UA113761U - Спосіб покращення селективності гібридизаційного днк-сенсора - Google Patents
Спосіб покращення селективності гібридизаційного днк-сенсора Download PDFInfo
- Publication number
- UA113761U UA113761U UAU201608896U UAU201608896U UA113761U UA 113761 U UA113761 U UA 113761U UA U201608896 U UAU201608896 U UA U201608896U UA U201608896 U UAU201608896 U UA U201608896U UA 113761 U UA113761 U UA 113761U
- Authority
- UA
- Ukraine
- Prior art keywords
- hybridization
- sensor
- dna
- response
- temperature
- Prior art date
Links
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 title claims abstract description 45
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 21
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 27
- 230000004044 response Effects 0.000 claims abstract description 26
- 230000001953 sensory effect Effects 0.000 claims abstract description 13
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 claims abstract description 12
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 claims abstract description 7
- 230000008859 change Effects 0.000 claims abstract description 7
- 230000008929 regeneration Effects 0.000 claims abstract description 3
- 238000011069 regeneration method Methods 0.000 claims abstract description 3
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 26
- 238000001816 cooling Methods 0.000 claims description 5
- 230000006872 improvement Effects 0.000 claims description 5
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 claims description 4
- 230000006641 stabilisation Effects 0.000 abstract 1
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 abstract 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 25
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 12
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 description 8
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 7
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 5
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 5
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 5
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 5
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 5
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 4
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 3
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 2
- 241001227559 Airapus Species 0.000 description 1
- 208000032791 BCR-ABL1 positive chronic myelogenous leukemia Diseases 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 208000010833 Chronic myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 208000026350 Inborn Genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 208000033761 Myelogenous Chronic BCR-ABL Positive Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N aluminium Chemical compound [Al] XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052782 aluminium Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 208000016361 genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 1
- 230000009878 intermolecular interaction Effects 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000000155 melt Substances 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 239000002824 redox indicator Substances 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
В способі покращення селективності гібридизаційного ДНК-сенсора додатково використовують систему термостабілізації, контролю та регулювання температури в два етапи. На першому етапі вимірюють величину сенсорного відгуку у відповідь на гібридизацію одного виду ДНК-мішеней з олігонуклеотидами-пробами, іммобілізованими на сенсорній поверхні приладу для аналізу біохімічних середовищ при початковій температурі (Т0), проводять післягібридизаційну обробку, під час якої нагрівають буферний розчин, що надходить до вимірювальної комірки приладу, до вибраної температури (Т1), впродовж 5 хв. обробляють сенсорну поверхню буферним розчином, нагрітим до Т1, після чого охолоджують вимірювальну комірку буферним розчином початкової температури (Т0), потім після такої обробки знову вимірюють величину сенсорного відгуку. Після регенерації біоселективного елемента на другому етапі повторюють процедуру гібридизації другого виду ДНК-мішеней з олігонуклеотидами-пробами, іммобілізованими на сенсорній поверхні приладу для аналізу біохімічних середовищ, а саме вимірюють величину сенсорного відгуку при То, проводять післягібридизаційну обробку при Т1 і після охолодження знову вимірюють величину сенсорного відгуку при Т0. За результатами двох етапів визначають величини співвідношення сенсорного відгуку на один вид ДНК-мішеней до сенсорного відгуку на другий вид ДНК-мішеней і порівнюють величини такого співвідношення, отримані при Т0 та після післягібридизаційної обробки при Т1 - суттєва зміна величини такого співвідношення буде показником покращення селективності гібридизаційного ДНК-сенсора.
Description
Пропонована корисна модель належить до галузі біотехнології, біофізики, аналітичної біохімії та медицини, а більш конкретно до способу покращення селективності гібридизаційного
ДНК-сенсора та може бути використана як для вивчення міжмолекулярних взаємодій, так і для розробки методів селективного розпізнавання послідовностей нуклеїнових кислот в діагностичних цілях.
Досягнення сучасної молекулярної біології особливо в області розшифровки геномів різних організмів (від вірусів і бактерій до ссавців і людини) відкривають великі можливості для розробки ефективних засобів діагностики, моніторингу і профілактики багатьох інфекційних та генетичних захворювань. Для цих цілей в багатьох випадках можуть бути корисні такі засоби сучасної аналітичної біотехнології як біосенсори. Гібридизаційний ДНК-сенсор складається з фізичного перетворювача та іммобілізованих на його поверхні одноланцюгових олігонуклеотидів певної нуклеотидної послідовності, довжина яких, зазвичай, варіюється від 18 до 50 основ |1Ї, і які можуть селективно взаємодіяти з комплементарними послідовностями нуклеїнових кислот в досліджуваних зразках. Визначення наявності тих чи інших мутацій, можна здійснити за допомогою ДНК-сенсора шляхом гібридизаційної дискримінації частково та повністю комплементарних послідовностей нуклеїнових кислот (2-4). Це може бути досягнуто за рахунок використання різних факторів, що впливають на ефективність гібридизації, в тому числі, довжини ДНК-мішені, концентрації, температури, складу буферного розчину для гібридизації, умов післягібридизаційної обробки, а також комбінації таких факторів (5, 6). Серед перерахованих факторів впливу на жорсткість умов гібридизації - зміна температури є найбільш гнучкою і технологічною. Вона є простим однофакторним, інтуїтивно зрозумілим рішенням. Крім цього існує багато програм і сервісів (наприклад ВІМАМей Г71), що дозволяють розрахувати (для гомогенних умов) такі параметри, як зміна вільної енергії Гіббса та температура плавлення дволанцюгової ДНК в залежності від її нуклеотидної послідовності. Знання цих параметрів дозволяє прогнозувати результат взаємодії тих чи інших послідовностей нуклеїнових кислот з певними олігонуклеотидами-пробами, іммобілізованими на сенсорній поверхні.
До найбільш класичного і широко відомого класу методів, що дозволяють встановити комплементарність одноланцюгових ДНК, визначити енергію їх взаємодії, належать спектрофотометричні та спектрофлуориметричні методи аналізу плавлення ДНК |І81І.
Відомий метод дослідження гібридизації ДНК за допомогою використання електрохімічної
ДНК (Е-ДНК) сенсорної платформи |9| при підвищеній температурі для розрізнення повністю та частково комплементарних одноланцюгових олігонуклеотидів (10). Біоселективним елементом згаданої Е-ДНК сенсорної платформи є ковалентно приєднані до робочого електрода одноланцюгові олігонуклеотиди-проби, які обов'язково мають бути мічені окислювально- відновними індикаторами (редокс-мітками). Тільки в такому випадку спостерігається сенсорний сигнал завдяки перенесенню електронів між редокс-мітками олігонуклеотидів-проб і поверхнею електрода (за відсутності олігонуклеотидів-мішеней). В присутності необхідної концентрації олігонуклеотидів-мішеней починається їх гібридизація з іммобілізованими на робочому електроді олігонуклеотидами-пробами, що просторово відділяє редокс-мітки від поверхні електрода, перешкоджає перенесенню електронів і, таким чином, викликає зменшення окислювально-відновного струму, тобто зміну сенсорного сигналу. Для експериментів при підвищеній температурі (47-21 "С) застосовували алюмінієвий нагрівальний блок "ТПпептоКоо!" як тримач для скляної електрохімічної комірки. Однак, щоб забезпечити рівномірний розподіл температури, перед кожним вимірюванням електрохімічну комірку витримували при відповідній температурі протягом, не менше 30 хв.
В основу запропонованої корисної моделі поставлено задачу розробити спосіб покращення селективності гібридизаційного ДНК-сенсора, який був би більш зручним у користуванні, який точніше і в достатньо широкому діапазоні контролював би температуру процесу гібридизації
ДНК, і який би не потребував ніякої молекулярної мітки.
Поставлена задача вирішується тим, що у запропонованому способі покращення селективності гібридизаційного ДНК-сенсора, відповідно до корисної моделі, додатково використовують систему термостабілізації, контролю та регулювання температури в два етапи, а саме на першому етапі вимірюють величину сенсорного відгуку у відповідь на гібридизацію одного виду ДНК-мішеней з олігонуклеотидами-пробами, іммобілізованими на сенсорній поверхні приладу для аналізу біохімічних середовищ при початковій температурі (То), проводять післягібридизаційну обробку, під час якої нагрівають буферний розчин, що надходить до вимірювальної комірки приладу, до вибраної температури (Т1), впродовж 5 хв. обробляють сенсорну поверхню буферним розчином, нагрітим до Ті, після чого охолоджують вимірювальну комірку буферним розчином початкової температури (То), потім після такої обробки знову бо вимірюють величину сенсорного відгуку, після регенерації біоселективного елемента на другому етапі повторюють процедуру гібридизації другого виду ДНК-мішеней з олігонуклеотидами- пробами, іммобілізованими на сенсорній поверхні приладу для аналізу біохімічних середовищ, а саме вимірюють величину сенсорного відгуку при То, проводять післягібридизаційну обробку при Ті ії після охолодження знову вимірюють величину сенсорного відгуку при То, за результатами двох етапів визначають величини співвідношення сенсорного відгуку на один вид
ДНК-мішеней до сенсорного відгуку на другий вид ДНК-мішеней і порівнюють величини такого співвідношення, отримані при То та після після-гібридизаційної обробки при Ті - суттєва зміна величини такого співвідношення буде показником покращення селективності гібридизаційного
ДНК-сенсора.
Прилад для аналізу біохімічних середовищ, що включає систему термостабілізації, контролю та регулювання температури розроблений колективом авторів (заявка на корисну модель Мо (0201603382, подана 01.04.2016 р. МПК (2015.01) С01М 21/55; Заявники:
Дорожинський Г.В., Ушенін Ю.В., Самойлов А.В., Мацишин М.Й., Рачков О.Е.).
Спосіб покращення селективності гібридизаційного ДНК-сенсора полягає в тому, що додатково використовують розроблену для цього систему термостабілізації, контролю та регулювання температури, за допомогою якої при гібридизації повністю або частково комплементарних олігонуклеотидів-мішеней з іммобілізованими на сенсорній поверхні олігонуклеотидами-пробами досягають значно кращого співвідношення сенсорних відгуків на користь повністю комплементарних олігонуклеотидів-мішеней за рахунок вибору температури післягібридизаційної обробки, близької до температури плавлення (Тт) дволанцюгового комплекса з частково комплементарними олігонуклеотидами-мішенями.
Використання згаданого вище веб-сервера ОІМАМей значно спростило пошук такої температури Ті, під дією якої дволанцюговий комплекс одного виду ДНК-мішеней майже не зазнає змін, тоді як дволанцюговий комплекс другого виду ДНК-мішеней повністю (або в значній мірі) руйнується. Можливість регулювати температуру вимірювальної комірки с точністю 0,1 7 в діапазоні від 20 "С до 70 "С дозволяє швидко, зручно і без застосування молекулярних міток підібрати таку температуру, тобто добитися суттєвого покращення селективності гібридизаційного ДНК-сенсора для будь-якої пари різних ДНК-мішеней. Приклад використання способу.
Зо При реалізації запропонованого способу були використані короткі послідовності нуклеїнових кислот (олігонуклеотиди), які є фрагментами гібридного гену Бег-арі, що пов'язаний з розвитком такого захворювання як хронічна мієлогенна лейкемія. На сенсорну поверхню приладу для аналізу біохімічних середовищ з системою термостабілізації контролю та регулювання температури іммобілізували олігонуклеотиди-проби тод-РА (5Н-(СНег). СТ САА СсОО СТ ТО
ААС ТСТ ОСТ). Для дослідження селективності процесу гібридизації використовували два різних вида ДНК-мішеней: 1) повністю комплементарні (до іммобілізованих олігонуклеотидів тоа-Ри) олігонуклеотиди РІ (АС АПА СТІ САА ДА ССС ТС Ас); та 2) частково комплементарні (до іммобілізованих олігонуклеотидів тоа-Ри) олігонуклеотиди Встех14 (ССА
Ста САТ ТТА АОС АСА СТ САА).
Веб-сервер ОІМАМеїї дозволяє визначати температуру плавлення подвійної спіралі будь- якої відомої нуклеотидної послідовності, що знаходиться у гомогенній системі (у розчині). Таким чином, були отримані термодинамічні параметри гібридизації двох пар досліджуваних олігонуклеотидів: зміна енергії Гіббса та температура плавлення (Табл.).
Таблиця
Оцінка за допомогою веб-сервера СІМАМеїї термодинамічних параметрів гібридизації досліджуваних олігонуклеотидів для Сднк - 200 нМ, (Ма"1-0,4 М, (Ма-41--0 М.
Табличні дані свідчать про те, що в розчині при кімнатній температурі обидві пари досліджуваних олігонуклеотидів утворюють стійкі дволанцюгові структури, а при підвищенні температури до -40 "С значна частина дуплексів тоа-Рн/Встех14 плавиться, тоді як дуплекси тода-РП/РІ залишаються стабільними. Гібридизація в гетерогенній системі (при наявності твердої сенсорної поверхні, на якій іммобілізують олігонуклеотиди-проби) створює менш сприятливі умови для гібридизації і абсолютні значення АС та Тт мають дещо відрізнятися від зазначених в Табл. Якісна поведінка цих двох пар олігонуклеотидів буде такою ж: при поступовому підвищенні температури спочатку будуть руйнуватися тільки дуплекси тоа-
Рі/Встех14. Для досягнення покращення селективності гібридизаційного ДНК-сенсора для пари досліджуваних ДНК-мішеней як температуру Т: було вибрано 40 "С, що є значно нижчою, ніж Тт дуплексів тода-РИ/РІ, але дещо вище Тт дуплексів для дуплексів тоа-Рп/Встех14, розрахованих для гомогенних умов.
Відповідно до концепції методу, дослідження здійснювали в два етапи: спочатку вивчали гібридизацію повністю комплементарних олігонуклеотидів Рі, а потім - частково комплементарних олігонуклеотидів Встех14. Кожен етап складався з трьох кроків. Спочатку, при початковій температурі То-30 "С в робочий канал вимірювальної комірки було введено 200 нм розчин комплементарної ДНК-мішені Р1 (в контрольний канал продовжували вводити буферний розчин), було проведено гібридизацію впродовж 10 хв. і промивання буферним розчином і вимірювання початкового відгуку біосенсора на гібридизацію цієї мішені.
Потім, за допомогою терморегулюючої комірки було забезпечено нагрівання буферного розчину до вибраної температури 40 "С і здійснено обробку комірки цим розчином впродовж 5 хв. При цьому, дегібридизовані послідовності нуклеїнових кислот видалялися з вимірювальної комірки. Після цього температуру в комірці знов знижували до 30 "С.
Третім кроком було визначення величини сенсорного відгуку після повернення температури до початкового значення. Порівнявши отриману величину з початковим сенсорним відгуком, визначали частку дволанцюгових комплексів, що залишились на сенсорній поверхні після зазначеної процедури.
Суть запропонованої корисної моделі пояснюється наступними графічними матеріалами, де на:
Фі. 1 - схематично наведено сенсограму ППР, що відображає взаємодію Рі з іммобілізованими на сенсорній поверхні тод-Ри та вплив на рівень такої взаємодії спочатку підвищення температури до 40 "С, а потім охолодження до початкової температури.
Фіг. 2. схематично наведено сенсограму ППР, що відображає взаємодію Всгех14 з іммобілізованими на сенсорній поверхні тод-Ри та вплив на рівень такої взаємодії спочатку підвищення температури до 40 "С, а потім охолодження до початкової температури.
Як видно з Фіг. 1, підвищення температури до 40 "С майже не впливає на рівень взаємодії
Зо тоа-Ри ї РІ: при охолодженні до початкової температури сенсорний відгук складав 81 905 від початкового.
У випадку, коли замість повністю комплементарних олігонуклеотидів РІ у вимірювальну комірку вводили частково комплементарні олігонуклеотиди Всгех14 (Фіг. 2), після процедури нагрівання до 40 "С і охолодження до початкової температури спостерігали практично повну відсутність сенсорного відгуку. Це свідчить, що практично всі дуплекси тоа-Рп/Встех14 не витримали зазначеної процедури.
Таким чином, за допомогою запропонованого способу покращення селективності гібридизаційного ДНК-сенсора на основі приладу для аналізу біохімічних середовищ з системою термостабілізації, контролю та регулювання температури при застосуванні нагрівання до 40 "С, що є значно нижчою температурою, ніж Тт дуплексів тоа-РА/РІ, але дещо вище Тт дуплексів для дуплексів тоа-Ри/ Встех14, розрахованих для гомогенних умов, вдалося показати не тільки різну стабільність двох видів дуплексів нуклеїнових кислот, але й досягнути цілковитої температурної дискримінації вказаних послідовностей нуклеїнових кислот, тобто було досягнуто покращення селективності гібридизаційного ДНК-сенсора. Це було зроблено швидко, зручним способом і без застосування будь-яких молекулярних міток.
Джерела інформації: 1. Соодіпу 9.9. Еіесітоспетіса! ОМА НуБгіаігайоп Віозепзог5 // Еіесітоапа|увів. - 2002. - Мої. 14, Мо 17. - Р. 1149-1156. 2. Гисагей Р. еї аі. Сагтоп апа дод еїІесігодез5 ав еєІесігоспетіса! їапзаисегв Тог ОМА
Нубгіаізаноп зепзогз // Віозепв. ВіоєЇІесігоп. - 2004. - Мої. 19, Ме 6. - Р. 515-530.
З. Мапд 9. ЕІестптоспетіса! ріозепзогв: Томжагав роїіпі-ої-саге сапсег адіадповіїс5. // Віозепв.
ВіоєЇІесігоп. - 2006. - Мої. 21, Мо 10. - Р. 1887-1892. 4. ТеІез Р., Еопзеса Г.. Ттепаз іп ОМА Біозепзогз // Таіапіа. - 2008. - Мої. 77, Мо 2. - Р. 606-623. 5. Реїегзеп у. еї аіІ. Обе ої а типі-ШТептаї! мавзнег ог ОМА тістоаітаув 5ітрійев ргобе девідп апа діме5 гобиві депоїуріпу аззаув. //Мисівєїс Асід5 Нев. - 2008. - Мої. 36, Мо 2. - Р. е10. б. Рошпівеп Ї. еї аі. Мийі-зїпіпдепсу жав ої рапіау Ппубгіаігед 60-тег ргобез гемеаїв5 ШТаї Ше 5ігіпдепсу апа Ше ргобе дестеабзе5 мій аівтапсе пот Ше тістоатау 5ипасе. // Мисівіс Асід5
Вез. - 2008. - Мої. 36, Мо 20. - Р. е132.
7. йиКег М. ТнеОМАРоіЯУУев бЗегуег (Електронний ресурс| /М. 7иКег, М. МажЖнат, //
Вепззеїаєг Роїуїеснпіс Інзійше. - 1995. пер/ипагоа.гпа.аірапу.еди/?д-діпатеїї. 8. М/йметг С. Т. Нідн-тезоїшіоп ОМА тейіпд апаїувзіб: адмапсетепів апа Ітйайоп5 /Нитап
Миаїйоп. - 2009. - Мо 30. - Р. 857-859. 9. Віссі Е., Гаї В.У., Ріахсо КМУ. І Іпеаг, тедох тоайва ОМА ргобрез5 аз веіесігоспетіса! ОМА зепвогв /Спет. Соттип. - 2007. - Р. 3768-3770. 10. Мапа МУ., Гаї Н.У. ЕНесі ої айнепі спаїіп Іепдій оп Ше репогтапсе ої Ше еІесіоспетісаї
ОМА 5епзог аї єЇІемаїей їетрегаїшге//Апаїуві. - 2011. - Мої. 136. - Р. 134-139.
Claims (1)
- ФОРМУЛА КОРИСНОЇ МОДЕЛІ Спосіб покращення селективності гібридизаційного ДНК-сенсора, який відрізняється тим, що додатково використовують систему термостабілізації, контролю та регулювання температури в два етапи, а саме - на першому етапі вимірюють величину сенсорного відгуку у відповідь на гібридизацію одного виду ДНК-мішеней з олігонуклеотидами-пробами, іммобілізованими на сенсорній поверхні приладу для аналізу біохімічних середовищ при початковій температурі (То), проводять післягібридизаційну обробку, під час якої нагрівають буферний розчин, що надходить до вимірювальної комірки приладу, до вибраної температури (Ті), впродовж 5 хв. обробляють сенсорну поверхню буферним розчином, нагрітим до Ті, після чого охолоджують вимірювальну комірку буферним розчином початкової температури (То), потім після такої обробки знову вимірюють величину сенсорного відгуку, після регенерації біоселективного елемента на другому етапі повторюють процедуру гібридизації другого виду ДНК-мішеней з олігонуклеотидами- пробами, іммобілізованими на сенсорній поверхні приладу для аналізу біохімічних середовищ, а саме, вимірюють величину сенсорного відгуку при То, проводять післягібридизаційну обробку при Ті ії після охолодження знову вимірюють величину сенсорного відгуку при То, за результатами двох етапів визначають величини співвідношення сенсорного відгуку на один вид ДНК-мішеней до сенсорного відгуку на другий вид ДНК-мішеней і порівнюють величини такого співвідношення, отримані при То та після після-гібридизаційної обробки при Ті - суттєва зміна величини такого співвідношення буде показником покращення селективності гібридизаційного Зо ДНК-сенсора. ще согйюн ДЮЗНЧНЯ КВН ' є ВОаНТЮЛЬНИЙ Дана ; І ВВеДеННЯ шо, щі З ря й й ' м : є. хпочатою : в І і нагрівання ди зе що ? , щ 1 | Ей : Завершення Час, ха г. З
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| UAU201608896U UA113761U (uk) | 2016-08-18 | 2016-08-18 | Спосіб покращення селективності гібридизаційного днк-сенсора |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| UAU201608896U UA113761U (uk) | 2016-08-18 | 2016-08-18 | Спосіб покращення селективності гібридизаційного днк-сенсора |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| UA113761U true UA113761U (uk) | 2017-02-10 |
Family
ID=58049076
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| UAU201608896U UA113761U (uk) | 2016-08-18 | 2016-08-18 | Спосіб покращення селективності гібридизаційного днк-сенсора |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| UA (1) | UA113761U (uk) |
-
2016
- 2016-08-18 UA UAU201608896U patent/UA113761U/uk unknown
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Ma et al. | Sensitive quantification of microRNAs by isothermal helicase-dependent amplification | |
| Xi et al. | Nanopore-based selective discrimination of microRNAs with single-nucleotide difference using locked nucleic acid-modified probes | |
| Redshaw et al. | A comparison of miRNA isolation and RT-qPCR technologies and their effects on quantification accuracy and repeatability | |
| Yin et al. | Sensitive detection of microRNA in complex biological samples via enzymatic signal amplification using DNA polymerase coupled with nicking endonuclease | |
| Mi et al. | Circular RNA detection methods: A minireview | |
| Walter et al. | Fluorescence correlation analysis of probe diffusion simplifies quantitative pathogen detection by PCR | |
| Ou et al. | Rapid and ultrasensitive detection of microRNA based on strand displacement amplification-mediated entropy-driven circuit reaction | |
| TWI527905B (zh) | 透過利用基因檢測技術與微珠微流道結合進行單核苷酸多態性檢測之方法 | |
| JP6126381B2 (ja) | 標的核酸の検出方法及びキット | |
| Hashimoto et al. | Multiplex real-time loop-mediated isothermal amplification using an electrochemical DNA chip consisting of a single liquid-flow channel | |
| CN105765583B (zh) | 去除dna解链分析中的荧光背景的量子方法 | |
| JP2018525703A5 (uk) | ||
| Wang et al. | Integration of multiplex PCR and CRISPR-Cas allows highly specific detection of multidrug-resistant Acinetobacter Baumannii | |
| Wang et al. | Sensitive detection of cancer gene based on a nicking-mediated RCA of circular DNA nanomachine | |
| Zhang et al. | Development of oxidation damage base-based fluorescent probe for direct detection of DNA methylation | |
| Song et al. | A novel assay strategy based on isothermal amplification and cascade signal amplified electrochemical DNA sensor for sensitive detection of Helicobacter pylori | |
| Na et al. | Multiplex quantitative analysis of microRNA expression via exponential isothermal amplification and conformation-sensitive DNA separation | |
| Dong et al. | Rolling circle amplification-coupled glass nanopore counting of mild traumatic brain injury-related salivary miRNAs | |
| Zahra et al. | The SHERLOCK platform: an insight into advances in viral disease diagnosis | |
| Ye et al. | Sequence-specific probe-mediated isothermal amplification for the single-copy sensitive detection of nucleic acid | |
| JP5403573B2 (ja) | 肺炎原因菌検出用プライマーセット | |
| Zhang et al. | Enzyme-free isothermal target-recycled amplification combined with PAGE for direct detection of microRNA-21 | |
| US20140303015A1 (en) | Molecular Constructs for Differentiating a Target Molecule from an Off-Target Molecule | |
| UA113761U (uk) | Спосіб покращення селективності гібридизаційного днк-сенсора | |
| Liu et al. | Enhanced fluorescent detection of nucleic acid based on hairpin DNA-assisted toehold-mediated strand displacement reaction |