TW201437368A - 藉由雙股rna之ckap5之專一性抑制之方法和組成物 - Google Patents
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Abstract
本發明係有關一種適用於藉由使用dsRNA(例如,Dicer受質siRNA(DsiRNA)劑)降低CKAP5標靶RNA與蛋白質含量之化合物、組成物與方法。
Description
本發明係有關一種用於研究、診斷、及治療對CKAP5(細胞骨架關聯蛋白質5)基因表現與/或活性之調控有反應之性狀、疾病與病症之化合物、組成物與方法。
細胞骨架關聯蛋白質5係一種微管關聯蛋白質,在人體內係由CKAP5基因編碼(Nagase等人之DNA Res.
2:37-43;Charrasse等人之Eur J Biochem
234:406-13;“Entrez基因:CKAP5細胞骨架關聯蛋白質5(Entrez Gene:CKAP5 cytoskeleton associated protein 5)”)。CKAP5亦稱為ch-TOG,且爪蟾(Xenopus)CKAP5同系物為XMAP215(Cassimeris與Morabito之Molecular Biology of the Cell
15:1580-1590)。
CKAP5蛋白質在紡錘體形成中扮演至少兩種獨特角色:其保護著絲點微管免於被MCAK(KIF2C)解聚化,而CKAP5蛋白質亦在中心體微管組裝中扮演必要角色,其係一種不依賴MCAK活性之功能(Barr與Gergely之Molecular and Cellular Biology
28:7199-7211)。已顯示,其會與TACC1(其係一種候選之乳癌基因)交互作用(Conte等人之Oncogene
22:8102-16;Lauffart等人之Biochem.J.
363:195-200;“Entrez基因:TACC1含有捲曲螺旋酸性重複蛋白1(Entrez Gene:TACC1 transforming,acidic coiled-coil containing protein 1)”)。
已在某些人類肝腫瘤與結腸腫瘤中發現CKAP5之過度表現(Charrasse等人之Eur J Biochem
234:406-13),且在最近報告中已提出CKAP5及其他20S蛋白酶體亞單位MCL1、RRM1與USP8為人類多發性骨髓瘤細胞中之易感性分子(Tiedemann等人之Cancer Res.
72:757-68)。
股長度為25至35個核苷酸之雙股RNA(dsRNA)劑已被說明為哺乳動物細胞中標靶基因表現之有效抑制劑(Rossi等人之美國專利申請案案號2005/0244858與US 2005/0277610)。咸信此等長度之dsRNA劑會被RNA干擾(RNAi)途徑之Dicer酵素處理,因此此等劑稱為“Dicer受質siRNA”(“DsiRNA”)劑。過去已有文獻說明DsiRNA劑之其他修飾結構(Rossi等人之美國專利申請案案號2007/0265220)。
本文提供CKAP5-靶向之改良dsRNA劑。特定言之,已明確舉例說明CKAP5-靶向之DsiRNA。
本發明係有關一種包含抑制性核酸之組成物,及其製備方法。本發明明確態樣係有關雙股核酸
(“dsNA”),包括雙股核糖核酸(“dsRNA”)。本發明之dsNA可以降低細胞中標靶CKAP5基因之表現,不論於活體外或哺乳動物個體內。
本發明一項態樣係提供一種寡核苷酸股長度為15至35個核苷酸之單離核酸,其中當該核酸引至哺乳動物細胞中時,該寡核苷酸股與表11至13中標靶CKAP5 mRNA序列沿著寡核苷酸股長度之至少15個核苷酸充份互補,以降低CKAP5標靶mRNA表現。
本發明另一項態樣提供一種寡核苷酸股長度為19至35個核苷酸之單離核酸,其中當該核酸引至哺乳動物細胞中時,該寡核苷酸股與表14至16中標靶CKAP5 mRNA序列沿著寡核苷酸股長度之至少19個核苷酸充份互補,以降低CKAP5標靶mRNA表現。
本發明另一項態樣提供一種具有包括RNA之第一與第二核酸股之單離雙股核酸(dsNA),其中dsNA之第一股長度為15至35個核苷酸,及第二股長度為19至35個核苷酸,其中當dsNA引至哺乳動物細胞中時,第二寡核苷酸股係與表11至13中標靶CKAP5 mRNA序列沿著第二寡核苷酸股長度之至少15個核苷酸充份互補,以降低CKAP5標靶mRNA表現。
本發明另一項態樣提供一種具有第一與第二核酸股之單離dsNA,其中dsNA之第一股長度為15至35個核苷酸,及第二股長度為19至35個核苷酸,其中當該dsNA引至哺乳動物細胞中時,第二寡核苷酸股係與表
14至16中標靶CKAP5 mRNA序列沿著第二寡核苷酸股長度之至少19個核苷酸充份互補,以降低CKAP5標靶mRNA表現。
本發明另一項態樣提供一種具有第一與第二核酸股之單離dsNA,其中dsNA之第一股長度為15至35個核苷酸,及第二股長度為19至35個核苷酸,其中當該dsNA引至哺乳動物細胞中時,第二寡核苷酸股係與表17至19中標靶CKAP5 mRNA序列沿著第二寡核苷酸股長度之至少19個核苷酸充份互補,以降低CKAP5標靶mRNA表現,且從表17至19中CKAP5 mRNA序列之5’末端(位置1)開始,哺乳動物Ago2於該序列位置9與10之間的位點裂解mRNA。
本發明另一項態樣提供一種由正義區與反義區所組成的單離之dsNA分子,其中正義區與反義區共同形成由25至35個鹼基對組成之雙螺旋區,該反義區包括之序列互補於表8至10中序列,且該dsNA亦具有0至2個3’突出區,其中各突出區之長度為6個或更少個核苷酸。
本發明另一項態樣提供一種具有第一與第二核酸股及至少25個鹼基對之雙螺旋區之單離dsNA,其中dsNA之第一股長度為25至34個核苷酸,及第二股長度為26至35個核苷酸,且其3’末端包括1至5個單股核苷酸,其中當該dsNA引至哺乳動物細胞中時,第二寡核苷酸股與表8至10中標靶CKAP5 mRNA序列沿著第二寡
核苷酸股長度之至少19個核苷酸充份互補,以降低CKAP5標靶基因表現。
本發明另一項態樣提供一種具有第一與第二核酸股及至少25個鹼基對之雙螺旋區之單離dsNA,其中dsNA之第一股長度為25至34個核苷酸,及第二股長度為26至35個核苷酸,且其3’末端包括1至5個單股核苷酸,其中第一寡核苷酸股之3’末端與第二寡核苷酸股之5’末端形成鈍端,且當dsNA引至哺乳動物細胞中時,該第二寡核苷酸股係與標靶CKAP5序列SEQ ID NO:3457-4032、2305-2880及4033-5760沿著第二寡核苷酸股長度之至少19個核苷酸充份互補,以降低CKAP5 mRNA表現。
一項具體實施例中,本發明之單離dsNA具有至少25個鹼基對、19至21個鹼基對或21至25個鹼基對之雙螺旋區。另一項具體實施例中,第二寡核苷酸股之3’末端包括1至5個單股核苷酸。
另一項具體實施例中,第一股與/或第二股之長度為25至35個核苷酸。
一項具體實施例中,該第二寡核苷酸股係與標靶CKAP5 cDNA序列GenBank登錄編號NM_001008938.3與NM_014756.3沿著第二寡核苷酸股長度之至多27個核苷酸互補。
某些具體實施例中,本發明亦提供一種單離之dsNA,其中第一股長度為26至35個核苷酸、長度為
27至35個核苷酸、長度為28至35個核苷酸、長度為29至35個核苷酸、長度為30至35個核苷酸、長度為31至35個核苷酸、長度為33至35個核苷酸、長度為34至35個核苷酸、長度為17至35個核苷酸、長度為19至35個核苷酸、長度為21至35個核苷酸、長度為23至35個核苷酸、長度為17至33個核苷酸、長度為17至31個核苷酸、長度為17至29個核苷酸、長度為17至27個核苷酸、長度為21至35個核苷酸或長度為19至33個核苷酸。
本發明亦提供一種單離之dsNA,其中第二股長度為26至35個核苷酸、長度為27至35個核苷酸、長度為28至35個核苷酸、長度為29至35個核苷酸、長度為30至35個核苷酸、長度為31至35個核苷酸、長度為33至35個核苷酸、長度為34至35個核苷酸、長度為21至35個核苷酸、長度為23至35個核苷酸、長度為25至35個核苷酸、長度為27至35個核苷酸、長度為19至33個核苷酸、長度為19至31個核苷酸、長度為19至29個核苷酸、長度為19至27個核苷酸或長度為19至25個核苷酸。
其他具體實施例中,本發明提供一種單離之dsNA,其中第一與第二股之長度個別為至少27個核苷酸、長度為至少28個核苷酸、長度為至少29個核苷酸、長度為至少30個核苷酸、長度為至少31個核苷酸、長度為至少32個核苷酸、長度為至少33個核苷酸、長度為至少34個核苷酸、或長度為至少35個核苷酸。
視需要地,第一與第二股之長度個別為至少27個及至多30個核苷酸,長度為至少28個及至多30個核苷酸,及長度為至少29個及至多30個核苷酸。
本發明亦提供一種單離之dsNA,當該dsNA引至哺乳動物細胞中時,其係與標靶CKAP5 mRNA序列沿著第二寡核苷酸股長度之至少15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25個或更多個核苷酸充份互補,以降低CKAP5標靶mRNA表現。
一項具體實施例中,本發明之單離核酸(視需要地為dsNA)包括經修飾之核苷酸,經修飾之核苷酸視需要地為2’-O-甲基、2’-甲氧基乙氧基、2’-氟、2’-烯丙基、2’-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基]、4’-硫基、4’-CH2
-O-2’-橋連、4’-(CH2
)2
-O-2’-橋連、2’-LNA、2’-胺基或2’-O-(N-甲基胺甲酸酯)。
某些具體實施例中,從本發明dsNA之第一寡核苷酸股之3’末端之第一核苷酸(位置1)開始,位置1、2與/或3係被經修飾之核苷酸取代。視需要地,第一股3’末端之經修飾核苷酸殘基為去氧核糖核苷酸、無環核苷酸或螢光分子。在一項相關之具體實施例中,第一寡核苷酸股3’末端之位置1為去氧核糖核苷酸。
一項具體實施例中,具有第二股3’末端之1至5個單股核苷酸之本發明dsNA之核苷酸包括經修飾之核苷酸,其視需要地為2’-O-甲基核糖核苷酸。在一項相關之具體實施例中,第二股3’末端之1至5個單股核苷酸中
所有核苷酸均為經修飾之核苷酸。
某些具體實施例中,本發明dsNA之第一股3’末端與第二股5’末端形成鈍端。一項具體實施例中,該第一股長度為25個核苷酸,及第二股長度為27個核苷酸。
某些具體實施例中,當該dsNA引至哺乳動物細胞中時,從表8之CKAP5 mRNA序列之5’末端開始(位置1),哺乳動物Ago2於該序列位置9與10之間的位點裂解mRNA,藉以降低CKAP5標靶mRNA表現。另一項具體實施例中,當該dsNA引至哺乳動物細胞中時,從CKAP5 mRNA序列SEQ ID NO:3457-4032、2305-2880與4033-5760之5’末端開始,哺乳動物Ago2於cDNA序列位置9與10之間的位點裂解mRNA,藉以降低CKAP5標靶mRNA表現。
另一項具體實施例中,第二股包括序列SEQ ID NO:577-1152。視需要地,第一股包括序列SEQ ID NO:1-576與1729-2304。
某些具體實施例中,本發明之dsNA具有如表2所示之成對之第一股/第二股序列。
一項具體實施例中,本發明之dsNA之第一與第二股之長度個別為至少26個核苷酸。
另一項具體實施例中,具有第二股之3’末端之1至5個單股核苷酸之本發明dsNA之核苷酸長度為1至3個核苷酸,視需要地長度為1至2個核苷酸。在一項相關之具體實施例中,第二股3’末端之1至5個單股核苷酸之長度為兩個核苷酸且包括2’-O-甲基修飾之核糖核苷
酸。
一項具體實施例中,本發明之dsNA具有第二寡核苷酸股,其修飾型態為AS-M1改為AS-M52及AS-M1*改為AS-M52*。
另一項具體實施例中,本發明核酸之第一寡核苷酸股包括之修飾型態為SM1改為SM31。
一項具體實施例中,本發明之dsNA之第一與第二股長度個別為至少26個及至多30個核苷酸。
視需要地,本發明之dsNA係於細胞內被Dicer內因性裂解。
一項具體實施例中,該單離之核酸在細胞環境中足以降低標靶基因表現之量為1奈莫耳濃度或更低、200皮莫耳濃度或更低、100皮莫耳濃度或更低、50皮莫耳濃度或更低、20皮莫耳濃度或更低、10皮莫耳濃度或更低、5皮莫耳濃度或更低、2皮莫耳濃度或更低、或1皮莫耳濃度或更低。
某些具體實施例中,當於活體外之哺乳動物細胞中,在1奈莫耳濃度或更低之細胞環境中有效濃度分析時,股長度為25個核苷酸或更長之本發明之單離dsNA於針對相同標靶CKAP5 mRNA序列時,降低標靶CKAP5 mRNA表現之效力高於單離之21單元(mer)siRNA。
一項具體實施例中,當本發明之單離dsNA引至哺乳動物細胞中時,該dsNA與標靶CKAP5 mRNA序列充份互補,使CKAP5標靶mRNA表現量降低(以%表示)
至少10%、至少50%、至少80至90%、至少95%、至少98%、或至少99%。
某些具體實施例中,本發明之dsNA之第一與第二股係利用化學鏈結體(linker)鏈結。視需要地,第一股之3’末端與第二股之5’末端利用化學鏈結體鏈結。
有些具體實施例中,本發明dsNA之第二或第一股之核苷酸係經導向Dicer裂解定向之經修飾之核苷酸取代。一項具體實施例中,本發明之單離核酸所具有之經修飾核苷酸為去氧核糖核苷酸、二去氧核糖核苷酸、無環核苷酸、3’-去氧腺苷(蟲草素(cordycepin))、3’-疊氮基-3’-去氧胸苷(AZT)、2’,3’-二去氧肌苷(ddI)、2’,3’-二去氧-3’-硫雜胞苷(TC)、2’,3’-二去氫-2’,3’-二去氧胸苷(dT)、3’-疊氮基-3’-去氧胸苷(AZT)之核苷單磷酸、2’,3’-二去氧-3’-硫雜胞苷(TC)與2’,3’-二去氫-2’,3’-二去氧胸苷(dT)之核苷單磷酸、4-硫尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-碘尿嘧啶、5-(3-胺基烯丙基)-尿嘧啶、2’-O-烷基核糖核苷酸、2’-O-甲基核糖核苷酸、2’-胺基核糖核苷酸、2’-氟核糖核苷酸、與/或鎖核酸(locked nucleic acid)。在一項相關之具體實施例中,單離之核酸包括N-嗎啉基核酸或肽核酸(PNA)修飾法。另一項具體實施例中,單離之核酸具有磷酸酯主幹修飾,其為膦酸酯、硫代磷酸酯、與/或磷酸三酯。
本發明另一項態樣提供一種降低標靶CKAP5基因於哺乳動物細胞中之表現之方法,其涉及由哺乳動物細胞於活體外與本發明之單離核酸依足以降低細胞
中標靶CKAP5 mRNA表現之量接觸。
一項具體實施例中,標靶CKAP5 mRNA表現量係降低(以%表示)至少10%、至少50%與至少80至90%。視需要地,在細胞與核酸接觸至少8天後,CKAP5 mRNA量係降低(以%表示)至少90%。某些具體實施例中,在細胞與核酸接觸至少10天後,CKAP5 mRNA量係降低(以%表示)至少70%。
本發明另一項態樣提供一種於哺乳動物降低標靶CKAP5 mRNA表現之方法,其涉及對該哺乳動物投與本發明之單離核酸,其投藥量應足以於哺乳動物降低該標靶CKAP5 mRNA之表現。
一項具體實施例中,該單離之核酸之投藥劑量為每天每公斤哺乳動物1微克至5毫克、每公斤100微克至0.5毫克、每公斤0.001至0.25毫克、每公斤0.01至20微克、每公斤0.01至10微克、每公斤0.10至5微克、或每公斤0.1至2.5微克。
另一項具體實施例中,該單離之dsNA投與哺乳動物至少3天後,哺乳動物組織中之CKAP5 mRNA量係降低(以%表示)至少70%。
視需要地,該組織為腎臟、乳房、肺臟、卵巢、肝臟、子宮頸、食道、口咽或胰臟組織。
一項具體實施例中,該投藥步驟涉及靜脈內注射、肌內注射、腹膜內注射、輸注、皮下注射、穿皮式、氣霧劑、經直腸、陰道、表面局部、經口或吸入傳遞。
本發明另一項態樣提供一種選擇性抑制細胞生長之方法,其涉及將細胞與其用量應足以抑制細胞生長之本發明之單離核酸接觸。
一項具體實施例中,該細胞為個體之腫瘤細胞。某些具體實施例中,該細胞為活體外之腫瘤細胞。視需要地,該細胞為人類細胞。
本發明另一項態樣提供一種調配物,其包括本發明之單離核酸,其中當該核酸引至活體外之哺乳動物細胞中時,該核酸之用量可以有效使標靶CKAP5 mRNA量降低(以%表示)至少10%、至少50%、及至少80至90%。一項具體實施例中,在細胞環境中之該有效用量為1奈莫耳濃度或更低、200皮莫耳濃度或更低、100皮莫耳濃度或更低、50皮莫耳濃度或更低、20皮莫耳濃度或更低、10皮莫耳濃度或更低、5皮莫耳濃度或更低、2皮莫耳濃度或更低、或1皮莫耳濃度或更低。
當該dsNA引至哺乳動物個體之細胞中時,視需要地,本發明dsNA之用量有效使標靶CKAP5 mRNA量降低(以%表示)至少10%、至少50%、及至少80至90%。某些具體實施例中,該有效用量為個體每天每公斤之劑量為1微克至5毫克、每公斤100微克至0.5毫克、每公斤0.001至0.25毫克、每公斤0.01至20微克、每公斤0.01至10微克、每公斤0.10至5微克、或每公斤0.1至2.5微克。
另一項態樣提供一種包含本發明單離核酸
之哺乳動物細胞。另一態樣係提供一種醫藥組成物,其包括本發明之單離核酸與醫藥上可接受之載劑。再另一態樣係提供一種套組,其包含本發明之單離核酸與其使用說明書。
本發明一項態樣提供一種治療或預防個體之CKAP5關聯疾病或病變之方法,其涉及對該個體投與本發明之單離核酸與醫藥上可接受之載劑,其投藥量應足以治療或預防個體之CKAP5關聯疾病或病變,藉以治療或預防個體之CKAP5關聯疾病或病變。
一項具體實施例中,該CKAP5關聯疾病或病變為腎臟、乳房、肺臟、卵巢、肝臟、子宮頸、食道、口咽或胰臟之癌症。
本發明另一項態樣提供一種具有CKAP5抑制活性之組成物,其基本上係由本發明之單離核酸組成。
本發明亦有關一種與性狀、疾病與病症相關之化合物、組成物、與方法,該等性狀、疾病與病症回應於涉及CKAP5基因表現途徑之基因表現或其他介導此等性狀、疾病與病症之維持與發展之細胞過程與/或活性之調控。某些態樣中,本發明係有關一種小型核酸分子,其可以被Dicer酵素處理,如:可以介導RNA干擾(RNAi)對抗CKAP5基因表現之Dicer受質siRNA(DsiRNA)。本發明抗-CKAP5 dsRNA適用於例如,提供用於治療個體中對CKAP5之調控有反應之性狀、疾病與病症(如:癌症與/或其他增生性疾病、病變、或病症)之組成物。可在一或多種
增生性疾病之動物模式中檢測抗-CKAP5 dsRNA之功效、效力、毒性與其他效應(增生性疾病之動物模式實例示於下文中)。
第1圖出示本發明DsiRNA劑實例之結構,其CKAP5-靶向RNA中之位點在本文中稱為“CKAP5-6704”標靶位點。大寫字母=未修飾之RNA,小寫字母=DNA,粗體=錯配鹼基對核苷酸;箭頭指示預計之Dicer酵素裂解位點;虛線指示對應於靶向之CKAP5序列內預計之Argonaute 2(Ago2)裂解位點之正義股(上股)序列。
第2-1圖至第2-6圖出示起始經修飾雙螺旋篩選所得之數據。第2-1圖與第2-2圖出示所測試雙螺旋之過客股與引導股二者之2’-O-甲基修飾型態,而第2-3圖至第2-6圖出示所指定DsiRNA對人類(第2-3圖與第2-4圖)與小鼠(第2-5圖與第2-6圖)觀察到之CKAP5抑制性功效之直方圖。“P1”表示第1期(初次篩選法),而“1M”表示修飾法之起始篩選法。第1期中,DsiRNA係依1nM於人類HeLa細胞環境中測試。在起始修飾篩選中,DsiRNA係依1nM與0.1nM(二重複)於人類HeLa細胞(第2-3圖與第2-4圖)與小鼠(第2-5圖與第2-6圖)Hepa 1-6細胞環境中測試。個別長條代表由三重複觀察到之平均人類或小鼠CKAP5量,其中出示標準偏差。人類CKAP5量係隨HPRT與SFRS9量校正,而小鼠CKAP5量則隨HPRT與RPL23量校正。
第3-1圖至第3-8圖出示所指定DsiRNA所觀察到對人類與小鼠CKAP5抑制性功效之長方圖。“P1”表示第1期(初次篩選法),而“P2”表示第2期。第1期中,DsiRNA係依1nM於人類HeLa細胞環境中測試(人類細胞分析法;第3-1圖至第3-4圖)。第2期中,DsiRNA係依1nM與0.1nM(二重複)於人類HeLa細胞(第3-1圖至第3-4圖)或小鼠Hepa 1-6細胞(第3-5圖至第3-8圖)環境中測試。個別長條代表由三重複觀察到之平均人類(第3-1圖至第3-4圖)或小鼠(第3-5圖至第3-8圖)CKAP5量,其中出示標準偏差。人類CKAP5量係隨HPRT與SFRS9量校正,而小鼠CKAP5量則隨HPRT與RPL23量校正。
第4-1圖至第4-9圖出示之數據表示具有如第4-1圖所示一系列引導股2’-O-甲基修飾之24種CKAP5-靶向之雙螺旋序列所觀察到CKAP5弱化量。第4-2圖至第4-9圖之長條圖出示24種獨立之CKAP5-靶向之DsiRNA跨越不同之指定引導(反義)股2’-O-甲基修飾型態,依0.1nM(二重複)與1nM,於人類HeLa細胞(第4-2圖至第4-5圖)與小鼠Hepa 1-6細胞(第4-6圖至第4-9圖)中之功效數據。
第5-1圖至第5-6圖出示擴大經修飾雙螺旋篩選所得數據。第5-1圖與第5-2圖出示所測試雙螺旋之過客股與引導股二者之2’-O-甲基修飾型態,而第5-3圖至第5-6圖出示所指定DsiRNA於人類細胞中所觀察到人類CKAP5抑制性功效之長方圖。“P4”指示第4期(擴大經修飾雙螺旋篩選)。在擴大修飾篩選中,DsiRNA係依1nM與0.1nM(二
重複),於人類HeLa細胞之環境中測試。個別長條代表三重複所觀察到之平均人類CKAP5量,其中出示標準偏差。人類CKAP5量係隨HPRT與SFRS9量校正。
第6-1圖至第6-20圖出示由CKAP5-853與CKAP5-604DsiRNA於另一項經修飾雙螺旋篩選中得到之2’-O-甲基修飾型態與數據。第6-1圖與第6-2圖分別出示所測試雙螺旋之過客股(第6-1圖)與引導股(第6-2圖)之2’-O-甲基修飾型態。第6-3圖至第6-14圖出示DsiRNA之過客股與引導股二者之2’-O-甲基修飾型態。第6-15圖出示應用在CKAP5-853雙螺旋之過客股與引導股修飾型態。第6-16圖至第6-19圖出示所指定修飾之CKAP5-853雙螺旋(包括帶有相對於標靶CKAP5 mRNA為錯配之雙螺旋)在人類細胞中所觀察到人類CKAP5抑制性功效之長方圖。第6-20圖出示所指定修飾之CKAP5-604雙螺旋於人類細胞中之人類CKAP5抑制性功效之長方圖。“P4.2”指示4.2期(進一步經修飾雙螺旋篩選)。這種進一步修飾篩選中,DsiRNA係依1nM與0.1nM(二重複),於人類HeLa細胞環境中測試。個別長條代表所觀察到之三重複人類CKAP5量平均值,其中出示標準偏差。人類CKAP5量係隨HPRT與SFRS9量校正。
本發明係有關一種包含雙股RNA("dsRNA")之組成物,及其製備方法,其可於活體內或於活體外降低CKAP5基因之量與/或表現。dsRNA之其中一股包含一具有
長度為19至35個核苷酸範圍之核苷酸序列區,其可主導標靶之CKAP5轉錄物之破壞與/或轉譯抑制。
定義
除非另有說明,否則本文所採用所有技術與科學術語均係熟悉本發明所屬相關技術者咸了解者。下列參考文獻提供熟悉此相關技術者本文所採用許多術語之一般定義:Singleton等人之“微生物與分子生物學辭典(Dictionary of Microbiology and Molecular Biology)”(1994年第2版);“劍橋科學與技術辭典(The Cambridge Dictionary of Science and Technology)”(Walker編輯,1988);基因學辭彙(The Glossary of Genetics),第5版,R.Rieger等人(編輯),Springer Verlag出版社(1991);與Hale & Marham之“哈伯科林斯生物學辭典(The Harper Collins Dictionary of Biology)”(1991)。本文所採用下列術語具有下文所示之定義,除非另有明確說明。
本發明之特徵在於可調控(例如,抑制)CKAP5表現之一或多種DsiRNA分子。本發明DsiRNA視需要地可組合使用其他與CKAP5失調有關之疾病或病變之維持或發展(例如,腫瘤形成與/或生長等等)相關之基因與/或基因產物之調控劑。本發明DsiRNA劑調控CKAP5 RNA,如:彼等對應於GenBank登錄編號NM_001008938.3(人類CKAP5,轉錄物變異株1)、NM_014756.3(人類CKAP5,轉錄物變異株2)與NM_001165989.1(小鼠CKAP5)之cDNA序列,本文中通稱為“CKAP5”。
下文提供本發明各種不同態樣與具體實施例之說明提及CKAP5 RNA實例,本文通稱為CKAP5。然而,此等提及說明僅供舉例說明,且本發明各種不同態樣與具體實施例亦有關替代之CKAP5 RNA,如:突變CKAP5 RNA或其他CKAP5剪接變異株。某些態樣與具體實施例亦有關涉及CKAP5相關途徑之其他基因,包括其失調會與CKAP5之基因相關聯(或被CKAP5調節作用影響或會影響CKAP5調節作用)之基因,所產生之表型效應可能成為治療標靶(例如,腫瘤形成與/或生長等等)。TACC1為與CKAP5交互作用之基因實例之一。與CKAP5交互作用之基因(如:TACC1)及彼等與CKAP5協調作用之途徑之組成份,可成為使用dsRNA時及依本文所述方法使用CKAP5-靶向之dsRNA時之標靶。因此,可依本文說明抑制其他基因及進行此等抑制之效應。
術語“CKAP5”係指編碼CKAP5蛋白質、肽、或多肽之核酸序列(例如,CKAP5轉錄物,如:CKAP5 Genbank登錄編號NM_001008938.3、NM_014756.3與NM_001165989.1之序列)。某些具體實施例中,術語“CKAP5”亦意指包括其他CKAP5編碼序列,如:其他CKAP5同型、突變CKAP5基因、CKAP5基因之剪接變異株、與CKAP5基因多型性。術語“CKAP5”亦用於指CKAP5基因/轉錄物之多肽基因產物,例如,CKAP5蛋白質、肽、或多肽,如:彼等由CKAP5 Genbank登錄編號NP_001008938.1、NP_055571.2與NP_001159461.1編碼者。
本文所採用“CKAP5關聯疾病或病變”係指相關技藝上已知與已改變之CKAP5表現、量與/或活性關聯之疾病或病變。應注意,“CKAP5關聯疾病或病變”包括癌症與/或增生性疾病、病症、或病變。某些“CKAP5關聯疾病或病變”實例包括肝臟癌症(例如,肝細胞癌或HCC)、肺臟癌症(例如,NSCLC)、結腸直腸癌症、攝護腺癌症、胰臟癌症、卵巢癌症、子宮頸癌症、腦部癌症(例如,膠質母細胞瘤)、腎臟癌症(例如,乳突型腎臟癌)、胃癌、食道癌、髓母細胞瘤、甲狀腺癌、橫紋肌肉瘤、骨肉瘤、鱗狀細胞癌(例如,口腔鱗狀細胞癌)、黑色素瘤、乳癌、與造血性病變(例如,白血病與淋巴瘤,與其他免疫細胞相關病變)。亦可靶向其他過度增生性疾病或病變,包括,例如,膀胱、子宮頸(子宮)、內膜(子宮)、頭與頸、及口咽癌症。
本文所採用“增生性疾病”或“癌症”係指如相關技藝上已知特徵在於細胞生長或複製失調之疾病、病症、性狀、基因型或表型;包括肝細胞癌(HCC);白血病,例如,急性骨髓性白血病(AML)、慢性骨髓性白血病(CML)、急性淋巴性白血病(ALL)、與慢性淋巴性白血病;AIDS相關癌症,如:卡波西氏(Kaposi’s)肉瘤;乳癌;骨癌症,如:骨肉瘤、軟骨肉瘤、伊文氏(Ewing’s)肉瘤、纖維肉瘤、巨細胞瘤、齒釉質瘤與脊索瘤;腦部癌症,如:腦膜瘤、膠質母細胞瘤、低惡性星形細胞瘤、寡樹突細胞瘤、腦下垂體腫瘤、許旺細胞瘤(Schwannomas)、與轉移性
腦部癌症;頭與頸癌症,包括各種不同淋巴瘤,如:套膜細胞淋巴瘤、非霍杰金氏淋巴瘤、腺瘤、鱗狀細胞癌、喉頭癌、膽與膽管癌症、視網膜癌症(如:視網膜母細胞瘤)、食道癌、胃癌、多發性骨髓瘤、卵巢癌、子宮癌、甲狀腺癌、睪丸癌、內膜癌、黑色素瘤、結腸直腸癌、膀胱癌、攝護腺癌、肺臟癌(包括非小細胞肺癌)、胰臟癌、肉瘤、威姆氏(Wilms’)腫瘤、子宮頸癌、頭與頸癌、皮膚癌、鼻咽癌、脂肉瘤、上皮癌、腎臟細胞癌、膽腺癌、腮腺癌、內膜肉瘤、多重抗藥性癌症;與增生性疾病與病症,如:與腫瘤血管新生作用相關之新-生血管作用、黃斑部病變(例如,濕性/乾性AMD)、角膜新生血管、糖尿病視網膜病變、新生血管型青光眼、近視性退化與其他增生性疾病與病症,如:再狹窄與多囊性腎病,及其他對單獨調控或與其他療法組合調控細胞或組織中疾病相關基因表現有反應之其他癌症或增生性疾病、病症、性狀、基因型或表型。
某些具體實施例中,分析dsRNA介導之抑制CKAP5標靶序列之作用。此等具體實施例中,可採用相關技藝上已知方法分析CKAP5 RNA量(例如,RT-PCR、北方墨點、表現陣列等等),視需要地經由比較在本發明抗-CKAP5 dsRNA之存在下與此等抗-CKAP5 dsRNA不存在下之CKAP5量。某些具體實施例中,由在抗-CKAP5 dsRNA存在下之CKAP5量與單獨使用媒劑、在針對非相關標靶RNA之dsRNA之存在下、或在沒有任何處理下所觀察到之結果比較。
亦已知可分析CKAP5蛋白質量,且該CKAP5蛋白質量在不同條件下,係直接或間接相關於CKAP5 RNA量與/或dsRNA抑制CKAP5表現之程度,因此亦可採用相關技藝上已知分析CKAP5蛋白質量之方法(例如,西方墨點、免疫沉澱、其他基於抗體之方法等等)檢測本發明dsRNA之抑制效應。
當本發明之抗-CKAP5 dsRNA投與至系統(例如,於活體外之無細胞系統)、細胞、組織或生物體時,若發現CKAP5 RNA(或當分析CKAP5蛋白質時則指CKAP5蛋白質含量)比所選擇對照組統計上顯著降低時,則認為本發明抗-CKAP5 dsRNA具有“CKAP5抑制活性”。由實驗數值之分佈及所進行分析法之重複次數即可指示CKAP5 RNA降低量之參數(以%或以絕對值表示)是否具有統計顯著性(由相關技藝上已知決定統計顯著性之標準方法分析)。然而,某些具體實施例中,“CKAP5抑制活性”之定義係基於系統、細胞、組織或生物體中CKAP5量之降低%或絕對值。例如,某些具體實施例中,若在本發明dsRNA之存在下觀察到之CKAP5 RNA比合適對照組所觀察到之CKAP5量至少降低5%或至少降低10%時,則認為本發明之dsRNA具有CKAP5抑制活性。(例如,某些具體實施例中,若觀察到CKAP5量比對照組降低例如,5%或10%,則認為本發明dsRNA劑可於組織與/或個體抑制活體內CKAP5量)。某些其他具體實施例中,若觀察到之CKAP5 RNA量比所選擇對照組降低至少15%、比所選擇對照組降低至少
20%、比所選擇對照組降低至少25%、比所選擇對照組降低至少30%、比所選擇對照組降低至少35%、比所選擇對照組降低至少40%、比所選擇對照組降低至少45%、比所選擇對照組降低至少50%、比所選擇對照組降低至少55%、比所選擇對照組降低至少60%、比所選擇對照組降低至少65%、比所選擇對照組降低至少70%、比所選擇對照組降低至少75%、比所選擇對照組降低至少80%、比所選擇對照組降低至少85%、比所選擇對照組降低至少90%、比所選擇對照組降低至少95%、比所選擇對照組降低至少96%、比所選擇對照組降低至少97%、比所選擇對照組降低至少98%、或比所選擇對照組降低至少99%時,則認為本發明之dsRNA具有CKAP5抑制活性。有些具體實施例中,要求完全抑制CKAP5才認為dsRNA具有CKAP5抑制活性。某些模式中(例如,細胞培養物),若觀察到CKAP5量比合適對照組降低至少50%時,則認為dsRNA具有CKAP5抑制活性。某些其他具體實施例中,若觀察到CKAP5量比合適對照組降低至少80%時,則認為dsRNA具有CKAP5抑制活性。
其明確實例為下文實例2中,試驗一系列CKAP5-靶向之DsiRNA,於活體外人類HeLa細胞中,依1nM濃度於此等細胞環境中,在轉染劑(LipofectamineTM
RNAiMAX,Invitrogen)之存在下降低CKAP5 mRNA量之能力。下文實例2中,在此等分析條件下觀察到CKAP5 mRNA量降低至少70%,認為彼等DsiRNA具有CKAP5抑制活性。
亦涵括在比下文實例2所採用更嚴苛或較不嚴苛條件下,甚至在相同或類似分析條件下由dsRNA造成之CKAP5抑制活性。例如,某些具體實施例中,若在哺乳動物細胞株中,於活體外依1nM dsRNA濃度或更低濃度,於細胞環境中觀察到CKAP5 mRNA量比合適對照組降低至少10%、降低至少20%、降低至少30%、降低至少40%、降低至少50%、降低至少60%、降低至少75%、降低至少80%、降低至少85%、降低至少90%、或降低至少95%時,則認為所測試之本發明dsRNA具有CKAP5抑制活性。
亦涵括決定本發明雙股RNA是否具有CKAP5抑制活性時所採用之其他終點。明確言之,一項具體實施例中,除了分析或替代分析CKAP5 mRNA量以外,分析所試驗dsRNA降低CKAP5蛋白質含量之能力(例如,與哺乳動物細胞於活體外或於活體內接觸48小時後),若於活體外或於活體內,在與所分析雙股RNA接觸之哺乳動物細胞中觀察到CKAP5蛋白質含量相對於合適對照組降低至少10%、降低至少20%、降低至少30%、降低至少40%、降低至少50%、降低至少60%、降低至少70%、降低至少75%、降低至少80%、降低至少85%、降低至少90%、或降低至少95%時,則認為所試驗之dsRNA具有CKAP5抑制活性。所涵括之其他終點包括例如,分析與CKAP5量降低相關聯之表型,例如,於活體外降低所接觸哺乳動物細胞株之生長與/或於活體內降低腫瘤生長,包括例如,遏止或降低腫瘤生長或癌症細胞量,如本文中更詳細說明。
亦可隨時間(效期)及隨濃度範圍(效力)分析CKAP5抑制活性,其分析dsRNA隨投與濃度及投藥後時間效期調整之CKAP5抑制活性。因此,某些具體實施例中,若dsRNA投與細胞或生物體後觀察到CKAP5活性降低至少50%/持續2小時、5小時、10小時、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天或更久時,則認為本發明之dsRNA具有CKAP5抑制活性。再一項具體實施例中,若在1nM或更低、500pM或更低、200pM或更低、100pM或更低、50pM或更低、20pM或更低、10pM或更低、5pM或更低、2pM或更低、或甚至1pM或更低之濃度,於細胞環境中(例如,在本文所說明CKAP5抑制活性之活體外分析法中)觀察到CKAP5抑制活性(例如,某些具體實施例中,抑制CKAP5至少50%)時,則認為本發明之dsRNA為強力之CKAP5抑制劑。某些具體實施例中,本發明之強力CKAP5抑制性dsRNA之定義為依10mg/kg或更低之調配濃度含在有效之傳遞媒劑中(例如,有效之脂質奈米粒子調配物)投與個體時,具有CKAP5抑制活性(例如,某些具體實施例中,CKAP5量降低至少20%)。較佳係本發明之強力CKAP5抑制性dsRNA之定義為依5mg/kg或更低之調配濃度含在有效之傳遞媒劑中投與個體時,具有CKAP5抑制活性(例如,某些具體實施例中,CKAP5量降低至少50%)。更佳係本發明之強力CKAP5抑制性dsRNA之定義為依5mg/kg或更低之調配濃度含在有效之傳遞媒劑中投與個體時,具有CKAP5抑制活性(例如,某些具體
實施例中,CKAP5量降低至少50%)。視需要地,本發明之強力CKAP5抑制性dsRNA之定義為依2mg/kg或更低或甚至1mg/kg或更低之調配濃度含在有效之傳遞媒劑中投與個體時,具有CKAP5抑制活性(例如,某些具體實施例中,CKAP5量降低至少50%)。
某些具體實施例中,本發明之dsRNA之效力係參照標靶細胞細胞質中為了達到某些標靶基因弱化程度時所需之dsRNA套數決定。例如,某些具體實施例中,強力之dsRNA係指當標靶細胞之細胞質中每個細胞之RISC-負載之反義股之套數為1000或更少時,可以使標靶mRNA弱化50%或更高。更佳之強力之dsRNA係指當標靶細胞之細胞質中每個細胞之RISC-負載之反義股之套數為500或更少時,可以使標靶mRNA弱化50%或更高。視需要地,強力之dsRNA係指當標靶細胞之細胞質中每個細胞之RISC-負載反義股之套數為300或更少時,可以使標靶mRNA弱化50%或更高。
另一項具體實施例中,本發明DsiRNA之效力之定義可參照針對相同標靶基因中相同標靶序列之19至23單元dsRNA而予以定義。例如,當於本文所說明活體外分析法中,在低至足以檢測效力差異之濃度予以分析時(例如,於本文所說明活體外分析法中,在細胞環境中之轉染濃度為或低於1nM、在細胞環境中為或低於100pM、在細胞環境中為或低於10pM、在細胞環境中為或低於1nM;應注意,咸了解效力差異可經由跨越一系列濃度範圍
進行分析來檢測-例如,0.1pM至10Nm-以產生劑量-效應曲線,並判別與DsiRNA/dsRNA關聯之IC50
值),具有比對應19至23單元dsRNA更加強效力之本發明DsiRNA可為相較於對應19至23單元dsRNA,可使標靶基因再減少5%或更高、再減少10%或更高、再減少20%或更高、再減少30%或更高、再減少40%或更高、或再減少50%或更高之DsiRNA。
亦可間接分析CKAP5抑制程度與/或CKAP5量,例如,可測定個體中瘜肉或腫瘤之大小、數量與/或生長或擴散速率之降低程度來分析CKAP5量與/或本發明雙股核酸之CKAP5抑制性功效。
某些具體實施例中,片語“基本上由…組成”係用於指本發明之抗-CKAP5 dsRNA。有些此等具體實施例中,“基本上由…組成”係指該包含本發明dsRNA之組成物具有至少某些程度之CKAP5抑制活性(例如,至少50% CKAP5抑制活性)且亦包括不會顯著影響dsRNA之CKAP5抑制活性之一或多種其他組份與/或修飾。例如,某些具體實施例中,組成物“基本上由本發明之dsRNA組成”,其中本發明之dsRNA與/或組成物之dsRNA關聯組份之修飾不會使CKAP5抑制活性(視需要地包括CKAP5抑制活性之效力或效期)相對於本發明之單離dsRNA之變化超過3%、超過5%、超過10%、超過15%、超過20%、超過25%、超過30%、超過35%、超過40%、超過45%、或超過50%。某些具體實施例中,即使當在其他組份或修飾
之存在下使CKAP5抑制活性較大幅降低(例如,功效、效期與/或效力降低80%、降低90%等等),而其中CKAP5抑制活性在此等其他組份與/或修飾之存在下卻未顯著提高(例如,觀察到之CKAP5抑制活性程度仍在本發明之單離dsRNA所觀察到結果之10%內)時,則認為該組成物基本上係由本發明之dsRNA組成。
本文所採用術語“核酸”係指呈單股或雙股形式之去氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、或經修飾之核苷酸、與其聚合物。該術語包括包含已知核苷酸類似物或經修飾之主幹殘基或鏈結體之核酸,其可為合成性、天然性與非天然性,其可具有參考核酸之類似結合性質,且可依類似於參考核苷酸之方式代謝。此等類似物實例包括(但不限於):硫代磷酸酯、胺基磷酸酯、膦酸甲基酯、對掌性-膦酸甲基酯、2-O-甲基核糖核苷酸、肽-核酸(PNA)與非鎖核酸(UNA;參見,例如,Jensen等人之Nucleic acid Symposium Series
52:133-4)、與其衍生物。
相關技藝上咸了解本文所採用“核苷酸”包括彼等具有天然鹼基(標準物)及相關技藝上已知之經修飾鹼基者。此等鹼基通常位於核苷酸糖部份體之1’位置。核苷酸通常包含鹼基、糖與磷酸根基團。核苷酸之糖、磷酸根與/或鹼基部份基團可未修飾或經修飾(亦可改稱核苷酸類似物、經修飾之核苷酸、非天然核苷酸、非標準核苷酸等等;參見例如,如上述Usman與McSwiggen之文獻;Eckstein等人之國際PCT公告案案號WO 92/07065;Usman
等人之國際PCT公告案案號WO 93/15187;如上述Uhlman & Peyman之文獻,其揭示內容均以引用之方式併入本文中)。Limbach等人之Nucleic acid Res.
22:2183,1994已綜合說明相關技藝上已知之經修飾核酸鹼基之幾種實例。可導至核酸分子中之鹼基修飾之某些非限制性實例包括次黃嘌呤、嘌呤、吡啶-4-酮、吡啶-2-酮、苯基、假尿嘧啶、2,4,6-三甲氧基苯、3-甲基尿嘧啶、二氫尿苷、萘基、胺基苯基、5-烷基胞苷(例如,5-甲基胞苷)、5-烷基尿苷(例如,核糖胸苷)、5-鹵尿苷(例如,5-溴尿苷)或6-氮雜嘧啶或6-烷基嘧啶(例如,6-甲基尿苷)、丙炔等等(Burgin等人之Biochemistry 35:14090,1996;如上述Uhlman & Peyman之文獻)。本態樣中,“經修飾鹼基”係指1’位置上不為腺嘌呤、鳥嘌呤、胞嘧啶與尿嘧啶之核苷酸鹼基或其均等物。
本文所採用“經修飾之核苷酸”係指在核苷、核鹼基、五碳糖環、或磷酸根上具有一或多種修飾之核苷酸。例如,經修飾之核苷酸不包括包含腺苷單磷酸、鳥苷單磷酸、尿苷單磷酸、與胞苷單磷酸之核糖核苷酸;及包含去氧腺苷單磷酸、去氧鳥苷單磷酸、去氧胸苷單磷酸、與去氧胞苷單磷酸之去氧核糖核苷酸。修飾法包括彼等由修飾核苷酸之酵素(如:甲基轉化酶)修飾天然產生之結果。經修飾之核苷酸亦包括合成性或非天然性核苷酸。合成性或非天然性修飾之核苷酸包括彼等具有2’修飾者,例如,2’-甲氧基乙氧基、2’-氟、2’-烯丙基、2’-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基]、4’-硫基、4’-CH2
-O-2’-橋連、
4’-(CH2
)2
-O-2’-橋連、2’-LNA或其他雙環或“橋連”核苷類似物、與2’-O-(N-甲基胺甲酸酯)或彼等包含鹼基類似物者。本揭示內容有關2’-經修飾之核苷酸之說明中,“胺基”係指2’-NH2
或2’-O-NH2
,其可經修飾或未修飾。此等修飾基團說明於例如,Eckstein等人之美國專利案案號5,672,695與Matulic-Adamic等人之美國專利案案號6,248,878。本發明之“經修飾之核苷酸”亦包括如上述核苷酸類似物。
本揭示內容提及核酸分子時,此等製劑可能出現之該等修飾型態可能發生在雙股核糖核酸(dsRNA)之一股或兩股上。本文所採用“交替位置”係指該型態為在dsRNA之指定股長度中每隔一個核苷酸即為經修飾之核苷酸或在每一個經修飾之核苷酸之間有一個未經修飾之核苷酸(例如,未修飾核糖核苷酸)(例如,5’-MNMNMN-3’;3’-MNMNMN-5’;其中M為經修飾之核苷酸,及N為未經修飾之核苷酸)。該修飾型態始於根據位置編號慣例5’或3’末端之第一核苷酸位置,例如,如本文所說明(某些具體實施例中,位置1係參照本發明DsiRNA劑預計之Dicer裂解過程之股之末端殘基;因此,位置1不一定構成本發明製劑處理前之3’末端或5’末端殘基)。在交替位置上之經修飾核苷酸之型態可出現在該股之全長度上,但某些具體實施例中,包括至少4、6、8、10、12、14個核苷酸分別包含至少2、3、4、5、6或7個經修飾之核苷酸。本文所採用“交替之成對位置”係指該型態中,在dsRNA之指定
股長度中,兩個連續之經修飾核苷酸被兩個連續之未修飾核苷酸分隔(例如,5’-MMNNMMNNMMNN-3’;3’-MMNNMMNNMMNN-5’;,其中M為經修飾之核苷酸,及N為未經修飾之核苷酸)。該修飾型態始於根據位置編號慣例之5’或3’末端第一核苷酸位置,如彼等於本文所說明。在交替位置上之修飾核苷酸型態可出現在股之全長度,但較佳係包括至少8、12、16、20、24、28個核苷酸分別包含至少4、6、8、10、12或14個經修飾之核苷酸。應強調,上述修飾型態係舉例說明,並無意限制本發明範圍。
本文所採用“鹼基類似物”係指位於可納入核酸雙螺旋(duplex)中之經修飾核苷酸之核苷酸糖部份體中1’位置(或取代在可納入核酸雙螺旋之核苷酸糖部份體之同等位置)之雜環部份體。本發明dsRNA中,鹼基類似物通常為嘌呤或嘧啶鹼基,但不包括一般鹼基鳥嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、與尿嘧啶(U)。鹼基類似物可與dsRNA中其他鹼基或鹼基類似物形成雙螺旋。鹼基類似物包括彼等適用於本發明化合物與方法者,例如,彼等揭示於頒予Benner之美國專利案案號5,432,272與6,001,983及頒予Manoharan之美國專利公開案案號20080213891,其揭示內容以引用之方式併入本文中。鹼基之非限制性實例包括次黃嘌呤(I)、黃嘌呤(X)、3β-D-呋喃核糖基-(2,6-二胺基嘧啶)(K)、3-β-D-呋喃核糖基-(1-甲基-吡唑并[4,3-d]嘧啶-5,7(4H,6H)-二酮)(P)、異-胞嘧啶(異
-C)、異-鳥嘌呤(異-G)、1-β-D-呋喃核糖基-(5-硝基吲哚)、1-β-D-呋喃核糖基-(3-硝基吡咯)、5-溴尿嘧啶、2-胺基嘌呤、4-硫基-dT、7-(2-噻吩基)-咪唑并[4,5-b]吡啶(Ds)與吡咯-2-甲醛(Pa)、2-胺基-6-(2-噻吩基)嘌呤(S)、2-側氧基吡啶(Y)、二氟甲苯基、4-氟-6-甲基苯并咪唑、4-甲基苯并咪唑、3-甲基異喹啉酚、5-甲基異喹啉酚、與3-甲基-7-丙炔基異喹啉酚、7-氮雜吲哚基、6-甲基-7-氮雜吲哚基、咪唑并吡啶基、9-甲基-咪唑并吡啶基、吡咯并吡基、異喹啉酚、7-丙炔基異喹啉酚、丙炔基-7-氮雜吲哚基、2,4,5-三甲基苯基、4-甲基吲哚基、4,6-二甲基吲哚基、苯基、萘基、蒽基、菲基、芘基、芪基、并四苯基、并五苯基、及其結構衍生物(Schweitzer等人之J.Org.Chem.,59:7238-7242(1994);Berger等人之Nucleic Acids Research,28(15):2911-2914(2000);Moran等人之J.Am.Chem.Soc.、119:2056-2057(1997);Morales等人之J.Am.Chem.Soc.,121:2323-2324(1999);Guckian等人之J.Am.Chem.Soc.,118:8182-8183(1996);Morales等人之J.Am.Chem.Soc.,122(6):1001-1007(2000);McMinn等人之J.Am.Chem.Soc.,121:11585-11586(1999);Guckian等人之J.Org.Chem.,63:9652-9656(1998);Moran等人之Proc.Natl.Acad.Sci.,94:10506-10511(1997);Das等人之J.Chem.Soc.,Perkin Trans.,1:197-206(2002);Shibata等人之J.Chem.Soc.,Perkin Trans.,1:1605-1611(2001);Wu等人之J.Am.Chem.Soc.,122(32):7621-7632(2000);O'Neill等人之J.Org.Chem.,67:
5869-5875(2002);Chaudhuri等人之J.Am.Chem.Soc.,117:10434-10442(1995);與美國專利案案號6,218,108.)。鹼基類似物亦可為通用鹼基。
本文所採用“通用鹼基”係指位於經修飾核苷酸之核苷酸糖部份體之1’位置或取代在核苷酸糖部份體之同等位置之雜環部份體,當其出現在核酸雙螺旋時,相反位置上可有超過一種以上之鹼基,不會改變雙重螺旋式結構(例如,磷酸主幹結構)。此外,通用鹼基不會破壞單股核酸中殘基與標靶核酸形成雙螺旋之能力。包含通用鹼基之單股核酸與標靶核酸形成雙螺旋之能力可採用相關技藝上習知之方法分析(例如,UV吸光、圓二色性、凝膠遷移分析、單股核酸酶敏感性分析等等)。此外,可以變化觀察雙螺旋形成之條件,以測定雙螺旋穩定性或形成,例如,溫度,因為熔化溫度(Tm)與核酸雙螺旋穩定性具相關性。相較於會與標靶核酸準確互補之參考單股核酸,該包含通用鹼基之單股核酸與標靶核酸所形成雙螺旋之Tm低於其與互補核酸形成之雙螺旋。然而,相較於其中通用鹼基已被會產生單一錯配之鹼基予以置換之參考單股核酸,該包含通用鹼基之單股核酸與標靶核酸所形成雙螺旋之Tm則高於其與具有錯配鹼基之核酸所形成之雙螺旋。
有些通用鹼基可在通用鹼基與所有鹼基鳥嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、與尿嘧啶(U)在鹼基對之形成條件下,藉由形成氫鍵而成為鹼基對。通用鹼基不會僅與一個單一互補鹼基形成鹼基對。在雙螺
旋中,通用鹼基與雙螺旋相反股上對應位置上之各G、C、A、T、與U可能不會形成氫鍵、可能形成一個氫鍵、或超過一個氫鍵。較佳係該通用鹼基不會與雙螺旋相反股上對應位置上之鹼基交互作用。雙螺旋中,在通用鹼基之間形成之鹼基對不會改變磷酸主幹之雙螺旋結構。通用鹼基亦可能利用堆疊交互作用,與相同核酸股上相鄰核苷酸之鹼基交互作用。此等堆疊交互作用可以穩定雙螺旋,尤其在其中通用鹼基不會與雙螺旋相反股上對應位置上之鹼基形任何氫鍵之情況下。通用結合性核苷酸之非限制性實例包括肌苷、1-β-D-呋喃核糖基-5-硝基吲哚、與/或1-β-D-呋喃核糖基-3-硝基吡咯(頒予Quay等人之美國專利申請公開案案號20070254362;Van Aerschot等人之“作為非特定核苷之無環5-硝基吲唑核苷酸類似物(An acyclic 5-nitroindazole nucleotide analogus as ambiguous nucleoside)”。Nucleic Acids Res.1995 Nov 11;23(21):4363-70;Loakes等人之“DNA定序與PCR之引子中作為通用鹼基之3-硝基吡咯與5-硝基吲哚(3-Nitropyrrole and 5-nitroindole as universal bases in primers for DNA sequencing and PCR)”。Nucleic Acids Res.1995 Jul 11;23(13):2361-6;Loakes與Brown之“作為通用鹼基類似物之5-硝基吲哚(5-Nitroindole as an universal bases analogue)”。Nucleic Acids Res.1994 Oct 11;22(20):4039-43)。
本文所採用“環”(loop)係指由核酸之單股
形成之結構,其中側挾特定單股核苷酸區之互補區之雜交方式使得形成雙螺旋或華生-克里克(Watson-Crick)鹼基對不包括互補區之間之單股核苷酸區。環為任何長度之單股核苷酸區。環之實例包括呈如:髮夾型、莖環、或延伸環等結構之未配對核苷酸。
本文在dsRNA之說明中所採用之“延伸環”係指單股環且在環再側挾1、2、3、4、5、6或至多20個鹼基對或雙螺旋。延伸環中,側挾環5’側之核苷酸與側挾環3’側之核苷酸形成雙螺旋。延伸環可能形成髮夾型或莖環。
本文在dsRNA之說明中所採用“四環”(tetraloop)係指該環(單股區)係由四個核苷酸組成,其形成穩定之次級結構,達成相鄰華生-克里克雜交核苷酸之穩定性。在不受理論限制下,四環可以藉由堆疊交互作用穩定相鄰之華生-克里克鹼基對。此外,四環中四個核苷酸之間之交互作用包括(但不限於):非華生-克里克鹼基配對、堆疊交互作用、氫鍵、及接觸交互作用(Cheong 等人之Nature
1990 Aug 16;346(6285):680-2;Heus與Pardi,Science
1991 Jul 12;253(5016):191-4)。四環可以提高相鄰雙螺旋之熔點(Tm),使其高於由四個隨機鹼基組成之簡單模式環序列之熔點。例如,四環可以讓包含至少2個鹼基對長度之雙螺旋之髮夾型於10mM NaHPO4
中達到至少55℃之熔點。四環可包含核糖核苷酸、去氧核糖核苷酸、經修飾之核苷酸、與其組合。RNA四環之實例包括UNCG家
族之四環(例如,UUCG)、GNRA家族之四環(例如,GAAA)、與CUUG四環(Woese等人之Proc Natl Acad Sci U S A.1990 Nov;87(21):8467-71;Antao等人之Nucleic Acids Res.1991 Nov 11;19(21):5901-5)。DNA四環實例包括d(GNNA)家族之四環(例如,d(GTTA)、d(GNRA))、d(GNAB)家族之四環、d(CNNG)家族之四環、d(TNCG)家族之四環(例如,d(TTCG))。(Nakano等人之Biochemistry,41(48),14281-14292,2002.;SHINJI等人之Nippon Kagakkai Koen Yokoshu VOL.78th;NO.2;PAGE.731(2000))。
本文所採用術語“siRNA”係指各股包含RNA、RNA類似物(群)或RNA與DNA之雙股核酸。siRNA包含19至23個核苷酸或包含21個核苷酸。siRNA通常在各股之3'末端具有2bp突出,因此siRNA之雙螺旋區包含17至21個核苷酸,或19個核苷酸。通常,siRNA之反義股與CKAP5基因/RNA之標靶序列充份互補。
本發明抗-CKAP5 DsiRNA之股長度為至少25個核苷酸。因此,某些具體實施例中,抗-CKAP5 DsiRNA包含一個寡核苷酸序列,係第一序列,其長度為至少25個核苷酸且長度不超過35個或至多50或更多個核苷酸。此RNA序列之長度可為26至35個、26至34個、26至33個、26至32個、26至31個、26至30個、及26至29個核苷酸。此序列之長度可為27或28個核苷酸或長度為27個核苷酸。DsiRNA劑之第二序列可為會在生物條件下(如:在真核生物細胞之細胞質中)與第一序列黏合之序
列。通常,第二寡核苷酸序列具有至少19個可與第一寡核苷酸序列互補之鹼基對,更通常為該第二寡核苷酸序列具有21個或更多個會與第一寡核苷酸序列互補之鹼基對,或25或更多個與第一寡核苷酸序列互補之鹼基對。一項具體實施例中,該第二序列之長度與第一序列相同,且DsiRNA劑為鈍端。另一項具體實施例中,DsiRNA劑之末端具有一個或多個突出。
某些具體實施例中,DsiRNA劑之第一與第二寡核苷酸序列出現在分開之寡核苷酸股,其可為或通常為化學合成。有些具體實施例中,兩股之長度均為26至35個核苷酸。其他具體實施例中,兩股之長度均為25至30個或26至30個核苷酸。一項具體實施例中,兩股之長度均為27個核苷酸,且完全互補並具有鈍端。本發明某些具體實施例中,抗-CKAP5 DsiRNA之第一與第二序列出現在分開之RNA寡核苷酸(股)。一項具體實施例中,一個或兩個寡核苷酸股可以作為Dicer之受質。其他具體實施例中,具有至少一個修飾以促進Dicer與雙股RNA結構結合而定向使雙股RNA結構於抑制基因表現上達最大效力。本發明某些具體實施例中,抗-CKAP5 DsiRNA劑係由不同長度之兩個寡核苷酸股組成,其中抗-CKAP5 DsiRNA在第一股(正義股)之3’末端具有鈍端,及在第二股(反義股)之3’末端具有3’突出。DsiRNA亦可包含一個或多個去氧核糖核酸(DNA)鹼基取代。
包含兩個分開寡核苷酸之合適DsiRNA組成
物可利用化學鏈結基化學鏈結在其黏合區外側。相關技藝上已知且可以使用許多合適之化學鏈結基。合適之基團將不會阻斷Dicer對DsiRNA之活性,且不會干擾標靶基因所轉錄RNA之導向破壞作用。或者,兩個分開之寡核苷酸可利用第三個寡核苷酸鏈結,使得構成DsiRNA組成物之兩個寡核苷酸黏合形成髮夾型結構。該髮夾型結構不會阻斷Dicer對DsiRNA之活性,且不會干擾標靶RNA之導向破壞作用。
本文所採用具有與標靶RNA或cDNA序列(例如,CKAP5 mRNA)“充份互補”之序列之dsRNA(例如,DsiRNA或siRNA)係指該dsRNA具有之序列足以啟動利用RNAi機轉(例如,RISC複合物)或過程之標靶RNA(其中列舉cDNA序列,該RNA序列則對應於所列舉之cDNA序列)破壞作用。例如,可在適當dsRNA活性分析法(例如,下文實例2所說明活體外分析法)中,將導致標靶RNA量顯著降低之dsRNA判斷為可與標靶RNA或cDNA序列“充份互補”以利用RNAi機轉或過程啟動標靶RNA破壞作用之dsRNA,或另一項實例中,可在適當dsRNA活性分析法中使標靶RNA量降低至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%或至少99%之dsRNA即可判斷其為可與標靶RNA或cDNA序列“充份互補”以利用RNAi機轉或
過程啟動標靶RNA破壞作用之dsRNA。再一項實例中,可由細胞或生物體中之標靶RNA或蛋白質含量分析維持某些抑制活性程度之效期,來判斷可與標靶RNA或cDNA序列充份互補,以利用RNAi機轉或過程啟動標靶RNA破壞作用之dsRNA。例如,可在對細胞或生物體投與該dsRNA至少48小時後降低標靶mRNA量至少20%之dsRNA即可判斷其為可與標靶RNA或cDNA序列充份互補,以利用RNAi機轉或過程啟動標靶RNA破壞作用之dsRNA。較佳係可在對細胞或生物體投與該dsRNA至少72小時後降低標靶mRNA量至少40%、對細胞或生物體投與該dsRNA至少4、5或7天後降低標靶mRNA量至少40%、對細胞或生物體投與該dsRNA至少48小時後降低標靶mRNA量至少50%、對細胞或生物體投與該dsRNA至少72小時後降低標靶mRNA量至少50%、對細胞或生物體投與該dsRNA至少4、5或7天後降低標靶mRNA量至少50%、對細胞或生物體投與該dsRNA至少48小時後降低標靶mRNA量至少80%、對細胞或生物體投與該dsRNA至少72小時後降低標靶mRNA量至少80%、或對細胞或生物體投與該dsRNA至少4、5或7天後降低標靶mRNA量至少80%之dsRNA即可判斷其為可與標靶RNA或cDNA序列充份互補,以利用RNAi機轉或過程啟動標靶RNA破壞作用之dsRNA。
該dsRNA分子之設計可使反義股之每一個殘基與標靶分子中殘基互補。或者,可在分子內進行取代,以提高該分子之穩定性與/或加強活性。可在股內或可在股
之末端殘基進行取代。某些具體實施例中,可在DsiRNA劑內之專一性殘基進行取代與/或修飾。此等取代與/或修飾可包括例如,可在DsiRNA劑正義股3’末端位置開始編號之1、2與3之一個或多個殘基進行去氧-修飾;及在DsiRNA劑反義股3’末端位置上引進2’-O-烷基(例如,2’-O-甲基)修飾,此等修飾亦可在反義股3’部份之突出位置及DsiRNA反義股交替殘基進行,該等殘基係包括在DsiRNA劑中可加工形成活性siRNA劑之區內。前述修飾法僅供實例,並無意以任何方式加以限制。有關較佳DsiRNA劑之結構說明,包括有關可在本發明抗-CKAP5 DsiRNA劑進行之修飾與取代之進一步說明可見下文。
當第一序列稱為與本文第二序列“實質上互補”時,這兩個序列可以完全互補,或其可能在雜交時形成一個或多個,但通常不超過4、3或2個錯配之鹼基對,但同時保留其在最終應用之最相關條件下雜交之能力。然而,當兩個寡核苷酸之設計在於雜交時形成一個或多個單股突出時,此等突出在判斷互補性時將不可視為錯配。例如,包含一個長度為21個核苷酸之寡核苷酸與另一個長度為23個核苷酸之寡核苷酸之dsRNA,其中較長之寡核苷酸包含21個核苷酸之序列會與較短之寡核苷酸完全互補時,針對本發明目的仍可稱為“完全互補”。
本文所採用術語“雙股RNA”或“dsRNA”係指核糖核酸分子之複合物,其具有包含兩個反向平行且如上述定義之實質上互補之核酸股之雙螺旋結
構。該形成雙螺旋結構之兩股可能為一個較大RNA分子之不同部份,或其可能為分開之RNA分子。若為分開之RNA分子時,此等dsRNA通常稱為siRNA(“短型干擾性RNA”)或DsiRNA(“Dicer受質siRNA”)。若兩股為一個較大分子之一部份,且因此利用形成雙螺旋結構之一股之3’-末端與另一股之5’末端之間由未被中斷之核苷酸鏈連接時,該接合之RNA鏈稱為“髮夾型環”、“短髮夾型RNA”或“shRNA”。若兩股利用除了形成雙螺旋結構之一股之3’-末端與另一股之5’末端之間由未被中斷之核苷酸鏈連接以外之方式共價接合時,該接合結構稱為“鏈結體”。RNA股可能具有相同或不同核苷酸數量。鹼基對之最大數量為dsRNA之最短股中核苷酸數量減去雙螺旋上出現之任何突出。除了雙螺旋結構外,dsRNA尚可能包含一個或多個核苷酸突出。此外,本文所採用“dsRNA”可能包括對核糖核苷酸、核苷之間鏈結體、末端基團、封端基與接合部份體進行化學修飾,包括在多重核苷酸之實質修飾,且包括本文所揭示或相關技藝上已知之所有修飾型態。針對本說明書及申請專利範圍之目的,“dsRNA”包括用於siRNA-或DsiRNA-型分子之任何此等修飾。
片語“雙螺旋區”係指該區中兩個互補或實質上互補之寡核苷酸彼此利用華生-克里克鹼基配對法或其他可以讓互補或實質上互補之寡核苷酸股之間形成雙螺旋之方式形成鹼基對。例如,具有21個核苷酸單位之寡核苷酸股可與另一個21個核苷酸單位之寡核苷酸形成鹼
基對,而與僅19個鹼基之各股則可互補或實質上互補,因此該“雙螺旋區”則由19個鹼基對組成。其餘鹼基對可能例如,出現在5’與3’突出。此外,雙螺旋區內不需要100%互補性;雙螺旋區內容許實質上互補性。實質上互補性係指股之間之互補性,因此其可生物條件下黏合。測定兩股是否可以在生物條件下黏合之實驗技術係相關技藝上習知者。或者,可在生物條件下合成兩股並加在一起,以測定其是否可以相互黏合。
單股核酸之鹼基與許多鹼基形成配對稱為“雜交”。雜交通常在生理或生物相關條件下測定(例如,細胞內:pH 7.2,140mM鉀離子;細胞外:pH 7.4,145mM鈉離子)。雜交條件通常包含單價陽離子與生物上可接受之緩衝劑,且可能包含或不包含二價陽離子、錯合陰離子(例如,來自葡糖酸鉀之葡糖酸根)、無電價之物質(如:蔗糖)、及用於降低樣本中水活性之惰性聚合物(例如,PEG)。此等條件包括可形成鹼基對之條件。
利用可以使形成雙螺旋之單股核酸解離時所需要之溫度來測定雜交,亦即(熔化溫度;Tm)。雜交條件亦為可形成鹼基對之條件。各種不同嚴苛性之條件均可用於測定雜交(參見例如,Wahl,G.M.與S.L.Berger(1987)之Methods Enzymol.152:399;Kimmel,A.R.(1987)之Methods Enzymol.152:507)。嚴苛溫度條件通常包括至少約30℃之溫度,更佳為至少約37℃,最佳為至少約42℃。預計長度少於50個鹼基對之雜交體之雜交溫度應比該雜
交體之熔化溫度(Tm)降低5至10℃,其中Tm係依據下列公式決定。長度少於18個鹼基對之雜交體之Tm(℃)=2(A+T鹼基之數量)+4(G+C鹼基之數量)。長度為18至49個鹼基對之雜交體之Tm(℃)=81.5+16.6(log10[Na+])+0.41(%G+C)-(600/N),其中N為雜交體中鹼基數量,及[Na+]為雜交緩衝劑中鈉離子濃度(1xSSC之[Na+]=0.165M)。例如,測定雜交之緩衝劑示於表1。
雜交條件之適當變化係熟悉此相關技術者咸了解者。雜交技術係熟悉此相關技術者習知且說明於例如,Benton與Davis之(Science 196:180,1977);Grunstein與Hogness之(Proc.Natl.Acad.Sci.,USA 72:3961,1975);Ausubel等人之(Current Protocols in Molecular Biology,Wiley Interscience,New York,2001);Berger與Kimmel之(Antisense to Molecular Cloning Techniques,1987,AcademiwPress,New York);與Sambrook等人之Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,New York。
本文所採用“寡核苷酸股”為單股核酸分子。寡核苷酸可包含核糖核苷酸、去氧核糖核苷酸、經修飾之核苷酸(例如,具有2’修飾之核苷酸、合成性鹼基類似物等等)或其組合。此等修飾之寡核苷酸基於如,例如,加強細胞吸收與提高其在核酸酶存在下之穩定性等性質而優於天然型。
本文所採用術語“核糖核苷酸”包括天然與合成性、未修飾與經修飾核糖核苷酸。修飾法包括寡核苷酸中之糖部份體變化、鹼基部份體變化與/或核糖核苷酸之間鏈結體變化。本文所採用術語“核糖核苷酸”明確言之不包括去氧核糖核苷酸,其係在2’核糖環位置具有單質子基團之核苷酸。
本文所採用術語“去氧核糖核苷酸”包括天然與合成性、未修飾與經修飾去氧核糖核苷酸。修飾法
包括寡核苷酸中之糖部份體變化、鹼基部份體變化與/或去氧核糖核苷酸之間鏈結體變化。本文所採用術語“去氧核糖核苷酸”亦包括不容許Dicer裂解dsRNA劑之經修飾核糖核苷酸,例如,2’-O-甲基核糖核苷酸、硫代磷酸酯修飾之核糖核苷酸殘基等等,此等殘基上之鍵結不容許發生Dicer裂解。
本文所採用術語“PS-NA”係指硫代磷酸酯修飾之核苷酸殘基。因此術語“PS-NA”同時包括硫代磷酸酯修飾之核糖核苷酸(“PS-RNA”)與硫代磷酸酯修飾之去氧核糖核苷酸(“PS-DNA”)。
本文所採用“Dicer”係指RNase III家族之內切核糖核酸酶,其裂解dsRNA或包含dsRNA之分子,例如,雙股RNA(dsRNA)或前-微小RNA(miRNA),形成長度為19至25個核苷酸之雙股核酸片段,通常在3’末端具有兩個鹼基之突出。某些本發明之dsRNA(例如,“DsiRNA”)中,Dicer會辨識由本發明製劑之dsRNA區形成之雙螺旋,且該雙螺旋之至少一個股成為Dicer受質。Dicer催化RNA干擾途徑之第一步驟,其最後造成標靶RNA降解。人類Dicer之蛋白質序列係由NCBI資料庫之登錄號NP_085124提供,其以引用之方式併入本文中。
可依下列方式測定Dicer之“裂解”(例如,參見Collingwood等人之Oligonucleotides 18:187-200(2008))。Dicer裂解分析法中,由RNA雙螺旋(100pmol)於20μL之20mM Tris pH 8.0、200mM NaCl、2.5mM MgCl2
中,使用或不使用1單位重組人類Dicer(Stratagene,La Jolla,CA),於37℃培養18至24小時。樣本使用Performa SR 96-孔盤(Edge Biosystems,Gaithersburg,MD)脫鹽。取經過Dicer處理前及處理後之雙螺旋RNA使用Oligo HTCS系統(Novatia,Princeton,NJ;Hail等人,2004)(其包括ThermoFinnigan TSQ7000、Xcalibur數據系統、ProMass數據處理軟體與Paradigm MS4 HPLC(Michrom BioResources,Auburn,CA))進行電噴灑-電離化液相層析質譜儀分析(ESI-LCMS),此分析法中,若至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%或甚至100%之Dicer受質dsRNA(亦即25至30bp dsRNA,較佳係26至30bp dsRNA)裂解成較短dsRNA(例如,19至23bp dsRNA,較佳係21至23bp dsRNA),則表示發生Dicer裂解。
本文所採用“Dicer裂解位點”係Dicer裂解dsRNA之位點(例如,本發明DsiRNA劑之dsRNA區)。Dicer包含兩個RNase III功能域,其通常裂解dsRNA之正義股與反義股。RNase III功能域與PAZ功能域之間之平均距離決定所產生之短的雙股核酸片段之長度,且此距離可以變化(Macrae等人之(2006)Science
311:195-8)。如第1圖所示,Dicer預計裂解本發明某些雙股核糖核酸,其反義股在離反義股3’末端第21個與第22個核苷酸之間之位點及在離正義股5’末端第21個與第22個核苷酸之間之對應位點具有一個2個核苷酸之3’突出。彼等不同於第1圖所示之dsRNA分子之預計與/或普遍的Dicer裂解位點(群)同
樣可藉由相關技藝上已認可之方法判別,包括彼等說明於Macrae等人之方法。雖然第1圖所示之Dicer裂解過程產生21個核苷酸之siRNA,但應注意Dicer裂解dsRNA(例如,DsiRNA)可能產生經Dicer處理之siRNA,長度為19至23個核苷酸。事實上,某些具體實施例中,雙股DNA區可能包括在dsRNA內,目的在於導向普遍Dicer切割通常非較佳之19單元或20單元siRNA而非切割21單元。
本文所採用“突出”係指在dsRNA之5’末端或3’末端具有一個或多個游離末端之雙螺旋中未配對核苷酸。某些具體實施例中,該突出為在反義股或正義股之3’或5’突出。有些具體實施例中,該突出為長度在1至6個核苷酸之3’突出,視需要地為1至5個、1至4個、1至3個、1至2個、2至6個、2至5個、2至4個、2至3個、3至6個、3至5個、3至4個、4至6個、4至5個、5至6個核苷酸,或1、2、3、4、5或6個核苷酸。“鈍端”或“鈍末端”意指dsRNA末端沒有未配對之核苷酸,亦即沒有核苷酸突出。明確言之,與siRNA之3’末端或5’末端接合之化學封端或非核苷酸化學部份體不可用來決定siRNA是否具有突出或鈍末端。某些具體實施例中,本發明提供一種於細胞或哺乳動物中抑制CKAP5標靶基因表現之dsRNA分子,其中dsRNA包含反義股,其包含可與CKAP5標靶基因表現所形成之mRNA之至少一部份互補之互補區,且其中該互補區之長度少於35個核苷酸,視需要地長度為19至24個核苷酸或長度為25至30個核苷酸,
且其中dsRNA當與表現CKAP5標靶基因之細胞接觸時,可抑制至少10%、25%、或40%之CKAP5標靶基因表現。
本發明之dsRNA包含兩股,其包含可充份互補以雜交形成雙螺旋結構之RNA。其中一股dsRNA(反義股)包含互補區,其與在CKAP5標靶基因表現期間所形成mRNA之序列所衍生之標靶序列實質上互補,且通常完全互補,另一股(正義股)則包含反義股之互補區,因此當在合適條件下組合時,兩股即可雜交並形成雙螺旋結構。通常,該雙螺旋結構之長度為15至35個鹼基對,視需要地為25至30個、26至30個、18至25個、19至24個、或19至21個。同樣地,該標靶序列之互補區之長度為15至35個核苷酸,視需要地為18至30個、25至30個、19至24個、或19至21個。本發明之dsRNA可進一步包含一個或多個單股核苷酸突出(群)。已判別出包含長度為15至35個鹼基對之雙螺旋結構之dsRNA可以有效誘發RNA干擾,包括DsiRNA(長度通常為至少25個鹼基對)與siRNA(某些具體實施例中,siRNA之雙螺旋結構為20至23個,視需要地,明確為21個鹼基對(Elbashir等人之EMBO
20:6877-6888))。亦已判別出含有比20個鹼基對更短之雙螺旋之dsRNA一樣有效(例如,15、16、17、18或19個鹼基對雙螺旋)。某些具體實施例中,本發明之dsRNA可包含至少一股長度為19個核苷酸或更長。某些具體實施例中,合理地預期該包含與表4或表7中一個序列互補之序列僅在一或兩個末端減去幾個核苷酸之較短dsRNA可能與
上述及表2至3與5至6中之dsRNA同樣有效。因此,包含可與表4或表7其中一個序列充份互補之至少15、16、17、18、19、20、或更多連續核苷酸之部份序列且在本文所說明分析法中抑制CKAP5標靶基因表現之能力與包含完全序列之dsRNA之抑制性差異不超過5、10、15、20、25、或30%之dsRNA均包括在本發明內。一項具體實施例中,dsRNA之至少一個末端具有1至5個,視需要地為1至4個,某些具體實施例中為1或2個核苷酸之單股核苷酸突出。某些具有至少一個核苷酸突出之dsRNA結構具有比在dsRNA分子兩個末端具有鹼基對鈍末端之對應物更優異之抑制性。
本文所採用術語“RNA處理”係指由siRNA、miRNA或RNase H途徑之組份(例如,Drosha、Dicer、Argonaute2或其他RISC內切核糖核酸酶、與RNase H)執行之處理活性,其更詳細說明於下文中(參見下一節“RNA處理法”)。該術語與RNA之5’封端之轉錄後過程及RNA經由非RISC-或非RNase H-介導過程之降解明確區隔。此等RNA之“降解”可呈數種型式,例如,脫腺苷基化(脫除3’聚(A)尾端),及/或由一或多種內切-或外切-核酸酶(例如,RNase III、RNase P、RNase T1、RNase A(1、2、3、4/5)、寡核苷酸酶等等)在部份或所有RNA主體進行核酸酶分解。
“同源序列”係指該核苷酸序列共享一個或多個聚核苷酸序列,如:基因、基因轉錄物與/或非編碼
聚核苷酸。例如,同源序列可為共享兩個或更多個編碼相關但不同蛋白質(如:基因家族之不同成員、不同蛋白質抗原決定基、不同蛋白質同型物、或完全分歧的基因,如:細胞素與其對應受體)之基因之核苷酸序列。同源序列可為共享兩個或更多個非編碼聚核苷酸(如:非編碼DNA或RNA、調節序列、內含子、與轉錄調控或調節之位點)之核苷酸序列。同源序列亦可包括共享超過一個聚核苷酸序列之保留序列區。同源物不需要完全同源(例如,100%),因為部份同源序列亦包括在本發明範圍內(例如,99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、90%、89%、88%、87%、86%、85%、84%、83%、82%、81%、80%等等)。事實上,本發明dsRNA劑之設計與使用包括使用此等dsRNA劑之可能性,其不僅對抗與本文所說明dsRNA劑具有完全互補性之CKAP5之標靶RNA,而且亦對抗具有例如,與該dsRNA劑僅99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、90%、89%、88%、87%、86%、85%、84%、83%、82%、81%、80%等等互補之序列之標靶CKAP5 RNA。同樣地,其亦包括很容易由熟悉此相關技術者改變本文說明之本發明dsRNA劑,以加強該dsRNA劑與例如CKAP5之專一性對偶基因變異株之標靶CKAP5 RNA(例如,加強醫療效益之對偶基因)之間之互補性。事實上,相對於標靶CKAP5序列具有插入、刪除與單點突變之dsRNA劑序列亦具有有效之抑制性。或者,具有核苷酸類似物取代或插入之dsRNA劑序列亦可具有有效之抑制性。
序列同一性可由相關技藝上已知之序列比對與對準演算法測定。為了決定兩個核酸序列(或兩個胺基酸序列)之間之同一性百分比,將序列對準以供比較(例如,可在第一序列或第二序列中引進間隔以達最佳對準)。然後比對對應核苷酸(或胺基酸)位置之核苷酸(或胺基酸殘基)。當第一序列之位置被與第二序列之對應位置為相同殘基佔據時,則該位置上之分子相同。兩個序列之間之同一性百分比為該等序列共享之同一位置數目的函數(亦即同源性%=同一位置數/位置總數×100),視需要地針對所引進之間隔數與/或所引進間隔長度給予罰分。
可採用算術演算法完成兩個序列之間之序列比對與同一性百分比之測定。一項具體實施例中,所產生之對準係針對某一部份具有充份同一性之序列對準,但不與同一性低的部份進行對準(亦即區域對準)。用於比對序列之區域對準演算法之較佳非限制性實例為Karlin與Altschul之演算法(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA
87:2264-68、由Karlin與Altschul修改之演算法(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA
90:5873-77。此等演算法已併入Altschul等人之(1990)J.Mol.Biol.
215:403-10之BLAST程式(第2.0版)。
另一項具體實施例中,在間隔對準中,最適化對準係引進適當間隔,由所對準序列之長度(亦即間隔對準)決定同一性百分比。為了得到供比對目的之間隔對準,採用Altschul等人之(1997)Nucleic acid Res.
25(17):
3389-3402所說明之Gapped BLAST。另一項具體實施例中,在整體對準中,最適化對準係引進適當間隔,由所對準序列之完整長度(亦即整體對準)決定同一性百分比。用於整體序列比對之算術演算法之較佳非限制性實例為Myers與Miller之演算法,CABIOS(1989)。此等演算法已引進ALIGN程式中(第2.0版),其係GCG序列對準套裝軟體之一部份。當採用ALIGN程式比對胺基酸序列時,可使用PAM120權重殘基表、間隔長度罰分12、與間隔罰分4。
dsRNA反義股與部份CKAP5 RNA序列之間之序列同一性較佳係超過80%,例如,80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或甚至100%序列同一性。或者,dsRNA可功能性定義為可與部份CKAP5 RNA雜交之核苷酸序列(或寡核苷酸序列)(例如,400mM NaCl、40mM PIPES pH 6.4、1mM EDTA,50℃或70℃雜交12至16小時;然後洗滌)。其他較佳雜交條件包括在70℃,於1xSSC中或在50℃,於1xSSC中,使用50%甲醯胺雜交,然後於70℃,於0.3xSSC中洗滌;或在70℃,於4xSSC中或50℃,於4xSSC中,使用50%甲醯胺雜交,然後於67℃,於1xSSC中洗滌。長度少於50個鹼基對之雜交體之雜交溫度預計應比該雜交體之熔點(Tm)降低5至10℃,其中Tm係依據以下公式決定。針對長度少於18個鹼基對之雜交體,Tm(℃)=2(A+T鹼基數)+4(G+C鹼基數)。長度為18至49個鹼基對之間的雜交體,Tm(℃)=81.5+16.6(log 10[Na+])
+0.41(% G+C)-(600/N),其中N為雜交體中鹼基數,及[Na+]為雜交緩衝劑之鈉離子濃度(1xSSC之[Na+]=0.165M)。聚核苷酸雜交法嚴苛條件之其他實例示於Sambrook,J.、E.F.Fritsch、與T.Maniatis(1989)之“分子選殖法:實驗室手冊(Molecular Cloning:A Laboratory Manual),Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,第9與11章”,與“最新分子生物學方法(Current Protocols in Molecular Biology),1995,F.M.Ausubel等人編輯,John Wiley & Sons,Inc.,第2.10與6.3-6.4節”。同一之核苷酸序列之長度可為至少10、12、15、17、20、22、25、27或30個鹼基。
“保留序列區”係指聚核苷酸中一個或多個區之核苷酸序列不會因傳代或隨生物系統、個體、或生物體與另一個生物系統、個體、或生物體之間出現顯著變化。該聚核苷酸可包括編碼與非編碼DNA與RNA二者。
“正義區”係指與dsRNA分子反義區具有互補性之dsRNA分子之核苷酸序列。此外,dsRNA分子之正義區可包含與標靶核酸序列具有同源性之核酸序列。
“反義區”係指與標靶核酸序列具有互補性之dsRNA分子之核苷酸序列。此外,dsRNA分子之反義區包含與dsRNA分子正義區具有互補性之核酸序列。
本文所採用“反義股”係指具有與標靶RNA互補之序列之單股核酸分子。當該反義股包含具有鹼基類似物之經修飾核苷酸時,其不一定需要與完整長度互
補,但至少需與標靶RNA雜交。
本文所採用“正義股”係指具有與反義股互補之序列之單股核酸分子。當該反義股包含具有鹼基類似物之經修飾核苷酸時,該正義股不一定需要與完整個反義股長度互補,但至少需與反義股形成雙螺旋。
本文所採用“引導股”係指dsRNA或包含dsRNA-分子之單股核酸分子,其具有與標靶RNA充份互補而造成RNA干擾之序列。經過Dicer裂解dsRNA或包含dsRNA-分子後,引導股之片段仍保留與RISC聯結,與作為RISC複合物組份之標靶RNA結合,並促進RISC裂解標靶RNA。本文所採用引導股不一定需要指連續單股核酸,且可能包含不連續性,較佳係在Dicer裂解之位點。引導股為反義股。
本文所採用“過客股”係指dsRNA或包含dsRNA-分子之寡核苷酸股,其具有與引導股互補之序列。本文所採用過客股不一定需要指連續單股核酸,且可能包含不連續性,較佳係在Dicer裂解之位點。過客股為正義股。
“標靶核酸”係指可以調控其表現、量或活性之核酸序列。標靶核酸可為DNA或RNA。某些具體實施例中,CKAP5-靶向之製劑中,標靶核酸為CKAP5 RNA,例如,某些具體實施例中,為CKAP5 mRNA。CKAP5 RNA標靶位點亦可藉由對應cDNA序列互換地引用。亦可經由CKAP5-靶向之上游效應子而CKAP5-靶向量,或
CKAP5之調控或失調效應亦可藉由CKAP5-靶向訊號傳遞途徑中之CKAP5下游分子來調控。
“互補性”係指該核酸可與另一個核酸序列利用傳統華生-克里克型或其他非傳統型形成氫鍵(群)。本發明核酸分子中,核酸分子與其互補序列之結合自由能足以讓該核酸之相關功能持續進行,例如,RNAi活性。核酸分子之結合自由能之測定法係相關技藝上已知(參見例如,Turner等人之1987,CSH Symp.Quant.Biol.LII pp.123-133;Frier等人之1986,Proc.Nat.Acad.Sci.USA 83:9373-9377;Turner等人之1987,J.Am.Chem.Soc.109:3783-3785)。互補性百分比係指核酸分子中可與第二核酸序列形成氫鍵(例如,華生-克里克(Watson-Crick)鹼基配對)之連續殘基之百分比(例如,共有10個核苷酸之第一寡核苷酸中有5、6、7、8、9、或10個核苷酸可與具有10個核苷酸之第二核酸序列之鹼基配對時,表示其互補性分別為50%、60%、70%、80%、90%、與100%)。“完全互補”係指核酸序列中所有連續殘基均會與第二核酸序列相同數目之連續殘基形成氫鍵。一項具體實施例中,本發明dsRNA分子包含19至30個(例如,19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、或30或更多個)與一個或多個標靶核酸分子或其一部份互補之核苷酸。
一項具體實施例中,下調或降低CKAP5基因表現之本發明dsRNA分子係使用於個體或生物體中用以治療、預防或減輕CKAP5相關疾病或病變(例如,癌症)。
本發明一項具體實施例中,本發明DsiRNA分子之各序列之長度分別獨立為25至35個核苷酸,一項明確具體實施例中,其長度為25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35個核苷酸。另一項具體實施例中,本發明DsiRNA雙螺旋分別獨立包含25至30個鹼基對(例如,25、26、27、28、29、或30個)。另一項具體實施例中,本發明DsiRNA分子之一個或多個股分別獨立包含19至35個(例如,19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35個)與標靶(CKAP5)核酸分子互補之核苷酸。某些具體實施例中,本發明DsiRNA分子之雙螺旋核苷酸長度為25至34個核苷酸(例如,25、26、27、28、29、30、31、32、33或34個核苷酸長度;視需要地,所有此等核苷酸鹼基均與相反股同源核苷酸配對)。本發明例示性DsiRNA分子示於下第1圖。
本文所採用“細胞”係如其一般生物定義,且不指完整之多細胞生物體,例如,明確地不指人類。細胞可存在於生物體中,例如,鳥類、植物與哺乳動物(如:人類、牛、羊、猩猩、猴子、豬、狗與貓)。細胞可為原核生物(例如,細菌細胞)或真核生物(例如,哺乳動物或植物細胞)。細胞可源於體細胞或生殖細胞、全能幹細胞或多功能幹細胞、分裂或未分裂。細胞亦可衍生自或可包含配子或胚胎、幹細胞、或完全分化細胞。某些態樣中,術語“細胞”係明確指包含一個或多個本發明之單離dsRNA分子之哺乳動物細胞,如:人類細胞。特定態樣中,細胞處理dsRNA
或包含dsRNA之分子,造成標靶核酸之RNA干擾,並包含RNAi所需之蛋白質與蛋白質複合物,例如,Dicer與RISC。
某些具體實施例中,本發明之dsRNA為Dicer受質siRNA(“DsiRNA”)。相較於不為Dicer受質之抑制性核酸(“非DsiRNA”),DsiRNA可具有某些優點。當適當調配各抑制性核酸並於哺乳動物細胞中依相同濃度分析抑制活性時,此等優點包括,但不限於,DsiRNA之效期相對於非DsiRNA為加強,及DsiRNA之抑制活性相對於非DsiRNA(例如,19至23單元的siRNA)為加強(後者中,可判別DsiRNA相對於非DsiRNA更強效)。通常最容易在調配濃度(例如,dsRNA之轉染濃度)下檢測DsiRNA相對於非DsiRNA為加強之效力,其使DsiRNA對標靶RNA(例如,mRNA)誘發約30至70%弱化活性。針對活性DsiRNA,此等弱化活性程度最容易在適當調配之活體外哺乳動物細胞DsiRNA轉染濃度1nM或更低達成,且在某些例子中,可在DsiRNA轉染濃度200pM或更低、100pM或更低、50pM或更低、20pM或更低、10pM或更低、5pM或更低、或甚至1pM或更低觀察到。事實上,由於DsiRNA之間觀察到弱化30至70%標靶RNA時之正確濃度會有變異,因此較佳方法係跨越一系列有效濃度範圍來分析DsiRNA與非DsiRNA之抑制活性,來決定IC50
,供檢測DsiRNA相對於非DsiRNA抑制劑之加強的效力。
某些具體實施例中,DsiRNA(在初形成時,
被dicer裂解之前)在哺乳動物細胞中降低CKAP5標靶基因表現之效力比包含在其中之19、20、21、22或23個鹼基對序列更加強。某些此等具體實施例中,被dicer裂解之前之DsiRNA之效力比其中所包含之19至21單元更加強。視需要地,被dicer裂解之前之DsiRNA之效力比其中所包含且由對稱性dTdT突出合成之19個鹼基對雙螺旋(藉以形成具有dTdT突出之具有21個核苷酸股長度之siRNA)更加強。某些具體實施例中,DsiRNA之效力比靶向本發明DsiRNA所列舉21個核苷酸標靶序列中至少19個核苷酸之19至23單元siRNA(例如,具有dTdT突出之19個鹼基對雙螺旋)更加強(在不希望受到理論限制下,DsiRNA之此等標靶位點同一性係經由判別DsiRNA之Ago2裂解位點來判別;一旦針對DsiRNA決定DsiRNA之Ago2裂解位點,即可為任何其他抑制性dsRNA判別Ago2裂解位點,且可以對準此等Ago2裂解位點,藉以為多重dsRNA決定預計標靶核苷酸序列之對準)。某些相關具體實施例中,該DsiRNA之效力比靶向本發明DsiRNA所列舉21個核苷酸標靶序列中至少20個核苷酸之19至23單元siRNA更加強。視需要地,該DsiRNA之效力比靶向本發明DsiRNA所列舉之相同21個核苷酸標靶序列之19至23單元siRNA更加強。某些具體實施例中,該DsiRNA之效力比靶向本發明DsiRNA所列舉之相同21個核苷酸標靶序列之任何21單元siRNA更加強。視需要地,該DsiRNA之效力比靶向本發明DsiRNA所列舉之相同21個核苷酸標靶序列之任何21或22單元
siRNA更加強。某些具體實施例中,該DsiRNA之效力比靶向本發明DsiRNA所列舉之相同21個核苷酸標靶序列之任何21、22或23單元siRNA更加強。如上述,可以在適當調配(例如,使用適當轉染試劑調配)成1nM或更低的濃度最有效進行此等效力分析法。視需要地,分析IC50
,以在跨越有效抑制濃度的範圍分析活性,藉以可靠地比較所分析dsRNA之相對效力。
本發明dsRNA分子係直接添加,或可與脂質(例如,陽離子性脂質)複合,包裹在微脂粒內,或傳送到標靶細胞或組織。核酸或核酸複合物可局部投藥至相關組織,其係於活體外投藥,或在使用或不使用生物聚合物包埋下透過直接皮膚施藥、穿皮式施藥、或注射而於活體內投藥。特定具體實施例中,本發明核酸分子包含第1圖所示之序列與下文之例示結構。此等核酸分子實例基本上係由此等圖式及例示性結構所定義之序列。此外,若此等製劑依據下文所說明DsiRNA劑之修飾型態修飾時,如第1圖所說明構築體及下文所例舉結構之化學修飾型式均可用於第1圖之DsiRNA劑與下文所例舉結構所說明之所有用途。
另一項態樣中,本發明提供一種包含一個或多個本發明dsRNA分子之哺乳動物細胞。該一個或多個dsRNA分子可分別獨立靶向相同或不同位點。
“RNA”係指包含至少一個,較佳為至少4、8與12個核糖核苷酸殘基之分子。該至少4、8或12
個RNA殘基可為連續性。“核糖核苷酸”係指在β-D-呋喃核糖部份體之2’位置具有羥基之核苷酸。該術語包括雙股RNA、單股RNA、單離RNA,如部份經純化RNA、基本上純的RNA、合成性RNA、重組產生之RNA,及經由添加、刪除、取代與/或改變一個或多個核苷酸而不同於天然RNA之已改變RNA。此等改變可包括在如dsRNA末端(群)或內部,例如,在RNA之一個或多個核苷酸中添加非核苷酸物質。本發明RNA分子中之核苷酸亦可包含非標準核苷酸,如:非天然核苷酸或化學合成性核苷酸或去氧核苷酸。此等改變之RNA可稱為類似物或天然產生之RNA的類似物。
“個體”係指作為外植細胞或細胞本身之供體或受體之生物體。“個體”亦指可接受投與本發明dsRNA劑之生物體。個體可為哺乳動物或哺乳動物細胞,包括人類或人類細胞。
片語“醫藥上可接受之載劑”係指用於投與醫療劑之載劑。例示性載劑包括生理食鹽水、緩衝之生理食鹽水、右旋糖、水、甘油、乙醇、與其組合。用於經口投與之藥物中時,醫藥上可接受之載劑包括,但不限於,醫藥上可接受之賦形劑,如惰性稀釋劑、崩解劑、結合劑、潤滑劑、甜味劑、調味劑、著色劑與防腐劑。合適之惰性稀釋劑包括碳酸鈉與碳酸鈣、磷酸鈉與磷酸鈣、及乳糖,以玉米澱粉與藻酸為合適之崩解劑。結合劑可能包括澱粉與明膠,其中若包含潤滑劑時,其通常為硬脂酸鎂、硬脂酸或滑石。若需要時,可在錠劑上包覆如單硬脂酸甘油酯
或二硬脂酸甘油酯之材料,以延緩胃腸道中之吸收。所揭示dsRNA組成物之醫藥上可接受之載劑可為微胞結構,如微脂粒、殼體、類殼體(capsoid)、聚合奈米膠囊或聚合微米膠囊。
聚合奈米膠囊或聚合微米膠囊促進包埋或結合之dsRNA運送與釋放至細胞中。其包括聚合性與單體性材料,尤其包括聚氰基丙烯酸丁基酯。有關材料與製造方法之說明已經公開(參見Kreuter,1991)。由單體與/或寡聚物前體於聚合法/奈米粒子製造步驟中形成聚合材料係由先前技藝本身已知,且熟悉此奈米粒子製造技術者可依據一般技藝適當選擇聚合材料之分子量與分子量分布。
本發明各種不同方法包括涉及與“合適對照組”(本文中可與“適當對照組”交換使用)比較數值、量、特色、特徵、性質等等。“合適對照組”或“適當對照組”係熟悉此相關技術者常用於適當比較目的之對照組或標準物。一項具體實施例中,“合適對照組”或“適當對照組”為進行如本文所說明RNAi方法之前所測定之數值、量、特色、特徵、性質等等。例如,可在引進本發明RNA靜默劑(例如,DsiRNA)至細胞或生物體中之前測定轉錄率、mRNA量、轉譯率、蛋白質量、生物活性、細胞特徵或性質、基因型、表現型等等。另一項具體實施例中,“合適對照組”或“適當對照組”為在具有例如正常性狀之細胞或生物體中,例如對照組或正常細胞或生物體中測定之數值、量、特色、特徵、性質等等。另一項具體實施
例中,“合適對照組”或“適當對照組”為預定之數值、量、特色、特徵、性質等等。
術語“活體外”係如相關技藝上已認可之定義,例如,涉及純化之試劑或抽出物,例如,細胞抽出物。術語“於活體內”亦如相關技藝上已認可之定義,例如,涉及活細胞,例如不朽化細胞、初代細胞、細胞株、與/或生物體內之細胞。
本文所採用“治療”或“處理”之定義為對患者施用或投與醫療劑(例如,dsRNA劑或編碼該製劑之載體或轉殖基因)或對自罹病患者單離之組織或細胞株施用或投與醫藥劑,以達到治癒、療癒、減輕、緩解、改變、補救、舒緩、改善或影響疾病或病變,或疾病或病變之症狀。術語“治療”或“處理”亦用於本文中有關預防性投與藥劑。術語“有效量”或“有效劑量”之定義為其用量足以達到或至少部份達到所需效果。術語“醫療有效量”之定義為其用量足以為已罹患該疾病之患者治癒或至少部份遏止疾病與其併發症。術語“患者”包括接受預防性或醫療性處理之人類與其他哺乳動物個體。
抗-CKAP5 DsiRNA劑之結構
某些具體實施例中,本發明抗-CKAP5 DsiRNA劑具有下列結構:一項此等具體實施例中,DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域。相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及“D”=DNA。一項具體實施例中,上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股。
本發明DsiRNA可帶有廣範圍的修飾型態(例如,2’-O-甲基RNA型態,例如,在延伸DsiRNA劑內)。本發明DsiRNA之第二股之某些修飾型態如下。
一項此等具體實施例中,DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及
“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。
另一項此等具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。
另一項此等具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1
至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。
上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M7”或“M7”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M6”或“M6”修飾型態。
其他具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:5'-XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXDD-3'
3'-XXX
XX
XXXXXXXXX
XX
XX
XXXXXXXXX
-5'
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M5”或“M5”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M4”或“M4”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA
包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M8”或“M8”修飾型態。
其他具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義
股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M3”或“M3”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M2”或“M2”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:5'-XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX-3'
3'-XXX
XX
XXX
XXXXXX
XX
XX
XXXXXXXXX
-5'
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M1”或“M1”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M9”或“M9”修飾型態。
其他具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體
實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M10”或“M10”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=
DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M11”或“M11”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突
出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M12”或“M12”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1
至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M13”或“M13”修飾型態。
其他具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M21”或“M21”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:5'-XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXDD-3'
3'-YXXX
XXXX
XXXXXXX
XXXXXXXXXXX
-5'
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M14”或“M14”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M15”或“M15”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。相關具體實施例中,該DsiRNA
包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M16”或“M16”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為
正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M17”或“M17”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突
出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M18”或“M18”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,Y”為包含1
至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M19”或“M19”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M20”或“M20”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M22”或“M22”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦
稱為“AS-M24”或“M24”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。
上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M25”或“M25”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M26”或“M26”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M27”或“M27”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA
包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M28”或“M28”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義
股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M29”或“M29”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M30”或“M30”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M31”或“M31”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M32”或“M32”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M34”或“M34”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該
DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M35”或“M35”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為
正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M37”或“M37”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突
出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M38”或“M38”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1
至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M40”或“M40”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M41”或“M41”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:5'-XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX-3'
3'-YX
XX
XX
XX
XX
XX
XX
XX
XX
XXXXXXXX-5'
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M36”或“M36”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M42”或“M42”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦
稱為“AS-M43”或“M43”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。
上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M44”或“M44”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M45”或“M45”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:5'-XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXDD-3'
3'-XXX
XX
XX
XX
XX
XX
XX
XX
XX
XX
XX
XX
XX
-5'
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M46”或“M46”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M47”或“M47”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA
包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M48”或“M48”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義
股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M52”或“M52”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M7*”或“M7*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:5'-XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXDD-3'
3'-XXX
XXXXXXXXXXX
XX
XX
XXXXXXXXX
-5'
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M6*”或“M6*”修飾型態。
其他具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M5*”或“M5*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。
上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M4*”或“M4*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M8*”或“M8*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M2*”或“M2*”修飾型態。
其他具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M10*”或“M10*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M11*”或“M11*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:5’-XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX-3’
3’-XX
XXX
XXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXX
-5’
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M13*”或“M13*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M14*”或“M14*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義
股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M15*”或“M15*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M16*”或“M16*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M17*”或“M17*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M18*”或“M18*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M19*”或“M19*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加、線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M20*”或“M20*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M22*”或“M22*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M24*”或“M24*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA
包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M25*”或“M25*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M26*”或“M26*”修飾型態。再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:5'-XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXDD-3'
3'-XXX
XX
XX
XX
XXXXXXXXXXXXXXXXXX
-5'
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M27*”或“M27*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M28*”或“M28*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。
上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M29*”或“M29*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M34*”或“M34*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M35*”或“M35*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M37*”或“M37*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M38*”或“M38*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:5'-XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX-3'
3'-XXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
-5'
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M40*”或“M40*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M41*”或“M41*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義
股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M36*”或“M36*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M42*”或“M42*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M43*”或“M43*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M44*”或“M44*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M46*”或“M46*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M47*”或“M47*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦
稱為“AS-M48*”或“M48*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M52*”或“M52*”修飾型態。
更多具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突
出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M54”或“M54”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M54*”或“M54*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦
稱為“AS-M55”或“M55”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M55*”或“M55*”修飾型態。
更多具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突
出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M56”或“M56”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M56*”或“M56*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦
稱為“AS-M57”或“M57”修飾型態。
更多具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M57*”或“M57*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突
出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M58”或“M58”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M58*”或“M58*”修飾型態。
更多具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦
稱為“AS-M59”或“M59”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M59*”或“M59*”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突
出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M60”或“M60”修飾型態。
更多具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M60*”或“M60*”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦
稱為“AS-M61”或“M61”修飾型態。
再一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M61*”或“M61*”修飾型態。
更多具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體。上股為正義股,及下股為反義股。一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突
出功能域,下加線殘基為2’-O-甲基RNA單體,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。另一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M62”或“M62”修飾型態。
又另一項具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,及“X
”=2’-O-甲基RNA。上股為正義股,及下股為反義股。又一項相關具體實施例中,該DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。上股為正義股,及下股為反義股。此修飾型態在本文中亦稱為“AS-M62*”或“M62*”修飾型態。
某些具體實施例中,本發明DsiRNA之正義股係經修飾-特異性正義股修飾實例如下說明,且包括可改用此等經修飾正義股替代上述任何DsiRNA之正義股,以產生包含可與上述反義股黏接之下述正義股之DsiRNA。正義股修飾型態實例包括;
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,及“D”=DNA。
上述修飾型態亦可納入例如,下述延伸
DsiRNA結構與錯配與/或綻裂DsiRNA結構。
另一項具體實施例中,DsiRNA包含具有1至3個錯配殘基之相等長度股,其可用於定向Dicer裂解(明確言之,當第一與第二股彼此黏接時,當從3’-末端殘基開始編號,DsiRNA之第一股位置1、2或3中一個或多個位置係與第二股5’-末端區對應殘基錯配)。有兩個末端錯配殘基之27單元DsiRNA劑如下:
其中“X”=RNA,“M”=核酸殘基(RNA,DNA或非天然或經修飾核酸),其在股黏接時,不會與原有互補股之對應“M”殘基形成鹼基對(氫鍵)。此等劑之任何殘基均視需要地為2’-O-甲基RNA單體-上述“鈍端/綻裂”DsiRNA劑亦可採用從下(第二)股之3’-末端殘基開始在交替位置之2’-O-甲基RNA單體,如上述不對稱劑所示。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股。
某些其他具體實施例中,本發明提供一種用於RNA干擾(RNAi)之組成物,其在位於預計之正義股Dicer裂解位點之3’與預計之反義股Dicer裂解位點之對應5’之雙股核糖核酸(dsRNA)區內具有一個或多個鹼基配對之去氧核糖核苷酸。本發明組成物包含作為前體分子之dsRNA,亦即本發明dsRNA於活體內處理產生活性小型干
擾核酸(siRNA)。dsRNA被Dicer處理形成活性siRNA,而納入RISC中。
某些具體實施例中,本發明DsiRNA劑可具有下列例示性結構(應注意任何下列例示性結構均可組合,例如,與上述結構之下股修飾型態組合-在一項特定實例中,任何上述結構所示之下股修飾型態均可應用在任何下列結構之下股3’端最後27個殘基;在另一項特定實例中,任何上述結構之下股3’端最後23個殘基之下股修飾型態均可應用在任何下列結構下股3’最後23個殘基):一項此等具體實施例中,DsiRNA包含下列(例示性“右延伸”,“DNA延伸”DsiRNA):
其中“X”=RNA,“Y”為視需要之突出功能域,其包含0至10個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)-某些具體實施例中,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,“D”=DNA,及“N”=1至50或更高,但視需要地為1至8或1至10。“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股。
在一項相關之具體實施例中,DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“Y”為視需要之突出功能域,其包含0至10個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)-某些具體實施例中,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,“D”=DNA,及“N”=1至50或更高,但視需要地為1至8或1至10。
“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股。
另一項具體實施例中,DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X”=2’-O-甲基RNA,“Y”為視需要之突出功能域,其包含0至10個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)-某些具體實施例中,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,“D”=DNA,“Z”=DNA或RNA,及“N”=1至50或更高,但視需要地為1至8或1至10。“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股,其中2’-O-甲基RNA單體位於沿著上股之交替殘基上,而非上圖所示之下股。
另一項此等具體實施例中,DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X”=2’-O-甲基RNA,“Y”為視需要之突出功能域,其包含0至10個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)-某些具體實施例中,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,“D”=DNA,“Z”=DNA或RNA,及“N”=1至50或更高,但視需要地為1至8或1至10。“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股,其中2’-O-甲基RNA單體位於沿著上股之交替殘基上,而非上圖所示之下股。
另一項此等具體實施例中,DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X”=2’-O-甲基RNA,“Y”為視需要之突出功能域,其包含0至10個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)-某些具體實施例中,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,“D”=DNA,“Z”=DNA或RNA,及“N”=1至50或更高,但視需要地為1至8或1至10。“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股,其中2’-O-甲基RNA
單體位於沿著上股之交替殘基上,而非上圖所示之下股。
另一項具體實施例中,DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“Y”為視需要之突出功能域,其包含0至10個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)-某些具體實施例中,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,“D”=DNA,“Z”=DNA或RNA,及“N”=1至50或更高,但視需要地為1至8或1至10,其中至少一個D1N
出現在上股,並與下股對應D2N
形成鹼基對。視需要地,D1N
與D1N+1
與對應D2N
與D2N+1
形成鹼基對;D1N
、D1N+1
與D1N+2
與對應D2N
、D1N+1
及D1N+2
形成鹼基對等等。“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股,其中2’-O-甲基RNA單體位於沿著上股之交替殘基上,而非上圖所示之下股。
本文所示之結構中,正義股或反義股之5’末端均視需要地包含磷酸根。
另一項具體實施例中,DNA:DNA-延伸DsiRNA包含具有1至3個錯配殘基之等長度股,係用於定向Dicer裂解(明確言之,當第一與第二股彼此黏接時,當從3’-末端殘基開始編號,DsiRNA之第一股位置1、2或3中一個或多個位置係與第二股5’-末端區對應殘基錯配)。
具有兩個末端錯配殘基之例示性DNA:DNA-延伸DsiRNA劑如下:
其中“X”=RNA,“M”=核酸殘基(RNA,DNA或非天然或經修飾核酸),其在股黏接時,不會與原有互補股之對應“M”殘基形成鹼基對(氫鍵),“D”=DNA與“N”=1至50或更高,但視需要地為1至15,視需要地為1至8。“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。此等製劑之任何殘基均視需要地為2'-O-甲基RNA單體-上述“鈍端/綻裂”DsiRNA劑亦可採用從下(第二)股之3’-末端殘基開始在交替位置之2’-O-甲基RNA單體(如上述不對稱劑所示)。一項具體實施例中,該上股(第一股)為正義股,及下股(第二股)為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股。與彼等上述不對稱/突出製劑平行之修飾與DNA:DNA延伸型態亦可納入“鈍端/綻裂”劑中。
一項具體實施例中,提供一種延伸長度之DsiRNA劑,其所包含去氧核糖核苷酸之位點之功能模式為專一的定向Dicer裂解,但dsRNA結構中不需要配對鹼基去氧核糖核苷酸之存在。此等分子之例示性結構如下:
其中“X”=RNA,“Y”為視需要之突出功能域,其包含0至10個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)-某
些具體實施例中,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及“D”=DNA。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股。上述結構模式迫使Dicer裂解至少21單元雙螺旋,成為其處理後之主要型式。其中上述結構之下股為反義股之具體實施例中,在反義股5’末端最後一個與倒數第二個殘基位置之兩個去氧核糖核苷酸殘基有助於降低偏離標靶效應(先前研究顯反義股5’末端至少倒數第二個位置之2’-O-甲基修飾降低偏離標靶效應;參見,例如,US2007/0223427)。
一項具體實施例中,該DsiRNA包含下列(例示性“左延伸”,“DNA延伸”DsiRNA):
其中“X”=RNA,“Y”為視需要之突出功能域,其包含0至10個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)-某些具體實施例中,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,“D”=DNA,及“N”=1至50或更高,但視需要地為1至8或1至10。
“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股。
在一項相關之具體實施例中,DsiRNA包含:5'-DN
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXN*
DD-3'
3'-DN
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXN*
XX-5’
其中“X”=RNA,視需要地為2’-O-甲基RNA單體,“D”=DNA,“N”=1至50或更高,但視需要地為1至8或1至10。“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股。
另一項具體實施例中,DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,視需要地為2’-O-甲基RNA單體,“D”=DNA,“N”=1至50或更高,但視需要地為1至8或1至10。“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。“Z”=DNA或RNA。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股,其中2’-O-甲基RNA單體位於沿著上股之交替殘基上,而非上圖所示之下股。
另一項此等具體實施例中,DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,視需要地為2’-O-甲基RNA單體,“D”=DNA,“N”=1至50或更高,但視需要地為1至8或1至10。“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。“Z”=DNA或RNA。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及
上股為反義股,其中2’-O-甲基RNA單體位於沿著上股之交替殘基上,而非上圖所示之下股。
另一項此等具體實施例中,DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“D”=DNA,“Z”=DNA或RNA,及“N”=1至50或更高,但視需要地為1至8或1至10。“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股,其中2’-O-甲基RNA單體位於沿著上股之交替殘基上,而非上圖所示之下股。
另一項此等具體實施例中,DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“X
”=2’-O-甲基RNA,“D”=DNA,“Z”=DNA或RNA,及“N”=1至50或更高,但視需要地為1至8或1至10。“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。“Y”為視需要之突出功能域,其包含0至10個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)-某些具體實施例中,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股,其中2’-O-甲基
RNA單體位於沿著上股之交替殘基上,而非上圖所示之下股。
另一項具體實施例中,DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“D”=DNA,“Z”=DNA或RNA,及“N”=1至50或更高,但視需要地為1至8或1至10,其中出現在上股上至少一個D1N
可與下股上對應D2N
形成鹼基對。視需要地,D1N
與D1N+1
可與對應D2N
及D2N+1
形成鹼基對;D1N
、D1N+1
及D1N+2
可與對應D2N
、D1N+1
及D1N+2
形成鹼基對等等。“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股,其中2’-O-甲基RNA單體位於沿著上股之交替殘基上,而非上圖所示之下股。
在一項相關之具體實施例中,DsiRNA包含:
其中“X”=RNA,“D”=DNA,“Y”為視需要之突出功能域,其包含0至10個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)-某些具體實施例中,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及“N”=1至50或更高,但視需要地為1至8或1至10,其中出現在上股上之至少一個D1N
與下股上對應D2N
形成鹼基對。視需要地,D1N
及D1N+1
與對應D2N
及D2N+1
形成鹼基對;D1N
、D1N+1
及D1N+2
與對應D2N
、D1N+1
及D1N+2
形成鹼基對等等。“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股,其中2’-O-甲基RNA單體位於沿著上股之交替殘基上,而非上圖所示之下股。
另一項具體實施例中,DNA:DNA-延伸DsiRNA包含具有1至3個錯配殘基之相等長度股,其可用於定向Dicer裂解(明確言之,當第一與第二股彼此黏接時,當從3’-末端殘基開始編號,DsiRNA之第一股位置1、2或3中一個或多個位置係與第二股5’-末端區對應殘基錯配)。有兩個末端錯配殘基之例示性DNA:DNA-延伸DsiRNA劑如下:
其中“X”=RNA,“M”=核酸殘基(RNA,DNA或非天然或經修飾核酸),其在股黏接時,不會與原有互補股之對應“M”殘基形成鹼基對(氫鍵),“D”=DNA與“N”=1至50或更高,但視需要地為1至8或1至10。“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。此等製劑之任何殘基均視需要地為2’-O-甲基RNA單體-上述“鈍端/綻裂”DsiRNA劑亦可採用從下(第二)股之3’-末端殘基開始在交替位置之2’-O-甲基RNA單體(如上述不對稱
劑所示)。一項具體實施例中,該上股(第一股)為正義股,及下股(第二股)為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股。與彼等上述不對稱/突出製劑平行之修飾與DNA:DNA延伸型態亦可納入此等“鈍端/綻裂”劑中。
另一項具體實施例中,提供一種延伸長度之DsiRNA劑,其所包含去氧核糖核苷酸之位點之功能模式為專一的定向Dicer裂解,但dsRNA結構中不需要配對鹼基去氧核糖核苷酸之存在。此等分子之例示性結構如下:
或
其中“X”=RNA,“Y”為視需要之突出功能域,其包含0至10個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)-某些具體實施例中,“Y”為包含1至4個RNA單體(其視需要地為2’-O-甲基RNA單體)之突出功能域,及“D”=DNA。“N*”=0至15或更高,但視需要地為0、1、2、3、4、5或6。一項具體實施例中,該上股為正義股,及下股為反義股。或者,下股為正義股,及上股為反義股。
上述任一項具體實施例中,上述結構之下股為反義股,兩個去氧核糖核苷酸殘基位於反義股5’末端之最後一個與倒數第二個殘基,有助於降低偏離標靶效應(先前研究顯示從反義股5’末端至少倒數第二個位置之
2’-O-甲基修飾降低偏離標靶效應;參見,例如,US2007/0223427)。
某些具體實施例中,上述結構之“D”殘基包括至少一個PS-DNA或PS-RNA。視需要地,上述結構之“D”殘基包括至少一個抑制Dicer裂解之經修飾之核苷酸。
雖然上述“DNA-延伸”DsiRNA劑可歸類為“左延伸”或“右延伸”,但亦可產生在單一製劑中同時包含左延伸與右延伸DNA序列(例如,兩個圍繞核心dsRNA結構之側接序列均為dsDNA延伸序列)之DsiRNA劑,並依彼等如本文“右延伸”與“左延伸”劑之說明使用。
有些具體實施例中,本發明DsiRNA進一步包含鏈結性部份體或功能域,其接合DNA:DNA-延伸DsiRNA劑之正義股與反義股。視需要地,此等鏈結性部份體功能域接合正義股之3’末端與反義股之5’末端。鏈結性部份體可為化學(非核苷酸)鏈結體,如:寡甲二醇鏈結體、寡乙二醇鏈結體、或相關技藝上已知之其他鏈結體部份基團。或者,該鏈結體可為核苷酸鏈結體,視需要地包括延伸環結構與/或四環結構。
一項具體實施例中,該DsiRNA劑具有不對稱結構,其中正義股長度為25個鹼基對,及反義股長度為27個鹼基對,其具有1至4個鹼基之3’-突出(例如,一個鹼基之3’-突出、兩個鹼基之3’-突出、三個鹼基之3’-突出
或四個鹼基之3’-突出)。另一項具體實施例中,此具有不對稱結構之DsiRNA劑進一步在正義股3'末端包含2個去氧核苷酸。
另一項具體實施例中,該DsiRNA劑具有不對稱結構,其中反義股長度為25個鹼基對,及正義股長度為27個鹼基對長度,其具有1至4個鹼基之3’-突出(例如,一個鹼基之3’-突出、兩個鹼基之3’-突出、三個鹼基之3’-突出或四個鹼基之3’-突出)。另一項具體實施例中,此具有不對稱結構之DsiRNA劑進一步在反義股3'末端包含2個去氧核糖核苷酸。
本發明CKAP5-靶向之DsiRNA劑及其相關CKAP5標靶序列實例包括下列,出示於下列一系列表中:表編號:(2)經選拔之人類抗-CKAP5DsiRNA劑(不對稱劑);(3)經選拔之人類抗-CKAP5DsiRNA,未修飾之雙螺旋(不對稱劑);(4)CKAP5mRNA中之DsiRNA標靶序列(21單元);(5)經選拔之人類抗-CKAP5“鈍端/綻裂”DsiRNA;(6)經選拔之人類抗-CKAP5“鈍端/鈍端”DsiRNA;及(7)CKAP5mRNA中之DsiRNA組份19個核苷酸標靶序列。
表3:經選拔之人類抗-CKAP5 DsiRNAs,
(SEQ ID NO:1728)
上表2至7中,下加線殘基表示2’-O-甲基殘基,大寫字母代表核糖核苷酸,及小寫字母代表去氧核糖核苷酸。上表2至3之DsiRNA劑為具有鈍端之25/27單元劑。上表2至3製劑之結構與/或修飾型態很容易應用於上述一般序列結構,例如,第二股之3’突出可延伸或縮短,第二股之2’-O-甲基化可延伸向第二股之5’末端,視需要地在交替位點等等。此等進一步修飾為視需要地選用,因為亦很容易由上述DsiRNA劑設計具有此等修飾之25/27單元DsiRNA,且預期亦為CKAP5表現之功能抑制劑。同樣地,上表5至6製劑之27單元“鈍端/綻裂”與“鈍端/鈍端”DsiRNA結構與/或修飾型態亦很容易應用於上述一般序列結構,例如,將反義股之修飾型態應用於此等結構與/或將此等序列應用於一般結構。
某些具體實施例中,設計且合成股長度分
別獨立為27個核苷酸之27單元DsiRNA,用於CKAP5-靶向轉錄物內與表2至3中不對稱“25/27”結構相同之位點。例示性“27/27”DsiRNA視需要地使用上表5之DsiRNA所示之“鈍端/綻裂”結構或使用上表6之DsiRNA所示之“鈍端/鈍端”結構設計。
某些具體實施例中,本發明dsRNA劑需要例如,第一股之至少19、至少20、至少21、至少22、至少23、至少24、至少25或至少26個殘基與第二股對應殘基互補。某些相關具體實施例中,此等與第二股對應殘基互補之第一股殘基視需要地為連續殘基。
在定義上,“充份互補”(與例如,100%互補”相反)容許在本發明dsRNA與標靶RNA或cDNA序列(例如,CKAP5mRNA)之間出現一個或多個錯配,但其限制條件為該dsRNA應具有足以利用RNAi機轉(例如,RISC複合物)或過程來啟動破壞標靶RNA之互補性。某些具體實施例中,本發明之“充份互補”之dsRNA可在dsRNA序列與標靶RNA或cDNA序列之間帶有1、2、3個或甚至4個或更多個錯配(例如,某些此等具體實施例中,當與標靶RNA或cDNA序列對準時,dsRNA之反義股帶有1、2、3、4、5個或甚至6個或更多個錯配)。此等錯配於某些本發明dsRNA中之其他較佳位置更詳細說明如下。
本文所採用“DsiRNAmm”係指DisRNA具有“錯配容忍區”,其在DsiRNA正義股與反義股所形成雙螺旋中包含1、2、3或4個錯配鹼基對,其中此等錯配
在DsiRNA內之位置係介於(因此不包括)DsiRNA任一末端之兩個末端鹼基對之間。本文中,錯配鹼基對在“錯配容忍區”內之位置係依對應標靶核酸之預計Ago2切割位點來界定。錯配容忍區位於標靶股預計Ago2切割位點之“上游”。咸了解,本文中“上游”係指DsiRNAmm雙螺旋最後端5’-部份,其中5’係指DsiRNA雙螺旋正義股之取向。因此,錯配容忍區為正義(過客)股上對應於標靶核酸預計Ago2切割位點之鹼基之上游(參見第1圖);或者,當提及DsiRNAmm之反義(引導)股時,錯配容忍區亦可位於與標靶核酸預計Ago2切割位點互補之鹼基下游,亦即DsiRNAmm之反義股之最後端3’-部份(其中反義股之位置1為反義股之5’末端核苷酸,參見第1圖)。
一項具體實施例中,例如,依第1圖所示之編號,錯配容忍區位置介於且包括鹼基對3至9(當從雙螺旋正義股5’末端開始編號之核苷)。因此,本發明DsiRNAmm在向右延伸DsiRNA正義股之位置3、4、5、6、7、8或9中任一位置具有單一錯配鹼基對(其中位置1為正義股5’末端核苷酸,及位置9為正義股核苷酸殘基,其緊鄰對應於正義股序列之標靶CKAP5RNA序列之預計Ago2切割位點之5’)。某些具體實施例中,針對在正義股之位置3、4、5、6、7、8或9中任一位置具有錯配鹼基對核苷酸之DsiRNAmm,該反義股之對應錯配鹼基對核苷酸不僅與DsiRNAmm正義股序列形成錯配鹼基對,而且亦與DsiRNAmm標靶CKAP5RNA序列形成錯配鹼基對(因此,瓦
解DsiRNAmm中反義股序列與正義股序列之間錯配鹼基對之互補性,且同樣地瓦解DsiRNAmm之反義股序列與標靶CKAP5RNA序列之間之互補性)。另一項具體實施例中,DsiRNAmm之反義股之錯配鹼基對核苷酸僅與DsiRNAmm之正義股序列之對應核苷酸形成錯配鹼基對,而與其對應標靶CKAP5RNA序列核苷酸則形成鹼基對(因此,瓦解DsiRNAmm內反義股序列與正義股序列之間之錯配鹼基對之互補性,而保留DsiRNAmm之反義股序列與標靶CKAP5RNA序列之間之互補性)。
如上述在錯配容忍區(錯配區)內具有單一錯配鹼基對之本發明DsiRNAmm(例如,在正義股之位置3、4、5、6、7、8或9中任一位置帶有錯配核苷酸殘基之DsiRNAmm)可進一步再包括1、2或甚至3個錯配鹼基對。較佳具體實施例中,DsiRNAmm之此等1、2或3個額外錯配鹼基對可出現在正義股之位置(群)3、4、5、6、7、8與/或9(及在反義股之對應殘基)上。一項具體實施例中,若DsiRNAmm中再出現另一個錯配鹼基對,則正義股上可能發生兩個錯配鹼基對,例如,位於正義股位置4與位置6之核苷酸(亦可能在反義股之對應核苷酸殘基上發生錯配)。
具有兩個錯配鹼基對之DsiRNAmm劑中,可能連續發生錯配(例如,沿著正義股核苷酸序列之連續位置)。或者,與反義股序列形成錯配鹼基對之正義股核苷酸之間可能穿插可與反義股序列形成鹼基對之核苷酸(例
如,在位置3與6但不在位置4與5具有錯配核苷酸之DsiRNAmm中,正義股位置3與6之錯配殘基之間穿插兩個會與反義股對應殘基形成配對鹼基對之核苷酸)。例如,正義股上會與對應反義股序列形成錯配鹼基對之兩個殘基(位於正義股之錯配容忍區內)可能在位於此等錯配鹼基對之間出現零、1、2、3、4或5個配對之鹼基對。
對某些帶有3個錯配鹼基對之DsiRNAmm劑而言,可能連續發生錯配(例如,沿著正義股核苷酸序列之三連位)。或者,與反義股序列形成錯配鹼基對之正義股核苷酸之間可能穿插可與反義股序列形成配對鹼基對之核苷酸(例如,在位置3、4與8但不在位置5、6與7具有錯配核苷酸之DsiRNAmm中,正義股位置3與4之錯配殘基彼此相鄰,而正義股位置4與8之錯配殘基之間則穿插三個與反義股對應殘基形成配對鹼基對之核苷酸)。例如,正義股上與對應反義股序列形成錯配鹼基對之三個殘基(位於正義股之錯配容忍區內)可能在位於此等錯配鹼基對中任何兩對之間出現零、1、2、3或4個配對之鹼基對。
對某些帶有4個錯配鹼基對之DsiRNAmm劑而言,可連續發生錯配(例如,沿著正義股核苷酸序列之四連位)。或者,與反義股序列形成錯配鹼基對之正義股核苷酸之間可能穿插可與反義股序列形成配對鹼基對之核苷酸(例如,在位置3、5、7與8但不在位置4與6具有錯配核苷酸之DsiRNAmm中,正義股位置7與8之錯配殘基彼此相鄰,而正義股位置3與5之錯配殘基之間則穿插一個
與反義股對應殘基形成配對鹼基對之核苷酸,同樣地,正義股位置5與7之錯配殘基之間亦穿插一個與反義股對應殘基形成配對鹼基對之核苷酸)。例如,正義股上會與對應反義股序列形成錯配鹼基對之四個殘基(位於正義股之錯配容忍區內)可能在位於此等錯配鹼基對中任何兩對之間出現零、1、2或3個配對之鹼基對。
另一項具體實施例中,例如,亦如第1圖所示之編號,本發明DsiRNAmm包含錯配容忍區,其在DsiRNA反義股位置17、18、19、20、21、22或23中任一位置具有單一錯配鹼基對核苷酸(其中位置1為反義股5’末端核苷酸,及位置17為反義股核苷酸殘基,其緊鄰與反義股序列充份互補之標靶CKAP5之RNA序列之預計Ago2切割位點之反義股3’(下游))。某些具體實施例中,在反義股之位置17、18、19、20、21、22或23中任一位置具有錯配鹼基對核苷酸之DsiRNAmm中,相對於DsiRNAmm之正義股,該反義股之錯配鹼基對核苷酸不僅與DsiRNAmm正義股序列形成錯配鹼基對,而且亦與DsiRNAmm標靶CKAP5之RNA序列形成錯配鹼基對(因此,瓦解DsiRNAmm中反義股序列與正義股序列之間錯配鹼基對之互補性,且同樣瓦解DsiRNAmm之反義股序列與標靶CKAP5之RNA序列之間之互補性)。另一項具體實施例中,DsiRNAmm之反義股之錯配鹼基對核苷酸僅與DsiRNAmm之正義股序列之對應核苷酸形成錯配鹼基對,而與其對應標靶CKAP5之RNA序列核苷酸則形成鹼基對(因此,瓦解DsiRNAmm
內反義股序列與正義股序列之間之錯配鹼基對之互補性,而保留了DsiRNAmm之反義股序列與標靶CKAP5之RNA序列之間之互補性)。
如上述在錯配容忍區內具有單一錯配鹼基對之本發明DsiRNAmm(例如,在反義股之位置17、18、19、20、21、22或23中任一位置帶有錯配核苷酸殘基之DsiRNAmm)可進一步再包括1、2或甚至3個錯配鹼基對。較佳具體實施例中,DsiRNAmm之此等1、2或3個額外錯配鹼基對可出現在反義股之位置17、18、19、20、21、22與/或23(及在正義股之對應殘基)上。一項具體實施例中,若DsiRNAmm中再出現另一個錯配鹼基對,則反義股上可發生兩個錯配鹼基對,例如,位於反義股位置18與位置19之核苷酸(亦可能在正義股之對應核苷酸殘基上發生錯配)。
具有兩個錯配鹼基對之DsiRNAmm劑中,可能連續發生錯配(例如,沿著反義股核苷酸序列之連續位置)。或者,與正義股序列形成錯配鹼基對之反義股核苷酸之間可能穿插可與正義股序列形成鹼基對之核苷酸(例如,在位置17與20但不在位置18與19具有錯配核苷酸之DsiRNAmm中,反義股位置17與20之錯配殘基之間穿插兩個與正義股對應殘基形成配對鹼基對之核苷酸)。例如,反義股上與對應正義股序列形成錯配鹼基對之兩個殘基(位於反義股之錯配容忍區內)可能在位於此等錯配鹼基對之間出現零、1、2、3、4、5、6或7個配對之鹼基對。
對某些帶有3個錯配鹼基對之DsiRNAmm劑而言,可能連續發生錯配(例如,沿著反義股核苷酸序列之三連位)。或者,與正義股序列形成錯配鹼基對之反義股核苷酸之間可能穿插可與正義股序列形成配對鹼基對之核苷酸(例如,在位置17、18與22但不在位置19、20與21具有錯配核苷酸之DsiRNAmm中,反義股位置17與18之錯配殘基彼此相鄰,而反義股位置18與122之錯配殘基之間則穿插三個與正義股對應殘基形成配對鹼基對之核苷酸)。例如,反義股上與對應正義股序列形成錯配鹼基對之三個殘基(位於反義股之錯配容忍區內)可能在位於此等錯配鹼基對中任何兩對之間出現零、1、2、3、4、5或6個配對之鹼基對。
對某些帶有4個錯配鹼基對之DsiRNAmm劑而言,可能連續發生錯配(例如,沿著反義股核苷酸序列之四連位)。或者,與正義股序列形成錯配鹼基對之反義股核苷酸之間可能穿插與正義股序列形成配對鹼基對之核苷酸(例如,在位置18、20、22與23但不在位置19與21具有錯配核苷酸之DsiRNAmm中,反義股位置22與23之錯配殘基彼此相鄰,而反義股位置18與20之錯配殘基之間則穿插一個與正義股對應殘基形成配對鹼基對之核苷酸,同樣地,反義股位置20與22之錯配殘基之間亦穿插一個與正義股對應殘基形成配對鹼基對之核苷酸)。例如,反義股上與對應正義股序列形成錯配鹼基對之四個殘基(位於反義股之錯配容忍區內)可能在位於此等錯配鹼基對中任
何兩對之間出現零、1、2、3、4或5個配對之鹼基對。
為了清楚起見,上述DsiRNAmm劑內之錯配核苷酸殘基位置(群)係參照DsiRNAmm之正義股或反義股之5’末端殘基編號。反義股之錯配容忍區(錯配區)內之位置編號會隨正義股或反義股之5’末端與預計之Ago2裂解位點之接近程度變化。因此,亦可判別出反義股或正義股內之較佳錯配位點之位置(群)作為容許此等錯配與預計之Ago2切割位點之接近程度。因此,一項較佳具體實施例中,DsiRNAmm之正義股錯配核苷酸位置為正義股中位於對應標靶CKAP5之RNA序列之預計Ago2裂解位點之緊鄰5’(上游)核苷酸殘基。其他較佳具體實施例中,DsiRNAmm之正義股之錯配核苷酸位於正義股中預計Ago2裂解位點之兩個核苷酸5’(上游)、預計Ago2裂解位點之3個核苷酸5’(上游)、預計Ago2裂解位點之4個核苷酸5’(上游)、預計Ago2裂解位點之5個核苷酸5’(上游)、預計Ago2裂解位點之6個核苷酸5’(上游)、預計之Ago2裂解位點之7個核苷酸5’(上游)、預計Ago2裂解位點之8個核苷酸5’(上游)、或預計Ago2裂解位點之9個核苷酸5’(上游)之核苷酸殘基。
包含單一錯配之25/27單元DsiRNA(DsiRNAmm)實例包括下列結構(此等包含錯配結構亦併入本文所示其他DsiRNA結構實例中)。
其中“X”=RNA,“D”=DNA與“M”=在股黏接時不與原有互補股之對應“M”殘基形成鹼基對(氫鍵)之核酸殘基(RNA、DNA或非天然或經修飾核酸)。任何此等製劑之殘基視需要地為2’-O-甲基RNA單體-上述DsiRNAmm劑亦可改用從下(第二)股3’-末端殘基開始在交替位置之2’-O-甲基RNA單體(如上述)。上述錯配結構中,上股為正義股,及下股為反義股。
某些具體實施例中,本發明DsiRNA可能在標靶CKAP5之RNA序列上包含錯配,但不一定在DsiRNA之兩股內出現錯配鹼基對-因此,DsiRNA可在DsiRNA之第一與第二股之間具有完整互補性,但仍在標靶CKAP5
之RNA中具有錯配殘基(其在某些具體實施例中可能有利於促進功效與/或效力與/或效期)。某些具體實施例中,若在反義股與標靶CKAP5之RNA序列之間發生錯配時,該錯配位置將在反義股內,位於對應於標靶區預計Ago2切割位點5’之正義股序列之位置(群)-例如,位於與標靶序列之預計Ago2切割位點互補之反義殘基3’之反義股內之反義股殘基(群)。
參照標靶序列帶有單一錯配殘基之25/27單元DsiRNA包括下列結構。
其中“X”=RNA,“D”=DNA與“E”=在股黏接時不與原有互補(標靶)股之對應“A”RNA殘基形成鹼基對(氫鍵),但與對應“B”殘基(“B”殘基亦為RNA、DNA或非天然或經修飾核酸)形成鹼基對(氫鍵)之核酸殘基(RNA、DNA或非天然或經修飾核酸)。任何此等製劑之殘基視需要地為2’-O-甲基RNA單體-上述DsiRNAmm劑亦可改用從下(第二)股3’-末端殘基開始在交替位置之2’-O-甲基RNA單體(如上述)。
某些具體實施例中,本發明dsRNA中與標靶RNA(例如,mRNA)沿著標靶基因序列之至少19個核苷酸充份互補以降低標靶基因表現之引導股不與長度為至少19個核苷酸之標靶基因序列完整互補。反而希望該與標靶mRNA沿著標靶RNA序列之至少19個核苷酸充份互補以降低標靶基因表現之本發明dsRNA之引導股可與19個核苷酸或更長之標靶股序列有1、2、3或甚至4個或更多個核苷酸錯配。因此,針對19個核苷酸之標靶RNA序列,本發明dsRNA之引導股可與標靶RNA序列充份互補,以降低標靶基因量,同時在引導股與標靶RNA序列之間具有例如,僅15/19、16/19、17/19或18/19個配對之核苷酸殘
基。
除了上述例示性結構外,本發明dsRNA亦可再具有1、2或3額外殘基進一步與標靶CKAP5之RNA序列形成錯配。此等錯配可為連續性,或可穿插與標靶CKAP5之RNA序列形成配對鹼基對之核苷酸。若其間穿插形成配對鹼基對之核苷酸時,單股內錯配殘基之間可彼此間隔,可在此等形成錯配殘基之間間隔1、2、3、4、5、6、7或甚至8個配對之鹼基對核苷酸。
如上述DsiRNAmm劑中,dsRNA(例如,DsiRNA)內之反義股核苷酸可與標靶CKAP5之RNA序列形成錯配鹼基對(但可能與或可能不與對應正義股核苷酸形成錯配)之較佳位置在反義股區內與DsiRNA之預計Ago2切割位點互補之反義股序列3’(下游)(例如,第1圖中,在預計Ago2切割位點3’為形成錯配殘基之較佳反義股區,其正好位於第1圖所示25/27單元劑之反義股位置17至23)。因此,一項具體實施例中,該DsiRNAmm反義股之錯配核苷酸位置(相對於標靶CKAP5之RNA序列)在對應標靶CKAP5之RNA序列之預計Ago2裂解位點之反義股序列內緊鄰3’(下游)。其他較佳具體實施例中,DsiRNAmm反義股之錯配核苷酸(相對於標靶CKAP5之RNA序列)在反義股核苷酸殘基上之位置係在對應預計Ago2裂解位點3’(下游)之2個核苷酸、對應預計Ago2裂解位點3’(下游)之3個核苷酸、對應預計Ago2裂解位點3’(下游)之4個核苷酸、對應預計Ago2裂解位點3’(下游)之5個核苷酸、預計Ago2
裂解位點3’(下游)之6個核苷酸、預計Ago2裂解位點3’(下游)之7個核苷酸、預計Ago2裂解位點3’(下游)之8個核苷酸、或預計Ago2裂解位點3’(下游)之9個核苷酸。
在反義股具有兩個形成錯配之核苷酸之dsRNA劑中(其中形成錯配之核苷酸係相對於標靶CKAP5之RNA序列形成錯配),可能連續發生錯配(例如,沿著反義股核苷酸序列之連續位置)。或者,與標靶CKAP5之RNA序列形成錯配鹼基對之反義股核苷酸之間可能穿插與標靶CKAP5之RNA序列形成鹼基對之核苷酸(例如,在位置17與20(從第1圖所示25/27單元劑反義股之5’末端開始(位置1)),但不在位置18與19具有形成錯配核苷酸之DsiRNA中,正義股位置17與20之錯配殘基之間穿插兩個與標靶CKAP5之RNA序列之對應殘基形成配對鹼基對之核苷酸)。例如,反義股上與對應標靶CKAP5之RNA序列形成錯配鹼基對之兩個殘基(位於反義股之錯配容忍區內)可能在位於此等形成錯配鹼基對之間出現零、1、2、3、4或5個配對之鹼基對(參照標靶CKAP5之RNA序列)。
某些具有三個形成錯配鹼基對之dsRNA中(相對於標靶CKAP5之RNA序列形成錯配),形成錯配之核苷酸可能連續出現(例如,沿著反義股核苷酸序列之三連位)。或者,與標靶CKAP5之RNA序列形成錯配鹼基對之反義股核苷酸之間可能穿插與標靶CKAP5之RNA序列形成配對鹼基對之核苷酸(例如,在位置17、18與22,但不在位置19、20與21具有形成錯配核苷酸之DsiRNA中,
反義股位置17與18之形成錯配殘基係彼此相鄰,而反義股位置18與22之形成錯配殘基之間則穿插三個與標靶CKAP5之RNA之對應殘基形成配對鹼基對之核苷酸)。例如,反義股上會與對應標靶CKAP5之RNA序列形成錯配鹼基對之三個殘基(位於反義股之錯配容忍區內)可能在位於此等形成錯配鹼基對中任何兩對之間出現零、1、2、3或4個配對之鹼基對。
某些具有四個形成錯配鹼基對之dsRNA中(相對於標靶CKAP5之RNA序列形成錯配),形成錯配之核苷酸可能連續出現(例如,沿著反義股核苷酸序列之四連位)。或者,與標靶CKAP5之RNA序列形成錯配鹼基對之反義股核苷酸之間可能穿插與標靶CKAP5之RNA序列形成配對鹼基對之核苷酸(例如,在位置17、19、21與22,但不在位置18與20具有形成錯配核苷酸之DsiRNA中,反義股位置21與22之形成錯配殘基係彼此相鄰,而反義股位置17與19之形成錯配殘基之間則穿插一個與標靶CKAP5之RNA之對應殘基形成配對鹼基對之核苷酸,同樣地,反義股位置19與21之形成錯配殘基之間亦穿插一個會與標靶CKAP5之RNA之對應殘基形成配對鹼基對之核苷酸)。例如,反義股上會與對應標靶CKAP5之RNA序列形成錯配鹼基對之四個殘基(位於反義股之錯配容忍區內)可能在位於此等形成錯配鹼基對中任何兩對之間出現零、1、2或3個配對之鹼基對。
說明上述DsiRNAmm與其他dsRNA結構,
供舉例說明DsiRNAmm與dsRNA劑之某些結構。上述DsiRNAmm與dsRNA結構之設計可用於產生例如,如下文所示其他DsiRNA結構之DsiRNAmm型式。如上述舉例說明,dsRNA亦可設計成在dsRNA反義股與標靶序列之間具有單一錯配(或2、3或4個錯配),但仍視需要地在dsRNA之正義股與反義股序列之間保留完整互補性。
進一步注意,如下文例示之dsRNA劑亦在其雙股與/或標靶CKAP5之RNA-對準結構中具有嵌插/刪除(in/del)結構。因此,本發明dsRNA之設計可在例如,反義股序列中具有不同於標靶CKAP5之RNA序列之in/del變化,及/或相較於正義股序列,可在反義股序列放置此等in/del核苷酸之較佳位置係彼等對應上述放置錯配之位置與/或形成錯配鹼基對之位置。
亦應注意,本發明DsiRNA可在正義股之3’-末端區/反義股之5’-末端區內容忍錯配,因為此區係設計用於被Dicer處理,並從被載入RISC中之引導股序列釋出。帶有此等錯配之本發明例示性DsiRNA結構包括下列:
其中“X”=RNA,“D”=DNA,及“I”與“J”=不彼此形成鹼基對(氫鍵)之核酸殘基(RNA、DNA或非天然或經修飾核酸),但“J”視需要地與標靶RNA序列核苷酸“H”互補。任何此等製劑之殘基視需要地為2’-O-甲基RNA單體-上述DsiRNA劑亦可改用從下(第二)股3’-末端殘基開始在交替位置之2’-O-甲基RNA單體(如上述)-或任何上述甲基化型態。上述錯配亦可組合進入本發明DsiRNA內。
下述結構中,將此等錯配引入不對稱CKAP5-604DsiRNA中(新引進之錯配殘基以斜體字表示):CKAP5-604 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之19(始於5’-末端)
5'-UUAAGUGAAUUUGGUUCC U
AAAUca-3'(SEQ ID NO:5763)
3'-GGAAUUCACUUAAACCAAGGU
UUUAGU-5'(SEQ ID NO:619)
視需要地,正義股位置19之錯配'U'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-604 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之20(始於5’-末端)
5'-UUAAGUGAAUUUGGUUCCA U
AAUca-3'(SEQ ID NO:5764)
3'-GGAAUUCACUUAAACCAAGGUU
UUAGU-5'(SEQ ID NO:619)
視需要地,正義股位置20之錯配'U'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-604 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之21(始於5’-末端)
5'-UUAAGUGAAUUUGGUUCCAA U
AUca-3'(SEQ ID NO:5765)
3'-GGAAUUCACUUAAACCAAGGUUU
UAGU-5'(SEQ ID NO:619)
視需要地,正義股位置21之錯配'U'殘基亦可為'G'或'C'。CKAP5-604 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之22(始於5’-末端)
5'-UUAAGUGAAUUUGGUUCCAAA G
Uca-3'(SEQ ID NO:5766)
3'-GGAAUUCACUUAAACCAAGGUUUU
AGU-5'(SEQ ID NO:619)
視需要地,正義股位置22之錯配'G'殘基亦可為'U'或'C'。CKAP5-604 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之23(始於5’-末端)
5'-UUAAGUGAAUUUGGUUCCAAAA A
ca-3'(SEQ ID NO:5767)
3'-GGAAUUCACUUAAACCAAGGUUUUA
GU-5'(SEQ ID NO:619)
視需要地,正義股位置23之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-604 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之24(始於5’-末端)
5'-UUAAGUGAAUUUGGUUCCAAAAU t
a-3'(SEQ ID NO:5768)
3'-GGAAUUCACUUAAACCAAGGUUUUAG
U-5'(SEQ ID NO:619)
視需要地,正義股位置24之錯配't'殘基亦可為'a'或'g'。CKAP5-604 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之25(始於5’-末端)
5'-UUAAGUGAAUUUGGUUCCAAAAUc t
-3'(SEQ ID NO:5769)
3'-GGAAUUCACUUAAACCAAGGUUUUAGU
-5'(SEQ ID NO:619)
視需要地,正義股位置25之錯配't'殘基亦可為'c'或'g'。CKAP5-604 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之1(始於5’-末端)
5'-UUAAGUGAAUUUGGUUCCAAAAUca
-3'(SEQ ID NO:43)
3'-GGAAUUCACUUAAACCAAGGUUUUAG A
-5'(SEQ ID NO:5770)
視需要地,反義股位置1之錯配'A'殘基亦可為'G'或'C'。CKAP5-604 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之2(始於5’-末端)
5'-UUAAGUGAAUUUGGUUCCAAAAUc
a-3'(SEQ ID NO:43)
3'-GGAAUUCACUUAAACCAAGGUUUUA A
U-5'(SEQ ID NO:5771)
視需要地,反義股位置2之錯配'A'殘基亦可為'U'或'C'。CKAP5-604 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之3(始於5’-末端)
5'-UUAAGUGAAUUUGGUUCCAAAAU
ca-3'(SEQ ID NO:43)
3'-GGAAUUCACUUAAACCAAGGUUUU U
GU-5'(SEQ ID NO:5772)
視需要地,反義股位置3之錯配'U'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-604 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之4(始於5’-末端)
5'-UUAAGUGAAUUUGGUUCCAAAA
Uca-3'(SEQ ID NO:43)
3'-GGAAUUCACUUAAACCAAGGUUU C
AGU-5'(SEQ ID NO:5773)
視需要地,反義股位置4之錯配'C'殘基亦可為'A'或'G'。CKAP5-604 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之5(始
於5’-末端)
5'-UUAAGUGAAUUUGGUUCCAAA
AUca-3'(SEQ ID NO:43)
3'-GGAAUUCACUUAAACCAAGGUU A
UAGU-5'(SEQ ID NO:5774)
視需要地,反義股位置5之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-604 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之6(始於5’-末端)
5'-UUAAGUGAAUUUGGUUCCAA
AAUca-3'(SEQ ID NO:43)
3'-GGAAUUCACUUAAACCAAGGU A
UUAGU-5'(SEQ ID NO:5775)
視需要地,反義股位置6之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-604 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之7(始於5’-末端)
5'-UUAAGUGAAUUUGGUUCCA
AAAUca-3'(SEQ ID NO:43)
3'-GGAAUUCACUUAAACCAAGG A
UUUAGU-5'(SEQ ID NO:5776)
視需要地,反義股位置7之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。下述結構之其他實例中,將此等錯配引入不對稱CKAP5-853DsiRNA中(新引進之錯配殘基以斜體字表示):CKAP5-853 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之19(始於5’-末端)
5'-CAACAAGAACUAGAAGCU U
AAUUgg-3'(SEQ ID NO:5777)
3'-GGGUUGUUCUUGAUCUUCGAU
UUAACC-5'(SEQ ID NO:627)
視需要地,正義股位置19之錯配'U'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-853 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之20(始於5’-末端)
5'-CAACAAGAACUAGAAGCUA G
AUUgg-3'(SEQ ID NO:5778)
3'-GGGUUGUUCUUGAUCUUCGAUU
UAACC-5'(SEQ ID NO:627)
視需要地,正義股位置20之錯配'G'殘基亦可為'C'或'U'。CKAP5-853 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之21(始於5’-末端)
5'-CAACAAGAACUAGAAGCUAA U
UUgg-3'(SEQ ID NO:5779)
3'-GGGUUGUUCUUGAUCUUCGAUUU
AACC-5'(SEQ ID NO:627)
視需要地,正義股位置21之錯配'U'殘基亦可為'G'或'C'。CKAP5-853 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之22(始於5’-末端)
5'-CAACAAGAACUAGAAGCUAAA G
Ugg-3'(SEQ ID NO:5780)
3'-GGGUUGUUCUUGAUCUUCGAUUUA
ACC-5'(SEQ ID NO:627)
視需要地,正義股位置22之錯配'G'殘基亦可為'A'或'C'。CKAP5-853 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之23(始於5’-末端)
5'-CAACAAGAACUAGAAGCUAAAU A
gg-3'(SEQ ID NO:5781)
3'-GGGUUGUUCUUGAUCUUCGAUUUAA
CC-5'(SEQ ID NO:627)
視需要地,正義股位置23之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-853 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之24(始於5’-末端)
5'-CAACAAGAACUAGAAGCUAAAUU t
g-3'(SEQ ID NO:5782)
3'-GGGUUGUUCUUGAUCUUCGAUUUAAC
C-5'(SEQ ID NO:627)
視需要地,正義股位置24之錯配't'殘基亦可為'a'或'c'。CKAP5-853 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之25(始
於5’-末端)
5'-CAACAAGAACUAGAAGCUAAAUUg a
-3'(SEQ ID NO:5783)
3'-GGGUUGUUCUUGAUCUUCGAUUUAACC
-5'(SEQ ID NO:627)
視需要地,正義股位置25之錯配'a'殘基亦可為't'或'c'。CKAP5-853 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之1(始於5’-末端)
5'-CAACAAGAACUAGAAGCUAAAUUgg
-3'(SEQ ID NO:51)
3'-GGGUUGUUCUUGAUCUUCGAUUUAAC U
-5(SEQ ID NO:5784)
視需要地,反義股位置1之錯配'U'殘基亦可為'A'或'G'。CKAP5-853 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之2(始於5’-末端)
5'-CAACAAGAACUAGAAGCUAAAUUgg
-3'(SEQ ID NO:51)
3'-GGGUUGUUCUUGAUCUUCGAUUUAA A
C-5'(SEQ ID NO:5785)
視需要地,反義股位置2之錯配'A'殘基亦可為'U'或'G'。CKAP5-853 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之3(始於5’-末端)
5'-CAACAAGAACUAGAAGCUAAAUU
gg-3'(SEQ ID NO:51)
3'-GGGUUGUUCUUGAUCUUCGAUUUA U
CC-5'(SEQ ID NO:5786)
視需要地,反義股位置3之錯配'U'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-853 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之4(始於5’-末端)
5'-CAACAAGAACUAGAAGCUAAAU
Ugg-3'(SEQ ID NO:51)
3'-GGGUUGUUCUUGAUCUUCGAUUU C
ACC-5'(SEQ ID NO:5787)
視需要地,反義股位置4之錯配'C'殘基亦可為'U'或'G'。
CKAP5-853 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之5(始於5’-末端)
5'-CAACAAGAACUAGAAGCUAAA
UUgg-3'(SEQ ID NO:51)
3'-GGGUUGUUCUUGAUCUUCGAUU A
AACC-5'(SEQ ID NO:5788)
視需要地,反義股位置5之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-853 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之6(始於5’-末端)
5'-CAACAAGAACUAGAAGCUAA
AUUgg-3'(SEQ ID NO:51)
3'-GGGUUGUUCUUGAUCUUCGAU C
UAACC-5'(SEQ ID NO:5789)
視需要地,反義股位置6之錯配'C'殘基亦可為'A'或'G'。CKAP5-853 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之7(始於5’-末端)
5'-CAACAAGAACUAGAAGCUA
AAUUgg-3'(SEQ ID NO:51)
3'-GGGUUGUUCUUGAUCUUCGA A
UUAACC-5'(SEQ ID NO:5790)
視需要地,反義股位置7之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。
下述結構之另一項實例中,將此等錯配引入不對稱CKAP5-1358DsiRNA中(新引進之錯配殘基以斜體字表示):CKAP5-1358 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之19(始於5’-末端)
5'-CAGUAAUGGAUAAUAAAA U
UCCAac-3'(SEQ ID NO:5791)
3'-UCGUCAUUACCUAUUAUUUUU
AGGUUG-5'(SEQ ID NO:695)
視需要地,正義股位置19之錯配'U'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-1358 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之20(始
於5’-末端)
5'-CAGUAAUGGAUAAUAAAAA A
CCAac-3'(SEQ ID NO:5792)
3'-UCGUCAUUACCUAUUAUUUUUA
GGUUG-5'(SEQ ID NO:695)
視需要地,正義股位置20之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-1358 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之21(始於5’-末端)
5'-CAGUAAUGGAUAAUAAAAAU A
CAac-3'(SEQ ID NO:5793)
3'-UCGUCAUUACCUAUUAUUUUUAG
GUUG-5'(SEQ ID NO:695)
視需要地,正義股位置21之錯配'A'殘基亦可為'U'或'G'。CKAP5-1358 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之22(始於5’-末端)
5'-CAGUAAUGGAUAAUAAAAAUC U
Aac-3'(SEQ ID NO:5794)
3'-UCGUCAUUACCUAUUAUUUUUAGG
UUG-5'(SEQ ID NO:695)
視需要地,正義股位置22之錯配'U'殘基亦可為'A'或'G'。CKAP5-1358 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之23(始於5’-末端)
5'-CAGUAAUGGAUAAUAAAAAUCC U
ac-3'(SEQ ID NO:5795)
3'-UCGUCAUUACCUAUUAUUUUUAGGU
UG-5'(SEQ ID NO:695)
視需要地,正義股位置23之錯配'U'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-1358 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之24(始於5’-末端)
5'-CAGUAAUGGAUAAUAAAAAUCCA g
c-3'(SEQ ID NO:5796)
3'-UCGUCAUUACCUAUUAUUUUUAGGUU
G-5'(SEQ ID NO:695)
視需要地,正義股位置24之錯配'g'殘基亦可為't'或'c'。
CKAP5-1358 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之25(始於5’-末端)
5'-CAGUAAUGGAUAAUAAAAAUCCAa a
-3'(SEQ ID NO:5797)
3'-UCGUCAUUACCUAUUAUUUUUAGGUUG
-5'(SEQ ID NO:695)
視需要地,正義股位置25之錯配'a'殘基亦可為't'或'g'。CKAP5-1358 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之1(始於5’-末端)
5'-CAGUAAUGGAUAAUAAAAAUCCAac
-3'(SEQ ID NO:119)
3'-UCGUCAUUACCUAUUAUUUUUAGGUU U
-5'(SEQ ID NO:5798)
視需要地,反義股位置1之錯配'U'殘基亦可為'A'或'C'。CKAP5-1358 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之2(始於5’-末端)
5'-CAGUAAUGGAUAAUAAAAAUCCAa
c-3'(SEQ ID NO:119)
3'-UCGUCAUUACCUAUUAUUUUUAGGU C
G-5'(SEQ ID NO:5799)
視需要地,反義股位置2之錯配'C'殘基亦可為'A'或'G'。CKAP5-1358 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之3(始於5’-末端)
5'-CAGUAAUGGAUAAUAAAAAUCCA
ac-3'(SEQ ID NO:119)
3'-UCGUCAUUACCUAUUAUUUUUAGG A
UG-5'(SEQ ID NO:5800)
視需要地,反義股位置3之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-1358 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之4(始於5’-末端)
5'-CAGUAAUGGAUAAUAAAAAUCC
Aac-3'(SEQ ID NO:119)
3'-UCGUCAUUACCUAUUAUUUUUAG A
UUG-5'(SEQ ID NO:5801)
視需要地,反義股位置4之錯配'A'殘基亦可為'U'或'C'。CKAP5-1358 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之5(始於5’-末端)
5'-CAGUAAUGGAUAAUAAAAAUC
CAac-3'(SEQ ID NO:119)
3'-UCGUCAUUACCUAUUAUUUUUA U
GUUG-5'(SEQ ID NO:5802)
視需要地,反義股位置5之錯配'U'殘基亦可為'A'或'C'。CKAP5-1358 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之6(始於5’-末端)
5'-CAGUAAUGGAUAAUAAAAAU
CCAac-3'(SEQ ID NO:119)
3'-UCGUCAUUACCUAUUAUUUUU U
GGUUG-5'(SEQ ID NO:5803)
視需要地,反義股位置6之錯配'U'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-1358 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之7(始於5’-末端)
5'-CAGUAAUGGAUAAUAAAAA
UCCAac-3'(SEQ ID NO:119)
3'-UCGUCAUUACCUAUUAUUUU A
AGGUUG-5'(SEQ ID NO:5804)
視需要地,反義股位置7之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。下述結構之另一項實例中,將此等錯配引入不對稱CKAP5-2096DsiRNA中(新引進之錯配殘基以斜體字表示):CKAP5-2096 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之19(始於5’-末端)
5'-GAUGGAAAGAAACUAAUU A
UCAGgt-3'(SEQ ID NO:5805)
3'-ACCUACCUUUCUUUGAUUAAA
AGUCCA-5'(SEQ ID NO:716)
視需要地,正義股位置19之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-2096 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之20(始
於5’-末端)
5'-GAUGGAAAGAAACUAAUUU A
CAGgt-3(SEQ ID NO:5806)
3'-ACCUACCUUUCUUUGAUUAAAA
GUCCA-5'(SEQ ID NO:716)
視需要地,正義股位置20之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-2096 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之21(始於5’-末端)
5'-GAUGGAAAGAAACUAAUUUU A
AGgt-3'(SEQ ID NO:5807)
3'-ACCUACCUUUCUUUGAUUAAAAG
UCCA-5'(SEQ ID NO:716)
視需要地,正義股位置21之錯配'A'殘基亦可為'U'或'G'。CKAP5-2096 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之22(始於5’-末端)
5'-GAUGGAAAGAAACUAAUUUUC G
Ggt-3'(SEQ ID NO:5808)
3'-ACCUACCUUUCUUUGAUUAAAAGU
CCA-5'(SEQ ID NO:716)
視需要地,正義股位置22之錯配'G'殘基亦可為'U'或'C'。CKAP5-2096 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之23(始於5’-末端)
5'-GAUGGAAAGAAACUAAUUUUCA A
gt-3'(SEQ ID NO:5809)
3'-ACCUACCUUUCUUUGAUUAAAAGUC
CA-5'(SEQ ID NO:716)
視需要地,正義股位置23之錯配'A'殘基亦可為'U'或'C'。CKAP5-2096 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之24(始於5’-末端)
5'-GAUGGAAAGAAACUAAUUUUCAG t
t-3'(SEQ ID NO:5810)3'-ACCUACCUUUCUUUGAUUAAAAGUCC
A-5'(SEQ ID NO:716)視需要地,正義股位置24之錯配't'殘基亦可為'a'或'c'。
CKAP5-2096 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之25(始於5’-末端)
5'-GAUGGAAAGAAACUAAUUUUCAGg a
-3'(SEQ ID NO:5811)
3'-ACCUACCUUUCUUUGAUUAAAAGUCCA
-5'(SEQ ID NO:716)
視需要地,正義股位置25之錯配'a'殘基亦可為'c'或'g'。CKAP5-2096 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之1(始於5’-末端)
5'-GAUGGAAAGAAACUAAUUUUCAGgt
-3'(SEQ ID NO:140)
3'-ACCUACCUUUCUUUGAUUAAAAGUCC U
-5'(SEQ ID NO:5812)
視需要地,反義股位置1之錯配'U'殘基亦可為'G'或'C'。CKAP5-2096 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之2(始於5’-末端)
5'-GAUGGAAAGAAACUAAUUUUCAGg
t-3'(SEQ ID NO:140)
3'-ACCUACCUUUCUUUGAUUAAAAGUC A
A-5'(SEQ ID NO:5813)
視需要地,反義股位置2之錯配'A'殘基亦可為'U'或'G'。CKAP5-2096 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之3(始於5’-末端)
5'-GAUGGAAAGAAACUAAUUUUCAG
gt-3'(SEQ ID NO:140)
3'-ACCUACCUUUCUUUGAUUAAAAGU U
CA-5'(SEQ ID NO:5814)
視需要地,反義股位置3之錯配'U'殘基亦可為'A'或'G'。CKAP5-2096 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之4(始於5’-末端)
5'-GAUGGAAAGAAACUAAUUUUCA
Ggt-3'(SEQ ID NO:140)
3'-ACCUACCUUUCUUUGAUUAAAAG C
CCA-5'(SEQ ID NO:5815)
視需要地,反義股位置4之錯配'C'殘基亦可為'A'或'G'。CKAP5-2096 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之5(始於5’-末端)
5'-GAUGGAAAGAAACUAAUUUUC
AGgt-3'(SEQ ID NO:140)
3'-ACCUACCUUUCUUUGAUUAAAA U
UCCA-5'(SEQ ID NO:5816)
視需要地,反義股位置5之錯配'U'殘基亦可為'A'或'C'。CKAP5-2096 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之6(始於5’-末端)
5'-GAUGGAAAGAAACUAAUUUU
CAGgt-3'(SEQ ID NO:140)
3'-ACCUACCUUUCUUUGAUUAAA U
GUCCA-5'(SEQ ID NO:5817)
視需要地,反義股位置6之錯配'U'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-2096 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之7(始於5’-末端)
5'-GAUGGAAAGAAACUAAUUU
UCAGgt-3'(SEQ ID NO:140)
3'-ACCUACCUUUCUUUGAUUAA U
AGUCCA-5'(SEQ ID NO:5818)
視需要地,反義股位置7之錯配'U'殘基亦可為'C'或'G'。
作為其他實例,下述結構中將此等錯配引入不對稱CKAP5-4056之DsiRNA中(新引進之錯配殘基以斜體字表示):CKAP5-4056 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之19(始於5’-末端)
5'-GGAUGUCAUUCGUAAAGAA
GUUCgt-3'(SEQ ID NO:5819)
3'-UUCCUACAGUAAGCAUUUCUACAAGCA-5'(SEQ ID NO:
840)
視需要地,正義股位置19之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-4056 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之20(始於5’-末端)
5'-GGAUGUCAUUCGUAAAGAUU
UUCgt-3'(SEQ ID NO:5820)
3'-UUCCUACAGUAAGCAUUUCUACAAGCA-5'(SEQ ID NO:840)
視需要地,正義股位置20之錯配'U'殘基亦可為'A'或'C'。CKAP5-4056 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之21(始於5’-末端)
5'-GGAUGUCAUUCGUAAAGAUGA
UCgt-3'(SEQ ID NO:5821)
3'-UUCCUACAGUAAGCAUUUCUACAAGCA-5'(SEQ ID NO:840)
視需要地,正義股位置21之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-4056 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之22(始於5’-末端)
5'-GGAUGUCAUUCGUAAAGAUGUG
Cgt-3'(SEQ ID NO:5822)
3'-UUCCUACAGUAAGCAUUUCUACAAGCA-5'(SEQ ID NO:840)
視需要地,正義股位置22之錯配'G'殘基亦可為'A'或'C'。CKAP5-4056 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之23(始
於5’-末端)
5'-GGAUGUCAUUCGUAAAGAUGUUA
gt-3'(SEQ ID NO:5823)
3'-UUCCUACAGUAAGCAUUUCUACAAGCA-5'(SEQ ID NO:840)
視需要地,正義股位置23之錯配'A'殘基亦可為'U'或'G'。CKAP5-4056 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之24(始於5’-末端)
5'-GGAUGUCAUUCGUAAAGAUGUUCt
t-3'(SEQ ID NO:5824)
3'-UUCCUACAGUAAGCAUUUCUACAAGCA-5'(SEQ ID NO:840)
視需要地,正義股位置24之錯配't'殘基亦可為'a'或'c'。CKAP5-4056 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之25(始於5’-末端)
5'-GGAUGUCAUUCGUAAAGAUGUUCga
-3'(SEQ ID NO:5825)
3'-UUCCUACAGUAAGCAUUUCUACAAGCA-5'(SEQ ID NO:840)
視需要地,正義股位置25之錯配'a'殘基亦可為'c'或'g'。CKAP5-4056 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之1(始於5’-末端)
5'-GGAUGUCAUUCGUAAAGAUGUUCgt-3'(SEQ ID NO:264)
3'-UUCCUACAGUAAGCAUUUCUACAAGCU
-5'(SEQ ID NO:5826)
視需要地,反義股位置1之錯配'U'殘基亦可為'G'或'C'。CKAP5-4056 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之2(始於5’-末端)
5'-GGAUGUCAUUCGUAAAGAUGUUCgt-3'(SEQ ID NO:264)
3'-UUCCUACAGUAAGCAUUUCUACAAGA
A-5'(SEQ ID NO:5827)
視需要地,反義股位置2之錯配'A'殘基亦可為'U'或'G'。CKAP5-4056 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之3(始於5’-末端)
5'-GGAUGUCAUUCGUAAAGAUGUUCgt-3'(SEQ ID NO:264)
3'-UUCCUACAGUAAGCAUUUCUACAAU
CA-5'(SEQ ID NO:5828)
視需要地,反義股位置3之錯配'U'殘基亦可為'A'或'C'。CKAP5-4056 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之4(始於5’-末端)
5'-GGAUGUCAUUCGUAAAGAUGUUCgt-3'(SEQ ID NO:264)
3'-UUCCUACAGUAAGCAUUUCUACAC
GCA-5'(SEQ ID NO:5829)
視需要地,反義股位置4之錯配'C'殘基亦可為'U'或'G'。
CKAP5-4056 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之5(始於5’-末端)
5'-GGAUGUCAUUCGUAAAGAUGUUCgt-3'(SEQ ID NO:264)
3'-UUCCUACAGUAAGCAUUUCUACU
AGCA-5'(SEQ ID NO:5830)
視需要地,反義股位置5之錯配'U'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-4056 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之6(始於5’-末端)
5'-GGAUGUCAUUCGUAAAGAUGUUCgt-3'(SEQ ID NO:264)
3'-UUCCUACAGUAAGCAUUUCUAA
AAGCA-5'(SEQ ID NO:5831)
視需要地,反義股位置6之錯配'A'殘基亦可為'U'或'G'。CKAP5-4056 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之7(始於5’-末端)
5'-GGAUGUCAUUCGUAAAGAUGUUCgt-3'(SEQ ID NO:264)
3'-UUCCUACAGUAAGCAUUUCUU
CAAGCA-5'(SEQ ID NO:5832)
視需要地,反義股位置7之錯配'U'殘基亦可為'C'或'G'。
另一項實例中,將此等錯配引入不對稱CKAP5-5741DsiRNA中(新引進之錯配殘基以斜體字表示):CKAP5-5741 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之19(始
於5’-末端)
5'-ACAUUGAACCAUUUCUGAU
AAAUtc-3'(SEQ ID NO:5833)
3'-ACUGUAACUUGGUAAAGACUUUUUAAG-5'(SEQ ID NO:988)
視需要地,正義股位置19之錯配'U'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-5741 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之20(始於5’-末端)
5'-ACAUUGAACCAUUUCUGAAU
AAUtc-3'(SEQ ID NO:5834)
3'-ACUGUAACUUGGUAAAGACUUUUUAAG-5'(SEQ ID NO:988)
視需要地,正義股位置20之錯配'U'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-5741 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之21(始於5’-末端)
5'-ACAUUGAACCAUUUCUGAAAU
AUtc-3'(SEQ ID NO:5835)
3'-ACUGUAACUUGGUAAAGACUUUUUAAG-5'(SEQ ID NO:988)
視需要地,正義股位置21之錯配'U'殘基亦可為'G'或'C'。CKAP5-5741 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之22(始於5’-末端)
5'-ACAUUGAACCAUUUCUGAAAAG
Utc-3'(SEQ ID NO:5836)
3'-ACUGUAACUUGGUAAAGACUUUUUAAG-5'(SEQ ID NO:988)
視需要地,正義股位置22之錯配'G'殘基亦可為'U'或'C'。CKAP5-5741 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之23(始於5’-末端)
5'-ACAUUGAACCAUUUCUGAAAAAA
tc-3'(SEQ ID NO:5837)
3'-ACUGUAACUUGGUAAAGACUUUUUAAG-5'(SEQ ID NO:988)
視需要地,正義股位置23之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-5741 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之24(始於5’-末端)
5'-ACAUUGAACCAUUUCUGAAAAAUg
c-3'(SEQ ID NO:5838)
3'-ACUGUAACUUGGUAAAGACUUUUUAAG-5'(SEQ ID NO:988)
視需要地,正義股位置24之錯配'g'殘基亦可為'a'或'c'。CKAP5-5741 25/27單元DsiRNA,錯配位置=正義股之25(始於5’-末端)
5'-ACAUUGAACCAUUUCUGAAAAAUta
-3'(SEQ ID NO:5839)
3'-ACUGUAACUUGGUAAAGACUUUUUAAG-5'(SEQ ID NO:988)
視需要地,正義股位置25之錯配'a'殘基亦可為't'或'g'。
CKAP5-5741 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之1(始於5’-末端)
5'-ACAUUGAACCAUUUCUGAAAAAUtc-3'(SEQ ID NO:412)
3'-ACUGUAACUUGGUAAAGACUUUUUAAU
-5'(SEQ ID NO:5840)
視需要地,反義股位置1之錯配'U'殘基亦可為'A'或'C'。CKAP5-5741 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之2(始於5’-末端)
5'-ACAUUGAACCAUUUCUGAAAAAUtc-3'(SEQ ID NO:412)
3'-ACUGUAACUUGGUAAAGACUUUUUAC
G-5'(SEQ ID NO:5841)
視需要地,反義股位置2之錯配'C'殘基亦可為'U'或'G'。CKAP5-5741 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之3(始於5’-末端)
5'-ACAUUGAACCAUUUCUGAAAAAUtc-3'(SEQ ID NO:412)
3'-ACUGUAACUUGGUAAAGACUUUUUU
AG-5'(SEQ ID NO:5842)
視需要地,反義股位置3之錯配'U'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-5741 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之4(始於5’-末端)
5'-ACAUUGAACCAUUUCUGAAAAAUtc-3'(SEQ ID NO:
412)
3'-ACUGUAACUUGGUAAAGACUUUUC
AAG-5'(SEQ ID NO:5843)
視需要地,反義股位置4之錯配'C'殘基亦可為'A'或'G'。CKAP5-5741 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之5(始於5’-末端)
5'-ACAUUGAACCAUUUCUGAAAAAUtc-3'(SEQ ID NO:412)
3'-ACUGUAACUUGGUAAAGACUUUA
UAAG-5'(SEQ ID NO:5844)
視需要地,反義股位置5之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-5741 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之6(始於5’-末端)
5'-ACAUUGAACCAUUUCUGAAAAAUtc-3'(SEQ ID NO:412)
3'-ACUGUAACUUGGUAAAGACUUA
UUAAG-5'(SEQ ID NO:5845)
視需要地,反義股位置6之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。CKAP5-5741 25/27單元DsiRNA,錯配位置=反義股之7(始於5’-末端)
5'-ACAUUGAACCAUUUCUGAAAAAUtc-3'(SEQ ID NO:412)
3'-ACUGUAACUUGGUAAAGACUA
UUUAAG-5'(SEQ ID NO:5846)
視需要地,反義股位置7之錯配'A'殘基亦可為'C'或'G'。
上述寡核苷酸股序列中,包括其中一個雙螺旋之正義股序列可與另一個雙螺旋之反義股組合,藉以形成獨特雙螺旋-某些例子中,此等雙螺旋包含相對於CKAP5標靶轉錄物序列為錯配之殘基,而此等序列與反義股序列並不會在此殘基上出現相對於另一者之錯配(例如,包含SEQ ID NO:5777與5790;SEQ ID NO:5778與5789;SEQ ID NO:5779與5788等等之雙螺旋均包括為此等雙螺旋之實例)。
如上述,可在如本文所說明之任何DsiRNA上引進此等錯配。
此等DsiRNA結構之錯配可以組合,使所產生DsiRNA在例如,正義股3’-末端四個核苷酸/反義股5’-末端四個核苷酸內具有2、3或甚至4個錯配。
事實上,基於可納入DsiRNA之正義股3’-末端殘基/反義股5’-末端殘基之序列之彈性,某些具體實施例中,本發明不對稱DsiRNA之序列要求可由下列(極簡型式)結構代表(以CKAP5-604之DsiRNA序列為例):5'
-UUAAGUGAAUUUGGUUCCAAAXXX[X]n
-3'
(SEQ ID NO:5847)
3'
-GGAAUUCACUUAAACCAAGGUXXXXX[X]n
-5'
(SEQ ID NO:5848)
其中n=1至5、1至10、1至20、1至30、1至50、或1至80或更高。
CKAP5-604標靶:5'-CCTTAAGTGAATTTGGTTCCAXXXXXX-3'(SEQ ID NO:5849)
CKAP5標靶位點亦可在其互補標靶位點與所示標靶位點重複之數個寡核苷酸中一個或多個所靶向之位點。例如,以CKAP5-604DsiRNA為例,應注意某些靶向重疊但僅稍微彌補CKAP5序列之DsiRNA具有類似CKAP5-604之活性程度,明確言之CKAP5-600至CKAP5-606在初次篩選期間即顯示此等效應。因此,某些具體實施例中,具有大幅重疊序列之一系列DsiRNA可有效靶向所設計之標靶序列區(例如,若考慮DsiRNA之CKAP5-604周圍位點,可列舉更多包含CKAP5標靶之序列,例如,5'-AAAGCCTTAAGTGAATTTGGTTCCAAAATCATC-3'(SEQ ID NO:5850),其中任何指定之DsiRNA(例如,選自CKAP5-600至CKAP5-606之DsiRNA)僅靶向此等序列區內之子序列,而整個序列則可視為此等一系列DsiRNA之可運用之標靶)。
此外與/或或者,正義股3’-末端4至7個核苷酸/反義股5’-末端4至7個核苷酸內之錯配可如上述與位於其他容忍錯配之位置之錯配組合。
基於本發明經由靶向專一性CKAP5序列來判別上述作為CKAP5量之抑制劑之Dicer受質劑(DsiRNA),亦發現亦可合成具有類似彼等如本文所說明結構之dsRNA,其靶向NM_001008938.3、NM_014756.3或NM_001165989.1之CKAP5序列內或其變異體內之其他序列(例如,與NM_001008938.3、NM_014756.3與/或NM_001165989.1之序列具有80%同一性、90%同一性、95%
同一性、96%同一性、97%同一性、98%同一性、99%或更高同一性之標靶序列)。
抗-CKAP5之DsiRNA設計/合成
已實驗發現,25至35個核苷酸(DsiRNA)及尤其25至30個核苷酸之較長dsRNA物質在作用之效力與效期上比19至23單元siRNA劑具有更出乎意料之有效結果。在不希望受到dsRNA處理機轉之基礎理論限制下,認為較長之dsRNA物質可以作為細胞之細胞質中Dicer酵素之受質。Dicer除了裂解本發明dsRNA成為較短節段外,並認為其可促進自已裂解之dsRNA所衍生之單股裂解產物納入RISC複合物中,其負責破壞標靶基因(CKAP5或其他與CKAP5關聯疾病或病變相關之基因)之細胞質RNA(例如,CKAP5RNA)或衍生自該標靶基因之細胞質RNA。先前研究(Rossi等人之美國專利申請案案號2007/0265220)已顯示Dicer對dsRNA物質(明確言之DsiRNA劑)之裂解性對應於dsRNA物質提高之作用效力與效期。
某些較佳抗-CKAP5之DsiRNA劑係選自預篩選之族群中。DsiRNA之設計視需要地涉及採用預估得分演算法,其在一個序列區範圍內虛擬評估許多可能之DsiRNA劑之預計活性/功效。有關此等得分演算法之設計可參見例如,Gong等人之(BMCBioinformatics
2006,7:516),但有更新的“v3”與“v4”演算法,其代表理論上比過去可自相關技藝取得之siRNA得分演算法更改良之演算法(例如,“v3”與“v4”得分演算法為機器學習之演算
法,其不依賴人類序列中之任何偏差。此外,“v3”與“v4”演算法衍生自比較舊的“v2”演算法(如:Gong等人所說明者)大許多倍之數據組。
本發明DsiRNA劑之第一與第二寡核苷酸不需要完全互補。事實上,在一項具體實施例中,該正義股之3’-末端包含一個或多個錯配。一項態樣中,在正義股3’末端引入兩個錯配。另一項具體實施例中,本發明DsiRNA為雙股RNA分子,其包含兩個長度各為27個核苷酸之RNA寡核苷酸,當彼此黏接時,在正義股3’-末端(反義股5’-末端)具有鈍端與兩個核苷酸錯配。已提出利用錯配或降低熱動力學安定性(明確言之在3’-正義/5’-反義位置)來促進或利於反義股進入RISC(Schwarz等人之2003,Cell
115:199-208;Khvorova等人之2003,Cell
115:209-216),推斷其係在siRNA進入RISC時影響某些限制速率之解旋步驟。因此,已在選拔活性21單元siRNA雙螺旋之設計演算法中包括末端鹼基組成物(Ui-Tei等人之2004,Nucleicacid Res
32:936-948;Reynolds等人之2004,Nat Biotechnol
22:326-330)。本具體實施例利用Dicer裂解dsRNA時,包含錯配之小型末端序列可保留不與反義股配對(成為3’-突出之一部份)或可從最終21-單元siRNA上完全裂解。因此此等“錯配”不堅持成為RISC最終RNA組份中之錯配。已發現Dicer受質之正義股3’-末端節段之鹼基錯配或失安定化可以改良RNAi中合成性雙螺旋之效力,推斷其係促進Dicer之處理,此點對過去設計及使用
25至30單元dsRNA(本文亦稱為“DsiRNA”;Rossi等人之美國專利申請案案號2005/0277610,2005/0244858與2007/0265220)之研究者而言係驚人的發現。
抗-CKAP5之dsRNA之修飾
抑制雙股RNA(“dsRNA”)效應之主要因素之一為利用核酸酶降解dsRNA(例如,siRNA與DsiRNA)。3’-外切核酸酶為存在於血清中之主要核酸酶活性,且反義DNA寡核苷酸3’-末端之修飾對防止降解很重要(Eder等人之1991,Antiseanse Res Dev
,1:141-151)。已判別稱為ERI-1之RNase-T家族核酸酶具有3’往5’方向外切核酸酶活性,其涉及siRNA之調節與降解(Kennedy等人之2004,Nature
427:645-649;Hong等人之2005,Biochem J
,390:675-679)。此基因亦稱為小鼠之Thex1(NM_02067)或人類之THEX1(NM_153332),且涉及組蛋白mRNA之降解;其亦介導siRNA中3’-突出之降解,但不會降解雙螺旋RNA(Yang等人之2006,Jbiol Chem
,281:30447-30454)。因此合理地預期dsRNA(包括本發明DsiRNA)之3’-末端安定化將改善安定性。
XRN1(NM_019001)為5’往3’方向外切核酸酶,其留在P小體中,且已涉及miRNA靶向之mRNA之降解(Rehwinkel等人之2005,RNA
11:1640-1647),且亦可能負責完成由siRNA所主導內部裂解而啟動之降解。XRN2(NM_012255)為涉及核RNA處理過程之獨特5’往3’方向外切核酸酶。
RNaseA為哺乳動物體內降解RNA之主要內切核酸酶活性。其專一性針對ssRNA,並裂解嘧啶鹼基之3’-末端。配合RNaseA裂解之SiRNA降解產物可在血清中培養後,利用質譜儀檢測(Turner等人之2007,Mol Biosyst
3:43-50)。3’-突出加強siRNA對RNase降解之感受性。從血清中排除RNaseA即會減少siRNA之降解;此降解作用的確展現某些序列偏好,且不利於末端具有聚A/U序列之序列(Haupenthal等人之2006Biochem Pharmacol
71:702-710)。此表示雙螺旋之較低安定性區可以“暫停”並提供暫時性單股物質被RNaseA降解。可在血清中添加RNaseA抑制劑並改良siRNA持久性與效力(Haupenthal等人之2007,Int J.Cancer
121:206-210)。
在21單元中,硫代磷酸酯或硼烷磷酸酯修飾直接安定核苷之間磷酸酯鏈結。硼烷磷酸酯修飾之RNA高度抗拒核酸酶,係強力之靜默劑,且相當無毒性。硼烷磷酸酯修飾之RNA不可使用標準化學合成方法製造,反而係採用活體外轉錄法(IVT)製造(Hall等人之2004,Nucleicacid Res
32:5991-6000;Hall等人之2006,Nucleicacid Res
34:2773-2781)。硫代磷酸酯(PS)修飾很容易用在RNA雙螺旋中任何所需位置,且可使用標準化學合成方法。PS修飾顯示隨劑量變化之毒性,因此大多數研究者均建議限制納入siRNA中,且偏向位於3'-末端,最重要係防止被核酸酶裂解(Harborth等人之2003,Antisense Nucleicacid Drug Dev
13:83-105;Chiu與Rana,2003,Mol Cell
10:549-561;
Braasch等人之2003,Biochemistry
42:7967-7975;Amarzguioui等人之2003,Nucleic Acids Research
31:589-595)。更廣泛之PS修飾可與強力之RNAi活性相容;然而,利用糖修飾(如:2’-O-甲基RNA)可能更佳(Choung等人之2006,Biochem Biophys Res Commun
342:919-927)。
核糖之2’-位置可以有許多種不同取代法,其通常提高雙螺旋安定性(Tm
)並大幅改善核酸酶抗性。2'-O-甲基RNA為出現在哺乳動物核糖體RNA與轉移RNA之天然修飾。已知siRNA中之2’-O-甲基修飾,但雙螺旋內經修飾鹼基之正確位置對保留效力很重要,且由2’-O-甲基RNA完全取代RNA將使siRNA失活。例如,採用交替2’-O-甲基鹼基之型態所具有之效力等於未修飾RNA且在血清中相當穩定(Choung等人之2006,Biochem Biophys Res Commun
342:919-927;Czauderna等人之2003,Nucleic Acids Research
31:2705-2716)。
2’-氟(2’-F)修飾亦與dsRNA(例如,siRNA與DsiRNA)功能相容;其最常在嘧啶位點(基於試劑成本與可取得性),且可與嘌呤位置之2’-O-甲基修飾組合;可取得並可利用2'-F嘌呤。這種雙螺旋之多重修飾可作為RNAi之活體外強力啟動劑(Allerson等人之2005,JMed Chem
48:901-904;Prakash等人之2005,JMed Chem
48:4247-4253;Kraynack與Baker,2006,RNA
12:163-176),並改善其用於活體內時之作用效能與效力持續期(Morrissey等人之2005,Hepatology
41:1349-1356;Morrissey
等人之2005,Nat Biotechnol
23:1002-1007)。Allerson教示一種包含交替2’-F與2’-O-Me鹼基之高效力且對核酸酶安定之鈍端19單元雙螺旋。此設計中,交替2’-O-Me殘基之位置型態與CzaudeRNA所採用者相同,然而其餘RNA殘基則轉化成2’-F修飾之鹼基。Morrissey則使用於活體內具高效力且對核酸酶具有抗性之siRNA。除了2’-O-MeRNA與2’-FRNA外,此雙螺旋尚包括DNA、RNA、反向脫鹼基殘基、及3’-末端PS核苷間鏈結。雖然廣泛修飾具有某些效益,但雙螺旋之較多限制之修飾亦會改善其活體內效能,且對製造者而言更簡單且成本較低。Soutschek等人(2004,Nature
432:173-178)於活體內使用雙螺旋且大多數RNA具有兩個2’-O-MeRNA鹼基與有限之3’-末端PS核苷間鏈結。
鎖核酸(LNA)為不同類型之2’-修飾,其可用於安定dsRNA(例如,siRNA與DsiRNA)。可保留效力之納入LNA之型態受到之限制比2'-O-甲基或2’-F鹼基更多,因此以限制修飾較佳(Braasch等人之2003,Biochemistry
42:7967-7975;Grunweller等人之2003,Nucleic Acids Res
31:3185-3193;Elmen等人之2005,Nucleic Acids Res
33:439-447)。即使在有限制下納入,但利用LNA修飾可改善dsRNA於活體內之效能,且亦可改變或改善偏離標靶之效應型態(Mook等人之2007,Mol Cancer Ther
6:833-843)。
導入至細胞或活動物體內之合成性核酸可稱為“外來物”並會啟動免疫反應。免疫刺激作用成為主
要之偏離標靶效應型態,其可大幅改變實驗結果,甚至造成細胞死亡。先天免疫系統包括集合會與介導此等反應之DNA及RNA專一性交互作用之受體分子,其中有些位於細胞質內,有些存於核內體(Marques與Williams,2005,Nat Biotechnol
23:1399-1405;Schlee等人之2006,Mol Ther
14:463-470)。陽離子性脂質或微脂粒傳遞siRNA,讓siRNA曝露在細胞質與核內體區間,使於活體外及活體內啟動1型干擾素(IFN)反應達到最大風險(Morrissey等人之2005,Nat Biotechnol
23:1002-1007;Sioud與Sorensen,2003,Biochem Biophys Res Commun
312:1220-1225;Sioud,2005,Jmol Biol
348:1079-1090;Ma等人之2005,Biochem Biophys Res Commun
330:755-759)。在細胞內轉錄之RNA之免疫原性較低(Robbins等人之2006,Nat Biotechnol
24:566-571),且當使用基於脂質方法傳遞時具免疫原性之合成性RNA,可利用機械方式引進細胞中,即使於活體內仍可規避免疫刺激(Heidel等人之2004,Nat Biotechnol
22:1579-1582)。然而,基於脂質之傳遞方法方便、有效且廣泛使用。需要有些一般策略來防止免疫反應,尤其應用於活體內時,其中所有細胞型態均存在且產生免疫反應之風險最高。使用化學修飾之RNA可解決大部份或甚至所有此等問題。
某些具體實施例中,修飾法可包括在本發明抗-CKAP5之dsRNA劑中,只要該修飾法不會阻止dsRNA劑具有CKAP5抑制活性即可。一項具體實施例中,
可進行一或多種修飾來加強Dicer處理DsiRNA劑(用於測定Dicer處理DsiRNA之分析法說明於本文中其他內容)。第二項具體實施例中,可進行一或多種修飾,產生更有效之CKAP5抑制性(如本文所說明,dsRNA之CKAP5抑制性/CKAP5抑制活性可採用相關技藝上已知方法分析,測定RNA量,或測定CKAP5多肽量,亦可改分析或外加分析,例如,CKAP5mRNA量)。第三項具體實施例中,可進行一或多種修飾,以支持更高CKAP5抑制活性(測定CKAP5抑制活性之方式說明於上述文獻)。第四項具體實施例中,可進行一或多種修飾,以提高利用各dsRNA劑分子傳遞至細胞之CKAP5抑制活性效力(CKAP5抑制活性效力說明於上述文獻)。該等修飾可引進3’-末端區、5’-末端區、3’-末端與5’-末端兩個區或有時候引進序列內各種不同位置。注意上述之限制條件,可將修飾之數量與組合納入dsRNA劑中。若出現多重修飾時,其可能相同或不同。其包括鹼基、糖部份體、磷酸酯主幹之修飾,及其組合。任一5’-末端均可磷酸化。
計畫用於磷酸酯主幹之修飾實例包括膦酸酯(包括甲基膦酸酯)、硫代磷酸酯、及磷酸三酯修飾(如:烷基磷酸三酯)等等。計畫用於糖部份體之修飾實例包括2’-烷基嘧啶,如2’-O-甲基、2’-氟、胺基,及去氧修飾等等(參見例如,Amarzguioui等人之2003,Nucleic Acids Research
31:589-595)。計畫用於鹼基之修飾實例包括去鹼基糖類、2-O-烷基修飾之嘧啶、4-硫尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、
5-碘尿嘧啶、及5-(3-胺基烯丙基)-尿嘧啶等等。亦可納入鎖核酸或LNA。許多其他修飾係已知者且可使用,只要符合上述標準即可。修飾實例亦揭示於美國專利案案號5,684,143、5,858,988與6,291,438,及美國公開專利申請案案號2004/0203145A1。其他修飾法係揭示於Herdewijn(2000,Antisense Nucleic Acid Drug Dev
10:297-310)、Eckstein(2000,Antisense Nucleic Acid Drug Dev
10:117-21)、Rusckowski等人(2000,Antisense Nucleic Acid Drug Dev
10:333-345)、Stein等人(2001,Antisense Nucleic Acid Drug Dev
11:317-25);Vorobjev等人(2001,Antisense Nucleic Acid Drug Dev
11:77-85)。
任一股均可納入一或多種修飾。在dsRNA劑中納入修飾可大幅影響dsRNA劑之特性,包括提高效力與安定性、降低毒性、加強Dicer處理、及降至最低免疫反應。一項具體實施例中,該反義股或正義股或這兩股具有一個或多個經2’-O-甲基修飾之核苷酸。另一項具體實施例中,該反義股包含經2’-O-甲基修飾之核苷酸。另一項具體實施例中,該反義股包含由經2’-O-甲基修飾之核苷酸組成之3’突出。該反義股亦可再包括其他經2’-O-甲基修飾之核苷酸。
某些具體實施例中,本發明抗-CKAP5之DsiRNA劑具有數項加強其被Dicer處理之性質。根據此等具體實施例,該DsiRNA劑之長度足以使其被Dicer處理,產生siRNA且具有至少一項下列性質:(i)DsiRNA劑係不
對稱,例如,在正義股上具有一個3’突出,與(ii)DsiRNA劑在反義股上具有修飾之3’末端,可以主導Dicer結合取向,並處理dsRNA形成活性siRNA。根據此等具體實施例,DsiRNA劑中最長股包含25至30個核苷酸。一項具體實施例中,該正義股包含25至30個核苷酸,及反義股包含25至28個核苷酸。因此,所得之dsRNA在正義股3’末端具有一個突出。該突出係1至4個核苷酸,如:2個核苷酸。該反義股亦可具有5'磷酸酯。
某些具體實施例中,DsiRNA劑之正義股係為了被Dicer處理而在正義股3’末端經合適修飾劑修飾,亦即所設計之DsiRNA劑可主導Dicer之結合與處理之取向。合適之修飾劑包括核苷酸,如去氧核糖核苷酸、二去氧核糖核苷酸、無環核苷酸等等,及立體位阻分子如螢光分子等等。無環核苷酸係由2-羥基乙氧基甲基取代正常出現在dNMP上之2’-去氧呋喃核糖基糖。其他核苷酸修飾劑包括3’-去氧腺苷(蟲草素(cordycepin))、3’-疊氮基-3’-去氧胸苷(AZT)、2’,3’-二去氧肌苷(ddI)、2’,3’-二去氧-3’-硫雜胞苷(3TC)、2’,3’-二去氫-2’,3’-二去氧胸苷(d4T),及3’-疊氮基-3’-去氧胸苷(AZT)、2’,3’-二去氧-3’-硫雜胞苷(3TC)與2’,3’-二去氫-2’,3’-二去氧胸苷(d4T)之核苷單磷酸。一項具體實施例中,可使用去氧核苷酸作為修飾劑。當使用核苷酸修飾劑時,可由1至3個核苷酸修飾劑或2個核苷酸修飾劑取代正義股3’末端之核糖核苷酸。當利用立體位阻分子時,其附接在反義股3’末端之核糖核苷酸上。因此,
股之長度不會隨所納入之修飾劑改變。另一項具體實施例中,本發明包括在dsRNA中取代兩個DNA鹼基,以主導Dicer處理定向。本發明進一步在正義股3’末端改用兩個末端DNA鹼基替代兩個核糖核苷酸,在反義股5’末端與正義股3’末端之雙螺旋上形成鈍端,並讓兩個核苷酸之RNA突出位於反義股3’-末端。其亦係一種不對稱組成物,其中DNA在鈍端及RNA鹼基在突出末端。
某些其他具體實施例中,DsiRNA劑之反義股係為了被Dicer處理而在反義股3’末端經合適修飾劑修飾,亦即所設計之DsiRNA劑可主導Dicer之結合與處理之取向。合適之修飾劑包括核苷酸,如去氧核糖核苷酸、二去氧核糖核苷酸、無環核苷酸等等,及立體位阻分子,如螢光分子等等。無環核苷酸係由2-羥基乙氧基甲基取代正常出現在dNMP上之2’-去氧呋喃核糖基糖。其他核苷酸修飾劑包括3’-去氧腺苷(蟲草素(cordycepin))、3’-疊氮基-3’-去氧胸苷(AZT)、2’,3’-二去氧肌苷(ddI)、2’,3’-二去氧-3’-硫雜胞苷(3TC)、2’,3’-二去氫-2’,3’-二去氧胸苷(d4T),及3’-疊氮基-3’-去氧胸苷(AZT)、2’,3’-二去氧-3’-硫雜胞苷(3TC)與2’,3’-二去氫-2’,3’-二去氧胸苷(d4T)之核苷單磷酸。一項具體實施例中,可使用去氧核苷酸作為修飾劑。當使用核苷酸修飾劑時,可由1至3個核苷酸修飾劑或2個核苷酸修飾劑取代反義股3’末端之核糖核苷酸。當利用立體位阻分子時,其附接在反義股3’末端之核糖核苷酸上。因此,股之長度不會隨所納入之修飾劑改變。另一項具體實施例
中,本發明包括在dsRNA中取代兩個DNA鹼基,以主導Dicer處理定向。本發明進一步在反義股3’末端改用兩個末端DNA鹼基替代兩個核糖核苷酸,在正義股5’末端與反義股3’末端之雙螺旋上形成鈍端,並讓兩個核苷酸之RNA突出位於正義股3’-末端。此係一種不對稱組成物,其中DNA在鈍端及RNA鹼基在突出末端。
正義股與反義股係在生物條件下黏接,如細胞之細胞質中之條件。此外,dsRNA之一條序列(特定言之反義股)之一區之序列長度為至少19個核苷酸,其中此等核苷酸係與反義股3’末端相鄰且與標靶CKAP5RNA之核苷酸序列充份互補。
此外,DsiRNA劑結構可經過最適化,以確保經過Dicer裂解產生之寡核苷酸節段成為最有效抑制基因表現之寡核苷酸部份。例如,在本發明一項具體實施例中,合成DsiRNA劑結構之27個鹼基對寡核苷酸,其中預期該將會抑制基因表現之21至22個鹼基對節段係位於反義股3’-末端。位於反義股5’-末端之其餘鹼基則會被Dicer裂解並棄置。此被裂解部份可為同源性(亦即依據標靶序列之序列)或非同源性並添加來延長核酸股。
美國專利案US2007/026522揭示之27單元DsiRNA即使在沒有化學修飾下,其在血清中仍顯示比對照之21單元siRNA組成物改善之安定性。DsiRNA劑之修飾,如在反義股中包括2’-O-甲基RNA,依上述型態,當與添加5’磷酸酯之修飾偶聯時,可改善DsiRNA劑之安定性。
在合成性RNA雙螺旋之所有股中添加5’-磷酸酯可能為一種較低成本之生理性方法,可提供有限程度之核酸酶安定性。
本發明dsRNA劑之化學修飾型態係設計用於加強此等製劑之功效。因此,可以設計此等修飾來避免降低dsRNA劑之效力;避免干擾Dicer處理DsiRNA劑;改善dsRNA劑在生物流體中安定性(降低核酸酶敏感性);或阻斷或規避被先天免疫系統偵測到。亦設計此等修飾來避免毒性,並避免提高成本或影響製造本發明dsRNA劑之容易度。
本發明某些具體實施例中,抗-CKAP5之DsiRNA劑具有一或多項下列性質:(i)DsiRNA劑係不對稱,例如,在反義股上具有3’突出,及(ii)DsiRNA劑在正義股上具有修飾之3’末端,以主導Dicer結合及處理dsRNA形成活性siRNA。根據此具體實施例,dsRNA中最長股包含25至35個核苷酸(例如’25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35個核苷酸)。某些此等具體實施例中,DsiRNA劑為不對稱,因此該正義股包含25至34個核苷酸,及正義股3’末端與反義股5’末端形成鈍端末端,其中反義股包含26至35個核苷酸,並在反義股3’末端形成突出。一項具體實施例中,該DsiRNA劑為不對稱,因此該正義股包含25至28個核苷酸,及反義股包含25至30個核苷酸。因此,所得之dsRNA在反義股3’末端具有一個突出。該突出為1至4個核苷酸,例如2個核苷酸。該正義股亦可具
有5’磷酸酯。
該DsiRNA劑亦可具有一或多項下列其他性質:(a)該反義股從典型21單元向右位移(例如,DsiRNA包含之反義股核苷酸長度向DsiRNA內預計Dicer裂解位點之5’延伸,因此此等反義股核苷酸與正義股預計Dicer裂解位點向3’延伸正義股中對應核苷酸形成鹼基對),(b)該等股不一定完全互補,亦即該等股可能包含簡單錯配鹼基對(某些具體實施例中,本發明DsiRNA具有1、2、3、4或甚至5個或更多個錯配鹼基對,但其限制條件為具有錯配鹼基對之DsiRNA仍保留足量之CKAP5抑制活性(例如,相對於沒有錯配鹼基對之對應DsiRNA,保留至少50%CKAP5抑制活性或更高、至少60%CKAP5抑制活性或更高、至少70%CKAP5抑制活性或更高、至少80%CKAP5抑制活性或更高、至少90%CKAP5抑制活性或更高或至少95%CKAP5抑制活性或更高)。某些具體實施例中,錯配鹼基對出現在DsiRNA之反義股與正義股之間。有些具體實施例中,錯配鹼基對出現在(或預計出現在)反義股與標靶RNA之間。某些具體實施例中,出現在反義股殘基與位在預計Ago2裂解位點之標靶RNA序列3’之標靶RNA內對應殘基之間之錯配鹼基對(群)仍保留且甚至加強本發明DsiRNA之CKAP5抑制活性,及(c)可在正義股5’末端包括鹼基修飾(如:鎖核酸(群))。“典型”21單元siRNA係採用習知技術設計。其中一項技術係在包含數種專一性針對相同標靶獨特siRNA雙螺旋之平行試驗或集合庫中共同測試各種不
同位點且希望其中一種試劑具有效力(Ji等人之2003,FEBS Lett
552:247-252)。其他技術係採用設計規則與演算法來提高取得活性RNAi效應子分子之可能性(Schwarz等人之2003,Cell
115:199-208;Khvorova等人之2003,Cell
115:209-216;Ui-Tei等人之2004,Nucleic Acids Res
32:936-948;Reynolds等人之2004,Nat Biotechnol
22:326-330;Krol等人之2004,J Biol Chem
279:42230-42239;Yuan等人之2004,Nucl Acids Res
32(Webserver issue):W130-134;Boese等人之2005,Methods Enzymol
392:73-96)。亦已發展出siRNA之高通量選拔法(美國公開專利申請案案號2005/0042641A1)。亦可利用次級結構估測法分析可能之標靶位點(Heale等人之2005,Nucleic Acids Res
33(3):e30)。這種21單元係用於設計向右位移,以便在21單元5’末端再包括3至9個外加核苷酸。此等外加核苷酸之序列沒有限制。一項具體實施例中,該外加核糖核苷酸係依據標靶基因之序列。甚至在此具體實施例中,不要求標靶序列與反義siRNA完全互補。
本發明DsiRNA劑之第一與第二寡核苷酸不需要完全互補。其僅需充份互補,以在生物條件下黏接,成為Dicer之受質,以產生可與標靶序列充份互補之siRNA。鎖核酸或LNA係熟悉此相關技術者習知者(Elmen等人之2005,Nucleic Acids Res
33:439-447;Kurreck等人之2002,Nucleic Acids Res
30:1911-1918;Crinelli等人之2002,Nucleic Acids Res
30:2435-2443;Braasch與Corey,
2001,Chem Biol
8:1-7;Bondensgaard等人之2000,Chemistry
6:2687-2695;Wahlestedt等人之2000,Proc Natl Acad Sci USA
97:5633-5638)。一項具體實施例中,LNA係納入正義股5’末端。另一項具體實施例中,LNA係納入設計在於反義股中包括3'突出之雙螺旋中正義股5’末端。
某些具體實施例中,本發明DsiRNA劑具有不對稱結構,其中正義股長度為25個鹼基對,及反義股長度為27個鹼基對,3’-突出長度為2個鹼基。其他具體實施例中,此DsiRNA劑具有不對稱結構,其進一步在正義股3’末端改包含2個去氧核苷酸替代其中兩個核糖核苷酸。
某些DsiRNA劑組成物包含兩個分開之寡核苷酸,利用第三結構鏈結。該第三結構不阻斷Dicer對DsiRNA劑之活性且不干預導向從標靶基因轉錄之RNA之破壞作用。一項具體實施例中,該第三結構可為化學鏈結基。許多合適之化學鏈結基係相關技藝上已知且可使用者。或者,該第三結構可為寡核苷酸,其鏈結DsiRNA劑之兩個寡核苷酸,使得這兩個寡核苷酸黏接形成dsRNA組成物時,可產生髮夾型結構。該髮夾型結構不阻斷Dicer對DsiRNA劑之活性且不干預導向CKAP5RNA之破壞作用。
CKAP5之cDNA與多肽序列
已知之人類與小鼠CKAP5cDNA與多肽序列包括下列:人類CKAP5轉錄物變異株1(NM_001008938.3)與2(NM_014756.3);對應人類CKAP5多肽序列GenBank登錄
號NP_001008938.1(轉錄物變異株1)與NP_055571.2(轉錄物變異株2);小鼠野生型CKAP5序列GenBank登錄號NM_001165989.1(家鼷鼠(Musmusculus)C57BL/6CKAP5轉錄物)與對應小鼠CKAP5多肽序列GenBank登錄號NP_001159461.1。
分析dsRNA之CKAP5抑制活性之活體外分析法
可採用在無細胞系統中概括分析RNAi之活體外分析法來分析CKAP5-靶向RNA序列(群)之dsRNA構築體,因此可分析dsRNA之CKAP5-專一性基因抑制活性(本文亦稱為CKAP5抑制活性)。該分析法包含Tuschl等人之1999,Gene and Development,13,3191-3197與Zamore等人之2000,Cell
,101,25-33所說明適於使用針對CKAP5之RNA之dsRNA(例如,DsiRNA)劑之系統。採用來自果蠅(Drosophila
)合胞囊胚之抽出物於活體外重組成RNAi活性。使用T7RNA聚合酶,從所選拔表現CKAP5之質體於活體外轉錄或經由化學合成法產生標靶RNA。正義與反義dsRNA股(例如,各20uM)之黏接係於緩衝液(如100mM乙酸鉀、30mMHEPES-KOH(pH7.4)、2mM乙酸鎂)中,於90℃培養1分鐘後,於37℃ 1小時,然後於溶胞緩衝液(例如,100mM乙酸鉀、30mMHEPES-KOH(pH7.4)、2mM乙酸鎂)中稀釋。可利用凝膠電泳法,在瓊脂凝膠上,於TBE緩衝液中追蹤黏接過程,並使用溴化乙錠(ethidiumbromide)染色。果蠅(Drosophila
)溶胞物製法係從含酵母糖蜜洋菜上收集來自
OregonR果蠅之年齡為0至2小時之胚胎,經過脫氯及溶胞。取溶胞物離心,並單離上清液。該分析法包含之反應混合物含有50%溶胞物[體積/體積]、RNA(10-50pM終濃度),及含dsRNA(10nM終濃度)之10%[體積/體積]溶胞緩衝液。反應混合物亦包含10mM肌酸磷酸酯、10ug/ml肌酸磷酸激酶、100um GTP、100uM UTP、100uM CTP、500uM ATP、5mM DTT、0.1U/uL RNasin(Promega),及100uM各胺基酸。調整乙酸鉀終濃度至100mM。該反應先於冰上組合,於25℃預培養10分鐘後再添加RNA,然後於25℃再培養60分鐘。添加4份體積比之1.25x被動溶胞緩衝液(Passive Lysis Buffer)(Promega)中止反應。採用RT-PCR分析法或相關技藝上已知其他方法分析標靶RNA之裂解,並與反應中不使用dsRNA之對照組比較。
或者,用於分析法之作為內部標記之標靶RNA之製法為於活體外,在[α-32
P]CTP之存在下,採用旋轉層析法通過G50 Sephadex管柱,進一步純化即作為標靶RNA使用。視需要地,使用T4聚核苷酸激酶在標靶RNA上標記5'-32
P-末端。如上述進行分析法,並於凝膠之放射自顯影法上目視觀測標靶RNA及由RNAi產生之專一性RNA裂解產物。採用PHOSPHOR IMAGER®(放射自顯影法)定量代表完整對照組RNA或來自沒有dsRNA之對照反應之RNA之條帶,及分析法所產生之裂解產物,決定裂解百分比。
一項具體實施例中,採用此分析法來決定
dsRNA所介導RNAi裂解作用之CKAP5之RNA標靶中之標靶位點,其中為RNAi所介導裂解CKAP5之RNA標靶篩選許多dsRNA構築體,例如,採用帶標記之標靶RNA之電泳法或採用北方墨點法,及採用相關技藝上已知之其他方法來分析反應。
某些具體實施例中,若例如,在系統、細胞、組織或生物體觀察到之CKAP5之RNA量比合適之對照組降低50%時,則認為本發明之dsRNA具有CKAP5抑制活性。其他公認測定本發明dsRNA之CKAP5抑制活性之範圍係如上述文獻說明。
抗-CKAP5之dsRNA劑之偶聯與傳遞
某些具體實施例中,本發明係有關一種治療患有CKAP5關聯疾病或病變或有發展出CKAP5關聯疾病或病變之風險之個體之方法。此等具體實施例中,dsRNA可作為調控CKAP5關聯疾病或病變之新穎醫療劑。該方法包括對患者(例如,人類)投與本發明醫藥組成物,以降低CKAP5RNA之表現、量與/或活性。即使本發明dsRNA導向針對CKAP5轉錄物之非編碼區(例如,標靶之5’UTR或3’UTR序列),該本發明dsRNA亦可降低該由CKAP5RNA編碼之多肽之表現、量與/或活性。由於本發明dsRNA具有高度專一性,因此其可專一性靶向細胞與組織之CKAP5序列,若個體與/或族群中出現多形性對偶基因時,其視需要地依對偶基因專一性方式專一性靶向細胞與組織之CKAP5序列。
在治療CKAP5關聯疾病或病變時,由dsRNA與個體之細胞或組織接觸,例如,出現CKAP5失調與/或目標在於降低CKAP5量之個體之細胞或組織。例如,可於活體內或於活體外,由實質上與所有或一部份CKAP5RNA序列相同之dsRNA接觸或引至此等細胞中。同樣地,可由實質上與所有或一部份CKAP5之RNA序列相同之dsRNA直接投與患有CKAP5關聯疾病或病變或有發展出CKAP5關聯疾病或病變風險之個體。
本發明dsRNA劑之醫療用途可涉及使用包含多種不同dsRNA劑序列之dsRNA劑調配物。例如,可組合使用兩種或更多種、三種或更多種、四種或更多種、五種或更多種等等本文說明之製劑,所製成調配物可以例如,CKAP5-靶向之RNA之多種不同區,或不僅CKAP5-靶向之RNA,而且靶向例如,與CKAP5關聯疾病或病變相關之細胞標靶基因。本發明dsRNA劑亦構築成讓dsRNA劑之任一股分別獨立CKAP5-靶向之RNA之兩個或更多個區,或讓dsRNA劑之其中一股靶向相關技藝上已知CKAP5之細胞標靶基因。
利用靶向標靶核酸分子中超過一個區之多功能dsRNA分子亦可強力抑制CKAP5之RNA量與表現。例如,本發明之單一多功能dsRNA構築體可同時CKAP5-靶向-604與CKAP5-853位點;此外及/或或者,本發明單功能或多功能劑可設計用於選擇性靶向其中一種CKAP5之剪接變異株優先於另一種。
因此,本發明dsRNA劑可個別使用,或與其他供治療、抑制、降低或預防CKAP5關聯疾病或病變之藥物組合或合併使用。例如,dsRNA分子可投與個體或可投與熟悉此相關技術者咸了解之其他適當細胞,其可於適合治療之條件下單獨使用或組合一或多種藥物使用。
dsRNA分子亦可用於與其他已知治療、抑制、降低或預防個體或生物體之CKAP5關聯疾病或病變之治療法組合。例如,如相關技藝上已知,該所說明之分子可與一或多種已知治療、抑制、降低或預防個體或生物體CKAP5關聯疾病或病變之化合物、治療法或程序組合使用。
本發明dsRNA劑可偶聯(例如,在其正義或反義股之5’或3’末端)或未偶聯其他部份體(例如,非核酸部份基團,如肽)、有機化合物(例如,染劑、膽固醇等等)。依此方式修飾dsRNA劑可使所得dsRNA劑衍生物比對應之未偶聯dsRNA劑更改善細胞吸收或加強細胞靶向活性,且適用於在細胞中追蹤dsRNA劑衍生物,或比對應之未偶聯dsRNA劑更改善dsRNA劑衍生物之安定性。
導入核酸、載體、及宿主細胞之方法
本發明dsRNA劑可直接導入至細胞中(亦即細胞內);或從細胞外進入腔室、間質空間、導入至生物體之循環中、經口導入、或可藉由細胞或生物體浸入包含核酸之溶液中而導入。血管或血管外循環、血液或淋巴系統,及腦脊髓液均為可以引進核酸之位點。
本發明dsRNA劑可利用相關技藝上已知核
酸傳遞法導入,包括注射包含核酸之溶液、使用被核酸包覆之粒子撞擊、由細胞或生物體浸泡在核酸溶液中、或由細胞膜在核酸之存在下進行電穿孔法。可採用相關技藝上已知其他將核酸導入至細胞之方法,如脂質介導之載劑轉運法、化學介導之轉運法,及陽離子性微脂粒轉染法,如磷酸鈣等等。核酸可與其他用於執行一或多種下列活性之組份一起引進:加強細胞吸收核酸或提高抑制標靶CKAP5之RNA。
具有標靶CKAP5之RNA之細胞可來自生殖系或體細胞系、全能細胞或多功能細胞、分裂或未分裂、軟組織或上皮、永生或已轉化等等細胞。該等細胞可為幹細胞或已分化細胞。已分化細胞型態包括脂肪細胞、纖維母細胞、肌細胞、心肌細胞、內皮、神經元、神經膠質、血球細胞、大核細胞、淋巴細胞、巨噬細胞、嗜中性白血球、嗜伊紅性白血球、嗜鹼性白血球、肥大細胞、白血球、粒細胞、角質細胞、軟骨細胞、骨母細胞、破骨細胞、肝細胞,及內分泌或外分泌腺體之細胞。
依特定標靶CKAP5之RNA序列及所傳遞dsRNA劑物材料之劑量而定,此過程可以讓CKAP5之RNA之功能部份或完全喪失。例如,可以讓至少50%、60%、70%、80%、90%、95%或99%或更高之標靶細胞降低或喪失RNA量或表現(CKAP5之RNA表現或所編碼多肽表現)。抑制CKAP5之RNA量或表現係指CKAP5之RNA或CKAP5之RNA所編碼蛋白質之量不存在(或觀察到顯著降低)。專
一性係指有能力抑制CKAP5之RNA,不顯著影響細胞之其他基因。該抑制結果可藉由檢測細胞或生物體之外顯性質或藉由生物技術確認(如:RNA溶液雜交法、核酸酶保護法、北方雜交法、反轉錄法、利用微陣列追蹤基因表現、抗體結合性、酵素連結免疫吸附分析法(ELISA)、西方墨點法、放射免疫分析(RIA)、其他免疫分析法,及螢光活化細胞分析法(FACS))。本發明dsRNA劑對標靶CKAP5之RNA序列(群)之抑制性亦可於活體內或於活體外依據投與此等dsRNA劑對CKAP5關聯疾病或病變之發展與/或進展之影響來量測,例如,腫瘤形成、生長、轉移等等。腫瘤或癌症細胞量之治療與/或降低可包括經由對細胞、組織或個體投與本發明dsRNA劑來遏止或降低腫瘤生長或癌症細胞量,或使癌症細胞量達到降低例如,10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%或99%或更高,且亦可依對數級測定,降低例如,10倍、100倍、1000倍、105
倍、106
倍、107
倍。
對細胞株或完整生物體中RNA所介導之抑制作用,可在容易分析其蛋白質產物之報導子或藥物抗性基因中測定其表現。此等報導子基因包括乙醯基羥基酸合成酶(AHAS)、鹼性磷酸酶(AP)、β半乳糖苷酶(LacZ)、β葡醣醛酸酶(GUS)、氯黴素乙醯基轉移酶(CAT)、綠色螢光蛋白質(GFP)、辣根過氧化酶(HRP)、螢光素酶(Luc)、胭脂胺酸合成酶(NOS)、章魚鹼合成酶(OCS),及其衍生物。有許多種對氨苄青黴素、博來黴素、氯霉素、慶大黴素、潮
黴素、卡那黴素(kanamycin)、林可黴素(lincomycin)、胺甲蝶呤、草胺膦(phosphinothricin)、嘌呤黴素(puromycin),及四環素具有抗性之可選拔標記物可以使用。依分析法而定,由基因表現量之定量法可以決定比未根據本發明處理之細胞高出10%、33%、50%、90%、95%或99%之抑制性。
少部份之細胞(例如,至少10%、20%、50%、75%、90%或95%之標靶細胞)在較低劑量之注射材料及投與RNA靜默劑後之較長時間下即可能造成抑制性。細胞中基因表現之定量法可能在標靶CKAP5之RNA之累積量或標靶蛋白質轉譯量上測得類似之抑制結果。例如,可分析細胞中基因產物量來決定抑制效力;可使用具有用於抑制性dsRNA區外之核苷酸序列之雜化探針檢測RNA,或可使用針對該區之多肽序列所產生之抗體檢測所轉譯之多肽。
dsRNA劑之可導入量為可以使每個細胞傳遞至少一個套數。更高劑量(例如,每個細胞至少5、10、100、500或1000個套數)之材料可能產生更有效之抑制性;較低劑量亦可能適用於特定用途。
CKAP5生物學與CACKAP5-靶向之療法
CKAP5為一種微管關聯蛋白質,其在人體內由CKAP5基因編碼(Nagase等人之DNA Res.
2:37-43;Charrasse等人之Eur J Biochem
234:406-13;“Entrez基因:CKAP5細胞骨架關聯蛋白質5(EntrezGene:CKAP5 cytoskeleton associated protein 5)”)。CKAP5亦稱為ch-TOG,及爪蟾(Xenopus
)CKAP5同系物為XMAP215(Cassimeris與
Morabito之Molecular Biology of the Cell
15:1580-1590)。
CKAP5蛋白質在紡錘體形成中扮演至少兩種獨特角色:其保護著絲點微管被MCAK(KIF2C)解聚化,而CKAP5蛋白質亦在中心體微管組裝中扮演必要角色(其係不依賴MCAK活性之獨立功能)(Barr與Gergely.Molecular and Cellular Biology
28:7199-7211)。其亦顯示會與TACC1(其係可能之乳癌基因)交互作用(Conte等人之Oncogene
22:8102-16;Lauffart等人之Biochem.J.
363:195-200;“Entrez Gene:TACC1轉形、含有捲曲螺旋酸性重複蛋白1(TACC1 transforming,acidic coiled-coil containing protein 1)”)。
本發明CKAP5-抑制性雙股核酸可以單獨使用或與任何相關技藝上已知之CKAP5-靶向之療法組合使用。
醫藥組成物
某些具體實施例中,本發明提供一種包含本發明dsRNA劑之醫藥組成物。dsRNA劑樣本可經過適當調配並利用任何可讓足量樣本進入細胞中以引發基因靜默(若可以發生時)之方式引至細胞環境中。相關技藝上已知許多dsRNA之調配物,並可使用,只要dsRNA得以進入標靶細胞內並發揮作用即可。參見例如,美國公開專利案案號2004/0203145A1與2005/0054598A1。例如,本發明dsRNA劑可在緩衝液中調配,如磷酸鹽緩衝生理食鹽溶液、微脂
粒、微胞結構、及殼體。可採用利用陽離子脂質調配之dsRNA劑來促進dsRNA劑轉染至細胞內。可使用例如,陽離子性脂質,如微脂體(lipofectin)(美國專利案案號5,705,188)、陽離子性甘油衍生物、及聚陽離子性分子,如聚離胺酸(公開之PCT國際申請案WO97/30731)。合適脂質包括寡染胺(oligofectamine)、脂染胺(Lipofectamine)(LifeTechnologies)、NC388(Ribozyme Pharmaceuticals,Inc.,Boulder,Colo.)、或FuGene6(Roche),其均可依據製造商之指示使用。
此等組成物通常包括核酸分子與醫藥上可接受之載劑。本文所採用術語"醫藥上可接受之載劑"包括可與醫藥投藥法相容之生理食鹽水、溶劑、勻散介質、包衣、抗細菌劑與抗真菌劑、等滲劑與延遲吸收劑等等。亦可在組成物中納入補充活性化合物。
醫藥組成物係調配成可與其計畫投藥途徑相容。投藥途徑實例包括非經腸式,例如,經靜脈內、皮內、皮下、經口(例如,吸入)、穿皮式(表面局部)、穿黏膜、及經直腸投藥。用於非經腸式、皮內、或皮下施用之溶液或懸浮液包括下列組份:無菌稀釋劑,如注射用水、生理食鹽水溶液、非揮發性油、聚乙二醇類、甘油、丙二醇或其他合成性溶劑;抗細菌劑,如苯甲醇或對羥基苯甲酸甲酯;抗氧化劑,如抗壞血酸或亞硫酸氫鈉;螯合劑,如乙二胺四乙酸;緩衝劑,如乙酸鹽、檸檬酸鹽或磷酸鹽,及用於調整滲透性之製劑,如氯化鈉或右旋糖。可使用酸或
鹼類調整pH,如鹽酸或氫氧化鈉。非經腸式製劑可包裝在玻璃或塑膠製之安瓿、可棄式針筒或多劑量小瓶。
適合注射用之醫藥組成物包括無菌水溶液(若可溶於水時)或勻散液,及用於臨用前才製成無菌注射溶液或勻散液之無菌粉末。供靜脈內投藥時,合適載劑包括生理食鹽水、制菌水、Cremophor EL.TM.(BASF,Parsippany,N.J.)或磷酸鹽緩衝生理食鹽水(PBS)。所有例子中,該組成物必需無菌且應呈容易從針筒流出之流體程度。其應在製造與儲存條件下安定且必需防止微生物污染作用,如細菌與真菌。該載劑可為溶劑或勻散介質,包含例如,水、乙醇、多元醇(例如,甘油、丙二醇、與液態聚乙二醇等等),及其合適混合物。可藉由例如,使用包衣(如:卵磷脂)、維持所需粒徑(若為勻散液時)、及利用表面活性劑,來維持適當流體性。可利用各種不同抗細菌劑與抗真菌劑防止微生物之作用,例如,對羥基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚、抗壞血酸、硫柳汞等等。許多例子中,組成物中較佳係包括等滲劑,例如,糖類、多元醇類(如:甘露糖醇、山梨糖醇)、氯化鈉。可在注射組成物中包括延遲吸收製劑來延遲吸收該組成物,例如,單硬脂酸鋁與明膠。
無菌注射溶液製法為將所需量活性化合物與上述一種成份或成份組合依需要納入所選用溶劑中,然後過濾除菌。通常,勻散液製法為將活性化合物納入無菌媒劑中,其包含基本勻散介質,及依需要選自上述之其他成份。若為用於製備無菌注射溶液之無菌粉末時,較佳製
法為真空乾燥法與冷凍乾燥法,可產生活性成份加上來自其先過濾除菌之溶液之任何其他所需成份之粉末。
經口組成物通常包括惰性稀釋劑或可食性載劑。用於經口醫療性投藥時,活性化合物可與賦形劑一起納入,並呈錠劑、口含錠或膠囊型式使用,例如,明膠囊。經口組成物亦可使用液態載劑,製成漱口水使用。可包括醫藥上可相容之結合劑及/或輔劑材料成為組成物之一部份。錠劑、丸劑、膠囊、口含錠等等可包含任何下列成份或類似性質之化合物:結合劑,如微晶纖維素、黃蓍膠或明膠;賦形劑,如澱粉或乳糖;崩解劑,如藻酸、Primogel或玉米澱粉;潤滑劑,如硬脂酸鎂或Sterotes;助流劑,如二氧化矽膠體;甜味劑,如蔗糖或糖精;或調味劑,如辣薄荷、水楊酸甲酯、或柳橙香料。
經吸入投藥時,該等化合物係呈氣霧劑形式傳遞,從包含合適推進劑(例如,氣體,如二氧化碳)或霧化劑之加壓容器或配藥器中噴灑。此等方法包括彼等說明於美國專利案案號6,468,798中之方法。
亦可採用穿黏膜或穿皮式方式全身性投藥。供穿黏膜式或穿皮式投藥時,可在調配物中使用適合通透障壁之滲透劑。此等滲透劑係相關技藝上習知且包括例如,供穿黏膜式投藥之洗劑(depergents)、膽鹽及梭鏈孢酸衍生物。可利用鼻噴液或栓劑達成穿黏膜式投藥法。穿皮式投藥法之活性化合物係調配成相關技藝上已知之油膏、軟膏、凝膠或乳霜。
該等化合物亦製成栓劑形式(例如,使用習知之栓劑基質如:可可奶油與其他甘油酯)或供經直腸傳遞之保留灌腸劑。
化合物亦可使用相關技藝上已知方法轉染或感染,包括(但不限於):說明於McCaffrey等人之(2002),Nature,418(6893),38-9(流體基因轉染法);Xia等人之(2002),Nature Biotechnol.,20(10),1006-10(病毒介導傳遞法);或Putnam(1996),Am.J.Health Syst.Pharm.53(2),151-160,勘誤於Am.J.Health Syst.Pharm.53(3),325(1996)之方法。
該等化合物亦可採用適合投與核酸劑之方法投藥,如DNA疫苗。此等方法包括基因槍、生物注射器、與皮膚貼布,及無針頭方法(如揭示於美國專利案案號6,194,389之微粒子DNA疫苗技術,及美國專利案案號6,168,587所揭示使用粉末形式疫苗之哺乳動物穿皮式無針頭接種疫苗法。此外亦可經鼻傳遞,其特別說明於Hamajima等人之(1998),Clin.Immunol.Immunopathol.,88(2),205-10。亦可使用微脂粒(例如,說明於美國專利案案號6,472,375)與微膠囊。亦可使生物可降解性可靶向之微粒傳遞系統(例如,說明於美國專利案案號6,471,996)。
一項具體實施例中,該活性化合物可使用會保護化合物以免被身體快速清除之載劑製備,如調控制釋放調配物,包括植入物與微包埋傳遞系統。可使用生物可降解性、生物相容性聚合物,如伸乙基乙烯乙酸酯、聚酸酐、聚乙醇酸、膠原蛋白、聚原酸酯、及聚乳酸。此等
調配物可採用標準技術製備。該等材料亦可從Alza Corporation與Nova Pharmaceuticals,Inc.取得商品。亦可使用微脂粒懸浮液(包括靶向接受對於病毒抗原之單株抗體感染之細胞之微脂粒)作為醫藥上可接受之載劑。其可根據彼等熟悉此相關技術者已知之方法製備,例如,說明於美國專利案案號4,522,811。
此等化合物之毒性與醫療功效可採用標準醫藥程序,在細胞培養物或實驗動物中測定,例如,測定LD50
(造成50%族群死亡時之劑量)及ED50
(有效醫療50%族群時之劑量)。毒性與醫療效力之間之比值即為醫療指數,並以LD50
/ED50
比值表示。以醫療指數高之化合物較佳。雖然可能使用具有毒性副作用之化合物,但仍應小心設計讓此等化合物靶向該受影響組織之位點之傳遞系統,以使未受影響之細胞可能受到之傷害降至最低,並藉以降低副作用。
得自細胞培養分析法與動物試驗之數據可用於調配用於人類之劑量範圍。此等化合物之劑量最好落在包括極低或無毒性之ED50
之循環濃度範圍內。劑量可依所採用劑型及所利用之投藥途徑,在此範圍內變化。本發明方法所使用化合物之醫療有效劑量可先從細胞培養分析法估測。可在動物模式中調配劑量,以達到包括於細胞培養物中決定之IC50
(亦即試驗化合物使症狀達到一半最大抑制性時之濃度)在內之循環血漿濃度範圍。此等資訊可用於更精確決定適用於人類之劑量。可藉由,例如,高效液
相層析法測定血漿中濃度。
如本文之定義,核酸分子之醫療有效量(亦即有效劑)依所選擇之核酸而定。例如,可投與在約1pg至1000mg之範圍內之單一劑量dsRNA(或例如,編碼此等dsRNA之構築體(群));有些具體實施例中,可投與10、30、100、或1000pg,或10、30、100、或1000ng,或10、30、100、或1000μg,或10、30、100、或1000mg。有些具體實施例中,可投與1至5g組成物。該組成物可每天投與一次或多次至每週投與一次或多次;包括每隔一天投與一次。熟悉此相關技術者咸了解,某些因素可能影響有效治療個體之劑量與投藥時間,包括(但不限於):疾病或病變之嚴重性、過去之治療、個體之一般健康與/或年齡、及其他存在之疾病。此外,使用醫療有效量之核酸(例如,dsRNA)、蛋白質、多肽、或抗體治療個體時,可包括一次治療或較佳可包括一系列治療。
本發明核酸分子可嵌插至表現構築體內,例如,病毒載體、反轉錄病毒載體、表現卡匣、或質體病毒載體,例如,採用相關技藝上已知之方法,包括(但不限於):彼等說明於如上述Xia等人之(2002)之文獻之方法。表現構築體可採用,例如,吸入法、經口、靜脈內注射、局部投藥(參見美國專利案案號5,328,470)或採用立體定位注射法(參見例如,Chen等人之(1994),Proc.Natl.Acad.Sci.USA,91,3054-3057)傳遞給個體。傳遞載體之醫藥製劑可在可接受之稀釋劑中包括載體,或可包含可包埋傳遞媒劑之
緩釋性基質。或者,若可由重組細胞完整產生完全傳遞載體(例如,反轉錄病毒載體)時,該醫藥製劑可包括一個或多個可產生基因傳遞系統之細胞。
該表現構築體可為適用於適當表現系統中之構築體包括但不限於,相關技藝上已知之反轉錄病毒載體、線性表現卡匣、質體、與病毒或病毒衍生之載體。此等表現構築體可包括一個或多個可誘發之發動子、RNAPolIII發動子系統,如U6snRNA發動子或H1RNA聚合酶III發動子、或相關技藝上已知之其他發動子。構築體可包括siRNA之一或兩股。表現兩股之表現構築體亦包括鏈結兩股之環結構,或各股可由相同構築體內分開之發動子分開轉錄。各股亦可由分開之表現構築體轉錄,例如,Tuschl(2002,Nature Biotechnol
20:500-505)。
咸了解,導入dsRNA劑進入細胞環境中方法將隨細胞型態及其環境之組成決定。例如,當細胞存在於液體內時,較佳調配法係使用脂質調配,如:於脂染胺(Lipofectamine)中,及直接添加dsRNA劑至該細胞液體環境中。液體調配物亦可如經靜脈內、肌內、或腹膜內注射,或經口或經吸入或相關技藝上已知其他方法投與動物。當該調配物適合投與動物(如哺乳動物,且更明確言之人類)時,該調配物亦為醫藥上可接受者。可使用已知用於投與寡核苷酸之醫藥上可接受之調配物。有些例子中,較佳係於緩衝液或生理食鹽水溶液中調配dsRNA劑,並直接注射所調配之dsRNA劑至細胞內,如當使用卵細胞試驗時。亦
可直接注射dsRNA劑雙螺旋。適合引進dsRNA(例如,DsiRNA劑)之方法可參見美國公開專利申請案案號2004/0203145A1。
必需導入適量之dsRNA劑,且此等用量可採用標準方法經過實驗決定。個別dsRNA劑物質在細胞環境中之一般有效濃度為50奈莫耳濃度或更低、10奈莫耳濃度或更低,或可使用濃度為1奈莫耳濃度或更低之組成物。另一項具體實施例中,使用濃度為200皮莫耳濃度或更低、100皮莫耳濃度或更低、50皮莫耳濃度或更低、20皮莫耳濃度或更低,及甚至濃度為10皮莫耳濃度或更低、5皮莫耳濃度或更低、2皮莫耳濃度或更低、或1皮莫耳濃度或更低之方法可用在許多環境中。
進行該方法時,可添加dsRNA劑組成物至可讓細胞存活之細胞外基質中,但其限制條件為該dsRNA劑組成物應調配成可讓足量dsRNA劑進入細胞以發揮其效用。例如,該方法適用於存在於下述者之細胞,如液體培養物或細胞生長培養基之液體中、組織外植體中、或完整生物體中,包括動物,如:哺乳動物,尤指人類。
可採用目前相關技藝上已知或後來發展之合適方法測定CKAP5之RNA之量或活性。咸了解,用於測定標靶RNA與/或標靶RNA表現之方法可隨標靶RNA性質而定。例如,若標靶CKAP5之RNA序列編碼蛋白質時,術語“表現”可指衍生自CKAP5基因(基因組或外來基因)之蛋白質或CKAP5之RNA/轉錄物。此等例子中,可直接
測定CKAP5之RNA/轉錄物之量或測定CKAP5蛋白質之量來決定標靶CKAP5之RNA之表現。可在蛋白質分析法中測定蛋白質,如染色法或免疫墨點法,或若蛋白質催化可測定之反應時,則可測定反應速率。所有此等方法均係相關技藝上已知且可以使用。若要測定標靶CKAP5之RNA量時,可採用相關技藝上已知之檢測RNA量之方法(例如,RT-PCR、北方墨點法等等)。使用本發明dsRNA劑CKAP5-靶向之RNA時,亦可預期可藉由測定個體、組織、細胞(活體外或活體內)、或於細胞抽出物中測定dsRNA劑所降低之CKAP5之RNA或蛋白質量,來決定CKAP5關聯表型(例如,疾病或病變,例如,癌症或腫瘤形成、生長、轉移、擴散等等)之降低程度。上述測定法可在細胞、細胞抽出物、組織、組織抽出物或其他合適之來源材料進行。
可採用可快速檢測RNA量變化之合適方法測定CKAP5之RNA之表現是否降低。通常,該測定法係將未消解之dsRNA引至細胞環境中,以使至少一部份dsRNA劑進入細胞質,並測定標靶RNA之量。亦在相同之未處理細胞中進行相同測定,並比較各測定所得之結果。
dsRNA劑可調配成包含醫藥有效量dsRNA劑與醫藥上可接受之載劑之醫藥組成物。醫藥或醫療有效量係指該dsRNA劑用量可以有效產生期望之藥理、醫療或預防結果。片語“醫藥有效量”與“醫療有效量”或簡稱“有效量”係指該RNA用量可以有效產生期望之藥理、醫療或預防結果。例如,若當與疾病或病變關聯之可測定參
數降低至少20%才可視為有效之該臨床治療法時,則治療該疾病或病變之藥物之醫療有效量為使該參數降低至少20%時所需之用量。
本發明之適當調配醫藥組成物可採用相關技藝上已知方式投與,如非經腸式途徑,包括靜脈內、肌內、腹膜內、皮下、穿皮式、呼吸道(氣霧劑)、經直腸、陰道與表面局部(包括頰內與舌下)投藥法。有些具體實施例中,醫藥組成物係經靜脈內或腹膜內輸注或注射投藥。
通常,dsRNA之合適劑量單位範圍為每天接受者每公斤體重0.001至0.25毫克、或在每天每公斤體重0.01至20微克之範圍內、或在每天每公斤體重0.001至5微克之範圍內、或在每天每公斤體重1至500奈克之範圍內、或在每天每公斤體重0.01至10微克之範圍內、或在每天每公斤體重0.10至5微克之範圍內、或在每天每公斤體重0.1至2.5微克之範圍內。包含dsRNA之醫藥組成物可以一天投藥一次。然而,醫療劑亦可呈包含2、3、4、5、6或更多個小劑量之劑量單位,在一天內依適當間隔投藥。此時,含在各小劑量中之dsRNA必需對應地減少,以達到每日總劑量單位。該劑量單位亦可化合成供持續數天之單一劑量,例如,使用習知持續釋放調配物,其提供一種可連續在數天內持續且恆定釋放dsRNA。持續釋調配物係相關技藝上習知者。此具體實施例中,劑量單位包含對應之多重日劑量。不論哪種調配物,醫藥組成物之dsRNA含量必需足以在接受治療之動物或人類中抑制標靶基因之
表現。該組成物之化合方式應使多重單位之dsRNA之總量共同達到充份劑量。
數據可得自細胞培養分析法與動物試驗法,供調配適合人類之劑量範圍。本發明組成物之劑量落在包括極低或無毒性之ED50
(依已知方法決定)之循環濃度之範圍內。該劑量可隨所採用劑型及所利用之投藥途徑,在此範圍內變化。本發明方法所使用化合物之醫療有效劑量可先從細胞培養分析法估測。可在動物模式中調配劑量,以達到包括於細胞培養物中決定之IC50
(亦即試驗化合物使症狀達到一半最大抑制性時之濃度)在內之循環血漿濃度範圍。此等資訊可用於更精確決定適用於人類之劑量。可藉由標準方法(例如,高效液相層析法)測定血漿中dsRNA濃度。
該醫藥組成物可連同投藥說明書一起包括在套組、容器、包裝或配藥器中。
治療方法
本發明提供一種為處於(或容易罹患)因完全或部份由CKAP5引起之疾病或病變(例如,CKAP5轉錄物與/或CKAP5蛋白質含量失調與/或提高)之風險之個體或可藉由選擇性CKAP5-靶向而治療之個體預防及醫療方法。
本文所採用“處理”或“治療”之定義為對罹患疾病或病變、出現疾病或病變症狀或有罹患疾病或病變傾向之患者施用或投與醫療劑(例如,dsRNA劑或載體或其編碼轉基因),或對來自該患者之單離組織或細胞株施
用或投與醫療劑,目的在於治療、治癒、減輕、緩解、改變、補救、舒緩、改善或影響該疾病或病變、疾病或病變之症狀或罹患該疾病之傾向。
一項態樣中,本發明提供一種如上述為個體預防疾病或病變之方法(包括例如,藉由抑制CKAP5表現來預防個體內開始出現轉化事件),其係對個體投與醫療劑(例如,dsRNA劑或載體或其編碼轉基因)。處於該疾病風險之個體可藉由,例如,如本文所說明之一種或組合之診斷或預後分析法判斷。可在為個體檢測,例如,癌症或出現疾病或病變症狀特徵之前投與預防劑,以供預防疾病或病變或延緩其進展。
本發明另一項態樣係有關一種醫療性處理個體之方法,亦即改變疾病或病變之症狀發病。此等方法可於活體外進行(例如,由細胞與dsRNA劑培養),或者於活體內進行(例如,對該個體投與dsRNA劑)。
基於預防性與醫療性兩種處理法,此等處理法可依據藥物基因體學領域之知識專一性訂製或修改。本文所採用“藥物基因體學”係指應用在臨床發展上及市場上之藥物之基因體學技術(如:基因定序、統計基因學、及基因表現分析法)。更明確言之,該術語係指研究患者之基因如何決定他(她)對藥物之反應(例如,患者之“藥物反應表型”或“藥物反應基因型”)。因此,本發明另一項態樣提供一種使用本發明標靶CKAP5之RNA分子或標靶CKAP5之RNA調控劑,根據個體之藥物反應基因型訂製個
體之預防或醫療性處理之方法。藥物基因體學可以讓臨床人士或醫師針對能從該處理獲得最大效益之患者提供專一性預防或醫療處理,並避免患者經歷到與藥物相關之毒性副作用。
醫療劑可於所選擇之動物模式中測試。例如,dsRNA劑(或表現載體或其編碼轉基因)可如本文所說明用於動物模式中,來決定該製劑之治療功效、毒性、或副作用。或者,可在動物模式中使用該製劑(例如,醫療劑)來決定此等製劑之作用機轉。
適用於分析CKAP5之mRNA量與表現之下調程度之模式
細胞培養
例如,使用下列程序可測試本發明dsRNA劑於活體內之裂解活性。本發明dsRNA劑所CKAP5-靶向之cDNA內之核苷酸序列係如上述CKAP5序列。
本發明dsRNA試劑可於細胞培養物中,使用HeLa或其他哺乳動物細胞測試,以決定CKAP5之RNA與CKAP5蛋白質之抑制程度。某些具體實施例中,如本文所說明,選拔對抗CKAP5標靶之DsiRNA試劑(例如,參見第1圖,及上述結構)。此等試劑藉由合適轉染劑傳遞給例如,培養之HeLa細胞或培養物中其他轉化或未轉化哺乳動物細胞後,測定CKAP5之RNA抑制性。利用即時PCR擴增追蹤法(例如,ABI 7700TAQMAN®)測定標靶CKAP5之RNA相對於肌動蛋白或其他適當對照組之相對量。比較
寡核苷酸序列對於不相關之標靶或對長度及化學性完全相同之隨機DsiRNA對照組或對單純地經過適當媒劑處理或未處理之對照組之活性。選出標靶之主要與次要試劑並進行最適化處理。
TAQMAN®(即時PCR之擴增追蹤法)與mRNA之Lightcycler定量法
傳遞DsiRNA後,從細胞製備總RNA,例如,針對大規模萃取法係使用Ambion Rnaqueous 4-PCR純化套組,或針對96孔分析法,則使用Promega SV96。進行Taqman分析法時,使用例如,共價鏈結在5’-末端之染劑報導物FAM或VIC,及偶聯在3’-末端之染劑抑制物TAMCKAP5A之雙重標記探針。PCR擴增法係於例如,ABI PRISM 7700序列偵測器,使用50uL反應進行(由10uL總RNA、100nM正向引子、100mM反向引子、100nM探針、1xTaqManPCR反應緩衝液(PE-Applied Biosystems)、5.5mM MgCl2
、各100uM之dATP、dCTP、dGTP與dTTP、0.2URNase抑制劑(Promega)、0.025UAmpli Taq Gold(PE-Applied Biosystems)與0.2U M-MLV反轉錄酶(Promega)組成)。熱循環條件包括48℃ 30分鐘、95℃ 10分鐘,然後進行40次95℃ 15秒與60℃ 1分鐘之循環。標靶CKAP5mRNA量之定量法係在平行進行或相同試管之TaqMan反應中,相對於從總細胞RNA經過連續稀釋後所產生之標準物(300、100、30、10ng/rxn)測定並依據例如HPRT1mRNA標準化。
西方墨點法
細胞蛋白質抽出物可採用標準顯微製造技術(例如,使用RIPA緩衝液)或較佳係採用如:NE-PER細胞核與細胞質萃取套組(Thermo-Fisher Scientific)之方法萃取核蛋白質。取細胞蛋白質抽出物經過Tris-甘胺酸聚丙烯醯胺凝膠處理,並轉印至膜上。藉由例如,與5%無脂奶培養1小時後,與初級抗體於4℃培養16小時,以阻斷非專一性結合。洗滌後,施加二級抗體,例如,(稀釋1:10,000),於室溫培養1小時,及在VersaDoc顯影系統上偵測訊號。
在數種細胞培養系統中,已顯示陽離子性脂質可加強培養物中細胞對寡核苷酸之生體可用率(Bennet等人之1992,Mol.Pharmacology,41,1023-1033)。一項具體實施例中,本發明dsRNA分子係與陽離子性脂質形成複合物供進行細胞培養實驗。先於無血清Optim MEM(In Vitrogen)中製備dsRNA與陽離子性脂質之混合物後,立即加至細胞中。讓Opti MEM升至室溫(約20至25℃),添加陽離子性脂質至所需之最終濃度。添加dsRNA分子至Opti MEM中達到所需濃度,及添加該溶液至已稀釋之dsRNA中,於室溫培養15分鐘。在劑量反應實驗中,取RNA複合物於OptiMEM中經連續稀釋後,添加陽離子性脂質。
動物模式
可於動物模式中分析抗-CKAP5dsRNA劑之功效。可採用相關技藝上已知之癌症與/或增生性疾病、病症或病變之動物模式來分析抗-CKAP5之dsRNA之功效、效力、毒
性等等。適合增生性疾病之動物模式包括例如,帶有增加原癌基因(例如,Myc、Src)功能與/或喪失腫瘤抑制子蛋白質(例如,p53、Rb)功能之基因轉殖囓齒類(例如,小鼠、大鼠)或已接受輻射或化學誘變劑誘發DNA改變而促使新生贅瘤轉形之囓齒類。許多此等動物模式可自商品取得,例如,來自Jackson Laboratory,Bar Harbor,ME,USA。此等動物模式可作為細胞或組織來源,用於分析本發明組成物。亦可使用或擷用此等模式進行臨床前分析本發明dsRNA組成物於醫療用途上調控CKAP5基因表現上之功效。
在細胞培養模式中,與CKAP5最相關之小鼠腫瘤異種移植物為彼等衍生自表現CKAP5蛋白質之癌細胞者。已有許多團隊說明與探討調控如CKAP5之有絲分裂功能基因之抗腫瘤效應相關之異種移植小鼠癌症模式(例如,Judge等人之JCI 2009 March;119(3):661;Seth等人之2011 May;19(5):928)。利用此等模式證實藉由如:siRNA介導之基因靜默可以抑制有絲分裂功能基因表現,而抑制動物之腫瘤生長。
此等模式可用於分析本發明dsRNA分子於抑制CKAP5量、表現、腫瘤/癌症形成、生長、擴散、其他CKAP5關聯表型、疾病或病變之發展等等之功效。此等模式與其他模式同樣可用於臨床前條件下分析本發明dsRNA分子之安全性/毒性與功效。
適用於分析本發明CKAP5-靶向之dsRNA
之動物模式系統明確實例包括野生型小鼠,及原位或皮下MHCC97、A549、H1299、HepG2、Hep3B、SNU398、HuH7、NCI-H196、NCI-H1975、HT29、MKN-45、MDA-MB-231、NCI-H441、Panc-1、MiaPaCa、BxPC3、DU-145、M2182、VCaP、OvCar-3、ES-2、SKOV3、PC3、HCT116、A431、MCF-7、U937、KU-7、K562、HeLa、或T98G腫瘤模式小鼠。一項活體內實驗實例中,取本發明dsRNA依1至10mg/kg之劑量範圍,經尾部注射至此等小鼠模式中,或者重複投與單一劑量之IC50
量,在投與最後一劑後24小時時收集器官(例如,攝護腺、肝臟、腎臟、肺臟、胰臟、結腸、皮膚、脾臟、骨髓、淋巴結、乳腺脂肪墊等等)。然後隨所採用模式而定,分析此等器官之小鼠與/或人類CKAP5量。亦在最後一次投與dsRNA後例如,1、4、7、14、21天或更多天時檢測作用持續效期。
除非另有說明,否則本發明之操作係使用熟悉此相關技術者習知之化學、分子生物、微生物、重組DNA、基因學、免疫學、細胞生物學、細胞培養與轉基因生物學等技術。參見,例如,Maniatis等人之1982,分子選殖法(Molecular Cloning)(Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.);Sambrook等人之1989,分子選殖法(Molecular Cloning),第二版(Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.);Sambrook與Russell,2001,分子選殖法(Molecular Cloning),第3版(Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.);
Ausubel等人(1992),最新分子生物學操作法(Current Protocols in Molecular Biology)(John Wiley & Sons,包括定期更新版);Glover,1985,DNA選殖法(DNA Cloning)(IRLPress,Oxford);Anand,1992;Guthrie與Fink,1991;Harlow與Lane,1988,抗體學(Antibodies)(Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.);Jakoby與Pastan,1979;核酸雜交法(Nucleic Acid Hybridization)(B.D.Hames & S.J.Higgins編輯1984);轉錄與轉譯法(Transcription and Translation)(B.D.Hames & S.J.Higgins編輯1984);動物細胞培養法(Culture Of Animal Cell)(R.I.Freshney,AlanR.Liss,Inc.,1987);固定化細胞與酵素(Immobilized Cells and Enzymes)(IRLPress,1986);B.Perbal,分子選殖法指南(A Practical Guide To Molecular Cloning)(Molecular Cloning)(1984);論文:酵素學方法(Methods In Enzymology)(Academic Press,Inc.,N.Y.);哺乳動物細胞之基因轉移載體(Gene Transfer Vector For Mammalian Cells)(J.H.Miller與M.P.Calos編輯,1987,Cold Spring Harbor Laboratory);酵素學方法(Methods In Enzymology),Vols.154與155(Wu等人編輯),細胞與分子生物學之免疫化學方法(Immunochemical Methods In Cell And Molecular Biology)(Mayer與Walker編輯,Academic Press,London,1987);實驗免疫學手冊(Handbook Of Experimental Immunology),第I-IV冊(D.M.Weir與C.C.Blackwell編輯,1986);Riott,基本免疫學(Essential Immunology),第6版,Blackwell Scientific
Publications,Oxford,1988;Hogan等人,小鼠胚胎操作法(Manipulating the Mouse Embryo)(Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,1986);Westerfield,M.,斑馬魚手冊。斑馬魚實驗室用法指南(The zebrafish book.A Guide for the laboratory use of zebrafish(Daniorerio)),(第4版,Univ.of Oregon Press,Eugene,2000)。
除非另有說明,否則本文中所有技術與科學術語均如熟悉本發明所屬相關技術者咸了解之相同定義。雖然可在操作或試驗本發明時使用類似或等同如本文所說明彼等方法與材料,但下文仍將說明合適之方法與材料。本文所述及所有公開文獻、專利申請案、專利案、及其他參考文獻之揭示內容已以引用之方式完全併入本文中。若有衝突時,將以本說明書(包括定義)為準。此外,該等材料、方法、及實例僅供舉例說明,並未加以限制。
實例
下列實例說明本發明,其僅供舉例說明,並未以任何方式限制本發明。其係採用相關技藝上已知習知之標準技術或下文明確說明之技術。
實例1:雙股RNA寡核苷酸之製法
寡核苷酸合成法與純化法
DsiRNA分子可設計成可與信使RNA中各種不同位點(例如,如本文所說明之RNA序列內之標靶序列)交互作用。在本例舉之製劑中,在第一篩選法中,選拔576個人類標靶CKAP5序列進行分析(預估576個人類標靶CKAP5
位點中有456個保留在小鼠CKAP5轉錄物序列之對應位點上)。DsiRNA分子之其中一股之序列與上述標靶CKAP5位點序列互補。該DsiRNA分子係採用本文說明之方法化學合成。通常,DsiRNA構築體係採用19至23單元siRNA所說明之固相寡核苷酸合成法合成(參見例如,Usman等人之美國專利案案號5,804,683;5,831,071;5,998,203;6,117,657;6,353,098;6,362,323;6,437,117;6,469,158;Scaringe等人之美國專利案案號6,111,086;6,008,400;6,111,086)。
合成個別RNA股並採用HPLC根據標準方法純化(Integrated DNA Technologies,Coralville,Iowa)。例如,採用固相胺基磷酸酯化學合成RNA寡核苷酸,脫除保護基,採用標準技術於NAP-5管柱上脫鹽(Amersham Pharmacia Biotech,Piscataway,N.J.)(Damha與Olgivie,1993,Methods Mol Biol
20:81-114;Wincott等人之1995,Nucleic Acids Res
23:2677-84)。該寡聚物係採用離子交換高效液相層析法(IE-HPLC),於Amersham Source 15Q管柱(1.0cm×25cm;Amersham Pharmacia Biotech,Piscataway,N.J.)上,使用15分鐘分段線性梯度純化。該梯度從90:10緩衝液A:B變化至52:48緩衝液A:B,其中緩衝液A為100mM Tris pH 8.5,及緩衝液B為100mM Tris pH 8.5,1M NaCl。在260nm追蹤樣本,收集對應於全長度寡核苷酸物質之波峰,集合,於NAP-5管柱上脫鹽,及冷凍乾燥。
各寡聚物之純度係採用毛細管電泳法
(CE),於Beckman PACE5000(Beckman Coulter,Inc.,Fullerton,Calif.)上測定。CE毛細管之內徑為100μm,且包含ssDNA100R凝膠(Beckman-Coulter)。通常,取約0.6nmole寡核苷酸注射至毛細管中,操作電場為444V/cm,並檢測260nm之UV吸光度。變性Tris-硼酸鹽-7M-尿素操作緩衝液係購自Beckman-Coulter。所得之寡核糖核苷酸經過CE分析之純度為至少90%用於下文說明之實驗。化合物同一性係採用介質輔助雷射脫附離子化(MALDI-TOF)質譜儀,於Voyager DE.TM.活組織分光度測量術工作站(Applied Biosystems,Foster City,Calif.),依據製造商之指示證實。得到所有寡聚物之相對分子質量,通常在所期望分子質量之0.2%內。
雙螺旋之製法
取單股RNA(ssRNA)寡聚物例如,依100μM濃度再懸浮於由100mM乙酸鉀、30mMHEPES(pH7.5)組成之雙螺旋緩衝液中。取互補之正義股與反義股依等莫耳量混合,產生終溶液,例如,50μM雙螺旋。樣本於RNA緩衝液(IDT)中加熱至100℃達5分鐘,使用前先冷卻至室溫。雙股RNA(dsRNA)寡聚物存放在-20℃。單股RNA寡單元則冷凍乾燥保存或存放在-80℃之無核酸酶之水中。
命名法
為了一致性,本說明書中採用下列命名法。雙螺旋之名稱係代表寡單元之長度及有或沒有突出。“25/27”為具有25個鹼基之正義股與27個鹼基之反義股,具有一個2
個鹼基之3’-突出之不對稱雙螺旋。“27/25”為具有27個鹼基之正義股與25個鹼基之反義股之不對稱雙螺旋。
細胞培養與RNA轉染
HeLa細胞得自ATCC並維持在37℃與5%CO2
之DMEM(HyClone)(補充10%胎牛血清(HyClone))。Hepa 1-6細胞得自ATCC並維持在37℃與5%CO2
之DMEM(HyClone)(補充10%胎牛血清(HyClone))。RNA轉染法係使用DsiRNA依指定之終濃度1nM、0.3nM或0.1nM,使用脂染胺(Lipofectamine)TM
RNAiMAX(Invitrogen)並依據製造商之指示轉染細胞。簡言之,進行0.1nM轉染法時,例如,下文某些實例中,取一份各DsiRNA之母液與Opti-MEMI(Invitrogen)及脂染胺(Lipofectamine)TM
RNAiMAX混合成體積150μL(含0.3nMDsiRNA)。所得150μL混合物於室溫培養20分鐘,形成DsiRNA:脂染胺(Lipofectamine)TM
RNAiMAX複合物。同時,使用胰蛋白酶處理標靶細胞,再懸浮於培養基中。20分鐘複合作用結束時,在96孔板之每孔添加50uLDsiRNA:RNAiMAX混合物,進行三重複。最後,在各孔中添加100μL細胞懸浮液(終體積150μL),並將分析板置入培養箱中24小時。
CKAP5抑制作用分析法
採用qRT-PCR測定CKAP5標靶基因之弱化,其數值依據人類HeLa細胞之HPRT與SFRS9管家基因或小鼠Hepa 1-6細胞之HPRT與RPL23管家基因校正,並依據使用對照DsiRNA轉染及/或偽轉染對照組校正。
RNA單離與分析
吸出培養基,使用SV96套組(Promega)萃取總RNA。總RNA使用SuperscriptII、Oligo dT、及無規六單元依據製造商之指示進行反轉錄。通常,採用qPCR,使用專一性針對CKAP5基因及人類基因HPRT-1與SFRS9(或小鼠Hepa1-6細胞之RPL23)之引子與探針分析所得之cDNA。使用ABI 7700進行擴增反應。各樣本均進行三重複試驗。依據HPRT1與SFRS9(或RPL23)RNA量校正相對CKAP5之RNA量,並與轉染對照組樣本所得RNA量比較。
實例2:DsiRNA之CKAP5抑制性-初次篩選法
如上述設計及合成CKAP5-靶向之DsiRNA分子,並於人類HeLa細胞中測試抑制性功效。進行轉染時,由黏接之DsiRNA與轉染試劑(脂染胺(Lipofectamine)TM
RNAiMAX,Invitrogen)混合,於室溫培養20分鐘。HeLa(人類)細胞經過胰蛋白酶處理,再懸浮於培養基中,加至各孔(每孔100uL),於150μl體積中之最終DsiRNA濃度為1nM。取各DsiRNA轉染混合物加至3孔中進行三重複DsiRNA處理。細胞於DsiRNA轉染混合物連續存在下,於37℃培養24小時。24小時時,從每個經過處理之細胞孔製備RNA。先排除轉染混合物之上清液並棄置不要,然後溶解細胞,從各孔中製備RNA。採用qRT-PCR分析CKAP5標靶基因處理後之標靶CKAP5之RNA量,所得數值依據對照組進行校正。取三重複平均值,並測定各處理組之誤
差%。取校正後之數據作圖,並相對於對照組測定活性DsiRNA所降低之標靶mRNA量。
於試驗初期測試CKAP5-靶向之DsiRNA對CKAP5之抑制性功效。此實例中,構築576個不對稱DsiRNA(試驗之DsiRNA具有25/27單元結構),並在於此等DsiRNA(濃度1nM)之存在下培養之人類HeLa細胞中測試對CKAP5抑制性功效。於初期篩選法中試驗之576個不對稱DsiRNA包括選自上表2之DsiRNA,其中下加線核苷酸殘基表示2’-O-甲基修飾之殘基,大寫字母為核糖核苷酸殘基,及小寫字母為去氧核糖核苷酸殘基。此等雙螺旋具有“M0-M48”修飾型態,係具有不帶有2’-O-甲基修飾之核苷酸(“M0”)之過客股與具有2’-O-甲基修飾之核苷酸之“M48”修飾型態引導股之雙螺旋。
在人類HeLa細胞中,於顯示其CKAP5抑制性功效之1nM濃度檢測576個CKAP5-靶向之DsiRNA(456個靶向人類與小鼠CKAP5序列,而120個DsiRNA則預期專一性靶向人類物種)。採用qPCR分析法,在CKAP5轉錄物內兩個位置測定CKAP5量(人類HeLa細胞實驗係進行配對qPCR分析法,其他則指定為“HsCKAP5798-913”(HEX)與“Hs CKAP5 5921-6017”(FAM)。
於人類HeLa細胞中檢測576個分析之不對稱DsiRNA中有255個在1nM濃度,於此等細胞中使人類CKAP5量降低超過70%。在此CKAP5-靶向之活性DsiRNA之初始篩選法中,此等255個DsiRNA中,有61個於1nM
濃度,於HeLa細胞中使人類CKAP5量降低80%或更多。
實例3:於活體外降低CKAP5量之CACKAP5-靶向之DsiRNA之修飾型-初次篩選法
在初始修飾分析法中,從上述初次篩選法中選拔4種DsiRNA(CKAP5-604、-853、-1004與-1356)探討各種不同2’-O-甲基修飾型態於活體外對此等DsiRNA活性之影響。此初次修飾分析法所採用之修飾型態示於第2-1與2-2圖,每個測試之DsiRNA均以正義股修飾型態-反義股修飾型態表示。第2-3至2-6圖出示此等實驗結果,其中雙螺旋CKAP5-604、-853、-1004與-1356分別簡稱C-604、C-853、C-1004與C-1356。如第2-3與2-4圖所示,DsiRNACKAP-604與-853耐受很大範圍之修飾型態,其在人類HeLa細胞中之活體外活性沒有受到影響,而DsiRNACKAP-1004與-1356則對高度之2’-O-甲基修飾之容忍度較低,但此等後述序列之各活性修飾型亦已判別出。如第2-5與2-6圖所示,小鼠Hepa I-6細胞中各DsiRNA序列所觀察到之CKAP5弱化程度低於在人類HeLa細胞中觀察到之結果。然而,所檢測之各雙螺旋序列中,已判別出至少一種在正義股與反義股二者均具有高度修飾之DsiRNA於活體外具有顯著之小鼠CKAP5抑制活性。
實例4:DsiRNA之CKAP5抑制性-二次篩選法
於二次篩選法(“第2期”)中檢測上述初次篩選實驗中之96個不對稱DsiRNA(其中22個預期對人類(Hs)CKAP5
具有專一性,而其餘74個則預期可以同時靶向人類與小鼠(Mm)CKAP5),此等分析法之結果以直條圖形式示於第3-1至3-8圖。明確言之,從上述測試576個不對稱DsiRNA中選出96個,依1nM與0.1nM(二重複),於人類HeLa細胞環境中分析其對人類CKAP5之抑制性(第3-1至3-4圖)。亦分析此等96個不對稱DsiRNA依1nM與0.1nM(二重複),於小鼠Hepa 1-6細胞環境中對小鼠CKAP5之抑制性(第3-5至3-8圖)。如第3-1至3-4圖所示,當以低於奈莫耳濃度於HeLa細胞環境中分析時,有顯著數量之不對稱DsiRNA可以再現可靠之人類CKAP5抑制性功效。此外,如第3-5至3-8圖所示,當以低於奈莫耳濃度於小鼠Hepa 1-6細胞環境中分析時,許多此等不對稱DsiRNA亦顯示可靠之小鼠CKAP5抑制性功效(參見例如,CKAP5-992與CKAP5-1358,因為其在人類HeLa細胞與小鼠Hepa 1-6細胞中均具有高度活性,因此可作為DsiRNA之實例)。同時,亦判別不對稱DsiRNA之人類CKAP5-專一性抑制性(參見例如,CKAP5-395、427、637與4367雙螺旋)。
實例5:於活體外降低CKAP5量之CKAP5-靶向之DsiRNA之引導股修飾型
製備上述初次篩選法之24種CKAP5-靶向之DsiRNA(CKAP5-281、-427、-600、-853、-988、-1046、-1294、-1343、-1358、-1514、-2096、-2098、-2214、-2220、-2230、-3287、-3328、-4056、-4350、-4756、-5396、-5699、-5703與-5741),其具有如第4-1圖所示之2’-O-甲基引導股修飾型態(包括
未修飾過客股與上述引導股修飾型態“M8”、“M17”、“M35”與“M48”)。24個DsiRNA序列中之每一個DsiRNA分別具有4種引導股修飾型態M8、M17、M35與M48,依1.0nM與0.1nM(二重複)濃度,於HeLa細胞環境中分析其在人類HeLa細胞中對CKAP5之抑制性。此等實驗結果係以直方圖形式示於第4-2至4-5圖中。此等相同雙螺旋亦於小鼠Hepa1-6細胞中分析,對應結果示於圖4-6至4-9中。一般而言,這24種DsiRNA序列抑制CKAP5之功效會隨引導股之2’-O-甲基修飾程度提高而有降低之傾向。然而,在所有檢測之DsiRNA序列中,判別可以於活體外讓DsiRNA保留顯著CKAP5抑制性功效之修飾型態。亦應注意,許多此等DsiRNA(例如,CKAP5-1046、CKAP5-1343、CKAP5-1358、CKAP5-2096、CKAP5-2214、CKAP5-4056、CKAP5-4350與CKAP5-5741)即使在所檢測之最高度修飾狀況下,仍具有可靠之CKAP5抑制性功效。因此,咸信此等高活性修飾之DsiRNA序列所具有之修飾型態可以穩定此等DsiRNA及/或在醫療上投與個體時,可於活體內降低此等DsiRNA之免疫原性。
實例6:於活體外降低CKAP5量之在引導股與過客股均具有修飾之其他CKAP5-靶向之DsiRNA型式
製備16種上述實驗之CKAP5-靶向之DsiRNA(CKAP5-604、CKAP5-853、CKAP5-1004、CKAP5-1294、CKAP5-1343、CKAP5-1358、CKAP5-2096、CKAP5-2098、
CKAP5-2214、CKAP5-3287、CKAP5-4056、CKAP5-4350、CKAP5-4756、CKAP5-5396、CKAP5-5703與CKAP5-5741),其具有如上述之2’-O-甲基過客股與引導股修飾型態且示於圖5-1與5-2(包括上述過客股修飾型態“SM14”、“SM24”、“SM31”與“SM12”與引導股修飾型態“M48”、“M8”、“M35”與“M17”)。分別針對這16種DsiRNA序列中之每一者,分析具有四種過客股修飾型態M14、M24、M31與M12之其中一種與至少一種較佳引導股修飾型態(選自引導股修飾型態M48、M8、M35與M17)之DsiRNA依1.0nM與0.1nM(二重複)濃度,於HeLa細胞環境中,對人類HeLa細胞之CKAP5抑制性。此等實驗結果依直方圖形式示於第5-3至5-6圖。所有檢測之DsiRNA序列中,判別出至少一種在引導股與過客股均具有高度修飾之雙螺旋可於活體外讓DsiRNA保留顯著CKAP5抑制性功效。應注意,大多數此等DsiRNA(例如,CKAP5-604、CKAP5-1343、CKAP5-2096、CKAP5-2214、CKAP5-4056、CKAP5-4350與CKAP5-5741)在所有檢測之修飾狀態下均具有可靠之CKAP5抑制性功效。咸信此等高活性修飾之DsiRNA序列所具有之修飾型態可以安定此等DsiRNA與/或在醫療上投與個體時,可於活體內降低此等DsiRNA之免疫原性。
為了分析經修飾之CKAP5-靶向之DsiRNA之效力,進一步依3nM、1nM、0.1nM與0.03nM濃度,在人類HeLa細胞環境中分析5種經修飾之DsiRNA
(CKAP5-853 M14-M8、CKAP5-1358 M12-M17、CKAP5-2096 M12-M17、CKAP5-4056 M31-M17與CKAP5-5741 M14-17)之CKAP5弱化程度。所有5種分析之雙螺旋即使在最低試驗濃度0.03nM(30皮莫耳濃度)下,在轉染後一天所觀察到之CKAP5量弱化程度超過90%。
小鼠與人類之間保留CKAP5-85321個核苷酸mRNA標靶序列;然而,在獼猴序列中發現,位於CKAP5-853 25/27單元DsiRNA之過客股5’起之位置9(其中位置1為過客股5’-末端殘基)對應位置之“A”殘基被“G”殘基置換。檢測這種多形性殘基對CKAP5-853 DsiRNA抑制獼猴細胞株中CKAP5之能力之影響。判別兩種獼猴(M.mulatta)細胞株(CMMT乳腺細胞株,及LLC-MK2衍生物腎細胞株),不僅使用CKAP5-853 M14-M8 DsiRNA轉染,亦使用CKAP5-2096 M12-M17 DsiRNA及CKAP5-604 M24-M8 DsiRNA轉染。所有DsiRNA均為CKAP5表現之驚人之強力抑制劑,CKAP5-853 M14-M8 DsiRNA於獼猴CMMT細胞株中觀察到之IC50值為3.1pM,CKAP5-2096 M12-M17 DsiRNA於獼猴CMMT細胞株中觀察到之IC50值為2.3pM,及CKAP5-604 M24-M8 DsiRNA於獼猴CMMT細胞株中觀察到之IC50值為5.8pM。
實例7:其他經修飾之CKAP5 DsiRNA
為CKAP5-853與CKAP5-604 DsiRNA檢測各種不同其他引導股與過客股修飾型態對抑制活性之影響。本實例所採用之修飾型態示於第6-1至6-16圖,其中過客股修飾型
態示於第6-1圖,引導股修飾型態示於第6-2圖,組合之雙螺旋修飾型態示於第6-3至6-14圖,及專一性CKAP5-853過客與引導股所採用之修飾型態示於第6-15圖。如第6-16至6-19圖所示,判別具有顯著高度抑制活性與效力之許多不同之高度2’-O-甲基修飾之CKAP5-853雙螺旋。第6-19圖中,亦分析帶有相對於CKAP5mRNA標靶序列為錯配之CKAP5-靶向之雙螺旋(“853-764_mm”,其係由SEQ ID NO:5778過客股及SEQ ID NO:5789引導股組成)之活性,其活性稍微低於其他經修飾之包含無錯配雙螺旋。第6-20圖中分析6種CKAP5-604雙螺旋之其他修飾型,且此等型式均顯示可靠之抑制性活性。
實例8:於活體外降低癌細胞株生長之CKAP5-靶向之DsiRNA
檢測CKAP5-靶向之DsiRNA CKAP5-604 M24-M8與CKAP5-853 M14-M8於培養物中抑制哺乳動物癌細胞生長之性質。兩種DsiRNA在培養之人類HeLa細胞與培養之人類Hep3B細胞中均觀察到大幅降低生長(細胞生長比非專一性對照組DsiRNA降低2至10倍或更多)。即使當雙螺旋以皮莫耳濃度範圍(30皮莫耳濃度或更低)投與時,仍可觀察到此等大幅生長抑制效應。因此,CKAP5-靶向之活性DsiRNA即使在極低濃度仍可以大幅降低培養之HeLa與Hep3B癌細胞株之生長。
亦在檢測其他4種DsiRNA(CKAP5-1358 M12-M17、CKAP5-2096 M12-M17、CKAP5-4056 M31-M17
與CKAP5-5741 M14-17)之Hep3B生長抑制性時觀察到類似結果。此等實驗中,在轉染後4天分析單層Hep3B培養細胞,並在低達30皮莫耳濃度或更低之濃度觀察到顯著抑制Hep3B細胞生長(細胞生長比非專一性對照組DsiRNA降低2至10倍或更多)。
某些具體實施例中,選拔靶向下列CKAP5之mRNA中之標靶序列之雙股核酸:
對應於上表8雙股核酸之經選拔之21個核苷酸CKAP5mRNA標靶序列包括:
對應於上表9雙股核酸之19個核苷酸CKAP5mRNA標靶序列包括:
某些選拔之27個核苷酸CKAP5mRNA標靶包括下列:
某些其他經選拔之21個核苷酸CKAP5mRNA標靶包括下列:
某些其他經選拔之19個核苷酸CKAP5mRNA標靶包括下列:
其他經選拔之27個核苷酸CKAP5mRNA標靶包括下列:
其他經選拔之21個核苷酸CKAP5mRNA標靶包括下列:
其他經選拔之19個核苷酸CKAP5mRNA標靶包括下列:
更多經選拔之27個核苷酸CKAP5mRNA標靶包括下列:
更多經選拔之21個核苷酸CKAP5mRNA標靶包括下列:
更多經選拔之19個核苷酸CKAP5mRNA標靶包括下列:
本說明書所述所有專利案與公告文獻係指示與本發明相關之技術程度。本揭示內容所摘錄所有參考文獻之揭示內容均依同等程度以引用之方式併入本文中,就如同其完整內容分別以引用之方式併入本文中一般。
熟悉此相關技術者咸了解,本發明極適用於進行所述及之主題並得到所述及之結果與優點,及彼等各固有之結果與優點。本文以代表性較佳具體實施例所說明之方法與組成物僅供舉例說明,並無意限制本發明範圍。熟悉此相關技術者可在其中進行變化與其他用途,其仍涵括在申請專利範圍所界定之本發明精神中。
熟悉此相關技術者咸了解,可在不偏離本發明範圍與精神下,對本文所揭示之本發明進行各種不同取代與修飾。因此此等其他具體實施例均在本發明範圍及下列申請專利範圍內。本發明針對產生改良介導RNAi活性之核酸構築體而為熟悉此相關技術者教示測試如本文所說明各種不同化學修飾之組合與/或取代。該改良之活性可包括改良穩定性、改良生體可用率、及/或改良介導RNAi之細胞反應之活性。因此如本文所說明明確具體實施例並沒有限制且熟悉此相關技術者咸了解,不需要過度實驗即可測試本文所說明修飾法之特定組合,來判别具有改良RNAi活性之DsiRNA分子。
本文所說明之本發明適於在沒有任何元件或限制下操作。因此例如,本文之各例中,術語“包含”、“基本上由…組成”及“包括”中任一者均可改用另兩者
其中之一替代。所採用之該術語與表現法係作為說明術語且沒有限制,且無意在使用此等術語與表現法時排除已顯示及說明之任何同等特色或其一部份,但咸了解仍可在本發明主張之申請專利範圍內進行各種不同修飾。因此咸了解,雖然本發明已利用較佳具體實施例明確揭示,但彼等熟悉此相關技術者仍可採用本文所揭示之視需要選用之特色、修飾與觀念變化,且此等修飾與變化仍在說明書及附錄之申請專利範圍所界定之本發明範圍內。
此外,若本發明之特色或態樣係以馬庫西群組(Markush groups)或其他替代性群組方式說明時,彼等熟悉此相關技術者咸了解本發明亦可藉由馬庫西群組或其他群組之任何個別組員或組員之子群說明。
本發明說明內容(尤其用在下文申請專利範圍內容)中採用之術語“一個”與“一種”與“該”及類似用法係用於構成涵蓋單數與複數,除非本文中另有說明或顯然與其矛盾者。術語“包含”、“具有”、“包括”與“涵括”均係開放術語(亦即其定義“包括(但不限於):”),除非另有說明。本文數值所擷取之範圍僅係一種說明落在此範圍內之各分開數值之縮簡方法,除非本文另有說明,且各該分開數值均納入本說明書中,就如同在本文中明確地寫出該數值一般。本文所說明所有方法均可依任何適當順序進行,除非本文中另有說明或顯然與其矛盾者。本文所提供任何與所有實例,或舉例之說法(例如,“如”)僅供進一步闡明本發明,且未構成本發明之限制範
圍,除非申請專利範圍中另有說明。本說明書中沒有言語指示任何未主張專利權之元素作為操作本發明之必要元素。
本發明之具體實施例係如本文所說明,包括本發明者已知進行本發明之最佳模式。當熟悉此相關技術者讀到上述說明時,即可了解彼等具體實施例之變化。
本發明者希望熟悉此相關技術者可適當利用此等變化,且本發明者希望本發明亦可依不同於本文明確說明之方式操作。因此在可應用之法律許可下,本發明包括附錄之申請專利範圍所述主題之所有修飾與同等物。此外,上述元素之所有可能變化之任何組合均涵括在本發明內,除非另有說明或顯然與其矛盾者。彼等熟悉此相關技術者咸了解或僅需採用例行實驗即可確認本文所說明本發明之明確具體實施例之許多均等物。此等均等物均計畫包括在下列申請專利範圍中。
<110> 迪爾納製藥公司(Dicerna Pharmaceuticals,Inc.)
<120> 藉由雙股RNA之CKAP5之專一性抑制之方法和組成物
<130> 91932TW(301937)
<150> US 61/737,404
<151> 2012-12-14
<160> 5850
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> 合成性寡核苷酸
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<223> 合成性寡核苷酸
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<223> 合成性寡核苷酸
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<213> 人工序列
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<223> 合成性寡核苷酸
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<400> 5809
<210> 5810
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5810
<210> 5811
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5811
<210> 5812
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5812
<210> 5813
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5813
<210> 5814
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5814
<210> 5815
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5815
<210> 5816
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5816
<210> 5817
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5817
<210> 5818
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5818
<210> 5819
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5819
<210> 5820
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5820
<210> 5821
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5821
<210> 5822
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5822
<210> 5823
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5823
<210> 5824
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5824
<210> 5825
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5825
<210> 5826
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5826
<210> 5827
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5827
<210> 5828
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5828
<210> 5829
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5829
<210> 5830
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5830
<210> 5831
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5831
<210> 5832
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5832
<210> 5833
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5833
<210> 5834
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5834
<210> 5835
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5835
<210> 5836
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5836
<210> 5837
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5837
<210> 5838
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5838
<210> 5839
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5839
<210> 5840
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5840
<210> 5841
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5841
<210> 5842
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5842
<210> 5843
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5843
<210> 5844
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5844
<210> 5845
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5845
<210> 5846
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5846
<210> 5847
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (22)..(25)
<223> n為a、c、g、t或u
<400> 5847
<210> 5848
<211> 27
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(6)
<223> n為a、c、g、或u
<400> 5848
<210> 5849
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (22)..(27)
<223> n為a、c、g、或t
<400> 5849
<210> 5850
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成性寡核苷酸
<400> 5850
Claims (70)
- 一種單離核酸,其包含長度為15至35個核苷酸之寡核苷酸股,其中該寡核苷酸股係與選自表11至13之標靶CKAP5 mRNA序列,沿著該寡核苷酸股長度之至少15個核苷酸充份互補,當該核酸導入至哺乳動物細胞中時,降低CKAP5標靶mRNA表現。
- 一種單離核酸,其包含長度為19至35個核苷酸之寡核苷酸股,其中該寡核苷酸股係與選自表14至16之標靶CKAP5 mRNA序列,沿著該寡核苷酸股長度之至少19個核苷酸充份互補,當該核酸導入至哺乳動物細胞中時,降低CKAP5標靶mRNA表現。
- 一種單離之雙股核酸(dsNA),其包括包含RNA之第一與第二核酸股,其中該第一股長度為15至35個核苷酸及該dsNA之該第二股長度為19至35個核苷酸,其中該第二寡核苷酸股係與選自表11至13之標靶CKAP5 mRNA序列,沿著該第二寡核苷酸股長度之至少15個核苷酸充份互補,當該雙股核酸導入至哺乳動物細胞中時,降低CKAP5標靶mRNA表現。
- 一種單離之雙股核酸(dsNA),其包含第一與第二核酸股,其中該第一股長度為15至35個核苷酸及該dsNA之該第二股長度為19至35個核苷酸,其中該第二寡核苷酸股係與選自表14至16之標靶CKAP5 mRNA序列,沿著該第二寡核苷酸股長度之至少19個核苷酸充份互補,當該雙股核酸導入至哺乳動物細胞中時,降低 CKAP5標靶mRNA表現。
- 一種單離之雙股核酸(dsNA),其包含第一與第二核酸股,其中該第一股長度為15至35個核苷酸及該dsNA之該第二股長度為19至35個核苷酸,其中該第二寡核苷酸股係與選自表17至19之標靶CKAP5 mRNA序列,沿著該第二寡核苷酸股長度之至少19個核苷酸充份互補,當該雙股核酸導入至哺乳動物細胞中時,以降低CKAP5標靶mRNA表現,且其中從選自表17至19之CKAP5 mRNA序列之5’末端(位置1)開始,哺乳動物Ago2在該序列之位置9與10之間位點裂解該mRNA。
- 一種單離之dsNA分子,其由下列組成:(a)正義區與反義區,其中該正義區與該反義區共同形成由25至35個鹼基對組成之雙螺旋區,且該反義區所包含之序列為選自表8至10之序列之互補序列;及(b)零至兩個3’突出區,其中各突出區長度為6個或更少個核苷酸。
- 一種單離之雙股核酸(dsNA),其包含第一與第二核酸股及至少25個鹼基對之雙螺旋區,其中該第一股長度為25至34個核苷酸及該dsNA之該第二股長度為26至35個核苷酸,且於其3’末端包含1至5個單股核苷酸,其中該第二寡核苷酸股係與選自表8至10之標靶CKAP5 mRNA序列,沿著該第二寡核苷酸股長度之至少19個核苷酸充份互補,當該雙股核酸導入至哺乳動物細胞中時,降低CKAP5標靶基因表現。
- 一種單離之雙股核酸(dsNA),其包含第一與第二核酸股 及至少25個鹼基對之雙螺旋區,其中該第一股長度為25至34個核苷酸及該dsNA之該第二股長度為26至35個核苷酸且在其3’末端包含1至5個單股核苷酸,其中該第一寡核苷酸股之3’末端及該第二寡核苷酸股之5’末端形成鈍端,且該第二寡核苷酸股係與選自:SEQ ID NO:3457至4032、2305至2880與4033至5760所組成群之標靶CKAP5序列,沿著該第二寡核苷酸股長度之至少19個核苷酸充份互補,當該雙股核酸導入至哺乳動物細胞中時,降低CKAP5 mRNA表現。
- 如申請專利範圍第3至5項中任一項所述之單離之dsNA,其包含選自由:至少25個鹼基對;19至21個鹼基對與21至25個鹼基對所組成群之雙螺旋區。
- 如申請專利範圍第3至6項中任一項所述之單離dsNA,其中該第二寡核苷酸股在其3’末端包含1至5個單股核苷酸。
- 如申請專利範圍第3至6項中任一項所述之單離dsNA,其中該第一股之長度為25至35個核苷酸。
- 如申請專利範圍第3至6項中任一項所述之單離dsNA,其中該第二股之長度為25至35個核苷酸。
- 如申請專利範圍第3至12項中任一項所述之單離dsNA,其中該第二寡核苷酸股係與選自由GenBank登錄編號NM_001008938.3與NM_014756.3所組成群之標靶CKAP5 cDNA序列,沿著該第二寡核苷酸股長度之至多27個核苷酸互補。
- 如申請專利範圍第3至12項中任一項所述之單離dsNA,其中從第一寡核苷酸股之3’末端之第一核苷酸(位置1)開始,位置1、2與/或3係經已修飾之核苷酸取代。
- 如申請專利範圍第3至12項中任一項所述之單離dsNA,其中該第一股之該3’末端與該第二股之該5’末端形成鈍端。
- 如申請專利範圍第3至12項中任一項所述之單離dsNA,其中該第一股長度為25個核苷酸及該第二股長度為27個核苷酸。
- 如申請專利範圍第3至4項或6至16項中任一項所述之單離dsNA,其中從選自表8之CKAP5 mRNA序列之5’末端(位置1)開始,哺乳動物Ago2在該序列位置9與10之間之位點裂解該mRNA,當該雙股核酸導入至哺乳動物細胞中時,降低CKAP5標靶mRNA表現。
- 如申請專利範圍第8至17項中任一項所述之單離dsNA,其中從選自SEQ ID NO:3457至4032、2305至2880與4033至5760之CKAP5 mRNA序列之5’末端開始,哺乳動物Ago2在該cDNA序列位置9與10之間位點裂解該mRNA,當該雙股核酸導入至哺乳動物細胞中時,降低CKAP5標靶mRNA表現。
- 如申請專利範圍第3至18項中任一項所述之單離dsNA,其中該第二股包含選自由SEQ ID NO:577至1152所組成群之序列。
- 如申請專利範圍第3至19項中任一項所述之單離dsNA,其中該第一股包含選自由SEQ ID NO:1至576與1729至2304所組成群之序列。
- 如申請專利範圍第3至20項中任一項所述之單離dsNA,其包含選自表2之成對之第一股/第二股序列。
- 如申請專利範圍第3至21項中任一項所述之單離dsNA,其中該第一與該第二股之長度個別為至少26個核苷酸。
- 如申請專利範圍第14項所述之單離dsNA,其中該第一股之該3’末端之該經修飾之核苷酸殘基係選自由去氧核糖核苷酸、無環核苷酸與螢光分子所組成群。
- 如申請專利範圍第23項所述之單離dsNA,其中該第一寡核苷酸股之該3’末端位置1為去氧核糖核苷酸。
- 如申請專利範圍第6、7或10項所述之單離dsNA,其中該第二股之該3’末端之該1至5個單股核苷酸之該核苷酸包含經修飾之核苷酸。
- 如申請專利範圍第25項所述之單離dsNA,其中該第二股之該3’末端之該1至5個單股核苷酸之該經修飾之核苷酸為2’-O-甲基核糖核苷酸。
- 如申請專利範圍第25或26項所述之單離dsNA,其中該第二股之該3’末端之該1個5個單股核苷酸中所有核苷酸係經修飾之核苷酸。
- 如申請專利範圍第3至27項中任一項所述之單離dsNA,其中該dsNA包含經修飾之核苷酸。
- 如申請專利範圍第28項所述之單離dsNA,其中該經修飾之核苷酸殘基係選自由下列各物所組成群:2’-O-甲基、2’-甲氧基乙氧基、2’-氟、2’-烯丙基、2’-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基]、4’-硫基、4’-CH2 -O-2’-橋連、4’-(CH2 )2 -O-2’-橋連、2’-LNA、2’-胺基與2’-O-(N-甲基胺甲酸酯)。
- 如申請專利範圍第6、7或10項所述之單離dsNA,其中該第二股之該3’末端之該1至5個單股核苷酸之長度為1至3個核苷酸。
- 如申請專利範圍第6、7或10項所述之單離dsNA,其中該第二股之該3’末端之該1至5個單股核苷酸之長度為1至2個核苷酸。
- 如申請專利範圍第6、7或10項所述之單離dsNA,其中該第二股之該3’末端之該1至5個單股核苷酸長度為兩個核苷酸,且包含2’-O-甲基修飾之核糖核苷酸。
- 如申請專利範圍第3至32項中任一項所述之單離dsNA,其中該第二寡核苷酸股包含之修飾型態為選自由AS-M1至AS-M52與AS-M1*至AS-M52所組成群。
- 如申請專利範圍第3至33項中任一項所述之單離dsNA,其中該第一寡核苷酸股包含之修飾型態為選自由SM1至SM31所組成群。
- 如申請專利範圍第3至34項中任一項所述之單離dsNA,其中該第一與該第二股之長度個別為至少26個及至多30個核苷酸。
- 如申請專利範圍第3至35項中任一項所述之單離dsNA,其中該dsNA係於該細胞中被Dicer內因性裂解。
- 如申請專利範圍第1至36項中任一項所述之單離dsNA,其中在該細胞環境中,該足以降低標靶基因表現之單離核酸之量係選自由下列各物所組成群:1奈莫耳濃度或更低、200皮莫耳濃度或更低、100皮莫耳濃度或更低、50皮莫耳濃度或更低、20皮莫耳濃度或更低、10皮莫耳濃度或更低、5皮莫耳濃度或更低、2皮莫耳濃度或更低、與1皮莫耳濃度或更低。
- 如申請專利範圍第6至37項中任一項所述之單離dsNA,其中該單離dsNA當於活體外,在哺乳動物細胞中,在細胞環境中之有效濃度1奈莫耳濃度或更低分析時,針對該標靶CKAP5 mRNA之相同至少19個核苷酸,於降低標靶CKAP5 mRNA表現上之效力高於單離之21單元(mer)siRNA。
- 如申請專利範圍第3至38項中任一項所述之單離dsNA,其中該單離dsNA係與標靶CKAP5 mRNA序列充份互補,當該雙股核酸導入至哺乳動物細胞中時,降低CKAP5標靶mRNA表現之量(以%表示)選自由下列所組成群:至少10%、至少50%、至少80至90%、至少95%、至少98%,及至少99%。
- 如申請專利範圍第3至39項中任一項所述之單離dsNA,其中第一與第二股係利用化學鏈結體鏈結。
- 如申請專利範圍第3至40項中任一項所述之單離雙股 核酸,其中該第一股之該3’末端與該第二股之該5’末端係利用化學鏈結體鏈結。
- 如申請專利範圍第3至41項中任一項所述之單離雙股核酸,其中該第二或第一股之核苷酸係經可主導Dicer裂解定向之經修飾之核苷酸取代。
- 如申請專利範圍第1至42項中任一項所述之單離核酸,其包含選自由下列各物所組成群之經修飾核苷酸:去氧核糖核苷酸、二去氧核糖核苷酸、無環核苷酸、3’-去氧腺苷(蟲草素(cordycepin))、3’-疊氮基-3’-去氧胸苷(AZT)、2’,3’-二去氧肌苷(ddI)、2’,3’-二去氧-3’-硫雜胞苷(3TC)、2’,3’-二去氫-2’,3’-二去氧胸苷(d4T)、3’-疊氮基-3’-去氧胸苷(AZT)之核苷單磷酸、2’,3’-二去氧-3’-硫雜胞苷(3TC)與2’,3’-二去氫-2’,3’-二去氧胸苷(d4T)之核苷單磷酸、4-硫尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-碘尿嘧啶、5-(3-胺基烯丙基)-尿嘧啶、2’-O-烷基核糖核苷酸、2’-O-甲基核糖核苷酸、2’-胺基核糖核苷酸、2’-氟核糖核苷酸,及鎖核酸。
- 如申請專利範圍第1至43項中任一項所述之單離核酸,其包含選自由下列各物所組成群之磷酸酯主幹修飾:膦酸酯、硫代磷酸酯與磷酸三酯。
- 如申請專利範圍第1至44項中任一項所述之單離核酸,其包含選自由下列各物所組成群之修飾:N-嗎啉基核酸與肽核酸(PNA)。
- 一種於哺乳動物細胞中降低標靶CKAP5基因表現之方 法,其包括將哺乳動物細胞於活體外與用量足以降低該細胞中標靶CKAP5 mRNA之表現之如申請專利範圍第3至45項中任一項所述之單離dsNA接觸。
- 如申請專利範圍第46項所述之方法,其中標靶CKAP5 mRNA表現降低之量(以%表示)係選自由至少10%、至少50%與至少80至90%所組成群。
- 如申請專利範圍第46或47項所述之方法,其中該細胞與該dsNA接觸至少8天後,CKAP5 mRNA量係降低(以%表示)至少90%。
- 如申請專利範圍第46至48項中任一項所述之方法,其中該細胞與該dsNA接觸至少10天後,CKAP5 mRNA量係降低(以%表示)至少70%。
- 一種降低哺乳動物中之標靶CKAP5 mRNA表現之方法,其包括對哺乳動物投與用量足以降低哺乳動物中之標靶CKAP5 mRNA表現之如申請專利範圍第1至45項中任一項所述之單離核酸。
- 如申請專利範圍第50項所述之方法,其中該單離核酸之投藥劑量為選自由下列各物所組成群:每天每公斤該哺乳動物1微克至5毫克、每公斤100微克至0.5毫克、每公斤0.001至0.25毫克、每公斤0.01至20微克、每公斤0.01至10微克、每公斤0.10至5微克,及每公斤0.1至2.5微克。
- 如申請專利範圍第50或51項所述之方法,其中該單離核酸當於活體外,於哺乳動物細胞,在細胞環境中依 有效濃度1奈莫耳濃度或更低分析時,其針對該標靶CKAP5 mRNA之相同至少19個核苷酸於降低標靶CKAP5 mRNA表現上之效力高於單離之21單元siRNA。
- 如申請專利範圍第50至52項中任一項所述之方法,其中該單離dsNA投與該哺乳動物至少3天後,該哺乳動物之組織中CKAP5 mRNA量降低(以%表示)至少70%。
- 如申請專利範圍第53項所述之方法,其中該組織係選自由肝臟、胰臟與卵巢組織所組成群。
- 如申請專利範圍第50至54項中任一項所述之方法,其中該投藥步驟包括選自由下列各物所組成群之模式:靜脈內注射、肌內注射、腹膜內注射、輸注、皮下注射、穿皮式、氣霧劑、經直腸、陰道、表面局部、經口與吸入傳遞。
- 一種選擇性抑制細胞生長之方法,其包括將細胞與用量足以抑制細胞生長之如申請專利範圍第1至45項中任一項所述之單離核酸接觸。
- 如申請專利範圍第56項所述之方法,其中該細胞為個體之腫瘤細胞。
- 如申請專利範圍第56或57項所述之方法,其中該細胞為活體外之腫瘤細胞。
- 如申請專利範圍第56至58項中任一項所述之方法,其中該細胞為人類細胞。
- 一種包含如申請專利範圍第1至45項中任一項所述之單離核酸之調配物,其中該核酸以當該核酸導入至活 體外之哺乳動物細胞中時,使標靶CKAP5 mRNA量降低(以%表示)選自由至少10%、至少50%與至少80至90%所組成群之程度之有效量存在。
- 如申請專利範圍第60項所述之調配物,其中於該細胞環境之該有效量係選自由下列各物所組成群:1奈莫耳濃度或更低、200皮莫耳濃度或更低、100皮莫耳濃度或更低、50皮莫耳濃度或更低、20皮莫耳濃度或更低、10皮莫耳濃度或更低、5皮莫耳濃度或更低、2皮莫耳濃度或更低、與1皮莫耳濃度或更低。
- 一種包含如申請專利範圍第6至45項中任一項所述之單離dsNA之調配物,其中該dsNA以當該dsNA導入至哺乳動物個體之細胞中時,使標靶CKAP5 mRNA量降低(以%表示)選自由至少10%、至少50%與至少80至90%所組成群之程度之有效量存在。
- 如申請專利範圍第62項所述之調配物,其中該有效量為選自下列各物所組成群中之劑量:每天每公斤該個體1微克至5毫克、每公斤100微克至0.5毫克、每公斤0.001至0.25毫克、每公斤0.01至20微克、每公斤0.01至10微克、每公斤0.10至5微克、及每公斤0.1至2.5微克。
- 如申請專利範圍第60至63項中任一項所述之調配物,其中該dsNA當於活體外,於哺乳動物細胞中,在細胞環境中依有效濃度1奈莫耳濃度或更低分析時,其針對該標靶CKAP5 mRNA之相同至少19個核苷酸於降低 標靶CKAP5 mRNA量之效力高於單離之21單元siRNA。
- 一種哺乳動物細胞,其包含如申請專利範圍第1至45項中任一項所述之單離核酸。
- 一種醫藥組成物,其包含如申請專利範圍第1至45項中任一項所述之單離核酸與醫藥上可接受之載劑。
- 一種套組,其包含如申請專利範圍第1至45項中任一項所述之單離核酸與其使用說明書。
- 一種治療或預防個體之CKAP5關聯疾病或病變之方法,其包括對該個體投與如申請專利範圍第1至45項中任一項所述之單離核酸與醫藥上可接受之載劑,其投藥量應足以治療或預防該個體之該CKAP5關聯疾病或病變,藉以治療或預防該個體之該CKAP5關聯疾病或病變。
- 如申請專利範圍第68項所述之方法,其中該CKAP5關聯疾病或病變係選自由下列各物所組成群:腎臟、乳房、肺臟、卵巢、肝臟、子宮頸、食道、口咽與胰臟之癌症。
- 一種具有CKAP5抑制活性之組成物,其基本上係由如申請專利範圍第1至45項中任一項所述之單離核酸組成。
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