WO2015088039A1 - 線虫の嗅覚を用いた癌検出法 - Google Patents
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Definitions
- the present invention relates to a cancer detection method using the olfactory sense of nematodes.
- Japan which is the world's top treatment technology for early-stage cancer, such as endoscopes and surgical techniques, a new high-accuracy cancer screening method that is less painful, simple, inexpensive, and can be implemented for many people has been newly developed and applied. It would be no exaggeration to say that this would revolutionize the world's cancer practice.
- Non-Patent Document 2 Y. Hanai, et al.).
- Urineary volatile compounds as biomarkers for lung cancer. Biosci. Biotechnol. Biochem. 76, 679-84, 2012
- Non-patent literature 3 Khalid et al., A pilotstimidity the identification of bladedder c ncer from urine headspace.PLoS ONE, 8, e69602,2013).
- volatile substances that exist on a daily basis are likely to be noise, and a large amount of funds and analytical techniques are required for the development and production of devices for detection.
- An object of the present invention is to provide a method for detecting cancer using the sense of smell of nematodes.
- the present inventor has found that cancer can be detected by chemotaxis based on the olfactory sense of nematodes or the response of the olfactory nerve, and has completed the present invention. It was. That is, the present invention is as follows.
- a method for detecting cancer comprising detecting cancer using a reaction of a nematode to an odor of a biological substance or a processed product derived from a subject as an index.
- the nematode is Caenorhabditis elegans.
- the nematode is a wild-type nematode, a mutant nematode or a transgenic nematode.
- the nematode shows a positive response to the odor of the biological substance or the processed product derived from the subject, it is determined that the subject has cancer or is at risk of cancer.
- the method according to any one of (1) to (3).
- the subject has cancer or is at risk of cancer.
- the biological substance or a processed product thereof is a body fluid, a cell, a tissue, a culture or a preservation solution of the cell or tissue.
- the body fluid is urine.
- the preservation solution is physiological saline.
- a method for identifying an odor receptor in a nematode comprising identifying an odor receptor using a nematode.
- the method according to (15), comprising the following steps: (A) cancer is detected by the method according to any one of (1) to (8), (B) A modified nematode obtained by modifying the receptor identified by the method according to any one of (9) to (14) for the sample detected to be cancer in the step (a) To test the response to odors, (C) When the response to an odor differs between the modified nematode and the nematode used in the step (a), the cancer type corresponding to the identified receptor is selected as the target cancer type to be identified. Judge that there is.
- the receptor modification is at least one selected from the group consisting of receptor deletion, receptor expression or function inhibition, and receptor high expression or function enhancement (16) the method of.
- a kit for detecting or identifying cancer including nematodes.
- a cancer detection system comprising:
- the present invention provides a method for detecting cancer using nematodes. According to the method of the present invention, cancer can be detected with high sensitivity and low cost. Furthermore, the method of the present invention is easy to collect and analyze a sample and is inexpensive. Furthermore, the method of the present invention can detect early cancer. Therefore, the method of the present invention is extremely useful for cancer clinical examinations and the like.
- FIG. 1 is a diagram showing the nematode reaction test results for urine of healthy subjects and cancer patients.
- FIG. It is a figure which shows the format of the petri dish used for the method of this invention.
- FIG. 3 is a diagram showing the measurement principle when the Yellow Cameleon gene is used as the indicator gene.
- FIG. 4 is a diagram showing the measurement principle when the GCaMP gene is used as the indicator gene.
- FIG. 5 is a diagram showing a chip having a microchannel for arranging nematodes.
- FIG. 6 is a diagram showing channel switching in a chip having microchannels.
- FIG. 7 is a diagram showing the results of testing the response of nematode AWC olfactory nerves to urine derived from cancer patients.
- FIG. 8 is a diagram showing the results of testing the response of nematode AWC olfactory nerves to urine derived from cancer patients.
- FIG. 9 is a diagram showing the results of testing the chemotaxis of nematodes using urine samples from which precipitates and solids have been removed.
- FIG. 10 is a diagram showing the results of testing the response of nematode AWA olfactory nerves to urine derived from cancer patients.
- FIG. 11 is a diagram showing the results of testing the reaction of nematode AWA olfactory nerves against urine derived from cancer patients.
- FIG. 12 shows an assay plate.
- FIG. 13 is a diagram showing the attracting behavior of nematodes with respect to the culture medium of cancer cells.
- FIG. 14 is a diagram showing a medium-scale test result of the method of the present invention.
- FIG. 15 is a diagram showing the results of comparing the sensitivity after conducting a medium-scale test using the method of the present invention and other tumor markers.
- FIG. 16A is a block diagram of the system of the present invention.
- FIG. 16B is a block diagram of the processing unit of the system of the present invention.
- FIG. 17 shows nematode chemotaxis to various concentrations of fibroblast culture medium.
- FIG. 18 is a graph showing nematode chemotaxis against various concentrations of cancer cell culture medium.
- colo205 colon cancer
- MKN1 stomach cancer
- FIG. 19 is a diagram showing the chemotaxis of nematodes against cancer tissues and healthy tissues of patients with sigmoid colon cancer.
- FIG. 20 is a view showing the chemotaxis of nematodes with respect to a diluted solution of a normal saline solution after storing a human cancer tissue section in the physiological saline solution.
- FIG. 21 is a diagram showing the results of testing nematode chemotaxis by changing the concentration of urine.
- FIG. 22 is a diagram showing RNAi screening for olfactory receptors involved in responses to specific odorants.
- A Confirmation that the RNAi screening strategy was effective.
- FIG. 6 shows the effect of RNAi targeting odr-10 with eri-1 mutants on chemotaxis response to 10-3 dilution of diacetyl or 10-3 dilution of pyrazine. A significant difference from the control is shown (P ⁇ 0.001, Student's t test).
- B Number of olfactory receptor candidate genes obtained after the third screening, associated with chemotaxis to odorants.
- FIG. 23 is a diagram showing expression patterns of olfactory receptor candidate genes.
- (Left) Green color indicates Venus expression induced by the promoter of the olfactory receptor candidate gene.
- FIG. 24 shows that SRI-14 functions in response to high concentrations of diacetyl in ASH neurons.
- FIG. 25 is a graph showing the results of repeated assay of chemotaxis to RNAi-treated nematodes with respect to high diacetyl concentrations.
- RNAi caused a significant and reproducible defect in diacetyl repellent behavior. Error bars represent SEM. Significant differences compared to controls are shown ( * P ⁇ 0.05, ** P ⁇ 0.01; Student t test with Bonferroni correction).
- FIG. 26 is a diagram showing the structure of sri-14. sri-14 encodes a 7-transmembrane protein. (A) Structure of sri-14.
- the deletion region of ok2585 strain is shown.
- B The predicted amino acid sequence of SRI-14. 7 shows a 7-transmembrane domain predicted by a hidden Markov model.
- C Hydrophobic plot of SRI-14. The plot is derived from the hydropathy parameters defined by Kyte & Doolittle.
- D The sri-14 mutant showed normal repellent behavior to high osmotic stimuli (4M NaCl). Error bars represent SEM. Significant differences compared to controls are shown ( ** P ⁇ 0.01, Dunnett's test).
- FIG. 27 is a diagram showing neurons involved in the response to high-concentration diacetyl.
- A Chemotaxis to high concentrations of diacetyl (5 ⁇ l undiluted) in wild-type nematodes with specific destruction of sensory neurons (n ⁇ 8).
- B Chemotaxis to 10-3 dilution of diacetyl in nematodes from which AWA has been removed.
- C Schematic diagram of nerve wiring between AWA, ASH sensory neurons and four first layer interneurons.
- D Chemotaxis to high concentrations of diacetyl (5 ⁇ l undiluted) in wild-type nematodes with specific inhibition of interneurons (n ⁇ 5).
- FIG. 28 shows the response of AWA neurons to various diacetyl concentrations.
- A Calcium response of AWA neurons after stimulation with low concentrations of diacetyl (10-5 dilution) in nematodes of the indicated genotype. The shaded area around the curve represents SEM (n ⁇ 8 for all genotypes). The black bar indicates that diacetyl stimulation was present.
- B Average fluorescence change 10 seconds after addition of low concentration diacetyl (10-5 dilution). Error bars represent SEM. ** P ⁇ 0.01, Dunnett's test (n ⁇ 8 for each genotype). Black is WT, red is sri-14 mutant, and blue is odr-10 mutant.
- FIG. 29 shows the response of ASH neurons to various diacetyl concentrations.
- A Calcium response of ASH neurons after low (10-5 dilution) and high (10-3 dilution) diacetyl stimulation in wild type nematodes (n ⁇ 11).
- the shaded area around the curve represents the SEM. The black bar indicates that diacetyl stimulation was present.
- FIG. 31 shows that AWC neurons respond to removal of high concentrations of diacetyl.
- Calcium response of AWC neurons after removal of high concentrations of diacetyl (10-3 dilution) in wild type (N 10).
- the shaded area around the curve represents the SEM.
- the black bar indicates that diacetyl was present.
- FIG. 32 shows the response of AWB neurons to removal of high or low concentrations of diacetyl.
- FIG. 33 is a model diagram of an olfactory receptor switch depending on the odor concentration.
- ODR-10 in AWA neurons but not SRI-14 in ASH neurons, functions as a diacetyl receptor, leading to AWA activation and attraction.
- high concentrations of diacetyl are sensed by SRI-14 in ASH neurons but not by ODR-10 in AWA neurons.
- ASH neurons are activated only by high concentrations of diacetyl and induce repellent behavior.
- AWA also responds to high concentrations of diacetyl, indicating that olfactory receptors other than ODR-10 respond in AWA neurons.
- FIG. 34 is a diagram showing the urinary motility of various cancer patients in the N2 strain and the gene mutant strain.
- FIG. 35 is a diagram showing chemotaxis to various chemical substances in the N2 strain and the gene mutant strain.
- FIG. 36 is a diagram showing chemotaxis of breast cancer patients to urine in an olfactory receptor knockdown strain.
- FIG. 37 is a schematic diagram of a method for identifying a cancer type by a nematode chemotaxis test.
- the present invention is to detect nematodes in the presence of a biological substance or a processed product derived from a subject and detect cancer using, for example, chemotaxis by nematode olfaction as an index. And a method for detecting cancer.
- the present inventor uses C. elegans C. elegans on a sample derived from the subject. We focused on chemotaxis by the sense of smell of elegans.
- the nematode Caenorhabditis elegans (hereinafter also referred to as “C. elegans”) is a popular organism that has been widely bred and studied in laboratories around the world as a model organism for biological research. Is easy, and has a characteristic of excellent smell.
- nematodes exhibit chemotaxis such as approaching and escaping against odorous substances
- the behavior of nematodes to the odor of cancer is examined using this behavior as an index.
- the response of nematodes to the urine of healthy subjects and cancer patients was examined.
- the urine of healthy subjects showed repellent behavior
- the urine of cancer patients showed attracting behavior. 100% (FIG. 1).
- it responded to gastric cancer, colorectal cancer, pancreatic cancer, including early-stage cancer it responded to cancer-specific odors common to various cancers, similar to the behavior of cancer detection dogs. It has been shown.
- the target for detection of cancer types such as gastric cancer, colorectal cancer, esophageal cancer, pancreatic cancer, prostate cancer, bile duct cancer, breast cancer, malignant lymphoma, gastrointestinal mesenchymal tumor, cecal cancer, lung cancer, etc. It can be.
- the cancer diagnosis system using this nematode can solve many of the conventional problems as follows.
- V The analysis can be easily performed at low cost.
- V-1 Analysis is possible in a short time.
- the analysis of nematode chemotaxis can be performed in about one and a half hours.
- Analysis of olfactory nerve responses using transgenic nematodes can be performed in about 30 minutes.
- V-2) Inexpensive For example, two specimens for nematode breeding (about 10 yen each) and 3 to 5 dishes for chemotaxis analysis (about 10 yen each) per specimen. Agar costs 2.5 yen and 10 yen for each dish. Even if other reagents are combined, it costs about 100 yen per sample. Even if labor costs are combined, analysis is possible at a very low cost.
- V-3 It is easy to analyze and does not require specialized technology. Nematode chemotaxis analysis is very easy and anyone can do it. It is easy to keep nematodes. No special training for nematodes is required, and analysis can be performed using nematodes usually raised.
- Vi Easy to put into practical use and can be introduced all over the world (vi-1)
- the entire system is inexpensive and easy to introduce No special room is required for rearing nematodes.
- the required equipment is only a 20 ° C. incubator and a stereomicroscope, and the system can be constructed at low cost and in a short time.
- Vi-2) Can be introduced in the whole world Since expensive measurement equipment is not required, it can be introduced not only in developed countries but also in all countries.
- (Vii) Applicable to diagnosis of recurrence after cancer treatment Since cancer at all sites can be detected, it can be applied to the possibility of recurrence after surgery. As described above, the present invention is useful as a highly accurate new cancer screening method that can be performed on a large number of people with less pain for the subject and can be operated easily and inexpensively.
- Nematode olfactory receptors are the 7-transmembrane G protein-coupled type as in mammals, and are expected to be 1200 or more on the genome. However, only one receptor (corresponding to odor) is known (ODR-10 of diacetyl receptor), and it was unclear how the odor signal was received.
- RNAi inhibits the function of the olfactory receptor gene in the nematode body and examines how the individual responds to 11 kinds of odors.
- the genes that caused changes in the response to odors were picked up and the analysis was repeated. As a result, it succeeded in obtaining candidate genes for all the odors examined (FIG. 22B).
- the present inventor is a phenomenon in which palatability (like and dislike) changes depending on the concentration even with the same odor. I decided to proceed with the analysis.
- palatability changes depending on the concentration of odor.
- indole has a jasmine scent at a low concentration and a manure odor at a high concentration.
- a similar phenomenon is observed in nematodes, and the present inventor has clarified from previous studies that the type of olfactory nerve activated depending on the concentration of odor changes, thereby changing the preference (Yoshida, K Et al .: Nature Communications 3, 739 (2012)).
- the present inventors focused on the sri-14 gene obtained as related to the reception of high concentration diacetyl.
- the sri-14 reduced function mutant was normal in response to low concentration diacetyl, and only abnormal in response to high concentration diacetyl.
- the mutant of the known diacetyl receptor ODR-10 decreased only in response to a low concentration of diacetyl (FIG. 24A).
- ODR-10 has already been reported to function in the olfactory nerves that accept favorite odors (Sengupta, P. et al .: Cell 84, 899-909 (1996)).
- the gene expression inhibition experiment includes, for example, inhibition using RNAi, inhibition using antisense nucleic acid, inhibition by expression of dominant negative mutant gene, etc., but inhibition using RNAi is preferable.
- AWA nerves responded to both low and high concentrations of diacetyl, but the odr-10 mutant did not respond to low concentrations of diacetyl (FIG. 28). It was normal in the sri-14 mutant.
- ASH sensory nerves responded only to high concentrations of diacetyl, and the response was significantly reduced with the sri-14 mutant. It was normal in the odr-10 mutant (FIG. 29).
- sri-14 was ectopically expressed in another sensory nerve AWB that did not respond to diacetyl AWB became strongly responsive to high concentrations of diacetyl (FIG.
- nematodes are excellent olfactory organisms with almost the same number of olfactory receptors as dogs, there is a possibility that they detect odors of harmful substances and beneficial substances with high sensitivity like drug detection dogs. . In that case, the receptors of those odors can be identified from the results of this study. If the relationship between the odor and the receptor is known, it is expected that an artificial odor sensor modeled on the combination will be developed. In the future, olfactory analysis using nematodes will be useful as a contribution to society. is there.
- the nematode used in the method of the present invention is a kind of self-acting nematode, and is widely used in research as a model organism for biological research.
- the nematode used in the method of the present invention may be male or female, but is preferably hermaphroditic in that it can grow by self-fertilization.
- the nematode used in the present invention may be bred with E. coli in a petri dish and is easily bred. If the parents are transferred to the petri dish, children will be born and grown to adults after 4 days, and the number of individuals will increase 50 to 100 times. In the meantime, it can be left in the incubator and no special operation is required.
- hermaphrodite operations such as crossing are not required.
- Equipment required for rearing is a 20 ° C. incubator and a stereomicroscope, and the system can be set up in a short time and at a low cost.
- nematodes used in the present invention include, for example, Cenorhabditis elegans in the case of wild type nematodes. Although it is preferable to use the hermaphroditic elegans Biostol N2 strain, genetic mutants lacking various genes can also be used. These nematodes can be obtained from Caenorhabditis Genetic Center (CGC), for example. In the present invention, in addition to the above nematodes (wild type nematodes), mutant nematodes and transgenic nematodes can be used.
- CGC Caenorhabditis Genetic Center
- Transgenic nematodes include nematode olfactory nerves AWC, nematodes that have introduced an indicator gene into AWA, nematodes that inhibit the expression or function of a gene related to cancer odor reception (receptor gene), cancer Examples include nematodes with high expression or function of genes related to the reception of odors (receptor genes), nematodes with fluorescent proteins expressed in each cell to facilitate analysis of nematode behavior, etc.
- the present invention is not limited to these, and all transgenic strains into which a foreign gene has been introduced are targeted.
- DNA in which a target gene is linked directly under a predetermined promoter of a nematode is constructed, and this is microinjected into a wild nematode strain or a gene mutant strain (for example, gonad).
- a wild nematode strain or a gene mutant strain for example, gonad.
- transgenic nematodes that can stably pass foreign genes can be prepared.
- An increase in the calcium concentration indicates that the nerve has been activated.
- an indicator gene capable of measuring the calcium concentration in the nerve can be used, and cancer can be detected using the change in the calcium concentration as an index.
- promoters used for expression in the AWC include the odr-1 promoter (Yu, S., Avery, L., Baude, E. & Garbers, D. L. guanylyl cyclic expression in nervous science: anewy: of chemosensory receptors.Proc Natl Acad Sci USA 94, 3384-3387 (1997)).
- odr-1 induces expression in AWC and AWB (an olfactory nerve different from AWC).
- promoters used for expression in the AWA include, for example, the odr-10 promoter (Sengupta, P., Chou, JH & Burgmann, C. I.
- drr-10 encodes a seven transmembrane recombination olfactory factor. to the odorant diacetyl. Cell 84, 899-909 (1996).). It is known that odr-10 induces expression only in AWA.
- the base sequence information of these promoters can be obtained by, for example, accession numbers Z68118 and FO080931.
- the promoter can also be obtained by purifying nematode genomic DNA and amplifying it by PCR using it as a template.
- the calcium indicator gene the Yellow Camelon (YC) gene (Nagai, T., Yamada, S., Tominaga, T., Ichikawa, M. & Miyawaki, A. Expanded dynamics of the two circularly permuted yellow fluorescent proteins. Proc Natl Acad Sci USA 101, 10554-10559 (2004).), GCaMP gene (Nakai, J., Ohkura, M. & Imoto-P composed of a single green n fluorescent protein. Nat. Biotechnol. 19, 137-141 (2001). These genes can also be obtained from addgene.
- a method of linking an indicator gene directly under a promoter, a microinjection method, and the like are well known in the art. For example, see Molecular Cloning: A Laboratory Manual (4th Edition) ”(Cold Spring Harbor Laboratory Press (2012)). Good.
- the DNA solution can be injected into the gonads of nematodes by a known method (Mello, CC, Kramer, JM, Stinkcomb, D. & Ambros, V. Efficient gene transfer in C). Elegans: extrachromosomal maintenance and integration of transforming sequences. EMBO J 10, 3959-3970 (1991).
- a mutant nematode means, for example, a nematode having a polymorphism in the genome of a wild-type nematode, a mutant lacking an olfactory receptor for the odor of each cancer type, and the like (described in the examples below) ).
- the sample used in the present invention is a biologically-related substance derived from a subject (animal such as a healthy person, a cancer patient, a patient suspected of cancer, etc.).
- Biological substances are biological samples collected from a subject, such as body fluids (urine, sweat, saliva, stool), cells (biopsy cells, etc.), cancer tissues (biopsy tissues, tissue sections). Etc.) Blood, exhalation, etc. are mentioned. In the present invention, these biological samples themselves can be used, but it is preferable to use a processed product of a biological substance.
- the “processed product” means a sample obtained by physically and / or chemically treating a biological material.
- Body fluid samples such as urine contain solids and precipitates.
- the collected urine can be used as it is, but it is necessary to give it to the nematode through a thin tube. Therefore, it is preferable to perform a filter removal treatment (for example, pore size 0.22 ⁇ m, Millex GP, Merck Millipore).
- a urine sample that has been subjected to a solid removal process using such a filter is included in the “processed product”.
- this inventor confirmed by a preliminary experiment that the nematode reaction (attraction to urine) was not changed by the filter treatment (FIG. 9).
- a preservation solution for cancer cells or cancer tissues can also be used.
- the preservation solution include physiological saline, buffer solution, formalin, DMSO and the like, but are not limited thereto.
- the preservation solution includes a preservation solution for cryopreservation generally used for cryopreservation, and can be used after thawing after cryopreservation.
- Sodium azide is used to anesthetize the nematode so that it does not move.
- the addition amount is 0.2 to 3 ⁇ l, preferably 0.5 ⁇ l, at a concentration of 1M.
- E. coli strained in the petri dish is removed with a washing buffer, and a sample of a biological substance or a processed product thereof is placed (added) in the petri dish.
- a stock solution can be used as the urine sample, but the collected urine may be diluted 1.5 to 1000 times with, for example, sterilized water or a buffer solution.
- the dilution factor is preferably 10 times.
- the urine sample added to the petri dish is 0.5 to 10 ⁇ l, preferably 1 ⁇ l.
- “Positive response” means that the nematode is “like” or “interesting” for the sample, and “negative response” is that the nematode is “dislike” for the sample. Mean something or “not interested”.
- a positive value (+) indicates a positive response (positive chemotaxis, likes)
- a negative value (-) indicates a negative response (negative chemotaxis, dislikes).
- the chemotaxis index takes a value from +1 to -1, and takes a positive value when attracted and a negative value when repelled.
- the analysis may be performed once per sample, the accuracy of the value can be increased by performing the analysis a plurality of times and calculating the average value of the chemotaxis index values.
- the value obtained by the analysis (the average value when performed multiple times) is a positive value, it can be preliminarily or definitely determined that there is cancer or there is a risk (possibility) of cancer.
- Judgment that “it is cancer” can be used, for example, as a supplementary material for definitive diagnosis or preliminary diagnosis of cancer, and judgment that “there is a risk of cancer” Can be used as supplementary material to suspect cancer.
- the reaction to the odor of the nematode can be detected using an action other than chemotaxis or a biological reaction as an index.
- an action other than chemotaxis or a biological reaction for example, the weathercock behavior (Iino & Yoshida, The Journal of Neuroscience, 2009) that changes the direction of the odor to increase the odor concentration, and the turn behavior that occurs when the odor concentration decreases (Pierce-Shimoma et al., The). Journal of Neuroscience, 1999), body flexion (Luo et al., Journal of Neurophysology, 2008), neural responses, and the like.
- “positive response” means that the nematode turns in the direction of the sample.
- Detection using genetically modified nematodes (i) Although detection using genetically modified nematodes can be performed as described above, the calcium concentration in the nerve is measured on the olfactory nerves AWC and AWA of the nematodes. Using a transgenic nematode expressing a possible indicator gene, a change in calcium concentration (nerve response) is detected as an index. Since this method can analyze the number of nematodes, the cost of culturing nematodes is low, and there is an advantage that it can be performed in a short time.
- FIG. 3 shows the measurement principle when the Yellow Cameleon gene is used as the indicator gene.
- the indicator protein used for the measurement is a fusion protein in which the calcium binding protein CaM and the target M13 to which CaM binds are connected, and CFP and YFP are connected to both ends thereof (the gene is encoded and genetically Can be expressed in vivo).
- CaM and M13 are separated, and CFP and YFP are also separated (left figure). Therefore, when light that excites CFP is given, blue light is emitted from CFP.
- CFP and YFP come close to each other, and fluorescence resonance energy transfer (or Forster resonance energy transfer) (FRET) occurs between the two. Then, even if the light which excites CFP is given, yellow light will be emitted from YFP (right figure). Therefore, if you measure blue light and yellow light at the same time and calculate the ratio, you can see the change in calcium concentration.
- FRET Fluorescence resonance energy transfer
- FIG. 4 shows the measurement principle when the GCaMP gene is used as the indicator gene.
- the indicator protein is a fusion protein having a structure in which CaM and M13 are connected to GFP. This protein is also encoded by a gene and can be genetically expressed in vivo.
- the calcium concentration increases and binds to CaM
- the fluorescence intensity of GFP increases. Therefore, if the fluorescence of GFP is measured, the change in the calcium concentration can be found.
- the response of the olfactory nerve of the nematode is large, that is, when the calcium concentration change is large with respect to the biological substance or the processed product derived from the subject, the subject has cancer, or Determined to be at risk for cancer.
- a nematode individual having a calcium indicator expressed in the olfactory nerve is placed in a chip made of resin (for example, made of dimethylpolysiloxane (PDMS) resin) (FIG. 5).
- PDMS dimethylpolysiloxane
- FIG. 5 the part which pinches a nematode and the four flow paths are formed in the chip
- WPI Multi Channel Perfusion System MPS-2, etc.
- FIG. 6 is a diagram illustrating the switching of the flow paths in the chip. Buffers are placed in the flow paths 1, 2 and 4, and urine is placed in the flow path 3. The flow paths 2 and 3 are always turned on. When the flow path 1 is ON and the flow path 4 is OFF, the worm is not stimulated by urine. When the channel 1 is turned off and the channel 4 is turned on, urine stimulation is given to the nematode. Since the AWC olfactory nerve is a nerve that reacts with “scented” ⁇ “without” (olfaction-OFF reaction), the response when the urine is changed from the state to the state without the urine is observed.
- the AWA nerve is a nerve that responds from “no smell” ⁇ “yes” (olfaction-ON reaction), the reaction when the state is changed from a state without urine to a certain state is observed.
- the olfactory nerve of a nematode reacts weakly even in the urine of a healthy person, prepare a control urine (a healthy person's urine), and give the control urine and the sample urine to the same nematode individual in turn. It is preferable to detect cancer based on the difference in strength.
- a fluorescent microscope (Leica DMI3000B or the like), obtain a fluorescent image with an objective lens (40 times). Image acquisition is performed, for example, every 200 ms, but can be changed as appropriate using a microscope, a lens, or the like.
- the camera is preferably a camera that can acquire images of two wavelengths at the same time, such as ORCA-D2 digital camera (Hamamatsu Photonics). Have a similar function on the market).
- GCaMP it is sufficient if an image of one wavelength can be acquired, and therefore a general microscope camera that can acquire a GFP image is sufficient.
- the cell body of the olfactory nerve (the part where changes are most easily visible) is enclosed as an ROI (region of interest), and the fluorescence intensity for each pixel is all determined using software (for example, Molecular devices Metamorph software) Calculation and video creation. Other software sold by each company can also be used.
- software for example, Molecular devices Metamorph software
- Yellow Cameleon the YFP / CFP ratio for each pixel is calculated, and the average value in the ROI is calculated.
- the average value of the fluorescence intensity within the ROI is calculated.
- the present invention provides a method for identifying an odor receptor in a nematode, characterized by identifying an odor receptor using a nematode.
- the identification method of the present invention comprises a step of inhibiting the expression or function of a gene encoding a receptor and examining a response to an odor in the inhibited nematode.
- inhibition of expression or function of olfactory receptor gene includes inhibition using RNAi, inhibition using antisense nucleic acid, inhibition due to expression of dominant negative mutant gene, etc., but inhibition using RNAi is preferable. .
- the response to odor of samples derived from various cancers is examined.
- the receptor is a receptor for the odor of the cancer type.
- the type of receptor identified varies depending on the concentration of odorant. Therefore, it is possible to examine which concentration of sample reacts, and to identify a receptor for a high concentration sample and a receptor for a low concentration sample.
- the olfactory system senses and responds to various odorous substances.
- Olfactory receptors are G protein (heterotrimeric guanine nucleotide binding protein) -coupled receptors in most organisms and bind directly to volatile or soluble odorants.
- G protein heterotrimeric guanine nucleotide binding protein
- the genome of the nematode Caenorhabditis elegans contains more putative olfactory receptor genes, which in the nematode are related to the receptor-odor relationship. Suggests that there may be combinatorial complexity.
- the inventor used RNA interference (RNAi) screening to identify nematode olfactory receptors required for response to specific odorants.
- RNAi RNA interference
- This screening identified 194 candidate olfactory receptor genes associated with 11 odorants.
- the inventor has identified SRI-14 as involved in sensing high concentrations of diacetyl.
- SRI-14 functions in a specific chemosensory neuron, the ASH neuron (a nematode sensory neuron that accepts disgusting odors and chemicals) and provides a repellent response Demonstrated.
- ASH neurons respond only to high concentrations of diacetyl, whereas another type of chemosensory neuron, AWA neurons (the olfactory sensory nerves of nematodes that mainly accept favorite odors), have low concentrations. And responded to both high concentrations.
- nematodes have a concentration-dependent odor sensitivity mechanism that is differentiated at the olfactory receptor level and the sensory neuron level.
- ORN olfactory receptor neurons
- odor molecules bind directly to olfactory receptors and then transmit information via intracellular signaling pathways (1).
- the olfactory receptor is a member of the 7-transmembrane G protein (heterotrimeric guanine nucleotide binding protein) binding receptor (GPCR) family (2), and only one olfactory receptor type is optional Present in each individual ORN (3).
- GPCR heterotrimeric guanine nucleotide binding protein binding protein binding receptor
- Caenorhabditis elegans is a model organism used for analysis of chemosensory processes related to smell and taste (olfaction, detection of volatile signals, and detection of taste, soluble signals), It senses and responds to a large number of chemical cues through approximately 13 sensory neurons known to respond to chemicals (6, 7). For convenience, the inventors refer to this chemosensory process as olfaction and to chemicals as odorants.
- the C. elegans genome is predicted to contain over 1200 putative olfactory receptor genes encoding GPCRs, which are expressed in 11 of the chemosensory neurons (8).
- C. elegans Like many animals, C. elegans also show preference for certain odorants and show attraction behaviour when they are sensed by AWA or AWC olfactory neurons. When a substance is sensed by AWB, ASH, or ADL sensory neurons, it exhibits repellent behavior (6, 15, 16). However, some neurons are involved in both repellent and attracting behavior, for example AWB neurons (16). We have previously shown that the attractive or repellent response to the same odorant in C. elegans depends on the concentration of the odorant (17). This brings about the possibility that different olfactory receptors function depending on the concentration even with the same odor substance.
- the present inventor has shown that different olfactory receptors mediate different concentrations of diacetyl, thereby changing palatability.
- the inventor identified 194 candidate olfactory receptor genes for 11 odorants.
- SRI-14 As specifically responding to high concentrations of diacetyl.
- Our results show that for the reception of diacetyl, ODR-10 in AWA neurons mediates an attractive response to low concentrations and SRI-14 in ASH neurons mediates repellent responses to high concentrations. It was.
- a cancer type can be specified by a nematode chemotaxis test. Accordingly, the present invention provides a method for identifying a cancer type, characterized by identifying a cancer type using as an index the response of a nematode to the odor of a biological substance or a processed product derived from a subject.
- olfactory receptors for the odor of each cancer type are identified, and a modified body in which the receptor is modified is prepared.
- the variant include a strain in which the receptor gene is deleted (deletion mutant), a strain in which the expression or function of the receptor gene is inhibited, and a strain in which the receptor gene is highly expressed or highly functionalized.
- methods for producing deletion mutants include the CRISPR / Cas9 method (Friedland et al, Heritable genome editing in C. elegans via a CRISPR-Cas9 system, Nature Methods, 2013).
- a strain in which the expression or function of the receptor gene is inhibited and a modified nematode having a high expression or high function of the receptor gene are prepared.
- Inhibiting expression or function includes inhibition using RNAi, inhibition using an antisense nucleic acid, inhibition by expression of a dominant negative mutant gene, and the like.
- a method of linking the promoter of the receptor gene in tandem, a method of introducing an enhancer, a method of introducing multiple copies of the receptor gene, the odor of the receptor and the G protein There are a method of modifying the binding site, a method of modifying the site controlling the activation and localization of the receptor, and the affinity with the odor.
- the identification method of the present invention includes the following steps, for example.
- a mutant nematode that lacks the identified olfactory receptor or a strain that has altered the expression and function of the receptor gene, Test for odor response.
- the cancer type corresponding to the identified receptor is selected as the target cancer type to be identified.
- a cancer type corresponding to a receptor identified in a mutant nematode or a nematode that has inhibited the expression or function of a receptor gene and does not respond to an odor is identified as a target cancer type to be identified.
- a cancer type corresponding to a receptor identified in a nematode whose response to an odor is enhanced among nematodes highly expressed or highly functionalized as a receptor gene is determined to be a target cancer type to be identified.
- a receptor mutant of colorectal cancer odor does not show attracting behavior, it can be determined (diagnosed) as colorectal cancer (FIG. 37).
- Kit and System provides a kit for detecting cancer containing nematodes.
- the kit of the present invention includes nematodes, but may include one or more components necessary for carrying out the detection method of the present invention. Examples of such components include a buffer solution, a culture solution, sodium azide, Escherichia coli, a petri dish, and agar. Further, the kit of the present invention may be a partial kit containing only a part of necessary components, and in that case, the user can prepare other components. In addition, the kit of the present invention can include an instruction manual explaining the detection method or identification method.
- the present invention also provides a cancer detection system comprising a nematode, a biologically relevant substance or a processed product thereof, and a housing unit that houses the nematode, and a detection unit that detects the behavior of the nematode in the housing unit. To do.
- FIG. 16A is a block diagram of the system of the present invention.
- the system of the present invention was detected by a storage unit 30 that stores a biological substance or a processed product thereof and the nematode, and a detection unit 10 that detects a reaction of the storage unit 30 to a nematode odor.
- a processing unit 20 for processing information.
- the system of the present invention may include a storage unit 40 that stores data processed by the processing unit 20.
- the storage unit 40 includes a program and a database for cancer detection.
- the container 30 is exemplified by a petri dish, a culture dish, a chip having a microchannel, and the like, but is not limited as long as it can accommodate nematodes and samples.
- the system of the present invention includes at least one detection unit 10 that can capture a moving image of at least one nematode in real time.
- the detection unit 10 is a device that acquires data such as nematode images, the number of individuals, and movement trajectories, and includes a microscope or a camera, such as a fluorescence microscope, a digital microscope, or a digital video camera.
- the microscope and camera can be equipped with an automatic tracking (tracking) system that can follow the movement of the nematode, tracking one or more nematodes simultaneously. Then, the movement distance of the nematode is measured from the locus. Alternatively, the worms gathering in a predetermined area are photographed and the number of individuals is counted.
- the microscope and the camera can be provided with a sensor capable of detecting the fluorescence intensity.
- the movement of a nematode can be measured using a real-time image, or the movement of a nematode can be measured using a still image (photograph).
- a nematode image is taken in real time, the position of the nematode can be dynamically searched for.
- FIG. 16B is a configuration diagram of the processing unit 20 of the system of the present invention.
- the processing unit 20 includes a calculation unit 110 and a database 120.
- the calculation unit 110 includes (i) a test condition setting unit 111, (ii) a nematode reaction test unit 112, (iii) a cancer determination unit 113, and (Iv)
- the test result display means 114 is provided.
- the inspection condition setting unit 111 is a unit for inputting conditions necessary for calculation from a mouse or a keyboard using a GUI (Graphical User Interface), and the input information can be confirmed by a graph.
- a predetermined condition can be stored in the system of the present invention according to the inspection purpose.
- the conditions include, for example, the number of nematodes, the characteristics of nematodes, the acceptance / rejection of a chemotaxis index, and measurement time.
- the characteristics of nematodes are deletion mutants, strains that inhibit gene expression, etc., the introduction of genes encoding fluorescent proteins (eg GFP gene, RFP gene, etc.) for measurement, etc. Is included.
- the conditions are not limited to these, and can be appropriately set according to the inspection purpose.
- the nematode reaction test means 112 selects a calculation formula (for example, chemotaxis index) for detecting or identifying cancer from the test condition setting means 111 or the database 120, and based on each calculation formula, the nematode reaction test is performed. Is a means of calculating In this means, measurement of the number of nematodes within a predetermined area, measurement of the total distance of movement of one nematode, detection of fluorescence intensity emitted by one nematode, etc., and reaction to the test sample Record the behavior of nematodes.
- a calculation formula for example, chemotaxis index
- the distance when it is attracted and moved by the sample is measured, and the total distance is obtained by adding the movement distance of each nematode.
- the fluorescence intensity of the nematode reacting with the sample is measured.
- the total intensity of nematodes may be obtained by measuring the fluorescence intensity per one nematode, and the fluorescence intensity emitted from the entire nematodes gathered in a certain area can also be measured in area units.
- the cancer determination means 113 is means for detecting the presence or absence of cancer or identifying the type of cancer based on the reaction to the nematode odor.
- the ratio or difference of the nematode individuals moved to the inspection target area is obtained with respect to the number of nematode individuals moved to the control area.
- the moving distance is adopted as the inspection condition, it is possible to obtain the difference or ratio of how much the reaction is compared with the moving distance of the control nematode. If a constant value of this difference or ratio is set in advance as a boundary value, this boundary value is used as a criterion for determining cancer.
- a boundary value can be set in the same manner as the movement distance, such as how much the reaction intensity can be said to be higher than the fluorescence intensity of the control nematode.
- the measured data, boundary values, and sample information are compared to determine whether or not the cancer is a predetermined cancer.
- the determination result output means 114 is a means for outputting the information based on the detected or identified cancer type or the presence or absence of cancer, and displays the cancer type and its probability (risk).
- the display may be a graph or a table. It is also possible to display an animation of nematode behavior calculated by (ii) above.
- (V) Data accumulation means The inputted inspection conditions and inspection results are associated with each other and stored in the database 120 as data accumulation means.
- the stored inspection conditions and calculation results can be read again from the database 120 or from the inspection condition setting unit 111 and the determination result display unit 114.
- the present invention will be described more specifically with reference to examples. However, the present invention is not limited to these examples.
- the nematode was fixed to the microchannel so that the head of the nematode could be taken out of the microchannel (FIG. 5).
- the fluorescence image of YC3.60 was acquired using a Leica DMI3000B microscope (40 ⁇ objective lens) and an ORCA-D2 digital camera (Hamamatsu). All images were acquired with an exposure time of 200 ms.
- FIG. 7 and 8 show the results of testing the responses of nematode AWC and AWA olfactory nerve to urine derived from cancer patients.
- the left two panels are the results of the test using control urine
- the right two panels are the results of using urine from a stomach cancer patient.
- FIG. 7 is a diagram showing changes in calcium concentration (YFP / CFP ratio change of Yellow Cameleon) in response to urinary stimulation (with or without urine) of the AWC olfactory nerve. Responding significantly more strongly to the urine of cancer patients compared to the urine of healthy individuals (control).
- FIG. 8 shows the amount of change in the average fluorescence intensity ratio (YFP / CFP ratio). *** indicates that p ⁇ 0.001 is significant.
- cancer detection experiments were conducted using established cancer cell lines and culture media or preservation solutions as models of biological substances derived from subjects.
- (1) Detection of cancer using cancer cell line In order to detect cancer using a culture supernatant of human cancer cells, SW480, COLO201 and COLO205 as colon cancer (colorectal cancer) cells, MCF7 as breast cancer cells, gastric cancer NUGC4, MKN1, and MKN7 were used as cells.
- SW480, COLO201, and COLO205 are obtained from the Japan Collection of Research Bioresources Cell Bank (Tokyo, http://cellbank.nibio.go.jp) except for Tohoku University. Obtained from Cell Resource Center for Biomedical Research, Institute of Development, Aging and Cancer (Tohoku University, Sendai, Japan).
- wild type nematode (C. elegans) was found to be a culture medium for cancer cells (diluted to 1/10 6 to 1/10 7 ). Showed an attracting action (FIG. 13).
- the left bar in each cell is the result of using a cancer cell culture medium diluted 1/10 6 and the right bar is a 1/10 7 dilution.
- * indicates p ⁇ 0.05
- ** indicates p ⁇ 0.01
- *** indicates p ⁇ 0.001 (Dunnett's test).
- error bars represent SEM.
- nematodes do not exhibit attracting behavior (weak evasion) (FIG. 13). This means that the nematode does not show an attracting action on the “secretion of human cells”, but shows an attracting action on the “secretion of cancer cells”.
- MEM, EMEM and RPMI are medium only.
- KMST-6 and CCD-112CoN are fibroblasts (obtained from RBC and ATCC, respectively).
- nematode chemotaxis against human cancer tissue it showed an attracting action against a piece of cancer tissue, but showed a repellent action against a healthy tissue (the tissue farthest from the cancer tissue) of the same patient. (FIG. 19). It was also found that when a cancer tissue was placed on one side and a healthy tissue was placed on the other side, nematodes approached the cancer tissue.
- the nematode showed an attraction reaction to all urine (24/24) derived from cancer patients, and the detection sensitivity was 100% (FIG. 14).
- nematodes showed repellent behavior against most control urine samples (207/218) (FIG. 14).
- orange bars (1, 2, 41, 44, 54, 56, 90, 157, 196, 202, 208, 213, 220, 226, 232-239, and 241-242) are derived from cancer patients. Samples, blue bars (other than above) indicate control samples.
- the error bar represents SEM.
- the inventor also analyzed other tumor markers for the same subject.
- Serum CEA, serum anti-p53 antibody (Anti-p53Ab) and urine N 1 , N 12 -diacetylspermine (DiAcSpm) were used as tumor markers to be analyzed.
- the sensitivity by the method of the present invention (NSDT) was extremely high (FIG. 15, Table 2).
- sensitivity (%) is a positive ratio with respect to the sample derived from a cancer patient.
- Table 2 includes stage 0 and 1 cancer patients. This means that the method of the present invention is also useful for early cancer detection.
- FIG. 21 shows that 10-fold dilution is preferable.
- the bar graphs described for each concentration show the results when the left three graphs use urine from a healthy person and the right five graphs use urine from a cancer patient.
- RNA interference and chemotaxis assay RNAi assay was performed by bait RNAi method (feeding RNAi method) on eri-1 (mg 366) (19) using Ahringer library (37).
- bait RNAi method feeding RNAi method
- eri-1 mg 366
- Ahringer library 37
- Nine adult eri-1 mutants were placed on NGM plates containing isopropyl ⁇ -D-1-thiogalactopyranoside (0.19 g / L), ampicillin (60 mg / L), and E. coli. Placed on top and cultured for 4 days.
- Adults were then used for chemotaxis assays. Chemotaxis assays were performed as previously reported (6, 17).
- RNAi screening results was performed as follows. The z-score and control values for each single test from 2SD were calculated on all days (Table 3) or daily. A z-score ( ⁇ 1.96 and 1.96, P ⁇ 0.05) was used as a threshold as a large difference. However, inhibition of one receptor did not appear to cause a significant effect. Therefore, the inventor used z-score ⁇ 1 ( ⁇ 0.96 and 0.96, P ⁇ 0.33) as a weaker threshold.
- Osmotic repellent We used 4M NaCl for osmotic stimulation and assayed as previously reported for osmotic repellent behavior (38).
- mice caspase-1 (mCasp1) for removal of AWA, AWB, AWC, and ASH neurons. These were expressed by the odr-10 (11), str-1 (15), ceh-36 (39), and sra-6 (20) promoters, respectively.
- unc-103 (gf) was used for the inhibition of interneurons.
- the AIA-, AIB-, AIY-, or AIZ-specific expression of unc-103 (gf) is gcy-28. This was done with the d (29), npr-9 (40), ttx-3 (41,42), or lin-11 (43,44) promoter.
- RNA isolated using PureLink RNA mini kit was converted to cDNA by RiverTraAceq PCR master mix using gDNARemover (Toyobo) according to the manufacturer's instructions.
- Sri-14 cDNA was amplified using the following two primers, digested with NheI and KpnI, and inserted into the pPD-DEST vector (Invitrogen).
- the room temperature was set to 20 ° C to 23 ° C.
- Fluorescent images of YC3.60 were obtained using a Zeiss Axioplan 2 equipped with a 40x objective lens and a 3CCD digital camera (C7780, Hamamatsu Photonics). All images were collected with an exposure time of 200 ms. Capture the time stacks of AWA, AWB, AWC, and ASH cell bodies and use the AquaCosmos software (ver. 2.6, Hamamatsu Photonics) to determine the emission ratio of yellow fluorescent protein (YFP) and cyan fluorescent protein (CFP). Was analyzed. This ratio was calculated as YEP intensity / CFP intensity (R), and the average ratio in the 10 second window ( ⁇ 10 to 0 seconds) was set as R0.
- RNA interference screening of odor-receptor pairs In order to comprehensively identify olfactory receptors required for response to specific odorants, the present inventor performed systematic RNA interference (RNAi) screening. It was. Since RNAi of neurons in C. elegans is not effective in wild type nematodes due to the low sensitivity of C. elegans neurons to RNAi (18), RNAi-enhanced nematode strain eri -1 (mg 366) (19) was used.
- RNAi screening of receptor genes FIG. 22.
- Genes encoding 822 putative olfactory receptors, including the SRH family (all genes encode GPCRs) were screened.
- the response of RNAi-treated nematodes to 11 odorants was then tested.
- C. elegans can change its palatability depending on the concentration of the odor substance (17), and furthermore, the odor substance (low concentration of 1 ⁇ l and 5 ⁇ l of the undiluted odor substance), respectively.
- the odorant shall contain 6 attractants with low concentration (6), 3 highly attractants that induce repelling at high concentration (17), and 2 repellents with high concentration (6, 20) (FIG. 22).
- RNAi-treated nematode strains that showed abnormal chemosensory-induced motor responses to odorants were repeatedly tested (see materials and methods) (Table 3).
- Table 3 RNAi targeting a gene encoding 194 putative olfactory receptors elicited a weaker response to one or more odorants than the control, It was thought to encode an olfactory receptor candidate (FIG. 22 and Table 4). Since genes expressed in sensory neurons may act as olfactory receptors, we investigated the expression patterns of these genes.
- the inventor used 16 fluorescent putters linked to the promoters of the genes encoding individual olfactory receptors, and showed 16 putatives that showed significant defects in chemosensory-induced movement when knocked down.
- the expression pattern of the gene encoding the olfactory receptor was analyzed (FIGS. 22C and 23, A to L). Furthermore, the information described in WormBase (http://www.wormbase.org) was used for the expression pattern of 19 olfactory receptor genes. Of these 35 genes, 30 were expressed in neurons. Of the 16 genes analyzed by reporter expression, 15 were expressed in sensory neurons involved in odor sensation (Table 5).
- RNAi screening resulted in five olfactory receptor candidate genes (srh-25, srh-79, srh-216, srh-281, and sri-14) as being involved in high concentrations of diacetyl (Table 3 and Figure 3). 25). Therefore, when the present inventor performed expression analysis using an upstream promoter, the expression of srh-79 and srh-216 could not be detected, and the expression of srh-25 and srh-281 was a repellent against high concentrations of diacetyl. It was observed in ADL sensory neurons not involved in behavior (Table 5).
- RNAi targeting this gene caused a significantly larger defect in avoiding high concentrations of diacetyl (FIG. 24B).
- SRI-14 is encoded by a gene having 7 exons, and according to WormBase, ok2585 is a deletion mutant predicted to be functionally defective (FIG. 26A). According to the predicted amino acid sequence of SRI-14 (SEQ ID NO: 5), it was found that the protein has a putative seven-transmembrane domain (FIGS. 26, B and C). Behavioral analysis of the sri-14 (ok2865) mutant under hyperosmotic conditions indicated that nematodes displayed normal hyperosmotic repellent behavior. However, the sri-14 mutant, like the sri-14 RNAi-treated nematode, showed a defect in repellent response to high concentrations of diacetyl (FIG. 24A).
- the sri-14 mutant showed a chemotaxis defect specific to high concentrations of diacetyl (FIG. 24A).
- the sri-14 mutant showed a normal response to other repellents and high concentrations of other attractants (FIG. 24C). This indicates that among the odorants examined, SRI-14 is only involved in sensing high concentrations of diacetyl.
- AWC neurons are required for sensing many attractants containing diacetyl diluted 10-fold (22, 23), and ASH neurons are involved in repelling repellents (9) and high concentrations of isoamyl alcohol (17) .
- SRI-14 functions in AWC or ASH neurons in response to high concentrations of diacetyl we performed a neuron-specific knockdown of sri-14 in AWC and ASH neurons. (24).
- the ASH specific knockdown of sri-14 caused a defect in repelling from diacetyl, but no abnormalities appeared in the AWC specific knockdown (FIG. 24E).
- AWA neurons mediate diacetyl repellent and attraction to diacetyl
- the present inventor analyzed the behavioral responses of C. elegans in which AWA neurons were specifically excluded. Nematodes that were deprived of AWA showed a decrease in repelling from high concentrations of diacetyl (FIG. 24A) and a decrease in attraction to low concentrations (FIG. 27B). This is similar to the ability of AWC and AWB neurons to function both for attraction and repelling (17, 27). Double removal of both AWA and ASH causes more serious defects than single removal, indicating that AWA and ASH are working in parallel on the response to high concentrations of diacetyl. (FIG. 27A).
- AWA neurons in wild-type nematodes or sri-14 mutants increased after exposure of intracellular calcium to low concentrations of diacetyl (29) (FIGS. 28, A and B).
- the odr-10 mutant did not respond to low concentrations of diacetyl ( Figure 28, A and B). This is consistent with the finding that ODR-10 functions as a receptor specific for low concentrations of diacetyl in AWA neurons (21).
- AWA neurons responded normally to high concentrations of diacetyl (FIGS. 28, C and D).
- FIG. 24A Since removal of these neurons reduced both the attraction and repellent responses (FIGS. 27, A and B), when combined with these results, receptors other than ODR-10 are present in AWA neurons and high concentrations of diacetyl are It is suggested to sense.
- the inventor monitored transient Ca2 + responses in ASH neurons.
- a Ca 2+ response was detected only at high concentrations of diacetyl (FIG. 29A).
- the Ca 2+ response in ASH was analyzed (31).
- the calcium response to high concentrations of diacetyl in unc-13 mutant ASH neurons was significantly greater and longer lasting than wild type nematode ASH neurons (FIGS. 30, A, B, and D). This indicates that signals from other neurons inhibit the activity of ASH against diacetyl.
- AWB neurons are generally associated with repellent behavior (15). Since previous studies have reported that a Ca 2+ response in AWB neurons occurs after removal of nonanone or high isoamyl alcohol concentrations (17, 33), we performed ectopic expression of sri-14 cDNA in AWB neurons. The Ca 2+ response to various concentrations of diacetyl was monitored. In wild type AWB neurons, we observed a slight Ca 2+ response after odor removal at either low or high concentrations of diacetyl. Compared to this weak response in wild type AWB neurons, the Ca 2+ response in AWB neurons to removal of high concentrations of diacetyl was significantly enhanced by ectopic expression of SRI-14.
- RNAi screening to comprehensively identify olfactory receptors for specific odor substances.
- C. elegans is considered a model organism for olfactory analysis because olfactory receptors and olfactory signaling are similar to those of mammals (23, 34).
- an entire neural network has been described that can follow the pathway by which olfactory signals are transmitted in neural circuits (35).
- the correspondence with a specific receptor or receptor oligomer is not known, and the mechanism of interaction between the odorant and the olfactory receptor is not known.
- how the odor signal is input, how the olfactory signal is transmitted on the neural circuit, how the small number of ORNs in C. elegans is very high It is not understood what odorants can be identified. Further analysis of candidate receptors obtained by RNAi screening helps to identify olfactory receptors for specific odorants and provide an understanding of these mechanisms.
- AWA sensory neurons responded to both low and high concentrations of diacetyl. Genetic removal of AWA neurons caused defects in both repelling from high concentrations of diacetyl and attraction to low concentrations of diacetyl. These results suggest that AWA neurons detect diacetyl for a wide range of concentrations and contribute to causing opposite behavior for different concentrations. These findings, as well as those previously reported for AWB neurons (16) and AWC neurons (26), indicate that these ORNs of C. elegans can mediate both attracting and repelling behaviors. Show.
- ODR-10 is present in AWA neurons (11), and the odr-10 mutant has reduced attraction to low concentrations of diacetyl, but repelling to high concentrations of diacetyl was normal, so AWA neurons, in particular, It is suggested to have multiple diacetyl receptors for high diacetyl concentrations.
- receptor candidates for high-concentration diacetyl other than SRI-14 obtained by the present inventors in RNAi screening. Analysis of these other candidates may lead to the identification of other diacetyl receptors, the addition of strategies that work different receptors depending on odor concentration.
- Eleven odorants consist of six attractants at low concentrations [isoamyl alcohol (Iaa), benzaldehyde (Bz), butanone (Bu), pentanedione (Pd), pyrazine (Pz), and trimethylthiazole (Tmt)], It contains two repellents [Nonano and Octanol] and high concentrations of three attractants [isoamyl alcohol (high Iaa), benzaldehyde (high Bz), and diacetyl (high Da)). Blue, orange, and green shades indicate the same day control values, the average of all day control values, and statistical differences compared to both, respectively (see Materials and Methods).
- Table 4 Raw data from RNAi screening of 194 candidate olfactory receptor genes. A total of 194 olfactory receptor candidate genes were obtained after the third screening. This table shows the chemotaxis index of nematodes treated with RNAi for these genes in primary, secondary, and tertiary screens. Several genes have been shown to be involved in sensing multiple odorants.
- Table 5 Expression patterns of 35 receptor candidate genes and related odorants. Only sensory neurons are listed by name. Other neurons are listed as a group of several neurons. See FIG. 23 for the expression photograph of the analyzed gene.
- the inventor has obtained C.I.
- strains that did not exhibit attracting behavior in urine derived from various cancer patients were found. Examination of the genomic sequence of this strain revealed that it had many single base substitutions on the genome. Therefore, in this example, the accuracy of cancer detection was examined using the above-described gene mutant strain together with the wild strain.
- the gene mutant showed no attracting behavior in the urine of almost all cancer types (FIG. 34). Since gene mutants show normal chemotaxis against other odors, it can be said that the basic olfaction is working. Therefore, it is expected that the gene mutant strain has a defect in the receptor that accepts the odor of cancer types (FIG. 35). In addition, the gene mutant strains normally attract the false positive sample. Therefore, a sample that was positive in the wild strain (N2 strain) was analyzed with the gene mutant strain, and when it was negative with the gene mutant strain, it was diagnosed as cancer, and when it was positive with the gene mutant strain, it was false positive. Can be diagnosed. Therefore, the accuracy of cancer detection can be increased by using a gene mutant (FIG. 35).
- olfactory nerve WC specific RNAi (Esposito et al, Efficient and cell specific knock-down of gene function in targeted C. elegans neurons. Gene 395, 170-176, 2007)
- the chemotaxis to urine was measured. As a result, it was found that the receptors to be reacted differ depending on the cancer type. Thereby, it becomes possible to identify the cancer type by the nematode chemotaxis test.
- FIG. 36 shows the results of examining the urinary motility of breast cancer patients in the receptor knockdown strain.
- olfactory receptors for the odor of each cancer type are identified, and mutants lacking the receptors are prepared.
- the method for producing the mutant include the CRISPR / Cas9 method (Friedland et al, Heritable genome editing in C. elegans via a CRISPR-Cas9 system, Nature Methods, 2013).
- STEP1 the presence or absence of a cancer type is examined using the N2 strain.
- STEP2 a cancer type is specified using a receptor variant of each cancer type. For example, colorectal cancer can be diagnosed when the receptor scent of colorectal cancer odor does not show attracting behavior (FIG. 37).
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Abstract
Description
癌は、早期であればある程、診療にかかる精神的・身体的・経済的・社会的負担が軽く、根治の可能性も高い。進行すればする程、根治の可能性は低下し、切除不能の進行再発癌に至っては、多大の負担と損失のうえ、延命治療となる現実がある。癌は細胞の遺伝子の異常が原因となり発生するため、ほとんどの癌において人口10万対各年齢における発生頻度は4−6乗に比例して増加する(Cancer Patterns in Canada,1982)。このため、いずれの年齢や社会においても、癌を早期発見・早期治療できれば、様々な場面において負担と損失が小さくできることは明白である。
この事から、癌特有のニオイを検出すれば高精度の癌探知システムの構築が可能と考えられる。
すなわち、本発明は以下の通りである。
(2)線虫がシノラブディティス・エレガンス(Caenorhabditis elegans)である(1)に記載の方法。
(3)線虫が、野生型線虫、変異型線虫又はトランスジェニック線虫である(1)又は(2)に記載の方法。
(4)被検者由来の生体関連物質又はその処理物の匂いに対して、線虫が正の応答を示したときは、被検者は癌である、又は癌のリスクがあると判定する、(1)~(3)のいずれか1項に記載の方法。
(6)生体関連物質又はその処理物が、体液、細胞、組織、又は細胞若しくは組織の培養物若しくは保存液である(1)~(5)のいずれか1項に記載の方法。
(7)体液が尿である(6)に記載の方法。
(8)保存液が生理食塩水である(6)に記載の方法。
(9)
線虫を用いて匂いの受容体の同定を行うことを特徴とする、線虫における匂いの受容体の同定方法。
(10)前記受容体をコードする遺伝子の発現又は機能を阻害し、当該阻害された線虫における匂いに対する反応を検査するものである(9)に記載の方法。
(12)匂いが癌種の匂いである(9)~(11)のいずれか1項に記載の方法。
(13)同定される受容体の種類が、癌種により、又は匂い物質の濃度に依存して異なるものである(9)~(12)のいずれか1項に記載の方法。
(14)線虫がシノラブディティス・エレガンス(Caenorhabditis elegans)である(9)~(13)のいずれか1項に記載の方法。
(15)被検者由来の生体関連物質又はその処理物の匂いに対する線虫の反応を指標として癌種を同定することを特徴とする癌種の同定方法。
(a)前記(1)~(8)のいずれか1項に記載の方法により癌を検出し、
(b)前記工程(a)において癌であることが検出された試料について、前記(9)~(14)のいずれか1項に記載の方法により同定された受容体を改変した改変体線虫を用いて、匂いに対する反応を検査し、
(c)前記改変体線虫と、前記工程(a)で使用した線虫との間で匂いに対する反応が異なるときは、同定された受容体に対応する癌種を、同定の対象癌種であると判定する。
(17)受容体の改変が、受容体の欠失、受容体の発現又は機能の阻害、及び受容体の高発現又は高機能化からなる群から選ばれる少なくとも1つである(16)に記載の方法。
(18)線虫を含む、癌の検出又は同定用キット。
(19)線虫がシノラブディティス・エレガンス(Caenorhabditis elegans)である(17)に記載のキット。
(20)線虫が、野生型線虫、変異型線虫又はトランスジェニック線虫である(18)又は(19)に記載のキット。
(21)線虫と、
生体関連物質又はその処理物及び前記線虫を収容する収容部と、
前記収容部の線虫の匂いに対する反応を探知する探知部と、
を備える癌の検出システム。
図2は、
本発明の方法に使用するシャーレのフォーマットを示す図である。
図3は、インディケーター遺伝子としてYellow Cameleon遺伝子を用いたときの測定原理を示す図である。
図4は、インディケーター遺伝子としてGCaMP遺伝子を用いたときの測定原理を示す図である。
図5は、線虫を配置するためのマイクロ流路を有するチップを示す図である。
図7は、癌患者由来の尿に対し、線虫のAWC嗅覚神経の反応を試験した結果を示す図である。
図8は、癌患者由来の尿に対し、線虫のAWC嗅覚神経の反応を試験した結果を示す図である。
図9は、沈殿物及び固形物を除去した尿サンプルを用いて線虫の化学走性を試験した結果を示す図である。
図10は、癌患者由来の尿に対し、線虫のAWA嗅覚神経の反応を試験した結果を示す図である。
図12は、アッセイプレートを示す図である。
図13は、癌細胞の培養培地に対する線虫の誘引行動を示す図である。
図14は、本発明の方法の中規模試験結果を示す図である。
図15は、本発明の方法と他の腫瘍マーカーを用いて中規模試験を行い、感度を比較した結果を示す図である。
図16Bは、本発明のシステムの処理部の構成図である。
図17は、種々の濃度の繊維芽細胞培養培地に対する線虫の走性を示す図である。
図18は、種々の濃度の癌細胞培養培地に対する線虫の走性を示す図である。
colo205=大腸癌、MKN1=胃癌
図19は、S状結腸癌患者の癌組織及び健常組織に対する線虫の走性を示す図である。
図20は、ヒトの癌組織切片を生理食塩水に入れて保存した後の当該生理食塩水の希釈液に対する線虫の走性を示す図である。
図22は、特定の匂い物質に対する応答に関与した嗅覚受容体についてのRNAiスクリーニングを示す図である。
(A)RNAiスクリーニング戦略が効果的であったことの確認。ジアセチルの10−3希釈又はピラジンの10−3希釈に対する走化性応答におけるeri−1変異体でのodr−10を標的とするRNAiの効果を示す。対照との有意な差を示す(P<0.001、ステューデントt検定)。(B)匂い物質に対する走化性と関連付けられた、第三次スクリーニング後に得られた嗅覚受容体候補遺伝子の数。(C)srx−47又はsra−17プロモーターによって発現誘導された蛍光リポーターの発現パターン。緑色は、これらの遺伝子のプロモーターによって誘導される蛍光タンパク質Venusの発現を示す。マジェンタ色は、AWA、AWB、及びAWC嗅覚ニューロンにおけるmCherryの発現を示す。srx−47の発現は、AWA及びASHニューロンにおいて観察された。sra−17の発現は、AWAニューロンにおいて検出された。スケールバー、10μm。
図23は、嗅覚受容体候補遺伝子の発現パターンを示す図である。
(左)緑色は、嗅覚受容体候補遺伝子のプロモーターによって発現誘導されたVenusの発現を示す。(中央)マジェンタ色は、AWA、AWB及びAWCニューロンにおけるmCherryの発現(A)又は色素(dye)染色された感覚ニューロン(ASH、ASJ、AWB、ASK、ADL、ASI、PHA及びPHBニューロン)(B−M)を示す。(右)重ね合わせた図。すべての画像は、尾部領域(C、下部)を除いて、線虫の頭部領域の左側面画像のものである。矢印及び矢じりは、受容体候補遺伝子が発現するニューロンの細胞体を示す。スケールバー=10μm。
(A)野生型(WT)、odr−10、及びsri−14変異体における低濃度及び高濃度のジアセチルに対する化学走性。ジアセチル濃度を下部に示す(n=5)。(B)高濃度のジアセチル(5μl未希釈)に対する忌避応答におけるsri−14を標的とするRNAiの効果(n=8)。(C)高濃度のジアセチル(5μl未希釈、Da)、イソアミルアルコール(5μl未希釈、Iaa)、及びベンズアルデヒド(1μl未希釈、Bz)、並びに忌避物質オクタノール(1μl未希釈、Oct)及びノナノン(1μl未希釈、Nona)に対するsri−14変異体の化学走性(n=6)。(D)sri−14プロモーターによって発現誘導される蛍光リポーター(緑色)の発現パターン。矢じりは、それぞれmCherry又は蛍光色素によって同定されたAWC又はASHの細胞体を示す(マジェンタ)。(E)高濃度のジアセチル(5μl未希釈)に対する化学走性において、野生型線虫でsri−14をASH又はAWC特異的にRNAiしたときの効果(n=5)。(F)高濃度のジアセチル(5μl未希釈)へのsri−14変異体の応答の欠陥についてsri−14cDNAのニューロン特異的発現の効果(n=5)。(G)ASHの感覚繊毛におけるSRI−14::GFPの局在。スケールバー、10μm(D及びG)。エラーバーはSEMを表す。*P<0.05、**P<0.01、***P<0.001、ステューデントt検定(B及びC)又はダネット検定(A、E、及びF)。
sri−14に加えて、第三スクリーニング後に得られた高濃度ジアセチル(5μlの未希釈)に対する応答に関する受容体候補遺伝子のうち、srh−25、srh−79、srh−216、又はsrh−281のRNAiは、ジアセチルからの忌避行動に有意で再現性のある欠陥を引き起こした。誤差バーはSEMを表す。対照と比較した有意差を示す(*P<0.05、**P<0.01;ボンフェローニ補正を含むステューデントt検定)。
図26は、sri−14の構造を示す図である。
sri−14は7回膜貫通型タンパク質をコードする。(A)sri−14の構造。ok2685株の欠失領域を示す。(B)SRI−14の予測されたアミノ酸配列。隠れマルコフモデルによって予測された7回膜貫通型ドメインを示す。(C)SRI−14の疎水性プロット。プロットは、Kyte & Doolittleによって定義されたハイドロパシーパラメータに由来する。(D)sri−14変異体は、高い浸透圧刺激(4M NaCl)に対して正常な忌避行動を示した。誤差バーはSEMを表す。対照と比較した有意差を示す(**P<0.01、ダネット検定)。
図30は、unc−13変異体及びAWAを破壊された線虫におけるASHニューロンのカルシウムイメージングの図である。野生型(A,N=14)、unc−13変異体(B,N=14)及びAWAを破壊された線虫(C,N=11)における高濃度のジアセチル(10−3希釈)刺激後のASHニューロンのカルシウム応答。unc−13変異体及びAWAを破壊された線虫では、野生型線虫ニューロンと比較して、大きく長時間持続するカルシウム応答が観察された。曲線の周囲の陰影領域はSEMを表す。黒色バーは、ジアセチル刺激が存在したことを示す。(D)高濃度ジアセチルを添加してから10秒後の平均蛍光変化。誤差バーはSEMを表す。対照からの有意差は、(*P<0.05、ダネット検定)によって示される。
図32は、高濃度又は低濃度のジアセチルの除去に対するAWBニューロンの応答を示す図である。(A)野生型線虫(茶色、n=10)又はAWBニューロンにおいてsri−14を異所性に発現させた線虫(橙色、n=11)における、低濃度(10−5希釈、左)又は高濃度(10−3希釈、右)のジアセチルの除去後のAWBニューロンのカルシウム応答。曲線の周囲の陰影領域はSEMを表す。黒色バーは、ジアセチルが存在したことを示す。(B)ジアセチルを除去してから10秒後の平均蛍光変化。白色バー、野生型;橙色バー、AWBにおいてsri−14を異所性に発現させた株。誤差バーはSEMを表示す。***P<0.001、ステューデントt検定(n≧10)。
図34は、N2株及び遺伝子変異株における各種癌患者の尿に対する走性を示す図である。
図35は、N2株及び遺伝子変異株における各種化学物質に対する走性を示す図である。
図37は、線虫の走性テストにより癌種を特定する方法の模式図である。
1.概要
(1)癌の検出
本発明は、線虫を、被検者由来の生体関連物質又はその処理物の存在下で飼育し、例えば線虫の嗅覚による化学走性などを指標として癌を検出することを特徴とする癌の検出方法である。
本発明者は、被検者が癌であるか否かを検査するに際し、一態様として被検者由来のサンプルに対する線虫C.elegansの嗅覚による化学走性に注目した。
線虫であるセノラブディティス・エレガンス(Caenorhabditis elegans、以下「C.elegans」ともいう)は生物研究のモデル生物として、世界中の研究室で広く飼育、研究されているポピュラーな生物であり、飼育が容易で、嗅覚が優れている特徴がある。
健常者、及び癌患者の尿に対する線虫の反応を調べたところ、健常者の尿に対しては忌避行動を、癌患者の尿に対しては誘引行動を示し、30検体を調べその精度は100%であった(図1)。
また、早期癌を含む、胃癌、結腸・直腸癌、膵臓癌の全てに反応したことから、がん探知犬の行動と同じく、様々な癌に共通した、癌特有の匂いに反応している事が示された。
この線虫を用いた癌診断システムは、以下の通り、従来の問題点の多くを解決できる。
ステージ0、1の早期癌についても、高精度で検出可能である。尿を採取した時点(2011年)で既存の腫瘍マーカーで陰性と判断された検体について、このテストでは陽性を示した。この患者は、経過観察中の2年間に癌を発症した。すなわち、既存の腫瘍マーカーでは検出できない癌を、本発明により検出することが可能である。
(ii)多種類の癌の存在を単一の検査で診断することができる。すなわち、一度の検診で多くの種類の癌について診断することができる。これまでのところ、胃癌、結腸・直腸癌、食道癌、膵臓癌、前立腺癌、胆管癌、乳癌、悪性リンパ腫、消化管間葉性腫瘍、盲腸癌、肺癌について検出可能であることを確認している。
(iii)高感度である。
30検体のテストでは100%の感度・特異度で検出が可能であった。さらに、中規模テスト(242検体)を行っても、癌患者について100%の感度・95%の特異度で検出が可能であった。
尿サンプルの採取には、食事制限などの特別な条件を定めておらず、通常の定期検診で採取した尿サンプルを用いて解析できる。このため、被検者は苦痛を伴わず、他の尿検査と同時にサンプル採取が可能である。必要な尿の量は数μlで済む。
(v−1)早い
短時間で解析可能。線虫の化学走性の解析は、1時間半程度で行うことができる。トランスジェニック線虫を用いた嗅覚神経の応答の解析は、30分程度で行うことができる。
(v−2)安価
例えば、1検体あたり、線虫飼育用シャーレ2枚(1枚約10円)、走性解析用シャーレ3~5枚(1枚約10円)。寒天はそれぞれのシャーレ1枚あたり、2.5円、10円。その他試薬を合わせても、1検体あたり100円程度。人件費を合わせても、非常に安価に解析できる。
(v−3)解析が容易であり、専門的な技術は必要としない。
線虫の走性解析は非常に容易であり、誰でも行うことができる。線虫の飼育も容易である。線虫に対する特別な訓練は必要とせず、通常飼育した線虫を用いて解析することができる。
(v−4)多検体の解析が可能
実験者1人当たり1日に150回程度の回数で走性解析を行うことができる。1検体あたり3回の走性を解析する場合、1日に50検体を解析できる。この作業を自動化することも可能である。
(vi−1)システム全体が安価で導入しやすい
線虫の飼育に特別な部屋は必要ない。必要とする機器は、20℃インキュベーターと実体顕微鏡のみであり、安価かつ短時間でシステムの構築ができる。
(vi−2)全世界に導入可能
高価な測定機器を必要としないことから、先進国だけでなく、全ての国に導入可能である。
全ての部位の癌を検出できることから、術後再発の可能性判断に応用できる。
以上より、本発明は、被検者の苦痛が少なく、操作を簡単かつ安価に行うことができ、多くの人を対象として実施可能であり高精度な新たな癌検診法として有用である。
匂いは嗅覚神経上の嗅覚受容体によって受け取られる。ヒトには約350種の嗅覚受容体が存在し、約1万種の匂いを識別できると言われている。匂いの種類に対して圧倒的に少ない受容体において、どのようにして膨大な種類の匂いを識別できるのかは不明であることから、それを明らかにするため、匂いと受容体との対応関係を明らかにする必要がある。しかし、そのような試みは部分的にしか行われておらず、特に生体内における対応関係はほとんどわかっていなかった。
線虫C.elegansは生体内での解析に優れ、嗅覚神経がわずか10個程度(ヒトでは約500万個)しかないことや、神経回路が全て同定されていること、さらには匂いを感じる仕組みが哺乳類とほぼ同じであることから、嗅覚研究のモデル生物であると考えられている。線虫の嗅覚受容体は哺乳類と同じ7回膜貫通型Gタンパク質共役型であり、ゲノム上に1200個以上あると予想されている。しかし、匂いとの対応関係が判明している受容体はわずか1個(ジアセチル受容体のODR−10)であり、匂いシグナルをどのようにして受容しているのかが不明であった。
(1)線虫
本発明の方法に用いる線虫は土壌自活線虫の一種であり、生物研究のモデル生物として広く研究に用いられている。本発明の方法に用いる線虫は、雌雄を問わないが、自家受精により増殖することができる点で雌雄同体のものが好ましい。また、本発明において使用する線虫は、シャーレの中で大腸菌を餌として飼育すればよく、飼育は容易である。親をシャーレに移しておけば、4日後には子供が産まれて成虫にまで成長し、50~100倍に個体数が増える。その間、インキュベーターに入れて放置しておけばよく、特別な操作は必要ない。雌雄同体を使用する場合は、かけ合わせなどの操作も必要ない。飼育するのに必要な設備は20℃インキュベーター及び実体顕微鏡であり、システムの立ち上げは短時間に、安価に行える。
本発明においては、上記線虫(野生型線虫)のほかに、変異型線虫やトランスジェニック線虫を用いることができる。トランスジェニック線虫には、線虫の嗅覚神経AWC、AWAに、インディケーター遺伝子を導入した線虫、癌の匂いの受容に関わる遺伝子(受容体遺伝子)の発現または機能を阻害した線虫、癌の匂いの受容に関わる遺伝子(受容体遺伝子)を高発現または高機能化した線虫、線虫の行動解析を容易にするために各細胞に蛍光タンパク質を発現させた線虫などが例としてあげられるが、これらに限定されるものではなく、外来遺伝子を導入した全てのトランスジェニック株を対象とする。
また、AWAに発現させるために使用するプロモーターとしては、例えばodr−10プロモーター(Sengupta,P.,Chou,J.H.& Bargmann,C.I.odr−10encodes a seven transmembrane domain olfactory receptor required for responses to the odorant diacetyl.Cell 84,899−909(1996).)が挙げられる。odr−10はAWAのみに発現誘導することが知られている。
カルシウムインディケーター遺伝子としては、Yellow Cameleon(YC)遺伝子(Nagai,T.,Yamada,S.,Tominaga,T.,Ichikawa,M.& Miyawaki,A.Expanded dynamic range of fluorescent indicators for Ca(2+)by circularly permuted yellow fluorescent proteins.Proc Natl Acad Sci U S A 101,10554−10559(2004).)、GCaMP遺伝子(Nakai,J.,Ohkura,M.& Imoto,K.A high signal−to−noise Ca2+ probe composed of a single green fluorescent protein.Nat.Biotechnol.19,137−141(2001).)などが挙げられ、これらの遺伝子は、例えばアクセッション番号AB178712、HM143847により塩基配列情報を得ることができる。また、これらの遺伝子は、addgeneにより入手することも可能である。
変異型線虫は、例えば野生型線虫のゲノムに多型が生じた線虫、癌種それぞれの匂いに対する嗅覚受容体をを欠失した変異体などを意味する(後述の実施例において説明する)。
本発明において使用される試料は被検者(健常人、癌患者、癌が疑われる患者等、動物)由来の生体関連物質である。「生体関連物質」とは、被検者から採取された生体試料であり、例えば体液(尿、汗、唾液、便汁)、細胞(生検細胞等)、癌組織(生検組織、組織切片等)血液、呼気などが挙げられる。本発明においては、これらの生体試料そのものを使用することができるが、生体関連物質の処理物を使用することが好ましい。「処理物」とは、生体関連物質を物理的及び/又は化学的に処理したサンプルを意味する。
上記と同様に、生体関連物質として細胞(例えば生検による癌細胞)を使用する場合は、細胞培養後の培養物から遠心分離やフィルタリング等により細胞破砕物などの固形物を除去し、固形物除去後の培養上清液を処理物として得る。
また、本発明においては、上記試料のほか癌細胞又は癌組織(生検組織、組織切片等)の保存液を使用することもできる。保存液としては、例えば生理食塩水、緩衝液、ホルマリン、DMSOなどが挙げられるが、これらに限定されるものではない。保存液には凍結保存に一般に使用される凍結保存用保存液が含まれ、凍結保存後は、融解して使用することができる。
まず、検出に必要な線虫を得るために増殖させる。
線虫(成虫)をシャーレ(大腸菌をまいたNGM培地)に数匹置いて、3~6日、好ましくは4日間、15~25℃、好ましくは20℃で飼育する。これにより次の世代の線虫が300~500匹程度、成虫まで育つ。
次に、実際に検査を行うためのシャーレを作製する。シャーレに図2のようなフォーマットを作成し、4点にアジ化ナトリウム(NaN3)を置く(添加する)。アジ化ナトリウムは線虫を麻酔して動かなくするためのものであり、添加量は1M濃度では0.2~3μl、好ましくは0.5μlである。
シャーレにまいた大腸菌を洗浄バッファーにより除き、シャーレに生体関連物質又はその処理物のサンプルを置く(添加する)。サンプルとして尿を使用する場合、尿サンプルは原液を使用することもできるが、採取された尿を例えば滅菌水、緩衝液等により1.5~1000倍に希釈してもよい。希釈倍率は10倍であることが好ましい。シャーレに添加する尿サンプルは0.5~10μl、好ましくは1μlである。
所定時間(1時間程度)線虫を飼育する(泳がせる)。室温は23℃±1℃。
所定時間経過後、+側の個体数、−側の個体数を数え、chemotaxis index(下記式)を計算する。+側の個体数をN(+)、−側の個体数をN(−)とすると、
chemotaxis index=N(+)−N(−)/全個体数
となる。
その後、正の応答又は負の応答を指標として、癌を検出する。
「正の応答」とは、線虫がサンプルに対して「好き」であること又は「興味ある」ことを意味し、「負の応答」とは、線虫がサンプルに対して「嫌い」であること又は「興味ない」ことを意味する。
化学走性を指標とする場合は、正の値(+)は正の応答(正の化学走性、好き)、負の値(−)は負の応答(負の化学走性、嫌い)を表す。
1検体あたり1回の解析でもよいが、複数回の解析を行い、chemotaxis indexの値の平均値を計算することにより値の精度を高めることができる。解析により得られた値(複数回行ったときはその平均値)が正の値の場合、癌である又は癌のリスク(可能性)があると予備的に又は確定的に判断できる。「癌である」との判断は、例えば癌の確定診断又は予備的診断の補助資料として使用することができ、「癌のリスクがある」との判断は、例えば健康診断や癌の初診等において癌を疑うための補助資料として使用することができる。
風見鶏行動において、「正の応答」とは、線虫がサンプルの方向に向きを変えることを意味する。また、ターン行動においては、サンプルが高い濃度から低い濃度に変わったときにターンすると、線虫は「負の応答」をしたといえる。体の屈曲度の場合は、頭部と尾部の間の距離が長いと、「正の応答」をとったといえる。
(i)遺伝子組み換え線虫を利用した検出についても、上記の通り行うことができるが、線虫の嗅覚神経AWC、AWAに、神経内カルシウム濃度を測定できるインディケーター遺伝子を発現させたトランスジェニック線虫を用い、カルシウム濃度の変化(神経の応答)を指標として検出する。この方法は線虫数個体で解析することができるため、線虫の培養にかかるコストが低く、短時間で行うことができる利点がある。
インディケーター遺伝子としてYellow Cameleon遺伝子を用いた時の測定原理を図3に示す。
測定に使用するインディケータータンパク質は、カルシウム結合タンパク質CaMと、CaMが結合するターゲットのM13とをつなぎ、その両端にCFP、YFPをつないだ融合タンパクである(遺伝子にコードされており、遺伝学的に生体内で発現させることができる)。カルシウム濃度が低いときは、CaMとM13が離れており、CFPとYFPも離れた位置にある(左図)。そのため、CFPを励起させる光を与えると、CFPから青い光が発せられる。一方、カルシウム濃度が高くなってCaMとM13が結合すると、CFPとYFPが近付き、両者の間で蛍光共鳴エネルギー移動(又はフェルスター共鳴エネルギー移動)(FRET)が生じる。すると、CFPを励起する光を与えても、YFPから黄色い光が発せられるようになる(右図)。そこで、青い光、黄色い光を同時に計測し、その比を計算すれば、カルシウム濃度変化がわかる。
インディケータータンパク質は、CaMとM13とをGFPにつないだ構造をしている融合タンパク質である。このタンパク質も、遺伝子によりコードされており、遺伝学的に生体内で発現させることができる。カルシウム濃度が高くなってCaMと結合すると、GFPの蛍光強度が上昇する。そこで、GFPの蛍光を測定すれば、カルシウム濃度の変化がわかる。
本発明においては、被検者由来の生体関連物質又はその処理物に対して、線虫の嗅覚神経の応答が大きいとき、すなわちカルシウム濃度変化が大きいときは、被検者は癌である、又は癌のリスクがあると判定する。ここで、「嗅覚神経の応答が大きいとき」及び「カルシウム濃度変化が大きいとき」における「大きいとき」とは、対照(健常人由来の生体関連物質又はその処理物)と比較して、被検者由来の生体関連物質又はその処理物を刺激として与えた時の、蛍光強度比(ratio=YFP/CFP)の変化、あるいはGFPの蛍光強度変化が有意に大きいことを意味する。
潅流装置(WPI社。Multi Channel Perfusion System MPS−2等)で1~4の流路を切り替えることにより(図6)、尿刺激のON、OFFを行う(Chalasani,S.H.et al.Dissecting a circuit for olfactory behaviour in Caenorhabditis elegans.Nature 450,63−70(2007);Chronis,N.,Zimmer,M.& Bargmann,C.I.Microfluidics for in vivo imaging of neuronal and behavioral activity in Caenorhabditis elegans.Nat Methods 4,727−731(2007).)。
AWC嗅覚神経は「匂いあり」→「なし」で反応する神経であるため(嗅覚−OFF反応)、尿がある状態からない状態に変化させた時の反応を見る。AWA神経はその反対に、「匂いなし」→「あり」に反応する神経であるため(嗅覚−ON反応)、尿がない状態からある状態に変化させた時の反応を見る。
ところで、健常者の尿でも線虫の嗅覚神経は弱く反応するため、コントロールの尿(健常者の尿)を用意し、同じ線虫個体にコントロール尿、検体尿を順番に与えて、その反応の強さの違いにより、癌の検出を行うことが好ましい。
本発明においては、線虫を用いて匂いの受容体の同定を行うことを特徴とする、線虫における匂いの受容体の同定方法を提供する。
本発明の同定方法は、受容体をコードする遺伝子の発現又は機能を阻害し、当該阻害された線虫における匂いに対する反応を検査する工程を含む。
嗅覚受容体遺伝子の発現又は機能阻害は、前記の通りRNAiを利用した阻害、アンチセンス核酸を利用した阻害、ドミナントネガティブ型変異遺伝子の発現による阻害などが挙げられるが、RNAiを利用した阻害が好ましい。
また、同定される受容体の種類は、又は匂い物質の濃度に依存して異なる。従って、どの濃度の試料に対して反応するかを検査し、高濃度の試料に対する受容体、及び低濃度の試料に対する受容体を同定することができる。
本発明においては、線虫走性テストにより癌種を特定することが可能となる。従って、本発明においては、被検者由来の生体関連物質又はその処理物の匂いに対する線虫の反応を指標として癌種を同定することを特徴とする癌種の同定方法を提供する。
欠失変異体の作製法としては、CRISPR/Cas9法(Friedland et al,Heritable genome editing in C.elegans via a CRISPR−Cas9 system,Nature Methods,2013)などが挙げられる。また、受容体遺伝子の発現または機能を阻害した株、受容体遺伝子を高発現または高機能化した改変線虫を作製する。発現又は機能を阻害するには、RNAiを利用した阻害、アンチセンス核酸を利用した阻害、ドミナントネガティブ型変異遺伝子の発現による阻害などが挙げられる。受容体遺伝子を高発現または高機能化するには、受容体遺伝子のプロモーターをタンデムに連結する方法、エンハンサーを導入する方法、受容体遺伝子を多コピー導入する方法、受容体の匂いやGタンパク質との結合部位に改変を加える方法、受容体の活性化や局在、匂いとの親和性を制御する部位に改変を加える方法などがある。
(a)まずSTEP1として、前記本発明の検出方法により癌を検出する。例えば、N2株を用いて、癌種の有無を検査する。
(b)次に、STEP2として、各癌種の受容体の変異体や受容体遺伝子の発現、機能を変化させた株を用いて、癌種を特定する。
前記工程(a)において癌であることが検出された試料について、前記同定された嗅覚受容体を欠失させた変異体線虫や受容体遺伝子の発現、機能を変化させた株を用いて、匂いに対する反応を検査する。
(c)前記改変体線虫と、前記工程(a)で使用した線虫との間で匂いに対する反応が異なるときは、同定された受容体に対応する癌種を、同定の対象癌種であると判定する。
例えば、前記変異体線虫や受容体遺伝子の発現または機能を阻害した線虫のうち匂いに対する反応を示さなかった線虫において同定された受容体に対応する癌種を、同定の対象癌種であると判定する。あるいは、受容体遺伝子を高発現または高機能化した線虫のうち匂いに対する反応が亢進した線虫において同定された受容体に対応する癌種を、同定の対象癌種であると判定する。
例えば、大腸癌の匂いの受容体変異体が誘引行動を示さない場合、大腸癌であると判断(診断)できる(図37)。
本発明は、線虫を含む癌の検出用キットを提供する。本発明のキットには線虫が含まれるが、本発明の検出方法を実施するために必要な1種以上の成分を含めることができる。このような成分としては、例えば緩衝液、培養液、アジ化ナトリウム、大腸菌、シャーレ、寒天などが挙げられる。また本発明のキットは、必要な成分のうちの一部のみを含む部分的キットであってもよく、その場合には、ユーザーが他の成分を用意することができる。また、本発明のキットには、検出法又は同定法を説明した使用説明書を含めることができる。
また、本発明は、線虫と、生体関連物質又はその処理物及び前記線虫を収容する収容部と、前記収容部の線虫の行動を探知する探知部とを備える癌の検出システムを提供する。
収容部30は、シャーレ、培養皿、マイクロ流路を有するチップなどが例示されるが、線虫及び試料を収容できる限り限定されるものではない。
本発明のシステムは、線虫の少なくとも1匹の動画像をリアルタイムで撮影することができる少なくとも1つの探知部10を含む。探知部10は線虫の画像、個体数、動きの軌跡等のデータを取得するデバイスであり、顕微鏡又はカメラ、例えば蛍光顕微鏡、デジタル顕微鏡、デジタルビデオカメラなどを備える。顕微鏡及びカメラには、線虫の動きを追随できる自動追尾(追跡)システムを備えることができ、線虫1匹ごとに又は複数匹を同時に追跡する。そして、その軌跡から線虫の移動距離を測定する。あるいは、所定のエリアに集合している線虫を撮影し、個体数を数える。また、顕微鏡及びカメラには、蛍光強度を検出できるセンサーを備えることもできる。
本発明のシステムでは、リアルタイムの画像により線虫の動きを測定することも、静止画像(写真)を用いて線虫の動きを測定することもできる。リアルタイムで線虫の画像を撮影すると、線虫の位置を動的に探し求めることが可能である。
検査条件設定手段111は、GUI(Graphical User Interface)により、計算に必要な条件を、マウスやキーボードから入力するための手段であり、入力された情報は、グラフにより確認することができる。
検査条件設定手段により、本発明のシステムに、検査目的に応じて所定の条件を記憶させておくことができる。条件として、例えば、線虫の個体数、線虫の特徴、chemotaxis indexの採否、測定時間などがある。
線虫の特徴は、欠失変異体であること、遺伝子発現等を阻害した株であること、測定のために蛍光タンパク質をコードする遺伝子(例えばGFP遺伝子、RFP遺伝子等)が導入されたことなどが含まれる。但し、条件はこれらに限定されるものではなく、検査目的に応じて適宜設定することができる。
線虫の反応検査手段112は、検査条件設定手段111又はデータベース120から癌を検出又は同定するための計算式(例えばchemotaxis index)を選択するとともに、それぞれの計算式に基づいて、線虫の反応を計算する手段である。この手段では、所定エリア内の線虫の個体数の測定、1匹の線虫が動いた総距離の測定、1匹の線虫が発する蛍光強度の検出などを行い、被検サンプルに反応した線虫の行動を記録する。例えば、1匹の線虫に着目してサンプルに誘引されて移動したときの距離を測定し、各線虫の移動距離を合算して総和を求める。あるいは、線虫に蛍光タンパク質遺伝子を導入したときは、サンプルに反応した線虫の蛍光強度を測定する。これも1匹の線虫あたりの蛍光強度を測定して線虫の総和を求めてもよく、一定のエリアに集まった線虫全体から発する蛍光強度を、エリア単位で測定することもできる。
癌の判定手段113は、線虫の匂いに対する反応をもとに癌の有無を検出し、又は癌の種類を同定する手段である。
検査条件として個体数を採用した場合、対照のエリアに移動した線虫の個体数に対し、検査対象エリアに移動した線虫の個体の比又は差などを求める。検査条件として移動距離を採用した場合、対照の線虫の移動距離と比較して何%多ければ反応したか、その差又は比を求めることができる。予めこの差又は比の一定値を境界値として設定しておけば、この境界値は癌の判定の判断基準として使用される。また、検査条件として蛍光強度を採用した場合は、対照の線虫の蛍光強度と比較して何%多ければ反応したといえるか等、上記移動距離と同様に境界値を設定することができる。
測定されたデータと、境界値と、サンプル情報(癌種の情報等)とを対比して、所定の癌であるかどうかを判定する。
判定結果出力手段114は、検出又は同定された癌種又は癌の有無に基づいてその情報を出力する手段であり、癌種及びその確率(リスク)を表示する。表示はグラフでも表でもよい。上記(ii)により計算された線虫の行動のアニメーションを表示することもできる。
入力された検査条件と検査結果は、関連付けられてデータ蓄積手段としてデータベース120に保存される。
保存された検査条件と計算結果は、再度データベース120から、あるいは検査条件設定手段111と判定結果表示手段114から読み込むことができる。
以下、実施例により本発明をさらに具体的に説明する。但し、本発明はこれら実施例に限定されるものではない。
(i)線虫の飼育
野生型線虫N2の成虫を6cmシャーレ(大腸菌をまいたNGM培地)に5~6匹置き、4日間、20℃で培養した。次の世代の線虫を300~500匹程度、成虫まで育てた。
(ii)走性解析
9cmシャーレに図2に示すフォーマットを作成し、4点にアジ化ナトリウム(NaN3)を0.5μlずつ置いた。
線虫飼育プレートにwash buffer 1mlをかけ、浮いてきた線虫をbufferごとチューブに回収した。しばらく置いておくと線虫が下に沈むので、沈んだところで上清を廃棄した。さらにチューブにwash buffer 1mlを入れ、線虫が下に沈んだところで上清を廃棄した。この洗浄を3回繰り返し、大腸菌を除去した。
次に、シャーレの中心に線虫を100匹程度置き、1時間線虫を飼育した(泳がせた)。室温は23℃±1℃で行った。
1時間後、+側の個体数、−側の個体数を数え、chemotaxis indexを計算した。
1検体あたり、5回解析を行い、5回分のchemotaxis indexの値の平均値を計算した。
結果を図1に示す。図1より、健常者由来の対照の尿(c1~c10)はすべて負(−)のchemotaxis index(忌避反応)を示したのに対し、癌患者由来の尿(p1~p20)はすべて正(+)のchemotaxis index(誘引)を示し、100%の精度で癌を検出することができた。
なお、図1においてエラーバーはSEMを表す。
マイクロ流路を用いたイメージング実験においては、尿サンプルは薄いチューブ中に流す必要があることから、尿中の沈殿物及び固形物を遠心及びろ過により除去した(pore size 0.22μm,MillexGP,Merck Millipore)。AWC及びAWAニューロンをモニターするため、それぞれodr−1及びodr−10プロモーターによりYellow Cameleon遺伝子(YC3.60)を神経細胞に発現させた。カルシウムイメージングは、公知方法で行った(Uozumi,T.et al.Temporally−regulated quick activation and inactivation of Ras is important for olfactory behaviour.Sci Rep 2,500(2012);Shinkai,Y.et al.Behavioral choice between conflicting alternatives is regulated by a receptor guanylyl cyclase,GCY−28,and a receptor tyrosine kinase,SCD−2,in AIA interneurons of Caenorhabditis elegans.J Neurosci 31,3007−3015(2011))。
YC3.60の蛍光画像は、Leica DMI3000B顕微鏡(40倍対物レンズ)及びORCA−D2デジタルカメラ(Hamamatsu)を用いて取得した。すべての画像は、露光時間200msで取得した。AWC又はAWA神経のCFP及びYFPの蛍光強度を取得し、CFPの蛍光強度に対するYFPの蛍光強度の比について、Metamorphソフトウエア(Molecular devices)により解析した。この蛍光強度比は、YFP強度/CFP強度(=R)として計算し、10−sウインドウの比の平均(−10−0s)をR0としてセットした。
図7において、左2つのパネルは対照尿、右2つのパネルは胃癌患者由来の尿を用いて試験した結果である。図7はAWC嗅覚神経の尿刺激(尿あり→なし)に対するカルシウム濃度変化(Yellow CameleonのYFP/CFP ratio変化)を示す図である。健常者の尿(対照)と比較して、癌患者の尿に対して有意に強く反応した。図8は平均の蛍光強度比(YFP/CFP ratio)の変化量を表す。***はp<0.001で有意であることを示す。
なお、本実施例において尿中の沈殿物及び固形物は遠心分離及びろ過により除去したが、この処理によって線虫の化学走性には影響しなかった(図9)。
AWA嗅覚神経についても、尿の添加により応答が観察された(図10、11)。
(1)癌細胞株を用いた癌の検出
ヒト癌細胞の培養上清を用いた癌の検出を行うため、大腸癌(結腸直腸癌)細胞としてSW480、COLO201及びCOLO205、乳癌細胞としてMCF7、胃癌細胞としてNUGC4、MKN1及びMKN7を用いた。
SW480,COLO201及びCOLO205は独立行政法人医薬基盤研究所JCRBセルバンク(Japanese Collection of Research Bioresources Cell Bank(Tokyo,http://cellbank.nibio.go.jp))から入手し、それ以外の細胞は東北大学加齢医学研究所医用細胞資源センター(Cell Resource Center for Biomedical Research,Institute of Development,Aging and Cancer(Tohoku University,Sendai,Japan))から入手した。すべての細胞株は、10%FBS添加RPMI1640培地を用い、37℃、5%CO2エアレーション下でコンフルエントではない状態で維持した。培地上部の清澄な層の培養液を試験に用いた。細胞を培養した後の培地は、アッセイプレート(図12)の「+」の位置にスポットした。培地自体の匂いによる影響を無くすために、細胞を培養した培地のスポット位置とは反対側の位置に、同じ濃度で希釈した対照の培養液をスポットした(図12)。
図13中、各細胞における左側のバーは1/106希釈、右側のバーは1/107希釈の癌細胞培養培地を用いた結果である。また、*はp<0.05、**はp<0.01、***はp<0.001で有意であることを表す(Dunnett’s test)。また、図13中、エラーバーはSEMを表す。
MEM、EMEM、RPMIは培地のみ。KMST−6、CCD−112CoNは線維芽細胞(入手先はそれぞれRBC、ATCC)。
また、様々な濃度の線維芽細胞培養培地及び癌細胞培養培地に対する走性、並びに人間の癌組織に対する線虫の走性を検討した。手法は以下の通り。
線維芽細胞培養培地及び癌細胞培養培地を水で各種濃度(原液~10−9)に薄め、それに対する野生型線虫の化学走性を観察した。人間の癌組織、健常組織についてはインフォームドコンセプトを得た上で癌患者から切除し、それを直径0.1~0.8mmに細分して使用した。
その結果、繊維芽細胞についてはいずれの濃度でも誘引行動は示さないのに対し、癌細胞については10−6、10−7の濃度で有意な誘引行動が観察された(図17、18)。
人間の癌組織片を生理食塩水に入れて−20℃で保存した(保存期間:3か月)。その生理食塩水の希釈液に対する線虫の走性を検討した。
癌患者からインフォームドコンセプトを得た上で癌組織を直径0.5cm切除し、20mlの生理食塩水に入れた。その生理食塩水を水で10−2~10−4の濃度に薄め、それに対する野生型線虫の化学走性を観察した。
その結果、癌組織を入れた生理食塩水に対しては誘引行動を示すのに対し、健常組織を入れた生理食塩水に対しては忌避行動を示した(図20)。
odr−3変異体は癌組織の食塩水に誘引行動を示さないことから、線虫は匂いを感じていると言える。
本発明者はまた、同じ被検者について、他の腫瘍マーカーについても解析した。
解析対象となる腫瘍マーカーとして、血清CEA、血清抗p53抗体(Anti−p53Ab)及び尿N1,N12−ジアセチルスペルミン(DiAcSpm)を用いた。これらの腫瘍マーカーと比較して、本発明の方法(NSDT)による感度は極めて高かった(図15、表2)。なお、感度(%)は、癌患者由来のサンプルに対する陽性の割合である。
方法:
健常者の尿サンプル3検体(c1、c2、c3)、癌患者の尿サンプル5検体(p2、p5、p8、p17、p18)について水で各種濃度(原液~10−5)に薄め、それらに対する野生型線虫の化学走性を調べた。
図21より、10倍希釈が好ましいことが示された。図21において、各濃度に記載の棒グラフは、左側3本のグラフが健常者由来の尿、右側5本のグラフが癌患者由来の尿を用いたときの結果を示す。
(1)材料及び方法
線虫培養及び線虫株
線虫(C.elegans)は、大腸菌(E.coli)OP50とともに培養したeri−1変異体を除いて、食物源として大腸菌(Escherichia coli)NA22を含む線虫増殖培地(NGM)プレート(36)上で、標準的な条件下で20℃にて培養した。使用した野生型線虫は、Bristol N2株であった。他の線虫株として、GR1373:eri−1(mg366)、VC2123:sri−14(ok2865)、CX3410:odr−10(ky225)、及びMT7929:unc−13(e51)を用いた。
RNAiアッセイは、Ahringerライブラリー(37)を用いて、eri−1(mg366)(19)に対して、餌によるRNAi法(feeding RNAi法)によって行った。
9個体のeri−1変異体の成虫を、イソプロピルβ−D−1−チオガラクトピラノシド(0.19g/L)、アンピシリン(60mg/L)、及び大腸菌(E.coli)を含むNGMプレート上に置き、4日間培養した。次に、成虫を化学走性アッセイに使用した。化学走性アッセイは、以前に報告されているように行った(6,17)。化学走性アッセイについて、本発明者は、それぞれ1μlの10−3若しくは10−4希釈された匂い物質(低濃度)、又はそれぞれ1及び5μlの未希釈の匂い物質(高濃度)を使用したそれぞれの実験において、30~50個体を用いた。
RNAiスクリーニング結果の統計分析は以下のように行った。
すべての日(表3)又は毎日の、2SDからのそれぞれの単一試験のzスコアと対照値を計算した。大きな差としての閾値としてzスコア(−1.96及び1.96、P<0.05)を用いた。しかしながら、1つの受容体の阻害が顕著な効果を引き起こさないようであった。したがって、本発明者は、より弱い閾値としてzスコア±1(−0.96及び0.96、P<0.33)を用いた。
本発明者は、浸透圧刺激のために4M NaClを用い、浸透圧忌避行動について以前に報告されているようにアッセイした(38)。
特異的ニューロンにおけるsri−14の機能をノックダウンするための導入遺伝子の構築は、以前に報告されているように行った(24)。sri−14の標的領域(1.6kbのゲノム配列)を以下の2つのプライマーを用いて増幅した。
遺伝子発現は、ASHについてはsra−6(20)プロモーターによって、及びAWCについてはceh−36(39)とsrd−17プロモーターによって行った。
本発明者は、AWA、AWB、AWC、及びASHニューロンの除去のためにマウスのカスパーゼ−1(mCasp1)を用いた。これらは、それぞれ、odr−10(11)、str−1(15)、ceh−36(39)、及びsra−6(20)プロモーターによって発現させた。また、介在ニューロンの阻害のためにunc−103(gf)を用いた。unc−103(gf)のAIA−、AIB−、AIY−、又はAIZ−特異的発現は、それぞれ、gcy−28.d(29)、npr−9(40)、ttx−3(41,42)、又はlin−11(43,44)プロモーターによって行った。
PureLink RNAミニキット(Ambion)を用いて単離された全量RNAは、製造業者の指示書に従って、gDNARemover(Toyobo)を用いたReverTraAceqPCRマスターミックスによってcDNAに変換した。sri−14cDNAを下記の2つのプライマーを用いて増幅し、NheIとKpnIで消化し、pPD−DESTベクター(Invitrogen)に挿入した。
AWA、AWB、AWC、及びASHニューロンの応答をモニターするために、本発明者は、それぞれ、odr−10、str−1、odr−3、及びsra−6プロモーター(11,15,20,45)を用いて、YC3.60を発現する株を作製した。カルシウムイメージングは、以前に報告されているように(33,46,47)、マイクロ流体デバイスを用いて行われた。マイクロ流体デバイスを用いた実験について、線虫の鼻が、ジアセチル[10−5希釈(低濃度)と10−3希釈(高濃度)]又は匂いのない溶液を含む流水に曝露されるように、マイクロチャネルに線虫を捕捉することによって、それぞれの線虫を固定した。室温は20℃から23℃に設定した。YC3.60の蛍光画像は、40×対物レンズと3CCDデジタルカメラ(C7780、Hamamatsu Photonics)を備えたZeiss Axioplan 2を用いて得た。すべての画像は、露光時間を200msにして回収した。AWA、AWB、AWC、及びASH細胞体のタイムスタックを捕捉し、AquaCosmosソフトウエア(ver.2.6、Hamamatsu Photonics)を用いて、黄色蛍光タンパク質(YFP)とシアン蛍光タンパク質(CFP)の発光比について分析した。この比は、YEP強度/CFP強度(R)として計算され、10秒ウィンドウ(−10~0秒)における平均比は、R0として設定した。
匂い−受容体対のRNA干渉スクリーニング
特定の匂い物質に対する応答に必要とされる嗅覚受容体を網羅的に同定するために、本発明者は、システマティックRNA干渉(RNAi)スクリーニングを行った。線虫(C.elegans)におけるニューロンのRNAiは、RNAiに対する線虫(C.elegans)ニューロンの低感受性のため(18)、野生型線虫においては有効でないことから、RNAi増強型線虫株eri−1(mg366)(19)を用いた。
感覚ニューロンに発現する遺伝子は嗅覚受容体として働く可能性があることから、これらの遺伝子の発現パターンを調べた。
本発明者は、個々の嗅覚受容体をコードする遺伝子のプロモーターに連結された蛍光リポーターを用いて、ノックダウンしたときに化学感覚誘導性の運動において重大な欠陥を示した、16個の推定上の嗅覚受容体をコードする遺伝子の発現パターンを分析した(図22C及び図23、A~L)。さらに、19個の嗅覚受容体遺伝子の発現パターンは、WormBase(http://www.wormbase.org)に記載されている情報を用いた。これらの35個の遺伝子のうち、30個はニューロンにおいて発現した。リポーター発現によって分析した16個の遺伝子のうち15個は、匂い感覚に関与する感覚ニューロンにおいて発現した(表5)。
ODR−10はジアセチル受容体であり、odr−10変異体は、低いジアセチル濃度に対する化学走性に欠陥がある(11)。従来報告されているように(11)、本発明者は、odr−10変異体が高濃度ジアセチルに対して、正常な化学走性を示すことを確認した(図24A)。これは、ジアセチルに対して他の受容体が存在し、ODR−10が低濃度に特異的である可能性がある(21)ことを示唆している。RNAiスクリーニングによって、5つの嗅覚受容体候補遺伝子(srh−25、srh−79、srh−216、srh−281、及びsri−14)が高濃度ジアセチルに関与するものとして得られた(表3及び図25)。そこで本発明者は、上流のプロモーターを用いて発現解析を行ったところ、srh−79及びsrh−216の発現は検出できず、srh−25及びsrh−281の発現は、高濃度のジアセチルに対する忌避行動に関与していないADL感覚ニューロンにおいて観察された(表5)。したがって、様々な受容体が、どのようにして単一の匂い物質に対して濃度依存の反応を生じさせているのかを理解するために、本発明者はsri−14に注目することにした。これは、この遺伝子を標的とするRNAiが、高濃度ジアセチルからの忌避において有意に大きな欠陥を引き起こしたためである(図24B)。
低濃度のジアセチル(10−4希釈溶液)はAWAニューロンによって感知され(6)、中間濃度(10−1希釈溶液)はAWCニューロンによって感知される(22,23)。これらはともに誘引を媒介する。しかしながら、どの感覚ニューロンが、高濃度のジアセチル(未希釈)を感知し、忌避応答に関与するかは知られていない。以前の研究において、ASH及びAWB感覚ニューロンは、高濃度イソアミルアルコール(17)を検出し、忌避を媒介することが示されている。さらに、AWC及びAWBニューロンは、誘引と忌避の両方に関与する(17,27)。
本発明者による線虫の行動実験の結果と従来の研究結果(11)は、ジアセチルに対する濃度依存的な嗜好性変化が、2つのタイプの受容体、AWAニューロンにおけるODR−10とASHニューロンにおけるSRI−14によって媒介されることを示唆している。そこで本発明者は、野生型株、odr−10変異体、及びsri−14変異体において、遺伝的にコードしたカルシウム指示薬であるYellow Cameleon(YC)3.60(30)を用いたカルシウムイメージングによって、様々な濃度のジアセチルに対するAWA及びASHニューロンの応答をモニターした。
次に、本発明者は、変異線虫のASHニューロンにおける高濃度ジアセチルに対するCa2+応答をモニターした。Ca2+応答は、odr−10変異体のASHニューロンでは正常に引き起こされたが、sri−14変異体のASHニューロンにおいては応答が有意に減少した(図29、B及びC)。sri−14変異体のASHにおける高濃度ジアセチルに対する応答の欠陥は、野生型sri−14遺伝子のASH特異的発現によってレスキューされた(図29、B及びC)。さらに、野生型線虫においてASH特異的にsri−14をノックダウンすると、高濃度のジアセチルに対するASHのCa2+応答が減少した(図29、B及びC)。これらの結果は、SRI−14が、ASHニューロンにおいて高濃度ジアセチルの受容のための主要なコンポーネントとして機能することを示している。
野生型AWBニューロンにおいて、本発明者は、低濃度又は高濃度のジアセチルのいずれにおいても匂いの除去後僅かなCa2+応答を観察した。野生型AWBニューロンにおけるこの弱い応答と比較して、高濃度ジアセチルの除去に対するAWBニューロンにおけるCa2+応答は、SRI−14の異所性発現によって有意に増強した。SRI−14異所性発現は、低濃度のジアセチルの除去に対する応答は変化させなかった(図32、A及びB)。この結果は、SRI−14が、高濃度のジアセチルの感知に寄与するという我々の結論を支持している。合わせて、これらの所見は、AWAニューロンにおけるODR−10及びASHニューロンにおけるSRI−14が、それぞれ低濃度及び高濃度ジアセチルに応答して、誘引及び忌避行動を媒介する受容体として機能することを示唆している(図33)。
本発明者は、特定の匂い物質について嗅覚受容体を網羅的に同定するためにRNAiスクリーニングを用いた。線虫(C.elegans)は、嗅覚受容体及び嗅覚シグナリングが哺乳動物のものと類似しているため(23,34)、嗅覚解析のためのモデル生物と考えられている。さらに、嗅覚シグナルが神経回路において伝達される経路を辿ることができる全神経ネットワークが記述されている(35)。しかしながら、大部分の匂い物質は、特定の受容体又は受容体オリゴマーとの対応関係がわかっておらず、匂い物質と嗅覚受容体の間の相互作用の機構は知られていない。結論として、どのようにして匂いシグナルがインプットされるか、どのようにして嗅覚シグナルが神経回路上を伝達されるか、どのようにして線虫(C.elegans)における少数のORNが非常に多くの匂い物質を識別し得るのかについて理解されていない。RNAiスクリーニングによって得た受容体候補のさらなる解析は、特定の匂い物質に関する嗅覚受容体を同定し、これらの機構の理解を与えるために役立つ。
そこで本実施例においては、野生株とともに上記遺伝子変異株を用いて、癌検出の精度を検討した。
乳癌、食道癌、胆管癌、直腸癌、盲腸癌、前立腺癌、膵臓癌、肺癌、消化管間葉性腫瘍の癌患者の尿サンプル、健常者の尿サンプル、中規模実験で偽陽性を示した健常者の尿サンプルについて、野生株、遺伝子変異株の化学走性を調べた。
遺伝子変異株は、ほとんどすべての癌種の尿に誘引行動を示さなかった(図34)。
遺伝子変異株は、他の匂いに対しては正常な走性を示すことから、基本的な嗅覚は働いていると言える。従って、遺伝子変異株には癌種の匂いを受容する受容体に欠損があると予想される(図35)。
また、遺伝子変異株は偽陽性サンプルには正常に誘引行動を示す。従って、野生株(N2株)で陽性を示したサンプルについて遺伝子変異株で解析し、遺伝子変異株で陰性となったときは癌と診断し、遺伝子変異株で陽性となったときは偽陽性と診断することができる。従って、遺伝子変異株を用いると、癌検出の精度を高めることができる(図35)。
次世代シークエンサー(イルミナ社)を用いて、実施例7で得られた遺伝子変異株の全ゲノムを解読し、N2のゲノム配列と比較し、変異のある受容体遺伝子を探索した。
その結果、癌種により、反応する受容体が異なることが分かった。
これにより、線虫走性テストにより癌種を特定することが可能となる。
受容体ノックダウン株における乳癌患者の尿に対する走性を調べた結果を図36に示す。
まず、STEP1として、N2株を用いて、癌種の有無を検査する。
次に、STEP2として、各癌種の受容体の変異体を用いて、癌種を特定する。例えば、大腸癌の匂いの受容体変異体が誘引行動を示さない場合、大腸癌と診断できる(図37)。
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110:計算手段、120:データベース
配列番号2:合成DNA
配列番号3:合成DNA
配列番号4:合成DNA
なお、本明細書において引用した文献、および公開公報、特許公報その他の特許文献は、参照として本明細書に組み込むものとする。また本明細書は、本願優先権主張の基礎となる特願2013−255145号(2013年12月10日出願)及びUS61/982,341号(2014年4月22日出願)の明細書の内容を包含する。
Claims (21)
- 被検者由来の生体関連物質又はその処理物の匂いに対する線虫の反応を指標として癌を検出することを特徴とする癌の検出方法。
- 線虫がシノラブディティス・エレガンス(Caenorhabditis elegans)である請求項1に記載の方法。
- 線虫が、野生型線虫、変異型線虫又はトランスジェニック線虫である請求項1又は2に記載の方法。
- 被検者由来の生体関連物質又はその処理物の匂いに対して、線虫が正の応答を示したときは、被検者は癌である、又は癌のリスクがあると判定する、請求項1~3のいずれか1項に記載の方法。
- 被検者由来の生体関連物質又はその処理物の匂いに対して、線虫の嗅覚神経の応答が大きいときは、被検者は癌である、又は癌のリスクがあると判定する、請求項1~4のいずれか1項に記載の方法。
- 生体関連物質又はその処理物が、体液、細胞、組織、又は細胞若しくは組織の培養物若しくは保存液である請求項1~5のいずれか1項に記載の方法。
- 体液が尿である請求項6に記載の方法。
- 保存液が生理食塩水である請求項6に記載の方法。
- 線虫を用いて匂いの受容体の同定を行うことを特徴とする、線虫における匂いの受容体の同定方法。
- 前記受容体をコードする遺伝子の発現又は機能を阻害し、当該阻害された線虫における匂いに対する反応を検査するものである請求項9に記載の方法。
- 受容体遺伝子の発現又は機能阻害がRNAiによるものである請求項10に記載の方法。
- 匂いが癌種の匂いである請求項9~11のいずれか1項に記載の方法。
- 同定される受容体の種類が、癌種により、又は匂い物質の濃度に依存して異なるものである請求項9~12のいずれか1項に記載の方法。
- 線虫がシノラブディティス・エレガンス(Caenorhabditis elegans)である請求項9~13のいずれか1項に記載の方法。
- 被検者由来の生体関連物質又はその処理物の匂いに対する線虫の反応を指標として癌種を同定することを特徴とする癌種の同定方法。
- 以下の工程を含む、請求項15に記載の方法:
(a)請求項1~8のいずれか1項に記載の方法により癌を検出し、
(b)前記工程(a)において癌であることが検出された試料について、請求項9~14のいずれか1項に記載の方法により同定された受容体を改変した改変体線虫を用いて、匂いに対する反応を検査し、
(c)前記改変体線虫と、前記工程(a)で使用した線虫との間で匂いに対する反応が異なるときは、同定された受容体に対応する癌種を、同定の対象癌種であると判定する。 - 受容体の改変が、受容体の欠失、受容体の発現又は機能の阻害、及び受容体の高発現又は高機能化からなる群から選ばれる少なくとも1つである請求項16に記載の方法。
- 線虫を含む、癌の検出又は同定用キット。
- 線虫がシノラブディティス・エレガンス(Caenorhabditis elegans)である請求項18に記載のキット。
- 線虫が、野生型線虫、変異型線虫又はトランスジェニック線虫である請求項17又は18に記載のキット。
- 線虫と、
生体関連物質又はその処理物及び前記線虫を収容する収容部と、
前記収容部の線虫の匂いに対する反応を探知する探知部と、
を備える癌の検出システム。
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