and Japanese amberjack.
  • Shellfish such as the whitenamei shrimp, button shrimp, kuruma prawn, cherry shrimp, white shrimp, amaebi, Nanban shrimp, akaebi, grape shrimp, black shrimp, pansio shrimp, spiny lobster, fan shrimp, slipper shrimp, elephant shrimp, Japanese mitten crab, snow crab, red snow crab, spider crab, red king crab, blue crab, hairy crab, Hanasaki crab, and blue crab.
  • Mega-iawabi (sea urchin), black abalone, scallops, clams, short-necked clams, blood shells, turban shells, oysters, rock oysters, Japanese oysters, Suminoe oysters, giant oysters, Portuguese oysters, European flat oysters, Japanese oysters, pearl oysters, pearl oysters, Japanese ...
  • mollusks such as the mako, cuttlefish, Japanese common squid, Pacific pacific squid, Matsu squid, spear squid, common flathead squid, bigfin reef squid, common octopus, Pacific octopus, Japanese common octopus, willow octopus, and long-spotted octopus, and amphibians such as the European bullfrog, Japanese bullfrog, Nanbei bullfrog, tiger frog, marsh frog, Indian grass frog, Namie frog, and black-spotted frog.
  • the "fish habitat” is exemplified by fish farms such as aquariums, water areas, and ocean areas for the purpose of fish farming.
  • Examples of fish pathogenic bacteria in the phylum Bacteroides include bacteria of the genera Flavobacterium, Tenacibacillus, and Chryseobacterium, which belong to the family Flavobacteriaceae in the class Flavobacteria, and bacteria of the genus Elizabethkingia, which belong to the family Weeckelaceae in the class Flavobacteria.
  • Flavobacterium bacteria examples include Flavobacterium psychrophilum, Flavobacterium columnare, and Flavobacterium branchiophyllum.
  • bacteria of the genus Tenacibaculum examples include Tenacibaculum maritimum (Sci Rep. 2021 May 4;11(1):9453. doi: 10.1038/s41598-021-88672-z).
  • bacteria of the genus Chryseobacterium include Chryseobacterium balustinum, Chryseobacterium scophtalmum, Chryseobacterium joostei, Chryseobacterium piscicola, Chryseobacterium chaponense, Chryseobacterium aquaticum, Chryseobacterium daecheongense, Chryseobacterium indologenes, and Chryseobacterium bisceram.
  • the "fish infectious disease” is not particularly limited as long as it is an infectious disease caused by fish pathogenic bacteria of the phylum Bacteroides.
  • examples include bacterial cold water disease caused by Flavobacterium psychrophilum, which occurs in salmonid fish and sweetfish, etc.; columnaris disease caused by Flavobacterium columnare, which occurs in carp, crucian carp, eel, and goldfish; bacterial gill disease caused by Flavobacterium branchiophylum, which occurs in salmonid fish; and fish skin disease caused by Tenacibaculum maritimum.
  • the "application” mode of the present invention includes direct application to fish and application to fish habitats.
  • Methods for application to fish include, for example, spraying on the surface of the fish body, injection into the fish body, etc.
  • Methods for injection into the fish body include mixing with feed and feeding to the fish, oral administration to the fish, etc.
  • Methods for application in fish habitats include spraying in aquariums, water areas, sea areas, etc. that will be used as aquaculture sites, and attachment to facilities installed under the water surface of the aquaculture site.
  • the application temperature refers to the water temperature at the time of application to fish (excluding injection into the body of the fish), and is not particularly limited.
  • the range of about 0°C to about 38°C is preferable, the range of about 8°C to about 30°C is more preferable, and the range of about 10°C to about 28°C is particularly preferable.
  • the optimal water temperature is about 28°C.
  • Some of the strains of the present invention exhibit sufficient predatory activity even at a low temperature of about 8°C.
  • the temperature at which the strain is injected into the body of the fish may also be, for example, in the range of about 0°C to about 38°C.
  • the predatory bacteria of the present invention may be used in the form of live bacteria, such as the bacterial cells themselves; a culture solution containing the bacterial cells; a suspension containing the bacterial cells; a concentrate, paste, frozen product, lyophilized product, or diluted product thereof.
  • the application concentration of the predatory bacteria of the present invention varies depending on the type of fish to which it is applied, the number of fish, the size of the fish, the size of the aquaculture tank, the application time, the amount of wastewater, etc.
  • the concentration can be within the range of 1 ⁇ 10 2 to 1 ⁇ 10 12 pfu/mL (plaque forming units), preferably 1 ⁇ 10 4 to 1 ⁇ 10 12 pfu/mL, and more preferably 1 ⁇ 10 6 to 1 ⁇ 10 12 pfu/mL, converted into bacterial cell concentration.
  • the amount of the composition of the present invention to be applied varies depending on the type of fish, the number of fish, the size of the fish, the size of the aquaculture tank, the application time, the amount of wastewater, etc.
  • the composition of the present invention is applied to fish by feeding, it is about 0.01 to 0.1% of the total weight of the feed, and it is applied for a certain period of time, for example, at weekly intervals, more preferably at 3 to 5 day intervals, and more preferably at 1 to 2 day intervals.
  • control means that the concentration of fish pathogenic bacteria when the predatory bacteria or mutants thereof of the present invention are applied is lower than the concentration of fish pathogenic bacteria when the predatory bacteria or mutants thereof of the present invention are not applied.
  • the predatory bacteria or mutants thereof of the present invention are said to have a control effect against fish pathogenic bacteria of the phylum Bacteroides when the concentration of fish pathogenic bacteria after treatment with the predatory bacteria or mutants thereof of the present invention is less than about 50%, preferably less than about 40%, preferably less than about 30%, preferably less than about 20%, and particularly preferably less than 10% of the concentration of fish pathogenic bacteria in the untreated (control) state.
  • the concentration of fish pathogenic bacteria after the treatment can be measured by a method well known in the art. For example, the colony count method, the absorbance method using a spectrophotometer, and the turbidity method can be mentioned.
  • a second embodiment of the present invention is a method for suppressing the occurrence of fish infectious diseases caused by fish pathogenic bacteria of the phylum Bacteroides present in fish or in a fish habitat, characterized in that a predatory bacterium or a mutant thereof that preys on the fish pathogenic bacteria is applied to the fish or to the fish habitat.
  • "suppressing" the occurrence of fish infections means that the predatory bacteria or mutants thereof of the present invention exert a predatory effect on the bacteria that cause fish infections, thereby preventing or curing the fish infections caused by the bacteria.
  • the incidence of fish infections in fish cultured in a growth environment containing fish pathogenic bacteria to which the predatory bacteria or mutants thereof of the present invention have been applied is lower than the incidence of fish infections in fish cultured under the same conditions except that the predatory bacteria or mutants thereof of the present invention have not been used.
  • the incidence of fish infections in fish cultured in a growth environment containing fish pathogenic bacteria to which the predatory bacteria or mutants of the present invention have been applied is less than about 50%, preferably less than about 50%, preferably less than about 40%, preferably less than about 30%, preferably less than about 20%, and particularly preferably less than 10% of the incidence of fish infections in fish cultured under the same conditions except that the predatory bacteria or mutants of the present invention have not been used
  • the predatory bacteria or mutants of the present invention are said to have the effect of suppressing the occurrence of fish infections caused by fish pathogenic bacteria of the phylum Bacteroides.
  • the degree of suppression of the occurrence of fish infections can be measured by a method well known in the art. For example, a colony counting method, an absorbance method using a spectrophotometer, and a turbidity method can be exemplified.
  • the strain of the present invention or its mutant has the effect of preying on fish pathogenic bacteria of the phylum Bacteroides, so for example, if the strain of the present invention or its mutant is applied to fish or fish habitats under the above-mentioned application conditions, it is expected to effectively suppress fish infectious diseases caused by the pathogenic bacteria (Non-Patent Document 4).
  • the predatory bacteria or their mutants, the fish or fish habitats, the fish pathogenic bacteria of the phylum Bacteroides, and the fish infectious diseases are as described in the first embodiment.
  • the third embodiment of the present invention is a composition for controlling fish pathogenic bacteria of the phylum Bacteroides, or for suppressing the occurrence of infectious diseases in fish caused by the fish pathogenic bacteria, comprising the predatory bacterium of the present invention or a mutant thereof.
  • the predatory bacteria or their mutants, fish pathogenic bacteria of the phylum Bacteroides, and fish infectious diseases, as well as “control” and “suppression”, are as explained in the first and second embodiments.
  • composition of the present invention can be produced in the form of solid preparations such as dusts, granules, wettable powders, and tablets; liquid preparations such as emulsions, flowables, and oils; or dry preparations produced by freeze-drying, by adding a carrier such as a solid carrier or liquid carrier to a culture solution containing the cells of the predatory bacteria, a suspension containing the cells, or a concentrate of these, as necessary.
  • a carrier such as a solid carrier or liquid carrier to a culture solution containing the cells of the predatory bacteria, a suspension containing the cells, or a concentrate of these, as necessary.
  • the concentration of the predatory bacteria of the present invention contained in the composition of the present invention will vary depending on the type of disease, the type of fish to which it is applied, the formulation of the composition, etc., but for example, in the case of a liquid formulation, the concentration of the predatory bacteria in the liquid formulation is usually within the range of 1 x 102 to 1 x 1011 pfu/mL (plaque forming units).
  • carriers and auxiliary materials commonly used in agricultural chemicals such as surfactants, liquid adjusters (such as pH adjusters), spreading agents, wetting agents, stabilizers, drift inhibitors, etc.
  • auxiliary materials commonly used in agricultural chemicals such as surfactants, liquid adjusters (such as pH adjusters), spreading agents, wetting agents, stabilizers, drift inhibitors, etc.
  • the total concentration of the carrier, auxiliary material, etc. used is usually about 1 to 99.9 wt %, preferably about 10 to 99 wt %, based on the total weight of the composition of the present invention.
  • composition of the present invention can also be used in combination with vaccines derived from fish pathogenic bacteria (e.g., WO2009/080767, WO2009/056629).
  • vaccines derived from fish pathogenic bacteria e.g., WO2009/080767, WO2009/056629.
  • Example 1 Isolation and culture of bacteria-eating bacteria 2.5 g of soil (Hyogo Prefecture) was added to 22.5 ml of washing solution ( 6 mM CaCl2.2H2O , 4 mM MgCl2.7H2O ) and vigorously shaken at room temperature for 5 minutes. Centrifuged at 500 x g and 4 ° C for 5 minutes to obtain the supernatant, which was then centrifuged at about 30,000 x g and 4 ° C for 20 minutes to obtain a pellet. The pellet was suspended in the washing solution and centrifuged at about 30,000 x g and 4 ° C for 20 minutes to obtain a pellet.
  • the pellet was suspended in the washing solution and filtered twice with a filter of 1.0 ⁇ m pore size.
  • the filtrate was used to detect plaques (bacteriolytic spots) by the double plate method.
  • 0.1 mL of the filtrate 0.25 mL of the suspension of Flavobacterium sp.
  • GSB-24 strain and 3 mL of soft agar medium (25 mM HEPES, pH 7.4, 6 mM CaCl 2 ⁇ 2H 2 O, 4 mM MgCl 2 ⁇ 7H 2 O, 100-fold diluted tryptic soy broth, 0.6% agar concentration) were mixed and layered on a plate medium (25 mM HEPES, pH 7.4, 6 mM CaCl 2 ⁇ 2H 2 O, 4 mM MgCl 2 ⁇ 7H 2 O, 100-fold diluted tryptic soy broth, 1.5% agar concentration). The mixture was cultured at 28° C. for about 3 days, and the presence or absence of plaques was observed.
  • plaques were excised together with the surrounding food bacteria and suspended in a buffer solution (25 mM HEPES, pH 7.4, 4 mM MgCl 2 ⁇ 7H 2 O). This was serially diluted and plaques were formed again by the duplicate plating method, and the predatory bacteria were isolated.
  • a buffer solution 25 mM HEPES, pH 7.4, 4 mM MgCl 2 ⁇ 7H 2 O.
  • Example 2 Identification of isolated predatory bacteria and their relationship to known closely related microorganisms
  • the isolated predatory bacteria (strains HFL-1, HFL-10, and HFL-13) were identified by the following procedure. First, genomic DNA of each strain was extracted using an InstaGene DNA purification matrix (BIO-RAD). The 16S rRNA gene of each strain was decoded from 1378 bp to 1422 bp using the following specific amplification primers.
  • Forward primer: 27f (AGAGTTTGATCMTGGCTCAG) (SEQ ID NO: 1)
  • Forward primer: 515f (GTGCCAGCMGCCGCGGTAA)
  • Reverse primer: 806r (GGACTACHVGGGTWTCTAAT)
  • Reverse primer: 1492r (TACGGHTACCTTGTTACGACTT) (SEQ ID NO: 4)
  • EZBioCloud Microbiome Taxonomic Profiling CJ Bioscience
  • the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene of the HFL-1 strain (SEQ ID NO: 6) was found to have 93.6% sequence identity with the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene of Perezibacter stari A3.12 (accession number AF084852 (https://www.ezbiocloud.net)) belonging to the family Bacteriovoracaceae, and the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene of the HFL-10 strain (SEQ ID NO: 7) was found to have 93.6% sequence identity with the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene of Perezibacter stari A3.12 (accession number AF084852 (https://www.ezbiocloud.net)).
  • the 16S rRNA gene sequence of the HFL-13 strain (SEQ ID NO: 8) had 93.4% sequence identity with the 16S rRNA gene sequence of Peredibacter stari A3.12, and the 16S rRNA gene sequence of the HFL-13 strain (SEQ ID NO: 8) had 95.7% sequence identity with the 16S rRNA gene sequence of Peredibacter stari A3.12 (Table 1).
  • the HFL-1, HFL-10, and HFL-13 strains were identified as novel strains belonging to the family Bacteriovoracaseaceae.
  • the base sequences of the 16S rRNA genes of the HFL-1, HFL-10, and HFL-13 strains belonging to the Bacterioboracaceae family (SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, and SEQ ID NO: 8, respectively) were used as query sequences, and identity analysis was performed against all base sequences in the database using the BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) program.
  • the obtained results were sorted in descending order of Query coverage (the percentage (%) of the result sequence covering the query sequence), and the results of five strains were obtained in descending order of Identity (identity) from among the result sequences whose result sequences were longer than the query sequence, i.e., the result sequences whose Query coverage was 100%, in descending order of Identity (identity).
  • identity identity
  • the base sequence of the 16S rRNA gene of SSmCB08-70 was the same as that of the 16S rRNA gene of the HFL-1, HFL-10, and HFL-13 strains. It was found that they had 94.8%, 94.7%, and 96.1% sequence identity to the base sequence of the rRNA gene, respectively (Tables 2, 3, and 4).
  • the second, third, fourth, and fifth known microorganisms most closely related to the HFL-1 strain are uncultured delta proteobacterium clone 236 (16S rRNA gene registered under accession number EF188429; the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene is shown in SEQ ID NO: 10), uncultured bacterium SSmCB08-8 (16S rRNA gene registered under accession number AB176175; the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene is shown in SEQ ID NO: 11), Peredibacter stari A3.12 (16S rRNA gene registered under accession number CP139487; the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene is shown in SEQ ID NO: 12), and uncultured bacterium SSmCB08-62 (16S The rRNA gene has been registered under accession number AB176223; the base sequence of the 16S rRNA gene is shown in SEQ ID NO: 13), and the sequence identities to the base sequence of the 16
  • the second, third, fourth, and fifth known microorganisms closely related to the HFL-10 strain are Uncultured Bacterium clone E18 (16S rRNA gene registered under accession number HG917723; the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene is shown in SEQ ID NO: 14), Uncultured Deltaproteobacterium clone 236 (16S rRNA gene registered under accession number EF188429; the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene is shown in SEQ ID NO: 10), Uncultured Bacterium SSmCB08-8 (16S rRNA gene registered under accession number AB176175; the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene is shown in SEQ ID NO: 11), and Peredibacter sutarii A3.12 (16S The rRNA gene has been registered under accession number CP139487; the base sequence of the 16S rRNA gene is shown in SEQ ID NO: 12), and the base sequence identities to the 16S rRNA
  • the second, third, fourth, and fifth known microorganisms closely related to the HFL-13 strain are Peredibacter sutarii A3.12 (16S rRNA gene registered under accession number CP139487; the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene is shown in SEQ ID NO: 12), Uncultured Deltaproteobacterium clone 236 (16S rRNA gene registered under accession number EF188429; the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene is shown in SEQ ID NO: 10), Uncultured Bacterium SSmCB08-8 (16S rRNA gene registered under accession number AB176175; the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene is shown in SEQ ID NO: 11), and Uncultured Bacterium SSmCB08-62 (16S The rRNA gene has been registered under accession number AB176223; the base sequence of the 16S rRNA gene is shown in SEQ ID NO: 13), and the base sequence identities to the 16S
  • SEQ ID NO:5 base sequence of the 16S rRNA gene of Perezibacter sutarii A3.12 (accession number AF084852):
  • SEQ ID NO: 6 base sequence of 16S rRNA gene of HFL-1 strain
  • SEQ ID NO: 7 base sequence of 16S rRNA gene of HFL-10 strain
  • SEQ ID NO: 8 base sequence of 16S rRNA gene of HFL-13 strain
  • SEQ ID NO: 9 base sequence of the 16S rRNA gene of Uncultured Bacterium SSmCB08-70 (Accession No. AB176231):
  • SEQ ID NO: 10 base sequence of 16S rRNA gene of uncultured Deltaproteobacterium clone 236 (accession number EF188429)):
  • SEQ ID NO: 11 base sequence of the 16S rRNA gene of Uncultured Bacterium SSmCB08-8 (Accession No. AB176175)):
  • SEQ ID NO: 12 nucleotide sequence of the 16S rRNA gene of Perezibacter sutarii A3.12 (Accession No. CP139487):
  • SEQ ID NO: 13 base sequence of the 16S rRNA gene of Uncultured Bacterium SSmCB08-62 (Accession No. AB176223)):
  • SEQ ID NO: 14 base sequence of 16S rRNA gene of Uncultured Bacterium clone E18 (Accession No. HG917723):
  • Example 3 Obtaining a consensus sequence and the relationship between the consensus sequence and known closely related microorganisms As shown in Example 2, the three isolated predatory bacteria of the present invention belong to the Bacteriovoracaseaceae family and are very closely related, but they are different bacteria. In order to clarify the relationship between these three strains, we attempted to obtain a common sequence in the base sequence of the 16S rRNA gene of each strain, i.e., a consensus sequence.
  • a multiple alignment tool (SnapGene (registered trademark), ver. 5.3.3, GSL Biotech LLC) was used to extract only the base sequences common to all three 16S rRNA gene sequences from the 16S rRNA gene sequences of strains HFL-1, HFL-10, and HFL-13 belonging to the Bacterioboracaceae family (SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, and SEQ ID NO: 8, respectively).
  • Non-identical base sequences and gap sequences in the three strains were designated as N, and the Ns at both ends were deleted.
  • the resulting base sequence is hereinafter referred to as the "consensus base sequence of the 16S rRNA gene.”
  • the consensus base sequence of the 16S rRNA gene was 1361 bases long and consisted of 1289 unique bases and 72 Ns that allow any base (SEQ ID NO: 15).
  • SEQ ID NO: 15 (consensus base sequence of 16S rRNA genes of three strains):
  • the obtained consensus base sequence of the 16S rRNA gene was used as the query sequence, and identity analysis was performed on all base sequences in the database using the BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) program in the same manner as in Example 2.
  • the obtained results were sorted in descending order of Query coverage (the percentage (%) of the result sequence covering the query sequence), and the results of five strains were obtained in descending order of Identity (identity) values from among the result sequences whose result sequences were longer than the query sequence, i.e., whose Query coverage was 100%.
  • N in the query sequence allows any base, so if any of the bases A, T, C, and G is present at the corresponding position in the result sequence, N should be judged to be identical, but the result is output with N regarded as a different base. Therefore, the number representing the apparent identity becomes lower. Therefore, in the case of N, a correction was made so that any of the bases A, T, C, and G is considered to be a match.
  • Table 5 The results are shown in Table 5.
  • the closely related known microorganism having a 16S rRNA gene with the highest identity to the 16S rRNA gene consensus base sequence is uncultured bacterium SSmCB08-70 (the 16S rRNA gene has been registered under accession number AB176231), and the base sequence of the 16S rRNA gene of SSmCB08-70 (sequence number 9) was found to have 97.9% base sequence identity to the 16S rRNA gene consensus base sequence.
  • the second, third, fourth, and fifth most closely related known microorganisms to strain HFL-1 are Uncultured Delta Proteobacterium clone CK06-06_Mud_MAS4B-31n (16S rRNA gene registered under accession number AB369189; 16S rRNA gene sequence shown in SEQ ID NO:16), Uncultured Bacterium clone 236 (SEQ ID NO:10), SSmCB08-8 (SEQ ID NO:11), and Peredibacter stari A3.12 (SEQ ID NO:12), and the identities of the nucleotide sequences to the consensus sequence of the 16S rRNA gene were 97.9%, 97.5%, 97.1%, and 97.0%, respectively (Table 5).
  • SEQ ID NO: 16 base sequence of 16S rRNA gene of uncultured Delta Proteobacterium clone CK06-06_Mud_MAS4B-31 (accession number AB369189): AACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGTGAAAGTCCTTCGGGATGAGTAAAGTGGC GCACGGGTGAGTAACACGTAGGTAATCTGCCTTTCAGTGGGGAATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATGC CGCATACGTAAGTAATTAGAAAGAAGGCCTCTATTTATAAGCTTTCGCTGAGAGAAGAGCCTGCGTCCTA TTAGCTAGTTGGTAGGGTAAAAGCCTACCAAGGCAACGATAGGTATCCGGTCTGAGAGGATGATCGGACA CACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATATTGCGCAATGGGGGAAA CCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGAGTGAGGAAGGTCTTAGGGG
  • Example 4 Cultivation of Predatory Bacteria
  • the HFL-1, HFL-10, and HFL-13 strains were grown together with Flavobacterium sp. GSB-24 strain in a buffer solution at 200 rpm and 28°C, and the resulting solution was filtered through a 0.45 ⁇ m pore size filter to remove the GSB-24 strain, and used as inoculum for HFL-1 strain (approximately 2.8 x 10 7 PFU/ml), HFL-10 strain (approximately 3.3 x 10 7 PFU/ml), and HFL-13 strain (approximately 2.2 x 10 7 PFU/ml).
  • the GSB-24 strain was obtained from the roots of Dendrobium persulcatum using PS-DR2A medium (Nishioka, T and Tamaki, H. (2022), Microbiology Spectrum, 10(6), e02238-22; Nishioka et al. (2023), Microbiology Resource Announcements, 12(3), e01343-22.).
  • Example 5 Verification of Predation Range The predation range of the HFL-1, HFL-10, and HFL-13 strains was verified using 13 types of test bacteria: Chitinophaga japonensis NBRC16041 strain, Flexibacter sp. GSC-23 strain, Flavobacterium pectinovorum NBRC15945 strain, Flavobacterium sp. GSB-24 strain, Pedobacter africanus NBRC100065 strain, Caulobacter segnis NBRC15250 strain, Sphingomonas herbicidvorans NBRC15250 strain, and Sphingomonas herbicidvorans NBRC15250 strain.
  • herbicidovorans strain NBRC16415 Rhizobium radiobacter strain NBRC15193, Paraburkholderia caledonica strain NBRC102488, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum strain NBRC103133, Pseudomonas citronellolis strain NBRC103043, Rhodococcus erythropolis strain NBRC15567, Bacillus subtilis subsp.
  • the following liquid culture method was carried out using the Bacillus subtilis NBRC13719 strain.
  • Each test bacterial strain was suspended in a buffer solution (25 mM HEPES, pH 7.4, 6 mM CaCl 2 ⁇ 2H 2 O, 4 mM MgCl 2 ⁇ 7H 2 O) so that the 600 nm absorbance (OD 600 ) was 0.8 to 1.2. 4.75 ml of the solution was mixed with 0.25 ml of the HFL-1 strain inoculum, HFL-10 strain inoculum, HFL-13 strain inoculum, or a buffer solution (control) without predatory bacteria treatment, and then cultured at 200 rpm and 28°C. After 24 hours of culture, the 600 nm absorbance of each inoculum and the control was measured. This experiment was repeated three times.
  • GSC-23 strain was obtained from the root of Dendrobium persulcatum using GG-DTS medium (Nishioka, T and Tamaki, H. (2022), Microbiology Spectrum, 10(6), e02238-22).
  • GG-DTS medium Nel-DTS medium
  • NBRC16041, NBRC100065, NBRC15250, NBRC16415, NBRC15193, NBRC102488, NBRC103133, NBRC103043, NBRC15567, and NBRC13719 were obtained from the NITE Biotechnology Center (NBRC).
  • the growth inhibitory effect on the test bacterial strain was evaluated using the following three grades: ⁇ : The absorbance of the test bacteria after treatment with the strain of the present invention is less than 70% of the absorbance of the test bacteria not treated with the predatory bacteria; ⁇ : the absorbance of the test bacteria after treatment with the strain of the present invention is 70% to 90% of the absorbance of the test bacteria after not treating with the predatory bacteria; ⁇ : The absorbance of the test bacteria after treatment with the strain of the present invention is more than 90% of the absorbance of the test bacteria not treated with the predatory bacteria. All the test bacterial strains were graded as either " ⁇ " or " ⁇ " (Table 2), and none were graded as " ⁇ ".
  • strains HFL-1, HFL-10, and HFL-13 have the ability to prey on bacteria belonging to the phylum Bacteroidetes.
  • these three strains were shown to have the ability to prey on bacteria belonging to the phylum Bacteroidetes.
  • Example 6 Verification of predatory activity against Flavobacterium bacteria under different water temperature conditions It was verified by liquid culture method under different water temperature conditions that the HFL-1, HFL-10, and HFL-13 strains have predatory activity against three fish pathogenic bacteria: Flavobacterium psychrophilum NBRC100250, Flavobacterium columnare NBRC100251, and Flavobacterium branchiophyllum NBRC15030. Each fish pathogenic bacterial strain was suspended in a buffer solution (25 mM HEPES, pH 7.4, 6 mM CaCl 2 ⁇ 2H 2 O, 4 mM MgCl 2 ⁇ 7H 2 O) so that the 600 nm absorbance (OD 600 ) was 0.8 to 0.9.
  • a buffer solution 25 mM HEPES, pH 7.4, 6 mM CaCl 2 ⁇ 2H 2 O, 4 mM MgCl 2 ⁇ 7H 2 O
  • the predatory bacteria of the present invention can be used to efficiently control fish pathogenic bacteria belonging to the phylum Bacteroides and ensure a stable supply of fish through aquaculture.

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Abstract

バクテロイドータ（Bacteroidota）門の細菌、特にフラボバクテリウム属の魚類病原性細菌に起因する魚類病害を防除するための、新規の捕食性細菌を提供すること。　魚類又は魚類生息地に存在するバクテロイドータ門の魚類病原性細菌を防除する方法であって、前記魚類病原性細菌を捕食する捕食性細菌又はその変異体を前記魚類又は魚類生息地に施用することを特徴とする、方法；バクテロイドータ門の魚類病原性細菌を捕食する、捕食性細菌又はその変異体；及び当該捕食性細菌又はその変異体を含む組成物。

Description

バクテロイドータ門の魚類病原性細菌を防除する方法
　本発明は、魚類又は魚類生息地に存在するバクテロイドータ（Bacteroidota）門の魚類病原性細菌を防除する方法、及び当該魚類病原性細菌に起因する魚類感染症の発生を抑制する方法に関する。本発明はまた、バクテロイドータ門の魚類病原性細菌を捕食する捕食性細菌又はその変異体に関する。
　魚類の持続可能な安定供給には、養殖による安定生産が不可欠となっている。養殖池等は、養殖生物が高密度に生息し、しかも水交換が少ないため、養殖生物の排泄物と余剰餌によって水が富栄養化の傾向にある。このような所では、その環境に適応した微生物群が異常発生することにより、魚類病害が発生する。魚類病害は一旦発生すると大量死に繋がることから、病害を未然に防ぐことが重要となる。
　主な病害防除法として給餌を介した抗生物質投与が行われてきたが、生態系に及ぼす影響、薬剤耐性微生物の発生の懸念等から、国内外において使用量の削減が強く求められている。また、稚魚に対するワクチンの投与は、その効果を高めるために、有効なアジュバント等と組合せる必要がある。これらの背景から、水産分野では、抗生物質投与に代わる病害防除技術として、細菌捕食性細菌群（「Bdellovibrio及び類似の微生物」との意味であり、「ＢＡＬＯｓ」とも表記）に注目した研究開発が進められている。
　バクテロイドータ門のフラボバクテリウム（Flavobacterium）属は、シュードモナドータ（Pseudomonadota）（旧プロテオバクテリア（Proteobacteria））門のビブリオ（Vibrio）属、及びアエロモナス（Aeromonas）属と並んで、魚類の三大病原細菌属として知られている。各属の病原細菌が引き起こす病害としては、細菌性冷水病（Flavobacterium psychrophilum）、カラムナリス病 （Flavobacterium columnaris）、細菌性鰓病（Fravobacterium branchiophilum）、ビブリオ病（Vibrio anguillarum及びVibrio harveyi）、せっそう病（Aeromonas salmonicida）が挙げられる。サーモン、アユ、マス、ウナギ、コイ、キンギョなどの養殖淡水魚のほとんどは、特に、フラボバクテリウム属細菌による細菌性冷水病、カラムナリス病、及び細菌性鰓病の少なくとも１つに影響を受けている。
　これまでのＢＡＬＯｓ研究によって、シュードモナドータ門の魚類病原性細菌を捕食する細菌が多数報告されている（非特許文献１～４）。例えば、シュードモナドータ門のアエロモナス・ハイドロフィラ（Aeromonas hydrophila）を捕食するブデロビブリオ（Bdellovibrio）属細菌（非特許文献１）、ビブリオ・パラヘモリティクス（Vibrio parahaemolyticus）を捕食するバクテリオボラックス（Bacteriovorax）属細菌（非特許文献２）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Aeromonas hydrophila）、ビブリオ・ハーベイ（Vibrio harveyi）等を捕食するブデロビブリオ属細菌（非特許文献３）、アエロモナス・ベロニイ（Aeromonas veronii）捕食するブデロビブリオ属細菌（非特許文献４）が知られている。
　また、特許文献１には、ブデロビブリオ（Bdellovibrio）属細菌によって魚介類のビブリオ感染症を治療する方法も報告されている。
　しかしながら、バクテロイドータ門の魚類病原性細菌、特にフラボバクテリウム属細菌を捕食する細菌はこれまで報告がない。
特許第２５８３４７３号
Cao, H. et al. (2012), Veterinary microbiology, 154(3-4), 413-418 Kongrueng, J. et al. (2017), Diseases of Aquatic Organisms, 124(3), 223-232 Chu, W. H. and Zhu, W. (2010), Zoonoses and public health, 57(4), 258-264 Yang, H. et al. (2023), Aquaculture, 562, 738741
　したがって、抗生物質投与に代わる、バクテロイドータ門の細菌、特にフラボバクテリウム属の魚類病原性細菌に起因する魚類病害を防除するための、新規の捕食性細菌の探索が望まれていた。
　本発明者らは、前記課題を解決するために鋭意検討した結果、土壌からバクテロイドータ門の細菌を捕食する細菌を見出し、本発明を完成させた。具体的には、バクテリオボラカセアエ（Bacteriovoracaceae）科細菌ＨＦＬ－１株、同細菌ＨＦＬ－１０株、及び同細菌ＨＦＬ－１３株の３株を見出した。また、これらの菌株は同一の捕食範囲を示し、魚類又は魚類生息地に存在するバクテロイドータ門の魚類病原性細菌を効率的に防除することを見出し、本発明を完成させた。
　すなわち、本発明は以下のものを提供する。
　［１］魚類又は魚類生息地に存在するバクテロイドータ門の魚類病原性細菌を防除する方法であって、前記魚類病原性細菌を捕食する捕食性細菌又はその変異体を前記魚類又は魚類生息地に施用することを特徴とする、方法。
　［２］魚類又は魚類生息地に存在するバクテロイドータ門の魚類病原性細菌に起因する魚類感染症の発生を抑制する方法であって、前記魚類病原性細菌を捕食する捕食性細菌又はその変異体を前記魚類又は魚類生息地に施用することを特徴とする、方法。
　［３］前記捕食性細菌又はその変異体が、バクテリオボラカセアエ（Bacteriovoracaceae）科細菌に属する菌株又はその変異株である、［１］又は［２］に記載の方法。
　［４］前記捕食性細菌又はその変異体が含む１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、
　（ｉ）配列番号６で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、９４．８％超の配列同一性を有するか、
　（ｉｉ）配列番号７で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、９４．７％超の配列同一性を有するか、又は
　（ｉｉｉ）配列番号８で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、９６．１％超の配列同一性を有する、［１］～［３］のいずれか１に記載の方法。
　［５］前記捕食性細菌又はその変異体が、バクテリオボラカセアエ科細菌ＨＦＬ－１株（寄託番号ＮＩＴＥ ＡＢＰ－０３９０６）、バクテリオボラカセアエ科細菌ＨＦＬ－１０株（寄託番号ＮＩＴＥ ＡＢＰ－０３９０７）、バクテリオボラカセアエ科細菌ＨＦＬ－１３株（寄託番号ＮＩＴＥ ＡＢＰ－０３９０８）、又はそれらの変異株である、［１］～［４］のいずれか１に記載の方法。
　［６］前記捕食性細菌又はその変異体が、配列番号１５で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子のコンセンサス塩基配列に対して、９７．９％超の配列同一性を有する１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子を含む、［１］～［５］のいずれか１に記載の方法。
　［７］前記魚類病原性細菌が、フラボバクテリア（Flavobacteriia）綱に属する、［１］～［６］のいずれか１に記載の方法。
　［８］前記魚類病原性細菌が、フラボバクテリアセアエ（Flavobacteriaceae）科又はウィークセラセアエ（Weeksellaceae）科に属する、［１］～［７］のいずれか１に記載の方法。
　［９］前記魚類病原性細菌が、フラボバクテリウム（Flavobacterium）属細菌、テナシバキュラム（Tenacibaculum）属細菌、エリザベスキンギア（Elizabethkingia）属細菌、及びクリセオバクテリウム（Chryseobacterium）属細菌からなる群から選択される、［１］～［８］のいずれか１に記載の方法。
　［１０］前記フラボバクテリウム（Flavobacterium）属細菌が、フラボバクテリウム・サイクロフィラム（Flavobacterium psychrophilum）、フラボバクテリウム・カラムナレ（Flavobacterium columnare）、又はフラボバクテリウム・ブランキオフィラム（Flavobacterium branchiophilum）である、［９］に記載の方法。
　［１１］前記魚類感染症が、フラボバクテリウム・サイクロフィラム（Flavobacterium psychrophilum）に起因する細菌性冷水病、フラボバクテリウム・カラムナレ（Flavobacterium columnare）に起因するカラムナリス病、又はフラボバクテリウム・ブランキオフィラム（Flavobacterium branchiophilum）に起因する細菌性鰓病である、［２］及び［２］を引用する［３］～［１０］のいずれか１に記載の方法。
　［１２］前記施用を０～３８℃の温度で行う、［１］～［１１］のいずれか１に記載の方法。
　［１３］バクテロイドータ（Bacteroidota）門の魚類病原性細菌を捕食する、捕食性細菌又はその変異体。
　［１４］前記捕食性細菌又はその変異体が、バクテリオボラカセアエ（Bacteriovoracaceae）科細菌に属する菌株又はその変異株である、［１３］に記載の捕食性細菌又はその変異体。
　［１５］前記捕食性細菌又はその変異体が、配列番号１５で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子のコンセンサス塩基配列に対して、９７．９％超の配列同一性を有する１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子を含む、［１３］又は［１４］に記載の捕食性細菌又はその変異体。
　［１６］前記捕食性細菌又はその変異体が含む１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、
　（ｉ）配列番号６で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、９４．８％超の配列同一性を有するか、
　（ｉｉ）配列番号７で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、９４．７％超の配列同一性を有するか、又は
　（ｉｉｉ）配列番号８で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、９６．１％超の配列同一性を有する、［１３］～［１５］のいずれか１に記載の捕食性細菌又はその変異体。
　［１７］前記捕食性細菌又はその変異体が、バクテリオボラカセアエ科細菌ＨＦL－１株（寄託番号ＮＩＴＥ ＡＢＰ－０３９０６）、バクテリオボラカセアエ科細菌ＨＦＬ－１０株（寄託番号ＮＩＴＥ ＡＢＰ－０３９０７）、バクテリオボラカセアエ科細菌ＨＦＬ－１３株（寄託番号ＮＩＴＥ ＡＢＰ－０３９０８）、又はそれらの変異株である、［１３］～［１６］のいずれか１に記載の捕食性細菌又はその変異体。
　［１８］前記魚類病原性細菌が、フラボバクテリア（Flavobacteriia）綱に属する、［１３］～［１７］のいずれか１に記載の捕食性細菌又はその変異体。
　［１９］前記魚類病原性細菌が、フラボバクテリアセアエ（Flavobacteriaceae）科又はウィークセラセアエ（Weeksellaceae）科に属する、［１３］～［１８］のいずれか１に記載の捕食性細菌又はその変異体。
　［２０］前記魚類病原性細菌が、フラボバクテリウム（Flavobacterium）属細菌、テナシバキュラム（Tenacibaculum）属細菌、エリザベスキンギア（Elizabethkingia）属細菌、及びクリセオバクテリウム（Chryseobacterium）属細菌からなる群から選択される、［１３］～［１９］のいずれか１に記載の捕食性細菌又はその変異体。
　［２１］前記フラボバクテリウム（Flavobacterium）属細菌が、フラボバクテリウム・サイクロフィラム（Flavobacterium psychrophilum）、フラボバクテリウム・カラムナレ（Flavobacterium columnare）、又はフラボバクテリウム・ブランキオフィラム（Flavobacterium branchiophilum）である、［２０］に記載の捕食性細菌又はその変異体。
　［２２］［１３］～［２１］のいずれか１に記載の捕食性細菌又はその変異体を含む、バクテロイドータ（Bacteroidota）門の魚類病原性細菌を防除するための、又は前記魚類病原性細菌に起因する魚類感染症の発生を抑制するための組成物。
　本発明によれば、バクテリオボラカセアエ科細菌に属する菌株又はその変異株は、魚類又は魚類生息地に存在するバクテロイドータ門の魚類病原性細菌を効率的に防除することができる。
図１は、２８℃（Ａ）、１８℃（Ｂ）及び１０℃（Ｃ）における、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株の、フラボバクテリウム・サイクロフィラムＮＢＲＣ１００２５０（細菌性冷水病細菌）に対する経時での捕食活性を示す図である。コントロールは、捕食性細菌が未接種のＨＥＰＥＳバッファを示す。 図２は、２８℃（Ａ）、１８℃（Ｂ）及び１０℃（Ｃ）における、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株の、フラボバクテリウム・カラムナレＮＢＲＣ１００２５１（カラムナリス病細菌）に対する経時での捕食活性を示す図である。コントロールは、捕食性細菌が未接種のＨＥＰＥＳバッファを示す。 図３は、２８℃（Ａ）、１８℃（Ｂ）及び１０℃（Ｃ）における、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株の、フラボバクテリウム・ブランキオフィラムＮＢＲＣ１５０３０（細菌性鰓病細菌）に対する経時での捕食活性を示す図である。コントロールは、捕食性細菌が未接種のＨＥＰＥＳバッファを示す。
　以下、具体的な実施態様に即して本発明を詳細に説明する。但し、本発明は決して以下の実施態様に束縛されるものではなく、適宜変更を加えて実施することが可能である。
　本発明の第１の実施形態は、魚類又は魚類生息地に存在するバクテロイドータ門の魚類病原性細菌を防除する方法であって、前記魚類病原性細菌を捕食する捕食性細菌又はその変異体を前記魚類又は魚類生息地に施用することを特徴とする、方法である。本発明において「魚類に存在する」とは、魚類体表、又は餌などを介して魚類体内に存在することを意味する。
　本発明において「捕食性細菌」とは、「偏性捕食性細菌」であって、宿主となるバクテロイドータ門の細菌に衝突すると、その細胞内に侵入し、同時に宿主細胞を死に至らせる細菌を意味する。侵入した捕食性細菌は、宿主細胞内で十分に成長し、自己増殖した後、宿主細胞を破壊して細胞外に放出される。本発明の「捕食性細菌」は、バクテロイドータ門の細菌を捕食できるものであればよく、さらには、バクテリオボラカセアエ科細菌に属し、かつバクテロイドータ門の細菌を捕食できるものであればよい。なお、本発明の捕食性細菌は、例えば、後記実施例２に記載の、シュードモナドータ（Pseudomonadota）門、アクチノマイセトータ（Actinomycetota）（旧アクチノバクテリオータ（Actinobacteriota））門、バチロータ（Bacillota）（旧ファーミキューテス（Firmicutes））門などの細菌を捕食しない。「通性捕食性細菌」と呼ばれる細菌も捕食性細菌と呼ばれることがあるが、通性捕食性細菌は、栄養従属性を有し、溶菌酵素等を作用させて他の微生物を溶かしてからその分解物を吸収するものであり、本発明の捕食性細菌とは明確に区別される。
　具体的には、本発明における捕食性細菌として、土壌から、フラボバクテリウム・エスピー（Flavobacterium sp.）ＧＳＢ－２４株を捕食する、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株の３株が単離された。
　本明細書において「土壌」とは、一般に、天然に存在する全体としては固体状の、鉱物、岩石、砂等の無機物；生物の産生物、排泄物、死体、腐食物質等の有機物；石油、石油前段階物質、石油抗泉水、鉱泉水・温泉水、河川水、湖沼水、海水等の天然液体；生物（生体）などの混合物を言う。
　以下、本発明における捕食性細菌を、適宜、「本発明の細菌」と表記し、特定の菌株を指す場合には「本発明の菌株」と表記する。また、本発明の「細菌」の語は、「細菌又はその変異体」の意味で用いる場合があり、本発明の「菌株」の語は、「菌株又はその変異株」の意味で用いる場合がある。
　本発明の菌株の単離は、常法（例えば、Jurkevitch, E. (2012). Current protocols in microbiology, 26(1), 7B-1参照）により実施することができる。具体的には、土壌を洗浄液に懸濁し、遠心し、上清を取得する。この上清を更に遠心分離し、固体を取得し、固体の懸濁液を用いて二重平板法によりプラーク（溶菌斑）を検出する。
　本発明の菌株の系統学的性質について、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列の同一性解析（EZBioCloud Microbiome Taxonomic Profiling, CJ Bioscience）を行ったところ、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株及びＨＦＬ－１３株に近縁の分類上の基準株は、バクテリオボラカセアエ科に属するペレジバクター・スタリＡ３．１２株（アクセッション番号ＡＦ０８４８５２）であり、当該Ａ３．１２株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列（配列番号５）は、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列（それぞれ、配列番号６、７、８）に対してそれぞれ９３．６％、９３．４％、９５．７％の塩基配列同一性を有することが判明した。したがって、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株は、いずれも、バクテリオボラカセアエ科に属する新規な菌株であると同定された。
　また、ＢＬＡＳＴ（Basic Local Alignment Search Tool）プログラムを用いた１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列の同一性解析を行ったところ、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株及びＨＦＬ－１３株に近縁の既知細菌種は、アンカルチャード・バクテリウム（uncultured bacterium）ＳＳｍＣＢ０８－７０（アクセッション番号ＡＢ１７６２３１）であり、当該ＳＳｍＣＢ０８－７０の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列（配列番号９）は、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列（それぞれ、配列番号６、７、８で表される）に対して少なくとも９４．７％の塩基配列同一性を有することが判明した。具体的には、当該ＳＳｍＣＢ０８－７０の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列は、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、それぞれ、９４．８％、９４．７％、９６．１％の塩基配列同一性を有する。
　なお、本発明において「配列同一性」とは、比較対象の少なくとも２つの配列を適切に整列化させ、それぞれの配列に存在する同一の塩基を決定して、適合部位の数を決定し、次いで、比較対象の配列領域内の塩基の総数で、上記適合部位の数を割り、得られた数値に１００を掛けることにより算出され得る値を言う。かかる配列同一性は、具体的には、例えば、系統解析ソフトウェア（EZBioCloud Microbiome Taxonomic Profiling）、又はＢＬＡＳＴ（Basic Local Alignment Search Tool）プログラム（Altschul et al., J. Mol. Biol., (1990), 215(3):403-10）等により算出され得る。
　本発明者らは、上記３株を独立行政法人製品評価技術基盤機構　バイオテクノロジーセンター　特許微生物寄託センター（千葉県木更津市かずさ鎌足２－５－８　１２２号室）に寄託申請し、上記３株は令和５年６月１３日付で下記の受託番号で受託され（通知年月日：令和５年７月２７日）、現在当該機関において保存されている。
　（１）ＨＦＬ－１株（受託番号ＮＩＴＥ Ｐ－０３９０６）
　（２）ＨＦＬ－１０株（受託番号ＮＩＴＥ Ｐ－０３９０７）
　（３）ＨＦＬ－１３株（受託番号ＮＩＴＥ Ｐ－０３９０８）
　その後、上記３株は、上記の特許微生物寄託センターに、原寄託申請書を提出して、国内寄託（原寄託日：２０２３年６月１３日）から、ブダペスト条約に基づく寄託への移管申請を行い、生存が証明され、ブダペスト条約に基づく寄託（国際寄託）への移管申請が以下の受領番号で受領された（受領日：２０２４年８月２３日）。
　（１）ＨＦＬ－１株（受領番号ＮＩＴＥ ＡＢＰ－０３９０６）
　（２）ＨＦＬ－１０株（受領番号ＮＩＴＥ ＡＢＰ－０３９０７）
　（３）ＨＦＬ－１３株（受領番号ＮＩＴＥ ＡＢＰ－０３９０８）
　本発明の菌株は、生菌体であればよく、当該生菌体を含む培養液も好ましく使用できる。生菌体は施用された魚類体表、魚類体内又は魚類生息地で生存して活動できる形態のものであればよい。
　本発明のＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株又はＨＦＬ－１３株の「変異体」とは、バクテロイドータ門の魚類病原性細菌を捕食する効果を有する限り、（ａ）本発明の菌株から誘導された如何なる変異体でもよい。このような変異体としては、菌株の培養及び植え継ぎを含む自然状態で発生する自然突然変異により発生する菌株；放射線、紫外線、Ｘ線及び化学物質などを作用させることで人工的に引き起こす人為突然変異により作出される菌株；遺伝子組み換えにより作出される菌株；ゲノム編集により作出される菌株などが挙げられる。また、本発明の菌株の「変異体」には、（ｂ）本発明の菌株から誘導されない変異体であって、本発明の菌株に対して類縁性が高くかつ捕食活性を有する任意の菌株も含まれる。
　本発明の変異体は、好ましくは、その１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号６、７、８で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、それぞれ、９４．８％超、９４．７％超、９６．１％超の配列同一性を有する。具体的には、本発明の変異体は、その１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、（ｉ）配列番号６で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、９４．８％超の配列同一性を有するか、（ｉｉ）配列番号７で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、９４．７％超の配列同一性を有するか、又は、（ｉｉｉ）配列番号８で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、９６．１％超の配列同一性を有する。
　本発明の変異体は、より好ましくは、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、ＨＦＬ－１３株の各１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子のコンセンサス塩基配列（配列番号１５）に対して、９７．９％超の配列同一性を有する。本明細書において「コンセンサス塩基配列」とは、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、ＨＦＬ－１３株の各１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列中の各位置において見いだされる最も高頻度のヌクレオチド残基を表す、算出された配列を言う。典型的には、コンセンサス塩基配列は配列アラインメントによって決定され、類似の配列が互いに比較されて類似の配列モチーフが算出される。詳細については後記実施例３を参照されたい。
　本発明のＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株及びＨＦＬ－１３株の各変異体は、その全ゲノムの遺伝子の塩基配列が、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株又はＨＦＬ－１３株（野生型）の全ゲノムの遺伝子の塩基配列に対して、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも７５％、より好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、より好ましくは少なくとも９５％、より好ましくは少なくとも９６．２％、より好ましくは少なくとも９７％、より好ましくは少なくとも９８％、より好ましくは少なくとも９９％、より好ましくは少なくとも９９．１％、より好ましくは少なくとも９９．２％、より好ましくは少なくとも９９．３％、より好ましくは少なくとも９９．４％、より好ましくは少なくとも９９．５％、より好ましくは少なくとも９９．６％、より好ましくは少なくとも９９．７％、より好ましくは少なくとも９９．９％、より好ましくは少なくとも９９．９１％、より好ましくは少なくとも９９．９２％、より好ましくは少なくとも９９．９３％、より好ましくは少なくとも９９．９４％、少なくとも９９．９５％、より好ましくは少なくとも９９．９６％、より好ましくは少なくとも９９．９７％、より好ましくは少なくとも９９．９８％、さらに好ましくは少なくとも９９．９９％の配列同一性を有する。
　本発明における「魚類」には、例えば、海水魚、淡水魚に加えて、甲殻類、貝類、棘皮動物、軟体動物、両生類などが含まれる。具体的には、海水魚であるサケ、マス、ブリ、ハマチ、マダイ、カンパチ、フグ、ヒラメ、クロマグロ、シマアジ、マアジ、ヒラマサ、イシダイ、カワハギ、メバル、カサゴ、クロダイ、クロソイ、スズキ、チダイ、イサキ、オオニベ、メジナ、マサバ、マハタ、クエ、ギンザケなど、淡水魚であるコイ、ニジマス、ウナギ、アユ、ウグイ、キンギョ、メダカなど、甲殻類であるバナメイエビ、ボタンエビ、クルマエビ、サクラエビ、シロエビ、アマエビ、ナンバンエビ、アカエビ、ブドウエビ、クロザコエビ、ホッカイエビ、イセエビ、ウチワエビ、セミエビ、ゾウリエビ、モクズガニ、ズワイガニ、ベニズワイガニ、タカアシガニ、タラバガニ、ガザミ、ケガニ、ハナサキガニ、ワタリガニなど、貝類であるメガイアワビ、クロアワビ、ホタテ貝、ハマグリ、アサリ、アカガイ、サザエ、マガキ、イワガキ、イタボガキ、スミノエガキ、オニガキ、ポルトガルガキ、ヨーロッパヒラガキ、シカメガキ、アコヤ貝、ピース貝、トリ貝、イシカゲ貝、ヒオウギ貝、タイラギなど、棘皮動物であるムラサキウニ、バフンウニ、アカウニ、エゾバフンウニ、チリウニ、マナマコなど、軟体動物であるコウイカ、ツツイカ、スルメイカ、マツイカ、ヤリイカ、カアイカ、アオリイカ、マダコ、ミズダコ、イイダコ、ヤナギダコ、テナガダコなど、両生類であるヨーロッパトノサマカエル、ウシガエル、ナンベイウシガエル、トラフガエル、ヌマガエル、インドクサクイガエル、ナミエガエル、クロマダラガエルなどが挙げられる。
　本発明において「魚類生息地」とは、養殖を目的とした、水槽、水域、海域などの養殖場が例示される。
　バクテロイドータ門の魚類病原性細菌としては、例えば、フラボバクテリア綱フラボバクテリアセアエ科に属するフラボバクテリウム属細菌、テナシバキュラム属細菌、クリセオバクテリウム属細菌、又はフラボバクテリア綱ウィークセラセアエ科に属するエリザベスキンギア属細菌などが挙げられる。
　フラボバクテリウム属細菌としては、例えば、フラボバクテリウム・サイクロフィラム、フラボバクテリウム・カラムナレ、フラボバクテリウム・ブランキオフィラムが挙げられる。
　テナシバキュラム属細菌としては、例えば、テナシバキュラム・マリチマム（Tenacibaculum maritimum）が挙げられる（Sci Rep. 2021 May 4;11(1):9453. doi: 10.1038/s41598-021-88672-z）。
　クリセオバクテリウム属細菌としては、例えば、クリセオバクテリウム・バルスティナム（Chryseobacterium balustinum）、クリセオバクテリウム・スコフタルマム（Chryseobacterium scophtalmum）、クリセオバクテリウム・ジョオステイ（Chryseobacterium joostei）、クリセオバクテリウム・ピスシコラ（Chryseobacterium piscicola）、クリセオバクテリウム・チャポネンセ（Chryseobacterium chaponense）、クリセオバクテリウム・アクアティカム（Chryseobacterium aquaticum）、クリセオバクテリウム・ダエケオンゲンセ（Chryseobacterium daecheongense）、クリセオバクテリウム・インドロゲネス（Chryseobacterium indologenes）、クリセオバクテリウム・ビスセラム（Chryseobacterium viscerum）、クリセオバクテリウム・グレウム（Chryseobacterium gleum）、クリセオバクテリウム・オンコリンチ（Chryseobacterium oncorhynchi）、クリセオバクテリウム・アアフリ（Chryseobacterium aahli）、クリセオバクテリウム・シルリ（Chryseobacterium siluri）などが挙げられる（BMC Veterinary Research 8, Article number: 77 (2012)）。
　エリザベスキンギア属細菌としては、例えば、エリザベスキンギア・ミリコラ（Elizabethkingia miricola）が挙げられる（Front. Cell. Infect. Microbiol., 14 March 2023；Fish & Shellfish Immunology Volume 130, November 2022, Pages 93-102）。
　本発明における「魚類感染症」としては、バクテロイドータ門の魚類病原性細菌に起因して発生する感染症であれば特に限定されない。例えば、フラボバクテリウム・サイクロフィラムに起因するサケ科魚類、及びアユなどに発生する細菌性冷水病；フラボバクテリウム・カラムナレに起因する、コイ、フナ、ウナギ、キンギョに発生するカラムナリス病；フラボバクテリウム・ブランキオフィルムに起因するサケ科魚類に発生する細菌性鰓病；テナシバキュラム・マリチマムに起因する魚類皮膚病などが挙げられる。
　本発明における「施用」の態様には、魚類に直接施用する場合と魚類生息地に施用する場合がある。
　魚類に施用する方法としては、例えば、魚類の体表への散布、魚類の体内への注入などが挙げられる。魚類の体内に注入する方法としては、飼料に混合しての給餌、魚類への経口投与などである。魚類生息地に施用する方法としては、養殖場となる水槽、水域、海域等への散布や、養殖場の水面下に設置される設備への付設が挙げられる。
　施用温度とは魚類への施用（魚類の体内への注入を除く）時の水温を指し、特に限定されない。例えば約０℃～約３８℃の範囲が好ましく、約８℃～約３０℃の範囲がより好ましく、約１０℃～約２８℃の範囲が特に好ましい。至適水温は約２８℃である。本発明の菌株の中には、８℃程度の低温でも十分に捕食活性を示すものもある。なお、魚類の体内への注入温度も例えば約０℃～約３８℃の範囲でよい。
　本発明の捕食性細菌の使用形態としては、生菌の状態で使用できればよく、例えば菌体自体；当該菌体を含む培養液；当該菌体を含む懸濁液；これらの濃縮物、ペースト状物、凍結物、凍結乾燥物又は希釈物、などが挙げられる。
　本発明の捕食性細菌の施用濃度は、適用する魚類の種類、魚類の数、魚類の大きさ、養殖槽のサイズ、施用時間、排水の量などによって異なる。例えば、魚類に施用する場合には、菌体濃度に換算して、１×１０２～１×１０１２pｆｕ／ｍＬ（プラーク形成単位）、好ましくは１×１０４～１×１０１２pｆｕ／ｍＬ、好ましくは１×１０６～１×１０１２pｆｕ／ｍＬの範囲内とすることができる。
　本発明の組成物の施用量は、適用する魚類の種類、魚類の数、魚類の大きさ、養殖槽のサイズ、施用時間、排水の量などによって異なる。本発明の組成物を給餌によって魚類に施用する場合には、餌の総重量の約０．０１～０．１％程度であり、それを一定期間、例えば１週間間隔、より好ましくは３～５日間隔、より好ましくは１～２日間隔で施用する。
　本発明において「防除する」とは、本発明の捕食性細菌又はその変異体を施用した場合の魚類病原性細菌の濃度が、本発明の捕食性細菌又はその変異体を施用しない場合の魚類病原性細菌の濃度よりも低いことを言う。具体的には、本発明の捕食性細菌又はその変異体による処理後の魚類病原性細菌の濃度が、非処理（コントロール）の魚類病原性細菌の濃度の約５０％未満、好ましくは約４０％未満、好ましくは約３０％未満、好ましくは約２０％未満、特に好ましくは１０％未満である場合に、本発明の捕食性細菌又はその変異体は、バクテロイドータ門の魚類病原性細菌に対して防除効果を有すると言う。当該処理後の魚類病原性細菌の濃度の測定は、当該分野で周知の方法により行うことができる。例えば、コロニーカウント法、分光高度計を用いた吸光度法、濁度法が例示できる。
　本発明の第２の実施形態は、魚類又は魚類生息地に存在するバクテロイドータ門の魚類病原性細菌に起因する魚類感染症の発生を抑制する方法であって、前記魚類病原性細菌を捕食する捕食性細菌又はその変異体を前記魚類又は魚類生息地に施用することを特徴とする、方法である。
　本発明において、魚類感染症の発生を「抑制する」とは、本発明の捕食性細菌又はその変異体が魚類感染症の原因となる細菌に対して捕食作用を発揮することにより、その細菌により引き起こされる魚類感染症を予防又は治癒することを意味する。具体的には、本発明の捕食性細菌又はその変異体を施用した、魚類病原性細菌を含む生育環境で養殖した魚類の魚類感染症の発生率が、本発明の捕食性細菌又はその変異体を使用しないこと以外は同じ条件下で養殖した魚類の魚類感染症の発生率よりも低いことを言う。具体的には、本発明の捕食性細菌又はその変異体を施用した、魚類病原性細菌を含む生育環境で養殖した魚類の魚類感染症の発生率が、本発明の捕食性細菌又はその変異体を使用しないこと以外は同じ条件下で養殖した魚類の魚類感染症の発生率の約５０％未満、好ましくは約５０％未満、好ましくは約４０％未満、好ましくは約３０％未満、好ましくは約２０％未満、特に好ましくは１０％未満である場合に、本発明の捕食性細菌又はその変異体は、バクテロイドータ門の魚類病原性細菌に起因する魚類感染症の発生を抑制する効果を有すると言う。魚類感染症の発生の抑制度の測定は、当該分野で周知の方法により行うことができる。例えば、コロニーカウント法、分光高度計を用いた吸光度法、濁度法が例示できる。
　下記実施例２に示すように、本発明の菌株又はその変異体はバクテロイドータ門の魚類病原性細菌を捕食する効果を有することから、例えば、本発明の菌株又はその変異体を前記の施用条件で魚類又は魚類生息地に施用すれば、当該病原性細菌に起因して発生する魚類感染症を効果的に抑制することが期待できる（非特許文献４）。
　捕食性細菌又はその変異体、魚類又は魚類生息地、バクテロイドータ門の魚類病原性細菌、及び魚類感染症については、第１の実施形態で説明したとおりである。
　本発明の第３の実施形態は、本発明の捕食性細菌又はその変異体を含む、バクテロイドータ門の魚類病原性細菌を防除するための、又は前記魚類病原性細菌に起因する魚類感染症の発生を抑制するための組成物である。
　捕食性細菌又はその変異体、バクテロイドータ門の魚類病原性細菌、及び魚類感染症、並びに「防除」及び「抑制」については、第１、第２の実施形態で説明したとおりである。
　本発明の組成物は、前記の捕食性細菌の菌体を含む培養液、当該菌体を含む懸濁液、これらの濃縮物などに、必要により固体担体、液体担体などの担体を添加して、粉剤、粒剤、水和剤、錠剤等の固形製剤；乳剤、フロアブル剤、油剤等の液体製剤；凍結乾燥により作製した乾燥製剤、の形態として製造することができる。
　本発明の組成物に含まれる本発明の捕食性細菌の濃度は、病害の種類、適用魚類の種類、組成物の剤形などによって異なるが、例えば、液体製剤の場合には、液体製剤中の捕食性細菌の濃度は、通常、１×１０２～１×１０１１pｆｕ／ｍＬ（プラーク形成単位）の範囲内である。
　前記組成物には、必要により、本発明の捕食性細菌の魚類病原性細菌防除効果を喪失させない範囲において、通常農薬に使用される担体や副資材、例えば、界面活性剤、液性調整剤（ｐＨ調整剤など）、拡展剤、展着剤、湿潤剤、安定化剤、ドリフト防止剤などを添加してもよい。
　本発明の組成物に担体や副資材などを添加する場合には、用いられる担体や副資材などの濃度は合計で、本発明の組成物の全重量に対して、通常、約１～９９．９重量％、好ましくは約１０～９９重量％である。
　本発明の組成物は、魚類病原性細菌に由来するワクチン（例えば、ＷＯ２００９／０８０７６７、ＷＯ２００９／０５６６２９）と併用することもできる。
　以下、実施例を示し、本発明をさらに詳細に説明する。ただし、本発明は以下の実施例に限定されるものではなく、適宜変更を加えて実施することが可能である。
実施例１　細菌捕食性細菌の単離・培養
　２．５ｇの土壌（兵庫県）を２２．５ｍｌの洗浄液（６ｍＭ　ＣａＣｌ２・２Ｈ２Ｏ、４ｍＭ　ＭｇＣｌ２・７Ｈ２Ｏ）に加え、５分間室温で激しく振盪した。５００×ｇ、４℃で５分間遠心し、その上清を得、更に約３０，０００×ｇ、４℃で２０分間遠心し、ペレットを得た。当該ペレットを上記洗浄液に懸濁し、更に約３０，０００×ｇ、４℃で２０分間遠心し、ペレットを得た。当該ペレットを上記洗浄液に懸濁し、１．０μｍ孔径のフィルターで２回濾過した。当該濾液を使って二重平板法によってプラーク（溶菌斑）を検出した。
　二重平板法では、濾液０．１ｍＬ、フラボバクテリウム・エスピーＧＳＢ－２４株懸濁液０．２５ｍＬと、軟寒天培地（２５ｍＭ　ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、６ｍＭ　ＣａＣｌ２・２Ｈ２Ｏ、４ｍＭ　ＭｇＣｌ２・７Ｈ２Ｏ、１００倍希釈したトリプティックソイブロス（Tryptic soy broth）、０．６％寒天濃度）３ｍＬとを混合し、これを平板培地（２５ｍＭ　ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、６ｍＭ　ＣａＣｌ２・２Ｈ２Ｏ、４ｍＭ　ＭｇＣｌ２・７Ｈ２Ｏ、１００倍希釈したトリプティックソイブロス、１．５％寒天濃度）に重層した。２８℃で約３日間培養し、プラークの有無を観察した。プラークを周囲の餌細菌と共にくり抜き、緩衝液（２５ｍＭ　ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、４ｍＭ　ＭｇＣｌ２・７Ｈ２Ｏ）に懸濁した。これを段階希釈して、二重平板法によって再度プラークを形成させることを繰り返し、捕食性細菌の単離を行った。
実施例２　単離した捕食性細菌の同定と、捕食性細菌と近縁の既知微生物との関係
　単離した捕食性細菌（ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株）を以下の手順で同定した。まず、各菌株のゲノムＤＮＡ抽出をＩｎｓｔａＧｅｎｅＤＮＡ精製マトリックス（BIO-RAD）により行なった。各菌株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子は、以下の特異的増幅用プライマーを用いて１３７８ｂｐ～１４２２ｂｐを解読した。
　フォワードプライマー：27f（AGAGTTTGATCMTGGCTCAG）（配列番号１）
　フォワードプライマー：515f（GTGCCAGCMGCCGCGGTAA）（配列番号２）
　リバースプライマー：806r（GGACTACHVGGGTWTCTAAT）（配列番号３）
　リバースプライマー：1492r（TACGGHTACCTTGTTACGACTT）（配列番号４）
　１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子のシークエンスによる系統解析（EZBioCloud Microbiome Taxonomic Profiling, CJ Bioscience）で解析し、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株に近縁の分類上の基準株を調査したところ、ＨＦＬ－１株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列（配列番号６）はバクテリオボラカセアエ（Bacteriovoracaceae）科に属するペレジバクター・スタリＡ３．１２（アクセッション番号ＡＦ０８４８５２（https://www.ezbiocloud.net））の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列（配列番号５）と９３．６％の配列同一性、ＨＦＬ－１０株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列（配列番号７）はペレジバクター・スタリＡ３．１２の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列と９３．４％の配列同一性、ＨＦＬ－１３株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列（配列番号８）はペレジバクター・スタリＡ３．１２の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列と９５．７％の配列同一性を有した（表１）。したがって、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株は、バクテリオボラカセアエ科に属する新規な菌株であると同定された。
　また、バクテリオボラカセアエ科に属するＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株及びＨＦＬ－１３株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列（それぞれ、配列番号６、配列番号７及び配列番号８）を問い合わせ配列とし、ＢＬＡＳＴ（Basic Local Alignment Search Tool）プログラムを用いてデータベース上の全塩基配列に対し同一性解析を行った。得られた結果をＱｕｅｒｙ　ｃｏｖｅｒ（結果配列が問い合わせ配列をカバーする割合（％））によって数値の高い順にソートを行い、結果配列が問い合わせ配列より長い、すなわち、Ｑｕｅｒｙ　ｃｏｖｅｒが１００％の結果配列のうち、Ｉｄｅｎｔｉｔｙ（同一性）の数値の高い順に５菌株の結果を取得したところ、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株及びＨＦＬ－１３株に近縁の既知細菌種は、アンカルチャード・バクテリウム（uncultured bacterium）ＳＳｍＣＢ０８－７０（１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子はアクセッション番号ＡＢ１７６２３１として登録済）であり、当該ＳＳｍＣＢ０８－７０の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列（配列番号９）は、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株及びＨＦＬ－１３株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対してそれぞれ９４．８％、９４．７％、９６．１％の配列同一性を有することが判明した（表２、表３及び表４）。
　ＨＦＬ－１株に２番目、３番目、４番目、及び５番目に近縁の既知微生物は、それぞれ、アンカルチャード・デルタ・プロテオバクテリウム（uncultured delta proteobacterium）ｃｌｏｎｅ２３６（１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子はアクセッション番号ＥＦ１８８４２９として登録済；その１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列を配列番号１０で示す）、アンカルチャード・バクテリウムＳＳｍＣＢ０８－８（１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子はアクセッション番号ＡＢ１７６１７５として登録済；その１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列を配列番号１１で示す）、ペレジバクター・スタリＡ３．１２（１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子はアクセッション番号ＣＰ１３９４８７として登録済；その１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列を配列番号１２で示す）、及びアンカルチャード・バクテリウムＳＳｍＣＢ０８－６２（１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子はアクセッション番号ＡＢ１７６２２３として登録済；その１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列を配列番号１３で示す）であり、ＨＦＬ－１株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対する配列同一性は、それぞれ９４．４％、９４．１％、９３.６％、及び９３.５％であった（表２）。
　ＨＦＬ－１０株に２番目、３番目、４番目、及び５番目に近縁の既知微生物は、アンカルチャード・バクテリウムｃｌｏｎｅＥ１８（１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子はアクセッション番号ＨＧ９１７７２３として登録済；その１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列を配列番号１４で示す）、アンカルチャード・デルタ・プロテオバクテリウムｃｌｏｎｅ２３６（１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子はアクセッション番号ＥＦ１８８４２９として登録済；その１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列を配列番号１０で示す）、アンカルチャード・バクテリウムＳＳｍＣＢ０８－８（１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子はアクセッション番号ＡＢ１７６１７５として登録済；その１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列を配列番号１１で示す）、及びペレジバクター・スタリＡ３．１２（１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子はアクセッション番号ＣＰ１３９４８７として登録済；その１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列を配列番号１２で示す）であり、ＨＦＬ－１０株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対する塩基配列同一性は、それぞれ９４．５％、９４．３％、９４.０％、及び９３.４％であった（表３）。
　ＨＦＬ－１３株に２番目、３番目、４番目、及び５番目に近縁の既知微生物は、ペレジバクター・スタリＡ３．１２（１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子はアクセッション番号ＣＰ１３９４８７として登録済；その１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列を配列番号１２で示す）、アンカルチャード・デルタ・プロテオバクテリウムｃｌｏｎｅ２３６（１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子はアクセッション番号ＥＦ１８８４２９として登録済；その１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列を配列番号１０で示す）、アンカルチャード・バクテリウムＳＳｍＣＢ０８－８（１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子はアクセッション番号ＡＢ１７６１７５として登録済；その１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列を配列番号１１で示す）、及びアンカルチャード・バクテリウムＳＳｍＣＢ０８－６２（１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子はアクセッション番号ＡＢ１７６２２３として登録済；その１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列を配列番号１３で示す）であり、ＨＦＬ－１３株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対する塩基配列同一性は、それぞれ９５．９％、９５．５％、９５.２％、及び９４.７％であった（表４）。
　なお、前記「アンカルチャード」とは、「培養した細菌に由来するものではない」との意味であり、細菌としては分離されておらず、メタゲノム解析等によって塩基配列が知られているに過ぎない。
　配列番号５（ペレジバクター・スタリＡ３．１２（アクセッション番号ＡＦ０８４８５２）の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列）：
AACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGTGAAAAGGGGCAACCCTTAGTAAAGTGGCGCACGGGTGAGTAACACGTAGGTAATCTGCCTTTCAGTGGGGAATAACTTAGGGAAACCTGAGCTAATGCCGCATACGTTAGTAATAAGAAAGTGGGCGCCGCAAGGGCTCATGCTGAAAGAAGGGCCTGCGGCCTATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGGCAACGATAGGTATCCGGTCTGAGAGGATGATCGGACACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATATTGCGCAATGGGGGAAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGAGTGAGGAAGGTCTTCGGATTGTAAAACTCTTTTTTTAGGGAAAAATGATTACAGAGCTAATACCCTGTAAAGTGATGGTACCTAAAGAATAAGCACCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGTGCAAGCGTTGTTCGGAATCATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGATCAGCAAGTCAGATGTGAAATCTCGAAGCTCAACTTCGAAACTGCGTCTGAAACTGCTAGTCTAGAATGTCGGAGGGGGCAGGGGAATTTCACGTGTAGGGGTAAAATCCGTAGAGATGTGAAGGAACACCGGAGGCGAAGGCGCCTGCCTGGACGACTATTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGTTATTGGGGGTATTGACTCCTTCAGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTAAAACTCAAACAAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGATTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCTAGGCTTGAACTCCTACGAACCCGTTGTAATGGACGGGGTGCCCGCAAGGGAATGTAGTGAGAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCTCGCAACGAGCGCAACCCCTATCGTCTGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCTGACGAGACTGCCTGGGTTAACCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGTCTAGGGCTACACACGTAATACAATGGCGCGTACAGAGGGAAGCGAACTCGCAAGGGGGAGCAAATCTCAAAAAGCGCGCCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGGAGATCAGCACGCTCCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGT
　配列番号６（ＨＦＬ－１株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列）：
ACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGGAGCGTGCTGATCTCCGATTACTAGCGATTCCAACTTCATGGAGTCGAGTTGCAGACTCCAATCCGGACTGAGACGCGCTTTTTGAGATTTGCTCCCCCTCGCGAGTTCGCTTCCCTCTGTACGCGCCATTGTATTACGTGTGTAGCCCTAGACATAAGGGCCATGAGGACTTGACGTCATCCCTACCTTCCTCCTGGTTAACCCAGGCAGTCTCGTCAGAGTGCCCAACTTAATGCTGGCAACAGACGATAGGGGTTGCGCTCGTTGCGAGACTTAACCCAACATTTCACAACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGCACCTCTCACTACATTTCCTTGCGGACACTCCAGGCATTACCCCGGATTCGTAGGAGTTCAAGCCTAGGTAAGGTTCTGCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATAATCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTTGTTTGAGTTTTAGTCTTGCGACCGTACTTCCCAGGCGGAGCACTTAATGCGTTAGCTGCGTCACTGGAGGAGTCAATACCTCCAATAACTAGTGCTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAGCGTCAATGATCATCCAGGTAGGCGCCTTCGCCTCCGGTGTTCCTTCACATCTCTACGGATTTTACCCCTACACGTGAAATTCCCCTACCCCCTCTGATATTCTAGACTAGTAGTTTCAGGCGCAGTTTCGAAGTTGAGCTTCGAGATTTCACACCTGACTTACTGATCCGCCTGCGCGCGCTTTACGCCCAATAAATCCGAACAACGCTTGGACCCTTCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGAAGTTAGCCGGTCCTTTCTCCTTAGATACCATCACTTCCAAGAGATATTAGCTCCTGAATCATTTTTCTCTAAGAACAGAGTTTTACAATCCGAAGACCTTCCTCACTCACGCGGCGTTGCTGCGTCAGGGTTTCCCCCATTGCGCAATATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGTCCGATCATCCTCTCAGACCGGATACCTATCGTTGCCTTGGTAGGCCATTACCCCACCAACTAGCTAATAGGCCGCAGGCTCTTCTTTTAGCGATAGCTTATAAATAGAGGCCATCTTTGTAATCTCTTACACATGCGGCATTAGCACAAATTTCTCTGTGTTATTCCCCACTAAAAGGCAGATACCTACGTGTTACTCACCCGTGCGCCACTTTACTCATCCCGAAGGACTTTCACGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTTCTGAG
　配列番号７（ＨＦＬ－１０株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列）：
TAGACGCTCTCCTCCTTGCGGTTAGAGTCACGTCTTAAAATGAAAACAACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGGAGCGTGCTGATCTCCGATTACTAGCGATTCCAACTTCATGGAGTCGAGTTGCAGACTCCAATCCGGACTGAGACGCGCTTTTTGAGATTTGCTCCCCCTCGCGAGTTCGCTTCCCTCTGTACGCGCCATTGTATTACGTGTGTAGCCCTAGACATAAGGGCCATGAGGACTTGACGTCATCCCTACCTTCCTCCTGGTTAACCCAGGCAGTCTCGTCAGAGTGCCCAACTTAATGCTGGCAACAGACGATAGGGGTTGCGCTCGTTGCGAGACTTAACCCAACATTTCACAACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGCACCTCTCACTACATTTCCTTGCGGACACTCCAGGCATTACCCCGGATTCGTAGGAGTTCAAGCCTAGGTAAGGTTCTGCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATAATCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTTGTTTGAGTTTTAGTCTTGCGACCGTACTTCCCAGGCGGAGCACTTAATGCGTTAGCTGCGTCACTGGAGGAGTCAATACCTCCAATAACTAGTGCTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAGCGTCAATGATCATCCAGGTAGGCGCCTTCGCCTCCGGTGTTCCTTCACATCTCTACGGATTTTACCCCTACACGTGAAATTCCCCTACCCCCTCTGATATTCTAGACTAGTAGTTTCAGGCGCAGTTTCGAAGTTGAGCTTCGAGATTTCACACCTGACTTACTGATCCGCCTGCGCGCGCTTTACGCCCAATAAATCCGAACAACGCTTGGACCCTTCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACCTAAGTTAGCCGGTCCTTTCTCCTTAGATACCATCACTTCCAAGAGATATTAGCTCCTGAATCATTTTTCTCTAAGAACAGAGTTTTACAATCCGAAGACCTTCCTCACTCACGCGGCGTTGCTGCGTCAGGGTTTCCCCCATTGCGCAATATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGTCCGATCATCCTCTCAGACCGGATACCTATCGTTGCCTTGGTAGGCCATTACCCCACCAACTAGCTAATAGGCCGCAGGCTCTTCTTTTAGCGATAGCTTATAAATAGAGGCCATCTTTGTAATCTCTTACACATGCGGCATTAGCACAAATTTCTCTGTGGTATTCCCCACTAAAAGGCAGATACCTACGTGTTACTCACCCGTGCGCCACTTTACTCATCCCGAAGGACTTTCACGTTCGACTTGCATGTATTAGGCAC
　配列番号８（ＨＦＬ－１３株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列）：
ACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGGAGCGTGCTGATCTCCGATTACTAGCGATTCCAACTTCATGGAGTCGAGTTGCAGACTCCAATCCGAACTGAGGCGCGCTTTTTGAGATTTGCTCCCCCTTGCGAGTTCGCTTCCCTCTGTACGCGCCATTGTATTACGTGTGTAGCCCTAGACATAAGGGCCATGAGGACTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCTGGTTAACCCAGGCAGTCTCGTCAGAGTGCCCAACTTAATGCTGGCAACAGACGATAGGGGTTGCGCTCGTTGCGAGACTTAACCCAACATTTCACAACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGCACCTCTCACTTCATTTCCTTGCGGACACTCCAGGCATTACCCCGGATTCGAAGGAGTTCAAGCCTAGGTAAGGTTCTGCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATAATCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTTGTTTGAGTTTTAGTCTTGCGACCGTACTCCCCAGGCGGAACACTTAATGCGTTAGCTGCGTCACTGAAGGAGTCAATACCTCCAATAACTAGTGTTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAGCGTCAATAGTCGTCCAGGCAGGCGCCTTCGCCTCCGGTGTTCCTTCACATCTCTACGGATTTTACCCCTACACGTGAAATTCCCCTGCCCCCTCCGACATTCTAGACTAGTAGTTTCAGGCGCAGTTTCGGAGTTGAGCTCCGAGATTTCACACCTGACTTACTGATCCGCCTGCGCGCGCTTTACGCCCAATGATTCCGAACAACGCTTGCACCCTTCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGAAGTTAGCCGGTGCTTATTCCTTTGGTACCATCACTTACTACGGGTATTAACCGTAATATCATTTTTCCCAAATAAAAGAGTTTTACAATCCGAAGACCTTCCTCACTCACGCGGCGTTGCTGCGTCAGGGTTTCCCCCATTGCGCAATATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGTCCGATCATCCTCTCAGACCGGATACCTATCGTTGCCTTGGTAGTCCATTACACCACCAACTAGCTAATAGGCCGCAGGCTCTTCTTTCAGCATGAGCCCTTGCGGCGCCCACTTTCTAATTACTTACTTATGCGGCATTAGCACAACTTTCGCTGTGTTATTCCCCACTAAAAGGCAGATGACCTACGTGTTACTCACCCGTGCGCCACTTTACTCATCCCGAAGGACTTTCACGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTTCTGAG
　配列番号９（アンカルチャード・バクテリウムＳＳｍＣＢ０８－７０（アクセッション番号ＡＢ１７６２３１）の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列）：
AGTTTGATCCTGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGTGAAAGTACTTCGGTATGAGTAAAGTGGCGCACGGGTGAGTAACACGTAGGTAATCTGCCTTATAGTGGGGAACAACTTAGGGAAACCTGAGCTAATACCGCATACGGAAGAAATTCGAAAGGAGGCGTCCGCAAGGAGCTTTCGCTGTAAGAAGAGCCTGCGTCCTATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGGCTACGATAGGTATCCGGTCTGAGAGGATGATCGGACACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATATTGCGCAATGGGGGAAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGAGTGAGGAAGGTCTTCGGATTGTAAAACTCTTTTCTTAGGGAAAAATGGTTACGGAGCTAATACCCCGTAGTTTGATGGTACCTAAGGAATAAGCACCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGTGCAAGCGTTGTTCGGAATCATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGATTGATAAGTCAGGTGTGAAATCTCGAAGCTCAACTTCGAAACTGCGCCTGAAACTATTAGTCTAGAATGTCGGAGGGGGCAGGGGAATTTCACGTGTAGGGGTAAAATCCGTAGAGATGTGAAGGAACACCGGAGGCGAAGGCGCCTGCCTGGACGACTATTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGCACTAGTTATTGGAGGTATTGACTCCTTCAGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTGCTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTAAAACTCAAACCAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGATTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCTAGGCTTGAACTCCTCCGAATCCGGGGTAATGCCTGGAGTGTCCGCAAGGAAATGGAGTGAGAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCTCGCAACGAGCGCAACCCCTATCGTCTGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCTGACGAGACTGCCTGGGTTAACCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGTCTAGGGCTACACACGTAATACAATGGCGCGTACAAAGGGAAGCGAACTCGCGAGGGGGAGCAAATCTCAAAAAGCGCGCCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGGAGATCAGCACGCTCCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGTTTTCATTTTAAGACGTGACTCTAACCGCAAGGAGGAGAGCGTCTACAGTGGGAGCGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC
　配列番号１０（アンカルチャード・デルタ・プロテオバクテリウムｃｌｏｎｅ２３６（アクセッション番号ＥＦ１８８４２９）の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列）：
ATCGCCCTTAGAGTTCGATCCTGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGTGAAAAGGGGCAACCCTTAGTAAAGTGGCGCACGGGTGAGTAACACGTAGGTAATCTGCCTTTTAGTGGGGAATAACTTAGGGAAACCTGAGCTAATGCCGCATAAGTAAGTAATTAGAAAGGTGGCGTCCGCAAGGAGCTACCGCTGAAAGAAGAGCCTGCGGCCTATTAGCTTGTTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGGCAACGATAGGTATCCGGTCTGAGAGGATGATCGGACACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATATTGCGCAATGGGGGAAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGAGTGAGGAAGGTCTTCGGATTGTAAAACTCTTTTGTTAGGGAAAAATGGACCAGTAACTAATAGCGCTGGTTTTGATGGTACCTAAAGAATAAGCACCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGTGCAAGCGTTGTTCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGATCAGCAAGTCAGATGTGAAATCTCGAAGCTCAACTTCGAAACTGCGTCTGAAACTGCTAGTCTAGAATGTCGGAGGGGGCAGGGGAATTTCACGTGTAGGGGTAAAATCCGTAGAGATGTGAAGGAACACCGGAGGCGAAGGCGCCTGCCTGGACGACTATTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGAACTAGTTATTGGGGGTATTGACTCCCTCAGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTAAAACTCAAACAAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGATTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCTAGGCTTGAACTCCTACGAATCCGGGGTAATGCCTGGAGTGTCCGCAAGGAAATGTAGTGAGAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCTCGCAACGAGCGCAACCCCTATCGTCTGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCTGGCGAGACTGCCTGGGTTAACCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGTCTAGGGCTACACACGTAATACAATGGCGCGTACAGAGGGAAGCGAACTCGCAAGGGGGAGCAAATCTCAAAAAGCGCGCCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGGAGATCAGCACGCTCCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGTTTTCATTTTAAGACGTGACTCTAACCGCAAGGAGGAGAGCGTCTACAGTGGGAGCGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCC
　配列番号１１（アンカルチャード・バクテリウムＳＳｍＣＢ０８－８（アクセッション番号ＡＢ１７６１７５）の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列）：
AGTTTGATCCTGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGTGAAAGTACTTCGGTATGAGTAAAGTGGCGCACGGGTGAGTAACACGTAGGTAATCTGCCTTATAGTGGGGAACAACTTAGGGAAACCTGAGCTAATACCGCATACGGAAGAAATTCGAAAGGAGGCGTCCGCAAGGAGCTTTCGCTGTAAGAAGAGCCTGCGTCCTATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGGCTACGATAGGTATCCGGTCTGAGAGGATGATCGGACACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATATTGCGCAATGGGGGAAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGAGTGAGGAAGGTCTTCGGATTGTAAAACTCTTTTCTTAGGGAAAAATGGTTACCGGGAGCTAATACCCCCGTAGTTTGATGGGTACCTAAGGGAATAAGGCACCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGTGCAAGCGTTGTTCGGAATCATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGATTGATAAGTCAGGTGTGAAATCTCGAAGCTCAACTTCGAAACTGCGCCTGAAACTATTAGTCTAGAATGTCGGAGGGGGCAGGGGAATTTCACGTGTAGGGGTAAAATCCGTAGAGATGTGAAGGAACACCGGAGGCGAAGGCGCCTGCCTGGACGACTATTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGCACTAGTTATTGGAGGTATTGACTCCTTCAGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTGCTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTAAAACTCAAACAAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGATTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCTAGGCTTGAACTCCTCCGAATCCGGGTTAATGCCTGGAGTGATCCGCAAGGAAATGGATTTCGCGTTGCTGCGATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCTCGCAACGAGCGCAACCCCTATCGTCTGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCTGACGAGACTGCCTGGGTTAACCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGTCTAGGGCTACACACGTAATACAATGGCGCGTACAAAGGGAAGCGAACTCGCGAGGGGGAGCAAATCTCAAAAAGCGCGCCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGGAGATCAGCACGCTCCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGTTTTCATTTTAAGACGTGACTCTAACCGCAAGGAGGAGAGCGTCTACAGTGGGAGCGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC
　配列番号１２（ペレジバクター・スタリＡ３．１２（アクセッション番号ＣＰ１３９４８７）の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列）：
CTCAGAACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGTGAAAAGGGGCAACCCTTAGTAAAGTGGCGCACGGGTGAGTAACACGTAGGTAATCTGCCTTTCAGTGGGGAATAACTTAGGGAAACCTGAGCTAATGCCGCATACGTTAGTAATAAGAAAGTGGGCGCCGCAAGGGCTCATGCTGAAAGAAGGGCCTGCGGCCTATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGGCAACGATAGGTATCCGGTCTGAGAGGATGATCGGACACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATATTGCGCAATGGGGGAAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGAGTGAGGAAGGTCTTCGGATTGTAAAACTCTTTTTTTAGGGAAAAATGATTACAGAGCTAATACCCTGTAAAGTGATGGTACCTAAAGAATAAGCACCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGTGCAAGCGTTGTTCGGAATCATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGATCAGCAAGTCAGATGTGAAATCTCGAAGCTCAACTTCGAAACTGCGTCTGAAACTGCTAGTCTAGAATGTCGGAGGGGGCAGGGGAATTTCACGTGTAGGGGTAAAATCCGTAGAGATGTGAAGGAACACCGGAGGCGAAGGCGCCTGCCTGGACGACTATTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGTTATTGGGGGTATTGACTCCTTCAGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTAAAACTCAAACAAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGATTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCTAGGCTTGAACTCCTACGAACCCGTTGTAATGGACGGGGTGCCCGCAAGGGAATGTAGTGAGAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCTCGCAACGAGCGCAACCCCTATCGTCTGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCTGACGAGACTGCCTGGGTTAACCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGTCTAGGGCTACACACGTAATACAATGGCGCGTACAGAGGGAAGCGAACTCGCAAGGGGGAGCAAATCTCAAAAAGCGCGCCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGGAGATCAGCACGCTCCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGT
　配列番号１３（アンカルチャード・バクテリウムＳＳｍＣＢ０８－６２（アクセッション番号ＡＢ１７６２２３）の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列）：
AGTTTGATCCTGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGTGAAAGTACTTCGGTATGAGTAAAGTGGCGCACGGGTGAGTAACACGTAGGTAATCTGCCTTATAGTGGGGAACAACTTAGGGAAACCTGAGCTAATACCGCATACGGAAGAAATTCGAAAGGAGGCGTCCGCAAGGAGCTTTCGCTGTAAGAAGAGCCTGCGTCCTATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGGCTACGATAGGTATCCGGTCTGAGAGGATGATCGGACACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATATTGCGCAATGGGGGAAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGAGTGAGGAAGGTCTTCGGATTGTAAAACTCTTTTCTTAGGGAAAAATGGTTACGGAGCTAATACCCCGTAGTTTGATGGTACCTAAGGAATAAGCACCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGTGCAAGCGTTGTTCGGAATCATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGATTGATAAGTCAGGTGTGAAATCTCGAAGCTCAACTTCGAAACTGCGCCTGAAACTATTAGTCTAGAATGTCGGAAGGGGGCAGGGGAATTTTCACGTGTAGGGGTAAAATCCGTAGAGATGTGAAGGAACACCGGAGGCGAAGGCGCCTGCCTGGACGACTATTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGCACTAGTTATTGGAGGTATTGACTCCTTCAGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTGCTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTAAAACTCAAACAAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGATTATGTGGTTTAAACTCAAAGCAAATTGACCGCGCAGAACCTTACCTAGGCTTGAACTCCTCCGAATCCGGGGTAATGCCTGGAGTGTCCGCAAGGAAATGGAGTGAGAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCTCGCAACGAGCGCAACCCCTATCGTCTGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCTGAACGAGACTGCCTTGGGTTAAACCAGGAAGGAAGGTGGGGAATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTTATGTCTAGGGCTTACACACGTAATACAATGGCGCGTACAAAGGGAAGCGAACTCGCGAGGGGGGAGCAAATCTCAAAAAGCGCGCCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGGAAATCAGCACGCTCCGGGGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGTTTTCATTTTAAGACGTGACTCTAACCGCAAGGAGGAGAGCGTCTACAGTGGGAGCGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC
　配列番号１４（アンカルチャード・バクテリウムｃｌｏｎｅＥ１８（アクセッション番号ＨＧ９１７７２３）の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列）：
AACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAGAAAGTCCTTCGGGATGAGTACAGCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTAGGTACCTGCCCTTTAGTGGGGAACAACACCGGGAAACCGGTGCTAATACCGCATAAGTAGGAAACTAGAAAGATGGCCTCTATTTATAAGCTATCGCTAAAGGAAGGGCCTGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGGCCACGATGCATATCCGGTCTGAGAGGATGATCGGACACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATATTGCGCAATGGGGGAAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGAGTGAGGAAGGTCTTCGGATTGTAAAACTCTTTTCTTAGAGAAAAATGTCCATATGGCTAATATCCATGCGGAGTGATGGTATCTAAGGAATAAGCACCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGTGCAAGCGTTGTTCGGAATCATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGATCAGTAAGTCAGGTGTGAAATCTCGGAGCTCGACTCCGAAACTGCGCCTGAAACTACTAGTCTAGAATGTCGGAGGGGGCAGGGGAATTTCACGTGTAGGGGTAAAATCCGTAGAGATGTGAAGGAACACCGGAGGCGAAGGCGCCTGCCTGGACGACTATTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGCACTAGTTATTAGGGGTATTGACTCCCTTGGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTGCTCCGCCTGGGAAGTACGGTCGCAAGACTAAAACTCAAACAAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGATTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCTAGGCTTGAACTCCTCTGAATCCGGGGTAATGCCTGGAGTGTCCGCAAGGAAATAGAGTGAGAGGTGCTGCATGACTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCTCGCAACGAGCGCAACCCCTATCATCAGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCTGATGAGACTGCCTGGGTTAACCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGTCTAGGGCTACACACGTAATACAATGGCGCGTACAGAGGGAAGCGAACCAGCGATGGGGAGCAAATCTCAAAAAGCGCGTCTCAGTCCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGGAGATCAGCACGCTCCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGTTTTCATTTTAAGACGTGACTCTAACCGCAAGGAGGAGAGCGTCTACAGTGGGAGCGATGACTGGGGTG
実施例３　コンセンサス配列の取得と、コンセンサス配列と近縁の既知微生物との関係
　実施例２で示したように、本発明の単離した３菌株の捕食性細菌はバクテリオボラカセアエ科に属し、非常に近縁であるが、異なる細菌であることが示された。これら３菌株の関係を明らかにする目的で、それぞれの菌株が有する１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列に共通する配列、すなわちコンセンサス配列の取得を試みた。
　バクテリオボラカセアエ科に属するＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株及びＨＦＬ－１３株の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列（それぞれ、配列番号６、配列番号７及び配列番号８）について、マルチプルアライメントツール（SnapGene（登録商標）、ver.5.3.3、GSL Biotech LLC）を用いて、上記３つの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列すべてに共通する塩基配列のみを抽出した。前記３菌株において同一でない塩基配列及びギャップ配列はＮとし、両端のＮは削除した。得られた塩基配列を、以下、「１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子のコンセンサス塩基配列」と呼ぶ。１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子のコンセンサス塩基配列は、１３６１塩基長で、１２８９個の固有の塩基と任意の塩基を許容する７２個のＮとから構成されていた（配列番号１５）。
　配列番号１５（３株の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子のコンセンサス塩基配列）：
ACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGGAGCGTGCTGATCTCCGATTACTAGCGATTCCAACTTCATGGAGTCGAGTTGCAGACTCCAATCCGNACTGAGNCGCGCTTTTTGAGATTTGCTCCCCCTNGCGAGTTCGCTTCCCTCTGTACGCGCCATTGTATTACGTGTGTAGCCCTAGACATAAGGGCCATGAGGACTTGACGTCATCCCNACCTTCCTCCTGGTTAACCCAGGCAGTCTCGTCAGAGTGCCCAACTTAATGCTGGCAACAGACGATAGGGGTTGCGCTCGTTGCGAGACTTAACCCAACATTTCACAACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGCACCTCTCACTNCATTTCCTTGCGGACACTCCAGGCATTACCCCGGATTCGNAGGAGTTCAAGCCTAGGTAAGGTTCTGCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATAATCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTTGTTTGAGTTTTAGTCTTGCGACCGTACTNCCCAGGCGGANCACTTAATGCGTTAGCTGCGTCACTGNAGGAGTCAATACCTCCAATAACTAGTGNTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAGCGTCAATNNTCNTCCAGGNAGGCGCCTTCGCCTCCGGTGTTCCTTCACATCTCTACGGATTTTACCCCTACACGTGAAATTCCCCTNCCCCCTCNGANATTCTAGACTAGTAGTTTCAGGCGCAGTTTCGNAGTTGAGCTNCGAGATTTCACACCTGACTTACTGATCCGCCTGCGCGCGCTTTACGCCCAATNANTCCGAACAACGCTTGNACCCTTCGTATTACCGCGGCTGCTGGCANCNAAGTTAGCCGGTNCTTNNTCCTTNGNTACCATCACTTNCNANNGNTATTANCNNNNNNATCATTTTTCNCNAANAANAGAGTTTTACAATCCGAAGACCTTCCTCACTCACGCGGCGTTGCTGCGTCAGGGTTTCCCCCATTGCGCAATATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGTCCGATCATCCTCTCAGACCGGATACCTATCGTTGCCTTGGTAGNCCATTACNCCACCAACTAGCTAATAGGCCGCAGGCTCTTCTTTNAGCNNNAGCNNNTNNNNNGNNGCCNNCTTTNTAATNNCTTACNNATGCGGCATTAGCACAANTTTCNCTGTGNTATTCCCCACTAAAAGGCAGATNACCTACGTGTTACTCACCCGTGCGCCACTTTACTCATCCCGAAGGACTTTCACGTTCGACTTGCATGTATTAGGCAC
　次に、得られた１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子のコンセンサス塩基配列を問い合わせ配列とし、実施例２と同様にして、ＢＬＡＳＴ（Basic Local Alignment Search Tool）プログラムを用いてデータベース上の全塩基配列に対し同一性解析を行った。得られた結果をＱｕｅｒｙ　ｃｏｖｅｒ（結果配列が問い合わせ配列をカバーする割合（％））によって数値の高い順にソートを行い、結果配列が問い合わせ配列より長い、すなわち、Ｑｕｅｒｙ　ｃｏｖｅｒが１００％の結果配列のうち、Ｉｄｅｎｔｉｔｙ（同一性）の数値の高い順に５菌株の結果を取得した。ここで、通常のＢＬＡＳＴ検索のアルゴリズムでは、問い合わせ配列中のＮは、任意の塩基を許容するので、結果配列中の該当する位置にＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇのいずれかの塩基が存在した場合、同一と判断すべきところ、Ｎは異なる塩基とみなされて結果が出力される。そのため、見た目の同一性を表す数字はより低くなる。そこで、Ｎの場合は、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇのどの塩基であっても一致であるとするように補正を行った。その結果を表５に示す。１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子コンセンサス塩基配列に最も同一性の高い１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子を有する近縁の既知微生物は、アンカルチャード・バクテリウム（uncultured bacterium）ＳＳｍＣＢ０８－７０（１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子はアクセッション番号ＡＢ１７６２３１として登録済）であり、当該ＳＳｍＣＢ０８－７０の１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列（配列番号９）は、１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子コンセンサス塩基配列に対してそれぞれ９７．９％の塩基配列同一性を有することが判明した。また、ＨＦＬ－１株に２番目、３番目、４番目、及び５番目に近縁の既知微生物は、それぞれ、アンカルチャード・デルタ・プロテオバクテリウム（uncultured delta proteobacterium）ｃｌｏｎｅＣＫ０６－０６＿Ｍｕｄ＿ＭＡＳ４Ｂ－３１ｎ（１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子はアクセッション番号ＡＢ３６９１８９として登録済；１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列を配列番号１６で示す）、アンカルチャード・バクテリウムｃｌｏｎｅ２３６（配列番号１０）、ＳＳｍＣＢ０８－８（配列番号１１）、ペレジバクター・スタリＡ３．１２（配列番号１２）であり、１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子のコンセンサス塩基配列に対する塩基配列同一性は、それぞれ９７．９％、９７．５％、９７．１％、及び９７．０％であった（表５）。
　配列番号１６（アンカルチャード・デルタ・プロテオバクテリウムｃｌｏｎｅＣＫ０６－０６＿Ｍｕｄ＿ＭＡＳ４Ｂ－３１（アクセッション番号ＡＢ３６９１８９）の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列）：
AACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGTGAAAGTCCTTCGGGATGAGTAAAGTGGC
GCACGGGTGAGTAACACGTAGGTAATCTGCCTTTCAGTGGGGAATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATGC
CGCATACGTAAGTAATTAGAAAGAAGGCCTCTATTTATAAGCTTTCGCTGAGAGAAGAGCCTGCGTCCTA
TTAGCTAGTTGGTAGGGTAAAAGCCTACCAAGGCAACGATAGGTATCCGGTCTGAGAGGATGATCGGACA
CACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATATTGCGCAATGGGGGAAA
CCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGAGTGAGGAAGGTCTTAGGATTGTAAAACTCTTTTATTTGGGAAAAAT
GACCATATGGCTAATATCCATGTGGAGTGATGGTACCAAAGGAATAAGCACCGGCTAACTTCGTGCCAGC
AGCCGCGGTAATACGAAGGGTGCAAGCGTTGTTCGGAATCATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGATCA
GCAAGTCAGATGTGAAATCTCGAAGCTCAACTTCGAAACTGCGTCTGAAACTGCTAGTCTAGAATGTCGG
AGGGGGCAGGGGAATTTCACGTGTAGGGGTAAAATCCGTAGAGATGTGAAGGAACACCGGAGGCGAAGGC
GCCTGCCTGGACGACTATTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTA
GTCCACGCCGTAAACGATGAGCACTAGTTATTGGGGGTATTGACTCCCTCAGTGACGCAGCTAACGCATT
AAGTGCTCCGCCTGGGAAGTACGGTCGCAAGACTAAAACTCAAACAAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCG
GTGGACTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCTAGGCTTGAACTCCTACGAATCCGGG
GTAATGCCTGGAGTGTCCGCAAGGAAATGTAGTGAGAGGTGCTGCAAGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTG
AAATGTTGGGTTAAGTCTCGCAACGAGCGCAACCCCTATCGTCTGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCT
GACGAGACTGCCTGGGTTAACCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGTCTAG
GGCTACACACGTAATACAATGGCGCGTACAGAGGGAAGCGAACCAGCGATGGGGAGCAAATCTCAAAAAG
CGCGCCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGGAGATCA
GCACGCTCCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCAAA
AGAAGTGGGTAGTTTAACCTTCGGGAGGACGCTCACCACTTTGTGGTTCATGACTGGGGTG
実施例４　捕食性細菌の培養
　ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株を、フラボバクテリウム・エスピーＧＳＢ－２４株と共に緩衝液中で２００ｒｐｍ、２８℃で培養することにより増殖させた後、０．４５μｍ孔径のフィルターで濾過してＧＳＢ－２４株を除いたものをＨＦＬ－１株接種液（約２．８×１０７　ＰＦＵ／ｍｌ）、ＨＦＬ－１０株接種液（約３．３×１０７　ＰＦＵ／ｍｌ）、及びＨＦＬ－１３株接種液（約２．２×１０７　ＰＦＵ／ｍｌ）として使用した。ＧＳＢ－２４株は、ＰＳ-ＤＲ２Ａ培地を用いてセッコク根の体内から獲得した（Nishioka, T and Tamaki, H. (2022), Microbiology Spectrum, 10(6), e02238-22；Nishioka et al. (2023), Microbiology Resource Announcements, 12(3), e01343-22.）。
実施例５　捕食範囲の検証
　ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株の捕食範囲の検証を、１３種の検定細菌：キチノファーガ・ジャポネンシス（Chitinophaga japonensis）ＮＢＲＣ１６０４１株、フレキシバクター・エスピー（Flexibacter sp.）ＧＳＣ－２３株、フラボバクテリウム・ペクチノボラム（Flavobacterium pectinovorum）ＮＢＲＣ１５９４５株、フラボバクテリウム・エスピーＧＳＢ－２４株、ペドバクター・アフリカヌス（Pedobacter africanus）ＮＢＲＣ１０００６５株、カウロバクター・セグニス（Caulobacter segnis）ＮＢＲＣ１５２５０株、スフィンゴモナス・ハービシドボランス（Sphingomonas herbicidovorans）ＮＢＲＣ１６４１５株、リゾビウム・ラジオバクター（Rhizobium radiobacter）ＮＢＲＣ１５１９３株、パラバークホルデリア・カレドニア（Paraburkholderia caledonica）ＮＢＲＣ１０２４８８株、ペクトバクテリウム・カロトボラム・サブエスピー・カロトボラム（Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum）ＮＢＲＣ１０３１３３株、シュードモナス・シトロネロリス（Pseudomonas citronellolis）ＮＢＲＣ１０３０４３株、ロドコッカス・エリスロポリス（Rhodococcus erythropolis）ＮＢＲＣ１５５６７株、バチルス・サブチリス・サブエスピー・サブチリス（Bacillus subtilis subsp. subtilis）ＮＢＲＣ１３７１９株を用いて以下の液体培養法により行った。緩衝液（２５ｍＭ　ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、６ｍＭ　ＣａＣｌ２・２Ｈ２Ｏ、４ｍＭ　ＭｇＣｌ２・７Ｈ２Ｏ）に６００ｎｍ吸光度（ＯＤ６００）が０．８～１．２になるように各検定細菌株を懸濁した溶液４．７５ｍｌに、ＨＦＬ－１株接種液、ＨＦＬ－１０株接種液、ＨＦＬ－１３株接種液、又は捕食性細菌未処理の緩衝液（コントロール）０．２５ｍｌを混合した後、２００ｒｐｍ、２８℃で培養した。２４時間培養後、各接種株及びコントロールの６００ｎｍ吸光度を測定した。なお，本実験は３回繰り返した。ＧＳＣ－２３株は、ＧＧ-ＤＴＳ培地を用いてセッコク根の体内から獲得した（Nishioka, T and Tamaki, H. (2022), Microbiology Spectrum, 10(6), e02238-22）。ＮＢＲＣ１６０４１株、ＮＢＲＣ１０００６５株、ＮＢＲＣ１５２５０株、ＮＢＲＣ１６４１５株、ＮＢＲＣ１５１９３株、ＮＢＲＣ１０２４８８株、ＮＢＲＣ１０３１３３株、ＮＢＲＣ１０３０４３株、ＮＢＲＣ１５５６７株、及びＮＢＲＣ１３７１９株については、ＮＩＴＥバイオテクノロジーセンター（ＮＢＲＣ）から入手した。
　検定細菌株の生育阻害効果を以下の３段階のグレードで評価した：
　〇：本発明の菌株による処理後の検定細菌の吸光度が、捕食性細菌未処理の検定細菌の吸光度の７０％未満；
　△：本発明の菌株による処理後の検定細菌の吸光度が、捕食性細菌未処理後の検定細菌の吸光度の７０％～９０％；
　×：本発明の菌株による処理後の検定細菌の吸光度が、捕食性細菌未処理の検定細菌の吸光度の９０％超。
　検定細菌株はすべて「○」又は「×」のいずれかに該当するグレードを示し（表２）、△に該当するグレード示すものは存在しなかった。
　表６に示すように、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株はいずれも、バクテロイドータ門のキチノファーギア（Chitinophagia）綱に属するキチノファーガ・ジャポネンシス；サイトファーギア（Cytophagia）綱に属するフレキシバクター・エスピー（Flexibacter sp.）；フラボバクテリア綱に属するフラボバクテリウム・ペクチノボラム及びフラボバクテリウム・エスピー；スフィンゴバクテリア（Sphingobacteriia）綱に属するペドバクター・アフリカヌスに対して捕食活性を示したことから、バクテロイドータ門に属する細菌を捕食する能力を有することが判明した。一方、シュードモナドータ門、アクチノマイセトータ（Actinomycetota）門及びバチロータ（Bacillota）門に属する８菌株に対しては、捕食活性を示さなかった。以上の結果から、ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株は、バクテロイドータ門に属する細菌を捕食する能力を有することが示された。特に、当該３株は、バクテロイドータ門に属する細菌を捕食する能力を有することが示された。
実施例６　異なる水温条件におけるフラボバクテリウム属細菌に対する捕食活性の検証
　ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株が３種の魚類病原性細菌：フラボバクテリウム・サイクロフィラムＮＢＲＣ１００２５０、フラボバクテリウム・カラムナレＮＢＲＣ１００２５１、フラボバクテリウム・ブランキオフィラムＮＢＲＣ１５０３0に対して捕食活性を有することを、異なる水温条件において、液体培養法によって検証した。
　緩衝液（２５ｍＭ　ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、６ｍＭ　ＣａＣｌ２・２Ｈ２Ｏ、４ｍＭ　ＭｇＣｌ２・７Ｈ２Ｏ）に６００ｎｍ吸光度（ＯＤ６００）が０．８～０．９になるように各魚類病原性細菌株を懸濁した溶液４．７５ｍｌに、ＨＦＬ－１株接種液、ＨＦＬ－１０株接種液、ＨＦＬ－１３株接種液、又は緩衝液（捕食性細菌未接種のコントロール）を０．２５ｍｌ混合した後、２００ｒｐｍで撹拌しながら、３種類の水温条件（２８℃、１８℃、及び１０℃）で培養した。培養開始後２４時間毎に、各接種株及びコントロールの６００ｎｍ吸光度を測定した。なお、本実験は３回繰り返した。
　各菌株の上記３種の魚類病原性細菌に対する捕食活性をそれぞれ図１、図２、及び図３に示す。ＨＦＬ－１株、ＨＦＬ－１０株、及びＨＦＬ－１３株はいずれも、２８℃（各図のＡ）、１８℃（各図のＢ）、及び１０℃（各図のＣ）の各水温において、３種の魚類病原性細菌に対して高い捕食活性を示した。
　本発明の捕食性細菌は、バクテロイドータ門に属する魚類病原性細菌を効率的に防除して、養殖による魚類の安定供給に利用可能である。

Claims (22)

  1. 　魚類又は魚類生息地に存在するバクテロイドータ（Bacteroidota）門の魚類病原性細菌を防除する方法であって、前記魚類病原性細菌を捕食する捕食性細菌又はその変異体を前記魚類又は魚類生息地に施用することを特徴とする、方法。
  2. 　魚類又は魚類生息地に存在するバクテロイドータ（Bacteroidota）門の魚類病原性細菌に起因する魚類感染症の発生を抑制する方法であって、前記魚類病原性細菌を捕食する捕食性細菌又はその変異体を前記魚類又は魚類生息地に施用することを特徴とする、方法。
  3. 　前記捕食性細菌又はその変異体が、バクテリオボラカセアエ（Bacteriovoracaceae）科細菌に属する菌株又はその変異株である、請求項１又は２に記載の方法。
  4. 　前記捕食性細菌又はその変異体が、配列番号１５で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子のコンセンサス塩基配列に対して、９７．９％超の配列同一性を有する１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子を含む、請求項１又は２に記載の方法。
  5. 　前記捕食性細菌又はその変異体が含む１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、
    　（ｉ）配列番号６で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、９４．８％超の配列同一性を有するか、
    　（ｉｉ）配列番号７で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、９４．７％超の配列同一性を有するか、又は
    　（ｉｉｉ）配列番号８で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、９６．１％超の配列同一性を有する、請求項１又は２に記載の方法。
  6. 　前記捕食性細菌又はその変異体が、バクテリオボラカセアエ科細菌ＨＦＬ－１株（寄託番号ＮＩＴＥ ＡＢＰ－０３９０６）、バクテリオボラカセアエ科細菌ＨＦＬ－１０株（寄託番号ＮＩＴＥ ＡＢＰ－０３９０７）、バクテリオボラカセアエ科細菌ＨＦＬ－１３株（寄託番号ＮＩＴＥ ＡＢＰ－０３９０８）、又はそれらの変異株である、請求項１又は２に記載の方法。
  7. 　前記魚類病原性細菌が、フラボバクテリア（Flavobacteriia）綱に属する、請求項１又は２に記載の方法。
  8. 　前記魚類病原性細菌が、フラボバクテリアセアエ（Flavobacteriaceae）科又はウィークセラセアエ（Weeksellaceae）科に属する、請求項１又は２に記載の方法。
  9. 　前記魚類病原性細菌が、フラボバクテリウム（Flavobacterium）属細菌、テナシバキュラム（Tenacibaculum）属細菌、エリザベスキンギア（Elizabethkingia）属細菌、及びクリセオバクテリウム（Chryseobacterium）属細菌からなる群から選択される、請求項１又は２に記載の方法。
  10. 　前記フラボバクテリウム（Flavobacterium）属細菌が、フラボバクテリウム・サイクロフィラム（Flavobacterium psychrophilum）、フラボバクテリウム・カラムナレ（Flavobacterium columnare）、又はフラボバクテリウム・ブランキオフィラム（Flavobacterium branchiophilum）である、請求項９に記載の方法。
  11. 　前記魚類感染症が、フラボバクテリウム・サイクロフィラム（Flavobacterium psychrophilum）に起因する細菌性冷水病、フラボバクテリウム・カラムナレ（Flavobacterium columnare）に起因するカラムナリス病、又はフラボバクテリウム・ブランキオフィラム（Flavobacterium branchiophilum）に起因する細菌性鰓病である、請求項２に記載の方法。
  12. 　前記施用を０～３８℃の温度で行う、請求項１又は２に記載の方法。
  13. 　バクテロイドータ（Bacteroidota）門の魚類病原性細菌を捕食する、捕食性細菌又はその変異体。
  14. 　前記捕食性細菌又はその変異体が、バクテリオボラカセアエ（Bacteriovoracaceae）科細菌に属する菌株又はその変異株である、請求項１３に記載の捕食性細菌又はその変異体。
  15. 　前記捕食性細菌又はその変異体が、配列番号１５で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子のコンセンサス塩基配列に対して、９７．９％超の配列同一性を有する１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子を含む、請求項１３に記載の捕食性細菌又はその変異体。
  16. 　前記捕食性細菌又はその変異体が含む１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、
    　（ｉ）配列番号６で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、９４．８％超の配列同一性を有するか、
    　（ｉｉ）配列番号７で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、９４．７％超の配列同一性を有するか、又は
    　（ｉｉｉ）配列番号８で表される１６Ｓ rＲＮＡ遺伝子の塩基配列に対して、９６．１％超の配列同一性を有する、請求項１３に記載の捕食性細菌又はその変異体。
  17. 　前記捕食性細菌又はその変異体が、バクテリオボラカセアエ科細菌ＨＦL－１株（寄託番号ＮＩＴＥ ＡＢＰ－０３９０６）、バクテリオボラカセアエ科細菌ＨＦＬ－１０株（寄託番号ＮＩＴＥ ＡＢＰ－０３９０７）、バクテリオボラカセアエ科細菌ＨＦＬ－１３株（寄託番号ＮＩＴＥ ＡＢＰ－０３９０８）、又はそれらの変異株である、請求項１３に記載の捕食性細菌又はその変異体。
  18. 　前記魚類病原性細菌が、フラボバクテリア（Flavobacteriia）綱に属する、請求項１３に記載の捕食性細菌又はその変異体。
  19. 　前記魚類病原性細菌が、フラボバクテリアセアエ（Flavobacteriaceae）科又はウィークセラセアエ（Weeksellaceae）科に属する、請求項１３に記載の捕食性細菌又はその変異体。
  20. 　前記魚類病原性細菌が、フラボバクテリウム（Flavobacterium）属細菌、テナシバキュラム（Tenacibaculum）属細菌、エリザベスキンギア（Elizabethkingia）属細菌、及びクリセオバクテリウム（Chryseobacterium）属細菌からなる群から選択される、請求項１３に記載の捕食性細菌又はその変異体。
  21. 　前記フラボバクテリウム（Flavobacterium）属細菌が、フラボバクテリウム・サイクロフィラム（Flavobacterium psychrophilum）、フラボバクテリウム・カラムナレ（Flavobacterium columnare）、又はフラボバクテリウム・ブランキオフィラム（Flavobacterium branchiophilum）である、請求項２０に記載の捕食性細菌又はその変異体。
  22. 　請求項１３～２１のいずれか１項に記載の捕食性細菌又はその変異体を含む、バクテロイドータ（Bacteroidota）門の魚類病原性細菌を防除するための、又は前記魚類病原性細菌に起因する魚類感染症の発生を抑制するための組成物。
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