WO2024067820A1 - Tricyclic compounds as cdk inhibitors and methods of using same - Google Patents

Abstract

Provided are novel tricyclic compounds as CDK inhibitors, which are useful for treating diseases or conditions mediated by CDKs, particularly cancers and other diseases caused by abnormal cell proliferation. Preparation methods, pharmaceutical compositions and methods of use are also included.

Description

TRICYCLIC COMPOUNDS AS CDK INHIBITORS AND METHODS OF USING SAME

Cross-Reference to Related Applications

This application claims the benefit of priority of PCT/CN2022/123226, filed on September 30, 2022, and U.S. application number 63/383, 793, filed on November 15, 2022, the contents of both of which are incorporated herein by reference in their entirety.

Background of the Invention

Cyclin-dependent kinases (CDKs) are serine/threonine kinases whose activity depends on a regulatory subunit -a cyclin. Without cyclin, CDK has little kinase activity; only the cyclin-CDK complex is an active kinase, but its activity can be further modulated by phosphorylation and other binding proteins. Based on the sequence of the kinase domain, CDKs belong to the CMGC group of kinases, along with mitogen-activated protein kinases (MAPKs) , glycogen synthase kinase-3 beta (Gsk3β) , members of the dual-specificity tyrosine-regulated kinase (DYRK) family and CDK-like kinases (see, e.g., Genome Biol., 2014; 15 (6) : 122) . The CDKs play important roles in many aspects of cell growth, proliferation, and transcriptional regulation in response to extracellular and intracellular signals. The evolutionary relationships between these CDK subfamilies have been identified and indicate that the CDK subfamilies can be divided into subfamilies that directly or indirectly regulate the cell cycle (CDKs1-6, 11 and 14-18) or transcription (CDKs7-13, 19 and 20) (see, e.g., Pharmacol Ther., 2017 May; 173: 83–105) .

The essential roles of CDKs in regulation of cell division, gene transcription and other critical biological processes make them attractive pharmacological targets. Over the past two decades there has been a great deal of interest in the development of CDK inhibitors. This attention initially stemmed from observations that different CDK isoforms have key roles in cancer cell proliferation through dysregulation of the cell cycle, a hallmark feature of cancer. The cell cycle is a four-stage process in which the cell increases in size (gap 1, or G1, stage) , copies its DNA (synthesis, or S, stage) , prepares to divide (gap 2, or G2, stage) , and divides (mitosis, or M, stage) . At each checkpoint, a variety of proteins engage in a series of carefully coordinated biochemical reactions, which ensure that cell division occurs after sufficient growth and DNA  replication and under favorable conditions. CDKs are major drivers of cell cycle regulation mechanisms, which promote DNA synthesis and mitosis by phosphorylation of key substrates. Consequently, the abnormal activation of CDKs promotes dysregulation of the cell cycle and uncontrolled proliferation of cells, leading to the development of malignant cancer. Now, CDKs have been shown to regulate other processes, particularly various aspects of transcription (see, e.g., Pharmacol Ther. 2017 May; 173: 83–105; Transcription, 2017; 8 (2) : 81–90) . Thus, CDK inhibitors have therapeutic potential for treating various diseases caused by CDK abnormality, such as cancer, autoimmune diseases, cardiovascular diseases, neurodegenerative disorders, and infectious diseases, among others.

Efforts aimed at targeting CDK hyperactivity in human cancers began through the purification of compounds from natural sources. Determination of their molecular nature and further biochemical and structural studies enabled a better understanding of their inhibitory potential and provided a way for structure-guided, rational design of CDK inhibitors. The first generation CDK inhibitors developed were relatively nonspecific, referred to as pan-CDK inhibitors, and suffered certain limitations associated with toxic side-effects, which prompted the development of second-generation CDK inhibitors with a narrower spectrum of selectivity, offering promises of greater efficacy and reduced side effects. CDK4/6 inhibitors are the first ones that were approved by FDA for clinical treatment. These inhibitors specifically inhibit CDK4/6 and show limited toxicity to normal cells. The FDA-approved CDK4/6 inhibitors are Palbociclib produced by Pfizer and approved in 2015, Ribociclib produced by Novartis and approved in 2017, Abemaciclib produced by Eli Lilly and approved in 2017, and Trilaciclib produced by G1 Therapeutics and approved in 2021 (see, e.g., J. Med. Chem., 2022, 65, 9, 6356–6389) .

Due to the tremendous potential of targeting CDKs for the therapy of conditions such as proliferative, immunological, infectious, cardiovascular and neurodegenerative diseases, the desire for development of low-toxic and highly effective CDK inhibitors for treating various disorders mediated by CDKs, especially cancer, remains high.

There remain needs for a large number of new therapies and drugs used for treating various disorders caused by CDK abnormality, particularly cancers and other diseases caused by abnormal cell proliferation. In this regard, the present invention provides novel tricyclic  compounds as CDK inhibitors, a preparation method therefor and the use thereof in treating diseases mediated by CDK.

Brief Summary of the Invention

The object of the present invention is to provide novel compounds that can be used in selectively regulating or inhibiting CDK activities (e.g., CDK1, CDK2, CDK4, CDK6 and others) , and thus these compounds present good clinical prospects.

In one aspect, the present invention provides a compound of Formula (I) , or a pharmaceutically acceptable salt, a stereoisomer, or a tautomer thereof.

In Formula (I) ,

ring A is cycloalkyl, heterocyclyl, bridged bicyclic cycloalkyl or heterocyclyl, or fused bicyclic cycloalkyl or heterocyclcoalkyl, wherein the heterocyclyl or heteroaryl has at least one ring-forming carbon atom and 1, 2 or 3 ring-forming heteroatoms, each of which is independently N, O or S;

Y is part of Ring A and isor -O-, in which N, C (as in CR⁷) , S, or O is a ring-forming atom in ring A and connected to the other ring-forming atoms via the two covalent bonds shown with wiggly lines;

ring B is 5-or 6-membered heteroaryl, which has at least one ring-forming carbon atom and 1, 2 or 3 ring-forming heteroatoms, each of which is independently selected from N or O, and the ring B fused to the fused-ring in Formula (I) containing X¹ and X²;

X¹ and X² are each independently N or C;

R¹ is H, alkyl, halo or haloalkyl;

R² is H, alkyl, halo, haloalkyl, haloalkoxy, cyano, cyanoalkyl, amino, alkylamino, dialkylamino, -C (O) -R⁸, -alk-C (O) -R⁸, cycloalkyl, heterocyclyl, alkenyl, alkynyl, alkoxy, alkoxyalkyl, hydroxyl or hydroxyalkyl, wherein the cycloalkyl or heterocyclyl is optionally substituted with one or more R¹¹;

each R³ is independently H, alkyl, halo, haloalkyl, haloalkoxy, hydroxyl, hydroxyalkyl, alkoxyl, alkoxyalkyl, -C (O) -R⁸, -C (O) -NR⁹R¹⁰, -C (O) -O-R⁸, -NR¹⁰-C (O) -R⁸, -NR⁹R¹⁰, cyano, cyanoalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl or heterocyclyl, wherein the cycloalkyl or heterocyclyl is monocyclic, bridged bicyclic or fused bicyclic cycloalkyl or heterocyclyl, and is optionally substituted with oxo; wherein the alkyl, haloalkyl, hydroxyalkyl, cycloalkyl or heterocyclyl is optionally substituted with one or more R¹¹;

each R⁴ is independently H, alkyl, hydroxyl, hydroxyalkyl, alkoxy, alkoxyalkyl, cyano, cyanoalkyl, amino, alkylamino, halo or haloalkyl;

R⁵ is alkyl, haloalkyl, alkenyl, alkynyl, -NR⁹R¹⁰, -alk-NR⁹R¹⁰, aryl, heteroaryl, cycloalkyl, or heterocyclyl, orwherein the aryl, heteroaryl, cycloalkyl or heterocyclyl is optionally substituted with one or more R¹¹;

R⁶ is H, alkyl, halo or haloalkyl;

R⁷ is H, or alkyl;

R⁸ is H, cycloalkyl, heterocyclyl, alkyl, alkoxyl, alkoxyalkyl, hydroxyl, or hydroxyalkyl;

R⁹ and R¹⁰ are each independently selected from H, cycloalkyl and alkyl;

each R¹¹ is independently oxo (=O) , alkyl, halo, haloalkyl, haloalkoxy, hydroxyl, hydroxyalkyl, alkoxyl, alkoxyalkyl, cyano, cyanoalkyl, -NR⁹R¹⁰, -alk-NR⁹R¹⁰, -C (O) -R⁸, -alk-C (O) -R⁸, -C(O) -NR⁹R¹⁰, -alk-C (O) -NR⁹R¹⁰, -C (O) -O-R⁸, -alk-C (O) -O-R⁸, -NR¹⁰-C (O) -R⁸, -alk-NR¹⁰-C (O) -R⁸, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl or heterocyclyl; and

R¹² is H, alkyl, cycloalkyl, -C (O) -R⁸ , or or -alk-C (O) -R⁸ ;

m is 0, 1, 2 or 3; and

n is 0, 1 or 2.

Examples of ring A include, but are not limited to, the following species:

Examples of ring B include, but not limited to, the following species:

In some embodiments, halo is -F, Cl, or -Br.

In some embodiments, the compound of Formula (I) is of Formula (II) as shown below or a or a pharmaceutically acceptable salt, tautomer, or stereoisomer thereof.

In Formula (II) , Y isor -O-,

X₃, X₄ and X₅ are each independently N or CR³, and X₃, X₄ and X₅ are not all N at the same time;

the dashed circlewithin a ring indicates the ring contains 1, 2, or 3 double bonds as long as the valence allows.

In some embodiments, the compound of Formula (I) is of Formula (IIa) or (IIb) as shown below, or a pharmaceutically acceptable salt, tautomer, or stereoisomer thereof:

In Formula (IIa) or (IIb) ,

X₃, X₄ and X₅ are each independently N or CR³, with the provision that X₃, X₄ and X₅ are not N at the same time;

Z₁ is N or CR⁷; and R⁷ is H or alkyl;

Z₂ is -NR¹²-, -SO₂-, or -O-; and R¹² is H, alkyl, cycloalkyl, -C (O) -R⁸ or -alk-C (O) -R⁸;

R¹, R², R³, R⁴, R⁵, and R⁶ are the same as defined above;

the dashed circlewithin a ring indicates the ring contains 1, 2, or 3 double bonds as long as the valence allows.

In some embodiments, R⁴ is hydroxyl or H.

In some embodiments, R⁵ is alkyl, alkenyl, aryl, heteroaryl, cycloalkyl, or heterocyclyl, wherein the aryl, heteroaryl, cycloalkyl or heterocyclyl is optionally substituted with one or more alkyl, halo, or haloalkyl.

In some embodiments, R⁶ is H.

In some embodiments, R¹ is H.

Exemplary compounds of Formula (I) include the following compounds:

Another aspect of this invention includes a pharmaceutical composition, each including a therapeutically effective amount of a compound as described, a pharmaceutically acceptable salt thereof, a tautomer thereof, or a stereoisomer thereof, in admixture with one or more physiologically acceptable carriers or excipients.

In some embodiments, such pharmaceutical composition may include a second therapeutic agent. Examples of the second therapeutic agent include fulvestrant and letrozole. [01] Yet still another aspect of this invention provides a method for treating a subject suffering from a CDK-mediated disorder or condition, comprising administering to the subject in need thereof an effective amount of the compound or the pharmaceutical composition as described.

In some embodiments, the condition is cancer or diseases caused by abnormal cell proliferation. Examples of cancer include, but not limited to, breast cancer, colorectal cancer, lung cancer, ovarian cancer, pancreatic cancer, melanoma, prostate cancer, glioblastoma, and sarcoma.

In some embodiments, the subject is a mammal, preferably, a human being.

Yet still another aspect of this invention provides use of the compounds as described for the manufacture of a medicament for treating the disorders mediated by CDK abnormality.

Detailed Description of the Invention

Reference will now be made in detail to the preferred embodiments of the invention, examples of which are further illustrated. While the invention will be described in conjunction with the preferred embodiments, it will be understood that they are not intended to limit the invention to these embodiments. To the contrary, the invention is intended to cover alternatives, modifications, and equivalents, which may be included within the spirit and scope of the invention as defined by the claims. Furthermore, in the detailed description of the present invention, numerous specific details are set forth to provide a thorough understanding of the present invention. However, it will be obvious to one of ordinary skill in the art that the present invention may be practiced without these specific details. In other instances, well known methods, procedures, components, and other features have not been described in detail as not to unnecessarily obscure aspects of the present invention.

Definitions

Unless the context indicates otherwise, references to Formula (I) in all sections of this document (including the uses, methods and other aspects of the invention) include references to all other sub-formula, sub-groups, preferences, embodiments and examples as defined herein.

Unless otherwise stated, the following terms used in the specification and claims have the meanings discussed below:

As used herein, the term “or” is meant to include both “and” and “or” . In other words, the term “or” may also be replaced with “and/or” .

In defining various terms, for example, “Y” and “B” , are used herein as generic symbols to represent various specific chemical elements.

As used herein, the term “unsaturated bond” refers to a double or triple bond.

As used herein, the term “unsaturated” or “partially unsaturated” refers to a moiety that includes at least one double or triple bond.

As used herein, the term “saturated” refers to a moiety that does not contain a double or triple bond, i.e., the moiety only contains single bonds.

As used herein, the term “alkyl” by itself or as part of another substituent refers to a straight (i.e., unbranched) or branched hydrocarbon chain radical consisting of carbon and  hydrogen atoms, containing no unsaturation, having the stated number of carbon atoms (e.g., C₁-C₁₀ or C_1-10 alkyl) . Whenever it appears herein, a numerical range such as “1 to 10” refers to each integer in the given range, e.g., “1 to 10 carbon atoms” means that the alkyl group can consist of 1 carbon atom, 2 carbon atoms, 3 carbon atoms, 4 carbon atoms, etc., up to and including 10 carbon atoms, although the present definition also covers the occurrence of the term “alkyl” where no numerical range is designated. Representative saturated linear or straight alkyl includes, but not limited to, -methyl, -ethyl, -n-propyl, -n-butyl, -n-pentyl, and -n-hexyl; while saturated branched alkyl includes, but not limited to, -isopropyl, -sec-butyl, -isobutyl, -tert-butyl, -isopentyl, 2-methylbutyl, 3-methylbutyl, 2-methylpentyl, 3-methylpentyl, 4-methylpentyl, 2-methylhexyl, 3-methylhexyl, 4-methylhexyl, 5-methylhexyl, 2, 3-dimethylbutyl, and the like. The alkyl is attached to the parent molecule by a single bond. Unless stated otherwise in the specification, an alkyl group is optionally substituted by one or more substituents.

The term “alkylene” by itself or as part of another molecule means a divalent radical derived from an alkane, which can be a straight chain or branched chain. In this context, the prefixes (e.g., C_1-4, C_1-7, C_1-20, C_2-7, C_3-7, etc. ) denote the number of carbon atoms, or range of number of carbon atoms. For example, the term “C_1-4alkylene, ” as used herein, refers to an alkylene group having from 1 to 4 carbon atoms. Examples of linear C_1-8 alkylene groups include, but are not limited to, - (CH₂) _n-where n is an integer from 1 to 7, for example, -CH₂-, -CH₂CH₂CH₂-, and -CH₂CH₂CH₂CH₂-. Examples of branched C_1-7 alkylene groups include, but are not limited to, -CH (CH₃) -, -CH (CH₃) CH₂-, -CH (CH₃) CH₂CH₂-, -CH (CH₃) CH₂CH₂CH₂-, -CH₂CH (CH₃) CH₂-, -CH₂CH (CH₃) CH₂CH₂-, -CH (CH₂CH₃) -, -CH (CH₂CH₃) CH₂-, and -CH₂CH (CH₂CH₃) CH₂-.

As used herein, the term “alkenyl” by itself or as part of another substituent refers to an unsaturated branched or straight-chain having at least one carbon-carbon double bond derived by the removal of one hydrogen atom from a single carbon atom of a parent alkene. The group may be in either the cis or trans conformation about the double bond (s) . Typical alkenyl groups include, but are not limited to, ethenyl, propenyl, and the like.

As used herein, the term “alkynyl” by itself or as part of another substituent refers to carbon chains which contain at least one carbon-carbon triple bond, and which may be linear or  branched or combinations thereof. Examples of alkynyl include ethynyl, propargyl, 3-methyl-1-pentynyl, 2-heptynyl and the like.

As used herein, the term “alk” as part of a moiety or group [e.g., as in -alk-C (O) -NH₂ or -alk-NR-alkyl] refers to alkylene, alkenylene, or alkynylene; preferably alkylene.

As used herein, the term “cycloalkyl” by itself or as part of another substituent refers to a non-aromatic carbon-based ring composed of at least three carbon atoms. The term cycloalkyl includes monocyclic cycloalkyl, bicyclic cycloalkyl, polycyclic cycloalkyl, bridged cycloalkyl, fused cycloalkyl, and spiro cycloalkyl groups. In a bridged cycloalkyl, the rings share at least two common non-adjacent atoms. In a fused bicyclic cycloalkyl, two rings share a covalent bond. In a spirocyclic cycloalkyl group, one atom is common to two different rings.

The term “heterocycloalkyl” is a type of cycloalkyl group as defined above, and is included within the meaning of the term “cycloalkyl, ” where at least one of the carbon atoms of the ring is replaced with a heteroatom such as, but not limited to, nitrogen, oxygen, sulfur, or phosphorus. The cycloalkyl group and heterocycloalkyl group can be substituted or unsubstituted.

The term “cycloalkenyl” as used herein is a non-aromatic carbon-based ring composed of at least three carbon atoms and containing at least one carbon-carbon double bond, i.e., C═C. Examples of cycloalkenyl groups include, but are not limited to, cyclopropenyl, cyclobutenyl, cyclopentenyl, cyclopentadienyl, cyclohexenyl, cyclohexadienyl, and the like.

The term “heterocycloalkenyl” is a type of cycloalkenyl group as defined above, wherein at least one of the carbon atoms of the ring is replaced with a heteroatom such as, but not limited to, nitrogen, oxygen, sulfur, or phosphorus. The cycloalkenyl group and heterocycloalkenyl group can be substituted or unsubstituted.

The term “cycloalkynyl” as used herein is a non-aromatic carbon-based ring composed of at least seven carbon atoms and containing at least one carbon-carbon triple bound. Examples of cycloalkynyl groups include, but are not limited to, cycloheptynyl, cyclooctynyl, cyclononynyl, and the like.

The term “heterocycloalkynyl” is a type of cycloalkenyl group as defined above, and is included within the meaning of the term “cycloalkynyl, ” where at least one of the carbon atoms of the ring is replaced with a heteroatom such as, but not limited to, nitrogen, oxygen, sulfur, or  phosphorus. The cycloalkynyl group and heterocycloalkynyl group can be substituted or unsubstituted.

As used herein, the term “heterocycle” or “heterocyclyl” refers to a group derived from a monocyclic, bridged bicyclic, fused bicyclic, spirocyclic or polycyclic moiety comprising at least one nonaromatic ring comprising one or more ring-forming heteroatoms independently selected from nitrogen, oxygen, and sulfur. The nitrogen atom may be substituted or unsubstituted (i.e., N or NR wherein R is H or another substituent, if defined) . The heterocyclyl can be saturated or partially unsaturated. In certain embodiments, a heterocyclyl may comprises 1 to 4 heteroatoms as ring members. The heterocyclyl groups of the present disclosure can be attached to the parent molecular moiety through a carbon atom or a heteroatom in the group. Thus, the term is inclusive of, but not limited to, “heterocycloalkyl” , “heteroaryl” , “bicyclic heterocycle” and “polycyclic heterocycle. ”

As used herein, the term “halo” or “halogen” refers to fluorine (fluoro, -F) , chlorine (chloro, -Cl) , bromine (bromo, -Br) , or iodine (iodo, -I) . “Haloalkyl” refers to alkyl as defined above in which one or more of the hydrogen atoms have been replaced with a halogen independently selected from fluoro, chloro, bromo, and iodo. “Fluoroalkyl” means alkyl as defined above wherein one or more hydrogen atoms have been replaced by fluoro atoms. Unless otherwise specified with a number, a haloalkyl can include as many as chemically possible halo atoms as substituents on the alkyl group. For example, fluroethyl can be -CH₂CF₃, -CHF-CH₃, or -CH₂CH₂F.

As used herein, the term “alkoxy” refers to a saturated straight or branched hydrocarbon linked to an oxygen atom. Representative saturated straight chain alkoxys include methoxy, ethoxyl, n-propoxy, n-butoxy, n-pentoxy, n-hextoxy, and the like; while saturated branched alkoxys include isopropoxyl, sec-butoxy, isobutoxy, tert-butoxy, isopentoxy, and the like. Cyclic alkoxy are referred to herein as a “cycloalkoxy” . “C_1-4alkoxy” refers to an alkyl with 1, 2, 3, or 4 carbon atoms. Alkoxy can be linked to a molecule by one or two attachment points.

As used herein, the term “alkoxyalkyl” refers to an alkyl group substituted with one, two, or three alkoxy groups.

As used herein, the term “aryl” refers to an all-carbon monocyclic or fused-ring polycyclic (i.e., rings which share adjacent pairs of carbon atoms) groups of 6 to 12 carbon atoms having a  completely conjugated pi-electron system. Examples, without limitation, of aryl groups are phenyl, naphthyl and anthracenyl. The “aryl” group can be substituted or unsubstituted.

As used herein, the term “heteroaryl” refers to a monocyclic or fused ring (i.e., rings which share an adjacent pair of atoms) of 5 to 12 ring atoms containing one, two, three or four ring heteroatoms selected from N, O or S, the remaining ring atoms being C, and, in addition, having a completely conjugated pi-electron system. Examples, without limitation, of unsubstituted heteroaryl groups are pyrrole, furan, thiophene, imidazole, oxazole, thiazole, pyrazole, pyridine, pyrimidine, quinoline, isoquinoline, purine, triazole, tetrazole, triazine, carbazole, benzimidazole, benzoxazole, benzothiazole, indazole and quinazoline. The heteroaryl group may be substituted or unsubstituted.

As used herein, the term “arylene” refers to a bidentate moiety obtained by removing two hydrogen atoms, one from each of two different aromatic ring atoms of an aromatic compound, which moiety has from 3 to 20 ring atoms (unless otherwise specified) . Preferably, each ring has from 5 to 7 ring atoms.

As used herein, the term “hydroxyl” or “hydroxy” refers to the group -OH.

As used herein, the term “hydroxyalkyl” by itself or as part of another substituent refers to an alkyl group in which one or more of the hydrogen atoms are replaced with a hydroxyl substituent. Thus, the term “hydroxyalkyl” is meant to include monohydroxyalkyls, dihydroxyalkyls, trihydroxyalkyls, etc.

As used herein, the term “cyano” refers to a group of -C≡N. The term “cyanoalkyl” as used herein, refers to an alkyl group having at least one -CN substituent.

As used herein, the term “amino” or “amine” as used herein refers to -NH₂.

As used herein, the term “nitro, ” as used herein, refers to -NO₂.

As used herein, the term “carbonyl” refers to a -C (=O) -group. The term “carboxy, ” as used herein, refers to -CO₂H. The term “carboxyalkyl, ” as used herein, refers to an alkyl group substituted with one, two, or three carboxy groups.

The above-defined groups may include prefixes and/or suffixes that are commonly used in the art to create additional well-recognized substituent groups. As examples, the term “alkylamine” refers to a group of the formula -NHR, and “dialkylamine” refers to a group of the  formula -NRR, where each R is independently an alkyl. As another example, “haloalkoxy” or “haloalkyloxy” refers to a haloalkyl group attached to the parent molecular moiety through an oxygen atom.

As used herein, the term -SO₂-refers to a formula of

As used herein, the term “oxo” (alone or in combination with other terms) refers to =O.

As used herein, the term “optional” or “optionally” means that the subsequently described event or circumstance may but need not occur, and that the description includes instances where the event or circumstance occurs and instances in which it does not. For example, “heterocyclyl group optionally substituted with an alkyl group” means that the alkyl may but need not be present, and the description includes situations where the heterocyclyl group is substituted with an alkyl group and situations where the heterocyclyl group is not substituted with the alkyl group.

As used herein, the term “pharmaceutically acceptable salts” refers to salts prepared from pharmaceutically acceptable non-toxic bases or acids including inorganic or organic bases and inorganic or organic acids, which are, within the scope of sound medical judgment, suitable for use in contact with the tissues of patients without excessive toxicity, irritation, allergic response, or other problem or complication commensurate with a reasonable benefit/risk ratio, and are effective for their intended use. Salts derived from inorganic bases include aluminum, ammonium, calcium, copper, ferric, ferrous, lithium, magnesium, manganic salts, manganous, potassium, sodium, zinc, and the like. Particularly preferred are the ammonium, calcium, magnesium, potassium, and sodium salts. Salts derived from pharmaceutically acceptable organic non-toxic bases include salts of primary, secondary, and tertiary amines, substituted amines including naturally occurring substituted amines, cyclic amines, and basic ion exchange resins, such as arginine, betaine, caffeine, choline, N, N′-dibenzylethylenediamine, diethylamine, 2-diethyl-aminoethanol, 2-dimethylaminoethanol, ethanolamine, ethylenediamine, N-ethyl-morpholine, N-ethylpiperidine, glucamine, glucosamine, histidine, hydrabamine, isopropylamine, lysine, methyl-glucamine, morpholine, piperazine, piperidine, polyamine resins, procaine,  purines, theobromine, triethylamine, trimethylamine, tripropylamine, tromethamine, and the like.

When a compound of the present invention is basic, salts may be prepared from pharmaceutically acceptable non-toxic acids, including inorganic and organic acids. Such acids include acetic, benzenesulfonic, benzoic, camphorsulfonic, citric, ethanesulfonic, fumaric, gluconic, glutamic, hydrobromic, hydrochloric, isethionic, lactic, maleic, malic, mandelic, methanesulfonic, mucic, nitric, pamoic, pantothenic, phosphoric, succinic, sulfuric, tartaric, p-toluenesulfonic acid, and the like. Particularly preferred are citric, hydrobromic, hydrochloric, maleic, phosphoric, sulfuric, and tartaric acids.

It will be understood that, as used herein, references to the compounds of Formula (I) are meant to also include the pharmaceutically acceptable salts.

As used herein, the term “a pharmaceutical composition” refers to a mixture of one or more of the compounds described herein, or pharmaceutically acceptable salts or prodrugs thereof, with other chemical components, such as pharmaceutically acceptable excipients. The purpose of a pharmaceutical composition is to facilitate administration of a compound to an organism.

As used herein, the term “pharmaceutically acceptable excipient” refers to an inert substance added to a pharmaceutical composition to further facilitate administration of a compound. Examples, without limitation, of excipients include calcium carbonate, calcium phosphate, various sugars and types of starch, cellulose derivatives, gelatin, vegetable oils and polyethylene glycols.

As used herein, the term “therapeutically effective amount” refers to that amount of the compound being administered which will relieve to some extent one or more of the symptoms of the disorder being treated. In reference to the treatment of cancer, a therapeutically effective amount refers to that amount which has the effect of: (1) reducing the size of the tumor; (2) inhibiting tumor metastasis; (3) inhibiting tumor growth; and/or (4) relieving one or more symptoms associated with the cancer.

As used herein, the term “subject” or “patient” is used interchangeably and refers to any animal subject, including but not limited to human beings, laboratory animals (e.g., primates, rats,  mice) , livestock (e.g., cows, sheep, goats, pigs, turkeys, and chickens) , and household pets (e.g., dogs, cats, and rodents) .

Isomeric forms

The present invention provides novel compounds of Formula (I) , or a pharmaceutically acceptable salt therefore, as CDK inhibitors.

It will be appreciated that certain compounds of Formula (I) (or salts, prodrugs, or conjugates) may exist in, and be isolated in, isomeric forms, including tautomeric forms, geometric isomers (i.e., cis-or trans-isomers) , optical isomers (i.e., enantiomers and diastereomers) , racemic forms, or any mixture of the isomeric forms described above. It is to be understood that the present invention encompasses a compound of Formula (I) in any of the isomeric forms or as a mixture thereof, for example, in the form of an active single enantiomer, racemic, or any mixture thereof. The present invention is meant to comprehend all such isomeric forms of the compounds of Formula (I) .

In addition, a compound of Formula (I) (or salt, prodrug or conjugate thereof) may exhibit polymorphism or may form a solvate with water or an organic solvent. The present invention also encompasses any such polymorphic form, any solvate or any mixture thereof.

Examples

The following examples are illustrative of the present invention and are not meant to limit the scope of the invention.

Examples 1: 1- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) ethan-1-one

Step 1: To a solution of 4-amino-2- (methylthio) pyrimidine-5-carbaldehyde (20.0 g, 118.2 mmol, 1.0 eq. ) and dimethyl propanedioate (20.0 g, 151.3 mmol, 17.4 mL, 1.3 eq. ) in DMF (500 mL) was added K₂CO₃ (19.6 g, 141.8 mmol, 1.2 eq. ) . The mixture was stirred at 85 ℃ for 24 h. The reaction mixture was poured to H₂O (2 L) . Then AcOH was added to the mixture slowly until pH = 5 and the mixture was filtered. The cake was washed with H₂O (200 mL) and dried under reduced pressure to give methyl 7-hydroxy-2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidine-6-carboxylate.

MS m/z: 252.1 (M+1) ⁺.

Step 2: To a solution of POCl₃ (183.1 g, 1.2 mol, 111.0 mL, 20.0 eq. ) was added methyl 7-hydroxy-2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidine-6-carboxylate (15.0 g, 59.7 mmol, 1.0 eq. ) . The mixture was stirred at 100 ℃ for 3 h. The reaction mixture was concentrated under reduced pressure to remove POCl₃. The residue was treated with H₂O (500 mL) and aqueous NaHCO₃ was added until pH = 7. Then the mixture was extracted with EtOAc (500 mL x 3) . The combined organic layers were washed with brine, dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give methyl 7-chloro-2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidine-6-carboxylate as yellow solid which was used for next step without further purification.

MS m/z: 270.1 (M+1) ⁺.

Step 3: To a solution of LiAlH₄ (2.1 g, 54.9 mmol, 2.0 eq. ) in THF (140.0 mL) was added methyl 7-chloro-2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidine-6-carboxylate (7.4 g, 27.4 mmol, 1.0 eq. ) at 0 ℃ under N₂ atmosphere. The mixture was stirred at 0 ℃ for 2 h. 10.0 g of Na₂SO₄·10 H₂O was added at 0 ℃ and stirred for 30 min. Then the mixture was filtered and the cake was washed with  THF (100 mL) . The filtrate was concentrated under reduced pressure to give (7-chloro-2- (methylthio) -3, 4-dihydropyrido [2, 3-d] pyrimidin-6-yl) methanol as yellow solid which was used for next step directly without further purification.

MS m/z: 244.1 (M+1) ⁺.

Step 4: To a solution of (7-chloro-2- (methylthio) -3, 4-dihydropyrido [2, 3-d] pyrimidin-6-yl)methanol (4.0 g, 16.4 mmol, 1.0 eq. ) in EtOAc (100 mL) was added MnO₂ (21.4 g, 246.2 mmol, 15.0 eq. ) . The mixture was stirred at 50 ℃ for 2 h. The mixture was filtered and filtrate was concentrated under reduced pressure to give 7-chloro-2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidine-6-carbaldehyde as yellow solid which was used for next step without further purification.

MS m/z: 240.0 (M+1) ⁺.

Step 5: To a solution of 7-chloro-2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidine-6-carbaldehyde (2.8 g, 11.7 mmol, 1.0 eq. ) in DCM (50 mL) was added DAST (4.7 g, 29.2 mmol, 3.9 mL, 2.5 eq. ) . The mixture was stirred at 80 ℃ for 2 h. The reaction mixture was diluted with aqueous NaHCO₃ (50 mL) and extracted with DCM (30 mL x 3) . The combined organic layers were washed with brine, dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by flash silica gel chromatography (40 g SepaSilica Flash Column, Eluent of 0 to 18%Ethyl acetate/Petroleum ether gradient) to give 7-chloro-6-(difluoromethyl) -2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidine as white solid.

MS m/z: 262.1 (M+1) ⁺.

Step 6: A solution of 7-chloro-6- (difluoromethyl) -2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidine (0.4 g, 1.3 mmol, 1.0 eq. ) in NH₃ solution (3 M in THF, 4.5 mL, 10.0 eq. ) was stirred at 50 ℃ for 2 h.The mixture was concentrated under reduced pressure to give the crude 6- (difluoromethyl) -2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7-amine as white solid. The product was used for next step without further purification.

MS m/z: 243.1 (M+1) ⁺.

Step 7: To a solution of 6- (difluoromethyl) -2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7-amine (257.0 mg, 1.1 mmol, 1.0 eq. ) in DMF (2 mL) was added 1-bromobutane-2, 3-dione (350.1 mg, 2.1 mmol, 2.0 eq. ) . The mixture was stirred at 80 ℃ for 1.5 h. The reaction mixture was concentrated under high reduced pressure to give a residue. The residue was purified by flash silica gel  chromatography (4 g Silica Flash Column, Eluent 0 to 80%Ethyl acetate/Petroleum ether gradient) to 1- (6- (difluoromethyl) -2-(methylthio) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) ethan-1-one as brown solid.

MS m/z: 309.0 (M+1) ⁺.

Step 8: To a solution of 1- (6- (difluoromethyl) -2- (methylthio) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) ethan-1-one as brown solid (240.0 mg, 0.7 mmol, 1.0 eq. ) in DCM (2 mL) was added m-CPBA (148.0 mg, 0.7 mmol, 85.0%purity, 1.0 eq. ) at 0 ℃ and the mixture was stirred at 0-25 ℃ for 2 h. The reaction mixture was quenched by addition DMSO (1 mL) and concentrated under reduced pressure to give 1- (6- (difluoromethyl) -2- (methylsulfinyl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) ethan-1-one as a yellow liquid, which was moved forward to the next step directly.

MS m/z: 325.0 (M+1) ⁺.

Step 9: To a solution of 1- (6- (difluoromethyl) -2-(methylsulfinyl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) ethan-1-one (200.0 mg, 0.6 mmol, 1.0 eq. ) and DIPEA (227.9 mg, 1.8 mmol, 0.3 mL, 3.0 eq. ) in DMSO (4 mL) was added 1-methylsulfonylpiperidin-4-amine (125.7 mg, 0.7 mmol, 1.2 eq. ) . The mixture was stirred at 80 ℃for 1 h. The reaction mixture was added H₂O (10 mL) and extracted with EtOAc (20 mL x 3) . The combined organic layers were washed with brine (10 mL) , dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by flash silica gel chromatography (4 g Silica Flash Column, Eluent of 0～100%Ethyl acetate/Petroleum ether gradient ) to give 1- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) ethan-1-one (Example 1) as yellow solid. MS m/z: 439.2 (M+1) ⁺.

Examples 18: 8- (1, 1-difluoroethyl) -6- (difluoromethyl) -N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine

Step 1: To a solution of 1- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) ethan-1-one (140.0 mg, 319.3 μmol, 1.0 eq. ) in DCM (1 mL) was dropwise DAST (2.1 g, 12.8 mmol, 1.7 mL, 40.0 eq. ) at 0 ℃ and the mixture was stirred at 50 ℃ for 7 h. The reaction mixture was partitioned between DCM 30 mL  and water 50 mL, and then the water phase was separated, washed with DCM (20 mL x 2) , the organic phase was dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure. The crude product was dissolved in CH₃CN and purified by prep-HPLC (column: YMC-Actus Triart C18 150X30mmX5μm; mobile phase: [water (TFA 0.1%) -ACN] ; ACN: 38%-58%, 10.5 min) to give 8- (1, 1-difluoroethyl) -6- (difluoromethyl) -N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine as a yellow solid.

Examples 22: 2- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) propan-2-ol

Step 1: To a solution of 3-hydroxy-3-methyl-butan-2-one (5.0 g, 49.0 mmol, 1.0 eq. ) in CCl₄ (25 mL) were added NBS (10.5 g, 58.8 mmol, 1.2 eq. ) . Then NaHSO₄·SiO₂ (4.4 g, 24.5 mmol, 0.5 eq. ) was added. The mixture was stirred at 80 ℃ under N₂ atmosphere for 4 h. The reaction mixture was filtered and the filtration was concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by flash silica gel chromatography (40 g Silica Flash Column, Eluent of 0～40%PE : EtOAc at 80 mL/min) to give 1-bromo-3-hydroxy-3-methylbutan-2-one as colorless oil.

Step 2: To a solution of 6- (difluoromethyl) -2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7-amine (2.0 g, 8.3 mmol, 1.0 eq. ) in dioxane (30 mL) was added NaHCO₃ (1.4 g, 16.5 mmol, 2.0 eq. ) and 1-bromo-3-hydroxy-3-methylbutan-2-one (4.0 g, 22.1 mmol, 2.7 eq. ) . The mixture was stirred at 80 ℃ for 20 h under N₂ atmosphere. The mixture was partitioned between water (100 mL) and EtOAc (50 mL) . The organic phase was separated, washed with brine (30 mL) , dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by flash silica gel chromatography (20 g Sepa Silica Flash Column, Eluent of 0～25%Ethyl acetate/Petroleum ether gradient at 40 mL/min) to give Compound 2- (6- (difluoromethyl) -2- (methylthio) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) propan-2-ol as a brown solid.

MS m/z: 325.1 (M+1) ⁺.

Step 3: To a solution of 2- (6- (difluoromethyl) -2- (methylthio) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) propan-2-ol (1.1 g, 3.5 mmol, 1.0 eq. ) in DCM (10 mL) was added m-CPBA (0.8 g, 3.8 mmol, 85%purity, 1.1 eq. ) . The mixture was stirred at 0 ℃ for 2 h. The reaction mixture was partitioned between DCM (50 mL) and water (30 mL) . The organic phase was separated, washed with brine (20 mL) , dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give crude product 2- (6- (difluoromethyl) -2- (methylsulfinyl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) propan-2-ol as yellow solid which was used into the next step without further purification. MS m/z: 341.1 (M+1) ⁺.

Step 4: To a solution of 2- (6- (difluoromethyl) -2- (methylsulfinyl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) propan-2-ol (1.1 g, 3.2 mmol, 1.0 eq. ) in DMSO (10 mL) was added Et₃N (1.0 g, 9.7 mmol, 3.0 eq. ) and 1- (methylsulfonyl) piperidin-4-amine (0.7 g, 3.9 mmol, 1.2 eq. ) . The mixture was stirred at 90 ℃ for 3 h. The reaction mixture was partitioned between water (100 mL) and EtOAc (50 mL) . The organic phase was separated, washed with brine (20 mL) , dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by flash silica gel chromatography (12 g Sepa Silica Flash Column, Eluent of 0～35%Ethyl acetate/Petroleum ether gradient @50mL/min) to give Compound 2- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) propan-2-ol as a white solid.

MS m/z: 455.2 (M+1) ⁺.

Examples 34 and 35: (1s, 3s) -3- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) cyclobutan-1-ol (example 34) and (1r, 3r) -3- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) cyclobutan-1-ol (example 35) 

Step 1: To a solution of 3- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) cyclobutan-1-one (1.1 g, 2.4 mmol, 1.0  eq. ) in MeOH (20 mL) and DCM (20 mL) was added NaBH₄ (275.0 mg, 7.3 mmol, 3.1 eq. ) . The mixture was stirred at 0 ℃ for 1 h. The reaction mixture was quenched by addition 1 N HCl solution (30 mL) at 0 ℃, then diluted with water (50 mL) and extracted with EtOAc (50 mL x 3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL x 2) , dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by flash silica gel chromatography (ISCO; 40 g SepaFlash Silica Flash Column, Eluent of 0～100%Ethyl acetate/Petroleum ether gradient @80 mL/min) to give 3- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) cyclobutan-1-ol as a white solid. MS m/z: 467.2 (M+1) ⁺.

Step 2: 3- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) cyclobutan-1-ol (200.0 mg, 428.7 μmol, 1.0 eq. ) was seperated by SFC (column: daicel chiralcel oj (250 mm *30 mm, 10um) ; mobile phase: [CO₂-EtOH (0.1%NH₃·H₂O) ] ; 35%EtOH isocratic elution mode) to give two peaks. Two peaks were concentrated under reduced pressure, then they are lyophilized under reduced pressure to give example 34: (1s, 3s) -3- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) cyclobutan-1-ol and example 35: (1r, 3r) -3- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) cyclobutan-1-ol as a white solid.

Examples 42 and 43: (1S, 3S) -3- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) -1-methylcyclobutan-1-ol (example 42) and (1R, 3R) -3- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) -1-methylcyclobutan-1-ol (example 43) 

Step 1: To a solution of 3- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) cyclobutan-1-one (100.0 mg, 215.3 μmol, 1.0 eq. ) in THF (5 mL) was added MeMgBr (3 M, 0.1 mL, 1.5 eq. ) . The mixture was stirred at 0 ℃for 1 hr. The reaction mixture was quenched by addition NH₄Cl (10 mL) at 0 ℃, then diluted with water (10 mL) and extracted with EtOAc (10 mL) . The combined organic layers were washed with brine (10 mL) , dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by prep-HPLC (column: Boston Green ODS 150×30mmX5 μm; mobile phase: [water (TFA 0.1%) -ACN] ; gradient: 8%-38%ACN 12 min) to give 3- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) -1-methylcyclobutan-1-ol as a white solid.

MS m/z: 481.2 (M+1) ⁺

Step 2: The starting material 3- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) -1-methylcyclobutan-1-ol (51.7 mg, 107.7 μmol, 1.0 eq. ) was separated by SFC (column: daicel chiralpak ad (250 mm × 30 mm, 10 μm); mobile phase: [CO₂-i-PrOH (0.1%NH₃H₂O) ] ; i-PrOH: 35%, isocratic elution mode) to give two compounds. Then it was purified by HPLC (column: Boston Green ODS 150 × 30 mm × 5 μm;mobile phase: [water (TFA 0.1%) -ACN] ; gradient: 10%-40%ACN 12 min) to give example 42 (1s, 3s) -3- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) -1-methylcyclobutan-1-ol and example 43 (1r, 3r) -3- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) -1-methylcyclobutan-1-ol as a white solid.

Example 56: N- (2- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) propan-2-yl) acetamide

Step 1: To a solution of 2- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) propan-2-ol (50.0 mg, 110.0 μmol, 1.0  eq. ) in H₂SO₄ (0.2 mL) was added acetonitrile (0.4 mL) . The mixture was stirred at 25 ℃ for 1 h. It was added with 1N NaOH solution to adjust pH～7, then it was partitioned between EtOAc (20 mL) and water (10 mL) . The organic phase was separated, washed with brine (10 mL) , dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure and purified by prep-HPLC (column: Welch Xtimate C18 150×25mm×5μm; mobile phase: [water (TFA 0.1%) -ACN] ; ACN: 15%-45%, 11 min) to give N- (2- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) propan-2-yl) acetamide as a white solid. 

Example 57: 8- (2-aminopropan-2-yl) -6- (difluoromethyl) -N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine

Step 1: To a solution of 2- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) propan-2-ol (70.0 mg, 154.0 μmol, 1.0 eq. ) in H₂SO₄ (1.5 mL) and 2-chloroacetonitrile (1.5 mL) . The mixture was stirred at 25 ℃ for 1 hr. The reaction was added 1 N NaOH solution to adjusted pH～7, then it was was partitioned between EtOAc (20 mL) and water (20 mL) . The organic phase was separated, washed with brine (10 mL) , dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give 2-chloro-N- (2- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) propan-2-yl) acetamide as colorless oil.

MS m/z: 530.2 (M+1) ⁺.

Step 2: To a solution of 2-chloro-N- [1- [7- (difl2-chloro-N- (2- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1-(methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) propan-2-yl) acetamide (80.0 mg, 151.0 μmol, 1.0 eq. ) in EtOH (3 mL) and AcOH (0.5 mL) was added thiourea (23.0 mg, 301.9 μmol, 2.0 eq. ) . The mixture was stirred at 85 ℃ for 1 hr. The reaction was concentrated under rduced pressure to give the residue, the residue was added water (20 mL) and EtOAc (20 mL) , then the organic layer was concentrated under reduced pressure. The residue was purified by prep-HPLC (column: C18-1 150 × 30 mm × 5 μm; mobile phase: [water (NH₄HCO₃ 10 mM HCl 0.04%) -ACN] ; B%: 24%-44%, 11 min) to give 8- (2-aminopropan-2-yl) -6-(difluoromethyl) -N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine as a white solid.

Example 59: 6- (difluoromethyl) -8- ( (1s, 3s) -3- (dimethylamino) cyclobutyl) -N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine

Step 1: To a solution of 3- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) cyclobutan-1-one (40.0 mg, 86.1 μmol, 1.00 eq. ) in MeOH (4 mL) was added NaBH₃CN (48.0 mg, 763.8 μmol, 8.9 eq. ) and Me₂NH (48.0 mg, 588.6 μmol, 53.9 μL, 6.8 eq., HCl salt) . The mixture was stirred at 25 ℃ for 16 h. The reaction was filtered and concentrated under reduced pressure to give the residue. The residue was purified by prep-HPLC (column: Boston Green ODS 150×30mm×5μm; mobile phase: [water (FA 0.1%) -ACN] ; ACN: 8%-38%14 min) to give 6- (difluoromethyl) -8- ( (1s, 3s) -3- (dimethylamino) cyclobutyl) -N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine as a white solid.

Example 63: 6- (difluoromethyl) -8- (1-fluoro-2-methylpropan-2-yl) -N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine

Step 1: To a solution of 2- (6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) -2-methylpropan-1-ol (30.0 mg, 64.0 μmol, 1.0 eq. ) in DCM (1 mL) was added DAST (21.7 mg, 128.1 μmol, 1.4 μL, 95%purity, 2.0 eq. ) at 0 ℃. The mixture was stirred at 0 ℃ for 2 h. The reaction mixture was quenched by addition NaHCO₃ (3 mL) at 0 ℃, and then and extracted with DCM (10 mL x 3) . The combined organic layers were dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by prep-HPLC (column: Welch Xtimate C18 150 × 25 mm × 5 μm;mobile phase: [water (TFA 0.1%) -ACN] ; gradient: 20%-40%ACN over 12 min) to give compound 6- (difluoromethyl) -8- (1-fluoro-2-methylpropan-2-yl) -N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine as a yellow oil.

Example 65: 6- (difluoromethyl) -N-methyl-2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine-8-carboxamide

Step 1: To a solution of 6- (difluoromethyl) -2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7-amine (257.0 mg, 1.1 mmol, 1.0 eq. ) in DMF (2 mL) was added methyl 3-bromo-2-oxo-propanoate (288.0 mg, 1.6 mmol, 1.5 eq. ) and NaHCO₃ (178.2 mg, 2.1 mmol, 2.0 eq. ) . The mixture was stirred at 80 ℃ for 1 h. The reaction mixture was added to H₂O (20 mL) and extracted with EtOAc (15 mL x 3) . The combined organic layers were washed with brine (10 mL) , dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by flash silica gel chromatography (4 g Silica Flash Column, Eluent 0 to 80%Ethyl acetate/Petroleum ether gradient) to give methyl 6- (difluoromethyl) -2-(methylthio) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine-8-carboxylate as brown solid.

MS m/z: 325.0 (M+1) ⁺.

Step 2: To a solution of methyl 6- (difluoromethyl) -2- (methylthio) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine-8-carboxylate (240.0 mg, 0.7 mmol, 1.0 eq. ) in DCM (5 mL) was added m-CPBA (142.0 mg, 0.7 mmol, 85.0%purity, 1.0 eq. ) at 0 ℃ and the mixture was stirred at 0-25 ℃ for 2 h. The reaction mixture was added to H₂O (15 mL) and extracted with EtOAc (15 mL x 3) . The combined organic layers were washed with brine (10 mL) , dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to methyl 6-(difluoromethyl) -2- (methylsulfinyl) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine-8-carboxylate as brown oil which was used for next step without further purification.

MS m/z: 341.1 (M+1) ⁺.

Step 3: To a solution of methyl 6- (difluoromethyl) -2- (methylsulfinyl) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine-8-carboxylate (200.0 mg, 0.6 mmol, 1.0 eq. ) and DIPEA (227.9 mg, 1.8 mmol, 0.3 mL, 3.0 eq. ) in DMSO (4 mL) was added 1- methylsulfonylpiperidin-4-amine (125.7 mg, 0.7 mmol, 1.2 eq. ) . The mixture was stirred at 80 ℃for 1 h. The reaction mixture was added H₂O (10 mL) and extracted with EtOAc (20 mL x 3) . The combined organic layers were washed with brine (10 mL) , dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by flash silica gel chromatography (4 g Silica Flash Column, Eluent of 0～100%Ethyl acetate/Petroleum ether gradient) to give methyl 6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine-8-carboxylate as yellow solid.

MS m/z: 455.2 (M+1) ⁺.

Step 4: To a solution of methyl 6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine-8-carboxylate (100.0 mg, 0.2 mmol, 1.0 eq. ) in THF (5 mL) , water (1 mL) and MeOH (5 mL) was added LiOH·H₂O (46.2 mg, 1.1 mmol, 5.0 eq. ) . The mixture was stirred at 25 ℃ for 1 h. The reaction mixture was concentrated under reduced pressure to remove THF and MeOH. The residue was acidified with 1 N HCl to pH 6 and extracted with EtOAc (10 mL x 2) . The combined organic layers were washed with brine (5 mL x 2) , dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give 6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine-8-carboxylic acid as a yellow solid.

Step 5: To a solution of 6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine-8-carboxylic acid (45.0 mg, 102.2 μmol, 1.0 eq. ) in DMF (2 mL) was added HATU (54.4 mg, 143.0 μmol, 1.4 eq. ) and DIEA (39.6 mg, 306.5 μmol, 3.0 eq. ) . The mixture was stirred at 25 ℃ for 1 h. The residue was purified by prep-HPLC (column: Boston Green ODS 150 × 30 mm × 5 μm; mobile phase: [water (0.5%TFA) and ACN] ; ACN: 30%-60%, 14 min) to give 6- (difluoromethyl) -N-methyl-2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine-8-carboxamide as a white solid.

Examples 67: 1- (2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) -8- (trifluoromethyl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-6-yl) ethan-1-one

Step 1: To a solution of 2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) -8-(trifluoromethyl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine-6-carbonitrile (62.0 mg, 141.1 μmol, 1.0 eq. ) in THF (6 mL) was added dropwise MeMgBr (3 M, 940.7 μL, 20.0 eq. ) at 0 ℃. The resulting mixture was stirred at 25 ℃ for 16 h. The reaction mixture was added 3M HCl (0.8 mL) and the resulting mixture was stirred at 25℃ for 14 h and then diluted with water 10 mL and extracted with EtOAc (10 mL x 3) . The combined organic layers were dried over anhydrous Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by prep-HPLC (column: Boston Green ODS 150×30mm×5μm; mobile phase: [water (TFA 0.1%) -ACN] ; gradient: 45%-65%ACN over 13 min) to give 1- (2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) -8- (trifluoromethyl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-6-yl) ethan-1-one as a yellow solid.

Examples 71: 2- (6- (1-hydroxyethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) propan-2-ol

Step 1: To a solution of 1- (8- (2-hydroxypropan-2-yl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-6-yl) ethan-1-one (18.0 mg, 40.3 μmol, 1.0 eq. ) in MeOH (1 mL) was added NaBH₄ (1.5 mg, 40.3 μmol, 1.0 eq. ) . The mixture was stirred at 0 ℃ for 2 h. The reaction mixture was then quenched by the addition of water (0.5 mL) and extracted with ethyl acetate. The combined organic layers were washed with brine, dried over  anhydrous sodium sulfate, filtered, and concentrated under vacuum. The residue was purified by prep-HPLC (column: C18-1 150 × 30 mm × 5 μm; mobile phase: [water (NH₄HCO₃ 10 mM) -ACN] ; gradient: 17%-47%ACN over 11 min) to give 2- (6- (1-hydroxyethyl) -2- ( (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) amino) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-yl) propan-2-ol as a white solid.

Example 74 and 75: 9-bromo-6- (difluoromethyl) -N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine (Example 74) and 9-cyclopropyl-6- (difluoromethyl) -N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine (Example 75)

Step 1: To a solution of 6- (difluoromethyl) -N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine (400.0 mg, 1.0 mmol, 1.0 eq. ) in DMF (5 mL) was added NBS (219.9 mg, 1.2 mmol, 98%purity, 1.2 eq. ) and the mixture was stirred at 0 ℃ for 0.5 h. The mixture was purified by prep-HPLC (column: Boston Prime C18 150x30mmx5um; mobile phase: [water (0.05%NH₃·H₂O+10 mM NH₄HCO₃) -ACN] ; ACN: 36%-66%, 10 min) to give 9-bromo-6- (difluoromethyl) -N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine as a white solid.

Step 2: To a solution of 9-bromo-6- (difluoromethyl) -N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine (20.0 mg, 42.1 μmol, 1.0 eq. ) and cyclopropylboronic acid (10.8 mg, 126.2 μmol, 3.0 eq. ) in H₂O (0.2 mL) and toluene (1 mL) were added Pd (dppf) Cl₂ (3.1 mg, 4.2 μmol, 0.1 eq. ) and Cs₂CO₃ (41.1 mg, 126.2 μmol, 3.0 eq. ) and the mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h under the N₂ atmosphere. The mixture was filtered and purified by prep-HPLC (column: Boston Prime C18 150 x 30mm x 5μm; mobile phase: [water (0.05%NH₃H₂O + 10 mM NH₄HCO₃) -ACN] ; ACN: 36%-66%, 10 min) and further by (column: Boston Green ODS 150x30mmx5um; mobile phase: [water (0.1%TFA) -ACN] ; ACN: 23%-43%, 11 min) to give 9-cyclopropyl-6- (difluoromethyl) -N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1’, 2’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine as a white solid.

Example 83: 4- (difluoromethyl) -2-methyl-N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) - [1, 2, 4] triazolo [1’, 5’: 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-amine

Step 1: To a solution of 6- (difluoromethyl) -2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7-amine (100.0 mg, 0.4 mmol, 1.0 eq. ) in dioxane (5 mL) was added 1, 1-dimethoxy-N, N-dimethyl-ethanamine (182.2 mg, 1.4 mmol, 0.20 mL, 3.3 eq. ) . The mixture was stirred at 100 ℃ under N₂ atmosphere for 1 h. The reaction mixture was concentrated under reduced pressure to give compound (E) -N'- (6- (difluoromethyl) -2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7-yl) -N, N-dimethylacetimidamide as a brown solid which was used for next step directly.

MS m/z: 312.2 (M+1) ⁺.

Step 2: To a solution (E) -N'- (6- (difluoromethyl) -2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7-yl) -N, N-dimethylacetimidamide (110.0 mg, 0.4 mmol, 1.0 eq., crude) in MeOH (10 mL) were added amino hydrogen sulfate (82.5 mg, 0.7 mmol, 2.1 eq. ) and pyridine (62.7 mg, 0.8 mmol, 64  μL, 2.3 eq. ) . The mixture was stirred at 60 ℃ under N₂ atmosphere for 1 h. The reaction mixture was concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by prep-TLC (silica gel, PE: EtOAc = 1: 1) to give compound 4- (difluoromethyl) -2-methyl-8- (methylthio) - [1, 2, 4] triazolo [1', 5': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine as a yellow solid.

MS m/z: 282.1 (M+1) ⁺.

Step 3: To a solution of 4- (difluoromethyl) -2-methyl-8- (methylthio) - [1, 2, 4] triazolo [1', 5': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine (40.0 mg, 0.1 mmol, 1.0 eq. ) in DCM (10 mL) was added m-CPBA (63.0 mg, 0.3 mmol, 80%purity, 2.1 eq. ) . The mixture was stirred at 0 ℃ for 2 h. Then a drop DMSO was added and the mixture was concentrated under reduced pressure at room temperature to give crude product 4- (difluoromethyl) -2-methyl-8- (methylsulfinyl) - [1, 2, 4] triazolo [1', 5': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine crude as a yellow solid. MS m/z: 298.1 (M+1) ⁺.

Step 4: To a solution of 4- (difluoromethyl) -2-methyl-8- (methylsulfinyl) - [1, 2, 4] triazolo [1', 5': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine (40.0 mg, 0.1 mmol, 1.0 eq. ) and 1-methylsulfonylpiperidin-4-amine (38.0 mg, 0.2 mmol, 1.5 eq. ) in DMSO (3 mL) was added DIEA (74.2 mg, 0.6 mmol, 0.1 mL, 4.0 eq. ) . The mixture was stirred at 80 ℃ for 1 h. The reaction mixture was purified by prep-HPLC (column: C18-1 150 X 30 mm X 5 μm; mobile phase: [water (10 mM NH₄HCO₃) and ACN] ; ACN: 23%to 53%, 11 min) to give compound 4- (difluoromethyl) -2-methyl-N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) - [1, 2, 4] triazolo [1', 5': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-8-amine as a white solid.

Example 87: 6- (difluoromethyl) -9-methyl-N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) - [1, 2, 4] triazolo [4', 3': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine

Step 1: To a solution of 7-chloro-6- (difluoromethyl) -2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidine (200.0 mg, 0.8 mmol, 1.0 eq. ) in EtOH (3 mL) was added acetohydrazide (169.9 mg, 2.3 mmol, 3.0 eq. ) The mixture was stirred at reflux for 4 h. The reaction mixture was concentrated under reduced pressure to remove solvent. The residue was diluted with water (10 mL) and extracted with EtOAc (5 mL x 3) . The combined organic layers were dried over anhydrous Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give crude product 6- (difluoromethyl) -9-methyl-2- (methylthio) - [1, 2, 4] triazolo [4', 3': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine as a yellow solid which was used into the next step without further purification.

MS m/z: 282.1 (M+1) ⁺

Step 2: To a solution of 6- (difluoromethyl) -9-methyl-2- (methylthio) - [1, 2, 4] triazolo [4', 3': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine (200.0 mg, 0.7 mmol, 1.0 eq. ) in DCM (4 mL) and DMF (1 mL) was added m-CPBA (202.1 mg, 1.0 mmol, 85%purity, 1.4 eq. ) . The mixture was stirred at 25 ℃ for 3 h. The reaction mixture was concentrated under reduced pressure to remove the solvent to give the crude 6- (difluoromethyl) -9-methyl-2- (methylsulfinyl) - [1, 2, 4] triazolo [4', 3': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine as a red oil, which was used into the next step without further purification.

MS m/z: 298.1 (M+1) ⁺

Step 3: To a solution of 6- (difluoromethyl) -9-methyl-2- (methylsulfinyl) - [1, 2, 4] triazolo [4', 3': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine (211.0 mg, 0.7 mmol, 1 eq) in DMSO (2 mL) was added TEA (143.6 mg, 1.4 mmol, 2.0 eq. ) and 1-methylsulfonylpiperidin-4-amine (151.8 mg, 0.9 mmol, 1.2 eq. ) . The mixture was stirred at 60 ℃ for 2 h. The reaction mixture was purified by prep-HPLC (column: Boston Green ODS 150×30mm×5μm; mobile phase: [water (0.5%TFA) -ACN] ; ACN: 20%-40%, 10.5 min) to give a product, which was further stirred in EtOH (4 mL) at 25 ℃ for 2h and filtered to give the pure product 6- (difluoromethyl) -9-methyl-N- (1- (methylsulfonyl) piperidin-4-yl) - [1, 2, 4] triazolo [4', 3': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine as a gray-white solid.

Examples 89 and 90: 8-cyclopropyl-6- (difluoromethyl) -N- (piperidin-4-yl) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine (Example 89) and 8-cyclopropyl-6- (difluoromethyl) -N- (1- (oxetan-3-ylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine (Example 90)

Step 1: To a solution of 8-cyclopropyl-6- (difluoromethyl) -2- (methylsulfinyl) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidine (1.6 g, 4.9 mmol, 1.0 eq. ) in DMSO (15 mL) was added tert-butyl 4-aminopiperidine-1-carboxylate (1.2 g, 5.9 mmol, 1.2 eq. ) , TEA (1.5 g, 14.7 mmol, 2.1 mL, 3.0 eq. ) . The mixture was stirred at 80 ℃ for 3 h. The reaction mixture was diluted with DCM (70 mL) and washed with H₂O (50 mL x 2) . The organic layer was dried over Na₂SO₄, filtered and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by column chromatography (SiO₂, Petroleum ether/Ethyl acetate = 3/1 to 0/1) to give tert-butyl 4- ( (8-cyclopropyl-6- (difluoromethyl) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-yl) amino) piperidine-1-carboxylate as a yellow solid. MS m/z: 459.3 (M+1) ⁺.

Step 2: To a solution of tert-butyl 4- ( (8-cyclopropyl-6- (difluoromethyl) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-yl) amino) piperidine-1-carboxylate (800.0 mg, 1.7 mmol, 1.0 eq. ) in DCM (8 mL) was added TFA (4.0 g, 35.0 mmol, 2.6 mL, 20.1 eq) . The mixture was stirred at 20 ℃ for 1 h. The solvent was removed in vacuum to give 8-cyclopropyl-6- (difluoromethyl) -N- (piperidin-4-yl) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine as a yellow oil.

Step 3: To a solution of 8-cyclopropyl-6- (difluoromethyl) -N- (piperidin-4-yl) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine (100.0 mg, 279.0 μmol, 1.0 eq. ) in DCM (2 mL) was added oxetane-3-sulfonyl chloride (52.4 mg, 334.8 μmol, 1.2 eq. ) , DIEA (360.6 mg, 2.8 mmol,  486.0 μL, 10.0 eq. ) . The mixture was stirred at 20 ℃ for 1 h. The solvent was removed in vacuum. The residue was purified by prep-HPLC (column: YMC-Actus Triart C18 150 × 30 mm × 5 μm; mobile phase: [water (TFA 0.1%) -ACN] ; gradient: 15%-45%ACN over 11.5 min) to give 8-cyclopropyl-6- (difluoromethyl) -N- (1- (oxetan-3-ylsulfonyl) piperidin-4-yl) imidazo [1', 2': 1, 6] pyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-amine as a yellow solid.

Example A: Cyclin-dependent Kinase Activity Assay

Cyclin-dependent kinase activity assay was measured by continuous ATP coupling assay in which ADP generated by kinase catalyzed phosphorylation was converted back to ATP by consuming phosphoenolpyruvate (PEP) and NADH catalyzed by pyruvate kinase/lactate dehydrogenase (PK/LDH) . The assay compositions (Table 1) included one of the kinases, including CDK1/cyclinB1, CDK2/cyclinE1, CDK4/cyclinD3, CDK6/cyclinD6 and CDK9/cyclinT1 at the  designated concentration, ATP at the corresponding K_m of the kinase, copeptide (SEQ ID Nos: 1-3) and the ATP coupling system of PEP, NADH and PK/LDH. The assay was in reaction buffer of 20 mM Tris (pH 7.5) with 50 mM NaCl, 0.5 mM DTT and 0.04%BSA. The assays were monitored continuously by fluorescence decrease of NADH with excitation at 340 nm and emission at 460 nm.Linear regression of the resulting reaction time traces gave reaction velocities.

For inhibition test, compounds were first serial diluted in a 1: 3 ratio from 10 μM to 0.05 nM using 10x reaction buffer. One of the CDK kinase was then introduced to compounds solution and incubated for 15 min. Finally, the compositions of ATP coupling system were introduced to the resulting solution to initiate the reaction. The final reaction mixture was in 1x reaction assay buffer with 1%DMSO. The half-maximal inhibition concentrations (IC₅₀) for compounds were determined by fitting the plots of reaction velocity against compound concentration with 4-variable IC₅₀ equation. The inhibition constants (K_i) were determined by fitting the same plots with quadratic/Morrison equation. The data analyses were performed in Prism Graphpad.

Table 1. CDK Enzymatic Assay Compositions and Conditions

Table 2 below provides CDK inhibitory activities of illustrative compounds, where A means IC₅₀≤ 10 nM, B means IC₅₀ is in the range as 10 nM < IC₅₀ ≤ 100 nM, C means IC₅₀ > 100 nM, and N/Ameans no observed activity.

Table 2. Representative CDK Inhibitory Activities

Claims (18)

1. A compound of Formula (I) :
   

   wherein

   ring A is cycloalkyl, heterocyclyl, bridged bicyclic cycloalkyl or heterocyclyl, or fused bicyclic cycloalkyl or heterocyclyl, wherein heterocyclyl has at least one ring-forming carbon atom and 1, 2, or 3 ring-forming heteroatoms, each of which is independently N, O or S;

   Y is part of Ring A and isor -O-;

   ring B is 5-or 6-membered heteroaryl, has at least one ring-forming carbon atom and 1, 2 or 3 ring-forming heteroatoms, each of which is independently N or O, and ring B is fused to the fused-ring in Formula (I) containing X¹ and X² to form a fused tricyclic ring system;

   X¹ and X² are each independently N or C;

   R¹ is H, alkyl, halo, or haloalkyl;

   R² is H, alkyl, halo, haloalkyl, haloalkoxy, cyano, cyanoalkyl, amino, alkylamino, dialkylamino, -C (O) -R⁸, -alk-C (O) -R⁸, cycloalkyl, heterocyclyl, alkenyl, alkynyl, alkoxy, alkoxyalkyl, hydroxyl or hydroxyalkyl, wherein the cycloalkyl or heterocyclyl is optionally substituted with one or more R¹¹;

   each R³ is independently H, alkyl, halo, haloalkyl, haloalkoxy, hydroxyl, hydroxyalkyl, alkoxyl, alkoxyalkyl, -C (O) -R⁸, -C (O) -NR⁹R¹⁰, -C (O) -O-R⁸, -NR¹⁰-C (O) -R⁸, -NR⁹R¹⁰, cyano, cyanoalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl or heterocyclyl, wherein the cycloalkyl or heterocyclyl is monocyclic, bridged bicyclic or fused bicyclic cycloalkyl or heterocyclyl, and is optionally substituted with oxo; wherein the alkyl, haloalkyl, hydroxyalkyl, cycloalkyl or heterocyclyl is optionally substituted with one or more R¹¹;

   each R⁴ is independently H, alkyl, hydroxyl, hydroxyalkyl, alkoxy, alkoxyalkyl, cyano, cyanoalkyl, amino, alkylamino, halo or haloalkyl;

   R⁵ is alkyl, haloalkyl, alkenyl, alkynyl, -NR⁹R¹⁰, -alk-NR⁹R¹⁰, aryl, heteroaryl, cycloalkyl, heterocyclyl orwherein the aryl, heteroaryl, cycloalkyl or heterocyclyl is optionally substituted with one or more R¹¹;

   R⁶ is H, alkyl, halo or haloalkyl;

   R⁷ is H, or alkyl;

   R⁸ is H, cycloalkyl, heterocyclyl, alkyl, alkoxyl, alkoxyalkyl, hydroxyl, or hydroxyalkyl;

   R⁹ and R¹⁰ are each independently H, cycloalkyl or alkyl;

   each R¹¹ is independently oxo, alkyl, halo, haloalkyl, haloalkoxy, hydroxyl, hydroxyalkyl, alkoxyl, alkoxyalkyl, cyano, cyanoalkyl, -NR⁹R¹⁰, -alk-NR⁹R¹⁰, -C (O) -R⁸, -alk-C (O) -R⁸, -C (O) -NR⁹R¹⁰, -alk-C (O) -NR⁹R¹⁰, -C (O) -O-R⁸, -alk-C (O) -O-R⁸, -NR¹⁰-C (O) -R⁸, -alk-NR¹⁰-C (O) -R⁸, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl or heterocyclyl; and

   R¹² is H, alkyl, cycloalkyl, -C (O) -R⁸ or -alk-C (O) -R⁸;

   m is 0, 1, 2 or 3;

   n is 0, 1 or 2;

   or a pharmaceutically acceptable salt thereof, tautomer or stereoisomer thereof.
2. The compound of claim 1, wherein ring A is
   
3. The compound of claim 1 or 2, wherein ring B is
   
4. The compound of any one of claims 1-3, wherein halo is -F, -Cl, or -Br.
5. The compound of any one of claim 1-4, wherein the compound is of Formula (II) :
   

   in which Y isor -O-;

   X₃, X₄ and X₅ are each independently N or CR³, with the provision that X₃, X₄ and X₅ are not N at the same time; and R³ is the same as of claim 1;

   dashed circlewithin a ring indicates the ring contains 1, 2, or 3 double bonds as long as the valence allows.
6. The compound of any one of claims 1-5, wherein the compound is of Formula (IIa) or (IIb) :
   

   wherein:

   X₃, X₄ and X₅ are each independently N or CR³, and X₃, X₄ and X₅ are not all N at the same time;

   Z₁ is N or CR⁷; and R⁷ is H or alkyl;

   Z₂ is -NR¹²-, -SO₂-, or -O-; and R¹² is H, alkyl, cycloalkyl, -C (O) -R⁸ or -alk-C (O) -R⁸;

   R¹, R², R³, R⁴, R⁵, and R⁶ are each the same as of claim 1.
7. The compound of any of claims 1-6, wherein R⁴ is hydroxyl or H.
8. The compound of any one of claims 1-7, wherein R⁵ is alkyl, alkenyl, aryl, heteroaryl, cycloalkyl, or heterocyclyl, wherein the aryl, heteroaryl, cycloalkyl or heterocyclyl is optionally substituted with one or more alkyl, halo, or haloalkyl.
9. The compound of any one of claims 1-8, wherein R⁶ is H.
10. The compound of any one of claims 1-9, wherein R¹ is H.
11. The compound of any one of claims 1-10, wherein the compound is
    
    
    
    
    
    
12. A pharmaceutical composition comprising a therapeutically effective amount of a compound of any one of claims 1-11, and a pharmaceutically acceptable carrier or excipient.
13. The pharmaceutical composition of claim 12, further comprising a second therapeutic agent.
14. The pharmaceutical composition of claim 13, wherein the second therapeutic agent is fulvestrant or letrozole.
15. A method for treating a CDK-mediated disorder or condition in a subject in need thereof, comprising administering to the subject a therapeutically effective amount of a compound of any one of claims 1-11 or a pharmaceutical composition of any one of claims 12-14.
16. The method of claim 15, wherein the CDK-mediated disorder or condition is cancer.
17. The method of claim 16, wherein the cancer is breast cancer, colorectal cancer, lung cancer, ovarian cancer, pancreatic cancer, melanoma, prostate cancer, glioblastoma, or sarcoma.
18. Use of a compound of any one of claims 1-11 for the manufacture of a medicament for treating a disorder mediated by CDK abnormality.