SA519410124B1 - تقنيات تشخيصية تقوم على نظام مؤثر crispr للكشف عن الفيروسات - Google Patents

تقنيات تشخيصية تقوم على نظام مؤثر crispr للكشف عن الفيروسات Download PDF

Info

Publication number
SA519410124B1
SA519410124B1 SA519410124A SA519410124A SA519410124B1 SA 519410124 B1 SA519410124 B1 SA 519410124B1 SA 519410124 A SA519410124 A SA 519410124A SA 519410124 A SA519410124 A SA 519410124A SA 519410124 B1 SA519410124 B1 SA 519410124B1
Authority
SA
Saudi Arabia
Prior art keywords
rna
virus
pod
sequence
target
Prior art date
Application number
SA519410124A
Other languages
English (en)
Inventor
اس. لاندر اريك
سابيتي بارديس
غوتنبرغ جوناثان
جوزيف كولينز جيمس
ابوديه عمر
زهانج فنغ
أماندا فريج كاترين
مايهرفولد كاميرون
Original Assignee
بريزيدنت اند فيلوس اوف هارفارد كوليج
ذي برواد انستيتيوت, انك.
ماساشوتس انستيتيوت اوف تكنولوجي
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by بريزيدنت اند فيلوس اوف هارفارد كوليج, ذي برواد انستيتيوت, انك., ماساشوتس انستيتيوت اوف تكنولوجي filed Critical بريزيدنت اند فيلوس اوف هارفارد كوليج
Publication of SA519410124B1 publication Critical patent/SA519410124B1/ar

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/34—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving hydrolase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851—Quantitative amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/102—Mutagenizing nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/16—Aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/30—Phosphoric diester hydrolysing, i.e. nuclease
    • C12Q2521/301—Endonuclease
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)

Abstract

يوفر الاختراع الحالي نظام كشف عن حمض نووي nucleic acid يشتمل على: نظام الوحدات التكرارية الراجعة القصيرة المتخللة بانتظام المتعاقبة Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) يشتمل على بروتين مؤثر وواحد أو أكثر من الاحماض النووية الريبوزية Ribonucleic acid (RNAs) توجيه للربط بجزيئات مستهدفة مناظرة؛ تركيب حجب أساسه RNA؛ وعلى نحو اختياري، مواد كاشفة لتكبير حمض نووي لتكبير جزيئات RNA مستهدفة في عينة. في جانب آخر، توفر التجسيدات نظام كشف عن بولي ببتيد يشتمل على: نظام CRISPR يشتمل على بروتين مؤثر وواحد أو أكثر من RNAs توجيه لربط RNA منبِّه، تركيب حجب أساسه RNA؛ وواحد أو أكثر من أبتاميرات aptamers الكشف التي تشتمل على موضع ربط معزز RNA بوليميراز polymerase محجوب أو موضع ربط بادئة محجوب masked primer binding site. في بعض التجسيدات، يمكن استخدام النظام للكشف عن فيروسات viruses في العينات. شكل 1.

Description

تقنيات تشخيصية تقوم على نظام مؤثر 1501© للكشف عن الفيروسات ‎CRISPR EFFECTOR SYSTEM BASED DIAGNOSTICS FOR VIRUS‏ ‎DETECTION‏ ‏الوصف الكامل خلفية الاختراع يتعلق الموضوع الرئيسي الذي تم الكشف ‎die‏ هنا بصورة ‎dele‏ بتقنيات تشخيص سريعة ‎rapid‏ ‎dilate diagnostics‏ باستخدام أنظمة مؤثر ‎effector systems‏ الوحدات التكرارية الراجعة القصيرة المتخللة بانتظام المتعاقبة ‎Clustered Regularly Interspaced Short‏ ‎.(CRISPR) Palindromic Repeats 5‏ تكون الأحماض النووية ‎Nucleic acids‏ عبارة عن بصمة عالمية للمعلومات الحيوية. إن القدرة على الكشف السريع عن الأحماض النووية ذات حساسية عالية ونوعية أحادية القاعدة ‎single—‏ ‏86 على منصة محمولة لديها القدرة على عمل تطور هائل في تشخيص ومراقبة عدة أمراض»؛ وتوفير معلومات وبائيات قيمة؛ والاستخدام كأداة علمية يمكن تعميمها. رغم أنه قد تم 10 تطوير عدة طرق للكشف عن الأحماض التووية ) ;2014 ‎Du et al., 2017: Green et al.,‏ ‎Kumar et al., 2014; Pardee et al., 2014; Pardee et al., 2016; Urdea et‏ ‎(al, 2006‏ غير أنها تعاني بصورة حتمية من المفاضلات بين الحساسية؛ والنوعية؛ والتبسيط والسرعة. على سبيل المثال» تكون مناهج ‎QPCR‏ حساسة ولكن مكلفة وتعتمد على أدوات معقدة؛ مما يحصر إمكانية الاستخدام على مشغلين مدريين بصورة كبيرة في منشات معملية. تعرض الطرق الأخرى؛ مثل الطرق الجديدة التي تجمع بين تكبيرة الحمض النووي متساوي الحرارة مع المنصات المحمولة )2016 ‎(Du ©] al., 2017; Pardee et al.,‏ نوعية كشف عالية في منشأة نقطة رعاية ‎(POC) point-of-care‏ ولكن ذات استخدامات محدودة إلى حد ما بسبب نقص الحساسية. ولأن تقنيات تشخيص الحمض النووي أصبحت ذات صلة بصورة متزايدة لنطاق من استخدامات الرعاية الصحية؛ ويمكن استخدام تقنيات الكشف التي توفر نوعية وحساسية عالية 0 بتكلفة منخفضة بصورة كبيرة في كل من إعدادات البحث الإكلينيكية والأساسية.
الوصف العام للاختراع في أحد الجوانب»؛ يوفر الاختراع نظام كشف عن حمض نووي يشتمل على: نظام ‎CRISPR‏ ‏يشتمل على بروتين مؤثر وواحدة أو أكثر من الاحماض النووية الريبوزية ‎Ribonucleic acid‏ (85ل8)_الإرشادية التي تمت تهيئتها بحيث تناظر جزيئات مستهدفة؛ تركيب حجب أساسه
‎(RNA 5‏ وعلى نحو اختياري؛ مواد كاشفة لتكبير الحمض النووي لتكبير جزيئات ‎RNA‏ مستهدفة في عينة. في جانب ‎AT‏ توفر التجسيدات نظام كشف عن بولي ببتيد يشتمل على: نظام ‎CRISPR‏ يشتمل على بروتين مؤثر وواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية تمت تهيئتها لتريط ‎RNA‏ منبّه؛ تركيب حجب أساسه ‎(RNA‏ وتشتمل واحدة أو أكثر من أبتاميرات الكشف على موضع ربط معزز ‎RNA‏ بوليميراز محجوب أو موضع ربط بادئة محجوب.
‏0 في تجسيدات أخرى؛ قد يشتمل النظام ‎Lia‏ على مواد كاشفة لتكبير الحمض النووي. قد تشتمل المواد الكاشفة لتكبير الحمض النووي على بادئة تشتمل على معزز ‎RNA‏ بوليميراز. في بعض التجسيدات؛ يتم تكبير عينة الأحماض النووية للحصول على مرصاف ‎DNA‏ يشتمل على معزز ‎RNA‏ بوليميراز» ‎(Sarg‏ بذلك إنتاج جزيء ‎RNA‏ مستهدف بواسطة الانتساخ. يمكن أن يكون الحمض النووي عبارة عن ‎DNA‏ وتم تكبيره بواسطة أي طريقة تم وصفها هنا. يمكن أن يكون
‏5 الحمض النووي عبارة عن ‎RNA‏ وتم تكبيره بواسطة طريقة انتساخ عكسي كما تم الوصف هنا. يمكن تكبير متوالية الأبتامير بعد كشف موضع ربط البادئة؛ حيث يتم انتساخ ‎RNA‏ منبّه من منتج ‎DNA‏ المكبّر. قد يكون الجزيء المستهدف عبارة عن ‎DNA‏ مستهدف وقد يشتمل النظام أيضًا على بادئة تريط ‎DNA‏ المستهدف وبشتمل على معزز ‎RNA‏ بوليميراز ‎polymerase‏ . في أحد التجسيدات التوضيحية؛ يكون بروتين مؤثر نظام ©6815 عبارة عن بروتين مؤثر
‏0 استهداف ‎[RNA‏ تتضمن بروتينات مؤثر استهداف ‎RNA‏ التوضيحية 6202 (المعروف ‎OY)‏ ‏باسم ‎«Casl3b (Casl3a‏ و 085138. من المفهوم أن التعبير " 0202" هنا يُستخدم بصورة متبادلة مع " 085138". في تجسيد توضيحي ‎«AT‏ يكون بروتين مؤثر استهداف ‎RNA‏ عبارة عن 02062. في تجسيدات أخرى؛ يكون بروتين مؤثر 0202 من كائن حي من جنس تم اختياره من المجموعة المتكونة من: ‎«Sutterella (Corynebacter (Listeria Leptotrichia‏
‎«Streptococcus (Eubacterium (Filifactor (Treponema (Legionella 5
‎«Flavobacterium (Flaviivola (Bacteroides (Mycoplasma (Lactobacillus‏ ‎«Roseburia (Neisseria (Gluconacetobacter (Azospirillum (Sphaerochaeta‏ ‎«Mycoplasma «Nitratifractor (Staphylococcus (Parvibaculum‏ ‎cLachnospira 4 «Campylobacter‏ أو يكون بروتين مؤثر ‎ple C202‏ عن كائن حي تم اختياره من المجموعة المتكونة من: ‎«wadei .Leptotrichia <Leptotrichia shahii‏ ‎«Carnobacterium gallinarum (Clostridium aminophilum «Listeria seeligeri‏ ‎«Listeria weihenstephanensis (Paludibacter propionicigenes‏ أو يكون بروتين مؤثر 6202 ‎Hle‏ عن بروتين مؤثر 50279 ‎wadei‏ .ا أو ‎(Lw2) L. wadei F0279‏ 2. في تجسيد آخرء تتم تهيئة الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بحيث تقوم بالكشف عن 0 تعدد أشكال نوكليوتيد واحد؛ متغير جدل من نسخة؛ أو طفرة تحويل هيكل في ‎DNA si RNA‏ مستهدف. في تجسيدات أخرى؛ تمت تهيئة الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بحيث تكون واحدة أو أكثر من الجزيئات المستهدفة التي تشكل تشخيصًا لحالة مرضية. وفي تجسيدات ‎(Al‏ تكون الحالة المرضية عبارة عن عدوى؛ أو مرض عضوء أو مرض بالدم؛ أو مرض جهاز مناعي؛ أو سرطان؛ 5 أو مرض بالمخ والجهاز العصبي المركزي؛ أو مرض صماويء أو حَمل أو مرض مرتبط بالولادة؛ أو مرض وراثي؛ أو مرض مكتسب من البيئة. ‎Bg‏ تجسيدات ‎(AT‏ تكون الحالة المرضية عبارة عن السرطان أو مرض مناعة ذاتية أو عدوى. في تجسيدات أخرى؛ تمت تهيئة الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بحيث يشتمل واحد أو أكثر من الجزيئات المستهدفة على طفرات جسدية نوعية للسرطان. قد تضفي الطفرة نوعية السرطان 0 مقاومة للعقار. يمكن حث طفرة مقاومة العقار بواسطة المعالجة باستخدام إيبروتينيب» إيرلوتينيب؛ إيماتينيب» جيفتينيب»؛ كريزوتينيب»؛ تراستوزوماب؛ فيمورافينيب» ‎(RAFMEK‏ علاج حجب نقطة ‎and‏ أو علاج مضاد للإستروجين. يمكن أن توحد الطفرات نوعية السرطان في واحد أو أكثر من الجينات التي ‎Ja‏ بروتين يتم اختياره من المجموعة المتكونة من مركب ترابطي = الموت الْمُبرمّج 1 ‎«(PD-L1)‏ مستقبل أندروجين ‎(AR) androgen receptor‏ تيروسين كيناز بروتون ‎«(BTK) Bruton’s Tyrosine Kinase 5‏ مستقبل عامل النمو البشروي ‎Epidermal‏
‎(EGFR) Growth Factor Receptor‏ ام52 “80 ‎«HER?2 ¢PIK3CA «c-kit‏ ‎«(NRAS (MEK2 (MEK1 (BRAF (AKT1 (ROS1 (ALK (KRAS (EML4-ALK‏ ‎ESRI 5 (RAC]‏ قد تكون الطفرة نوعية السرطان عبارة عن طفرة في جين تم اختياره من المجموعة المتكونة من ‎(ARID5B (SMCI1A (PIK3CA (B2M (CASP8‏ 1-12 ‎«MYOCD (IRF6 CIC (MORC4 (NCOR1 (DNER (TP53 (COL5A1 (ALPK2 5‏ ‎«FUBP1 (DDX3X (CUL4B (ARID2 5051 «(NF1 (CNKSR1 (ANKLE1‏ ‎B (HLA-A (TCP11L2‏ 4 هع ‎PD-L2 PD-L1 (ASXL1 (MET (CSNK2A1‏ ‎¢AALOX15B 3 ALOX12B 002 (IDO1‏ أو اكتساب رقم نسخة؛ باستبعاد أحداث الكروموسوم الكاملة؛ التي تؤثر على أي من نطاقات الكروموسوم ‎chromosomal‏ التالية: 0 6016.1-021؛ 6022.31-024.1» ‎«8p23.1 7011.2-011.1 «6925.1—q26‏ ‎8p11.23—p11.21‏ (يحتوي على ‎((IDO2 «IDOL‏ 9024.2-023 (يحتوي على ‎«PDL1‏ ‎<11p14.1 <10p15.1-p13 <10p15.3 (PDL2‏ 12013.32-013.2؛ ‎17p13.1‏ ‏(يحتوي على ‎¢(ALOX15B (ALOX12B‏ 5 22911.1-911.21. في تجسيدات أخرى؛ يمكن تهيئة الواحد أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بحيث ترتبط بواحد أو أكثر من الجزبئات المستهدفة التي تشتمل على مرقمات فقد تغاير اللواقح ‎loss—of-heterozygosity‏ ‎.(LOH)‏ ‏في تجسيدات أخرى؛ يمكن تهيئة الواحد أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بحيث ترتبط بواحد أو أكثر من الجزيئات المستهدفة التي تشتمل على تعددات أشكال نوكليوتيد أحادية ‎single nucleotide‏ ‎(SNP) polymorphisms‏ يمكن أن يكون المرض ‎Ble‏ عن مرض بالقلب ويمكن أن تكون 0 الجزبئات المستهدفة عبارة عن ‎.CYP2C19, «CYP2CY (VKORCI]‏ في تجسيدات أخرى؛ يمكن أن تكون الحالة المرضية عبارة عن حَمل أو مرض مرتبط بالولادة أو مرض وراثي. يمكن أن تكون العينة عبارة عن ‎die‏ دم أو ‎die‏ مخاط. يمكن اختيار المرض من المجموعة المتكونة من الصبغة الثلاثية 13( الصبغة الثلاثية 16( الصبغة الثلاثية 18؛ متلازمة ‎(XYY 47) (XXY 47) Klinefelter‏ و )47 ‎«(XXX‏ ومتلازمة 1016 ومتلازمة داون «(الصبغة الثلاثية 21( التليف الكيسي؛ مرض هنتنجتون؛ التلاسيمية بيتاء حثل التأتر العضلي؛
فقر الدم المنجلي؛ البرفيرية؛ متلازمة الإكس الهش» إزفاء روبرتسوني؛ متلازمة أنجليمان» متلازمة دي جورج ومتلازمة وولف هيرشون. في تجسيدات ‎(AT‏ تنتج العدوى عن فيروسء أو بكتيرياء أو ‎had‏ أو تكون العدوى عبارة عن عدوى فيروسية. في تجسيدات محددة؛ تنتج العدوى الفيروسية عن فيروس فيروس ‎RNA‏ مزدوج الجديلة؛ فيروس ‎RNA‏ في اتجاه النسخ إيجابي؛ فيروس ‎RNA‏ في اتجاه النسخ سلبي؛ فيروس قهقري؛ أو توليفة منهاء أو تنتج العدوى الفيروسية عن فيروس الحمة الإكليلية؛ فيروس البيكورناوية؛ فيروسات كأسية؛ الفيروسات المصفرة؛ الفيروسات الطخائية؛ فيروسات بورنوية؛ الفيروسات الخيطية؛ الفيروسات المخاطانية؛ الفيروسات الرثوية؛ الفيروسات الريدية؛ الفيروسات الرملية؛ الفيروسات البنياوية؛ الفيروسات المخاطية القويمة؛ أو فيروس دلتاء أو تنتج العدوى الفيروسية عن 0 الفيروسة ‎(SARS (lS)‏ الفيروسة السنجابية؛ الفيروسة الأنفية؛ الالتهاب الكبدي ‎A‏ فيروس نوروواك؛ فيروس الحمى الصفراء؛ فيروس غرب النيل؛ فيروس الالتهاب الكبدي )؛ فيروس حمى الدنك؛ فيروس زيكاء فيروس الحصبة الألمانية؛ فيروس نهر روس» فيروس سندبيس؛ فيروس تشيكونجوانيا؛ فيروس مرض بورنا؛ فيروس الإيبولا؛ فيروس ماربرج؛ فيروس الحصبة؛ فيروس النكاف؛ فيروس نيبه؛ فيروس هندراء فيروس مرض نيوكاسل؛ الفيروس التنفسي المخلوي البشري؛ 5 السعارء؛ فيروس لاساء فيروس هانتاء فيروس حمى الكونجو والقرم النزفية؛ الإنفلونزاء أو فيروس الالتهاب الكبدي 0. في تجسيدات أخرى للاختراع؛ يكبت تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ إنتاج إشارة موجبة يمكن الكشف عنها أو يكبت تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ إنتاج إشارة موجبة يمكن الكشف عنها عن طريق حجب الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنهاء أو إنتاج إشارة سلبية يمكن الكشف عنها بدلاً من ذلك؛ 0 أو يشتمل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ على ‎RNA‏ إخماد الذي يكبت إنتاج منتج جين يتم ترميزه بواسطة تركيب مرشد؛ حيث ينتج منتج الجين الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها عند التعبير عنها وراثيًا. في تجسيدات ‎«gal‏ يكون تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ عبارة عن ريبوزيم ينتج الإشارة السلبية التي يمكن الكشف عنهاء؛ وحيث يتم إنتاج الإشارة الموجبة التي ‎(Say‏ الكشف عنها عند إيقاف نشاط
الرببوزيم» أو يحوّل الريبوزيم ركيزة إلى لون أول وحيث تتحول الركيزة إلى لون ثاني عند إيقاف ‎yal) BARA‏ . في تجسيدات أخرى؛ يكون عامل الحجب الذي أساسه ‎RNA‏ عبارة عن أبتامير ‎(RNA‏ أو ينحي الأبتامير إنزيم؛ حيث ينتج الإنزيم إشارة يمكن الكشف عنها بعد الإطلاق من الأبتامير بواسطة العمل على ركيزة؛ أو ينحي الأبتامير زوج من العوامل التي عند إطلاقها من الأبتاميرات تندمج لتنتج إشارة يمكن الكشف عنها. في تجسيد آخرء يشتمل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ على أوليجونوكليوتيد ‎RNA‏ يرتبط به مركب ترابطي يمكن الكشف عنه ومكون حجب. في تجسيد آخر؛ يكون المركب الترابطي الذي يمكن الكشف ‎die‏ عبارة عن حامل تألق ويكون مكون الحجب ‎Ble‏ عن جزيء إخماد؛ أو المواد الكاشفة 0 لتكبير جزيئات ‎RNA‏ مستهدفة مثل؛ على سبيل المثال وليس الحصر» المواد الكاشفة ‎NASBA‏ ‎RPA i‏ في جانب آخرء يوفر الاختراع جهاز تشخيص يشتمل على واحد أو أكثر من الأحجام المنفصلة المفردة؛ وبشتمل كل حجم من الأحجام المنفصلة المفردة على بروتين مؤثر ‎(CCRISPR‏ واحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية التي تمت تهيئتها بحيث تناظر الجزيء المستهدف؛ تركيب حجب 5 أساسه ‎leg (RNA‏ نحو اختياري تشتمل ‎Wad‏ على مواد كاشفة لتكبير الحمض النووي. في جانب ‎AT‏ يوفر الاختراع جهاز تشخيص يشتمل على واحد أو أكثر من الأحجام المنفصلة المفردة؛ وبشتمل كل حجم منفصل مفرد على بروتين مؤثر 05015514؛ واحدة أو أكثر من ‎RNAs‏ ‏الإرشادية التي تمت تهيئتها بحيث تربط ب ‎RNA‏ منبّه؛ واحدة أو أكثر من أبتاميرات الكشف التي تشتمل على موضع ربط معزز ‎RNA‏ بوليميراز محجوب أو موضع ربط بادئة محجوب»؛ وعلى 0 نحو اختياري تشتمل ‎Wad‏ على مواد كاشفة لتكبير الحمض النووي. في بعض التجسيدات؛ تكون الأحجام المنفصلة المفردة عبارة عن قطرات صغيرة؛ أو تم تحديد الأحجام المنفصلة المفردة على ركيزة صلبة؛ أو تكون الأحجام المنفصلة المفردة عبارة عن عيون دقيقة؛ أو تكون الأحجام المنفصلة المفردة عبارة عن بقاع محددة على ركيزة»؛ ‎Jie‏ ركيزة ورقية.
في بعض التجسيدات التوضيحية الأخرى؛ تتم تهيئة نظام الكشف عن الحمض النووي بحيث يتم الكشف عن واحدة أو أكثر من المواد الكاشفة الفيروسية واستخدامها بالاشتراك مع علاج مضاد للفيروسات. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون العلاج المضاد للفيروسات عبارة عن نظام مضاد للفيروسات أساسه ‎CRISPR‏ من النوع ‎V1‏ الفئة 2. على سبيل المثال؛ يمكن استخدام أنظمة الكشف عن الحمض النووي مع الأنظمة المضادة للفيروسات لمقاومة العقار أو تعرض السلالات الفيروسية التي تنقل العدوى إلى مريض ما أو المنتشرة في تفشي ما لانتقاء عامل علاجي ملائم. يتضمن ذلك أنظمة تشخيص يمكنها الكشف عن طفرات جديدة ‎Law‏ في مسار العلاج إلى جانب طفرات معروفة بأنها تنشأ مما يؤدي إلى مقاومة العلاج. يمكن استخدام تجسيدات نظام التشخيص تلك التي تم الكشف عنها هنا كتقنيات تشخيص مصاحبة لعلاجات 0 مضادة للفيروسات لانتقاء علاج مضاد للفيروسات مبدئي ‎Waly adhe‏ تعديل العلاج المضاد للفيروسات ‎Eland‏ للطفرات المقاومة التي قد تظهر. في التجسيدات التوضيحية التي يكون مضاد الفيروسات فيها عبارة عن علاج مضاد للفيروسات أساسه ‎CRISPR‏ من النوع ‎VI‏ الفئة 2 يمكن استخدام تجسيدات نظام التشخيص التي تم الكشف عنها هنا لانتقاء و/ أو تعديل المتوالية الإرشادية المستخدمة بواسطة العلاج المضاد للفيروسات الذي أساسه ‎CRISPR‏ من النوع ‎VI‏ ‏5 الفئة 2 لتوجيه البروتين المؤثر ضد متواليات الحمض النووي للعامل الفيروسي المستهدفة. في أحد التجسيدات؛ يكون البروتين المؤثر لاستهداف ‎RNA‏ عبارة عن بروتين مؤثر لاستهداف ‎RNA‏ من النوع ‎CRISPR (VI‏ مثل 0202 أو 085135 أو ‎.Casl3c‏ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون البروتين المؤثر 6202 من كائن حي يتم اختياره من المجموعة المتكونة من: 6018أتأمأمعال ‎«Legionella (Sutterella (Corynebacter (Listeria‏ ‎«Lactobacillus (Streptococcus (Eubacterium (Filifactor Treponema 20‏ ‎«Sphaerochaeta (Flavobacterium (Flaviivola (Bacteroides (Mycoplasma‏ ‎«Parvibaculum (Roseburia (Neisseria (Gluconacetobacter (Azospirillum‏ ‎«Campylobacter y Mycoplasma «Nitratifractor Staphylococcus‏ أو يتم اختيار بروتين مؤثر ‎C2C2‏ من المجموعة المتكونة من: ‎«L. wadei (Leptotrichia shahii‏ ‎«Clostridium aminophilum (Lachnospiraceae bacterium (Listeria seeligeri 5‏
‎Listeria (Paludibacter propionicigenes (Carnobacterium gallinarum‏ ‎«Rhodobacter capsulatus «Listeriaceae bacterium (weihenstephanensis‏ ويكون بروتين مؤثر 6202 عبارة عن بروتين ‎wadei FO279 ise‏ .ا أو ‎wadei‏ .ا ‎.F0279 (Lw2) C2c2‏ في تجسيد آخرء تتم تهيئة الواحد أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بحيث ترتبط بواحدة أو أكثر من متواليات ‎RNA‏ المستهدفة التي تكون تشخيصية لحالة مرضية. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكبت تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ إنتاج إشارة موجبة يمكن الكشف عنهاء أو يكبت تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ إنتاج إشارة موجبة يمكن الكشف عنها عن طريق حجب الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنهاء أو إنتاج إشارة سلبية يمكن الكشف عنها بدلاً من ذلك. أو يشتمل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ على ‎RNA‏ إخماد الذي يكبت إنتاج منتج 0 جين يتم ترميزه بواسطة تركيب مرشد؛ حيث ينتج منتج الجين الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها عند التعبير عنها ‎hs‏ ‏في تجسيد توضيحي ‎AT‏ يكون تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ عبارة عن ‎mien)‏ ينتج إشارة سلبية يمكن الكشف عنهاء وحيث يتم إنتاج الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها عند إيقاف نشاط الرببوزيم. في أحد التجسيدات التوضيحية؛ يحوّل الرببوزيم ركيزة إلى لون ‎Jf‏ وحيث تحوّل الركيزة 5 إلى لون ثاني عند إيقاف نشاط الريبوزيم. في تجسيد توضيحي آخرء يكون عامل الحجب الذي ‎RNA aul‏ عبارة عن أبتامير ينحي إنزيم؛ حيث ينتج الإنزيم إشارة يمكن الكشف عنها بعد الإطلاق من الأبتامير بواسطة العمل على ركيزة؛ أو ينحي الأبتامير زوج من العوامل التي عند إطلاقها من الأبتاميرات تندمج لتنتج إشارة يمكن الكشف عنها. في تجسيد توضيحي ‎AT‏ يشتمل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ على أوليجونوكليوتيد ‎RNA‏ يرتبط به أوليجونوكليوتيد مركب ‎(Sa ali‏ الكشف عنه ومكون حجب. في بعض التجسيدات التوضيحية»؛ يكون المركب الترابطي الذي ‎(Kay‏ الكشف عنه عبارة عن ‎dala‏ تألق ويكون مكون الحجب عبارة عن جزيء إخماد. في جانب آخرء يوفر الاختراع طريقة للكشف عن ‎RNAS‏ مستهدفة في ‎(lie‏ تشتمل على: توزيع عينة أو مجموعة من العينات على واحد أو أكثر من الأحجام المنفصلة المفردة؛ تشتمل
الأحجام المنفصلة المفردة على نظام ‎CRISPR‏ يشتمل على بروتين مؤثرء واحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية؛ تركيب حجب أساسه ‎(RNA‏ حضانة العينة أو مجموعة من العينات تحت ظروف تكفي بحيث تسمح بربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بواحدة أو أكثر من جزيئات مستهدفة؛ تنشيط بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ من خلال ربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAs‏ الإرشادية بالواحدة أو أكثر من جزيئات مستهدفة؛ حيث يؤدي تنشيط بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ إلى تعديل
تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ بحيث يتم إنتاج إشارة إيجابية يمكن الكشف عنها؛ والكشف عن الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنهاء حيث يدل الكشف عن الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها على وجود واحدة أو أكثر من جزيئات مستهدفة في العينة. في جانب ‎AT‏ يوفر الاختراع طريقة للكشف عن ببتيدات في عينات؛ تشتمل على: توزيع عينة أو
0 مجموعة من العينات على مجموعة من الأحجام المنفصلة المفردة؛ تشتمل الأحجام المنفصلة المفردة على أبتاميرات كشف عن ببتيد؛ يشتمل نظام ‎CRISPR‏ على بروتين مؤثر» واحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية؛ تركيب حجب أساسه ‎(RNA‏ حيث تشتمل أبتاميرات الكشف عن الببتيد على موضع ‎RNA‏ بوليميراز محجوب وتمت تهيئتها لربط واحدة أو أكثر من جزيئات مستهدفة؛ حضانة العينة أو مجموعة من العينات تحت ظروف تكفي بحيث تسمح بربط أبتاميرات الكشف
5 عن الببتيد بالواحدة أو أكثر من جزيئات مستهدفة؛ حيث يعرّض ربط الأبتامير بجزيء مستهدف مناظر إلى موضع ربط ‎RNA‏ بوليميراز مما يؤدي إلى تخليق ‎RNA JTRNA‏ منبّه؛ تنشيط بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ من خلال ربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية ب ‎RNA‏ منبّه؛ ‎Cus‏ يؤدي تنشيط بروتين مؤثر 615014 إلى تعديل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ بحيث يتم إنتاج إشارة إيجابية يمكن الكشف عنها؛ والكشف عن الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنهاء حيث يدل
الكشف عن الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها على وجود واحدة أو أكثر من جزيئات مستهدفة في عينة. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تشتمل تلك الطرق أيضًا على تكبير ‎RNA‏ العينة ‎RNA i‏ منبّه. في تجسيدات ‎gal‏ يشتمل تكبير ‎RNA‏ على التكبير بواسطة ‎NASBA‏ أو ‎RPA‏ ‏في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون بروتين مؤثر ‎Ble CRISPR‏ عن بروتين مؤثر
5 استهداف ‎RNA‏ من نوع ‎Jie (CRISPR (Vl‏ 6202 أو 0851305. في تجسيدات توضيحية
أخرى؛ يكون بروتين مؤثر 0262 من كائن حي تم اختياره من المجموعة المتكونة من: ‎«Treponema Legionella (Sutterella «Corynebacter Listeria «Leptotrichia‏ ‎«Mycoplasma «Lactobacillus (Streptococcus (Eubacterium (Filifactor‏ ‎«Azospirillum (Sphaerochaeta (Flavobacterium (Flaviivola «Bacteroides‏ ‎«Staphylococcus (Parvibaculum (Roseburia (Neisseria «Gluconacetobacter 5‏ ‎«Campylobacter y Mycoplasma «Nitratifractor‏ أو يكون بروتين مؤثر 02262 تم اختياره من المجموعة المتكونة ‎wadei <Leptotrichia shahii : je‏ .اء ‎Listeria seeligeri‏ بكتيريا ‎«Carnobacterium gallinarum (Clostridium aminophilum (Lachnospiraceae‏ ‎Listeriaceae (Listeria weihenstephanensis (Paludibacter propionicigenes‏ ‎bacterium 0‏ و ‎Rhodobacter capsulatus‏ في تجسيدات محددة؛ يكون بروتين مؤثر 2 عبارة عن بروتين مؤئثر 20279 ‎wadei‏ .ا ‎wadei 50279 i‏ .ا ‎.C2C2 (Lw2)‏ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تمت تهيئة الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بحيث تكون واحدة أو أكثر من الجزيئات المستهدفة التي تشكل تشخيصًا لحالة مرضية. في بعض التجسيدات التوضيحية الأخرى؛ تكون الحالة المرضية عبارة عن عدوى؛ أو مرض عضوء أو مرض ‎Sepals‏ ‏5 مرض جهاز مناعي؛ أو سرطان؛ أو مرض بالمخ والجهاز العصبي المركزي؛ أو مرض صماوي؛ أو حَمل أو مرض مرتبط بالولادة؛ أو مرض وراثي؛ أو مرض مكتسب من البيئة؛ أو سرطان؛ أو عدوى فطرية؛ عدوى بكتيرية؛ عدوى طفيلية؛ أو عدوى فيروسية. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكبت تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ إنتاج إشارة موجبة يمكن الكشف عنهاء أو يكبت تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ إنتاج إشارة موجبة يمكن الكشف عنها عن 0 طريق حجب الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنهاء أو إنتاج إشارة سلبية يمكن الكشف عنها بدلاً من ذلك؛ أو يشتمل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ على ‎RNA‏ إخماد الذي يكبت إنتاج منتج جين يتم ترميزه بواسطة تركيب مرشد؛ حيث ينتج منتج الجين الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها عند التعبير عنها ‎(ly‏ أو يكون تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ عبارة عن رببوزيم ينتج الإشارة السلبية التي يمكن الكشف عنهاء وحيث يتم إنتاج الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها عند إيقاف نشاط الريبوزيم. في تجسيدات توضيحية أخرى» يحوّل الرببوزيم ركيزة إلى حالة أولى وحيث
تتحول الركيزة إلى حالة ثانية عند إيقاف نشاط الريبوزيم؛ أو يكون عامل الحجب الذي أساسه ‎RNA‏ عبارة عن أبتامير؛ أو ينحي الأبتامير ‎cai]‏ حيث ينتج الإنزيم إشارة يمكن الكشف عنها بعد الإطلاق من الأبتامير بواسطة العمل على ركيزة؛ أو ينحي الأبتامير زوج من العوامل التي عند إطلاقها من الأبتاميرات تندمج لتنتج إشارة يمكن الكشف عنها. وفي تجسيدات أخرى؛ يشتمل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ على أوليجونوكليوتيد ‎RNA‏ مع مركب ترابطي يمكن الكشف عنه على
طرف أول من أوليجونوكليوتيد ‎RNA‏ ومكون حجب على طرف ثاني من أوليجونوكليوتيد ‎RNA‏ ‏أو يكون المركب الترابطي الذي يمكن الكشف عنه عبارة عن حامل تألق ويكون مكون الحجب عبارة عن جزيء إخماد. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام الطرق؛ والأنظمة والأجهزة التي تم الكشف ‎lie‏
0 هنا للكشف عن ‎SNPs‏ مرتبطة بصغر الدماغ الجنيني. تم الكشف عن طفرات صغر الدماغ الجنيني التوضيحية التي يمكن الكشف عنها باستخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا في ‎.Yuan et al.
Science 10.1126/science.aam7120 (2017)‏ سوف تتضح تلك الجوانب» والأهداف؛ والسمات؛ والمزايا وغيرها للتجسيدات التوضيحية لأصحاب المهارة العادية في المجال باعتبار الوصف التفصيلي التالي للتجسيدات التوضيحية الموضحة.
5 شرح مختصر للرسومات الشكل 1- عبارة عن رسوم تخطيطية لنظام مؤثر ‎CRISPR‏ أساسه 6202 توضيحي. الشكل 2- يقدم (أ) تخطيط لموضع 4150]4/02062]© من ‎.Leptotrichia wadei‏ تم توضيح بنيات ‎rRNA‏ التوضيحية من أنظمة 110/0222 و ‎.LshC262‏ (متواليتي رقم 142 و143) (ب) رسم تخطيطي لتجرية بكتيرية في جسم الكائن ‎all‏ للكشف عن نشاط 0202. يتم عمل
‎Bilas 20‏ من مباعد بدائي قبل جين بيتا- لاكتاماز في بلازميد مقاومة الأمبيسيلين؛ ‎ding‏ تحويل هذا التركيب إلى إيشرشيا كولاي تعبر وراثيًا عن 6202 بالاشتراك مع أي من مباعد استهداف أو عدم استهداف. يتم عد التحولات الناجحة لتحديد مقدار النشاط. (ج) تحديد مقدار 10/0202 و 2 © ا في النشاط في جسم الكائن الحي. ‎N)‏ = 2 نسخ حيوية؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطأ المعياري للمتوسط) (د) ارتشاح هلام استبعاد الحجم النهائي ل ‎LWC2e2‏ (ه) هلام أكريل
— 3 1 — أميد ملطخ بأزرق كوماسي لتنقية على خطوات ل ‎LwC2¢2‏ )5( نشاط 110/0202 ضد أهداف ‎PFS‏ مختلفة. تم استهداف 107/0202 ضد ‎RNA‏ متألق مع ‎PFS‏ 37 مجانح للمباعد؛ وتم تصور منتجات التفاعل على هلام محول عن الصفات الطبيعية. يوضح ‎LWC2C2‏ أفضلية الأشكال من 3- 6- توضح الكشف عن تركيبات حجم توضيحية عند تخفيفات مختلفة باستخدام
1 ميكرو ‎aha‏ 100 نانو ‎aba‏ 10 نانو جرام؛ و1 نانو جرام من الهدف مع 4 كميات مختلفة من البروتين/ ‎rRNA‏ (1: 4< 1: 16 1: 32 1: 64) مع مجموعتين من 85ل014؛ بدون حالة ‎«rRNA‏ نسخ فنية؛ في تفاعلات (2*)48+96- 288 تم قياسها في فاصل 5 دقائق خلال 3 ساعات.
0 الشكل 7- يقدم رسم تخطيطي لنظام كشف توضيحي باستخدام تركيب حجب وبروتين مؤثر 041508 ؛ ‎Gig‏ لبعض التجسيدات التوضيحية. الشكل 8- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح التغيرات في التألق مع الوقت عند الكشف عن هدف باستخدام مجموعات مختلفة من ‎RNAS‏ الإرشادية. الشكل 9- يقدم رسم بياني يوضح التألق المعايّر الذي تم الكشف عنه عبر تخفيفات مختلفة من
‎RNA 5‏ المستهدف عند تركيزات متنوعة من بروتين مؤثر ‎.CRISPR‏ ‏الشكل 10- عبارة عن رسم تخطيطي يوضح الخطوات العامة لتفاعل تكبير ‎NASBA‏ ‏الشكل 11- يقدم رسم بياتي يوضح الكشف عن ‎RNA‏ 5 هدف حمض نووي 1 تم تكبيره بواسطة ‎NASBA‏ مع ثلاث مجموعات بادئة مختلفة ثم التعريض إلى كشف 0202 متوازي باستخدام مستشعر تألق مُحْمَد. ‎n)‏ = نسختين فنيتين؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطاً المعياري
‏0 للمتوسط). الشكل 2 - يقدم رسم بياتي يوضح التأثير الموازي الذي يمكن استخدامه للكشف عن وجود ‎RNA‏ ‏هدف فيروسة بطيئة.
— 4 1 — الشكل 13- يقدم رسم بياني يوضح أن التأثير الموازي و ‎NASBA‏ يمكنه الكشف عن الفصائل عند تركيزات أتومولار. الشكل 14- يقدم رسم بياني يوضح أن التأثير الموازي و ‎a NASBA‏ العينات منخفضة التركيز بسرعة.
الشكل 15- يوضح أن التألق المعايّر عند نقاط زمنية محددة يدل على تركيز دخل عينة. ترتبط قياسات التألق من الكشف عن 085138 بدون تكبير بتركيز ‎RNA‏ مدخل. ‎NY)‏ - نسختين حيوبتين؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطاً المعياري للمتوسط). الشكل 16- يقدم رسم تخطيطي لتفاعل ‎(RPA‏ يوضح المكونات المشاركة في التفاعل. الشكل 17- رسم تخطيطي ل ‎$SHERLOCK‏ يقدم رسم تخطيطي يوضح الكشف عن كل من
0 أهداف ‎DNA‏ أو ‎RNA‏ من خلال تضمين خطوة ‎RPA‏ أو ‎RT-RPA‏ بناءً على ذلك. بعد التعرف على ‎RNA‏ المستهدف؛ يتسبب التأثير الموازي في قطع 6202 لمرشد الانقسام؛ مما ينتج ‎lls‏ يمكن تكبير كميات الجزيء الأحادي من ‎RNA‏ أو ‎DNA‏ إلى ‎DNA‏ من خلال تكبير بوليميراز ريكومبيناز ‎(RPA)‏ والانتساخ لإنتاج ‎(RNA‏ الذي يتم الكشف ‎aie‏ بعد ذلك بواسطة ‎.C2c2‏
5 الشكل 18- يقدم رسم تخطيطي لهدف ‎SSRNA‏ تم الكشف عنه بواسطة كشف 02202 المتوازي (المتواليتين رقم 144 و145). الشكل 19- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح الكشف عن ‎DNA‏ أحادي الجزيء باستخدام ‎RPA‏ (أي؛ خلال 15 دقيقة من إضافة 0262) الشكل 20- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح أن خلط بوليمراز 17 في تفاعل ‎RPA‏
0 لا يؤثر سلبًا على الكشف عن ‎DNA‏ ‏الشكل 21- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح أن خلط بوليميراز إلى تفاعل ‎RPA‏ لا ‎Gla jig‏ على الكشف عن ‎DNA‏
— 5 1 — الشكل 22- يقدم رسم بياني يوضح أن ‎(RPA‏ نسخة 17 وتفاعلات كشف ‎C2c2‏ متوافقة وتحقق كشف عن جزيء أحادي عند الحضانة في وقت واحد. ‎N)‏ - نسختين فنيتين؛ تعبر الأعمدة الشكل 23- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح فعالية عمليات الحضانة السريعة ل ‎.RPA-RNA 5‏ الشكل 24- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح أن زيادة كميات بوليميراز 17 يعزز من الحساسية تجاه ‎RPA-RNA‏ ‏الشكل 25- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح النتائج من ‎Lat‏ الكشف عن ‎RPA-‏ ‎DNA‏ باستخدام تفاعل قدر واحد باستخدام 1.5* إنزيمات. تحقق الكشف عن جزيء واحد )2 0 أتومولار) مبكرًا مثل 30 دقيقة. الشكل 26- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح أن تفاعل من قدر واحد ‎RPA-DNA‏ ‏يوضح نقص كمي في التألق بالنسبة لتركيز المدخل. يكشف المنحنى الذي تمت تهيئته عن العلاقة بين تركيز الدخل المستهدف وتألق مخرج. الشكل 27- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح أن (أ) كشف ‎C202‏ عن ‎RNA‏ بدون تكبير قد يكشف عن هدف ‎SSRNA‏ عند تركيزات منخفضة بما يصل إلى 50 فمتو ‎=n). Ys‏ نسختين فنيتين؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطأً المعياري للمتوسط)؛ ‎oly‏ (ب) يتمكن تفاعل ‎RPA-C2c2‏ من كشف عن ‎DNA‏ أحادي الجزيء. ‎=n)‏ 4 نسخ فنية؛ وتعبر الأعمدة عن الشكل 28- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح أن إشارة ‎C202‏ منتجة وفقًا لبعض 0 التجسيدات التوضيحية قد تكشف عن هدف 20 بيكو مولار على ركيزة ورقية. الشكل 29- يقدم رسم بياني يوضح أن مثبط ‎RNASE‏ نوعي يمكنه إزالة إشارة الخلفية على ورق. الشكل 30- عبارة عن مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح الكشف باستخدام أنظمة ‎Bg‏ ‏لبعض التجسيدات التوضيحية على ركائز من ألياف زجاجية.
الشكل 31- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي تقدم )1( رسم تخطيطي للكشف عن ‎Zia RNA‏ وفقًا لبعض التجسيدات التوضيحية. تمت تعبئة الفيروسة البطيئة مع زيكا ‎RNA‏ أو شظايا الدنك ‎RNA‏ متجانسة مستهدفة بواسطة كشف 6202 المتوازي. يتم تجميع الأوساط بعد 48 ساعة وتعريضها إلى التحلل الحراري» ‎(RT-RPA‏ وكشف 6202. (ب) يتمكن كف ‎RT-RAP-‏ ‏5 0262 من كشف حساس للغاية عن جسيمات فيروسة بطيئة زيكا ‎=n)‏ 4 نسخ فنية؛ اختبار ستيودنت التائي ثنائي ‎(Ll)‏ *****؛ م > 0.0001؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطأ المعياري للمتوسط). الشكل 32- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح (أ) رسم تخطيطي لكشف 62062 عن ‎RNA‏ زيكا معزول عن مصل بشري. يتم تعريض ‎RNA‏ زيكا في المصل للانتساخ العكسي؛ تحلل ‎(RNA JRNase H 0‏ رطع ل ‎«cDNA‏ وكشف 0202. (ب) يتمكن 6202 من القيام بكشف حساس للغاية عن عينات مصل ‎1K)‏ بشرية. تم التحقق من تركيزات ‎RNA‏ زيكا بواسطة ‎PCR‏ ‎=n)‏ 4 نسخ فنية؛ اختبار ستيودنت التائي ثنائي الذيل» **** *؛ م > 0.0001؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + ‎Wad)‏ المعياري للمتوسط). الشكل 33- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح (أ) أن ‎C202‏ مجفف بالتجميد يتمكن من الكشف الحساس عن 1 ‎ASSRNA‏ نطاق فمتو مولار منخفض. يتمكن ‎C202‏ من الكشف السريع عن 200 بيكو مولار هدف 1 ‎SSRNA‏ على ورق في صورة سائل (ب) أو التجفيف بالتجميد (ج). يتمكن التفاعل من الكشف الحساس عن شظايا ‎RNA‏ زيكا التي تم تخليقها في محلول (د) )371( وفي صورة مجففة بالتجميد (ه) )1 - 3). (و) منحنى كمي للكشف عن ‎CDNA‏ زيكا بشري يوضح ترابط واضح بين تركيز الدخل والتألق الذي تم الكشف عنه. (ز) كشف 0 02602 عن 1 ‎SSRNA‏ الذي يُجرى في وجود كميات متنوعة من المصل البشري. ‎MN)‏ = نسختين فنيتين» ما لم يوضح ‎CDA‏ خلاف ذلك؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطأً المعياري للمتوسط). الشكل 34- يقدم (أ) رسم تخطيطي لكشف ‎C202‏ عن جين ‎TRNA‏ 165 من جينومات بكتيرية باستخدام مجموعة بادئة ‎V3 RPA‏ شاملة؛ و (ب) القدرة على تحقيق الكشف الحساس والنوعي ل ‎E. coli‏ أو ‎P. aeruginosa gDNA‏ باستخدام تجرية ‎By (gad‏ لبعض التجسيدات التوضيحية. )0 = 4 نسخ فنية؛ اختبار ستيودنت تائي ثنائي الذيل» ****؛ م > 0.0001؛ تعبر
— 7 1 — الأعمدة عن متوسط + الخطأً المعياري للمتوسط). ‎Klebsiella Kp ¢Escherichia coli Ec‏ ‎Mycobacterium (Mt ¢Pseudomonas aeruginosa (Pa ¢pneumoniae‏ ‎.Staphylococcus aureus (Sa ¢tuberculosis‏ الشكل 35- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح )1( الكشف عن اثنين مختلفين من جينات مقاومة كاربابينيم ‎KPC)‏ و 1-/8001) من أربعة نواتج عزل إكلينيكية مختلفة من
1 ell) ‏و (ب) تتم معايرة الكشف عن جينات مقاومة كاربابينيم‎ «Klebsiella pneumoniae ‏نسختين فنيتين؛ اختبار ستيودنت‎ = N) ./01/-1 crRNA ‏و‎ KPC ‏كنسبة الإشارة بين تجارب‎ ‏****؛ م > 0.0001؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطأً المعياري‎ (LA) ‏ثنائي‎ J
0 الشكل 36- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح أن (أ) ‎C202‏ غير حساس تجاه عدم التطابقات الأحادية؛ ولكن قد يميّز بين فروق نوكليوتيد أحادية في الهدف عند التعبئة مع ‎crRNAS‏ مع اختلافات إضافية. تم الكشف عن أهداف ‎ssRNA‏ 1- 3 مع 11 ‎«cfRNAs‏ مع مباعدات تحتوي على اختلافات تخليقية عند مواضع متنوعة في ‎LORNA‏ لم تبدي المباعدات غير المطابقة انقسام منخفض للهدف 1 ولكن أبدت انقسام ‎Lie‏ لأهداف عدم التطابق 2 و3
‎dls) 5‏ رقم 146 حتى 159). (ب) يوضح الرسم التخطيطي العملية للتصميم الدوراني لمباعدات نوعية القاعدة الأحادية مع اختلافات تخليقية. توضع عدم التطابقات التخليقية بالقرب من ‎SNP‏ أو قاعدة محل الاهتمام. (المتواليات من 160 حتى 164) (ج) يسمح الكشف النوعي العالى عن ‎SNPs‏ السلالات بتمايز أهداف ‎RNA‏ زيكا الأفريقية ضد الأمريكية المختلفة فقط فى نوكليوتيد واحد باستخدام كشف 0202 مع ‎CTRNAS‏ مقطوعة )23 نوكليوتيد). ‎Nn)‏ = نسختين
‏20 فنيتين» اختبار ستيودنت تائى ثتائى الذيل؛ *¢ ‎p (EF 0.05 > p‏ > 0.0001؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + ‎Wad)‏ المعياري للمتوسط). الشكل 37- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح (أ) رسم تخطيطي لمناطق هدف سلالة زيكا ومتواليات ‎rRNA‏ المستخدمة للكشف. تم إبراز (المتواليات من 165 إلى 170) ‎SNPs‏ في الهدف باللون الأحمر أو الأزرق وتم تلوين عدم التطابقات التخليقية في المتوالية الإرشادية باللون
‏5 الأحمر. (ب) يسمح الكشف النوعي العالي ل ‎SNPs‏ السلالة بتمييز أهداف ‎RNA‏ زيكا الأفريقي
مقابل الأمريكي باستخدام ‎n) SHERLOCK‏ = نسختين ‎oid‏ اختبار ستيودنت تائي ثنائي الذيل» * م > 0.0001؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطأً المعياري للمتوسط) (المتواليات من 1 إلى 176( (ج) ‎au)‏ تخطيطي لمناطق هدف سلالة الدنك ومتواليات ‎CRNA‏ المستخدمة للكشف. تم توضيح ‎SNPS‏ في الهدف باللون الأحمر أو الأزرق وعدم التطابقات التخليقية في المتوالية الإرشادية تم تلوينها باللون الأحمر. (د) يسمح الكشف النوعي العالي عن ‎ADL SNPs‏
لتمييز أهداف ‎RNA‏ لسلالة الدنك 1 مقابل السلالة 3 باستخدام ‎N) SHERLOCK‏ = نسختين فنيتين؛ اختبار ستيودنت تائي ثنائي ‎(LA‏ ****؛ م > 0.0001؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطاً المعياري للمتوسط) (الشكل 37). الشكل 38- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح (أ) مخطط ‎Circos‏ يوضح موضع
‎SNPs 0‏ البشرية التي تم الكشف عنها باستخدام 02062. (ب) يمكن أن تميّز ‎dail‏ التي تُجرى ‎ag‏ لبعض التجسيدات التوضيحية بين ‎SNPS‏ البشرية. يمكن أن تقوم ‎SHERLOCK‏ بالتركيب الوراثي السليم لأربعة أفراد مختلفين عند ‎auf‏ مواضع ‎SNP‏ مختلفة في الجينوم البشري. تم شرح التركيبات الوراثية لكل فرد وهويات 0141185 استشعار أليل أسفل كل مخطط. ‎=n)‏ 4 نسخ فنية؛ اختبار ستيودنت تائي ثنائي ‎LA‏ و م > 0.05؛ *#يى م > 0.01؛ *** ‎p‏ > 0.001؛
‏5 ****؛ ‎p‏ > 0.0001؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطأً المعياري للمتوسط) (ج) رسم تخطيطي لعملية للكشف عن ‎CDNA‏ (متل الكشف عن ‎DNA‏ الخلية الحرة لطفرات السرطان) وفقًا لبعض التجسيدات التوضيحية. (د) متواليات ‎rRNA‏ توضيحية للكشف عن ‎EGFR‏ ‎L858R‏ و 1/6005 ‎.BRAF‏ (المتواليات من 177 حتى 182). تمت تجرية المتواليات لموضعين جينوميين للكشف عن طفرات السرطان ‎DNA‏ خالي من الخلية. تم توضيح
‏0 الموضعين الجينوميين اللذين تمت تجربتهما لطفرات السرطان في ‎DNA‏ خالي من الخلية. تم توضيح المتوالية الجينومية المستهدفة مع إبراز ‎SNP‏ باللون الأزرق ومتواليات ‎rRNA‏ استشعار من النمط غير المعالّج/ الطافرة مع تلوين عدم التطابقات التخليقية بالأحمر. الشكل 39- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح أن 0202 يمكنه الكشف عن أليل بسيط الطافر في عينات ‎DNA‏ خالية من الخلية ‎alll‏ من ‎BRAF i (z) EGFR L858R‏
‏5 7/6006 (ب) أليل بسيط. ‎=n)‏ 4 نسخ فنية؛ اختبار ستيودنت التائي ثنائي الذيل؛ *؛ م <
— 1 9 —
‎P =x 0.01 > p ** «0.05‏ > 0.0001؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطأً المعياري
‏الشكل 40- يقدم مجموعة من الرسوم البيانية التي توضح أن )1( يمكن أن تميّز التجرية بين
‏التركيبات الوراثية عند ‎nj .s5082‏ - 4 نسخ فنية؛ *¢ ‎p ** «0.05 > p‏ > 00,01 *#**
‏5 م <0.001؛ **** م > 0.0001؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطأ المعياري للمتوسط).
‏(ب) يمكن أن تميّز التجرية بين التركيبات الوراثية عند 05601338 في ‎GDNA‏ مباشرةً من
‏اللعاب المغلى؛ والمحل عن الصفات الطبيعية؛ والخاضع للطرد المركزي . ‎nj‏ =3 نسخ فنيةء *؛
‏م > 0.05؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطاً المعياري للمتوسط).
‏الشكل 41- يقدم (أ) رسم تخطيطي لتجسيد توضيحي يُجرى على 1 ‎SSDNA‏ خلفية هدف 0 يختلف عن 1 ‎SSDNA‏ فقط بعدم تطابق واحد. (ب) تحقق التجرية كشف نوعية نوكليوتيد أحادي
‏ل 1 ‎SSDNA‏ في وجود خلفة غير متطابقة (الهدف الذي يختلف فقط بعدم تطابق واحد عن
‎(SSDNA‏ تم دمج تركيزات متنوعة من ‎DNA‏ المستهدف مع فائض خلفية من ‎DNA‏ مع عدم
‏تطابق واحد والكشف عنه بواسطة التجرية.
‏الشكل 42 عبارة عن رسم بياني يوضح تركيب حجب به صبغة مختلفة ‎CYS‏ تسمح ‎Wal‏ بكشف فعال.
‏الشكل 43 عبارة عن رسم تخطيطي لتجرية أساسها قياس لون جسيم نانو الذهب. تتكتل ‎AUNPs‏
‏باستخدام توليفة من رابطات ‎DNA‏ وقنطرة ‎[RNA‏ بعد إضافة نشاط ‎(RNase‏ تنقسم قنطرة
‎SSRNA‏ وبتم تحرير ‎¢AUNPS‏ مما يتسبب فى إزاحات لون مميزة نحو الأحمر.
‏الشكل 44 عبارة عن رسم بياتي يوضح القدرة على الكشف عن التغير في اللون للجسيمات بحجم 0 النانو المشتتة عند 520 نانو متر. تقوم الجسيمات بحجم النانو على التجسيد التوضيحي الموضح
‏في الشكل 43 وتتشتت باستخدام إضافة ‎RNase A‏ إلى تركيزات متنوعة.
‏الشكل 45 عبارة عن رسم بياني يوضح أن اختيار قياس لون ‎RNase‏ كمي.
— 0 2 — الشكل 46 عبارة عن صورة لطبق عيون دقيقة يوضح أن تغير اللون في الجسيم بحجم النانو المشتت يمكن الكشف ‎die‏ بصريًا. الشكل 47 عبارة عن صورة توضح أن التغير في قياس اللون مرئي على ركيزة ورقية. تم إجراء الاختبار لمدة 10 دقائق عند 37 درجة مئوية على ألياف زجاجية 811/-934.
الشكل 48 عبارة عن رسم تخطيطي لأبتاميرات تحويل توافقي ‎Gy‏ لبعض التجسيدات التوضيحية للكشف عن بروتين أو جزيئات صغيرة. يتم استخدام المنتج المرتبط (ب) كهدف كامل لمؤثر استهداف ‎(RNA‏ الذي لا يتمكن من الكشف عن المنتج المدخل غير المرتبط. (متواليتي رقم 202 و424). الشكل 49 عبارة عن صورة لهلام يوضح أن الربط الذي أساسه الأبتامير قد يخلق ركائز يمكن
0 الكشف ‎ge‏ بواسطة /0». تمت حضانة الأبتاميرات باستخدام مستويات متنوعة من ثرومبين ثم ‎has)‏ بمستشعر. تم استخدام تركيبات مرتبطة كمرصافات لتفاعل ‎RPA‏ لمدة 3 دقائق. يكون لمقدار 500 نانو مولار ثرومبين مستويات أعلى بصورة كبيرة من الهدف المكبّر عن الخلفية. يوضح الشكل 50 متوالية الحمض الأميني لنطاقات ‎HEPN‏ من متماثلات ‎C262‏ مختارة. (المتواليات من 204- 233).
5 الشكل 51 يمكن أن يكشف كشف 085138 عن ‎RNA‏ باستخدام تكبير ‎RPA‏ ‎(SHERLOCK)‏ عن هدف ‎SSRNA‏ عند تركيزات منخفضة بما يصل إلى حوالي 2 أتومولار» أكثر حساسية من 685138 بمفرده. ‎N)‏ = 4 نسخ فنية؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطأ المعياري للمتوسط) . الشكل 52- يمكن استخدام كشف 0685138 لاستشعار مسببات المرض الفيروسية والبكتيرية. (أ)
0 رسم تخطيطى لكشف ‎SHERLOCK‏ عن ‎ZIKV RNA‏ معزولة عن عينات إكلينيكية بشرية. (ب) يتمكن ‎SHERLOCK‏ من القيام بكشف حساس للغاية عن عينات مصل إيجابية ‎ZIKV‏ ‏بشرية فى المصل (5) أو البول (لا). تم تحديد تركيزات تقريبية ل ‎ZIKV RNA‏ الموضحة بواسطة ‎n) (qPCR‏ = 4 نسخ فنية؛ اختبار ستويدنت تائي ثنائي الذيل؛ **** ‎>p‏ 0.0001؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطأ المعياري للمتوسط؛ ‎n.d‏ لم يتم الكشف عنه).
— 1 2 — الشكل 53- مقارنة الكشف عن 1 ‎SSRNA‏ بواسطة ‎NASBA‏ بمجموعة البادئة 2 (بالشكل 11( و 4ا5015841-0©0. ‎n)‏ = نسختين فنيتين؛ تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطاً المعياري الشكل 54 تكبير الحمض النووي باستخدام ‎RPA‏ و ‎SHERLOCK‏ تفاعل أحادي. (أ) تحديد مقدار ‎PCR‏ قطرة صغيرة- الرقمي ل 1 ‎sSSRNA‏ للتخفيفات المستخدمة في الشكل 1 ج. تم توضيح التركيزات التي تم ضبطها للتخفيفات على أساس نتائج 000014 أعلى منحنيات بالأعمدة البيانية. (ب) تحديد مقدار ‎PCR‏ قطرة صغيرة- الرقمي ل 1 ‎SSDNA‏ لتخفيفات مستخدمة في الشكل 1د. تم توضيح التركيزات التي تم ضبطها للتخفيفات على أساس نتائج ‎ddPCR‏ أعلى منحنيات بالأعمدة البيانية. (ج) تكون تفاعلات الكشف ‎(RPA‏ وانتساخ 17 و 285138 متوافقة 0 وتحقق كشف جزيء أحادي ل 2 ‎DNA‏ عند الحضانة في وقت واحد. ‎=n)‏ 3 نسخ فنية؛ اختبار ستيودنت تائي ثنائي الذيل؛ 2.1.5 غير كافي؛ ** ‎>p‏ 0.01« م< 0.01( *** م < 1 تعبر الأعمدة عن متوسط + الخطاً المعياري للمتوسط). الشكل 55- مقارنة ‎SHERLOCK‏ بأدوات كشف عن حمض نووي حساسة أخرى. (أ) تحليل الكشف عن سلسلة تخفيف 1 5500/8 باستخدام ‎POR‏ قطرة صغيرة- رقمي. ‎=n)‏ 4 نسخ فنية؛ 5 اختبار ستيودنت تائي ثنائي الذيل؛ ‎ns‏ غير هام؛ ‏ م < 0.05؛ ** م > 0.01؛ ‎FExx‏ ‏م > 0.0001؛ تعبر الخطوط الحمراء عن المتوسط؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط + الخطأ المعياري للمتوسط. لم يتم توضيح العينات ذات نسخة تم قياسها/ ميكرو لتر أقل من 1-10). (ب) تحليل كشف سلسلة تخفيف 1 ‎SSDNA‏ بواسطة ‎PCR‏ كمي. ‎=n)‏ 16 نسخ فنية؛ اختبار ستيودنت تائي ثنائي الذيل؛ ‎nus‏ غير هام؛ ** م > 0.01؛ ** ** م > 0.0001؛ تعبر 0 الخطوط الحمراء عن المتوسط؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط + الخطأً المعياري للمتوسط. لم يتم توضيح العينات ذات إشارة نسبية ‎J‏ من 10- 10). (ج) تحليل الكشف عن سلسلة تخفيف ‎ssDNA 1‏ باستخدام ‎RPA‏ مع ‎=n) .SYBR Green Il‏ 4 نسخ فنية؛ اختبار ستيودنت تائي ثنائى الذيل؛ *¢ ‎ad «0.01 > p ** «0.05 > p‏ الخطوط الحمراء عن المتوسط؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط + الخطأ المعياري للمتوسط. لم يتم توضيح العينات ذات إشارة نسبية أقل 5 من 100). (د) تحليل الكشف عن سلسلة تخفيف 1 ‎SSDNA‏ باستخدام ‎=n) .SHERLOCK‏ 4
نسخ فنية؛ اختبار ستيودنت تائي ثنائي الذيل؛ ** م > 0.01؛ ** **؛ م > 0.0001؛ تعبر الخطوط الحمراء عن المتوسط؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط + الخطأ المعياري للمتوسط. لم يتم توضيح العينات ذات إشارة نسبية أقل من 100). (ه) النسبة المئوية لمعامل التغير لسلسلة من تخفيفات 1 ‎SSDNA‏ لأربعة أنواع من طرق الكشف. (و) متوسط النسبة المئوية لمعامل التغير تتخفيفات ‎x6‏ 10 2؛ ‎x6 «0 10 x6 «1 10 x6‏ 10 -1 1 8لا880 لأربع أنواع من طرق
الكشف. (تعبر الأعمدة عن المتوسط + ‎tad)‏ المعياري للمتوسط). الشكل 56- الكشف عن مقاومة كاربابانيم في نواتج عزل بكتيرية إكلينيكية. الكشف عن اثنين من جينات مقاومة كاريابانيم مختلفين ‎KPC)‏ و ‎(NDM=1‏ من خمسة نواتج ‎Jie‏ إكلينيكية ل ‎Klebsiella pneumoniae‏ وعينة مقارنة ‎=n) LE. coli‏ 4 نسخ فنية؛ اختبار ستيودنت تائي ثنائي الذيل؛ ** ** م <
0 0.0001؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط + الخطاً المعياري للمتوسط؛ ‎n.d‏ لم يتم الكشف عنه). الشكل 57- تمييز حساسية ‎LwCas13a‏ تجاه مباعدات مقطوعة واختلافات أحادية في المتوالية المستهدفة. )1( متواليات ‎crRNAS‏ المباعد المقطوعة (المتواليات؛ 425- 436) المستخدمة في (ب)- (ز). كما تم توضيح متواليات ل 1 ‎SSRNA‏ و 2؛ ولها فارق زوج قاعدة واحد تم إبرازه باللون الأحمر. تم عرض 00411858 تحتوي على اختلافات تخليقية مع تلوين مواضع عدم التطابق
5 بالأحمر. (ب) نشاط انقسام موازي على 1 ‎8SRNA‏ و2 ل ‎rRNA‏ مباعد به 28 نوكليوتيد مع اختلافات تخليقية عند المواضع 1- 7. ‎=n)‏ 4 نسخ فنية؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط + الخطأ المعياري للمتوسط) (ج) تم اختبار نسب النوعية ل ‎rRNA‏ الخاضعة للاختبار في (ب). تم حساب نسب النوعية باعتبارها نسبة الانقسام الموازي ل ‎RNA‏ المستوفي (1 ‎(SRNA‏ إلى انقسام ‎RNA‏ الموازي البعيد عن الهدف )2 ‎=n) L(SSRNA‏ 4 نسخ فنية؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط +
0 الخطأً المعياري للمتوسط) (د) نشاط الانقسام الموازي على 1 5855008 و 2 ل ‎FRNA‏ مباعد به 3 نوكليوتيد مع اختلافات تخليقية عند المواضع 1- 7. ‎=n)‏ 4 نسخ فنية؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط + الخطأً المعياري للمتوسط) (ه) نسب النوعية ل ‎rRNA‏ تم اختباره في (د). تم حساب نسب النوعية باعتبارها نسبة الانقسام الموازي ل المستوفي (1 ‎(SSRNA‏ إلى انقسام موازي ل ‎RNA‏ غير مستوفي (2 8ل5551). )= 4 نسخ فنية؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط + الخطأ
5 المعياري للمتوسط) (و) نشاط الانقسام الموازي على 1 ‎sSRNA‏ و2 ل ‎rRNA‏ مباعد به 20
نوكليوتيد مع اختلافات تخليقية عند المواضع 1- 7. ‎=n)‏ 4 نسخ فنية؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط + الخطأً المعياري للمتوسط) (ز) نسب النوعية ل ‎CRNA‏ تم اختباره في (و). تم حساب نسب النوعية باعتبارها نسبة الانقسام الموازي ل ‎RNA‏ المستوفي )1 ‎(SSRNA‏ إلى الانقسام الموازي ل ‎RNA‏ غير المستوفي )2 ‎=n) (SSRNA‏ 4 نسخ فنية؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط + الخطأ المعياري للمتوسط).
الشكل 58- تعريف موضع الاختلاف التخليقي المثالي بالنسبة للطفرات في المتوالية المستهدفة. (أ) المتواليات لتقييم موضع الاختلاف التخليقي المثالي للكشف عن طفرة بين 1 ‎SSRNA‏ و ‎sSRNA 2‏ (المتواليات من 437- 462). في كل من الأهداف, يتم اختبار 5085© مع اختلافات تخليقية عند المواضع الملونة (بالأحمر). تمت تهيئة كل مجموعة من ‎CrRNAS‏
0 الاختلاف التخليقي بحيث يتم تغيير موضع الطفرة بالنسبة لمتوالية المباعد. تتم تهيئة المباعدات بحيث يتم تقييم الطفرة عند المواضع 3 4؛ 5؛ و6 داخل المباعد. (ب) نشاط الانقسام الموازي على 1 855008 و 12 ‎TRNAS‏ مع اختلافات تخليقية عند مواضع متنوعة. هناك أريع مجموعات من ‎TRNAS‏ مع الطفرة عند أي موضع 3؛ 4 5؛ أو 6 داخل منطقة المباعد: الهدف المزدوجة. ‎=N)‏ 4 نسخ فنية؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط + الخطأً المعياري للمتوسط) (ج) نسب
5 النوعية ل ‎rRNA‏ الخاضع للاختبار في (ب). تم حساب نسب النوعية باعتبارها نسبة الانقام الموازي ل ‎RNA‏ المستوفي (1 ‎(SSRNA‏ إلى الانقسام الموازي ل ‎RNA‏ غير المستوفي ‎=n) L(sSRNA 2)‏ 4 نسخ فنية؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط + ‎Wadd)‏ المعياري للمتوسط). الشكل 59- التركيب الوراثي مع ‎SHERLOCK‏ عند موضع إضافي وتركيب وراثي مباشر من لعاب مغلي. يمكن أن ‎SHERLOCK Saar‏ بين التركيبات الوراثية عند موضع 5601338"
‎SNP 0‏ في ‎DNA‏ الجينومي مباشرة من اللعاب المغلي؛ والمحول عن الصفات الطبيعية؛ والخاضع للطرد المركزي. ‎=n)‏ 4 نسخ فنية؛ اختبار ستيودنت تائي ثنائي الذيل؛ ** م > 0.01؛ ***» م > 0.001؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط + الخطاً المعياري للمتوسط). الشكل 60- تطور معايير التركيب الوراثي التخليقية ليتم التركيب الوراثي الدقيق ل ‎SNPs‏ البشري. (أ) التركيب الوراثي باستخدام ‎SHERLOCK‏ عند موضع ‎SNP‏ 15601338 لكل واحد من
‏5 الأفراد الأربعة مقارنة بمعايير التركيب الوراثي المكبّرة بواسطة ‎=n) PCR‏ 4 نسخ فنية؛ تعبر
الأعمدة عن المتوسط + الخطأً المعياري للمتوسط) (ب) التركيب الوراثي مع ‎SHERLOCK‏ عند موضع ‎SNP‏ 154363657 لكل فرد من الأفراد الأربعة مقارنة بمعايير تركيب وراثي مكبّرة بواسطة ‎=n) PCR‏ 4 نسخ فنية؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط + الخطأً المعياري للمتوسط) (ج) مخططات الشدة لقيم م المحسوية بين نتائج ‎SHERLOCK‏ لكل 38 والمعايير التخليقية عند موضع ‎SNP‏ 15601338. تم توضيح خربطة شدة لكل واحد من ‎CrRNAS‏ لاستشعار أليل. يتم تدرج خريطة لون خريطة الشدة بحيث تكون الأهمية ‎Pp)‏ > 0.05) باللون الأحمر والأهمية م0 < 5. ) زرقاء. ‎=n)‏ 4 نسخ ‎ANOVA dé‏ أحادي الاتجاه). (د) خرائط الشدة لقيم 0 محسوية بين نتائج ‎SHERLOCK‏ لكل فرد والمعايير التخليقية عند موضع ‎SNP‏ 154363657. تم توضيح خريطة شدة لكل واحد من 0400085 استشعار أليل. يتم تدرج خربطة لون خربطة الشدة 0 بحيث تكون الأهمية (م > 0.05( باللون الأحمر والأهمية م > 0.05( زرقاء. ‎=n)‏ 4 نسخ فنية؛ ‎ANOVA‏ أحادي الاتجاه). (ه) دليل لفهم نتائج خريطة الشدة للقيمة م للتركيب الوراثي ‎SHERLOCK‏ . يمكن تسمية التركيب الوراثي بسهولة بواسطة اختيار الأليل المناظر للقيمة - م > 0.05 بين المعايير التخليقية للفرد والأليلية. تناظر المريعات الحمراء الفروق غير الهامة بين المعيار التخليقي ونتيجة ‎SHERLOCK‏ للفرد وعلى ذلك نتيجة إيجابية التركيب الوراثي. تناظر 5 المربعات الزرقاء فروق واضحة بين المعيار التخليقي ونتيجة ‎SHERLOCK‏ للفرد وعلى ذلك نتيجة سلبية التركيب الوراثي. الشكل 61 - الكشف عن 1 ‎SSDNA‏ كجزء صغير من هدف الخلفية غير المطابق. كشف ‎SHERLOCK‏ عن سلاسل تخفيف 1 ‎sSDNA‏ على خلفية ‎DNA‏ جينومي بشري. يُلاحظ أنه لا يجب أن يكون هناك تماثل متوالية بين هدف 1 ‎SSDNA‏ الخاضع للكشف و ‎DNA‏ الجينومي في 0 الخلفية. )= 2 نسخ فنية؛ تعبر الأعمدة عن المتوسط + الخطأً المعياري للمتوسط). الشكل 62- تم إيقاف نشاط عينات البول (أ) أو المصل (ب) من مرضى فيروس زيكا بالحرارة لمدة 5 دقائق عند 95 درجة مثوبة (البول) أو 65 درجة مئوية (المصل). تم استخدام واحد ميكرو لتر من البول أو المصل متوقف النشاط كدخل لساعتين تفاعل ‎RPA‏ ثم تفاعل كشف 8 يستغرق 3 ساعات؛ وفقًا لتجسيد توضيحي. تدل أعمدة الخطأ على 1 ‎sly SD‏ 5 على ‎=n‏ 4 نسخ فنية لتفاعل الكشف.
— 5 2 — الشكل 63- تم إيقاف نشاط عينات البول من مرضى فيروس ‎I)‏ بالحرارة لمدة 5 دقائق عند 95 درجة متوية. تم استخدام ميكرو لتر واحد من البول متوقف النشاط كدخل لتفاعل ‎RPA‏ يستغرق 0 دقيقة بواسطة تفاعل كشف ‎C2¢2/Casl3‏ يستغرق 3 ساعات (أ) أو ساعة واحدة (ب)؛ وفقًا لتجسيدات توضيحية. تدل أعمدة ‎Wad)‏ على ‎SD‏ 1 بناءً على ‎=n‏ 4 نسخ فنية لتفاعل الكشف.
الشكل 64- تم إيقاف نشاط عينات البول من مرضى فيروس ‎I)‏ بالحرارة لمدة 5 دقائق عند 95 درجة ‎Lge‏ تم استخدام واحد ميكرو لتر من بول متوقف النشاط كدخل لتفاعل ‎RPA‏ يستغرق دقيقة ثم ‎Jeli‏ كشف ‎C2c2/Cas]3a‏ يستغرق ساعة واحدة. تم استخدام بول بشري سليم كعينة مقارنة سلبية. تدل أعمدة الخطاً على 1 ‎SD‏ بناءً على ‎=n‏ 4 نسخ فنية أو تفاعل الكشف.
0 الشكل 65- تم إيقاف نشاط عينات البول من مرضى فيروس ‎I)‏ بالحرارة لمدة 5 دقائق عند 95 درجة متوية. تم استخدام ميكرو لتر واحد من البول متوقف النشاط كدخل لتفاعل ‎RPA‏ يستغرق 0 دقيقة ثم تفاعل كشف 6202/085138 لمدة ساعة واحدة فى وجود أو عدم وجود ‎RNA‏ ‏الإرشادي. تتم معايرة البيانات بواسطة طرح متوسط قيم التألق لتفاعلات الكشف بدون إرشاد من تفاعلات الكشف التي تحتوي على إرشاد. تم استخدام بول بشري سليم كعينة مقارنة سلبية. توضح
5 أحمدة الخطأ 1 ‎SD‏ بناءً على ‎=n‏ 4 نسخ فنية لتفاعل الكشف. الشكل 66- يوضح الكشف عن اثنين من الأهداف نوعية الملاريا مع ‎afl‏ أشكال ‎RNA‏ إرشادية مختلفة؛ ‎Bg‏ للتجسيدات التوضيحية. (المتواليات من 463- 474). الشكل 67- يوضح موضع ‎RNAS‏ الإرشادية بامتداد جينوم ‎LCMV‏ المجزاً. تكون -51 ‎RNAs‏ ‏6 مكملة ل ‎MCMV 5 RNA‏ (ومنها ترتبط 51 و 56 على الترتيب ب 1لا 55 و
‎.(3UTR 0‏ تكون 6ا-1ا ‎RNAs‏ الإرشادية مكملة ل ‎MCMV L RNA‏ (وترتبط 1 و ‎L6‏ منها على الترتيب ب ‎UTR‏ ”5 و ‎((3’UTR‏ ترتبط كل ‎RNAs‏ الإرشادية بجديلة الترميز. الشكل 68- يقلل التعبير ‎Shell‏ عن ‎RNA‏ الإرشادي نوعي 0685138 و ‎LCMV‏ من انتساخ ‎LCMV‏ في مزرعة الخلية. أ) تم نقل العدوى إلى خلايا ‎HEK293FT‏ ببلازميدات تعبر ‎Gils‏ عن 8 و ‎RNAs‏ إرشادية أحادية تستهدف ‎LCMV‏ أو عينات المقارنة غير المستهدفة. بعد
24 ساعة من نقل العدوى؛ تم نقل العدوى إلى الخلايا ب ‎LCMV‏ عند ‎MOI‏ يبلغ 5؛ وتم قياس العيارات الفيروسية بعد 48 ساعة من نقل العدوى باستخدام ‎RT-gPCR‏ ل ‎RNA‏ الفيروسي في المادة الطافية للمزرعة. ب) تثبيط الانتساخ الفيروسي. يعتبر الناقل الفارغ» غير المستوفي رقم 1 وغير المستوفي رقم 2 عينات مقارنة سلبية. تستهدف 91-85 و 11-16 مناطق متنوعة من جينوم ‎LCMV‏ تدل أعمدة الخطأ على 1 انحراف معياري بناءً على ‎=n‏ 3- 6 نسخ حيوية.
الشكل 69- تثبيط الانتساخ الفيروسي. تم نقل العدوى إلى خلايا ‎293FT‏ ثديية منقول لها عدوى ‎LCMV‏ ب 0262 والبلازميدات الإرشادية الموضحة. تعبر المخططات عن قيم ‎RT-gPCR‏ ‏كمكافئات جينوم لكل ميكرو لتر مع عمود لكل بلازميد إرشادي منقول تم نقل العدوى الخاصة به. يعتبر كل ‎(JI‏ غير مستوفي رقم 1 وغير مستوفي رقم 2 عينات مقارنة سلبية. تستهدف 51-55
0 و ‎L1-L6‏ مناطق متنوعة من جينوم ‎LCMV‏ توضح أعمدة الخطأً 1 انحراف معياري بناءً على 6 نسخ حيوية. الشكل 70- تحسن توليفات من عدة إرشادات تثبيط يساهم فيه 085138 لانتساخ ‎LCMV‏ تم نقل عدوى خلايا ‎HEK293FT‏ مع بلازميدات تعبر وراثيًا عن 685138 وواحد أو أكثر من ‎RNAs‏ الإرشادية التي تستهدف ‎LOMV‏ أو عينات مقارنة غير مستهيفة. تم إجراء نقل عدوى
‎LCMV 5‏ بعد نقل العدوى ب 24 ساعة عند ‎MOI‏ يبلغ 5؛ وتم قياس العيارات الفيروسية بعد 48 ساعة من نقل العدوى باستخدام ‎RT-PCR‏ ل ‎RNA‏ الفيروسي في المادة الطافية للمزرعة. يعتبر الناقل ‎og lll‏ غير المستوفي رقم 1 وغير المستوفي رقم 2 عينات مقارنة سلبية. توضح أعمدة الخطأ انحراف معياري واحد بناءً على ‎١‏ = 6 نسخ حيوية. الشكل 71- ‎eye‏ الإرشادات الذي يقلل الانتساخ الفيروسي. تم حساب متوسط تألق ‎GFP‏ بعد 48
‏0 ساعة من عدوى ‎LCMV‏ من 3 نسخ لكل الإرشادات. تم حساب مرات التغير لكل إرشاد استهداف ‎LCMV‏ كنسبة متوسط التألق لإرشاد المقارنة على إرشاد الاستهداف ‎LCMV‏ تم حساب ‎P ad‏ باستخدام اختبار تائي غير مزدوج ثنائي الذيل. تعتبر إرشادات الاستهداف أي إرشاد له قيمة م أقل من أو تساوي 0.05 ومرات تغير ‎(FC) fold change‏ أكثر من أو يساوي 2. المخطط الدائري يوضح البيانات المعروضة في الجدول مع أسافين تناظر منطقة عدم الترميز والترميز
لبروتينات ‎LCMV‏ الأربعة. تكون الإرشادات المتبقية هي إرشادات استهداف ‎LCMV‏ تلك التي لا
تجتاز القيمة ‎p‏ والقيمة الحدية ‎FC‏
الشكل 72- فترة فعالية الاستهداف لإرشادات الاستهداف. توزيع مرات تغير تألق ‎GFP‏ (إرشاد
مقارن على إرشاد استهداف ‎(LCMV‏ لإرشادات تجتاز القيمة الحدية للقيمة م وتبلغ 0.05. غير
موضح في هذا الرسم البياني؛ 8 إرشادات مع خفض تألق ‎GFP‏ أكثر من 50 مرة (* توضح 8
إرشادات خفض > 50 مرة).
الشكل 73- الصور التوضيحية (3 نسخ لكل إرشاد) توضح خفض ‎GFP‏ (أي؛ انتساخ ‎(LCMV‏
لاستهداف الإرشاد لمنطقة الترميز ل ا (رقم 104) مقارنة بعينة المقارنة (ناقل إرشاد فارغ). تم
التقاط الصور بعد 48 ساعة من عدوى ‎LCMV‏ بتكبير 4 مرات. مرات التغير 2.72 ‎dad)‏ م 0 تبلغ 0.047.
الشكل 74- مرات تغير تألق ‎GFP‏ بعد 48 ساعة من تقل العدوى لإرشاد مقارن على إرشاد
استهداف ‎LCMV‏ لكل الإرشادات التي تجتاز ‎dad‏ حدية للقيمة م تبلغ 0.05 والقيمة الحدية
لمرات التغير 2. يكون كل موضع على المحور ‎X‏ عبارة عن إرشاد تم اختباره في فحص جينوم
كامل ‎LCMV‏ تم تخطيط أي إرشاد لم يجتاز تلك القيمة الحدية ‎al‏ 1. لأي إرشاد مع تألق أقل 5 .من أو عند الخلفية؛ يتم ضبط مرات التغير كأقصى مرات تغير ملحوظة.
الشكل 75- يمكن أن تقوم تقنيات التشخيص التي أساسها 085138 بالكشف بحساسية عن
الحمض النووي لفيروس زيكا. تم تخفيف ‎CDNA‏ فيروس زيكا على التعاقب في بول بشري سليم
‎RNases «sll;‏ بشرية داخلية ‎Land)‏ متوقفة النشاط والاستخدام كطريقة ‎SHERLOCK‏ لتحديد
‏مقدار ‎DNA‏ (أ) الفيروسي. كما تم اختبار عدة عينات ‎CDNA‏ من بول أو مصل مريض (ب)؛ 0 .وتم استخدام توليفة من ‎RNAS‏ الإرشادية للتمييز بين عينة المريض المجمعة من دول مختلفة
‏أثناء تفشي فيروس زيكا (ج). توضح أعمدة ‎Und)‏ انحراف معياري واحد. الاختصارات: ‎DOM‏ =
‏جمهورية الدومينيكان» ‎DOMUSA‏ = جمهورية الدومينيكان / الولايات المتحدة الأمريكية؛ ‎HND‏
‏= الهندوراس» ‎USA‏ = الولايات المتحدة الأمريكية.
الشكل 76- يقدم رسم بياني يوضح كشف عن نسخة واحدة من ‎By 1S)‏ لبعض التجسيدات
التوضيحية.
الشكل 77- يوضح حدود الكشف عن ‎cDNA‏ زيكا (أ)؛ ‎RNA‏ (ب)؛ وجسيمات فيروس (ج)
باستخدام طريقة ‎SHERLOCK‏ مع بادئات ‎RPA‏ نوعية فيروس زيكا و ‎CRNA‏ نوعية فيروس
زيكا. تعبر أعمدة ‎Wall‏ عن 1 انحراف معياري لعدد 3 نسخ فنية. لا يوجد دخل تعني أنه تمت
إضافة ماء خالي من نوكلياز إلى الماء أو البول.
الشكل 78- القائمة أ عبارة عن رسم تخطيطي للكشف عن متغيرات نوكليوتيد أحادية في عينات
فيروسية. القائمة ب عبارة عن رسم تخطيطي يوضح وضع الجينوم لعدد 3 ‎SNPs‏ خاضعة
للاختبار بواسطة طريقة ‎SHERLOCK‏ توضح القائمة ج رسوم بيانية تعبر عن 58105 التي تشأت أثناء تفشي فيروس زيكا 2015 إلى جانب الموضع الذي نشاً فيه ‎SNP‏ تعبر القائمة د
عن نسبة التألق بين ‎cRNA‏ الطافر على ‎CRNA‏ النمط غير المعالّج عند نقطة زمنية ساعة
واحدة. توضح القائمة ه خريطة شدة تعرض نسب التألق المحوّلة لوغاريتم 2 الموضحة في الشكل
8 لكل عينة من العينات ضد كل واحدة من 85ل00. تدل القيم الأكبر من صفر على وجود
المتغير الطافر. القائمة و عبارة عن رسم بياني يوضح البيانات مع متغير ا51391. تدل الأعمدة 5 المظللة بلون داكن عن التألق الذي تم قياسه عند استخدام ‎rRNA‏ استهداف ‎S139N‏ في تفاعل
الكشف وتعبر الأعمدة الأفتح عن التألق الذي تم قياسه عند استخدام 0840/8 استهداف
5.. تعبر أعمدة الخطً عن 1 انحراف معياري مع 3 نسخ فنية.
الشكل 79- توضح القائمة أ رسم تخطيطي يعبر عن كيفية عمل قائمة الدنك ‎SHERLOCK‏
متعدد الأنماط المصلية. في القائمة ب؛ تعبر كل علامة على المحور * عن قالب المربع 9 الذي 0 "تم استخدامه كدخل لتفاعل ‎SHERLOCK‏ يوضح كل ظل باللون القرنفلي ‎rRNA‏ نوعي النمط
‎Leal‏ تدل أعمدة ‎Und)‏ على 1 انحراف معياري مع 3 نسخ فنية. توضح القائمة ج تجسيد
‏بديل لمخطط أعمدة في (ب) كتألق مقياس لوغاريتم 10.
‏الشكل 80- رسم تخطيطي يوضح كيفية عمل قائمة ‎Flavivirus SHERLOCK‏ في القائمة أ.
‏في القائمة ب؛ تعبر كل علامة على المحور * عن قالب المريع 8 الذي تم استخدامه كدخل
لتفاعل ‎SHERLOCK‏ في القائمة ج؛ تدل كل علامة على المحور * على قالبي المريع و
المستخدمين كدخل لتفاعل ‎SHERLOCK‏ لمحاكاة قدرة ‎SHERLOCK‏ على الكشف عن العدوى
المشتركة. داخل كل مريع أبيض ورمادي متبادل» يكون كل عمود عبارة عن التألق الناتج عن
الإرشاد الذي تم اختباره بترتيب ‎crRNA‏ /ماا2 ‎(DENV crRNA (WNV crRNA‏ ى ‎YFV‏ ‎CRNA 5‏ محفوظًا في كل مريع. في القائمتين ب و ج؛ يوضح كل لون ‎CRNA‏ نوعي الفيروس.
وتعبر أعمدة الخطأ عن 1 انحراف معياري مع 3 نسخ فنية.
الشكل 81- توضح القائمتين أ و ب تجسيدات بديلة للتألق الذي تم قياسه الذي تم التعبير عنه في
مخططات الأعمدة في الشكلين 80ب و 280( على الترتيب. يكون التدرج هو تألق بمقياس
لوغاريتم 10 في 3 ساعات.
0 الشكل 82- الكشف الحساس عن ‎ZIKV‏ من عينات إكلينيكية ومجموعات البعوض. (أ) رسم تخطيطي ل ‎SHERLOCK‏ مطبق على عينات إكلينيكية. يتم استخلاص حمض نووي من عينات إكلينيكية ويتم تكبير الجزيء المستهدف بواسطة تكبير ريكومبيناز بوليميراز ‎recombinase‏ ‎(RPA) polymerase amplification‏ يتم الانتساخ العكسي ‎reversed-transcribed‏ ‎(RT)‏ لعينات ‎RNA‏ قبل ‎.RPA‏ يتم الكشف عن منتجات ‎RPA‏ باستخدام تفاعل يحتوي على
‎RNA 5‏ 17 بوليميراز (لانتساخ في المختبر لمنتج ‎«rRNA (ial) 685138 «(dsDNA RPA‏ ومرشد ‎RNA‏ الذي يتألق عند الانقسام. (ب) اختبار ‎SHERLOCK‏ على 40 عينة تم جمعها أثناء تفشي ‎ZIKV‏ 2016. تم إجراء ‎SHERLOCK‏ على ‎cDNA‏ مع تفاعل ‎RPA‏ لمدة 20 دقيقة وساعة واحدة من الكشف عن 085138. يعبر الخط الأزرق الخطي عن القيمة الحدية لوجود أو عدم وجود ‎ZIKV‏ (انظر الطرق للتفاصيل). (ج) مقارنة تألق ‎SHERLOCK‏ بناتج
‏0 أمبليكون ‎.PCR‏ تم إجراء ‎SHERLOCK‏ و ‎PCR‏ أمبليكون على 40 عينة ‎ZIKV cDNA‏ موضحة في (ب). يكون ناتج أمبليكون ‎PCR‏ عبارة عن أدنى تركيز (بالنانو جرام/ ميكرو لتر) يبلغ 2 تفاعل تكبير منفصل باستخدام مجموعات بادئة تغطي جينوم ‎ZIKV‏ تعبر الخطوط الشرطية عن القيم الحدية لتحديد وجود أو عدم وجود ‎:ZIKV‏ الأزرق ل ‎(SHERLOCK‏ والأحمر لأمبليكون ‎(PCR‏ يوضح مخطط ‎Venn‏ عدد العينات التي تجاوزت تلك القيم الحدية لكل طريقة.
في بعض الحالات؛ تكون نقاط البيانات تقريبًا متراكبة» وموضحة بالعدد بين أقواس. 0.ل8.: لم يتم الكشف عنه. الشكل 83- كشف مباشر عن ‎(RNA (ZIKV cDNA‏ والجسيمات من البول. (أ) الكشف عن ‎ZIKV cDNA‏ مخفف في بول بشري سليم غير معالّجٍ (أحمر) باستخدام ‎“SHERLOCK‏ (ب) الكشف عن ‎ZIKV RNA‏ مخفف في بول بشري سليم غير معالّج (أحمر) أو معالّج (أزرق) باستخدام ‎-SHERLOCK‏ (ج) الكشف عن جسيمات ‎ZIKV‏ مخففة في ‎PBS‏ (رمادي) أو بول بشري سليم غير معالّج (أحمر) باستخدام ‎SHERLOCK‏ تم توضيح خام فيروسي غير مخفف بالأسود. تم توضيح التألق بعد 3 ساعات لأكثر عينة مخففة ولم يتم توضيح أي دخل (إدخال). في كل القوائم؛ تمت معالجة العينات باستخدام ‎TCEP/EDTA‏ والتسخين لإيقاف نشاط كل من 0 الفيروس و ‎RNases‏ مباشرةً بعد التخفيف. تم توضيح فترة المعالجة الحرارية في رسوم تخطيطية. توضح أعمدة الخطأ 1 انحراف معياري بناءً على 3 نسخ فنية. الشكل 84- يمكن أن تميّز قوائم 51155410601 بين الأنواع الفيروسية والأنماط المّصلية. (أ) الكشف عن 4 فيروسات مصفرة ذات صلة باستخدام ‎SHERLOCK‏ (ب) تم توضيح التألق نوعي الاتجاه بعد 3 ساعات لكل 0140/8 ضد كل فيروس في كل من مخطط الأعمدة وخريبطة 5 الشدة. (ج) تم توضيح التألق نوعي الهدف بعد 3 ساعات عند وجود الهدفين الفيروسيين في عينة واحدة. (د) تم توضيح الكشف عن الأنماط المصلية ‎DENV‏ 1- 4 باستخدام ‎SHERLOCK‏ ‏(ه) تم توضيح التألق نوعي الهدف بعد 3 ساعات ل ‎TRNAS‏ نوعية النمط التصلي ضد كل ‎das‏ من الأنماط المصلية /17ل081. يكون التألق نوعي الهدف هو التألق لكل هدف ضد ‎CrRNA‏ ‏بالنسبة لتألق ‎CRNA‏ بدون دخل. في كل القوائم؛ توضح أعمدة الخطاً 1 انحراف معياري بناءً 0 على 3 نسخ فنية. الشكل 85- تعريف طفرات ‎ZIKV‏ تكيفية ووظيفية من التفشي. (أ) رسم تخطيطي يوضح كيفية تهيئة تجارب ‎SHERLOCK‏ لتعريف ‎SNP‏ . تم التعبير عن ‎rRNAS‏ السلفية باستخدام ألوان فاتحة و ‎crRNAS‏ مشتقة باستخدام ألوان داكنة. (ب) تجارب ‎SHERLOCK‏ لعدد 3 ‎SNPs‏ ‏من تفشي ‎ZIKV‏ 2016. يوضح مقدمي الطلب المواضع الجينومية لكل ‎SNPs‏ وشجرة تطور 5 سلالات مبسطة تصف علاقتها المتطورة. (ج) اختبار تعريف ‎SNP‏ باستخدام أهداف تخليقية.
اختبار تعريف ‎SNP‏ باستخدام أهداف تخليقية. تم توضيح قيم التألق ل ‎CrRNAS‏ مشتقة (ألوان داكنة) و ‎crRNAS‏ سلفية (ألوان فاتحة) لكل واحدة من ‎SNPS‏ نوعية المنطقة الثلاثة. (د) تعريف ‎SNPs‏ نوعية المنطقة في عينات من تفشي ‎ZIKV‏ 2016. تم تقييم عينات ‎CDNA‏ من جمهورية الدومينيكان ‎«(DOM) Dominican Republic‏ والولايات المتحدة الأمريكية ‎(USA)‏ والهندوراس ‎(HND) 5‏ باستخدام تجارب تعريف ‎SNP‏ الثلاثة. يوضح مقدمي الطلب نسبة التألق (تألق ‎crRNA‏ ‏المشتق مقسومًا على تألق ‎rRNA‏ السلفي) لكل ‎SNP‏ وكل ‎due‏ (ه) تصور بيانات محولة لوغاريتم2 من (د) كخريطة شدة. (و) تعريف ‎ZIKV SNP‏ مرتبط بصغر الدماغ. كما هو موضح في (ج)؛ تعبر الألوان الداكنة عن ‎rRNA‏ المشتق وتعبر الألوان الفاتحة عن ‎rRNA‏ السلفي. في كل ‎pill)‏ توضح أعمدة الخطاً عن 1 انحراف معياري بناءً على 3 نسخ فنية.
0 الشكل 86- يمكن أن يكشف ‎SHERLOCK‏ عن ‎ZIKV cDNA‏ ذي حساسية عالية. يوضح مقدمي الطلب قيم تألق ‎SHERLOCK‏ بعد 20 دقيقة من ‎RPA‏ وساعة واحدة من الكشف لتخفيفات متعاقبة ل ‎JZIKV cDNA‏ توضح أعمدة الخطأ 1 انحراف معياري بناءً على 3 نسخ فنية. في هذه التجرية؛ تم استخدام 71 ‎(IDT) RNase Alert‏ كمرشد ‎RNA‏ ‏الشكل 87- ‎=f)‏ د) بيانات تألق ‎SHERLOCK‏ بعد ساعة واحدة لعدد 40 عينة ‎CDNA‏ من
تفشي ‎ZIKV‏ 2016. توضح اسماء العينة دولة الأصل؛ وسنة تجميع العينة؛ متبوعة باسم العينة ونوع العينة. تم توضيح أنواع العينة: ههماط: عينة البلازماء ‎:SER‏ عينة المصل؛ ‎URI‏ عينة ‎de sane MOS (Js‏ بعوض. تم توضيح دول الأصل باستخدام الاختصارات: ‎tHND‏ ‏الهندوراس» ‎:DOM‏ جمهورية الدومينيكان» /5ل: الولايات المتحدة الأمريكية. تدل أعمدة الخطأ على 1 انحراف معياري بناءً على 3 نسخ فنية. تكون مجموعة المقارنة الإيجابية (قرنفلية اللون)
0 الموضحة في كل مخطط هي خام سرعة فيروسية مستزرعة ‎cultured viral seed stock‏ ‎(PE243)‏ تم توضيح عينات المقارنة السلبة باللون البرتقالي. الشكل 88- بيانات مجموعة بادئة أمبليكون ‎PCR‏ والقيم الحدية. (أ) مخطط تشتت لتركيزات نانو جرام/ ميكرو لتر (تم القياس بواسطة محطة شريط ‎(Agilent‏ من كل مجموعة من مجموعتي بادئة أمبليكون 504 لكل ‎(CDNA due‏ في بعض الحالات؛ تكون نقاط البيانات متراكبة ‎Gy‏
5 موضحة بالعدد بين أقواس. 00.ل8.: لم يتم الكشف عنه. تكون العينة الموجبة (تقاطع قرنفلي اللون)
عبارة عن خام حث تبلر فيروسي مستزرع ‎(PE243)‏ وتتضمن عينات المقارنة السلبية (البرتقالي ‎die )*‏ مقارنة بدون دخل 1 و4 عينات بول سليمة من ‎mile‏ واحد. (ب) مخطط تشتت لناتج أمبيلكون ‎PCR‏ (بالنانو جرام/ ميكرو لتر) مقابل تغطية الجينوم من جهود متواليات زيكا الحديثة ‎.(Metsky et al. 2017)‏ تم تعريف ناتج أمبليكون ‎ash PCR‏ أدنى تركيز أمبليكون ‎DNA‏
الاثنين من مجموعات أمبليكون ‎PCR‏ (تم قياسها بواسطة محطة شربط ‎(Agilent‏ تمت معايرة تغطية الجينوم إلى 1. تم توضيح نسخ فنية لمجموعات المتواليات كدوائر منفصلة. (ج) يوضح مقدمي الطلب تصميم (القيم الموجبة السليمة مقسومة على مجموع القيم الموجبة الصحيحة والقيم الموجبة الخاطئة)؛ الاسترداد (الحساسية)؛ و 70.5 الإحصائي لقيم حدية لناتج أمبليكون ‎PCR‏ ‏متنوعة. تم اختيار القيمة الحدية لناتج أمبليكون ‎PCR‏ لزيادة 0.5 الإحصائي لأقصى حد.
0 الشكل 89- إيقاف ‎RNase bias‏ باستخدام المعالجة الحرارية والكيميائية. تمت معالجة تخفيفات متعاقبة 1: 4 من ‎RNase A‏ )1 ميكرو جرام/ ملليلتر) أو بول بشري سليم باستخدام ‎TCEP‏ و ‎EDTA‏ بتركيزات نهائية تبلغ 100 ‎Ale‏ مولار و 1 مللي مولار على الترتيب. تمت حضانة العينات عند 95 درجة مئوية لمدة 10 دقائق؛ ثم تمت إضافة ‎(IDT) RNase Alert v1‏ إلى كل عينة؛ وتمت مراقبة التألق لتحديد نشاط نوكلياز. تم توضيح قيم التألق بعد ساعة واحدة من
5 الحضانة عند 37 درجة مئوية. توضح أعمدة الخطأ 1 انحراف معياري بناءً على 3 نسخ فنية. الشكل 90- )1( تسمح المعالجة المسبقة للبول بكشف ‎RNA‏ حساس باستخدام ‎SHERLOCK‏ ‏يوضح مقدمي الطلب بيانات التألق بعد ساعة واحدة من الكشف ل ‎RNA‏ مخفف في الماء (أزرق)؛ و ‎RNA‏ مخفف في بول معالج مسبقًا عند 95 درجة ‎digie‏ لمدة 10 دقائق باستخدام 0 مللي مولار ‎TCEP‏ و1 مللي مول ‎EDTA‏ (أحمر فاتح). (ب) لا يحيّن ‎RNA‏ الحامل من
0 حساسية ‎SHERLOCK‏ . قام مقدموا الطلب بتخفيف ‎ZIKV RNA‏ في بول بشري سليم متوقف النشاط ‎Gia‏ في وجود أو عدم وجود 100 نانو جرام من ‎RNA‏ الحامل (انظر جزءِ الطرق للتفاصيل). كما هو موضح في ‎of)‏ تم استخدام ساعة واحدة من الكشف. توضح أعمدة ‎Wall‏ 1 انحراف معياري بناءً على 3 نسخ فنية. الشكل 91- إيقاف نشاط ‎RNase‏ عند درجة حرارة أقل. قام مقدموا الطلب باختبار طريقة إيقاف
5 ششاط بالحرارة من خطوتين وفيها تمت حضانة بول بشري سليم عند 50 درجة مئوية لمدة 20
— 3 3 — ‎dads‏ ثم 95 درجة مئوية لمدة 5 دقائق. تم تخفيف ‎RNA‏ في البول بعد خطوة 50 درجة مئوية ولكن قبل خطوة 95 درجة مئوية. توضح أعمدة الخطأ 1 انحراف معياري بناءً على 3 نسخ فنية. الشكل 92- المسار الزمني لقائمة الفيروسة المصفرة. توضح كل قائمة التألق مصحح الخلفية ل ‎CTRNA‏ نوعي فيروسي ضد كل هدف فيروسة مصفرة وعينة المقارنة بدون مدخل خلال فترة زمنية تستغرق 3 ساعات مع قياسات التألق كل 5 دقائق. تكون أعمدة الخطأ 1 انحراف معياري
‎Bly‏ على 3 نسخ فنية. الشكل 93- المسار الزمني للعدوى المشتركة لقائمة الفيروسة المصفرة. توضح كل قائمة التألق مصحح الخلفية لكل ‎CrRNAs‏ ضد عينة مع هدفين فيروسة مصفرة خلال مسار زمنى 3 ساعات مع قياسات التألق كل 5 دقائق. كما تتضمن كل قائمة التألق مصحح الخلفية الملحوظ لكل
‎rRNA 0‏ ضد عينة مقارنة بدون دخل. تكون أعمدة الخطأ هى 1 انحراف معياري بناءً على 3 الشكل 94- المسار الزمني لقائمة الدنك. توضح كل قائمة التألق مصحح الخلفية ل ‎CrRNA‏ ‏نوعى النمط المصلى ‎DENV‏ ضد كل الأنماط المصلية ‎DENV‏ وعينة مقارنة بدون دخل خلال مسار زمني 3 ساعات مع قياسات التألق كل 5 دقائق. تكون أعمدة الخطأ هي 1 انحراف معياري
‏15 بناءً على 3 نسخ فنية. الشكل 95- الجدول الزمني لتهيئة 5110. يوضح مقدموا الطلب الخطوات المطلوية لتهيئة؛ بناء؛ واختبار تجرية تعريف ‎SNP‏ أساسها ‎SHERLOCK‏ يكون إجمالي زمن التحول أقل من أسبوع واحد. الشكل 96- تمييز ‎SNP‏ المرتبط بصغر الدماغ ‎ZIKV‏ مع تهيئة ‎crRNA‏ بديلة. يكون ‎SNP‏
‏0 هو الموضع السابع من ‎FRNA‏ ولا يوجد عدم تطابق تخليقي مُدخل إلى 8/ل00. تعبر الألوان الداكنة عن ‎rRNA‏ المشتق وتعبر الألوان الفاتحة عن ‎rRNA‏ السلفي. توضح أعمدة الخطأ 1 الشكل 97- تجارب ‎SHERLOCK‏ التي يمكنها تعريف 6 طفرات مقاومة للعقار في ترانسكريتاز
للقالب المشتق مقسومًا على نسبة التألق للقالب السلفي (انظر جزءِ الأمثلة للتفاصيل). يساوي هذا المؤشر 1 إن لم يتسنى تمييز مركبات أليل السلفية والمشتقة؛ وتزيد مع تزايد القدرة على التمييز بين مركبي الأليل. توضح أعمدة الخطأ 1 انحراف معياري بناءً على 3 نسخ فنية. الشكل 98- يوضح أن ‎SHERLOCK‏ يتمكن من الكشف عن ‎ZIKV cDNA‏ مع حساسية كبيرة. تم توضيح قيم تألق ‎SHERLOCK‏ بعد 20 دقيقة من ‎RPA‏ وساعة واحدة من الكشف
لتخفيفات متعاقبة ل ‎cDNA‏ /40اا2. تكون حساسية 0.9 أتومولار مكافئة لحساسية نسخة واحدة ‎Jia‏ 2 أتومولار = 1 نسخة/ ميكرو لتر و2 ميكرو لتر من عينة كدخل. توضح أعمدة الخطأ 1 انحراف معياري بناءً على 3 نسخ فنية. الشكل 99- يوضح الكشف عن ‎ZIKV‏ و ‎DENV‏ من عينات مريض ونواتج ‎Jie‏ إكلينيكية. (أ)
0 رسم تخطيطي ل ‎SHERLOCK‏ تم استخلاص الحمض النووي من عينات إكلينيكية؛ وتم تكبير الهدف بواسطة ‎RPA‏ باستخدام أي من ‎RNA‏ أى ‎DNA‏ كدخل ‎RT-RPA)‏ أى ‎(RPA‏ على الترتيب). تم الكشف عن منتجات ‎RPA‏ في تفاعل يحتوي على ‎RNA‏ 17 بوليميراز»؛ 08513؛ ‎rRNA‏ نوعي الهدف؛ ومرشد ‎RNA‏ يتألق عند الانقسام. ‎Lad‏ باختبار ‎SHERLOCK‏ على (ب) ‎CDNA‏ مشتق من 37 عينة مربض مجمعة أثناء ‎slg‏ شامل من ‎ZIKV‏ 2015- 2016 و
5 (ج) ‎DNA‏ من 16 عينة مريض قورنت وجهَا لوجه مع تجرية ‎RT-PCR‏ فيروس ‎Altona‏ ‎RealStar‏ زيكا. +: غلاالاء خام حث تبلر ‎x3) ZIKV‏ 102 نسخة/ ميكرو لتر) و ”: بدون دخل. (د) ‎SHERLOCK‏ على ‎RNA‏ تم استخلاصه من 24 عينة مربض إيجابية ‎DENV‏ ‏ونواتج العزل الإكلينيكية. الخط الأزرق الشرطي: القيمة الحدية لوجود أو عدم وجود ‎ZIKV‏ أو ‎DENV‏ (انظر الطرق).
0 الشكل 100- يوضح مقارنة بين ‎SHERLOCK‏ واختبارات تكبير حمض نووي أخرى. تم توضيح مخططات ‎Venn‏ تقارن نتائج ‎SHERLOCK (i)‏ مقابل تجرية ‎Altona ug nil RT-PCR‏ ‎RealStar‏ زبكاء و(ب) ‎SHERLOCK‏ مقابل تجرية ‎RT-PCR‏ لفيروس ‎Altona RealStar‏ زيكا وتجرية فيروس ‎Hologic Aptima‏ زيكا.
الشكل 101- رسم تخطيطي لمناطق جينوم ‎ZIKV‏ مستهدفة بواسطة ‎SHERLOCK‏ وطرق تشخيص أخرى. تغطي أمبليكون ‎PCR‏ جينوم ‎ZIKV‏ بالكامل؛ بينما تستهدف تجرية ‎SHERLOCK ZIKV‏ منطقة واحدة فقط من جينوم ‎ZIKV‏ مع أمبليكون أقصر. كما تستهدف تجرية ‎Altona RealStar RT-PCR‏ و ‎Hologic Aptima TMA‏ أمبليكونات قصيرة؛ مفردة مستهدفة في ‎ZIKV agin‏ (تكون مواضع وأحجام تلك الأمبليكونات خاصة وبالتالي غير موضحة في الرسم التخطيطي). من المحتمل الحصول على عينة إكلينيكية ذات ‎Hae RNA‏ بصورة كبيرة لا يمكن تكبيره بواسطة بادئات ‎Lely) PCR‏ طول منتج حوالي 400 نوكليوتيد). على العكس؛ من الممكن الحصول على عينة إكلينيكية ذات جينوم ‎ZIKV‏ جزئي لا يحتوي على أمبليكون ‎SHERLOCK‏ حوالي 120 نوكليوتيد. 0 الشكل 102- يوضح رسوم بيانية توضح حد الكشف ل ‎dengue SHERLOCK‏ شامل على ‎RNA‏ من 4 أنماط مصلية ‎.DENV‏ (أ- د) قيم تألق ‎SHERLOCK‏ بعد 20 دقيقة من ‎RPA‏ ‏و ساعة واحدة من الكشف لتخفيفات متعاقبة من ‎DENV RNA‏ مشتفة من قالب تخليقي. تم استخدام 1 ميكرو لتر من العينة كدخل. توضح أعمدة الخطأ 1 انحراف معياري بناءً على 3 نسخ 5 الشكل 103- يوضح ‎dengue SHERLOCK‏ شامل مطبق على عينات المريض ونواتج العزل الإكلينيكية. (أ) تألق ‎dengue SHERLOCK‏ شامل ل ‎RNA‏ تم استخلاصه من 24 عينة و4 خامات حث تبلر بواسطة النمط المصلي ‎.DENV‏ (ب- د) تألق ‎dengue SHERLOCK‏ شامل ل ‎RNA‏ تم استخلاصه من 14 عينة مصل بشري بعد ساعة من كشف 08513 (ب)ء 10 نواتج ‎Jie‏ إكلينيكية مستزرعة بعد ساعة واحدة (ج)؛ و4 خامات حث تبلر ‎DENV‏ بعد ساعة 0 واحدة (د). الشكل 104- كشف مباشر عن ‎ZIKV‏ و ‎DENV‏ في موائع الجسم مع ‎HUDSON‏ و ‎SHERLOCK‏ أ) رسم تخطيطي لكشف فيروسي مباشر باستخدام ‎HUDSON‏ و ‎SHERLOCK‏ (ب- ج) الكشف عن ‎ZIKV RNA‏ في جسيمات مخففة في مصل بشري سليم (الوودي» ب) أو لعاب بشري سليم (الأزرق» ج). تم ‎shal‏ نفس عينة مقارنة ‎PBS‏ المستخدمة في 5 أو ب كتجارب معًا. (د) الكشف عن ‎RNA‏ /2147 في جسيمات مخففة في بول بشري سليم
(أصفر) ‎٠‏ أسود : خام فيروسي غير مخفف. رمادي: تخفيفات في ‎PBS‏ توضح أعمدة الخطأ 1 انحراف معياري بناءً على 3 نسخ فنية. (ه- و) الكشف عن ‎DENV RNA‏ مباشرةً من مصل مريض (ه) وعينات اللعاب (و). (ز) كشف عن تدفق جانبي ل ‎DENV‏ من العينات الموضحة في (ه- و). تمت معالجة كل العينات باستخدام 100/1017 قبل التسخين.
الشكل 105- يوضح رسم بياني يوضح الكشف عن ‎ZIKV CDNA‏ مباشرة من منتجات الدم؛ مع تخفيف ‎ ZIKV cDNA‏ دم كامل بشري سليم (أحمر) ؛ بلازما بشر سليم (قرنفلي)» مصل بشري سليم (وردي) أو الماء (رمادي) باستخدام ‎SHERLOCK‏ بعد التخفيف مباشرةً؛ تمت ‎dallas‏ ‏موائع الجسم عند 50 درجة مئوية لمدة 5 دقائق» ثم 64 درجة مئوية لمدة 5 دقائق مع 100 مللي مولار ‎TCEP‏ و1 مللي مولار ‎[EDTA‏ توضح أعمدة الخطأ 1 انحراف معياري بناءً على 3 نسخ
0 فنية. الشكل 106- يوضح رسم بياني يوضح الكشف عن ‎Bale ZIKV DNA‏ من اللعاب؛ مع تخفيف ‎ ZIKV cDNA‏ لعاب بشري سليم (أزرق) أو الماء (رمادي) باستخدام ‎SHERLOCK‏ ‏بعد التخفيف مباشرةً؛ تمت معالجة موائع الجسم عند 50 درجة مئوية لمدة 5 382( ثم 64 درجة مئوية لمدة 5 دقائق باستخدام 100 مللي مولار ©1088 و1 مللي مولار ‎EDTA‏ توضح أعمدة
5 الخطأ 1 انحراف معياري بناءً على 3 نسخ فنية. الشكل 107- يوضح رسم بياني يوضح إيقاف نشاط ‎RNase‏ سريع لدم كامل» وبلازماء والبول. تم تخفيف دم كامل؛ وبلازماء ‎Jog‏ بشري سليم كما هو موضح وتم إيقاف النشاط عند 50 درجة مئوية لمدة 5 دقائق باستخدام 100 مللي مولار 1080 و1 ‎Me‏ مولار ‎EDTA‏ تم قياس نشاط ‎RNase‏ باستخدام ‎(Thermo) RNase Alert v2‏ في وجود 2 وحدة/ ميكرو لتر متبط
‎RNase 0‏ فأري ‎(NEB)‏ بعد ساعة واحدة من الحضانة عند 37 درجة مئوية. تم توضيح نسختين فنيتين لكل حالة (العمودين البرتقالي والأسود). الشكل 108- رسم بياني يوضح الكشف عن فيروس زبكا مخفف في دم كامل. الكشف عن ‎ZIKV RNA‏ في جسيمات مخففة في دم كامل بشري سليم (أحمر) بعد ساعة واحدة من الكشف. تم تسخين العينات لمدة 5 دقائق عند 50 درجة مئوية إلى جانب 5 دقائق عند 64 درجة مئوية
باستخدام 100 مللي مولار ‎TCEP‏ و1 مللي مولار /01]. تم استخدام نفس ‎due‏ مقارنة ‎PBS‏ ‏في ‎Ja‏ 1104 والشكل 104ب حيث أجريت كتجارب ‎be‏ توضح أعمدة الخطأً 1 ‎Cabal‏ ‏معياري على 3 نسخ فنية. الشكل 109- رسم بياني يوضح إيقاف نشاط الحرارة درجة حرارة - الجسم لموائع الجسم. تم
تخفيف دم كامل بشري ‎cots‏ والمصلء واللعاب؛ والبول كما هو موضح وإيقاف النشاط عند 37 درجة مئوية لمدة 20 دقيقة باستخدام 100 مللي مولار ‎TCEP‏ و1 مللي مولار ‎EDTA‏ تم قياس نشاط ‎RNase‏ باستخدام ‎(Thermo) RNase Alert v2‏ في وجود 2 وحدة/ ميكرو لتر متبط ‎RNase‏ فأري ‎(NEB)‏ بعد ساعة واحدة من الحضانة عند 37 درجة مئوية. تم توضيح نسختين فينيتين لكل حالة (العمودين البرتقالي والأسود).
0 الشكل 110- رسوم بيانية توضح الكشف عن فيروس ‎dengue‏ مخفف في دم كامل؛ ودم؛ ومصل؛ ولعاب. الكشف عن ‎DENV RNA‏ في جسيمات مخففة في دم كامل بشري سليم (الأحمرء أ)؛ المصل (الوردي؛ ب)؛ أو لعاب بشري سليم (أزرق» ج) بعد ساعة واحدة من الكشف. تم تسخين العينات لمدة 20 دقيقة عند 37 درجة مئوية إلى جانب 5 دقائق عند 64 ‎daa‏ مئوية لإيقاف النشاط باستخدام 100 مللي مولار ‎TCEP‏ و1 ‎A‏ مولار ‎EDTA‏ تم ‎shal‏
5 نفس عينات المقارنة ‎PBS‏ المستخدمة في كل القوائم كالتجارب معًا. تم توضيح عيارات ‎DENV‏ ‏بوحدات تكوين بؤرة لكل ملليلتر ‎FFU)‏ / ملليلتر). توضح أعمدة الخطأ 1 انحراف معياري بناءً على 3 نسخ فنية. الشكل 111- يوضح مخططات أعمدة لأنماط مصلية ‎RNA‏ لعينة إكلينيكية من الدنك. )= د) قائمة ‎SHERLOCK DENV‏ لتمايز الأنماط المصلية الخاضعة للاختبار مع ‎RNA‏ تم
0 استخلاصه من 1 ‎die‏ 085017/1 (أ)؛ 2 من عينات ‎DENV2‏ و2 من العينات بوجود ‎DENV2‏ ‏و ‎DENV3‏ (ب)؛ 4 عينات ‎DENV3‏ (ج)؛ و3 عينات 0510/4 (د). تم توضيح قيم التألق بعد 3 ساعات من الكشف عن 08813. توضح أعمدة الخطأ 1 انحراف معياري بناءً على 3
— 3 8 —
الشكل 112- يوضح تعريف طفرات ‎ZIKV‏ التكيفية والوظيفية. )1( تجارب ‎SHERLOCK‏
لتعريف ‎SNP‏ الألوان الداكنة: ‎crRNAS‏ مشتقة؛ الألوان الفاتحة: ‎crRNAS‏ السلفية. (ب- ج)
ثلاث ‎SNPs‏ نوعية المنطقة من وياء شامل ‎ZIKV‏ 5 1 20- 16 20 وتتضمن مواضع جينومية ‎J‏
‎SNPs‏ وشجرة تطور سلالات مبسطة تم اختبارها باستخدام أهداف تخليقية (04 1 نسخة/ ميكرو
‏5 لتر) و ‎DNA‏ خام تغذية فيروسي ‎X3)‏ 10 2 نسخة/ ميكرو لتر). (د- ه) تعريف ‎SNPs‏
‏نوعية المنطقة في عينات ‎ZIKV CDNA‏ من جمهورية الدومينيكان ‎(DOM)‏ الولايات المتحدة
‏الأمريكية (5/8لا)؛ والهندوراس ‎(HND)‏ .5 توضيح نسبة التألق (تألق ‎rRNA‏ المشتق مقسومًا
‏على تألق ‎rRNA‏ السلفي) لكل ‎SNP‏ في كل عينة في مخطط أعمدة (بيانات محولة لوغاريتم 2
‏في خربطة شدة). (و) الجدول الزمني لتطوير تجرية ‎SHERLOCK‏ ل ‎SNP‏ جديد (مزيد من 0 التفاصيل في الشكل 113). (ز- ح) تعريف طفرة ‎ZIKV‏ مرتبطة بصغر الدماغ ‎Pr)‏
‎(S139N‏ بواسطة الكشف المتألق وبقياس اللون. في كل القوائم» توضح أعمدة الخطأً 1 انحراف
‏معياري ‎ly‏ على 3 نسخ فنية.
‏الشكل 113- يوضح الجدول الزمني لتهيئة 5/10. لقد أوضحنا الخطوات المطلوية لتهيئة؛ وبناء ؛
‏واختبار تجرية تعريف ‎SNP‏ إلى جانب زمن التطبيق المطلوب لكل خطوة. يكون إجمالي زمن اتتحويل أقل من أسبوع واحد.
‏الشكل 114- ‎as‏ الكشضف عن تدفق جانبي لفيروس ‎Ky‏ مخفف في البول مع قراءة بصرية .
‏لقد أوضحنا الكشف عن تدفق جانبي لفيروس زيكا مخفف في البول (الشكل 104ج). يكون
‏النطاق العلوي هو نطاق الاختبار والنطاق السفلي هو نطاق المقارنة. يكون النطاق الواهن مرئيًا
‏عند 10 نسخ لكل ميكرو لتر في كل من ‎PBS‏ وتخفيفات البول بعد ساعة واحدة من الكشف. الوصف التفصيلي:
‏التعريفات العامة
‏ما لم يوضح خلاف ذلك؛ يكون للتعبيرات الفنية والعلمية المستخدمة هنا نفس المعنى المفهوم
‏بصورة شائعة لصاحب المهارة فى المجال المنتمى له الكشف الحالى. يمكن إيجاد تعريفات
‏التعبيرات والتقنيات الشائعة في العلوم الحيوية الجزيئية في ‎:Molecular Cloning‏ م
Laboratory Manual, 2nd edition (1989) (Sambrook, Fritsch, and Maniatis);
Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 4th edition (2012) (Green and
Sambrook); Current Protocols in Molecular Biology (1987) (F.M. Ausubel et al. eds.); the series Methods in Enzymology (Academic Press, Inc.):
PCR 2: A Practical Approach (1995) (M.J. MacPherson, B.D. Hames, 5 and G.R. Taylor eds.): Antibodies, A Laboraotry Manual (1988) (Harlow and Lane, eds.): Antibodies A Laboraotry Manual, 2nd edition 2013 (E.A.
Greenfield ed.); Animal Cell Culture (1987) (R.I. Freshney, ed.); Benjamin
Lewin, Genes IX, published by Jones and Bartlet, 2008 (ISBN 0763752223); Kendrew et al. (eds.), The Encyclopedia of Molecular 0
Biology, published by Blackwell Science Ltd., 1994 (ISBN 0632021829);
Robert A. Meyers (ed.), Molecular Biology and Biotechnology: a
Comprehensive Desk Reference, published by VCH Publishers, Inc., 1995 (ISBN 9780471185710); Singleton et al., Dictionary of Microbiology and
Molecular Biology 2nd ed., J. Wiley & Sons (New York, N.Y. 1994), 15
March, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and
Structure 4th ed., John Wiley & Sons (New York, N.Y. 1992); and Marten
H. Hofker and Jan van Deursen, Transgenic Mouse Methods and .Protocols, 2nd edition (2011) ‏كما هي مستخدمة هناء تتضمن الصور أدوات النكرة والمعرفة المفردة كل من الإشارة إلى المفرد‎ 20 ‏والجمع ما لم يوضح السياق خلاف ذلك صراحة.‎ ‏أن الحدث التالي وصفه؛ أو الظرف أو مجموعة‎ glial ‏أو "على نحو‎ "glial ‏يعني التعبير‎ ‏الاستبدال قد يحدث أو لا؛ وأن الوصف يتضمن متى يحدث الحدث والحالات التي لا يحدث فيها.‎ ‏يتضمن ذكر النطاقات العددية بواسطة نقاط النهاية كل الأرقام والأجزاء المصنفة ضمن النطاقات‎ ‏المحددة؛ إلى جانب تقاط النهاية المذكورة.‎ 5
يُقصد من التعبيرات "حوالي" أو ‎"Gnd‏ كما هي مستخدمة هنا عند الإشارة إلى قيمة يمكن قياسها مثل متغير» أو كمية؛ أو فترة زمنية؛ وما إلى ذلك؛ أن تشمل تغيرات في ومن القيمة المحددة؛ ‎Jie‏ ‏تغيرات +[ - 9610 أو أقل» +/- 965 أو أقل» +/- 961 أو ‎Ji‏ و+/- 9160.1 أو أقل ومن القيمة المحددة؛ فيما يتعلق بملائمة تطبيق تلك التغيرات في الاختراع الذي تم الكشف عنه. من
المفهوم أن القيمة التي يشير لها المعدل "حوالي" أو 'تقريبًا" قد تم الكشف عنها نفسها تحديدًاء وعلى نحو مفضل. تعني الإشارة طوال هذه المواصفة إلى 'تجسيد ‎Candy‏ أو ‎Canad‏ أو 'تجسيد توضيحي" أنه قد تم تضمين سمة ‎Barna‏ أو بنية؛ أو خاصية تم وصفها بالاشتراك مع التجسيد في تجسيد واحد على الأقل للاختراع الحالي. على ذلك؛ لا يلزم أن يشير كل ظهور للتعبيرات 'في أحد التجسيدات”؛
وافي تجسيد"؛ أو 'تجسيد توضيحي"” في مواضع متنوعة طوال هذه المواصفة إلى نفس التجسيد؛ ولكن قد تشير له. علاوة على ذلك؛ يمكن دمج السمات؛ أو البنيات أو الخصائص المحددة بأي طريقة ملائمة؛ كما هو واضح لصاحب المهارة في المجال من الكشف الحالي؛ في واحد أو أكثر من التجسيدات. علاوة على ذلك؛ بينما تتضمن بعض التجسيدات التي تم وصفها هنا بعض ولكن ليس كل السمات المتضمنة في تجسيدات أخرى؛ غير أنه يقصد أن تكون سمات التجسيدات
5 المختلفة ضمن مجال الاختراع. على سبيل ‎(JB‏ في عناصر الحماية الملحقة؛ يمكن استخدام أي من التجسيدات المطلوب حمايتها في أي توليفة. تم تضمين كل النشرات؛ ومستندات براءة الاختراع المنشورة» وطلبات براءة الاختراع المذكورة هنا كمرجع كما لو كان قد تم ذكر كل نشرة؛ أو مستند براءة اختراع منشورة؛ أو طلب براءة على حدة وبالتحديد كمرجع.
0 نظرة شاملة تحتوي الوحدات التكرارية الراجعة القصيرة المتخللة بانتظام المتعاقبة الميكروبية ‎.(CRISPR)‏ ‏والأنظمة المناعية التكيفية المرتبطة ب ‎(CRISPR-Cas) CRISPR‏ على إنزيمات نوكلياز داخلية قابلة للبرمجة؛ مثل 859 و ‎Shmakov et al., 2017: Zetsche et al., ) Cpfl‏ 5) رغم أن ‎Cas9‏ و ‎Cpfl‏ تستهدفا ‎(DNA‏ غير أنه تم مؤخرًا اكتشاف ‎RNases‏ موجهة
Abudayyeh et al., ( ‏وتصنيفها‎ (Shmakov et al., 2015) ‏المؤثر الأحادي‎ RNA
RNA ‏مما يوفر منصة لاستشعار‎ «C2€2 ‏وتتضمن‎ (2016; Smargon et al., 2017 ‏بسهولة وعلى نحو ملائم باستخدام‎ RNA ‏موجهة‎ RNases ‏برمجة‎ sale] ‏نوعي. يمكن‎ ‏المستهدفة. على العكس من إنزيمات نوكلياز‎ RNAS ‏(عظل») لقسمة‎ CRISPR RNA الداخلية ‎(DNA‏ 0859 و 0011؛ وهي تقسم فقط هدف ‎DNA‏ الخاص بهاء تظل ‎RNases‏ ‏موجهة ‎(RNA‏ مثل ‎«C202‏ نشطة بعد قسمة هدف ‎RNA‏ الخاص بهاء مما يؤدي إلى انقسام 'موازي" ل ‎RNAS‏ غير مستهدفة في تقارب (2016 ‎.(Abudayyeh et al.,‏ يتيح نشاط انقسام ‎RNA‏ الموازي مُبرمج ‎rRNA‏ الفرصة لاستخدام ‎RNases‏ موجهة ‎RNA‏ للكشف عن وجود ‎RNA‏ نوعي عن طريق تنبيه موت الخلية المبرمج في جسم الكائن الحي أو تحلل ‎RNA‏ غير 0 النوعي في المختبر الذي يمكن استخدامه كقراءة (-851 ;2016 ‎Abudayyeh et al.,‏ ‎.(Seletsky et al., 2016‏ استخدمت التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا مؤثرات استهداف ‎RNA‏ لتوفير تشخيص أساسه ‎CRISPR‏ قوي مع حساسية أتومولار. يمكن أن تكشف التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا عن كل من ‎DNA‏ و ‎RNA‏ مع مستويات مقارنة من الحساسية ويمكنها تمييز الأهداف عن غير 5 الأهداف بناءً على فروق زوج قاعدة أحادية. علاوة على ذلك؛ يمكن تحضير التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا في إعداد مجفف بالتجميد لتوزيع ملائم وتطبيقات نقطة رعاية (©00). تكون تلك التجسيدات مفيدة في ‎sae‏ تسلسلات أحداث في صحة البشر وتتضمن؛ على سبيل ‎(Jad)‏ ‏الكشف الفيروسي؛ وتنميط سلالة بكتيرية؛ والتركيب الوراثي الحساس, والكشف عن ‎DNA‏ بدون خلية المرتبط بمرض. 0 لتشخيص الميكرويات المُعدية حول العالم» هناك ‎dala‏ إلى تجارب سريعة؛ وحساسة؛ ومنخفضة التكلفة. وصديقة للمستخدم؛ ويمكن تهيئتها بسرعة للكشف عن عوامل تم تعريفها حديثًا. توضح التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا أن منصة ‎SHERLOCK‏ أساسها 08513 يمكنها الكشف عن فيروس زيكا ‎(ZIKV)‏ في عينات إكلينيكية ومجموعات الباعوض باستخدام حساسية نسخة أحادية؛ وتوضح أنه يمكنها الكشف عن ‎ZIKV‏ مباشرةً من البول في > ساعتين. كما طوّر مقدموا 5 الطلب تجارب للكشف المتزامن لعدد 4 فيروسات مصفرة. للتمييز بين الأنماط المصلية لفيروس
الدنك1- 4؛ وتمييز سلالات ‎ZIKV‏ من تفشي 2016 باستخدام متغيرات نوعية المنطقة. ‎eal‏ ‏قام مقدموا الطلب بتطوير واختبار تجربة لتعريف متغير ‎ZIKV‏ مرتبط بصغر دماغ الجنين خلال أسبوع واحد من نشره. يوضح ذلك أن ‎SHERLOCK‏ يمكنه الكشف عن الفيروسات ‎Bile‏ من موائع الجسم؛ وتمييز عدة فيروسات مسببة للأمراض؛ ويمكن تحديثه بسرعة لتعريف طفرات مسئولة عن أنماط ظاهرية هامة إكلينيكيًا. في أحد الجوانب؛ تتعلق التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا ب نظام كشف عن حمض نووي يشتمل على نظام ‎«CRISPR‏ واحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية التي تمت تهيئتها بحيث تناظر جزيئات مستهدفة؛ تركيب حجب؛ ومواد كاشفة لتكبير اختياري لتكبير جزيئات حمض نووي مستهدفة في عينة. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ قد يشتمل النظام أيضًا على واحدة أو أكثر 0 .من أبتاميرات الكشف. قد تشتمل الواحدة أو أكثر من أبتاميرات الكشف على موضع ‎RNA‏ ‏بوليميراز أو موضع ربط بادئة. تربط الواحدة أو أكثر من أبتاميرات الكشف ‎legs‏ واحدة أو أكثر من بولي ببتيدات المستهدفة وتمت تهيئتها بحيث يتم كشف موضع ‎RNA‏ بوليميراز أو موضع ربط بادئة فقط بعد ربط أبتامير الكشف بببتيد مستهدف. يسهّل كشف موضع ‎RNA‏ بوليميراز من إنتاج أوليجونوكليوتيد ‎RNA‏ منبّه باستخدام متوالية الأبتامير كقالب. بالتالي؛ في تلك التجسيدات تتم 5 تهيئة الواحد أو أكثر من ‎RNAs‏ الإرشادية للريط ب ‎RNA‏ منبّه. في جانب ‎«AT‏ تتعلق التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا بجهاز تشخيص يشتمل على مجموعة من الأحجام المنفصلة المفردة. وبشتمل كل حجم منفصل مفرد على بروتين مؤثر ‎(CRISPR‏ ‏واحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية التي تمت تهيئتها بحيث ترتبط بجزيء مستهدف مناظر؛ وتركيب حجب. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن تعبئة المواد الكاشفة لتكبير ‎RNA‏ مسبقًا 0 إلى الأحجام المنفصلة المفردة أو إضافتها إلى الأحجام المنفصلة المفردة على نحو مصاحب مع أو بعد إضافة عينة إلى كل حجم منفصل مفرد. قد يكون الجهاز عبارة عن جهاز أساسه تميع دقيق؛ أو جهاز يمكن ارتداؤه؛ أو جهاز يشتمل على ركيزة مادة مرنة يمكن تعريف الأحجام المنفصلة المفردة عليها. في جانب آخرء تتعلق التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا بطريقة للكشف عن أحماض نووية 5 مستهدفة في عينة تشتمل على توزيع عينة أو مجموعة من العينات إلى مجموعة من الأحجام
المنفصلة المفردة؛ وبشتمل كل حجم منفصل مفرد على بروتين مؤثر 01501 واحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية التي تمت تهيئتها بحيث ترتبط بأوليجونوكليوتيد مستهدف واحد؛ وتركيب حجب. بعد ذلك يتم إبقاء مجموعة من العينات تحت ظروف تكفي بحيث تسمح بربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بواحدة أو أكثر من الجزيئات المستهدفة. وبالتالي ينشّط ربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بحمض نووي مستهدف بروتين مؤثر 0541501. حينما يتم تنشيطه؛ يقوم بروتين مؤثر 01415514 عندئذ بإيقاف نشاط تركيب الحجب؛ على سبيل ‎(Jha‏ عن ‎Gob‏ ‏انقسام تركيب الحجب بحيث أنه يتم ‎RES‏ إشارة موجبة يمكن الكشف عنهاء أو تحريرهاء أو إنتاجها. يدل الكشف عن الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها في حجم منفصل مفرد على وجود الجزيئات المستهدفة.
0 وفي جانب ‎AT‏ تتعلق التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا بطريقة للكشف عن بولي ببتيدات. تكون طريقة الكشف عن بولي ببتيدات مماثلة لطريقة الكشف عن أحماض نووية مستهدفة تم وصفها أعلاه. مع ذلك؛ تم أيضًا تضمين أبتامير كشف عن ببتيد. تعمل أبتاميرات الكشف عن الببتيد كما تم الوصف أعلاه وتسهّل إنتاج أوليجونوكليوتيد منبّه بعد الربط ببولي ببتيد مستهدف. تمت تهيئة ‎RNAS‏ الإرشادية للتعرف على أوليجونوكليوتيدات المنبهة وبذلك تنشيط بروتين مؤثر
‎.CRISPR 5‏ يؤدي إيقاف نشاط تركيب الحجب بواسطة بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ المنشّط إلى كشف؛ أو تحرير» أو إنتاج إشارة موجبة ‎(Sa‏ الكشف عنها. بروتينات ‎CRISPR ise‏ بشكل عام؛ يمكن استخدام نظام ‎CRISPR-Cas‏ أو ‎CRISPR‏ هنا وفي المستندات؛ ‎Jie‏ ‏الطلب الدولي 2014/093622 ‎((PCT/US2013/074667) WO‏ يشير بصورة مجمعة إلى
‏0 تنخ وعناصر ‎(gal‏ تساهم في التعبير الوراثي عن أو توجّه نشاط جينات مرتبطة ب 051501 (2857)")؛ وتتضمن متواليات ترمّز جين ‎«Cas‏ متوالية ‎tracr‏ (تنشيط ترانس ‎(CRISPR‏ (على سبيل المثال؛ ‎tracrRNA‏ أو ‎tracrRNA‏ جزئي نشط)؛ متوالية ‎tracr-mate‏ (تشمل 'وحدة تكرارية مباشرة" ووحدة تكرارية مباشرة جزئية ‎dallas‏ ب ‎tracrRNA‏ في سياق نظام ‎CRISPR‏ ‏داخلي المنشاً)؛ ومتوالية إرشادية (يُشار إليها أيضًا باسم ‎"solid‏ في سياق نظام ‎CRISPR‏ داخلي
‎(Lal 5‏ أو ' ‎"RNA(S)‏ حيث يتم استخدام هذا التعبير هنا ‎de)‏ سبيل المثال؛ ‎RNAS)‏ لإرشاد
‎«Cas‏ مثل ‎«Cas9‏ على سبيل المثال» ‎CRISPR RNA‏ وتنشيط تحويلي ‎RNA J (tracr)‏ أو ‎RNA‏ إرشادي أحادي ‎RNA) (sgRNA)‏ خيمري)) أو متواليات ونسخ أخرى من موضع ‎.CRISPR‏ بشكل ‎(ale‏ يتميز نظام ‎CRISPR‏ بعناصر تعزز من تكوين معقد ‎CRISPR‏ عند موضع متوالية مستهدفة (يُشار إليه أيضًا باسم مباعد بدائي في سياق نظام ‎CRISPR‏ داخلي المنشأ). عندما يكون بروتين ‎CRISPR‏ عبارة عن بروتين ‎«C2€2‏ لا يلزم وجود ‎tracrRNA‏ تم وصف 0262 في ‎Abudayyeh et al. (2016) “C2c2 is a single-component‏ ‎programmable RNA-guided RNA-targeting CRISPR effector”; Science;‏ ‎DOI: 10.1126/science.aaf5573; and Shmakov et al. (2015) “Discovery‏ ‎and Functional Characterization of Diverse Class 2 CRISPR-Cas‏ ‎«Systems”, Molecular Cell, DOI: dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2015.10.008 0‏ ‎Ag‏ متضمنة هنا في مجملها كمرجع. تم وصف 085135 في )2017( ‎Smargon et al.‏ ‎“Cas13b Is a Type VI-B CRISPR-Associated RNA-Guided RNases‏ ‎Differentially Regulated by Accessory Proteins Csx27 and Csx28,”‏ ‎«.Molecular Cell. 65, 1-13; dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2016.12.023‏ وهو 5 متضمن هنا في مجمله كمرجع. في بعض التجسيدات؛ يقوم باعث مجاور لمباعد بدائي ‎(PAM)‏ أو باعث شبيه ‎PAM‏ بتوجيه ربط معقد البروتين المؤثر كما تم الكشف عنا إلى الموضع المستهدف محل الاهتمام. في بعض التجسيدات؛ قد يكون ‎PAM‏ عبارة عن 0/1/5 (أي؛ يوجد قبل الطرف 5 من المباعد البدائي). في تجسيدات ‎coal‏ يمكن أن يكون ‎PAM‏ عبارة عن 3“ ‎PAM‏ (أي يوجد بعد الطرف 5“ من 0 المباعد البدائي). يمكن استخدام التعبير " ‎"PAM‏ بصورة متبادلة مع التعبير ‎"PFS"‏ أو ‎pase‏ ‏مجائحة المباعد البدائي" أو 'متوالية مجائحة المباعد البدائي". في تجسيد مفضل؛ يمكن أن يتعرف بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ على 3 ‎PAM‏ في بعض التجسيدات؛ يمكن أن يتعرف بروتين مؤثر 681501 على ‎PAM3‏ وهو 5:11 حيث تكون ‎H‏ ‏عبارة عن ‎GA‏ © أو لا. في بعض التجسيدات؛ يمكن أن يكون البروتين المؤثر ‎Ble‏ عن
‎«Leptotrichia shahii C2c2p‏ وبصورة أكثر تفضيلاً ‎Leptotrichia shahii DSM‏ 2 19757( ويكون ‎PAM3‏ عبارة عن ‎H‏ "5 في سياق تكوين معقد ‎(CRISPR‏ يشير 'متوالية مستهدفة"' إلى متوالية تمت تهيئة متوالية إرشادية عليها بحيث يكون لها تكامل»؛ حيث يعزز التهجين بين متوالية مستهدفة ومتوالية إرشادية من تكوين معقد 0515054. يمكن أن تشتمل متوالية مستهدفة على ‎RNA‏ بولي نوكليوتيدات. يشير التعبير " ‎RNA‏ مستهدف' إلى بولي نوكليوتيد ‎RNA‏ ويكون عبارة عن أو يشتمل على المتوالية المستهدفة. بطريقة أخرى؛ يمكن أن يكون ‎RNA‏ المستهدف عبارة عن بولي نوكليوتيد ‎RNA‏ أو جزءِ من بولي نوكليوتيد ‎RNA‏ تتم فيه تهيئة جزءِ من ‎(GRNA‏ أي المتوالية الإرشادية بحيث يكون لها تكامل و ويتم توجيه وظيفة المؤثر التي تتم المساهمة فيها بواسطة المعقد المشتمل على بروتين مؤثر ‎CRISPR 0‏ و ‎gRNA‏ لها. في بعض التجسيدات؛ توجد متوالية مستهدفة في النواة أو سيتوبلازم يكون جزيء الحمض النووي الذي يرمّز بروتين مؤثر ‎(CRISPR‏ وتحديدًا ‎«C202‏ على نحو مفيد هو بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ محسن الرامزة. من أمثلة المتواليات محسّنة الرامزة؛ في هذه الحالة متوالية محسّنة للتعبير الوراثي في حقيقية النواة» على سبيل المثال (أي؛ تم تحسينها للتعبير 5 الوراثي في البشر)؛ أو لخلية حقيقية النواة أخرى؛ حيوان أو ثديي كما نوقش هنا؛ ‎lil‏ على سبيل المثال» متوالية محسّنة الرامزة بشرية 580859 في الطلب الدولي 2014/093622 ‎WO‏ ‏(007/1052013/074667). بينما يعد ذلك ‎Stake‏ غير أنه يمكن إدراك إتاحة أمثلة أخرى وأن تحسين الرامزة لفصائل عائل أخرى غير الإنسان» أو لتحسين الرامزة لأعضاء محددة معروف. في بعض التجسيدات؛ هناك متوالية ترميز إنزيم ترمّز بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ وهي عبارة عن 0 رمزة محسنة للتعبير الوراثي في ‎WIA‏ محددة؛ ‎WA Jie‏ حقيقية النواة. يمكن أن تكون الخلايا حقيقية النواة هي تلك من أو المشتقة من كائن حي محدد؛ مثل نبات أو ثديي؛ وتتضمن على سبيل المثال وليس الحصرء الإنسان؛ أو خلية حقيقية غير بشرية أو حيوان أو ثديي كما نوقش هناء على سبيل المثال؛ فأرء أو جرذء أو أرنب؛ أو كلب؛ أو ماشية؛ أو ثديي غير بشري أو كائن رئيسي. في بعض التجسيدات؛ يمكن استبعاد عمليات تعديل الهوية الوراثية للسلالة الجرثومية للبشر و/ أو 5 عمليات تعديل الهوية الوراثية للحيوانات المحتمل أن تتسبب لها في معاناة دون أي فائدة طبية
كبيرة للإنسان أو الحيوان» ‎Lindy‏ الحيوانات الناتجة عن تلك العمليات. بشكل عام؛ يشير تحسين الرامزة إلى عملية لتعديل متوالية حمض نووي لتعبير ‎Js‏ محسّن في خلايا العائل محل الاهتمام بواسطة استبدال رامزة واحدة على الأقل (على سبيل ‎(JE‏ حوالي أو أكثر من 1 2؛ 3 4 5 0 + ¢20 25 50( أو أكثر من الرامزات) للمتوالية الأصلية ذات رامزات مستخدمة بصورة أكثر تكرارًا ‎leg‏ الأكثر في الجينات الخاصة بخلية العائل تلك مع الحفاظ في الوقت ذاته على متوالية الحمض الأميني الأصلي. تبدي فصائل متنوعة انحياز خاص نحو بعض الرامزات لحمض أميني محدد. عادة ما يرتبط انحياز الرامزة (الفروق في استخدام الرامزة بين الكائنات الحية) بفعالية التحور الوراثي ل ‎RNA‏ المرسل ‎(MRNA)‏ ومن المعتقد أنه يعتمد بدوره على؛ بين أشياء أخرى؛ خصائص الرامزات الخاضعة للتحور الوراثي ‎dally‏ جزيئات ‎RNA‏ نقل محددة ‎sale (tRNA)‏ ما 0 يكون توافر ‎tRNAS‏ محددة في خلية انعكاسًا للرامزات المستخدمة على النحو الأكثر تكرارًا في تخليق الببتيد. بالتالي؛ يمكن تهيئة الجينات بحيث تعطي تعبير وراثي مثالي عن الجين في كائن حي ما بناءً على تحسين الرامزة. تكون جداول استخدام الرامزة متاحة بسهولة؛ على سبيل ‎(Jal)‏ ‏على 'قاعدة بيانات استخدام الرامزة" المتاحة على ‎kazusa.orjp/codon/‏ ويمكن تهيئة تلك الجداول بعدة طرق. انظر ‎Nakamura, Y., et al. “Codon usage tabulated from‏ ‎the international DNA sequence databases: status for the year 2000” 15‏ ‎Nucl.
Acids Res. 28:292 (2000)‏ كما أن هناك لوغاريتمات كمبيوتر لتحسين الرامزة لمتوالية محددة للتعبير الوراثي في خلية ‎file‏ محددة متاحة؛ ‎Aptagen; ( Gene Forge (is‏ ‎(Jacobus, PA‏ في بعض التجسيدات؛ تناظر واحدة أو أكثر من الرامزات (على سبيل المثال؛ 1 5 10 15 20؛ ¢25 50؛ أو أكثر؛ أو كل الرامزات) في متوالية ترميز ‎Cas‏ ‏0 الرامزة الأكثر استخدامًا لحمض أميني محدد. في بعض التجسيدات؛ يمكن أن تشتمل الطرق كما تم الوصف هنا على توفير خلية 085 متحورة ‎(ly‏ تحديدًا خلية 0202 متحورة ‎(Bly‏ وفيها تم توفير أو إدخال واحد أو أكثر من الأحماض النووية التي ترمز واحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية متصلة تشغيليًا في الخلية مع عنصر منظم يشتمل على معزز لواحد أو أكثر من الجينات محل الاهتمام. كما هو مستخدم هناء يشير 5 التعبير "خلية متحورة وراثيًا" إلى خلية؛ مثل خلية حقيقية النواة؛ وتم فيها تكامل جين ‎CaS‏ جينوميًا.
لا تكون طبيعة؛ أو نوع» أو أصل الخلية محدد بصورة خاصة ‎lg‏ للاختراع ‎Jal‏ علاوة على ‎edly‏ يمكن أن تختلف طريقة إدخال الجين الناقل ‎Cas‏ في الخلية ويمكن أن تكون أي طريقة كما هو معروف في المجال. في بعض التجسيدات؛ يتم الحصول على الخلية المتحورة ‎Cas ls‏ بواسطة إدخال الجين الناقل ‎Cas‏ في خلية معزولة. في بعض التجسيدات الأخرى؛ يتم الحصول على الخلية المتحورة ‎Cas Uy‏ بواسطة ‎Jie‏ الخلايا من كائن حي متحور ‎Gly‏ 085. على سبيل المثال وليس الحصر» يمكن اشتقاق الخلية المتحورة وراثيًا ‎Cas‏ كما أشير إليها هنا من خلية حقيقية النواة متحورة ‎(ie (CaS Ly‏ خلية حقيقية النواة لتشغيل الجين 085. تمت الإشارة إلى الطلب الدولي 2014/093622 ‎(PCT/US13/74667) WO‏ المتضمن هنا كمرجع. يمكن تعديل طرق نشرة براءة الاختراع الأمريكية 20120017290 و 20110265198 المعينة ل ‎.Sangamo BioSciences, 06 0‏ لاستهداف ‎Rosa guage‏ لاستخدام نظام ‎CRISPR Cas‏ بالاختراع الحالي. كما يمكن تعديل طرق نشرة براءة الاختراع الأمريكية رقم 20130236946 المعينة ل ‎Cellectis‏ الموجهة لاستهداف موضع ‎Rosa‏ لاستخدام نظام ‎CRISPR Cas‏ بالاختراع الحالي. في مثال مرجعي آخرء تمت الإشارة إلى ‎Cell; ( .Platt et. al‏ )2014( 159)2(:440-455)؛ تصف 0859 تشغيل جيني فأري؛ وهو متضمن هنا كمرجع. 5 كما يمكن أن يشتمل الجين الناقل ‎Cas‏ على حافظة ‎Lox—Stop-polyA-Lox(LSL)‏ وبذلك جعل التعبير الوراثفي عن ‎Cas‏ قابل للحث بواسطة ‎Cre‏ ريكومبيناز. على نحو بديل؛ يمكن الحصول على الخلية المتحورة وراثيًا ‎Cas‏ بواسطة إدخال الجين الناقل ‎Cas‏ في خلية معزولة. تكون أنظمة التوصيل للجينات الناقلة معروفة جيدًا في المجال. على سبيل المثال؛ يمكن توصيل الجين الناقل ‎Cas‏ في خلية حقيقية النواة على سبيل المثال بواسطة ناقل (على سبيل المثال» ‎AAV 0‏ فيروس غدي؛ فيروسة بطيئة) و/ أو توصيل الجسيم و/ أو الجسيم بحجم النانو؛ كما تم الوصف أيضًا هنا في موضع آخر. من المفهوم لصاحب المهارة في المجال أن الخلية؛ ‎Jie‏ الخلية المتحورة وراثيًا ‎(Cas‏ كما أشير إليها هنا قد تشتمل على إبدالات جينومية أخرى إلى جاتب حصولها على جين ‎Cas‏ متكامل أو الطفرات الناشئة عن النشاط نوعي المتوالية ل ‎Cas‏ عند التعقيد مع ‎RNA‏ يمكنه توجيه ‎Cas‏ إلى 5 موضع مستهدف.
في بعض الجوانب يشمل الاختراع نواقل» على سبيل المثال للتوصيل أو الإدخال في ‎Cas‏ خلية و/ أو ‎RNA‏ يمكنها إرشاد ‎Cas‏ إلى موضع مستهدف ‎RNA (gl)‏ إرشادي) ولكن أيضًا لنشر تلك المكونات (على سبيل ‎(Jal‏ في خلايا بدائية النواة). كما هو مستخدم هناء يكون ‎"JI‏ عبارة عن أداة تسمح أو تسهّل نقل كيان من بيئة إلى أخرى. وهو ريبليكون؛ مثل بلازميد؛ أو خلية ملتهمة؛ أو كوزميد؛ يمكن إدخال ‎ga‏ 0118 آخر إليه بحيث يتم جلب انتساخ ‎gall‏ المدخّل.
بشكل عام؛ يتمكن ناقل من الانتساخ عند ربطه بعناصر المقارنة الملائمة. بشكل عام؛ يشير التعبير "ناقل" إلى جزيء حمض نووي يمكنه نقل حمض نووي ‎AT‏ مرتبط به. تتضمن النواقل» على سبيل المثال وليس الحصرء جزيئات الحمض النووي التي تكون أحادية الجديلة؛ أو مزدوجة الجديلة؛ أو مزدوجة الجديلة جزئيًا؛ جزيئات الحمض النووي التي تشتمل على واحد أو ‎AST‏ من
0 الأطراف الحرة؛ بدون أطراف حرة (على سبيل المثال؛ حلقية)؛ جزيئات حمض نووي تشتمل على ‎(RNA (DNA‏ أو كليهما؛ ومجموعات أخرى من بولي نوكليوتيدات المعروفة في المجال. من أنواع الناقل "البلازميد"» وهو يشير إلى حلقة ‎DNA‏ مزدوجة الجديلة حلقية ‎(Sa‏ إدخال أجزاء ‎DNA‏ الإضافية لهاء ‎Jia‏ بواسطة تقنيات عمل النسائل الجزيئية الجديلية. وهناك نوع آخر من الناقل وهو الناقل الفيروسي؛ حيث توجد متواليات ‎DNA‏ أو ‎RNA‏ المشتق فيروسيًا في الناقل
5 لللتعبثة إلى فيروس (فيروسات قهقرية؛ فيروسات قهقرية معيبة الانتساخ؛ وفيروسات مرتبطة بالغدة ‎((AAVS)‏ كما تتضمن النواقل الفيروسية بولي نوكليوتيدات محمولة بواسطة فيروس لنقل العدوى إلى خلية عائل. تتمكن بعض النواقل من الانتساخ المستقل في خلية عائل يتم إدخالها إليه (على سبيل المثال» نواقل بكتيرية ذات أصل بكتيري للانتساخ ونواقل ثديية جسيمية ملحقة بالكروموسومات). تتكامل نواقل أخرى (على سبيل المثال؛ نواقل ثديية غير جسيمية ملحقة
0 بالكروموسومات) إلى جينوم خلية عائل بعد الإدخال إلى خلية العائل؛ وبذلك يتم انتساخها إلى جانب جينوم العائل. علاوة على ذلك؛ تتمكن بعض النواقل من توجيه التعبير الوراثي عن الجينات المرتبطة بها على نحو تشغيلي. يُشار إلى تلك النواقل هنا باسم "نواقل التعبير الوراثي". عادة ما تكون نواقل التعبير الوراثي الشائعة المستخدمة في تقنيات ‎DNA‏ الناتجة عن عودة الاتحاد الجيني في صورة بلازميدات.
يمكن أن تشتمل نواقل التعبير الوراثي الناتجة عن عودة الاتحاد الجيني على حمض نووي بالاختراع في صورة ملائمة للتعبير ‎(oll‏ عن حمض نووي في خلية ‎eile‏ مما يعني أن نواقل التعبير الوراثي الناتجة عن عودة الاتحاد الجيني تتضمن واحد أو أكثر من العناصر المنظمة؛ التي يمكن اختيارها على أساس خلايا العائل المستخدمة للتعبير الوراثي؛ المرتبطة على نحو تشغيلي بمتوالية الحمض النووي المراد التعبير عنها وراثيًا. في ناقل تعبير وراثي ناتج عن عودة الاتحاد
الجيني؛ يُقصد من 'مرتبط تشغيليًا' أن يعني أن متوالية النوكليوتيد محل الاهتمام ترتبط بالعنصر (العناصر) المنظمة بطريقة تسمح بالتعبير الوراثي عن متوالية النوكليوتيد (على سبيل المثال؛ في نظام انتساخ/ تحور وراثي في المختبر أو في خلية عائل عند إدخال الناقل إلى خلية العائل). ‎Lad‏ ‏يتعلق بطرق عودة الاتحاد الجيني وعمل نسائل؛ يمكن ذكر طلب براءة الاختراع الأمريكية رقم
0 10/815,730؛ المنشورة في 2 سبتمبر» 2004 كبراءة الاختراع الأمريكية -2004 ‎US‏ ‎Al‏ 0171156« وقد تم تضمين محتوياتها هنا كمرجع في مجملها. على ذلك؛ يمكن أن تشتمل التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا ‎Lad‏ على ‎WIA‏ متحورة ‎Gly‏ تشتمل على نظام ‎Sige‏ ‎.CRISPR‏ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ قد تعمل الخلية المتحورة وراثيًا كحجم منفصل مفرد. بطريقة أخرى؛ يمكن توصيل العينات التي تشتمل على تركيب حجب إلى خلية؛ على سبيل
5 المثال؛ في حويصلة توصيل ملائمة وإذا ما وجد الهدف في حويصلة التوصيل يتم تنشيط مؤثر ‎CRISPR‏ وبتم إنتاج إشارة يمكن الكشف عنها. يمكن أن يتضمن الناقل (النواقل) العنصر (العناصر) المنظمة؛ على سبيل المثال؛ المعزز (المعززات). يمكن أن يشتمل الناقل (النواقل) على متواليات ترميز ‎Cas‏ و/ أو متوالية أحادية؛ ولكن من المحتمل أن يشتمل أيضًا على الأقل على 3 أو 8 أو 16 أو 32 أو 48 أو 50 متوالية
0 ترميز ‎RNA(S)‏ إرشادية (على سبيل المثال» 85ل5951)؛ ‎Jie‏ 2-1 3-1 4-1 5-1 6-3؛ ‎RNA(s) 50-3 «48-3 «32-3 «30-3 16-3 8-3 10-3 9-3 «8-3 7-3‏ (على سبيل المثال» ‎Jil 3. (SGRNAS‏ أحادي يمكن أن يكون هناك معزز لكل ‎RNA‏ (على سبيل ‎((SGRNA (lial)‏ على نحو مفيد حيث يكون هناك ما يصل إلى حوالي 16 (018)5؛ و؛ حيث يوفر ناقل أحادي أكثر من 16 ‎(RNA(S)‏ يمكن أن تدفع واحدة أو أكثر من المعززات التعبير
5 الوراثي عن أكثر من ‎RNAS)‏ واحد؛ على سبيل المثال؛ عندما يكون هناك 32 ‎(RNA(s)‏
ويمكن أن يدفع التعبير الوراثي اثنين من ‎(RNA(S)‏ وحيث يكون هناك 48 ‎(RNA(S)‏ يمكن أن يدفع كل معزز التعبير الوراثي عن ثلاث (4108)5. بواسطة طرق حساب بسيطة وإجراءات عمل نسائل متحققة جيدة والإرشادات في هذا الكشف يتمكن صاحب المهارة في المجال بسهولة من إجراء الاختراع باستخدام ‎RNA(S)‏ لناقل توضيحي ملائم ‎AAV Jie‏ ومعزز ملائم ‎die‏ معزز 6لا. على سبيل المثال؛ يكون حد التعبئة ل ‎AAV‏ حوالي 4.7 كيلو قاعدة. يكون طول -6لا
‎gRNA‏ أحادي (إلى جانب مواضع الحصر لعمل النسائل) 361 زوج قاعدة. لهذاء يمكن أن يقوم صاحب المهارة في المجال بسهولة بمواءمة حوالي 12- 16؛ على سبيل المثال» 13 حافظة ‎UG-gRNA‏ في ناقل واحد. يمكن تجميع ذلك بواسطة أي طريقة ملائمة؛ ‎Jie‏ استراتيجية بوابة ذهبية مستخدمة لتجميع ‎٠ (genome-engineering.org/taleffectors /) TALE‏ يمكن أيضًا
‏0 أن يستخدم صاحب المهارة في المجال استراتيجية إرشاد ترادفي لزيادة عدد ‎U6—gRNAS‏ 1.5 مرة تقريبًّاء للزيادة من 12- 16؛ على سبيل المثال» 13 إلى حوالي 18- 24؛ على سبيل المثال؛ حوالي 19 ‎.U6-gRNAS‏ لهذاء يمكن أن يصل صاحب المهارة في المجال بسهولة إلى حوالي 8- 24؛ على سبيل ‎(Jal)‏ حوالي 19 ‎RNAS‏ معزز؛ على سبيل المثال» ‎U6-gRNAs‏ في ناقل ‎(salad‏ على سبيل المثال» ناقل ‎LAAV‏ وهناك وسيلة أخرى لزيادة عدد المعززات و ‎RNAS‏
‏5 في ناقل وهي استخدام معزز أحادي ‎Jo)‏ سبيل المثال؛ ‎(UG‏ للتعبير الوراثي عن مصفوفة من ‎RNAS‏ منفصلة بمتوالية قابلة للانقسام. وهناك وسيلة أخرى لزيادة عدد ‎RNAS‏ المعزز في ناقل؛ وهي التعبير الوراثي عن مصفوفة من ‎RNAS‏ - المعزز المنفصلة بواسطة متواليات ‎ALE‏ للانقسام في إنترون متوالية ترميز أو جين؛ وفي هذه الحالة من المفيد استخدام معزز بوليميراز اا يمكن أن يكون له تعبير ‎(Shy‏ متزايد ويسمح بانتساخ ‎RNA‏ طويل بطريقة نوعية النسيج. ‎hil)‏ على
‏20 سبيل المثال» ‎ nar.oxfordjournals.org/content/34/7/e53.short‏ ‎»(nature.com/mt/journal /v16/n9/abs/mt2008144a.html‏ في تجسيد مفيد؛ يمكن أن يقوم ‎AAV‏ بتعبئة ‎gRNA‏ ترادفي 6لا لاستهداف ما يصل إلى حوالي 50 جين. بالتالي؛ من المعلومات بالمجال والإرشادات في الكشف الحالي يمكن أن يقوم صاحب المهارة في المجال بسهولة من عمل واستخدام الناقل (النواقل)؛ على سبيل المثال؛ ناقل أحادي؛ يعبر ‎Wy‏ عن عدة
‎RNAs 5‏ أو إرشادات تحت التحكم أو مرتبطة بصورة تشغيلية أو وظيفية بواحد أو أكثر من
المعززات- تحديدًا ‎Jie‏ أعداد ‎RNAS‏ أو الإرشادات التي نوقشت هناء دون أي تجارب لا داعي لها. يمكن أن ترتبط متواليات ترميز ‎RNA(S)‏ الإرشادية و/ أو متواليات ترميز ‎«Cas‏ وظيفيًا أو على نحو تشغيلي بعنصر (عناصر) منظمة ومن 25 تدفع العنصر (العناصر) المنظمة التعبير الوراثي. يمكن أن يكون المعزز (المعززات) عبارة عن معزز (معززات) تكوينية و/ أو معزز (معززات) مشروطة و/ أو معزز (معززات) قابلة للحث و/ أو معزز (معززات) نوعية النسيج. يمكن اختيار المعزز من المجموعة المتكونة من بوليمراز ‎Il cpol | (RNA‏ اقم ‎lll‏ امم 17 ‎U6‏ 1لا معزز فيروس ساركوما روس الفيروسة القهقرية ‎(LTR (RSV)‏ معزز الفيروسة المضخمة للخلايا ‎(CMV)‏ معزز 51/40؛ معزز داي هيدرو فولات ربدكتازء معزز بيتا- أكتين» معزز فوسفو 0 جليسرول كيناز ‎(PGK)‏ ومعزز 106]. ‎dling‏ معزز مفيد وهو معزز 6لا. في بعض التجسيدات؛ تم اشتقاق واحد أو أكثر من عناصر نظام استهداف الحمض النووي من كائن حي محدد يشتمل على نظام استهداف ‎CRISPR RNA‏ داخلي المنشاً. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يشتمل نظام استهداف ‎CRISPR RNA‏ البروتين ‎gall‏ على نطاق ‎HEPN‏ واحدة على الأقل؛ ويتضمن على سبيل المثال وليس الحصرء نطاقات ‎HEPN‏ تم وصفها 5 هناء ونطاقات ‎HEPN‏ معروفة في المجال؛ ونطاقات تم التعرف على أنها نطاقات ‎HEPN‏ ‏بواسطة المقارنة ببواعث متوالية توافقية. تم توفير عدة نطاقات هنا. في أحد التجسيدات غير الحصرية؛ يمكن اشتقاق متوالية توافقية من متماثلات ‎C202‏ أو 085130 المقدمة هنا. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يشتمل البروتين المؤثر على نطاق ‎HEPN‏ أحادي. في بعض التجسيدات التوضيحية الأخرى؛ يشتمل البروتين المؤثر على نطاقئ ‎HEPN‏ ‏0 في أحد التجسيدات التوضيحية؛ يشتمل البروتين المؤثر على واحد أو أكثر من نطاقات ‎HEPN‏ ‏التي تشتمل على متوالية باعث ‎R00KH‏ يمكن أن تكون متوالية باعث 000411:©؛ على سبيل المثال وليس الحصر؛ من نطاق ‎HEPN‏ تم وصفه هنا أو نطاق ‎HEPN‏ معروف في المجال. كما تتضمن متواليات باعث 8:11 متواليات باعث منشأة بواسطة دمج أجزاء من اثنين أو أكثر من نطاقات [01ع1]. كما لوحظ» يمكن اشتقاق المتواليات التوافقية من متواليات المتماثئلات 5 التي تم الكشف عنها في طلب براءة الاختراع الأمريكية المؤقت 62/432,240 بعنوان " ‎Novel‏
‎lag CRISPR Enzymes and Systems‏ براءة الاختراع الأمريكية المؤقت رقم ‎Novel Type VI CRISPR Orthologs and Systems " six: <62/471,710‏ " المودع في 15 مارس» 2017« وطلب براءة الاختراع الأمريكية المؤقت بعنوان " ‎Novel Type‏ ‎VI CRISPR Orthologs and Systems‏ المعلم برقم حافظة محامي -47627-05 2133 والمودع في 12 إبربل» 2017 في أحد تجسيدات الاختراع؛ يشتمل نطاق ‎HEPN‏ على باعث ‎ROH‏ واحد على الأقل يشتمل على متوالية 11/1(1217276311/)>!. في أحد تجسيدات الاختراع» يشتمل نطاق ‎HEPN‏ على باعث ‎RoxxH‏ يشتمل على متوالية 4)11/11(1217276311!. في أحد تجسيدات الاختراع» يشتمل نطاق ‎HEPN‏ على متوالية ‎R{N/KIXIX2X3H‏ 8 بعض التجسيدات» ‎XT‏ عبارة عن ‎SR‏ ‎tH JY GNQED 10‏ بعض التجسيدات» ‎X2‏ عبارة عن ‎Sd‏ 1 /اء أو ا. في بعض التجسيدات؛ ‎X3‏ عبارة عن ا ‎NF‏ ات ‎DS dV‏ ع أو ‎A‏ ‏يمكن تعريف مؤثرات إضافية للاستخدام وفقًا للاختراع بواسطة تقاريها لجينات 0851؛ على سبيل ‎JE‏ وليس الحصرء ضمن المنطقة 20 كيلو قاعدة من بدء جين 6851 و20 كيلو قاعدة من نهاية جين 0851. في بعض التجسيدات؛ يشتمل البروتين المؤتر على نطاق ‎HEPN‏ واحد على 5 الأقل وعلى الأقل 500 حمض أميني؛ وحيث يوجد بروتين مؤثر 6202© بصورة طبيعية في الجينوم بدائي النواة ضمن 20 كيلو قاعدة قبل أو بعد جين ‎Cas‏ أو مصفوفة ‎.CRISPR‏ تتضمن الأمثلة غير الحصرية لبروتينات ‎(Cas4 0853 0852 08518 0851 «Cas‏ 0855 6 )؛ 0857 0858 0859 (المعروف أيضًا ‎aul‏ 0501 و 05*12)؛ 08510 ‎«Csyl‏ ‎«Csm3 05012 (Csn2 585 «(Csc2 (Cscl «Cse2 (Csel «Csy3 2‏ ‎«Csm6 «(Csm5 «(Csm4 0‏ 1ع ‎«Csb2 0501 «Cmr6 «Cmr5 «Cmr4 «Cmr3‏ ‎«Csx] «Csx3 (CsaX (Csx16 «Csx10 «Csx14 «Csx17 «Csb3‏ ذاو ‎«Csfl‏ ‎«Csf4 (Csf3 (Csf2‏ ومماثلات لهاء أو نسخ ‎die‏ منها. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يوجد بروتين مؤثر 0202 بصورة طبيعية في جينوم بدائي النواة ضمن 20 كيلو قاعدة قبل أو بعد جين 1 085. تكون التعبيرات 'مماثل" (ويشار إليه باسم 'متماثل" هنا) و'نظير” (يشار إليه أيضًا 5 هنا 'بنظائر") معروفة جيدًا في المجال. لمزيد من الإرشادات؛ يكون ‎"lad‏ بروتين كما هو
مستخدم هنا هو بروتين من نفس الفصيلة التي تقوم بإجراء نفس الوظيفة أو وظيفة مماثلة للبروتين المماثل له. قد قد تكون البروتينات المماثلة؛ ولكن ليس بالضرورة؛ ذات صلة بنيوبًا؛ أو ذات صلة ‎Wks Lay‏ فقط. يكون "نظير" بروتين كما هو مستخدم هنا عبارة عن بروتين من فصيلة مختلفة يقوم بإجراء نفس الوظيفة أو وظيفة مماثلة كالبروتين النظير له. يمكن أن تكون البروتينات النظيرة ولكن ليس بالضرورة؛ ذات صلة بنيوتّاء أو تكون ذات صلة بنيويًا جزئيًا فقط. في تجسيدات محددة؛ يكون إنزيم ‎Cas‏ لاستهداف ‎RNA‏ النوع ‎VI‏ عبارة عن 0262. في تجسيدات توضيحية ‎«al‏ يكون إنزيم ‎Cas‏ لاستهداف ‎RNA‏ النوع ‎sie VI‏ عن 1305 085. في تجسيدات محددة؛ يكون لنظير أو مماثل بروتين من النوع ‎C202 ie VI‏ كما أشير إليه هناء تجانس أو تطابق متوالية يبلغ على الأقل 9630؛ أو على الأقل 9640؛ أو على الأقل 9650؛ أو 0 على الأقل 9660 أو على الأقل 9670؛ أو على الأقل 9680؛ ويفضل أكثر على الأقل %85 بل وبفضل أكثر على الأقل 9690؛ ‎Jie‏ على سبيل المثال على الأقل 9695 مع بروتين من نوع ‎VI‏ مثل 6202 (على سبيل المثال؛ بناءً على متوالية من النمط غير المعالّج لأي من ‎«Lachnospiraceae bacterium MA2020 262 (Leptotrichia shahii C2c2‏ ‎Clostridium aminophilum (Lachnospiraceae bacterium NK4A179 C2c2‏ ‎«C2c2 (DSM 4847) Carnobacterium gallinarum (C2c2 (DSM 10710) 5‏ ‎Listeria weihenstephanensis 0262 (WB4) Paludibacter propionicigenes‏ ‎«C2c2 (FSL M6-0635) Listeriaceae bacterium 0262 (FSL R9-0317)‏ ‎(FO279) Leptotrichia wadei 0262 (FSL M6-0635) Listeria newyorkensis‏ ‎Rhodobacter capsulatus 0262 (SB 1003) Rhodobacter capsulatus «C2c2‏ ‎Leptotrichia wadei 0262 (DE442) Rhodobacter capsulatus 0262 (R121) 0‏ ‎«C2¢2 (Lw2)‏ أو ‎(Listeria seeligeri C2¢2‏ في تجسيدات أخرى؛ يكون للنظير أو المماثل لبروتين من نوع ‎VI‏ مثل ‎C262‏ كما أشير ‎ad)‏ هنا تطابق متوالية على الأقل 9630؛ أو على الأقل 9640؛ أو على الأقل 9650؛ أو على الأقل 9660؛ أو على الأقل 9670؛ أو على الأقل 0 ويفضل أكثر على الأقل 9685؛ بل ‎dining‏ أكثر على الأقل 9690؛ مثل على سبيل 5 المثال على الأقل 9695 مع 6202 النمط غير المعالّج ‎lo)‏ سبيل المثال؛ بناءً على متوالية
النمط غير المعالج لأي من 0262 ‎Lachnospiraceae Leptotrichia shahii‏ ‎«Lachnospiraceae bacterium NK4A179 0262 (bacterium MA2020 C2c2‏ ‎Carnobacterium gallinarum 0202 (DSM 10710) Clostridium aminophilum‏ ‎Listeria 0202 (WB4) Paludibacter propionicigenes 0262 (DSM 4847)‏ ‎FSL ) Listeriaceae bacterium 262 (FSL R9-0317) weihenstephanensis 5‏ ‎(FSL M6-0635) Listeria newyorkensis 0262 (M6-0635‏ 262 ‎(SB 1003) Rhodobacter capsulatus 0262 (F0279) Leptotrichia wadei‏ ‎Rhodobacter capsulatus 0262 (R121) Rhodobacter capsulatus «C2c2‏ ‎(Lw2) Leptotrichia wadei 0262 (DE442)‏ 2 )؛ أو ‎.(Listeria seeligeri C2c2‏ في بعض التجسيدات التوضيحية الأخرى؛ يكون نظام ‎CRISPR‏ للبروتين المؤثر ‎Ble‏ عن 2 نوكلياز. قد يعتمد نشاط ‎C202‏ على وجود نطاقئ ‎HEPN‏ وقد اتضح أنهما نطاقات ‎(RNase‏ أي ‎RNA‏ قطع نوكلياز (تحديدًا نكلياز داخلي). كما يمكن أن يستهدف ‎C202‏ ‎DNA (HEPN‏ أو على نحو محتمل ‎DNA‏ و/ أو ‎\RNA‏ على هذا الأساس تتمكن نطاقات ‎JHEPN‏ 6202 على الأقل من الربط ب؛ وفي الصورة من النمط غير المعالّج لهاء من قطع ‎(RNA 5‏ ثم يكون من المفضل أن يكون لبروتين مؤثر 6202 وظيفة 858ل/4. فيما يتعلق بأنظمة ‎CRISPR‏ 0202 ؛ يمكن الإشارة إلى براءة الاختراع الأمريكية المؤقتة رقم 62/351,662؛ المودعة في 17 ‎«pig‏ 2016 وبراءة الاختراع الأمريكية المؤقتة رقم 62/376,377 المودعة في 7 أغسطس» 2016. يمكن الإشارة أيضًا إلى براءة الاختراع الأمريكية المؤقتة رقم 83 المودعة في 17 ‎«pain‏ 2016. يمكن الإشارة أيضًا إلى براءة الاختراع الأمريكية 0 المؤقتة بعنوان " ‎Crispr Enzymes and Systems‏ ١076ل‏ المودعة في 8 ديسمبر» 6 وتحمل رقم معهد برود ‎10035.PA4‏ ورقم حافظة محامي 47627.03.2133. كما يمكن الإشارة إلى ‎East-Seletsky et al. “Two distinct RNase activities of‏ ‎CRISPR-C2c2 enable guide—RNA processing and RNA detection” Nature‏ ‎doi:10/1038/nature19802‏ و ‎Abudayyeh et al. “C2c2 is a single—‏ component programmable RNA-guided RNA targeting CRISPR effector” .bioRxiv doi:10.1101/054742 تكون وظيفة ‎RNase‏ في أنظمة ‎CRISPR‏ معروفة؛ على سبيل المثال تقرر استهداف ‎MRNA‏
Hale et al., 2014, Genes Dev, vol. ) III ‏من النوع‎ CRISPR-Cas ‏لبعض أنظمة‎ 28, 2432-2443; Hale et al., 2009, Cell, vol. 139, 945-956; Peng et al., 5 ‎Nucleic acids research, vol. 43, 406-417‏ ,2015( وتوفير مزايا هامة. في نظام ‎DNA ‏النوع ه-اااء يؤدي الانتساخ عبر الأهداف إلى انقسام‎ Staphylococcus epidermis ‏المستهدف ونسخه؛ وتتم المساهمة فيه بواسطة مواضع نشطة منفصلة ضمن معقد بروتين مؤثر ‎Samai et al., 2015, Cell, vol. 151, 1164- ‏(انظرء‎ Cas10-Csm ‏ردبونوكليويروتين‎ ‏0 1174). على ذلك تم توفير نظام ‎«CRISPR-Cas‏ أو تركيبة أو طريقة تستهدف ‎RNA‏ من خلال بروتينات المؤثر الحالية. في أحد التجسيدات؛ يمكن أن يكون بروتين ‎Cas‏ عبارة عن نظير 6262 لكائن حي من جنس يتضمن على سبيل المثال وليس الحصر» ‎«Corynebacter (Listeria (Leptotrichia‏ ‎«Streptococcus (Eubacterium (Filifactor (Treponema (Legionella (Sutterella‏ ‎«Flavobacterium (Flaviivola (Bacteroides (Mycoplasma (Lactobacillus 5 «Roseburia (Neisseria (Gluconacetobacter (Azospirillum (Sphaerochaeta
Mycoplasma «Nitratifractor Staphylococcus (Parvibaculum ‏يمكن أن تكون فصائل كائن حي من هذا الجنس كما نوقشت بصورة أخرى‎ Campylobacter . ‏هنا‎ ‏20 يمكن أن تشمل تلك الطرق الخاصة بتعريف نظائر إنزيمات نظام ‎CRISPR-Cas‏ تعريف متواليات 18083 في جينومات محل الاهتمام. يمكن أن يرتبط تعريف متواليات ‎tracr‏ بالخطوات التالية: البحث عن الوحدات التكرارية المباشرة أو متواليات توافقية ‎tract‏ في قاعدة بيانات لتعريف منطقة ‎CRISPR‏ تشتمل على إنزيم ‎LCRISPR‏ يتم البحث عن متواليات متجانسة في منطقة ‎CRISPR‏ مجائنحة لإنزيم ‎CRISPR‏ في كل من اتجاهات النسخ والمضادة لاتجاه النسخ. يتم ‏5 البحث عن عوامل الانهاء الانتساخية والبنيات الثانوية. يتم تعريف أي متوالية لا تكون عبارة عن
‎sang‏ تكرارية مباشرة أو متوالية توافقية 1808 ولكن بها ‎SST‏ من 9650 تطابق مع الوحدة التكرارية المباشرة أو المتوالية التوافقية ‎trace‏ كمتوالية 1801 محتملة. يتم أخذ متوالية ‎tracr‏ المحتملة وتحليل متواليات الإنهاء الانتساخية المرتبطة بها. من المفهوم أنه يمكن معالجة أي من الوظائف التي تم وصفها هنا ‎Uys‏ إلى إنزيمات ‎CRISPR‏ ‏5 من نظائر ‎«gal‏ وتتضمن إنزيمات خيمرية تشتمل على شظايا من عدة نظائر. تم وصف أمثلة تلك النظائر في موضع ‎AT‏ هنا. على ذلك؛ يمكن أن تشتمل الإنزيمات الخيمرية على شظايا من نظائر إنزيم ‎CRISPR‏ لكائن حي يتضمن على سبيل المثال وليس الحصر» ‎«Leptotrichia‏ ‎«Filifactor (Treponema (Legionella (Sutterella Corynebacter (Listeria‏ ‎«Bacteroides (Mycoplasma (Lactobacillus (Streptococcus (Eubacterium‏ ‎«Azospirillum (Sphaerochaeta (Flavobacterium (Flaviivola 0‏ ‎«Staphylococcus (Parvibaculum (Roseburia (Neisseria «Gluconacetobacter‏ ‎Mycoplasma «Nitratifractor‏ و ‎.Campylobacter‏ يمكن أن يشتمل إنزيم خيمري على شظية أولى وشظية ثانية؛ ويمكن أن تكون الشظايا عبارة عن نظائر إنزيم ‎CRISPR‏ لكائنات حية لأجناس مذكورة هنا أو لفصائل مذكورة هنا؛ على نحو مفيد تكون الشظايا من نظائر إنزيم ‎CRISPR 5‏ لفصائل مختلفة. في تجسيدات؛ يشمل بروتين ‎C202‏ كما أشير ‎ad)‏ هنا أيضًا متغير وظيفي من 02062 أو نظير أو مماثل له. يشير 'متغير وظيفي" لبروتين كما هو مستخدم هنا إلى متغير من هذا البروتين ويحتفظ على الأقل ‎Wie‏ بنشاط هذا البروتين. يمكن أن تتضمن المتغيرات الوظيفية طافرات (التي قد تكون عبارة عن طافرات ‎(Jaa)‏ أو حذف؛ أو استبدال)؛ وتتضمن عديدات ‎«JST‏ وما إلى 0 ذلك. وضمن المتغيرات الوظيفية أيضًا منتجات التحام لهذا البروتين مع حمض نووي؛ أو بروتين؛ أو بولي ببتيد أو ببتيد آخر غير ذي صلة في المعتاد. يمكن أن تكون المتغيرات الوظيفية طبيعية الحدوث أو قد تكون من صنع البشر. يمكن أن تشمل التجسيدات المفيدة بروتين مؤثر استهداف ‎RNA‏ من النوع ا/ا ‎Gilg mle‏ أو غير طبيعي الحدوث. في أحد التجسيدات؛ يمكن أن تحسين رامزة جزيء (جزيئات) الحمض النووي التي تريّز ‎C202‏ أو نظير أو مماثل لهاء للتعبير الوراثي في خلية حقيقية النواة. يمكن أن تكون خلية حقيقية النواة كما
نوقش هنا. يمكن أن يكون جزيء (جزيئات الحمض النووي) ‎Gh dallas‏ أو غير طبيعية الحدوث. في أحد التجسيدات؛ يمكن أن يشتمل 0202 أو نظير أو مماثل له؛ على واحدة أو أكثر من الطفرات (ومن ثم يمكن أن يكون لجزيء (جزيئات) الحمض النووي التي ‎Was‏ طفرة (طفرات). يمكن أن تكون الطفرات هي طفرات مُدخلة بصورة مصطنعة وقد تتضمن على سبيل المثال وليس
الحصرء واحدة أو أكثر من الطفرات في نطاق حفزي. يمكن أن تتضمن أمثلة النطاقات الحفزية بالإشارة إلى إنزيم ‎Cas9‏ على سبيل المثال وليس الحصر؛ نطاقات | ‎«RUVC ١١ (RUVC‏ ‎RuvC ١١‏ و7ال. في أحد التجسيدات؛ يمكن أن يشتمل 0202 أو نظير أو مماثل له؛ على واحدة أو أكثر من
0 الطفرات. يمكن أن تكون الطفرات عبارة عن طفرات مُدخلة بصورة مصطنعة وقد تتضمن على سبيل المثال وليس الحصرء واحدة أو ‎SST‏ من الطفرات في نطاق حفزي. يمكن أن تتضمن أمثلة التطاقات الحفزية بالإشارة إلى إنزيم ‎Cas‏ على سبيل المثال وليس الحصر؛ نطاقات ‎HEPN‏ ‏في أحد التجسيدات؛ ‎(Ka‏ استخدام 0202 أو نظير أو مماثل له؛ كبروتين ريط حمض نووي شامل مع الالتحام ب أو يرتبط على نحو تشغيلي بنطاق وظيفي. قد تتضمن أمثلة النطاقات
5 الوظيفية على سبيل المثال وليس الحصرء بادئ تحور وراثي؛ أو منشّط تحور وراثي؛ أو كابت تحور وراثي؛ أو إنزيمات نوكلياز؛ تحديدًا ريبونكلياز» أو جسم ‎(guage‏ أو خرزات؛ أو نطاق ‎ME‏ ‎fall‏ يمكن التحكم فيه بالضوء أو نطاق قابل للحث/ يمكن التحكم فيه كيميائيًا. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ قد يكون بروتين مؤثر 6202 من كائن حي تم اختياره من المجموعة المتكونة من: 0-18تأدأمرعال ‎«Sutterella 01/60821١ (Listeria‏
«Streptococcus (Eubacterium (Filifactor (Treponema (Legionella 20 «Flavobacterium (Flaviivola (Bacteroides (Mycoplasma (Lactobacillus «Roseburia (Neisseria (Gluconacetobacter (Azospirillum (Sphaerochaeta «Mycoplasma «Nitratifractor (Staphylococcus (Parvibaculum .Campylobacter ‏و‎
في بعض التجسيدات؛ يمكن أن يكون البروتين المؤثر عبارة عن م0262 ‎cListeria sp.‏ ويفضل أكثر ‎Listeria seeligeria serovar 1/25 str. 5003954 C2¢2p‏ وقد يكون طول المتوالية ‎rRNA‏ من 44 إلى 47 نوكليوتيد؛ مع وحدة تكرارية ‎(DR)‏ 5" 29 نوكليوتيد؛ ومباعد به من 15 نوكليوتيد إلى 18 نوكليوتيد. في بعض التجسيدات؛ يمكن أن يكون البروتين المؤثر عبارة عن م0262 ‎«Leptotrichia sp.‏ ‎(iad,‏ م6202 ‎cLeptotrichia shahii‏ وفضل أكثر ‎Leptotrichia shahii DSM‏ 0 19757 وقد يتراوح طول متوالية ‎CRNA‏ من 42 إلى 58؛ مع وحدة تكرارية مباشرة 5" تبلغ على الأقل 24 نوكليوتيد» ‎sang Jie‏ تكرارية ‎(DR)‏ 5' بها من 24- 28 نوكليوتيد ومباعد يبلغ على الأقل 14 نوكليوتيد؛ مثل مباعد به من 14 نوكليوتيد إلى 28 نوكليوتيد؛ أو مباعد به 0 على الأقل 18 نوكليوتيد. ‎Jie‏ 19؛ 20؛ 21؛ 22؛ أو أكثر من النوكليوتيدات؛ مثل 28-18؛ 28-19 28-20 28-21( أو 28-22 نوكليوتيد. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أن يكون البروتين المؤثر عبارة عن ‎Leptotrichia sp.‏ ‎Leptotrichia wadei F0279 C2c2p‏ أو ‎sp‏ 1516118ا.» وفضل ‎Listeria‏ ‎.newyorkensis FSL 16-5‏ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تتضمن بروتينات مؤثر ‎C262‏ بالاختراع» على سبيل المثال وليس الحصرء؛ فصائل مناظر 21 التالية (وتتضمن عدة مواضع ‎Leptotrichia :CRISPR‏ الطقطة؛ ‎Lachnospiraceae :lListeria seeligeri ¢(Lw2) Leptotrichia wadei‏ ‎[Clostridium] ¢Lachnospiraceae bacterium NK4A179 bacterium MA2020‏ ‎¢Carnobacterium gallinarum DSM 4847 ¢aminophilum DSM 10710‏ ‎¢(second CRISPR Loci) Carnobacterium gallinarum DSM 4847 0‏ ‎Listeria weihenstephanensis FSL R9- ¢Paludibacter propionicigenes 4‏ ‎¢Leptotrichia wadei 0279 ¢Listeriaceae bacterium FSL 16-0635 7‏ ‎¢tRhodobacter capsulatus R121 ¢Rhodobacter capsulatus SB 1003‏ ‎¢L eptotrichia buccalis C-1013-b ¢tRhodobacter capsulatus DE442‏ ‎Eubacteriaceae ¢rectale [Eubacterium] ¢Herbinix hemicellulosilytica 5‏
— 9 5 — ‎Leptotrichia sp. oral 4 ¢Blautia sp.
Marseille-P2398 ¢bacterium CHKCI004‏ ‎further non-limiting examples are: (12) taxon 879 str.
FO557. Twelve‏ ‎¢Chloroflexus aggregans ¢Lachnospiraceae bacterium NK4A144‏ ‎Pseudobutyrivibrio ¢Thalassospira sp.
TSL5-1 ¢Demequina aurantiaca‏ ‎¢«Blautia sp.
Marseille-P2398 ¢Butyrivibrio sp.
YAB3001 ¢sp.
OR37 5‏ ‎«Bacteroides ihuae ¢Leptotrichia sp.
Marseille-P3007‏ ‎¢Listeria riparia ¢Porphyromonadaceae bacterium KH3CP3RA‏ و ‎.Insolitispirillum peregrinum‏ في بعض التجسيدات؛ يكون بروتين ‎C202‏ وفقًا للاختراع عبارة عن أو يتم اشتقاقه من واحدة من 0 النظائر كما سيتم الوصف في الجدول التالي؛ أو يكون ‎Ble‏ عن بروتين خيمري من اثنين أو أكثر من النظائر كما سيتم الوصف في الجدول التالي؛ أو يكون عبارة عن طافر أو متغير من واحدة أو أكثر من النظائر كما سيتم الوصف في الجدول التالي (أو طافر أو متغير خيمري ( ¢ ويبتضمن 2 الساكن؛ و 0202 المنقسم؛ و 0202 غير المستقرء؛ وما إلى ذلك كما تحدد في موضع آخر هناء مع أو بدون التحام مع نطاق غير متجانس/ وظيفي. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يتم اختيار بروتين مؤثر 202 من الجدول 1 فيما يلي. (تم ‎Lia‏ تضمين المتواليات من 600- 615). الجدول 1 متعدد نظير ‎C2c2‏ الرمز الحروف ‎Leptotrichia 87‏ (متوالية رقم 580( 9 202 .ا (2»ا) (متوالية رقم 581) ‎Listeria seeligeri‏ (متوالية رقم 582
— 6 0 — (583 ‏(متوالية رقم‎ Lachnospiraceae bacterium MA2020
LbNK17 9] C2-6 (584 ‏(متوالية رقم‎ Lachnospiraceae bacterium NK4A179 (585 ‏(متوالية رقم‎ Clostridium aminophilum DSM 10710 (586 ‏(متوالية رقم‎ Carnobacterium gallinarum DSM 4847 587 ‏(متوالية رقم‎ Carnobacterium gallinarum DSM 4847
C2- (588 ‏(متوالية رقم‎ Paludibacter propionicigenes 4
C2- ‏(متوالية رقم‎ Listeria weihenstephanensis FSL R9-0317 589X
Lwei 11
C2-
LbFSL 12 (590 ‏(متوالية رقم‎ Listeriaceae bacterium FSL M6-0635
C2-
Lw 13 591 ‏(متوالية رقم‎ Leptotrichia wadei FO279
C2-
Rc 14 (592 ‏(متوالية رقم‎ Rhodobacter capsulatus SB 1003
C2-
Rc 15 (593 ‏(متوالية رقم‎ Rhodobacter capsulatus 1
C2-
Rc 16 (594 ‏(متوالية رقم‎ Rhodobacter capsulatus DE442
— 6 1 —
Lbu| C2-
C2c2 17 (595 ‏(متوالية رقم‎ Leptotrichia buccalis C-1013-b
Hhe| C2-
C2c2 18 (596 ‏(متوالية رقم‎ Herbinix hemicellulosilytics
Ere] C2-
C2c2 19 (597 ‏(متوالية رقم‎ Eubacterium rectale
Eba| C2-
C2c2 20 (598 ‏(متوالية رقم‎ Eubacteriaceae bacterium CHKC1004
Bsm| C2-
C2c2 21 (599 ‏(متوالية رقم‎ Blautia sp. Marseille-P2398
Lsp| C2- ‏(متوالية رقم‎ Leptotrichia sp. oral taxon 879 str. 7
C2c2 22 (579
BE (313 ‏(متوالية رقم‎ Lachnospiraceae bacterium NK4al44 (314 ‏(متوالية رقم‎ Chloroflexus aggregans
BE (315 ‏(متوالية رقم‎ Demequina aurantiaca (316 ‏(متوالية رقم‎ Thalassospira sp. 1515-1
BE (317 ‏(متوالية رقم‎ Pseudobutyrivibrio sp. 7 (318 ‏(متوالية رقم‎ Butyrivibrio 50. 1
BE (478 ‏(متوالية رقم‎ 2398Marseille-P .Blautia sp
— 2 6 — ‎Leptotrichia sp.
Marseille-P300‏ (متوالية رقم 320( ‎BE‏ ‎Bacteroides ihuae‏ (متوالية رقم 321( ‎Porphyromonadaceae bacterium KH3CP3RA‏ (متوالية رقم 322( ‎Listeria riparia‏ (متوالية رقم 323( ‎Insolitispirillum peregrinum‏ (متوالية رقم 324( ‎BE‏ ‏فيما يلي مدرج متواليات البروتين من النمط غير المعالّج للفصائل السابقة في الجدول 2. في بعض التجسيدات؛ تم توفير متوالية حمض نووي تريّز بروتين 0202. الجدول 2 ‎(Lsh) L. 90 0 C2c2-2‏ (متوالية رقم 1) ‎Lachnospiraceae bacterium MA2020 1 c2c2-5‏ (متوالية رقم 4) ‎Lachnospiraceae bacterium 2 c2c2-6‏ 9ه (متوالية رقم 5( ‎Clostridium aminophilum DSM 10710 3 c2c2-7‏ (متوالية رقم 6(
— 6 3 —
Carnobacterium gallinarum DSM 5 c2c2-8 (7 ‏(متوالية رقم‎ 7
Carnobacterium gallinarum DSM c2c2-9 (8 ‏(متوالية رقم‎ 7
Paludibacter propionicigenes 4 7 6262-10 )9 ‏(متوالية رقم‎
Listeria weihenstephanensis FSL c2c2-11 (10 ‏(متوالية رقم‎ 9-7
Listeriaceae bacterium FSL ‏-6/ا‎ 10 c2c2-12 0635 = Listeria newyorkensis FSL (11 ‏(متوالية رقم‎ M6-0635 ‎Leptotrichia wadei FO279 12 c2c2-13‏ (متوالية رقم 12( ‎Rhodobacter capsulatus SB 1003 15 c2c2-14 (13 ‏(متوالية رقم‎ ‎Rhodobacter capsulatus R121 | 6 c2c2-15‏ (متوالية رقم 14( ‎Rhodobacter capsulatus DE442 17 c2c2-16 (15 ‏(متوالية رقم‎ ‎Leptorichia buccalis C-1013-b LbuC2c2‏ (متوالية رقم: 309(
— 6 4 — ‏(متوالية رقم:‎ Herbinix hemicellulosilytica HheC2c2 (310 (311 ‏(متوالية رقم:‎ Eubacterium rectale 0 EreC2c2
Eubacteriaceae bacterium EbaC2C2 (312 ‏(متوالية رقم:‎ CHKCIO04
Lachnospiraceae bacterium C2c2 NK4A144 (313 ‏(متوالية رقم‎ 4
RNA 51 Chloroflexus ‏بروتين‎ C2c2 Chloro_agg (314 ‏(متوالية رقم‎ 5 ‏(متوالية رقم‎ 0901600108 38 0202 Dem_Aur (315 ‏(متوالية رقم‎ Thalassospira sp. 1515-1 C2c2 Thal Sp TSL5 (316 ‏(متوالية‎ Pseudobutyrivibrio sp. OR37 C2c2 Pseudo sp (317 ‏رقم‎ ‏(متوالية رقم‎ Butyrivibrio sp. YAB3001 C2c2 Buty sp (318 ‏(متوالية‎ Blautia sp. Marseille-P2398 C2c2 Blautia_sp (478 ‏رقم‎
— 6 5 —
Leptotrichia sp. Marseille-P3007 C2c2 Lepto sp Marseille (320 ‏(متوالية رقم‎ (321 ‏(متوالية رقم‎ Bacteroides ihuae 0 C2c2 Bacteroides ihuae
Porphyromonadaceae bacterium C2c2 Porph_ bacterium (322 ‏(متوالية رقم‎ KH3CP3RA (323 ‏5)61195أا(متوالية رقم‎ 8 0 C2c2 Listeria riparia ‏رقم‎ 4llgis)Insolitispirillum peregrinum C2c2 insolitis_peregrinum (324 ‏في أحد تجسيدات الاختراع؛ تم توفير بروتين مؤثر يشتمل على متوالية حمض أميني بها على‎
Leptotrichia shahii ‏الأقل 9680 تجانس متوالية مع المتوالية من النمط غير المعالّج لأي من‎
Lachnospiraceae (Lachnospiraceae bacterium MA2020 0262 ‏)؛‎ 2 «C2c2 (DSM 10710) Clostridium aminophilum «bacterium NK4A179 0262 5
‎Paludibacter 0262 (DSM 4847) Carnobacterium gallinarum‏ ‎FSL R9-) Listeria weihenstephanensis 0262 (WB4) propionicigenes‏ ‎Listeria 262 (FSL M6-0635) Listeriaceae bacterium C2c2 (0317‏ ‎(FO279) Leptotrichia wadei 0262 (FSL M6-0635) newyorkensis‏ 02062 ‎Rhodobacter capsulatus 0262 (SB 1003) Rhodobacter capsulatus 5‏ ‎Leptotrichia wadei 262 (DE442) Rhodobacter capsulatus 2062 (R121)‏ ‎(Lw2)‏ 0202 أو ‎Listeria seeligeri C2¢2‏ في أحد تجسيدات الاختراع؛ يشتمل البروتين المؤثر على متوالية حمض أميني لها على الأقل 0 تجانس متوالية مع متوالية توافقية لبروتين مؤثر من النوع ‎VI‏ تتضمن على سبيل المثال 0 وليس الحصرء متوالية توافقية تم وصفها هنا. ‎Gig‏ للاختراع» يمكن إنتاج متوالية توافقية من عدة نظائر ‎(C202‏ التي يمكنها المساعدة على تحديد موضع الوحدات البنائية للحمض الأميني المحفوظة؛ والبواعث؛ وتتضمن على سبيل المثال وليس الحصرء الوحدات البنائية الحفزية وبواعحث ‎HEPN‏ في نظائر 6202 التي تساهم في وظيفة 2 . من تلك المتواليات التوافقية؛ المنتجة من 33 نظير مذكور أعلاه باستخدام محاذاة ‎Geneious 5‏ متوالية رقم: 325. في مثال آخر غير حصري؛ هناك أداة محاذاة متوالية تساعد على إنتاج متوالية توافقية وتعريف وحدات بنائية محفوظة هي أداة محاذاة ‎MUSCLE‏ ‎(WWW. ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/)‏ على سبيل المثال؛ باستخدام ‎«(MUSCLE‏ يمكن تعريف مواضع الحمض الأميني التالية المحفوظة بين نظائر 6202 في ‎Leptotrichia wadei‏ ‎«V6 «KS «C2¢c2:K2 0‏ 301 ؛ 1ذ3ا؛ 335 ‎¢N341‏ 6351 ؛ ‎L392 «E375 ¢K352‏ 6ا؛ ‎¢D403‏ 446 ؛ 466 470 ‎«(HEPN) R474‏ 1475 ؛ 1479 ‎«(HEPN)‏ ‏58 ؛ 556 ؛ 61جا؛ ¢1595 ‎¢Y669 (F600 ¢Y596‏ 673؛ 681 -؛ 685ا؛ 7761؟؛ قما:؛ 779 782؛ 36قا؛ 47ونا؛ 663؟؛ ووقا؛ ‎¢I1872‏ 679 933 954ا؛ 8)؛ ‎¢Y965 ¢R961‏ 70و ؛ 971 ؛ ‎¢D972‏ 21046 بلاطع) 11051 ‎«(HEPN)‏ ‎¢Y1075 25‏ 01076؛ 1078»ا؛ 1080»؛ 1083؛ ‎.١1090‏
تم توضيح محاذاة متوالية توضيحية لنطاقات ‎HEPN‏ توضح وحدات ‎Lill‏ محفوظة بصورة كبيرة في الشكل 50. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون بروتين مؤثر استهداف ‎RNA‏ عبارة عن بروتين مؤثر من النوع ‎Jie VI-B‏ بروتينات 085130 والمجموعة 29 أو المجموعة 30. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يشتمل بروتين مؤثر استهداف ‎RNA‏ على واحد أو أكثر من نطاقات ‎HEPN‏ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يشتمل بروتين ‎ise‏ استهداف ‎RNA‏ على نطاق ‎HEPN‏ عند الطرف ©؛ نطاق ‎HEPN‏ عند الطرف لا أو كليهما. فيما يتعلق ببروتينات مؤثر النوع ‎VI-B‏ ‏التي يمكن استخدامها في سياق الاختراع الحالي» يمكن الإشارة إلى طلب براءة الاختراع الأمريكية رقم 15/331,792 بعنوان " ‎"Novel CRISPR Enzymes and Systems‏ والمودع في 21 0 أكتوير» 2016؛ وطلب براءة الاختراع الدولي رقم ‎PCT/US2016/058302‏ بعنوان " ‎Novel‏ ‎'CRISPR Enzymes and Systems‏ والمودع في 21 ‎Smargon et 52016 « gsi‏ ‎al. “Cas13b is a Type VI-B CRISPR-associated RNA-Guided RNase‏ ‎differentially regulated by accessory proteins Csx27 and Csx28” Molecular‏ ‎Cell, 65, 1-13 (2017); dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2016.12.023‏ وطلب 5 براءة الاختراع الأمريكية المؤقت الجاري تعيينه؛ بعنوان " ‎Novel Cas13b Orthologues‏ ‎CRISPR Enzymes and System‏ ' المودع في 15 ‎Lule‏ 2017. في تجسيدات محددة؛ يتم اشتقاق إنزيم ‎Cas13b‏ من 200061077 ‎.Bergeyella‏ في بعض التجسيدات التوضيحية الأخرى؛ يكون البروتين المؤثر ‎Ble‏ عن؛ أو يشتمل على متوالية حمض أميني بها على الأقل 0 تجانس متوالية مع أي من المتواليات المذكورة في الجدول 3. (أشير أيضًا إلى المتواليات 0 من 479- 566). الجدول 3
(337 ‏(متوالية رقم‎ 11 HMPREF9712 03108 [Myroides odoratimimus
CCUG 10230] (339 ‏(متوالية رقم‎ 3 Capnocytophaga
EE
— 6 9 — (342 ‏(متوالية رقم‎ 6 Flavobacterium branchiophilum (345 ‏(متوالية رقم‎ 19| Porphyromonas gingivalis (346 ‏(متوالية رقم‎ 20 | Porphyromonas sp. COT- 052 OH4946
AFJ07523 PIN17_0200 [Prevotella oo intermedia 17] (348 ‏(متوالية رقم‎ ‎BAU18623 Prevotella intermedia‏ (متوالية رقم ‎(349 ‏(متوالية رقم‎ EFU31981 HMPREF6485 0083 [Prevotella buccae (350 ATCC 33574] ‏(متوالية رقم‎ EGQ18444 HMPREF9144 1146 [Prevotella pallens (351 ATCC 700821] ‏(متوالية رقم‎ 1 HMPREF9714_ 02132 [Myroides (352 odoratimimus CCUG 12901]
— 7 0 — ‏(متوالية رقم‎ 4 HMPREF9711_00870 [Myroides (353 odoratimimus CCUG 3837] ‏(متوالية رقم‎ EKB54193 | HMPREF9699_02005 [Bergeyella zoohelcum (354 ATCC 43767] ‏(متوالية رقم‎ EKY00089 HMPREF9151 01387 [Prevotella (355 saccharolytica FO055] ‏(متوالية رقم‎ EOA10535| A343_1752 [Porphyromonas gingivalis JCVI (356 SC001] ‏(متوالية رقم‎ ERIZ1700 | HMPREF1981_03090 [Bacteroides pyogenes (357 FO041] ‏7ه (متوالية رقم‎ HMPREF1553 02065 [Porphyromonas (358 gingivalis F568] ‏7ه (متوالية رقم‎ HMPREF1988 01768 [Porphyromonas (359 gingivalis FO185] ‏5ه (متوالية رقم‎ HMPREF1990_01800 [Porphyromonas (360 gingivalis W4087] ‏(متوالية رقم‎ 6 M573 117042 [Prevotella intermedia ZT] (361
‏(متوالية رقم‎ OFX18020.1 A2033 10205 [Bacteroidetes bacterium ‏(متوالية رقم‎ 1 SAMNO05421542_0666 [Chryseobacterium ‏(متوالية رقم‎ SHMS52812.1 | SAMNO05444360_11366 [Chryseobacterium 571 SAMNO05421786_1011119
WP_004343581 Prevotella buccae
TT
WP_005873511 Porphyromonas gingivalis
TT
WP_005874195 Porphyromonas gingivalis
TT
WP_006044833 Prevotella pallens
TT
WP_006261414 Myroides odoratimimus
TT
I
WP_007412163 Prevotella sp. MSX73
Tr
WP_012458414 Porphyromonas gingivalis ‏تس‎ ‎WP_013446107 Paludibacter propionicigenes
TT
WP_013816155 Porphyromonas gingivalis >»
WP_014165541 Flavobacterium columnare
WP_015024765 Psychroflexus torquis
TT
WP 015345620 Riemerella anatipestifer
TT
WP_021584635 Prevotella pleuritidis ‏»م‎
‏ا‎ ‎WP_021665475 Porphyromonas gingivalis ‏تس‎ ‎WP_021677657 Porphyromonas gingivalis ‏تس‎ ‎WP_021680012 Porphyromonas gingivalis ‏ل‎ ‎WP_023846767 Porphyromonas gingivalis >»
WP_036884929 Prevotella falsenii ‏ب‎ ‎WP_036931485 Prevotella pleuritidis
TT
WP 039417390 [Porphyromonas gingivalis
TT
WP_039418912 Porphyromonas gulae
Tr
‏ااا‎ ‎WP_039426176 Porphyromonas gulae
Tr
WP_039431778 Porphyromonas gulae
Tr
WP_039437199 Porphyromonas gulae
Tr
WP 039437199 Porphyromonas gulae >
WP_039442171 Porphyromonas gulae
Tr
WP_039445055 Porphyromonas gulae
Tr
WP_041989581 Capnocytophaga cynodegmi
WP 042518169 Prevotella sp. P5-119
TT
‏ا‎ ‎WP_044074780 Prevotella sp. P5-60
TT
WP_044218239 Phaeodactylibacter xiamenensis ‏تس‎ ‎WP 045968377 Flavobacterium sp. 316
TT
WP_046201018 Porphyromonas gulae >
Chryseobacterium sp. WP_047431796
YR477 (402 ‏(متوالية رقم‎
WP_049354263 Riemerella anatipestifer
TT
WP_052912312 Porphyromonas gingivalis ‏تس‎ ‎WP_058019250 Porphyromonas gingivalis ‏تس‎
لأس ‎WP 06116470 Porphyromonas gingivalis‏ ‎Ce‏ ‎WP_061156637 Porphyromonas gingivalis‏ اكاك يي ‎WP_061710138 Riemerella anatipestifer‏ الس ‎WP 06744070 Flavobacterium columnare‏ ‎Ce‏ ‎WP_064970887 Riemerella anatipestifer‏ ‎Cee‏ ‎WP_072319476.1 Sinomicrobium oceani‏ ‎Ty‏ ‎WP_073124441.1 Reichenbachiella agariperforans‏ ‎Te‏ ‏في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون نظام ‎CRISPR‏ النوع ‎VI‏ من الفئة 2 عبارة عن نظام 6. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يتم اختيار نظير 085136 من الجدول 4 ‎Lad‏ ‏يلي؛ وهو يشتمل على نظائر ‎Casl3e‏ للتعبير الوراثي عن الخلايا الثديية.
الجدول 4
Fusobacterium necrophorum subsp. funduliforme ATCC 51357 contig00003 (متوالية رقم 616( 065 2-لنا ‎«Fusobacterium necrophorum‏ متوالية قسرية لجينوم كامل نه ‎Fusobacterium necrophorum BFTR-1‏
Fusobacterium necrophorum subsp. funduliforme 1 1 36S contl.14
Fusobacterium perfoetens ATCC 29250
T364DRAFT _scaffold00009.9 © (متوالية رقم 620(
Fusobacterium ulcerans ATCC 49185 8
Anaerosalibacter massiliensis ‏مجموعة الجينوم‎ Anaerosalibacter sp. ND1
ND1 متوالية رقم 622(
في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون بروتين مؤثر استهداف ‎RNA‏ عبارة عن بروتين مؤثر
60 كما تم الكشف في طلب براءة الاختراع الأمريكية المؤقت رقم 62/525,165 المودع
في 26 يونيو؛ 2017؛ وطلب ‎PCT‏ رقم 2017/047193 ‎US‏ المودع في 16 أغسطس؛
7. يتم توفير متواليات النظائر من النمط غير المعالّج التوضيحية ل ©8513 في الجدول 5 فيما يلي.
الجدول 5
‎RNAs‏ الإرشادية
كما هو مستخدم هناء يشير التعبير ‎"rRNA"‏ أو ‎RNA"‏ الإرشادي" أو ‎RNA"‏ إرشادي ‎"GRNA "gala‏ إلى بولي نوكليوتيد يشتمل على أي متوالية بولي نوكليوتيد ذات تكامل ‎GIS‏ ‏مع متوالية حمض نووي مستهدفة للتهجين مع متوالية الحمض النووي المستهدفة ولتوجيه ربط نوعي المتوالية لمعقد استهداف ‎RNA‏ يشتمل على ‎GRNA‏ وبروتين مؤثر ‎CRISPR‏ لمتوالية الحمض النووي المستهدفة. بشكل عام؛ يمكن أن يكون ‎GRNA‏ أي متوالية بولي نوكليوتيد )1(
يمكنها تكوين معقدًا مع بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ و(2) يشتمل على متوالية ذات تكامل كافٍ مع متوالية بولي نوكليوتيد مستهدفة للتهجين مع المتوالية المستهدفة وتوجيه الربط نوعي المتوالية لمعقد ‎CRISPR‏ بالمتوالية المستهدفة. كما هو مستخدم هنا يشير التعبير 'يمكنه تكوين معقد مع بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ " إلى ‎GRNA‏ ذي بنية تسمح بريط نوعي بواسطة بروتين مؤثر 681501 ب
0 ملالاو بحيث يتكون معقد يمكنه الريط ب ‎RNA‏ مستهدف بطريقة نوعية المتوالية ويمكنها بذل وظيفة على ‎RNA‏ المستهدف المذكور. يمكن أن تتضمن المكونات البنيوية ل ‎GRNA‏ وحدات تكرارية مباشرة ومتوالية إرشادية (أو مباعد). تتم المساهمة في الربط نوعي المتوالية ب ‎RNA‏ ‏المستهدف بواسطة ‎gia‏ من ‎RNA‏ وتكون "المتوالية الإرشادية"؛ مكملة ل ‎RNA‏ المستهدف. في تجسيدات الاختراع يتم استخدام التعبير ‎RNA‏ إرشادي»؛ أي ‎RNA‏ يمكنه إرشاد ‎Cas‏ إلى موضع
5 مستهدف؛ كما هو موضح في المستندات المذكورة السابقة ‎Jie‏ الطلب الدولي ‎WO‏ ‎L(PCT/US2013/074667) 2014/093622‏ كما هو مستخدم هنا يشير التعبير ‎Cua‏ ‏تتمكن المتوالية الإرشادية من التهجين” إلى بند من ‎GRNA‏ له تكامل ‎GIS‏ مع المتوالية المستهدفة للتهجين بها وللمساهمة في ربط معقد ‎CRISPR‏ ب ‎RNA‏ المستهدف. بشكل ‎dale‏ تكون متوالية إرشادية هي أي متوالية بولي نوكليوتيد ذات تكامل كافٍ مع متوالية بولي نوكليوتيد مستهدفة
0 للتهجين مع المتوالية المستهدفة وتوجيه ربط نوعي المتوالية لمعقد ‎CRISPR‏ إلى المتوالية المستهدفة. في بعض التجسيدات؛ تكون درجة التكامل بين متوالية إرشادية ومتوالية إرشادية مناظرة ‎lg!‏ عند المحاذاة على نحو مثالي باستخدام لوغاريتم محاذاة ملائم؛ حوالي أو أكثر من حوالي 0 9660 9675 9680 9685 9690 9695؛ 9697.5 9699؛ أو أكثر. يمكن تحديد المحاذاة المثالية باستخدام أي لوغاريتم ملائم لمتواليات المحاذاة؛ وتتضمن الأمثلة غير الحصرية
5 علها لوغاريتم ‎(Smith-Waterman‏ ولوغاريتم ‎(Needleman-Wunsch‏ وهي لوغاريتمات تقوم على تحويل ‎Burrows-Wheeler‏ (على سبيل ‎«(Burrows Wheeler Aligner «Jill‏
‎(Clustal X ClustalW‏ اماق ‎¢tNovocraft Technologies) Novoalign‏ متاحة على ‎SOAP ¢(lllumina, San Diego, CA) ELAND «(novocraft.com‏ (المتاحة على ‎«(soap.genomics.org.cn‏ و ‎Maq‏ (المتاحة على ‎.(maq.sourceforge.net‏ ‏في بعض التجسيدات»؛ يمكن أن يستخدم نظام ‎CRISPR‏ كما هو مقدم هنا 8ل أو بولي نوكليوتيد ‎Silas‏ يشتمل على متوالية إرشادية» حيث يكون ‎tall‏ نوكليوتيد عبارة عن ‎RNA‏ ‎DNA‏ أو خليط من ‎RNA‏ و ‎(DNA‏ و/ أو حيث يشتمل البولي نوكليوتيد على واحد أو أكثر من نظائر النوكليوتيد. يمكن أن تشتمل المتوالية على أي بنية؛ وتتضمن على سبيل المثال وليس الحصرء بنية ل ‎CRNA‏ أصلي؛ ‎ie‏ بروز؛ هيبارين أو بنية حلقة جذعية. في بعض التجسيدات؛ يشكّل البولي نوكليوتيد المشتمل على المتوالية الإرشادية مزدوج مع متوالية بولي نوكليوتيد ثاني 0 يمكن أن يكون عبارة عن متوالية ‎RNA‏ أو ‎DNA‏ ‏في بعض التجسيدات؛ يتم استخدام ‎RNAS‏ إرشادية ‎dias‏ كيميائيًا. تتضمن أمثلة التعديلات الكيميائية ل ‎RNA‏ الإرشادية؛ على سبيل المثال وليس الحصرء تضمين 0-72 - ميثيل ‎«(M)‏ ‎Je — 0-2‏ 3 فوسفورو ثيوات ‎(MS)‏ أو 0-2 — ميثيل 3“ فيرو ‎(MSP) PACE‏ عند واحد أو أكثر من النوكليوتيدات الطرفية. يمكن أن تشتمل ‎RNAs‏ الإرشادية المعدّلة كيميائيًا تلك 5 على ثبات متزايد ونشاط متزايد مقارنةً ب ‎RNAS‏ إرشادية غير ‎Alas‏ رغم أنه لا يمكن ‎sal‏ ‏بالنوعية غير المستوفاة مقابل غير المستوفاة. ‎Hendel, 2015, Nat Biotechnol. « jkil)‏ ‎doi: 10.1038 /nbt.3290‏ ,33)9(:985-9؛ المنشورة على شبكة الإنترنت في 29 يونيو 5.) تتضمن ‎RNAS‏ الإرشادية المعدّلة ‎(Wiles‏ على سبيل المثال وليس الحصر» ‎RNAS‏ ‏ذات روابط فوسفورو ثيوات ونوكليوتيدات حمض نووي مغلقة ‎(LNA)‏ تشتمل على قنطرة ميثيلين 0 بين كريونات 2" و 4 لحلقة ريبوز. في بعض التجسيدات؛ يكون طول متوالية إرشادية حوالي أو أكثر من 5؛ ¢10 11 12« 13؛ 4 15« 16< 018.7 40019 21 22 23 44 ذك 26 27 28 29« 30 35« 75 أو أكثر من النوكليوتيدات. في بعض التجسيدات؛ تكون متوالية إرشادية أقل من حوالي 75 50 45« 40« 35« 30« 25« 20< ¢15 12« أو أقل من النوكليوتيدات في 5 الطول. يفضل أن يتراوح طول المتوالية الإرشادية من 10 إلى 30 نوكليوتيد. يمكن تقييم قدرة
متوالية إرشادية على توجيه ربط نوعي المتوالية لمعقد ‎CRISPR‏ بمتوالية إرشادية بواسطة أي تجرية ملائمة. على سبيل المثال؛ يمكن التزويد بمكونات نظام ‎CRISPR‏ تكفي لتكوين معقد 081508 ؛ تتضمن المتوالية الإرشادية الخاضعة للاختبار» إلى خلية عائل ذات المتوالية الإرشادية المناظرة» مثل بواسطة نقل العدوى باستخدام نواقل ترمّز مكونات متوالية ‎«CRISPR‏ ثم تقييم انقسام مفضل داخل المتوالية المستهدفة؛ ‎Jie‏ بواسطة تجرية ‎Surveyor‏ على نحو مماثل؛ يمكن تقييم انقسام ‎RNA‏ مستهدف في أنبوب اختبار بواسطة تزويد المتوالية المستهدفة؛ بمكونات معقد ‎<CRISPR‏ وتتضمن المتوالية الإرشادية الخاضعة للاختبار ومتوالية إرشادية مقارنة مختلفة عن المتوالية الإرشادية الخاضعة للاختبار» ومقارنة الربط أو معدل الانقسام عند المتوالية الإرشادية بين تفاعلات المتوالية الإرشادية الخاضعة للاختبار والمقارنة. هناك تجارب أخرى محتملة؛ وتكون 0 معروفة لأصحاب المهارة في المجال. يمكن اختيار متوالية إرشادية؛ ومن & ‎RNA‏ إرشادي لاستهداف حمض نووي لاستهداف أي متوالية حمض نووي مستهدفة. في سياق تكوين معقد ‎(CRISPR‏ يشير التعبير 'متوالية إرشادية" إلى متوالية تمت تهيئة متوالية إرشادية ‎Gg‏ لها بحيث يكون لها تكامل؛ حيث يعزز التهجين بين متوالية مستهدفة ومتوالية إرشادية تكوين معقد 015014. يمكن أن تشتمل متوالية مستهدفة على بولي نوكليوتيدات ‎[RNA‏ يشير التعبير ‎RNA"‏ مستهدفة' إلى بولي نوكليوتيد ‎RNA‏ تكون عبارة عن أو تشتمل على المتوالية المستهدفة. بطريقة أخرى؛ ‎(Ka‏ أن تكون ‎RNA‏ المستهدفة ‎Ble‏ عن بولي نوكليوتيد ‎RNA‏ أو جزءِ من بولي نوكليوتيد ‎RNA‏ تتم تهيئة جزءِ من هلاو به؛ أي المتوالية الإرشادية بحيث يكون لها تكامل والتي يتم توجيه وظيفة المؤثر التي تتم المساهمة فيها بواسطة المعقد المشتمل على بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ و ‎RNA‏ نحوها. في بعض التجسيدات؛ 0 توجد متوالية مستهدفة في النواة أو سيتويلازم خلية. يمكن أن تكون المتوالية المستهدفة ‎Ble‏ عن هلاان. يمكن أن تكون المتوالية المستهدفة عبارة عن أي متوالية 8/ل". في بعض التجسيدات؛ يمكن أن تكون المتوالية المستهدفة عبارة عن متوالية ضمن جزيء ‎RNA‏ تم اختياره من المجموعة المتكونة من ‎RNA‏ المرسل ‎MRNA (MRNA)‏ مسبقء ‎RNA‏ ريبروسرمي ‎RNA (rRNA)‏ ‎RNA (tRNA) Jail‏ دقيق ‎RNA (MIRNA)‏ دخيل صغير ‎RNA (SIRNA)‏ 5358 صغير ‎RNA (snRNA) 25‏ نووي صغير ‎RNA ((SnoRNA)‏ مزدوج الجديلة ‎RNA (dsRNA)‏ عدم
ترميز ‎RNA ((NCRNA)‏ عدم ترميز طويل ‎((INCRNA)‏ و ‎RNA‏ سيتوبلازمي صغير ‎(SCRNA)‏ في بعض التجسيدات المفضلة؛ يمكن أن تكون المتوالية المستهدفة عبارة عن متوالية داخل جزيء ‎RNA‏ تم اختياره من المجموعة المتكونة من ‎MRNA MRNA‏ مسبق؛ و ‎FRNA‏ ‏في بعض التجسيدات المفضلة؛ يمكن أن تكون المتوالية المستهدفة عبارة عن متوالية داخل جزيء مغللا تم اختياره من المجموعة المتكونة من ‎(NCRNA‏ و ‎INCRNA‏ في بعض التجسيدات
المفضلة؛ يمكن أن تكون المتوالية المستهدفة هي متوالية داخل جزيء ‎MRNA‏ أو جزيء ‎MRNA‏ ‏في بعض التجسيدات؛ تم اختيار ‎RNA‏ إرشادي لاستهداف حمض نووي بحيث يقلل درجة البنية الثانوية داخل ‎RNA‏ إرشادي لاستهداف ‎RNA‏ في بعض التجسيدات؛ يساهم حوالي أو أقل من
0 حوالي 5+ 9650 9640 9630 9625 9620 %15 9610 965 961 أو أقل من النوكليوتيدات ل ‎RNA‏ الإرشادي لاستهداف الحمض النووي في ازدواج قاعدة ذاتي التكامل عند الطي على نحو مثالي. يمكن تحديد الطي المثالي بواسطة أي لوغاريتم طي بولي نوكليتيد ملائم. تقوم بعض البرامج على حساب الطاقة الحرة ‎Gibbs‏ الدنيا. من الأمثلة على هذا اللوغاربتم 0 )؛ كما تم الوصف بواسطة ‎Nucleic Acids Res. 9 ( Zuker and Stiegler‏
‎dling .))1981(, 133-148 5‏ مثال آخر على لوغاريتم الطي وهو ‎RNAfold‏ على شبكة الإنترنت» وتم تطويره في معهد الكيمياء النظرية في جامعة فييناء باستخدام لوغاريتم التنبؤ ببنية المركز المتوسط (انظرء؛ على سبيل ‎A.R.
Gruber et al., 2008, Cell 106)1(: «Jud‏ ‎and PA Carr and GM Church, 2009, Nature Biotechnology‏ ;23-24 1151-62 :)27(12(
‏20 في بعض التجسيدات؛ يمكن أن يشتمل ‎RNA‏ إرشادي أو ‎cRNA‏ بصورة أساسية من؛ أو يتكون من متوالية وحدة تكرارية مباشرة ‎(DR)‏ ومتوالية إرشادية أو متوالية مباعدة. في بعض التجسيدات؛ قد يشتمل ‎RNA‏ الإرشادي أو ‎Je rRNA‏ أو يتكون بصورة أساسية منء أو يتكون من متوالية وحدة تكرارية مباشرة ملتحمة أو مرتبطة بمتوالية إرشادية أو متوالية مباعدة. في بعض التجسيدات؛ قد توجد المتوالية التكرارية المباشرة قبل (أي؛ 5) المتوالية الإرشادية أو المتوالية المباعدة. في
تجسيدات أخرى» يمكن أن توجد المتوالية التكرارية المباشرة بعد (أي» 3( المتوالية الإرشادية أو المتوالية المباعدة. في بعض التجسيدات» يشتمل 0014/8 على حلقة جذعية؛ ويفضل حلقة جذعية واحدة. في بعض التجسيدات»؛ تشكّل المتوالية التكرارية المباشرة حلقة جذعية؛ ويفضل ‎dala‏ جذعية واحدة.
في بعض التجسيدات؛ يتراوح طول المباعد ل ‎RNA‏ الإرشادي من 15 إلى 35 نوكليوتيد. في بعض التجسيدات؛ يبلغ طول المباعد ل ‎RNA‏ الإرشادي على الأقل 15 نوكليوتيد؛ ويفضل على الأقل 18 نوكليوتيد مثل على الأقل 19« 20؛ 21؛ 22؛ أو أكثر من النوكليوتيدات. في بعض التجسيدات؛ يتراوح طول المباعد من 15 إلى 17 نوكليوتيد على سبيل المثال» 15؛ ¢16 أو 17 نوكليوتيد من 17 إلى 20 نوكليوتيد على سبيل المثال» 17 18( 19 أو 20 نوكليوتيد من 20
0 إلى 24 نوكليوتيد على سبيل المثال. 20 21؛ 22؛ 23؛ أو 24 نوكليوتيد من 23 إلى 25 نوكليوتيد على سبيل المثال» 23 24؛ أو 25 نوكليوتيد من 24 إلى 27 نوكليوتيد على سبيل المثال» 24؛ 25؛ 26؛ أو 27 نوكليوتيد من 30-27 نوكليوتيد على سبيل ‎Jad!‏ 27؛ 28؛ 29 أو 30 نوكليوتيد من 35-30 نوكليوتيد على سبيل المثال» 30 31» 32 33 34 أو 5 نوكليوتيد أو 35 نوكليوتيد أو أطول.
5 في بعض التجسيدات؛ يكون طول المباعد ل ‎RNA‏ الإرشادي أقل من 28 نوكليوتيد. في بعض التجسيدات؛ يبلغ طول المباعد ل ‎RNA‏ الإرشادي على الأقل 18 نوكليوتيد وأقل من 28 نوكليوتيد. في بعض التجسيدات؛ يتراوح طول المباعد ل ‎RNA‏ الإرشادي بين 19 و28 نوكليوتيد. في بعض التجسيدات؛ يتراوح طول المباعد ل ‎RNA‏ الإرشادي بين 19 و25 نوكليوتيد. في بعض التجسيدات؛ يبلغ طول المباعد ل ‎RNA‏ الإرشادي 20 نوكليوتيد. في بعض التجسيدات؛ يبلغ طول
0 المباعد ل ‎RNA‏ الإرشادي 23 نوكليوتيد. في بعض التجسيدات؛ يبلغ طول المباعد ل ‎RNA‏ ‏الإرشادي 25 نوكليوتيد. في أنظمة ‎CRISPR-Cas‏ تقليدية؛ يمكن أن تكون درجة التكامل بين متوالية إرشادية والمتوالية المستهدفة المناظرة لها حوالي أو أكثر من حوالي 9650 9660 9675 9680 9685 9690 5 9697.5 9699؛ أو 96100؛ يمكن أن يكون طول ‎RNA‏ إرشادي أو ‎SGRNA‏ حوالي
أو أكثر من حوالي ‏ 10 11 ¢12 ¢13 4ل 5ل فل 17 ¢18 19 20 21 22 23 24 25 26؛ 27 28« 29 30 35 40 45؛ 50 75( أو أكثر في النوكليوتيدات؛ أو قد يكون طول ‎RNA‏ إرشادي أو ‎SGRNA‏ أقل من حوالي 75 50 45 40 35 30 25 , 15 12( أو نوكليوتيدات أقل. مع ذلك؛ من جوانب الاختراع تقليل التفاعلات خارج
الهدف؛ على سبيل المثال تقليل التفاعلات الإرشادية مع متوالية مستهدفة ذات تكامل منخفض. في الواقع» في تلك الأمثلة؛ تم توضيح أن الاختراع يشمل طفرات تؤدي إلى أن يتمكن نظام ‎CRISPR-Cas‏ من التمييز بين المتواليات المستهدفة وخارج الهدف ذات تكامل أكثر من 9680 إلى حوالي 9695؛ على سبيل المثال» 9684-9683 أو 9689-88 أو 1695-94 تكامل (على سبيل المثال؛ التمييز بين هدف له 18 نوكليوتيد من خارج الهدف يبلغ 18 نوكليوتيد له ‎el‏ 2؛ أو
0 3 اختلافات). بالتالي؛ في سياق الاختراع الحالي تكون درجة التكامل بين متوالية إرشادية ومتوالية إرشادية مناظرة لها ‎pe SI‏ 9094.5 أو 9695 أو 9695.5 أو 9696 أو 9696.5 أو 9697 أو 5 أو 698 أو %98.5 أو %99 أو 9699.5 أو 9699.9؛ أو 96100. تكون نسبة خارج الهدف أقل من 96100 أو 9699.9 أو 9699.5 أو 9699 أو 9699 أو 9698.5 أو 9698 أو 9697.5 أو 9697 أو 9696.5 أو 9096 أو 9695.5 أو 9695 أو 9694.5 أو 9694 أو
5 693 أو 9692 أو 9691 أو 9690 أو 9689 أو 9688 أو 9687 أو 9686 أو 9685 أو %84 أو 9683 أو 9682 أو 9681 أو 1680 تكامل بين المتوالية والإرشادية؛ ويكون من المفيد أن تكون نسبة خارج الهدف 96100 أو 9699.9 أو 9699.5 أو 9699 أو 9699 أو 9698.5 أو 9698 أو 9697.5 أو 9697 أو 9096.5 أو 9696 أو 9695.5 أو 9695 أو 1694.5 تكامل بين المتوالية والإرشادية.
0 في بعض التجسيدات؛ يمكن استغلال تعديلات فعالية الانقسام بواسطة إدخال الاختلافات» على سبيل المثال» 1 أو أكثر من الاختلافات؛ ‎Jie‏ 1 أو 2 من الاختلافات بين المتوالية المباعدة والمتوالية الإرشادية؛ وتتضمن موضع الاختلاف بامتداد المباعد/ الهدف. كلما زادت مركزية على سبيل المثال اختلاف مزدوج (أي؛ ليس 3 أو 5( يزيد تأثر فعالية الانقسام. بالتالي؛ باختيار موضع اختلاف بامتداد المباعد؛ يمكن تعديل فعالية الانقسام. على سبيل المثال» في حالة الرغبة
5 في أقل من 96100 انقسام للأهداف (على سبيل المثال؛ في قطاع خلية)؛ 1 أو أكثر؛ على سبيل
المثال وعلى نحو مفضل يمكن إدخال 2 اختلاف بين المتوالية المباعدة والمستهدفة في المتواليات المباعدة. كلما زادت المركزية بامتداد المباعد لموضع الاختلاف؛ قلت النسبة المئوية للانقسام. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام فعالية الانقسام لتهيئة إرشادات أحادية يمكنها التمييز بين اثنين أو أكثر من الأهداف التي تختلف بفارق نوكليوتيد واحد؛ ‎Jie‏ تعدد أشكال نوكليوتيد واحد (5010)؛ أو ‎«yi‏ أو (نقطة) طفرة. يمكن أن يكون لمؤثر 081558 حساسية متنخفضة تجاه ‎SNPS‏ (أو تغيرات نوكليوتيد أحادية أخرى) وتستمر في قسمة أهداف ‎SNP‏ مع مستوى فعالية ما. على ذلك»؛ بالنسبة لهدفين» أو مجموعة من الأهداف»؛ يمكن تهيئة ‎RNA‏ ‏إرشادي بمتوالية نوكليوتيد مكملة لواحد من الأهداف ‎SNP «(gl‏ المستوفي. تتم تهيئة ‎RNA‏ ‏الإرشادي بصورة أكبر بحيث يكون له فارق تخليقي. كما هو مستخدم هنا يشير 'فارق تخليقي” إلى 0 فارق غير طبيعي الحدوث ‎JA)‏ قبل أو بعد ‎SNP‏ طبيعي الحدوث؛ مثل على الأكثر 5 نوكليوتيدات قبل أو بعد؛ على سبيل ‎ed Jad)‏ 3؛ 2؛ أو 1 نوكليوتيد قبل أو بعد؛ ويفضل على الأكثر 3 نوكليوتيدات قبل أو بعد؛ ويفضل أكثر على الأكثر 2 نوكليوتيد قبل أو بعد؛ والأكثر تفضيلاً 1 نوكليوتيد قبل أو بعد ‎cs)‏ بجوار ‎«(SNP‏ يرتبط مؤثر 6815015 ‎SNP,‏ المستوفي؛ يتكون فارق أحادي فقط مع الفارق التخليقي ويستمر تنشيط مؤثر ‎CRISPR‏ وبتم إنتاج إشارة 5 يمكن الكشف عنها. عند تهجين ‎RNA‏ الإرشادي إلى ‎SNP‏ غير مستوفي؛ تتكون فروق؛ الفارق من ‎SNP‏ والفارق التخليقي؛ ولا يتم إنتاج إشارة يمكن الكشف عنها. على ذلك؛ يمكن تهيئة الأنظمة التي تم الكشف عنها هنا بحيث تميّز ‎SNPs‏ داخل قطاع. على سبيل المثال» يمكن استخدام الأنظمة لتمييز السلالات المسببة للمرض المختلفة ب 5/10 واحد أو الكشف عن ‎SNPs‏ ‏نوعية المرض محددة؛ ‎Jie‏ على سبيل المثال وليس الحصر»؛ ‎SNPS‏ مرتبطة بمرض؛ مثل على سبل المثال وليس الحصرء ‎SNPS‏ مرتبطة بالسرطان. في بعض التجسيدات؛ تتم تهيئة ‎RNA‏ الإرشادي بحيث يوجد ‎SNP‏ على الموضع 1 2 3 4؛ 5< 6« 7 8 9< 0ل 11< ¢12 3ل 1514ل 6ل 187 19 20 22231 23 24( 25( 26( 27( 28( 29؛ أو 30 من المتوالية المباعدة (بدءًا من الطرف 5'). في بعض التجسيدات؛ تتم تهيئة ‎RNA‏ الإرشادي بحيث يوجد ‎SNP‏ على الموضع 1 2 3 4 5 6 7 5 8؛ أو 9 من المتوالية المباعدة (بدءًا من الطرف 5'). في بعض التجسيدات؛ تتم تهيئة ‎RNA‏
— 6 8 — الإرشادي بحيث يوجد ‎SNP‏ على الموضع 2 3 4؛ 5؛ 6 أو 7من المتوالية المباعدة (بدءًا من الطرف 5‘ ( . فى بعض التجسيدات ¢ تتم تهيئة ‎RNA‏ الإرشادي بحيث يوجد ‎SNP‏ على الموضع 3 4 5 أو 6 من المتوالية المباعدة (بدءًا من الطرف 5'). فى بعض التجسيدات؛ تتم تهيئة ‎RNA‏ الإرشادي بحيث يوجد ‎SNP‏ على الموضع 3 من المتوالية المباعدة (بدءًا من الطرف 5( في بعض التجسيدات؛ تتم تهيئة ‎RNA‏ الإرشادي بحيث أن الاختلاف (على سبيل المثال الاختلاف التخليقي؛ أي طفرة إضافية إلى جانب ‎(SNP‏ يوجد على الموضع ]432 5 6؛ 7 109 015-14131211 6ل 17 18« 2400019 21 22 23 4ك 25 26 27 25 029 أو 30 من المتوالية المباعدة (بدءًا من الطرف 5‘( . فى ‎ar)‏ التجسيدات؛ تتم تهيئة ‎RNA‏ الإرشادي بحيث يوجد الاختلاف على الموضع 1 4 5 76 8« أو 0 9 من المتوالية المباعدة (بدءًا من الطرف 5( في بعض التجسيدات؛ تتم تهيئة ‎RNA‏ الإرشادي بحيث يوجد الاختلاف على الموضع 4؛ 5؛ 6؛ أو 7من المتوالية المباعدة (بدءًا من الطرف 5". فى بعض التجسيدات 6 تتم تهيئة ‎١ RNA‏ لإرشادي بحيث يوجد الاختلاف على الموضع 5 من المتوالية المباعدة (بدءًا من الطرف 5 ). في بعض التجسيدات ¢ تتم تهيئة ‎١ RNA‏ لإرشادي بحيث يوجد الاختلاف 2 نوكليوتيد قبل ‎SNP‏ ‏5 (ي نوكليوتيد دخيل واحد). في بعض التجسيدات ¢ تتم تهيئة ‎١ RNA‏ لإرشادي بحيث يوجد الاختلاف 2 نوكليوتيد بعد ‎SNP‏ ‏(أي نوكليوتيد دخيل واحد). فى بعض التجسيدات 6 تتم تهيئة ‎١ RNA‏ لإرشادي بحيث يوجد الاختلاف على الموضع 5 من المتوالية المباعدة (بدءًا من الطرف 5( ويوجد ‎SNP‏ على الموضع 3 من المتوالية المباعدة (بدءًا 0 .من الطرف 5( تتضمن التجسيدات التي تم وصفها هنا حث واحد أو أكثر من تعديلات النوكليوتيد في خلية حقيقية النواة (في المختبرء أي في خلية حقيقية النواة معزولة) كما نوقش هنا تشتمل على توصيل إلى خلية ناقل كما نوقش هنا. قد تتضمن الطفرة (الطفرات) إدخال؛ أو حذف؛ أو استبدال واحد أو أكثر من النوكليوتيد عند كل متوالية مستهدفة لخلية (خلايا) من خلال ‎RNAS)‏ الإرشادية. قد تتضمن
الطفرات إدخال؛ أو حذف؛ أو استبدال 75-1 نوكليوتيد عند كل متوالية مستهدفة من الخلية (الخلايا) المذكورة من خلال ‎RNAS)‏ الإرشادية. قد تتضمن الطفرات ‎(Jas‏ أو حذف؛ أو امتبدال لت 0ل 012011 13 01514 16« 1817 20119 231 22 23 24 25 26« 27 28 29 30« 35 40 45 50؛ أو 75 نوكليوتيد عند كل متوالية مستهدفة من الخلية (الخلايا) المذكورة من خلال ‎RNAS)‏ الإرشادية. قد تتضمن الطفرات إدخال؛ أو ‎cada‏ أو امتبدال ى 10 201ل 13 4ل 5ل 16« 187 19 20 21 22 23 4 25 26 27( 28 29« 30 35 40 45« 50 أو 75 نوكليوتيد عند كل متوالية مستهدفة من الخلية (الخلايا) المذكورة من خلال ‎RNA(S)‏ الإرشادية . تتضمن الطفرات إدخال؛ أو حنف أو امتبدال 00 2011ل 013 14« 15« 6ل 1837 19 20 21 22 23 0 24 25 26 27 28 29« 30 35 40 45« 50؛ أو 75 نوكليوتيد عند كل متوالية مستهدفة من الخلية (الخلايا) المذكورة من خلال ‎RNA(S)‏ الإرشادية. قد تتضمن الطفرات إدخال؛ أو ‎ads‏ أو امتبدال 20 21 22 23 24 25 236 27 28 29 30 35 40 45 0 أو 75 نوكليوتيد عند كل متوالية مستهدفة من الخلية (الخلايا) المذكورة من خلال ‎RNA(S)‏ ‏الإرشادية. قد تتضمن الطفرات إدخال؛ أو ‎cada‏ أو استبدال 40 45« 50 75 100 200 5 300 400 أو 500 نوكليوتيد عند كل متوالية مستهدفة من الخلية (الخلايا) المذكورة من خلال ‎RNA(S)‏ الإرشادية. نمطيّاء في سياق نظام ‎CRISPR‏ داخلي المنشاًء يؤدي تكوين معقد ‎CRISPR‏ (يشتمل على متوالية إرشادية تم تهجينها إلى متوالية مستهدفة ومعقدة مع واحد أو ‎SST‏ من بروتينات ‎(Cas‏ إلى انقسام في أو بالقرب من (على سبيل المثال» في ‎aga‏ 2؛ 3. 4« 5؛ 6 7 8 9 10؛ 0 50,20 أو أكثر أزواج القاعدة من) المتوالية المستهدفة؛ ولكن قد تعتمد على سبيل المثال على بنية ثانوية؛ تحديدًا في حالة أهداف ‎RNA‏ ‏تركيبات حجب أساسها ‎RNA‏ ‏كما هو مستخدم هناء يشير ‎ST‏ حجب" إلى جزيء يمكن أن ينقسم أو يتوقف نشاطه بصورة أخرى بواسطة بروتين مؤثر نظام ‎CRISPR‏ منشّط تم وصفه هنا. كما يمكن الإشارة إلى التعبير 5 تركيب حجب" في نموذج بديل باسم 'تركيب كشف". في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون
تركيب الحجب عبارة عن تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ يمنع تركيب الحجب إنتاج أو الكشف عن إشارة موجبة يمكن الكشف عنها. يمكن أن تكون الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها أي إشارة يمكن الكشف عنها باستخدام طرق ضوئية؛ أو متألقة؛ أو تألق ‎Shas‏ أو كهربائية كيميائية» أو غيرها من طرق الكشف المعروفة في المجال. يمكن أن يمنع تركيب الحجب إنتاج إشارة موجبة يمكن الكشف عنها أو حجب وجود إشارة موجبة يمكن الكشف عنها حتى تتم إزالة تركيب الحجب أو إخماده بصورة أخرى. يتم استخدام التعبير "إشارة يمكن الكشف عنها موجبة" للتمييز عن إشارات أخرى قابلة للكشف ‎ally‏ يمكن الكشف عنها في وجود تركيب الحجب. على سبيل المثال» في بعض التجسيدات؛ يمكن الكشف عن إشارة أولى عند وجود عامل الحجب (أي» إشارة سلبية يمكن الكشف عنها)؛ والتي يتم تحويلها بعد ذلك إلى إشارة ثانية (على سبيل ‎(JE‏ الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها) بعد الكشف عن الجزيئات المستهدفة وانقسام أو إيقاف نشاط عامل الحجب بواسطة بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ المنشّط. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ قد يكبت تركيب الحجب إنتاج منتج جين. ويمكن ترميز منتج الجين بواسطة تركيب مرشد يُضاف إلى العينة. يمكن أن يكون تركيب الحجب عبارة عن ‎RNA‏ ‏دخيل يساهم في مسار تدخل ‎ShRHN (fie (RNA‏ أو ‎SIRNA‏ يمكن أن يشتمل تركيب الحجب 5 أيضًا على ‎(MIRNA) microRNA‏ أثناء وجوده؛ يكبت تركيب الحجب التعبير ‎(Shell‏ عن منتج الجين. يمكن أن يكون منتج الجين عبارة عن بروتين متألق أو نسخة ‎RNA‏ أخرى أو بروتينات تكون ‎ALE‏ للكشف عنها بصورة أخرى بواسطة مستشعر ‎alee‏ أو جسم مضاد ولكن لوجود تركيب الحجب. بعد تنشيط البروتين المؤثر ينقسم تركيب الحجب أو يتم إخماده بصورة أخرى مما يسمح بالتعبير الوراثئي عن والكشف عن منتج الجين باعتباره الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها. 0 في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أن يقوم تركيب الحجب بتنحية واحدة أو أكثر من المواد الكاشفة المطلوية لإنتاج إشارة موجبة يمكن الكشف عنها بحيث يؤدي تحرير واحدة أو أكثر من المواد الكاشفة من تركيب الحجب إلى إنتاج الإشارة الموجبة القابلة للكشف. يمكن دمج الواحدة أو أكثر من المواد الكاشفة لإنتاج إشارة قياس لون» أو إشارة تألق ‎Abas‏ أو إشارة تألق؛ أو أي إشارة أخرى يمكن الكشف عنها وقد تشتمل على أي مواد كاشفة معروفة بأنها ملائمة لهذا الغرض. 5 في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تتم تنحية الواحدة أو أكثر من المواد الكاشفة بواسطة أبتاميرات
— 9 8 — ‎RNA‏ التى تريط الواحدة أو أكثر من المواد الكاشفة. يتم تحرير الواحدة أو أكثر من المواد الكاشفة عندما يتم تنشيط البروتين المؤثر بعد الكشف عن جزيء مستهدف. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تكون الواحدة أو أكثر من المواد الكاشفة عبارة عن بروتين؛ مثل إنزيم؛ يمكنه تسهيل إنتاج إشارة يمكن الكشف عنهاء مثل إشارة قياس لونء أو تألق ‎Alas‏ أو تألق؛ يتم تثبيطها أو تنحيتها بحيث لا يتمكن البروتين من إنتاج الإشارة التي يمكن الكشف عنها بواسطة ربط واحد أو أكثر من أبتاميرات ‎RNA‏ بالبروتين. بعد تنشيط البروتينات المؤثرة التى تم الكشف عنها هناء تنقسم أبتاميرات ‎RNA‏ أو تتحلل إلى حد إنها لم تعد تثبط قدرة البروتين على إنتاج الإشارة التي يمكن الكشف عنها. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون الأبتامير عبارة عن أبتامير مثبط ثرومبين. في بعض التجسيدات التوضيحية يكون لأبتامير مثبط ثرومبين متوالية ‎GGGAACAAAGCUGAAGUACUUACCC 0‏ (متوالية رقم: 414). عندما ينقسم هذا الأبتامير؛ يصبح الثرومبين نشطًا ويقسم ركيزة ببتيد لقياس اللون أو متألقة. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تكون الركيزة المتألقة عبارة عن بارا- نيترو أنيليد ‎(PNA)‏ مرتبط تساهميًا بركيزة الببتيد لثرومبين. بعد الانقسام بواسطة ثرومبين؛ يتم تحرير ‎PNA‏ ويصبح أصفر اللون ومرئي بسهولة للعين. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تكون الركيزة المتألقة عبارة عن 7- أمينو-4- ميثيل 5 كومارين وهو ‎dela‏ لون أزرق يمكن الكشف عنه باستخدام كاشف تألق. كما يمكن استخدام أبتاميرات مثبطة لبيروكسيداز ‎(HRP)‏ بيتا- جالاكتوسيداز» أو فوسفاتاز قلوي بقري ‎(CAP)‏ ‏ضمن المبادئ العامة المطروحة أعلاه. في بعض التجسيدات ؛ يتم الكشف عن نشاط ‎RNAse‏ من حيث قياس اللون من خلال انقسام أبتاميرات تثبيط الإنزيم. من الأنماط المحتملة لتحويل نشاط ‎RNAse‏ إلى إشارة قياس لون؛ اقتران 0 انقسام أبتامير ‎RNA‏ بإعادة تنشيط إنزيم يمكنه إنتاج خرج قياس لون. في حالة عدم وجود انقسام ‎(RNA‏ يرتبط الأبتامير السليم بهدف الإنزيم وبثبط نشاطه. من مزايا نظام القراءة هذا أن الإنزيم يوفر خطوة تكبير إضافية: حينما يتم التحرير من أبتامير من خلال نشاط موازي (على سبيل ‎JU‏ النشاط الموازي 085138)؛ يستمر إنزيم قياس اللون في إنتاج منتج لوني؛ مما يؤدي إلى مضاعفة الإشارة.
في بعض التجسيدات؛ يتم استخدام أبتامير متاح يثبط إنزيم ذي قراءة لونية. توجد عدة أزواج أبتامير/ إنزيم مع قراءة لونية؛ ‎Jie‏ ثرومبين» البروتين ج؛ إيلاستاز العدلات؛ وسويستيلسين. يكون لإنزيمات بروتياز تلك ركائز لونية بناءً على ‎PNA‏ وتكون متاحة تجاريًا. في بعض التجسيدات؛ يتم استخدام أبتامير جديد يستهدف إنزيم قياس لون مشترك. يمكن استهداف الإنزيمات الشائعة والقوية؛ ‎Jie‏ بيتا- جالاكتوسيداز» بيروكسيداز الفجل الحارء أو فوسفاتاز قلوي معوي بقري؛
بواسطة أبتاميرات ‎hg dallas‏ تمت تهيئتها بواسطة استراتيجيات انتقاء مثل ‎SELEX‏ تسمح تلك الاستراتيجيات بانتقاء سريع لأبتاميرات مع فعاليات ربط نانو مولار ‎(Sang‏ استخدامها لتطوير أزواج إنزيم/ أبتامير إضافية لقراءة لونية. في بعض التجسيدات؛ يتم الكشف عن نشاط ‎RNAse‏ لونيًا من خلال انقسام متثبطات مربوطة ب
‎RNA 0‏ يكون للعديد من الإنزيمات اللونية الشائعة مثبطات منافسة؛ قابلة للعكس: على سبيل ‎(JU‏ يمكن تثبيط بيتا- جالاكتوسيداز بواسطة جالاكتوسيداز. يكون العديد من تلك المثبطات ضعيف؛ ولكن يمكن زيادة تأثيرها بواسطة الزيادة في التركيز المحلي. بربط التركيز المحلي للمثبطات بنشاط ‎RNASE‏ يمكن معالجة أزواج الإنزيم اللوني والمثبط وراثيًا إلى مستشعرات ‎RNAse‏ يشمل مستشعر ‎RNAse‏ اللوني بناءً على مثبطات الجزيء الصغير ثلاثة مكونات:
‏5 الإنزيم اللوني» ‎chilly‏ و ‎RNA‏ قنطرة مرتبطة تساهميًا بكل من المثبط والإنزيم؛ وربط المثبط بالإنزيم. في التشكيل غير المنقسم؛ يتم تثبيط الإنزيم بواسطة التركيز المحلي المتزايد للجزيء الصغير؛ عند انقسام ‎RNA‏ (على سبيل المثال» بواسطة انقسام 685138 موازي)؛ يتم تحرير المثبط ويتم تنشيط الإنزيم اللوني. في بعض التجسيدات؛ يتم الكشف عن نشاط ‎isd RNAse‏ من خلال تكوين و/ أو تنشيط
‏0 رباعيات - 6. يمكن تعقيد رباعيات - © مع هيم (الحديد )111(— بروتويرفيرين ‎(IX‏ لتكوين ‎DNAzyme‏ مع نشاط بيروكسيداز. عند الإمداد بركيزة بيروكسيداز ‎(Ae)‏ سبيل المثال» 8815: (حمض 2 2*- آزبنوبيس [3- إيثيل بنزو ثيازولين-6- سلفونيك]- ملح داي أمونيوم))؛ يتسبب معقد 6 - رباعي- الهيم في وجود بيروكسيد الهيدروجين في أكسدة الركيزة؛ مما يشكل عندئذ لون أخضر في محلول. وهناك مثال على © - رباعي يشكّل متوالية ‎:DNA‏
‎GGGTAGGGCGGGTTGGGA 5‏ (متوالية رقم 415). بتهجين متوالية ‎RNA‏ إلى أبتامير
‎DNA‏ هذاء يتم حصر تكوين بنية 6 - الرياعي. بعد تنشيط ‎RNASE‏ الموازي (على سبيل المثال» تنشيط معقد 6202 موازي)؛ ينقسم المنتج الرئيسي ‎RNA‏ مما يسمح بتكوين © الرباعي وربط الهيم. تكون تلك الاستراتيجية جذابة بصورة خاصة بسبب أن تكوين اللون إنزيمي؛ بمعنى أن هناك تكبير إضافي ‎lad‏ وراء تنشيط ‎RNAse‏ ‏5 في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن تثبيت تركيب الحجب على ركيزة صلبة في حجم منفصل
مفرد (سيتم تحديده فيما يلي) ويقوم بتنحية مادة كاشفة واحدة. على سبيل المثال؛ يمكن أن تكون المادة الكاشفة عبارة عن خرزة تشتمل على صبغة. عند التنحية بواسطة ‎sale‏ كاشفة ‎dnl‏ تكون الخرزات المفردة منتشرة جدًا بحيث يصعب إنتاج إشارة يمكن الكشف عنهاء؛ ولكن بعد التحرير من تركيب الحجب تتمكن من إنتاج إشارة يمكن الكشف عنهاء على سبيل المثال بالتكتل أو زيادة
0 بسيطة في تركيز المحلول. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون عامل الحجب المثبت عبارة عن أبتامير أساسه ‎RNA‏ يمكن أن ينقسم بواسطة البروتين المؤثر المنشّط بعد الكشف عن جزيء مستهدف. في تجسيدات توضيحية أخرى محددة؛ يرتبط تركيب الحجب بمادة كاشفة مثبتة في محلول وبذلك يتم حجب قدرة المادة الكاشفة على الربط بشريك ربط ‎lee‏ متفصل يكون ‎JA‏ في محلول. على
ذلك؛ بعد تطبيق خطوة غسل على عينة؛ يمكن غسل شريك الربط المعلّم من العينة في حالة غياب جزيء مستهدف. مع ‎cell‏ في حالة تنشيط البروتين المؤثرء ينقسم تركيب الحجب إلى درجة تكفي ‎Jail‏ في قدرة تركيب الحجب على ربط المادة الكاشفة وبذلك السماح بربط شريك الربط المعلّم بالمادة الكاشفة المثبتة. على ذلك؛ يظل شربك الربط المعلّم بعد خطوة الغسل مما يدل على وجود الجزيء المستهدف في العينة. في بعض الجوانب؛ يكون تركيب الحجب الذي يريط المادة الكاشفة
0 المثبتة عبارة عن أبتامير ‎RNA‏ يمكن أن تكون المادة الكاشفة المثبتة ‎Ble‏ عن بروتين ويمكن أن يكون شربك الربط ‎dad‏ عبارة عن جسم مضاد معلّم. على نحو بديل؛ يمكن أن تكون المادة الكاشفة المثبتة ‎Ble‏ عن ستربتافيدين ويمكن أن يكون شريك الربط المعلّم عبارة عن بيوتين معلّم. يمكن أن تكون العلامة على شريك الريط المستخدم في التجسيدات السابقة أي علامة يمكن الكشف عنها معروفة في المجال. بالإضافة إلى ‎ell‏ يمكن استخدام شركاء ربط معروفة أخرى ‎ly‏
5 ا لإجمالي التصميم الذي تم وصفه هنا.
في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أن يشتمل تركيب الحجب على ريبوزيم. تكون رببوزيمات عبارة عن جزيئات ‎RNA‏ ذات خصائص حفزية. حيث أن الريبوزيمات» كل من الطبيعية والمعالجة ‎«Gil‏ تشتمل على أو تتكون من ‎(RNA‏ التي يمكن استهدافها بواسطة البروتينات المؤثرة التي تم الكشف عنها هنا. يمكن اختيار الريبوزيم أو معالجته ورائيًا ليتم تحفيز تفاعل إما ينتج إشارة سلبية يمكن الكشف عنها أو منع إنتاج إشارة مقارنة موجبة. بعد إيقاف نشاط ‎anyon ll‏ بواسطة جزيء
البروتين المؤثر المنشّط» تتم إزالة التفاعل المنتج لإشارة عينات مقارنة سلبية أو الذي يمنع إنتاج إشارة يمكن الكشف عنها موجبة؛ ويذلك السماح بالكشف عن إشارة موجبة يمكن الكشف عنها. في أحد التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أن يقوم الرببوزيم بتحفيز تفاعل لوني يتسبب في ظهور محلول كلون أول. عند إيقاف نشاط الرببوزيم يتحول المحلول عندئذ إلى لون ثان؛ ويكون اللون الثاني
0 عبارة عن الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها. تم وصف مثال على كيفية استخدام الرببوزيمات لتحفيز تفاعل لوني في ‎Zhao et al. “Signal amplification of‏ ‎glucosamine—-6-phosphate based on ribozyme gimS,” Biosens‏ ‎«Bioelectron. 2014; 16:337-42‏ وتوفير مثال على كيفية تعديل نظام كهذا للعمل في سياق التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا. على نحو بديل؛ يمكن أن تنتج رببوزيمات؛ عند
5 وجودها منتجات انقسام؛ على سبيل المثال» من نسخ ‎RNA‏ على ذلك؛ يمكن أن يشتمل الكشف عن إشارة موجبة ‎(Sa‏ الكشف عنها على الكشف عن نسخ ‎RNA‏ غير منقسمة يتم إنتاجها فقط في غياب الريبوزيم. في أحد التجسيدات التوضيحية؛ يشتمل تركيب الحجب على عامل كشف يغيّر اللون بناءً على ما إذا كان عامل الكشف قد تكتل أو تشتت في محلول أو لا. على سبيل ‎(Jl)‏ تخضع بعض
0 الجسيمات بحجم النانو» ‎ie‏ ذهب غروي؛ إلى تغير لون من القرنفلي إلى أحمر مرئي حيث أنها تتحرك من تكتلات إلى جسيمات مشتتة. بالتالي؛ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن إبقاء عوامل الكشف تلك في تكتل بواسطة الواحد أو أكثر من جزيئات القنطرة. انظر على سبيل المثال الشكل 43. يشتمل جزء على الأقل من جزيء القنطرة على ‎RNA‏ بعد تنشيط البروتينات ‎pall‏ ‏التي تم الكشف عنها هناء ينقسم ‎RNA gia‏ من جزيء القنطرة مما يسمح بتشتت عامل الكشف
5 ومما يؤدي إلى تغير مناظر في اللون. انظر على سبيل المثال؛ الشكل 45. في بعض التجسيدات
التوضيحية؛ يكون جزيء عبارة عن جزيء ‎.RNA‏ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون عامل الكشف عبارة عن معدن غروي. يمكن أن تتضمن مادة المعدن الغروية جسيمات معدنية غير قابلة للذويان في الماء أو مركبات معدنية مشتتة في سائل؛ أو محلول مائي؛ أو محلول معدني. يمكن اختيار المعدن الغروي من المعادن في المجموعات ‎١8 «IB (dA‏ و 1118 من الجدول الدوري؛ إلى جانب المعادن الانتقالية؛ تحديدًا تلك من المجموعة ‎VIN‏ تتضمن المعادن المفضلة الذهبء
‎dually‏ والألومنيوم؛ والروثنيوم؛ والزنك؛ والحديد؛ والنيكل والكالسيوم. كما تتضمن معادن ملائمة أخرى ما يلي في كل حالات الأكسدة المتنوعة لها: الليثيوم؛ الصوديوم؛ الماجنسيوم؛ البوتاسيوم؛ سكانديوم؛ تيتانيوم؛ قاناديوم؛ ‎cag SIH‏ المنجنيزء الكويالت؛ النحاس؛ الجالسيوم؛ السترونتيوم؛ نيوديوم؛ موليبدينوم؛ بالاديوم؛ إنديوم؛ القصدير؛ تنجستين» الرينيوم» البلاتين؛ والجادولينيوم. يفضل
‏0 التزويد بالمعادن في صورة أيونية؛ مشتقة من مركب معدن ملائم؛ على سبيل المثال؛ أيونات ‎.Ca2+ 4 Ni2+ (Fe3+ 202+ (Ru3+ (Al13+‏ عند قطع قنطرة ‎RNA‏ بواسطة مؤثر 6815014 المنشّط يلاحظ التغير في اللون المذكور ‎Male‏ ‏في بعض التجسيدات التوضيحية تكون الجسيمات عبارة عن معادن غروية. في بعض التجسيدات التوضيحية الأخرى؛ يكون المعدن الغروي عبارة عن ذهب غروي. في بعض التجسيدات
‏5 التوضيحية؛ تكون الجسيمات بحجم النانو الغروية هي جسيمات بحجم النانو من الذهب 15 نانو متر (05ل80). بسبب الخصائص السطحية الفريدة للجسيمات بحجم النانو للذهب الغروية؛ بُلاحظ أقصى امتصاص عند 520 نانو متر عند التشتت الكامل في محلول وببدو باللون الأحمر للعين المجردة. بعد تكتل 200/005؛ فإنها تبدي تغير أحمر اللون في أقصى امتصاص وتبدو داكنة أكثر في اللون» وتترسب في النهاية من محلول بتكتل لون قرنفلي داكن. في بعض
‏0 التجسيدات التوضيحية يتم تعديل الجسيمات بحجم النانو لتتضمن روابط ‎DNA‏ تمتد من سطح الجسيم بحجم النانو. ترتبط الجسيمات المفردة معًا بواسطة قناطر ‎RNA‏ أحادية الجديلة ‎(SSRNA)‏ تقوم بالتهجين على كل طرف من ‎RNA‏ بجزء على الأقل من روابط ‎DNA‏ على ذلك؛ تشكّل الجسيمات بحجم النانو شبكة من الجسيمات المرتبطة وتتكتل؛ وتبدو في صورة راسب داكن. بعد تنشيط مؤثرات ‎CRISPR‏ التي تم الكشف عنها هناء تنقسم قنطرة 8/ل5551؛ وتحرر
‎AU 1005 5‏ من الشبكة المرتبطة وتنتج لون أحمر مرئي. فيما يلي مدرج روابط ‎DNA‏ توضيحية
— 4 9 — ومتواليات قنطرة ‎RNA‏ يمكن استخدام روابط ثيول على طرف روابط ‎GHA DNA‏ سطحي مع 205. يمكن استخدام صور أخرى للترافق. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن إنتاج اثنين من قطاعات ‎¢AUNPS‏ واحدة لكل رابط ‎(DNA‏ يساعد ذلك على تسهيل الريط الملائم لقنطرة ‎SSRNA‏ بالتوجه الملائم. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يترافق رابط ‎DNA‏ أول بالطرف 3‘ بينما يترافق رابط ‎DNA‏ ثانى بالطرف 5". الجدول 6 202 لوني ‎TTATAACTATTCCTAAAAAAAAAAA/3ThioMC3-D/‏ ‎DNA‏ ‏1 (متوالية رقم 183( 202 لوني ‎/5ThioMC6-D/AAAAAAAAAACTCCCCTAATAACAAT DNA‏ 2 (متوالية رقم 184( 202 قنطرة ‎GGGUAGGAAUAGUUAUAAUUUCCCUUUCCCAUUGUUAUUAGG|‏ ‏لونية ‎GAG|‏ (متوالية رقم 185( في بعض التجسيدات؛ يتم اشتقاق واحد أو أكثر من العناصر لنظام استهداف حمض نووي من كائن حي محدد يشتمل على نظام استهداف ‎CRISPR RNA‏ داخلى المنشاً. فى بعض 0 التجسيدات؛ يوجد نظام استهداف ‎CRISPR RNA‏ في ‎Eubacterium‏ و ‎.Ruminococcus‏ ‏في بعض التجسيدات؛ يشتمل البروتين المؤثر على نشاط انقسام ‎SSRNA‏ مستهدف وموازي. في بعض التجسيدات؛ يشتمل البروتين المؤثر على نطاقات ‎HEPN‏ مزدوجة. فى بعض التجسيدات؛
يفتقر البروتين المؤثر إلى نظير للنطاق الحلزوني- 1 ل 085138. في بعض التجسيدات؛ يكون البروتين المؤثر أصغر من مؤثرات ‎CRISPR‏ الفئة 2 السابق تمييزهاء مع متوسط حجم 928 حمض أميني. يبلغ متوسط الحجم 190 حمض أميني )%17( أقل من ذلك الخاص ب ‎«Cas13c‏ ‏وأكثر من 200 حمض أميني ‎(B18)‏ أقل من ذلك الخاص ب 085130؛ وأكثر من 300 حمض أميني (9626) أقل من ذلك الخاص ب 085138. في بعض التجسيدات؛ لا يحتاج البروتين المؤثر لمتوالية مجانحة (على سبيل المثال ‎(PAM (PFS‏ في بعض التجسيدات؛ تتضمن بنيات موضع البروتين المؤثر نطاق ‎WYL‏ يحتوي على بروتين مساعد (تم التعبير عنه كذلك بعد ثلاثة أحماض أمينية كانت محفوظة في المجموعة التي تم تعريفها في الأساس لتلك النطاقات؛ انظر على سبيل المثال» ‎Glas‏ 71//ا» ‎-(IPRO26881‏ في 0 بعض التجسيدات؛ يشتمل بروتين مساعد نطاق ‎WYL‏ على نطاق ريط ‎DNA‏ حلزون- تدوير- حلزون واحد على الأقل ‎(HTH)‏ أو شريط- حلزون- حلزون (111!). في بعض التجسيدات؛ يزيد نطاق ‎WYL‏ المحتوي على البروتين المساعد من كل من نشاط انقسام ‎SSRNA‏ المستهدف والموازي لبروتين مؤثر استهداف ‎RNA‏ في بعض التجسيدات؛ يشتمل البروتين المساعد المحتوي على نطاق ‎WYL‏ على نطاق ‎RHH‏ عند الطرف ‎JN‏ جاتب نمط وحدات ‎Aly‏ محفوظ غير 5 آلف للماء بصورة أساسية؛ ويتضمن مجموعة مزدوجة من تيروسين- ليوسين غير متغيرة تناظر باعث ‎WYL‏ الأصلي. في بعض التجسيدات؛ يكون البروتين المساعد المحتوي على نطاق ‎WYL‏ ‏عبارة عن 711//ا. 7/1-1//ا هو بروتين ‎WYL las‏ أحادي مرتبط بصورة أساسية ب ‎.Ruminococcus‏ ‏في تجسيدات توضيحية أخرى»؛ يكون إنزيم ‎Cas‏ لاستهداف ‎RNA‏ من النوع ‎gle VI‏ عن ‎Cas‏ ‏0 130. في بعض التجسيدات» يكون 085130 عبارة عن ‎Eubacterium siraeum DSM‏ ‎(RspCas13d) Ruminococcus sp.
N15.MGS-57 4 (EsCas13d) 15702‏ (انظرء على سبيل ‎Yan et al., 085130 Is a Compact RNA-Targeting «Jal‏ ‎Type VI CRISPR Effector Positively Modulated by a WYL-Domain—‏ ‎Containing Accessory Protein, Molecular Cell (2018),‏
‎.(doi.org/10.1016/j.molcel.2018.02.028‏ لا يكون ل 40085130 و 5085130 متطلبات متوالية مجانحة ‎le)‏ سبيل المثال» ‎(PAM (PFS‏ في بعض التجسيدات التوضيحية الأخرى؛ يمكن أن يشتمل تركيب الحجب على أوليجونوكليوتيد ‎RNA‏ ترتبط به علامة يمكن الكشف عنها وعامل حجب لتلك العلامة التي يمكن الكشف عنها. من الأمثلة على الزوج المذكور للعلامة التي يمكن الكشف عنها/ عامل الحجب؛ هناك حامل لون وعامل إخماد لحامل اللون. يمكن أن يحدث إخماد حامل اللون نتيجة تكوين معقد غير متألق بين حامل اللون وحامل لون آخر أو جزيء غير متألق آخر. تكون تلك الآلية معروفة باسم تكوين معقد في حالة الخمود؛ الإخماد الساكن؛ أو إخماد تلامسي. بالتالي؛ يمكن تهيئة أوليجونوكليوتيد ‎RNA‏ بحيث يكون ‎Jala‏ اللون وعامل الإخماد في تقارب كافٍ كي يحدث إخماد التلامس. تكون 0 حاملات اللون وعوامل الإخماد المشابهة لها معروفة في المجال ويمكن اختيارها لهذا الغرض بواسطة صاحب المهارة العادية في المجال. لا يكون ‎dala‏ اللون/ عامل الإخماد المحدد هامًا في سياق الاختراع الحالي» يضمن فقط اختيار أزواج حامل اللون/ عامل الإخماد حجب ‎als‏ اللون. بعد تنشيط البروتينات المؤثرة التي تم الكشف عنها هناء ينقسم أوليجونوكليوتيد ‎RNA‏ وبذلك يقطع التقارب بين حامل اللون وعامل الإخماد المطلوب للحفاظ على تأثير إخماد التلامس. بالتالي؛ ‎(Sa 5‏ استخدام الكشف عن حامل اللون لتحديد وجود جزيء مستهدف في عينة. في بعض التجسيدات التوضيحية الأخرى؛ يمكن أن يشتمل تركيب الحجب على واحد أو أكثر من أوليجونوكليوتيدات ‎RNA‏ المرتبط بها واحد أو أكثر من الجسيمات بحجم النانو المعدنية؛ مثل جسيمات بحجم النانو من الذهب. في بعض التجسيدات؛ يشتمل تركيب الحجب على مجموعة من الجسيمات بحجم النانو المعدنية المرتبطة تشابكيًا بواسطة مجموعة من أوليجونوكليوتيدات ‎RNA‏ ‏0 التي تشكّل حلقة مغلقة. في أحد التجسيدات؛ يشتمل تركيب الحجب على ثلاث جسيمات بحجم النانو من الذهب مرتبطة ‎GUE‏ بواسطة ثلاث أوليجونوكليوتيدات ‎RNA‏ تشكّل حلقة مغلقة. في بعض التجسيدات؛ يؤدي انقسام أوليجونوكليوتيدات ‎RNA‏ بواسطة بروتين مؤثر 01504 إلى إشارة يمكن الكشف عنها بواسطة الجسيمات بحجم النانو المعدنية. في بعض التجسيدات التوضيحية الأخرى؛ يمكن أن يشتمل تركيب الحجب على واحد أو أكثر من 5 أوليجونوكليوتيدات ‎RNA‏ المرتبط بها واحدة أو أكثر من نقاط الكم. في بعض التجسيدات»؛ يؤدي
انقسام أوليجونوكليوتيدات ‎RNA‏ بواسطة بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ إلى إشارة يمكن الكشف عنها بواسطة نقاط الكم. في أحد التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أن يشتمل تركيب الحجب على نقطة كم. يمكن أن يكون لنقطة الكم عدة جزيئات رابط مرتبطة بالسطح. يشتمل ‎ein‏ على الأقل من الجزيء الرابط على ‎RNA 5‏ يرتبط الجزيء الرابط بنقطة الكم عند طرف واحد ويواحد أو أكثر من عوامل الإخماد بامتداد الطول أو عند الأطراف النهائية من الرابط بحيث يتم الحفاظ على عوامل الإخماد في تقارب ‎GIS‏ ليتم إخماد نقطة الكم. يمكن أن يكون الرابط متفرع. كما سبق؛ لا يكون زوج نقطة الكم/ عامل الإخماد حرجّاء ولكن يضمن فقط انتقاء زوج نقطة الكم/ عامل الإخماد حجب ‎dela‏ ‏اللون. تكون نقاط الكم وعوامل الإخماد المشابهة لها معروفة في المجال ويمكن انتقاؤها لهذا 0 الغرض بواسطة صاحب المهارة في المجال. بعد تنشيط البروتينات المؤثرة التي تم الكشف عنها هناء ينقسم ‎RNA gia‏ من الجزيء الرابط وبتم بذلك استبعاد التقارب بين نقطة الكم وواحد أو أكثر من عوامل الإخماد للحفاظ على تأثير الإخماد. في بعض التجسيدات التوضيحية تكون نقطة الكم عبارة عن ستريتافيدين مترافق. ترتبط ‎RNA‏ من خلال روابط بيوتين وتقوم بتوظيف جزيئات الإخماد باستخدام المتواليات/ ‎5Biosg/UCUCGUACGUUC/3IAbRQSP/‏ (المتوالية رقم: 416) أو ‎/5Biosg/UCUCGUACGUUCUCUCGUACGUUC/3IAbRQSP/‏ (متوالية رقم: 417( حيث يكون ‎[5Biosg/‏ عبارة عن علامة بيوتين 5 ‎[3IADRQSP/‏ عبارة عن عامل إخماد أسود ‎lowa‏ بعد الانقسام؛ بواسطة المؤثرات المنشّطة التي تم الكشف عنها هنا تتألق نقطة الكم بصورة مرئية. بطريقة مماثلة؛ يمكن استخدام ‎Ja‏ طاقة التألق ‎(FRET)‏ لإنتاج إشارة موجبة يمكن الكشف عنها. ‎FRET 0‏ عبارة عن عملية غير إشعاعية يتمكن بواسطتها فوتون من حامل لون ‎die‏ الطاقة (أي؛ ‎dala‏ لون ‎(‘ile‏ من رفع ‎Als‏ الطاقة لإلكترون في جزيء آخر (أي "المتقبل") إلى مستويات اهتزازية أعلى من الحالة الأحادية المنبهة. يعود حامل اللون المانح إلى حالة الخمود بدون بعث خاصية تألق لحامل اللون هذا. يمكن أن يكون المتقبل هو ‎dela‏ لون آخر أو جزيء غير متألق. إذا كان المتقبل عبارة عن حامل لون فإنه يتم بعث الطاقة المنقولة كخاصية تألق لحامل اللون 5 هذا. إن لم يكن المتقبل ‎Ble‏ عن جزيء غير متألق فإنه يتم فقد الطاقة التي تم امتصاصها
كحرارة. على ذلك؛ في سياق التجسيدات التي تم الكشف عنها هناء يتم استبدال زوج حامل اللون/ عامل الإخماد بزوج ‎Jala‏ لون ‎ile‏ / متقبل مرتبط بجزيء الأوليجونوكليوتيد. عندما يكون ‎lula‏ ‏ينتج تركيب الحجب إشارة أولى (إشارة سلبية يمكن الكشف عنها) كما تم الكشف عنها بواسطة التألق أو الحرارة المنبعثة من المتقبل. بعد تنشيط البروتينات المؤثرة التي تم الكشف عنها هنا ينقسم أوليجونوكليوتيد ‎RNA‏ ويتمزق ‎FRET‏ بحيث يمكن الآن الكشف عن تألق حامل اللون المانح (الإشارة التي يمكن الكشف عنها الموجبة). في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يشتمل تركيب الحجب على استخدام أصباغ مقتحمة تغيّرر من امتصاصها استجابةً لانقسام ‎RNAS‏ طويلة إلى نوكليوتيدات قصيرة. توجد ‎se‏ أصباغ. على سبيل المثال؛ يتم تعقيد بيرونين - ‎Y‏ مع ‎RNA‏ ويشكّل معقدًا له امتصاص عند 572 نانو متر. 0 ييؤدي انقسام ‎RNA‏ إلى فقد الامتصاص وتغير اللون. يمكن استخدام أزرق ميثيلين بطريقة مماثلة؛ ويتغير في الامتصاص عند 688 نانو ‎jie‏ بعد انقسام ‎RNA‏ بالتالي» في بعض التجسيدات التوضيحية يشتمل تركيب الحجب على ‎RNA‏ ومعقد صبغة مقحمة تغير من الامتصاص بعد انقسام ‎RNA‏ بواسطة البروتينات المؤثرة التي تم الكشف عنها هنا. التكبير 5 في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن تكبير ‎RNAS‏ و/ أو ‎DNAS‏ المستهدفة قبل تنشيط بروتين مؤثر ‎.CRISPR‏ يمكن استخدام أي تقنية تكبير ‎RNA‏ أو ‎DNA‏ ملائمة. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون تكبير ‎RNA‏ أو ‎DNA‏ عبارة عن تكبير متساوي الحرارة. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أن يكون التكبير متساوي الحرارة عبارة عن تكبير أساسه متواليات من حمض نووي ‎(NASBA)‏ تكبير ريكومبيناز بوليميراز ‎(RPA)‏ تكبير متساوية الحرارة تساهم 0 فيه الحلقة ‎(LAMP)‏ تكبير إزاحة جديلة (/50).؛ تكبير يعتمد على هليكاز ‎(HDA)‏ أو تفاعل تكبير إنزيم تخصر ‎(NEAR)‏ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام طرق تكبير متساوية الحرارة وهي تتضمن؛ على سبيل المثال وليس الحصر؛ ‎(PCR‏ تكبير متعدد الإزاحة ‎(MDA)‏ تكبير دائرة دورانية (/0»)؛ تفاعل سلسلة ليجاز ‎(LCR)‏ أو طريقة تكبير تفرع ‎.(RAM)‏
في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون تكبير ‎DNA SIRNA‏ عبارة عن تكبير أساسه متوالية حمض نووي عبارة عن ‎Tang (NASBA‏ بانتساخ عكسي ل ‎RNA‏ مستهدف بواسطة بادئة عكسية نوعية المتوالية لخلق ‎RNA/DNA‏ مزدوج. بعد ذلك يتم استخدام ا ‎RNase‏ لتحلل قالب ‎(RNA‏ ‏مما يسمح ببادئة أمامية تحتوي على معزز»؛ مثل المعزز 17 لربط ‎pag‏ استطالة الجديلة المكملة؛ وإنتاج منتج ‎DNA‏ مزدوج الجديلة. بعد ذلك يخلق الانتساخ الذي يساهم فيه معزز ‎RNA‏ بوليميراز
لقالب ‎DNA‏ نسخ من متوالية ‎RNA‏ المستهدفة. على نحو هام؛ ‎(Sa‏ الكشف عن كل واحدة من ‎RNAS‏ المستهدفة الجديدة بواسطة ‎RNAS‏ الإرشادية وعلى ذلك تحسين أكبر في حساسية التجرية. بعد ذلك يؤدي ريط ‎RNAS‏ المستهدفة بواسطة ‎RNAS‏ الإرشادية إلى تنشيط بروتين ‎CRISPR ise‏ وتستمر الطرق كما هو موضح أعلاه. يكون لتفاعل ‎NASBA‏ ميزة إضافية
0 تتمثل في تمكنه من الاستمرار تحت ظروف متساوية الحرارة متوسطة؛ على سبيل المثال عند حوالي 41 درجة مئوية؛ مما يجعل ملائمًا لأنظمة وأجهزة منتشرة لكشف مبكر ومباشر ميداني ويعيدًا عن المعامل الإكلينيكية. في بعض التجسيدات التوضيحية الأخرى؛ يمكن استخدام تفاعل تكبير ربكومبيناز بوليميراز ‎(RPA)‏ لتكبير الأحماض النووية المستهدفة. تستخدم تفاعلات ‎RPA‏ إنزيمات ريكومبيناز التي
5 يمكنها ازدواج بادئات نوعية المتوالية مع متوالية متجانسة في ‎DNA‏ المزدوج. في ‎Alla‏ وجود ‎(DNA‏ يتم بدء تكبير ‎DNA‏ ولا يلزم استخدام ‎due‏ أخرى مثل التدوير الحراري أو الصهر الكيميائي. يكون نظام تكبير ‎RPA‏ بالكامل مستقرًا كصيغة مجففة ويمكن نقله بأمان بدون تبريد. كما يمكن تنفيذ تفاعلات ‎RPA‏ عند درجات حرارة متساوية الحرارة وتكون درجة حرارة التفاعل المثالية 37- 42 درجة مئوية. تمت تهيئة البادئات نوعية المتوالية لتكبير متوالية تشتمل على
0 متوالية الحمض النووي المستهدفة المراد الكشف عنها. في بعض التجسيدات؛ تتم إضافة معزز بوليميراز ‎die (RNA‏ معزز 17؛ إلى أحد البادئات. يؤدي ذلك إلى منتج ‎DNA‏ مزدوج الجديلة مكبر يشتمل على المتوالية المستهدفة ومعزز بوليميراز ‎cans RNA‏ أو ‎coll‏ تفاعل ‎(RPA‏ تتم إضافة بوليميراز ‎RNA‏ ينتج ‎RNA‏ من قوالب ‎DNA‏ مزدوجة الجديلة. يمكن عندئذ الكشف عن ‎RNA‏ المستهدف المكبّر بدوره بواسطة نظام مؤثر 0815514. بهذه الطريقة يمكن الكشف عن
‎DNA 25‏ المستهدف باستخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا. كما يمكن استخدام تفاعلات
‎RPA‏ لتكبير ‎RNA‏ المستهدف. يتم تحويل ‎RNA‏ المستهدف إلى 8/لا00 باستخدام ترانسكربتاز عكسي؛ ثم تخليق ‎DNA‏ جديلة ثاني؛ وفي هذه النقطة يستمر تفاعل ‎RPA‏ كما هو موضح أعلاه. بالتالي؛ في بعض التجسيدات التوضيحية يمكن أن تتضمن الأنظمة التي تم الكشف عنها هنا مواد كاشفة للتكبير. تم وصف مكونات أو مواد كاشفة مختلفة مفيدة لتكبير الأحماض النووية هنا. على سبيل المثال؛ يمكن أن تتضمن مادة كاشفة للتكبير كما تم الوصف هنا منظم؛ ‎Jie‏ منظم تريس. يمكن استخدام منظم تريس هذا بأي تركيز ملائم للتطبيق أو الاستخدام المرغوب فيه؛ ويتضمن على سبيل المثال وليس الحصر؛ تركيز يبلغ 1 مللي ‎Mac Vso‏ مولار؛ 3 مللي ‎se‏ 4 مللي مولار؛ 5 ‎Ma‏ مولار؛ 6 ‎Aa‏ مولارء 7 ‎(A‏ مولارء 8 ‎Ae‏ مولارء 9 ‎Me‏ مولار؛ 10 ‎Ae‏ مولارء 11 ‎Ma‏ مولارء 12 ‎Ae‏ مولارء؛ 13 ‎Ma‏ مولارء 14 ‎Ae‏ مولارء 15 ‎Ma‏ مولار؛ ‎(Ae 75 ¢ se Ma 50 ¢ Vso Me 25 0‏ مولار؛ 1 ‎Vga‏ أو ما إلى ذلك. يتمكن صاحب المهارة في المجال من تحديد تركيز ملاثم لمنظم مثل تريس للاستخدام بالاختراع الحالي. يمكن تضمين ‎Jie pele‏ كلوريد الماجنسيوم ‎(MGCI2)‏ كلوريد البوتاسيوم ‎(KCI)‏ أوكلوريد الصوديوم ‎(NaCl)‏ في تفاعل تكبير؛ ‎(PCR (Jie‏ لتحسين تكبير شظايا الحمض النووي. رغم أن تركيز الملح يعتمد على التفاعل والتطبيق المحدد؛ غير أنه في بعض التجسيدات؛ يمكن أن تنتج 5 شظايا الحمض النووي من حجم ما نتائج مثالية عند تركيزات ملح محددة. يمكن أن تتطلب المنتجات الأكبر تركيزات ملح مبدلة؛ نمطيًا ملح ‎(Jif‏ للحصول على النتائج المرغوب فيهاء وفي الوقت ذاته يمكن أن ينتج تكبير المنتجات الأصغر نتائج أفضل عند تركيزات ملح أعلى. يدرك صاحب المهارة في المجال أن وجود و/ أو تركيز ملح إلى جانب إبدال تركيزات الملح؛ قد يبدل من صرامة تفاعل حيوي أو ‎Sha‏ وبالتالي يمكن استخدام أي ملح يوفر الظروف الملائمة 0 لتفاعل بالاختراع الحالي وكما تم الوصف هنا. يمكن أن تتضمن المكونات الأخرى لتفاعل حيوي أو كيميائي مكون تحلل خلية لفتح أو تحلل خلية لتحليل المواد الموجودة بها. يمكن أن يتضمن مكون تحلل خلية؛ على سبيل المثال وليس الحصر؛ مطهر؛ وملح كما تم الوصف أعلاه؛ ‎(KCI (NaCl Jie‏ سلفات الأمونيوم ‎([(NH4)2S04]‏ أو غيرها. قد تتضمن المطهرات التي قد تكون ملائمة بالاختراع تريتون 72-100 صوديوم دوديسيل سلفات ‎CHAPS (SDS)‏ (3- [(3- كولاميدو بروبيل) داي ميثيل أمونيو]|-1- بروبان
سلفونات)؛ إيثيل تراي ميثيل أمونيوم بروميد؛ نونيل فينوكسي بولي إيثوكسي إيثانول (010-40). قد تعتمد تركيزات المطهرات على التطبيق المحدد؛ وقد تكون نوعية تجاه التفاعل في بعض الحالات. قد تتضمن تفاعلات التكبير 0/1105 ويادئات حمض نووي مستخدمة بأي تركيز ملائمة للاختراع؛ وتتضمن؛ على سبيل المثال وليس الحصرء؛ تركيز يبلغ 100 نانو مولار؛ 150 نانو
مولارء 200 نانو ‎Vso‏ ¢ 250 نانو مولار؛ 300 نانو ‎se‏ ¢ 350 نانو مولارء 400 نانو مولارء 450 نانو مولارء. 500 نانو مولار» 550 نانو ‎Wee‏ ¢ 600 نانو ‎Nee‏ ¢ 650 نانو مولارء 700 نانو مولارء؛ 750 نانو مولارء 600 نانو مولارء؛ 850 نانو مولارء 900 نانو ‎Vee‏ ¢ 950 نانو مولار» 1 مللي مولارء 2 مللي مولار» 3 مللي مولارء 4 مللي مولارء 5 مللي ‎Ysa‏ « 6 مللي مولار؛ 7 مللي مولار؛ 8 ‎Mo‏ مولار؛ 9 مللي مولار؛ 10 مللي مولار؛ 20 مللي مولار؛ 30 مللي
0 . مللارء؛ 40 مللي مولار؛ 50 ‎Me‏ مولار؛ 60 مللي مولار؛ 70 مللي مولار؛ 80 مللي مولار» 90 مللي مولار؛ 100 مللي مولار؛ 150 مللي مولار؛ 200 مللي مولار» 250 مللي مولار» 300 مللي مولار؛ 350 مللي مولار؛ 400 مللي مولار؛ 450 مللي مولار؛ 500 ‎Ae‏ مولار أو ما إلى ذلك. بالمثل؛ قد يكون بوليميراز مفيد وفقًا للاختراع هو بوليميراز نوعي أو شامل معروف في المجال ومفيد للاختراع؛ ‎Taq (aang‏ بوليميراز» ‎QS‏ بوليميراز» أو ما إلى ذلك.
5 في بعض التجسيدات؛ يمكن أن تكون المواد الكاشفة للتكبير كما تم الوصف هنا ملائمة للاستخدام في تكبير بداية ساخنة. قد يكون تكبير البداية الساخنة مفيدًا في بعض التجسيدات؛ لتقليل أو استبعاد دايمرة جزيئات مهايئة أو أوليجو؛ أو لمنع بصورة ‎GAT‏ منتجات التكبير أو المصنوعات غير المرغوب فيها والحصول على تكبير مثالي للمنتج المرغوب فيه. كما يمكن استخدام عدة مكونات تم وصفها هنا للاستخدام في التكبير في تكبير بداية ساخنة. في بعض التجسيدات؛ يمكن
0 استخدام المواد الكاشفة أو المكونات الملائمة للاستخدام مع تكبير البداية الساخنة ‎Ya‏ من واحد أو أكثر من مكونات التكبير متى لزم الأمر. على سبيل ‎(JE‏ يمكن استخدام بوليميراز أو مادة كاشفة أخرى تبدي ‎ali‏ مرغوبًا فيه عند درجة حرارة محددة أو ‎Ala‏ تفاعل أخرى. في بعض التجسيدات؛ يمكن استخدام المواد الكاشفة التي تمت تهيئتها أو تحسينها للاستخدام في تكبير بداية ساخنة؛ على سبيل ‎(Jad)‏ يمكن تنشيط بوليميراز بعد النقل أو بعد الوصول إلى درجة حرارة
5 محددة. يمكن أن تكون إنزيمات بوليميراز تلك أساسها الجسم المضاد أو أساسها أبتامير. تكون
إنزيمات بوليميراز كما تم الوصف هنا معروفة في المجال. قد تتضمن أمثلة تلك المواد الكاشفة؛ على سبيل المثال وليس الحصر إنزيمات بوليميراز بداية ساخنة؛ و ‎dNTPs‏ بداية ساخنة؛ و ‎ANTPs‏ المنشّطة ضوئيًا. تكون تلك المواد الكاشفة معروفة ومتاحة فى المجال. يتمكن صاحب المهارة في المجال من تحديد درجات الحرارة المثالية متى لزم الأمر ‎gall‏ الكاشفة المفردة.
يمكن إجراء تكبير الأحماض النووية باستخدام ماكينات أو معدات دورة حرارية نوعية؛ ويمكن إجراؤها في تفاعلات أحادية أو ‎clans‏ بحيث ‎(Sa‏ إجراء أي عدد مرغوب فيه من التفاعلات في نفس الوقت. في بعض التجسيدات؛ يمكن إجراء التكبير باستخدام أجهزة تميع دقيق أو روبوتية؛ أو يمكن إجراؤها باستخدام إبدال يدوي في درجات حرارة تحقق التكبير المرغوب فيه. في بعض التجسيدات»؛ يمكن إجراء التحسين للحصول على ظروف التفاعلات المثالية للتطبيق أو المواد
المحددة. يتفهم صاحب المهارة في المجال ودمكنه تحسين ظروف التفاعل للحصول على تكبير كافٍ. في بعض التجسيدات؛ يتطلب الكشف عن ‎DNA‏ باستخدام الطرق أو الأنظمة الخاصة بالاختراع انتساخ ‎DNA‏ (المكبّر) إلى ‎RNA‏ قبل الكشف. إغناء ‎RNA/DNA‏ المستهدف
5 في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن إغناء ‎DNA FRNA‏ المستهدف أولاً قبل الكشف عن أو تكبير ‎RNA‏ أو ‎DNA‏ المستهدف. فى بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن تحقيق هذا الإغناء بربط الأحماض النووية المستهدفة بواسطة نظام مؤثر ‎.CRISPR‏ ‏تتطلب طرق الإغناء نوعية الهدف الحالية حمض نووي أحادي الجديلة قبل التهجين باستخدام مسبارات. بين مزايا متنوعة؛ يمكن أن تتخطى التجسيدات الحالية تلك الخطوة وتسمح باستهداف
0 مباشر نحو ‎DNA‏ مزدوج الجديلة (إما مزدوجة الجديلة ‎Gis‏ أو بالكامل). بالإضافة إلى ذلك؛ تكون التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا عبارة عن طرق استهداف تعمل بواسطة إنزيم تعريض حركيات أسرع وسير عمل أسهل مما يسمح بإغناء متساوي الحرارة. في بعض التجسيدات التوضيحية يمكن أن يتم الإغناء بين 20- 37 درجة ‎Agia‏ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يتم
استخدام ‎de sane‏ من ‎RNAS‏ الإرشادية إلى أحماض نووية مستهدفة في تجربة أحادية؛ مما يسمح بالكشف عن أهداف متعددة و/ أو عدة متغيرات لهدف واحد. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أن يربط بروتين مؤثر 61551 الساكن الحمض النووي المستهدف في محلول ثم يتم عزله بعد ذلك عن المحلول المذكور. على سبيل المثال؛ يمكن ‎Je‏ ‏5 بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ الساكن المرتبط بالحمض النووي المستهدف؛ عن المحلول باستخدام جسم مضاد أو جزيء آخرء مثل أبتامير؛ يريط نوعيًا بروتين مؤثر 015514 الساكن. في تجسيدات توضيحية ‎«al‏ يمكن أن يرتبط بروتين مؤثر 615014 الساكن بركيزة صلبة. يمكن أن يشير التعبير ركيزة ثابتة إلى أي مادة ملائمة أو يمكن تعديلها لتكون ملائمة لربط بولي ببتيد أو بولي نوكليوتيد. تتضمن الركائز ‎clin)‏ على سبيل المثال وليس الحصر» الزجاج 0 ونجاج وظيفي معدّل؛ والمواد البلاستيكية (وتتضمن الأكربليك؛ وبولي ستيرين وبوليمرات مشتركة من ستيرين ومواد أخرى» وبولي بروبيلين» ‎dong‏ إيثيلين» وبولي بيوتيلين» وبولي يوربثانات؛ ‎Teflon ™‏ وما إلى ذلك)؛ ‎doug‏ سكاريدات؛ والنايلون أو نيترو سليولوز» وخزفيات؛ راتتجات؛ السيليكا أو مواد أساسها السيليكا بما في ذلك السيليكون والسيليكون المعدّل؛ والكربون؛ ومعادن؛ وزجاج غير عضوي؛ ومواد بلاستيكية؛ وحواجز ليفية بصرية؛ ومجموعة متنوعة من البوليمرات الأخرى. في بعض التجسيدات؛ تشتمل المادة الحاملة الصلبة على سطح هيكلي ملائم لتثبيت الجزيئات في نمط مرتب. في بعض التجسيدات؛ يشير السطح الهيكلي إلى ترتيب مناطق مختلفة في أو على طبقة مكشوفة من مادة حاملة صلبة. في بعض التجسيدات؛ تشتمل المادة الحاملة الصلبة على مصفوفة من العيون أو الانخفاضات في سطح. يمكن أن تختلف تركيبة والشكل الهندسي للمادة الحاملة الصلبة وفقًا لاستخدامها. في بعض التجسيدات؛ تكون المادة الحاملة 0 الصلبة عبارة عن بنية مستوية مثل منزلق؛ أو شريحة؛ أو شريحة دقيقة و/ أو مصفوفة. بهذه الطريقة؛ يمكن أن يكون سطح الركيزة في صورة طبقة مستوية. في بعض التجسيدات؛ تشتمل المادة الحاملة الصلبة على واحد أو أكثر من أسطح خلية تدفق. يشير التعبير "خلية تدفق" كما هو مستخدم هنا إلى حجرة تشتمل على سطح صلب يمكن أن يتدفق خلاله واحدة أو أكثر من المواد الكاشفة للمائع. تم وصف أمثلة خلايا التدفق وأنظمة التميع ومنصات الكشف ذات الصلة التي ‎(Kay 5‏ استخدامها بسهولة في طرق الكشف الحالي؛ على سبيل المثال» في .81 ‎Bentley et‏
‎«Nature 456:53-59 (2008)‏ الطلب الدولي 04/0918497 ‎WO‏ وبراءة الاختراع الأمريكية 7,057,026 .5.ل؛ والطلب الدولي 91/06678 0//ا؛ والطلب الدولي ‎WO‏ ‏4 وويراءات الاختراع الأمريكية رقم 7,329,492 5لا؛ 7,211,414 ‎US «US‏ 9 7,405,281 .5.ل؛ و 2008/0108082 5لا. في بعض التجسيدات؛ لا تكون المادة الحاملة الصلبة أو سطحها غير مستوي؛ مثل سطح داخلي أو خارجي من أنبوب أو وعاء. في بعض التجسيدات؛ تشتمل المادة الحاملة الصلبة على كريات دقيقة أو خرزات. يُقصد من كلمات '"كريات ‎BHAT Clay‏ و"جسيمات"؛ أن تعني ضمن سياق ركيزة صلبة جسيمات منفصلة صغيرة مصنوعة من مادة متنوعة تتضمن؛ على سبيل المثال ‎aly‏ الحصرء جسيمات؛ وخزفيات؛ وزجاج؛ وبولي ستيرين. في بعض التجسيدات؛ تكون الكريات الدقيقة عبارة عن كريات دقيقة 0 مغناطيسية أو خرزات. على نحو بديل أو بالإضافة إلى ذلك؛ يمكن أن تكون الخرزات مسامية. تتراوح أحجام الخرزة من نانو متر؛ على سبيل المثال؛ 100 نانو مترء إلى ‎ale‏ على سبيل المثال» 1 ملليمتر. يمكن عندئذ تعريض عينة تحتوي على؛ أو من المعتقد أنها تحتوي على؛ الأحماض النووية المستهدفة إلى الركيزة بحيث تسمح بربط الأحماض النووية المستهدفة لربط بروتين مؤثر ‎CRISPR 5‏ الساكن. يمكن عندئذ أن تنجرف الجزيئات غير المستهدفة بعيدًا. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن عندئذ تحرير الأحماض النووية المستهدفة من معقد بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ ‎RNA‏ الإرشادي لمزبد من الكشف باستخدام الطرق التي تم الكشف عنها هنا. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أولاً تكبير الأحماض النووية المستهدفة كما تم الوصف هنا. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن تعليم مؤثر ‎CRISPR‏ بعلامة ربط. في بعض التجسيدات 0 التوضيحية؛ يمكن أن يكون مؤثر ‎Jas CRISPR‏ كيميائيًا. على سبيل المثال» يمكن أن يكون مؤثر ‎CRISPR‏ معالج ببيوتينيل كيميائيًا. في تجسيد توضيحي آخرء يمكن خلق التحام بواسطة إضافة متوالية إضافية ترمّز التحام بمؤثر )0654150. من أمثلة هذا الالتحام ‎AViITag™‏ وهو يستخدم ترافق إنزيمي مستهدف بصورة كبيرة لبوتين واحد على علامة ببتيد بها 15 حمض أميني فريدة. في بعض التجسيدات؛ يمكن تعليم مؤثر ‎CRISPR‏ بعلامة التقاط مثل؛ على سبيل المثال 5 وليس الحصرء ‎(Myc (GST‏ الراصة الدموية ‎(HA)‏ بروتين تألق أخضر ‎(GFP)‏ مرقم؛ علامة
‎(His‏ علامة ‎(TAP‏ وعلامة ©]. يمكن استخدام علامة الربطء سواءً كانت التحام؛ أو علامة كيميائية؛ أو علامة التقاط إما لشد نظام مؤثر 0815014 حينما يريط حمض نووي مستهدف أو لتثبيت نظام مؤثر ‎CRISPR‏ على الركيزة الصلبة. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن تعليم ‎RNA‏ الإرشادي بعلامة ربط. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن تعليم ‎RNA‏ الإرشادي بالكامل باستخدام انتساخ في المختبر ‎(IVT)‏ يتضمن
واحد أو أكثر من النوكليوتيدات المعالّجة ببيوتينيل» مثل؛ يوراسيل معالّج ببيوتينيل. في بعض التجسيدات؛ يمكن إضافة بيوتين كيميائيًا أو إنزيميًا إلى ‎RNA‏ الإرشادي؛ ‎Jie‏ إضافة واحدة أو أكثر من مجموعات بيوتين إلى الطرف 3 من ‎RNA‏ الإرشادي. يمكن استخدام علامة الربط لشد معقد ‎RNA‏ الإرشادي/ الحمض النووي المستهدف بعد حدوث ‎chan)‏ على سبيل المثال» عن
0 طريق تعريض ‎RNA‏ الإرشادي/ الحمض النووي المستهدف إلى ركيزة صلبة مغلفة بستريتافيدين. بالتالي؛ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام مؤثر ‎CRISPR‏ معالج وراثيًا أو غير طبيعي الحدوث لأغراض الإغناء. في أحد التجسيدات؛ يمكن أن يشتمل التعديل على طفرة من واحدة أو أكثر من الوحدات البنائية للحمض الأميني للبروتين المؤثر. يمكن أن تكون الواحدة أو أكثر من الطفرات في واحد أو أكثر من النطاقات النشطة ‎Gis‏ من البروتين المؤثر. يمكن أن
5 يكون للبروتين المؤثر نشاط نوكلياز منخفض أو ملغي مقارنة ببروتين مؤثر لا يوجد به واحدة أو أكثر من تلك الطفرات. قد لا يقوم البروتين المؤثر بتوجيه انقسام جديلة ‎RNA‏ عند الموضع المستهدف محل الاهتمام. في تجسيد مفضل؛ يمكن أن يشتمل الواحد أو أكثر من الطفرات على طفرتين. في تجسيد مفضل يتم تعديل الواحدة أو أكثر من الوحدات البنائية للحمض الأميني في بروتين مؤثر 0202؛ على سبيل المثال؛ بروتين مؤثر معالج وراثيًا أو غير طبيعي الحدوث أو
0 0202. في تجسيدات محددة؛ تكون الواحدة أو ‎SST‏ من الوحدات البنائية للحمض الأميني المطفرة هي واحدة أو أكثر من تلك في 62062 المناظرة ‎H1283 5 R1278 1602 (R597 J‏ (أشير إلى الأحماض الأمينية 6202© ‎¢(Lsh‏ مثل الطفرات ‎R1278A (H602A (R597A‏ ‎¢HI283A‏ أو الوحدات البنائية للحمض الأميني المناظرة في نظائر 062062 0ا. في تجسيدات محددة؛ تكون الواحدة أو أكثر من الوحدات البنائية للحمض الأميني المعدّلة أو
5 المطفرة هي واحدة أو أكثر من تلك في 6202 المناظرة ل ‎L514 (E479 V40 K39 K2‏
‎«N524 8‏ 534ى ‎(F676 D630 V602 L597 E580 K535‏ 709ا 713ل ‎«I879 V828 (P823 (E773 ((HEPN) H722 (N718 ((HEPN) 7‏ 2880 ‎«Y1114 1111 1099 <Y1093 <L1013 1009 1001 <Y997 (F884‏ ‎<L1250 01244 D1222 <L1203‏ 1253 1261 11334« 1355 1359 ‎«(HEPN) 11514 ((HEPN) 81509 01373 (R1372 (E1371 1366 (R1362 5‏ ‎Gg 11558 V1551 K1548 K1546 ©1544 Y1543‏ للترقيم التوافقي 0202. في بعض التجسيدات؛ تكون الواحدة أو أكثر من الوحدات البنائية للحمض الأميني المعدلة أو المطفرة عبارة عن واحدة أو أكثر من تلك في ‎C202‏ المناظرة ل ‎R717‏ و 41509. في بعض التجسيدات؛ تكون الواحدة أو أكثر من الوحدات البنائية للحمض الأميني المعدلة أو المطفرة ‎Sle‏ ‏0 عن واحدة أو أكثر من تلك في ‎C262‏ المناظرة ل ‎(K39 (K2‏ 535 1261 81362 ‎K1546 (R1372‏ و1548»ا. في بعض التجسيدات؛ تؤدي تلك الطفرات إلى بروتين ذي نشاط مبدّل أو معدّل. في بعض التجسيدات؛ تؤدي تلك الطفرات إلى بروتين ذي نشاط منخفض؛ مثل ‎deg‏ منخفضة. في بعض التجسيدات؛ تؤدي تلك الطفرات إلى بروتين لا يتمتع بنشاط حفزي (أي؛ 6202 'ساكن"). في أحد التجسيدات؛ تناظر الوحدات البنائية للحمض الأميني تلك الوحدات البنائية للحمض الأميني ‎(lsh C262‏ أو الوحدات البنائية للحمض الأميني المناظرة لبروتين 2 من أنواع مختلفة. الأجهزة التي يمكنها تسهيل تلك الخطوات. يمكن أيضًا استخدام أنظمة الإغناء السابقة لاستنفاد عينة من أحماض نووية محددة. على سبيل المتال» يمكن تهيئة ‎RNAS‏ الإرشادية بحيث تريط ‎RNAs‏ غير المستهدفة لإزالة ‎RNAs‏ غير المستهدفة من العينة. في أحد التجسيدات التوضيحية؛ ‎(Sa‏ تهيئة ‎RNAS‏ الإرشادية بحيث تريط 0 الأحماض النووية التي لا تحمل تغير حمض نووي محدد. على سبيل المثال؛ في ‎cle die‏ يمكن توقع رقم نسخة ‎el‏ لأحماض نووي غير متغيرة. بالتالي؛ يمكن استخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا لإزالة الأحماض النووية غير المتغيرة من عينة؛ لزيادة فعالية كشف نظام مؤثر ‎CRISPR‏ الكشف عن المتواليات المتغيرة المستهدفة في عينة ما. الكشف عن البروتينات
يمكن تهيئة الأنظمة؛ والأجهزة؛ والطرق التي تم الكشف عنها للكشف عن بولي ببتيدات (أو ‎cline‏ أخرى) بالإضافة إلى الكشف عن أحماض نووية؛ من خلال تضمين أبتامير كشف عن بولي ببتيد تمت تهيئته بصورة محددة. تكون أبتاميرات الكشف عن بولي ببتيد مميزة عن أبتاميرات تركيب الحجب التي نوقشت أعلاه. أولاً؛ تتم تهيئة الأبتاميرات لترتبط نوعيًا بواحد أو أكثر من
الجزيئات المستهدفة. في أحد التجسيدات التوضيحية؛ يكون الجزيء المستهدف عبارة عن بولي ببتيد مستهدف. في تجسيد توضيحي ‎«AT‏ يكون الجزيء المستهدف عبارة عن مركبات كيميائية مستهدفة؛ مثل جزيء علاجي مستهدف. تكون طرق تهيئة وانتقاء الأبتاميرات ذات نوعية تجاه هدف ‎(Jie cle‏ ا ا55؛ معروفة في المجال. بالإضافة إلى النوعية تجاه هدف ‎(le‏ تتم تهيئة الأبتاميرات بصورة أكبر بحيث تتضمن موضع ربط معزز ‎RNA‏ بوليميراز. في بعض التجسيدات
0 التوضيحية؛ يكون معزز ‎RNA‏ بوليميراز عبارة عن معزز 17. قبل الريط بهدف لا يمكن الوصول إلى موضع ‎RNA‏ بوليميراز أو يمكن التعرف عليه بواسطة ‎RNA‏ بوليميراز. مع ذلك؛ تتم تهيئة الأبتامير بحيث أنه بعد ربط هدف تخضع بنية الأبتامير إلى تغير توافقي بحيث يتم كشف معزز ‎RNA‏ بوليميراز. تعمل متوالية أبتامير بعد معزز ‎RNA‏ بوليميراز كمرصاف لإنتاج أوليجونوكليوتيد ‎RNA‏ منبّه بواسطة ‎RNA‏ بوليميراز. على ذلك؛ ‎(Sa‏ أن يتضمن ‎ga‏ المرصاف
5 من الأبتامير كود ‎apd‏ أو متوالية تعريف أخرى تعرّف أبتامير ما وهدفه. يمكن عندئذ ‎Lugs‏ ‎RNAs‏ الإرشادية كما سبق الوصف للتعرف على متواليات أوليجونوكليوتيد المنبّهة النوعية تلك. يتسبب ريط ‎RNAS‏ الإرشادية بأوليجونوكليوتيدات المتبّهة في تنشيط بروتينات مؤثر ‎CRISPR‏ ‏وهو الأمر الذي يستمر في إيقاف نشاط تركيبات الحجب وإنتاج إشارة يمكن الكشف عنها موجبة كما سبق الوصف.
0 بالتالي؛ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تشتمل الطرق التي تم الكشف عنها هنا على خطوة إضافية تتمثل في توزيع عينة أو مجموعة عينة إلى مجموعة من الأحجام المنفصلة المفردة؛ ويشتمل كل حجم منفصل مفرد على أبتاميرات كشف عن ‎cain‏ وبروتين مؤثر 0]415014؛ وواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية؛ وتركيب ‎ccna‏ وحضانة العينة أو مجموعة العينات تحت ظروف تكفي لتسمح بربط أبتاميرات الكشف عن الببتيد بواحد أو أكثر من الجزيئات المستهدفة؛ حيث
يؤدي ربط الأبتامير بهدف مناظر معرض لموضع ربط معزز ‎RNA‏ بوليميراز إلى تخليق ‎RNA‏ ‏منبّه من خلال ريط ‎RNA‏ بوليميراز إلى موضع ربط معزز ‎RNA‏ بوليميراز. في تجسيد توضيحي آخر؛ يمكن أن يكشف ربط الأبتامير موضع ربط بادئة بعد ربط الأبتامير ببولي ببتيد مستهدف. على سبيل المثال؛ يمكن أن يكشف الأبتامير موضع ربط بادئة ‎(RPA‏ على ذلك؛ تتم التغذية بإضافة أو تضمين البادئة إلى تفاعل تكبير؛ مثل تفاعل ‎RPA‏ كما هو موضح
أعلاه. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أن يكون الأبتامير عبارة عن أبتامير تحويل توافقي؛ والذي بعد الريط بهدف محل الاهتمام قد يغير بنية ثانوية وكشف مناطق جديدة من ‎DNA‏ أحادي الجديلة. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام تلك المناطق الجديدة من ‎DNA‏ أحادي
0 الجديلة كركائز للربط ومد الأبتاميرات وخلق جزيئات ‎SSDNA‏ أطول التي يمكن الكشف عنها ‎begs‏ باستخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا. يمكن دمج تصميم الأبتامير بصورة أكبر مع معقدات ثلاثية للكشف عن أهداف ‎dad‏ لاصقة منخفضة؛ ‎Jie‏ جلوكوز ( :2015 ‎Yang et al.‏ ‎.(http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.analchem.5b01634‏ تم توضيح أمثلة أبتاميرات الإزاحة التوافقية و ‎RNAs‏ الإرشادية المناظرة ‎(CrRNAS)‏ في الجدول 7 فيما
5 يلي. الجدول 7 البادئة الأمامية ‎RPA‏ ترومبين 1 (متوالية رقم 188( البادئة الأمامية ‎RPA‏ ثرومبين 2 (متوالية رقم 189) البادئة العكسية ‎RPA‏ ثرومبين 1 (متوالية رقم 190(
ثرومبين ‎crRNA‏ 1 (متوالية رقم 191) قرومبين طلا" اه 2 (متوالية رقم 192( ثرومبين هلا" اه 3 (متوالية رقم 193) عينة مقارنة أمبليكون 01147 كامل الطول (متوالية رقم 194) أبتامير ‎PTK7‏ (متوالية رقم 195) مسبار ريط ‎PTK7‏ (متوالية رقم 196) البادئة الأمامية ‎PTK7 RPA‏ 1 (متوالية رقم 197) البادئة العكسية ‎PTK7 RPA‏ 1 (متوالية رقم 198) ‎PTK7 crRNA‏ 1 (متوالية رقم 199) ‎PTK7 crRNA‏ 2 (متوالية رقم 200( ‎PTK7 crRNA‏ 3 (متوالية رقم 201( الأجهزة يمكن تجسيد الأنظمة التي تم وصفها هنا على ‎eal‏ تشخيصية. يمكن استخدام عدد من الركائز والتصميمات لأجهزة يمكنها تحديد عدة أحجام منفصلة مفردة داخل الجهاز. كما هو مستخدم هناء يشير "حجم ‎Latina‏ مفرد ! إلى حيز منفصل» مثل حاوية؛ أو إناء أو حجم أو ‎aa‏ محدد اعتباطي آخر يمكن تحديده بواسطة خصائص تمنع و/ أو تثبط ارتحال الجزيئات المستهدفة؛ على سبيل المثال حجم أو حيز محدد بواسطة الخصائص الفيزيائية ‎Jie‏ الجدران» على سبيل المثال جدران عين» أو أنبوب ¢ أو سطح قطرة صغيرة ¢ التي قد تكون غير منفذة أو شبه منفذق أو كما تحدد
بواسطة وسائل أخرى مثل معدل الانتشار الكيميائي؛ أو الكهريائي المغناطيسي؛ أو الإضاءة؛ أو أي توليفة منها قد تحتوي على جزيء مستهدف ووسيلة تعريف حمض نووي يمكن فهرسته (على سبيل المثال» رمز شريطي لحمض نووي). يُقصد بالتعبير "محدود معدل الانتشار" (على سبيل المثال» أحجام محددة الانتشار) أحياز يمكن الوصول إليها فقط من قبل بعض الجزيئات أو التفاعلات لأن قيود الانتشار تحصر بفعالية حيز أو حجم كما هو الحال مع تيارين صفائحيين
موازيين ‎Gus‏ يحصر الانتشار ارتحال جزيء مستهدف من تيار إلى آخر. ‎daly‏ بالتعبير حجم أو حيز محدد 'كيميائي" أحياز ‎(Sa‏ بواسطتها أن توجد فقط بعض الجزيئات المستهدفة بسبب الخصائص الكيميائية أو الجزيئية الخاصة بهاء مثل الحجم؛ حيث أن خرزات الهلام على سبيل المثال قد تستبعد دخول بعض الفصائل للخرزات دون غيرهاء على سبيل ‎JE‏ بواسطة شحنة
0 سطحية؛ أو حجم ‎ells‏ أو خاصية فيزيائية أخرى للخرزة يمكن أن تتيح لها انتقاء الفصائل التي قد تدخل إلى الخرزة من الداخل. ‎daily‏ بحجم أو حيز محدد "من الناحية الكهربائية المغناطيسية" الأحياز التي يمكن بواسطتها استخدام الخصائص الكهربائية المغناطيسية للجزيئات المستهدفة أو المواد الحاملة لها كخصائص شحنة أو مغناطيسية لتحديد بعض ‎hl)‏ في حيز ‎Jie‏ جسيمات مغناطيسية ملتقطة داخل مجال مغناطيسي أو مباشرةً على المغناطيسات. ‎daily‏ بالتعبير حجم
5 محدد 'ضوتيًا" أي منطقة لحيز يمكن تحديدها عن طريق إضائتها بضوءٍ مرئي؛ أو أشعة فوق بنفسجية؛ أو أشعة تحت حمراء؛ أو غيرها من الأطوال الموجية للضوء بحيث ‎(Kay‏ فقط تعليم الجزبئات المستهدفة داخل الحيز أو الحجم المحدد. من مزايا استخدام أحجام منفصلة غير محاطة بجدران» أو شبه منفذة أن بعض المواد الكاشفة؛ مثل المواد المنظمة؛ أو المنشطات الكيميائية؛ أو غيرها من العوامل قد تمر من خلال الحجم المتفصل؛ بينما يمكن إبقاء مواد ‎Jie cal‏ الجزيئات
0 المستهدفة؛ في الحجم أو الحيز المتفصل. نمطيًاء يتضمن حجم منفصل وسط مائع؛ (على سبيل ‎Jal)‏ محلول مائي؛ أو زبت؛ أو منظم؛ و/ أو أوساط يمكنها دعم نمو الخلية) الملائمة لتعليم الجزيء المستهدف بوسيلة تعريف حمض نووي يمكن فهرسته تحت ظروف تسمح بالتعليم. تتضمن الأحجام أو الأحياز المنفصلة التوضيحية المفيدة في الطرق التي تم الكشف عنها قطرات صغيرة ‎Je)‏ سبيل المثال» قطرات صغيرة دقيقة التميع و/ أو قطرات صغيرة للاستحلاب)؛ وخرزات هلام
‎Sle 5‏ أو بنيات بوليمر أخرى (على سبيل المثال» خرزات بولي إيثيلين جلايكول داي أكريلات أو خرزات أجاروز)؛ وشرائح نسيج ‎lo)‏ سبيل المثال» شرائح نسيج مطمورة في بارافين فورمالين ثابت
بها مناطق محددة؛ أو أحجام؛ أو أحياز محددة بواسطة وسائل كيميائية؛ أو ضوئية؛ أو فيزيائية)؛ شرائح مجهرية بها مناطق محددة بمواد كاشفة مترسبة في مصفوفات مرتبة أو أنابيب في أنماط عشوائية ‎(Jie)‏ أنابيب الطرد ‎(Gal‏ أنابيب الطرد المركزي ‎(dal‏ وأنابيب الاختبار» وكفيت؛ وأنابيب مخروطية؛ وما إلى ‎(ld‏ وزجاجات (مثل الزجاجية؛ ‎(Sadly‏ والخزفية؛ وقوارير
‎Erlenmeyer 5‏ وقنينات ومض» وما إلى ذلك)؛ وعيون (مثل عيون في طبق)؛ وأطباق؛ ‎las‏ أو أطراف ممص بين غيرها. في بعض التجسيدات» تكون الحجرة عبارة عن قطرة مائية صغيرة في مستحلب ماء في زيت. في تجسيدات محددة؛ يمكن أن تستخدم أي من الطلبات؛ أو الطرق؛ أو الأنظمة التي تم وصفها هنا التي تستلزم أحجام فعلية أو منتظمة استخدام وسيلة توزيع سائل صوتي.
‏0 في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يشتمل الجهاز على ركيزة مادة مرنة يمكن تحديد عدد من البقاع عليها. تكون مواد الركيزة المرنة الملائمة للاستخدام في التقنيات التشخيصية والاستشعار الحيوي معروفة في المجال. يمكن صنع مواد الركيزة المرنة من ألياف مشتقة من نبات؛ ‎Jie‏ ألياف سليولوزية؛ أو يمكن صنعها من بوليمرات مرنة ‎Jie‏ أغشية بولي إستر مرنة وأنواع بوليمر أخرى. ضمن كل بقعة محددة؛ يتم تطبيق المواد الكاشفة للنظام التي تم وصفها هنا على البقاع المفردة.
‏5 يمكن أن تحتوي كل بقعة على نفس المواد الكاشفة فيما عدا ‎RNA‏ إرشادي مختلف أو مجموعة من ‎RNAS‏ الإرشادية؛ أو متى أمكن ذلك؛ أبتامير كشف مختلف لفحص عدة أبتاميرات مرة واحدة. على ذلك؛ يمكن أن تتمكن الأنظمة والأجهزة الموضحة هنا من فحص عينات من مصادر متعددة (على سبيل المثال؛ عدة عينات إكلينيكية من أفراد مختلفين) للكشف عن وجود نفس الهدف؛ أو عدد محدود من الأهداف؛ أو أقسام متساوية من عينة واحدة (أو عدة عينات من نفس
‏0 المصدر) للكشف عن وجود عدة أهداف مختلفة في العينة. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يتم تجفيف عناصر الأنظمة التي تم وصفها هنا بالتجميد على ركيزة ورقية أو من القماش. تم الكشف عن ركائز أساسها مادة مرنة توضيحية يمكن استخدامها في بعض الأجهزة التوضيحية في ‎Pardee et al.
Cell. 2016, 165)5(:1255-66 and Pardee et al.
Cell. 2014,‏ 159(4):950-54. تم الكشف عن ركائز أساسها مادة مرنة ملائمة للاستخدام مع الموائع
‏5 الحيوي» وتتضمن ‎al‏ في نشرة طلب براءة الاختراع الدولية رقم 0/0/2013/071301 بعنوان "
‎based diagnostic test‏ 08661" ل ‎Shevkoplyas‏ وآخرون. نشرة طلب براءة الاختراع الأمريكية رقم 2011/0111517 بعنوان " ‎"Paper—based microfluidic systems‏ ل ‎Shafiee‏ وآخرون. ‎Paper and Flexible Substrates as Materials for Biosensing‏ ‎.Platforms to Detect Multiple Biotargets” Scientific Reports 5:8719 (2015)‏ 5 .تم الكشف عن مزيد من المواد ذات أساس مرن؛ وتتضمن تلك الملائمة للاستخدام في أجهزة تشخيص يمكن ارتداؤها في ‎Wang et al. “Flexible Substrate-Based Devices for‏ ‎.Point-of-Care Diagnostics” Cell 34(11):909-21 (2016)‏ يمكن أن تتضمن المواد التي أساسها مرن الأخرى نيتروسليولوز» بولي كربونات؛ ميثيل إيثيل سليولوز؛ بولي قينيليدين فلوريد (01/0)؛ بولي ستيرين» أو الزجاج (انظرء على سبيل المثال» براءة الاختراع الأمريكية رقم 0 0520120238008). في بعض التجسيدات؛ تنفصل الأحجام المنفصل بواسطة سطح غير آلف للماء؛ مثل على سبيل المثال وليس الحصرء الشمع؛ مقاوم ضوئي؛ أو حبر صلب. في بعض التجسيدات؛ يمكن التزويد بمقياس جرعات أو بطاقة تعريف تُستخدم كمستشعر أو مؤشر بحيث يتم إبلاغ مرتدي الجهاز بالتعرض إلى بعض الميكرويات أو عوامل أخرى. على سبيل المثال» يمكن استخدام الأنظمة التي تم وصفها هنا للكشف عن مسبب مرض ما. بالمثل؛ يمكن استخدام التجسيدات التي أساسها أبتامير التي تم الكشف عنها أعلاه للكشف عن كلا البولي ببتيدات إلى جانب عوامل أخرى؛ مثل ‎alge‏ كيميائي؛ قد يرتبط بها أبتامير محدد. يمكن أن يكون جهاز كهذا مفيد لمراقبة الجنود أو أفراد آخرين بالجيش» إلى جانب الإكلينيكيين» والباحثين؛ وطاقم العمل بالمستشفيات؛ وما إلى ذلك؛ لتوفير معلومات مرتبطة بالتعرض إلى ميكرويات خطيرة على نحو محتمل بسرعة قدر الإمكان؛ على سبيل المثال للكشف عن عامل حربي حيوي أو كيميائي. 0 في تجسيدات ‎ca]‏ يمكن استخدام بطاقة المراقبة التعريفية تلك لمنع التعرض إلى ميكروبات أو مسببات مرض خطيرة في مرضى نقص المناعة؛ ومرضى الحروق»؛ ومرضى خضعوا لعلاج كيميائي؛ أو الأطفال؛ أو كبار السن. تتضمن مصادر العينات التي يمكن تحليلها باستخدام الأنظمة والأجهزة التي تم وصفها هنا عينات حيوية من خاضع للعلاج أو عينات بيئية. يمكن أن تتضمن العينات البيئية أسطح أو موائع. قد 5 تتضمن العينات الحيوية؛ على سبيل المثال وليس الحصرء اللعاب؛ أو الدم؛ أو البلازماء أو
أمصال؛ أو برازء أو بول؛ أو بصاق؛ أو مخاط أو لمف؛ أو مائع زليلي؛ أو ‎wile‏ نخاعي؛ أو مائع دماغي نخاعي؛ أو مسحة من البشرة أو غشاء مخاطي؛ أو توليفة منها. في أحد التجسيدات التوضيحية؛ يتم أخذ العينة البيئية من سطح صلب؛ مثل سطح مستخدم في تحضير طعام أو تركيبات حساسة ومواد أخرى. في تجسيدات توضيحية أخرى؛ يمكن وضع عناصر الأنظمة التي تم وصفها هنا على ركيزة استخدام واحد؛ ‎Jie‏ ماسحة أو قماش مستخدم لمسح سطح أو مائع عينة. على سبيل المثال؛ يمكن استخدام النظام لاختبار وجود مسبب مرض على طعام بواسطة مسح سطح منتج غذائي؛ ‎Jie‏ ‏فاكهة أو خضار. على نحو مماثل؛ يمكن استخدام ركيزة الاستخدام الأحادي لمسح أسطح أخرى للكشف عن بعض الميكرويات أو العوامل؛ ‎Jie‏ الاستخدام في فحص أمني. كما يمكن استخدام 0 ركائز الاستخدام الواحد في الطب الجنائي؛ حيث تمت تهيئة أنظمة ‎CRISPR‏ للكشف» على سبيل المثال؛ تعريف ‎DNA SNPS‏ التي يمكن استخدامها لتعريف مشتبه به؛ أو مرقمات نسيج أو خلية محددة لتحديد نوع المادة الحيوية الموجودة على عينة. بالمتل؛ يمكن استخدام ركيزة الاستخدام الواحد لجمع عينة من مريض- مثل عينة لعاب من الفم- أو مسحة من الجلد. في تجسيدات أخرى؛ يمكن أخذ عينة أو مسحة من منتج لحوم للكشف عن وجود أو غياب الملؤثات على أو 5 داخل منتج اللحوم. يلزم وجود تقنيات تشخيصية ميكروبية قريبة من الزمن الفعلي للمنشآت الغذائية؛ والإكلينيكية؛ والصناعية؛ وغيرها من المنشآت البيئية (انظرء؛ على سبيل ‎Lu TK, Bowers J, and «Jia‏ 0:31)6(:325-7نال 2013 ‎MS., Trends Biotechnol.‏ 1606115). في بعض التجسيدات؛ يتم استخدام الاختراع الحالي للكشف السريع عن مسببات مرض منقولة في الطعام باستخدام «Campylobacter jejuni ‏إرشادية نوعية تجاه مسبب مرض (على سبيل المثال؛‎ RNAs 20
Bacillus (Escherichia coli ‏قالعصمصا58.‎ spp (Clostridium perfringens «Staphylococcus aureus «.Shigella spp (Listeria monocytogenes (cereus
Vibrio Vibrio cholerae (Streptococcus (Staphylococcal enteritis
Yersinia 4 Yersinia enterocolitica (Vibrio vulnificus (parahaemolyticus
Coxiella (Corynebacterium ulcerans 8002663 spp (pseudotuberculosis
.(Plesiomonas shigelloides ‏أو‎ burnetii
في بعض التجسيدات؛ يكون الجهاز عبارة عن أو يشتمل على شريحة تدفق. على سبيل المثال؛
تسمح شريحة تدفق جانبية بالكشف عن ‎RNASE‏ (على سبيل المثال؛ 0202) باللون. يتم تعديل مرشد ‎RNA‏ بحيث يكون له جزيء أول (مثل على سبيل المثال ‎(FITC‏ المرتبطة بالطرف 5“
وجزيء ثاني (مثل على سبيل المثال بيوتين) مرتبط بالطرف 3" (أو العكس صحيح). تتم تهيئة
شريحة التدفق الجانبي بحيث يكون لها خطي التقاط مع أجسام مضادة ذات جزيء مضاد أول
(على سبيل ‎(Jal‏ مضاد ‎(FITC‏ يتم تهجينها عند الأجسام المضادة ذات جزيء الخط الأول
والثاني المضاد ‎Je)‏ سبيل المثال؛ مضاد بيوتين) عند الخط البعدي الثاني. بتدفق تفاعل
‎SHERLOCK 0‏ أسفل الشريحة؛ يرتبط المرشد غير المنقسم بالأجسام المضادة ذات جزيء مضاد ‎J‏ عند أول خط التقاطئ بينما تحرر المرشدة غير المنقسمة الجزيء الثاني وتسمح ‎Jas‏ الجزيء الثاني عند خط الالتقاط الثاني. تريط الأجسام المضادة المقحمة من جزيء ثاني؛ على سبيل المثال؛ المترافقة مع جسيمات بحجم النانوء ‎Jie‏ جسيمات بحجم النانو من ‎call‏ أي جزيء ثاني عند الخط الأول أو الثاني وتؤدي إلى قراءة / إشارة قوية (على سبيل المثال؛ لون). بانقسام مرشد
‏5 أكثرء تتراكم إشارة أكبر عند خط الالتقاط الثاني وتظهر إشارة أقل عند الخط الأول. في بعض الجوانب»؛ يتعلق الاختراع باستخدام شريحة متابعة كما تم الوصف هنا للكشف عن الأحماض النووية أو البولي ببتيدات. في بعض التجسيدات؛ يتعلق الاختراع بطريقة للكشف عن أحماض نووية أو بولي ببتيدات ذات شريحة تدفق كما تحدد ‎(la‏ على سبيل المثال؛ اختبارات تدفق (جانبي) أو تجارب استشراب مناعي للتدفق.
‏0 في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون الجهاز عبارة عن جهاز تميع دقيق ينتج و/ أو يدمج القطرات الصغيرة المختلفة (أي؛ أحجام منفصلة مفردة). على سبيل ‎Jal‏ يمكن أن تتكون مجموعة أولى من القطرات الصغيرة تحتوي على عينات يتم فحصها ومجموعة ثانية من القطرات الصغيرة المتكونة المحتوية على عناصر الأنظمة التي تم وصفها هنا. بعد ذلك يتم دمج المجموعة الأولى والثانية من القطرات الصغيرة وبتم تنفيذ طرق التشخيص التي تم وصفها هنا على مجموعة
‏5 القطرة الصغيرة المدمجة. يمكن أن تكون أجهزة التميع الدقيق التي تم الكشف عنها هنا عبارة عن
شرائح أساسها من السيليكون ‎(Sarg‏ تصنيعها باستخدام مجموعة متنوعة من التقنيات؛ وتتضمن على سبيل المثال وليس الحصرء الكبس الحارء قولبة إيلاستومرات؛ قولبة بالحقن» ‎(LIGA‏ طباعة الحجر الأملس؛ تصنيع السيليكون وتقنيات معالجة غشاء رقيق ذات صلة. تتضمن المواد الملائمة لتصنيع أجهزة التميع الدقيق؛ على سبيل المثال وليس الحصر؛ بوليمر مشترك من أوليفين حلقي ‎«(COC) 5‏ بولي كربونات؛ بولي (داي ميثيل سيلوكسان) (001/5)؛ وبولي (ميثيل أكريلات)
‎(PMMA)‏ في أحد التجسيدات؛ يمكن استخدام طباعة الحجر الأملس في ‎PDMS‏ لتحضير الأجهزة دقيقة التميع. على سبيل ‎(Jal‏ يمكن صنع قالب باستخدام الطباعة الحجرية الضوئية التي تحدد موضع قنوات التدفق؛ والصمامات؛ والمرشحات داخل ركيزة. يتم صب مادة الركيزة إلى قالب ويُسمح بتصلدها لخلق بصمة. بعد ذلك يتم ختم البصمة بمادة حاملة صلبة؛ مثل على سبيل
‏0 المثال وليس الحصرء الزجاج. بسبب الطبيعة غير الآلفة للماء لبعض البوليمرات؛ مثل ‎(PDMS‏ ‏وهو يمتص بعض البروتينات وقد يثبط بعض العمليات الحيوية؛ يمكن أن يلزم وجود عامل تهميد ‎.(Schoffner et al.
Nucleic Acids Research, 1996, 24:375-379)‏ هناك عوامل تهميد ملائمة معروفة في المجال وتتضمن؛ على سبيل المثال وليس الحصر؛ سيلانات؛ وباريلين؛ و © - دوديسيل- © - ‎D‏ -ماتوسيد ‎«eli sh «(DDM)‏ 117/6860-20؛ ومواد خافضة للتوتر
‏5 السطحي مماثلة ‎cal‏ وبولي إيثيلين جلايكول ‎(PEG)‏ ألبومين؛ كولاجين؛ وبروتينات وببتيدات ‎Alas‏ أخرى . في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن تهيئة النظام و/ أو الجهاز للتحويل إلى قراءة عد خلايا بالتدفق في أو السماح بكل القياسات الحساسة والكمية لملايين الخلايا في تجربة واحدة والتحسين على الطرق التي أساسها التدفق الحالية؛ ‎PrimeFlow Las Jie‏ في بعض التجسيدات
‏0 التوضيحية؛ يمكن صب الخلايا في قطرات صغيرة تحتوي على مونومر هلام غير متبلمر؛ التي يمكن عندئذ صبها إلى قطرات صغيرة أحادية الخلية ملائمة للتحليل بواسطة عد الخلايا بالتدفق. يمكن صب تركيب كشف يشتمل على علامة قابلة للكشف متألقة إلى القطرة الصغيرة المشتملة على مونومر هلام غير متبلمر. بعد بلمرة مونومر الهلام لتكوين خرزة داخل قطرة صغيرة. لأن بلمرة الهلام تكون من خلال تكوين خالي من الشقوق؛ يصبح المرشد المتألق مرتبط ‎Goals‏
‏5 بالهلام. يمكن تعديل تركيب الكشف بصورة أكبر بحيث يشتمل على رابط» مثل أمين. يمكن إضافة
عامل إخماد بعد تكوين الهلام ويرتبط من خلال الرابط بتركيب المرشد. على ذلك؛ لا يرتبط عامل الإخماد بالهلام ويكون حر الانتشار بعيدًا عند انقسام المرشد بواسطة بروتين مؤثر 01415014. يمكن تحقيق تكبير الإشارة في قطرة صغيرة بواسطة اقتران تركيب الكشف أو تفاعل سلسلة التهجين (بادئات ‎(Ka (HER‏ تضمين دبابيس الشعر الهجينة ‎RNA/DNA‏ إلى الهلام الذي قد يشتمل على عروة دبوس الشعر ذي نطاق حساس ل 4]1856. بحماية موطئ قدم إزاحة الجديلة داخل
عروة دبوس الشعر ذي نطاق حساس ل ‎(Say (RNase‏ نزع الحماية من بادئات ‎Glam HOR‏ بعد انقسام عروة دبوس الشعر بواسطة بروتين مؤثر 01415014. بعد نزع الحماية من بادئات ‎HCR‏ من خلال إزاحة جديلة يساهم فيها موطيء القدم» ‎(Kay‏ أن تنجرف مونومرات ‎HCR‏ ‏المتألقة بعيدًا إلى الهلام وتسمح بتكبير الإشارة حيث تم نزع حماية البادئات.
0 تم وصف مثال على جهاز تميع دقيق يمكن استخدامه في سياق الاختراع في ‎Hou etal.‏ ‎“Direct Dectection and drug-resistance profiling of bacteremias using‏ ‎[inertial microfluidics” Lap Chip. 15(10):2297-2307 (2016)‏ في الأنظمة التي تم وصفها هناء يمكن أيضًا تضمينها في أجهزة طبية يمكن ارتداؤها تقوم بتقييم العينات الحيوية؛ مثل الموائع الحيوية؛ لخاضع للعلاج خارج المنشأة الإكلينيكية وتقرير نواتج
5 التجربة عن بُعد إلى وحدة خدمة مركزية يمكن الوصول إليها بواسطة طاقم الرعاية الطبية. قد يتضمن الجهاز القدرة على تجميع الدم ذاتيّاء ‎Jie‏ الأجهزة التي تم الكشف عنها في نشرة طلب براءة الاختراع الأمريكية رقم 2015/0342509 بعنوان " ‎1'Needle—free Blood Draw‏ 65 وآخرون»؛ نشرة طلب براءة الاختراع الأمريكية رقم 2015/0065821 بعنوان ‎"Nanoparticle Phoresis'‏ ل ‎Andrew Conrad‏
في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أن يشتمل الجهاز على عيون مفردة؛ مثل عيون طبق دقيق. يمكن أن يكون حجم عيون الطبق الدقيق بحجم عيون معيارية حجمها 6 24 96 384« 1536 3456؛ أو 9600. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن تجفيف عنصر الأنظمة التي تم وصفها هنا بالتجميد وتطبيقها على سطح العين قبل التوزيع والاستخدام.
‎(Se‏ أن تشتمل الأجهزة التي تم الكشف عنها على منافذ دخول وخروج. أو فتحات؛ والتي يمكن توصيلها بدورها بصمامات؛ ‎cally‏ وقنوات» وحجرات؛ ومحاقن و/ أو مضخات لإدخال واستخلاص الموائع إلى ومن الجهاز. يمكن توصيل الأجهزة بمشغلات تدفق المائع التي تسمح بحركة اتجاهية للموائع داخل جهاز التميع الدقيق. تتضمن المشغلات التوضيحية؛ على سبيل
‏5 المثال وليس الحصرء مضخات محقنة؛ مضخات إعادة تدوير مشغلة ميكانيكيًا. ومضخات كهروتناضحية؛ وبصيلات؛ ومنفاخ؛ وحواجز؛ أو فقاعات مخصصة لدفع حركة الموائع. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تتصل الأجهزة بوحدات تحكم بصمامات قابلة للبرمجة تعمل ‎Ge‏ لتحريك الموائع خلال الجهاز. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تتصل الأجهزة بوحدات التحكم التي ستُناقش بمزيد من التفاصيل ‎Lad‏ يلي. يمكن توصيل الأجهزة بمشغلات تدفق؛ ووحدات تحكم؛
‏0 وأجهزة تعبئة عينة بواسطة أنابيب تنتهي بمسامير معدنية للإدخال إلى منافذ المدخل على الجهاز. كما هو موضح هنا تكون عناصر النظام مستقرة عند التجفيف بالتجميد؛ ولهذا تم أيضًا تصور التجسيدات التي لا تتطلب جهاز دعم؛ أي يمكن تطبيق النظام على أي سطح أو مائع يدعم التفاعلات التي تم الكشف عنها هنا وتسمح بالكشف عن إشارة يمكن الكشف عنها موجبة من السطح أو المحلول. بالإضافة إلى التجفيف بالتجميد؛ يمكن أيضًا تخزين الأنظمة بصورة مستقرة
‏5 واستخدامها في صورة خرزات. تكون البوليمرات المفيدة في تكوين صور خرزات ملائمة معروفة في المجال. في بعض التجسيدات؛ يرتبط بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ بكل حجم منفصل في الجهاز. يمكن أن يشتمل كل حجم منفصل على ‎RNA‏ إرشادي مختلف نوعي تجاه جزيء استهداف مختلف. في بعض التجسيدات؛ يتم كشف عينة إلى ركيزة صلبة تشتمل على أكثر من حجم منفصل واحد
‏0 وشتمل كل منها على ‎RNA‏ إرشادي نوعي تجاه جزيء مستهدف. دون التقيد بأي نظرية؛ يقوم كل ‎RNA‏ إرشادي بالتقاط الجزيء المستهدف له من العينة ولا يجب تقسيم العينة إلى تجارب منفصلة. على ذلك؛ ‎(Sa‏ حفظ عينة قيمة. يمكن أن يكون البروتين المؤثر عبارة عن بروتين التحام يشتمل على علامة ألفة ربط. تكون علامات ألفة الريط معروفة جيدًا في المجال (على سبيل ‎(JU‏ علامة ‎(HA‏ علامة ‎(Myc‏ علامة ‎(Flag‏ علامة 5أاا؛ وبيوتين). يمكن ربط البروتين
‏5 المؤثر بجزيء بيوتين ويمكن أن تشتمل الأحجام المنفصلة على ستريتافيدين. في تجسيدات أخرى؛
يرتبط مؤثر ‎CRISPR‏ بجسم مضاد نوعي تجاه البروتين المؤثر. تم وصف طرق ربط إنزيم ‎CRISPR‏ سابقًا (انظرء على سبيل ‎(Jia‏ براءة الاختراع الأمريكية رقم ‎.(US20140356867A1‏ ‏يمكن أيضًا أن تتضمن الأجهزة التي تم الكشف عنها هنا عناصر أجهزة نقطة رعاية ‎(POC)‏ ‏5 معروفة في المجال بتحليل عينات بواسطة طرق أخرى. انظر؛ على سبيل المثال» ‎St John‏ and Price, “Existing and Emerging Technologies for Point—of-Care .(Testing” (Clin Biochem Rev. 2014 Aug; 35(3): 155-167 (LOC) ‏يمكن استخدام الاختراع الحالي مع نظام استشعار تشخيصي مختبر على رقاقة لاسلكي‎
Diagnostic radio "9,470,699 ‏(انظرء على سبيل المثال» براءة الاختراع الأمريكية رقم‎ ‎frequency identification sensors and applications thereof 0‏ '). في بعض التجسيدات؛ يُجرى الاختراع الحالي في ‎LOC‏ متحكم فيها بواسطة جهاز لاسلكي (على سبيل المثال» هاتف خلوي؛ ومساعد رقمي شخصي ‎(PDA)‏ وجهاز لوحي) وبتم تقرير النتائج إلى هذا الجهاز. تتضمن أنظمة علامة تعريف التردد اللاسلكي ‎(RFID)‏ علامة ‎RFID‏ ترسل البيانات للاستقبال ‏5 بواسطة قارئ ‎RFID‏ (وُشار ‎ad)‏ أيضًا بالمحقق). في نظام ‎RFID‏ نمطي؛ يتم تزويد أجسام مفردة (على سبيل ‎(JU‏ المتاجر) بعلامة صغيرة نسبيًا تحتوي على مجيب. يكون للمجيب شريحة ذاكرة تُعطى رمز منتج إلكتروني فريد. يبعث قارئ ‎RFID‏ إشارة لتنشيط المجيب داخل العلامة من خلال استخدام بروتوكول اتصال. بالتالي» يتمكن قارئ ‎RFID‏ من قراءة وكتابة البيانات على العلامة. بالإضافة إلى ذلك؛ يقوم قارئ علامة ‎RFID‏ بمعالجة البيانات ‎Bg‏ لتطبيق نظام علامة ‎RFID‏ ‏0 في الوقت الحالي؛ هناك علامات ‎RFID‏ من نمط سلبي ونشط. لا تحتوي علامة ‎١0‏ ]4 من النمط السلبي على مصدر قدرة داخلي؛ ولكن يتم إمدادها بإشارات تردد لا سلكي يتم استقبالها من قارئ (4]1. بطريقة ‎«dh‏ تحتوي علامة ‎RFID‏ من النمط النشط على مصدر قدرة داخلي يسمح لعلامة ‎RFID‏ من النمط النشط باكتساب نطاقات إرسال وسعة ذاكرة أكبر. يعتمد استخدام علامة سلبية مقابل نشطة على التطبيق المحدد.
تم وصف تقنية شريحة المختبر على رقاقة بصورة جيدة في الكتب العلمية وتتكون من عدة قنوات تميع دقيق؛ وعيون دخل أو كيميائية. يمكن قياس التفاعلات في العيون باستخدام تقنية علامة تعريف التردد اللاسلكي ‎(RFID)‏ طالما أنه من الممكن ربط الأسلاك الموصلة من الشريحة الإلكترونية ‎RFID‏ مباشرةً ‎JS‏ واحد من عيون الاختبار. يمكن طبع أو تركيب هوائي في طبقة أخرى من الشريحة الإلكترونية أو مباشرةً على الجهاز من الخلف. علاوة على ذلك؛ يمكن طمر
الأسلاك» والهوائي والشريحة الإلكترونية إلى شريحة ‎(LOC‏ وبذلك منع قصر الإلكترودات أو الإلكترونيات. طالما أن ‎LOC‏ يسمح بفصل وتحاليل ‎die‏ معقدة؛ فإن تلك التقنية تسمح بإجراء تقنيات ‎LOC‏ على حدة عن معقد أو قارئ مكلف. ‎Yay‏ من ذلك يمكن استخدام جهاز لاسلكي بسيط ‎Jie‏ هاتف خلوي أو ‎PDA‏ في أحد التجسيدات؛ يمكن أن يتحكم الجهاز اللاسلكي أيضًا في
0 فصل والتحكم في قنوات التميع الدقيقة للحصول على تحاليل ‎LOC‏ أكثر تعقيدًا. في أحد التجسيدات» تم تضمين ‎LED‏ وأجهزة قياس أو استشعار إلكترونية أخرى في شريحة ‎LOC‏ ‎RFID‏ دون التقيد ‎sb‏ نظرية؛ يمكن استخدام هذه التقنية مرة واحدة وتسمح باختبارات معقدة تتطلب إجراء فصل وخلط خارج المعمل. في تجسيدات مفضلة؛ يمكن أن يكون ‎LOC‏ عبارة عن جهاز تميع دقيق. يمكن أن يكون ‎LOC‏
5 عبارة عن شريحة سلبية؛ حيث يتم إمداد الشريحة بالقدرة والتحكم فيها من خلال جهاز لاسلكي. في بعض التجسيدات؛ يتضمن ‎LOC‏ قناة تميع دقيق لحفظ المواد الكاشفة وقناة لإدخال عينة. في بعض التجسيدات؛ تقوم إشارة من الجهاز اللاسلكي بالإمداد بالقدرة إلى ‎LOC‏ وتنشيط خلط العينة والمواد الكاشفة للتجرية. على ‎dag‏ التحديد؛ في حالة الاختراع الحالي؛ يمكن أن يتضمن النظام عامل حجب؛ بروتين مؤثر ‎(CRISPR‏ و ‎RNAS‏ إرشادية نوعية تجاه جزيء مستهدف. بعد
0 تنشيط ‎(LOC‏ يمكن أن يقوم جهاز التميع الدقيق بخلط العينة والمواد الكاشفة للتجرية. بعد الخلط يكشف مستشعر عن إشارة ويرسل النتائج إلى جهاز لاسلكي. في بعض التجسيدات؛ يكون عامل الكشف عبارة عن جزيء ‎RNA‏ موصل. يمكن ربط جزيء ‎RNA‏ الموصل بالمادة الموصلة. يمكن أن تكون الجزيئات الموصلة عبارة عن جسيمات بحجم النانو موصلة؛ وبروتينات موصلة؛ وجسيمات معدنية مرتبطة بالبروتين أو اللث أو خرزات ‎AT‏ موصلة. في بعض التجسيدات؛ في
5 حالة استخدام ‎DNA‏ أو ‎RNA‏ فإنه يمكن ربط الجزيئات الموصلة مباشرةً بجدائل ‎DNA‏ أى ‎RNA‏
مطابقة. يمكن الكشف عن تحرير الجزيئات الموصلة عبر مستشعر. يمكن أن تكون التجرية عبارة عن عملية من خطوة واحدة. طالما أنه من الممكن قياس الموصلية الكهريائية للمساحة السطحية فإنه من الممكن الحصول على نتائج كمية محددة على تجارب كهريائية ‎RFID‏ لاسلكية تُستخدم مرة واحدة. علاوة على ذلك؛ يمكن أن تكون مساحة الاختبار صغيرة جدًا مما يسمح بإجراء المزيد من الاختبارات في مساحة ما وبالتالي مما يؤدي إلى توفير في التكلفة. في بعض التجسيدات؛ يتم استخدام مستشعرات منفصلة مرتبطة ببروتين مؤثر 01415014 مختلف و ‎RNA‏ إرشادي مثبت بمستشعر للكشف عن عدة جزيئات مستهدفة. بدون التقيد ‎(gb‏ نظرية؛ يمكن تمييز تنشيط مستشعرات مختلفة بواسطة جهاز لاسلكي. 0 بالإضافة إلى الطرق الموصلة التي تم وصفها هناء يمكن استخدام طرق أخرى تعتمد على ‎RFID‏ ‏أو البلوتوث باعتبارها اتصال منخفض التكلفة أساسي ومنصة قدرة لتجرية ‎RFID‏ تُستخدم مرة واحدة. على سبيل المثال؛ يمكن استخدام وسائل بصرية لتقييم وجود ومستوى جزيء مستهدف ما. في بعض التجسيدات؛ يقوم مستشعر ضوئي بالكشف عن كشف عامل حجب متألق. في بعض التجسيدات؛ قد يتضمن جهاز الاختراع الحالي أجهزة محمولة محمولة لقراءة تشخيصية
Vashist et al., Commercial Smartphone-Based ‏لتجرية (انظرء على سبيل المثال‎ 5
Devices and Smart Applications for Personalized Healthcare Monitoring and Management, Diagnostics 2014, 4(3), 104-128; mReader from .(Mobile Assay; and Holomic Rapid Diagnostic Test Reader ‏كما هو ملحوظ هناء تسمح بعض التجسيدات بالكشف من خلال تغير لوني وله فوائد مصاحبة‎ 0 محددة عند استخدام التجسيدات في حالات ‎POC‏ و/ أو في بيئات ضعيفة الموارد حيث قد يكون الوصول إلى معدات كشف أكثر تعقيدًا لقراءة الإشارة محدودًا. مع ‎alld‏ يمكن أيضًا أن تقترن التجسيدات المحمولة التي تم الكشف عنها هنا بمقاييس ضوئية طيفية محمولة تسمح بالكشف عن الإشارات خارج النطاق المرئي. تم وصف مثال على جهاز مقياس ضوئي طيفي محمول يمكن استخدامه في توليفة مع الاختراع الحالي في ‎Das et al. “Ultraportable, wireless‏ smartphone spectrophotometer for rapid, non-destructive testing of fruit ripeness.” Nature Scientific Reports. 2016, 6:32504, DOI:
‎/srep32504‏ 110.1038 أخيراء في بعض التجسيدات التي تستخدم تركيبات حجم أساسها نقطة
‏كم»؛ يمكن استخدام جهاز ضوء أشعة فوق بنفسجية؛ أو جهاز ملائم ‎AT‏ محمول بنجاح للكشف
‏5 عن إشارة بفضل الناتج الكمي الكامل القريب المزود من قبل نقاط الكم.
‏الطرق والتجارب التوضيحية
‏ترجع التكلفة المنخفضة وقابلية التهيئة لمنصة التجرية إلى عدد من التطبيقات وتتضمن (1) تحديد
‏مقدار ‎DNA J RNA‏ / بروتين عام» (2) كشف عن تعبير وراثي عن ‎RNA/DNA‏ وبروتين
‏مضاعف؛ وسريع؛ و (3) كشف حساس عن أحماض نووية مستهدفة؛ ويبتيدات؛ وبروتينات في 0 كل من العينات الإكلينيكية والبيئية. بالإضافة إلى ذلك؛ يمكن تهيئة الأنظمة التي تم الكشف عنها
‏هنا للكشف عن نسخ داخل إعدادات ‎gen‏ مثل الخلايا. باعتبار الطبيعة النوعية العالية لمؤثرات
‎CRISPR‏ التي تم وصفها هناء قد يكون من المحتمل تعقب التعبير الوراثي النوعي الأليلي للنسخ
‏أو طفرات مرتبطة بمرض في الخلايا الحية.
‏في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يوضع ‎RNA‏ إرشادي أحادي نوعي تجاه هدف واحد في أحجام منفصلة. يستقبل كل حجم عندئذ عينة مختلفة أو قسم من نفس العينة. في بعض التجسيدات
‏التوضيحية؛ يمكن وضع عدة ‎RNA‏ إرشادية كل منها إلى هدف منفصل في عين واحدة بحيث
‏يمكن فحص الأهداف المتعددة في عين مختلفة. للكشف عن عدة ‎RNAS‏ إرشادية في حجم واحد؛
‏في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام عدة بروتينات مؤثرة ذات نوعيات مختلفة. على
‏سبيل ‎(Ja)‏ يمكن استخدام نظائر مختلفة ذات نوعيات متوالية مختلفة. على سبيل ‎Jal‏ يمكن 0 قطع نظير واحد على نحو مفضل أ؛ بينما يفضل قطع غيرها ‎(UC‏ أو ‎JLT‏ يمكن إنتاج
‎RNAs‏ إرشادية تكون كلها عبارة ‎(ge‏ أو تشتمل على جزءٍ ‎«nS‏ من نوكليوتيد أحادي؛ كل منها
‏مع حامل لون مختلف. بهذه الطريقة يمكن فحص ما يصل إلى ‎dal‏ أهداف مختلفة في حجم
‏منفصل مفرد واحد.
كما هو واضح هناء تتمكن أنظمة مؤثر 0651504 من الكشف عن ما يصل إلى تركيزات أتومولار من الجزيئات المستهدفة. ‎hail‏ على سبيل المثال؛ الأشكال 13( 14 ¢19 22 والأمثلة التي سيتم وصفها فيما يلي. بسبب حساسية تلك الأنظمة؛ يمكن أن يستفيد عدد من التطبيقات التي تتطلب كشف سريع وحساس من التجسيدات التي تم الكشف عنها هناء وتم تصور أنها ضمن
مجال الاختراع. سيتم وصف التجارب والتطبيقات التوضيحية بمزيد من التفاصيل فيما يلي. التطبيقات الميكروبية في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تتعلق الأنظمة؛ والأجهزة؛ والطرق؛ التي تم الكشف عنها هنا بالكشف عن وجود واحد أو أكثر من العوامل الميكروبية في عينة؛ مثل عينة حيوية تم الحصول عليها من خاضع للعلاج. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أن يكون الميكروب عبارة عن
0 بكتيرياء فطرء خميرة؛ أوليات؛ أو طفيليات؛ أو فيروس. بالتالي؛ يمكن تهيئة الطرق التي تم الكشف عنها هنا للاستخدام في طرق أخرى (أو في توليفة) مع طرق أخرى تتطلب تعريف سريع لفصائل الميكروب» ومراقبة وجود البروتينات الميكروبية (مولدات الضد)؛ والأجسام المضادة؛ وجينات الجسم المضاد؛ والكشف عن بعض الأنماط الظاهرية ‎Ae)‏ سبيل ‎Jal‏ المقاومة البكتيرية)؛ ومراقبة تطور المرض و/ أو ‎candi‏ وفحص المضاد الحيوي. بسبب إمكانات التشخيص السريعة
5 والحساسة للتجسيدات التي تم الكشف عنها هناء والكشف عن نوع فصائل الميكرو؛ حتى فرق نوكليوتيد ‎cals‏ والقدرة على نشرها كجهاز ‎(POC‏ فإنه ‎(Sa‏ استخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا كأنظمة علاجية إرشادية؛ مثل انتقاء مضاد حيوي أو مضاد فيروسات ملائم. يمكن استخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا لفحص العينات البيئية (الماء؛ والماء؛ والأسطح؛ والطعام وما إلى ذلك) للكشف عن وجود تلوث ميكروبي.
0 تتم الكشف عن طريقة لتعريف فصائل ‎dg Sie‏ مثل فصائل بكتيرية؛ وفيروسية» وفطرية؛ وخميرة؛ أو طفيلية؛ أو ما إلى ذلك. تصف التجسيدات المحددة التي تم الكشف عنها هنا طرق وأنظمة تقوم بتعريف وتمييز الفصائل الميكروبية داخل عينة واحدة؛ أو عبر عدة عينات؛ مما يسمح بالتعرف على عدة ميكرويات مختلفة. تسمح الطرق الحالية بالكشف عن مسببات المرض والتمييز بين اثنين أو أكثر من فصائل واحد أو أكثر من الكائنات الحية؛ على سبيل المثال؛ ‎«Lyall‏ والفيروسات؛
5 والخميرة» والأوليات؛ والفطريات أو توليفة منهاء في عينة حيوية أو بيئية؛ بالكشف عن وجود
متوالية حمض نووي مستهدفة في العينة. تدل إشارة موجبة تم الحصول عليها من العينة على وجود الميكروب. يمكن تعريف عدة ميكرويات في نفس الوقت باستخدام الطرق والأنظمة الخاصة بالاختراع؛ باستخدام ‎ST‏ من بروتين مؤثر واحد؛ حيث يستهدف كل بروتين مؤثر متوالية مستهدفة ‎dug Sia‏ محددة. بهذه الطريقة؛ يمكن إجراء تحليل متعدد المستويات لخاضع للعلاج محدد يمكن فيه الكشف عن أي عدد من الميكرويات مرة واحدة. في بعض التجسيدات؛ يمكن إجراء كشف
متزامن لعدة ميكرويات باستخدام مجموعة من المسبارات التي يمكنها تعريف واحدة أو أكثر من الفصائل الميكروبية. يسمح التحليل المتعدد للعينات بكشف كبير المدى للعينات؛ وتقليل الزمن والتكلفة المطلوبين للتحاليل. مع ذلك؛ ‎sale‏ ما تقتصر التحاليل المتعددة على إتاحة عينة حيوية. مع ذلك؛ ‎Gy‏
0 للاختراع؛ يمكن إجراء بدائل للتحليل المتعدد بحيث يمكن إضافة البروتينات المؤثرة المتعددة إلى عينة واحدة ويمكن جمع كل تركيب حجب مع صبغة إخماد منفصلة. في هذه الحالة؛ يمكن الحصول على إشارات موجبة من كل صبغة إخماد على نحو منفصل لعدة كشوفات في عينة واحدة. يكشف الاختراع الحالي عن طرق للتمييز بين اثنين أو أكثر من فصائل واحد أو أكثر من الكائنات
5 الحية في عينة. كما تكون الطرق معرضة للكشف عن واحد أو أكثر من فصائل واحد أو أكثر من الكائنات الحية في عينة. الكشف عن الميكروب في بعض التجسيدات؛ تم توفير طريقة للكشف عن الميكرويات في عينات تشتمل على توزيع عينة أو مجموعة من العينات إلى واحد أو أكثر من الأحجام المنفصلة المفردة؛ وتشتمل الأحجام
0 المنفصلة المفردة على نظام ‎CRISPR‏ كما تم الوصف هنا؛ وحضانة العينة أو مجموعة من العينات تحت ظروف تكفي بحيث تسمح ‎Jas‏ الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بواحدة أو أكثر من الأهداف نوعية الميكروب؛ تنشيط بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ من خلال ربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بالواحدة أو أكثر من الجزيئات المستهدفة؛ حيث يؤدي تنشيط بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ إلى تعديل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ بحيث يتم إنتاج إشارة موجبة يمكن
الكشف عنها؛ والكشف عن الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنهاء؛ حيث يدل الكشف عن الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها على وجود واحدة أو أكثر من جزيئات مستهدفة في العينة. يمكن أن تكون الواحدة أو أكثر من الجزيئات المستهدفة عبارة عن ‎gDNA (mRNA‏ (مرمزة أو غير مرمزة)؛ ‎trRNA‏ أو ‎RNA‏ يشتمل على متواليد مد نوكليوتيد مستهدفة يمكن استخدامها للتمييز بين اثنين أو أكثر من الفصائل / السلالات الميكروبية عن بعضها البعض.
يمكن تهيئة ‎RNAS‏ الإرشادية للكشف عن متواليات مستهدفة. كما يمكن أن تستخدم التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا بعض الخطوات الخاصة بتحسين التهجين بين متواليات ‎RNA‏ الإرشادية و ‎RNA‏ المستهدفة. تم الكشف عن طرق تحسين تهجين حمض رببونوكليك في الطلب الدولي ‎(WO 0 4‏ بعتوان " ‎Enhanced Methods of Ribonucleic Acid‏
‎"Hybridization 10‏ وهو متضمن هنا كمرجع. يمكن أن يكون الهدف نوعي الميكروب عبارة عن ‎RNA‏ أو ‎DNA‏ أو بروتين. في ‎dlls‏ أن تشتمل طريقة ‎DNA‏ على استخدام بادئات ‎DNA‏ تُدخل معزز ‎RNA‏ بوليميراز كما تم الوصف هنا. في ‎Alls‏ أن يكون الهدف عبارة عن بروتين فإن الطريقة تستخدم أبتاميرات وخطوات نوعية تجاه الكشف عن البروتين كما تم الوصف هنا. الكشف عن متغيرات نوكليوتيد أحادي
‏5 في بعض التجسيدات؛ يمكن الكشف عن واحدة أو أكثر من المتواليات المستهدفة المعرّفة باستخدام ‎RNAs‏ إرشادية نوعية تجاه وترتبط بالمتوالية المستهدفة كما تم الوصف هنا. يمكن أن تميّز الأنظمة والطرق الخاصة بالاختراع الحالي بين عديدات أشكال نوكليوتيد أحادية موجودة بين الفصائل الميكروبية المختلفة وبالتالي؛ قد يمد استخدام ‎RNAS‏ إرشادية عديدة وفقًا للاختراع بصورة أكبر من أو ‎tan‏ من عدد المتواليات المستهدفة التي يمكن استخدامها للتمييز بين الفصائل. على
‏20 سيل المثال؛ في بعض التجسيدات؛ يمكن أن تميّز الواحدة أو أكثر من ‎RNAs‏ الإرشادية بين الميكروبات عند الفصائل؛ والجنس» والعائلة؛ والرتبة؛ والفئة؛ والشعبة؛ والعالم؛ أو النمط الظاهري؛ أو توليفة منها. الكشف بناءً على متواليات ‎rRNA‏
في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام الأجهزة؛ والأنظمة؛ والطرق التي تم الكشف عنها هنا لتمييز عدة فصائل ميكروبية في عينة. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أن يقوم التعريف على متواليات ‎RNA‏ رببوسومية؛ وتتضمن الوحدات الفرعية ‎(16S‏ 235؛ و55. تم الكشف عن طرق تعريف متواليات ‎IRNA‏ ذات الصلة في نشرة طلب براءة الاختراع الأمريكية رقم 2017/0029872. في بعض التجسيدات التوضيحية»؛ يمكن تهيئة مجموعة من ‎RNA‏ الإرشادية
لتمييز كل فصيلة بواسطة منطقة متغيرة فريدة لكل فصيلة أو سلالة. كما يمكن تهيئة ‎RNAS‏ ‏الإرشادية وفقًا لجينات ‎RNA‏ المستهدفة التي تميّز الميكروبات وفقًا للجنس» والعائلة؛ والرتبة؛ والفئة؛ والشعبة؛ والعالم؛ والمستويات؛ أو توليفة منها. في بعض التجسيدات التوضيحية عند استخدام التكبير» يمكن تهيئة مجموعة من بادئات التكبير ‎By‏ لمناطق ثابتة مجانحة من متوالية
‎RNA 0‏ الريبوسومية وتمت تهيئة ‎RNA‏ إرشادي لتمييز كل فصيلة بمنطقة داخلية متغيرة. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن تهيئة البادئات و ‎RNAS‏ الإرشادية لمناطق محفوظة ومتغيرة في الوحدة الفرعية 165 على الترتيب. يمكن استخدام جينات أخرى أو مناطق جينومية متغيرة بصورة فريدة عبر الفصائل أو يمكن أيضًا استخدام مجموعة فرعية من الفصائل ‎Jie‏ عائلة جين ‎(RECA‏ ‏الوحدة الفرعية ‎RNA‏ بوليميراز بيتا. نوقشت مرقمات تطور سلالات ‎Ladle‏ أخرى» وطرق
‏5 تتعريفهاء على سبيل المثال في ‎Wu et al. arXiv:1307.8690 [q-bio.GN]‏ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تمت تهيئة طريقة أو تقنية تشخيص لفحص ‎big Sud)‏ عبر عدة مستويات تطور سلالات و/ أو نمطية ظاهرية في نفس الوقت. على سبيل ‎(Jad)‏ يمكن أن تشتمل الطريقة أو التشخيص على استخدام ‎sae‏ أنظمة ‎CRISPR‏ ذات ‎RNAs‏ إرشادية مختلفة. يمكن أن تميّز مجموعة أولى من ‎RNAS‏ الإرشادية؛ على سبيل المثال» بين المتفطرات؛ والبكتيريا
‏0 موجبة ‎cabal‏ وسلبية لجرام. يمكن أيضًا تقسيم تلك الفئات العامة فرعيًا. على سبيل ‎«Jil‏ يمكن ‎RNAS digs‏ الإرشادية واستخدامها في الطريقة أو التشخيص التي تميّز بكتيريا سلبية لجرام معوية وغير معوية. يمكن تهيئة مجموعة ثانية من ‎RNA‏ الإرشادية لتمييز الميكرويات ‎Gg‏ للجنس أو مستوى الفصيلة. على ذلك يمكن إنتاج قالب يعرّف كل المتفطرات؛ الموجبة لجرام؛ والسلبية لجرام (تم تقسيمها بصورة أكبر إلى معوية وغير معوية) مع كل جنس فصيلة لبكتيريا معرفة في عينة ما
تقع ضمن واحدة من تلك الفئات. يكون ما سبق لأغراض توضيحية فقط. كما تم تصور وسائل أخرى لتصنيف أنواع الميكرويات الأخرى وتتبع البنية العامة السابق وصفها. فحص مقاومة العقار في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام الأجهزة؛ والأنظمة والطرق التي تم الكشف عنها هنا لفحص الجينات الميكرويية محل الاهتمام؛ على سبيل المثال جينات المقاومة للمضاد الحيوي و/ أو المضادة للفيروسات. يمكن تهيئة ‎RNAS‏ الإرشادية بحيث تميّز بين جينات معروفة محل الاهتمام. يمكن عندئذ فحص العينات؛ وتتضمن عينات إكلينيكية باستخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا للكشف عن تلك الجينات. يكون للقدرة على فحص مقاومة العقار عند ‎POC‏ ‏فوائد هائلة لاختيار نظام العلاج الملائم. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تكون جينات مقاومة 0 المضاد الحيوي عبارة عن إنزيمات كاربابينيماز تتضمن ‎OXA- (CTX-M15 (NDM]1 (KPC‏ 8. هناك جينات مقاومة مضاد حيوي معروفة أخرى ويمكن إيجادها على سبيل المثال في ‎Jia et al. “CARD 2017: ( Comprehensive Antibiotic Resistance Database‏ ‎expansion and model-centric curation of the Comprehensive Antibiotic‏ ‎.(Resistance Database.” Nucleic Acids Research, 45, 0566-3‏ 5 رببافيرين ‎Sle‏ عن مضاد فيروسي ‎Jlad‏ يهاجم عدد من فيروسات ‎(RNA‏ تطور لدى عدة فيروسات هامة إكلينيكيًا مقاومة ريبافيرين تتضمن فيروس مرض الفم والقدم 1/1.03594-3ل/001:10.1128؛ فيروس شلل الأطفال ) ‎Pfeifer and Kirkegaard.‏ ‎¢(PNAS, 100)12(:7289-7294, 3‏ وفيروس الالتهاب الكبدي ‎Pfeiffer and ( C‏ ‎(Kirkegaard, J.
Virol. 79)4(: 2346-2355, 5‏ تطور لدى عدد من فيروسات ‎RNA 0‏ المقاومة الأخرى؛ ‎Jie‏ الالتهاب الكبدي و ‎(HIV‏ مقاومة للعقاقير المضادة للفيروسات المتاحة: فيروس الالتهاب الكبدي 8 (لاميفودين» تينوفوفير؛ إينتيكافير) ‎10/1002/hep22900‏ ؛ فيروس الالتهاب الكبدي ‎C‏ (تيلابريفيرء ‎ITMN= (BILN2061‏ 191( 5006؛ بوسيبريفير» 86-021541 ‎(ACH-806‏ 01:10.1002/060.22549؛ و ‎HIV‏ (طفرات مقاومة عقار عديدة) لا170.518001010.60. يمكن استخدام التجسيدات التي تم 5 الكشف عنها هنا للكشف عن متغيرات كتلك بين غيرها.
بعيدًا عن مقاومة العقار؛ هناك عدد من الطفرات ذات الصلة إكلينيكيًا التي يمكن الكشف عنها باستخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هناء مثل عدوى مستمرة مقابل حادة في ‎LCMV‏ ‎¢(d0i:10.1073/pnas.1019304108)‏ وعدوى الإيبولا المتزايدة ( ‎Diehl et al.
Cell.‏ 167(4):1088-1098 ,2016(. كما تم الوصف في موضع آخر هناء يمكن تمييز الفصائل الميكروبية ذات تقارب وثيق (على سبيل ‎(Jal)‏ ذات فارق نوكليوتيد أحادي فقط في متوالية مستهدفة ‎(Le‏ بواسطة إدخال فارق تخليقي في ‎gRNA‏ ‏طرق غطاء محدد في تجسيدات محددة؛ تمت تهيئة مجموعة من ‎RNAS‏ الإرشادية التي يمكنها تعريف»؛ على سبيل 0 المثال؛ كل الفصائل ‎dug Sul‏ داخل مجموعة محددة من الميكرويات. في بعض التجسيدات التوضيحية»؛ يمكن مقارنة طرق إنتاج ‎RNAS‏ إرشادية كما تم الوصف هنا بطرق تم الكشف عنها في الطلب الدولي 2017/040316 ‎WO‏ المتضمنة هنا كمرجع. كما تم الوصف في الطلب الدولي 2017040316 0//ا؛ يمكن أن يقوم محلول غطاء محدد بتعريف أدنى عدد من مسبارات المتواليات المستهدفة أو ‎RNAS‏ الإرشادية المطلوية لتغطية متوالية مستهدفة كاملة أو مجموعة من 5 المتواليات المستهدفة؛ على سبيل ‎(JUL‏ مجموعة من المتواليات الجينومية. تم استخدام طرق الغطاء المحدد سابقًا لتعريف البادئات و/ أو مسبارات المصفوفة الدقيقة؛ نمطيًا في نطاق زوج قاعدة من 20 إلى 50. انظرء على سبيل ‎Pearson et al., «Jul‏ ‎cs.virginia.edu/~robins/papers/primers_dam]1]_final.pdf., Jabado et al.‏ ‎Nucleic Acids Res. 2006 34(22):6605-11, Jabado et al.
Nucleic Acids‏ ‎Res. 2008, 36(1):e3 doil0.1093/nar/gkm1106, Duitama et al.
Nucleic 0‏ ‎Acids Res. 2009, 37(8):2483-2492, Phillippy et al.
BMC Bioinformatics.‏ ‎doi:10.1186/1471-2105-10-293‏ 10:293 ,2009. مع ذلك؛ تشارك تلك الطرق بصورة عامة في معالجة كل بادئة / مسبار ‎k-mers ie‏ والبحث عن التطابقات المحددة أو السماح بتطابقات غير محددة باستخدام مصفوفات لاحقة. بالإضافة إلى ذلك؛ تتبع الطرق بصورة 5 عامة طريقة ثنائية للكشف عن التهجين بواسطة اختيار بادئات أو مسبارات بحيث يجب ربط كل
متوالية مدخلة فقط بواسطة بادئة أو مسبار واحد فقط ويكون موضع هذا الريط بامتداد المتوالية غير ذي صلة. قد تقسم الطريق البديلة جينوم مستهدف إلى نوافذ محددة مسبقًا وتقوم بفعالية بمعالجة كل نافذة كمتوالية مدخلة منفصلة بموجب الطريقة الثنائية- أي أنها تحدد ما إذا كان مسبار ما أو ‎RNA‏ إرشادي يرتبط داخل كل نافذة وبتطلب ربط كل النوافذ بواسطة مسبار أو ملاح إرشادي ما. على نحو فعال؛ تقوم تلك الطرق بمعالجة كل عنصر في "الكون" في مشكلة
الغطاء المحدد على أنها إما متوالية مدخلة كاملة أو نافذة محددة ‎Base‏ لمتوالية مدخلة؛ ويعتبر كل عنصر "مغطى"” إذا ما ارتبط بدء مسبار أو ‎RNA‏ إرشادي داخل العنصر. تحصر تلك الطرق التميع الذي يسمح به المسبار أو تصميمات ‎RNA‏ الإرشادية لتغطية متوالية مستهدفة ما. على العكس؛ تتعلق التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا بالكشف عن أطوال مسبار أو ‎RNA‏
0 إرشادي أطول؛ على سبيل ‎«Jill‏ في نطاق 70 زوج قاعدة إلى 200 زوج قاعدة الملائمة لمتواليات انتقاء هجين. بالإضافة إلى ذلك؛ يمكن تطبيق الطرق التي تم الكشف عنها في الطلب الدولي 2017/040316 ‎WO‏ هنا لتتبع طريقة متوالية مستهدفة شاملة يمكنها تعريف مسبار أو مجموعات ‎RNA‏ إرشادية يمكنها تعريف وتسهيل متواليات الكشف لكل متواليات الفصائل و/ أو السلالات في مجموعة متوالية مستهدفة كبيرة و/ أو متغيرة. على سبيل المثال؛ يمكن استخدام
5 الطرق التي تم الكشف عنها هنا لتعريف كل متغيرات فيروس ‎cle‏ أو عدة فيروسات مختلفة في تجرية واحدة. علاوة على ذلك؛ تقوم الطريقة التي تم الكشف عنها هنا بمعالجة عنصر "بالكون" في مشكلة الغطاء المحدد على أنه نوكليوتيد لمتوالية مستهدفة؛ ويعتبر كل عنصر "مغطى" طالما أن مسبار أو ‎RNA‏ إرشادي يرتبط ‎gia‏ ما من جينوم مستهدف يتضمن العنصر. يمكن استخدام تلك الأنواع من طرق الغطاء المحدد بدلاً من الطريقة الثنائية للطرق السابقة؛ وتقوم الطرق التي تم
0 الكشف عنها هنا بنمذجة أفضل لكيفية تهجين مسبار أو ‎RNA‏ إرشادي إلى متوالية مستهدفة. بدلاً من الاستفسار عن ما إذا كانت متوالية ‎RNA‏ إرشادية ما ترتبط أو لا ترتبط بنافذة ماء فإنه يمكن استخدام تلك الطرق للكشف عن نمط تهجين- أي حيث يرتبط مسبار أو ‎RNA‏ إرشادي ما بمتوالية مستهدفة أو متواليات مستهدفة- ثم تحديد من أنماط التهجين تلك أدنى عدد من المسبارات أو ‎RNA‏ الإرشادية المطلوية لتغطية مجموعة المتواليات المستهدفة إلى درجة تكفي للسماح بكل
25 .من الإغناء من ‎die‏ ومتواليات لأي وكل المتواليات المستهدفة. يمكن تحديد أنماط التهجين تلك
بواسطة تحديد متغيرات محددة تقلل إلى أدنى حد من وظيفة ‎call‏ وبذلك إتاحة تعريف مجموعات مسبار أو ‎RNA‏ إرشادية بسيطة بطريقة تسمح بتغير المتغيرات لكل فصيلة؛ على سبيل المثال؛ لتعكس تنوع كل فصيلة؛ ‎Wally‏ بطريقة فعالة حسابيًا لا يمكن تحقيقها باستخدام تطبيق مباشر لمحلول غطاء محدد؛ مثل تلك السابق تطبيقها في سياق تهيئة المسبار أو ‎RNA‏ الإرشادي.
يمكن أن تسمح القدرة على الكشف عن عدة توافرات نسخة بإنتاج بصمات ميكروبية فريدة تدل على نمط ظاهري محدد. يمكن استخدام تقنيات تعلم على آلة متنوعة لاشتقاق البصمات الجينية. بالتالي؛ يمكن استخدام ‎RNAS‏ الإرشادية لأنظمة ‎CRISPR‏ لتعريف و/ أو تحديد مقدار المستوبات النسبية للمرقمات الحيوية المحددة بواسطة البصمة الجينية للكشف عن بعض الأنماط الظاهرية. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تدل البصمة الجينية على التعرض إلى مضاد حيوي؛
0 أو مقاومة مضاد حيوي؛ أو توليفة منها. في أحد جوانب الاختراع» تشتمل طريقة على الكشف عن واحد أو أكثر من مسببات المرض. بهذه الطريقة؛ يمكن الحصول على التمييز بين عدوى خاضع للعلاج بواسطة الميكرويات المفردة. في بعض التجسيدات؛ يمكن أن يتيح هذا التمييز للإكلينيكي الكشف عن أو تشخيص أمراض محددة؛ على سبيل ‎(JE‏ متغيرات مختلفة من مرض. يفضل أن تكون متوالية مسبب المرض ‎Ble‏ عن
5 جينوم لمسبب المرض أو شظية منه. كما تشتمل الطريقة على تحديد تطور مسبب المرض. يمكن أن يشتمل تحديد تطور مسبب المرض على ترعيف طفرات مسبب المرض؛ على سبيل المثال حذف النوكليوتيد؛ وإدخال النوكليوتيد» واستبدال النوكليوتيد. بين الأخيرة؛ هناك استبدالات غير مترادفة» و مترادفة؛ وغير مرمزة. تكون الطفرات في الأحوال الأكثر تكرارًا غير مترادفة أثناء التفشي. قد تشتمل الطريقة أيضًا على تحديد معدل الاستبدال بين متواليتي مسبب المرض اللتين تم
0 تحليلهما كما سبق الوصف. يتطلب تحديد ما إذا كانت الطفرات ضارة أو حتى تكيفية تحليل وظيفي؛ مع ذلك؛ يقترح معدل الطفرات غير المترادفة أن التطور المستمر لهذا الوياء قد يوفر فرصة لتهيئة مسبب المرض؛ مع التأكيد على الحاجة إلى احتواء سريع. على ذلك؛ يمكن أن تشتمل الطريقة ‎Wad‏ على تقييم خطر التهيئة ‎dg pill‏ حيث يتحدد عدد الطفرات غير المترادفة. ‎.(Gire, et al., Science 345, 1369, 2014)‏
مراقبة تفشي الميكروب
في بعض التجسيدات؛ يمكن استخدام نظام ‎CRISPR‏ أو طرق استخدامه كما تم الوصف هنا لتحديد تطور تفشي مسبب مرض. يمكن أن تشتمل الطريقة على الكشف عن واحدة أو أكثر من المتواليات المستهدفة من مجموعة من العينات من واحد أو أكثر من الخاضعين للعلاج؛ حيث تكون المتوالية المستهدفة عبارة عن ميكروب يتسبب في التفشي. يمكن أن تشتمل طريقة كتلك على تحديد نمط نقل مسبب المرضء أو آلية تساهم في تفشي مرض ناتج عن مسبب مرض. يمكن أن يشتمل نمط نقل مسبب المرض على نقل جديد مستمر من المكمن الطبيعي لمسبب المرض أو نقل من خاضع للعلاج إلى آخر (على سبيل المثال؛ إسال من إنسان إلى إنسان) بعد نقل واحد من المكمن الطبيعي أو خليط من كليهما. في أحد التجسيدات؛ يمكن أن يكون نقل مسبب المرض تقل بكتيري أو فيروسي؛ ‎Bg‏ تلك الحالة؛ يفضل أن تكون المتوالية المستهدفة عبارة 0 عن جينوم ميكروبي أو شظايا منه. في أحد التجسيدات؛ يكون نمط نقل مسبب المرض هو النمط المبكر لنقل مسبب المرض؛ أي في بداية تفشي مسبب المرض. يزيد تحديد نمط نقل مسبب المرض في بداية التفشي من احتمالية توقف التفشي مبكرًا قدر الإمكان وبذلك تقليل احتمالية الانتشار دوليًا ومحليًا. يمكن أن يشتمل تحديد نمط نقل مسبب المرض على الكشف عن متوالية مسبب مرض وفقًا للطرق 5 التي تم وصفها هنا. يمكن أن يشتمل تحديد نمط نقل مسبب المرض ‎Wad‏ على الكشف عن تغيرات داخل العائل مشتركة لمتوالية مسبب المرض بين الخاضعين للعلاج وتحديد ما إذا كانت التغيرات داخل العائل المشتركة توضح أنماط زمنية. توفر الأنماط في التغير بين عائل وآخر وداخل العائل الواحد الملحوظة أدلة هامة على انتقال المرض والوبائيات )2014 ‎.(Gire, et al.,‏ يدل الكشف عن التغيرات بين العوائل المشتركة بين الخاضعين للعلاج أن الأنماط الزمنية مؤشرًا 0 على روابط النقل بين الخاضع للعلاج (تحديدًا بين البشر) بسبب أنه يمكن تبريرها بواسطة عدوى الخاضع للعلاج من عدة مصادر (عدوى إضافية)؛ طفرات متكررة لتلوث العينة (مع أو بدون انتقاء التوازن لتقوية الطفرات)؛ أو نقل مشترك لفيروسات متباينة بقدر ضئيل ‎Lan‏ عن تطفير مبكر في سلسلة ‎(Park, et al., Cell 161)7(:1516-1526, 2015) Jali‏ يمكن أن يشتمل الكشف عن التغيرات بين العوائل المشتركة على الكشف عن متغيرات بين العوائل موجودة عند مواضع 5 تعدد أشكال نوكليوتيد أحادي مشتركة ‎(SNP)‏ يدل الكشف الإيجابي عن متغيرات بين العوائل
موجودة عند مواضع مشتركة ‎(SNP)‏ على عدوى إضافية وتلوث كشروح رئيسية للمتغيرات بين العوائل. يمكن إضفاء العدوى الإضافية والتلوث على أساس تكرار ‎SNP‏ الذي يبدو كمتغيرات بين العوائل )2015 ‎(Park, et al.,‏ يمكن استبعاد العدوى الإضافية والتلوث بشكل آخر. في تلك الحالة الأخيرة؛ يمكن أن يشتمل الكشف عن التغيرات بين العوائل المشتركة بين الخاضعين للعلاج أيضًا على تقييم تكرارات المتغيرات المترادفة وغير المترادفة ومقارنة تكرار المتغيرات المترادفة وغير المترادفة لبعضها البعض. تكون الطفرة غير المترادفة هي طفرة تبّل من الحمض الأميني للبروتين؛ مما يؤدي على نحو محتمل إلى تغير حيوي في الميكروب المعرض إلى انتقاء طبيعي. لا يبدل الاستبدال المترادف من متوالية حمض أميني. يدل التكرار المساوي للمتغيرات المترادفة وغير المترادفة على المتغيرات بين العوائل الناشئة بصورة طبيعية. في حالة تباين تكرار المتغيرات 0 المترادفة وغير المترادفة؛ من المحتمل الحفاظ على المتغيرات بين العوائل بواسطة توازن الانتقاء . في حالة أن تكون تكرارات المتغيرات المترادفة وغير المترادفة منخفضة؛ فإن ذلك يدل على طفرة متكررة. في حالة أن تكون تكرارات المتغيرات المترادفة وغير المترادفة عالية؛ يدل ذلك على النقل المشترك )2015 ‎.(Park, et al.,‏ مثل فيروس الإيبولاء يمكن أن يتسبب فيروس لاسا ‎(LASV)‏ في حمى نزفية مع معدلات وفيات 5 عالية. أنتج ‎Andersen‏ وآخرون قائمة جينومية من حوالي 200 متوالية ‎LASV‏ من عينات مكمن إكلينيكي ولقوارض (-738 م ,4 ‎Andersen, et al., Cell Volume 162, Issue‏ ‎August 2015‏ 13 ,150). يوضح ‎Andersen‏ وآخرون أنه بينما يتغذى وياء ‎EVD‏ 2013- 5 على انتقالات من البشر- للبشرء غير أن عدوى /81ها تنتج بصورة أساسية من عدوى من مكمن إلى إنسان. أوضح ‎Andersen‏ وآخرون انتشار ‎LAS‏ في وسط أفريقيا ويوضح أنه 0 قد صحب هذا الارتحال تغيرات في توافر جينوم ‎(LASV‏ ومعدلات الخصوية؛ وتهيئة الرامزة؛ وفعالية التحور الوراثي. يمكن أن تشتمل الطريقة أيضًا على مقارنة تطور السلالات عند متوالية مسبب مرض أولى بمتوالية مسبب مرض ثانية؛ وتحديد ما إذا كان هناك رابط تطور سلالات بين متواليات مسبب المرض الأولى والثانية. يمكن أن تكون متوالية مسبب المرض الثانية ‎Ble‏ عن متوالية مرجعية مبكرة. إذا كان هناك رابط تطور سلالات؛ يمكن أن تشتمل الطريقة أيضًا على
تجذير تطور السلالات لمتوالية مسبب المرض الأولى إلى متوالية مسبب المرض الثاني. على
ذلك من المحتمل إنشاء سلالة متوالية مسبب المرض الأولى. )2015 ‎(Park, et al.,‏
قد تشتمل الطريقة أيضًا على تحديد ما إذا كانت الطفرات ضارة أو تكيفية. تدل الطفرات الضارة
على فيروسات مختلة الانتقال وعدوى طرف ساكن؛ على ذلك توجد بصورة طبيعية فقط في خاضع للعلاج واحد. تكون الطفرات الفريدة لخاضع للعلاج واحد هي تلك التي تحدث على الفروع
الخارجية من شجرة تطور السلالات؛ بينما تكون طفرات الفرع الداخلي هي تلك الموجودة في
عينات متعددة (أي؛ في عدة خاضعين للعلاج). هناك معدل أعلى للاستبدال غير المترادف وهو
مميز للفروع الخارجية من شجرة تطور السلالات )2015 ‎(Park, et al.,‏
في الفروع الداخلية لشجرة تطور السلالات؛ كان للانتقاء فرص أكبر لترشيح الطافرات الضارة.
0 أنتجت الفروع الداخلية؛ ‎lass‏ عدة سلالات سليلة وعلى ذلك تقل احتمالية أن تتضمن طفرات ذات تكلفة ملاءمة. على ذلك؛ يدل المعدل المنخفض على الاستبدال غير المترادف على فروع داخلية )2015 ‎.(Park, et al.,‏ تحدث الطفرات المترادفة؛ المحتمل أن يكون لها تأثير أقل على الملاءمة؛ بتكرارات أكثر مقارنة على الفروع الداخلية والخارجية )2015 ‎(Park, et al.,‏
5 بتحليل المتوالية المستهدفة المتعاقبة؛ ‎(Jie‏ جينومات فيروسية؛ من المحتمل اكتشاف الآليات المسئولة عن حدة النوية الويائية على سبيل المثال أثناء تفشي الإيبولا 2014. على سبيل المثال؛ عقد ‎Gire‏ وآخرون مقارنة تطور سلالات لجينومات تفشي 2014 لكل 20 جينوم من التفشي السابق مما يقترح أن فيروس وسط أفريقيا 2014 انتشر على نحو محتمل من وسط أفريقيا خلال العقد الماضي. تسبب تجذير تطور السلالات باستخدام التباعد عن جينومات فيروس الإيبولا في
0 كثير من المشاكل (6؛ 13). مع ذلك؛ يكشف تجذير الشبكة على التفشي الأقدم عن ترابط قوي بين بيانات العينة والمسافة من الجذر إلى الطرف؛ بمعدل استبدال 8* 10 -4 للموضع في العام (13). يقترح ذلك أن سلالات أحدث حالات تفشي تتشعب كلها عن سلف مشترك في نفس الوقت ‎We jis‏ 2004؛ مما يدعم افتراض أن كل تفشي يعبر عن حدث حيواني المصدر منفصل من نفس القطاع الفيروسي المتنوع وراثيًا في المكمن الطبيعي له. وقد اكتشفوا ‎Load‏ أن تفي ‎EBOV‏
في 2014 قد يكون ناتج عن انتقال واحد من المكمن الطبيعي؛ ثم انتقال من الإنسان إلى الإنسان أثناء التفشي. كما تقترح نتائجها أن النوية الويائية في ‎Sierra Leon‏ قد تكون قد نشأت من إدخال فيروسين مميزين وراثيًا من غينيا في نفس الوقت ‎.(Gire, et al., 2014) Gis‏ من المحتمل ‎Lal‏ تحديد كيفية انتشار فيروس لاسا من نقطة المنشاً الخاصة به؛ تحديدًا بفضل الانتقال من إنسان إلى إنسان وحتى تعقب تاريخ هذا الانتشار حتى 400 عام مضت ‎.(Andersen, et al., Cell 162)4(:738-50, 2015)‏ فيما يتعلق بالمطلوب تنفيذه أثناء تفشى ‎EBOV‏ 2013- 2015 والصعويات ‎All‏ تمت مصادفتها من قبل الطاقم الطبي في موضع تفشي المرض؛ وبصورة أكثر شمولاً؛ تتيح طريقة ‎J‏ لاختراع تنفيذ المتواليات باستخدام مسبارات مختارة بحيث يمكن تعجيل عمل المتواليات؛ ‎Allg‏ ‏10 تقصير الفترة المطلوية منذ أخذ العينة حتى الحصول على النتائج. علاوة على ذلك؛ يمكن تهيئة أطقم وأنظمة لتكون مستخدمة في المجال بحيث يمكن إجراء تقنيات تشخيصية للمريض بسهولة دون الحاجة إلى إرسال أو شحن العينات إلى جزءِ آخر من الدولة أو العالم. في أي من الطرق السابق وصفهاء يمكن أن يستخدم عمل متواليات من المتوالية المستهدفة أو شظية منها عمليات متواليات سبق وصفها. علاوة على ذلك؛ يمكن أن يكون عمل متواليات من 5 المتوالية المستهدفة أو شظية منها ‎Sle‏ عن عمل متواليات في الزمن القريب من الزمن الفعلي. يمكن ‎shal‏ عمل متواليات من المتوالية المستهدفة أو شظية منها وفقًا لطرق سبق وصفها ‎.(Experimental Procedures: Matranga et al., 2014; and Gire, et al., 2014)‏ يمكن أن يشتمل عمل متواليات من المتوالية المستهدفة أو شظية منها على متواليات موازية من مجموعة من المتواليات المستهدفة. يمكن أن يشتمل عمل متواليات من المتوالية المستهدفة أو شظية منها على عمل متواليات ‎Jllumina‏ ‏يمكن أن يكون تحليل المتوالية المستهدفة أو شظية منها تقوم بالتهجين إلى واحد أو أكثر من المسبارات المختارة عبارة عن تحليل تعريفي» حيث يدل تهجين مسبار مختار إلى المتوالية المستهدفة أو شظية منها على وجود المتوالية المستهدفة داخل العينة.
في الوقت الحالي؛ تقوم التقنيات التشخيصية الرئيسية على الأعراض الظاهرة للمريض. مع ذلك؛ يمكن أن تشترك أمراض متنوعة في أعراض مطابقة بحيث تعتمد التقنيات التشخيصية بصورة كبيرة على الإحصاءات. على سبيل المثال؛ تنبّه الملاريا أعراض تشبه الإنفلونزا: الصداع؛ والحمى؛ والرعشة؛ وألم المفاصل؛ ‎co Ally‏ وفقر الدم الانحلالي؛ واليرقان؛ والهيموجلوبين في البول؛ وتلف الشبكية؛ والتشنجات. كما تكون تلك الأعراض شائعة للإنتان الدموي؛ و التهاب المعدة والأمعاء؛
والأمراض الفيروسية. بين الأخيرة» يكون لحمى ‎You)‏ النزفية الأعراض التالية الحمى» والتهاب الحلق؛ وألم العضلات؛ والصداع؛ والقيء؛ والإسهال؛ والطفح؛ وقصور وظائف الكلى والكبد؛ ونزف داخلي وخارجي. عند عرض مربض على وحدة طبية؛ على سبيل المثال في أفريقيا الاستوائية؛ تفضي التشخيصات
0 المبدئية إلى الإصابة بالملاريا لأنه من الناحية الإحصائية؛ تعد الملاريا هي المرض الأكثر احتمالية الحدوث في منطقة أفريقيا. تتم معالجة المريض بعد ذلك من الملايا رغم أن المريض قد لا يكون مصابًا بالفعل بهذا المرض وتكون النتيجة عدم علاجه بصورة سليمة. يمكن أن يشكل نقص العلاج السليم تهديدًا للحياة تحديدًا عندما يتطور المرض المصاب به هذا المريض بسرعة. وقد يفوت الأوان قبل إدراك الطاقم الطبي أن العلاج المعطى للمريض غير فعال وبتوصلوا
5 للتشخيص السليم وبالتالي إعطاء العلاج المكافئ للمريض. توفر طريقة الاختراع حلاً لهذه الحالة. في الواقع» لأنه يمكن خفض عدد ‎RNAS‏ الإرشادية بصورة كبيرة؛ غير أنه ذلك يتيح توفير مسبارات مختارة من شريحة واحدة متقسمة إلى مجموعات؛ وتكون كل مجموعة نوعية لمريض واحد؛ بحيث ‎(Sa‏ تشخيص مجموعة الأمراض؛ على سبيل المثال؛ العدوى الفيروسية في وقت واحد. بفضل الاختراع الحالي؛ يمكن تشخيص 3 أمراض على شريحة
0 واحدة؛ ويفضل أكثر من ك قف تق ق 0د 12-11 13 4د 15 16 17 18 9 © مرض في نفس الوقت؛ ويفضل الأمراض الشائع حدوثها في قطاع بمساحة جغرافية محددة. طالما أنه تكون كل مجموعة من المسبارات المختارة نوعية تجاه واحد من الأمراض التي تم تشخيصهاء فإنه يمكن إجراء تشخيص أكثر دقة؛ وبالتالي تقليل خطر إعطاء العلاج الخاطئ
في حالات أخرى؛ يمكن أن يحدث مرض مثل عدوى فيروسية بدون أي أعراض» أو تسبب في أعراض ولكن اختفت قبل مثول المربض ‎ald‏ الطاقم الطبي. في تلك الحالات؛ إما أن المريض لا يسعى للحصول على أي مساعدة طبية أو يكون التشخيص معقًا بسبب عدم وجود أي أعراض في يوم مثوله أمام الطاقم الطبي. كما يمكن استخدام الاختراع الحالي للتوافق مع طرق أخرى لتشخيص ‎aye‏ وتعريف مسببات المرض وتحسين العلاج بناءً على الكشف عن الأحماض النووية؛ ‎MRNA (Jie‏ في عينات خام غير منقاة. كما توفر طريقة الاختراع أداة قوة لمخاطبة تلك الحالة. في الواقع؛ ‎Lalla‏ أن مجموعة ‎RNAS‏ ‏الإرشادية المختارة» وتكون كل مجموعة نوعية لواحد من الأمراض الأكثر شيوعًا التى تحدث داخل قطاع بالمنطقة المحددة؛ تكون ضمن تقنية تشخيصض واحدة يحتاج الطاقم الطبى فقط إلى ملامسة ‎die‏ حيوية مأخوذة من المريض باستخدام الشريحة. تكشف قراءة الشريحة عن الأمراض المصاب بها هذا المريض. في بعض الحالات؛ يمثل المريض أمام الطاقم الطبي لتشخيص أعراض محددة. تتيح طريقة الاختراع ليس فقط تعريف أي مرض تسبب في تلك الأعرارض ولكن في الوقت ذاته تحديد ما إذا 5 كان المريض يعاني من مرض آخر لا يكون على دراية به أو لا. قد تكون تلك المعلومات على درجة عالية من الأهمية عند البحث عن ‎alll‏ تفشى مرض. فى الواقع» تبدي مجموعات المرضى المصابين بفيروسات مطابقة أيضًا أنماط زمنية تقترح روابط ‎Jal‏ من مريض إلى آخر. في بعض التجسيدات؛ يمكن استخدام نظام ‎CRISPR‏ أو طرق استخدامها كما تم الوصف هنا لتنبؤ بنواتج المرض في مرضى يعانون من أمراض فيروسية. في تجسيدات محددة؛ يمكن أن تتضمن تلك الأمراض الفيروسية؛ على سبيل المثال وليس الحصر؛ حمى لاسا. يمكن أن تتضمن العوامل المحددة المرتبطة بنواتج مرض حمى لاسا على سبيل المثال وليس الحصر ¢ العمر ؛ ومدى إصابة الكلية؛ و/ أو إصابة ‎.CNS‏ ‏فحص الاضطرابات الجينية الميكروبية
في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام أنظمة ‎CRISPR‏ التي تم الكشف عنها لفحص الاضطرابات الجينية الميكروبية. قد تكون تلك الطرق مفيدة؛ على سبيل المثال لتخطيط المسارات الميكروبية والشبكات الوظيفية. يمكن تعديل الخلايا الميكروبية جينيًا ثم فحصها تحت ظروف ‎du ja‏ مختلفة. كما سبق الوصف؛ يمكن أن تقوم التجسيدات التي تم الكشف عنها بفحص عدة جزيئات مستهدفة في عينة واحدة؛ أو هدف واحد في جحم منفصل مفرد واحد بطريقة مضاعفة. يمكن تعديل الميكرويات المعدلة جينيًا بحيث تتضمن متوالية كود شريطي لحمض نووي تحدد التعديل الجيني المحدد الذي تحمله الخلية الميكروبية المحددة أو قطاع من ‎LAY‏ الميكروبية. يكون الكود الشريطي عبارة عن متوالية قصيرة من النوكليوتيدات (على سبيل المثال؛ ‎(DNA‏ ‎(RNA‏ أو توليفات منها) المستخدمة كوسيلة تعريف. يمكن أن يتراوح طول الكود الشريطي 0 للحمض النووي من 4- 100 نوكليوتيد ويكون إما أحادي الجديلة أو مزدوج الجديلة. تكون طرق تعريف الخلايا برموز شريطية معروفة في المجال. بالتالي؛ يمكن استخدام ‎RNAS‏ الإرشادية وأنظمة مؤثر 0415014 التي تم وصفها هنا للكشف عن الكود الشربطي. يدل الكشف عن الإشارة التي يمكن الكشف عنها الموجبة على وجود تعديل جيني محدد في العينة. يمكن دمج الطرق التي تم الكشف عنها هنا مع طرق أخرى للكشف عن قراءات النمط الجيني المكمل أو النمطي الظاهري 5 التي تدل على تأثير التعديل الجيني تحت الظروف التجريبية الخاضعة للاختبار. يمكن أن تتضمن التعديلات الجينية المراد فحصهاء على سبيل المثال وليس الحصرء التشغيل الجيني؛ وإيقاف النشاط الجيني؛ والانقلاب؛ والإزفاء؛ والتبديل؛ أو واحدة أو أكثر من إدخالات؛ أو حذوفات؛ أو استبدالات النوكليوتيد» أو طفرات؛ أو إضافة أحماض نووية ‎ja‏ قمة لاصقة مع نتيجة وظيفية ‎Jie‏ إبدال ثبات البروتين أو الكشف عنه. بطريقة مماثلة؛ يمكن استخدام الطرق التي تم وصفها 0 هنا في تطبيق حيوي تخليقي لفحص وظائف التجهيزات النوعية للعناصر المنظمة للجين والوحدات النمطية للتعبير الوراثي عن الجين. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام الطرق لفحص ناقصات المفعول. إنتاج ناقصات المفعول واستخدامها في تعريف الجينات الوظيفية البكتيرية الرئيسية وتعريف علاجات مضادات حيوية جديدة كما تم الكشف في ‎PCT/US2016/060730‏ بعنوان ‎“Multiplex High—‏
Resolution Detection of Micro—organism Strains, Related Kits, Diagnostic 5
‎Methods and Screening Assays”‏ تم إيداعه في 04 نوفمبر 2016؛ وهي متضمنة هنا كمرجع. يمكن أن تشتمل ظروف التجرية المختلفة على تعرض الخلايا الميكروبية إلى عوامل كيميائية مختلفة؛ وتوليفات من العوامل الكيميائية؛ وتركيزات مختلفة من العوامل الكيميائية أو توليفات من العوامل الكيميائية؛ وفترات مختلفة للتعرض إلى العوامل الكيميائية أو توليفات من العوامل
الكيميائية» ومتغيرات فيزيائية مختلفة؛ أو كليهما. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون العامل الكيميائي عبارة عن مضاد حيوي أو مضاد فيروسي. قد تتضمن المتغيرات الفيزيائية المختلفة المراد فحصها درجات حرارة مختلفة؛ وضغوط جوية؛ وتركيزات غاز جوية وغير جوية مختلفة؛ ومستويات رقم هيدروجين مختلفة؛ وتركيبات أوساط مزرعة مختلفة؛ أو توليفة منها.
0 فحص العينات البيئية يمكن أيضًا استخدام الطرق التي تم الكشف عنها هنا لفحص العينات البيئية للكشف عن الملؤثات باستخدام الكشف عن وجود حمض نووي أو بولي ببتيدات مستهدفة. على سبيل المثال؛ في بعض التجسيدات؛ يوفر الاختراع طريقة للكشف عن الميكرويات؛ تشتمل على: تعريض نظام ‎CRISPR‏ ‏كما تم الوصف هنا إلى عينة؛ تنشيط بروتين مؤثر ‎RNA‏ من خلال ربط واحدة أو أكثر من
‎RNAs 5‏ الإرشادية إلى واحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ إرشادية نوعية الميكروب أو واحدة أو أكثر من ‎RNA‏ منبّهة بحيث يتم إنتاج إشارة إيجابية يمكن الكشف عنها. ‎(Ka‏ الكشف عن الإشارة الموجبة وتدل على وجود واحد أو أكثر من الميكروبات في العينة. في بعض التجسيدات؛ قد يكون نظام ‎CRISPR‏ على ركيزة كما تم الوصف هناء ويمكن تعريض الركيزة إلى العينة. في تجسيدات ‎(gal‏ يمكن تطبيق نفس نظام ‎(CRISPR‏ و/ أو نظام ‎CRISPR‏ مختلف على عدة مواضع
‏0 منفصلة على الركيزة. في تجسيدات أخرى؛ يمكن أن يقوم نظام ‎CRISPR‏ المختلف بالكشف عن ميكروب مختلف عند كل موضع. كما سبق الوصف بمزيد من التفصيل ‎coded‏ يمكن أن تكون الركيزة عبارة عن ركيزة مواد مرنة؛ على سبيل المثال؛ بما في ذلك؛ على سبيل المثال وليس الحصر؛ ركيزة ورقية؛ ركيزة من قماش» أو ركيزة أساها بوليمر مرن.
‎lg‏ للاختراع» يمكن تعريض الركيزة إلى العينة ‎Bla‏ بغمر الركيزة ‎ge‏ في ‎wile‏ يتم ‎nant‏ عن طريق الإمداد بمائع مراد اختباره إلى ‎BSH‏ أو بواسطة تلامس سطح مراد اختباره مع الركيزة. يمكن استخدام أي وسيلة لإدخال العينة إلى الركيزة متى لزم الأمر. كما تم الوصف هناء يمكن أن تكون العينة للاستخدام مع الاختراع عبارة عن عينة حيوية أو بيئية؛ مثل عينة طعام (فواكه طازجة أو خضروات؛ ولحوم)؛ عينة ‎cd‏ سطح ورقي؛ سطح قماش؛
سطح معدن؛ سطح خشبي؛ سطح بلاستيكي؛ عينة ترية؛ عينة ماء عذب؛ عينة ماء ‎pee‏ عينة ماء ملحي؛ التعرض إلى هواء جوي أو عينة غاز أخرى أو توليفة منها. على سبيل المثال» الأسطح المنزلية/ التجارية/ الصناعية المصنوعة من أي مواد تتضمن؛ على سبيل المثال وليس الحصر؛ معدن؛ خشب؛ بلاستيك؛ مطاطء أو ما إلى ذلك؛ يمكن مسحها واختبارها للكشف عن
0 الملؤثات. يمكن اختبار عينات الترية للكشف عن وجود بكتيريا أو طفيليات مسببة للمرض؛ أو ميكرويات ‎(al‏ لأغراض بيئية و/ أو لاختبارات أمراض البشرء أو الحيوانات؛ أو النبات. يمكن تقييم عينات الماء ‎Jie‏ عينات الماء العذب؛ أو عينات الماء ‎gall‏ أو عينات الماء الملحي للكشف عن النظافة والأمان؛ و/ أو صالحيته للشرب؛ للكشف عن؛ على سبيل المثال؛ ‎«Giardia lamblia (Cryptosporidium parvum‏ أو تلوث ميكروبي ‎CAT‏ في تجسيدات
5 أخرى؛ يمكن الحصول على عينة حيوية من مصدر يتضمن؛ على سبيل المثال وليس الحصرء عينة نسيج ‎tissue sample‏ « اللعاب ‎saliva‏ ¢ الدم ‎blood‏ ؛ ‎plasma Lull‏ « الأمصال ‎sera‏ ¢ البراز ‎stool‏ » البول ‎urine‏ ¢ البصاق ‎sputum‏ ؛ المخاط ‎mucous‏ » اللمف ‎lymph‏ ‏؛ المائع الزليلي ‎synovial fluid‏ » السائل النخاعي ‎cerebrospinal fluid‏ « استسقاء ‎ascites‏ ‏؛» انصباب جنبي ‎pleural effusion‏ ؛ تورم مصلي ‎seroma‏ القيح 5 ؛ أو مسحة من
0 البشرة ‎swab of skin‏ أو سطح غشاء مخاطي ‎membrane surface‏ [1106058. بعض التجسيدات المحددة؛ يمكن أن تكون عينة بيئية أو عينات حيوية عبارة عن عينات خام و/ أو يمكن أن تكون الواحدة أو أكثر من الجزيئات المستهدفة منقاة أو مكبرة من العينة قبل تطبيق الطريقة. قد يكون تعريف الميكروبات مفيدًا و/ أو ‎Ulla‏ لأي عدد من التطبيقات؛ وعلى ذلك يمكن استخدام أي نوع عينة من أي مصدر يعد ملائمًا لصاحب المهارة في المجال ‎By‏ للاختراع.
في بعض التجسيدات ؛ يتم فحص الطعام للكشف عن التلوث بالبكتيريا ‎٠‏ مثل ‎E. coli‏ في المطاعم أو مقدمي طعام آخرين؛ وأسطح الطعام؛ واختبار الماء للكشف عن مسببات المرض مثل ‎«Campylobacter (Salmonella‏ أو ‎coli‏ .؛ ‎Waals‏ فحص جودة الطعام للمصنعين والمنظمين لتحديد نقاء مصادر اللحوم؛ وتعريف تلوث الهواء بمسببات الأمراض ‎dlegionella Jie‏ وفحص ما إذا كانت الجعة المستخدمة ملوثة أو فاسدة بسبب مسببات المرض مثل
‎Pediococcus‏ و ‎Lactobacillus‏ تلوث الجبن المبستر أو غير المبستر بالبكتيريا أو الفطريات أثناء التصنيع. يمكن أن يكون ميكروب ‎By‏ للاختراع عبارة عن ميكروب مسبب للمرض أو ميكروب يؤدي إلى تلف الطعام أو المنتج الاستهلاكي. يمكن أن يكون الميكروب المسبب للمرض عبارة عن مسبب
‏0 أمراض أو غير مرغوب فيه بصورة أخرى ‎all‏ أو الحيوانات؛ أو النباتات. لأغراض بشرية أو حيوانية؛ يمكن أن يتسبب ميكروب في مرض أو يؤدي إلى علة. يمكن أن تقوم التطبيقات الحيوانية أو البيطرية بالاختراع الحالي بتعريف الحيوانات المصابة بميكروب. على سبيل المثال؛ يمكن أن تعزف الطرق والأنظمة الخاصة بالاختراع حيوانات ‎Lalas‏ بها مسببات أمراض تتضمن» على سبيل ‎JU‏ وليس الحصرء؛ سعال الوجارء السعارء والدودة القلبية. فى تجسيدات أخرى؛ يمكن
‏5 استخدام طرق وأنظمة الاختراع لاختبار الأبوة لأغراض التربية. يمكن أن يؤدي ميكروب نباتي إلى ضرر أو مرض نبات؛ خفض في الناتج؛ أو إبدال صفات مثل ‎lll‏ والمذاق» والقوام» والرائحة. بالنسبة للطعام أو أغراض التلوث الاستهلاكي؛ يمكن أن يؤثر ميكروب سلبًا على المذاق» والرائحة؛ واللون؛ والقوام أو خصائص تجارية أخرى للطعام أو المنتج الاستهلاكي. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون الميكروب ‎lie‏ عن فصيلة بكتيرية. يمكن أن تكون البكتيريا هي أليفة
‏0 الاعتدال؛ أو شبيهة القولونية؛ أو ‎Lyi‏ حمض لاكتيك؛ أو بكتيريا مكوّنة لأبواغ. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أن تكون البكتيريا أي فصائل بكتيرية تتسبب في مرض أو علة؛ أو تؤدي بصورة أخرى إلى منتج أو صفة غير مرغوب فيهما. يمكن أن تكون البكتيريا وفقًا للاختراع مسببة للمريض للبشر؛ الحيوانات؛ أو النباتات. أنواع العينة
تتضمن العينات الملائمة للاستخدام في الطرق التي تم الكشف عنها أي عينة حيوية تقليدية تم الحصول عليها من كائن حي أو ‎gia‏ منه؛ ‎Jie‏ نبات؛ أو حيوان؛ أو بكتيرياء وما إلى ذلك. في تجسيدات محددة؛ يتم الحصول على العينة الحيوية من كائن خاضع للعلاج؛ مثل خاضع للعلاج من البشر. تكون العينة الحيوية عبارة عن أي عينة حيوية أو عينة مائع تم الحصول ‎lle‏ من؛ أو استخلاصها بواسطة أو إفرازها بواسطة أي كائن ‎oa‏ بما في ذلك على سبيل المثال وليس
الحصرء كائنات حية أحادية الخلية؛ مثل البكتيرياء والخميرة؛ والأوالي؛ والأميبا بين غيرهاء والكائنات عديدة الخلايا (مثل النباتات أو الحيوانات؛ بما في ذلك عينات من خاضع للعلاج من البشر سليم أو سليم ظاهريًا أو مريض من البشر مصاب بحالة أو مرض تم تشخصيها أو بحثهاء مثل عدوى كائن حي دقيق مسبب للمرض؛ء مثل بكتيريا أو فيروس مسببين للمرض). على سبيل
0 المثال؛ يمكن أن تكون عينة حيوية ‎Ble‏ عن مائع حيوي تم الحصول عليه من؛ على سبيل المثال؛ الدم؛ البلازماء المصل؛ البول؛ البرازء البصاق؛ المخاط؛ المائع اللمفي؛ المائع الزليلي؛ الصفراء؛ استسقاء؛ انصباب جنبي؛ تورم مصليء اللعاب؛ السائل النخاعي؛ الخلط المائي أو الزجاجي؛ أو أي إفراز جسم؛ أو رشح أو نضح (على سبيل المثال؛ مائع تم الحصول عليه من خراج أو أي موضع عدوى أو التهاب آخر)؛ أو مائع تم الحصول عليه من مفصل (على سبيل
‎(JE 5‏ مفصل طبيعي أو مفصل مصاب بمرض؛ مثل التهاب المفاصل الروماتويدي؛ والتهاب المفصل العظميء النقرس أو التهاب المفاصل الإنتاني)؛ أو مسحة من الجلد أو سطح غشاء مخاطي. يمكن أن تكون العينة ‎le‏ عن عينة تم الحصول عليها من أي عضو أو نسيج (تتضمن خزعة أو عينة تشريح؛ مثل خزعة ورم) أو قد تتضمن خلية (سواء خلية رئيسية أو خلية مستزرعة) أو وسط
‏0 "تمت تهيئته بواسطة أي خلية؛ أو نسيج أو عضو. تتضمن العينات التوضيحية؛ على سبيل المثال وليس الحصر»؛ ‎LOAN‏ ونواتج تحلل ‎(Adal)‏ ولطخات دموية؛ ومستحضرات منبذة خلوية؛ ولطخات ‎ale‏ الخلاياء وموائع الجسم (على سبيل المثال؛ ‎carl)‏ والبلازماء والمصل؛ اللعاب؛ البصاق؛ البول؛ وغسل القصبات والأسناخ؛ والمني؛ وما إلى ذلك)؛ وخزعات النسيج (على سبيل المثال» خزعات الورم)؛ ورشف بالإبرة الدقيقة؛ و/ أو مقاطع نسيج (على سبيل المثال» مقاطع
‏5 نيج ناظمة للبرد و/ أو مقاطع نسيج مطمورة في بارافين). في أمثلة أخرى؛ تتضمن العينة خلايا
ورم دوارة (التي يمكن تعريفها بواسطة مرقمات سطح الخلية). في أمثلة محددة؛ يتم استخدام العينات مباشرة (على سبيل المثال؛ نقية أو مجمدة)؛ أو يمكن معالجتها قبل الاستخدام؛ على سبيل المثال؛ بالتثبيت ‎lo)‏ سبيل المثال؛ باستخدام فورمالين) و/ أو الطمر في شمع (مثل عينات نسيج مطمورة في بارافين مثبت الفورمالين ‎((FFPE)‏ يمكن إدراك أنه يمكن استخدام أي طريقة للحصول على نسيج من خاضع ‎ral‏ وأن اختيار الطريقة المستخدمة يعتمد على عوامل متنوعة مثل نوع النسيج؛ وعمر الخاضع للعلاج؛ أو الإجراءات المتاحة لممارس الطب. تكون التقنيات المعيارية لاكتساب تلك العينات متاحة في المجال. انظرء على سبيل المثال؛ ‎Schluger et‏ ‎al., J. Exp. Med. 176:1327-33 (1992); Bigby et al., Am. Rev. Respir.‏ ‎Dis. 133:515-18 (1986); Kovacs et al., NEJM 318:589-93 (1988); and‏ ‎.Ognibene et al., Am. Rev. Respir. Dis. 129:929-32 (1984) 10‏ في تجسيدات أخرى؛ يمكن أن تكون ‎Ble due‏ عن عينة بيئية؛ مثل الماء؛ أو الترية؛ أو سطح ‎Jie‏ سطح صناعي أو طبي. في بعض التجسيدات؛ يمكن تطبيق طرق ‎Jie‏ تلك التي تم ‎RES‏ ‏عنها في نشرة براءة الاختراع الأمريكية رقم 2013/0190196 للكشف عن بصمات الحمض النووي؛ تحديدًا مستويات ‎Bribie (RNA‏ من العينات الخلوية الخام ذات درجة عالية من الحساسية ‏5 ولنوعية. يمكن تعريف المتواليات النوعية تجاه كل مسبب مرض محل الاهتمام أو اختيارها بمقارنة متواليات الترميز من مسبب المرض محل الاهتمام لكل متواليات الترميز في كائنات حية أخرى بواسطة برامج ‎BLAST‏ ‏تشمل تجسيدات عديدة للكشف الحالي استخدام إجراءات وطرق معروفة في المجال لتجزئة عينات الدم الإكلينيكية بنجاح. انظرء على سبيل المثال» الإجراءات التي تم وصفها في ‎Han Wei‏ ‎Hou et al., Microfluidic Devices for Blood Fractionation, Micromachines 20 2011, 2, 319-343; Ali Asgar S. Bhagat et al., Dean Flow Fractionation (DFF) Isolation of Circulating Tumor Cells (CTCs) from Blood, 15th
International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life ‏ونشرة براءة الاختراع الدولية رقم‎ ¢Sciences, October 2-6, 2011, Seattle, WA ‎(WO2011109762 5‏ وقد تم تضمين الكشوف عنها هنا كمرجع في مجملها. تم مد عينات الدم
بصورة مشتركة في مزرعة لزيادة حجم العينة لأغراض ا لاختبار . في لس ‎Load‏ ات ‎١‏ لاختراع الحالى؛ يمكن استخدام الدم أو عينات حيوية أخرى فى الطرق كما تم الوصف هنا بدون الحاجة إلى المد في مزرعة. علاوة على ذلك تشمل تجسيدات عديدة للكشضف الحالى استخدام إجراء ات وطرق معروفة فى المجال بأنها تعزل بنجاح مسببات المرض عن الدم الكامل باستخدام قناة قنوية حلزونية؛ كما تم الوصف فى ‎Han Wei Hou et al., Pathogen Isolation from Whole Blood‏ ‎Using Spiral Microchannel, Case No. 15995JR, Massachusetts Institute of‏ ‎(Technology, manuscript in preparation‏ وقد تم تضمين الكشف عنه هنا كمرجع في مجمله. 0 بفضل الحساسية المتزايدة للتجسيدات التي تم الكشف عنها هناء فإنه في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن ممارسة التجارب والطرق على عينات خام أو عينات حيث لا تتم تجزئة أو تنقية الجزيئات المستهدفة المراد الكشف عنهاء بصورة أكبر من العينة. أمثلة الميكرويات يمكن استخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا للكشف عن عدد من الميكرويات المختلفة. 5 يتضمن التعبير ميكروب كما هو مستخدم هنا البكتيرياء والفطر» والأوالي؛ والطفيليات ‎Slang pally‏ البكتيريا يوفر ما يلي قائمة توضيحية لأنواع الميكرويات التي يمكن الكشف ‎lie‏ باستخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون الميكروب ‎Ble‏ عن بكتيريا. تتضمن أمثلة البكتيريا التي يمكن الكشف عنها وفقًا للطرق التي تم الكشف عنها على سبيل المثال «Acinetobacter baumanii ‏وليس الحصرء أي واحدة أو أكثر من (أو أي توليفة من)‎ 0
Actinomyces is) .Actinomyces sp «Actinomycetes «. Actinobacillus sp
Aeromonas ‏(مثل‎ .Aeromonas sp «(Actinomyces naeslundii 5 israelii «(Aeromonas sobria) Aeromonas veronii biovar sobria «hydrophila
Anaplasma marginale Anaplasma phagocytophilum «(Aeromonas caviae ,
Actinobacillus «Acinetobacter baumanii (Alcaligenes xylosoxidans
Bacillus «Bacillus anthracis ‏(متل‎ .Bacillus sp «actinomycetemcomitans
Bacillus ‏و‎ «Bacillus thuringiensis (Bacillus subtilis «cereus
Bartonella (Bacteroides fragilis (is) .Bacteroides sp ((stearothermophilus «Bifidobacterium sp (Bartonella henselae 4 Bartonella bacilliformis ‏(مثل‎ .sp 5 «Bordetella parapertussis Bordetella pertussis is) .Bordetella sp «Borrelia recurrentis Ji) .Borrelia sp (Bordetella bronchiseptica 4 «Brucella canis «Brucella abortus (fis) .Brucella sp «(Borrelia burgdorferi ,
Burkholderia ‏(مثل‎ .Burkholderia sp «(Brucella suis 4 Brucella melintensis
Ji) .Campylobacter sp «(Burkholderia cepacia ‏و‎ pseudomallei 0
Campylobacter lari «Campylobacter coli «Campylobacter jejuni «Cardiobacterium hominis ..Capnocytophaga sp «(Campylobacter fetus ,
Chlamydophila «Chlamydophila pneumoniae (Chlamydia trachomatis «such as) .Corynebacterium sp (Citrobacter sp. Coxiella burnetii «psittaci
Corynebacterium jeikeum (Corynebacterium diphtheriae 15 «Clostridium perfringens fis) .Clostridium sp «(Corynebacterium
Eikenella (Clostridium tetani 4 Clostridium botulinum «Clostridium difficile
Enterobacter (Enterobacter aerogenes ic) .Enterobacter sp «corrodens including «Escherichia coli ; Enterobacter cloacae (agglomerans enteroinvasive enterotoxigenic E. coli ‏مثل‎ «opportunistic Escherichia coli 0 «enterohemorrhagic E. coli «enteropathogenic E. coli ‏.ل‎ coli
Jis) .Enterococcus sp (uropathogenic E. coli y enteroaggregative E. coli
Ehrlichia ‏(متل‎ .Ehrlichia sp (Enterococcus faecium 4 Enterococcus faecalis
Erysipelothrix (Epidermophyton floccosum «(Ehrlichia canis 4 chafeensia
Fusobacterium (Francisella tularensis «.Eubacterium sp rhusiopathiae 5 .Haemophilus sp «Gemella morbillorum (Gardnerella vaginalis «nucleatum
Haemophilus «Haemophilus ducreyi :Haemophilus influenzae ‏(مثل‎ ‎Haemophilus haemolyticus (Haemophilus parainfluenzae (aegyptius «Helicobacter pylori ‏(مثل‎ .Helicobacter sp Haemophilus parahaemolyticus 4
Klebsiella <Kingella kingii «(Helicobacter fennelliae 3 Helicobacter cinaedi
Klebsiella 4 Klebsiella granulomatis «Klebsiella pneumoniae ‏(مثل‎ .sp 5
Leptospira «Listeria monocytogenes «.Lactobacillus sp «(oxytoca «Leptospira interrogans Legionella pneumophila cinterrogans «Microsporum canis (Mannheimia hemolytica «.Peptostreptococcus sp «.Micrococcus sp «.Mobiluncus sp «.Morganella sp «Moraxella catarrhalis
Mycobacterium Mycobacterium leprae (fis) .Mycobacterium sp 0
Mycobacterium (Mycobacterium paratuberculosis (tuberculosis «Mycobacterium bovis (Mycobacterium avium cintracellulare «Mycoplasma pneumoniae Ji) .Mycoplasm sp «(Mycobacterium marinum
Ji) .Nocardia sp (Mycoplasma genitalium ‏و‎ <Mycoplasma hominis «(Nocardia brasiliensis ‏و‎ Nocardia cyriacigeorgica «Nocardia asteroides 5 «(Neisseria meningitidis ; Neisseria gonorrhoeae is) .Neisseria sp «(Malassezia furfur) Pityrosporum orbiculare «Pasteurella multocida
Prevotella «.Porphyromonas sp «.Plesiomonas shigelloides. Prevotella sp «(Proteus mirabilis y Proteus vulgaris ‏(مثل‎ .Proteus sp «melaninogenica
Providencia rettgeri (Providencia alcalifaciens (ic) .Providencia 50 20
Propionibacterium «Pseudomonas aeruginosa «(Providencia stuartii «Rickettsia rickettsii ‏(مثل‎ .Rickettsia sp (Rhodococcus equi «acnes formerly: ) Orientia tsutsugamushi (Rickettsia prowazekii ‏و‎ Rickettsia akari
Serratia «.Rhodococcus sp (Rickettsia typhi 5 (Rickettsia tsutsugamushi
Ji) .Salmonella sp «Stenotrophomonas maltophilia «marcescens 5
Salmonella (Salmonella paratyphi «Salmonella typhi Salmonella enterica
.Serratia sp «(Salmonella typhimurium 3 Salmonella cholerasuis «enteritidis
Shigella ‏(متل‎ .Shigella sp «(Serratia liquifaciens 4 Serratia marcesans Ji) «(Shigella sonnei 4 Shigella boydii «Shigella flexneri «dysenteriae
Staphylococcus Staphylococcus aureus (fis) .Staphylococcus sp «(Staphylococcus saprophyticus «Staphylococcus hemolyticus epidermidis 5 ‏(على سبيل المثال‎ Streptococcus pneumoniae ‏(مثل‎ Streptococcus sp
Streptococcus «4 ‏النمط المصلي المقاوم لكلورامفينيكول‎ Streptococcus pneumoniae
Streptococcus pneumoniae «6B ‏النمط المصلي المقاوم لسبكتينومايسين‎ pneumoniae ‏المصلي‎ all Streptococcus pneumoniae OV ‏النمط المصلي المقاوم لستريتومايسين‎ ‏النمط المصلي المقاوم لأوبتوكين‎ Streptococcus pneumoniae «14 ‏المقاوم لإربثرومايسين‎ 0 ‏النمط المصلي المقاوم لريفامبيسين 186؛‎ Streptococcus pneumoniae 4
IF ‏النمط المصلي المقاوم لتيتراسايكلين‎ Streptococcus pneumoniae
Streptococcus ‏النمط المصلي المقاوم لبنسيلين ا19؛ و‎ Streptococcus pneumoniae
Streptococcus pneumoniae 23) ‏لتراي ميثويريم‎ agliall ‏النمط المصلي‎ 68 ‏النمط المصلي‎ Streptococcus pneumoniae «4 ‏اننمط المصلي المقاوم لكلورامفينيكول‎ 5 ‏النمط المصلي المقاوم‎ Streptococcus pneumoniae 0B ‏المقاوم لسبكتينومايسين‎ ‏النمط المصلي المقاوم لأوبتوكين 14؛‎ Streptococcus pneumoniae OV ‏لستريتومايسين‎ ‏النمط المصلي المقاوم لريفامبيسين 186؛‎ Streptococcus pneumoniae
Streptococcus ‏أو‎ (19F ‏النمط المصلي المقاوم لبنسيلين‎ Streptococcus pneumoniae «Streptococcus agalactiae ((23F ‏النمط المصلي المقاوم لتراي ميثويريم‎ pneumoniae 20 0 ‏المجموعة‎ streptococci «Streptococcus pyogenes (Streptococcus mutans
Streptococcus ‏المجموعة ب‎ streptococci (Streptococcus pyogenes «Streptococcus anginosus «x ‏المجموعة‎ streptococci «agalactiae «Streptococcus bovis ‏المجموعة د‎ streptococci (Streptococcus equismilis «(streptococci ‏المجموعة ز‎ Streptococcus anginosus « 5 ‏المجموعة‎ streptococci 25
Ji) . Treponema sp «Streptobacillus moniliformi «Spirillum minus
‎Treponema pallidum (Treponema petenue (Treponema carateum‏ ‎«T. mentagrophytes (Trichophyton rubrum (Treponema endemicum‏ ‎Vibrio sp ¢.Veillonella sp (Ureaplasma urealyticum (Tropheryma whippelii‏ (مثل ‎Vibrio «Vibrio vulnificus «Vibrio parahemolyticus «Vibrio cholerae‏ ‎«Vibrio mimicus (Vibrio alginolyticus (Vibrio vulnificus (parahaemolyticus 5‏ ‎Vibrio 4 Vibrio damsela Vibrio metchnikovii (Vibrio fluvialis «Vibrio hollisae‏ ‎Yersinia sp «(furnisii‏ . (مثل ‎«Yersinia pestis «Yersinia enterocolitica‏ ‎(Yersinia pseudotuberculosis 4‏ و ‎Xanthomonas maltophilia‏ بين غيرها. الفطريات 0 في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون الميكروب عبارة عن فطر أو فصائل فطرية. تتضمن أمثلة الفطريات التي يمكن الكشف عنها وفقًا للطرق التي تم الكشف عنها على سبيل المثال وليس الحصر أي واحدة أو أكثر من (أو أي توليفة من ‎«Blastomyces (Aspergillus‏ ‎«Cryptococcus neoformans (Coccidiodomycosis (Candidiasis‏ ‎«(Histoplasma capsulatum is) .sp.
Histoplasma sp «Cryptococcus gatti‏ ‎Jis) Stachybotrys (Pneumocystis jirovecii Ji) .Pneumocystis 50 15‏ ‎«Sporothrix <Mucroymcosis «(Stachybotrys chartarum‏ وسعفة عدوى العين الفطرية ‎.Cladosporium (Exserohilum‏ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون الطفر عبارة عن خميرة. تتضمن أمثلة الخميرة التي يمكن الكشف عنها وفقًا للطرق التي تم الكشف عنها على سبيل المثال وليس الحصر أي واحدة أو أكثر 0 من (أو أي توليفة من) فصيلة ‎Aspergillus‏ (مثل ‎Aspergillus «Aspergillus fumigatus‏ ‎flavus‏ و878115اء ‎.Cryptococcus sp «(Aspergillus‏ (مثل ‎Cryptococcus‏ ‎Cryptococcus laurentii «Cryptococcus gattii «neoformans‏ و ‎Cryptococcus‏ ‎¢(albidus‏ فصيلة ‎(Geotrichum‏ فصيلة ‎(Saccharomyces‏ فصيلة ‎cHansenula‏ فصيلة 8 (مثل ‎«(Candida albicans‏ فصيلة ‎(Kluyveromyces‏ فصيلة 88لا06580/000؛ فصيلة ‎Pichia‏ أو توليفة منها. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تكون
الفطريات عبارة عن عفن. تتضمن أمثلو العفن؛ على سبيل المثال وليس الحصرء فصيلة
‎«Penicillium‏ وفصيلة ‎Cladosporium‏ وفصيلة ‎(Byssochlamys‏ أو توليفة منها.
‏الأوالي
‏في بعض التجسيدات؛ يكون الميكروب عبارة عن أوالي. تتضمن أمثلة الأوالي التي يمكن الكشف
‏5 عنها ‎Gg‏ للطرق التي تم الكشف عنها على سبيل المثال وليس الحصر أي واحدة أو أكثر من (أو
‏أي توليفة من) ‎(Euglenozoa‏ 0588ماو:ع161ل ‎«Amoebozoa (Diplomonadida‏
‎(Blastocystic‏ و ‎Apicomplexa‏ تتضمن أمثلة ‎<Euglenoza‏ على سبيل المثال وليس
‎T. 1. brucei gambiense (Chagas disease) Trypanosoma cruzi « yaall
‎infantum (Leishmania braziliensis (brucei rhodesiense‏ لء ‎«L. mexicana‏ .ا ‎tropica «major 0‏ .ا ‎.L. donovani‏ تتضمن أمثلة ‎<Heterolobosea‏ على سبيل المثال
‏وليس الحصر» ‎.Naegleria fowleri‏ تتضمن أمثلة ‎(Diplomonadid‏ على سبيل المثال وليس
‏الحصر؛ ‎duodenalis 6. lamblia) Giardia intestinalis‏ .6). تتضمن أمثلة
‎«Acanthamoeba castellanii ‏على سبيل المثال وليس الحصر»؛‎ <Amoebozoa
‎histolytica (Balamuthia madrillaris‏ 5018010602. تتضمن أمثلة ‎«Blastocystis‏ على سبيل المثال وليس الحصر» ‎Blastocystic hominis‏ تتضمن أمثلة ‎«Apicomplexa‏ على
‏سبيل المثال وليس الحصر» ‎«Cryptosporidium parvum 58626518 microti‏
‎P. 0. ovale (P. vivax (Plasmodium falciparum (Cyclospora cayetanensis
‎«Cryptosporidium parvum (Toxoplasma gondii.Babesia microti 3 cmalariae
‎P. 0. ovale (P. vivax (Plasmodium falciparum (Cyclospora cayetanensis .Toxoplasma gondii y <malariae 0
‏الطفيليات
‏في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون الميكروب عبارة عن طفيل. تتضمن أمثلة الطفيليات التي
‏يمكن الكشف عنها ‎By‏ للطرق التي تم الكشف عنها على سبيل المثال وليس الحصر أي واحدة أو
‏أكثر من (أو أي توليفة من)؛ فصائل ‎Onchocerca‏ وفصائل ‎Plasmodium‏
الفيروسات في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تتعلق الأنظمة؛ والأجهزة؛ والطرق؛ التي تم الكشف عنها هنا بالكشف عن فيروسات في عينة. يمكن استخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا بحيث تقوم بالكشف عن عدوى فيروسية (على سبيل المثال لخاضع للعلاج أو نبات)؛ أو تحديد سلالة فيروسية؛ بما في ذلك سلالات فيروسية تختلف ‎by‏ لتعدد أشكال نوكليوتيد واحد. قد يكون الفيروس
عبارة عن فيروس ‎(DNA‏ فيروس ‎(RNA‏ أو فيروس قهقري. يتضمن المثال غير الحصري على الفيروسات المفيدة بالاختراع الحالي؛ على سبيل المثال وليس الحصر الإيبولاء الحصبة؛ ‎«SARS‏ ‏شيكونجونيا؛ الالتهاب الكبدي؛ ماريورج؛ الحمى الصفراء؛ ‎(MERS‏ الدنك؛ لاساء الإنفلوتزاء الفيروسة الريدية أو ‎HIV‏ قد يتضمن فيروس الالتهاب الكبدي الالتهاب الكبدي ‎A‏ الالتهاب
0 الكبدي 8؛ أو الالتهاب الكبدي ©. قد يتضمن فيروس ‎(Bisa)‏ على سبيل ‎(JE‏ الإنفلونزا ‎A‏ ‏أو الإنفلونزا 8. قد يتضمن ‎HIV‏ 1 /7ا4ا أو 2 ‎HIV‏ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ قد تكون المتوالية الفيروسية ‎Bile‏ عن فيروس تنفسي مخلوي بشري؛ فيروس الإيبولا السوداني؛ فيروس ‎<Bundibugyo‏ فيروس الإيبولا ‎(Tai Forest‏ فيروس الإيبولا ‎Aedes (Achimota (Reston‏ ‎(flavivirus‏ فيروس ‎(Aguacate‏ فيروس ‎«Alethinophid reptarenavirus (Akabane‏
‎(Amapari mmarenavirus (Allpahuayo mammarenavirus 15‏ فيروس ‎(Andes‏ فيروس ‎¢Apoi‏ فيروس ‎cAravan‏ فيروس ‎(Aroa‏ فيروس ‎Atlantic salmon (Arumwot‏ ‎Avian (Avian bornavirus (Australian bat lyssavirus (paramyoxivirus‏ ‎cmetapneumovirus‏ فيروسات ‎Islandsvirus _. 4 pécAvian paramyoxviruses‏ البطاريق أو فوكلاند؛ الفيروسة التورامية ‎BK‏ فيروس ‎(Bagaza‏ فيروس ‎(Banna‏ فيروس خفاش
‎chepevirus 20‏ فيروس الخفاش ‎«Bear Canon mammarenavirus (sapovirus‏ فيروس ‎(Betacoronoavirus «zishy‏ فيروسة الورم الحليمي بيتا 6-1« فيروس بانجاء ‎Bokeloh bat‏ 5 ) فيروس مرض ‎(Lye‏ فيروس بوريون» فيروس ‎hepacivirus‏ البقري؛ نظيرة النزلة الوافدة البقرية 3؛ الفيروس المخلوي التنفسي ‎EYL‏ فيروس برازوران؛ فيروس بونياموير؛ فيروس كأسي. فيروس التهاب الدماغ الكاليفورني؛ فيروس كانديرو» فيروس مرض الكلاب؛ الفيروس
‏5 الهوائي للكلاب؛ فيروس الأرزء فيروس عامل التحام الخلية؛ الفيروسة الحصبية للحوتيات؛ فيروس
‎<Chandipura‏ فيروس ‎«Chapare mammarenavirus (Chaoyang‏ فيروس تشيكونجوانياء ‎dug‏ الورم الحليمي بقرد كولبس؛ فيروس حمى كولورادو القرادية؛ فيروس الوقس؛ فيروس حمى الكونجو والقرم النزفية؛ ‎dug pill‏ المصفرة كولكس؛ ‎«Cupixi mammarenavirus‏ فيروس الدنك؛ فيروس دويرافا-بيلجرادا؛ فيروس 000998109؛ فيروس 00956؛ فيروس 0107610896 فيروس التهاب الدماغ الخيلي الشرقي؛ فيروس خفاش عنتيبي؛ الفيروسة المعوية لا-8؛ الفيروسة الكلبية
للخفاش الأوروبي 2-1؛ فيروس ‎(EYACh‏ الفيروسة الحصبية الخيلية؛ الفيروسة المخاطانية للأفعى السامة؛ فيروس نهر فربتزروي» فيروس الفيروسات المصفرة؛ ‎«Flexal mammarenavirus‏ فيروس © ‎«GB‏ فيروس جايرو» ‎(Gemycircularvirus‏ الفيروسة المخاطانية 55702 الأوزء فيروس ‎«Guanarito mammarenavirus (Great Island‏ فيروس ‎lla‏ فيروس هانتا
210؛ فيروس هارتلاند» فيروس هندراء؛ الالتهاب الكبدي ‎(ug pi ABJCIE‏ الالتهاب الكبدي دلتاء فيروس 5008 البشري؛ الفيروسة المكللة البشرية؛ الفيروس القهقري الداخلي البشري ‎(K‏ الفيروسة ‎AUS‏ المعوية البشرية؛ فيروس ‎DNA‏ الحلقي المرتبط بالتناسلي البشري 1؛ فيروس الهريس البشري 8-1؛ فيروس نقص المناعي البشري 2/1؛ الفيروسة الغدية البدينة البشرية ‎AG‏ فيروسة الورم الحليمي البشري» فيروس نظيرة النزلة الوافدة 4-1؛ الفيروسة الإيكوية البشرية؛ فيروس
5 بيكوبيرنا البشري» فيروس سامكو البشري» الفيروسة الكلبية إيكوماء فيروس إيلهيوس» الإنفلونزا ‎A‏ ‎(lppy mammarenavirus (C‏ فيروس إيركوت» فيروس ‎(d=‏ الفيروسة التورامية ‎«JC‏ فيروس التهاب الدماغ الياباني» ‎Junin mammarenavirus‏ الفيروسة التورامية ‎(KI‏ فيروس كاديبيرو» فيروس نهر كاميتي؛ فيروس كيدوجو»؛ فيروس 4010870 فيروس كوكوييرا؛ فيروس داء غابة كياسانور»؛ فيروس خفاش لاجوس؛ فيروس لانجات؛ ‎Latino (Lassa mammarenavirus‏
‎cmammarenavirus 0‏ فيروس تل ليويارد؛ فيروس لياو نينج؛ فيروس ‎cLjungan‏ فيروس لوفيو؛ فيروس الداء ‎LUNA mammarenavirus Lujo mammarenavirus «gall‏ فيروس ‎«ly‏ ‏التهاب السحايا والمشيميات اللمفاوي ‎Lyssavirus Ozernoe (mammarenavirus‏ فيروس ‎Mamastrovirus <Machupo mammarenavirus (MSSI2\.225‏ 1« فيروس مانزانيلا؛ فيروس مابويرا؛ فيروس ماربرج؛ فيروس مايارو؛ فيروس الحصبة؛ فيروس مينانجل؛ فيروس
‏5 ميركادو» خلية الفيروسة التورامية ميركل» الفيروسة المكللة لمتلازمة الشرق الأوسط التنفسية؛ ‎mammarenavirus‏ 100818 فيروس مودوك؛ فيروس مويجانج؛ فيروس موكولو؛ فيروس
جدري القرود» فيروس ‎(Montana myotis leukoenchalitis‏ فيروس متفارز ‎Mopeia‏ ‎<Mopeia mammarenavirus 3558 9‏ فيروس ‎Morogoro‏ فيروس موسمان» فيروس ‎call‏ فيروس الالتهاب الرثوي الفأري؛ فيروس التهاب الدماغ بوادي مورأي» فيروس ‎(Nariva‏ ‏فيروس مرض نيوكاسل؛ فيروس نيبه؛ فيروس نوروواك» فيروس ‎hepacivirus‏ الجرذ النرويجي؛ فيروس تتاياء فيروس أونيونج نيونج» ‎Oliveros mammarenavirus‏ فيروس حمى أومسك النزفية؛ فيروس أوروبوش؛ فيروس نظيرة النزلة الوافدة 5« ‎«Parana mammarenavirus‏ فيروس نهر باراماتا» ‎ug pd‏ طاعون الحيوانات المجترة ‎Pichande «spall‏ 1800008105 فيروس البيكورناوية ‎mammarenavirus‏ لقاضاظ ‎Piscihepevirus‏ ‎A‏ فيروس نظيرة النزلة الوافدة الخنزيري 1؛ فيروس 000018 الخنزيري؛ فيروس بواسان؛ فيروس 0 أليف النسيج اللمفاني- 1 للرئيسيات 2-1؛ فيروس ‎erythroparvovirus‏ 1 للرئيسيات؛ فيروس بونتا 50 5« فيروس بيومالا؛ فيروس كوانج ‎cain‏ السعارء فيروس رازدان» فيروس بورنا بالزواحف 1 الفيروسة الأنفية 8-8 فيروس حمى الوادي المتصدع؛ طاعون المواشي؛ فيروس ربو ‎An‏ ‏فيروس تورك تينو للقوارض؛ فيروس ‎NEPACIVITUS‏ للقوارض؛ فيروس نهر روس» الفيروسة العجلية احظ؛ فيروس ‎(Royal Farm‏ فيروس الحصبة الألمانية؛ ‎«Sabia mammarenavirus‏ 5 فيروس سالم؛ فيروس حمى الفواصد بنابلس؛ فيروس حمى الفواصد الصفلية؛ فيروس سأبورو؛ فيروس ‎«Seal anellovirus (Sathuperi‏ فيروس غابة ‎Shaws‏ ¢ فيروس سينداي؛ فيروس سول؛ فيروس سيبيك؛ الفيروسة المكللة المرتبطة بمتلازمة تنفسية حادة؛ حمى ‎Bala‏ مع فيروس متلازمة قلة الصفيحات؛ فيروس شاموندا؛ فيروس خفاش شيموني؛ فيروس شوني؛ فيروس سيمبو» فيروس تورك تينو القردي؛ الفيروس القردي 41-40؛ فيروس ‎«Sin Nombre‏ فيروس ‎Candin‏ ‎«Small anellovirus 0‏ فيروس سوسجاء فيروس التهاب الدماغ بالماعز الأسباني؛ فيروس سبوندوبني؛ فيروس التهاب سانت لويس للدماغ؛ فيروس ‎(Sunshine‏ فيروس بسيط شبيه ‎TTV‏ ‎(Tacaribe mammarenavirus‏ فيروس تايلا فيروس خفاش ‎Tamiami (Gla‏ 5 فيروس تيمبوسو؛ فيروس ثوجوتو؛ فيروس ثوتابالايام؛ فيروس التهاب الدماغ المنقول بالقراد؛ فيروس تيومان؛ الفيروسات الطخائية؛ فيروس تورك تينو الكلبي؛ فيروس 5 تورك تينو السعدان الليلي؛ فيروس تورك تينو القطط؛ فيروس تورك تينو ‎Midi‏ فيروس تورك تينو ‎(SUS‏ فيروس تورك تينو التامارين» فيروس تورك تينو؛ فيروس تورك تينو ‎Zalophus‏ فيروس
‎«Tuhoko‏ فيروس تولاء الفيروسة المخاطانية توياياء فيروس يوسوتو؛ فيروس أوكونيمي؛ فيروس الوقس؛ فيروس الجدري؛ فيروس التهاب الدماغ الخيلي الفنزويلي؛ فيروس التهاب الدم الحويصلي الهندي؛ الفيروسة التورامية ‎WU‏ فيروس ويسلسبرون؛ فيروس الخفاش الغربي القوقازي؛ فيروس غرب النيل؛ فيروس التهاب الدماغ الخيلي الغربي؛ ‎Whitewater Arroyo‏
‎cmammarenavirus 5‏ فيروس الحمى الصفراء» فيروس ‎(YOKOSE‏ فيروس 70019 6 فيروس الإيبولا بزائير» فيروس زيكاء أو المتوالية الفيروسية لفيروس ‎.Zygosaccharomyces bailii 2‏ تتضمن أمثلة فيروسات ‎RNA‏ التي يمكن الكشف عنها واحدة أو أكثر من (أو أي توليفة من) فيروس الحمة الإكليلية؛ فيروس البيكورناوية؛ فيروسات كأسية؛ الفيروسات المصفرة؛ الفيروسات الطخائية؛ فيروسات بورنوية؛ الفيروسات الخيطية؛
‏0 الفيروسات المخاطانية؛ الفيروسات الرئوية؛ الفيروسات ‎eon)‏ الفيروسات الرملية؛ الفيروسات البنياوية؛ الفيروسات المخاطية القويمة؛ أو فيروس دلتا. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون الفيروس عبارة عن الفيروسة المكللة؛ ‎(SARS‏ الفيروسة السنجابية؛ الفيروسة الأنفية؛ الالتهاب الكبدي ‎A‏ فيروس نوروواك؛ فيروس الحمى الصفراء؛ فيروس غرب النيل؛ فيروس الالتهاب الكبدي ©؛ فيروس حمى الدنك؛ فيروس زيكاء فيروس الحصبة الألمانية؛ فيروس نهر روس؛ فيروس
‏5 سندبيس؛ فيروس تشيكونجوانيا؛ فيروس مرض ‎psy‏ فيروس ‎snl‏ فيروس ماربرج؛ فيروس الحصبة؛ فيروس النكاف؛ فيروس نيبه؛ فيروس هندرا؛ فيروس مرض نيوكاسل؛ الفيروس التنفسي المخلوي البشري؛ السعارء فيروس لاساء فيروس هانتاء فيروس حمى الكونجو والقرم النزفية؛ الإنفلونزاء أو فيروس الالتهاب الكبدي 00. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ قد يكون الفيروس عبارة عن فيروس نباتي تم اختياره من
‏0 المجموعة التي تشتمل على فيروس تبركش ورق الدخان (/1141)؛ فيروس الذبول المبقع بالطماطم ‎(TSWV)‏ فيروس تبركش الخيار ‎(CMV)‏ فيروس البطاطس 7 ‎((PVY)‏ فيروس ‎RT‏ فيروس تبركش ورق القرنبيط (/08101)؛ فيروس ‎«(PPV) Plum pox‏ فيروس تبركش العلفية ‎(BMV)‏ ‏فيروس البطاطس 276 ‎((PVX)‏ فيروس تيريستيزا الحمضيات (/011)؛ فيروس اصفرار وتقزم الشعير ‎((BYDV)‏ فيروس التواء أوراق البطاطس ‎«(PLRV)‏ فيروس التقزم الشجري للطماطم
‎((TBSV) 5‏ فيروس تنجرو الأرز الكروي ‎o(RTSV)‏ فسيفساء الأرز الصفراء ‎(RYMV)‏ فيروس
الهوجة البيضاء بالأرز ‎«(RHBV)‏ فيروس ‎rayado fino‏ بالذرة ‎o(MRFV)‏ فيروس تبركش تقزم الذرة ‎((MDMV)‏ فيروس تبركش قصب السكر (/501/1)؛ فيروس التبقيع الريشي بالبطاطا الحلوة ‎«((SPFMV)‏ فيروس ‎sunken vein closterovirus‏ بالبطاطا الحلوة (/5051/1)؛ فيروس الورقة المروحية بكرمة العنب ‎(GFLV)‏ فيروس كرمة العنب ‎(GVA) A‏ فيروس كرمة العنب ‎B‏ ‎((GVB) 5‏ فيروس رقطات كرمة العنب ‎¢(GFKV)‏ الفيروس المرتبط بالتواء الورق بكرمة العنب 1؛ -2؛ و-3؛ (/61881©- 1؛ -2؛ و-3)؛ فيروس التبركش العربي ‎(AMV)‏ أو الفيروس المرتبط بتنقر الجذع ‎.(RSPaV) Rupestris‏ في تجسيد مفضل؛ يكون جزيء ‎RNA‏ المستهدف جزءًا من مسبب المرض المذكور أو يتم انتساخه من جزيء ‎DNA‏ لمسبب المرض المذكور. على سبيل المثال» يمكن أن تتكون المتوالية المستهدفة من جينوم فيروس ‎RNA‏ ومن المفضل أيضًا أن 0 يتسبب بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ في تحلل جزيء ./ل/ا المستهدف المذكور لمسبب المرض المذكور في النبات المذكور إذا ما أصاب مسبب المرض هذا النبات المذكور بالعدوى. من المفضل على ذلك أن يتمكن نظام ‎CRISPR‏ من قسمة جزيء ‎RNA‏ المستهدف من مسبب مرض النبات عندما تطبيق نظام ‎CRISPR‏ (أو الأجزاء المطلوية لإتمامه) ‎ladle‏ أي بعد حدوث نقل العدوى أو وقائيًا؛ أي قبل حدوث نقل العدوى. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ قد يكون الفيروس عبارة عن فيروس قهقري. تتضمن أمثلة الفيروسات القهقرية التي يمكن الكشف عنها باستخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا واحدة أو أكثر من أو أي توليفة من فيروسات من جنس ‎«Betaretrovirus (Alpharetrovirus‏ ‎«Lentivirus (Epsilonretrovirus (Deltaretrovirus 811117816101715‏ ‎«Spumavirus‏ أو عائلة ‎Ly) Retroviridae 4 <Pseudoviridae (Metaviridae‏ في ذلك ‎Hepadnaviridae «(HIV ~~ 0‏ (بما في ذلك فيروس الالتهاب الكبدي ‎Caulimoviridae 5 «(B‏ (بما في ذلك فيروس تبركش ورق القرنبيط). في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون الفيروس عبارة عن فيروس ‎DNA‏ تتضمن أمثلة فيروسات ‎DNA‏ التي يمكن الكشف ‎gle‏ باستخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا واحدة أو أكثر من (أو أي توليفة من) فيروسات من عائلة فيروسات عضلية ‎Myoviridae‏ ؛ الفيروسات 5 القدمية ‎Podoviridae‏ ؛ فيروسات سيفاوية ‎Siphoviridae‏ « الفيروسات الهريسية الخيفية
‎Alloherpesviridae‏ « الفيروسات الهريسية ‎Lay Herpesviridae‏ في ذلك فيروس الهريس البشري ‎human herpes virus‏ « وفيروس الحماق النطاقي ‎Varicella Zozter virus‏ « الفيروسات الهريسية لمالوكو ‎Malocoherpesviridae‏ « فيروسات شحمي الشعر ‎Lipothrixviridae‏ ؛ فيروسات العتائق ؛ فيروسات غدانية ‎Adenoviridae‏ ؛ فيروسات الأمبولة ‎Ampullaviridae 5‏ ؛ فيروسات الزق ‎Ascoviridae‏ ؛ فيروسات ‎es‏ الخنازير الأفريقية والمرتبط
بها بما في ذلك فيروس حمى الخنازير الأفريقية ‎African swine fever virus‏ « فيروس عصوي ‎«Cicaudaviridae « Baculoviridae‏ الفيروس الملتصق ‎Clavaviridae‏ « الفيروس القشري ‎Corticoviridae‏ ؛ فيروسات مستدقة ‎Fuselloviridae‏ « الفيروسات الكروية ‎Globuloviridae‏ ؛ فيروسات قطرة ‎Guttaviridae‏ ؛ فيروس تضخم والتهاب الغدة اللعابية
‎Hytrosaviridae 0‏ ؛ الفيروسات المقزحة ‎Iridoviridae‏ ؛ فيروسات حمى مارسيليا ‎Maseilleviridae‏ « الفيروسات العملاقة ‎Mimiviridae‏ « الفيروسات العارية ‎Nudiviridae‏ « متلازمة البقع البيضاء ‎Nimaviridae‏ « فيروسات باندورا ‎Pandoraviridae‏ « الفيروسات الحليمية ‎Papillomaviridae‏ « فيروسات الطحالب حقيقية النواة ‎Phycodnaviridae‏ « فيروسات بلازمية ‎Plasmaviridae‏ ؛ فيروسات متعددة ‎Polydnaviruses‏ ؛ فيروسة التورام
‎Ly Polyomaviridae | 5‏ في ذلك الفيروس القردي 40؛ فيروس ‎JC‏ فيروس ‎(BK‏ فيروسات الوقس ‎Poxviridae‏ بما في ذلك الوقس ‎Cowpox‏ والجدري ‎«smallpox‏ الفيروس الشحمي لذباب الروث الصغير ‎Sphaerolipoviridae‏ ¢ الفيروسات السقفية ‎Tectiviridae‏ « ‎cTurriviridae‏ فيروس ‎dna‏ دوراني» فيروس ‎(Salterpro‏ فيروس 4012100 بين تجسيدات أخرى» تم وصف طريقة لتشخيص عدوى بكتيرية نوعية الفصيلة في خاضع للعلاج مشتبه في
‏0 إصابته بعدوى بكتيرية بأنه الحصول على ‎die‏ تشتمل على حمض رببونوكليك ريبوسومي بكتيري من الخاضع للعلاج؛ تلامس العينة مع واحدة أو أكثر من المسبارات التي تم وصفهاء والكشف عن التهجين بين متوالية حمض رببونوكليك رببوسومي بكتيري موجودة في العينة والمسبار؛ حيث يدل الكشف عن التهجين على أن الخاضع للعلاج يكون مصاب بعدوى ‎«Escherichia coli‏ ‎Staphylococcus (Pseudomonas aeruginosa (Klebsiella pneumoniae‏
‎Enterobacter (Candida albicans (Acinetobacter baumannii aureus 5
‎«Proteus mirabilis (Enterococcus faecium (Enterococcus faecalis («cloacae‏ ‎«Staphylococcus agalactiae‏ أو ‎Staphylococcus maltophilia‏ أو توليفة منها. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون الفيروس ‎Ble‏ عن فيروس مدرج في الجدول 8 فيما يلي؛ أو فيروس من الجنس/ العائلة الموضحين. الجدول 8 الفيروس الجنس» العائلة ‎IA Bri) BEN‏ الفيروس المرتبط . الفيروس المرتبط 3< يي الفقاريات ‎PX‏ لا يوجد بالغدة بالفيروس الغدي ‎«Kobuvirus‏ التهاب المعدة فيروس ‎Aichi‏ بشري برازي - ‎eed‏ البيكورناوية والأمعاء الطفال الفيروسة الكلبية الفيروسة الكلبية؛ التهاب الدماغ ‎“Ss <3‏ الخفافيش الحيوانى»؛ للخفاش الاسترالي الفيروسات الريدية 7 الجنيني عض الحيوان الموائع الفيروسة التورامية . الفيروسة التورامية؛ ٍ بشري التنفسية أو .ألا يوجد ‎BK‏ فيروسة التورام البول الطفال ‎«Seadornavirus‏ بشري؛ الماشية؛ الحيوانى؛ فيروس ‎Banna‏ ّ التهاب الدماغ فيروسات الربو الخنزير؛ البعوض اعض حيوان
الفيروس الجنس» العائلة 85 الانتقال ‎Ua yall‏ الطفال الفيروسة الألفاوية؛ ‎(gyi‏ الوخفيات؛ الحيواني؛ .| الحمىء ألم فيروس غابة بارما الفيروسات ‎ASA‏ البعوض عض حيوان المفاصل الطفال ‎«Orthobunyavirus‏ الحيوانى»؛ فيروس بونيامويرا | : بشري؛ البعوض التهاب الدماغ الفيروسات البنياوية عض حيوان الطفال الفيروسة البنياوية ‎«Orthobunyavirus|‏ ابشري؛ الآيل؛ الحيوانى» ّ التهاب الدماغ ‎La Crosse‏ الفيروسات البنياوية البعوض» ‎tamias‏ اعض ‎Olgas‏ ‏الطفال ‏الفيروسة البنياوية ‎«Orthobunyavirus‏ بشري؛ القوارض» الحيوانى؛ لفيقاب الثلج ّ التهاب الدماغ 0 الفيروسات البنياوية البعوض عض حيوان المشقوق إ: الطفال الفيروسة الهريسية الفيروس اللمفي المختبئ؛ إ: إ: ّ بشري؛ القرود الحيواني؛ التهاب الدماغ ‎Cercopithecine‏ الفيروسات الهريسية عض الحيوان فيروس ‎LL «Vesiculovirus‏ بشري؛ ذباب الرمل 9 التهاب الدماغ ‎Chandipura‏ الفيروسات الريدية الحيوانى؛
ال الجنس؛ العائلة ‎Be‏ الانتقال المرض عض المفصليات الطفال إ: | الفيروسة الألفاوية؛ بشري؛ القرود» . الحيواني» . الحمىء ألم فيروس تشيكونجوانيا الفيروسات الطخائية | البعوض عض حيوان المفاصل ‎«Cosavirus‏ برازي - فموي ‎Cosavirus A‏ بشري البيكورناوية (محتمل) الطفال الفيروسة الجدرية؛ فيروس الوقس بشري؛ الثدييات الحيواني؛ ‏ ألا يوجد فيروسات الوقس >< مسي التهاب السحاياء الفيروسة المعوية؛ الفيروسة الكوكساكية بشري برازي- فموي التهاب عضل البيكورناوية القلب؛ الشلل الطفال فيروس حمى الفيروسة النيروبية؛ 3< )0 الفقاريات؛ الحيوانى»؛ الكونجو والقرم الحمى النزفية الفيروسات البنياوية القراد عض حيوان النزفية ‎LL «Flavivirus‏ فيروس الدنك إ: إ: بشري؛ البعوض ‎J‏ الحمى النزفية الفيروسات المصفرة الحيوانى»
ال الجنس؛ العائلة 85 الانتقال المرض الطفال فيروس ‎«Thogotovirus‏ ‏الحيوانى»؛ الحمى؛ التهاب 13 وس ‎Dhori‏ الفيروسات المخاطية 3< يي القراد , ‎me‏ حيوان الدماغ القويمة الطفال الفيروسة النيروبية؛ الحيواني؛ فيروس ‎Dugbe‏ بشري؛ القراد ّ قلة الصفيحات الفيروسات البنياوية عض حيوان الطفال 13 وس الفيروسة الكلبية؛ التهاب الدماغ ‎“Ss <3‏ الثدييات الحيوانى»؛ ‎Duvenhage‏ الفيروسات الريدية ّ الجنينى عض الحيوان الطفال فيروس التهاب ٍ الفيروسة الالفاوية؛ 3< يي الطيورء الحيوانى»؛ الدماغ الخيلي ّ التهاب الدماغ ‎١‏ الفيروسات الطخائية | البعوض عض حيوان الشرقي الطفال فيروس الإيبولاء بشري؛ القرود؛ فيروس الإيبولا الحيواني؛ ‏ الحمى النزفية الفيروسات الخيطية الخفافيش : ‎(me‏
‎ual SPH‏ العائلة ‎sadly aA‏ الفيروسة المعوية؛ فيروس الإيكوية بشري برازي- فموي الزكام البيكورناوية فيروس التهاب .| الفيروس القلبي؛ بشري» الفأر؛ الطفال - التهاب الدماغ الدماغ وعضل القلب البيكورناوية الجرذ؛ الخنزير ‏ الحيوانى فيروس اسباستيان الفيروس اللمفي المختبئ؛ رمسي؛ بشري ثرة الوحيدات بار الفيروسات الهررسية اللعاب الطفال الفيروسة الكلبية الفيروسة الكلبية؛ التهاب الدماغ ‎“Ss <3 .‏ الخفافيش الحيوانى»؛ للخفاش الأوروبي الفيروسة الريدية - الجنيني عض الحيوان فيروس © 68/ ٍ الفيروسات الدم؛ أحياثًا فيروس الالتهاب بشري لا يوجد المصفرة ‎in‏ ‏الكبدي © ّ الطفال المتلازمة 8 وس هانتاء الفيروسات ٍ فيروس هانتان بشري؛ القوارض الحيواني» الكلوية أو البنياوية البول» اللعاب التنفسية الطفال ‎«Henipavirus‏ بشري؛ الخيل؛ فيروس هندرا الحيواني؛ . التهاب الدماغ الفيروسات المخاطانية الخفافيش - عض الحيوان الالتهاب ‎asl‏ الفيروس الكبدي؛ الالتهاب بشري برازي - فموي فيروس/ البيكورناوية الكبدي
ال الجنس» العائلة 80 ا المرض فيروس الالتهاب | ‎in «Orthohepadnavirus|‏ الالتهاب بشري؛ الشمبائزي الكبدي ‎Hepadnaviridae B‏ امسيء الدم الكبدي فيروس الالتهاب | ‎«Hepacivirus|‏ الالتهاب 3< يي > ‎A‏ ¢ الدم الكبدي ‎C‏ الفيروسات المصفرة ّ الكبدي ‎“Ss <3‏ الخنزيرء الطفال فيروس الالتهاب | ‎(Hepevirus|‏ الالتهاب ‎ma cag al‏ الحيواني؛ الكبدي ‎E‏ غير ‎١ Cire‏ الكبدي القوارض؛ الدجاج الطعام فيروس الالتهاب ) ‎JS‏ الالتهاب فيروس دلتاء غير ‎Ore‏ ابشري الكبدي ‎tla‏ ر(مسي؛ الدم الكبدي الطفال الفيروسة الجدرية؛ فيروس جدري الخيل بشري؛ الخيل ‎Flea)‏ ألا يوجد فيروسات الوقس >< مسي الفيروسة الغدية البدينة؛ 2 ¢ مة غدية بشرية بشري ) 4 فيروسات غدانية برازي - فموي ّ الحمة النجمية 201851017115 أل التهاب المعدة 3 بشري برازي - فموي | يي البشرية ‎Astroviridae‏ والأمعاء الفيروسة المكللة الفيروسة المكللة ألفاء 3< $ م ‎ay‏ ‏البشرية الحمة الإكليلية َّ َّ
الفيروس الجنس» العائلة العائل ‎FrEN‏ ل الفيروس المضخم الفيروس المضخم امسى ¢ ‎By‏ الوحيدات ¢ ‎(LIA‏ الفيروسات بشري } للخلايا البشري البول» اللعاب الالتهاب الرثئوى الهريسية ا الإسهال؛ الفيروسة المعوية . الفيروسة المعوية؛ بشري برازي - فموي اضطراب البشرية 68« 70 البيكورناوية حصبي فيروس الهريس | الفيروس البسيط إ: بشري ‎nd‏ آفات الجلد البشري 1 الفيروسات الهريسية اللعاب فيروس الهريس - الفيروس البسيط : : بشري ‎wd‏ آفات الجلد البشري 2 الفيروسات الهررسية اللعاب فيروس الهريس ‎«Roseolovirus‏ نفسى؛ بشري آفات الجلد البشري 6 الفيروسات الهررسية لامي فيروس الهريس ‎«Roseolovirus‏ نفسى؛ بشري آفات الجلد البشري 7 الفيروسات الهررسية (مسي فيروس الهريس ‎80010017١5‏ ل الأورام اللمفية 3< يي ر(مسي؛ البشري 8 الفيروسات الهررسية بالجلد اللعاب فيروس نقص الفيروسة البطيئة؛ ‎3s‏ ‏بشري 5م المناعي ‎oid‏ الفيروسات القهقرية لامسيء الدم
الفيروس الجنس» العائلة 85 الانتقال ‎Ua yall‏ فيروسة الورم ‎«Mupapillomavirus‏ ِ 3< يي لامسى 3 ليل الجلد ‎١‏ تحليمي البشري 1 الفيروسات ‎J‏ 2 لحليمية " 13 وسة الووم 3 وسة الورم الحليمي : 5 ا يي لامسى ْ ليل الجلد الحليمى البشري 2 ألفاء الفيروسات الحليمية ّ الأورام الثؤلولية فيروسة الورم ‎Co‏ ٍ إ: فيروسة الورم الحليمي ٍ التناسلية؛ الحليمي البشري ‎Sr‏ = ألفاء الفيروسات الحليمية ّ طان عنق 1618 الرحم نظيرة النزلة الوافدة ‎«Respirovirus|‏ ‏بشري 2 ]2 البشرية الفيروسات المخاطانية ’ ’ ’ ‎ug all‏ الصغيرة الفيروسة الاحمرارية؛ ‎$s 4‏ 2 افة الجلد البشرية ‎B19‏ الفيروسات الصغيرة ّ الفيروس التنفسي الفيروس الهوائي؛ إ: بشري 2 تنه المخلوي البشري | الفيروسات المخاطانية ’ ّ ّ بشري الفيروسة . الفيروسة المعوية بشري ‎ay‏ ‏الأنفية ’ ) ) الفيروسة المكللة | الفيروسة المكللة بيتاء الطفال بشري؛ الزياد ‎a)‏ ‎yall SARS‏ الحمة الإكليلية الحيواني ا
ال الجنس»؛ العائلة 85 الانتقال ‎BIW‏ ‏فيروس إ: ‎«Spumavirus‏ لامسى؛ ‎spumaretrovirus‏ بشري 0 لا يوجد الفيروسات القهقرية اللعاب البشري فيروس أليف النسيج جد الفيروس القهقري دلتاء اللمفانى التائى بشري ‎owed‏ اللوكيميا ‎TT‏ الفيروسات القهقرية 0 البشري الام-الوليدي 3 وس توروء الحمة التهاب المعدة فيروس تورو البشري بشري برازي - فموي ‎١‏ ‏الإكليلية والأمعاء ‎a‏ أو فيروس الإنفلونزا ‎A‏ الطفال ‎“Ss <3‏ الطيورء فيروس الإنفلونزا ‎A‏ الفيروسات المخاطية الحيوانى» | الانفلونزا الخنازير ّ القويمة الحيوان مسي فيروس الإنفلونزا 8؛ فيروس الإنفلونزا 8 الفيروسات المخاطية ‎i Gay‏ الانفلونزا القويمة فيروس الإنفلونزا ©؛ فيروس الإنفلونزا © الفيروسات المخاطية ‎i dy‏ الانفلونزا القويمة ‎Vesiculovirus‏ بشري» ذياب الرمل؛ الطفال غير موثق؛ فيروس ‎Isfahan‏ ‏الفيروسات الريدية اليربوع ‎yy‏ التهاب ‎Fld‏
الفيروس الجنس» العائلة 80 الانتقال ‎Ua yall‏ الفيروسة التورامية الفيروسة التورامية؛ برازي - فموي بشري التهاب الدماغ ‎JC‏ فيروسة التورام أو البول الطفال فيروس التهاب 87/5 بشري؛ الخيول» الحيوانى؛ ّ التهاب الدماغ الدماغ الياباني الفيروسات المصفرة الطيورء البعوض المنقول بالمفصليات الطفال الفيروسة ‎dba)‏ الفيروسة الرملية؛ يرود ِ ‎L902‏ 0 . بشري» القوارض الحيواني؛ أداة الحمى النزفية جونين الفيروسات الرملية العدوى الفيروسة التورامية الفيروسة التورامية؛ برازي - فموي بشري التهاب الدماغ اها فيروسة التورام أو البول الطفال 87/5 بشري»؛ الخيول» الحيوانى؛ فيروس ‎Kunjin‏ ّ التهاب الدماغ الفيروسات المصفرة الطيور ¢ البعوض المنقول بالمفصليات الطفال 13 وس خفاش الفيروسة الكلبية؛ التهاب الدماغ بشري؛ الثدييات الحيوانى»؛ لاجوس الفيروسات الريدية ‎cdl‏ ‏عض الحيوان
الفيروس الجنس» العائلة ‎go‏ الانتقال ‎all‏ ‏الطفال ‏فيروس ماربورج | قيروس ماربورج؛ بشري؛ القرود؛ ‎i‏ ‏الحيوانى» أداة الحمى النزفية بحيرة فيكتوريا الفيروسات الخيطية الخفافيش العدوى الطفال ‎«Flavivirus‏ الحيوانى»؛ فيروس لانجات بشري, القراد التهاب الدماغ الفيروسات المصفرة المنقول بالمفصليات الطفال الفيروسة الرملية؛ فيروس لاسا بشري؛ ‎Glad‏ الحيواني» ‏ الحمى ‎La‏ ‏الفيروسات الرملية ) أدوات العدوى فيروس نوروء التهاب المعدة فيروس ‎Lordsdale‏ بشري برازي - فموي ‎١‏ ‎Caliciviridae‏ والأمعاء الطفال ‎(gpd «Flavivirus‏ الثدييات» الحيوانى؛ 13 وس الداء ‎sll‏ ّ التهاب الدماغ الفيروسات المصفرة القراد عض حيوان فيروس التهاب الطفال الفيروسة الرملية؛ ‎i‏ ‏السحايا والمشيميات بشري» القوارض الحيواني» أداة التهاب الدماغ الفيروسات الرملية الليمفاوي ‎Syl)‏
الفيروس الجنس» العائلة ‎Bal‏ الانتقال المرض الطفال الفيروسة الرملية؛ ‎i i‏ فيروس ماتشويو بشري» القرود» الفأر الحيواني؛ أداة التهاب الدماغ الفيروسات الرملية العدوى الطفال الفيروسة الألفاوية؛ الحيواني» . الحمىء ألم فيروس مايارو بشري؛ البعوض الفيروسات الطخائية عض حيوان المفاصل الفيروسة ‎AUS‏ الفيروسة المكللة ‎oly‏ ابشري؛ خفاش الطفال ‎MERS‏ الحمة الإكليلية المقابر الحيوانى 1 ‎«Morbilivirus‏ ‏13 وس الحصبة 3< يي 2 الحمى؛ الطفح الفيروسات المخاطانية : فيروس التهاب ٍ الفيروس القلبي؛ 3< يي الفارء الطفال الدماغ وعضل القلب :ِ التهاب الدماغ البيكورناوية الارنب الحيواني المنغوي خلية الفيروسة الفيروسة التورامية؛ رسينوما خلية بشري التورامية ميركل فيروسة التورام ميركل الطفال الفيروسة الكلبية؛ بشري؛ القوارض؛ فيروسو موكولاً الحيواني» ‏ التهاب الدماغ الفيروسات الريدية ‎Jal‏ زيابة الكلب 1 عض الحيوان فيروس المليساء ‎«Molluscipoxvirus‏ ‏بشري لامسى | آفات الجلد المعدية فيروسات الوقس :
ال الجنس» العائلة 80 ‎IA Bri)‏ ٍ الطفال بشري؛ ‎Hall‏ كلب 13 وس جدري القرود الفيروسة الجدرية الحيوانى»؛ افات الجلد الحقول ; >< مسي ‎Cond «Rubulavirus‏ 13 وس النكاف 3< يي , النكاف الفيروسات المخاطانية اللعاب الطفال فيروس التهاب الحيواني؛ ‎Flavivirus‏ بشري؛ البعوض ّ التهاب الدماغ الدماغ وادي موريه عض حيوان الطفال فيروس هانتاء الفيروسة ‎i‏ ‏فيروس نيويورك 3< ‎“Ss‏ الفار الحيوانى»؛ الحمى النزفية البنياوية ’ البول؛ اللعاب الطفال ‎«Henipavirus‏ ‏فيروس نيبه بشري؛ الخفافيشس الحيوانى؛ التهاب الدماغ الفيروسات المخاطانية ّ عض الحيوان إ: فيروس نوروء التهاب المعدة فيروس نوروواك ل بشري برازي - فموي ‎Caliciviridae‏ والأمعاء الطفال فيروس أونيونج ‏ الفيروسة الألفاوية؛ الحيواني» . الحمىء ألم بشري؛ البعوض نيو نج الفيروسات الطخائية عض حيوان المفاصل
الفيروس الجنس» العائلة ‎Beal‏ الانتقال ‎Ua yall‏ الطفال الفيروسة الجدرانية؛ فيروس الأرف بشري» الثدييات | الحيواني؛ | أفات الجلد فيروسات الوقس >< مسي الطفال ‎(gyi ِ‏ الحيوانات الحيواني؛ . الحمىء ألم فيروس أورويوش | ‎Orthobunyavirus|‏ ّ البرية(الكسلان) ‏ اعض حيوان المفاصل الطفال الفيروسة الرملية؛ بشري؛ ‎all‏ : فيروس بيتشنده الحيواني» أداة الحمى النزفية الفيروسات الرملية خنزير غينيا العدوى الفيروسة المعوية؛ التهاب سنجابية الفيروسة السنجابية بشري» ‎lll‏ إرازي- فموي البيكورناوية ‎٠‏ النخاع الطفال ‎«Phlebovirus Punta toro‏ الحيوانى»؛ بشري» ذباب الرمل ّ الحمى النزفية ‎phlebovirus‏ الفيروسات البنياوية عض حيوان الطفال 3 وس هانتاء الفيروسة 3< ‎bank J)‏ فيروس ‎Puumala‏ الحيوانى»؛ الحمى النزفية البنياوية ‎vole‏ ّ البول» اللعاب
الفيروس الجنس» العائلة ‎BA‏ الانتقال المرض الطفال الفيروسة الكلبية؛ التهاب الدماغ السعار بشري؛ الثدييات الحيوانى؛ الفيروسات الريدية ‎cdl‏ ‏عض الحيوان الطفال 3< )0 الثدييات؛ فيروس حمى الوادى ‎«Phlebovirus|‏ الحيوانى»؛ ّ البعوض؛ ذباب ّ الحمى النزفية المتصدع الفيروسات البنياوية عض حيوان الرمل ‎«Rosavirus‏ ‎Rosavirus A‏ بشري البيكورناوية الطفال إ: الفيروسة الألفاوية؛ بشري؛ البعوض» الحيواني؛ . الحمىء ألم #يروس نهر روس الفيروسات الطخائية | الوخفيات لعض حيوان المفاصل الفيروسة العجلية؛ التهاب المعدة الفيروسة العجلية ‎A‏ بشري برازي - فموي فيروسات الربو والأمعاء الفيروسة العجلية؛ التهاب المعدة الفيروسة العجلية 5 بشري برازي - فموي فيروسات الربو والأمعاء الفيروسة العجلية؛ التهاب المعدة الفيروسة العجلية © بشري برازي - فموي فيروسات الربو والأمعاء فيروس ‎Anand]‏ فيروس روبي؛ الفيروسات إ: الحصبة بشري ذه الألمانية الطخائية - الألمانية
الفيروس الجنس» العائلة 85 الانتقال ‎Ua yall‏ الطفال الفيروسة الألفاوية؛ بشري؛ الخيل؛ الحيواني» . الحمىء ألم فيروس ‎Sagiyama‏ ّ الفيروسات الطخائية الخنزير البعوض عض حيوان المفاصل التهاب المعدة ‎Salivirus A‏ 5 البيكورناوية ابشري ٍِ ّ والأمعاء الطفال فيروس حمى ذبابة ‎«Phlebovirus|‏ الحيوانى»؛ بشري» ذباب الرمل ّ الحمى النزفية الرمل ‎glial‏ الفيروسات البنياوية عض حيوان ‎«Sapovirus‏ التهاب المعدة فيروس 5800010 | بشري ‎ms‏ فموي |( ‎Caliciviridae‏ والأمعاء الطفال فيروس غابة الفيروسة الألفاوية؛ بشري؛ الطيورء. الحيواني؛ . الحمىء ألم يمبلدٍ الفيروسات الطخائية ‎ll‏ البعوض | اعض حيوان المفاصل الطفال فيروس هانتاء الفيروسة 13 وس ‎Seoul‏ 3< يي الجرذان الحيوانى»؛ الحمى النزفية البنياوية ) البول» اللعاب
ال الجنس»؛ العائلة 85 الانتقال ‎BIW‏ ‏الطفال ‎dug yell‏ الرغدية | ‎«Spumavirus|‏ ‏بشريء ‎ap‏ الحيواني؛ . لا يوجد القردية الفيروسات القهقرية “ مسي الطفال ‎«Rubulavirus‏ ‏الفيروس القردي 5 بشري؛ الكلب الحيواني؛ ‏ اغير موثق الفيروسات المخاطانية >< مسي الطفال مرض إ: الفيروسة الألفاوية؛ بشري؛ الطيور» الحيواني» ‎Pogostal‏ ‏فيروس سندبيس ‎i‏ ‏الفيروسات الطخائية | البعوض عض حيوان الحمى؛ ألم ‎nd‏ المفاصل إ: ٍ فيروس نوروء ٍ التهاب المعدة فيروس ساوثمباتون ل بشري برازي - فموي ‎Caliciviridae‏ والأمعاء الطفال فيروس التهاب سانت 181/17/11015-؛ بشري؛ الطيورء الحيوانى؛ ّ التهاب الدماغ لويس للدماغ الفيروسات المصفرة البعوض عض حيوان الطفال فيروس بواسان 87/5 الحيوانى»؛ بشري؛ ‎al‏ ّ التهاب الدماغ المحمول بالقراد | الفيروسات المصفرة لعض حيوان
الفيروس الجنس» العائلة 85 الانتقال ‎IA‏ ‏الطفال ‎«Phlebovirus‏ الحيوانى»؛ فيروس ‎Toscana‏ بشري؛ البعوض ّ الحمى النزفية الفيروسات البنياوية عض حيوان الطفال فيروس ‎«Phlebovirus‏ الحيوانى»؛ بشري» القراد ّ الحمى النزفية ‎Uukuniemi‏ الفيروسات البنياوية عض ‎Olgas‏ ‏الفيروسة الجدرية؛ فيروس الوقس بشري؛ الثدييات تلامسي لا يوجد فيروسات الوقس فيروس الحماق ‎«Varicellovirus‏ نفسى؛ بشري ّ الحماق التطاقى الفيروسات الهريسية لامسى الفيروسة الجدرية؛ فيروس الجدري بشري نفس الجدري فيروسات الوقس الطفال فيروس التهاب ٍ ٍ الفيروسة الألفاوية؛ بشري؛ القوارض؛ الحيوانى»؛ الحمى؛ الم الدماغ الخيلي ّ ّ الفيروسات ‎Asal‏ البعوض عض حيوان المفاصل لفنزويلي ض ‎“Ss <3‏ الماشية؛ التهاب الفم ‎LL «Vesiculovirus‏ الخيل؛ الخنزيرء ‎J‏ التهاب الدماغ الفيروسات الريدية : لحويصلي لفيروسات الريدية ‎CL‏ الحيواني؛
الفيروس الجنس» العائلة العائل ‎FrEN‏ ل عض المفصليات الطفال فيروس التهاب : : الفيروسة الالفاوية؛ 3< ‎“Ss‏ الفقاريات؛ الحيوانى»؛ الحمى؛ الم الدماغ الخيلي : ‎١‏ الفيروسات الطخائية | البعوض عض حيوان المفاصل الغربي : الموائع الفيروسة التورامية الفيروسة التورامية؛ ٍ بشري التنفسية أو .ألا يوجد ‎WU‏ فيروسة التورام البول الطفال ‎«Flavivirus‏ بشري؛ الطيورء الحيوانى؛ فيروس غرب النيل الحمى النزفية الفيروسات المصفرة ‎Sagal call)‏ اعض حيوان الطفال الفيروسة الجدرية؛ فيروس ورم القرد يابا بشري؛ القرود الحيواني؛ ‏ آلا يوجد فيروسات الوقس >< مسي الطفال فيروس مرض ‎And‏ الفيروسة الجدرية؛ بشري؛ القرود الحيواني؛ ‏ آلا يوجد يابا فيروسات الوقس ‎(me‏ ‏فيروس الحمى 87/5 بشري» القرودء الطفال الحمى النزفية الصفراء الفيروسات المصفرة البعوض الحيوانى .
الفيروس الجنس» العائلة 80 الانتقال ‎Ua yall‏ الطفال ٍِ الحمى؛ ألم ‎lug yall (Flavivirus‏ بشرى؛ القرودء الحيوانى»؛ 13 وس زيكا ّ , المفاصلء المصفرة البعوض عض حيوان ا في بعض التجسيدات؛ يكون الفيروس عبارة عن يكون الفيروس عبارة عن فيروس مدرج في الجدول التالى. فيروس لاسا ‎LIA «DCs‏ بطانية وعائية .2005 ‎Kunz, 5. et. al.‏ ‎Journal of Virology‏ ‎Vou)! (ug yd‏ متنوع ‎(DCs)‏ الخلايا الملتهمة | ‎Martines, R.B. et. al.‏ الكبيرة؛ الخلايا الكبدية؛ وما إلى | ‎Journal of‏ .2015 ذلك) ‎.Pathology‏ ‎SARS-CoV‏ الرئة .2004 ‎To, KF. et. al.‏ ‎Journal of Pathology‏
Miner, J.J. & Diamond, ‏متنوع (موائع الجسم؛ المشيمة؛‎ LS
M.S. 2017. Cell Host & ‏المخ؛ وما إلى ذلك)‎ .Microbe
Flipse, J. et. al. 2016. | ‏الخلايا الملتهمة‎ (DCs) ‏الدنك متنوع‎
Journal of General ‏الكبيرة؛ الكبد؛ وما إلى ذلك)‎
Virology
Schwartz, 0. & Albert, | «asl ‏المناعية؛‎ LIAL) ‏شيكونجونيا متنوع‎
M.L. 2010. Nature | ‏الجهاز العصبى المركزي» وما‎ .Reviews ‏إلى ذلك)‎
Medina, R.A. & Garcia— | ‏الإنفلوتزا خلايا الرئة الظهارية أو الخلايا‎
Sastre A. 2011 Nature ‏الملتهمة الكبيرة‎ .Reviews
Weiss, R.A. 2002. | ‏التائية؛ الخلايا الملتهمة‎ WA HIV .JUBMB Life ‏الكبيرة‎ ‎Lopez, 5 & Arias, C.F. ‏الفيروسة العجلية الأمعاء‎ 2006. CTMI
Schelhaas, M. et. al. ‏الخلايا الظهارية؛ الخلايا‎ | HSV=) ‏الهريس البسيط‎ 2003. Journal of General ‏العصبية‎ 0
Virology
‎HCV‏ الكبد .2014 ‎Ding, Q, et. al.‏ ‎.Cell Host & Microbe‏ ‎HBV‏ الكبد .2013 ‎Schieck, A. et. al.‏ ‎.Hepatology‏ ‏في بعض التجسيدات؛ يكون الفيروس عبارة عن فيروس مدرج في الجدول 9 فيما يلي. الجدول 9
ا ااا
قائمة فيروسات مع تقنيات تشخيصية لحمض نووي معتمدة من ‎FDA‏ (11):
الفيروس الغدي
الفيروس المضخم للخلايا
الفيروسة المعوية
فيروس الهريس البسيط
الالتهاب الكبدي ‎B‏
الالتهاب الكبدي ‎C‏
الفيروس التالي لالتهاب الرئة البشري
فيروسة الورم الحليمي البشري
الإنفلونزا
الفيروس المخلوي التنفسي في بعض التجسيدات؛ يكون الفيروس عبارة عن فيروس مقاوم لعقار. على سبيل المثال وليس الحصرء يمكن أن يكون الفيروس عبارة عن فيروس مقاوم لريبافيرين. ريبافيرين ‎Ble‏ عن مضاد فيروسات فعال يهاجم عدد من فيروسات ‎Lad (RNA‏ يلي بضعة فيروسات هامة طوّرت مقاومة
ريبافيرين . فيروس مرض الغم والقدم: 3 03594-1. ‎128/JVI‏ 1 .10 :00. فيروس شلل الأطفال: ‎.WWW.pnas.org/content/100/12/7289.full.pdf‏ فيروس الالتهاب الكبدي ‎:C‏ ‏ان1//.3500.019/0001601/79/4/2346.1[. عدد من فيروسات ‎RNA‏ المستمرة الأخرى؛ مثل ‎J‏ لالتهاب الكبدي ‎IV‏ باء قد طوّرت مقاومة لعقاقير حالية مضادة للفيروسات . فيروس ‎J‏ لالتهاب الكبدي 8 (لاميفودين» تينوفوفير؛ إينتيكافير): ‎.doi:10.1002/hep.22900‏ فيروس الالتهاب
الكبدي ‎C‏ بتيلابرفين ‎«AG-021541 «Boceprevir 5016 (TMN-191 BILN2061‏ ‎.d0i:10.1002/hep.22549 :(ACH-806‏ ل ‎sae HIV‏ طفرات مقاومة ‎lal‏ انظر ‎hivdb.stanford.edu/‏ لمزبد من المعلومات. بعيدًا عن مقاومة العقار؛ هناك عدد من الطفرات ذات الصلة إكلينيكيًا التي يمكن استهدافها باستخدام أنظمة ‎dg CRISPR‏ للاختراع كما تم الوصف هنا. على سبيل ‎(JO)‏ العدوى المستمرة مقابل الحادة ‎LCMV‏
‎¢d0i:10.1073/pnas. 1019304108‏ أو عدوى متزايدة بالإيبولا: ‎http: //doi.org/10.1016/j.cell.2016.10.014‏ ‎.http://doi.org/10.1016/j.cell.2016.10.013 4‏ الكشف عن الملاريا ومراقبتها
‏0 الملاريا عبارة عن مرض يتقله البعوض ينتج عن طفيليات ‎Plasmodium‏ تنتشر الطفيليات إلى الأشخاص من خلال عض بعوض ‎Anopheles‏ إنات مصابة العدوى. تتسبب خمس فصائل 0 في إصابة البشر بالملاريا: ‎Plasmodium (Plasmodium falciparum‏ ‎.Plasmodium knowlesi 4 Plasmodium malariae (Plasmodium ovale (vivax‏ فيما بينهاء ‎Gag‏ لمنظمة الصحة العالمية ‎(WHO)‏ تكون ‎Plasmodium falciparum‏
‎Plasmodium vivax 5‏ مسئولتين عن أكبر خطر . ‎P. falciparum‏ هي طفيل الملاريا الأكثر انتشارًا في القارة الأفريقية ويكون مسئولاً عن أكثر الوفيات المرتبطة بالملاريا حول العالم. .© ‎vivax‏ هو طفيل الملاريا السائد في أكثر الدول خارج جنوب الصحراء الأفريقية. في 2015؛ كان في 91 دولة ومنطقة انتقال جاري ‎By Wall‏ لآخر تقديرات ‎WHO‏ هناك حوالي 212 مليون حالة إصابة بالملاريا في 2015 و429000 حالة وفاة. في المناطق ذات
‏0 انتقال عالٍ للملارياء يكون الأطفال تحت سن 5 سنوات بشكل خاص الأكثر عرضة للعدوى؛ والمرض والوفاة؛ تحدث أكثر من ثلثي (9670) كل حالات الوفاة بسبب الملاريا في هذه المجموعة العمرية. بين 2010 و2015؛ انخفض معدل الوفاة بسبب الملاريا للأقل من 5 سنوات بنسبة 9 حول العالم. مع ذلك يظل الملاريا القاتل الرئيسي للأطفال الأقل من 5 سنوات؛ وينهي حياة طفل كل دقيقتين.
كما تم الوصف بواسطة ‎(WHO‏ تعد ‎LD‏ مرض حموي حاد. في فرد غير مناعي؛ تظهر
الأعراض بعد 7 أيام أو أكثر من عض البعوض الناقل للعدوى. الأعراض الأولى- الحمى؛
والصداع؛ والقشعريرة والقيء - وقد تكون بسيطة وبصعب التعرف عليها على أنها ملارياء مع ذلك؛
فى حالة عدم العلاج خلال 24 ساعة؛ يمكن أن تتطور الملاريا الخبيثة إلى مرض ‎Bale ala‏ ما يفضى إلى الوفاة.
عادة ما يتطور لدى الأطفال المصابين بالملاريا الحادة واحد أو أكثر من الأعراض التالية: فقر
الدم الحادء ضيق التنفس ‎Lad‏ يتعلق بالحماض الاستقلابي؛ أو ملاريا دماغية. لدى البالغين» من
الشائع مساهمة عدة أعضاء. في المناطق المتوطن بها الملارياء قد يتطور لدى الأفراد حصانة
جزئية؛ مما يسمح بحدوث عدوى عديمة الأعراض.
0 يكون تطور اختبارات التشخيص السريعة والفعالة ذي أهمية كبيرة للصحة العامة. في الواقع؛ لا يقلل التشخيص والعلاج المبكر للملاريا فقط من المرض وبمنع الوفاة ولكن يساهم أيضًا في تقليل انتقال الملاريا. وفقًا لمقترحات ‎WHO‏ يجب تأكيد كل حالات الملاريا المشتبه فيها باستخدام اختبار تشخيص أساسه طفيليات (على نحو ملحوظ باستخدام اختبار تشخيص سريع) قبل إعطاء العلاج (انظر "إرشادات ‎WHO‏ لعلاج الملاريا"» النسخة الثالثة؛ المنشورة في إبريل 2015).
5 تجسد مقاومة العلاجات المضادة للملاريا مشكلة صحية حرجة تقلل بصورة كبيرة من الاستراتيجيات العلاجية. في الواقع؛ كما تقرر على موقع ‎WHO‏ أصبحت مقاومة ‎P. falciparum‏ للأجيال السابقة من الأدوية؛ مثل كلوروكين وسلفادوكسين/ بيريميثامين ‎(SP)‏ منتشرة بصورة كبيرة في 1950 5 1960< مما يقلل من جهود السيطرة على الملاريا وعكس ذلك على بقاء الأطفال على قيد الحياة. على ‎cell‏ تقترح ‎WHO‏ المراقبة الروتينية لمقاومة العقار المضاد للملاريا. في الواقع؛
قد يتجنب التشخيص الدقيق العلاجات غير الملائمة ويحصر مد المقاومة للأدوية المضادة للملاريا. في سياق الاستراتيجية الفنية الشاملة ل ‎WHO‏ للملاريا 2016- 2030- المتبعة من قبل منظمة الصحة العالمية في مايو 2015- تم توفير إطار فني لكل الدول المتوطن بها الملاريا. من
المقصود توجيه ودعم برامج الدولة والإقليمية حيث أنها تعمل على السيطرة على الملاريا والقضاء عليها. تقوم تلك الاستراتيجية بضبط أهداف شاملة طموحة ولكن يمكن تحقيقها؛ وتتضمن: تقليل حدوث حالات الملاريا بنسبة على الأقل 9690 بحلول 2030. تقليل معدلات الوفاة بسبب الملاريا بنسبة على الأقل 9690 بحلول 2030. القضاء على الملاريا في 35 دولة على الأقل بحلول 2030.
منع معاودة الملايا في كل الدول الخالية من الملاريا. كانت تلك الاستراتيجية نتيجة عملية استشارية واسعة استغرقت عامين وتطلبت مشاركة أكثر من 400 خبير فني من 70 دولة من دول أعضاء . وهي تقوم على 3 محاور رئيسية : ضمان وصول شامل لمنع الملاريا 4 وتشخيصها ‎ade,‏ ¢
0 1 تعجيل جهود نحو القضاء على الملاريا والوصول إلى ‎Ala‏ عدم وجود الملاريا ¢ و تحويل مراقبة الملاريا إلى تدخل مركزي. يتضمن العلاج ضد ‎Plasmodium‏ كحولات أريل- أمينو ‎Jie‏ كوبنين أو مشتقات كوينين ‎Jie‏ ‏كلوروكوين» أمودياكوين؛ ميفلوكين؛ ‎«(Shun‏ لوميفانترين؛ بربماكوين؛ نظير هيدروكسي نفثوكينون آلفة للشحوم؛ مثل أتوفاكون؛ وعقاقير مضاد فولات؛ ‎Jie‏ عقاقير سلفا سلفادوكسين؛ دابسون
5 وييربميثين؛ بروجوانيل؛ وتوليفة من أتوفاكون/ بروجوانيل؛ وعقاقير أتيميسين؛ وتوليفات منها. تتضمن المتواليات المستهدفة التشخيصية لوجود مسبب مرض يتقله متوالية تشخيصية لوجود ‎(Plasmodium‏ على نحو ملحوظ فصائل ‎Plasmodia‏ التى تؤثر على البشر ‎Jie‏ ‎«Plasmodium ovale (Plasmodium vivax (Plasmodium falciparum‏ ‎(Plasmodium knowlesi s «Plasmodium malariae‏ وتتضمن متواليات من جينومات
منها. متواليات مستهدفة تشخيصية لمراقبة مقاومة العقار للعلاج ضد ‎(Plasmodium‏ على نحو ملحوظ فصائل ‎all Plasmodia‏ تؤثر على البشر ‎«Plasmodium falciparum fi.‏
«Plasmodium malariae (Plasmodium ovale (Plasmodium vivax
Plasmodium knowlesi 4 تتضمن متوالية مستهدفة أخرى متواليات تتضمن جزيئات مستهدفة/ جزيئات حمض نووي ‎JAR‏ بروتينات تساهم في عملية حيوية أساسية ‎Plasmodium Juhl‏ وعلى نحو ملحوظ بروتينات ناقلة؛ مثل بروتين من عائلة ناقل عقا ر/ ناتج تأيض» بروتين حافظة ربط ‎(ABC) ATP‏ يساهم في إزفاء الركيزة؛ مثل ناقل ‎ABC‏ الفصيلة © أو مبادل ‎(Na+/H+‏ جلوتاثيون 5 - ترانسفيراز الغشاء؛ وهي بروتينات تساهم في مسار فولات؛ ‎Jie‏ داي هيدرو بتيروات سينثاز» نشاط داي هيدرو فولات ربدكتاز أو داي هيدرو فولات ريدكتاز - ثيميديلات سينثاز؛ وبروتينات تساهم في ‎old)‏ البروتونات عبر الغشاء المتقدري الداخلي وعلى نحو ملحوظ معقد سيتوكروم 5. يمكن أن ‏0 يتضمن هدف إضافي الجين (الجينات) التي ترمّز بوليميراز هيم. تتضمن متواليات مستهدفة أخرى جزيئات مستهدفة/ ‎cilia‏ حمض نووي ‎ai‏ البروتينات التي تساهم في عملية حيوية أساسية يمكن اختيارها من جين ناقل مقاومة كلوروكين ‎P. falciparum‏ 1 0 ) جين بروتين متصل بمقاومة عدة عقاقير ‎(Pfmirp) P. falciparum‏ جين مبادلة ‎P. falciparum Na+/H+‏ (©0170)؛ ترميز الجين لبروتين تصدير ‎P. falciparum‏ 1« ‎falciparum ¢(pfatp6) P. falciparum Ca2+ Ja ATPase 6 15‏ .0 داي هيدرو بيتيروات سينثاز ‎o(pfdhps)‏ نشاط جينات داي هيدرو فولات ريدكتاز ‎(Pfdhpr)‏ وداي هيدرو فولات ربدكتاز - ثيميديلات سينثاز (010017)؛ وجين سيتوكروم 0؛ سايكلو هيدرولاز 910 و جين ‎(K13) Kelchl3‏ إلى جانب الجينات مختلفة التكوين الوظيفية لها في فصائل ‎Plasmodium‏ ‏أخرى . ‏0 تتم تعريف عدد من الطفرات؛ على نحو ملحوظ طفرات نقطة واحدة؛ في البروتينات التي تكون عبارة عن أهداف العلاجات الحالية وترتبط بأنماط ظاهرية ذات مقاومة محددة. بالتالي؛ يسمح الاختراع بالكشف عن أنماط ظاهرية متنوعة المقاومة لطفيليات ينقلها البعوض؛ مثل ‎.plasmodium‏
يسمح الاختراع بالكشف عن واحدة أو أكثر من الطفرات وعلى نحو ملحوظ واحدة أو أكثر من عديدات أشكال النوكليوتيد الأحادي في أحماض نووية/ جزيئات مستهدفة. بالتالي يمكن استخدام أي واحدة من الطفرات التالية؛ أو توليفات منهاء كمرقم مقاومة ‎(Say lie‏ الكشف عنها ‎By‏ ‏للاختراع. ‏5 تتضمن طفرات نقطة أحادية في ‎falciparum K13‏ .0 طفرات النقطة الأحادية التالية في المواضع 252 441 446 449 458 493« 539 543 ذ3ذيى 561« 568« 574« 578 580 675 476 469« 481« 522 537 538 579 7199584 وعلى نحو ملحوظ الطفرات ‎«R539T (Y493H (N458Y (G449A (F446! (P441L (E252Q‏ ‎1١‏ حا ‎«M4761 A6TSV «C580Y A5T78S (P574L V568G (R561H «P553L‏ ‎¢A481V ¢«C469Y 0‏ 55220 ؛ ‎«G538V ¢N537D ¢N5371‏ ا1579/؛ ‎¢D584V‏ ‎HTI9N‏ ترتبط تلك الطفرات بصورة ‎dele‏ بأنماط ظاهرية لمقاومة عقاقير أرتيميسين (أرتيميسينين ومقاومة علاج توليفي أساسه أرتيميسين» إبريل 2016 ‎(WHO/HTM/GMP/2016.5‏ ‏في ‎(gla P. falciparum‏ هيدروفولات ربدكتاز ‎«((PDHFR-TS, PFDO830w) (DHFR)‏ تتضمن عديدات الأشكال الهامة طفرات في المواضع 108 51 164559 على نحو ملحوظ ‎D‏ 108 1641 51 و5914 التي ‎Jia‏ المقاومة لبيربميثامين. كما تتضمن عديدات أشكال أخرى 06 5816 540 ‎436A‏ و6135 التي ترتبط بمقاومة سلفادوكسين. تتضمن طفرات ملحوظة إضافية ‎dlel64Leu «Cys59Arg (AsnS1lle (Serl08Asn‏ ‎Ser108Thr «Val213Ala y Ser189Arg (Asn188Lys (llel64Leu «Cys50Arg‏ ‎(Alal6Valy 0‏ ترتبط الطفرات ‎dlel64Leu «Cys59Arg (AsnSllle <Serl08Asn‏ ‎llel64Leu «Cys50Arg‏ على نحو ملحوظ بعلاج أساسه بيريميثامين و/ أو مقاومة علاج توليفية من كلوروجوانين- دابسون. يبدو أن مقاومة سايكلو جوانيل ترتبط بطفرات مزدوجة ‎Ser108Thr‏ و 018161/81. كما يمكن أن يكون تكبير 0115 ذي أهمية كبيرة لمقاومة العلاج على نحو ملحوظ مقاومة بيريميثامين.
في ‎P. falciparum‏ داي هيدرو بتيروات سينثاز ‎«(PDHPS, PFO8_0095) (DHPS)‏ تتضمن تعددات الأشكال الهامة طفرات في المواضع 436 437؛ 581 و613 ‎Ala581Gly (Lys540Glu (Ala437Gly 5436/6‏ و ‎.Ala613Thr/Ser‏ كما ارتبط تعدد الأشكال في الموضع 581 5[ أو 613 بمقاومة علاجات أساسها سلفادوكسين- بيريمثامين. في ناقل مقاومة ‎P. falciparum‏ كلوروكين ‎«(PICRT)‏ يرتبط تعدد الأشكال في الموضع 76 على نحو ملحوظ الطفرة ‎(LySTOThr‏ بمقاومة كلوروكين. تتضمن تعددات أشكال أخرى ‎«Asn326Ser (GIn271Glu (Ala220Ser (Asn75Glu (Met74lle Cys72Ser‏ 163561 و6اا1 009037 التي يمكن أن ترتبط بمقاومة كلوروكين. كما تتم فسفرة عند الوحدات 0 البنائية 833 5411 و1416؛ التي قد تنظم نشاط النقل أو نوعية البروتين. في ناقل مقاومة عدة عقاقير ‎«(PFE1150w) (PMDRI) 1 P. falciparum‏ تم تعريف تعددات الأشكال في المواضع 86» 1854 1034 1042 على نحو ملحوظ ‎AsnBOTYr‏ ‏184-06لر1 ‎Asp1246Tyr 3 Asn1042Asp «Ser1034Cys‏ قد تم تعريفها وتقرير أنها ‎ig‏ على على التعرض إلى لوميفانترين» أرتيميسينين» كوبنين» ميفلوكين» هالوفانترين وكلوروكين. 5 بالإضافة إلى ‎cells‏ يرتبط تكبير 90/0051 بتعرض منخفض للوميفانترين؛ أرتيميسينين؛ كوبنين؛ ميفلوكين» وهالوفانترين وتؤدي إزالة تكبير 41ا10/10 إلى زيادة في مقاومة كلوروكين. كما تم الكشف عن تكبير ‎.pfmdr]l‏ كما أن ‎Ala‏ الفسفرة الخاصة ب 011/01 ذات أهمية كبيرة. في بروتين مرتبط بمقاومة عدة عقاقير ‎(PIMRP) P. falciparum‏ (مرجع الجين ‎«(PFAOS90W‏ تم تعريف تعددات الأشكال في الموضعين 191 و/ أو 437؛ ‎(ie‏ 719111 0 و4375 وارتبطا بالأنماط الظاهرية لمقاومة كلوروكين. في محيّن ‎(PINHE) ©. falciparum NA+/H+‏ (المرجع ‎«(PF13_0019‏ يمكن أن يكون التكرار المتزايد ‎DNNND J‏ في 0154670 ساتلي مصغر مرقمًا لمقاومة كوبنين. ترتبط الطفرات التي تبدل من موضع ربط أوبيكوبنول لبروتين سيتوكروم 5 المرمّز بواسطة جين سيتوكروم ‎(Cyt, mal_mito_3) b‏ بمقاومة أتوفاكون. يمكن أن ترتبط الطفرات في المواضع
6 268 276 133 و280 وعلى تحو ملحوظ ‎M1331 «Tyr268Ser (Tyr26Asn‏ ‎G280D‏ بمقاومة أتوفاكون. على سبيل المثال فى ‎P Vivax‏ ارتبطت الطفرات فى 71/100141 متناظر 1/1041 ‎Pf‏ بمقاومة كلوروكين» على نحو ملحوظ تعدد الأشكال في الموضع 976 ‎Jie‏ الطفرة ‎YOTOF‏ ‏5 تم تعريف الطفرات السابقة ‎(slaty Lad‏ متواليات البروتين. مع ذلك؛ يتمكن صاحب المهارة في المجال من تحديد الطفرات المناظرة»؛ وتتضمن ‎SNPS‏ التي يتم تعريفها كمتوالية مستهدفة لحمض نووي. هناك مرقمات مقاومة عقار محددة أخرى معروفة في المجال؛ على سبيل المثال؛ كما تم الوصف في-1996) ‎“Susceptibility of Plasmodium falciparum to antimalarial drugs‏ ‎WHO; Artemisinin and artemisinin—-based combination therapy 0‏ )2004 ‎resistance (April 2016 WHO/HTM/GMP/2016.5); “Drug-resistant malaria:‏ ‎molecular mechanisms and implications for public health” FEBS Lett.‏ ‎Jun 6;585(11):1551-62. doi:10.1016/j.febslet.2011.04.042. Epub‏ 2011 ‎Apr 23. Review.
PubMed PMID: 21530510‏ ¢2011 وقد تم تضمين محتوياتها هنا كمرجع. فيما يتعلق بالببتيدات التي يتم الكشف عنها وفقًا للاختراع الحالي؛ يمكن استخدام منتجات الجين لكل الجينات المذكورة هنا كأهداف. على نحو مناظر؛ من المتصور أنه يمكن استخدام تلك الببتيدات لتعريف الفصائل؛ والتنميط و/ أو الكشف عن مقاومة العقار. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تتعلق الأنظمة؛ والأجهزة؛ والطرق؛ التي تم الكشف عنها هنا 0 بالكشف عن وجود واحدة أو أكثر من الطفيليات التي ينقلها البعوض في عينة؛ مثل عينة حيوية تم الحصول عليها من خاضع للعلاج. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن اختيار الطفيل من فصائل ‎«Plasmodium ovale (Plasmodium vivax (Plasmodium falciparum‏ ‎Plasmodium malariae‏ أو ‎(Plasmodium knowlesi‏ بالتالي» يمكن تهيئة الطرق التى تم الكشف عنها هنا للاستخدام في طرق أخرى (أو في توليفة) مع طرق أخرى تتطلب تعريف سريع
لفصائل الطفيليات؛ ومراقبة وجود الطفيليات وصور الطفيليات (على سبيل المثال المناظرة لمراحل متنوعة من العدوى ودورة ‎sla‏ الطفيل» مثل دورة خارج الكرات الحمراء» ودورة الكرات الحمراء؛ ودورة بوغية؛ وتتضمن صور الطفيليات ميروزيت؛ والبوغية؛ والمتقسمة؛ والعرسية)؛ والكشف عن بعض الأنماط الظاهرية (على سبيل ‎(Jd)‏ مقاومة عقار مسبب المرض)؛ ومراقبة تطور المرض و/ أو تفشيه؛ وفحص العلاج (العقار). علاوة على ذلك؛ في حالة الملارياء قد ينقضي وقت طويل بعد العض المُعدي؛ تحديدًا فترة حضانة طويلة؛ وفي هذه الأثناء لا تتضح أي أعراض لدى المريض. على نحو مماثل؛ يمكن أن تؤخر العلاجات الوقائية من ظهور الأعراض؛ ويمكن أيضًا ملاحظة فترات طويلة عديمة الأعراض قبل الانتكاس. يمكن أن تتسبب تلك التأخيرات بسهولة في ‎cg‏ تشخيص أو تشخيص متأخر؛ وعلى ذلك تتسبب في خلل في فعالية العلاج.
0 بسبب إمكانات التشخيص السريعة والحساسة للتجسيدات التي تم الكشف عنها هناء والكشف عن نوع الطفيل؛ نزولاً إلى فارق نوكليوتيد ‎candy‏ والقدرة على النشر كجهاز ‎(POC‏ يمكن استخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا لتوجيه أنظمة علاجية؛ مثل انتقاء مسار علاجي ملائم. يمكن ‎Lal‏ استخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا لفحص عينات بيئية (قطاع من البعوض؛ وما إلى ذلك) للكشف عن وجود وتنميط الطفيل. يمكن أيضًا تعديل التجسيدات بحيث يتم الكشف عن
5 طمفيليات ينقلها البعوض ومسببات مرض ‎GAT‏ يتقلها البعوض في نفس الوقت. في بعض الحالات؛ قد تظهر الملايا ومسببات مرض ‎GAT‏ ينقلها البعوض مبدئيًا مع أعراض مماثلة. على ذلك؛ يمكن أن تتسبب القدرة على التمييز السريع لنوع العدوى في توجيه قرارات علاجية هامة. تتضمن مسببات المرض الأخرى التي ينقلها البعوض الأخرى التي يمكن الكشف عنها بالاشتراك مع ‎(Lal‏ حمى الدنك؛ فيروس غرب النيل؛ شيكونجونيا؛ الحمى الصفراء؛ داء الفيلاريات؛
0 التهاب الدماغ الياباني؛ التهاب الدماغ سانت لويسء التهاب الدماغ الخيلي الغربي؛ التهاب الدماغ الخيلي الشرقي؛ التهاب الدماغ الخيلي الفنزويلي؛ التهاب الدماغ ‎La Crosse‏ وزيكا. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام الأجهزة؛ والأنظمة؛ والطرق التي تم الكشف عنها هنا لتمييز عدة فصائل طفيليات ينقلها البعوض في عينة. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أن يقوم التعريف على متواليات ‎RNA‏ رببوسومية؛ وتتضمن الوحدات الفرعية ‎(18S‏ 165؛
5 235؛ و55. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أن يقوم التعريف على متواليات جينات
موجودة في عدة نسخ في الجيئوم؛ ‎Jie‏ جينات متقدرية مثل 0718. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن أن يقوم التعريف على متواليات من جينات يتم التعبير عنها وراثيًا بصورة كبيرة و/ أو محفوظة بصورة كبيرة ‎«GAPDH (fis‏ هيستون ‎(H2B‏ إينولاز» أو ‎LDH‏ تم الكشف عن طرق لتعريف متواليات ‎IRNA‏ ذات صلة في نشرة طلب براءة الاختراع الأمريكية رقم 2017/0029872. في بعض التجسيدات التوضيحية»؛ يمكن تهيئة مجموعة من ‎RNA‏ الإرشادية
لتمييز كل فصيلة بواسطة منطقة متغيرة فريدة لكل فصيلة أو سلالة. يمكن أيضًا تهيئة ‎RNAS‏ ‏الإرشادية بحيث تستهدف جينات ‎RNA‏ التي تميّز الميكرويات وفقًا للجنس» والعائلة؛ والرتبة؛ والفئة؛ والشعبة؛ ومستويات العالم؛ أو توليفة منها. في بعض التجسيدات التوضيحية عند استخدام التكبير» يمكن تهيئة مجموعة من بادئات التكبيرة إلى مناطق تابتة مجانحة من متوالية ‎RNA‏
0 الريبوسومية وتمت تهيئة ‎RNA‏ إرشادية لتمييز كل فصيلة بواسطة منطقة داخلية متغيرة. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن تهيئة البادئات و ‎RNAS‏ الإرشادية ‎Wg‏ لمناطق محفوظة ومتغيرة في الوحدة الفرعية 165 على الترتيب. يمكن استخدام جينات أو مناطق جينومية أخرى متغيرة بصورة فريدة عبر الفصائل أو مجموعة فرعية من الفصائل مثل عائلة جين ‎(RECA‏ والوحدة الفرعية ‎RNA‏ بوليميراز بيتاء أيضًا. نوقشت مرقمات تطور سلالات ‎Ladle‏ أخرى» وطرق
5 تتعريفهاء على سبيل المثال في ‎Wu et al. arXiv:1307.8690 [q-bio.GN]‏ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن إجراء تعريف الفصيلة بناءً على الجينات الموجودة في عدة نسخ في الجينوم؛ ‎Jie‏ جينات متقدرية مثل 0718. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن إجراء تعريف الفصائل بناءً على جينات تم التعبير عنها ‎Wily‏ بصورة كبيرة و/ أو محفوظة بصورة كبيرة ‎«GAPDH (fis‏ هيستون 128 إينولاز» أو ‎LDH‏
0 في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تمت تهيئة طريقة أو تشخيص لفحص مفيليات ينقلها البعوض عبر عدة مستويات تطور سلالات و/ أو نمطية ظاهرية في نفس الوقت. على سبيل ‎Jl‏ يمكن أن تشتمل الطريقة أو تقنية التشخيص على استخدام عدة أنظمة ‎CRISPR‏ ذات ‎RNAs‏ إرشادية مختلفة. يمكن أن تميز مجموعة أولى من ‎RNAS‏ الإرشادية؛ على سبيل المثال؛ بين ‎Plasmodium falciparum‏ أو ‎vivax‏ 01850000010. يمكن ‎Load‏ تقسيم الفئات العامة تلك
5 إلى أقسام فرعية. على سبيل المثال» يمكن تهيئة ‎RNAS‏ الإرشادية واستخدامها في الطريقة أو
تقنية التشخيص التي تميّز السلالات المقاومة للعقارء بشكل عام أو بالنسبة لعقار محدد أو توليفة من العقاقير. يمكن تهيئة مجموعة ثانية من ‎RNA‏ الإرشادية لتمييز الميكرويات على مستوى الفصيلة. على ذلك؛ ‎(Say‏ إنتاج ‎ll‏ يعزف كل فصائل أو الفصائل الفرعية لطفيليات ينقلها البعوض» وقسمتها بصورة أكبر ‎Gg‏ لمقاومة العقار. يعد ما سبق لأغراض توضيحية فقط. كما تم تصور وسائل أخرى لتصنيف أنواع أخرى من الطفيليات التي ينقلها البعوض وتتبع البنية العامة السابق وصفها. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام الأجهزة؛ والأنظمة والطرق التي تم الكشف عنها هنا لفحص جينات الطفيليات التي ينقلها البعوض محل الاهتمام؛ على سبيل المثال؛ جينات مقاومة العقار. يمكن تهيئة ‎RNAS‏ الإرشادية بحيث تميّز بين الجينات المعروفة محل الاهتمام. ‎(Ko 0‏ عندئذ فحص العينات؛ وتضمن العينات الإكلينيكية باستخدام التجسيدات التي تم الكشف ‎Lge‏ هنا للكشف عن واحد أو أكثر من تلك الجينات. تتمتع القدرة على فحص مقاومة العقار عند ‎POC‏ بفوائد هائلة في اختيار نظام علاج ملائم. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تكون جينات مقاومة العقار ‎le‏ عن جينات ‎Jag‏ البروتينات مثل بروتينات ‎(ABU‏ مثل بروتين من عائلة ناقل عقا ر/ ناتج تأيض » بروتين حافظة ربط ‎(ABC) ATP‏ يساهم في إزفاء الركيزة؛ مثل فصيلة ناقل ‎C 886 5‏ أو مبادل ‎tNa+/H+‏ بروتينات تساهم في مسار فولات؛ مثل داي هيدرو بتيروات ‎«li‏ نشاط داي هيدرو فولات ربدكتاز أو داي هيدرو فولات ربدكتاز - ثيميديلات سينثاز؛ وبروتينات تساهم في إزفاء البروتونات عبر الغشاء المتقدري الداخلي وعلى نحو ملحوظ معقد السيتوكروم ‎Lb‏ كما يمكن أن تتضمن أهداف إضافية الجين (الجينات) التي ترمّز بوليميراز الهيم. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يتم اختيار جينات مقاومة العقار من جين ناقل مقاومة 0 كلوروكين ‎falciparum‏ .0 (01010)»؛ ناقل مقاومة متعدد العقاقير ‎P. falciparum‏ 1 ‎o(pfmdrl)‏ جين بروتين مرتبط بمقاومة عدة عقاقير ‎o(Pfmrp) P. falciparum‏ جين تبادل ‎P. falciparum Ca2+ Jit ATPase 6 «(pfnhe) P. falciparum Na+/H+‏ (12106م) ‎PL falciparum‏ داي هيدرو بتيروات سينثاز ‎¢(pfdhps)‏ نشاط داي هيدروفولات ريدكتاز ‎(pfdhpr)‏ وجينات داي هيدرو فولات ربدكتاز- ثيميديلات (010071)؛ جين ‎bag Si‏ سايكلو 5 ميدرولاز 910 وجين 6810013 ‎(K13)‏ إلى جانب الجينات مختلفة التكوين الوظيفية لها في
فصائل ‎Plasmodium‏ أخرى. هناك مرقمات مقاومة عقار محددة أخرى معروفة في المجال؛ على سبيل المثال؛ كما تم الوصف في ‎“Susceptibility of Plasmodium falciparum to‏ ‎antimalarial drugs (1996-2004); WHO: Artemisinin and artemisinin—‏ ‎based combination therapy resistance (April 2016‏ ‎WHO/HTM/GMP/2016.5); “Drug-resistant malaria: molecular mechanisms 5‏ ‎and implications for public health” FEBS Lett. 2011 Jun 6;585(11):1551-‏ ‎doi:10.1016/j.febslet.2011.04.042. Epub 2011 Apr 23. Review.‏ .62 ‎¢PubMed PMID: 21530510‏ وقد تم تضمين الكشف عنها هنا كمرجع. في بعض التجسيدات؛ يمكن استخدام نظام ‎(CRISPR‏ أو نظام كشف أو طرق استخدامها كما تم 0 الوصف هنا لتحديد تطور تفشي الطفيل الذي ينقله البعوض. قد تشتمل الطريقة على الكشف عن واحدة أو أكثر من المتواليات المستهدفة من مجموعة من العينات من واحد أو أكثر من الخاضعين للعلاج» حيث تكون المتوالية المستهدفة عبارة عن متوالية من طفيل ينقله البعوض ينتشر أو يتسبب في التفشي. قد تشتمل تلك الطريقة على تحديد نمط انتقال طفيل ينقله البعوض؛ أو آلية تساهم في تفشي مرض ناتج عن طفيل ينقله البعوض. يمكن اشتقاق العينات من واحد أو أكثر من البشرء و/ أو اشتقاقها من واحد أو أكثر من البعوض. يمكن أن يشتمل انتقال نمط مسبب المرض على انتقالات جديدة مستمرة من المكمن الطبيعي للطفيل الذي ينقله البعوض أو انتقالات أخرى ‎Je)‏ سبيل المثال؛ عبر البعوض) بعد انتقال واحد من المكمن الطبيعي أو خليط من كليهما. في أحد التجسيدات؛ يفضل أن تكون المتوالية المستهدفة عبارة عن متوالية داخل جينوم طُفيل ينقله البعوض أو شظايا منه. في أحد التجسيدات؛ يكون نمط 0 انتقال الطفيل الذي ينقله البعوض عبارة عن النمط المبكر لانتقال الطفيل الذي ينقله البعوض» أي؛ في بداية تفشي الطفيل الذي ينقله البعوض. يزيد نمط انتقال الطفيل الذي ينقله البعوض في بداية التفشي من احتمالية توقف التفشي في أقرب وقت ‎(Kae‏ وبذلك تقليل احتمالية الانتشار الموضعي والدولي. يمكن أن يشتمل تحديد نمط انتقال الطفيل الذي ينقله البعوض على الكشف عن متوالية طُفيل ينقله 5 بعوض وفقًا للطرق التي تم وصفها هنا. يمكن أن يشتمل تحديد نمط انتقال مسبب المرض أيضًا
على الكشف عن تغيرات بين العوائل مشتركة لمتوالية الطفيل الذي ينقله البعوض بين الخاضعين للعلاج وتحديد ما إذا كانت التغيرات بين العوائل المشتركة تبدي أنماط زمنية. توفر الأنماط في التغير بين العوائل وداخل العائل الواحد الملحوظة معلومات هامة عن الانتقال والوبائيات ( ‎Gire,‏ ‎(etal, 2014‏
بالإضافة إلى أنواع العينة التي تم الكشف عنها هناء يمكن اشتقاق العينة من واحدة أو أكثر من البعوض» على سبيل المثال قد تشتمل العينة على لعاب بعوضة. الكشف عن المرقم الحيوي في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام الأنظمة؛ والأجهزة؛ والطرق التي تم الكشف عنها هنا للكشف عن مرقم حيوي. على سبيل المثال» يمكن استخدام الأنظمة؛ والأجهزة؛ والطريقة التي
0 تم الكشف عنها للكشف عن ‎SNP‏ و/ أو التنميط الجيني. يمكن أيضًا استخدام الأنظمة؛ والأجهزة والطرق التي تم الكشف عنها هنا للكشف عن أي ‎dls‏ مرضية أو اضطراب يتميز بتعبير وراثي جيني شاذ. يتضمن التعبير الوراثي الجيني الشاذ شذوذ في الجين الذي تم التعبير ‎(Gils die‏ وموضع التعبير الوراثي ومستوى التعبير الوراثي. يمكن الكشف عن عدة نسخ أو مرقمات بروتين مرتبطة بالاضطرابات القلبية ‎cles‏ والمناعة؛ والسرطان بين أمراض أخرى. في بعض
5 التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا للكشف عن ‎DNA‏ ‏بدون خلية للأمراض التي تساهم في ‎(atl‏ مثل التليف الكبدي ومرض الرئة الانسدادي/ المضيق. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام التجسيدات لكشف أسرع وأكثر تنقلاً لاختبار ما قبل الولادة ل ‎DNA‏ الخالي من الخلية. يمكن استخدام التجسيدات التي تم الكشف ‎lie‏ ‏هنا لفحص قوائم من ‎SNPS‏ المختلفة المرتبطة؛ بين أمور ‎(gal‏ بالصحة القلبية الوعائية؛
0 البصمات الشحمية/ التأيض» تعريف العرق» مطابقة الأبوة؛ الهوية البشرية (على سبيل المثال؛ مطابقة المشتبه به بقاعدة بيانات جنائية لبصمات ‎(SNP‏ كما يمكن استخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا للكشف عن ‎DNA‏ بدون خلية للطفرات المرتبطة ب والتي يتم تحريرها من أورام سرطانية. كما يمكن استخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا للكشف عن جودة اللحوم» على سبيل المثال؛ بواسطة توفير كشف سريع لمصادر الحيوانات المختلفة في منتج لحوم ما. كما يمكن
5 استخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا للكشف عن ‎GMOs‏ أو تعديل الجين المرتبط ب
‎.DNA‏ كما تم الوصف فى موضع ‎Jalal ¢ AT‏ جينية / مركبات أليل ‎da ald‏ أو مرقمات حيوية (على سبيل المثال؛ ذات فارق نوكليوتيد واحد في متوالية مستهدفة ما) يمكن تمييزها بواسطة إدخال فارق تخليقي في ‎RNA‏ ‏في أحد الجوانب»؛ يتعلق الاختراع بطريقة للكشف عن أحماض نووية مستهدفة في عينات؛ تشتمل على: توزيع عينة أو مجموعة من العينات إلى واحد أو أكثر من الأحجام المنفصلة المفردة؛ تشتمل الأحجام المنفصلة المفردة على نظام ‎CRISPR‏ وفقًا للاختراع كما تم الوصف هنا؛ حضانة العينة أو مجموعة من العينات تحت ظروف تكفى بحيث تسمح بربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بواحدة أو أكثر من جزيئات مستهدفة؛ 0 تنشيط بروتين مؤثر 68515014 من خلال ربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAs‏ الإرشادية بالواحدة أو أكثر من جزيئات مستهدفة؛ حيث يؤدي تنشيط بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ إلى تعديل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ بحيث يتم إنتاج إشارة موجبة يمكن الكشف عنها؛ و الكشف عن الإشارة الموجبة التى يمكن الكشف عنهاء حيث يدل الكشف عن الإشارة الموجبة التى يمكن الكشف عنها على وجود واحدة أو أكثر من جزيئات مستهدفة فى العينة. 5 أنواع عينة المرقم الحيوي تكون حساسية التجارب التي تم وصفها هنا ملائمة بصورة خاصة للكشف عن الأحماض النووية المستهدفة في مجموعة واسعة من أنواع العينة الحيوية؛ وتتضمن أنواع العينة التي يكون الحمض النووي المستهدف فيها مخفف أو التي تكون مادة العينة محدودة فيها. يمكن إجراء فحص المرقم الحيوي على عدد من أنواع العينة وتتضمن؛ على سبيل المثال وليس الحصر؛ اللعاب؛ البول؛ الدم؛ ‎Ghat 0‏ البصاقء والسائل النخاعي. كما يمكن استخدام التجسيدات التى تم الكشف عنها هنا للكشف عن الزيادة/ النقصان المتحكم فيهما للجينات. على سبيل المثال؛ يمكن تخفيف عينة 5 تتابعيًا بحيث تظل فقط الجينات مفرطة التعبير الوراثى فوق القيمة الحدية للكشف الخاصة بالتجرية.
في بعض التجسيدات؛ يقدم الاختراع الحالي خطوات الحصول على عينة من مائع حيوي (على سبيل المثال؛ البول؛ الدم البلازما أو المصل؛ البصاق؛ مائع دماغي نخاعي)؛ واستخلاص ‎DNA‏ ‏يمكن أن تكون متوالية النوكليوتيد الطافرة المراد الكشف عنهاء جزء من جزيء أكبر أو قد توجد بصورة مبدئية كجزيء منفصل. في بعض التجسيدات؛ يتم ‎DNA Jie‏ عن البلازما/ المصل الخاصين بمربض سرطان. للمقارنة؛ ‎Jie (Sa‏ عينات ‎DNA‏ المعزولة من نسيج ورمي وعزل عينة ثانية من نسيج غير ورمي من نفس المريض (عينة مقارنة)؛ على سبيل المثال؛ الخلايا اللمفية. يمكن أن يكون النسيج غير الوومي من نفس نوع النسيج غير الورمي أو من مصدر عضو مختلف. في بعض التجسيدات؛ يتم جمع عينات الدم والبلازما المنفصلة مباشرة من خلايا الدم بواسطة الطرد المركزي. يمكن ترشيح 0 المصل وتخزينه مجمدًا ‎Jia‏ استخلاص ‎DNA‏ ‏في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يتم الكشف عن الأحماض النووية المستهدفة ‎pile‏ من عينة خام أو غير معالّجة؛ مثل الدم؛ المصل؛ اللعاب؛ مائع دماغي نخاعيء البصاقء أو البول. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يكون الحمض النووي المستهدف عبارة عن ‎DNA‏ بدون خلية. خلايا الورم الدورانية 5 في أحد التجسيدات»؛ يمكن تجرية الخلايا الدورانية ‎Ao)‏ سبيل المثال» ‎WIA‏ ورم دورانية ‎((CTC)‏ ‏باستخدام الاختراع الحالي. يمكن إجراء عزل ‎WIA‏ الورم الدورانية ‎(CTC)‏ للاستخدام في أي من الطرق التي تم وصفها هنا. تم وصف التقنيات التوضيحية التي تحقق كشف نوعي وحساس والتقاط للخلايا الدورانية التي يمكن استخدامها في الاختراع الحالي ) ‎Mostert B, et al., Circulating‏ ‎tumor cells (CTCs): detection methods and their clinical relevance in‏ breast cancer. Cancer Treat Rev. 2009;35:463-474; and Talasaz AH, et 0 al., Isolating highly enriched populations of circulating epithelial cells and other rare cells from blood using a magnetic sweeper device. Proc Natl ‏يمكن اكتشاف نسبة بسيطة قد تصل إلى‎ (Acad Sci ‏لا‎ 5 A. 2009; 106:3970-3975
Ross A A, etal. ( ‏واحدة في خلفية 105- 106 خلية أحادية النواة بالدم الطرفي‎ ©
Detection and viability of tumor cells in peripheral blood stem cell collections from breast cancer patients using immunocytochemical and ‏تستخدم منصة‎ (clonogenic assay techniques. Blood. 1993,82:2605-2610 ‏مغلفة بأجسام مضادة لجزيء التصاق خلية ظهارية‎ die lic ‏خرزات مغناطيسية‎ CellSearch® ‏يليها التلطيخ المناعي لتأكيد‎ (EPCAM ‏الظاهرة التي تعبر وراثيًا عن‎ WAY ‏لإغناء‎ (EpCAM) 5 وجود تلطيخ الكيراتين الخلوي وغياب مرقم الكرية البيضاء 6045 لتأكيد أن الخلايا التي تم التقاطها هي خلايا ورم ظهارية ( ‎Momburg F, et al., Immunohistochemical study‏ ‎of the expression of a Mr 34,000 human epithelium-specific surface‏ ‎glycoprotein in normal and malignant tissues. Cancer Res.‏ 1987;47:2883-2891; and Allard WJ, et al., Tumor cells circulate in the 0 peripheral blood of all major carcinomas but not in healthy subjects or patients with nonmalignant diseases. Clin Cancer Res. 2004; 10:6897- ‏تم توضيح عدد الخلايا التي تم توضيح أنها من المتوقع أن يكون لها أهمية إنذارية‎ (6904
Cohen ( ‏لمرضى سرطان الثدي؛ والقولون والمستقيم والبروستاتا في مرحلة متقدمة من المرض‎
SJ, et al., J Clin Oncol. 2008;26:3213-3221; Cristofanilli M, et al. N Engl 5
J Med. 2004;351:781-791; Cristofanilli M, et al., J Clin Oncol. 2005;23: 1420-1430; and de Bono JS, et al. Clin Cancer Res. 2008; 14:6302- (6309 ‏عبارة‎ CTC ‏تكون شريحة‎ .CTC ‏باستخدام تقنية شريحة‎ CTCs ‏عزل‎ all ‏كما يوفر الاختراع‎ 0 عن جهاز التقاط ‎CTC‏ أساسه تميع دقيق حيث يتدفق الدم من خلال حجرة تحتوي على آلاف الدعامات الدقيقة المغلفة بأجسام مضادة ل ‎EPCAM‏ يرتبط بها ‎Nagrath 5, et al. ( CTCs‏ ‎Isolation of rare circulating tumour cells in cancer patients by microchip‏ ‎(technology. Nature. 2007;450: 1235-1239‏ توفر شريحة ‎CTC‏ زيادة واضحة في عدات ‎CTC‏ ونقاء مقارنة بنظام ‎Maheswaran S, et al. Detection of ) CellSearch®‏
‎mutations in EGFR in circulating lung—cancer cells, N Engl J Med.‏ 2008;359:366-377(¢ ويمكن استخدام المنصتين لتحليل جزيئي بعدي. كروماتين بدون خلية في بعض التجسيدات؛ يتم عزل شظايا كروماتين بدون خلية وتحليله ‎Bag‏ للاختراع الحالي. يمكن الكشف عن الجسيمات النووية في مصل أفراد أصحاء ( ‎Stroun et al., Annals of the‏ ‎(New York Academy of Sciences 906: 161-168 (2000)‏ إلى جانب أفراد مصابين بحالة مرضية. علاوة على ذلك؛ يكون تركيز المصل للجسيمات النووية أعلى بصورة كبيرة في مرضى يعانون من أمراض حميدة وخبيثة؛ مثل السرطان ومرض مناعة ذاتية ‎Holdenrieder et al (2001) Int J Cancer 95, 1 14-120, 110-8606177 et)‏ ‎al (2003) Int J Cancer 104, 663-668; Kuroi et al 1999 Breast Cancer 6, 10‏ ‎Kuroi et al (2001) Int j Oncology 19, 143-148; Amoura et al‏ ;361-364 ‎Arth Rheum 40, 2217-2225; Williams et al (2001) J Rheumatol‏ )1997( 81-94 ,28( دون التقيد بأي نظرية؛ يتم اشتقاق التركيز العالي للجسيمات النووية في المرضى الحاملين للورم من تلاشي الخلية؛ الذي يتم بصورة تلقائية في أورام منتشرة. تحتوي الجسيمات 5 النووية الدورانية في الدم على هيستونات معدّلة على نحو فريد. على سبيل المثال؛ ترتبط نشرة براءة الاختراع الأمريكية رقم 2005/0069931 )2005 ,31 ‎(Mar.‏ باستخدام أجسام مضادة موجهة ضد تعديلات الطرف لا هيستون النوعية كمؤشرات تشخيصية للمرض؛ باستخدام تلك الأجسام المضادة نوعية هيستون لعزل الجسيمات النووية عن عينة دم أو مصل مربض لتسهيل التنقية والتحليل ل ‎DNA‏ المصاحبة لأغراض تشخيصية/ للفحص. بالتالي؛ يمكن أن يستخدم 0 الاختراع الحالي ‎DNA‏ مرتبط بكروماتين للكشف عن ومراقبة؛ على سبيل المثال» طفرات الورم. يمكن استخدام تعريف ‎DNA‏ المرتبط بهيستونات المعدّلة كمرقمات تشخيصية للمرض وعيوب خلقية. على ذلك»؛ في تجسيد ‎«AT‏ يتم اشتقاق شظايا كروماتين المعزولة من كروماتين بالدورة الدموية؛ ويفضل جسيمات نووية أوليجو وأحادية. على ذلك؛ في تجسيد آخرء يتم اشتقاق شظايا كروماتين 5 المعزولة من كروماتين دوراني؛ وبفضل جسيمات نووية أوليجو وأحادية. يمكن اشتقاق شظايا
كروماتين المعزولة من عينة حيوية. يمكن أن تكون العينة الحيوية من خاضع للعلاج أو مريض في حاجة إلى العلاج. يمكن أن تكون العينة الحيوية عبارة عن أمصال؛ الأمصال؛ بلازماء لمف؛ ‎cal‏ أجزاء الدم؛ البول؛ المائع الزليلي؛ مائع نخاعي؛ اللعاب؛ خلايا الدم الدورانية أو المخاط. ‎DNA‏ بدون خلية ‎(cDNA)‏ ‏5 في بعض التجسيدات؛ يمكن استخدام الاختراع الحالي للكشف عن ‎DNA‏ بدون خلية ((لا10ه).
يمكن استخدام ‎DNA‏ بدون خلية في البلازما أو المصل كأداة تشخيص غير هجومية. على سبيل المثال» تمت دراسة ‎DNA‏ الجنينى بدون خلية وتحسينه لاختبار عوامل ‎RD‏ متوافقة؛ وتحديد النوع لاضطرابات جينية مرتبطة ‎Xa‏ واختبار اضطرابات جين واحد وتعريف مقدمات ‎١‏ لارتعا ‎z‏ ‏على سبيل المثال» تعد متواليات ‎Lal) gia‏ الجنينية من ‎CDNA‏ في بلازما الأم طريقة يعتمد
0 عليها للكشف عن تغيرات عدد النسخة المرتبطة باختلال الصيغة الصبغية للكروموسوم الجنيني. في مثال آخرء تم استخدام ‎CDNA‏ المعزولة من مرضى السرطان للكشف عن طفرات في جينات رئيسية مرتبطة بقرارات العلاج. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يوفر الكشف الحالي الكشف عن ‎cDNA‏ مباشرة من عينة مريض. في بعض التجسيدات التوضيحية الأخرى؛ يقدم الكشف الحالي إغناء ,0101/8 باستخدام
تجمسيدات الإغناء التي تم الكشف عنها أعلاه وقبل الكشف عن ‎CDNA‏ المستهدف. الجسيمات الخارجية في أحد التجسيدات؛ يمكن تجربة الجسيمات الخارجية باستخدام الاختراع الحالي. تكون الجسيمات الخارجية عبارة عن حويصلات خارج الخلية صغيرة تم توضيح أنها تحتوي على ‎RNA‏ يكون عزل الجسيمات الخارجية بواسطة الطرد المركزي الفائق؛ والترشيح؛ والترسيب الكيميائي» واستشراب
0 استبعاد ‎canal)‏ والمواد المتميعة الدقيقة معروفًا في المجال. في أحد التجسيدات؛ تتم تنقية الجسيمات الخارجية باستخدام مرقم حيوي لجسيم خارجي. ‎(Kar‏ إجراء عزل وتنقية الجسيمات الخارجية من عينات حيوية بواسطة أي طريقة معروفة (انظرء على سبيل المثال؛ الطلب الدولي 1 الا الكشف عن ‎SNP‏ والتنميط الجينى
في بعض التجسيدات؛ يمكن استخدام الاختراع الحالي ‎RASH‏ عن وجود تعددات أشكال نوكليوتيد أحادي ‎(SNP)‏ في عينة حيوية. يمكن أن ترتبط ‎SNPs‏ باختبار على الأم (على سبيل المثال؛ تحديد النوع؛ أي خلل لدى الجنين). ويمكن أن ترتبط ببحث جنائي. في أحد التجسيدات؛ يمكن تعريف مشتبه به في بحث جنائي بواسطة الاختراع الحالي. دون التقيد بنظرية يمكن أن تتطلب الأدلة الشرعية التى أساسها الحمض النووي ‎JST‏ التجارب حساسية المتاحة للكشف عن مادة وراثية للمشتبه به أو الضحية لأن العينات الخاضعة للاختبار قد تكون مقيّدة. في تجسيدات أخرى»؛ تم تضمين ‎SNPS‏ المرتبطة بمرض في الاختراع الحالي. تكون ‎SNPs‏ ‏المرتبطة بالأمرارض معروفة جيدًا في المجال ويتمكن صاحب المهارة في المجال من تطبيق الطرق الخاصة بالاختراع الحالي لتهيئة ‎RNAS‏ إرشادية ملائمة (انظرء على سبيل المثال؛ ‎.(www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar?term=human%5Borgn%5D 0‏ في أحد الجوانب»؛ يتعلق الاختراع بطريقة للتنميط الجيني؛ مثل التنميط الجيني ‎SNP‏ تشتمل على: توزيع عينة أو مجموعة من العينات إلى واحد أو أكثر من الأحجام المنفصلة المفردة؛ تشتمل الأحجام المنفصلة المفردة على نظام ‎CRISPR‏ وفقًا للاختراع كما تم الوصف هنا؛ حضانة العينة أو مجموعة من العينات تحت ظروف تكفي بحيث تسمح بربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAs 5‏ الإرشادية بواحدة أو أكثر من جزيئات مستهدفة؛ تنشيط بروتين مؤثر 0815014 من خلال ربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAs‏ الإرشادية بالواحدة أو أكثر من جزيئات مستهدفة؛ حيث يؤدي تنشيط بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ إلى تعديل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ بحيث يتم إنتاج إشارة موجبة يمكن الكشف عنها؛ و الكشف عن الإشارة الموجبة التى يمكن الكشف عنهاء حيث يدل الكشف عن الإشارة الموجبة التى يمكن الكشف عنها على وجود واحدة أو أكثر من جزيئات مستهدفة مميزة لنمط جيني محدد في العينة. في بعض التجسيدات؛ تتم مقارنة الإشارة التي يمكن الكشف عنها ب ‎le)‏ سبيل المثال بمقارنة شدة الإشارة) واحدة أو أكثر من إشارة معيارية؛ ‎dandy‏ إشارة معيارية تخليقية؛ ‎ie‏ على سبيل
المثال ما هو موضح في تجسيد الشكل 60. في بعض التجسيدات؛ يكون المعيار عبارة عن أو ما يناظر نمط جيني محدد. في بعض التجسيدات؛ يشتمل المعيار على ‎SNP‏ محدد أو تغير نوكليوتيد ‎AT‏ (أحادي). في بعض التجسيدات؛ يكون المعيار عبارة عن معيار نمط جيني ‎SS)‏ ‏0). في بعض التجسيدات؛ يكون المعيار عبارة عن أو يشتمل على ‎DNA‏ بعض
التجسيدات؛ يكون المعيار عبارة عن أو يشتمل على ‎RNA‏ في بعض التجسيدات؛ يكون المعيار عبارة عن أو يتكون من ‎RNA‏ تم انتساخه من ‎DNA‏ في بعض التجسيدات؛ يكون المعيار عبارة عن أو يشتمل على ‎DNA‏ ويتم انتساخه عكسيًا من ‎RNA‏ بعض التجسيدات؛ تتم مقارنة الإشارة التي يمكن الكشف عنها بواحدة أو أكثر من المعاييرء وبناظر كل منها نمط جيني ‎cig ae‏ مثل ‎SNP‏ أو تغير نوكليوتيد (أحادي). في بعض التجسيدات؛ تتم مقارنة الإشارة التي
0 يمكن الكشف عنها بواحدة أو أكثر من إشارة معيارية وتشتمل المقارنة على تحليل إحصائي؛ مثل بواسطة تحليل إحصائي بارامتري أو غير بارامتري؛ ‎ANOVA (Jie‏ أحادي أو ثنائي الاتجاه؛ وما إلى ذلك. في بعض التجسيدات؛ تتم مقارنة الإشارة التي يمكن الكشف عنها بواحدة أو أكثر من إشارة معيارية و عندما لا تتحرف الإشارة التي يمكن الكشف عنها (إحصائيًا) عن المعيار» يتم تحديد النمط الجيني باعتباره النمط الجيني المناظر للمعيار المذكور.
5 في تجسيدات أخرى؛ يسمح الاختراع الحالي بتنميط جيني سريع لعلم الأدوية الجيني في حالة الطوارئ. في أحد التجسيدات؛ يمكن استخدام تجرية نقطة رعاية واحدة للتنميط الجيني لمريض أحضر إلى غرفة الطوارئ. قد يكون المريض مشتبه في إصابته بتجلط الدم ويحتاج طبيب الطوارئ اتخاذ قرار إعطاء جرعة تخفيف دم. في تجسيدات توضيحية؛ قد يوفر الاختراع ‎Mall‏ إرشادات بإعطاء عوامل تخفيف دم أثناء علاج احتشاء عضلة القلب أو السكتة بناءً على التنميط الجيني
0 المرقمات مثل ‎(VKORC]‏ 070209 و 01702019. في ‎aad‏ التجسيدات»؛ يكون عامل تخفيف الدم عبارة عن وافارين مضاد للتجلط ) .)1986 ‎Holford, NH (December‏ ‎"Clinical Pharmacokinetics and Pharmacodynamics of Warfarin‏ ‎Understanding the Dose-Effect Relationship’. Clinical Pharmacokinetics.‏ ‎(Springer International Publishing. 11 (6): 483-504‏ تكون الجينات المرتبطة
بتجلط الدم معروفة في المجال (انظرء على سبيل المثال» براءة الاختراع الأمريكية رقم
Litin SC, Gastineau DA (1995) "Current concepts in ‏اا‎ 1 anticoagulant therapy’. Mayo Clin.
Proc. 70 (3): 266-72; and Rusdiana et al., Responsiveness to low-dose warfarin associated with genetic variants of VKORC1, CYP2C9, CYP2C19, and CYP4F2 in an Indonesian ‏تحديدًاء في‎ (population.
Eur J Clin Pharmacol. 2013 Mar;69(3):395-405 5
تعدد أشكال نوكليوتيد أحادي 1639 ‎VKORC‏ (أو 3673(« يتم استبدال أليل 6 الشائع ("النمط غير المعالّج') بأليل ‎A‏ ينتج الأشخاص ذوي أليل ‎A‏ (أو "النمط الفرداني ‎(A‏ ‏0401© أقل من تلك مع أليل 6 (أو "النمط الفرداني غير 8 "). كما يختلف انتشار تلك المتغيرات ‎Gg‏ للسلالة؛ بنسبة 9637 قوقازيين و9614 أفريقيين حاملين لأليل 8. تكون النتيجة
0 النهائية عبارة عن عدد منخفض من عوامل التجلط وبالتالي؛ قدرة منخفضة على التجلط. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تسمح إتاحة مادة جينية للكشف عن ‎SNP‏ في مريض بالكشف عن ‎SNPs‏ بدون تكبير عينة ‎DNA‏ أو ‎.RNA‏ في حالة التنميط الجيني» يسهل الحصول على العينة الحيوية المراد اختبارها. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ ‎(Say‏ تقصير زمن حضانة الاختراع الحالي. يمكن إجراء ‎al‏ في فترة زمنية مطلوية كي يحدث تفاعل إنزيمي. يتمكن
صاحب المهارة في المجال من إجراء تفاعلات ‎Liga‏ كيميائية لمدة 5 دقائق (على سبيل المثال» ريط لمدة 5 دقائق) ‎٠‏ كما يمكن أن يستخدم الاختراع الحالي جهاز استخلاص ‎DNA‏ آلي للحصول على ‎DNA‏ من الدم. يمكن عندئذ إضافة ‎DNA‏ إلى تفاعل ينتج جزيء مستهدف للبروتين المؤثر. بعد إنتاج الجزيء المستهدف مباشرة يمكن قطع عامل الحجب وبتم الكشف عن إشارة. في تجسيدات توضيحية؛ يسمح الاختراع الحالي بتشخيص سريع ل ‎POC‏ لتحديد نمط جيني قبل
0 إعطاء عقار (على سبيل ‎(JU‏ عامل تخفيف دم). في حالة استخدام خطوة ‎pu‏ تحدث كل التفاعلات في نفس التفاعل في عملية من خطوة واحدة. في تجسيدات مفضلة»؛ يمكن إجراء تجرية ‎POC‏ في أقل من ساعة واحدة؛ ويفضل 0 دقائق» 20 ‎dads‏ 30 دقيقة» 40 ‎«dads‏ أو 50 دقيقة. في بعض التجسيدات؛ يمكن استخدام الأنظمة؛ والأجهزة؛ والطرق التي تم الكشف عنها هنا للكشف
5 عن وجود أو مستوى التعبير الوراثي عن ‎RNAS‏ غير مرمزة طويلة (85ل!]00). يرتبط التعبير
‎Js‏ عن بعض ‎INCRNAS‏ بحالة مرضية و/ أو مقاومة عقار. تحديدًاء ترتبط بعض ‎Ae) INCRNAS‏ سبيل المثال» 00011252 100015 ‎«NR_034078‏ ‎TCONS_00026344 160015 6‏ 10015-00015940 ‎<TCONS_ 00026380 160015 8‏ 100015_0009861
‎:TCONS 00016127 160015 00026521 5‏ 125939_ج>الاال 033834 ‎«NR‏ ‎(NR_026873 5 (NR_109890 10015-00006579 10001565 6‏ بمقاومة علاج السرطان؛ مثل مقاومة واحدة أو أكثر من مثبطات ‎le) BRAF‏ سبيل المثال؛ فيمورافينيب» دابرافينيب» سورافينيب» 606-0879 ‎(PLX-4720‏ و ‎(LGX818‏ لعلاج الورم الميلانيني (على سبيل المثال؛ ورم ميلانيني ‎«(gate‏ النمشة الخبيثة؛ الورم الميلانيني مع النمشة
‏0 الخبيثة؛ الورم الميلانيني النمشي الطرفي؛ الورم الميلانيني السطحي المنتشرء الورم الميلانيني المخاطيء الورم الميلانيني سليلي الشكل الورم الميلانيني المكوّن للنسيج ‎A‏ الورم الميلانيني عديم الميلانين؛ و الورم الميلانيني بالنسيج الأملس). يمكن أن يسهل الكشف عن ‎٠06185‏ ‏باستخدام التجسيدات المتنوعة التي تم وصفها هنا من تشخيص المرض و/ أو اختيار خيارات العلاج.
‏5 في أحد التجسيدات؛ يمكن أن يقوم الاختراع الحالي بتوجيه علاجات منبهة بواسطة ‎DNA‏ أو ‎RNA‏ (علي سبيل المثال» ‎«TALE «CRISPR‏ بروتينات إصبع الزنك» أظل»)؛ تحديدًا في إعدادات يكون من الهام فيها إعطاء سريع للعلاج للوصول إلى النواتج العلاجية المرجوة. الكشف عن ‎LOH‏ ‏تخضع ‎WIS‏ السرطان إلى فقد المادة الوراثية ‎(DNA)‏ عند مقارنتها بخلايا طبيعية. يُشار هذا
‏0 الحذف للمادة الجينية الذي تخضع له تقريبًا ‎JS‏ إن لم يكن ‎(JS‏ السرطانات باسم 'فقد تغير اللواقح" ‎(LOH)‏ يعد فقد تغير اللواقح ‎(LOH)‏ حدث كروموسومي هائل يؤدي إلى فقد الجين الكامل والمنطقة الكروموسومية المحيطة. يكون فقد تغير اللواقح ‎al‏ شائع في السرطان» حيث يمكن أن يدل على غياب جين كابت للورم وظيفي في المنطقة المفقودة. مع ذلك يمكن أن يكون الفقد عديم العلامات بسبب أن هناك جين وظيفي واحد متروك على الكروموسوم الآخر من زوج
‏5 الكروموسومات. يمكن إيقاف نشاط النسخة المتبقية من جين كبت الورم بواسطة نقطة طفرة؛ مما
يؤدي إلى فقد جين كبت ورم. يمكن أن يؤدي فقد المادة الجينية من خلايا السرطان إلى فقد انتقائي لواحد أو اثنين من مركبات أليل لجين ضروري لبقاء الخلية حية أو نمو الخلية عند موضع محدد على الكروموسوم. يكون 'مرقم ‎LOH‏ " عبارة عن ‎DNA‏ من موضع ساتلي مصغرء أو حذفء أو إبدال؛ أو تكبير يرتبط عند المقارنة بالخلايا الطبيعية؛ بالسرطان أو أمراض أخرى. ‎Bale‏ يرتبط مرقم ‎LOH‏ بفقد جين كبت ورم أو جحين آخرء ذي صلة بالورم في المعتاد. يشير التعبير ‎jae Al‏ إلى متواليات متكررة قصيرة من ‎DNA‏ موزعة بصورة كبيرة في الجينوم البشري. يكون الساتلي المصغر هو مسار لبواعث ‎DNA‏ متكررة ترادفية (أي؛ متجاورة) تتراوح في الطول من اثنين إلى خمسة نوكليوتيدات؛ وتتكرر نمطيًا 5- 50 مرة. على سبيل 0 المثال؛ تكون المتوالية ‎TATATATATA‏ (متوالية رقم: 418) عبارة عن داي نوكليوتيد ساتلي مصغرء و ‎GTCGTCGTCGTCGTC‏ (متوالية رقم 419) عبارة عن تراي نوكليوتيد ساتلي مصغر (ويكون ‎A‏ عبارة عن أدينين» © جوانين» © سيتوسين؛ و 1 ثايمين). تم توضيح أن الإبدالات الجسدية في طول الوحدة المتكررة لتلك العوامل الساتلية المصغرة تعبر عن سمة مميزة للأورام. يمكن تهيئة ‎RNAS‏ الإرشادية بحيث تكشف عن تلك العوامل الساتلية المصغرة. علاوة 5 على ‎ld‏ يمكن استخدام الاختراع الحالي للكشف عن إبدالات في طول الوحدة التكرارية؛ إلى جانب تكبيرات وحذوفات تقوم على تحديد مقدار الإشارة التي يمكن الكشف عنها. توجد بعض العوامل الساتلية المصغرة في مناطق مجائحة أو إنترون منظمة للجينات؛ أو مباشرةً في رامزات الجينات. يمكن أن تؤدي الطفرات الساتلية المصغرة في تلك الحالات إلى تغيرات نمطية جينية وأمراض؛ على نحو ملحوظ في أمراض تمدد ثلاثي مثل متلازمة كروموسوم إكس الهش ومرض 0 هنتنجتون. ‎i‏ فقد متكرر لتغاير اللواقح ‎(LOH)‏ على مناطق الكروموسوم المحددة في عدة أنواع من الأمراض الخبيثة. يعد الفقد الأليلي على مناطق الكروموسوم المحددة هي الإبدالات الوراثية الأكثر شيوعًا الملحوظة في مجموعة متنوعة من الأمراض الخبيثة؛ ‎eg‏ ذلك تم تطبيق تحليل ساتلي مصغر للكشف عن ‎WIAIDNA‏ السرطان في عينات من موائع الجسم؛ ‎Jie‏ البصاق للكشف عن 5 سرطان الرئة والبول للكشف عن سرطان المثانة. (-515 ,363 ‎Rouleau, et al.
Nature‏
‎and Latif, et al.
Science 260, 1317-1320 (1993)‏ ;)1993( 521). مع لك؛ تحقق وجود تركيزات متزايدة بصورة ملحوظة ل ‎DNA‏ القابل للذويان في بلازما أفراد مصابين بالسرطان وبعض الأمراض الأخرى؛ تدل على أنه يمكن استخدام المصل الخالي من الخلية أو البلازما للكشف عن ‎DNA‏ السرطان مع اختلالات عوامل ساتلية مصغرة. ( ‎Kamp, et al.
Science‏ ‎and Steck, et al.
Nat Genet. 15(4), 356-362 5‏ ;)1994( 436-440 ,264 (1997)). تقرر للمجموعتين إبدالات ساتلية مصغرة في البلازما أو المصل لعدد محدود من المرضى المصابين بسرطان الرئة بالخلية الصغيرة أو سرطان الرأس والعنق. ( ‎Hahn, et al.‏ ‎Science 271, 350-353 (1996); and Miozzo, et al.
Cancer Res. 56, 2285-‏ )1996( 2288( كما تم مسبقًا توضيح الكشف عن فقد تغاير اللواقح في الأورام ومصل مرضى 0 الورم الميلانيني (انظرء على سبيل ‎«Jal‏ براءة الاختراع الأمريكية رقم 5646517781ل). على ذلك؛ من المفيد الكشف عن مرقمات 1011 في خاضع للعلاج يعاني من أو يواجه خطر الإصابة بالسرطان. يمكن استخدام الاختراع الحالي للكشف عن ‎0١1‏ في خلايا ورم. في أحد التجسيدات؛ يمكن استخدام خلايا الورم الدورانية كعينة حيوية. في تجسيدات مفضلة؛ يتم استخدام ‎DNA‏ الخالي من الخلية الذي تم الحصول عليه من المصل أو البلازما للكشف بصورة غير هجومية عن و/ أو مراقبة ‎.LOH‏ في تجسيدات أخرى؛ يمكن أن تكون العينة الحيوية هي أي عينة تم وصفها هنا (على سبيل المثال؛ عينة بول لسرطان المثانة). دون التقيد بنظرية؛ يمكن استخدام الاختراع الحالي للكشف عن مرقمات ‎LOH‏ ذات حساسية محسنة مقارنة بأي طريقة سابقة؛ وعلى ذلك توفير كشف مبكر عن الأحداث الطفرية. في أحد التجسيدات؛ يتم الكشف عن 011 في موائع حيوية؛ حيث يرتبط وجود ‎LOH‏ بحدوث السرطان. تعبر الطريقة والأنظمة التي تم وصفها 0 هنا عن تقدم ملحوظ عن التقنيات ‎cdl)‏ مثل ‎PCR‏ أو خزعة نسيج بواسطة توفير طريقة دقيقة؛ وسريعة؛ وغير هجومية للكشف عن ‎LOH‏ لمركبات أليل محددة مرتبطة بالسرطان. على ذلك؛ يوفر الاختراع الحالي طرق وأنظمة يمكن استخدامها لفحص قطاعات عالية الخطر ومراقبة مرضى يواجهون خطر عالٍ خاضعين لوقاية كيميائية؛ أو علاج كيميائي؛ أو علاج مناعي أو علاجات أخرى.
بسبب أن طريقة الاختراع الحالي تتطلب فقط استخلاص ‎DNA‏ من ‎wile‏ جسم مثل الدم؛ غير أنه يمكن إجراؤها في أي وقت وبصورة متكررة على مريض واحد. يمكن أخذ الدم ومراقبته للكشف عن ‎LOH‏ قبل أو بعد الجراحة؛ ‎(Jig‏ وأثناء ؛ ويعد العلاج؛ مثل العلاج الكيميائى»؛ والعلاج الإشعاعى؛ والعلاج الجيني أو العلاج المناعي؛ أو أثناء فحص المتابعة بعد علاج تطور مرض؛ أو ‎cil‏ أو تككراره. دون التقيد بأي نظرية؛ يمكن ‎Wad‏ استخدام طريقة الاختراع ‎Jal‏ للكشف عن وجود
مرض تحت السريري أو تكراره باستخدام مرقم ‎LOH‏ نوعي تجاه المريض طالما أن مرقمات ‎LOH‏ ‏تكون نوعية تجاه ورم مريض مفرد. كما يمكن أن تقوم الطريقة بالكشف عن وجود نقائل متعددة باستخدام مرقمات ‎LOH‏ نوعية الورم. الكشف عن تعديلات وبائية
يمكن استخدام متغيرات هيستون؛ وتعديلات ‎(DNA‏ وتعديلات هيستون تدل على السرطان أو تطور السرطان في الاختراع الحالي. على سبيل المثال» تصف شرة براءة الاختراع الأمريكية رقم 4 أن عينات السرطان قد رفعت من مستويات ‎H2AZ‏ الجسيم النووي؛ ‎émacroH2A1.1‏ 5- ميثيل سيتوسين» ‎P-H2AX(Ser139)‏ مقارنة بخاضعين للعلاج أصحاء. قد ينتج وجود خلايا سرطانية في فرد مستوى أعلى من الجسيمات النووية الخالية من
5 الخلية في الدم نتيجة تلاشي الخلية المتزايد لخلايا السرطان. في أحد التجسيدات؛ يمكن استخدام جسم مضاد موجه ضد علامات مرتبطة بتلاشى الخلايا ¢ ‎Ser 1 4(P) Jia‏ 8 لتعريف جسيمات نووية أحادية تم تحريرها من خلايا ورمية متلاشية. علاى ذلك؛ يمكن على نحو مفيد تحليل ‎DNA‏ الناشئة من خلايا الورم وفقًا للاختراع الحالي مع حساسية ودقة عاليين. فحص ما قبل الولادة
0 في بعض التجسيدات؛ يمكن استخدام طرق وأنظمة الاختراع الحالي في فحص ما قبل الولادة. في بعض التجسيدات؛ يتم استخدام ‎DNA‏ بدون خلية فى طريقة فحص ما قبل الولادة . فى بعض التجسيدات؛ يمكن الكشف عن ‎DNA‏ المرتبط بجسيمات نووية أحادية أو جسيمات نووية أوليجو باستخدام الاختراع الحالي. في تجسيدات مفضلة؛ يتم استخدام الكشف عن ‎DNA‏ مع جسيمات
نووية أحادية أو جسيمات نووية أوليجو لفحص ما قبل الولادة. في بعض التجسيدات؛ يتم استخدام شظايا كروماتين خالية من الخلية في طريقة لفحص ما قبل الولادة. يشير تشخيص ما قبل الولادة أو فحص ما قبل الولادة إلى اختبار للكشف عن أمراض أو حالات في جنين أو مضغة قبل ولادته. والهدف من ذلك الكشف عن العيوب الخلقية مثل عيوب الأنبوب العصبي؛ متلازمة داون» اختلالات الكروموسوم؛ والاضطرابات الوراثية وحالات أخرى؛ ‎Jie‏ تشقق العمود الفقري؛ الفلح الحنكي؛ مرض تاي ‎«Sly‏ فقر الدم المنجلي؛ ثلاسيمية؛ التليف الكيسي؛ الحثل العضلي؛ متلازمة كروموسوم إكس الهش. كما يمكن استخدام الفحص لتمييز نوع الجنين قبل الولادة. تتضمن إجراءات الاختبار الشائعة بزل السلى؛ وتخطيط الصدى ويتضمن الشفافية القفوية بالموجات فوق الصوتية؛ واختبار مرقم المصل؛ أو فحص وراثي. في بعض الحالات؛ يتم 0 إعطاء الاختبارات لتحديد ما إذا كان الجنين قد أجهض» رغم أن الأطباء والمرضى يجدونه مفيدًا أيضًا تشخيص حالات الحمل عالي الخطر مبكرًا بحيث يمكن جدولة الولادة في مستشفى رعاية ‎(AED‏ حيث يمكن أن يتلقى الرضيع رعاية ملائمة. تم إدراك أن هناك خلايا جنينية موجودة في دم الأم؛ وأن تلك الخلايا تبدي مصدر محتمل لكروموسومات الجنين لتشخيص أساسه ‎DNA‏ قبل الولادة. بالإضافة إلى ذلك؛ تتراوح ‎DNA‏ ‏5 الجنين من حوالي 2- 9610 من إجمالي ‎DNA‏ في دم الأم. ‎sale‏ ما تشمل الاختبارات الجينية ما قبل الولادة المتاحة في الوقت الحالي إجراءات جائرة. على سبيل ‎(Jaa‏ جمع عينات الزغابة المشيمائية ‎(CVS)‏ التي تُجرى على نساء حوامل في حوالي 10- 12 أسبوع في الحمل ويُجرى بزل السلى عند حوالي 14- 16 أسبوع وتحتوي كلها على إجراءات اجتياحية للحصول على العينة لاختبار الاختلالات الكروموسومية في جنين. عادة ما يتم اختبار خلايا الجنين التي تم الحصول 0 عليها من خلال إجراءات جمع العينات تلك للكشف عن اختلالات الكروموسوم باستخدام علم الوراثة الخلوي أو المتألق في تحاليل تهجين في الموضع ‎(FISH)‏ تم توضيح وجود ‎DNA‏ جنيني بدون خلية في البلازما والمصل لسيدة ‎Jala‏ في وقت مبكر مثل الأسبوع السادس من الحمل؛ وترتفع التركيزات أثناء الحمل وتصل للذروة قبل المخاض. لأن تلك الخلايا تبدو مبكرًا في الحمل؛ فإنها قد تشكّل أساسًا لاختبار أول ثلاث ‎«eed‏ غير اجتياحي؛ دقيق. دون التقيد بنظرية؛ يوفر 5 الاختراع الحالي حساسية غير مسبوقة في الكشف عن كميات منخفضة من ‎DNA‏ الجنيني. دون
التقيد بنظرية؛ يتم استخلاص كميات وافرة من ‎DNA‏ الأم بصورة مصاحبة بشكل عام إلى جانب ‎DNA‏ الجنين محل الدراسة؛ ‎leg‏ ذلك تقليل الحساسية في تحديد مقدار ‎DNA‏ الجنين والكشف عن الطفرة. يتغلب الاختراع الحالي على تلك المشكلات بواسطة الحساسية العالية على نحو غير متوقع للتجرية.
تتكون الفئة ‎H3‏ من هيستونات من أربع أنواع بروتين مختلفة: الأنواع ‎cut‏ 13.1 و ‎(H3.2‏ ‏نوع الاستبدال» 13.3؛ ومتغير نوعي الخصية»؛ +1134. رغم أن 113.1 و ‎H3.2‏ مرتبطين بصورة وثيقة؛ ويختلفا فقط في 56196,؛ فإن 13.1 يختلف عن 13.3 في 5 مواضع حمض أميني على الأقل. علاوة على ذلك؛ يكون 113.1 غني بصورة كبيرة في الكبد الدهني؛ مقارنة بوجوده في أنسجة بالغ تتضمن الكبد؛ والكلية والقلب. في نسيج بشري ‎(alld‏ يكون متغير 13.3 أكثر توافرًا
من متغير 13.1 بينما العكس صحيح للكبد الجنيني. يمكن أن يستخدم الاختراع الحالي تلك الفروق للكشف عن جسيمات نووية جنينية وحمض نووي جنيني في عينة حيوية ‎Dl‏ تشتمل على كل من خلايا الأم والجنين و/ أو حمض نووي جنيني. في أحد التجسيدات؛ يمكن الحصول على جسيمات نووية جنينية من الدم. في تجسيدات أخرى؛ يتم الحصول على الجسيمات النووية الجنينية من عينة مخاط العنق. في بعض التجسيدات؛ يتم
5 الحصول على عينة مخاط العنق بواسطة مسحة أو غسل من سيدة حامل مبكرًا في الأثلوث الثاني أو في وقت متأخر في الأثلوث الأول من الحمل. يمكن وضع العينة في وحدة حضانة لتحرير ‎DNA‏ المحتجز في المخاط. يمكن ضبط وحدة الحضانة عند 37 درجة مئوية. يمكن رج العينة لحوالي 15 إلى 30 دقيقة. يمكن أيضًا إذابة المخاط باستخدام ميوسيناز بغرض تحرير ‎DNA‏ ‏يمكن ‎Load‏ تعريض العينة إلى ظروف؛ مثل المعالجة الكيميائي وما إلى ذلك؛ كما هو معروف
0 جٍيدًا في المجال؛ لحث تلاشي الخلية لتحرير جسيمات نووية جنينية. على ذلك؛ يمكن معالجة عينة مخاط عنقي بعامل يحث تلاشي الخلية؛ حيث يتم تحرير الجسيمات النووية الجنينية. فيما يتعلق بإغناء ‎DNA‏ الجنيني الدوراني» يمكن الإشارة إلى نشرة براءة الاختراع الأمريكية رقم 20070243549 5 20100240054. يكون الاختراع الحالي مفيد بصورة محددة عند تطبيق الطرق والأنظمة على فحص قبل الولادة حيث يمكن أن يكون جزءِ بسيط فقط من الجسيمات
5 النووية أو ‎DNA‏ جنيني الأصل.
يمكن أن يكون الفحص قبل الولادة ‎Gag‏ للإختراع الحالي لمرض يتضمن؛ على سبيل المثال وليس الحصرء التثلث الصبغي 13 التثلث الصبغي 16( التثلث الصبغي 18( متلازمة كلينفلتر (47؛ ‎((XXY‏ (47؛ ‎(XYY‏ و(47؛ ‎(XXX‏ متلازمة تيرنر» متلازمة داون (التثلث الصبغي 21( التليف الكيسي؛ مرض هنتجتنون؛ ثلاسيمية بيتاء حثل التأتر العضلي؛ فقر الدم المنجلي؛ البرفيرية؛ متلازمة كروموسوم إكس الهش» إزفاء روبرتسوني؛ متلازمة أنجليمان» متلازمة دي جورو ومتلازمة وولف هيرشورن.. تتعلق جوانب عديدة أخرى للاختراع بتشخيص» ‎gills‏ ب و/ أو علاج عيوب متعلقة بنطاق واسع من الأمراض الوراثية التي تم وصفها بصورة أكبر على موقع الإنترنت الخاص بالمعاهد القومية للصحة تحت عنوان ‎Genetic Disorders‏ (اضطرابات وراثية) (الموقع على ‎.(health.nih.gov/topic/Genetic Disorders 0‏ السرطان والكشف عن مقاومة عقار للسرطان في بعض التجسيدات؛ يمكن استخدام الاختراع الحالي ‎ISH‏ عن جينات وطفرات مرتبطة بالسرطان. في بعض التجسيدات؛ تم الكشف عن طفرات مرتبطة بالمقاومة. يمكن أن ‎Law‏ تكبير خلايا الورم المقاومة أو ظهور الطفرات المقاومة في القطاعات النسيلية لخلايا الورم أثناء العلاج (انظرء على سبيل ‎Burger JA, et al., Clonal evolution in patients with «Juul‏ ‎chronic lymphocytic leukaemia developing resistance to BTK inhibition.‏ ‎Nat Commun. 2016 May 20;7:11589; Landau DA, et al., Mutations‏ ‎driving CLL and their evolution in progression and relapse.
Nature. 2015‏ ‎Oct 22;526(7574):525-30; Landau DA, et al., Clonal evolution in‏ ‎hematological malignancies and therapeutic implications.
Leukemia. 2014 20‏ ‎Jan;28(1):34-43; and Landau DA, et al., Evolution and impact of‏ ‎subclonal mutations in chronic lymphocytic leukemia.
Cell. 2013 Feb‏ 14:152)4(:714-6). بالتالي؛ يتطلب الكشف عن تلك الطفرات تجارب حساسة للغاية وتتطلب المراقبة خزعات متكررة. تكون الخزعات المتكررة غير ملائمة؛ واجتياحية ومكلفة. يمكن 5 أن يصعب الكشف عن الطفرات المقاومة في ‎die‏ الدم أو عينة حيوية تم جمعها بصورة غير
اجتياحية أخرى (على سبيل المثال؛ الدم؛ اللعاب؛ البول) باستخدام الطرق السابقة المعروفة في المجال. يمكن أن تشير الطفرات المقاومة إلى طفرات مرتبطة بمقاومة العلاج الكيميائي» والعلاج المستهدف؛ أو العلاج المناعي. في بعض التجسيدات»؛ تحدث الطفرات في سرطانات مفردة يمكن استخدامها للكشف عن تطور السرطان. في أحد التجسيدات؛ تم تمييز الطفرات المرتبطة بنشاط حال للخلايا للخلية التائية ضد الأورام ويمكن الكشف عنها بواسطة الاختراع الحالي (انظر؛ على سبيل المثال» ‎Rooney et‏ ‎al., Molecular and genetic properties of tumors associated with local‏ ‎(immune cytolytic activity, Cell. 2015 January 15; 160(1-2): 48-61‏ يمكن تطوير علاجات فردية لمريض ‎ply‏ على الكشف عن تلك الطفرات ‎hail)‏ على سبيل المثال؛ 0 الطلب الدولي 02016100975/1//). في بعض التجسيدات؛ يمكن أن تكون الطفرات نوعية السرطان المرتبطة بالنشاط الحال للخلايا عبارة عن طفرة في جين تم اختيارها من المجموعة المتكونة من 58م ‎ALPK2 1-12 (ARID5B (SMC1A (PIK3CA (B2M‏ ‎«MYOCD (IRF6 (CIC (MORC4 (NCOR1 (DNER (TP53 (COL5A1‏ ‎«FUBP1 (DDX3X (CUL4B (ARID2 (SOS1 (NF1 («CNKSR1 (ANKLE1‏ ‎(HLA-A (TCP11L2 15‏ قار مه ‎PD-L2 PD-L1 (ASXL1 (MET (CSNK2A1‏ ‎(ALOX15B 3 ALOX12B (IDO2 (IDO1‏ أو الحصول على رقم النسخة؛ باستبعاد أحداث الكروموسوم الكامل؛ مما يؤثر على أي من النطاقات الكروموسومية التالية: 6016.1-0921؛ ‎8p11.23—p11.21 «8p23.1 7011.2-011.1 »6025.1-026 »6022.31-1‏ (يحتوي على ‎«IDOL‏ 1002)؛ ‎9p24.2-p23‏ (يحتوي على ‎PDL1‏ 0012)؛ ‎«10p15.3‏ ‎¢12p13.32-p13.2 <11p14.1 <10p15.1-p13 0‏ 17013.1 (يحتوي على ‎(ALOX12B‏ ‎((ALOX15B‏ و22011.1-011.21. في بعض التجسيدات؛ يتم استخدام الاختراع ‎Mall‏ للكشف عن طفرة سرطانية (على سبيل المثال؛ طفرة مقاومة) أثناء مسار العلاج وبعد إتمام العلاج. يمكن أن تسمح حساسية الاختراع الحالي بكشف غير اجتياحي للطفرات النسيلية الناشئة أثناء العلاج ويمكن استخدامها للكشف عن معاودة 5 المرض.
في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام الكشف عن بصمات ‎(MIRNA) microRNAs‏ و/ أو ‎MIRNA ImiRNA‏ يتم التعبير ‎Shell‏ عنها بصورة مختلفة؛ للكشف عن أو مراقبة تطور السرطان و/ أو الكشف عن مقاومة العقار لعلاج سرطان. على سبيل المثال» يصف ‎Nadal‏ ‏وآخرون (001:10.1038/5:8012464 )2015( ‎(Nature Scientific Reports,‏ بصمات ‎mRNA 5‏ يمكن استخدامها للكشف عن سرطان الرئة بالخلية غير الصغيرة ‎(NSCLC)‏ ‏في بعض التجسيدات التوضيحية؛ ‎(Sa‏ استخدام وجود طفرات المقاومة في قطاعات فرعية نسيلية من الخلايا لتحديد نظام علاجي. في تجسيدات ‎cal‏ يمكن إعطاء علاجات فردانية لعلاج مريض بناءً على طفرات ورم مشتركة. في بعض التجسيدات؛ تنشاً طفرات شائعة استجابة للعلاج وتؤدي إلى مقاومة العقار. في بعض التجسيدات»؛ يمكن استخدام الاختراع الحالي لمراقبة مرضى 0 اكتسبت طفرة أو تكبير ‎LIAN‏ التي تؤوي تلك الطفرات المقاومة للعقار. عادة ما يؤدي العلاج باستخدام عوامل كيميائية علاجية متنوعة؛ تحديدًا مع علاجات مستهدفة ‎Jie‏ ‏مثبطات تيروسين ‎GUS‏ إلى طفرات جديدة في الجزيئات المستهدفة التي تقاوم نشاط العلاج. جاري تقييم عدة استراتيجيات للتغلب على تلك المقاومة؛ وتتضمن تطور علاجات الجيل الثاني التي لا تتأثر بتلك الطفرات والعلاج باستخدام عوامل متعددة تتضمن تلك التي تعمل بعد طفرة المقاومة. في تجسيد توضيحي؛ هناك طفرة شائعة لإيبروتينيب؛ وهو جزيء يستهدف تيروسين كيناز لبروتون ‎(BTK)‏ وتستخدم ل ‎CLL‏ وبعض الأورام اللمفية؛ عبارة عن تغير من سيستين إلى سيرين عند الموضع 481 (8174/04815). يُستخدم إيرلوتينيب؛ الذي يستهدف نطاق تيروسين الكيناز لمستقبل عامل النمو البشروي ‎(EGFR)‏ في علاج سرطان الرئة وتتطور الأورام المقاومة بصورة غير متغيرة بعد العلاج. وهناك طفرة شائعة موجودة في النسائل المقاومة وهي طفرة تريونين 0 إلى ميثيونين عند الموضع 790. هناك طفرات غير ساكنة مشتركة بين قطاعات مرضى السرطان وطفرات مقاومة شائعة يمكن الكشف عنها باستخدام الاختراع الحالي معروفة في المجال (انظر؛ على سبيل المثال؛ الطلب الدولي 0/2016/187508//). في بعض التجسيدات»؛ يمكن حث طفرات مقاومة العقار بواسطة العلاج باستخدام إيبروتينيب» إيرلوتينيب»؛ إيماتينيب؛ جيفيتينيب؛ كريزوتينيب» تراستوزوماب»ء 5 فيمورافينيب» ‎(RAF/MEK‏ علاج حجب نقطة فحص؛ أو علاج مضاد للإستروجين. في بعض
التجسيدات؛ توجد الطفرات نوعية السرطان في واحد أو أكثر من الجينات التي ترمز بروتين تم اختياره من المجموعة المتكونة من مستقبل أندروجين المركب الترابطي للموت المبرمج 1 ‎PD)‏ ‎(AR) (L1‏ تيروسين كيناز لبروتون ‎((BTK)‏ مستقبل عامل النمو البشروي ‎BCR- (EGFR)‏ ‎ROS] (ALK (KRAS (EML4-ALK (HER2 (PIK3CA c-kit (Abl‏ 1 كلل ‎(RAC1 (NRAS (MEK2 (MEK1 (BRAF 5‏ رو ‎.ESR1‏ تعد نقاط الفحص المناعي مسارات مثبطة تبطئ أو توقف التفاعلات المناعية وتمنع تلف النسيج المفرط من نشاط غير متحكم فيه للخلايا المناعية. في بعض التجسيدات؛ تكون نقطة الفحص المناعية المستهدفة عبارة عن جين موت الخلية المبرمج 1 (00-1 أو ‎.(PDCD1) (CD279‏ في تجسيدات أخرى؛ تكون نقطة الفحص المناعية المستهدفة عبارة عن مولد ضد متصلة بالخلية 0 اللمفية التائية السامة للخلايا (6118-4). في تجسيدات إضافية؛ تكون نقطة الفحص المناعية المستهدفة عبارة عن عضو آخر لفصيلة ‎CD28‏ رو ‎CTLA4 Ig‏ متل مااق ‎(LAG3‏ كما ‎PDLI‏ أو 4ال6ا. في تجسيدات إضافية ‎(gal‏ تكون نقطة الفحص المناعية المستهدفة عبارة عن عضو من فصيلة ‎TNFR‏ متل ‎.TIM-3 4 0027 (GITR 0137 «OX40 «CD40‏ في الآونة الأخيرة؛ تم تمييز التعبير الوراثي عن الجين في أورام والبيئات الدقيقة لها عند مستوى
Tirosh, et al. Dissecting the multicellular ‏خلية واحد (انظرء على سبيل المثال؛‎ 5 ecosystem of metastatic melanoma by single cell RNA-seq. Science 352, 189-196, doi:10.1126/science.aad0501 (2016)); Tirosh et al., Single-cell
RNA-seq supports a developmental hierarchy in human oligodendroglioma. Nature. 2016 Nov 10;539(7628):309-313. doi: ‎¢10.1038/nature20123. Epub 2016 Nov 2 20‏ ونشرة براءة الاختراع الدولية رقم مسلسل ‎Al‏ 2017004153 ©0/0/ا). في بعض التجسيدات؛ يمكن الكشف عن بصمات الجين باستخدام الاختراع الحالي. في أحد التجسيدات؛ تتم مراقبة الجينات المكملة أو الكشف عنها في بيئة دقيقة لورم. في أحد التجسيدات؛ تتم مراقبة برامج ‎MITF‏ و ‎AXL‏ أو الكشف عنها. في أحد التجسيدات؛ تم الكشف عن خلية جذعية نوعية الورم أو بصمة خلية سليفة. توضح تلك الصبمات حالة استجابة
مناعية وحالة ورم. في بعض التجسيدات؛ يمكن الكشف عن حالة ورم ‎Lad‏ يتعلق بالتكاثر» ومقاومة العلاج وتوافر الخلايا المناعية المراد الكشف عنها. على ذلك» في بعض التجسيدات؛ يوفر الاختراع قوائم كشف عن سرطان مضاعفة؛ وسريعة؛ ومنخفضة التكلفة ل ‎DNA‏ الدوراني؛ مثل ‎DNA‏ الورم؛ تحديدًا لمراقبة تكرار المرض أو تطور طفرات مقاومة شائعة.
تطبيقات علاج مناعي كما يمكن أن تكون التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا مفيدة في سياقات علاج مناعي أخرى. على سبيل المثال؛ في بعض التجسيدات؛ تشتمل طرق تشخيص» و/ أو التنبؤ ب و/ أو تقسيم استجابة مناعية إلى مراحل في خاضع للعلاج على الكشف عن مستوى أول من التعبير الوراثي؛
0 والنشاط و/ أو وظائف واحدة أو أكثر من المرقمات الحيوبة ومقارنة المستوى الذي تم الكشف عنه بمستوى مقارن حيث يدل الفارق في المستوى الذي تم الكشف ‎die‏ ومستوى المقارنة على وجود استجابة مناعية في الخاضع للعلاج. في بعض التجسيدات؛ يمكن استخدام الاختراع الحالي لتحديد الخلل الوظيفي أو نشاط خلايا لمفية مرتشحة الورم ‎(TIL)‏ يمكن ‎TILs Jie‏ عن ورم باستخدام طرق معروفة. يمكن تحليل ‎TILs‏
5 لتحديد ما إذا كان يجب استخدامها في علاجات نقل خلية متخذة. بالإضافة إلى ذلك يمكن تحليل الخلايا التائية لمولد الضد الخيمري (الخلايا ‎CAR‏ التائية) للكشف عن بصمة خلل وظيفي أو نشاط قبل إعطاؤها إلى خاضع للعلاج. تم وصف أمثلة على بصمات الخلية التائية المنشطة والتي بها خلل وظيفي (انظرء على سبيل المثال» ‎Singer M, et al., A Distinct Gene Module‏ ‎for Dysfunction Uncoupled from Activation in Tumor-Infiltrating T Cells.‏
‎Cell. 2016 Sep 8;166(6):1500-1511.e9. doi: 0‏ ‎.(10.1016/j.cell.2016.08.052‏ ‏في بعض التجسيدات؛ يتم استخدام ‎C202‏ لتقييم حالة الخلايا المناعية؛ ‎Jie‏ الخلايا التائية (على سبيل المثال؛ الخلايا التائية +608 و/ أو +004). على وجه التحديد؛ يمكن تحديد تنشيط الخلية التائية و/ أو الخلل الوظيفي لهاء على سبيل المثال؛ بناة على الجينات أو البصمات الجينية
المرتبطة بواحدة أو أكثر من حالات الخلية التائية. بهذه الطريقة؛ يمكن استخدام 0202 لتحديد وجود واحد أو أكثر من القطاعات الفرعية للخلايا التائية. في بعض التجسيدات؛ ‎(Sa‏ استخدام 6202 في تجرية تشخيص أو يمكن استخدامه كطريقة لتحديد ما إذا كان ‎a all‏ ملاثم لإعطاء علاج مناعي أو نوع ‎AT‏ من العلاج. على سبيل المثال؛ يمكن إجراء الكشف عن بصمات جين أو مرقم حيوي من خلال 0202 لتحديد ما إذا كان
المريض مستجيب لعلاج ‎cle‏ أو ما إذا كان المريض غير مستجيب؛ إذا كان ذلك بسبب الخلل الوظيفي في الخلية التائية. يدل هذا الكشف عن معلومات متعلقة بأنواع العلاج الأفضل ملاءمة للمريض . على سبيل المتال» ما إذا كانت هناك ضرورة لتلقى ‎a all‏ لعلاج متناعى . في بعض التجسيدات؛ يمكن أن تسمح الأنظمة والتجارب التي تم الكشف عنها هنا للإكلينيكيين
بتعريف ما إذا كانت استجابة ‎a all‏ للعلاج (على سبيل المثال؛ علاج ‎Jas‏ خلية متخذ ‎(ACT)‏ ‏ينتج عن الخلل الوظيفي للخلية؛ وإن كان الأمر كذلك؛ تتيح مستويات التقليل والزيادة المتحكم فيها عبر ‎daar‏ المرقم الحيوي بالتغلب على المشكلات. على سبيل المثال » إذا كان مريض يتلقى ‎ACT‏ غير مستجيب؛ يمكن تجرية الخلايا المعطاة كجزءِ من ‎ACT‏ بواسطة تجرية تم الكشف عنها هنا لتحديد المستوى النسبي للتعبير الوراتي لبصمة مرقم حيوي معروفة بارتباطها بتنشيط
5 الخلية و/ أو حالات الخلل الوظيفي. في ‎Alla‏ الزيادة المتحكم فيها لمستقبل مثبط محدد أو جزيء في خلايا ‎ACT‏ يمكن معالجة المريض باستخدام مثبط لهذا المستقبل أو الجزيء. في حالة التقليل المتحكم فيه لمستقبل منبه محدد أو جزيء في ‎(Ka (ACT WIA‏ علاج المريض باستخدام مساعد لهذا المستقبل أو الجزيء. في بعض التجسيدات التوضيحية؛ يمكن استخدام الأنظمة؛ والطرق؛ والأجهزة التي تم وصفها هنا
0 لفحص بصمات الجين التي تعرّف نوع خلية محدد؛ أو نمط ظاهري للخلية؛ أو حالة خلية. على نحو مماثل؛ من خلال استخدام تلك الطرق كاستشعار مضغوط يمكن استخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا للكشف عن ترانسكريبتوم. تكون بيانات التعبير الوراثي الجيني منسقة بصورة كبيرة؛ بحيث يتنبا مستوى التعبير ‎(Shall‏ عن بعض الجينات بمستوى التعبير الوراثي عن غيرها. تتيح معرفة أن المعلومات المتعلقة ببيانات التعبير الوراثي الجيني بمنسقة بصورة كبيرة افتراض
5 صغر عدد درجات الحرية في النظام؛ مما يسمح بافتراض أن أساس حساب التوافرات الجينية
النسبية متفرق. من المحتمل إعطاء عدة افتراضات محفزة حيويًا تسمح لمقدمي الطلب باستعادة شروط التفاعل غير الخطي أثناء استخدام تردد عينة منخفض بدون أي معلومات محددة أي جينات من المحتمل أن تتفاعل. على وجه التحديد؛ في ‎dlls‏ افتراض مقدمي الطلب أن التفاعلات الجينية منخفضة الرتبة؛ أو متفرقة؛ أو توليفة مما سبق فإن العدد الفعلي لدرجات الحرية يكون صغير ‎Goss‏ بالنسبة للتمدد التوليفي الكامل؛ مما يسمح لمقدمي الطلب باستنتاج المنظر العام غير
الخطي الكامل مع عدد صغير نسبيًا من الاضطرابات. بالعمل على تلك الافتراضات؛ يمكن استخدام نظريات تحليلية لإكمال قالب واستشعار مضغوط لتهيئة تجارب اضطرابات توليفية تم استخدام تردد عينة منخفض لها. بالإضافة إلى ذلك؛ يمكن استخدام إطار تعلم كيرنل لاستخدام تردد عينة منخفض عن طريق بناء وظائف تنبؤية لاضطرابات توليفية دون تعلم مباشر لأي
0 معامل تفاعل مفرد. يوفر الاستشعار المضغوط طريقة لتعريف أدنى عدد من النسخ المستهدفة المراد الكشف عنها للحصول على نموذج تعبير وراثي عن الجين شامل. تم الكشف عن طرق استشعار مضغوط في ‎Systems and Methods for ' PCT/US2016/059230‏ ‎Determining Relative Abundances of Biomolecules‏ ' المودع في 27 ‎ns]‏ ¢ 6. وهو متضمن هنا كمرجع. بعد استخدام طرق ‎fie‏ الاستشعار المضغوط لتعريف مجموعة
5 هدف نسخة بسيطة؛ فإنه يمكن عندئذ تهيئة ‎de gene‏ من ‎RNAS‏ الإرشادية المناظرة للكشف عن النسخ المذكورة. بالتالي؛ في بعض التجسيدات»؛ تشتمل طريقة للحصول على نموذج تعبير وراثي عن الجين على الكشف ‎coe‏ باستخدام التجسيدات التي تم الكشف عنها هناء على مجموعة نسخة بسيطة توفر نموذج تعبير وراثي عن الجين لخلية أو قطاع من الخلايا. الكشف عن بنود معلمة بالحمض النووي
0 على نحو بديل؛ يمكن استخدام التجسيدات التي تم وصفها هنا للكشف عن محددات حمض نووي. كما تكون محددات الحمض النووي عبارة عن أحماض نووية غير مرمزة يمكن استخدامها لتعريف منتج محدد. تم وصف محددات الحمض النووي التوضيحية؛ ‎Jie‏ العلامات المائية ل ‎DNA‏ في ‎Heider and Barnekow. “DNA watermarks: A proof of concept” BMC‏ ‎Molecular Biology 9:40 (2008)‏ يمكن أيضًا أن تكون محددات الحمض النووي ‎Ble‏
5 عن كود شريطي لحمض نووي. يكون كود شريبطي أساسه حمض نووي عبارة عن متوالية من
النوكليوتيدات (على سبيل المثال» ‎(RNA (DNA‏ أو توليفات منها) المستخدمة كمحدد لجزيء ذي صلة؛ مثل جزيء مستهدف و/ أو حمض نووي مستهدف. يمكن أن يكون لكود ‎Jans‏ لحمض نووي طول على ‎Jay!‏ على سبيل المثقال 4« 5< 6 تق 9< 10 12011 13 14 15 6 19 20 21« 22« 243 24 25 26 27 28 29 30 35 0ك ذك 60« 70« 80 90 أو 100 2850853 ‎(Sag‏ أن يكون في صورة أحادية أو مزدوجة
الجديلة. يمكن ربط واحدة أو أكثر من الرموز الشريطية للحمض النووي؛ أو ‎landed‏ بجزيء مستهدف و/ أو حمض نووي مستهدف. يمكن أن يكون هذا الريط مباشر (على سبيل المثال؛ ربط تساهمي أو غير تساهمي للكود الشريطي بالجزيء المستهدف) أو غير مباشر (على سبيل المثال؛ من خلال جزيء إضافي؛ على سبيل ‎(Jal‏ عامل ربط نوعي؛ مثل جسم مضاد (أو بروتين آخر)
0 أو مهايئ استقبال كود شربطي (أو جزيء حمض نووي آخر). يمكن تعليم الجزيء المستهدف و/ أو الأحماض النووية المستهدفة بعدة أكواد شربطية لحمض نووي بطريقة توليفية؛ مثل متسلسل كود ‎asd‏ لحمض نووي. ‎(Gla‏ يتم استخدام كود شربطي لحمض نووي لتعريف الجزيئات المستهدفة و/ أو الأحماض النووية المستهدف على أنها من حجرة محددة (على سبيل المثال؛ حجم منفصل)؛ ذات خاصية فيزيائية محددة ‎Ae)‏ سبيل المثال؛ ألفة ربط أو طولء أو متوالية؛ وما إلى ذلك)؛ أو
5 كانت معرضة لبعض ظروف العلاج. يمكن أن يرتبط الجزيء المستهدف و/ أو الحمض النووي المستهدف بعدة أكواد شربطية لحمض نووي لتوفير معلومات عن كل تلك السمات (وأكثر). تم الكشف عن طرق إنتاج أكواد شريطية لحمض نووي» على سبيل المثال» في نشرة طلب براءة الاختراع الدولي رقم 0/0/2014/047561ا. الإنزيمات
0 يوفر الطلب أيضًا مماثلات ل 6202 تبدي نشاطًا قويّا مما يجعلها ملائمة بصورة محددة لتطبيقات مختلفة لانقسام ‎RNA‏ والكشف عنه. تتضمن تلك الطلبات على سبيل المثال وليس الحصر؛ تلك التي تم وصفها هنا. على نحو أكثر تحديدًاء متماثل تم توضيح أنه يتمتع بنشاط أقوى من غيره الخاضعين للاختبار في مماثل ‎C202‏ محدد من الكائن ‎Leptotrichia wadei all‏ (1/©202). على ذلك يقدم الطلب طرق لتعديل موضع هدف محل الاهتمام؛ يشتمل على
5 توصيل تركيبة معالجة ‎Ug‏ أو غير طبيعية الحدوث إلى هذا الموضع وتشتمل تلك التركيب على
بروتين مؤثر 0202؛ وبصورة أكثر تحديدًا بروتين مؤثر 6202© ذي نشاط متزايد كما تم الوصف هنا وواحد أو أكثر من مكونات الحمض النووي؛ حيث تتم معالجة على الأقل الواحد أو أكثر من مكونات الحمض النووي وراثيًا؛ وبقوم الواحد أو أكثر من مكونات الحمض النووي بتوجيه المعقد إلى هدف محل الاهتمام وبشكل البروتين المؤثر معقدًا مع الواحد أو أكثر من مكونات الحمض النووي ويدرتبط المعقد بالموضع المستهدف محل ‎١‏ لاهتمام . في تجسيدات محددةء؛ يشتمل الموضع
المستهدف محل الاهتمام على ‎.RNA‏ كما يوفر التكبير استخدام بروتينات مؤثر 662 ذات نشاط متزايد فى التدخل التوعى لمتوالية ‎«(RNA‏ تنظيم الجين ‎=o‏ لمتوالية ‎andy «(RNA‏ منتجات ‎lincRNA sf RNA i RNA‏ أو ‎RNA‏ غير المرمزء أو ‎RNA‏ النووي» أو ‎MRNA‏ أو التطفير» أو التهجين في الموضع؛ أو التكاثر.
0 كما يمكن تنفيذ التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا باستخدام تجربة تدفق جانبي ‎die‏ ما تم الكشف عنها في طلب براءة الاختراع الأمريكي المرقت رقم 62/568,309؛ و62/610,144؛ و62/623,529؛ وأيضًا فى ‎Gootenberg et al. (Science‏ ‎.doi:10.1126/science.aaq0179 (2018)‏ تم وصف تجسيدات أخرى للاختراع في الفقرات التالية المرقمة.
5 1. نظام كشف عن حمض نووي يشتمل على: نظام ‎CRISPR‏ يشتمل على بروتين مؤثر وواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية التى تمت تهيئتها بحيث ترتبط بجزيئات مستهدفة مناظرة؛ و تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ ‏2. نظام كشف عن بولي ببتيد يشتمل على:
0 نظام ‎CRISPR‏ يشتمل على بروتين مؤثر وواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية التى تمت تهيئتها بحيث ترتبط ب ‎RNA‏ منبّه؛ تركيب حجب أساسه ‎(RNA‏ و
تشتمل واحدة أو أكثر من أبتاميرات الكشف على موضع ربط معزز ‎RNA‏ بوليميراز محجوب أو موضع ربط بادئة محجوب. 3. النظام ‎dg‏ للفقرتين 1 أو 2؛ يشتمل أيضًا على مواد كاشفة لتكبير الحمض النووي. ‎٠ 4‏ النظام ‎Lg‏ للفقرة 1 4 حيث يكون الجزيء المستهدف عبارة عن ‎D NA‏ مستهدف وشتمل النظام أيضًا على بادئة ‎DNA Jag‏ المستهدف وبشتمل على معزز ‎RNA‏ بوليميراز. 5. النظام وفقًا لأي من الفقرات من 1 إلى 4؛ حيث يكون نظام بروتين مؤثر 015014 عبارة عن بروتين مؤثر استهداف ‎RNA‏ ‏6. النظام وفقًا للفقرة 5؛ وبشتمل بروتين مؤثر استهداف ‎RNA‏ على واحدة أو أكثر من نطاقات ‎.HEPN‏ ‏10 7. النظام ‎Gg‏ للفقرّة 6< حيث تشتمل الواحدة أو أكثر من نطاقات ‎HEPN‏ على متوالية باعث ‎RxxxxH‏ ‏8. النظام ‎Gi,‏ للفقرة 7 حيث يشتمل باعث ‎RxxxH‏ على متوالية ‎R{NJH/KIXIX2X3H‏ ‏9 النظام ‎Lg‏ للفقرة 8« ‎X1 Cua‏ عبارة عن ‎«QE DSR‏ اال و أو 34 و2عر تعبر على ‎Baa‏ عن ‎(TS «l‏ /اء أو ‎L‏ وتعبر 3 على حدة عن الل ال ‎Sd VY‏ نا حل أو ‎A‏ ‏5 10. النظام وفقًا لأي من الفقرات 1 إلى 9 حيث يكون بروتين مؤثر استهداف ‎CRISPR RNA‏ عبارة عن 0202. 1. النظام ‎Gg‏ للفقرة 6« حيث يكون بروتين مؤثر استهداف ‎CRISPR RNA‏ عبارة عن ‎.C2c2‏ ‏2. النظام ‎ag‏ للفقرة 11؛ حيث يكون ‎C202‏ في حدود 20 كيلو قاعدة من جين 1 ‎Cas‏ ‏0 13. النظام وفقًا للفقرة 12؛ حيث يكون بروتين مؤثر ‎C202‏ من كائن حي من نوع تم اختياره من المجموعة المتكونة من: 0-18تأدأمرعال ‎«Sutterella 01/60821١ (Listeria‏ ‎«Streptococcus (Eubacterium (Filifactor (Treponema (Legionella‏
«Flavobacterium (Flaviivola (Bacteroides (Mycoplasma (Lactobacillus «Roseburia (Neisseria (Gluconacetobacter (Azospirillum (Sphaerochaeta «Mycoplasma «Nitratifractor (Staphylococcus (Parvibaculum .Lachnospira ‏وى‎ «Campylobacter ‏النظام وففًا للفقرة 13 حيث يكون بروتين مؤثر 6202 من كائن حي تم اختياره من‎ .14 5
Listeria ¢(Lw2) Leptotrichia wadei ¢Leptotrichia shahii ‏المجموعة المتكونة من:‎
Lachnospiraceae ¢Lachnospiraceae bacterium MA2020 ¢seeligeri ¢caminophilum DSM 10710 [Clostridium] ¢bacterium NK4A179
Carnobacterium gallinarum DSM ¢Carnobacterium gallinarum DSM 4847
Listeria ¢Paludibacter propionicigenes WB4 ‏الثاني)؛‎ CRISPR ‏(موضع‎ 4847 0
Listeriaceae bacterium FSL M6- ¢<weihenstephanensis FSL 9-7 ¢Rhodobacter capsulatus SB 1003 ¢Leptotrichia wadei FO0279 «0635 ¢Rhodobacter capsulatus DE442 ¢Rhodobacter capsulatus R121 ¢Herbinix hemicellulosilytica ¢Leptotrichia buccalis C-1013-b
Blautia sp. ¢Eubacteriaceae bacterium CHKCIOQ04 ¢rectale [Eubacterium] 15
Leptotrichia sp. oral taxon 879 str. FO557. Twelve 4 <Marseille-P2398 further non-limiting examples are: Lachnospiraceae bacterium (12) ¢Demequina aurantiaca ¢Chloroflexus aggregans ¢{NK4A144
Butyrivibrio sp. ¢Pseudobutyrivibrio sp. OR37 ¢Thalassospira sp. TSL5-1 ¢Leptotrichia sp. Marseille-P3007 ¢Blautia sp. Marseille-P2398 ¢YAB3001 20
Listeria ¢Porphyromonadaceae bacterium KH3CP3RA ¢Bacteroides ihuae .Insolitispirillum peregrinum y ¢riparia 0202 1. ‏عبارة عن بروتين مؤثر‎ C202 ‏للفقرة 14( حيث يكون بروتين مؤثر‎ dg ‏النظام‎ .5 .(Lw2) L. wadei F0279 i wadei F0279
6. النظام ‎Gig‏ لأي من الفقرات 1 إلى 15؛ حيث يكبت تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ إنتاج إشارة موجبة يمكن الكشف عنها. 7. النظام وفقًا ‎sal‏ 16 حيث يكبت تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ إنتاج إشارة موجبة يمكن الكشف عنها عن طريق حجب الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنهاء أو إنتاج إشارة سلبية يمكن الكشف عنها بدلاً من ذلك. 8. النظام ‎dg‏ للفقرة 16 حيث يشتمل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ على ‎RNA‏ إخماد الذي يكبت إنتاج منتج جين يتم ترميزه بواسطة تركيب مرشد؛ حيث ينتج منتج الجين الإشارة الموجبة ‎All‏ يمكن الكشف عنها عند التعبير عنها ‎ih‏ ‏9. النظام ‎Gig‏ للفقرة 16( حيث يكون تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ عبارة عن رببوزيم ينتج الإشارة 0 السلبية التي يمكن الكشف عنهاء وحيث يتم إنتاج الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها عند إيقاف نشاط الريبوزيم. 0. النظام ‎Gi‏ للفقرة 19( حيث يحوّل الريبوزيم ركيزة إلى لون ‎Job‏ وحيث تتحول الركيزة إلى لون ثانى عند إيقاف نشاط الريبوزيم . 1. النظام ‎dg‏ للفقرّة 16( حيث يكون عامل الحجب الذي أساسه ‎RNA‏ عبارة عن أبتامير 5 غلك و/ أو يشتمل على مثبط مرتبط ب ‎RNA‏ ‏2. النظام وفقًا للفقرة 21؛ حيث ‎ash‏ الأبتامير أو المثبط المرتبط ‎RNAS‏ بتنحية ‎cay‏ حيث ينتج الإنزيم إشارة يمكن الكشف عنها بعد الإطلاق من الأبتامير أو المثبط المرتبط ب ‎RNA‏ ‏بواسطة العمل على ركيزة. 3. النظام ‎sll Gg‏ 21؛ حيث يكون الأبتامير عبارة عن أبتامير مثبط يثبط إنزيم ويمنع تحفيز الإنزيم لإنتاج إشارة يمكن الكشف عنها من ركيزة أو حيث يثبط المثبط المرتبط ب ‎RNA‏ إنزيم ويمنع تحفيز الإنزيم لإنتاج إشارة يمكن الكشف عنها من ركيزة. 4. النظام ‎sual Bg‏ 23( حيث يكون الإنزيم ‎Ble‏ عن ثرومبين؛ بيروكسيداز الفجل ‎lal‏ ‏بيتا- جالاكتوسيداز» أو فوسفاتاز قلوي بقري.
5. النظام ‎Gy‏ للفقرة 24( حيث يكون الإنزيم عبارة عن ثرومبين وتكون الركيزة عبارة عن بارا- نيترو أنيليد مرتبط تساهميًا بركيزة ببتيد ‎(pag il‏ أو 7-أمينو-4-ميثيل كومارين مرتبط تساهميًا بركيزة ببتيد لترومبين. 6. النظام ‎Gay‏ للفقرة 21؛ حيث ينحي الأبتامير زوج من العوامل التي عند إطلاقها من الأبتاميرات تندمج لتنتج إشارة يمكن الكشف عنها. 7. النظام ‎Gag‏ للفقرة 16 حيث يشتمل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ على أوليجونوكليوتيد ‎RNA‏ ‏يرتبط به مركب ترابطي يمكن الكشف عنه ومكون حجب. 8. النظام ‎Gg‏ للفقرة 16 حيث يشتمل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ على جسيم بحجم النانو يبقى فى متكتلات بواسطة جزيئات القنطرة» حيث يشتمل ‎gia‏ على الأقل من جزيئات القنطرة على ‎(RNA 0‏ وحيث يخضع المحلول إلى تغير في اللون عند تشتت الجسيم بحجم النانو في محلول. 9. النظام ‎Bay‏ للفقرة 28( حيث يكون الجسيم بحجم النانو عبارة عن معدن غروي. 0. النظام ‎Bay‏ للفقرة 29( حيث يكون المعدن الغروي ‎Ble‏ عن ذهب غروي. 1. النظام وفقًا للفقرّة 16( حيث يشتمل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ على نقطة كمية مرتبطة بواحد أو أكثر من جزيئات الإخماد بواسطة جزيء ربط حيث يشتمل ‎gia‏ على الأقل من جزيء 5 الربط على ‎RNA‏ ‏32 النظام ‎Ga,‏ للفقرة 16( حيث يشتمل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ على ‎RNA‏ في معقد مع عامل مقتحم؛ حيث يغير العامل المقتحم من الامتصاص بعد انقسام ‎RNA‏ ‏3. النظام ‎Gay‏ للفقرة 32 حيث يكون العامل المقتحم عبارة عن بيرونين -7 أو أزرق ميثيلين. 4. النظام ‎dg‏ للفقرة 0 حيث يكون المركب الترابطي الذي يمكن الكشف ‎die‏ عبارة عن حامل 0 تألق ويكون مكون الحجب عبارة عن جزيء إخماد. 5. النظام وفقًا للفقرة 16( حيث يشتمل تركيب الحجب المذكور على أوليجونوكليوتيد ‎RNA‏ تمت تهيئته لريط متوالية تكوين © رياعي؛ حيث تتكون بنية © الرياعي بواسطة متوالية تكوين ©
رباعي بعد انقسام تركيب الحجب؛ وحيث تنتج متوالية تكوين © رباعي إشارة موجبة يمكن الكشف عنها. 6. النظام وفقًا لأي من الفقرات 1 إلى 35؛ حيث تشتمل الواحدة أو أكثر من ‎RNAs‏ الإرشادية التي تمت تهيئتها بحيث ترتبط بجزيئات مستهدفة مناظرة على فارق تخليقي.
37. النظام ‎Gig‏ للفقرة 36( حيث يكون هذا الفارق قبل أو بعد ‎SNP‏ أو تغير نوكليوتيد واحد ‎AT‏ ‏في الجزيء المستهدف المذكور. 8. نظام الكشف ‎dg‏ للفقرتين 36 أو 37؛ حيث يكون الفارق التخليقي المذكور أو تغير نوكليوتيد واحد آخر في ‎RNA‏ الإرشادي المذكور عند الموضع 3؛ 4؛ 5؛ أو 6 من المباعد؛ ويفضل الموضع 3.
0 39. نظام الكشف وففًا لأي من الفقرات 36 إلى 38؛ ‎ua‏ يكون الفارق التخليقي المذكور في ‎RNA‏ الإرشادي المذكور عند الموضع 1 4 د عت أو 9 من المباعدء ‎ang‏ ‏الموضع 5 0.نظام الكشف ‎By‏ لأي من الفقرات 36 إلى 39؛ حيث يكون الفارق التخليقي المذكور 1؛ 2؛ 3 أو 5 نوكليوتيد قبل أو بعد؛ ويفضل 2 نوكليوتيد؛ ويفضل بعد ‎SNP‏ المذكور أو تغير
5 نوكليوتيد واحد آخر في ‎RNA‏ الإرشادي المذكور.
1. نظام الكشف ‎ay‏ لأي من الفقرات 36 إلى 40؛ ‎Gua‏ يشتمل ‎RNA‏ الإرشادي المذكور على مباعد يكون مقطوع بالنسبة لمباعد من نمط غير معالج.
2. نظام الكشف وفقًا للفقرة 41؛ حيث يشتمل ‎RNA‏ الإرشادي المذكور على مباعد يشتمل على ‎JA‏ من 28 نوكليوتيد. ويفضل بين ويتضمن 20 إلى 27 نوكليوتيد.
0 43. نظام الكشف ‎Gay‏ للفقرة 42 حيث يشتمل ‎RNA‏ الإرشادي على مباعد يتكون من 25-20 نوكليوتيد أو 23-20 نوكليوتيد؛ مثل على نحو مفضل 20 أو 23 نوكليوتيد.
4. نظام الكشف ‎By‏ لأي من الفقرات 1 إلى 43؛ حيث تتم تهيئة الواحدة أو أكثر من ‎RNAs‏ ‏الإرشادية بحيث تقوم بالكشف عن تعدد أشكال نوكليوتيد واحد في ‎RNA‏ أو ‎DNA‏ إرشادي؛ أو متغير جدل من نسخة ‎RNA‏ ‏5. طريقة للكشف عن فيروسات في عينات؛ تشتمل على: توزيع عينة أو مجموعة من العينات إلى واحد أو أكثر من الأحجام المنفصلة المفردة؛ وتشتمل الأحجام المنفصلة المفردة على نظام ‎Gy CRISPR‏ لأي من الفقرات 1 إلى 44؛ حضانة العينة أو مجموعة من العينات تحت ظروف تكفى بحيث تسمح بربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بواحدة أو أكثر من جزيئات مستهدفة؛ تنشيط بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ من خلال ربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAs‏ الإرشادية بالواحدة أو 0 أكثر من جزيئات مستهدفة؛ حيث يؤدي تنشيط بروتين مؤثر ‎CRISPR‏ إلى تعديل تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ بحيث يتم إنتاج إشارة موجبة يمكن الكشف عنها؛ و الكشف عن الإشارة الموجبة التى يمكن الكشف عنهاء حيث يدل الكشف عن الإشارة الموجبة التى يمكن الكشف عنها على وجود واحدة أو أكثر من الفيروسات في العينة. 6. الطريقة ‎Gy‏ للفقرة 45؛ حيث تشتمل العينة على اثنين أو أكثر من الفيروسات؛ وحيث تميّز 5 الطريقة بين الاثنين أو أكثر من الفيروسات. 7. الطريقة ‎ig‏ للفقرات 45 أو 46 حيث تكشف ‎RNAS‏ الإرشادية عن متغيرات نيوكليوتيد أحادية من الواحدة أو ‎SST‏ من فيروسات. 8. الطريقة وفقًا للفقرة 47( حيث ‎RNAS‏ الإرشادية تشتمل أيضًا على واحدة أو أكثر من الفروق التخليقية. 0 49. الطريقة ‎Wy‏ لأي من الفقرات 45 إلى 47؛ حيث تشتمل ‎RNAs‏ الإرشادية للواحدة أو أكثر من أنظمة ‎CRISPR‏ على ‎RNA de gana‏ إرشادية فيروسية- شاملة تكشف عن كل فيروس و/ أو سلالة فيروسية في مجموعة من فيروسات.
0. الطريقة ‎Gy‏ للفقرة 49؛ حيث يتم اشتقاق ‎RNAS‏ الإرشادية باستخدام طريقة غطاء مثبت.
1. طريقة للكشف عن فيروسات؛ تشتمل على:
تعريض نظام ‎CRISPR‏ وفقًا لأي من الفقرات 1 إلى 36 إلى عينة؛
تنشيط بروتين مؤثر هلا من خلال ربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بالواحدة أو ‎SST‏ ‏5 من ‎RNAS‏ إرشادية نوعية الميكروب أو واحدة أو أكثر من ‎RNA‏ منبّهة بحيث يتم إنتاج إشارة
إيجابية يمكن الكشف عنها؛ و
الكشف عن الإشارة الموجبة التى يمكن الكشف عنهاء حيث يدل الكشف عن الإشارة الموجبة التى
يمكن الكشف عنها على وجود واحدة أو أكثر من فيروسات في العينة.
2. الطريقة ‎Gg‏ للفقرة 51 حيث يكون نظام ‎CRISPR‏ على ركيزة؛ وحيث تكون الركيزة
3. الطريقة ‎Gd‏ للفقرة 52؛ حيث يتم تطبيق نظام ‎CRISPR‏ نفسه أو نظام مختلف على عدة
مواضع منفصلة على الركيزة.
4. الطريقة وفقًا للفقرة 53؛ حيث يتم تطبيق نظام ‎CRISPR‏ نفسه أو نظام مختلف على عدة
مواضع منفصلة على الركيزة.
55. الطريقة وفقًا لأي من الفقرات 52 إلى 54؛ حيث تكون الركيزة عبارة عن ركيزة مواد مرنة. 6. الطريقة ‎By‏ للفقرة 55 حيث تكون ركيزة المواد المرنة عبارة عن ركيزة ورقية» ركيزة من قماش» أو ركيزة أساها بوليمر مرن.
7. الطريقة وفقًا للفقرة 54« حيث يقوم نظام ‎CRISPR‏ المختلف بالكشف عن ميكروب مختلف عند كل موضع.
0 58. الطريقة ‎Gg‏ للفقرة 55( حيث تكون الركيزة معرضة إلى العينة ‎lls‏ بغمر الركيزة مؤقثًا في مائع يتم تجميعه» عن طريق الإمداد بمائع مراد اختباره إلى الركيزة؛ أو بواسطة تلامس سطح مراد اختباره مع الركيزة.
9. الطريقة ‎ly‏ للفقرة 58؛ ‎Cua‏ تكون العينة عبارة عن عينة حيوية أو بيئية.
0. الطريقة ‎Gg‏ للفقرة 59؛ حيث يتم الحصول على العينة البيئية من عينة طعام؛ عينة ‎(yd‏
سطح ورقي سطح قماش؛ سطح ‎(Ore‏ سطح خشبي سطح بلاستيكي « ‎due‏ ترية « عينة ماء
عذب؛ عينة مياه صرف؛ عينة ماء ‎(aks‏ التعرض إلى هواء جوي أو عينة غاز ‎«gal‏ أو توليفة
منها.
1. الطريقة ‎yall Gg‏ 59؛ حيث يتم الحصول على العينة الحيوية من عينة نسيج اللعاب؛ الدم؛
البلازماء ‎Jay‏ البرازء البول؛ البصاق؛ المخاط اللمف»؛ المائع الزليلى»؛ السائل التنخاعى؛
استسقاء؛ انصباب جنبي؛ تورم مصليء القيح؛ أو مسحة من البشرة أو سطح غشاء مخاطي.
2. الطريقة وفقًا لأي من الفقرات 59 إلى 61؛ حيث تكون العينة البيئية أو العينات الحيوية هي 0 عينات خام و/ أو حيث تكون الواحدة أو أكثر من الجزيئات المستهدفة غير منفَّاة أو ‎8a‏ من
العينة قبل تطبيق الطريقة.
63. طريقة لمراقبة تفشي المرض الفيروسي و/ أو تطوره ¢ تشتمل على :
تعربض نظام ‎CRISPR‏ وفقًا لأي من الفقرات 1 إلى 36 إلى عينة:
تنشيط بروتين مؤثر هلا من خلال ربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بالواحدة أو ‎SST‏ ‏5 .من المتواليات المستهدفة يشتمل على طفرات فيروسية غير ترادفية بحيث يتم إنتاج إشارة إيجابية
يمكن الكشف عنها؛ و
الكشف عن الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنهاء حيث يدل الكشف عن الإشارة الموجبة التي
يمكن الكشف عنها على نوع من سلالة فيروسية تكون موجودة في العينة.
64. الطريقة ‎Gag‏ للفقرة 63« حيث يشتمل تعريض نظام ‎CRISPR‏ على تحديد موضع واحدة أو أكثر من أنظمة ‎CRISPR‏ داخل واحد أو أكثر من الأحجام المنفصلة المفردة وإضافة عينة أو
قسم عينة إلى الواحد أو أكثر من الأحجام المنفصلة المفردة.
5. طريقة لفحص عينات للكشف عن مولدات الضد الفيروسية و/ أو أجسام مضادة نوعية فيروسية تشتمل على: تعربض نظام ‎Gy CRISPR‏ لأي من الفقرات 2 إلى 36 إلى ‎die‏ حيث ترتبط الواحدة أو أكثر من الأبتاميرات بواحدة أو ‎AST‏ من مولدات الضد الفيروسية أو واحدة أو أكثر من الأجسام
المضادة نوعية الفيروسات» وحيث تقوم الأبتاميرات بترميز كود شربطي يقوم بتعريف الواحدة أو أكثر من مولدات الضد الفيروسية أو واحدة أو أكثر من الأجسام المضادة نوعية الفيروسات التي ترتبط بها الواحدة أو أكثر من الأبتاميرات» وحيث تمت تهيئة ‎RNAS‏ الإرشادية بحيث تقوم بالكشف عن الكود الشربطي؛ تنشيط بروتين مؤثر هلا من خلال ربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بالواحدة أو ‎SST‏
0 من ‎RNAS‏ إرشادية نوعية الميكروب أو واحدة أو أكثر من ‎RNA‏ منبّهة بحيث يتم إنتاج إشارة إيجابية يمكن الكشف عنها؛ و الكشف عن الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنهاء حيث يدل الكشف عن الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها على وجود واحدة أو أكثر من مولدات الضد الفيروسية أو واحد أو أكثر من أجسام مضادة نوعية فيروسية في العينة.
5 66. الطريقة وفقًا لأي من الفقرات 45 إلى 65؛ ‎Cua‏ يكون الفيروس عبارة عن فيروس ‎DNA‏ ‏7. الطريقة ‎Gg‏ للفقرة 66« حيث يكون فيروس ‎DNA‏ عبارة عن فيروسات عضلية؛ الفيروسات القدمية؛ فيروسات سيفاوية؛ الفيروسات الهريسية الخيفية؛ الفيروسات الهريسية (بما في ذلك فيروس الهريس البشري؛ وفيروس الحماق النطاقي)؛ الفيروسات الهريسية لمالوكو؛ فيروسات شحمي الشعر؛ فيروسات العتائق» فيروسات غدانية؛ فيروسات الأمبولة؛ فيروسات الزق؛ فيروسات حمى
0 الخنازير الأفريقية والمرتبط بها (بما في ذلك فيروس حمى الخنازير الأفريقية)؛ فيروس عصوي؛ 6 )4 ؛ الفيروس الملتصقء الفيروس القشري؛ فيروسات مستدقة؛ الفيروسات الكروية؛ فيروسات قطرة؛ فيروس تضخم والتهاب الغدة اللعابية؛ الفيروسات المقزحة؛ فيروسات حمى مارسيلياء الفيروسات العملاقة؛ الفيروسات العارية؛ متلازمة البقع البيضاء؛ فيروسات باندورا؛ الفيروسات الحليمية؛ فيروسات الطحالب حقيقية النواة؛ فيروسات بلازمية؛ فيروسات ‎ANA‏ متعددة؛
فيروسة التورام ‎Lay)‏ في ذلك الفيروس القردي 40؛ فيروس ‎JC‏ فيروس ‎(BK‏ فيروسات الوقس (بما في ذلك الوقس والجدري)؛ الفيروس الشحمي لذباب الروث الصغيرء الفيروسات السقفية؛ ‎(Turriviridae‏ فيروس ‎dna‏ دورانى» ‎«Rhizidovirus (Salterprovirus‏ أو توليفة منها. 68 . الطريقة ‎Gag‏ لأي من الفقرات 45 إلى 65 حيث تنتج ‎(Goll‏ الفيروسية عن فيروس ‎RNA‏ ‏5 مزدوج الجديلة؛ فيروس ‎RNA‏ فى اتجاه النسخ إيجابى؛ فيروس ‎RNA‏ فى اتجاه النسخ سلبى؛ فيروس قهقري؛ أو توليفة منها. 9. الطريقة ‎sill lg‏ 68( حيث يكون الفيروس عبارة عن فيروس الحمة ‎ALIS)‏ فيروس البيكورناوية؛ فيروسات كأسية؛ الفيروسات المصفرة؛ الفيروسات الطخائية؛ فيروسات بورنوية؛ الفيروسات الخيطية؛ الفيروسات المخاطانية؛ الفيروسات الرئوية؛ الفيروسات الريدية؛ الفيروسات 0 الرملية؛ الفيروسات البنياوية؛ الفيروسات المخاطية القويمة؛ أو فيروس دلتا. 0. الطريقة ‎Gg‏ للفقرة 68( حيث يكون الفيروس عبارة عن الفيروسة ‎(SARS (AUS‏ الفيروسة السنجابية؛ الفيروسة الأنفية؛ الالتهاب الكبدي ‎A‏ فيروس نوروواك؛ فيروس الحمى الصفراء؛ فيروس غرب النيل؛ فيروس الالتهاب الكبدي ©؛ فيروس حمى الدنك؛ فيروس ‎A)‏ فيروس الحصبة الألمانية؛ فيروس نهر ‎(ug)‏ فيروس سندبيس؛ فيروس تشيكونجوانيا؛ فيروس مرض ‎(Lys 5‏ فيروس الإيبولاء فيروس ماربرج؛ فيروس الحصبة؛ فيروس النكاف؛ فيروس نيبه؛ فيروس هندرا؛ فيروس مرض نيوكاسل؛ الفيروس التنفسي المخلوي البشري؛ السعار؛ فيروس ‎La‏ فيروس هانتاء فيروس حمى الكونجو والقرم النزفية؛ الإنفلونزاء أو فيروس الالتهاب الكبدي 0. 1. طريقة للكشف عن واحدة أو أكثر من الميكرويات في عينة؛ تشتمل على: تلامس عينة مع نظام كشف عن ‎asa‏ نووي ‎Gag‏ لأي من الفقرات 1 إلى 44« و 0 تطبيق تلك العينة التي تمت ملامستها على تجرية استشراب ‎elie‏ ذات تدفق جانبي. 2. الطريقة وفقًا للفقرة 71 ‎Gua‏ يشتمل نظام الكشف عن الحمض النووي المذكور على تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ يشتمل على جزيء أول وثانى» وحيث تشتمل تجرية الاستشراب المناعى ذات
تدفق جانبي المذكورة على الكشف عن ‎gall‏ الأول والثاني المذكور؛ ويفضل عند مواضع كشف منفصلة على شريط تدفق جانبي. 3. الطريقة وفقًا للفقرة 72( ‎aug‏ الكشف عن الجزيء الأول المذكور والجزيء الثاني المذكور بواسطة الريط بجسم ‎alias‏ يتعرف على الجزيء الأول أو الثاني المذكور والكشف عن الجزيء المرتبط المذكور؛ ‎Juang‏ الذي ‎andl‏ الأجسام المضادة.
4. الطريقة وفقًا للفقرة 72 أو 73 حيث يشتمل شريط التدفق الجانبي المذكور على جسم مضاد أول قبلي موجّه ضد الجزيء الأول المذكور؛ وجسم مضاد ثاني بعدي موجّه ضد الجزيء الثاني المذكور؛ وحيث يرتبط تركيب الحجب الذي أساسه ‎RNA‏ غير المنقسم بواسطة الجسم المضاد الأول المذكور إن لم يوجد الحمض النووي المستهدف في العينة المذكورة؛ وحيث يرتبط تركيب
0 الحجب الذي أساسه ‎RNA‏ المنقسم بواسطة الجسم المضاد الأول المذكور والجسم المضاد الثاني المذكور إذا ما وجد الحمض النووي المستهدف فى العينة المذكورة. 75 . طريقة للكشضف عن فيروس 4 تشتمل على : الحصول على ‎die‏ من خاضع للعلاج؛ حيث تكون العينة عبارة عن البول؛ الأمصال؛ الدم أو اللعاب؛
5 تكبير ‎RNA‏ العينة؛ دمج العينة مع بروتين مؤثرء وواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية التي تمت تهيئتها بحيث ترتبط بالجزيئات المستهدفة نوعية الفيروس المناظرة؛ وتركيب حجب أساسه ‎(RNA‏ ‏تنشيط بروتين مؤثر هلا من خلال ربط الواحدة أو أكثر من ‎RNAS‏ الإرشادية بالواحدة أو ‎SST‏ ‏من ‎RNAS‏ المستهدفة نوعية ‎pug dll‏ حيث يؤدي تنشيط بروتين مؤثر 0415014 إلى تعديل
0 تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ بحيث يتم إنتاج إشارة إيجابية يمكن الكشف عنها؛ و الكشف عن ‎J‏ لإشارة حيث يدل الكشف عن ‎J‏ لإشارة على وجود الفيروس ؛و حيث لا تتضمن الطريقة خطوةٍ استخلاص ‎RNA‏ من العينة.
6. الطريقة وفقًا للفقرة 75» حيث يتم اختيار فترة خطوة التكبير من المجموعة المتكونة من: ساعتين » ‎dela‏ واحدة « 30 ‎(dada‏ 20 دقيقة و0 1 دقائق . 7. الطريقة وفقًا للفقرة 75 حيث يتم اختيار فترة خطوة الكشف من المجموعة المتكونة من: 3 ‎cele La‏ ساعتين» ‎del‏ واحدة « 30 دقيقة؛ 20 دقيقة و10 دقائق .
78. الطريقة ‎Gg‏ للفقرة 75( حيث يكون حجم العينة المطلوب للكشف هو 100 ميكرو لتر إلى 1 ميكرو لتر. 9. الطريقة ‎Gy‏ للفقرة 75 حيث يكون الفيروس عبارة عن فيروس زيكا. 0. الطريقة وفقًا للفقرة 75 حيث تشتمل العينة على اثنين أو أكثر من الفيروسات وحيث تميّز الطريقة بين الاثنين أو أكثر من الفيروسات.
0 81. الطريقة ‎Gg‏ للفقرة 75 حيث تشتمل على تركيب حجب أساسه ‎RNA‏ ‏الأمثلة ‏المتال 1- الطرق العامة هناك طريقتين لإجراء اختبار تشخيص 62062 ل ‎DNA‏ و ‎RNA‏ يمكن استخدام هذه الطريقة ‎La‏ مع متغيرات الكشف عن بروتين بعد توصيل أبتاميرات الكشف. الطريقة الأولى هي تفاعل 5 .من خطوتين حيث يتم التكبير والكشف عن ‎C202‏ على حدة. والطريقة الثاني حيث يتم دمج الكل في تفاعل واحد ويسمى تفاعل من خطوتين. من الهام تذكر أن التكبير قد لا يكون ضروري لعينات أعلى في التركيز ويذلك من الجيد الحصول على طريقة ‎C202‏ منفصلة ليس بها تكبير. الجدول 10. نظام مؤثر ‎CRISPR‏ فقط - بدون تكبير المكون الحجم (ميكرو لتر) البروتين )44 نانو مولار نهائي) 2
‎Gessner‏ ا ‎en A‏ ‎CL a‏ سير صر قل ود وق ‎CL‏ ‏دمو لي مر قا ا ‎asus‏ ا بيات عمياة ولي و قف ا مر و ابلت“ ش “ ”ل م ملللمدوللل_لسِ27م
منظم التفاعل هو: 40 ‎Mae‏ مولار تريس-ا10» 60 مللي مولار ‎(NaCl‏ الرقم الهيدروجيني 7.3 يتم هذا التفاعل لمدة 3 ساعات و20 دقيقة عند 37 درجة مئوية. القراءة مع التنبيه: 485 نانو متر/ 20 نانو متر؛ الانبعاث: 528 نانو متر/ 20 نانو متر. يمكن الكشف عن حساسية جزيء إشارة ‎le‏ من 20 دقيقة ولكن بالطبع تكون الحساسية أعلى لأزمنة التفاعل الأطول. تفاعل من خطوتين: الجدول 11: خليط تكبير ‎RPA‏ ‎Ge ue‏ ‎Cs sass‏
سم الا رمع اس مه و ل ص صر تور شرفم قا 100076 كرو بر ‎mas‏ 2 سير لوس فق و ‎se‏
يتم خلط مكونات التفاعل ‎Lie‏ ثم إعادة تعليق من اثنين إلى ثلاث أنابيب من خليط إنزيم ‎Chins‏ ‏بالتجميد). تتم إضافة 5 ميكرو لتر من 280 مللي مولار ‎MOAC‏ إلى الخليط لبدء التفاعل. يتم التفاعل لمدة 10- 20 دقيقة. يكون كل تفاعل 20 ميكرو لتر بحيث يكفي ذلك لما يصل إلى خمسة تفاعلات. الجدول 12. خليط الكشف عن 062262
اسع سس اا اا ااا سسب سيت متسس سا م بعت ‎RNAse‏ واي لمن ‎NE‏ ‏السسسسساسسست سس المسمستتي سي منظم التفاعل هو: 40 ‎Ae‏ مولار ‎HCI uss‏ 60 مللي مولار ‎NaCl‏ الرقم الهيدروجيني 7.3.
يتم ذلك لمدة 3 ساعات- 20 دقيقة. يكون أدنى زمن تفاعل حوالي 20 دقيقة لملاحظة حساسية جزيء واحد. إجراء التفاعل لفترة أطول يعزز فقط من الحساسية. الجدول 13. تفاعل وعاء واحد: لوهم 0 ‎od‏
‎R—rr re‏ سسب ب 100 نر ‎Cas‏ ‎ea‏ اه مم صا ميم رما قا اه تقد ين 250 تج كر قا طح تبيه ‎shea Se‏ في 20 ميرو تر ‎Cs‏ ‎Je . . Ae as |‏ . ٍ : َ سَ لمي م تم ٍ . ا ‎Cr massa‏ 0 ‎sor‏ 0 0 مسر ا
الإجمالي 104.96 يُشار إلى طقم ‎aul NEB‏ طقم ‎HighScribe T7‏ عالي النتاج. لإعادة تعليق المنظم؛ يتم استخدام تركيز 1.5*: إعادة تعليق ثلاثة أنابيب من الركيزة المجففة بالتجميد فى 59 ميكرو لتر من المنظم والاستخدام في الخليط السابق. يكون كل تفاعل 20 ميكرو لتر بحيث يكفي ذلك لعدد 5 تفاعلات . لوحظت حساسية الجزيء الواحد مع هذا ‎Je tal)‏ في وقت مبكر ‎Jie‏ 30- 40 دقيقة.
المثال 2- ‎C2¢2‏ من ‎Leptotrichia wadei‏ يساهم في كشف نوعي وحساس بصورة كبيرة عن ‎DNA‏ ر ‎RNA‏ ‏يمكن أن يساعد الكشف عن الحمض النووي السريع؛ وغير المكلف؛ والحساس على كشف عن مسبب مرض في نقطة رعاية؛ والتركيب الجيني؛ ومراقبة المرض. ‎CRISPR jigs (sau‏
0 استهداف ‎(RNA‏ موجّه ‎(RNA‏ 085138 (المعروف سابقًا باسم 6202) 'تأثير موازي" لنشاط ‎RNAse‏ مختلط بعد التعرف على الهدف. ولقد جمعنا التأثير الموازي لذ 085138 مع التكبير متساوي الحرارة لتحقيق تشخيص أساسه ‎((CRISPR-DX) CRISPR‏ وتوفير كشف عن ‎DNA‏ ‏أو ‎RNA‏ سريع . مع حساسية أتومولار ونوعية فارق قاحدة واحدة . ولقد استخدمنا منصة الكشضف الجزيئية التي أساسها 0685138 هذه؛ وتسمى ‎SHERLOCK‏ (فتح مرشد إنزيمي عالي الحساسية
5 نوعي)؛ للكشف عن سلالات نوعية من زبكا وفيروس الدنك؛ وتمييز البكتيريا المسببة للمرض؛ والتنميط الجينى 1 ‎DNA‏ البشري ؛ وتعريف طفرات ‎DNA‏ بورم بدون خلية. علاوة على ‎dd‏ يمكن تجفيف المواد الكاشفة ‎SHERLOCK Je lil‏ بالتجميد لاستقلال سلسلة باردة وتخزين طويل المدى؛ ويعاد التركيب بسهولة على ورق لتطبيقات المجال. يمكن أن تساعد القدرة على الكشف السريع عن الأحماض النووية ذات حساسية عالية ونوعية
قاحدة واحدة على منصة محمولة على تشخيص المرض ومراقبة الويائيات 3 ومهام معملية شاملة. رغم وجود طرق للكشف عن الأحماض النووية (1- 6)؛ غير أن لها مفاضلات بين الحساسية؛ والنوعية؛ والبساطة؛ والتكلفة؛ والسرعة. تحتوي الأنظمة المناعية التكيفية لوحدات تكرارية راجعة قصيرة متخللة بانتظام متعاقبة ميكروبية ‎(CRISPR)‏ والمرتبطة ب ‎CRISPR-) CRISPR‏
‎Je (Cas‏ إنزيمات نوكلياز داخلية قابلة للبرمجة لتقنيات تشخصيصة أساسها ‎CRISPR‏ ‎law .(CRISPR-Dx)‏ تستهدف بعض إنزيمات ‎DNA (Cas‏ )7< 8( فإنه ‎ale] (Ka‏ برمجة ‎RNases‏ موجهة ‎RNA‏ لمؤثر أحادي؛ مثل 085138 (المعروفة سابقًا باسم ‎(C2€2‏ (8)؛ باستخدام ‎(crRNAs) CRISPR RNAs‏ (9- 11) لتوفير منصة لاستشعار ‎RNA‏ نوعي. بعد التعرف على هدف ‎(RNA‏ ينخرط 085138 المنشّط في انقسام 'موازي" ل ‎RNAS‏ غير مستهدفة قريبة (10). يسمح نشاط الانقسام الموازي مبرمج ‎rRNA‏ ل 085138 بالكشف عن وجود ‎RNA‏ ‏غير نوعي ل ‎aa RNA‏ (10؛ 12). وتحت نصف هنا ‎SHERLOCK‏ (فتح مرشد إنزيمي ‎le‏ ‏الحساسية نوعي)؛ منصة كشف عن حمض نووي في المختبر مع حساسية أتومولار تقوم على 0 تكبير حمض نووي و انقسام موازي يساهم فيها 085138 3 لمرشد تجاري ‎RNA‏ (12)؛ مما يسمح بكشف في الزمن الفعلي للهدف (الشكل 17). الطرق عمل نسائل من مواضع ‎C2c2‏ وبروتينات للتعبير ‎hs‏ ‏لتجرية الفعالية البكتيرية في جسم الكائن الحي؛ تم ترتيب بروتينات ‎C202‏ من ‎Leptotrichia‏ ‎wadei FO279 5‏ و ‎Leptotrichia shahii‏ كجينات تحسين رامزة للتعبير الوراثى الثديى ‎(Genscript,, Jiangsu, China)‏ وعمل نسائل إلى سلاسل رئيسية من 080170184 إلى جانب الوحدات التكرارية المباشرة المناظرة إما مباعد يستهدف بيتا- لاكتاماز أو لا يستهدفه. تم اشتقاق التعبير ‎hs‏ عن المباعد بواسطة معزز 23119ل. لتنقية البروتين ¢ تم عمل نسائل من بروتينات ‎C2¢2‏ محسنة الرامزة ثدبية إلى ‎Jal‏ تعبير وراثي 0 بكتيرية لتنقية البروتين ‎His/Twin Strep SUMO x6)‏ ناقل تعبير وراثي أساسه ‎PET‏ تم استقبالها كهدية من ‎.(llya Finkelstein‏ تم التحويل المشترك لبلازميدات الفعالية في جسم ‎All (AK‏ 110/0262 و ‎LshC2e2‏ ويلازميد بيتا لازكتاماز سبق وصفه )2016 ‎(Abudayyeh‏ إلى خلايا مؤهلة ‎NovaBlue Singles‏
‎(Millipore)‏ بمقدار 90 نانو جرام و25 نانو ‎cals‏ على الترتيب. بعد التحويل»؛ تم وضع تخفيفات من الخلايا على طبق أمبيسيلين وكلورامفيكول ‎LB‏ - أجار والحضانة طوال الليل عند 37 درجة مئوية. تم عد المستعمرات في اليوم التالي. تحضير هدف الحمض النووي و ‎crRNA‏ ‏5 تم تكبير أهداف الحمض النووي بواسطة ‎PCR‏ باستخدام ‎Kapa ) KAPA Hifi Hot Start‏ )وتم استخلاص الهلام والتنقية باستخدام طقم استخلاص هلام ‎MinElute‏ ‎(Qiagen)‏ تمت حضانة ‎dsDNA‏ المنقاة باستخدام ‎TT‏ بوليميراز طوال الليل عند 30 درجة مئوية باستخدام طقم تخليق ‎New England ) HiScribe 17 Quick High Yield RNA‏ ‎(Biolabs‏ وتمت التنقية باستخدام طقم ‎MEGAclear Transcription Clean-up‏ ‎.(Thermo Fisher) 0‏ لتحضير ‎«cfRNA‏ تم ترتيب التركيبات متل ‎(Integrated DNA Technologies) DNA‏ باستخدام متوالية معززة 17 ملحقة. تم إلحاق ‎rRNA DNA‏ ببادئة ‎TT‏ قصيرة (التركيز ‎Stell‏ ‏10 ميكرو مولار) والحضانة باستخدام 17 بوليميراز طوال الليل عند 37 درجة مثوية باستخدام طقم ‎.(New England Biolabs) HiScribe 17 Quick High Yield RNA Synthesis‏ تمت تنقية ‎orRNA‏ باستخدام خرزات ‎RNAXP‏ نظيفة ‎(Beckman Coulter)‏ بنسبة مرتين من الخرزات إلى حجم التفاعل؛ مع تكملة 71.8 إضافية من أيزو برويانول ‎(Sigma)‏ ‏تكبير ‎NASBA‏ متساوي الحرارة تم وصف تفاصيل ‎NASBA dela‏ في )6 201 ‎[Pardee‏ . لإجمالي حجم تفاعل 20 ميكرو لتر ¢ تم تجميع 6.7 ميكرو لتر من منظم التفاعل ‎(NECB-24 (Life Sciences)‏ 3.3 ميكرو لتر 0 من خليط النوكليوتيد ‎¢(NECN-24 (Life Sciences)‏ 0.5 ميكرو لتر من ماء خالي من نوكليازن 0.4 ميكرو لتر من 12.5 ميكرو مولار بادئات ‎«(NASB‏ 0.1 ميكرو لتر من متبط ‎Roche) RNase‏ 03335402001( و4 ميكرو لتر من ‎RNA‏ أمبليكون (أو الماء لعينة المقارنة السلبية) عند 4 درجة متوية وتمت الحضانة 65 درجة مثوية لمدة دقيقتين ثم 41 درجة متوية لمدة 10 دقائق. تمت إضافة 5 ميكرو لتر من خليط الإنزيم ‎NEC- (Life Sciences)‏
1-4) إلى كل ‎(Jolin‏ وتمت حضانة خليط التفاعل عند 41 درجة مئوية لمدة ساعتين. تم استخدام بادئات ‎NASB‏ 5=’ ‎"3AATTCTAATACGACTCACTATAGGGGGATCCTCTAGAAATATGGATT-‏ ‏(متوالية رقم: 16( 5 ‎-CTCGTATGTTGTGTGGAATTGT-5‏ "3" (متوالية رقم: 17(« وبدل الجزءِ الذي تحته خط على متوالية معزز ‎TT‏ ‏تكبير ريكومبيناز بوليميراز تمت تهيئة البادئات ل ‎RPA‏ باستخدام سفع بادئة ‎(Ye et al., BMC ( NCBI‏ ‎(Bioinformaics 13, 134 (2012)‏ باستخدام متغيرات افتراضية؛ باستثناء حجم الأمبليكون (بين 100 و140 نوكليوتيد)» ودرجات حرارة صهر البادئة (بين 54 درجة مئوية و67 درجة ‎(Lge 0‏ وحجم بادئة (بين 30 و35 نوكليوتيد). بعد ذلك تم ترتيب البادئات ‎DNA Jie‏ ‎.(Integrated DNA Technologies)‏ تم إجراء تفاعلات ‎RPA‏ و ‎RT-RPA‏ كما 5< فى ‎TwistAmp® Basic‏ أى ‎TwistAmp®‏ ‎(TwistDx) Basic RT‏ على الترتيب»؛ باستثناء إضافة 280 ‎(Ak‏ مولار ‎MAC‏ قبل القالب المدخل. ‎cual‏ التفاعلات باستخدام 1 ميكرو لتر من دخل لمدة ساعتين عند 37 درجة مئوية ما لم يتم وصف خلاف ذلك. تنفية بروتين ‎LwC2c2‏ ‏تم تحويل نواقل التعبير الوراثي البكتيرية 0202 إلى خلايا منافسة ‎Rosetta™ 2(DE3)‏ ‎(Millipore) pLysS Singles‏ تم نمو مزرعة بدء 16 ملليلتر في أوساط نمو ‎Terrific‏ ‎Broth 4‏ )12 جرام/ لتر تريبتون» 24 جرام/ لتر مستخلص الخميرة» 9.4 جرام/ لتر ‎(KZHPO‏ ‏0 2.2 جرام/ لتر ‎(TB) (Sigma (KH2PO4‏ لتلقيح 4 لتر من ‎(TB‏ الذي تمت حضانته عند 37 درجة مثوية؛ 300 دورة في الدقيقة حتى قطر خارجي 600 يبلغ 0.6. في هذا الوقت؛ تم حث التعبير الوراثي عن البروتين بواسطة التكملة ب 1016 ‎(Sigma)‏ إلى تركيز نهائي يبلغ 500 ميكرو مولار؛ وتم تبريد الخلايا إلى 18 درجة مئوية لمدة 16 ساعة للتعبير الوراثي عن البروتين.
بعد ذلك تم إخضاع الخلايا للطرد المركزي عند 5200» عجلة الجاذبية؛ 15 دقيقة؛ 4 درجة مثوية. تم تجميع خرزة الخلية وتخزينها عند -80 درجة مئوية للتنقية فيما يلي. تُجرى كل الخطوات ‎All)‏ لتنقية البروتين عند 4 درجة مئوية. تم سحق خرزة الخلية وإعادة تعليقها في منظم التحلل )20 مللي مولار تريس- ‎Me 500 Hel‏ مولار ‎(NaCl‏ 1 مللي مولار ‎DTT‏ ‏5 الرقم الهيدروجيني 8.0) مكمل بمثبطات بروتياز ‎Complete Ultra al)‏ خالية من ‎(EDTA‏ ليزوزيم؛ وبنزوناز ثم المعالجة بالموجات الصوتية ( ‎Sonifier 450, Branson,‏ ‎(Danbury, CT‏ باستخدام الظروف التالية: مقدار 100 لمدة ثانية واحدة تشغيل وثانيتين إيقاف مع إجمالي زمن موجات صوتية يبلغ 10 دقائق. تمت تصفية ناتج التحلل بواسطة الطرد المركزي لمدة ساعة واحدة عند 4 درجة مثوية بواقع 710000 عجلة الجاذبية وتم ترشيح المادة الطافية من 10 خلال مرشح 5160000 0.22 ميكرون ‎(EMD Millipore)‏ تم تطبيق المادة الطافية المرشحة على ‎(GE) StrepTactin Sepharose‏ والحضانة مع الدوران لمدة ساعة واحدة تليها غسل راتنج ‎StrepTactin‏ مرتبط بالبروتين ثلاث مرات في منظم تحلل. أعيد تعليق الراتنج في منظم اهتضام ‎SUMO‏ )30 مللي مولار تريس- ‎(HCl‏ 500 مللي مولار ‎Ae 1 NaCl‏ مولار ‎DTT‏ ‎(NP-40) Igepal %0.15‏ الرقم الهيدروجيني 8.0( إلى جانب 250 وحدة من ‎SUMO‏ ‏15 بروتياز ‎(ThermoFisher)‏ وتمت الحضانة طوال الليل عند 4 درجة مثوية مع الدوران. تأكد الاهتضام بواسطة ‎SDS-PAGE‏ وتلطيخ أزرق كوماسي وتم عزل ناتج التصفية التتابعية للبروتين بواسطة دوران الراتنج لأسفل. تمت تعبئة البروتين على 5 ملليلتر من عمود تبادل كاتيون ‎(GE Healthcare Life Sciences) HiTrap SP HP‏ من خلال ‎AKTA ( FPLC‏ ‎(PURE, GE Healthcare Life Sciences‏ وتمت التصفية التتابعية بتدرج ملح من 130 ‎Ae 20‏ مولار إلى 2 مولار ‎NaCl‏ في منظم تصفية تتابعية )20 مللي مولار تريس- ‎HC‏ 1 مللي مولار ‎DTT‏ 965 جليسرول؛ الرقم الهيدروجيني 8.0). تم اختبار الأجزاء الناتجة للكشف عن وجود ‎LWC2C2‏ بواسطة ‎SDS-PAGE‏ وتم تجميع الأجزاء المحتوية على البروتين وتركيزها من خلال وحدة مرشح طرد مركزي إلى 1 ملليلتر في منظم ‎S200‏ )10 مللي مولار ‎(HEPES‏ 1 مللي مولار ‎(NaCl‏ 5 مللي مولار 0/9012 2 مللي مولار ‎DTT‏ الرقم الهيدروجيني 7.0). تمت تعبثة البروتين المركز على عمود ارتشاح هلام ( 10/300 ‎Superdex® 200 Increase‏
‎(GL, GE Healthcare Life Sciences‏ من خلال ‎FPLC‏ تم تحليل الأجزاء الناتجة من ارتشاح الهلام بواسطة ‎SDS-PAGE‏ وتم تجميع الأجزاء المحتوية على ‎LwC2e2‏ وتبادل المنظم إلى منظم تخزين )600 ‎Me‏ مولار ‎(Me 50 «NaCl‏ مولار تريس - ‎HCL‏ الرقم الهيدروجيني 7.5( %5 جليسرول؛ 2 ‎(Me‏ مولار ‎(DTT‏ والتجميد عند -80 درجة مئوية للتخزين. الكشف الموازي ‎LwC2c2‏ ‏تم إجراء تجارب الكشف باستخدام 45 نانو مولار من 10/0202 منقىء؛ 22.5 نانو مولار ‎«rRNA‏ 125 نانو مولار مرشد الركيزة ‎(Thermo Scientific RNAse Alert v2)‏ 2 ميكرو لتر مثبطات ‎RNase‏ فأرية؛ 100 نانو جرام ‎RNA‏ الإجمالي في الخلفية وكميات متنوعة من 0 هدف حمض نووي مدخل؛ ما لم يوضح خلاف ذلك؛ في منظم تجربة نوكلياز (40 ‎le‏ مولار تريس-ا10ا 60 مللي مولار ‎(NaCl‏ 6 مللي مولار 9012/؛ الرقم الهيدروجيني 7.3). إذا كان المدخل عبارة عن ‎Laie DNA‏ في ذلك معزز ‎TT‏ من تفاعل ‎(RPA‏ تم تعديل تفاعل 6202 السابق بحيث يتضمن 1 مللي مولار ‎ATP‏ 1 مللي مولار ‎(GTP‏ 1 مللي مولار ‎UTP‏ 1 مللي مولار ‎CTP‏ و0.6 ميكرو لتر خليط 17 بوليميراز ‎(NEB)‏ تم ترك التفاعل ليستمر لمدة 3-1 5 ساعة عند 37 درجة مئوية (ما لم يوضح خلاف ذلك) على قارئ طبق تألق ‎(BioTek)‏ مع قياس حركيات التألق كل 5 دقائق. تم ‎shal‏ تفاعل من قدر واحد يجمع؛ تكبير ‎(RPA-DNA‏ تحويل 17 بوليميراز ل ‎DNA‏ إلى ‎RNA‏ و 0202وتم إجراء الكشف بواسطة تكامل ظروف التفاعل أعلاه مع خليط تكبير ‎RPA‏ ‏باختصارء في تجربة من قدر واحد سعة 50 ميكرو لتر من بادئة أمامية 0.48 ميكرو مولار» 0 0.48 ميكرو مولار بادئة عكسية؛ ‎XT‏ منظم إعادة تميه ‎(RPA‏ كميات متنوعة من دخل ‎DNA‏ ‏5 نانو مولار بروتين ناتج عن عودة الاتحاد الجيني 100/0202 22.5 نانو مولار ‎rRNA‏ ‏0 نانو ‎aha‏ إجمالي ‎RNA‏ الخلفية؛ 200 نانو مولار مرشد الركيزة (تنبيه ‎(RNase V2‏ 4 ميكرو لتر مثبط ‎(RNase‏ 2 مللي مولار ‎ATP‏ 2 مللي مولار ‎GTP‏ 2 مللي مولار ‎UTP‏ 2 مللي مولار ‎CTP‏ 1 ميكرو لتر خليط ‎TT‏ بوليميراز» 5 مللي مولار 9012/؛ و14 ‎Me‏ مولار ‎.MgAc 5‏
تحليل ‎PCR‏ الكمي ‎(QPCR)‏ باستخدام مسبارات ‎TagMan‏ ‏لمقارنة مقدار ‎SHERLOCK‏ بطرق أخرى متحققة؛ تم إجراء ‎qPCR‏ على سلسلة تخفيف ‎SSDNA‏ 1. تمت تهيئة مسبار 1801/80 ومجموعة بادئة (المتواليات فيما يلي) مقابل ‎SSDNA‏ ‏1 والتخليق باستخدام ‎DT‏ أجريت التجارب باستخدام خليط ‎TaqMan Fast Advanced‏ ‎(Thermo Fisher) Master Mix 5‏ وتم القياس على 480 ‎.Roche LightCycler‏ الجدول 14. متواليات مسبار/ بادئة ‎qPCR‏ (420 ‏(متوالية رقم:‎ GTG GAA 116 TGA GCG GAT AAA C ‏بادئة‎ أمامية (421 ‏(متوالية رقم:‎ AAC AGC AAT CTA CTC GAC 6 ‏بادئة‎ عكسية مسبار /56 0
IABKF3FAM/AGGAAACAG/ZEN/CTATGACCATGATTACGCC/ | 8 623 5423 422 ‏(متواليات رقم:‎ Qf n
SYBR Green ١١ ‏الزمن الفعلي مع‎ RPA ‏على سلسلة تخفيف‎ RPA ‏قمنا بإجراء‎ «(gal ‏بطرق متحققة‎ SHERLOCK ‏لمقارنة تحديد مقدار‎ ‎ssDNA 0‏ 1. لتحديد مقدار تراكم ‎DNA‏ في الزمن الفعلي؛ ‎Lad‏ بإضافة ‎SYBR Green Il x]‏ ‎(Thermo Fisher)‏ إلى خليط تفاعل ‎RPA‏ النمطي السابق وصفه؛ وهو يوفر إشارة تألق تترابط مع كمية الحمض النووي. تم ترك التفاعل ليستمر لمدة ساعة واحدة عند 37 درجة ‎gia‏ على قارئ طبق تألق ‎(BioTek)‏ مع قياس حركيات التألق كل 5 دقائق. تحضير الفيروسة البطيئة ومعالجتها
يقوم تحضير الفيروسة البطيئة ومعالجتها على الطرق المعروفة سابقًا. باختصار؛ تم ‎JB‏ عدوى ميكرو ‎aba‏ من مشتقات 058700 تتضمن شظية ‎RNA‏ زيكا أو ‎celal)‏ 7.5 ميكرو جرام 032 و2.5 ميكرو جرام ‎pMD2.G‏ إلى ‎Life Technologies, ( HEK293FT Wis‏ 7) باستخدام طريقة ‎.HeBS-CaCl2‏ بعد 28 ساعة من تغيير ‎dab gy)‏ تم إكمال ‎DMEM 5‏ ب 9610 ‎«FBS‏ 961 بنسيلين- ستريتومايسين و4 مللي مولار ‎GlutaMAX‏ ‎o(ThermoFisher Scientific)‏ تم ترشيح المادة الطافية باستخدام مرشح محقنة 0.45 ميكرو متر. تم استخدام طقم تنقية الفيروسة البطيئة ‎Cell ( ViralBind Lentivirus Purification Kit‏ ‎(Biolabs, VPK-104‏ ووحدة تركيز ‎(Clontech, 631231) Lenti-X Concentrator‏ لتنقية وتحضير الفيروسات البطيئة من المادة الطافية. تم تحديد مقدار التركيز الفيروسي باستخدام 0 طلقم ‎Biolabs, VPK-112) QuickTiter Lentivirus Kit‏ اا08). تم رش العينات الفيروسية إلى 9067 مصل بشري ‎H4522)‏ ,519018)؛ وتم تسخينها إلى 95 درجة مئوية لمدة دقيقتين واستخدامها كمدخل إلى ‎RPA‏ ‎Jie‏ وتنقية ‎CDNA‏ لعينات زيكا في المصل البشري تم إيقاف نشاط عينات المصل أو البول البشري موجبة زيكا المشتبه فيها باستخدام منظم ‎AVL‏ ‎(Qiagen) 5‏ وتم ‎RNA Jie‏ باستخدام الطقم الصغير ‎.(Qiagen) QlAamp Viral RNA‏ تم تحويل ‎RNA‏ المعزول إلى ‎CDNA‏ بواسطة خلط البادئات العشوائية؛ ‎«(dNTPs‏ والعينة ‎RNA‏ ‏يليها التحويل عن الصفات الطبيعية بالحرارة لمدة ‎T‏ دقائق عند ‎TO‏ درجة مثئوية. بعد ذلك تم الانتساخ العكسي ل ‎RNA‏ المحوّل عن الصفات الطبيعية باستخدام ‎Superscript [Il‏ ‎(Invitrogen)‏ والحضانة عند 22- 25 درجة مئوية لمدة 10 دقائق؛» 50 درجة مئوية لمدة 45 ‎dads 0‏ 55 درجة مثئوية لمدة 15 ‎«dada‏ و80 درجة مثئوية لمدة 10 دقائق. بعد ذلك تمت حضانة ‎cDNA‏ لمدة 20 دقيقة عند 37 درجة مئوية باستخدام ‎New England ( RNAse H‏ ‎(Biolabs‏ لإتلاف ‎RNA‏ في هجائن ‎RNA:cDNA‏ ‏استخلاص ‎DNA‏ الجينومي من لعاب بشري
تم تجميع 2 ملليلتر من اللعاب من متطوعين؛ تم منعهم من تناول أي طعام أو شراب لمدة 30 دقيقة قبل جمع العينات. عولجت العينات بعد ذلك باستخدام طقم ‎QIAamp® DNA Blood‏ ‎(Qiagen) Mini Kit‏ كما هو مقترح من قبل الطريقة الموضحة على الطقم. لعينات لعاب مغلية؛ تمت إضافة 400 ميكرو لتر من محلول ملحي منظم بفوسفات ‎(Sigma)‏ إلى 100 ميكرو لتر من لعاب متطوع والإخضاع للطرد المركزي لمدة 5 دقائق عند 1800 ‎dae x‏ الجاذبية. تم تصفيق ‎sald)‏ الطافية وأعيد تعليق الخرزة في محلول ملحي منظم بفوسفات باستخدام 960.2 تريتون 26-100 ‎(Sigma)‏ قبل الحضانة عند 95 درجة مئوية لمدة 5 دقائق. تم استخدام 1 ميكرو لتر من العينة كدخل مباشر إلى تفاعلات ‎RPA‏ ‏التجفيف بالتجميد والترسيب الورقي 0 تم إخضاع ورق مرشح ليفي ‎(Whatman, 1827-021) als)‏ لأوتوكلاف لمدة 90 دقيقة ‎(Consolidated Stills and Sterilizers, MKII)‏ وتم الحجب في 5 ‎BSA‏ خالي من نوكلياز ‎(EMD Millipore, 126609-10GM)‏ طوال الليل. بعد شطف الأوراق مرة واحدة باستخدام ماء خالي من نوكلياز ‎technologies, AM9932)‏ عآنًا)؛ تمت الحضانة باستخدام ‎(Life technologies, AM7006) RNAsecureTM 4‏ عند 60 درجة ‎Lisi‏ لمدة 20 5 دقيقة وتم الشطف ثلاث مرات باستخدام ماء خالي من نوكلياز. تم تجفيف أوراق معالّجة لمدة 20 دقيقة عند 80 درجة مثئوية على طبق ساخن ‎(Cole-Parmer, IKA C-Mag HST)‏ قبل الاستخدام. تم وضع 1.8 ميكرو لتر من خليط تفاعل 6262 كما تم التوضيح سابقًا على القرص )2 ملليمتر) والذي تم وضعه في طبق به 384 عين شفاف القاع؛ أسود اللون ( ‎Corning,‏ ‏4. لاختبار التجفيف بالتجميد؛ تم تجميد الطبق المحتوي على أقراص خليط التفاعل ومضيًا 0 في نيتروجين سائل وتم التجفيف بالتجميد طوال الليل كما تم الوصف في )2( ‎Pardee et al‏ تم تخفيف عينات ‎RPA‏ 1: 10 في ماء خالي من نوكلياز» وتمت تعبئة 1.8 ميكرو لتر من الخليط على أقراص ورقية والحضانة عند 37 درجة مئوية باستخدام قارئئّ طبق ‎.(BioTek Neo)‏ استخلاص ‎DNA‏ الجينومي البكتيري
للتجارب التي تشمل الكشف عن ‎«CRE‏ تم نمو المزارع البكتيرية في مرق استذابة ‎(LB)‏ إلى طور متوسط اللوغاريتم؛ ثم التحويل إلى خرزات والتعريض إلى استخلاص ‎IDNA‏ والتنقية باستخدام طقم ‎«Qiagen DNeasy Blood and Tissue Kit‏ باستخدام طريقة المصنْع لأي من بكتيريا سالبة لجرام أو موجبة ‎cabal‏ متى كان ذلك مناسبًا. تم تحديد مقدار 901/8 بواسطة تجرية ‎Quant-It dSDNA 5‏ على مقياس تألق ‎Qubit‏ وتم تقييم جودته من خلال طيف امتصاص 0- 300 نانو ‎jie‏ على مقياس طيفي ضوئي ‎.Nanodrop‏ ‏بالنسبة للتجارب التي تميّز بين ‎<P. aeruginosa E. coli‏ تم نمو المزارع البكتيرية إلى طور ثابت مبكر في مرق ‎Luria-Bertani‏ (18). تمت معالجة 1.0 ملليلتر من مرق ‎coli‏ .] و ‎P.‏ ‏8 باستخدام طقم استخلاص ‎gDNA‏ البكتيريا ‎PureLyse‏ المحمول ) ‎Claremont‏ ‏0 00005ا81:050). تمت إضافة ‎XT‏ منظم ربط إلى المزرعة البكتيرية قبل المرور من خلال خرطوشة تحلل تعمل ببطارية لمدة ثلاث دقائق. تم استخدام منظم ربط 0.5* في الماء كمحلول غسل قبل التصفية التتابعية باستخدام 150 ميكرو لتر من الماء. تحديد مقدار القطرة الصغيرة الرقمي ‎PCR‏ ‏لتأكيد تركيز تخفيفات معيار 1 ‎SSDNA‏ و 1 ‎SSRNA‏ المستخدمة في الشكل 1ج؛ قمنا بإجراء ‎PCR 5‏ قطرة صغيرة رقمي (000014). لتحديد مقدار ‎(DNA‏ تم عمل قطرات صغيرة باستخدام ‎Supermix‏ 000014 للمسبارات (بدون ‎(dUTP‏ باستخدام تجارب بادئة / مسبارات ‎PrimeTime qPCR‏ تمت تهيئتها لاستهداف متوالية 1 ‎.sSDNA‏ لتحديد مقدار ‎(RNA‏ تم عمل قطرات صغيرة باستخدام طقم 41-0006014 من خطوة واحدة لمسبارات مع تجارب ‎Jk‏ ‏مسبارات ‎PrimeTime qPCR‏ تمت تهيئتها لاستهداف متوالية 1 ‎SSRNA‏ .23 إنتاج قطرات 0 صغيرة في أي ‎dlls‏ باستخدام مولد القطرات الصغيرة ‎(BioRad) QX200‏ والنقل إلى ‎Gib‏ ‎PCR‏ تم إجراء تكبير أساسه القطرة الصغيرة على وحدة تدوير حراري كما تم الوصف في الطريقة المدونة بالطقم ويعد ذلك تم تحديد تركيزات الحمض النووي من خلال القياس على قارئ قطرات صغيرة ‎QX200‏ ‏معايير تخليقية للتنميط الوراثي البشري
لإنشاء ‎jules‏ لتوصيل دقيق للأنماط الوراثية لعينة بشرية؛ قمنا بتصميم بادئات حول هدف ‎SNP‏ ‏لتكبير مناطق حوالي 200 زوج قاعدة من ‎DNA‏ جينومي بشري يعبر عن كل نمط من النمطين الوراثيين متجانسين اللواقح. بعد ذلك تم عمل المعيار متغاير اللواقح بواسطة خلط المعايير متجانسة اللواقح بنسبة 1: 1. بعد ذلك تم تخفيف تلك المعايير إلى تركيزات جينوم مكافئة (حوالي 0.56 فمتو ‎faba‏ ميكرو لتر) والاستخدام كمدخل ل ‎SHERLOCK‏ إلى جانب عينات بشرية الكشف عن ‎DNA‏ الخالي من الخلية الطافر للورم ‎(CDNA)‏ ‏تم شراء معايير ‎FDNA‏ الزائفة ‎Sas‏ عينات ‎CDNA‏ المريض الفعلية من مورد ‎Gad‏ ‎(Horizon Discovery Group)‏ .23 توفير تلك المعايير كأريع أجزاء ألبليلة )%100 ‎WT‏ 0 %0.15« 961؛ و65 الطافر) لكل من طافري 1/6005 ‎BRAF‏ و ‎L858R‏ 567. تم توفير 3 ميكرو لتر من تلك المعايير كدخل إلى ‎.SHERLOC‏ ‏تحليل بيانات التألق لحساب بيانات التألق تم طرح نشاط المستوى القاعدي ‎cle‏ تم طرح التألق المبدئي للعينات بحيث يسمح بمقارنات بين الحالات المختلفة. تم طرح ظروف التألق في المستوى القاعدي (إما بدون 5 مدخل أو بدون ظروف ‎(CRNA‏ من العينات لإنتاج تألق طرح نشاط المستوى القاعدي له. تم حساب نسب إرشادية لتمييز ‎SNP‏ أو السلالة بواسطة قسمة كل عامل إرشادي على مجموعة ‎ail‏ الإرشادية؛ لضبط إجمالي تغير العينة إلى العينة. تم حساب نسب ‎orRNA‏ لتمييز ‎SNP‏ أو السلالة ليتم ضبط إجمالي تغير العينة إلى العينة كما يلي: fm 4 9 ‏وق ل‎ PAA ‏لك‎ ‏لآ اتيك‎ SFI A My ded
HE ‏.ا وى‎ RH om = fF
PN A; + its 5 حيث تشير ‎Al‏ و ‎Bi‏ إلى قيم شدة ‎SHERLOCK‏ للنسخة الفنية أ من ‎crRNAS‏ لاستشعار أليل ه أو أليل 8؛ على الترتيب» لفرد ما. طالما أنه لدينا نمطيًا أريعة نسخ فنية ل ‎rRNA‏ فإن ‎5M‏
0 تساويا 4 ومقام الكسر يكافئ مجموع كل ‎a‏ الشدة ل ‎rRNA SHERLOCK‏ الثمانية لموضع
CrRNA ‏ما وفرد. ولأن هناك اثنين من 85ل0:0؛ عادة ما يصل مجموع متوسط نسبة‎ SNP عبر كل واحدة من ‎CTRNAS‏ لفرد ما اثنين. لهذاء في الحالة المثالية لتجانس اللواقح» يكون متوسط نسبة ‎crRNA‏ ل ‎rRNA‏ أليل الموجب اثنين وببلغ متوسط نسبة ‎crRNA‏ ل ‎crRNA‏ أليل السلبي صفر. في الحالة المثالة لتغاير اللواقح؛» يكون متوسط نسبة ‎CrRNA‏ لاثنين من ‎CrRNAs‏ هو واحد. تصنيف متطلبات انقسام ‎LwCasl3a‏ يكون موضع مجانحة المباعد البدائي ‎(PFS)‏ هو باعث نوعي موجود بالقرب من الموضع المستهدف المطلوب لنشاط رببونوكلياز قوي بواسطة 085138. يوجد ‎PFS‏ عند الطرف 3 من 0 الموضع المستهدف وتميز سابقًا بواسطة 150085138 بجمموعتنا ب ‎H‏ (وليس 6) (1). رغم أن هذا الباعث قريب من باعث مجاور للمباعد البدائي ‎(PAM)‏ وهو حصر متوالية لأنظمة الفئة 2 لاستهداف ‎(DNA‏ غير أنه مختلف وظيفيًا حيث أنه لا يساهم في منع الاستهداف الذاتي لمواضع ‎CRISPR‏ في الأنظمة داخلية المنشاً. من المحتمل أن توضح الدراسات البنيوية المستقبلية ل 838 أهمية ‎PFS‏ لتكوين معقد هدف ‎Cas13a:crRNA‏ ونشاط الانقسام. 5 .لقد قمنا بتنقية بروتين 07/085138 الناتج عن عودة الاتحاد الجيني من ‎E.coli‏ (الأشكال من 2- ه) وتجريته للكشف عن قدرته على قسمة 173 نوكليوتيد ‎SSRNA‏ مع كل نوكليوتيد موضع مجائحة مباعد بدائي محتمل ‎A) (PFS)‏ لا؛ © أو 6) (الشكل 2و). على نحو مماثل ل 8 ها يتمكن 10/085138 بقوة من قسمة هدف باستخدام ‎(PFS A‏ لاء أو © مع نشاط أقل على ‎ssSRNA‏ باستخدام ‎PFS‏ 6. رغم أننا نلاحظ نشاط أضعف ضد 1 ‎SSRNA‏ مع ‎PFS 0‏ 6؛ غير أننا ما زلنا نرى كشف قوي عن الموضعين المستهدفيين مع بواعث ‎G PFS‏ (الجدول 3)؛ ‎rRNA 2 515601338 crRNA‏ استهداف زيكا). من المحتمل أن لا تكون هناك حاجة إلى ‎AH PFS‏ أي حال وأنه في العديد من الحالات يمكن أن يتم انقسام قوي أو نشاط موازي باستخدام ‎PFS‏ 6.
مناقشة تكبير بوليميراز الناتج عن عودة الاتحاد الجيني ‎(RPA)‏ واستراتيجيات تكبير أخرى متساوية الحرارة يعد تكبير بوليميراز الناتج عن ‎sage‏ الاتحاد الجيني ‎(RPA)‏ عبارة عن تقنية تكبير متساوية الحرارة تتكون من ثلاثة إنزيمات أساسية: ربكومبيناز» بروتينات ربط ‎DNA‏ أحادية الجديل (5585)؛
وبوليميراز إزاحة جديلة. يتغلب ‎RPA‏ على العديد من الصعويات الفنية الموجودة في استراتيجيات التكبير الأخرى؛ تحديدًا ‎Jeli‏ سلسلة بوليميراز ‎(PCR)‏ حيث أنه لا يتطلب تنظيم لدرجة الحرارة حيث أن كل الإنزيمات تعمل في درجة حرارة ثابتة حوالي 37 درجة مئوية. ‎RPA‏ يحل محل تدوير درجة الحرارة لصهر شامل لقالب مزدوج الجديلة وتطويع ‎Lal‏ باستخدام طريقة إنزيمية تم اشتقاقها من انتساخ وإصلاح ‎DNA‏ في جسم الكائن الحي. تقوم معقدات ريكومبيناز- البادئة
0 بمسح ‎DNA‏ مزدوج الجديلة وتسهّل تبادل الجديلة عند مواضع مكملة. يتم تثبيت تبادل الجديلة هذا بواسطة 5585؛ مما يسمح ببقاء البادئة مرتبطة. يتم التفكيك التلقائي لريكومبيناز في حالة ارتباطه ب ‎(ADP‏ مما يسمح بغزو بوليميراز إزاحة الجديلة ومد ‎all)‏ مما يسمح بالتكبير بدون أدوات المعقد غير المتاحة في نقطة الرعاية وإعدادات المجال. يؤدي التكرار الحلقي لهذه العملية في ‎Gl‏ درجة حرارة 37- 42 درجة مئوية إلى تكبير ‎DNA‏ أسي. تستخدم الصيغة الأصلية
5 المنشورة | ‎(Bsu) Bacillus subtilis Pol‏ باعتبارها بوليميراز إزاحة الجديلة؛ ‎uvsX‏ 14 باعتباره ريكومبينا» و 9032 14 باعتباره بروتين ربط ‎DNA‏ أحادي الجديلة (2)؛ رغم أنه من غير الواضح أي من المكونات بالصيغة الحالية يتم بيعه بواسطة ‎TWIStDX‏ المستخدم في هذه الدراسة. بالإضافة إلى ذلك؛ يكون ل ‎RPA‏ عدد من القيود:
0 1) رغم أن الكشف عن 085138 كمي (الشكل 15)؛ غير أن تحديد مقدار ‎RPA‏ في الزمن الفعلي قد يكون صعبًا بسبب تشبعه السريع عندما يستخدم ريكومبيناز كل ‎ATP‏ المتاح. بينما يعد ‎PCR‏ الزمن الفعلي كميًا بسبب القدرة على تدوير التكبير؛ غير أن ‎RPA‏ ليس له آلية للتحكم الوثيق في معدل التكبير. يمكن إجراء بعض عمليات الضبط لتقليل سرعة التكبير؛ مثل تقليل تركيزات الماجنسيوم أو البادئة المتاحة؛ وبذلك خفض درجة حرارة ‎(Jeli)‏ أو تهيئة بادئات غير
فعالة. رغم ‎Wil‏ نرى بعض حالات ‎SHERLOCK‏ الكمي؛ كما هو موضح في الشكل 31 32 و52؛ لا يكون الأمر بهذا الشكل دائمًا ويعتمد على القالب. 2) يمكن أن تكون فعالية ‎RPA‏ حساسة لشكل البادئة. يقترح المصيّع بصورة نمطية تهيئة بادئات أطول لضمان ربط ريكومبيناز فعال مع متوسط ‎GC (sine‏ (40- %60( وفحص ما يصل إلى 100 زوج بادئة لاكتشاف أزواج بادئة عالية الحساسية. ولقد وجدنا أنه باستخدام ‎SHERLOCK‏ ‏يتوجب علينا فقط تهيئة زوجي بادئة لتحقيق اختبار أتومولار ذي حساسية جزيء واحد. من المحتمل أن تكون تلك القوة ناتجة عن التكبير الإضافي للإشارة بواسطة نشاط 085138 موازي نشط بصورة تكوينية يعوض أي قصور في تكبير الأمبليكون. تكون تلك الصفة هامة بصورة محددة لتعريف مسبب البكتيري الخاص بنا في الشكل 34. تمت التجرية مع تكبير مناطق منسقة 0 بصورة كبيرة مثل مواضع جين ‎TRNA‏ 165 في جينومات بكتيرية لأنه لا توجد خطوة صهر تساهم في ‎RNA‏ 165. على ذلك؛ تصبح البنية الثانوية في البادئات ‎(die‏ تحصر فعالية التكبير ‎Jilly‏ الحساسية. من المعتقد أن التجسيدات التي تم الكشف عنها هنا ناجحة رغم تلك المشكلات نوعية ‎RPA‏ بسبب تكبير الإشارة الإضافي من 085138. 3( يجب أن يكون طول متوالية التكبير ‎Baad‏ (100- 200 زوج قاعدة) ل ‎RPA‏ فعال. لأكثر 5 التطبيقات؛ لا يكون ذلك مشكلة كبيرة بل وقد يكون مفيدًا (على سبيل ‎Jl)‏ الكشف عن ‎CDNA‏ ‏حيث يكون متوسط حجم الشظية 160 زوج قاعدة). أحيانًا تكون أطوال الأمبليكون الكبيرة هامة؛ مثل عند الحاجة إلى بادئات شاملة للكشف البكتيري وتنتشر ‎SNPs‏ للتمييز على مساحة كبيرة. تسمح نمطية ‎SHERLOCK‏ باستخدام أي تقنية تكبير» حتى الطرق غير متساوية الحرارة» قبل انتساخ 17 والكشف عن 085138. يُسمح بهذه النمطية باسطة توافق خطوات 17 و ‎Casl3a‏ ‏0 في تفاعل واحد مما يسمح بإجراء التفاعل على أي دخل 8ل/0 مكبّر له معزز 17. قبل استخدام ‎(RPA‏ كانت هناك محاولات لتكبير أساسه متوالية حمض نووي ‎(NASBA)‏ )3 4) لتجرية الكشف الخاصة بنا (الشكل 10). مع ذلك؛ لم يحسن ‎NASBA‏ بصورة كبيرة من حساسية 8 (الشكل 11 و53). تتتضمن تقنيات التكبير الأخرى التي يمكن استخدامها للكشف ‎(PCR‏ وتكبير متساوي الحرارة تساهم فيه الحلقة ‎(LAMP)‏ (5)» وتكبير بإزاحة جديلة ‎(SDA)‏ ‏5 (6) التكبير المعتمد على هليكاز ‎(HDA)‏ )7( وتفاعل تكبير إنزيم تخصر ‎(NEAR)‏ (8).
تسمح القدرة على مبادلة أي تقنية تساوي حرارة ل ‎SHERLOCK‏ بالتغلب على القيود النوعية لأي
واحدة من تقنيات التكبير.
تهيئة الفروق المعالجة ‎Gls‏
لقد أوضحنا مسبقًا أن انقسام هدف ‎LshCas13a‏ قد تم اختزاله عندما كان هناك فارقين أو أكثر
في مزدوج الهدف: ‎OrRNA‏ ولكن ظل غير متأثر نسبيًا بفروق أحادية؛ وهي ملاحظة قمنا بتأكيدها
لانقسام 10/085138 الموازي (الشكل 136( لقد افترضنا أنه بإدخال طفرة إضافية في متوالية
مباعدة ‎(crRNA‏ فإننا نخل باستقرار الانقسام الموازي ضد هدف ذي فارق إضافي (فارقين في
المجمل) وفي الوقت ذاته احتجاز انقسام موازي مستوي؛ لأنه يكون هناك فارق واحد. لاختبار
احتمالية النوعية المتزايدة للمعالجة ‎(diol)‏ لقد قمنا بتهئة عدة ‎crRNAS‏ تستهدف 1 ‎SSRNA‏ ‏0 وتتضمن فروق عبر طول 8ل0:40 (الشكل 136( لتحسين انقسام موازي مستوفي وتقليل الانقسام
الموازي لهدف يختلف بفارق واحد. لقد لاحظنا أن تلك الفروق لم تقلل من الانفسام الموازي ل
‎sSRNA 1‏ ولكن قللت بصورة كبيرة من الإشارة لهدف تضمن فارق إضافي (2 خلا !65).
‏يتضمن ‎rRNA‏ المهياً الذي ميز بأفضل صورة ممكنة بين ‎SSRNA‏ 1 و 2 فروق تخليقية قررب
‏من فارق 2 ‎<SSRNA‏ ويخلق ‎Glad‏ 'فقاعة" أو تشوه في ‎RNA‏ الهجين. يتفق فقد الحساسية الناتج 5 عن تنسيق فارق تخليقي وفارق إضافي موجود في الدف (أي؛ فارق مزدوج) مع حساسية
‏838 او ‎LwCas13a‏ تجاه الفروق المزدوجة المتعاقبة أو القريبة ويقدم أساسًا لتصميم
‏منطقي ل 5/ل014 مما يسمح بتمييز نوكليوتيد أحادي (الشكل 36ب).
‏للكشف عن الفارق بين سلالات ‎ZIKV‏ و ‎(DENV‏ يحتوي ‎orRNA‏ كامل الطول الخاص بنا على
‏فارقين (الشكلين 37 ب). بسبب تباين عالٍ في المتوالية بين السلالات؛ لم نتمكن من اكتشاف امتداد متصل 28 نوكليوتيد مع فارق نوكليوتيد واحد بين الجينومين. مع ذلك؛ تنبأنا بأن ‎crRNAs‏
‏الأقصر ما تزال وظيفية؛ وقمنا بهيئة ‎CrRNAS‏ أقص 32 نوكليوتيد ضد أهداف في سلالتي
‎ZIKV‏ تضمنتا عدم تطابق تخليقي في متوالية المباعد وعدم تطابق واحد في المتوالية المستهدفة.
‏ما تزال ‎crRNAs‏ تلك تتمكن من التمييز بين السلالات الأفريقية والأمريكية ل ‎ZIKV‏ (الشكل
‏6ح). يوضح الاختبار التالي ل ‎rRNA‏ 23 نوكليوتيد و20 نوكليوتيد أن خفض طول المباعد 5 يقل من النشاط ولكن يحافظ على أو يحسن من القدرة على التمييز بين الفروق (الأشكال من
7- ز). لفهم أفضل لكيفية إدخال عدم التطابقات التخليقية لتسهيل تمييز طفرة نوكليوتيد واحد؛ قمنا بتغطية عدم التطابق التخليقي عبر المواضع السبعة الأولى من المباعد عند ثلاثة أطوال مباعد مختلفة: 28« 23؛ و20 نوكليوتيد (الشكل 57أ). على هدف ذي طفرة عند الموضع الثالث؛ يوضح 17/085138 أقصى نوعية عندما يكون عدم التطابق التخليقي في الموضع 5
للمباعد؛ مع نوعية محسنة عند أطوال المباعد الأقصر؛ ‎Oly‏ يكن مع مستويات أقل للنشاط المستوفي (الشكلين 5كب- ز). ولقد قمنا أيضًا بتغيير الطفرة المستهدفة عبر المواضع 3- 6 وتغطية عدم التطابقات التخليقية في المساعد حول الطفرة (الشكل 58). التنميط الوراثي مع ‎SHERLOCK‏ باستخدام معايير تخليقية يسمح تقييم المعايير التخليقية المنشأة من تكبير 00 لمواضع ‎SNP‏ بتعريف دقيق للأنماط
0 الوراثية (الشكلين 160 ب). بحساب كل المقارنات ‎(ANOVA)‏ بين نتائج ‎dua) SHERLOCK‏ من فرد والمعايير التخليقية؛ يمكن تعريف النمط الوراثي لكل فرد بواسطة اكتشاف المعيار التخليقي ذي أكثر شدة كشف ‎SHERLOCK‏ مماثلة (الشكل 260 د). يمكن تعميم طريقة التنميط الوراثي ‎SHERLOCK‏ تلك على أي موضع ‎SNP‏ (الشكل 60ه). ‎SHERLOCK‏ هو منصة ‎CRISPR-DX‏ ميسورة التكلفة؛ ويمكن تهيئتها
5 لتحليل تكلفة ‎SHERLOCK‏ تم حذف المواد الكاشفة التي تحدد أنها ذات تكلفة بسيطة؛ وتتضمن قوالب ‎DNA‏ لتخليق ‎«orRNA‏ والبادئات المستخدمة في ‎(RPA‏ والمنظمات الشائعة ‎(MgCI2)‏ ‏تريس ‎(HCI‏ جليسرول» ‎«(DTT NaCl‏ وورق ليفي من ألياف دقيقة زجاجية؛ والمادة الكاشفة 4/5066 . بالنسبة لقوالب ‎(DNA‏ يوفر تخليق ‎ultramer‏ من ‎IDT‏ مادة ل 40 تفاعل انتساخ في المختبر (ويكفي كل منها لحوالي 10000 تفاعل) مقابل ‎Mon‏ 70 دولار» وإضافة
0 تكلفة بسيطة لتخليق ‎.orRNA‏ لبادئات ‎(RPA‏ يمكن شراء 25 نانو مول لتخليق ‎IDT‏ من بادئة ‎DNA‏ 30 نوكليوتيد لقاء حوالي 10 دولار؛ مما يوفر مادة مكافئة ل 5000 تفاعل ‎SHERLOCK‏ يكون ورق الألياف الدقيقة الزجاجي متاحًا لقاء 0.50/ ‎pill‏ وهو يكفي ‎saad‏ ‏مئات من تفاعلات ‎.SHERLOCK‏ 964 تتكلف المادة الكاشفة ‎RNAsecure‏ 7.20 دولار/ ملليلتر؛ وتكفي لعدد 500 اختبار.
بالإضافة إلى ذلك؛ لكل التجارب؛ فيما عدا التجارب التي أساسها الورق؛ تم استخدام أطباق بها 4 عين (3544 ‎«(Corning‏ بتكلفة 0.036 دولار/ التفاعل. بسبب التكلفة البسيطة؛ لم يتم تضمين ذلك في إجمالي التكلفة. بالإضافة إلى ذلك؛ لا يتطلب ‎SHERLOCK-POC‏ استخدام وعاء بلاستيكي» حيث أنه يسهل إجراؤه على الورق. كانت طريقة القراءة ل ‎SHERLOCK‏ ‏5 المستخدمة هنا قارئ طبق مزود بأي من مجموعة مرشح أو جهاز أحادي اللون. وكاستثمار في رأس ‎(Jl‏ لم يتم تضمين تكلفة القارئ في الحساب»؛ حيث أن التكلفة تقلل بصورة مترسبة عند إجراء تفاعلات أكثر على الأداة وتصبح بسيطة. بالنسبة لاستخدامات ‎(POC‏ يمكن استخدام بدائل ‎J‏ في الثمن ومحمولة؛ مثل مقاييس طيفية ضوئية محمولة (9) أو قارئات إلكترونية محمولة (4)؛ التي تقلل من تكلفة الأداة حتى > 200 دولار. بينما تقلل تلك الحلول المحمولة الأكثر من 0 سرعة وسهولة القراءة مقارنة بالأدوات الأكبر في الحجم؛ غير أنها تسمح باستخدام أكثر شمللاً. النتائج ‎(Sa‏ أن تشتمل التجرية والأنظمة التي تم وصفها هنا بشكل عام على عملية من خطوتين للتكبير والكشف. أثناء الخطوة الأولى؛ يتم تكبير ‎die‏ الحمض النووي؛ إما ‎RNA‏ أو ‎(DNA‏ على سبيل المثال بواسطة تكبير متساوي الحرارة. أثناء الخطوة الثانية؛ يتم انتساخ ‎DNA‏ المكبّر إلى ‎RNA‏ ‏5 وتتم الحضانة بعد ذلك باستخدام مؤثر ‎«(CRISPR‏ مثل ‎«C2¢2‏ و ‎FRNA‏ تمت برمجته للكشف عن وجود متوالية الحمض النووي المستهدفة. للسماح بالكشف؛ تتم إضافة ‎RNA‏ مرشد تم تعليمه بحامل تألق ‎aad‏ إلى التفاعل. يؤدي الانقسام الموازي ل ‎RNA‏ المرشد إلى عدم إخماد حامل التألق ويسمح بالكشف في الزمن الفعلي عن هدف الحمض النووي (الشكل 117( لتحقيق كشف إشارة قوي»؛ تم تعريف مماثل ‎C202‏ من ‎Leptotrichia wadei‏ الكائن الحي 0 (0262/ا) وتقييمه. تم تقييم نشاط بروتين 1107/0282 بواسطة التعبير الوراثي ‎die‏ إلى ‎Gils‏ ‏مصفوفة ‎CRISPR‏ تخليقية في أا00 ‎E.‏ وبرمجتها لقسمة موضع مستهدف داخل ‎MRNA‏ بيتا لاكتاماز» مما يؤدي إلى موت البكتيريا تحت انتقاء أمبيسيلين (الشكل 2ب). لوحظت مستعمرات ‎E. coi‏ باقية على قيد الحياة أقل مع موضع ‎LWC2C2‏ عن موضع ‎(LShC2C2‏ مما يوضح نشاط انقسام أعلى ‎ileal‏ 0/0202 (الشكل 2ج). بعد ذلك تمت تنقية بروتين 11070202 محسن الرامزة البشري من ‎EL coli‏ (الشكل 2د- ه) وقدرته على قسمة ‎sSRNA‏ 173 نوكليوتيد تمت
تجريته باستخدام نوكليوتيدات موضع مجائحة مباعد بدائي ‎(PFS)‏ (الشكل 2و). تمكن 2 من قسمة كل هدف من أهداف ‎PFS‏ الأربعة المحتملة؛ مع نشاط أقل بقدر ضئيل على ‎ssRNA‏ مع ‎.G PFS‏ تم قياس القياس في الزمن الفعلي للنشاط الموازي ل ‎LWC202 RNase‏ باستخدام قارئ طبق تألق ‎RNA 5‏ متاح ‎Glas‏ (الشكل 17أ). لتحديد حساسية خط القاعدة لنشاط 11/0202 تمت حضانة ‎LwC2c2‏ بإاستخدام هدف ‎(sSRNA 1) 1 ssRNA‏ و ‎rRNA‏ المكمل لموضع داخل هدف ‎sSRNA‏ إلى جانب مسبار استشعار ‎RNA‏ (الشكل 18). أنتج ذلك حساسية حوالي 50 فمتو مولار (الشكل 127( والتي؛ رغم أنها أكثر حساسية عن تقنيات الكشف عن الحمض النووي الحديثة الأخرى )2014 ‎«(Pardee et al.,‏ غير أنها غير حساسة بالقدر الكافي ‎saad‏ ‏0 استخدامات تشخيصية تتطلب أداء كشف أقل من فمتو مولار ( ;2004 ‎(Barletta et al.,‏ ‎.(Emmadi et al., 2011; Rissin et al., 2010; Song et al., 2013‏ ]533 الحساسية؛ تمت إضافة خطوة تكبير متساوية الحرارة قبل الحضانة باستخدام ‎LwC2e2‏ ‏يحسن الكشف الذي يساهم فيه اقتران 1107/0202 باستخدام طرق تكبير متساوية الحرارة مستخدمة مسبقًا مثل تكبير أساسه متوالية الحمض النووي ‎Compton, 1991; Pardee et ) (NASBA)‏ 2016 ,.81) من الحساسية تجاه مدى ما (الشكل 11). تم اختبار طريقة تكبير متساوية الحرارة بديلة؛ تكبير ريكومبيناز بوليميراز ‎o((Piepenburg et al., 2006( (RPA)‏ ويمكن استخدامها لتكبير ‎DNA‏ بصورة أسية في أقل من ساعتين. بإضافة معزز ‎TT RNA‏ بوليميراز على بادئات ‎«RPA‏ يمكن تحويل ‎DNA‏ المكيّر إلى ‎RNA‏ للكشف التالي بواسطة 080202 (الشكل 17). على ذلك؛ في بعض التجسيدات التوضيحية؛ تشتمل التجرية على توليفة من التكبير بواسطة ‎(RPA 0‏ تحويل ‎RNA‏ 17 بوليميراز ل ‎DNA‏ إلى ‎(RNA‏ والكشف التالي عن ‎RNA‏ بواسطة فتح 02 للتألق من مرشد مُحمّد. باستخدام الطريقة التوضيحية على نسخة ‎DNA‏ تم تخليقها من 1 ‎SSRNA‏ أتيح تحقيق حساسية أتومولار في المدى من 1- 10 جزيء لكل تفاعل (الشكل 27ب؛ على اليسار). للتحقق من دقة الكشف؛ تم تحديد مقدار تركيز ‎DNA‏ المدخل باستخدام ‎PCR‏ قطرة صغيرة رقمي وتأكيد أن أقل 5 تركيز مستهدف يمكن الكشف عنه (2 أتومولار) كان عند تركيز جزيء واحد لكل ميكرو لتر.
بإضافة خطوة انتساخ عكسي؛ يمكن أن يقوم ‎RPA‏ أيضًا بتكبير ‎RNA‏ إلى صورة ‎«dSDNA‏ مما يسمح ‎Ul‏ بتحقيق حساسية أتومولار على 1 ‎SSRNA‏ (27ب. اليمين). على نحو مماثل؛ تم تأكيد تركيزات أهداف ‎RNA‏ بواسطة ‎POR‏ قطرة صغيرة رقمي. لتقييم بقاء الطريقة التوضيحية تعمل كاختبار تشخيص ‎(POC‏ تم اختبار قدرة كل المكونات- ‎(RPA‏ تكبير 17 بوليميراز» والكشف عن 00202ا- على العمل في تفاعل واحد وتم اكتشاف حساسية أتومولار مع نسخة من قدر واحد من ‎dail)‏ (الشكل 22). تتمكن تلك التجربة من الكشف الفيروسي الحساس في سائل أو على الورق تحدد بعد ذلك ما إذا كانت التجرية فعالة في تطبيقات مرض مُعدية تتطلب حساسية عالية أو لا ويمكنها الاستفادة من تقنية تشخيص محمولة. لاختبار الكشف في نظام نموذجي؛ تم إنتاج 0 فيروسات بطيئة تؤوي شظايا ‎RNA‏ من جينوم فيروس زيكا والدنك للفيروسة المصفرة ذات الصلة ‎((Dejnirattisai et al., 2016)‏ وتم تحديد عدد الجسيمات الفيروسية (الشكل 31ا). تم الكشف عن مستويات الفيروس الزائف نزولاً إلى 2 أتومولار. في الوقت ذاته؛ كان من الممكن إبداء تمييز واضح بين فيروسات الإنابة تلك التي تحتوي على شظايا ‎RNA‏ زيكا والدنك (الشكل 31ب). لتحديد ما إذا كانت التجرية متوافقة مع التجفيف بالتجميد لاستبعاد الاعتماد على السلاسل الباردة 5 لللتوزيع؛ تم تجفيف مكونات التفاعل بالتجميد. بعد استخدام العينة لإعادة تميه المكونات المجففة بالتجميد؛ تم الكشف عن 20 فمتو مولار من 1 ‎sSSRNA‏ (الشكل 33أ). بسبب أن الإعدادات ضعيفة الموارد والخاصة ب ‎POC‏ تستفيد من اختبار ورقي لسهولة الاستخدام؛ غير أنه تم ‎Load‏ ‏تقييم نشاط كشف 0202 على ورق ليفي زجاجي وتم اكتشاف أن تفاعل 0202 المبقع على الورق قد تمكن من الكشف عن الهدف (الشكل 33ب). في توليفة؛ يؤدي التجفيف بالتجميد والتبقع على 0 الورق في تفاعل كشف 0202 إلى كشف حساس عن 1 8ل558 (الشكل 33ج). كما لوحظت مستويات مماثلة من الحساسية للكشف عن شظية ‎RNA‏ الفيروسية زيكا التخليقية بين ‎LwC2¢2‏ ‏في محلول و 107/0202 المجفف بالتجميد؛ مما يوضح قوة ‎SHERLOCK‏ المجفف بالتجميد والقدرة على تشخيص فيروس زيكا ‎(POC‏ سريع (الشكل 33د- ه). حتى هذه المرحلة؛ تم اختبار قدرة متغير ‎POC‏ بالتجربة على تحديد القدرة على تمييز ‎RNA‏ زيكا عن ‎RNA‏ الدنك (الشكل 5 31ج). بينما يقلل التبقع على الورق والتجفيف بالتجميد بصورة ضئيلة من الإشارة المطلقة للقراءة؛
غير أن التجرية كشفت مع ذلك بصورة كبيرة عن فيروس زيكا الزائف عند تركيزات منخفضة ‎Lop‏ ‏يصل إلى 20 أتومولار (الشكل 31د)؛ ‎Alaa‏ بالكشف عن فيروس زائف مع متوالية مقارنة الدنك. تقرر أن مستويات ‎RNA‏ الفيروسية زيكا في البشر منخفضة بما يصل إلى 3* 106 نسخ / ملليلتر (4.9 فمتو مولار) في لعاب المريض و7.2 ” 105 نسخ / ملليلتر (1.2 مولار) في مصل المريض ( ‎(Barzon et al., 2016; Gourinat et al., 2015; Lanciotti et al.,‏
2008( من عينات المريض التي تم الحصول ‎elle‏ لوحظت تركيزات منخفضة بما يصل إلى ‎x 1.25‏ 103 نسخ / ملليلتر (2.1 أتومولار). لتقييم ما إذا كانت التجرية تتمكن من الكشف عن فيروس زيكا لنواتج عزل إكلينيكية منخفضة العيار أو لا؛ تم استخلاص ‎RNA‏ الفيروسي من المرضى وتم الانتساخ العكسي وتم استخدام ‎cDNA‏ الناتج كدخل للتجرية (الشكل 132( لوحظ
0 كشف واضح لعينات مصل بشري من 15 بتركيزات منخفضة تصل إلى 1.25 نسخة/ ميكرو لتر (2.1 أتومولار) (الشكل 32ب). علاوة على ذلك؛ تنبأت الإشارة من عينات المريض بعدد نسخة ‎RNA‏ فيروسية زبكا ويمكن استخدامها للتنبؤ بالحمل الفيروسي (الشكل 31ى). لاختبار إمكانية التطبيق بصورة واسعة لحالات المرض حيث تكون تنقية الحمض النووي غير متاحة؛ تم اختبار الكشف عن 1 ‎SSRNA‏ تم رشه إلى مصل بشريء؛ وتم تحديد أنه قد تم تنشيط التجربة عند
5 مستويات مصل أقل من 962 (الشكل 33ج). تمييز مسبب المرض البكتيري وتمييز الجين لتحديد ما إذا كان من الممكن استخدام التجربة لتمييز مسببات المرض البكتيرية أو لا؛ تم اختيار منطقة ‎V3‏ 165 كهدف مبدئي؛ حيث تسمح مناطق المجانحة المحفوظة باستخدام بادئات ‎RPA‏ ‏شاملة عبر الفصائل البكتيرية؛ وتسمح المنطقة الداخلية المتغيرة بتمايز الفصائل. تمت تهيئة قائمة
0 من 5 ‎crRNAS‏ استهداف محتملة لسلالات مسببة للمرض وتم عزل ‎coli 1gDNA‏ .5 و ‎Pseudomonas aeruginosa‏ (الشكل 34). تمكنت التجرية من تمييز ‎coli JgDNA‏ .5 و ‎Pseudomonas aeruginosa‏ وأبدت إشارة خلفية منخفضة ل ‎crRNAS‏ من فصائل أخرى (الشكلين 34 ب).
كما يمكن تهيئة التجرية لتكشف وتميّز الجينات البكتيرية محل الدراسة بسرعة؛ ‎Jie‏ الجينات المقاومة لمضاد حيوي. تكون البكتيريا المعوية المقاومة لكاريابينيم ‎(CRE)‏ من التحديات الصحية الناشئة الكبيرة )2011 ‎et al.,‏ 60018)). تم تقييم قدرة التجرية على الكشف عن الجينات المقاومة لكاربابينيم؛ ما إذا كان الاختبار قادر على التمييز بين الجينات المقاومة لكاربابينيم المختلفة. تم الحصول على ‎Klebsiella pneumonia‏ من نواتج عزل إكلينيكية تؤوي أي من
جينات مقاومة ‎Klebsiella pneumoniae‏ كاربابينيماز ‎(KPC)‏ أو ميتالو- بيتا- لاكتاماز 1 نيودلهي ‎(NDM-1)‏ وتمت تهيئة ‎rRNAS‏ لتميّز بين الجينات. كان لكل ‎CRE‏ إشارة واضحة عن البكتيريا التي تنقص بها جينات المقاومة تلك (الشكل 135( وأنه يمكننا التمييز بصورة واضحة بين سلالات ‎KPC‏ و ‎NDM-1‏ للمقاومة (الشكل 35ب).
0 نوحية عدم التطابق لقاعدة واحدة لإنزيمات ‎RNases‏ مروجهة ‎CRISPR RNA‏ تم توضيح أن بعض مماثلات ‎RNase‏ موجهة ‎(CRISPR RNA‏ مثل ‎(LshC2c¢2‏ لا تميّز عدم تطابقات قاعدة واحدة بسهولة. )2016 ‎et al.,‏ 261/ا/ا801108)). كما اتضح ‎(bs‏ يشترك 2 ا أيضًا في تلك السمة (الشكل 37ا). لزيادة نوعية انقسام ‎LWC202‏ تم تطوير نظام لإدخال عدم تطابقات تخليقية في مزدوج 8ل040: الهدف يزيد من إجمالي الحساسية تجاه عدم
5 التطابقات والسماح بحساسية عدم تطابق قاعدة واحدة. تمت تهيئة عدة ‎crRNAS‏ لهدف 1 وتضمنت عدم تطابقات عبر طول ‎rRNA‏ (الشكل 137( لتحسين انقسام على الهدف وتقليل إلى أدنى حد انقسام هدف يختلف بعدم تطابق واحد. لم تقلل عدم التطابقات تلك من فعالية انقسام هدف ‎SSRNA‏ 1»؛ ولكن قللت بصورة كبيرة من الإشارة لهدف تضمن عدم تطابق إضافي (هدف 558 2). تضمن 8ل40» المهياً الأفضل في التمييز بين الهدفين 1 و2 عدم تطابقات
0 تخليقية قريبة من عدم تطابق الهدف 2؛ مما خلق في الواقع 'فقاعة". يتفق فقد الحساسية الناتج عن تنسيق عدم تطابق تخليقي وعدم تطابق إضافي موجود في الهدف (أي؛ عدم تطابق مزدوج) مع حساسية 500202] لعدم التطابقات المزدوجة المتتابعة أو القريبة ( ‎(Abudayyeh et al.,‏ 6) وتبدي تنسيق تصميم منطقي ل ‎TRNAS‏ يسمح بتمييز نوكليوتيد واحد (الشكل 37ب). بعد توضيح إمكانية معالجة 02062 وراثيًا للتعرف على عدم تطابقات قاعدة واحدة؛ تحدد ما إذا
5 كان من الممكن استخدام تلك النوعية المعالّجة وراثيًا للتمييز بين مسببات المرض الفيروسة ذات
صلة وثيقة أو لا. تمت ‎digi‏ عدة ‎CrRNAS‏ للكشف عن أي من السلالات الأفريقية أو الأمرركية لفيروس زيكا (الشكل 137( وأي من السلالة 1 أو 3 لفيروس الدنك (الشكل 37ج). تضمنت ‎crRNAS‏ تلك عدم تطابق تخليقي في المتوالية المباعدة؛ مما يتسبب في تكوين فقاعة واحدة عند مضاعتها إلى السلالة على الهدف بسبب عدم التطابق التخليقي. مع ذلك عند مضاعفة مباعد عدم التطابق التخليقي إلى السلالة البعيدة عن الهدف تتكون فقاعتين بسبب عدم التطابق التخليقي
وعدم تطايق ‎SNP‏ قامت ‎CrRNAS‏ عدم التطابق التخليقية بالكشف عن السلالات المناظرة لها مع إشارة أعلى بصورة كبيرة من السلالة البعيدة عن الهدف مما يسمح لتمييز سلالة قوي (الشكلين 37« 37د). بسبب تماثل المتوالية الواضح بين السلالات؛ لم يكن من الممكن اكتشاف امتداد متصل يبلغ 28 نوكليوتيد مع فارق نوكليوتيد واحد فقط بين الجينومين لتوضيح تمييز سلالة
0 نوكليوتيد واحد الحقيقية. مع ذلك؛ تم التنبؤ بأن 0085 الأقصر تظل وظيفية؛ كما هي مع ‎lly «((Abudayyeh et al., 2016) LshC2c2‏ تمت تهيئة ‎crRNAS‏ أقصر بها 23 نوكليوتيد ضد أهداف في سلالتي زيكا اللتان تضمنتا عدم تطابق تخليقى في المتوالية المباعدة وعدم تطابق واحد فقط في المتوالية المستهدفة. ما تزال ‎crRNAs‏ تلك قادرة على تمييز السلالات الأفريقية والأمريكية لزيكا مع حساسية عالية (الشكل 36ج).
5 التتنميط الوراثي السريع باستخدام ‎aie DNA‏ من اللعاب يمكن أن يكون التنميط الوراثي السريع من لعاب بشري مفيدًا في حالات ‎(lsh‏ صيدلية جينية أو لتشخيص فى المنزل. لتوضيح قدرة التجسيدات التى تم الكشف عنها هنا على التنميط ‎el!‏ ؛ تم اختيار خمس مواضع لتعليم كشف 0202 باستخدام بيانات التنميط الوراثي 23 و ‎Me‏ باعتبارها المعيار الذهبي )2010 ‎(Eriksson et al.,‏ (الشكل 38ا). تمتد المواضع الخمسة على نطاق
واسع من | لارتباطات الوظيفية؛ وتتضمن الحساسية تجاه العقاقير » مثل سلالات أو أسيتامينوفين ‘ والتعرض لنوروفيروس» وخطر أمراض القلب (الجدول 15). الجدول 15: متغيرات ‎SNP‏ الخاضعة للاختبار
‎rs5082‏ 2م طحم استهلاك الدهن المشبع واكتساب وزن ‎CD44| rs1467558‏ تأيض أسيتامينوفين ‎eT‏ ‏زيادة 4.5 في خطر اعتلال العضلات لمستخدمىي ‎SLCO1B1| rs4363657‏ ستاتين تم تجميع اللعاب من أريعة خاضعين للعلاج من البشر وتمت تنقية ‎DNA‏ الجينومي باستخدام طقم تجاري لعينة في أقل من ساعة واحدة. كان للخاضعين للعلاج الأريعة مجموعة متنوعة من الأنماط الوراثية عبر المواضع الخمسة؛ مما يوفر حيز عينة كاف عريض ليتم به تعليم التجرية للتنميط الوراثي. لكل واحد من مواضع ‎SNP‏ الخمسة؛ تم تكبير ‎DNA‏ الجينومي للخاضع للعلاج
باستخدام ‎RPA‏ مع بادئات ملائمة يليها الكشف باستخدام 10/0202 وأزواج من 0085 تمت تهيئتها لتكشف بصورة محددة عن واحد من مركبي أليل المحتملين (الشكل 38ب). كانت التجرية نوعية بالقدر الكافي لتمييز مركبات ‎dll‏ ذات أهمية كبيرة ولإضفاء كل من الأنماط الوراثية متجانسة اللواقح ومتغايرة اللواقح. بسبب إجراء طريقة استخلاص ‎DNA‏ على اللعاب قبل الكشف؛
0 تم اختبار تلك التجرية لتحديد ما إذا كان من الممكن جعلها أكثر تعرضًا للتنميط الوراثى 1 ‎POC‏ ‏باستخدام لعاب تم تسخينه إلى 95 درجة مئوية لمدة 5 دقائق دون أي استخلاص آخر. تمكنت التجرية من التنميط الوراثي السليم لمريضين تم تعريض اللعاب الخاص بهما للتسخين فقط لمدة 5 دقائق ثم التكبير التالي وكشف ‎C2c2‏ (الشكل 40( . الكشف عن الطفرات السرطانية فى ‎CDNA‏ عند أجزاء منخفضة الأليل
5 بسبب أن تلك التجرية نوعية بصورة كبيرة لفروق نوكليوتيد واحد في الأهداف؛ تم تصميم اختبار لتحديد ما إذا كانت التجرية حساسة بالقدر الكافى للكشف عن طفرات سرطانية فى ‎DNA‏ خالية
من الخلية ‎(CDNA)‏ أو لا. تكون شظايا ‎CDNA‏ عبارة عن نسبة مئوية صغيرة (960.1 إلى %5( من شظايا ‎CDNA‏ من النمط غير المعالج ( ‎Bettegowda et al., 2014; Newman‏ ‎ashy. (et al., 2014: Olmedillas Lopez et al., 2016; Qin et al., 2016‏ تحدٍ واضح في مجال ‎cDNA‏ بالكشف عن تلك الطفرات لأنه يصعب نمطيًا اكتشافها باعتبار المستويات
العالية ل ‎DNA‏ غير المطفّر الموجود في الخلفية في الدم ) ;2014 ‎(Bettegowda et al.,‏ ‎.(Newman et al., 2014; Qin et al., 2016‏ يكون اختبار سرطان ‎POC cDNA‏ مفيدًا للفحص المنتظم للكشف عن وجود السرطان؛ تحديدًا للمرضى ممن يواجهون خطر الانتكاس. تم تحديد قدرة التجرية على الكشف عن ‎DNA‏ الطافر في خلفية من النمط غير المعالّج بواسطة تخفيف هدف ‎dSDNA‏ رقم 1 في خلفية 55081 مع طفرة واحدة في موضع هدف ‎CrRNA‏
0 (الشكل 41ا- ب). تمكن 1006202 من استشعار 1 ‎ASDNA‏ إلى مستويات منخفضة بما يصل إلى 960.1 من ‎dSDNA‏ الخلفية وفي حدود تركيزات أتومولار 1 /0501. توضح تلك النتيجة أن انقسام 08/0202 ل ‎dSDNA‏ طافر الخلفية 1 منخفض بالقدر الكافي للسماح بكشف قوي عن ‎dSDNA‏ على الهدف بمقدار 960.1 جزء أليلي. عند المستويات ‎SEY)‏ من 960.1؛ من المحتمل أن يشكل نشاط الخلفية مشكلة؛ مما يمنع أي كشف واضح آخر عن الهدف السليم.
5 لأن التجربة يمكنها استشعار الأهداف التخليقية مع أجزاء أليلية في نطاق ذي صلة إكلينيكيًا؛ تم تقييم ما إذا كانت التجرية تتمكن من الكشف عن طفرات السرطان في ‎DNA‏ أو لا. تمت تهيئة بادئات ‎RPA‏ لطفرتي سرطان مختلفتين» ‎EGFR L858R‏ و 1/6005 ‎(BRAF‏ وتم استخدام معايير ‎CDNA‏ تجارية مع أجزاء أليلية تبلغ 965 961 و960.1 تشبه عينات ‎CDNA‏ البشرية الفعلية المراد اختبارها. باستخدام زوج من ‎TRNAS‏ يمكنه تمييز أليل الطافر عن أليل من النمط
0 غير ‎Fld)‏ (الشكل 38ج)؛ تم تحقيق الكشف عن 960.1 جزء أليلي لكل من المواضع الطافرة (الشكلين 139- ب). المناقشة بدمج الخصائص الطبيعية ل 6202 مع التكبير متساوي الحرارة ومسبار تألق مُحْمَد؛ تم توضيح التجرية والأنظمة التي تم الكشف عنها هنا على أنها طريقة متنوعة»؛ وقوية للكشف عن 8ل و
‎(DNA‏ وملائمة لمجموعة متنوعة من التشخيص السريع وتتضمن تطبيقات مرض مُعدية وتنميط وراثي سريع. وهناك ميزة رئيسية للتجارب والأنظمة التي تم الكشف عنها هنا وهي أنه يمكن إعادة تهيئة اختبار ‎POC‏ جديد وتخليقه خلال أيام بتكلفة منخفضة تصل إلى 0.6دولار/ الاختبار. لأنه تتطلب عدة استخدامات مرضية بشرية القدرة على الكشف عن عدم تطابقات واحدة؛ تم تطوير منهج منطقي لمعالجة ‎Ui) CTRNAS‏ لتكون نوعية بصورة كبيرة تجاه عدم تطابق واحد في المتوالية المستهدفة بواسطة إدخال عدم تطابق تخليقي في المتوالية المباعدة ل ‎.OrRNA‏ تعتمد طرق أخرى لتحقيق نوعية مع مؤثرات ‎CRISPR‏ على طرق أساسها الفحص على عدة تصميمات إرشادية )2016 ‎(Chavez et al.,‏ باستخدام 85/ل04 عدم تطابق مهيأة؛ تم توضيح تمييز السلالات الفيروسة لزيكا والدنك في مواضع تختلف بعدم تطابق ‎comfy‏ والتنميط الوراثي السريع ل ‎SNPs 0‏ عن ‎gDNA‏ اللعاب ‎(spall‏ والكشف عن طفرات سرطانية في عينات ‎CDNA‏ ‏تكون التكلفة المنخفضة وإمكانية التهيئة لمنصة التجرية مناسبة لعدة تطبيقات تتضمن (1) تجرية تحديد مقدار ‎RNA/DNA‏ العام في بديل لتجارب ‎QPCR‏ نوعية؛ مثل 1800080 )2( كشف عن تعبير ‎Jy‏ عن ‎RNA‏ مضاعف؛ وسريع يشبه المصفوفات الدقيقة؛ و(3) تطبيقات كشف حساسة أخرى؛ مثل الكشف عن تلوث الحمض النووي من مصادر أخرى في الطعام. بالإضافة 5 غلى ذلك؛ يمكن استخدام ‎C262‏ على نحو محتمل للكشف عن النسخ داخل الإعدادات الحيوية؛ مثل في الخلاياء وياعتبار الطبيعة النوعية العالية لكشف 0202؛ قد يتاح تعقب التعبير الوراثي النوعي الأليلي للنسخ أو الطفرات المرتبطة بالمرض في الخلايا الحية. مع الإتاحة الواسعة لأبتاميرات؛ قد يتاح ‎Lind‏ استشعار البروتينات عن طريق اقتران الكشف عن البروتين بواسطة أبتامير بكشف موضع تكبير خبيئي ل ‎RPA‏ ثم الكشف عن 02062. 0 الكشف عن الحمض النووي باستخدام ‎:CRISPR-Cas13a/C2¢2‏ حساسية أتومولار ونوعية نوكليوتيد واحد لتحقيق كشف إشارة قوي؛ قمنا بتعريف مماثل ل 085138 من ‎Leptotrichia wadei‏ ‎((LwCas]3a)‏ وهو يعرض نشاط ‎RNase‏ موجّه ‎RNA‏ أكبر بالنسبة ل ‎Leptotrichia‏ ‎(LshCas13a) shahii Cas13a‏ )10( (الشكل 2< انظر أيضًا أعلاه ' ‎Characterization‏
‎of LwCas13a cleavage requirements‏ '). أنتج 10/085138 تمت حضانته مع هدف ‎«rRNA ((ssRNA 1) 1 ssRNA‏ والمرشد ‎RNA)‏ التألق المُخمّد) (الشكل 18) )13( حساسية كشف تبلغ حوالي 50 فمتو مولار (الشكل 51؛ 15)؛ وهو غير حساس بالقدر الكافي تجاه ‎sae‏ تطبيقات تشخيصية (12؛ 14- 16). لهذا لقد بحثنا الجمع بين الكشف الذي أساسه ‎Casl3a 5‏ مع خطوات تكبير متساوية الحرارة مختلفة (الأشكال 10 11« ¢53 16) (17 18). من بين الطرق الخاضعة للبحث؛ أنتج تكبير ربكومبيناز بوليميراز ‎(RPA)‏ (18) أكبر حساسية ‎(Sag‏ اقترانها مع انتساخ 17 لتحويل ‎DNA‏ المكبّر إلى ‎RNA‏ للكشف التالي بواسطة 838 / ا ‎kil)‏ أيضًا أعلاه " ‎Discussion of Recombinase Polymerase‏ ‎("Amplification (RPA) and other isothermal amplification strategies‏ ونحن ‎pis 10‏ إلى هذه التوليفة من التكبير بواسطة ‎(RPA‏ انتساخ ‎RNA‏ 17 بوليميراز ل ‎SS DNA‏ إلى ‎(RNA‏ والكشضف عن ‎RNA‏ مستهدف بواسطة إطلاق إشارة مرشدة يساهم فيه انقسام ‎RNA‏ موازي 8 مثل ‎.SHERLOCK‏ ‏قمنا أولاً بتحديد حساسية ‎SHERLOCK‏ للكشف عن ‎RNA‏ (عند الاقتران مع الانتساخ العكسي) أو أهداف ‎[DNA‏ ولقد حققنا حساسية جزيء واحد لكل من ‎RNA‏ و ‎(DNA‏ كما تحقق بواسطة ‎PCR 5‏ قطرة دقيقة رقمي ‎(ddPCR)‏ (الشكل 27 51 الشكلين 54أ ب). تم الحفاظ على حساسية أتومولار عند جمع كل مكونات ‎SHERLOCK‏ في تفاعل واحد؛ مما يوضح بقاء هذه المنصة حية كتشخيص في نقطة رعاية ‎(POC)‏ (الشكل 54ج). ل ‎SHERLOCK‏ مستويات مماثلة من الحساسية ‎ddPCR (ie‏ و ‎(QPCR) (SPCR‏ طريقتي كشف عن حمض نووي حساستين متحققتين؛ بينما لم يكن ‎RPA‏ حساسًا بمفرده بالقدر الكافي للكشف عن مستويات 0 منخفضة من الهدف (الأشكال من 55أ- د). علاوة على ذلك يوضح ‎SHERLOCK‏ تغير أقل من ‎«qPCR «ddPCR‏ و ‎(RPA‏ كما تم القياس بواسطة معامل التغير عبر النسخ (الأشكال 5ه- و). قمنا بعد ذلك بفحص ما إذا كان ‎SHERLOCK‏ فعالاً في تطبيقات مرض مُعدي تتطلب حساسية عالية أو لا. ولقد أنتجنا شظايا جينوم تؤوي فيروسات بطيئة من أي من فيروس زيكا ‎(ZIKV)‏ أو الفيروسة المصفرة الدنك ذات الصلة ‎(DENV)‏ )19( (الشكل 31). كشف ‎SHERLOCK‏ عن
جسيمات فيروسية تصل إلى 2 أتومولار ويمكنه التمييز بين ‎ZIKV‏ و ‎DENV‏ (الشكل 31ب). لبحث الاستخدام المحتمل ل ‎SHERLOCK‏ ميدانيًاء قمنا أولاً بتوضيح أن معقدات ‎Cas13acrRNA‏ المجففة بالتجميد ومعادة التميه بعد ذلك (20) يمكنها الكشف عن 20 فمتو مولار من 1 ‎sSRNA‏ غير ‎all‏ (الشكل 133( وأن الكشف عن الهدف كان متاحًا أيضًا على ورق ليفي زجاجي (الشكل 33ب). كما كانت المكونات الأخرى ل ‎SHERLOCK‏ معرضة
للتجفيف بالتجميد: تم التزويد ب ‎RPA‏ كمادة كاشفة مجففة بالتجميد عند درجة حرارة محيطة؛ ولقد قمنا مسبقًا بتوضيح أن 17 بوليميراز يتحمل التجفيف بالتجميد (2). في توليفة؛ يؤدي التجفيف بالتجميد والتبقيع على الورق لتفاعل كشف 085138 إلى مستويات مقارنة من الكشف الحساس عن 1 ‎sSRNA‏ كتفاعلات مائية (الأشكال 33ج- ه). رغم أن التبقيع على الورق والتجفيف
0 بالتجميد قد قلل بصورة ضئيلة من الإشارة المطلقة للقراءة. غير أن ‎SHERLOCK‏ (الشكل ‎(Kai (731‏ من الكشف عن فيروس ‎ZIKV‏ الزائف بسهولة عند تركيزات منخفضة تصل إلى 20 أتومولار (الشكل 31د). كما تمكن ‎SHERLOCK‏ من الكشف عن ‎ZIKV‏ في نواتج عزل إكلينيكية (المصلء أو البول؛ أو اللعاب) حيث يمكن أن تكون العيارات منخفضة بما يصل إلى ‎x2‏ 103 نسخة/ ملليلتر (3.2 أتومولار) (21). يمكن الكشف عن ‎ZIKV RNA‏ المستخلص من
5 عينات مصل أو بول المريض والانتساخ العكسي له إلى ‎cDNA‏ (الشكلين 1525232( عند تركيزات منخفضة بما يصل إلى ‎x1.25‏ 103 نسخة/ ملليلتر (2.1 أتومولار)» كما تحقق بواسطة ‎PCR‏ (الشكلين 32و و52ب). علاوة على ذلك؛ تنبأت الإشارة من عينات المريض بعدد نسخة ‎ZIKV RNA‏ ويمكن استخدامها للتنبؤ بالحمل الفيروسي (الشكل 33و). لمحاكاة الكشف عن العينة بدون تنقية الحمض النووي؛ قمنا بقياس الكشف عن 1 ‎SSRNA‏ تم رشه إلى مصل بشري؛
0 واكتشفنا أن 685138 يمكنه الكشف عن ‎RNA‏ في تفاعلات تحتوي على ما يصل إلى %2 المصل (الشكل 33ز). وهناك تطبيق وبائي هام آخر ل *6]415014-0 وهو تعريف مسببات المرض البكتيرية والكشف عن الجينات البكتيرية النوعية. لقد استهدفنا منطقة ‎V3‏ للجين 165 ‎rRNA‏ حيث تسمح المناطق المجائحة المحفوظة باستخدام بادئات ‎RPA‏ شاملة عبر الفصائل البكتيرية وتسمح المنطقة الداخلية المتغيرة بتمايز الفصائل. في ‎dail‏ من خمسة ‎CrRNAS‏
5 مستهدفة لسلالات مسببة للمرض مختلفة و ‎gDNA‏ معزولة عن ‎Pseudomonas ; E. coli‏ 8 (الشكل 134(« قام ‎SHERLOCK‏ بتنميط وراثي سليم للسلالات وأبدى تفاعلية
عكسية منخفضة (الشكل 34ب). بالإضافة إلى ذلك؛ تمكنا من استخدام ‎SHERLOCK‏ للتمييز بين نواتج العزل الإكلينيكية من ‎Klebsiella pneumoniae‏ مع اثنين من جينات المقاومة المختلفة: ‎Klebsiella pneumoniae‏ كاربابينيماز ‎(KPC)‏ و ميتالو- بيتا- لاكتاماز 1 نيودلهي ‎(NDM-1)‏ (22) (الشكل 56).
لزيادة نوعية ‎(SHERLOCK‏ قمنا بإدخال عدم تطابقات تخليقية في مزدوج ‎(rRNA‏ الهدف تتيح ل 07/085138 بالتمييز بين الأهداف التي تختلف في عدم تطابق قاعدة واحدة (الشكل 36 ب؛ انظر أيضًا أعلاه ' ‎Design of engineered mismatches‏ '). ولقد قمنا بتهيئة ‎sac‏ ‎crRNAS‏ ذات عدم تطابقات تخليقية في المتواليات المباعدة للكشف عن أي من السلالات الأفريقية أو الأمريكية ل ‎ZIKV‏ (الشكل 137( والسلالة 1 أو 3 ل ‎DENV‏ (الشكل 37ج). كشف
‎crRNAs 0‏ عدم التطابق التخليقي عن السلالات المناظرة لها ذات إشارة أعلى بصورة كبيرة (اختبار ستيودنت تائي ثنائي الذيل؛ م > 0.01( عن السلالة البعيدة عن الهدف؛ مما يسمح بتمييز سلالة قوي بناءً على عدم تطابقات أحادية (الأشكال 37ب؛ د؛ 36ج). يكشف التصنيف الإضافي عن أن كشف 085138 يحقق نوعية قصوى مع الحفاظ على حساسية على الهدف عندما تكون طفرة في الموضع 3 من المباعد ويبكون عدم التطابق التخليقي في الموضع 5 (الشكلين 57 و58).
‏5 تتمكن القدرة من الكشف عن فروق قاعدة واحدة من فتح فرصة لاستخدام ‎SHERLOCK‏ لتنميط وراثي بشري سريع. ولقد اخترنا خمسة مواضع تمتد على نطاق تعددات أشكال نوكليوتيد واحد مرتبطة بالصحة ‎(SNPs)‏ (الجدول 1) وتعليم كشف ‎SHERLOCK‏ باستخدام بيانات التنميط الوراثي 23 و ‎Me‏ كمعيار ذهبي عند ‎SNPs‏ تلك )23( (الشكل 138( لقد قمنا بجمع اللعاب من ‎day‏ خاضعين للعلاج من البشر ذوي أنماط وراثية متنوعة عبر مواضع محل الاهتمام؛ وقمنا
‏0 باستخلاص ‎DNA‏ الجينومي إما من خلال تنقية عمود تجارية أو تسخين مباشر لمدة خمس دقائق ‎SHERLOCK ie .)20(‏ بين مركبات الأليل مع أهمية كبيرة ومع نوعية كافية لإضفاء كل من الأنماط الوراثية متجانسة اللواقح ومتغايرة للواقح (الأشكال 38« 40 59« 60؛ انظر أيضًا أعلاه ' ‎«pal .)' Genotyping with SHERLOCK using synthetic standards‏ لقد سعينا نحو تحديد ما إذا كان ‎SHERLOCK‏ قادر على الكشف عن طفرات سرطانية منخفضة
‏5 التردد في شظايا ‎DNA‏ خالية من ‎(Cf) all‏ أو لاء وهو ‎Gans‏ بسبب المستويات العالية من
‎DNA‏ النمط غير المعالّج في دم المريض (24- 26). اكتشفنا أولاً أن ‎SHERLOCK‏ يمكنه الكشف عن 1 ‎5SDNA‏ عند تركيزات أتومولار مخففة في خلفية ‎DNA‏ جينومي (الشكل 61). بعد ‎cell‏ اكتشفنا أن ‎SHERLOCK‏ تمكن من الكشف عن مركبات أليل تحتوي على تعدد أشكال نوكليوتيد واحد ‎(SNP)‏ (الشكلين 41أ؛ ب) على مستويات منخفضة بما يصل إلى 960.1 من لان الخلفية؛ وهو في النطاق ذي الصلة إكلينيكيًا. أوضحنا بعد ذلك أن ‎SHERLOCK‏ يمكنه الكشف عن اثنين من طفرات السرطان المختلفة» ‎EGFR L858R‏ و 1/6005 ‎(BRAF‏ في عينات 0001/8 زائفة مع أجزاء أليليلة منخفضة ‎Lay‏ يصل إلى 960.1 (الشكلين 38( 39( (20). تكون منصة ‎SHERLOCK‏ ملائمة لمزيد من التطبيقات وتتضمن (1) تحديد مقدار ‎RNA/DNA‏ العام بدلاً من تجارب ‎QPCR‏ النوعية؛ ‎fie‏ 1801/80 (2) كشف تعبير وراثي 0 عن ‎RNA‏ مضاعف؛ وسريع؛ و(3) تطبيقات كشف حساسة أخرى؛ مثل الكشف عن تلوث حمض نووي. بالإضافة إلى ‎cally‏ يمكن أن يكشف 088138 على نحو محتمل عن نسخ داخل إعدادات حيوية وتعقب التعبير ‎Shell‏ نوعي الأليل للنسخ أو الطفرات المرتبطة بالمرض في الخلايا الحية. لقد أوضحنا أن ‎SHERLOCK‏ طريقة متنوعة؛ وقوية للكشف عن ‎RNA‏ و ‎(DNA‏ وملائمة للتشخيص السريع ويتضمن الاستخدامات في الأمراض المُعدية والتنميط الوراثي الحساس. يمكن ‎digs sale] 5‏ اختبار ورق ‎SHERLOCK‏ وتخليقه في غضون أيام بتكلفة منخفضة تصل إلى 1 دولار/ الاختبار (انظر أيضًا أعلاه " ‎SHERLOCK is an affordable, adaptable‏ ‎('CRISPR~-Dx platform‏ مع قدر من ‎(AE‏ حيث أن تقريبًا كل ‎erRNA‏ خاضع للاختبار يؤدي إلى حساسية ‎die gig‏ عالية. تبرز تلك الصفات قدرة ‎CRISPR-DX‏ وتفتح طرقًا جديدة لكشف سريع؛ وقوي وحساس للجزيئات الحيوية . 0 الجدول 16: بادئات ‎RPA‏ المستخدمة ال شك الاسم المتوالية ‎J‏
‏ال‎ ‏ول‎ ‏ال‎ 3 ‏شك‎ - RPA
J ssDNA/s 27 AATTCTAATACGACTCACTATAGGGATCCTCTAGAAATAT| sRNA 1 ‏(متوالية رقم 18( ب‎ GGATTACTTGGTAGAACAG F ‏ال‎ 4 ‏شك‎ - RPA
J ssDNA/s
GATAAACACAGGAAACAGCTATGACCATGATTACG
27 sRNA 1 ‏(متوالية رقم 19 ( ب‎ R ‏ال‎ AMPL- ‏زيكا شك‎ 5
J AAT TCT AAT ACG ACT CAC TAT 88 31 AGGCCGCTGCTAATGATAGGTTGCTACTCACAA ong- ‏المتوالية رقم 20( ب‎ 0083-4 ‏ال‎ AMPL- ‏زيكا شك‎ 6
J 88 21 TCAATGTCAGTCACCACTATTCCATCCACAACAG ong- ‏ا(متوالية رقم 21( ب‎ ١083-٠
ال ‎RP819‏ شك ا ‎J gaaatTAATACGACTCACTATAGGGCGTGGCGCACTACAT‏ ( ‎GTACT‏ ‏المنطقة 8 31 ‎OF‏ المتوالية رقم 22( : ال 1 شك - زيكا ‎J‏ ‎TGTCAATGTCAGTCACCACTATTCCATCCA‏ ‏المنطقة 31 ‎SR‏ المتوالية رقم 23( : ال شك ‎J AATTCTAATACGACTCACTATAGGGtccaGACTCCTACGG‏ ‎GAGGCWGCA‏ ‎V3 517‏ 34 ‎F‏ بكتيري (متوالية رقم 24) ب ال شك ‎J RP758‏ البكتيري ‎TTTCGCTCTATTCTCATCAGTTTCATGTCCTGTGTCATTA‏ ]34 ‎CCGCGGCTGCTG| V3 R‏ (متوالية رقم 25( ب ‎J GGTACACTTCAGGTATATTTGAGGTTCATTC‏ ‎wR0074‏ شك توالية رقم 26 مم (متوالية رقم 26( ‎J‏
38 rs5082 rT ‏ال‎
‎wR0074‏ شك ‎J E2‏
‎38| gaaattaatacgactcactatagggGTTGATATGTCAGAGCTTTCCA| rs5082 ‏(متوالية رقم 27( ب‎ GAGAAATAA R ‏ال‎
‎wR0074‏ شك ‎J Ad‏
‎ACACTAATATTGATTCCTTCAGATATGGACT (514675‏ 28 ‎F‏ 58 (متوالية رقم 28( ب ال
‎wR0074‏ شك ‎J E4‏
‎38| gaaattaatacgactcactatagggATCGTTATTCTTACGCGTTGTC| rs14675 ‏(متوالية رقم 29) ب‎ ATTGAAAG 58 R ‏ال‎
‎wR0074‏ شك ‎J AS‏
‎GAATCTCTTGAACCCAGTAGGCAGAGGTTG (570577‏ 28 ‎F‏ 68 (متوالية رقم 30) ب
‏ال‎ ‏شك‎ wR0074
J ES
38| gaaattaatacgactcactatagggAAAGGCCTAAGTGTCCTTCTAC| rs29527 ‏رقم 31( ب‎ digi) CATTATTTTG 68 R ‏ال‎ ‏شك‎ wR0074
J ‏وم‎ ‎TTTGTTTTTGATGTTGTTGTTGTTTTTGTGTC ‎38 rs43636 ‏(متوالية رقم 32) ب‎ 57] ‏ال‎ ‏شك‎ wR0074
J ES
38| gaaattaatacgactcactatagggAATGCATTCATAGCCAAATTCT| rs43636 ‏(متوالية رقم 33( ب‎ ACTGGAAATA 57 ‏ال‎ ‏شك‎ wR0074
J All
GAGTACGTCCGCTTCACCGGCTACCCCTGCTC
38 rs60133 ‏(متوالية رقم 34) ب‎ 8 F ‏ال‎ ‎gaaattaatacgactcactatagggATAGTCCCCTCGGCGAACATG ‏شك‎ wR0074 (35 ‏(متوالية رقم‎ GACCCCTACAA
J Ell
38 rs60133 ‏ب‎ 8 R ‏ال‎
‎RP824‏ شك ‎J BRAFV6‏
‎39|gaaatTAATACGACTCACTATAGGGTCATGAAGACCTCACA 00
‏ع ‎GTAAAAATAGGTGATT| cfDNA‏ (متوالية رقم 36) أ ال ‎RP769‏ شك ‎J BRAFV6‏ ‎ATTCTTACCATCCACAAAATGGATCCAGACAA 008‏ 19 ‎R‏ هلا0ا» |(متوالية رقم 37( أ ال ‎RP826‏ شك ‎J EGFRS5‏ ‎gaaatTAATACGACTCACTATAGGGGCAGCATGTCAAGAT 8R‏ |39 ‎CACAGATTTTGGG| cfDNA F‏ (متوالية رقم 38( ب ال ‎RP804‏ شك ‎J EGFRS5‏
‎19 CCTCCTTCTGCATGGTATTICTTTCTCTTC SR
‎R‏ هلا0ا» |(متوالية رقم 39) ب
‎AMPL-‏ ال ‎AAT TCT AAT ACG ACT CAC TAT‏
‎T1-‏ 31 شك ‎AGGGGGATCCTCTAGAAATATGGATT‏
‎J nasbal-
‎11 (40 ‏(متوالية رقم‎ f
‎AMPL-‏ ال
‏-3211 شك ‎CTCGTATGTTGTGTGGAATTGT‏
‎J nasbal-
‎1 (41 ‏(متوالية رقم‎ r
‎AMPL-‏ ال ‎AAT TCT AAT ACG ACT CAC TAT‏
‎T1-‏ 33 شك ‎AGGGGGATCCTCTAGAAATATGGATTAC‏
‎J nasba?2-
‏(متوالية رقم 42( 11
‎AMPL-‏ ال
‏-71 34 شك ‎AAACACAGGAAACAGCTATGAC‏
‎J nasba?2-
‎1 (43 ‏(متوالية رقم‎ r
‎AMPL-‏ ال ‎AAT TCT AAT ACG ACT CAC TAT‏
‎T1-‏ 35 شك ‎AGGCCTCTAGAAATATGGATTACTTGGT‏
‎J nasba3-
‏(متوالية رقم 44( 11 ‎CGTATGTTGTGTGGAATTGTGA‏
‎AMPL-‏ ال
‏توالة رقم 45 رم 6د المتوالية رثم 45) شك
J nasba3- 11 r ‏ال‎ ‏شك‎ ‎J wR0075 35| gaaattaatacgactcactatagggCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGC| Al KPC j (46 ‏(متوالية رقم‎ TGGCTGGCTTTTC F ‏ال‎ ‏شك‎ ‎J wR0075
CGTACACACCGATGGAGCCGCCAAAGTCCTGTT
51 KPC j (47 ‏(متوالية رقم‎ R ‏ال‎ ‏شك‎ ‎J wR0075 35| gaaattaatacgactcactatagggAGCAAATGGAAACTGGCGACC|A3 ‏انال‎ ‎j (48 ‏(متوالية رقم‎ AACGGTTTGGCGAT F ‏ال‎ ‏شك‎ ‎J wR0075
ACTGCCCCGAAACCCGGCATGTCGAGATAGGA
35 B3 NDM j (49 ‏(متوالية رقم‎ R
الجدول 17: متواليات ‎CRNA‏ المستخدمة متوالية ‎crRNA‏ الشكل ‎PFS‏
الاسم الكاملة متوالية مباعدة الأول ‎Tat aA‏ | إمتوالية رثم 50) | إمتالية رتم 51)
الشكل را ‎rRNA‏ 1 استهداف زيكا ا(متوالية رقم 52( (متوالية رقم 53) 81آ
الشكل 6 ‎rRNA‏ 2 استهداف زيكا ا(متوالية رقم 54( (متوالية رقم 55( 233 هل الكشف عن ‎E.‏ الشكل ألا ‎coli‏ (متوالية رقم 56) (متوالية رقم 57) 2ب ‎crRNA‏ الكشف عن ‎K.‏ الشكل را ‎pneumonia‏ (متوالية رقم 58( (متوالية رقم 59) 4ب ‎crRNA‏ الكشف عن ‎P.‏ الشكل لا ‎aeruginosa‏ (متوالية رقم 60) ا (متوالية رقم 61) 4ب ‎crRNA‏ الكشف عن ‎M.‏ الشكل ‎u‏ ‎tuberculosis‏ (متوالية رقم 62) (متوالية رقم 63) 4ب ملا الكشف عن .5 الشكل ‎G‏ ‎aureus‏ (متوالية رقم 64) (متوالية رقم 65) 4ب
الشكل را ‎KPC crRNA‏ (متوالية رقم 66) (متوالية رقم 67) 85
C ‏الشكل‎
B5| )69 ‏(متوالية رقم 68) | (متوالية رقم‎ NDM crRNA
C ‏الشكل‎ عدم التطابق ‎OrRNA‏ 1 ا(متوالية رقم 70( | (متوالية رقم 71( 36 الشكل ‎C‏ عدم التطابق ‎crRNA‏ 2 | (متوالية رقم 72) ‎١‏ (متوالية رقم 73( 86 الشكل ‎C‏ عدم التطابق ‎crRNA‏ 3 ا(متوالية رقم 74( (متوالية رقم 75) 86 الشكل ‎C‏ عدم التطابق ‎crRNA‏ 4 | (متوالية رقم 76) ‎١‏ (متوالية رقم 77) 86 الشكل ‎C‏ عدم التطابق ‎CRNA‏ 5 ا(متوالية رقم 78( | (متوالية رقم 79) ‎B6|‏ ‏الشكل ‎C‏ عدم التطابق ‎rRNA‏ 6 ا(متوالية رقم 80( ا(متوالية رقم 81( 36 الشكل ‎C‏ عدم التطابق ‎crRNA‏ 7 | (متوالية رقم 82) | (متوالية رقم 83( 86 الشكل ‎C‏ عدم التطابق ‎crRNA‏ 8 | (متوالية رقم 84) | (متوالية رقم 85( 86 الشكل ‎C‏ عدم التطابق ‎crRNA‏ 9 ا(متوالية رقم 86( (متوالية رقم 87( 86
الشكل ©
عدم التطابق ‎crRNA‏ 10 ا(متوالية رقم 88) ‎١‏ (متوالية رقم 89( 86 الشكل ©
88 )91 ‏(متوالية رقم‎ ١ )90 ‏الأفريقي (متوالية رقم‎ 1 crRNA © ‏الشكل‎
‎CrRNA 2‏ الأفريقي (متوالية رقم 92) | (متوالية رقم 93( 88 الشكل ‎u‏
‎CRNA |‏ الأمريكي .| ا (متوالية رقم 94) | (متوالية رقم 95) 88 الشكل ‎u‏
‎CrRNA 2‏ الأمريكي (متوالية رقم 96) | (متوالية رقم 97) 88 الشكل له
‏سلالة الدنك 3 ‎crRNA‏ 1[ (متوالية رقم 98( | (متوالية رقم 99( ‎z38‏ ‏الشكل ‎AL‏
‏سلالة الدنك 3 ‎rRNA‏ 2 | (متوالية رقم 100) | (متوالية رقم ‎z38| )101‏ الشكل ‎AL‏
‏سلالة الدنك 1 ‎rRNA‏ 1 | (متوالية رقم 102) | (متوالية رقم ‎z38| )103‏ الشكل له
‏سلالة الدنك 1 ‎rRNA‏ 2 | (متوالية رقم 104) | (متوالية رقم ‎z38| )105‏ الشكل ©
‎rRNA‏ 1 أفريقي أقصر | (متوالية رقم 106( | (متوالية رقم 107( 36ج
Cc ‏الشكل‎ ‎CrRNA 2‏ أفريقي أقصر (متوالية رقم 108( | (متوالية رقم 109( ‎z36‏ ‎CrRNA 1‏ الأمريكي الشكل آلا ‏الأقصر (متوالية رقم 110( ا(متوالية رقم 111( ‎z36‏ ‎CrRNA 2‏ الأمريكي الشكل آلا ‏الأقصر (متوالية رقم 112( ا(متوالية رقم 113( ‎z36‏ ‎rs1467558 crRNA‏ الشكل 0 ‎38 (115 ‏(متوالية رقم 114( | (متوالية رقم‎ C
Cc ‏الشكل‎ ‎38 (117 ‏(متوالية رقم 116( | (متوالية رقم‎ |rs1467558 crRNA 1
A ‏الشكل‎ rs2952768 crRNA ‎38 (119 ‏(متوالية رقم 118( | (متوالية رقم‎ C
A لكشلا‎ ‎38 (121 ‏(متوالية رقم 120( | (متوالية رقم‎ [r$2952768 crRNA T
A ‏الشكل‎ 54363657 crRNA ‎C‏ (متوالية رقم 122) | (متوالية رقم 123) 8ب الشكل ‎A‏ ‎|rs4363657 crRNA 1‏ (متوالية رقم 124( ا(متوالية رقم 125( 38 الشكل ‏ © ‎crRNA A‏ 15601338 | (متوالية رقم 126) | (متوالية رقم 127( 8ب
الشكل 6 ‎crRNA ©‏ 8601338 | (متوالية رقم 128( أ(متوالية رقم 129) ]38 الشكل ‎A‏ ‎rs5082 crRNA G‏ (متوالية رقم 130) ا(متوالية رقم 131( 80
A
0| (133 ‏(توالية رقم 132( | (متوالية رقم‎ | rs5082 crRNA A 0 ‏الشكل‎ Lal EGFR L858R z38 (135 ‏(متوالية رقم 134( | (متوالية رقم‎ CRNA ‏غير المعالج‎ 0 ‏الطافر الشكل‎ EGFR L858R £38] (137 ‏(متوالية رقم 136( | (متوالية رقم‎ crRNA
A ‏النمط الشكل‎ BRAF 7/600 z38 (139 ‏(متوالية رقم 138( | (متوالية رقم‎ crRNA ‏غير المعالّج‎ 8 لكشلا ‏الطافر‎ BRAF VG00E £38] )141 ‏(متوالية رقم 140( | (متوالية رقم‎ crRNA
C ‏نوكليوتيد عدم التطابق | (متوالية رقم 303( | (متوالية رقم 304( الشكل‎ 3 57 1 crRNA 0 ‏رقم 305( ا(متوالية رقم 306( الشكل‎ Adlsig| 2 rRNA ‏عدم التطابق‎ 57 ‏نوكليوتيد‎ 3 © ‏(متوالية رقم 307) | (متوالية رقم 308( الشكل‎ | 4 rRNA ‏عدم التطابق‎ 57 ‏نوكليوتيد‎ 3
عدم التطابق ‎crRNA‏ (متوالية رقم 234) | (متوالية رقم 235) الشكل © 3 توكليوتيد 7د عدم التطابق ‎crRNA‏ (متوالية رقم 236) | (متوالية رقم 237( الشكل © 3 نوكليوتيد 7د عدم التطابق ‎crRNA‏ (متوالية رقم 238( ا(متوالية رقم 239( الشكل © 3 تنوكليوتيد 7د عدم التطابق ‎ads) | rRNA‏ رقم 240) | (متوالية رقم 241( الشكل © 120 نوكليوتيد $57 عدم التطابق ‎rRNA‏ 2 | (متوالية رقم 242( ا(متوالية رقم 243( الشكل ‎Cc‏ ‏20 نوكليوتيد $57 عدم التطابق ‎rRNA‏ 4 | (متوالية رقم 244( | (متوالية رقم 245( الشكل ‎Cc‏ ‏20 نوكليوتيد $57 عدم التطابق ‎crRNA‏ (متوالية رقم 246( | (متوالية رقم 247( الشكل ‎Cc‏ ‏0 نوكليوتيد $57 عدم التطابق ‎crRNA‏ (متوالية رقم 248) | (متوالية رقم 249( الشكل © 620 نوكليوتيد $57 عدم التطابق ‎crRNA‏ (متوالية رقم 250( | (متوالية رقم 251( الشكل ‎Cc‏ ‏0 نوكليوتيد $57 عدم التطابق المستهدف 4 | (متوالية رقم 252) | (متوالية رقم 253( الشكل © عدم التطابق مله 1 8ب
عدم التطابق المستهدف 4 (متوالية رقم 254( (متوالية ,25548( الشكل 0 عدم التطابق ‎crRNA‏ 2 قوب عدم التطابق المستهدف 4 | (متوالية رقم 256( (متوالية رقم 257( الشكل ‎Of‏ ‏عدم التطابق ‎crRNA‏ 3 8ب عدم التطابق المستهدف 4 | (متوالية رقم 258( (متوالية رقم 259( الشكل © عدم التطابق ‎crRNA‏ 5 8ب عدم التطابق المستهدف 4 | (متوالية رقم 260( ا(متوالية رقم 261( الشكل ‏ © عدم التطابق ‎crRNA‏ 6 8ب عدم التطابق المستهدف 4 | (متوالية رقم 262( (متوالية رقم 263( الشكل © عدم التطابق ‎crRNA‏ 7 8ب عدم التطابق المستهدف 5 (متوالية رقم 264( (متوالية رقم 265( الشكل 0 عدم التطابق ‎crRNA‏ 2 قوب عدم التطابق المستهدف 5 | (متوالية رقم 266) | (متوالية رقم 267( الشكل ‎Cf‏ ‏عدم التطابق ‎crRNA‏ 3 8ب عدم التطابق المستهدف 5 | (متوالية رقم 268) | (متوالية رقم 269( الشكل ‎Cf‏ ‏عدم التطابق ‎crRNA‏ 4 قوب عدم التطابق المستهدف 5 | (متوالية رقم 270) | (متوالية رقم 271( الشكل ‏ © عدم التطابق ‎crRNA‏ 6 8ب عدم التطابق المستهدف 5 ا(متوالية رقم 272) ‎fading)‏ 273) | الشكل © عدم التطابق ‎crRNA‏ 7 8ب
عدم التطابق المستهدف 5 | (متوالية رقم 274) | (متوالية رقم 275( الشكل © عدم التطابق ‎crRNA‏ 8 قوب
عدم التطابق المستهدف 6 | (متوالية رقم 276( (متوالية رقم 277( الشكل © عدم التطابق ‎crRNA‏ 3 8ب
عدم التطابق المستهدف 6 | (متوالية رقم 278) | (متوالية رقم 279( الشكل 0 عدم التطابق ‎crRNA‏ 4 قوب
عدم التطابق المستهدف 6 | (متوالية رقم 280) | (متوالية رقم 281( الشكل © عدم التطابق ‎crRNA‏ 5 8ب
عدم التطابق المستهدف 6 | (متوالية رقم 282) | (متوالية رقم 283( الشكل © عدم التطابق ‎crRNA‏ 7 8ب
عدم التطابق المستهدف 6 ا(متوالية رقم 284) | (متوالية رقم 285( الشكل ‎of‏ ‏عدم التطابق ‎crRNA‏ 8 قوب
عدم التطابق المستهدف 6 | (متوالية رقم 286) | (متوالية رقم 287( الشكل © عدم التطابق ‎crRNA‏ 9 8ب الجدول 18: أهداف ‎RNA‏ و ‎DNA‏ المستخدمة في هذا المثال
الاسم المتوالية ‎Jal‏ لأول ‎(C PFS) 1 ssRNA‏ 9 (متوالية رقم 288) الشكل 2و
‎(G PFS) 1 ssRNA‏ (متوالية رقم 289) الشكل 2و
‎(A PFS) 1 ssRNA‏ (متوالية رقم 290) الشكل 2و
‎(U PFS) 1 ssRNA‏ (متوالية رقم 291) الشكل 2و
‎ssDNA‏ 1 (متوالية رقم 292) الشكل 27
‎DNA‏ 2 (متوالية رقم 293) الشكل
‏4ب
‎ZIKV‏ في الفيروسة البطيئة (متوالية رقم 294) الشكل
‏1ب
‎DENV‏ في ‎Aula) dug yall‏ | (متوالية رقم 295) الشكل
‏1ب
‏هدف ‎ZIKV‏ التخليقي (متوالية رقم 296) الشكل 33
‏هدف ‎ZIKV‏ الأفريقي التخليقي | (متوالية رقم 297( الشكل 87
‏هدف ‎ZIKV‏ الأمريكي التخليقي | (متوالية رقم 298( الشكل 87
هدف سلالة الدنك 1 التخليقي (متوالية رقم 299) الشكل ‎z37‏ ‏هدف سلالة الدنك 3 التخليقي (متوالية رقم 300) الشكل ‎z37‏ ‎ssRNA‏ 2 (متوالية رقم 301) الشكل 86 ‎ssRNA‏ 3 (متوالية رقم 302) الشكل 86 الجدول 19: البلازميدات المستخدمة فى هذا المثال اسم | الوصف الرابط لخريطة البلازميد البلازميد 0000 | هدف فحص ‎https: //benchling.com/s/IPJ1cCwR‏ 4 بيتا- لاكتاماز ‎https: //benchling.com/s/seqylkMuglYmiG4A3VhS ase | 0‏ ‎hZg | LshCasl3a 9‏ إلى ‎pACYC184‏ ‏مستهدف ‎١ 1‏ موضع ‎https: //benchling.com/s/seq-‏ ‎2WApFr3zni] GOACyQY8a | LshCasl3a 0‏
إلى pACYC184
مع مباعد غير
مستهدف ‎١ 1‏ موضع ‎https: //benchling.com/s/seq-‏ 1 8 اا | ‎Vyk8gK2fyhzegfNgLJHM‏
إلى pACYC184
مع مباعد
استهداف ‎١ 1‏ موضع ‎https: //benchling.com/s/seq-‏ ‎RxZAgPBzBUGQThkxR2Kx | 8 2‏
إلى pACYC184
مع مباعد غير
مستهدف ‎https: //benchling.com/s/seq— | Twinstrep— ١ 1‏ ‎66CfLwu7sLMQMbcXe7lh SUMO- 3‏ huLwCas13
8 للتعبير
الوراثي البكتيري
المتال 3 - يمنع ‎C262‏ العدوى ويقلل من انتساخ التهاب السحايا والمشيميات الليمفاوي ‎(LCMV)‏
تمت تهيئة ‎RNAS‏ الإرشادية بحيث ترتبط بمساحات متنوعة من جينوم ‎LCMV‏ كما هو موضح في الشكل 67 ومدرج في الجدول 20 فيما يلي. الجدول 20 تم نقل عدوى بلازميد يعبر وراثيًا عن ‎/C2c2 (Lw) Leptotrichia wadei‏ 085138 ملتحم ب ‎MSTGFP‏ مع إشارة تصدير نووي؛ وبلازميد يعبر وراثيًا عن ‎RNA‏ إرشادي إلى خلايا 29311 باستخدام ليبوفيكتامين 2000. تم وضع ‎293FT WIA‏ في أطباق في نفس وقت إضافة خليط
ليبوفيكتامين- بلازميد. بعد 24 ساعة؛ تم نقل عدوى خلايا 29311 المصابة بالعدوى باستخدام ‎(MOI 5( LCMV armstrong‏ ساعة واحدة) (تم تحديد عيار فيروسي بواسطة ‎dapat‏ وحدة تكوين بؤرة باستخدام خلايا ‎(Vero‏ بعد ساعة واحدة من ‎Jai‏ العدوى»؛ تم غسل الخلايا باستخدام منظم سيترات لإتلاف الفيروس المتبقي في أوساط نقل العدوى التي لم تنقل العدوى للخلايا. بعد 48 ساعة من العدوى» تمت إزالة المادة الطافية المحتوية على الفيروس وتخفيفها 1: 10 في ‎slo‏ ‏خالي من نوكلياز ثم الاستخدام كمدخل ل ‎RT-PCR‏ مع بادئات ضد ‎LCMV GP‏ تم توضيح النتائج في الشكل 68. تم وضع خلايا 29357 في أطباق قبل يوم واحد من عدوى ‎(LCMV‏ بحيث أجري نقل العدوى بتوافق ‎sa‏ 80- 9685. بعد 24 ساعة من الوضع في ‎(LLY‏ ثقل لخلايا 293171 عدوى ‎(MOI 5( LCMV Armstrong 0‏ ساعة واحدة) (تم تحديد العيار الفيروسي بواسطة تجربة وحدة تكوين بؤرة باستخدام خلايا ‎(Vero‏ بعد ساعة واحدة من ‎Jai‏ العدوى»؛ تم غسل الخلايا باستخدام منظم سيترات لإتلاف الفيروس المتبقي في أوساط نقل العدوى التي لم تصيب الخلايا بالعدوى. بعد 24 ساعة؛ تم نقل عدوى بلازميد يعبر وراثيًا عن ‎Lw C2c2/Casl3a‏ ملتحم مع ‎MSfGFP‏ ‏ذي إشارة تصدير نووية؛ وبلازميد يعبر وراثيًا عن ‎RNA‏ الإرشادي إلى خلايا ‎203FT‏ باستخدام 5 ليبوفيكتامين 2000. بعد 24 ساعة من تقل العدوى» تمت إزالة المادة الطافية المحتوية على الفيروس والتخفيف 1: 10 في ماء خالي من نوكلياز ثم الاستخدام كدخل إلى 1-0501 مع بادئات ضد ‎LCMV GP‏ تم توضيح النتائج في الشكل 69. تم نقل عدوى بلازميد يعبر ‎Wily‏ عن ‎Lw C2c2/Casl3a‏ ملتحم ب 115737 مع إشارة تصدير نووية؛ وأي من بلازميد أحادي أو عدة بلازميدات تعبر وراثيًا عن ‎RNA(S)‏ الإرشادية إلى 0 خلايا 29351 باستخدام ليبوفيكتامين 2000. تم وضع ‎WIA‏ 29311 في أطباق في نفس وقت إضافة خليط ليبوفيكتامين- البلازميد. تم نقل العدوى للخلايا باستخدام 1 إلى 4 ‎RNAS‏ إرشادية مختلفة. بعد 24 ساعة؛ تم نقل العدوى إلى الخلايا باستخدام ‎«MOI 5) LCMV Armstrong‏ ساعة واحدة) (تم تحديد العيار الفيروسي بواسطة تجرية ‎ang‏ تكوين بؤّرة باستخدام ‎(Vero WIA‏ بعد ساعة واحدة؛ تم غسل الخلايا باستخدام منظم سيترات لإتلاف الفيروس المتبقي في أوساط نقل 5 العدوى التي لم تصيب ‎WAY‏ بالعدوى. بعد 48 ساعة من نقل العدوى» تمت إزالة المادة الطافية
المحتوية على الفيروس والتخفيف 1: 10 في ‎ole‏ خالي من نوكلياز ثم الاستخدام كدخل إلى -47] ‎qPCR‏ مع بادئات ضد ‎LCMV GP‏ تم توضيح النتائج في الشكل 70. من الأشكال من 68- 70« من الواضح أن نظام ‎CRISPR‏ تمت تهيئته لاستهداف ‎RNA‏ ‏الفيروسي يمكنه تقليل الانتساخ الفيروسي وبالتالي الحمل الفيروسي؛ وهو ملحوظ بصورة أكبر
أيضًا باستخدام عدة ‎RNAS‏ إرشادية. المثال 4 فحص جينوم كامل من ‎LCMV‏ للكشف عن إرشادات استهداف 08513 تم إجراء فحص شامل للجينوم لتعريف ‎RNAS‏ الإرشادية الأكثر فعالية. تمت تغطية 283 ‎RNAs‏ إرشادي عبر جينوم ‎LCMV‏ كل 50 نوكليوتيد على جديلة الترميز )207 إرشادي) وكل 0 نوكليوتيد على الجديلة غير المرمزة (76 إرشادي).
0 تهيئة ومنهج فحص ‎(LCMV‏ لإجراء فحص جينوم كامل لعوامل إرشادية تقلل من انتساخ ‎LCMV‏ ‏تمت تغطية إرشادات عبر كل من ‎gall‏ 5 و ا من جينوم ‎LCMV‏ لمناطق الترميزء تمت تهيئة إرشاد 28 نوكليوتيد كل 50 نوكليوتيد بامتداد منطقة الترميز. بالنسبة للمناطق غير المرمزة؛ تمت تهيئة الخلايا الإرشادية كل 150 نوكليوتيد. هناك 4 مناطق ترميز ل ‎LCMV‏ لأربعة بروتينات ‎NP (GPC)‏ (أو ‎(dN‏ 2 و ‎(L‏ ويكون لكل واحد من تلك البروتينات الأربعة منطقة عدم الترميز
5 الخاصة به. بهذه الاستراتيجية؛ تم اختبار 283 إرشادي في المجمل: ©65: 11 إرشادي في منطقة عدم الترميز و32 إرشادي في منطقة الترميز ¢ ‎:NP‏ 12 إرشادي في منطقة عدم الترميز و35 إرشادي في منطقة الترميز ¢ 7 4 ‎aan‏ إرشادي في منطقة عدم الترميز و7 إرشاديين في منطقة الترميز ؛ ا: 49 إرشادي في منطقة عدم الترميز و33 1 ‎aan‏ إرشادي في منطقة الترميز . تم توفير المتواليات المباعدة ل ‎gRNAS‏ الخاصة؛ إلى جانب المواضع النسبية لها داخل جينوم
‎LCMV 0‏ وجينات ‎LMCV‏ فى الجدول 21 التالى. الجدول 21
(متوالية رقم
1 (636 L_targ_Z Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1| 1 ‏(متوالية رقم‎
2 (637 L_targ_Z Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2| 2 ‏(متوالية رقم‎
3 (638 L_targ_Z Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_3| 3 ‏(متوالية رقم‎
4 (639 L_targ_Z Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_4| 4 ‏(متوالية رقم‎
(640| L_targ Z Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_5| 5 ‏(متوالية رقم‎
(641 L_targ Z Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_6
(متوالية رقم
7 (642 L_targ_Z Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_7| 7 ‏(متوالية رقم‎
‎L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1| 1‏ 643( بداية ‎L‏ ‏(متوالية رقم
‎L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2| 2‏ 644( (متوالية رقم
‎10 (645 L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_3| 3
(متوالية رقم
‎L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_4| 4‏ 646( 11 (متوالية رقم
‎12 (647 L_targ L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_5| 5 ‏(متوالية رقم‎
‎13 (648 L_targ L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_6 ‏(متوالية رقم‎
‎L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_7| 7‏ 649( 14 (متوالية رقم
‎15 (650 L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_8 ‏(متوالية رقم‎
‎16 (651 L_targ L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_9 ‏(متوالية رقم‎
‎L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_10| 10‏ |652( 17 (متوالية رقم
‎18 (653 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_11| 11 ‏(متوالية رقم‎
‎19 (654 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_12| 12 ‏(متوالية رقم‎
‎20 )655 L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_13| 13
(متوالية رقم
21 (656 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_14| 14 ‏(متوالية رقم‎
22 (657 L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_15| 15 ‏(متوالية رقم‎
23 (658 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_16| 16 ‏(متوالية رقم‎
24 (659 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_17| 17 ‏(متوالية رقم‎
(660| L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_18| 18 ‏(متوالية رقم‎
26 (661 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_19| 19 ‏(متوالية رقم‎
‎L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_20| 20‏ |662( 27 (متوالية رقم
‎28 (663 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_21| 21 ‏(متوالية رقم‎
‎29 (664 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_22| 22 ‏(متوالية رقم‎
‎30 (665| L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_23| 23
(متوالية رقم
31 (666 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_24| 24 ‏(متوالية رقم‎
32 (667 L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_25| 25 ‏(متوالية رقم‎
33 (668 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_26| 26 ‏(متوالية رقم‎
34 (669 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_27| 27 ‏(متوالية رقم‎
(670| L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_28| 28 ‏(متوالية رقم‎
36 (671 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_29| 29 ‏(متوالية رقم‎
‎L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_30| 30‏ |672( 37 (متوالية رقم
‎38 (673 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_31| 31 ‏(متوالية رقم‎
‎39 (674 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_32| 32 ‏(متوالية رقم‎
‎40 (675 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_33| 33
(متوالية رقم
41 (676 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_34| 34 ‏(متوالية رقم‎
42 (677 L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_35| 35 ‏(متوالية رقم‎
43 (678 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_36| 36 ‏(متوالية رقم‎
44 (679 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_37| 37 ‏(متوالية رقم‎
45 (680 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_38| 38 ‏(متوالية رقم‎
46 (681 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_39| 39 ‏(متوالية رقم‎
‎L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_40| 0‏ |682( 47 (متوالية رقم
‏41 41ج ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL‏ 683( 48 (متوالية رقم
‎49 (684 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_42| 42 ‏(متوالية رقم‎
‎50 (685 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_43| 43
(متوالية رقم
51 (686 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_44| 44 ‏(متوالية رقم‎
52 (687 L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_45| 45 ‏(متوالية رقم‎
53 (638 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_46| 46 ‏(متوالية رقم‎
54 (689 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_47| 47 ‏(متوالية رقم‎
(690| L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_48| 48 ‏(متوالية رقم‎
36 (691 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_49| 49 ‏(متوالية رقم‎
‎L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_50| 50‏ 692( 57 (متوالية رقم
‎58 (693 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_51| 51 ‏(متوالية رقم‎
‎59 (694 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_52| 52 ‏(متوالية رقم‎
‎(695 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_53| 53
(متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_54| 54‏ 696( 61 (متوالية رقم ‎L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_55| 55‏ 697( 62 (متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_56| 56‏ 698( 63 (متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_57| 57‏ 699( 64 (متوالية رقم ‎L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_58| 58‏ 700( 65 (متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_59| 59‏ 701( (متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_60‏ |702( 6 (متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_61| 61‏ 703( (متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_62| 62‏ 704( (متوالية رقم ‎L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_63| 63‏ |705( 70
(متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_64| 64‏ 706( 71 (متوالية رقم ‎L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_65| 65‏ 707( 72 (متوالية رقم ‎L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_66‏ 708( 73 (متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_67| 67‏ 709( 74 (متوالية رقم ‎ L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_68‏ |710( 75 (متوالية رقم ‎L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_69‏ 711( 76 (متوالية رقم ‎ L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_70| 70‏ |712( 77 (متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_71| 71‏ 713( 78 (متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_72| 2‏ 714( 79 (متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_73| 73‏ 715(
‏(متوالية رقم‎ 81 (716 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_74| 74 ‏(متوالية رقم‎ 82 (717 L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_75| 75 ‏(متوالية رقم‎ 83 (718 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_76| 6 ‏(متوالية رقم‎ 84 (719 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_77| 77 ‏(متوالية رقم‎ 85 (720| L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_78| 78 ‏(متوالية رقم‎ (721 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_79| 79 ‏(متوالية رقم‎ 87 (722 L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_80 ‏(متوالية رقم‎ 88 (723 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_81| 81 ‏(متوالية رقم‎ (724 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_82| 82 ‏(متوالية رقم‎ (725 L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_83| 83
(متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_84| 84‏ 726( 91 (متوالية رقم ‎L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_85| 85‏ 727( 92 (متوالية رقم ‎L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_86‏ 728( 93 (متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_87| 87‏ 729( 94 (متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_88| 88‏ |730( 95 (متوالية رقم ‎L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_89‏ 731( (متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_90‏ 732( 97 (متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL 91| 91‏ 733( (متوالية رقم ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_92| 92‏ 734( (متوالية رقم 10 ‎L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL 93 | 93‏ 735( 0
(متوالية رقم 101 ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_94| 94‏ 736( 1 (متوالية رقم [10 ‎L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_95| 95‏ 737( 2 (متوالية رقم [10 ‎L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_96‏ 738( 3 (متوالية رقم [10 ‎L_targ L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_97| 97‏ 739( 4 (متوالية رقم [10 ‎ L_targ_L_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_98‏ |740( 5 (متوالية رقم 101 ‎L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_99‏ 741( 6 (متوالية رقم 10 ‎L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_100| 0‏ |742( 7 10 (متوالية رقم 10 ‎L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_101| 1‏ |743( 8 10 (متوالية رقم 10 ‎L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_102| 2‏ |744( 9 10 (متوالية رقم 11 ‎L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_103| 3‏ |745( 0
11 ‏(متوالية رقم‎ 10 1 (746| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_104| 4 11 ‏(متوالية رقم‎ 10 2 (747| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_105| 5 11 ‏(متوالية رقم‎ 10 3 (748| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_106| 6 11 ‏(متوالية رقم‎ 10 4 (749| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_107| 7 11 ‏(متوالية رقم‎ 10 (750| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_108| 8 11 ‏(متوالية رقم‎ 10 6 (751 L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_109| 9 11 ‏(متوالية رقم‎ 11 7 (752 L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_110| 0 11 ‏(متوالية رقم‎ 11 8 (753| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_111| 1 11 ‏(متوالية رقم‎ 11 9 (754| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_112| 2 12 ‏(متوالية رقم‎ 11 0 (755| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_113| 3
12 ‏(متوالية رقم‎ 11 1 (756| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_114| 4 12 ‏(متوالية رقم‎ 11 2 (757| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_115| 5 12 ‏(متوالية رقم‎ 11 3 (758| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_116| 6 12 ‏(متوالية رقم‎ 11 4 (759| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_117| 7 12 ‏(متوالية رقم‎ 11 (760| L_targ L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_118| 8 12 ‏(متوالية رقم‎ 11 6 (761| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_119| 9 12 ‏(متوالية رقم‎ 12 7 )762١ L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_120| 0 12 ‏(متوالية رقم‎ 12 8 (763| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_121| 1 12 ‏(متوالية رقم‎ 12 9 (764| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_122| 2 13 ‏(متوالية رقم‎ 12 0 (765| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_123| 3
13 ‏(متوالية رقم‎ 12 1 (766| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_124| 4 13 ‏(متوالية رقم‎ 12 2 (767| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_125| 5 13 ‏(متوالية رقم‎ 12 3 (768| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_126| 6 13 ‏(متوالية رقم‎ 12 4 (769| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_127| 7 13 ‏(متوالية رقم‎ 12 (770| L_targ L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_128| 8 13 ‏(متوالية رقم‎ 12 6 )771١ L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_129| 9 13 ‏(متوالية رقم‎ 13 7 )772[١ L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_130| 0 13 ‏(متوالية رقم‎ 13 8 (773| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_131| 1 13 ‏(متوالية رقم‎ 13 9 (774) L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_132| 2 14 ‏(متوالية رقم‎ 13
GPC ‏ابداية‎ 0 (775| L_targ_L Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_133| 3
(متوالية رقم 14
‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1| 1‏ |776( 1 (متوالية رقم 14
‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2| 2‏ |777( 2 (متوالية رقم 14
‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_3| 3‏ |778( 3 (متوالية رقم 14
‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_4| 4‏ |779( 4 (متوالية رقم 14
‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_5| 5‏ |780( 5 (متوالية رقم 14
‎6 )781 S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_6 14 ‏(متوالية رقم‎
‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_7| 7‏ |782( 7 (متوالية رقم 14
‎8 )783 S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_8 14 ‏(متوالية رقم‎
‎9 )784 S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_9 ‏(متوالية رقم‎ | S_targ GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1
‎0 (785 0| 10
‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1‏ | (متوالية رقم |15 ‎1١ 11‏ 786( 1 ‎S_targ GPC_Lsh/Lw2/CajLbFSL_1‏ | )45 رقم 15 2 2 787( 2 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1‏ | (متوالية رقم |15 13 ]3 788( 3 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1‏ | (متوالية رقم |15 14 |4 789( 4 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1‏ | (متوالية رقم |15 5 790( 5 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1‏ | (متوالية رقم |15 16 |6 791( 6 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1‏ | (متوالية رقم |15 17 |7 792( 7 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1‏ | (متوالية رقم |15 18 |8 793( 8 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1‏ | (متوالية رقم |15 19 |9 794( 9 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2‏ | (متوالية رقم |16 |0 795( 0
16| ‏(متوالية رقم‎ | S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2
21 |1 796( 1 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2‏ | (متوالية رقم |16
22 |2 197( 2 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2‏ | (متوالية رقم |16
23 ]3 798( 3 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2‏ | (متوالية رقم |16
24 |4 799( 4 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2‏ | (متوالية رقم |16
5 800( 5 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2‏ | (متوالية رقم |16
26 |6 801( 6 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2‏ | (متوالية رقم |16
27 |7 802( 7 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2‏ | (متوالية رقم |16
28 |8 803( 8 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2‏ | (متوالية رقم |16
29 |9 804( 9 ‎S_targ_GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_3‏ | (متوالية رقم |17
0 (805 0| 30
‎S_targ GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_3‏ | (متوالية رقم 17 31 |1 806( 1 ‎S_targ GPC_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_3‏ | (متوالية رقم 17 ‎NP Lin 2 (807 2] 32‏ (متوالية رقم 17 ‎S_targ NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1| 1‏ |808( 3 (متوالية رقم 17 ‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2| 2‏ 809( 4 (متوالية رقم 17 ‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_3| 3‏ |810( 5 (متوالية رقم 17 ‎S_targ NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_4| 4‏ |811( 6 (متوالية رقم 17 ‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_5| 5‏ |812( 7 (متوالية رقم 17 ‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_6‏ |813( 8 (متوالية رقم 17 ‎S_targ NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_7| 7‏ |814( 9 (متوالية رقم 18 ‎S_targ NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_8‏ 815) 0
(متوالية رقم 18
1 (816 S_targ NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_9 18 ‏(متوالية رقم‎
2 (817| S_targ NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_10| 10 18 ‏(متوالية رقم‎
‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_11| 11‏ |818( 3 (متوالية رقم 18
‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_12| 2‏ |819( 4 (متوالية رقم 18
‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_13| 13‏ 820) 5 (متوالية رقم 18
‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_14| 14‏ |821( 6 (متوالية رقم 18
‎7 (822| S_targ NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_15| 5 18 ‏(متوالية رقم‎
‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_16| 16‏ |823( 8 (متوالية رقم 18
‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_17| 7‏ |824( 9 (متوالية رقم 19
‎0 (825| S_targ NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_18| 18
(متوالية رقم 19
‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_19| 19‏ |826( 1 (متوالية رقم 19
‎2 (827| S_targ NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_20| 0 19 ‏(متوالية رقم‎
‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_21| 1‏ |828( 3 (متوالية رقم 19
‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_22| 2‏ |829( 4 (متوالية رقم 19
‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_23| 23‏ |830( 5 (متوالية رقم 19
‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_24| 24‏ |831( 6 (متوالية رقم 19
‎7 (832| S_targ NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_25| 5 19 ‏(متوالية رقم‎
‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_26| 26‏ |833( 8 (متوالية رقم 19
‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_27| 7‏ |834( 9 (متوالية رقم 201
‎0 (835| S_targ NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_28| 28
(متوالية رقم 201 ‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_29| 29‏ |836( 1 (متوالية رقم 201 ‎S_targ NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_30| 30‏ |837( 2 (متوالية رقم 201 ‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_31| 1‏ |838( 3 (متوالية رقم 201 ‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_32| 32‏ |839( 4 (متوالية رقم 201 ‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_33| 33‏ |840( 5 (متوالية رقم 201 ‎S_targ_NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_34| 4‏ |841( 6 (متوالية رقم 201 ‎S_targ NP_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_35| 5‏ |842( 7 (متوالية رقم 201
Znc ‏ابداية‎ 8 (843| L_targ_Znc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1| 1 201 ‏(متوالية رقم‎ 9 )844 L_targ_Znc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2| 2 21 ‏(متوالية رقم‎ 0 (845| L_targ_Znc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL 3| 3
(متوالية رقم 21 ‎L_targ_Znc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_4| 4‏ |846( 1 (متوالية رقم 21 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1| 1‏ |847( 2 ابداية ‎Lnc‏ ‏(متوالية رقم 21 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2| 2‏ |848( 3 (متوالية رقم 21 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_3| 3‏ |849( 4 (متوالية رقم 21 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_4| 4‏ |850( 5 (متوالية رقم 21 ‎L_targ Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_5| 5‏ |851( 6 (متوالية رقم 21 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_6‏ |852( 7 (متوالية رقم 21 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_7| 7‏ |853( 8 (متوالية رقم 21 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_8‏ |854( 9 (متوالية رقم 22 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_9‏ |855( 0
(متوالية رقم 22
1 (856| L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_10| 10 22 ‏(متوالية رقم‎
2 (857| L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_11| 11 22 ‏(متوالية رقم‎
3 (858| L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_12| 2 22 ‏(متوالية رقم‎
‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_13| 13‏ |859( 4 (متوالية رقم 22
‎5 (860| L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_14| 14 22 ‏(متوالية رقم‎
‎6 )861 L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_15| 5 22 ‏(متوالية رقم‎
‎7 (862| L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_16| 16 22 ‏(متوالية رقم‎
‎8 (863| L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_17| 17 22 ‏(متوالية رقم‎
‎9 (864| L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_18| 18 23 ‏(متوالية رقم‎
‎0 (865| L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_19| 9
(متوالية رقم 23 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_20| 0‏ |866( 1 (متوالية رقم 23 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_21| 1‏ |867( 2 (متوالية رقم 23 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_22| 2‏ |868( 3 (متوالية رقم 23 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_23| 3‏ |869( 4 (متوالية رقم 23 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_24| 24‏ |870( 5 (متوالية رقم 23 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_25| 5‏ |871( 6 (متوالية رقم 23 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_26| 26‏ |872( 7 (متوالية رقم 23 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_27| 27‏ |873( 8 (متوالية رقم 23 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_28| 28‏ |874( 9 (متوالية رقم 24 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_29| 9‏ |875( 0
(متوالية رقم 24 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_30| 30‏ |876( 1 (متوالية رقم 24 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_31| 1‏ |877( 2 (متوالية رقم 24 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_32| 32‏ |878( 3 (متوالية رقم 24 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_33| 33‏ |879( 4 (متوالية رقم 24 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_34| 4‏ |880( 5 (متوالية رقم 24 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_35| 5‏ 881) 6 (متوالية رقم 24 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_36| 36‏ |882( 7 (متوالية رقم 24 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_37| 37‏ |883( 8 (متوالية رقم 24 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_38| 38‏ |884( 9 (متوالية رقم 25 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_39| 39‏ |885( 0
(متوالية رقم 25 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_40| 0‏ |886( 1 (متوالية رقم 25 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_41| 41‏ |887( 2 (متوالية رقم 25 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_42| 2‏ |888( 3 (متوالية رقم 25 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_43| 3‏ |889( 4 (متوالية رقم 25 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_44| 44‏ |890( 5 (متوالية رقم 25 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_45| 5‏ |891( 6 (متوالية رقم 25 ‎L_targ_Lnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_46| 46‏ |892( 7 (متوالية رقم 25 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_47| 7‏ |893( 8 (متوالية رقم 25 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_48| 48‏ |894( 9 (متوالية رقم 26 ‎L_targ_Lnc Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_49| 9‏ |895( 0
‎S_targ_GPCnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL‏ ا(متوالية رقم 6 ابداية ‎GPCnc| 1 (896 1| 1‏ ‎S_targ_GPCnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL‏ | (متوالية رقم 26 2 21 897( 2 ‎S_targ_GPCnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL‏ | (متوالية رقم 26 3 3 898( 3 ‎S_targ_GPCnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL‏ ا(متوالية رقم 26 ‎4١ 4‏ 899( 4 ‎S_targ_GPCnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL‏ | (متوالية رقم 26 ام 900( 5 ‎S_targ_GPCnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL‏ | (متوالية رقم 26 6_ 901( 6 ‎S_targ_GPCnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL‏ | (متوالية رقم 26 ‎TT‏ 902( 7 ‎S_targ_GPCnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL‏ | (متوالية رقم 26 8_ 903( 8 ‎S_targ_GPCnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL‏ | (متوالية رقم 26 9 904( 9 ‎S_targ_GPCnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL‏ ا(متوالية رقم 27 ]10_ 905( 0
27 ‏(متوالية رقم‎ | S_targ_GPCnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL 1 11 906( 1 (متوالية رقم 27
NPnc ‏ابداية‎ 2 )907١ S_targ_NPnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1| 1 (متوالية رقم 27 3 )908١ S_targ_NPnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_2| 2 27 ‏(متوالية رقم‎ 4 )909١ S_targ_NPnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_3| 3 27 ‏(متوالية رقم‎ ‎S_targ_NPnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_4| 4‏ |910( 5 (متوالية رقم 27 ‎S_targ_NPnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_5| 5‏ | 911( 6 (متوالية رقم 27 ‎7 )912 S_targ_NPnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_6 27 ‏(متوالية رقم‎ ‎S_targ_NPnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_7| 7‏ |913( 8 (متوالية رقم 27 ‎9 )914١ S_targ_NPnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_8 28 ‏(متوالية رقم‎ ‎0 (915| S_targ_NPnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_9
28 ‏(متوالية رقم‎ | S_targ_NPnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1 1 (916 0| 10 28 ‏(متوالية رقم‎ | S_targ_NPnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1 2 (917 I] 11 28 ‏(متوالية رقم‎ | S_targ_NPnc_Lsh/Lw2/Ca/LbFSL_1 3 (918 2] 12
Casl3a jan ‏عكسيًا باستخدام بلازميد‎ HEK293FT WIA ‏لإجراء الفحص؛ تم نقل عدوى‎ ‏وبلازميد يريّز عامل إرشادي واحد باستخدام ليبوفيكتامين 2000. كما تم نقل‎ BFP ‏باستخدام تألق‎ . ‏و2 عوامل إرشادية بعيدة عن الهدف‎ «ld ‏عدوى ثلاثة عوامل إرشادية مقارنة عكسيًا : 1 ناقل‎ بعد أريع وعشرين ساعة من نقل العدوى»؛ أصيبت الخلايا بعدوى ‎LCMV‏ يعبر وراثيًا عن ‎GFP‏ ‏عند 1 ‎MOI‏ لمدة ساعة واحدة. بعد ذلك تم قياس الانتساخ الفيروسي؛ كما تم القياس بواسطة تألق ‎«(GFP‏ بعد 48 ساعة من العدوى (بعد 72 ساعة من تقل العدوى). تم التزويد بجزءِ من العوامل الإرشادية التي تقلل الانتساخ الفيروسية في الشكل 71 والجدول 22 فيما يلي. تم تقديم كمية الخفض الفيروسي؛ كما تم القياس بواسطة تغير مرات تألق ‎(GFP‏ في الشكل 72. يقدم الشكل المستهدفة تتعاقب بامتداد جينوم ‎LCMV‏ ‏الجدول 22 البروتين | إجمالي العوامل | إجمالي العوامل . | العوامل الإرشادية . | العوامل الإرشادية الإرشادية التى | الإرشادية المستهدفة المستهدفة تم اختبارها المستهدفة إ: 0 : 0 = (في منطقة الترميز) | (في منطقة عدم الترميز)
BE
BE
23 ‏الجدول‎ ‎ZikvBrazil 301-700‏ (متوالية رقم 920( ‎(921 ‏(متوالية رقم‎ ZikvBrazil_301-700_N139S ‎T7prom_ZikvBrazil 301-700‏ (متوالية رقم 922( ‎)923 ‏(متوالية رقم‎ T7prom_ZikvBrazil 301-700 _N139S ‏والفيروس‎ (RNA (DNA ‏المثال 5- تحديد حد الكشف عن جسيمات زيكا ل‎ ‏5 تم تحديد حدود الكشضف عن ‎cDNA‏ فيروس ‎AS)‏ و ‎RNA‏ ‘ وجسيمات الفيروس باستخدام طريقة ‎SHERLOCK‏ باستخدام بادئات ‎RPA‏ نوعية زيكا و ‎OFRNA‏ نوعي فيروس زيكا. للكشضف عن ‎«cDNA‏ تم تخفيف ‎cDNA‏ فيروس زيكا مشتق من خام تبلر فيروسي إلى الماء أو البول. تم ‎Glad shal‏ النشاط بالحرارة لمحاكاة المعالجة بإيقاف النشاط بالحرارة للجسيمات الفيروسية في عينة إكلينيكية إلى جانب إيقاف نشاط ‎RNASES‏ الموجودة في بول بشري. تم تنفيذ
‎RPA‏ لمدة 20 دقيقة تبعه كشف 085138 حيث يكون التألق الموضح في المخطط العمودي هو ما تم قياسه بعد ساعة واحدة (الشكل 77). للكشف عن ‎(RNA‏ تم تخفيف ‎RNA‏ المشتق من فيروس زبكا من خام حث تبلر فيروسي إلى الماء» أو البول» أو بول سبق إيقاف نشاطه ب ‎RNAse‏ والحرارة. إلى بول سليم متوقف النشاط
‏5 بواسطة ‎RNase‏ والحرارة؛ تمت إضافة ‎TCEP/EDTA‏ قبل المعالجة بالحرارة. توضح هذه المعالجة أهمية إيقاف نشاط ‎RNase‏ لمنع تحلل ‎\RNA‏ تم إجراء ‎RT-RPA‏ لمدة 20 دقيقة ‎da‏ كشف 085138 حيث يكون التألق الموضح في المخطط العمودي هو ما تم قياسه بعد ساعة واحدة (الشكل 77ب). للكشف عن جسيمات الفيروس؛ تم تخفيف جسيمات فيروس زيكا من مادة طافية من مزرعة الخلية
‏0 إلى ‎PBS‏ أو البول. بعد ذلك تم إيقاف نشاط العينات بالحرارة وب ‎RNase‏ باستخدام ‎TCEP/EDTA‏ ومعالجة بالحرارة لمدة 25 ‎dads‏ )20 دقيقة عند 55 درجة مئوية؛ 5 دقائق عند درجة مثوية). تسمح المعالجة بالحرارة من خطوتين تلك بإيقاف نشاط ‎RNases‏ في البوب قبل إطلاق ‎RNA‏ من الجسيمات الفيروسية (تكون جسيمات فيروس زيكا مستقرة عند درجات الحرارة الأقل من 65 درجة مئوية). تطلق الخطوة عند 95 درجة مئوية ‎RNA‏ من الجسيمات
‏5 الفيروسية بعد إيقاف نشاط 801856. تم إجراء ‎RT-RPA‏ لمدة 20 دقيقة ثم كشف 035138 حيث يكون التألق الموضح في المخطط العمودي هو ما تم قياسه بعد ساعة واحدة (الشكل 77ج). تم الكشف عن متغيرات النوكليوتيد الواحد في عينات فيروسية كما يلي. تم اختبار العينات باستخدام كلا ‎crRNA‏ الذي يستهدف المتوالية الطافرة و ‎CRNA‏ الذي يستهدف متوالية من النمط غير المعالّج وتم استخدام التألق النسبي لتحديد الأليل الموجود (الشكل 78).
‏0 يوضح الشكل 87ب موضع الجينوم من 3 ‎SNPs‏ الخاضعة للاختبار بواسطة طريقة ‎SHERLOCK‏ . توضح الشجرة المبسطة العلاقات بين ‎SNPs‏ ومتى نشاً ‎SNPs‏ أثناء تفشي فيروس زيكا 2015. يوضح الشكل 78ج رسوم بيانية تناظر ‎SNPs‏ مختلفة نشأت أثناء تفشبي فيروس زيكا 2015 بالموضع الذي نشاً فيه ‎SNP‏ يعبر كل عمود عن المريع 9 التخليقي بالمتوالية التي تناظر أي
من المتغير الطافر أو المتغير من النمط غير المعالّج» ‎CDNA‏ مشتق خام حث تبلر يتمتع بالمتوالية السلفية (أي بدون متغيرات طافرة) أو بدون مدخل (الماء). تم تكبير كل عينة بواسطة ‎RPA‏ لمدة 20 دقيقة وتعبر الأعمدة عن التألق بعد ساعة من ‎Jeli‏ الكشف. تعبر الأعمدة المظللة الأكثر قتامة عن التألق الذي تم قياسه عند استخدام ‎crRNA‏ الطافر في تفاعل الكشف وتعبر الأعمدة الأفتح عن التألق الذي تم قياسه عدن استخدام ‎FRNA‏ من النمط غير المعالّج. تم ‎CDNA Glad‏ من ثلاث عينات إكلينيكية. واحدة مرتبطة ‎JS‏ موضع لتفشي فيروس زيكا 5. وتم اختبار ‎CDNA‏ مشتق من خام حث تبلر مع المتوالية السلفية (بدون متغيرات طافرة) باستخدام 8/ل040 الطافر و ‎CRNA‏ من النمط غير المعالّج. يعبر الرسم البياني الموضح في ‎(Sal)‏ 78د عن نسبة التألق بين ‎CRNA‏ الطافر عن ‎CRNA‏ من النمط غير المعالّج عند نقطة 0 زمنية ساعة واحدة. تدل نسبة أكبر من 1 على أن ‎erRNA‏ الطافر كان له تألق أكبر من ذلك الخاص ب ‎CRNA‏ من النمط غير المعالّج ‎eg‏ ذلك يدل على وجود المتغير الطافر في العينة الخاضعة للاختبار. اللون القرنفلي هو ‎SNP‏ 001/05/88 والبرتقالي هو ‎(USA SNP‏ والأخضر هو ‎HND SNP‏ تعرض خربطة الشدة في الشكل 78ه نسب التألق محولة 1092 الموضحة في الشكل 78د لكل 5 عينة من العينات مقابل كل واحدة من ‎LCrRNAS‏ تدل القيم الأكبر من صفر على وجود المتغير الطافر. ‎S139N‏ عبارة عن المتغير الذي تم تعريفه حديثًا أنه يلعب دورًا في النمط الظاهري لصغر الرأس الملحوظ أثناء تفشي زيكا الحديث ‎Science)‏ .2017 .ا ,71080). يعبر كل عمود في الشكل 8 ى عن أي من المربع 9 التخليقي مع المتوالية التي تناظر أي من متغير ‎SI39N‏ أو متغير ‎cDNA (N139S 0‏ المشتق من خام حث تبلر يتمتع بمتغير /51390؛ أو بدون مدخل (الماء). تم تكبير كل عينة بواسطة ‎RPA‏ لمدة 20 دقيقة وتعبر الأعمدة عن التألق بعد ساعة واحدة من تفاعل الكشف. تعبر الأعمدة المظللة بلون داكن عن التألق الذي تم قياسه عند استخدام ‎CRNA‏ ‏استهداف ل51391 في تفاعل الكشف وتعبر الأعمدة الأفتح عن التألق الذي تم قياسه عند استخدام 8/ل04 استهداف 111395. تمكمت من تهيئة بادئات ‎RPA‏ وعوامل إرشادية واختبارها
خلال أسبوع من النشرة وربط هذا المتغير بصغر الدماغ- وإبراز سرعة/ طبيعة الزمن الفعلي لهذه الطريقة. المتال 6- قائمة ‎SHERLOCK‏ لفيروس الدنك تم توضيح قائمة ‎SHERLOCK‏ للدنك من النمط المصلي المتعدد في الشكل 79أ. يتم استخدام مجموعة واحدة من بادئات ‎RPA‏ نوعية الدنك أثناء ‎RPA‏ بعد ذلك ينقسم تفاعل ‎RPA‏ إلى 4
تفاعلات حيث يكون العامل الإرشادي نوعي النمط المصلي في كل تفاعل للسماح بالتمييز بين 4 أنماط مصلية من فيروس الدنك. في الشكل 79ب؛ تعبر كل نقطة على المحور * عن قالب المريع 9 الذي تم استخدامه كدخل لتفاعل ‎SHERLOCK‏ تم تكبير كل قالب باستخدام ‎de sane‏ واحدة من بادئات ‎RPA‏ ثم تم اختبار التفاعل مقابل كل واحدة من ‎crRNAS‏ ( 0811/1
‎.(DENV4 crRNA 5 (DENV3 crRNA (DENV2 crRNA «rRNA 0‏ تم إجراء تفاعل ‎RPA‏ لمدة 20 دقيقة؛ ويكون التألق الموضح في مخطط الأعمدة هو ذلك الذي تم قياسه بعد 3 ساعات. يعين كل ظل باللون القرنفلي ‎rRNA‏ نوعي النمط المصلي. تم توضيح تجسيد بديل لهذا المخطط من أعمدة في الشكل 79ج باعتباره تألق بمقياس لوغاريتم 10. المتال 7- قائمة ‎SHERLOCK‏ للفيروسات المصفرة المتنوعة
‏5 يوضح الشكل 180 كيفية عمل قائمة ‎SHERLOCK‏ الفيروسة المصفرة. يتم استخدام مجموعة واحدة من بادئات ‎RPA‏ التي يمكنها تكبير 4 فيروسات مصفرة ذات صلة مختلفة في ‎RPA‏ بعد ذلك ينقسم تفاعل ‎RPA‏ إلى 4 تفاعلات حيث يكون العامل الإرشادي نوعي الفيروس في كل تفاعل بحيث يسمح بالتمييز بين وجود فيروس زبكاء فيروس غرب النيل؛ فيروس الدنك؛ وفيروس الحمى الصفراء. في الشكل 80ب؛ تعبر كل نقطة على المحور ‎X‏ عن قالب ‎anal‏ 9 الذي تم
‏0 استخدامه كدخل لتفاعل ‎SHERLOCK‏ تم تكبير كل قالب باستخدام مجموعة واحدة من بادئات ‎RPA‏ ثم تم اختبار كل تفاعل ‎RPA‏ مقابل كل واحدة من ‎crRNA) crRNAS‏ لكاا2 ‎WNV‏ ‎.(YFV crRNA 5 (DENV crRNA (crRNA‏ تم إجراء تفاعل ‎RPA‏ لمدة 20 دقيقة؛ ويكون التألق الموضح في المخطط العمودي عبارة عن ذلك الذي تم قياسه بعد 3 ساعات. يعين كل لون ‎CRNA‏ نوعي الفيروس. في الشكل 280( تعبر كل نقطة على المحور * عن اثنين من قوالب
المريع 9 التي تم استخدامها كدخل لتفاعل ‎SHERLOCK‏ لمحاكاة قدرة ‎SHERLOCK‏ على الكشف عن العدوى المشتركة. تم تكبير كل تفاعل باستخدام مجموعة واحدة من بادئات ‎RPA‏ ثم تم اختبار كل تفاعل ‎RPA‏ مقابل كل واحدة من ‎(WNV crRNA (ZIKV crRNA) crRNAS‏ ‎.(YFV crRNA 5 (DENV crRNA‏ تم إجراء تفاعل ‎RPA‏ لمدة 20 دقيقة؛ ويكون التألق الموضح في المخطط العمودي هو ما تم قياسه بعد 3 ساعات. يعين كل لون ‎CTRNA‏ نوعي
الفيروس. في كل مربع أبيض ورمادي متبادل؛ يدل كل عمود على التألق الناتج عن العامل الإرشادي الخاضع للاختبار بترتيب ‎«DENV crRNA (WNV crRNA (ZIKV crRNA‏ ‎YFV rRNA‏ محفوظًا في كل مريع. تم توضيح التجسيدات البديلة للتألق الذي تم قياسه الذي تم التعبير ‎die‏ في المخططات العمودية في الشكلين 80ب و80ج؛ في الشكلين 815181«
0 على الترتيب. المثال 8- تشخيص فيروسي باستخدام ‎CRISPR-Cas13a‏ ‏يستخدم مقدموا الطلب منصة كشف ‎SHERLOCK (CRISPR-Cas13‏ للكشف المباشر عن فيروس زبكا من البول؛ وتمييز عدة فيروسات مسببة للأمراض» وتعريف طفرات تكيفية ذات صلة إكلينيكيًا.
5 أبرزت التفشيات الفيروسة الحديثة التحديات الكبيرة لتشخيص العدوى الفيروسية؛ تحديدًا في ‎labial‏ البعيدة جدًا عن المعامل الإكلينيكية. كان التشخيص الفيروسي صعب بشكل محدد أثناء تفشي ‎ZIKV‏ 2016.,؛ ‎Wis‏ بسبب أن ‎ZIKV‏ يحافظ على عيارات منخفضة في عينات البشر وبشكل عدوى عابرة. نتيجة للقيود المتعلقة بتقنيات التشخيص الحالية؛ يدور الفيروس لعدة أشهر قبل إمكانية تأكيد أول حالات إكلينيكيًا )2017 ‎et al.‏ /7»ا5ا6/ا). على سبيل ‎«Jal‏ يكون
0 الكشف عن الحمض النووي حساس جدَّا ويمكن تهيئته بسرعة؛ ولكن يتطلب استخدام عينة شامل وأجهزة مكلفة. على العكس؛ تكون الاختبارات التي أساسها مولد الضد والجسم المضاد أسرع وتتطلب معدات بسيطة؛ ولكن تكون ذات حساسية ونوعية منخفضة ويمكن أن تستغرق ‎Does‏ ‏لتطويرها. تجمع التقنية التشخيصية المثالية بين الحساسية؛ والنوعية؛ والمرونة لتشخيص الحمض النووي مع تكلفة منخفضة وسرعة في اختبارات أساسها مولد الضد. يمكن تطوير تقنية تشخيصية
5 كهذه بسرعة ونشرها للتصدي للتفشي الفيروسي الظاهر؛ وتكون مناسبة لمراقبة المرض ميدانيًا.
في هذا الصدد؛ طوّر مقدموا الطلب تقنيات تشخيصية فيروسية باستخدام منصة كشف عن حمض نووي أساسها 08513؛ ‎SHERLOCK‏ (فتح مرشد إنزيمي ‎Me‏ الحساسية نوعي) (الشكل 2). يمكن أن يقوم 08513؛ وهو رببونكلياز موجّه ‎(RNA‏ بتكبير إشارات > 1000 مرة من خلال انقسام موازي؛ وتوفير نوعية محسنة بتاءً على ازدواج ‎:crRNA‏ الهدف. كما ‎maw‏ 08513 بمنصة تشخيص فيروسي يمكن تهيئتها بصورة كبيرة حيث أنه يمكن استهداف مسببات المرض أو الطفرات الفيروسية الجديدة فقط عن طريق تغيير متوالية ‎.CrRNA‏ كما يزيد ازدواج 85138 باستخدام تكبير متساوي ‎hall‏ قبلي باستخدام تكبير بوليميراز ريكومبيناز ‎(RPA)‏ من حساسيته دون الحاجة إلى أجهزة مكلفة. باستخدام منصة ‎SHERLOCK‏ تلك؛ كشف مقدموا الطلب عن الفيروسات مباشرةً من موائع الجسم؛ وخلق قوائم فيروسية لتمييز الفصائل والسلالات الفيروسية 0 المتعددة؛ وتطوير تقنيات تشخيصية لتعريف طفرات ذات صلة إكلينيكيًا. قام مقدموا لالطلب أولاً بفحص حساسية تجرية ‎SHERLOCK‏ ل ‎Gootenberg et ( ZIKV‏ 7 .281)» وحددوا أنه كان لها حساسية نسخة واحدة (1 ‎(cp‏ ل ‎ZIKV cDNA‏ (الشكل 86). قام مقدموا الطلب بتقييم أداء ‎SHERLOCK‏ على مجموعة من 40 ‎CDNAS‏ مشتقة من ‎lie‏ ‏من تفشي ‎ZIKV‏ 2016 (الشكل 82ب؛ الشكل 87). وقد تضمنت 37 عينة من مرضى ‎ZIKV‏ ‏5 (13 عينة بلازماء 13 عينة مصل»؛ و11عينة بول) و3 عينات من مجموعات بعوض. تمكن مقدموا الطلب من الكشف عن ‎ZIKV‏ في ‎CDNA‏ من 25 من بين 37 عينة إكلينيكية (9668)؛ و3 من بين 3 مجموعات بعوض (96100). قارن مقدموا الطلب كشف ‎SHERLOCK‏ لعينات ‎cDNA‏ الأربعين تلك إلى طريقة ‎PCR‏ أمبليكون أكثر تخصصًا حيث تتم تغطية ‎ZIKV cDNA‏ بالكامل وتكبيره باستخدام مجموعتي بادئة ‎POR‏ مختلفتين تحتويا على 35 موضع مستهدف ‎(Quick et al. 2017( 0‏ (الشكل 82ج). قام مقدموا الطلب بتحديد مقدار منتجات ‎PCR‏ ‏الأمبليكون تلك باستخدام ‎(Agilent Tapestation‏ واختاروا قيمة حدية لتحديد وجود أو غياب ‎ZIKV‏ (الخط الشرطي الأحمر) لزيادة الدقة لأقصى حد كما تم القياس بواسطة تغطية متوالية الجينوم (الشكل 88( انظر الطرق والتفاصيل). من بين 32 عينة كانت موجبة باستخدام طريقة واحدة على ‎(JN‏ كانت هناك 25 ‎die‏ موجبة بواسطة الطريقتين» لتوافق 9678 (انظر مخطط ‎oS. (Venn 5‏ للطريقتين أداء مساوي؛ رغم تغطية الجينوم بالكامل ب ‎PCR‏ الأمبليكون؛ وأيضًا
باستخدام حجم دخل أكبر ل ‎PCR‏ الأمبليكون (2.5 ميكرو لتر) عن ‎SHERLOCK‏ )1 ميكرو لتر). توضح تلك النتائج حساسية ‎SHERLOCK‏ وتطبيقها الناجح على العينات الإكلينيكية. يستهلك استخلاص الحمض النووي كثير من الوقت؛ ويتطلب مهارة خبراء؛ وعادة ما لا يكون ‎Ua‏ في المجال. لهذا طوّر مقدموا الطلب طريقة ‎SHERLOCK‏ يمكنها تكبير والكشف عن الحمض النووي من البول بدون استخلاص. استخدام مقدموا الطلب توليفة من الاختزال الحراري
والكيميائي لتحلل الجسيمات الفيروسية وإيقاف نشاط ‎RNases‏ (الشكل 89( وهي موجودة في البول بحوالي 1 ميكرو جرام/ ملليلتر )1982 ‎.(Weickmann and Glitz‏ استخدم مقدموا الطلب هذا البول المعالّج مباشرة كدخل إلى ‎RPA‏ بدون تخفيف. أتاحت هذه الطريقة كشف نسخة واحدة من ‎ZIKV CDNA‏ مخفف في البول (الشكل 183). إذا كان ‎ZIKV RNA‏ مخفف في بول
0 غير معالّج؛ تنخفض الحساسية إلى 3.6 فمتو مولار (1800 نسخة/ ميكرو لتر)؛ على نحو مفترض بسبب تحلل ‎RNase‏ (الشكل 83ب). يسمح تخفيف ‎ZIKV RNA‏ في البول ‎glad)‏ ‏بكشف حساس على نحو ‎(glue‏ مقارنة بالماء (36 أتومولار أو 18 نسخة/ ميكرو لترء الشكل 0). على نحو طبيعي؛ تتم كبسلة ‎ZIKV RNA‏ في جسيمات فيروسية؛ تحمي ‎RNA‏ من التحلل. قام مقدموا الطلب بتطوير طريقة إيقاف نشاط بالحرارة على خطوتين ويتم فيها أولاً تسخين
5 العينات إلى أقل من درجة حرارة الصهر لجسيمات ‎ZIKV‏ لإيقاف نشاط ‎(RNases‏ ثم عند 95 درجة مئوية لمدة 5 دقائق لتحلل وإيقاف نشاط الجسيمات الفيروسية (الشكل 91( ( ‎Miller et‏ 6 .281). أتاح ذلك الكشف الحساس عن ‎ZIKV‏ من جسيمات مُعدية عند 20 أتومولار (10 نسخ/ ميكرو لتر) في < ساعتين (الشكل 83ج). للوصول إلى حساسية 6 أتومولار (3 نسخ/ ميكرو لتر) في البول؛ استخدام مقدموا الطلب خطوة كشف تستغرق 3 ساعات؛ لإجمالي زمن
0 تحول < 4 ساعات (حاشية الشكل 83ج). تدور العديد من الفيروسات المصفرة المماثلة ‎lg‏ ومن حيث توليد الضد ‎Ge‏ داخل الأمريكتين وأفريقيا؛ لهذاء قام مقدموا الطلب بمد ‎SHERLOCK‏ لتطوير قوائم تشخيصية للكشف عن فصائل فيروسية ذات صلة والتمييز بين الأنماط المصلية الفيروسي. باستخدام لوغاربتم تهيئة مسبار تم تطويره في المعمل» يتمكن مقدموا الطلب من التعريف السريع للمناطق داخل /67/ا2؛ فيروس الدنك
‎(DENV) 5‏ فيروس غرب النيل ‎((WNV)‏ وفيروس الحمى الصفراء ‎(YFV)‏ المحفوظة بالقدر
الكافي للاستخدام كمناطق بادئة ‎RPA‏ فيروسة مصفرة شاملة. بهذه الطريقة؛ يمكن أن يقوم زوج أحادي من بادئات ‎RPA‏ بتكبير أي من الفيروسات الأربعة ثم تتمكن ‎rRNAS‏ نوعية الفصائل من الكشف عن أي فيروس من ‎lug pill‏ موجود في ‎die‏ ما (الشكل 84أ). اكتشف مقدموا الطلب أن بادئات ‎RPA‏ الفيروسة المصفرة الدولية و ‎CIRNAS‏ نوعية الفيروس تتمكن من الكشف عن وجود أهداف ‎YFV DNA 5 (WNV (DENV (ZIKV‏ التخليقية بطريقة نوعية بصورة كبيرة مع تفاعلية عكسية > 960.22 (الشكل 84ب؛ الشكل 92). كما تتمكن تلك التجرية من الكشف عن وجود كل التوليفات الزوجية للفيروسات المصفرة؛ وتوضح قدرتها على الكشف عن العدوى المشتركة الزائفة (الشكل 84ج؛ ‎Jal‏ 93). بالإضافة إلى الكشف عن الفيروسات ذات الصلة نوعيًا؛ قام مقدموا الطلب بتهيئة قوائم ‎SHERLOCK‏ للتمييز بين الأنماط المصلية ‎DENV‏
0 المختلفة باستخدام بادئات ‎DENV-specific RPA‏ و ‎crRNAs‏ نوعية النمط المصلي (الشكل 4). تمكن مقدموا الطلب من التمييز بين الأنماط المصلية ل ‎DENV‏ من 1- 4 مع تفاعلية عكسية >%3.2 (الشكل 84ه؛ الشكل 94). يمكن على ذلك مد ‎SHERLOCK‏ للكشف عن والتمييز بين الفيروسات والأنماط ذات الصلة المختلفة دون الحاجة إلى بادئات ‎RPA‏ نوعية الفيروس أو النمط المصلي.
5 إن ‎SHERLOCK‏ متوازن بصورة فربدة لتعريف متغير يمكن نشره ميدانيًا. عادة ما يشمل تعريف تعددات الأشكال لنوكليوتيد واحد ‎(SNPS)‏ استخدام تقنيات عمل المتواليات التي تتطلب معالجة ‎die‏ كبيرة ويصعب نشرها في المجال. يمكن استخدام ‎SHERLOCK‏ لتعريف ‎SNP‏ بواسطة وضع ‎SNP‏ في الموضع الثالث من ‎FRNA‏ وعدم التطابق التخليقي في الموضع الخامس من ‎crRNA‏ (الشكل 185( )2017 ‎et al.‏ 6001805©159). قام مقدموا الطلب بتهيئة تقنيات
0 تشخيصية ‎SHERLOCK‏ لعدد 3 ‎SNPs‏ نوعية المنطقة من تفشي ‎ZIKV‏ 2016 (الشكل 5ب). تأكد مقدموا الطلب من أداء كل تجربة من تلك التجارب على أهداف تخليقية وخام تغذية فيروسي سلفي (الشكل 85ج). للتنميط الوراثي للعينات؛ قام مقدموا الطلب بأخذ نسبة تألق ‎rRNA‏ المشتق (الشكل 185( الأعمدة الداكنة) عن تلك الخاصة ب ‎rRNA‏ السلفية (الشكل 185( الأعمدة الفاتحة). يجب أن تكون تلك النسبة أكبر من 1 للعينات المحتوية على ‎SNP‏ وأقل
25 .من 1 للعينات التي لا تحتوي على ‎SNP‏ قام مقدموا الطلب باختبار تجارب ‎SNP‏ على عينات
‎CDNA‏ من مرضى من الهندوراس وجمهورية الدومينيكان» وتجمع بعوض من الولايات المتحدة الأمريكية (الشكل 85د). لاحظ مقدموا الطلب نسب التألق المتوقعة؛ كما هو موضح في المخططات العمودية (الشكل 85) ومخططات الشدة (الشكل 85ه). تبرز تلك النتائج نوعية النوكليوتيد الأحادي ل ‎SHERLOCK‏ ‏5 أخيرًاء أوضح مقدموا الطلب أنه يمكن تهيئة ‎SHERLOCK‏ بسرعة لتعريف الطفرات الوظيفية
الظاهرة. خلال أسبوع من نشر تقرير يصف طفرة نقطة ‎ZIKV‏ في ‎(SI39N) prM‏ تساهم في صغر دماغ الجنين )2017 ‎(Yuan et al.‏ (الشكل 95). قام مقدموا الطلب بتهيئة؛ وترتيب؛ واختبروا بنجاح تقنية ‎SHERLOCK‏ التي يمكنها التمييز بين متواليات الحمض النووي مع أو بدون طفرة ‎S139N‏ (الشكل 85و). اختبر مقدموا الطلب تهيئة ‎rRNA‏ بديلة (بدون عدم
0 تطابقات تخليقية و ‎SNP‏ عند الموضع 7( التي يمكنها تمييز مركبات أليل 1395 و ‎139N‏ ‏(الشكل 96). لمزيد من التوضيح لسهولة تطوير تقنيات تشخيص ‎SHERLOCK‏ جديدة لطفرات ذات صلة إكلينيكيًا؛ قام مقدموا الطلب بتطوير تجارب لأكثر ست طفرات مقاومة للعقار ملاحظة في ‎HIV‏ ترانسكريتاز العكسي (الشكل 97) خلال أسبوع واحد. تؤكد تلك التطورات على قابلية تهيئة ونوعية منصة ‎SHERLOCK‏
أوضح مقدموا الطلب مجموعة متنوعة من السمات المفيدة لتقنيات تشخيص ‎SHERLOCK‏ ‏الفيروسية وتتضمن الحساسية؛ والسرعة؛ وملائمتها للمستخدم؛ وقدرتها على مضاعفة قوائم تشخيص فيروسي والقدرة على التنميط الوراثي ل ‎SNPs‏ ذات صلة إكلينيكيًا. يجب أن يسمح زمن التحويل السربع والمتطلبات المنخفضة لمعالجة العينة باختبار ميداني ل ‎SHERLOCK‏ في القريب العاجل. بالإضافة إلى ذلك يجب أن تكون تقنيات تشخيص ‎SHERLOCK‏ سهلة
0 التطوير لمجموعة متنوعة من الأمراض الفيروسية؛ وتتضمن الحمى النزفية؛ والعدوى المنقولة عن طريق الاتصال الجنسيء والأمراض التنفسية؛ إلى جانب مسببات أمراض فيروسية ناشئة. المثال 8- الطرق العينات الإكلينيكية/ البيان المتعلق بآداب المهنة. كانت العينات الإكلينيكية المستخدمة لهذه الدراسة من دراسات إكلينيكية تم تقييمها والموافقة عليها بواسطة لجان المراجعة المؤسسية/ مراجعة
آداب المهنة في المستشفى العام ‎Santo ( Hospital General de la Plaza de la Salud‏ ‎«Domingo‏ جمهورية الدومينيكان)» إدارة الصحة بفلوريدا ‎(Tallahassee)‏ فلوريدا)»؛ و ‎<Tegucigalpa) Universidad Nacional Autonoma de Honduras‏ الهندوراس). لجان المراجعة المؤسسية/ مراجعة آداب المهنة في معهد التكنولوجيا بماساتشوستس ‎(MIT)‏ ومكتب
البحوث ‎(Office of Research Subject Projection)‏ لدى معهد برود المقدم للموافقة على استخدام العينات المجمعة بواسطة المؤسسات المدرجة سابقًا. إنتاج 10/085138 و ‎.crRNAs‏ تمت ‎LwCas]3a Lan‏ كما تم الوصف ) ‎Gootenberg et‏ 7 .21). تم تطويع قوالب ‎cRNA DNA‏ إلى أوليجونوكليوتيد معزز ‎TT‏ عند تركيز نهائي يبلغ 10 ميكرو مولار في 1 منظم تفاعل ‎(NEB) Taq‏ وبشتمل ذلك على 5 دقائق من
0 التحويل عن الصفات الطبيعية عند 95 درجة مئوية تليها تطويع عند 5 درجة مئوية في الدقيقة نزولاً إلى 4 درجة مئوية. تم انتساخ 05ل!»08 في المختبر باستخدام طقم تخليق ‎RNA‏ عالي النتاج ‎.(NEB) HiScribe 17 High Yield RNA Synthesis Kit‏ تم إجراء الانتساخات ‎lady‏ ‏لتعليمات ‎dial‏ لنسخ ‎RNA‏ قصيرة؛ مع تدرج الحجم إلى 30 ميكرو لتر. تمت حضانة التفاعلات طوال الليل عند 37 درجة مئوية. تمت تنقية النسخ باستخدام خرزات ‎RNACIlean XP‏
‎(Beckman Coulter) 5‏ باستخدام مرتين نسبة الخرز إلى حجم التفاعل وتكملة إضافية من 1.8 * أيزو بروبانول. تحضير العينة. تم استخلاص ‎RNA‏ الفيروسي من 140 ميكرو لتر من المادة المدخلة باستخدام طتم ‎(QIAGEN) QlAamp Viral RNA Mini Kit‏ مع ‎RNA‏ الحامل ‎Ly‏ لتعليمات المصنْع. تمت التصفية التتابعية للعينات في 60 ميكرو لترء والتخزين عند -80 درجة مئوية.
‏0 الإنتاج ‎«cDNA‏ تم تحويل 5 ميكرو لتر من ‎RNA‏ الذي تم استخلاصه إلى ‎cDNA‏ أحادي الجديلة باستخدام طرق تم نشرها سابقًا )2014 ‎(Matranga et al.‏ للاختصار؛ تم الانتساخ العكسي ل ‎RNA‏ باستخدام ‎SuperScript ١١|‏ ويادئات هكسامير عشوائية. بعد ذلك تم تحلل مزدوجات ‎RNA-DNA‏ باستخدام ‎RNase H‏
تم استخدام ناتج عزل مستزرع واحد»؛ ‎ZIKV Pernambuco‏ (ناتج العزل ‎(PE243‏
1)»++»+4[©كعينة مقارنة إيجابية أو ‎due‏ مقارنة للمتوالية السلفية في تجارب الكشف عن
‎ZIKV‏ تم استخلاص ‎RNA‏ الفيروسي من عينة خام حث التبلر.
‏تم إجراء إيقاف نشاط ‎RNase‏ لعينات البول بواسطة إضافة ‎TCEP/EDTA‏ وتسخين العينات. تمت إضافة 1080 و 5018 إلى عينات البول عند تركيزات نهائية 100 مللي مولار و1 ‎lle‏
‏مولار على الترتيب. تم استخدام طريقتين: إيقاف نشاط من خطوة واحدة عند 95 درجة مئوية ‎Baal‏
‏10 دقائق؛ أو إيقاف نشاط على خطوتين عند 50 درجة مثوية لمدة 20 دقيقة ثم 95 درجة مئوية
‏لمدة 5 دقائق. تم إجراء عمليات إيقاف النشاط باستخدام وحدة تدوير حرارية ( ‎Eppendorf‏
‎(MasterCycler‏ أو قالب تسخين جاف.
‏0 تفاعلات ‎RPA‏ وتهيئة البادئة. بالنسبة لتفاعلات ‎(RPA‏ تم استخدام طقم ‎Twist-Dx RT—‏ ‎Lay RPA‏ لتعليمات المصيّْع. كانت تركيزات البادئة 480 نانو مولار. لتفاعلات التكبير التي تشمل ‎(RNA‏ تم استخدام متبط ‎RNase‏ الفأري ‎(NEB M3014L)‏ عند تركيز نهائي يبلغ وحدتين لكل ميكرو لتر. ‎Cail‏ عن ‎ZIKV‏ تم استخدام بادئات ‎(RPA‏ 40819/40821>| من نشرة ‎Las‏
‎.(Gootenberg et al. 2017( 5‏ بالنسبة لقائمة الفيروسة المصفرة؛ تم استخدام بادئات ‎(RPA‏ ‎[FLAVI-NSS5fwd-1/FLAVI-NS5rev-1‏ بالنسبة لقائمة فيروس الدنك؛ تم استخدام بادئات ‎.DENV-3UTRfwd-1/DENV-3UTRrev-1 . (RPA‏ بالنسبة للكشف عن ‎SNP‏ زيكا نوعي المنطقة؛ تم استخدام بادئات ‎DOMUSA~-5249-fwd / 001/058-5249- (RPA‏ ‎USA935 ( USA-935-fwd / USA-935-rev 5 (DOMUSAS5249 SNP) rev‏
‎«(SNP 20‏ و ‎((HND2788 SNP) 1180-2788-1000 / HND-2788-rev‏ للكشف عن ‎SNP‏ زيكا المرتبط بصغر الدماغ؛ تم استخدام بادئات ‎ZIKV-mcep—fwd (RPA‏ و ‎ZIKV-‏ ‎.mcep-rev‏ بالنسبة للكشف عن ‎SNPs‏ مقاومة للعقار في ‎HIV‏ ترانسكريتاز العكسي؛ تم استخدام بادئات ‎(K1I03N (K65R) HIVRT-149F / HIVRT-348R (RPA‏ و ‎V106M‏ ‎.(G190A SNPs 4 (M184V Y181C) HIV-462F | HIVRT-601R 4 «(SNPs‏
تفاعلات الكشف عن 085138 وتهيئة ‎.CTRNA‏ تم إجراء تفاعلات الكشف كما تم الوصف ‎((Gootenberg et al. 2017)‏ فيما عدا استخدام 25 نانو جرام من ‎RNA‏ الخلفية بدلاً من 0 نانو جرام. يزيد ذلك من معدل التفاعل بدون إدخال أي انقسام طفيلي لأوليجونوكليوتيد المرشد. ما لم يوضح خلاف ذلك؛ تم استخدام ‎(Thermo) RNase Alert v2‏ باعتباره المرشد. تتم استخدام قارئات الطبق الدقيق ‎«Synergy H4) Biotek‏ 802لا و5 ‎(Cytation‏ لقياس التألق بتفاعل الكشف. تمت مراقبة حركيات التألق باستخدام جهاز تلوين أحادي عند تنبيه عند 5 نانو متر وانبعاث عند 520 نانو متر مع قراءة كل 5 دقائق لفترة تصل إلى 3 ساعات. لم يلاحظ مقدمي الطلب فروق في الحساسية بين الأجهزة المختلفة. لكشف ‎ZIKV‏ تم استخدام ‎CRNA 2 " rRNA‏ يستهدف زيكا" من نشرة حديثة
CrRNAs ‏لقائمة الفيروسة المصفرة؛ تم استخدام -/6ا2‎ .(Gootenberg et al. 2017( 0
WNV-NS5at9243 ‏(لالااعن)‎ DENV-NS5at9127 ((ZIKV) NS5at9227
CrRNAs D1- ‏لقائمة فيروس الدنك؛ تم استخدام‎ L(YFV) YFV-NS5at9122 5 ((WNV)
D3-3UTRat10419 ((DENV2) D2-3UTRat10433 «(DENV1) 3UTRat10457 ‏زبكا نوعي المنطقة؛ تم‎ SNP ‏لكشف‎ .(DENV4) D4-3UTRat10366 5 ((DENV3) 5 استخدام ‎~crRNAs DOMUSA-5249‏ السلفي / ‎-DOMUSA-5249‏ المشتق ‎(DOMUSAS5249 SNP)‏ 58-935 ل- السلفي ‎USA-935-‏ / المشتق ( 5935لا ‎~HND-2788 5 (SNP‏ السلفي ‎HND-2788‏ /- المشتق ‎.(HND2788 SNP)‏ للكشف عن ‎SNP‏ زيكا المرتبط بصغر الدماغ؛ تم استخدام ‎—CcrRNAs ZIKV-mcep-snp3syn5‏ السلفي ‎ZIKV-mcep-snp3syn5‏ /- المشتق (تم توضيح التهيئة في الشكل 85ر)؛ 0 و5007-م01606-/214 ‎—crRNAs‏ السلفي ‎ZIKV-mcep-snp7‏ /- المشتق (تم توضيح التهيئة في الشكل 96). للكشف عن ‎SNPs‏ المقاومة للعقار في ‎HIV.‏ ترانسكريتاز عكسي؛ تم استخدام ‎—crRNAs HIVRT-KOS5R‏ السلفي 4ا665|- 1111/41 /- المشتق ‎«((KOSR SNP)‏ ‎—crRNAs HIVRT-K103N‏ السلفي ‎HIVRT-K103N‏ /- المشتق ‎«(KIO3N SNP)‏ ‎—crRNAs HIVRT-VO16M‏ السلفي ‎HIVRT-VI06M‏ /- المشتق ‎«(V106M SNP)‏ «(YI81C SNP) ‏المشتق‎ -/ HIVRT-Y181C ‏السلفي‎ —crRNAs HIVRT-Y181C 5
‎—crRNAs HIVRT-M184V‏ السلفي ‎HIVRT-M184V‏ /- المشتق ‎«((M184V SNP)‏ ‎-crRNAs HIVRT-G190A 4‏ السلفي ‎HIVRT-G190A‏ /- المشتق ‎.(G190A SNP)‏ تحليل البيانات. تم إجراء تصحيح الخلفية بواسطة طرح قيم التألق بعد 10 دقائق (الأشكال 82- 84( أو 20 دقيقة (الشكل 85)؛ عند ملاحظة أقصى تألق. لكلا قائمة الفيروسة المصفرة وقائمة فيروس الدنك؛ تمت معايرة التألق مصحح الخلفية إلى تألق نوعي الهدف. يكون التألق نوعي الهدف هو متوسط التألق مصحح الخلفية لعينة مقارنة بدون دخل (الماء) مع طرح ‎CRNA‏ ما من ‎ll‏ مصحح الخلفية لهدف ‎DNA‏ ما مع نفس ‎CRNA‏ في نفس النقطة الزمنية. لتحليل عينات ‎ZIKV‏ من التفشي 2016 (الشكل 82)؛ تم استخدام القيم الحدية لتحديد وجود أو غياب ‎ZIKV‏ .3 تحديد القيمة الحدية لتألق ‎SHERLOCK‏ باستخدام تألق تم طرح الخلفية منه 10 .من 5 عينات: 4 عينات بول بشري سليم من مانح واحد وعينة مقارنة ماء بدون مدخلات واحدة. تحديدًاء لكل عينة 5 من العينات الخمسة ‎colli‏ أخذ مقدموا الطلب المتوسط ‎MS‏ والاتحراف المعياري 05 للتألق عبر 3 نسخ فنية. تم ضبط القيمة الحدية على متوسط 5 قيم (015+305). تم تحديد القيمة الحدية على ناتج ‎POR‏ الأمبليكون باستخدام معلومات من تجميعات الجينوم. ‎Ng‏ تم حساب ناتج ‎PCR‏ الأمبليكون لكل ‎die‏ بأخذ أدنى تركيز من كل مجموعة من مجموعتي ‎PCR‏ ‏5 الأمبليكون (الشكل 87)). والهدف عندئذ هو تحديد ناتج أفضل تنبؤات سواء جد جزءِ مستهدف محدد من © في العينة أو لا (في هذه الحالة؛ يقوم مقدموا طلب ‎RPA‏ الأمبليكون بالكشف باستخدام ‎(SHERLOCK‏ يمكن تقييم احتمالية وجود ‎(Prs(r) »5 due AT‏ باعتبارها ‎oa‏ من جينوم ‎ZIKV‏ الذي تم عمل متوالية منه وتجميعه من ‎CDNA‏ ل 5. (يفضل حساب الاحتمالية عبر جينوم ببساطة لمعرفة ما إذا كانت هناك تغطية في الجينوم عند © لأن نقص التغطية لا يدل 0 بالضرورة على عدم وجود "). تكون البيانات لهذا التحليل من نسخ فنية مفردة من دراسة متواليات جينوم حديثة لتفشي ‎.(Metsky et al. 2017) ZIKV‏ تم ‎mung‏ مخطط لناتج ‎PCR‏ ‏الأمبليكون مقابل ‎eda‏ من الجينوم المغطى في الشكل 87ب. يمكن استخدام القيم ‎Prs(r)‏ لتقييم الدقة وتذكر اختيار قيمة حدية. على وجه التحدديد؛ يكون تقدير عدد العينات التي ليس لها ‎١‏ هو مجموع ‎P(r)‏ عبر كل العينات. على نحو مماثل؛ بين عينات ‎P‏ التي يتجاوز ناتج ‎PCR‏ ‏5 الأمبليكون لها قيمة حدية محددة؛ تم تقييم العدد المعلم بصورة صحيحة بأنه يوجد به ؟ كمجموع
‎Prs(r)‏ عبر العينات في . يوضح الشكل 87ج دقة ‎Sng‏ كل اختيار ‎dad‏ حدية؛ إلى جانب نقاط 0.5 وهو قياس مركب يأخذ بعين الاعتبار قدرة القيمة الحدية على تصنيف العينات بدقة على أن بها ‎hall‏ المستهدف من ‎ZIKV‏ تم ضبط القيمة الحدية لناتج ‎PCR‏ الأمبليكون لزيادة نقاط 0.5 لأقصى حد.
لتعريف ‎SNP‏ تم حساب قيم التألق المطروح منها الخلفية باستخدام ‎crRNAS‏ الاستهداف السلفي والاستهداف المشتق. أخذ مقدموا الطلب نسبة التألق مطروح الخلفية المشتق إلى التألق مطروح الخلفية السلفي لتحديد وجود أو غياب ‎SNP‏ بالنسبة ل ‎HIV SNPs‏ (الشكل 97)؛ قام مقدموا الطلب بحساب مؤشر تعريف ‎SNP‏ وهو نسبة التألق لأليل المشتق مقسومة على نسبة التألق لأليل السلفي. يساوي مؤشر تعريف ‎SNP‏ 1 إن لم تكن هناك قدرة تمييز بين مركبي الأليل؛
0 وزيادة نسب التألق بين تباعد الأليلين. تجارب الكشف عن ‎ZIKV‏ تم استخدام ‎cDNA‏ خام تغذية ‎PE243‏ عند تركيز خام يبلغ ‎X6.8‏ ‏0 نسخة/ ميكرو لتر. تم التخفيف المتعاقب ل ‎cDNA‏ 1: 10 في ماء فائق النقاء ( ‎Life‏ ‎«(Technologies‏ أو بول سليم ‎(Lee Biosolutions)‏ تم إيقاف نشاط 4- 8 ميكرو لتر من كل عينة؛ وتم استخدام 1- 2 ميكرو لتر كدخل لتفاعلات ‎RPA‏ تم استخدام ‎RNA‏ خام تغذية ‎PE243 5‏ بمقدار 2.72 ‎x‏ 10 5 نسخة/ ميكرو لتر. تم تخفيف ‎RNA‏ بالتعاقب مخفف 1: 10 في ماء فائق النقاء ‎«(Life Technologies)‏ أو بول سليم ‎Biosolutions)‏ 186). تم إيقاف نشاط 4- 8 ميكرو لتر من كل عينة؛ وتم استخدام 1- 2 ميكرو لتر كدخل لتفاعلات ‎RPA‏ ‏تم استخدام ناتج العزل المستزرع؛ سلالة ‎((KUS01215) PRVABCS9‏ لتجارب الجسيم الفيروسي. تم استزراع ‎PRVABCS9‏ في سلالات خلية حشرية ورئيسيات غير بشرية وتم شراء 0 الخام الأصلي من ‎.(ATCC VR-1843) ATCC‏ تجارب القائمة الفيروسية. لكل من قائمة الفيروسة المصفرة وقائمة فيروس الدنك؛ تم استخدام قوالب ‎DNA‏ مشتقة تخليقيًا كدخل بتركيز 10 4 نسخة/ ميكرو لتر. تم استخدام عينة مقارنة بدون مدخلات (الماء) كعينة مقارنة سلبية لكل ‎rRNAS‏ خاضع للاختبار. في كل التجارب»؛ زاد تركيز ‎MgAc‏ في تفاعل ‎RPA‏ إلى 20 مللي مولار وتم استخدام كل النسخ الفنية الثلاثة.
لقائمة الفيروسة المصفرة؛ تم اشتقاق متوالية قالب ‎ZIKV‏ من ‎DENV (KX197192)‏ ‎.(AY968065.1) YFV 5 (NC_09942.1) WNV (NC_001477.1)‏ يقوم تفاعل ‎RPA‏ بتكبير جز من ‎NS5‏ للفيروسات المصفرة. لقائمة فيروس الدنك؛ تم اشتقاق متوالية قالب 08101/1 من ‎DENV2 (KM204119.1)‏ ‎.(JQ822247.1) DENV4 (KUQ50695.1) DENV3 (KM204118.1) 5‏ يقوم تفاعل
DENV1-4 ‏من‎ 3’UTR ‏بتكبير جزءِ من المنطقة‎ RPA ‏نوعي المنطقة»؛ تم استخدام قوالب تخليقية تحتوي على‎ SNP ‏تجارب تعريف 0ل/5. لتعريف‎ ‏مع مركبات أليل السلفية والمشتقة للتحقق من أداء تجرية‎ ZIKV ‏شظايا 400 نوكليوتيد من جينوم‎ ‏من 3 دول (الولايات‎ ZIKV CDNA ‏تعريف 0ل/5. بالإضافة إلى ذلك؛ تم استخدام عينات‎ 0 المتحدة الأمريكية؛ والهندوراس» وجمهورية الدومينيكان) لتأكيد الأداء على مجموعات البعوض والعينات الإكلينيكية. تم استخدام ‎cDNA‏ خام تغذية ‎(KX197192.1) PE243‏ كعينة مقارنة خارج المجموعة بمقدار 300 نسخة/ ميكرو لتر. بالإضافة إلى ذلك»؛ تم استخدام عينة مقارنة بدون مدخلات (الماء). لتجارب تعريف ‎SNP‏ المرتبط بصغر الدماخ؛ تم استخدام قوالب تخليقية تحتوي على شظية بها 400 نوكليوتيد من جينوم ‎ZIKV‏ مع مركبات أليل السلفية والمشتقة للتحقق بمقدار 10 4 نسخة/ ميكرو لترء وتم استخدام ‎cDNA‏ خام تغذية ‎PE243‏ بمقدار 300 نسخة/ ميكرو لتر. بالنسبة لتجارب تعريف ‎SNP‏ مقاومة عقار ‎HIV‏ تم استخدام قوالب تخليقية تحتوي على شظايا بها 468 نوكليوتيد من جينوم ‎HIV‏ مع مركبات أليل السلفية والمشتقة بنسبة 10 4 نسخة/ ميكرو لتر. في تجارب تعريف ‎SNP‏ تم استخدام 3 نسخ فنية. ‎Jud‏ 9- علاجات مضادة للفيروسات أساسها 08513 قابلة للبرمجة وتقنيات تشخيص مصاحبة 0 تهدد الأمراض المُعدية حياتنا وأمننا؛ غير أن لتقنيات التشخيص الذهبية والعلاجات فعالية محدودة وتقوم على علوم وأنظمة ترجع إلى عقود قديمة. تمضي الغالبية العظمى من الأمراض المعدية بدون تشخيص أو علاج؛ ويستغرق تفشي المرض ‎By‏ طويلاً جدًا للكشف عنه. تمت الموافقة على تقنيات تشخيص أساسها حمض نووي فقط لأحد عشرة ‎(Sarg lag yd‏ معالجة فقط تسعة أمراض فيروسية باستخدام العلاجات المضادة للفيروسات المعتمدة من قبل ‎De Clercq and ( FDA‏
‎(Li, 2016‏ يعني ذلك أنه يمكننا تشيخص وعلاج أقل من 9610 من مسببات المرض الفيروسية المعروفة بأنها تنقل العدوى للبشر )2011 ‎et al.,‏ 0انا1!). علاوة على ذلك؛ يمكن أن تطوّر الفيروسات مقاومة للعلاج بسرعة؛ وتحصر فعالية مستودعاتنا الحالية المضادة للفيروسات. هناك حاجة ‎dale‏ لتطوير أدوات جديدة تتمكن من التشخيص السريع والدقيق لمرض مُعدي في أي مكان في العالم» وتعريف وتعقب كل من التهديدات المُعدية المعروفة والجديدة؛ وتطوير علاجات مضادة للفيروسات يمكن الإبلاغ بواسطة التقنيات التشخيصية. اكتشف مقدموا الطلب حديثًا أن أنظمة ‎CRISPR-Cas13‏ التي تم اكتشافها يمكن الاستفادة منها للكشف عن وقسمة متواليات ‎RNA‏ النوعية؛ وقد أوضحت استخداماتها المحتملة للأمراض المُعدية ‎.(Abudayyeh et al., 2016; Gootenberg et al., 2017)‏ 028513 عبارة عن مؤثر ‎CRISPR 0‏ استهدف ‎(RNA‏ موجّه ‎RNA‏ يبدي نشاط رببونوكلياز عند التعرف على هدف ‎(RNA‏ ‏مثل حمض نووي لمسبب مرض. ببرمجة أنظمة ‎CRISPR-Cas13‏ تستهدف ‎RNA‏ الفيروسي مباشرةً؛ يمكن أن يطوّر مقدموا الطلب علاجات مضادة للفيروسات مضاعفة بصورة كبيرة إلى جانب تقنيات تشخيص فيروسية. على ذلك تتم برمجة أنظمة ‎CRISPR-Cas13‏ للتطبيق على فيروسات ‎RNA‏ ويمكن أن تكون بديل أكثر نوعية لتقنيات تشخيص ‎PCR‏ وعلاجات ‎ShRNA‏ ‏5 يقدم مقدموا الطلب هنا منهجًا جديدًا للتعامل مع القصور السابق وصفه في تشخيص وعلاج مرضى العدوى الفيروسية. كما يستخدم مقدموا الطلب أنظمة أساسها 08513 لتطوير علاجات قابلة للبرمجة لعكس التهديدات الفيروسية ومنع تطور مقاومة العقار. بالإضافة إلى ذلك؛ يخلق مقدموا الطلب تقنيات تشخيص مصاحبة ‎day‏ وحساسة؛ ومنخفضة التكلفة لتعريف متواليات مسبب مرض نوعية؛ وتتضمن تعددات أشكال محددة (على سبيل المثال» طفرات مقاومة للعقار). 0 وهي تبدي استراتيجية تكيفية قوية لتثبيط الانتساخ الفيروسي وتبرز أهمية 08513 لتطوير تطبيقات تشخيصية وعلاجية جديدة. على نحو أشمل»؛ يمكن أن تضع طرق مماثلة أنظمة أساسها 3 كأداة خط أمامي جديدة لكل من تعريف العوامل المُعدية بسرعة وأيضًا علاج المرضى. لا توجد عقاقير مضادة للفيروسات لأكثر الفيروسات الظاهرة؛ وتستهدف مضادات الفيروسات مباشرة النشاط المتاحة؛ التي تتضمن جزيئات صغيرة»؛ ‎RNAS‏ متدخلة قصيرة؛ وأجسام مضادة؛ ‎Ghat 5‏ عدد صغير من البروتينات الفيروسية القابلة للتطفير بصورة كبيرة أو ‎[RNAS‏ وبشكل ذلك
مشكلة كبيرة بسبب أن فيروسات ‎RNA‏ تتطور بسرعة؛ ‎(Sag‏ أن تكتسب مقاومة للعلاجات الحالية
بسهولة. تعرض الأنظمة التي أساسها 08513 علاجات مضادة للفيروسات ‎ALE‏ للبرمجة؛
مضاعفة بصورة كبيرة تستهدف ‎RNA‏ الفيروسي» ويمكن تهيئتها بصورة مرنة لاستهداف فيروسات
جديدة أو مسببات مرض متفشي ناشئ. يمكن استخدام العلاجات التي أساسها 08513 في توليفة مع مركبات مضادة للفيروسات متاحة حيث توجد تلك المركبات؛ ‎lig‏ تقليل انتشار طفرات
مقاومة لعقار محددة. ريما الأكثر أهمية؛ إذا طوّر فيروس مقاومة لمتوالية ‎RNA‏ إرشادية 08513
نوعية؛ من السهل التحويل إلى متوالية ‎RNA‏ إرشادية مختلفة؛ أو تهيئة متوالية إرشادية جديدة
لاستهداف الطفرة الجديدة. يجب أن تمنع تلك الطرق التطور الواسع لمقاومة علاجات أساسها
3 ولاتعامل مع تحدٍ شائع تواجهه العلاجات المضادة للفيروسات الحالية.
0 عادة ما تكون تقنيات تشخيص مسبب المرض المعيارية الذهبية الحالية ‎(AAS‏ وبطيئة؛ وتفتقر إلى الحساسية الكافية للكشف عن العدوى الفيروسية. تتطلب طرق التكبير الجزيئية المعيارية؛ ‎Jie‏ ‎(RT-qPCR‏ استخلاص حمض نووي وأجهزة تدوير حراري مكلفة. يمكن أن تقوم التجارب المناعية؛ ‎(ELISAS (Jie‏ بالكشف فقط عن أهداف واحدة؛ والتفاعل العكسي مع أهداف مماثلة مولد الضد؛ ولا يمكن تطويرها بسرعة أو تحديثها للتعامل مع التهديدات الجديدة أو الناشئة. يمكن
5 أن تحوّل المنصة التي أساسها ‎CRISPR‏ الجديدة ‎(SHERLOCK)‏ تشخيص الأمراض الفيروسية ذات حساسية كشف عن جزيء واحد ونوعية تعدد أشكال نوكليوتيد واحد ‎.(Gootenberg et al., 2017))‏ يمكن أن يقوم مقدموا الطلب بتهيئة ‎SHERLOCK‏ ‏للاستخدام كتقنية تشخيص مصاحبة للإبلاغ بعلاجات أساسها 08513. للقيام ‎cell;‏ يمكن أن يقلل مقدموا الطلب من زمن التحويل إلى > ساعة واحدة مع أداء ‎dle‏ عن طريق تهيئة التقنية
0 الاستخدام العينات الإكلينيكية كدخل ‎Bile‏ بدلاً من الأحماض النووية المنقاة. علاوة على ذلك؛ يقوم مقدموا الطلب من تطوير تقنيات تشخيص أساسها 68513 نوعية التي تقوم بتعريف طفرات مقاومة للعلاج معروفة أو ‎Lie‏ بها. تسمح تلك السمات لتقنيات تشخيص أساسها 08513 بإكمال الاستخدامات العلاجية. يمكن أن تثير الأنظمة التي أساسها 08513 لتطور العلاجات مشكلات متعلقة بالتأثيرات البعيدة
5 عن الهدف المحتملة كما لوحظ ل 0859. ترتبط التطبيقات العديدة ل 0859 بقدرته على القيام
بتحديثات في ‎DNA‏ ويريّز عندئذ تغير دائم وموروث. ل 08513؛ على العكس؛ تطبيقات مختلفة بسبب أنه يستهدف ‎(RNA‏ ولا تكون التغيرات الموجهة الإرشادية موروثة. ورغم أن التغيرات موجهة 68513 لا تكون موروثة؛ ما يزال من الممكن استخدام 68513 لتنظيم؛ أو الكشف ‎(oe‏ ‏أو تصوير جزيئات ‎RNA‏ داخل أو خارج الخلايا لتوضيح قوتها كأداة لدراسة الأمراض الفيروسية. سوف يطور مقدمي الطلب مجموعة من مماثلات 08513 ومتواليات ‎RNA‏ الإرشادية المناظرة التي تثبط بفعالية انتساخ فيروسين ثديين: فيروس التهاب السحايا والمشيميات الليمفاوي ‎(LCMV)‏ ‏والإنفلونزا. بالإضافة إلى ‎cells‏ يقوم مقدمي الطلب بإجراء تجارب تجريبية لاختبار طرق توصيل 3م, وفحص النشاط البعيد عن الهدف ل 08513؛ ودراسة التطور الفيروسي ومقاومة إرشادية استجابةً لعلاج 08513. سوف يطور مقدمي الطلب طرق تشخيص محسنة لزمن تحويل 0 سريع؛ وتصميمات تجرية للكشف عن الإنفلونزا والتمييز بين الأنفلونزا ‎BoA‏ و ©؛ ‎dats‏ تدفق جانبي لتقنيات تشخيص بدون أدوات. تتمتع منصة تشخيص ‎SHERLOCK‏ بالقدرة على اختبار ثوري للأمراض ‎(anal)‏ كتقنية تشخيص سريعة؛ وواسعة النطاق؛ ‎(Sang‏ نشرها ميدانيًا. يتم تأطير تقييم تطورها الفني والقدرة على تسويقها ‎Blas‏ في سياق طرق التشخيص الشائعة الحالية؛ ‎Jie‏ التجارب المناعية واستراتيجيات 5 تكبير الحمض النووي. على ذلك؛ في مرحلة التطوير سوف تقوم بتقييم قياسات الأداء الخاصة بهاء وتتضمن الحساسية والنوعية؛ والزمن حتى الحصول على ‎(all‏ والتكلفة للتفاعل؛ وثبات درجة الحرارة؛ ومتطلبات المعدات خارجية المنشاًء وسهولة الاستخدام والتفسير. تقترح النتائج المبدئية أن ‎SHERLOCK‏ يمكن مقارنتها على نحو مفضل بطرق تشخيص مسبب المرض المعتمدة في الوقت الحالي من ‎FDA‏ ‏0 هناك خمسة تحديات فنية رئيسية مرتبطة بهذا المنهج: فعالية ‎RNAS‏ الإرشادية المفردة؛ وتطور مقاومة إرشادية؛ ونشاط نوكلياز بعيد عن الهدف»؛ وسهول استهداف انتساخ ‎Joly)‏ وحساسية تقنيات تشخيص أساسها 08513 مصاحبة. التحدي الفني الأول هو ضمان فعالية عالية لاستهداف جينومات فيروسية بواسطة ‎RNAS‏ إرشادية مفردة. على العكس من ‎RNAS‏ المرسلة؛ ويتم إنتاجها من جينوم بالمعدلات المحددة بواسطة قوة
المعزز؛ تنتسخ الجينومات الفيروسيتي أسيًا. لتثبيط الانتساخ الفيروسي بصورة ملائمة؛ يجب أن يتفوق نشاط الانقسام الذي يساهم فيه 08513 على معدل تخليق الجينومات الفيروسية الجديدة. يمكن أن يقوم مقدمي الطلب بتطبيق منهجين جديدين لتخفيف هذا الخطر وضمان انقسام جينوم فعال بصورة كبيرة: فحص مماثلات 08513 لاكتشاف مماثلات ذات نشاط نوكلياز أعلى» وفحص الجينومات الفيروسية لاكتشاف المتواليات الإرشادية المثالية. يمكن الجمع بين تلك النتائج لإنتاج فعالية استهداف أعلى من ذلك أيضًا. بتحسين نشاط نوكلياز لممائلات 08513 وفحص المتواليات الإرشادية المثالية» يخطط مقدمي الطلب لتحقيق إيقاف نشاط جيني يبلغ على الأقل 10 مرات. بدمج العوامل الإرشادية المتعددة في وقت واحد؛ يخطط مقدمي الطلب لتحقيق إيقاف نشاط جيني للانتساخ على الأقل 20 مرة.
0 وهناك تحد فني ثاني أن الفيروسات قد تطوّر مقاومة لاستهداف إرشادي. يمكن أن يتم ذلك إما بواسطة طفرات مباشرة في الموضع المستهدف» أو من خلال طفرات في أجزاء أخرى من الجينوم التي ‎(ages‏ عن تأثير الانقسام المستهدف. تكون فيروسات ‎RNA‏ معروفة بأن لها معدل تطفير عالٍ نسبيًا حوالي 10- 4 لكل قاعدة للإنتاج )2010 ‎.(Sanjuan et al.,‏ باعتبار ‎RNAs‏ أن الإرشادية تستهدف نمطيًا منطقة بها 28 نوكليوتيد من الجينوم الفيروسي؛ يعني ذلك أن احتمالية
5 حدوث طفرة واحدة في منطقة مستهدفة هي حوالي ‎X3‏ 10 -3. يعلم مقدموا الطلب من التصنيف السابق ل 68513 أنه يلزم وجود طفرتين في منطقة مستهدفة لمنع الانقسام المستهدف ‎et al., 2016)‏ 60لا/80008). بافتراض حدوث طفرتين على حدة؛ تكون احتمالية نشوء مقاومة إرشادية في منطقة واحدة حوالي 10 -5. توضح تلك الحسابات أهمية التجميع الإرشادي؛ ‎OY‏ ‏مجموعات العوامل الإرشادية يجب أن تقلل بصورة أكبر من تطور المقاومة بطريقة مضاعفة (على
سبيل المثال؛ لعدد عاملين إرشاديين: 10 -10؛ لعدد 3 عوامل إرشادية؛ 10 -15). بالإضافة إلى التجميع الإرشادي؛ ‎olay‏ مقدمي الطلب بصورة محددة مع هذا التحدي بواسطة عمل متواليات من القطاعات الفيروسية قبل وبعد علاج أساسه 08513 لتخطيط التطور (إن وجد) لمقاومة العلاج. والتحدث الفني الثالث هو نشاط نوكلياز بعيد عن الهدف بواسطة 08513. يعد نشاط نوكلياز
‎aad) 5‏ عن الهدف مشكلة بسبب أنه قد يحث آثارًا جانبية في نماذج الحيوانات أو في المرضى. مع
ذلك؛ من الهام التمييز بين الآثار النسبية للانقسام بعيدًا عن الهدف بواسطة 08513 و ‎.Cas9‏ ‏طالما أن 0859 يستهدف ‎(DNA‏ تؤدي أي أحداث بعيدة عن الهدف إلى تغيرات دائمة في الجينومات الخاصة بالخلايا المتأثرة. مع ذلك؛ يستهدف 068513 ‎RNA‏ ولهذا يكون للانقسام البعيد عن الهدف تأثير عابر فقط على التعبير الوراثتي عن الجين؛ حيث يميل نصف عمر ‎RNAS 5‏ المرسلة إلى أن يكون أقل من 24 ساعة )2003 ‎et al,‏ 7809). رغم هذا التناقض بين
3 و ‎«Cas‏ غير أن مقدمي الطلب يمكنهم عمل متواليات من ترانسكريتوم الخلايا في وجود وغياب انقسام 08513 لقياس أي نشاط انقسام بعيد عن الهدف ل 08513. على وجه التحديد؛ يقارن مقدمي الطلب التأثيرات البعيدة عن الهدف بين 68513 الإرشادية ىو ‎SIRNAS‏ ‏التي تستهدف نسخة لوسيفيراز بواسطة المتواليات. إذا كانت التأثيرات البعيدة عن الهدف نوعية
0 اتوجيه؛ فإن مقدمي الطلب يقوموا أيضًا بتقييم التأثيرات البعيدة عن الهدف لأفضل إرشادات استهداف. يتوقع مقدمي الطلب أن يكون ل 08513 نشاط انقسام بعيد عن الهدف أقل مرتين على الأقل من ‎SIRNAS‏ ‏وهناك تحدٍ فني رابع وهو القدرة على استهداف الإنفلونزا ‎A‏ على العكس من ‎(LCMV‏ تقوم الإنفلونزا ‎A‏ بنسخ الجينوم الخاص بها في نواة خلية مصابة بالعدوى ويتم تعقيد الجينوم مع
بروتينات الإنفلونزا ‎A‏ لتكوين رببونوكليويروتينات ‎.(Knipe and Howley, 2007) (RNPs)‏ يمكن أن يقوم مقدمي الطبي بتحسين استهداف الإنفلونزا ‎A‏ من خلال تجارب تجريبية مع بضعة عوامل إرشادية مشتقة من ‎ShRNAS‏ تم نشرها ‎Wang et al., 2017; Huang et ) Guu‏ ‎al., 2017; Stoppani et al., 2015; Xu et al., 2015; Wang et al., 2016;‏ ‎(McMillen et al., 2016‏ قبل الاستمرار في فحص جينوم كامل. تحديدًا؛ يمكن أن يقوم مقدمي
0 الطلب بتحسين موضع 08513 (النواة مقابل العصارة الخلوية) وتمييز ما إذا كانت تهيئة العوامل الإرشادية لاستهداف ‎MRNA‏ في اتجاه النسخ موجي هو استراتيجية أكثر فعالية حيث أن فصيلة ‎RNA‏ هذه تكون خالية من 0005 ويمكن بالتالي استهدافها بسهولة أكبر. إن لم تحقق تلك الاستراتيجيات فعالية استهداف الهدف؛ يمكن أن يقوم مقدمي الطلب بدمج 08513 مع بروتين آخر لعمل خلل في ‎RNPs‏ تلك؛ يماثل الاستراتيجيات الخاصة بإبدال وظيفة 0859 من خلال
5 خلق بروتينات التحام )2016 ‎(Dominguez et al.,‏ تضمنت استراتيجيات استهداف الحمض
النووي الحالية للإنفلونزا ‎SIRNAS‏ وقد تقرر أنها تبدي إيقاف نشاط جيني بنسبة 9680 - 1695 أو على ‎BY)‏ خفض 5 مرات في انتساخ الإنفلونزا في نماذج مزرعة الخلية ( ‎Huang et al.,‏ ‎Xu et al., 2015‏ :2017). يمكن أن يحقق مقدمي الطلب مستويات مماثلة أو متزايدة من خفض الانتساخ الفيروسي؛ تحديدًا > 5 مرات؛ باستخدام أي من عامل إرشادي أو عدة عوامل إرشادية تستهدف الإنفلونزا. وهناك تحد فني أخير وهو حساسية تقنية التشخيص التي أساسها 08513 المصاحبة. وذلك هام لضمان أنه يمكن الكشف عن فيروس قبل أن ينتشر في المريض. ويتصل ذلك بصورة محددة في سياق طفرات مقاومة العلاج» ويصعب مبدئيًا الكشف عنها عند تكرارات منخفضة؛ ولكن يسهل أكثر الكشف عنها عند تكرارات عالية. ‎(andl‏ بوصول طفرات مقاومة العلاج إلى تكرارات عالية 0 في المريض» يكون قد حدث الخلل. تسمح تقنية تشخيص أساسها 08513 سريعة؛ وأكثر حساسية بكشف أسرع. لهذه الأسباب؛ قام مقدمي الطلب بضبط ‎dad‏ حدية صارمة للغاية تبلغ 50 أتومولار (25 نسخة لكل ميكرو لتر) لتقنية تشخيص الإنفلونزا أساسها 08513. تكون تلك القيمة الحدية أقل بصورة كبيرة من متوسط عيار الأنفلونزا ‎AA‏ ماسحات الأنف؛ وهي 10 4 نسخة ‎JSIRNA‏ ‏ميكرو لتر )2010 ‎.(Ngaosuwankul et al.,‏ 5 المراجع ‎Abudayyeh, O.0O., Gootenberg, J.S., Konermann, S., Joung, J.,‏ ‎Slaymaker, |I.M., Cox, D.B.T., Shmakov, S., Makarova, K.S., Semenova,‏ ‎E., Minakhin, L., et al. (2016). C2c2 is a single-component‏ ‎programmable RNA-guided RNA-targeting CRISPR effector. Science‏ 353, aaf5573. 20
Andersen, K.G., Shapiro, B.J., Matranga, C.B., Sealfon, R., Lin, A.E.,
Moses, L.M., Folarin, O.A., Goba, A., Odia, |., Ehiane, P.E., et al. (2015). Clinical Sequencing Uncovers Origins and Evolution of Lassa
Virus. Cell 162, 738-750.
Cong, L., Ran, F.A., Cox, D., Lin, S., Barretto, R., Habib, N., Hsu, P.D.,
Wu, X., Jiang, W., Marraffini, L.A., et al. (2013). Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems. Science 339, 819-823.
De Clercq, E., and Li, G. (2016). Approved Antiviral Drugs over the Past
Years. Clin. Microbiol. Rev. 29, 695-747. 5
Dominguez, A.A., Lim, W.A., and Qi, L.S. (2016). Beyond editing: repurposing CRISPR-Cas9 for precision genome regulation and interrogation. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 17, 5-15.
Gire, S.K., Goba, A., Andersen, K.G., Sealfon, R.S.G., Park, D.J.,
Kanneh, L., Jalloh, S., Momoh, M., Fullah, M., Dudas, G., et al. (2014). 10
Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak. Science 345, 1369-1372.
Gootenberg, J.S., Abudayyeh, O.O., Lee, J.W., Essletzbichler, P., Dy,
A.J., Joung, J., Verdine, V., Donghia, N., Daringer, N.M., Freije, C.A., et al. (2017). Nucleic acid detection with CRISPR-Cas13a/C2c2. Science 5 356, 438-442.
Huang, D.T.-N., Lu, C.-Y., Shao, P.-L., Chang, L.-Y., Wang, J.-Y.,
Chang, Y.-H., Lai, M.-J., Chi, Y.-H., and Huang, ‏اا‎ (2017). In vivo inhibition of influenza A virus replication by RNA interference targeting the
PB2 subunit via intratracheal delivery. PLoS One 12, e0174523. 20
Hulo, C., de Castro, E., Masson, P., Bougueleret, L., Bairoch, A.,
Xenarios, ٠٠, and Le Mercier, P. (201 1). ViralZone: a knowledge resource to understand virus diversity. Nucleic Acids Res. 39, D576-D582.
Knipe, D.M., and Howley, P.M. (2007). Fields’ Virology (Lippincott
Williams & Wilkins).
McMillen, C.M., Beezhold, D.H., Blachere, F.M., Othumpangat, S.,
Kashon, M.L., and Noti, J.D. (2016). Inhibition of influenza A virus matrix and nonstructural gene expression using RNA interference. Virology 497, 5 171-184.
Metsky, H.C., Matranga, C.B., Wohl, S., Schaffner, S.F., Freije, C.A.,
Winnicki, S.M., West, K., Qu, J., Baniecki, M.L., Gladden-Young, A., et al. (2017). Zika virus evolution and spread in the Americas. Nature 546, 411-415. 10
Ngaosuwankul, N., Noisumdaeng, P., Komolsiri, P., Pooruk, P.,
Chokephaibulkit, K., Chotpitayasunondh, T., Sangsajja, C.,
Chuchottaworn, C., Farrar, J., and Puthavathana, P. (2010). Influenza A viral loads in respiratory samples collected from patients infected with pandemic 11111, seasonal HIN] and H3N?2 viruses. Virol. J. 7, 75. 5
Ngo, N., Cubitt, B., Iwasaki, M., and de la Torre, J.C. (2015).
Identification and Mechanism of Action of a Novel Small-Molecule
Inhibitor of Arenavirus Multiplication. J. Virol. 89, 10924-10933.
Park, D.J., Dudas, G., Wohl, S., Goba, A., Whitmer, S.L.M., Andersen,
K.G., Sealfon, R.S., Ladner, J.T., Kugelman, J.R., Matranga, C.B., etal. 0 (2015). Ebola Virus Epidemiology, Transmission, and Evolution during
Seven Months in Sierra Leone. Cell 161, 1516-1526.
Sanjuan, R., Nebot, M.R., Chirico, N., Mansky, L.M., and Belshaw, R. (2010). Viral Mutation Rates. J. Virol. 84, 9733-9748.
Stoppani, E., Bassi, ٠٠, Dotti, S., Lizier, M., Ferrari, M., and Lucchini, F. (2015). Expression of a single siRNA against a conserved region of NP gene strongly inhibits in vitro replication of different Influenza A virus strains of avian and swine origin. Antiviral Res. 120, 16-22.
Sullivan, B.M., Emonet, S.F., Welch, M.J., Lee, A.M., Campbell, K.P., de 5 la Torre, J.C., and Oldstone, M.B. (201 1). Point mutation in the glycoprotein of lymphocytic choriomeningitis virus is necessary for receptor binding, dendritic cell infection, and long-term persistence. Proc. Natl.
Acad. Sci. U. S. A. 108, 2969-2974.
Wang, R., Zhang, Y.-Y., Lu, J.-S., Xia, B.-H., Yang, Z.-X., Zhu, X.-D., 10
Zhou, X.-W., and Huang, P.=T. (2017). The highly pathogenic H5N1 influenza A virus down-regulated several cellular MicroRNAs which target viral genome. J. Cell. Mol. Med.
Wang, S., Chen, C., Yang, Z., Chi, X., Zhang, J., and Chen, J.-L. (2016). Targeted disruption of influenza A virus hemagglutinin ‏ص‎ 15 genetically modified mice reduces viral replication and improves disease outcome. Sci. Rep. 6, 23746.
Xu, F., Zhou, Y., Liu, Q., and Liu, G. (2015). RNA interference of influenza A virus replication by microRNA-adapted lentiviral loop short hairpin RNA. J. Gen. Virol. 96, 2971-2981. 20
Yang, E., van Nimwegen, E., Zavolan, M., Rajewsky, N., Schroeder, M.,
Magnasco, M., and Darnell, J.E., Jr (2003). Decay rates of human mRNAs: correlation with functional characteristics and sequence attributes. Genome Res. 13, 1863-1872.
المثال 10- تقنيات تشخيص ‎Cas13a/C202‏ لمرض إسهالي فيروسي تكون الأمراض الإسهالية مسئولة عن أكثر نصف مليون ‎Alla‏ وفاة كل ‎ale‏ والأكثر بين الأطال في العالم النامي ) ‎et al.
Global burden of‏ ما ‎Walker CL, Rudan I, Liu‏ ‎-(childhood pneumonia and diarrhoea.
Lancet 2013:381:1405-6‏ من بين تلك الأمراض؛ تُعد الفيروسة العجلية هي السبب الأساسي للوفاة؛ وتتسبب فيروسات أخرى مثل نوروفيروس في تفشي حاد حول العالم. في المعتاد لا يتم تشخيص تلك العدوى؛ أو يتم تشخيصها تشخيص خاطئ على أنها بكتيريا مما يؤدي إلى علاج غير ملائم بالمضادات الحيوية؛ مما يتسبب في تدهور أعراض المريض وتعزيز مقاومة للمضاد الحيوي. للتعامل مع تلك التحديات الصحية العامة الماسة؛ يلزم بصورة كبيرة وجود اختبار سريع؛ وغير مكلف؛ وحساس لتشخيص مرض 0 إسهالي فيروسي. يمكن أن يستخدم مقدمي الطلب ‎RNA‏ تم اكتشافه حديثًا ‎aise‏ 085138/0202 نوكلياز لاستهداف ‎RNA‏ لخلق تقنيات تشخيص مرض إسهالي. تكون التقنيات التشخيصية هي خطوة أولى حرجة لعلاج المرضى؛ حيث أنها تسمح للأطباء بالتمييز بين العدوى البكتيرية والفيروسيتي؛ وبذلك التأثير على أنظمة العلاج. تكون منصة ‎«CRISPR-DX‏ وتسسى ‎SHERLOCK‏ (فتح 5 مرشد إنزيمي عالي الحساسية نوعي)؛ أداة نوعية وحساسة للكشف عن حمض نووي لا يعتمد على السلسلة الباردة ومحمول. باستخدام الأمراض الإسهالية الفيروسية كنموذج؛ يمكن أن يخلق مقدمي الطلب طريقة تشخيص سريعة يمكن تطبيقها ميدانيًا؛ ‎ly‏ على تقنية ‎SHERLOCK‏ في العديد من الإعدادات الإكلينيكية. يستغرق تشخيص الأمراض الفيروسية ما يزيد على 48 ساعة- إذا ما أتيح التشخيص 0 في الأساس. ببعض التحسينات الفنية الرئيسية على ‎(SHERLOCK‏ وتتضمن تقصير زمن التجربة الإجمالي إلى ساعة واحدة والحركة من قراءة أساسها التألق إلى خرج قياس لون؛ يمكن أن يخلق مقدمي الطلب اختبارًا يمكن إجراؤه باستخدام قالب تسخين بسيط والتحليل بصريًا بواسطة فني إكلينيكي. يتغلب ذلك على الحاجة إلى شحن العينات إلى معمل اختبارات مركزي؛ وهو أمر مكلف؛ ويستغرق كثير من الوقت؛ وقد يؤدي إلى تحلل العينة. ويكون هذا التأخير حرج بصورة
محددة أثناء تفشي المرض المحلي أو الموسمي؛ حيث قد تمنع الاستجابات الصحية العامة السريعة أي انتشار آخر لعامل مُعدي ناشئ. هناك حوالي 22 عائلة فيروس معروفة تصيب البشر بالعدوى وتتسبب في المرض ويزيد هذا العدد
Woolhouse ME, Howey R, Gaunt E, Reilly L, ) ‏بسبب التوسع المستمر للقطاع‎
Chase-Topping M, Savill N. Temporal trends in the discovery of human 5 ‎(viruses. Proc Biol Sci 2008;275:2111-5‏ تفتقر الكثير من تلك الأمراض إلى تقنيات ‏تشخيص متكافئة؛ وهي الخطوة الحرجة الأولى لعلاج المريض. تتطلب تقنيات تشخيص المعيار ‏الذهبي الحالية ‎RT-PCR (fie‏ و ‎ELISA‏ أدوات متخصصة؛ من سلسلة باردة؛ وتستهلك كثير ‏من الوقت؛ ولها مصاريف عالية. أثبتت تقنيات التشخيص التي أساسها مولد ضد سريعة ‎Ban‏ ‏0 لتطويرها. بسبب تلك القيود؛ هناك حاجة قوية إلى أدوات تشخيص سريعة؛ وغير مكلفة؛ وحساسة يمكن استخدامها للكشف عن مسببات المرض الفيروسية النوعية في منشآت منخفضة الدخل وأثناء تفشي المرض. يمكن أن يطوّر مقدمي الطلب ويحسنوا من تقنيات التشخيص الفيروسية للمرض الإسهالي؛ وهو أحد الأسباب المؤدية للوفاة في الطفولة. يتمتع نظام ‎CRISPR-‏ ‏02 الجديد بالقدرة على التعرف السريع على وقسمة متواليات ‎RNA‏ النوعية المشتقة ‏5 من ‎DNA‏ أو ‎Abudayyeh OO, Gootenberg JS, Konermann S, et al. ) RNA‏ ‎C2c2 is a single-component programmable RNA—-guided RNA-targeting‏ 3 501606 .6010© 55014)؛ مما يجعله نظام مثالي لتقنيات التشخيص الفيروسية. علاوة على ذلك؛ يكون ملائم بصورة محددة للتفشي لأنه يمكن تهيئة اختبارات جديدة ونشرها في غضون أيام. ‏0 باعتبار الحساسية العالية ل ‎SHERLOCK‏ وأي تطبيق ‎mal‏ لأمراض مُعدية ‎gal‏ تكون منصة الكشف تلك مرشحًا مثاليًا لتحسين تشخيص نقطة الرعاية وتطوير اختبار مضاعف ويمكن نشره ميدانيًاء سريع لمسببات الأمراض الفيروسية الإسهالية. يتسبب هذا المنهج في تحسين تشخيص مرض حادء؛ وتحسين رعاية المريض؛ وتقليل الاستخدام غير الملائم للمضادات الحيوية. من العوامل الحصرية الرئيسية لطرق التشخيص المتاحة زمن التأخر بين فحص المريض والنتائج ‏5 المعملية. بالنسبة للفيروسات مثل الفيروسة العجلية ونوروفيروس؛ يمكن أن يكون لهذا التأخير ‎DET‏
مميتة. بزيادة معدل تفاعل الكشف عن ‎«Cas13a/C2e2‏ وتطوير طرق كشف لا تتطلب استخلاص حمض نووي؛ يمكن تحقيق تشخيص 'في الزمن الفعلي". يمكن أن يكون لمقدمي الطلب زمن تحويل أقل من ساعة واحدة من جمع العينة حتى النتائج. تتطلب اختبارات الكشف عن الحمض النووي المستخدمة بصورة شائعة ‎RT-PCR ic‏
الاستخلاص قبل التكبير بسبب مثبطات ‎PCR‏ في مادة العائل (المصلء والبول» والبراز). وذلك حصر واضح حيث أن الاستخلاصات تستهلك كثير من الوقت وتتطلب فني ماهر بالمجال. على ذلك؛ يتم التعامل مع العينات نمطيًا في معمل مركزي؛ ولا تتم معالجتها مباشرةً. لا يتم تثبيط طريقة التكبير متساوي الحرارة المستخدمة بواسطة ‎SHERLOCK‏ بواسطة مادة العائل؛ مما يسمح لطرق تحضير العينة بتكبير مباشر من البول والبراز لكشف فيروسي سريع ميدانيًا.
0 يقوم مقدمي الطلب بتحسين سرعة التكبير من خلال تهيئة المتوالية وبواسطة إبدال تركيبة تفاعل الكشف. أوضحت الأعمال السابقة أن لبادئات التكبير متساوية الحرارة أداء منوع؛ بحيث يقوم مقدمي الطلب بفحص على الأقل عشرة أزواج بادئة لتعريف تلك ذات أداء محسن. يقوم مقدمي الطلب بتحسين المتواليات الإرشادية بطريقة مماثلة؛ وقد تم توضيح أنه يفضل ‎Cas13a/C2c2‏ ‏لقسمة بواعث متوالية محددة. يقوم مقدمي الطلب بتحسين تركيز ‎TT‏ بوليميراز» تركيز ‎NTP‏
5 تركيز ‎RNA‏ الخلفية؛ وتركيز الماجنسيوم لمزيد من التحسين في سرعة الكشف. تستغرق التكرارات الحالية لتفاعل الكشف نمطيًا ما يزيد على ساعتين لتحقيق كشف عن حمض نووي حساس؛ ولكن مع التحسين قد ينخفض إلى أقل من ساعة واحدة وعلى نحو محتمل ينخفض إلى ثلاثين دقيقة. تطوير قراءة قياس لون لكشف عن مسبب مرض فيروسي من أكبر العوامل المقيدة لتقنيات التشخيص الإكلينيكية نقص البنية التحتية القوية في العديد من
0 الإعدادات الإكلينيكية حول العالم. عادة ما تتطلب تقنيات التشخيص الحالية أجهزة مكلفة وتدريبات فنية عالية المستوى؛ بينما في العديد من العيادات تعد البنية التحتية الأساسية مثل القدرة من الأمور الهامة. بتحريك كشف ‎Mall Cas138/C202‏ من خرج متألق إلى تغير في اللون مرئي؛ يمكن أن يخلق مقدمي الطلب تشخيص ملائم للمستخدم يمكن إجراؤه بواسطة أي عامل بالرعاية الصحية دون الحاجة إلى أجهزة مكلفة وتستهلك كثير من الطاقة.
يتمكن مقدمي الطلب من استخدام طرق مختلفة للكشف بقياس اللون: المرشدات الإنزيمية التي تنتج منتجات ملوّنة من ركائز عديمة اللون (على سبيل المثال؛ ‎lacZ‏ بيروكسيداز؛ بيتا جلوكورونيداز) ومجموعات من الجسيمات بحجم النانو الذهبية المرتبطة ب ‎RNA‏ أحادية الجديلة يمكنها التحويل المباشر لنشاط نوكلياز إلى تغيير لون بواسطة إزالة تكتلات قطاع الجسيم بحجم النانو التسبب في تغير لون حيث تذوب الجسيمات بحجم النانو إلى محلول. يقوم مقدمي الطلب
بتقييم أداء هاتين الطريقتين بحذر» تحديدًا كقراءة على ورق؛ حيث أن لها تبادلات بالنسبة للسرعة وسهولة تحديد تغير اللون. يتم اختيار أفضل طريقة إجراء باستخدام عينات إكلينيكية للتحقق بصورة أكبر من قدرتها على تقرير وجود متواليات حمض نووي محددة. تطوير تشخيص مضاعف مسبب مرض فيروسي لمرض إسهالي
0 عادة ما يتعذر تشخيص الفيروسات التي تتسبب في الإسهال وتتضمن الفيروسة العجلية؛ نوروفيروس؛ فيروس نوروواك؛ الفيروس المضخم للخلايا والالتهاب الكبدي الفيروسي. تؤدي تلك العدوى الفيروسية إلى نسبة وفيات وأمراض عالية وعادة ما تشتد بسبب الأدوية؛ ‎Jie‏ المضادات الحيوية. يمكن أن يطور مقدمي الطلب تشخيص مضاعف يمكنه تحديد ما إذا كانت العدوى الإسهالية فيروسية أو لا للمساعدة على الإبلاغ برعاية المريض؛ والكشف السريع عن التفشي
5 الفيروسي؛ وتقليل استخدام المضادات الحيوية غير اللازم. يتم استخدام عينات إكلينيكية من البرازء والبول؛ والدم؛ وخامات التغذية الفيروسية لتطوير ‎SHERLOCK‏ لكل مسبب مرض. يقوم مقدمي الطلب بتهيئة أزواج بادئة وإرشادات باستخدام عدة عمليات محاذاة لمتوالية متعددة لتبرير تنوع النوكليوتيد داخل منطقة الريط. يخضع ‎RNA‏ ‏الفيروسي إلى تفاعل تكبير ريكومبيناز بوليميراز ‎((RPA)‏ وتتم إضافة ‎TT RNA‏ بوليميراز
0 الانتساخ ‎DNA‏ الذي تم تكبيره إلى ‎(RNA‏ ويقوم مقدمي الطلب بإضافة ‎RNA‏ الناتج إلى خليط تفاعل جديد يتكون من 085138 و مرشدات تألق مُخمدة ونظام أساسه قياس اللون للتقييم. المثال 11- استخدام طريقة ‎HUDSON‏ للكشف الفيروسي مباشرةً من موائع الجسم. كي يكون ‎Faas SHERLOCK‏ في الكشف الفيروسي في أي سياق, فإنه يجب ازدواجه مع طرق تسمح بالكشف المباشر من عينات مريض مع قراءة بصرية. ولقد قمنا باختبار ‎shal‏
‎SHERLOCK‏ للكشف عن ‎ZIKV‏ و ‎DENV‏ على عينات مريض وتم تطوير ‎HUDSON‏ ‏(تسخين عينات تشخيص لم يتم استخلاصها لتحرير إنزيمات نوكلياز)» وهي طريقة تسمح بكشف حساس؛ وسريع عن ‎ZIKV‏ و ‎Bits DENV‏ من موائع الجسم باستخدام قراءة لقياس اللون؛ موضحة ‎Bods‏ كجزء من ‎Gootenberg et al.
Science ( SHERLOCKV2‏ ‎o(doi:10.1126/science.aaq0179; 2018 5‏ بالإضافة إلى ذلك؛ لقد قمنا بتهيئة تجارب ‎SHERLOCK‏ لتمييز عدة فصائل وسلالات فيروسية وتعريف طفرات ذات صلة إكلينيكيًا. يوفر الكشف عن ‎ZIKV‏ و ‎DENV‏ في عينات المريض اختبار صارم لحساسية ‎SHERLOCK‏ ‏وتحمله للتنوع الفيروسي. كان ‎ZIKV SHERLOCK dual‏ الخاصة بنا حساسية نسخة واحدة )1 نسخة/ ميكرو لتر) عند الاختبار على ‎cDNA‏ خام تغذية (الشكل 98). ولقد قمنا بتقييم أداؤه 0 على 40 ‎cDNAs‏ مشتق من عينات مجمعة أثناء وياء ‎ZIKV‏ الشامل 2015- 2016 37 من عينات مريض مشتبه في إصابتهم بعدوى ‎ZIKV‏ و3 من مجموعات البعوض (الشكل 87( 99ب؛ والجدول 24). لعدد 16 عينة من هؤلاء المرض؛ قمنا بتعليم ‎SHERLOCK‏ بواسطة مقارنة حساسيته ونوعيته تجاه اختبارات تكبير حمض نووي أخرى تتضمن تجربة ‎RT-PCR‏ لفيروس زيكا ‎Altona Realstar‏ المتاحة تجاريًا (الشكل 82ج 88أ- ج؛ 99ج؛ 100« 101؛ الجدول وانظر المناقشة). من بين 10 عينات تم اختبارها وتم كشف انها إيجابية بواسطة تجرية 38. تم الكشف عن 10 كلهم بواسطة ‎SHERLOCK‏ )%100 حساسية)؛ وكانت ‎Glial)‏ ‏الستة الأخرى سلبية بواسطة التجربتين )%100 ‎cde ss‏ 96100 توافق). لم يكن لتجرية ‎ZIKV‏ ‏الخاصة بنا قيم إيجابية خاطئة عند الاختبار على بول سليم والماء (الشكل 99ب). قمنا بعد بالتحقق من قدرة ‎SHERLOCK‏ على الكشف عن /7ل081؛ وهي ‎dug pb‏ مصفرة ذات صلة 0 ولكن أكثر تنوعًا مع أعراض مماثلة لعدوى ‎ZIKV‏ .21 تأكيد كل عينات ‎DENV RNA‏ إيجابية ‎RT-PCR‏ الأربعة وعشرية أنها ‎DENV Lula‏ بعد ساعة واحدة من الكشف (الأشكال 99د؛ 2+ 103< والجدول 26). يكشف ‎SHERLOCK‏ بحساسية ونوعية عن الأحماض النووية الفيروسية التي تم استخلاصها من عينات مريض ‎ZIKV‏ و ‎DENV‏ ‏الجدول 24
العينة ‎al‏ | نوع | مُتخد | إيجابية اختبار الحمض | نتيجة ‎dual‏ | مة في | بواسطة النووي المؤدى الاختبار ‎SHERLO‏ ‎CK‏ ‎DOM_2016_‏ | جمهورية | بول الشكل | خطأً تجرية فيروس 30.77 8 الدوميذ 99 ‎S/CO‏ ‎Ky Aptima iid‏ )©</ كان ‎A‏ ( ‎B-0054-URI‏ الشكل 82« 87« 88« 100 ‎DOM_2016_‏ جمهورية مصل | الشكل تجرية فيروس 34.05 8 الدوميذ 99 ‎S/CO‏ ‎Ky Aptima aiid‏ )©</ كان . ( ‎B-0054-‏ الشكل ‎SER‏ 100 ‎DOM_2016_‏ | جمهورية | بول ‎١‏ الشكل | صحيح تجرية فيروس 33.67 8 الدوميذ 99 ‎S/CO‏ ‎Ky Aptima aiid‏ )©</ كان ‎A‏ ( ‎B-0059-URI‏ الشكل 82« 87« 88« 100
‎DOM 2016‏ جمهورية مصل ‎١‏ الشكل | ‎La‏ تجرية فيروس 35.07 8 الدوميذ 99 ‎S/CO‏ ‏وميني ‎Aptima‏ زبكا ) / كان . ( -5-0059 الشكل ‎SER‏ 82« 87« 88« 100 ‎gal) B‏ ميذ ‘ ‎S/CO‏ ‏ومجي 29 ‎Aptima‏ زبكا ) / كان . ( ‎B-0071-‏ الشكل ‎SER‏ 82« 87« 88« 100 ‎DOM 2016‏ جمهورية بول الشكل تجرية فيروس 0 ‎gal) B‏ ميذ ‘ ‎S/CO‏ ‏ومجي 29 ‎Aptima‏ زبكا ) / كان . ( ‎B-0071-URI‏ الشكل 100 8 الدوميذ 99 ‎S/CO‏ ‎Ky Aptima aiid‏ )©</ كان . ( -5-0076 الشكل ‎SER‏ 82« 87«
000/2016 | جمهورية | ‎Js‏ الشكل | صحيح تجرية فيروس 36.68 8 الدومية 99 ‎S/CO‏ ‎Ky Aptima aiid‏ )©</ كان . ( ‎B-0076-URI‏ الشكل 82« 87« 88« 100 ‎DO M 20 1 6‏ جمهورية بول الشكل صحيح تجرية فيروس 0 8 الدومية 99 ‎S/CO‏ ‎Ky Aptima aiid‏ )©</ كان . ( ‎B-0085-URI‏ الشكل 82« 87« 88« 100 ‎DOM_2016_‏ | جمهورية الشكل تجرية فيروس 33.04 8 الدوميذ ‘ ‎S/CO‏ ‎Ky Aptima 2 aiid‏ )©</ كان . ( -5-0085 الشكل ‎SER‏ 100 8 الدومية 99 ‎S/CO‏ ‎Ky Aptima aiid‏ )©</ كان (
‏الشكل‎ B-0091- «82 SER «87 «88 100
S/CO ‘ ‏الدوميذ‎ 8 /<©) Ky Aptima 2 aiid ( A ‏كان‎ ‏الشكل‎ B-0115- 112 SER ‏الشكل‎ ‎«82 ‎«87 ‎«88 ‎100 ‎N/A ‏جمهورية بول الشكل صحيح لا يوجد‎ DO M 20 1 6 99 ‏الدوميني‎ 8 ‏كان‎ ‏الشكل‎ B-0115-URI «87 «82 88 32.95 ‏جمهورية | مصل | الشكل صحيح تجرية فيروس‎ | DOM_2016_
S/CO 99 iq gall B /<©) Ky Aptima aiid ( ‏كان‎
‎B-0127-‏ الشكل ‎SER‏ 82« 87« 88« 100 ‎gal) B‏ ميذ ‘ ‎S/CO‏ ‏ومجي 29 ‎Aptima‏ زبكا ) / كان . ( -5-0180 الشكل ‎SER‏ 82« 87« 88« 100 ‎DOM 2016‏ جمهورية بول الشكل | خطأ تجرية فيروس 36.8 ‎gal) B‏ ميذ ‘ ‎S/CO‏ ‎Ky Aptima 2 aiid‏ )©</ كان . ( -5-0180 الشكل ‎URI‏ 82« 87« 88« 100 ‎DOM_2016_‏ جمهورية مصل ‎١‏ الشكل صحيح تجرية فيروس 33.64 8 الدوميذ 99 ‎S/CO‏ ‎Ky Aptima aiid‏ )©</ كان . ( -5-0183 الشكل ‎SER‏ 82«
S/CO «99 iq gall B
/<©) Ky Aptima aiid ( i ‏كان‎
‎B-0183-‏ الشكل ‎URI‏ 82«
‎«87
‎«88
‏100 ‎DOM 20 1 6‏ جمهورية بول الشكل صحيح لايوجد ‎N/A‏ ‏8 الدوميني 99
‏كان
‎B-0184-‏ الشكل ‎URI‏ 87«
‎«82
‏88 ‎SA 20 16‏ را الولايات تجمع الشكل صحيح ‎Jaa‏ الهلام كهربيًا + اح المتحدة البعو 82«
‎Faye— ‎«87 ua
‎E(Faye, 0,20 01-MOS
‎«88
‎08) ‎100
‎USA 2016‏ | الولايات تجمع الشكل صحيح نفل ‎١‏ لهلام كهربيًا + اح المتحدة البعو 2 ‎Faye—‏ ‎ua‏ 82« ‎E(Faye, 0,20 02-MOS‏ 87« )08 88« 100 ‎SA 20 16‏ را الولايات تجمع الشكل صحيح نفل ‎١‏ لهلام كهربيًا + ‎FL-‏ المتحدة | البعو ‎١‏ 82 ‎Faye—‏ ‎ua‏ 87« ‎E(Faye, 0,20 03-MOS‏ 88« )08 100 ‎USA 2016‏ | الولايات | بول شكل | صحيح ‎Ct27. Faye-‏ ‎FL-‏ المتحدة 99 0,20 ‎57١ E(Faye,‏ ‎021-URI‏ 87« )08 82« 88 ‎USA 2016‏ | الولايات | بول شكل | ‎Ct33. Faye- La‏ ‎FL-‏ المتحدة 99 ‎E(Faye,0,20‏ 6 ‎URI‏ -029 87« )08 82« 88
Ct29. Faye— ‏الولايات | بول شكل | صحيح‎ | USA 2016 27 | E(Faye, 0,20 99 ‏المتحدة‎ FL- 8 «87 08) 030- URI «82 88
Ct33. Lanciotti ‏بلازما اشكل اخطأً‎ ١ ‏هندوراس‎ | HND 2016 35 Ce 99 H (Lanciotti,R. .S «37 U-ME33- «82 PLA 2008) 88
Ct29. Lanciotti ‏بلازما اشكل | صحيح‎ ١ ‏هندوراس‎ | HND_2016_ 99 H 23 (Lanciotti,R. .S «37 U-ME38- «82 PLA 2008) 88
Ct33. Lanciotti ‏هندوراس | مصل اشكل | صحيح‎ | HND_2016_
H
45 (Lanciotti,R. 2 87
U-ME42- «82 SER 2008) 88
Ct33. Lanciotti ‏بلازما اشكل اخطأً‎ ١ ‏هندوراس‎ | HND 2016 99 H 45 (Lanciotti,R. .S «87 U-ME50- «82 PLA 2008) 88
Ct33. Lanciotti ‏هندوراس | بلازما اشكل | صحيح‎ | HND_2016_ 55 ‏ا‎ «99 H (Lanciotti,R. 112 .S U-MES58- «87 PLA 2008) «82 88
Ct33. Lanciotti ‏بلازما اشكل | صحيح‎ ١ ‏هندوراس‎ | HND_2016_ ‘ H 6 (Lanciotti,R. 29 .S «87 U-ME59- «82 PLA 2008) 88
Ct34. Lanciotti ‏هندوراس | بلازما اشكل | صحيح‎ | HND_2016_ ‏ا‎ «99 H (Lanciotti,R. .S «87 U-ME131- «82 PLA 2008) 88
Ct35. Lanciotti ‏بلازما اشكل اخطأً‎ ١ ‏هندوراس‎ | HND 2016 1 Co «99 H (Lanciotti,R. .S 87 U-ME136- «82 PLA 2008) 88
Ct35. Lanciotti ‏بلازما اشكل اخطأً‎ ١ ‏هندوراس‎ | HND 2016 3 Co «99 H (Lanciotti,R. .S «82 U-ME137- «87 PLA 2008) «88 100
Ct34. Lanciotti ‏هندوراس | مصل اشكل | صحيح‎ | HND_2016_ ‘ H (Lanciotti,R. 29 .S 87 U-ME147- «82 SER 2008) 88
Ct33. Lanciotti ‏هندوراس | مصل اشكل | صحيح‎ | HND_2016_ 9 Co «99 H (Lanciotti,R. .S 87 U-ME152- «82 SER 2008) 88
Ct34. Lanciotti ‏هندوراس | مصل اشكل | صحيح‎ | HND_2016_ 99 H (Lanciotti,R. .S 87 U-ME156- «88 SER 2008) 100
Ct32. Lanciotti ‏هندوراس | بلازما اشكل | صحيح‎ | HND_2016_ 9 ‏م‎ «99 H ( Lanciotti,R. .S 87 U-ME167- «82 SER 2008) 88
Ct34. Lanciotti ‏بلازما اشكل | صحيح‎ ١ ‏هندوراس‎ | HND_2016_ 99 H 85 (Lanciotti,R. .S 87 U-ME171- «82 PLA 2008) 88
Ct34. Lanciotti ‏بلازما اشكل اخطأً‎ ١ ‏هندوراس‎ | HND 2016 ‘ H (Lanciotti,R. 29 87 .S U-ME172- «82 PLA 2008) 88
Ct34. Lanciotti ‏بلازما اشكل | صحيح‎ ١ ‏هندوراس‎ | HND_2016_ 99 H 35 (Lanciotti,R. «8&7 .S U-ME178- «82 PLA 2008) 88
Ct33. Lanciotti ‏بلازما اشكل اخطأً‎ ١ ‏هندوراس‎ | HND 2016 ‏ا‎ «99 H (Lanciotti,R. .S 87 U-ME180- «82 PLA 2008) 88
Ct25. Lanciotti ‏هندوراس | مصل اشكل اخطأ‎ | HND 2016 99 H (Lanciotti,R. .S «87 ‏-5276-لا‎ ‎«82 SER 2008) 88 25 ‏الجدول‎ ‏العينة البلد نوع | تألق تألق ايجابي | ايجابي‎ ‏اسطة اسطة‎ SHERLOC | all ‏و‎ 7 SHERLOCK ‏لعين‎ ‎Alton | Hologi 3 mK 5 3 ‏بعد‎ ‎a 0 ‏ساعات‎ ‏ساعات(0ا5)‎ ‏(متوسط)‎
‎DOM_2016_‏ | جمهورية | بول | 40.333333 | 23.1156512 | صحيح اخطأ 8 الدومينيكا 3 6 -8-0054 ات ‎UR‏ ‎DOM_2016_‏ | جمهورية | مص | 91.666666 | 65.4930021 | صحيح اخطأ 8 الدومينيكا ‎١‏ ل 7 27 ‎B-0054-‏ 0 ‎SER‏ ‎DOM_2016_‏ اجمهورية ابول ‎114١+‏ 8 اصحيح اخطأ 8 الدومينيكا -8-0059 ات ‎UR‏ ‎DOM_2016_‏ | جمهورية | مص | 57987.666 | 1704.08108 | صحيح | صحيح 8 الدومينيكا ‎J‏ 7 2 -8-0059 ات ‎SER‏ ‎DOM _2016_‏ | جمهورية | مص | 114336 |1429.22636 ا صحيح | صحيح 8 الدومينيكا | ل 4 -8-0071 ات ‎SER‏
‎DOM_2016_‏ اجمهورية ابول |58 3 أصحيح | ‎las‏ ‏8 الدومينيكا 8 ‎ 8-0071-‏ أ ‎URI‏ ‏8 الدومينيكا 3 5 ‎ 8-0076-‏ 9 ‎URI‏ ‎DOM_2016_‏ | جمهورية | بول | 29.333333 | 43.0155010 ‎Wa]‏ اخطأ 8 الدوميتيكا 3 8 ‎ 8-0085-‏ أ ‎URI‏ ‎DOM_2016_‏ | جمهورية | مص | 123215.33 | 14872.5951 ا صحيح | صحيح 8 الدومينيكا ‎J‏ 3 1 ‎ 8-0085-‏ أ ‎SER‏ ‎DOM_2016_‏ | جمهورية ‎١‏ مص | 112993 4 اأصحيح | صحيح 8 الدومينيكا ‎J‏ 9 ‎ 8-0091-‏ أ ‎SER‏
‎DOM_2016_‏ | جمهورية | مص | 97830.666 | 2968.64823 | صحيح | صحيح 8 الدومينيكا ال |7 3 ‎B-0115-‏ 0 ‎SER‏ ‎DOM_2016_‏ | جمهورية | مص | 80429.333 | 6778.08721 | صحيح | صحيح 8 الدومينيكا | ل 3 8 ‎ 8-0127-‏ ‎SER‏ ‎DOM_2016_‏ | جمهورية | مص | 85652.666 | 4965.60634 | صحيح | صحيح 8 الدومينيكا ال |7 1 ‎B-0180-‏ ات ‎SER‏ ‏الجدول 26 العينة البلد | نوع | تألق | ‎ails]‏ أأمبليكون ‎١‏ أمبليكون | أمبليكون العى | ‎SHER‏ ‎SHER >‏ مجموعة مجموعة ناتج ‎LOCK | wn‏ ‎PCR| PCR| LOCK‏ | 008 لانوجر بعد 1 1 ام/ميكرولتر) بعد ‎Cen‏ ا يكرولد ‎LL‏ 1تركيز ‎osm]‏ |“ ساعة ‎AE AE‏ (متوسط) (نانوجرام/م | (نانوجرام/م ‎SD‏ ‏)55( يكرولتر) ‎١‏ يكرولتر)
0.3 28.35 64 | ‏ابول‎ seas | DOM 20 489 a, 16 B
Al 8-١ B-0054- يشكار" ‎oe URI‏ ‎seas | DOM 20‏ ابول | .4042 |124.5 ]0.2 0.5 0.2 ‎a, 16 B‏ 333 |084
Al 8-1 B-0059- يشكار" ‎URI‏ 0 ‎sess | DOM_20‏ ام |88 104.6 !2.7 3.4 2.7 168 رية اصل 518 الد ‎B-0059-‏ 8-1 <a oe SER 3.4 3.4 4.5| 103.0| 456| ‏ام‎ sees | DOM_20 146 ‏رية اصل‎ 168 الد -8-0071 8-1 <a oe SER 2.7 2.7 2.9 38.00 | 311.6| ‏ام‎ seas | DOM_20 439 | ‏اصلا|667)‎ 4 16 B
Al 8-١ B-0076- يشكار" ‎oe SER‏
1.7| 570.8١ 3114| ‏اجمهو ابول‎ DOM 20 704 a, 16 B
Al 8-١ B-0076- يشكار" ‎oe URI‏ ‎sees | DOM 20‏ ابول |473.6 | 50.80 |8.1 12.3 8.1 ‎a, 16 B‏ 667 |682
Al 8-1 B-0085- يشكار" ‎URI‏ 0 ‎seas | DOM_20‏ ام | 30426 | .7086 ]17.5 19 17.5 ‎da| ay 16 B‏ | .67 829
Al & 1 B-0091- يشكار" ‎oe SER‏ ‎seas | DOM_20‏ ام | 77020 | 16146 | 16.4 41.8 16.4 168 رية اصل .71 الد -8-0115 8-1 <a oe SER 4.7 4.7| 2008. | 8701.| ‏ابول‎ seas | DOM 20 831 667 a, 16 B
Al 8-١ B-0115- يشكار" ‎oe URI‏
65.6 65.6| 923.0| 87383 | ‏اجمهو ام‎ DOM_20 596 ‏رية اصل‎ 168 الد -8-0127 8-1 <a oe SER 6.4 8.2 6.4| 156.9 | 80265| ‏ام‎ sees | DOM_20 044 ‏رية اصل‎ 168 الد ‎B-0180-‏ 8-1 <a
OTe SER 4.5 8.1 4.5| 49.09 | 41.33 | ‏ابول‎ sees | DOM 20 515| 333 a, 16 B
Al 8-1 B-0180- يشكار" ‎oe URI‏ ‎sees | DOM_20‏ ام | 8689 |912.5 ]11.9 15.7 11.9 168 رية اصل 004 الد -8-0183 8-1 <a oe SER 0.1 52.65 ١ 62.66| ‏بول‎ | sees| DOM 20 295| 667 a, 16 B
Al 8-١ B-0183- يشكار" ‎oe URI‏
0.3] 157.8 | 3065. ‏اجمهو ابول‎ DOM 20 618| 667 a, 16_B
Al 8-١ B-0184- ‏يشكار"‎ ‎oe URI 58.9 144 58.9 | 513.0 | 35490 ‏لولاي اتجم‎ | USA 20 731 ‏اات اع‎ 16_FL- ‏المت | الب‎ ‏لد‎ 2 01 mos ‏عو‎ 8a a 67.7 67.9 67.7| 115.1] 10314 | ‏الولاي اتجم‎ USA 20 043 ‏اع‎ «| 16_FL- ‏الب‎ | all ‏لد‎ 2 00 mos ‏عو‎ 8a a 69.8 87.5 69.8 | 791.5 | 60385 | ‏لولاي | تجم‎ | USA 20 013 67. ‏اع‎ «| 16_FL- ‏الب‎ | all ‏المتح لد‎ 03 Mos ‏عو‎ 8a a 10.2 283.1 | 16201 | ‏الولاي ابول‎ USA_20 042 «| 16_FL- ‏المة‎ ‏المت‎ 021-URI 8a
‎USA 20‏ اللاي ابول ا119 48.66 ]0.7 ]1.29 |0.7 ‎16_FL-‏ |ات 21 ‎all ‏امتح‎ goo- ‎Ba ‎URI ‎72 1 7.2| 53.52 235.6] ‏لولاي ابول‎ | USA 20 881| 667 ‏أات‎ 16_FL- ‎all ‏امتح‎ 030- ‎Ba ‎URI ‎1 1 2.7| 57.86 45 u| us| HND_20 19 Ll oi] 16H
U-
ME33-
PLA
61.9] 66.8] 61.9] 687.6 | 33957 | ‏|هندور أبلاز‎ HND_20 717| 33. | ‏اس‎ 16H
U-
ME38-
PLA
28.3| 38.6| 28.3] 189.9|20041| | sus | HND_20 746| 67.|da| ‏اس‎ 16H
U-
ME42-
SER
24 4.8 2.4١ 23.15] 106.6 | ‏|هندور ابلاز‎ HND 20 887| 667 ‏اس أما‎ 16 H
U-
MES0-
PLA
36.3] 38.6] 36.3] 303.2] 12284 | Pu| ‏هندور‎ | HND 20 87 Lu 16 H
U-
ME58-
PLA
14.2 17 14.2] 167.9] 7115| ‏|هندور ابلاز‎ HND 20 196 Lu 16 H
U-
ME59-
PLA
8.7 13.4 8.7] 97.72| 8452. ‏|هندور ابلاز‎ HND 20 581] 333] W| ‏اس‎ 16 H
U-
ME131-
PLA
1.1 3.3 1.1| 47.69 35 | ‏هندور | بلاز‎ | HND 20 696 Lu 16 H
U-
ME136-
PLA
1 1.1 1| 23.43 | 23.66| Pu| ‏هندور‎ | HND 20 786 667] | ‏اس‎ 16 H
U-
ME137-
PLA
12.4 41.50 | 4625.| ‏|هندور ام‎ HND_20 1| 667) dal ‏اس‎ 16 H
U-
ME147-
SER
14.7 7 14.7| 50.47 | 2165| ‏|هندور ام‎ HND_20 772 ‏اس اصل‎ 16 H
U-
ME152-
SER
6.2 6.2 8.1] 163.0 853.3| ‏اهندور ام‎ HND_20 164 | 333 | da| ‏اس‎ 16 H
U-
ME156-
SER
16.7 34.1 16.7١ 2654. | 15552 | ‏هندور | بلاز‎ | HND 20 519] ‏اس أما أ.67)‎ 16 H
U-
ME167-
PLA
4.1 6.1 4.1] 832.8] 4832. | ‏|هندور ابلاز‎ HND 20 771١ 667] ‏اس أما‎ 16 H
U-
ME171-
PLA
1.9 2.9 1.9] 46.73 | 171.3] ‏ابلاز‎ yma | HND 20 685| 333] ‏اس أما‎ 16 H
U-
ME172-
PLA
18.8| 24.4 18.8 | 47.03 | 1108| ‏|هندور ابلاز‎ HND 20 19 Lu 16 H
U-
ME178-
PLA
4.9 4.9 6.2| 49.81 | 82.66 | ‏هندور | بلاز‎ | HND 20 298 | 667 | ‏اس‎ 16 H
U-
ME180-
PLA
0.5 0.5 45.65| 110.3١ ‏|هندور ام‎ HND_20 45| ‏اس اصلا333‎ 16 H
U- 5276-
SER
36.3| 38.6] 36.3] 303.2] 12284 | Pu| ua | HND 20 87 Lu 16 H
U-
ME58-
PLA
14.2 17 14.2] 167.9] 7115| ‏|هندور ابلاز‎ HND 20 196 Lu 16 H
U-
ME59-
PLA
8.7 13.4 8.7] 97.72 8452. ‏|هندور ابلاز‎ HND 20 581] 333] W| ‏اس‎ 16 H
U-
ME131-
PLA
1.1 3.3 1.1| 47.69 35| ‏هندور ابلاز‎ | HND 20 696 Lu 16 H
U-
ME136-
PLA
1 1.1 1| 23.43 | 23.66| ‏هندور ابلاز‎ | HND 20 786 667] | ‏اس‎ 16 H
U-
ME137-
PLA
12.4 41.50 | 4625.| ‏اهندور ام‎ HND_20 1| 667|dal| ‏|اس‎ 16 HU-
ME147-
SER
14.7 7 14.7] 50.47 | 2165| | ‏اهندور‎ HND_20 772 ‏أاسن أاصل‎ 16 HU-
ME152-
SER
6.2 6.2 8.1| 163.0| 853.3] | ‏|هندور‎ HND_20 164 | 333 | da| ‏|اس‎ 16 HU-
ME156-
SER
16.7] 1 16.7 | 2654. | 15552 | ‏هندور ا بلاز‎ | HND 20 519] 67.] ‏اس أما‎ 16 H
U-
ME167-
PLA
4.1 6.1 4.1] 832.8] 4832. | ‏|هندور ابلاز‎ HND 20 771١ 667] ‏اس أما‎ 16 H
U-
ME171-
PLA
1.9 2.9 1.9] 46.73 | 171.3] ‏ابلاز‎ yma | HND 20 685| 333] ‏اس أما‎ 16 H
U-
ME172-
PLA
18.8| 24.4 18.8] 47.03 | 1108| ‏اهندور ابلاز‎ HND 20 19 Lu 16 H
U-
ME178-
PLA
4.9 4.9 6.2| 49.81 | 82.66 | ‏هندور ابلاز‎ | HND 20 298| 667] | ‏اس‎ 16 H
U—
ME180-
PLA
0.5 0.5 45.65| 110.3 | ‏ام‎ sua | HND_20 45] 333 | da| ‏اس‎ 16 H
U—
SZ76-
SER
‏مميز في الكشف عن الأحماض النووية التي تم استخلاصهاء؛ لا يجب أن‎ SHERLOCK ‏رغم أن‎ ‏يتطلب اختبار تشخيص سريع؛ يمكن نشره ميدانيًا خطوة استخلاص للكشف عن حمض نووي‎
DENV 5 ZIKV ‏عدة فيروسات في البول أو اللعاب؛ وتتضمن‎ JLT ‏فيروسي في موائع الجسم.‎ ولا يكون التجميع اجتياحي ( ‎Paz-Bailey etal. N. Engl. J. Med‏ ‎doi:10.1056/NEJMoal 613108 (2017); Andries et al. PLoS Negl. Trop.‏ ‎(Dis. 9, €0004100 (2015)‏ للكشف عن الحمض النووي الفيروسي مباشرةً من موائع الجسم من خلال ‎(SHERLOCK‏ لقد قمنا بتطوير ‎(HUDSON‏ وهي طريقة لتحلل الجسيمات الفيروسية وإيقاف نشاط المستويات العالية من ‎RNaSES‏ الموجودة في موائع الجسم باستخدام اختزال حراري 0 وكيميائي (الشكل 1104 ,89( )-257:8705 ‎Weickmann et al. J. Biol. Chem.‏ )1982( 8710( يمكن إضافة بول أو لعاب معالّج ب ‎HUDSON‏ مباشرةً إلى تفاعلات ‎RPA‏ ‏بدون تخفيف أو تنقية (تم تخفيف منتجات الدم 1: 3 لتجنب التصلد أثناء التسخين)؛ بدون تثبيط التكبير أو الكشف التالي. يتيح ‎HUDSON‏ و ‎SHERLOCK‏ الكشف الحساس عن حمض نووي ‎ZIKV‏ خالي تم رشه إلى البول؛ أو ‎pall‏ الكامل؛ أو البلازماء أو المصلء أو اللعاب (الأشكال 5 183( 83« 90 105 و106). لمحاكاة العدوى الإكلينيكية؛ حيث تتم كبسلة حمض نووي فيروسي في جسيمات مُعدية؛ قمنا برش جسيمات ‎ZIKV‏ مُعدية إلى موائع الجسم. جمع
‎HUDSON‏ بين ‎SHERLOCK‏ (الشكل 91 و107) مما سمح بكشف حساس عن ‎ZIKV‏ ‎RNA‏ من جسيمات مُعدية بمقدار 90 أتومولار (45 نسخة/ ميكرو لتر) في دم كامل (الشكل 08) أو المصل (الشكل 104ب)؛ 0.9 أتومولار (حوالي 1 نسخة/ ميكرو لتر) في اللعاب (الشكل 104ج)؛ و20 أتومولار )10 نسخة/ ميكرو لتر) في البول. كان إجمالي زمن التحويل > ساعتين مع قراءة تألق وقياس لون (الشكلين 104د و114). تكون حساسية ‎HUDSON‏ و ‎SHERLOCK‏ مقارنة لتركيزات ‎ZIKV RNA‏ الملحوظة في عينات المريض؛ وتتراوح من 1- 00 نسخة/ ميكرو لتر (-082 ;)2008( 43:96-101 ‎Faye et al.
J.
Clin.
Virol.‏ ‎.(Bailey et al.
N.
Engl.
J.
Med.
Doi:10.1056/NEJMoal613108 (2017)‏ كشف ‎HUDSON‏ مزدوجًا مع تجرية ‎«dlls DENV SHERLOCK‏ عن ‎DENV‏ في الدم
0 الكامل؛ المصلء واللعاب (الشكلين 109 و110). تم الكشف عن ‎Bale DENV‏ من 8 من بين 8 عينات مصل مريض (الشكل 104ه) و3 من بين 3 عينات لعاب مريض خاضعة للاختبار (الشكل 104و)؛ مع إجمالي زمن تحويل <ساعة واحدة من اللعاب رغم العيارات الفيروسية الأقل في المصل ))2015( 60004100 ,9 ‎(Andries et al.
PLoS Negl.
Trop.
Dis.‏ قمنا مباشرةً بالكشف عن ‎DENV‏ مع قراءة قياس لون باستخدام شرائح تدفق جانبي (الشكل 5104(
5 مع توضيح خط أنابيب ‎HUDSON‏ إلى ‎SHERLOCK‏ يمكنهما الكشف عن ‎DENV Jf ZIKV‏ ‎Bribie‏ من موائع الجسم باستخدام أدوات بسيطة. لأن العديد من الفيروسات المصفرة المتماثلة وراثيًا وبصورة مولدة للضد تقوم بالدوران المشترك وتكون لها أعراض مماثلة؛ قمنا بتطوير قوائم تشخيصية لتمييز الفصائل الفيروسية ذات الصلة والأنماط المصلية. فمنا بتعريف المناطق المحفوظة داخل جينومات داخل ‎(DENV (ZIKV‏
0 فيروس غرب ‎(WNV) dull‏ وفيروس الحمى الصفراء ‎(YFV)‏ وتمت تهيئة قائمة فيروسة مصفرة ببادئات ‎RPA‏ فيروسة مصفرة دولية يمكنها تكبير أي من الفيروسات الأربعة؛ و 0140/85 نوعية الفصيلة (الشكل 184). تكشف تلك القائمة عن أهداف ‎(DENV (ZIKV‏ /الا/لا 5 ‎YFV DNA‏ مع تألق > 960.22 بعيد عن الهدف (الشكل 84ب» 92( وانظر الطرق)؛ وتم تعريف وجود كل التوليفات الزوجية من تلك الفيروسات الأربعة؛ وتوضح القدرة على ‎RASH‏ عن عدوى مشتركة زائفة
5 (الأشكال 84« 84ج 93). كما قمنا بتهيئة قائمة باستخدام بادئات ‎RPA‏ نوعية ‎DENV‏ و
‎crRNAS‏ نوعية النمط المصلي (الشكل 84د) يمكنها التمييز بين الأنماط المصلية ‎DENV‏ 1- 4 مع > 963.2 تألق بعيد عن الهدف (الشكل 84« 79ج؛ و94). يسمح هذا المستوى المنخفض من التألق البعيد عن الهدف بنوعية 96100 في التمييز بين الأنماط المصلية؛ وتوفير بديل لطرق تعريف النمط المصلي الحالية (-51:3418 ‎Waggoner et al.
J.
Clin.
Microbiol.‏ (2013) 3420( أكدت قائمة ‎DENV‏ الأنماط المصلية لعدد 12 عينة مريض من نمط مصلي ‎RT-PCR‏ أو نواتج ‎Jie‏ إكلينيكية (الشكلين 84د و111)؛ وتم تعريف ناتجي عزل إكلينيكيين مع عدوى مختلطة»؛ وهي ظاهرة ملحوظة بصورة شائعة ) ‎Requena-Castro et al.
Mem.‏ ‎.(Inst.
Oswaldo Cruz. 112:520-522 (2017)‏ يمكن على هذا مد ‎SHERLOCK‏ ‏ليميّز بين الفيروسات أو الأنماط المصلية ذات الصلة باستخدام تفاعل تكبير واحدة.
0 إن ‎SHERLOCK‏ متوازن بصورة فريدة لتعريف متغير ‎WE‏ للنشر ميدانيًاء سمح بتعقب في الزمن الفعلي للتهديدات ‎dg Saal)‏ يشمل التنميط الوراثي لتعددات أشكال نوكليوتيد أحادي ‎(SNPs)‏ نمطيًا ‎gly PCR‏ من الكشف الذي أساسه القياس الطيفي الكتلي أو التألق؛ مما يتطلب معالجة ‎due‏ شاملة؛ وأدوات مكلفة؛ وقابلية نشر ميداني محدودة ( ‎Kim et al.
Annu.
Rev.‏ ‎(Biomed.
Eng. 9:289-320 (2007)‏ يتمكن ‎SHERLOCK‏ من تعريف ‎SNPs‏ بواسطة
وضع عدم تطابق تخليقي في ‎rRNA‏ بالقرب من ‎«SNP‏ واختبار كل هدف مع ‎CTRNA‏ نوعي سلفي ونوعي مشتق (الشكل 1112( ( 356:438-442 ‎Gootenberg et al.
Science‏ (2017)). لقد ‎Lad‏ بتهيئة تقنيات تشخيصية لعدد 3 ‎SNPs‏ نوعية المنطقة من وياء ‎ZIKV‏ ‏5- 2016 (الشكل 112ب) وتعريف ‎SNPs‏ تلك في أهداف تخليقية؛ خام تغذية فيروسي؛ وعينات ‎CDNA‏ من الهندوراس»؛ وجمهورية الدومينيكان» والولايات المتحدة الأمريكية (الشكل
0 112ج- ه). توضح تلك النتائج أن ‎SHERLOCK‏ يتمكن من تعريف ‎SNPs‏ في عينات من وباء ‎ZIKV‏ وإبراز نوعية النوكليوتيد الواحد ل ‎SHERLOCK‏ ‏يكون للتعريف السريع لمقاومة العقار الظاهرة وطفرات أخرى ذات صلة إكلينيكيًا ‎Jie lug pall‏ ‎ZIKV‏ و ‎HIV‏ فائدة كبيرة. تم استخدام طفرة نقطة ‎ZIKV‏ في منطقة ‎(S139N) PrM‏ ارتبطت مؤخرًا بصغر دماغ الجنين كحالة اختبار للتطور السريع للتجارب لتعريف متنوع ( ‎Yuan et al.‏
‎(Science eaam7120 )2017( 5‏ خلال أسبوع من نشرة التقرير (الشكلين 112و 1135(
قمنا بتطوير عدة تجارب ‎SHERLOCK‏ لطفرة ‎SI39N‏ (الشكلين 96 و112ز)؛ ويمكنها تعريف الطفرة في عينات مريض من وياء ‎ZIKV‏ 2015- 2016 مع قراءة بصرية (الشكل 2م). لمزيد من التوضيح لسهولة تطوير تقنيات تشخيص ‎SHERLOCK‏ لعدة طفرات ذات ‎dla‏ إكلينيكيًا؛ ‎Lad‏ بتهيئة واختبار التجارب للكشف عن ست طفرات مقاومة للعقار الأكثر ملاحظة بشكل شائع في ترانسكريتاز العكسي ‎Rhee et al.
Nucleic Acids Res. ) HIV‏ )2003( 31:298-303( في أسبوع واحد (الشكل 97). تبرز تلك الأمثلة إمكانية استخدام ‎SHERLOCK‏ لمراقبة المتغيرات ذات صلة إكلينيكيًا في زمن قريب من الفعلي. بدمج ‎HUDSON‏ و ‎(SHERLOCK‏ قمنا بخلق منصة تشخيص فيروسية يمكن نشرها ميدانيًا مع أداء عالي وأدوات بسيطة أو متطلبات معالجة عينة بسيطة. تكون تلك المنصة حساسة ونوعية 0 كتقنيات تشخيص الحمض النووي التي أساسها التكبير ( ,4 ‎Piepenburg et al.
PLoS Biol.‏ ‎e204 )2006((: Yu et al.
Angew.
Chem.
Int.
Ed Engl. 56, 992-996 (2017);‏ ‎Eboigbodin et al.
Diagn.
Microbiol.
Infect.
Dis. 86:369-371 (2016);‏ ‎Pardee et al.
Cell 165:1255-1266 (2016); Chotiwan et al.
Sci.
Transl.‏ ‎Med. 9 (2017) doi:10.1126/scitranslmed.aag0538; Van Ness et al.
PNAS‏ 5 )2003( 100:4504-4509(( مع متطلبات سرعة وأدوات مماثلة لاختبارات مولد الضد السريعة ‎Bosch et al.
Sci.
Transl.
Med 9 (2017), )‏ ‎doi:10.1126/scitrtanslmed.aan]1589; Balmaseda et al.
PNAS USA‏ ‎Priyamvada et al.
PNAS USA 113:7852-7857‏ ;)2017( 114:8384-8389 (2016)). علاوة على ذلك؛ يمكن تهيئة هذا المنهج بسهولة للكشف الفعلي عن أي فيروس موجود 0 في موائع الجسم؛ ويتدرج بحيث يسمح بكشف مضاعف ) ‎Gootenberg et al.
Science‏ )2018( 001:10.1126/5016006.3800179)؛ ويمكن تجفيف المواد الكاشفة بالتجميد لعدم تبعية السلسلة الباردة ((2017) 356:438-442 ‎et al.
Science‏ 6001600819). يكون الكشف الذي أساسه 08513 عبارة عن استراتيجية تشخيص من الجيل الثاني واعدة مع القدرة على تنفيذها في أي موضع في العالم للسماح بتشخيص فعال؛ وسريع للعدوى الفيروسية. 5 المواد والطرق
العينات الإكلينيكية/ البيان المتعلق ‎hal‏ المهنة. كانت العينات الإكلينيكية المستخدمة لهذه الدراسة من دراسات إكلينيكية تم تقييمها والموافقة عليها بواسطة لجان المراجعة المؤسسية/ مراجعة آداب المهنة في المستشفى العام ‎Santo ( Hospital General de la Plaza de la Salud‏ ‎«Domingo‏ جمهورية الدومينيكان)» إدارة الصحة بفلوريدا ‎(Tallahassee)‏ فلوريدا)»؛ و
‎Universidad Nacional Autonoma de Honduras 5‏ (16900198108؛ الهندوراس). لجان المراجعة المؤسسية/ مراجعة آداب المهنة في معهد التكنولوجيا بماساتشوستس ‎(MIT)‏ ومكتب البحوث ‎(Office of Research Subject Projection)‏ لدى معهد برود المقدم للموافقة على استخدام العينات المجمعة بواسطة المؤسسات المدرجة سابقًا. للعينات الإكلينيكية لفيروس الدنك؛ تقدم لجان المراجعة المؤسسية/ مراجعة آداب المهنة موافقة على استخدام العينات.
‏0 .تم تجميع عينات فيروس زبكا الإكلينيكية ‎(ZIKV)‏ أثناء وياء زيكا 2015- 2016 والاختبار عند مواضع تعاونية مع أي من تجربة ‎ZIKV Hologic‏ 01008 أو تجارب ‎ZIKV RT-PCR‏ أو ‎RT-PCR‏ المنشورة بالاعتماد على موضع تعاوني. تقرر اختبار الحمض النووي والنتائج في الجدول 24. تم تحضير ‎RNA‏ الذي تم استخلاصه من تلك العينات الإكلينيكية المجمعة لعمل متواليات ميتاجونومية ومستهدفة وجينومات منشورة ‎Metsky et al.
Nature ( ilu‏
‏5 (2017) 546:411-415)) وتم استخدام ‎CDNA‏ 40 مستحضر منها ‎JAXX‏ لمقارنة ‎SHERLOCK‏ وأداء أمبليكون ‎PCR‏ كما تم اختبار ‎RNA‏ تم استخلاصه من 16 من تلك العينات باستخدام طقم ‎RT-PCR‏ فيروس زبكا ‎RealStar‏ 11008؛ وتوجد تفاصيل التجرية فيما يلي وتم اختبار العينات وتقررت نتائجها في الجدول 25. كانت عينات مصل المريض المصاب بفيروس الدنك الإيجابي المؤكدة ‎(DENV)‏ في فائض عن
‏0 جينوميات مقارنة ل ‎Bag DENV‏ لمبادرة الجينوميات الفيروسية لمعهد برود. بالإضافة إلى ذلك؛ تم الحصول على أربع عينات مصل مريض إيجابية ‎DENV‏ مؤكدة وثلاث عينات لعاب مطابقة من ‎.Boca Biolistics‏ كان ‎RNA‏ الذي تم استخلاصه من عينات مصل بشري إيجابية ‎DENV‏ ‎(RT-PCR‏ ونواتج العزل الإكلينيكية في فاتض عن الجينوميات المقارنة ل ‎DENV‏ لمبادرة علوم الجينوم الفيروس بمعهد برود ‎Broad Institute Viral Genomics Initiative‏ تم تحضير
نواتج العزل الإكلينيكية بواسطة استزراع مصل بشري على خلايا 06/36 وتجميع ‎RNA‏ من
المادة الطافية للخلية بإستخدام طريقة استخلاص ‎RNA‏ الموضحة فيما يلي.
إنتاج ‎LwCas]3a‏ و ‎.crRNAs‏ تمت تنقية 7085138 كما تم الوصف ‎Gaby‏
‎((Gootenberg et al.
Science 356:438-442 )2017((‏ أو بواسطة ‎.Genscript‏ تم تطويع قوالب ‎orRNA DNA‏ إلى أوليجونوكليوتيد معزز ‎TT‏ عند تركيز نهائي 10 ميكرو مولار
‏في 71 منظم تفاعل ‎(NEB) Taq‏ ويشمل ذلك 5 دقائق من التحول عن الصفات الطبيعية عند
‏5 درجة مئوية بواسطة التطويع عند 5 درجة مئوية في الدقيقة نزولاً إلى 4 درجة مئوية. تم
‏انتساخ 05/ل001 في المختبر باستخدام طقم تخليق ‎RNA‏ عالي النتاج ‎HiScribe T7‏ (0168).
‎30 ‏قصيرة؛ مع تدرج الحجم إلى‎ RNA ‏عمليات الانتساخ وفقًا لتعليمات المصّنع لنسخ‎ cual
‏0 ميكرو لتر. تمت حضانة التفاعلات طوال الليل عند 37 درجة ‎Augie‏ تمت تنقية النسخ باستخدام خرزات ‎(Beckman Coulter) RNAClean XP‏ مع نسبة مرتين من الخرزات إلى حجم تفاعل وتكملة إضافية 1.8 أيزو برويانول. تم تخليق بعض ‎CTRNAS‏ بواسطة تقنيات ‎DNA‏ متكاملة ‎.(IDT)‏ ‏تحضير العينة. تم استخلاص ‎RNA‏ الفيروسي من 140 ميكرو لتر من المادة المدخلة باستخدام
‏5 طقم ‎(QIAGEN) QlAamp Viral RNA Mini‏ باستخدام ‎RNA‏ الحامل ‎Bg‏ لتعليمات المصيّع. تمت التصفية التتابعية للعينات في 60 ميكرو لتر من ماء خالي من نوكلياز والتخزين عند -80 درجة مثئوية حتى الاستخدام. لإنتاج ‎«cDNA‏ تم تحويل 5 ميكرو لتر من ‎RNA‏ الذي تم استخلاصه إلى ‎cDNA‏ أحادي الجديلة باستخدام طرق تم نشرها سابقًا ( 15:519 ‎Matranga et al.
Genome Biol.‏
‏0 (2014)). للاختصار؛ تم انتساخ ‎RNA‏ عكسيًا باستخدام ‎(Invitrogen) SuperScript Ill‏ وبادئات هكسامير عشوائية. بعد ذلك تم تحلل مزدوجات ‎RNA-DNA‏ باستخدام ‎RNase H‏ تم تخزين ‎CDNA‏ عند -20 درجة مئوية حتى الاستخدام. في بعض التجارب (الشكلين 99ج و100)؛ وتم إجراء الانتساخ العكسي باستخدام ‎SuperScript IV‏ لمدة 20 دقيقة عند 55 درجة مثوية؛ بدون معالجة ‎RNase H‏
تم استخدام ناتج ‎Jie‏ تم استزراعه واحد؛ ‎ZIKV Pernambuco‏ (ناتج العزل ‎(PE243‏ ‎dS (KX197192.1‏ مقارنة إيجابية أو كعينة مقارنة للمتوالية السلفية في تجارب الكشف عن /4/ا2. تم استخلاص ‎RNA‏ الفيروسي من 140 ميكرو لتر من عينة خام حث التبلر باستخدام طريقة استخلاص ‎RNA‏ سبق وصفها.
تم ‎shal‏ إيقاف نشاط ‎RNase‏ لعينات البول بواسطة إضافة ‎TCEP/EDTA‏ وتسخين العينات. تمت إضافة 1080 و ‎EDTA‏ إلى عينات البول عند تركيزات نهائية تبلغ 100 ‎Ale‏ مولار و1 مللي مولار على الترتيب. تم استخدام طريقتين: إيقاف النشاط على خطوة واحدة عند 95 درجة مئوية لمدة 10 دقائق؛ أو إيقاف نشاط عند خطوتين عند 50 درجة مئوية لمدة 20 دقيقة ثم 95 درجة ‎Digi‏ لمدة 5 دقائق. أجربت عمليات إيقاف النشاط باستخدام وحدة تدوير حراري أو قالب
0 تسخين جاف. تم إجراء إيقاف نشاط ‎RNase‏ في فيروس زيكا في الدم الكامل؛ البلازماء المصل؛ وعينات اللعاب بواسطة إضافة ‎TCEP/EDTA‏ وتسخين العينات. تمت إضافة ‎TCEP‏ و ‎EDTA‏ إلى عينات البول عند تركيزات نهائية 100 مللي مولار و1 مللي مولار على الترتيب. تم إيقاف النشاط على خطوتين عند 50 درجة مئوية لمدة 5 دقائق ثم 64 درجة مئوية لمدة 5 دقائق (منتجات الدم أو
5 اللعاب)» أو 50 درجة مئوية لمدة 20 دقيقة ثم 95 درجة مئوية لمدة 5 دقائق (البول). أجريت عمليات إيقاف النشاط باستخدام وحدة تدوير حراري أو قالب تسخين جاف. تم إجراء إيقاف نشاط ‎RNase‏ ل ‎DENV‏ في الدم الكامل؛ المصل؛ وعينات اللعاب بواسطة إضافة ‎TCEP/EDTA‏ وتسخين العينات. تمت إضافة ‎TCEP‏ و ‎EDTA‏ إلى عينات البول تركيزات نهائية تبلغ 100 مللي مولار و1 مللي مولار على الترتيب. تم إجراء إيقاف نشاط من
0 خطوتين عند 42 درجة مئوية (أو في بعض التجارب» 37 درجة مئوية) لمدة 20 دقيقة تليها 64 درجة مئوية لمدة 5 دقائق. تم إجراء عمليات إيقاف النشاط باستخدام وحدة تدوير حراري. تفاعلات ‎RPA‏ وتهيئة البادئة. ‎dually‏ لتفاعلات ‎(RPA‏ تم استخدام طقم ‎Twist-Dx RT‏ ‎Gy RPA‏ لتعليمات المصيّع. كانت تركيزات البادئة 480 نانو مولار. لتفاعلات التكبير التي
تشمل ‎(RNA‏ تم استخدام مثبط ‎RNase‏ فأري ‎(NEB M3014L)‏ عند تركيز نهائي وحدتين لكل ميكرو لتر. كانت كل تفاعلات ‎RPA‏ 20 دقيقة ما لم يوضح خلاف ذلك. للكشف عن ‎ZIKV‏ تم استخدام بادئات ‎(RPA‏ 40819/6821 من نشرة حديثة ‎.(Gootenberg et al.
Science 356:438-442 (2017))‏ للكشف عن ‎«Jala DENV‏ بغض النظر عن النمط المصليء تم استخدام خليط متساوي من بادئات ‎RPA‏ المنشورة ‎DENV4-RPA- ; DENV]-3-RPA-RP4/DENV]-3-RPA-FP13‏ ‎Abd El Wahed et al.
PLoS One 10, e0129682 ) RP2/DENV4-RPA-FP3‏ )2015( بالنسبة لقائمة الفيروسة المصفرة؛ تم استخدام بادئات ‎FLAVI-NS5fwd— (RPA‏ ‎.1/FLAVI-NS Srev-1‏ بالنسبة لقائمة ‎DENV‏ للتمييز بين نمطين مصليين؛ تم استخدام 0 بادئات ‎.DENV-3UTRfwd-1/DENV-3UTRrev-1 (RPA‏ للكشف عن ‎SNP‏ زيكا نوعي المنطقة؛ تم استخدام ‎DOMUSA~-5249-fwd [DOMUSA-5249-rev (RPA‏ ‎«((USA935 SNP) USA-935-fwd/USA-935-rev ((DOMUSAS5249 SNP)‏ ‎.(HND2788 SNP) HND-2788-fwd/HND-2788-rev 4‏ للكشف عن ‎SNP‏ زيكا مرتبط بصغر الدماغ؛ تم استخدام بادئات ‎ZIKV-mcep-rev 4 ZIKV-mcep-fwd (RPA‏ 5 للكشف عن ‎SNPs‏ مقاومة العقار في ترانسكريتاز العكسي ‎(HIV‏ تم استخدام بادئات ‎RPA‏ ‎HIV-5 ((V106M SNPs 5 (K103N (K65R) HIVRT-149F [HIVRT-348R‏ ‎SNPs 5 (M184V (Y181C) 462F/HIVRT-601R‏ /6190). لقائمة كاملة بمسميات بادئة ‎RPA‏ والمتواليات؛ انظر الجدول 28 الجدول 27. بيانات وصفية لعينات مريض /7ل051 ونواتج العزل الإكلينيكية 0 قمنا بتوضيح مجموعة متنوعة من المعلومات لعدد 24 ‎(DENV RNA die‏ 8 عينات مصل مريض» و3 عينات لعاب وتتضمن دولة الأصل؛ ونوع العينة؛ والشكل (الأشكال) المستخدمة فيها.
‎SER‏ 2207 كولومبيا ‎RNA‏ (مصل) الشكل 99 شكل 84( شكل 103 111 ‎3736_SER‏ كولومبيا ‎RNA‏ (مصل) الشكل 99( الشكل 103 ‎SER‏ 3739 كولومبيا ‎RNA‏ (مصل) الشكل 99( الشكل 103 ‎SER‏ 3742 كولومبيا ‎RNA‏ (مصل) الشكل 99( الشكل 103 ‎SER‏ 3745 كولومبيا ‎RNA‏ (مصل) الشكل 99( الشكل 103 ‎SER‏ 3754 كولومبيا ‎RNA‏ (مصل) الشكل 99( الشكل 103 ‎SER‏ 3764 كولومبيا ‎RNA‏ (مصل) الشكل 99( الشكل 103 ‎3766_SER‏ كولومبيا ‎RNA‏ (مصل) الشكل 99( الشكل 103 ‎SER‏ 2280 كولومبيا ‎RNA‏ (مصل) الشكل 99( الشكل 103 1480 كولومبيا ‎RNA‏ (ناتج العزل | الشكل 99 شكل الأكلينيكي) 4؛ شكل 103؛ شكل 111
1410 كولومبيا ‎RNA‏ (ناتج العزل | الشكل 99 شكل الأكلينيكي) 4. شكل 103؛ شكل 111 0 142 كولومبيا ‎RNA‏ (ناتج العزل | الشكل 99؛ الشكل الأكلينيكي) 103 16646-0 المكسيك ‎RNA‏ (ناتج العزل | الشكل 99 شكل الأكلينيكي) 4. شكل 103؛ شكل 111 185650 المكسيك ‎RNA‏ (ناتج العزل | الشكل 99؛ الشكل الأكلينيكي) 103 ‎1SO‏ 18574 المكسيك ‎RNA‏ (ناتج العزل | الشكل 99 شكل الأكلينيكي) 84« شكل 103 شكل 111 18719 المكسيك ‎RNA‏ (ناتج العزل | الشكل 99 شكل الأكلينيكي) 4. شكل 103؛ شكل 111 0 18720 المكسيك ‎RNA‏ (ناتج العزل | الشكل 99 شكل الأكلينيكي) 4. شكل 103؛ شكل 111 20693-0 المكسيك ‎RNA‏ (ناتج العزل | الشكل 99؛ الشكل الأكلينيكي) 103
‎ISO‏ 20697 المكسيك ‎RNA‏ (ناتج العزل | الشكل 99؛ شكل الأكلينيكي) 84( شكل 103 شكل 111 ‎P1_SER‏ بيرو ‎(Jas) RNA‏ الشكل 99 شكل 84« شكل 103« شكل 111 ‎P2 SER‏ بيرو ‎(Jas) RNA‏ الشكل 99 شكل 84« شكل 103« شكل 111 ‎P7 SER‏ بيرو ‎(Jas) RNA‏ الشكل 99 شكل 84« شكل 103« شكل 111 ‎P155 SER‏ بيرو ‎(Jas) RNA‏ الشكل 99 شكل 84« شكل 103« شكل 111 ‎P164 SER‏ بيرو ‎(Jas) RNA‏ الشكل 99« الشكل 103 ‎os ms‏ ممه ‎os‏ ‏ممه ‎os‏ ‏جه ‎a‏
الجدول 28. قائمة متواليات بادئة ‎RPA‏ المستخدمة في هذه الدراسة. تحتوي البادئات الأمامية على بادئة متوالية معزز ‎TT‏ ‎(gaaatTAATACGACTCACTATAgYY‏ عند الطرف 5 لها. ‎١ RP81‏ الشكل 99 الشكل 104« ‎Gootenb gaaatTAA‏ ‎t 1 OR «(87 a‏ 2 لشكل 00 ‎erg e gaaatTAATACGACTCACTA‏ ‎l. «106 «105 «83 Al‏ لشكل 0 0 ‎al. 2017 TAGGGCGTGGCGCACTAC‏ الشكل 108( الشكل 114 لشكل 108 الشكل 17 (متوالية رقم 925( ‎١ RP82‏ الشكل 99( الشكل 104« ‎Gootenb | TGTCAATGTCAGTCACCAC‏ 1 الشكل 87 98 100« ‎TATTCCATCCA‏ (متوالية رقم ‎erg et‏ الشكل 83« 105« 106« 926( 2017 ‎al.‏ ‏الشكل 108( الشكل 114
Abd El | gaaatTAATACGACTCACTA| 104 ‏الشكل 99( الشكل‎ | DENV
Wahed, | TAgggAACAGCATATTGAC 7 ‏الشكل 102 الأشكال‎ | 1-3-
A. et. | GCTGGGAGAGACCAGAGA 18 ‏الأشكال‎ | RPA- al. 2015 (927 ‏(متوالية رقم‎ TC RP4
Abd EI | ATTCAACAGCACCATTCCA | 104 ‏الشكل 99« الشكل‎ | DENV
Wahed, | TTTTCTGGCGTTCTGTG | 7 ‏الشكل 102« الأشكال‎ | 1-3-
A. et. (928 ‏الأشكال 18 (متوالية رقم‎ | RPA- al. 2015 FP13
Abd El | gaaatTAATACGACTCACTA| «104 ‏الشكل 99( الشكل‎ | DENV
Wahed, | TAgggCACAAAAACAGCAT | 7 ‏ا لشكل 102 الأشكال‎ 4-
A. et. ATTGACGCTGGGAAAG 18 ‏الأشكال‎ | RPA- al. 2015 (929 ‏(متوالية رقم‎ RP2
Abd El| CATCTTGCGGCGCTCTGT| 104 ‏الشكل 99« الشكل‎ | DENV
Wahed, | ‏(متوالية رقم‎ GCCTGGATTGA | (103 ‏لشكل 102( الشكل‎ | 4-
A. et. (930 110 ‏الشكل‎ | RPA- al. 2015 FP3 ‏هذه الدراسة‎ | gaaatTAATACGACTCACTA | (92 (84 ‏الماح | الشكل 84( الشكل‎
TAGGGGTACAACATGATG 93 -
GGGAARAGAGARAARAA NS5f (931 ‏(متوالية رقم‎ wd-1
‏هذه الدراسة‎ | CGKGTGTCCCAGCCNGCK | (92 (84 ‏الشكل 84« الشكل‎ | FLAVI ‏(متوالية رقم‎ GTGTCATCWGCA 93 = (932 NS5re v—1 ‏هذه الدراسة‎ | gaaatTAATACGACTCACTA | 94 ‏الشكل 84 الشكل وت‎ | DENV
TAGGGTTGAGCAAACCGT 111 =
GCTGCCTGTAGCTCC 3UTR (933 ‏(متوالية رقم‎ fwd-1 ‏هذه الدراسة‎ | GGGAGGGGTCTCCTCTAA | 94 (79 ‏الشكل 84( الشكل‎ | DENV (934 ‏(متوالية رقم‎ CCRCTAGTC 111 - 3UTR rev—1 ‏هذه الدراسة‎ | gaaatTAATACGACTCACTA 112 ‏الشكل‎ | DOM
TAG USA-
GGACTGTCTTAGACTTGCA 5249 ‏(متوالية‎ TCCTGGAGCTGGG “fwd رقم 935( ‎١ DOM‏ الشكل 112 ‎CTTCCTCCATTTCAGCAGC‏ | هذه الدراسة ‎USA-‏ 6 (متوالية رقم 5249 936( ‎—rev‏
‏هذه الدراسة‎ | gaaatTAATACGACTCACTA 112 ‏حملا | الشكل‎
TAGGGTAGAGTCGAAAATT 935-
GGATATTCAGGAACCC fwd (937 ‏(متوالية رقم‎ ‏هذه الدراسة‎ | AACCCAAGTCCCACCTGA 112 ‏الشكل‎ ١ USA- ‏(متوالية رقم‎ CATACCTTCCAC 935- (938 rev ‏هذه الدراسة‎ | gaaatTAATACGACTCACTA 112 ‏الشكل‎ | HND-
TAGGGTGGAAGAGAATGG 27788
AGTTCAACTGACGGTCG —fwd (متوالية رقم 939( ‎١ HND-‏ الشكل 112 ‎GAAGTGCGATTTCCCCCA‏ | هذه الدراسة ‎AGCCTTCCAGCC 27788‏ (متوالية رقم ‎—-rev‏ 940( ‎ZIKV-‏ | الشكل 112( الشكل 96 ‎gaaatTAATACGACTCACTA‏ | هذه الدراسة ‎TAGGGTACTAGTGTCGGA mcep‏ ‎fwd‏ 696 (متوالية رقم 941( ‎ZIKV-‏ | الشكل 112 الشكل 96 ‎TAACACTTATTCATCCCCA‏ | هذه الدراسة ‎ATGTGGTTG mcep‏ (متوالية رقم 942( ‎-rev‏
‎١ HIVR‏ الشكل 97 ‎gaaatTAATACGACTCACTA‏ | هذه الدراسة ‎TAgggTTGGGCCTGAAAAT T-‏ ‎CCATACAATACTCCAG 149F‏ (متوالية رقم 943( ‎١ HIVR‏ الشكل 97 ‎AAAATATGCATCACCCACA‏ | هذه الدراسة ‎TCCAGTACTG 1-‏ (متوالية رقم ‎348R‏ 944( ‎١ HIVR‏ الشكل 97 ‎gaaatTAATACGACTCACTA‏ | هذه الدراسة ‎TAgggAGGATCACCAGCAA T-‏ ‎TATTCCAAAGTAGCATG 462F‏ (متوالية رقم 945( ‎١ HIVR‏ الشكل 97 ‎TTGTTCTATGCTGCCCTAT‏ | هذه الدراسة ‎TTCTAAGTCAG T-‏ ‎601R‏ ‏(متوالية رقم 946( تفاعلات الكشف عن 08513 وتهيئة ‎.CTRNA‏ تم إجراء تفاعلات الكشف كما تم الوصف ‎et al.
Science 356:438-442 (2017))‏ و600160581) فيما عدا اختزال دخل ‎RNA‏ ‏الخلفية للتفاعل من 100 إلى 0- 25 نانو جرام. يزيد ذلك من معدل التفاعل بدون إدخال أي انقسام طفيلي لأوليجونوكليوتيد المرشد. ما لم يوضح خلاف ذلك؛ تم استخدام ‎RNase Alert v2‏ ‎(Thermo)‏ باعتباره المرشد. تم استخدام قارئات الطبق الدقيق ‎«Synergy H4) Biotek‏ ‎(Neo?2‏ و5 ‎(Cytation‏ لقياس التألق بتفاعل الكشف. تمت مراقبة حركيات التألق باستخدام جهاز تلوين أحادي عند تنبيه عند 485 نانو متر وانبعاث عند 520 نانو متر مع قراءة كل 5 دقائق لفترة تصل إلى 3 ساعات. لم يلاحظ مقدمي الطلب فروق واضحة في الحساسية بين الأجهزة
المختلفة؛ على ذلك تم استخدام الأجهزة بصورة متبادلة. كانت قيم التألق المتقررة هي قيم مطروحة من الخلفية أو نوعية القالب. لوحظت النقطة الزمنية المتقررة في تفسيرات الشكل. لكشف ‎ZIKV‏ تم استخدام ‎CRNA 2 " rRNA‏ يستهدف زيكا" من نشرة حديثة ‎.(Gootenberg et al.
Science 356:438-442 )2017((‏ بالنسبة لكشف ‎DENV‏ شامل بغض النظر عن النمط المصلي؛ تم استخدام خليط متساوي من ‎D1-5crRNAs‏ ‎.D4-3UTRat10620 D2/3-3UTrat10635 3 0‏ بالنسبة لقائمة الفيروسة المصفرة؛ تم استخدام ‎DENV-NS5at9127 «(ZIKV) crRNAs ZIKV-NS5at9227‏ ‎.(YFV) YFV-NS5at9122 5 ((WNV) WNV-NS5at9243 (DENV)‏ لقائمة ‎DENV‏ ‏للتمييز بين الأنماط المصلية؛ تم استخدام ‎D2- ¢((DENV1) crRNAs D1-3UTRat10457‏ ‎D4-3UTRat10366 5 «(DENV3) D3-3UTRat10419 ((DENV2) 30148110433 0‏ ‎.(DENV4)‏ للكشف عن ‎SNP‏ زيكا نوعي المنطقة؛ تم استخدام ‎crRNAs DOMUSA-‏ -5249السلفي 5249-/5ل001/1/- المشتق ‎((DOMUSA5249 SNP)‏ -58-935لا ‎sl.‏ 935-/5ل/- المشتق ‎SNP)‏ 5/8935لا)؛ 5 ‎—/HND-2788 _il.JIHND-2788~‏ المشتق ‎(HND2788 SNP)‏ للكشف عن ‎1K) SNP‏ المرتبط بصغر الدماغ؛ تم استخدام ‎—/ZIKV-mcep-snp3syn5 lulicrRNAs 21161/-00060-50035/05- 5‏ المشتق (تم توضيح التهيئة في الشكل ‎«(112F‏ و-01660-5007-/21161 ‎[ZIKV-mcep— _ilulicrRNAs‏ 7 المشتق (تم توضيح التهيئة في الشكل 105). للكشف عن ‎SNPs‏ المقاومة للعقار في ‎HIV‏ ترانسكريتاز عكسي؛ تم استخدام ‎~[HIVRT-K65R ilulicrRNAs HIVRT-KG5R—‏ المشتق ‎—/HIVRT-K103N aJHIVRT-K103N- (K65R SNP)‏ المشتق ( ‎K103N‏ ‎~/HIVRT-V106M_&JHIVRT-VO16M- (SNP 20‏ المشتق ‎«(VI06M SNP)‏ ‎—[HIVRT-Y181C _aHIVRT-Y181C~‏ المشتق ‎HIVRT- ¢((Y181C SNP)‏ ‎~/HIVRT-M184V,_il.iiM184V-‏ المشتق ‎HIVRT-G190A~- 5 (M184V SNP)‏ ‎—HIVRT-G190A ilu‏ المشتق ‎.(G190A SNP)‏ لقائمة كاملة بمسميات ‎rRNA‏ ‏والمتواليات المباعدة؛ انظر الجدول 29. لمناقشة إضافية لتأثير متوالية ‎rRNA‏ والبنية الثانوية 5 على النشاط انظر المناقشة.
الجدول 29. قائمة متواليات مباعد ‎CRNA‏ المستخدمة في هذه الدراسة تحتوي كل ‎CrRNAS‏ المستخدمة في هذه الدراسة على نفس المتوالية المتكررة المباشرة ‎(GAUUUAGACUACCCCAAAAACGAAGGGGACUAAAAC)‏ تم ترميز :53 6 لناتج متزايد أثناء انتساخ 17 في المختبر في بادئة متوالية معزز ‎TT‏ ‎.(9aaatTAATACGACTCACTATAgQgg) 5‏ اسم ‎crRNA‏ مستخدم في متوالية المرجع المباعدة ‎crRNA 2‏ الشكل 99( الشكل 104« الشكل 87« 98 (متوالية | ‎Gootenber‏ ‏استهداف زيكا 100« ‎Jal‏ 83« 105« 106« الشكل 108« | رقم ‎g et al.‏ الشكل 114 949( 2017 -01] الشكل 99( الشكل 104 الشكل 102( الشكل | (متوالية | هذه الدراسة 6 3 | 103( الشكل 110 رقم 0 950( -02/3 الشكل $99 الشكل 104 الشكل 102( الشكل ‎١‏ (متوالية | هذه الدراسة 33 | 103« الشكل 110 رقم 951( ‎D4-‏ الشكل 99( الشكل 104« الشكل 102؛ الشكل هذه الدراسة ‎3UTRat1062‏ | 103 الشكل 110 . (متوالية 0 ٍ رقم 952(
‎ZIKV-‏ الشكل 84« الشكل 84( 92 93 (متوالية هذه الدراسة 7 رقم
‏953( ‎DENV-‏ الشكل 84(« الشكل 84 92 93 (متوالية هذه الدراسة 7 رقم
‏954( ‎WNV-‏ الشكل 84(« الشكل 84 92 93 (متوالية هذه الدراسة ‎NS5at9243‏ رقم
‏955( ‎YFV-‏ الشكل 84« الشكل 84( 92 93 (متوالية هذه الدراسة ‎NS5at9122‏ رقم
‏956( ‎D1-‏ الشكل 84( الشكل 79 94 111 (متوالية هذه الدراسة ‎3UTRat1045‏ رقم 7 957( ‎D2-‏ الشكل 84( الشكل 79 94 111 (متوالية هذه الدراسة ‎3UTRat1043‏ رقم 3 958( ‎D3-‏ الشكل 84( الشكل 79 94 111 (متوالية هذه الدراسة ‎3UTRat1041‏ رقم 9 959(
‎D4-‏ الشكل 84( الشكل 79 94 111 (متوالية هذه الدراسة ‎3UTRat1036‏ رقم 6 960( ‎ DOMUSA-‏ | لشكل 112 (متوالية | هذه الدراسة -5249 سلفي رقم
‏961( ‎ DOMUSA-‏ | الشكل 112 (متوالية | هذه الدراسة -5249 مشتق رقم
‏962( ‎USA-935-‏ ا لشكل 112 (متوالية | هذه الدراسة سلفي رقم
‏963( ‎USA-935-‏ | لشكل 112 (متوالية | هذه الدراسة مشتق رقم
‏964( ‎HND-2788-‏ | الشكل 112 (متوالية | هذه الدراسة سلفي رقم
‏965( ‎HND-2788-‏ | الشكل 112 (متوالية | هذه الدراسة مشتق رقم
‎(966
‎ZIKV-mcep—‏ | الشكل 112؛ الشكل 96 (متوالية | هذه الدراسة ‎snp3syn5-‏ رقم مشتق 967( ‎ZIKV-mcep-‏ | الشكل 112( الشكل 96 (متوالية | هذه الدراسة ‎snp3syn5-‏ رقم سلفي 968( ‎ZIKV-mcep-‏ | الشكل 112( الشكل 96 (متوالية | هذه الدراسة -5007 سلفي رقم
‏969( ‎ZIKV-mcep—‏ | الشكل 112؛ الشكل 96 (متوالية | هذه الدراسة -5007 مشتق رقم
‏970( ‎HIVRT-‏ الشكل 97 (متوالية | هذه الدراسة ‎K65R-‏ سلفي رقم
‏971( ‎HIVRT-‏ الشكل 97 (متوالية | هذه الدراسة ‎K65R-‏ مشتق رقم
‏972( ‎HIVRT-‏ الشكل 97 (متوالية | هذه الدراسة ‎K103N-‏ سلفي رقم
‎(973
‎HIVRT-‏ الشكل 97 (متوالية | هذه الدراسة ‎K 1 03 N-‏ رقم مشتق 974( ‎HIVRT-‏ الشكل 97 (متوالية | هذه الدراسة ‎V 1 06M -‏ رقم سلفي 975( ‎HIVRT-‏ الشكل 97 (متوالية | هذه الدراسة ‎V 1 06M -‏ رقم مشتق 976( ‎HIVRT-‏ الشكل 97 (متوالية | هذه الدراسة ‎Y181C-‏ سلفي رقم
‏977( ‎HIVRT-‏ الشكل 97 (متوالية | هذه الدراسة ‎Y181C-‏ رقم مشتق 978( ‎HIVRT-‏ الشكل 97 (متوالية | هذه الدراسة ‎M184V-‏ رقم سلفي 979( ‎HIVRT-‏ الشكل 97 (متوالية | هذه الدراسة ‎M184V-‏ رقم مشتق 980(
‎HIVRT-‏ الشكل 97 (متوالية | هذه الدراسة ‎G190A-‏ سلفي رقم 981( ‎HIVRT-‏ الشكل 97 (متوالية | هذه الدراسة ‎G190A-‏ رقم مشتق 982( تفاعلات اتجاه تدفق جانبي. تحقق الكشف عن التدفق الجانبي باستخدام أوليجونوكليوتيد مسبار تقليدي ‎(LF-polyU)‏ انظر الجدول 30 للكشف عن المتوالية) مع شرائح كشف متاحة تجاريًا ‎.(Milenia Hybridetect 1, TwistDx, Cambridge, UK)‏ تم تخفيف تفاعلات الكشف 08513 1: 5 في منظم تجرية ‎cHybridetect‏ ثم تم إدخال الشرائح وحضانتها لمدة 5 دقائق عند درجة حرارة الغرفة. بعد ذلك تمت إزالة الشرائح وتصويرها باستخدام كاميرا هاتف ذكي. الجدول 30. قائمة المتواليات المستهدفة التخليقية ومرشدات ‎RNA‏ المستخدمة في هذه الدراسة. تم طلب كل الأهداف التخليقية كمربعات 9 من 01 وتحتوي على 25 نوكليوتيد لمتوالية بادئة متوالية معزز 17 ‎(gaaatTAATACGACTCACTATAGYY)‏ عند الطرف 5 لها. يسمح ذلك 0 بانتساخ في المختبر للمريع ‎og‏ إما قبل أو بعد تكبير ‎RPA‏ تم ترتيب مرشدات التألق باعتبارها أوليجونوكليوتيدات ‎slate‏ بواسطة ‎HPLC‏ من ‎ADT‏ ‏الاسم مستخدم | المتوالية المرجع في
4 2 الشكل ‎١‏ (متوالية رقم 984( هذه الدراسة 84 الشكل 84 92 93 ‎DENV_strt8284‏ الشكل | (متوالية رقم 985( هذه الدراسة 84 الشكل 84 92 93 ‎WNV_strt8940‏ | لشكل ‎١‏ (متوالية رقم 986( هذه الدراسة 84 الشكل 84 92 93
‎ YFV_strt8897‏ الشكل | (متوالية رقم 987( هذه الدراسة 84 الشكل 84 92 93 0200/14 | الشكل | (متوالية رقم 988( هذه الدراسة 84 الشكل 9 94 111 0200/21 | الشكل | (متوالية رقم 989( هذه الدراسة 84 الشكل 9 94 111
0200/34 | الشكل هذه الدراسة 84« (متوالية رقم 990( الشكل 19 94 111 01 0210/14 | الشكل هذه الدراسة 84 (متوالية رقم 991) الشكل 19 94 111 ‎DOMUSA 5249‏ ا لشكل هذه الدراسة ‎ANE RT‏ 112 ف سلفي (متوالية رقم 992( ‎DOMUSA 5249‏ ا لشكل | (متوالية رقم 993( هذه الدراسة هدف مشتق 112 ‎USA 5‏ هدف الشكل هذه الدراسة 2 112 سفي (متوالية رقم 994( ‎USA 5‏ هدف الشكل هذه الدراسة شتوَ 112 > (متوالية رقم 995)
‎HND 2788‏ هدف الشكل هذه الدراسة : 112
سلفي (متوالية رقم 996( ‎HND 2788‏ هدف الشكل 6 (متوالية رقم 997( هذه الدراسة مشتق 112 م0106 ‎ZIKV‏ هدف ‎١‏ الشكل (متوالية رقم 998( هذه الدراسة سلفي 12
الشكل
96 ‎ZIKV meep‏ هدف ‎١‏ الشكل (متوالية رقم 999) هذه الدراسة مشتق 112
الشكل
96 ‎HIVRT 8848-3‏ | الشكل (متوالية رقم 1000) هذه الدراسة هدف سلفي 97 هدف ‎HIVRT‏ الشكل | (متوالية رقم 1001) هذه الدراسة ‎aa48-203 K65R‏ |97 هدف ‎HIVRT‏ الشكل | (متوالية رقم 1002) هذه الدراسة ‎K103N‏ 8848-203 | 97 هدف ‎HIVRT‏ الشكل | (متوالية رقم 1003( هذه الدراسة ‎aa48-203 170‏ | 97 هدف ‎HIVRT‏ الشكل | (متوالية رقم 1004) هذه الدراسة ‎aa48-203 Y181C‏ | 97
هدف ‎HIVRT‏ الشكل | (متوالية رقم 1005) هذه الدراسة ‎aa48-203 M184V‏ | 97 هدف ‎HIVRT‏ الشكل | (متوالية رقم 1006) هذه الدراسة ‎aa48-203 61908‏ | 97 ‎LF—polyU‏ الشكل | /56- هذه الدراسة ‎Bio/3FAM/UUUUUUUUUUUUUU/ | (104‏ الشكل (متوالية رقم 1007) 112 الشكل 114 تجارب ‎.RT-PCR‏ تم إجراء ‎RT-PCR‏ للكشف عن ‎ZIKV‏ باستخدام طقم ‎RT-PCR‏ فيروس زكا ‎Gag (RUO version) Altona RealStar‏ لمواصفات المصيّْع على جهاز ‎Lightcycler‏ ‎(Roche) 96 RT-PCR‏ تم استخدام عشرة ميكرو لتر من ‎ZIKV RNA‏ تم استخلاصه من عينات مريض كدخل ل ‎RT-PCR‏ تم استخدام واحد ميكرو لتر من عينة مقارنة داخلية ‎(IC)‏ ‏تحليل البيانات. تم إجراء طرح الخلفية بواسطة طرح قيم التألق بعد صفر دقيقة (الأشكال 98؛ 99« ¢102 103)؛ 10 دقائق (الأشكال 84« 99ب- ج. و104) أو 20 دقيقة (الشكل 112( عندما لوحظ أدنى تألق. لكل من قائمة الفيروسة المصفرة وقائمة ‎(DENV‏ تمت معايرة التألق تم 0 طرح الخلفية منه ‎Gay‏ لتألق نوعي الهدف. يكون التألق نوعي الهدف عبارة عن متوسط التألق تم طرح الخلفية ‎die‏ لعينة مقارنة بدون دخل (الماء) مع طرح ‎rRNA‏ ما من التألق الذي تم طرح الخلفية منه لهدف ‎DNA‏ ما مع نفس 01418 في كل نقطة زمنية. لتحليل عينات ‎ZIKV‏ من وياء 2015- 2016 (الشكل 99ب) تم استخدام القيم الحدية لتحديد وجود أو غياب ‎ZIKV‏ .23 تحديد القيمة الحدية لتألق ‎ZIKV SHERLOCK‏ باستخدام التألق الذي
تم طرح الخلفية منه من 5 عينات مقارنة سلبية: 4 عينات بول بشري سليم من مانح واحد وعينة مقارنة ماء بدون مدخل واحدة. تحديدًا؛ لكل عينة 5 من الخمسة ‎colli‏ أخذنا المتوسط ‎Ms‏ ‏والانحراف المعياري 558 للتألق عبر 3 نسخ فنية. تم ضبط القيمة الحدية على متوسط 5 قيم (0715+305). بالنسبة للشكل 1ج تم ‎ela)‏ نفس الحساب (015+305) باستخدام 1 ‎due‏ مقارنة بدون دخل لتحديد القيمة الحدية. تم تحديد القيمة الحدية على ناتج ‎PCR‏ باستخدام معلومات من تجميعات الجينوم. أولاً؛ تم حساب ناتج أمبليكون 00 لكل عينة بأخذ أدنى تركيز من كل مجموعة من مجموعتي ‎PCR‏ الأمبليكون (الشكل 187). يتمثل الهدف عندئذ في تحديد ناتج يتنبا بأفضل صورة ‎La‏ إذا كان جزء مستهدف محدد © للجينوم يوجد في ‎die‏ أو (في هذه الحالة؛ ‎RPA‏ ‏الأمبليكون الذي نقوم بالكشف ‎die‏ باستخدام ‎(SHERLOCK‏ يمكن تقييم احتمالية وجود ‎GAT‏ ‏0 عينة 5؛ ‎Prs(r)‏ كجزء من جينوم ‎ZIKV‏ الذي تم عمل متوالية منه وتجميعه من ‎JCDNA‏ 5. (يفضل حساب الاحتمالية عبر الجينوم ببساطة لمعرفة ما إذا كانت هناك تغطية في الجينوم عند © لأن نقص التغطية لا يدل بالضرورة على عدم وجود "). تكون البيانات لهذا التحليل من نسخ فنية مفردة من دراسة متواليات جينوم حديثة تتفي ‎Metsky et al.
Nature 546:411-( ZIKV‏ )2017( 415). تم توضيح مخطط لناتج ‎PCR‏ الأمبليكون مقابل ‎gia‏ من الجينوم المغطى في 5 الشكل 88ب. يمكن استخدام القيم ‎Pre(r)‏ لتقييم الدقة وتذكر اختيار ‎dad‏ حدية. على ‎dag‏ ‏التحدديد؛ يكون تقدير عدد العينات التي ليس لها 1 هو مجموع ‎Prs(r)‏ عبر كل العينات. على نحو مماثل؛ بين عينات © التي يتجاوز ناتج ‎PCR‏ الأمبليكون لها قيمة حدية محددة؛ تم تقييم العدد المعلم بصورة صحيحة بأنه يوجد به ‎١‏ كمجموع (015)0 عبر العينات في ©. يوضح الشكل 7ج دقة وتذكر كل اختيار ‎dad‏ حدية؛ إلى جانب نقاط 0.5؛ وهو قياس مركب يأخذ بعين 0 الاعتبار قدرة القيمة الحدية على تصنيف العينات بدقة على أن بها ‎gall‏ المستهدف من ‎ZIKV‏ ‏تم ضبط القيمة الحدية لناتج ‎PCR‏ الأمبليكون لزيادة نقاط 0.5 لأقصى حد. لمناقشة إضافية لحساسية ونوعية ‎SHERLOCK‏ مقارنة ب ‎PCR‏ أمبليكون وطرق أخرى؛ انظر المناقشة. تم حساب القيمة الحدية لتألق ‎DENV SHERLOCK‏ على نحو مماثل كما تم الوصف ‎el‏ ‏باستخدام تجرية ‎ZIKV‏ تم استخدام التألق الذي تم طرح الخلفية منه من 8 عينات مقارنة سلبية بدون دخل لتحديد القيمة الحدية. لكل قيمة مقارنة بدون دخل 8 من 8 تلك؛ ‎BAT‏ متوسط ‎Ms‏
والانحراف المعياري 55 للتألق عبر 3 نسخ فنية وتم ضبط القيمة الحدية على متوسط 8 قيم ‎{ms+_ 30s}‏ لقوائم عديدة الفيروسات أو نمط مصلي؛ قمنا بحساب التألق البعيد عن الهدف لكل هدف مقابل ‎crRNAS‏ الأخرى في القائمة. تم ذلك بواسطة حساب النسبة المئوية للتألق نوعي الهدف لزوج هدف: ‎CRNA‏ غير متطابق بالنسبة لتألق نوعي الهدف ملحوظ لزوج الهدف: ‎CTRNA‏ متطابق
عند النقطة الزمنية للكشف 3 ساعات (عند ملاحظة أقصى تألق أو تشبع الإشارة). كان التألق البعيد عن الهدف المتقرر في ‎pail‏ هو أقصى تألق ملحوظ لعدد 4 أهداف في قائمة ما. لتعريف ‎(SNP‏ تم حساب قيم التألق التي تم طرح الخلفية منها باستخدام ‎CrRNAS‏ الاستهداف السلفية والاستهداف المشتقة. وقد أخذنا نسبة التألق الذي تم طرح الخلفية منه إلى التألق الذي تم
0 طرح الخلفية السفية ‎die‏ لتحديد وجود أو غياب ‎SNP‏ بالنسبة ل ‎HIV SNPs‏ (الشكل 106( قمنا بحساب مؤشر تعريف ‎SNP‏ وهو نسبة التألق لأليل المشتق مقسومة على نسبة التألق لأليل السلفي. يساوي مؤشر تعريف ‎SNP‏ 1 إن لم يكن هناك قدرة تمييز بين مركبي الأليل؛ وتزيد بتباعد نسب التألق بين مركبي الأليل. لمزيد من المناقشة عن عوامل تؤثر على سهولة تمايز ‎SNPs‏ المفردة باستخدام ‎(SHERLOCK‏ انظر المناقشة.
5 تجارب الكشف عن ‎ZIKV‏ و ‎.DENV‏ تم استخدام ‎ala cDNA‏ تغذية ‎PE243‏ ‎(MF352141.1)‏ بتركيز خام 6.8 ‎x‏ 10 4 نسخة/ ميكرو لتر . تم التخفيف المتعاقب ل ‎CDNA‏ ‏1 في ماء فائق النقاء ‎«(Life Technologies)‏ أو بول سليم ‎«(Lee Biosolutions)‏ تم إيقاف نشاط 4- 8 ميكرو لتر من كل عينة؛ وتم استخدام 1- 2 ميكرو لتر كدخل لتفاعلات ‎RPA‏ تم استخدام ‎RNA‏ خام تغذية ‎PE243‏ بمقدار 2.72 ‎x‏ 10 5 نسخة/ ميكرو لتر. تم
0 عزل الفيروس في الأساس عن مريض محموم مصاب بطفح في 13 ‎«gle‏ 2015؛ وتم ‎shal‏ ‏مسارات خلية فيرو في ‎«(E.
Marques) FIOCRUZ Pernambuco laboratory Jaze‏ في البرازيل في 2016 ومعمل ‎MIT Gehrke laboratory‏ يعد ‎PE243‏ واحد من نواتج العزل الأول من وياء زبكا في البرازيل ( ,10 ‎Donald et al.
PLoS Negl.
Trop.
Dis.‏ )2016( 60005045). تم تخفيف ‎RNA‏ على التعاقب 1: 10 في ماء فائق النقاء ( ‎Life‏
‎«(Technologies 5‏ أو بول سليم ‎(Lee Biosolutions)‏ تم إيقاف نشاط 4- 8 ميكرو لتر من
كل عينة؛ وتم استخدام 1- 2 ميكرو لتر كدخل لتفاعلات ‎(RPA‏ استخدمنا 14 ‎Me‏ مولار ‎MgAc‏ للكشف عن ‎DENV‏ و17 مللي مولار ‎MAC‏ للكشف عن ‎ZIKV‏ ‏تم الحصول على ناتج ‎Jie‏ مستزرع» ‎PRVABCS9‏ سلالة ‎ZIKV‏ (501215ل4) من ‎Donald et al.
PLoS Negl.
Trop.
Dis. 10, 0005048 (2016); ) Puerto Rico‏ ‎(Lanciotti et al.
Emerg.
Infect.
Dis. 22:933-935 (2016) 5‏ من خلال مستودع ‎BEI‏ ‏في الولايات المتحدة الأمريكية رقم كاتالوج ‎ATCC VR-1843‏ والاستخدام لإضافة فيروس إلى فيروسات بول؛ أو لعاب؛ أو دم كامل؛ ومصل سليمة. تم استزراع ‎PRVABCS‏ في سلالات خلية حشرية ورئيسيات غير بشرية. تم استخدام ‎WIA‏ ورم كبدي بشري 1111-7 لاشتقاق الجسيمات المُعدية في ‎ala‏ الفيروس كما تم الوصف ( ‎Lambeth et al.
J.
Clin.
Microbiol.‏ 0 (2005) 43:3267-3272). تم استخدام ناتج ‎Jie‏ مستزرع» © ‎New Guinea‏ سلالة ‎(NGC) DENV2‏ لتخفيف الفيروس في لعاب ‎(Lee Biosolutions) alu‏ دم كامل ‎«(Research Blood Components)‏ والمصل ‎.(Millipore Sigma)‏ تجارب قائمة فيروسية. لحساب تنوع المتوالية بين 4 فيروسات مختلفة في عائلة الفيروسة المصفرة ‎((YFV 3 (WNV (DENV (ZIKV)‏ قمنا بتطبيق الطريقة ‎Compact ) CATCH‏ ‎(Aggregation of Targets for Comprehensive Hybridization 5‏ لبحث المناطق المحفوظة التي تكون ملائمة لزوج ‎RPA Lah‏ لفيروسة مصفرة شاملة. هناك تطبيق متاح لهذه الطريقة على ‎GitHub‏ تحت رخصة ‎.(https: //github.com /broadinstitute /catch) MIT‏ أتاحت تلك الطريقة لنا تضييق مجال بحثنا لأزواج بادئة ضمن منطقة محفوظة من ‎NS5‏ ‏لاختبار ‎Jase‏ لقائمة ‎Lug pil)‏ المصفرة وقائمة ‎(DENV‏ تم استخدام قوالب ‎DNA‏ مشتقة ‎Galas‏ ‏0 كدخل عند تركيز 10 4 نسخ/ ميكرو لتر. تم استخدام عينة مقارنة بدون دخل (الماء) كعينة مقارنة سلبية لكل ‎crRNAs‏ خاضع للاختبار. في كل تجارب القائمة؛ تم استخدام 3 نسخ فنية. في كل تجارب قائمة الفيروسة المصفرة؛ كان تركيز 1/986 في تفاعل ‎RPA‏ 20 مللي مولار بينما في كل تجارب قائمة ‎DENV‏ كان تركيز ‎MgAc‏ في ‎RPA‏ 14 مللي مولار.
لاختبار مبدئي لقائمة الفيروسة المصفرة؛ تم اشتقاق متوالية قالب ‎ZIKV‏ من ‎(KX197192‏ ‎-(AY968065.1) YFV 5 ((NC_09942.1) WNV (NC_001477.1) DENV‏ يقوم تفاعل ‎RPA‏ بتكبير جزءِ من ‎NSS‏ لتلك الفيروسات المصفرة. لاختبار مبدئي لقائمة ‎(DENV‏ تم اشتقاق متوالية قالب تخليقي 0101/1 من
‎DENV4 (KU050695.1) DENV3 (KM204118.1) DENV2 (KM204119.1) 5‏ ‎.(JQ822247.1)‏ يقوم تفاعل ‎RPA‏ بتكبير جزء من منطقة ‎UTR‏ 3° من ‎DENV‏ 1- 4. تم ‎Wal‏ اختبار قائمة ‎DENV‏ على ‎RNA‏ تم استخلاصه من عينات إكلينيكية وخامات تغذية. تجارب تعريف 0ل/5. لتعريف ‎SNP‏ نوعي المنطقة»؛ تم استخدام قوالب تخليقية تحتوي على شظايا 400 نوكليوتيد من جينوم ‎ZIKV‏ مع مركبات أليل السلفية والمشتقة للتحقق من أداء تجرية
‏0 تعريف ‎.SNP‏ بالإضافة إلى ذلك؛ تم استخدام عينات ‎ZIKV cDNA‏ من 3 دول (الولايات المتحدة الأمريكية؛ والهندوراس» وجمهورية الدومينيكان) لتأكيد الأداء على مجموعات البعوض والعينات الإكلينيكية. انظر الجدول 24 لمزيد من المعلومات بخصوص عينات ‎CDNA‏ تلك. تم استخدام ‎cDNA‏ خام تغذية ‎(KX197192.1) PE243‏ كعينة مقارنة مجموعة خارجية بمقدار 0 نسخة/ ميكرو لتر. بالإضافة إلى ذلك؛ تم استخدام عينة مقارنة بدون مدخلات (الماء).
‏5 لتجارب تعريف ‎SNP‏ المرتبط بصغر الدماغ؛ تم استخدام قوالب تخليقية تحتوي على شظية بها 0 نوكليوتيد من جينوم ‎ZIKV‏ مع مركبات أليل السلفية والمشتقة للتحقق بمقدار 104 نسخة/ ميكرو لترء وتم استخدام ‎cDNA‏ خام تغذية ‎PE243‏ بمقدار 300 نسخة/ ميكرو لتر. بالنسبة لتجارب تعريف ‎SNP‏ مقاومة عقار ‎(HIV‏ تم استخدام قوالب تخليقية تحتوي على شظايا بها 468 نوكليوتيد من جينوم ‎HIV‏ مع مركبات أليل السلفية والمشتقة بنسبة 104 نسخة/ ميكرو لتر. لقائمة
‏0 كاملة من مسميات القالب التخليقية والمتواليات؛ انظر الجدول 30. في كل تجارب تعريف ‎SNP‏ ‏تم استخدام 3 نسخ فنية. المناقشة مناقشة حساسية ونوعية ‎SHERLOCK‏ للكشف عن ‎.ZIKV‏ لقد أوضحنا أن ‎SHERLOCK‏ هو طريقة حساسة ونوعية بصورة كبيرة للكشف عن الحمض النووي. كان الكشف عن ‎ZIKV‏ هو
اختبار رئيسي لحساسية ‎«SHERLOCK‏ في جزءِ كبير بسبب شيوع أن ‎ZIKV‏ يشكل ‎Bass‏ ‏للكشف ‎die‏ بسبب العيارات الفيروسية المنخفضة وتحلل العينة ( ‎Paz-Bailey et al.
N.‏ ‎La (Engl.
J.
Med.
Doi:10.1056NEJMoal613108 (2017)‏ باختبار 37 عينة مريض إيجابية مشتبه بها 3 مجموعات بعوض من وياء ‎ZIKV‏ 2015- 16 باستخدام كل من ‎SHERLOCK 5‏ وأمبليكون ‎PCR‏ لتحديد وجود أو غياب الحمض النووي /47/ا2 في عينة ما. بالنسبة ل 16 عينة من هذا المريض» تمكنا من مقارنة ‎SHERLOCK‏ بتقنيتي تشخيص ‎ZIKV‏ ‏معتمدتين من ‎:FDA-EUA‏ 1) تجربة ‎ZIKV Hologic‏ 0018م و 2) تجرية ‎RT-PCR‏ ‏لفيروس زيكا ‎Altona RealStar‏ لمقارنة ‎SHERLOCK‏ و تجرية ‎RT-PCR‏ لفيروس زيكا ‎(Altona RealStar‏ قمنا بمقارنة 0 التجريتين على مجموعة من 16 عينة مريض. ولقد أجربنا التجريتين بحيث تكون ظروف الانتساخ العكسي والأحجام المدخلة متكافئة: 20 دقيقة انتساخ عكسي و10 ميكرو لتر المدخل. تم تخفيف ‎cDNA‏ 1: 4 من مدخل ‎RNA‏ بسبب ظروف تفاعل الانتساخ العكسي؛ وبذلك تكون كمية ‎RNA‏ ‏التي نستخدمها ل ‎SHERLOCK‏ هي ربع الكمية المستخدمة بواسطة طقم ‎(Altona‏ ولقد لاحظنا حساسية مساوية بين ‎(Ohl)‏ وتكون 10 من بين 16 عينة إيجابية بواسطة كل طريقة %100 توافق في المجمل (الشكل 99ج و100). قمنا بعد ذلك بمقارنة ‎SHERLOCK‏ وتجرية ‎Altona‏ بتجرية فيروس زكا ‎«Hologic Aptima‏ وهي تستخدم حجم مدخل أكبر بكثير (>500 ميكرو لتر). كانت كل 10 عينات الإيجابية بواسطة كل من تجربة ‎Altona‏ و ‎SHERLOCK‏ إيجابية بواسطة ‎Hologic dyad‏ (الجدول 25). كانت ثلاث عينات إيجابية بواسطة تجربة ‎Hologic‏ ولكن ليس التجريتين ‎(ual)‏ على نحو محتمل 0 بسبب حجم دخل العينة الأكبر من 50 مرة لتجربة ‎(Hologic‏ نتيجة لما سبق؛ يكون ل ‎SHERLOCK‏ حساسية مكافئة لتجارب ‎RT-PCR‏ للكشف عن ‎ZIKV‏ وتقتصر حساسيته بالنسبة لتجرية ‎Hologic‏ بحجم المدخل. ‎aig‏ منطقنا من وراء تضمين بيانات أمبليكون ‎PCR‏ على ملاحظاتنا أثناء إجراء متواليات جينوم واسعة النطاق أثناء وياء ‎(Metsky et al.
Nature 546:411-415 )2017(( ZIKV‏ أن 5 الجينومات الجزئية شائعة جدًا. يقترح ذلك أن مقارن بعرض الجينوم يعرض حساسية أعلى من
طرق الأمبليكون الواحد ‎\RT-PCR is‏ مع طريقة أمبليكون ‎(PCR‏ قمنا بتحديد مقدار منتجات أمبليكون ‎PCR‏ باستخدام 1806518101 ‎Agilent‏ واخترنا قيمة حدية تبلغ 2 نانو ‎faba‏ ميكرو لتر لتحديد وجود أو غياب ‎ZIKV‏ مما يزيد لأقصى حد من الدقة كما تم تم القياس بواسطة تغطية متوالية الجينوم لمنتج أمبليكون ‎PCR‏ (الشكل 100( انظر الطرق للتفاصيل). كان هناك توافق كبير )%82.5( بين الطريقتين رغم الفروق بين مناطق جينوم ‎ZIKV‏ التي تستهدفها (الشكلين 4ح و88ا-ج). تغطي طريقة أمبليكون ‎PCR‏ جينوم ‎ZIKV‏ بالكامل؛ بينما تستخدم ‎SHERLOCK‏ فقط أمبليكون واحد والذي عند طول 128 نوكليوتيد يكون أقصر من أمبليكونات ‎PCR‏ طولها 300- 400 نوكليوتيد (الشكل 101). على ذلك؛ من المحتمل أن يتم الكشف عن العينات المتحللة بصورة أكبر (مع شظايا ‎RNA‏ قصيرة) بسهولة أكبر بواسطة ‎SHERLOCK‏ ‏0 عن أمبليكون ‎PCR‏ على العكس, إذا ما تحلل أمبليكون ‎SHERLOCK‏ نفسه ولكن لم تحلل أجزاء أخرى من الجينوم؛ فإن أمبليكون ‎POR‏ يقوم بالكشف عن الأجزاء المتبقية من الجينوم الموجود في عينة. تزدوج تلك الحساسية ل ‎SHERLOCK‏ مع النوعية العالية. لقد أوضحنا حساسية ‎SNP‏ وتعريف النمط المصلي؛ ونوعية مستوى الفصيلة باستخدام تجارب ‎SHERLOCK‏ متنوعة. لقد اختبرنا 5 عينات مقارنة سلبية متنوعة؛ تتضمن موائع جسم سليمة؛ والماء؛ وفي بعض الحالات حمض نووي من فيروسات أخرى. بناءً على تلك النتائج» نحن لا نتوقع ملاحظة العديد من القيم الإيجابية- الخاطئة (إن وجدت) باستخدام ‎SHERLOCK‏ ‏أسباب تنوع أداء ‎.SHERLOCK‏ كما نوقش في النص المكمل لأوراق ‎SHERLOCK‏ الأصلية؛ يكون أداء ‎RPA‏ متغير بصورة كبيرة ويعتمد على متوالية القالب» وطول الأمبليكون» وعوامل أخرى ‎et al.
Science 356:438-442 (2017)) 0‏ 6001605819). تقوم خطوة الكشف عن 3 بتكبير إشارات التألق بمعامل 100 إلى 1000 أو أكثرء بالاعتماد على التركيز المدخل من أمبليكون ‎RPA‏ نتيجة لذلك» يكون ‎SHERLOCK‏ قوي بصورة كبيرة نحو التغير في أي من ‎RPA us‏ أو الكشف عن 08513؛ ما لم يكن التغير كبير جدَا في المقدار. لتهيئة قوائم عديدة الفيروسات وعديدة النمط المصلي؛ استخدمنا بادئات ‎RPA‏ متنكسة لالتقاط تنوع 5 المتوالية الملحوظ لفيروسات ‎RNA‏ ذات الصلة. في بعض الحالات؛ يمكن أن يؤدي تنكس البادئة
إلى فعالية تكبير متغيرة لأهداف مختلفة. بشكل عام؛ يمكن السيطرة على ذلك بواسطة تحسين تفاعل ‎RPA‏ (ضبط تركيزات البادئة والماجنسيوم؛ وما إلى ذلك) . بالإضافة إلى تغير ‎Ld (RPA‏ بملاحظة بعض التغير فى خطوة ‎isl‏ عن 23) ب ‎SHERLOCK‏ بسبب تأثيرات محتوى ‎GC‏ المباعد؛ وامتدادات ‎polyUs‏ وبنية ثانوية عن أداء ‎.cfRNA 5‏ تكون بعض 85ل0:0 أكثر نشاطًا من غيرهاء وتوضح بعض 001085 نشاطًا أكبر في غياب الهدف (أي؛ عينات مقارنة بدون مدخل). لاحظنا ‎Lad‏ أن بعض ‎CrRNAS‏ تكون أقل نقاءً من غيرها بعد الانتساخ في المختبر. مع ذلك؛ بعد التنقية؛ تكون كل ‎Guys crRNAs‏ نشطة (مع بضعة استثناءات بسبب البنية الثانوية غير المرغوب فيها للمباعدات؛ ‎Jie‏ عندما يمكن ازدواج 0 يمكن أن يكون تألق ‎ZIKV‏ الأقل في قائمة الفيروسة المصفرة (الشكل 84ب) بسبب توليفة من العوامل التي نوقشت أعلاه (وبالمثل ل ‎CrRNAS‏ أخرى مستخدمة فى هذه الدراسة). العوامل المؤثرة على تمييز ‎SNP‏ بواسطة ‎(SHERLOCK‏ لوحظت متواليات ‎RNA‏ مباعدة مختلفة لها مستويات مختلفة من الأداء فى خطوة الكشف ب ‎SHERLOCK‏ نوقشت ‎el‏ ‏العوامل التي تؤدي إلى تلك الفروق في الأداء؛ ولكن هناك أيضًا تلميحات مرتبطة بالكشف عن ‎SNP 5‏ يعتمد الكشف عن ‎SNP‏ على زوج من ‎CrRNAS‏ المختلفة عن متوالية مستهدفة بواحد أو اثنين من النوكليوتيدات؛ وعلى ذلك لها نشاط متباين على جزيء مستهدف يعتمد على المتوالية. يكون ‎Bali SNP ua‏ عندما يؤدي وجود عدم تطابق ثاني بين ‎erRNA‏ و ‎RNA‏ المستهدف إلى فروق ملحوظة في الانقسام الموازي. لهذاء يمكن أن يحصر ما يلي من نجاح تمييز ‎SNP‏ ‎ae 20‏ تطابق إضافي واحد في ‎rRNA‏ نشط للغاية قد لا يقلل من النشاط بالقدر الكافي للحصول على تمييز قوي ولوحظ لبعض ‎.CrRNAS‏ تتضمن الحلول المحتملة 1) تخفيف منتج ‎RPA‏ قبل الإضافة إلى تفاعل الكشف؛ أو 2) استخدام تركيز ‎crRNA‏ أقل. _في حالة تكبير أليل واحد على نحو مفضل إلى آخر أثناء ‎RPA‏ (بسبب تغير في البنية الثانوية للقالب)؛ قد يتسبب ذلك في انحياز خرج >ا©5/15]410. لم نلاحظ ذلك؛ ولكنه محتمل.
_الازدواج المتذبذب ل ‎RNA‏ يتيح ربط بعض ‎TRNAS‏ أسبوعيًا في غياب ازدواج قاعدة ‎\Watson-Crick‏ لوحظ ذلك لبعض طفراتنا ‎A>G‏ أو ‎G>A‏ (على سبيل المثال» ‎(USA935‏ ‏يمكن أن ترتبط " لا" في ‎sb CRNA‏ من النوكليوتيد المشتق أو السلفي. مع ذلك؛ حتى في هذا التسلسل من السهل تمييز مركبي الأليل ‎Gus‏ أن ‎rRNA‏ استهداف ‎G‏ يحتوي على نوكليوتيد ©؛ ولا يزدوج مع ‎A‏ باعتبار تلك القيود؛ يمكن أن تكون 0040/5 ذات نشاط أقل (يمكن تحقيقه بواسطة تقصير المباعد) ملائمة بصورة أفضل للكشف عن ‎(SNP‏ ورغم أن ازدواج القاعدة المتذبذب قد يكون له تأثير على إشارة ‎SHERLOCK‏ غير أنه لا يلغى بالكامل تعريف ‎SNP‏ ‎oF‏ #* * 0 سوف تتضح تعديلات وتغيرات متنوعة للطرق التي تم وصفهاء والتركيبات الصيدلية؛ والأطقم الخاصة بالاختراع لأصحاب المهارة في المجال دون الحيود عن مجال وفحوى الاختراع. رغم أنه قد تم وصف الاختراع بالاشتراك مع التجسيدات ‎Badal‏ غير أنه من المفهوم أنه يمكن إجراء تعديلات أخرى وأن الاختراع المطلوب حمايته لا يجب حصره دون داعي على تلك التجسيدات المحددة. في الواقع؛ يُقصد أن تكون بعض التعديلات المتنوعة للأنماط التي تم وصفها لتنفيذ 5 الاختراع الواضحة لأصحاب المهارة في المجال ضمن مجال الاختراع. يقصد من هذا الطلب تغطية أي تغيرات»؛ أو استخدامات؛ أو عمليات تهيئة على الاختراع باتباع» بصورة عامة؛ مبادئ الاختراع وتتضمن الحيود عن الكشف الحالي وتأتي كلها ضمن الإجراءات التقليدية المعروفة ضمن المجال المنتمي له الاختراع ويمكن تطبيقها على السمات الأساسية الموضحة هنا أعلاه. قائمة المتواليات .The BROAD Institute, Inc <110>
Massachusetts Institute of Technology
The President and Fellows of Harvard College
Abudayyeh, Omar
Collins, James
Gootenburg, Jonathan
Zhang, Feng
CRISPR ise ‏تقنيات تشخيصية تقوم على نظام‎ <120>
BROD-2039WP >130<
US 62/471,931 <150> 0 15-03-2017 <151~>
US 62/484,857 <150> 12-04-2017 <151~>
US 62/530,086 <150> 07-07-2017 <151~>
US 62/568,315 <150>
05-10-2017 >151<
US 62/596,735 <150> 08-12-2017 <151> >160< 1008 >170< نسخة براءة الاختراع 3.5 1 <210> 0 1440 <211>
PRT <212>
Leptotrichia shahii 0262-2 <213> 1 <400> 15
Met Gly Asn Leu Phe Gly His Lys Arg Trp Tyr Glu Val Arg Asp Lys 10 5 1
Lys Asp Phe Lys lle Lys Arg Lys Val Lys Val Lys Arg Asn Tyr Asp 30 25 20
Gly Asn Lys Tyr lle Leu Asn lle Asn Glu Asn Asn Asn Lys Glu Lys 40 35 lle Asp Asn Asn Lys Phe lle Arg Lys Tyr lle Asn Tyr Lys Lys Asn 0 60 55 50
Asp Asn lle Leu Lys Glu Phe Thr Arg Lys Phe His Ala Gly Asn lle 80 75 70 65 15
Leu Phe Lys Leu Lys Gly Lys Glu Gly lle lle Arg lle Glu Asn Asn 95 90 85
Asp Asp Phe Leu Glu Thr Glu Glu Val Val Leu Tyr lle Glu Ala Tyr 110 105 100
Gly Lys Ser Glu Lys Leu Lys Ala Leu Gly lle Thr Lys Lys Lys lle 125 120 115 lle Asp Glu Ala lle Arg GIn Gly lle Thr Lys Asp Asp Lys Lys lle 140 135 130
Glu lle Lys Arg GIn Glu Asn Glu Glu Glu lle Glu lle Asp lle Arg 5 160 155 150 145
Asp Glu Tyr Thr Asn Lys Thr Leu Asn Asp Cys Ser lle lle Leu Arg
175 170 165 lle lle Glu Asn Asp Glu Leu Glu Thr Lys Lys Ser lle Tyr Glu lle 190 185 180 5
Phe Lys Asn lle Asn Met Ser Leu Tyr Lys lle lle Glu Lys lle lle 205 200 195
Glu Asn Glu Thr Glu Lys Val Phe Glu Asn Arg Tyr Tyr Glu Glu His 220 215 210
Leu Arg Glu Lys Leu Leu Lys Asp Asp Lys lle Asp Val lle Leu Thr 240 235 230 225
Asn Phe Met Glu lle Arg Glu Lys lle Lys Ser Asn Leu Glu lle Leu 255 250 245
Gly Phe Val Lys Phe Tyr Leu Asn Val Gly Gly Asp Lys Lys Lys Ser 5 270 265 260
Lys Asn Lys Lys Met Leu Val Glu Lys lle Leu Asn lle Asn Val Asp 285 280 275 10
Leu Thr Val Glu Asp lle Ala Asp Phe Val lle Lys Glu Leu Glu Phe 300 295 290
Trp Asn lle Thr Lys Arg lle Glu Lys Val Lys Lys Val Asn Asn Glu 320 315 310 305
Phe Leu Glu Lys Arg Arg Asn Arg Thr Tyr lle Lys Ser Tyr Val Leu 335 330 325
Leu Asp Lys His Glu Lys Phe Lys lle Glu Arg Glu Asn Lys Lys Asp 350 345 340
Lys lle Val Lys Phe Phe Val Glu Asn lle Lys Asn Asn Ser lle Lys 10 365 360 355
Glu Lys lle Glu Lys lle Leu Ala Glu Phe Lys lle Asp Glu Leu lle 380 375 370 15
Lys Lys Leu Glu Lys Glu Leu Lys Lys Gly Asn Cys Asp Thr Glu lle 400 395 390 385
Phe Gly lle Phe Lys Lys His Tyr Lys Val Asn Phe Asp Ser Lys Lys 415 410 405
Phe Ser Lys Lys Ser Asp Glu Glu Lys Glu Leu Tyr Lys lle lle Tyr 430 425 420
Arg Tyr Leu Lys Gly Arg lle Glu Lys lle Leu Val Asn Glu Gin Lys 445 440 435
Val Arg Leu Lys Lys Met Glu Lys lle Glu lle Glu Lys lle Leu Asn 5 460 455 450
Glu Ser lle Leu Ser Glu Lys lle Leu Lys Arg Val Lys GIn Tyr Thr
480 475 470 465
Leu Glu His lle Met Tyr Leu Gly Lys Leu Arg His Asn Asp lle Asp 495 490 485 5
Met Thr Thr Val Asn Thr Asp Asp Phe Ser Arg Leu His Ala Lys Glu 510 505 500
Glu Leu Asp Leu Glu Leu lle Thr Phe Phe Ala Ser Thr Asn Met Glu 525 520 515
Leu Asn Lys lle Phe Ser Arg Glu Asn lle Asn Asn Asp Glu Asn lle 540 535 530
Asp Phe Phe Gly Gly Asp Arg Glu Lys Asn Tyr Val Leu Asp Lys Lys 560 555 550 545 lle Leu Asn Ser Lys lle Lys lle lle Arg Asp Leu Asp Phe lle Asp 5 575 570 565
Asn Lys Asn Asn lle Thr Asn Asn Phe lle Arg Lys Phe Thr Lys lle 590 585 580 10
Gly Thr Asn Glu Arg Asn Arg lle Leu His Ala lle Ser Lys Glu Arg 605 600 595
Asp Leu GIn Gly Thr ‏ماك‎ Asp Asp Tyr Asn Lys Val lle Asn lle lle 620 615 610
GIn Asn Leu Lys lle Ser Asp Glu Glu Val Ser Lys Ala Leu Asn Leu 640 635 630 625
Asp Val Val Phe Lys Asp Lys Lys Asn lle lle Thr Lys lle Asn Asp 655 650 645 lle Lys lle Ser Glu Glu Asn Asn Asn Asp lle Lys Tyr Leu Pro Ser 10 670 665 660
Phe Ser Lys Val Leu Pro Glu lle Leu Asn Leu Tyr Arg Asn Asn Pro 685 680 675 15
Lys Asn Glu Pro Phe Asp Thr lle Glu Thr Glu Lys lle Val Leu Asn 700 695 690
Ala Leu lle Tyr Val Asn Lys Glu Leu Tyr Lys Lys Leu lle Leu Glu 720 715 710 705
Asp Asp Leu Glu Glu Asn Glu Ser Lys Asn lle Phe Leu GIn Glu Leu 735 730 725
Lys Lys Thr Leu Gly Asn lle Asp Glu lle Asp Glu Asn lle lle Glu 750 745 740
Asn Tyr Tyr Lys Asn Ala Gin lle Ser Ala Ser Lys Gly Asn Asn Lys 15 765 760 755
Ala lle Lys Lys Tyr 60 Lys Lys Val lle Glu Cys Tyr lle Gly Tyr
780 775 770
Leu Arg Lys Asn Tyr Glu Glu Leu Phe Asp Phe Ser Asp Phe Lys Met 800 795 790 785 5
Asn lle GIn Glu lle Lys Lys GIn lle Lys Asp lle Asn Asp Asn Lys 815 810 805
Thr Tyr Glu Arg lle Thr Val Lys Thr Ser Asp Lys Thr lle Val lle 830 825 820
Asn Asp Asp Phe Glu Tyr lle lle Ser lle Phe Ala Leu Leu Asn Ser 845 840 835
Asn Ala Val lle Asn Lys lle Arg Asn Arg Phe Phe Ala Thr Ser Val 860 855 850
Trp Leu Asn Thr Ser Glu Tyr Gln Asn lle lle Asp lle Leu Asp Glu 5 880 875 870 865 lle Met Gin Leu Asn Thr Leu Arg Asn Glu Cys lle Thr Glu Asn Trp 895 890 885 10
Asn Leu Asn Leu Glu Glu Phe lle Gin Lys Met Lys Glu lle Glu Lys 910 905 900
Asp Phe Asp Asp Phe Lys lle Gin Thr Lys Lys Glu lle Phe Asn Asn 925 920 915
Tyr Tyr Glu Asp lle Lys Asn Asn lle Leu Thr Glu Phe Lys Asp Asp 940 935 930 lle Asn Gly Cys Asp Val Leu Glu Lys Lys Leu Glu Lys lle Val lle 960 955 950 945
Phe Asp Asp Glu Thr Lys Phe Glu lle Asp Lys Lys Ser Asn lle Leu 10 975 970 965
Gln Asp Glu Gin Arg Lys Leu Ser Asn lle Asn Lys Lys Asp Leu Lys 990 985 980 15
Lys Lys Val Asp GIn Tyr lle Lys Asp Lys Asp Gin Glu lle Lys Ser 1005 1000 995
Lys lle Leu Cys Arg lle lle Phe Asn Ser Asp Phe Leu Lys Lys 1020 1015 1010
Tyr Lys Lys Glu lle Asp Asn Leu lle Glu Asp Met Glu Ser Glu 1035 1030 1025
Asn Glu Asn Lys Phe Gin Glu lle Tyr Tyr Pro Lys Glu Arg Lys 1050 1045 1040
Asn Glu Leu Tyr lle Tyr Lys Lys Asn Leu Phe Leu Asn lle Gly 15 1065 1060 1055
Asn Pro Asn Phe Asp Lys lle Tyr Gly Leu lle Ser Asn Asp lle
1080 1075 1070
Lys Met Ala Asp Ala Lys Phe Leu Phe Asn lle Asp Gly Lys Asn 1095 1090 1085 5 lle Arg Lys Asn Lys lle Ser Glu lle Asp Ala lle Leu Lys Asn 1110 1105 1100
Leu Asn Asp Lys Leu Asn Gly Tyr Ser Lys Glu Tyr Lys Glu Lys 1125 1120 1115
Tyr lle Lys Lys Leu Lys Glu Asn Asp Asp Phe Phe Ala Lys Asn 1140 1135 1130 lle GIn Asn Lys Asn Tyr Lys Ser Phe Glu Lys Asp Tyr Asn Arg 1155 1150 1145
Val Ser Glu Tyr Lys Lys lle Arg Asp Leu Val Glu Phe Asn Tyr 5 1170 1165 1160
Leu Asn Lys lle Glu Ser Tyr Leu lle Asp lle Asn Trp Lys Leu 1185 1180 1175 10
Ala lle GIn Met Ala Arg Phe Glu Arg Asp Met His Tyr lle Val 1200 1195 1190
Asn Gly Leu Arg Glu Leu Gly lle lle Lys Leu Ser Gly Tyr Asn 1215 1210 1205
Thr Gly lle Ser Arg Ala Tyr Pro Lys Arg Asn Gly Ser Asp Gly 1230 1225 1220
Phe Tyr Thr Thr Thr Ala Tyr Tyr Lys Phe Phe Asp Glu Glu Ser 1245 1240 1235
Tyr Lys Lys Phe Glu Lys lle Cys Tyr Gly Phe Gly lle Asp Leu 10 1260 1255 1250
Ser Glu Asn Ser Glu lle Asn Lys Pro Glu Asn Glu Ser lle Arg 1275 1270 1265 15
Asn Tyr lle Ser His Phe Tyr lle Val Arg Asn Pro Phe Ala Asp 1290 1285 1280
Tyr Ser lle Ala Glu Gin lle Asp Arg Val Ser Asn Leu Leu Ser 1305 1300 1295
Tyr Ser Thr Arg Tyr Asn Asn Ser Thr Tyr Ala Ser Val Phe Glu 1320 1315 1310
Val Phe Lys Lys Asp Val Asn Leu Asp Tyr Asp Glu Leu Lys Lys 1335 1330 1325
Lys Phe Lys Leu lle Gly Asn Asn Asp lle Leu Glu Arg Leu Met 5 1350 1345 1340
Lys Pro Lys Lys Val Ser Val Leu Glu Leu Glu Ser Tyr Asn Ser
1365 1360 1355
Asp Tyr lle Lys Asn Leu lle lle Glu Leu Leu Thr Lys lle Glu 1380 1375 1370 5
Asn Thr Asn Asp Thr Leu Lys Arg Pro Ala Ala Thr Lys Lys Ala 1395 1390 1385
Gly GIn Ala Lys Lys Lys Lys Gly Ser Tyr Pro Tyr Asp Val Pro 1410 1405 1400
Asp Tyr Ala Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala Tyr Pro Tyr 1425 1420 1415
Asp Val Pro Asp Tyr Ala Glu Lys lle lle Glu Asn 1440 1435 1430 2 <210> 5 1197 <211>
PRT <212>
Leptotrichia wadei (Lw2) <213> 2 <400> 10
Met Lys Val Thr Lys Val Asp Gly lle Ser His Lys Lys Tyr lle Glu 10 5 1 15
Glu Gly Lys Leu Val Lys Ser Thr Ser Glu Glu Asn Arg Thr Ser Glu 25 20
Arg Leu Ser Glu Leu Leu Ser lle Arg Leu Asp lle Tyr lle Lys Asn 45 40 35
Pro Asp Asn Ala Ser Glu Glu Glu Asn Arg lle Arg Arg Glu Asn Leu 5 60 55 50
Lys Lys Phe Phe Ser Asn Lys Val Leu His Leu Lys Asp Ser Val Leu 80 75 70 65 10
Tyr Leu Lys Asn Arg Lys Glu Lys Asn Ala Val Gln Asp Lys Asn Tyr 95 90 85
Ser Glu Glu Asp lle Ser Glu Tyr Asp Leu Lys Asn Lys Asn Ser Phe 110 105 100
Ser Val Leu Lys Lys lle Leu Leu Asn Glu Asp Val Asn Ser Glu Glu 125 120 115
Leu Glu lle Phe Arg Lys Asp Val Glu Ala Lys Leu Asn Lys lle Asn 140 135 130
Ser Leu Lys Tyr Ser Phe Glu Glu Asn Lys Ala Asn Tyr GIn Lys lle 0 160 155 150 145
Asn Glu Asn Asn Val Glu Lys Val Gly Gly Lys Ser Lys Arg Asn lle 175 170 165 15 lle Tyr Asp Tyr Tyr Arg Glu Ser Ala Lys Arg Asn Asp Tyr lle Asn 190 185 180
Asn Val Gln Glu Ala Phe Asp Lys Leu Tyr Lys Lys Glu Asp lle Glu 205 200 195
Lys Leu Phe Phe Leu lle Glu Asn Ser Lys Lys His Glu Lys Tyr Lys 220 215 210 lle Arg Glu Tyr Tyr His Lys lle lle Gly Arg Lys Asn Asp Lys Glu 240 235 230 225
Asn Phe Ala Lys lle lle Tyr Glu Glu lle GIn Asn Val Asn Asn lle 5 255 250 245
Lys Glu Leu lle Glu Lys lle Pro Asp Met Ser Glu Leu Lys Lys Ser
270 265 260 ‏داك‎ Val Phe Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asp Lys Glu Glu Leu Asn Asp Lys 285 280 275 5
Asn lle Lys Tyr Ala Phe Cys His Phe Val Glu lle Glu Met Ser Gin 300 295 290
Leu Leu Lys Asn Tyr Val Tyr Lys Arg Leu Ser Asn lle Ser Asn Asp 320 315 310 305
Lys lle Lys Arg lle Phe Glu Tyr Gin Asn Leu Lys Lys Leu lle Glu 335 330 325
Asn Lys Leu Leu Asn Lys Leu Asp Thr Tyr Val Arg Asn Cys Gly Lys 350 345 340
Tyr Asn Tyr Tyr Leu GIn Val Gly Glu lle Ala Thr Ser Asp Phe lle 5 365 360 355
Ala Arg Asn Arg Gin Asn Glu Ala Phe Leu Arg Asn lle lle Gly Val 380 375 370 10
Ser Ser Val Ala Tyr Phe Ser Leu Arg Asn lle Leu Glu Thr Glu Asn 400 395 390 385
Glu Asn Asp lle Thr Gly Arg Met Arg Gly Lys Thr Val Lys Asn Asn 415 410 405
Lys Gly Glu Glu Lys Tyr Val Ser Gly Glu Val Asp Lys lle Tyr Asn 430 425 420
Glu Asn Lys GIn Asn Glu Val Lys Glu Asn Leu Lys Met Phe Tyr Ser 445 440 435
Tyr Asp Phe Asn Met Asp Asn Lys Asn Glu lle Glu Asp Phe Phe Ala 0 460 455 450
Asn lle Asp Glu Ala lle Ser Ser lle Arg His Gly lle Val His Phe 480 475 470 465 15
Asn Leu Glu Leu Glu Gly Lys Asp lle Phe Ala Phe Lys Asn lle Ala 495 490 485
Pro Ser Glu lle Ser Lys Lys Met Phe GIn Asn Glu lle Asn Glu Lys 510 505 500
Lys Leu Lys Leu Lys lle Phe Lys GIn Leu Asn Ser Ala Asn Val Phe 525 520 515
Asn Tyr Tyr Glu Lys Asp Val lle lle Lys Tyr Leu Lys Asn Thr Lys 540 535 530
Phe Asn Phe Val Asn Lys Asn lle Pro Phe Val Pro Ser Phe Thr Lys 15 560 555 550 545
Leu Tyr Asn Lys lle Glu Asp Leu Arg Asn Thr Leu Lys Phe Phe Trp
575 570 565
Ser Val Pro Lys Asp Lys Glu Glu Lys Asp Ala Gin lle Tyr Leu Leu 590 585 580 5
Lys Asn lle Tyr Tyr Gly Glu Phe Leu Asn Lys Phe Val Lys Asn Ser 605 600 595
Lys Val Phe Phe Lys lle Thr Asn Glu Val lle Lys lle Asn Lys 0 620 615 610
Arg Asn GIn Lys Thr Gly His Tyr Lys Tyr Gin Lys Phe Glu Asn lle 640 635 630 625
Glu Lys Thr Val Pro Val Glu Tyr Leu Ala lle lle GIn Ser Arg Glu 655 650 645
Met lle Asn Asn Gin Asp Lys Glu Glu Lys Asn Thr Tyr lle Asp Phe 5 670 665 660 lle Gln Gin lle Phe Leu Lys Gly Phe lle Asp Tyr Leu Asn Lys Asn 685 680 675 10
Asn Leu Lys Tyr lle Glu Ser Asn Asn Asn Asn Asp Asn Asn Asp lle 700 695 690
Phe Ser Lys lle Lys lle Lys Lys Asp Asn Lys Glu Lys Tyr Asp Lys 720 715 710 705 lle Leu Lys Asn Tyr Glu Lys His Asn Arg Asn Lys Glu lle Pro His 735 730 725
Glu lle Asn Glu Phe Val Arg Glu lle Lys Leu Gly Lys lle Leu Lys 750 745 740
Tyr Thr Glu Asn Leu Asn Met Phe Tyr Leu lle Leu Lys Leu Leu Asn 10 765 760 755
His Lys Glu Leu Thr Asn Leu Lys Gly Ser Leu Glu Lys Tyr Gln Ser 780 775 770 15
Ala Asn Lys Glu Glu Thr Phe Ser Asp Glu Leu Glu Leu lle Asn Leu 800 795 790 785
Leu Asn Leu Asp Asn Asn Arg Val Thr Glu Asp Phe Glu Leu Glu Ala 815 810 805
Asn Glu lle Gly Lys Phe Leu Asp Phe Asn Glu Asn Lys lle Lys Asp 830 825 820
Arg Lys Glu Leu Lys Lys Phe Asp Thr Asn Lys lle Tyr Phe Asp Gly 845 840 835
Glu Asn lle lle Lys His Arg Ala Phe Tyr Asn lle Lys Lys Tyr Gly 5 860 855 850
Met Leu Asn Leu Leu Glu Lys lle Ala Asp Lys Ala Lys Tyr Lys lle
880 875 870 865
Ser Leu Lys Glu Leu Lys Glu Tyr Ser Asn Lys Lys Asn Glu lle Glu 895 890 885 5
Lys Asn Tyr Thr Met Gin GIn Asn Leu His Arg Lys Tyr Ala Arg Pro 910 905 900
Lys Lys Asp Glu Lys Phe Asn Asp Glu Asp Tyr Lys Glu Tyr Glu Lys 925 920 915
Ala lle Gly Asn lle GIn Lys Tyr Thr His Leu Lys Asn Lys Val Glu 940 935 930
Phe Asn Glu Leu Asn Leu Leu GIn Gly Leu Leu Leu Lys lle Leu His 960 955 950 945
Arg Leu Val Gly Tyr Thr Ser lle Trp Glu Arg Asp Leu Arg Phe Arg 5 975 970 965
Leu Lys Gly Glu Phe Pro Glu Asn His Tyr lle Glu Glu lle Phe Asn 990 985 980 10
Phe Asp Asn Ser Lys Asn Val Lys Tyr Lys Ser Gly Gin lle Val Glu 1005 1000 995
Lys Tyr lle Asn Phe Tyr Lys Glu Leu Tyr Lys Asp Asn Val Glu 1020 1015 1010
Lys Arg Ser lle Tyr Ser Asp Lys Lys Val Lys Lys Leu Lys Gin 1035 1030 1025
Glu Lys Lys Asp Leu Tyr lle Arg Asn Tyr lle Ala His Phe Asn 1050 1045 1040
Tyr lle Pro His Ala Glu lle Ser Leu Leu Glu Val Leu Glu Asn 0 1065 1060 1055
Leu Arg Lys Leu Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala lle 1080 1075 1070 15
Met Lys Ser lle Val Asp lle Leu Lys Glu Tyr Gly Phe Val Ala 1095 1090 1085
Thr Phe Lys lle Gly Ala Asp Lys Lys lle Glu lle GIn Thr Leu 1110 1105 1100
Glu Ser Glu Lys lle Val His Leu Lys Asn Leu Lys Lys Lys Lys 1125 1120 1115
Leu Met Thr Asp Arg Asn Ser Glu Glu Leu Cys Glu Leu Val Lys 1140 1135 1130
Val Met Phe Glu Tyr Lys Ala Leu Glu Lys Arg Pro Ala Ala Thr 15 1155 1150 1145
Lys Lys Ala Gly GIn Ala Lys Lys Lys Lys Gly Ser Tyr Pro Tyr
1170 1165 1160
Asp Val Pro Asp Tyr Ala Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala 1185 1180 1175 5
Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala 1195 1190 3 <210> 1120 <211>
PRT <212>
Listeria seeligeri <213> 15 3 <400>
Met Trp lle Ser lle Lys Thr Leu lle His His Leu Gly Val Leu Phe
15 10 5 1
Phe Cys Asp Tyr Met Tyr Asn Arg Arg Glu Lys Lys lle lle Glu Val 30 25 20 5
Lys Thr Met Arg lle Thr Lys Val Glu Val Asp Arg Lys Lys Val Leu 45 40 35 lle Ser Arg Asp Lys Asn Gly Gly Lys Leu Val Tyr Glu Asn Glu Met 60 55 50
Gln Asp Asn Thr Glu Gin lle Met His His Lys Lys Ser Ser Phe Tyr 80 75 70 65
Lys Ser Val Val Asn Lys Thr lle Cys Arg Pro Glu Gin Lys Gln Met 95 90 85
Lys Lys Leu Val His Gly Leu Leu GIn Glu Asn Ser 60 Glu Lys lle 5 110 105 100
Lys Val Ser Asp Val Thr Lys Leu Asn lle Ser Asn Phe Leu Asn His 125 120 115 10
Arg Phe Lys Lys Ser Leu Tyr Tyr Phe Pro Glu Asn Ser Pro Asp Lys 140 135 130
Ser Glu Glu Tyr Arg lle Glu lle Asn Leu Ser GIn Leu Leu Glu Asp 160 155 150 145
Ser Leu Lys Lys Gln Gln Gly Thr Phe lle Cys Trp Glu Ser Phe Ser 175 170 165
Lys Asp Met Glu Leu Tyr lle Asn Trp Ala Glu Asn Tyr lle Ser Ser 190 185 180
Lys Thr Lys Leu lle Lys Lys Ser lle Arg Asn Asn Arg lle GIn Ser 10 205 200 195
Thr Glu Ser Arg Ser Gly GIn Leu Met Asp Arg Tyr Met Lys Asp lle 220 215 210 15
Leu Asn Lys Asn Lys Pro Phe Asp lle GIn Ser Val Ser Glu Lys Tyr 240 235 230 225
Gln Leu Glu Lys Leu Thr Ser Ala Leu Lys Ala Thr Phe Lys Glu Ala 255 250 245
Lys Lys Asn Asp Lys Glu lle Asn Tyr Lys Leu Lys Ser Thr Leu Gin 270 265 260
Asn His Glu Arg Gin lle lle Glu Glu Leu Lys Glu Asn Ser Glu Leu 285 280 275
Asn GIn Phe Asn lle Glu lle Arg Lys His Leu Glu Thr Tyr Phe Pro 5 300 295 290 lle Lys Lys Thr Asn Arg Lys Val Gly Asp lle Arg Asn Leu Glu lle
320 315 310 305
Gly Glu lle Gin Lys lle Val Asn His Arg Leu Lys Asn Lys lle Val 335 330 325 5
Gin Arg lle Leu 0 Glu Gly Lys Leu Ala Ser Tyr Glu lle Glu Ser 350 345 340
Thr Val Asn Ser Asn Ser Leu GIn Lys lle Lys lle Glu Glu Ala Phe 365 360 355
Ala Leu Lys Phe lle Asn Ala Cys Leu Phe Ala Ser Asn Asn Leu Arg 380 375 370
Asn Met Val Tyr Pro Val Cys Lys Lys Asp lle Leu Met lle Gly Glu 400 395 390 385
Phe Lys Asn Ser Phe Lys Glu lle Lys His Lys Lys Phe lle Arg GIn 5 415 410 405
Trp Ser Gln Phe Phe Ser GIn Glu lle Thr Val Asp Asp lle Glu Leu 430 425 420 10
Ala Ser Trp Gly Leu Arg Gly Ala lle Ala Pro lle Arg Asn Glu lle 445 440 435 lle His Leu Lys Lys His Ser Trp Lys Lys Phe Phe Asn Asn Pro Thr 460 455 450
Phe Lys Val Lys Lys Ser Lys lle lle Asn Gly Lys Thr Lys Asp Val 480 475 470 465
Thr Ser Glu Phe Leu Tyr Lys Glu Thr Leu Phe Lys Asp Tyr Phe Tyr 495 490 485
Ser Glu Leu Asp Ser Val Pro Glu Leu lle lle Asn Lys Met Glu Ser 0 510 505 500
Ser Lys lle Leu Asp Tyr Tyr Ser Ser Asp GIn Leu Asn GIn Val Phe 525 520 515 15
Thr lle Pro Asn Phe Glu Leu Ser Leu Leu Thr Ser Ala Val Pro Phe 540 535 530
Ala Pro Ser Phe Lys Arg Val Tyr Leu Lys Gly Phe Asp Tyr Gln Asn 560 555 550 545
Gln Asp Glu Ala GIn Pro Asp Tyr Asn Leu Lys Leu Asn lle Tyr Asn 575 570 565
Glu Lys Ala Phe Asn Ser Glu Ala Phe Gin Ala Gin Tyr Ser Leu Phe 590 585 580
Lys Met Val Tyr Tyr Gin Val Phe Leu Pro Gln Phe Thr Thr Asn Asn 5 605 600 595
Asp Leu Phe Lys Ser Ser Val Asp Phe lle Leu Thr Leu Asn Lys Glu
620 615 610
Arg Lys Gly Tyr Ala Lys Ala Phe Gin Asp lle Arg Lys Met Asn Lys 640 635 630 625 5
Asp Glu Lys Pro Ser Glu Tyr Met Ser Tyr lle GIn Ser Gin Leu Met 655 650 645
Leu Tyr Gln Lys Lys GIn Glu Glu Lys Glu Lys lle Asn His Phe Glu 670 665 660
Lys Phe lle Asn Gin Val Phe lle Lys Gly Phe Asn Ser Phe lle Glu 685 680 675
Lys Asn Arg Leu Thr Tyr lle Cys His Pro Thr Lys Asn Thr Val Pro 700 695 690
Glu Asn Asp Asn lle Glu lle Pro Phe His Thr Asp Met Asp Asp Ser 5 720 715 710 705
Asn lle Ala Phe Trp Leu Met Cys Lys Leu Leu Asp Ala Lys GIn Leu 735 730 725 10
Ser Glu Leu Arg Asn Glu Met lle Lys Phe Ser Cys Ser Leu Gin Ser 750 745 740
Thr Glu Glu lle Ser Thr Phe Thr Lys Ala Arg Glu Val lle Gly Leu 765 760 755
Ala Leu Leu Asn Gly Glu Lys Gly Cys Asn Asp Trp Lys Glu Leu Phe 780 775 770
Asp Asp Lys Glu Ala Trp Lys Lys Asn Met Ser Leu Tyr Val Ser Glu 800 795 790 785
Glu Leu Leu 60 Ser Leu Pro Tyr Thr Gin Glu Asp Gly GIn Thr Pro 10 815 810 805
Val lle Asn Arg Ser lle Asp Leu Val Lys Lys Tyr Gly Thr Glu Thr 830 825 820 15 lle Leu Glu Lys Leu Phe Ser Ser Ser Asp Asp Tyr Lys Val Ser Ala 845 840 835
Lys Asp lle Ala Lys Leu His Glu Tyr Asp Val Thr Glu Lys lle Ala 860 855 850
GIn GIn Glu Ser Leu His Lys GIn Trp lle Glu Lys Pro Gly Leu Ala 880 875 870 865
Arg Asp Ser Ala Trp Thr Lys Lys Tyr Gln Asn Val lle Asn Asp lle 895 890 885
Ser Asn Tyr GIn Trp Ala Lys Thr Lys Val Glu Leu Thr Gln Val Arg 15 910 905 900
His Leu His GIn Leu Thr lle Asp Leu Leu Ser Arg Leu Ala Gly Tyr
925 920 915
Met Ser lle Ala Asp Arg Asp Phe Gin Phe Ser Ser Asn Tyr lle Leu 940 935 930 5
Glu Arg Glu Asn Ser Glu Tyr Arg Val Thr Ser Trp lle Leu Leu Ser 960 955 950 945
Glu Asn Lys Asn Lys Asn Lys Tyr Asn Asp Tyr Glu Leu Tyr Asn Leu 975 970 965
Lys Asn Ala Ser lle Lys Val Ser Ser Lys Asn Asp Pro Gin Leu Lys 990 985 980
Val Asp Leu Lys Gin Leu Arg Leu Thr Leu Glu Tyr Leu Glu Leu Phe 1005 1000 995
Asp Asn Arg Leu Lys Glu Lys Arg Asn Asn lle Ser His Phe Asn 5 1020 1015 1010
Tyr Leu Asn Gly 60 Leu Gly Asn Ser lle Leu Glu Leu Phe Asp 1035 1030 1025 10
Asp Ala Arg Asp Val Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala 1050 1045 1040
Val Ser Lys Ser Leu Lys Glu lle Leu Ser Ser His Gly Met Glu 1065 1060 1055
Val Thr Phe Lys Pro Leu Tyr GIn Thr Asn His His Leu Lys lle 1080 1075 1070
Asp Lys Leu GIn Pro Lys Lys lle His His Leu Gly Glu Lys Ser 1095 1090 1085
Thr Val Ser Ser Asn Gin Val Ser Asn Glu Tyr Cys GIn Leu Val 0 1110 1105 1100
Arg Thr Leu Leu Thr Met Lys 1120 1115 15 4 <210> 1340 <211>
PRT <212>
Lachnospiraceae bacterium MA2020 <213> 4 <400>
Met GIn lle Ser Lys Val Asn His Lys His Val Ala Val Gly Gin Lys 10 5 1
Asp Arg Glu Arg lle Thr Gly Phe lle Tyr Asn Asp Pro Val Gly Asp 0 25 20
Glu Lys Ser Leu Glu Asp Val Val Ala Lys Arg Ala Asn Asp Thr Lys 40 35 15
Val Leu Phe Asn Val Phe Asn Thr Lys Asp Leu Tyr Asp Ser 0 Glu 60 55 50
Ser Asp Lys Ser Glu Lys Asp Lys Glu lle lle Ser Lys Gly Ala Lys 80 75 70 65
Phe Val Ala Lys Ser Phe Asn Ser Ala lle Thr lle Leu Lys Lys Gin 95 90 85
Asn Lys lle Tyr Ser Thr Leu Thr Ser Gln Gin Val lle Lys Glu Leu 110 105 100
Lys Asp Lys Phe Gly Gly Ala Arg lle Tyr Asp Asp Asp lle Glu Glu 5 125 120 115
Ala Leu Thr Glu Thr Leu Lys Lys Ser Phe Arg Lys Glu Asn Val Arg
140 135 130
Asn Ser lle Lys Val Leu lle Glu Asn Ala Ala Gly lle Arg Ser Ser 160 155 150 145 5
Leu Ser Lys Asp Glu Glu Glu Leu lle 60 Glu Tyr Phe Val Lys Gin 175 170 165
Leu Val Glu Glu Tyr Thr Lys Thr Lys Leu Gln Lys Asn Val Val Lys 190 185 180
Ser lle Lys Asn GIn Asn Met Val lle Gln Pro Asp Ser Asp Ser 0 205 200 195
Val Leu Ser Leu Ser Glu Ser Arg Arg Glu Lys GIn Ser Ser Ala Val 220 215 210
Ser Ser Asp Thr Leu Val Asn Cys Lys Glu Lys Asp Val Leu Lys Ala 5 240 235 230 225
Phe Leu Thr Asp Tyr Ala Val Leu Asp Glu Asp Glu Arg Asn Ser Leu 255 250 245 10
Leu Trp Lys Leu Arg Asn Leu Val Asn Leu Tyr Phe Tyr Gly Ser Glu 270 265 260
Ser lle Arg Asp Tyr Ser Tyr Thr Lys Glu Lys Ser Val Trp Lys Glu 285 280 275
His Asp Glu GIn Lys Ala Asn Lys Thr Leu Phe lle Asp Glu lle Cys 300 295 290
His lle Thr Lys lle Gly Lys Asn Gly Lys Glu GIn Lys Val Leu Asp 320 315 310 305
Tyr Glu Glu Asn Arg Ser Arg Cys Arg Lys GIn Asn lle Asn Tyr Tyr 0 335 330 325
Arg Ser Ala Leu Asn Tyr Ala Lys Asn Asn Thr Ser Gly lle Phe Glu 350 345 340 15
Asn Glu Asp Ser Asn His Phe Trp lle His Leu lle Glu Asn Glu Val 365 360 355
Glu Arg Leu Tyr Asn Gly lle Glu Asn Gly Glu Glu Phe Lys Phe Glu 380 375 370
Thr Gly Tyr lle Ser Glu Lys Val Trp Lys Ala Val lle Asn His Leu 400 395 390 385
Ser lle Lys Tyr lle Ala Leu Gly Lys Ala Val Tyr Asn Tyr Ala Met 415 410 405
Lys Glu Leu Ser Ser Pro Gly Asp lle Glu Pro Gly Lys lle Asp Asp 15 430 425 420
Ser Tyr lle Asn Gly lle Thr Ser Phe Asp Tyr Glu lle lle Lys Ala
445 440 435
Glu Glu Ser Leu GIn Arg Asp lle Ser Met Asn Val Val Phe Ala Thr 460 455 450 5
Asn Tyr Leu Ala Cys Ala Thr Val Asp Thr Asp Lys Asp Phe Leu Leu 480 475 470 465
Phe Ser Lys Glu Asp lle Arg Ser Cys Thr Lys Lys Asp Gly Asn Leu 495 490 485
Cys Lys Asn lle Met Gin Phe Trp Gly Gly Tyr Ser Thr Trp Lys Asn 510 505 500
Phe Cys Glu Glu Tyr Leu Lys Asp Asp Lys Asp Ala Leu Glu Leu Leu 525 520 515
Tyr Ser Leu Lys Ser Met Leu Tyr Ser Met Arg Asn Ser Ser Phe His 5 540 535 530
Phe Ser Thr Glu Asn Val Asp Asn Gly Ser Trp Asp Thr Glu Leu lle 560 555 550 545 10
Gly Lys Leu Phe Glu Glu Asp Cys Asn Arg Ala Ala Arg lle Glu Lys 575 570 565
Glu Lys Phe Tyr Asn Asn Asn Leu His Met Phe Tyr Ser Ser Ser Leu 590 585 580
Leu Glu Lys Val Leu Glu Arg Leu Tyr Ser Ser His His Glu Arg Ala 605 600 595
Ser ‏م‎ Val Pro Ser Phe Asn Arg Val Phe Val Arg Lys Asn Phe Pro 620 615 610
Ser Ser Leu Ser Glu GIn Arg lle Thr Pro Lys Phe Thr Asp Ser Lys 0 640 635 630 625
Asp Glu Gin lle Trp Gin Ser Ala Val Tyr Tyr Leu Cys Lys Glu lle 655 650 645 15
Tyr Tyr Asn Asp Phe Leu GIn Ser Lys Glu Ala Tyr Lys Leu Phe Arg 670 665 660
Glu Gly Val Lys Asn Leu Asp Lys Asn Asp lle Asn Asn Gin Lys Ala 685 680 675
Ala Asp Ser Phe Lys GIn Ala Val Val Tyr Tyr Gly Lys Ala lle Gly 700 695 690
Asn Ala Thr Leu Ser Gln Val Cys Gin Ala lle Met Thr Glu Tyr Asn 720 715 710 705
Arg GIn Asn Asn Asp Gly Leu Lys Lys Lys Ser Ala Tyr Ala Glu Lys 5 735 730 725 ‏داك‎ Asn Ser Asn Lys Tyr Lys His Tyr Pro Leu Phe Leu Lys 60 Val
750 745 740
Leu GIn Ser Ala Phe Trp Glu Tyr Leu Asp Glu Asn Lys Glu lle Tyr 765 760 755 5
Gly Phe lle Ser Ala Gin lle His Lys Ser Asn Val Glu lle Lys Ala 780 775 770
Glu Asp Phe lle Ala Asn Tyr Ser Ser Gin 0 Tyr Lys Lys Leu Val 800 795 790 785
Asp Lys Val Lys Lys Thr Pro Glu Leu Gin Lys Trp Tyr Thr Leu Gly 815 810 805
Arg Leu lle Asn Pro Arg Gin Ala Asn Gln Phe Leu Gly Ser lle Arg 830 825 820
Asn Tyr Val Gin Phe Val Lys Asp lle Gin Arg Arg Ala Lys Glu Asn 5 845 840 835
Gly Asn Pro lle Arg Asn Tyr Tyr Glu Val Leu Glu Ser Asp Ser lle 860 855 850 10 lle Lys lle Leu Glu Met Cys Thr Lys Leu Asn Gly Thr Thr Ser Asn 880 875 870 865
Asp lle His Asp Tyr Phe Arg Asp Glu Asp Glu Tyr Ala Glu Tyr lle 895 890 885
Ser GIn Phe Val Asn Phe Gly Asp Val His Ser Gly Ala Ala Leu Asn 910 905 900
Ala Phe Cys Asn Ser Glu Ser Glu Gly Lys Lys Asn Gly lle Tyr Tyr 925 920 915
Asp Gly lle Asn Pro lle Val Asn Arg Asn Trp Val Leu Cys Lys Leu 10 940 935 930
Tyr Gly Ser Pro Asp Leu lle Ser Lys lle lle Ser Arg Val Asn Glu 960 955 950 945 15
Asn Met lle His Asp Phe His Lys GIn Glu Asp Leu lle Arg Glu Tyr 975 970 965
Gln lle Lys Gly lle Cys Ser Asn Lys Lys Glu Gin ‏ماه‎ Asp Leu Arg 990 985 980
Thr Phe Gin Val Leu Lys Asn Arg Val Glu Leu Arg Asp lle Val Glu 1005 1000 995
Tyr Ser Glu lle lle Asn Glu Leu Tyr Gly GIn Leu lle Lys Trp 1020 1015 1010
Cys Tyr Leu Arg Glu Arg Asp Leu Met Tyr Phe Gin Leu Gly Phe 5 1035 1030 1025
His Tyr Leu Cys Leu Asn Asn Ala Ser Ser Lys Glu Ala Asp Tyr
1050 1045 1040 lle Lys lle Asn Val Asp Asp Arg Asn lle Ser Gly Ala lle Leu 1065 1060 1055 5
Tyr Gln lle Ala Ala Met Tyr lle Asn Gly Leu Pro Val Tyr Tyr 1080 1075 1070
Lys Lys Asp Asp Met Tyr Val Ala Leu Lys Ser Gly Lys Lys Ala 1095 1090 1085
Ser Asp Glu Leu Asn Ser Asn Glu GIn Thr Ser Lys Lys lle Asn 1110 1105 1100
Tyr Phe Leu Lys Tyr Gly Asn Asn lle Leu Gly Asp Lys Lys Asp 1125 1120 1115
GIn Leu Tyr Leu Ala Gly Leu Glu Leu Phe Glu Asn Val Ala Glu 5 1140 1135 1130
His Glu Asn lle lle lle Phe Arg Asn Glu lle Asp His Phe His 1155 1150 1145 10
Tyr Phe Tyr Asp Arg Asp Arg Ser Met Leu Asp Leu Tyr Ser Glu 1170 1165 1160
Val Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp Met Lys Leu Arg Lys Asn 1185 1180 1175
Val Val Asn Met Leu Tyr Asn lle Leu Leu Asp His Asn lle Val 1200 1195 1190
Ser Ser Phe Val Phe Glu Thr Gly Glu Lys Lys Val Gly Arg Gly 1215 1210 1205
Asp Ser Glu Val lle Lys Pro Ser Ala Lys lle Arg Leu Arg Ala 10 1230 1225 1220
Asn Asn Gly Val Ser Ser Asp Val Phe Thr Tyr Lys Val Gly Ser 1245 1240 1235 15
Lys Asp Glu Leu Lys lle Ala Thr Leu Pro Ala Lys Asn Glu Glu 1260 1255 1250
Phe Leu Leu Asn Val Ala Arg Leu lle Tyr Tyr Pro Asp Met Glu 1275 1270 1265
Ala Val Ser Glu Asn Met Val Arg Glu Gly Val Val Lys Val Glu 1290 1285 1280
Lys Ser Asn Asp Lys Lys Gly Lys lle Ser Arg Gly Ser Asn Thr 1305 1300 1295
Arg Ser Ser Asn GIn Ser Lys Tyr Asn Asn Lys Ser Lys Asn Arg 5 1320 1315 1310
Met Asn Tyr Ser Met Gly Ser lle Phe Glu Lys Met Asp Leu Lys
1335 1330 1325
Phe Asp 1340 5 <210> 1437 <211>
PRT <212> 10
Lachnospiraceae bacterium NK4A179 <213> 5 <400>
Met Lys lle Ser Lys Val Arg Glu Glu Asn Arg Gly Ala Lys Leu Thr 15 10 5 1
Val Asn Ala Lys Thr Ala Val Val Ser Glu Asn Arg Ser 0 Glu Gly
30 25 20 lle Leu Tyr Asn Asp Pro Ser Arg Tyr Gly Lys Ser Arg Lys Asn Asp 45 40 35 5
Glu Asp Arg Asp Arg Tyr lle Glu Ser Arg Leu Lys Ser Ser Gly Lys 60 55 50
Leu Tyr Arg lle Phe Asn Glu Asp Lys Asn Lys Arg Glu Thr Asp Glu 80 75 70 65
Leu GIn Trp Phe Leu Ser Glu lle Val Lys Lys lle Asn Arg Arg Asn 95 90 85
Gly Leu Val Leu Ser Asp Met Leu Ser Val Asp Asp Arg Ala Phe Glu 110 105 100
Lys Ala Phe Glu Lys Tyr Ala Glu Leu Ser Tyr Thr Asn Arg Arg Asn 5 125 120 115
Lys Val Ser Gly Ser Pro Ala Phe Glu Thr Cys Gly Val Asp Ala Ala 140 135 130 10
Thr Ala Glu Arg Leu Lys Gly lle lle Ser Glu Thr Asn Phe lle Asn 160 155 150 145
Arg lle Lys Asn Asn lle Asp Asn Lys Val Ser Glu Asp lle lle Asp 175 170 165
Arg lle lle Ala Lys Tyr Leu Lys Lys Ser Leu Cys Arg Glu Arg Val 190 185 180
Lys Arg Gly Leu Lys Lys Leu Leu Met Asn Ala Phe Asp Leu Pro Tyr 205 200 195
Ser Asp Pro Asp lle Asp Val Gin Arg Asp Phe lle Asp Tyr Val Leu 0 220 215 210
Glu Asp Phe Tyr His Val Arg Ala Lys Ser Gin Val Ser Arg Ser lle 240 235 230 225 15
Lys Asn Met Asn Met Pro Val 60 Pro Glu Gly Asp Gly Lys Phe Ala 255 250 245 lle Thr Val Ser Lys Gly Gly Thr Glu Ser Gly Asn Lys Arg Ser Ala 270 265 260
Glu Lys Glu Ala Phe Lys Lys Phe Leu Ser Asp Tyr Ala Ser Leu Asp 285 280 275
Glu Arg Val Arg Asp Asp Met Leu Arg Arg Met Arg Arg Leu Val Val 300 295 290
Leu Tyr Phe Tyr Gly Ser Asp Asp Ser Lys Leu Ser Asp Val Asn Glu 5 320 315 310 305
Lys Phe Asp Val Trp Glu Asp His Ala Ala Arg Arg Val Asp Asn Arg
335 330 325
Glu Phe lle Lys Leu Pro Leu Glu Asn Lys Leu Ala Asn Gly Lys Thr 350 345 340 5
Asp Lys Asp Ala Glu Arg lle Arg Lys Asn Thr Val Lys Glu Leu Tyr 365 360 355
Arg Asn GIn Asn lle Gly Cys Tyr Arg Gln Ala Val Lys Ala Val Glu 380 375 370
Glu Asp Asn Asn Gly Arg Tyr Phe Asp Asp Lys Met Leu Asn Met Phe 400 395 390 385
Phe lle His Arg lle Glu Tyr Gly Val Glu Lys lle Tyr Ala Asn Leu 415 410 405
Lys Gln Val Thr Glu Phe Lys Ala Arg Thr Gly Tyr Leu Ser Glu Lys 5 430 425 420 lle Trp Lys Asp Leu lle Asn Tyr lle Ser lle Lys Tyr lle Ala Met 445 440 435 10
Gly Lys Ala Val Tyr Asn Tyr Ala Met Asp Glu Leu Asn Ala Ser Asp 460 455 450
Lys Lys Glu lle Glu Leu Gly Lys lle Ser Glu Glu Tyr Leu Ser Gly 480 475 470 465 lle Ser Ser Phe Asp Tyr Glu Leu lle Lys Ala Glu Glu Met Leu 07 495 490 485
Arg Glu Thr Ala Val Tyr Val Ala Phe Ala Ala Arg His Leu Ser Ser 510 505 500
GIn Thr Val Glu Leu Asp Ser Glu Asn Ser Asp Phe Leu Leu Leu Lys 0 525 520 515
Pro Lys Gly Thr Met Asp Lys Asn Asp Lys Asn Lys Leu Ala Ser Asn 540 535 530 15
Asn lle Leu Asn Phe Leu Lys Asp Lys Glu Thr Leu Arg Asp Thr lle 560 555 550 545
Leu GIn Tyr Phe Gly Gly His Ser Leu Trp Thr Asp Phe Pro Phe Asp 575 570 565
Lys Tyr Leu Ala Gly Gly Lys Asp Asp Val Asp Phe Leu Thr Asp Leu 590 585 580
Lys Asp Val lle Tyr Ser Met Arg Asn Asp Ser Phe His Tyr Ala Thr 605 600 595
Glu Asn His Asn Asn Gly Lys Trp Asn Lys Glu Leu lle Ser Ala Met 5 620 615 610
Phe Glu His Glu Thr Glu Arg Met Thr Val Val Met Lys Asp Lys Phe
640 65 630 625
Tyr Ser Asn Asn Leu Pro Met Phe Tyr Lys Asn Asp Asp Leu Lys Lys 655 650 645 5
Leu Leu lle Asp Leu Tyr Lys Asp Asn Val Glu Arg Ala Ser Gin Val 670 665 660
Pro Ser Phe Asn Lys Val Phe Val Arg Lys Asn Phe Pro Ala Leu Val 685 680 675
Arg Asp Lys Asp Asn Leu Gly lle Glu Leu Asp Leu Lys Ala Asp Ala 700 695 690
Asp Lys Gly Glu Asn Glu Leu Lys Phe Tyr Asn Ala Leu Tyr Tyr Met 720 715 710 705
Phe Lys Glu lle Tyr Tyr Asn Ala Phe Leu Asn Asp Lys Asn Val Arg 5 735 730 725
Glu Arg Phe lle Thr Lys Ala Thr Lys Val Ala Asp Asn Tyr Asp Arg 750 745 740 10
Asn Lys Glu Arg Asn Leu Lys Asp Arg lle Lys Ser Ala Gly Ser Asp 765 760 755
Glu Lys Lys Lys Leu Arg Glu GIn Leu GIn Asn Tyr lle Ala Glu Asn 780 775 770
Asp Phe Gly GIn Arg lle Lys Asn lle Val Glin Val Asn Pro Asp Tyr 800 795 790 785
Thr Leu Ala GIn lle Cys GIn Leu lle Met Thr Glu Tyr Asn Gin 07 815 810 805
Asn Asn Gly Cys Met Gin Lys Lys Ser Ala Ala Arg Lys Asp lle Asn 0 830 825 820
Lys Asp Ser Tyr Gln His Tyr Lys Met Leu Leu Leu Val Asn Leu Arg 845 840 835 15
Lys Ala Phe Leu Glu Phe lle Lys Glu Asn Tyr Ala Phe Val Leu Lys 860 855 850
Pro Tyr Lys His Asp Leu Cys Asp Lys Ala Asp Phe Val Pro Asp Phe 880 875 870 865
Ala Lys Tyr Val Lys Pro Tyr Ala Gly Leu lle Ser Arg Val Ala Gly 895 890 885
Ser Ser Glu Leu Gin Lys Trp Tyr lle Val Ser Arg Phe Leu Ser Pro 910 905 900
Ala GIn Ala Asn His Met Leu Gly Phe Leu His Ser Tyr Lys 60 Tyr 15 925 920 915
Val Trp Asp lle Tyr Arg Arg Ala Ser Glu Thr Gly Thr Glu lle Asn
940 935 930
His Ser lle Ala Glu Asp Lys lle Ala Gly Val Asp lle Thr Asp Val 960 955 950 945 5
Asp Ala Val lle Asp Leu Ser Val Lys Leu Cys Gly Thr lle Ser Ser 975 970 965
Glu lle Ser Asp Tyr Phe Lys Asp Asp Glu Val Tyr Ala Glu Tyr lle 990 985 980
Ser Ser Tyr Leu Asp Phe Glu Tyr Asp Gly Gly Asn Tyr Lys Asp Ser 1005 1000 995
Leu Asn Arg Phe Cys Asn Ser Asp Ala Val Asn Asp GIn Lys Val 1020 1015 1010
Ala Leu Tyr Tyr Asp Gly Glu His Pro Lys Leu Asn Arg Asn lle 5 1035 1030 1025 lle Leu Ser Lys Leu Tyr Gly Glu Arg Arg Phe Leu Glu Lys lle 1050 1045 1040 10
Thr Asp Arg Val Ser Arg Ser Asp lle Val Glu Tyr Tyr Lys Leu 1065 1060 1055
Lys Lys Glu Thr Ser 60 Tyr ‏ماك‎ Thr Lys Gly lle Phe Asp Ser 1080 1075 1070
Glu Asp Glu Gin Lys Asn lle Lys Lys Phe Gin Glu Met Lys Asn 1095 1090 1085 lle Val Glu Phe Arg Asp Leu Met Asp Tyr Ser Glu lle Ala Asp 1110 1105 1100
Glu Leu 60 Gly GIn Leu lle Asn Trp lle Tyr Leu Arg Glu Arg 0 1125 1120 1115
Asp Leu Met Asn Phe 60 Leu Gly Tyr His Tyr Ala Cys Leu Asn 1140 1135 1130 15
Asn Asp Ser Asn Lys GIn Ala Thr Tyr Val Thr Leu Asp Tyr 0 1155 1150 1145
Gly Lys Lys Asn Arg Lys lle Asn Gly Ala lle Leu Tyr Gin lle 1170 1165 1160
Cys Ala Met Tyr lle Asn Gly Leu Pro Leu Tyr Tyr Val Asp Lys 1185 1180 1175
Asp Ser Ser Glu Trp Thr Val Ser Asp Gly Lys Glu Ser Thr Gly 1200 1195 1190
Ala Lys lle Gly Glu Phe Tyr Arg Tyr Ala Lys Ser Phe Glu Asn 5 1215 1210 1205
Thr Ser Asp Cys Tyr Ala Ser Gly Leu Glu lle Phe Glu Asn lle
1230 1225 1220
Ser Glu His Asp Asn lle Thr Glu Leu Arg Asn Tyr lle Glu His 1245 1240 1235 5
Phe Arg Tyr Tyr Ser Ser Phe Asp Arg Ser Phe Leu Gly lle Tyr 1260 1255 1250
Ser Glu Val Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp Leu Lys Tyr Arg 1275 1270 1265
Lys Asn Val Pro Thr lle Leu Tyr Asn lle Leu Leu Gin His Phe 1290 1285 1280
Val Asn Val Arg Phe Glu Phe Val Ser Gly Lys Lys Met lle Gly 1305 1300 1295 lle Asp Lys Lys Asp Arg Lys lle Ala Lys Glu Lys Glu Cys Ala 5 1320 1315 1310
Arg lle Thr lle Arg Glu Lys Asn Gly Val Tyr Ser Glu 60 Phe 1335 1330 1325 10
Thr Tyr Lys Leu Lys Asn Gly Thr Val Tyr Val Asp Ala Arg Asp 1350 1345 1340
Lys Arg Tyr Leu GIn Ser lle lle Arg Leu Leu Phe Tyr Pro Glu 1365 1360 1355
Lys Val Asn Met Asp Glu Met lle Glu Val Lys Glu Lys Lys Lys 1380 1375 1370
Pro Ser Asp Asn Asn Thr Gly Lys Gly Tyr Ser Lys Arg Asp Arg 1395 1390 1385
GIn GIn Asp Arg Lys Glu Tyr Asp Lys Tyr Lys Glu Lys Lys Lys 10 1410 1405 1400
Lys Glu Gly Asn Phe Leu Ser Gly Met Gly Gly Asn lle Asn Trp 1425 1420 1415 15
Asp Glu lle Asn Ala GIn Leu Lys Asn 1435 1430
6 <210> 1385 <211>
PRT <212> 5
Clostridium aminophilum DSM10710 <213> 6 <400>
Met Lys Phe Ser Lys Val Asp His Thr Arg Ser Ala Val Gly lle GIn 0 10 5 1
Lys Ala Thr Asp Ser Val His Gly Met Leu Tyr Thr Asp Pro Lys Lys 25 20 15
Gln Glu Val Asn Asp Leu Asp Lys Arg Phe Asp Gin Leu Asn Val Lys 40 35
Ala Lys Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asn GIn Ser Lys Ala Glu Glu Asp 60 55 50
Asp Asp Glu Lys Arg Phe Gly Lys Val Val Lys Lys Leu Asn Arg Glu 80 75 70 65
Leu Lys Asp Leu Leu Phe His Arg Glu Val Ser Arg Tyr Asn Ser lle 95 90 85
Gly Asn Ala Lys Tyr Asn Tyr Tyr Gly lle Lys Ser Asn Pro Glu Glu 5 110 105 100 lle Val Ser Asn Leu Gly Met Val Glu Ser Leu Lys Gly Glu Arg Asp
125 120 115
Pro GIn Lys Val lle Ser Lys Leu Leu Leu Tyr Tyr Leu Arg Lys Gly 140 135 130 5
Leu Lys Pro Gly Thr Asp Gly Leu Arg Met lle Leu Glu Ala Ser Cys 160 155 150 145
Gly Leu Arg Lys Leu Ser Gly Asp Glu Lys Glu Leu Lys Val Phe Leu 175 170 165
GIn Thr Leu Asp Glu Asp Phe Glu Lys Lys Thr Phe Lys Lys Asn Leu 190 185 180 lle Arg Ser lle Glu Asn GIn Asn Met Ala Val Gin Pro Ser Asn Glu 205 200 195
Gly Asp Pro lle lle Gly lle Thr Gin Gly Arg Phe Asn Ser Gin Lys 5 220 215 210
Asn Glu Glu Lys Ser Ala lle Glu Arg Met Met Ser Met Tyr Ala Asp 240 235 230 225 0
Leu Asn Glu Asp His Arg Glu Asp Val Leu Arg Lys Leu Arg Arg Leu 255 250 245
Asn Val Leu Tyr Phe Asn Val Asp Thr Glu Lys Thr Glu Glu Pro Thr 270 265 260
Leu Pro Gly Glu Val Asp Thr Asn Pro Val Phe Glu Val Trp His Asp 285 280 275
His Glu Lys Gly Lys Glu Asn Asp Arg Gin Phe Ala Thr Phe Ala Lys 300 295 290 lle Leu Thr Glu Asp Arg Glu Thr Arg Lys Lys Glu Lys Leu Ala Val 10 320 315 310 305
Lys Glu Ala Leu Asn Asp Leu Lys Ser Ala lle Arg Asp His Asn lle 335 330 325 15
Met Ala Tyr Arg Cys Ser lle Lys Val Thr Glu Gin Asp Lys Asp Gly 350 345 340
Leu Phe Phe Glu Asp Gin Arg lle Asn Arg Phe Trp lle His His lle 365 360 355
Glu Ser Ala Val Glu Arg lle Leu Ala Ser lle Asn Pro Glu Lys Leu 380 375 370
Tyr Lys Leu Arg lle Gly Tyr Leu Gly Glu Lys Val Trp Lys Asp Leu 400 395 390 385
Leu Asn Tyr Leu Ser lle Lys Tyr lle Ala Val Gly Lys Ala Val Phe 15 415 410 405
His Phe Ala Met Glu Asp Leu Gly Lys Thr Gly Gin Asp lle Glu Leu
430 425 420
Gly Lys Leu Ser Asn Ser Val Ser Gly Gly Leu Thr Ser Phe Asp Tyr 445 440 435 5
Glu Gin lle Arg Ala Asp Glu Thr Leu GIn Arg GIn Leu Ser Val Glu 460 455 450
Val Ala Phe Ala Ala Asn Asn Leu Phe Arg Ala Val Val Gly Gin Thr 480 475 470 465
Gly Lys Lys lle Glu GIn Ser Lys Ser Glu Glu Asn Glu Glu Asp Phe 495 490 485
Leu Leu Trp Lys Ala Glu Lys lle Ala Glu Ser lle Lys Lys Glu Gly 510 505 500
Glu Gly Asn Thr Leu Lys Ser lle Leu Gin Phe Phe Gly Gly Ala Ser 5 525 520 515
Ser Trp Asp Leu Asn His Phe Cys Ala Ala Tyr Gly Asn Glu Ser Ser 540 535 530 10
Ala Leu Gly Tyr Glu Thr Lys Phe Ala Asp Asp Leu Arg Lys Ala lle 560 555 550 545
Tyr Ser Leu Arg Asn Glu Thr Phe His Phe Thr Thr Leu Asn Lys Gly 575 570 565
Ser Phe Asp Trp Asn Ala Lys Leu lle Gly Asp Met Phe Ser His Glu 590 585 580
Ala Ala Thr Gly lle Ala Val Glu Arg Thr Arg Phe Tyr Ser Asn Asn 605 600 595
Leu Pro Met Phe Tyr Arg Glu Ser Asp Leu Lys Arg lle Met Asp His 0 620 615 610
Leu Tyr Asn Thr Tyr His Pro Arg Ala Ser GIn Val Pro Ser Phe Asn 640 635 630 625 15
Ser Val Phe Val Arg Lys Asn Phe Arg Leu Phe Leu Ser Asn Thr Leu 655 650 645
Asn Thr Asn Thr Ser Phe Asp Thr Glu Val Tyr Gin Lys Trp Glu Ser 670 665 660
Gly Val Tyr Tyr Leu Phe Lys Glu lle Tyr Tyr Asn Ser Phe Leu Pro 685 680 675
Ser Gly Asp Ala His His Leu Phe Phe Glu Gly Leu Arg Arg lle Arg 700 695 690
Lys Glu Ala Asp Asn Leu Pro lle Val Gly Lys Glu Ala Lys Lys Arg 5 720 715 710 705
Asn Ala Val Gin Asp Phe Gly Arg Arg Cys Asp Glu Leu Lys Asn Leu
735 730 725
Ser Leu Ser Ala lle Cys GIn Met lle Met Thr Glu Tyr Asn Glu 0 750 745 740 5
Asn Asn Gly Asn Arg Lys Val Lys Ser Thr Arg Glu Asp Lys Arg Lys 765 760 755
Pro Asp lle Phe Gin His Tyr Lys Met Leu Leu Leu Arg Thr Leu 0 780 775 770
Glu Ala Phe Ala lle Tyr lle Arg Arg Glu Glu Phe Lys Phe lle Phe 800 795 790 785
Asp Leu Pro Lys Thr Leu Tyr Val Met Lys Pro Val Glu Glu Phe Leu 815 810 805
Pro Asn Trp Lys Ser Gly Met Phe Asp Ser Leu Val Glu Arg Val Lys 5 830 825 820
Gln Ser Pro Asp Leu GIn Arg Trp Tyr Val Leu Cys Lys Phe Leu Asn 845 840 835 10
Gly Arg Leu Leu Asn Gin Leu Ser Gly Val lle Arg Ser Tyr lle GIn 860 855 850
Phe Ala Gly Asp lle Gln Arg Arg Ala Lys Ala Asn His Asn Arg Leu 880 875 870 865
Tyr Met Asp Asn Thr Gin Arg Val Glu Tyr Tyr Ser Asn Val Leu Glu 895 890 885
Val Val Asp Phe Cys lle Lys Gly Thr Ser Arg Phe Ser Asn Val Phe 910 905 900
Ser Asp Tyr Phe Arg Asp Glu Asp Ala Tyr Ala Asp Tyr Leu Asp Asn 10 925 920 915
Tyr Leu 60 Phe Lys Asp Glu Lys lle Ala Glu Val Ser Ser Phe Ala 940 935 930 15
Ala Leu Lys Thr Phe Cys Asn Glu Glu Glu Val Lys Ala Gly lle Tyr 960 955 950 945
Met Asp Gly Glu Asn Pro Val Met Gin Arg Asn lle Val Met Ala Lys 975 970 965
Leu Phe Gly Pro Asp Glu Val Leu Lys Asn Val Val Pro Lys Val Thr 990 985 980
Arg Glu Glu lle Glu Glu Tyr Tyr Gin Leu Glu Lys Gin lle Ala Pro 1005 1000 995
Tyr Arg GIn Asn Gly Tyr Cys Lys Ser Glu Glu Asp 60 Lys Lys 5 1020 1015 1010
Leu Leu Arg Phe GIn Arg lle Lys Asn Arg Val Glu Phe 60 Thr
1035 1030 1025 lle Thr Glu Phe Ser Glu lle lle Asn Glu Leu Leu Gly Gin Leu 1050 1045 1040 5 lle Ser Trp Ser Phe Leu Arg Glu Arg Asp Leu Leu Tyr Phe 0 1065 1060 1055
Leu Gly Phe His Tyr Leu Cys Leu His Asn Asp Thr Glu Lys Pro 1080 1075 1070
Ala Glu Tyr Lys Glu lle Ser Arg Glu Asp Gly Thr Val lle Arg 1095 1090 1085
Asn Ala lle Leu His GIn Val Ala Ala Met Tyr Val Gly Gly Leu 1110 1105 1100
Pro Val Tyr Thr Leu Ala Asp Lys Lys Leu Ala Ala Phe Glu Lys 5 1125 1120 1115
Gly Glu Ala Asp Cys Lys Leu Ser lle Ser Lys Asp Thr Ala Gly 1140 1135 1130 10
Ala Gly Lys Lys lle Lys Asp Phe Phe Arg Tyr Ser Lys Tyr Val 1155 1150 1145
Leu lle Lys Asp Arg Met Leu Thr Asp GIn Asn 60 Lys Tyr Thr 1170 1165 1160 lle Tyr Leu Ala Gly Leu Glu Leu Phe Glu Asn Thr Asp Glu His 1185 1180 1175
Asp Asn lle Thr Asp Val Arg Lys Tyr Val Asp His Phe Lys Tyr 1200 1195 1190
Tyr Ala Thr Ser Asp Glu Asn Ala Met Ser lle Leu Asp Leu Tyr 0 1215 1210 1205
Ser Glu lle His Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp Met Lys Tyr 0 1230 1225 1220 15
Lys Asn Val Ala Asn Met Leu Glu Asn lle Leu Leu Arg His Phe 1245 1240 1235
Val Leu lle Arg Pro Glu Phe Phe Thr Gly Ser Lys Lys Val Gly 1260 1255 1250
Glu Gly Lys Lys lle Thr Cys Lys Ala Arg Ala Gin lle Glu lle 1275 1270 1265
Ala Glu Asn Gly Met Arg Ser Glu Asp Phe Thr Tyr Lys Leu Ser 1290 1285 1280
Asp Gly Lys Lys Asn lle Ser Thr Cys Met lle Ala Ala Arg Asp 5 1305 1300 1295
Gln Lys Tyr Leu Asn Thr Val Ala Arg Leu Leu Tyr Tyr Pro His
1320 1315 1310
Glu Ala Lys Lys Ser lle Val Asp Thr Arg Glu Lys Lys Asn Asn 1335 1330 1325 5
Lys Lys Thr Asn Arg Gly Asp Gly Thr Phe Asn Lys Gin Lys Gly 1350 1345 1340
Thr Ala Arg Lys Glu Lys Asp Asn Gly Pro Arg Glu Phe Asn Asp 1365 1360 1355
Thr Gly Phe Ser Asn Thr Pro Phe Ala Gly Phe Asp Pro Phe Arg 1380 1375 1370
Asn Ser 1385 7 <210> 5 1175 <211>
PRT <212>
Carnobacterium gallinarum DSM4847 <213> 7 <400> 10
Met Arg lle Thr Lys Val Lys lle Lys Leu Asp Asn Lys Leu Tyr GIn 10 5 1 15
Val Thr Met GIn Lys Glu Glu Lys Tyr Gly Thr Leu Lys Leu Asn Glu 25 20
Glu Ser Arg Lys Ser Thr Ala Glu lle Leu Arg Leu Lys Lys Ala Ser 45 40 35
Phe Asn Lys Ser Phe His Ser Lys Thr lle Asn Ser GIn Lys Glu Asn 5 60 55 50
Lys Asn Ala Thr lle Lys Lys Asn Gly Asp Tyr lle Ser GIn lle Phe 80 75 70 65 10
Glu Lys Leu Val Gly Val Asp Thr Asn Lys Asn lle Arg Lys Pro Lys 95 90 85
Met Ser Leu Thr Asp Leu Lys Asp Leu Pro Lys Lys Asp Leu Ala Leu 110 105 100
Phe lle Lys Arg Lys Phe Lys Asn Asp Asp lle Val Glu lle Lys Asn 125 120 115
Leu Asp Leu lle Ser Leu Phe Tyr Asn Ala Leu Gin Lys Val Pro Gly 140 135 130
Glu His Phe Thr Asp Glu Ser Trp Ala Asp Phe Cys 60 Glu Met Met 10 160 155 150 145
Pro Tyr Arg Glu Tyr Lys Asn Lys Phe lle Glu Arg Lys lle lle Leu 175 170 165 15
Leu Ala Asn Ser lle Glu GIn Asn Lys Gly Phe Ser lle Asn Pro Glu 190 185 180
Thr Phe Ser Lys Arg Lys Arg Val Leu His Gin Trp Ala lle Glu Val 205 200 195
Gln Glu Arg Gly Asp Phe Ser lle Leu Asp Glu Lys Leu Ser Lys Leu 220 215 210
Ala Glu lle Tyr Asn Phe Lys Lys Met Cys Lys Arg Val Gin Asp Glu 240 235 230 225
Leu Asn Asp Leu Glu Lys Ser Met Lys Lys Gly Lys Asn Pro Glu Lys 5 255 250 245
Glu Lys Glu Ala Tyr Lys Lys GIn Lys Asn Phe Lys lle Lys Thr lle
270 265 260
Trp Lys Asp Tyr Pro Tyr Lys Thr His lle Gly Leu lle Glu Lys lle 285 280 275 5
Lys Glu Asn Glu Glu Leu Asn GIn Phe Asn lle Glu lle Gly Lys Tyr 300 295 290
Phe Glu His Tyr Phe Pro lle Lys Lys Glu Arg Cys Thr Glu Asp Glu 320 315 310 305
Pro Tyr Tyr Leu Asn Ser Glu Thr lle Ala Thr Thr Val Asn Tyr GIn 335 330 325
Leu Lys Asn Ala Leu lle Ser Tyr Leu Met Gin lle Gly Lys Tyr Lys 350 345 340
Gln Phe Gly Leu Glu Asn GIn Val Leu Asp Ser Lys Lys Leu GIn Glu 5 365 360 355 lle Gly lle Tyr Glu Gly Phe GIn Thr Lys Phe Met Asp Ala Cys Val 380 375 370 10
Phe Ala Thr Ser Ser Leu Lys Asn lle lle Glu Pro Met Arg Ser Gly 400 395 390 385
Asp lle Leu Gly Lys Arg Glu Phe Lys Glu Ala lle Ala Thr Ser Ser 415 410 405
Phe Val Asn Tyr His His Phe Phe Pro Tyr Phe Pro Phe Glu Leu Lys 430 425 420
Gly Met Lys Asp Arg Glu Ser Glu Leu lle Pro Phe Gly Glu Gin Thr 445 440 435
Glu Ala Lys ‏ماي‎ Met GIn Asn lle Trp Ala Leu Arg Gly Ser Val GIn 0 460 455 450
Gin lle Arg Asn Glu lle Phe His Ser Phe Asp Lys Asn Gin Lys Phe 480 475 470 465 15
Asn Leu Pro 60 Leu Asp Lys Ser Asn Phe Glu Phe Asp Ala Ser Glu 495 490 485
Asn Ser Thr Gly Lys Ser Gln Ser Tyr lle Glu Thr Asp Tyr Lys Phe 510 505 500
Leu Phe Glu Ala Glu Lys Asn GIn Leu Glu Gln Phe Phe lle Glu Arg 525 520 515 lle Lys Ser Ser Gly Ala Leu Glu Tyr Tyr Pro Leu Lys Ser Leu Glu 540 535 530
Lys Leu Phe Ala Lys Lys Glu Met Lys Phe Ser Leu Gly Ser GIn Val 5 560 555 550 545
Val Ala Phe Ala Pro Ser Tyr Lys Lys Leu Val Lys Lys Gly His Ser
575 570 565
Tyr Glin Thr Ala Thr Glu Gly Thr Ala Asn Tyr Leu Gly Leu Ser Tyr 590 585 580 5
Tyr Asn Arg Tyr Glu Leu Lys Glu Glu Ser Phe Gin Ala Gin Tyr Tyr 605 600 595
Leu Leu Lys Leu lle Tyr Gln Tyr Val Phe Leu Pro Asn Phe Ser Gin 620 615 610
Gly Asn Ser Pro Ala Phe Arg Glu Thr Val Lys Ala lle Leu Arg lle 640 635 630 625
Asn Lys Asp Glu Ala Arg Lys Lys Met Lys Lys Asn Lys Lys Phe Leu 655 650 645
Arg Lys Tyr Ala Phe Glu GIn Val Arg Glu Met Glu Phe Lys Glu Thr 5 670 665 660
Pro Asp GIn Tyr Met Ser Tyr Leu GIn Ser Glu Met Arg Glu Glu Lys 685 680 675 10
Val Arg Lys Ala Glu Lys Asn Asp Lys Gly Phe Glu Lys Asn lle Thr 700 695 690
Met Asn Phe Glu Lys Leu Leu Met Gin lle Phe Val Lys Gly Phe Asp 720 715 710 705
Val Phe Leu Thr Thr Phe Ala Gly Lys Glu Leu Leu Leu Ser Ser Glu 735 730 725
Glu Lys Val lle Lys Glu Thr Glu lle Ser Leu Ser Lys Lys lle Asn 750 745 740
Glu Arg Glu Lys Thr Leu Lys Ala Ser lle Gln Val Glu His GIn Leu 10 765 760 755
Val Ala Thr Asn Ser Ala lle Ser Tyr Trp Leu Phe Cys Lys Leu Leu 780 775 770 15
Asp Ser Arg His Leu Asn Glu Leu Arg Asn Glu Met lle Lys Phe Lys 800 795 790 785
Gln Ser Arg lle Lys Phe Asn His Thr Gin His Ala Glu Leu lle 0 815 810 805
Asn Leu Leu Pro lle Val Glu Leu Thr lle Leu Ser Asn Asp Tyr Asp 830 825 820
Glu Lys Asn Asp Ser GIn Asn Val Asp Val Ser Ala Tyr Phe Glu Asp 845 840 835
Lys Ser Leu Tyr Glu Thr Ala Pro Tyr Val Gin Thr Asp Asp Arg Thr 15 860 855 850
Arg Val Ser Phe Arg Pro lle Leu Lys Leu Glu Lys Tyr His Thr Lys
880 875 870 865
Ser Leu lle Glu Ala Leu Leu Lys Asp Asn Pro Gin Phe Arg Val Ala 895 890 885 5
Ala Thr Asp lle Gin Glu Trp Met His Lys Arg Glu Glu lle Gly Glu 910 905 900
Leu Val Glu Lys Arg Lys Asn Leu His Thr Glu Trp Ala Glu Gly GIn 925 920 915
Gln Thr Leu Gly Ala Glu Lys Arg Glu Glu Tyr Arg Asp Tyr Cys Lys 940 935 930
Lys lle Asp Arg Phe Asn Trp Lys Ala Asn Lys Val Thr Leu Thr Tyr 960 955 950 945
Leu Ser GIn Leu His Tyr Leu lle Thr Asp Leu Leu Gly Arg Met Val 5 975 970 965
Gly Phe Ser Ala Leu Phe Glu Arg Asp Leu Val Tyr Phe Ser Arg Ser 990 985 980 10
Phe Ser Glu Leu Gly Gly Glu Thr Tyr His lle Ser Asp Tyr Lys Asn 1005 1000 995
Leu Ser Gly Val Leu Arg Leu Asn Ala Glu Val Lys Pro lle Lys 1020 1015 1010 lle Lys Asn lle Lys Val lle Asp Asn Glu Glu Asn Pro Tyr Lys 1035 1030 1025
Gly Asn Glu Pro Glu Val Lys Pro Phe Leu Asp Arg Leu His Ala 1050 1045 1040
Tyr Leu Glu Asn Val lle Gly lle Lys Ala Val His Gly Lys lle 0 1065 1060 1055
Arg Asn Gin Thr Ala His Leu Ser Val Leu 60 Leu Glu Leu Ser 1080 1075 1070 15
Met lle Glu Ser Met Asn Asn Leu Arg Asp Leu Met Ala Tyr Asp 1095 1090 1085
Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val Thr Lys Ser Met lle Lys lle Leu 1110 1105 1100
Asp Lys His Gly Met lle Leu Lys Leu Lys lle Asp Glu Asn His 1125 1120 1115
Lys Asn Phe Glu lle Glu Ser Leu lle Pro Lys Glu lle lle His 1140 1135 1130
Leu Lys Asp Lys Ala lle Lys Thr Asn GIn Val Ser Glu Glu Tyr 15 1155 1150 1145
Cys GIn Leu Val Leu Ala Leu Leu Thr Thr Asn Pro Gly Asn GIn
1170 1165 1160
Leu Asn 1175 5 8 <210> 1164 <211>
PRT <212> 10
Carnobacterium gallinarum DSM4847 <213> 8 <400>
Met Arg Met Thr Lys Val Lys lle Asn Gly Ser Pro Val Ser Met Asn 5 10 5 1
Arg Ser Lys Leu Asn Gly His Leu Val Trp Asn Gly Thr Thr Asn Thr
30 25 20
Val Asn lle Leu Thr Lys Lys Glu Gin Ser Phe Ala Ala Ser Phe Leu 45 40 35 5
Asn Lys Thr Leu Val Lys Ala Asp Gin Val Lys Gly Tyr Lys Val Leu 60 55 50
Ala Glu Asn lle Phe lle lle Phe Glu GIn Leu Glu Lys Ser Asn Ser 80 75 70 65
Glu Lys Pro Ser Val Tyr Leu Asn Asn lle Arg Arg Leu Lys Glu Ala 95 90 85
Gly Leu Lys Arg Phe Phe Lys Ser Lys Tyr His Glu Glu lle Lys Tyr 110 105 100
Thr Ser Glu Lys Asn GIn Ser Val Pro Thr Lys Leu Asn Leu lle Pro 5 125 120 115
Leu Phe Phe Asn Ala Val Asp Arg lle Gin Glu Asp Lys Phe Asp Glu 140 135 130 10
Lys Asn Trp Ser Tyr Phe Cys Lys Glu Met Ser Pro Tyr Leu Asp Tyr 160 155 150 145
Lys Lys Ser Tyr Leu Asn Arg Lys Lys Glu lle Leu Ala Asn Ser lle 175 170 165
‏وا‎ GIn Asn Arg Gly Phe Ser Met Pro Thr Ala Glu Glu Pro Asn Leu 190 185 180
Leu Ser Lys Arg Lys 60 Leu Phe GIn GIn Trp Ala Met Lys Phe 0 205 200 195
Glu Ser Pro Leu lle Gln GIn Asn Asn Phe Ala Val Glu Gin Phe Asn 10 220 215 210
Lys Glu Phe Ala Asn Lys lle Asn Glu Leu Ala Ala Val Tyr Asn Val 240 235 230 225 15
Asp Glu Leu Cys Thr Ala lle Thr Glu Lys Leu Met Asn Phe Asp Lys 255 250 245
Asp Lys Ser Asn Lys Thr Arg Asn Phe Glu lle Lys Lys Leu Trp Lys 270 265 260
Gln His Pro His Asn Lys Asp Lys Ala Leu lle Lys Leu Phe Asn 07 285 280 275
Glu Gly Asn Glu Ala Leu Asn Gln Phe Asn lle Glu Leu Gly Lys Tyr 300 295 290
Phe Glu His Tyr Phe Pro Lys Thr Gly Lys Lys Glu Ser Ala Glu Ser 5 320 315 310 305
Tyr Tyr Leu Asn Pro Gin Thr lle lle Lys Thr Val Gly Tyr Gln Leu
335 330 325
Arg Asn Ala Phe Val 60 Tyr Leu Leu GIn Val Gly Lys Leu His 0 350 345 340 5
Tyr Asn Lys Gly Val Leu Asp Ser GIn Thr Leu Gin Glu lle Gly Met 365 360 355
Tyr Glu Gly Phe GIn Thr Lys Phe Met Asp Ala Cys Val Phe Ala Ser 380 375 370
Ser Ser Leu Arg Asn lle lle Gln Ala Thr Thr Asn Glu Asp lle Leu 400 395 390 385
Thr Arg Glu Lys Phe Lys Lys Glu Leu Glu Lys Asn Val Glu Leu Lys 415 410 405
His Asp Leu Phe Phe Lys Thr Glu lle Val Glu Glu Arg Asp Glu Asn 5 430 425 420
Pro Ala Lys Lys lle Ala Met Thr Pro Asn Glu Leu Asp Leu Trp Ala 445 440 435 10 lle Arg Gly Ala Val Gin Arg Val Arg Asn Gin lle Phe His Gin Gin 460 455 450 lle Asn Lys Arg His Glu Pro Asn Gin Leu Lys Val Gly Ser Phe Glu 480 475 470 465
Asn Gly Asp Leu Gly Asn Val Ser Tyr GIn Lys Thr lle Tyr 60 Lys 495 490 485
Leu Phe Asp Ala Glu lle Lys Asp lle Glu lle Tyr Phe Ala Glu Lys 510 505 500 lle Lys Ser Ser Gly Ala Leu Glu GIn Tyr Ser Met Lys Asp Leu Glu 0 525 520 515
Lys Leu Phe Ser Asn Lys Glu Leu Thr Leu Ser Leu Gly Gly GIn Val 540 535 530 15
Val Ala Phe Ala Pro Ser Tyr Lys Lys Leu Tyr Lys GIn Gly Tyr Phe 560 555 550 545
Tyr Gln Asn Glu Lys Thr lle Glu Leu Glu Gin Phe Thr Asp Tyr Asp 575 570 565
Phe Ser Asn Asp Val Phe Lys Ala Asn Tyr Tyr Leu lle Lys Leu lle 590 585 580
Tyr His Tyr Val Phe Leu Pro Gin Phe Ser Gln Ala Asn Asn Lys Leu 605 600 595
Phe Lys Asp Thr Val His Tyr Val lle Gln GIn Asn Lys Glu Leu Ash 5 620 615 610
Thr Thr Glu Lys Asp Lys Lys Asn Asn Lys Lys lle Arg Lys Tyr Ala
640 65 630 625
Phe Glu Gin Val Lys Leu Met Lys Asn Glu Ser Pro Glu Lys Tyr Met 655 650 645 5
Gln Tyr Leu GIn Arg Glu Met 60 Glu Glu Arg Thr lle Lys Glu Ala 670 665 660
Lys Lys Thr Asn Glu Glu Lys Pro Asn Tyr Asn Phe Glu Lys Leu Leu 685 680 675 lle Gin lle Phe lle Lys Gly Phe Asp Thr Phe Leu Arg Asn Phe Asp 700 695 690
Leu Asn Leu Asn Pro Ala Glu Glu Leu Val Gly Thr Val Lys Glu Lys 720 715 710 705
Ala Glu Gly Leu Arg Lys Arg Lys Glu Arg lle Ala Lys lle Leu Asn 5 735 730 725
Val Asp Glu Gin lle Lys Thr Gly Asp Glu Glu lle Ala Phe Trp lle 750 745 740 10
Phe Ala Lys Leu Leu Asp Ala Arg His Leu Ser Glu Leu Arg Asn Glu 765 760 755
Met lle Lys Phe Lys Gln Ser Ser Val Lys Lys Gly Leu lle Lys Asn 780 775 770
Gly Asp Leu lle Glu Gin Met ‏(ا6‎ Pro lle Leu Glu Leu Cys lle Leu 800 795 790 785
Ser Asn Asp Ser Glu Ser Met Glu Lys Glu Ser Phe Asp Lys lle Glu 815 810 805
Val Phe Leu Glu Lys Val Glu Leu Ala Lys Asn Glu Pro Tyr Met 610 10 830 825 820
Glu Asp Lys Leu Thr Pro Val Lys Phe Arg Phe Met Lys GIn Leu Glu 845 840 835 15
Lys Tyr GIn Thr Arg Asn Phe lle Glu Asn Leu Val lle Glu Asn Pro 860 855 850
Glu Phe Lys Val Ser Glu Lys lle Val Leu Asn Trp His Glu Glu Lys 880 875 870 865
Glu Lys lle Ala Asp Leu Val Asp Lys Arg Thr Lys Leu His Glu Glu 895 890 885
Trp Ala Ser Lys Ala Arg Glu lle Glu Glu Tyr Asn Glu Lys lle Lys 910 905 900
Lys Asn Lys Ser Lys Lys Leu Asp Lys Pro Ala Glu Phe Ala Lys Phe 15 925 920 915
Ala Glu Tyr Lys lle lle Cys Glu Ala lle Glu Asn Phe Asn Arg Leu
940 935 930
Asp His Lys Val Arg Leu Thr Tyr Leu Lys Asn Leu His Tyr Leu Met 960 955 950 945 5 lle Asp Leu Met Gly Arg Met Val Gly Phe Ser Val Leu Phe Glu Arg 975 970 965
Asp Phe Val Tyr Met Gly Arg Ser Tyr Ser Ala Leu Lys Lys GIn Ser 990 985 980 lle Tyr Leu Asn Asp Tyr Asp Thr Phe Ala Asn lle Arg Asp Trp Glu 1005 1000 995
Val Asn Glu Asn Lys His Leu Phe Gly Thr Ser Ser Ser Asp Leu 1020 1015 1010
Thr Phe Gin Glu Thr Ala Glu Phe Lys Asn Leu Lys Lys Pro Met 5 1035 1030 1025
Glu Asn GIn Leu Lys Ala Leu Leu Gly Val Thr Asn His Ser Phe 1050 1045 1040 10
Glu lle Arg Asn Asn lle Ala His Leu His Val Leu Arg Asn Asp 1065 1060 1055
Gly Lys Gly Glu Gly Val Ser Leu Leu Ser Cys Met Asn Asp Leu 1080 1075 1070
Arg Lys Leu Met Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val Thr 1095 1090 1085
Lys Ala lle lle Lys lle Leu Asp Lys His Gly Met lle Leu Lys 1110 1105 1100
Leu Thr Asn Asn Asp His Thr Lys Pro Phe Glu lle Glu Ser Leu 10 1125 1120 1115
Lys Pro Lys Lys lle lle His Leu Glu Lys Ser Asn His Ser Phe 1140 1135 1130 15
Pro Met Asp Gin Val Ser 0 Glu Tyr Cys Asp Leu Val Lys Lys 1155 1150 1145
Met Leu Val Phe Thr Asn 1160 9 <210> 1154 <211>
PRT <212>
Paludibacter propionicigenes WB4 <213> 10 9 <400>
Met Arg Val Ser Lys Val Lys Val Lys Asp Gly Gly Lys Asp Lys Met 10 5 1 15
Val Leu Val His Arg Lys Thr Thr Gly Ala 60 Leu Val Tyr Ser Gly 25 20
Gln Pro Val Ser Asn Glu Thr Ser Asn lle Leu Pro Glu Lys Lys Arg 45 40 35 ‏ماك‎ Ser Phe Asp Leu Ser Thr Leu Asn Lys Thr lle lle Lys Phe Asp 60 55 50
Thr Ala Lys Lys GIn Lys Leu Asn Val Asp GIn Tyr Lys lle Val Glu 80 75 70 65
Lys lle Phe Lys Tyr Pro Lys GIn Glu Leu Pro Lys GIn lle Lys Ala 5 95 90 85
Glu Glu lle Leu Pro Phe Leu Asn His Lys Phe GIn Glu Pro Val Lys
110 105 100
Tyr Trp Lys Asn Gly Lys Glu Glu Ser Phe Asn Leu Thr Leu Leu lle 125 120 115 5
Val Glu Ala Val GIn Ala GIn Asp Lys Arg Lys Leu Gln Pro Tyr Tyr 140 135 130
Asp Trp Lys Thr Trp Tyr lle Gln Thr Lys Ser Asp Leu Leu Lys Lys 160 155 150 145
Ser lle Glu Asn Asn Arg lle Asp Leu Thr Glu Asn Leu Ser Lys Arg 175 170 165
Lys Lys Ala Leu Leu Ala Trp Glu Thr Glu Phe Thr Ala Ser Gly Ser 190 185 180 lle Asp Leu Thr His Tyr His Lys Val Tyr Met Thr Asp Val Leu Cys 5 205 200 195
Lys Met Leu GIn Asp Val Lys Pro Leu Thr Asp Asp Lys Gly Lys lle 220 215 210 10
Asn Thr Asn Ala Tyr His Arg Gly Leu Lys Lys Ala Leu GIn Asn His 240 235 230 225
Gln Pro Ala lle Phe Gly Thr Arg Glu Val Pro Asn Glu Ala Asn Arg 255 250 245
Ala Asp Asn GIn Leu Ser lle Tyr His Leu Glu Val Val Lys Tyr Leu 270 265 260
Glu His Tyr Phe Pro lle Lys Thr Ser Lys Arg Arg Asn Thr Ala Asp 285 280 275
Asp lle Ala His Tyr Leu Lys Ala GIn Thr Leu Lys Thr Thr lle Glu 10 300 295 290
Lys GIn Leu Val Asn Ala lle Arg Ala Asn lle lle Gin Gin Gly Lys 320 315 310 305 15
Thr Asn His His Glu Leu Lys Ala Asp Thr Thr Ser Asn Asp Leu lle 335 330 325
Arg lle Lys Thr Asn Glu Ala Phe Val Leu Asn Leu Thr Gly Thr Cys 350 345 340
Ala Phe Ala Ala Asn Asn lle Arg Asn Met Val Asp Asn Glu 60 Thr 365 360 355
Asn Asp lle Leu Gly Lys Gly Asp Phe lle Lys Ser Leu Leu Lys Asp 380 375 370
Asn Thr Asn Ser GIn Leu Tyr Ser Phe Phe Phe Gly Glu Gly Leu Ser 15 400 395 390 385
Thr Asn Lys Ala Glu Lys Glu Thr Gin Leu Trp Gly lle Arg Gly Ala
415 410 405
Val GIn Gin lle Arg Asn Asn Val Asn His Tyr Lys Lys Asp Ala Leu 430 425 420 5
Lys Thr Val Phe Asn lle Ser Asn Phe Glu Asn Pro Thr lle Thr Asp 445 440 435
Pro Lys GIn Gin Thr Asn Tyr Ala Asp Thr lle Tyr Lys Ala Arg Phe 460 455 450 lle Asn Glu Leu Glu Lys lle Pro Glu Ala Phe Ala Gin Gin Leu Lys 480 475 470 465
Thr Gly Gly Ala Val Ser Tyr Tyr Thr lle Glu Asn Leu Lys Ser Leu 495 490 485
Leu Thr Thr Phe GIn Phe Ser Leu Cys Arg Ser Thr lle Pro Phe Ala 5 510 505 500
Pro Gly Phe Lys Lys Val Phe Asn Gly Gly lle Asn Tyr Gin Asn Ala 525 520 515 10
Lys Gln Asp Glu Ser Phe Tyr Glu Leu Met Leu Glu Gin Tyr Leu Arg 540 535 530
Lys Glu Asn Phe Ala Glu Glu Ser Tyr Asn Ala Arg Tyr Phe Met Leu 560 555 550 545
Lys Leu lle Tyr Asn Asn Leu Phe Leu Pro Gly Phe Thr Thr Asp Arg 575 570 565
Lys Ala Phe Ala Asp Ser Val Gly Phe Val GIn Met GIn Asn Lys Lys 590 585 580
GIn Ala Glu Lys Val Asn Pro Arg Lys Lys Glu Ala Tyr Ala Phe Glu 0 605 600 595
Ala Val Arg Pro Met Thr Ala Ala Asp Ser lle Ala Asp Tyr Met Ala 620 615 610 15
Tyr Val GIn Ser Glu Leu Met 60 Glu Gln Asn Lys Lys Glu Glu Lys 640 635 630 625
Val Ala Glu Glu Thr Arg lle Asn Phe Glu Lys Phe Val Leu GIn Val 655 650 645
Phe lle Lys Gly Phe Asp Ser Phe Leu Arg Ala Lys Glu Phe Asp Phe 670 665 660
Val GIn Met Pro GIn Pro Gin Leu Thr Ala Thr Ala Ser Asn 60 Gin 685 680 675
Lys Ala Asp Lys Leu Asn GIn Leu Glu Ala Ser lle Thr Ala Asp Cys 5 700 695 690
Lys Leu Thr Pro Gin Tyr Ala Lys Ala Asp Asp Ala Thr His lle Ala
720 715 710 705
Phe Tyr Val Phe Cys Lys Leu Leu Asp Ala Ala His Leu Ser Asn Leu 735 730 725 5
Arg Asn Glu Leu lle Lys Phe Arg Glu Ser Val Asn Glu Phe Lys Phe 750 745 740
His His Leu Leu Glu lle lle Glu lle Cys Leu Leu Ser Ala Asp Val 765 760 755
Val Pro Thr Asp Tyr Arg Asp Leu Tyr Ser Ser Glu Ala Asp Cys Leu 780 775 770
Ala Arg Leu Arg Pro Phe lle Glu Gin Gly Ala Asp lle Thr Asn Trp 800 795 790 785
Ser Asp Leu Phe Val GIn Ser Asp Lys His Ser Pro Val lle His Ala 5 815 810 805
Asn lle Glu Leu Ser Val Lys Tyr Gly Thr Thr Lys Leu Leu Glu Gin 830 825 820 10 lle lle Asn Lys Asp Thr Gin Phe Lys Thr Thr Glu Ala Asn Phe Thr 845 840 835
Ala Trp Asn Thr Ala Gin Lys Ser lle Glu GIn Leu lle Lys Gin Arg 860 855 850
Glu Asp His His Glu GIn Trp Val Lys Ala Lys Asn Ala Asp Asp Lys 880 875 870 865
Glu Lys GIn Glu Arg Lys Arg Glu Lys Ser Asn Phe Ala GIn Lys Phe 895 890 885 lle Glu Lys His Gly Asp Asp Tyr Leu Asp lle Cys Asp Tyr lle Asn 0 910 905 900
Thr Tyr Asn Trp Leu Asp Asn Lys Met His Phe Val His Leu Asn Arg 925 920 915 15
Leu His Gly Leu Thr lle Glu Leu Leu Gly Arg Met Ala Gly Phe Val 940 935 930
Ala Leu Phe Asp Arg Asp Phe 60 Phe Phe Asp Glu Gin Gin lle Ala 960 955 950 945
Asp Glu Phe Lys Leu His Gly Phe Val Asn Leu His Ser lle Asp Lys 975 970 965
Lys Leu Asn Glu Val Pro Thr Lys Lys lle Lys Glu lle Tyr Asp lle 990 985 980
Arg Asn Lys lle lle Gin lle Asn Gly Asn Lys lle Asn Glu Ser Val 15 1005 1000 995
Arg Ala Asn Leu lle Gin Phe lle Ser Ser Lys Arg Asn Tyr Tyr
1020 1015 1010
Asn Asn Ala Phe Leu His Val Ser Asn Asp Glu lle Lys Glu Lys 1035 1030 1025 5
Gln Met Tyr Asp lle Arg Asn His lle Ala His Phe Asn Tyr Leu 1050 1045 1040
Thr Lys Asp Ala Ala Asp Phe Ser Leu lle Asp Leu lle Asn Glu 1065 1060 1055
Leu Arg Glu Leu Leu His Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val 1080 1075 1070
Ser Lys Ala Phe lle Asp Leu Phe Asp Lys His Gly Met lle Leu 1095 1090 1085
Lys Leu Lys Leu Asn Ala Asp His Lys Leu Lys Val Glu Ser Leu 5 1110 1105 1100
Glu Pro Lys Lys lle Tyr His Leu Gly Ser Ser Ala Lys Asp Lys 1125 1120 1115 10
Pro Glu Tyr GIn Tyr Cys Thr Asn Gln Val Met Met Ala Tyr Cys 1140 1135 1130
Asn Met Cys Arg Ser Leu Leu Glu Met Lys Lys 1150 1145
<210> 970 <211>
PRT <212>
Listeria weihenstephanensis FSLR9-0317 <213> 5 10 <400>
Met Leu Ala Leu Leu His Gin Glu Val Pro Ser Gin Lys Leu His Asn 10 5 1 10
Leu Lys Ser Leu Asn Thr Glu Ser Leu Thr Lys Leu Phe Lys Pro Lys 25 20 15
Phe GIn Asn Met lle Ser Tyr Pro Pro Ser Lys Gly Ala Glu His Val 40 35
‏مدا‎ Phe Cys Leu Thr Asp lle Ala Val Pro Ala lle Arg Asp Leu Asp 60 55 50
Glu lle Lys Pro Asp Trp Gly lle Phe Phe Glu Lys Leu Lys Pro Tyr 80 75 70 65
Thr Asp Trp Ala Glu Ser Tyr lle His Tyr Lys Gin Thr Thr lle 61١ 0 95 90 85
Lys Ser lle Glu GIn Asn Lys lle Gin Ser Pro Asp Ser Pro Arg Lys 110 105 100 15
Leu Val Leu GIn Lys Tyr Val Thr Ala Phe Leu Asn Gly Glu Pro Leu 125 120 115
Gly Leu Asp Leu Val Ala Lys Lys Tyr Lys Leu Ala Asp Leu Ala Glu 140 135 130
Ser Phe Lys Val Val Asp Leu Asn Glu Asp Lys Ser Ala Asn Tyr Lys 160 155 150 145 lle Lys Ala Cys Leu GIn GIn His Gin Arg Asn lle Leu Asp Glu Leu 175 170 165
Lys Glu Asp Pro Glu Leu Asn Gin Tyr Gly lle Glu Val Lys Lys Tyr 5 190 185 180 lle Gin Arg Tyr Phe Pro lle Lys Arg Ala Pro Asn Arg Ser Lys His
205 200 195
Ala Arg Ala Asp Phe Leu Lys Lys Glu Leu lle Glu Ser Thr Val Glu 220 215 210 5
GIn GIn Phe Lys Asn Ala Val Tyr His Tyr Val Leu Glu Gin Gly Lys 240 235 230 225
Met Glu Ala Tyr Glu Leu Thr Asp Pro Lys Thr Lys Asp Leu GIn Asp 255 250 245 lle Arg Ser Gly Glu Ala Phe Ser Phe Lys Phe lle Asn Ala Cys Ala 270 265 260
Phe Ala Ser Asn Asn Leu Lys Met lle Leu Asn Pro Glu Cys Glu Lys 285 280 275
Asp lle Leu Gly Lys Gly Asp Phe Lys Lys Asn Leu Pro Asn Ser Thr 5 300 295 290
Thr Gin Ser Asp Val Val Lys Lys Met lle Pro Phe Phe Ser Asp Glu 320 315 310 305 10 lle Gin Asn Val Asn Phe Asp Glu Ala lle Trp Ala lle Arg Gly Ser 335 330 325 lle Gin GIn lle Arg Asn Glu Val Tyr His Cys Lys Lys His Ser Trp 350 345 340
Lys Ser lle Leu Lys lle Lys Gly Phe Glu Phe Glu Pro Asn Asn Met 365 360 355
Lys Tyr Thr Asp Ser Asp Met Gin Lys Leu Met Asp Lys Asp lle Ala 380 375 370
Lys lle Pro Asp Phe lle Glu Glu Lys Leu Lys Ser Ser Gly lle lle 0 400 395 390 385
Arg Phe Tyr Ser His Asp Lys Leu GIn Ser lle Trp Glu Met Lys GIn 415 410 405 15
Gly Phe Ser Leu Leu Thr Thr Asn Ala Pro Phe Val Pro Ser Phe Lys 430 425 420
Arg Val Tyr Ala Lys Gly His Asp Tyr GIn Thr Ser Lys Asn Arg Tyr 445 440 435
Tyr Asp Leu Gly Leu Thr Thr Phe Asp lle Leu Glu Tyr Gly Glu Glu 460 455 450
Asp Phe Arg Ala Arg Tyr Phe Leu Thr Lys Leu Val Tyr Tyr Gin Gin 480 475 470 465
Phe Met Pro Trp Phe Thr Ala Asp Asn Asn Ala Phe Arg Asp Ala Ala 15 495 490 485
Asn Phe Val Leu Arg Leu Asn Lys Asn Arg Gin Gin Asp Ala Lys Ala
510 505 500
Phe lle Asn lle Arg Glu Val Glu Glu Gly Glu Met Pro Arg Asp Tyr 525 520 515 5
Met Gly Tyr Val 60 Gly Gin lle Ala lle His Glu Asp Ser Thr Glu 540 535 530
Asp Thr Pro Asn His Phe Glu Lys Phe lle Ser Gln Val Phe lle Lys 560 555 550 545
Gly Phe Asp Ser His Met Arg Ser Ala Asp Leu Lys Phe lle Lys Asn 575 570 565
Pro Arg Asn Gin Gly Leu Glu GIn Ser Glu lle Glu Glu Met Ser Phe 590 585 580
Asp lle Lys Val Glu Pro Ser Phe Leu Lys Asn Lys Asp Asp Tyr lle 5 605 600 595
Ala Phe Trp Thr Phe Cys Lys Met Leu Asp Ala Arg His Leu Ser Glu 620 615 610 10
Leu Arg Asn Glu Met lle Lys Tyr Asp Gly His Leu Thr Gly Glu Gin 640 635 630 625
Glu lle lle Gly Leu Ala Leu Leu Gly Val Asp Ser Arg Glu Asn Asp 655 650 645
Trp Lys GIn Phe Phe Ser Ser Glu Arg Glu Tyr Glu Lys lle Met Lys 670 665 660
Gly Tyr Val Gly Glu Glu Leu Tyr Gin Arg Glu Pro Tyr Arg Gln Ser 685 680 675
Asp Gly Lys Thr Pro lle Leu Phe Arg Gly Val Glu Gin Ala Arg Lys 10 700 695 690
Tyr Gly Thr Glu Thr Val lle Gln Arg Leu Phe Asp Ala Ser Pro Glu 720 715 710 705 15
Phe Lys Val Ser Lys Cys Asn lle Thr Glu Trp Glu Arg Gin Lys Glu 735 730 725
Thr lle Glu Glu Thr lle Glu Arg Arg Lys Glu Leu His Asn Glu Trp 750 745 740
Glu Lys Asn Pro Lys Lys Pro Gin Asn Asn Ala Phe Phe Lys Glu Tyr 765 760 755
Lys Glu Cys Cys Asp Ala lle Asp Ala Tyr Asn Trp His Lys Asn Lys 780 775 770
Thr Thr Leu Val Tyr Val Asn Glu Leu His His Leu Leu lle Glu lle 5 800 795 790 785
Leu Gly Arg Tyr Val Gly Tyr Val Ala lle Ala Asp Arg Asp Phe 0
815 810 805
Cys Met Ala Asn GIn Tyr Phe Lys His Ser Gly lle Thr Glu Arg Val 830 825 820 5
Glu Tyr Trp Gly Asp Asn Arg Leu Lys Ser lle Lys Lys Leu Asp Thr 845 840 835
Phe Leu Lys Lys Glu Gly Leu Phe Val Ser Glu Lys Asn Ala Arg Asn 860 855 850
His lle Ala His Leu Asn Tyr Leu Ser Leu Lys Ser Glu Cys Thr Leu 880 875 870 865
Leu Tyr Leu Ser Glu Arg Leu Arg Glu lle Phe Lys Tyr Asp Arg Lys 895 890 885
Leu Lys Asn Ala Val Ser Lys Ser Leu lle Asp lle Leu Asp Arg His 5 910 905 900
Gly Met Ser Val Val Phe Ala Asn Leu Lys Glu Asn Lys His Arg Leu 925 920 915 10
Val lle Lys Ser Leu Glu Pro Lys Lys Leu Arg His Leu Gly Glu Lys 940 935 930
Lys lle Asp Asn Gly Tyr lle Glu Thr Asn Gin Val Ser Glu Glu Tyr 960 955 950 945
Cys Gly lle Val Lys Arg Leu Leu Glu lle 970 965 11 <210> 1051 <211>
PRT <212>
Listeriaceae bacterium FSLM6-0635 (Listeria newyorkensis) <213> 11 <400>
Met Lys lle Thr Lys Met Arg Val Asp Gly Arg Thr lle Val Met Glu 10 5 1 15
Arg Thr Ser Lys Glu Gly 60 Leu Gly Tyr Glu Gly lle Asp Gly Asn 25 20
Lys Thr Thr Glu lle lle Phe Asp Lys Lys Lys Glu Ser Phe Tyr Lys 45 40 35
Ser lle Leu Asn Lys Thr Val Arg Lys Pro Asp Glu Lys Glu Lys Asn 60 55 50
Arg Arg Lys GIn Ala lle Asn Lys Ala lle Asn Lys Glu lle Thr Glu 0 80 75 70 65
Leu Met Leu Ala Val Leu His GIn Glu Val Pro Ser GIn Lys Leu His 95 90 85 15
Asn Leu Lys Ser Leu Asn Thr Glu Ser Leu Thr Lys Leu Phe Lys Pro 110 105 100
Lys Phe GIn Asn Met lle Ser Tyr Pro Pro Ser Lys Gly Ala Glu His 125 120 115
Val GIn Phe Cys Leu Thr Asp lle Ala Val Pro Ala lle Arg Asp Leu 140 135 130
Asp Glu lle Lys Pro Asp Trp Gly lle Phe Phe Glu Lys Leu Lys Pro 160 155 150 145
Tyr Thr Asp Trp Ala Glu Ser Tyr lle His Tyr Lys GIn Thr Thr lle 15 175 170 165
Gln Lys Ser lle Glu GIn Asn Lys lle GIn Ser Pro Asp Ser Pro Arg
190 185 180
Lys Leu Val Leu GIn Lys Tyr Val Thr Ala Phe Leu Asn Gly Glu Pro 205 200 195 5
Leu Gly Leu Asp Leu Val Ala Lys Lys Tyr Lys Leu Ala Asp Leu Ala 220 215 210
Glu Ser Phe Lys Leu Val Asp Leu Asn Glu Asp Lys Ser Ala Asn Tyr 240 235 230 225
Lys lle Lys Ala Cys Leu GIn GIn His Gin Arg Asn lle Leu Asp Glu 255 250 245
Leu Lys Glu Asp Pro Glu Leu Asn GIn Tyr Gly lle Glu Val Lys Lys 270 265 260
Tyr lle Gin Arg Tyr Phe Pro lle Lys Arg Ala Pro Asn Arg Ser Lys 5 285 280 275
His Ala Arg Ala Asp Phe Leu Lys Lys Glu Leu lle Glu Ser Thr Val 300 295 290 10
Glu GIn GIn Phe Lys Asn Ala Val Tyr His Tyr Val Leu Glu GIn Gly 320 315 310 305
Lys Met Glu Ala Tyr Glu Leu Thr Asp Pro Lys Thr Lys Asp Leu 07 335 330 325
Asp lle Arg Ser Gly Glu Ala Phe Ser Phe Lys Phe lle Asn Ala Cys 350 345 340
Ala Phe Ala Ser Asn Asn Leu Lys Met lle Leu Asn Pro Glu Cys Glu 365 360 355
Lys Asp lle Leu Gly Lys Gly Asn Phe Lys Lys Asn Leu Pro Asn Ser 0 380 375 370
Thr Thr Arg Ser Asp Val Val Lys Lys Met lle Pro Phe Phe Ser Asp 400 395 390 385 15
Glu Leu GIn Asn Val Asn Phe Asp Glu Ala lle Trp Ala lle Arg Gly 415 410 405
Ser lle Gln GIn lle Arg Asn Glu Val Tyr His Cys Lys Lys His Ser 430 425 420
Trp Lys Ser lle Leu Lys lle Lys Gly Phe Glu Phe Glu Pro Asn Asn 445 440 435
Met Lys Tyr Ala Asp Ser Asp Met Gin Lys Leu Met Asp Lys Asp lle 460 455 450
Ala Lys lle Pro Glu Phe lle Glu Glu Lys Leu Lys Ser Ser Gly Val 15 480 475 470 465
Val Arg Phe Tyr Arg His Asp Glu Leu GIn Ser lle Trp Glu Met Lys
495 490 485
Gln Gly Phe Ser Leu Leu Thr Thr Asn Ala Pro Phe Val Pro Ser Phe 510 505 500 5
Lys Arg Val Tyr Ala Lys Gly His Asp Tyr Gln Thr Ser Lys Asn Arg 525 520 515
Tyr Tyr Asn Leu Asp Leu Thr Thr Phe Asp lle Leu Glu Tyr Gly Glu 540 535 530
Glu Asp Phe Arg Ala Arg Tyr Phe Leu Thr Lys Leu Val Tyr Tyr 0 560 555 550 545
Gln Phe Met Pro Trp Phe Thr Ala Asp Asn Asn Ala Phe Arg Asp Ala 575 570 565
Ala Asn Phe Val Leu Arg Leu Asn Lys Asn Arg Gin Gin Asp Ala Lys 5 590 585 580
Ala Phe lle Asn lle Arg Glu Val Glu Glu Gly Glu Met Pro Arg Asp 605 600 595 10
Tyr Met Gly Tyr Val Glin Gly GIn lle Ala lle His Glu Asp Ser lle 620 615 610
Glu Asp Thr Pro Asn His Phe Glu Lys Phe lle Ser GIn Val Phe lle 640 635 630 625
Lys Gly Phe Asp Arg His Met Arg Ser Ala Asn Leu Lys Phe lle Lys 655 650 645
Asn Pro Arg Asn 0 Gly Leu Glu GIn Ser Glu lle Glu Glu Met Ser 670 665 660
Phe Asp lle Lys Val Glu Pro Ser Phe Leu Lys Ash Lys Asp Asp Tyr 0 685 680 675 lle Ala Phe Trp lle Phe Cys Lys Met Leu Asp Ala Arg His Leu Ser 700 695 690 15
Glu Leu Arg Asn Glu Met lle Lys Tyr Asp Gly His Leu Thr Gly Glu 720 715 710 705
Gln Glu lle lle Gly Leu Ala Leu Leu Gly Val Asp Ser Arg Glu Asn 735 730 725
Asp Trp Lys GIn Phe Phe Ser Ser Glu Arg Glu Tyr Glu Lys lle Met 750 745 740
Lys Gly Tyr Val Val Glu Glu Leu Tyr GIn Arg Glu Pro Tyr Arg 0 765 760 755
Ser Asp Gly Lys Thr Pro lle Leu Phe Arg Gly Val Glu GIn Ala Arg 5 780 775 770
Lys Tyr Gly Thr Glu Thr Val lle ‏ماى‎ Arg Leu Phe Asp Ala Asn Pro
800 795 790 785
Glu Phe Lys Val Ser Lys Cys Asn Leu Ala Glu Trp Glu Arg GIn Lys 815 810 805 5
Glu Thr lle Glu Glu Thr lle Lys Arg Arg Lys Glu Leu His Asn Glu 830 825 820
Trp Ala Lys Asn Pro Lys Lys Pro GIn Asn Asn Ala Phe Phe Lys Glu 845 840 835
Tyr Lys Glu Cys Cys Asp Ala lle Asp Ala Tyr Asn Trp His Lys Asn 860 855 850
Lys Thr Thr Leu Ala Tyr Val Asn Glu Leu His His Leu Leu lle Glu 880 875 870 865 lle Leu Gly Arg Tyr Val Gly Tyr Val Ala lle Ala Asp Arg Asp Phe 5 895 890 885
Gln Cys Met Ala Asn GIn Tyr Phe Lys His Ser Gly lle Thr Glu Arg 910 905 900 10
Val Glu Tyr Trp Gly Asp Asn Arg Leu Lys Ser lle Lys Lys Leu Asp 925 920 915
Thr Phe Leu Lys Lys Glu Gly Leu Phe Val Ser Glu Lys Asn Ala Arg 940 935 930
Asn His lle Ala His Leu Asn Tyr Leu Ser Leu Lys Ser Glu Cys Thr 960 955 950 945
Leu Leu Tyr Leu Ser Glu Arg Leu Arg Glu lle Phe Lys Tyr Asp Arg 975 970 965
Lys Leu Lys Asn Ala Val Ser Lys Ser Leu lle Asp lle Leu Asp Arg 0 990 985 980
His Gly Met Ser Val Val Phe Ala Asn Leu Lys Glu Asn Lys His Arg 1005 1000 995 15
Leu Val lle Lys Ser Leu Glu Pro Lys Lys Leu Arg His Leu Gly 1020 1015 1010
Gly Lys Lys lle Asp Gly Gly Tyr lle Glu Thr Asn Gin Val Ser 1035 1030 1025
Glu Glu Tyr Cys Gly lle Val Lys Arg Leu Leu Glu Met 1050 1045 1040 12 <210> 1152 <211>
PRT <212>
Leptotrichia wadei FQ279 <213> 12 <400>
Met Lys Val Thr Lys Val Asp Gly lle Ser His Lys Lys Tyr lle Glu 15 10 5 1
Glu Gly Lys Leu Val Lys Ser Thr Ser Glu Glu Asn Arg Thr Ser Glu 30 25 20
Arg Leu Ser Glu Leu Leu Ser lle Arg Leu Asp lle Tyr lle Lys Asn 45 40 35
Pro Asp Asn Ala Ser Glu Glu Glu Asn Arg lle Arg Arg Glu Asn Leu 60 55 50
Lys Lys Phe Phe Ser Asn Lys Val Leu His Leu Lys Asp Ser Val Leu 5 80 75 70 65
Tyr Leu Lys Asn Arg Lys Glu Lys Asn Ala Val Gln Asp Lys Asn Tyr
95 90 85
Ser Glu Glu Asp lle Ser Glu Tyr Asp Leu Lys Asn Lys Asn Ser Phe 110 105 100 5
Ser Val Leu Lys Lys lle Leu Leu Asn Glu Asp Val Asn Ser Glu Glu 125 120 115
Leu Glu lle Phe Arg Lys Asp Val Glu Ala Lys Leu Asn Lys lle Asn 140 135 130
Ser Leu Lys Tyr Ser Phe Glu Glu Asn Lys Ala Asn Tyr Gin Lys lle 160 155 150 145
Asn Glu Asn Asn Val Glu Lys Val Gly Gly Lys Ser Lys Arg Asn lle 175 170 165 lle Tyr Asp Tyr Tyr Arg Glu Ser Ala Lys Arg Asn Asp Tyr lle Asn 5 190 185 180
Asn Val 60 Glu Ala Phe Asp Lys Leu Tyr Lys Lys Glu Asp lle Glu 205 200 195 10
Lys Leu Phe Phe Leu lle Glu Asn Ser Lys Lys His Glu Lys Tyr Lys 220 215 210 lle Arg Glu Tyr Tyr His Lys lle lle Gly Arg Lys Asn Asp Lys Glu 240 235 230 225
Asn Phe Ala Lys lle lle Tyr Glu Glu lle Gin Asn Val Asn Asn lle 255 250 245
Lys Glu Leu lle Glu Lys lle Pro Asp Met Ser Glu Leu Lys Lys Ser 270 265 260
GIn Val Phe Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asp Lys Glu Glu Leu Asn Asp Lys 10 285 280 275
Asn lle Lys Tyr Ala Phe Cys His Phe Val Glu lle Glu Met Ser Gin 300 295 290 15
Leu Leu Lys Asn Tyr Val Tyr Lys Arg Leu Ser Asn lle Ser Asn Asp 320 315 310 305
Lys lle Lys Arg lle Phe Glu Tyr Gin Asn Leu Lys Lys Leu lle Glu 335 330 325
Asn Lys Leu Leu Asn Lys Leu Asp Thr Tyr Val Arg Asn Cys Gly Lys 350 345 340
Tyr Asn Tyr Tyr Leu GIn Val Gly Glu lle Ala Thr Ser Asp Phe lle 365 360 355
Ala Arg Asn Arg GIn Asn Glu Ala Phe Leu Arg Asn lle lle Gly Val 5 380 375 370
Ser Ser Val Ala Tyr Phe Ser Leu Arg Asn lle Leu Glu Thr Glu Asn
400 395 390 385
Glu Asn Asp lle Thr Gly Arg Met Arg Gly Lys Thr Val Lys Asn Asn 415 410 405 5
Lys Gly Glu Glu Lys Tyr Val Ser Gly Glu Val Asp Lys lle Tyr Asn 430 425 420
Glu Asn Lys GIn Asn Glu Val Lys Glu Asn Leu Lys Met Phe Tyr Ser 445 440 435
Tyr Asp Phe Asn Met Asp Asn Lys Asn Glu lle Glu Asp Phe Phe Ala 460 455 450
Asn lle Asp Glu Ala lle Ser Ser lle Arg His Gly lle Val His Phe 480 475 470 465
Asn Leu Glu Leu Glu Gly Lys Asp lle Phe Ala Phe Lys Asn lle Ala 5 495 490 485
Pro Ser Glu lle Ser Lys Lys Met Phe GIn Asn Glu lle Asn Glu Lys 510 505 500 10
Lys Leu Lys Leu Lys lle Phe Lys GIn Leu Asn Ser Ala Asn Val Phe 525 520 515
Asn Tyr Tyr Glu Lys Asp Val lle lle Lys Tyr Leu Lys Asn Thr Lys 540 535 530
Phe Asn Phe Val Asn Lys Asn lle Pro Phe Val Pro Ser Phe Thr Lys 560 555 550 545
Leu Tyr Asn Lys lle Glu Asp Leu Arg Asn Thr Leu Lys Phe Phe Trp 575 570 565
Ser Val Pro Lys Asp Lys Glu Glu Lys Asp Ala Gin lle Tyr Leu Leu 10 590 585 580
Lys Asn lle Tyr Tyr Gly Glu Phe Leu Asn Lys Phe Val Lys Asn Ser 605 600 595 15
Lys Val Phe Phe Lys lle Thr Asn Glu Val lle Lys lle Asn Lys 0 620 615 610
Arg Asn GIn Lys Thr Gly His Tyr Lys Tyr Gin Lys Phe Glu Asn lle 640 635 630 625
Glu Lys Thr Val Pro Val Glu Tyr Leu Ala lle lle Gln Ser Arg Glu 655 650 645
Met lle Asn Asn GIn Asp Lys Glu Glu Lys Asn Thr Tyr lle Asp Phe 670 665 660 lle Gln GIn lle Phe Leu Lys Gly Phe lle Asp Tyr Leu Asn Lys Asn 5 685 680 675
Asn Leu Lys Tyr lle Glu Ser Asn Asn Asn Asn Asp Asn Asn Asp lle
700 695 690
Phe Ser Lys lle Lys lle Lys Lys Asp Asn Lys Glu Lys Tyr Asp Lys 720 715 710 705 5 lle Leu Lys Asn Tyr Glu Lys His Asn Arg Asn Lys Glu lle Pro His 735 730 725
Glu lle Asn Glu Phe Val Arg Glu lle Lys Leu Gly Lys lle Leu Lys 750 745 740
Tyr Thr Glu Asn Leu Asn Met Phe Tyr Leu lle Leu Lys Leu Leu Asn 765 760 755
His Lys Glu Leu Thr Asn Leu Lys Gly Ser Leu Glu Lys Tyr Gin Ser 780 775 770
Ala Asn Lys Glu Glu Thr Phe Ser Asp Glu Leu Glu Leu lle Asn Leu 5 800 795 790 785
Leu Asn Leu Asp Asn Asn Arg Val Thr Glu Asp Phe Glu Leu Glu Ala 815 810 805 10
Asn Glu lle Gly Lys Phe Leu Asp Phe Asn Glu Asn Lys lle Lys Asp 830 825 820
Arg Lys Glu Leu Lys Lys Phe Asp Thr Asn Lys lle Tyr Phe Asp Gly 845 840 835
Glu Asn lle lle Lys His Arg Ala Phe Tyr Asn lle Lys Lys Tyr Gly 860 855 850
Met Leu Asn Leu Leu Glu Lys lle Ala Asp Lys Ala Lys Tyr Lys lle 880 875 870 865
Ser Leu Lys Glu Leu Lys Glu Tyr Ser Asn Lys Lys Asn Glu lle Glu 0 895 890 885
Lys Asn Tyr Thr Met Gin GIn Asn Leu His Arg Lys Tyr Ala Arg Pro 910 905 900 15
Lys Lys Asp Glu Lys Phe Asn Asp Glu Asp Tyr Lys Glu Tyr Glu Lys 925 920 915
Ala lle Gly Asn lle GIn Lys Tyr Thr His Leu Lys Asn Lys Val Glu 940 935 930
Phe Asn Glu Leu Asn Leu Leu 60 Gly Leu Leu Leu Lys lle Leu His 960 955 950 945
Arg Leu Val Gly Tyr Thr Ser lle Trp Glu Arg Asp Leu Arg Phe Arg 975 970 965
Leu Lys Gly Glu Phe Pro Glu Asn His Tyr lle Glu Glu lle Phe Asn 15 990 985 980
Phe Asp Asn Ser Lys Asn Val Lys Tyr Lys Ser Gly Gin lle Val Glu
1005 1000 995
Lys Tyr lle Asn Phe Tyr Lys Glu Leu Tyr Lys Asp Asn Val Glu 1020 1015 1010 5
Lys Arg Ser lle Tyr Ser Asp Lys Lys Val Lys Lys Leu Lys Gin 1035 1030 1025
Glu Lys Lys Asp Leu Tyr lle Arg Asn Tyr lle Ala His Phe Asn 1050 1045 1040
Tyr lle Pro His Ala Glu lle Ser Leu Leu Glu Val Leu Glu Asn 1065 1060 1055
Leu Arg Lys Leu Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala lle 1080 1075 1070
Met Lys Ser lle Val Asp lle Leu Lys Glu Tyr Gly Phe Val Ala 5 1095 1090 1085
Thr Phe Lys lle Gly Ala Asp Lys Lys lle Glu lle GIn Thr Leu 1110 1105 1100 10
Glu Ser Glu Lys lle Val His Leu Lys Asn Leu Lys Lys Lys Lys 1125 1120 1115
Leu Met Thr Asp Arg Asn Ser Glu Glu Leu Cys Glu Leu Val Lys 1140 1135 1130
Val Met Phe Glu Tyr Lys Ala Leu Glu 1150 1145 13 <210> 1285 <211>
PRT <212>
Rhodobacter capsulatus SB1003 <213> 13 <400>
Met Gin lle Gly Lys Val Gln Gly Arg Thr lle Ser Glu Phe Gly Asp 10 5 1 15
Pro Ala Gly Gly Leu Lys Arg Lys lle Ser Thr Asp Gly Lys Asn Arg 25 20
Lys Glu Leu Pro Ala His Leu Ser Ser Asp Pro Lys Ala Leu lle Gly 45 40 35
Gln Trp lle Ser Gly lle Asp Lys lle Tyr Arg Lys Pro Asp Ser Arg 60 55 50
Lys Ser Asp Gly Lys Ala lle His Ser Pro Thr Pro Ser Lys Met GIn 0 80 75 70 65
Phe Asp Ala Arg Asp Asp Leu Gly Glu Ala Phe Trp Lys Leu Val Ser 95 90 85 15
Glu Ala Gly Leu Ala Gln Asp Ser Asp Tyr Asp GIn Phe Lys Arg Arg 110 105 100
Leu His Pro Tyr Gly Asp Lys Phe ‏ماى‎ Pro Ala Asp Ser Gly Ala Lys 125 120 115
Leu Lys Phe Glu Ala Asp Pro Pro Glu Pro Gin Ala Phe His Gly Arg 140 135 130
Trp Tyr Gly Ala Met Ser Lys Arg Gly Asn Asp Ala Lys Glu Leu Ala 160 155 150 145
Ala Ala Leu Tyr Glu His Leu His Val Asp Glu Lys Arg lle Asp Gly 15 175 170 165
Gln Pro Lys Arg Asn Pro Lys Thr Asp Lys Phe Ala Pro Gly Leu Val
190 185 180
Val Ala Arg Ala Leu Gly lle Glu Ser Ser Val Leu Pro Arg Gly Met 205 200 195 5
Ala Arg Leu Ala Arg Asn Trp Gly Glu Glu Glu lle GIn Thr Tyr Phe 220 215 210
Val Val Asp Val Ala Ala Ser Val Lys Glu Val Ala Lys Ala Ala Val 240 235 230 225
Ser Ala Ala GIn Ala Phe Asp Pro Pro Arg Gin Val Ser Gly Arg Ser 255 250 245
Leu Ser Pro Lys Val Gly Phe Ala Leu Ala Glu His Leu Glu Arg Val 270 265 260
Thr Gly Ser Lys Arg Cys Ser Phe Asp Pro Ala Ala Gly Pro Ser Val 5 285 280 275
Leu Ala Leu His Asp Glu Val Lys Lys Thr Tyr Lys Arg Leu Cys Ala 300 295 290 10
Arg Gly Lys Asn Ala Ala Arg Ala Phe Pro Ala Asp Lys Thr Glu Leu 320 315 310 305
Leu Ala Leu Met Arg His Thr His Glu Asn Arg Val Arg Asn Gln Met 335 330 325
Val Arg Met Gly Arg Val Ser Glu Tyr Arg Gly Gin ‏ماى‎ Ala Gly Asp 350 345 340
Leu Ala GIn Ser His Tyr Trp Thr Ser Ala Gly 60 Thr Glu lle Lys 365 360 355
Glu Ser Glu lle Phe Val Arg Leu Trp Val Gly Ala Phe Ala Leu Ala 10 380 375 370
Gly Arg Ser Met Lys Ala Trp lle Asp Pro Met Gly Lys lle Val Asn 400 395 390 385 15
Thr Glu Lys Asn Asp Arg Asp Leu Thr Ala Ala Val Asn lle Arg Gin 415 410 405
Val lle Ser Asn Lys Glu Met Val Ala Glu Ala Met Ala Arg Arg Gly 430 425 420 lle Tyr Phe Gly Glu Thr Pro Glu Leu Asp Arg Leu Gly Ala Glu Gly 445 440 435
Asn Glu Gly Phe Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg 460 455 450
Asn GIn Thr Phe His Leu Gly Ala Arg Ala Gly Phe Leu Lys Glu lle 5 480 475 470 465
Arg Lys Glu Leu Glu Lys Thr Arg Trp Gly Lys Ala Lys Glu Ala Glu
495 490 485
His Val Val Leu Thr Asp Lys Thr Val Ala Ala lle Arg Ala lle lle 510 505 500 5
Asp Asn Asp Ala Lys Ala Leu Gly Ala Arg Leu Leu Ala Asp Leu Ser 525 520 515
Gly Ala Phe Val Ala His Tyr Ala Ser Lys Glu His Phe Ser Thr Leu 540 535 530
Tyr Ser Glu lle Val Lys Ala Val Lys Asp Ala Pro Glu Val Ser Ser 560 555 550 545
Gly Leu Pro Arg Leu Lys Leu Leu Leu Lys Arg Ala Asp Gly Val Arg 575 570 565
Gly Tyr Val His Gly Leu Arg Asp Thr Arg Lys His Ala Phe Ala Thr 5 590 585 580
Lys Leu Pro Pro Pro Pro Ala Pro Arg Glu Leu Asp Asp Pro Ala Thr 605 600 595 10
Lys Ala Arg Tyr lle Ala Leu Leu Arg Leu Tyr Asp Gly Pro Phe Arg 620 615 610
Ala Tyr Ala Ser Gly lle Thr Gly Thr Ala Leu Ala Gly Pro Ala Ala 640 635 630 625
Arg Ala Lys Glu Ala Ala Thr Ala Leu Ala GIn Ser Val Asn Val Thr 655 650 645
Lys Ala Tyr Ser Asp Val Met Glu Gly Arg Thr Ser Arg Leu Arg Pro 670 665 660
Pro Asn Asp Gly Glu Thr Leu Arg Glu Tyr Leu Ser Ala Leu Thr Gly 0 685 680 675
Glu Thr Ala Thr Glu Phe Arg Val Gin lle Gly Tyr Glu Ser Asp Ser 700 695 690 15
Glu Asn Ala Arg Lys GIn Ala Glu Phe lle Glu Asn Tyr Arg Arg Asp 720 715 710 705
Met Leu Ala Phe Met Phe Glu Asp Tyr lle Arg Ala Lys Gly Phe Asp 735 730 725
Trp lle Leu Lys lle Glu Pro Gly Ala Thr Ala Met Thr Arg Ala Pro 750 745 740
Val Leu Pro Glu Pro lle Asp Thr Arg Gly Gln Tyr Glu His Trp Gin 765 760 755
Ala Ala Leu Tyr Leu Val Met His Phe Val Pro Ala Ser Asp Val Ser 5 780 775 770
Asn Leu Leu His GIn Leu Arg Lys Trp Glu Ala Leu GIn Gly Lys Tyr
800 795 790 785
Glu Leu Val Gin Asp Gly Asp Ala Thr Asp GIn Ala Asp Ala Arg Arg 815 810 805 5
Glu Ala Leu Asp Leu Val Lys Arg Phe Arg Asp Val Leu Val Leu Phe 830 825 820
Leu Lys Thr Gly Glu Ala Arg Phe Glu Gly Arg Ala Ala Pro Phe Asp 845 840 835
Leu Lys Pro Phe Arg Ala Leu Phe Ala Asn Pro Ala Thr Phe Asp Arg 860 855 850
Leu Phe Met Ala Thr Pro Thr Thr Ala Arg Pro Ala Glu Asp Asp Pro 880 875 870 865
Glu Gly Asp Gly Ala Ser Glu Pro Glu Leu Arg Val Ala Arg Thr Leu 5 895 890 885
Arg Gly Leu Arg Gin lle Ala Arg Tyr Asn His Met Ala Val Leu Ser 910 905 900 10
Asp Leu Phe Ala Lys His Lys Val Arg Asp Glu Glu Val Ala Arg Leu 925 920 915
Ala Glu lle Glu Asp Glu Thr Gln Glu Lys Ser Gin lle Val Ala Ala 940 935 930
GIn Glu Leu Arg Thr Asp Leu His Asp Lys Val Met Lys Cys His Pro 960 955 950 945
Lys Thr lle Ser Pro Glu Glu Arg Gin Ser Tyr Ala Ala Ala lle Lys 975 970 965
Thr lle Glu Glu His Arg Phe Leu Val Gly Arg Val Tyr Leu Gly Asp 0 990 985 980
His Leu Arg Leu His Arg Leu Met Met Asp Val lle Gly Arg Leu lle 1005 1000 995 15
Asp Tyr Ala Gly Ala Tyr Glu Arg Asp Thr Gly Thr Phe Leu lle 1020 1015 1010
Asn Ala Ser Lys ‏صاى‎ Leu Gly Ala Gly Ala Asp Trp Ala Val Thr 1035 1030 1025 lle Ala Gly Ala Ala Asn Thr Asp Ala Arg Thr GIn Thr Arg Lys 1050 1045 1040
Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala Asp Gly Thr Pro 1065 1060 1055
Asp Leu Thr Ala Leu Val Asn Arg Ala Arg Glu Met Met Ala Tyr 5 1080 1075 1070
Asp Arg Lys Arg Lys Asn Ala Val Pro Arg Ser lle Leu Asp Met
1095 1090 1085
Leu Ala Arg Leu Gly Leu Thr Leu Lys Trp ‏صا‎ Met Lys Asp His 1110 1105 1100 5
Leu Leu Gin Asp Ala Thr lle Thr Gin Ala Ala lle Lys His Leu 1125 1120 1115
Asp Lys Val Arg Leu Thr Val Gly Gly Pro Ala Ala Val Thr Glu 1140 1135 1130
Ala Arg Phe Ser GIn Asp Tyr Leu GIn Met Val Ala Ala Val Phe 1155 1150 1145
Asn Gly Ser Val Gin Asn Pro Lys Pro Arg Arg Arg Asp Asp Gly 1170 1165 1160
Asp Ala Trp His Lys Pro Pro Lys Pro Ala Thr Ala 60 Ser GIn 5 1185 1180 1175
Pro Asp ‏ماو‎ Lys Pro Pro Asn Lys Ala Pro Ser Ala Gly Ser Arg 1200 1195 1190 10
Leu Pro Pro Pro GIn Val Gly Glu Val Tyr Glu Gly Val Val Val 1215 1210 1205
Lys Val lle Asp Thr Gly Ser Leu Gly Phe Leu Ala Val Glu Gly 1230 1225 1220
Val Ala Gly Asn lle Gly Leu His lle Ser Arg Leu Arg Arg lle 1245 1240 1235
Arg Glu Asp Ala lle lle Val Gly Arg Arg Tyr Arg Phe Arg Val 1260 1255 1250
Glu lle Tyr Val Pro Pro Lys Ser Asn Thr Ser Lys Leu Asn Ala 0 1275 1270 1265
Ala Asp Leu Val Arg lle Asp 1285 1280 15 14 <210> 1285 <211>
PRT <212>
Rhodobacter capsulatus R121 <213> 14 <400>
Met Gin lle Gly Lys Val Gln Gly Arg Thr lle Ser Glu Phe Gly Asp 10 5 1
Pro Ala Gly Gly Leu Lys Arg Lys lle Ser Thr Asp Gly Lys Asn Arg 0 25 20
Lys Glu Leu Pro Ala His Leu Ser Ser Asp Pro Lys Ala Leu lle Gly 40 35 15
Gln Trp lle Ser Gly lle Asp Lys lle Tyr Arg Lys Pro Asp Ser Arg 60 55 50
Lys Ser Asp Gly Lys Ala lle His Ser Pro Thr Pro Ser Lys Met 0 80 75 70 65
Phe Asp Ala Arg Asp Asp Leu Gly Glu Ala Phe Trp Lys Leu Val Ser 95 90 85
Glu Ala Gly Leu Ala Gln Asp Ser Asp Tyr Asp GIn Phe Lys Arg Arg 110 105 100
Leu His Pro Tyr Gly Asp Lys Phe GIn Pro Ala Asp Ser Gly Ala Lys 5 125 120 115
Leu Lys Phe Glu Ala Asp Pro Pro Glu Pro Gin Ala Phe His Gly Arg
140 135 130
Trp Tyr Gly Ala Met Ser Lys Arg Gly Asn Asp Ala Lys Glu Leu Ala 160 155 150 145 5
Ala Ala Leu Tyr Glu His Leu His Val Asp Glu Lys Arg lle Asp Gly 175 170 165
Gln Pro Lys Arg Asn Pro Lys Thr Asp Lys Phe Ala Pro Gly Leu Val 190 185 180
Val Ala Arg Ala Leu Gly lle Glu Ser Ser Val Leu Pro Arg Gly Met 205 200 195
Ala Arg Leu Ala Arg Asn Trp Gly Glu Glu Glu lle GIn Thr Tyr Phe 220 215 210
Val Val Asp Val Ala Ala Ser Val Lys Glu Val Ala Lys Ala Ala Val 5 240 235 230 225
Ser Ala Ala GIn Ala Phe Asp Pro Pro Arg Gin Val Ser Gly Arg Ser 255 250 245 10
Leu Ser Pro Lys Val Gly Phe Ala Leu Ala Glu His Leu Glu Arg Val 270 265 260
Thr Gly Ser Lys Arg Cys Ser Phe Asp Pro Ala Ala Gly Pro Ser Val 285 280 275
Leu Ala Leu His Asp Glu Val Lys Lys Thr Tyr Lys Arg Leu Cys Ala 300 295 290
Arg Gly Lys Asn Ala Ala Arg Ala Phe Pro Ala Asp Lys Thr Glu Leu 320 315 310 305
Leu Ala Leu Met Arg His Thr His Glu Asn Arg Val Arg Asn Gin Met 10 335 330 325
Val Arg Met Gly Arg Val Ser Glu Tyr Arg Gly Gin Gin Ala Gly Asp 350 345 340 15
Leu Ala GIn Ser His Tyr Trp Thr Ser Ala Gly 60 Thr Glu lle Lys 365 360 355
Glu Ser Glu lle Phe Val Arg Leu Trp Val Gly Ala Phe Ala Leu Ala 380 375 370
Gly Arg Ser Met Lys Ala Trp lle Asp Pro Met Gly Lys lle Val Asn 400 395 390 385
Thr Glu Lys Asn Asp Arg Asp Leu Thr Ala Ala Val Asn lle Arg Gin 415 410 405
Val lle Ser Asn Lys Glu Met Val Ala Glu Ala Met Ala Arg Arg Gly 15 430 425 420 lle Tyr Phe Gly Glu Thr Pro Glu Leu Asp Arg Leu Gly Ala Glu Gly
445 440 435
Asn Glu Gly Phe Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg 460 455 450 5
Asn GIn Thr Phe His Leu Gly Ala Arg Ala Gly Phe Leu Lys Glu lle 480 475 470 465
Arg Lys Glu Leu Glu Lys Thr Arg Trp Gly Lys Ala Lys Glu Ala Glu 495 490 485
His Val Val Leu Thr Asp Lys Thr Val Ala Ala lle Arg Ala lle lle 510 505 500
Asp Asn Asp Ala Lys Ala Leu Gly Ala Arg Leu Leu Ala Asp Leu Ser 525 520 515
Gly Ala Phe Val Ala His Tyr Ala Ser Lys Glu His Phe Ser Thr Leu 5 540 535 530
Tyr Ser Glu lle Val Lys Ala Val Lys Asp Ala Pro Glu Val Ser Ser 560 555 550 545 10
Gly Leu Pro Arg Leu Lys Leu Leu Leu Lys Arg Ala Asp Gly Val Arg 575 570 565
Gly Tyr Val His Gly Leu Arg Asp Thr Arg Lys His Ala Phe Ala Thr 590 585 580
Lys Leu Pro Pro Pro Pro Ala Pro Arg Glu Leu Asp Asp Pro Ala Thr 605 600 595
Lys Ala Arg Tyr lle Ala Leu Leu Arg Leu Tyr Asp Gly Pro Phe Arg 620 615 610
Ala Tyr Ala Ser Gly lle Thr Gly Thr Ala Leu Ala Gly Pro Ala Ala 0 640 635 630 625
Arg Ala Lys Glu Ala Ala Thr Ala Leu Ala GIn Ser Val Asn Val Thr 655 650 645 15
Lys Ala Tyr Ser Asp Val Met Glu Gly Arg Ser Ser Arg Leu Arg Pro 670 665 660
Pro Asn Asp Gly Glu Thr Leu Arg Glu Tyr Leu Ser Ala Leu Thr Gly 685 680 675
Glu Thr Ala Thr Glu Phe Arg Val Gin lle Gly Tyr Glu Ser Asp Ser 700 695 690
Glu Asn Ala Arg Lys GIn Ala Glu Phe lle Glu Asn Tyr Arg Arg Asp 720 715 710 705
Met Leu Ala Phe Met Phe Glu Asp Tyr lle Arg Ala Lys Gly Phe Asp 5 735 730 725
Trp lle Leu Lys lle Glu Pro Gly Ala Thr Ala Met Thr Arg Ala Pro
750 745 740
Val Leu Pro Glu Pro lle Asp Thr Arg Gly Gln Tyr Glu His Trp Gin 765 760 755 5
Ala Ala Leu Tyr Leu Val Met His Phe Val Pro Ala Ser Asp Val Ser 780 775 770
Asn Leu Leu His GIn Leu Arg Lys Trp Glu Ala Leu GIn Gly Lys Tyr 800 795 790 785
Glu Leu Val Gin Asp Gly Asp Ala Thr Asp GIn Ala Asp Ala Arg Arg 815 810 805
Glu Ala Leu Asp Leu Val Lys Arg Phe Arg Asp Val Leu Val Leu Phe 830 825 820
Leu Lys Thr Gly Glu Ala Arg Phe Glu Gly Arg Ala Ala Pro Phe Asp 5 845 840 835
Leu Lys Pro Phe Arg Ala Leu Phe Ala Asn Pro Ala Thr Phe Asp Arg 860 855 850 10
Leu Phe Met Ala Thr Pro Thr Thr Ala Arg Pro Ala Glu Asp Asp Pro 880 875 870 865
Glu Gly Asp Gly Ala Ser Glu Pro Glu Leu Arg Val Ala Arg Thr Leu 895 890 885
Arg Gly Leu Arg Gin lle Ala Arg Tyr Asn His Met Ala Val Leu Ser 910 905 900
Asp Leu Phe Ala Lys His Lys Val Arg Asp Glu Glu Val Ala Arg Leu 925 920 915
Ala Glu lle Glu Asp Glu Thr Gin Glu Lys Ser Gin lle Val Ala Ala 0 940 935 930
GIn Glu Leu Arg Thr Asp Leu His Asp Lys Val Met Lys Cys His Pro 960 955 950 945 15
Lys Thr lle Ser Pro Glu Glu Arg Gin Ser Tyr Ala Ala Ala lle Lys 975 970 965
Thr lle Glu Glu His Arg Phe Leu Val Gly Arg Val Tyr Leu Gly Asp 990 985 980
His Leu Arg Leu His Arg Leu Met Met Asp Val lle Gly Arg Leu lle 1005 1000 995
Asp Tyr Ala Gly Ala Tyr Glu Arg Asp Thr Gly Thr Phe Leu lle 1020 1015 1010
Asn Ala Ser Lys Gin Leu Gly Ala Gly Ala Asp Trp Ala Val Thr 5 1035 1030 1025 lle Ala Gly Ala Ala Asn Thr Asp Ala Arg Thr GIn Thr Arg Lys
1050 1045 1040
Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala Asp Gly Thr Pro 1065 1060 1055 5
Asp Leu Thr Ala Leu Val Asn Arg Ala Arg Glu Met Met Ala Tyr 1080 1075 1070
Asp Arg Lys Arg Lys Asn Ala Val Pro Arg Ser lle Leu Asp Met 1095 1090 1085
Leu Ala Arg Leu Gly Leu Thr Leu Lys Trp ‏صا‎ Met Lys Asp His 1110 1105 1100
Leu Leu © Asp Ala Thr lle Thr Gin Ala Ala lle Lys His Leu 1125 1120 1115
Asp Lys Val Arg Leu Thr Val Gly Gly Pro Ala Ala Val Thr Glu 5 1140 1135 1130
Ala Arg Phe Ser GIn Asp Tyr Leu GIn Met Val Ala Ala Val Phe 1155 1150 1145 10
Asn Gly Ser Val Gin Asn Pro Lys Pro Arg Arg Arg Asp Asp Gly 1170 1165 1160
Asp Ala Trp His Lys Pro Pro Lys Pro Ala Thr Ala GIn Ser 07 1185 1180 1175
Pro Asp ‏ماو‎ Lys Pro Pro Asn Lys Ala Pro Ser Ala Gly Ser Arg 1200 1195 1190
Leu Pro Pro Pro GIn Val Gly Glu Val Tyr Glu Gly Val Val Val 1215 1210 1205
Lys Val lle Asp Thr Gly Ser Leu Gly Phe Leu Ala Val Glu Gly 10 1230 1225 1220
Val Ala Gly Asn lle Gly Leu His lle Ser Arg Leu Arg Arg lle 1245 1240 1235 15
Arg Glu Asp Ala lle lle Val Gly Arg Arg Tyr Arg Phe Arg Val 1260 1255 1250
Glu lle Tyr Val Pro Pro Lys Ser Asn Thr Ser Lys Leu Asn Ala 1275 1270 1265
Ala Asp Leu Val Arg lle Asp 1285 1280 <210> 1285 <211>
PRT <212>
Rhodobacter capsulatus DE442 <213> 15 15 <400>
Met Gin lle Gly Lys Val Gln Gly Arg Thr lle Ser Glu Phe Gly Asp 15 10 5 1
Pro Ala Gly Gly Leu Lys Arg Lys lle Ser Thr Asp Gly Lys Asn Arg 30 25 20
Lys Glu Leu Pro Ala His Leu Ser Ser Asp Pro Lys Ala Leu lle Gly 45 40 35
Gln Trp lle Ser Gly lle Asp Lys lle Tyr Arg Lys Pro Asp Ser Arg 60 55 50
Lys Ser Asp Gly Lys Ala lle His Ser Pro Thr Pro Ser Lys Met GIn 5 80 75 70 65
Phe Asp Ala Arg Asp Asp Leu Gly Glu Ala Phe Trp Lys Leu Val Ser
95 90 85
Glu Ala Gly Leu Ala ‏م6‎ Asp Ser Asp Tyr Asp ‏داى‎ Phe Lys Arg Arg 110 105 100 5
Leu His Pro Tyr Gly Asp Lys Phe Gin Pro Ala Asp Ser Gly Ala Lys 125 120 115
Leu Lys Phe Glu Ala Asp Pro Pro Glu Pro Gin Ala Phe His Gly Arg 140 135 130
Trp Tyr Gly Ala Met Ser Lys Arg Gly Asn Asp Ala Lys Glu Leu Ala 160 155 150 145
Ala Ala Leu Tyr Glu His Leu His Val Asp Glu Lys Arg lle Asp Gly 175 170 165
GIn Pro Lys Arg Asn Pro Lys Thr Asp Lys Phe Ala Pro Gly Leu Val 5 190 185 180
Val Ala Arg Ala Leu Gly lle Glu Ser Ser Val Leu Pro Arg Gly Met 205 200 195 10
Ala Arg Leu Ala Arg Asn Trp Gly Glu Glu Glu lle GIn Thr Tyr Phe 220 215 210
Val Val Asp Val Ala Ala Ser Val Lys Glu Val Ala Lys Ala Ala Val 240 235 230 225
Ser Ala Ala GIn Ala Phe Asp Pro Pro Arg Gin Val Ser Gly Arg Ser 255 250 245
Leu Ser Pro Lys Val Gly Phe Ala Leu Ala Glu His Leu Glu Arg Val 270 265 260
Thr Gly Ser Lys Arg Cys Ser Phe Asp Pro Ala Ala Gly Pro Ser Val 0 285 280 275
Leu Ala Leu His Asp Glu Val Lys Lys Thr Tyr Lys Arg Leu Cys Ala 300 295 290 15
Arg Gly Lys Asn Ala Ala Arg Ala Phe Pro Ala Asp Lys Thr Glu Leu 320 315 310 305
Leu Ala Leu Met Arg His Thr His Glu Asn Arg Val Arg Asn Gln Met 335 330 325
Val Arg Met Gly Arg Val Ser Glu Tyr Arg Gly Gin Gin Ala Gly Asp 350 345 340
Leu Ala GIn Ser His Tyr Trp Thr Ser Ala Gly 60 Thr Glu lle Lys 365 360 355
Glu Ser Glu lle Phe Val Arg Leu Trp Val Gly Ala Phe Ala Leu Ala 5 380 375 370
Gly Arg Ser Met Lys Ala Trp lle Asp Pro Met Gly Lys lle Val Asn
400 395 390 385
Thr Glu Lys Asn Asp Arg Asp Leu Thr Ala Ala Val Asn lle Arg Gin 415 410 405 5
Val lle Ser Asn Lys Glu Met Val Ala Glu Ala Met Ala Arg Arg Gly 430 425 420 lle Tyr Phe Gly Glu Thr Pro Glu Leu Asp Arg Leu Gly Ala Glu Gly 445 440 435
Asn Glu Gly Phe Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg 460 455 450
Asn GIn Thr Phe His Leu Gly Ala Arg Ala Gly Phe Leu Lys Glu lle 480 475 470 465
Arg Lys Glu Leu Glu Lys Thr Arg Trp Gly Lys Ala Lys Glu Ala Glu 5 495 490 485
His Val Val Leu Thr Asp Lys Thr Val Ala Ala lle Arg Ala lle lle 510 505 500 10
Asp Asn Asp Ala Lys Ala Leu Gly Ala Arg Leu Leu Ala Asp Leu Ser 525 520 515
Gly Ala Phe Val Ala His Tyr Ala Ser Lys Glu His Phe Ser Thr Leu 540 535 530
Tyr Ser Glu lle Val Lys Ala Val Lys Asp Ala Pro Glu Val Ser Ser 560 555 550 545
Gly Leu Pro Arg Leu Lys Leu Leu Leu Lys Arg Ala Asp Gly Val Arg 575 570 565
Gly Tyr Val His Gly Leu Arg Asp Thr Arg Lys His Ala Phe Ala Thr 10 590 585 580
Lys Leu Pro Pro Pro Pro Ala Pro Arg Glu Leu Asp Asp Pro Ala Thr 605 600 595 15
Lys Ala Arg Tyr lle Ala Leu Leu Arg Leu Tyr Asp Gly Pro Phe Arg 620 615 610
Ala Tyr Ala Ser Gly lle Thr Gly Thr Ala Leu Ala Gly Pro Ala Ala 640 635 630 625
Arg Ala Lys Glu Ala Ala Thr Ala Leu Ala GIn Ser Val Asn Val Thr 655 650 645
Lys Ala Tyr Ser Asp Val Met Glu Gly Arg Ser Ser Arg Leu Arg Pro 670 665 660
Pro Asn Asp Gly Glu Thr Leu Arg Glu Tyr Leu Ser Ala Leu Thr Gly 5 685 680 675
Glu Thr Ala Thr Glu Phe Arg Val Gin lle Gly Tyr Glu Ser Asp Ser
700 695 690
Glu Asn Ala Arg Lys GIn Ala Glu Phe lle Glu Asn Tyr Arg Arg Asp 720 715 710 705 5
Met Leu Ala Phe Met Phe Glu Asp Tyr lle Arg Ala Lys Gly Phe Asp 735 730 725
Trp lle Leu Lys lle Glu Pro Gly Ala Thr Ala Met Thr Arg Ala Pro 750 745 740
Val Leu Pro Glu Pro lle Asp Thr Arg Gly Gln Tyr Glu His Trp Gin 765 760 755
Ala Ala Leu Tyr Leu Val Met His Phe Val Pro Ala Ser Asp Val Ser 780 775 770
Asn Leu Leu His GIn Leu Arg Lys Trp Glu Ala Leu Gin Gly Lys Tyr 5 800 795 790 785
Glu Leu Val Gin Asp Gly Asp Ala Thr Asp Gin Ala Asp Ala Arg Arg 815 810 805 10
Glu Ala Leu Asp Leu Val Lys Arg Phe Arg Asp Val Leu Val Leu Phe 830 825 820
Leu Lys Thr Gly Glu Ala Arg Phe Glu Gly Arg Ala Ala Pro Phe Asp 845 840 835
Leu Lys Pro Phe Arg Ala Leu Phe Ala Asn Pro Ala Thr Phe Asp Arg 860 855 850
Leu Phe Met Ala Thr Pro Thr Thr Ala Arg Pro Ala Glu Asp Asp Pro 880 875 870 865
Glu Gly Asp Gly Ala Ser Glu Pro Glu Leu Arg Val Ala Arg Thr Leu 10 895 890 885
Arg Gly Leu Arg Gin lle Ala Arg Tyr Asn His Met Ala Val Leu Ser 910 905 900 15
Asp Leu Phe Ala Lys His Lys Val Arg Asp Glu Glu Val Ala Arg Leu 925 920 915
Ala Glu lle Glu Asp Glu Thr Gin Glu Lys Ser Gin lle Val Ala Ala 940 935 930
GIn Glu Leu Arg Thr Asp Leu His Asp Lys Val Met Lys Cys His Pro 960 955 950 945
Lys Thr lle Ser Pro Glu Glu Arg Gin Ser Tyr Ala Ala Ala lle Lys 975 970 965
Thr lle Glu Glu His Arg Phe Leu Val Gly Arg Val Tyr Leu Gly Asp 15 990 985 980
His Leu Arg Leu His Arg Leu Met Met Asp Val lle Gly Arg Leu lle
1005 1000 995
Asp Tyr Ala Gly Ala Tyr Glu Arg Asp Thr Gly Thr Phe Leu lle 1020 1015 1010 5
Asn Ala Ser Lys Gin Leu Gly Ala Gly Ala Asp Trp Ala Val Thr 1035 1030 1025 lle Ala Gly Ala Ala Asn Thr Asp Ala Arg Thr GIn Thr Arg Lys 1050 1045 1040
Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala Asp Gly Thr Pro 1065 1060 1055
Asp Leu Thr Ala Leu Val Asn Arg Ala Arg Glu Met Met Ala Tyr 1080 1075 1070
Asp Arg Lys Arg Lys Asn Ala Val Pro Arg Ser lle Leu Asp Met 5 1095 1090 1085
Leu Ala Arg Leu Gly Leu Thr Leu Lys Trp Gin Met Lys Asp His 1110 1105 1100 10
Leu Leu Gin Asp Ala Thr lle Thr Gin Ala Ala lle Lys His Leu 1125 1120 1115
Asp Lys Val Arg Leu Thr Val Gly Gly Pro Ala Ala Val Thr Glu 1140 1135 1130
Ala Arg Phe Ser GIn Asp Tyr Leu GIn Met Val Ala Ala Val Phe 1155 1150 1145
Asn Gly Ser Val Gin Asn Pro Lys Pro Arg Arg Arg Asp Asp Gly 1170 1165 1160
Asp Ala Trp His Lys Pro Pro Lys Pro Ala Thr Ala 60 Ser GIn 0 1185 1180 1175
Pro Asp ‏ماو‎ Lys Pro Pro Asn Lys Ala Pro Ser Ala Gly Ser Arg 1200 1195 1190 15
Leu Pro Pro Pro GIn Val Gly Glu Val Tyr Glu Gly Val Val Val 1215 1210 1205
Lys Val lle Asp Thr Gly Ser Leu Gly Phe Leu Ala Val Glu Gly 1230 1225 1220
Val Ala Gly Asn lle Gly Leu His lle Ser Arg Leu Arg Arg lle 1245 1240 1235
Arg Glu Asp Ala lle lle Val Gly Arg Arg Tyr Arg Phe Arg Val 1260 1255 1250
Glu lle Tyr Val Pro Pro Lys Ser Asn Thr Ser Lys Leu Asn Ala 15 1275 1270 1265
Ala Asp Leu Val Arg lle Asp
1285 1280 16 <210> 47 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< تخليقي 16 <400> aattctaata cgactcacta tagggggatc ctctagaaat 1 47 17 <210> 22 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> alas <223> 17 <400> 5 ctcgtatgtt gtgtggaatt gt 22 18 <210> 59 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 5 18 <400> aattctaata cgactcacta tagggatcct ctagaaatat ggattacttg gtagaacag 59
19 <210> 35 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223> 19 <400> 10 gataaacaca ggaaacagct atgaccatga ttacg 35 <210> 54 <211> 15
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> alas <223>
20 <400> aattctaata cgactcacta taggccgctg ctaatgatag gttgctactc acaa 54
21 <210>
34 <211>
‎DNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‎alas <223> 21 <400> 15
‎tcaatgtcag tcaccactat tccatccaca acag 34
‎22 <210>
45 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< alas <223> 22 <400> gaaattaata cgactcacta tagggcgtgg cgcactacat gtact 45 23 <210> <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‎alas <223>
23 <400> tgtcaatgtc agtcaccact attccatcca 30 24 <210> 5 49 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 24 <400> aattctaata cgactcacta tagggtccag actcctacgg gaggcwgca 49 <210> 52 <211>
DNA <212>
‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> <400~> tttcgctcta ttctcatcag tttcatgtce tgtgtcatta ccgeggcetge tg 52 26 <210> 10 31 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5 ‏تخليقي‎ <223> 26 <400> ggtacacttc aggtatattt gaggttcatt c 31
27 <210> 56 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> alas <223> 27 <400> gaaattaata cgactcacta taggggttga tatgtcagag ctttccagag aaataa 56 28 <210> 15 31 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 28 <400> acactaatat tgattccttc agatatggac t 31 5 29 <210> 55 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 29 <400> gaaattaata cgactcacta tagggatcgt tattcttacg cgttgtcatt gaaag 55
>210< 30 >211< 30 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >~400< 30 ‎gaatctcttg aacccagtag gcagaggttg 30 10‏ >210< 31 >211< 57 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
31 <400> gaaattaata cgactcacta tagggaaagg cctaagtgtc cttctaccat tattttg 57 32 <210> 32 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 32 <400> tttgtttttg atgttgttgt totttttgtg tc 32 5 33 <210> 57 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 33 <400> gaaattaata cgactcacta tagggaatgc attcatagcc aaattctact ggaaata 57 34 <210> 32 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> alas <223> 34 <400> gagtacgtcc gcttcaccgg 18600019016 32 35 <210> 57 <211> 5
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 0 35 <400> gaaattaata cgactcacta tagggatagt cccctcggcg aacatggacc cctacaa 57 36 <210> 57 <211>
DNA <212>
‏متوالية اصطناعية‎ >213< <220> ‏تخليقي‎ <223> 36 <400> gaaattaata cgactcacta tagggtcatg aagacctcac agtaaaaata ggtgatt 57 37 <210> 32 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 37 <400> attcttacca tccacaaaat ggatccagac aa 32 38 <210> 53 <211> 5
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 0 38 <400> gaaattaata cgactcacta taggggcagc atgtcaagat cacagatttt ggg 53 39 <210> 29 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220> alas <223> 39 <400> 5 cctecttetg catggtatte tttetcttc 29 40 <210> 47 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 5 40 <400> aattctaata cgactcacta tagggggatc ctctagaaat 1 47
41 <210> 22 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223> 41 <400> 10 ctcgtatgtt gtgtggaatt gt 22 42 <210> 49 <211> 5
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
‏تخليقي‎ <223> 42 <400> aattctaata cgactcacta tagggggatc ctctagaaat atggattac 49 43 <210> 22 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 0 <220> ‏تخليقي‎ <223> 43 <400> 15 aaacacagga aacagctatg ac 22 44 <210>
49 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< alas <223> 44 <400> aattctaata cgactcacta taggcctcta gaaatatgga ttacttggt 49 <210> 22 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‎alas <223>
45 <400> cgtatgttgt gtggaattgt ga 22 46 <210> 5 60 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 46 <400> gaaattaata cgactcacta tagggctgtc ttgtctctca tggccgcetgg ctggcttttc 60 47 <210> 33 <211>
DNA <212>
>213< متوالية اصطناعية <220> alas <223> 47 <400> cgtacacacc gatggagccg ccaaagtcct gtt 33 48 <210> 10 60 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< alas <223> 48 <400> gaaattaata cgactcacta tagggagcaa atggaaactg gcgaccaacg gtttggcgat 60 49 <210> 5 32 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 10 alas <223> 49 <400> actgccccga aacccggcat gtcgagatag ga 32 <210> 67 <211>
RNA <212>
‏متوالية اصطناعية‎ >213< <220> ‏تخليقي‎ <223> <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauugcugu ucuaccaagu 60 aauccau 67 10 51 <210> 28 <211>
RNA <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223>
51 >400< uagauugcug uucuaccaag Uaauccau 28 52 <210> 67 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 52 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacc auguagugcg 5 ccacgagcaa 60 aaugaug 67
53 <210> 28 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223> 53 <400> 10 cauguagugc gccacgagca aaaugaug 28 54 <210> 67 <211> 15
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
>223< تخليقي 54 >400< ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu gcugccugca gcccugggau 60 5 caaguac 67 55 <210> 0 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي >400< ugcugccugce agcccuggga ucaaguac 28
56 <210> 67 <211>
RNA <212> 5 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 56 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca cuuuacuccc uuccuccccg 60 cugaaag 67 15 57 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 57 >400< acuuuacucc cuuccucccc gcugaaag 28 58 <210> 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 58 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca ccucaucgcc uuccuccccg 60 cugaaag 67 59 <210> 28 <211>
RNA <212> 0 >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 59 <400> 15 accucaucgc cuuccucccc gcugaaag 28 60 <210>
67 >211<
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 60 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca cuuacugccc uuccucccaa 60 10 cuuaaag 67 61 <210> 15 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 61 <400> acuuacugcc cuuccuccca acuuaaag 28 5 62 <210> 67 <211>
RNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 62 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg aacccggacc uucgucgaug 60 gugaaag 67 63 <210> 28 <211> 5
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< تخليقي 63 <400> gaacccggac cuucgucgau ggugaaag 28 64 <210> 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 64 <400> 5 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu uacacauaug uucuucccua 60 auaacag 67 65 <210> 28 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223>
65 >400< uuacacauau guucuucccu aauaacag 28 66 <210> 5 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 0 >220< >223< تخليقي 66 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca ugguuccgcg acgagguugg 60 15 ucagcgc 67
>210< 67 >211< 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >400< 67 ‎augguuccgc gacgagguug gucagcgc 28 10‏ >210< 68 >211< 67 ‎RNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
68 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacc ugccagacau ucggugcgag 60 cuggcgg 67 69 <210>
>211< 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
5 >223< تخليقي >400< 69 ‎cugccagaca uucggugcga gcuggegg 28‏
70 <210>
67 <211>
‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< تخليقي >400< 70
‎ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca agauugcugu
‎ucuaccaagu 60
‎aauccau 67
‎71 <210>
‎28 <211>
‎RNA <212>
>213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 71 <400> aagauugcug uucuaccaag uaauccau 28 72 <210> 10 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< تخليقي 72 >400< ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu ugauugcugu ucuaccaagu 60 aauccau 67 73 <210> 28 <211>
RNA <212> 0 >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 73 <400> 15 uugauugcug uucuaccaag uaauccau 28 74 <210>
67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 74 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu acauugcugu ucuaccaagu 60 10 aauccau 67 75 <210> 15 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 75 <400> uacauugcug uucuaccaag uaauccau 28 5 76 <210> 67 <211>
RNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 76 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu aguuugcugu ucuaccaagu 60 aauccau 67 77 <210> 28 <211> 5
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 77 <400> uaguuugcug uucuaccaag Uaauccau 28 78 <210> 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 78 <400> 5 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agaaugcugu ucuaccaagu 60 aauccau 67 79 <210> 28 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223>
79 >400< uagaaugcug uucuaccaag uaauccau 28 80 <210> 5 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 0 >220< >223< تخليقي 80 >400< ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauagcugu ucuaccaagu 60 15 aauccau 67
>210< 81 >211< 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >400< 81 ‎uagauagcug uucuaccaag Uaauccau 28 10‏ >210< 82 >211< 67 ‎RNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
82 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauuccugu ucuaccaagu 60 aauccau 67 83 <210>
>211< 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
5 >223< تخليقي >400< 83 ‎uagauuccug uucuaccaag uaauccau 28‏
84 <210>
67 <211>
‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< تخليقي >400< 84
‎ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauuggugu
‎ucuaccaagu 60
‎aauccau 67
‎85 >210<
‎28 <211>
‎RNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 85 <400> uagauuggug uucuaccaag uaauccau 28 86 <210> 10 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< تخليقي 86 >400< ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauugcagu ucuaccaagu 60 aauccau 67 87 <210> 28 <211>
RNA <212> 0 >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 87 <400> 15 uagauugcag uucuaccaag uaauccau 28 88 <210>
67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 88 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauugcucu ucuaccaagu 60 10 aauccau 67 89 <210> 15 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 89 <400> uagauugcuc uucuaccaag uaauccau 28 5 90 <210> 67 <211>
RNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 90 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gauacuucau gaugccagcu 60 gcuguuc 67 91 <210> 28 <211> 5
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< تخليقي 91 <400> ggauacuuca ugaugccagc ugcuguuc 28 92 <210> 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 92 <400> 5 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gauuguucau gaugccagcu 60 gcuguuc 67 93 <210> 28 >211<
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223>
93 <400> ggauuguuca ugaugccagc ugcuguuc 28 94 <210> 5 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 0 >220< >223< تخليقي 94 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gguacuucau gaugccagcu 60 15 gcecguuc 67
>210< 95 <211> 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >400< 95 dJggguacuuca ugaugccagc ugccguuc 28 10 96 <210> 67 <211>
‎RNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
96 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gguuguucau gaugccagcu 60 gcecguuc 67 97 <210>
>211< 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
5 >223< تخليقي >400< 97 ‎ggguuguuca ugaugccagc ugccguuc 28‏
98 <210> 67 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223> 98 <400> 10 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg guuuaauccc uucuggugug 60 uugaugu 67 99 <210> 28 <211>
RNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 99 <400> gguuuaaucc cuucuggugu guugaugu 28 100 <210> 10 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 100 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg guaaaauccc uucuggugug 60 uugaugu 67 101 <210> 28 >211<
RNA <212> 0 >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 101 <400> 15 gguaaaaucc cuucuggugu guugaugu 28 102 <210>
67 >211<
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< alas <223> 102 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gguuaauccc uucuggugug 60 10 uuuaugu 67 103 <210> 15 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 103 <400> ggguuaaucc cuucuggugu guuuaugu 28 5 104 <210> 67 <211>
RNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 104 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg ggaaaauccc uucuggugug 60 uuuaugu 67 105 <210> 28 <211> 5
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< تخليقي 105 >400< 0003888830000 cuucuggugu guuuaugu 28 106 <210> 62 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي 106 <400> 5 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gauacuucau gaugccagcu 60 gc 62 10 107 <210> 23 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
107 <400> ggauacuuca ugaugccagc ugc 23 108 <210> 5 62 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 108 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gauuguucau gaugccagcu 60 15 gc 62
>210< 109 <211> 23 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >400< 109 ‎ggauuguuca ugaugccagc ugc 23 0‏ >210< 110 >211< 62 ‎RNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
110 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gguacuucau gaugccagcu 60 gc 62 111 <210> 23 <211> 10
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> >220< ‏تخليقي‎ >223< 5 111 <400> ggguacuuca ugaugccagc ugc 23
112 <210> 62 >211<
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223> 112 <400> 10 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gguuguucau gaugccagcu 60 gc 62 113 <210> 23 <211>
RNA <212>
>213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 113 >400< 00010000008 ugaugccagc ugc 23 114 <210> 0 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< تخليقي 114 >400< ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu acuacgcuuc agccuacugc 60 aaaucca 67 115 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 115 <400> 15 uacuacgcuu cagccuacug caaaucca 28 116 <210>
67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 116 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu auuacgcuuc agccuacugc 60 10 aaaucca 67 117 <210> 15 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 117 <400> uauuacgcuu cagccuacug caaaucca 28 5
118 <210> 67 <211>
‎RNA <212> 10‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
‎15 ‎118 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg acagaaaugu ccuuuuccca 60 auccuau 67 119 <210> 28 <211> 5
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 119 <400> gacagaaaug uccuuuuccc aauccuau 28 120 <210> 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 120 <400> 5 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg auagaaaugu ccuuuuccca 60 auccuau 67 121 <210> 28 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223>
121 >400< gauagaaaug uccuuuuccc aauccuau 28 122 <210> 5 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 0 >220< >223< تخليقي 122 >400< ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca ccgacucuuu uuuguauuuc 60 15 caguaga 67
>210< 123 >211< 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >400< 123 ‎accgacucuu uuuuguauuu ccaguaga 28 10‏ >210< 124 >211< 67 ‎RNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
124 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca cugacucuuu uuuguauuuc 60 caguaga 67 125 <210> 28 <211> 0
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 5 125 >400< acugacucuu uuuuguauuu ccaguaga 28
126 <210>
67 >211<
‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< تخليقي >400< 126
‎ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacc uacaccuucu
‎accaccaccu 60
‎ccgccag 67
‎127 <210>
‎28 >211<
‎RNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 127 <400> cuacaccuuc uaccaccacc uccgccag 28 128 <210> 10 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 128 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacc ugcaccuucu accaccaccu 60 ccgccag 67 129 <210> 28 <211>
RNA <212> 0 >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 129 <400> 15 cugcaccuuc uaccaccacc uccgccag 28 130 <210>
67 >211<
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< alas <223> 130 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg agagcaacag gaagcaggau 60 10 uccaagu 67 131 <210> 15 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 131 <400> gagagcaaca ggaagcagga uuccaagu 28 5 132 <210> 67 <211>
RNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 132 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg aaagcaacag gaagcaggau 60 uccaagu 67 133 <210> 28 <211> 5
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< تخليقي 133 <400> gaaagcaaca ggaagcagga uuccaagu 28 134 <210> 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 134 <400> 5 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacc caggccaaaa ucugugaucu 60 ugacaug 67 135 <210> 28 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223>
135 >400< ccaggccaaa aucugugauc uugacaug 28 136 <210> 5 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 0 >220< >223< تخليقي 136 >400< ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacc ccggccaaaa ucugugaucu 60 15 ugacaug 67
>210< 137 >211< 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >400< 137 ‎aucugugauc uugacaug 28 0‏ 0009003383 >210< 138 >211< 67 ‎RNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
138 >400< ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu caguguagcu agaccaaaau 60 caccuau 67 139 <210> 28 <211> 10
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 5 139 <400> ucaguguagc uagaccaaaa ucaccuau 28
140 <210>
67 <211>
‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< تخليقي >400< 140
‎ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu cuguguagcu
‎agaccaaaau 60
‎caccuau 67
‎141 <210>
‎28 <211>
‎RNA <212>
>213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 141 <400> ucuguguagc uagaccaaaa ucaccuau 28 142 <210> 10 44 <211>
RNA <212>
Leptotrichia wadei <213> <220> >221< خصائص متنوعة (44)..(16) <222> >223< لا تعبر عن أي نيوكليوتيد
142 >400< gcaaggggac uaaaachnnn nnnNNNNNNN ‏للططططططصطه‎ 007 44 143 <210> 44 <211>
RNA <212>
Leptotrichia wadei <213> 10 <220> ‏خصائص متنوعة‎ <221> (44)..(7) <222> 5 ‏عن أي نيوكليوتيد‎ i'n" <223> 143 <400> cgaaggggac uaaaacnnnn nnnnnnnNNNN ‏بلططططصطصصصط‎ 44 144 <210> 5 70 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 0 >220< >223< تخليقي 144 >400< uacccgggga uccucuagaa auauggauua cuugguagaa cagcaaucua cucgaccugc 60 15 aggcaugcaa 70
<210> 145 <211> 44 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
<220> <223> تخليقي
0 >220< <221 > خصائص متنوعة >222< )11)..(11( ‎٠" <223>‏ تعبر عن أي نيوكليوتيد
145 <400> 5 gcaaggggac haaaacuaga uugcuguucu accaaguaau ccau 44
>210< 146 >211< 10 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >400< 146 ‎tagattgctg 10 10‏ >210< 147 >211< 10 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
147 <400> aagattgctg 10 148 <210> <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 10 <220> >223< تخليقي 148 <400> ttgattgctg 10 5 149 <210> 10 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 149 <400> tacattgctg 10 150 <210> 10 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 150 <400> tagtttgctg 10 151 <210> <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< تخليقي 151 >400< tagaatgctg 10 152 <210> 10 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >400< 152 ‎tagatagctg 10‏ >210< 153 >211< 10 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< 5 >223< تخليقي >400< 153 ‎tagattcctg 10‏
>210< 154 >211< 10 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي >400< 154 ‎tagattggtg 10‏ >210< 155 >211< 10 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< تخليقي
155 >400< tagattgcag 10
156 <210>
<211>
‎DNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< تخليقي >400< 156
‎tagattgctc 10
‎157 <210>
10 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 157 >400< atctaacgac 10 158 <210> 10 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< تخليقي
158 >400< atgtaacgac 10 159 <210> 5 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 10 >220< >223< تخليقي 159 <400> atgtatcgac 10 160 <210> 58 <211>
RNA <212>
.Flavivirus sp <213> 160 <400> gugcugccca gaagagaaca gcagcuggca ucaugaagaa ucccguugug gauggaau 58 5 161 <210> 44 <211>
RNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 161 <400> gcaaggggac uaaaacggau acuucaugau gccagcugcu ‏عساو‎ ‎44
>210< 162 <211> 58 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي
162 <400> 10 gugcugccca gaagagaaca gcagcuggca ucaugaagaa ucccguugug gauggaau 58
>210< 163 >211< 44 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 163 <400> gcaaggggac uaaaacggau acuucaugau gccagcugcu guuc 5 44 164 <210> 58 <211> 10
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 5 164 >400< gugcugccca gaagagaacg 0089009908 ucaugaagaa ccccguugug gauggaau 58
165 <210> 58 <211>
RNA <212> 5 .Flavivirus sp <213> 165 <400> gugcugccca gaagagaaca gcagcuggca ucaugaagaa ucccguugug gauggaau 58 10 166 <210> 28 <211>
RNA <212> 15 .Flavivirus sp <213> 166 <400> ggauuguuca ugaugccagc ugcuguuc 28
167 <210> 44 <211>
RNA <212> 5 .Flavivirus sp <213> 167 <400> gcaaggggac uaaaacggau acuucaugau gccagcugcu ‏عساو‎ ‎44 10 168 <210> 58 <211>
RNA <212> 15 .Flavivirus sp <213> 168 <400> gugcugccca gaagagaacg gcagcuggca ucaugaagaa cccuguugug gauggaau 58 169 <210> 5 28 <211~>
RNA <212> .Flavivirus sp <213> 169 <400> 10 ggguacuuca ugaugccagc ugccguuc 28 170 <210> 44 <211> 15
RNA <212> .Flavivirus sp <213> 170 <400> gcaaggggac uaaaacgggu uguucaugau gccagcugcc guuc 44 171 <210> 5 58 <211>
RNA <212> .Flavivirus sp <213> 171 <400> 10 aaaugcugcu ggacaacauc aacacaccag aagggauuau accagcucuc uuugaacc 58 >210< 172 >211< 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 172 <400> gguaaaaucc cuucuggugu guugaugu 28 5 173 <210> 44 <211>
RNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 173 <400> gcaaggggac uaaaacgguu uaaucccuuc ugguguguug augu 44
174 >210< 58 <211>
RNA <212>
Flavivirus sp <213> 5 174 <400> aaaugcuccu ugacaacaua aacacaccag aagggauuau cccagcccuc uuugagec 58 175 <210> 28 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223>
175 <400> uguauuugug uggucuuccc 9 28 176 <210> 5 44 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 176 <400> gcaaggggac uaaaacggga aaaucccuuc ugguguguuu augu 44 5 177 <210> 39 <211>
‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي <400> 177 09008و ‎caccgcagca ugucaagauc acagauuuug‏ 39
>210< 178 >211< 28 ‎RNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
178 >400< 000900338 aucugugauc uugacaug 28 179 <210> 5 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 0 >220< >223< تخليقي 179 <400> ccaggccaaa aucugugauc uugacaug 28 180 <210> 39 <211>
RNA <212>
<213> متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
>400< 180 ‎caguaaaaau aggugauuuu ggucuagcua cagagaaau‏ 39
>210< 181 >211< 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >400< 181 ucuguguagc uagaccaaaa ucaccuau 28 182 <210> 28 <211> 5
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< تخليقي 182 <400> ucaguguagc uagaccaaaa ucaccuau 28 183 <210> <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> alas <223> <220> >221< خصائص متنوعة (25)-.(25) <222>
ThioMC3-D3 <223> 183 <400> ttataactat tcctaaaaaa aaaaa 25 184 <210> 15 26 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> <220> 5 ‏خصائص متنوعة‎ <221> (1)..(1) <222>
ThioMC6-D5 <223> 184 <400> 10 aaaaaaaaaa ctcccctaat aacaat 26 185 <210> 45 <211> 15
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> alas <223> 185 <400> ggguaggaau aguuauaauu ucccuuuccc auuguuauua gggag 45 5 186 <210> 66 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> alas <223> 186 <400> tgtggttggt gtggttggtt catggtcata ttggtttttt tttttttttc caaccacagt 60 ctctgt 66
187 <210> 35 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 187 <400> ggttggtagt ctcgaattgc tctctttcac tggcc 35 188 <210> 15 48 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 188 <400> gaaattaata cgactcacta tagggggttg gttcatggtc atattggt 48 5
189 <210> 57 <211>
‎DNA <212> 10‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
‎15 ‎189 <400> gaaattaata cgactcacta tagggggttg gtgtggttgg ttcatggtca tattggt 57
>210< 190 <211> 31 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >400< 190 ‎ggccagtgaa agagagcaat tcgagactac © 31 10‏ >210< 191 >211< 64 ‎RNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
191 >400< gauuuagacu accccaaaaa cgaaggggac uaaaacccag ugaaagagag caauucgaga 60 cuac 64 192 <210> 64 <211> 0
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 5 192 >400< gauuuagacu accccaaaaa cgaaggggac uaaaacaaag agagcaauuc gagacuacca 60 acca 64 193 <210> 5 64 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 193 <400> gauuuagacu accccaaaaa cgaaggggac uaaaacagac uaccaaccac agagacugug 60 15 guug 64
194 <210> 106 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 194 <400> gltagatcgc aagcatatca ttgcgcttgc gatctaactg ctgcgccgecc gggaaaatac 0 60 tgtacggtta gatcgcatag tctcgaattg ctctctttca ctggec 106 195 <210> 71 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220> alas <223> 195 <400> 5 gltagatcgc aagcatatca ttgcgcttgc gatctaactg ctgcgeccgec gggaaaatac 60 tgtacggtta g 71 10 196 <210> 35 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< ‎alas <223>‏
196 <400> atcgcatagt ctcgaattgc tctctttcac tggcc 35 197 <210> 5 50 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< alas <223> 197 <400> gaaattaata cgactcacta tagggatcgc aagcatatca ttgcgcttge 50 198 <210> 31 <211>
DNA <212>
>213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 198 <400> ggccagtgaa agagagcaat tcgagactat g 31 199 <210> 10 64 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< تخليقي 199 <400> gauuuagacu accccaaaaa cgaaggggac uaaaacccag ugaaagagag caauucgaga 60 cuau 64 200 <210> 64 <211>
RNA <212> 0 >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 200 <400> 15 gauuuagacu accccaaaaa cgaaggggac uaaaacagag caauucgaga cuaugcgauc 60 uaac 64
201 <210> 64 <211>
RNA <212> 5 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 201 <400> gauuuagacu accccaaaaa cgaaggggac Uaaaacacua ugcgaucuaa ccguacagua 60 uuuu 64 15 202 <210~> 66 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 202 <400> tgtggttggt gtggttggtt catggtcata ttggtttttt tttttttttc caaccacagt 60 ctctgt 66 10 203 <210> <211>
DNA <212> 15 >213< متوالية اصطناعية <220> alas <223>
203 <400> ggttggtagt ctcgaattgc tctct 25 204 <210> 18 <211>
PRT <212>
Leptotrichia shahii <213> 204 <400> lle Arg Lys Phe Thr Lys lle Gly Thr Asn Glu Arg Asn Arg lle Leu 10 5 1 15
His Ala
205 >10< <211>
PRT <212>
Leptotrichia shahii <213> 5 205 <400>
Ser lle Arg Asn Tyr lle Ser His Phe Tyr lle Val Arg Asn Pro 15 10 5 1 10 206 <210> 18 <211>
PRT <212> 15
Lachnospiraceae bacterium MA2020 <213> 206 <400>
Leu Tyr Ser Leu Lys Ser Met Leu Tyr Ser Met Arg Asn Ser Ser Phe 10 5 1
His Phe 5 207 <210> 15 <211> 10
PRT <212>
Lachnospiraceae bacterium MA2020 <213> 207 <400> 15 lle Phe Arg Asn Glu lle Asp His Phe His Tyr Phe Tyr Asp Arg 15 10 5 1
208 <210> 18 <211>
PRT <212>
Lachnospiraceae <213> 208 <400>
Leu Thr Asp Leu Lys Asp Val lle Tyr Ser Met Arg Asn Asp Ser Phe 15 10 5 1
His Tyr 209 <210> 15 <211>
PRT <212>
Lachnospiraceae <213>
209 <400>
Glu Leu Arg Asn Tyr lle Glu His Phe Arg Tyr Tyr Ser Ser Phe 10 5 1 5 210 <210> 18 <211>
PRT <212> 10
Clostridium aminophilum DSM 10710 <213> 210 <400>
Ala Asp Asp Leu Arg Lys Ala lle Tyr Ser Leu Arg Asn Glu Thr Phe 15 15 10 5 1
His Phe
211 <210> 15 <211> 5
PRT <212>
Clostridium aminophilum DSM 10710 <213> 211 <400>
Asp Val Arg Lys Tyr Val Asp His Phe Lys Tyr Tyr Ala Thr Ser 10 5 1 212 <210> 15 18 <211>
PRT <212>
Carnobacterium gallinarum DSM 4847 <213>
212 <400> lle Trp Ala Leu Arg Gly Ser Val Gln GIn lle Arg Asn Glu lle Phe 15 10 5 1
His Ser 213 <210> <211>
PRT <212>
Carnobacterium gallinarum <213> 15 213 <400>
Lys lle Arg Asn GIn Thr Ala His Leu Ser Val Leu GIn Leu Glu 15 10 5 1
214 <210> 18 >211<
PRT <212> 5
Carnobacterium gallinarum DSM 4847 <213> 214 <400>
Leu Trp Ala lle Arg Gly Ala Val Gin Arg Val Arg Asn Gin lle Phe 10 10 5 1
His 0 15 215 <210> 15 <211>
PRT <212>
Carnobacterium gallinarum DSM 4847 <213> 215 <400>
Glu lle Arg Asn Asn lle Ala His Leu His Val Leu Arg Asn Asp 10 5 1 216 <210> 10 18 <211>
PRT <212>
Paludibacter propionicigenes WB4 <213> 216 <400> 15
Leu Trp Gly lle Arg Gly Ala Val GIn Gin lle Arg Asn Asn Val Asn 15 10 5 1
His Tyr 217 <210> 15 <211>
PRT <212>
Paludibacter propionicigenes WB4 <213> 217 <400>
Asp lle Arg Asn His lle Ala His Phe Asn Tyr Leu Thr Lys Asp 10 5 1 15 218 <210> 18 <211>
PRT <212>
Listeria weihenstephanensis FSL 9-0317 <213> 218 <400> lle Trp Ala lle Arg Gly Ser lle Gin Gin lle Arg Asn Glu Val Tyr 5 15 10 5 1
His Cys 219 <210> <211>
PRT <212> 15
Listeria weihenstephanensis FSL 9-0317 <213> 219 <400>
Asn Ala Arg Asn His lle Ala His Leu Asn Tyr Leu Ser Leu Lys 10 5 1 220 <210> 5 18 <211>
PRT <212>
Listeriaceae bacterium FSL M6-0635 <213> 220 <400> 10 lle Trp Ala lle Arg Gly Ser lle Gln Gin lle Arg Asn Glu Val Tyr 15 10 5 1 15
His Cys
221 <210> 15 <211>
PRT <212>
Listeriaceae bacterium FSL M6-0635 <213> 221 <400>
Asn Ala Arg Asn His lle Ala His Leu Asn Tyr Leu Ser Leu Lys 15 10 5 1 222 <210> 18 <211>
PRT <212>
Leptotrichia wadei F0279 <213> 5 222 <400>
Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg Asn GIn Thr Phe
15 10 5 1
His Leu 223 <210> <211>
PRT <212> 10
Leptotrichia wadei FQ279 <213> 223 <400>
Tyr lle Arg Asn Tyr lle Ala His Phe Asn Tyr lle Pro His Ala 5 15 10 5 1 224 <210>
18 >211<
PRT <212>
Rhodobacter capsulatus SB 1003 <213> 224 <400> 5
Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg Asn GIn Thr Phe 15 10 5 1
His Leu >210< 225 >211< 15 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >400< 225
Gln Thr Arg Lys Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala 10 5 1 226 <210> 10 18 <211>
PRT <212>
Rhodobacter capsulatus R12 <213> 226 <400> 15
Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg Asn GIn Thr Phe 15 10 5 1
His Leu 227 <210> 15 <211>
PRT <212>
Rhodobacter capsulatus R121 <213> 227 <400>
Gln Thr Arg Lys Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala 10 5 1 15 228 <210> 18 <211>
PRT <212>
Rhodobacter capsulatus DE442 >213< 228 <400>
Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg Asn 60 Thr Phe 5 15 10 5 1
His Leu 229 <210> <211>
PRT <212> 15
Rhodobacter capsulatus DE-442 <213> 229 <400>
Gln Thr Arg Lys Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala 10 5 1 230 <210> 5 18 <211>
PRT <212>
Leptotrichia wadei (Lw2) <213> 230 <400> 10
Phe Ala Asn lle Asp Glu Ala lle Ser Ser lle Arg His Gly lle Val 15 10 5 1 15
His Phe
231 <210> 15 <211>
PRT <212>
Leptotrichia wadei (Lw2) <213> 231 <400>
Tyr lle Arg Asn Tyr lle Ala His Phe Asn Tyr lle Pro His Ala 15 10 5 1 232 <210> 18 <211>
PRT <212>
Listeria seeligen <213> 15 232 <400>
Ser Trp Gly Leu Arg Gly Ala lle Ala Pro lle Arg Asn Glu lle lle
15 10 5 1
His Leu 233 <210> <211>
PRT <212> 10
Listeria seeligen <213> 233 <400>
Glu Lys Arg Asn Asn lle Ser His Phe Asn Tyr Leu Asn Gly GIn 5 15 10 5 1 234 <210>
62 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 234 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agaaugcugu ucuaccaagu 60 10 aa 62 235 <210> 15 23 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> >223< تخليقي 235 <400> uagaaugcug uucuaccaag uaa 23 5 236 <210> 62 <211>
RNA <212> 10 >213< متوالية اصطناعية <220> <223>
GGGGAUUUAGACUACCCCAAAAACGAAGGGGACUAAAACUAGAUAGC 5
UGUUCUACCAAGUAA
236 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauagcugu ucuaccaagu 60 20 aa 62 237 <210> 5 23 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 237 <400> uagauagcug uucuaccaag uaa 23 238 <210> 62 <211>
RNA <212>
‏متوالية اصطناعية‎ >213< <220> ‏تخليقي‎ <223> 238 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauuccugu ucuaccaagu 60 aa 62 10 239 <210> 23 <211>
RNA <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223>
239 <400> uagauuccug uucuaccaag uaa 23 240 <210> 59 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 240 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca agauugcugu 5 ucuaccaag 59 241 <210>
20 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 241 <400> aagauugcug uucuaccaag 20 242 <210> 59 <211> ‎RNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< تخليقي
242 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu ugauugcugu ucuaccaag 59 243 <210> 20 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 243 <400> uugauugcug uucuaccaag 20 5 244 <210> 59 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 5 244 >400< ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu aguuugcugu ucuaccaag 59 245 <210> <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223>
245 >400< uaguuugcug uucuaccaag 20 246 <210> 5 59 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 246 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agaaugcugu ucuaccaag 59 15 247 <210> <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 247 <400> uagaaugcug uucuaccaag 20 248 <210> 59 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 248 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauagcugu ucuaccaag 59 249 <210> 5 20 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 249 <400> uagauagcug uucuaccaag 20 250 <210~> 59 <211>
RNA <212>
‏متوالية اصطناعية‎ >213< <220> ‏تخليقي‎ <223> 250 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauuccugu ucuaccaag 59 251 <210> 20 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
UAGAUUCCUGUUCUACCAAG <223> 251 <400> uagauuccug uucuaccaag 20 252 <210>
>211< 67 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
0 >223< تخليقي <400> 252 ‎ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacc uagauugcug‏ ‎uucuaccaag 60‏ uaaucca 67 253 <210>
28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 253 <400> cuagauugcu guucuaccaa guaaucca 28 254 <210> 67 <211> ‎RNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< تخليقي
254 >400< ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg aagauugcug uucuaccaag 60 uaaucca 67 5 255 <210> 28 <211>
‎RNA <212> 10‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
‎15 ‎255 <400> gaagauugcu guucuaccaa guaaucca 28
256 <210> 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 256 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg uugauugcug 0 uucuaccaag 60 uaaucca 67 257 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 257 <400> 5 guugauugcu guucuaccaa guaaucca 28 258 <210> 67 <211> 10
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 5 258 >400< ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg uaguuugcug uucuaccaag 60 uaaucca 67 259 <210> 5 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 0 >220< >223< تخليقي 259 <400> guaguuugcu guucuaccaa guaaucca 28 260 <210> 67 <211>
RNA <212>
‏متوالية اصطناعية‎ >213< <220> ‏تخليقي‎ <223> 260 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg uagaaugcug uucuaccaag 60 uaaucca 67 10 261 <210> 28 <211>
RNA <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223>
261 <400> guagaaugcu guucuaccaa guaaucca 28 262 <210> 67 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 262 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg uagauagcug 5 uucuaccaag 60 uaaucca 67
>210< 263 <211> 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي
263 <400> 10 guagauagcu guucuaccaa guaaucca 28 264 <210>
>211< 67 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< تخليقي 264 >400< ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca cuagauugcu guucuaccaa 60 5 guaaucc 67 265 <210> 10 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 265 >400< acuagauugc uguucuacca aguaaucc 28
266 <210> 67 <211>
RNA >212< 5 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 266 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca gaagauugcu guucuaccaa 60 guaaucc 67 15 267 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 267 >400< agaagauugc uguucuacca aguaaucc 28 268 <210> 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 268 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca guugauugcu guucuaccaa 60 guaaucc 67 269 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 269 <400> 15 aguugauugc uguucuacca aguaaucc 28 270 <210>
67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< alas <223> 270 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca guaguuugcu guucuaccaa 60 10 guaaucc 67 271 <210> 15 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 271 <400> aguaguuugc uguucuacca aguaaucc 28 5 272 <210> 67 <211>
RNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 272 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca guagaaugcu guucuaccaa 60 guaaucc 67 273 <210> 28 <211> 5
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< تخليقي 273 <400> aguagaaugc uguucuacca aguaaucc 28 274 <210> 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 274 <400> 5 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca guagauagcu guucuaccaa 60 guaaucc 67 275 <210> 28 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223>
275 >400< aguagauagc uguucuacca aguaaucc 28 276 <210> 5 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 0 >220< >223< تخليقي 276 >400< ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg acuagauugc uguucuacca 60 15 aguaauc 67
>210< 277 >211< 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >400< 277 ‎gacuagauug cuguucuacc aaguaauc 28 10‏ >210< 278 >211< 67 ‎RNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
278 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg agaagauugc uguucuacca 60 aguaauc 67 279 <210>
0 >211< 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
5 >223< تخليقي >400< 279 ‎gagaagauug cuguucuacc aaguaauc 28‏
280 <210> 67 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223> 280 <400> 10 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg aguugauugc uguucuacca 60 aguaauc 67 281 <210> 28 <211>
RNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 281 <400> gaguugauug cuguucuacc aaguaauc 28 282 <210> 10 67 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 282 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg aguaguuugc uguucuacca 60 aguaauc 67 283 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 283 <400> 15 gaguaguuug cuguucuacc aaguaauc 28 284 <210>
67 >211<
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< alas <223> 284 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg aguagaaugc uguucuacca 60 10 aguaauc 67 285 <210> 15 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 285 <400> gaguagaaug cuguucuacc aaguaauc 28 5 286 <210> 67 <211>
RNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 286 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg aguagauagc uguucuacca 60 aguaauc 67 287 <210> 28 <211> 5
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< تخليقي 287 <400> gaguagauag cuguucuacc aaguaauc 28 288 <210> 176 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 288 <400> 5 gggggccagu gaauucgagce ucgguacccg gggauccucu agaaauaugg auuacuuggu 60 agaacagcaa ucuacucgac cugcaggcau gcaagcuugg cguaaucaug gucauagcug 120 0 uuuccugugu uuauccgcuc acaauuccac acaacauacg agccggaagce auaaag 176 289 <210> 176 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220> ‏تخليقي‎ <223> 289 <400> gggggccagu gaauucgagc ucgguacccg gggauccucu agaaauaugdg 5 auuacuuggu 60 agaacagcaa ucuagucgac cugcaggcau gcaagcuugg cguaaucaug gucauagcug 120 uuuccugugu uuauccgcuc acaauuccac acaacauacg agccggaagc auaaag 176
>210< 290 >211< 176 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
<220> 20
‏تخليقي‎ <223> 290 >400< gggggccagu gaauucgagce ucgguacccg gggauccucu agaaauaugg auuacuuggu 60 5 agaacagcaa ucuaaucgac cugcaggcau gcaagcuugg cguaaucaug gucauagcug 120 uuuccugugu uuauccgcuc acaauuccac acaacauacg agccggaagc auaaag 0 176 291 <210> 176 <211> 15
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 0
291 >400< gggggccagu gaauucgagce ucgguacccg gggauccucu agaaauaugg auuacuuggu 60 agaacagcaa ucuauucgac cugcaggcau gcaagcuugg cguaaucaug gucauagcug 120 uuuccugugu uuauccgcuc acaauuccac acaacauacg agccggaagc auaaag 176 0 292 <210> 173 <211>
DNA <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223>
292 >400< ggccagtgaa ttcgagctcg gtacccgggg atcctctaga aatatggatt acttggtaga 60 acagcaatct actcgacctg caggcatgca agcttggcgt aatcatggtc atagctgttt 120 5 cctgtgttta tccgctcaca attccacaca acatacgagc cggaagcata aag 173 293 <210> 10 189 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5 alas <223> 293 <400> gagtacgtcc gcttcaccgg ctacccctge tcctggacct tctaccacca 12029 60 gagatcctcc aggagttcac cctgcacgac cacgtgcggg aggaggccca gaagttcctg 120 5 cggggcctgce aggtgaacgg gagccggecg ggcacctttg taggggteca tgttcgecga 180 ggggactat 189 10 294 <210> 334 <211>
RNA <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> alas <223>
294 >400< agcuggagug uuguuuggua ugggcaaagg gaugccauuc uacgcauggg acuuuggagu 60 0090010018 augauagguu gcuacucaca auuaacaccc cugacccuaa 5 uaguggccau 120 cauuuugcuc guggcgcacu acauguacuu gaucccaggg cugcaggcag cagcugcgcg 180 ugcugcccag aagagaacgg cagcuggcau caugaagaac ccuguugugg auggaauagu 240 ggugacugac auugacacaa ugacaauuga cccccaagug gagaaaaaga ugggacaggu 300 5 gcuacucaua gcaguagccg ucuccagcgce caua 334 295 <210> 20
334 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5 ‏تخليقي‎ <223> 295 >400< ggcagcuaua uugaugggac uugacaaggg auggccaaua 9 acauaggagu 60 10 uccacuucuc gccuuagggu gcuauuccca ggugaaccca uugacacuga cagcggcggu 120 guugauguua guggcucauu augccauaau uggaccagga cugcaagcaa 5 aggccacuag 180 agaagcucaa aaaaggacag cggccggaau aaugaaaaau ccaaccguag acgggauugu 240 ugcaauagac uuggauccug ugguuuauga uacaaaauuu gaaaaacagc uaggccaaau 300 aauguuacug auacuuugua caucacagau ccuc 334
296 <210>
337 <211>
‎RNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< تخليقي >400< 296
‎gggagcugga guguuguuug guaugggcaa agggaugcca uucuacgcau
‎gggacuuugg 60
‎agucccgcug cuaaugauag guugcuacuc acaauuaaca ccccugacce uaauaguggc 120 0 caucauuuug cucguggcgc acuacaugua cuugauccca gggeugcagg cagcagcugc 180 gcgugcugcec cagaagagaa cggcagcugg caucaugaag aacccuguug 5 uggauggaau 240 aguggugacu gacauugaca caaugacaau ugacccccaa guggagaaaa agaugggaca 300 ggugcuacuc auagcaguag ccgucuccag cgccaua 337 297 <210>
>211< 173 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< تخليقي
297 >400< gggaaccuug auaguggcua ucauucugcu uguggcacac uauauguacu ugaucccagg 60 ccuacaggca gcagcagcgc gugcugccca gaagagaaca gcagcuggcea ucaugaagaa 120 ucccguugug gauggaauag ugguaacuga cauugacaca augacaauug acc 173 10 298 <210> 173 <211>
RNA <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223>
298 >400< ggggacccua auaguggcca ucauuuugcu cguggcgcac uacauguacu ugaucccagg 60 gcugcaggca gcagcugcge gugcugcecca gaagagaacg gcagcuggca 5 ucaugaagaa 120 cccuguugug gauggaauag uggugacuga cauugacaca augacaauug acc 173 10 299 <210> 173 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 299 <400> 20 gggaguacau auucaggggc caaccucuca acaaugacga agaccaugcu cacuggacag 60 aagcaaaaau gcugcuggac aacaucaaca caccagaagg gauuauacca gcucucuuug 120 5 aaccagaaag ggagaaguca gccgccauag acggugaaua ccgccugaag ggu 173 300 <210> 173 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 300 <400> gggaguacau uuacauggga cagccuucaa acaacgauga ggaucacgcu cauuggacag 60 aagcaaaaau gcuccuugac aacauaaaca caccagaagg gauuauccca gcccucuuug 120 5 agccggagag aggaaaaagu gcagcaauag acggggaaua cagacugcgg ggu 173 301 <210> 176 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 301 <400> gggggccagu 9381293892 ucgguacccg gggauccucu agaaauaugg auuacuuggu 60 agaacagcaa uguacucgac cugcaggcau gcaagcuugg cguaaucaug gucauagcug 120 5 uuuccugugu uuauccgcuc acaauuccac acaacauacg agccggaagc auaaag 176 302 <210> 176 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 302 <400> gggggccagu 93810203926 ucgguacccg gggauccucu agaaauaugg auuacuuggu 60 agaacagcua uguacucgac cugcaggcau gcaagcuugg cguaaucaug gucauagcug 120 5 uuuccugugu uuauccgcuc acaauuccac acaacauacg agccggaagc auaaag 176 303 <210> 62 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 303 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca agauugcugu ucuaccaagu 60 aa 62 304 <210> 23 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 0 <220> ‏تخليقي‎ <223> 304 <400> 15 aagauugcug uucuaccaag uaa 23 305 <210>
62 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 305 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu ugauugcugu ucuaccaagu 60 10 aa 62 306 <210> 15 23 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 306 <400> uugauugcug uucuaccaag uaa 23 5 307 <210> 62 <211>
RNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 307 <400> ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu aguuugcugu ucuaccaagu 60 aa 62 308 <210> 23 <211> 5
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< تخليقي 308 <400> uaguuugcug uucuaccaag uaa 23 309 <210> 1159 <211>
PRT <212>
Leptorichia buccalis C-1013-b <213>
309 <400>
Met Lys Val Thr Lys Val Gly Gly lle Ser His Lys Lys Tyr Thr Ser 15 10 5 1 5
Glu Gly Arg Leu Val Lys Ser Glu Ser Glu Glu Asn Arg Thr Asp Glu 30 25 20
Arg Leu Ser Ala Leu Leu Asn Met Arg Leu Asp Met Tyr lle Lys Asn 45 40 35
Pro Ser Ser Thr Glu Thr Lys Glu Asn GIn Lys Arg lle Gly Lys Leu 60 55 50
Lys Lys Phe Phe Ser Asn Lys Met Val Tyr Leu Lys Asp Asn Thr Leu 80 75 70 65
Ser Leu Lys Asn Gly Lys Lys Glu Asn lle Asp Arg Glu Tyr Ser Glu 5 95 90 85
Thr Asp lle Leu Glu Ser Asp Val Arg Asp Lys Lys Asn Phe Ala Val 110 105 100 10
Leu Lys Lys lle Tyr Leu Asn Glu Asn Val Asn Ser Glu Glu Leu Glu 125 120 115
Val Phe Arg Asn Asp lle Lys Lys Lys Leu Asn Lys lle Asn Ser Leu 140 135 130
Lys Tyr Ser Phe Glu Lys Asn Lys Ala Asn Tyr 60 Lys lle Asn Glu 160 155 150 145
Asn Asn lle Glu Lys Val Glu Gly Lys Ser Lys Arg Asn lle lle Tyr 175 170 165
Asp Tyr Tyr Arg Glu Ser Ala Lys Arg Asp Ala Tyr Val Ser Asn Val 10 190 185 180
Lys Glu Ala Phe Asp Lys Leu Tyr Lys Glu Glu Asp lle Ala Lys Leu 205 200 195 15
Val Leu Glu lle Glu Asn Leu Thr Lys Leu Glu Lys Tyr Lys lle Arg 220 215 210
Glu Phe Tyr His Glu lle lle Gly Arg Lys Asn Asp Lys Glu Asn Phe 240 235 230 225
Ala Lys lle lle Tyr Glu Glu lle Gln Asn Val Asn Asn Met Lys Glu 255 250 245
Leu lle Glu Lys Val Pro Asp Met Ser Glu Leu Lys Lys Ser Gin Val 270 265 260
Phe Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asp Lys Glu Glu Leu Asn Asp Lys Asn lle 5 285 280 275
Lys Tyr Ala Phe Cys His Phe Val Glu lle Glu Met Ser Gin Leu Leu
300 295 290
Lys Asn Tyr Val Tyr Lys Arg Leu Ser Asn lle Ser Asn Asp Lys lle 320 315 310 305 5
Lys Arg lle Phe Glu Tyr Gin Asn Leu Lys Lys Leu lle Glu Asn Lys 335 330 325
Leu Leu Asn Lys Leu Asp Thr Tyr Val Arg Asn Cys Gly Lys Tyr Asn 350 345 340
Tyr Tyr Leu Gln Asp Gly Glu lle Ala Thr Ser Asp Phe lle Ala Arg 365 360 355
Asn Arg ‏ماى‎ Asn Glu Ala Phe Leu Arg Asn lle lle Gly Val Ser Ser 380 375 370
Val Ala Tyr Phe Ser Leu Arg Asn lle Leu Glu Thr Glu Asn Glu Asn 5 400 395 390 385
Asp lle Thr Gly Arg Met Arg Gly Lys Thr Val Lys Asn Asn Lys Gly 415 410 405 10
Glu Glu Lys Tyr Val Ser Gly Glu Val Asp Lys lle Tyr Asn Glu Asn 430 425 420
Lys Lys Asn Glu Val Lys Glu Asn Leu Lys Met Phe Tyr Ser Tyr Asp 445 440 435
Phe Asn Met Asp Asn Lys Asn Glu lle Glu Asp Phe Phe Ala Asn lle 460 455 450
Asp Glu Ala lle Ser Ser lle Arg His Gly lle Val His Phe Asn Leu 480 475 470 465
Glu Leu Glu Gly Lys Asp lle Phe Ala Phe Lys Asn lle Ala Pro Ser 0 495 490 485
Glu lle Ser Lys Lys Met Phe GIn Asn Glu lle Asn Glu Lys Lys Leu 510 505 500 15
Lys Leu Lys lle Phe Arg GIn Leu Asn Ser Ala Asn Val Phe Arg Tyr 525 520 515
Leu Glu Lys Tyr Lys lle Leu Asn Tyr Leu Lys Arg Thr Arg Phe Glu 540 535 530
Phe Val Asn Lys Asn lle Pro Phe Val Pro Ser Phe Thr Lys Leu Tyr 560 555 550 545
Ser Arg lle Asp Asp Leu Lys Asn Ser Leu Gly lle Tyr Trp Lys Thr 575 570 565
Pro Lys Thr Asn Asp Asp Asn Lys Thr Lys Glu lle lle Asp Ala GIn 5 590 585 580 lle Tyr Leu Leu Lys Asn lle Tyr Tyr Gly Glu Phe Leu Asn Tyr Phe
605 600 595
Met Ser Asn Asn Gly Asn Phe Phe Glu lle Ser Lys Glu lle lle Glu 620 615 610 5
Leu Asn Lys Asn Asp Lys Arg Asn Leu Lys Thr Gly Phe Tyr Lys Leu 640 635 630 625
Gln Lys Phe Glu Asp lle Gin Glu Lys lle Pro Lys Glu Tyr Leu Ala 655 650 645
Asn lle GIn Ser Leu Tyr Met lle Asn Ala Gly Asn GIn Asp Glu Glu 670 665 660
Glu Lys Asp Thr Tyr lle Asp Phe lle Gin Lys lle Phe Leu Lys Gly 685 680 675
Phe Met Thr Tyr Leu Ala Asn Asn Gly Arg Leu Ser Leu lle Tyr lle 5 700 695 690
Gly Ser Asp Glu Glu Thr Asn Thr Ser Leu Ala Glu Lys Lys Gin Glu 720 715 710 705 10
Phe Asp Lys Phe Leu Lys Lys Tyr Glu Gln Asn Asn Asn lle Lys lle 735 730 725
Pro Tyr Glu lle Asn Glu Phe Leu Arg Glu lle Lys Leu Gly Asn lle 750 745 740
Leu Lys Tyr Thr Glu Arg Leu Asn Met Phe Tyr Leu lle Leu Lys Leu 765 760 755
Leu Asn His Lys Glu Leu Thr Asn Leu Lys Gly Ser Leu Glu Lys Tyr 780 775 770
GIn Ser Ala Asn Lys Glu Glu Ala Phe Ser Asp GIn Leu Glu Leu lle 0 800 795 790 785
Asn Leu Leu Asn Leu Asp Asn Asn Arg Val Thr Glu Asp Phe Glu Leu 815 810 805 15
Glu Ala Asp Glu lle Gly Lys Phe Leu Asp Phe Asn Gly Asn Lys Val 830 825 820
Lys Asp Asn Lys Glu Leu Lys Lys Phe Asp Thr Asn Lys lle Tyr Phe 845 840 835
Asp Gly Glu Asn lle lle Lys His Arg Ala Phe Tyr Asn lle Lys Lys 860 855 850
Tyr Gly Met Leu Asn Leu Leu Glu Lys lle Ala Asp Lys Ala Gly Tyr 880 875 870 865
Lys lle Ser lle Glu Glu Leu Lys Lys Tyr Ser Asn Lys Lys Asn Glu 5 895 890 885 lle Glu Lys Asn His Lys Met Gln Glu Asn Leu His Arg Lys Tyr Ala
910 905 900
Arg Pro Arg Lys Asp Glu Lys Phe Thr Asp Glu Asp Tyr Glu Ser Tyr 925 920 915 5
Lys Gin Ala lle Glu Asn lle Glu Glu Tyr Thr His Leu Lys Asn Lys 940 935 930
Val Glu Phe Asn Glu Leu Asn Leu Leu GIn Gly Leu Leu Leu Arg lle 960 955 950 945
Leu His Arg Leu Val Gly Tyr Thr Ser lle Trp Glu Arg Asp Leu Arg 975 970 965
Phe Arg Leu Lys Gly Glu Phe Pro Glu Asn GIn Tyr lle Glu Glu lle 990 985 980
Phe Asn Phe Glu Asn Lys Lys Asn Val Lys TyrLys Gly Gly 6٠0 lle 5 1005 1000 995
Val Glu Lys Tyr lle Lys Phe Tyr Lys Glu Leu His Gin Asn Asp 1020 1015 1010 10
Glu Val Lys lle Asn Lys Tyr Ser Ser Ala Asn lle Lys Val Leu 1035 1030 1025
Lys GIn Glu Lys Lys Asp Leu Tyr lle Arg Asn Tyr lle Ala His 1050 1045 1040
Phe Asn Tyr lle Pro His Ala Glu lle Ser Leu Leu Glu Val Leu 1065 1060 1055
Glu Asn Leu Arg Lys Leu Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn 1080 1075 1070
Ala Val Met Lys Ser Val Val Asp lle Leu Lys Glu Tyr Gly Phe 10 1095 1090 1085
Val Ala Thr Phe Lys lle Gly Ala Asp Lys Lys lle Gly lle 0 1110 1105 1100 15
Thr Leu Glu Ser Glu Lys lle Val His Leu Lys Asn Leu Lys Lys 1125 1120 1115
Lys Lys Leu Met Thr Asp Arg Asn Ser Glu Glu Leu Cys Lys Leu 1140 1135 1130
Val Lys lle Met Phe Glu Tyr Lys Met Glu Glu Lys Lys Ser Glu 1155 1150 1145
Asn 310 <210> 15 1285 <211>
PRT <212>
Herbinix hemicellulosilytica <213>
310 <400>
Met Lys Leu Thr Arg Arg Arg lle Ser Gly Asn Ser Val Asp GIn Lys 15 10 5 1 lle Thr Ala Ala Phe Tyr Arg Asp Met Ser Gin Gly Leu Leu Tyr Tyr 30 25 20
Asp Ser Glu Asp Asn Asp Cys Thr Asp Lys Val lle Glu Ser Met Asp 40 35
Phe Glu Arg Ser Trp Arg Gly Arg lle Leu Lys Asn Gly Glu Asp Asp 5 60 55 50
Lys Asn Pro Phe Tyr Met Phe Val Lys Gly Leu Val Gly Ser Asn Asp
80 75 70 65
Lys lle Val Cys Glu Pro lle Asp Val Asp Ser Asp Pro Asp Asn Leu 95 90 85 5
Asp lle Leu lle Asn Lys Asn Leu Thr Gly Phe Gly Arg Asn Leu Lys 110 105 100
Ala Pro Asp Ser Asn Asp Thr Leu Glu Asn Leu lle Arg Lys lle 0 125 120 115
Ala Gly lle Pro Glu Glu Glu Val Leu Pro Glu Leu Lys Lys lle Lys 140 135 130
Glu Met lle GIn Lys Asp lle Val Asn Arg Lys Glu Gin Leu Leu Lys 160 155 150 145
Ser lle Lys Asn Asn Arg lle Pro Phe Ser Leu Glu Gly Ser Lys Leu 5 175 170 165
Val Pro Ser Thr Lys Lys Met Lys Trp Leu Phe Lys Leu lle Asp Val 190 185 180 10
Pro Asn Lys Thr Phe Asn Glu Lys Met Leu Glu Lys Tyr Trp Glu lle 205 200 195
Tyr Asp Tyr Asp Lys Leu Lys Ala Asn lle Thr Asn Arg Leu Asp Lys 220 215 210
Thr Asp Lys Lys Ala Arg Ser lle Ser Arg Ala Val Ser Glu Glu Leu 240 235 230 225
Arg Glu Tyr His Lys Asn Leu Arg Thr Asn Tyr Asn Arg Phe Val Ser 255 250 245
Gly Asp Arg Pro Ala Ala Gly Leu Asp Asn Gly Gly Ser Ala Lys Tyr 0 270 265 260
Asn Pro Asp Lys Glu Glu Phe Leu Leu Phe Leu Lys Glu Val Glu Gin 285 280 275 15
Tyr Phe Lys Lys Tyr Phe Pro Val Lys Ser Lys His Ser Asn Lys Ser 300 295 290
Lys Asp Lys Ser Leu Val Asp Lys Tyr Lys Asn Tyr Cys Ser Tyr Lys 320 315 310 305
Val Val Lys Lys Glu Val Asn Arg Ser lle lle Asn Gin Leu Val Ala 335 330 325
Gly Leu lle Gin GIn Gly Lys Leu Leu Tyr Tyr Phe Tyr Tyr Asn Asp 350 345 340
Thr Trp GIn Glu Asp Phe Leu Asn Ser Tyr Gly Leu Ser Tyr lle Gln 5 365 360 355
Val Glu Glu Ala Phe Lys Lys Ser Val Met Thr Ser Leu Ser Trp Gly
380 375 370 lle Asn Arg Leu Thr Ser Phe Phe lle Asp Asp Ser Asn Thr Val Lys 400 395 390 385 5
Phe Asp Asp lle Thr Thr Lys Lys Ala Lys Glu Ala lle Glu Ser Asn 415 410 405
Tyr Phe Asn Lys Leu Arg Thr Cys Ser Arg Met Gin Asp His Phe Lys 430 425 420
Glu Lys Leu Ala Phe Phe Tyr Pro Val Tyr Val Lys Asp Lys Lys Asp 445 440 435
Arg Pro Asp Asp Asp lle Glu Asn Leu lle Val Leu Val Lys Asn Ala 460 455 450 lle Glu Ser Val Ser Tyr Leu Arg Asn Arg Thr Phe His Phe Lys Glu 5 480 475 470 465
Ser Ser Leu Leu Glu Leu Leu Lys Glu Leu Asp Asp Lys Asn Ser Gly 495 490 485 10 ‏ماك‎ Asn Lys lle Asp Tyr Ser Val Ala Ala Glu Phe lle Lys Arg Asp 510 505 500 lle Glu Asn Leu Tyr Asp Val Phe Arg Glu Gin lle Arg Ser Leu Gly 525 520 515 lle Ala Glu Tyr Tyr Lys Ala Asp Met lle Ser Asp Cys Phe Lys Thr 540 535 530
Cys Gly Leu Glu Phe Ala Leu Tyr Ser Pro Lys Asn Ser Leu Met Pro 560 555 550 545
Ala Phe Lys Asn Val Tyr Lys Arg Gly Ala Asn Leu Asn Lys Ala Tyr 0 575 570 565 lle Arg Asp Lys Gly Pro Lys Glu Thr Gly Asp GIn Gly 60 Asn Ser 590 585 580 15
Tyr Lys Ala Leu Glu Glu Tyr Arg Glu Leu Thr Trp Tyr lle Glu Val 605 600 595
Lys Asn Asn Asp Gin Ser Tyr Asn Ala Tyr Lys Asn Leu Leu GIn Leu 620 615 610 lle Tyr Tyr His Ala Phe Leu Pro Glu Val Arg Glu Asn Glu Ala Leu 640 635 630 625 lle Thr Asp Phe lle Asn Arg Thr Lys Glu Trp Asn Arg Lys Glu Thr 655 650 645
Glu Glu Arg Leu Asn Thr Lys Asn Asn Lys Lys His Lys Asn Phe Asp 5 670 665 660
Glu Asn Asp Asp lle Thr Val Asn Thr Tyr Arg Tyr Glu Ser lle Pro
685 680 675
Asp Tyr Gln Gly Glu Ser Leu Asp Asp Tyr Leu Lys Val Leu GIn Arg 700 695 690 5
Lys GIn Met Ala Arg Ala Lys Glu Val Asn Glu Lys Glu Glu Gly Asn 720 715 710 705
Asn Asn Tyr lle Gin Phe lle Arg Asp Val Val Val Trp Ala Phe Gly 735 730 725
Ala Tyr Leu Glu Asn Lys Leu Lys Asn Tyr Lys Asn Glu Leu GIn Pro 750 745 740
Pro Leu Ser Lys Glu Asn lle Gly Leu Asn Asp Thr Leu Lys Glu Leu 765 760 755
Phe Pro Glu Glu Lys Val Lys Ser Pro Phe Asn lle Lys Cys Arg Phe 5 780 775 770
Ser lle Ser Thr Phe lle Asp Asn Lys Gly Lys Ser Thr Asp Asn Thr 800 795 790 785 10
Ser Ala Glu Ala Val Lys Thr Asp Gly Lys Glu Asp Glu Lys Asp Lys 815 810 805
Lys Asn lle Lys Arg Lys Asp Leu Leu Cys Phe Tyr Leu Phe Leu Arg 830 825 820
Leu Leu Asp Glu Asn Glu lle Cys Lys Leu 60 His GIn Phe lle Lys 845 840 835
Tyr Arg Cys Ser Leu Lys Glu Arg Arg Phe Pro Gly Asn Arg Thr Lys 860 855 850
Leu Glu Lys Glu Thr Glu Leu Leu Ala Glu Leu Glu Glu Leu Met Glu 10 880 875 870 865
Leu Val Arg Phe Thr Met Pro Ser lle Pro Glu lle Ser Ala Lys Ala 895 890 885 15
Glu Ser Gly Tyr Asp Thr Met lle Lys Lys Tyr Phe Lys Asp Phe lle 910 905 900
Glu Lys Lys Val Phe Lys Asn Pro Lys Thr Ser Asn Leu Tyr Tyr His 925 920 915
Ser Asp Ser Lys Thr Pro Val Thr Arg Lys Tyr Met Ala Leu Leu Met 940 935 930
Arg Ser Ala Pro Leu His Leu Tyr Lys Asp lle Phe Lys Gly Tyr Tyr 960 955 950 945
Leu lle Thr Lys Lys Glu Cys Leu Glu Tyr lle Lys Leu Ser Asn lle 5 975 970 965 lle Lys Asp Tyr Gln Asn Ser Leu Asn Glu Leu His Glu GIn Leu Glu
990 985 980
Arg lle Lys Leu Lys Ser Glu Lys GIn Asn Gly Lys Asp Ser Leu Tyr 1005 1000 995 5
Leu Asp Lys Lys Asp Phe Tyr Lys Val Lys Glu Tyr Val Glu Asn 1020 1015 1010
Leu Glu Gin Val Ala Arg Tyr Lys His Leu Gin His Lys lle Asn 1035 1030 1025
Phe Glu Ser Leu Tyr Arg lle Phe Arg lle His Val Asp lle Ala 1050 1045 1040
Ala Arg Met Val Gly Tyr Thr Gin Asp Trp Glu Arg Asp Met His 1065 1060 1055
Phe Leu Phe Lys Ala Leu Val Tyr Asn Gly Val Leu Glu Glu Arg 5 1080 1075 1070
Arg Phe Glu Ala lle Phe Asn Asn Asn Asp Asp Asn Asn Asp Gly 1095 1090 1085 10
Arg lle Val Lys Lys lle GIn Asn Asn Leu Asn Asn Lys Asn Arg 1110 1105 1100
Glu Leu Val Ser Met Leu Cys Trp Asn Lys Lys Leu Asn Lys Asn 1125 1120 1115
Glu Phe Gly Ala lle lle Trp Lys Arg Asn Pro lle Ala His Leu 1140 1135 1130
Asn His Phe Thr GIn Thr Glu GIn Asn Ser Lys Ser Ser Leu Glu 1155 1150 1145
Ser Leu lle Asn Ser Leu Arg lle Leu Leu Ala Tyr Asp Arg Lys 10 1170 1165 1160
Arg Gln Asn Ala Val Thr Lys Thr lle Asn Asp Leu Leu Leu Asn 1185 1180 1175 15
Asp Tyr His lle Arg lle Lys Trp Glu Gly Arg Val Asp Glu Gly 1200 1195 1190
‏دا‎ lle Tyr Phe Asn lle Lys Glu Lys Glu Asp lle Glu Asn Glu 1215 1210 1205
Pro lle lle His Leu Lys His Leu His Lys Lys Asp Cys Tyr lle 1230 1225 1220
Tyr Lys Asn Ser Tyr Met Phe Asp Lys 60 Lys Glu Trp lle Cys 1245 1240 1235
Asn Gly lle Lys Glu Glu Val Tyr Asp Lys Ser lle Leu Lys Cys 5 1260 1255 1250 lle Gly Asn Leu Phe Lys Phe Asp Tyr Glu Asp Lys Asn Lys Ser
1275 1270 1265
Ser Ala Asn Pro Lys His Thr 1285 1280 5 311 <210> 1344 <211>
PRT <212> 10
Eubacterium rectale <213> 311 <400>
Met Leu Arg Arg Asp Lys Glu Val Lys Lys Leu Tyr Asn Val Phe Asn 5 10 5 1
GIn lle Gin Val Gly Thr Lys Pro Lys Lys Trp Asn Asn Asp Glu Lys
30 25 20
Leu Ser Pro Glu Glu Asn Glu Arg Arg Ala Gin GIn Lys Asn lle Lys 45 40 35 5
Met Lys Asn Tyr Lys Trp Arg Glu Ala Cys Ser Lys Tyr Val Glu Ser 60 55 50
Ser Gln Arg lle lle Asn Asp Val lle Phe Tyr Ser Tyr Arg Lys Ala 80 75 70 65
Lys Asn Lys Leu Arg Tyr Met Arg Lys Asn Glu Asp lle Leu Lys Lys 95 90 85
Met GIn Glu Ala Glu Lys Leu Ser Lys Phe Ser Gly Gly Lys Leu Glu 110 105 100
Asp Phe Val Ala Tyr Thr Leu Arg Lys Ser Leu Val Val Ser Lys Tyr 5 125 120 115
Asp Thr GIn Glu Phe Asp Ser Leu Ala Ala Met Val Val Phe Leu Glu 140 135 130 10
Cys lle Gly Lys Asn Asn lle Ser Asp His Glu Arg Glu lle Val Cys 160 155 150 145
Lys Leu Leu Glu Leu lle Arg Lys Asp Phe Ser Lys Leu Asp Pro Asn 175 170 165
Val Lys Gly Ser GIn Gly Ala Asn lle Val Arg Ser Val Arg Asn Gin 190 185 180
Asn Met lle Val Gin Pro Gin Gly Asp Arg Phe Leu Phe Pro Gin Val 205 200 195
Tyr Ala Lys Glu Asn Glu Thr Val Thr Asn Lys Asn Val Glu Lys Glu 10 220 215 210
Gly Leu Asn Glu Phe Leu Leu Asn Tyr Ala Asn Leu Asp Asp Glu Lys 240 235 230 225 15
Arg Ala Glu Ser Leu Arg Lys Leu Arg Arg lle Leu Asp Val Tyr Phe 255 250 245
Ser Ala Pro Asn His Tyr Glu Lys Asp Met Asp lle Thr Leu Ser Asp 270 265 260
Asn lle Glu Lys Glu Lys Phe Asn Val Trp Glu Lys His Glu Cys Gly 285 280 275
Lys Lys Glu Thr Gly Leu Phe Val Asp lle Pro Asp Val Leu Met Glu 300 295 290
Ala Glu Ala Glu Asn lle Lys Leu Asp Ala Val Val Glu Lys Arg Glu 5 320 315 310 305
Arg Lys Val Leu Asn Asp Arg Val Arg Lys GIn Asn lle lle Cys Tyr
335 330 325
Arg Tyr Thr Arg Ala Val Val Glu Lys Tyr Asn Ser Asn Glu Pro Leu 350 345 340 5
Phe Phe Glu Asn Asn Ala lle Asn 60 Tyr Trp lle His His lle Glu 365 360 355
Asn Ala Val Glu Arg lle Leu Lys Asn Cys Lys Ala Gly Lys Leu Phe 380 375 370
Lys Leu Arg Lys Gly Tyr Leu Ala Glu Lys Val Trp Lys Asp Ala lle 400 395 390 385
Asn Leu lle Ser lle Lys Tyr lle Ala Leu Gly Lys Ala Val Tyr Asn 415 410 405
Phe Ala Leu Asp Asp lle Trp Lys Asp Lys Lys Asn Lys Glu Leu Gly 5 430 425 420 lle Val Asp Glu Arg lle Arg Asn Gly lle Thr Ser Phe Asp Tyr Glu 445 440 435 10
Met lle Lys Ala His Glu Asn Leu GIn Arg Glu Leu Ala Val Asp lle 460 455 450
Ala Phe Ser Val Asn Asn Leu Ala Arg Ala Val Cys Asp Met Ser Asn 480 475 470 465
Leu Gly Asn Lys Glu Ser Asp Phe Leu Leu Trp Lys Arg Asn Asp lle 495 490 485
Ala Asp Lys Leu Lys Asn Lys Asp Asp Met Ala Ser Val Ser Ala Val 510 505 500
Leu GIn Phe Phe Gly Gly Lys Ser Ser Trp Asp lle Asn lle Phe Lys 0 525 520 515
Asp Ala Tyr Lys Gly Lys Lys Lys Tyr Asn Tyr Glu Val Arg Phe lle 540 535 530 15
Asp Asp Leu Arg Lys Ala lle Tyr Cys Ala Arg Asn Glu Asn Phe His 560 555 550 545
Phe Lys Thr Ala Leu Val Asn Asp Glu Lys Trp Asn Thr Glu Leu Phe 575 570 565
Gly Lys lle Phe Glu Arg Glu Thr Glu Phe Cys Leu Asn Val Glu Lys 590 585 580
Asp Arg Phe Tyr Ser Asn Asn Leu Tyr Met Phe Tyr GIn Val Ser Glu 605 600 595
Leu Arg Asn Met Leu Asp His Leu Tyr Ser Arg Ser Val Ser Arg Ala 5 620 615 610
Ala GIn Val Pro Ser Tyr Asn Ser Val lle Val Arg Thr Ala Phe Pro
640 65 630 625
Glu Tyr lle Thr Asn Val Leu Gly Tyr GIn Lys Pro Ser Tyr Asp Ala 655 650 645 5
Asp Thr Leu Gly Lys Trp Tyr Ser Ala Cys Tyr Tyr Leu Leu Lys Glu 670 665 660 lle Tyr Tyr Asn Ser Phe Leu GIn Ser Asp Arg Ala Leu 60 Leu Phe 685 680 675
Glu Lys Ser Val Lys Thr Leu Ser Trp Asp Asp Lys Lys Gin GIn Arg 700 695 690
Ala Val Asp Asn Phe Lys Asp His Phe Ser Asp lle Lys Ser Ala Cys 720 715 710 705
Thr Ser Leu Ala GIn Val Cys GIn lle Tyr Met Thr Glu Tyr Asn GIn 5 735 730 725 ‏دا‎ Asn Asn GIn lle Lys Lys Val Arg Ser Ser Asn Asp Ser lle Phe 750 745 740 10
Asp Gin Pro Val Tyr Gin His Tyr Lys Val Leu Leu Lys Lys Ala lle 765 760 755
Ala Asn Ala Phe Ala Asp Tyr Leu Lys Asn Asn Lys Asp Leu Phe Gly 780 775 770
Phe lle Gly Lys Pro Phe Lys Ala Asn Glu lle Arg Glu lle Asp Lys 800 795 790 785
Glu GIn Phe Leu Pro Asp Trp Thr Ser Arg Lys Tyr Glu Ala Leu Cys 815 810 805 lle Glu Val Ser Gly Ser GIn Glu Leu GIn Lys Trp Tyr lle Val Gly 0 830 825 820
Lys Phe Leu Asn Ala Arg Ser Leu Asn Leu Met Val Gly Ser Met Arg 845 840 835 15
Ser Tyr lle GIn Tyr Val Thr Asp lle Lys Arg Arg Ala Ala Ser lle 860 855 850
Gly Asn Glu Leu His Val Ser Val His Asp Val Glu Lys Val Glu Lys 880 875 870 865
Trp Val Gin Val lle Glu Val Cys Ser Leu Leu Ala Ser Arg Thr Ser 895 890 885
Asn GIn Phe Glu Asp Tyr Phe Asn Asp Lys Asp Asp Tyr Ala Arg Tyr 910 905 900
Leu Lys Ser Tyr Val Asp Phe Ser Asn Val Asp Met Pro Ser Glu Tyr 5 925 920 915
Ser Ala Leu Val Asp Phe Ser Asn Glu Glu Gin Ser Asp Leu Tyr Val
940 935 930
Asp Pro Lys Asn Pro Lys Val Asn Arg Asn lle Val His Ser Lys Leu 960 955 950 945 5
Phe Ala Ala Asp His lle Leu Arg Asp lle Val Glu Pro Val Ser Lys 975 970 965
Asp Asn lle Glu Glu Phe Tyr Ser GIn Lys Ala Glu lle Ala Tyr Cys 990 985 980
Lys lle Lys Gly Lys Glu lle Thr Ala Glu Glu Gln Lys Ala Val Leu 1005 1000 995
Lys Tyr ‏0ا©‎ Lys Leu Lys Asn Arg Val Glu Leu Arg Asp lle Val 1020 1015 1010
Glu Tyr Gly Glu lle lle Asn Glu Leu Leu Gly GIn Leu lle Asn 5 1035 1030 1025
Trp Ser Phe Met Arg Glu Arg Asp Leu Leu Tyr Phe Gin Leu Gly 1050 1045 1040 10
Phe His Tyr Asp Cys Leu Arg Asn Asp Ser Lys Lys Pro Glu Gly 1065 1060 1055
Tyr Lys Asn lle Lys Val Asp Glu Asn Ser lle Lys Asp Ala lle 1080 1075 1070
Leu Tyr ‏ا‎ lle lle Gly Met Tyr Val Asn Gly Val Thr Val Tyr 1095 1090 1085
Ala Pro Glu Lys Asp Gly Asp Lys Leu Lys Glu GIn Cys Val Lys 1110 1105 1100
Gly Gly Val Gly Val Lys Val Ser Ala Phe His Arg Tyr Ser Lys 0 1125 1120 1115
Tyr Leu Gly Leu Asn Glu Lys Thr Leu Tyr Asn Ala Gly Leu Glu 1140 1135 1130 15 lle Phe Glu Val Val Ala Glu His Glu Asp lle lle Asn Leu Arg 1155 1150 1145
Asn Gly lle Asp His Phe Lys Tyr Tyr Leu Gly Asp Tyr Arg Ser 1170 1165 1160
Met Leu Ser lle Tyr Ser Glu Val Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr 1185 1180 1175
Asp lle Lys Tyr Gln Lys Asn Val Leu Asn Leu Leu Gin Asn lle 1200 1195 1190
Leu Leu Arg His Asn Val lle Val Glu Pro lle Leu Glu Ser Gly 15 1215 1210 1205
Phe Lys Thr lle Gly Glu Gin Thr Lys Pro Gly Ala Lys Leu Ser
1230 1225 1220 lle Arg Ser lle Lys Ser Asp Thr Phe GIn Tyr Lys Val Lys Gly 1245 1240 1235 5
Gly Thr Leu lle Thr Asp Ala Lys Asp Glu Arg Tyr Leu Glu Thr 1260 1255 1250 lle Arg Lys lle Leu Tyr Tyr Ala Glu Asn Glu Glu Asp Asn Leu 1275 1270 1265
Lys Lys Ser Val Val Val Thr Asn Ala Asp Lys Tyr Glu Lys Asn 1290 1285 1280
Lys Glu Ser Asp Asp GIn Asn Lys Gin Lys Glu Lys Lys Asn Lys 1305 1300 1295
Asp Asn Lys Gly Lys Lys Asn Glu Glu Thr Lys Ser Asp Ala Glu 5 1320 1315 1310
Lys Asn Asn Asn Glu Arg Leu Ser Tyr Asn Pro Phe Ala Asn Leu 1335 1330 1325 10
Asn Phe Lys Leu Ser Asn 1340 312 <210> 1373 <211>
PRT <212>
Eubacteriaceae bacterium CHKCIQ04 >213< 312 <400>
Met Lys lle Ser Lys Glu Ser His Lys Arg Thr Ala Val Ala Val Met 5 10 5 1
Glu Asp Arg Val Gly Gly Val Val Tyr Val Pro Gly Gly Ser Gly lle 25 20 10
Asp Leu Ser Asn Asn Leu Lys Lys Arg Ser Met Asp Thr Lys Ser Leu 40 35 15
Tyr Asn Val Phe Asn Gin lle Gln Ala Gly Thr Ala Pro Ser Glu Tyr 60 55 50
Glu Trp Lys Asp Tyr Leu Ser Glu Ala Glu Asn Lys Lys Arg Glu Ala 80 75 70 65 ‏داك‎ Lys Met lle ‏ماى‎ Lys Ala Asn Tyr Glu Leu Arg Arg Glu Cys Glu 95 90 85
Asp Tyr Ala Lys Lys Ala Asn Leu Ala Val Ser Arg lle lle Phe Ser 10 110 105 100
Lys Lys Pro Lys Lys lle Phe Ser Asp Asp Asp lle lle Ser His Met 125 120 115 15
Lys Lys GIn Arg Leu Ser Lys Phe Lys Gly Arg Met Glu Asp Phe Val 140 135 130
Leu lle Ala Leu Arg Lys Ser Leu Val Val Ser Thr Tyr Asn Gin Glu 160 155 150 145
Val Phe Asp Ser Arg Lys Ala Ala Thr Val Phe Leu Lys Asn lle Gly 175 170 165
Lys Lys Asn lle Ser Ala Asp Asp Glu Arg Gin lle Lys GIn Leu Met 190 185 180
Ala Leu lle Arg Glu Asp Tyr Asp Lys Trp Asn Pro Asp Lys Asp Ser 15 205 200 195
Ser Asp Lys Lys Glu Ser Ser Gly Thr Lys Val lle Arg Ser lle Glu
220 215 210
His GIn Asn Met Val lle ‏ماى‎ Pro Glu Lys Asn Lys Leu Ser Leu Ser 240 235 230 225 5
Lys lle Ser Asn Val Gly Lys Lys Thr Lys Thr Lys Gin Lys Glu Lys 255 250 245
Ala Gly Leu Asp Ala Phe Leu Lys Glu Tyr Ala GIn lle Asp Glu Asn 270 265 260
Ser Arg Met Glu Tyr Leu Lys Lys Leu Arg Arg Leu Leu Asp Thr Tyr 285 280 275
Phe Ala Ala Pro Ser Ser Tyr lle Lys Gly Ala Ala Val Ser Leu Pro 300 295 290
Glu Asn lle Asn Phe Ser Ser Glu Leu Asn Val Trp Glu Arg His Glu 5 320 315 310 305
Ala Ala Lys Lys Val Asn lle Asn Phe Val Glu lle Pro Glu Ser Leu 335 330 325 10
Leu Asn Ala Glu Gln Asn Asn Asn Lys lle Asn Lys Val Glu Gin Glu 350 345 340
His Ser Leu Glu GIn Leu Arg Thr Asp lle Arg Arg Arg Asn lle Thr 365 360 355
Cys Tyr His Phe Ala Asn Ala Leu Ala Ala Asp Glu Arg Tyr His Thr 380 375 370
Leu Phe Phe Glu Asn Met Ala Met Asn Gln Phe Trp lle His His Met 400 395 390 385
Glu Asn Ala Val Glu Arg lle Leu Lys Lys Cys Asn Val Gly Thr Leu 0 415 410 405
Phe Lys Leu Arg lle Gly Tyr Leu Ser Glu Lys Val Trp Lys Asp Met 430 425 420 15
Leu Asn Leu Leu Ser lle Lys Tyr lle Ala Leu Gly Lys Ala Val Tyr 445 440 435
His Phe Ala Leu Asp Asp lle Trp Lys Ala Asp lle Trp Lys Asp Ala 460 455 450
Ser Asp Lys Asn Ser Gly Lys lle Asn Asp Leu Thr Leu Lys Gly lle 480 475 470 465
Ser Ser Phe Asp Tyr Glu Met Val Lys Ala Gin Glu Asp Leu Gin Arg 495 490 485
Glu Met Ala Val Gly Val Ala Phe Ser Thr Asn Asn Leu Ala Arg Val 15 510 505 500
Thr Cys Lys Met Asp Asp Leu Ser Asp Ala Glu Ser Asp Phe Leu Leu
525 520 515
Trp Asn Lys Glu Ala lle Arg Arg His Val Lys Tyr Thr Glu Lys Gly 540 535 530 5
Glu lle Leu Ser Ala lle Leu Gin Phe Phe Gly Gly Arg Ser Leu Trp 560 555 550 545
Asp Glu Ser Leu Phe Glu Lys Ala Tyr Ser Asp Ser Asn Tyr Glu Leu 575 570 565
Lys Phe Leu Asp Asp Leu Lys Arg Ala lle Tyr Ala Ala Arg Asn Glu 590 585 580
Thr Phe His Phe Lys Thr Ala Ala lle Asp Gly Gly Ser Trp Asn Thr 605 600 595
Arg Leu Phe Gly Ser Leu Phe Glu Lys Glu Ala Gly Leu Cys Leu Asn 5 620 615 610
Val Glu Lys Asn Lys Phe Tyr Ser Asn Asn Leu Val Leu Phe Tyr Lys 640 635 630 625 10
Gln Glu Asp Leu Arg Val Phe Leu Asp Lys Leu Tyr Gly Lys Glu Cys 655 650 645
Ser Arg Ala Ala Gin lle Pro Ser Tyr Asn Thr lle Leu Pro Arg Lys 670 665 660
Ser Phe Ser Asp Phe Met Lys Gin Leu Leu Gly Leu Lys Glu Pro Val 685 680 675
Tyr Gly Ser Ala lle Leu Asp GIn Trp Tyr Ser Ala Cys Tyr Tyr Leu 700 695 690
Phe Lys Glu Val Tyr Tyr Asn Leu Phe Leu GIn Asp Ser Ser Ala Lys 0 720 715 710 705
Ala Leu Phe Glu Lys Ala Val Lys Ala Leu Lys Gly Ala Asp Lys Lys 735 730 725 15
Gln Glu Lys Ala Val Glu Ser Phe Arg Lys Arg Tyr Trp Glu lle Ser 750 745 740
Lys Asn Ala Ser Leu Ala Glu lle Cys GIn Ser Tyr lle Thr Glu Tyr 765 760 755
Asn GIn GIn Asn Asn Lys Glu Arg Lys Val Arg Ser Ala Asn Asp Gly 780 775 770
Met Phe Asn Glu Pro lle Tyr Gin His Tyr Lys Met Leu Leu Lys Glu 800 795 790 785
Ala Leu Lys Met Ala Phe Ala Ser Tyr lle Lys Asn Asp Lys Glu Leu 5 815 810 805
Lys Phe Val Tyr Lys Pro Thr Glu Lys Leu Phe Glu Val Ser Gln Asp
830 825 820
Asn Phe Leu Pro Asn Trp Asn Ser Glu Lys Tyr Asn Thr Leu lle Ser 845 840 835 5
Glu Val Lys Asn Ser Pro Asp Leu GIn Lys Trp Tyr lle Val Gly Lys 860 855 850
Phe Met Asn Ala Arg Met Leu Asn Leu Leu Leu Gly Ser Met Arg Ser 880 875 870 865
Tyr Leu GIn Tyr Val Ser Asp lle Gin Lys Arg Ala Ala Gly Leu Gly 895 890 885
Glu Asn GIn Leu His Leu Ser Ala Glu Asn Val Gly Gin Val Lys Lys 910 905 900
Trp lle Gln Val Leu Glu Val Cys Leu Leu Leu Ser Val Arg lle Ser 5 925 920 915
Asp Lys Phe Thr Asp Tyr Phe Lys Asp Glu Glu Glu Tyr Ala Ser Tyr 940 935 930 10
Leu Lys Glu Tyr Val Asp Phe Glu Asp Ser Ala Met Pro Ser Asp Tyr 960 955 950 945
Ser Ala Leu Leu Ala Phe Ser Asn Glu Gly Lys lle Asp Leu Tyr Val 975 970 965
Asp Ala Ser Asn Pro Lys Val Asn Arg Asn lle lle Gin Ala Lys Leu 990 985 980
Tyr Ala Pro Asp Met Val Leu Lys Lys Val Val Lys Lys lle Ser 0 1005 1000 995
Asp Glu Cys Lys Glu Phe Asn Glu Lys Lys Glu Gin lle Met GIn 0 1020 1015 1010
Phe Lys Asn Lys Gly Asp Glu Val Ser Trp Glu Glu GIn 0 Lys 1035 1030 1025 15 lle Leu Glu Tyr GIn Lys Leu Lys Asn Arg Val Glu Leu Arg Asp 1050 1045 1040
Leu Ser Glu Tyr Gly Glu Leu lle Asn Glu Leu Leu Gly Gin Leu 1065 1060 1055 lle Asn Trp Ser Tyr Leu Arg Glu Arg Asp Leu Leu Tyr Phe Gin 1080 1075 1070
Leu Gly Phe His Tyr Ser Cys Leu Met Asn Glu Ser Lys Lys Pro 1095 1090 1085
Asp Ala Tyr Lys Thr lle Arg Arg Gly Thr Val Ser lle Glu Asn 5 1110 1105 1100
Ala Val Leu Tyr Gin lle lle Ala Met Tyr lle Asn Gly Phe Pro
1125 1120 1115
Val Tyr Ala Pro Glu Lys Gly Glu Leu Lys Pro 60 Cys Lys Thr 1140 1135 1130 5
Gly Ser Ala Gly GIn Lys lle Arg Ala Phe Cys Gin Trp Ala Ser 1155 1150 1145
Met Val Glu Lys Lys Lys Tyr Glu Leu Tyr Asn Ala Gly Leu Glu 1170 1165 1160
Leu Phe Glu Val Val Lys Glu His Asp Asn lle lle Asp Leu Arg 1185 1180 1175
Asn Lys lle Asp His Phe Lys Tyr Tyr GIn Gly Asn Asp Ser lle 1200 1195 1190
Leu Ala Leu Tyr Gly Glu lle Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp 5 1215 1210 1205
Met Lys Tyr Arg Asn Asn Val Leu Asn His Leu 60 Asn lle Leu 1230 1225 1220 10
Leu Arg His Asn Val lle lle Lys Pro lle lle Ser Lys Asp Lys 1245 1240 1235
Lys Glu Val Gly Arg Gly Lys Met Lys Asp Arg Ala Ala Phe Leu 1260 1255 1250
Leu Glu Glu Val Ser Ser Asp Arg Phe Thr Tyr Lys Val Lys Glu 1275 1270 1265
Gly Glu Arg Lys lle Asp Ala Lys Asn Arg Leu Tyr Leu Glu Thr 1290 1285 1280
Val Arg Asp lle Leu Tyr Phe Pro Asn Arg Ala Val Asn Asp Lys 10 1305 1300 1295
Gly Glu Asp Val lle lle Cys Ser Lys Lys Ala Gin Asp Leu Asn 1320 1315 1310 15
Glu Lys Lys Ala Asp Arg Asp Lys Asn His Asp Lys Ser Lys Asp 1335 1330 1325
Thr Asn Gin Lys Lys Glu Gly Lys Asn GIn Glu Glu Lys Ser Glu 1350 1345 1340
Asn Lys Glu Pro Tyr Ser Asp Arg Met Thr Trp Lys Pro Phe Ala 1365 1360 1355
Gly lle Lys Leu Glu 1370 313 <210> 15 1334 <211>
PRT <212>
Lachnospiraceae bacterium NK4A144 <213>
313 <400>
Met Lys lle Ser Lys Val Asp His Thr Arg Met Ala Val Ala Lys Gly 15 10 5 1
Asn GIn His Arg Arg Asp Glu lle Ser Gly lle Leu Tyr Lys Asp Pro 30 25 20
Thr Lys Thr Gly Ser lle Asp Phe Asp Glu Arg Phe Lys Lys Leu Asn 40 35
Cys Ser Ala Lys lle Leu Tyr His Val Phe Asn Gly lle Ala Glu Gly 5 60 55 50
Ser Asn Lys Tyr Lys Asn lle Val Asp Lys Val Asn Asn Asn Leu Asp
80 75 70 65
Arg Val Leu Phe Thr Gly Lys Ser Tyr Asp Arg Lys Ser lle lle Asp 95 90 85 5 lle Asp Thr Val Leu Arg Asn Val Glu Lys lle Asn Ala Phe Asp Arg 110 105 100 lle Ser Thr Glu Glu Arg Glu Gin lle lle Asp Asp Leu Leu Glu lle 125 120 115
Gln Leu Arg Lys Gly Leu Arg Lys Gly Lys Ala Gly Leu Arg Glu Val 140 135 130
Leu Leu lle Gly Ala Gly Val lle Val Arg Thr Asp Lys Lys GIn Glu 160 155 150 145 lle Ala Asp Phe Leu Glu lle Leu Asp Glu Asp Phe Asn Lys Thr Asn 5 175 170 165
Gln Ala Lys Asn lle Lys Leu Ser lle Glu Asn Gin Gly Leu Val Val 190 185 180 10
Ser Pro Val Ser Arg Gly Glu Glu Arg lle Phe Asp Val Ser Gly Ala 205 200 195
Gln Lys Gly Lys Ser Ser Lys Lys Ala Gln Glu Lys Glu Ala Leu Ser 220 215 210
Ala Phe Leu Leu Asp Tyr Ala Asp Leu Asp Lys Asn Val Arg Phe Glu 240 235 230 225
Tyr Leu Arg Lys lle Arg Arg Leu lle Asn Leu Tyr Phe Tyr Val Lys 255 250 245
Asn Asp Asp Val Met Ser Leu Thr Glu lle Pro Ala Glu Val Asn Leu 0 270 265 260
Glu Lys Asp Phe Asp lle Trp Arg Asp His Glu GIn Arg Lys Glu Glu 285 280 275 15
Asn Gly Asp Phe Val Gly Cys Pro Asp lle Leu Leu Ala Asp Arg Asp 300 295 290
Val Lys Lys Ser Asn Ser Lys Gin Val Lys lle Ala Glu Arg Gin Leu 320 315 310 305
Arg Glu Ser lle Arg Glu Lys Asn lle Lys Arg Tyr Arg Phe Ser lle 335 330 325
Lys Thr lle Glu Lys Asp Asp Gly Thr Tyr Phe Phe Ala Asn Lys 0 350 345 340 lle Ser Val Phe Trp lle His Arg lle Glu Asn Ala Val Glu Arg lle 5 365 360 355
Leu Gly Ser lle Asn Asp Lys Lys Leu Tyr Arg Leu Arg Leu Gly Tyr
380 375 370
Leu Gly Glu Lys Val Trp Lys Asp lle Leu Asn Phe Leu Ser lle Lys 400 395 390 385 5
Tyr lle Ala Val Gly Lys Ala Val Phe Asn Phe Ala Met Asp Asp Leu 415 410 405
GIn Glu Lys Asp Arg Asp lle Glu Pro Gly Lys lle Ser Glu Asn Ala 430 425 420
Val Asn Gly Leu Thr Ser Phe Asp Tyr Glu Gin lle Lys Ala Asp Glu 445 440 435
Met Leu GIn Arg Glu Val Ala Val Asn Val Ala Phe Ala Ala Asn Asn 460 455 450
Leu Ala Arg Val Thr Val Asp lle Pro Gin Asn Gly Glu Lys Glu Asp 5 480 475 470 465 lle Leu Leu Trp Asn Lys Ser Asp lle Lys Lys Tyr Lys Lys Asn Ser 495 490 485 10
Lys Lys Gly lle Leu Lys Ser lle Leu Gin Phe Phe Gly Gly Ala Ser 510 505 500
Thr Trp Asn Met Lys Met Phe Glu lle Ala Tyr His Asp 60 Pro Gly 525 520 515
Asp Tyr Glu Glu Asn Tyr Leu Tyr Asp lle lle Gin lle lle Tyr Ser 540 535 530
Leu Arg Asn Lys Ser Phe His Phe Lys Thr Tyr Asp His Gly Asp Lys 560 555 550 545
Asn Trp Asn Arg Glu Leu lle Gly Lys Met lle Glu His Asp Ala Glu 0 575 570 565
Arg Val lle Ser Val Glu Arg Glu Lys Phe His Ser Asn Asn Leu Pro 590 585 580 15
Met Phe Tyr Lys Asp Ala Asp Leu Lys Lys lle Leu Asp Leu Leu Tyr 605 600 595
Ser Asp Tyr Ala Gly Arg Ala Ser Gin Val Pro Ala Phe Asn Thr Val 620 615 610
Leu Val Arg Lys Asn Phe Pro Glu Phe Leu Arg Lys Asp Met Gly Tyr 640 635 630 625
Lys Val His Phe Asn Asn Pro Glu Val Glu Asn Gin Trp His Ser Ala 655 650 645
Val Tyr Tyr Leu Tyr Lys Glu lle Tyr Tyr Asn Leu Phe Leu Arg Asp 5 670 665 660
Lys Glu Val Lys Asn Leu Phe Tyr Thr Ser Leu Lys Asn lle Arg Ser
685 680 675
Glu Val Ser Asp Lys Lys Gin Lys Leu Ala Ser Asp Asp Phe Ala Ser 700 695 690 5
Arg Cys Glu Glu lle Glu Asp Arg Ser Leu Pro Glu lle Cys Gin lle 720 715 710 705 lle Met Thr Glu Tyr Asn Ala Gin Asn Phe Gly Asn Arg Lys Val Lys 735 730 725
Ser GIn Arg Val lle Glu Lys Asn Lys Asp lle Phe Arg His Tyr Lys 750 745 740
Met Leu Leu lle Lys Thr Leu Ala Gly Ala Phe Ser Leu Tyr Leu Lys 765 760 755
GIn Glu Arg Phe Ala Phe lle Gly Lys Ala Thr Pro lle Pro Tyr Glu 5 780 775 770
Thr Thr Asp Val Lys Asn Phe Leu Pro Glu Trp Lys Ser Gly Met Tyr 800 795 790 785 10
Ala Ser Phe Val Glu Glu lle Lys Asn Asn Leu Asp Leu GIn Glu Trp 815 810 805
Tyr lle Val Gly Arg Phe Leu Asn Gly Arg Met Leu Asn GIn Leu Ala 830 825 820
Gly Ser Leu Arg Ser Tyr lle Gin Tyr Ala Glu Asp lle Glu Arg Arg 845 840 835
Ala Ala Glu Asn Arg Asn Lys Leu Phe Ser Lys Pro Asp Glu Lys lle 860 855 850
Glu Ala Cys Lys Lys Ala Val Arg Val Leu Asp Leu Cys lle Lys lle 0 880 875 870 865
Ser Thr Arg lle Ser Ala Glu Phe Thr Asp Tyr Phe Asp Ser Glu Asp 895 890 885 15
Asp Tyr Ala Asp Tyr Leu Glu Lys Tyr Leu Lys Tyr Glin Asp Asp Ala 910 905 900 lle Lys Glu Leu Ser Gly Ser Ser Tyr Ala Ala Leu Asp His Phe Cys 925 920 915
Asn Lys Asp Asp Leu Lys Phe Asp lle Tyr Val Asn Ala Gly GIn Lys 940 935 930
Pro lle Leu GIn Arg Asn lle Val Met Ala Lys Leu Phe Gly Pro Asp 960 955 950 945
Asn lle Leu Ser Glu Val Met Glu Lys Val Thr Glu Ser Ala lle Arg 5 975 970 965
Glu Tyr Tyr Asp Tyr Leu Lys Lys Val Ser Gly Tyr Arg Val Arg Gly
990 985 980
Lys Cys Ser Thr Glu Lys Glu GIn Glu Asp Leu Leu Lys Phe Gin Arg 1005 1000 995 5
Leu Lys Asn Ala Val Glu Phe Arg Asp Val Thr Glu Tyr Ala Glu 1020 1015 1010
Val lle Asn Glu Leu Leu Gly GIn Leu lle Ser Trp Ser Tyr Leu 1035 1030 1025
Arg Glu Arg Asp Leu Leu Tyr Phe GIn Leu Gly Phe His Tyr Met 1050 1045 1040
Cys Leu Lys Asn Lys Ser Phe Lys Pro Ala Glu Tyr Val Asp lle 1065 1060 1055
Arg Arg Asn Asn Gly Thr lle lle His Asn Ala lle Leu Tyr GIn 5 1080 1075 1070 lle Val Ser Met Tyr lle Asn Gly Leu Asp Phe Tyr Ser Cys Asp 1095 1090 1085 10
Lys Glu Gly Lys Thr Leu Lys Pro lle Glu Thr Gly Lys Gly Val 1110 1105 1100
Gly Ser Lys lle Gly Glin Phe lle Lys Tyr Ser GIn Tyr Leu Tyr 1125 1120 1115
Asn Asp Pro Ser Tyr Lys Leu Glu lle Tyr Asn Ala Gly Leu Glu 1140 1135 1130
Val Phe Glu Asn lle Asp Glu His Asp Asn lle Thr Asp Leu Arg 1155 1150 1145
Lys Tyr Val Asp His Phe Lys Tyr Tyr Ala Tyr Gly Asn Lys Met 10 1170 1165 1160
Ser Leu Leu Asp Leu Tyr Ser Glu Phe Phe Asp Arg Phe Phe Thr 1185 1180 1175 15
Tyr Asp Met Lys Tyr GIn Lys Asn Val Val Asn Val Leu Glu Asn 1200 1195 1190 lle Leu Leu Arg His Phe Val lle Phe Tyr Pro Lys Phe Gly Ser 1215 1210 1205
Gly Lys Lys Asp Val Gly lle Arg Asp Cys Lys Lys Glu Arg Ala 1230 1225 1220
Gln lle Glu lle Ser Glu Gin Ser Leu Thr Ser Glu Asp Phe Met 1245 1240 1235
Phe Lys Leu Asp Asp Lys Ala Gly Glu Glu Ala Lys Lys Phe Pro 15 1260 1255 1250
Ala Arg Asp Glu Arg Tyr Leu Gin Thr lle Ala Lys Leu Leu Tyr
1275 1270 1265
Tyr Pro Asn Glu lle Glu Asp Met Asn Arg Phe Met Lys Lys Gly 1290 1285 1280 5
Glu Thr lle Asn Lys Lys Val GIn Phe Asn Arg Lys Lys Lys lle 1305 1300 1295
Thr Arg Lys GIn Lys Asn Asn Ser Ser Asn Glu Val Leu Ser Ser 1320 1315 1310
Thr Met Gly Tyr Leu Phe Lys Asn lle Lys Leu 1330 1325
314 <210> 500 <211>
PRT <212>
Chlorofexus aggregans S1 <213> 314 <400>
Met Thr Asp Gin Val Arg Arg Glu Glu Val Ala Ala Gly Glu Leu Ala 15 10 5 1
Asp Thr Pro Leu Ala Ala Ala GIn Thr Pro Ala Ala Asp Ala Ala Val 30 25 20
Ala Ala Thr Pro Ala Pro Ala Glu Ala Val Ala Pro Thr Pro Glu 0 40 35
Ala Val Asp Gin Pro Ala Thr Thr Gly Glu Ser Glu Ala Pro Val Thr 60 55 50
Thr Ala Gin Ala Ala Ala His Glu Ala Glu Pro Ala Glu Ala Thr Gly 5 80 75 70 65
Ala Ser Phe Thr Pro Val Ser Glu GIn Gin Pro Gln Lys Pro Arg Arg 95 90 85 10
Leu Lys Asp Leu Gin Pro Gly Met Glu Leu Glu Gly Lys Val Thr Ser 110 105 100 lle Ala Leu Tyr Gly lle Phe Val Asp Val Gly Val Gly Arg Asp Gly 125 120 115
Leu Val His lle Ser Glu Met Ser Asp Arg Arg lle Asp Thr Pro Ser 140 135 130
Glu Leu Val Gin lle Gly Asp Thr Val Lys Val Trp Val Lys Ser Val 160 155 150 145
Asp Leu Asp Ala Arg Arg lle Ser Leu Thr Met Leu Asn Pro Ser Arg 0 175 170 165
Gly Glu Lys Pro Arg Arg Ser Arg Gin Ser Gln Pro Ala Gin Pro Gin 190 185 180 15
Pro Arg Arg Gin Glu Val Asp Arg Glu Lys Leu Ala Ser Leu Lys Val 205 200 195
Gly Glu lle Val Glu Gly Val lle Thr Gly Phe Ala Pro Phe Gly Ala 220 215 210
Phe Ala Asp lle Gly Val Gly Lys Asp Gly Leu lle His lle Ser Glu 240 235 230 225
Leu Ser Glu Gly Arg Val Glu Lys Pro Glu Asp Ala Val Lys Val Gly 255 250 245
Glu Arg Tyr GIn Phe Lys Val Leu Glu lle Asp Gly Glu Gly Thr Arg 5 270 265 260 lle Ser Leu Ser Leu Arg Arg Ala GIn Arg Thr Gin Arg Met Gln GIn
285 280 275
Leu Glu Pro Gly Gin lle lle Glu Gly Thr Val Ser Gly lle Ala Thr 300 295 290 5
Phe Gly Ala Phe Val Asp lle Gly Val Gly Arg Asp Gly Leu Val His 320 315 310 305 lle Ser Ala Leu Ala Pro His Arg Val Ala Lys Val Glu Asp Val Val 335 330 325
Lys Val Gly Asp Lys Val Lys Val Lys Val Leu Gly Val Asp Pro Gin 350 345 340
Ser Lys Arg lle Ser Leu Thr Met Arg Leu Glu Glu Glu 60 Pro Ala 365 360 355
Thr Thr Ala Gly Asp Glu Ala Ala Glu Pro Ala Glu Glu Val Thr Pro 5 380 375 370
Thr Arg Arg Gly Asn Leu Glu Arg Phe Ala Ala Ala Ala Gin Thr Ala 400 395 390 385 10
Arg Glu Arg Ser Glu Arg Gly Glu Arg Ser Glu Arg Gly Glu Arg Arg 415 410 405
Glu Arg Arg Glu Arg Arg Pro Ala 60 Ser Ser Pro Asp Thr Tyr lle 430 425 420
Val Gly Glu Asp Asp Asp Glu Ser Phe Glu Gly Asn Ala Thr lle Glu 445 440 435
Asp Leu Leu Thr Lys Phe Gly Gly Ser Ser Ser Arg Arg Asp Arg Asp 460 455 450
Arg Arg Arg Arg His Glu Asp Asp Asp Asp Glu Glu Met Glu Arg Pro 10 480 475 470 465
Ser Asn Arg Arg GIn Arg Glu Ala lle Arg Arg Thr Leu GIn Gin lle 495 490 485 15
Gly Tyr Asp Glu 500
315 <210> 249 <211>
PRT <212> 5
Demequina aurantiaca <213> 315 <400>
Met Asp Leu Thr Trp His Ala Leu Leu lle Leu Phe lle Val Ala Leu 10 10 5 1
Leu Ala Gly Phe Leu Asp Thr Leu Ala Gly Gly Gly Gly Leu Leu Thr 25 20 15
Val Pro Ala Leu Leu Leu Thr Gly lle Pro Pro Leu GIn Ala Leu Gly 40 35
Thr Asn Lys Leu 60 Ser Ser Phe Gly Thr Gly Met Ala Thr Tyr Gin 60 55 50
Val lle Arg Lys Lys Arg Val His Trp Arg Asp Val Arg Trp Pro Met 80 75 70 65
Val Trp Ala Phe Leu Gly Ser Ala Ala Gly Ala Val Ala Val Gin Phe 95 90 85 lle Asp Thr Asp Ala Leu Leu lle lle lle Pro Val Val Leu Ala Leu 15 110 105 100
Val Ala Ala Tyr Phe Leu Phe Val Pro Lys Ser His Leu Pro Pro Pro
125 120 115
Glu Pro Arg Met Ser Asp Pro Ala Tyr Glu Ala Thr Leu Val Pro lle 140 135 130 5 lle Gly Ala Tyr Asp Gly Ala Phe Gly Pro Gly Thr Gly Ser Leu Tyr 160 155 150 145
Ala Leu Ser Gly Val Ala Leu Arg Ala Lys Thr Leu Val Gln Ser Thr 175 170 165
Ala lle Ala Lys Thr Leu Asn Phe Ala Thr Asn Phe Ala Ala Leu Leu 190 185 180
Val Phe Ala Phe Ala Gly His Met Leu Trp Thr Val Gly Ala Val Met 205 200 195 lle Ala Gly Gin Leu lle Gly Ala Tyr Ala Gly Ser His Met Leu Phe 5 220 215 210
Arg Val Asn Pro Leu Val Leu Arg Val Leu lle Val Val Met Ser Leu 240 235 230 225 0
Gly Met Leu lle Arg Val Leu Leu Asp 245 316 <210> 1235 <211>
PRT <212>
Thalassospira sp. TSL5-1 <213> 316 <400>
Met Arg lle lle Lys Pro Tyr Gly Arg Ser His Val Glu Gly Val Ala 5 10 5 1
Thr Gln Glu Pro Arg Arg Lys Leu Arg Leu Asn Ser Ser Pro Asp lle 25 20 10
Ser Arg Asp lle Pro Gly Phe Ala GIn Ser His Asp Ala Leu lle lle 40 35 15
Ala GIn Trp lle Ser Ala lle Asp Lys lle Ala Thr Lys Pro Lys Pro 60 55 50
Asp Lys Lys Pro Thr Gin Ala Gin lle Asn Leu Arg Thr Thr Leu Gly 80 75 70 65
Asp Ala Ala Trp GIn His Val Met Ala Glu Asn Leu Leu Pro Ala Ala 95 90 85
Thr Asp Pro Ala lle Arg Glu Lys Leu His Leu lle Trp 60 Ser Lys 0 110 105 100 lle Ala Pro Trp Gly Thr Ala Arg Pro Gin Ala Glu Lys Asp Gly Lys 125 120 115 15
Pro Thr Pro Lys Gly Gly Trp Tyr Glu Arg Phe Cys Gly Val Leu Ser 140 135 130
Pro Glu Ala lle Thr Gln Asn Val Ala Arg Gin lle Ala Lys Asp lle 160 155 150 145
Tyr Asp His Leu His Val Ala Ala Lys Arg Lys Gly Arg Glu Pro Ala 175 170 165
Lys Gln Gly Glu Ser Ser Asn Lys Pro Gly Lys Phe Lys Pro Asp Arg 190 185 180
Lys Arg Gly Leu lle Glu Glu Arg Ala Glu Ser lle Ala Lys Asn Ala 5 205 200 195
Leu Arg Pro Gly Ser His Ala Pro Cys Pro Trp Gly Pro Asp Asp Gin
220 215 210
Ala Thr Tyr Glu ‏ماك‎ Ala Gly Asp Val Ala Gly GIn lle Tyr Ala Ala 240 235 230 225 5
Ala Arg Asp Cys Leu Glu Glu Lys Lys Arg Arg Ser Gly Asn Arg Asn 255 250 245
Thr Ser Ser Val Gin Tyr Leu Pro Arg Asp Leu Ala Ala Lys lle Leu 270 265 260
Tyr Ala GIn Tyr Gly Arg Val Phe Gly Pro Asp Thr Thr lle Lys Ala 285 280 275
Ala Leu Asp Glu Gin Pro Ser Leu Phe Ala Leu His Lys Ala lle Lys 300 295 290
Asp Cys Tyr His Arg Leu lle Asn Asp Ala Arg Lys Arg Asp lle Leu 5 320 315 310 305
Arg lle Leu Pro Arg Asn Met Ala Ala Leu Phe Arg Leu Val Arg Ala 335 330 325 10
Gln Tyr Asp Asn Arg Asp lle Asn Ala Leu lle Arg Leu Gly Lys Val 350 345 340 lle His Tyr His Ala Ser Glu 0 Gly Lys Ser Glu His His Gly lle 365 360 355
Arg Asp Tyr Trp Pro Ser Gln GIn Asp lle Gin Asn Ser Arg Phe Trp 380 375 370
Gly Ser Asp Gly GIn Ala Asp lle Lys Arg His Glu Ala Phe Ser Arg 400 395 390 385 lle Trp Arg His lle lle Ala Leu Ala Ser Arg Thr Leu His Asp Trp 0 415 410 405
Ala Asp Pro His Ser Gin Lys Phe Ser Gly Glu Asn Asp Asp lle Leu 430 425 420 15
Leu Leu Ala Lys Asp Ala lle Glu Asp Asp Val Phe Lys Ala Gly His 445 440 435
Tyr Glu Arg Lys Cys Asp Val Leu Phe Gly Ala Gin Ala Ser Leu Phe 460 455 450
Cys Gly Ala Glu Asp Phe Glu Lys Ala lle Leu Lys Gin Ala lle Thr 480 475 470 465
Gly Thr Gly Asn Leu Arg Asn Ala Thr Phe His Phe Lys Gly Lys Val 495 490 485
Arg Phe Glu Lys Glu Leu GIn Glu Leu Thr Lys Asp Val Pro Val Glu 5 510 505 500
Val GIn Ser Ala lle Ala Ala Leu Trp GIn Lys Asp Ala Glu Gly Arg
525 520 515
Thr Arg Gin lle Ala Glu Thr Leu Gin Ala Val Leu Ala Gly His Phe 540 535 530 5
Leu Thr Glu Glu Gin Asn Arg His lle Phe Ala Ala Leu Thr Ala Ala 560 555 550 545
Met Ala Gin Pro Gly Asp Val Pro Leu Pro Arg Leu Arg Arg Val Leu 575 570 565
Ala Arg His Asp Ser lle Cys GIn Arg Gly Arg lle Leu Pro Leu Ser 590 585 580
Pro Cys Pro Asp Arg Ala Lys Leu Glu Glu Ser Pro Ala Leu Thr Cys 605 600 595
GIn Tyr Thr Val Leu Lys Met Leu Tyr Asp Gly Pro Phe Arg Ala Trp 5 620 615 610
Leu Ala 60 Gln Asn Ser Thr lle Leu Asn His Tyr lle Asp Ser Thr 640 635 630 625 10 lle Ala Arg Thr Asp Lys Ala Ala Arg Asp Met Asn Gly Arg Lys Leu 655 650 645
Ala GIn Ala Glu Lys Asp Leu lle Thr Ser Arg Ala Ala Asp Leu Pro 670 665 660
Arg Leu Ser Val Asp Glu Lys Met Gly Asp Phe Leu Ala Arg Leu Thr 685 680 675
Ala Ala Thr Ala Thr Glu Met Arg Val Gin Arg Gly Tyr Gln Ser Asp 700 695 690
Gly Glu Asn Ala Gin Lys Gin Ala Ala Phe lle Gly GIn Phe Glu Cys 0 720 715 710 705
Asp Val lle Gly Arg Ala Phe Ala Asp Phe Leu Asn Gin Ser Gly Phe 735 730 725 15
Asp Phe Val Leu Lys Leu Lys Ala Asp Thr Pro Gin Pro Asp Ala Ala 750 745 740
‏داك‎ Cys Asp Val Thr Ala Leu lle Ala Pro Asp Asp lle Ser Val Ser 765 760 755
Pro Pro GIn Ala Trp Gln GIn Val Leu Tyr Phe lle Leu His Leu Val 780 775 770
Pro Val Asp Asp Ala Ser His Leu Leu His GIn lle Arg Lys Trp 0 800 795 790 785
Val Leu Glu Gly Lys Glu Lys Pro Ala Gin lle Ala His Asp Val GIn 5 815 810 805
Ser Val Leu Met Leu Tyr Leu Asp Met His Asp Ala Lys Phe Thr Gly
830 825 820
Gly Ala Ala Leu His Gly lle Glu Lys Phe Ala Glu Phe Phe Ala His 845 840 835 5
Ala Ala Asp Phe Arg Ala Val Phe Pro Pro Gin Ser Leu GIn Asp 0 860 855 850
Asp Arg Ser lle Pro Arg Arg Gly Leu Arg Glu lle Val Arg Phe Gly 880 875 870 865
His Leu Pro Leu Leu GIn His Met Ser Gly Thr Val GIn lle Thr His 895 890 885
Asp Asn Val Val Ala Trp GIn Ala Ala Arg Thr Ala Gly Ala Thr Gly 910 905 900
Met Ser Pro lle Ala Arg Arg GIn Lys GIn Arg Glu Glu Leu His Ala 5 925 920 915
Leu Ala Val Glu Arg Thr Ala Arg Phe Arg Asn Ala Asp Leu GIn Asn 940 935 930 10
Tyr Met His Ala Leu Val Asp Val lle Lys His Arg Gln Leu Ser Ala 960 955 950 945 ‏ماك‎ Val Thr Leu Ser Asp GIn Val Arg Leu His Arg Leu Met Met Gly 975 970 965
Val Leu Gly Arg Leu Val Asp Tyr Ala Gly Leu Trp Glu Arg Asp Leu 990 985 980
Tyr Phe Val Val Leu Ala Leu Leu Tyr His His Gly Ala Thr Pro Asp 1005 1000 995
Asp Val Phe Lys Gly 60 Gly Lys Lys Asn Leu Ala Asp Gly GIn 0 1020 1015 1010
Val Val Ala Ala Leu Lys Pro Lys Asn Arg Lys Ala Ala Ala Pro 1035 1030 1025 15
Val Gly Val Phe Asp Asp Leu Asp His Tyr Gly lle Tyr Gln Asp 1050 1045 1040
Asp Arg Gin Ser lle Arg Asn Gly Leu Ser His Phe Asn Met Leu 1065 1060 1055
Arg Gly Gly Lys Ala Pro Asp Leu Ser His Trp Val Asn GIn Thr 1080 1075 1070
Arg Ser Leu Val Ala His Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val Ala 1095 1090 1085
Lys Ser Val lle Glu Met Leu Ala Arg Glu Gly Phe Asp Leu Asp 5 1110 1105 1100
Trp Gly lle GIn Thr Asp Arg Gly GIn His lle Leu Ser His Gly
1125 1120 1115
Lys lle Arg Thr Arg GIn Ala GIn His Phe 60 Lys Ser Arg Leu 1140 1135 1130 5
His lle Val Lys Lys Ser Ala Lys Pro Asp Lys Asn Asp Thr Val 1155 1150 1145
Lys lle Arg Glu Asn Leu His Gly Asp Ala Met Val Glu Arg Val 1170 1165 1160
Val GIn Leu Phe Ala Ala Gin Val GIn Lys Arg Tyr Asp lle Thr 1185 1180 1175
Val Glu Lys Arg Leu Asp His Leu Phe Leu Lys Pro Gin Asp Gin 1200 1195 1190
Lys Gly Lys Asn Gly lle His Thr His Asn Gly Trp Ser Lys Thr 5 1215 1210 1205
Glu Lys Lys Arg Arg Pro Ser Arg Glu Asn Arg Lys Gly Asn His 1230 1225 1220 10
Glu Asn 1235 317 <210> 1312 <211>
PRT <212>
Pseudobutyrivibrio sp. OR37 >213< 317 <400>
Met Lys Phe Ser Lys Glu Ser His Arg Lys Thr Ala Val Gly Val Thr 5 10 5 1
Glu Ser Asn Gly lle lle Gly Leu Leu Tyr Lys Asp Pro Leu Asn Glu 25 20 10
Lys Glu Lys lle Glu Asp Val Val Asn GIn Arg Ala Asn Ser Thr Lys 40 35 15
Arg Leu Phe Asn Leu Phe Gly Thr Glu Ala Thr Ser Lys Asp lle Ser 60 55 50
Arg Ala Ser Lys Asp Leu Ala Lys Val Val Asn Lys Ala lle Gly Asn 80 75 70 65
Leu Lys Gly Asn Lys Lys Phe Asn Lys Lys Glu Gin lle Thr Lys Gly 95 90 85
Leu Asn Thr Lys lle lle Val Glu Glu Leu Lys Asn Val Leu Lys Asp 10 110 105 100
Glu Lys Lys Leu lle Val Asn Lys Asp lle lle Asp Glu Ala Cys Ser 125 120 115 15
Arg Leu Leu Lys Thr Ser Phe Arg Thr Ala Lys Thr Lys Gin Ala Val 140 135 130
Lys Met lle Leu Thr Ala Val Leu lle Glu Asn Thr Asn Leu Ser Lys 160 155 150 145
Glu Asp Glu Ala Phe Val His Glu Tyr Phe Val Lys Lys Leu Val Asn 175 170 165
Glu Tyr Asn Lys Thr Ser Val Lys Lys Gin lle Pro Val Ala Leu Ser 190 185 180
Asn GIn Asn Met Val lle Gln Pro Asn Ser Val Asn Gly Thr Leu Glu 5 205 200 195 lle Ser Glu Thr Lys Lys Ser Lys Glu Thr Lys Thr Thr Glu Lys Asp
220 215 210
Ala Phe Arg Ala Phe Leu Arg Asp Tyr Ala Thr Leu Asp Glu Asn Arg 240 235 230 225 5
Arg His Lys Met Arg Leu Cys Leu Arg Asn Leu Val Asn Leu Tyr Phe 255 250 245
Tyr Gly Glu Thr Ser Val Ser Lys Asp Asp Phe Asp Glu Trp Arg Asp 270 265 260
His Glu Asp Lys Lys GIn Asn Asp Glu Leu Phe Val Lys Lys lle Val 285 280 275
Ser lle Lys Thr Asp Arg Lys Gly Asn Val Lys Glu Val Leu Asp Val 300 295 290
Asp Ala Thr lle Asp Ala lle Arg Thr Asn Asn lle Ala Cys Tyr Arg 5 320 315 310 305
Arg Ala Leu Ala Tyr Ala Asn Glu Asn Pro Asp Val Phe Phe Ser Asp 335 330 325 10
Thr Met Leu Asn Lys Phe Trp lle His His Val Glu Asn Glu Val Glu 350 345 340
Arg lle Tyr Gly His lle Asn Asn Asn Thr Gly Asp Tyr Lys Tyr 60 365 360 355
Leu Gly Tyr Leu Ser Glu Lys Val Trp Lys Gly lle lle Asn Tyr Leu 380 375 370
Ser lle Lys Tyr lle Ala Glu Gly Lys Ala Val Tyr Asn Tyr Ala Met 400 395 390 385
Asn Ala Leu Ala Lys Asp Asn Asn Ser Asn Ala Phe Gly Lys Leu Asp 0 415 410 405
Glu Lys Phe Val Asn Gly lle Thr Ser Phe Glu Tyr Glu Arg lle Lys 430 425 420 15
Ala Glu Glu Thr Leu GIn Arg Glu Cys Ala Val Asn lle Ala Phe Ala 445 440 435
Ala Asn His Leu Ala Asn Ala Thr Val Asp Leu Asn Glu Lys Asp Ser 460 455 450
Asp Phe Leu Leu Leu Lys His Glu Asp Asn Lys Asp Thr Leu Gly Ala 480 475 470 465
Val Ala Arg Pro Asn lle Leu Arg Asn lle Leu Gin Phe Phe Gly Gly 495 490 485
Lys Ser Arg Trp Asn Asp Phe Asp Phe Ser Gly lle Asp Glu lle GIn 5 510 505 500
Leu Leu Asp Asp Leu Arg Lys Met lle Tyr Ser Leu Arg Asn Ser Ser
525 520 515
Phe His Phe Lys Thr Glu Asn lle Asp Asn Asp Ser Trp Asn Thr Lys 540 535 530 5
Leu lle Gly Asp Met Phe Ala Tyr Asp Phe Asn Met Ala Gly Asn Val 560 555 550 545
Gln Lys Asp Lys Met Tyr Ser Asn Asn Val Pro Met Phe Tyr Ser Thr 575 570 565
Ser Asp lle Glu Lys Met Leu Asp Arg Leu Tyr Ala Glu Val His Glu 590 585 580
Arg Ala Ser GIn Val Pro Ser Phe Asn Ser Val Phe Val Arg Lys Asn 605 600 595
Phe Pro Asp Tyr Leu Lys Asn Asp Leu Lys lle Thr Ser Ala Phe Gly 5 620 615 610
Val Asp Asp Ala Leu Lys Trp GIn Ser Ala Val Tyr Tyr Val Cys Lys 640 635 630 625 10
Glu lle Tyr Tyr Asn Asp Phe Leu Gin Asn Pro Glu Thr Phe Thr Met 655 650 645
Leu Lys Asp Tyr Val 60 Cys Leu Pro lle Asp lle Asp Lys Ser Met 670 665 660
Asp Gin Lys Leu Lys Ser Glu Arg Asn Ala His Lys Asn Phe Lys Glu 685 680 675
Ala Phe Ala Thr Tyr Cys Lys Glu Cys Asp Ser Leu Ser Ala lle Cys 700 695 690
GIn Met lle Met Thr Glu Tyr Asn Asn Gin Asn Lys Gly Asn Arg Lys 0 720 715 710 705
Val lle Ser Ala Arg Thr Lys Asp Gly Asp Lys Leu lle Tyr Lys His 735 730 725 15
Tyr Lys Met lle Leu Phe Glu Ala Leu Lys Asn Val Phe Thr lle Tyr 750 745 740
Leu Glu Lys Asn lle Asn Thr Tyr Gly Phe Leu Lys Lys Pro Lys Leu 765 760 755 lle Asn Asn Val Pro Ala lle Glu Glu Phe Leu Pro Asn Tyr Asn Gly 780 775 770
Arg ‏0اى‎ Tyr Glu Thr Leu Val Asn Arg lle Thr Glu Glu Thr Glu Leu 800 795 790 785
GIn Lys Trp Tyr lle Val Gly Arg Leu Leu Asn Pro Lys ‏م6‎ Val Asn 5 815 810 805
Gin Leu lle Gly Asn Phe Arg Ser Tyr Val Gin Tyr Val Asn Asp Val
830 825 820
Ala Arg Arg Ala Lys GIn Thr Gly Asn Asn Leu Ser Asn Asp Asn lle 845 840 835 5
Ala Trp Asp Val Lys Asn lle lle Gin lle Phe Asp Val Cys Thr Lys 860 855 850
Leu Asn Gly Val Thr Ser Asn lle Leu Glu Asp Tyr Phe Asp Asp Gly 880 875 870 865
Asp Asp Tyr Ala Arg Tyr Leu Lys Asn Phe Val Asp Tyr Thr Asn Lys 895 890 885
Asn Asn Asp His Ser Ala Thr Leu Leu Gly Asp Phe Cys Ala Lys Glu 910 905 900 lle Asp Gly lle Lys lle Gly lle Tyr His Asp Gly Thr Asn Pro lle 5 925 920 915
Val Asn Arg Asn lle lle GIn Cys Lys Leu Tyr Gly Ala Thr Gly lle 940 935 930 10 lle Ser Asp Leu Thr Lys Asp Gly Ser lle Leu Ser Val Asp Tyr Glu 960 955 950 945 lle lle Lys Lys Tyr Met Gln Met Gin Lys Glu lle Lys Val Tyr GIn 975 970 965
Gln Lys Gly lle Cys Lys Thr Lys Glu Glu GIn Gin Asn Leu Lys Lys 990 985 980
Tyr Gln Glu Leu Lys Asn lle Val Glu Leu Arg Asn lle lle Asp Tyr 1005 1000 995
Ser Glu lle Leu Asp Glu Leu Gin Gly GIn Leu lle Asn Trp Gly 0 1020 1015 1010
Tyr Leu Arg Glu Arg Asp Leu Met Tyr Phe Gin Leu Gly Phe His 1035 1030 1025 15
Tyr Leu Cys Leu His Asn Glu Ser Lys Lys Pro Val Gly Tyr Asn 1050 1045 1040
Asn Ala Gly Asp lle Ser Gly Ala Val Leu Tyr Gin lle Val Ala 1065 1060 1055
Met Tyr Thr Asn Gly Leu Ser Leu lle Asp Ala Asn Gly Lys Ser 1080 1075 1070
Lys Lys Asn Ala Lys Ala Ser Ala Gly Ala Lys Val Gly Ser Phe 1095 1090 1085
Cys Ser Tyr Ser Lys Glu lle Arg Gly Val Asp Lys Asp Thr Lys 15 1110 1105 1100
Glu Asp Asp Asp Pro lle Tyr Leu Ala Gly Val Glu Leu Phe Glu
1125 1120 1115
Asn lle Asn Glu His GIn Gin Cys lle Asn Leu Arg Asn Tyr lle 1140 1135 1130 5
Glu His Phe His Tyr Tyr Ala Lys His Asp Arg Ser Met Leu Asp 1155 1150 1145
Leu Tyr Ser Glu Val Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp Met Lys 1170 1165 1160
Tyr Thr Lys Asn Val Pro Asn Met Met Tyr Asn lle Leu Leu Gin 1185 1180 1175
His Leu Val Val Pro Ala Phe Glu Phe Gly Ser Ser Glu Lys Arg 1200 1195 1190
Leu Asp Asp Asn Asp Glu GIn Thr Lys Pro Arg Ala Met Phe Thr 5 1215 1210 1205
Leu Arg Glu Lys Asn Gly Leu Ser Ser Glu Gin Phe Thr Tyr Arg 1230 1225 1220 10
Leu Gly Asp Gly Asn Ser Thr Val Lys Leu Ser Ala Arg Gly Asp 1245 1240 1235
Asp Tyr Leu Arg Ala Val Ala Ser Leu Leu Tyr Tyr Pro Asp Arg 1260 1255 1250
Ala Pro Glu Gly Leu lle Arg Asp Ala Glu Ala Glu Asp Lys Phe 1275 1270 1265
Ala Lys lle Asn His Ser Asn Pro Lys Ser Asp Asn Arg Asn Asn 1290 1285 1280
Arg Gly Asn Phe Lys Asn Pro Lys Val ‏ماك‎ Trp Tyr Asn Asn Lys 10 1305 1300 1295
Thr Lys Arg Lys 1310 15 318 <210> 1343 <211>
PRT <212>
Butyrivibrio sp. YAB3001 <213> 318 <400>
Met Lys lle Ser Lys Val Asp His Arg Lys Thr Ala Val Lys lle Thr 10 5 1
Asp Asn Lys Gly Ala Glu Gly Phe lle Tyr Gin Asp Pro Thr Arg Asp 0 25 20
Ser Ser Thr Met Glu Gin lle lle Ser Asn Arg Ala Arg Ser Ser Lys 40 35 15
Val Leu Phe Asn lle Phe Gly Asp Thr Lys Lys Ser Lys Asp Leu Asn 60 55 50
Lys Tyr Thr Glu Ser Leu lle lle Tyr Val Asn Lys Ala lle Lys Ser 80 75 70 65
Leu Lys Gly Asp Lys Arg Asn Asn Lys Tyr Glu Glu lle Thr Glu Ser 95 90 85
Leu Lys Thr Glu Arg Val Leu Asn Ala Leu lle Gin Ala Gly Asn Glu 110 105 100
Phe Thr Cys Ser Glu Asn Asn lle Glu Asp Ala Leu Asn Lys Tyr Leu 15 125 120 115
Lys Lys Ser Phe Arg Val Gly Asn Thr Lys Ser Ala Leu Lys Lys Leu
140 135 130
Leu Met Ala Ala Tyr Cys Gly Tyr Lys Leu Ser lle Glu Glu Lys Glu 160 155 150 145 5
Glu lle GIn Asn Tyr Phe Val Asp Lys Leu Val Lys Glu Tyr Asn Lys 175 170 165
Asp Thr Val Leu Lys Tyr Thr Ala Lys Ser Leu Lys His Gln Asn Met 190 185 180
Val Val Gln Pro Asp Thr Asp Asn His Val Phe Leu Pro Ser Arg lle 205 200 195
Ala Gly Ala Thr GIn Asn Lys Met Ser Glu Lys Glu Ala Leu Thr Glu 220 215 210
Phe Leu Lys Ala Tyr Ala Val Leu Asp Glu Glu Lys Arg His Asn Leu 5 240 235 230 225
Arg lle lle Leu Arg Lys Leu Val Asn Leu Tyr Phe Tyr Glu Ser Pro 255 250 245 10
Asp Phe lle Tyr Pro Glu Asn Asn Glu Trp Lys Glu His Asp Asp Arg 270 265 260
Lys Asn Lys Thr Glu Thr Phe Val Ser Pro Val Lys Val Asn Glu Glu 285 280 275
Lys Asn Gly Lys Thr Phe Val Lys lle Asp Val Pro Ala Thr Lys Asp 300 295 290
Leu lle Arg Leu Lys Asn lle Glu Cys Tyr Arg Arg Ser Val Ala Glu 320 315 310 305
Thr Ala Gly Asn Pro lle Thr Tyr Phe Thr Asp His Asn lle Ser Lys 10 335 330 325
Phe Trp lle His His lle Glu Asn Glu Val Glu Lys lle Phe Ala Leu 350 345 340 15
Leu Lys Ser Asn Trp Lys Asp Tyr Gin Phe Ser Val Gly Tyr lle Ser 365 360 355
Glu Lys Val Trp Lys Glu lle lle Asn Tyr Leu Ser lle Lys Tyr lle 380 375 370
Ala lle Gly Lys Ala Val Tyr Asn Tyr Ala Leu Glu Asp lle Lys Lys 400 395 390 385
Asn Asp Gly Thr Leu Asn Phe Gly Val lle Asp Pro Ser Phe Tyr Asp 415 410 405
Gly lle Asn Ser Phe Glu Tyr Glu Lys lle Lys Ala Glu Glu Thr Phe 15 430 425 420
Gln Arg Glu Val Ala Val Tyr Val Ser Phe Ala Val Asn His Leu Ser
445 440 435
Ser Ala Thr Val Lys Leu Ser Glu Ala Gin Ser Asp Met Leu Val Leu 460 455 450 5
Asn Lys Asn Asp lle Glu Lys lle Ala Tyr Gly Asn Thr Lys Arg Asn 480 475 470 465 lle Leu Gin Phe Phe Gly Gly GIn Ser Lys Trp Lys Glu Phe Asp Phe 495 490 485
Asp Arg Tyr lle Asn Pro Val Asn Tyr Thr Asp lle Asp Phe Leu Phe 510 505 500
Asp lle Lys Lys Met Val Tyr Ser Leu Arg Asn Glu Ser Phe His Phe 525 520 515
Thr Thr Thr Asp Thr Glu Ser Asp Trp Asn Lys Asn Leu lle Ser Ala 5 540 535 530
Met Phe Glu Tyr Glu Cys Arg Arg lle Ser Thr Val Gin Lys Asn Lys 560 555 550 545 10
Phe Phe Ser Asn Asn Leu Pro Leu Phe Tyr Gly Glu Asn Ser Leu Glu 575 570 565
Arg Val Leu His Lys Leu Tyr Asp Asp Tyr Val Asp Arg Met Ser 07 590 585 580
Val Pro Ser Phe Gly Asn Val Phe Val Arg Lys Lys Phe Pro Asp Tyr 605 600 595
Met Lys Glu lle Gly lle Lys His Asn Leu Ser Ser Glu Asp Asn Leu 620 615 610
Lys Leu GIn Gly Ala Leu Tyr Phe Leu Tyr Lys Glu lle Tyr Tyr Asn 10 640 635 630 625
Ala Phe lle Ser Ser Glu Lys Ala Met Lys lle Phe Val Asp Leu Val 655 650 645 15
Asn Lys Leu Asp Thr Asn Ala Arg Asp Asp Lys Gly Arg lle Thr His 670 665 660
Glu Ala Met Ala His Lys Asn Phe Lys Asp Ala lle Ser His Tyr Met 685 680 675
Thr His Asp Cys Ser Leu Ala Asp lle Cys GIn Lys lle Met Thr Glu 700 695 690
Tyr Asn GIn Gln Asn Thr Gly His Arg Lys Lys GIn Thr Thr Tyr Ser 720 715 710 705
Ser Glu Lys Asn Pro Glu lle Phe Arg His Tyr Lys Met lle Leu Phe 15 735 730 725
Met Leu Leu GIn Lys Ala Met Thr Glu Tyr lle Ser Ser Glu Glu lle
750 745 740
Phe Asp Phe lle Met Lys Pro Asn Ser Pro Lys Thr Asp lle Lys Glu 765 760 755 5
Glu Glu Phe Leu Pro Gin Tyr Lys Ser Cys Ala Tyr Asp Asn Leu lle 780 775 770
Lys Leu lle Ala Asp Asn Val Glu Leu Gin Lys Trp Tyr lle Thr Ala 800 795 790 785
Arg Leu Leu Ser Pro Arg Glu Val Asn GIn Leu lle Gly Ser Phe Arg 815 810 805
Ser Tyr Lys Gln Phe Val Ser Asp lle Glu Arg Arg Ala Lys Glu Thr 830 825 820
Asn Asn Ser Leu Ser Lys Ser Gly Met Thr Val Asp Val Glu Asn lle 5 845 840 835
Thr Lys Val Leu Asp Leu Cys Thr Lys Leu Asn Gly Arg Phe Ser Asn 860 855 850 10
Glu Leu Thr Asp Tyr Phe Asp Ser Lys Asp Asp Tyr Ala Val Tyr Val 880 875 870 865
Ser Lys Phe Leu Asp Phe Gly Phe Lys lle Asp Glu Lys Phe Pro Ala 895 890 885
Ala Leu Leu Gly Glu Phe Cys Asn Lys Glu Glu Asn Gly Lys Lys lle 910 905 900
Gly lle Tyr His Asn Gly Thr Glu Pro lle Leu Asn Ser Asn lle lle 925 920 915
Lys Ser Lys Leu Tyr Gly lle Thr Asp Val Val Ser Arg Ala Val Lys 0 940 935 930
Pro Val Ser Glu Lys Leu lle Arg Glu Tyr Leu Gin GIn Glu Val Lys 960 955 950 945 15 lle Lys Pro Tyr Leu Glu Asn Gly Val Cys Lys Asn Lys Glu Glu 07 975 970 965
Ala Ala Leu Arg Lys Tyr Gin Glu Leu Lys Asn Arg lle Glu Phe Arg 990 985 980
Asp lle Val Glu Tyr Ser Glu lle lle Asn Glu Leu Met Gly Gin Leu 1005 1000 995 lle Asn Phe Ser Tyr Leu Arg Glu Arg Asp Leu Met Tyr Phe Gin 1020 1015 1010
Leu Gly Phe His Tyr Leu Cys Leu Asn Asn Tyr Gly Ala Lys Pro 15 1035 1030 1025
Glu Gly Tyr Tyr Ser lle Val Asn Asp Lys Arg Thr lle Lys Gly
1050 1045 1040
Ala lle Leu Tyr GIn lle Val Ala Met Tyr Thr Tyr Gly Leu Pro 1065 1060 1055 5 lle Tyr His Tyr Val Asp Gly Thr lle Ser Asp Arg Arg Lys Asn 1080 1075 1070
Lys Lys Thr Val Leu Asp Thr Leu Asn Ser Ser Glu Thr Val Gly 1095 1090 1085
Ala Lys lle Lys Tyr Phe lle Tyr Tyr Ser Asp Glu Leu Phe Asn 1110 1105 1100
Asp Ser Leu lle Leu Tyr Asn Ala Gly Leu Glu Leu Phe Glu Asn 1125 1120 1115 lle Asn Glu His Glu Asn lle Val Asn Leu Arg Lys Tyr lle Asp 5 1140 1135 1130
His Phe Lys Tyr Tyr Val Ser ‏ماك‎ Asp Arg Ser Leu Leu Asp lle 1155 1150 1145 10
Tyr Ser Glu Val Phe Asp Arg Tyr Phe Thr Tyr Asp Arg Lys Tyr 1170 1165 1160
Lys Lys Asn Val Met Asn Leu Phe Ser Asn lle Met Leu Lys His 1185 1180 1175
Phe lle lle Thr Asp Phe Glu Phe Ser Thr Gly Glu Lys Thr lle 1200 1195 1190
Gly Glu Lys Asn Thr Ala Lys Lys Glu Cys Ala Lys Val Arg lle 1215 1210 1205
Lys Arg Gly Gly Leu Ser Ser Asp Lys Phe Thr Tyr Lys Phe Lys 10 1230 1225 1220
Asp Ala Lys Pro lle Glu Leu Ser Ala Lys Asn Thr Glu Phe Leu 1245 1240 1235 15
Asp Gly Val Ala Arg lle Leu Tyr Tyr Pro Glu Asn Val Val Leu 1260 1255 1250
Thr Asp Leu Val Arg Asn Ser Glu Val Glu Asp Glu Lys Arg lle 1275 1270 1265
Glu Lys Tyr Asp Arg Asn His Asn Ser Ser Pro Thr Arg Lys Asp 1290 1285 1280
Lys Thr Tyr Lys GIn Asp Val Lys Lys Asn Tyr Asn Lys Lys Thr 1305 1300 1295
Ser Lys Ala Phe Asp Ser Ser Lys Leu Asp Thr Lys Ser Val Gly 15 1320 1315 1310
Asn Asn Leu Ser Asp Asn Pro Val Leu Lys GIn Phe Leu Ser Glu
1335 1330 1325
Ser Lys Lys Lys Arg 1340 5 319 <210> 1276 <211>
PRT <212> 10
Blautia sp Marseille-P2398 <213> 319 <400>
Met Lys lle Ser Lys Val Asp His Val Lys Ser Gly lle Asp 60 Lys 15 10 5 1
Leu Ser Ser GIn Arg Gly Met Leu Tyr Lys Gln Pro Gin Lys Lys Tyr
30 25 20
Glu Gly Lys GIn Leu Glu Glu His Val Arg Asn Leu Ser Arg Lys Ala 45 40 35 5
Lys Ala Leu Tyr Gln Val Phe Pro Val Ser Gly Asn Ser Lys Met Glu 60 55 50
Lys Glu Leu Gin lle lle Asn Ser Phe lle Lys Asn lle Leu Leu Arg 80 75 70 65
Leu Asp Ser Gly Lys Thr Ser Glu Glu lle Val Gly Tyr lle Asn Thr 95 90 85
Tyr Ser Val Ala Ser GIn lle Ser Gly Asp His lle Gln Glu Leu Val 110 105 100
Asp GIn His Leu Lys Glu Ser Leu Arg Lys Tyr Thr Cys Val Gly Asp 5 125 120 115
Lys Arg lle Tyr Val Pro Asp lle lle Val Ala Leu Leu Lys Ser Lys 140 135 130 10
Phe Asn Ser Glu Thr Leu GIn Tyr Asp Asn Ser Glu Leu Lys lle Leu 160 155 150 145 lle Asp Phe lle Arg Glu Asp Tyr Leu Lys Glu Lys Gin lle Lys 0 175 170 165 lle Val His Ser lle Glu Asn Asn Ser Thr Pro Leu Arg lle Ala Glu 190 185 180 lle Asn Gly GIn Lys Arg Leu lle Pro Ala Asn Val Asp Asn Pro Lys 205 200 195
Lys Ser Tyr lle Phe Glu Phe Leu Lys Glu Tyr Ala Gin Ser Asp Pro 10 220 215 210
Lys Gly GIn Glu Ser Leu Leu GIn His Met Arg Tyr Leu lle Leu Leu 240 235 230 225 15
Tyr Leu Tyr Gly Pro Asp Lys lle Thr Asp Asp Tyr Cys Glu Glu lle 255 250 245
Glu Ala Trp Asn Phe Gly Ser lle Val Met Asp Asn Glu Gin Leu Phe 270 265 260
Ser Glu Glu Ala Ser Met Leu lle Gin Asp Arg lle Tyr Val Asn Gin 285 280 275
Gin lle Glu Glu Gly Arg Gln Ser Lys Asp Thr Ala Lys Val Lys Lys 300 295 290
Asn Lys Ser Lys Tyr Arg Met Leu Gly Asp Lys lle Glu His Ser lle 5 320 315 310 305
Asn Glu Ser Val Val Lys His Tyr Gin Glu Ala Cys Lys Ala Val Glu
335 330 325
Glu Lys Asp lle Pro Trp lle Lys Tyr lle Ser Asp His Val Met Ser 350 345 340 5
Val Tyr Ser Ser Lys Asn Arg Val Asp Leu Asp Lys Leu Ser Leu Pro 365 360 355
Tyr Leu Ala Lys Asn Thr Trp Asn Thr Trp lle Ser Phe lle Ala Met 380 375 370
Lys Tyr Val Asp Met Gly Lys Gly Val Tyr His Phe Ala Met Ser Asp 400 395 390 385
Val Asp Lys Val Gly Lys Gin Asp Asn Leu lle lle Gly Gin lle Asp 415 410 405
Pro Lys Phe Ser Asp Gly lle Ser Ser Phe Asp Tyr Glu Arg lle Lys 5 430 425 420
Ala Glu Asp Asp Leu His Arg Ser Met Ser Gly Tyr lle Ala Phe Ala 445 440 435 10
Val Asn Asn Phe Ala Arg Ala lle Cys Ser Asp Glu Phe Arg Lys Lys 460 455 450
Asn Arg Lys Glu Asp Val Leu Thr Val Gly Leu Asp Glu lle Pro Leu 480 475 470 465
Tyr Asp Asn Val Lys Arg Lys Leu Leu Gin Tyr Phe Gly Gly Ala Ser 495 490 485
Asn Trp Asp Asp Ser lle lle Asp lle lle Asp Asp Lys Asp Leu Val 510 505 500
Ala Cys lle Lys Glu Asn Leu Tyr Val Ala Arg Asn Val Asn Phe His 0 525 520 515
Phe Ala Gly Ser Glu Lys Val Gln Lys Lys GIn Asp Asp lle Leu Glu 540 535 530 15
Glu lle Val Arg Lys Glu Thr Arg Asp lle Gly Lys His Tyr Arg Lys 560 555 550 545
Val Phe Tyr Ser Asn Asn Val Ala Val Phe Tyr Cys Asp Glu Asp lle 575 570 565 lle Lys Leu Met Asn His Leu Tyr Gln Arg Glu Lys Pro Tyr Gin Ala 590 585 580 ‏ماك‎ lle Pro Ser Tyr Asn Lys Val lle Ser Lys Thr Tyr Leu Pro Asp 605 600 595
Leu lle Phe Met Leu Leu Lys Gly Lys Asn Arg Thr Lys lle Ser Asp 5 620 615 610
Pro Ser lle Met Asn Met Phe Arg Gly Thr Phe Tyr Phe Leu Leu Lys
640 65 630 625
Glu lle Tyr Tyr Asn Asp Phe Leu Gin Ala Ser Asn Leu Lys Glu Met 655 650 645 5
Phe Cys Glu Gly Leu Lys Asn Asn Val Lys Asn Lys Lys Ser Glu Lys 670 665 660
Pro Tyr GIn Asn Phe Met Arg Arg Phe Glu Glu Leu Glu Asn Met Gly 685 680 675
Met Asp Phe Gly Glu lle Cys Gin GIn lle Met Thr Asp Tyr Glu GIn 700 695 690
GIn Asn Lys Gin Lys Lys Lys Thr Ala Thr Ala Val Met Ser Glu Lys 720 715 710 705
Asp Lys Lys lle Arg Thr Leu Asp Asn Asp Thr Gin Lys Tyr Lys His 5 735 730 725
Phe Arg Thr Leu Leu Tyr lle Gly Leu Arg Glu Ala Phe lle lle Tyr 750 745 740 10
Leu Lys Asp Glu Lys Asn Lys Glu Trp Tyr Glu Phe Leu Arg Glu Pro 765 760 755
Val Lys Arg Glu Gin Pro Glu Glu Lys Glu Phe Val Asn Lys Trp Lys 780 775 770
Leu Asn GIn Tyr Ser Asp Cys Ser Glu Leu lle Leu Lys Asp Ser Leu 800 795 790 785
Ala Ala Ala Trp Tyr Val Val Ala His Phe lle Asn Gin Ala Gin Leu 815 810 805
Asn His Leu lle Gly Asp lle Lys Asn Tyr lle GIn Phe lle Ser Asp 0 830 825 820 lle Asp Arg Arg Ala Lys Ser Thr Gly Asn Pro Val Ser Glu Ser Thr 845 840 835 15
Glu lle Gin lle Glu Arg Tyr Arg Lys lle Leu Arg Val Leu Glu Phe 860 855 850
Ala Lys Phe Phe Cys Gly Gin lle Thr Asn Val Leu Thr Asp Tyr Tyr 880 875 870 865
Gln Asp Glu Asn Asp Phe Ser Thr His Val Gly His Tyr Val Lys Phe 895 890 885
Glu Lys Lys Asn Met Glu Pro Ala His Ala Leu GIn Ala Phe Ser Asn 910 905 900
Ser Leu Tyr Ala Cys Gly Lys Glu Lys Lys Lys Ala Gly Phe Tyr Tyr 5 925 920 915
Asp Gly Met Asn Pro lle Val Asn Arg Asn lle Thr Leu Ala Ser Met
940 935 930
Tyr Gly Asn Lys Lys Leu Leu Glu Asn Ala Met Asn Pro Val Thr Glu 960 955 950 945 5
Gln Asp lle Arg Lys Tyr Tyr Ser Leu Met Ala Glu Leu Asp Ser Val 975 970 965
Leu Lys Asn Gly Ala Val Cys Lys Ser Glu Asp Glu Gin Lys Asn Leu 990 985 980
Arg His Phe Gin Asn Leu Lys Asn Arg lle Glu Leu Val Asp Val Leu 1005 1000 995
Thr Leu Ser Glu Leu Val Asn Asp Leu Val Ala Gin Leu lle Gly 1020 1015 1010
Trp Val Tyr lle Arg Glu Arg Asp Met Met Tyr Leu 60 Leu Gly 5 1035 1030 1025
Leu His Tyr lle Lys Leu Tyr Phe Thr Asp Ser Val Ala Glu Asp 1050 1045 1040 10
Ser Tyr Leu Arg Thr Leu Asp Leu Glu Glu Gly Ser lle Ala Asp 1065 1060 1055
Gly Ala Val Leu Tyr Gin lle Ala Ser Leu Tyr Ser Phe Asn Leu 1080 1075 1070
Pro Met Tyr Val Lys Pro Asn Lys Ser Ser Val Tyr Cys Lys Lys 1095 1090 1085
His Val Asn Ser Val Ala Thr Lys Phe Asp lle Phe Glu Lys Glu 1110 1105 1100
Tyr Cys Asn Gly Asp Glu Thr Val lle Glu Asn Gly Leu Arg Leu 10 1125 1120 1115
Phe Glu Asn lle Asn Leu His Lys Asp Met Val Lys Phe Arg Asp 1140 1135 1130 15
Tyr Leu Ala His Phe Lys Tyr Phe Ala Lys Leu Asp Glu Ser lle 1155 1150 1145
Leu Glu Leu Tyr Ser Lys Ala Tyr Asp Phe Phe Phe Ser Tyr Asn 1170 1165 1160 lle Lys Leu Lys Lys Ser Val Ser Tyr Val Leu Thr Asn Val Leu 1185 1180 1175
Leu Ser Tyr Phe lle Asn Ala Lys Leu Ser Phe Ser Thr Tyr Lys 1200 1195 1190
Ser Ser Gly Asn Lys Thr Val ‏ماك‎ His Arg Thr Thr Lys lle Ser 15 1215 1210 1205
Val Val Ala GIn Thr Asp Tyr Phe Thr Tyr Lys Leu Arg Ser lle
1230 1225 1220
Val Lys Asn Lys Asn Gly Val Glu Ser lle Glu Asn Asp Asp Arg 1245 1240 1235 5
Arg Cys Glu Val Val Asn lle Ala Ala Arg Asp Lys Glu Phe Val 1260 1255 1250
Asp Glu Val Cys Asn Val lle Asn Tyr Asn Ser Asp Lys 1275 1270 1265 320 <210> 1168 <211>
PRT <212>
Leptotrichia sp. Marseille-P300 <213>
320 <400>
Met Lys lle Thr Lys lle Asp Gly lle Ser His Lys Lys Tyr lle Lys 15 10 5 1 5
Glu Gly Lys Leu Val Lys Ser Thr Ser Glu Glu Asn Lys Thr Asp Glu 30 25 20
Arg Leu Ser Glu Leu Leu Thr lle Arg Leu Asp Thr Tyr lle Lys Asn 45 40 35
Pro Asp Asn Ala Ser Glu Glu Glu Asn Arg lle Arg Arg Glu Asn Leu 60 55 50
Lys Glu Phe Phe Ser Asn Lys Val Leu Tyr Leu Lys Asp Gly lle Leu 80 75 70 65
Tyr Leu Lys Asp Arg Arg Glu Lys Asn 60 Leu GIn Asn Lys Asn Tyr 5 95 90 85
Ser Glu Glu Asp lle Ser Glu Tyr Asp Leu Lys Asn Lys Asn Asn Phe 110 105 100 10
Leu Val Leu Lys Lys lle Leu Leu Asn Glu Asp lle Asn Ser Glu Glu 125 120 115
Leu Glu lle Phe Arg Asn Asp Phe Glu Lys Lys Leu Asp Lys lle Asn 140 135 130
Ser Leu Lys Tyr Ser Leu Glu Glu Asn Lys Ala Asn Tyr Gin Lys lle 160 155 150 145
Asn Glu Asn Asn lle Lys Lys Val Glu Gly Lys Ser Lys Arg Asn lle 175 170 165
Phe Tyr Asn Tyr Tyr Lys Asp Ser Ala Lys Arg Asn Asp Tyr lle Asn 10 190 185 180
Asn lle GIn Glu Ala Phe Asp Lys Leu Tyr Lys Lys Glu Asp lle Glu 205 200 195 15
Asn Leu Phe Phe Leu lle Glu Asn Ser Lys Lys His Glu Lys Tyr Lys 220 215 210 lle Arg Glu Cys Tyr His Lys lle lle Gly Arg Lys Asn Asp Lys Glu 240 235 230 225
Asn Phe Ala Thr lle lle Tyr Glu Glu lle Gln Asn Val Asn Asn Met 255 250 245
Lys Glu Leu lle Glu Lys Val Pro Asn Val Ser Glu Leu Lys Lys Ser 270 265 260
GIn Val Phe Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asn Lys Glu Lys Leu Asn Asp Glu 5 285 280 275
Asn lle Lys Tyr Val Phe Cys His Phe Val Glu lle Glu Met Ser Lys
300 295 290
Leu Leu Lys Asn Tyr Val Tyr Lys Lys Pro Ser Asn lle Ser Asn Asp 320 315 310 305 5
Lys Val Lys Arg lle Phe Glu Tyr Gin Ser Leu Lys Lys Leu lle Glu 335 330 325
Asn Lys Leu Leu Asn Lys Leu Asp Thr Tyr Val Arg Asn Cys Gly Lys 350 345 340
Tyr Ser Phe Tyr Leu GIn Asp Gly Glu lle Ala Thr Ser Asp Phe lle 365 360 355
Val Gly Asn Arg GIn Asn Glu Ala Phe Leu Arg Asn lle lle Gly Val 380 375 370
Ser Ser Thr Ala Tyr Phe Ser Leu Arg Asn lle Leu Glu Thr Glu Asn 5 400 395 390 385
Glu Asn Asp lle Thr Gly Arg Met Arg Gly Lys Thr Val Lys Asn Asn 415 410 405 10
Lys Gly Glu Glu Lys Tyr lle Ser Gly Glu lle Asp Lys Leu Tyr Asp 430 425 420
Asn Asn Lys GIn Asn Glu Val Lys Lys Asn Leu Lys Met Phe Tyr Ser 445 440 435
Tyr Asp Phe Asn Met Asn Ser Lys Lys Glu lle Glu Asp Phe Phe Ser 460 455 450
Asn lle Asp Glu Ala lle Ser Ser lle Arg His Gly lle Val His Phe 480 475 470 465
Asn Leu Glu Leu Glu Gly Lys Asp lle Phe Thr Phe Lys Asn lle Val 0 495 490 485
Pro Ser GIn lle Ser Lys Lys Met Phe His Asp Glu lle Asn Glu Lys 510 505 500 15
Lys Leu Lys Leu Lys lle Phe Lys GIn Leu Asn Ser Ala Asn Val Phe 525 520 515
Arg Tyr Leu Glu Lys Tyr Lys lle Leu Asn Tyr Leu Asn Arg Thr Arg 540 535 530
Phe Glu Phe Val Asn Lys Asn lle Pro Phe Val Pro Ser Phe Thr Lys 560 555 550 545
Leu Tyr Ser Arg lle Asp Asp Leu Lys Asn Ser Leu Gly lle Tyr Trp 575 570 565
Lys Thr Pro Lys Thr Asn Asp Asp Asn Lys Thr Lys Glu lle Thr Asp 15 590 585 580
Ala GIn lle Tyr Leu Leu Lys Asn lle Tyr Tyr Gly Glu Phe Leu Asn
605 600 595
Tyr Phe Met Ser Asn Asn Gly Asn Phe Phe Glu lle Thr Lys Glu lle 620 615 610 5 lle Glu Leu Asn Lys Asn Asp Lys Arg Asn Leu Lys Thr Gly Phe Tyr 640 635 630 625
Lys Leu GIn Lys Phe Glu Asn Leu 60 Glu Lys Thr Pro Lys Glu Tyr 655 650 645
Leu Ala Asn lle Gin Ser Leu Tyr Met lle Asn Ala Gly Asn Gin Asp 670 665 660
Glu Glu Glu Lys Asp Thr Tyr lle Asp Phe lle Gin Lys lle Phe Leu 685 680 675
Lys Gly Phe Met Thr Tyr Leu Ala Asn Asn Gly Arg Leu Ser Leu lle 5 700 695 690
Tyr lle Gly Ser Asp Glu Glu Thr Asn Thr Ser Leu Ala Glu Lys Lys 720 715 710 705 10
Gln Glu Phe Asp Lys Phe Leu Lys Lys Tyr Glu Gin Asn Asn Asn lle 735 730 725
Glu lle Pro Tyr Glu lle Asn Glu Phe Val Arg Glu lle Lys Leu Gly 750 745 740
Lys lle Leu Lys Tyr Thr Glu Arg Leu Asn Met Phe Tyr Leu lle Leu 765 760 755
Lys Leu Leu Asn His Lys Glu Leu Thr Asn Leu Lys Gly Ser Leu Glu 780 775 770
Lys Tyr GIn Ser Ala Asn Lys Glu Glu Ala Phe Ser Asp Gin Leu Glu 0 800 795 790 785
Leu lle Asn Leu Leu Asn Leu Asp Asn Asn Arg Val Thr Glu Asp Phe 815 810 805 15
Glu Leu Glu Ala Asp Glu lle Gly Lys Phe Leu Asp Phe Asn Gly Asn 830 825 820
Lys Val Lys Asp Asn Lys Glu Leu Lys Lys Phe Asp Thr Asn Lys lle 845 840 835
Tyr Phe Asp Gly Glu Asn lle lle Lys His Arg Ala Phe Tyr Asn lle 860 855 850
Lys Lys Tyr Gly Met Leu Asn Leu Leu Glu Lys lle Ser Asp Glu Ala 880 875 870 865
Lys Tyr Lys lle Ser lle Glu Glu Leu Lys Asn Tyr Ser Lys Lys Lys 15 895 890 885
Asn Glu lle Glu Glu Asn His Thr Thr Gin Glu Asn Leu His Arg Lys
910 905 900
Tyr Ala Arg Pro Arg Lys Asp Glu Lys Phe Thr Asp Glu Asp Tyr Lys 925 920 915 5
Lys Tyr Glu Lys Ala lle Arg Asn lle Gin GIn Tyr Thr His Leu Lys 940 935 930
Asn Lys Val Glu Phe Asn Glu Leu Asn Leu Leu 60 Ser Leu Leu Leu 960 955 950 945
Arg lle Leu His Arg Leu Val Gly Tyr Thr Ser lle Trp Glu Arg Asp 975 970 965
Leu Arg Phe Arg Leu Lys Gly Glu Phe Pro Glu Asn Gin Tyr lle Glu 990 985 980
Glu lle Phe Asn Phe Asp Asn Ser Lys Asn Val Lys Tyr Lys Asn Gly 5 1005 1000 995
GIn lle Val Glu Lys Tyr lle Asn Phe Tyr Lys Glu Leu Tyr Lys 1020 1015 1010 10
Asp Asp Thr Glu Lys lle Ser lle Tyr Ser Asp Lys Lys Val Lys 1035 1030 1025
Glu Leu Lys Lys Glu Lys Lys Asp Leu Tyr lle Arg Asn Tyr lle 1050 1045 1040
Ala His Phe Asn Tyr lle Pro Asn Ala Glu lle Ser Leu Leu Glu 1065 1060 1055
Met Leu Glu Asn Leu Arg Lys Leu Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu 1080 1075 1070
Lys Asn Ala lle Met Lys Ser lle Val Asp lle Leu Lys Glu Tyr 10 1095 1090 1085
Gly Phe Val Val Thr Phe Lys lle Glu Lys Asp Lys Lys lle Arg 1110 1105 1100 15 lle Glu Ser Leu Lys Ser Glu Glu Val Val His Leu Lys Lys Leu 1125 1120 1115
Lys Leu Lys Asp Asn Asp Lys Lys Lys Glu Pro lle Lys Thr Tyr 1140 1135 1130
Arg Asn Ser Lys Glu Leu Cys Lys Leu Val Lys Val Met Phe Glu 1155 1150 1145
Tyr Lys Met Lys Glu Lys Lys Ser Glu Asn 1165 1160 321 <210> 15 1138 <211>
PRT <212>
Bacterioides ihuae <213>
321 <400>
Met Arg lle Thr Lys Val Lys Val Lys Glu Ser Ser Asp Gin Lys Asp 15 10 5 1
Lys Met Val Leu lle His Arg Lys Val Gly Glu Gly Thr Leu Val Leu 30 25 20
Asp Glu Asn Leu Ala Asp Leu Thr Ala Pro lle lle Asp Lys Tyr Lys 40 35
Asp Lys Ser Phe Glu Leu Ser Leu Leu Lys GIn Thr Leu Val Ser Glu 5 60 55 50
Lys Glu Met Asn lle Pro Lys Cys Asp Lys Cys Thr Ala Lys Glu Arg
80 75 70 65
Cys Leu Ser Cys Lys GIn Arg Glu Lys Arg Leu Lys Glu Val Arg Gly 95 90 85 5
Ala lle Glu Lys Thr lle Gly Ala Val lle Ala Gly Arg Asp lle lle 110 105 100
Pro Arg Leu Asn lle Phe Asn Glu Asp Glu lle Cys Trp Leu lle Lys 125 120 115
Pro Lys Leu Arg Asn Glu Phe Thr Phe Lys Asp Val Asn Lys Gin Val 140 135 130
Val Lys Leu Asn Leu Pro Lys Val Leu Val Glu Tyr Ser Lys Lys Asn 160 155 150 145
Asp Pro Thr Leu Phe Leu Ala Tyr Gin Gln Trp lle Ala Ala Tyr Leu 5 175 170 165
Lys Asn Lys Lys Gly His lle Lys Lys Ser lle Leu Asn Asn Arg Val 190 185 180 10
Val lle Asp Tyr Ser Asp Glu Ser Lys Leu Ser Lys Arg Lys GIn Ala 205 200 195
Leu Glu Leu Trp Gly Glu Glu Tyr Glu Thr Asn Gin Arg lle Ala Leu 220 215 210
Glu Ser Tyr His Thr Ser Tyr Asn lle Gly Glu Leu Val Thr Leu Leu 240 235 230 225
Pro Asn Pro Glu Glu Tyr Val Ser Asp Lys Gly Glu lle Arg Pro Ala 255 250 245
Phe His Tyr Lys Leu Lys Asn Val Leu Gln Met His GIn Ser Thr Val 0 270 265 260
Phe Gly Thr Asn Glu lle Leu Cys lle Asn Pro lle Phe Asn Glu Asn 285 280 275 15
Arg Ala Asn lle Gln Leu Ser Ala Tyr Asn Leu Glu Val Val Lys Tyr 300 295 290
Phe Glu His Tyr Phe Pro lle Lys Lys Lys Lys Lys Asn Leu Ser Leu 320 315 310 305
Asn GIn Ala lle Tyr Tyr Leu Lys Val Glu Thr Leu Lys Glu Arg Leu 335 330 325
Ser Leu GIn Leu Glu Asn Ala Leu Arg Met Asn Leu Leu Gin Lys Gly 350 345 340
Lys lle Lys Lys His Glu Phe Asp Lys Asn Thr Cys Ser Asn Thr Leu 15 365 360 355
Ser Gin lle Lys Arg Asp Glu Phe Phe Val Leu Asn Leu Val Glu Met
380 375 370
Cys Ala Phe Ala Ala Asn Asn lle Arg Asn lle Val Asp Lys Glu Gin 400 395 390 385 5
Val Asn Glu lle Leu Ser Lys Lys Asp Leu Cys Asn Ser Leu Ser Lys 415 410 405
Asn Thr lle Asp Lys Glu Leu Cys Thr Lys Phe Tyr Gly Ala Asp Phe 430 425 420
Ser Gin lle Pro Val Ala lle Trp Ala Met Arg Gly Ser Val Gln GIn 445 440 435 lle Arg Asn Glu lle Val His Tyr Lys Ala Glu Ala lle Asp Lys lle 460 455 450
Phe Ala Leu Lys Thr Phe Glu Tyr Asp Asp Met Glu Lys Asp Tyr Ser 5 480 475 470 465
Asp Thr Pro Phe Lys GIn Tyr Leu Glu Leu Ser lle Glu Lys lle Asp 495 490 485 10
Ser Phe Phe lle Glu GIn Leu Ser Ser Asn Asp Val Leu Asn Tyr Tyr 510 505 500
Cys Thr Glu Asp Val Asn Lys Leu Leu Asn Lys Cys Lys Leu Ser Leu 525 520 515
Arg Arg Thr Ser lle Pro Phe Ala Pro Gly Phe Lys Thr lle Tyr Glu 540 535 530
Leu Gly Cys His Leu GIn Asp Ser Ser Asn Thr Tyr Arg lle Gly His 560 555 550 545
Tyr Leu Met Leu lle Gly Gly Arg Val Ala Asn Ser Thr Val Thr Lys 0 575 570 565
Ala Ser Lys Ala Tyr Pro Ala Tyr Arg Phe Met Leu Lys Leu lle Tyr 590 585 580 15
Asn His Leu Phe Leu Asn Lys Phe Leu Asp Asn His Asn Lys Arg Phe 605 600 595
Phe Met Lys Ala Val Ala Phe Val Leu Lys Asp Asn Arg Glu Asn Ala 620 615 610
Arg Asn Lys Phe GIn Tyr Ala Phe Lys Glu lle Arg Met Met Asn Asn 640 635 630 625
Asp Glu Ser lle Ala Ser Tyr Met Ser Tyr lle His Ser Leu Ser Val 655 650 645
GIn Glu GIn Glu Lys Lys Gly Asp Lys Asn Asp Lys Val Arg Tyr Asn 5 670 665 660
Thr Glu Lys Phe lle Glu Lys Val Phe Val Lys Gly Phe Asp Asp Phe
685 680 675
Leu Ser Trp Leu Gly Val Glu Phe lle Leu Ser Pro Asn Gin Glu Glu 700 695 690 5
Arg Asp Lys Thr Val Thr Arg Glu Glu Tyr Glu Asn Leu Met lle Lys 720 715 710 705
Asp Arg Val Glu His Ser lle Asn Ser Asn GIn Glu Ser His lle Ala 735 730 725
Phe Phe Thr Phe Cys Lys Leu Leu Asp Ala Asn His Leu Ser Asp Leu 750 745 740
Arg Asn Glu Trp lle Lys Phe Arg Ser Ser Gly Asp Lys Glu Gly Phe 765 760 755
Ser Tyr Asn Phe Ala lle Asp lle lle Glu Leu Cys Leu Leu Thr Val 5 780 775 770
Asp Arg Val Glu GIn Arg Arg Asp Gly Tyr Lys Glu Gin Thr Glu Leu 800 795 790 785 10
Lys Glu Tyr Leu Ser Phe Phe lle Lys Gly Asn Glu Ser Glu Asn Thr 815 810 805
Val Trp Lys Gly Phe Tyr Phe Gin Gln Asp Asn Tyr Thr Pro Val Leu 830 825 820
Tyr Ser Pro lle Glu Leu lle Arg Lys Tyr Gly Thr Leu Glu Leu Leu 845 840 835
Lys Leu lle lle Val Asp Glu Asp Lys lle Thr Gin Gly Glu Phe Glu 860 855 850
Glu Trp GIn Thr Leu Lys Lys Val Val Glu Asp Lys Val Thr Arg Arg 0 880 875 870 865
Asn Glu Leu His Gln Glu Trp Glu Asp Met Lys Asn Lys Ser Ser Phe 895 890 885 15
Ser GIn Glu Lys Cys Ser lle Tyr Gln Lys Leu Cys Arg Asp lle Asp 910 905 900
Arg Tyr Asn Trp Leu Asp Asn Lys Leu His Leu Val His Leu Arg Lys 925 920 915
Leu His Asn Leu Val lle GIn lle Leu Ser Arg Met Ala Arg Phe lle 940 935 930
Ala Leu Trp Asp Arg Asp Phe Val Leu Leu Asp Ala Ser Arg Ala Asn 960 955 950 945
Asp Asp Tyr Lys Leu Leu Ser Phe Phe Asn Phe Arg Asp Phe lle Asn 5 975 970 965
Ala Lys Lys Thr Lys Thr Asp Asp Glu Leu Leu Ala Glu Phe Gly Ser
990 985 980
Lys lle Glu Lys Lys Asn Ala Pro Phe lle Lys Ala Glu Asp Val Pro 1005 1000 995 5
Leu Met Val Glu Cys lle Glu Ala Lys Arg Ser Phe Tyr 60 Lys 1020 1015 1010
Val Phe Phe Arg Asn Asn Leu Gin Val Leu Ala Asp Arg Asn Phe 1035 1030 1025 lle Ala His Tyr Asn Tyr lle Ser Lys Thr Ala Lys Cys Ser Leu 1050 1045 1040
Phe Glu Met lle lle Lys Leu Arg Thr Leu Met Tyr Tyr Asp Arg 1065 1060 1055
Lys Leu Arg Asn Ala Val Val Lys Ser lle Ala Asn Val Phe Asp 5 1080 1075 1070
Gln Asn Gly Met Val Leu GIn Leu Ser Leu Asp Asp Ser His Glu 1095 1090 1085 10
Leu Lys Val Asp Lys Val lle Ser Lys Arg lle Val His Leu Lys 1110 1105 1100
Asn Asn Asn lle Met Thr Asp Gin Val Pro Glu Glu Tyr Tyr Lys 1125 1120 1115 lle Cys Arg Arg Leu Leu Glu Met Lys Lys 1135 1130 322 <210> 697 <211>
PRT <212>
Porphyromonadaceae bacterium KH3CP3RA <213> 322 <400>
Met Glu Phe Arg Asp Ser lle Phe Lys Ser Leu Leu GIn Lys Glu lle 10 5 1 15
Glu Lys Ala Pro Leu Cys Phe Ala Glu Lys Leu lle Ser Gly Gly Val 25 20
Phe Ser Tyr Tyr Pro Ser Glu Arg Leu Lys Glu Phe Val Gly Asn His 45 40 35
Pro Phe Ser Leu Phe Arg Lys Thr Met Pro Phe Ser Pro Gly Phe Lys 60 55 50
Arg Val Met Lys Ser Gly Gly Asn Tyr Gin Asn Ala Asn Arg Asp Gly 10 80 75 70 65
Arg Phe Tyr Asp Leu Asp lle Gly Val Tyr Leu Pro Lys Asp Gly Phe 95 90 85 15
Gly Asp Glu Glu Trp Asn Ala Arg Tyr Phe Leu Met Lys Leu lle Tyr 110 105 100
Asn Gin Leu Phe Leu Pro Tyr Phe Ala Asp Ala Glu Asn His Leu Phe 125 120 115
Arg Glu Cys Val Asp Phe Val Lys Arg Val Asn Arg Asp Tyr Asn Cys 140 135 130
Lys Asn Asn Asn Ser Glu Glu GIn Ala Phe lle Asp lle Arg Ser Met 160 155 150 145
Arg Glu Asp Glu Ser lle Ala Asp Tyr Leu Ala Phe lle Gln Ser Asn 5 175 170 165 lle lle lle Glu Glu Asn Lys Lys Lys Glu Thr Asn Lys Glu Gly Gin
190 185 180 lle Asn Phe Asn Lys Phe Leu Leu GIn Val Phe Val Lys Gly Phe Asp 205 200 195 5
Ser Phe Leu Lys Asp Arg Thr Glu Leu Asn Phe Leu 60 Leu Pro Glu 220 215 210
Leu GIn Gly Asp Gly Thr Arg Gly Asp Asp Leu Glu Ser Leu Asp Lys 240 235 230 225
Leu Gly Ala Val Val Ala Val Asp Leu Lys Leu Asp Ala Thr Gly lle 255 250 245
Asp Ala Asp Leu Asn Glu Asn lle Ser Phe Tyr Thr Phe Cys Lys Leu 270 265 260
Leu Asp Ser Asn His Leu Ser Arg Leu Arg Asn Glu lle lle Lys Tyr 5 285 280 275
Gln Ser Ala Asn Ser Asp Phe Ser His Asn Glu Asp Phe Asp Tyr Asp 300 295 290 10
Arg lle lle Ser lle lle Glu Leu Cys Met Leu Ser Ala Asp His Val 320 315 310 305
Ser Thr Asn Asp Asn Glu Ser lle Phe Pro Asn Asn Asp Lys Asp Phe 335 330 325
Ser Gly lle Arg Pro Tyr Leu Ser Thr Asp Ala Lys Val Glu Thr Phe 350 345 340
Glu Asp Leu Tyr Val His Ser Asp Ala Lys Thr Pro lle Thr Asn Ala 365 360 355
Thr Met Val Leu Asn Trp Lys Tyr Gly Thr Asp Lys Leu Phe Glu Arg 0 380 375 370
Leu Met lle Ser Asp GIn Asp Phe Leu Val Thr Glu Lys Asp Tyr Phe 400 395 390 385 15
Val Trp Lys Glu Leu Lys Lys Asp lle Glu Glu Lys lle Lys Leu Arg 415 410 405
Glu Glu Leu His Ser Leu Trp Val Asn Thr Pro Lys Gly Lys Lys Gly 430 425 420
Ala Lys Lys Lys Asn Gly Arg Glu Thr Thr Gly Glu Phe Ser Glu Glu 445 440 435
Asn Lys Lys Glu Tyr Leu Glu Val Cys Arg Glu lle Asp Arg Tyr Val 460 455 450
Asn Leu Asp Asn Lys Leu His Phe Val His Leu Lys Arg Met His Ser 15 480 475 470 465
Leu Leu lle Glu Leu Leu Gly Arg Phe Val Gly Phe Thr Tyr Leu Phe
495 490 485
Glu Arg Asp Tyr GIn Tyr Tyr His Leu Glu lle Arg Ser Arg Arg Asn 510 505 500 5
Lys Asp Ala Gly Val Val Asp Lys Leu Glu Tyr Asn Lys lle Lys Asp 525 520 515 ‏ماك‎ Asn Lys Tyr Asp Lys Asp Asp Phe Phe Ala Cys Thr Phe Leu Tyr 540 535 530
Glu Lys Ala Asn Lys Val Arg Asn Phe lle Ala His Phe Asn Tyr Leu 560 555 550 545
Thr Met Trp Asn Ser Pro Gin Glu Glu Glu His Asn Ser Asn Leu Ser 575 570 565
Gly Ala Lys Asn Ser Ser Gly Arg GIn Asn Leu Lys Cys Ser Leu Thr 5 590 585 580
Glu Leu lle Asn Glu Leu Arg Glu Val Met Ser Tyr Asp Arg Lys Leu 605 600 595 10
Lys Asn Ala Val Thr Lys Ala Val lle Asp Leu Phe Asp Lys His Gly 620 615 610
Met Val lle Lys Phe Arg lle Val Asn Asn Asn Asn Asn Asp Asn Lys 640 635 630 625
Asn Lys His His Leu Glu Leu Asp Asp lle Val Pro Lys Lys lle Met 655 650 645
His Leu Arg Gly lle Lys Leu Lys Arg GIn Asp Gly Lys Pro lle Pro 670 665 660 lle Gln Thr Asp Ser Val Asp Pro Leu Tyr Cys Arg Met Trp Lys Lys 10 685 680 675
Leu Leu Asp Leu Lys Pro Thr Pro Phe 695 690 15 323 <210> 204 <211>
PRT <212>
Listeria riparia <213> 323 <400>
Met His Asp Ala Trp Ala Glu Asn Pro Lys Lys Pro Gin Ser Asp Ala 10 5 1
Phe Leu Lys Glu Tyr Lys Ala Cys Cys Glu Ala lle Asp Thr Tyr Asn 0 25 20
Trp His Lys Asn Lys Ala Thr Leu Val Tyr Val Asn Glu Leu His His 40 35 15
Leu Leu lle Asp lle Leu Gly Arg Leu Val Gly Tyr Val Ala lle Ala 60 55 50
Asp Arg Asp Phe GIn Cys Met Ala Asn GIn Tyr Leu Lys Ser Ser Gly 80 75 70 65
His Thr Glu Arg Val Asp Ser Trp lle Asn Thr lle Arg Lys Asn Arg 95 90 85
Pro Asp Tyr lle Glu Lys Leu Asp lle Phe Met Asn Lys Ala Gly Leu 110 105 100
Phe Val Ser Glu Lys Asn Gly Arg Asn Tyr lle Ala His Leu Asn Tyr 5 125 120 115
Leu Ser Pro Lys His Lys Tyr Ser Leu Leu Tyr Leu Phe Glu Lys Leu
140 135 130
Arg Glu Met Leu Lys Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val Thr Lys 160 155 150 145 5
Ser Leu lle Asp Leu Leu Asp Lys His Gly Met Cys Val Val Phe Ala 175 170 165
Asn Leu Lys Asn Asn Lys His Arg Leu Val lle Ala Ser Leu Lys Pro 190 185 180
Lys Lys lle Glu Thr Phe Lys Trp Lys Lys lle Lys 200 195
324 <210> 1082 >211<
PRT <212>
Insolitispirillum peregrinum <213> 324 <400>
Met Arg lle lle Arg Pro Tyr Gly Ser Ser Thr Val Ala Ser Pro Ser 15 10 5 1
Pro Gin Asp Ala Gin Pro Leu Arg Ser Leu GIn Arg Gin Asn Gly Thr 30 25 20
Phe Asp Val Ala Glu Phe Ser Arg Arg His Pro Glu Leu Val Leu Ala 40 35
‏ماك‎ Trp Val Ala Met Leu Asp Lys lle lle Arg Lys Pro Ala Pro Gly 60 55 50
Lys Asn Ser Thr Ala Leu Pro Arg Pro Thr Ala Glu GIn Arg Arg Leu 5 80 75 70 65
Arg Gln GIn Val Gly Ala Ala Leu Trp Ala Glu Met Gin Arg His Thr 95 90 85 10
Pro Val Pro Pro Glu Leu Lys Ala Val Trp Asp Ser Lys Val His Pro 110 105 100
Tyr Ser Lys Asp Asn Ala Pro Ala Thr Ala Lys Thr Pro Ser His Arg 125 120 115
Gly Arg Trp Tyr Asp Arg Phe Gly Asp Pro Glu Thr Ser Ala Ala Thr 140 135 130
Val Ala Glu Gly Val Arg Arg His Leu Leu Asp Ser Ala Gin Pro Phe 160 155 150 145
Arg Ala Asn Gly Gly 60 Pro Lys Gly Lys Gly Val lle Glu His Arg 0 175 170 165
Ala Leu Thr lle Gin Asn Gly Thr Leu Leu His His His Gln Ser Glu 190 185 180 15
Lys Ala Gly Pro Leu Pro Glu Asp Trp Ser Thr Tyr Arg Ala Asp Glu 205 200 195
Leu Val Ser Thr lle Gly Lys Asp Ala Arg Trp lle Lys Val Ala Ala 220 215 210
Ser Leu Tyr Gln His Tyr Gly Arg lle Phe Gly Pro Thr Thr Pro lle 240 235 230 225
Ser Glu Ala Gin Thr Arg Pro Glu Phe Val Leu His Thr Ala Val Lys 255 250 245
Ala Tyr Tyr Arg Arg Leu Phe Lys Glu Arg Lys Leu Pro Ala Glu Arg 5 270 265 260
Leu Glu Arg Leu Leu Pro Arg Thr Gly Glu Ala Leu Arg His Ala Val
285 280 275
Thr Val Gin His Gly Asn Arg Ser Leu Ala Asp Ala Val Arg lle Gly 300 295 290 5
Lys lle Leu His Tyr Gly Trp Leu GIn Asn Gly Glu Pro Asp Pro Trp 320 315 310 305
Pro Asp Asp Ala Ala Leu Tyr Ser Ser Arg Tyr Trp Gly Ser Asp Gly 335 330 325 ‏ماك‎ Thr Asp lle Lys His Ser Glu Ala Val Ser Arg Val Trp Arg Arg 350 345 340
Ala Leu Thr Ala Ala GIn Arg Thr Leu Thr Ser Trp Leu Tyr Pro Ala 365 360 355
Gly Thr Asp Ala Gly Asp lle Leu Leu lle Gly Gin Lys Pro Asp Ser 5 380 375 370 lle Asp Arg Asn Arg Leu Pro Leu Leu Tyr Gly Asp Ser Thr Arg His 400 395 390 385 10
Trp Thr Arg Ser Pro Gly Asp Val Trp Leu Phe Leu Lys 60 Thr Leu 415 410 405
Glu Asn Leu Arg Asn Ser Ser Phe His Phe Lys Thr Leu Ser Ala Phe 430 425 420
Thr Ser His Leu Asp Gly Thr Cys Glu Ser Glu Pro Ala Glu Gln 07 445 440 435
Ala Ala 60 Ala Leu Trp Gin Asp Asp Arg GIn Gin Asp His Gin 0 460 455 450
Val Phe Leu Ser Leu Arg Ala Leu Asp Ala Thr Thr Tyr Leu Pro Thr 0 480 475 470 465
Gly Pro Leu His Arg lle Val Asn Ala Val Gln Ser Thr Asp Ala Thr 495 490 485 15
Leu Pro Leu Pro Arg Phe Arg Arg Val Val Thr Arg Ala Ala Asn Thr 510 505 500
Arg Leu Lys Gly Phe Pro Val Glu Pro Val Asn Arg Arg Thr Met Glu 525 520 515
Asp Asp Pro Leu Leu Arg Cys Arg Tyr Gly Val Leu Lys Leu Leu Tyr 540 535 530
Glu Arg Gly Phe Arg Ala Trp Leu Glu Thr Arg Pro Ser lle Ala Ser 560 555 550 545
Cys Leu Asp GIn Ser Leu Lys Arg Ser Thr Lys Ala Ala GIn Thr lle 5 575 570 565
Asn Gly Lys Asn Ser Pro Gin Gly Val Glu lle Leu Ser Arg Ala Thr
590 585 580
Lys Leu Leu GIn Ala Glu Gly Gly Gly Gly His Gly lle His Asp Leu 605 600 595 5
Phe Asp Arg Leu Tyr Ala Ala Thr Ala Arg Glu Met Arg Val Gln Val 620 615 610
Gly Tyr His His Asp Ala Glu Ala Ala Arg Gin GIn Ala Glu Phe lle 640 635 630 625
Glu Asp Leu Lys Cys Glu Val Val Ala Arg Ala Phe Cys Ala Tyr Leu 655 650 645
Lys Thr Leu Gly lle Gin Gly Asp Thr Phe Arg Arg 60 Pro Glu Pro 670 665 660
Leu Pro Thr Trp Pro Asp Leu Pro Asp Leu Pro Ser Ser Thr lle Gly 5 685 680 675
Thr Ala Gin Ala Ala Leu Tyr Ser Val Leu His Leu Met Pro Val Glu 700 695 690 10
Asp Val Gly Ser Leu Leu His GIn Leu Arg Arg Trp Leu Val Ala Leu 720 715 710 705
Gln Ala Arg Gly Gly Glu Asp Gly Thr Ala lle Thr Ala Thr lle Pro 735 730 725
Leu Leu Glu Leu Tyr Leu Asn Arg His Asp Ala Lys Phe Ser Gly Gly 750 745 740
Gly Ala Gly Thr Gly Leu Arg Trp Asp Asp Trp ‏ماه‎ Val Phe Phe Asp 765 760 755
Cys GIn Ala Thr Phe Asp Arg Val Phe Pro Pro Gly Pro Ala Leu Asp 0 780 775 770
Ser His Arg Leu Pro Leu Arg Gly Leu Arg Glu Val Leu Arg Phe Gly 800 795 790 785 15
Arg Val Asn Asp Leu Ala Ala Leu lle Gly Glin Asp Lys lle Thr Ala 815 810 805
Ala Glu Val Asp Arg Trp His Thr Ala Glu GIn Thr lle Ala Ala Gin 830 825 820
Gln GIn Arg Arg Glu Ala Leu His Glu GIn Leu Ser Arg Lys Lys Gly 845 840 835
Thr Asp Ala Glu Val Asp Glu Tyr Arg Ala Leu Val Thr Ala lle Ala 860 855 850
Asp His Arg His Leu Thr Ala His Val Thr Leu Ser Asn Val Val Arg 15 880 875 870 865
Leu His Arg Leu Met Thr Thr Val Leu Gly Arg Leu Val Asp Tyr Gly
895 890 885
Gly Leu Trp Glu Arg Asp Leu Thr Phe Val Thr Leu Tyr Glu Ala His 910 905 900 5
Arg Leu Gly Gly Leu Arg Asn Leu Leu Ser Glu Ser Arg Val Asn Lys 925 920 915
Phe Leu Asp Gly 60 Thr Pro Ala Ala Leu Ser Lys Lys Asn Asn Ala 940 935 930
Glu Glu Asn Gly Met lle Ser Lys Val Leu Gly Asp Lys Ala Arg Arg 960 955 950 945
Gln lle Arg Asn Asp Phe Ala His Phe Asn Met Leu 60 Gin Gly Lys 975 970 965
Lys Thr lle Asn Leu Thr Asp Glu lle Asn Asn Ala Arg Lys Leu Met 5 990 985 980
Ala His Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala lle Thr Arg Ser Val Thr Thr 1005 1000 995 10
Leu Leu GIn ‏دا‎ Asp Gly Leu Asp lle Val Trp Thr Met Asp Ala 1020 1015 1010
Ser His Arg Leu Thr Asp Ala Lys lle Asp Ser Arg Asn Ala lle 1035 1030 1025
His Leu His Lys Thr His Asn Arg Ala Asn lle Arg Glu Pro Leu 1050 1045 1040
His Gly Lys Ser Tyr Cys Arg Trp Val Ala Ala Leu Phe Gly Ala 1065 1060 1055
Thr Ser Thr Pro Ser Ala Thr Lys Lys Ser Asp Lys lle Arg 10 1080 1075 1070 325 <210> 1001 <211> 15
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
>223< متوالية توافقية >220< >221< خصائص ‎de glia‏
>222< (9..0) ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220<
>221< خصائص ‎de gia‏ >222< )11)..(11( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220<
5 >221< خصائص متنوعة <222> )16)..(14( >223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220<
>221< خصائص متنوعة
(20)..(20) >222<
>223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
<220> 5
>221< خصائص متنوعة
(22)..(22) >222<
>223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث 10 >220<
>221< خصائص متنوعة
(29)..(29) >222<
>223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220<
>221< خصائص متنوعة
(36)..(36) >222<
>223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
<220>
>22]1< خصائص متنوعة
(43)..(42) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎5
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(48)..(48) >222<
‏>223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎)52(..52( >222<
‏>223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎)57..)57( >222<
‏>223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
>220< >221< خصائص متنوعة <222> (59(..)59) ‎Xaa <223> 5‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
>220< >221< خصائص متنوعة >222< (71(..)69)
‎Xaa <223> 0‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< (73(..03)
‎Xaa <223> 5‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة <222> )15(.-)75(
>223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )79)..(78(
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة
‏0 >222< )86)..(86( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة
‏5 >222< )89)..(89( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة
>222< )90)..(90( ‎"Xaa' <223>‏ عند الموضع 90 هي رمز الحمض الأميني ‎Leu‏ - "ل أو ‎lle‏ ‏>220< ‏5 >221< خصائص ‎de glia‏
>222< )101)..(101( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220<
10 >221< خصائص ‎de gia‏ >222< )104)..(104( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220<
>221< خصائص متنوعة >222< )111)..(111( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220<
>221< خصائص متنوعة >222< )116)..(116( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )121)..(121( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )130)..(128( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث 5 >220< >221< خصائص متنوعة >222< )133)..(133( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
<220>
>22]1< خصائص متنوعة
(145)..(145) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎5
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(148)..(148) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(167)..(167) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(174)..(174) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
>220< >221< خصائص متنوعة >222< )192)..(192( ‎Xaa <223> 5‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )195)..(194( ‎Xaa <223> 0‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )199)..(199( ‎Xaa <223> 5‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )203)..(202(
>223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة <222> )206)..(206( >223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة 0 >222< )219)..(217( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة 5 >222< )228)..(228( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة
>222< )233)..(233( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص ‎de glia‏
>222< )236)..(236( ‎"Xaa' <223>‏ عند الموضع 90 هي رمز الحمض الأميني ‎Leu‏ - "ل أو ‎lle‏ ‏>220<
>221< خصائص ‎de gia‏ >222< )243)..(243( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220<
5 >221< خصائص متنوعة <222> (245(..)245) >223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220<
>221< خصائص متنوعة >222< )262)..(262( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )267)..(267( ‎"Xaa' <223>‏ عند الموضع 90 هي رمز الحمض الأميني ‎Leu‏ - "ل أو ‎lle‏ ‏10 >220< >221< خصائص متنوعة >222< )278)..(277( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث 5 >220< >221< خصائص متنوعة >222< )282)..(282( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
<220>
>22]1< خصائص متنوعة
(287)..(287) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎5
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(307)..(307) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(314)..(314) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(321)..(320) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
>220< >221< خصائص متنوعة >222< )333)..(333( ‎Xaa <223> 5‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )343)..(343( ‎Xaa <223> 0‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )357)..(357( ‎Xaa <223> 5‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )367)..(367(
>223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )371)..(371( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة 0 >222< (375..374) >223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة 5 >222< )378)..(378( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة
>222< )392)..(392( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص ‎de glia‏
>222< )402)..(402( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220<
>221< خصائص ‎de gia‏ >222< )415)..(414( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220<
5 >221< خصائص متنوعة <222> )418)..(418( ‎"Xaa' <223>‏ عند الموضع 90 هي رمز الحمض الأميني ‎Leu‏ - "ل أو ‎lle‏ ‏>220<
>221< _خصائص ‎do glia‏ >222< )446)..(446( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )449)..(448( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )451)..(451( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث 5 >220< >221< خصائص متنوعة <222> )467)..(467( >223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
<220>
>22]1< خصائص متنوعة
(489)..(489) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎5
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(500)..(500) >222<
‏>223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(510)..(510) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(514)..(514) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
>220< >221< خصائص متنوعة >222< )529)..(528( ‎Xaa <223> 5‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )532)..(532( ‎Xaa <223> 0‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )539)..(539( ‎Xaa <223> 5‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )548)..(547(
>223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )551)..(551( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة 0 <222> )554)..(553( >223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة 5 >222< )565)..(565( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة
>222< )576)..(576( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص ‎de glia‏ >222< )588)..(587( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< 0 >221< خصائص متنوعة <222> )600)..(600( >223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< 5 >221< خصائص ‎de glia‏ >222< )605)..(604( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220<
>221< خصائص متنوعة >222< )622)..(622( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )627)..(627( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )629)..(629( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث 5 >220< >221< خصائص متنوعة >222< )655)..(655( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
<220>
>22]1< خصائص متنوعة
(662)..(662) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎5
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(682)..(682) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(686)..(686) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(688)..(688) <222>
‎"Xaa' <223>‏ عند الموضع 90 هي رمز الحمض الأميني ‎Leu‏ - "ل أو ‎lle‏
>220< >221< خصائص متنوعة >222< )691)..(691( ‎Xaa <223> 5‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )698)..(698( ‎Xaa <223> 0‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )706)..(706( ‎Xaa <223> 5‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< (723..023)
>223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )737)..(737(
‎"Xaa' <223>‏ عند الموضع 90 هي رمز الحمض الأميني ‎Leu‏ - "ل أو ‎lle‏ ‏>220< ‏>221< خصائص متنوعة
‏0 >222< )738)..(738( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة
‏5 >222< )761)..(760( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة
<222> (771(..071) >223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص ‎de glia‏ >222< (773..073) ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص ‎de gia‏ >222< )779)..(779( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< 5 >221< خصائص متنوعة >222< )786)..(786( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220<
>221< خصائص متنوعة >222< )790)..(790( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )798)..(798( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة <222> (800(..)800) >223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث 5 >220< >221< خصائص متنوعة >222< )834)..(834( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
<220>
>22]1< خصائص متنوعة
(843)..(843) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎5
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(852)..(851) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(866)..(866) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
‎<220>
‏>22]1< خصائص متنوعة
‎(870)..(870) <222>
‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث
>220< >221< خصائص متنوعة >222< )873)..(873( ‎Xaa <223> 5‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )877)..(877( ‎Xaa <223> 0‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )889)..(889( ‎Xaa <223> 5‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )896)..(896(
>223< .2668 قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة >222< )916)..(916( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة 0 >222< )923)..(923( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة 5 >222< )936)..(936( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص متنوعة
>222< )962)..(962( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص ‎de glia‏ >222< )966)..(966( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< >221< خصائص ‎de gia‏ >222< )970)..(970( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220< 5 >221< خصائص متنوعة >222< )985)..(985( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض أميني طبيعي الحدوث >220<
>221< خصائص متنوعة >222< )996)..(996( ‎Xaa <223>‏ قد تكون أي حمض ‎Jel‏ طبيعي الحدوث >400< 325
Met Lys lle Ser Lys Val Xaa Xaa Xaa Val Xaa Lys Lys Xaa Xaa Xaa 15 10 5 1
Gly Lys Leu Xaa Lys Xaa Val Asn Glu Arg Asn Arg Xaa Ala Lys Arg 25 20
Leu Ser Asn Xaa Leu Asx Lys Tyr lle Xaa Xaa lle Asp Lys lle Xaa 15 40 35
Lys Lys Glu Xaa Xaa Lys Lys Phe Xaa Ala Xaa Glu Glu lle Thr Leu
60 55 50
Lys Leu Asn GIn Xaa Xaa Xaa Asx Xaa Leu Xaa Lys Ala Xaa Xaa Asp 80 75 70 65 5
Leu Arg Lys Asp Asn Xaa Tyr Ser Xaa Xaa Lys Lys lle Leu His Asn 95 90 85
Glu Asp lle Asn Xaa Glu Glu Xaa Glu Leu Leu lle Asn Asp Xaa Leu 110 105 100
Glu Lys Leu Xaa Lys lle Glu Ser Xaa Lys Tyr Ser Tyr Gln Lys Xaa 125 120 115
Xaa Xaa Asn Tyr Xaa Met Ser Val 60 Glu His Ser Lys Lys Ser lle 140 135 130
Xaa Arg lle Xaa Glu Ser Ala Lys Arg Asn Lys Glu Ala Leu Asp Lys 5 160 155 150 145
Phe Leu Lys Glu Tyr Ala Xaa Leu Asp Pro Arg Met Glu Xaa Leu Ala 175 170 165 10
Lys Leu Arg Lys Leu Leu Glu Leu Tyr Phe Tyr Phe Lys Asn Asp Xaa 190 185 180 lle Xaa Xaa Glu Glu Glu Xaa Asn Val Xaa Xaa His Lys Xaa Leu Lys 205 200 195
Glu Asn His Pro Asp Phe Val Glu Xaa Xaa Xaa Asn Lys Glu Asn Ala 220 215 210
Glu Leu Asn Xaa Tyr Ala lle Glu Xaa Lys Lys Xaa Leu Lys Tyr Tyr 240 235 230 225
Phe Pro Xaa Lys Xaa Ala Lys Asn Ser Asn Asp Lys lle Phe Glu Lys 10 255 250 245
GIn Glu Leu Lys Lys Xaa Trp lle His Gin Xaa Glu Asn Ala Val Glu 270 265 260 15
Arg lle Leu Leu Xaa Xaa Gly Lys Val Xaa Tyr Lys Leu GIn Xaa Gly 285 280 275
Tyr Leu Ala Glu Leu Trp Lys lle Arg lle Asn Glu lle Phe lle Lys 300 295 290
Tyr lle Xaa Val Gly Lys Ala Val Ala Xaa Phe Ala Leu Arg Asn Xaa 320 315 310 305
Xaa Lys Asx Glu Asn Asp lle Leu Gly Gly Lys lle Xaa Lys Lys Leu 335 330 325
Asn Gly lle Thr Ser Phe Xaa Tyr Glu Lys lle Lys Ala Glu Glu lle 5 350 345 340
Leu GIn Arg Glu Xaa Ala Val Glu Val Ala Phe Ala Ala Asn Xaa Leu
365 360 355
Tyr Ala Xaa Asp Leu Xaa Xaa lle Arg Xaa Ser lle Leu Gln Phe Phe 380 375 370 5
Gly Gly Ala Ser Asn Trp Asp Xaa Phe Leu Phe Phe His Phe Ala Thr 400 395 390 385
Ser Xaa lle Ser Asp Lys Lys Trp Asn Ala Glu Leu lle Xaa Xaa Lys 415 410 405
Lys Xaa Gly Leu Val lle Arg Glu Lys Leu Tyr Ser Asn Asn Val Ala 430 425 420
Met Phe Tyr Ser Lys Asp Asp Leu Glu Lys Leu Leu Asn Xaa Leu Xaa 445 440 435
Xaa Phe Xaa Leu Arg Ala Ser GIn Val Pro Ser Phe Lys Lys Val Tyr 5 460 455 450
Val Arg Xaa Asx Phe Pro Gin Asn Leu Leu Lys Lys Phe Asn Asp Glu 480 475 470 465 10
Lys Asp Asp Glu Ala Tyr Ser Ala Xaa Tyr Tyr Leu Leu Lys Glu lle 495 490 485
Tyr Tyr Asn Xaa Phe Leu Pro Tyr Phe Ser Ala Asn Asn Xaa Phe Phe 510 505 500
Phe Xaa Val Lys Asn Leu Val Leu Lys Ala Asn Lys Asp Lys Phe Xaa 525 520 515
Xaa Ala Phe Xaa Asp lle Arg Glu Met Asn Xaa Gly Ser Pro lle Glu 540 535 530
Tyr Leu Xaa Xaa Thr Gln Xaa Asn Xaa Xaa Asn Glu Gly Arg Lys Lys 10 560 555 550 545
Glu Glu Lys Glu Xaa Asp Phe lle Lys Phe Leu Leu GIn lle Phe Xaa 575 570 565 15
Lys Gly Phe Asp Asp Tyr Leu Lys Asn Asn Xaa Xaa Phe lle Leu Lys 590 585 580
Phe lle Pro Glu Pro Thr Glu Xaa lle Glu lle Xaa Xaa Glu Leu 07 605 600 595
Ala Trp Tyr lle Val Gly Lys Phe Leu Asn Ala Arg Lys Xaa Asn Leu 620 615 610
Leu Gly Xaa Phe Xaa Ser Tyr Leu Lys Leu Leu Asp Asp lle Glu Leu 640 635 630 625
Arg Ala Leu Arg Asn Glu Asn lle Lys Tyr Glin Ser Ser Asn Xaa Glu 5 655 650 645
Lys Glu Val Leu Glu Xaa Cys Leu Glu Leu lle Gly Leu Leu Ser Leu
670 665 660
Asp Leu Asn Asp Tyr Phe Asx Asp Glu Xaa Asp Phe Ala Xaa Tyr Xaa 685 680 675 5
Gly Lys Xaa Leu Asp Phe Glu Lys Lys Xaa Met Lys Asp Leu Ala Glu 700 695 690
Leu Xaa Pro Tyr Asp Gln Asn Asp Gly Glu Asn Pro lle Val Asn Arg 720 715 710 705
Asn lle Xaa Leu Ala Lys Lys Tyr Gly Thr Leu Asn Leu Leu Glu Lys 735 730 725
Xaa Xaa Asp Lys Val Ser Glu Lys Glu lle Lys Glu Tyr Tyr Glu Leu 750 745 740
Lys Lys Glu lle Glu Glu Tyr Xaa Xaa Lys Gly Glu Glu Leu His Glu 5 765 760 755
Glu Trp Xaa Gln Xaa Lys Asn Arg Val Glu Xaa Arg Asp lle Leu Glu 780 775 770 10
Tyr Xaa Glu Glu Leu Xaa Gly Gin lle lle Asn Tyr Asn Xaa Leu 38 800 795 790 785
Asn Lys Val Leu Leu Tyr Phe Gin Leu Gly Leu His Tyr Leu Leu Leu 815 810 805
Asp lle Leu Gly Arg Leu Val Gly Tyr Thr Gly lle Trp Glu Arg Asp 830 825 820
Ala Xaa Leu Tyr GIn lle Ala Ala Met Tyr Xaa Asn Gly Leu Pro Glu 845 840 835
Tyr lle Xaa Xaa Lys Lys Asn Asp Lys Tyr Lys Asp Gly Gin lle Val 0 860 855 850
Gly Xaa Lys lle Asn Xaa Phe Lys Xaa Asp Lys Lys Xaa Leu Tyr Asn 880 875 870 865 15
Ala Gly Leu Glu Leu Phe Glu Asn Xaa Asn Glu His Lys Asn lle Xaa 895 890 885 lle Arg Asn Tyr lle Ala His Phe Asn Tyr Leu Ser Lys Ala Glu Ser 910 905 900
Ser Leu Leu Xaa Tyr Ser Glu Asn Leu Arg Xaa Leu Phe Ser Tyr Asp 925 920 915
Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val Xaa Lys Ser Leu lle Asn lle Leu Leu 940 935 930
Arg His Gly Met Val Leu Lys Phe Lys Phe Gly Thr Asp Lys Lys Ser 15 960 955 950 945
Val Xaa lle Arg Ser Xaa Lys Lys lle Xaa His Leu Lys Ser lle Ala
975 970 965
Lys Lys Leu Tyr Tyr Pro Glu Val Xaa Val Ser Lys Glu Tyr Cys Lys 990 985 980 5
Leu Val Lys Xaa Leu Leu Lys Tyr Lys 1000 995 326 <210> 1224 <211>
PRT <212>
Bergeyella zoohelcum <213> 15 326 <400>
Met Glu Asn Lys Thr Ser Leu Gly Asn Asn lle Tyr Tyr Asn Pro Phe
15 10 5 1
Lys Pro GIn Asp Lys Ser Tyr Phe Ala Gly Tyr Phe Asn Ala Ala Met 30 25 20 5
Glu Asn Thr Asp Ser Val Phe Arg Glu Leu Gly Lys Arg Leu Lys Gly 45 40 35
Lys Glu Tyr Thr Ser Glu Asn Phe Phe Asp Ala lle Phe Lys Glu Asn 60 55 50 lle Ser Leu Val Glu Tyr Glu Arg Tyr Val Lys Leu Leu Ser Asp Tyr 80 75 70 65
Phe Pro Met Ala Arg Leu Leu Asp Lys Lys Glu Val Pro lle Lys Glu 95 90 85
Arg Lys Glu Asn Phe Lys Lys Asn Phe Lys Gly lle lle Lys Ala Val 5 110 105 100
Arg Asp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Glu His Gly Glu Val Glu 125 120 115 10 lle Thr Asp Glu lle Phe Gly Val Leu Asp Glu Met Leu Lys Ser Thr 140 135 130
Val Leu Thr Val Lys Lys Lys Lys Val Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu 160 155 150 145 lle Leu Lys Lys Ser lle Glu Lys Gin Leu Asp lle Leu Cys 60 Lys 175 170 165
Lys Leu Glu Tyr Leu Arg Asp Thr Ala Arg Lys lle Glu Glu Lys Arg 190 185 180
Arg Asn Gin Arg Glu Arg Gly Glu Lys Glu Leu Val Ala Pro Phe Lys 10 205 200 195
Tyr Ser Asp Lys Arg Asp Asp Leu lle Ala Ala lle Tyr Asn Asp Ala 220 215 210 15
Phe Asp Val Tyr lle Asp Lys Lys Lys Asp Ser Leu Lys Glu Ser Ser 240 235 230 225
Lys Ala Lys Tyr Asn Thr Lys Ser Asp Pro Gin Gin Glu Glu Gly Asp 255 250 245
Leu Lys lle Pro lle Ser Lys Asn Gly Val Val Phe Leu Leu Ser Leu 270 265 260
Phe Leu Thr Lys GIn Glu lle His Ala Phe Lys Ser Lys lle Ala Gly 285 280 275
Phe Lys Ala Thr Val lle Asp Glu Ala Thr Val Ser Glu Ala Thr Val 15 300 295 290
Ser His Gly Lys Asn Ser lle Cys Phe Met Ala Thr His Glu lle Phe
320 315 310 305
Ser His Leu Ala Tyr Lys Lys Leu Lys Arg Lys Val Arg Thr Ala Glu 335 330 325 5 lle Asn Tyr Gly Glu Ala Glu Asn Ala Glu GIn Leu Ser Val Tyr Ala 350 345 340
Lys Glu Thr Leu Met Met GIn Met Leu Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 365 360 355
Asp Val Val Tyr GIn Asn Leu Ser Glu Asp Val Gln Lys Thr Phe lle 380 375 370
Glu Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr 400 395 390 385
Met Glu Glu Glu GIn Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu 5 415 410 405
Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gin 430 425 420 10
Phe Pro Thr Leu Arg Phe Gin Val His Leu Gly Asn Tyr Leu His Asp 445 440 435
Ser Arg Pro Lys Glu Asn Leu lle Ser Asp Arg Arg lle Lys Glu Lys 460 455 450 lle Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu His Lys Lys Ala Leu 480 475 470 465
Phe lle Lys Asn Thr Glu Thr Asn Glu Asp Arg Glu His Tyr Trp Glu 495 490 485 lle Phe Pro Asn Pro Asn Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn lle Ser Val 0 510 505 500
Asn Asp Lys Asp Phe Pro lle Ala Gly Ser lle Leu Asp Arg Glu Lys 525 520 515 15
Gln Pro Val Ala Gly Lys lle Gly lle Lys Val Lys Leu Leu Asn Gin 540 535 530
Gln Tyr Val Ser Glu Val Asp Lys Ala Val Lys Ala His Gin Leu Lys 560 555 550 545
Gln Arg Lys Ala Ser Lys Pro Ser lle Glin Asn lle lle Glu Glu lle 575 570 565
Val Pro lle Asn Glu Ser Asn Pro Lys Glu Ala lle Val Phe Gly Gly 590 585 580
GIn Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp lle His Ser lle Leu Tyr 15 605 600 595
Glu Phe Phe Asp Lys Trp Glu Lys Lys Lys Glu Lys Leu Glu Lys Lys
620 615 610
Gly Glu Lys Glu Leu Arg Lys Glu lle Gly Lys Glu Leu Glu Lys Lys 640 635 630 625 5 lle Val Gly Lys lle Gln Ala GIn lle Gln Gin lle lle Asp Lys Asp 655 650 645
Thr Asn Ala Lys lle Leu Lys Pro Tyr Gln Asp Gly Asn Ser Thr Ala 670 665 660 lle Asp Lys Glu Lys Leu lle Lys Asp Leu Lys GIn Glu Gln Asn lle 685 680 675
Leu GIn Lys Leu Lys Asp Glu GIn Thr Val Arg Glu Lys Glu Tyr Asn 700 695 690
Asp Phe lle Ala Tyr Gin Asp Lys Asn Arg Glu lle Asn Lys Val Arg 5 720 715 710 705
Asp Arg Asn His Lys GIn Tyr Leu Lys Asp Asn Leu Lys Arg Lys Tyr 735 730 725 10
Pro Glu Ala Pro Ala Arg Lys Glu Val Leu Tyr Tyr Arg Glu Lys Gly 750 745 740
Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Thr 765 760 755
Asp Phe Lys Asn Glu Trp Lys Gly Glu GIn His Ser Leu Leu 60 Lys 780 775 770
Ser Leu Ala Tyr Tyr Glu 60 Cys Lys Glu Glu Leu Lys Ash Leu Leu 800 795 790 785
Pro Glu Lys Val Phe Gin His Leu Pro Phe Lys Leu Gly Gly Tyr Phe 10 815 810 805
GIn Gin Lys Tyr Leu Tyr Gln Phe Tyr Thr Cys Tyr Leu Asp Lys Arg 830 825 820 15
Leu Glu Tyr lle Ser Gly Leu Val Gln ‏صا‎ Ala Glu Asn Phe Lys Ser 845 840 835
Glu Asn Lys Val Phe Lys Lys Val Glu Asn Glu Cys Phe Lys Phe Leu 860 855 850
Lys Lys GIn Asn Tyr Thr His Lys Glu Leu Asp Ala Arg Val GIn Ser 880 875 870 865 lle Leu Gly Tyr Pro lle Phe Leu Glu Arg Gly Phe Met Asp Glu Lys 895 890 885
Pro Thr lle lle Lys Gly Lys Thr Phe Lys Gly Asn Glu Ala Leu Phe 15 910 905 900
Ala Asp Trp Phe Arg Tyr Tyr Lys Glu Tyr GIn Asn Phe GIn Thr Phe
925 920 915
Tyr Asp Thr Glu Asn Tyr Pro Leu Val Glu Leu Glu Lys Lys GIn Ala 940 935 930 5
Asp Arg Lys Arg Lys Thr Lys lle Tyr Gin GIn Lys Lys Asn Asp Val 960 955 950 945
Phe Thr Leu Leu Met Ala Lys His lle Phe Lys Ser Val Phe Lys Gin 975 970 965
Asp Ser lle Asp GIn Phe Ser Leu Glu Asp Leu Tyr Gln Ser Arg Glu 990 985 980
Glu Arg Leu Gly Asn GIn Glu Arg Ala Arg Gin Thr Gly Glu Arg Asn 1005 1000 995
Thr Asn Tyr lle Trp Asn Lys Thr Val Asp Leu Lys Leu Cys Asp 5 1020 1015 1010
Gly Lys lle Thr Val Glu Asn Val Lys Leu Lys Asn Val Gly Asp 1035 1030 1025 10
Phe lle Lys Tyr Glu Tyr Asp Gln Arg Val Gin Ala Phe Leu Lys 1050 1045 1040
Tyr Glu Glu Asn lle Glu Trp GIn Ala Phe Leu lle Lys Glu Ser 1065 1060 1055
Lys Glu Glu Glu Asn Tyr Pro Tyr Val Val Glu Arg Glu lle Glu 1080 1075 1070
Gln Tyr Glu Lys Val Arg Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Val His 1095 1090 1085
Leu lle Glu Glu Tyr lle Leu Glu Lys Val Lys Asp Lys Glu lle 0 1110 1105 1100
Leu Lys Lys Gly Asp Asn GIn Asn Phe Lys Tyr Tyr lle Leu Asn 1125 1120 1115 15
Gly Leu Leu Lys GIn Leu Lys Asn Glu Asp Val Glu Ser Tyr Lys 1140 1135 1130
Val Phe Asn Leu Asn Thr Glu Pro Glu Asp Val Asn lle Asn 07 1155 1150 1145
Leu Lys GIn Glu Ala Thr Asp Leu Glu Gin Lys Ala Phe Val Leu 1170 1165 1160
Thr Tyr lle Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gin Leu Pro Lys Lys 1185 1180 1175
Glu Phe Trp Asp Tyr Cys 60 Glu Lys Tyr Gly Lys lle Glu Lys 15 1200 1195 1190
Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu Val Phe Lys Lys Glu
1215 1210 1205
Lys Glu Ala Leu lle Lys 1220 5 327 <210> 1126 <211>
PRT <212> 10
Prevotella intermedia <213> 327 <400>
Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser lle Arg Tyr Glu Leu Lys 5 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val
30 25 20
Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys lle Leu Glu Glu Gly Glu lle 45 40 35 5
Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Thr Thr Leu Lys Asn Thr Trp Asn Glu lle 60 55 50
Lys Asp lle Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu lle lle Lys His 80 75 70 65
Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala Thr Tyr Arg Leu Asn Pro Thr Asp Thr 95 90 85
Thr Lys GIn Lys Glu Glu Lys GIn Ala Glu Ala 60 Ser Leu Glu Ser 110 105 100
Leu Arg Lys Ser Phe Phe Val Phe lle Tyr Lys Leu Arg Asp Leu Arg 5 125 120 115
Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg Pro Lys 140 135 130 10
Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn lle Phe Asn Ala Ser 160 155 150 145 lle Arg Leu Val Lys Glu Asp Tyr Gin Tyr Asn Lys Asp lle Asn Pro 175 170 165
Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr 190 185 180
Tyr Phe Thr Lys Asp Asn Glu Gly Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu 205 200 195
Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Met 610 10 220 215 210
Gln Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn Arg Glu Asn Lys Lys Lys Met 240 235 230 225 15
Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 255 250 245
Leu GIn Ser Thr Gin Thr Gln Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn 270 265 260
Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Arg Glu Glu 285 280 275
Asp Arg Glu Lys Phe Arg Val Pro lle Glu lle Ala Asp Glu Asp Tyr 300 295 290
Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp 5 320 315 310 305
Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe
335 330 325
Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle 350 345 340 5
Tyr Lys Lys Gin lle Gly Asp Tyr Lys Glu Ser His His Leu Thr His 365 360 355
Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle Gin Glu Phe Thr Lys Gin Asn Arg 380 375 370
Pro Asp Glu Trp Arg Lys Phe Val Lys Thr Phe Asn Ser Phe Glu Thr 400 395 390 385
Ser Lys Glu Pro Tyr lle Pro Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu 415 410 405
Asn GIn Lys lle Gly lle Arg Phe Arg Asn Asp Asn Asp Lys lle Trp 5 430 425 420
Pro Ser Leu Lys Thr Asn Ser Glu Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys 445 440 435 10
Leu Asp Lys Ser Phe GIn Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu 460 455 450
Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu Asn Thr Asp 480 475 470 465
Asn Asp Asn Glu lle Glu Thr Lys Lys Lys Glu Asn Lys Asn Asp Lys 495 490 485
GIn Glu Lys His Lys lle Glu Glu lle lle Glu Asn Lys lle Thr Glu 510 505 500 lle Tyr Ala Leu Tyr Asp Thr Phe Ala Asn Gly Glu lle Lys Ser lle 10 525 520 515
Asp Glu Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Gly Lys Asp lle Glu lle Gly His 540 535 530 15
Leu Pro Lys GIn Met lle Ala lle Leu Lys Asp Glu His Lys Val Met 560 555 550 545
Ala Thr Glu Ala Glu Arg Lys GIn Glu Glu Met Leu Val Asp Val Gin 575 570 565
Lys Ser Leu Glu Ser Leu Asp Asn Gin lle Asn Glu Glu lle Glu Asn 590 585 580
Val Glu Arg Lys Asn Ser Ser Leu Lys Ser Gly Lys lle Ala Ser Trp 605 600 595
Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Gin Lys Asp Asn Glu 5 620 615 610
Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Leu
640 65 630 625
Leu GIn Arg Thr Leu Ala Phe Phe Gly Ser Glu His Glu Arg Leu Ala 655 650 645 5
Pro Tyr Phe Lys GIn Thr Lys Leu lle Glu Ser Ser Asn Pro His Pro 670 665 660
Phe Leu Lys Asp Thr Glu Trp Glu Lys Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe 685 680 675
Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys 700 695 690
Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn GIn Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro 720 715 710 705
Lys Thr Lys Pro Lys Thr Leu Val 60 Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn 5 735 730 725
Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Pro lle Arg Lys Trp Phe Met Lys 750 745 740 10
His Arg Glu Asn lle Thr Val Ala Glu Leu Lys Arg Val Gly Leu Val 765 760 755
Ala Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Ser Glu Glu Tyr Lys Asp Ser Val 780 775 770
Gln Pro Phe Tyr Asn Tyr His Phe Asn Val Gly Asn lle Asn Lys Pro 800 795 790 785
Asp Glu Lys Asn Phe Leu Asn Cys Glu Glu Arg Arg Glu Leu Leu Arg 815 810 805
Lys Lys Lys Asp Glu Phe Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu 10 830 825 820
Asn Pro Ser Tyr Leu Glu Phe Lys Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu 845 840 835 15
Leu Arg Leu Val Arg Asn GIn Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Met 860 855 850
Glu Leu Phe Asn Lys Lys Lys lle Lys Glu Leu Asn Val Glu Lys lle 880 875 870 865
Tyr Leu Lys Asn lle Asn Thr Asn Thr Thr Lys Lys Glu Lys Asn Thr 895 890 885
Glu Glu Lys Asn Gly Glu Glu Lys Asn lle Lys Glu Lys Asn Asn lle 910 905 900
Leu Asn Arg lle Met Pro Met Arg Leu Pro lle Lys Val Tyr Gly Arg 5 925 920 915
Glu Asn Phe Ser Lys Asn Lys Lys Lys Lys lle Arg Arg Asn Thr Phe
940 935 930
Phe Thr Val Tyr lle Glu Glu Lys Gly Thr Lys Leu Leu Lys Gin Gly 960 955 950 945 5
Asn Phe Lys Ala Leu Glu Arg Asp Arg Arg Leu Gly Gly Leu Phe Ser 975 970 965
Phe Val Lys Thr Pro Ser Lys Ala Glu Ser Lys Ser Asn Thr lle Ser 990 985 980
Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr GIn Lys Ala Arg lle 1005 1000 995
Glu lle lle Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Lys Thr Leu lle Asp 1020 1015 1010
Lys Tyr Asn Ser Leu Asp Thr Asp Asn Phe Asn Lys Met Leu Thr 5 1035 1030 1025
Asp Trp Leu Glu Leu Lys Gly Glu Pro Asp Lys Ala Ser Phe 0 1050 1045 1040 10
Asn Asp Val Asp Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His 1065 1060 1055
Asn GIn Tyr Pro Met Arg Asn Arg lle Ala Phe Ala Asn lle Asn 1080 1075 1070
Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn Thr Ser Glu Glu Lys Gly Leu 1095 1090 1085
Gly lle Ala Asn Gin Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Thr lle Glu 1110 1105 1100
Lys lle lle Glu lle Glu Lys Pro lle Glu Thr Lys Glu 0 1125 1120 1115 328 <210> 1127 <211> 15
PRT <212>
Prevotella buccae <213> 328 <400>
Met GIn Lys GIn Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala lle 15 10 5 1
Phe Ala Phe Pro Lys Tyr lle Thr lle Met Glu Asn Lys Glu Lys Pro 25 20
Glu Pro lle Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 10 40 35
Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr lle Asn His lle Asn 60 55 50 15
Arg Arg Leu Glu lle Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 80 75 70 65 lle Lys Gly Ser Trp Asn Glu GIn Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 95 90 85
Arg Leu Arg Asp Leu lle Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 110 105 100
Ala Tyr Glu Met Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu Gin Arg 125 120 115
Glu Lys Glu GIn Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 15 140 135 130
Leu Phe lle Phe Leu Glu Lys Leu GIn Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser
160 155 150 145
His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro lle Phe Glu Thr Ser 175 170 165 5
Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 190 185 180
Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn lle Asp Met Gin Arg Asp Phe 205 200 195
Thr His Leu Asn Arg Lys Lys GIn Val Gly Arg Thr Lys Asn lle lle 220 215 210
Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 240 235 230 225
Thr lle Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 5 255 250 245
Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 270 265 260 10
Asn Leu Arg Glu GIn Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle 285 280 275
Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gin Thr Lys Asp Trp Met 300 295 290
GIn Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 320 315 310 305
Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 335 330 325 lle Phe Ser Asp Asp Tyr Asn Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 0 350 345 340
Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 365 360 355 15
Asp Leu Asn Glu lle Phe Glu GIn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly 380 375 370
Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Asn Lys Arg lle Gly Asp Glu Asp Glu 400 395 390 385
Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg lle Gln Asp 415 410 405
Phe Ala Pro Gin Asn Gin Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 430 425 420
Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr lle Ser Lys Thr Ala 15 445 440 435
Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys lle Gly lle Lys Phe Cys Ser
460 455 450
Ala His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu GIn Thr Asp Lys Thr Cys Asn 480 475 470 465 5
Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gin Phe Thr Ala Glu Ala Phe 495 490 485
Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 510 505 500
Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly lle 525 520 515 lle Arg Lys Glu lle Ser Asn lle Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala 540 535 530
Asn Asn Glu lle Asn Ser lle Ala Asp Leu Thr Arg Arg Leu GIn Asn 5 560 555 550 545
Thr Asn lle Leu GIn Gly His Leu Pro Lys Gln Met lle Ser lle Leu 575 570 565 10
Lys Gly Arg Gin Lys Asp Met Gly Lys Glu Ala Glu Arg Lys lle Gly 590 585 580
Glu Met lle Asp Asp Thr Gin Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gin 605 600 595
Thr Asn Gin Lys lle Arg lle Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 620 615 610
Ser Gly Lys lle Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe 0 640 635 630 625
Pro Val GIn Lys Asp GIn Asn Asn lle Pro lle Asn Asn Ser Lys Ala 0 655 650 645
Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu GIn Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly 670 665 660 15
Ser Glu Asn Phe Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Asn GIn Met Asn Leu Val 685 680 675
Gly Asn Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gin Trp Glu His 700 695 690
Gln Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 720 715 710 705
Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gin Asn Trp Lys Gin Tyr Gin His 735 730 725
Phe Leu lle Leu Lys Val 60 Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 5 750 745 740
Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Gin Pro
765 760 755 lle Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg lle Tyr Asp 780 775 770 5 ‏ماك‎ lle Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala lle Pro 800 795 790 785
Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gin Pro Phe Tyr Asp 815 810 805
Tyr Pro Phe Asn lle Gly Asn Arg Leu Lys Pro Lys Lys Arg Gin Phe 830 825 820
Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp GIn Lys Asn Lys Glu Leu 845 840 835
Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Lys Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 5 860 855 850
Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu lle Lys 880 875 870 865 10
Asn Gin Asp lle Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Asn Met 895 890 885
Ala Thr Val Glu Gly Leu Lys lle Gly Glu lle His Leu Arg Asp lle 910 905 900
Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn lle Leu Asn Arg lle 925 920 915
Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 940 935 930
Asn lle Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr lle Glu Glu Thr 0 960 955 950 945
Glu Thr Lys Val Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 975 970 965 15
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp Leu Asn 990 985 980
Leu Glu Glu His Pro lle Ser Lys Leu Ser Val Asp Leu Glu Leu lle 1005 1000 995
Lys Tyr GIn Thr Thr Arg lle Ser lle Phe Glu Met Thr Leu Gly 1020 1015 1010
Leu Glu Lys Lys Leu lle Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 1035 1030 1025
Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu GIn Cys Lys Ala Asn 5 1050 1045 1040
Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu lle Ala Val Arg
1065 1060 1055
Asn Ala Phe Ser His Asn Gin Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1080 1075 1070 5
Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1095 1090 1085
Lys Lys lle Glu Leu Asn lle Ala Pro Gin Leu Leu Glu lle Val 1110 1105 1100
Gly Lys Ala lle Lys Glu lle Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1125 1120 1115
329 <210> 1135 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213> 329 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 15 10 5 1
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 30 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 5 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 95 90 85 10
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
GIn Ser Arg Phe Ala Val Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 0 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180 15
Leu Thr Val Ser Gly Phe Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 5 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu
285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asp Glu Glu 300 295 290 5
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 5 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385 10
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met GIn Ser Asp Phe Leu Arg Lys 10 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 495 490 485 15
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gin Asn Pro 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asp Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 5 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe
590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595 5
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala Gin Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gin Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Gly Phe Tyr 5 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys lle Phe Tyr 700 695 690 10
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys 07 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Val Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 10 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785 15
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820
Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gin Glu Asp Asp Arg 15 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp
895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 910 905 900 5
Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 5 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995 10
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 10 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085 15
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 330 <210> 1115 <211>
PRT <212>
Bacterioides pyogenes <213> 330 <400>
Met Glu Ser lle Lys Asn Ser 0 Lys Ser Thr Gly Lys Thr Leu GIn 15 10 5 1
Lys Asp Pro Pro Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Met Ala Leu Leu Asn 30 25 20
Val Arg Lys Val Glu Asn His lle Arg Lys Trp Leu Gly Asp Val Ala 45 40 35
Leu Leu Pro Glu Lys Ser Gly Phe His Ser Leu Leu Thr Thr Asp Asn 60 55 50
Leu Ser Ser Ala Lys Trp Thr Arg Phe Tyr Tyr Lys Ser Arg Lys Phe 15 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu Glu Met Phe Asp Ser Asp Lys Lys Ser Tyr Glu Asn
95 90 85
Arg Arg Glu Thr Ala Glu Cys Leu Asp Thr lle Asp Arg ‏(اى‎ Lys lle 110 105 100 5
Ser Ser Leu Leu Lys Glu Val Tyr Gly Lys Leu GIn Asp lle Arg Asn 125 120 115
Ala Phe Ser His Tyr His lle Asp Asp Gln Ser Val Lys His Thr Ala 140 135 130
Leu lle lle Ser Ser Glu Met His Arg Phe lle Glu Asn Ala Tyr Ser 160 155 150 145
Phe Ala Leu GIn Lys Thr Arg Ala Arg Phe Thr Gly Val Phe Val Glu 175 170 165
Thr Asp Phe Leu Gin Ala Glu Glu Lys Gly Asp Asn Lys Lys Phe Phe 5 190 185 180
Ala lle Gly Gly Asn Glu Gly lle Lys Leu Lys Asp Asn Ala Leu lle 205 200 195 10
Phe Leu lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg Glu Glu Ala Phe Lys Phe Leu 220 215 210
Ser Arg Ala Thr Gly Phe Lys Ser Thr Lys Glu Lys Gly Phe Leu Ala 240 235 230 225
Val Arg Glu Thr Phe Cys Ala Leu Cys Cys Arg GIn Pro His Glu Arg 255 250 245
Leu Leu Ser Val Asn Pro Arg Glu Ala Leu Leu Met Asp Met Leu Asn 270 265 260
Glu Leu Asn Arg Cys Pro Asp lle Leu Phe Glu Met Leu Asp Glu Lys 0 285 280 275
Asp Gin Lys Ser Phe Leu Pro Leu Leu Gly Glu Glu Glu Gin Ala His 300 295 290 15 lle Leu Glu Asn Ser Leu Asn Asp Glu Leu Cys Glu Ala lle Asp Asp 320 315 310 305
Pro Phe Glu Met lle Ala Ser Leu Ser Lys Arg Val Arg Tyr Lys Asn 335 330 325
Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Tyr lle Glu Glu Lys Asn Leu Leu 350 345 340
Pro Phe lle Arg Phe Arg lle Asp Leu Gly Cys Leu Glu Leu Ala Ser 365 360 355
Tyr Pro Lys Lys Met Gly Glu Glu Asn Asn Tyr Glu Arg Ser Val Thr 5 380 375 370
Asp His Ala Met Ala Phe Gly Arg Leu Thr Asp Phe His Asn Glu Asp
400 395 390 385
Ala Val Leu GIn Gin lle Thr Lys Gly lle Thr Asp Glu Val Arg Phe 415 410 405 5
Ser Leu Tyr Ala Pro Arg Tyr Ala lle Tyr Asn Asn Lys lle Gly Phe 430 425 420
Val Arg Thr Ser Gly Ser Asp Lys lle Ser Phe Pro Thr Leu Lys Lys 445 440 435
Lys Gly Gly Glu Gly His Cys Val Ala Tyr Thr Leu Gln Asn Thr Lys 460 455 450
Ser Phe Gly Phe lle Ser lle Tyr Asp Leu Arg Lys lle Leu Leu Leu 480 475 470 465
Ser Phe Leu Asp Lys Asp Lys Ala Lys Asn lle Val Ser Gly Leu Leu 5 495 490 485
Glu GIn Cys Glu Lys His Trp Lys Asp Leu Ser Glu Asn Leu Phe Asp 510 505 500 10
Ala lle Arg Thr Glu Leu Gin Lys Glu Phe Pro Val Pro Leu lle Arg 525 520 515
Tyr Thr Leu Pro Arg Ser Lys Gly Gly Lys Leu Val Ser Ser Lys Leu 540 535 530
Ala Asp Lys GIn Glu Lys Tyr Glu Ser Glu Phe Glu Arg Arg Lys Glu 560 555 550 545
Lys Leu Thr Glu lle Leu Ser Glu Lys Asp Phe Asp Leu Ser Gin lle 575 570 565
Pro Arg Arg Met lle Asp Glu Trp Leu Asn Val Leu Pro Thr Ser Arg 0 590 585 580
Glu Lys Lys Leu Lys Gly Tyr Val Glu Thr Leu Lys Leu Asp Cys Arg 605 600 595 15
Glu Arg Leu Arg Val Phe Glu Lys Arg Glu Lys Gly Glu His Pro Leu 620 615 610
Pro Pro Arg lle Gly Glu Met Ala Thr Asp Leu Ala Lys Asp lle lle 640 635 630 625
Arg Met Val lle Asp 60 Gly Val Lys Gin Arg lle Thr Ser Ala Tyr 655 650 645
Tyr Ser Glu lle Gin Arg Cys Leu Ala GIn Tyr Ala Gly Asp Asp Asn 670 665 660
Arg Arg His Leu Asp Ser lle lle Arg Glu Leu Arg Leu Lys Asp Thr 5 685 680 675
Lys Asn Gly His Pro Phe Leu Gly Lys Val Leu Arg Pro Gly Leu Gly
700 695 690
His Thr Glu Lys Leu Tyr 60 Arg Tyr Phe Glu Glu Lys Lys Glu Trp 720 715 710 705 5
Leu Glu Ala Thr Phe Tyr Pro Ala Ala Ser Pro Lys Arg Val Pro Arg 735 730 725
Phe Val Asn Pro Pro Thr Gly Lys Gin Lys Glu Leu Pro Leu lle lle 750 745 740
Arg Asn Leu Met Lys Glu Arg Pro Glu Trp Arg Asp Trp Lys GIn Arg 765 760 755
Lys Asn Ser His Pro lle Asp Leu Pro Ser 0 Leu Phe Glu Asn Glu 780 775 770 lle Cys Arg Leu Leu Lys Asp Lys lle Gly Lys Glu Pro Ser Gly Lys 5 800 795 790 785
Leu Lys Trp Asn Glu Met Phe Lys Leu Tyr Trp Asp Lys Glu Phe Pro 815 810 805 10
Asn Gly Met Gin Arg Phe Tyr Arg Cys Lys Arg Arg Val Glu Val Phe 830 825 820
Asp Lys Val Val Glu Tyr Glu Tyr Ser Glu Glu Gly Gly Asn Tyr Lys 845 840 835
Lys Tyr Tyr Glu Ala Leu lle Asp Glu Val Val Arg 0 Lys lle Ser 860 855 850
Ser Ser Lys Glu Lys Ser Lys Leu GIn Val Glu Asp Leu Thr Leu Ser 880 875 870 865
Val Arg Arg Val Phe Lys Arg Ala lle Asn Glu Lys Glu Tyr Gin Leu 10 895 890 885
Arg Leu Leu Cys Glu Asp Asp Arg Leu Leu Phe Met Ala Val Arg Asp 910 905 900 15
Leu Tyr Asp Trp Lys Glu Ala Gin Leu Asp Leu Asp Lys lle Asp Asn 925 920 915
Met Leu Gly Glu Pro Val Ser Val Ser Gin Val lle Gin Leu Glu Gly 940 935 930
Gly GIn Pro Asp Ala Val lle Lys Ala Glu Cys Lys Leu Lys Asp Val 960 955 950 945
Ser Lys Leu Met Arg Tyr Cys Tyr Asp Gly Arg Val Lys Gly Leu Met 975 970 965
Pro Tyr Phe Ala Asn His Glu Ala Thr Gin Glu ‏ماك‎ Val Glu Met Glu 5 990 985 980
Leu Arg His Tyr Glu Asp His Arg Arg Arg Val Phe Asn Trp Val Phe
1005 1000 995
Ala Leu Glu Lys Ser Val Leu Lys Asn Glu Lys Leu Arg Arg Phe 1020 1015 1010 5
Tyr Glu Glu Ser 0 Gly Gly Cys Glu His Arg Arg Cys lle Asp 1035 1030 1025
Ala Leu Arg Lys Ala Ser Leu Val Ser Glu Glu Glu Tyr Glu Phe 1050 1045 1040
Leu Val His lle Arg Asn Lys Ser Ala His Asn Gin Phe Pro Asp 1065 1060 1055
Leu Glu lle Gly Lys Leu Pro Pro Asn Val Thr Ser Gly Phe Cys 1080 1075 1070
Glu Cys lle Trp Ser Lys Tyr Lys Ala lle lle Cys Arg lle lle 5 1095 1090 1085
Pro Phe lle Asp Pro Glu Arg Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Glu 1110 1105 1100 10
Gln Lys 1115 331 <210> 953 <211>
PRT <212>
Alistipes sp. 20٠40009 <213> 331 <400>
Met Ser Asn Glu lle Gly Ala Phe Arg Glu His Gin Phe Ala Tyr Ala 5 10 5 1
Pro Gly Asn Glu Lys Gin Glu Glu Ala Thr Phe Ala Thr Tyr Phe Asn 25 20 10
Leu Ala Leu Ser Asn Val Glu Gly Met Met Phe Gly Glu Val Glu Ser 40 35 15
Asn Pro Asp Lys lle Glu Lys Ser Leu Asp Thr Leu Pro Pro Ala lle 60 55 50
Leu Arg GIn lle Ala Ser Phe lle Trp Leu Ser Lys Glu Asp His Pro 80 75 70 65
Asp Lys Ala Tyr Ser Thr Glu Glu Val Lys Val lle Val Thr Asp Leu 95 90 85
Val Arg Arg Leu Cys Phe Tyr Arg Asn Tyr Phe Ser His Cys Phe Tyr 10 110 105 100
Leu Asp Thr GIn Tyr Phe Tyr Ser Asp Glu Leu Val Asp Thr Thr Ala 125 120 115 15 lle Gly Glu Lys Leu Pro Tyr Asn Phe His His Phe lle Thr Asn Arg 140 135 130
Leu Phe Arg Tyr Ser Leu Pro Glu lle Thr Leu Phe Arg Trp Asn Glu 160 155 150 145
Gly Glu Arg Lys Tyr Glu lle Leu Arg Asp Gly Leu lle Phe Phe Cys 175 170 165
Cys Leu Phe Leu Lys Arg Gly Gin Ala Glu Arg Phe Leu Asn Glu Leu 190 185 180
Arg Phe Phe Lys Arg Thr Asp Glu Glu Gly Arg lle Lys Arg Thr lle 5 205 200 195
Phe Thr Lys Tyr Cys Thr Arg Glu Ser His Lys His lle Gly lle Glu
220 215 210
Glu GIn Asp Phe Leu lle Phe GIn Asp lle lle Gly Asp Leu Asn Arg 240 235 230 225 5
Val Pro Lys Val Cys Asp Gly Val Val Asp Leu Ser Lys Glu Asn Glu 255 250 245
Arg Tyr lle Lys Asn Arg Glu Thr Ser Asn Glu Ser Asp Glu Asn Lys 270 265 260
Ala Arg Tyr Arg Leu Leu lle Arg Glu Lys Asp Lys Phe Pro Tyr Tyr 285 280 275
Leu Met Arg Tyr lle Val Asp Phe Gly Val Leu Pro Cys lle Thr Phe 300 295 290
Lys Gln Asn Asp Tyr Ser Thr Lys Glu Gly Arg Gly Gin Phe His Tyr 5 320 315 310 305
Gln Asp Ala Ala Val Ala GIn Glu Glu Arg Cys Tyr Asn Phe Val Val 335 330 325 10
Arg Asn Gly Asn Val Tyr Tyr Ser Tyr Met Pro Gin Ala Gin Asn Val 350 345 340
Val Arg lle Ser Glu Leu GIn Gly Thr lle Ser Val Glu Glu Leu Arg 365 360 355
Asn Met Val Tyr Ala Ser lle Asn Gly Lys Asp Val Asn Lys Ser Val 380 375 370
Glu 60 Tyr Leu Tyr His Leu His Leu Leu Tyr Glu Lys lle Leu Thr 400 395 390 385 lle Ser Gly GIn Thr lle Lys Glu Gly Arg Val Asp Val Glu Asp Tyr 0 415 410 405
Arg Pro Leu Leu Asp Lys Leu Leu Leu Arg Pro Ala Ser Asn Gly Glu 430 425 420 15
Glu Leu Arg Arg Glu Leu Arg Lys Leu Leu Pro Lys Arg Val Cys Asp 445 440 435
Leu Leu Ser Asn Arg Phe Asp Cys Ser Glu Gly Val Ser Ala Val Glu 460 455 450
Lys Arg Leu Lys Ala lle Leu Leu Arg His Glu 60 Leu Leu Leu Ser 480 475 470 465
Gln Asn Pro Ala Leu His lle Asp Lys lle Lys Ser Val lle Asp Tyr 495 490 485
Leu Tyr Leu Phe Phe Ser Asp Asp Glu Lys Phe Arg Gin Gin Pro Thr 5 510 505 500
Glu Lys Ala His Arg Gly Leu Lys Asp Glu Glu Phe Gln Met Tyr His
525 520 515
Tyr Leu Val Gly Asp Tyr Asp Ser His Pro Leu Ala Leu Trp Lys Glu 540 535 530 5
Leu Glu Ala Ser Gly Arg Leu Lys Pro Glu Met Arg Lys Leu Thr Ser 560 555 550 545
Ala Thr Ser Leu His Gly Leu Tyr Met Leu Cys Leu Lys Gly Thr Val 575 570 565
Glu Trp Cys Arg Lys GIn Leu Met Ser lle Gly Lys Gly Thr Ala Lys 590 585 580
Val Glu Ala lle Ala Asp Arg Val Gly Leu Lys Leu Tyr Asp Lys Leu 605 600 595
Lys Glu Tyr Thr Pro Glu GIn Leu Glu Arg Glu Val Lys Leu Val Val 5 620 615 610
Met His Gly Tyr Ala Ala Ala Ala Thr Pro Lys Pro Lys Ala Gin Ala 640 635 630 625 10
Ala lle Pro Ser Lys Leu Thr Glu Leu Arg Phe Tyr Ser Phe Leu Gly 655 650 645
Lys Arg Glu Met Ser Phe Ala Ala Phe lle Arg Gin Asp Lys Lys Ala 670 665 660
‏ماك‎ Lys Leu Trp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr Val Glu Asn lle Lys Thr 685 680 675
Leu GIn Lys Arg GIn Ala Ala Ala Asp Ala Ala Cys Lys Lys Leu Tyr 700 695 690
Asn Leu Val Gly Glu Val Glu Arg Val His Thr Asn Asp Lys Val Leu 10 720 715 710 705
Val Leu Val Ala GIn Arg Tyr Arg Glu Arg Leu Leu Asn Val Gly Ser 735 730 725 15
Lys Cys Ala Val Thr Leu Asp Asn Pro Glu Arg Gin Gin Lys Leu Ala 750 745 740
Asp Val Tyr Glu Val Gln Asn Ala Trp Leu Ser lle Arg Phe Asp Asp 765 760 755
Leu Asp Phe Thr Leu Thr His Val Asn Leu Ser Asn Leu Arg Lys Ala 780 775 770
Tyr Asn Leu lle Pro Arg Lys His lle Leu Ala Phe Lys Glu Tyr Leu 800 795 790 785
Asp Asn Arg Val Lys Gin Lys Leu Cys Glu Glu Cys Arg Asn Val Arg 5 815 810 805
Arg Lys Glu Asp Leu Cys Thr Cys Cys Ser Pro Arg Tyr Ser Asn Leu
830 825 820
Thr Ser Trp Leu Lys Glu Asn His Ser Glu Ser Ser lle Glu Arg Glu 845 840 835 5
Ala Ala Thr Met Met Leu Leu Asp Val Glu Arg Lys Leu Leu Ser Phe 860 855 850
Leu Leu Asp Glu Arg Arg Lys Ala lle lle Glu Tyr Gly Lys Phe lle 880 875 870 865
Pro Phe Ser Ala Leu Val Lys Glu Cys Arg Leu Ala Asp Ala Gly Leu 895 890 885
Cys Gly lle Arg Asn Asp Val Leu His Asp Asn Val lle Ser Tyr Ala 910 905 900
Asp Ala lle Gly Lys Leu Ser Ala Tyr Phe Pro Lys Glu Ala Ser Glu 5 925 920 915
Ala Val Glu Tyr lle Arg Arg Thr Lys Glu Val Arg Glu Gin Arg Arg 940 935 930 10
Glu Glu Leu Met Ala Asn Ser Ser 0 950 945 332 <210> 1322 <211>
PRT <212>
Prevotella sp. MA2016 >213< 332 <400>
Met Ser Lys Glu Cys Lys Lys Gin Arg Gin Glu Lys Lys Arg Arg Leu 5 10 5 1
Gln Lys Ala Asn Phe Ser lle Ser Leu Thr Gly Lys His Val Phe Gly 25 20 10
Ala Tyr Phe Asn Met Ala Arg Thr Asn Phe Val Lys Thr lle Asn Tyr 40 35 15 lle Leu Pro lle Ala Gly Val Arg Gly Asn Tyr Ser Glu Asn Gin lle 60 55 50
Asn Lys Met Leu His Ala Leu Phe Leu lle Gin Ala Gly Arg Asn Glu 80 75 70 65
Glu Leu Thr Thr Glu Gin Lys GIn Trp Glu Lys Lys Leu Arg Leu Asn 95 90 85
Pro Glu GIn Gln Thr Lys Phe GIn Lys Leu Leu Phe Lys His Phe Pro 10 110 105 100
Val Leu Gly Pro Met Met Ala Asp Val Ala Asp His Lys Ala Tyr Leu 125 120 115 15
Asn Lys Lys Lys Ser Thr Val Gin Thr Glu Asp Glu Thr Phe Ala Met 140 135 130
Leu Lys Gly Val Ser Leu Ala Asp Cys Leu Asp lle lle Cys Leu Met 160 155 150 145
Ala Asp Thr Leu Thr Glu Cys Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Asp Pro 175 170 165
Tyr Asn Lys Pro Ser Gln Leu Ala Asp GIn Tyr Leu His GIn Glu Met 190 185 180 lle Ala Lys Lys Leu Asp Lys Val Val Val Ala Ser Arg Arg lle Leu 5 205 200 195
Lys Asp Arg Glu Gly Leu Ser Val Asn Glu Val Glu Phe Leu Thr Gly
220 215 210 lle Asp His Leu His GIn Glu Val Leu Lys Asp Glu Phe Gly Asn Ala 240 235 230 225 5
Lys Val Lys Asp Gly Lys Val Met Lys Thr Phe Val Glu Tyr Asp Asp 255 250 245
Phe Tyr Phe Lys lle Ser Gly Lys Arg Leu Val Asn Gly Tyr Thr Val 270 265 260
Thr Thr Lys Asp Asp Lys Pro Val Asn Val Asn Thr Met Leu Pro Ala 285 280 275
Leu Ser Asp Phe Gly Leu Leu Tyr Phe Cys Val Leu Phe Leu Ser Lys 300 295 290
Pro Tyr Ala Lys Leu Phe lle Asp Glu Val Arg Leu Phe Glu Tyr Ser 5 320 315 310 305
Pro Phe Asp Asp Lys Glu Asn Met lle Met Ser Glu Met Leu Ser lle 335 330 325 10
Tyr Arg lle Arg Thr Pro Arg Leu His Lys lle Asp Ser His Asp Ser 350 345 340
Lys Ala Thr Leu Ala Met Asp lle Phe Gly Glu Leu Arg Arg Cys Pro 365 360 355
Met Glu Leu Tyr Asn Leu Leu Asp Lys Asn Ala Gly 60 Pro Phe Phe 380 375 370
His Asp Glu Val Lys His Pro Asn Ser His Thr Pro Asp Val Ser Lys 400 395 390 385
Arg Leu Arg Tyr Asp Asp Arg Phe Pro Thr Leu Ala Leu Arg Tyr lle 0 415 410 405
Asp Glu Thr Glu Leu Phe Lys Arg lle Arg Phe GIn Leu GIn Leu Gly 430 425 420 15
Ser Phe Arg Tyr Lys Phe Tyr Asp Lys Glu Asn Cys lle Asp Gly Arg 445 440 435
Val Arg Val Arg Arg lle Gin Lys Glu lle Asn Gly Tyr Gly Arg Met 460 455 450
Gln Glu Val Ala Asp Lys Arg Met Asp Lys Trp Gly Asp Leu lle 60 480 475 470 465
Lys Arg Glu Glu Arg Ser Val Lys Leu Glu His Glu Glu Leu Tyr lle 495 490 485
Asn Leu Asp GIn Phe Leu Glu Asp Thr Ala Asp Ser Thr Pro Tyr Val 15 510 505 500
Thr Asp Arg Arg Pro Ala Tyr Asn lle His Ala Asn Arg lle Gly Leu
525 520 515
Tyr Trp Glu Asp Ser Gln Asn Pro Lys GIn Tyr Lys Val Phe Asp Glu 540 535 530 5
Asn Gly Met Tyr lle Pro Glu Leu Val Val Thr Glu Asp Lys Lys Ala 560 555 550 545
Pro lle Lys Met Pro Ala Pro Arg Cys Ala Leu Ser Val Tyr Asp Leu 575 570 565
Pro Ala Met Leu Phe Tyr Glu Tyr Leu Arg Glu Gin Gln Asp Asn Glu 590 585 580
Phe Pro Ser Ala Glu Gin Val lle lle Glu Tyr Glu Asp Asp Tyr Arg 605 600 595
Lys Phe Phe Lys Ala Val Ala Glu Gly Lys Leu Lys Pro Phe Lys Arg 5 620 615 610
Pro Lys Glu Phe Arg Asp Phe Leu Lys Lys Glu Tyr Pro Lys Leu Arg 640 635 630 625 10
Met Ala Asp lle Pro Lys Lys Leu GIn Leu Phe Leu Cys Ser His Gly 655 650 645
Leu Cys Tyr Asn Asn Lys Pro Glu Thr Val Tyr Glu Arg Leu Asp Arg 670 665 660
Leu Thr Leu GIn His Leu Glu Glu Arg Glu Leu His lle Gin Asn Arg 685 680 675
Leu Glu His Tyr GIn Lys Asp Arg Asp Met lle Gly Asn Lys Asp Asn 700 695 690
GIn Tyr Gly Lys Lys Ser Phe Ser Asp Val Arg His Gly Ala Leu Ala 0 720 715 710 705
Arg Tyr Leu Ala Gln Ser Met Met Glu Trp Gln Pro Thr Lys Leu Lys 735 730 725 15
Asp Lys Glu Lys Gly His Asp Lys Leu Thr Gly Leu Asn Tyr Asn Val 750 745 740
Leu Thr Ala Tyr Leu Ala Thr Tyr Gly His Pro Gin Val Pro Glu Glu 765 760 755
Gly Phe Thr Pro Arg Thr Leu Glu GIn Val Leu lle Asn Ala His Leu 780 775 770 lle Gly Gly Ser Asn Pro His Pro Phe lle Asn Lys Val Leu Ala Leu 800 795 790 785
Gly Asn Arg Asn lle Glu Glu Leu Tyr Leu His Tyr Leu Glu Glu Glu 5 815 810 805
Leu Lys His lle Arg Ser Arg lle Gln Ser Leu Ser Ser Asn Pro Ser
830 825 820
Asp Lys Ala Leu Ser Ala Leu Pro Phe lle His His Asp Arg Met Arg 845 840 835 5
Tyr His Glu Arg Thr Ser Glu Glu Met Met Ala Leu Ala Ala Arg Tyr 860 855 850
Thr Thr lle Gln Leu Pro Asp Gly Leu Phe Thr Pro Tyr lle Leu Glu 880 875 870 865 lle Leu 60 Lys His Tyr Thr Glu Asn Ser Asp Leu GIn Asn Ala Leu 895 890 885
Ser GIn Asp Val Pro Val Lys Leu Asn Pro Thr Cys Asn Ala Ala Tyr 910 905 900
Leu lle Thr Leu Phe Tyr Gin Thr Val Leu Lys Asp Asn Ala Gin Pro 5 925 920 915
Phe Tyr Leu Ser Asp Lys Thr Tyr Thr Arg Asn Lys Asp Gly Glu Lys 940 935 930 10
Ala Glu Ser Phe Ser Phe Lys Arg Ala Tyr Glu Leu Phe Ser Val Leu 960 955 950 945
Asn Asn Asn Lys Lys Asp Thr Phe Pro Phe Glu Met lle Pro Leu Phe 975 970 965
Leu Thr Ser Asp Glu lle Glin Glu Arg Leu Ser Ala Lys Leu Leu Asp 990 985 980
Gly Asp Gly Asn Pro Val Pro Glu Val Gly Glu Lys Gly Lys Pro Ala 1005 1000 995
Thr Asp Ser GIn Gly Asn Thr lle Trp Lys Arg Arg lle Tyr Ser 10 1020 1015 1010
Glu Val Asp Asp Tyr Ala Glu Lys Leu Thr Asp Arg Asp Met Lys 1035 1030 1025 15 lle Ser Phe Lys Gly Glu Trp Glu Lys Leu Pro Arg Trp Lys Gin 1050 1045 1040
Asp Lys lle lle Lys Arg Arg Asp Glu Thr Arg Arg ‏ماى‎ Met Arg 1065 1060 1055
Asp Glu Leu Leu GIn Arg Met Pro Arg Tyr lle Arg Asp lle Lys 1080 1075 1070
Asp Asn Glu Arg Thr Leu Arg Arg Tyr Lys Thr Gin Asp Met Val 1095 1090 1085
Leu Phe Leu Leu Ala Glu Lys Met Phe Thr Asn lle lle Ser Glu 5 1110 1105 1100
Gln Ser Ser Glu Phe Asn Trp Lys Gin Met Arg Leu Ser Lys Val
1125 1120 1115
Cys Asn Glu Ala Phe Leu Arg Gin Thr Leu Thr Phe Arg Val Pro 1140 1135 1130 5
Val Thr Val Gly Glu Thr Thr lle Tyr Val Glu GIn Glu Asn Met 1155 1150 1145
Ser Leu Lys Asn Tyr Gly Glu Phe Tyr Arg Phe Leu Thr Asp Asp 1170 1165 1160
Arg Leu Met Ser Leu Leu Asn Asn lle Val Glu Thr Leu Lys Pro 1185 1180 1175
Asn Glu Asn Gly Asp Leu Val lle Arg His Thr Asp Leu Met Ser 1200 1195 1190
Glu Leu Ala Ala Tyr Asp Gin Tyr Arg Ser Thr lle Phe Met Leu 5 1215 1210 1205 lle Gln Ser lle Glu Asn Leu lle lle Thr Asn Asn Ala Val Leu 1230 1225 1220 10
Asp Asp Pro Asp Ala Asp Gly Phe Trp Val Arg Glu Asp Leu Pro 1245 1240 1235
Lys Arg Asn Asn Phe Ala Ser Leu Leu Glu Leu lle Asn GIn Leu 1260 1255 1250
Asn Asn Val Glu Leu Thr Asp Asp Glu Arg Lys Leu Leu Val Ala 1275 1270 1265 lle Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Ser Tyr Asn lle Asp Phe Ser 1290 1285 1280
Leu lle Lys Asp Val Lys His Leu Pro Glu Val Ala Lys Gly lle 0 1305 1300 1295
Leu GIn His Leu GIn Ser Met Leu Gly Val Glu lle Thr Lys 1320 1315 1310 15 333 <210> 1322 <211>
PRT <212>
Prevotella sp. MA2016 <213> 333 <400>
Met Ser Lys Glu Cys Lys Lys Gln Arg Gin Glu Lys Lys Arg Arg Leu 10 5 1
GIn Lys Ala Asn Phe Ser lle Ser Leu Thr Gly Lys His Val Phe Gly 0 25 20
Ala Tyr Phe Asn Met Ala Arg Thr Asn Phe Val Lys Thr lle Asn Tyr 40 35 15 lle Leu Pro lle Ala Gly Val Arg Gly Asn Tyr Ser Glu Asn Gin lle 60 55 50
Asn Lys Met Leu His Ala Leu Phe Leu lle Gin Ala Gly Arg Asn Glu 80 75 70 65
Glu Leu Thr Thr Glu Gin Lys GIn Trp Glu Lys Lys Leu Arg Leu Asn 95 90 85
Pro Glu GIn Gln Thr Lys Phe GIn Lys Leu Leu Phe Lys His Phe Pro 110 105 100
Val Leu Gly Pro Met Met Ala Asp Val Ala Asp His Lys Ala Tyr Leu 5 125 120 115
Asn Lys Lys Lys Ser Thr Val Gin Thr Glu Asp Glu Thr Phe Ala Met
140 135 130
Leu Lys Gly Val Ser Leu Ala Asp Cys Leu Asp lle lle Cys Leu Met 160 155 150 145 5
Ala Asp Thr Leu Thr Glu Cys Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Asp Pro 175 170 165
Tyr Asn Lys Pro Ser Gln Leu Ala Asp Gin Tyr Leu His GIn Glu Met 190 185 180 lle Ala Lys Lys Leu Asp Lys Val Val Val Ala Ser Arg Arg lle Leu 205 200 195
Lys Asp Arg Glu Gly Leu Ser Val Asn Glu Val Glu Phe Leu Thr Gly 220 215 210 lle Asp His Leu His GIn Glu Val Leu Lys Asp Glu Phe Gly Asn Ala 5 240 235 230 225
Lys Val Lys Asp Gly Lys Val Met Lys Thr Phe Val Glu Tyr Asp Asp 255 250 245 10
Phe Tyr Phe Lys lle Ser Gly Lys Arg Leu Val Asn Gly Tyr Thr Val 270 265 260
Thr Thr Lys Asp Asp Lys Pro Val Asn Val Asn Thr Met Leu Pro Ala 285 280 275
Leu Ser Asp Phe Gly Leu Leu Tyr Phe Cys Val Leu Phe Leu Ser Lys 300 295 290
Pro Tyr Ala Lys Leu Phe lle Asp Glu Val Arg Leu Phe Glu Tyr Ser 320 315 310 305
Pro Phe Asp Asp Lys Glu Asn Met lle Met Ser Glu Met Leu Ser lle 0 335 330 325
Tyr Arg lle Arg Thr Pro Arg Leu His Lys lle Asp Ser His Asp Ser 350 345 340 15
Lys Ala Thr Leu Ala Met Asp lle Phe Gly Glu Leu Arg Arg Cys Pro 365 360 355
Met Glu Leu Tyr Asn Leu Leu Asp Lys Asn Ala Gly 60 Pro Phe Phe 380 375 370
His Asp Glu Val Lys His Pro Asn Ser His Thr Pro Asp Val Ser Lys 400 395 390 385
Arg Leu Arg Tyr Asp Asp Arg Phe Pro Thr Leu Ala Leu Arg Tyr lle 415 410 405
Asp Glu Thr Glu Leu Phe Lys Arg lle Arg Phe Gin Leu 60 Leu Gly 5 430 425 420
Ser Phe Arg Tyr Lys Phe Tyr Asp Lys Glu Asn Cys lle Asp Gly Arg
445 440 435
Val Arg Val Arg Arg lle Gin Lys Glu lle Asn Gly Tyr Gly Arg Met 460 455 450 5
Gln Glu Val Ala Asp Lys Arg Met Asp Lys Trp Gly Asp Leu lle 60 480 475 470 465
Lys Arg Glu Glu Arg Ser Val Lys Leu Glu His Glu Glu Leu Tyr lle 495 490 485
Asn Leu Asp GIn Phe Leu Glu Asp Thr Ala Asp Ser Thr Pro Tyr Val 510 505 500
Thr Asp Arg Arg Pro Ala Tyr Asn lle His Ala Asn Arg lle Gly Leu 525 520 515
Tyr Trp Glu Asp Ser GIn Asn Pro Lys GIn Tyr Lys Val Phe Asp Glu 5 540 535 530
Asn Gly Met Tyr lle Pro Glu Leu Val Val Thr Glu Asp Lys Lys Ala 560 555 550 545 10
Pro lle Lys Met Pro Ala Pro Arg Cys Ala Leu Ser Val Tyr Asp Leu 575 570 565
Pro Ala Met Leu Phe Tyr Glu Tyr Leu Arg Glu Gin Gln Asp Asn Glu 590 585 580
Phe Pro Ser Ala Glu Gin Val lle lle Glu Tyr Glu Asp Asp Tyr Arg 605 600 595
Lys Phe Phe Lys Ala Val Ala Glu Gly Lys Leu Lys Pro Phe Lys Arg 620 615 610
Pro Lys Glu Phe Arg Asp Phe Leu Lys Lys Glu Tyr Pro Lys Leu Arg 0 640 635 630 625
Met Ala Asp lle Pro Lys Lys Leu GIn Leu Phe Leu Cys Ser His Gly 655 650 645 15
Leu Cys Tyr Asn Asn Lys Pro Glu Thr Val Tyr Glu Arg Leu Asp Arg 670 665 660
Leu Thr Leu GIn His Leu Glu Glu Arg Glu Leu His lle Gin Asn Arg 685 680 675
Leu Glu His Tyr GIn Lys Asp Arg Asp Met lle Gly Asn Lys Asp Asn 700 695 690
Gln Tyr Gly Lys Lys Ser Phe Ser Asp Val Arg His Gly Ala Leu Ala 720 715 710 705
Arg Tyr Leu Ala Gin Ser Met Met Glu Trp GIn Pro Thr Lys Leu Lys 5 735 730 725
Asp Lys Glu Lys Gly His Asp Lys Leu Thr Gly Leu Asn Tyr Asn Val
750 745 740
Leu Thr Ala Tyr Leu Ala Thr Tyr Gly His Pro Gin Val Pro Glu Glu 765 760 755 5
Gly Phe Thr Pro Arg Thr Leu Glu GIn Val Leu lle Asn Ala His Leu 780 775 770 lle Gly Gly Ser Asn Pro His Pro Phe lle Asn Lys Val Leu Ala Leu 800 795 790 785
Gly Asn Arg Asn lle Glu Glu Leu Tyr Leu His Tyr Leu Glu Glu Glu 815 810 805
Leu Lys His lle Arg Ser Arg lle Gln Ser Leu Ser Ser Asn Pro Ser 830 825 820
Asp Lys Ala Leu Ser Ala Leu Pro Phe lle His His Asp Arg Met Arg 5 845 840 835
Tyr His Glu Arg Thr Ser Glu Glu Met Met Ala Leu Ala Ala Arg Tyr 860 855 850 10
Thr Thr lle Gln Leu Pro Asp Gly Leu Phe Thr Pro Tyr lle Leu Glu 880 875 870 865 lle Leu 60 Lys His Tyr Thr Glu Asn Ser Asp Leu GIn Asn Ala Leu 895 890 885
Ser GIn Asp Val Pro Val Lys Leu Asn Pro Thr Cys Asn Ala Ala Tyr 910 905 900
Leu lle Thr Leu Phe Tyr Gin Thr Val Leu Lys Asp Asn Ala GIn Pro 925 920 915
Phe Tyr Leu Ser Asp Lys Thr Tyr Thr Arg Asn Lys Asp Gly Glu Lys 0 940 935 930
Ala Glu Ser Phe Ser Phe Lys Arg Ala Tyr Glu Leu Phe Ser Val Leu 960 955 950 945 15
Asn Asn Asn Lys Lys Asp Thr Phe Pro Phe Glu Met lle Pro Leu Phe 975 970 965
Leu Thr Ser Asp Glu lle Glin Glu Arg Leu Ser Ala Lys Leu Leu Asp 990 985 980
Gly Asp Gly Asn Pro Val Pro Glu Val Gly Glu Lys Gly Lys Pro Ala 1005 1000 995
Thr Asp Ser GIn Gly Asn Thr lle Trp Lys Arg Arg lle Tyr Ser 1020 1015 1010
Glu Val Asp Asp Tyr Ala Glu Lys Leu Thr Asp Arg Asp Met Lys 15 1035 1030 1025 lle Ser Phe Lys Gly Glu Trp Glu Lys Leu Pro Arg Trp Lys Gin
1050 1045 1040
Asp Lys lle lle Lys Arg Arg Asp Glu Thr Arg Arg Gin Met Arg 1065 1060 1055 5
Asp Glu Leu Leu GIn Arg Met Pro Arg Tyr lle Arg Asp lle Lys 1080 1075 1070
Asp Asn Glu Arg Thr Leu Arg Arg Tyr Lys Thr Gin Asp Met Val 1095 1090 1085
Leu Phe Leu Leu Ala Glu Lys Met Phe Thr Asn lle lle Ser Glu 1110 1105 1100
Gln Ser Ser Glu Phe Asn Trp Lys Gln Met Arg Leu Ser Lys Val 1125 1120 1115
Cys Asn Glu Ala Phe Leu Arg Gin Thr Leu Thr Phe Arg Val Pro 5 1140 1135 1130
Val Thr Val Gly Glu Thr Thr lle Tyr Val Glu GIn Glu Asn Met 1155 1150 1145 10
Ser Leu Lys Asn Tyr Gly Glu Phe Tyr Arg Phe Leu Thr Asp Asp 1170 1165 1160
Arg Leu Met Ser Leu Leu Asn Asn lle Val Glu Thr Leu Lys Pro 1185 1180 1175
Asn Glu Asn Gly Asp Leu Val lle Arg His Thr Asp Leu Met Ser 1200 1195 1190
Glu Leu Ala Ala Tyr Asp Gin Tyr Arg Ser Thr lle Phe Met Leu 1215 1210 1205 lle GIn Ser lle Glu Asn Leu lle lle Thr Asn Asn Ala Val Leu 10 1230 1225 1220
Asp Asp Pro Asp Ala Asp Gly Phe Trp Val Arg Glu Asp Leu Pro 1245 1240 1235 15
Lys Arg Asn Asn Phe Ala Ser Leu Leu Glu Leu lle Asn GIn Leu 1260 1255 1250
Asn Asn Val Glu Leu Thr Asp Asp Glu Arg Lys Leu Leu Val Ala 1275 1270 1265 lle Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Ser Tyr Asn lle Asp Phe Ser 1290 1285 1280
Leu lle Lys Asp Val Lys His Leu Pro Glu Val Ala Lys Gly lle 1305 1300 1295
Leu GIn His Leu GIn Ser Met Leu Gly Val Glu lle Thr Lys 5 1320 1315 1310 334 <210>
1095 <211>
PRT <212>
Riemeralla anatipesifer <213> 334 <400> 5
Met Glu Lys Pro Leu Leu Pro Asn Val Tyr Thr Leu Lys His Lys Phe 15 10 5 1
Phe Trp Gly Ala Phe Leu Asn lle Ala Arg His Asn Ala Phe lle Thr 25 20 lle Cys His lle Asn Glu Gin Leu Gly Leu Lys Thr Pro Ser Asn Asp 5 40 35
Asp Lys lle Val Asp Val Val Cys Glu Thr Trp Asn Asn lle Leu Asn
60 55 50
Asn Asp His Asp Leu Leu Lys Lys Ser GIn Leu Thr Glu Leu lle Leu 80 75 70 65 5
Lys His Phe Pro Phe Leu Thr Ala Met Cys Tyr His Pro Pro Lys Lys 95 90 85
Glu Gly Lys Lys Lys Gly His GIn Lys Glu GIn GIn Lys Glu Lys Glu 110 105 100
Ser Glu Ala Gln Ser GIn Ala Glu Ala Leu Asn Pro Ser Lys Leu lle 125 120 115
Glu Ala Leu Glu lle Leu Val Asn GIn Leu His Ser Leu Arg Asn Tyr 140 135 130
Tyr Ser His Tyr Lys His Lys Lys Pro Asp Ala Glu Lys Asp lle Phe 5 160 155 150 145
Lys His Leu Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu 175 170 165 10
Asp Tyr Lys Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His 190 185 180
Leu Asn Arg Lys Gly Lys Asn Lys GIn Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg 205 200 195
Tyr Arg Phe Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 220 215 210
Phe Thr Asn Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys 240 235 230 225
Lys Val Ser Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Arg Glu Lys Met Thr 0 255 250 245
Thr Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu 270 265 260 15
Glu Ser Arg Tyr Asp His Asn Gin Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu 285 280 275
Leu Ser Arg Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asn 300 295 290
Lys Lys His Phe GIn Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu lle Glu 320 315 310 305
Glu Glu GIn Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu lle Arg His Gin Asp Arg 335 330 325
Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys 15 350 345 340
Ser lle Arg Phe GIn Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys lle Tyr
365 360 355
Asp Lys Lys lle Gly Asp Glu Gin Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr 380 375 370 5
Leu Leu Ser Phe Gly Arg Leu 60 Asp Phe Thr Glu lle Asn Arg Pro 400 395 390 385
Gln Glu Trp Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser 415 410 405
Asn Gin Pro Phe lle Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His lle Thr Asp 430 425 420
Asn Lys lle Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser 445 440 435
Leu Glu lle Lys Asp Gly Ala Asn Arg lle Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn 5 460 455 450
Ser Gly Phe Val Ala His Ala Phe lle Ser Val His Glu Leu Leu Pro 480 475 470 465 10
Leu Met Phe Tyr GIn His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys 495 490 485
Glu Thr Val Arg His lle Gln Arg lle Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu 510 505 500
Arg lle Asn Thr lle Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn Gin Gly Arg Leu 525 520 515
Pro Leu Gly Ala Phe Pro Lys 60 Met Leu Gly Leu Leu Gin Asn Lys 540 535 530
GIn Pro Asp Leu Ser Glu Lys Ala Lys lle Lys lle Glu Lys Leu lle 0 560 555 550 545
Ala Glu Thr Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser 575 570 565 15
Ser Pro Lys Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu lle Lys Thr Gly Val 590 585 580
Leu Ala Asp Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe GIn Pro Val Ala 605 600 595
Tyr Asp Ala GIn Asn GIn Pro lle Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr 620 615 610
Glu Phe Trp Phe lle Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys 640 635 630 625
Asn Arg Leu Glu Gly Tyr Phe Lys GIn Thr Asn Leu lle Gly Asn Thr 5 655 650 645
Asn Pro His Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn
670 665 660
Leu Val Asp Phe Tyr 60 GIn Tyr Leu Glu Gin Arg Glu Lys Phe Leu 685 680 675 5
Glu Ala lle Lys Asn Gin Pro Trp Glu Pro Tyr Gin Tyr Cys Leu Leu 700 695 690
Leu Lys lle Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu 720 715 710 705
Gln Gly Gly lle Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala lle Arg 735 730 725
Glu Thr Leu Ser Glu Asp Leu Met Leu Ser Lys Pro lle Arg Lys Glu 750 745 740 lle Lys Lys His Gly Arg Val Gly Phe lle Ser Arg Ala lle Thr Leu 5 765 760 755
Tyr Phe Lys Glu Lys Tyr GIn Asp Lys His 60 Ser Phe Tyr Asn Leu 780 775 770 10
Ser Tyr Lys Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Arg Glu Glu His 800 795 790 785
Tyr Glu Tyr Trp GIn Gln Asn Lys Pro Gln Ser Pro Thr Glu Ser Gin 815 810 805
Arg Leu Glu Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr 830 825 820
Lys Arg Trp Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gin 845 840 835
Asp Val Met Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe 10 860 855 850
Lys Glu Leu Asn Leu Asn Tyr His Gin Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala 880 875 870 865 15
Val Asn Val Gin Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn Gin Thr 895 890 885
Leu Pro Met Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Ala Thr Ala Phe Gly 910 905 900
Glu Val GIn Tyr His Lys Thr Pro lle Arg Thr Val Tyr lle Arg Glu 925 920 915
Glu His Thr Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 940 935 930
Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe lle Lys Glu Glu Asn Asp 5 960 955 950 945
Thr ‏ا‎ Lys His Pro lle Ser Gin Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu
975 970 965 lle Tyr Gln Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu 990 985 980 5
Glu Glu Lys Leu Leu Asn Lys His Thr Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn 1005 1000 995
Glu Phe Arg Ala Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Glu Tyr Ala Ala 1020 1015 1010
Ser Ser Met Val Thr Asp Glu His lle Ala Phe lle Ala Ser Val 1035 1030 1025
Arg Asn Ala Phe Cys His Asn Gin Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Ala 1050 1045 1040
Leu His Ala Pro lle Pro Leu Phe Thr Val Ala Gin Pro Thr Thr 5 1065 1060 1055
Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly lle Ala Glu Ala Leu Leu Lys Val 1080 1075 1070 10
Leu Arg Glu Tyr Cys Glu lle Val Lys Ser Gin lle 1095 1090 1085 335 <210> 1124 <211>
PRT <212>
Prevotella aurantiaca <213> 335 <400>
Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Gly Ser lle Ser Tyr Glu Leu Lys 5 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 25 20 10
Tyr lle Thr lle Asn His lle Asn Lys Leu Leu Glu lle Arg Glu lle 40 35 15
Asp Asn Asp Glu Lys Val Leu Asp lle Lys Thr Leu Trp Gin Lys Gly 60 55 50
Asn Lys Asp Leu Asn GIn Lys Ala Arg Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys 80 75 70 65
His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala lle Tyr Thr Lys Asn Lys Glu Asp 95 90 85
Lys Lys Glu Val Lys GIn Glu Lys Gin Ala Glu Ala GIn Ser Leu Glu 10 110 105 100
Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe Leu Asp Lys Leu Gin Glu Ala 125 120 115 15
Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr Ser Glu Phe Ser Lys Glu Pro 140 135 130
Glu Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn lle Phe Gly Asn 160 155 150 145
Asn lle GIn Leu Val lle Asn Asp Tyr Gin His Asn Lys Asp lle Asn 175 170 165
Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Gly 60 Phe Lys Tyr 190 185 180
Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 15 205 200 195
Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Met Gln GIn
220 215 210
Lys Leu Asn Gly Phe Lys Asp Asn Leu Glu Asn Lys Lys Lys Met Thr 240 235 230 225 5
His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle Leu Met Pro Lys Leu Arg Leu 255 250 245
Glu Ser Thr GIn Thr Gin Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu 270 265 260
Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Gin Gly Asp Asp 285 280 275
Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Asn 300 295 290
Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu lle Arg His GIn Asp Arg 5 320 315 310 305
Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Lys 335 330 325 10
Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr 350 345 340
Lys Lys Leu lle Gly Gly GIn Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys 365 360 355
Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle Gin Glu Phe Ala Lys GIn Asn Arg Pro 380 375 370
Asp Glu Trp Lys Ala lle Val Lys Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser 400 395 390 385
Asn Lys Arg Tyr lle Ser Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn 0 415 410 405
Gin Lys lle Gly lle Arg Phe Arg Asn Gly Asn Lys Glu lle Trp Pro 430 425 420 15
Ser Leu Lys Thr Asn Asp Glu Asn Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys Leu 445 440 435
Asp Lys GIn Tyr Gln Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu 460 455 450
Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Lys Glu Lys Pro Asn Asn 480 475 470 465
Asp Glu lle Asn Ala Ser lle Val Glu Gly Phe lle Lys Arg Glu lle 495 490 485
Arg Asn lle Phe Lys Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu lle Asn 5 510 505 500
Asn lle Asp Asp Leu Glu Lys Tyr Cys Ala Asp Lys Gly lle Pro Lys
525 520 515
Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val Ala lle Leu Tyr Asp Glu His Lys 540 535 530 5
Asp Met Val Lys Glu Ala Lys Arg Lys 60 Lys Glu Met Val Lys Asp 560 555 550 545
Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu Glu Lys 60 Thr Gin Lys Glu Lys 575 570 565
Glu Asp Asp Gly Arg Asn Val Lys Leu Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala 590 585 580
Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val GIn Lys Asp 605 600 595
Asn Glu Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr 5 620 615 610
Gln Met Leu GIn Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Asn Glu Glu Lys Pro 640 635 630 625 10
Thr Arg Tyr Phe Arg ‏صاى‎ Val Asn Leu lle Glu Ser Asn Asn Pro His 655 650 645
Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp Glu Glu Cys Asn Asn lle Leu Thr 670 665 660
Phe Tyr Tyr Ser Tyr Leu Thr Lys Lys lle Glu Phe Leu Asn Lys Leu 685 680 675
Lys Pro Glu Asp Trp Lys Lys Asn 60 Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu 700 695 690
Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu Val Gin Gly Trp Lys Asn Gly Phe 0 720 715 710 705
Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Pro lle Arg Glu Trp Phe Lys 735 730 725 15
Arg His GIn Asn Asn Ser Lys Glu Tyr Glu Lys Val Glu Ala Leu Asp 750 745 740
Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Lys Glu Glu 765 760 755
Tyr Phe Lys Asp Lys Glu Glu Asn Phe Lys Glu Asp Thr Gin Lys Glu 780 775 770 lle Asn Asp Cys Val Glin Pro Phe Tyr Asn Phe Pro Tyr Asn Val Gly 800 795 790 785
Asn lle His Lys Pro Lys Glu Lys Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg 5 815 810 805 lle Glu Leu Trp Asp Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Glu
830 825 820
Lys lle Lys Ser Lys Lys Leu Thr Glu Lys Asp Lys Glu Glu Phe Arg 845 840 835 5
Ser Tyr Leu Glu Phe GIn Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg 860 855 850
Leu Val Arg Asn Gin Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Lys Glu Leu 880 875 870 865 lle Asp Lys Leu Lys lle Asp Glu Leu Asn lle Glu Glu Leu Lys Lys 895 890 885
Leu Arg Leu Asn Asn lle Asp Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn 910 905 900
Asn lle Leu Asn Arg Val Met Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr 5 925 920 915
Glu lle Asp Asp Ser His Lys lle Val Lys Asp Lys Pro Leu His Thr 940 935 930 10 lle Tyr lle Lys Glu Ala Glu Thr Lys Leu Leu Lys Gin Gly Asn Phe 960 955 950 945
Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val 975 970 965
Lys Thr Asn Ser Glu Ala Glu Ser Lys Arg Asn Pro lle Ser Lys Leu 990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Glu Ala Arg lle Glu lle 1005 1000 995 lle Gin Asp Met Leu Ala Leu Glu Glu Lys Leu lle Asn Lys Tyr 0 1020 1015 1010
Lys Asp Leu Pro Thr Asn Lys Phe Ser Glu Met Leu Asn Ser Trp 1035 1030 1025 15
Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ala Asp Lys Ala Arg Phe GIn Asn Asp 1050 1045 1040
Val Asp Phe Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gin 1065 1060 1055
Tyr Pro Met His Asn Lys lle Glu Phe Ala Asn lle Lys Pro Phe 1080 1075 1070
Ser Leu Tyr Thr Ala Asn Asn Ser Glu Glu Lys Gly Leu Gly lle 1095 1090 1085
Ala Asn Gin Leu Lys Asp Lys Thr Lys Glu Thr Thr Asp Lys lle 15 1110 1105 1100
Lys Lys lle Glu Lys Pro lle Glu Thr Lys Glu
1120 1115 336 <210> 1151 >211< 5
PRT <212>
Prevotella saccharolytica <213> 336 <400>
Met Glu Asp Lys Pro Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His 10 5 1
Asn Val Tyr Leu Thr Val Asn His lle Asn Lys Leu Leu Asp Leu Glu 5 25 20
Lys Leu Tyr Asp Glu Gly Lys His Lys Glu lle Phe Glu Arg Glu Asp
45 40 35 lle Phe Asn lle Ser Asp Asp Val Met Asn Asp Ala Asn Ser Asn Gly 60 55 50 5
Lys Lys Arg Lys Leu Asp lle Lys Lys lle Trp Asp Asp Leu Asp Thr 80 75 70 65
Asp Leu Thr Arg Lys Tyr Gin Leu Arg Glu Leu lle Leu Lys His Phe 95 90 85
Pro Phe lle Gin Pro Ala lle lle Gly Ala GIn Thr Lys Glu Arg Thr 110 105 100
Thr lle Asp Lys Asp Lys Arg Ser Thr Ser Thr Ser Asn Asp Ser Leu 125 120 115
Lys Gln Thr Gly Glu Gly Asp lle Asn Asp Leu Leu Ser Leu Ser Asn 5 140 135 130
Val Lys Ser Met Phe Phe Arg Leu Leu Gin lle Leu Glu GIn Leu Arg 160 155 150 145 10
Asn Tyr Tyr Ser His Val Lys His Ser Lys Ser Ala Thr Met Pro Asn 175 170 165
Phe Asp Glu Asp Leu Leu Asn Trp Met Arg Tyr lle Phe lle Asp Ser 190 185 180
Val Asn Lys Val Lys Glu Asp Tyr Ser Ser Asn Ser Val lle Asp Pro 205 200 195
Asn Thr Ser Phe Ser His Leu lle Tyr Lys Asp Glu 60 Gly Lys lle 220 215 210
Lys Pro Cys Arg Tyr Pro Phe Thr Ser Lys Asp Gly Ser lle Asn Ala 0 240 235 230 225
Phe Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Gin Asp Ser 255 250 245 15 lle Trp Met GIn Lys Lys lle Pro Gly Phe Lys Lys Ala Ser Glu Asn 270 265 260
Tyr Met Lys Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Asn His lle Leu Leu 285 280 275
Pro Lys lle Arg Leu Glu Thr Val Tyr Asp Lys Asp Trp Met Leu Leu 300 295 290
Asp Met Leu Asn Glu Val Val Arg Cys Pro Leu Ser Leu Tyr Lys Arg 320 315 310 305
Leu Thr Pro Ala Ala 60 Asn Lys Phe Lys Val Pro Glu Lys Ser Ser 5 335 330 325
Asp Asn Ala Asn Arg Gin Glu Asp Asp Asn Pro Phe Ser Arg lle Leu
350 345 340
Val Arg His ‏صاى‎ Asn Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Phe Phe Asp 365 360 355 5
Leu Asn Glu Val Phe Thr Thr Leu Arg Phe Gin lle Asn Leu Gly Cys 380 375 370
Tyr His Phe Ala lle Cys Lys Lys GIn lle Gly Asp Lys Lys Glu Val 400 395 390 385
His His Leu lle Arg Thr Leu Tyr Gly Phe Ser Arg Leu GIn Asn Phe 415 410 405
Thr Gln Asn Thr Arg Pro Glu Glu Trp Asn Thr Leu Val Lys Thr Thr 430 425 420
Glu Pro Ser Ser Gly Asn Asp Gly Lys Thr Val Gin Gly Val Pro Leu 5 445 440 435
Pro Tyr lle Ser Tyr Thr lle Pro His Tyr GIn lle Glu Asn Glu Lys 460 455 450 10 lle Gly lle Lys lle Phe Asp Gly Asp Thr Ala Val Asp Thr Asp lle 480 475 470 465
Trp Pro Ser Val Ser Thr Glu Lys GIn Leu Asn Lys Pro Asp Lys Tyr 495 490 485
Thr Leu Thr Pro Gly Phe Lys Ala Asp Val Phe Leu Ser Val His Glu 510 505 500
Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr GIn Leu Leu Leu Cys Glu Gly Met 525 520 515
Leu Lys Thr Asp Ala Gly Asn Ala Val Glu Lys Val Leu lle Asp Thr 0 540 535 530
Arg Asn Ala lle Phe Asn Leu Tyr Asp Ala Phe Val 60 Glu Lys lle 560 555 550 545 15
Asn Thr lle Thr Asp Leu Glu Asn Tyr Leu Gln Asp Lys Pro lle Leu 575 570 565 lle Gly His Leu Pro Lys GIn Met lle Asp Leu Leu Lys Gly His Gin 590 585 580
Arg Asp Met Leu Lys Ala Val Glu Gin Lys Lys Ala Met Leu lle Lys 605 600 595
Asp Thr Glu Arg Arg Leu Lys Leu Leu Asp Lys Gin Leu Lys Gin Glu 620 615 610
Thr Asp Val Ala Ala Lys Asn Thr Gly Thr Leu Leu Lys Asn Gly GIn 5 640 635 630 625 lle Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Lys
655 650 645
Arg Asp Lys Glu Gly Asn Pro lle Asn Cys Ser Lys Ala Asn Ser Thr 670 665 660 5
Glu Tyr Gin Met Leu GIn Arg Ala Phe Ala Phe Tyr Ala Thr Asp Ser 685 680 675
Cys Arg Leu Ser Arg Tyr Phe Thr Gin Leu His Leu lle His Ser Asp 700 695 690
Asn Ser His Leu Phe Leu Ser Arg Phe Glu Tyr Asp Lys Gin Pro Asn 720 715 710 705
Leu lle Ala Phe Tyr Ala Ala Tyr Leu Lys Ala Lys Leu Glu Phe Leu 735 730 725
Asn Glu Leu GIn Pro ‏ماك‎ Asn Trp Ala Ser Asp Asn Tyr Phe Leu Leu 5 750 745 740
Leu Arg Ala Pro Lys Asn Asp Arg Gin Lys Leu Ala Glu Gly Trp Lys 765 760 755 10
Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Lys lle Lys Thr 780 775 770
Trp Phe Asn Glu His Lys Thr lle Val Asp lle Ser Asp Cys Asp lle 800 795 790 785
Phe Lys Asn Arg Val Gly GIn Val Ala Arg Leu lle Pro Val Phe Phe 815 810 805
Asp Lys Lys Phe Lys Asp His Ser Glin Pro Phe Tyr Arg Tyr Asp Phe 830 825 820
Asn Val Gly Asn Val Ser Lys Pro Thr Glu Ala Asn Tyr Leu Ser Lys 0 845 840 835
Gly Lys Arg Glu Glu Leu Phe Lys Ser Tyr Gln Asn Lys Phe Lys Asn 860 855 850 15
Asn lle Pro Ala Glu Lys Thr Lys Glu Tyr Arg Glu Tyr Lys Asn Phe 880 875 870 865
Ser Leu Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu lle Lys Asn Gin 895 890 885
Asp lle Leu lle Trp Leu Met Cys Lys Asn Leu Phe Asp Glu Lys lle 910 905 900
Lys Pro Lys Lys Asp lle Leu Glu Pro Arg lle Ala Val Ser Tyr lle 925 920 915
Lys Leu Asp Ser Leu 60 Thr Asn Thr Ser Thr Ala Gly Ser Leu Asn 5 940 935 930
Ala Leu Ala Lys Val Val Pro Met Thr Leu Ala lle His lle Asp Ser
960 955 950 945
Pro Lys Pro Lys Gly Lys Ala Gly Asn Asn Glu Lys Glu Asn Lys Glu 975 970 965 5
Phe Thr Val Tyr lle Lys Glu Glu Gly Thr Lys Leu Leu Lys Trp Gly 990 985 980
Asn Phe Lys Thr Leu Leu Ala Asp Arg Arg lle Lys Gly Leu Phe Ser 1005 1000 995
Tyr lle Glu His Asp Asp lle Asp Leu Lys GIn His Pro Leu Thr 1020 1015 1010
Lys Arg Arg Val Asp Leu Glu Leu Asp Leu Tyr GIn Thr Cys Arg 1035 1030 1025 lle Asp lle Phe GIn GIn Thr Leu Gly Leu Glu Ala Gin Leu Leu 5 1050 1045 1040
Asp Lys Tyr Ser Asp Leu Asn Thr Asp Asn Phe Tyr Gin Met Leu 1065 1060 1055 10 lle Gly Trp Arg Lys Lys Glu Gly lle Pro Arg Asn lle Lys Glu 1080 1075 1070
Asp Thr Asp Phe Leu Lys Asp Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1095 1090 1085
GIn Tyr Pro Asp Ser Lys Lys lle Ala Phe Arg Arg lle Arg Lys 1110 1105 1100
Phe Asn Pro Lys Glu Leu lle Leu Glu Glu Glu Glu Gly Leu Gly 1125 1120 1115 lle Ala Thr Gin Met Tyr Lys Glu Val Glu Lys Val Val Asn Arg 0 1140 1135 1130 lle Lys Arg lle Glu Leu Phe Asp 1150 1145 15 337 <210> 1159 <211>
PRT <212>
Myroides odoratimimus HMPREF9712 03108 <213> 337 <400>
Met Lys Asp lle Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys GIn Asn Arg Phe 10 5 1
Tyr Ser His Lys lle Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 10 25 20
Leu Ala Ser Asn Asn lle Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 40 35 15
Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 60 55 50
Tyr lle lle His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser lle Ser Asp Phe Glu 80 75 70 65
Lys Arg Val Ala lle Phe Ala Ser Tyr Phe Pro lle Leu Glu Thr Val 95 90 85
Asp Lys Lys Ser lle Lys Glu Arg Asn Arg Thr lle Asp Leu Thr Leu 110 105 100
Ser GIn Arg lle Arg GIn Phe Arg Glu Met Leu lle Ser Leu Val Thr 15 125 120 115
Ala Val Asp GIn Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Asp
140 135 130 lle Val lle Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Phe Val 160 155 150 145 5
Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 175 170 165
Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr lle Ala Ala Glu Leu Asp lle Leu lle 190 185 180
Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gin lle Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 205 200 195
Ala Asn Lys Arg Glu Asp lle Leu Asn Ala lle Tyr Asn Glu Ala Phe 220 215 210
Trp Ser Phe lle Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val 5 240 235 230 225
Val Ala Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser 255 250 245 10
Asn Asp Pro Asp Phe Ala Leu Asn lle Ser Glu Lys Gly lle Val Tyr 270 265 260
Leu Leu Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala 285 280 275
Asn Leu Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser 300 295 290 lle Lys Tyr Met Ala Thr Gin Arg lle Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg 320 315 310 305
Gly Leu Lys GIn Lys lle Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr 10 335 330 325
Leu Leu Met GIn Met lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val 350 345 340 15
Tyr Gln His Leu Ser Thr Thr GIn GIn Asn Ser Phe lle Glu Asp Trp 365 360 355
Asn Glu Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu 380 375 370
Ser Arg Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe 400 395 390 385
Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr 415 410 405
Leu Arg Phe GIn Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr 5 430 425 420
Lys Gin Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg lle lle Lys Glu Lys Val
445 440 435
Thr Val Phe Ala Arg Leu Lys Asp lle Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr 460 455 450 5
Phe His Ser Leu Glu Glu Gln Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp 480 475 470 465
Thr Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu 495 490 485
Gln His GIn Gly Glu GIn Lys Asn Ala Gly Lys lle Gly lle Tyr Val 510 505 500
Lys Leu Arg Asp Thr Gin Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala 525 520 515
Arg Lys Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys 5 540 535 530
Tyr Asp lle lle Thr Gin lle lle Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser 560 555 550 545 10
Glu Lys Pro Leu Val Phe Thr Gly Gin Pro lle Ala Tyr Leu Ser Met 575 570 565
Asn Asp lle His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu 590 585 580
Leu Lys Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu lle Asp Gin lle 605 600 595
Gly Lys Gin lle Asn Glu lle Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys lle 620 615 610
Leu Lys Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys 10 640 635 630 625 lle Thr Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu lle Glu Lys Leu lle 655 650 645 15
Leu Glu GIn Lys GIn Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr 670 665 660
Lys Phe Asn lle Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn 685 680 675
Ala Glu Lys Gly Lys lle Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg 700 695 690
Phe Met Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr 720 715 710 705
Glu Leu 60 Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu 5 735 730 725
Glu Leu lle Leu Ser Asn Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro lle Glu
750 745 740
Leu lle Asp Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn 765 760 755 5
Lys Tyr Leu Glu Ala Arg Leu Glu Tyr lle Glu Asn Val lle Thr Arg 780 775 770
Val Lys Asn Ser lle Gly Thr Pro Gln Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu 800 795 790 785
Cys Phe Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp 815 810 805
Lys GIn Val Glu Arg lle Leu Ser Met Pro Leu Phe lle Glu Arg Gly 830 825 820
Phe Met Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Lys GIn 5 845 840 835
His Lys Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser 860 855 850 10
Asn Tyr Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu lle Thr Thr Glu 880 875 870 865
Asp Lys Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys lle Lys 60 Gln 07 895 890 885
Lys Asn Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu 910 905 900
Val Leu Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr 925 920 915
Gln Thr Lys Glu Glu Arg lle Val Asn Lys GIn Val Ala Lys Asp Thr 0 940 935 930
GIn Glu Arg Asn Lys Asn Tyr lle Trp Asn Lys Val Val Asp Leu GIn 960 955 950 945 15
Leu Cys Asp Gly Leu Val His lle Asp Asn Val Lys Leu Lys Asp lle 975 970 965
Gly Asn Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu 990 985 980
Thr Tyr Gln Ser Asp lle Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val 1005 1000 995
Asp Ser Asn Lys Leu Tyr Val lle Glu Arg Gin Leu Asp Asn Tyr 1020 1015 1010
Glu Ser lle Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gln Glu lle 5 1035 1030 1025
Glu Cys Ser Val Tyr Asn Gin Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys
1050 1045 1040 ‏ا‎ Ser Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gin Tyr Val Leu GIn Gly Leu 1065 1060 1055 5
Leu Pro lle Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu lle Leu Ser Thr 1080 1075 1070
Asp Val Lys Phe Lys Lys Glu Glu lle lle Gln Leu Gly Gin Ala 1095 1090 1085
Gly Glu Val Glu GIn Asp Leu Tyr Ser Leu lle Tyr lle Arg Asn 1110 1105 1100
Lys Phe Ala His Asn GIn Leu Pro lle Lys Glu Phe Phe Asp Phe 1125 1120 1115
Cys Glu Asn Asn Tyr Arg Ser lle Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala 5 1140 1135 1130
Glu Tyr Tyr Met Glu lle Phe Arg Ser lle Lys Glu Lys Tyr Ala 1155 1150 1145 10
Asn 338 <210> 1120 <211>
PRT <212>
Prevotella intermedia <213> 338 <400>
Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser lle Arg Tyr Glu Leu Lys 5 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 25 20 10
Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys lle Leu Glu Glu Asp Glu lle 40 35 15
Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Asn Thr Leu Glu Asn Ser Trp Asn Glu lle 60 55 50
Lys Asp lle Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu lle lle Lys His 80 75 70 65
Phe Pro Phe Leu Glu Ala Thr Thr Tyr Arg ‏داك‎ Asn Pro Thr Asp Thr 95 90 85
Thr Lys GIn Lys Glu Glu Lys GIn Ala Glu Ala Gin Ser Leu Glu Ser 0 110 105 100
Leu Lys Lys Ser Phe Phe Val Phe lle Tyr Lys Leu Arg Asp Leu Arg 125 120 115 15
Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg Pro Lys 140 135 130
Phe Glu Glu Asp Leu GIn Asn Lys Met Tyr Asn lle Phe Asp Val Ser 160 155 150 145 lle Gin Phe Val Lys Glu Asp Tyr Lys His Asn Thr Asp lle Asn Pro 175 170 165
Lys Lys Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Arg Lys Gly Lys Phe His 190 185 180
Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu 5 205 200 195
Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Val Gin
220 215 210
Lys Lys Leu Glu Gly Phe Lys Cys Ser Asn Lys Ser Tyr Gln Lys Met 240 235 230 225 5
Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 255 250 245
Leu Glu Ser Thr Gin Thr Gln Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn 270 265 260
Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu GIn Gly Val 285 280 275
Asn Arg Lys Lys Phe Tyr Val Ser Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr 300 295 290
Asp Ala Glu Gin Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His GIn Asp 5 320 315 310 305
Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Val Phe 335 330 325 10
Ala Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle 350 345 340
Tyr Lys Lys Leu lle Gly Gly 60 Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His 365 360 355
Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle GIn Glu Phe Asp Lys ‏ماى‎ Asn Arg 380 375 370
Pro Asp Glu Trp Lys Ala lle Val Lys Asp Ser Asp Thr Phe Lys Lys 400 395 390 385
Lys Glu Glu Lys Glu Glu Glu Lys Pro Tyr lle Ser Glu Thr Thr Pro 10 415 410 405
His Tyr His Leu Glu Asn Lys Lys lle Gly lle Ala Phe Lys Asn His 430 425 420 15
Asn lle Trp Pro Ser Thr Gin Thr Glu Leu Thr Asn Asn Lys Arg Lys 445 440 435
Lys Tyr Asn Leu Gly Thr Ser lle Lys Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val 460 455 450
His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu 480 475 470 465
Asn Thr Lys Asn Asp Asn Lys Val Gly Gly Lys Lys Glu Thr Lys Lys 495 490 485
GIn Gly Lys His Lys lle Glu Ala lle lle Glu Ser Lys lle Lys Asp 5 510 505 500 lle Tyr Ala Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu lle Asn Ser Glu
525 520 515
Asp Glu Leu Lys Glu Tyr Leu Lys Gly Lys Asp lle Lys lle Val His 540 535 530 5
Leu Pro Lys GIn Met lle Ala lle Leu Lys Asn Glu His Lys Asp Met 560 555 550 545
Ala Glu Lys Ala Glu Ala Lys GIn Glu Lys Met Lys Leu Ala Thr Glu 575 570 565
Asn Arg Leu Lys Thr Leu Asp Lys Gin Leu Lys Gly Lys lle Gln Asn 590 585 580
Gly Lys Arg Tyr Asn Ser Ala Pro Lys Ser Gly Glu lle Ala Ser Trp 605 600 595
Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe GIn Pro Val Gin Lys Asp Glu Asn 5 620 615 610
Gly Glu Ser Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Leu 640 635 630 625 10
Leu GIn Arg Thr Leu Ala Phe Phe Gly Ser Glu His Glu Arg Leu Ala 655 650 645
Pro Tyr Phe Lys GIn Thr Lys Leu lle Glu Ser Ser Asn Pro His Pro 670 665 660
Phe Leu Asn Asp Thr Glu Trp Glu Lys Cys Ser Asn lle Leu Ser Phe 685 680 675
Tyr Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys 700 695 690
Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn Gin Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro 10 720 715 710 705
Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu Val Gin Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn 735 730 725 15
Leu Pro Arg Gly Phe Phe Thr Glu Pro lle Arg Lys Trp Phe Met Glu 750 745 740
His Trp Lys Ser lle Lys Val Asp Asp Leu Lys Arg Val Gly Leu Val 765 760 755
Ala Lys Val Thr Pro Leu Phe Phe Ser Glu Lys Tyr Lys Asp Ser Val 780 775 770
GIn Pro Phe Tyr Asn Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asp Val Asn Lys Pro 800 795 790 785
Lys Glu Glu Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg lle Glu Leu Trp Asp 5 815 810 805
Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Lys Lys Phe Lys
830 825 820
Glu Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu His Arg Ser Tyr Leu Glu Phe 845 840 835 5
Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gin 860 855 850
Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu lle Asp Lys Leu Lys 880 875 870 865 lle Asp Glu Leu Asn lle Lys Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp 895 890 885 lle Asn Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg 910 905 900
Val Met Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr Lys Val Asn Lys Gly 5 925 920 915
Gly Tyr lle lle Lys Asn Lys Pro Leu His Thr lle Tyr lle Lys Glu 940 935 930 10
Ala Glu Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 960 955 950 945
Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Lys Thr Pro Ser Glu 975 970 965
Ala Glu Ser Glu Ser Asn Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 990 985 980
Leu Gly Lys Tyr Gin Asn Ala Arg Leu Asp lle lle Glu Asp Met Leu 1005 1000 995
Ala Leu Glu Lys Lys Leu lle Asp Lys Tyr Asn Ser Leu Asp Thr 10 1020 1015 1010
Asp Asn Phe His Asn Met Leu Thr Gly Trp Leu Glu Leu Lys Gly 1035 1030 1025 15
Glu Ala Lys Lys Ala Arg Phe Gin Asn Asp Val Lys Leu Leu Thr 1050 1045 1040
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1065 1060 1055
Glu Asn Leu Phe Gly Asn lle Glu Arg Phe Ser Leu Ser Ser Ser 1080 1075 1070
Asn lle lle Glu Ser Lys Gly Leu Asp lle Ala Ala Lys Leu Lys 1095 1090 1085
Glu Glu Val Ser Lys Ala Ala Lys Lys lle Gln Asn Glu Glu Asp 5 1110 1105 1100
Asn Lys Lys Glu Lys Glu Thr
1120 1115 339 <210> 1199 <211> 5
PRT <212>
Capnocytophaga canimorsus <213> 339 <400>
Met Lys Asn lle Gln Arg Leu Gly Lys Gly Asn Glu Phe Ser Pro Phe 10 5 1
Lys Lys Glu Asp Lys Phe Tyr Phe Gly Gly Phe Leu Asn Leu Ala Asn 5 25 20
Asn Asn lle Glu Asp Phe Phe Lys Glu lle lle Thr Arg Phe Gly lle
45 40 35
Val lle Thr Asp Glu Asn Lys Lys Pro Lys Glu Thr Phe Gly Glu Lys 60 55 50 5 lle Leu Asn Glu lle Phe Lys Lys Asp lle Ser lle Val Asp Tyr Glu 80 75 70 65
Lys Trp Val Asn lle Phe Ala Asp Tyr Phe Pro Phe Thr Lys Tyr Leu 95 90 85
Ser Leu Tyr Leu Glu Glu Met GIn Phe Lys Asn Arg Val lle Cys Phe 110 105 100
Arg Asp Val Met Lys Glu Leu Leu Lys Thr Val Glu Ala Leu Arg Asn 125 120 115
Phe Tyr Thr His Tyr Asp His Glu Pro lle Lys lle Glu Asp Arg Val 5 140 135 130
Phe Tyr Phe Leu Asp Lys Val Leu Leu Asp Val Ser Leu Thr Val Lys 160 155 150 145 10
Asn Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu Phe Leu Asn GIn His 175 170 165 lle Gly Glu Glu Leu Lys Glu Leu Cys Lys 60 Arg Lys Asp Tyr Leu 190 185 180
Val Gly Lys Gly Lys Arg lle Asp Lys Glu Ser Glu lle lle Asn Gly 205 200 195 lle Tyr Asn Asn Ala Phe Lys Asp Phe lle Cys Lys Arg Glu Lys 0 220 215 210
Asp Asp Lys Glu Asn His Asn Ser Val Glu Lys lle Leu Cys Asn Lys 0 240 235 230 225
Glu Pro GIn Asn Lys Lys GIn Lys Ser Ser Ala Thr Val Trp Glu Leu 255 250 245 15
Cys Ser Lys Ser Ser Ser Lys Tyr Thr Glu Lys Ser Phe Pro Asn Arg 270 265 260
Glu Asn Asp Lys His Cys Leu Glu Val Pro lle Ser Gln Lys Gly lle 285 280 275
Val Phe Leu Leu Ser Phe Phe Leu Asn Lys Gly Glu lle Tyr Ala Leu 300 295 290
Thr Ser Asn lle Lys Gly Phe Lys Ala Lys lle Thr Lys Glu Glu Pro 320 315 310 305
Val Thr Tyr Asp Lys Asn Ser lle Arg Tyr Met Ala Thr His Arg Met 5 335 330 325
Phe Ser Phe Leu Ala Tyr Lys Gly Leu Lys Arg Lys lle Arg Thr Ser
350 345 340
Glu lle Asn Tyr Asn Glu Asp Gly GIn Ala Ser Ser Thr Tyr Glu Lys 365 360 355 5
Glu Thr Leu Met Leu GIn Met Leu Asp Glu Leu Asn Lys Val Pro Asp 380 375 370
Val Val Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Asp Val 60 Lys Thr Phe lle Glu 400 395 390 385
Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr Met 415 410 405
Glu Glu Glu GIn Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp 430 425 420
Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Glin Phe 5 445 440 435
Pro Thr Leu Arg Phe Gin Val His Leu Gly Asn Tyr Leu Cys Asp Lys 460 455 450 10
Arg Thr Lys Gin lle Cys Asp Thr Thr Thr Glu Arg Glu Val Lys Lys 480 475 470 465
Lys lle Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu Asn Lys Lys Ala 495 490 485 lle Phe Leu Asn Glu Arg Glu Glu lle Lys Gly Trp Glu Val Phe Pro 510 505 500
Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn lle Ser Val Asn Tyr Lys 525 520 515
Asp Phe Pro lle Val Gly Ser lle Leu Asp Arg Glu Lys Gin Pro Val 10 540 535 530
Ser Asn Lys lle Gly lle Arg Val Lys lle Ala Asp Glu Leu GIn Arg 560 555 550 545 15
Glu lle Asp Lys Ala lle Lys Glu Lys Lys Leu Arg Asn Pro Lys Asn 575 570 565
Arg Lys Ala Asn GIn Asp Glu Lys GIn Lys Glu Arg Leu Val Asn Glu 590 585 580 lle Val Ser Thr Asn Ser Asn Glu GIn Gly Glu Pro Val Val Phe lle 605 600 595
Gly GIn Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp lle His Ser Val Leu 620 615 610
Tyr Glu Phe Leu lle Asn Lys lle Ser Gly Glu Ala Leu Glu Thr Lys 5 640 635 630 625 lle Val Glu Lys lle Glu Thr Gin lle Lys Gin lle lle Gly Lys Asp
655 650 645
Ala Thr Thr Lys lle Leu Lys Pro Tyr Thr Asn Ala Asn Ser Asn Ser 670 665 660 5 lle Asn Arg Glu Lys Leu Leu Arg Asp Leu Glu Gin Glu Gin GIn lle 685 680 675
Leu Lys Thr Leu Leu Glu Glu Gin GIn Gln Arg Glu Lys Asp Lys Lys 700 695 690
Asp Lys Lys Ser Lys Arg Lys His Glu Leu Tyr Pro Ser Glu Lys Gly 720 715 710 705
Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Lys 735 730 725
Ala Phe Lys Glu GIn Trp Arg Gly Tyr His His Ser Leu Leu 60 Lys 5 750 745 740
Tyr Leu Ala Tyr Tyr Glu Gln Ser Lys Glu Glu Leu Lys 50 Leu Leu 765 760 755 10
Pro Lys Glu Val Phe Lys His Phe Pro Phe Lys Leu Lys Gly Tyr Phe 780 775 770
GIn GIn GIn Tyr Leu Asn ‏ماى‎ Phe Tyr Thr Asp Tyr Leu Lys Arg Arg 800 795 790 785
Leu Ser Tyr Val Asn Glu Leu Leu Leu Asn lle GIn Asn Phe Lys Asn 815 810 805
Asp Lys Asp Ala Leu Lys Ala Thr Glu Lys Glu Cys Phe Lys Phe Phe 830 825 820
Arg Lys GIn Asn Tyr lle lle Asn Pro lle Asn lle Gin lle GIn Ser 0 845 840 835 lle Leu Val Tyr Pro lle Phe Leu Lys Arg Gly Phe Leu Asp Glu Lys 860 855 850 15
Pro Thr Met lle Asp Arg Glu Lys Phe Lys Glu Asn Lys Asp Thr Glu 880 875 870 865
Leu Ala Asp Trp Phe Met His Tyr Lys Asn Tyr Lys Glu Asp Asn Tyr 895 890 885
Gln Lys Phe Tyr Ala Tyr Pro Leu Glu Lys Val Glu Glu Lys Glu Lys 910 905 900
Phe Lys Arg Asn Lys Gin lle Asn Lys GIn Lys Lys Asn Asp Val Tyr 925 920 915
Thr Leu Met Met Val Glu Tyr lle lle Gln Lys lle Phe Gly Asp Lys 5 940 935 930
Phe Val Glu Glu Asn Pro Leu Val Leu Lys Gly lle Phe 0 Ser Lys
960 955 950 945
Ala Glu Arg GIn ‏ماى‎ Asn Asn Thr His Ala Ala Thr Thr Gln Glu Arg 975 970 965 5
Asn Leu Asn Gly lle Leu Asn GIn Pro Lys Asp lle Lys lle Gin Gly 990 985 980
Lys lle Thr Val Lys Gly Val Lys Leu Lys Asp lle Gly Asn Phe Arg 1005 1000 995
Lys Tyr Glu lle Asp GIn Arg Val Asn Thr Phe Leu Asp Tyr Glu 1020 1015 1010
Pro Arg Lys Glu Trp Met Ala Tyr Leu Pro Asn Asp Trp Lys Glu 1035 1030 1025
Lys Glu Lys 60 Gly GIn Leu Pro Pro Asn Asn Val lle Asp Arg 5 1050 1045 1040
Gin lle Ser Lys Tyr Glu Thr Val Arg Ser Lys lle Leu Leu Lys 1065 1060 1055 10
Asp Val Gin Glu Leu Glu Lys lle lle Ser Asp Glu lle Lys Glu 1080 1075 1070
Glu His Arg His Asp Leu Lys GIn Gly Lys Tyr Tyr Asn Phe Lys 1095 1090 1085
Tyr Tyr lle Leu Asn Gly Leu Leu Arg Gin Leu Lys Asn Glu Asn 1110 1105 1100
Val Glu Asn Tyr Lys Val Phe Lys Leu Asn Thr Asn Pro Glu Lys 1125 1120 1115
Val Asn lle Thr Gin Leu Lys GIn Glu Ala Thr Asp Leu Glu GIn 0 1140 1135 1130
Lys Ala Phe Val Leu Thr Tyr lle Arg Asn Lys Phe Ala His Asn 1155 1150 1145 15
Gln Leu Pro Lys Lys Glu Phe Trp Asp Tyr Cys 60 Glu Lys Tyr 1170 1165 1160
Gly Lys lle Glu Lys Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu 1185 1180 1175
Val Phe Lys Arg Glu Lys Glu Ala Leu lle Lys 1195 1190 340 <210> 1175 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gulae <213> 340 <400>
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp GIn Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 60 55 50
Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 5 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys
95 90 85
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100 5
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu 60 Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys lle Asp His Glu His Asn Asp Glu Val 5 190 185 180
Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195 10
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met 60 Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 0 285 280 275
Met Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290 15
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 5 380 375 370
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu
400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405 5
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser Gin Thr Ser Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly 60 His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala ‏ماى‎ Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 5 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500 10
Ser Ala Glu Arg Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Ala lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys lle Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met Met Ala Asp Thr Asp His 0 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595 15
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Ala Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 5 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr
700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705 5
Ser Asp Arg Val Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly His Asp Glu Val Ala Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val 60 Pro 5 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805 10
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser Tyr Ser Ala Ala Arg 845 840 835
Arg lle Glu Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu Gin Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Arg lle Asn Leu Ala Lys 10 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala Gin Glu His Pro Tyr His Asp Phe 910 905 900 15
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Pro 960 955 950 945
Asn Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 15 990 985 980
His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp
1005 1000 995
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010 5
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1065 1060 1055
Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1080 1075 1070
Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 5 1095 1090 1085
Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100 10
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115
Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg lle lle 1170 1165 1160
Gln Ala 10 1175 341 <210> 1090 <211> 15
PRT <212>
Prevotella sp. P5-125 <213> 341 <400>
Met Asn lle Pro Ala Leu Val Glu Asn GIn Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 15 10 5 1
Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala GIn Thr Val Leu Asp His lle 25 20
Gln Lys Val Ala Asp lle Glu Gly Glu Gin Asn Glu Asn Asn Glu Asn 10 40 35
Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 60 55 50 15
Tyr Asp Lys GIn Pro Glu Lys Thr Met Phe lle lle Glu Arg Leu Gin 80 75 70 65
Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys lle Met Ala Glu Asn GIn Arg Glu Tyr 95 90 85
Ser Asn Gly Lys Tyr Lys GIn Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 110 105 100 lle Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 125 120 115
Asp Leu Thr Asn His Tyr Lys Thr Tyr Glu Glu Lys Leu Asn Asp Gly 15 140 135 130
Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu 60 Pro Leu Ser Gly Met lle Asn
160 155 150 145
Asn Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Met Asn Glu Arg Tyr Gly Tyr 175 170 165 5
Lys Thr Glu Asp Leu Ala Phe lle Gln Asp Lys Arg Phe Lys Phe Val 190 185 180
Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Lys Lys Ser GIn Val Asn Thr Gly Phe Phe 205 200 195
Leu Ser Leu 60 Asp Tyr Asn Gly Asp Thr GIn Lys Lys Leu His Leu 220 215 210
Ser Gly Val Gly lle Ala Leu Leu lle Cys Leu Phe Leu Asp Lys 07 240 235 230 225
Tyr lle Asn lle Phe Leu Ser Arg Leu Pro lle Phe Ser Ser Tyr Asn 5 255 250 245
Ala GIn Ser Glu Glu Arg Arg lle lle lle Arg Ser Phe Gly lle Asn 270 265 260 10
Ser lle Lys Leu Pro Lys Asp Arg lle His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 285 280 275
Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Val Lys Arg Cys Pro Asp Glu 300 295 290
Leu Phe Thr Thr Leu Ser Ala Glu Lys ‏ماى‎ Ser Arg Phe Arg lle lle 320 315 310 305
Ser Asp Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Ser Asp Arg Phe 335 330 325
Val Pro Leu Leu Leu Gin Tyr lle Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 0 350 345 340 lle Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 365 360 355 15
Asp Lys Thr Cys lle Asp Gly GIn Thr Arg Val Arg Val lle Glu GIn 380 375 370
Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Ala Glu Thr Met Arg Lys 400 395 390 385
Gln Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly lle Arg lle Arg Asp Phe 415 410 405
Glu Asn Met Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr lle 430 425 420
Val Asp Thr Tyr Thr His Tyr lle Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 5 445 440 435
Phe lle Asn Asp Lys Glu Asp Ser Ala Pro Leu Leu Pro Val lle Glu
460 455 450
Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr lle Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 480 475 470 465 5
Leu Glu lle Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Lys 495 490 485
Lys Thr Glu Lys Leu lle Val Asp Val His Asn Arg Tyr Lys Arg Leu 510 505 500
Phe GIn Ala Met Gin Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn lle Ala Ser 525 520 515
Phe Gly lle Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gin Lys lle Leu Asp Leu lle 540 535 530
Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe lle Arg Leu Thr 5 560 555 550 545
Val Asp Asp Met Leu Thr Asp Thr Glu Arg Arg lle Lys Arg Phe Lys 575 570 565 10
Asp Asp Arg Lys Ser lle Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 590 585 580
Gly Phe Lys Gin lle Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 605 600 595
Asp lle Val Leu Phe GIn Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys lle 620 615 610
Thr Gly Leu Asn Tyr Arg lle Met Gin Ser Ala lle Ala Val Tyr Asp 640 635 630 625
Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gin Gin Phe Lys Leu Met Phe Glu 0 655 650 645
Lys Ala Arg Leu lle Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 670 665 660 15
Tyr Lys Val Phe Ala Arg Ser lle Pro Ala Asn Ala Val Glu Phe Tyr 685 680 675
Glu Arg Tyr Leu lle Glu Arg Lys Phe Tyr Leu Thr Gly Leu Ser Asn 700 695 690
Glu lle Lys Lys Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe lle Arg Arg Asp 720 715 710 705
Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg lle Tyr 735 730 725
Ser Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg GIn Met Phe Asp Asn Glu 5 750 745 740 lle Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gin Met Glu Gly lle Asp Phe
765 760 755
Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu lle Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 780 775 770 5
Leu Asp Asp Asp Phe GIn Thr Phe Tyr Gin Trp Asn Arg Asn Tyr Arg 800 795 790 785
Tyr Met Asp Met Leu Lys Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu 0 815 810 805
His Cys Phe Thr Ser Val Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 830 825 820
Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys GIn Ala Ser Asn Lys lle Arg 845 840 835
Ser Asn Arg GIn Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu lle Glu Thr lle 5 860 855 850
Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Ser Arg Asn Glu Tyr Gin Lys Ser Glu 880 875 870 865 10
Lys Val lle Arg Arg Tyr Arg Val Gin Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 895 890 885
Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 910 905 900
Lys Leu Lys Glu lle Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly lle Leu Ser Glu 925 920 915 lle Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Lys Tyr Thr 940 935 930 lle Thr Ser Glu Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 10 960 955 950 945
Leu Ala Ser Asp Lys Arg lle Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 975 970 965 15
Asp lle Val Ser Lys Glu Asp lle Met Glu Glu Phe Asn Lys Tyr Asp 990 985 980
Gln Cys Arg Pro Glu lle Ser Ser lle Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 1005 1000 995
Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Ser Ala Arg Val Asp Arg Glu 1020 1015 1010
Glu Lys Val Asp Phe Lys Ser lle Leu Lys lle Leu Leu Asn Asn 1035 1030 1025
Lys Asn lle Asn Lys Glu GIn Ser Asp lle Leu Arg Lys lle Arg 15 1050 1045 1040
Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly Val Val Glu
1065 1060 1055 lle Lys Ala Leu Pro Glu lle Ala Met Ser lle Lys Lys Ala Phe 1080 1075 1070 5
Gly Glu Tyr Ala lle Met Lys 1090 1085 342 <210> 1150 <211>
PRT <212>
Flavobacterium branchiphilum <213> 15 342 <400>
Met Glu Asn Leu Asn Lys lle Leu Asp Lys Glu Asn Glu lle Cys lle
15 10 5 1
Ser Lys lle Phe Asn Thr Lys Gly lle Ala Ala Pro lle Thr Glu Lys 30 25 20 5
Ala Leu Asp Asn lle Lys Ser Lys GIn Lys Asn Asp Leu Asn Lys Glu 45 40 35
Ala Arg Leu His Tyr Phe Ser lle Gly His Ser Phe Lys GIn lle Asp 60 55 50
Thr Lys Lys Val Phe Asp Tyr Val Leu lle Glu Glu Leu Lys Asp Glu 80 75 70 65
Lys Pro Leu Lys Phe lle Thr Leu Gln Lys Asp Phe Phe Thr Lys Glu 95 90 85
Phe Ser lle Lys Leu Gin Lys Leu lle Asn Ser lle Arg Asn lle Asn 5 110 105 100
Asn His Tyr Val His Asn Phe Asn Asp lle Asn Leu Asn Lys lle Asp 125 120 115 10
Ser Asn Val Phe His Phe Leu Lys Glu Ser Phe Glu Leu Ala lle lle 140 135 130
Glu Lys Tyr Tyr Lys Val Asn Lys Lys Tyr Pro Leu Asp Asn Glu lle 160 155 150 145
Val Leu Phe Leu Lys Glu Leu Phe lle Lys Asp Glu Asn Thr Ala Leu 175 170 165
Leu Asn Tyr Phe Thr Asn Leu Ser Lys Asp Glu Ala lle Glu Tyr lle 190 185 180
Leu Thr Phe Thr lle Thr Glu Asn Lys lle Trp Asn lle Asn Asn Glu 0 205 200 195
His Asn lle Leu Asn lle Glu Lys Gly Lys Tyr Leu Thr Phe Glu Ala 220 215 210 15
Met Leu Phe Leu lle Thr lle Phe Leu Tyr Lys Asn Glu Ala Asn His 240 235 230 225
Leu Leu Pro Lys Leu Tyr Asp Phe Lys Asn Asn Lys Ser Lys Gin Glu 255 250 245
Leu Phe Thr Phe Phe Ser Lys Lys Phe Thr Ser Gin Asp lle Asp Ala 270 265 260
Glu Glu Gly His Leu lle Lys Phe Arg Asp Met lle Gin Tyr Leu Asn 285 280 275
His Tyr Pro Thr Ala Trp Asn Asn Asp Leu Lys Leu Glu Ser Glu Asn 5 300 295 290
Lys Asn Lys lle Met Thr Thr Lys Leu lle Asp Ser lle lle Glu Phe
320 315 310 305
Glu Leu Asn Ser Asn Tyr Pro Ser Phe Ala Thr Asp lle GIn Phe Lys 335 330 325 5
Lys Glu Ala Lys Ala Phe Leu Phe Ala Ser Asn Lys Lys Arg Asn Gin 350 345 340
Thr Ser Phe Ser Asn Lys Ser Tyr Asn Glu Glu lle Arg His Asn Pro 365 360 355
His lle Lys GIn Tyr Arg Asp Glu lle Ala Ser Ala Leu Thr Pro lle 380 375 370
Ser Phe Asn Val Lys Glu Asp Lys Phe Lys lle Phe Val Lys Lys His 400 395 390 385
Val Leu Glu Glu Tyr Phe Pro Asn Ser lle Gly Tyr Glu Lys Phe Leu 5 415 410 405
Glu Tyr Asn Asp Phe Thr Glu Lys Glu Lys Glu Asp Phe Gly Leu Lys 430 425 420 10
Leu Tyr Ser Asn Pro Lys Thr Asn Lys Leu lle Glu Arg lle Asp Asn 445 440 435
His Lys Leu Val Lys Ser His Gly Arg Asn Gin Asp Arg Phe Met Asp 460 455 450
Phe Ser Met Arg Phe Leu Ala Glu Asn Asn Tyr Phe Gly Lys Asp Ala 480 475 470 465
Phe Phe Lys Cys Tyr Lys Phe Tyr Asp Thr 60 Glu GIn Asp Glu Phe 495 490 485
Leu GIn Ser Asn Glu Asn Asn Asp Asp Val Lys Phe His Lys Gly Lys 0 510 505 500
Val Thr Thr Tyr lle Lys Tyr Glu Glu His Leu Lys Asn Tyr Ser Tyr 525 520 515 15
Trp Asp Cys Pro Phe Val Glu Glu Asn Asn Ser Met Ser Val Lys lle 540 535 530
Ser lle Gly Ser Glu Glu Lys lle Leu Lys lle Gln Arg Asn Leu Met 560 555 550 545 lle Tyr Phe Leu Glu Asn Ala Leu Tyr Asn Glu Asn Val Glu Asn Gin 575 570 565
Gly Tyr Lys Leu Val Asn Asn Tyr Tyr Arg Glu Leu Lys Lys Asp Val 590 585 580
Glu Glu Ser lle Ala Ser Leu Asp Leu lle Lys Ser Asn Pro Asp Phe 15 605 600 595
Lys Ser Lys Tyr Lys Lys lle Leu Pro Lys Arg Leu Leu His Asn Tyr
620 615 610
Ala Pro Ala Lys Gln Asp Lys Ala Pro Glu Asn Ala Phe Glu Thr Leu 640 635 630 625 5
Leu Lys Lys Ala Asp Phe Arg Glu Glu GIn Tyr Lys Lys Leu Leu Lys 655 650 645
Lys Ala Glu His Glu Lys Asn Lys Glu Asp Phe Val Lys Arg Asn Lys 670 665 660
Gly Lys Gln Phe Lys Leu His Phe lle Arg Lys Ala Cys 60 Met Met 685 680 675
Tyr Phe Lys Glu Lys Tyr Asn Thr Leu Lys Glu Gly Asn Ala Ala Phe 700 695 690
Glu Lys Lys Asp Pro Val lle Glu Lys Arg Lys Asn Lys Glu His Glu 5 720 715 710 705
Phe Gly His His Lys Asn Leu Asn lle Thr Arg Glu Glu Phe Asn Asp 735 730 725 10
Tyr Cys Lys Trp Met Phe Ala Phe Asn Gly Asn Asp Ser Tyr Lys Lys 750 745 740
Tyr Leu Arg Asp Leu Phe Ser Glu Lys His Phe Phe Asp Asn Gin Glu 765 760 755
Tyr Lys Asn Leu Phe Glu Ser Ser Val Asn Leu Glu Ala Phe Tyr Ala 780 775 770
Lys Thr Lys Glu Leu Phe Lys Lys Trp lle Glu Thr Asn Lys Pro Thr 800 795 790 785
Asn Asn Glu Asn Arg Tyr Thr Leu Glu Asn Tyr Lys Asn Leu lle Leu 10 815 810 805
Gln Lys GIn Val Phe lle Asn Val Tyr His Phe Ser Lys Tyr Leu lle 830 825 820 15
Asp Lys Asn Leu Leu Asn Ser Glu Asn Asn Val lle Gin Tyr Lys Ser 845 840 835
Leu Glu Asn Val Glu Tyr Leu lle Ser Asp Phe Tyr Phe GIn Ser Lys 860 855 850
Leu Ser lle Asp GIn Tyr Lys Thr Cys Gly Lys Leu Phe Asn Lys Leu 880 875 870 865
Lys Ser Asn Lys Leu Glu Asp Cys Leu Leu Tyr Glu lle Ala Tyr Asn 895 890 885
Tyr lle Asp Lys Lys Asn Val His Lys lle Asp lle Gln Lys lle Leu 5 910 905 900
Thr Ser Lys lle lle Leu Thr lle Asn Asp Ala Asn Thr Pro Tyr Lys
925 920 915 lle Ser Val Pro Phe Asn Lys Leu Glu Arg Tyr Thr Glu Met lle Ala 940 935 930 5 lle Lys Asn Gin Asn Asn Leu Lys Ala Arg Phe Leu lle Asp Leu Pro 960 955 950 945
Leu Tyr Leu Ser Lys Asn Lys lle Lys Lys Gly Lys Asp Ser Ala Gly 975 970 965
Tyr Glu lle lle lle Lys Asn Asp Leu Glu lle Glu Asp lle Asn Thr 990 985 980 lle Asn Asn Lys lle lle Asn Asp Ser Val Lys Phe Thr Glu Val Leu 1005 1000 995
Met Glu Leu Glu Lys Tyr Phe lle Leu Lys Asp Lys Cys lle Leu 5 1020 1015 1010
Ser Lys Asn Tyr lle Asp Asn Ser Glu lle Pro Ser Leu Lys 0 1035 1030 1025 10
Phe Ser Lys Val Trp lle Lys Glu Asn Glu Asn Glu lle lle Asn 1050 1045 1040
Tyr Arg Asn lle Ala Cys His Phe His Leu Pro Leu Leu Glu Thr 1065 1060 1055
Phe Asp Asn Leu Leu Leu Asn Val Glu Gin Lys Phe lle Lys Glu 1080 1075 1070
Glu Leu Gin Asn Val Ser Thr lle Asn Asp Leu Ser Lys Pro Gin 1095 1090 1085
Glu Tyr Leu lle Leu Leu Phe lle Lys Phe Lys His Asn Asn Phe 10 1110 1105 1100
Tyr Leu Asn Leu Phe Asn Lys Asn Glu Ser Lys Thr lle Lys Asn 1125 1120 1115 15
Asp Lys Glu Val Lys Lys Asn Arg Val Leu 60 Lys Phe lle Asn 1140 1135 1130
Gln Val lle Leu Lys Lys Lys 1150 1145 343 <210> 1159 <211>
PRT <212>
Myroides odoratimimus <213> 10 343 <400>
Met Lys Asp lle Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys GIn Asn Arg Phe 10 5 1 15
Tyr Ser His Lys lle Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 25 20
Leu Ala Ser Asn Asn lle Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 45 40 35
Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 60 55 50
Tyr lle lle His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser lle Ser Asp Phe Glu 80 75 70 65
Lys Arg Val Ala lle Phe Ala Ser Tyr Phe Pro lle Leu Glu Thr Val 5 95 90 85
Asp Lys Lys Ser lle Lys Glu Arg Asn Arg Thr lle Asp Leu Thr Leu
110 105 100
Ser 0 Arg lle Arg Gin Phe Arg Glu Met Leu lle Ser Leu Val Thr 125 120 115 5
Ala Val Asp Gin Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Asp 140 135 130 lle Val lle Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Phe Val 160 155 150 145
Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 175 170 165
Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr lle Ala Ala Glu Leu Asp lle Leu lle 190 185 180
Glu Ala Tyr Lys Lys Lys GIn lle Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 5 205 200 195
Ala Asn Lys Arg Glu Asp lle Leu Asn Ala lle Tyr Asn Glu Ala Phe 220 215 210 10
Trp Ser Phe lle Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val 240 235 230 225
Val Ala Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser 255 250 245
Asn Asp Pro Asp Phe Ala Leu Asn lle Ser Glu Lys Gly lle Val Tyr 270 265 260
Leu Leu Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala 285 280 275
Asn Leu Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser 10 300 295 290 lle Lys Tyr Met Ala Thr GIn Arg lle Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg 320 315 310 305 15
Gly Leu Lys GIn Lys lle Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr 335 330 325
Leu Leu Met GIn Met lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val 350 345 340
Tyr Gln His Leu Ser Thr Thr GIn GIn Asn Ser Phe lle Glu Asp Trp 365 360 355
Asn Glu Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu 380 375 370
Ser Arg Val Thr His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe 15 400 395 390 385
Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr
415 410 405
Leu Arg Phe GIn Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr 430 425 420 5
Lys Gin Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg lle lle Lys Glu Lys Val 445 440 435
Thr Val Phe Ala Arg Leu Lys Asp lle Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr 460 455 450
Phe His Ser Leu Glu Glu GIn Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp 480 475 470 465
Thr Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu 495 490 485
GIn His GIn Gly Glu GIn Lys Asn Ala Gly Lys lle Gly lle Tyr Val 5 510 505 500
Lys Leu Arg Asp Thr Gin Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala 525 520 515 10
Arg Lys Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys 540 535 530
Tyr Asp lle lle Thr Gin lle lle Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser 560 555 550 545
Glu Lys Pro Leu Val Phe Thr Gly Gin Pro lle Ala Tyr Leu Ser Met 575 570 565
Asn Asp lle His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu 590 585 580
Leu Lys Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu lle Asp Gin lle 0 605 600 595
Gly Lys Gin lle Asn Glu lle Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys lle 620 615 610 15
Leu Lys Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys 640 635 630 625 lle Thr Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu lle Glu Lys Leu lle 655 650 645
Leu Glu GIn Lys GIn Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr 670 665 660
Lys Phe Asn lle Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn 685 680 675
Ala Glu Lys Gly Lys lle Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg 5 700 695 690
Phe Met Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His lle
720 715 710 705
Glu Leu GIn Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu 735 730 725 5
Glu Leu lle Leu Ser Asn Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro lle Glu 750 745 740
Leu lle Asp Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn 765 760 755
Lys Tyr Leu Glu Ala Arg Leu Glu Tyr lle Glu Asn Val lle Thr Arg 780 775 770
Val Lys Asn Ser lle Gly Thr Pro Gln Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu 800 795 790 785
Cys Phe Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp 5 815 810 805
Lys GIn Val Glu Arg lle Leu Ser Met Pro Leu Phe lle Glu Arg Gly 830 825 820 10
Phe Met Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Lys Gin 845 840 835
His Lys Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser 860 855 850
Asn Tyr Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu lle Thr Thr Glu 880 875 870 865
Asp Lys Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys lle Lys Gln Gin 0 895 890 885
Lys Asn Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu 0 910 905 900
Val Leu Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr 925 920 915 15
Gln Thr Lys Glu Glu Arg lle Val Asn Lys Gin Val Ala Lys Asp Thr 940 935 930
GIn Glu Arg Asn Lys Asn Tyr lle Trp Asn Lys Val Val Asp Leu 0 960 955 950 945
Leu Cys Asp Gly Leu Val His lle Asp Asn Val Lys Leu Lys Asp lle 975 970 965
Gly Asn Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu 990 985 980
Thr Tyr Gln Ser Asp lle Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val 15 1005 1000 995
Asp Ser Asn Lys Leu Tyr Val lle Glu Arg Gin Leu Asp Asn Tyr
1020 1015 1010
Glu Ser lle Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gin Glu lle 1035 1030 1025 5
Glu Cys Ser Val Tyr Asn Gin Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys 1050 1045 1040
Gln Ser Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gin Tyr Val Leu GIn Gly Leu 1065 1060 1055
Leu Pro lle Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu lle Leu Ser Thr 1080 1075 1070
Asp Val Lys Phe Lys Lys Glu Glu lle lle Gln Leu Gly Gin Ala 1095 1090 1085
Gly Glu Val Glu GIn Asp Leu Tyr Ser Leu lle Tyr lle Arg Asn 5 1110 1105 1100
Lys Phe Ala His Asn GIn Leu Pro lle Lys Glu Phe Phe Asp Phe 1125 1120 1115 10
Cys Glu Asn Asn Tyr Arg Ser lle Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala 1140 1135 1130
Glu Tyr Tyr Met Glu lle Phe Arg Ser lle Lys Glu Lys Tyr Ala 1155 1150 1145
Asn 344 <210> 1214 <211>
PRT <212>
Flavobacterium columnare <213> 344 <400>
Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys GIn Lys Thr Phe Asn His 10 5 1 15
Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala 25 20
Asp Asp Asn Leu Arg GIn Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg lle Asn 45 40 35
Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe 60 55 50
Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 10 80 75 70 65
Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg lle Gin Lys His Thr Asn His 95 90 85 15
Asn Phe Glu Gin Thr Arg Glu lle Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr lle 110 105 100
Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro lle Thr 125 120 115 lle Asn Pro Lys lle Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val 140 135 130
Leu lle Thr lle Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 160 155 150 145
Leu Leu Lys Glu Lys Leu Arg Pro Glu Leu Thr GIn Leu Lys Asn Gin 5 175 170 165
Lys Arg Glu Glu Leu lle Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn
190 185 180
Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu lle Pro Phe Leu Glu Glu 205 200 195 5
Asn Lys Thr Asp Asp Lys GIn Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 220 215 210
Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser lle Thr Leu Thr 0 Ser 240 235 230 225
Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe 0 255 250 245
Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Arg Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr lle 270 265 260
Lys Glu Glu Glu lle Ser Leu Asn Lys Asn Asn lle Val Tyr Met lle 5 285 280 275
Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 300 295 290 10 lle Lys Thr Asp Gin Gly Val Ser Thr Leu Glu GIn Asn Asn Thr Thr 320 315 310 305
His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gin lle 335 330 325
Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu lle Tyr Glu Thr Leu Ser 350 345 340
Glu Lys GIn GIn Lys Glu Phe Glu Glu Asp lle Asn Glu Tyr Met Arg 365 360 355
Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser lle Val Ser His 0 380 375 370
Lys Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 400 395 390 385 15
Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val 415 410 405
Asn Phe Gly Asp Tyr lle Lys Asp Arg Gln Lys Lys lle Leu Glu Ser 430 425 420 lle Gin Phe Asp Ser Glu Arg lle lle Lys Lys Glu lle His Leu Phe 445 440 435
Glu Lys Leu Ser Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 460 455 450
Glu Thr Ser Asn lle Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Asn Pro 5 480 475 470 465
Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn lle Pro Phe Tyr lle Asp Ser Arg
495 490 485
Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn GIn Lys Lys Lys Ala Gln Ser 510 505 500 5
GIn Asn Lys Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu Gin 525 520 515
Ser Lys Asp Ala lle lle Ala Met Leu GIn Lys Glu lle Gly Val Lys 540 535 530
Asp Leu GIn 60 Arg Ser Thr lle Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 560 555 550 545
Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val lle Val Lys Asp lle Lys Gly Ala Glu 575 570 565
Leu Glu Asn Lys lle Ala Gin Lys lle Arg Glu Gin Tyr Gln Ser lle 5 590 585 580
Arg Asp Phe Thr Leu Asp Ser Pro Gin Lys Asp Asn lle Pro Thr Thr 605 600 595 10
Leu lle Lys Thr lle Asn Thr Asp Ser Ser Val Thr Phe Glu Asn 0 620 615 610
Pro lle Asp lle Pro Arg Leu Lys Asn Ala Leu GIn Lys Glu Leu Thr 640 635 630 625
Leu Thr Gin Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys Glu His Glu lle Glu Val 655 650 645
Asp Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn GIn Pro 670 665 660
Lys Asn Lys Val Asp Asp Lys Lys Leu GIn Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 0 685 680 675
Arg Asn Glu lle Arg Gin Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu lle 700 695 690 15
His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu 720 715 710 705
Leu GIn Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys lle 735 730 725
Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys lle Leu Thr 750 745 740
Lys Gly Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe lle Asp Phe 765 760 755
Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Ser Thr Glu Ser 15 780 775 770
Thr Phe Leu Glu Asn Gly Phe lle Gly Leu Pro Pro Lys lle Leu Lys
800 795 790 785
Lys Glu Leu Ser Lys Arg Leu Lys Tyr lle Phe lle Val Phe Gin Lys 815 810 805 5
Arg Gin Phe lle lle Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 830 825 820
Ala Asp Ala lle Asn Leu Ser Arg Gly lle Phe Asp Glu Lys Pro Thr 845 840 835
Met lle Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 860 855 850
Val Ala Ser Tyr GIn Tyr Asn Asn Tyr Gin Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 880 875 870 865
Pro Asp lle Val Glu Arg Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 5 895 890 885
Ala lle Asn Lys Val Lys lle Gln Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 910 905 900 10
Asp Thr Leu Tyr GIn Asp Leu Phe Asn GIn Pro Leu Asp Lys Ser Leu 925 920 915
Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Ala Glu Arg Glu Lys lle Lys Ala Asp 940 935 930
Ala Lys Ala Tyr GIn Lys Leu Asn Asp Ser Ser Leu Trp Asn Lys Val 960 955 950 945 lle His Leu Ser Leu GIn Asn Asn Arg lle Thr Ala Asn Pro Lys Leu 975 970 965
Lys Asp lle Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu GIn Asp Glu Lys lle Ala 0 990 985 980
Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Ala Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu GIn Lys 1005 1000 995 15
Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr 1020 1015 1010
Ala Leu Asn Met Glu Leu 60 Glu Tyr Glu Lys Val Arg Ser Lys 1035 1030 1025
Glu Leu Leu Lys GIn Val 60 Glu Leu Glu Lys Lys lle Leu Asp 1050 1045 1040
Lys Phe Tyr Asp Phe Ser Asn Asn Ala Ser His Pro Glu Asp Leu 1065 1060 1055
Glu lle Glu Asp Lys Lys Gly Lys Arg His Pro Asn Phe Lys Leu 15 1080 1075 1070
Tyr lle Thr Lys Ala Leu Leu Lys Asn Glu Ser Glu lle lle Asn
1095 1090 1085
Leu Glu Asn lle Asp lle Glu lle Leu Leu Lys Tyr Tyr Asp Tyr 1110 1105 1100 5
Asn Thr Glu Glu Leu Lys Glu Lys lle Lys Asn Met Asp Glu Asp 1125 1120 1115
Glu Lys Ala Lys lle lle Asn Thr Lys Glu Asn Tyr Asn Lys lle 1140 1135 1130
Thr Asn Val Leu lle Lys Lys Ala Leu Val Leu lle lle lle Arg 1155 1150 1145
Asn Lys Met Ala His Asn GIn Tyr Pro Pro Lys Phe lle Tyr Asp 1170 1165 1160
Leu Ala Asn Arg Phe Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala 5 1185 1180 1175
Thr Tyr Phe Asn Arg Val Phe Glu Thr lle Thr Lys Glu Leu Trp 1200 1195 1190 10
Glu Asn Lys Glu Lys Lys Asp Lys Thr Gin Val 1210 1205 345 <210> 1119 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis >213< 345 <400>
Met Thr Glu Gln Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 5 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 25 20 10
Ala Tyr lle Thr Leu Ala His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35 15
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly 60 Trp 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser GIn Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 10 110 105 100
Leu Ser Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115 15
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 5 205 200 195
Lys Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp
220 215 210
Arg Glu Gly Thr Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225 5
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met Gin Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 5 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 335 330 325 10
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 0 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420 15
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gin His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 15 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val
525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp 540 535 530 5
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Ala lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Val Ala Asp Trp Leu 5 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625 10
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Arg Lys Ala Phe Leu GIn Ser lle Gly Arg 0 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725 15
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Ser Lys Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 5 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly
830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 845 840 835 5
Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp Gin Lys Phe Glu Arg 860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 60 Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys 880 875 870 865
Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 895 890 885
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr Asp Val GIn Glu GIn Gly Ser Leu 910 905 900
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 5 925 920 915
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu GIn Ala Pro Leu Ala 940 935 930 10
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys 60 Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965
Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gin Tyr Pro lle Ser Lys Leu 990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala 1005 1000 995
Phe Glu Gin Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 0 1020 1015 1010
Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025 15
Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Asn Val 1050 1045 1040
Arg Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr 1065 1060 1055
Pro Met Tyr Asp Glu Thr Leu Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp 1080 1075 1070
Pro Ser Ser Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 1095 1090 1085
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Met Val 5 1110 1105 1100
Glu Arg lle lle GIn Ala
346 <210> 1175 <211> 5
PRT <212>
Porphyromonas sp. COT-0520H4946 <213> 346 <400>
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 5 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys
45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp ‏صاى‎ Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 60 55 50 5
Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 5 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145 10
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 10 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245 15
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln GIn Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 5 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe
350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355 5
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser Gin Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 5 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gin His Leu Trp Pro Ser 460 455 450 10
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Leu Lys 10 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545 15
Pro Lys GIn Met lle Gly lle Leu Ser 60 Glu Arg Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 5 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu
655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660 5
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn Cys Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg Gin Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 5 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755 10
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Asp Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 0 845 840 835
Arg lle Lys Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 860 855 850 15
Lys Lys Lys lle Glu Gin Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys lle Asn Leu Ala Lys 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 60 Glu His Pro Tyr His Asp Phe 910 905 900
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 5 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Pro
960 955 950 945
Asn Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 975 970 965 5
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 990 985 980
His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 1005 1000 995
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu Gin Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 5 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1065 1060 1055 10
Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Ser Arg Tyr Pro His Leu Pro 1080 1075 1070
Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1095 1090 1085
Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115
Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 0 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145 15
Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg lle lle 1170 1165 1160
‏دا‎ Ala 1175 347 <210> 1132 <211>
PRT <212>
Prevotella intermedia <213> 10 347 <400>
Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Lys Glu Ser Thr Asn Met Leu Asp Asn 10 5 1 15
Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr 25 20 lle Thr Val Asn His lle Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn Lys Lys 45 40 35
Asp GIn Asp lle lle lle Asp Asn Asp Gln Asp lle Leu Ala lle Lys 60 55 50
Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu Arg Leu 80 75 70 65
Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala lle Tyr 5 95 90 85
Thr Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Gin Glu Lys GIn Ala
110 105 100
Lys Ala GIn Ser Phe Asp Ser Leu Lys His Cys Leu Phe Leu Phe Leu 125 120 115 5
Glu Lys Leu GIn Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr Ser 140 135 130
Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Lys Glu Leu Leu Lys Lys Met 160 155 150 145
Tyr Asn lle Phe Asp Asp Asn lle Gin Leu Val lle Lys Asp Tyr GIn 175 170 165
His Asn Lys Asp lle Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg 190 185 180
Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Thr Asn Lys Lys Gly Asn 5 205 200 195 lle Thr Ala Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys 220 215 210 10
Lys Asp Ala lle Trp Met Gin ‏داك‎ Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn 240 235 230 225
Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg 255 250 245
Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr GIn Thr ‏ماك‎ Asp Trp 270 265 260 lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu 285 280 275
Tyr Glu Arg Leu 60 Gly Glu Tyr Arg Lys Lys Phe Asn Val Pro Phe 0 300 295 290
Asp Ser Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys Asn 320 315 310 305 15
Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr 335 330 325
Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu 350 345 340
Gly Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Lys Lys Leu lle Gly Gly GIn Lys 365 360 355
Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle Gin 380 375 370
Glu Phe Ala Lys GIn Asn Arg Thr Asp Glu Trp Lys Ala lle Val Lys 5 400 395 390 385
Asp Phe Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Glu Glu Pro Tyr lle Ser Glu Thr
415 410 405
Ala Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gin Lys lle Gly lle Arg Phe Arg 430 425 420 5
Asn Asp Asn Asp Glu lle Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu Asn 445 440 435
Asn Glu Lys Arg Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Gln Tyr Gln Ala Glu Ala 460 455 450
Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu 480 475 470 465
Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser lle Val 495 490 485
Glu Gly Phe lle Lys Arg Glu lle Arg Asp lle Tyr Lys Leu Tyr Asp 5 510 505 500
Ala Phe Ala Asn Gly Glu lle Asn Asn lle Asp Asp Leu Glu Lys Tyr 525 520 515 10
Cys Glu Asp Lys Gly lle Pro Lys Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val 540 535 530
Ala lle Leu Tyr Asp Glu His Lys Asp Met Ala Glu Glu Ala Lys Arg 560 555 550 545
Lys GIn Lys Glu Met Val Lys Asp Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu 575 570 565
Glu Lys GIn Thr Gin Gly Glu lle Glu Asp Gly Gly Arg Asn lle Arg 590 585 580
Leu Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met 0 605 600 595
Arg Phe Gin Pro Val Gin Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu Asn Asn 620 615 610 15
Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met Leu GIn Arg Ser Leu Ala 640 635 630 625
Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gin Val Asn 655 650 645
Leu lle Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp 670 665 660
Glu Glu Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu Thr Lys 685 680 675
Lys lle Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn 5 700 695 690
Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu
720 715 710 705
Val GIn Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr 735 730 725 5
Glu Pro lle Arg Glu Trp Phe Lys Arg His GIn Asn Asp Ser Glu Glu 750 745 740
Tyr Glu Lys Val Glu Thr Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val 765 760 755 lle Pro Leu Phe Phe Lys Lys Glu Asp Ser Lys Asp Lys Glu Glu Tyr 780 775 770
Leu Lys Lys Asp Ala Gin Lys Glu lle Asn Asn Cys Val 60 Pro Phe 800 795 790 785
Tyr Gly Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn lle His Lys Pro Asp Glu Lys 5 815 810 805
Asp Phe Leu Pro Ser Glu Glu Arg Lys Lys Leu Trp Gly Asp Lys Lys 830 825 820 10
Tyr Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys Leu Thr 845 840 835
Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Phe GIn Ser Trp 860 855 850
Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn GIn Asp lle Val 880 875 870 865
Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu lle Asp Lys Leu Lys Val Glu Gly 895 890 885
Leu Asn Val Glu Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp lle Asp Thr 0 910 905 900
Asp Thr Ala Lys GIn Glu Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg Val Met Pro 925 920 915 15
Met GIn Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu lle Asp Asp Ser His Asn lle 940 935 930
Val Lys Asp Arg Pro Leu His Thr Val Tyr lle Glu Glu Thr Lys Thr 960 955 950 945
Lys Leu Leu Lys Gin Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg 975 970 965
Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Ser Ser Glu Thr Glu Leu 990 985 980
Lys Ser Asn Pro lle Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu 15 1005 1000 995
Tyr GIn Asn Ala Arg lle Glu Thr lle Lys Asp Met Leu Leu Leu
1020 1015 1010
Glu Glu Thr Leu lle Glu Lys Tyr Lys Thr Leu Pro Thr Asp Asn 1035 1030 1025 5
Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly Trp Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ala 1050 1045 1040
Asp Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp Val Lys Leu Leu Val Ala Val 1065 1060 1055
Arg Asn Ala Phe Ser His Asn ‏ماه‎ Tyr Pro Met Arg Asn Arg lle 1080 1075 1070
Ala Phe Ala Asn lle Asn Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asp Thr 1095 1090 1085
Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp lle Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys 5 1110 1105 1100
Thr His Lys lle lle Lys Arg lle lle Glu lle Glu Lys Pro lle 1125 1120 1115 10
Glu Thr Lys Glu 1130 348 <210> 1134 <211>
PRT <212>
Prevotella intermedia 17 >213< 348 <400>
Met Lys Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Lys Glu Ser Thr Asn Met Leu 5 10 5 1
Asp Asn Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 25 20 10
Val Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn 40 35 15
Lys Lys Asp Gin Asp lle lle lle Asp Asn Asp Gin Asp lle Leu Ala 60 55 50 lle Lys Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu 80 75 70 65
Arg Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala 95 90 85 lle Tyr Thr Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Gln Glu Lys 10 110 105 100
Gln Ala Lys Ala GIn Ser Phe Asp Ser Leu Lys His Cys Leu Phe Leu 125 120 115 15
Phe Leu Glu Lys Leu GIn Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys 140 135 130
Tyr Ser Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Lys Glu Leu Leu Lys 160 155 150 145
Lys Met Tyr Asn lle Phe Asp Asp Asn lle Gin Leu Val lle Lys Asp 175 170 165
Tyr Gln His Asn Lys Asp lle Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu 190 185 180
Asp Arg Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Thr Asn Lys Lys 15 205 200 195
Gly Asn lle Thr Ala Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu
220 215 210
Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Met Gin GIn Lys Leu Arg Gly Phe Lys 240 235 230 225 5
Asp Asn Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg 255 250 245
Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr 0 270 265 260
Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys 285 280 275
Ser Leu Tyr Glu Arg Leu GIn Gly Glu Tyr Arg Lys Lys Phe Asn Val 300 295 290
Pro Phe Asp Ser Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gin Glu Pro Phe 5 320 315 310 305
Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu 335 330 325 10
Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle 350 345 340
Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Lys Lys Leu lle Gly Gly 365 360 355
‏داك‎ Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg 380 375 370 lle Gin Glu Phe Ala Lys GIn Asn Arg Thr Asp Glu Trp Lys Ala lle 400 395 390 385
Val Lys Asp Phe Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Glu Glu Pro Tyr lle Ser 10 415 410 405
Glu Thr Ala Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gin Lys lle Gly lle Arg 430 425 420 15
Phe Arg Asn Asp Asn Asp Glu lle Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly 445 440 435
Glu Asn Asn Glu Lys Arg Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Gin Tyr Gin Ala 460 455 450
Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr 480 475 470 465
Leu Leu Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser 495 490 485 lle Val Glu Gly Phe lle Lys Arg Glu lle Arg Asp lle Tyr Lys Leu 15 510 505 500
Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu lle Asn Asn lle Asp Asp Leu Glu
525 520 515
Lys Tyr Cys Glu Asp Lys Gly lle Pro Lys Arg His Leu Pro Lys 0 540 535 530 5
Met Val Ala lle Leu Tyr Asp Glu His Lys Asp Met Ala Glu Glu Ala 560 555 550 545
Lys Arg Lys Gin Lys Glu Met Val Lys Asp Thr Lys Lys Leu Leu Ala 575 570 565
Thr Leu Glu Lys GIn Thr Gln Gly Glu lle Glu Asp Gly Gly Arg Asn 590 585 580 lle Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp 605 600 595
Met Met Arg Phe Gin Pro Val Gin Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu 5 620 615 610
Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gin Met Leu GIn Arg Ser 640 635 630 625 10
Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg 0 655 650 645
Val Asn Leu lle Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr 670 665 660
Lys Trp Glu Glu Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu 685 680 675
Thr Lys Lys lle Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu 700 695 690
Lys Asn GIn Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu 10 720 715 710 705
Thr Leu Val Gin Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle 735 730 725 15
Phe Thr Glu Pro lle Arg Glu Trp Phe Lys Arg His Gin Asn Asp Ser 750 745 740
Glu Glu Tyr Glu Lys Val Glu Thr Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Thr 765 760 755
Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Lys Lys Glu Asp Ser Lys Asp Lys Glu 780 775 770
Glu Tyr Leu Lys Lys Asp Ala GIn Lys Glu lle Asn Asn Cys Val Gin 800 795 790 785
Pro Phe Tyr Gly Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn lle His Lys Pro Asp 5 815 810 805
Glu Lys Asp Phe Leu Pro Ser Glu Glu Arg Lys Lys Leu Trp Gly Asp
830 825 820
Lys Lys Tyr Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys 845 840 835 5
Leu Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Phe GIn 860 855 850
Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp 880 875 870 865 lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu lle Asp Lys Leu Lys Val 895 890 885
Glu Gly Leu Asn Val Glu Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp lle 910 905 900
Asp Thr Asp Thr Ala Lys GIn Glu Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg Val 5 925 920 915
Met Pro Met 60 Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu lle Asp Asp Ser His 940 935 930 10
Asn lle Val Lys Asp Arg Pro Leu His Thr Val Tyr lle Glu Glu Thr 960 955 950 945
Lys Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 975 970 965
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Ser Ser Glu Thr 990 985 980
Glu Leu Lys Ser Asn Pro lle Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu 1005 1000 995
Gly Glu Tyr Gln Asn Ala Arg lle Glu Thr lle Lys Asp Met Leu 0 1020 1015 1010
Leu Leu Glu Glu Thr Leu lle Glu Lys Tyr Lys Thr Leu Pro Thr 1035 1030 1025 15
Asp Asn Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly Trp Leu Glu Gly Lys Asp 1050 1045 1040
Glu Ala Asp Lys Ala Arg Phe Gin Asn Asp Val Lys Leu Leu Val 1065 1060 1055
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gin Tyr Pro Met Arg Asn 1080 1075 1070
Arg lle Ala Phe Ala Asn lle Asn Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala 1095 1090 1085
Asp Thr Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp lle Ala Asn Gin Leu Lys 15 1110 1105 1100
Asp Lys Thr His Lys lle lle Lys Arg lle lle Glu lle Glu Lys
1125 1120 1115
Pro lle Glu Thr Lys Glu 1130 5 349 <210> 1133 <211>
PRT <212> 10
Prevotella intermedia <213> 349 <400>
Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser lle Ser Tyr Glu Leu Lys 5 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val
30 25 20
Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn Lys 45 40 35 5
Lys Asp GIn Asp lle lle lle Asp Asn Asp GIn Asp lle Leu Ala lle 60 55 50
Lys Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu Arg 80 75 70 65
Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala lle 95 90 85
Tyr Ser Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys GIn Glu Lys Gin 110 105 100
Ala Lys Ala Gin Ser Phe Asp Ser Leu Lys His Cys Leu Phe Leu Phe 5 125 120 115
Leu Glu Lys Leu GIn Glu Thr Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr 140 135 130 10
Ser Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Lys Glu Leu Leu Lys Lys 160 155 150 145
Met Tyr Asn lle Phe Asp Asp Asn lle Gin Leu Val lle Lys Asp Tyr 175 170 165
‏ماك‎ His Asn Lys Asp lle Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp 190 185 180
Arg Thr Glu Glu Asp Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Arg Asn Lys Lys Gly 205 200 195
Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu 10 220 215 210
Lys Lys Asp Ala lle Trp Met GIn Gin Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp 240 235 230 225 15
Asn Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser 255 250 245
Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gin Asp 270 265 260
Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser 285 280 275
Leu Tyr Glu Arg Leu Gin Gly Glu Asp Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro 300 295 290
Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gin Glu Pro Phe Lys 15 320 315 310 305
Asn Thr Leu Val Arg His Glin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg
335 330 325
Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Thr Asn Leu Arg Phe ‏ماى‎ lle Asp 350 345 340 5
Leu Gly Thr Phe His Phe Ser lle Tyr Lys Lys Leu lle Gly Gly Gin 365 360 355
Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle 380 375 370
GIn Glu Phe Ala Lys Glin Asn Arg Pro Asp Glu Trp Lys Ala lle Val 400 395 390 385
Lys Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Asn Glu Arg Tyr lle Ser Glu 415 410 405
Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gin Lys lle Gly lle Arg Phe 5 430 425 420
Arg Asn Asp Asn Asp Glu lle Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu 445 440 435 10
Asn Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys Leu Asp Lys 60 Tyr Gin Ala Glu 460 455 450
Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu 480 475 470 465
Leu Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser lle 495 490 485
Val Glu Gly Phe lle Lys Arg Glu lle Arg Asp Met Tyr Lys Leu Tyr 510 505 500
Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu lle Asn Asn lle Asp Asp Leu Glu Lys 0 525 520 515
Tyr Cys Glu Asp Lys Gly lle Pro Lys Arg His Leu Pro Lys Gin Met 540 535 530 15
Val Ala lle Leu Tyr Asp Glu His Lys Asp Met Val Lys Glu Ala Lys 560 555 550 545
Arg Lys GIn Arg Lys Met Val Lys Asp Thr Glu Lys Leu Leu Ala Ala 575 570 565
Leu Glu Lys GIn Thr GIn Glu Lys Thr Glu Asp Gly Gly Arg Asn lle 590 585 580
Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met 605 600 595
Met Arg Phe GIn Pro Val Gln Lys Asp Ash Glu Gly Asn Pro Leu Asn 5 620 615 610
Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr GIn Met Leu GIn Arg Ser Leu
640 65 630 625
Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gin Val 655 650 645 5
Asn Leu lle Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys 670 665 660
Trp Glu Glu Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu Thr 685 680 675
Lys Lys lle Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu Lys 700 695 690
Asn GIn Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr 720 715 710 705
Leu Val GIn Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe 5 735 730 725
Thr Glu Pro lle Arg Glu Trp Phe Lys Arg His GIn Asn Asp Ser Lys 750 745 740 10
Glu Tyr Glu Lys Val Glu Ala Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Thr Lys 765 760 755
Val lle Pro Leu Phe Phe Lys Lys Glu Asp Ser Lys Asp Lys Glu Glu 780 775 770
Asp Leu Lys Lys Asp Ala Gin Lys Glu lle Asn Asn Cys Val 60 Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn lle His Lys Pro Asp Glu 815 810 805
Lys Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg lle Glu Leu Trp Asp Lys Lys 10 830 825 820
Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys Leu 845 840 835 15
Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Phe GIn Ser 860 855 850
Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gin Asp lle 880 875 870 865
Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu lle Asp Lys Leu Lys Val Glu 895 890 885
Gly Leu Asn Val Glu Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp lle Asp 910 905 900
Thr Asp Thr Ala Lys GIn Glu Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg Val Met 15 925 920 915
Pro Met GIn Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu lle Asp Asp Ser His Asn
940 935 930 lle Val Lys Asp Arg Pro Leu His Thr Val Tyr lle Glu Glu Thr Lys 960 955 950 945 5
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg 975 970 965
Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Ser Ser Glu Ala Glu 990 985 980
Leu Lys Ser Asn Pro lle Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu Gly 1005 1000 995
Glu Tyr GIn Asn Ala Arg lle Glu Thr lle Lys Asp Met Leu Leu 1020 1015 1010
Leu Glu Glu Thr Leu lle Glu Lys Tyr Lys Asn Leu Pro Thr Asp 5 1035 1030 1025
Asn Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly Trp Leu Glu Gly Lys Asp Glu 1050 1045 1040 10
Ala Asp Lys Ala Arg Phe ‏صاى‎ Asn Asp Val Lys Leu Leu Val Ala 1065 1060 1055
Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr Pro Met Arg Asn Arg 1080 1075 1070 lle Ala Phe Ala Asn lle Asn Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asp 1095 1090 1085
Thr Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp lle Ala Asn 60 Leu Lys Asp 1110 1105 1100
Lys Thr His Lys lle lle Lys Arg lle lle Glu lle Glu Lys Pro 10 1125 1120 1115 lle Glu Thr Lys Glu 1130 15 350 <210> 1127 <211>
PRT <212>
Prevotella buccae ATCC 33574 <213> 350 <400>
Met GIn Lys GIn Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala lle 10 5 1
Phe Ala Phe Pro Lys Tyr lle Thr lle Met Glu Asn Lys Glu Lys Pro 10 25 20
Glu Pro lle Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 40 35 15
Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr lle Asn His lle Asn 60 55 50
Arg Arg Leu Glu lle Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 80 75 70 65 lle Lys Gly Ser Trp Asn Glu GIn Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 95 90 85
Arg Leu Arg Asp Leu lle Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 110 105 100
Ala Tyr Glu Met Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu ‏ماه‎ Arg 5 125 120 115
Glu Lys Glu 60 Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val
140 135 130
Leu Phe lle Phe Leu Glu Lys Leu GIn Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 160 155 150 145 5
His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro lle Phe Glu Thr Ser 175 170 165
Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 190 185 180
Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn lle Asp Met Gin Arg Asp Phe 205 200 195
Thr His Leu Asn Arg Lys Lys GIn Val Gly Arg Thr Lys Asn lle lle 220 215 210
Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 5 240 235 230 225
Thr lle Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 255 250 245 10
Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 270 265 260
Asn Leu Arg Glu GIn Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle 285 280 275
Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gin Thr Lys Asp Trp Met 300 295 290
GIn Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 320 315 310 305
Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 10 335 330 325 lle Phe Ser Asp Asp Tyr Asn Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 350 345 340 15
Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 365 360 355
Asp Leu Asn Glu lle Phe Glu GIn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly 380 375 370
Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Asn Lys Arg lle Gly Asp Glu Asp Glu 400 395 390 385
Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg lle Gln Asp 415 410 405
Phe Ala Pro Gln Asn GIn Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 5 430 425 420
Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr lle Ser Lys Thr Ala
445 440 435
Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys lle Gly lle Lys Phe Cys Ser 460 455 450 5
Ala His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu GIn Thr Asp Lys Thr Cys Asn 480 475 470 465
Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gin Phe Thr Ala Glu Ala Phe 495 490 485
Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 510 505 500
Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly lle 525 520 515 lle Arg Lys Glu lle Ser Asn lle Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala 5 540 535 530
Asn Asn Glu lle Asn Ser lle Ala Asp Leu Thr Arg Arg Leu GIn Asn 560 555 550 545 10
Thr Asn lle Leu GIn Gly His Leu Pro Lys Gln Met lle Ser lle Leu 575 570 565
Lys Gly Arg Gin Lys Asp Met Gly Lys Glu Ala Glu Arg Lys lle Gly 590 585 580
Glu Met lle Asp Asp Thr Gin Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gin 605 600 595
Thr Asn Gin Lys lle Arg lle Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 620 615 610
Ser Gly Lys lle Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe GIn 0 640 635 630 625
Pro Val GIn Lys Asp GIn Asn Asn lle Pro lle Asn Asn Ser Lys Ala 655 650 645 15
Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu GIn Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly 670 665 660
Ser Glu Asn Phe Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Asn GIn Met Asn Leu Val 685 680 675
Gly Asn Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gin Trp Glu His 700 695 690
Gln Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 720 715 710 705
Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gln Asn Trp Lys GIn Tyr GIn His 5 735 730 725
Phe Leu lle Leu Lys Val GIn Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr
750 745 740
Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Gin Pro 765 760 755 5 lle Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg lle Tyr Asp 780 775 770 ‏ماك‎ lle Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala lle Pro 800 795 790 785
Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gin Pro Phe Tyr Asp 815 810 805
Tyr Pro Phe Asn lle Gly Asn Arg Leu Lys Pro Lys Lys Arg Gin Phe 830 825 820
Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp GIn Lys Asn Lys Glu Leu 5 845 840 835
Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Lys Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 860 855 850 10
Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu lle Lys 880 875 870 865
Asn GIn Asp lle Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Asn Met 895 890 885
Ala Thr Val Glu Gly Leu Lys lle Gly Glu lle His Leu Arg Asp lle 910 905 900
Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn lle Leu Asn Arg lle 925 920 915
Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 10 940 935 930
Asn lle Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr lle Glu Glu Thr 960 955 950 945 15
Glu Thr Lys Val Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 975 970 965
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp Leu Asn 990 985 980
Leu Glu Glu His Pro lle Ser Lys Leu Ser Val Asp Leu Glu Leu lle 1005 1000 995
Lys Tyr GIn Thr Thr Arg lle Ser lle Phe Glu Met Thr Leu Gly 1020 1015 1010
Leu Glu Lys Lys Leu lle Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 15 1035 1030 1025
Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu GIn Cys Lys Ala Asn
1050 1045 1040
Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu lle Ala Val Arg 1065 1060 1055 5
Asn Ala Phe Ser His Asn Gin Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1080 1075 1070
Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1095 1090 1085
Lys Lys lle Glu Leu Asn lle Ala Pro Gin Leu Leu Glu lle Val 1110 1105 1100
Gly Lys Ala lle Lys Glu lle Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1125 1120 1115 351 <210> 5 1125 <211>
PRT <212>
Prevotella pallens HMPREF9144 1146 <213> 351 <400> 10
Met Lys Glu Glu Glu Lys Gly Lys Thr Pro Val Val Ser Thr Tyr Asn 10 5 1 15
Lys Asp Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His 25 20
Asn Val Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys lle Leu Gly Glu Gly 45 40 35
Glu lle Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Asn Thr Leu Glu Lys Ser Trp Asn 5 60 55 50
Glu lle Lys Asp lle Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu lle lle 80 75 70 65 10
Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Val Thr Thr Tyr Gln Arg Asn Ser Ala 95 90 85
Asp Thr Thr Lys Gln Lys Glu Glu Lys Gin Ala Glu Ala 60 Ser Leu 110 105 100
Glu Ser Leu Lys Lys Ser Phe Phe Val Phe lle Tyr Lys Leu Arg Asp 125 120 115
Leu Arg Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg 140 135 130
Pro Lys Phe Glu Glu Asp Leu GIn Glu Lys Met Tyr Asn lle Phe Asp 10 160 155 150 145
Ala Ser lle Gin Leu Val Lys Glu Asp Tyr Lys His Asn Thr Asp lle 175 170 165 15
Lys Thr Glu Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Gly 60 Phe Lys 190 185 180
Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu 205 200 195
Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Val Gin 220 215 210
Lys Lys Leu Glu Gly Phe Lys Cys Ser Asn Glu Ser Tyr Gln Lys Met 240 235 230 225
Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 5 255 250 245
Leu GIn Ser Thr Gin Thr Gln Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn
270 265 260
Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Arg Glu Glu 285 280 275 5
Asp Arg Lys Lys Phe Arg Val Pro lle Glu lle Ala Asp Glu Asp Tyr 300 295 290
Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys Asn Ala Leu Val Arg His 60 Asp 320 315 310 305
Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe 335 330 325
Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle 350 345 340
Tyr Lys Lys GIn lle Gly Asp Tyr Lys Glu Ser His His Leu Thr His 5 365 360 355
Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle 60 Glu Phe Thr Lys Gin Asn Arg 380 375 370 10
Pro Asp Glu Trp Arg Lys Phe Val Lys Thr Phe Asn Ser Phe Glu Thr 400 395 390 385
Ser Lys Glu Pro Tyr lle Pro Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu 415 410 405
Asn Gin Lys lle Gly lle Arg Phe Arg Asn Asp Asn Asp Lys lle Trp 430 425 420
Pro Ser Leu Lys Thr Asn Ser Glu Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys 445 440 435
Leu Asp Lys Ser Phe GIn Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu 0 460 455 450
Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu Asn Thr Asp 480 475 470 465 15
Asn Asp Asn Glu lle Glu Thr Lys Lys Lys Glu Asn Lys Asn Asp Lys 495 490 485
GIn Glu Lys His Lys lle Glu Glu lle lle Glu Asn Lys lle Thr Glu 510 505 500 lle Tyr Ala Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Lys lle Asn Ser lle 525 520 515
Asp Lys Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Gly Lys Asp lle Glu lle Gly His 540 535 530
Leu Pro Lys Gin Met lle Ala lle Leu Lys Ser Glu His Lys Asp Met 5 560 555 550 545
Ala Thr Glu Ala Lys Arg Lys GIn Glu Glu Met Leu Ala Asp Val Gin
575 570 565
Lys Ser Leu Glu Ser Leu Asp Asn GIn lle Asn Glu Glu lle Glu Asn 590 585 580 5
Val Glu Arg Lys Asn Ser Ser Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala Ser Trp 605 600 595
Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Gin Lys Asp Asn Glu 620 615 610
Gly Asn Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gin Met 640 635 630 625
Leu GIn Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg 655 650 645
Tyr Phe Arg GIn Val Asn Leu lle Glu Ser Ser Asn Pro His Pro Phe 5 670 665 660
Leu Asn Asn Thr Glu Trp Glu Lys Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe Tyr 685 680 675 10
Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys Pro 700 695 690
Glu Asp Trp Glu Lys Asn GIn Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro Lys 720 715 710 705
Thr Asn Cys Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu 735 730 725
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Pro lle Arg Lys Trp Phe Met Glu His 750 745 740
Arg Lys Asn lle Thr Val Ala Glu Leu Lys Arg Val Gly Leu Val Ala 10 765 760 755
Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Ser Glu Glu Tyr Lys Asp Ser Val GIn 780 775 770 15
Pro Phe Tyr Asn Tyr Leu Phe Asn Val Gly Asn lle Asn Lys Pro Asp 800 795 790 785
Glu Lys Asn Phe Leu Asn Cys Glu Glu Arg Arg Glu Leu Leu Arg Lys 815 810 805
Lys Lys Asp Glu Phe Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Asn 830 825 820
Pro Ser Tyr Leu Glu Phe Gin Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu 845 840 835
Arg Leu Val Arg Asn GIn Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Met Glu 5 860 855 850
Leu Phe Asn Lys Lys Lys lle Lys Glu Leu Asn Val Glu Lys lle Tyr
880 875 870 865
Leu Lys Asn lle Asn Thr Asn Thr Thr Lys Lys Glu Lys Asn Thr Glu 895 890 885 5
Glu Lys Asn Gly Glu Glu Lys lle lle Lys Glu Lys Asn Asn lle Leu 910 905 900
Asn Arg lle Met Pro Met Arg Leu Pro lle Lys Val Tyr Gly Arg Glu 925 920 915
Asn Phe Ser Lys Asn Lys Lys Lys Lys lle Arg Arg Asn Thr Phe Phe 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Lys Gly Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ala Leu Glu Arg Asp Arg Arg Leu Gly Gly Leu Phe Ser Phe 5 975 970 965
Val Lys Thr His Ser Lys Ala Glu Ser Lys Ser Asn Thr lle Ser Lys 990 985 980 10
Ser Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gin Lys Ala Arg lle Glu 1005 1000 995 lle lle Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Glu Thr Leu lle Asp Lys 1020 1015 1010
Tyr Asn Ser Leu Asp Thr Asp Asn Phe His Asn Met Leu Thr Gly 1035 1030 1025
Trp Leu Lys Leu Lys Asp Glu Pro Asp Lys Ala Ser Phe Gln Asn 1050 1045 1040
Asp Val Asp Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 0 1065 1060 1055
Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg lle Ala Phe Ala Asn lle Asn Pro 1080 1075 1070 15
Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn Thr Ser Glu Glu Lys Gly Leu Gly 1095 1090 1085 lle Ala Asn GIn Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Thr lle Glu Lys 1110 1105 1100 lle lle Glu lle Glu Lys Pro lle Glu Thr Lys Glu 1125 1120 1115 352 <210> 1157 <211>
PRT <212>
Myroides odoratimim HMPREF9714 02132 <213> 352 <400>
Met Lys Asp lle Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys GIn Asn Arg Phe 15 10 5 1
Tyr Ser His Lys lle Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 30 25 20
Leu Ala Ser Asn Asn lle Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 45 40 35
Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 60 55 50
Tyr lle lle His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser lle Ser Asp Phe Glu 5 80 75 70 65
Lys Arg Val Ala lle Phe Ala Ser Tyr Phe Pro lle Leu Glu Thr Val
95 90 85
Asp Lys Lys Ser lle Lys Glu Arg Asn Arg Thr lle Asp Leu Thr Leu 110 105 100 5
Ser Gln Arg lle Arg Gin Phe Arg Glu Met Leu lle Ser Leu Val Thr 125 120 115
Ala Val Asp GIn Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu 140 135 130 lle Val lle Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 160 155 150 145
Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 175 170 165
Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr lle Ala Ala Glu Leu Asp lle Leu lle 5 190 185 180
Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gin lle Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 205 200 195 10
Ala Asn Lys Arg Glu Asp lle Leu Asn Ala lle Tyr Asn Glu Ala Phe 220 215 210
Trp Ser Phe lle Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala 240 235 230 225
Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 255 250 245
Pro Asp Phe Ala Leu Asn lle Ser Glu Lys Gly lle Val Tyr Leu Leu 270 265 260
Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Asn Leu 0 285 280 275
Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser lle Lys 300 295 290 15
Tyr Met Ala Thr Gin Arg lle Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 320 315 310 305
Lys Gin Lys lle Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 335 330 325
Met Gin Met lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr GIn 350 345 340
His Leu Ser Thr Thr GIn GIn Asn Ser Phe lle Glu Asp Trp Asn Glu 365 360 355
Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 15 380 375 370
Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr
400 395 390 385
Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 415 410 405 5
Phe GIn Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys 0 430 425 420
Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg lle lle Lys Glu Lys Val Thr Val 445 440 435
Phe Ala Arg Leu Lys Asp lle Asn Ser Ala Lys Ala Asn Tyr Phe His 460 455 450
Ser Leu Glu Glu 60 Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 480 475 470 465
Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu Gln His 5 495 490 485
Gln Gly Glu GIn Lys Asn Ala Gly Lys lle Gly lle Tyr Val Lys Leu 510 505 500 10
Arg Asp Thr Gin Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys 525 520 515
Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp 540 535 530 lle lle Thr Gin lle lle Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 560 555 550 545
Pro Leu Val Phe Thr Gly GIn Pro lle Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 575 570 565 lle His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 10 590 585 580
Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu lle Asp GIn lle Gly Lys 605 600 595 15 ‏داك‎ lle Asn Glu lle Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys lle Leu Lys 620 615 610
Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys lle Thr 640 635 630 625
Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu lle Glu Lys Leu lle Leu Glu 655 650 645
Gln Lys GIn Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe 670 665 660
Asn lle Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 5 685 680 675
Lys Gly Lys lle Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met
700 695 690
Thr Glu Glu Phe Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr Glu Leu 720 715 710 705 5
Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Tyr Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Asp Leu 735 730 725 lle Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro lle Glu Leu lle 750 745 740
Ala Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 765 760 755
Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr Met Glu Asn Val lle Thr Arg Val Lys 780 775 770
Asn Ser lle Gly Thr Pro GIn Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe 5 800 795 790 785
Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp Lys 0 815 810 805 10
Val Glu Arg lle Leu Ser Met Pro Leu Phe lle Glu Arg Gly Phe Met 830 825 820
Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Gln GIn His Lys 845 840 835
Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 860 855 850
Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu lle Thr Thr Glu Asp Lys 880 875 870 865
Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys lle Lys 60 GIn Gin Lys Asn 0 895 890 885
Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 910 905 900 15
Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr Gin Thr 925 920 915
Lys Glu Glu Arg lle Val Asn Lys Gin Val Ala Lys Asp Thr Gin Glu 940 935 930
Arg Asn Lys Asn Tyr lle Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gin Leu Cys 960 955 950 945
Glu Gly Leu Val Arg lle Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp lle Gly Asn 975 970 965
Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 15 990 985 980
Gln Ser Asp lle Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser
1005 1000 995
Asn Lys Leu Tyr Val lle Glu Arg Gin Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 1020 1015 1010 5 lle Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val 60 Glu lle Glu Cys 1035 1030 1025
Ser Val Tyr Asn GIn Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys GIn Ser 1050 1045 1040
Gly Asn Glu Asn Phe Lys GIn Tyr Val Leu GIn Gly Leu Val Pro 1065 1060 1055 lle Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu lle Leu Ser Thr Asp Val 1080 1075 1070
Lys Phe lle Lys Glu Glu lle lle Gin Leu Gly Gin Ala Gly Glu 5 1095 1090 1085
Val Glu Gin Asp Leu Tyr Ser Leu lle Tyr lle Arg Asn Lys Phe 1110 1105 1100 10
Ala His Asn Gin Leu Pro lle Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu 1125 1120 1115
Asn Asn Tyr Arg Ser lle Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr 1140 1135 1130
Tyr Met Glu lle Phe Arg Ser lle Lys Glu Lys Tyr Thr Ser 1155 1150 1145 353 <210> 1157 <211>
PRT <212>
Myoides odoratimimus HMPREF9711 00870 <213> 353 <400>
Met Lys Asp lle Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys GIn Asn Arg Phe 10 5 1 15
Tyr Ser His Lys lle Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 25 20
Leu Ala Ser Asn Asn lle Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 45 40 35
Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 60 55 50
Tyr lle lle His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser lle Ser Asp Phe Glu 0 80 75 70 65
Lys Arg Val Ala lle Phe Ala Ser Tyr Phe Pro lle Leu Glu Thr Val 95 90 85 15
Asp Lys Lys Ser lle Lys Glu Arg Asn Arg Thr lle Asp Leu Thr Leu 110 105 100
Ser 0 Arg lle Arg Gin Phe Arg Glu Met Leu lle Ser Leu Val Thr 125 120 115
Ala Val Asp GIn Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu 140 135 130 lle Val lle Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 160 155 150 145
Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 15 175 170 165
Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr lle Ala Ala Glu Leu Asp lle Leu lle
190 185 180
Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gin lle Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 205 200 195 5
Ala Asn Lys Arg Glu Asp lle Leu Asn Ala lle Tyr Asn Glu Ala Phe 220 215 210
Trp Ser Phe lle Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala 240 235 230 225
Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 255 250 245
Pro Asp Phe Ala Leu Asn lle Ser Glu Lys Gly lle Val Tyr Leu Leu 270 265 260
Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Ash Leu 5 285 280 275
Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser lle Lys 300 295 290 10
Tyr Met Ala Thr Gin Arg lle Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 320 315 310 305
Lys Gin Lys lle Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 335 330 325
Met GIn Met lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr 60 350 345 340
His Leu Ser Thr Thr GIn GIn Asn Ser Phe lle Glu Asp Trp Asn Glu 365 360 355
Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 0 380 375 370
Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr 400 395 390 385 15
Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 415 410 405
Phe GIn Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys 0 430 425 420
Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg lle lle Lys Glu Lys Val Thr Val 445 440 435
Phe Ala Arg Leu Lys Asp lle Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr Phe His 460 455 450
Ser Leu Glu Glu GIn Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 5 480 475 470 465
Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu GIn His
495 490 485
Gln Gly Glu GIn Lys Asn Ala Gly Lys lle Gly lle Tyr Val Lys Leu 510 505 500 5
Arg Asp Thr Gin Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys 525 520 515
Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp 540 535 530 lle lle Thr Gin lle lle Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 560 555 550 545
Pro Leu Val Phe Thr Gly 60 Pro lle Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 575 570 565 lle His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 5 590 585 580
Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu lle Asp GIn lle Gly Lys 605 600 595 10 ‏داك‎ lle Asn Glu lle Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys lle Leu Lys 620 615 610
Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys lle Thr 640 635 630 625
Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu lle Glu Lys Leu lle Leu Glu 655 650 645
Gln Lys GIn Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe 670 665 660
Asn lle Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 10 685 680 675
Lys Gly Lys lle Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met 700 695 690 15
Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr Glu Leu 720 715 710 705
‏ماك‎ Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Glu Leu 735 730 725 lle Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro lle Glu Leu lle 750 745 740
Asp Leu Val Arg Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 765 760 755
Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr lle Glu Asn Val lle Thr Arg Val Lys 5 780 775 770
Asn Ser lle Gly Thr Pro Gin Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe
800 795 790 785
Ala Phe Leu Lys Glu Ser Asn Tyr Thr Val Ala Ser Leu Asp Lys 0 815 810 805 5 lle Glu Arg lle Leu Ser Met Pro Leu Phe lle Glu Arg Gly Phe Met 830 825 820
Asp Ser Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Gln GIn His Lys 845 840 835
Glu Asp Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 860 855 850
GIn Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu lle lle Thr Glu Asp Lys 880 875 870 865
Arg Glu GIn Ala Lys Val Thr Lys Lys lle Lys GIn GIn GIn Lys Asn 5 895 890 885
Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 910 905 900 10
Lys Leu Pro Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr 60 Thr 925 920 915
Lys Glu Glu Arg lle Val Asn Lys Gin Val Ala Lys Asp Thr Gin Glu 940 935 930
Arg Asn Lys Asn Tyr lle Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gin Leu Cys 960 955 950 945
Glu Gly Leu Val Arg lle Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp lle Gly Asn 975 970 965
Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 0 990 985 980
Gln Ser Asp lle Val Trp Ser Gly Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser 1005 1000 995 15
Asn Lys Leu Tyr Val lle Glu Arg Gin Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 1020 1015 1010 lle Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val GIn Glu lle Glu Cys 1035 1030 1025 lle Val Tyr Asn GIn Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys GIn Ser 1050 1045 1040
Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gin Tyr Val Leu GIn Gly Leu Leu Pro 1065 1060 1055
Arg Gly Thr Asp Val Arg Glu Met Leu lle Leu Ser Thr Asp Val 15 1080 1075 1070
Lys Phe Lys Lys Glu Glu lle Met Gin Leu Gly Gin Val Arg Glu
1095 1090 1085
Val Glu Gin Asp Leu Tyr Ser Leu lle Tyr lle Arg Asn Lys Phe 1110 1105 1100 5
Ala His Asn Gin Leu Pro lle Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu 1125 1120 1115
Asn Asn Tyr Arg Pro lle Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr 1140 1135 1130
Tyr Met Glu lle Phe Arg Ser lle Lys Glu Lys Tyr Ala Ser 1155 1150 1145
354 <210> 1224 <211>
PRT <212>
Bergeyella zoohelcum ATCC 43767 <213> 354 <400>
Met Glu Asn Lys Thr Ser Leu Gly Asn Asn lle Tyr Tyr Asn Pro Phe 15 10 5 1
Lys Pro GIn Asp Lys Ser Tyr Phe Ala Gly Tyr Phe Asn Ala Ala Met 30 25 20
Glu Asn Thr Asp Ser Val Phe Arg Glu Leu Gly Lys Arg Leu Lys Gly 40 35
Lys Glu Tyr Thr Ser Glu Asn Phe Phe Asp Ala lle Phe Lys Glu Asn 60 55 50 lle Ser Leu Val Glu Tyr Glu Arg Tyr Val Lys Leu Leu Ser Asp Tyr 5 80 75 70 65
Phe Pro Met Ala Arg Leu Leu Asp Lys Lys Glu Val Pro lle Lys Glu 95 90 85 10
Arg Lys Glu Asn Phe Lys Lys Asn Phe Lys Gly lle lle Lys Ala Val 110 105 100
Arg Asp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Glu His Gly Glu Val Glu 125 120 115 lle Thr Asp Glu lle Phe Gly Val Leu Asp Glu Met Leu Lys Ser Thr 140 135 130
Val Leu Thr Val Lys Lys Lys Lys Val Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu 160 155 150 145 lle Leu Lys Lys Ser lle Glu Lys Gin Leu Asp lle Leu Cys 60 Lys 0 175 170 165
Lys Leu Glu Tyr Leu Arg Asp Thr Ala Arg Lys lle Glu Glu Lys Arg 190 185 180 15
Arg Asn GIn Arg Glu Arg Gly Glu Lys Glu Leu Val Ala Pro Phe Lys 205 200 195
Tyr Ser Asp Lys Arg Asp Asp Leu lle Ala Ala lle Tyr Asn Asp Ala 220 215 210
Phe Asp Val Tyr lle Asp Lys Lys Lys Asp Ser Leu Lys Glu Ser Ser 240 235 230 225
Lys Ala Lys Tyr Asn Thr Lys Ser Asp Pro Gin Gin Glu Glu Gly Asp 255 250 245
Leu Lys lle Pro lle Ser Lys Asn Gly Val Val Phe Leu Leu Ser Leu 15 270 265 260
Phe Leu Thr Lys GIn Glu lle His Ala Phe Lys Ser Lys lle Ala Gly
285 280 275
Phe Lys Ala Thr Val lle Asp Glu Ala Thr Val Ser Glu Ala Thr Val 300 295 290 5
Ser His Gly Lys Asn Ser lle Cys Phe Met Ala Thr His Glu lle Phe 320 315 310 305
Ser His Leu Ala Tyr Lys Lys Leu Lys Arg Lys Val Arg Thr Ala Glu 335 330 325 lle Asn Tyr Gly Glu Ala Glu Asn Ala Glu GIn Leu Ser Val Tyr Ala 350 345 340
Lys Glu Thr Leu Met Met GIn Met Leu Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 365 360 355
Asp Val Val Tyr GIn Asn Leu Ser Glu Asp Val Gin Lys Thr Phe lle 5 380 375 370
Glu Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr 400 395 390 385 10
Met Glu Glu Glu GIn Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu 415 410 405
Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gin 430 425 420
Phe Pro Thr Leu Arg Phe Gin Val His Leu Gly Asn Tyr Leu His Asp 445 440 435
Ser Arg Pro Lys Glu Asn Leu lle Ser Asp Arg Arg lle Lys Glu Lys 460 455 450 lle Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu His Lys Lys Ala Leu 10 480 475 470 465
Phe lle Lys Asn Thr Glu Thr Asn Glu Asp Arg Glu His Tyr Trp Glu 495 490 485 15 lle Phe Pro Asn Pro Asn Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn lle Ser Val 510 505 500
Asn Asp Lys Asp Phe Pro lle Ala Gly Ser lle Leu Asp Arg Glu Lys 525 520 515
Gln Pro Val Ala Gly Lys lle Gly lle Lys Val Lys Leu Leu Asn Gin 540 535 530
Gln Tyr Val Ser Glu Val Asp Lys Ala Val Lys Ala His Gin Leu Lys 560 555 550 545
GIn Arg Lys Ala Ser Lys Pro Ser lle GIn Asn lle lle Glu Glu lle 5 575 570 565
Val Pro lle Asn Glu Ser Asn Pro Lys Glu Ala lle Val Phe Gly Gly
590 585 580
Gln Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp lle His Ser lle Leu Tyr 605 600 595 5
Glu Phe Phe Asp Lys Trp Glu Lys Lys Lys Glu Lys Leu Glu Lys Lys 620 615 610
Gly Glu Lys Glu Leu Arg Lys Glu lle Gly Lys Glu Leu Glu Lys Lys 640 635 630 625 lle Val Gly Lys lle Gln Ala GIn lle Gln Gin lle lle Asp Lys Asp 655 650 645
Thr Asn Ala Lys lle Leu Lys Pro Tyr Gln Asp Gly Asn Ser Thr Ala 670 665 660 lle Asp Lys Glu Lys Leu lle Lys Asp Leu Lys GIn Glu GIn Asn lle 5 685 680 675
Leu GIn Lys Leu Lys Asp Glu GIn Thr Val Arg Glu Lys Glu Tyr Asn 700 695 690 10
Asp Phe lle Ala Tyr Gln Asp Lys Asn Arg Glu lle Asn Lys Val Arg 720 715 710 705
Asp Arg Asn His Lys GIn Tyr Leu Lys Asp Asn Leu Lys Arg Lys Tyr 735 730 725
Pro Glu Ala Pro Ala Arg Lys Glu Val Leu Tyr Tyr Arg Glu Lys Gly 750 745 740
Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Thr 765 760 755
Asp Phe Lys Asn Glu Trp Lys Gly Glu GIn His Ser Leu Leu GIn Lys 0 780 775 770
Ser Leu Ala Tyr Tyr Glu GIn Cys Lys Glu Glu Leu Lys Asn Leu Leu 800 795 790 785 15
Pro Glu Lys Val Phe Gin His Leu Pro Phe Lys Leu Gly Gly Tyr Phe 815 810 805
GIn 0 Lys Tyr Leu Tyr Gln Phe Tyr Thr Cys Tyr Leu Asp Lys Arg 830 825 820
Leu Glu Tyr lle Ser Gly Leu Val Gln ‏صا‎ Ala Glu Asn Phe Lys Ser 845 840 835
Glu Asn Lys Val Phe Lys Lys Val Glu Asn Glu Cys Phe Lys Phe Leu 860 855 850
Lys Lys GIn Asn Tyr Thr His Lys Glu Leu Asp Ala Arg Val Gin Ser 5 880 875 870 865 lle Leu Gly Tyr Pro lle Phe Leu Glu Arg Gly Phe Met Asp Glu Lys
895 890 885
Pro Thr lle lle Lys Gly Lys Thr Phe Lys Gly Asn Glu Ala Leu Phe 910 905 900 5
Ala Asp Trp Phe Arg Tyr Tyr Lys Glu Tyr GIn Asn Phe GIn Thr Phe 925 920 915
Tyr Asp Thr Glu Asn Tyr Pro Leu Val Glu Leu Glu Lys Lys GIn Ala 940 935 930
Asp Arg Lys Arg Lys Thr Lys lle Tyr Gin GIn Lys Lys Asn Asp Val 960 955 950 945
Phe Thr Leu Leu Met Ala Lys His lle Phe Lys Ser Val Phe Lys Gin 975 970 965
Asp Ser lle Asp Gin Phe Ser Leu Glu Asp Leu Tyr Gin Ser Arg Glu 5 990 985 980
Glu Arg Leu Gly Asn GIn Glu Arg Ala Arg Gin Thr Gly Glu Arg Asn 1005 1000 995 10
Thr Asn Tyr lle Trp Asn Lys Thr Val Asp Leu Lys Leu Cys Asp 1020 1015 1010
Gly Lys lle Thr Val Glu Asn Val Lys Leu Lys Asn Val Gly Asp 1035 1030 1025
Phe lle Lys Tyr Glu Tyr Asp ‏ماي‎ Arg Val Gin Ala Phe Leu Lys 1050 1045 1040
Tyr Glu Glu Asn lle Glu Trp GIn Ala Phe Leu lle Lys Glu Ser 1065 1060 1055
Lys Glu Glu Glu Asn Tyr Pro Tyr Val Val Glu Arg Glu lle Glu 0 1080 1075 1070
Gln Tyr Glu Lys Val Arg Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Val His 1095 1090 1085 15
Leu lle Glu Glu Tyr lle Leu Glu Lys Val Lys Asp Lys Glu lle 1110 1105 1100
Leu Lys Lys Gly Asp Asn GIn Asn Phe Lys Tyr Tyr lle Leu Asn 1125 1120 1115
Gly Leu Leu Lys GIn Leu Lys Asn Glu Asp Val Glu Ser Tyr Lys 1140 1135 1130
Val Phe Asn Leu Asn Thr Glu Pro Glu Asp Val Asn lle Asn 07 1155 1150 1145
Leu Lys GIn Glu Ala Thr Asp Leu Glu GIn Lys Ala Phe Val Leu 15 1170 1165 1160
Thr Tyr lle Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gin Leu Pro Lys Lys
1185 1180 1175
Glu Phe Trp Asp Tyr Cys 60 Glu Lys Tyr Gly Lys lle Glu Lys 1200 1195 1190 5
Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu Val Phe Lys Lys Glu 1215 1210 1205
Lys Glu Ala Leu lle Lys 1220 355 <210> 1150 <211>
PRT <212>
Prevotella saccharolytica HMPREF9151 01387 <213>
355 <400>
Met Met Glu Lys Glu Asn Val GIn Gly Ser His lle Tyr Tyr Glu Pro 15 10 5 1 5
Thr Asp Lys Cys Phe Trp Ala Ala Phe Tyr Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr Leu Thr lle Ala His lle Asn Ser Phe Val Asn Ser Lys Lys 45 40 35
Gly lle Asn Asn Asp Asp Lys Val Leu Asp lle lle Asp Asp Trp Ser 60 55 50
Lys Phe Asp Asn Asp Leu Leu Met Gly Ala Arg Leu Asn Lys Leu lle 80 75 70 65
Leu Lys His Phe Pro Phe Leu Lys Ala Pro Leu Tyr GIn Leu Ala Lys 5 95 90 85
Arg Lys Thr Arg Lys Gin GIn Gly Lys Glu GIn Gln Asp Tyr Glu Lys 110 105 100 10
Lys Gly Asp Glu Asp Pro Glu Val lle Gin Glu Ala lle Ala Asn Ala 125 120 115
Phe Lys Met Ala Asn Val Arg Lys Thr Leu His Ala Phe Leu Lys GIn 140 135 130
Leu Glu Asp Leu Arg Asn His Phe Ser His Tyr Asn Tyr Asn Ser Pro 160 155 150 145
Ala Lys Lys Met Glu Val Lys Phe Asp Asp Gly Phe Cys Asn Lys Leu 175 170 165
Tyr Tyr Val Phe Asp Ala Ala Leu Gln Met Val Lys Asp Asp Asn Arg 0 190 185 180
Met Asn Pro Glu lle Asn Met GIn Thr Asp Phe Glu His Leu Val Arg 205 200 195 15
Leu Gly Arg Asn Arg Lys lle Pro Asn Thr Phe Lys Tyr Asn Phe Thr 220 215 210
Asn Ser Asp Gly Thr lle Asn Asn Asn Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser 240 235 230 225
Leu Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met Gin Lys Lys lle Lys 255 250 245
Gly Phe Lys Gly Gly Thr Glu Asn Tyr Met Arg Met Thr Asn Glu Val 270 265 260
Phe Cys Arg Asn Arg Met Val lle Pro Lys Leu Arg Leu Glu Thr Asp 5 285 280 275
Tyr Asp Asn His GIn Leu Met Phe Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg
300 295 290
Cys Pro Leu Ser Leu Tyr Lys Arg Leu Lys GIn Glu Asp Gin Asp Lys 320 315 310 305 5
Phe Arg Val Pro lle Glu Phe Leu Asp Glu Asp Asn Glu Ala Asp Asn 335 330 325
Pro Tyr Gln Glu Asn Ala Asn Ser Asp Glu Asn Pro Thr Glu Glu Thr 350 345 340
Asp Pro Leu Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin His Arg Phe Pro Tyr 365 360 355
Phe Val Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Asn Glu Val Phe Lys GIn Leu Arg 380 375 370
Phe Gin lle Asn Leu Gly Cys Tyr His Phe Ser lle Tyr Asp Lys Thr 5 400 395 390 385 lle Gly Glu Arg Thr Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Phe Gly 415 410 405 10
Phe Asp Arg Leu Gin Asn Phe Ser Val Lys Leu GIn Pro Glu His Trp 430 425 420
Lys Asn Met Val Lys His Leu Asp Thr Glu Glu Ser Ser Asp Lys Pro 445 440 435
Tyr Leu Ser Asp Ala Met Pro His Tyr GIn lle Glu Asn Glu Lys lle 460 455 450
Gly lle His Phe Leu Lys Thr Asp Thr Glu Lys Lys Glu Thr Val Trp 480 475 470 465
Pro Ser Leu Glu Val Glu Glu Val Ser Ser Asn Arg Asn Lys Tyr Lys 0 495 490 485
Ser Glu Lys Asn Leu Thr Ala Asp Ala Phe Leu Ser Thr His Glu Leu 510 505 500 15
Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr 60 Leu Leu Ser Ser Glu Glu Lys Thr 525 520 515
Arg Ala Ala Ala Gly Asp Lys Val 60 Gly Val Leu GIn Ser Tyr Arg 540 535 530
Lys Lys lle Phe Asp lle Tyr Asp Asp Phe Ala Asn Gly Thr lle Asn 560 555 550 545
Ser Met Gin Lys Leu Asp Glu Arg Leu Ala Lys Asp Asn Leu Leu Arg 575 570 565
Gly Asn Met Pro Gin ‏ماي‎ Met Leu Ala lle Leu Glu His Gin Glu Pro 5 590 585 580
Asp Met Glu Gin Lys Ala Lys Glu Lys Leu Asp Arg Leu lle Thr Glu
605 600 595
Thr Lys Lys Arg lle Gly Lys Leu Glu Asp Gin Phe Lys Gin Lys Val 620 615 610 5
Arg lle Gly Lys Arg Arg Ala Asp Leu Pro Lys Val Gly Ser lle Ala 640 635 630 625
Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Ala Lys Arg Asn 655 650 645
Ala Asp Asn Thr Gly Val Pro Asp Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr 670 665 660
Arg Leu Leu GIn Glu Ala Leu Ala Phe Tyr Ser Ala Tyr Lys Asp Arg 685 680 675
Leu Glu Pro Tyr Phe Arg GIn Val Asn Leu lle Gly Gly Thr Asn Pro 5 700 695 690
His Pro Phe Leu His Arg Val Asp Trp Lys Lys Cys Asn His Leu Leu 720 715 710 705 10
Ser Phe Tyr His Asp Tyr Leu Glu Ala Lys Glu GIn Tyr Leu Ser His 735 730 725
Leu Ser Pro Ala Asp Trp GIn Lys His Gln His Phe Leu Leu Leu Lys 750 745 740
Val Arg Lys Asp lle Gin Asn Glu Lys Lys Asp Trp Lys Lys Ser Leu 765 760 755
Val Ala Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr 780 775 770
Glu Ser lle Lys Thr Trp Phe Ser Thr Asp Ala Asp Lys Val Gin ‏اا‎ 0 800 795 790 785
Thr Asp Thr Lys Leu Phe Glu Asn Arg Val Gly Leu lle Ala Lys Leu 815 810 805 15 lle Pro Leu Tyr Tyr Asp Lys Val Tyr Asn Asp Lys Pro Gin Pro Phe 830 825 820
Tyr Gln Tyr Pro Phe Asn lle Asn Asp Arg Tyr Lys Pro Glu Asp Thr 845 840 835
Arg Lys Arg Phe Thr Ala Ala Ser Ser Lys Leu Trp Asn Glu Lys Lys 860 855 850
Met Leu Tyr Lys Asn Ala GIn Pro Asp Ser Ser Asp Lys lle Glu Tyr 880 875 870 865
Pro GIn Tyr Leu Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Leu Glu Arg Glu Leu 5 895 890 885
Arg Met Leu Arg Asn Gin Asp Met Met Val Trp Leu Met Cys Lys Asp
910 905 900
Leu Phe Ala 60 Cys Thr Val Glu Gly Val Glu Phe Ala Asp Leu Lys 925 920 915 5
Leu Ser GIn Leu Glu Val Asp Val Asn Val GIn Asp Asn Leu Asn Val 940 935 930
Leu Asn Asn Val Ser Ser Met lle Leu Pro Leu Ser Val Tyr Pro Ser 960 955 950 945
Asp Ala 60 Gly Asn Val Leu Arg Asn Ser Lys Pro Leu His Thr Val 975 970 965
Tyr Val Gln Glu Asn Asn Thr Lys Leu Leu Lys 60 Gly Asn Phe Lys 990 985 980
Ser Leu Leu Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe lle Ala 5 1005 1000 995
Ala Glu Gly Glu Asp Leu GIn ‏ماي‎ His Pro Leu Thr Lys Asn Arg 1020 1015 1010 10
Leu Glu Tyr Glu Leu Ser lle Tyr Gln Thr Met Arg lle Ser Val 1035 1030 1025
Phe Glu Gin Thr Leu GIn Leu Glu Lys Ala lle Leu Thr Arg Asn 1050 1045 1040
Lys Thr Leu Cys Gly Asn Asn Phe Asn Asn Leu Leu Asn Ser Trp 1065 1060 1055
Ser Glu His Arg Thr Asp Lys Lys Thr Leu Gin Pro Asp lle Asp 1080 1075 1070
Phe Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr Pro 10 1095 1090 1085
Met Ser Thr Asn Thr Val Met GIn Gly lle Glu Lys Phe Asn lle 1110 1105 1100 15
GIn Thr Pro Lys Leu Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly lle Ala Ser 1125 1120 1115
‏ما‎ Leu Ala Lys Lys Thr Lys Asp Ala Ala Ser Arg Leu GIn Asn 1140 1135 1130 lle lle Asn Gly Gly Thr Asn 1150 1145 356 <210> 1175 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213> 356 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly Gin Trp 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 5 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys
95 90 85
Leu Phe Glu Ser 60 Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 110 105 100 5
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val Gin Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 5 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195 10
Arg Cys Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 0 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290 15
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 5 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu
400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405 5
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly 60 Leu Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 5 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 510 505 500 10
Ser Ala Glu Arg Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu lle Asp Thr Leu Asp 540 535 530
Arg Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Ala lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 0 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595 15
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe ‏ماى‎ Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 5 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr
700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gin Ser lle Gly Arg 720 715 710 705 5
Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val 60 Pro 5 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805 10
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 845 840 835
Arg lle Glu Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Asn Ala Ser Arg Glu Asn 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu Gin Leu Leu GIn Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys lle Asn lle Ala Lys 10 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe 910 905 900 15
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr 960 955 950 945
Asp Val His Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 15 990 985 980
His Lys Glu GIn Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp
1005 1000 995
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010 5
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu GIn Thr 1065 1060 1055
Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1080 1075 1070
Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 5 1095 1090 1085
Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Asn Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100 10
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115
Glu Thr Leu Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Met Val Glu Arg lle lle 1170 1165 1160
Gln Ala 10 1175 357 <210> 1115 <211> 15
PRT <212>
Bacteroides pyrogenes 0041 <213> 357 <400>
Met Glu Ser lle Lys Asn Ser 0 Lys Ser Thr Gly Lys Thr Leu 0 15 10 5 1
Lys Asp Pro Pro Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Met Ala Leu Leu Asn 25 20
Val Arg Lys Val Glu Asn His lle Arg Lys Trp Leu Gly Asp Val Ala 0 40 35
Leu Leu Pro Glu Lys Ser Gly Phe His Ser Leu Leu Thr Thr Asp Asn 60 55 50 15
Leu Ser Ser Ala Lys Trp Thr Arg Phe Tyr Tyr Lys Ser Arg Lys Phe 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu Glu Met Phe Asp Ser Asp Lys Lys Ser Tyr Glu Asn 95 90 85
Arg Arg Glu Thr Thr Glu Cys Leu Asp Thr lle Asp Arg Gin Lys lle 110 105 100
Ser Ser Leu Leu Lys Glu Val Tyr Gly Lys Leu GIn Asp lle Arg Asn 125 120 115
Ala Phe Ser His Tyr His lle Asp Asp GIn Ser Val Lys His Thr Ala 5 140 135 130
Leu lle lle Ser Ser Glu Met His Arg Phe lle Glu Asn Ala Tyr Ser
160 155 150 145
Phe Ala Leu GIn Lys Thr Arg Ala Arg Phe Thr Gly Val Phe Val Glu 175 170 165 5
Thr Asp Phe Leu Gin Ala Glu Glu Lys Gly Asp Asn Lys Lys Phe Phe 190 185 180
Ala lle Gly Gly Asn Glu Gly lle Lys Leu Lys Asp Asn Ala Leu lle 205 200 195
Phe Leu lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg Glu Glu Ala Phe Lys Phe Leu 220 215 210
Ser Arg Ala Thr Gly Phe Lys Ser Thr Lys Glu Lys Gly Phe Leu Ala 240 235 230 225
Val Arg Glu Thr Phe Cys Ala Leu Cys Cys Arg GIn Pro His Glu Arg 5 255 250 245
Leu Leu Ser Val Asn Pro Arg Glu Ala Leu Leu Met Asp Met Leu Asn 270 265 260 10
Glu Leu Asn Arg Cys Pro Asp lle Leu Phe Glu Met Leu Asp Glu Lys 285 280 275
Asp Gin Lys Ser Phe Leu Pro Leu Leu Gly Glu Glu Glu Gin Ala His 300 295 290 lle Leu Glu Asn Ser Leu Asn Asp Glu Leu Cys Glu Ala lle Asp Asp 320 315 310 305
Pro Phe Glu Met lle Ala Ser Leu Ser Lys Arg Val Arg Tyr Lys Asn 335 330 325
Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Tyr lle Glu Glu Lys Asn Leu Leu 10 350 345 340
Pro Phe lle Arg Phe Arg lle Asp Leu Gly Cys Leu Glu Leu Ala Ser 365 360 355 15
Tyr Pro Lys Lys Met Gly Glu Glu Asn Asn Tyr Glu Arg Ser Val Thr 380 375 370
Asp His Ala Met Ala Phe Gly Arg Leu Thr Asp Phe His Asn Glu Asp 400 395 390 385
Ala Val Leu GIn Gin lle Thr Lys Gly lle Thr Asp Glu Val Arg Phe 415 410 405
Ser Leu Tyr Ala Pro Arg Tyr Ala lle Tyr Asn Asn Lys lle Gly Phe 430 425 420
Val Arg Thr Gly Gly Ser Asp Lys lle Ser Phe Pro Thr Leu Lys Lys 5 445 440 435
Lys Gly Gly Glu Gly His Cys Val Ala Tyr Thr Leu Gln Asn Thr Lys
460 455 450
Ser Phe Gly Phe lle Ser lle Tyr Asp Leu Arg Lys lle Leu Leu Leu 480 475 470 465 5
Ser Phe Leu Asp Lys Asp Lys Ala Lys Asn lle Val Ser Gly Leu Leu 495 490 485
Glu GIn Cys Glu Lys His Trp Lys Asp Leu Ser Glu Asn Leu Phe Asp 510 505 500
Ala lle Arg Thr Glu Leu Gin Lys Glu Phe Pro Val Pro Leu lle Arg 525 520 515
Tyr Thr Leu Pro Arg Ser Lys Gly Gly Lys Leu Val Ser Ser Lys Leu 540 535 530
Ala Asp Lys GIn Glu Lys Tyr Glu Ser Glu Phe Glu Arg Arg Lys Glu 5 560 555 550 545
Lys Leu Thr Glu lle Leu Ser Glu Lys Asp Phe Asp Leu Ser Gin lle 575 570 565 10
Pro Arg Arg Met lle Asp Glu Trp Leu Asn Val Leu Pro Thr Ser Arg 590 585 580
Glu Lys Lys Leu Lys Gly Tyr Val Glu Thr Leu Lys Leu Asp Cys Arg 605 600 595
Glu Arg Leu Arg Val Phe Glu Lys Arg Glu Lys Gly Glu His Pro Val 620 615 610
Pro Pro Arg lle Gly Glu Met Ala Thr Asp Leu Ala Lys Asp lle lle 640 635 630 625
Arg Met Val lle Asp ‏صاى‎ Gly Val Lys ‏ماي‎ Arg lle Thr Ser Ala Tyr 0 655 650 645
Tyr Ser Glu lle Gin Arg Cys Leu Ala GIn Tyr Ala Gly Asp Asp Asn 670 665 660 15
Arg Arg His Leu Asp Ser lle lle Arg Glu Leu Arg Leu Lys Asp Thr 685 680 675
Lys Asn Gly His Pro Phe Leu Gly Lys Val Leu Arg Pro Gly Leu Gly 700 695 690
His Thr Glu Lys Leu Tyr 60 Arg Tyr Phe Glu Glu Lys Lys Glu Trp 720 715 710 705
Leu Glu Ala Thr Phe Tyr Pro Ala Ala Ser Pro Lys Arg Val Pro Arg 735 730 725
Phe Val Asn Pro Pro Thr Gly Lys GIn Lys Glu Leu Pro Leu lle lle 5 750 745 740
Arg Asn Leu Met Lys Glu Arg Pro Glu Trp Arg Asp Trp Lys GIn Arg
765 760 755
Lys Asn Ser His Pro lle Asp Leu Pro Ser 0 Leu Phe Glu Asn Glu 780 775 770 5 lle Cys Arg Leu Leu Lys Asp Lys lle Gly Lys Glu Pro Ser Gly Lys 800 795 790 785
Leu Lys Trp Asn Glu Met Phe Lys Leu Tyr Trp Asp Lys Glu Phe Pro 815 810 805
Asn Gly Met Gin Arg Phe Tyr Arg Cys Lys Arg Arg Val Glu Val Phe 830 825 820
Asp Lys Val Val Glu Tyr Glu Tyr Ser Glu Glu Gly Gly Asn Tyr Lys 845 840 835
Lys Tyr Tyr Glu Ala Leu lle Asp Glu Val Val Arg GIn Lys lle Ser 5 860 855 850
Ser Ser Lys Glu Lys Ser Lys Leu GIn Val Glu Asp Leu Thr Leu Ser 880 875 870 865 10
Val Arg Arg Val Phe Lys Arg Ala lle Asn Glu Lys Glu Tyr Gin Leu 895 890 885
Arg Leu Leu Cys Glu Asp Asp Arg Leu Leu Phe Met Ala Val Arg Asp 910 905 900
Leu Tyr Asp Trp Lys Glu Ala Gin Leu Asp Leu Asp Lys lle Asp Asn 925 920 915
Met Leu Gly Glu Pro Val Ser Val Ser Gin Val lle Gin Leu Glu Gly 940 935 930
Gly GIn Pro Asp Ala Val lle Lys Ala Glu Cys Lys Leu Lys Asp Val 0 960 955 950 945
Ser Lys Leu Met Arg Tyr Cys Tyr Asp Gly Arg Val Lys Gly Leu Met 975 970 965 15
Pro Tyr Phe Ala Asn His Glu Ala Thr Gln Glu GIn Val Glu Met Glu 990 985 980
Leu Arg His Tyr Glu Asp His Arg Arg Arg Val Phe Asn Trp Val Phe 1005 1000 995
Ala Leu Glu Lys Ser Val Leu Lys Asn Glu Lys Leu Arg Arg Phe 1020 1015 1010
Tyr Glu Glu Ser 0 Gly Gly Cys Glu His Arg Arg Cys lle Asp 1035 1030 1025
Ala Leu Arg Lys Ala Ser Leu Val Ser Glu Glu Glu Tyr Glu Phe 5 1050 1045 1040
Leu Val His lle Arg Asn Lys Ser Ala His Asn Gin Phe Pro Asp
1065 1060 1055
Leu Glu lle Gly Lys Leu Pro Pro Asn Val Thr Ser Gly Phe Cys 1080 1075 1070 5
Glu Cys lle Trp Ser Lys Tyr Lys Ala lle lle Cys Arg lle lle 1095 1090 1085
Pro Phe lle Asp Pro Glu Arg Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Glu 1110 1105 1100
Gln Lys 1115
358 <210> 1135 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis FO568 <213> 358 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 15 10 5 1
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 30 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 5 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 95 90 85 10
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
GIn Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 0 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180 15
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 5 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu
285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290 5
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 5 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385 10
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met GIn Ser Asp Phe Leu Arg Lys 10 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 495 490 485 15
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gin Asn Pro 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser GIn Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asp Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 5 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu 60 Lys Phe
590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595 5
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala GIn Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gin Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 5 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690 10
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 10 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785 15
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gin Glu Asp Asp Arg 15 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp
895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 910 905 900 5
Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 5 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995 10
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 10 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085 15
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 359 <210> 1135 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213> 359 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 15 10 5 1
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 30 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 45 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 5 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp
95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100 5
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
GIn Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 5 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195 10
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu 0 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290 15
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 15 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu
400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405 5
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gin Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gin Ser Gly Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu 60 Phe Ser 5 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gin Asn Pro 510 505 500 10
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser GIn Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asn Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 0 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595 15
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala Gin Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gin Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 15 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr
700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705 5
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met GIn Pro Phe Tyr 5 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805 10
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gin Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 0 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 910 905 900 15
Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 15 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg
1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010 5
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn Gin Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 5 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100 10
Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130
360 <210> 1135 >211<
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis W4087 <213> 5 360 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 10 5 1 10
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 25 20 15
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 0 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100 15
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 15 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg
205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210 5
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala 60 Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 5 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305 10
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 0 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405 15
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met 60 Ser Asp Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 15 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gln Asn Pro
510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515 5
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asp Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Gin Lys Phe 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 5 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610 10
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala GIn Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gin Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 0 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705 15
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Val Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met GIn Pro Phe Tyr 5 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle
815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820 5
Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Tyr lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys lle Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Lys Glu Asn 5 910 905 900
GIn Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915 10
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 0 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010 15
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn Gin Phe Pro Cys Ala Ala Glu lle Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 15 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle
1110 1105 1100
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115 5
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 361 <210> 1125 <211>
PRT <212>
Prevotella intermedia ZT <213> 15 361 <400>
Met Lys Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Glu Ser Thr Asn Met Leu
15 10 5 1
Asp Asn Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20 5
Val Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn 45 40 35
Lys Lys Asp Gin Asp lle lle lle Asp Asn Asp Gin Asp lle Leu Ala 60 55 50 lle Lys Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu 80 75 70 65
Arg Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala 95 90 85 lle Tyr Thr Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys GIn Glu Lys 5 110 105 100
Gln Ala Glu Ala GIn Ser Leu Glu Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu 125 120 115 10
Phe Leu Glu Lys Leu Gin Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys 140 135 130
Tyr Ser Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Glu Gly Leu Leu Glu 160 155 150 145
Lys Met Tyr Asn lle Phe Asp Asp Asn lle Gin Leu Val lle Lys Asp 175 170 165
Tyr Gln His Asn Lys Asp lle Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu 190 185 180
Asp Arg Lys Gly GIn Phe Lys Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn 0 205 200 195 lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys 220 215 210 15
Lys Asp Ala lle Trp Met Gin GIn Lys Leu Thr Gly Phe Lys Asp Asn 240 235 230 225
Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Arg Arg 255 250 245
Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gin Thr Gln Asp Trp 270 265 260 lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu 285 280 275
Tyr Glu Arg Leu 60 Gly Glu Tyr Arg Lys Lys Phe Asn Val Pro Phe 5 300 295 290
Asp Ser Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu 60 Glu Pro Phe Lys Asn
320 315 310 305
Thr Leu Val Arg His GIn Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr 335 330 325 5
Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu 350 345 340
Gly Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Lys Lys Leu lle Gly Gly GIn Lys 365 360 355
Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle 0 380 375 370
Glu Phe Ala Lys GIn Asn Arg Pro Asp Glu Trp Lys Ala Leu Val Lys 400 395 390 385
Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Asn Glu Arg Tyr lle Ser Glu Thr 5 415 410 405
Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn GIn Lys lle Gly lle Arg Phe Arg 430 425 420 10
Asn Gly Asn Lys Glu lle Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu Asn 445 440 435
Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Pro Tyr Gln Ala Glu Ala 460 455 450
Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu 480 475 470 465
Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser lle Val 495 490 485
Glu Gly Phe lle Lys Arg Glu lle Arg Asp Met Tyr Lys Leu Tyr Asp 10 510 505 500
Ala Phe Ala Asn Gly Glu lle Asn Asn lle Gly Asp Leu Glu Lys Tyr 525 520 515 15
Cys Glu Asp Lys Gly lle Pro Lys Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val 540 535 530
Ala lle Leu Tyr Asp Glu Pro Lys Asp Met Val Lys Glu Ala Lys Arg 560 555 550 545
Lys GIn Lys Glu Met Val Lys Asp Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu 575 570 565
Glu Lys GIn Thr Gin Glu Glu lle Glu Asp Gly Gly Arg Asn lle Arg 590 585 580
Leu Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met 5 605 600 595
Arg Phe Gin Pro Val Gin Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu Asn Asn
620 615 610
Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gin Met Leu GIn Arg Ser Leu Ala 640 635 630 625 5
Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gin Val Asn 655 650 645
Leu lle Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp 670 665 660
Glu Glu Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Thr Lys 685 680 675
Lys lle Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn 700 695 690
GIn Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu 5 720 715 710 705
Val GIn Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr 735 730 725 10
Glu Pro lle Arg Glu Trp Phe Lys Arg His Gln Asn Asp Ser Lys Glu 750 745 740
Tyr Glu Lys Val Glu Ala Leu Lys Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val 765 760 755 lle Pro Leu Phe Phe Lys Glu Glu Tyr Phe Lys Glu Asp Ala GIn Lys 780 775 770
Glu lle Asn Asn Cys Val Gin Pro Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn Val 800 795 790 785
Gly Asn lle His Lys Pro Asp Glu Lys Asp Phe Leu Pro Ser Glu Glu 0 815 810 805
Arg Lys Lys Leu Trp Gly Asp Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys 830 825 820 15
Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys Leu Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr 845 840 835
Arg Ser Tyr Leu Glu Phe GIn Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu 860 855 850
Arg Leu Val Arg Asn GIn Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu 880 875 870 865
Leu lle Asp Lys Met Lys Val Glu Gly Leu Asn Val Glu Glu Leu GIn 895 890 885
Lys Leu Arg Leu Lys Asp lle Asp Thr Asp Thr Ala Lys Gln Glu Lys 5 910 905 900
Asn Asn lle Leu Asn Arg lle Met Pro Met Gin Leu Pro Val Thr Val
925 920 915
Tyr Glu lle Asp Asp Ser His Asn lle Val Lys Asp Arg Pro Leu His 940 935 930 5
Thr Val Tyr lle Glu Glu Thr Lys Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965
Val Asp Thr Ser Ser Lys Ala Glu Leu Lys Asp Lys Pro lle Ser Lys 990 985 980
Ser Val Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gin Asn Ala Arg lle Glu 1005 1000 995
Thr lle Lys Asp Met Leu Leu Leu Glu Lys Thr Leu lle Lys Lys 5 1020 1015 1010
Tyr Glu Lys Leu Pro Thr Asp Asn Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly 1035 1030 1025 10
Trp Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ser Asp Lys Ala Arg Phe Gin Asn 1050 1045 1040
Asp Val Lys Leu Leu Val Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1065 1060 1055
Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg lle Ala Phe Ala Asn lle Asn Pro 1080 1075 1070
Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asp lle Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp 1095 1090 1085 lle Ala Asn GIn Leu Lys Asp Lys Thr His Lys lle lle Lys Lys 10 1110 1105 1100 lle lle Glu lle Glu Lys Pro lle Glu Thr Lys Glu 1125 1120 1115 15 362 <210> 1161 <211>
PRT <212>
Bacterioides bacterium GWA2 31 9 <213> 362 <400>
Met Glu Asn GIn Thr Gin Lys Gly Lys Gly lle Tyr Tyr Tyr Tyr Thr 10 5 1
Lys Asn Glu Asp Lys His Tyr Phe Gly Ser Phe Leu Asn Leu Ala Asn 0 25 20
Asn Asn lle Glu Gin lle lle Glu Glu Phe Arg lle Arg Leu Ser Leu 40 35 15
Lys Asp Glu Lys Asn lle Lys Glu lle lle Asn Asn Tyr Phe Thr Asp 60 55 50
Lys Lys Ser Tyr Thr Asp Trp Glu Arg Gly lle Asn lle Leu Lys Glu 80 75 70 65
Tyr Leu Pro Val lle Asp Tyr Leu Asp Leu Ala lle Thr Asp Lys Glu 95 90 85
Phe Glu Lys lle Asp Leu Lys Gin Lys Glu Thr Ala Lys Arg Lys Tyr 110 105 100
Phe Arg Thr Asn Phe Ser Leu Leu lle Asp Thr lle lle Asp Leu Arg 15 125 120 115
Asn Phe Tyr Thr His Tyr Phe His Lys Pro lle Ser lle Asn Pro Asp
140 135 130
Val Ala Lys Phe Leu Asp Lys Asn Leu Leu Asn Val Cys Leu Asp lle 160 155 150 145 5
Lys Lys GIn Lys Met Lys Thr Asp Lys Thr Lys GIn Ala Leu Lys Asp 175 170 165
Gly Leu Asp Lys Glu Leu Lys Lys Leu lle Glu Leu Lys Lys Ala Glu 190 185 180
Leu Lys Glu Lys Lys lle Lys Thr Trp Asn lle Thr Glu Asn Val Glu 205 200 195
Gly Ala Val Tyr Asn Asp Ala Phe Asn His Met Val Tyr Lys Asn Asn 220 215 210
Ala Gly Val Thr lle Leu Lys Asp Tyr His Lys Ser lle Leu Pro Asp 5 240 235 230 225
Asp Lys lle Asp Ser Glu Leu Lys Leu Asn Phe Ser lle Ser Gly Leu 255 250 245 10
Val Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Ser Lys Lys Glu lle Glu Gln Phe 270 265 260
Lys Ser Asn Leu Glu Gly Phe Lys Gly Lys Val lle Gly Glu Asn Gly 285 280 275
Glu Tyr Glu lle Ser Lys Phe Asn Asn Ser Leu Lys Tyr Met Ala Thr 300 295 290
His Trp lle Phe Ser Tyr Leu Thr Phe Lys Gly Leu Lys Gin Arg Val 320 315 310 305
Lys Asn Thr Phe Asp Lys Glu Thr Leu Leu Met Gin Met lle Asp Glu 0 335 330 325
Leu Asn Lys Val Pro His Glu Val Tyr Gin Thr Leu Ser Lys Glu Gin 350 345 340 15
Gln Asn Glu Phe Leu Glu Asp lle Asn Glu Tyr Val Gin Asp Asn Glu 365 360 355
Glu Asn Lys Lys Ser Met Glu Asn Ser lle Val Val His Pro Val lle 380 375 370
Arg Lys Arg Tyr Asp Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu 400 395 390 385
Asp Glu Phe Ala Asn Phe Pro Thr Leu Lys Phe Phe Val Thr Ala Gly 415 410 405
Asn Phe Val His Asp Lys Arg Glu Lys Gin lle GIn Gly Ser Met Leu 5 430 425 420
Thr Ser Asp Arg Met lle Lys Glu Lys lle Asn Val Phe Gly Lys Leu
445 440 435
Thr Glu lle Ala Lys Tyr Lys Ser Asp Tyr Phe Ser Asn Glu Asn Thr 460 455 450 5
Leu Glu Thr Ser Glu Trp Glu Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Leu Leu 480 475 470 465 lle Gin Asn Asn lle Pro Val His lle Asp Leu lle His Asn Thr Glu 495 490 485
Glu Ala Lys GIn Cys Gin lle Ala lle Asp Arg lle Lys Cys Thr Thr 510 505 500
Asn Pro Ala Lys Lys Arg Asn Thr Arg Lys Ser Lys Glu Glu lle lle 525 520 515
Lys lle lle Tyr Gln Lys Asn Lys Asn lle Lys Tyr Gly Asp Pro Thr 5 540 535 530
Ala Leu Leu Ser Ser Asn Glu Leu Pro Ala Leu lle Tyr Glu Leu Leu 560 555 550 545 10
Val Asn Lys Lys Ser Gly Lys Glu Leu Glu Asn lle lle Val Glu Lys 575 570 565 lle Val Asn GIn Tyr Lys Thr lle Ala Gly Phe Glu Lys Gly Gln Asn 590 585 580
Leu Ser Asn Ser Leu lle Thr Lys Lys Leu Lys Lys Ser Glu Pro Asn 605 600 595
Glu Asp Lys lle Asn Ala Glu Lys lle lle Leu Ala lle Asn Arg Glu 620 615 610
Leu Glu lle Thr Glu Asn Lys Leu Asn lle lle Lys Asn Asn Arg Ala 0 640 635 630 625
Glu Phe Arg Thr Gly Ala Lys Arg Lys His lle Phe Tyr Ser Lys Glu 655 650 645 15
Leu Gly GIn Glu Ala Thr Trp lle Ala Tyr Asp Leu Lys Arg Phe Met 670 665 660
Pro Glu Ala Ser Arg Lys Glu Trp Lys Gly Phe His His Ser Glu Leu 685 680 675 ‏ماك‎ Lys Phe Leu Ala Phe Tyr Asp Arg Asn Lys Asn Asp Ala Lys Ala 700 695 690
Leu Leu Asn Met Phe Trp Asn Phe Asp Asn Asp Gin Leu lle Gly Asn 720 715 710 705
Asp Leu Asn Ser Ala Phe Arg Glu Phe His Phe Asp Lys Phe Tyr Glu 5 735 730 725
Lys Tyr Leu lle Lys Arg Asp Glu lle Leu Glu Gly Phe Lys Ser Phe
750 745 740 lle Ser Asn Phe Lys Asp Glu Pro Lys Leu Leu Lys Lys Gly lle Lys 765 760 755 5
Asp lle Tyr Arg Val Phe Asp Lys Arg Tyr Tyr lle lle Lys Ser Thr 780 775 770
Asn Ala 60 Lys Glu 60 Leu Leu Ser Lys Pro lle Cys Leu Pro Arg 800 795 790 785
Gly lle Phe Asp Asn Lys Pro Thr Tyr lle Glu Gly Val Lys Val Glu 815 810 805
Ser Asn Ser Ala Leu Phe Ala Asp Trp Tyr Gin Tyr Thr Tyr Ser Asp 830 825 820
Lys His Glu Phe ‏ميو‎ Ser Phe Tyr Asp Met Pro Arg Asp Tyr Lys Glu 5 845 840 835
Gln Phe Glu Lys Phe Glu Leu Asn Asn lle Lys Ser lle GIn Asn Lys 860 855 850 10
Lys Asn Leu Asn Lys Ser Asp Lys Phe lle Tyr Phe Arg Tyr Lys GIn 880 875 870 865
Asp Leu Lys lle Lys GIn lle Lys Ser 60 Asp Leu Phe lle Lys Leu 895 890 885
Met Val Asp Glu Leu Phe Asn Val Val Phe Lys Asn Asn lle Glu Leu 910 905 900
Asn Leu Lys Lys Leu Tyr Glin Thr Ser Asp Glu Arg Phe Lys Asn 0 925 920 915
Leu lle Ala Asp Val 60 Lys Asn Arg Glu Lys Gly Asp Thr Ser Asp 10 940 935 930
Asn Lys Met Asn Glu Asn Phe lle Trp Asn Met Thr lle Pro Leu Ser 960 955 950 945 15
Leu Cys Asn Gly Gin lle Glu Glu Pro Lys Val Lys Leu Lys Asp lle 975 970 965
Gly Lys Phe Arg Lys Leu Glu Thr Asp Asp Lys Val lle Gin Leu Leu 990 985 980
Glu Tyr Asp Lys Ser Lys Val Trp Lys Lys Leu Glu lle Glu Asp Glu 1005 1000 995
Leu Glu Asn Met Pro Asn Ser Tyr Glu Arg lle Arg Arg Glu Lys 1020 1015 1010
Leu Leu Lys Gly lle Gln Glu Phe Glu His Phe Leu Leu Glu Lys 5 1035 1030 1025
Glu Lys Phe Asp Gly lle Asn His Pro Lys His Phe Glu Gln Asp
1050 1045 1040
Leu Asn Pro Asn Phe Lys Thr Tyr Val lle Asn Gly Val Leu Arg 1065 1060 1055 5
Lys Asn Ser Lys Leu Asn Tyr Thr Glu lle Asp Lys Leu Leu Asp 1080 1075 1070
Leu Glu His lle Ser lle Lys Asp lle Glu Thr Ser Ala Lys Glu 1095 1090 1085 lle His Leu Ala Tyr Phe Leu lle His Val Arg Asn Lys Phe Gly 1110 1105 1100
His Asn Gin Leu Pro Lys Leu Glu Ala Phe Glu Leu Met Lys Lys 1125 1120 1115
Tyr Tyr Lys Lys Asn Asn Glu Glu Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe His 5 1140 1135 1130
Lys Val Ser Ser Gin lle Val Asn Glu Phe Lys Asn Ser Leu Glu 1155 1150 1145 10
Lys His Ser 1160 363 <210> 1165 <211>
PRT <212>
Chryseobacterium jejuense >213< 363 <400>
Met Glu Lys Thr Gin Thr Gly Leu Gly lle Tyr Tyr Asp His Thr Lys 5 10 5 1
Leu GIn Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Phe Asn Leu Ala GIn Asn 25 20 10
Asn lle Asp Asn Val lle Lys Ala Phe lle lle Lys Phe Phe Pro Glu 40 35 15
Arg Lys Asp Lys Asp lle Asn lle Ala Gin Phe Leu Asp lle Cys Phe 60 55 50
Lys Asp Asn Asp Ala Asp Ser Asp Phe ‏0اى‎ Lys Lys Asn Lys Phe Leu 80 75 70 65
Arg lle His Phe Pro Val lle Gly Phe Leu Thr Ser Asp Asn Asp Lys 95 90 85
Ala Gly Phe Lys Lys Lys Phe Ala Leu Leu Leu Lys Thr lle Ser Glu 0 110 105 100
Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr Tyr His Lys Ser lle Glu Phe Pro 125 120 115 15
Ser Glu Leu Phe Glu Leu Leu Asp Asp lle Phe Val Lys Thr Thr Ser 140 135 130
Glu lle Lys Lys Leu Lys Lys Lys Asp Asp Lys Thr Gin GIn Leu Leu 160 155 150 145
Asn Lys Asn Leu Ser Glu Glu Tyr Asp lle Arg Tyr Gin Gin Gin lle 175 170 165
Glu Arg Leu Lys Glu Leu Lys Ala 60 Gly Lys Arg Val Ser Leu Thr 190 185 180
Asp Glu Thr Ala lle Arg Asn Gly Val Phe Asn Ala Ala Phe Asn His 5 205 200 195
Leu lle Tyr Arg Asp Gly Glu Asn Val Lys Pro Ser Arg Leu Tyr 0
220 215 210
Ser Ser Tyr Ser Glu Pro Asp Pro Ala Glu Asn Gly lle Ser Leu Ser 240 235 230 225 5
Gln Asn Ser lle Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Glu Arg Lys Glu 255 250 245
Thr Glu Asp Leu Lys Ser Arg Val Lys Gly Phe Lys Ala Lys lle lle 270 265 260
Lys 0 Gly Glu Glu Gin lle Ser Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His 285 280 275
Trp Val Phe Ser Tyr Leu Cys Phe Lys Gly lle Lys ‏0ا6‎ Lys Leu Ser 300 295 290
Thr Glu Phe His Glu Glu Thr Leu Leu lle Gin lle lle Asp Glu Leu 5 320 315 310 305
Ser Lys Val Pro Asp Glu Val Tyr Ser Ala Phe Asp Ser Lys Thr Lys 335 330 325 10
Glu Lys Phe Leu Glu Asp lle Asn Glu Tyr Met Lys Glu Gly Asn Ala 350 345 340
Asp Leu Ser Leu Glu Asp Ser Lys Val lle His Pro Val lle Arg Lys 365 360 355
Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu 380 375 370
Tyr Leu Ser Ser Thr Ser Leu Lys Phe GIn Val His Val Gly Asn Tyr 400 395 390 385
Val His Asp Arg Arg Val Lys His lle Asn Gly Thr Gly Phe GIn Thr 0 415 410 405
Glu Arg lle Val Lys Asp Arg lle Lys Val Phe Gly Arg Leu Ser Asn 430 425 420 15 lle Ser Asn Leu Lys Ala Asp Tyr lle Lys Glu GIn Leu Glu Leu Pro 445 440 435
Asn Asp Ser Asn Gly Trp Glu lle Phe Pro Asn Pro Ser Tyr lle Phe 460 455 450 lle Asp Asn Asn Val Pro lle His Val Leu Ala Asp Glu Ala Thr Lys 480 475 470 465
Lys Gly lle Glu Leu Phe Lys Asp Lys Arg Arg Lys Glu Gin Pro Glu 495 490 485
Glu Leu GIn Lys Arg Lys Gly Lys lle Ser Lys Tyr Asn lle Val Ser 5 510 505 500
Met lle Tyr Lys Glu Ala Lys Gly Lys Asp Lys Leu Arg lle Asp Glu
525 520 515
Pro Leu Ala Leu Leu Ser Leu Asn Glu lle Pro Ala Leu Leu Tyr GIn 540 535 530 5 lle Leu Glu Lys Gly Ala Thr Pro Lys Asp lle Glu Leu lle lle Lys 560 555 550 545
Asn Lys Leu Thr Glu Arg Phe Glu Lys lle Lys Asn Tyr Asp Pro Glu 575 570 565
Thr Pro Ala Pro Ala Ser GIn lle Ser Lys Arg Leu Arg Asn Asn Thr 590 585 580
Thr Ala Lys Gly GIn Glu Ala Leu Asn Ala Glu Lys Leu Ser Leu Leu 605 600 595 lle Glu Arg Glu lle Glu Asn Thr Glu Thr Lys Leu Ser Ser lle Glu 5 620 615 610
Glu Lys Arg Leu Lys Ala Lys Lys Glu GIn Arg Arg Asn Thr Pro Gin 640 635 630 625 10
Arg Ser lle Phe Ser Asn Ser Asp Leu Gly Arg lle Ala Ala Trp Leu 655 650 645
Ala Asp Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Ala Glu Gin Arg Lys Asn Trp 670 665 660
Lys Gly Tyr Gln His Ser 60 Leu GIn GIn Ser Leu Ala Tyr Phe Glu 685 680 675
Lys Arg Pro Gln Glu Ala Phe Leu Leu Leu Lys Glu Gly Trp Asp Thr 700 695 690
Ser Asp Gly Ser Ser Tyr Trp Asn Asn Trp Val Met Asn Ser Phe Leu 10 720 715 710 705
Glu Asn Asn His Phe Glu Lys Phe Tyr Lys Asn Tyr Leu Met Lys Arg 735 730 725 15
Val Lys Tyr Phe Ser Glu Leu Ala Gly Asn lle Lys Gln His Thr His 750 745 740
Asn Thr Lys Phe Leu Arg Lys Phe lle Lys Gln Gln Met Pro Ala Asp 765 760 755
Leu Phe Pro Lys Arg His Tyr lle Leu Lys Asp Leu Glu Thr Glu Lys 780 775 770
Asn Lys Val Leu Ser Lys Pro Leu Val Phe Ser Arg Gly Leu Phe Asp 800 795 790 785
Asn Asn Pro Thr Phe lle Lys Gly Val Lys Val Thr Glu Asn Pro Glu 5 815 810 805
Leu Phe Ala Glu Trp Tyr Ser Tyr Gly Tyr Lys Thr Glu His Val Phe
830 825 820
Gln His Phe Tyr Gly Trp Glu Arg Asp Tyr Asn Glu Leu Leu Asp Ser 845 840 835 5
Glu Leu GIn Lys Gly Asn Ser Phe Ala Lys Asn Ser lle Tyr Tyr Asn 860 855 850
Arg Glu Ser Gin Leu Asp Leu lle Lys Leu Lys GIn Asp Leu Lys lle 880 875 870 865
Lys Lys lle Lys lle GIn Asp Leu Phe Leu Lys Arg lle Ala Glu Lys 895 890 885
Leu Phe Glu Asn Val Phe Asn Tyr Pro Thr Thr Leu Ser Leu Asp Glu 910 905 900
Phe Tyr Leu Thr Gln Glu Glu Arg Ala Glu Lys Glu Arg lle Ala Leu 5 925 920 915
Ala GIn Ser Leu Arg Glu Glu Gly Asp Asn Ser Pro Asn lle lle Lys 940 935 930 10
Asp Asp Phe lle Trp Ser Lys Thr lle Ala Phe Arg Ser Lys Gin lle 960 955 950 945
Tyr Glu Pro Ala lle Lys Leu Lys Asp lle Gly Lys Phe Asn Arg Phe 975 970 965
Val Leu Asp Asp Glu Glu Ser Lys Ala Ser Lys Leu Leu Ser Tyr Asp 990 985 980
Lys Asn Lys lle Trp Asn Lys Glu 60 Leu Glu Arg Glu Leu Ser lle 1005 1000 995
Gly Glu Asn Ser Tyr Glu Val lle Arg Arg Glu Lys Leu Phe Lys 10 1020 1015 1010
Glu lle GIn Asn Leu Glu Leu Gin lle Leu Ser Asn Trp Ser Trp 1035 1030 1025 15
Asp Gly lle Asn His Pro Arg Glu Phe Glu Met Glu Asp GIn Lys 1050 1045 1040
Asn Thr Arg His Pro Asn Phe Lys Met Tyr Leu Val Asn Gly lle 1065 1060 1055
Leu Arg Lys Asn lle Asn Leu Tyr Lys Glu Asp Glu Asp Phe Trp 1080 1075 1070
Leu Glu Ser Leu Lys Glu Asn Asp Phe Lys Thr Leu Pro Ser Glu 1095 1090 1085
Val Leu Glu Thr Lys Ser Glu Met Val GIn Leu Leu Phe Leu Val 15 1110 1105 1100 lle Leu lle Arg Asn 60 Phe Ala His Asn GIn Leu Pro Glu lle
1125 1120 1115
Gln Phe Tyr Asn Phe lle Arg Lys Asn Tyr Pro Glu lle Gin Asn 1140 1135 1130 5
Asn Thr Val Ala Glu Leu Tyr Leu Asn Leu lle Lys Leu Ala Val 1155 1150 1145
Gln Lys Leu Lys Asp Asn Ser 1165 1160 364 <210> 1156 <211>
PRT <212>
Chryseobacterium carnipullorum SAMN(Q5444360 11366 <213>
364 <400>
Met Asn Thr Arg Val Thr Gly Met Gly Val Ser Tyr Asp His Thr Lys 15 10 5 1 5
Lys Glu Asp Lys His Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Leu Ala Gln Asp 30 25 20
Asn lle Thr Ala Val lle Lys Ala Phe Cys lle Lys Phe Asp Lys Asn 45 40 35
Pro Met Ser Ser Val Gln Phe Ala Glu Ser Cys Phe Thr Asp Lys Asp 60 55 50
Ser Asp Thr Asp Phe GIn Asn Lys Val Arg Tyr Val Arg Thr His Leu 80 75 70 65
Pro Val lle Gly Tyr Leu Asn Tyr Gly Gly Asp Arg Asn Thr Phe Arg 5 95 90 85
Gln Lys Leu Ser Thr Leu Leu Lys Ala Val Asp Ser Leu Arg Asn Phe 110 105 100 10
Tyr Thr His Tyr Tyr His Ser Pro Leu Ala Leu Ser Thr Glu Leu Phe 125 120 115
Glu Leu Leu Asp Thr Val Phe Ala Ser Val Ala Val Glu Val Lys 0 140 135 130
His Lys Met Lys Asp Asp Lys Thr Arg Gin Leu Leu Ser Lys Ser Leu 160 155 150 145
Ala Glu Glu Leu Asp lle Arg Tyr Lys 60 GIn Leu Glu Arg Leu Lys 175 170 165
Glu Leu Lys Glu GIn Gly Lys Asn lle Asp Leu Arg Asp Glu Ala Gly 0 190 185 180 lle Arg Asn Gly Val Leu Asn Ala Ala Phe Asn His Leu lle Tyr Lys 205 200 195 15
Glu Gly Glu lle Ala Lys Pro Thr Leu Ser Tyr Ser Ser Phe Tyr Tyr 220 215 210
Gly Ala Asp Ser Ala Glu Asn Gly lle Thr lle Ser GIn Ser Gly Leu 240 235 230 225
Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Gly Lys Lys Glu lle Glu Asp Leu 255 250 245
Lys Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Ala Lys lle Val Arg Asp Gly Glu 270 265 260
Glu Asn lle Ser Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His Trp lle Phe Ser 15 285 280 275
Tyr Leu Ser Phe Lys Gly Met Lys Gin Arg Leu Ser Thr Asp Phe His
300 295 290
Glu Glu Thr Leu Leu lle Gin lle lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 320 315 310 305 5
Asp Glu Val Tyr His Asp Phe Asp Thr Ala Thr Arg Glu Lys Phe Val 335 330 325
Glu Asp lle Asn Glu Tyr lle Arg Glu Gly Asn Glu Asp Phe Ser Leu 350 345 340
Gly Asp Ser Thr lle lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asn 365 360 355
Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Val Arg Phe Leu Asp Glu Phe lle Lys Phe 380 375 370
Pro Ser Leu Arg Phe GIn Val His Leu Gly Asn Phe Val His Asp Arg 5 400 395 390 385
Arg lle Lys Asp lle His Gly Thr Gly Phe Gin Thr Glu Arg Val Val 415 410 405 10
Lys Asp Arg lle Lys Val Phe Gly Lys Leu Ser Glu lle Ser Ser Leu 430 425 420
Lys Thr Glu Tyr lle Glu Lys Glu Leu Asp Leu Asp Ser Asp Thr Gly 445 440 435
Trp Glu lle Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Val Phe lle Asp Asn Asn lle 460 455 450
Pro lle Tyr lle Ser Thr Asn Lys Thr Phe Lys Asn Gly Ser Ser Glu 480 475 470 465
Phe lle Lys Leu Arg Arg Lys Glu Lys Pro Glu Glu Met Lys Met Arg 0 495 490 485
Gly Glu Asp Lys Lys Glu Lys Arg Asp lle Ala Ser Met lle Gly Asn 510 505 500 15
Ala Gly Ser Leu Asn Ser Lys Thr Pro Leu Ala Met Leu Ser Leu Asn 525 520 515
Glu Met Pro Ala Leu Leu Tyr Glu lle Leu Val Lys Lys Thr Thr Pro 540 535 530
Glu Glu lle Glu Leu lle lle Lys Glu Lys Leu Asp Ser His Phe Glu 560 555 550 545
Asn lle Lys Asn Tyr Asp Pro Glu Lys Pro Leu Pro Ala Ser Gin lle 575 570 565
Ser Lys Arg Leu Arg Asn Asn Thr Thr Asp Lys Gly Lys Lys Val lle 5 590 585 580
Asn Pro Glu Lys Leu lle His Leu lle Asn Lys Glu lle Asp Ala Thr
605 600 595
Glu Ala Lys Phe Ala Leu Leu Ala Lys Asn Arg Lys Glu Leu Lys Glu 620 615 610 5
Lys Phe Arg Gly Lys Pro Leu Arg Gln Thr lle Phe Ser Asn Met Glu 640 635 630 625
Leu Gly Arg Glu Ala Thr Trp Leu Ala Asp Asp lle Lys Arg Phe Met 655 650 645
Pro Asp lle Leu Arg Lys Asn Trp Lys Gly Tyr Gln His Asn GIn Leu 670 665 660
GIn GIn Ser Leu Ala Phe Phe Asn Ser Arg Pro Lys Glu Ala Phe Thr 685 680 675 lle Leu GIn Asp Gly Trp Asp Phe Ala Asp Gly Ser Ser Phe Trp Asn 5 700 695 690
Gly Trp lle lle Asn Ser Phe Val Lys Asn Arg Ser Phe Glu Tyr Phe 720 715 710 705 10
Tyr Glu Ala Tyr Phe Glu Gly Arg Lys Glu Tyr Phe Ser Ser Leu Ala 735 730 725
Glu Asn lle Lys Gln His Thr Ser Asn His Arg Asn Leu Arg Arg Phe 750 745 740 lle Asp GIn Gin Met Pro Lys Gly Leu Phe Glu Asn Arg His Tyr Leu 765 760 755
Leu Glu Asn Leu Glu Thr Glu Lys Asn Lys lle Leu Ser Lys Pro Leu 780 775 770
Val Phe Pro Arg Gly Leu Phe Asp Thr Lys Pro Thr Phe lle Lys Gly 0 800 795 790 785 lle Lys Val Asp Glu GIn Pro Glu Leu Phe Ala Glu Trp Tyr GIn Tyr 815 810 805 15
Gly Tyr Ser Thr Glu His Val Phe Gin Asn Phe Tyr Gly Trp Glu Arg 830 825 820
Asp Tyr Asn Asp Leu Leu Glu Ser Glu Leu Glu Lys Asp Asn Asp Phe 845 840 835
Ser Lys Asn Ser lle His Tyr Ser Arg Thr Ser Gln Leu Glu Leu lle 860 855 850
Lys Leu Lys GIn Asp Leu Lys lle Lys Lys lle Lys lle Gln Asp Leu 880 875 870 865
Phe Leu Lys Leu lle Ala Gly His lle Phe Glu Asn lle Phe Lys Tyr 15 895 890 885
Pro Ala Ser Phe Ser Leu Asp Glu Leu Tyr Leu Thr Gin Glu Glu Arg
910 905 900
Leu Asn Lys Glu GIn Glu Ala Leu lle Gin Ser Gin Arg Lys Glu Gly 925 920 915 5
Asp His Ser Asp Asn lle lle Lys Asp Asn Phe lle Gly Ser Lys Thr 940 935 930
Val Thr Tyr Glu Ser Lys Gin lle Ser Glu Pro Asn Val Lys Leu Lys 960 955 950 945
Asp lle Gly Lys Phe Asn Arg Phe Leu Leu Asp Asp Lys Val Lys Thr 975 970 965
Leu Leu Ser Tyr Asn Glu Asp Lys Val Trp Asn Lys Asn Asp Leu Asp 990 985 980
Leu Glu Leu Ser lle Gly Glu Asn Ser Tyr Glu Val lle Arg Arg Glu 5 1005 1000 995
Lys Leu Phe Lys Lys lle GIn Asn Phe Glu Leu GIn Thr Leu Thr 1020 1015 1010 10
Asp Trp Pro Trp Asn Gly Thr Asp His Pro Glu Glu Phe Gly Thr 1035 1030 1025
Thr Asp Asn Lys Gly Val Asn His Pro Asn Phe Lys Met Tyr Val 1050 1045 1040
Val Asn Gly lle Leu Arg Lys His Thr Asp Trp Phe Lys Glu Gly 1065 1060 1055
Glu Asp Asn Trp Leu Glu Asn Leu Asn Glu Thr His Phe Lys Asn 1080 1075 1070
Leu Ser Phe GIn Glu Leu Glu Thr Lys Ser Lys Ser lle Gin Thr 0 1095 1090 1085
Ala Phe Leu lle lle Met lle Arg Asn Gin Phe Ala His Asn Gin 1110 1105 1100 15
Leu Pro Ala Val Gin Phe Phe Glu Phe lle Gln Lys Lys Tyr Pro 1125 1120 1115
Glu lle Gin Gly Ser Thr Thr Ser Glu Leu Tyr Leu Asn Phe lle 1140 1135 1130
Asn Leu Ala Val Val Glu Leu Leu Glu Leu Leu Glu Lys 1155 1150 1145 365 <210> 1036 <211>
PRT <212>
Chryseobacterium ureilyticum <213> 365 <400>
Met Glu Thr ‏ها‎ lle Leu Gly Asn Gly lle Ser Tyr Asp His Thr Lys 15 10 5 1
Thr Glu Asp Lys His Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Thr Ala Gin Asn 30 25 20
Asn lle Asp Leu Leu lle Lys Ala Tyr lle Ser Lys Phe Glu Ser Ser 45 40 35
Pro Arg Lys Leu Asn Ser Val Gln Phe Pro Asp Val Cys Phe Lys Lys 60 55 50
Asn Asp Ser Asp Ala Asp Phe GIn His Lys Leu GIn Phe lle Arg Lys 15 80 75 70 65
His Leu Pro Val lle Gln Tyr Leu Lys Tyr Gly Gly Asn Arg Glu Val
95 90 85
Leu Lys Glu Lys Phe Arg Leu Leu Leu Gin Ala Val Asp Ser Leu Arg 110 105 100 5
Asn Phe Tyr Thr His Phe Tyr His Lys Pro lle Gln Leu Pro Asn Glu 125 120 115
Leu Leu Thr Leu Leu Asp Thr lle Phe Gly Glu lle Gly Asn Glu Val 140 135 130
Arg Gln Asn Lys Met Lys Asp Asp Lys Thr Arg His Leu Leu Lys Lys 160 155 150 145
Asn Leu Ser Glu Glu Leu Asp Phe Arg Tyr Gin Glu GIn Leu Glu Arg 175 170 165
Leu Arg Lys Leu Lys Ser Glu Gly Lys Lys Val Asp Leu Arg Asp Thr 5 190 185 180
Glu Ala lle Arg Asn Gly Val Leu Asn Ala Ala Phe Asn His Leu lle 205 200 195 10
Phe Lys Asp Ala Glu Asp Phe Lys Pro Thr Val Ser Tyr Ser Ser Tyr 220 215 210
Tyr Tyr Asp Ser Asp Thr Ala Glu Asn Gly lle Ser lle Ser Gln Ser 240 235 230 225
Gly Leu Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Gly Arg Arg Glu Met Glu 255 250 245
Asp Leu Lys Ser Arg Val Arg Gly Phe Lys Ala Arg lle lle Lys His 270 265 260
Glu Glu GIn His Val Ser Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His Trp Val 10 285 280 275
Phe Ser Glu Phe Cys Phe Lys Gly lle Lys Thr Arg Leu Asn Ala Asp 300 295 290 15
Tyr His Glu Glu Thr Leu Leu lle GIn Leu lle Asp Glu Leu Ser Lys 320 315 310 305
Val Pro Asp Glu Leu Tyr Arg Ser Phe Asp Val Ala Thr Arg Glu Arg 335 330 325
Phe lle Glu Asp lle Asn Glu Tyr lle Arg Asp Gly Lys Glu Asp Lys 350 345 340
Ser Leu lle Glu Ser Lys lle Val His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr 365 360 355
Glu Ser Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Val 15 380 375 370
Asn Phe Pro Thr Leu Arg Phe GIn Val His Ala Gly Asn Tyr Val His
400 395 390 385
Asp Arg Arg lle Lys Ser lle Glu Gly Thr Gly Phe Lys Thr Glu Arg 415 410 405 5
Leu Val Lys Asp Arg lle Lys Val Phe Gly Lys Leu Ser Thr lle Ser 430 425 420
Ser Leu Lys Ala Glu Tyr Leu Ala Lys Ala Val Asn lle Thr Asp Asp 445 440 435
Thr Gly Trp Glu Leu Leu Pro His Pro Ser Tyr Val Phe lle Asp Asn 460 455 450
Asn lle Pro lle His Leu Thr Val Asp Pro Ser Phe Lys Asn Gly Val 480 475 470 465
Lys Glu Tyr GIn Glu Lys Arg Lys Leu GIn Lys Pro Glu Glu Met Lys 5 495 490 485
Asn Arg Gln Gly Gly Asp Lys Met His Lys Pro Ala lle Ser Ser Lys 510 505 500 10 lle Gly Lys Ser Lys Asp lle Asn Pro Glu Ser Pro Val Ala Leu Leu 525 520 515
Ser Met Asn Glu lle Pro Ala Leu Leu Tyr Glu lle Leu Val Lys Lys 540 535 530
Ala Ser Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys lle Arg Gin Lys Leu Thr Ala 560 555 550 545
Val Phe Glu Arg lle Arg Asp Tyr Asp Pro Lys Val Pro Leu Pro Ala 575 570 565
Ser GIn Val Ser Lys Arg Leu Arg Asn Asn Thr Asp Thr Leu Ser Tyr 0 590 585 580
Asn Lys Glu Lys Leu Val Glu Leu Ala Asn Lys Glu Val Glu GIn Thr 605 600 595 15
Glu Arg Lys Leu Ala Leu lle Thr Lys Asn Arg Arg Glu Cys Arg Glu 620 615 610
Lys Val Lys Gly Lys Phe Lys Arg Gln Lys Val Phe Lys Asn Ala Glu 640 635 630 625
Leu Gly Thr Glu Ala Thr Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met 655 650 645
Pro Glu Glu Gin Lys Lys Asn Trp Lys Gly Tyr Gln His Ser Gin Leu 670 665 660
GIn GIn Ser Leu Ala Phe Phe Glu Ser Arg Pro Gly Glu Ala Arg Ser 5 685 680 675
Leu Leu Gin Ala Gly Trp Asp Phe Ser Asp Gly Ser Ser Phe Trp Asn
700 695 690
Gly Trp Val Met Asn Ser Phe Ala Arg Asp Asn Thr Phe Asp Gly Phe 720 715 710 705 5
Tyr Glu Ser Tyr Leu Asn Gly Arg Met Lys Tyr Phe Leu Arg Leu Ala 735 730 725
Asp Asn lle Ala Gin GIn Ser Ser Thr Asn Lys Leu lle Ser Asn Phe 750 745 740 lle Lys GIn ‏ماي‎ Met Pro Lys Gly Leu Phe Asp Arg Arg Leu Tyr Met 765 760 755
Leu Glu Asp Leu Ala Thr Glu Lys Asn Lys lle Leu Ser Lys Pro Leu 780 775 770 lle Phe Pro Arg Gly lle Phe Asp Asp Lys Pro Thr Phe Lys Lys Gly 5 800 795 790 785
Val Gin Val Ser Glu Glu Pro Glu Ala Phe Ala Asp Trp Tyr Ser Tyr 815 810 805 10
Gly Tyr Asp Val Lys His Lys Phe GIn Glu Phe Tyr Ala Trp Asp Arg 830 825 820
Asp Tyr Glu Glu Leu Leu Arg Glu Glu Leu Glu Lys Asp Thr Ala Phe 845 840 835
Thr Lys Asn Ser lle His Tyr Ser Arg Glu Ser GIn lle Glu Leu Leu 860 855 850
Ala Lys Lys GIn Asp Leu Lys Val Lys Lys Val Arg lle Gin Asp Leu 880 875 870 865
Tyr Leu Lys Leu Met Ala Glu Phe Leu Phe Glu Asn Val Phe Gly His 0 895 890 885
Glu Leu Ala Leu Pro Leu Asp Gin Phe Tyr Leu Thr Gln Glu Glu Arg 910 905 900 15
Leu Lys GIn Glu GIn Glu Ala lle Val Gln Ser Gln Arg Pro Lys Gly 925 920 915
Asp Asp Ser Pro Asn lle Val Lys Glu Asn Phe lle Trp Ser Lys Thr 940 935 930 lle Pro Phe Lys Ser Gly Arg Val Phe Glu Pro Asn Val Lys Leu Lys 960 955 950 945
Asp lle Gly Lys Phe Arg Asn Leu Leu Thr Asp Glu Lys Val Asp lle 975 970 965
Leu Leu Ser Tyr Asn Asn Thr Glu lle Gly Lys GIn Val lle Glu Asn 5 990 985 980
Glu Leu lle lle Gly Ala Gly Ser Tyr Glu Phe lle Arg Arg Glu 0
1005 1000 995
Leu Phe Lys Glu lle Gln GIn Met Lys Arg Leu Ser Leu Arg Ser 1020 1015 1010 5
Val Arg Gly Met Gly Val Pro lle Arg Leu Asn Leu Lys 1035 1030 1025 366 <210> 1127 <211>
PRT <212>
Prevotella buccae <213> 15 366 <400>
Met GIn Lys GIn Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala lle
15 10 5 1
Phe Ala Phe Pro Lys Tyr lle Thr lle Met Glu Asn Gin Glu Lys Pro 30 25 20 5
Glu Pro lle Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 45 40 35
Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr lle Asn His lle Asn 60 55 50
Arg Arg Leu Glu lle Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Asp 80 75 70 65 lle Lys Gly Ser Trp Asn Glu GIn Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 95 90 85
Arg Leu Arg Asp Leu lle Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 5 110 105 100
Ala Tyr Glu lle Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu GIn Arg 125 120 115 10
Glu Lys Glu 60 Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 140 135 130
Leu Phe lle Phe Leu Glu Lys Leu GIn Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 160 155 150 145
His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro lle Phe Glu Thr Ser 175 170 165
Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 190 185 180
Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn lle Asp Met Gin Arg Asp Phe 0 205 200 195
Thr His Leu Asn Arg Lys Lys GIn Val Gly Arg Thr Lys Asn lle lle 220 215 210 15
Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 240 235 230 225
Thr lle Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 255 250 245
Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 270 265 260
Asn Leu Arg Glu GIn Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle 285 280 275
Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gin Thr Lys Asp Trp Met 5 300 295 290
GIn Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr
320 315 310 305
Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 335 330 325 5 lle Phe Ser Asp Asp Tyr Asp Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 350 345 340
Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 365 360 355
Asp Leu Asn Glu lle Phe Glu GIn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly 380 375 370
Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Asn Lys Arg lle Gly Asp Glu Asp Glu 400 395 390 385
Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg lle GIn Asp 5 415 410 405
Phe Ala GIn GIn Asn Gin Pro Glu Val Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 430 425 420 10
Leu Asp Tyr Phe Glu Ala Ser Gin Glu Pro Tyr lle Pro Lys Thr Ala 445 440 435
Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys lle Gly lle Lys Phe Cys Ser 460 455 450
Thr His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu Lys Thr Glu Lys Thr Cys Asn 480 475 470 465
Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gin Phe Thr Ala Glu Ala Phe 495 490 485
Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 10 510 505 500
Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly lle 525 520 515 15 lle Arg Lys Glu lle Ser Asn lle Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala 540 535 530
Asn Gly Glu lle Asn Ser lle Ala Asp Leu Thr Cys Arg Leu 0 Lys 560 555 550 545
Thr Asn lle Leu GIn Gly His Leu Pro Lys Gln Met lle Ser lle Leu 575 570 565
Glu Gly Arg GIn Lys Asp Met Glu Lys Glu Ala Glu Arg Lys lle Gly 590 585 580
Glu Met lle Asp Asp Thr Gin Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys 610 5 605 600 595
Thr Asn Gin Lys lle Arg lle Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys
620 615 610
Ser Gly Lys lle Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe 0 640 635 630 625 5
Pro Val GIn Lys Asp GIn Asn Asn lle Pro lle Asn Asn Ser Lys Ala 655 650 645
Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu GIn Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly 670 665 660
Ser Glu Asn Phe Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Asn GIn Met Asn Leu Val 685 680 675
Gly Asn Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gin Trp Glu His 700 695 690
GIn Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 5 720 715 710 705
Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gin Asn Trp Lys Gin Tyr Gin His 735 730 725 10
Phe Leu lle Leu Lys Val GIn Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 750 745 740
Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Gin Pro 765 760 755 lle Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg lle Tyr Asp 780 775 770 ‏ماك‎ lle Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala lle Pro 800 795 790 785
Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val GIn Pro Phe Tyr Asp 0 815 810 805
Tyr Pro Phe Asn lle Gly Asn Lys Leu Lys Pro Gin Lys Gly Gin Phe 830 825 820 15
Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp GIn Lys Asn Lys Glu Leu 845 840 835
Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Lys Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 860 855 850
Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu lle Lys 880 875 870 865
Asn GIn Asp lle Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Asn Met 895 890 885
Ala Thr Val Glu Gly Leu Lys lle Gly Glu lle His Leu Arg Asp lle 5 910 905 900
Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn lle Leu Asn Arg lle
925 920 915
Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 940 935 930 5
Asn lle Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr lle Glu Glu Thr 960 955 950 945
Glu Thr Lys Val Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Val Leu Ala Lys Asp 975 970 965
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Leu Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp lle Asp 990 985 980
Leu Glu Lys Asn Pro lle Thr Lys Leu Ser Val Asp His Glu Leu lle 1005 1000 995
Lys Tyr ‏ماي‎ Thr Thr Arg lle Ser lle Phe Glu Met Thr Leu Gly 5 1020 1015 1010
Leu Glu Lys Lys Leu lle Asn Lys Tyr Pro Thr Leu Pro Thr Asp 1035 1030 1025 10
Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu Gln Cys Lys Ala Asn 1050 1045 1040
Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu lle Ala Val Arg 1065 1060 1055
Asn Ala Phe Ser His Asn Gin Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1080 1075 1070
Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1095 1090 1085
Lys Lys lle Glu Leu Asn lle Ala Pro 60 Leu Leu Glu lle Val 0 1110 1105 1100
Gly Lys Ala lle Lys Glu lle Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1125 1120 1115 15 367 <210> 1135 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213> 367 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 10 5 1
Glu Asp Asp Pro GIn Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 0 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 40 35 15
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 5 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp
140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145 5
Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 5 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245 10
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 0 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340 15
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 5 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gin Ser Met
445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asn Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450 5
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met 60 Ser Asp Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu GIn Phe Ser 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gln Asn Pro 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 5 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asn Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545 10
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Glin Arg 0 640 635 630 625
Ser Leu Ala Gin Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gin Phe Arg Ala 655 650 645 15 lle Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 5 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin
750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 765 760 755 5
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 5 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850 10
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 910 905 900
Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 0 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945 15
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 15 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg
1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055 5
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115
Ser GIn Pro lle Ash Asp Leu 5 1135 1130 368 <210> 1175 <211> 10
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213> 368 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Ala His lle Asp Arg GIn Leu Ala Tyr Ser Lys 5 45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly 60 Trp 60 55 50 10
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser 60 Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 10 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145 15
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val GIn Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Lys Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 15 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met Gin Lys Lys lle Arg Gly
255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln ‏ماي‎ Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260 5
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 5 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355 10
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 10 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gin Leu Leu Trp Pro Ser 460 455 450 15
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp 5 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu
560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Ala lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565 5
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe ‏ماى‎ Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 5 655 650 645 ‏دا‎ Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660 10
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gin Ser lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 10 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755 15
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 5 845 840 835
Arg lle Glu Asp Ala Phe Val Gly lle Glu Tyr Ala Ser Trp Glu Asn
860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu Gin Leu Leu GIn Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 880 875 870 865 5
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys lle Asn lle Ala Lys 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe 910 905 900
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr 5 960 955 950 945
Asp Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 975 970 965 10
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 990 985 980
His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 1005 1000 995
Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 0 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu 60 Thr 1065 1060 1055 15
Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1080 1075 1070
Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1095 1090 1085
Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu GIn Arg Glu Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115
Glu Thr lle Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Leu 15 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu
1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys Leu Ala Lys Glu Met Val Glu Arg lle lle 1170 1165 1160 5
Gln Ala 1175 369 <210> 1125 <211>
PRT <212>
Prevotella pallens <213> 15 369 <400>
Met Lys Glu Glu Glu Lys Gly Lys Thr Pro Val Val Ser Thr Tyr Asn
15 10 5 1
Lys Asp Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His 30 25 20 5
Asn Val Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys lle Leu Gly Glu Gly 45 40 35
Glu lle Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Asn Thr Leu Glu Lys Ser Trp Asn 60 55 50
Glu lle Lys Asp lle Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu lle lle 80 75 70 65
Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Val Thr Thr Tyr Gln Arg Asn Ser Ala 95 90 85
Asp Thr Thr Lys GIn Lys Glu Glu Lys GIn Ala Glu Ala 60 Ser Leu 5 110 105 100
Glu Ser Leu Lys Lys Ser Phe Phe Val Phe lle Tyr Lys Leu Arg Asp 125 120 115 10
Leu Arg Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg 140 135 130
Pro Lys Phe Glu Glu Asp Leu GIn Glu Lys Met Tyr Asn lle Phe Asp 160 155 150 145
Ala Ser lle Gin Leu Val Lys Glu Asp Tyr Lys His Asn Thr Asp lle 175 170 165
Lys Thr Glu Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Gly GIn Phe Lys 190 185 180
Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu 0 205 200 195
Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Val GIn 220 215 210 15
Lys Lys Leu Glu Gly Phe Lys Cys Ser Asn Glu Ser Tyr Gln Lys Met 240 235 230 225
Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 255 250 245
Leu GIn Ser Thr Gin Thr Gln Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn 270 265 260
Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Arg Glu Glu 285 280 275
Asp Arg Lys Lys Phe Arg Val Pro lle Glu lle Ala Asp Glu Asp Tyr 5 300 295 290
Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys Asn Ala Leu Val Arg His 60 Asp
320 315 310 305
Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe 335 330 325 5
Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle 350 345 340
Tyr Lys Lys Gin lle Gly Asp Tyr Lys Glu Ser His His Leu Thr His 365 360 355
Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle 60 Glu Phe Thr Lys Gin Asn Arg 380 375 370
Pro Asp Glu Trp Arg Lys Phe Val Lys Thr Phe Asn Ser Phe Glu Thr 400 395 390 385
Ser Lys Glu Pro Tyr lle Pro Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu 5 415 410 405
Asn Gin Lys lle Gly lle Arg Phe Arg Asn Asp Asn Asp Lys lle Trp 430 425 420 10
Pro Ser Leu Lys Thr Asn Ser Glu Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys 445 440 435
Leu Asp Lys Ser Phe GIn Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu 460 455 450
Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu Asn Thr Asp 480 475 470 465
Asn Asp Asn Glu lle Glu Thr Lys Lys Lys Glu Asn Lys Asn Asp Lys 495 490 485
GIn Glu Lys His Lys lle Glu Glu lle lle Glu Asn Lys lle Thr Glu 0 510 505 500 lle Tyr Ala Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Lys lle Asn Ser lle 525 520 515 15
Asp Lys Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Gly Lys Asp lle Glu lle Gly His 540 535 530
Leu Pro Lys GIn Met lle Ala lle Leu Lys Ser Glu His Lys Asp Met 560 555 550 545
Ala Thr Glu Ala Lys Arg Lys GIn Glu Glu Met Leu Ala Asp Val Gin 575 570 565
Lys Ser Leu Glu Ser Leu Asp Asn GIn lle Asn Glu Glu lle Glu Asn 590 585 580
Val Glu Arg Lys Asn Ser Ser Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala Ser Trp 5 605 600 595
Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Gin Lys Asp Asn Glu
620 615 610
Gly Asn Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gin Met 640 635 630 625 5
Leu GIn Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg 655 650 645
Tyr Phe Arg GIn Val Asn Leu lle Glu Ser Ser Asn Pro His Pro Phe 670 665 660
Leu Asn Asn Thr Glu Trp Glu Lys Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe Tyr 685 680 675
Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys Pro 700 695 690
Glu Asp Trp Glu Lys Asn GIn Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro Lys 5 720 715 710 705
Thr Asn Cys Glu Thr Leu Val Gin Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu 735 730 725 10
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Pro lle Arg Lys Trp Phe Met Glu His 750 745 740
Arg Lys Asn lle Thr Val Ala Glu Leu Lys Arg Val Gly Leu Val Ala 765 760 755
Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Ser Glu Glu Tyr Lys Asp Ser Val Gin 780 775 770
Pro Phe Tyr Asn Tyr Leu Phe Asn Val Gly Asn lle Asn Lys Pro Asp 800 795 790 785
Glu Lys Asn Phe Leu Asn Cys Glu Glu Arg Arg Glu Leu Leu Arg Lys 0 815 810 805
Lys Lys Asp Glu Phe Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Asn 830 825 820 15
Pro Ser Tyr Leu Glu Phe Gin Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu 845 840 835
Arg Leu Val Arg Asn GIn Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Met Glu 860 855 850
Leu Phe Asn Lys Lys Lys lle Lys Glu Leu Asn Val Glu Lys lle Tyr 880 875 870 865
Leu Lys Asn lle Asn Thr Asn Thr Thr Lys Lys Glu Lys Asn Thr Glu 895 890 885
Glu Lys Asn Gly Glu Glu Lys lle lle Lys Glu Lys Asn Asn lle Leu 5 910 905 900
Asn Arg lle Met Pro Met Arg Leu Pro lle Lys Val Tyr Gly Arg Glu
925 920 915
Asn Phe Ser Lys Asn Lys Lys Lys Lys lle Arg Arg Asn Thr Phe Phe 940 935 930 5
Thr Val Tyr lle Glu Glu Lys Gly Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ala Leu Glu Arg Asp Arg Arg Leu Gly Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965
Val Lys Thr His Ser Lys Ala Glu Ser Lys Ser Asn Thr lle Ser Lys 990 985 980
Ser Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Lys Ala Arg lle Glu 1005 1000 995 lle lle Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Glu Thr Leu lle Asp Lys 5 1020 1015 1010
Tyr Asn Ser Leu Asp Thr Asp Asn Phe His Asn Met Leu Thr Gly 1035 1030 1025 10
Trp Leu Lys Leu Lys Asp Glu Pro Asp Lys Ala Ser Phe Gln Asn 1050 1045 1040
Asp Val Asp Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1065 1060 1055
Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg lle Ala Phe Ala Asn lle Asn Pro 1080 1075 1070
Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn Thr Ser Glu Glu Lys Gly Leu Gly 1095 1090 1085 lle Ala Asn GIn Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Thr lle Glu Lys 10 1110 1105 1100 lle lle Glu lle Glu Lys Pro lle Glu Thr Lys Glu 1125 1120 1115 15 370 <210> 1157 <211>
PRT <212>
Myroides odoratimimus <213> 370 <400>
Met Lys Asp lle Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys GIn Asn Arg Phe 10 5 1
Tyr Ser His Lys lle Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 10 25 20
Leu Ala Ser Asn Asn lle Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 40 35 15
Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 60 55 50
Tyr lle lle His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser lle Ser Asp Phe Glu 80 75 70 65
Lys Arg Val Ala lle Phe Ala Ser Tyr Phe Pro lle Leu Glu Thr Val 95 90 85
Asp Lys Lys Ser lle Lys Glu Arg Asn Arg Thr lle Asp Leu Thr Leu 110 105 100
Ser GIn Arg lle Arg GIn Phe Arg Glu Met Leu lle Ser Leu Val Thr 15 125 120 115
Ala Val Asp GIn Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu
140 135 130 lle Val lle Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 160 155 150 145 5
Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 175 170 165
Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr lle Ala Ala Glu Leu Asp lle Leu lle 190 185 180
Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gin lle Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 205 200 195
Ala Asn Lys Arg Glu Asp lle Leu Asn Ala lle Tyr Asn Glu Ala Phe 220 215 210
Trp Ser Phe lle Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala 5 240 235 230 225
Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 255 250 245 10
Pro Asp Phe Ala Leu Asn lle Ser Glu Lys Gly lle Val Tyr Leu Leu 270 265 260
Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Asn Leu 285 280 275
Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser lle Lys 300 295 290
Tyr Met Ala Thr Gin Arg lle Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 320 315 310 305
Lys Gin Lys lle Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 0 335 330 325
Met GIn Met lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr GIn 350 345 340 15
His Leu Ser Thr Thr GIn GIn Asn Ser Phe lle Glu Asp Trp Asn Glu 365 360 355
Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 380 375 370
Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr 400 395 390 385
Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 415 410 405
Phe Gin Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys GIn 5 430 425 420
Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg lle lle Lys Glu Lys Val Thr Val
445 440 435
Phe Ala Arg Leu Lys Asp lle Asn Ser Ala Lys Ala Asn Tyr Phe His 460 455 450 5
Ser Leu Glu Glu GIn Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 480 475 470 465
Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu GIn His 495 490 485
Gln Gly Glu GIn Lys Asn Ala Gly Lys lle Gly lle Tyr Val Lys Leu 510 505 500
Arg Asp Thr Gin Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys 525 520 515
Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp 5 540 535 530 lle lle Thr Gin lle lle Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 560 555 550 545 10
Pro Leu Val Phe Thr Gly GIn Pro lle Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 575 570 565 lle His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 590 585 580
Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu lle Asp GIn lle Gly Lys 605 600 595 ‏داك‎ lle Asn Glu lle Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys lle Leu Lys 620 615 610
Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys lle Thr 0 640 635 630 625
Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu lle Glu Lys Leu lle Leu Glu 655 650 645 15
Gln Lys GIn Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe 670 665 660
Asn lle Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 685 680 675
Lys Gly Lys lle Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met 700 695 690
Thr Glu Glu Phe Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr Glu Leu 720 715 710 705
GIn Lys Leu Phe Ala Tyr Tyr Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Asp Leu 15 735 730 725 lle Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro lle Glu Leu lle
750 745 740
Ala Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 765 760 755 5
Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr Met Glu Asn Val lle Thr Arg Val Lys 780 775 770
Asn Ser lle Gly Thr Pro Gin Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe 800 795 790 785
Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp Lys 0 815 810 805
Val Glu Arg lle Leu Ser Met Pro Leu Phe lle Glu Arg Gly Phe Met 830 825 820
Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Gln GIn His Lys 5 845 840 835
Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 860 855 850 10
GIn Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu lle Thr Thr Glu Asp Lys 880 875 870 865
Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys lle Lys Gin Gln GIn Lys Asn 895 890 885
Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 910 905 900
Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr Gin Thr 925 920 915
Lys Glu Glu Arg lle Val Asn Lys Gin Val Ala Lys Asp Thr GIn Glu 0 940 935 930
Arg Asn Lys Asn Tyr lle Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gin Leu Cys 960 955 950 945 15
Glu Gly Leu Val Arg lle Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp lle Gly Asn 975 970 965
Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 990 985 980
Gln Ser Asp lle Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser 1005 1000 995
Asn Lys Leu Tyr Val lle Glu Arg Gin Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 1020 1015 1010 lle Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gln Glu lle Glu Cys 15 1035 1030 1025
Ser Val Tyr Asn ‏ماه‎ Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys 60 Ser
1050 1045 1040
Gly Asn Glu Asn Phe Lys GIn Tyr Val Leu 60 Gly Leu Val Pro 1065 1060 1055 5 lle Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu lle Leu Ser Thr Asp Val 1080 1075 1070
Lys Phe lle Lys Glu Glu lle lle Gin Leu Gly Gin Ala Gly Glu 1095 1090 1085
Val Glu Gin Asp Leu Tyr Ser Leu lle Tyr lle Arg Asn Lys Phe 1110 1105 1100
Ala His Asn Gin Leu Pro lle Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu 1125 1120 1115
Asn Asn Tyr Arg Ser lle Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr 5 1140 1135 1130
Tyr Met Glu lle Phe Arg Ser lle Lys Glu Lys Tyr Thr Ser 1155 1150 1145 10 371 <210> 1157 <211>
PRT <212> 15
Myroides odoratimimus <213> 371 <400>
Met Lys Asp lle Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys ‏ماى‎ Asn Arg Phe 10 5 1
Tyr Ser His Lys lle Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 5 25 20
Leu Ala Ser Asn Asn lle Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 40 35 10
Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 60 55 50 15
Tyr lle lle His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser lle Ser Asp Phe Glu 80 75 70 65
Lys Arg Val Ala lle Phe Ala Ser Tyr Phe Pro lle Leu Glu Thr Val 95 90 85
Asp Lys Lys Ser lle Lys Glu Arg Asn Arg Thr lle Asp Leu Thr Leu 110 105 100
Ser GIn Arg lle Arg GIn Phe Arg Glu Met Leu lle Ser Leu Val Thr 0 125 120 115
Ala Val Asp GIn Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu 140 135 130 15 lle Val lle Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 160 155 150 145
Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 175 170 165
Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr lle Ala Ala Glu Leu Asp lle Leu lle 190 185 180
Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gin lle Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 205 200 195
Ala Asn Lys Arg Glu Asp lle Leu Asn Ala lle Tyr Asn Glu Ala Phe 15 220 215 210
Trp Ser Phe lle Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala
240 235 230 225
Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 255 250 245 5
Pro Asp Phe Ala Leu Asn lle Ser Glu Lys Gly lle Val Tyr Leu Leu 270 265 260
Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Asn Leu 285 280 275
Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser lle Lys 300 295 290
Tyr Met Ala Thr Gin Arg lle Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 320 315 310 305
Lys GIn Lys lle Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 5 335 330 325
Met Gln Met lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr 60 350 345 340 10
His Leu Ser Thr Thr GIn GIn Asn Ser Phe lle Glu Asp Trp Asn Glu 365 360 355
Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 380 375 370
Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr 400 395 390 385
Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 415 410 405
Phe Gin Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys Gin 0 430 425 420
Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg lle lle Lys Glu Lys Val Thr Val 445 440 435 15
Phe Ala Arg Leu Lys Asp lle Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr Phe His 460 455 450
Ser Leu Glu Glu GIn Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 480 475 470 465
Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu 60 His 495 490 485
Gln Gly Glu GIn Lys Asn Ala Gly Lys lle Gly lle Tyr Val Lys Leu 510 505 500
Arg Asp Thr GIn Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys 5 525 520 515
Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp
540 535 530 lle lle Thr Gin lle lle Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 560 555 550 545 5
Pro Leu Val Phe Thr Gly GIn Pro lle Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 575 570 565 lle His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 590 585 580
Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu lle Asp GIn lle Gly Lys 605 600 595
GIn lle Asn Glu lle Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys lle Leu Lys 620 615 610
Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys lle Thr 5 640 635 630 625
Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu lle Glu Lys Leu lle Leu Glu 655 650 645 10
Gln Lys GIn Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe 670 665 660
Asn lle Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 685 680 675
Lys Gly Lys lle Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met 700 695 690
Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr Glu Leu 720 715 710 705
Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Glu Leu 0 735 730 725 lle Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro lle Glu Leu lle 750 745 740 15
Asp Leu Val Arg Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 765 760 755
Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr lle Glu Asn Val lle Thr Arg Val Lys 780 775 770
Asn Ser lle Gly Thr Pro Gin Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe 800 795 790 785
Ala Phe Leu Lys Glu Ser Asn Tyr Thr Val Ala Ser Leu Asp Lys 07 815 810 805 lle Glu Arg lle Leu Ser Met Pro Leu Phe lle Glu Arg Gly Phe Met 5 830 825 820
Asp Ser Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr 60 GIn His Lys
845 840 835
Glu Asp Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 860 855 850 5
GIn Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu lle lle Thr Glu Asp Lys 880 875 870 865
Arg Glu GIn Ala Lys Val Thr Lys Lys lle Lys Gln Gln GIn Lys Asn 895 890 885
Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 910 905 900
Lys Leu Pro Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr 60 Thr 925 920 915
Lys Glu Glu Arg lle Val Asn Lys Gin Val Ala Lys Asp Thr GIn Glu 5 940 935 930
Arg Asn Lys Asn Tyr lle Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gin Leu Cys 960 955 950 945 10
Glu Gly Leu Val Arg lle Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp lle Gly Asn 975 970 965
Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 990 985 980
Gln Ser Asp lle Val Trp Ser Gly Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser 1005 1000 995
Asn Lys Leu Tyr Val lle Glu Arg Gin Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 1020 1015 1010 lle Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val GIn Glu lle Glu Cys 0 1035 1030 1025 lle Val Tyr Asn Gln Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys GIn Ser 1050 1045 1040 15
Gly Asn Glu Asn Phe Lys GIn Tyr Val Leu 60 Gly Leu Leu Pro 1065 1060 1055
Arg Gly Thr Asp Val Arg Glu Met Leu lle Leu Ser Thr Asp Val 1080 1075 1070
Lys Phe Lys Lys Glu Glu lle Met Gln Leu Gly 60 Val Arg Glu 1095 1090 1085
Val Glu Gin Asp Leu Tyr Ser Leu lle Tyr lle Arg Asn Lys Phe 1110 1105 1100
Ala His Asn GIn Leu Pro lle Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu 5 1125 1120 1115
Asn Asn Tyr Arg Pro lle Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr
1140 1135 1130
Tyr Met Glu lle Phe Arg Ser lle Lys Glu Lys Tyr Ala Ser 1155 1150 1145 5 372 <210> 1127 <211>
PRT <212> 10
Prevotella sp. MSX73 <213> 372 <400>
Met GIn Lys Gin Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala lle 15 10 5 1
Phe Ala Phe Pro Lys Tyr lle Thr lle Met Glu Asn Gin Glu Lys Pro
30 25 20
Glu Pro lle Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 45 40 35 5
Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr lle Asn His lle Asn 60 55 50
Arg Arg Leu Glu lle Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 80 75 70 65 lle Lys Gly Ser Trp Asn Glu GIn Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 95 90 85
Arg Leu Arg Asp Leu lle Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 110 105 100
Ala Tyr Glu lle Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu GIn Arg 5 125 120 115
Glu Lys Glu 60 Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 140 135 130 10
Leu Phe lle Phe Leu Glu Lys Leu GIn Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 160 155 150 145
His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro lle Phe Glu Thr Ser 175 170 165
Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 190 185 180
Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn lle Asp Met Gin Arg Asp Phe 205 200 195
Thr His Leu Asn Arg Lys Lys GIn Val Gly Arg Thr Lys Asn lle lle 10 220 215 210
Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 240 235 230 225 15
Thr lle Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 255 250 245
Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 270 265 260
Asn Leu Arg Glu GIn Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle 285 280 275
Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gin Thr Lys Asp Trp Met 300 295 290
GIn Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 5 320 315 310 305
Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp
335 330 325 lle Phe Ser Asp Asp Tyr Asp Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 350 345 340 5
Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 365 360 355
Asp Leu Asn Glu lle Phe Glu GIn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly 380 375 370
Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Asn Lys Arg lle Gly Asp Glu Asp Glu 400 395 390 385
Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg lle Gln Asp 415 410 405
Phe Ala Pro Gin Asn Gin Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 5 430 425 420
Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr lle Ser Lys Thr Ala 445 440 435 10
Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys lle Gly lle Lys Phe Cys Ser 460 455 450
Thr His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu Lys Arg Glu Lys Thr Cys Asn 480 475 470 465
Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gin Phe Thr Ala Glu Ala Phe 495 490 485
Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 510 505 500
Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly lle 10 525 520 515 lle Arg Lys Glu lle Ser Asn lle Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala 540 535 530 15
Asn Asn Glu lle Asn Ser lle Ala Asp Leu Thr Cys Arg Leu GIn Lys 560 555 550 545
Thr Asn lle Leu GIn Gly His Leu Pro Lys Gln Met lle Ser lle Leu 575 570 565
Glu Gly Arg GIn Lys Asp Met Glu Lys Glu Ala Glu Arg Lys lle Gly 590 585 580
Glu Met lle Asp Asp Thr Gin Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gin 605 600 595
Thr Asn Gin Lys lle Arg lle Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 5 620 615 610
Ser Gly Lys lle Ala Asp Trp Leu Val Ser Asp Met Met Arg Phe 0
640 65 630 625
Pro Val GIn Lys Asp Thr Asn Asn Ala Pro lle Asn Asn Ser Lys Ala 655 650 645 5
Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu GIn His Ala Leu Ala Leu Phe Gly 670 665 660
Ser Glu Ser Ser Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Val 685 680 675
Gly Asn Ala Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gin Trp Glu His 700 695 690
‏ما‎ Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 720 715 710 705
Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gin Asn Trp Lys Gln Tyr GIn His 5 735 730 725
Phe Leu lle Leu Lys Val GIn Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 750 745 740 10
Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Gin Pro 765 760 755 lle Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg lle Tyr Asp 780 775 770
‏ماك‎ lle Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala lle Pro 800 795 790 785
Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gin Pro Phe Tyr Asp 815 810 805
Tyr Pro Phe Asn lle Gly Asn Lys Leu Lys Pro Gin Lys Gly GIn Phe 0 830 825 820
Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp Gin Lys Asn Lys Glu Leu 845 840 835 15
Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Asn Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 860 855 850
Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu lle Lys 880 875 870 865
Asn Gin Asp lle Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Lys Thr 895 890 885
Thr Thr Val Glu Gly Leu Lys lle Gly Glu lle His Leu Arg Asp lle 910 905 900
Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn lle Leu Asn Arg lle 15 925 920 915
Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly
940 935 930
Asn lle Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr lle Glu Glu Thr 960 955 950 945 5
Glu Thr Lys Val Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Val Leu Ala Lys Asp 975 970 965
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Leu Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp lle Asp 990 985 980
Leu Glu Lys Asn Pro lle Thr Lys Leu Ser Val Asp Tyr Glu Leu lle 1005 1000 995
Lys Tyr GIn Thr Thr Arg lle Ser lle Phe Glu Met Thr Leu Gly 1020 1015 1010
Leu Glu Lys Lys Leu lle Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 5 1035 1030 1025
Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu 60 Cys Lys Ala Asn 1050 1045 1040 10
Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu lle Ala Val Arg 1065 1060 1055
Asn Ala Phe Ser His Asn Gin Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1080 1075 1070
Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1095 1090 1085
Lys Lys lle Glu Leu Asn lle Ala Pro GIn Leu Leu Glu lle Val 1110 1105 1100
Gly Lys Ala lle Lys Glu lle Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 10 1125 1120 1115 373 <210> 1119 <211> 15
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213> 373 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Ala His lle Asp Arg GIn Leu Ala Tyr Ser Lys 10 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly Gin Trp 60 55 50 15
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Gin Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 5 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu
160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165 5
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 5 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gin Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260 10
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 0 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355 15
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 5 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gin His Leu Trp Pro Ser
460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465 5
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Asp Glu Ala 510 505 500
Ser Ala Glu Arg Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu lle Asn Thr Arg Asp 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 5 560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Gly lle Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565 10
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Val Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 10 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660 15
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gin Ser lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg Gin Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 5 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met
765 760 755
Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770 5
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gin Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 845 840 835
Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp ‏ما‎ Lys Phe Glu Arg 5 860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn GIn Asp lle lle Thr Trp Met lle Cys 880 875 870 865 10
Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 895 890 885
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr Asp Val Gln Glu Gin Gly Asn Leu 910 905 900
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 925 920 915
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu GIn Ala Pro Leu Ala 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gin Gly Asn 10 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965 15
Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gin Tyr Pro lle Ser Lys Leu 990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala 1005 1000 995
Phe Glu Gin Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1020 1015 1010
Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025
Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Asn Val 15 1050 1045 1040
Arg Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr
1065 1060 1055
Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp 1080 1075 1070 5
Pro Ser Ser Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 1095 1090 1085
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Met Ala 1110 1105 1100
Glu Arg lle lle GIn Ala 1115
374 <210> 1154 <211>
PRT <212>
Paludibacter propionicigenes <213> 374 <400>
Met Lys Thr Ser Ala Asn Asn lle Tyr Phe Asn Gly lle Asn Ser Phe 15 10 5 1
Lys Lys lle Phe Asp Ser Lys Gly Ala lle Ala Pro lle Ala Glu Lys 30 25 20
Ser Cys Arg Asn Phe Asp lle Lys Ala Gin Asn Asp Val Asn Lys Glu 40 35
Gln Arg lle His Tyr Phe Ala Val Gly His Thr Phe Lys Gln Leu Asp 60 55 50
Thr Glu Asn Leu Phe Glu Tyr Val Leu Asp Glu Asn Leu Arg Ala Lys 5 80 75 70 65
Arg Pro Thr Arg Phe lle Ser Leu 60 60 Phe Asp Lys Glu Phe lle 95 90 85 10
Glu Asn lle Lys Arg Leu lle Ser Asp lle Arg Asn lle Asn Ser His 110 105 100
Tyr lle His Arg Phe Asp Pro Leu Lys lle Asp Ala Val Pro Thr Asn 125 120 115 lle lle Asp Phe Leu Lys Glu Ser Phe Glu Leu Ala Val lle Gin lle 140 135 130
Tyr Leu Lys Glu Lys Gly lle Asn Tyr Leu 60 Phe Ser Glu Asn Pro 160 155 150 145
His Ala Asp GIn Lys Leu Val Ala Phe Leu His Asp Lys Phe Leu Pro 10 175 170 165
Leu Asp Glu Lys Lys Thr Ser Met Leu GIn Asn Glu Thr Pro Gin Leu 190 185 180 15
Lys Glu Tyr Lys Glu Tyr Arg Lys Tyr Phe Lys Thr Leu Ser Lys GIn 205 200 195
Ala Ala lle Asp Gin Leu Leu Phe Ala Glu Lys Glu Thr Asp Tyr lle 220 215 210
Trp Asn Leu Phe Asp Ser His Pro Val Leu Thr lle Ser Ala Gly Lys 240 235 230 225
Tyr Leu Ser Phe Tyr Ser Cys Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Tyr 255 250 245
Lys Ser Glu Ala Asn 60 Leu lle Ser Lys lle Lys Gly Phe Lys Lys 15 270 265 260
Asn Thr Thr Glu Glu Glu Lys Ser Lys Arg Glu lle Phe Thr Phe Phe
285 280 275
Ser Lys Arg Phe Asn Ser Met Asp lle Asp Ser Glu Glu Asn Gin Leu 300 295 290 5
Val Lys Phe Arg Asp Leu lle Leu Tyr Leu Asn His Tyr Pro Val Ala 320 315 310 305
Trp Asn Lys Asp Leu Glu Leu Asp Ser Ser Asn Pro Ala Met Thr Asp 335 330 325
Lys Leu Lys Ser Lys lle lle Glu Leu Glu lle Asn Arg Ser Phe Pro 350 345 340
Leu Tyr Glu Gly Asn Glu Arg Phe Ala Thr Phe Ala Lys Tyr Gin lle 365 360 355
Trp Gly Lys Lys His Leu Gly Lys Ser lle Glu Lys Glu Tyr lle Asn 5 380 375 370
Ala Ser Phe Thr Asp Glu Glu lle Thr Ala Tyr Thr Tyr Glu Thr Asp 400 395 390 385 10
Thr Cys Pro Glu Leu Lys Asp Ala His Lys Lys Leu Ala Asp Leu Lys 415 410 405
Ala Ala Lys Gly Leu Phe Gly Lys Arg Lys Glu Lys Asn Glu Ser Asp 430 425 420 lle Lys Lys Thr Glu Thr Ser lle Arg Glu Leu Gin His Glu Pro Asn 445 440 435
Pro lle Lys Asp Lys Leu lle GIn Arg lle Glu Lys Asn Leu Leu Thr 460 455 450
Val Ser Tyr Gly Arg Asn Gin Asp Arg Phe Met Asp Phe Ser Ala Arg 0 480 475 470 465
Phe Leu Ala Glu lle Asn Tyr Phe Gly Gin Asp Ala Ser Phe Lys Met 495 490 485 15
Tyr His Phe Tyr Ala Thr Asp Glu GIn Asn Ser Glu Leu Glu Lys Tyr 510 505 500
Glu Leu Pro Lys Asp Lys Lys Lys Tyr Asp Ser Leu Lys Phe His Gin 525 520 515
Gly Lys Leu Val His Phe lle Ser Tyr Lys Glu His Leu Lys Arg Tyr 540 535 530
Glu Ser Trp Asp Asp Ala Phe Val lle Glu Asn Asn Ala lle Gin Leu 560 555 550 545
Lys Leu Ser Phe Asp Gly Val Glu Asn Thr Val Thr lle Gin Arg Ala 5 575 570 565
Leu Leu lle Tyr Leu Leu Glu Asp Ala Leu Arg Asn lle Gln Asn Asn
590 585 580
Thr Ala Glu Asn Ala Gly Lys Gin Leu Leu GIn Glu Tyr Tyr Ser His 605 600 595 5
Asn Lys Ala Asp Leu Ser Ala Phe Lys Gin lle Leu Thr Gln Gln Asp 620 615 610
Ser lle Glu Pro Gin GIn Lys Thr Glu Phe Lys Lys Leu Leu Pro Arg 640 635 630 625
Arg Leu Leu Asn Asn Tyr Ser Pro Ala lle Asn His Leu 60 Thr Pro 655 650 645
His Ser Ser Leu Pro Leu lle Leu Glu Lys Ala Leu Leu Ala Glu Lys 670 665 660
Arg Tyr Cys Ser Leu Val Val Lys Ala Lys Ala Glu Gly Asn Tyr Asp 5 685 680 675
Asp Phe lle Lys Arg Asn Lys Gly Lys GIn Phe Lys Leu GIn Phe lle 700 695 690 10
Arg Lys Ala Trp Asn Leu Met Tyr Phe Arg Asn Ser Tyr Leu GIn Asn 720 715 710 705
Val GIn Ala Ala Gly His His Lys Ser Phe His lle Glu Arg Asp Glu 735 730 725
Phe Asn Asp Phe Ser Arg Tyr Met Phe Ala Phe Glu Glu Leu Ser Gin 750 745 740
Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asn Glu Met Phe Glu Lys Lys Gly Phe Phe Glu 765 760 755
Asn Asn Glu Phe Lys lle Leu Phe GIn Ser Gly Thr Ser Leu Glu Asn 0 780 775 770
Leu Tyr Glu Lys Thr Lys Gin Lys Phe Glu lle Trp Leu Ala Ser Asn 800 795 790 785 15
Thr Ala Lys Thr Asn Lys Pro Asp Asn Tyr His Leu Asn Asn Tyr Glu 815 810 805
GIn GIn Phe Ser Asn GIn Leu Phe Phe lle Asn Leu Ser His Phe lle 830 825 820
Asn Tyr Leu Lys Ser Thr Gly Lys Leu GIn Thr Asp Ala Asn Gly GIn 845 840 835 lle lle Tyr Glu Ala Leu Asn Asn Val GIn Tyr Leu lle Pro Glu Tyr 860 855 850
Tyr Tyr Thr Asp Lys Pro Glu Arg Ser Glu Ser Lys Ser Gly Asn Lys 5 880 875 870 865
Leu Tyr Asn Lys Leu Lys Ala Thr Lys Leu Glu Asp Ala Leu Leu Tyr
895 890 885
Glu Met Ala Met Cys Tyr Leu Lys Ala Asp Lys GIn lle Ala Asp Lys 910 905 900 5
Ala Lys His Pro lle Thr Lys Leu Leu Thr Ser Asp Val Glu Phe Asn 925 920 915 lle Thr Asn Lys Glu Gly lle Gin Leu Tyr His Leu Leu Val Pro Phe 940 935 930
Lys Lys lle Asp Ala Phe lle Gly Leu Lys Met His Lys Glu GIn Gin 960 955 950 945
Asp Lys Lys His Pro Thr Ser Phe Leu Ala Asn lle Val Asn Tyr Leu 975 970 965
Glu Leu Val Lys Asn Asp Lys Asp lle Arg Lys Thr Tyr Glu Ala Phe 5 990 985 980
Ser Thr Asn Pro Val Lys Arg Thr Leu Thr Tyr Asp Asp Leu Ala Lys 1005 1000 995 10 lle Asp Gly His Leu lle Ser Lys Ser lle Lys Phe Thr Asn Val 1020 1015 1010
Thr Leu Glu Leu Glu Arg Tyr Phe lle Phe Lys Glu Ser Leu lle 1035 1030 1025
Val Lys Lys Gly Asn Asn lle Asp Phe Lys Tyr lle Lys Gly Leu 1050 1045 1040
Arg Asn Tyr Tyr Asn Asn Glu Lys Lys Lys Asn Glu Gly lle Arg 1065 1060 1055
Asn Lys Ala Phe His Phe Gly lle Pro Asp Ser Lys Ser Tyr Asp 0 1080 1075 1070
Gln Leu lle Arg Asp Ala Glu Val Met Phe lle Ala Asn Glu Val 1095 1090 1085 15
Lys Pro Thr His Ala Thr Lys Tyr Thr Asp Leu Asn Lys GIn Leu 1110 1105 1100
His Thr Val Cys Asp Lys Leu Met Glu Thr Val His Asn Asp Tyr 1125 1120 1115
Phe Ser Lys Glu Gly Asp Gly Lys Lys Lys Arg Glu Ala Ala Gly 1140 1135 1130
Gln Lys Tyr Phe Glu Asn lle lle Ser Ala Lys 1150 1145 375 <210> 15 1119 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213>
375 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Ala His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly GIn Trp 15 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu
80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85 5
Leu Phe Glu Ser GIn Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 5 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180 10
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Arg Glu Gly Thr Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gin Met Thr Asn Glu Val Phe 10 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275 15
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Glu Asp Thr Asp Gly Ala 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 5 365 360 355
Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys
380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385 5
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gin His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala GIn Asp 5 480 475 470 465
Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Ala His Glu Leu Met Pro 495 490 485 10
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 510 505 500
Ser Ala Glu Arg Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Arg 60 Met lle Gly lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asp Met Glu 0 575 570 565
Glu Lys lle Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met Met Ala Asp Thr Asp His 590 585 580 15
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
GIn Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr 060 15 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe
685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690 5
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu GIn Ser lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 5 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Trp Val 60 Pro 800 795 790 785 10
Phe Tyr Asn Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 845 840 835
Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp GIn Lys Phe Glu Arg 860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn GIn Asp lle lle Thr Trp Met lle Cys 0 880 875 870 865
Gly Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 895 890 885 15
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr Asp Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu 910 905 900
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 925 920 915
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu GIn Ala Pro Leu Ala 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 15 975 970 965
Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gin Tyr Pro lle Ser Lys Leu
990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala 1005 1000 995 5
Phe Glu Gin Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Cys 1020 1015 1010
Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025
Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Arg Lys Val 1050 1045 1040
Arg Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr 1065 1060 1055
Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp 5 1080 1075 1070
Pro Ser Phe Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 1095 1090 1085 10
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val 1110 1105 1100
Glu Arg lle lle GIn Ala 1115
376 <210> 1179 <211>
PRT <212>
Flavobacterium columnare <213> 5 376 <400>
Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys Gin Lys Thr Phe Asn His 10 5 1 10
Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala 25 20 15
Asp Asp Asn Leu Arg GIn Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg lle Asn 40 35
Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe 60 55 50
Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 80 75 70 65
Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg lle Gin Lys His Thr Asn His 0 95 90 85
Asn Phe Glu Gin Thr Arg Glu lle Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr lle 110 105 100 15
Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro lle Thr 125 120 115 lle Asn Pro Lys lle Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val 140 135 130
Leu lle Thr lle Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 160 155 150 145
Leu Leu Lys Glu Lys Leu Arg Pro Glu Leu Thr Gin Leu Lys Asn 07 175 170 165
Lys Arg Glu Glu Leu lle Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn 5 190 185 180
Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu Arg Pro Phe Leu Glu Glu
205 200 195
Asn Lys Thr Asp Asp Lys Gln Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 220 215 210 5
Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser lle Thr Leu Thr 0 Ser 240 235 230 225
Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe Gin 255 250 245
Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Gly Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr lle 270 265 260
Lys Glu Glu Glu lle Ser Leu Asn Lys Asn Asn lle Val Tyr Met lle 285 280 275
Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 5 300 295 290 lle Lys Thr Asp Gin Gly Val Ser Thr Leu Glu Gln Asn Asn Thr Thr 320 315 310 305 10
His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gin lle 335 330 325
Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu lle Tyr Glu Thr Leu Ser 350 345 340
Glu Lys GIn GIn Lys Glu Phe Glu Glu Asp lle Asn Glu Tyr Met Arg 365 360 355
Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser lle Val Ser His 380 375 370
Lys Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 10 400 395 390 385
Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val 415 410 405 15
Asn Phe Gly Asp Tyr lle Lys Asp Arg 60 Lys Lys lle Leu Glu Ser 430 425 420 lle Gin Phe Asp Ser Glu Arg lle lle Lys Lys Glu lle His Leu Phe 445 440 435
Glu Lys Leu Ser Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 460 455 450
Glu Thr Ser Asn lle Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Asn Pro 480 475 470 465
Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn lle Pro Phe Tyr lle Asp Ser Arg 5 495 490 485
Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn GIn Lys Lys Lys Ala Gin Ser
510 505 500
GIn Asn Lys Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu Gin 525 520 515 5
Ser Lys Asp Ala lle lle Ala Met Leu GIn Lys Glu lle Gly Val Lys 540 535 530
Asp Leu GIn GIn Arg Ser Thr lle Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 560 555 550 545
Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val lle Val Lys Asp lle Lys Gly Ala Glu 575 570 565
Leu Glu Asn Lys lle Ala GIn Lys lle Arg Glu GIn Tyr Gin Ser lle 590 585 580
Arg Asp Phe Thr Leu Asp Ser Pro ‏ماه‎ Lys Asp Asn lle Pro Thr Thr 5 605 600 595
Leu lle Lys Thr lle Asn Thr Asp Ser Ser Val Thr Phe Glu Asn 07 620 615 610 10
Pro lle Asp lle Pro Arg Leu Lys Asn Ala lle Gln Lys Glu Leu Thr 640 635 630 625
Leu Thr Gin Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys Glu His Glu lle Glu Val 655 650 645
Asp Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn GIn Pro 670 665 660
Lys Asn Lys Val Asp Asp Lys Lys Leu GIn Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 685 680 675
Arg Asn Glu lle Arg Gin Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu lle 0 700 695 690
His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu 720 715 710 705 15
Leu GIn Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys lle 735 730 725
Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys lle Leu Thr 750 745 740
Lys Gly Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe lle Asp Phe 765 760 755
Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Asn Thr Glu Ser 780 775 770
Thr Phe Leu Glu Asn Gly Leu lle Gly Leu Pro Pro Lys lle Leu Lys 5 800 795 790 785
Lys Glu Leu Ser Lys Arg Phe Lys Tyr lle Phe lle Val Phe Gin Lys
815 810 805
Arg Gin Phe lle lle Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 830 825 820 5
Ala Asp Ala lle Asn Leu Ser Arg Gly lle Phe Asp Glu Lys Pro Thr 845 840 835
Met lle Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 860 855 850
Val Ala Ser Tyr GIn Tyr Asn Asn Tyr Gin Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 880 875 870 865
Pro Asp lle Val Glu Arg Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 895 890 885
Ala lle Asn Lys Val Lys lle Gin Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 5 910 905 900
Asp Thr Leu Tyr GIn Asp Leu Phe Asn GIn Pro Leu Asp Lys Ser Leu 925 920 915 10
Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Ala Glu Arg Glu Lys lle Lys Ala Asp 940 935 930
Ala Lys Ala Tyr GIn Lys Arg Asn Asp Ser Ser Leu Trp Asn Lys Val 960 955 950 945 lle His Leu Ser Leu GIn Asn Asn Arg lle Thr Ala Asn Pro Lys Leu 975 970 965
Lys Asp lle Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu GIn Asp Glu Lys lle Ala 990 985 980
Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Asp Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu 60 Lys 10 1005 1000 995
Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr 1020 1015 1010 15
Ala Leu Asn Met Glu Leu GIn Glu Tyr Glu Lys Val Arg Ser Lys 1035 1030 1025
Glu Leu Leu Lys GIn Val 60 Glu Leu Glu Lys GIn lle Leu Glu 1050 1045 1040
Glu Tyr Thr Asp Phe Leu Ser Thr ‏ماو‎ lle His Pro Ala Asp Phe 1065 1060 1055
Glu Arg Glu Gly Asn Pro Asn Phe Lys Lys Tyr Leu Ala His Ser 1080 1075 1070 lle Leu Glu Asn Glu Asp Asp Leu Asp Lys Leu Pro Glu Lys Val 15 1095 1090 1085
Glu Ala Met Arg Glu Leu Asp Glu Thr lle Thr Asn Pro lle lle
1110 1105 1100
Lys Lys Ala lle Val Leu lle lle lle Arg Asn Lys Met Ala His 1125 1120 1115 5
Asn GIn Tyr Pro Pro Lys Phe lle Tyr Asp Leu Ala Asn Arg Phe 1140 1135 1130
Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala Thr Tyr Phe Asn Arg 1155 1150 1145
Val Phe Glu Thr lle Thr Lys Glu Leu Trp Glu Asn Lys Glu Lys 1170 1165 1160
Lys Asp Lys Thr Gin Val 1175 377 <210> 5 1145 <211>
PRT <212>
Psychroflexus torquis <213> 377 <400> 10
Met Glu Ser lle lle Gly Leu Gly Leu Ser Phe Asn Pro Tyr Lys Thr 10 5 1 15
Ala Asp Lys His Tyr Phe Gly Ser Phe Leu Asn Leu Val Glu Asn Asn 25 20
Leu Asn Ala Val Phe Ala Glu Phe Lys Glu Arg lle Ser Tyr Lys Ala 45 40 35
Lys Asp Glu Asn lle Ser Ser Leu lle Glu Lys His Phe lle Asp Asn 5 60 55 50
Met Ser lle Val Asp Tyr Glu Lys Lys lle Ser lle Leu Asn Gly Tyr 80 75 70 65 10
Leu Pro lle lle Asp Phe Leu Asp Asp Glu Leu Glu Asn Asn Leu Asn 95 90 85
Thr Arg Val Lys Asn Phe Lys Lys Asn Phe lle lle Leu Ala Glu Ala 110 105 100 lle Glu Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His Phe Tyr His Asp Pro lle 125 120 115
Thr Phe Glu Asp Asn Lys Glu Pro Leu Leu Glu Leu Leu Asp Glu Val 140 135 130
Leu Leu Lys Thr lle Leu Asp Val Lys Lys Lys Tyr Leu Lys Thr Asp 10 160 155 150 145
Lys Thr Lys Glu lle Leu Lys Asp Ser Leu Arg Glu Glu Met Asp Leu 175 170 165 15
Leu Val lle Arg Lys Thr Asp Glu Leu Arg Glu Lys Lys Lys Thr Asn 190 185 180
Pro Lys lle Gin His Thr Asp Ser Ser Gin lle Lys Asn Ser lle Phe 205 200 195
Asn Asp Ala Phe Gin Gly Leu Leu Tyr Glu Asp Lys Gly Asn Asn Lys 220 215 210
Lys Thr Gln Val Ser His Arg Ala Lys Thr Arg Leu Asn Pro Lys Asp 240 235 230 225 lle His Lys GIn Glu Glu Arg Asp Phe Glu lle Pro Leu Ser Thr Ser 5 255 250 245
Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Leu Phe Leu Ser Lys Lys Glu lle Glu
270 265 260
Asp Phe Lys Ser Asn lle Lys Gly Phe Lys Gly Lys Val Val Lys Asp 285 280 275 5
Glu Asn His Asn Ser Leu Lys Tyr Met Ala Thr His Arg Val Tyr Ser 300 295 290 lle Leu Ala Phe Lys Gly Leu Lys Tyr Arg lle Lys Thr Asp Thr Phe 320 315 310 305
Ser Lys Glu Thr Leu Met Met Gin Met lle Asp Glu Leu Ser Lys Val 335 330 325
Pro Asp Cys Val Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Thr Lys ‏ماى‎ Lys Asp Phe 350 345 340 lle Glu Asp Trp Asn Glu Tyr Phe Lys Asp Asn Glu Glu Asn Thr Glu 5 365 360 355
Asn Leu Glu Asn Ser Arg Val Val His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr 380 375 370 10
Glu Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala 400 395 390 385
Asn Phe Lys Thr Leu Lys Phe GIn Val Phe Met Gly Tyr Tyr lle His 415 410 405
Asp GIn Arg Thr Lys Thr lle Gly Thr Thr Asn lle Thr Thr Glu Arg 430 425 420
Thr Val Lys Glu Lys lle Asn Val Phe Gly Lys Leu Ser Lys Met Asp 445 440 435
Asn Leu Lys Lys His Phe Phe Ser GIn Leu Ser Asp Asp Glu Asn Thr 0 460 455 450
Asp Trp Glu Phe Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asn Phe Leu Thr Gin Ala 480 475 470 465 15
Asp Asn Ser Pro Ala Asn Asn lle Pro lle Tyr Leu Glu Leu Lys Asn 495 490 485
Gln Gin lle lle Lys Glu Lys Asp Ala lle Lys Ala Glu Val Asn Gin 510 505 500
Thr Gin Asn Arg Asn Pro Asn Lys Pro Ser Lys Arg Asp Leu Leu Asn 525 520 515
Lys lle Leu Lys Thr Tyr Glu Asp Phe His Gin Gly Asp Pro Thr Ala 540 535 530 lle Leu Ser Leu Asn Glu lle Pro Ala Leu Leu His Leu Phe Leu Val 5 560 555 550 545
Lys Pro Asn Asn Lys Thr Gly Gln ‏ماي‎ lle Glu Asn lle lle Arg lle
575 570 565
Lys lle Glu Lys GIn Phe Lys Ala lle Asn His Pro Ser Lys Asn Asn 590 585 580 5
Lys Gly lle Pro Lys Ser Leu Phe Ala Asp Thr Asn Val Arg Val Asn 605 600 595
Ala lle Lys Leu Lys Lys Asp Leu Glu Ala Glu Leu Asp Met Leu Asn 620 615 610
Lys Lys His lle Ala Phe Lys Glu Asn GIn Lys Ala Ser Ser Asn Tyr 640 635 630 625
Asp Lys Leu Leu Lys Glu His GIn Phe Thr Pro Lys Asn Lys Arg Pro 655 650 645
Glu Leu Arg Lys Tyr Val Phe Tyr Lys Ser Glu Lys Gly Glu Glu Ala 5 670 665 660
Thr Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Lys Asp Phe Lys 685 680 675 10
Thr Lys Trp Lys Gly Cys GIn His Ser Glu Leu GIn Arg Lys Leu Ala 700 695 690
Phe Tyr Asp Arg His Thr Lys Gin Asp lle Lys Glu Leu Leu Ser Gly 720 715 710 705
Cys Glu Phe Asp His Ser Leu Leu Asp lle Asn Ala Tyr Phe GIn Lys 735 730 725
Asp Asn Phe Glu Asp Phe Phe Ser Lys Tyr Leu Glu Asn Arg lle Glu 750 745 740
Thr Leu Glu Gly Val Leu Lys Lys Leu His Asp Phe Lys Asn Glu Pro 10 765 760 755
Thr Pro Leu Lys Gly Val Phe Lys Asn Cys Phe Lys Phe Leu Lys Arg 780 775 770 15
Gln Asn Tyr Val Thr Glu Ser Pro Glu lle lle Lys Lys Arg lle Leu 800 795 790 785
Ala Lys Pro Thr Phe Leu Pro Arg Gly Val Phe Asp Glu Arg Pro Thr 815 810 805
Met Lys Lys Gly Lys Asn Pro Leu Lys Asp Lys Asn Glu Phe Ala Glu 830 825 820
Trp Phe Val Glu Tyr Leu Glu Asn Lys Asp Tyr Gin Lys Phe Tyr Asn 845 840 835
Ala Glu Glu Tyr Arg Met Arg Asp Ala Asp Phe Lys Lys Asn Ala Val 15 860 855 850 lle Lys Lys Gin Lys Leu Lys Asp Phe Tyr Thr Leu Gln Met Val Asn
880 875 870 865
Tyr Leu Leu Lys Glu Val Phe Gly Lys Asp Glu Met Asn Leu GIn Leu 895 890 885 5
Ser Glu Leu Phe GIn Thr Arg Gin Glu Arg Leu Lys Leu GIn Gly lle 910 905 900
Ala Lys Lys GIn Met Asn Lys Glu Thr Gly Asp Ser Ser Glu Asn Thr 925 920 915
Arg Asn GIn Thr Tyr lle Trp Asn Lys Asp Val Pro Val Ser Phe Phe 940 935 930
Asn Gly Lys Val Thr lle Asp Lys Val Lys Leu Lys Asn lle Gly Lys 960 955 950 945
Tyr Lys Arg Tyr Glu Arg Asp Glu Arg Val Lys Thr Phe lle Gly Tyr 5 975 970 965
Glu Val Asp Glu Lys Trp Met Met Tyr Leu Pro His Asn Trp Lys Asp 990 985 980 10
Arg Tyr Ser Val Lys Pro lle Asn Val lle Asp Leu Gin lle Gin Glu 1005 1000 995
Tyr Glu Glu lle Arg Ser His Glu Leu Leu Lys Glu lle Gln Asn 1020 1015 1010
Leu Glu ‏ماه‎ Tyr lle Tyr Asp His Thr Thr Asp Lys Asn lle Leu 1035 1030 1025
Leu GIn Asp Gly Asn Pro Asn Phe Lys Met Tyr Val Leu Asn Gly 1050 1045 1040
Leu Leu lle Gly lle Lys GIn Val Asn lle Pro Asp Phe lle Val 10 1065 1060 1055
Leu Lys GIn Asn Thr Asn Phe Asp Lys lle Asp Phe Thr Gly lle 1080 1075 1070 15
Ala Ser Cys Ser Glu Leu Glu Lys Lys Thr lle lle Leu lle Ala 1095 1090 1085 lle Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Asn Lys Met lle 1110 1105 1100
Tyr Asp Leu Ala Asn Glu Phe Leu Lys lle Glu Lys Asn Glu Thr 1125 1120 1115
Tyr Ala Asn Tyr Tyr Leu Lys Val Leu Lys Lys Met lle Ser Asp 1140 1135 1130
Leu Ala 5 1145 378 <210>
948 >211<
PRT <212>
Riemerella anatipestifer <213> 378 <400> 5
Met Phe Phe Ser Phe His Asn Ala GIn Arg Val lle Phe Lys His Leu 15 10 5 1
Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu Asp Tyr Lys 25 20
Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His Leu Asn Arg 5 40 35
Lys Gly Lys Asn Lys GIn Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg Tyr Arg Phe
60 55 50
Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Thr Asn 80 75 70 65 5
Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys Lys Val Ser 95 90 85
Gly Phe Lys Ala Ser His Lys GIn Arg Glu Lys Met Thr Thr Glu Val 110 105 100
Phe Cys Arg Ser Arg lle Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Arg 125 120 115
Tyr Asp His Asn GIn Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu Leu Ser Arg 140 135 130
Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asn Lys Lys His 5 160 155 150 145
Phe GIn Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu lle Glu Glu Glu 0 175 170 165 10
Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr 190 185 180
Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys Ser lle Arg 205 200 195
Phe GIn Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys lle Tyr Asp Lys Lys 220 215 210 lle Gly Asp Glu GIn Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Leu Ser 240 235 230 225
Phe Gly Arg Leu GIn Asp Phe Thr Glu lle Asn Arg Pro GIn Glu Trp 10 255 250 245
Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser Asn 60 Pro 270 265 260 15
Phe lle Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His lle Thr Asp Asn Lys lle 285 280 275
Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser Leu Glu lle 300 295 290
Lys Asp Gly Ala Asn Arg lle Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn Ser Gly Phe 320 315 310 305
Val Ala His Ala Phe lle Ser Val His Glu Leu Leu Pro Leu Met Phe 335 330 325
Tyr GIn His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys Glu Thr Val 15 350 345 340
Arg His lle Gin Arg lle Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu Arg lle Asn
365 360 355
Thr lle Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn GIn Gly Arg Leu Pro Leu Gly 380 375 370 5
Ala Phe Pro Lys GIn Met Leu Gly Leu Leu GIn Asn Lys Gin Pro Asp 400 395 390 385
Leu Ser Glu Lys Ala Lys lle Lys lle Glu Lys Leu lle Ala Glu Thr 415 410 405
Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser Ser Pro Lys 430 425 420
Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu lle Lys Thr Gly Val Leu Ala Asp 445 440 435
Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Tyr Asp Ala 5 460 455 450 ‏وماك‎ Asn GIn Pro lle Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Phe Trp 480 475 470 465 10
Phe lle Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys Asn Arg Leu 495 490 485
Glu Gly Tyr Phe Lys GIn Thr Asn Leu lle Gly Asn Thr Asn Pro His 510 505 500
Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn Leu Val Asp 525 520 515
Phe Tyr Gln Gin Tyr Leu Glu Gin Arg Glu Lys Phe Leu Glu Ala lle 540 535 530
Lys His Gln Pro Trp Glu Pro Tyr Gin Tyr Cys Leu Leu Leu Lys Val 0 560 555 550 545
Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu Gin Gly Gly 575 570 565 15 lle Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala lle Arg Glu Thr Leu 590 585 580
Ser Lys Asp Leu Thr Leu Ser Lys Pro lle Arg Lys Glu lle Lys Lys 605 600 595
His Gly Arg Val Gly Phe lle Ser Arg Ala lle Thr Leu Tyr Phe Lys 620 615 610
Glu Lys Tyr Gln Asp Lys His GIn Ser Phe Tyr Asn Leu Ser Tyr Lys 640 635 630 625
Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Lys Glu Glu His Tyr Glu Tyr 15 655 650 645
Trp Gln Gln Asn Lys Pro Gin Ser Pro Thr Glu Ser Gln Arg Leu Glu
670 665 660
Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr Lys Arg Trp 685 680 675 5
Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gin Asp lle Met 700 695 690
Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe Lys Glu Leu 720 715 710 705
Asn Leu Asn Tyr His GIn Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala Val Asn Val 735 730 725
Gln Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn GIn Thr Leu Pro Met 750 745 740
Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Thr Thr Ala Phe Gly Glu Val GIn 5 765 760 755
Tyr His Glu Thr Pro lle Arg Thr Val Tyr lle Arg Glu Glu Gin Thr 780 775 770 10
Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg 800 795 790 785
Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe lle Lys Glu Glu Asn Asp Thr Gln Lys 815 810 805
His Pro lle Ser 60 Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu lle Tyr 0 830 825 820
Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu Glu Glu Lys 845 840 835
Leu Leu Asn Lys His Ala Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn Glu Phe Arg 0 860 855 850
Thr Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Lys Tyr Ala Ala Ser Ser Met Val 880 875 870 865 15
Thr Asp Lys His lle Ala Phe lle Ala Ser Val Arg Asn Ala Phe Cys 895 890 885
His Asn GIn Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Thr Leu His Ala Pro lle Leu 910 905 900
Leu Phe Thr Val Ala GIn Pro Thr Thr Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly 925 920 915 lle Ala Glu Ala Leu Leu Lys Val Leu Arg Glu Tyr Cys Glu lle Val 940 935 930
Lys Ser Gin lle 5 945 379 <210>
1139 <211>
PRT <212>
Prevotella pleuritidis <213> 379 <400> 5
Met Glu Asn Asp Lys Arg Leu Glu Glu Ser Ala Cys Tyr Thr Leu Asn 15 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 25 20
Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys Thr Leu Glu Leu Lys Asn Lys 5 40 35
Lys Asn GIn Glu lle lle lle Asp Asn Asp GIn Asp lle Leu Ala lle
60 55 50
Lys Thr His Trp Ala Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Asp Arg 80 75 70 65 5
Leu Arg Glu Leu Met lle Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala lle 95 90 85
Tyr Ser Asn Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Glu Glu Lys GIn 110 105 100
Ala Lys Ala GIn Ser Phe Lys Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe 125 120 115
Leu Glu Lys Leu GIn Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr 140 135 130
Ser Glu Ser Ser Lys Glu Pro Glu Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys 5 160 155 150 145
Met Tyr Asn Thr Phe Asp Ala Ser lle Arg Leu Val Lys Glu Asp Tyr 175 170 165 10 ‏ها‎ Tyr Asn Lys Asp lle Asp Pro Glu Lys Asp Phe Lys His Leu Glu 190 185 180
Arg Lys Glu Asp Phe Asn Tyr Leu Phe Thr Asp Lys Asp Asn Lys Gly 205 200 195
Lys lle Thr Lys Asn Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu 220 215 210
Lys Lys Asp Ala lle Trp Met Gln Gin Lys Phe Arg Gly Phe Lys Asp 240 235 230 225
Asn Arg Gly Asn Lys Glu Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser 10 255 250 245
Arg Met Leu Leu Pro Lys lle Arg Leu Glu Ser Thr GIn Thr Gin Asp 270 265 260 15
Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser 285 280 275
Leu Tyr Glu Arg Leu Gin Gly Ala Tyr Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro 300 295 290
Phe Asp Ser lle Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Arg 320 315 310 305
Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg 335 330 325
Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Lys Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp 5 350 345 340
Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Lys Lys Leu lle Gly Gly Lys
365 360 355
Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle 380 375 370 5
GIn Glu Phe Thr Lys Gln Asn Arg Pro Asp Lys Trp GIn Ala lle lle 400 395 390 385
Lys Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Asn Glu Arg Tyr lle Ser Glu 415 410 405
Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gin Lys lle Gly lle Arg Phe 430 425 420
Arg Asn Asp Asn Asn Asp lle Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu 445 440 435
Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Asn Leu Asp Lys Pro Tyr Gln Ala Glu 5 460 455 450
Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu 480 475 470 465 10
Leu Leu Lys Met Glu Asn Thr Asp Asn Asp Lys Glu Asp Asn Glu Val 495 490 485
Gly Thr Lys Lys Lys Gly Asn Lys Asn Asn Lys 60 Glu Lys His Lys 510 505 500 lle Glu Glu lle lle Glu Asn Lys lle Lys Asp lle Tyr Ala Leu Tyr 525 520 515
Asp Ala Phe Thr Asn Gly Glu lle Asn Ser lle Asp Glu Leu Ala Glu 540 535 530
Gln Arg Glu Gly Lys Asp lle Glu lle Gly His Leu Pro Lys Gin Leu 0 560 555 550 545 lle Val lle Leu Lys Asn Lys Ser Lys Asp Met Ala Glu Lys Ala Asn 575 570 565 15
Arg Lys GIn Lys Glu Met lle Lys Asp Thr Lys Lys Arg Leu Ala Thr 590 585 580
Leu Asp Lys Gin Val Lys Gly Glu lle Glu Asp Gly Gly Arg Asn lle 605 600 595
Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met 620 615 610
Met Arg Phe Gin Pro Val Gin Lys Asp Asn Glu Gly Lys Pro Leu Asn 640 635 630 625
Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gin Met Leu GIn Arg Ser Leu 5 655 650 645
Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gin Val
670 665 660
Asn Leu lle Lys Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Glu Asp Thr Lys 685 680 675 5
Trp Glu Glu Cys Tyr Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Lys 700 695 690
Ala Lys lle Lys Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Lys Lys 720 715 710 705
Asn GIn Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Lys Thr 735 730 725
Leu Val 60 Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe 750 745 740
Thr Glu Pro lle Lys Glu Trp Phe Lys Arg His GIn Asn Asp Ser Glu 5 765 760 755
Glu Tyr Lys Lys Val Glu Ala Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Ala Lys 780 775 770 10
Val lle Pro Leu Phe Phe Lys Glu Glu Tyr Phe Lys Glu Asp Ala 0 800 795 790 785
Lys Glu lle Asn Asn Cys Val GIn Pro Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn 815 810 805
Val Gly Asn lle His Lys Pro Glu Glu Lys Asn Phe Leu His Cys Glu 830 825 820
Glu Arg Arg Lys Leu Trp Asp Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr 845 840 835
Lys Ala Lys Glu Lys Ser Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu 10 860 855 850
His Arg Ser Tyr Leu Glu Phe GIn Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu 880 875 870 865 15
Leu Arg Leu Val Arg Asn GIn Asp lle Leu Thr Trp Leu Leu Cys Thr 895 890 885
Lys Leu lle Asp Lys Leu Lys lle Asp Glu Leu Asn lle Glu Glu Leu 910 905 900
Gln Lys Leu Arg Leu Lys Asp lle Asp Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu 925 920 915
Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg Val Met Pro Met Arg Leu Pro Val Thr 940 935 930
Val Tyr Glu lle Asp Lys Ser Phe Asn lle Val Lys Asp Lys Pro Leu 15 960 955 950 945
His Thr Val Tyr lle Glu Glu Thr Gly Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly
975 970 965
Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser 990 985 980 5
Phe Val Lys Thr Ser Ser Glu Ala Glu Ser Lys Ser Lys Pro lle Ser 1005 1000 995
Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Ala Tyr GIn Lys Ala Arg 1020 1015 1010 lle Asp lle lle Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Lys Thr Leu lle 1035 1030 1025
Asp Asn Asp Glu Asn Leu Pro Thr Asn Lys Phe Ser Asp Met Leu 1050 1045 1040
Lys Ser Trp Leu Lys Gly Lys Gly Glu Ala Asn Lys Ala Arg Leu 5 1065 1060 1055
Gln Asn Asp Val Gly Leu Leu Val Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser 1080 1075 1070 10
His Asn Gin Tyr Pro Met Tyr Asn Ser Glu Val Phe Lys Gly Met 1095 1090 1085
Lys Leu Leu Ser Leu Ser Ser Asp lle Pro Glu Lys Glu Gly Leu 1110 1105 1100
Gly lle Ala Lys GIn Leu Lys Asp Lys lle Lys Glu Thr lle Glu 1125 1120 1115
Arg lle lle Glu lle Glu Lys Glu lle Arg Asn 1135 1130 380 <210> 10 1135 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213> 380 <400> 15
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 10 5 1
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 30 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 10 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65 15
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 5 160 155 150 145
Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala
175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180 5
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 5 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275 10
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 0 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370 15
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 15 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met GIn Ser Asp Phe Leu Arg Lys
480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu 60١ Phe Ser 495 490 485 5
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gin Asn Pro 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser GIn Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asp GIn Arg ‏صاى‎ Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 5 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu 60 Lys Phe 590 585 580 10
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala GIn Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gin Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 0 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 685 680 675 15
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 15 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe
780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785 5
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gin Glu Asp Asp Arg 5 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 10 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 910 905 900
Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 10 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 15 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 15 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly
1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085 5
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130
381 <210> 1135 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213> 381 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 15 10 5 1
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 30 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 5 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser ‏(ا6‎ lle Glu Lys Asp 95 90 85 10
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
GIn Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 0 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180 15
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210
Asn Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 5 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu
285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290 5
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 5 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385 10
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gin Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gin Ser Gly Phe Leu Arg Lys 0 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 495 490 485 15
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gln Asn Pro 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asn Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 5 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe
590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595 5
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala Gin Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gin Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 5 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690 10
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 10 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met ‏ماى‎ Pro Phe Tyr 800 795 790 785 15
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gin Glu Asp Asp Arg 15 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp
895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Lys Glu Asn 910 905 900 5
Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 5 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995 10
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 10 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085 15
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100
Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 382 <210> 1135 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213> 382 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 15 10 5 1
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 30 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 45 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 5 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp
95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100 5
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
GIn Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 5 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195 10
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu 0 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290 15
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 15 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu
400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405 5
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gin Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gin Ser Gly Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu GIn Phe Ser 5 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gin Asn Pro 510 505 500 10
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asn Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 0 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595 15
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala Gin Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gin Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 15 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr
700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705 5
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 5 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805 10
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 0 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 910 905 900 15
Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 15 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg
1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010 5
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 5 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100 10
Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130
383 <210> 1135 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213> 5 383 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 10 5 1 10
Glu Asp Asp Pro GIn Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 25 20 15
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 0 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100 15
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 15 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg
205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210 5
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala 60 Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 5 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305 10
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 0 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405 15
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met 60 Ser Asp Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 15 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gln Asn Pro
510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515 5
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asp Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Gin Lys Phe 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 5 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610 10
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala GIn Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gin Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 0 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705 15
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Val Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met GIn Pro Phe Tyr 5 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle
815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820 5
Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Tyr lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys lle Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Lys Glu Asn 5 910 905 900
GIn Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915 10
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 0 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010 15
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn Gin Phe Pro Cys Ala Ala Glu lle Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 15 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle
1110 1105 1100
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115 5
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 384 <210> 1135 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213> 15 384 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val
15 10 5 1
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 30 25 20 5
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 45 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 5 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115 10
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 0 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210 15
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Ash Glu Glu 5 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr
320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 5 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 5 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420 10
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met 60 Ser Asp Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gin Asn Pro 10 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515 15
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asn Gin Arg ‏صاى‎ Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 5 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu
620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625 5
Ser Leu Ala Gin Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 5 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725 10
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 0 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820 15
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 5 910 905 900
Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu
925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930 5
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 5 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025 10
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser GIn Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 10 1110 1105 1100
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115 15
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130
385 >210< 1133 <211>
PRT <212> 5
Prevotella falsenii <213> 385 <400>
Met Lys Asn Asp Asn Asn Ser Thr Lys Ser Thr Asp Tyr Thr Leu Gly 0 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 25 20 15
Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn Lys 40 35
Lys Asp GIn Glu lle lle lle Asp Asn Asp GIn Asp lle Leu Ala lle 60 55 50
Lys Thr Leu Trp Gly Lys Val Asp Thr Asp lle Asn Lys Lys Asp Arg 80 75 70 65
Leu Arg Glu Leu lle Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala Thr 95 90 85
Tyr GIn GIn Ser Ser Thr Asn Asn Thr Lys Gin Lys Glu Glu Glu GIn 5 110 105 100
Ala Lys Ala GIn Ser Phe Glu Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe
125 120 115
Leu Glu Lys Leu Arg Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys His 140 135 130 5
Ser Lys Ser Leu Glu Glu Pro Lys Leu Glu Glu Lys Leu Leu Glu Asn 160 155 150 145
Met Tyr Asn lle Phe Asp Thr Asn Val Gin Leu Val lle Lys Asp Tyr 175 170 165
Glu His Asn Lys Asp lle Asn Pro Glu Glu Asp Phe Lys His Leu Gly 190 185 180
Arg Ala Glu Gly Glu Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Arg Asn Lys Lys Gly 205 200 195
Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu 5 220 215 210
Lys Lys Asp Ala lle Trp Ala Gin Thr Lys lle Lys Gly Phe Lys Asp 240 235 230 225 0
Asn Arg Glu Asn Lys GIn Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser 255 250 245
Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr GIn Thr Gin Asp 270 265 260
Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser 285 280 275
Leu Tyr Lys Arg Leu 60 Gly Glu Lys Arg Glu Lys Phe Arg Val Pro 300 295 290
Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys 0 320 315 310 305
Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg 335 330 325 15
Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp 350 345 340
Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Lys Lys ‏ماى‎ lle Gly Asp Lys 365 360 355
Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle 380 375 370
GIn Glu Phe Ala Lys Glu Asn Arg Pro Asp Glu Trp Lys Ala Leu Val 400 395 390 385
Lys Asp Leu Asp Thr Phe Glu Glu Ser Asn Glu Pro Tyr lle Ser Glu 5 415 410 405
Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gin Lys lle Gly lle Arg Asn
430 425 420
Lys Asn Lys Lys Lys Lys Lys Thr lle Trp Pro Ser Leu Glu Thr Lys 445 440 435 5
Thr Thr Val Asn Glu Arg Ser Lys Tyr Asn Leu Gly Lys Ser Phe Lys 460 455 450
Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr 480 475 470 465
Tyr Leu Leu Leu Asn Lys Glu Glu Pro Asn Asn Gly Lys lle Asn Ala 495 490 485
Ser Lys Val Glu Gly lle lle Glu Lys Lys lle Arg Asp lle Tyr Lys 510 505 500
Leu Tyr Gly Ala Phe Ala Asn Glu Glu lle Asn Asn Glu Glu Glu Leu 5 525 520 515
Lys Glu Tyr Cys Glu Gly Lys Asp lle Ala lle Arg His Leu Pro Lys 540 535 530 10
Gln Met lle Ala lle Leu Lys Asn Glu Tyr Lys Asp Met Ala Lys Lys 560 555 550 545
Ala Glu Asp Lys GIn Lys Lys Met lle Lys Asp Thr Lys Lys Arg Leu 575 570 565
Ala Ala Leu Asp Lys 60 Val Lys Gly Glu Val Glu Asp Gly Gly Arg 590 585 580
Asn lle Lys Pro Leu Lys Ser Gly Arg lle Ala Ser Trp Leu Val Asn 605 600 595
Asp Met Met Arg Phe GIn Pro Val Gin Arg Asp Arg Asp Gly Tyr Pro 10 620 615 610
Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr GIn Leu Leu GIn Arg 640 635 630 625 15
Thr Leu Ala Leu Phe Gly Ser Glu Arg Glu Arg Leu Ala Pro Tyr Phe 655 650 645
Arg Gln Met Asn Leu lle Gly Lys Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Lys 670 665 660
Asp Thr Lys Trp Lys Glu His Asn Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Ser 685 680 675
Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Gly Ser Leu Lys Pro Glu Asp 700 695 690
Trp Lys Lys Asn GIn Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn 5 720 715 710 705
Arg Glu Thr Leu Val 60 Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg
735 730 725
Gly lle Phe Thr Glu Pro lle Arg Glu Trp Phe lle Arg His Gln Asn 750 745 740 5
Glu Ser Glu Glu Tyr Lys Lys Val Lys Asp Phe Asp Arg lle Gly Leu 765 760 755
Val Ala Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Lys Glu Asp Tyr Gin Lys Glu 780 775 770 lle Glu Asp Tyr Val Gln Pro Phe Tyr Gly Tyr Pro Phe Asn Val Gly 800 795 790 785
Asn lle His Asn Ser GIn Glu Gly Thr Phe Leu Asn Lys Lys Glu Arg 815 810 805
Glu Glu Leu Trp Lys Gly Asn Lys Thr Lys Phe Lys Asp Tyr Lys Thr 5 830 825 820
Lys Glu Lys Asn Lys Glu Lys Thr Asn Lys Asp Lys Phe Lys Lys Lys 845 840 835 10
Thr Asp Glu Glu Lys Glu Glu Phe Arg Ser Tyr Leu Asp Phe GIn Ser 860 855 850
Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gin Asp lle 880 875 870 865
Val Thr Trp Leu Leu Cys Met Glu Leu lle Asp Lys Leu Lys lle Asp 895 890 885
Glu Leu Asn lle Glu Glu Leu Gin Lys Leu Arg Leu Lys Asp lle Asp 910 905 900
Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg lle Met 10 925 920 915
Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu Thr Asp Asp Ser Asn Asn 940 935 930 15 lle lle Lys Asp Lys Pro Leu His Thr lle Tyr lle Lys Glu Ala Glu 960 955 950 945
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg 975 970 965
Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Glu Thr Ser Ser Glu Ala Glu 990 985 980
Leu Lys Ser Lys Pro lle Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu Gly 1005 1000 995
Glu Tyr GIn Arg Ala Arg Val Glu lle lle Lys Asp Met Leu Arg 5 1020 1015 1010
Leu Glu Glu Thr Leu lle Gly Asn Asp Glu Lys Leu Pro Thr Asn
1035 1030 1025
Lys Phe Arg Gln Met Leu Asp Lys Trp Leu Glu His Lys Lys Glu 1050 1045 1040 5
Thr Asp Asp Thr Asp Leu Lys Asn Asp Val Lys Leu Leu Thr Glu 1065 1060 1055
Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr Pro Met Arg Asp Arg 1080 1075 1070 lle Ala Phe Ala Asn lle Lys Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn 1095 1090 1085
Thr Ser Asn Glu Glu Gly Leu Gly lle Ala Lys Lys Leu Lys Asp 1110 1105 1100
Lys Thr Lys Glu Thr lle Asp Arg lle lle Glu lle Glu Glu GIn 5 1125 1120 1115
Thr Ala Thr Lys Arg 1130 10 386 <210> 1116 <211>
PRT <212> 15
Prevotella pleuritidis <213> 386 <400>
Met Glu Asn Asp Lys Arg Leu Glu Glu Ser Thr Cys Tyr Thr Leu Asn 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 5 25 20
Tyr lle Thr lle Asn His lle Asn Lys Leu Leu Glu lle Arg Gin lle 40 35 10
Asp Asn Asp Glu Lys Val Leu Asp lle Lys Ala Leu Trp Gin Lys Val 60 55 50 15
Asp Lys Asp lle Asn GIn Lys Ala Arg Leu Arg Glu Leu Met lle Lys 80 75 70 65
His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala lle Tyr Ser Asn Asn Lys Glu Asp 95 90 85
Lys Glu Glu Val Lys Glu Glu Lys GIn Ala Lys Ala Gin Ser Phe Lys 110 105 100
Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe Leu Glu Lys Leu GIn Glu Ala 0 125 120 115
Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Ser Ser Glu Ser Ser Lys Glu Pro 140 135 130 15
Glu Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn Thr Phe Gly Val 160 155 150 145
Ser lle Arg Leu Val Lys Glu Asp Tyr Gln Tyr Asn Lys Asp lle Asp 175 170 165
Pro Glu Lys Asp Phe Lys His Leu Glu Arg Lys Glu Asp Phe Asn Tyr 190 185 180
Leu Phe Thr Asp Lys Asp Asn Lys Gly Lys lle Thr Lys Asn Gly Leu 205 200 195
Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Met 5 220 215 210
GIn Gin Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn Arg Gly Asn Lys Glu Lys
240 235 230 225
Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys lle 255 250 245 5
Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gin Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu 270 265 260
Asn Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu GIn Gly 285 280 275
Ala Tyr Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro Phe Asp Ser lle Asp Glu Asp 300 295 290
Tyr Asp Ala Glu Gin Glu Pro Phe Arg Asn Thr Leu Val Arg His 0 320 315 310 305
Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle 5 335 330 325
Phe Lys Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser 350 345 340 10 lle Tyr Lys Lys Leu lle Gly Asp Asn Lys Glu Asp Arg His Leu Thr 365 360 355
His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle Gin Glu Phe Ala Lys GIn Lys 380 375 370
Arg Pro Asn Glu Trp Gin Ala Leu Val Lys Asp Leu Asp lle Tyr Glu 400 395 390 385
Thr Ser Asn Glu Gin Tyr lle Ser Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu 415 410 405
Glu Asn GIn Lys lle Gly lle Arg Phe Lys Asn Lys Lys Asp Lys lle 0 430 425 420
Trp Pro Ser Leu Glu Thr Asn Gly Lys Glu Asn Glu Lys Ser Lys Tyr 445 440 435 15
Asn Leu Asp Lys Ser Phe Gin Ala Glu Ala Phe Leu Ser lle His Glu 460 455 450
Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Asp Leu Leu Leu Lys Lys Glu Glu Pro 480 475 470 465
Asn Asn Asp Glu Lys Asn Ala Ser lle Val Glu Gly Phe lle Lys Lys 495 490 485
Glu lle Lys Arg Met Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Glu Glu 510 505 500 lle Asn Ser Lys Glu Gly Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Asn Lys Gly Phe 15 525 520 515
Gln Glu Arg His Leu Pro Lys Gin Met lle Ala lle Leu Thr Asn Lys
540 535 530
Ser Lys Asn Met Ala Glu Lys Ala Lys Arg Lys GIn Lys Glu Met lle 560 555 550 545 5
Lys Asp Thr Lys Lys Arg Leu Ala Thr Leu Asp Lys Gin Val Lys Gly 575 570 565
Glu lle Glu Asp Gly Gly Arg Asn lle Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu 590 585 580 lle Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Ser Val GIn 605 600 595
Lys Asp Lys Glu Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr 620 615 610
Glu Tyr GIn Met Leu GIn Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu GIn 5 640 635 630 625
Lys Pro Thr Pro Tyr Phe lle Gln Val Asn Leu lle Lys Ser Ser Asn 655 650 645 10
Pro His Pro Phe Leu Glu Glu Thr Lys Trp Glu Glu Cys Asn Asn lle 670 665 660
Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu 685 680 675
Ser Leu Lys Pro Glu Asp Trp Lys Lys Asn Gin Tyr Phe Leu Met Leu 700 695 690
Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Lys Thr Leu Val Gin Gly Trp Lys Asn 720 715 710 705
Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Pro lle Lys Glu Trp 0 735 730 725
Phe Lys Arg His GIn Asn Asp Ser Glu Glu Tyr Lys Lys Val Glu Ala 750 745 740 15
Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Ala Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Lys 765 760 755
Glu Glu Tyr Phe Lys Glu Asp Ala GIn Lys Glu lle Asn Asn Cys Val 780 775 770 ‏دا‎ Pro Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn lle His Lys Pro 800 795 790 785
Glu Glu Lys Asn Phe Leu His Cys Glu Glu Arg Arg Lys Leu Trp Asp 815 810 805
Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Glu Lys Ser Lys 15 830 825 820
Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu His Arg Ser Tyr Leu Glu Phe
845 840 835
Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn 07 860 855 850 5
Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu lle Asp Lys Leu Lys 880 875 870 865 lle Asp Glu Leu Asn lle Glu Glu Leu GIn Lys Leu Arg Leu Lys Asp 895 890 885 lle Asp Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg 910 905 900 lle Met Pro Met Gin Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu lle Asp Lys Ser 925 920 915
Phe Asn lle Val Lys Asp Lys Pro Leu His Thr lle Tyr lle Glu Glu 5 940 935 930
Thr Gly Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 960 955 950 945 10
Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Lys Thr Ser Ser Glu 975 970 965
Ala Glu Ser Lys Ser Lys Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 990 985 980
Leu Gly Ala Tyr GIn Lys Ala Arg lle Asp lle lle Lys Asp Met Leu 1005 1000 995
Ala Leu Glu Lys Thr Leu lle Asp Asn Asp Glu Asn Leu Pro Thr 1020 1015 1010
Asn Lys Phe Ser Asp Met Leu Lys Ser Trp Leu Lys Gly Lys Gly 10 1035 1030 1025
Glu Ala Asn Lys Ala Arg Leu GIn Asn Asp Val Asp Leu Leu Val 1050 1045 1040 15
Ala lle Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr Pro Met Tyr Asn 1065 1060 1055
Ser Glu Val Phe Lys Gly Met Lys Leu Leu Ser Leu Ser Ser Asp 1080 1075 1070 lle Pro Glu Lys Glu Gly Leu Gly lle Ala Lys Gin Leu Lys Asp 1095 1090 1085
Lys lle Lys Glu Thr lle Glu Arg lle lle Glu lle Glu Lys Glu 1110 1105 1100 lle Arg Asn 5 1115 387 <210>
1119 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213> 387 <400> 5
Met Thr Glu GIn Asn Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Ala His lle Asp Arg GIn Leu Ala Tyr Ser Lys 15 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly 60 Trp
60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 5 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Gin Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 5 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165 10
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Arg Glu Gly Thr Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met 60 Lys Lys lle Arg Gly 10 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gin Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260 15
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro lle Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 5 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser
365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370 5
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gin His Leu Trp Pro Ser 5 460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala GIn Asp 480 475 470 465 10
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu lle Asp Thr Leu Asp 540 535 530
Arg Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 10 560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Ala lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565 15
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 15 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro
670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675 5
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gin Ser lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 5 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770 10
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 845 840 835
Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp ‏ما‎ Lys Phe Glu Arg 0 860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 0 Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys 880 875 870 865 15
Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 895 890 885
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr Asp Val His Glu GIn Gly Ser Leu 910 905 900
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 925 920 915
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Gin Ala Pro Leu Ala 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Glin Gly Asn 5 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe
975 970 965
Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gin Tyr Pro lle Ser Lys Leu 990 985 980 5
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala 1005 1000 995
Phe Glu Gin Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1020 1015 1010
Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025
Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Arg Lys Val 1050 1045 1040
Arg Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr 5 1065 1060 1055
Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp 1080 1075 1070 10
Pro Ser Ser Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 1095 1090 1085
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Met Ala 1110 1105 1100
Glu Arg lle lle GIn Val 1115 388 <210> 1175 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gulae <213> 388 <400>
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 10 5 1 15
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp GIn Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 0 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85 15
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 5 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val
190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195 5
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 5 285 280 275
Met Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290 10
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 10 380 375 370
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385 15
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser Gin Thr Ser Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly 60 His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala GIn Asp 5 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro
495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500 5
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Leu Lys 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Lys GIn Met lle Ala lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asn Met Glu 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 5 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595 10
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Ala Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 0 685 680 675
Leu His Asp Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690 15
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Met Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 15 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val 60 Pro
800 795 790 785
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805 5
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 845 840 835
Arg lle Glu Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu Gin Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys lle Asn Leu Ala Lys 5 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala Gin Glu His Pro Tyr His Asp Phe 910 905 900 10
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr 960 955 950 945
Asn Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 10 990 985 980
His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 1005 1000 995 15
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu 60 Thr 1065 1060 1055
Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 5 1080 1075 1070
Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu
1095 1090 1085
Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100 5
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115
Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg lle lle 1170 1165 1160
Gln Ala 5 1175 389 <210> 1119 <211> 10
PRT <212>
Porphyromonas gulae <213> 389 <400>
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 5 45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Gin Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 60 55 50 10
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu 0 Lys Leu Lys Asp 10 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145 15
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu 60 Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val ‏ماى‎ Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 15 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly
255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260 5
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 5 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355 10
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Val lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser Gin Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 0 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 460 455 450 15
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp 5 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu
560 555 550 545
Pro Lys GIn Met lle Gly lle Leu Ser GIn Glu His Lys Asn Met Glu 575 570 565 5
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 5 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660 10
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu Asp Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 10 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755 15
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 15 845 840 835
Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp GIn Lys Phe Glu Arg
860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn GIn Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys 880 875 870 865 5
Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 895 890 885
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Pro Asn Val 60 Glu Gin Gly Ser Leu 910 905 900
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 925 920 915
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gin Gly Asn 5 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965 10
Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu 990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Val 1005 1000 995
Phe Glu Leu Thr Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Ser Arg Tyr 1020 1015 1010
Pro His Leu Pro Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025
Ser Asp Pro Leu Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val 0 1050 1045 1040
Arg Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr 1065 1060 1055 15
Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp 1080 1075 1070
Pro Ser Ser Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 1095 1090 1085
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gin Ala Lys Glu Thr Val 1110 1105 1100
Glu Arg lle lle GIn Ala 1115 390 <210> 15 1119 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gulae <213>
390 <400>
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Gin Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 5 60 55 50
Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu
80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85 5
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 5 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180 10
Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Gly Pro Tyr Glu Gin Met Thr Asn Glu Val Phe 10 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275 15
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 5 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys
380 375 370
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385 5
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser Gin Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gin Asp 5 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485 10
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Lys Asp Val 525 520 515
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Leu Lys 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Ser Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Lys GIn Met lle Gly lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asn Met Glu 0 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580 15
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
GIn Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr 060 15 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe
685 680 675
Leu Asp Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690 5
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Asn Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 5 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785 10
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 845 840 835
Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp Gin Lys Phe Glu Arg 860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn GIn Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys 0 880 875 870 865
Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 895 890 885 15
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr Asp Val His Glu Gln Gly Ser Leu 910 905 900
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 925 920 915
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu GIn Ala Pro Leu Ala 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 15 975 970 965
Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu
990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala 1005 1000 995 5
Phe Glu Gin Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1020 1015 1010
Pro His Leu Pro Asp Glu Asn Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025
Ser Asp Pro Leu Leu Gly Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Lys Val 1050 1045 1040
Arg Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr 1065 1060 1055
Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp 5 1080 1075 1070
Pro Ser Ser Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 1095 1090 1085 10
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gin Ala Lys Glu Thr Val 1110 1105 1100
Glu Arg lle lle GIn Ala 1115
391 <210> 1175 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gulae <213> 5 391 <400>
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 10 5 1 10
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 25 20 15
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg GIn Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp ‏صاى‎ Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 60 55 50
Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys | 0 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100 15
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val GIn Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 15 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp
205 200 195
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210 5
Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 5 300 295 290
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305 10
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 0 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405 15
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser 60 Thr Ser Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly 60 His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 5 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val
510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515 5
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Leu Lys 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Lys GIn Met lle Ala lle Leu Ser 60 Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys lle Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg ‏ماو‎ Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 5 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610 10
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Lys Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 10 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705 15
Ser Asp Arg Met Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val 60 Pro 5 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys
815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 830 825 820 5
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 845 840 835
Arg lle Glu Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu Gin Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys lle Asn Leu Ala Lys 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala GIn Glu His Pro Tyr His Asp Phe 5 910 905 900
Lys Ser Trp GIn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915 10
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Pro 960 955 950 945
Asn Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 990 985 980
His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 10 1005 1000 995
Thr Lys Leu Leu Lys Glin Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010 15
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1065 1060 1055
Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1080 1075 1070
Asp Glu Ser Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 15 1095 1090 1085
Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu lle
1110 1105 1100
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115 5
Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg lle lle 1170 1165 1160
Gln Val 1175 392 <210> 5 1119 <211>
PRT <212>
Poprhyromonas gulae <213> 392 <400> 10
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 10 5 1 15
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg 60 Leu Ala Tyr Ser Lys 45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly GIn Trp 5 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 10 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Phe Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 10 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165 15
Val Ser Val GIn Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Glu Val 190 185 180
Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met Gin Lys Lys lle Arg Gly 5 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Pro Tyr Glu Gin Met Thr Asn Glu Val Phe
270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275 5
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 5 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370 10
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 10 460 455 450
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465 15
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Leu Lys 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 5 560 555 550 545
Pro Lys GIn Met lle Gly lle Leu Ser 60 Glu Arg Lys Asp Met Glu
575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580 5
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
GIn Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 5 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675 10
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn Cys Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 10 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770 15
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 845 840 835
GIn Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 5 860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 60 Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys
880 875 870 865
Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 895 890 885 5
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Pro Asn Val 60 Glu Gin Gly Ser Leu 910 905 900
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 925 920 915
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 5 975 970 965
Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gin Tyr Pro lle Ser Lys Leu 990 985 980 10
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala 1005 1000 995
Phe Glu Gin Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1020 1015 1010
Pro His Leu Pro Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025
Ser Asp Pro Leu Leu Thr Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val 1050 1045 1040
Arg Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gin Tyr 0 1065 1060 1055
Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Trp Lys Tyr Asp 1080 1075 1070 15
Pro Ser Ser Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 1095 1090 1085
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr lle 1110 1105 1100
Glu Arg lle lle GIn Ala 1115 393 <210> 1174 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gulae <213> 393 <400>
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp GIn Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 5 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys
95 90 85
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100 5
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val Gin Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 5 190 185 180
Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195 10
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Gly Pro Tyr Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 0 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290 15
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 5 380 375 370
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu
400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405 5
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Leu Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser Gin Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Cys Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 5 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500 10
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Leu Lys 540 535 530
Glu Leu Asp Thr Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Lys GIn Met lle Thr lle Leu Ser Gln Glu Arg Lys Asp Met Lys 575 570 565
Glu Lys lle Arg Lys Lys Leu ‏(ا6‎ Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 0 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595 15
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Ala Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 5 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr
700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705 5
Ser Asp Arg Val Glu Asn Cys Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Asp Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 5 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805 10
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Asp Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 830 825 820
Met Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 845 840 835
Arg lle Lys Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu Gin Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys lle Asn Leu Ala Lys 10 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 60 Glu His Pro Tyr His Asp Phe 910 905 900 15
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Pro 960 955 950 945
Asn Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 15 990 985 980
His Lys Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asn Thr
1005 1000 995
Lys Leu Leu Lys 60 Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg 1020 1015 1010 5
Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala 1035 1030 1025
Met Glu ‏ما‎ Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu Leu 1050 1045 1040
Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr Leu 1065 1060 1055
Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Ser Arg Tyr Pro His Leu Pro Asp 1080 1075 1070
Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu Leu 5 1095 1090 1085
Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu lle Ala 1110 1105 1100 10
Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr Pro Met Tyr Asp Glu 1125 1120 1115
Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro Asp 1140 1135 1130
Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu Ser 1155 1150 1145
Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg lle lle GIn 1170 1165 1160
Ala 0 394 <210> 1135 <211> 15
PRT <212>
Porphyromonas gulae <213> 394 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Thr Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 15 10 5 1
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 10 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50 15
Leu Ser lle Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Cys Phe Asp Pro Asp Ser Gly lle Glu Lys Asp 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Lys Val Ser Pro Asp 15 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Ala Tyr Thr Phe Ala Cys Glu Arg Ala
160 155 150 145
Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Leu Leu Ala 175 170 165 5
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Phe Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 5 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260 10
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 0 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355 15
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gin Ser Met 5 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu
460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met 60 Ser Asp Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465 5
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu GIn Phe Ser 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gln Asn Pro 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asn Gin Arg GIn Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 5 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565 10
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala GIn Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gin Phe Arg Ala 0 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660 15
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu ‏ماه‎ Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys GIn 5 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met
765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770 5
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820
Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Tyr lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 5 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865 10
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 910 905 900
‏ماك‎ Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 0 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965 15
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser GIn Tyr Leu lle Leu lle Arg 15 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro
1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070 5
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100
Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 395 <210> 5 1218 <211>
PRT <212>
Capnocytophaga cynodegmi <213> 395 <400> 10
Met Glu Asn Lys Thr Ser Leu Gly Asn Asn lle Tyr Tyr Asn Pro Phe 10 5 1 15
Lys Pro GIn Asp Lys Ser Tyr Phe Ala Gly Tyr Leu Asn Ala Ala Met 25 20
Glu Asn lle Asp Ser Val Phe Arg Glu Leu Gly Lys Arg Leu Lys Gly 45 40 35
Lys Glu Tyr Thr Ser Glu Asn Phe Phe Asp Ala lle Phe Lys Glu Asn 5 60 55 50 lle Ser Leu Val Glu Tyr Glu Arg Tyr Val Lys Leu Leu Ser Asp Tyr 80 75 70 65 10
Phe Pro Met Ala Arg Leu Leu Asp Lys Lys Glu Val Pro lle Lys Glu 95 90 85
Arg Lys Glu Asn Phe Lys Lys Asn Phe Arg Gly lle lle Lys Ala Val 110 105 100
Arg Asp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Glu His Gly Glu Val Glu 125 120 115 lle Thr Asp Glu lle Phe Gly Val Leu Asp Glu Met Leu Lys Ser Thr 140 135 130
Val Leu Thr Val Lys Lys Lys Lys lle Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu 0 160 155 150 145 lle Leu Lys Lys Ser lle Glu Lys Gin Leu Asp lle Leu Cys GIn Lys 175 170 165 15
Lys Leu Glu Tyr Leu Lys Asp Thr Ala Arg Lys lle Glu Glu Lys Arg 190 185 180
Arg Asn 60 Arg Glu Arg Gly Glu Lys Lys Leu Val Pro Arg Phe Glu 205 200 195
Tyr Ser Asp Arg Arg Asp Asp Leu lle Ala Ala lle Tyr Asn Asp Ala 220 215 210
Phe Asp Val Tyr lle Asp Lys Lys Lys Asp Ser Leu Lys Glu Ser Ser 240 235 230 225
Lys Thr Lys Tyr Asn Thr Glu Ser Tyr Pro GIn GIn Glu Glu Gly Asp 5 255 250 245
Leu Lys lle Pro lle Ser Lys Asn Gly Val Val Phe Leu Leu Ser Leu
270 265 260
Phe Leu Ser Lys ‏(اى‎ Glu Val His Ala Phe Lys Ser Lys lle Ala Gly 285 280 275 5
Phe Lys Ala Thr Val lle Asp Glu Ala Thr Val Ser His Arg Lys Asn 300 295 290
Ser lle Cys Phe Met Ala Thr His Glu lle Phe Ser His Leu Ala Tyr 320 315 310 305
Lys Lys Leu Lys Arg Lys Val Arg Thr Ala Glu lle Asn Tyr Ser Glu 335 330 325
Ala Glu Asn Ala Glu Gin Leu Ser lle Tyr Ala Lys Glu Thr Leu Met 350 345 340
Met GIn Met Leu Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asp Val Val Tyr GIn 5 365 360 355
Asn Leu Ser Glu Asp Val Gin Lys Thr Phe lle Glu Asp Trp Asn Glu 380 375 370 10
Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr Met Glu Glu Glu 0 400 395 390 385
Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Lys Phe Asn Tyr 415 410 405
Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gin Phe Pro Thr Leu Arg 430 425 420
Phe ‏صا‎ Val His Leu Gly Asn Tyr Leu His Asp Ser Arg Pro Lys Glu 445 440 435
His Leu lle Ser Asp Arg Arg lle Lys Glu Lys lle Thr Val Phe Gly 10 460 455 450
Arg Leu Ser Glu Leu Glu His Lys Lys Ala Leu Phe lle Lys Asn Thr 480 475 470 465 15
Glu Thr Asn Glu Asp Arg Lys His Tyr Trp Glu Val Phe Pro Asn Pro 495 490 485
Asn Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn lle Ser Val Asn Asp Lys Asp Phe 510 505 500
Pro lle Ala Gly Ser lle Leu Asp Arg Glu Lys ‏ماى‎ Pro Thr Ala Gly 525 520 515
Lys lle Gly lle Lys Val Asn Leu Leu Asn 60 Lys Tyr lle Ser Glu 540 535 530
Val Asp Lys Ala Val Lys Ala His GIn Leu Lys GIn Arg Asn Asn Lys 15 560 555 550 545
Pro Ser lle Gin Asn lle lle Glu Glu lle Val Pro lle Asn Gly Ser
575 570 565
Asn Pro Lys Glu lle lle Val Phe Gly Gly Gin Pro Thr Ala Tyr Leu 590 585 580 5
Ser Met Asn Asp lle His Ser lle Leu Tyr Glu Phe Phe Asp Lys Trp 605 600 595
Glu Lys Lys Lys Glu Lys Leu Glu Lys Lys Gly Glu Lys Glu Leu Arg 620 615 610
Lys Glu lle Gly Lys Glu Leu Glu Glu Lys lle Val Gly Lys lle GIn 640 635 630 625
Thr Gin lle Gln ‏ماه‎ lle lle Asp Lys Asp lle Asn Ala Lys lle Leu 655 650 645
Lys Pro Tyr Gin Asp Asp Asp Ser Thr Ala lle Asp Lys Glu Lys Leu 5 670 665 660 lle Lys Asp Leu Lys 60 Glu Gin Lys lle Leu GIn Lys Leu Lys Asn 685 680 675 10
Glu GIn Thr Ala Arg Glu Lys Glu Tyr Gin Glu Cys lle Ala Tyr GIn 700 695 690
Glu Glu Ser Arg Lys lle Lys Arg Ser Asp Lys Ser Arg Gin Lys Tyr 720 715 710 705
Leu Arg Asn Gin Leu Lys Arg Lys Tyr Pro Glu Val Pro Thr Arg Lys 735 730 725
Glu lle Leu Tyr Tyr Gin Glu Lys Gly Lys Val Ala Val Trp Leu Ala 750 745 740
Asn Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Thr Asp Phe Lys Asn Glu Trp Lys 0 765 760 755
Gly Glu Gin His Ser Leu Leu GIn Lys Ser Leu Ala Tyr Tyr Glu Gin 780 775 770 15
Cys Lys Glu Glu Leu Lys Asn Leu Leu Pro Gln GIn Lys Val Phe Lys 800 795 790 785
His Leu Pro Phe Glu Leu Gly Gly His Phe Gin GIn Lys Tyr Leu Tyr 815 810 805
Gln Phe Tyr Thr Arg Tyr Leu Asp Lys Arg Leu Glu His lle Ser Gly 830 825 820
Leu Val Gln Gln Ala Glu Asn Phe Lys Asn Glu Asn Lys Val Phe Lys 845 840 835
Lys Val Glu Asn Glu Cys Phe Lys Phe Leu Lys Lys GIn Asn Tyr Thr 15 860 855 850
His Lys Gly Leu Asp Ala GIn Ala Gin Ser Val Leu Gly Tyr Pro lle
880 875 870 865
Phe Leu Glu Arg Gly Phe Met Asp Glu Lys Pro Thr lle lle Lys Gly 895 890 885 5
Lys Thr Phe Lys Gly Asn Glu Ser Leu Phe Thr Asp Trp Phe Arg Tyr 910 905 900
Tyr Lys Glu Tyr Gln Asn Phe GIn Thr Phe Tyr Asp Thr Glu Asn Tyr 925 920 915
Pro Leu Val Glu Leu Glu Lys Lys GIn Ala Asp Arg Lys Arg Glu Thr 940 935 930
Lys lle Tyr Gin GIn Lys Lys Asn Asp Val Phe Thr Leu Leu Met Ala 960 955 950 945
Lys His lle Phe Lys Ser Val Phe Lys Gin Asp Ser lle Asp Arg Phe 5 975 970 965
Ser Leu Glu Asp Leu Tyr GIn Ser Arg Glu Glu Arg Leu Glu Asn Gin 990 985 980 10
Glu Lys Ala Lys 60 Thr Gly Glu Arg Asn Thr Asn Tyr lle Trp Asn 1005 1000 995
Lys Thr Val Asp Leu Asn Leu Cys Asp Gly Lys Val Thr Val Glu 1020 1015 1010
Asn Val Lys Leu Lys Asn Val Gly Asn Phe lle Lys Tyr Glu Tyr 1035 1030 1025
Asp GIn Arg Val Gln Thr Phe Leu Lys Tyr Glu Glu Asn lle Lys 1050 1045 1040
Trp GIn Ala Phe Leu lle Lys Glu Ser Lys Glu Glu Glu Asn Tyr 0 1065 1060 1055
Pro Tyr lle Val Glu Arg Glu lle Glu Gin Tyr Glu Lys Val Arg 1080 1075 1070 15
Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Val His Leu lle Glu Glu Tyr lle 1095 1090 1085
Leu Glu Lys Val Lys Asp Lys Glu lle Leu Lys Lys Gly Asp Asn 1110 1105 1100
GIn Asn Phe Lys Tyr Tyr lle Leu Asn Gly Leu Leu Lys Gin Leu 1125 1120 1115
Lys Asn Glu Asp Val Glu Ser Tyr Lys Val Phe Asn Leu Asn Thr 1140 1135 1130
Lys Pro Glu Asp Val Asn lle Asn GIn Leu Lys Gln Glu Ala Thr 5 1155 1150 1145
Asp Leu Glu Gin Lys Ala Phe Val Leu Thr Tyr lle Arg Asn Lys
1170 1165 1160
Phe Ala His Asn 60 Leu Pro Lys Lys Glu Phe Trp Asp Tyr Cys 1185 1180 1175 5
Gln Glu Lys Tyr Gly Lys lle Glu Lys Glu Lys Thr Tyr Ala Glu 1200 1195 1190
Tyr Phe Ala Glu Val Phe Lys Arg Glu Lys Glu Ala Leu Met Lys 1215 1210 1205 396 <210> 1090 <211>
PRT <212>
Prevotella sp. P5-119 <213>
396 <400>
Met Asn lle Pro Ala Leu Val Glu Asn GIn Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 15 10 5 1 5
Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala GIn Thr Val Leu Asp His lle 30 25 20
Gln Lys Val Ala Asp lle Glu Gly Glu Gin Asn Glu Asn Asn Glu Asn 45 40 35
Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 60 55 50
Tyr Asp Lys GIn Pro Glu Lys Thr Met Phe lle lle Glu Arg Leu Gin 80 75 70 65
Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys lle Met Ala Glu Asn 60 Arg Glu Tyr 5 95 90 85
Ser Asn Gly Lys Tyr Lys GIn Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 110 105 100 10 lle Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 125 120 115
Asp Leu Thr Asn His Tyr Lys Thr Tyr Glu Glu Lys Leu lle Asp Gly 140 135 130
Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gin Pro Leu Ser Gly Met lle Ser 160 155 150 145
Lys Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Thr Lys Glu Arg Tyr Gly Tyr 175 170 165
Lys Thr Glu Asp Leu Ala Phe lle GIn Asp Asn lle Lys Lys lle Thr 0 190 185 180
Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Arg Lys Ser GIn Val Asn Thr Gly Phe Phe 205 200 195 15
Leu Ser Leu 60 Asp Tyr Asn Gly Asp Thr GIn Lys Lys Leu His Leu 220 215 210
Ser Gly Val Gly lle Ala Leu Leu lle Cys Leu Phe Leu Asp Lys 07 240 235 230 225
Tyr lle Asn lle Phe Leu Ser Arg Leu Pro lle Phe Ser Ser Tyr Asn 255 250 245
Ala GIn Ser Glu Glu Arg Arg lle lle lle Arg Ser Phe Gly lle Asn 270 265 260
Ser lle Lys Leu Pro Lys Asp Arg lle His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 15 285 280 275
Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Val Lys Arg Cys Pro Asp Glu
300 295 290
Leu Phe Thr Thr Leu Ser Ala Glu Lys ‏ماى‎ Ser Arg Phe Arg lle lle 320 315 310 305 5
Ser Asp Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Thr Asp Arg Phe 335 330 325
Val Pro Leu Leu Leu GIn Tyr lle Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 350 345 340 lle Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 365 360 355
Asp Lys Thr Cys lle Asp Gly GIn Thr Arg Val Arg Val lle Glu 0 380 375 370
Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Ala Glu Thr Met Arg Lys 5 400 395 390 385
GIn Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly lle Arg lle Arg Asp Phe 415 410 405 10
Glu Asn Val Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr lle 430 425 420
Val Asp Thr Tyr Thr His Tyr lle Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 445 440 435
Phe lle Ser Asp Lys Gly Ser Ser Ala Pro Leu Leu Pro Leu lle Glu 460 455 450
Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr lle Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 480 475 470 465
Leu Glu lle Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Lys 0 495 490 485
Lys Thr Glu Lys Leu lle Val Asp Val His Asn Arg Tyr Lys Arg Leu 510 505 500 15
Phe GIn Ala Met Gin Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn lle Ala Ser 525 520 515
Phe Gly lle Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gin Lys lle Leu Asp Leu lle 540 535 530
Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe lle Arg Leu Thr 560 555 550 545
Val Asp Asp Met Leu Thr Asp Thr Glu Arg Arg lle Lys Arg Phe Lys 575 570 565
Asp Asp Arg Lys Ser lle Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 5 590 585 580
Gly Phe Lys Gin lle Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys
605 600 595
Asp lle Val Leu Phe GIn Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys lle 620 615 610 5
Thr Gly Leu Asn Tyr Arg lle Met Gin Ser Ala lle Ala Val Tyr Asp 640 635 630 625
Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gin GIn Phe Lys Leu Met Phe Glu 655 650 645
Lys Ala Arg Leu lle Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 670 665 660
Tyr Lys Val Phe Ala Arg Ser lle Pro Ala Asn Ala Val Asp Phe Tyr 685 680 675
Glu Arg Tyr Leu lle Glu Arg Lys Phe Tyr Leu Thr Gly Leu Cys Asn 5 700 695 690
Glu lle Lys Arg Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe lle Arg Arg Asp 720 715 710 705 10
Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg lle Tyr 735 730 725
Ser Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gln Met Phe Asp Asn Glu 750 745 740 lle Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gin Met Glu Gly lle Asp Phe 765 760 755
Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu lle Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 780 775 770
Leu Asn Asp Asp Phe Gin Thr Phe Tyr Gin Trp Lys Arg Asn Tyr His 0 800 795 790 785
Tyr Met Asp Met Leu Lys Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu 0 815 810 805 15
His Cys Phe Thr Ser Val Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 830 825 820
Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Leu Ala Ser Asn Lys lle Arg 845 840 835
Ser Asn Arg GIn Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu lle Glu Thr lle 860 855 850
Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Cys Arg Asn Glu Tyr Gin Lys Ser Glu 880 875 870 865
Lys Val lle Arg Arg Tyr Arg Val GIn Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 15 895 890 885
Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe
910 905 900
Lys Leu Lys Glu lle Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly lle Leu Ser Glu 925 920 915 5 lle Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Lys Tyr Thr 940 935 930 lle Thr Ser Glu Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 960 955 950 945
Leu Ala Ser Asp Lys Arg lle Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 975 970 965
Asp lle Val Ser Lys Glu Asp lle Met Glu Glu Phe Asn Lys Tyr Asp 990 985 980
GIn Cys Arg Pro Glu lle Ser Ser lle Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 5 1005 1000 995
Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Ser Ala Arg Val Asp Arg Glu 1020 1015 1010 10
Glu Lys Val Asp Phe Lys Ser lle Leu Lys lle Leu Leu Asn Asn 1035 1030 1025
Lys Asn lle Asn Lys Glu GIn Ser Asp lle Leu Arg Lys lle Arg 1050 1045 1040
Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly lle Val Glu 1065 1060 1055 lle Lys Ala Leu Pro Glu lle Ala Met Ser lle Lys Lys Ala Phe 1080 1075 1070
Gly Glu Tyr Ala lle Met Lys 0 1090 1085 397 <210> 1090 <211> 15
PRT <212>
Prevotella sp. P4-76 <213> 397 <400>
Met Asn lle Pro Ala Leu Val Glu Asn Gin Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 15 10 5 1
Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala GIn Thr Val Leu Asp His lle 25 20
Gln Lys Val Ala Asp lle Glu Gly Glu Gin Asn Glu Asn Asn Glu Asn 10 40 35
Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 60 55 50 15
Tyr Asp Lys 60 Pro Glu Lys Thr Met Phe lle lle Glu Arg Leu 07 80 75 70 65
Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys lle Met Ala Glu Asn GIn Arg Glu Tyr 95 90 85
Ser Asn Gly Lys Tyr Lys GIn Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 110 105 100 lle Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 125 120 115
Asp Gin Ala Ser His Tyr Lys Thr Tyr Asp Glu Lys Leu lle Asp Gly 15 140 135 130
Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gln Pro Leu Ser Gly Met lle Asn
160 155 150 145
Asn Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Met Asn Glu Arg Tyr Gly Tyr 175 170 165 5
Lys Thr Glu Asp Leu Ala Phe lle GIn Asp Lys Arg Phe Lys Phe Val 190 185 180
Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Lys Lys Ser GIn Val Asn Thr Gly Phe Phe 205 200 195
Leu Ser Leu 60 Asp Tyr Asn Gly Asp Thr Gln Lys Lys Leu His Leu 220 215 210
Ser Gly Val Gly lle Ala Leu Leu lle Cys Leu Phe Leu Asp Lys 07 240 235 230 225
Tyr lle Asn lle Phe Leu Ser Arg Leu Pro lle Phe Ser Ser Tyr Asn 5 255 250 245
Ala GIn Ser Glu Glu Arg Arg lle lle lle Arg Ser Phe Gly lle Asn 270 265 260 10
Ser lle Lys GIn Pro Lys Asp Arg lle His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 285 280 275
Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu lle Lys Arg Cys Pro Asn Glu 300 295 290
Leu Phe Glu Thr Leu Ser Ala Glu Lys GIn Ser Arg Phe Arg lle lle 320 315 310 305
Ser Asn Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Ser Asp Arg Phe 335 330 325
Val Pro Leu Leu Leu Gin Tyr lle Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 0 350 345 340 lle Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 365 360 355 15
Asp Lys Thr Cys lle Asp Gly GIn Thr Arg Val Arg Val lle Glu GIn 380 375 370
Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Val Glu Thr Met Arg Lys 400 395 390 385
Gln Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly lle Arg lle Arg Asp Phe 415 410 405
Glu Asn Met Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr lle 430 425 420
Val Asp Thr Tyr Thr His Tyr lle Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 5 445 440 435
Phe lle Ser Asp Glu Glu Thr Pro Ala Pro Leu Leu Pro Val lle Glu
460 455 450
Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr lle Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 480 475 470 465 5
Leu Glu lle Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Lys 495 490 485
Lys Thr Glu Lys Leu lle Val Asp Val His Asn Arg Tyr Lys Arg Leu 510 505 500
Phe Lys Ala Met Gin Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn lle Ala Ser 525 520 515
Phe Gly lle Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gin Lys lle lle Asp Leu lle 540 535 530
Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe lle Arg Leu Thr 5 560 555 550 545
Val Asp Asp Met Leu Ala Asp Thr Glu Arg Arg lle Lys Arg Phe Lys 575 570 565 10
Asp Asp Arg Lys Ser lle Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 590 585 580
Gly Phe Lys Gin lle Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 605 600 595
Asp lle Val Leu Phe GIn Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys lle 620 615 610
Thr Gly Leu Asn Tyr Arg lle Met Gln Ser Ala lle Ala Val Tyr Asn 640 635 630 625
Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gin Gin Phe Lys Leu Met Phe Glu 0 655 650 645
Lys Ala Arg Leu lle Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 670 665 660 15
Tyr Lys Val Phe Val Arg Ser lle Pro Ala Asn Ala Val Asp Phe Tyr 685 680 675
Glu Arg Tyr Leu lle Glu Arg Lys Phe Tyr Leu lle Gly Leu Ser Asn 700 695 690
Glu lle Lys Lys Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe lle Arg Arg Asp 720 715 710 705
Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg lle Tyr 735 730 725
Asp Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gin Met Phe Asp Asn Glu 5 750 745 740 lle Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gin Met Glu Gly lle Asp Phe
765 760 755
Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu lle Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 780 775 770 5
Leu Asn Asp Asp Phe Gin Thr Phe Tyr Gin Trp Lys Arg Asn Tyr Arg 800 795 790 785
Tyr Met Asp Met Leu Arg Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu 0 815 810 805
Ser Cys Phe Thr Ser Val Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 830 825 820
Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Leu Ala Ser Asn Lys lle Arg 845 840 835
Ser Asn Arg ‏ماو‎ Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu lle Glu Thr lle 5 860 855 850
Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Ser Arg Asn Glu Tyr Gin Lys Ser Glu 880 875 870 865 10
Lys Val lle Arg Arg Tyr Arg Val Gin Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 895 890 885
Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 910 905 900
Lys Leu Lys Glu lle Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly lle Leu Ser Glu 925 920 915 lle Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Lys Tyr Thr 940 935 930 lle Thr Ser Glu Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 10 960 955 950 945
Leu Ala Ser Asp Lys Arg lle Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 975 970 965 15
Asp Thr Val Ser Lys Glu Asp lle Met Glu Glu Phe Lys Lys Tyr Asp 990 985 980
Gln Cys Arg Pro Glu lle Ser Ser lle Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 1005 1000 995
Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Ser Ala Arg Val Asp Arg Glu 1020 1015 1010
Glu Lys Val Asp Phe Lys Ser lle Leu Lys lle Leu Leu Asn Asn 1035 1030 1025
Lys Asn lle Asn Lys Glu GIn Ser Asp lle Leu Arg Lys lle Arg 15 1050 1045 1040
Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly Val Val Glu
1065 1060 1055 lle Arg Ala Leu Pro Glu lle Ala Met Ser lle Lys Lys Ala Phe 1080 1075 1070 5
Gly Glu Tyr Ala lle Met Lys 1090 1085 398 <210> 1090 <211>
PRT <212>
Prevotella sp. P5-60 <213> 15 398 <400>
Met Asn lle Pro Ala Leu Val Glu Asn GIn Lys Lys Tyr Phe Gly Thr
15 10 5 1
Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala GIn Thr Val Leu Asp His lle 30 25 20 5
Gln Lys Val Ala Asp lle Glu Gly Glu Gin Asn Glu Asn Asn Glu Asn 45 40 35
Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 60 55 50
Tyr Asp Lys 60 Pro Glu Lys Thr Met Phe lle lle Glu Arg Leu 07 80 75 70 65
Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys lle Met Ala Glu Asn GIn Arg Glu Tyr 95 90 85
Ser Asn Gly Lys Tyr Lys GIn Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 5 110 105 100 lle Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 125 120 115 10
Asp Leu Thr Asn His Tyr Lys Thr Tyr Glu Glu Lys Leu lle Asp Gly 140 135 130
Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gln Pro Phe Ser Gly Met lle Ser 160 155 150 145
Lys Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Thr Lys Glu Arg Tyr Gly Tyr 175 170 165
Lys Ala Glu Asp Leu Ala Phe lle Gin Asp Asn Arg Tyr Lys Phe Thr 190 185 180
Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Arg Lys Ser Gin Val Asn Thr Gly Ser Phe 0 205 200 195
Leu Ser Leu GIn Asp Tyr Asn Gly Asp Thr Thr Lys Lys Leu His Leu 220 215 210 15
Ser Gly Val Gly lle Ala Leu Leu lle Cys Leu Phe Leu Asp Lys 07 240 235 230 225
Tyr lle Asn Leu Phe Leu Ser Arg Leu Pro lle Phe Ser Ser Tyr Asn 255 250 245
Ala GIn Ser Glu Glu Arg Arg lle lle lle Arg Ser Phe Gly lle Asn 270 265 260
Ser lle Lys GIn Pro Lys Asp Arg lle His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 285 280 275
Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Val Lys Arg Cys Pro Asp Glu 5 300 295 290
Leu Phe Thr Thr Leu Ser Ala Glu Lys GIn Ser Arg Phe Arg lle lle
320 315 310 305
Ser Asp Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Ser Asp Arg Phe 335 330 325 5
Val Pro Leu Leu Leu GIn Tyr lle Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 350 345 340 lle Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 365 360 355
Asp Lys Thr Cys lle Asp Gly GIn Thr Arg Val Arg Val lle Glu GIn 380 375 370
Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Val Glu Thr Met Arg Lys 400 395 390 385
GIn Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly lle Arg lle Arg Asp Phe 5 415 410 405
Glu Asn Met Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr lle 430 425 420 10
Val Glu Thr Tyr Thr His Tyr lle Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 445 440 435
Phe lle Ser Asp Glu Glu Asn Pro Thr Pro Leu Leu Pro Val lle Glu 460 455 450
Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr lle Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 480 475 470 465
Leu Glu lle Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Glu 495 490 485
Lys Thr Glu Lys Leu lle lle Asp Val His Asp Arg Tyr Lys Arg Leu 0 510 505 500
Phe GIn Ala Met 60 Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn lle Ala Ser 525 520 515 15
Phe Gly lle Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gin Lys lle Met Asp Leu lle 540 535 530
Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe lle Arg Leu Thr 560 555 550 545
Val Asp Asp Met Leu Thr Asp Thr Glu Arg Arg lle Lys Arg Phe Lys 575 570 565
Asp Asp Arg Lys Ser lle Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 590 585 580
Gly Phe Lys Gin lle Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 15 605 600 595
Asp lle Val Leu Phe GIn Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys lle
620 615 610
Thr Gly Leu Asn Tyr Arg lle Met Gin Ser Ala lle Ala Val Tyr Asp 640 635 630 625 5
Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gin GIn Phe Lys Leu Met Phe Glu 655 650 645
Lys Ala Arg Leu lle Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 670 665 660
Tyr Lys Val Phe Val Arg Ser lle Pro Ala Asn Ala Val Asp Phe Tyr 685 680 675
Glu Arg Tyr Leu lle Glu Arg Lys Phe Tyr Leu lle Gly Leu Ser Asn 700 695 690
Glu lle Lys Lys Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe lle Arg Arg Asp 5 720 715 710 705
Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg lle Tyr 735 730 725 10
Ser Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gin Met Phe Asp Asn Glu 750 745 740 lle Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gin Met Glu Gly lle Asp Phe 765 760 755
Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu lle Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 780 775 770
Leu Asn Asp Asp Phe Gin Thr Phe Tyr Gin Trp Lys Arg Asn Tyr Arg 800 795 790 785
Tyr Met Asp Met Leu Arg Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu 610 10 815 810 805
His Cys Phe Thr Ser lle Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 830 825 820 15
Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Leu Ala Ser Asn Lys lle Arg 845 840 835
Ser Asn Arg ‏داى‎ Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu lle Glu Thr lle 860 855 850
Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Cys Arg Asn Glu Tyr Gin Lys Ser Glu 880 875 870 865
Lys lle lle Arg Arg Tyr Arg Val Gin Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 895 890 885
Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 5 910 905 900
Lys Leu Lys Glu lle Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly lle Leu Ser Glu
925 920 915 lle Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys lle Tyr Thr 940 935 930 5 lle Thr Ser Gly Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 960 955 950 945
Leu Ala Ser Asp Lys Arg lle Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 975 970 965
Asn Thr Val Ser Lys Glu Asp lle Met Glu Glu Phe Lys Lys Tyr Asp 990 985 980
Gln Cys Arg Pro Glu lle Ser Ser lle Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 1005 1000 995
Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Pro Ala Arg Val Asp ArglLys 5 1020 1015 1010
Glu Lys Val Asp Phe Trp Ser lle Leu Asp Val Leu Ser Asn Asn 1035 1030 1025 10
Lys Asp lle Asn Asn Glu GIn Ser Tyr lle Leu Arg Lys lle Arg 1050 1045 1040
Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly lle Val Glu 1065 1060 1055 lle Lys Ala Leu Pro Glu lle Ala Met Ser lle Lys Lys Ala Phe 1080 1075 1070
Gly Glu Tyr Ala lle Met Lys 1090 1085 399 <210> 10 1131 <211>
PRT <212>
Phaeodactylibacter xiamenensis <213> 399 <400> 15
Met Thr Asn Thr Pro Lys Arg Arg Thr Leu His Arg His Pro Ser Tyr 10 5 1
Phe Gly Ala Phe Leu Asn lle Ala Arg His Asn Ala Phe Met lle Met 30 25 20
Glu His Leu Ser Thr Lys Tyr Asp Met Glu Asp Lys Asn Thr Leu Asp 40 35
Glu Ala GIn Leu Pro Asn Ala Lys Leu Phe Gly Cys Leu Lys Lys Arg 0 60 55 50
Tyr Gly Lys Pro Asp Val Thr Glu Gly Val Ser Arg Asp Leu Arg Arg 80 75 70 65 15
Tyr Phe Pro Phe Leu Asn Tyr Pro Leu Phe Leu His Leu Glu Lys 0 95 90 85
Gln Asn Ala Glu Gin Ala Ala Thr Tyr Asp lle Asn Pro Glu Asp lle 110 105 100
Glu Phe Thr Leu Lys Gly Phe Phe Arg Leu Leu Asn Glin Met Arg Asn 125 120 115
Asn Tyr Ser His Tyr lle Ser Asn Thr Asp Tyr Gly Lys Phe Asp Lys 140 135 130
Leu Pro Val Gin Asp lle Tyr Glu Ala Ala lle Phe Arg Leu Leu Asp 5 160 155 150 145
Arg Gly Lys His Thr Lys Arg Phe Asp Val Phe Glu Ser Lys His Thr
175 170 165
Arg His Leu Glu Ser Asn Asn Ser Glu Tyr Arg Pro Arg Ser Leu Ala 190 185 180 5
Asn Ser Pro Asp His Glu Asn Thr Val Ala Phe Val Thr Cys Leu Phe 205 200 195
Leu Glu Arg Lys Tyr Ala Phe Pro Phe Leu Ser Arg Leu Asp Cys Phe 220 215 210
Arg Ser Thr Asn Asp Ala Ala Glu Gly Asp Pro Leu lle Arg Lys Ala 240 235 230 225
Ser His Glu Cys Tyr Thr Met Phe Cys Cys Arg Leu Pro GIn Pro Lys 255 250 245
Leu Glu Ser Ser Asp lle Leu Leu Asp Met Val Asn Glu Leu Gly Arg 5 270 265 260
Cys Pro Ser Ala Leu Tyr Asn Leu Leu Ser Glu Glu Asp GIn Ala Arg 285 280 275 10
Phe His lle Lys Arg Glu Glu lle Thr Gly Phe Glu Glu Asp Pro Asp 300 295 290
Glu Glu Leu Glu Gin Glu lle Val Leu Lys Arg His Ser Asp Arg Phe 320 315 310 305
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Asp Thr Glu Ala Phe Gin Thr 335 330 325
Leu Arg Phe Asp Val Tyr Leu Gly Arg Trp Arg Thr Lys Pro Val Tyr 350 345 340
Lys Lys Arg lle Tyr Gly Gin Glu Arg Asp Arg Val Leu Thr 60 Ser 0 365 360 355 lle Arg Thr Phe Thr Arg Leu Ser Arg Leu Leu Pro lle Tyr Glu Asn 380 375 370 15
Val Lys His Asp Ala Val Arg GIn Asn Glu Glu Asp Gly Lys Leu Val 400 395 390 385
Asn Pro Asp Val Thr Ser ‏(ا6‎ Phe His Lys Ser Trp lle Gin lle Glu 415 410 405
Ser Asp Asp Arg Ala Phe Leu Ser Asp Arg lle Glu His Phe Ser Pro 430 425 420
His Tyr Asn Phe Gly Asp GIn Val lle Gly Leu Lys Phe lle Asn Pro 445 440 435
Asp Arg Tyr Ala Ala lle GIn Asn Val Phe Pro Lys Leu Pro Gly Glu 5 460 455 450
Glu Lys Lys Asp Lys Asp Ala Lys Leu Val Asn Glu Thr Ala Asp Ala
480 475 470 465 lle lle Ser Thr His Glu lle Arg Ser Leu Phe Leu Tyr His Tyr Leu 495 490 485 5
Ser Lys Lys Pro lle Ser Ala Gly Asp Glu Arg Arg Phe lle Gin Val 510 505 500
Asp Thr Glu Thr Phe lle Lys Gin Tyr lle Asp Thr lle Lys Leu Phe 525 520 515
Phe Glu Asp lle Lys Ser Gly Glu Leu GIn Pro lle Ala Asp Pro Pro 540 535 530
Asn Tyr Gln Lys Asn Glu Pro Leu Pro Tyr Val Arg Gly Asp Lys Glu 560 555 550 545
Lys Thr Gin Glu Glu Arg Ala GIn Tyr Arg Glu Arg GIn Lys Glu lle 5 575 570 565
Lys Glu Arg Arg Lys Glu Leu Asn Thr Leu Leu Gin Asn Arg Tyr Gly 590 585 580 10
Leu Ser lle GIn Tyr lle Pro Ser Arg Leu Arg Glu Tyr Leu Leu Gly 605 600 595
Tyr Lys Lys Val Pro Tyr Glu Lys Leu Ala Leu GIn Lys Leu Arg Ala 620 615 610
GIn Arg Lys Glu Val Lys Lys Arg lle Lys Asp lle Glu Lys Met Arg 640 635 630 625
Thr Pro Arg Val Gly Glu Gin Ala Thr Trp Leu Ala Glu Asp lle Val 655 650 645
Phe Leu Thr Pro Pro Lys Met His Thr Pro Glu Arg Lys Thr Thr Lys 0 670 665 660
His Pro GIn Lys Leu Asn Asn Asp Gin Phe Arg lle Met 60 Ser Ser 685 680 675 15
Leu Ala Tyr Phe Ser Val Asn Lys Lys Ala lle Lys Lys Phe Phe GIn 700 695 690
Lys Glu Thr Gly lle Gly Leu Ser Asn Arg Glu Thr Ser His Pro Phe 720 715 710 705
Leu Tyr Arg lle Asp Val Gly Arg Cys Arg Gly lle Leu Asp Phe Tyr 735 730 725
Thr Gly Tyr Leu Lys Tyr Lys Met Asp Trp Leu Asp Asp Ala lle Lys 750 745 740
Lys Val Asp Asn Arg Lys His Gly Lys Lys Glu Ala Lys Lys Tyr Glu 5 765 760 755
Lys Tyr Leu Pro Ser Ser lle Gln His Lys Thr Pro Leu Glu Leu Asp
780 775 770
Tyr Thr Arg Leu Pro Val Tyr Leu Pro Arg Gly Leu Phe Lys Lys Ala 800 795 790 785 5 lle Val Lys Ala Leu Ala Ala His Ala Asp Phe Gin Val Glu Pro Glu 815 810 805
Glu Asp Asn Val lle Phe Cys Leu Asp GIn Leu Leu Asp Gly Asp Thr 830 825 820
Gln Asp Phe Tyr Asn Trp Gin Arg Tyr Tyr Arg Ser Ala Leu Thr Glu 845 840 835
Lys Glu Thr Asp Asn 60 Leu Val Leu Ala His Pro Tyr Ala Glu 07 860 855 850 lle Leu Gly Thr lle Lys Thr Leu Glu Gly Lys Gin Lys Asn Asn Lys 5 880 875 870 865
Leu Gly Asn Lys Ala Lys GIn Lys lle Lys Asp Glu Leu lle Asp Leu 895 890 885 10
Lys Arg Ala Lys Arg Arg Leu Leu Asp Arg Glu GIn Tyr Leu Arg Ala 910 905 900
Val GIn Ala Glu Asp Arg Ala Leu Trp Leu Met lle Gln Glu Arg 0 925 920 915
Lys Gin Lys Ala Glu His Glu Glu lle Ala Phe Asp 0 Leu Asp Leu 940 935 930
Lys Asn lle Thr Lys lle Leu Thr Glu Ser lle Asp Ala Arg Leu Arg 960 955 950 945 lle Pro Asp Thr Lys Val Asp lle Thr Asp Lys Leu Pro Leu Arg Arg 0 975 970 965
Tyr Gly Asp Leu Arg Arg Val Ala Lys Asp Arg Arg Leu Val Asn Leu 990 985 980 15
Ala Ser Tyr Tyr His Val Ala Gly Leu Ser Glu lle Pro Tyr Asp Leu 1005 1000 995
Val Lys Lys Glu Leu Glu Glu Tyr Asp Arg Arg Arg Val Ala Phe 1020 1015 1010
Phe Glu His Val Tyr Gln Phe Glu Lys Glu Val Tyr Asp Arg Tyr 1035 1030 1025
Ala Ala Glu Leu Arg Asn Glu Asn Pro Lys Gly Glu Ser Thr Tyr 1050 1045 1040
Phe Ser His Trp Glu Tyr Val Ala Val Ala Val Lys His Ser Ala 15 1065 1060 1055
Asp Thr His Phe Asn Glu Leu Phe Lys Glu Lys Val Met Gin Leu
1080 1075 1070
Arg Asn Lys Phe His His Asn Glu Phe Pro Tyr Phe Asp Trp Leu 1095 1090 1085 5
Leu Pro Glu Val Glu Lys Ala Ser Ala Ala Leu Tyr Ala Asp Arg 1110 1105 1100
Val Phe Asp Val Ala Glu Gly Tyr Tyr Gin Lys Met Arg Lys Leu 1125 1120 1115
Met Arg 0 1130
400 <210> 1155 <211>
PRT <212>
Flavobacterium sp. 316 <213> 400 <400>
Met Asp Asn Asn lle Thr Val Glu Lys Thr Glu Leu Gly Leu Gly lle 15 10 5 1
Thr Tyr Asn His Asp Lys Val Glu Asp Lys His Tyr Phe Gly Gly Phe 30 25 20
Phe Asn Leu Ala GIn Asn Asn lle Asp Leu Val Ala Gin Glu Phe Lys 40 35
Lys Arg Leu Leu lle 60 Gly Lys Asp Ser lle Asn lle Phe Ala Asn 60 55 50
Tyr Phe Ser Asp GIn Cys Ser lle Thr Asn Leu Glu Arg Gly lle Lys 5 80 75 70 65 lle Leu Ala Glu Tyr Phe Pro Val Val Ser Tyr lle Asp Leu Asp Glu 95 90 85 10
Lys Asn Lys Ser Lys Ser lle Arg Glu His Leu lle Leu Leu Leu Glu 110 105 100
Thr lle Asn Asn Leu Arg Asn Tyr Tyr Thr His Tyr Tyr His Lys Lys 125 120 115 lle lle lle Asp Gly Ser Leu Phe Pro Leu Leu Asp Thr lle Leu Leu 140 135 130
Lys Val Val Leu Glu lle Lys Lys Lys Lys Leu Lys Glu Asp Lys Thr 160 155 150 145
Lys Gln Leu Leu Lys Lys Gly Leu Glu Lys Glu Met Thr lle Leu Phe 10 175 170 165
Asn Leu Met Lys Ala Glu 0 Lys Glu Lys Lys lle Lys Gly Trp Asn 190 185 180 15 lle Asp Glu Asn lle Lys Gly Ala Val Leu Asn Arg Ala Phe Ser His 205 200 195
Leu Leu Tyr Asn Asp Glu Leu Ser Asp Tyr Arg Lys Ser Lys Tyr Asn 220 215 210
Thr Glu Asp Glu Thr Leu Lys Asp Thr Leu Thr Glu Ser Gly lle Leu 240 235 230 225
Phe Leu Leu Ser Phe Phe Leu Asn Lys Lys Glu Gin Glu Gin Leu Lys 255 250 245
Ala Asn lle Lys Gly Tyr Lys Gly Lys lle Ala Ser lle Pro Asp Glu 5 270 265 260
Glu lle Thr Leu Lys Asn Asn Ser Leu Arg Asn Met Ala Thr His Trp
285 280 275
Thr Tyr Ser His Leu Thr Tyr Lys Gly Leu Lys His Arg lle Lys Thr 300 295 290 5
Asp His Glu Lys Glu Thr Leu Leu Val Asn Met Val Asp Tyr Leu Ser 320 315 310 305
Lys Val Pro His Glu lle Tyr Gln Asn Leu Ser Glu 60 Asn Lys Ser 335 330 325
Leu Phe Leu Glu Asp lle Asn Glu Tyr Met Arg Asp Asn Glu Glu Asn 350 345 340
His Asp Ser Ser Glu Ala Ser Arg Val lle His Pro Val lle Arg Lys 365 360 355
Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Ala Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu 5 380 375 370
Phe Ala Glu Phe Pro Thr Leu Arg Phe Met Val Asn Val Gly Asn Tyr 400 395 390 385 10 lle His Asp Asn Arg Lys Lys Asp lle Gly Gly Thr Ser Leu lle Thr 415 410 405
Asn Arg Thr lle Lys Gin GIn lle Asn Val Phe Gly Asn Leu Thr Glu 430 425 420 lle His Lys Lys Lys Asn Asp Tyr Phe Glu Lys Glu Glu Asn Lys Glu 445 440 435
Lys Thr Leu Glu Trp Glu Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr His Phe Gin 460 455 450
Lys Glu Asn lle Pro lle Phe lle Asp Leu Glu Lys Ser Lys Glu Thr 0 480 475 470 465
Asn Asp Leu Ala Lys Glu Tyr Ala Lys Glu Lys Lys Lys lle Phe Gly 495 490 485 15
Ser Ser Arg Lys Lys Gln GIn Asn Thr Ala Lys Lys Asn Arg Glu Thr 510 505 500 lle lle Asn Leu Val Phe Asp Lys Tyr Lys Thr Ser Asp Arg Lys Thr 525 520 515
Val Thr Phe Glu 60 Pro Thr Ala Leu Leu Ser Phe Asn Glu Leu Asn 540 535 530
Ser Phe Leu Tyr Ala Phe Leu Val Glu Asn Lys Thr Gly Lys Glu Leu 560 555 550 545
Glu Lys lle lle lle Glu Lys lle Ala Asn Gin Tyr Gin lle Leu Lys 15 575 570 565
Asn Cys Ser Ser Thr Val Asp Lys Thr Asn Asp Asn lle Pro Lys Ser
590 585 580 lle Lys Lys lle Val Asn Thr Thr Thr Asp Ser Phe Tyr Phe Glu Gly 605 600 595 5
Lys Lys lle Asp lle Glu Lys Leu Glu Lys Asp lle Thr lle Glu lle 620 615 610
Glu Lys Thr Asn Glu Lys Leu Glu Thr lle Lys Glu Asn Glu Glu Ser 640 635 630 625
Ala GIn Asn Tyr Lys Arg Asn Glu Arg Asn Thr Gin Lys Arg Lys Leu 655 650 645
Tyr Arg Lys Tyr Val Phe Phe Thr Asn Glu lle Gly lle Glu Ala Thr 670 665 660
Trp lle Thr Asn Asp lle Leu Arg Phe Leu Asp Asn Lys Glu Asn Trp 5 685 680 675
Lys Gly Tyr Gln His Ser Glu Leu GIn Lys Phe lle Ser GIn Tyr Asp 700 695 690 10
Asn Tyr Lys Lys Glu Ala Leu Gly Leu Leu Glu Ser Glu Trp Asn Leu 720 715 710 705
Glu Ser Asp Ala Phe Phe Gly Gin Asn Leu Lys Arg Met Phe 0 Ser 735 730 725
Asn Ser Thr Phe Glu Thr Phe Tyr Lys Lys Tyr Leu Asp Asn Arg Lys 750 745 740
Asn Thr Leu Glu Thr Tyr Leu Ser Ala lle Glu Asn Leu Lys Thr Met 765 760 755
Thr Asp Val Arg Pro Lys Val Leu Lys Lys Lys Trp Thr Glu Leu Phe 0 780 775 770
Arg Phe Phe Asp Lys Lys lle Tyr Leu Leu Ser Thr lle Glu Thr Lys 800 795 790 785 15 lle Asn Glu Leu lle Thr Lys Pro lle Asn Leu Ser Arg Gly lle Phe 815 810 805
Glu Glu Lys Pro Thr Phe lle Asn Gly Lys Asn Pro Asn Lys Glu Asn 830 825 820
Asn GIn His Leu Phe Ala Asn Trp Phe lle Tyr Ala Lys Lys 60 Thr 845 840 835 lle Leu Gln Asp Phe Tyr Asn Leu Pro Leu Glu GIn Pro Lys Ala lle 860 855 850
Thr Asn Leu Lys Lys His Lys Tyr Lys Leu Glu Arg Ser lle Asn Asn 5 880 875 870 865
Leu Lys lle Glu Asp lle Tyr lle Lys Gin Met Val Asp Phe Leu Tyr
895 890 885
Gln Lys Leu Phe Glu GIn Ser Phe lle Gly Ser Leu GIn Asp Leu Tyr 910 905 900 5
Thr Ser Lys Glu Lys Arg Glu lle Glu Lys Gly Lys Ala Lys Asn Glu 925 920 915
GIn Thr Pro Asp Glu Ser Phe lle Trp Lys Lys Gln Val Glu lle Asn 940 935 930
Thr His Asn Gly Arg lle lle Ala Lys Thr Lys lle Lys Asp lle Gly 960 955 950 945
Lys Phe Lys Asn Leu Leu Thr Asp Asn Lys lle Ala His Leu lle Ser 975 970 965
Tyr Asp Asp Arg lle Trp Asp Phe Ser Leu Asn Ash Asp Gly Asp lle 5 990 985 980
Thr Lys Lys Leu Tyr Ser lle Asn Thr Glu Leu Glu Ser Tyr Glu Thr 1005 1000 995 10 lle Arg Arg Glu Lys Leu Leu Lys Gin lle Gin GIn Phe Glu 0 1020 1015 1010
Phe Leu Leu Glu GIn Glu Thr Glu Tyr Ser Ala Glu Arg Lys His 1035 1030 1025
Pro Glu Lys Phe Glu Lys Asp Cys Asn Pro Asn Phe Lys Lys Tyr 1050 1045 1040 lle lle Glu Gly Val Leu Asn Lys lle lle Pro Asn His Glu lle 1065 1060 1055
Glu Glu lle Glu lle Leu Lys Ser Lys Glu Asp Val Phe Lys lle 10 1080 1075 1070
Asn Phe Ser Asp lle Leu lle Leu Asn Asn Asp Asn lle Lys Lys 1095 1090 1085 15
Gly Tyr Leu Leu lle Met lle Arg Asn Lys Phe Ala His Asn 0 1110 1105 1100
Leu lle Asp Lys Asn Leu Phe Asn Phe Ser Leu GIn Leu Tyr Ser 1125 1120 1115
Lys Asn Glu Asn Glu Asn Phe Ser Glu Tyr Leu Asn Lys Val Cys 1140 1135 1130
Gln Asn lle lle GIn Glu Phe Lys Glu Lys Leu Lys 1155 1150 1145 401 <210> 15 1175 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gulae <213>
401 <400>
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Gin Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 5 60 55 50
Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu
80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85 5
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 5 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180 10
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gin Gin Met Thr Asn Glu Val Phe 10 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275 15
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 5 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys
380 375 370
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385 5
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser Gin Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly 60 His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala GIn Asp 5 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485 10
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Leu Lys 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Lys GIn Met lle Ala lle Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 0 575 570 565
Glu Lys lle Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580 15
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
GIn Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Lys Arg Leu Thr Pro 5 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe
685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690 5
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Met Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 5 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785 10
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 845 840 835
Arg lle Glu Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu GIn Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 0 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys lle Asn Leu Ala Lys 895 890 885 15
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala Gin Glu His Pro Tyr His Asp Phe 910 905 900
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Pro 960 955 950 945
Asn Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 5 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val
990 985 980
His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 1005 1000 995 5
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1065 1060 1055
Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 5 1080 1075 1070
Asp Glu Ser Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1095 1090 1085 10
Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115
Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg lle lle 0 1170 1165 1160
Gln Val 1175 15 402 <210> 1145 <211>
PRT <212>
Chryseobacterium sp. YR477 <213> 402 <400>
Met Glu Thr Gln Thr lle Gly His Gly lle Ala Tyr Asp His Ser Lys 10 5 1 lle Gin Asp Lys His Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Leu Ala Glu Asn 10 25 20
Asn lle Lys Ala Val Leu Lys Ala Phe Ser Glu Lys Phe Asn Val Gly 40 35 15
Asn Val Asp Val Lys Gln Phe Ala Asp Val Ser Leu Lys Asp Asn Leu 60 55 50
Pro Asp Asn Asp Phe GIn Lys Arg Val Ser Phe Leu Lys Met Tyr Phe 80 75 70 65
Pro Val Val Asp Phe lle Asn lle Pro Asn Asn Arg Ala Lys Phe Arg 95 90 85
Ser Asp Leu Thr Thr Leu Phe Lys Ser Val Asp Gin Leu Arg Asn Phe 110 105 100
Tyr Thr His Tyr Tyr His Lys Pro Leu Asp Phe Asp Ala Ser Leu Phe 15 125 120 115 lle Leu Leu Asp Asp lle Phe Ala Arg Thr Ala Lys Glu Val Arg Asp
140 135 130 ‏ماك‎ Lys Met Lys Asp Asp Lys Thr Arg Gin Leu Leu Ser Lys Ser Leu 160 155 150 145 5
Ser Glu Glu Leu Gin Lys Gly Tyr Glu Leu GIn Leu Glu Arg Leu Lys 175 170 165
Glu Leu Asn Arg Leu Gly Lys Lys Val Asn lle His Asp Gin Leu Gly 190 185 180 lle Lys Asn Gly Val Leu Asn Asn Ala Phe Asn His Leu lle Tyr Lys 205 200 195
Asp Gly Glu Ser Phe Lys Thr Lys Leu Thr Tyr Ser Ser Ala Leu Thr 220 215 210
Ser Phe Glu Ser Ala Glu Asn Gly lle Glu lle Ser Gin Ser Gly Leu 5 240 235 230 225
Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Lys Arg Lys Glu lle Glu Asp Leu 255 250 245 10
Lys Asn Arg Asn Lys Gly Phe Lys Ala Lys Val Val lle Asp Glu Asp 270 265 260
Gly Lys Val Asn Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His Trp Val Phe Ser 285 280 275
Tyr Leu Cys Phe Lys Gly Leu Lys Ser Lys Leu Ser Thr Glu Phe His 300 295 290
Glu Glu Thr Leu Leu lle Gin lle lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 320 315 310 305
Asp Glu Leu Tyr Cys Ala Phe Asp Lys Glu Thr Arg Asp Lys Phe lle 0 335 330 325
Glu Asp lle Asn Glu Tyr Val Lys Glu Gly His Gln Asp Phe Ser Leu 350 345 340 15
Glu Asp Ala Lys Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asn 365 360 355
Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Val Lys Phe 380 375 370
Pro Ser Leu Arg Phe GIn Val His Val Gly Asn Tyr Val His Asp Arg 400 395 390 385
Arg lle Lys Asn lle Asp Gly Thr Thr Phe Glu Thr Glu Arg Val Val 415 410 405
Lys Asp Arg lle Lys Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu lle Ser Ser Tyr 15 430 425 420
Lys Ala GIn Tyr Leu Ser Ser Val Ser Asp Lys His Asp Glu Thr Gly
445 440 435
Trp Glu lle Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Val Phe lle Asn Asn Asn lle 460 455 450 5
Pro lle His lle Ser Val Asp Thr Ser Phe Lys Lys Glu lle Ala Asp 480 475 470 465
Phe Lys Lys Leu Arg Arg Ala Gin Val Pro Asp Glu Leu Lys lle Arg 495 490 485
Gly Ala Glu Lys Lys Arg Lys Phe Glu lle Thr GIn Met lle Gly Ser 510 505 500
Lys Ser Val Leu Asn GIn Glu Glu Pro lle Ala Leu Leu Ser Leu Asn 525 520 515
Glu lle Pro Ala Leu Leu Tyr Glu lle Leu lle Asn Gly Lys Glu Pro 5 540 535 530
Ala Glu lle Glu Arg lle lle Lys Asp Lys Leu Asn Glu Arg Gln Asp 560 555 550 545 10
Val lle Lys Asn Tyr Asn Pro Glu Asn Trp Leu Pro Ala Ser Gin lle 575 570 565
Ser Arg Arg Leu Arg Ser Asn Lys Gly Glu Arg lle lle Asn Thr Asp 590 585 580
Lys Leu Leu GIn Leu Val Thr Lys Glu Leu Leu Val Thr Glu GIn Lys 605 600 595
Leu Lys lle lle Ser Asp Asn Arg Glu Ala Leu Lys 60 Lys Lys Glu 620 615 610
Gly Lys Tyr lle Arg Lys Phe lle Phe Thr Asn Ser Glu Leu Gly Arg 0 640 635 630 625
Glu Ala lle Trp Leu Ala Asp Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Ala Asp 655 650 645 15
Val Arg Lys Glu Trp Lys Gly Tyr GIn His Ser GIn Leu Gln GIn Ser 670 665 660
Leu Ala Phe Tyr Asn Ser Arg Pro Lys Glu Ala Leu Ala lle Leu Glu 685 680 675
Ser Ser Trp Asn Leu Lys Asp Glu Lys lle lle Trp Asn Glu Trp lle 700 695 690
Leu Lys Ser Phe Thr Gin Asn Lys Phe Phe Asp Ala Phe Tyr Asn Glu 720 715 710 705
Tyr Leu Lys Gly Arg Lys Lys Tyr Phe Ala Phe Leu Ser Glu His lle 15 735 730 725
Val GIn Tyr Thr Ser Asn Ala Lys Asn Leu 60 Lys Phe lle Lys 0
750 745 740
Gln Met Pro Lys Asp Leu Phe Glu Lys Arg His Tyr lle lle Glu Asp 765 760 755 5
Leu GIn Thr Glu Lys Asn Lys lle Leu Ser Lys Pro Phe lle Phe Pro 780 775 770
Arg Gly lle Phe Asp Lys Lys Pro Thr Phe lle Lys Gly Val Lys Val 800 795 790 785
Glu Asp Ser Pro Glu Ser Phe Ala Asn Trp Tyr Gin Tyr Gly Tyr Gin 815 810 805
Lys Asp His GIn Phe GIn Lys Phe Tyr Asp Trp Lys Arg Asp Tyr Ser 830 825 820
Asp Val Phe Leu Glu His Leu Gly Lys Pro Phe lle Asn Asn Gly Asp 5 845 840 835
Arg Arg Thr Leu Gly Met Glu Glu Leu Lys Glu Arg lle lle lle Lys 860 855 850 10 ‏ماك‎ Asp Leu Lys lle Lys Lys lle Lys lle Gln Asp Leu Phe Leu Arg 880 875 870 865
Leu lle Ala Glu Asn Leu Phe GIn Lys Val Phe Lys Tyr Ser Ala Lys 895 890 885
Leu Pro Leu Ser Asp Phe Tyr Leu Thr Gin Glu Glu Arg Met Glu Lys 910 905 900
Glu Asn Met Ala Ala Leu GIn Asn Val Arg Glu Glu Gly Asp Lys Ser 925 920 915
Pro Asn lle lle Lys Asp Asn Phe lle Trp Ser Lys Met lle Pro Tyr 0 940 935 930
Lys Lys Gly GIn lle lle Glu Asn Ala Val Lys Leu Lys Asp lle Gly 960 955 950 945 15
Lys Leu Asn Val Leu Ser Leu Asp Asp Lys Val GIn Thr Leu Leu Ser 975 970 965
Tyr Asp Asp Ala Lys Pro Trp Ser Lys lle Ala Leu Glu Asn Glu Phe 990 985 980
Ser lle Gly Glu Asn Ser Tyr Glu Val lle Arg Arg Glu Lys Leu Phe 1005 1000 995
Lys Glu lle Gln Gln Phe Glu Ser Glu lle Leu Phe Arg Ser Gly 1020 1015 1010
Trp Asp Gly lle Asn His Pro Ala GIn Leu Glu Asp Asn Arg Asn 5 1035 1030 1025
Pro Lys Phe Lys Met Tyr lle Val Asn Gly lle Leu Arg Lys Ser
1050 1045 1040
Ala Gly Leu Tyr Ser 60 Gly Glu Asp lle Trp Phe Glu Tyr Asn 1065 1060 1055 5
Ala Asp Phe Asn Asn Leu Asp Ala Asp Val Leu Glu Thr Lys Ser 1080 1075 1070
Glu Leu Val Gin Leu Ala Phe Leu Val Thr Ala lle Arg Asn Lys 1095 1090 1085
Phe Ala His Asn Gin Leu Pro Ala Lys Glu Phe Tyr Phe Tyr lle 1110 1105 1100
Arg Ala Lys Tyr Gly Phe Ala Asp Glu Pro Ser Val Ala Leu Val 1125 1120 1115
Tyr Leu Asn Phe Thr Lys Tyr Ala lle Asn Glu Phe Lys Lys Val 5 1140 1135 1130
Met lle 1145 10 403 <210> 948 <211>
PRT <212> 15
Riemerella anatipestifer <213> 403 <400>
Met Phe Phe Ser Phe His Asn Ala GIn Arg Val lle Phe Lys His Leu 10 5 1
Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu Asp TyrLys 5 25 20
Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His Leu Asn Arg 40 35 10
Lys Gly Lys Asn Lys Gin Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg Tyr Arg Phe 60 55 50 15
Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Thr Asn 80 75 70 65
Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys Lys Val Ser 95 90 85
Gly Phe Lys Ala Ser His Lys GIn Arg Glu Lys Met Thr Thr Glu Val 110 105 100
Phe Cys Arg Ser Arg lle Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Arg 0 125 120 115
Tyr Asp His Asn GIn Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu Leu Ser Arg 140 135 130 15
Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asn Lys Lys His 160 155 150 145
Phe GIn Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu lle Glu Glu Glu Gin 175 170 165
Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu lle Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr 190 185 180
Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys Ser lle Arg 205 200 195
Phe Gin Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys lle Tyr Asp Lys Lys 5 220 215 210 lle Gly Asp Glu GIn Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Leu Ser
240 235 230 225
Phe Gly Arg Leu GIn Asp Phe Thr Glu lle Asn Arg Pro 60 Glu Trp 255 250 245 5
Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser Asn Gin Pro 270 265 260
Phe lle Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His lle Thr Asp Asn Lys lle 285 280 275
Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser Leu Glu lle 300 295 290
Lys Asp Gly Ala Asn Arg lle Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn Ser Gly Phe 320 315 310 305
Val Ala His Ala Phe lle Ser Val His Glu Leu Leu Pro Leu Met Phe 5 335 330 325
Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys Glu Thr Val 350 345 340 10
Arg His lle Gin Arg lle Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu Arg lle Asn 365 360 355
Thr lle Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn GIn Gly Arg Leu Pro Leu Gly 380 375 370
Ala Phe Pro Lys GIn Met Leu Gly Leu Leu GIn Asn Lys Gin Pro Asp 400 395 390 385
Leu Ser Glu Lys Ala Lys lle Lys lle Glu Lys Leu lle Ala Glu Thr 415 410 405
Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser Ser Pro Lys 0 430 425 420
Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu lle Lys Thr Gly Val Leu Ala Asp 445 440 435 15
Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Tyr Asp Ala 460 455 450
GIn Asn GIn Pro lle Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Phe Trp 480 475 470 465
Phe lle Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys Asn Arg Leu 495 490 485
Glu Gly Tyr Phe Lys GIn Thr Asn Leu lle Gly Asn Thr Asn Pro His 510 505 500
Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn Leu Val Asp 5 525 520 515
Phe Tyr Gln GIn Tyr Leu Glu Gin Arg Glu Lys Phe Leu Glu Ala lle
540 535 530
Lys Asn GIn Pro Trp Glu Pro Tyr Gin Tyr Cys Leu Leu Leu Lys lle 560 555 550 545 5
Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu Gin Gly Gly 575 570 565 lle Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala lle Arg Glu Thr Leu 590 585 580
Ser Glu Asp Leu Met Leu Ser Lys Pro lle Arg Lys Glu lle Lys Lys 605 600 595
His Gly Arg Val Gly Phe lle Ser Arg Ala lle Thr Leu Tyr Phe Lys 620 615 610
Glu Lys Tyr GIn Asp Lys His Gln Ser Phe Tyr Asn Leu Ser Tyr Lys 5 640 635 630 625
Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Arg Glu Glu His Tyr Glu Tyr 655 650 645 10
Trp GIn GIn Asn Lys Pro Gin Ser Pro Thr Glu Ser Gln Arg Leu Glu 670 665 660
Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr Lys Arg Trp 685 680 675
Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn 60 Asp Val Met 700 695 690
Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe Lys Glu Leu 720 715 710 705
Asn Leu Asn Tyr His 60 Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala Val Asn Val 0 735 730 725
Gln Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn GIn Thr Leu Pro Met 750 745 740 15
Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Ala Thr Ala Phe Gly Glu Val Gin 765 760 755
Tyr His Lys Thr Pro lle Arg Thr Val Tyr lle Arg Glu Glu His Thr 780 775 770
Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg 800 795 790 785
Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe lle Lys Glu Glu Asn Asp Thr Gln Lys 815 810 805
His Pro lle Ser Gin Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu lle Tyr Gin 5 830 825 820
Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu Glu Glu Lys
845 840 835
Leu Leu Asn Lys His Thr Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn Glu Phe Arg 860 855 850 5
Ala Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Glu Tyr Ala Ala Ser Ser Met Val 880 875 870 865
Thr Asp Glu His lle Ala Phe lle Ala Ser Val Arg Asn Ala Phe Cys 895 890 885
His Asn GIn Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Ala Leu His Ala Pro lle Pro 910 905 900
Leu Phe Thr Val Ala GIn Pro Thr Thr Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly 925 920 915 lle Ala Glu Ala Leu Leu Lys Val Leu Arg Glu Tyr Cys Glu lle Val 5 940 935 930
Lys Ser GIn lle 945 10 404 <210> 1175 <211>
PRT <212> 15
Porphyromonas gingivalis <213> 404 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 5 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Ala His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35 10
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly 60 Trp 60 55 50 15
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Gin Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 10 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130 15
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Lys Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 5 220 215 210
Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu
240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met Gin Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245 5
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Leu Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 5 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340 10
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 0 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435 15
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly 60 Leu Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 15 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp
540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545 5
Pro Arg Gin Met lle Ala lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe GIn Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 5 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645 10
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gin Ser lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 0 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 750 745 740 15
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 5 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg
845 840 835
Arg lle Glu Asp Ala Phe Val Gly lle Glu Tyr Ala Ser Trp Glu Asn 860 855 850 5
Lys Lys Lys lle Glu Gin Leu Leu GIn Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys lle Asn lle Ala Lys 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe 910 905 900
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 5 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr 960 955 950 945 10
Asp Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 990 985 980
His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 1005 1000 995
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu 10 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1050 1045 1040 15
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu 60 Thr 1065 1060 1055
Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1080 1075 1070
Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1095 1090 1085
Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu GIn Arg Glu Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gin Tyr Pro Met Tyr Asp 5 1125 1120 1115
Glu Thr lle Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Leu
1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145 5
Ser Glu Glu Val Lys Leu Ala Lys Glu Met Val Glu Arg lle lle 1170 1165 1160
Gln Ala 1175 405 <210> 1175 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213>
405 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1 5
Lys Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly 60 Trp 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys ‏كايا‎ 5 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Gin Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 110 105 100 10
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Met Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val Gin Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 0 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195 15
Arg Cys Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Arg Glu Gly Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met Gin Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 5 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys
300 295 290
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305 5
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Ala 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 5 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405 10
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Cys Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly ‏0ا6‎ His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 10 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500 15
Ser Ala Glu Arg Val Gin Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Arg GIn Met lle Ala lle Leu Ser Gin Lys His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 15 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly
605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610 5
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 5 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gin Ser lle Gly Arg 720 715 710 705 10
Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val GIn Pro 0 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805 15
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 845 840 835
Arg lle Glu Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Asn Ala Ser Arg Glu Asn 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu Gin Leu Leu GIn Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys lle Asn lle Ala Lys 15 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe
910 905 900
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915 5
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr 960 955 950 945
Asp Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 990 985 980
His Lys Glu GIn Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 5 1005 1000 995
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010 10
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu 60 Thr 1065 1060 1055
Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1080 1075 1070
Asp Glu Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 10 1095 1090 1085
Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Arg Lys Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100 15
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115
Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Met Ala Glu Arg lle lle 1170 1165 1160
Gln Ala 5 1175 406 <210>
1213 <211>
PRT <212>
Flavobacterium columnare <213> 406 <400> 5
Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys GIn Lys Thr Phe Asn His 15 10 5 1
Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala 25 20
Asp Asp Asn Leu Arg GIn Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg lle Asn 5 40 35
Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe
60 55 50
Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 80 75 70 65 5
Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg lle Gln Lys His Thr Asn His 95 90 85
Asn Phe Glu Gin Thr Arg Glu lle Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr lle 110 105 100
Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro lle Thr 125 120 115 lle Asn Pro Lys Val Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val 140 135 130
Leu lle Thr lle Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 5 160 155 150 145
Leu Leu Lys Glu Lys Phe Arg Pro Glu Leu Thr Gin Leu Lys Asn Gin 175 170 165 10
Lys Arg Glu Glu Leu lle Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn 190 185 180
Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu Arg Pro Phe Leu Glu Glu 205 200 195
Asn Lys Thr Asp Asp Lys Gln Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 220 215 210
Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser lle Thr Leu Thr 0 Ser 240 235 230 225
Gly Leu Val Phe Leu lle Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe 610 10 255 250 245
Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Gly Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr lle 270 265 260 15
Lys Glu Glu Glu lle Ser Leu Asn Lys Asn Asn lle Val Tyr Met lle 285 280 275
Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 300 295 290 lle Lys Thr Asp Gin Gly Val Ser Thr Leu Glu GIn Asn Asn Thr Thr 320 315 310 305
His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gin lle 335 330 325
Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu lle Tyr Glu Thr Leu Ser 5 350 345 340
Glu Lys GIn Gin Lys Glu Phe Glu Glu Asp lle Asn Glu Tyr Met Arg
365 360 355
Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser lle Val Ser His 380 375 370 5
Lys Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 400 395 390 385
Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val 415 410 405
Asn Phe Gly Asp Tyr lle Lys Asp Arg 60 Lys Lys lle Leu Glu Ser 430 425 420 lle Gin Phe Asp Ser Glu Arg lle lle Lys Lys Glu lle His Leu Phe 445 440 435
Glu Lys Leu Gly Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 5 460 455 450
Glu Thr Ser Asn lle Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Ser Pro 480 475 470 465 10
Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn lle Pro Phe Tyr lle Asp Ser Arg 495 490 485
Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn Gin Lys Lys Lys Ala GIn Ser 510 505 500
GIn Asn Arg Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu Gin 525 520 515
Ser Lys Asp Ala lle lle Ala Met Leu GIn Lys Glu lle Gly Val Lys 540 535 530
Asp Leu GIn Gin Arg Ser Thr lle Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 10 560 555 550 545
Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val lle Val Lys Asp lle Lys Gly Ala Glu 575 570 565 15
Leu Glu Asn Lys lle Ala GIn Lys lle Arg Glu GIn Tyr Gin Ser lle 590 585 580
Arg Asp Phe Thr Leu Asp Ser Pro Gin Lys Asp Asn lle Pro Thr Thr 605 600 595
Leu Thr Lys Thr lle Ser Thr Asp Thr Ser Val Thr Phe Glu Asn Gin 620 615 610
Pro lle Asp lle Pro Arg Leu Lys Asn Ala Leu GIn Lys Glu Leu Thr 640 635 630 625
Leu Thr Gin Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys GIn His Glu lle Glu Val 15 655 650 645
Asp Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn Gin Pro
670 665 660
Lys Asp Lys Val Asp Asp Asn Lys Leu GIn Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 685 680 675 5
Arg Asn Glu lle Gly Gin Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu lle 700 695 690
His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu 720 715 710 705
Leu GIn Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys lle 735 730 725
Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys lle Leu Thr 750 745 740
Lys Asp Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe lle Asp Phe 5 765 760 755
Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Asn Thr Glu Ser 780 775 770 10
Thr Phe Leu Glu Asn Gly Phe lle Gly Leu Pro Pro Lys lle Leu Lys 800 795 790 785
Lys Glu Leu Ser Lys Arg Leu Asn Tyr lle Phe lle Val Phe GIn Lys 815 810 805
Arg Gin Phe lle lle Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 830 825 820
Ala Asp Ala lle Asn Leu Ser Arg Gly lle Phe Asp Glu Lys Pro Thr 845 840 835
Met lle Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 0 860 855 850
Val Ala Ser Tyr GIn Tyr Asn Asn Tyr Gin Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 880 875 870 865 15
Pro Asp Lys lle Glu Asn Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 895 890 885
Ala lle Asn Lys Val Lys lle Gln Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 910 905 900
Asp Thr Leu Tyr GIn Asp Leu Phe Asn GIn Pro Leu Asp Lys Ser Leu 925 920 915
Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Thr Asp Arg Glu Lys lle Lys Ala Asp 940 935 930
Ala Lys Ala Tyr Gln Lys Arg Asn Asp Ser Phe Leu Trp Asn Lys Val 5 960 955 950 945 lle His Leu Ser Leu GIn Asn Asn Arg lle Thr Ala Asn Pro Lys Leu
975 970 965
Lys Asp lle Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu GIn Asp Glu Lys lle Ala 990 985 980 5
Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Asp Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu Gin Lys 1005 1000 995
Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr 1020 1015 1010
Ala Leu Asn Met Glu Leu GIn Glu Tyr Glu Lys Val Arg Ser Lys 1035 1030 1025
Lys Leu Leu Lys 60 Val GIn Glu Leu Glu Lys GIn lle Leu Asp 1050 1045 1040
Lys Phe Tyr Asp Phe Ser Asn Asn Ala Thr His Pro Glu Asp Leu 5 1065 1060 1055
Glu lle Glu Asp Lys Lys Gly Lys Arg His Pro Asn Phe Lys Leu 1080 1075 1070 10
Tyr lle Thr Lys Ala Leu Leu Lys Asn Glu Ser Glu lle lle Asn 1095 1090 1085
Leu Glu Asn lle Asp lle Glu lle Leu lle Lys Tyr Tyr Asp Tyr 1110 1105 1100
Asn Thr Glu Lys Leu Lys Glu Lys lle Lys Asn Met Asp Glu Asp 1125 1120 1115
Glu Lys Ala Lys lle Val Asn Thr Lys Glu Asn Tyr Asn Lys lle 1140 1135 1130
Thr Asn Val Leu lle Lys Lys Ala Leu Val Leu lle lle lle Arg 10 1155 1150 1145
Asn Lys Met Ala His Asn GIn Tyr Pro Pro Lys Phe lle Tyr Asp 1170 1165 1160 15
Leu Ala Thr Arg Phe Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala 1185 1180 1175
Cys Tyr Phe Asn Arg Val Phe Glu Thr lle Thr Thr Glu Leu Trp 1200 1195 1190
Glu Asn Lys Lys Lys Ala Lys Glu lle Val 1210 1205 407 <210> 1119 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213> 407 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly 60 Trp 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 5 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys
95 90 85
Leu Phe Glu Asn Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 110 105 100 5
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val Gin Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 5 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195 10
Arg Cys Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Arg Glu Gly Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met 60 Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 0 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290 15
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 5 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu
400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405 5
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 5 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500 10
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu lle Asp Thr Leu Asp 540 535 530
Arg Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Ala lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 0 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595 15
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe ‏ماى‎ Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 5 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr
700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gin Ser lle Gly Arg 720 715 710 705 5
Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val GIn Pro 5 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805 10
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 845 840 835
Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp GIn Lys Phe Glu Arg 860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn GIn Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys 880 875 870 865
Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 0 895 890 885
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr Glu Val Gln Glu Gin Gly Ser Leu 910 905 900 15
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 925 920 915
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu GIn Ala Pro Leu Ala 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965
Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala Met Glu Gin Tyr Pro lle Ser Lys Leu 5 990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala
1005 1000 995
Phe Glu Gin Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Cys 1020 1015 1010 5
Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025
Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu Gin Arg Glu Val 1050 1045 1040
Trp Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr 1065 1060 1055
Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp 1080 1075 1070
Pro Ser Ser Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 5 1095 1090 1085
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys ‏ماي‎ Ala Lys Glu Met Ala 1110 1105 1100 10
Glu Arg lle lle GIn Ala 1115 408 <210> 1135 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis >213< 408 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly GIn Ser Arg Thr Val 5 10 5 1
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 25 20 10
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 40 35 15
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 0 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115 15
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 5 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr
220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 5 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 5 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 10 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 0 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420 15
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gin Ser Gly Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gin Asn Pro 5 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr
525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530 5
Ser Ala Phe Asp Met Asn Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser Gin Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 5 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625 10
Ser Leu Ala Gin Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 10 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725 15
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 5 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu
830 825 820
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835 5
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Lys Glu Asn 910 905 900
GIn Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 5 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930 10
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 0 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025 15
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser 60 Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 15 1110 1105 1100
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met
1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 5 409 <210> 950 <211>
PRT <212> 10
Rimerella anatipestifer <213> 409 <400>
Met Phe Phe Ser Phe His Asn Ala GIn Arg Val lle Phe Lys His Leu 5 10 5 1
Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu Asp Tyr Lys
30 25 20
Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His Leu Asn Arg 45 40 35 5
Lys Gly Lys Asn Lys GIn Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg Tyr Arg Phe 60 55 50
Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Thr Asn 80 75 70 65
Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys Lys Val Ser 95 90 85
Gly Phe Lys Ala Ser His Lys GIn Ser Glu Lys Met Thr Thr Glu Val 110 105 100
Phe Cys Arg Ser Arg lle Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Arg 5 125 120 115
Tyr Asp His Asn GIn Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu Leu Ser Arg 140 135 130 10
Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Lys Asp Lys Lys Cys 160 155 150 145
Phe GIn Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu lle Glu Glu Glu 07 175 170 165
Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu lle Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr 190 185 180
Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys Ser lle Arg 205 200 195
Phe Gin Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys lle Tyr Asp Lys Lys 10 220 215 210 lle Gly Tyr Glu GIn Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Leu Asn 240 235 230 225 15
Phe Gly Arg Leu GIn Asp Phe Thr Glu lle Asn Arg Pro 60 Glu Trp 255 250 245
Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Asn Glu Thr Ser Asn Gin Pro 270 265 260
Phe lle Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His lle Thr Asp Asn Lys lle 285 280 275
Gly Phe Arg Leu Arg Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser Leu Glu Val 300 295 290
Lys Asp Gly Ala Asn Arg lle Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn Ser Asp Phe 15 320 315 310 305
Val Ala His Ala Phe lle Ser lle Ser Val His Glu Leu Leu Pro Leu
335 330 325
Met Phe Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys Glu 350 345 340 5
Thr Val Arg His lle GIn Arg lle Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu Arg 365 360 355 lle Asn Thr lle Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn Gin Gly Arg Leu Pro 380 375 370
Leu Gly Ala Phe Pro Lys Gin Met Leu Gly Leu Leu GIn Asn Lys 07 400 395 390 385
Pro Asp Leu Ser Glu Lys Ala Lys lle Lys lle Glu Lys Leu lle Ala 415 410 405
Glu Thr Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser Ser 5 430 425 420
Pro Lys Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu lle Lys Thr Gly Val Leu 445 440 435 10
Ala Asp Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe GIn Pro Val Val Tyr 460 455 450
Asp Ala GIn Asn GIn Pro lle Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu 480 475 470 465
Ser Arg Leu lle Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys Asn 495 490 485
Arg Leu Glu Gly Tyr Phe Lys GIn Thr Asn Leu lle Gly Asn Thr Asn 510 505 500
Pro His Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn Leu 0 525 520 515
Val Asp Phe Tyr Gin GIn Tyr Leu Glu GIn Arg Glu Lys Phe Leu Glu 540 535 530 15
Ala lle Lys His GIn Pro Trp Glu Pro Tyr Gin Tyr Cys Leu Leu Leu 560 555 550 545
Lys Val Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu Gin 575 570 565
Gly Gly lle Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala lle Arg Glu 590 585 580
Thr Leu Ser Lys Asp Leu Thr Leu Ser Lys Pro lle Arg Lys Glu lle 605 600 595
Lys Lys His Gly Arg Val Gly Phe lle Ser Arg Ala lle Thr Leu Tyr 15 620 615 610
Phe Lys Glu Lys Tyr Gln Asp Lys His Gln Ser Phe Tyr Asn Leu Ser
640 65 630 625
Tyr Lys Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Lys Glu Glu His Tyr 655 650 645 5
Glu Tyr Trp Gln ‏ما‎ Asn Lys Pro GIn Ser Pro Thr Glu Ser Gin Arg 670 665 660
Leu Glu Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr Lys 685 680 675
Arg Trp GIn His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn 60 Asp 700 695 690 lle Met Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe Lys 720 715 710 705
Glu Leu Asn Leu Asn Tyr His 60 Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala Val 5 735 730 725
Asn Val Gin Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn GIn Thr Leu 750 745 740 10
Pro Met Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Thr Thr Ala Phe Gly Glu 765 760 755
Val GIn Tyr His Glu Thr Pro lle Arg Thr Val Tyr lle Arg Glu Glu 780 775 770
Gln Thr Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 800 795 790 785
Arg His Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe lle Lys Glu Glu Asn Asp Thr 815 810 805
GIn Lys His Pro lle Ser Gln Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu lle 0 830 825 820
Tyr Gln Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu Glu 845 840 835 15
Glu Lys Leu Leu Asn Lys His Ala Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn Glu 860 855 850
Phe Arg Thr Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Lys Tyr Ala Ala Ser Ser 880 875 870 865
Met Val Thr Asp Lys His lle Ala Phe lle Ala Ser Val Arg Asn Ala 895 890 885
Phe Cys His Asn GIn Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Thr Leu His Ala Pro 910 905 900 lle Leu Leu Phe Thr Val Ala Gin Pro Thr Thr Glu Glu Lys Asp Gly 5 925 920 915
Leu Gly lle Ala Glu Ala Leu Leu Arg Val Leu Arg Glu Tyr Cys Glu
940 935 930 lle Val Lys Ser GIn lle 950 945 5 410 <210> 1213 <211>
PRT <212> 10
Flavobacterium columnare <213> 410 <400>
Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys Gin Lys Thr Phe Asn His 5 10 5 1
Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala
30 25 20
Asp Asp Asn Leu Arg GIn Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg lle Asn 45 40 35 5
Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe 60 55 50
Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 80 75 70 65
Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg lle Gin Lys His Thr Asn His 95 90 85
Asn Phe Glu Gin Thr Arg Glu lle Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr lle 110 105 100
Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro lle Thr 5 125 120 115 lle Asn Pro Lys lle Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val 140 135 130 10
Leu lle Thr lle Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 160 155 150 145
Leu Leu Lys Glu Lys Leu Arg Pro Glu Leu Thr Gin Leu Lys Asn Gin 175 170 165
Lys Arg Glu Glu Leu lle Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn 190 185 180
Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu Arg Pro Phe Leu Glu Glu 205 200 195
Asn Lys Thr Asp Asp Lys GIn Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 10 220 215 210
Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser lle Thr Leu Thr 0 Ser 240 235 230 225 15
Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe Gin 255 250 245
Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Gly Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr lle 270 265 260
Lys Glu Glu Lys lle Ser Leu Asn Lys Asn Asn lle Val Tyr Met lle 285 280 275
Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 300 295 290 lle Lys Thr Asp GIn Gly Val Ser Thr Leu Glu ‏ماك‎ Asn Asn Thr Thr 15 320 315 310 305
His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gin lle
335 330 325
Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu lle Tyr Glu Thr Leu Ser 350 345 340 5
Glu Lys GIn GIn Lys Glu Phe Glu Glu Asp lle Asn Glu Tyr Met Arg 365 360 355
Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser lle Val Ser His 380 375 370
Lys Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 400 395 390 385
Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val 415 410 405
Asn Phe Gly Asp Tyr lle Lys Asp Arg GIn Lys Lys lle Leu Glu Ser 5 430 425 420 lle Gin Phe Asp Ser Glu Arg lle lle Lys Lys Glu lle His Leu Phe 445 440 435 10
Glu Lys Leu Gly Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 460 455 450
Glu Thr Ser Asn lle Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Ser Pro 480 475 470 465
Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn lle Pro Phe Tyr lle Asp Ser Arg 495 490 485
Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn GIn Lys Lys Lys Ala Gin Ser 510 505 500
GIn Asn Arg Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu GIn 0 525 520 515
Ser Lys Asp Ala lle lle Ala Met Leu GIn Lys Glu lle Gly Val Lys 540 535 530 15
Asp Leu GIn 60 Arg Ser Thr lle Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 560 555 550 545
Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val lle Val Lys Asp lle Lys Gly Ala Glu 575 570 565
Leu Glu Asn Lys lle Ala GIn Lys lle Arg Glu Glin Tyr Gin Ser lle 590 585 580
Arg Asp Phe Thr Leu Asn Ser Pro Gin Lys Asp Asn lle Pro Thr Thr 605 600 595
Leu lle Lys Thr lle Ser Thr Asp Thr Ser Val Thr Phe Glu Asn GIn 5 620 615 610
Pro lle Asp lle Pro Arg Leu Lys Asn Ala lle GIn Lys Glu Leu Ala
640 65 630 625
Leu Thr Gin Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys Gin His Glu lle Glu Val 655 650 645 5
Asn Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn GIn Pro 670 665 660
Lys Asp Lys Val Asp Asp Asn Lys Leu GIn Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 685 680 675
Arg Asn Glu lle Gly GIn Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu lle 700 695 690
His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu 720 715 710 705
Leu GIn Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys lle 5 735 730 725
Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys lle Leu Thr 750 745 740 10
Lys Asp Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe lle Asp Phe 765 760 755
Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Asn Thr Glu Ser 780 775 770
Thr Phe Leu Glu Asn Gly Phe lle Gly Leu Pro Pro Lys lle Leu Lys 800 795 790 785
Lys Glu Leu Ser Lys Arg Leu Asn Tyr lle Phe lle Val Phe GIn Lys 815 810 805
Arg GIn Phe lle lle Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 0 830 825 820
Ala Asp Ala lle Asn Leu Ser Arg Gly lle Phe Asp Glu Lys Pro Thr 845 840 835 15
Met lle Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 860 855 850
Val Ala Ser Tyr GIn Tyr Asn Asn Tyr Gin Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 880 875 870 865
Pro Asp Lys lle Glu Asn Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 895 890 885
Ala lle Asn Lys Val Lys lle Gln Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 910 905 900
Asp Thr Leu Tyr GIn Asp Leu Phe Asn GIn Pro Leu Asp Lys Ser Leu 5 925 920 915
Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Thr Asp Arg Glu Lys lle Lys Ala Asp
940 935 930
Ala Lys Ala Tyr GIn Lys Arg Asn Asp Ser Phe Leu Trp Asn Lys Val 960 955 950 945 5 lle His Leu Ser Leu GIn Asn Asn Arg lle Thr Ala Asn Pro Lys Leu 975 970 965
Lys Asp lle Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu GIn Asp Glu Lys lle Ala 990 985 980
Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Asp Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu Gin Lys 1005 1000 995
Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr 1020 1015 1010
Ala Leu Asn Met Glu Leu GIn Glu Tyr Glu Lys Val Arg SerLys 5 1035 1030 1025
Lys Leu Leu Lys 0 Val Gin Glu Leu Glu Lys GIn lle Leu Asp 1050 1045 1040 10
Lys Phe Tyr Asp Phe Ser Asn Asn Ala Thr His Pro Glu Asp Leu 1065 1060 1055
Glu lle Glu Asp Lys Lys Gly Lys Arg His Pro Asn Phe Lys Leu 1080 1075 1070
Tyr lle Thr Lys Ala Leu Leu Lys Asn Glu Ser Glu lle lle Asn 1095 1090 1085
Leu Glu Asn lle Asp lle Glu lle Leu lle Lys Tyr Tyr Asp Tyr 1110 1105 1100
Asn Thr Glu Lys Leu Lys Glu Lys lle Lys Asn Met Asp Glu Asp 10 1125 1120 1115
Glu Lys Ala Lys lle Val Asn Thr Lys Glu Asn Tyr Asn Lys lle 1140 1135 1130 15
Thr Asn Val Leu lle Lys Lys Ala Leu Val Leu lle lle lle Arg 1155 1150 1145
Asn Lys Met Ala His Asn GIn Tyr Pro Pro Lys Phe lle Tyr Asp 1170 1165 1160
Leu Ala Thr Arg Phe Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala 1185 1180 1175
Cys Tyr Phe Asn Arg Val Phe Glu Thr lle Thr Thr Glu Leu Trp 1200 1195 1190
Glu Asn Lys Lys Lys Ala Lys Glu lle Val 15 1210 1205 411 <210>
1095 <211>
PRT <212>
Riemerella anatispestifer <213> 411 <400> 5
Met Glu Lys Pro Leu Pro Pro Asn Val Tyr Thr Leu Lys His Lys Phe 15 10 5 1
Phe Trp Gly Ala Phe Leu Asn lle Ala Arg His Asn Ala Phe lle Thr 25 20 lle Cys His lle Asn Glu Gin Leu Gly Leu Thr Thr Pro Pro Asn Asp 5 40 35
Asp Lys lle Ala Asp Val Val Cys Gly Thr Trp Asn Asn lle Leu Asn
60 55 50
Asn Asp His Asp Leu Leu Lys Lys Ser GIn Leu Thr Glu Leu lle Leu 80 75 70 65 5
Lys His Phe Pro Phe Leu Ala Ala Met Cys Tyr His Pro Pro Lys Lys 95 90 85
Glu Gly Lys Lys Lys Gly Ser Gin Lys Glu 60 GIn Lys Glu Lys Glu 110 105 100
Asn Glu Ala 60 Ser GIn Ala Glu Ala Leu Asn Pro Ser Glu Leu lle 125 120 115
Lys Val Leu Lys Thr Leu Val Lys GIn Leu Arg Thr Leu Arg Asn Tyr 140 135 130
Tyr Ser His His Ser His Lys Lys Pro Asp Ala Glu Lys Asp lle Phe 5 160 155 150 145
Lys His Leu Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu 175 170 165 10
Asp Tyr Lys Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Gln Asp Phe Ala His 190 185 180
Leu Asn Arg Lys Gly Lys Asn Lys Gin Asp Asn Pro Asp Phe Asp Arg 205 200 195
Tyr Arg Phe Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 220 215 210
Phe Thr Asn Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys 240 235 230 225
Lys Val Ser Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Ser Glu Lys Met Thr 0 255 250 245
Thr Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu 270 265 260 15
Glu Ser Arg Tyr Asp His Asn Gin Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu 285 280 275
Leu Ser Arg Tyr Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asp 300 295 290
Lys Lys Arg Phe Gin Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu lle Glu 320 315 310 305
Glu Glu GIn Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu lle Arg His Gin Asp Arg 335 330 325
Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys 15 350 345 340
Ser lle Arg Phe GIn Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys lle Tyr
365 360 355
Asp Lys Lys lle Gly Asp Glu Gin Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr 380 375 370 5
Leu Leu Ser Phe Gly Arg Leu 60 Asp Phe Thr Glu lle Asn Arg Pro 400 395 390 385
Gln Glu Trp Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser 415 410 405
Lys GIn Pro Phe lle Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His lle Thr Asp 430 425 420
Asn Lys lle Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser 445 440 435
Leu Glu Val Lys Asp Gly Ala Asn Arg lle Ala GIn Tyr Pro Tyr Asn 5 460 455 450
Ser Asp Phe Val Ala His Ala Phe lle Ser Val His Glu Leu Leu Pro 480 475 470 465 10
Leu Met Phe Tyr GIn His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys 495 490 485
Glu Thr Val Arg His lle Gin Arg lle Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu 510 505 500
Arg lle Asn Thr lle Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn GIn Gly Arg Leu 525 520 515
Pro Leu Gly Ala Phe Pro Lys Gin Met Leu Gly Leu Leu GIn Asn Lys 540 535 530
GIn Pro Asp Leu Ser Glu Lys Ala Lys lle Lys lle Glu Lys Leu lle 0 560 555 550 545
Ala Glu Thr Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser 575 570 565 15
Ser Pro Lys Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu lle Lys Thr Gly Val 590 585 580
Leu Ala Asp Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe ‏ماى‎ Pro Val Ala 605 600 595
Tyr Asp Ala GIn Asn GIn Pro lle Glu Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr 620 615 610
Glu Phe GIn Leu lle Gin Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys 640 635 630 625
Asn Arg Leu Glu Gly Tyr Phe Lys GIn Thr Asn Leu lle Gly Asn Thr 5 655 650 645
Asn Pro His Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn
670 665 660
Leu Val Asp Phe Tyr 60 GIn Tyr Leu Glu Gin Arg Glu Lys Phe Leu 685 680 675 5
Glu Ala lle Lys Asn Gin Pro Trp Glu Pro Tyr Gin Tyr Cys Leu Leu 700 695 690
Leu Lys lle Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu 720 715 710 705
Gln Gly Gly lle Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala lle Arg 735 730 725
Glu Thr Leu Ser Lys Asp Leu Thr Leu Ser Lys Pro lle Arg Lys Glu 750 745 740 lle Lys Lys His Gly Arg Val Gly Phe lle Ser Arg Ala lle Thr Leu 5 765 760 755
Tyr Phe Arg Glu Lys Tyr Gln Asp Asp His Gin Ser Phe Tyr Asp Leu 780 775 770 10
Pro Tyr Lys Leu Glu Ala Lys Ala Ser Pro Leu Pro Lys Lys Glu His 800 795 790 785
Tyr Glu Tyr Trp GIn Gln Asn Lys Pro Gin Ser Pro Thr Glu Leu GIn 815 810 805
Arg Leu Glu Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr 830 825 820
Lys Arg Trp Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn GIn 845 840 835
Asp Val Met Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe 10 860 855 850
Lys Glu Leu Asn Leu Asn Tyr His Gin Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala 880 875 870 865 15
Val Asn Val GIn Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn GIn Thr 895 890 885
Leu Pro Met Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Ala Thr Ala Phe Gly 910 905 900
Glu Val GIn Tyr Gin Glu Thr Pro lle Arg Thr Val Tyr lle Arg Glu 925 920 915
Glu 60 Thr Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 940 935 930
Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe lle Lys Glu Glu Asn Asp 5 960 955 950 945
Thr ‏صا‎ Lys His Pro lle Ser Gin Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu
975 970 965 lle Tyr Gln Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Asn Leu 990 985 980 5
Glu Glu Lys Leu Leu Lys Lys His Thr Ser Leu Ser Ser Val Glu Asn 1005 1000 995
Lys Phe Arg lle Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Glu Tyr Ala Ala 1020 1015 1010
Ser Ser Met Val Thr Asp Glu His lle Ala Phe lle Ala Ser Val 1035 1030 1025
Arg Asn Ala Phe Cys His Asn Gin Tyr Pro Phe Tyr Glu Glu Ala 1050 1045 1040
Leu His Ala Pro lle Pro Leu Phe Thr Val Ala GIn GIn Thr Thr 5 1065 1060 1055
Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly lle Ala Glu Ala Leu Leu Arg Val 1080 1075 1070 10
Leu Arg Glu Tyr Cys Glu lle Val Lys Ser Gin lle 1095 1090 1085 412 <210> 1149 <211>
PRT <212>
Sinomicrobium oceani >213< 412 <400>
Met Glu Ser Thr Thr Thr Leu Gly Leu His Leu Lys Tyr GIn His Asp 5 10 5 1
Leu Phe Glu Asp Lys His Tyr Phe Gly Gly Gly Val Asn Leu Ala Val 25 20 10
Gln Asn lle Glu Ser lle Phe Gin Ala Phe Ala Glu Arg Tyr Gly lle 40 35 15
Gln Asn Pro Leu Arg Lys Asn Gly Val Pro Ala lle Asn Asn lle Phe 60 55 50
His Asp Asn lle Ser lle Ser Asn Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Phe Leu 80 75 70 65
Lys Gin Tyr Leu Pro Val Val Gly Phe Leu Glu Lys Ser Asn Glu lle 95 90 85
Asn lle Phe Glu Phe Arg Glu Asp Phe Glu lle Leu lle Asn Ala lle 0 110 105 100
Tyr Lys Leu Arg His Phe Tyr Thr His Tyr Tyr His Ser Pro lle Lys 125 120 115 15
Leu Glu Asp Arg Phe Tyr Thr Cys Leu Asn Glu Leu Phe Val Ala Val 140 135 130
Ala lle Gln Val Lys Lys His Lys Met Lys Ser Asp Lys Thr Arg 07 160 155 150 145
Leu Leu Asn Lys Asn Leu His 60 Leu Leu 60 GIn Leu lle Glu Gin 175 170 165
Lys Arg Glu Lys Leu Lys Asp Lys Lys Ala Glu Gly Glu Lys Val Ser 190 185 180
Leu Asp Thr Lys Ser lle Glu Asn Ala Val Leu Asn Asp Ala Phe Val 15 205 200 195
His Leu Leu Asp Lys Asp Glu Asn lle Arg Leu Asn Tyr Ser Ser Arg
220 215 210
Leu Ser Glu Asp lle lle Thr Lys Asn Gly lle Thr Leu Ser lle Ser 240 235 230 225 5
Gly Leu Leu Phe Leu Leu Ser Leu Phe Leu GIn Arg Lys Glu Ala Glu 255 250 245
Asp Leu Arg Ser Arg lle Glu Gly Phe Lys Gly Lys Gly Asn Glu Leu 270 265 260
Arg Phe Met Ala Thr His Trp Val Phe Ser Tyr Leu Asn Val Lys Arg 285 280 275 lle Lys His Arg Leu Asn Thr Asp Phe Gin Lys Glu Thr Leu Leu lle 300 295 290
GIn lle Ala Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asp Glu Val Tyr Lys Thr 5 320 315 310 305
Leu Asp His Glu Asn Arg Ser Lys Phe Leu Glu Asp lle Asn Glu Tyr 335 330 325 10 lle Arg Glu Gly Asn Glu Asp Ala Ser Leu Asn Glu Ser Thr Val Val 350 345 340
His Gly Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe His Tyr Leu Val 365 360 355
Leu Arg Tyr Leu Asp Glu Phe Val Asp Phe Pro Ser Leu Arg Phe Gin 380 375 370
Val His Leu Gly Asn Tyr lle His Asp Arg Arg Asp Lys Val lle Asp 400 395 390 385
Gly Thr Asn Phe lle Thr Asn Arg Val lle Lys Glu Pro lle Lys Val 10 415 410 405
Phe Gly Lys Leu Ser His Val Ser Lys Leu Lys Ser Asp Tyr Met Glu 430 425 420 15
Ser Leu Ser Arg Glu His Lys Asn Gly Trp Asp Val Phe Pro Asn Pro 445 440 435
Ser Tyr Asn Phe Val Gly His Asn lle Pro lle Phe lle Asn Leu Arg 460 455 450
Ser Ala Ser Ser Lys Gly Lys Glu Leu Tyr Arg Asp Leu Met Lys lle 480 475 470 465
Lys Ser Glu Lys Lys Lys Lys Ser Arg Glu Glu Gly lle Pro Met Glu 495 490 485
Arg Arg Asp Gly Lys Pro Thr Lys lle Glu lle Ser Asn Gin lle Asp 5 510 505 500
Arg Asn lle Lys Asp Asn Asn Phe Lys Asp lle Tyr Pro Gly Glu Pro
525 520 515
Leu Ala Met Leu Ser Leu Asn Glu Leu Pro Ala Leu Leu Phe Glu Leu 540 535 530 5
Leu Arg Arg Pro Ser lle Thr Pro Gln Asp lle Glu Asp Arg Met Val 560 555 550 545
Glu Lys Leu Tyr Glu Arg Phe Gin lle lle Arg Asp Tyr Lys Pro Gly 575 570 565
Asp Gly Leu Ser Thr Ser Lys lle Ser Lys Lys Leu Arg Lys Ala Asp 590 585 580
Asn Ser Thr Arg Leu Asp Gly Lys Lys Leu Leu Arg Ala lle 60 Thr 605 600 595
Glu Thr Arg Asn Ala Arg Glu Lys Leu His Thr Leu Glu Glu Asn Lys 5 620 615 610
Ala Leu GIn Lys Asn Arg Lys Arg Arg Thr Val Tyr Thr Thr Arg Glu 640 635 630 625 10
Gln Gly Arg Glu Ala Ser Trp Leu Ala GIn Asp Leu Lys Arg Phe Met 655 650 645
Pro lle Ala Ser Arg Lys Glu Trp Arg Gly Tyr His His Ser Gin Leu 670 665 660
GIn Gin lle Leu Ala Phe Tyr Asp Gin Asn Pro Lys GIn Pro Leu Glu 685 680 675
Leu Leu Glu 60 Phe Trp Asp Leu Lys Glu Asp Thr Tyr Val Trp Asn 700 695 690
Ser Trp lle His Lys Ser Leu Ser GIn His Asn Gly Phe Val Pro Met 10 720 715 710 705
Tyr Glu Gly Tyr Leu Lys Gly Arg Leu Gly Tyr Tyr Lys Lys Leu Glu 735 730 725 15
Ser Asp lle lle Gly Phe Leu Glu Glu His Lys Val Leu Lys Arg Tyr 750 745 740
Tyr Thr Gin GIn His Leu Asn Val lle Phe Arg Glu Arg Leu Tyr Phe 765 760 755 lle Lys Thr Glu Thr Lys GIn Lys Leu Glu Leu Leu Ala Arg Pro Leu 780 775 770
Val Phe Pro Arg Gly lle Phe Asp Asp Lys Pro Thr Phe Val Gin Asp 800 795 790 785
Lys Lys Val Val Asp His Pro Glu Leu Phe Ala Asp Trp Tyr Val Tyr 15 815 810 805
Ser Tyr Lys Asp Asp His Ser Phe Gin Glu Phe Tyr His Tyr Lys Arg
830 825 820
Asp Tyr Asn Glu lle Phe Glu Thr Glu Leu Ser Trp Asp lle Asp Phe 845 840 835 5
Lys Asp Asn Lys Arg GIn Leu Asn Pro Ser Glu GIn Met Asp Leu Phe 860 855 850
Arg Met Lys Trp Asp Leu Lys lle Lys Lys lle Lys lle Gin Asp lle 880 875 870 865
Phe Leu Lys lle Val Ala Glu Asp lle Tyr Leu Lys lle Phe Gly His 895 890 885
Lys lle Pro Leu Ser Leu Ser Asp Phe Tyr lle Ser Arg Gin Glu Arg 910 905 900
Leu Thr Leu Asp Glu GIn Ala Val Ala 60 Ser Met Arg Leu Pro Gly 5 925 920 915
Asp Thr Ser Glu Asn Gin lle Lys Glu Ser Asn Leu Trp Gin Thr Thr 940 935 930 10
Val Pro Tyr Glu Lys Glu Gin lle Arg Glu Pro Lys lle Lys Leu Lys 960 955 950 945
Asp lle Gly Lys Phe Lys Tyr Phe Leu GIn GIn GIn Lys Val Leu Asn 975 970 965
Leu Leu Lys Tyr Asp Pro GIn His Val Trp Thr Lys Ala Glu Leu Glu 990 985 980
Glu Glu Leu Tyr lle Gly Lys His Ser Tyr Glu Val Val Arg Arg Glu 1005 1000 995
Met Leu Leu GIn Lys Cys His 60 Leu Glu Lys His lle Leu Glu 10 1020 1015 1010
Gln Phe Arg Phe Asp Gly Ser Asn His Pro Arg Glu Leu Glu Gin 1035 1030 1025 15
Gly Asn His Pro Asn Phe Lys Met Tyr lle Val Asn Gly lle Leu 1050 1045 1040
Thr Lys Arg Gly Glu Leu Glu lle Glu Ala Glu Asn Trp Trp Leu 1065 1060 1055
Glu Leu Gly Asn Ser Lys Asn Ser Leu Asp Lys Val Glu Val Glu 1080 1075 1070
Leu Leu Thr Met Lys Thr lle Pro Glu GIn Lys Ala Phe Leu Leu 1095 1090 1085 lle Leu lle Arg Asn Lys Phe Ala His Asn GIn Leu Pro Ala Asp 5 1110 1105 1100
Asn Tyr Phe His Tyr Ala Ser Asn Leu Met Asn Leu Lys Lys Ser
1125 1120 1115
Asp Thr Tyr Ser Leu Phe Trp Phe Thr Val Ala Asp Thr lle Val 1140 1135 1130 5
GIn Glu Phe Met Ser Leu 1145 413 <210> 1133 <211>
PRT <212>
Richenbachiella agariperforans <213> 5 413 <400>
Met Lys Thr Asn Pro Leu lle Ala Ser Ser Gly Glu Lys Pro Asn Tyr
15 10 5 1
Lys Lys Phe Asn Thr Glu Ser Asp Lys Ser Phe Lys Lys lle Phe 0 30 25 20 5
Asn Lys Gly Ser lle Ala Pro lle Ala Glu Lys Ala Cys Lys Asn Phe 45 40 35
Glu lle Lys Ser Lys Ser Pro Val Asn Arg Asp Gly Arg Leu His Tyr 60 55 50
Phe Ser Val Gly His Ala Phe Lys Asn lle Asp Ser Lys Asn Val Phe 80 75 70 65
Arg Tyr Glu Leu Asp Glu Ser GIn Met Asp Met Lys Pro Thr Gin Phe 95 90 85
Leu Ala Leu GIn Lys Glu Phe Phe Asp Phe GIn Gly Ala Leu Asn Gly 5 110 105 100
Leu Leu Lys His lle Arg Asn Val Asn Ser His Tyr Val His Thr Phe 125 120 115 10
Glu Lys Leu Glu lle GIn Ser lle Asn Gin Lys Leu lle Thr Phe Leu 140 135 130 lle Glu Ala Phe Glu Leu Ala Val lle His Ser Tyr Leu Asn Glu Glu 160 155 150 145
Glu Leu Ser Tyr Glu Ala Tyr Lys Asp Asp Pro Gln Ser Gly Gin Lys 175 170 165
Leu Val GIn Phe Leu Cys Asp Lys Phe Tyr Pro Asn Lys Glu His Glu 190 185 180
Val Glu Glu Arg Lys Thr lle Leu Ala Lys Asn Lys Arg Gin Ala Leu 0 205 200 195
Glu His Leu Leu Phe lle Glu Val Thr Ser Asp lle Asp Trp Lys Leu 220 215 210 15
Phe Glu Lys His Lys Val Phe Thr lle Ser Asn Gly Lys Tyr Leu Ser 240 235 230 225
Phe His Ala Cys Leu Phe Leu Leu Ser Leu Phe Leu Tyr Lys Ser Glu 255 250 245
Ala Asn 60 Leu lle Ser Lys lle Lys Gly Phe Lys Arg Asn Asp Asp 270 265 260
Asn Gin Tyr Arg Ser Lys Arg GIn lle Phe Thr Phe Phe Ser Lys Lys 285 280 275
Phe Thr Ser ‏ماو‎ Asp Val Asn Ser Glu Glu GIn His Leu Val Lys Phe 15 300 295 290
Arg Asp Val lle Gln Tyr Leu Asn His Tyr Pro Ser Ala Trp Asn Lys
320 315 310 305
His Leu Glu Leu Lys Ser Gly Tyr Pro Gln Met Thr Asp Lys Leu Met 335 330 325 5
Arg Tyr lle Val Glu Ala Glu lle Tyr Arg Ser Phe Pro Asp Gin Thr 350 345 340
Asp Asn His Arg Phe Leu Leu Phe Ala lle Arg Glu Phe Phe Gly Gin 365 360 355
Ser Cys Leu Asp Thr Trp Thr Gly Asn Thr Pro lle Asn Phe Ser Asn 380 375 370
GIn Glu Gin Lys Gly Phe Ser Tyr Glu lle Asn Thr Ser Ala Glu lle 400 395 390 385
Lys Asp lle Glu Thr Lys Leu Lys Ala Leu Val Leu Lys Gly Pro Leu 5 415 410 405
Asn Phe Lys Glu Lys Lys Glu GIn Asn Arg Leu Glu Lys Asp Leu Arg 430 425 420 10
Arg Glu Lys Lys Glu GIn Pro Thr Asn Arg Val Lys Glu Lys Leu Leu 445 440 435
Thr Arg lle Gin His Asn Met Leu Tyr Val Ser Tyr Gly Arg Asn 07 460 455 450
Asp Arg Phe Met Asp Phe Ala Ala Arg Phe Leu Ala Glu Thr Asp Tyr 480 475 470 465
Phe Gly Lys Asp Ala Lys Phe Lys Met Tyr Gln Phe Tyr Thr Ser Asp 495 490 485
Glu GIn Arg Asp His Leu Lys Glu GIn Lys Lys Glu Leu Pro Lys Lys 10 510 505 500
Glu Phe Glu Lys Leu Lys Tyr His Gin Ser Lys Leu Val Asp Tyr Phe 525 520 515 15
Thr Tyr Ala Glu GIn Gin Ala Arg Tyr Pro Asp Trp Asp Thr Pro Phe 540 535 530
Val Val Glu Asn Asn Ala lle Gin lle Lys Val Thr Leu Phe Asn Gly 560 555 550 545
Ala Lys Lys lle Val Ser Val Gin Arg Asn Leu Met Leu Tyr Leu Leu 575 570 565
Glu Asp Ala Leu Tyr Ser Glu Lys Arg Glu Asn Ala Gly Lys Gly Leu 590 585 580 lle Ser Gly Tyr Phe Val His His GIn Lys Glu Leu Lys Asp 60 Leu 5 605 600 595
Asp lle Leu Glu Lys Glu Thr Glu lle Ser Arg Glu Gin Lys Arg Glu
620 615 610
Phe Lys Lys Leu Leu Pro Lys Arg Leu Leu His Arg Tyr Ser Pro Ala 640 635 630 625 5
Gln lle Asn Asp Thr Thr Glu Trp Asn Pro Met Glu Val lle Leu Glu 655 650 645
Glu Ala Lys Ala Gin Glu Gin Arg Tyr 60 Leu Leu Leu Glu Lys Ala 670 665 660 lle Leu His Gin Thr Glu Glu Asp Phe Leu Lys Arg Asn Lys Gly Lys 685 680 675
‏ماك‎ Phe Lys Leu Arg Phe Val Arg Lys Ala Trp His Leu Met Tyr Leu 700 695 690
Lys Glu Leu Tyr Met Asn Lys Val Ala Glu His Gly His His Lys Ser 5 720 715 710 705
Phe His lle Thr Lys Glu Glu Phe Asn Asp Phe Cys Arg Trp Met Phe 735 730 725 10
Ala Phe Asp Glu Val Pro Lys Tyr Lys Glu Tyr Leu Cys Asp Tyr Phe 750 745 740
Ser GIn Lys Gly Phe Phe Asn Asn Ala Glu Phe Lys Asp Leu lle Glu 765 760 755
Ser Ser Thr Ser Leu Asn Asp Leu Tyr Glu Lys Thr Lys GIn Arg Phe 780 775 770
Glu Gly Trp Ser Lys Asp Leu Thr Lys Gln Ser Asp Glu Asn Lys Tyr 800 795 790 785
Leu Leu Ala Asn Tyr Glu Ser Met Leu Lys Asp Asp Met Leu Tyr Val 0 815 810 805
Asn lle Ser His Phe lle Ser Tyr Leu Glu Ser Lys Gly Lys lle Asn 830 825 820 15
Arg Asn Ala His Gly His lle Ala Tyr Lys Ala Leu Asn Asn Val Pro 845 840 835
His Leu lle Glu Glu Tyr Tyr Tyr Lys Asp Arg Leu Ala Pro Glu Glu 860 855 850
Tyr Lys Ser His Gly Lys Leu Tyr Asn Lys Leu Lys Thr Val Lys Leu 880 875 870 865
Glu Asp Ala Leu Leu Tyr Glu Met Ala Met His Tyr Leu Ser Leu Glu 895 890 885
Pro Ala Leu Val Pro Lys Val Lys Thr Lys Val Lys Asp lle Leu Ser 15 910 905 900
Ser Asn lle Ala Phe Asp lle Lys Asp Ala Ala Gly His His Leu Tyr
925 920 915
His Leu Leu lle Pro Phe His Lys lle Asp Ser Phe Val Ala Leu lle 940 935 930 5
Asn His 60 Ser GIn Gln Glu Lys Asp Pro Asp Lys Thr Ser Phe Leu 960 955 950 945
Ala Lys lle Gin Pro Tyr Leu Glu Lys Val Lys Asn Ser Lys Asp Leu 975 970 965
Lys Ala Val Tyr His Tyr Tyr Lys Asp Thr Pro His Thr Leu Arg Tyr 990 985 980
Glu Asp Leu Asn Met lle His Ser His lle Val Ser Gln Ser Val Gin 1005 1000 995
Phe Thr Lys Val Ala Leu Lys Leu Glu Glu Tyr Phe lle AlaLys 5 1020 1015 1010
Lys Ser lle Thr Leu Gin lle Ala Arg GIn lle Ser Tyr Ser Glu 1035 1030 1025 10 lle Ala Asp Leu Ser Asn Tyr Phe Thr Asp Glu Val Arg Asn Thr 1050 1045 1040
Ala Phe His Phe Asp Val Pro Glu Thr Ala Tyr Ser Met lle Leu 1065 1060 1055
Gln Gly lle Glu Ser Glu Phe Leu Asp Arg Glu lle Lys Pro 07 1080 1075 1070
Lys Pro Lys Ser Leu Ser Glu Leu Ser Thr Gln GIn Val Ser Val 1095 1090 1085
Cys Thr Ala Phe Leu Glu Thr Leu His Asn Asn Leu Phe Asp Arg 0 1110 1105 1100
Lys Asp Asp Lys Lys Glu Arg Leu Ser Lys Ala Arg Glu Arg Tyr 1125 1120 1115 15
Phe Glu Gin lle Asn 1130
414 >210< 25 >211<
RNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220>
RNA ‏أبتامير‎ <223> 414 <400> gggaacaaag cugaaguacu uaccc 25 415 <210> 15 18 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي ‎G‏ = >400< 415 ‎gggtagggcg ggttggga 18 5‏ >210< 416 >211< 12 ‎RNA <212> 10‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< رابط تخليقي
>220< >22]1< خصائص متنوعة >222< )1)..(1(
>223< /810595/ علامة بيوتين
<220>
>221< خصائص متنوعة >222< )12)..(12(
‎/ADRQSP31/ <223>‏ عامل إخماد أسود ‎lowa‏
‎416 <400>
‎ucucguacgu uc 12
‎417 <210>
‎24 <211>
‎RNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< علامة تخليقية
417 <400> ucucguacgu ucucucguac guuc 24 418 <210> 5 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 10 >220< >223< تخليقي 418 <400> tatatatata 10 419 <210> 15 <211>
DNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 419 <400> gtcgtcgtcg ‏عاو‎ 15 420 <210> 10 22 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< <223> بادئة تخليقية 420 <400> gtggaattgt gagcggataa ac 22
421 <210> 21 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< بادئة تخليقية 421 <400> aacagcaatc tactcgacct 9 21 422 <210> 15 9 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< يادئة تخليقية >400< 422 ‎aggaaacag 9 5‏ >210< 423 >211< 19 ‎DNA <212> 10‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< يادئة تخليقية
>400< 423 ‎ctatgaccat gattacgcc 19‏
>210< 424 <211> 25 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >400< 424 ‎ggttggtagt ctcgaattgc tctct 25 10‏ >210< 425 >211< 44 ‎RNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
425 <400> gcaaggggac uaaaacuaga uugcuguucu accaaguaau ccau 44 426 <210> 23 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 0 <220> ‏تخليقي‎ <223> 426 <400> 15 uagauugcug uucuaccaag uaa 23 427 <210>
20 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 427 <400> uagauugcug uucuaccaag 20 428 <210> 28 <211> ‎RNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< تخليقي
428 <400> auggauuacu ugguagaaca gcaaucua 28 429 <210> 5 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 429 <400> auggauuacu ugguagaaca gcaaugua 28 430 <210> 17 <211>
RNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 430 <400> uagauugcug uucuacc 17 431 <210> 10 17 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< تخليقي 431 <400> aagauugcug uucuacc 17
432 <210> 17 <211>
RNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 432 <400> uugauugcug uucuacc 17 433 <210> 5 17 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 433 <400> uaguuugcug uucuacc 17 5 434 <210> 17 <211>
RNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 434 <400> uagaaugcug uucuacc 17
>210< 435 >211< 17 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >400< 435 ‎uagauagcug uucuacc 17 10‏ >210< 436 >211< 17 ‎RNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
436 <400> uagauuccug uucuacc 17 437 <210> 30 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 437 <400> auggauuacu ugguagaaca gaaucuacuc 30 15 438 <210> <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 438 >400< auggauuacu ugguagaaca gaauguacuc 30 439 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 439 <400> aagauugcug uucuaccaag uaauccau 28 440 <210> 28 <211> 5
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< تخليقي 440 <400> uugauugcug uucuaccaag uaauccau 28 441 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي
441 <400> 5 uaguuugcug uucuaccaag uaauccau 28 442 <210>
10 >211< 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< تخليقي <400> 442 ‎uagaaugcug uucuaccaag uaauccau 28‏
443 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 443 <400> 10 uagauagcug uucuaccaag uaauccau 28 444 <210> >211< 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< تخليقي
444 <400> uagauuccug uucuaccaag uaauccau 28
445 <210>
28 <211>
‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< تخليقي >400< 445
‎cuagauugcu guucuaccaa guaaucca 28
‎446 <210>
28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 446 <400> gaagauugcu guucuaccaa guaaucca 28 447 <210> 28 <211> ‎RNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< تخليقي
447 <400> guugauugcu guucuaccaa guaaucca 28 448 <210> 5 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 0 >220< >223< تخليقي 448 <400> guaguuugcu guucuaccaa guaaucca 28 449 <210> 28 <211>
RNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 449 <400> guagaaugcu guucuaccaa guaaucca 28 450 <210> 10 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< تخليقي 450 <400> guagauagcu guucuaccaa guaaucca 28
451 <210> 28 <211>
RNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 451 <400> acuagauugc uguucuacca aguaaucc 28 452 <210> 15 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 452 <400> agaagauugc uguucuacca aguaaucc 28 5 453 <210> 28 <211>
RNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 453 <400> aguugauugc uguucuacca aguaaucc 28
>210< 454 >211< 28 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي >400< 454 ‎aguaguuugc uguucuacca aguaaucc 28 0‏ >210< 455 >211< 28 ‎RNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
455 <400> aguagaaugc uguucuacca aguaaucc 28 456 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 456 <400> aguagauagc uguucuacca aguaaucc 28 15 457 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 457 >400< gacuagauug cuguucuacc aaguaauc 28 458 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 458 <400> gagaagauug cuguucuacc aaguaauc 28 459 <210> 28 <211> 5
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< تخليقي 459 <400> gaguugauug cuguucuacc aaguaauc 28 460 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏تخليقي‎ <223> 460 <400> 5 gaguaguuug cuguucuacc aaguaauc 28 461 <210> 28 <211> 10
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 5 461 <400> gaguagaaug cuguucuacc aaguaauc 28
462 <210> 28 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223> 462 <400> 10 gaguagauag cuguucuacc aaguaauc 28 463 <210> 57 <211> 15
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
P. falciparum target <223> 463 <400> gaaattaata cgactcacta tagggttatt gcaattatta atcttgaacg aggaatg 57 464 <210> 57 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 0 <220>
P. falciparum <223> 464 <400> 15 gaaattaata cgactcacta taggggattg acagattaat agctctttct tgatttc 57 465 <210>
32 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220<
P. falciparum <223> 465 <400> atttttcttg tccaaacaat tcatcatatc tt 32 466 <210> 32 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‎P. falciparum <223>
466 <400> ttcaatttca aataagaata tagtgtactc gc 32 467 <210> 5 57 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220<
P. falciparum <223> 467 <400> gaaattaata cgactcacta tagggttctt attagcagaa caaagaagtt taacaac 57 468 <210> 57 <211>
DNA <212>
‏متوالية اصطناعية‎ >213< <220>
P. falciparum <223> 468 <400> gaaattaata cgactcacta tagggatttt atgcaatgtt aaaaactgtt ccaagta 57 469 <210> 10 32 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
P. falciparum <223> 469 <400> taattgacat ccaatccata ataaagcata ga 32
470 <210> 32 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220>
P. falciparum <223> 470 <400> gaattatagt tgttaaactt ctttgttctg ct 32 471 <210> 15 89 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220>
P. falciparum <223> 471 <400> cctagtaagc atgattcatc agattgtggt tttagtcccc ttcgtttttg gggtagtcta 60 5 aatcccctat agtgagtcgt attaatttc 89 >210< 472 >211< 89 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220> 5
P. falciparum <223> 472 <400> ggatggtgat gcatggccgt ttttagttgt tttagtcccc ttcgtttttg gggtagtcta 60 aatcccctat agtgagtcgt attaatttc 89 473 <210> 5 89 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 10
P falciparum <223> 473 <400> caatttaaaa tgatttttgg tgctagaggt tttagtcccce ttcgtttttg gggtagtcta 60 aatcccctat agtgagtcgt attaatttc 89 474 <210>
89 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
P. falciparum <223> 474 <400> gctggtttag taattgtatt attatcatgt tttagtcccc ttcgtttttg gggtagtcta 60 aatcccctat agtgagtcgt attaatttc 89 475 <210> 124 <211> 15
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
‏تخليقي‎ <223> 475 <400> tacttggtag aacagcaatc tactcgacct gcaggcatgc aagcttggcg taatcatggt 60 5 catagctgtt tcctgtgttt atccgctcac aattccacac aacatacgag ccggaagcat 120 aaag 124 10 476 <210> 124 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
476 >400< atgaaccatc ttgtcgttag atgagctgga cgtccgtacg ttcgaaccgce attagtacca 60 gtatcgacaa aggacacaaa taggcgagtg ttaaggtgtg ttgtatgctc ggccttcgta 120 5 ttta 124 477 <210> 10 1389 <211>
PRT <212>
Leptotrichia shahii <213> 477 <400> 15
Met Gly Asn Leu Phe Gly His Lys Arg Trp Tyr Glu Val Arg Asp Lys 10 5 1
Lys Asp Phe Lys lle Lys Arg Lys Val Lys Val Lys Arg Asn Tyr Asp 30 25 20
Gly Asn Lys Tyr lle Leu Asn lle Asn Glu Asn Asn Asn Lys Glu Lys 40 35 lle Asp Asn Asn Lys Phe lle Arg Lys Tyr lle Asn Tyr Lys Lys Asn 0 60 55 50
Asp Asn lle Leu Lys Glu Phe Thr Arg Lys Phe His Ala Gly Asn lle 80 75 70 65 15
Leu Phe Lys Leu Lys Gly Lys Glu Gly lle lle Arg lle Glu Asn Asn 95 90 85
Asp Asp Phe Leu Glu Thr Glu Glu Val Val Leu Tyr lle Glu Ala Tyr 110 105 100
Gly Lys Ser Glu Lys Leu Lys Ala Leu Gly lle Thr Lys Lys Lys lle 125 120 115 lle Asp Glu Ala lle Arg GIn Gly lle Thr Lys Asp Asp Lys Lys lle 140 135 130
Glu lle Lys Arg GIn Glu Asn Glu Glu Glu lle Glu lle Asp lle Arg 5 160 155 150 145
Asp Glu Tyr Thr Asn Lys Thr Leu Asn Asp Cys Ser lle lle Leu Arg
175 170 165 lle lle Glu Asn Asp Glu Leu Glu Thr Lys Lys Ser lle Tyr Glu lle 190 185 180 5
Phe Lys Asn lle Asn Met Ser Leu Tyr Lys lle lle Glu Lys lle lle 205 200 195
Glu Asn Glu Thr Glu Lys Val Phe Glu Asn Arg Tyr Tyr Glu Glu His 220 215 210
Leu Arg Glu Lys Leu Leu Lys Asp Asp Lys lle Asp Val lle Leu Thr 240 235 230 225
Asn Phe Met Glu lle Arg Glu Lys lle Lys Ser Asn Leu Glu lle Leu 255 250 245
Gly Phe Val Lys Phe Tyr Leu Asn Val Gly Gly Asp Lys Lys Lys Ser 5 270 265 260
Lys Asn Lys Lys Met Leu Val Glu Lys lle Leu Asn lle Asn Val Asp 285 280 275 10
Leu Thr Val Glu Asp lle Ala Asp Phe Val lle Lys Glu Leu Glu Phe 300 295 290
Trp Asn lle Thr Lys Arg lle Glu Lys Val Lys Lys Val Asn Asn Glu 320 315 310 305
Phe Leu Glu Lys Arg Arg Asn Arg Thr Tyr lle Lys Ser Tyr Val Leu 335 330 325
Leu Asp Lys His Glu Lys Phe Lys lle Glu Arg Glu Asn Lys Lys Asp 350 345 340
Lys lle Val Lys Phe Phe Val Glu Asn lle Lys Asn Asn Ser lle Lys 0 365 360 355
Glu Lys lle Glu Lys lle Leu Ala Glu Phe Lys lle Asp Glu Leu lle 380 375 370 15
Lys Lys Leu Glu Lys Glu Leu Lys Lys Gly Asn Cys Asp Thr Glu lle 400 395 390 385
Phe Gly lle Phe Lys Lys His Tyr Lys Val Asn Phe Asp Ser Lys Lys 415 410 405
Phe Ser Lys Lys Ser Asp Glu Glu Lys Glu Leu Tyr Lys lle lle Tyr 430 425 420
Arg Tyr Leu Lys Gly Arg lle Glu Lys lle Leu Val Asn Glu Gin Lys 445 440 435
Val Arg Leu Lys Lys Met Glu Lys lle Glu lle Glu Lys lle Leu Asn 5 460 455 450
Glu Ser lle Leu Ser Glu Lys lle Leu Lys Arg Val Lys Gin Tyr Thr
480 475 470 465
Leu Glu His lle Met Tyr Leu Gly Lys Leu Arg His Asn Asp lle Asp 495 490 485 5
Met Thr Thr Val Asn Thr Asp Asp Phe Ser Arg Leu His Ala Lys Glu 510 505 500
Glu Leu Asp Leu Glu Leu lle Thr Phe Phe Ala Ser Thr Asn Met Glu 525 520 515
Leu Asn Lys lle Phe Ser Arg Glu Asn lle Asn Asn Asp Glu Asn lle 540 535 530
Asp Phe Phe Gly Gly Asp Arg Glu Lys Asn Tyr Val Leu Asp Lys Lys 560 555 550 545 lle Leu Asn Ser Lys lle Lys lle lle Arg Asp Leu Asp Phe lle Asp 5 575 570 565
Asn Lys Asn Asn lle Thr Asn Asn Phe lle Arg Lys Phe Thr Lys lle 590 585 580 10
Gly Thr Asn Glu Arg Asn Arg lle Leu His Ala lle Ser Lys Glu Arg 605 600 595
Asp Leu GIn Gly Thr ‏ماك‎ Asp Asp Tyr Asn Lys Val lle Asn lle lle 620 615 610
GIn Asn Leu Lys lle Ser Asp Glu Glu Val Ser Lys Ala Leu Asn Leu 640 635 630 625
Asp Val Val Phe Lys Asp Lys Lys Asn lle lle Thr Lys lle Asn Asp 655 650 645 lle Lys lle Ser Glu Glu Asn Asn Asn Asp lle Lys Tyr Leu Pro Ser 0 670 665 660
Phe Ser Lys Val Leu Pro Glu lle Leu Asn Leu Tyr Arg Asn Asn Pro 685 680 675 15
Lys Asn Glu Pro Phe Asp Thr lle Glu Thr Glu Lys lle Val Leu Asn 700 695 690
Ala Leu lle Tyr Val Asn Lys Glu Leu Tyr Lys Lys Leu lle Leu Glu 720 715 710 705
Asp Asp Leu Glu Glu Asn Glu Ser Lys Asn lle Phe Leu GIn Glu Leu 735 730 725
Lys Lys Thr Leu Gly Asn lle Asp Glu lle Asp Glu Asn lle lle Glu 750 745 740
Asn Tyr Tyr Lys Asn Ala Gin lle Ser Ala Ser Lys Gly Asn Asn Lys 15 765 760 755
Ala lle Lys Lys Tyr GIn Lys Lys Val lle Glu Cys Tyr lle Gly Tyr
780 775 770
Leu Arg Lys Asn Tyr Glu Glu Leu Phe Asp Phe Ser Asp Phe Lys Met 800 795 790 785 5
Asn lle GIn Glu lle Lys Lys GIn lle Lys Asp lle Asn Asp Asn Lys 815 810 805
Thr Tyr Glu Arg lle Thr Val Lys Thr Ser Asp Lys Thr lle Val lle 830 825 820
Asn Asp Asp Phe Glu Tyr lle lle Ser lle Phe Ala Leu Leu Asn Ser 845 840 835
Asn Ala Val lle Asn Lys lle Arg Asn Arg Phe Phe Ala Thr Ser Val 860 855 850
Trp Leu Asn Thr Ser Glu Tyr Gin Asn lle lle Asp lle Leu Asp Glu 5 880 875 870 865 lle Met Gin Leu Asn Thr Leu Arg Asn Glu Cys lle Thr Glu Asn Trp 895 890 885 10
Asn Leu Asn Leu Glu Glu Phe lle Gin Lys Met Lys Glu lle Glu Lys 910 905 900
Asp Phe Asp Asp Phe Lys lle Gin Thr Lys Lys Glu lle Phe Asn Asn 925 920 915
Tyr Tyr Glu Asp lle Lys Asn Asn lle Leu Thr Glu Phe Lys Asp Asp 940 935 930 lle Asn Gly Cys Asp Val Leu Glu Lys Lys Leu Glu Lys lle Val lle 960 955 950 945
Phe Asp Asp Glu Thr Lys Phe Glu lle Asp Lys Lys Ser Asn lle Leu 10 975 970 965
Gln Asp Glu Gin Arg Lys Leu Ser Asn lle Asn Lys Lys Asp Leu Lys 990 985 980 15
Lys Lys Val Asp GIn Tyr lle Lys Asp Lys Asp Gin Glu lle Lys Ser 1005 1000 995
Lys lle Leu Cys Arg lle lle Phe Asn Ser Asp Phe Leu Lys Lys 1020 1015 1010
Tyr Lys Lys Glu lle Asp Asn Leu lle Glu Asp Met Glu Ser Glu 1035 1030 1025
Asn Glu Asn Lys Phe Gin Glu lle Tyr Tyr Pro Lys Glu Arg Lys 1050 1045 1040
Asn Glu Leu Tyr lle Tyr Lys Lys Asn Leu Phe Leu Asn lle Gly 15 1065 1060 1055
Asn Pro Asn Phe Asp Lys lle Tyr Gly Leu lle Ser Asn Asp lle
1080 1075 1070
Lys Met Ala Asp Ala Lys Phe Leu Phe Asn lle Asp Gly Lys Asn 1095 1090 1085 5 lle Arg Lys Asn Lys lle Ser Glu lle Asp Ala lle Leu Lys Asn 1110 1105 1100
Leu Asn Asp Lys Leu Asn Gly Tyr Ser Lys Glu Tyr Lys Glu Lys 1125 1120 1115
Tyr lle Lys Lys Leu Lys Glu Asn Asp Asp Phe Phe Ala Lys Asn 1140 1135 1130 lle GIn Asn Lys Asn Tyr Lys Ser Phe Glu Lys Asp Tyr Asn Arg 1155 1150 1145
Val Ser Glu Tyr Lys Lys lle Arg Asp Leu Val Glu Phe Asn Tyr 5 1170 1165 1160
Leu Asn Lys lle Glu Ser Tyr Leu lle Asp lle Asn Trp Lys Leu 1185 1180 1175 10
Ala lle GIn Met Ala Arg Phe Glu Arg Asp Met His Tyr lle Val 1200 1195 1190
Asn Gly Leu Arg Glu Leu Gly lle lle Lys Leu Ser Gly Tyr Asn 1215 1210 1205
Thr Gly lle Ser Arg Ala Tyr Pro Lys Arg Asn Gly Ser Asp Gly 1230 1225 1220
Phe Tyr Thr Thr Thr Ala Tyr Tyr Lys Phe Phe Asp Glu Glu Ser 1245 1240 1235
Tyr Lys Lys Phe Glu Lys lle Cys Tyr Gly Phe Gly lle Asp Leu 10 1260 1255 1250
Ser Glu Asn Ser Glu lle Asn Lys Pro Glu Asn Glu Ser lle Arg 1275 1270 1265 15
Asn Tyr lle Ser His Phe Tyr lle Val Arg Asn Pro Phe Ala Asp 1290 1285 1280
Tyr Ser lle Ala Glu Gin lle Asp Arg Val Ser Asn Leu Leu Ser 1305 1300 1295
Tyr Ser Thr Arg Tyr Asn Asn Ser Thr Tyr Ala Ser Val Phe Glu 1320 1315 1310
Val Phe Lys Lys Asp Val Asn Leu Asp Tyr Asp Glu Leu Lys Lys 1335 1330 1325
Lys Phe Lys Leu lle Gly Asn Asn Asp lle Leu Glu Arg Leu Met 5 1350 1345 1340
Lys Pro Lys Lys Val Ser Val Leu Glu Leu Glu Ser Tyr Asn Ser
1365 1360 1355
Asp Tyr lle Lys Asn Leu lle lle Glu Leu Leu Thr Lys lle Glu 1380 1375 1370 5
Asn Thr Asn Asp Thr Leu 1385 478 <210> 1276 <211>
PRT <212>
Blautia sp.Marseille-P2398 (C2-29) <213> 5 478 <400>
Met Lys lle Ser Lys Val Asp His Val Lys Ser Gly lle Asp GIn Lys
15 10 5 1
Leu Ser Ser GIn Arg Gly Met Leu Tyr Lys Gln Pro Gin Lys Lys Tyr 30 25 20 5
Glu Gly Lys GIn Leu Glu Glu His Val Arg Asn Leu Ser Arg Lys Ala 45 40 35
Lys Ala Leu Tyr Gln Val Phe Pro Val Ser Gly Asn Ser Lys Met Glu 60 55 50
Lys Glu Leu Gin lle lle Asn Ser Phe lle Lys Asn lle Leu Leu Arg 80 75 70 65
Leu Asp Ser Gly Lys Thr Ser Glu Glu lle Val Gly Tyr lle Asn Thr 95 90 85
Tyr Ser Val Ala Ser GIn lle Ser Gly Asp His lle Gin Glu Leu Val 5 110 105 100
Asp Gin His Leu Lys Glu Ser Leu Arg Lys Tyr Thr Cys Val Gly Asp 125 120 115 10
Lys Arg lle Tyr Val Pro Asp lle lle Val Ala Leu Leu Lys Ser Lys 140 135 130
Phe Asn Ser Glu Thr Leu ‏ماى‎ Tyr Asp Asn Ser Glu Leu Lys lle Leu 160 155 150 145 lle Asp Phe lle Arg Glu Asp Tyr Leu Lys Glu Lys Gin lle Lys Gin 175 170 165 lle Val His Ser lle Glu Asn Asn Ser Thr Pro Leu Arg lle Ala Glu 190 185 180 lle Asn Gly GIn Lys Arg Leu lle Pro Ala Asn Val Asp Asn Pro Lys 10 205 200 195
Lys Ser Tyr lle Phe Glu Phe Leu Lys Glu Tyr Ala Gin Ser Asp Pro 220 215 210 15
Lys Gly GIn Glu Ser Leu Leu GIn His Met Arg Tyr Leu lle Leu Leu 240 235 230 225
Tyr Leu Tyr Gly Pro Asp Lys lle Thr Asp Asp Tyr Cys Glu Glu lle 255 250 245
Glu Ala Trp Asn Phe Gly Ser lle Val Met Asp Asn Glu Gin Leu Phe 270 265 260
Ser Glu Glu Ala Ser Met Leu lle Gin Asp Arg lle Tyr Val Asn Gin 285 280 275
GIn lle Glu Glu Gly Arg Gin Ser Lys Asp Thr Ala Lys Val Lys Lys 15 300 295 290
Asn Lys Ser Lys Tyr Arg Met Leu Gly Asp Lys lle Glu His Ser lle
320 315 310 305
Asn Glu Ser Val Val Lys His Tyr Gin Glu Ala Cys Lys Ala Val Glu 335 330 325 5
Glu Lys Asp lle Pro Trp lle Lys Tyr lle Ser Asp His Val Met Ser 350 345 340
Val Tyr Ser Ser Lys Asn Arg Val Asp Leu Asp Lys Leu Ser Leu Pro 365 360 355
Tyr Leu Ala Lys Asn Thr Trp Asn Thr Trp lle Ser Phe lle Ala Met 380 375 370
Lys Tyr Val Asp Met Gly Lys Gly Val Tyr His Phe Ala Met Ser Asp 400 395 390 385
Val Asp Lys Val Gly Lys Gln Asp Asn Leu lle lle Gly Gin lle Asp 5 415 410 405
Pro Lys Phe Ser Asp Gly lle Ser Ser Phe Asp Tyr Glu Arg lle Lys 430 425 420 10
Ala Glu Asp Asp Leu His Arg Ser Met Ser Gly Tyr lle Ala Phe Ala 445 440 435
Val Asn Asn Phe Ala Arg Ala lle Cys Ser Asp Glu Phe Arg Lys Lys 460 455 450
Asn Arg Lys Glu Asp Val Leu Thr Val Gly Leu Asp Glu lle Pro Leu 480 475 470 465
Tyr Asp Asn Val Lys Arg Lys Leu Leu 60 Tyr Phe Gly Gly Ala Ser 495 490 485
Asn Trp Asp Asp Ser lle lle Asp lle lle Asp Asp Lys Asp Leu Val 10 510 505 500
Ala Cys lle Lys Glu Asn Leu Tyr Val Ala Arg Asn Val Asn Phe His 525 520 515 15
Phe Ala Gly Ser Glu Lys Val Gln Lys Lys GIn Asp Asp lle Leu Glu 540 535 530
Glu lle Val Arg Lys Glu Thr Arg Asp lle Gly Lys His Tyr Arg Lys 560 555 550 545
Val Phe Tyr Ser Asn Asn Val Ala Val Phe Tyr Cys Asp Glu Asp lle 575 570 565 lle Lys Leu Met Asn His Leu Tyr GIn Arg Glu Lys Pro Tyr Gin Ala 590 585 580
GIn lle Pro Ser Tyr Asn Lys Val lle Ser Lys Thr Tyr Leu Pro Asp 5 605 600 595
Leu lle Phe Met Leu Leu Lys Gly Lys Asn Arg Thr Lys lle Ser Asp
620 615 610
Pro Ser lle Met Asn Met Phe Arg Gly Thr Phe Tyr Phe Leu Leu Lys 640 635 630 625 5
Glu lle Tyr Tyr Asn Asp Phe Leu Gin Ala Ser Asn Leu Lys Glu Met 655 650 645
Phe Cys Glu Gly Leu Lys Asn Asn Val Lys Asn Lys Lys Ser Glu Lys 670 665 660
Pro Tyr GIn Asn Phe Met Arg Arg Phe Glu Glu Leu Glu Asn Met Gly 685 680 675
Met Asp Phe Gly Glu lle Cys Gin GIn lle Met Thr Asp Tyr Glu 60 700 695 690
GIn Asn Lys GIn Lys Lys Lys Thr Ala Thr Ala Val Met Ser Glu Lys 5 720 715 710 705
Asp Lys Lys lle Arg Thr Leu Asp Asn Asp Thr 60 Lys Tyr Lys His 735 730 725 10
Phe Arg Thr Leu Leu Tyr lle Gly Leu Arg Glu Ala Phe lle lle Tyr 750 745 740
Leu Lys Asp Glu Lys Asn Lys Glu Trp Tyr Glu Phe Leu Arg Glu Pro 765 760 755
Val Lys Arg Glu Gin Pro Glu Glu Lys Glu Phe Val Asn Lys Trp Lys 780 775 770
Leu Asn GIn Tyr Ser Asp Cys Ser Glu Leu lle Leu Lys Asp Ser Leu 800 795 790 785
Ala Ala Ala Trp Tyr Val Val Ala His Phe lle Asn Gin Ala GIn Leu 0 815 810 805
Asn His Leu lle Gly Asp lle Lys Asn Tyr lle Gln Phe lle Ser Asp 830 825 820 15 lle Asp Arg Arg Ala Lys Ser Thr Gly Asn Pro Val Ser Glu Ser Thr 845 840 835
Glu lle 60 lle Glu Arg Tyr Arg Lys lle Leu Arg Val Leu Glu Phe 860 855 850
Ala Lys Phe Phe Cys Gly Gin lle Thr Asn Val Leu Thr Asp Tyr Tyr 880 875 870 865
Gln Asp Glu Asn Asp Phe Ser Thr His Val Gly His Tyr Val Lys Phe 895 890 885
Glu Lys Lys Asn Met Glu Pro Ala His Ala Leu GIn Ala Phe Ser Asn 5 910 905 900
Ser Leu Tyr Ala Cys Gly Lys Glu Lys Lys Lys Ala Gly Phe Tyr Tyr
925 920 915
Asp Gly Met Asn Pro lle Val Asn Arg Asn lle Thr Leu Ala Ser Met 940 935 930 5
Tyr Gly Asn Lys Lys Leu Leu Glu Asn Ala Met Asn Pro Val Thr Glu 960 955 950 945
Gln Asp lle Arg Lys Tyr Tyr Ser Leu Met Ala Glu Leu Asp Ser Val 975 970 965
Leu Lys Asn Gly Ala Val Cys Lys Ser Glu Asp Glu Gin Lys Asn Leu 990 985 980
Arg His Phe ‏صاى‎ Asn Leu Lys Asn Arg lle Glu Leu Val Asp Val Leu 1005 1000 995
Thr Leu Ser Glu Leu Val Asn Asp Leu Val Ala GIn Leu lle Gly 5 1020 1015 1010
Trp Val Tyr lle Arg Glu Arg Asp Met Met Tyr Leu 0 Leu Gly 1035 1030 1025 10
Leu His Tyr lle Lys Leu Tyr Phe Thr Asp Ser Val Ala Glu Asp 1050 1045 1040
Ser Tyr Leu Arg Thr Leu Asp Leu Glu Glu Gly Ser lle Ala Asp 1065 1060 1055
Gly Ala Val Leu Tyr Gin lle Ala Ser Leu Tyr Ser Phe Asn Leu 1080 1075 1070
Pro Met Tyr Val Lys Pro Asn Lys Ser Ser Val Tyr Cys Lys Lys 1095 1090 1085
His Val Asn Ser Val Ala Thr Lys Phe Asp lle Phe Glu Lys Glu 10 1110 1105 1100
Tyr Cys Asn Gly Asp Glu Thr Val lle Glu Asn Gly Leu Arg Leu 1125 1120 1115 15
Phe Glu Asn lle Asn Leu His Lys Asp Met Val Lys Phe Arg Asp 1140 1135 1130
Tyr Leu Ala His Phe Lys Tyr Phe Ala Lys Leu Asp Glu Ser lle 1155 1150 1145
Leu Glu Leu Tyr Ser Lys Ala Tyr Asp Phe Phe Phe Ser Tyr Asn 1170 1165 1160 lle Lys Leu Lys Lys Ser Val Ser Tyr Val Leu Thr Asn Val Leu 1185 1180 1175
Leu Ser Tyr Phe lle Asn Ala Lys Leu Ser Phe Ser Thr Tyr Lys 15 1200 1195 1190
Ser Ser Gly Asn Lys Thr Val GIn His Arg Thr Thr Lys lle Ser
1215 1210 1205
Val Val Ala GIn Thr Asp Tyr Phe Thr Tyr Lys Leu Arg Ser lle 1230 1225 1220 5
Val Lys Asn Lys Asn Gly Val Glu Ser lle Glu Asn Asp Asp Arg 1245 1240 1235
Arg Cys Glu Val Val Asn lle Ala Ala Arg Asp Lys Glu Phe Val 1260 1255 1250
Asp Glu Val Cys Asn Val lle Asn Tyr Asn Ser Asp Lys 1275 1270 1265
>210< 479 <211> 948 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220>
Riemerella anatipestifer <223> 479 <400>
Met Phe Phe Ser Phe His Asn Ala GIn Arg Val lle Phe Lys His Leu 10 5 1
Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu Asp Tyr Lys 5 25 20
Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His Leu Asn Arg
45 40 35
Lys Gly Lys Asn Lys GIn Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg Tyr Arg Phe 60 55 50 5
Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Thr Asn 80 75 70 65
Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys Lys Val Ser 95 90 85
Gly Phe Lys Ala Ser His Lys GIn Arg Glu Lys Met Thr Thr Glu Val 110 105 100
Phe Cys Arg Ser Arg lle Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Arg 125 120 115
Tyr Asp His Asn GIn Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu Leu Ser Arg 5 140 135 130
Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asn Lys Lys His 160 155 150 145 10
Phe GIn Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu lle Glu Glu Glu Gin 175 170 165
Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu lle Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr 190 185 180
Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys Ser lle Arg 205 200 195
Phe GIn Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys lle Tyr Asp Lys Lys 220 215 210 lle Gly Asp Glu Gin Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Leu Ser 10 240 235 230 225
Phe Gly Arg Leu GIn Asp Phe Thr Glu lle Asn Arg Pro 60 Glu Trp 255 250 245 15
Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser Asn 60 Pro 270 265 260
Phe lle Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His lle Thr Asp Asn Lys lle 285 280 275
Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser Leu Glu lle 300 295 290
Lys Asp Gly Ala Asn Arg lle Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn Ser Gly Phe 320 315 310 305
Val Ala His Ala Phe lle Ser Val His Glu Leu Leu Pro Leu Met Phe 15 335 330 325
Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys Glu Thr Val
350 345 340
Arg His lle Gin Arg lle Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu Arg lle Asn 365 360 355 5
Thr lle Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn GIn Gly Arg Leu Pro Leu Gly 380 375 370
Ala Phe Pro Lys GIn Met Leu Gly Leu Leu GIn Asn Lys Gin Pro Asp 400 395 390 385
Leu Ser Glu Lys Ala Lys lle Lys lle Glu Lys Leu lle Ala Glu Thr 415 410 405
Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser Ser Pro Lys 430 425 420
Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu lle Lys Thr Gly Val Leu Ala Asp 5 445 440 435
Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Tyr Asp Ala 460 455 450 10 ‏دا‎ Asn GIn Pro lle Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Phe Trp 480 475 470 465
Phe lle Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys Asn Arg Leu 495 490 485
Glu Gly Tyr Phe Lys GIn Thr Asn Leu lle Gly Asn Thr Asn Pro His 510 505 500
Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn Leu Val Asp 525 520 515
Phe Tyr Gln Gin Tyr Leu Glu Gin Arg Glu Lys Phe Leu Glu Ala lle 0 540 535 530
Lys His GIn Pro Trp Glu Pro Tyr Gin Tyr Cys Leu Leu Leu Lys Val 560 555 550 545 15
Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu Gin Gly Gly 575 570 565 lle Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala lle Arg Glu Thr Leu 590 585 580
Ser Lys Asp Leu Thr Leu Ser Lys Pro lle Arg Lys Glu lle Lys Lys 605 600 595
His Gly Arg Val Gly Phe lle Ser Arg Ala lle Thr Leu Tyr Phe Lys 620 615 610
Glu Lys Tyr GIn Asp Lys His GIn Ser Phe Tyr Asn Leu Ser Tyr Lys 5 640 635 630 625
Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Lys Glu Glu His Tyr Glu Tyr
655 650 645
Trp Gln Gln Asn Lys Pro Gin Ser Pro Thr Glu Ser Gin Arg Leu Glu 670 665 660 5
Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr Lys Arg Trp 685 680 675
Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn GIn Asp lle Met 700 695 690
Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe Lys Glu Leu 720 715 710 705
Asn Leu Asn Tyr His 60 Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala Val Asn Val 735 730 725
GIn Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn Gin Thr Leu Pro Met 5 750 745 740
Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Thr Thr Ala Phe Gly Glu Val GIn 765 760 755 10
Tyr His Glu Thr Pro lle Arg Thr Val Tyr lle Arg Glu Glu 60 Thr 780 775 770
Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg 800 795 790 785
Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe lle Lys Glu Glu Asn Asp Thr Gin Lys 815 810 805
His Pro lle Ser 60 Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu lle Tyr 0 830 825 820
Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu Glu Glu Lys 0 845 840 835
Leu Leu Asn Lys His Ala Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn Glu Phe Arg 860 855 850 15
Thr Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Lys Tyr Ala Ala Ser Ser Met Val 880 875 870 865
Thr Asp Lys His lle Ala Phe lle Ala Ser Val Arg Asn Ala Phe Cys 895 890 885
His Asn GIn Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Thr Leu His Ala Pro lle Leu 910 905 900
Leu Phe Thr Val Ala GIn Pro Thr Thr Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly 925 920 915 lle Ala Glu Ala Leu Leu Lys Val Leu Arg Glu Tyr Cys Glu lle Val 5 940 935 930
Lys Ser GIn lle
480 <210> 948 <211> 5
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Riemerella anatipestifer <223> 10 480 <400>
Met Phe Phe Ser Phe His Asn Ala GIn Arg Val lle Phe Lys His Leu 10 5 1 15
Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu Asp Tyr Lys 25 20
Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His Leu Asn Arg 45 40 35
Lys Gly Lys Asn Lys GIn Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg Tyr Arg Phe 60 55 50
Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Thr Asn 80 75 70 65
Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys Lys Val Ser 5 95 90 85
Gly Phe Lys Ala Ser His Lys GIn Arg Glu Lys Met Thr Thr Glu Val
110 105 100
Phe Cys Arg Ser Arg lle Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Arg 125 120 115 5
Tyr Asp His Asn GIn Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu Leu Ser Arg 140 135 130
Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asn Lys Lys His 160 155 150 145
Phe GIn Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu lle Glu Glu Glu 0 175 170 165
Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr 190 185 180
Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys Ser lle Arg 5 205 200 195
Phe GIn Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys lle Tyr Asp Lys Lys 220 215 210 10 lle Gly Asp Glu GIn Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Leu Ser 240 235 230 225
Phe Gly Arg Leu GIn Asp Phe Thr Glu lle Asn Arg Pro Gin Glu Trp 255 250 245
Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser Asn Gin Pro 270 265 260
Phe lle Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His lle Thr Asp Asn Lys lle 285 280 275
Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser Leu Glu lle 0 300 295 290
Lys Asp Gly Ala Asn Arg lle Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn Ser Gly Phe 320 315 310 305 15
Val Ala His Ala Phe lle Ser Val His Glu Leu Leu Pro Leu Met Phe 335 330 325
Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys Glu Thr Val 350 345 340
Arg His lle Gin Arg lle Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu Arg lle Asn 365 360 355
Thr lle Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn GIn Gly Arg Leu Pro Leu Gly 380 375 370
Ala Phe Pro Lys GIn Met Leu Gly Leu Leu GIn Asn Lys GIn Pro Asp 5 400 395 390 385
Leu Ser Glu Lys Ala Lys lle Lys lle Glu Lys Leu lle Ala Glu Thr
415 410 405
Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser Ser Pro Lys 430 425 420 5
Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu lle Lys Thr Gly Val Leu Ala Asp 445 440 435
Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe GIn Pro Val Ala Tyr Asp Ala 460 455 450 ‏وماك‎ Asn GIn Pro lle Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Phe Trp 480 475 470 465
Phe lle Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys Asn Arg Leu 495 490 485
Glu Gly Tyr Phe Lys GIn Thr Asn Leu lle Gly Asn Thr Asn Pro His 5 510 505 500
Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn Leu Val Asp 525 520 515 10
Phe Tyr Gln Gin Tyr Leu Glu Gin Arg Glu Lys Phe Leu Glu Ala lle 540 535 530
Lys Asn GIn Pro Trp Glu Pro Tyr 60 Tyr Cys Leu Leu Leu Lys lle 560 555 550 545
Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu Gin Gly Gly 575 570 565 lle Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala lle Arg Glu Thr Leu 590 585 580
Ser Glu Asp Leu Met Leu Ser Lys Pro lle Arg Lys Glu lle Lys Lys 10 605 600 595
His Gly Arg Val Gly Phe lle Ser Arg Ala lle Thr Leu Tyr Phe Lys 620 615 610 15
Glu Lys Tyr Gln Asp Lys His GIn Ser Phe Tyr Asn Leu Ser Tyr Lys 640 635 630 625
Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Arg Glu Glu His Tyr Glu Tyr 655 650 645
Trp Gln Gln Asn Lys Pro Gin Ser Pro Thr Glu Ser Gin Arg Leu Glu 670 665 660
Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr Lys Arg Trp 685 680 675
GIn His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn ‏ماك‎ Asp Val Met 5 700 695 690
Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe Lys Glu Leu
720 715 710 705
Asn Leu Asn Tyr His 60 Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala Val Asn Val 735 730 725 5
Gln Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn GIn Thr Leu Pro Met 750 745 740
Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Ala Thr Ala Phe Gly Glu Val GIn 765 760 755
Tyr His Lys Thr Pro lle Arg Thr Val Tyr lle Arg Glu Glu His Thr 780 775 770
Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg 800 795 790 785
Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe lle Lys Glu Glu Asn Asp Thr 60 Lys 5 815 810 805
His Pro lle Ser 60 Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu lle Tyr 0 830 825 820 10
Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu Glu Glu Lys 845 840 835
Leu Leu Asn Lys His Thr Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn Glu Phe Arg 860 855 850
Ala Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Glu Tyr Ala Ala Ser Ser Met Val 880 875 870 865
Thr Asp Glu His lle Ala Phe lle Ala Ser Val Arg Asn Ala Phe Cys 895 890 885
His Asn GIn Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Ala Leu His Ala Pro lle Pro 0 910 905 900
Leu Phe Thr Val Ala Gin Pro Thr Thr Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly 925 920 915 15 lle Ala Glu Ala Leu Leu Lys Val Leu Arg Glu Tyr Cys Glu lle Val 940 935 930
Lys Ser GIn lle 945 481 <210> 950 <211>
PRT <212> 0 >213< متوالية اصطناعية >220< ‎Riemerella anatipestifer <223>‏ 481 <400> 15
Met Phe Phe Ser Phe His Asn Ala GIn Arg Val lle Phe Lys His Leu 10 5 1
Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu Asp Tyr Lys 30 25 20
Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His Leu Asn Arg 40 35
Lys Gly Lys Asn Lys Gin Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg Tyr Arg Phe 0 60 55 50
Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Thr Asn 80 75 70 65 15
Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys Lys Val Ser 95 90 85
Gly Phe Lys Ala Ser His Lys GIn Ser Glu Lys Met Thr Thr Glu Val 110 105 100
Phe Cys Arg Ser Arg lle Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Arg 125 120 115
Tyr Asp His Asn GIn Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu Leu Ser Arg 140 135 130
Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Lys Asp Lys Lys Cys 5 160 155 150 145
Phe GIn Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu lle Glu Glu Glu 07
175 170 165
Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu lle Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr 190 185 180 5
Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys Ser lle Arg 205 200 195
Phe GIn Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys lle Tyr Asp Lys Lys 220 215 210 lle Gly Tyr Glu GIn Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Leu Asn 240 235 230 225
Phe Gly Arg Leu GIn Asp Phe Thr Glu lle Asn Arg Pro 60 Glu Trp 255 250 245
Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Asn Glu Thr Ser Asn GIn Pro 5 270 265 260
Phe lle Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His lle Thr Asp Asn Lys lle 285 280 275 10
Gly Phe Arg Leu Arg Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser Leu Glu Val 300 295 290
Lys Asp Gly Ala Asn Arg lle Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn Ser Asp Phe 320 315 310 305
Val Ala His Ala Phe lle Ser lle Ser Val His Glu Leu Leu Pro Leu 335 330 325
Met Phe Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys Glu 350 345 340
Thr Val Arg His lle GIn Arg lle Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu Arg 0 365 360 355 lle Asn Thr lle Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn Gin Gly Arg Leu Pro 380 375 370 15
Leu Gly Ala Phe Pro Lys Gin Met Leu Gly Leu Leu GIn Asn Lys 07 400 395 390 385
Pro Asp Leu Ser Glu Lys Ala Lys lle Lys lle Glu Lys Leu lle Ala 415 410 405
Glu Thr Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser Ser 430 425 420
Pro Lys Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu lle Lys Thr Gly Val Leu 445 440 435
Ala Asp Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gin Pro Val Val Tyr 5 460 455 450
Asp Ala GIn Asn GIn Pro lle Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu
480 475 470 465
Ser Arg Leu lle Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys Asn 495 490 485 5
Arg Leu Glu Gly Tyr Phe Lys GIn Thr Asn Leu lle Gly Asn Thr Asn 510 505 500
Pro His Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn Leu 525 520 515
Val Asp Phe Tyr Gin GIn Tyr Leu Glu GIn Arg Glu Lys Phe Leu Glu 540 535 530
Ala lle Lys His GIn Pro Trp Glu Pro Tyr Gin Tyr Cys Leu Leu Leu 560 555 550 545
Lys Val Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu Gin 5 575 570 565
Gly Gly lle Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala lle Arg Glu 590 585 580 10
Thr Leu Ser Lys Asp Leu Thr Leu Ser Lys Pro lle Arg Lys Glu lle 605 600 595
Lys Lys His Gly Arg Val Gly Phe lle Ser Arg Ala lle Thr Leu Tyr 620 615 610
Phe Lys Glu Lys Tyr ‏ماك‎ Asp Lys His ‏60ى‎ Ser Phe Tyr Asn Leu Ser 640 635 630 625
Tyr Lys Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Lys Glu Glu His Tyr 655 650 645
Glu Tyr Trp Gln Gin Asn Lys Pro Gln Ser Pro Thr Glu Ser Gin Arg 0 670 665 660
Leu Glu Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr Lys 685 680 675 15
Arg Trp GIn His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn 60 Asp 700 695 690 lle Met Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe Lys 720 715 710 705
Glu Leu Asn Leu Asn Tyr His GIn Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala Val 735 730 725
Asn Val Gln Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn GIn Thr Leu 750 745 740
Pro Met Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Thr Thr Ala Phe Gly Glu 5 765 760 755
Val GIn Tyr His Glu Thr Pro lle Arg Thr Val Tyr lle Arg Glu Glu
780 775 770
Gln Thr Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 800 795 790 785 5
Arg His Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe lle Lys Glu Glu Asn Asp Thr 815 810 805
Gln Lys His Pro lle Ser Gln Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu lle 830 825 820
Tyr Gln Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu Glu 845 840 835
Glu Lys Leu Leu Asn Lys His Ala Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn Glu 860 855 850
Phe Arg Thr Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Lys Tyr Ala Ala Ser Ser 5 880 875 870 865
Met Val Thr Asp Lys His lle Ala Phe lle Ala Ser Val Arg Asn Ala 895 890 885 10
Phe Cys His Asn GIn Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Thr Leu His Ala Pro 910 905 900 lle Leu Leu Phe Thr Val Ala Gln Pro Thr Thr Glu Glu Lys Asp Gly 925 920 915
Leu Gly lle Ala Glu Ala Leu Leu Arg Val Leu Arg Glu Tyr Cys Glu 940 935 930 lle Val Lys Ser GIn lle 950 945 482 <210> 10 953 <211>
PRT <212>
Alistipes sp. 20٠40009 <213> 482 <400> 15
Met Ser Asn Glu lle Gly Ala Phe Arg Glu His Gin Phe Ala Tyr Ala 10 5 1
Pro Gly Asn Glu Lys Gin Glu Glu Ala Thr Phe Ala Thr Tyr Phe Asn 30 25 20
Leu Ala Leu Ser Asn Val Glu Gly Met Met Phe Gly Glu Val Glu Ser 40 35
Asn Pro Asp Lys lle Glu Lys Ser Leu Asp Thr Leu Pro Pro Ala lle 0 60 55 50
Leu Arg GIn lle Ala Ser Phe lle Trp Leu Ser Lys Glu Asp His Pro 80 75 70 65 15
Asp Lys Ala Tyr Ser Thr Glu Glu Val Lys Val lle Val Thr Asp Leu 95 90 85
Val Arg Arg Leu Cys Phe Tyr Arg Asn Tyr Phe Ser His Cys Phe Tyr 110 105 100
Leu Asp Thr Gin Tyr Phe Tyr Ser Asp Glu Leu Val Asp Thr Thr Ala 125 120 115 lle Gly Glu Lys Leu Pro Tyr Asn Phe His His Phe lle Thr Asn Arg 140 135 130
Leu Phe Arg Tyr Ser Leu Pro Glu lle Thr Leu Phe Arg Trp Asn Glu 5 160 155 150 145
Gly Glu Arg Lys Tyr Glu lle Leu Arg Asp Gly Leu lle Phe Phe Cys
175 170 165
Cys Leu Phe Leu Lys Arg Gly ‏دي‎ Ala Glu Arg Phe Leu Asn Glu Leu 190 185 180 5
Arg Phe Phe Lys Arg Thr Asp Glu Glu Gly Arg lle Lys Arg Thr lle 205 200 195
Phe Thr Lys Tyr Cys Thr Arg Glu Ser His Lys His lle Gly lle Glu 220 215 210
Glu GIn Asp Phe Leu lle Phe GIn Asp lle lle Gly Asp Leu Asn Arg 240 235 230 225
Val Pro Lys Val Cys Asp Gly Val Val Asp Leu Ser Lys Glu Asn Glu 255 250 245
Arg Tyr lle Lys Asn Arg Glu Thr Ser Asn Glu Ser Asp Glu Asn Lys 5 270 265 260
Ala Arg Tyr Arg Leu Leu lle Arg Glu Lys Asp Lys Phe Pro Tyr Tyr 285 280 275 10
Leu Met Arg Tyr lle Val Asp Phe Gly Val Leu Pro Cys lle Thr Phe 300 295 290
Lys Gin Asn Asp Tyr Ser Thr Lys Glu Gly Arg Gly 60 Phe His Tyr 320 315 310 305
Gln Asp Ala Ala Val Ala GIn Glu Glu Arg Cys Tyr Asn Phe Val Val 335 330 325
Arg Asn Gly Asn Val Tyr Tyr Ser Tyr Met Pro Gin Ala Gin Asn Val 350 345 340
Val Arg lle Ser Glu Leu GIn Gly Thr lle Ser Val Glu Glu Leu Arg 0 365 360 355
Asn Met Val Tyr Ala Ser lle Asn Gly Lys Asp Val Asn Lys Ser Val 380 375 370 15
Glu 60 Tyr Leu Tyr His Leu His Leu Leu Tyr Glu Lys lle Leu Thr 400 395 390 385 lle Ser Gly 60 Thr lle Lys Glu Gly Arg Val Asp Val Glu Asp Tyr 415 410 405
Arg Pro Leu Leu Asp Lys Leu Leu Leu Arg Pro Ala Ser Asn Gly Glu 430 425 420
Glu Leu Arg Arg Glu Leu Arg Lys Leu Leu Pro Lys Arg Val Cys Asp 445 440 435
Leu Leu Ser Asn Arg Phe Asp Cys Ser Glu Gly Val Ser Ala Val Glu 5 460 455 450
Lys Arg Leu Lys Ala lle Leu Leu Arg His Glu 60 Leu Leu Leu Ser
480 475 470 465
Gln Asn Pro Ala Leu His lle Asp Lys lle Lys Ser Val lle Asp Tyr 495 490 485 5
Leu Tyr Leu Phe Phe Ser Asp Asp Glu Lys Phe Arg Gin Gin Pro Thr 510 505 500
Glu Lys Ala His Arg Gly Leu Lys Asp Glu Glu Phe Gin Met Tyr His 525 520 515
Tyr Leu Val Gly Asp Tyr Asp Ser His Pro Leu Ala Leu Trp Lys Glu 540 535 530
Leu Glu Ala Ser Gly Arg Leu Lys Pro Glu Met Arg Lys Leu Thr Ser 560 555 550 545
Ala Thr Ser Leu His Gly Leu Tyr Met Leu Cys Leu Lys Gly Thr Val 5 575 570 565
Glu Trp Cys Arg Lys GIn Leu Met Ser lle Gly Lys Gly Thr Ala Lys 590 585 580 10
Val Glu Ala lle Ala Asp Arg Val Gly Leu Lys Leu Tyr Asp Lys Leu 605 600 595
Lys Glu Tyr Thr Pro Glu GIn Leu Glu Arg Glu Val Lys Leu Val Val 620 615 610
Met His Gly Tyr Ala Ala Ala Ala Thr Pro Lys Pro Lys Ala Gin Ala 640 635 630 625
Ala lle Pro Ser Lys Leu Thr Glu Leu Arg Phe Tyr Ser Phe Leu Gly 655 650 645
Lys Arg Glu Met Ser Phe Ala Ala Phe lle Arg Gin Asp Lys Lys Ala 0 670 665 660
Gln Lys Leu Trp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr Val Glu Asn lle Lys Thr 685 680 675 15
Leu GIn Lys Arg GIn Ala Ala Ala Asp Ala Ala Cys Lys Lys Leu Tyr 700 695 690
Asn Leu Val Gly Glu Val Glu Arg Val His Thr Asn Asp Lys Val Leu 720 715 710 705
Val Leu Val Ala GIn Arg Tyr Arg Glu Arg Leu Leu Asn Val Gly Ser 735 730 725
Lys Cys Ala Val Thr Leu Asp Asn Pro Glu Arg Gin Gin Lys Leu Ala 750 745 740
Asp Val Tyr Glu Val Gln Asn Ala Trp Leu Ser lle Arg Phe Asp Asp 5 765 760 755
Leu Asp Phe Thr Leu Thr His Val Asn Leu Ser Asn Leu Arg Lys Ala
780 775 770
Tyr Asn Leu lle Pro Arg Lys His lle Leu Ala Phe Lys Glu Tyr Leu 800 795 790 785 5
Asp Asn Arg Val Lys 60 Lys Leu Cys Glu Glu Cys Arg Asn Val Arg 815 810 805
Arg Lys Glu Asp Leu Cys Thr Cys Cys Ser Pro Arg Tyr Ser Asn Leu 830 825 820
Thr Ser Trp Leu Lys Glu Asn His Ser Glu Ser Ser lle Glu Arg Glu 845 840 835
Ala Ala Thr Met Met Leu Leu Asp Val Glu Arg Lys Leu Leu Ser Phe 860 855 850
Leu Leu Asp Glu Arg Arg Lys Ala lle lle Glu Tyr Gly Lys Phe lle 5 880 875 870 865
Pro Phe Ser Ala Leu Val Lys Glu Cys Arg Leu Ala Asp Ala Gly Leu 895 890 885 10
Cys Gly lle Arg Asn Asp Val Leu His Asp Asn Val lle Ser Tyr Ala 910 905 900
Asp Ala lle Gly Lys Leu Ser Ala Tyr Phe Pro Lys Glu Ala Ser Glu 925 920 915
Ala Val Glu Tyr lle Arg Arg Thr Lys Glu Val Arg Glu Gin Arg Arg 940 935 930
Glu Glu Leu Met Ala Asn Ser Ser 0 950 945 483 <210> 10 1036 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
Chryseobacterium ureilyticum <223> 483 <400>
Met Glu Thr GIn lle Leu Gly Asn Gly lle Ser Tyr Asp His Thr Lys 10 5 1
Thr Glu Asp Lys His Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Thr Ala Gin Asn 5 25 20
Asn lle Asp Leu Leu lle Lys Ala Tyr lle Ser Lys Phe Glu Ser Ser 40 35 10
Pro Arg Lys Leu Asn Ser Val Gln Phe Pro Asp Val Cys Phe Lys Lys 60 55 50 15
Asn Asp Ser Asp Ala Asp Phe GIn His Lys Leu GIn Phe lle Arg Lys 80 75 70 65
His Leu Pro Val lle Gln Tyr Leu Lys Tyr Gly Gly Asn Arg Glu Val 95 90 85
Leu Lys Glu Lys Phe Arg Leu Leu Leu Gin Ala Val Asp Ser Leu Arg 110 105 100
Asn Phe Tyr Thr His Phe Tyr His Lys Pro lle Gin Leu Pro Asn Glu 0 125 120 115
Leu Leu Thr Leu Leu Asp Thr lle Phe Gly Glu lle Gly Asn Glu Val 140 135 130 15
Arg Gln Asn Lys Met Lys Asp Asp Lys Thr Arg His Leu Leu Lys Lys 160 155 150 145
Asn Leu Ser Glu Glu Leu Asp Phe Arg Tyr Gin Glu GIn Leu Glu Arg 175 170 165
Leu Arg Lys Leu Lys Ser Glu Gly Lys Lys Val Asp Leu Arg Asp Thr 190 185 180
Glu Ala lle Arg Asn Gly Val Leu Asn Ala Ala Phe Asn His Leu lle 205 200 195
Phe Lys Asp Ala Glu Asp Phe Lys Pro Thr Val Ser Tyr Ser Ser Tyr 5 220 215 210
Tyr Tyr Asp Ser Asp Thr Ala Glu Asn Gly lle Ser lle Ser Gin Ser
240 235 230 225
Gly Leu Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Gly Arg Arg Glu Met Glu 255 250 245 5
Asp Leu Lys Ser Arg Val Arg Gly Phe Lys Ala Arg lle lle Lys His 270 265 260
Glu Glu GIn His Val Ser Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His Trp Val 285 280 275
Phe Ser Glu Phe Cys Phe Lys Gly lle Lys Thr Arg Leu Asn Ala Asp 300 295 290
Tyr His Glu Glu Thr Leu Leu lle GIn Leu lle Asp Glu Leu Ser Lys 320 315 310 305
Val Pro Asp Glu Leu Tyr Arg Ser Phe Asp Val Ala Thr Arg Glu Arg 5 335 330 325
Phe lle Glu Asp lle Asn Glu Tyr lle Arg Asp Gly Lys Glu Asp Lys 350 345 340 10
Ser Leu lle Glu Ser Lys lle Val His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr 365 360 355
Glu Ser Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Val 380 375 370
Asn Phe Pro Thr Leu Arg Phe ‏ماى‎ Val His Ala Gly Asn Tyr Val His 400 395 390 385
Asp Arg Arg lle Lys Ser lle Glu Gly Thr Gly Phe Lys Thr Glu Arg 415 410 405
Leu Val Lys Asp Arg lle Lys Val Phe Gly Lys Leu Ser Thr lle Ser 0 430 425 420
Ser Leu Lys Ala Glu Tyr Leu Ala Lys Ala Val Asn lle Thr Asp Asp 445 440 435 15
Thr Gly Trp Glu Leu Leu Pro His Pro Ser Tyr Val Phe lle Asp Asn 460 455 450
Asn lle Pro lle His Leu Thr Val Asp Pro Ser Phe Lys Asn Gly Val 480 475 470 465
Lys Glu Tyr GIn Glu Lys Arg Lys Leu GIn Lys Pro Glu Glu Met Lys 495 490 485
Asn Arg Gln Gly Gly Asp Lys Met His Lys Pro Ala lle Ser Ser Lys 510 505 500 lle Gly Lys Ser Lys Asp lle Asn Pro Glu Ser Pro Val Ala Leu Leu 15 525 520 515
Ser Met Asn Glu lle Pro Ala Leu Leu Tyr Glu lle Leu Val Lys Lys
540 535 530
Ala Ser Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys lle Arg Gin Lys Leu Thr Ala 560 555 550 545 5
Val Phe Glu Arg lle Arg Asp Tyr Asp Pro Lys Val Pro Leu Pro Ala 575 570 565
Ser Gln Val Ser Lys Arg Leu Arg Asn Asn Thr Asp Thr Leu Ser Tyr 590 585 580
Asn Lys Glu Lys Leu Val Glu Leu Ala Asn Lys Glu Val Glu GIn Thr 605 600 595
Glu Arg Lys Leu Ala Leu lle Thr Lys Asn Arg Arg Glu Cys Arg Glu 620 615 610
Lys Val Lys Gly Lys Phe Lys Arg GIn Lys Val Phe Lys Asn Ala Glu 5 640 635 630 625
Leu Gly Thr Glu Ala Thr Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met 655 650 645 10
Pro Glu Glu GIn Lys Lys Asn Trp Lys Gly Tyr 60 His Ser Gin Leu 670 665 660
Gln GIn Ser Leu Ala Phe Phe Glu Ser Arg Pro Gly Glu Ala Arg Ser 685 680 675
Leu Leu Gin Ala Gly Trp Asp Phe Ser Asp Gly Ser Ser Phe Trp Asn 700 695 690
Gly Trp Val Met Asn Ser Phe Ala Arg Asp Asn Thr Phe Asp Gly Phe 720 715 710 705
Tyr Glu Ser Tyr Leu Asn Gly Arg Met Lys Tyr Phe Leu Arg Leu Ala 0 735 730 725
Asp Asn lle Ala 60 GIn Ser Ser Thr Asn Lys Leu lle Ser Asn Phe 750 745 740 15 lle Lys GIn ‏ماي‎ Met Pro Lys Gly Leu Phe Asp Arg Arg Leu Tyr Met 765 760 755
Leu Glu Asp Leu Ala Thr Glu Lys Asn Lys lle Leu Ser Lys Pro Leu 780 775 770 lle Phe Pro Arg Gly lle Phe Asp Asp Lys Pro Thr Phe Lys Lys Gly 800 795 790 785
Val GIn Val Ser Glu Glu Pro Glu Ala Phe Ala Asp Trp Tyr Ser Tyr 815 810 805
Gly Tyr Asp Val Lys His Lys Phe GIn Glu Phe Tyr Ala Trp Asp Arg 5 830 825 820
Asp Tyr Glu Glu Leu Leu Arg Glu Glu Leu Glu Lys Asp Thr Ala Phe
845 840 835
Thr Lys Asn Ser lle His Tyr Ser Arg Glu Ser Gin lle Glu Leu Leu 860 855 850 5
Ala Lys Lys GIn Asp Leu Lys Val Lys Lys Val Arg lle Gin Asp Leu 880 875 870 865
Tyr Leu Lys Leu Met Ala Glu Phe Leu Phe Glu Asn Val Phe Gly His 895 890 885
Glu Leu Ala Leu Pro Leu Asp Gin Phe Tyr Leu Thr Gln Glu Glu Arg 910 905 900
Leu Lys GIn Glu GIn Glu Ala lle Val Gin Ser Gin Arg Pro Lys Gly 925 920 915
Asp Asp Ser Pro Asn lle Val Lys Glu Asn Phe lle Trp Ser Lys Thr 5 940 935 930 lle Pro Phe Lys Ser Gly Arg Val Phe Glu Pro Asn Val Lys Leu Lys 960 955 950 945 10
Asp lle Gly Lys Phe Arg Asn Leu Leu Thr Asp Glu Lys Val Asp lle 975 970 965
Leu Leu Ser Tyr Asn Asn Thr Glu lle Gly Lys GIn Val lle Glu Asn 990 985 980
Glu Leu lle lle Gly Ala Gly Ser Tyr Glu Phe lle Arg Arg Glu 0 1005 1000 995
Leu Phe Lys Glu lle Gln GIn Met Lys Arg Leu Ser Leu Arg Ser 1020 1015 1010
Val Arg Gly Met Gly Val Pro lle Arg Leu Asn Leu Lys 10 1035 1030 1025 484 <210> 1090 <211> 15
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
.Prevotella sp <223> 484 <400>
Met Asn lle Pro Ala Leu Val Glu Asn 60 Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 5 10 5 1
Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala GIn Thr Val Leu Asp His lle 25 20 10
Gln Lys Val Ala Asp lle Glu Gly Glu Gin Asn Glu Asn Asn Glu Asn 40 35 15
Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 60 55 50
Tyr Asp Lys 60 Pro Glu Lys Thr Met Phe lle lle Glu Arg Leu 07 80 75 70 65
Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys lle Met Ala Glu Asn Gin Arg Glu Tyr 95 90 85
Ser Asn Gly Lys Tyr Lys Gin Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 0 110 105 100 lle Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 125 120 115 15
Asp Leu Thr Asn His Tyr Lys Thr Tyr Glu Glu Lys Leu Asn Asp Gly 140 135 130
Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gin Pro Leu Ser Gly Met lle Asn 160 155 150 145
Asn Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Met Asn Glu Arg Tyr Gly Tyr 175 170 165
Lys Thr Glu Asp Leu Ala Phe lle Gin Asp Lys Arg Phe Lys Phe Val 190 185 180
Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Lys Lys Ser Gin Val Asn Thr Gly Phe Phe 15 205 200 195
Leu Ser Leu 60 Asp Tyr Asn Gly Asp Thr Gin Lys Lys Leu His Leu
220 215 210
Ser Gly Val Gly lle Ala Leu Leu lle Cys Leu Phe Leu Asp Lys 07 240 235 230 225 5
Tyr lle Asn lle Phe Leu Ser Arg Leu Pro lle Phe Ser Ser Tyr Asn 255 250 245
Ala GIn Ser Glu Glu Arg Arg lle lle lle Arg Ser Phe Gly lle Asn 270 265 260
Ser lle Lys Leu Pro Lys Asp Arg lle His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 285 280 275
Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Val Lys Arg Cys Pro Asp Glu 300 295 290
Leu Phe Thr Thr Leu Ser Ala Glu Lys GIn Ser Arg Phe Arg lle lle 5 320 315 310 305
Ser Asp Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Ser Asp Arg Phe 335 330 325 10
Val Pro Leu Leu Leu GIn Tyr lle Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 350 345 340 lle Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 365 360 355
Asp Lys Thr Cys lle Asp Gly GIn Thr Arg Val Arg Val lle Glu 0 380 375 370
Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Ala Glu Thr Met Arg Lys 400 395 390 385
GIn Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly lle Arg lle Arg Asp Phe 0 415 410 405
Glu Asn Met Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr lle 430 425 420 15
Val Asp Thr Tyr Thr His Tyr lle Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 445 440 435
Phe lle Asn Asp Lys Glu Asp Ser Ala Pro Leu Leu Pro Val lle Glu 460 455 450
Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr lle Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 480 475 470 465
Leu Glu lle Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Lys 495 490 485
Lys Thr Glu Lys Leu lle Val Asp Val His Asn Arg Tyr Lys Arg Leu 15 510 505 500
Phe GIn Ala Met 60 Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn lle Ala Ser
525 520 515
Phe Gly lle Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gin Lys lle Leu Asp Leu lle 540 535 530 5
Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe lle Arg Leu Thr 560 555 550 545
Val Asp Asp Met Leu Thr Asp Thr Glu Arg Arg lle Lys Arg Phe Lys 575 570 565
Asp Asp Arg Lys Ser lle Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 590 585 580
Gly Phe Lys Gin lle Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 605 600 595
Asp lle Val Leu Phe GIn Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys lle 5 620 615 610
Thr Gly Leu Asn Tyr Arg lle Met Gin Ser Ala lle Ala Val Tyr Asp 640 635 630 625 10
Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gin GIn Phe Lys Leu Met Phe Glu 655 650 645
Lys Ala Arg Leu lle Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 670 665 660
Tyr Lys Val Phe Ala Arg Ser lle Pro Ala Asn Ala Val Glu Phe Tyr 685 680 675
Glu Arg Tyr Leu lle Glu Arg Lys Phe Tyr Leu Thr Gly Leu Ser Asn 700 695 690
Glu lle Lys Lys Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe lle Arg Arg Asp 10 720 715 710 705
Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg lle Tyr 735 730 725 15
Ser Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gin Met Phe Asp Asn Glu 750 745 740 lle Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gin Met Glu Gly lle Asp Phe 765 760 755
Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu lle Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 780 775 770
Leu Asp Asp Asp Phe GIn Thr Phe Tyr Gin Trp Asn Arg Asn Tyr Arg 800 795 790 785
Tyr Met Asp Met Leu Lys Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu 610 5 815 810 805
His Cys Phe Thr Ser Val Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg
830 825 820
Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys GIn Ala Ser Asn Lys lle Arg 845 840 835 5
Ser Asn Arg GIn Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu lle Glu Thr lle 860 855 850
Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Ser Arg Asn Glu Tyr Gin Lys Ser Glu 880 875 870 865
Lys Val lle Arg Arg Tyr Arg Val Gin Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 895 890 885
Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 910 905 900
Lys Leu Lys Glu lle Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly lle Leu Ser Glu 5 925 920 915 lle Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Lys Tyr Thr 940 935 930 10 lle Thr Ser Glu Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 960 955 950 945
Leu Ala Ser Asp Lys Arg lle Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 975 970 965
Asp lle Val Ser Lys Glu Asp lle Met Glu Glu Phe Asn Lys Tyr Asp 990 985 980
Gln Cys Arg Pro Glu lle Ser Ser lle Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 1005 1000 995
Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Ser Ala Arg Val Asp Arg Glu 0 1020 1015 1010
Glu Lys Val Asp Phe Lys Ser lle Leu Lys lle Leu Leu Asn Asn 1035 1030 1025 15
Lys Asn lle Asn Lys Glu GIn Ser Asp lle Leu Arg Lys lle Arg 1050 1045 1040
Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly Val Val Glu 1065 1060 1055 lle Lys Ala Leu Pro Glu lle Ala Met Ser lle Lys Lys Ala Phe 1080 1075 1070
Gly Glu Tyr Ala lle Met Lys 1090 1085 485 <210> 15 1090 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220> .Prevotella sp <223> 485 <400>
Met Asn lle Pro Ala Leu Val Glu Asn GIn Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 10 5 1
Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala Gin Thr Val Leu Asp His lle 0 25 20
Gln Lys Val Ala Asp lle Glu Gly Glu Gin Asn Glu Asn Asn Glu Asn 40 35 15
Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 60 55 50
Tyr Asp Lys 60 Pro Glu Lys Thr Met Phe lle lle Glu Arg Leu 07 80 75 70 65
Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys lle Met Ala Glu Asn GIn Arg Glu Tyr 95 90 85
Ser Asn Gly Lys Tyr Lys GIn Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 110 105 100 lle Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 5 125 120 115
Asp Leu Thr Asn His Tyr Lys Thr Tyr Glu Glu Lys Leu lle Asp Gly
140 135 130
Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gin Pro Leu Ser Gly Met lle Ser 160 155 150 145 5
Lys Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Thr Lys Glu Arg Tyr Gly Tyr 175 170 165
Lys Thr Glu Asp Leu Ala Phe lle Gln Asp Asn lle Lys Lys lle Thr 190 185 180
Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Arg Lys Ser GIn Val Asn Thr Gly Phe Phe 205 200 195
Leu Ser Leu 60 Asp Tyr Asn Gly Asp Thr GIn Lys Lys Leu His Leu 220 215 210
Ser Gly Val Gly lle Ala Leu Leu lle Cys Leu Phe Leu Asp Lys GIn 5 240 235 230 225
Tyr lle Asn lle Phe Leu Ser Arg Leu Pro lle Phe Ser Ser Tyr Asn 255 250 245 10
Ala 60 Ser Glu Glu Arg Arg lle lle lle Arg Ser Phe Gly lle Asn 270 265 260
Ser lle Lys Leu Pro Lys Asp Arg lle His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 285 280 275
Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Val Lys Arg Cys Pro Asp Glu 300 295 290
Leu Phe Thr Thr Leu Ser Ala Glu Lys GIn Ser Arg Phe Arg lle lle 320 315 310 305
Ser Asp Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Thr Asp Arg Phe 10 335 330 325
Val Pro Leu Leu Leu GIn Tyr lle Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 350 345 340 15 lle Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 365 360 355
Asp Lys Thr Cys lle Asp Gly GIn Thr Arg Val Arg Val lle Glu 0 380 375 370
Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Ala Glu Thr Met Arg Lys 400 395 390 385
Gln Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly lle Arg lle Arg Asp Phe 415 410 405
Glu Asn Val Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr lle 5 430 425 420
Val Asp Thr Tyr Thr His Tyr lle Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met
445 440 435
Phe lle Ser Asp Lys Gly Ser Ser Ala Pro Leu Leu Pro Leu lle Glu 460 455 450 5
Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr lle Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 480 475 470 465
Leu Glu lle Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Lys 495 490 485
Lys Thr Glu Lys Leu lle Val Asp Val His Asn Arg Tyr Lys Arg Leu 510 505 500
Phe GIn Ala Met Gin Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn lle Ala Ser 525 520 515
Phe Gly lle Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gin Lys lle Leu Asp Leu lle 5 540 535 530
Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe lle Arg Leu Thr 560 555 550 545 10
Val Asp Asp Met Leu Thr Asp Thr Glu Arg Arg lle Lys Arg Phe Lys 575 570 565
Asp Asp Arg Lys Ser lle Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 590 585 580
Gly Phe Lys Gin lle Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 605 600 595
Asp lle Val Leu Phe GIn Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys lle 620 615 610
Thr Gly Leu Asn Tyr Arg lle Met Gin Ser Ala lle Ala Val Tyr Asp 0 640 635 630 625
Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gin GIn Phe Lys Leu Met Phe Glu 655 650 645 15
Lys Ala Arg Leu lle Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 670 665 660
Tyr Lys Val Phe Ala Arg Ser lle Pro Ala Asn Ala Val Asp Phe Tyr 685 680 675
Glu Arg Tyr Leu lle Glu Arg Lys Phe Tyr Leu Thr Gly Leu Cys Asn 700 695 690
Glu lle Lys Arg Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe lle Arg Arg Asp 720 715 710 705
GIn Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg lle Tyr 5 735 730 725
Ser Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gin Met Phe Asp Asn Glu
750 745 740 lle Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gin Met Glu Gly lle Asp Phe 765 760 755 5
Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu lle Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 780 775 770
Leu Asn Asp Asp Phe Gin Thr Phe Tyr Gin Trp Lys Arg Asn Tyr His 800 795 790 785
Tyr Met Asp Met Leu Lys Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu Gin 815 810 805
His Cys Phe Thr Ser Val Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 830 825 820
Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Leu Ala Ser Asn Lys lle Arg 5 845 840 835
Ser Asn Arg GIn Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu lle Glu Thr lle 860 855 850 10
Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Cys Arg Asn Glu Tyr GIn Lys Ser Glu 880 875 870 865
Lys Val lle Arg Arg Tyr Arg Val Gin Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 895 890 885
Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 910 905 900
Lys Leu Lys Glu lle Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly lle Leu Ser Glu 925 920 915 lle Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Lys Tyr Thr 0 940 935 930 lle Thr Ser Glu Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 960 955 950 945 15
Leu Ala Ser Asp Lys Arg lle Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 975 970 965
Asp lle Val Ser Lys Glu Asp lle Met Glu Glu Phe Asn Lys Tyr Asp 990 985 980
Gln Cys Arg Pro Glu lle Ser Ser lle Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 1005 1000 995
Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Ser Ala Arg Val Asp Arg Glu 1020 1015 1010
Glu Lys Val Asp Phe Lys Ser lle Leu Lys lle Leu Leu Asn Asn 5 1035 1030 1025
Lys Asn lle Asn Lys Glu GIn Ser Asp lle Leu Arg Lys lle Arg
1050 1045 1040
Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly lle Val Glu 1065 1060 1055 5 lle Lys Ala Leu Pro Glu lle Ala Met Ser lle Lys Lys Ala Phe 1080 1075 1070
Gly Glu Tyr Ala lle Met Lys 1090 1085 486 <210> 1090 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220> .Prevotella sp <223> 486 <400> 5
Met Asn lle Pro Ala Leu Val Glu Asn GIn Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 15 10 5 1
Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala GIn Thr Val Leu Asp His lle 25 20
GIn Lys Val Ala Asp lle Glu Gly Glu GIn Asn Glu Asn Asn Glu Asn 5 40 35
Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly
60 55 50
Tyr Asp Lys GIn Pro Glu Lys Thr Met Phe lle lle Glu Arg Leu Gin 80 75 70 65 5
Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys lle Met Ala Glu Asn GIn Arg Glu Tyr 95 90 85
Ser Asn Gly Lys Tyr Lys GIn Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 110 105 100 lle Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 125 120 115
Asp GIn Ala Ser His Tyr Lys Thr Tyr Asp Glu Lys Leu lle Asp Gly 140 135 130
Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu GIn Pro Leu Ser Gly Met lle Asn 5 160 155 150 145
Asn Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Met Asn Glu Arg Tyr Gly Tyr 175 170 165 10
Lys Thr Glu Asp Leu Ala Phe lle GIn Asp Lys Arg Phe Lys Phe Val 190 185 180
Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Lys Lys Ser GIn Val Asn Thr Gly Phe Phe 205 200 195
Leu Ser Leu 60 Asp Tyr Asn Gly Asp Thr GIn Lys Lys Leu His Leu 220 215 210
Ser Gly Val Gly lle Ala Leu Leu lle Cys Leu Phe Leu Asp Lys 07 240 235 230 225
Tyr lle Asn lle Phe Leu Ser Arg Leu Pro lle Phe Ser Ser Tyr Asn 10 255 250 245
Ala GIn Ser Glu Glu Arg Arg lle lle lle Arg Ser Phe Gly lle Asn 270 265 260 15
Ser lle Lys GIn Pro Lys Asp Arg lle His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 285 280 275
Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu lle Lys Arg Cys Pro Asn Glu 300 295 290
Leu Phe Glu Thr Leu Ser Ala Glu Lys Gin Ser Arg Phe Arg lle lle 320 315 310 305
Ser Asn Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Ser Asp Arg Phe 335 330 325
Val Pro Leu Leu Leu Gin Tyr lle Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 5 350 345 340 lle Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala
365 360 355
Asp Lys Thr Cys lle Asp Gly GIn Thr Arg Val Arg Val lle Glu 0 380 375 370 5
Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Val Glu Thr Met Arg Lys 400 395 390 385
Gln Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly lle Arg lle Arg Asp Phe 415 410 405
Glu Asn Met Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr lle 430 425 420
Val Asp Thr Tyr Thr His Tyr lle Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 445 440 435
Phe lle Ser Asp Glu Glu Thr Pro Ala Pro Leu Leu Pro Val lle Glu 5 460 455 450
Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr lle Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 480 475 470 465 10
Leu Glu lle Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Lys 495 490 485
Lys Thr Glu Lys Leu lle Val Asp Val His Asn Arg Tyr Lys Arg Leu 510 505 500
Phe Lys Ala Met Gin Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn lle Ala Ser 525 520 515
Phe Gly lle Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gin Lys lle lle Asp Leu lle 540 535 530
Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe lle Arg Leu Thr 0 560 555 550 545
Val Asp Asp Met Leu Ala Asp Thr Glu Arg Arg lle Lys Arg Phe Lys 575 570 565 15
Asp Asp Arg Lys Ser lle Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 590 585 580
Gly Phe Lys Gin lle Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 605 600 595
Asp lle Val Leu Phe GIn Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys lle 620 615 610
Thr Gly Leu Asn Tyr Arg lle Met Gln Ser Ala lle Ala Val Tyr Asn 640 635 630 625
Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gln Gin Phe Lys Leu Met Phe Glu 5 655 650 645
Lys Ala Arg Leu lle Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu
670 665 660
Tyr Lys Val Phe Val Arg Ser lle Pro Ala Asn Ala Val Asp Phe Tyr 685 680 675 5
Glu Arg Tyr Leu lle Glu Arg Lys Phe Tyr Leu lle Gly Leu Ser Asn 700 695 690
Glu lle Lys Lys Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe lle Arg Arg Asp 720 715 710 705
Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg lle Tyr 735 730 725
Asp Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gin Met Phe Asp Asn Glu 750 745 740 lle Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gin Met Glu Gly lle Asp Phe 5 765 760 755
Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu lle Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 780 775 770 10
Leu Asn Asp Asp Phe Gin Thr Phe Tyr GIn Trp Lys Arg Asn Tyr Arg 800 795 790 785
Tyr Met Asp Met Leu Arg Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu 0 815 810 805
Ser Cys Phe Thr Ser Val Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 830 825 820
Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Leu Ala Ser Asn Lys lle Arg 845 840 835
Ser Asn Arg GIn Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu lle Glu Thr lle 10 860 855 850
Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Ser Arg Asn Glu Tyr Gin Lys Ser Glu 880 875 870 865 15
Lys Val lle Arg Arg Tyr Arg Val Gin Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 895 890 885
Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 910 905 900
Lys Leu Lys Glu lle Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly lle Leu Ser Glu 925 920 915 lle Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Lys Tyr Thr 940 935 930 lle Thr Ser Glu Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 15 960 955 950 945
Leu Ala Ser Asp Lys Arg lle Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser
975 970 965
Asp Thr Val Ser Lys Glu Asp lle Met Glu Glu Phe Lys Lys Tyr Asp 990 985 980 5
Gln Cys Arg Pro Glu lle Ser Ser lle Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 1005 1000 995
Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Ser Ala Arg Val Asp Arg Glu 1020 1015 1010
Glu Lys Val Asp Phe Lys Ser lle Leu Lys lle Leu Leu Asn Asn 1035 1030 1025
Lys Asn lle Asn Lys Glu GIn Ser Asp lle Leu Arg Lys lle Arg 1050 1045 1040
Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly Val Val Glu 5 1065 1060 1055 lle Arg Ala Leu Pro Glu lle Ala Met Ser lle Lys Lys Ala Phe 1080 1075 1070 10
Gly Glu Tyr Ala lle Met Lys 1090 1085 487 <210> 1090 <211>
PRT <212>
‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> .Prevotella sp <223> 487 <400>
Met Asn lle Pro Ala Leu Val Glu Asn Gin Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 15 10 5 1
Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala GIn Thr Val Leu Asp His lle 30 25 20
Gln Lys Val Ala Asp lle Glu Gly Glu Gin Asn Glu Asn Asn Glu Asn 40 35
Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 60 55 50
Tyr Asp Lys GIn Pro Glu Lys Thr Met Phe lle lle Glu Arg Leu GIn 5 80 75 70 65
Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys lle Met Ala Glu Asn GIn Arg Glu Tyr 95 90 85 10
Ser Asn Gly Lys Tyr Lys GIn Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 110 105 100 lle Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 125 120 115
Asp Leu Thr Asn His Tyr Lys Thr Tyr Glu Glu Lys Leu lle Asp Gly 140 135 130
Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gln Pro Phe Ser Gly Met lle Ser 160 155 150 145
Lys Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Thr Lys Glu Arg Tyr Gly Tyr 0 175 170 165
Lys Ala Glu Asp Leu Ala Phe lle Gin Asp Asn Arg Tyr Lys Phe Thr 190 185 180 15
Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Arg Lys Ser GIn Val Asn Thr Gly Ser Phe 205 200 195
Leu Ser Leu GIn Asp Tyr Asn Gly Asp Thr Thr Lys Lys Leu His Leu 220 215 210
Ser Gly Val Gly lle Ala Leu Leu lle Cys Leu Phe Leu Asp Lys 07 240 235 230 225
Tyr lle Asn Leu Phe Leu Ser Arg Leu Pro lle Phe Ser Ser Tyr Asn 255 250 245
Ala GIn Ser Glu Glu Arg Arg lle lle lle Arg Ser Phe Gly lle Asn 5 270 265 260
Ser lle Lys GIn Pro Lys Asp Arg lle His Ser Glu Lys Ser Asn Lys
285 280 275
Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Val Lys Arg Cys Pro Asp Glu 300 295 290 5
Leu Phe Thr Thr Leu Ser Ala Glu Lys GIn Ser Arg Phe Arg lle lle 320 315 310 305
Ser Asp Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Ser Asp Arg Phe 335 330 325
Val Pro Leu Leu Leu GIn Tyr lle Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 350 345 340 lle Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 365 360 355
Asp Lys Thr Cys lle Asp Gly GIn Thr Arg Val Arg Val lle Glu GIn 5 380 375 370
Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Val Glu Thr Met Arg Lys 400 395 390 385 10
Gln Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly lle Arg lle Arg Asp Phe 415 410 405
Glu Asn Met Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr lle 430 425 420
Val Glu Thr Tyr Thr His Tyr lle Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 445 440 435
Phe lle Ser Asp Glu Glu Asn Pro Thr Pro Leu Leu Pro Val lle Glu 460 455 450
Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr lle Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 0 480 475 470 465
Leu Glu lle Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Glu 495 490 485 15
Lys Thr Glu Lys Leu lle lle Asp Val His Asp Arg Tyr Lys Arg Leu 510 505 500
Phe GIn Ala Met 60 Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn lle Ala Ser 525 520 515
Phe Gly lle Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gin Lys lle Met Asp Leu lle 540 535 530
Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe lle Arg Leu Thr 560 555 550 545
Val Asp Asp Met Leu Thr Asp Thr Glu Arg Arg lle Lys Arg Phe Lys 15 575 570 565
Asp Asp Arg Lys Ser lle Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg
590 585 580
Gly Phe Lys Gin lle Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 605 600 595 5
Asp lle Val Leu Phe GIn Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys lle 620 615 610
Thr Gly Leu Asn Tyr Arg lle Met Gin Ser Ala lle Ala Val Tyr Asp 640 635 630 625
Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gin GIn Phe Lys Leu Met Phe Glu 655 650 645
Lys Ala Arg Leu lle Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 670 665 660
Tyr Lys Val Phe Val Arg Ser lle Pro Ala Asn Ala Val Asp Phe Tyr 5 685 680 675
Glu Arg Tyr Leu lle Glu Arg Lys Phe Tyr Leu lle Gly Leu Ser Asn 700 695 690 10
Glu lle Lys Lys Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe lle Arg Arg Asp 720 715 710 705
Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg lle Tyr 735 730 725
Ser Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gin Met Phe Asp Asn Glu 750 745 740 lle Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gin Met Glu Gly lle Asp Phe 765 760 755
Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu lle Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 0 780 775 770
Leu Asn Asp Asp Phe Gin Thr Phe Tyr Gin Trp Lys Arg Asn Tyr Arg 800 795 790 785 15
Tyr Met Asp Met Leu Arg Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu 0 815 810 805
His Cys Phe Thr Ser lle Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 830 825 820
Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Leu Ala Ser Asn Lys lle Arg 845 840 835
Ser Asn Arg Gin Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu lle Glu Thr lle 860 855 850
Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Cys Arg Asn Glu Tyr Gin Lys Ser Glu 5 880 875 870 865
Lys lle lle Arg Arg Tyr Arg Val Gin Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu
895 890 885
Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 910 905 900 5
Lys Leu Lys Glu lle Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly lle Leu Ser Glu 925 920 915 lle Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys lle Tyr Thr 940 935 930 lle Thr Ser Gly Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 960 955 950 945
Leu Ala Ser Asp Lys Arg lle Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 975 970 965
Asn Thr Val Ser Lys Glu Asp lle Met Glu Glu Phe Lys Lys Tyr Asp 5 990 985 980
GIn Cys Arg Pro Glu lle Ser Ser lle Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 1005 1000 995 10
Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Pro Ala Arg Val Asp Arg Lys 1020 1015 1010
Glu Lys Val Asp Phe Trp Ser lle Leu Asp Val Leu Ser Asn Asn 1035 1030 1025
Lys Asp lle Asn Asn Glu GIn Ser Tyr lle Leu Arg Lys lle Arg 1050 1045 1040
Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly lle Val Glu 1065 1060 1055 lle Lys Ala Leu Pro Glu lle Ala Met Ser lle Lys Lys Ala Phe 10 1080 1075 1070
Gly Glu Tyr Ala lle Met Lys 1090 1085 15 488 <210> 1095 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Riemerella anatispestifer <223> 5 488 <400>
Met Glu Lys Pro Leu Leu Pro Asn Val Tyr Thr Leu Lys His Lys Phe 10 5 1 10
Phe Trp Gly Ala Phe Leu Asn lle Ala Arg His Asn Ala Phe lle Thr 25 20 15 lle Cys His lle Asn Glu GIn Leu Gly Leu Lys Thr Pro Ser Asn Asp 40 35
Asp Lys lle Val Asp Val Val Cys Glu Thr Trp Asn Asn lle Leu Asn 60 55 50
Asn Asp His Asp Leu Leu Lys Lys Ser GIn Leu Thr Glu Leu lle Leu 80 75 70 65
Lys His Phe Pro Phe Leu Thr Ala Met Cys Tyr His Pro Pro Lys Lys 10 95 90 85
Glu Gly Lys Lys Lys Gly His GIn Lys Glu GIn GIn Lys Glu Lys Glu 110 105 100 15
Ser Glu Ala Gln Ser GIn Ala Glu Ala Leu Asn Pro Ser Lys Leu lle 125 120 115
Glu Ala Leu Glu lle Leu Val Asn GIn Leu His Ser Leu Arg Asn Tyr 140 135 130
Tyr Ser His Tyr Lys His Lys Lys Pro Asp Ala Glu Lys Asp lle Phe 160 155 150 145
Lys His Leu Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu 175 170 165
Asp Tyr Lys Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His 15 190 185 180
Leu Asn Arg Lys Gly Lys Asn Lys GIn Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg
205 200 195
Tyr Arg Phe Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 220 215 210 5
Phe Thr Asn Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys 240 235 230 225
Lys Val Ser Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Arg Glu Lys Met Thr 255 250 245
Thr Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu 270 265 260
Glu Ser Arg Tyr Asp His Asn Gin Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu 285 280 275
Leu Ser Arg Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asn 5 300 295 290
Lys Lys His Phe Gin Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu lle Glu 320 315 310 305 10
Glu Glu GIn Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu lle Arg His Gin Asp Arg 335 330 325
Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys 350 345 340
Ser lle Arg Phe GIn Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys lle Tyr 365 360 355
Asp Lys Lys lle Gly Asp Glu Gin Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr 380 375 370
Leu Leu Ser Phe Gly Arg Leu GIn Asp Phe Thr Glu lle Asn Arg Pro 0 400 395 390 385
Gln Glu Trp Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser 415 410 405 15
Asn Gin Pro Phe lle Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His lle Thr Asp 430 425 420
Asn Lys lle Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser 445 440 435
Leu Glu lle Lys Asp Gly Ala Asn Arg lle Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn 460 455 450
Ser Gly Phe Val Ala His Ala Phe lle Ser Val His Glu Leu Leu Pro 480 475 470 465
Leu Met Phe Tyr GIn His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys 15 495 490 485
Glu Thr Val Arg His lle Gln Arg lle Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu
510 505 500
Arg lle Asn Thr lle Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn GIn Gly Arg Leu 525 520 515 5
Pro Leu Gly Ala Phe Pro Lys Gin Met Leu Gly Leu Leu GIn Asn Lys 540 535 530
Gln Pro Asp Leu Ser Glu Lys Ala Lys lle Lys lle Glu Lys Leu lle 560 555 550 545
Ala Glu Thr Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser 575 570 565
Ser Pro Lys Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu lle Lys Thr Gly Val 590 585 580
Leu Ala Asp Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gin Pro Val Ala 5 605 600 595
Tyr Asp Ala GIn Asn GIn Pro lle Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr 620 615 610 10
Glu Phe Trp Phe lle Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys 640 635 630 625
Asn Arg Leu Glu Gly Tyr Phe Lys Gin Thr Asn Leu lle Gly Asn Thr 655 650 645
Asn Pro His Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn 670 665 660
Leu Val Asp Phe Tyr 60 GIn Tyr Leu Glu Gin Arg Glu Lys Phe Leu 685 680 675
Glu Ala lle Lys Asn GIn Pro Trp Glu Pro Tyr Gin Tyr Cys Leu Leu 10 700 695 690
Leu Lys lle Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu 720 715 710 705 15
Gln Gly Gly lle Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala lle Arg 735 730 725
Glu Thr Leu Ser Glu Asp Leu Met Leu Ser Lys Pro lle Arg Lys Glu 750 745 740 lle Lys Lys His Gly Arg Val Gly Phe lle Ser Arg Ala lle Thr Leu 765 760 755
Tyr Phe Lys Glu Lys Tyr Gln Asp Lys His GIn Ser Phe Tyr Asn Leu 780 775 770
Ser Tyr Lys Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Arg Glu Glu His 5 800 795 790 785
Tyr Glu Tyr Trp GIn Gln Asn Lys Pro Gln Ser Pro Thr Glu Ser Gin
815 810 805
Arg Leu Glu Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr 830 825 820 5
Lys Arg Trp Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gin 845 840 835
Asp Val Met Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe 860 855 850
Lys Glu Leu Asn Leu Asn Tyr His Gin Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala 880 875 870 865
Val Asn Val GIn Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn 60 Thr 895 890 885
Leu Pro Met Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Ala Thr Ala Phe Gly 5 910 905 900
Glu Val GIn Tyr His Lys Thr Pro lle Arg Thr Val Tyr lle Arg Glu 925 920 915 10
Glu His Thr Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 940 935 930
Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe lle Lys Glu Glu Asn Asp 960 955 950 945
Thr GIn Lys His Pro lle Ser Gin Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu 975 970 965 lle Tyr Gln Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu 990 985 980
Glu Glu Lys Leu Leu Asn Lys His Thr Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn 0 1005 1000 995
Glu Phe Arg Ala Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Glu Tyr Ala Ala 1020 1015 1010 15
Ser Ser Met Val Thr Asp Glu His lle Ala Phe lle Ala Ser Val 1035 1030 1025
Arg Asn Ala Phe Cys His Asn Gin Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Ala 1050 1045 1040
Leu His Ala Pro lle Pro Leu Phe Thr Val Ala Gin Pro Thr Thr 1065 1060 1055
Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly lle Ala Glu Ala Leu Leu Lys Val 1080 1075 1070
Leu Arg Glu Tyr Cys Glu lle Val Lys Ser 60 lle 5 1095 1090 1085 489 <210>
1095 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
Riemerella anatispestifer <223> 489 <400>
Met Glu Lys Pro Leu Pro Pro Asn Val Tyr Thr Leu Lys His Lys Phe 10 10 5 1
Phe Trp Gly Ala Phe Leu Asn lle Ala Arg His Asn Ala Phe lle Thr 25 20 15 lle Cys His lle Asn Glu GIn Leu Gly Leu Thr Thr Pro Pro Asn Asp 40 35
Asp Lys lle Ala Asp Val Val Cys Gly Thr Trp Asn Asn lle Leu Asn 60 55 50
Asn Asp His Asp Leu Leu Lys Lys Ser GIn Leu Thr Glu Leu lle Leu 80 75 70 65
Lys His Phe Pro Phe Leu Ala Ala Met Cys Tyr His Pro Pro Lys Lys 95 90 85
Glu Gly Lys Lys Lys Gly Ser Gin Lys Glu GIn GIn Lys Glu Lys Glu 5 110 105 100
Asn Glu Ala 60 Ser GIn Ala Glu Ala Leu Asn Pro Ser Glu Leu lle
125 120 115
Lys Val Leu Lys Thr Leu Val Lys GIn Leu Arg Thr Leu Arg Asn Tyr 140 135 130 5
Tyr Ser His His Ser His Lys Lys Pro Asp Ala Glu Lys Asp lle Phe 160 155 150 145
Lys His Leu Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu 175 170 165
Asp Tyr Lys Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Gln Asp Phe Ala His 190 185 180
Leu Asn Arg Lys Gly Lys Asn Lys GIn Asp Asn Pro Asp Phe Asp Arg 205 200 195
Tyr Arg Phe Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 5 220 215 210
Phe Thr Asn Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys 240 235 230 225 0
Lys Val Ser Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Ser Glu Lys Met Thr 255 250 245
Thr Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu 270 265 260
Glu Ser Arg Tyr Asp His Asn GIn Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu 285 280 275
Leu Ser Arg Tyr Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asp 300 295 290
Lys Lys Arg Phe GIn Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu lle Glu 0 320 315 310 305
Glu Glu GIn Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu lle Arg His Gin Asp Arg 335 330 325 15
Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys 350 345 340
Ser lle Arg Phe GIn Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys lle Tyr 365 360 355
Asp Lys Lys lle Gly Asp Glu Gin Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr 380 375 370
Leu Leu Ser Phe Gly Arg Leu 60 Asp Phe Thr Glu lle Asn Arg Pro 400 395 390 385
GIn Glu Trp Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser 5 415 410 405
Lys GIn Pro Phe lle Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His lle Thr Asp
430 425 420
Asn Lys lle Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser 445 440 435 5
Leu Glu Val Lys Asp Gly Ala Asn Arg lle Ala 60 Tyr Pro Tyr Asn 460 455 450
Ser Asp Phe Val Ala His Ala Phe lle Ser Val His Glu Leu Leu Pro 480 475 470 465
Leu Met Phe Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys 495 490 485
Glu Thr Val Arg His lle Gln Arg lle Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu 510 505 500
Arg lle Asn Thr lle Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn 60 Gly Arg Leu 5 525 520 515
Pro Leu Gly Ala Phe Pro Lys 60 Met Leu Gly Leu Leu Gin Asn Lys 540 535 530 10
Gln Pro Asp Leu Ser Glu Lys Ala Lys lle Lys lle Glu Lys Leu lle 560 555 550 545
Ala Glu Thr Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser 575 570 565
Ser Pro Lys Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu lle Lys Thr Gly Val 590 585 580
Leu Ala Asp Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe GIn Pro Val Ala 605 600 595
Tyr Asp Ala Gln Asn GIn Pro lle Glu Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr 0 620 615 610
Glu Phe GIn Leu lle Gin Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys 640 635 630 625 15
Asn Arg Leu Glu Gly Tyr Phe Lys Gin Thr Asn Leu lle Gly Asn Thr 655 650 645
Asn Pro His Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn 670 665 660
Leu Val Asp Phe Tyr Gin GIn Tyr Leu Glu GIn Arg Glu Lys Phe Leu 685 680 675
Glu Ala lle Lys Asn Gin Pro Trp Glu Pro Tyr Gin Tyr Cys Leu Leu 700 695 690
Leu Lys lle Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu 5 720 715 710 705
Gln Gly Gly lle Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala lle Arg
735 730 725
Glu Thr Leu Ser Lys Asp Leu Thr Leu Ser Lys Pro lle Arg Lys Glu 750 745 740 5 lle Lys Lys His Gly Arg Val Gly Phe lle Ser Arg Ala lle Thr Leu 765 760 755
Tyr Phe Arg Glu Lys Tyr Gln Asp Asp His Gin Ser Phe Tyr Asp Leu 780 775 770
Pro Tyr Lys Leu Glu Ala Lys Ala Ser Pro Leu Pro Lys Lys Glu His 800 795 790 785
Tyr Glu Tyr Trp GIn Gln Asn Lys Pro Gin Ser Pro Thr Glu Leu 0 815 810 805
Arg Leu Glu Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr 5 830 825 820
Lys Arg Trp Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gin 845 840 835 10
Asp Val Met Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe 860 855 850
Lys Glu Leu Asn Leu Asn Tyr His Gin Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala 880 875 870 865
Val Asn Val GIn Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn 60 Thr 895 890 885
Leu Pro Met Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Ala Thr Ala Phe Gly 910 905 900
Glu Val GIn Tyr Gin Glu Thr Pro lle Arg Thr Val Tyr lle Arg Glu 0 925 920 915
Glu 60 Thr Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 940 935 930 15
Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe lle Lys Glu Glu Asn Asp 960 955 950 945
Thr GIn Lys His Pro lle Ser Gin Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu 975 970 965 lle Tyr Gln Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Asn Leu 990 985 980
Glu Glu Lys Leu Leu Lys Lys His Thr Ser Leu Ser Ser Val Glu Asn 1005 1000 995
Lys Phe Arg lle Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Glu Tyr Ala Ala 5 1020 1015 1010
Ser Ser Met Val Thr Asp Glu His lle Ala Phe lle Ala Ser Val
1035 1030 1025
Arg Asn Ala Phe Cys His Asn Gin Tyr Pro Phe Tyr Glu Glu Ala 1050 1045 1040 5
Leu His Ala Pro lle Pro Leu Phe Thr Val Ala Gln Glin Thr Thr 1065 1060 1055
Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly lle Ala Glu Ala Leu Leu Arg Val 1080 1075 1070
Leu Arg Glu Tyr Cys Glu lle Val Lys Ser Gin lle 1095 1090 1085
>210< 490 >211< 1115 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي >400< 490
Met Glu Ser lle Lys Asn Ser 0 Lys Ser Thr Gly Lys Thr Leu GIn 10 5 1
Lys Asp Pro Pro Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Met Ala Leu Leu Asn 5 25 20
Val Arg Lys Val Glu Asn His lle Arg Lys Trp Leu Gly Asp Val Ala
45 40 35
Leu Leu Pro Glu Lys Ser Gly Phe His Ser Leu Leu Thr Thr Asp Asn 60 55 50 5
Leu Ser Ser Ala Lys Trp Thr Arg Phe Tyr Tyr Lys Ser Arg Lys Phe 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu Glu Met Phe Asp Ser Asp Lys Lys Ser Tyr Glu Asn 95 90 85
Arg Arg Glu Thr Ala Glu Cys Leu Asp Thr lle Asp Arg Gin Lys lle 110 105 100
Ser Ser Leu Leu Lys Glu Val Tyr Gly Lys Leu Gln Asp lle Arg Asn 125 120 115
Ala Phe Ser His Tyr His lle Asp Asp GIn Ser Val Lys His Thr Ala 5 140 135 130
Leu lle lle Ser Ser Glu Met His Arg Phe lle Glu Asn Ala Tyr Ser 160 155 150 145 10
Phe Ala Leu GIn Lys Thr Arg Ala Arg Phe Thr Gly Val Phe Val Glu 175 170 165
Thr Asp Phe Leu Gin Ala Glu Glu Lys Gly Asp Asn Lys Lys Phe Phe 190 185 180
Ala lle Gly Gly Asn Glu Gly lle Lys Leu Lys Asp Asn Ala Leu lle 205 200 195
Phe Leu lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg Glu Glu Ala Phe Lys Phe Leu 220 215 210
Ser Arg Ala Thr Gly Phe Lys Ser Thr Lys Glu Lys Gly Phe Leu Ala 10 240 235 230 225
Val Arg Glu Thr Phe Cys Ala Leu Cys Cys Arg GIn Pro His Glu Arg 255 250 245 15
Leu Leu Ser Val Asn Pro Arg Glu Ala Leu Leu Met Asp Met Leu Asn 270 265 260
Glu Leu Asn Arg Cys Pro Asp lle Leu Phe Glu Met Leu Asp Glu Lys 285 280 275
Asp Gin Lys Ser Phe Leu Pro Leu Leu Gly Glu Glu Glu Gin Ala His 300 295 290 lle Leu Glu Asn Ser Leu Asn Asp Glu Leu Cys Glu Ala lle Asp Asp 320 315 310 305
Pro Phe Glu Met lle Ala Ser Leu Ser Lys Arg Val Arg Tyr Lys Asn 5 335 330 325
Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Tyr lle Glu Glu Lys Asn Leu Leu
350 345 340
Pro Phe lle Arg Phe Arg lle Asp Leu Gly Cys Leu Glu Leu Ala Ser 365 360 355 5
Tyr Pro Lys Lys Met Gly Glu Glu Asn Asn Tyr Glu Arg Ser Val Thr 380 375 370
Asp His Ala Met Ala Phe Gly Arg Leu Thr Asp Phe His Asn Glu Asp 400 395 390 385
Ala Val Leu GIn Gin lle Thr Lys Gly lle Thr Asp Glu Val Arg Phe 415 410 405
Ser Leu Tyr Ala Pro Arg Tyr Ala lle Tyr Asn Asn Lys lle Gly Phe 430 425 420
Val Arg Thr Ser Gly Ser Asp Lys lle Ser Phe Pro Thr Leu Lys Lys 5 445 440 435
Lys Gly Gly Glu Gly His Cys Val Ala Tyr Thr Leu Gln Asn Thr Lys 460 455 450 10
Ser Phe Gly Phe lle Ser lle Tyr Asp Leu Arg Lys lle Leu Leu Leu 480 475 470 465
Ser Phe Leu Asp Lys Asp Lys Ala Lys Asn lle Val Ser Gly Leu Leu 495 490 485
Glu GIn Cys Glu Lys His Trp Lys Asp Leu Ser Glu Asn Leu Phe Asp 510 505 500
Ala lle Arg Thr Glu Leu Gin Lys Glu Phe Pro Val Pro Leu lle Arg 525 520 515
Tyr Thr Leu Pro Arg Ser Lys Gly Gly Lys Leu Val Ser Ser Lys Leu 10 540 535 530
Ala Asp Lys GIn Glu Lys Tyr Glu Ser Glu Phe Glu Arg Arg Lys Glu 560 555 550 545 15
Lys Leu Thr Glu lle Leu Ser Glu Lys Asp Phe Asp Leu Ser Gin lle 575 570 565
Pro Arg Arg Met lle Asp Glu Trp Leu Asn Val Leu Pro Thr Ser Arg 590 585 580
Glu Lys Lys Leu Lys Gly Tyr Val Glu Thr Leu Lys Leu Asp Cys Arg 605 600 595
Glu Arg Leu Arg Val Phe Glu Lys Arg Glu Lys Gly Glu His Pro Leu 620 615 610
Pro Pro Arg lle Gly Glu Met Ala Thr Asp Leu Ala Lys Asp lle lle 15 640 635 630 625
Arg Met Val lle Asp 60 Gly Val Lys Gin Arg lle Thr Ser Ala Tyr
655 650 645
Tyr Ser Glu lle Gin Arg Cys Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Asp Asp Asn 670 665 660 5
Arg Arg His Leu Asp Ser lle lle Arg Glu Leu Arg Leu Lys Asp Thr 685 680 675
Lys Asn Gly His Pro Phe Leu Gly Lys Val Leu Arg Pro Gly Leu Gly 700 695 690
His Thr Glu Lys Leu Tyr 60 Arg Tyr Phe Glu Glu Lys Lys Glu Trp 720 715 710 705
Leu Glu Ala Thr Phe Tyr Pro Ala Ala Ser Pro Lys Arg Val Pro Arg 735 730 725
Phe Val Asn Pro Pro Thr Gly Lys Gin Lys Glu Leu Pro Leu lle lle 5 750 745 740
Arg Asn Leu Met Lys Glu Arg Pro Glu Trp Arg Asp Trp Lys 60 Arg 765 760 755 10
Lys Asn Ser His Pro lle Asp Leu Pro Ser 0 Leu Phe Glu Asn Glu 780 775 770 lle Cys Arg Leu Leu Lys Asp Lys lle Gly Lys Glu Pro Ser Gly Lys 800 795 790 785
Leu Lys Trp Asn Glu Met Phe Lys Leu Tyr Trp Asp Lys Glu Phe Pro 815 810 805
Asn Gly Met Gin Arg Phe Tyr Arg Cys Lys Arg Arg Val Glu Val Phe 830 825 820
Asp Lys Val Val Glu Tyr Glu Tyr Ser Glu Glu Gly Gly Asn Tyr Lys 10 845 840 835
Lys Tyr Tyr Glu Ala Leu lle Asp Glu Val Val Arg 60 Lys lle Ser 860 855 850 15
Ser Ser Lys Glu Lys Ser Lys Leu GIn Val Glu Asp Leu Thr Leu Ser 880 875 870 865
Val Arg Arg Val Phe Lys Arg Ala lle Asn Glu Lys Glu Tyr Gin Leu 895 890 885
Arg Leu Leu Cys Glu Asp Asp Arg Leu Leu Phe Met Ala Val Arg Asp 910 905 900
Leu Tyr Asp Trp Lys Glu Ala Gin Leu Asp Leu Asp Lys lle Asp Asn 925 920 915
Met Leu Gly Glu Pro Val Ser Val Ser GIn Val lle Gin Leu Glu Gly 5 940 935 930
Gly GIn Pro Asp Ala Val lle Lys Ala Glu Cys Lys Leu Lys Asp Val
960 955 950 945
Ser Lys Leu Met Arg Tyr Cys Tyr Asp Gly Arg Val Lys Gly Leu Met 975 970 965 5
Pro Tyr Phe Ala Asn His Glu Ala Thr Gln Glu GIn Val Glu Met Glu 990 985 980
Leu Arg His Tyr Glu Asp His Arg Arg Arg Val Phe Asn Trp Val Phe 1005 1000 995
Ala Leu Glu Lys Ser Val Leu Lys Asn Glu Lys Leu Arg Arg Phe 1020 1015 1010
Tyr Glu Glu Ser 0 Gly Gly Cys Glu His Arg Arg Cys lle Asp 1035 1030 1025
Ala Leu Arg Lys Ala Ser Leu Val Ser Glu Glu Glu Tyr Glu Phe 5 1050 1045 1040
Leu Val His lle Arg Asn Lys Ser Ala His Asn Gin Phe Pro Asp 1065 1060 1055 10
Leu Glu lle Gly Lys Leu Pro Pro Asn Val Thr Ser Gly Phe Cys 1080 1075 1070
Glu Cys lle Trp Ser Lys Tyr Lys Ala lle lle Cys Arg lle lle 1095 1090 1085
Pro Phe lle Asp Pro Glu Arg Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Glu 1110 1105 1100
Gln Lys 1115 491 <210> 10 1115 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
Bacteroides pyogenes <223> 491 <400>
Met Glu Ser lle Lys Asn Ser 0 Lys Ser Thr Gly Lys Thr Leu 0 10 5 1
Lys Asp Pro Pro Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Met Ala Leu Leu Asn 5 25 20
Val Arg Lys Val Glu Asn His lle Arg Lys Trp Leu Gly Asp Val Ala 40 35 10
Leu Leu Pro Glu Lys Ser Gly Phe His Ser Leu Leu Thr Thr Asp Asn 60 55 50 15
Leu Ser Ser Ala Lys Trp Thr Arg Phe Tyr Tyr Lys Ser Arg Lys Phe 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu Glu Met Phe Asp Ser Asp Lys Lys Ser Tyr Glu Asn 95 90 85
Arg Arg Glu Thr Thr Glu Cys Leu Asp Thr lle Asp Arg Gin Lys lle 110 105 100
Ser Ser Leu Leu Lys Glu Val Tyr Gly Lys Leu GIn Asp lle Arg Asn 10 125 120 115
Ala Phe Ser His Tyr His lle Asp Asp Gln Ser Val Lys His Thr Ala 140 135 130 15
Leu lle lle Ser Ser Glu Met His Arg Phe lle Glu Asn Ala Tyr Ser 160 155 150 145
Phe Ala Leu GIn Lys Thr Arg Ala Arg Phe Thr Gly Val Phe Val Glu 175 170 165
Thr Asp Phe Leu Gin Ala Glu Glu Lys Gly Asp Asn Lys Lys Phe Phe 190 185 180
Ala lle Gly Gly Asn Glu Gly lle Lys Leu Lys Asp Asn Ala Leu lle 205 200 195
Phe Leu lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg Glu Glu Ala Phe Lys Phe Leu 15 220 215 210
Ser Arg Ala Thr Gly Phe Lys Ser Thr Lys Glu Lys Gly Phe Leu Ala
240 235 230 225
Val Arg Glu Thr Phe Cys Ala Leu Cys Cys Arg GIn Pro His Glu Arg 255 250 245 5
Leu Leu Ser Val Asn Pro Arg Glu Ala Leu Leu Met Asp Met Leu Asn 270 265 260
Glu Leu Asn Arg Cys Pro Asp lle Leu Phe Glu Met Leu Asp Glu Lys 285 280 275
Asp Gin Lys Ser Phe Leu Pro Leu Leu Gly Glu Glu Glu Gin Ala His 300 295 290 lle Leu Glu Asn Ser Leu Asn Asp Glu Leu Cys Glu Ala lle Asp Asp 320 315 310 305
Pro Phe Glu Met lle Ala Ser Leu Ser Lys Arg Val Arg Tyr Lys Asn 5 335 330 325
Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Tyr lle Glu Glu Lys Asn Leu Leu 350 345 340 10
Pro Phe lle Arg Phe Arg lle Asp Leu Gly Cys Leu Glu Leu Ala Ser 365 360 355
Tyr Pro Lys Lys Met Gly Glu Glu Asn Asn Tyr Glu Arg Ser Val Thr 380 375 370
Asp His Ala Met Ala Phe Gly Arg Leu Thr Asp Phe His Asn Glu Asp 400 395 390 385
Ala Val Leu GIn Gin lle Thr Lys Gly lle Thr Asp Glu Val Arg Phe 415 410 405
Ser Leu Tyr Ala Pro Arg Tyr Ala lle Tyr Asn Asn Lys lle Gly Phe 10 430 425 420
Val Arg Thr Gly Gly Ser Asp Lys lle Ser Phe Pro Thr Leu Lys Lys 445 440 435 15
Lys Gly Gly Glu Gly His Cys Val Ala Tyr Thr Leu Gin Asn Thr Lys 460 455 450
Ser Phe Gly Phe lle Ser lle Tyr Asp Leu Arg Lys lle Leu Leu Leu 480 475 470 465
Ser Phe Leu Asp Lys Asp Lys Ala Lys Asn lle Val Ser Gly Leu Leu 495 490 485
Glu GIn Cys Glu Lys His Trp Lys Asp Leu Ser Glu Asn Leu Phe Asp 510 505 500
Ala lle Arg Thr Glu Leu GIn Lys Glu Phe Pro Val Pro Leu lle Arg 5 525 520 515
Tyr Thr Leu Pro Arg Ser Lys Gly Gly Lys Leu Val Ser Ser Lys Leu
540 535 530
Ala Asp Lys GIn Glu Lys Tyr Glu Ser Glu Phe Glu Arg Arg Lys Glu 560 555 550 545 5
Lys Leu Thr Glu lle Leu Ser Glu Lys Asp Phe Asp Leu Ser Gin lle 575 570 565
Pro Arg Arg Met lle Asp Glu Trp Leu Asn Val Leu Pro Thr Ser Arg 590 585 580
Glu Lys Lys Leu Lys Gly Tyr Val Glu Thr Leu Lys Leu Asp Cys Arg 605 600 595
Glu Arg Leu Arg Val Phe Glu Lys Arg Glu Lys Gly Glu His Pro Val 620 615 610
Pro Pro Arg lle Gly Glu Met Ala Thr Asp Leu Ala Lys Asp lle lle 5 640 635 630 625
Arg Met Val lle Asp 60 Gly Val Lys Gin Arg lle Thr Ser Ala Tyr 655 650 645 10
Tyr Ser Glu lle Gin Arg Cys Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Asp Asp Asn 670 665 660
Arg Arg His Leu Asp Ser lle lle Arg Glu Leu Arg Leu Lys Asp Thr 685 680 675
Lys Asn Gly His Pro Phe Leu Gly Lys Val Leu Arg Pro Gly Leu Gly 700 695 690
His Thr Glu Lys Leu Tyr 60 Arg Tyr Phe Glu Glu Lys Lys Glu Trp 720 715 710 705
Leu Glu Ala Thr Phe Tyr Pro Ala Ala Ser Pro Lys Arg Val Pro Arg 0 735 730 725
Phe Val Asn Pro Pro Thr Gly Lys Gin Lys Glu Leu Pro Leu lle lle 750 745 740 15
Arg Asn Leu Met Lys Glu Arg Pro Glu Trp Arg Asp Trp Lys Gin Arg 765 760 755
Lys Asn Ser His Pro lle Asp Leu Pro Ser 0 Leu Phe Glu Asn Glu 780 775 770 lle Cys Arg Leu Leu Lys Asp Lys lle Gly Lys Glu Pro Ser Gly Lys 800 795 790 785
Leu Lys Trp Asn Glu Met Phe Lys Leu Tyr Trp Asp Lys Glu Phe Pro 815 810 805
Asn Gly Met Gin Arg Phe Tyr Arg Cys Lys Arg Arg Val Glu Val Phe 15 830 825 820
Asp Lys Val Val Glu Tyr Glu Tyr Ser Glu Glu Gly Gly Asn Tyr Lys
845 840 835
Lys Tyr Tyr Glu Ala Leu lle Asp Glu Val Val Arg 0 Lys lle Ser 860 855 850 5
Ser Ser Lys Glu Lys Ser Lys Leu GIn Val Glu Asp Leu Thr Leu Ser 880 875 870 865
Val Arg Arg Val Phe Lys Arg Ala lle Asn Glu Lys Glu Tyr Gin Leu 895 890 885
Arg Leu Leu Cys Glu Asp Asp Arg Leu Leu Phe Met Ala Val Arg Asp 910 905 900
Leu Tyr Asp Trp Lys Glu Ala Gin Leu Asp Leu Asp Lys lle Asp Asn 925 920 915
Met Leu Gly Glu Pro Val Ser Val Ser 60 Val lle Gin Leu Glu Gly 5 940 935 930
Gly GIn Pro Asp Ala Val lle Lys Ala Glu Cys Lys Leu Lys Asp Val 960 955 950 945 10
Ser Lys Leu Met Arg Tyr Cys Tyr Asp Gly Arg Val Lys Gly Leu Met 975 970 965
Pro Tyr Phe Ala Asn His Glu Ala Thr Gln Glu GIn Val Glu Met Glu 990 985 980
Leu Arg His Tyr Glu Asp His Arg Arg Arg Val Phe Asn Trp Val Phe 1005 1000 995
Ala Leu Glu Lys Ser Val Leu Lys Asn Glu Lys Leu Arg Arg Phe 1020 1015 1010
Tyr Glu Glu Ser Gin Gly Gly Cys Glu His Arg Arg Cys lle Asp 10 1035 1030 1025
Ala Leu Arg Lys Ala Ser Leu Val Ser Glu Glu Glu Tyr Glu Phe 1050 1045 1040 15
Leu Val His lle Arg Asn Lys Ser Ala His Asn Gin Phe Pro Asp 1065 1060 1055
Leu Glu lle Gly Lys Leu Pro Pro Asn Val Thr Ser Gly Phe Cys 1080 1075 1070
Glu Cys lle Trp Ser Lys Tyr Lys Ala lle lle Cys Arg lle lle 1095 1090 1085
Pro Phe lle Asp Pro Glu Arg Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Glu 1110 1105 1100
Gln Lys 15 1115 492 <210>
1116 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
Prevotella pleuritidis >223< 492 <400>
Met Glu Asn Asp Lys Arg Leu Glu Glu Ser Thr Cys Tyr Thr Leu Asn 10 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 25 20 15
Tyr lle Thr lle Asn His lle Asn Lys Leu Leu Glu lle Arg Gin lle 40 35
Asp Asn Asp Glu Lys Val Leu Asp lle Lys Ala Leu Trp Gin Lys Val 60 55 50
Asp Lys Asp lle Asn GIn Lys Ala Arg Leu Arg Glu Leu Met lle Lys 80 75 70 65
His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala lle Tyr Ser Asn Asn Lys Glu Asp 95 90 85
Lys Glu Glu Val Lys Glu Glu Lys GIn Ala Lys Ala GIn Ser Phe Lys 15 110 105 100
Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe Leu Glu Lys Leu Gin Glu Ala
125 120 115
Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Ser Ser Glu Ser Ser Lys Glu Pro 140 135 130 5
Glu Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn Thr Phe Gly Val 160 155 150 145
Ser lle Arg Leu Val Lys Glu Asp Tyr Gin Tyr Asn Lys Asp lle Asp 175 170 165
Pro Glu Lys Asp Phe Lys His Leu Glu Arg Lys Glu Asp Phe Asn Tyr 190 185 180
Leu Phe Thr Asp Lys Asp Asn Lys Gly Lys lle Thr Lys Asn Gly Leu 205 200 195
Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Met 5 220 215 210
GIn Gin Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn Arg Gly Asn Lys Glu Lys 240 235 230 225 0
Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys lle 255 250 245
Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gin Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu 270 265 260
Asn Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu GIn Gly 285 280 275
Ala Tyr Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro Phe Asp Ser lle Asp Glu Asp 300 295 290
Tyr Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Arg Asn Thr Leu Val Arg His 610 10 320 315 310 305
Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle 335 330 325 15
Phe Lys Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser 350 345 340 lle Tyr Lys Lys Leu lle Gly Asp Asn Lys Glu Asp Arg His Leu Thr 365 360 355
His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle Gin Glu Phe Ala Lys GIn Lys 380 375 370
Arg Pro Asn Glu Trp Gin Ala Leu Val Lys Asp Leu Asp lle Tyr Glu 400 395 390 385
Thr Ser Asn Glu GIn Tyr lle Ser Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu 5 415 410 405
Glu Asn GIn Lys lle Gly lle Arg Phe Lys Asn Lys Lys Asp Lys lle
430 425 420
Trp Pro Ser Leu Glu Thr Asn Gly Lys Glu Asn Glu Lys Ser Lys Tyr 445 440 435 5
Asn Leu Asp Lys Ser Phe Gin Ala Glu Ala Phe Leu Ser lle His Glu 460 455 450
Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Asp Leu Leu Leu Lys Lys Glu Glu Pro 480 475 470 465
Asn Asn Asp Glu Lys Asn Ala Ser lle Val Glu Gly Phe lle Lys Lys 495 490 485
Glu lle Lys Arg Met Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Glu Glu 510 505 500 lle Asn Ser Lys Glu Gly Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Asn Lys Gly Phe 5 525 520 515
Gln Glu Arg His Leu Pro Lys Gin Met lle Ala lle Leu Thr Asn Lys 540 535 530 10
Ser Lys Asn Met Ala Glu Lys Ala Lys Arg Lys GIn Lys Glu Met lle 560 555 550 545
Lys Asp Thr Lys Lys Arg Leu Ala Thr Leu Asp Lys Gin Val Lys Gly 575 570 565
Glu lle Glu Asp Gly Gly Arg Asn lle Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu 590 585 580 lle Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe GIn Ser Val 60 605 600 595
Lys Asp Lys Glu Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr 10 620 615 610
Glu Tyr GIn Met Leu GIn Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Gin 640 635 630 625 15
Lys Pro Thr Pro Tyr Phe lle Gln Val Asn Leu lle Lys Ser Ser Asn 655 650 645
Pro His Pro Phe Leu Glu Glu Thr Lys Trp Glu Glu Cys Asn Asn lle 670 665 660
Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu 685 680 675
Ser Leu Lys Pro Glu Asp Trp Lys Lys Asn GIn Tyr Phe Leu Met Leu 700 695 690
Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Lys Thr Leu Val Gin Gly Trp Lys Asn 5 720 715 710 705
Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Pro lle Lys Glu Trp
735 730 725
Phe Lys Arg His GIn Asn Asp Ser Glu Glu Tyr Lys Lys Val Glu Ala 750 745 740 5
Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Ala Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Lys 765 760 755
Glu Glu Tyr Phe Lys Glu Asp Ala GIn Lys Glu lle Asn Asn Cys Val 780 775 770 ‏دا‎ Pro Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn lle His Lys Pro 800 795 790 785
Glu Glu Lys Asn Phe Leu His Cys Glu Glu Arg Arg Lys Leu Trp Asp 815 810 805
Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Glu Lys Ser Lys 5 830 825 820
Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu His Arg Ser Tyr Leu Glu Phe 845 840 835 10
Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn 07 860 855 850
Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu lle Asp Lys Leu Lys 880 875 870 865 lle Asp Glu Leu Asn lle Glu Glu Leu GIn Lys Leu Arg Leu Lys Asp 895 890 885 lle Asp Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg 910 905 900 lle Met Pro Met Gin Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu lle Asp Lys Ser 10 925 920 915
Phe Asn lle Val Lys Asp Lys Pro Leu His Thr lle Tyr lle Glu Glu 940 935 930 15
Thr Gly Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 960 955 950 945
Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Lys Thr Ser Ser Glu 975 970 965
Ala Glu Ser Lys Ser Lys Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 990 985 980
Leu Gly Ala Tyr GIn Lys Ala Arg lle Asp lle lle Lys Asp Met Leu 1005 1000 995
Ala Leu Glu Lys Thr Leu lle Asp Asn Asp Glu Asn Leu Pro Thr 15 1020 1015 1010
Asn Lys Phe Ser Asp Met Leu Lys Ser Trp Leu Lys Gly Lys Gly
1035 1030 1025
Glu Ala Asn Lys Ala Arg Leu GIn Asn Asp Val Asp Leu Leu Val 1050 1045 1040 5
Ala lle Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr Pro Met Tyr Asn 1065 1060 1055
Ser Glu Val Phe Lys Gly Met Lys Leu Leu Ser Leu Ser Ser Asp 1080 1075 1070 lle Pro Glu Lys Glu Gly Leu Gly lle Ala Lys Gin Leu Lys Asp 1095 1090 1085
Lys lle Lys Glu Thr lle Glu Arg lle lle Glu lle Glu Lys Glu 1110 1105 1100 lle Arg Asn 5 1115 493 <210> 1119 <211> 10
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Porphyromonas gingivalis <223> 15 493 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu
15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20 5
Ala Tyr lle Thr Leu Ala His lle Asp Arg GIn Leu Ala Tyr Ser Lys 45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly 60 Trp 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser GIn Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 5 110 105 100
Leu Ser Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115 10
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 10 205 200 195
Lys Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210 15
Arg Glu Gly Thr Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 5 300 295 290
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe
320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 335 330 325 5
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 5 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420 10
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 10 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515 15
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Ala lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 15 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Val Ala Asp Trp Leu
620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625 5
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Arg Lys Ala Phe Leu GIn Ser lle Gly Arg 5 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725 10
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Ser Lys Asp Arg Val Gin Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 0 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820 15
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 845 840 835
Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp GIn Lys Phe Glu Arg 860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 60 Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys 880 875 870 865
Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 895 890 885
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr Asp Val Gin Glu Gin Gly Ser Leu 5 910 905 900
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr
925 920 915
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu GIn Ala Pro Leu Ala 940 935 930 5
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965
Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gin Tyr Pro lle Ser Lys Leu 990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala 1005 1000 995
Phe Glu Gin Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 5 1020 1015 1010
Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025 10
Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Asn Val 1050 1045 1040
Arg Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr 1065 1060 1055
Pro Met Tyr Asp Glu Thr Leu Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp 1080 1075 1070
Pro Ser Ser Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 1095 1090 1085
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Met Val 0 1110 1105 1100
Glu Arg lle lle GIn Ala 1115 15 494 <210> 1119 <211>
PRT <212> >213< متوالية اصطناعية <220>
Porphyromonas gingivalis <223> 5 494 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 10 5 1 10
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 25 20 15
Ala Tyr lle Thr Leu Ala His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly 60 Trp 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys | 0 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Gin Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 110 105 100 15
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val GIn Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 15 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp
205 200 195
Arg Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210 5
Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met Gin Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 5 300 295 290
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305 10
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 0 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405 15
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 5 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Asp Glu Ala
510 505 500
Ser Ala Glu Arg Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515 5
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu lle Asn Thr Arg Asp 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Gly lle Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Val Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg ‏ماو‎ Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 5 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610 10
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 10 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gin Ser lle Gly Arg 720 715 710 705 15
Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val 60 Pro 5 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys
815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820 5
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 845 840 835
Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp Gin Lys Phe Glu Arg 860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gin Asp lle lle Thr Trp Met lle Cys 880 875 870 865
Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 895 890 885
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr Asp Val Gin Glu GIn Gly Asn Leu 5 910 905 900
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 925 920 915 10
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu GIn Ala Pro Leu Ala 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965
Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gin Tyr Pro lle Ser Lys Leu 990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala 10 1005 1000 995
Phe Glu Gin Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1020 1015 1010 15
Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025
Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Asn Val 1050 1045 1040
Arg Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr 1065 1060 1055
Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp 1080 1075 1070
Pro Ser Ser Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 5 1095 1090 1085
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Met Ala
1110 1105 1100
Glu Arg lle lle GIn Ala 1115 5 495 <210> 1119 <211>
PRT <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Porphyromonas gingivalis <223> 495 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Ala His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly 60 Trp 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 5 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys
95 90 85
Leu Phe Glu Ser GIn Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100 5
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val Gin Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 5 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195 10
Arg Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Arg Glu Gly Thr Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met Gin Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 0 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290 15
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Glu Asp Thr Asp Gly Ala 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 15 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu
400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405 5
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Ala His Glu Leu Met Pro 5 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 510 505 500 10
Ser Ala Glu Arg Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Gly lle Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys lle Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met Met Ala Asp Thr Asp His 0 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595 15
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe ‏ماى‎ Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 5 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr
700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gin Ser lle Gly Arg 720 715 710 705 5
Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Trp Val GIn Pro 5 800 795 790 785
Phe Tyr Asn Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805 10
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 845 840 835
Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp ‏ا‎ Lys Phe Glu Arg 860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gin Asp lle lle Thr Trp Met lle Cys 880 875 870 865
Gly Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 0 895 890 885
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr Asp Val GIn Glu GIn Gly Ser Leu 910 905 900 15
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 925 920 915
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu GIn Ala Pro Leu Ala 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965
Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu 5 990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala
1005 1000 995
Phe Glu Gin Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Cys 1020 1015 1010 5
Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025
Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Arg Lys Val 1050 1045 1040
Arg Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr 1065 1060 1055
Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp 1080 1075 1070
Pro Ser Phe Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 5 1095 1090 1085
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val 1110 1105 1100 10
Glu Arg lle lle GIn Ala 1115 496 <210> 1119 <211>
PRT <212>
‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Porphyromonas gingivalis <223> 496 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Ala His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly 60 Trp 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 5 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85 10
Leu Phe Glu Ser Gin Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 10 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180 15
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Arg Glu Gly Thr Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr ‏ماك ماك‎ Met Thr Asn Glu Val Phe 15 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg
285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290 5
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro lle Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 5 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385 10
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala GIn Asp 0 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485 15
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu lle Asp Thr Leu Asp 540 535 530
Arg Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Ala lle Leu Ser GIn Glu His Lys Asp Met Glu 5 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His
590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595 5
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe GIn Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 5 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690 10
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gin Ser lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 10 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785 15
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 845 840 835
Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp GIn Lys Phe Glu Arg 860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn GIn Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys 5 880 875 870 865
Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr
895 890 885
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr Asp Val His Glu GIn Gly Ser Leu 910 905 900 5
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 925 920 915
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu GIn Ala Pro Leu Ala 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965
Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gin Tyr Pro lle Ser Lys Leu 5 990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala 1005 1000 995 10
Phe Glu Gin Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1020 1015 1010
Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025
Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Arg Lys Val 1050 1045 1040
Arg Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr 1065 1060 1055
Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp 10 1080 1075 1070
Pro Ser Ser Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 1095 1090 1085 15
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Met Ala 1110 1105 1100
Glu Arg lle lle GIn Val 1115 497 <210> 1119 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 10 <220>
Porphyromonas gulae <223> 497 <400> 15
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg GIn Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Gin Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 10 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 15 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 15 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp
175 170 165
Val Ser Val GIn Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180 5
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met Gin Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln ‏ماه‎ Met Thr Asn Glu Val Phe 5 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275 10
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 10 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370 15
Lys Val lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser Gin Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gin His Leu Trp Pro Ser 15 460 455 450
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp
480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485 5
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Lys GIn Met lle Gly lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asn Met Glu 5 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580 10
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe ‏ماى‎ Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 0 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675 15
Leu Asp Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 5 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys
780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785 5
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 845 840 835
Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp Gin Lys Phe Glu Arg 860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 60 Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys 5 880 875 870 865
Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 895 890 885 10
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Pro Asn Val 60 Glu Gin Gly Ser Leu 910 905 900
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 925 920 915
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 10 975 970 965
Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu 990 985 980 15
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Val 1005 1000 995
Phe Glu Leu Thr Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Ser Arg Tyr 1020 1015 1010
Pro His Leu Pro Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025
Ser Asp Pro Leu Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val 1050 1045 1040
Arg Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr 5 1065 1060 1055
Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp
1080 1075 1070
Pro Ser Ser Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 1095 1090 1085 5
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val 1110 1105 1100
Glu Arg lle lle GIn Ala 1115 498 <210> 1119 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220>
Porphyromonas gulae <223> 498 <400> 5
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 5 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp GIn Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp
60 55 50
Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 5 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 5 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165 10
Val Ser Val ‏ص6‎ Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180
Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met Gin Lys Lys lle Arg Gly 10 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Gly Pro Tyr Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260 15
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 5 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser
365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370 5
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser Gin Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly GIn His Leu Trp Pro Ser 5 460 455 450
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465 10
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Lys Asp Val 525 520 515
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Leu Lys 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Ser Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 0 560 555 550 545
Pro Lys GIn Met lle Gly lle Leu Ser GIn Glu His Lys Asn Met Glu 575 570 565 15
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 5 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro
670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675 5
Leu Asp Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Asn Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 5 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770 10
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 845 840 835
Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp GIn Lys Phe Glu Arg 0 860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 60 Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys 880 875 870 865 15
Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 895 890 885
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr Asp Val His Glu Gln Gly Ser Leu 910 905 900
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 925 920 915
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu GIn Ala Pro Leu Ala 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn 5 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe
975 970 965
Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu 990 985 980 5
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala 1005 1000 995
Phe Glu Gin Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1020 1015 1010
Pro His Leu Pro Asp Glu Asn Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025
Ser Asp Pro Leu Leu Gly Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Lys Val 1050 1045 1040
Arg Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr 5 1065 1060 1055
Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp 1080 1075 1070 10
Pro Ser Ser Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 1095 1090 1085
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val 1110 1105 1100
Glu Arg lle lle GIn Ala 1115 499 <210> 1119 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Porphyromonas gulae <223> 499 <400>
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 5 45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly 60 Trp 60 55 50 10
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Phe Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 10 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145 15
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val GIn Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Glu Val 190 185 180
Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 15 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly
255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Pro Tyr Glu Gin Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260 5
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 5 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355 10
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser Gin Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 0 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 460 455 450 15
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Leu Lys 5 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu
560 555 550 545
Pro Lys GIn Met lle Gly lle Leu Ser Gln Glu Arg Lys Asp Met Glu 575 570 565 5
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe ‏ماى‎ Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 5 655 650 645
GIn Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660 10
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn Cys Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 10 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755 15
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 15 845 840 835
Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp GIn Lys Phe Glu Arg
860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 0 Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys 880 875 870 865 5
Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 895 890 885
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Pro Asn Val 60 Glu Gln Gly Ser Leu 910 905 900
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 925 920 915
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gin Gly Asn 5 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965 10
Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gin Tyr Pro lle Ser Lys Leu 990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala 1005 1000 995
Phe Glu Gin Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1020 1015 1010
Pro His Leu Pro Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025
Ser Asp Pro Leu Leu Thr Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val 10 1050 1045 1040
Arg Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr 1065 1060 1055 15
Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Trp Lys Tyr Asp 1080 1075 1070
Pro Ser Ser Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 1095 1090 1085
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gin Ala Lys Glu Thr lle 1110 1105 1100
Glu Arg lle lle GIn Ala 1115 500 <210> 15 1119 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220>
Porphyromonas gingivalis <223> 500 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 10 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg GIn Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35 15
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly 60 Trp 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Asn Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 5 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp
140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145 5
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu 60 Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Cys Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Arg Glu Gly Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 5 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245 10
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gin GIn Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 0 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340 15
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 15 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly
445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 460 455 450 5
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu lle Asp Thr Leu Asp 5 540 535 530
Arg Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545 10
Pro Arg GIn Met lle Ala lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 0 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645 15
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu GIn Ser lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 15 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu
750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755 5
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 5 845 840 835
Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp Gin Lys Phe Glu Arg 860 855 850 10
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 60 Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys 880 875 870 865
Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 895 890 885
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr Glu Val 60 Glu 0 Gly Ser Leu 910 905 900
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 925 920 915
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu GIn Ala Pro Leu Ala 0 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 960 955 950 945 15
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965
Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu 990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala 1005 1000 995
Phe Glu Gin Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Cys 1020 1015 1010
Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 5 1035 1030 1025
Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu 60 Arg Glu Val
1050 1045 1040
Trp Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr 1065 1060 1055 5
Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp 1080 1075 1070
Pro Ser Ser Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 1095 1090 1085
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Met Ala 1110 1105 1100
Glu Arg lle lle GIn Ala 1115 501 <210> 5 >211< 1120 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220> 10
Prevotella intermedia <223> 501 <400>
Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser lle Arg Tyr Glu Leu Lys 5 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val
30 25 20
Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys lle Leu Glu Glu Asp Glu lle 45 40 35 5
Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Asn Thr Leu Glu Asn Ser Trp Asn Glu lle 60 55 50
Lys Asp lle Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu lle lle Lys His 80 75 70 65
Phe Pro Phe Leu Glu Ala Thr Thr Tyr Arg GIn Asn Pro Thr Asp Thr 95 90 85
Thr Lys GIn Lys Glu Glu Lys Gin Ala Glu Ala Gln Ser Leu Glu Ser 110 105 100
Leu Lys Lys Ser Phe Phe Val Phe lle Tyr Lys Leu Arg Asp Leu Arg 5 125 120 115
Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg Pro Lys 140 135 130 10
Phe Glu Glu Asp Leu GIn Asn Lys Met Tyr Asn lle Phe Asp Val Ser 160 155 150 145 lle Gin Phe Val Lys Glu Asp Tyr Lys His Asn Thr Asp lle Asn Pro 175 170 165
Lys Lys Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Arg Lys Gly Lys Phe His 190 185 180
Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu 205 200 195
Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Val GIn 0 220 215 210
Lys Lys Leu Glu Gly Phe Lys Cys Ser Asn Lys Ser Tyr Gln Lys Met 240 235 230 225 15
Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 255 250 245
Leu Glu Ser Thr Gin Thr Gln Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn 270 265 260
Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu GIn Gly Val 285 280 275
Asn Arg Lys Lys Phe Tyr Val Ser Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr 300 295 290
Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His GIn Asp 5 320 315 310 305
Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Val Phe
335 330 325
Ala Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle 350 345 340 5
Tyr Lys Lys Leu lle Gly Gly 60 Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His 365 360 355
Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle GIn Glu Phe Asp Lys GIn Asn Arg 380 375 370
Pro Asp Glu Trp Lys Ala lle Val Lys Asp Ser Asp Thr Phe Lys Lys 400 395 390 385
Lys Glu Glu Lys Glu Glu Glu Lys Pro Tyr lle Ser Glu Thr Thr Pro 415 410 405
His Tyr His Leu Glu Asn Lys Lys lle Gly lle Ala Phe Lys Asn His 5 430 425 420
Asn lle Trp Pro Ser Thr Gin Thr Glu Leu Thr Asn Asn Lys Arg Lys 445 440 435 10
Lys Tyr Asn Leu Gly Thr Ser lle Lys Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val 460 455 450
His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu 480 475 470 465
Asn Thr Lys Asn Asp Asn Lys Val Gly Gly Lys Lys Glu Thr Lys Lys 495 490 485
Gln Gly Lys His Lys lle Glu Ala lle lle Glu Ser Lys lle Lys Asp 510 505 500 lle Tyr Ala Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu lle Asn Ser Glu 0 525 520 515
Asp Glu Leu Lys Glu Tyr Leu Lys Gly Lys Asp lle Lys lle Val His 540 535 530 15
Leu Pro Lys GIn Met lle Ala lle Leu Lys Asn Glu His Lys Asp Met 560 555 550 545
Ala Glu Lys Ala Glu Ala Lys 60 Glu Lys Met Lys Leu Ala Thr Glu 575 570 565
Asn Arg Leu Lys Thr Leu Asp Lys Gin Leu Lys Gly Lys lle Gln Asn 590 585 580
Gly Lys Arg Tyr Asn Ser Ala Pro Lys Ser Gly Glu lle Ala Ser Trp 605 600 595
Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe GIn Pro Val Gin Lys Asp Glu Asn 5 620 615 610
Gly Glu Ser Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Leu
640 65 630 625
Leu GIn Arg Thr Leu Ala Phe Phe Gly Ser Glu His Glu Arg Leu Ala 655 650 645 5
Pro Tyr Phe Lys GIn Thr Lys Leu lle Glu Ser Ser Asn Pro His Pro 670 665 660
Phe Leu Asn Asp Thr Glu Trp Glu Lys Cys Ser Asn lle Leu Ser Phe 685 680 675
Tyr Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys 700 695 690
Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn Gin Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro 720 715 710 705
Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu Val GIn Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn 5 735 730 725
Leu Pro Arg Gly Phe Phe Thr Glu Pro lle Arg Lys Trp Phe Met Glu 750 745 740 10
His Trp Lys Ser lle Lys Val Asp Asp Leu Lys Arg Val Gly Leu Val 765 760 755
Ala Lys Val Thr Pro Leu Phe Phe Ser Glu Lys Tyr Lys Asp Ser Val 780 775 770
GIn Pro Phe Tyr Asn Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asp Val Asn Lys Pro 800 795 790 785
Lys Glu Glu Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg lle Glu Leu Trp Asp 815 810 805
Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Lys Lys Phe Lys 10 830 825 820
Glu Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu His Arg Ser Tyr Leu Glu Phe 845 840 835 15
Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gin 860 855 850
Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu lle Asp Lys Leu Lys 880 875 870 865 lle Asp Glu Leu Asn lle Lys Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp 895 890 885 lle Asn Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg 910 905 900
Val Met Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr Lys Val Asn Lys Gly 15 925 920 915
Gly Tyr lle lle Lys Asn Lys Pro Leu His Thr lle Tyr lle Lys Glu
940 935 930
Ala Glu Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 960 955 950 945 5
Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Lys Thr Pro Ser Glu 975 970 965
Ala Glu Ser Glu Ser Asn Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 990 985 980
Leu Gly Lys Tyr Gin Asn Ala Arg Leu Asp lle lle Glu Asp Met Leu 1005 1000 995
Ala Leu Glu Lys Lys Leu lle Asp Lys Tyr Asn Ser Leu Asp Thr 1020 1015 1010
Asp Asn Phe His Asn Met Leu Thr Gly Trp Leu Glu Leu Lys Gly 5 1035 1030 1025
Glu Ala Lys Lys Ala Arg Phe Gin Asn Asp Val Lys Leu Leu Thr 1050 1045 1040 10
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1065 1060 1055
Glu Asn Leu Phe Gly Asn lle Glu Arg Phe Ser Leu Ser Ser Ser 1080 1075 1070
Asn lle lle Glu Ser Lys Gly Leu Asp lle Ala Ala Lys Leu Lys 1095 1090 1085
Glu Glu Val Ser Lys Ala Ala Lys Lys lle Gln Asn Glu Glu Asp 1110 1105 1100
Asn Lys Lys Glu Lys Glu Thr 0 1120 1115 502 <210> 1124 <211> 15
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Prevotella aurantiaca <223> 502 <400>
Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Gly Ser lle Ser Tyr Glu Leu Lys 5 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 25 20 10
Tyr lle Thr lle Asn His lle Asn Lys Leu Leu Glu lle Arg Glu lle 40 35 15
Asp Asn Asp Glu Lys Val Leu Asp lle Lys Thr Leu Trp Gin Lys Gly 60 55 50
Asn Lys Asp Leu Asn GIn Lys Ala Arg Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys 80 75 70 65
His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala lle Tyr Thr Lys Asn Lys Glu Asp 95 90 85
Lys Lys Glu Val Lys GIn Glu Lys Gin Ala Glu Ala GIn Ser Leu Glu 0 110 105 100
Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe Leu Asp Lys Leu Gin Glu Ala 125 120 115 15
Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr Ser Glu Phe Ser Lys Glu Pro 140 135 130
Glu Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn lle Phe Gly Asn 160 155 150 145
Asn lle GIn Leu Val lle Asn Asp Tyr GIn His Asn Lys Asp lle Asn 175 170 165
Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Gly 60 Phe Lys Tyr 190 185 180
Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 15 205 200 195
Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Met Gln GIn
220 215 210
Lys Leu Asn Gly Phe Lys Asp Asn Leu Glu Asn Lys Lys Lys Met Thr 240 235 230 225 5
His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle Leu Met Pro Lys Leu Arg Leu 255 250 245
Glu Ser Thr GIn Thr Gin Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu 270 265 260
Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Gin Gly Asp Asp 285 280 275
Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Asn 300 295 290
Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu lle Arg His GIn Asp Arg 5 320 315 310 305
Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Lys 335 330 325 10
Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr 350 345 340
Lys Lys Leu lle Gly Gly GIn Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys 365 360 355
Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle Gin Glu Phe Ala Lys GIn Asn Arg Pro 380 375 370
Asp Glu Trp Lys Ala lle Val Lys Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser 400 395 390 385
Asn Lys Arg Tyr lle Ser Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn 0 415 410 405
Gin Lys lle Gly lle Arg Phe Arg Asn Gly Asn Lys Glu lle Trp Pro 430 425 420 15
Ser Leu Lys Thr Asn Asp Glu Asn Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys Leu 445 440 435
Asp Lys GIn Tyr Gln Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu 460 455 450
Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Lys Glu Lys Pro Asn Asn 480 475 470 465
Asp Glu lle Asn Ala Ser lle Val Glu Gly Phe lle Lys Arg Glu lle 495 490 485
Arg Asn lle Phe Lys Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu lle Asn 5 510 505 500
Asn lle Asp Asp Leu Glu Lys Tyr Cys Ala Asp Lys Gly lle Pro Lys
525 520 515
Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val Ala lle Leu Tyr Asp Glu His Lys 540 535 530 5
Asp Met Val Lys Glu Ala Lys Arg Lys 60 Lys Glu Met Val Lys Asp 560 555 550 545
Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu Glu Lys Gin Thr Gln Lys Glu Lys 575 570 565
Glu Asp Asp Gly Arg Asn Val Lys Leu Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala 590 585 580
Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe GIn Pro Val GIn Lys Asp 605 600 595
Asn Glu Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr 5 620 615 610
Gln Met Leu GIn Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Asn Glu Glu Lys Pro 640 635 630 625 10
Thr Arg Tyr Phe Arg ‏صاى‎ Val Asn Leu lle Glu Ser Asn Asn Pro His 655 650 645
Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp Glu Glu Cys Asn Asn lle Leu Thr 670 665 660
Phe Tyr Tyr Ser Tyr Leu Thr Lys Lys lle Glu Phe Leu Asn Lys Leu 685 680 675
Lys Pro Glu Asp Trp Lys Lys Asn 60 Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu 700 695 690
Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu Val Gin Gly Trp Lys Asn Gly Phe 0 720 715 710 705
Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Pro lle Arg Glu Trp Phe Lys 735 730 725 15
Arg His GIn Asn Asn Ser Lys Glu Tyr Glu Lys Val Glu Ala Leu Asp 750 745 740
Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Lys Glu Glu 765 760 755
Tyr Phe Lys Asp Lys Glu Glu Asn Phe Lys Glu Asp Thr Gln Lys Glu 780 775 770 lle Asn Asp Cys Val Glin Pro Phe Tyr Asn Phe Pro Tyr Asn Val Gly 800 795 790 785
Asn lle His Lys Pro Lys Glu Lys Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg 5 815 810 805 lle Glu Leu Trp Asp Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Glu
830 825 820
Lys lle Lys Ser Lys Lys Leu Thr Glu Lys Asp Lys Glu Glu Phe Arg 845 840 835 5
Ser Tyr Leu Glu Phe GIn Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg 860 855 850
Leu Val Arg Asn GIn Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Lys Glu Leu 880 875 870 865 lle Asp Lys Leu Lys lle Asp Glu Leu Asn lle Glu Glu Leu Lys Lys 895 890 885
Leu Arg Leu Asn Asn lle Asp Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn 910 905 900
Asn lle Leu Asn Arg Val Met Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr 5 925 920 915
Glu lle Asp Asp Ser His Lys lle Val Lys Asp Lys Pro Leu His Thr 940 935 930 10 lle Tyr lle Lys Glu Ala Glu Thr Lys Leu Leu Lys Gin Gly Asn Phe 960 955 950 945
Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val 975 970 965
Lys Thr Asn Ser Glu Ala Glu Ser Lys Arg Asn Pro lle Ser Lys Leu 990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Glu Ala Arg lle Glu lle 1005 1000 995 lle Gin Asp Met Leu Ala Leu Glu Glu Lys Leu lle Asn Lys Tyr 10 1020 1015 1010
Lys Asp Leu Pro Thr Asn Lys Phe Ser Glu Met Leu Asn Ser Trp 1035 1030 1025 15
Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ala Asp Lys Ala Arg Phe GIn Asn Asp 1050 1045 1040
Val Asp Phe Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gin 1065 1060 1055
Tyr Pro Met His Asn Lys lle Glu Phe Ala Asn lle Lys Pro Phe 1080 1075 1070
Ser Leu Tyr Thr Ala Asn Asn Ser Glu Glu Lys Gly Leu Gly lle 1095 1090 1085
Ala Asn Gin Leu Lys Asp Lys Thr Lys Glu Thr Thr Asp Lys lle 15 1110 1105 1100
Lys Lys lle Glu Lys Pro lle Glu Thr Lys Glu
1120 1115 503 <210> 1125 <211> 5
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Prevotella pallens <223> 10 503 <400>
Met Lys Glu Glu Glu Lys Gly Lys Thr Pro Val Val Ser Thr Tyr Asn 10 5 1 15
Lys Asp Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His 25 20
Asn Val Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys lle Leu Gly Glu Gly 45 40 35
Glu lle Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Asn Thr Leu Glu Lys Ser Trp Asn 60 55 50
Glu lle Lys Asp lle Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu lle lle 80 75 70 65
Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Val Thr Thr Tyr GIn Arg Asn Ser Ala 5 95 90 85
Asp Thr Thr Lys GIn Lys Glu Glu Lys Gin Ala Glu Ala 60 Ser Leu
110 105 100
Glu Ser Leu Lys Lys Ser Phe Phe Val Phe lle Tyr Lys Leu Arg Asp 125 120 115 5
Leu Arg Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg 140 135 130
Pro Lys Phe Glu Glu Asp Leu GIn Glu Lys Met Tyr Asn lle Phe Asp 160 155 150 145
Ala Ser lle Gin Leu Val Lys Glu Asp Tyr Lys His Asn Thr Asp lle 175 170 165
Lys Thr Glu Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Gly GIn Phe Lys 190 185 180
Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu 5 205 200 195
Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Val GIn 220 215 210 10
Lys Lys Leu Glu Gly Phe Lys Cys Ser Asn Glu Ser Tyr Gln Lys Met 240 235 230 225
Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 255 250 245
Leu GIn Ser Thr Gin Thr Gln Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn 270 265 260
Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Arg Glu Glu 285 280 275
Asp Arg Lys Lys Phe Arg Val Pro lle Glu lle Ala Asp Glu Asp Tyr 0 300 295 290
Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys Asn Ala Leu Val Arg His 60 Asp 320 315 310 305 15
Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe 335 330 325
Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle 350 345 340
Tyr Lys Lys Gin lle Gly Asp Tyr Lys Glu Ser His His Leu Thr His 365 360 355
Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle 60 Glu Phe Thr Lys Gin Asn Arg 380 375 370
Pro Asp Glu Trp Arg Lys Phe Val Lys Thr Phe Asn Ser Phe Glu Thr 5 400 395 390 385
Ser Lys Glu Pro Tyr lle Pro Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu
415 410 405
Asn Gin Lys lle Gly lle Arg Phe Arg Asn Asp Asn Asp Lys lle Trp 430 425 420 5
Pro Ser Leu Lys Thr Asn Ser Glu Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys 445 440 435
Leu Asp Lys Ser Phe GIn Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu 460 455 450
Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu Asn Thr Asp 480 475 470 465
Asn Asp Asn Glu lle Glu Thr Lys Lys Lys Glu Asn Lys Asn Asp Lys 495 490 485
GIn Glu Lys His Lys lle Glu Glu lle lle Glu Asn Lys lle Thr Glu 5 510 505 500 lle Tyr Ala Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Lys lle Asn Ser lle 525 520 515 10
Asp Lys Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Gly Lys Asp lle Glu lle Gly His 540 535 530
Leu Pro Lys GIn Met lle Ala lle Leu Lys Ser Glu His Lys Asp Met 560 555 550 545
Ala Thr Glu Ala Lys Arg Lys GIn Glu Glu Met Leu Ala Asp Val Gin 575 570 565
Lys Ser Leu Glu Ser Leu Asp Asn GIn lle Asn Glu Glu lle Glu Asn 590 585 580
Val Glu Arg Lys Asn Ser Ser Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala Ser Trp 0 605 600 595
Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val 60 Lys Asp Asn Glu 620 615 610 15
Gly Asn Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gin Met 640 635 630 625
Leu GIn Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg 655 650 645
Tyr Phe Arg GIn Val Asn Leu lle Glu Ser Ser Asn Pro His Pro Phe 670 665 660
Leu Asn Asn Thr Glu Trp Glu Lys Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe Tyr 685 680 675
Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys Pro 5 700 695 690
Glu Asp Trp Glu Lys Asn GIn Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro Lys
720 715 710 705
Thr Asn Cys Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu 735 730 725 5
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Pro lle Arg Lys Trp Phe Met Glu His 750 745 740
Arg Lys Asn lle Thr Val Ala Glu Leu Lys Arg Val Gly Leu Val Ala 765 760 755
Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Ser Glu Glu Tyr Lys Asp Ser Val Gin 780 775 770
Pro Phe Tyr Asn Tyr Leu Phe Asn Val Gly Asn lle Asn Lys Pro Asp 800 795 790 785
Glu Lys Asn Phe Leu Asn Cys Glu Glu Arg Arg Glu Leu Leu Arg Lys 5 815 810 805
Lys Lys Asp Glu Phe Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Asn 830 825 820 10
Pro Ser Tyr Leu Glu Phe Gin Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu 845 840 835
Arg Leu Val Arg Asn GIn Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Met Glu 860 855 850
Leu Phe Asn Lys Lys Lys lle Lys Glu Leu Asn Val Glu Lys lle Tyr 880 875 870 865
Leu Lys Asn lle Asn Thr Asn Thr Thr Lys Lys Glu Lys Asn Thr Glu 895 890 885
Glu Lys Asn Gly Glu Glu Lys lle lle Lys Glu Lys Asn Asn lle Leu 10 910 905 900
Asn Arg lle Met Pro Met Arg Leu Pro lle Lys Val Tyr Gly Arg Glu 925 920 915 15
Asn Phe Ser Lys Asn Lys Lys Lys Lys lle Arg Arg Asn Thr Phe Phe 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Lys Gly Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ala Leu Glu Arg Asp Arg Arg Leu Gly Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965
Val Lys Thr His Ser Lys Ala Glu Ser Lys Ser Asn Thr lle Ser Lys 990 985 980
Ser Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Lys Ala Arg lle Glu 5 1005 1000 995 lle lle Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Glu Thr Leu lle Asp Lys
1020 1015 1010
Tyr Asn Ser Leu Asp Thr Asp Asn Phe His Asn Met Leu Thr Gly 1035 1030 1025 5
Trp Leu Lys Leu Lys Asp Glu Pro Asp Lys Ala Ser Phe Gln Asn 1050 1045 1040
Asp Val Asp Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1065 1060 1055
Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg lle Ala Phe Ala Asn lle Asn Pro 1080 1075 1070
Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn Thr Ser Glu Glu Lys Gly Leu Gly 1095 1090 1085 lle Ala Asn GIn Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Thr lle Glu Lys 5 1110 1105 1100 lle lle Glu lle Glu Lys Pro lle Glu Thr Lys Glu 1125 1120 1115 10 504 <210> 1125 <211>
PRT <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Prevotella intermedia ZT <223>
504 <400>
Met Lys Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Glu Ser Thr Asn Met Leu 15 10 5 1 5
Asp Asn Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Val Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn 45 40 35
Lys Lys Asp Gin Asp lle lle lle Asp Asn Asp Gin Asp lle Leu Ala 60 55 50 lle Lys Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu 80 75 70 65
Arg Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala 5 95 90 85 lle Tyr Thr Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys GIn Glu Lys 110 105 100 10
Gln Ala Glu Ala GIn Ser Leu Glu Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu 125 120 115
Phe Leu Glu Lys Leu Gin Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys 140 135 130
Tyr Ser Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Glu Gly Leu Leu Glu 160 155 150 145
Lys Met Tyr Asn lle Phe Asp Asp Asn lle Gin Leu Val lle Lys Asp 175 170 165
Tyr ‏ماك‎ His Asn Lys Asp lle Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu 10 190 185 180
Asp Arg Lys Gly GIn Phe Lys Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn 205 200 195 15 lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys 220 215 210
Lys Asp Ala lle Trp Met Gin GIn Lys Leu Thr Gly Phe Lys Asp Asn 240 235 230 225
Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Arg Arg 255 250 245
Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gin Thr Gln Asp Trp 270 265 260 lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu 15 285 280 275
Tyr Glu Arg Leu GIn Gly Glu Tyr Arg Lys Lys Phe Asn Val Pro Phe
300 295 290
Asp Ser Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys Asn 320 315 310 305 5
Thr Leu Val Arg His GIn Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr 335 330 325
Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu 350 345 340
Gly Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Lys Lys Leu lle Gly Gly GIn Lys 365 360 355
Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle 0 380 375 370
Glu Phe Ala Lys GIn Asn Arg Pro Asp Glu Trp Lys Ala Leu Val Lys 5 400 395 390 385
Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Asn Glu Arg Tyr lle Ser Glu Thr 415 410 405 10
Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn GIn Lys lle Gly lle Arg Phe Arg 430 425 420
Asn Gly Asn Lys Glu lle Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu Asn 445 440 435
Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Pro Tyr Gln Ala Glu Ala 460 455 450
Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu 480 475 470 465
Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser lle Val 10 495 490 485
Glu Gly Phe lle Lys Arg Glu lle Arg Asp Met Tyr Lys Leu Tyr Asp 510 505 500 15
Ala Phe Ala Asn Gly Glu lle Asn Asn lle Gly Asp Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Cys Glu Asp Lys Gly lle Pro Lys Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val 540 535 530
Ala lle Leu Tyr Asp Glu Pro Lys Asp Met Val Lys Glu Ala Lys Arg 560 555 550 545
Lys GIn Lys Glu Met Val Lys Asp Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu 575 570 565
Glu Lys GIn Thr Gln Glu Glu lle Glu Asp Gly Gly Arg Asn lle Arg 5 590 585 580
Leu Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met
605 600 595
Arg Phe Gin Pro Val Gin Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu Asn Asn 620 615 610 5
Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gin Met Leu GIn Arg Ser Leu Ala 640 635 630 625
Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gin Val Asn 655 650 645
Leu lle Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp 670 665 660
Glu Glu Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Thr Lys 685 680 675
Lys lle Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn 5 700 695 690
Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu 720 715 710 705 10
Val GIn Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr 735 730 725
Glu Pro lle Arg Glu Trp Phe Lys Arg His Gin Asn Asp Ser Lys Glu 750 745 740
Tyr Glu Lys Val Glu Ala Leu Lys Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val 765 760 755 lle Pro Leu Phe Phe Lys Glu Glu Tyr Phe Lys Glu Asp Ala GIn Lys 780 775 770
Glu lle Asn Asn Cys Val 60 Pro Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn Val 0 800 795 790 785
Gly Asn lle His Lys Pro Asp Glu Lys Asp Phe Leu Pro Ser Glu Glu 815 810 805 15
Arg Lys Lys Leu Trp Gly Asp Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys 830 825 820
Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys Leu Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr 845 840 835
Arg Ser Tyr Leu Glu Phe GIn Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu 860 855 850
Arg Leu Val Arg Asn GIn Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu 880 875 870 865
Leu lle Asp Lys Met Lys Val Glu Gly Leu Asn Val Glu Glu Leu GIn 5 895 890 885
Lys Leu Arg Leu Lys Asp lle Asp Thr Asp Thr Ala Lys GIn Glu Lys
910 905 900
Asn Asn lle Leu Asn Arg lle Met Pro Met Gin Leu Pro Val Thr Val 925 920 915 5
Tyr Glu lle Asp Asp Ser His Asn lle Val Lys Asp Arg Pro Leu His 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Thr Lys Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965
Val Asp Thr Ser Ser Lys Ala Glu Leu Lys Asp Lys Pro lle Ser Lys 990 985 980
Ser Val Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gin Asn Ala Arg lle Glu 5 1005 1000 995
Thr lle Lys Asp Met Leu Leu Leu Glu Lys Thr Leu lle Lys Lys 1020 1015 1010 10
Tyr Glu Lys Leu Pro Thr Asp Asn Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly 1035 1030 1025
Trp Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ser Asp Lys Ala Arg Phe Gin Asn 1050 1045 1040
Asp Val Lys Leu Leu Val Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1065 1060 1055
Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg lle Ala Phe Ala Asn lle Asn Pro 1080 1075 1070
Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asp lle Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp 10 1095 1090 1085 lle Ala Asn GIn Leu Lys Asp Lys Thr His Lys lle lle Lys Lys 1110 1105 1100 15 lle lle Glu lle Glu Lys Pro lle Glu Thr Lys Glu 1125 1120 1115
505 <210> 1125 <211>
PRT <212> 5 >213< متوالية اصطناعية >220< ‎Prevotella pallens <223>‏ 505 <400>
Met Lys Glu Glu Glu Lys Gly Lys Thr Pro Val Val Ser Thr Tyr Asn 10 5 1 15
Lys Asp Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His 25 20
Asn Val Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys lle Leu Gly Glu Gly 45 40 35
Glu lle Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Asn Thr Leu Glu Lys Ser Trp Asn 60 55 50
Glu lle Lys Asp lle Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu lle lle 10 80 75 70 65
Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Val Thr Thr Tyr Gln Arg Asn Ser Ala 95 90 85 15
Asp Thr Thr Lys GIn Lys Glu Glu Lys Gin Ala Glu Ala 60 Ser Leu 110 105 100
Glu Ser Leu Lys Lys Ser Phe Phe Val Phe lle Tyr Lys Leu Arg Asp 125 120 115
Leu Arg Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg 140 135 130
Pro Lys Phe Glu Glu Asp Leu GIn Glu Lys Met Tyr Asn lle Phe Asp 160 155 150 145
Ala Ser lle Gin Leu Val Lys Glu Asp Tyr Lys His Asn Thr Asp lle 5 175 170 165
Lys Thr Glu Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Gly GIn Phe Lys
190 185 180
Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu 205 200 195 5
Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Val GIn 220 215 210
Lys Lys Leu Glu Gly Phe Lys Cys Ser Asn Glu Ser Tyr Gln Lys Met 240 235 230 225
Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 255 250 245
Leu GIn Ser Thr Gin Thr Gln Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn 270 265 260
Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Arg Glu Glu 5 285 280 275
Asp Arg Lys Lys Phe Arg Val Pro lle Glu lle Ala Asp Glu Asp Tyr 300 295 290 10
Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys Asn Ala Leu Val Arg His 60 Asp 320 315 310 305
Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe 335 330 325
Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle 350 345 340
Tyr Lys Lys Gin lle Gly Asp Tyr Lys Glu Ser His His Leu Thr His 365 360 355
Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle Gln Glu Phe Thr Lys Gln Asn Arg 0 380 375 370
Pro Asp Glu Trp Arg Lys Phe Val Lys Thr Phe Asn Ser Phe Glu Thr 400 395 390 385 15
Ser Lys Glu Pro Tyr lle Pro Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu 415 410 405
Asn Gin Lys lle Gly lle Arg Phe Arg Asn Asp Asn Asp Lys lle Trp 430 425 420
Pro Ser Leu Lys Thr Asn Ser Glu Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys 445 440 435
Leu Asp Lys Ser Phe GIn Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu 460 455 450
Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu Asn Thr Asp 5 480 475 470 465
Asn Asp Asn Glu lle Glu Thr Lys Lys Lys Glu Asn Lys Asn Asp Lys
495 490 485
GIn Glu Lys His Lys lle Glu Glu lle lle Glu Asn Lys lle Thr Glu 510 505 500 5 lle Tyr Ala Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Lys lle Asn Ser lle 525 520 515
Asp Lys Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Gly Lys Asp lle Glu lle Gly His 540 535 530
Leu Pro Lys GIn Met lle Ala lle Leu Lys Ser Glu His Lys Asp Met 560 555 550 545
Ala Thr Glu Ala Lys Arg Lys GIn Glu Glu Met Leu Ala Asp Val Gin 575 570 565
Lys Ser Leu Glu Ser Leu Asp Asn Gin lle Asn Glu Glu lle Glu Asn 5 590 585 580
Val Glu Arg Lys Asn Ser Ser Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala Ser Trp 605 600 595 10
Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val 60 Lys Asp Asn Glu 620 615 610
Gly Asn Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gin Met 640 635 630 625
Leu GIn Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg 655 650 645
Tyr Phe Arg GIn Val Asn Leu lle Glu Ser Ser Asn Pro His Pro Phe 670 665 660
Leu Asn Asn Thr Glu Trp Glu Lys Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe Tyr 0 685 680 675
Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys Pro 700 695 690 15
Glu Asp Trp Glu Lys Asn GIn Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro Lys 720 715 710 705
Thr Asn Cys Glu Thr Leu Val Gin Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu 735 730 725
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Pro lle Arg Lys Trp Phe Met Glu His 750 745 740
Arg Lys Asn lle Thr Val Ala Glu Leu Lys Arg Val Gly Leu Val Ala 765 760 755
Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Ser Glu Glu Tyr Lys Asp Ser Val GIn 5 780 775 770
Pro Phe Tyr Asn Tyr Leu Phe Asn Val Gly Asn lle Asn Lys Pro Asp
800 795 790 785
Glu Lys Asn Phe Leu Asn Cys Glu Glu Arg Arg Glu Leu Leu Arg Lys 815 810 805 5
Lys Lys Asp Glu Phe Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Asn 830 825 820
Pro Ser Tyr Leu Glu Phe Gin Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu 845 840 835
Arg Leu Val Arg Asn GIn Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Met Glu 860 855 850
Leu Phe Asn Lys Lys Lys lle Lys Glu Leu Asn Val Glu Lys lle Tyr 880 875 870 865
Leu Lys Asn lle Asn Thr Asn Thr Thr Lys Lys Glu Lys Asn Thr Glu 5 895 890 885
Glu Lys Asn Gly Glu Glu Lys lle lle Lys Glu Lys Asn Asn lle Leu 910 905 900 10
Asn Arg lle Met Pro Met Arg Leu Pro lle Lys Val Tyr Gly Arg Glu 925 920 915
Asn Phe Ser Lys Asn Lys Lys Lys Lys lle Arg Arg Asn Thr Phe Phe 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Lys Gly Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ala Leu Glu Arg Asp Arg Arg Leu Gly Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965
Val Lys Thr His Ser Lys Ala Glu Ser Lys Ser Asn Thr lle Ser Lys 0 990 985 980
Ser Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gin Lys Ala Arg lle Glu 1005 1000 995 15 lle lle Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Glu Thr Leu lle Asp Lys 1020 1015 1010
Tyr Asn Ser Leu Asp Thr Asp Asn Phe His Asn Met Leu Thr Gly 1035 1030 1025
Trp Leu Lys Leu Lys Asp Glu Pro Asp Lys Ala Ser Phe Gln Asn 1050 1045 1040
Asp Val Asp Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1065 1060 1055
GIn Tyr Pro Met Arg Asn Arg lle Ala Phe Ala Asn lle Asn Pro 5 1080 1075 1070
Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn Thr Ser Glu Glu Lys Gly Leu Gly
1095 1090 1085 lle Ala Asn GIn Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Thr lle Glu Lys 1110 1105 1100 5 lle lle Glu lle Glu Lys Pro lle Glu Thr Lys Glu 1125 1120 1115 506 <210> 1126 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220>
Prevotella intermedia <223>
506 <400>
Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser lle Arg Tyr Glu Leu Lys 15 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 30 25 20
Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys lle Leu Glu Glu Gly Glu lle 40 35
Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Thr Thr Leu Lys Asn Thr Trp Asn Glu lle 15 60 55 50
Lys Asp lle Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu lle lle Lys His
80 75 70 65
Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala Thr Tyr Arg Leu Asn Pro Thr Asp Thr 95 90 85 5
Thr Lys GIn Lys Glu Glu Lys GIn Ala Glu Ala Gin Ser Leu Glu Ser 110 105 100
Leu Arg Lys Ser Phe Phe Val Phe lle Tyr Lys Leu Arg Asp Leu Arg 125 120 115
Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg Pro Lys 140 135 130
Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn lle Phe Asn Ala Ser 160 155 150 145 lle Arg Leu Val Lys Glu Asp Tyr Gin Tyr Asn Lys Asp lle Asn Pro 5 175 170 165
Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr 190 185 180 10
Tyr Phe Thr Lys Asp Asn Glu Gly Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu 205 200 195
Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Met Gin 220 215 210
Gln Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn Arg Glu Asn Lys Lys Lys Met 240 235 230 225
Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 255 250 245
Leu GIn Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn 0 270 265 260
Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Arg Glu Glu 285 280 275 15
Asp Arg Glu Lys Phe Arg Val Pro lle Glu lle Ala Asp Glu Asp Tyr 300 295 290
Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His ‏ماى‎ Asp 320 315 310 305
Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe 335 330 325
Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle 350 345 340
Tyr Lys Lys GIn lle Gly Asp Tyr Lys Glu Ser His His Leu Thr His 15 365 360 355
Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle GIn Glu Phe Thr Lys Gin Asn Arg
380 375 370
Pro Asp Glu Trp Arg Lys Phe Val Lys Thr Phe Asn Ser Phe Glu Thr 400 395 390 385 5
Ser Lys Glu Pro Tyr lle Pro Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu 415 410 405
Asn Gin Lys lle Gly lle Arg Phe Arg Asn Asp Asn Asp Lys lle Trp 430 425 420
Pro Ser Leu Lys Thr Asn Ser Glu Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys 445 440 435
Leu Asp Lys Ser Phe GIn Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu 460 455 450
Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu Asn Thr Asp 5 480 475 470 465
Asn Asp Asn Glu lle Glu Thr Lys Lys Lys Glu Asn Lys Asn Asp Lys 495 490 485 10
GIn Glu Lys His Lys lle Glu Glu lle lle Glu Asn Lys lle Thr Glu 510 505 500 lle Tyr Ala Leu Tyr Asp Thr Phe Ala Asn Gly Glu lle Lys Ser lle 525 520 515
Asp Glu Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Gly Lys Asp lle Glu lle Gly His 540 535 530
Leu Pro Lys GIn Met lle Ala lle Leu Lys Asp Glu His Lys Val Met 560 555 550 545
Ala Thr Glu Ala Glu Arg Lys GIn Glu Glu Met Leu Val Asp Val GIn 0 575 570 565
Lys Ser Leu Glu Ser Leu Asp Asn GIn lle Asn Glu Glu lle Glu Asn 590 585 580 15
Val Glu Arg Lys Asn Ser Ser Leu Lys Ser Gly Lys lle Ala Ser Trp 605 600 595
Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Gin Lys Asp Asn Glu 620 615 610
Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Leu 640 635 630 625
Leu GIn Arg Thr Leu Ala Phe Phe Gly Ser Glu His Glu Arg Leu Ala 655 650 645
Pro Tyr Phe Lys 60 Thr Lys Leu lle Glu Ser Ser Asn Pro His Pro 5 670 665 660
Phe Leu Lys Asp Thr Glu Trp Glu Lys Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe
685 680 675
Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys 700 695 690 5
Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn Gin Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro 720 715 710 705
Lys Thr Lys Pro Lys Thr Leu Val 60 Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn 735 730 725
Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Pro lle Arg Lys Trp Phe Met Lys 750 745 740
His Arg Glu Asn lle Thr Val Ala Glu Leu Lys Arg Val Gly Leu Val 765 760 755
Ala Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Ser Glu Glu Tyr Lys Asp Ser Val 5 780 775 770
Gln Pro Phe Tyr Asn Tyr His Phe Asn Val Gly Asn lle Asn Lys Pro 800 795 790 785 10
Asp Glu Lys Asn Phe Leu Asn Cys Glu Glu Arg Arg Glu Leu Leu Arg 815 810 805
Lys Lys Lys Asp Glu Phe Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu 830 825 820
Asn Pro Ser Tyr Leu Glu Phe Lys Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu 845 840 835
Leu Arg Leu Val Arg Asn GIn Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Met 860 855 850
Glu Leu Phe Asn Lys Lys Lys lle Lys Glu Leu Asn Val Glu Lys lle 0 880 875 870 865
Tyr Leu Lys Asn lle Asn Thr Asn Thr Thr Lys Lys Glu Lys Asn Thr 895 890 885 15
Glu Glu Lys Asn Gly Glu Glu Lys Asn lle Lys Glu Lys Asn Asn lle 910 905 900
Leu Asn Arg lle Met Pro Met Arg Leu Pro lle Lys Val Tyr Gly Arg 925 920 915
Glu Asn Phe Ser Lys Asn Lys Lys Lys Lys lle Arg Arg Asn Thr Phe 940 935 930
Phe Thr Val Tyr lle Glu Glu Lys Gly Thr Lys Leu Leu Lys Gin Gly 960 955 950 945
Asn Phe Lys Ala Leu Glu Arg Asp Arg Arg Leu Gly Gly Leu Phe Ser 15 975 970 965
Phe Val Lys Thr Pro Ser Lys Ala Glu Ser Lys Ser Asn Thr lle Ser
990 985 980
Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr GIn Lys Ala Arg lle 1005 1000 995 5
Glu lle lle Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Lys Thr Leu lle Asp 1020 1015 1010
Lys Tyr Asn Ser Leu Asp Thr Asp Asn Phe Asn Lys Met Leu Thr 1035 1030 1025
Asp Trp Leu Glu Leu Lys Gly Glu Pro Asp Lys Ala Ser Phe Gin 1050 1045 1040
Asn Asp Val Asp Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His 1065 1060 1055
Asn GIn Tyr Pro Met Arg Asn Arg lle Ala Phe Ala Asn lle Asn 5 1080 1075 1070
Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn Thr Ser Glu Glu Lys Gly Leu 1095 1090 1085 10
Gly lle Ala Asn Gin Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Thr lle Glu 1110 1105 1100
Lys lle lle Glu lle Glu Lys Pro lle Glu Thr Lys Glu 1125 1120 1115
<210> 507 >211< 1127 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220>
Prevotella buccae <223> 507 <400> 10
Met GIn Lys GIn Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala lle 10 5 1 15
Phe Ala Phe Pro Lys Tyr lle Thr lle Met Glu Asn Lys Glu Lys Pro 25 20
Glu Pro lle Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 45 40 35
Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr lle Asn His lle Asn 5 60 55 50
Arg Arg Leu Glu lle Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 80 75 70 65 10 lle Lys Gly Ser Trp Asn Glu GIn Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 95 90 85
Arg Leu Arg Asp Leu lle Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 110 105 100
Ala Tyr Glu Met Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu Gin Arg 125 120 115
Glu Lys Glu 60 Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 140 135 130
Leu Phe lle Phe Leu Glu Lys Leu GIn Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 10 160 155 150 145
His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro lle Phe Glu Thr Ser 175 170 165 15
Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 190 185 180
Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn lle Asp Met Gin Arg Asp Phe 205 200 195
Thr His Leu Asn Arg Lys Lys GIn Val Gly Arg Thr Lys Asn lle lle 220 215 210
Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 240 235 230 225
Thr lle Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 15 255 250 245
Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg
270 265 260
Asn Leu Arg Glu GIn Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle 285 280 275 5
Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gin Thr Lys Asp Trp Met 300 295 290
GIn Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 320 315 310 305
Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 335 330 325 lle Phe Ser Asp Asp Tyr Asn Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 350 345 340
Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 5 365 360 355
Asp Leu Asn Glu lle Phe Glu GIn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly 380 375 370 10
Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Asn Lys Arg lle Gly Asp Glu Asp Glu 400 395 390 385
Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg lle Gln Asp 415 410 405
Phe Ala Pro Gin Asn Gin Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 430 425 420
Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr lle Ser Lys Thr Ala 445 440 435
Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys lle Gly lle Lys Phe Cys Ser 10 460 455 450
Ala His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu GIn Thr Asp Lys Thr Cys Asn 480 475 470 465 15
Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gin Phe Thr Ala Glu Ala Phe 495 490 485
Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 510 505 500
Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly lle 525 520 515 lle Arg Lys Glu lle Ser Asn lle Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala 540 535 530
Asn Asn Glu lle Asn Ser lle Ala Asp Leu Thr Arg Arg Leu Gln Asn 15 560 555 550 545
Thr Asn lle Leu GIn Gly His Leu Pro Lys Gln Met lle Ser lle Leu
575 570 565
Lys Gly Arg Gin Lys Asp Met Gly Lys Glu Ala Glu Arg Lys lle Gly 590 585 580 5
Glu Met lle Asp Asp Thr Gin Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gin 605 600 595
Thr Asn Gin Lys lle Arg lle Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 620 615 610
Ser Gly Lys lle Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe 0 640 635 630 625
Pro Val GIn Lys Asp GIn Asn Asn lle Pro lle Asn Asn Ser Lys Ala 655 650 645
Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu GIn Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly 5 670 665 660
Ser Glu Asn Phe Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Asn GIn Met Asn Leu Val 685 680 675 10
Gly Asn Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gin Trp Glu His 700 695 690
Gln Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 720 715 710 705
Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gin Asn Trp Lys Gin Tyr Gin His 735 730 725
Phe Leu lle Leu Lys Val GIn Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 750 745 740
Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr GIn Pro 0 765 760 755 lle Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg lle Tyr Asp 780 775 770 15 ‏ماك‎ lle Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala lle Pro 800 795 790 785
Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gin Pro Phe Tyr Asp 815 810 805
Tyr Pro Phe Asn lle Gly Asn Arg Leu Lys Pro Lys Lys Arg Gin Phe 830 825 820
Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp GIn Lys Asn Lys Glu Leu 845 840 835
Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Lys Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 15 860 855 850
Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu lle Lys
880 875 870 865
Asn GIn Asp lle Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Asn Met 895 890 885 5
Ala Thr Val Glu Gly Leu Lys lle Gly Glu lle His Leu Arg Asp lle 910 905 900
Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn lle Leu Asn Arg lle 925 920 915
Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 940 935 930
Asn lle Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr lle Glu Glu Thr 960 955 950 945
Glu Thr Lys Val Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 5 975 970 965
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp Leu Asn 990 985 980 10
Leu Glu Glu His Pro lle Ser Lys Leu Ser Val Asp Leu Glu Leu lle 1005 1000 995
Lys Tyr GIn Thr Thr Arg lle Ser lle Phe Glu Met Thr Leu Gly 1020 1015 1010
Leu Glu Lys Lys Leu lle Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 1035 1030 1025
Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu GIn Cys Lys Ala Asn 1050 1045 1040
Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu lle Ala Val Arg 0 1065 1060 1055
Asn Ala Phe Ser His Asn Gin Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1080 1075 1070 15
Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1095 1090 1085
Lys Lys lle Glu Leu Asn lle Ala Pro Gin Leu Leu Glu lle Val 1110 1105 1100
Gly Lys Ala lle Lys Glu lle Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1125 1120 1115 508 <210> 1127 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Prevotella buccae <223> 508 <400>
Met GIn Lys GIn Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala lle 15 10 5 1
Phe Ala Phe Pro Lys Tyr lle Thr lle Met Glu Asn Lys Glu Lys Pro 25 20
Glu Pro lle Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 10 40 35
Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr lle Asn His lle Asn 60 55 50 15
Arg Arg Leu Glu lle Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 80 75 70 65 lle Lys Gly Ser Trp Asn Glu GIn Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 95 90 85
Arg Leu Arg Asp Leu lle Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 110 105 100
Ala Tyr Glu Met Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu GIn Arg 125 120 115
Glu Lys Glu GIn Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 15 140 135 130
Leu Phe lle Phe Leu Glu Lys Leu GIn Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser
160 155 150 145
His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro lle Phe Glu Thr Ser 175 170 165 5
Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 190 185 180
Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn lle Asp Met Gin Arg Asp Phe 205 200 195
Thr His Leu Asn Arg Lys Lys GIn Val Gly Arg Thr Lys Asn lle lle 220 215 210
Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 240 235 230 225
Thr lle Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 5 255 250 245
Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 270 265 260 10
Asn Leu Arg Glu GIn Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle 285 280 275
Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gin Thr Lys Asp Trp Met 300 295 290
GIn Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 320 315 310 305
Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 335 330 325 lle Phe Ser Asp Asp Tyr Asn Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 0 350 345 340
Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 365 360 355 15
Asp Leu Asn Glu lle Phe Glu GIn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly 380 375 370
Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Asn Lys Arg lle Gly Asp Glu Asp Glu 400 395 390 385
Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg lle Gln Asp 415 410 405
Phe Ala Pro Gin Asn GIn Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 430 425 420
Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr lle Ser Lys Thr Ala 15 445 440 435
Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys lle Gly lle Lys Phe Cys Ser
460 455 450
Ala His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu GIn Thr Asp Lys Thr Cys Asn 480 475 470 465 5
Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gin Phe Thr Ala Glu Ala Phe 495 490 485
Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 510 505 500
Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly lle 525 520 515 lle Arg Lys Glu lle Ser Asn lle Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala 540 535 530
Asn Asn Glu lle Asn Ser lle Ala Asp Leu Thr Arg Arg Leu GIn Asn 5 560 555 550 545
Thr Asn lle Leu GIn Gly His Leu Pro Lys Gln Met lle Ser lle Leu 575 570 565 10
Lys Gly Arg Gin Lys Asp Met Gly Lys Glu Ala Glu Arg Lys lle Gly 590 585 580
Glu Met lle Asp Asp Thr Gin Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gin 605 600 595
Thr Asn Gin Lys lle Arg lle Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 620 615 610
Ser Gly Lys lle Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe 0 640 635 630 625
Pro Val GIn Lys Asp GIn Asn Asn lle Pro lle Asn Asn Ser Lys Ala 0 655 650 645
Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu GIn Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly 670 665 660 15
Ser Glu Asn Phe Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Asn GIn Met Asn Leu Val 685 680 675
Gly Asn Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gin Trp Glu His 700 695 690
Gln Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 720 715 710 705
Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gin Asn Trp Lys Gin Tyr Gin His 735 730 725
Phe Leu lle Leu Lys Val 60 Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 5 750 745 740
Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Gin Pro
765 760 755 lle Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg lle Tyr Asp 780 775 770 5 ‏ماك‎ lle Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala lle Pro 800 795 790 785
Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gin Pro Phe Tyr Asp 815 810 805
Tyr Pro Phe Asn lle Gly Asn Arg Leu Lys Pro Lys Lys Arg Gin Phe 830 825 820
Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp Gin Lys Asn Lys Glu Leu 845 840 835
Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Lys Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 5 860 855 850
Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu lle Lys 880 875 870 865 10
Asn Gin Asp lle Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Asn Met 895 890 885
Ala Thr Val Glu Gly Leu Lys lle Gly Glu lle His Leu Arg Asp lle 910 905 900
Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn lle Leu Asn Arg lle 925 920 915
Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 940 935 930
Asn lle Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr lle Glu Glu Thr 0 960 955 950 945
Glu Thr Lys Val Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 975 970 965 15
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp Leu Asn 990 985 980
Leu Glu Glu His Pro lle Ser Lys Leu Ser Val Asp Leu Glu Leu lle 1005 1000 995
Lys Tyr GIn Thr Thr Arg lle Ser lle Phe Glu Met Thr Leu Gly 1020 1015 1010
Leu Glu Lys Lys Leu lle Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 1035 1030 1025
Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu GIn Cys Lys Ala Asn 5 1050 1045 1040
Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu lle Ala Val Arg
1065 1060 1055
Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1080 1075 1070 5
Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1095 1090 1085
Lys Lys lle Glu Leu Asn lle Ala Pro Gln Leu Leu Glu lle Val 1110 1105 1100
Gly Lys Ala lle Lys Glu lle Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1125 1120 1115
>210< 509 >211< 1127 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220>
Prevotella buccae <223> 509 <400>
Met GIn Lys GIn Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala lle 10 5 1
Phe Ala Phe Pro Lys Tyr lle Thr lle Met Glu Asn Lys Glu Lys Pro 5 25 20
Glu Pro lle Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe
45 40 35
Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr lle Asn His lle Asn 60 55 50 5
Arg Arg Leu Glu lle Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 80 75 70 65 lle Lys Gly Ser Trp Asn Glu GIn Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 95 90 85
Arg Leu Arg Asp Leu lle Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 110 105 100
Ala Tyr Glu Met Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu Gin Arg 125 120 115
Glu Lys Glu GIn Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 5 140 135 130
Leu Phe lle Phe Leu Glu Lys Leu GIn Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 160 155 150 145 10
His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro lle Phe Glu Thr Ser 175 170 165
Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 190 185 180
Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn lle Asp Met Gin Arg Asp Phe 205 200 195
Thr His Leu Asn Arg Lys Lys GIn Val Gly Arg Thr Lys Asn lle lle 220 215 210
Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 0 240 235 230 225
Thr lle Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 255 250 245 15
Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 270 265 260
Asn Leu Arg Glu GIn Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle 285 280 275
Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gin Thr Lys Asp Trp Met 300 295 290
GIn Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 320 315 310 305
Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 15 335 330 325 lle Phe Ser Asp Asp Tyr Asn Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr
350 345 340
Leu Val Arg His ‏ماى‎ Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 365 360 355 5
Asp Leu Asn Glu lle Phe Glu GIn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly 380 375 370
Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Asn Lys Arg lle Gly Asp Glu Asp Glu 400 395 390 385
Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg lle Gln Asp 415 410 405
Phe Ala Pro Gin Asn Gin Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 430 425 420
Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr lle Ser Lys Thr Ala 5 445 440 435
Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys lle Gly lle Lys Phe Cys Ser 460 455 450 10
Ala His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu GIn Thr Asp Lys Thr Cys Asn 480 475 470 465
Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gin Phe Thr Ala Glu Ala Phe 495 490 485
Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 510 505 500
Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly lle 525 520 515 lle Arg Lys Glu lle Ser Asn lle Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala 0 540 535 530
Asn Asn Glu lle Asn Ser lle Ala Asp Leu Thr Arg Arg Leu GIn Asn 560 555 550 545 15
Thr Asn lle Leu GIn Gly His Leu Pro Lys Gln Met lle Ser lle Leu 575 570 565
Lys Gly Arg Gin Lys Asp Met Gly Lys Glu Ala Glu Arg Lys lle Gly 590 585 580
Glu Met lle Asp Asp Thr Gin Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gin 605 600 595
Thr Asn Gin Lys lle Arg lle Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 620 615 610
Ser Gly Lys lle Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe GIn 5 640 635 630 625
Pro Val GIn Lys Asp GIn Asn Asn lle Pro lle Asn Asn Ser Lys Ala
655 650 645
Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu GIn Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly 670 665 660 5
Ser Glu Asn Phe Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Asn GIn Met Asn Leu Val 685 680 675
Gly Asn Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gin Trp Glu His 700 695 690
Gln Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 720 715 710 705
Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gin Asn Trp Lys GIn Tyr ‏هاي‎ His 735 730 725
Phe Leu lle Leu Lys Val 60 Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 5 750 745 740
Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Gin Pro 765 760 755 10 lle Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg lle Tyr Asp 780 775 770 ‏ماك‎ lle Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala lle Pro 800 795 790 785
Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gin Pro Phe Tyr Asp 815 810 805
Tyr Pro Phe Asn lle Gly Asn Arg Leu Lys Pro Lys Lys Arg Gin Phe 830 825 820
Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp GIn Lys Asn Lys Glu Leu 0 845 840 835
Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Lys Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 860 855 850 15
Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu lle Lys 880 875 870 865
Asn GIn Asp lle Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Asn Met 895 890 885
Ala Thr Val Glu Gly Leu Lys lle Gly Glu lle His Leu Arg Asp lle 910 905 900
Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn lle Leu Asn Arg lle 925 920 915
Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 15 940 935 930
Asn lle Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr lle Glu Glu Thr
960 955 950 945
Glu Thr Lys Val Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 975 970 965 5
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp Leu Asn 990 985 980
Leu Glu Glu His Pro lle Ser Lys Leu Ser Val Asp Leu Glu Leu lle 1005 1000 995
Lys Tyr GIn Thr Thr Arg lle Ser lle Phe Glu Met Thr Leu Gly 1020 1015 1010
Leu Glu Lys Lys Leu lle Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 1035 1030 1025
Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu Gln Cys Lys Ala Asn 5 1050 1045 1040
Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu lle Ala Val Arg 1065 1060 1055 10
Asn Ala Phe Ser His Asn Gin Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1080 1075 1070
Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1095 1090 1085
Lys Lys lle Glu Leu Asn lle Ala Pro Gin Leu Leu Glu lle Val 1110 1105 1100
Gly Lys Ala lle Lys Glu lle Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1125 1120 1115 510 <210> 10 1127 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
Prevotella sp. MSX73 <223> 510 <400>
Met GIn Lys GIn Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala lle 10 5 1
Phe Ala Phe Pro Lys Tyr lle Thr lle Met Glu Asn Gin Glu Lys Pro 5 25 20
Glu Pro lle Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 40 35 10
Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr lle Asn His lle Asn 60 55 50 15
Arg Arg Leu Glu lle Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 80 75 70 65 lle Lys Gly Ser Trp Asn Glu GIn Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 95 90 85
Arg Leu Arg Asp Leu lle Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 110 105 100
Ala Tyr Glu lle Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu Gin Arg 0 125 120 115
Glu Lys Glu 60 Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 140 135 130 15
Leu Phe lle Phe Leu Glu Lys Leu GIn Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 160 155 150 145
His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro lle Phe Glu Thr Ser 175 170 165
Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 190 185 180
Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn lle Asp Met Gin Arg Asp Phe 205 200 195
Thr His Leu Asn Arg Lys Lys GIn Val Gly Arg Thr Lys Asn lle lle 5 220 215 210
Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met
240 235 230 225
Thr lle Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 255 250 245 5
Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 270 265 260
Asn Leu Arg Glu GIn Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle 285 280 275
Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gin Thr Lys Asp Trp Met 300 295 290
GIn Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 320 315 310 305
Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 5 335 330 325 lle Phe Ser Asp Asp Tyr Asp Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 350 345 340 10
Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 365 360 355
Asp Leu Asn Glu lle Phe Glu GIn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly 380 375 370
Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Asn Lys Arg lle Gly Asp Glu Asp Glu 400 395 390 385
Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg lle Gln Asp 415 410 405
Phe Ala Pro Gln Asn GIn Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 10 430 425 420
Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr lle Ser Lys Thr Ala 445 440 435 15
Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys lle Gly lle Lys Phe Cys Ser 460 455 450
Thr His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu Lys Arg Glu Lys Thr Cys Asn 480 475 470 465
Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gin Phe Thr Ala Glu Ala Phe 495 490 485
Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 510 505 500
Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly lle 15 525 520 515 lle Arg Lys Glu lle Ser Asn lle Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala
540 535 530
Asn Asn Glu lle Asn Ser lle Ala Asp Leu Thr Cys Arg Leu GIn Lys 560 555 550 545 5
Thr Asn lle Leu GIn Gly His Leu Pro Lys Gln Met lle Ser lle Leu 575 570 565
Glu Gly Arg GIn Lys Asp Met Glu Lys Glu Ala Glu Arg Lys lle Gly 590 585 580
Glu Met lle Asp Asp Thr Gin Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gin 605 600 595
Thr Asn Gin Lys lle Arg lle Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 620 615 610
Ser Gly Lys lle Ala Asp Trp Leu Val Ser Asp Met Met Arg Phe GIn 5 640 635 630 625
Pro Val GIn Lys Asp Thr Asn Asn Ala Pro lle Asn Asn Ser Lys Ala 655 650 645 10
Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu GIn His Ala Leu Ala Leu Phe Gly 670 665 660
Ser Glu Ser Ser Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Val 685 680 675
Gly Asn Ala Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gin Trp Glu His 700 695 690
Gln Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 720 715 710 705
Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gln Asn Trp Lys GIn Tyr ‏ماه‎ His 0 735 730 725
Phe Leu lle Leu Lys Val Gin Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 750 745 740 15
Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Gin Pro 765 760 755 lle Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg lle Tyr Asp 780 775 770 ‏ماك‎ lle Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala lle Pro 800 795 790 785
Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gin Pro Phe Tyr Asp 815 810 805
Tyr Pro Phe Asn lle Gly Asn Lys Leu Lys Pro Gin Lys Gly Gin Phe 5 830 825 820
Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp Gin Lys Asn Lys Glu Leu
845 840 835
Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Asn Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 860 855 850 5
Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu lle Lys 880 875 870 865
Asn Gin Asp lle Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Lys Thr 895 890 885
Thr Thr Val Glu Gly Leu Lys lle Gly Glu lle His Leu Arg Asp lle 910 905 900
Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn lle Leu Asn Arg lle 925 920 915
Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 5 940 935 930
Asn lle Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr lle Glu Glu Thr 960 955 950 945 10
Glu Thr Lys Val Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Val Leu Ala Lys Asp 975 970 965
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Leu Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp lle Asp 990 985 980
Leu Glu Lys Asn Pro lle Thr Lys Leu Ser Val Asp Tyr Glu Leu lle 1005 1000 995
Lys Tyr GIn Thr Thr Arg lle Ser lle Phe Glu Met Thr Leu Gly 1020 1015 1010
Leu Glu Lys Lys Leu lle Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 10 1035 1030 1025
Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu Gin Cys Lys Ala Asn 1050 1045 1040 15
Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu lle Ala Val Arg 1065 1060 1055
Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1080 1075 1070
Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1095 1090 1085
Lys Lys lle Glu Leu Asn lle Ala Pro Gln Leu Leu Glu lle Val 1110 1105 1100
Gly Lys Ala lle Lys Glu lle Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 5 1125 1120 1115 511 <210>
1131 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
Phaeodactylibacter xiamenensis <223> 511 <400>
Met Thr Asn Thr Pro Lys Arg Arg Thr Leu His Arg His Pro Ser Tyr 10 10 5 1
Phe Gly Ala Phe Leu Asn lle Ala Arg His Asn Ala Phe Met lle Met 25 20 15
Glu His Leu Ser Thr Lys Tyr Asp Met Glu Asp Lys Asn Thr Leu Asp 40 35
Glu Ala GIn Leu Pro Asn Ala Lys Leu Phe Gly Cys Leu Lys Lys Arg 60 55 50
Tyr Gly Lys Pro Asp Val Thr Glu Gly Val Ser Arg Asp Leu Arg Arg 80 75 70 65
Tyr Phe Pro Phe Leu Asn Tyr Pro Leu Phe Leu His Leu Glu Lys Gin 95 90 85 ‏دا‎ Asn Ala Glu GIn Ala Ala Thr Tyr Asp lle Asn Pro Glu Asp lle 5 110 105 100
Glu Phe Thr Leu Lys Gly Phe Phe Arg Leu Leu Asn GIn Met Arg Asn
125 120 115
Asn Tyr Ser His Tyr lle Ser Asn Thr Asp Tyr Gly Lys Phe Asp Lys 140 135 130 5
Leu Pro Val 60 Asp lle Tyr Glu Ala Ala lle Phe Arg Leu Leu Asp 160 155 150 145
Arg Gly Lys His Thr Lys Arg Phe Asp Val Phe Glu Ser Lys His Thr 175 170 165
Arg His Leu Glu Ser Asn Asn Ser Glu Tyr Arg Pro Arg Ser Leu Ala 190 185 180
Asn Ser Pro Asp His Glu Asn Thr Val Ala Phe Val Thr Cys Leu Phe 205 200 195
Leu Glu Arg Lys Tyr Ala Phe Pro Phe Leu Ser Arg Leu Asp Cys Phe 5 220 215 210
Arg Ser Thr Asn Asp Ala Ala Glu Gly Asp Pro Leu lle Arg Lys Ala 240 235 230 225 0
Ser His Glu Cys Tyr Thr Met Phe Cys Cys Arg Leu Pro GIn Pro Lys 255 250 245
Leu Glu Ser Ser Asp lle Leu Leu Asp Met Val Asn Glu Leu Gly Arg 270 265 260
Cys Pro Ser Ala Leu Tyr Asn Leu Leu Ser Glu Glu Asp GIn Ala Arg 285 280 275
Phe His lle Lys Arg Glu Glu lle Thr Gly Phe Glu Glu Asp Pro Asp 300 295 290
Glu Glu Leu Glu GIn Glu lle Val Leu Lys Arg His Ser Asp Arg Phe 0 320 315 310 305
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Asp Thr Glu Ala Phe Gin Thr 335 330 325 15
Leu Arg Phe Asp Val Tyr Leu Gly Arg Trp Arg Thr Lys Pro Val Tyr 350 345 340
Lys Lys Arg lle Tyr Gly Gln Glu Arg Asp Arg Val Leu Thr Gin Ser 365 360 355 lle Arg Thr Phe Thr Arg Leu Ser Arg Leu Leu Pro lle Tyr Glu Asn 380 375 370
Val Lys His Asp Ala Val Arg GIn Asn Glu Glu Asp Gly Lys Leu Val 400 395 390 385
Asn Pro Asp Val Thr Ser GIn Phe His Lys Ser Trp lle Gln lle Glu 5 415 410 405
Ser Asp Asp Arg Ala Phe Leu Ser Asp Arg lle Glu His Phe Ser Pro
430 425 420
His Tyr Asn Phe Gly Asp GIn Val lle Gly Leu Lys Phe lle Asn Pro 445 440 435 5
Asp Arg Tyr Ala Ala lle Gln Asn Val Phe Pro Lys Leu Pro Gly Glu 460 455 450
Glu Lys Lys Asp Lys Asp Ala Lys Leu Val Asn Glu Thr Ala Asp Ala 480 475 470 465 lle lle Ser Thr His Glu lle Arg Ser Leu Phe Leu Tyr His Tyr Leu 495 490 485
Ser Lys Lys Pro lle Ser Ala Gly Asp Glu Arg Arg Phe lle Gin Val 510 505 500
Asp Thr Glu Thr Phe lle Lys GIn Tyr lle Asp Thr lle Lys Leu Phe 5 525 520 515
Phe Glu Asp lle Lys Ser Gly Glu Leu GIn Pro lle Ala Asp Pro Pro 540 535 530 10
Asn Tyr Gln Lys Asn Glu Pro Leu Pro Tyr Val Arg Gly Asp Lys Glu 560 555 550 545
Lys Thr Gin Glu Glu Arg Ala Gin Tyr Arg Glu Arg Gin Lys Glu lle 575 570 565
Lys Glu Arg Arg Lys Glu Leu Asn Thr Leu Leu GIn Asn Arg Tyr Gly 590 585 580
Leu Ser lle GIn Tyr lle Pro Ser Arg Leu Arg Glu Tyr Leu Leu Gly 605 600 595
Tyr Lys Lys Val Pro Tyr Glu Lys Leu Ala Leu GIn Lys Leu Arg Ala 10 620 615 610 ‏داك‎ Arg Lys Glu Val Lys Lys Arg lle Lys Asp lle Glu Lys Met Arg 640 635 630 625 15
Thr Pro Arg Val Gly Glu Gin Ala Thr Trp Leu Ala Glu Asp lle Val 655 650 645
Phe Leu Thr Pro Pro Lys Met His Thr Pro Glu Arg Lys Thr Thr Lys 670 665 660
His Pro GIn Lys Leu Asn Asn Asp Gin Phe Arg lle Met 60 Ser Ser 685 680 675
Leu Ala Tyr Phe Ser Val Asn Lys Lys Ala lle Lys Lys Phe Phe 0 700 695 690
Lys Glu Thr Gly lle Gly Leu Ser Asn Arg Glu Thr Ser His Pro Phe 15 720 715 710 705
Leu Tyr Arg lle Asp Val Gly Arg Cys Arg Gly lle Leu Asp Phe Tyr
735 730 725
Thr Gly Tyr Leu Lys Tyr Lys Met Asp Trp Leu Asp Asp Ala lle Lys 750 745 740 5
Lys Val Asp Asn Arg Lys His Gly Lys Lys Glu Ala Lys Lys Tyr Glu 765 760 755
Lys Tyr Leu Pro Ser Ser lle Gln His Lys Thr Pro Leu Glu Leu Asp 780 775 770
Tyr Thr Arg Leu Pro Val Tyr Leu Pro Arg Gly Leu Phe Lys Lys Ala 800 795 790 785 lle Val Lys Ala Leu Ala Ala His Ala Asp Phe Gin Val Glu Pro Glu 815 810 805
Glu Asp Asn Val lle Phe Cys Leu Asp GIn Leu Leu Asp Gly Asp Thr 5 830 825 820
Gln Asp Phe Tyr Asn Trp Gin Arg Tyr Tyr Arg Ser Ala Leu Thr Glu 845 840 835 10
Lys Glu Thr Asp Asn 60 Leu Val Leu Ala His Pro Tyr Ala Glu Gin 860 855 850 lle Leu Gly Thr lle Lys Thr Leu Glu Gly Lys GIn Lys Asn Asn Lys 880 875 870 865
Leu Gly Asn Lys Ala Lys GIn Lys lle Lys Asp Glu Leu lle Asp Leu 895 890 885
Lys Arg Ala Lys Arg Arg Leu Leu Asp Arg Glu Gin Tyr Leu Arg Ala 910 905 900
Val Gin Ala Glu Asp Arg Ala Leu Trp Leu Met lle Gin Glu Arg GIn 0 925 920 915
Lys Gin Lys Ala Glu His Glu Glu lle Ala Phe Asp Gin Leu Asp Leu 940 935 930 15
Lys Asn lle Thr Lys lle Leu Thr Glu Ser lle Asp Ala Arg Leu Arg 960 955 950 945 lle Pro Asp Thr Lys Val Asp lle Thr Asp Lys Leu Pro Leu Arg Arg 975 970 965
Tyr Gly Asp Leu Arg Arg Val Ala Lys Asp Arg Arg Leu Val Asn Leu 990 985 980
Ala Ser Tyr Tyr His Val Ala Gly Leu Ser Glu lle Pro Tyr Asp Leu 1005 1000 995
Val Lys Lys Glu Leu Glu Glu Tyr Asp Arg Arg Arg Val Ala Phe 15 1020 1015 1010
Phe Glu His Val Tyr Gln Phe Glu Lys Glu Val Tyr Asp Arg Tyr
1035 1030 1025
Ala Ala Glu Leu Arg Asn Glu Asn Pro Lys Gly Glu Ser Thr Tyr 1050 1045 1040 5
Phe Ser His Trp Glu Tyr Val Ala Val Ala Val Lys His Ser Ala 1065 1060 1055
Asp Thr His Phe Asn Glu Leu Phe Lys Glu Lys Val Met Gin Leu 1080 1075 1070
Arg Asn Lys Phe His His Asn Glu Phe Pro Tyr Phe Asp Trp Leu 1095 1090 1085
Leu Pro Glu Val Glu Lys Ala Ser Ala Ala Leu Tyr Ala Asp Arg 1110 1105 1100
Val Phe Asp Val Ala Glu Gly Tyr Tyr Gin Lys Met Arg Lys Leu 5 1125 1120 1115
Met Arg 0 1130 10 512 <210> 1132 <211>
PRT <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Prevotella intermedia <223>
512 >400<
Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Lys Glu Ser Thr Asn Met Leu Asp Asn 15 10 5 1 5
Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr 30 25 20 lle Thr Val Asn His lle Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn Lys Lys 45 40 35
Asp GIn Asp lle lle lle Asp Asn Asp Gin Asp lle Leu Ala lle Lys 60 55 50
Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu Arg Leu 80 75 70 65
Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala lle Tyr 5 95 90 85
Thr Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Gln Glu Lys GIn Ala 110 105 100 10
Lys Ala GIn Ser Phe Asp Ser Leu Lys His Cys Leu Phe Leu Phe Leu 125 120 115
Glu Lys Leu GIn Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr Ser 140 135 130
Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Lys Glu Leu Leu Lys Lys Met 160 155 150 145
Tyr Asn lle Phe Asp Asp Asn lle Gin Leu Val lle Lys Asp Tyr GIn 175 170 165
His Asn Lys Asp lle Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg 0 190 185 180
Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Thr Asn Lys Lys Gly Asn 205 200 195 15 lle Thr Ala Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys 220 215 210
Lys Asp Ala lle Trp Met Gin GIn Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn 240 235 230 225
Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg 255 250 245
Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gin Thr Gln Asp Trp 270 265 260 lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu 15 285 280 275
Tyr Glu Arg Leu GIn Gly Glu Tyr Arg Lys Lys Phe Asn Val Pro Phe
300 295 290
Asp Ser Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gin Glu Pro Phe Lys Asn 320 315 310 305 5
Thr Leu Val Arg His GIn Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr 335 330 325
Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu 350 345 340
Gly Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Lys Lys Leu lle Gly Gly GIn Lys 365 360 355
Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle Gin 380 375 370
Glu Phe Ala Lys GIn Asn Arg Thr Asp Glu Trp Lys Ala lle Val Lys 5 400 395 390 385
Asp Phe Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Glu Glu Pro Tyr lle Ser Glu Thr 415 410 405 10
Ala Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gin Lys lle Gly lle Arg Phe Arg 430 425 420
Asn Asp Asn Asp Glu lle Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu Asn 445 440 435
Asn Glu Lys Arg Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Gln Tyr Gln Ala Glu Ala 460 455 450
Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu 480 475 470 465
Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser lle Val 10 495 490 485
Glu Gly Phe lle Lys Arg Glu lle Arg Asp lle Tyr Lys Leu Tyr Asp 510 505 500 15
Ala Phe Ala Asn Gly Glu lle Asn Asn lle Asp Asp Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Cys Glu Asp Lys Gly lle Pro Lys Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val 540 535 530
Ala lle Leu Tyr Asp Glu His Lys Asp Met Ala Glu Glu Ala Lys Arg 560 555 550 545
Lys GIn Lys Glu Met Val Lys Asp Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu 575 570 565
Glu Lys GIn Thr Gln Gly Glu lle Glu Asp Gly Gly Arg Asn lle Arg 5 590 585 580
Leu Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met
605 600 595
Arg Phe Gin Pro Val Gin Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu Asn Asn 620 615 610 5
Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gin Met Leu GIn Arg Ser Leu Ala 640 635 630 625
Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gin Val Asn 655 650 645
Leu lle Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp 670 665 660
Glu Glu Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu Thr Lys 685 680 675
Lys lle Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn 5 700 695 690
Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu 720 715 710 705 10
Val GIn Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr 735 730 725
Glu Pro lle Arg Glu Trp Phe Lys Arg His GIn Asn Asp Ser Glu Glu 750 745 740
Tyr Glu Lys Val Glu Thr Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val 765 760 755 lle Pro Leu Phe Phe Lys Lys Glu Asp Ser Lys Asp Lys Glu Glu Tyr 780 775 770
Leu Lys Lys Asp Ala GIn Lys Glu lle ‏صفح‎ Asn Cys Val Gin Pro Phe 0 800 795 790 785
Tyr Gly Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn lle His Lys Pro Asp Glu Lys 815 810 805 15
Asp Phe Leu Pro Ser Glu Glu Arg Lys Lys Leu Trp Gly Asp Lys Lys 830 825 820
Tyr Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys Leu Thr 845 840 835
Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Phe GIn Ser Trp 860 855 850
Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn GIn Asp lle Val 880 875 870 865
Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu lle Asp Lys Leu Lys Val Glu Gly 15 895 890 885
Leu Asn Val Glu Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp lle Asp Thr
910 905 900
Asp Thr Ala Lys GIn Glu Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg Val Met Pro 925 920 915 5
Met GIn Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu lle Asp Asp Ser His Asn lle 940 935 930
Val Lys Asp Arg Pro Leu His Thr Val Tyr lle Glu Glu Thr Lys Thr 960 955 950 945
Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg 975 970 965
Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Ser Ser Glu Thr Glu Leu 990 985 980
Lys Ser Asn Pro lle Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu 5 1005 1000 995
Tyr GIn Asn Ala Arg lle Glu Thr lle Lys Asp Met Leu Leu Leu 1020 1015 1010 10
Glu Glu Thr Leu lle Glu Lys Tyr Lys Thr Leu Pro Thr Asp Asn 1035 1030 1025
Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly Trp Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ala 1050 1045 1040
Asp Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp Val Lys Leu Leu Val Ala Val 1065 1060 1055
Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr Pro Met Arg Asn Arg lle 1080 1075 1070
Ala Phe Ala Asn lle Asn Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asp Thr 10 1095 1090 1085
Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp lle Ala Asn GIn Leu Lys Asp Lys 1110 1105 1100 15
Thr His Lys lle lle Lys Arg lle lle Glu lle Glu Lys Pro lle 1125 1120 1115
Glu Thr Lys Glu 1130 513 <210> 1133 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 0 <220>
Prevotella intermedia <223> 513 <400> 15
Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser lle Ser Tyr Glu Leu Lys 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 30 25 20
Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn Lys 40 35
Lys Asp GIn Asp lle lle lle Asp Asn Asp GIn Asp lle Leu Ala lle 0 60 55 50
Lys Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu Arg 80 75 70 65 15
Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala lle 95 90 85
Tyr Ser Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys ‏ناي‎ Glu Lys 0 110 105 100
Ala Lys Ala GIn Ser Phe Asp Ser Leu Lys His Cys Leu Phe Leu Phe 125 120 115
Leu Glu Lys Leu GIn Glu Thr Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr 140 135 130
Ser Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Lys Glu Leu Leu Lys Lys 5 160 155 150 145
Met Tyr Asn lle Phe Asp Asp Asn lle Gin Leu Val lle Lys Asp Tyr
175 170 165 ‏ماك‎ His Asn Lys Asp lle Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp 190 185 180 5
Arg Thr Glu Glu Asp Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Arg Asn Lys Lys Gly 205 200 195
Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu 220 215 210
Lys Lys Asp Ala lle Trp Met Gin Gin Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp 240 235 230 225
Asn Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser 255 250 245
Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr ‏ماي‎ Thr GIn Asp 5 270 265 260
Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser 285 280 275 10
Leu Tyr Glu Arg Leu Gin Gly Glu Asp Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro 300 295 290
Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys 320 315 310 305
Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg 335 330 325
Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp 350 345 340
Leu Gly Thr Phe His Phe Ser lle Tyr Lys Lys Leu lle Gly Gly GIn 0 365 360 355
Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle 380 375 370 15
GIn Glu Phe Ala Lys Glin Asn Arg Pro Asp Glu Trp Lys Ala lle Val 400 395 390 385
Lys Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Asn Glu Arg Tyr lle Ser Glu 415 410 405
Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gin Lys lle Gly lle Arg Phe 430 425 420
Arg Asn Asp Asn Asp Glu lle Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu 445 440 435
Asn Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys Leu Asp Lys GIn Tyr Gln Ala Glu 5 460 455 450
Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu
480 475 470 465
Leu Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser lle 495 490 485 5
Val Glu Gly Phe lle Lys Arg Glu lle Arg Asp Met Tyr Lys Leu Tyr 510 505 500
Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu lle Asn Asn lle Asp Asp Leu Glu Lys 525 520 515
Tyr Cys Glu Asp Lys Gly lle Pro Lys Arg His Leu Pro Lys 60 Met 540 535 530
Val Ala lle Leu Tyr Asp Glu His Lys Asp Met Val Lys Glu Ala Lys 560 555 550 545
Arg Lys GIn Arg Lys Met Val Lys Asp Thr Glu Lys Leu Leu Ala Ala 5 575 570 565
Leu Glu Lys GIn Thr GIn Glu Lys Thr Glu Asp Gly Gly Arg Asn lle 590 585 580 10
Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met 605 600 595
Met Arg Phe GIn Pro Val Gin Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu Asn 620 615 610
Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met Leu 6٠0 Arg Ser Leu 640 635 630 625
Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gin Val 655 650 645
Asn Leu lle Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys 0 670 665 660
Trp Glu Glu Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu Thr 685 680 675 15
Lys Lys lle Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu Lys 700 695 690
Asn GIn Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr 720 715 710 705
Leu Val 60 Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe 735 730 725
Thr Glu Pro lle Arg Glu Trp Phe Lys Arg His Gin Asn Asp Ser Lys 750 745 740
Glu Tyr Glu Lys Val Glu Ala Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Thr Lys 15 765 760 755
Val lle Pro Leu Phe Phe Lys Lys Glu Asp Ser Lys Asp Lys Glu Glu
780 775 770
Asp Leu Lys Lys Asp Ala Gin Lys Glu lle Asn Asn Cys Val 60 Pro 800 795 790 785 5
Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn lle His Lys Pro Asp Glu 815 810 805
Lys Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg lle Glu Leu Trp Asp Lys Lys 830 825 820
Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys Leu 845 840 835
Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Phe GIn Ser 860 855 850
Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn GIn Asp lle 5 880 875 870 865
Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu lle Asp Lys Leu Lys Val Glu 895 890 885 10
Gly Leu Asn Val Glu Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp lle Asp 910 905 900
Thr Asp Thr Ala Lys GIn Glu Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg Val Met 925 920 915
Pro Met GIn Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu lle Asp Asp Ser His Asn 940 935 930 lle Val Lys Asp Arg Pro Leu His Thr Val Tyr lle Glu Glu Thr Lys 960 955 950 945
Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg 0 975 970 965
Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Ser Ser Glu Ala Glu 990 985 980 15
Leu Lys Ser Asn Pro lle Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu Gly 1005 1000 995
Glu Tyr GIn Asn Ala Arg lle Glu Thr lle Lys Asp Met Leu Leu 1020 1015 1010
Leu Glu Glu Thr Leu lle Glu Lys Tyr Lys Asn Leu Pro Thr Asp 1035 1030 1025
Asn Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly Trp Leu Glu Gly Lys Asp Glu 1050 1045 1040
Ala Asp Lys Ala Arg Phe GIn Asn Asp Val Lys Leu Leu Val Ala 5 1065 1060 1055
Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr Pro Met Arg Asn Arg
1080 1075 1070 lle Ala Phe Ala Asn lle Asn Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asp 1095 1090 1085 5
Thr Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp lle Ala Asn GIn Leu Lys Asp 1110 1105 1100
Lys Thr His Lys lle lle Lys Arg lle lle Glu lle Glu Lys Pro 1125 1120 1115 lle Glu Thr Lys Glu 1130
>210< 514 >211< 1133 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220>
Prevotella falsenii <223> 514 <400>
Met Lys Asn Asp Asn Asn Ser Thr Lys Ser Thr Asp Tyr Thr Leu Gly 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 15 25 20
Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn Lys
45 40 35
Lys Asp GIn Glu lle lle lle Asp Asn Asp GIn Asp lle Leu Ala lle 60 55 50 5
Lys Thr Leu Trp Gly Lys Val Asp Thr Asp lle Asn Lys Lys Asp Arg 80 75 70 65
Leu Arg Glu Leu lle Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala Thr 95 90 85
Tyr Gln GIn Ser Ser Thr Asn Asn Thr Lys GIn Lys Glu Glu Glu Gin 110 105 100
Ala Lys Ala GIn Ser Phe Glu Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe 125 120 115
Leu Glu Lys Leu Arg Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys His 5 140 135 130
Ser Lys Ser Leu Glu Glu Pro Lys Leu Glu Glu Lys Leu Leu Glu Asn 160 155 150 145 10
Met Tyr Asn lle Phe Asp Thr Asn Val GIn Leu Val lle Lys Asp Tyr 175 170 165
Glu His Asn Lys Asp lle Asn Pro Glu Glu Asp Phe Lys His Leu Gly 190 185 180
Arg Ala Glu Gly Glu Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Arg Asn Lys Lys Gly 205 200 195
Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu 220 215 210
Lys Lys Asp Ala lle Trp Ala 60 Thr Lys lle Lys Gly Phe Lys Asp 10 240 235 230 225
Asn Arg Glu Asn Lys GIn Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser 255 250 245 15
Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gin Thr Gin Asp 270 265 260
Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser 285 280 275
Leu Tyr Lys Arg Leu 60 Gly Glu Lys Arg Glu Lys Phe Arg Val Pro 300 295 290
Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys 320 315 310 305
Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg 15 335 330 325
Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp
350 345 340
Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Lys Lys ‏ماى‎ lle Gly Asp Lys 365 360 355 5
Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle 380 375 370
GIn Glu Phe Ala Lys Glu Asn Arg Pro Asp Glu Trp Lys Ala Leu Val 400 395 390 385
Lys Asp Leu Asp Thr Phe Glu Glu Ser Asn Glu Pro Tyr lle Ser Glu 415 410 405
Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn ‏ماى‎ Lys lle Gly lle Arg Asn 430 425 420
Lys Asn Lys Lys Lys Lys Lys Thr lle Trp Pro Ser Leu Glu ThrLys 5 445 440 435
Thr Thr Val Asn Glu Arg Ser Lys Tyr Asn Leu Gly Lys Ser Phe Lys 460 455 450 10
Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr 480 475 470 465
Tyr Leu Leu Leu Asn Lys Glu Glu Pro Asn Asn Gly Lys lle Asn Ala 495 490 485
Ser Lys Val Glu Gly lle lle Glu Lys Lys lle Arg Asp lle Tyr Lys 510 505 500
Leu Tyr Gly Ala Phe Ala Asn Glu Glu lle Asn Asn Glu Glu Glu Leu 525 520 515
Lys Glu Tyr Cys Glu Gly Lys Asp lle Ala lle Arg His Leu Pro Lys 10 540 535 530
Gln Met lle Ala lle Leu Lys Asn Glu Tyr Lys Asp Met Ala Lys Lys 560 555 550 545 15
Ala Glu Asp Lys GIn Lys Lys Met lle Lys Asp Thr Lys Lys Arg Leu 575 570 565
Ala Ala Leu Asp Lys 60 Val Lys Gly Glu Val Glu Asp Gly Gly Arg 590 585 580
Asn lle Lys Pro Leu Lys Ser Gly Arg lle Ala Ser Trp Leu Val Asn 605 600 595
Asp Met Met Arg Phe GIn Pro Val Gin Arg Asp Arg Asp Gly Tyr Pro 620 615 610
Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gin Leu Leu Gin Arg 5 640 635 630 625
Thr Leu Ala Leu Phe Gly Ser Glu Arg Glu Arg Leu Ala Pro Tyr Phe
655 650 645
Arg Gln Met Asn Leu lle Gly Lys Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Lys 670 665 660 5
Asp Thr Lys Trp Lys Glu His Asn Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Ser 685 680 675
Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Gly Ser Leu Lys Pro Glu Asp 700 695 690
Trp Lys Lys Asn GIn Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn 720 715 710 705
Arg Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg 735 730 725
Gly lle Phe Thr Glu Pro lle Arg Glu Trp Phe lle Arg His GIn Asn 5 750 745 740
Glu Ser Glu Glu Tyr Lys Lys Val Lys Asp Phe Asp Arg lle Gly Leu 765 760 755 10
Val Ala Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Lys Glu Asp Tyr Gin Lys Glu 780 775 770 lle Glu Asp Tyr Val Gln Pro Phe Tyr Gly Tyr Pro Phe Asn Val Gly 800 795 790 785
Asn lle His Asn Ser GIn Glu Gly Thr Phe Leu Asn Lys Lys Glu Arg 815 810 805
Glu Glu Leu Trp Lys Gly Asn Lys Thr Lys Phe Lys Asp Tyr Lys Thr 830 825 820
Lys Glu Lys Asn Lys Glu Lys Thr Asn Lys Asp Lys Phe Lys Lys Lys 10 845 840 835
Thr Asp Glu Glu Lys Glu Glu Phe Arg Ser Tyr Leu Asp Phe GIn Ser 860 855 850 15
Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp lle 880 875 870 865
Val Thr Trp Leu Leu Cys Met Glu Leu lle Asp Lys Leu Lys lle Asp 895 890 885
Glu Leu Asn lle Glu Glu Leu Gin Lys Leu Arg Leu Lys Asp lle Asp 910 905 900
Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg lle Met 925 920 915
Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu Thr Asp Asp Ser Asn Asn 5 940 935 930 lle lle Lys Asp Lys Pro Leu His Thr lle Tyr lle Lys Glu Ala Glu
960 955 950 945
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg 975 970 965 5
Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Glu Thr Ser Ser Glu Ala Glu 990 985 980
Leu Lys Ser Lys Pro lle Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu Gly 1005 1000 995
Glu Tyr GIn Arg Ala Arg Val Glu lle lle Lys Asp Met Leu Arg 1020 1015 1010
Leu Glu Glu Thr Leu lle Gly Asn Asp Glu Lys Leu Pro Thr Asn 1035 1030 1025
Lys Phe Arg Gin Met Leu Asp Lys Trp Leu Glu His Lys Lys Glu 5 1050 1045 1040
Thr Asp Asp Thr Asp Leu Lys Asn Asp Val Lys Leu Leu Thr Glu 1065 1060 1055 10
Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr Pro Met Arg Asp Arg 1080 1075 1070 lle Ala Phe Ala Asn lle Lys Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn 1095 1090 1085
Thr Ser Asn Glu Glu Gly Leu Gly lle Ala Lys Lys Leu Lys Asp 1110 1105 1100
Lys Thr Lys Glu Thr lle Asp Arg lle lle Glu lle Glu Glu Gin 1125 1120 1115
Thr Ala Thr Lys Arg 0 1130 515 <210> 1133 <211> 15
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Reichenbachiella agariperforans <223> 515 <400>
Met Lys Thr Asn Pro Leu lle Ala Ser Ser Gly Glu Lys Pro Asn Tyr 5 10 5 1
Lys Lys Phe Asn Thr Glu Ser Asp Lys Ser Phe Lys Lys lle Phe 0 25 20 10
Asn Lys Gly Ser lle Ala Pro lle Ala Glu Lys Ala Cys Lys Asn Phe 40 35 15
Glu lle Lys Ser Lys Ser Pro Val Asn Arg Asp Gly Arg Leu His Tyr 60 55 50
Phe Ser Val Gly His Ala Phe Lys Asn lle Asp Ser Lys Asn Val Phe 80 75 70 65
Arg Tyr Glu Leu Asp Glu Ser GIn Met Asp Met Lys Pro Thr Gin Phe 95 90 85
Leu Ala Leu Gin Lys Glu Phe Phe Asp Phe GIn Gly Ala Leu Asn Gly 0 110 105 100
Leu Leu Lys His lle Arg Asn Val Asn Ser His Tyr Val His Thr Phe 125 120 115 15
Glu Lys Leu Glu lle GIn Ser lle Asn GIn Lys Leu lle Thr Phe Leu 140 135 130 lle Glu Ala Phe Glu Leu Ala Val lle His Ser Tyr Leu Asn Glu Glu 160 155 150 145
Glu Leu Ser Tyr Glu Ala Tyr Lys Asp Asp Pro Gln Ser Gly Gin Lys 175 170 165
Leu Val GIn Phe Leu Cys Asp Lys Phe Tyr Pro Asn Lys Glu His Glu 190 185 180
Val Glu Glu Arg Lys Thr lle Leu Ala Lys Asn Lys Arg Gin Ala Leu 5 205 200 195
Glu His Leu Leu Phe lle Glu Val Thr Ser Asp lle Asp Trp Lys Leu
220 215 210
Phe Glu Lys His Lys Val Phe Thr lle Ser Asn Gly Lys Tyr Leu Ser 240 235 230 225 5
Phe His Ala Cys Leu Phe Leu Leu Ser Leu Phe Leu Tyr Lys Ser Glu 255 250 245
Ala Asn 60 Leu lle Ser Lys lle Lys Gly Phe Lys Arg Asn Asp Asp 270 265 260
Asn Gin Tyr Arg Ser Lys Arg GIn lle Phe Thr Phe Phe Ser Lys Lys 285 280 275
Phe Thr Ser Gln Asp Val Asn Ser Glu Glu GIn His Leu Val Lys Phe 300 295 290
Arg Asp Val lle GIn Tyr Leu Asn His Tyr Pro Ser Ala Trp Asn Lys 5 320 315 310 305
His Leu Glu Leu Lys Ser Gly Tyr Pro Gin Met Thr Asp Lys Leu Met 335 330 325 10
Arg Tyr lle Val Glu Ala Glu lle Tyr Arg Ser Phe Pro Asp Gin Thr 350 345 340
Asp Asn His Arg Phe Leu Leu Phe Ala lle Arg Glu Phe Phe Gly 0 365 360 355
Ser Cys Leu Asp Thr Trp Thr Gly Asn Thr Pro lle Asn Phe Ser Asn 380 375 370
Gln Glu GIn Lys Gly Phe Ser Tyr Glu lle Asn Thr Ser Ala Glu lle 400 395 390 385
Lys Asp lle Glu Thr Lys Leu Lys Ala Leu Val Leu Lys Gly Pro Leu 10 415 410 405
Asn Phe Lys Glu Lys Lys Glu 60 Asn Arg Leu Glu Lys Asp Leu Arg 430 425 420 15
Arg Glu Lys Lys Glu GIn Pro Thr Asn Arg Val Lys Glu Lys Leu Leu 445 440 435
Thr Arg lle Gin His Asn Met Leu Tyr Val Ser Tyr Gly Arg Asn 07 460 455 450
Asp Arg Phe Met Asp Phe Ala Ala Arg Phe Leu Ala Glu Thr Asp Tyr 480 475 470 465
Phe Gly Lys Asp Ala Lys Phe Lys Met Tyr Gln Phe Tyr Thr Ser Asp 495 490 485
Glu GIn Arg Asp His Leu Lys Glu GIn Lys Lys Glu Leu Pro Lys Lys 15 510 505 500
Glu Phe Glu Lys Leu Lys Tyr His Gin Ser Lys Leu Val Asp Tyr Phe
525 520 515
Thr Tyr Ala Glu GIn Gin Ala Arg Tyr Pro Asp Trp Asp Thr Pro Phe 540 535 530 5
Val Val Glu Asn Asn Ala lle Gin lle Lys Val Thr Leu Phe Asn Gly 560 555 550 545
Ala Lys Lys lle Val Ser Val Gin Arg Asn Leu Met Leu Tyr Leu Leu 575 570 565
Glu Asp Ala Leu Tyr Ser Glu Lys Arg Glu Asn Ala Gly Lys Gly Leu 590 585 580 lle Ser Gly Tyr Phe Val His His GIn Lys Glu Leu Lys Asp Gin Leu 605 600 595
Asp lle Leu Glu Lys Glu Thr Glu lle Ser Arg Glu GIn Lys Arg Glu 5 620 615 610
Phe Lys Lys Leu Leu Pro Lys Arg Leu Leu His Arg Tyr Ser Pro Ala 640 635 630 625 10
Gln lle Asn Asp Thr Thr Glu Trp Asn Pro Met Glu Val lle Leu Glu 655 650 645
Glu Ala Lys Ala Gin Glu Gin Arg Tyr Gin Leu Leu Leu Glu Lys Ala 670 665 660 lle Leu His ‏0اى‎ Thr Glu Glu Asp Phe Leu Lys Arg Asn Lys Gly Lys 685 680 675
Gln Phe Lys Leu Arg Phe Val Arg Lys Ala Trp His Leu Met Tyr Leu 700 695 690
Lys Glu Leu Tyr Met Asn Lys Val Ala Glu His Gly His His Lys Ser 10 720 715 710 705
Phe His lle Thr Lys Glu Glu Phe Asn Asp Phe Cys Arg Trp Met Phe 735 730 725 15
Ala Phe Asp Glu Val Pro Lys Tyr Lys Glu Tyr Leu Cys Asp Tyr Phe 750 745 740
Ser 0 Lys Gly Phe Phe Asn Asn Ala Glu Phe Lys Asp Leu lle Glu 765 760 755
Ser Ser Thr Ser Leu Asn Asp Leu Tyr Glu Lys Thr Lys GIn Arg Phe 780 775 770
Glu Gly Trp Ser Lys Asp Leu Thr Lys Gln Ser Asp Glu Asn Lys Tyr 800 795 790 785
Leu Leu Ala Asn Tyr Glu Ser Met Leu Lys Asp Asp Met Leu Tyr Val 5 815 810 805
Asn lle Ser His Phe lle Ser Tyr Leu Glu Ser Lys Gly Lys lle Asn
830 825 820
Arg Asn Ala His Gly His lle Ala Tyr Lys Ala Leu Asn Asn Val Pro 845 840 835 5
His Leu lle Glu Glu Tyr Tyr Tyr Lys Asp Arg Leu Ala Pro Glu Glu 860 855 850
Tyr Lys Ser His Gly Lys Leu Tyr Asn Lys Leu Lys Thr Val Lys Leu 880 875 870 865
Glu Asp Ala Leu Leu Tyr Glu Met Ala Met His Tyr Leu Ser Leu Glu 895 890 885
Pro Ala Leu Val Pro Lys Val Lys Thr Lys Val Lys Asp lle Leu Ser 910 905 900
Ser Asn lle Ala Phe Asp lle Lys Asp Ala Ala Gly His His Leu Tyr 5 925 920 915
His Leu Leu lle Pro Phe His Lys lle Asp Ser Phe Val Ala Leu lle 940 935 930 10
Asn His 60 Ser GIn Gln Glu Lys Asp Pro Asp Lys Thr Ser Phe Leu 960 955 950 945
Ala Lys lle Gin Pro Tyr Leu Glu Lys Val Lys Asn Ser Lys Asp Leu 975 970 965
Lys Ala Val Tyr His Tyr Tyr Lys Asp Thr Pro His Thr Leu Arg Tyr 990 985 980
Glu Asp Leu Asn Met lle His Ser His lle Val Ser Gln Ser Val GIn 1005 1000 995
Phe Thr Lys Val Ala Leu Lys Leu Glu Glu Tyr Phe lle AlaLys 10 1020 1015 1010
Lys Ser lle Thr Leu GIn lle Ala Arg GIn lle Ser Tyr Ser Glu 1035 1030 1025 15 lle Ala Asp Leu Ser Asn Tyr Phe Thr Asp Glu Val Arg Asn Thr 1050 1045 1040
Ala Phe His Phe Asp Val Pro Glu Thr Ala Tyr Ser Met lle Leu 1065 1060 1055
Gln Gly lle Glu Ser Glu Phe Leu Asp Arg Glu lle Lys Pro 07 1080 1075 1070
Lys Pro Lys Ser Leu Ser Glu Leu Ser Thr Gln GIn Val Ser Val 1095 1090 1085
Cys Thr Ala Phe Leu Glu Thr Leu His Asn Asn Leu Phe Asp Arg 15 1110 1105 1100
Lys Asp Asp Lys Lys Glu Arg Leu Ser Lys Ala Arg Glu Arg Tyr
1125 1120 1115
Phe Glu Gin lle Asn 1130 5 516 <210> 1134 <211>
PRT <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Prevotella intermedia 17 <223> 516 <400>
Met Lys Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Lys Glu Ser Thr Asn Met Leu 15 10 5 1
Asp Asn Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Val Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn 45 40 35
Lys Lys Asp ‏داك‎ Asp lle lle lle Asp Asn Asp GIn Asp lle Leu Ala 60 55 50 lle Lys Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu 15 80 75 70 65
Arg Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala
95 90 85 lle Tyr Thr Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys GIn Glu Lys 110 105 100 5
Gln Ala Lys Ala GIn Ser Phe Asp Ser Leu Lys His Cys Leu Phe Leu 125 120 115
Phe Leu Glu Lys Leu GIn Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys 140 135 130
Tyr Ser Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Lys Glu Leu Leu Lys 160 155 150 145
Lys Met Tyr Asn lle Phe Asp Asp Asn lle Gln Leu Val lle Lys Asp 175 170 165
Tyr GIn His Asn Lys Asp lle Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu 5 190 185 180
Asp Arg Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Thr Asn Lys Lys 205 200 195 10
Gly Asn lle Thr Ala Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu 220 215 210
Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Met Gin GIn Lys Leu Arg Gly Phe Lys 240 235 230 225
Asp Asn Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg 255 250 245
Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr GIn Thr Gin 270 265 260
Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys 0 285 280 275
Ser Leu Tyr Glu Arg Leu 60 Gly Glu Tyr Arg Lys Lys Phe Asn Val 300 295 290 15
Pro Phe Asp Ser Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe 320 315 310 305
Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu 335 330 325
Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle 350 345 340
Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Lys Lys Leu lle Gly Gly 365 360 355
GIn Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg 5 380 375 370 lle Gin Glu Phe Ala Lys GIn Asn Arg Thr Asp Glu Trp Lys Ala lle
400 395 390 385
Val Lys Asp Phe Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Glu Glu Pro Tyr lle Ser 415 410 405 5
Glu Thr Ala Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gin Lys lle Gly lle Arg 430 425 420
Phe Arg Asn Asp Asn Asp Glu lle Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly 445 440 435
Glu Asn Asn Glu Lys Arg Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Gin Tyr Gin Ala 460 455 450
Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr 480 475 470 465
Leu Leu Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser 5 495 490 485 lle Val Glu Gly Phe lle Lys Arg Glu lle Arg Asp lle Tyr Lys Leu 510 505 500 10
Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu lle Asn Asn lle Asp Asp Leu Glu 525 520 515
Lys Tyr Cys Glu Asp Lys Gly lle Pro Lys Arg His Leu Pro Lys 0 540 535 530
Met Val Ala lle Leu Tyr Asp Glu His Lys Asp Met Ala Glu Glu Ala 560 555 550 545
Lys Arg Lys Gin Lys Glu Met Val Lys Asp Thr Lys Lys Leu Leu Ala 575 570 565
Thr Leu Glu Lys 0 Thr Gln Gly Glu lle Glu Asp Gly Gly Arg Asn 10 590 585 580 lle Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp 605 600 595 15
Met Met Arg Phe GIn Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu 620 615 610
Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr ‏مي‎ Met Leu GIn Arg Ser 640 635 630 625
Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gin 655 650 645
Val Asn Leu lle Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr 670 665 660
Lys Trp Glu Glu Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu 5 685 680 675
Thr Lys Lys lle Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu
700 695 690
Lys Asn GIn Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu 720 715 710 705 5
Thr Leu Val Gin Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle 735 730 725
Phe Thr Glu Pro lle Arg Glu Trp Phe Lys Arg His Gin Asn Asp Ser 750 745 740
Glu Glu Tyr Glu Lys Val Glu Thr Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Thr 765 760 755
Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Lys Lys Glu Asp Ser Lys Asp Lys Glu 780 775 770
Glu Tyr Leu Lys Lys Asp Ala GIn Lys Glu lle Asn Asn Cys Val GIn 5 800 795 790 785
Pro Phe Tyr Gly Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn lle His Lys Pro Asp 815 810 805 10
Glu Lys Asp Phe Leu Pro Ser Glu Glu Arg Lys Lys Leu Trp Gly Asp 830 825 820
Lys Lys Tyr Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys 845 840 835
Leu Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Phe 0 860 855 850
Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn 60 Asp 880 875 870 865 lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu lle Asp Lys Leu Lys Val 10 895 890 885
Glu Gly Leu Asn Val Glu Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp lle 910 905 900 15
Asp Thr Asp Thr Ala Lys GIn Glu Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg Val 925 920 915
Met Pro Met GIn Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu lle Asp Asp Ser His 940 935 930
Asn lle Val Lys Asp Arg Pro Leu His Thr Val Tyr lle Glu Glu Thr 960 955 950 945
Lys Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 975 970 965
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Ser Ser Glu Thr 5 990 985 980
Glu Leu Lys Ser Asn Pro lle Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu
1005 1000 995
Gly Glu Tyr Gln Asn Ala Arg lle Glu Thr lle Lys Asp Met Leu 1020 1015 1010 5
Leu Leu Glu Glu Thr Leu lle Glu Lys Tyr Lys Thr Leu Pro Thr 1035 1030 1025
Asp Asn Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly Trp Leu Glu Gly Lys Asp 1050 1045 1040
Glu Ala Asp Lys Ala Arg Phe Gin Asn Asp Val Lys Leu Leu Val 1065 1060 1055
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr Pro Met Arg Asn 1080 1075 1070
Arg lle Ala Phe Ala Asn lle Asn Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala 5 1095 1090 1085
Asp Thr Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp lle Ala Asn Gin Leu Lys 1110 1105 1100 10
Asp Lys Thr His Lys lle lle Lys Arg lle lle Glu lle Glu Lys 1125 1120 1115
Pro lle Glu Thr Lys Glu 1130
>210< 517 >211< 1135 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي 517 <400> 10
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 10 5 1 15
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 45 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 5 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65 10
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser ‏(ا6‎ lle Glu Lys Asp 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 0 160 155 150 145
Gln Ser Arg Phe Ala Val Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 175 170 165 15
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Phe Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 5 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu
270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275 5
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asp Glu Glu 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 5 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370 10
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gin Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 10 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met 60 Ser Asp Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465 15
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gln Asn Pro 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser GIn Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asp Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 5 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr
575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 590 585 580 5
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala Gin Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gin Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 5 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Gly Phe Tyr 685 680 675 10
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys lle Phe Tyr 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Val Met 10 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770 15
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820
Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 15 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gin Glu Asp Asp Arg
880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 5 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 910 905 900
Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 5 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 10 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 10 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070 15
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 518 <210> 15 1135 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220>
Porphyromonas gingivalis <223> 518 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 10 5 1
Glu Asp Asp Pro GIn Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 0 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 40 35 15
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 5 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp
140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145 5
Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 5 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245 10
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 0 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340 15
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 5 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met
445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450 5
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met 60 Ser Asp Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu GIn Phe Ser 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gln Asn Pro 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 5 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asp Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545 10
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu 60 Lys Phe 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Glin Arg 0 640 635 630 625
Ser Leu Ala GIn Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gin Phe Arg Ala 655 650 645 15 lle Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 5 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin
750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 765 760 755 5
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 5 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850 10
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 910 905 900
Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 0 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945 15
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 15 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg
1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055 5
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115
Ser GIn Pro lle Ash Asp Leu 5 1135 1130 519 <210> 1135 <211> 10
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Porphyromonas gingivalis <223> 15 519 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val
15 10 5 1
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 30 25 20 5
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 45 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu lle 5 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115 10
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 0 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210 15
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Ash Glu Glu 5 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr
320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 5 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 5 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420 10
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gin Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gin Ser Gly Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu GIn Phe Ser 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gin Asn Pro 10 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515 15
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asn Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 5 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu
620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625 5
Ser Leu Ala Gin Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gin Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 5 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725 10
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 0 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820 15
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 5 910 905 900
Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu
925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930 5
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 5 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025 10
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 10 1110 1105 1100
Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115 15
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130
520 <210> 1135 <211>
PRT <212> 5 >213< متوالية اصطناعية >220< ‎Porphyromonas gingivalis <223>‏ 520 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 10 5 1 15
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 45 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 0 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 95 90 85 15
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
GIn Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 5 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys
190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195 5
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu 5 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290 10
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 10 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385 15
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gin Ser Asp Phe Leu Arg Lys 15 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu GIn Phe Ser
495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gln Asn Pro 510 505 500 5
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asp Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu GIn Lys Phe 5 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595 10
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala GIn Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gin Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 0 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690 15
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Val Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 15 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr
800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805 5
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820
Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Tyr lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys lle Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 5 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Lys Glu Asn 910 905 900 10
Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 0 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995 15
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn Gin Phe Pro Cys Ala Ala Glu lle Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 15 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser
1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100 5
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 521 <210> 1135 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220>
Porphyromonas gingivalis <223> 521 <400> 5
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly 60 Ser Arg Thr Val 15 10 5 1
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 15 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu
60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65 5
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 5 160 155 150 145
Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 175 170 165 10
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 10 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260 15
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 5 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly
365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370 5
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gin Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asn Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 5 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met 60 Ser Asp Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465 10
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gln Asn Pro 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Ash Gin Arg GIn Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 10 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565 15
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala GIn Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gin Phe Arg Ala 5 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe
670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 685 680 675 5
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 5 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770 10
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 0 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865 15
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 910 905 900
Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 5 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu
975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 5 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 5 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070 10
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 522 <210> 10 1135 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
Porphyromonas gingivalis <223> 522 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 10 5 1
Glu Asp Asp Pro Gin Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 5 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 40 35 10
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50 15
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 0 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 15 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 15 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys
240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245 5
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 5 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340 10
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 0 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 445 440 435 15
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met 60 Ser Asp Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gln Asn Pro 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 15 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu
540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asp Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545 5
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Gin Lys Phe 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met GIn Arg 5 640 635 630 625
Ser Leu Ala Gin Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gin Phe Arg Ala 655 650 645 10 lle Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 0 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740 15
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 15 830 825 820
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro
845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850 5
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 910 905 900
‏ماك‎ Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 5 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945 10
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 10 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040 15
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 15 1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu
1135 1130 523 <210> 1135 <211> 5
PRT <212> >213< متوالية اصطناعية <220>
Porphyromonas gingivalis <223> 10 523 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 10 5 1 15
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 45 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 5 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle
110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115 5
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 5 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210 10
Asn Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 0 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305 15
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 5 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle
415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420 5
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gin Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gin Ser Gly Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu GIn Phe Ser 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro GIn Asn Pro 5 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515 10
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asn Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 0 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610 15
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala 60 Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gin Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 5 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe
720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725 5
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 5 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820 10
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Lys Glu Asn 0 910 905 900
Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915 15
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 5 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys
1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025 5
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 5 1110 1105 1100
Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115 10
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 524 <210> 1135 <211>
PRT <212>
‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Porphyromonas gingivalis <223> 524 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 15 10 5 1
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 30 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 5 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 95 90 85 10
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
GIn Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 0 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180 15
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 5 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu
285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290 5
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 5 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385 10
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gin Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gin Ser Gly Phe Leu Arg Lys 0 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu GIn Phe Ser 495 490 485 15
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gln Asn Pro 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asn Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 5 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe
590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595 5
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala Gin Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gin Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 5 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690 10
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 10 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785 15
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gin Glu Asp Asp Arg 15 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp
895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 910 905 900 5
Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 5 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995 10
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 10 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085 15
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100
Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 525 <210> 1135 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Porphyromonas gingivalis <223> 525 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly 60 Ser Arg Thr Val 15 10 5 1
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 10 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50 15
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 15 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala
160 155 150 145
Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 175 170 165 5
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 5 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260 10
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 0 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355 15
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 5 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu
460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met 60 Ser Asp Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465 5
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu GIn Phe Ser 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gln Asn Pro 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asp Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 5 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565 10
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu 60 Lys Phe 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala Gin Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gin Phe Arg Ala 10 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660 15
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu ‏ماه‎ Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys GIn 5 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Val Met
765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770 5
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820
Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Tyr lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 5 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865 10
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys lle Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Lys Glu Asn 910 905 900
‏ماك‎ Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 0 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965 15
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser GIn Tyr Leu lle Leu lle Arg 15 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn Gin Phe Pro Cys Ala Ala Glu lle Pro
1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070 5
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 526 <210> 5 >211< 1135 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220> 10
Porphyromonas gingivalis <223> 526 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 5 10 5 1
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu
30 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 45 40 35 5
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 5 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 10 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 0 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 15 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 5 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe
335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340 5
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 5 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 445 440 435 10
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met 60 Ser Asp Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu GIn Phe Ser 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gln Asn Pro 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 0 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530 15
Ser Ala Phe Asp Met Asn Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser Gin Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 5 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg
640 65 630 625
Ser Leu Ala GIn Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gin Phe Arg Ala 655 650 645 5 lle Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 5 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740 10
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 0 830 825 820
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835 15
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 910 905 900
GIn Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 5 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys
940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945 5
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 5 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040 10
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 10 1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 15 527 <210> 1135 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Porphyromonas gulae <223> 5 527 <400>
Met Asn Thr Val Pro Ala Thr Glu Asn Lys Gly GIn Ser Arg Thr Val 10 5 1 10
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 25 20 15
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys GIn Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 60 55 50
Leu Ser lle Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Cys Phe Asp Pro Asp Ser Gly lle Glu Lys Asp 0 95 90 85
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100 15
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Lys Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Ala Tyr Thr Phe Ala Cys Glu Arg Ala 160 155 150 145
Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Leu Leu Ala 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 15 190 185 180
Leu Thr Val Ser Gly Phe Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg
205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210 5
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala 60 Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 5 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305 10
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 0 400 395 390 385
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405 15
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gin Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met 60 Ser Asp Phe Leu Arg Lys 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu GIn Phe Ser 15 495 490 485
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gln Asn Pro
510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515 5
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asn Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 590 585 580
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 5 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser Gin Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610 10
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala GIn Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gin Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 0 700 695 690
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705 15
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met GIn Pro Phe Tyr 5 800 795 790 785
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle
815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820 5
Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Tyr lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Glu Glu Asn 5 910 905 900
GIn Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915 10
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys 990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 0 1005 1000 995
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010 15
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gin Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 15 1095 1090 1085
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle
1110 1105 1100
Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115 5
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 528 <210> 1135 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220>
Porphyromonas gingivalis <223>
528 >400<
Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gin Ser Arg Thr Val 15 10 5 1
Glu Asp Asp Pro 0 Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 30 25 20
Asn Leu lle Glu Val Glu Ser His Val Arg lle Lys Phe Gly Lys Lys 40 35
Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 5 60 55 50
Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr
80 75 70 65
Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gin lle Glu Lys Asp 95 90 85 5
His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gin Arg Leu lle 110 105 100
Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 125 120 115
Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 140 135 130 lle Ser Ser Phe lle Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 160 155 150 145
GIn Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 5 175 170 165
Lys Asn Arg Lys Glu GIn Leu lle Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 190 185 180 10
Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe lle Cys Leu Phe Leu Asp Arg 205 200 195
Glu GIn Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Arg Thr 220 215 210
Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 240 235 230 225 lle Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 255 250 245
Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg lle Leu 10 270 265 260
Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gin Phe Leu Pro Ala Leu 285 280 275 15
Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 300 295 290
Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 320 315 310 305
Lys Arg lle Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 335 330 325 lle Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly lle Arg Phe Arg Val Asp Leu 350 345 340
Gly Glu lle Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 5 365 360 355
Glu Tyr Asp Arg Thr lle Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu
380 375 370
Ser Asp Phe GIn Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met lle Ser Gly Glu 400 395 390 385 5
Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala lle 415 410 405
Tyr Asp Asn Lys lle Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 430 425 420
Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gin Ser Met 445 440 435
Gly Phe lle Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 460 455 450
Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met GIn Ser Gly Phe Leu Arg Lys 5 480 475 470 465
Ala Asn Arg lle Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 495 490 485 10
Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe lle Pro Pro Gln Asn Pro 510 505 500
Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 525 520 515
Lys GIn Glu lle Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gin Leu Leu 540 535 530
Ser Ala Phe Asp Met Asn Gin Arg Gin Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 560 555 550 545
Glu Trp Met Asn lle Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 0 575 570 565
Tyr Val Lys GIn Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 590 585 580 15
Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala lle Pro Leu Val Gly Glu 605 600 595
Met Ala Thr Phe Leu Ser GIn Asp lle Val Arg Met lle lle Ser Glu 620 615 610
Glu Thr Lys Lys Leu lle Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gin Arg 640 635 630 625
Ser Leu Ala Gin Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 655 650 645 lle Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 15 670 665 660
Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr
685 680 675
Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 700 695 690 5
Arg Pro Glu GIn Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg lle Ser Val Phe Phe 720 715 710 705
Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu lle Arg Arg 735 730 725
Arg Met Lys Glu GIn Asn Asp Leu GIn Asp Trp lle Arg Asn Lys Gin 750 745 740
Ala His Pro lle Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys lle Met 765 760 755
Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 5 780 775 770
Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gin Pro Phe Tyr 800 795 790 785 10
Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn lle His Gly Lys Ser Val Ser Tyr lle 815 810 805
Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 830 825 820
Lys Thr Val Gin Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 845 840 835
Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp lle Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 860 855 850
Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gin Glu Asp Asp Arg 0 880 875 870 865
Leu Met Leu Met Ala lle Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 895 890 885 15 lle Leu Pro Gly Leu Lys Asn lle Asp Ser lle Leu Asp Lys Glu Asn 910 905 900
‏ماك‎ Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 925 920 915
Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr lle Glu lle Lys 940 935 930
Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr lle Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 960 955 950 945
Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 15 975 970 965
Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg lle Lys
990 985 980 lle Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala lle Met Ser Asp Arg 1005 1000 995 5
Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1020 1015 1010
Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1035 1030 1025
Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser GIn Tyr Leu lle Leu lle Arg 1050 1045 1040
Asn Lys Ala Ala His Asn GIn Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1065 1060 1055
Leu lle Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser lle Glu Gly 5 1080 1075 1070
Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1095 1090 1085 10
Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met lle lle Arg Lys lle Leu Pro lle 1110 1105 1100
Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1125 1120 1115
Ser Gln Pro lle Asn Asp Leu 1135 1130 529 <210> 1139 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Prevotella pleuritidis <223> 529 <400>
Met Glu Asn Asp Lys Arg Leu Glu Glu Ser Ala Cys Tyr Thr Leu Asn 15 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 30 25 20
Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys Thr Leu Glu Leu Lys Asn Lys 5 45 40 35
Lys Asn GIn Glu lle lle lle Asp Asn Asp GIn Asp lle Leu Ala lle 60 55 50 10
Lys Thr His Trp Ala Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Asp Arg 80 75 70 65
Leu Arg Glu Leu Met lle Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala lle 95 90 85
Tyr Ser Asn Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Glu Glu Lys 0 110 105 100
Ala Lys Ala GIn Ser Phe Lys Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe 125 120 115
Leu Glu Lys Leu Gin Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr 0 140 135 130
Ser Glu Ser Ser Lys Glu Pro Glu Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys 160 155 150 145 15
Met Tyr Asn Thr Phe Asp Ala Ser lle Arg Leu Val Lys Glu Asp Tyr 175 170 165
‏ماك‎ Tyr Asn Lys Asp lle Asp Pro Glu Lys Asp Phe Lys His Leu Glu 190 185 180
Arg Lys Glu Asp Phe Asn Tyr Leu Phe Thr Asp Lys Asp Asn Lys Gly 205 200 195
Lys lle Thr Lys Asn Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu 220 215 210
Lys Lys Asp Ala lle Trp Met 60 GIn Lys Phe Arg Gly Phe Lys Asp 5 240 235 230 225
Asn Arg Gly Asn Lys Glu Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser
255 250 245
Arg Met Leu Leu Pro Lys lle Arg Leu Glu Ser Thr GIn Thr Gin Asp 270 265 260 5
Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser 285 280 275
Leu Tyr Glu Arg Leu Gin Gly Ala Tyr Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro 300 295 290
Phe Asp Ser lle Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Arg 320 315 310 305
Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg 335 330 325
Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Lys Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp 5 350 345 340
Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Lys Lys Leu lle Gly Gly Lys 365 360 355 10
Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle 380 375 370
GIn Glu Phe Thr Lys Gln Asn Arg Pro Asp Lys Trp GIn Ala lle lle 400 395 390 385
Lys Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Asn Glu Arg Tyr lle Ser Glu 415 410 405
Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gin Lys lle Gly lle Arg Phe 430 425 420
Arg Asn Asp Asn Asn Asp lle Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu 0 445 440 435
Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Asn Leu Asp Lys Pro Tyr Gin Ala Glu 460 455 450 15
Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu 480 475 470 465
Leu Leu Lys Met Glu Asn Thr Asp Asn Asp Lys Glu Asp Asn Glu Val 495 490 485
Gly Thr Lys Lys Lys Gly Asn Lys Asn Asn Lys GIn Glu Lys His Lys 510 505 500 lle Glu Glu lle lle Glu Asn Lys lle Lys Asp lle Tyr Ala Leu Tyr 525 520 515
Asp Ala Phe Thr Asn Gly Glu lle Asn Ser lle Asp Glu Leu Ala Glu 5 540 535 530
Gln Arg Glu Gly Lys Asp lle Glu lle Gly His Leu Pro Lys Gin Leu
560 555 550 545 lle Val lle Leu Lys Asn Lys Ser Lys Asp Met Ala Glu Lys Ala Asn 575 570 565 5
Arg Lys GIn Lys Glu Met lle Lys Asp Thr Lys Lys Arg Leu Ala Thr 590 585 580
Leu Asp Lys Gin Val Lys Gly Glu lle Glu Asp Gly Gly Arg Asn lle 605 600 595
Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met 620 615 610
Met Arg Phe Gin Pro Val Gin Lys Asp Asn Glu Gly Lys Pro Leu Asn 640 635 630 625
Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr GIn Met Leu GIn Arg Ser Leu 5 655 650 645
Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gin Val 670 665 660 10
Asn Leu lle Lys Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Glu Asp Thr Lys 685 680 675
Trp Glu Glu Cys Tyr Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Lys 700 695 690
Ala Lys lle Lys Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Lys Lys 720 715 710 705
Asn GIn Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Lys Thr 735 730 725
Leu Val GIn Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe 0 750 745 740
Thr Glu Pro lle Lys Glu Trp Phe Lys Arg His GIn Asn Asp Ser Glu 765 760 755 15
Glu Tyr Lys Lys Val Glu Ala Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Ala Lys 780 775 770
Val lle Pro Leu Phe Phe Lys Glu Glu Tyr Phe Lys Glu Asp Ala 0 800 795 790 785
Lys Glu lle Asn Asn Cys Val GIn Pro Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn 815 810 805
Val Gly Asn lle His Lys Pro Glu Glu Lys Asn Phe Leu His Cys Glu 830 825 820
Glu Arg Arg Lys Leu Trp Asp Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr 5 845 840 835
Lys Ala Lys Glu Lys Ser Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu
860 855 850
His Arg Ser Tyr Leu Glu Phe Gin Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu 880 875 870 865 5
Leu Arg Leu Val Arg Asn GIn Asp lle Leu Thr Trp Leu Leu Cys Thr 895 890 885
Lys Leu lle Asp Lys Leu Lys lle Asp Glu Leu Asn lle Glu Glu Leu 910 905 900
Gln Lys Leu Arg Leu Lys Asp lle Asp Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu 925 920 915
Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg Val Met Pro Met Arg Leu Pro Val Thr 940 935 930
Val Tyr Glu lle Asp Lys Ser Phe Asn lle Val Lys Asp Lys Pro Leu 5 960 955 950 945
His Thr Val Tyr lle Glu Glu Thr Gly Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly 975 970 965 10
Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser 990 985 980
Phe Val Lys Thr Ser Ser Glu Ala Glu Ser Lys Ser Lys Pro lle Ser 1005 1000 995
Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Ala Tyr GIn Lys Ala Arg 1020 1015 1010 lle Asp lle lle Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Lys Thr Leu lle 1035 1030 1025
Asp Asn Asp Glu Asn Leu Pro Thr Asn Lys Phe Ser Asp Met Leu 10 1050 1045 1040
Lys Ser Trp Leu Lys Gly Lys Gly Glu Ala Asn Lys Ala Arg Leu 1065 1060 1055 15
Gln Asn Asp Val Gly Leu Leu Val Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser 1080 1075 1070
His Asn Gin Tyr Pro Met Tyr Asn Ser Glu Val Phe Lys Gly Met 1095 1090 1085
Lys Leu Leu Ser Leu Ser Ser Asp lle Pro Glu Lys Glu Gly Leu 1110 1105 1100
Gly lle Ala Lys GIn Leu Lys Asp Lys lle Lys Glu Thr lle Glu 1125 1120 1115
Arg lle lle Glu lle Glu Lys Glu lle Arg Asn 5 1135 1130 530 <210>
1145 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
Psychroflexus torquis <223> 530 <400>
Met Glu Ser lle lle Gly Leu Gly Leu Ser Phe Asn Pro Tyr Lys Thr 0 10 5 1
Ala Asp Lys His Tyr Phe Gly Ser Phe Leu Asn Leu Val Glu Asn Asn 25 20 15
Leu Asn Ala Val Phe Ala Glu Phe Lys Glu Arg lle Ser Tyr Lys Ala 40 35
Lys Asp Glu Asn lle Ser Ser Leu lle Glu Lys His Phe lle Asp Asn 60 55 50
Met Ser lle Val Asp Tyr Glu Lys Lys lle Ser lle Leu Asn Gly Tyr 80 75 70 65
Leu Pro lle lle Asp Phe Leu Asp Asp Glu Leu Glu Asn Asn Leu Asn 95 90 85
Thr Arg Val Lys Asn Phe Lys Lys Asn Phe lle lle Leu Ala Glu Ala 15 110 105 100 lle Glu Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His Phe Tyr His Asp Pro lle
125 120 115
Thr Phe Glu Asp Asn Lys Glu Pro Leu Leu Glu Leu Leu Asp Glu Val 140 135 130 5
Leu Leu Lys Thr lle Leu Asp Val Lys Lys Lys Tyr Leu Lys Thr Asp 160 155 150 145
Lys Thr Lys Glu lle Leu Lys Asp Ser Leu Arg Glu Glu Met Asp Leu 175 170 165
Leu Val lle Arg Lys Thr Asp Glu Leu Arg Glu Lys Lys Lys Thr Asn 190 185 180
Pro Lys lle Gin His Thr Asp Ser Ser Gin lle Lys Asn Ser lle Phe 205 200 195
Asn Asp Ala Phe Gin Gly Leu Leu Tyr Glu Asp Lys Gly Asn Asn Lys 5 220 215 210
Lys Thr ‏ماك‎ Val Ser His Arg Ala Lys Thr Arg Leu Asn Pro Lys Asp 240 235 230 225 0 lle His Lys Gln Glu Glu Arg Asp Phe Glu lle Pro Leu Ser Thr Ser 255 250 245
Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Leu Phe Leu Ser Lys Lys Glu lle Glu 270 265 260
Asp Phe Lys Ser Asn lle Lys Gly Phe Lys Gly Lys Val Val Lys Asp 285 280 275
Glu Asn His Asn Ser Leu Lys Tyr Met Ala Thr His Arg Val Tyr Ser 300 295 290 lle Leu Ala Phe Lys Gly Leu Lys Tyr Arg lle Lys Thr Asp Thr Phe 10 320 315 310 305
Ser Lys Glu Thr Leu Met Met GIn Met lle Asp Glu Leu Ser Lys Val 335 330 325 15
Pro Asp Cys Val Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Thr Lys ‏ماى‎ Lys Asp Phe 350 345 340 lle Glu Asp Trp Asn Glu Tyr Phe Lys Asp Asn Glu Glu Asn Thr Glu 365 360 355
Asn Leu Glu Asn Ser Arg Val Val His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr 380 375 370
Glu Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala 400 395 390 385
Asn Phe Lys Thr Leu Lys Phe GIn Val Phe Met Gly Tyr Tyr lle His 5 415 410 405
Asp GIn Arg Thr Lys Thr lle Gly Thr Thr Asn lle Thr Thr Glu Arg
430 425 420
Thr Val Lys Glu Lys lle Asn Val Phe Gly Lys Leu Ser Lys Met Asp 445 440 435 5
Asn Leu Lys Lys His Phe Phe Ser Gin Leu Ser Asp Asp Glu Asn Thr 460 455 450
Asp Trp Glu Phe Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asn Phe Leu Thr Gin Ala 480 475 470 465
Asp Asn Ser Pro Ala Asn Asn lle Pro lle Tyr Leu Glu Leu Lys Asn 495 490 485
Gln Gin lle lle Lys Glu Lys Asp Ala lle Lys Ala Glu Val Asn Gin 510 505 500
Thr ‏ماك‎ Asn Arg Asn Pro Asn Lys Pro Ser Lys Arg Asp Leu Leu Asn 5 525 520 515
Lys lle Leu Lys Thr Tyr Glu Asp Phe His Gin Gly Asp Pro Thr Ala 540 535 530 10 lle Leu Ser Leu Asn Glu lle Pro Ala Leu Leu His Leu Phe Leu Val 560 555 550 545
Lys Pro Asn Asn Lys Thr Gly Gln Gin lle Glu Asn lle lle Arg lle 575 570 565
Lys lle Glu Lys ‏ماى‎ Phe Lys Ala lle Asn His Pro Ser Lys Asn Asn 590 585 580
Lys Gly lle Pro Lys Ser Leu Phe Ala Asp Thr Asn Val Arg Val Asn 605 600 595
Ala lle Lys Leu Lys Lys Asp Leu Glu Ala Glu Leu Asp Met Leu Asn 10 620 615 610
Lys Lys His lle Ala Phe Lys Glu Asn GIn Lys Ala Ser Ser Asn Tyr 640 635 630 625 15
Asp Lys Leu Leu Lys Glu His GIn Phe Thr Pro Lys Asn Lys Arg Pro 655 650 645
Glu Leu Arg Lys Tyr Val Phe Tyr Lys Ser Glu Lys Gly Glu Glu Ala 670 665 660
Thr Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Lys Asp Phe Lys 685 680 675
Thr Lys Trp Lys Gly Cys GIn His Ser Glu Leu Gin Arg Lys Leu Ala 700 695 690
Phe Tyr Asp Arg His Thr Lys ‏م6‎ Asp lle Lys Glu Leu Leu Ser Gly 5 720 715 710 705
Cys Glu Phe Asp His Ser Leu Leu Asp lle Asn Ala Tyr Phe Gin Lys
735 730 725
Asp Asn Phe Glu Asp Phe Phe Ser Lys Tyr Leu Glu Asn Arg lle Glu 750 745 740 5
Thr Leu Glu Gly Val Leu Lys Lys Leu His Asp Phe Lys Asn Glu Pro 765 760 755
Thr Pro Leu Lys Gly Val Phe Lys Asn Cys Phe Lys Phe Leu Lys Arg 780 775 770
Gln Asn Tyr Val Thr Glu Ser Pro Glu lle lle Lys Lys Arg lle Leu 800 795 790 785
Ala Lys Pro Thr Phe Leu Pro Arg Gly Val Phe Asp Glu Arg Pro Thr 815 810 805
Met Lys Lys Gly Lys Ash Pro Leu Lys Asp Lys Asn Glu Phe Ala Glu 5 830 825 820
Trp Phe Val Glu Tyr Leu Glu Asn Lys Asp Tyr Gin Lys Phe Tyr Asn 845 840 835 10
Ala Glu Glu Tyr Arg Met Arg Asp Ala Asp Phe Lys Lys Asn Ala Val 860 855 850 lle Lys Lys Gin Lys Leu Lys Asp Phe Tyr Thr Leu GIn Met Val Asn 880 875 870 865
Tyr Leu Leu Lys Glu Val Phe Gly Lys Asp Glu Met Asn Leu GIn Leu 895 890 885
Ser Glu Leu Phe GIn Thr Arg Gln Glu Arg Leu Lys Leu 60 Gly lle 910 905 900
Ala Lys Lys GIn Met Asn Lys Glu Thr Gly Asp Ser Ser Glu Asn Thr 0 925 920 915
Arg Asn GIn Thr Tyr lle Trp Asn Lys Asp Val Pro Val Ser Phe Phe 940 935 930 15
Asn Gly Lys Val Thr lle Asp Lys Val Lys Leu Lys Asn lle Gly Lys 960 955 950 945
Tyr Lys Arg Tyr Glu Arg Asp Glu Arg Val Lys Thr Phe lle Gly Tyr 975 970 965
Glu Val Asp Glu Lys Trp Met Met Tyr Leu Pro His Asn Trp Lys Asp 990 985 980
Arg Tyr Ser Val Lys Pro lle Asn Val lle Asp Leu Gin lle Gin Glu 1005 1000 995
Tyr Glu Glu lle Arg Ser His Glu Leu Leu Lys Glu lle GIn Asn 5 1020 1015 1010
Leu Glu ‏ماه‎ Tyr lle Tyr Asp His Thr Thr Asp Lys Asn lle Leu
1035 1030 1025
Leu GIn Asp Gly Asn Pro Asn Phe Lys Met Tyr Val Leu Asn Gly 1050 1045 1040 5
Leu Leu lle Gly lle Lys Gin Val Asn lle Pro Asp Phe lle Val 1065 1060 1055
Leu Lys GIn Asn Thr Asn Phe Asp Lys lle Asp Phe Thr Gly lle 1080 1075 1070
Ala Ser Cys Ser Glu Leu Glu Lys Lys Thr lle lle Leu lle Ala 1095 1090 1085 lle Arg Asn Lys Phe Ala His Asn ‏ماى‎ Leu Pro Asn Lys Met lle 1110 1105 1100
Tyr Asp Leu Ala Asn Glu Phe Leu Lys lle Glu Lys Asn Glu Thr 5 1125 1120 1115
Tyr Ala Asn Tyr Tyr Leu Lys Val Leu Lys Lys Met lle Ser Asp 1140 1135 1130 10
Leu Ala 1145 531 <210> 1145 <211>
PRT <212>
‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Chryseobacterium sp. YR477 <223> 531 <400>
Met Glu Thr Gln Thr lle Gly His Gly lle Ala Tyr Asp His Ser Lys 15 10 5 1 lle Gin Asp Lys His Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Leu Ala Glu Asn 30 25 20
Asn lle Lys Ala Val Leu Lys Ala Phe Ser Glu Lys Phe Asn Val Gly 40 35
Asn Val Asp Val Lys Gln Phe Ala Asp Val Ser Leu Lys Asp Asn Leu 60 55 50
Pro Asp Asn Asp Phe Gin Lys Arg Val Ser Phe Leu Lys Met Tyr Phe 5 80 75 70 65
Pro Val Val Asp Phe lle Asn lle Pro Asn Asn Arg Ala Lys Phe Arg 95 90 85 10
Ser Asp Leu Thr Thr Leu Phe Lys Ser Val Asp Gin Leu Arg Asn Phe 110 105 100
Tyr Thr His Tyr Tyr His Lys Pro Leu Asp Phe Asp Ala Ser Leu Phe 125 120 115 lle Leu Leu Asp Asp lle Phe Ala Arg Thr Ala Lys Glu Val Arg Asp 140 135 130 ‏ماك‎ Lys Met Lys Asp Asp Lys Thr Arg Gin Leu Leu Ser Lys Ser Leu 160 155 150 145
Ser Glu Glu Leu GIn Lys Gly Tyr Glu Leu Gin Leu Glu Arg Leu Lys 10 175 170 165
Glu Leu Asn Arg Leu Gly Lys Lys Val Asn lle His Asp Gin Leu Gly 190 185 180 15 lle Lys Asn Gly Val Leu Asn Asn Ala Phe Asn His Leu lle Tyr Lys 205 200 195
Asp Gly Glu Ser Phe Lys Thr Lys Leu Thr Tyr Ser Ser Ala Leu Thr 220 215 210
Ser Phe Glu Ser Ala Glu Asn Gly lle Glu lle Ser GIn Ser Gly Leu 240 235 230 225
Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Lys Arg Lys Glu lle Glu Asp Leu 255 250 245
Lys Asn Arg Asn Lys Gly Phe Lys Ala Lys Val Val lle Asp Glu Asp 5 270 265 260
Gly Lys Val Asn Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His Trp Val Phe Ser
285 280 275
Tyr Leu Cys Phe Lys Gly Leu Lys Ser Lys Leu Ser Thr Glu Phe His 300 295 290 5
Glu Glu Thr Leu Leu lle Gin lle lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 320 315 310 305
Asp Glu Leu Tyr Cys Ala Phe Asp Lys Glu Thr Arg Asp Lys Phe lle 335 330 325
Glu Asp lle Asn Glu Tyr Val Lys Glu Gly His Gln Asp Phe Ser Leu 350 345 340
Glu Asp Ala Lys Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asn 365 360 355
Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Val Lys Phe 5 380 375 370
Pro Ser Leu Arg Phe GIn Val His Val Gly Asn Tyr Val His Asp Arg 400 395 390 385 10
Arg lle Lys Asn lle Asp Gly Thr Thr Phe Glu Thr Glu Arg Val Val 415 410 405
Lys Asp Arg lle Lys Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu lle Ser Ser Tyr 430 425 420
Lys Ala GIn Tyr Leu Ser Ser Val Ser Asp Lys His Asp Glu Thr Gly 445 440 435
Trp Glu lle Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Val Phe lle Asn Asn Asn lle 460 455 450
Pro lle His lle Ser Val Asp Thr Ser Phe Lys Lys Glu lle Ala Asp 10 480 475 470 465
Phe Lys Lys Leu Arg Arg Ala Gin Val Pro Asp Glu Leu Lys lle Arg 495 490 485 15
Gly Ala Glu Lys Lys Arg Lys Phe Glu lle Thr GIn Met lle Gly Ser 510 505 500
Lys Ser Val Leu Asn Gin Glu Glu Pro lle Ala Leu Leu Ser Leu Asn 525 520 515
Glu lle Pro Ala Leu Leu Tyr Glu lle Leu lle Asn Gly Lys Glu Pro 540 535 530
Ala Glu lle Glu Arg lle lle Lys Asp Lys Leu Asn Glu Arg Gin Asp 560 555 550 545
Val lle Lys Asn Tyr Asn Pro Glu Asn Trp Leu Pro Ala Ser Gin lle 15 575 570 565
Ser Arg Arg Leu Arg Ser Asn Lys Gly Glu Arg lle lle Asn Thr Asp
590 585 580
Lys Leu Leu GIn Leu Val Thr Lys Glu Leu Leu Val Thr Glu GIn Lys 605 600 595 5
Leu Lys lle lle Ser Asp Asn Arg Glu Ala Leu Lys Gin Lys Lys Glu 620 615 610
Gly Lys Tyr lle Arg Lys Phe lle Phe Thr Asn Ser Glu Leu Gly Arg 640 635 630 625
Glu Ala lle Trp Leu Ala Asp Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Ala Asp 655 650 645
Val Arg Lys Glu Trp Lys Gly Tyr 60 His Ser GIn Leu Gln 60 Ser 670 665 660
Leu Ala Phe Tyr Asn Ser Arg Pro Lys Glu Ala Leu Ala lle Leu Glu 5 685 680 675
Ser Ser Trp Asn Leu Lys Asp Glu Lys lle lle Trp Asn Glu Trp lle 700 695 690 10
Leu Lys Ser Phe Thr Gin Asn Lys Phe Phe Asp Ala Phe Tyr Asn Glu 720 715 710 705
Tyr Leu Lys Gly Arg Lys Lys Tyr Phe Ala Phe Leu Ser Glu His lle 735 730 725
Val GIn Tyr Thr Ser Asn Ala Lys Asn Leu GIn Lys Phe lle Lys 0 750 745 740
Gln Met Pro Lys Asp Leu Phe Glu Lys Arg His Tyr lle lle Glu Asp 765 760 755
Leu GIn Thr Glu Lys Asn Lys lle Leu Ser Lys Pro Phe lle Phe Pro 10 780 775 770
Arg Gly lle Phe Asp Lys Lys Pro Thr Phe lle Lys Gly Val Lys Val 800 795 790 785 15
Glu Asp Ser Pro Glu Ser Phe Ala Asn Trp Tyr Gln Tyr Gly Tyr 0 815 810 805
Lys Asp His GIn Phe GIn Lys Phe Tyr Asp Trp Lys Arg Asp Tyr Ser 830 825 820
Asp Val Phe Leu Glu His Leu Gly Lys Pro Phe lle Asn Asn Gly Asp 845 840 835
Arg Arg Thr Leu Gly Met Glu Glu Leu Lys Glu Arg lle lle lle Lys 860 855 850
GIn Asp Leu Lys lle Lys Lys lle Lys lle Gin Asp Leu Phe Leu Arg 15 880 875 870 865
Leu lle Ala Glu Asn Leu Phe GIn Lys Val Phe Lys Tyr Ser Ala Lys
895 890 885
Leu Pro Leu Ser Asp Phe Tyr Leu Thr Gln Glu Glu Arg Met Glu Lys 910 905 900 5
Glu Asn Met Ala Ala Leu GIn Asn Val Arg Glu Glu Gly Asp Lys Ser 925 920 915
Pro Asn lle lle Lys Asp Asn Phe lle Trp Ser Lys Met lle Pro Tyr 940 935 930
Lys Lys Gly GIn lle lle Glu Asn Ala Val Lys Leu Lys Asp lle Gly 960 955 950 945
Lys Leu Asn Val Leu Ser Leu Asp Asp Lys Val GIn Thr Leu Leu Ser 975 970 965
Tyr Asp Asp Ala Lys Pro Trp Ser Lys lle Ala Leu Glu Asn Glu Phe 5 990 985 980
Ser lle Gly Glu Asn Ser Tyr Glu Val lle Arg Arg Glu Lys Leu Phe 1005 1000 995 10
Lys Glu lle Gln Gln Phe Glu Ser Glu lle Leu Phe Arg Ser Gly 1020 1015 1010
Trp Asp Gly lle Asn His Pro Ala Gin Leu Glu Asp Asn Arg Asn 1035 1030 1025
Pro Lys Phe Lys Met Tyr lle Val Asn Gly lle Leu Arg Lys Ser 1050 1045 1040
Ala Gly Leu Tyr Ser Gln Gly Glu Asp lle Trp Phe Glu Tyr Asn 1065 1060 1055
Ala Asp Phe Asn Asn Leu Asp Ala Asp Val Leu Glu Thr Lys Ser 10 1080 1075 1070
Glu Leu Val Gin Leu Ala Phe Leu Val Thr Ala lle Arg Asn Lys 1095 1090 1085 15
Phe Ala His Asn Gin Leu Pro Ala Lys Glu Phe Tyr Phe Tyr lle 1110 1105 1100
Arg Ala Lys Tyr Gly Phe Ala Asp Glu Pro Ser Val Ala Leu Val 1125 1120 1115
Tyr Leu Asn Phe Thr Lys Tyr Ala lle Asn Glu Phe Lys Lys Val 1140 1135 1130
Met lle 1145 532 <210> 15 1149 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220>
Sinomicrobium oceani <223> 532 <400>
Met Glu Ser Thr Thr Thr Leu Gly Leu His Leu Lys Tyr Gln His Asp 10 5 1
Leu Phe Glu Asp Lys His Tyr Phe Gly Gly Gly Val Asn Leu Ala Val 10 25 20
Gln Asn lle Glu Ser lle Phe Gin Ala Phe Ala Glu Arg Tyr Gly lle 40 35 15
Gln Asn Pro Leu Arg Lys Asn Gly Val Pro Ala lle Asn Asn lle Phe 60 55 50
His Asp Asn lle Ser lle Ser Asn Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Phe Leu 80 75 70 65
Lys Gin Tyr Leu Pro Val Val Gly Phe Leu Glu Lys Ser Asn Glu lle 95 90 85
Asn lle Phe Glu Phe Arg Glu Asp Phe Glu lle Leu lle Asn Ala lle 110 105 100
Tyr Lys Leu Arg His Phe Tyr Thr His Tyr Tyr His Ser Pro lle Lys 5 125 120 115
Leu Glu Asp Arg Phe Tyr Thr Cys Leu Asn Glu Leu Phe Val Ala Val
140 135 130
Ala lle Gln Val Lys Lys His Lys Met Lys Ser Asp Lys Thr Arg 07 160 155 150 145 5
Leu Leu Asn Lys Asn Leu His 60 Leu Leu 60 GIn Leu lle Glu Gin 175 170 165
Lys Arg Glu Lys Leu Lys Asp Lys Lys Ala Glu Gly Glu Lys Val Ser 190 185 180
Leu Asp Thr Lys Ser lle Glu Asn Ala Val Leu Asn Asp Ala Phe Val 205 200 195
His Leu Leu Asp Lys Asp Glu Asn lle Arg Leu Asn Tyr Ser Ser Arg 220 215 210
Leu Ser Glu Asp lle lle Thr Lys Asn Gly lle Thr Leu Ser lle Ser 5 240 235 230 225
Gly Leu Leu Phe Leu Leu Ser Leu Phe Leu GIn Arg Lys Glu Ala Glu 255 250 245 10
Asp Leu Arg Ser Arg lle Glu Gly Phe Lys Gly Lys Gly Asn Glu Leu 270 265 260
Arg Phe Met Ala Thr His Trp Val Phe Ser Tyr Leu Asn Val Lys Arg 285 280 275 lle Lys His Arg Leu Asn Thr Asp Phe GIn Lys Glu Thr Leu Leu lle 300 295 290
Gln lle Ala Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asp Glu Val Tyr Lys Thr 320 315 310 305
Leu Asp His Glu Asn Arg Ser Lys Phe Leu Glu Asp lle Asn Glu Tyr 0 335 330 325 lle Arg Glu Gly Asn Glu Asp Ala Ser Leu Asn Glu Ser Thr Val Val 350 345 340 15
His Gly Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe His Tyr Leu Val 365 360 355
Leu Arg Tyr Leu Asp Glu Phe Val Asp Phe Pro Ser Leu Arg Phe Gin 380 375 370
Val His Leu Gly Asn Tyr lle His Asp Arg Arg Asp Lys Val lle Asp 400 395 390 385
Gly Thr Asn Phe lle Thr Asn Arg Val lle Lys Glu Pro lle Lys Val 415 410 405
Phe Gly Lys Leu Ser His Val Ser Lys Leu Lys Ser Asp Tyr Met Glu 5 430 425 420
Ser Leu Ser Arg Glu His Lys Asn Gly Trp Asp Val Phe Pro Asn Pro
445 440 435
Ser Tyr Asn Phe Val Gly His Asn lle Pro lle Phe lle Asn Leu Arg 460 455 450 5
Ser Ala Ser Ser Lys Gly Lys Glu Leu Tyr Arg Asp Leu Met Lys lle 480 475 470 465
Lys Ser Glu Lys Lys Lys Lys Ser Arg Glu Glu Gly lle Pro Met Glu 495 490 485
Arg Arg Asp Gly Lys Pro Thr Lys lle Glu lle Ser Asn Gin lle Asp 510 505 500
Arg Asn lle Lys Asp Asn Asn Phe Lys Asp lle Tyr Pro Gly Glu Pro 525 520 515
Leu Ala Met Leu Ser Leu Asn Glu Leu Pro Ala Leu Leu Phe Glu Leu 5 540 535 530
Leu Arg Arg Pro Ser lle Thr Pro Gin Asp lle Glu Asp Arg Met Val 560 555 550 545 10
Glu Lys Leu Tyr Glu Arg Phe Gin lle lle Arg Asp Tyr Lys Pro Gly 575 570 565
Asp Gly Leu Ser Thr Ser Lys lle Ser Lys Lys Leu Arg Lys Ala Asp 590 585 580
Asn Ser Thr Arg Leu Asp Gly Lys Lys Leu Leu Arg Ala lle 60 Thr 605 600 595
Glu Thr Arg Asn Ala Arg Glu Lys Leu His Thr Leu Glu Glu Asn Lys 620 615 610
Ala Leu GIn Lys Asn Arg Lys Arg Arg Thr Val Tyr Thr Thr Arg Glu 0 640 635 630 625
Gln Gly Arg Glu Ala Ser Trp Leu Ala GIn Asp Leu Lys Arg Phe Met 655 650 645 15
Pro lle Ala Ser Arg Lys Glu Trp Arg Gly Tyr His His Ser Gin Leu 670 665 660
GIn Gin lle Leu Ala Phe Tyr Asp Gin Asn Pro Lys GIn Pro Leu Glu 685 680 675
Leu Leu Glu 60 Phe Trp Asp Leu Lys Glu Asp Thr Tyr Val Trp Asn 700 695 690
Ser Trp lle His Lys Ser Leu Ser GIn His Asn Gly Phe Val Pro Met 720 715 710 705
Tyr Glu Gly Tyr Leu Lys Gly Arg Leu Gly Tyr Tyr Lys Lys Leu Glu 5 735 730 725
Ser Asp lle lle Gly Phe Leu Glu Glu His Lys Val Leu Lys Arg Tyr
750 745 740
Tyr Thr Gin GIn His Leu Asn Val lle Phe Arg Glu Arg Leu Tyr Phe 765 760 755 5 lle Lys Thr Glu Thr Lys GIn Lys Leu Glu Leu Leu Ala Arg Pro Leu 780 775 770
Val Phe Pro Arg Gly lle Phe Asp Asp Lys Pro Thr Phe Val Gln Asp 800 795 790 785
Lys Lys Val Val Asp His Pro Glu Leu Phe Ala Asp Trp Tyr Val Tyr 815 810 805
Ser Tyr Lys Asp Asp His Ser Phe Gin Glu Phe Tyr His Tyr Lys Arg 830 825 820
Asp Tyr Asn Glu lle Phe Glu Thr Glu Leu Ser Trp Asp lle Asp Phe 5 845 840 835
Lys Asp Asn Lys Arg GIn Leu Asn Pro Ser Glu GIn Met Asp Leu Phe 860 855 850 10
Arg Met Lys Trp Asp Leu Lys lle Lys Lys lle Lys lle Gin Asp lle 880 875 870 865
Phe Leu Lys lle Val Ala Glu Asp lle Tyr Leu Lys lle Phe Gly His 895 890 885
Lys lle Pro Leu Ser Leu Ser Asp Phe Tyr lle Ser Arg Gin Glu Arg 910 905 900
Leu Thr Leu Asp Glu GIn Ala Val Ala 60 Ser Met Arg Leu Pro Gly 925 920 915
Asp Thr Ser Glu Asn ‏ما‎ lle Lys Glu Ser Asn Leu Trp Gln Thr Thr 0 940 935 930
Val Pro Tyr Glu Lys Glu Gin lle Arg Glu Pro Lys lle Lys Leu Lys 960 955 950 945 15
Asp lle Gly Lys Phe Lys Tyr Phe Leu GIn GIn GIn Lys Val Leu Asn 975 970 965
Leu Leu Lys Tyr Asp Pro GIn His Val Trp Thr Lys Ala Glu Leu Glu 990 985 980
Glu Glu Leu Tyr lle Gly Lys His Ser Tyr Glu Val Val Arg Arg Glu 1005 1000 995
Met Leu Leu GIn Lys Cys His GIn Leu Glu Lys His lle Leu Glu 1020 1015 1010
GIn Phe Arg Phe Asp Gly Ser Asn His Pro Arg Glu Leu Glu GIn 5 1035 1030 1025
Gly Asn His Pro Asn Phe Lys Met Tyr lle Val Asn Gly lle Leu
1050 1045 1040
Thr Lys Arg Gly Glu Leu Glu lle Glu Ala Glu Asn Trp Trp Leu 1065 1060 1055 5
Glu Leu Gly Asn Ser Lys Asn Ser Leu Asp Lys Val Glu Val Glu 1080 1075 1070
Leu Leu Thr Met Lys Thr lle Pro Glu GIn Lys Ala Phe Leu Leu 1095 1090 1085 lle Leu lle Arg Asn Lys Phe Ala His Asn GIn Leu Pro Ala Asp 1110 1105 1100
Asn Tyr Phe His Tyr Ala Ser Asn Leu Met Asn Leu Lys Lys Ser 1125 1120 1115
Asp Thr Tyr Ser Leu Phe Trp Phe Thr Val Ala Asp Thr lle Val 5 1140 1135 1130
GIn Glu Phe Met Ser Leu 1145 10 533 <210> 1150 <211>
PRT <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Flavobacterium branchiophilum <223>
533 >400<
Met Glu Asn Leu Asn Lys lle Leu Asp Lys Glu Asn Glu lle Cys lle 15 10 5 1 5
Ser Lys lle Phe Asn Thr Lys Gly lle Ala Ala Pro lle Thr Glu Lys 30 25 20
Ala Leu Asp Asn lle Lys Ser Lys Gln Lys Asn Asp Leu Asn Lys Glu 45 40 35
Ala Arg Leu His Tyr Phe Ser lle Gly His Ser Phe Lys GIn lle Asp 60 55 50
Thr Lys Lys Val Phe Asp Tyr Val Leu lle Glu Glu Leu Lys Asp Glu 80 75 70 65
Lys Pro Leu Lys Phe lle Thr Leu 60 Lys Asp Phe Phe Thr Lys Glu 5 95 90 85
Phe Ser lle Lys Leu Gin Lys Leu lle Asn Ser lle Arg Asn lle Asn 110 105 100 10
Asn His Tyr Val His Asn Phe Asn Asp lle Asn Leu Asn Lys lle Asp 125 120 115
Ser Asn Val Phe His Phe Leu Lys Glu Ser Phe Glu Leu Ala lle lle 140 135 130
Glu Lys Tyr Tyr Lys Val Asn Lys Lys Tyr Pro Leu Asp Asn Glu lle 160 155 150 145
Val Leu Phe Leu Lys Glu Leu Phe lle Lys Asp Glu Asn Thr Ala Leu 175 170 165
Leu Asn Tyr Phe Thr Asn Leu Ser Lys Asp Glu Ala lle Glu Tyr lle 0 190 185 180
Leu Thr Phe Thr lle Thr Glu Asn Lys lle Trp Asn lle Asn Asn Glu 205 200 195 15
His Asn lle Leu Asn lle Glu Lys Gly Lys Tyr Leu Thr Phe Glu Ala 220 215 210
Met Leu Phe Leu lle Thr lle Phe Leu Tyr Lys Asn Glu Ala Asn His 240 235 230 225
Leu Leu Pro Lys Leu Tyr Asp Phe Lys Asn Asn Lys Ser Lys Gin Glu 255 250 245
Leu Phe Thr Phe Phe Ser Lys Lys Phe Thr Ser Gin Asp lle Asp Ala 270 265 260
Glu Glu Gly His Leu lle Lys Phe Arg Asp Met lle GIn Tyr Leu Asn 5 285 280 275
His Tyr Pro Thr Ala Trp Asn Asn Asp Leu Lys Leu Glu Ser Glu Asn
300 295 290
Lys Asn Lys lle Met Thr Thr Lys Leu lle Asp Ser lle lle Glu Phe 320 315 310 305 5
Glu Leu Asn Ser Asn Tyr Pro Ser Phe Ala Thr Asp lle 60 Phe Lys 335 330 325
Lys Glu Ala Lys Ala Phe Leu Phe Ala Ser Asn Lys Lys Arg Asn Gin 350 345 340
Thr Ser Phe Ser Asn Lys Ser Tyr Asn Glu Glu lle Arg His Asn Pro 365 360 355
His lle Lys Gin Tyr Arg Asp Glu lle Ala Ser Ala Leu Thr Pro lle 380 375 370
Ser Phe Asn Val Lys Glu Asp Lys Phe Lys lle Phe Val Lys Lys His 5 400 395 390 385
Val Leu Glu Glu Tyr Phe Pro Asn Ser lle Gly Tyr Glu Lys Phe Leu 415 410 405 10
Glu Tyr Asn Asp Phe Thr Glu Lys Glu Lys Glu Asp Phe Gly Leu Lys 430 425 420
Leu Tyr Ser Asn Pro Lys Thr Asn Lys Leu lle Glu Arg lle Asp Asn 445 440 435
His Lys Leu Val Lys Ser His Gly Arg Asn Gin Asp Arg Phe Met Asp 460 455 450
Phe Ser Met Arg Phe Leu Ala Glu Asn Asn Tyr Phe Gly Lys Asp Ala 480 475 470 465
Phe Phe Lys Cys Tyr Lys Phe Tyr Asp Thr Gin Glu GIn Asp Glu Phe 0 495 490 485
Leu GIn Ser Asn Glu Asn Asn Asp Asp Val Lys Phe His Lys Gly Lys 510 505 500 15
Val Thr Thr Tyr lle Lys Tyr Glu Glu His Leu Lys Asn Tyr Ser Tyr 525 520 515
Trp Asp Cys Pro Phe Val Glu Glu Asn Asn Ser Met Ser Val Lys lle 540 535 530
Ser lle Gly Ser Glu Glu Lys lle Leu Lys lle GIn Arg Asn Leu Met 560 555 550 545 lle Tyr Phe Leu Glu Asn Ala Leu Tyr Asn Glu Asn Val Glu Asn Gin 575 570 565
Gly Tyr Lys Leu Val Asn Asn Tyr Tyr Arg Glu Leu Lys Lys Asp Val 5 590 585 580
Glu Glu Ser lle Ala Ser Leu Asp Leu lle Lys Ser Asn Pro Asp Phe
605 600 595
Lys Ser Lys Tyr Lys Lys lle Leu Pro Lys Arg Leu Leu His Asn Tyr 620 615 610 5
Ala Pro Ala Lys Gin Asp Lys Ala Pro Glu Asn Ala Phe Glu Thr Leu 640 635 630 625
Leu Lys Lys Ala Asp Phe Arg Glu Glu Gin Tyr Lys Lys Leu Leu Lys 655 650 645
Lys Ala Glu His Glu Lys Asn Lys Glu Asp Phe Val Lys Arg Asn Lys 670 665 660
Gly Lys Gin Phe Lys Leu His Phe lle Arg Lys Ala Cys 60 Met Met 685 680 675
Tyr Phe Lys Glu Lys Tyr Asn Thr Leu Lys Glu Gly Asn Ala Ala Phe 5 700 695 690
Glu Lys Lys Asp Pro Val lle Glu Lys Arg Lys Asn Lys Glu His Glu 720 715 710 705 10
Phe Gly His His Lys Asn Leu Asn lle Thr Arg Glu Glu Phe Asn Asp 735 730 725
Tyr Cys Lys Trp Met Phe Ala Phe Asn Gly Asn Asp Ser Tyr Lys Lys 750 745 740
Tyr Leu Arg Asp Leu Phe Ser Glu Lys His Phe Phe Asp Asn Gin Glu 765 760 755
Tyr Lys Asn Leu Phe Glu Ser Ser Val Asn Leu Glu Ala Phe Tyr Ala 780 775 770
Lys Thr Lys Glu Leu Phe Lys Lys Trp lle Glu Thr Asn Lys Pro Thr 0 800 795 790 785
Asn Asn Glu Asn Arg Tyr Thr Leu Glu Asn Tyr Lys Asn Leu lle Leu 815 810 805 15
Gln Lys GIn Val Phe lle Asn Val Tyr His Phe Ser Lys Tyr Leu lle 830 825 820
Asp Lys Asn Leu Leu Asn Ser Glu Asn Asn Val lle Gin Tyr Lys Ser 845 840 835
Leu Glu Asn Val Glu Tyr Leu lle Ser Asp Phe Tyr Phe GIn Ser Lys 860 855 850
Leu Ser lle Asp GIn Tyr Lys Thr Cys Gly Lys Leu Phe Asn Lys Leu 880 875 870 865
Lys Ser Asn Lys Leu Glu Asp Cys Leu Leu Tyr Glu lle Ala Tyr Asn 5 895 890 885
Tyr lle Asp Lys Lys Asn Val His Lys lle Asp lle GIn Lys lle Leu
910 905 900
Thr Ser Lys lle lle Leu Thr lle Asn Asp Ala Asn Thr Pro Tyr Lys 925 920 915 5 lle Ser Val Pro Phe Asn Lys Leu Glu Arg Tyr Thr Glu Met lle Ala 940 935 930 lle Lys Asn Gin Asn Asn Leu Lys Ala Arg Phe Leu lle Asp Leu Pro 960 955 950 945
Leu Tyr Leu Ser Lys Asn Lys lle Lys Lys Gly Lys Asp Ser Ala Gly 975 970 965
Tyr Glu lle lle lle Lys Asn Asp Leu Glu lle Glu Asp lle Asn Thr 990 985 980 lle Asn Asn Lys lle lle Asn Asp Ser Val Lys Phe Thr Glu Val Leu 5 1005 1000 995
Met Glu Leu Glu Lys Tyr Phe lle Leu Lys Asp Lys Cys lle Leu 1020 1015 1010 10
Ser Lys Asn Tyr lle Asp Asn Ser Glu lle Pro Ser Leu Lys 0 1035 1030 1025
Phe Ser Lys Val Trp lle Lys Glu Asn Glu Asn Glu lle lle Asn 1050 1045 1040
Tyr Arg Asn lle Ala Cys His Phe His Leu Pro Leu Leu Glu Thr 1065 1060 1055
Phe Asp Asn Leu Leu Leu Asn Val Glu Gin Lys Phe lle Lys Glu 1080 1075 1070
Glu Leu Gin Asn Val Ser Thr lle Asn Asp Leu Ser Lys Pro GIn 0 1095 1090 1085
Glu Tyr Leu lle Leu Leu Phe lle Lys Phe Lys His Asn Asn Phe 1110 1105 1100 15
Tyr Leu Asn Leu Phe Asn Lys Asn Glu Ser Lys Thr lle Lys Asn 1125 1120 1115
Asp Lys Glu Val Lys Lys Asn Arg Val Leu GIn Lys Phe lle Asn 1140 1135 1130
Gln Val lle Leu Lys Lys Lys 1150 1145 534 <210> 1150 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Prevotella saccharolytica <223> 534 <400>
Met Met Glu Lys Glu Asn Val Gin Gly Ser His lle Tyr Tyr Glu Pro 15 10 5 1
Thr Asp Lys Cys Phe Trp Ala Ala Phe Tyr Asn Leu Ala Arg His Asn 25 20
Ala Tyr Leu Thr lle Ala His lle Asn Ser Phe Val Asn Ser Lys Lys 10 40 35
Gly lle Asn Asn Asp Asp Lys Val Leu Asp lle lle Asp Asp Trp Ser 60 55 50 15
Lys Phe Asp Asn Asp Leu Leu Met Gly Ala Arg Leu Asn Lys Leu lle 80 75 70 65
Leu Lys His Phe Pro Phe Leu Lys Ala Pro Leu Tyr Gin Leu Ala Lys 95 90 85
Arg Lys Thr Arg Lys Gin GIn Gly Lys Glu GIn Gln Asp Tyr Glu Lys 110 105 100
Lys Gly Asp Glu Asp Pro Glu Val lle Gin Glu Ala lle Ala Asn Ala 125 120 115
Phe Lys Met Ala Asn Val Arg Lys Thr Leu His Ala Phe Leu Lys GIn 5 140 135 130
Leu Glu Asp Leu Arg Asn His Phe Ser His Tyr Asn Tyr Asn Ser Pro
160 155 150 145
Ala Lys Lys Met Glu Val Lys Phe Asp Asp Gly Phe Cys Asn Lys Leu 175 170 165 5
Tyr Tyr Val Phe Asp Ala Ala Leu GIn Met Val Lys Asp Asp Asn Arg 190 185 180
Met Asn Pro Glu lle Asn Met GIn Thr Asp Phe Glu His Leu Val Arg 205 200 195
Leu Gly Arg Asn Arg Lys lle Pro Asn Thr Phe Lys Tyr Asn Phe Thr 220 215 210
Asn Ser Asp Gly Thr lle Asn Asn Asn Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser 240 235 230 225
Leu Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met Gin Lys Lys lle Lys 5 255 250 245
Gly Phe Lys Gly Gly Thr Glu Asn Tyr Met Arg Met Thr Asn Glu Val 270 265 260 10
Phe Cys Arg Asn Arg Met Val lle Pro Lys Leu Arg Leu Glu Thr Asp 285 280 275
Tyr Asp Asn His GIn Leu Met Phe Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg 300 295 290
Cys Pro Leu Ser Leu Tyr Lys Arg Leu Lys GIn Glu Asp ‏ماى‎ Asp Lys 320 315 310 305
Phe Arg Val Pro lle Glu Phe Leu Asp Glu Asp Asn Glu Ala Asp Asn 335 330 325
Pro Tyr Gln Glu Asn Ala Asn Ser Asp Glu Asn Pro Thr Glu Glu Thr 0 350 345 340
Asp Pro Leu Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin His Arg Phe Pro Tyr 365 360 355 15
Phe Val Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Asn Glu Val Phe Lys GIn Leu Arg 380 375 370
Phe Gin lle Asn Leu Gly Cys Tyr His Phe Ser lle Tyr Asp Lys Thr 400 395 390 385 lle Gly Glu Arg Thr Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Phe Gly 415 410 405
Phe Asp Arg Leu Gin Asn Phe Ser Val Lys Leu GIn Pro Glu His Trp 430 425 420
Lys Asn Met Val Lys His Leu Asp Thr Glu Glu Ser Ser Asp Lys Pro 5 445 440 435
Tyr Leu Ser Asp Ala Met Pro His Tyr GIn lle Glu Asn Glu Lys lle
460 455 450
Gly lle His Phe Leu Lys Thr Asp Thr Glu Lys Lys Glu Thr Val Trp 480 475 470 465 5
Pro Ser Leu Glu Val Glu Glu Val Ser Ser Asn Arg Asn Lys Tyr Lys 495 490 485
Ser Glu Lys Asn Leu Thr Ala Asp Ala Phe Leu Ser Thr His Glu Leu 510 505 500
Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr 60 Leu Leu Ser Ser Glu Glu Lys Thr 525 520 515
Arg Ala Ala Ala Gly Asp Lys Val 60 Gly Val Leu GIn Ser Tyr Arg 540 535 530
Lys Lys lle Phe Asp lle Tyr Asp Asp Phe Ala Asn Gly Thr lle Asn 5 560 555 550 545
Ser Met Gin Lys Leu Asp Glu Arg Leu Ala Lys Asp Asn Leu Leu Arg 575 570 565 10
Gly Asn Met Pro Gin Gin Met Leu Ala lle Leu Glu His 60 Glu Pro 590 585 580
Asp Met Glu Gin Lys Ala Lys Glu Lys Leu Asp Arg Leu lle Thr Glu 605 600 595
Thr Lys Lys Arg lle Gly Lys Leu Glu Asp Gin Phe Lys Gin Lys Val 620 615 610
Arg lle Gly Lys Arg Arg Ala Asp Leu Pro Lys Val Gly Ser lle Ala 640 635 630 625
Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Ala Lys Arg Asn 10 655 650 645
Ala Asp Asn Thr Gly Val Pro Asp Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr 670 665 660 15
Arg Leu Leu GIn Glu Ala Leu Ala Phe Tyr Ser Ala Tyr Lys Asp Arg 685 680 675
Leu Glu Pro Tyr Phe Arg Gin Val Asn Leu lle Gly Gly Thr Asn Pro 700 695 690
His Pro Phe Leu His Arg Val Asp Trp Lys Lys Cys Asn His Leu Leu 720 715 710 705
Ser Phe Tyr His Asp Tyr Leu Glu Ala Lys Glu GIn Tyr Leu Ser His 735 730 725
Leu Ser Pro Ala Asp Trp GIn Lys His Gin His Phe Leu Leu Leu Lys 15 750 745 740
Val Arg Lys Asp lle Gin Asn Glu Lys Lys Asp Trp Lys Lys Ser Leu
765 760 755
Val Ala Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr 780 775 770 5
Glu Ser lle Lys Thr Trp Phe Ser Thr Asp Ala Asp Lys Val 60 lle 800 795 790 785
Thr Asp Thr Lys Leu Phe Glu Asn Arg Val Gly Leu lle Ala Lys Leu 815 810 805 lle Pro Leu Tyr Tyr Asp Lys Val Tyr Asn Asp Lys Pro Gin Pro Phe 830 825 820
Tyr Gln Tyr Pro Phe Asn lle Asn Asp Arg Tyr Lys Pro Glu Asp Thr 845 840 835
Arg Lys Arg Phe Thr Ala Ala Ser Ser Lys Leu Trp Asn Glu Lys Lys 5 860 855 850
Met Leu Tyr Lys Asn Ala GIn Pro Asp Ser Ser Asp Lys lle Glu Tyr 880 875 870 865 10
Pro GIn Tyr Leu Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Leu Glu Arg Glu Leu 895 890 885
Arg Met Leu Arg Asn Gin Asp Met Met Val Trp Leu Met Cys Lys Asp 910 905 900
Leu Phe Ala 60 Cys Thr Val Glu Gly Val Glu Phe Ala Asp Leu Lys 925 920 915
Leu Ser GIn Leu Glu Val Asp Val Asn Val GIn Asp Asn Leu Asn Val 940 935 930
Leu Asn Asn Val Ser Ser Met lle Leu Pro Leu Ser Val Tyr Pro Ser 0 960 955 950 945
Asp Ala 60 Gly Asn Val Leu Arg Asn Ser Lys Pro Leu His Thr Val 975 970 965 15
Tyr Val Gln Glu Asn Asn Thr Lys Leu Leu Lys Gin Gly Asn Phe Lys 990 985 980
Ser Leu Leu Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe lle Ala 1005 1000 995
Ala Glu Gly Glu Asp Leu GIn ‏ماي‎ His Pro Leu Thr Lys Asn Arg 1020 1015 1010
Leu Glu Tyr Glu Leu Ser lle Tyr Gln Thr Met Arg lle Ser Val 1035 1030 1025
Phe Glu Gin Thr Leu 60 Leu Glu Lys Ala lle Leu Thr Arg Asn 5 1050 1045 1040
Lys Thr Leu Cys Gly Asn Asn Phe Asn Asn Leu Leu Asn Ser Trp
1065 1060 1055
Ser Glu His Arg Thr Asp Lys Lys Thr Leu Gin Pro Asp lle Asp 1080 1075 1070 5
Phe Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr Pro 1095 1090 1085
Met Ser Thr Asn Thr Val Met GIn Gly lle Glu Lys Phe Asn lle 1110 1105 1100
GIn Thr Pro Lys Leu Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly lle Ala Ser 1125 1120 1115
‏ما‎ Leu Ala Lys Lys Thr Lys Asp Ala Ala Ser Arg Leu GIn Asn 1140 1135 1130 lle lle Asn Gly Gly Thr Asn 5 1150 1145 535 <210> 1151 <211> 10
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Prevotella saccharolytica <223> 15 535 <400>
Met Glu Asp Lys Pro Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His
15 10 5 1
Asn Val Tyr Leu Thr Val Asn His lle Asn Lys Leu Leu Asp Leu Glu 30 25 20 5
Lys Leu Tyr Asp Glu Gly Lys His Lys Glu lle Phe Glu Arg Glu Asp 45 40 35 lle Phe Asn lle Ser Asp Asp Val Met Asn Asp Ala Asn Ser Asn Gly 60 55 50
Lys Lys Arg Lys Leu Asp lle Lys Lys lle Trp Asp Asp Leu Asp Thr 80 75 70 65
Asp Leu Thr Arg Lys Tyr GIn Leu Arg Glu Leu lle Leu Lys His Phe 95 90 85
Pro Phe lle Gin Pro Ala lle lle Gly Ala GIn Thr Lys Glu Arg Thr 5 110 105 100
Thr lle Asp Lys Asp Lys Arg Ser Thr Ser Thr Ser Asn Asp Ser Leu 125 120 115 10
Lys Gin Thr Gly Glu Gly Asp lle Asn Asp Leu Leu Ser Leu Ser Asn 140 135 130
Val Lys Ser Met Phe Phe Arg Leu Leu Gin lle Leu Glu GIn Leu Arg 160 155 150 145
Asn Tyr Tyr Ser His Val Lys His Ser Lys Ser Ala Thr Met Pro Asn 175 170 165
Phe Asp Glu Asp Leu Leu Asn Trp Met Arg Tyr lle Phe lle Asp Ser 190 185 180
Val Asn Lys Val Lys Glu Asp Tyr Ser Ser Asn Ser Val lle Asp Pro 0 205 200 195
Asn Thr Ser Phe Ser His Leu lle Tyr Lys Asp Glu Gin Gly Lys lle 220 215 210 15
Lys Pro Cys Arg Tyr Pro Phe Thr Ser Lys Asp Gly Ser lle Asn Ala 240 235 230 225
Phe Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys GIn Asp Ser 255 250 245 lle Trp Met GIn Lys Lys lle Pro Gly Phe Lys Lys Ala Ser Glu Asn 270 265 260
Tyr Met Lys Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Asn His lle Leu Leu 285 280 275
Pro Lys lle Arg Leu Glu Thr Val Tyr Asp Lys Asp Trp Met Leu Leu 15 300 295 290
Asp Met Leu Asn Glu Val Val Arg Cys Pro Leu Ser Leu Tyr Lys Arg
320 315 310 305
Leu Thr Pro Ala Ala Gin Asn Lys Phe Lys Val Pro Glu Lys Ser Ser 335 330 325 5
Asp Asn Ala Asn Arg Gin Glu Asp Asp Asn Pro Phe Ser Arg lle Leu 350 345 340
Val Arg His ‏صاى‎ Asn Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Phe Phe Asp 365 360 355
Leu Asn Glu Val Phe Thr Thr Leu Arg Phe Gin lle Asn Leu Gly Cys 380 375 370
Tyr His Phe Ala lle Cys Lys Lys GIn lle Gly Asp Lys Lys Glu Val 400 395 390 385
His His Leu lle Arg Thr Leu Tyr Gly Phe Ser Arg Leu GIn Asn Phe 5 415 410 405
Thr Gln Asn Thr Arg Pro Glu Glu Trp Asn Thr Leu Val Lys Thr Thr 430 425 420 10
Glu Pro Ser Ser Gly Asn Asp Gly Lys Thr Val 60 Gly Val Pro Leu 445 440 435
Pro Tyr lle Ser Tyr Thr lle Pro His Tyr GIn lle Glu Asn Glu Lys 460 455 450 lle Gly lle Lys lle Phe Asp Gly Asp Thr Ala Val Asp Thr Asp lle 480 475 470 465
Trp Pro Ser Val Ser Thr Glu Lys GIn Leu Asn Lys Pro Asp Lys Tyr 495 490 485
Thr Leu Thr Pro Gly Phe Lys Ala Asp Val Phe Leu Ser Val His Glu 0 510 505 500
Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Gin Leu Leu Leu Cys Glu Gly Met 525 520 515 15
Leu Lys Thr Asp Ala Gly Asn Ala Val Glu Lys Val Leu lle Asp Thr 540 535 530
Arg Asn Ala lle Phe Asn Leu Tyr Asp Ala Phe Val 60 Glu Lys lle 560 555 550 545
Asn Thr lle Thr Asp Leu Glu Asn Tyr Leu Gin Asp Lys Pro lle Leu 575 570 565 lle Gly His Leu Pro Lys GIn Met lle Asp Leu Leu Lys Gly His Gin 590 585 580
Arg Asp Met Leu Lys Ala Val Glu Gin Lys Lys Ala Met Leu lle Lys 15 605 600 595
Asp Thr Glu Arg Arg Leu Lys Leu Leu Asp Lys Gin Leu Lys Gin Glu
620 615 610
Thr Asp Val Ala Ala Lys Asn Thr Gly Thr Leu Leu Lys Asn Gly Gin 640 635 630 625 5 lle Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Lys 655 650 645
Arg Asp Lys Glu Gly Asn Pro lle Asn Cys Ser Lys Ala Asn Ser Thr 670 665 660
Glu Tyr Gin Met Leu GIn Arg Ala Phe Ala Phe Tyr Ala Thr Asp Ser 685 680 675
Cys Arg Leu Ser Arg Tyr Phe Thr Gin Leu His Leu lle His Ser Asp 700 695 690
Asn Ser His Leu Phe Leu Ser Arg Phe Glu Tyr Asp Lys ‏ماق‎ Pro Asn 5 720 715 710 705
Leu lle Ala Phe Tyr Ala Ala Tyr Leu Lys Ala Lys Leu Glu Phe Leu 735 730 725 10
Asn Glu Leu GIn Pro Gln Asn Trp Ala Ser Asp Asn Tyr Phe Leu Leu 750 745 740
Leu Arg Ala Pro Lys Asn Asp Arg Gin Lys Leu Ala Glu Gly Trp Lys 765 760 755
Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Lys lle Lys Thr 780 775 770
Trp Phe Asn Glu His Lys Thr lle Val Asp lle Ser Asp Cys Asp lle 800 795 790 785
Phe Lys Asn Arg Val Gly GIn Val Ala Arg Leu lle Pro Val Phe Phe 10 815 810 805
Asp Lys Lys Phe Lys Asp His Ser Gln Pro Phe Tyr Arg Tyr Asp Phe 830 825 820 15
Asn Val Gly Asn Val Ser Lys Pro Thr Glu Ala Asn Tyr Leu Ser Lys 845 840 835
Gly Lys Arg Glu Glu Leu Phe Lys Ser Tyr Gin Asn Lys Phe Lys Asn 860 855 850
Asn lle Pro Ala Glu Lys Thr Lys Glu Tyr Arg Glu Tyr Lys Asn Phe 880 875 870 865
Ser Leu Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu lle Lys Asn 0 895 890 885
Asp lle Leu lle Trp Leu Met Cys Lys Asn Leu Phe Asp Glu Lys lle 5 910 905 900
Lys Pro Lys Lys Asp lle Leu Glu Pro Arg lle Ala Val Ser Tyr lle
925 920 915
Lys Leu Asp Ser Leu GIn Thr Asn Thr Ser Thr Ala Gly Ser Leu Asn 940 935 930 5
Ala Leu Ala Lys Val Val Pro Met Thr Leu Ala lle His lle Asp Ser 960 955 950 945
Pro Lys Pro Lys Gly Lys Ala Gly Asn Asn Glu Lys Glu Asn Lys Glu 975 970 965
Phe Thr Val Tyr lle Lys Glu Glu Gly Thr Lys Leu Leu Lys Trp Gly 990 985 980
Asn Phe Lys Thr Leu Leu Ala Asp Arg Arg lle Lys Gly Leu Phe Ser 1005 1000 995
Tyr lle Glu His Asp Asp lle Asp Leu Lys GIn His Pro Leu Thr 5 1020 1015 1010
Lys Arg Arg Val Asp Leu Glu Leu Asp Leu Tyr GIn Thr Cys Arg 1035 1030 1025 10 lle Asp lle Phe Gin 0 Thr Leu Gly Leu Glu Ala Gin Leu Leu 1050 1045 1040
Asp Lys Tyr Ser Asp Leu Asn Thr Asp Asn Phe Tyr Gin Met Leu 1065 1060 1055 lle Gly Trp Arg Lys Lys Glu Gly lle Pro Arg Asn lle Lys Glu 1080 1075 1070
Asp Thr Asp Phe Leu Lys Asp Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1095 1090 1085
GIn Tyr Pro Asp Ser Lys Lys lle Ala Phe Arg Arg lle Arg Lys 0 1110 1105 1100
Phe Asn Pro Lys Glu Leu lle Leu Glu Glu Glu Glu Gly Leu Gly 1125 1120 1115 15 lle Ala Thr Gin Met Tyr Lys Glu Val Glu Lys Val Val Asn Arg 1140 1135 1130 lle Lys Arg lle Glu Leu Phe Asp 1150 1145 536 <210> 1154 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 0 <220>
Paludibacter propionicigenes <223> 536 <400> 15
Met Lys Thr Ser Ala Asn Asn lle Tyr Phe Asn Gly lle Asn Ser Phe 10 5 1
Lys Lys lle Phe Asp Ser Lys Gly Ala lle Ala Pro lle Ala Glu Lys 30 25 20
Ser Cys Arg Asn Phe Asp lle Lys Ala Gin Asn Asp Val Asn Lys Glu 40 35
GIn Arg lle His Tyr Phe Ala Val Gly His Thr Phe Lys GIn Leu Asp 0 60 55 50
Thr Glu Asn Leu Phe Glu Tyr Val Leu Asp Glu Asn Leu Arg Ala Lys 80 75 70 65 15
Arg Pro Thr Arg Phe lle Ser Leu GIn Gin Phe Asp Lys Glu Phe lle 95 90 85
Glu Asn lle Lys Arg Leu lle Ser Asp lle Arg Asn lle Asn Ser His 110 105 100
Tyr lle His Arg Phe Asp Pro Leu Lys lle Asp Ala Val Pro Thr Asn 125 120 115 lle lle Asp Phe Leu Lys Glu Ser Phe Glu Leu Ala Val lle Gin lle 140 135 130
Tyr Leu Lys Glu Lys Gly lle Asn Tyr Leu Gln Phe Ser Glu Asn Pro 5 160 155 150 145
His Ala Asp GIn Lys Leu Val Ala Phe Leu His Asp Lys Phe Leu Pro
175 170 165
Leu Asp Glu Lys Lys Thr Ser Met Leu Gln Asn Glu Thr Pro Gin Leu 190 185 180 5
Lys Glu Tyr Lys Glu Tyr Arg Lys Tyr Phe Lys Thr Leu Ser Lys GIn 205 200 195
Ala Ala lle Asp Gin Leu Leu Phe Ala Glu Lys Glu Thr Asp Tyr lle 220 215 210
Trp Asn Leu Phe Asp Ser His Pro Val Leu Thr lle Ser Ala Gly Lys 240 235 230 225
Tyr Leu Ser Phe Tyr Ser Cys Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Tyr 255 250 245
Lys Ser Glu Ala Asn GIn Leu lle Ser Lys lle Lys Gly Phe Lys Lys 5 270 265 260
Asn Thr Thr Glu Glu Glu Lys Ser Lys Arg Glu lle Phe Thr Phe Phe 285 280 275 10
Ser Lys Arg Phe Asn Ser Met Asp lle Asp Ser Glu Glu Asn Gin Leu 300 295 290
Val Lys Phe Arg Asp Leu lle Leu Tyr Leu Asn His Tyr Pro Val Ala 320 315 310 305
Trp Asn Lys Asp Leu Glu Leu Asp Ser Ser Asn Pro Ala Met Thr Asp 335 330 325
Lys Leu Lys Ser Lys lle lle Glu Leu Glu lle Asn Arg Ser Phe Pro 350 345 340
Leu Tyr Glu Gly Asn Glu Arg Phe Ala Thr Phe Ala Lys Tyr Gin lle 0 365 360 355
Trp Gly Lys Lys His Leu Gly Lys Ser lle Glu Lys Glu Tyr lle Asn 380 375 370 15
Ala Ser Phe Thr Asp Glu Glu lle Thr Ala Tyr Thr Tyr Glu Thr Asp 400 395 390 385
Thr Cys Pro Glu Leu Lys Asp Ala His Lys Lys Leu Ala Asp Leu Lys 415 410 405
Ala Ala Lys Gly Leu Phe Gly Lys Arg Lys Glu Lys Asn Glu Ser Asp 430 425 420 lle Lys Lys Thr Glu Thr Ser lle Arg Glu Leu Gin His Glu Pro Asn 445 440 435
Pro lle Lys Asp Lys Leu lle Gin Arg lle Glu Lys Asn Leu Leu Thr 5 460 455 450
Val Ser Tyr Gly Arg Asn Gin Asp Arg Phe Met Asp Phe Ser Ala Arg
480 475 470 465
Phe Leu Ala Glu lle Asn Tyr Phe Gly 60 Asp Ala Ser Phe Lys Met 495 490 485 5
Tyr His Phe Tyr Ala Thr Asp Glu GIn Asn Ser Glu Leu Glu Lys Tyr 510 505 500
Glu Leu Pro Lys Asp Lys Lys Lys Tyr Asp Ser Leu Lys Phe His Gin 525 520 515
Gly Lys Leu Val His Phe lle Ser Tyr Lys Glu His Leu Lys Arg Tyr 540 535 530
Glu Ser Trp Asp Asp Ala Phe Val lle Glu Asn Asn Ala lle Gin Leu 560 555 550 545
Lys Leu Ser Phe Asp Gly Val Glu Asn Thr Val Thr lle Gin Arg Ala 5 575 570 565
Leu Leu lle Tyr Leu Leu Glu Asp Ala Leu Arg Asn lle Gln Asn Asn 590 585 580 10
Thr Ala Glu Asn Ala Gly Lys Gin Leu Leu 60 Glu Tyr Tyr Ser His 605 600 595
Asn Lys Ala Asp Leu Ser Ala Phe Lys GIn lle Leu Thr Gin Gln Asp 620 615 610
Ser lle Glu Pro Gin GIn Lys Thr Glu Phe Lys Lys Leu Leu Pro Arg 640 635 630 625
Arg Leu Leu Asn Asn Tyr Ser Pro Ala lle Asn His Leu 60 Thr Pro 655 650 645
His Ser Ser Leu Pro Leu lle Leu Glu Lys Ala Leu Leu Ala Glu Lys 10 670 665 660
Arg Tyr Cys Ser Leu Val Val Lys Ala Lys Ala Glu Gly Asn Tyr Asp 685 680 675 15
Asp Phe lle Lys Arg Asn Lys Gly Lys GIn Phe Lys Leu 60 Phe lle 700 695 690
Arg Lys Ala Trp Asn Leu Met Tyr Phe Arg Asn Ser Tyr Leu GIn Asn 720 715 710 705
Val GIn Ala Ala Gly His His Lys Ser Phe His lle Glu Arg Asp Glu 735 730 725
Phe Asn Asp Phe Ser Arg Tyr Met Phe Ala Phe Glu Glu Leu Ser Gin 750 745 740
Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asn Glu Met Phe Glu Lys Lys Gly Phe Phe Glu 5 765 760 755
Asn Asn Glu Phe Lys lle Leu Phe GIn Ser Gly Thr Ser Leu Glu Asn
780 775 770
Leu Tyr Glu Lys Thr Lys GIn Lys Phe Glu lle Trp Leu Ala Ser Asn 800 795 790 785 5
Thr Ala Lys Thr Asn Lys Pro Asp Asn Tyr His Leu Asn Asn Tyr Glu 815 810 805
GIn GIn Phe Ser Asn GIn Leu Phe Phe lle Asn Leu Ser His Phe lle 830 825 820
Asn Tyr Leu Lys Ser Thr Gly Lys Leu GIn Thr Asp Ala Asn Gly GIn 845 840 835 lle lle Tyr Glu Ala Leu Asn Asn Val 60 Tyr Leu lle Pro Glu Tyr 860 855 850
Tyr Tyr Thr Asp Lys Pro Glu Arg Ser Glu Ser Lys Ser Gly Asn Lys 5 880 875 870 865
Leu Tyr Asn Lys Leu Lys Ala Thr Lys Leu Glu Asp Ala Leu Leu Tyr 895 890 885 10
Glu Met Ala Met Cys Tyr Leu Lys Ala Asp Lys GIn lle Ala Asp Lys 910 905 900
Ala Lys His Pro lle Thr Lys Leu Leu Thr Ser Asp Val Glu Phe Asn 925 920 915 lle Thr Asn Lys Glu Gly lle Gin Leu Tyr His Leu Leu Val Pro Phe 940 935 930
Lys Lys lle Asp Ala Phe lle Gly Leu Lys Met His Lys Glu GIn Gin 960 955 950 945
Asp Lys Lys His Pro Thr Ser Phe Leu Ala Asn lle Val Asn Tyr Leu 10 975 970 965
Glu Leu Val Lys Asn Asp Lys Asp lle Arg Lys Thr Tyr Glu Ala Phe 990 985 980 15
Ser Thr Asn Pro Val Lys Arg Thr Leu Thr Tyr Asp Asp Leu Ala Lys 1005 1000 995 lle Asp Gly His Leu lle Ser Lys Ser lle Lys Phe Thr Asn Val 1020 1015 1010
Thr Leu Glu Leu Glu Arg Tyr Phe lle Phe Lys Glu Ser Leu lle 1035 1030 1025
Val Lys Lys Gly Asn Asn lle Asp Phe Lys Tyr lle Lys Gly Leu 1050 1045 1040
Arg Asn Tyr Tyr Asn Asn Glu Lys Lys Lys Asn Glu Gly lle Arg 15 1065 1060 1055
Asn Lys Ala Phe His Phe Gly lle Pro Asp Ser Lys Ser Tyr Asp
1080 1075 1070
Gln Leu lle Arg Asp Ala Glu Val Met Phe lle Ala Asn Glu Val 1095 1090 1085 5
Lys Pro Thr His Ala Thr Lys Tyr Thr Asp Leu Asn Lys GIn Leu 1110 1105 1100
His Thr Val Cys Asp Lys Leu Met Glu Thr Val His Asn Asp Tyr 1125 1120 1115
Phe Ser Lys Glu Gly Asp Gly Lys Lys Lys Arg Glu Ala Ala Gly 1140 1135 1130
Gln Lys Tyr Phe Glu Asn lle lle Ser Ala Lys 1150 1145 537 <210> 5 >211< 1155 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220> 10
Flavobacterium sp. 316 <223> 537 <400>
Met Asp Asn Asn lle Thr Val Glu Lys Thr Glu Leu Gly Leu Gly lle 5 10 5 1
Thr Tyr Asn His Asp Lys Val Glu Asp Lys His Tyr Phe Gly Gly Phe
30 25 20
Phe Asn Leu Ala GIn Asn Asn lle Asp Leu Val Ala Gln Glu Phe Lys 45 40 35 5
Lys Arg Leu Leu lle GIn Gly Lys Asp Ser lle Asn lle Phe Ala Asn 60 55 50
Tyr Phe Ser Asp Gin Cys Ser lle Thr Asn Leu Glu Arg Gly lle Lys 80 75 70 65 lle Leu Ala Glu Tyr Phe Pro Val Val Ser Tyr lle Asp Leu Asp Glu 95 90 85
Lys Asn Lys Ser Lys Ser lle Arg Glu His Leu lle Leu Leu Leu Glu 110 105 100
Thr lle Asn Asn Leu Arg Asn Tyr Tyr Thr His Tyr Tyr His Lys Lys 5 125 120 115 lle lle lle Asp Gly Ser Leu Phe Pro Leu Leu Asp Thr lle Leu Leu 140 135 130 10
Lys Val Val Leu Glu lle Lys Lys Lys Lys Leu Lys Glu Asp Lys Thr 160 155 150 145
Lys Gin Leu Leu Lys Lys Gly Leu Glu Lys Glu Met Thr lle Leu Phe 175 170 165
Asn Leu Met Lys Ala Glu 0 Lys Glu Lys Lys lle Lys Gly Trp Asn 190 185 180 lle Asp Glu Asn lle Lys Gly Ala Val Leu Asn Arg Ala Phe Ser His 205 200 195
Leu Leu Tyr Asn Asp Glu Leu Ser Asp Tyr Arg Lys Ser Lys Tyr Asn 10 220 215 210
Thr Glu Asp Glu Thr Leu Lys Asp Thr Leu Thr Glu Ser Gly lle Leu 240 235 230 225 15
Phe Leu Leu Ser Phe Phe Leu Asn Lys Lys Glu GIn Glu GIn Leu Lys 255 250 245
Ala Asn lle Lys Gly Tyr Lys Gly Lys lle Ala Ser lle Pro Asp Glu 270 265 260
Glu lle Thr Leu Lys Asn Asn Ser Leu Arg Asn Met Ala Thr His Trp 285 280 275
Thr Tyr Ser His Leu Thr Tyr Lys Gly Leu Lys His Arg lle Lys Thr 300 295 290
Asp His Glu Lys Glu Thr Leu Leu Val Asn Met Val Asp Tyr Leu Ser 5 320 315 310 305
Lys Val Pro His Glu lle Tyr Gln Asn Leu Ser Glu 60 Asn Lys Ser
335 330 325
Leu Phe Leu Glu Asp lle Asn Glu Tyr Met Arg Asp Asn Glu Glu Asn 350 345 340 5
His Asp Ser Ser Glu Ala Ser Arg Val lle His Pro Val lle Arg Lys 365 360 355
Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Ala Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu 380 375 370
Phe Ala Glu Phe Pro Thr Leu Arg Phe Met Val Asn Val Gly Asn Tyr 400 395 390 385 lle His Asp Asn Arg Lys Lys Asp lle Gly Gly Thr Ser Leu lle Thr 415 410 405
Asn Arg Thr lle Lys GIn GIn lle Asn Val Phe Gly Asn Leu Thr Glu 5 430 425 420 lle His Lys Lys Lys Asn Asp Tyr Phe Glu Lys Glu Glu Asn Lys Glu 445 440 435 10
Lys Thr Leu Glu Trp Glu Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr His Phe Gin 460 455 450
Lys Glu Asn lle Pro lle Phe lle Asp Leu Glu Lys Ser Lys Glu Thr 480 475 470 465
Asn Asp Leu Ala Lys Glu Tyr Ala Lys Glu Lys Lys Lys lle Phe Gly 495 490 485
Ser Ser Arg Lys Lys Gln GIn Asn Thr Ala Lys Lys Asn Arg Glu Thr 510 505 500 lle lle Asn Leu Val Phe Asp Lys Tyr Lys Thr Ser Asp Arg Lys Thr 0 525 520 515
Val Thr Phe Glu 60 Pro Thr Ala Leu Leu Ser Phe Asn Glu Leu Asn 540 535 530 15
Ser Phe Leu Tyr Ala Phe Leu Val Glu Asn Lys Thr Gly Lys Glu Leu 560 555 550 545
Glu Lys lle lle lle Glu Lys lle Ala Asn GIn Tyr Gin lle Leu Lys 575 570 565
Asn Cys Ser Ser Thr Val Asp Lys Thr Asn Asp Asn lle Pro Lys Ser 590 585 580 lle Lys Lys lle Val Asn Thr Thr Thr Asp Ser Phe Tyr Phe Glu Gly 605 600 595
Lys Lys lle Asp lle Glu Lys Leu Glu Lys Asp lle Thr lle Glu lle 5 620 615 610
Glu Lys Thr Asn Glu Lys Leu Glu Thr lle Lys Glu Asn Glu Glu Ser
640 65 630 625
Ala GIn Asn Tyr Lys Arg Asn Glu Arg Asn Thr Gin Lys Arg Lys Leu 655 650 645 5
Tyr Arg Lys Tyr Val Phe Phe Thr Asn Glu lle Gly lle Glu Ala Thr 670 665 660
Trp lle Thr Asn Asp lle Leu Arg Phe Leu Asp Asn Lys Glu Asn Trp 685 680 675
Lys Gly Tyr Gln His Ser Glu Leu GIn Lys Phe lle Ser GIn Tyr Asp 700 695 690
Asn Tyr Lys Lys Glu Ala Leu Gly Leu Leu Glu Ser Glu Trp Asn Leu 720 715 710 705
Glu Ser Asp Ala Phe Phe Gly GIn Asn Leu Lys Arg Met Phe GIn Ser 5 735 730 725
Asn Ser Thr Phe Glu Thr Phe Tyr Lys Lys Tyr Leu Asp Asn Arg Lys 750 745 740 10
Asn Thr Leu Glu Thr Tyr Leu Ser Ala lle Glu Asn Leu Lys Thr Met 765 760 755
Thr Asp Val Arg Pro Lys Val Leu Lys Lys Lys Trp Thr Glu Leu Phe 780 775 770
Arg Phe Phe Asp Lys Lys lle Tyr Leu Leu Ser Thr lle Glu Thr Lys 800 795 790 785 lle Asn Glu Leu lle Thr Lys Pro lle Asn Leu Ser Arg Gly lle Phe 815 810 805
Glu Glu Lys Pro Thr Phe lle Asn Gly Lys Asn Pro Asn Lys Glu Asn 0 830 825 820
Asn GIn His Leu Phe Ala Asn Trp Phe lle Tyr Ala Lys Lys GIn Thr 845 840 835 15 lle Leu Gln Asp Phe Tyr Asn Leu Pro Leu Glu GIn Pro Lys Ala lle 860 855 850
Thr Asn Leu Lys Lys His Lys Tyr Lys Leu Glu Arg Ser lle Asn Asn 880 875 870 865
Leu Lys lle Glu Asp lle Tyr lle Lys Gin Met Val Asp Phe Leu Tyr 895 890 885
Gln Lys Leu Phe Glu GIn Ser Phe lle Gly Ser Leu GIn Asp Leu Tyr 910 905 900
Thr Ser Lys Glu Lys Arg Glu lle Glu Lys Gly Lys Ala Lys Asn Glu 5 925 920 915
GIn Thr Pro Asp Glu Ser Phe lle Trp Lys Lys Gln Val Glu lle Asn
940 935 930
Thr His Asn Gly Arg lle lle Ala Lys Thr Lys lle Lys Asp lle Gly 960 955 950 945 5
Lys Phe Lys Asn Leu Leu Thr Asp Asn Lys lle Ala His Leu lle Ser 975 970 965
Tyr Asp Asp Arg lle Trp Asp Phe Ser Leu Asn Asn Asp Gly Asp lle 990 985 980
Thr Lys Lys Leu Tyr Ser lle Asn Thr Glu Leu Glu Ser Tyr Glu Thr 1005 1000 995 lle Arg Arg Glu Lys Leu Leu Lys Gin lle Gin Gln Phe Glu Gin 1020 1015 1010
Phe Leu Leu Glu GIn Glu Thr Glu Tyr Ser Ala Glu Arg Lys His 5 1035 1030 1025
Pro Glu Lys Phe Glu Lys Asp Cys Asn Pro Asn Phe Lys Lys Tyr 1050 1045 1040 10 lle lle Glu Gly Val Leu Asn Lys lle lle Pro Asn His Glu lle 1065 1060 1055
Glu Glu lle Glu lle Leu Lys Ser Lys Glu Asp Val Phe Lys lle 1080 1075 1070
Asn Phe Ser Asp lle Leu lle Leu Asn Asn Asp Asn lle Lys Lys 1095 1090 1085
Gly Tyr Leu Leu lle Met lle Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gin 1110 1105 1100
Leu lle Asp Lys Asn Leu Phe Asn Phe Ser Leu GIn Leu Tyr Ser 10 1125 1120 1115
Lys Asn Glu Asn Glu Asn Phe Ser Glu Tyr Leu Asn Lys Val Cys 1140 1135 1130 15
Gln Asn lle lle GIn Glu Phe Lys Glu Lys Leu Lys 1155 1150 1145
538 <210> 1156 <211>
PRT <212> 5 >213< متوالية اصطناعية >220< ‎Chryseobacterium carnipullorum <223>‏ 538 <400>
Met Asn Thr Arg Val Thr Gly Met Gly Val Ser Tyr Asp His Thr Lys 10 5 1 15
Lys Glu Asp Lys His Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Leu Ala Gln Asp 25 20
Asn lle Thr Ala Val lle Lys Ala Phe Cys lle Lys Phe Asp Lys Asn 45 40 35
Pro Met Ser Ser Val Gln Phe Ala Glu Ser Cys Phe Thr Asp Lys Asp 60 55 50
Ser Asp Thr Asp Phe GIn Asn Lys Val Arg Tyr Val Arg Thr His Leu 10 80 75 70 65
Pro Val lle Gly Tyr Leu Asn Tyr Gly Gly Asp Arg Asn Thr Phe Arg 95 90 85 15
Gln Lys Leu Ser Thr Leu Leu Lys Ala Val Asp Ser Leu Arg Asn Phe 110 105 100
Tyr Thr His Tyr Tyr His Ser Pro Leu Ala Leu Ser Thr Glu Leu Phe 125 120 115
Glu Leu Leu Asp Thr Val Phe Ala Ser Val Ala Val Glu Val Lys GIn 140 135 130
His Lys Met Lys Asp Asp Lys Thr Arg Gin Leu Leu Ser Lys Ser Leu 160 155 150 145
Ala Glu Glu Leu Asp lle Arg Tyr Lys Gin GIn Leu Glu Arg Leu Lys 5 175 170 165
Glu Leu Lys Glu Gln Gly Lys Asn lle Asp Leu Arg Asp Glu Ala Gly
190 185 180 lle Arg Asn Gly Val Leu Asn Ala Ala Phe Asn His Leu lle Tyr Lys 205 200 195 5
Glu Gly Glu lle Ala Lys Pro Thr Leu Ser Tyr Ser Ser Phe Tyr Tyr 220 215 210
Gly Ala Asp Ser Ala Glu Asn Gly lle Thr lle Ser GIn Ser Gly Leu 240 235 230 225
Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Gly Lys Lys Glu lle Glu Asp Leu 255 250 245
Lys Ser Arg lle Arg Gly Phe Lys Ala Lys lle Val Arg Asp Gly Glu 270 265 260
Glu Asn lle Ser Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His Trp lle Phe Ser 5 285 280 275
Tyr Leu Ser Phe Lys Gly Met Lys Gin Arg Leu Ser Thr Asp Phe His 300 295 290 10
Glu Glu Thr Leu Leu lle Gin lle lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 320 315 310 305
Asp Glu Val Tyr His Asp Phe Asp Thr Ala Thr Arg Glu Lys Phe Val 335 330 325
Glu Asp lle Asn Glu Tyr lle Arg Glu Gly Asn Glu Asp Phe Ser Leu 350 345 340
Gly Asp Ser Thr lle lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asn 365 360 355
Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Val Arg Phe Leu Asp Glu Phe lle Lys Phe 10 380 375 370
Pro Ser Leu Arg Phe GIn Val His Leu Gly Asn Phe Val His Asp Arg 400 395 390 385 15
Arg lle Lys Asp lle His Gly Thr Gly Phe Gin Thr Glu Arg Val Val 415 410 405
Lys Asp Arg lle Lys Val Phe Gly Lys Leu Ser Glu lle Ser Ser Leu 430 425 420
Lys Thr Glu Tyr lle Glu Lys Glu Leu Asp Leu Asp Ser Asp Thr Gly 445 440 435
Trp Glu lle Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Val Phe lle Asp Asn Asn lle 460 455 450
Pro lle Tyr lle Ser Thr Asn Lys Thr Phe Lys Asn Gly Ser Ser Glu 5 480 475 470 465
Phe lle Lys Leu Arg Arg Lys Glu Lys Pro Glu Glu Met Lys Met Arg
495 490 485
Gly Glu Asp Lys Lys Glu Lys Arg Asp lle Ala Ser Met lle Gly Asn 510 505 500 5
Ala Gly Ser Leu Asn Ser Lys Thr Pro Leu Ala Met Leu Ser Leu Asn 525 520 515
Glu Met Pro Ala Leu Leu Tyr Glu lle Leu Val Lys Lys Thr Thr Pro 540 535 530
Glu Glu lle Glu Leu lle lle Lys Glu Lys Leu Asp Ser His Phe Glu 560 555 550 545
Asn lle Lys Asn Tyr Asp Pro Glu Lys Pro Leu Pro Ala Ser Gin lle 575 570 565
Ser Lys Arg Leu Arg Asn Asn Thr Thr Asp Lys Gly Lys Lys Val lle 5 590 585 580
Asn Pro Glu Lys Leu lle His Leu lle Asn Lys Glu lle Asp Ala Thr 605 600 595 10
Glu Ala Lys Phe Ala Leu Leu Ala Lys Asn Arg Lys Glu Leu Lys Glu 620 615 610
Lys Phe Arg Gly Lys Pro Leu Arg Gln Thr lle Phe Ser Asn Met Glu 640 635 630 625
Leu Gly Arg Glu Ala Thr Trp Leu Ala Asp Asp lle Lys Arg Phe Met 655 650 645
Pro Asp lle Leu Arg Lys Asn Trp Lys Gly Tyr Gln His Asn GIn Leu 670 665 660
GIn GIn Ser Leu Ala Phe Phe Asn Ser Arg Pro Lys Glu Ala Phe Thr 0 685 680 675 lle Leu Gln Asp Gly Trp Asp Phe Ala Asp Gly Ser Ser Phe Trp Asn 700 695 690 15
Gly Trp lle lle Asn Ser Phe Val Lys Asn Arg Ser Phe Glu Tyr Phe 720 715 710 705
Tyr Glu Ala Tyr Phe Glu Gly Arg Lys Glu Tyr Phe Ser Ser Leu Ala 735 730 725
Glu Asn lle Lys Gln His Thr Ser Asn His Arg Asn Leu Arg Arg Phe 750 745 740 lle Asp GIn Gin Met Pro Lys Gly Leu Phe Glu Asn Arg His Tyr Leu 765 760 755
Leu Glu Asn Leu Glu Thr Glu Lys Asn Lys lle Leu Ser Lys Pro Leu 15 780 775 770
Val Phe Pro Arg Gly Leu Phe Asp Thr Lys Pro Thr Phe lle Lys Gly
800 795 790 785 lle Lys Val Asp Glu GIn Pro Glu Leu Phe Ala Glu Trp Tyr Gin Tyr 815 810 805 5
Gly Tyr Ser Thr Glu His Val Phe GIn Asn Phe Tyr Gly Trp Glu Arg 830 825 820
Asp Tyr Asn Asp Leu Leu Glu Ser Glu Leu Glu Lys Asp Asn Asp Phe 845 840 835
Ser Lys Asn Ser lle His Tyr Ser Arg Thr Ser Gin Leu Glu Leu lle 860 855 850
Lys Leu Lys GIn Asp Leu Lys lle Lys Lys lle Lys lle Gin Asp Leu 880 875 870 865
Phe Leu Lys Leu lle Ala Gly His lle Phe Glu Asn lle Phe Lys Tyr 5 895 890 885
Pro Ala Ser Phe Ser Leu Asp Glu Leu Tyr Leu Thr Gin Glu Glu Arg 910 905 900 10
Leu Asn Lys Glu GIn Glu Ala Leu lle Gin Ser Gin Arg Lys Glu Gly 925 920 915
Asp His Ser Asp Asn lle lle Lys Asp Asn Phe lle Gly Ser Lys Thr 940 935 930
Val Thr Tyr Glu Ser Lys Gin lle Ser Glu Pro Asn Val Lys Leu Lys 960 955 950 945
Asp lle Gly Lys Phe Asn Arg Phe Leu Leu Asp Asp Lys Val Lys Thr 975 970 965
Leu Leu Ser Tyr Asn Glu Asp Lys Val Trp Asn Lys Asn Asp Leu Asp 10 990 985 980
Leu Glu Leu Ser lle Gly Glu Asn Ser Tyr Glu Val lle Arg Arg Glu 1005 1000 995 15
Lys Leu Phe Lys Lys lle GIn Asn Phe Glu Leu GIn Thr Leu Thr 1020 1015 1010
Asp Trp Pro Trp Asn Gly Thr Asp His Pro Glu Glu Phe Gly Thr 1035 1030 1025
Thr Asp Asn Lys Gly Val Asn His Pro Asn Phe Lys Met Tyr Val 1050 1045 1040
Val Asn Gly lle Leu Arg Lys His Thr Asp Trp Phe Lys Glu Gly 1065 1060 1055
Glu Asp Asn Trp Leu Glu Asn Leu Asn Glu Thr His Phe Lys Asn 15 1080 1075 1070
Leu Ser Phe GIn Glu Leu Glu Thr Lys Ser Lys Ser lle Gin Thr
1095 1090 1085
Ala Phe Leu lle lle Met lle Arg Asn Glin Phe Ala His Asn 0 1110 1105 1100 5
Leu Pro Ala Val Gin Phe Phe Glu Phe lle Gin Lys Lys Tyr Pro 1125 1120 1115
Glu lle Gin Gly Ser Thr Thr Ser Glu Leu Tyr Leu Asn Phe lle 1140 1135 1130
Asn Leu Ala Val Val Glu Leu Leu Glu Leu Leu Glu Lys 1155 1150 1145
>210< 539 >211< 1157 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220>
Myroides odoratimimus <223> 539 <400>
Met Lys Asp lle Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys GIn Asn Arg Phe 10 5 1
Tyr Ser His Lys lle Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 5 25 20
Leu Ala Ser Asn Asn lle Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg
45 40 35
Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 60 55 50 5
Tyr lle lle His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser lle Ser Asp Phe Glu 80 75 70 65
Lys Arg Val Ala lle Phe Ala Ser Tyr Phe Pro lle Leu Glu Thr Val 95 90 85
Asp Lys Lys Ser lle Lys Glu Arg Asn Arg Thr lle Asp Leu Thr Leu 110 105 100
Ser 0 Arg lle Arg Gin Phe Arg Glu Met Leu lle Ser Leu Val Thr 125 120 115
Ala Val Asp GIn Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu 5 140 135 130 lle Val lle Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 160 155 150 145 10
Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 175 170 165
Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr lle Ala Ala Glu Leu Asp lle Leu lle 190 185 180
Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gin lle Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 205 200 195
Ala Asn Lys Arg Glu Asp lle Leu Asn Ala lle Tyr Asn Glu Ala Phe 220 215 210
Trp Ser Phe lle Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala 0 240 235 230 225
Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 255 250 245 15
Pro Asp Phe Ala Leu Asn lle Ser Glu Lys Gly lle Val Tyr Leu Leu 270 265 260
Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Asn Leu 285 280 275
Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser lle Lys 300 295 290
Tyr Met Ala Thr Gin Arg lle Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 320 315 310 305
Lys GIn Lys lle Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 5 335 330 325
Met Gin Met lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr GIn
350 345 340
His Leu Ser Thr Thr GIn GIn Asn Ser Phe lle Glu Asp Trp Asn Glu 365 360 355 5
Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 380 375 370
Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr 400 395 390 385
Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 415 410 405
Phe GIn Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys 0 430 425 420
Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg lle lle Lys Glu Lys Val Thr Val 5 445 440 435
Phe Ala Arg Leu Lys Asp lle Asn Ser Ala Lys Ala Asn Tyr Phe His 460 455 450 10
Ser Leu Glu Glu 60 Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 480 475 470 465
Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu GIn His 495 490 485
Gln Gly Glu GIn Lys Asn Ala Gly Lys lle Gly lle Tyr Val Lys Leu 510 505 500
Arg Asp Thr Gin Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys 525 520 515
Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp 10 540 535 530 lle lle Thr Gin lle lle Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 560 555 550 545 15
Pro Leu Val Phe Thr Gly GIn Pro lle Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 575 570 565 lle His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 590 585 580
Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu lle Asp GIn lle Gly Lys 605 600 595 ‏داك‎ lle Asn Glu lle Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys lle Leu Lys 620 615 610
Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys lle Thr 5 640 635 630 625
Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu lle Glu Lys Leu lle Leu Glu
655 650 645
Gln Lys GIn Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe 670 665 660 5
Asn lle Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 685 680 675
Lys Gly Lys lle Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met 700 695 690
Thr Glu Glu Phe Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr Glu Leu 720 715 710 705
‏ها‎ Lys Leu Phe Ala Tyr Tyr Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Asp Leu 735 730 725 lle Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro lle Glu Leu lle 5 750 745 740
Ala Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 765 760 755 10
Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr Met Glu Asn Val lle Thr Arg Val Lys 780 775 770
Asn Ser lle Gly Thr Pro Gin Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe 800 795 790 785
Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp Lys Gin 815 810 805
Val Glu Arg lle Leu Ser Met Pro Leu Phe lle Glu Arg Gly Phe Met 830 825 820
Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Gln ‏ما‎ His Lys 0 845 840 835
Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 860 855 850 15
Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu lle Thr Thr Glu Asp Lys 880 875 870 865
Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys lle Lys ‏ماى‎ Gln GIn Lys Asn 895 890 885
Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 910 905 900
Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr Gin Thr 925 920 915
Lys Glu Glu Arg lle Val Asn Lys Gin Val Ala Lys Asp Thr GIn Glu 5 940 935 930
Arg Asn Lys Asn Tyr lle Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gin Leu Cys
960 955 950 945
Glu Gly Leu Val Arg lle Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp lle Gly Asn 975 970 965 5
Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 990 985 980
Gln Ser Asp lle Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser 1005 1000 995
Asn Lys Leu Tyr Val lle Glu Arg Gin Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 1020 1015 1010 lle Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val GIn Glu lle Glu Cys 1035 1030 1025
Ser Val Tyr Asn Gin Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys GIn Ser 5 1050 1045 1040
Gly Asn Glu Asn Phe Lys GIn Tyr Val Leu 60 Gly Leu Val Pro 1065 1060 1055 10 lle Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu lle Leu Ser Thr Asp Val 1080 1075 1070
Lys Phe lle Lys Glu Glu lle lle Gin Leu Gly Gin Ala Gly Glu 1095 1090 1085
Val Glu ‏ماه‎ Asp Leu Tyr Ser Leu lle Tyr lle Arg Asn Lys Phe 1110 1105 1100
Ala His Asn Gin Leu Pro lle Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu 1125 1120 1115
Asn Asn Tyr Arg Ser lle Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr 0 1140 1135 1130
Tyr Met Glu lle Phe Arg Ser lle Lys Glu Lys Tyr Thr Ser 1155 1150 1145 15 540 <210> 1157 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Myroides odoratimimus <223> 5 540 <400>
Met Lys Asp lle Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys GIn Asn Arg Phe 10 5 1 10
Tyr Ser His Lys lle Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 25 20 15
Leu Ala Ser Asn Asn lle Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 40 35
Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 60 55 50
Tyr lle lle His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser lle Ser Asp Phe Glu 80 75 70 65
Lys Arg Val Ala lle Phe Ala Ser Tyr Phe Pro lle Leu Glu Thr Val 0 95 90 85
Asp Lys Lys Ser lle Lys Glu Arg Asn Arg Thr lle Asp Leu Thr Leu 110 105 100 15
Ser Gln Arg lle Arg GIn Phe Arg Glu Met Leu lle Ser Leu Val Thr 125 120 115
Ala Val Asp GIn Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu 140 135 130 lle Val lle Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 160 155 150 145
Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 175 170 165
Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr lle Ala Ala Glu Leu Asp lle Leu lle 15 190 185 180
Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gin lle Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys
205 200 195
Ala Asn Lys Arg Glu Asp lle Leu Asn Ala lle Tyr Asn Glu Ala Phe 220 215 210 5
Trp Ser Phe lle Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala 240 235 230 225
Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 255 250 245
Pro Asp Phe Ala Leu Asn lle Ser Glu Lys Gly lle Val Tyr Leu Leu 270 265 260
Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Asn Leu 285 280 275
Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser lle Lys 5 300 295 290
Tyr Met Ala Thr Gin Arg lle Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 320 315 310 305 10
Lys Gin Lys lle Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 335 330 325
Met Gin Met lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr GIn 350 345 340
His Leu Ser Thr Thr GIn GIn Asn Ser Phe lle Glu Asp Trp Asn Glu 365 360 355
Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 380 375 370
Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr 10 400 395 390 385
Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 415 410 405 15
Phe GIn Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys 0 430 425 420
Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg lle lle Lys Glu Lys Val Thr Val 445 440 435
Phe Ala Arg Leu Lys Asp lle Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr Phe His 460 455 450
Ser Leu Glu Glu GIn Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 480 475 470 465
Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu Gln His 15 495 490 485
Gln Gly Glu GIn Lys Asn Ala Gly Lys lle Gly lle Tyr Val Lys Leu
510 505 500
Arg Asp Thr Gin Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys 525 520 515 5
Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp 540 535 530 lle lle Thr Gin lle lle Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 560 555 550 545
Pro Leu Val Phe Thr Gly GIn Pro lle Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 575 570 565 lle His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 590 585 580
Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu lle Asp 60 lle Gly Lys 5 605 600 595 ‏داك‎ lle Asn Glu lle Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys lle Leu Lys 620 615 610 10
Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys lle Thr 640 635 630 625
Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu lle Glu Lys Leu lle Leu Glu 655 650 645
‏ماك‎ Lys GIn Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe 670 665 660
Asn lle Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 685 680 675
Lys Gly Lys lle Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met 10 700 695 690
Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr Glu Leu 720 715 710 705 15
Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Glu Leu 735 730 725 lle Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro lle Glu Leu lle 750 745 740
Asp Leu Val Arg Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 765 760 755
Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr lle Glu Asn Val lle Thr Arg Val Lys 780 775 770
Asn Ser lle Gly Thr Pro GIn Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe 5 800 795 790 785
Ala Phe Leu Lys Glu Ser Asn Tyr Thr Val Ala Ser Leu Asp Lys 07
815 810 805 lle Glu Arg lle Leu Ser Met Pro Leu Phe lle Glu Arg Gly Phe Met 830 825 820 5
Asp Ser Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr 60 GIn His Lys 845 840 835
Glu Asp Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 860 855 850
GIn Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu lle lle Thr Glu Asp Lys 880 875 870 865
Arg Glu GIn Ala Lys Val Thr Lys Lys lle Lys Gln ‏ماي‎ Gln Lys Asn 895 890 885
Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 5 910 905 900
Lys Leu Pro Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr 60 Thr 925 920 915 10
Lys Glu Glu Arg lle Val Asn Lys GIn Val Ala Lys Asp Thr Gin Glu 940 935 930
Arg Asn Lys Asn Tyr lle Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gin Leu Cys 960 955 950 945
Glu Gly Leu Val Arg lle Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp lle Gly Asn 975 970 965
Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 990 985 980
Gln Ser Asp lle Val Trp Ser Gly Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser 0 1005 1000 995
Asn Lys Leu Tyr Val lle Glu Arg Gin Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 1020 1015 1010 15 lle Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val GIn Glu lle Glu Cys 1035 1030 1025 lle Val Tyr Asn Gln Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys GIn Ser 1050 1045 1040
Gly Asn Glu Asn Phe Lys GIn Tyr Val Leu GIn Gly Leu Leu Pro 1065 1060 1055
Arg Gly Thr Asp Val Arg Glu Met Leu lle Leu Ser Thr Asp Val 1080 1075 1070
Lys Phe Lys Lys Glu Glu lle Met 60 Leu Gly Gin Val Arg Glu 5 1095 1090 1085
Val Glu Gin Asp Leu Tyr Ser Leu lle Tyr lle Arg Asn Lys Phe
1110 1105 1100
Ala His Asn Gin Leu Pro lle Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu 1125 1120 1115 5
Asn Asn Tyr Arg Pro lle Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr 1140 1135 1130
Tyr Met Glu lle Phe Arg Ser lle Lys Glu Lys Tyr Ala Ser 1155 1150 1145 541 <210> 1157 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220>
Myroides odoratimimus <223> 541 <400> 5
Met Lys Asp lle Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys Gln Asn Arg Phe 15 10 5 1
Tyr Ser His Lys lle Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 25 20
Leu Ala Ser Asn Asn lle Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 15 40 35
Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn
60 55 50
Tyr lle lle His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser lle Ser Asp Phe Glu 80 75 70 65 5
Lys Arg Val Ala lle Phe Ala Ser Tyr Phe Pro lle Leu Glu Thr Val 95 90 85
Asp Lys Lys Ser lle Lys Glu Arg Asn Arg Thr lle Asp Leu Thr Leu 110 105 100
Ser Gln Arg lle Arg Gin Phe Arg Glu Met Leu lle Ser Leu Val Thr 125 120 115
Ala Val Asp GIn Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu 140 135 130 lle Val lle Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 5 160 155 150 145
Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 175 170 165 10
Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr lle Ala Ala Glu Leu Asp lle Leu lle 190 185 180
Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gin lle Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 205 200 195
Ala Asn Lys Arg Glu Asp lle Leu Asn Ala lle Tyr Asn Glu Ala Phe 220 215 210
Trp Ser Phe lle Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala 240 235 230 225
Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 0 255 250 245
Pro Asp Phe Ala Leu Asn lle Ser Glu Lys Gly lle Val Tyr Leu Leu 270 265 260 15
Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Asn Leu 285 280 275
Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser lle Lys 300 295 290
Tyr Met Ala Thr Gin Arg lle Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 320 315 310 305
Lys Gin Lys lle Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 335 330 325
Met GIn Met lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr GIn 5 350 345 340
His Leu Ser Thr Thr GIn GIn Asn Ser Phe lle Glu Asp Trp Asn Glu
365 360 355
Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 380 375 370 5
Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr 400 395 390 385
Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 415 410 405
Phe GIn Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys 0 430 425 420
Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg lle lle Lys Glu Lys Val Thr Val 445 440 435
Phe Ala Arg Leu Lys Asp lle Asn Ser Ala Lys Ala Asn Tyr Phe His 5 460 455 450
Ser Leu Glu Glu GIn Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 480 475 470 465 10
Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu Gin His 495 490 485
Gln Gly Glu GIn Lys Asn Ala Gly Lys lle Gly lle Tyr Val Lys Leu 510 505 500
Arg Asp Thr Gin Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys 525 520 515
Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp 540 535 530 lle lle Thr Gin lle lle Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 0 560 555 550 545
Pro Leu Val Phe Thr Gly GIn Pro lle Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 575 570 565 15 lle His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 590 585 580
Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu lle Asp GIn lle Gly Lys 605 600 595 ‏داك‎ lle Asn Glu lle Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys lle Leu Lys 620 615 610
Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys lle Thr 640 635 630 625
Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu lle Glu Lys Leu lle Leu Glu 5 655 650 645
Gln Lys GIn Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe
670 665 660
Asn lle Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 685 680 675 5
Lys Gly Lys lle Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met 700 695 690
Thr Glu Glu Phe Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr Glu Leu 720 715 710 705
Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Tyr Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Asp Leu 735 730 725 lle Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro lle Glu Leu lle 750 745 740
Ala Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 5 765 760 755
Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr Met Glu Asn Val lle Thr Arg Val Lys 780 775 770 10
Asn Ser lle Gly Thr Pro Gin Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe 800 795 790 785
Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp Lys 0 815 810 805
Val Glu Arg lle Leu Ser Met Pro Leu Phe lle Glu Arg Gly Phe Met 830 825 820
Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Gln GIn His Lys 845 840 835
Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 10 860 855 850
Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu lle Thr Thr Glu Asp Lys 880 875 870 865 15
Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys lle Lys Gin GIn Gin Lys Asn 895 890 885
Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 910 905 900
Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr 60 Thr 925 920 915
Lys Glu Glu Arg lle Val Asn Lys Gin Val Ala Lys Asp Thr Gin Glu 940 935 930
Arg Asn Lys Asn Tyr lle Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gin Leu Cys 5 960 955 950 945
Glu Gly Leu Val Arg lle Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp lle Gly Asn
975 970 965
Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 990 985 980 5
Gln Ser Asp lle Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser 1005 1000 995
Asn Lys Leu Tyr Val lle Glu Arg Gin Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 1020 1015 1010 lle Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val GIn Glu lle Glu Cys 1035 1030 1025
Ser Val Tyr Asn GIn Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys GIn Ser 1050 1045 1040
Gly Asn Glu Asn Phe Lys GIn Tyr Val Leu GIn Gly Leu Val Pro 5 1065 1060 1055 lle Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu lle Leu Ser Thr Asp Val 1080 1075 1070 10
Lys Phe lle Lys Glu Glu lle lle Gin Leu Gly 60 Ala Gly Glu 1095 1090 1085
Val Glu Gin Asp Leu Tyr Ser Leu lle Tyr lle Arg Asn Lys Phe 1110 1105 1100
Ala His Asn Gin Leu Pro lle Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu 1125 1120 1115
Asn Asn Tyr Arg Ser lle Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr 1140 1135 1130
Tyr Met Glu lle Phe Arg Ser lle Lys Glu Lys Tyr Thr Ser 0 1155 1150 1145 542 <210> 1157 <211> 15
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Myroides odoratimimus <223> 542 <400>
Met Lys Asp lle Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys Gln Asn Arg Phe 5 10 5 1
Tyr Ser His Lys lle Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 25 20 10
Leu Ala Ser Asn Asn lle Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 40 35 15
Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 60 55 50
Tyr lle lle His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser lle Ser Asp Phe Glu 80 75 70 65
Lys Arg Val Ala lle Phe Ala Ser Tyr Phe Pro lle Leu Glu Thr Val 95 90 85
Asp Lys Lys Ser lle Lys Glu Arg Asn Arg Thr lle Asp Leu Thr Leu 0 110 105 100
Ser Gln Arg lle Arg Gin Phe Arg Glu Met Leu lle Ser Leu Val Thr 125 120 115 15
Ala Val Asp GIn Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu 140 135 130 lle Val lle Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 160 155 150 145
Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 175 170 165
Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr lle Ala Ala Glu Leu Asp lle Leu lle 190 185 180
Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gin lle Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 5 205 200 195
Ala Asn Lys Arg Glu Asp lle Leu Asn Ala lle Tyr Asn Glu Ala Phe
220 215 210
Trp Ser Phe lle Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala 240 235 230 225 5
Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 255 250 245
Pro Asp Phe Ala Leu Asn lle Ser Glu Lys Gly lle Val Tyr Leu Leu 270 265 260
Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Asn Leu 285 280 275
Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser lle Lys 300 295 290
Tyr Met Ala Thr Gin Arg lle Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 5 320 315 310 305
Lys Gin Lys lle Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 335 330 325 10
Met GIn Met lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr GIn 350 345 340
His Leu Ser Thr Thr GIn GIn Asn Ser Phe lle Glu Asp Trp Asn Glu 365 360 355
Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 380 375 370
Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr 400 395 390 385
Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 10 415 410 405
Phe GIn Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys 0 430 425 420 15
Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg lle lle Lys Glu Lys Val Thr Val 445 440 435
Phe Ala Arg Leu Lys Asp lle Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr Phe His 460 455 450
Ser Leu Glu Glu GIn Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 480 475 470 465
Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu GIn His 495 490 485
GIn Gly Glu GIn Lys Asn Ala Gly Lys lle Gly lle Tyr Val Lys Leu 5 510 505 500
Arg Asp Thr Gin Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys
525 520 515
Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp 540 535 530 5 lle lle Thr Gin lle lle Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 560 555 550 545
Pro Leu Val Phe Thr Gly GIn Pro lle Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 575 570 565 lle His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 590 585 580
Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu lle Asp GIn lle Gly Lys 605 600 595
GIn lle Asn Glu lle Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys lle Leu Lys 5 620 615 610
Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys lle Thr 640 635 630 625 10
Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu lle Glu Lys Leu lle Leu Glu 655 650 645
Gln Lys GIn Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe 670 665 660
Asn lle Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 685 680 675
Lys Gly Lys lle Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met 700 695 690
Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr GIn His Thr Glu Leu 10 720 715 710 705
Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Glu Leu 735 730 725 15 lle Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro lle Glu Leu lle 750 745 740
Asp Leu Val Arg Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 765 760 755
Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr lle Glu Asn Val lle Thr Arg Val Lys 780 775 770
Asn Ser lle Gly Thr Pro Gin Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe 800 795 790 785
Ala Phe Leu Lys Glu Ser Asn Tyr Thr Val Ala Ser Leu Asp Lys GIn 5 815 810 805 lle Glu Arg lle Leu Ser Met Pro Leu Phe lle Glu Arg Gly Phe Met
830 825 820
Asp Ser Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Gln GIn His Lys 845 840 835 5
Glu Asp Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 860 855 850
GIn Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu lle lle Thr Glu Asp Lys 880 875 870 865
Arg Glu GIn Ala Lys Val Thr Lys Lys lle Lys Gln Gin Gln Lys Asn 895 890 885
Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 910 905 900
Lys Leu Pro Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr GIn Thr 5 925 920 915
Lys Glu Glu Arg lle Val Asn Lys Gin Val Ala Lys Asp Thr Gin Glu 940 935 930 10
Arg Asn Lys Asn Tyr lle Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gin Leu Cys 960 955 950 945
Glu Gly Leu Val Arg lle Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp lle Gly Asn 975 970 965
Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 990 985 980
Gln Ser Asp lle Val Trp Ser Gly Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser 1005 1000 995
Asn Lys Leu Tyr Val lle Glu Arg Gin Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 10 1020 1015 1010 lle Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val GIn Glu lle Glu Cys 1035 1030 1025 15 lle Val Tyr Asn GIn Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys 60 Ser 1050 1045 1040
Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gin Tyr Val Leu GIn Gly Leu Leu Pro 1065 1060 1055
Arg Gly Thr Asp Val Arg Glu Met Leu lle Leu Ser Thr Asp Val 1080 1075 1070
Lys Phe Lys Lys Glu Glu lle Met Gin Leu Gly Gin Val Arg Glu 1095 1090 1085
Val Glu ‏ماك‎ Asp Leu Tyr Ser Leu lle Tyr lle Arg Asn Lys Phe 15 1110 1105 1100
Ala His Asn Gin Leu Pro lle Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu
1125 1120 1115
Asn Asn Tyr Arg Pro lle Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr 1140 1135 1130 5
Tyr Met Glu lle Phe Arg Ser lle Lys Glu Lys Tyr Ala Ser 1155 1150 1145 543 <210> 1159 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏تخليقي‎ <223>
543 <400>
Met Lys Asp lle Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys ‏ماى‎ Asn Arg Phe 15 10 5 1
Tyr Ser His Lys lle Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 30 25 20
Leu Ala Ser Asn Asn lle Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 40 35
Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 5 60 55 50
Tyr lle lle His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser lle Ser Asp Phe Glu
80 75 70 65
Lys Arg Val Ala lle Phe Ala Ser Tyr Phe Pro lle Leu Glu Thr Val 95 90 85 5
Asp Lys Lys Ser lle Lys Glu Arg Asn Arg Thr lle Asp Leu Thr Leu 110 105 100
Ser Gln Arg lle Arg Gin Phe Arg Glu Met Leu lle Ser Leu Val Thr 125 120 115
Ala Val Asp Gin Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Asp 140 135 130 lle Val lle Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Phe Val 160 155 150 145
Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 5 175 170 165
Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr lle Ala Ala Glu Leu Asp lle Leu lle 190 185 180 10
Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gin lle Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 205 200 195
Ala Asn Lys Arg Glu Asp lle Leu Asn Ala lle Tyr Asn Glu Ala Phe 220 215 210
Trp Ser Phe lle Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val 240 235 230 225
Val Ala Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser 255 250 245
Asn Asp Pro Asp Phe Ala Leu Asn lle Ser Glu Lys Gly lle Val Tyr 0 270 265 260
Leu Leu Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala 285 280 275 15
Asn Leu Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser 300 295 290 lle Lys Tyr Met Ala Thr ‏صا6‎ Arg lle Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg 320 315 310 305
Gly Leu Lys GIn Lys lle Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr 335 330 325
Leu Leu Met GIn Met lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val 350 345 340
Tyr ‏صا‎ His Leu Ser Thr Thr Gln Gln Asn Ser Phe lle Glu Asp Trp 15 365 360 355
Asn Glu Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu
380 375 370
Ser Arg Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe 400 395 390 385 5
Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr 415 410 405
Leu Arg Phe GIn Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr 430 425 420
Lys Gin Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg lle lle Lys Glu Lys Val 445 440 435
Thr Val Phe Ala Arg Leu Lys Asp lle Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr 460 455 450
Phe His Ser Leu Glu Glu GIn Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp 5 480 475 470 465
Thr Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu 495 490 485 10
Gln His GIn Gly Glu GIn Lys Asn Ala Gly Lys lle Gly lle Tyr Val 510 505 500
Lys Leu Arg Asp Thr Gin Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala 525 520 515
Arg Lys Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys 540 535 530
Tyr Asp lle lle Thr Gin lle lle Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser 560 555 550 545
Glu Lys Pro Leu Val Phe Thr Gly Gin Pro lle Ala Tyr Leu Ser Met 10 575 570 565
Asn Asp lle His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu 590 585 580 15
Leu Lys Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu lle Asp GIn lle 605 600 595
Gly Lys Gin lle Asn Glu lle Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys lle 620 615 610
Leu Lys Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys 640 635 630 625 lle Thr Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu lle Glu Lys Leu lle 655 650 645
Leu Glu GIn Lys Gin Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr 5 670 665 660
Lys Phe Asn lle Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn
685 680 675
Ala Glu Lys Gly Lys lle Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg 700 695 690 5
Phe Met Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr 720 715 710 705
Glu Leu GIn Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu 735 730 725
Glu Leu lle Leu Ser Asn Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro lle Glu 750 745 740
Leu lle Asp Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn 765 760 755
Lys Tyr Leu Glu Ala Arg Leu Glu Tyr lle Glu Asn Val lle Thr Arg 5 780 775 770
Val Lys Asn Ser lle Gly Thr Pro Gin Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu 800 795 790 785 10
Cys Phe Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp 815 810 805
Lys GIn Val Glu Arg lle Leu Ser Met Pro Leu Phe lle Glu Arg Gly 830 825 820
Phe Met Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Lys Gin 845 840 835
His Lys Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser 860 855 850
Asn Tyr Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu lle Thr Thr Glu 0 880 875 870 865
Asp Lys Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys lle Lys 60 Gln 07 895 890 885 15
Lys Asn Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu 910 905 900
Val Leu Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr 925 920 915
Gln Thr Lys Glu Glu Arg lle Val Asn Lys Gin Val Ala Lys Asp Thr 940 935 930
GIn Glu Arg Asn Lys Asn Tyr lle Trp Asn Lys Val Val Asp Leu GIn 960 955 950 945
Leu Cys Asp Gly Leu Val His lle Asp Asn Val Lys Leu Lys Asp lle 5 975 970 965
Gly Asn Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu
990 985 980
Thr Tyr Gln Ser Asp lle Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val 1005 1000 995 5
Asp Ser Asn Lys Leu Tyr Val lle Glu Arg Gin Leu Asp Asn Tyr 1020 1015 1010
Glu Ser lle Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gin Glu lle 1035 1030 1025
Glu Cys Ser Val Tyr Asn Gin Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys 1050 1045 1040
Gln Ser Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gin Tyr Val Leu Gin Gly Leu 1065 1060 1055
Leu Pro lle Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu lle Leu Ser Thr 5 1080 1075 1070
Asp Val Lys Phe Lys Lys Glu Glu lle lle Gin Leu Gly GIn Ala 1095 1090 1085 10
Gly Glu Val Glu GIn Asp Leu Tyr Ser Leu lle Tyr lle Arg Asn 1110 1105 1100
Lys Phe Ala His Asn GIn Leu Pro lle Lys Glu Phe Phe Asp Phe 1125 1120 1115
Cys Glu Asn Asn Tyr Arg Ser lle Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala 1140 1135 1130
Glu Tyr Tyr Met Glu lle Phe Arg Ser lle Lys Glu Lys Tyr Ala 1155 1150 1145
Asn 0 544 <210> 1159 <211> 15
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
‏غير معروف‎ <223> 544 >400<
Met Lys Asp lle Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys Gln Asn Arg Phe 5 10 5 1
Tyr Ser His Lys lle Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 25 20 10
Leu Ala Ser Asn Asn lle Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 40 35 15
Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 60 55 50
Tyr lle lle His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser lle Ser Asp Phe Glu 80 75 70 65
Lys Arg Val Ala lle Phe Ala Ser Tyr Phe Pro lle Leu Glu Thr Val 95 90 85
Asp Lys Lys Ser lle Lys Glu Arg Asn Arg Thr lle Asp Leu Thr Leu 10 110 105 100
Ser Gln Arg lle Arg Gin Phe Arg Glu Met Leu lle Ser Leu Val Thr 125 120 115 15
Ala Val Asp GIn Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Asp 140 135 130 lle Val lle Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Phe Val 160 155 150 145
Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 175 170 165
Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr lle Ala Ala Glu Leu Asp lle Leu lle 190 185 180
Glu Ala Tyr Lys Lys Lys GIn lle Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 5 205 200 195
Ala Asn Lys Arg Glu Asp lle Leu Asn Ala lle Tyr Asn Glu Ala Phe
220 215 210
Trp Ser Phe lle Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val 240 235 230 225 5
Val Ala Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser 255 250 245
Asn Asp Pro Asp Phe Ala Leu Asn lle Ser Glu Lys Gly lle Val Tyr 270 265 260
Leu Leu Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala 285 280 275
Asn Leu Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser 300 295 290 lle Lys Tyr Met Ala Thr Gin Arg lle Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg 5 320 315 310 305
Gly Leu Lys GIn Lys lle Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr 335 330 325 10
Leu Leu Met GIn Met lle Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val 350 345 340
Tyr Gln His Leu Ser Thr Thr GIn GIn Asn Ser Phe lle Glu Asp Trp 365 360 355
Asn Glu Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu 380 375 370
Ser Arg Val Thr His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe 400 395 390 385
Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr 0 415 410 405
Leu Arg Phe GIn Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr 430 425 420 15
Lys Gin Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg lle lle Lys Glu Lys Val 445 440 435
Thr Val Phe Ala Arg Leu Lys Asp lle Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr 460 455 450
Phe His Ser Leu Glu Glu GIn Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp 480 475 470 465
Thr Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu 495 490 485
GIn His GIn Gly Glu GIn Lys Asn Ala Gly Lys lle Gly lle Tyr Val 5 510 505 500
Lys Leu Arg Asp Thr Gin Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala
525 520 515
Arg Lys Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys 540 535 530 5
Tyr Asp lle lle Thr Gin lle lle Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser 560 555 550 545
Glu Lys Pro Leu Val Phe Thr Gly Gin Pro lle Ala Tyr Leu Ser Met 575 570 565
Asn Asp lle His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu 590 585 580
Leu Lys Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu lle Asp Gin lle 605 600 595
Gly Lys GIn lle Asn Glu lle Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys lle 5 620 615 610
Leu Lys Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys 640 635 630 625 10 lle Thr Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu lle Glu Lys Leu lle 655 650 645
Leu Glu GIn Lys GIn Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr 670 665 660
Lys Phe Asn lle Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn 685 680 675
Ala Glu Lys Gly Lys lle Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg 700 695 690
Phe Met Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His lle 10 720 715 710 705
Glu Leu GIn Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu 735 730 725 15
Glu Leu lle Leu Ser Asn Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro lle Glu 750 745 740
Leu lle Asp Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn 765 760 755
Lys Tyr Leu Glu Ala Arg Leu Glu Tyr lle Glu Asn Val lle Thr Arg 780 775 770
Val Lys Asn Ser lle Gly Thr Pro Gln Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu 800 795 790 785
Cys Phe Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp 5 815 810 805
Lys GIn Val Glu Arg lle Leu Ser Met Pro Leu Phe lle Glu Arg Gly
830 825 820
Phe Met Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Lys Gin 845 840 835 5
His Lys Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser 860 855 850
Asn Tyr Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu lle Thr Thr Glu 880 875 870 865
Asp Lys Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys lle Lys 60 Gln 07 895 890 885
Lys Asn Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu 910 905 900
Val Leu Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr 5 925 920 915
Gln Thr Lys Glu Glu Arg lle Val Asn Lys Gin Val Ala Lys Asp Thr 940 935 930 10
GIn Glu Arg Asn Lys Asn Tyr lle Trp Asn Lys Val Val Asp Leu GIn 960 955 950 945
Leu Cys Asp Gly Leu Val His lle Asp Asn Val Lys Leu Lys Asp lle 975 970 965
Gly Asn Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu 990 985 980
Thr Tyr Gln Ser Asp lle Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val 1005 1000 995
Asp Ser Asn Lys Leu Tyr Val lle Glu Arg Gin Leu Asp Asn Tyr 0 1020 1015 1010
Glu Ser lle Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gin Glu lle 1035 1030 1025 15
Glu Cys Ser Val Tyr Asn Gin Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys 1050 1045 1040
‏ا‎ Ser Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gin Tyr Val Leu GIn Gly Leu 1065 1060 1055
Leu Pro lle Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu lle Leu Ser Thr 1080 1075 1070
Asp Val Lys Phe Lys Lys Glu Glu lle lle Gln Leu Gly Gin Ala 1095 1090 1085
Gly Glu Val Glu ‏ماك‎ Asp Leu Tyr Ser Leu lle Tyr lle Arg Asn 5 1110 1105 1100
Lys Phe Ala His Asn GIn Leu Pro lle Lys Glu Phe Phe Asp Phe
1125 1120 1115
Cys Glu Asn Asn Tyr Arg Ser lle Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala 1140 1135 1130 5
Glu Tyr Tyr Met Glu lle Phe Arg Ser lle Lys Glu Lys Tyr Ala 1155 1150 1145
Asn 545 <210> 1161 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220>
Bacteroidetes bacterium GWA2 31 9 <223> 545 <400> 5
Met Glu Asn GIn Thr Gin Lys Gly Lys Gly lle Tyr Tyr Tyr Tyr Thr 15 10 5 1
Lys Asn Glu Asp Lys His Tyr Phe Gly Ser Phe Leu Asn Leu Ala Asn 25 20
Asn Asn lle Glu Gin lle lle Glu Glu Phe Arg lle Arg Leu Ser Leu 5 40 35
Lys Asp Glu Lys Asn lle Lys Glu lle lle Asn Asn Tyr Phe Thr Asp
60 55 50
Lys Lys Ser Tyr Thr Asp Trp Glu Arg Gly lle Asn lle Leu Lys Glu 80 75 70 65 5
Tyr Leu Pro Val lle Asp Tyr Leu Asp Leu Ala lle Thr Asp Lys Glu 95 90 85
Phe Glu Lys lle Asp Leu Lys Gin Lys Glu Thr Ala Lys Arg Lys Tyr 110 105 100
Phe Arg Thr Asn Phe Ser Leu Leu lle Asp Thr lle lle Asp Leu Arg 125 120 115
Asn Phe Tyr Thr His Tyr Phe His Lys Pro lle Ser lle Asn Pro Asp 140 135 130
Val Ala Lys Phe Leu Asp Lys Asn Leu Leu Asn Val Cys Leu Asp lle 5 160 155 150 145
Lys Lys GIn Lys Met Lys Thr Asp Lys Thr Lys GIn Ala Leu Lys Asp 175 170 165 10
Gly Leu Asp Lys Glu Leu Lys Lys Leu lle Glu Leu Lys Lys Ala Glu 190 185 180
Leu Lys Glu Lys Lys lle Lys Thr Trp Asn lle Thr Glu Asn Val Glu 205 200 195
Gly Ala Val Tyr Asn Asp Ala Phe Asn His Met Val Tyr Lys Asn Asn 220 215 210
Ala Gly Val Thr lle Leu Lys Asp Tyr His Lys Ser lle Leu Pro Asp 240 235 230 225
Asp Lys lle Asp Ser Glu Leu Lys Leu Asn Phe Ser lle Ser Gly Leu 0 255 250 245
Val Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Ser Lys Lys Glu lle Glu Gin Phe 270 265 260 15
Lys Ser Asn Leu Glu Gly Phe Lys Gly Lys Val lle Gly Glu Asn Gly 285 280 275
Glu Tyr Glu lle Ser Lys Phe Asn Asn Ser Leu Lys Tyr Met Ala Thr 300 295 290
His Trp lle Phe Ser Tyr Leu Thr Phe Lys Gly Leu Lys Gin Arg Val 320 315 310 305
Lys Asn Thr Phe Asp Lys Glu Thr Leu Leu Met Gin Met lle Asp Glu 335 330 325
Leu Asn Lys Val Pro His Glu Val Tyr GIn Thr Leu Ser Lys Glu GIn 5 350 345 340
Gln Asn Glu Phe Leu Glu Asp lle Asn Glu Tyr Val Gln Asp Asn Glu
365 360 355
Glu Asn Lys Lys Ser Met Glu Asn Ser lle Val Val His Pro Val lle 380 375 370 5
Arg Lys Arg Tyr Asp Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu 400 395 390 385
Asp Glu Phe Ala Asn Phe Pro Thr Leu Lys Phe Phe Val Thr Ala Gly 415 410 405
Asn Phe Val His Asp Lys Arg Glu Lys GIn lle GIn Gly Ser Met Leu 430 425 420
Thr Ser Asp Arg Met lle Lys Glu Lys lle Asn Val Phe Gly Lys Leu 445 440 435
Thr Glu lle Ala Lys Tyr Lys Ser Asp Tyr Phe Ser Asn Glu Asn Thr 5 460 455 450
Leu Glu Thr Ser Glu Trp Glu Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Leu Leu 480 475 470 465 10 lle Gin Asn Asn lle Pro Val His lle Asp Leu lle His Asn Thr Glu 495 490 485
Glu Ala Lys GIn Cys Gin lle Ala lle Asp Arg lle Lys Cys Thr Thr 510 505 500
Asn Pro Ala Lys Lys Arg Asn Thr Arg Lys Ser Lys Glu Glu lle lle 525 520 515
Lys lle lle Tyr Gin Lys Asn Lys Asn lle Lys Tyr Gly Asp Pro Thr 540 535 530
Ala Leu Leu Ser Ser Asn Glu Leu Pro Ala Leu lle Tyr Glu Leu Leu 10 560 555 550 545
Val Asn Lys Lys Ser Gly Lys Glu Leu Glu Asn lle lle Val Glu Lys 575 570 565 15 lle Val Asn GIn Tyr Lys Thr lle Ala Gly Phe Glu Lys Gly Gln Asn 590 585 580
Leu Ser Asn Ser Leu lle Thr Lys Lys Leu Lys Lys Ser Glu Pro Asn 605 600 595
Glu Asp Lys lle Asn Ala Glu Lys lle lle Leu Ala lle Asn Arg Glu 620 615 610
Leu Glu lle Thr Glu Asn Lys Leu Asn lle lle Lys Asn Asn Arg Ala 640 635 630 625
Glu Phe Arg Thr Gly Ala Lys Arg Lys His lle Phe Tyr Ser Lys Glu 5 655 650 645
Leu Gly GIn Glu Ala Thr Trp lle Ala Tyr Asp Leu Lys Arg Phe Met
670 665 660
Pro Glu Ala Ser Arg Lys Glu Trp Lys Gly Phe His His Ser Glu Leu 685 680 675 5 ‏ماك‎ Lys Phe Leu Ala Phe Tyr Asp Arg Asn Lys Asn Asp Ala Lys Ala 700 695 690
Leu Leu Asn Met Phe Trp Asn Phe Asp Asn Asp Gin Leu lle Gly Asn 720 715 710 705
Asp Leu Asn Ser Ala Phe Arg Glu Phe His Phe Asp Lys Phe Tyr Glu 735 730 725
Lys Tyr Leu lle Lys Arg Asp Glu lle Leu Glu Gly Phe Lys Ser Phe 750 745 740 lle Ser Asn Phe Lys Asp Glu Pro Lys Leu Leu Lys Lys Gly lle Lys 5 765 760 755
Asp lle Tyr Arg Val Phe Asp Lys Arg Tyr Tyr lle lle Lys Ser Thr 780 775 770 10
Asn Ala 60 Lys Glu 60 Leu Leu Ser Lys Pro lle Cys Leu Pro Arg 800 795 790 785
Gly lle Phe Asp Asn Lys Pro Thr Tyr lle Glu Gly Val Lys Val Glu 815 810 805
Ser Asn Ser Ala Leu Phe Ala Asp Trp Tyr Gin Tyr Thr Tyr Ser Asp 830 825 820
Lys His Glu Phe GIn Ser Phe Tyr Asp Met Pro Arg Asp Tyr Lys Glu 845 840 835
GIn Phe Glu Lys Phe Glu Leu Asn Asn lle Lys Ser lle GIn Asn Lys 0 860 855 850
Lys Asn Leu Asn Lys Ser Asp Lys Phe lle Tyr Phe Arg Tyr Lys GIn 880 875 870 865 15
Asp Leu Lys lle Lys Gin lle Lys Ser 60 Asp Leu Phe lle Lys Leu 895 890 885
Met Val Asp Glu Leu Phe Asn Val Val Phe Lys Asn Asn lle Glu Leu 910 905 900
Asn Leu Lys Lys Leu Tyr Glin Thr Ser Asp Glu Arg Phe Lys Asn 0 925 920 915
Leu lle Ala Asp Val Gin Lys Asn Arg Glu Lys Gly Asp Thr Ser Asp 940 935 930
Asn Lys Met Asn Glu Asn Phe lle Trp Asn Met Thr lle Pro Leu Ser 5 960 955 950 945
Leu Cys Asn Gly Gin lle Glu Glu Pro Lys Val Lys Leu Lys Asp lle
975 970 965
Gly Lys Phe Arg Lys Leu Glu Thr Asp Asp Lys Val lle Gin Leu Leu 990 985 980 5
Glu Tyr Asp Lys Ser Lys Val Trp Lys Lys Leu Glu lle Glu Asp Glu 1005 1000 995
Leu Glu Asn Met Pro Asn Ser Tyr Glu Arg lle Arg Arg Glu Lys 1020 1015 1010
Leu Leu Lys Gly lle Gin Glu Phe Glu His Phe Leu Leu Glu Lys 1035 1030 1025
Glu Lys Phe Asp Gly lle Asn His Pro Lys His Phe Glu Gln Asp 1050 1045 1040
Leu Asn Pro Asn Phe Lys Thr Tyr Val lle Asn Gly Val Leu Arg 5 1065 1060 1055
Lys Asn Ser Lys Leu Asn Tyr Thr Glu lle Asp Lys Leu Leu Asp 1080 1075 1070 10
Leu Glu His lle Ser lle Lys Asp lle Glu Thr Ser Ala Lys Glu 1095 1090 1085 lle His Leu Ala Tyr Phe Leu lle His Val Arg Asn Lys Phe Gly 1110 1105 1100
His Asn Gin Leu Pro Lys Leu Glu Ala Phe Glu Leu Met Lys Lys 1125 1120 1115
Tyr Tyr Lys Lys Asn Asn Glu Glu Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe His 1140 1135 1130
Lys Val Ser Ser GIn lle Val Asn Glu Phe Lys Asn Ser Leu Glu 10 1155 1150 1145
Lys His Ser 1160 15 546 <210> 1165 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Chryseobacterium jejuense <223> 5 546 <400>
Met Glu Lys Thr Gln Thr Gly Leu Gly lle Tyr Tyr Asp His Thr Lys 10 5 1 10
Leu GIn Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Phe Asn Leu Ala GIn Asn 25 20 15
Asn lle Asp Asn Val lle Lys Ala Phe lle lle Lys Phe Phe Pro Glu 40 35
Arg Lys Asp Lys Asp lle Asn lle Ala Gin Phe Leu Asp lle Cys Phe 60 55 50
Lys Asp Asn Asp Ala Asp Ser Asp Phe GIn Lys Lys Asn Lys Phe Leu 80 75 70 65
Arg lle His Phe Pro Val lle Gly Phe Leu Thr Ser Asp Asn Asp Lys 10 95 90 85
Ala Gly Phe Lys Lys Lys Phe Ala Leu Leu Leu Lys Thr lle Ser Glu 110 105 100 15
Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr Tyr His Lys Ser lle Glu Phe Pro 125 120 115
Ser Glu Leu Phe Glu Leu Leu Asp Asp lle Phe Val Lys Thr Thr Ser 140 135 130
Glu lle Lys Lys Leu Lys Lys Lys Asp Asp Lys Thr Gln Gin Leu Leu 160 155 150 145
Asn Lys Asn Leu Ser Glu Glu Tyr Asp lle Arg Tyr Gln Gin Gin lle 175 170 165
Glu Arg Leu Lys Glu Leu Lys Ala GIn Gly Lys Arg Val Ser Leu Thr 15 190 185 180
Asp Glu Thr Ala lle Arg Asn Gly Val Phe Asn Ala Ala Phe Asn His
205 200 195
Leu lle Tyr Arg Asp Gly Glu Asn Val Lys Pro Ser Arg Leu Tyr Gin 220 215 210 5
Ser Ser Tyr Ser Glu Pro Asp Pro Ala Glu Asn Gly lle Ser Leu Ser 240 235 230 225
Gln Asn Ser lle Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Glu Arg Lys Glu 255 250 245
Thr Glu Asp Leu Lys Ser Arg Val Lys Gly Phe Lys Ala Lys lle lle 270 265 260
Lys 0 Gly Glu Glu Gin lle Ser Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His 285 280 275
Trp Val Phe Ser Tyr Leu Cys Phe Lys Gly lle Lys GIn Lys Leu Ser 5 300 295 290
Thr Glu Phe His Glu Glu Thr Leu Leu lle Gin lle lle Asp Glu Leu 320 315 310 305 10
Ser Lys Val Pro Asp Glu Val Tyr Ser Ala Phe Asp Ser Lys Thr Lys 335 330 325
Glu Lys Phe Leu Glu Asp lle Asn Glu Tyr Met Lys Glu Gly Asn Ala 350 345 340
Asp Leu Ser Leu Glu Asp Ser Lys Val lle His Pro Val lle Arg Lys 365 360 355
Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu 380 375 370
Tyr Leu Ser Ser Thr Ser Leu Lys Phe GIn Val His Val Gly Asn Tyr 0 400 395 390 385
Val His Asp Arg Arg Val Lys His lle Asn Gly Thr Gly Phe Gin Thr 415 410 405 15
Glu Arg lle Val Lys Asp Arg lle Lys Val Phe Gly Arg Leu Ser Asn 430 425 420 lle Ser Asn Leu Lys Ala Asp Tyr lle Lys Glu GIn Leu Glu Leu Pro 445 440 435
Asn Asp Ser Asn Gly Trp Glu lle Phe Pro Asn Pro Ser Tyr lle Phe 460 455 450 lle Asp Asn Asn Val Pro lle His Val Leu Ala Asp Glu Ala Thr Lys 480 475 470 465
Lys Gly lle Glu Leu Phe Lys Asp Lys Arg Arg Lys Glu Gin Pro Glu 5 495 490 485
Glu Leu GIn Lys Arg Lys Gly Lys lle Ser Lys Tyr Asn lle Val Ser
510 505 500
Met lle Tyr Lys Glu Ala Lys Gly Lys Asp Lys Leu Arg lle Asp Glu 525 520 515 5
Pro Leu Ala Leu Leu Ser Leu Asn Glu lle Pro Ala Leu Leu Tyr GIn 540 535 530 lle Leu Glu Lys Gly Ala Thr Pro Lys Asp lle Glu Leu lle lle Lys 560 555 550 545
Asn Lys Leu Thr Glu Arg Phe Glu Lys lle Lys Asn Tyr Asp Pro Glu 575 570 565
Thr Pro Ala Pro Ala Ser GIn lle Ser Lys Arg Leu Arg Asn Asn Thr 590 585 580
Thr Ala Lys Gly Gin Glu Ala Leu Asn Ala Glu Lys Leu Ser Leu Leu 5 605 600 595 lle Glu Arg Glu lle Glu Asn Thr Glu Thr Lys Leu Ser Ser lle Glu 620 615 610 10
Glu Lys Arg Leu Lys Ala Lys Lys Glu Gin Arg Arg Asn Thr Pro 07 640 635 630 625
Arg Ser lle Phe Ser Asn Ser Asp Leu Gly Arg lle Ala Ala Trp Leu 655 650 645
Ala Asp Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Ala Glu Gin Arg Lys Asn Trp 670 665 660
Lys Gly Tyr Gln His Ser 60 Leu GIn GIn Ser Leu Ala Tyr Phe Glu 685 680 675
Lys Arg Pro 60 Glu Ala Phe Leu Leu Leu Lys Glu Gly Trp Asp Thr 0 700 695 690
Ser Asp Gly Ser Ser Tyr Trp Asn Asn Trp Val Met Asn Ser Phe Leu 720 715 710 705 15
Glu Asn Asn His Phe Glu Lys Phe Tyr Lys Asn Tyr Leu Met Lys Arg 735 730 725
Val Lys Tyr Phe Ser Glu Leu Ala Gly Asn lle Lys GIn His Thr His 750 745 740
Asn Thr Lys Phe Leu Arg Lys Phe lle Lys Gln Gin Met Pro Ala Asp 765 760 755
Leu Phe Pro Lys Arg His Tyr lle Leu Lys Asp Leu Glu Thr Glu Lys 780 775 770
Asn Lys Val Leu Ser Lys Pro Leu Val Phe Ser Arg Gly Leu Phe Asp 5 800 795 790 785
Asn Asn Pro Thr Phe lle Lys Gly Val Lys Val Thr Glu Asn Pro Glu
815 810 805
Leu Phe Ala Glu Trp Tyr Ser Tyr Gly Tyr Lys Thr Glu His Val Phe 830 825 820 5
Gln His Phe Tyr Gly Trp Glu Arg Asp Tyr Asn Glu Leu Leu Asp Ser 845 840 835
Glu Leu GIn Lys Gly Asn Ser Phe Ala Lys Asn Ser lle Tyr Tyr Asn 860 855 850
Arg Glu Ser Gin Leu Asp Leu lle Lys Leu Lys GIn Asp Leu Lys lle 880 875 870 865
Lys Lys lle Lys lle Gln Asp Leu Phe Leu Lys Arg lle Ala Glu Lys 895 890 885
Leu Phe Glu Asn Val Phe Asn Tyr Pro Thr Thr Leu Ser Leu Asp Glu 5 910 905 900
Phe Tyr Leu Thr Gln Glu Glu Arg Ala Glu Lys Glu Arg lle Ala Leu 925 920 915 10
Ala GIn Ser Leu Arg Glu Glu Gly Asp Asn Ser Pro Asn lle lle Lys 940 935 930
Asp Asp Phe lle Trp Ser Lys Thr lle Ala Phe Arg Ser Lys Gin lle 960 955 950 945
Tyr Glu Pro Ala lle Lys Leu Lys Asp lle Gly Lys Phe Asn Arg Phe 975 970 965
Val Leu Asp Asp Glu Glu Ser Lys Ala Ser Lys Leu Leu Ser Tyr Asp 990 985 980
Lys Asn Lys lle Trp Asn Lys Glu GIn Leu Glu Arg Glu Leu Ser lle 10 1005 1000 995
Gly Glu Asn Ser Tyr Glu Val lle Arg Arg Glu Lys Leu Phe Lys 1020 1015 1010 15
Glu lle GIn Asn Leu Glu Leu Gin lle Leu Ser Asn Trp Ser Trp 1035 1030 1025
Asp Gly lle Asn His Pro Arg Glu Phe Glu Met Glu Asp Gin Lys 1050 1045 1040
Asn Thr Arg His Pro Asn Phe Lys Met Tyr Leu Val Asn Gly lle 1065 1060 1055
Leu Arg Lys Asn lle Asn Leu Tyr Lys Glu Asp Glu Asp Phe Trp 1080 1075 1070
Leu Glu Ser Leu Lys Glu Asn Asp Phe Lys Thr Leu Pro Ser Glu 15 1095 1090 1085
Val Leu Glu Thr Lys Ser Glu Met Val Gin Leu Leu Phe Leu Val
1110 1105 1100 lle Leu lle Arg Asn 60 Phe Ala His Asn GIn Leu Pro Glu lle 1125 1120 1115 5
Gln Phe Tyr Asn Phe lle Arg Lys Asn Tyr Pro Glu lle GIn Asn 1140 1135 1130
Asn Thr Val Ala Glu Leu Tyr Leu Asn Leu lle Lys Leu Ala Val 1155 1150 1145
Gln Lys Leu Lys Asp Asn Ser 1165 1160
>210< 547 >211< 1174 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220>
Porphyromonas gulae <223> 547 <400>
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 5 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys
45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp GIn Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 60 55 50 5
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 5 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145 10
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180
Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 10 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245 15
Phe Lys Gly Gly Thr Gly Pro Tyr Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 5 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe
350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355 5
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Leu Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser Gin Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 5 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gin His Leu Trp Pro Ser 460 455 450 10
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Cys Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Leu Lys 10 540 535 530
Glu Leu Asp Thr Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545 15
Pro Lys GIn Met lle Thr lle Leu Ser Gln Glu Arg Lys Asp Met Lys 575 570 565
Glu Lys lle Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe GIn Pro Val Ala Lys Asp Ala Ser Gly 5 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu
655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660 5
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn Cys Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg Gin Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Asp Glu Phe His Leu 5 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755 10
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gin Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Asp Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 830 825 820
Met Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 0 845 840 835
Arg lle Lys Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 860 855 850 15
Lys Lys Lys lle Glu Gin Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys lle Asn Leu Ala Lys 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 60 Glu His Pro Tyr His Asp Phe 910 905 900
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 5 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Pro
960 955 950 945
Asn Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 975 970 965 5
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 990 985 980
His Lys Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asn Thr 1005 1000 995
Lys Leu Leu Lys 60 Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg 1020 1015 1010
Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala 1035 1030 1025
Met Glu ‏ماه‎ Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu Leu 5 1050 1045 1040
Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr Leu 1065 1060 1055 10
Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Ser Arg Tyr Pro His Leu Pro Asp 1080 1075 1070
Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu Leu 1095 1090 1085
Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu lle Ala 1110 1105 1100
Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp Glu 1125 1120 1115
Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro Asp 10 1140 1135 1130
Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu Ser 1155 1150 1145 15
Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg lle lle GIn 1170 1165 1160
Ala 548 <210> 1175 <211>
PRT <212> >213< متوالية اصطناعية >220< ‎Porphyromonas gulae <223>‏ 548 <400> 15
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Gin Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 10 60 55 50
Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 15 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 15 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp
175 170 165
Val Ser Val GIn Arg Val Lys lle Asp His Glu His Asn Asp Glu Val 190 185 180 5
Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met 60 Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gin ‏ماه‎ Met Thr Asn Glu Val Phe 5 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275 10
Met Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 10 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370 15
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser 60 Thr Ser Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly GIn His Leu Trp Pro Ser 15 460 455 450
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp
480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485 5
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Arg Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Ala lle Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 5 575 570 565
Glu Lys lle Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met Met Ala Asp Thr Asp His 590 585 580 10
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Ala Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 0 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675 15
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 5 765 760 755
Gly His Asp Glu Val Ala Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys
780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785 5
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser Tyr Ser Ala Ala Arg 845 840 835
Arg lle Glu Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu GIn Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 5 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Arg lle Asn Leu Ala Lys 895 890 885 10
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala GIn Glu His Pro Tyr His Asp Phe 910 905 900
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Pro 960 955 950 945
Asn Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 0 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 990 985 980 15
His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 1005 1000 995
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr GIn Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 15 1065 1060 1055
Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro
1080 1075 1070
Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1095 1090 1085 5
Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115
Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg lle lle 5 1170 1165 1160
Gln Ala 1175 10 549 <210> 1175 <211>
PRT <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏غير معروف‎ <223>
549 <400>
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1 5
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp GIn Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 60 55 50
Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 5 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100 10
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu 60 Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val Gin Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 0 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195 15
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 5 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys
300 295 290
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305 5
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 5 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405 10
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser Gin Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala GIn Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 10 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500 15
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Leu Lys 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Lys GIn Met lle Gly lle Leu Ser Gln Glu Arg Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 15 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly
605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610 5
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 5 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705 10
Ser Asp Arg Val Glu Asn Cys Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val 60 Pro 0 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805 15
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Asp Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 845 840 835
Arg lle Lys Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu GIn Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys lle Asn Leu Ala Lys 5 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala Gin Glu His Pro Tyr His Asp Phe
910 905 900
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915 5
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Pro 960 955 950 945
Asn Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 990 985 980
His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 5 1005 1000 995
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010 10
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1065 1060 1055
Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Ser Arg Tyr Pro His Leu Pro 1080 1075 1070
Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 10 1095 1090 1085
Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100 15
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115
Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg lle lle 1170 1165 1160
Gln Ala 5 1175 550 <210>
1175 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
Porphyromonas gingivalis ‏ل‎ 03/150001 >223< 550 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 10 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 25 20 15
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg GIn Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly 60 Trp 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 5 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu
125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130 5
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Cys Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 5 220 215 210
Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225 0
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 0 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 335 330 325 15
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 5 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp
430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435 5
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gin Leu Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 510 505 500
Ser Ala Glu Arg Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 5 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu lle Asp Thr Leu Asp 540 535 530 10
Arg Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Ala lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 0 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625 15
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu GIn Ser lle Gly Arg 5 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys
735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 750 745 740 5
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 5 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 845 840 835 10
Arg lle Glu Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Asn Ala Ser Arg Glu Asn 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu Gin Leu Leu GIn Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys lle Asn lle Ala Lys 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe 910 905 900
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn GIn 0 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930 15
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr 960 955 950 945
Asp Val His Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 990 985 980
His Lys Glu Gin Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 1005 1000 995
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 5 1020 1015 1010
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu
1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1050 1045 1040 5
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu 60 Thr 1065 1060 1055
Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1080 1075 1070
Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1095 1090 1085
Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Asn Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr Pro Met Tyr Asp 5 1125 1120 1115
Glu Thr Leu Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1140 1135 1130 10
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Met Val Glu Arg lle lle 1170 1165 1160
‏دا‎ Ala 1175 551 <210> 1175 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Porphyromonas gingivalis <223> 551 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Ala His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 5 45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly Gin Trp 60 55 50 10
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser 60 Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 10 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145 15
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Lys Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 15 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly
255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln ‏ماي‎ Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260 5
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 5 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355 10
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 10 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly 60 Leu Leu Trp Pro Ser 460 455 450 15
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp 5 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu
560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Ala lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565 5
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe ‏ماى‎ Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 5 655 650 645 ‏دا‎ Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660 10
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gin Ser lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 10 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755 15
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gin Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 5 845 840 835
Arg lle Glu Asp Ala Phe Val Gly lle Glu Tyr Ala Ser Trp Glu Asn
860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu Gin Leu Leu GIn Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 880 875 870 865 5
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys lle Asn lle Ala Lys 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe 910 905 900
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr 5 960 955 950 945
Asp Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 975 970 965 10
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 990 985 980
His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 1005 1000 995
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 0 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu GIn Thr 1065 1060 1055 15
Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1080 1075 1070
Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1095 1090 1085
Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu GIn Arg Glu Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115
Glu Thr lle Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Leu 15 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu
1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys Leu Ala Lys Glu Met Val Glu Arg lle lle 1170 1165 1160 5
Gln Ala 1175 552 <210> 1175 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220>
Porphyromonas gulae <223>
552 >400<
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Gin Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 5 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu
80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85 5
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 5 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180 10
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gin Gin Met Thr Asn Glu Val Phe 10 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275 15
Met Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 5 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys
380 375 370
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385 5
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser 60 Thr Ser Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly 60 His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala GIn Asp 5 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485 10
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Leu Lys 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Lys GIn Met lle Ala lle Leu Ser GIn Glu His Lys Asn Met Glu 0 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580 15
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe GIn Pro Val Ala Lys Asp Ala Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
GIn Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr 060 15 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe
685 680 675
Leu His Asp Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690 5
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Met Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 5 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785 10
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 845 840 835
Arg lle Glu Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu GIn Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 0 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys lle Asn Leu Ala Lys 895 890 885 15
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala Gin Glu His Pro Tyr His Asp Phe 910 905 900
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr 960 955 950 945
Asn Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 5 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val
990 985 980
His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 1005 1000 995 5
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu 60 Thr 1065 1060 1055
Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 5 1080 1075 1070
Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1095 1090 1085 10
Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115
Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg lle lle 0 1170 1165 1160
Gln Ala 1175 15 553 <210> 1175 <211>
PRT <212> >213< متوالية اصطناعية <220>
Porphyromonas gulae <223> 5 553 <400>
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 10 5 1 10
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 25 20 15
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp ‏صاى‎ Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 60 55 50
Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys | 0 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100 15
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val GIn Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 15 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp
205 200 195
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210 5
Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 5 300 295 290
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305 10
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 0 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405 15
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser 60 Thr Ser Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly 60 His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 5 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val
510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515 5
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Leu Lys 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Lys GIn Met lle Ala lle Leu Ser 60 Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys lle Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg ‏ماو‎ Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 5 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610 10
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Lys Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 10 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705 15
Ser Asp Arg Met Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val 60 Pro 5 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys
815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 830 825 820 5
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 845 840 835
Arg lle Glu Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu Gin Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys lle Asn Leu Ala Lys 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala GIn Glu His Pro Tyr His Asp Phe 5 910 905 900
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915 10
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Pro 960 955 950 945
Asn Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 990 985 980
His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 10 1005 1000 995
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010 15
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1065 1060 1055
Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1080 1075 1070
Asp Glu Ser Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 15 1095 1090 1085
Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu lle
1110 1105 1100
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115 5
Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg lle lle 1170 1165 1160
Gln Val 1175 554 <210> 5 1175 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 10
Porphyromonas gulae <223> 554 <400>
Met Thr Glu Gin Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn
30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg GIn Leu Ala Tyr Ser Lys 45 40 35 5
Ala Asp lle Thr Asn Asp GIn Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 60 55 50
Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 5 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130 10
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val ‏ماى‎ Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 10 220 215 210
Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225 15
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Arg Phe 15 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly
335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340 5
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 5 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435 10
Lys lle Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly 60 His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gin Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 10 525 520 515
Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Leu Lys 540 535 530 15
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Lys GIn Met lle Ala lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys lle Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 5 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly
640 65 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645 5
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Lys Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Met Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 5 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 750 745 740 10
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 0 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 845 840 835 15
Arg lle Glu Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu ‏0ا6‎ Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys lle Asn Leu Ala Lys 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 60 Glu His Pro Tyr His Asp Phe 910 905 900
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn GIn 5 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys
940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Pro 960 955 950 945 5
Asn Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 990 985 980
His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 1005 1000 995
Thr Lys Leu Leu Lys Glin Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 5 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1050 1045 1040 10
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1065 1060 1055
Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1080 1075 1070
Asp Glu Ser Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1095 1090 1085
Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gin Tyr Pro Met Tyr Asp 0 1125 1120 1115
Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1140 1135 1130 15
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg lle lle 1170 1165 1160
Gln Val 1175 555 <210> 1175 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Porphyromonas gulae <223> 555 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Ala His lle Asp Arg GIn Leu Ala Tyr Ser Lys 10 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly 60 Trp 60 55 50 15
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Gin Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 5 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu
160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165 5
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Lys Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 5 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260 10
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290
Pro Lys Leu Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 0 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355 15
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 5 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly 60 Leu Leu Trp Pro Ser
460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465 5
Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 5 560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Ala lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565 10
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 10 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660 15
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gin Ser lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg 60 Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 15 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met
765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770 5
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val 60 Pro 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 845 840 835
Arg lle Glu Asp Ala Phe Val Gly lle Glu Tyr Ala Ser Trp Glu Asn 5 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu GIn Leu Leu Gin Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 880 875 870 865 10
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys lle Asn lle Ala Lys 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe 910 905 900
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr 0 960 955 950 945
Asp Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 975 970 965 15
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 990 985 980
His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 1005 1000 995
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 5 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu 60 Thr
1065 1060 1055
Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1080 1075 1070 5
Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1095 1090 1085
Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu GIn Arg Glu Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115
Glu Thr lle Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Leu 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 5 1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys Leu Ala Lys Glu Met Val Glu Arg lle lle 1170 1165 1160 10
Gln Ala 1175 556 <210> 1175 <211>
PRT <212>
‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Porphyromonas gingivalis <223> 556 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 15 10 5 1
Lys Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 30 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly Gin Trp 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 5 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85 10
Leu Phe Glu Ser Gin Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Met Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 10 175 170 165
Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 190 185 180 15
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195
Arg Cys Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Arg Glu Gly Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gin Met Thr Asn Glu Val Phe 15 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg
285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290 5
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Ala 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 5 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385 10
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Cys Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gin His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala GIn Asp 0 480 475 470 465
Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 495 490 485 15
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500
Ser Ala Glu Arg Val Gin Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Arg GIn Met lle Ala lle Leu Ser GIn Lys His Lys Asp Met Glu 5 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His
590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595 5
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
‏دا‎ Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 5 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690 10
Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gin Ser lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 0 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gin Pro 800 795 790 785 15
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 845 840 835
Arg lle Glu Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Asn Ala Ser Arg Glu Asn 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu GIn Leu Leu Gin Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 5 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys lle Asn lle Ala Lys
895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe 910 905 900 5
Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr 960 955 950 945
Asp Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 5 990 985 980
His Lys Glu GIn Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 1005 1000 995 10
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu GIn Thr 1065 1060 1055
Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 10 1080 1075 1070
Asp Glu Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1095 1090 1085 15
Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Arg Lys Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115
Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Met Ala Glu Arg lle lle 5 1170 1165 1160
Gln Ala
557 <210> 1179 <211> 5
PRT <212> >213< متوالية اصطناعية <220>
Flavobacterium columnare <223> 0 557 <400>
Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys GIn Lys Thr Phe Asn His 10 5 1 15
Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala 25 20
Asp Asp Asn Leu Arg GIn Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg lle Asn 45 40 35
Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe 60 55 50
Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 80 75 70 65
Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg lle Gin Lys His Thr Asn His 5 95 90 85
Asn Phe Glu Gin Thr Arg Glu lle Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr lle
110 105 100
Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro lle Thr 125 120 115 5 lle Asn Pro Lys lle Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val 140 135 130
Leu lle Thr lle Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 160 155 150 145
Leu Leu Lys Glu Lys Leu Arg Pro Glu Leu Thr Gin Leu Lys Asn Gin 175 170 165
Lys Arg Glu Glu Leu lle Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn 190 185 180
Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu Arg Pro Phe Leu Glu Glu 5 205 200 195
Asn Lys Thr Asp Asp Lys GIn Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 220 215 210 10
Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser lle Thr Leu Thr Gln Ser 240 235 230 225
Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe 0 255 250 245
Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Gly Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr lle 270 265 260
Lys Glu Glu Glu lle Ser Leu Asn Lys Asn Asn lle Val Tyr Met lle 285 280 275
Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 0 300 295 290 lle Lys Thr Asp Gin Gly Val Ser Thr Leu Glu GIn Asn Asn Thr Thr 320 315 310 305 15
His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gin lle 335 330 325
Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu lle Tyr Glu Thr Leu Ser 350 345 340
Glu Lys GIn GIn Lys Glu Phe Glu Glu Asp lle Asn Glu Tyr Met Arg 365 360 355
Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser lle Val Ser His 380 375 370
Lys Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 15 400 395 390 385
Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val
415 410 405
Asn Phe Gly Asp Tyr lle Lys Asp Arg Gln Lys Lys lle Leu Glu Ser 430 425 420 5 lle Gin Phe Asp Ser Glu Arg lle lle Lys Lys Glu lle His Leu Phe 445 440 435
Glu Lys Leu Ser Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 460 455 450
Glu Thr Ser Asn lle Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Asn Pro 480 475 470 465
Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn lle Pro Phe Tyr lle Asp Ser Arg 495 490 485
Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn Gin Lys Lys Lys Ala GIn Ser 5 510 505 500
GIn Asn Lys Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu Gin 525 520 515 10
Ser Lys Asp Ala lle lle Ala Met Leu GIn Lys Glu lle Gly Val Lys 540 535 530
Asp Leu GIn 60 Arg Ser Thr lle Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 560 555 550 545
Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val lle Val Lys Asp lle Lys Gly Ala Glu 575 570 565
Leu Glu Asn Lys lle Ala GIn Lys lle Arg Glu GIn Tyr Gin Ser lle 590 585 580
Arg Asp Phe Thr Leu Asp Ser Pro Gin Lys Asp Asn lle Pro Thr Thr 0 605 600 595
Leu lle Lys Thr lle Asn Thr Asp Ser Ser Val Thr Phe Glu Asn 0 620 615 610 15
Pro lle Asp lle Pro Arg Leu Lys Asn Ala lle Gin Lys Glu Leu Thr 640 635 630 625
Leu Thr Gin Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys Glu His Glu lle Glu Val 655 650 645
Asp Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn GIn Pro 670 665 660
Lys Asn Lys Val Asp Asp Lys Lys Leu GIn Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 685 680 675
Arg Asn Glu lle Arg Gin Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu lle 5 700 695 690
His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu
720 715 710 705
Leu GIn Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys lle 735 730 725 5
Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys lle Leu Thr 750 745 740
Lys Gly Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe lle Asp Phe 765 760 755
Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Asn Thr Glu Ser 780 775 770
Thr Phe Leu Glu Asn Gly Leu lle Gly Leu Pro Pro Lys lle Leu Lys 800 795 790 785
Lys Glu Leu Ser Lys Arg Phe Lys Tyr lle Phe lle Val Phe GIn Lys 5 815 810 805
Arg GIn Phe lle lle Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 830 825 820 10
Ala Asp Ala lle Asn Leu Ser Arg Gly lle Phe Asp Glu Lys Pro Thr 845 840 835
Met lle Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 860 855 850
Val Ala Ser Tyr GIn Tyr Asn Asn Tyr 60 Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 880 875 870 865
Pro Asp lle Val Glu Arg Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 895 890 885
Ala lle Asn Lys Val Lys lle GIn Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 10 910 905 900
Asp Thr Leu Tyr GIn Asp Leu Phe Asn GIn Pro Leu Asp Lys Ser Leu 925 920 915 15
Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Ala Glu Arg Glu Lys lle Lys Ala Asp 940 935 930
Ala Lys Ala Tyr GIn Lys Arg Asn Asp Ser Ser Leu Trp Asn Lys Val 960 955 950 945 lle His Leu Ser Leu GIn Asn Asn Arg lle Thr Ala Asn Pro Lys Leu 975 970 965
Lys Asp lle Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu GIn Asp Glu Lys lle Ala 990 985 980
Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Asp Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu 60 Lys 5 1005 1000 995
Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr
1020 1015 1010
Ala Leu Asn Met Glu Leu 60 Glu Tyr Glu Lys Val Arg Ser Lys 1035 1030 1025 5
Glu Leu Leu Lys 60 Val 60 Glu Leu Glu Lys 60 lle Leu Glu 1050 1045 1040
Glu Tyr Thr Asp Phe Leu Ser Thr ‏ماو‎ lle His Pro Ala Asp Phe 1065 1060 1055
Glu Arg Glu Gly Asn Pro Asn Phe Lys Lys Tyr Leu Ala His Ser 1080 1075 1070 lle Leu Glu Asn Glu Asp Asp Leu Asp Lys Leu Pro Glu Lys Val 1095 1090 1085
Glu Ala Met Arg Glu Leu Asp Glu Thr lle Thr Asn Pro lle lle 5 1110 1105 1100
Lys Lys Ala lle Val Leu lle lle lle Arg Asn Lys Met Ala His 1125 1120 1115 10
Asn GIn Tyr Pro Pro Lys Phe lle Tyr Asp Leu Ala Asn Arg Phe 1140 1135 1130
Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala Thr Tyr Phe Asn Arg 1155 1150 1145
Val Phe Glu Thr lle Thr Lys Glu Leu Trp Glu Asn Lys Glu Lys 1170 1165 1160
Lys Asp Lys Thr Gin Val 1175 558 <210> 10 1199 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
Capnocytophaga canimorsus <223> 558 <400>
Met Lys Asn lle Gln Arg Leu Gly Lys Gly Asn Glu Phe Ser Pro Phe 10 5 1
Lys Lys Glu Asp Lys Phe Tyr Phe Gly Gly Phe Leu Asn Leu Ala Ash 5 25 20
Asn Asn lle Glu Asp Phe Phe Lys Glu lle lle Thr Arg Phe Gly lle 40 35 10
Val lle Thr Asp Glu Asn Lys Lys Pro Lys Glu Thr Phe Gly Glu Lys 60 55 50 15 lle Leu Asn Glu lle Phe Lys Lys Asp lle Ser lle Val Asp Tyr Glu 80 75 70 65
Lys Trp Val Asn lle Phe Ala Asp Tyr Phe Pro Phe Thr Lys Tyr Leu 95 90 85
Ser Leu Tyr Leu Glu Glu Met GIn Phe Lys Asn Arg Val lle Cys Phe 110 105 100
Arg Asp Val Met Lys Glu Leu Leu Lys Thr Val Glu Ala Leu Arg Asn 0 125 120 115
Phe Tyr Thr His Tyr Asp His Glu Pro lle Lys lle Glu Asp Arg Val 140 135 130 15
Phe Tyr Phe Leu Asp Lys Val Leu Leu Asp Val Ser Leu Thr Val Lys 160 155 150 145
Asn Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu Phe Leu Asn Gin His 175 170 165 lle Gly Glu Glu Leu Lys Glu Leu Cys Lys Gln Arg Lys Asp Tyr Leu 190 185 180
Val Gly Lys Gly Lys Arg lle Asp Lys Glu Ser Glu lle lle Asn Gly 205 200 195 lle Tyr Asn Asn Ala Phe Lys Asp Phe lle Cys Lys Arg Glu Lys GIn 5 220 215 210
Asp Asp Lys Glu Asn His Asn Ser Val Glu Lys lle Leu Cys Asn Lys
240 235 230 225
Glu Pro GIn Asn Lys Lys GIn Lys Ser Ser Ala Thr Val Trp Glu Leu 255 250 245 5
Cys Ser Lys Ser Ser Ser Lys Tyr Thr Glu Lys Ser Phe Pro Asn Arg 270 265 260
Glu Asn Asp Lys His Cys Leu Glu Val Pro lle Ser GIn Lys Gly lle 285 280 275
Val Phe Leu Leu Ser Phe Phe Leu Asn Lys Gly Glu lle Tyr Ala Leu 300 295 290
Thr Ser Asn lle Lys Gly Phe Lys Ala Lys lle Thr Lys Glu Glu Pro 320 315 310 305
Val Thr Tyr Asp Lys Asn Ser lle Arg Tyr Met Ala Thr His Arg Met 5 335 330 325
Phe Ser Phe Leu Ala Tyr Lys Gly Leu Lys Arg Lys lle Arg Thr Ser 350 345 340 10
Glu lle Asn Tyr Asn Glu Asp Gly GIn Ala Ser Ser Thr Tyr Glu Lys 365 360 355
Glu Thr Leu Met Leu GIn Met Leu Asp Glu Leu Asn Lys Val Pro Asp 380 375 370
Val Val Tyr ‏ماي‎ Asn Leu Ser Glu Asp Val 60 Lys Thr Phe lle Glu 400 395 390 385
Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr Met 415 410 405
Glu Glu Glu Gin Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp 0 430 425 420
Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gln Phe 445 440 435 15
Pro Thr Leu Arg Phe Gin Val His Leu Gly Asn Tyr Leu Cys Asp Lys 460 455 450
Arg Thr Lys Gin lle Cys Asp Thr Thr Thr Glu Arg Glu Val Lys Lys 480 475 470 465
Lys lle Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu Asn Lys Lys Ala 495 490 485 lle Phe Leu Asn Glu Arg Glu Glu lle Lys Gly Trp Glu Val Phe Pro 510 505 500
Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn lle Ser Val Asn Tyr Lys 5 525 520 515
Asp Phe Pro lle Val Gly Ser lle Leu Asp Arg Glu Lys Gin Pro Val
540 535 530
Ser Asn Lys lle Gly lle Arg Val Lys lle Ala Asp Glu Leu GIn Arg 560 555 550 545 5
Glu lle Asp Lys Ala lle Lys Glu Lys Lys Leu Arg Asn Pro Lys Asn 575 570 565
Arg Lys Ala Asn GIn Asp Glu Lys GIn Lys Glu Arg Leu Val Asn Glu 590 585 580 lle Val Ser Thr Asn Ser Asn Glu 60 Gly Glu Pro Val Val Phe lle 605 600 595
Gly GIn Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp lle His Ser Val Leu 620 615 610
Tyr Glu Phe Leu lle Asn Lys lle Ser Gly Glu Ala Leu Glu Thr Lys 5 640 635 630 625 lle Val Glu Lys lle Glu Thr Gin lle Lys GIn lle lle Gly Lys Asp 655 650 645 10
Ala Thr Thr Lys lle Leu Lys Pro Tyr Thr Asn Ala Asn Ser Asn Ser 670 665 660 lle Asn Arg Glu Lys Leu Leu Arg Asp Leu Glu Gin Glu Gin GIn lle 685 680 675
Leu Lys Thr Leu Leu Glu Glu Gin GIn Gln Arg Glu Lys Asp Lys Lys 700 695 690
Asp Lys Lys Ser Lys Arg Lys His Glu Leu Tyr Pro Ser Glu Lys Gly 720 715 710 705
Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Lys 0 735 730 725
Ala Phe Lys Glu GIn Trp Arg Gly Tyr His His Ser Leu Leu GIn Lys 750 745 740 15
Tyr Leu Ala Tyr Tyr Glu Gin Ser Lys Glu Glu Leu Lys Asn Leu Leu 765 760 755
Pro Lys Glu Val Phe Lys His Phe Pro Phe Lys Leu Lys Gly Tyr Phe 780 775 770 ‏اك‎ 0 GIn Tyr Leu Asn ‏(ا6‎ Phe Tyr Thr Asp Tyr Leu Lys Arg Arg 800 795 790 785
Leu Ser Tyr Val Asn Glu Leu Leu Leu Asn lle GIn Asn Phe Lys Asn 815 810 805
Asp Lys Asp Ala Leu Lys Ala Thr Glu Lys Glu Cys Phe Lys Phe Phe 15 830 825 820
Arg Lys GIn Asn Tyr lle lle Asn Pro lle Asn lle Gin lle Gln Ser
845 840 835 lle Leu Val Tyr Pro lle Phe Leu Lys Arg Gly Phe Leu Asp Glu Lys 860 855 850 5
Pro Thr Met lle Asp Arg Glu Lys Phe Lys Glu Asn Lys Asp Thr Glu 880 875 870 865
Leu Ala Asp Trp Phe Met His Tyr Lys Asn Tyr Lys Glu Asp Asn Tyr 895 890 885
Gln Lys Phe Tyr Ala Tyr Pro Leu Glu Lys Val Glu Glu Lys Glu Lys 910 905 900
Phe Lys Arg Asn Lys 60 lle Asn Lys GIn Lys Lys Asn Asp Val Tyr 925 920 915
Thr Leu Met Met Val Glu Tyr lle lle Gin Lys lle Phe Gly Asp Lys 5 940 935 930
Phe Val Glu Glu Asn Pro Leu Val Leu Lys Gly lle Phe GIn Ser Lys 960 955 950 945 10
Ala Glu Arg GIn Gin Asn Asn Thr His Ala Ala Thr Thr Gin Glu Arg 975 970 965
Asn Leu Asn Gly lle Leu Asn GIn Pro Lys Asp lle Lys lle Gin Gly 990 985 980
Lys lle Thr Val Lys Gly Val Lys Leu Lys Asp lle Gly Asn Phe Arg 1005 1000 995
Lys Tyr Glu lle Asp GIn Arg Val Asn Thr Phe Leu Asp Tyr Glu 1020 1015 1010
Pro Arg Lys Glu Trp Met Ala Tyr Leu Pro Asn Asp Trp Lys Glu 10 1035 1030 1025
Lys Glu Lys GIn Gly Gin Leu Pro Pro Asn Asn Val lle Asp Arg 1050 1045 1040 15
Gin lle Ser Lys Tyr Glu Thr Val Arg Ser Lys lle Leu Leu Lys 1065 1060 1055
Asp Val Gin Glu Leu Glu Lys lle lle Ser Asp Glu lle Lys Glu 1080 1075 1070
Glu His Arg His Asp Leu Lys GIn Gly Lys Tyr Tyr Asn Phe Lys 1095 1090 1085
Tyr Tyr lle Leu Asn Gly Leu Leu Arg GIn Leu Lys Asn Glu Asn 1110 1105 1100
Val Glu Asn Tyr Lys Val Phe Lys Leu Asn Thr Asn Pro Glu Lys 15 1125 1120 1115
Val Asn lle Thr GIn Leu Lys GIn Glu Ala Thr Asp Leu Glu Gin
1140 1135 1130
Lys Ala Phe Val Leu Thr Tyr lle Arg Asn Lys Phe Ala His Asn 1155 1150 1145 5
Gln Leu Pro Lys Lys Glu Phe Trp Asp Tyr Cys 60 Glu Lys Tyr 1170 1165 1160
Gly Lys lle Glu Lys Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu 1185 1180 1175
Val Phe Lys Arg Glu Lys Glu Ala Leu lle Lys 1195 1190
>210< 559 >211< 1213 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220>
Flavobacterium columnare <223> 559 <400>
Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys GIn Lys Thr Phe Asn His 10 5 1
Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala 5 25 20
Asp Asp Asn Leu Arg GIn Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg lle Asn
45 40 35
Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe 60 55 50 5
Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 80 75 70 65
Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg lle Gin Lys His Thr Asn His 95 90 85
Asn Phe Glu Gin Thr Arg Glu lle Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr lle 110 105 100
Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro lle Thr 125 120 115 lle Asn Pro Lys Val Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val 5 140 135 130
Leu lle Thr lle Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 160 155 150 145 10
Leu Leu Lys Glu Lys Phe Arg Pro Glu Leu Thr Gin Leu Lys Asn 07 175 170 165
Lys Arg Glu Glu Leu lle Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn 190 185 180
Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu Arg Pro Phe Leu Glu Glu 205 200 195
Asn Lys Thr Asp Asp Lys GIn Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 220 215 210
Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser lle Thr Leu Thr Gln Ser 10 240 235 230 225
Gly Leu Val Phe Leu lle Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe 07 255 250 245 15
Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Gly Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr lle 270 265 260
Lys Glu Glu Glu lle Ser Leu Asn Lys Asn Asn lle Val Tyr Met lle 285 280 275
Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 300 295 290 lle Lys Thr Asp Gin Gly Val Ser Thr Leu Glu GIn Asn Asn Thr Thr 320 315 310 305
His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gln lle 5 335 330 325
Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu lle Tyr Glu Thr Leu Ser
350 345 340
Glu Lys GIn GIn Lys Glu Phe Glu Glu Asp lle Asn Glu Tyr Met Arg 365 360 355 5
Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser lle Val Ser His 380 375 370
Lys Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 400 395 390 385
Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val 415 410 405
Asn Phe Gly Asp Tyr lle Lys Asp Arg Gin Lys Lys lle Leu Glu Ser 430 425 420 lle Gln Phe Asp Ser Glu Arg lle lle Lys Lys Glu lle His Leu Phe 5 445 440 435
Glu Lys Leu Gly Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 460 455 450 10
Glu Thr Ser Asn lle Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Ser Pro 480 475 470 465
Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn lle Pro Phe Tyr lle Asp Ser Arg 495 490 485
Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn GIn Lys Lys Lys Ala Gin Ser 510 505 500
GIn Asn Arg Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu Gin 525 520 515
Ser Lys Asp Ala lle lle Ala Met Leu 60 Lys Glu lle Gly Val Lys 0 540 535 530
Asp Leu GIn 60 Arg Ser Thr lle Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 560 555 550 545 15
Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val lle Val Lys Asp lle Lys Gly Ala Glu 575 570 565
Leu Glu Asn Lys lle Ala GIn Lys lle Arg Glu GIn Tyr ‏دي‎ Ser lle 590 585 580
Arg Asp Phe Thr Leu Asp Ser Pro Gin Lys Asp Asn lle Pro Thr Thr 605 600 595
Leu Thr Lys Thr lle Ser Thr Asp Thr Ser Val Thr Phe Glu Asn Gin 620 615 610
Pro lle Asp lle Pro Arg Leu Lys Asn Ala Leu GIn Lys Glu Leu Thr 5 640 635 630 625
Leu Thr Gin Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys Gin His Glu lle Glu Val
655 650 645
Asp Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn GIn Pro 670 665 660 5
Lys Asp Lys Val Asp Asp Asn Lys Leu GIn Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 685 680 675
Arg Asn Glu lle Gly GIn Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu lle 700 695 690
His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu 720 715 710 705
Leu GIn Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys lle 735 730 725
Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys lle Leu Thr 5 750 745 740
Lys Asp Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe lle Asp Phe 765 760 755 10
Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Asn Thr Glu Ser 780 775 770
Thr Phe Leu Glu Asn Gly Phe lle Gly Leu Pro Pro Lys lle Leu Lys 800 795 790 785
Lys Glu Leu Ser Lys Arg Leu Asn Tyr lle Phe lle Val Phe GIn Lys 815 810 805
Arg Gin Phe lle lle Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 830 825 820
Ala Asp Ala lle Asn Leu Ser Arg Gly lle Phe Asp Glu Lys Pro Thr 0 845 840 835
Met lle Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 860 855 850 15
Val Ala Ser Tyr GIn Tyr Asn Asn Tyr Gin Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 880 875 870 865
Pro Asp Lys lle Glu Asn Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 895 890 885
Ala lle Asn Lys Val Lys lle Gln Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 910 905 900
Asp Thr Leu Tyr GIn Asp Leu Phe Asn GIn Pro Leu Asp Lys Ser Leu 925 920 915
Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Thr Asp Arg Glu Lys lle Lys Ala Asp 5 940 935 930
Ala Lys Ala Tyr GIn Lys Arg Asn Asp Ser Phe Leu Trp Asn Lys Val
960 955 950 945 lle His Leu Ser Leu GIn Asn Asn Arg lle Thr Ala Asn Pro Lys Leu 975 970 965 5
Lys Asp lle Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu GIn Asp Glu Lys lle Ala 990 985 980
Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Asp Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu Gin Lys 1005 1000 995
Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr 1020 1015 1010
Ala Leu Asn Met Glu Leu 60 Glu Tyr Glu Lys Val Arg Ser Lys 1035 1030 1025
Lys Leu Leu Lys GIn Val GIn Glu Leu Glu Lys GIn lle Leu Asp 5 1050 1045 1040
Lys Phe Tyr Asp Phe Ser Asn Asn Ala Thr His Pro Glu Asp Leu 1065 1060 1055 10
Glu lle Glu Asp Lys Lys Gly Lys Arg His Pro Asn Phe Lys Leu 1080 1075 1070
Tyr lle Thr Lys Ala Leu Leu Lys Asn Glu Ser Glu lle lle Asn 1095 1090 1085
Leu Glu Asn lle Asp lle Glu lle Leu lle Lys Tyr Tyr Asp Tyr 1110 1105 1100
Asn Thr Glu Lys Leu Lys Glu Lys lle Lys Asn Met Asp Glu Asp 1125 1120 1115
Glu Lys Ala Lys lle Val Asn Thr Lys Glu Asn Tyr Asn Lys lle 10 1140 1135 1130
Thr Asn Val Leu lle Lys Lys Ala Leu Val Leu lle lle lle Arg 1155 1150 1145 15
Asn Lys Met Ala His Asn GIn Tyr Pro Pro Lys Phe lle Tyr Asp 1170 1165 1160
Leu Ala Thr Arg Phe Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala 1185 1180 1175
Cys Tyr Phe Asn Arg Val Phe Glu Thr lle Thr Thr Glu Leu Trp 1200 1195 1190
Glu Asn Lys Lys Lys Ala Lys Glu lle Val 1210 1205 560 <210> 15 1213 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220>
Flavobacterium columnare <223> 560 <400>
Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys GIn Lys Thr Phe Asn His 10 5 1
Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala 10 25 20
Asp Asp Asn Leu Arg GIn Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg lle Asn 40 35 15
Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe 60 55 50
Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 80 75 70 65
Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg lle Gin Lys His Thr Asn His 95 90 85
Asn Phe Glu Gin Thr Arg Glu lle Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr lle 110 105 100
Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro lle Thr 5 125 120 115 lle Asn Pro Lys lle Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val
140 135 130
Leu lle Thr lle Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 160 155 150 145 5
Leu Leu Lys Glu Lys Leu Arg Pro Glu Leu Thr Gin Leu Lys Asn Gin 175 170 165
Lys Arg Glu Glu Leu lle Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn 190 185 180
Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu Arg Pro Phe Leu Glu Glu 205 200 195
Asn Lys Thr Asp Asp Lys GIn Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 220 215 210
Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser lle Thr Leu Thr GIn Ser 5 240 235 230 225
Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe 0 255 250 245 10
Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Gly Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr lle 270 265 260
Lys Glu Glu Lys lle Ser Leu Asn Lys Asn Asn lle Val Tyr Met lle 285 280 275
Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 300 295 290 lle Lys Thr Asp Gin Gly Val Ser Thr Leu Glu GIn Asn Asn Thr Thr 320 315 310 305
His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gin lle 0 335 330 325
Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu lle Tyr Glu Thr Leu Ser 350 345 340 15
Glu Lys GIn GIn Lys Glu Phe Glu Glu Asp lle Asn Glu Tyr Met Arg 365 360 355
Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser lle Val Ser His 380 375 370
Lys Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 400 395 390 385
Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val 415 410 405
Asn Phe Gly Asp Tyr lle Lys Asp Arg GIn Lys Lys lle Leu Glu Ser 5 430 425 420 lle Gin Phe Asp Ser Glu Arg lle lle Lys Lys Glu lle His Leu Phe
445 440 435
Glu Lys Leu Gly Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 460 455 450 5
Glu Thr Ser Asn lle Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Ser Pro 480 475 470 465
Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn lle Pro Phe Tyr lle Asp Ser Arg 495 490 485
Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn Gin Lys Lys Lys Ala Gln Ser 510 505 500
GIn Asn Arg Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu Gin 525 520 515
Ser Lys Asp Ala lle lle Ala Met Leu GIn Lys Glu lle Gly Val Lys 5 540 535 530
Asp Leu GIn GIn Arg Ser Thr lle Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 560 555 550 545 10
Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val lle Val Lys Asp lle Lys Gly Ala Glu 575 570 565
Leu Glu Asn Lys lle Ala GIn Lys lle Arg Glu GIn Tyr Gin Ser lle 590 585 580
Arg Asp Phe Thr Leu Asn Ser Pro Gin Lys Asp Asn lle Pro Thr Thr 605 600 595
Leu lle Lys Thr lle Ser Thr Asp Thr Ser Val Thr Phe Glu Asn Gin 620 615 610
Pro lle Asp lle Pro Arg Leu Lys Asn Ala lle Gln Lys Glu Leu Ala 0 640 635 630 625
Leu Thr Gin Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys Gin His Glu lle Glu Val 655 650 645 15
Asn Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn GIn Pro 670 665 660
Lys Asp Lys Val Asp Asp Asn Lys Leu GIn Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 685 680 675
Arg Asn Glu lle Gly GIn Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu lle 700 695 690
His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu 720 715 710 705
Leu GIn Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys lle 5 735 730 725
Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys lle Leu Thr
750 745 740
Lys Asp Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe lle Asp Phe 765 760 755 5
Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Asn Thr Glu Ser 780 775 770
Thr Phe Leu Glu Asn Gly Phe lle Gly Leu Pro Pro Lys lle Leu Lys 800 795 790 785
Lys Glu Leu Ser Lys Arg Leu Asn Tyr lle Phe lle Val Phe Gin Lys 815 810 805
Arg Gin Phe lle lle Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 830 825 820
Ala Asp Ala lle Asn Leu Ser Arg Gly lle Phe Asp Glu Lys Pro Thr 5 845 840 835
Met lle Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 860 855 850 10
Val Ala Ser Tyr GIn Tyr Asn Asn Tyr Gln Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 880 875 870 865
Pro Asp Lys lle Glu Asn Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 895 890 885
Ala lle Asn Lys Val Lys lle Gln Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 910 905 900
Asp Thr Leu Tyr GIn Asp Leu Phe Asn GIn Pro Leu Asp Lys Ser Leu 925 920 915
Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Thr Asp Arg Glu Lys lle Lys Ala Asp 10 940 935 930
Ala Lys Ala Tyr GIn Lys Arg Asn Asp Ser Phe Leu Trp Asn Lys Val 960 955 950 945 15 lle His Leu Ser Leu GIn Asn Asn Arg lle Thr Ala Asn Pro Lys Leu 975 970 965
Lys Asp lle Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu GIn Asp Glu Lys lle Ala 990 985 980
Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Asp Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu Gin Lys 1005 1000 995
Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr 1020 1015 1010
Ala Leu Asn Met Glu Leu GIn Glu Tyr Glu Lys Val Arg Ser Lys 15 1035 1030 1025
Lys Leu Leu Lys GIn Val GIn Glu Leu Glu Lys GIn lle Leu Asp
1050 1045 1040
Lys Phe Tyr Asp Phe Ser Asn Asn Ala Thr His Pro Glu Asp Leu 1065 1060 1055 5
Glu lle Glu Asp Lys Lys Gly Lys Arg His Pro Asn Phe Lys Leu 1080 1075 1070
Tyr lle Thr Lys Ala Leu Leu Lys Asn Glu Ser Glu lle lle Asn 1095 1090 1085
Leu Glu Asn lle Asp lle Glu lle Leu lle Lys Tyr Tyr Asp Tyr 1110 1105 1100
Asn Thr Glu Lys Leu Lys Glu Lys lle Lys Asn Met Asp Glu Asp 1125 1120 1115
Glu Lys Ala Lys lle Val Asn Thr Lys Glu Asn Tyr Asn Lys lle 5 1140 1135 1130
Thr Asn Val Leu lle Lys Lys Ala Leu Val Leu lle lle lle Arg 1155 1150 1145 10
Asn Lys Met Ala His Asn GIn Tyr Pro Pro Lys Phe lle Tyr Asp 1170 1165 1160
Leu Ala Thr Arg Phe Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala 1185 1180 1175
Cys Tyr Phe Asn Arg Val Phe Glu Thr lle Thr Thr Glu Leu Trp 1200 1195 1190
Glu Asn Lys Lys Lys Ala Lys Glu lle Val 1210 1205 561 <210> 10 1214 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5 ‏غير معروف‎ <223> 561 <400>
Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys GIn Lys Thr Phe Asn His 10 5 1
Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala 5 25 20
Asp Asp Asn Leu Arg GIn Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg lle Asn 40 35 10
Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe 60 55 50 15
Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 80 75 70 65
Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg lle Gin Lys His Thr Asn His 95 90 85
Asn Phe Glu Gin Thr Arg Glu lle Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr lle 110 105 100
Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro lle Thr 0 125 120 115 lle Asn Pro Lys lle Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val 140 135 130 15
Leu lle Thr lle Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 160 155 150 145
Leu Leu Lys Glu Lys Leu Arg Pro Glu Leu Thr Gin Leu Lys Asn Gin 175 170 165
Lys Arg Glu Glu Leu lle Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn 190 185 180
Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu lle Pro Phe Leu Glu Glu 205 200 195
Asn Lys Thr Asp Asp Lys GIn Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 5 220 215 210
Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser lle Thr Leu Thr 0 Ser
240 235 230 225
Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe 07 255 250 245 5
Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Arg Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr lle 270 265 260
Lys Glu Glu Glu lle Ser Leu Asn Lys Asn Asn lle Val Tyr Met lle 285 280 275
Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 300 295 290 lle Lys Thr Asp Gin Gly Val Ser Thr Leu Glu GIn Asn Asn Thr Thr 320 315 310 305
His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gin lle 5 335 330 325
Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu lle Tyr Glu Thr Leu Ser 350 345 340 10
Glu Lys GIn GIn Lys Glu Phe Glu Glu Asp lle Asn Glu Tyr Met Arg 365 360 355
Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser lle Val Ser His 380 375 370
Lys Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 400 395 390 385
Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val 415 410 405
Asn Phe Gly Asp Tyr lle Lys Asp Arg Gin Lys Lys lle Leu Glu Ser 0 430 425 420 lle Gin Phe Asp Ser Glu Arg lle lle Lys Lys Glu lle His Leu Phe 445 440 435 15
Glu Lys Leu Ser Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 460 455 450
Glu Thr Ser Asn lle Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Asn Pro 480 475 470 465
Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn lle Pro Phe Tyr lle Asp Ser Arg 495 490 485
Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn GIn Lys Lys Lys Ala Gin Ser 510 505 500
GIn Asn Lys Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu GIn 5 525 520 515
Ser Lys Asp Ala lle lle Ala Met Leu GIn Lys Glu lle Gly Val Lys
540 535 530
Asp Leu GIn 60 Arg Ser Thr lle Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 560 555 550 545 5
Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val lle Val Lys Asp lle Lys Gly Ala Glu 575 570 565
Leu Glu Asn Lys lle Ala GIn Lys lle Arg Glu Gln Tyr Gin Ser lle 590 585 580
Arg Asp Phe Thr Leu Asp Ser Pro Gin Lys Asp Asn lle Pro Thr Thr 605 600 595
Leu lle Lys Thr lle Asn Thr Asp Ser Ser Val Thr Phe Glu Asn 0 620 615 610
Pro lle Asp lle Pro Arg Leu Lys Asn Ala Leu Gin Lys Glu Leu Thr 5 640 635 630 625
Leu Thr Gin Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys Glu His Glu lle Glu Val 655 650 645 10
Asp Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn GIn Pro 670 665 660
Lys Asn Lys Val Asp Asp Lys Lys Leu GIn Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 685 680 675
Arg Asn Glu lle Arg Gin Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu lle 700 695 690
His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu 720 715 710 705
Leu GIn Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys lle 10 735 730 725
Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys lle Leu Thr 750 745 740 15
Lys Gly Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe lle Asp Phe 765 760 755
Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Ser Thr Glu Ser 780 775 770
Thr Phe Leu Glu Asn Gly Phe lle Gly Leu Pro Pro Lys lle Leu Lys 800 795 790 785
Lys Glu Leu Ser Lys Arg Leu Lys Tyr lle Phe lle Val Phe GIn Lys 815 810 805
Arg GIn Phe lle lle Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 15 830 825 820
Ala Asp Ala lle Asn Leu Ser Arg Gly lle Phe Asp Glu Lys Pro Thr
845 840 835
Met lle Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 860 855 850 5
Val Ala Ser Tyr GIn Tyr Asn Asn Tyr Gin Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 880 875 870 865
Pro Asp lle Val Glu Arg Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 895 890 885
Ala lle Asn Lys Val Lys lle Gln Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 910 905 900
Asp Thr Leu Tyr GIn Asp Leu Phe Asn GIn Pro Leu Asp Lys Ser Leu 925 920 915
Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Ala Glu Arg Glu Lys lle Lys Ala Asp 5 940 935 930
Ala Lys Ala Tyr GIn Lys Leu Asn Asp Ser Ser Leu Trp Asn Lys Val 960 955 950 945 10 lle His Leu Ser Leu GIn Asn Asn Arg lle Thr Ala Asn Pro Lys Leu 975 970 965
Lys Asp lle Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu GIn Asp Glu Lys lle Ala 990 985 980
Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Ala Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu GIn Lys 1005 1000 995
Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr 1020 1015 1010
Ala Leu Asn Met Glu Leu GIn Glu Tyr Glu Lys Val Arg Ser Lys 10 1035 1030 1025
Glu Leu Leu Lys GIn Val GIn Glu Leu Glu Lys Lys lle Leu Asp 1050 1045 1040 15
Lys Phe Tyr Asp Phe Ser Asn Asn Ala Ser His Pro Glu Asp Leu 1065 1060 1055
Glu lle Glu Asp Lys Lys Gly Lys Arg His Pro Asn Phe Lys Leu 1080 1075 1070
Tyr lle Thr Lys Ala Leu Leu Lys Asn Glu Ser Glu lle lle Asn 1095 1090 1085
Leu Glu Asn lle Asp lle Glu lle Leu Leu Lys Tyr Tyr Asp Tyr 1110 1105 1100
Asn Thr Glu Glu Leu Lys Glu Lys lle Lys Asn Met Asp Glu Asp 5 1125 1120 1115
Glu Lys Ala Lys lle lle Asn Thr Lys Glu Asn Tyr Asn Lys lle
1140 1135 1130
Thr Asn Val Leu lle Lys Lys Ala Leu Val Leu lle lle lle Arg 1155 1150 1145 5
Asn Lys Met Ala His Asn GIn Tyr Pro Pro Lys Phe lle Tyr Asp 1170 1165 1160
Leu Ala Asn Arg Phe Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala 1185 1180 1175
Thr Tyr Phe Asn Arg Val Phe Glu Thr lle Thr Lys Glu Leu Trp 1200 1195 1190
Glu Asn Lys Glu Lys Lys Asp Lys Thr Gin Val 1210 1205 562 <210> 5 >211< 1218 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220> 10
Capnocytophaga cynodegmi <223> 562 <400>
Met Glu Asn Lys Thr Ser Leu Gly Asn Asn lle Tyr Tyr Asn Pro Phe 15 10 5 1
Lys Pro GIn Asp Lys Ser Tyr Phe Ala Gly Tyr Leu Asn Ala Ala Met
30 25 20
Glu Asn lle Asp Ser Val Phe Arg Glu Leu Gly Lys Arg Leu Lys Gly 45 40 35 5
Lys Glu Tyr Thr Ser Glu Asn Phe Phe Asp Ala lle Phe Lys Glu Asn 60 55 50 lle Ser Leu Val Glu Tyr Glu Arg Tyr Val Lys Leu Leu Ser Asp Tyr 80 75 70 65
Phe Pro Met Ala Arg Leu Leu Asp Lys Lys Glu Val Pro lle Lys Glu 95 90 85
Arg Lys Glu Asn Phe Lys Lys Asn Phe Arg Gly lle lle Lys Ala Val 110 105 100
Arg Asp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Glu His Gly Glu Val Glu 5 125 120 115 lle Thr Asp Glu lle Phe Gly Val Leu Asp Glu Met Leu Lys Ser Thr 140 135 130 10
Val Leu Thr Val Lys Lys Lys Lys lle Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu 160 155 150 145 lle Leu Lys Lys Ser lle Glu Lys GIn Leu Asp lle Leu Cys GIn Lys 175 170 165
Lys Leu Glu Tyr Leu Lys Asp Thr Ala Arg Lys lle Glu Glu Lys Arg 190 185 180
Arg Asn GIn Arg Glu Arg Gly Glu Lys Lys Leu Val Pro Arg Phe Glu 205 200 195
Tyr Ser Asp Arg Arg Asp Asp Leu lle Ala Ala lle Tyr Asn Asp Ala 10 220 215 210
Phe Asp Val Tyr lle Asp Lys Lys Lys Asp Ser Leu Lys Glu Ser Ser 240 235 230 225 15
Lys Thr Lys Tyr Asn Thr Glu Ser Tyr Pro Gin Gin Glu Glu Gly Asp 255 250 245
Leu Lys lle Pro lle Ser Lys Asn Gly Val Val Phe Leu Leu Ser Leu 270 265 260
Phe Leu Ser Lys GIn Glu Val His Ala Phe Lys Ser Lys lle Ala Gly 285 280 275
Phe Lys Ala Thr Val lle Asp Glu Ala Thr Val Ser His Arg Lys Asn 300 295 290
Ser lle Cys Phe Met Ala Thr His Glu lle Phe Ser His Leu Ala Tyr 5 320 315 310 305
Lys Lys Leu Lys Arg Lys Val Arg Thr Ala Glu lle Asn Tyr Ser Glu
335 330 325
Ala Glu Asn Ala Glu Gin Leu Ser lle Tyr Ala Lys Glu Thr Leu Met 350 345 340 5
Met GIn Met Leu Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asp Val Val Tyr GIn 365 360 355
Asn Leu Ser Glu Asp Val Gin Lys Thr Phe lle Glu Asp Trp Asn Glu 380 375 370
Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr Met Glu Glu Glu 0 400 395 390 385
Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Lys Phe Asn Tyr 415 410 405
Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala GIn Phe Pro Thr Leu Arg 5 430 425 420
Phe ‏صا‎ Val His Leu Gly Asn Tyr Leu His Asp Ser Arg Pro Lys Glu 445 440 435 10
His Leu lle Ser Asp Arg Arg lle Lys Glu Lys lle Thr Val Phe Gly 460 455 450
Arg Leu Ser Glu Leu Glu His Lys Lys Ala Leu Phe lle Lys Asn Thr 480 475 470 465
Glu Thr Asn Glu Asp Arg Lys His Tyr Trp Glu Val Phe Pro Asn Pro 495 490 485
Asn Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn lle Ser Val Asn Asp Lys Asp Phe 510 505 500
Pro lle Ala Gly Ser lle Leu Asp Arg Glu Lys GIn Pro Thr Ala Gly 0 525 520 515
Lys lle Gly lle Lys Val Asn Leu Leu Asn GIn Lys Tyr lle Ser Glu 540 535 530 15
Val Asp Lys Ala Val Lys Ala His GIn Leu Lys GIn Arg Asn Asn Lys 560 555 550 545
Pro Ser lle Gin Asn lle lle Glu Glu lle Val Pro lle Asn Gly Ser 575 570 565
Asn Pro Lys Glu lle lle Val Phe Gly Gly Gin Pro Thr Ala Tyr Leu 590 585 580
Ser Met Asn Asp lle His Ser lle Leu Tyr Glu Phe Phe Asp Lys Trp 605 600 595
Glu Lys Lys Lys Glu Lys Leu Glu Lys Lys Gly Glu Lys Glu Leu Arg 5 620 615 610
Lys Glu lle Gly Lys Glu Leu Glu Glu Lys lle Val Gly Lys lle GIn
640 635 630 625
Thr Gin lle Gln Gin lle lle Asp Lys Asp lle Asn Ala Lys lle Leu 655 650 645 5
Lys Pro Tyr Gin Asp Asp Asp Ser Thr Ala lle Asp Lys Glu Lys Leu 670 665 660 lle Lys Asp Leu Lys 60 Glu Gin Lys lle Leu Gin Lys Leu Lys Asn 685 680 675
Glu GIn Thr Ala Arg Glu Lys Glu Tyr Gin Glu Cys lle Ala Tyr GIn 700 695 690
Glu Glu Ser Arg Lys lle Lys Arg Ser Asp Lys Ser Arg Gin Lys Tyr 720 715 710 705
Leu Arg Asn GIn Leu Lys Arg Lys Tyr Pro Glu Val Pro Thr Arg Lys 5 735 730 725
Glu lle Leu Tyr Tyr GIn Glu Lys Gly Lys Val Ala Val Trp Leu Ala 750 745 740 10
Asn Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Thr Asp Phe Lys Asn Glu Trp Lys 765 760 755
Gly Glu Gin His Ser Leu Leu GIn Lys Ser Leu Ala Tyr Tyr Glu Gin 780 775 770
Cys Lys Glu Glu Leu Lys Asn Leu Leu Pro Gln GIn Lys Val Phe Lys 800 795 790 785
His Leu Pro Phe Glu Leu Gly Gly His Phe Gin ‏ماي‎ Lys Tyr Leu Tyr 815 810 805
GIn Phe Tyr Thr Arg Tyr Leu Asp Lys Arg Leu Glu His lle Ser Gly 10 830 825 820
Leu Val Gln Gln Ala Glu Asn Phe Lys Asn Glu Asn Lys Val Phe Lys 845 840 835 15
Lys Val Glu Asn Glu Cys Phe Lys Phe Leu Lys Lys GIn Asn Tyr Thr 860 855 850
His Lys Gly Leu Asp Ala GIn Ala Gin Ser Val Leu Gly Tyr Pro lle 880 875 870 865
Phe Leu Glu Arg Gly Phe Met Asp Glu Lys Pro Thr lle lle Lys Gly 895 890 885
Lys Thr Phe Lys Gly Asn Glu Ser Leu Phe Thr Asp Trp Phe Arg Tyr 910 905 900
Tyr Lys Glu Tyr Gln Asn Phe ‏ماو‎ Thr Phe Tyr Asp Thr Glu Asn Tyr 15 925 920 915
Pro Leu Val Glu Leu Glu Lys Lys GIn Ala Asp Arg Lys Arg Glu Thr
940 935 930
Lys lle Tyr Gin GIn Lys Lys Asn Asp Val Phe Thr Leu Leu Met Ala 960 955 950 945 5
Lys His lle Phe Lys Ser Val Phe Lys GIn Asp Ser lle Asp Arg Phe 975 970 965
Ser Leu Glu Asp Leu Tyr GIn Ser Arg Glu Glu Arg Leu Glu Asn Gin 990 985 980
Glu Lys Ala Lys 60 Thr Gly Glu Arg Asn Thr Asn Tyr lle Trp Asn 1005 1000 995
Lys Thr Val Asp Leu Asn Leu Cys Asp Gly Lys Val Thr Val Glu 1020 1015 1010
Asn Val Lys Leu Lys Asn Val Gly Asn Phe lle Lys Tyr Glu Tyr 5 1035 1030 1025
Asp GIn Arg Val Gln Thr Phe Leu Lys Tyr Glu Glu Asn lle Lys 1050 1045 1040 10
Trp Gln Ala Phe Leu lle Lys Glu Ser Lys Glu Glu Glu Asn Tyr 1065 1060 1055
Pro Tyr lle Val Glu Arg Glu lle Glu Gin Tyr Glu Lys Val Arg 1080 1075 1070
Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Val His Leu lle Glu Glu Tyr lle 1095 1090 1085
Leu Glu Lys Val Lys Asp Lys Glu lle Leu Lys Lys Gly Asp Asn 1110 1105 1100
GIn Asn Phe Lys Tyr Tyr lle Leu Asn Gly Leu Leu Lys Gin Leu 10 1125 1120 1115
Lys Asn Glu Asp Val Glu Ser Tyr Lys Val Phe Asn Leu Asn Thr 1140 1135 1130 15
Lys Pro Glu Asp Val Asn lle Asn Gin Leu Lys GIn Glu Ala Thr 1155 1150 1145
Asp Leu Glu ‏داى‎ Lys Ala Phe Val Leu Thr Tyr lle Arg Asn Lys 1170 1165 1160
Phe Ala His Asn 60 Leu Pro Lys Lys Glu Phe Trp Asp Tyr Cys 1185 1180 1175
Gln Glu Lys Tyr Gly Lys lle Glu Lys Glu Lys Thr Tyr Ala Glu 1200 1195 1190
Tyr Phe Ala Glu Val Phe Lys Arg Glu Lys Glu Ala Leu Met Lys 15 1215 1210 1205 563 <210>
1224 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
Bergeyella zoohelcum <223> 563 <400>
Met Glu Asn Lys Thr Ser Leu Gly Asn Asn lle Tyr Tyr Asn Pro Phe 10 10 5 1
Lys Pro GIn Asp Lys Ser Tyr Phe Ala Gly Tyr Phe Asn Ala Ala Met 25 20 15
Glu Asn Thr Asp Ser Val Phe Arg Glu Leu Gly Lys Arg Leu Lys Gly 40 35
Lys Glu Tyr Thr Ser Glu Asn Phe Phe Asp Ala lle Phe Lys Glu Asn 60 55 50 lle Ser Leu Val Glu Tyr Glu Arg Tyr Val Lys Leu Leu Ser Asp Tyr 80 75 70 65
Phe Pro Met Ala Arg Leu Leu Asp Lys Lys Glu Val Pro lle Lys Glu 95 90 85
Arg Lys Glu Asn Phe Lys Lys Asn Phe Lys Gly lle lle Lys Ala Val 15 110 105 100
Arg Asp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Glu His Gly Glu Val Glu
125 120 115 lle Thr Asp Glu lle Phe Gly Val Leu Asp Glu Met Leu Lys Ser Thr 140 135 130 5
Val Leu Thr Val Lys Lys Lys Lys Val Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu 160 155 150 145 lle Leu Lys Lys Ser lle Glu Lys Gin Leu Asp lle Leu Cys GIn Lys 175 170 165
Lys Leu Glu Tyr Leu Arg Asp Thr Ala Arg Lys lle Glu Glu Lys Arg 190 185 180
Arg Asn 60 Arg Glu Arg Gly Glu Lys Glu Leu Val Ala Pro Phe Lys 205 200 195
Tyr Ser Asp Lys Arg Asp Asp Leu lle Ala Ala lle Tyr Asn Asp Ala 5 220 215 210
Phe Asp Val Tyr lle Asp Lys Lys Lys Asp Ser Leu Lys Glu Ser Ser 240 235 230 225 0
Lys Ala Lys Tyr Asn Thr Lys Ser Asp Pro Gin Gin Glu Glu Gly Asp 255 250 245
Leu Lys lle Pro lle Ser Lys Asn Gly Val Val Phe Leu Leu Ser Leu 270 265 260
Phe Leu Thr Lys GIn Glu lle His Ala Phe Lys Ser Lys lle Ala Gly 285 280 275
Phe Lys Ala Thr Val lle Asp Glu Ala Thr Val Ser Glu Ala Thr Val 300 295 290
Ser His Gly Lys Asn Ser lle Cys Phe Met Ala Thr His Glu lle Phe 10 320 315 310 305
Ser His Leu Ala Tyr Lys Lys Leu Lys Arg Lys Val Arg Thr Ala Glu 335 330 325 15 lle Asn Tyr Gly Glu Ala Glu Asn Ala Glu GIn Leu Ser Val Tyr Ala 350 345 340
Lys Glu Thr Leu Met Met GIn Met Leu Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 365 360 355
Asp Val Val Tyr GIn Asn Leu Ser Glu Asp Val Gln Lys Thr Phe lle 380 375 370
Glu Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr 400 395 390 385
Met Glu Glu Glu Gin Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu 5 415 410 405
Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gin
430 425 420
Phe Pro Thr Leu Arg Phe Gin Val His Leu Gly Asn Tyr Leu His Asp 445 440 435 5
Ser Arg Pro Lys Glu Asn Leu lle Ser Asp Arg Arg lle Lys Glu Lys 460 455 450 lle Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu His Lys Lys Ala Leu 480 475 470 465
Phe lle Lys Asn Thr Glu Thr Asn Glu Asp Arg Glu His Tyr Trp Glu 495 490 485 lle Phe Pro Asn Pro Asn Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn lle Ser Val 510 505 500
Asn Asp Lys Asp Phe Pro lle Ala Gly Ser lle Leu Asp Arg Glu Lys 5 525 520 515
GIn Pro Val Ala Gly Lys lle Gly lle Lys Val Lys Leu Leu Asn 0 540 535 530 10
Gln Tyr Val Ser Glu Val Asp Lys Ala Val Lys Ala His Gin Leu Lys 560 555 550 545
Gln Arg Lys Ala Ser Lys Pro Ser lle Gln Asn lle lle Glu Glu lle 575 570 565
Val Pro lle Asn Glu Ser Asn Pro Lys Glu Ala lle Val Phe Gly Gly 590 585 580
Gln Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp lle His Ser lle Leu Tyr 605 600 595
Glu Phe Phe Asp Lys Trp Glu Lys Lys Lys Glu Lys Leu Glu Lys Lys 10 620 615 610
Gly Glu Lys Glu Leu Arg Lys Glu lle Gly Lys Glu Leu Glu Lys Lys 640 635 630 625 15 lle Val Gly Lys lle Gln Ala GIn lle Gln Gin lle lle Asp Lys Asp 655 650 645
Thr Asn Ala Lys lle Leu Lys Pro Tyr Gln Asp Gly Asn Ser Thr Ala 670 665 660 lle Asp Lys Glu Lys Leu lle Lys Asp Leu Lys GIn Glu Gln Asn lle 685 680 675
Leu GIn Lys Leu Lys Asp Glu GIn Thr Val Arg Glu Lys Glu Tyr Asn 700 695 690
Asp Phe lle Ala Tyr Gln Asp Lys Asn Arg Glu lle Asn Lys Val Arg 5 720 715 710 705
Asp Arg Asn His Lys GIn Tyr Leu Lys Asp Asn Leu Lys Arg Lys Tyr
735 730 725
Pro Glu Ala Pro Ala Arg Lys Glu Val Leu Tyr Tyr Arg Glu Lys Gly 750 745 740 5
Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Thr 765 760 755
Asp Phe Lys Asn Glu Trp Lys Gly Glu GIn His Ser Leu Leu 60 Lys 780 775 770
Ser Leu Ala Tyr Tyr Glu 60 Cys Lys Glu Glu Leu Lys Ash Leu Leu 800 795 790 785
Pro Glu Lys Val Phe Gin His Leu Pro Phe Lys Leu Gly Gly Tyr Phe 815 810 805
GIn GIn Lys Tyr Leu Tyr Gln Phe Tyr Thr Cys Tyr Leu Asp Lys Arg 5 830 825 820
Leu Glu Tyr lle Ser Gly Leu Val Gln ‏صا‎ Ala Glu Asn Phe Lys Ser 845 840 835 10
Glu Asn Lys Val Phe Lys Lys Val Glu Asn Glu Cys Phe Lys Phe Leu 860 855 850
Lys Lys GIn Asn Tyr Thr His Lys Glu Leu Asp Ala Arg Val GIn Ser 880 875 870 865 lle Leu Gly Tyr Pro lle Phe Leu Glu Arg Gly Phe Met Asp Glu Lys 895 890 885
Pro Thr lle lle Lys Gly Lys Thr Phe Lys Gly Asn Glu Ala Leu Phe 910 905 900
Ala Asp Trp Phe Arg Tyr Tyr Lys Glu Tyr Gin Asn Phe GIn Thr Phe 10 925 920 915
Tyr Asp Thr Glu Asn Tyr Pro Leu Val Glu Leu Glu Lys Lys GIn Ala 940 935 930 15
Asp Arg Lys Arg Lys Thr Lys lle Tyr Gin GIn Lys Lys Asn Asp Val 960 955 950 945
Phe Thr Leu Leu Met Ala Lys His lle Phe Lys Ser Val Phe Lys 0 975 970 965
Asp Ser lle Asp GIn Phe Ser Leu Glu Asp Leu Tyr Gln Ser Arg Glu 990 985 980
Glu Arg Leu Gly Asn GIn Glu Arg Ala Arg Gin Thr Gly Glu Arg Asn 1005 1000 995
Thr Asn Tyr lle Trp Asn Lys Thr Val Asp Leu Lys Leu Cys Asp 5 1020 1015 1010
Gly Lys lle Thr Val Glu Asn Val Lys Leu Lys Asn Val Gly Asp
1035 1030 1025
Phe lle Lys Tyr Glu Tyr Asp ‏ماي‎ Arg Val Gin Ala Phe Leu Lys 1050 1045 1040 5
Tyr Glu Glu Asn lle Glu Trp ‏ماه‎ Ala Phe Leu lle Lys Glu Ser 1065 1060 1055
Lys Glu Glu Glu Asn Tyr Pro Tyr Val Val Glu Arg Glu lle Glu 1080 1075 1070
Gln Tyr Glu Lys Val Arg Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Val His 1095 1090 1085
Leu lle Glu Glu Tyr lle Leu Glu Lys Val Lys Asp Lys Glu lle 1110 1105 1100
Leu Lys Lys Gly Asp Asn GIn Asn Phe Lys Tyr Tyr lle Leu Asn 5 1125 1120 1115
Gly Leu Leu Lys GIn Leu Lys Asn Glu Asp Val Glu Ser Tyr Lys 1140 1135 1130 10
Val Phe Asn Leu Asn Thr Glu Pro Glu Asp Val Asn lle Asn Gin 1155 1150 1145
Leu Lys GIn Glu Ala Thr Asp Leu Glu Gin Lys Ala Phe Val Leu 1170 1165 1160
Thr Tyr lle Arg Asn Lys Phe Ala His Asn GIn Leu Pro Lys Lys 1185 1180 1175
Glu Phe Trp Asp Tyr Cys 60 Glu Lys Tyr Gly Lys lle Glu Lys 1200 1195 1190
Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu Val Phe Lys Lys Glu 10 1215 1210 1205
Lys Glu Ala Leu lle Lys 1220 15 564 <210> 1224 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Bergeyella zoohelcum <223> 5 564 <400>
Met Glu Asn Lys Thr Ser Leu Gly Asn Asn lle Tyr Tyr Asn Pro Phe 10 5 1 10
Lys Pro GIn Asp Lys Ser Tyr Phe Ala Gly Tyr Phe Asn Ala Ala Met 25 20 15
Glu Asn Thr Asp Ser Val Phe Arg Glu Leu Gly Lys Arg Leu Lys Gly 40 35
Lys Glu Tyr Thr Ser Glu Asn Phe Phe Asp Ala lle Phe Lys Glu Asn 60 55 50 lle Ser Leu Val Glu Tyr Glu Arg Tyr Val Lys Leu Leu Ser Asp Tyr 80 75 70 65
Phe Pro Met Ala Arg Leu Leu Asp Lys Lys Glu Val Pro lle Lys Glu 0 95 90 85
Arg Lys Glu Asn Phe Lys Lys Asn Phe Lys Gly lle lle Lys Ala Val 110 105 100 15
Arg Asp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Glu His Gly Glu Val Glu 125 120 115 lle Thr Asp Glu lle Phe Gly Val Leu Asp Glu Met Leu Lys Ser Thr 140 135 130
Val Leu Thr Val Lys Lys Lys Lys Val Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu 160 155 150 145 lle Leu Lys Lys Ser lle Glu Lys Gin Leu Asp lle Leu Cys GIn Lys 175 170 165
Lys Leu Glu Tyr Leu Arg Asp Thr Ala Arg Lys lle Glu Glu Lys Arg 15 190 185 180
Arg Asn GIn Arg Glu Arg Gly Glu Lys Glu Leu Val Ala Pro Phe Lys
205 200 195
Tyr Ser Asp Lys Arg Asp Asp Leu lle Ala Ala lle Tyr Asn Asp Ala 220 215 210 5
Phe Asp Val Tyr lle Asp Lys Lys Lys Asp Ser Leu Lys Glu Ser Ser 240 235 230 225
Lys Ala Lys Tyr Asn Thr Lys Ser Asp Pro Gin Gin Glu Glu Gly Asp 255 250 245
Leu Lys lle Pro lle Ser Lys Asn Gly Val Val Phe Leu Leu Ser Leu 270 265 260
Phe Leu Thr Lys Gin Glu lle His Ala Phe Lys Ser Lys lle Ala Gly 285 280 275
Phe Lys Ala Thr Val lle Asp Glu Ala Thr Val Ser Glu Ala Thr Val 5 300 295 290
Ser His Gly Lys Asn Ser lle Cys Phe Met Ala Thr His Glu lle Phe 320 315 310 305 10
Ser His Leu Ala Tyr Lys Lys Leu Lys Arg Lys Val Arg Thr Ala Glu 335 330 325 lle Asn Tyr Gly Glu Ala Glu Asn Ala Glu GIn Leu Ser Val Tyr Ala 350 345 340
Lys Glu Thr Leu Met Met GIn Met Leu Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 365 360 355
Asp Val Val Tyr GIn Asn Leu Ser Glu Asp Val Gln Lys Thr Phe lle 380 375 370
Glu Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr 0 400 395 390 385
Met Glu Glu Glu GIn Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu 415 410 405 15
Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gin 430 425 420
Phe Pro Thr Leu Arg Phe Gin Val His Leu Gly Asn Tyr Leu His Asp 445 440 435
Ser Arg Pro Lys Glu Asn Leu lle Ser Asp Arg Arg lle Lys Glu Lys 460 455 450 lle Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu His Lys Lys Ala Leu 480 475 470 465
Phe lle Lys Asn Thr Glu Thr Asn Glu Asp Arg Glu His Tyr Trp Glu 5 495 490 485 lle Phe Pro Asn Pro Asn Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn lle Ser Val
510 505 500
Asn Asp Lys Asp Phe Pro lle Ala Gly Ser lle Leu Asp Arg Glu Lys 525 520 515 5
Gln Pro Val Ala Gly Lys lle Gly lle Lys Val Lys Leu Leu Asn Gin 540 535 530
Gln Tyr Val Ser Glu Val Asp Lys Ala Val Lys Ala His Gin Leu Lys 560 555 550 545
Gln Arg Lys Ala Ser Lys Pro Ser lle Glin Asn lle lle Glu Glu lle 575 570 565
Val Pro lle Asn Glu Ser Asn Pro Lys Glu Ala lle Val Phe Gly Gly 590 585 580
Gln Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp lle His Ser lle Leu Tyr 5 605 600 595
Glu Phe Phe Asp Lys Trp Glu Lys Lys Lys Glu Lys Leu Glu Lys Lys 620 615 610 10
Gly Glu Lys Glu Leu Arg Lys Glu lle Gly Lys Glu Leu Glu Lys Lys 640 635 630 625 lle Val Gly Lys lle Gln Ala GIn lle Gln Gin lle lle Asp Lys Asp 655 650 645
Thr Asn Ala Lys lle Leu Lys Pro Tyr Gln Asp Gly Asn Ser Thr Ala 670 665 660 lle Asp Lys Glu Lys Leu lle Lys Asp Leu Lys GIn Glu Gln Asn lle 685 680 675
Leu GIn Lys Leu Lys Asp Glu GIn Thr Val Arg Glu Lys Glu Tyr Asn 0 700 695 690
Asp Phe lle Ala Tyr Gln Asp Lys Asn Arg Glu lle Asn Lys Val Arg 720 715 710 705 15
Asp Arg Asn His Lys GIn Tyr Leu Lys Asp Asn Leu Lys Arg Lys Tyr 735 730 725
Pro Glu Ala Pro Ala Arg Lys Glu Val Leu Tyr Tyr Arg Glu Lys Gly 750 745 740
Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Thr 765 760 755
Asp Phe Lys Asn Glu Trp Lys Gly Glu GIn His Ser Leu Leu 60 Lys 780 775 770
Ser Leu Ala Tyr Tyr Glu GIn Cys Lys Glu Glu Leu Lys Asn Leu Leu 5 800 795 790 785
Pro Glu Lys Val Phe Gin His Leu Pro Phe Lys Leu Gly Gly Tyr Phe
815 810 805
GIn Gin Lys Tyr Leu Tyr Gln Phe Tyr Thr Cys Tyr Leu Asp Lys Arg 830 825 820 5
Leu Glu Tyr lle Ser Gly Leu Val Gln ‏صا‎ Ala Glu Asn Phe Lys Ser 845 840 835
Glu Asn Lys Val Phe Lys Lys Val Glu Asn Glu Cys Phe Lys Phe Leu 860 855 850
Lys Lys GIn Asn Tyr Thr His Lys Glu Leu Asp Ala Arg Val GIn Ser 880 875 870 865 lle Leu Gly Tyr Pro lle Phe Leu Glu Arg Gly Phe Met Asp Glu Lys 895 890 885
Pro Thr lle lle Lys Gly Lys Thr Phe Lys Gly Asn Glu Ala Leu Phe 5 910 905 900
Ala Asp Trp Phe Arg Tyr Tyr Lys Glu Tyr GIn Asn Phe GIn Thr Phe 925 920 915 10
Tyr Asp Thr Glu Asn Tyr Pro Leu Val Glu Leu Glu Lys Lys GIn Ala 940 935 930
Asp Arg Lys Arg Lys Thr Lys lle Tyr Gin GIn Lys Lys Asn Asp Val 960 955 950 945
Phe Thr Leu Leu Met Ala Lys His lle Phe Lys Ser Val Phe Lys Gin 975 970 965
Asp Ser lle Asp GIn Phe Ser Leu Glu Asp Leu Tyr Gln Ser Arg Glu 990 985 980
Glu Arg Leu Gly Asn GIn Glu Arg Ala Arg Gin Thr Gly Glu Arg Asn 0 1005 1000 995
Thr Asn Tyr lle Trp Asn Lys Thr Val Asp Leu Lys Leu Cys Asp 1020 1015 1010 15
Gly Lys lle Thr Val Glu Asn Val Lys Leu Lys Asn Val Gly Asp 1035 1030 1025
Phe lle Lys Tyr Glu Tyr Asp ‏ماي‎ Arg Val Gin Ala Phe Leu Lys 1050 1045 1040
Tyr Glu Glu Asn lle Glu Trp GIn Ala Phe Leu lle Lys Glu Ser 1065 1060 1055
Lys Glu Glu Glu Asn Tyr Pro Tyr Val Val Glu Arg Glu lle Glu 1080 1075 1070
GIn Tyr Glu Lys Val Arg Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Val His 5 1095 1090 1085
Leu lle Glu Glu Tyr lle Leu Glu Lys Val Lys Asp Lys Glu lle
1110 1105 1100
Leu Lys Lys Gly Asp Asn GIn Asn Phe Lys Tyr Tyr lle Leu Asn 1125 1120 1115 5
Gly Leu Leu Lys GIn Leu Lys Asn Glu Asp Val Glu Ser Tyr Lys 1140 1135 1130
Val Phe Asn Leu Asn Thr Glu Pro Glu Asp Val Asn lle Asn 07 1155 1150 1145
Leu Lys GIn Glu Ala Thr Asp Leu Glu Gin Lys Ala Phe Val Leu 1170 1165 1160
Thr Tyr lle Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Lys Lys 1185 1180 1175
Glu Phe Trp Asp Tyr Cys GIn Glu Lys Tyr Gly Lys lle Glu Lys 5 1200 1195 1190
Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu Val Phe Lys Lys Glu 1215 1210 1205 10
Lys Glu Ala Leu lle Lys 1220 565 <210> 1322 <211>
PRT <212>
‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Prevotella sp. MA2016 <223> 565 <400>
Met Ser Lys Glu Cys Lys Lys Gln Arg Gin Glu Lys Lys Arg Arg Leu 15 10 5 1
Gln Lys Ala Asn Phe Ser lle Ser Leu Thr Gly Lys His Val Phe Gly 30 25 20
Ala Tyr Phe Asn Met Ala Arg Thr Asn Phe Val Lys Thr lle Asn Tyr 40 35 lle Leu Pro lle Ala Gly Val Arg Gly Asn Tyr Ser Glu Asn Gin lle 60 55 50
Asn Lys Met Leu His Ala Leu Phe Leu lle Glin Ala Gly Arg Asn Glu 5 80 75 70 65
Glu Leu Thr Thr Glu Gin Lys 60 Trp Glu Lys Lys Leu Arg Leu Asn 95 90 85 10
Pro Glu GIn Gln Thr Lys Phe GIn Lys Leu Leu Phe Lys His Phe Pro 110 105 100
Val Leu Gly Pro Met Met Ala Asp Val Ala Asp His Lys Ala Tyr Leu 125 120 115
Asn Lys Lys Lys Ser Thr Val Gin Thr Glu Asp Glu Thr Phe Ala Met 140 135 130
Leu Lys Gly Val Ser Leu Ala Asp Cys Leu Asp lle lle Cys Leu Met 160 155 150 145
Ala Asp Thr Leu Thr Glu Cys Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Asp Pro 0 175 170 165
Tyr Asn Lys Pro Ser Gin Leu Ala Asp GIn Tyr Leu His GIn Glu Met 190 185 180 15 lle Ala Lys Lys Leu Asp Lys Val Val Val Ala Ser Arg Arg lle Leu 205 200 195
Lys Asp Arg Glu Gly Leu Ser Val Asn Glu Val Glu Phe Leu Thr Gly 220 215 210 lle Asp His Leu His GIn Glu Val Leu Lys Asp Glu Phe Gly Asn Ala 240 235 230 225
Lys Val Lys Asp Gly Lys Val Met Lys Thr Phe Val Glu Tyr Asp Asp 255 250 245
Phe Tyr Phe Lys lle Ser Gly Lys Arg Leu Val Asn Gly Tyr Thr Val 15 270 265 260
Thr Thr Lys Asp Asp Lys Pro Val Asn Val Asn Thr Met Leu Pro Ala
285 280 275
Leu Ser Asp Phe Gly Leu Leu Tyr Phe Cys Val Leu Phe Leu Ser Lys 300 295 290 5
Pro Tyr Ala Lys Leu Phe lle Asp Glu Val Arg Leu Phe Glu Tyr Ser 320 315 310 305
Pro Phe Asp Asp Lys Glu Asn Met lle Met Ser Glu Met Leu Ser lle 335 330 325
Tyr Arg lle Arg Thr Pro Arg Leu His Lys lle Asp Ser His Asp Ser 350 345 340
Lys Ala Thr Leu Ala Met Asp lle Phe Gly Glu Leu Arg Arg Cys Pro 365 360 355
Met Glu Leu Tyr Asn Leu Leu Asp Lys Asn Ala Gly GIn Pro Phe Phe 5 380 375 370
His Asp Glu Val Lys His Pro Asn Ser His Thr Pro Asp Val Ser Lys 400 395 390 385 10
Arg Leu Arg Tyr Asp Asp Arg Phe Pro Thr Leu Ala Leu Arg Tyr lle 415 410 405
Asp Glu Thr Glu Leu Phe Lys Arg lle Arg Phe GIn Leu GIn Leu Gly 430 425 420
Ser Phe Arg Tyr Lys Phe Tyr Asp Lys Glu Asn Cys lle Asp Gly Arg 445 440 435
Val Arg Val Arg Arg lle Gin Lys Glu lle Asn Gly Tyr Gly Arg Met 460 455 450
GIn Glu Val Ala Asp Lys Arg Met Asp Lys Trp Gly Asp Leu lle GIn 0 480 475 470 465
Lys Arg Glu Glu Arg Ser Val Lys Leu Glu His Glu Glu Leu Tyr lle 495 490 485 15
Asn Leu Asp GIn Phe Leu Glu Asp Thr Ala Asp Ser Thr Pro Tyr Val 510 505 500
Thr Asp Arg Arg Pro Ala Tyr Asn lle His Ala Asn Arg lle Gly Leu 525 520 515
Tyr Trp Glu Asp Ser Gln Asn Pro Lys GIn Tyr Lys Val Phe Asp Glu 540 535 530
Asn Gly Met Tyr lle Pro Glu Leu Val Val Thr Glu Asp Lys Lys Ala 560 555 550 545
Pro lle Lys Met Pro Ala Pro Arg Cys Ala Leu Ser Val Tyr Asp Leu 5 575 570 565
Pro Ala Met Leu Phe Tyr Glu Tyr Leu Arg Glu 60 Gln Asp Asn Glu
590 585 580
Phe Pro Ser Ala Glu Gin Val lle lle Glu Tyr Glu Asp Asp Tyr Arg 605 600 595 5
Lys Phe Phe Lys Ala Val Ala Glu Gly Lys Leu Lys Pro Phe Lys Arg 620 615 610
Pro Lys Glu Phe Arg Asp Phe Leu Lys Lys Glu Tyr Pro Lys Leu Arg 640 635 630 625
Met Ala Asp lle Pro Lys Lys Leu GIn Leu Phe Leu Cys Ser His Gly 655 650 645
Leu Cys Tyr Asn Asn Lys Pro Glu Thr Val Tyr Glu Arg Leu Asp Arg 670 665 660
Leu Thr Leu GIn His Leu Glu Glu Arg Glu Leu His lle Gin Asn Arg 5 685 680 675
Leu Glu His Tyr GIn Lys Asp Arg Asp Met lle Gly Asn Lys Asp Asn 700 695 690 10
Gln Tyr Gly Lys Lys Ser Phe Ser Asp Val Arg His Gly Ala Leu Ala 720 715 710 705
Arg Tyr Leu Ala Gln Ser Met Met Glu Trp Gln Pro Thr Lys Leu Lys 735 730 725
Asp Lys Glu Lys Gly His Asp Lys Leu Thr Gly Leu Asn Tyr Asn Val 750 745 740
Leu Thr Ala Tyr Leu Ala Thr Tyr Gly His Pro Gln Val Pro Glu Glu 765 760 755
Gly Phe Thr Pro Arg Thr Leu Glu GIn Val Leu lle Asn Ala His Leu 10 780 775 770 lle Gly Gly Ser Asn Pro His Pro Phe lle Asn Lys Val Leu Ala Leu 800 795 790 785 15
Gly Asn Arg Asn lle Glu Glu Leu Tyr Leu His Tyr Leu Glu Glu Glu 815 810 805
Leu Lys His lle Arg Ser Arg lle Gln Ser Leu Ser Ser Asn Pro Ser 830 825 820
Asp Lys Ala Leu Ser Ala Leu Pro Phe lle His His Asp Arg Met Arg 845 840 835
Tyr His Glu Arg Thr Ser Glu Glu Met Met Ala Leu Ala Ala Arg Tyr 860 855 850
Thr Thr lle Gin Leu Pro Asp Gly Leu Phe Thr Pro Tyr lle Leu Glu 5 880 875 870 865 lle Leu 60 Lys His Tyr Thr Glu Asn Ser Asp Leu GIn Asn Ala Leu
895 890 885
Ser GIn Asp Val Pro Val Lys Leu Asn Pro Thr Cys Asn Ala Ala Tyr 910 905 900 5
Leu lle Thr Leu Phe Tyr Gin Thr Val Leu Lys Asp Asn Ala GIn Pro 925 920 915
Phe Tyr Leu Ser Asp Lys Thr Tyr Thr Arg Asn Lys Asp Gly Glu Lys 940 935 930
Ala Glu Ser Phe Ser Phe Lys Arg Ala Tyr Glu Leu Phe Ser Val Leu 960 955 950 945
Asn Asn Asn Lys Lys Asp Thr Phe Pro Phe Glu Met lle Pro Leu Phe 975 970 965
Leu Thr Ser Asp Glu lle Gin Glu Arg Leu Ser Ala Lys Leu Leu Asp 5 990 985 980
Gly Asp Gly Asn Pro Val Pro Glu Val Gly Glu Lys Gly Lys Pro Ala 1005 1000 995 10
Thr Asp Ser GIn Gly Asn Thr lle Trp Lys Arg Arg lle Tyr Ser 1020 1015 1010
Glu Val Asp Asp Tyr Ala Glu Lys Leu Thr Asp Arg Asp Met Lys 1035 1030 1025 lle Ser Phe Lys Gly Glu Trp Glu Lys Leu Pro Arg Trp Lys Gin 1050 1045 1040
Asp Lys lle lle Lys Arg Arg Asp Glu Thr Arg Arg GIn Met Arg 1065 1060 1055
Asp Glu Leu Leu GIn Arg Met Pro Arg Tyr lle Arg Asp lle Lys 0 1080 1075 1070
Asp Asn Glu Arg Thr Leu Arg Arg Tyr Lys Thr Gin Asp Met Val 1095 1090 1085 15
Leu Phe Leu Leu Ala Glu Lys Met Phe Thr Asn lle lle Ser Glu 1110 1105 1100
Gln Ser Ser Glu Phe Asn Trp Lys ‏ماى‎ Met Arg Leu Ser Lys Val 1125 1120 1115
Cys Asn Glu Ala Phe Leu Arg Gin Thr Leu Thr Phe Arg Val Pro 1140 1135 1130
Val Thr Val Gly Glu Thr Thr lle Tyr Val Glu GIn Glu Asn Met 1155 1150 1145
Ser Leu Lys Asn Tyr Gly Glu Phe Tyr Arg Phe Leu Thr Asp Asp 15 1170 1165 1160
Arg Leu Met Ser Leu Leu Asn Asn lle Val Glu Thr Leu Lys Pro
1185 1180 1175
Asn Glu Asn Gly Asp Leu Val lle Arg His Thr Asp Leu Met Ser 1200 1195 1190 5
Glu Leu Ala Ala Tyr Asp Gin Tyr Arg Ser Thr lle Phe Met Leu 1215 1210 1205 lle Gln Ser lle Glu Asn Leu lle lle Thr Asn Asn Ala Val Leu 1230 1225 1220
Asp Asp Pro Asp Ala Asp Gly Phe Trp Val Arg Glu Asp Leu Pro 1245 1240 1235
Lys Arg Asn Asn Phe Ala Ser Leu Leu Glu Leu lle Asn GIn Leu 1260 1255 1250
Asn Asn Val Glu Leu Thr Asp Asp Glu Arg Lys Leu Leu Val Ala 5 1275 1270 1265 lle Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Ser Tyr Asn lle Asp Phe Ser 1290 1285 1280 10
Leu lle Lys Asp Val Lys His Leu Pro Glu Val Ala Lys Gly lle 1305 1300 1295
Leu GIn His Leu GIn Ser Met Leu Gly Val Glu lle Thr Lys 1320 1315 1310
>210< 566 >211< 1322 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< غير معروف 566 <400> 0
Met Ser Lys Glu Cys Lys Lys Gln Arg Gin Glu Lys Lys Arg Arg Leu 10 5 1 15
Gln Lys Ala Asn Phe Ser lle Ser Leu Thr Gly Lys His Val Phe Gly 25 20
Ala Tyr Phe Asn Met Ala Arg Thr Asn Phe Val Lys Thr lle Asn Tyr 45 40 35 lle Leu Pro lle Ala Gly Val Arg Gly Asn Tyr Ser Glu Asn 60 lle 5 60 55 50
Asn Lys Met Leu His Ala Leu Phe Leu lle Gin Ala Gly Arg Asn Glu 80 75 70 65 10
Glu Leu Thr Thr Glu Gin Lys GIn Trp Glu Lys Lys Leu Arg Leu Asn 95 90 85
Pro Glu GIn Gln Thr Lys Phe GIn Lys Leu Leu Phe Lys His Phe Pro 110 105 100
Val Leu Gly Pro Met Met Ala Asp Val Ala Asp His Lys Ala Tyr Leu 125 120 115
Asn Lys Lys Lys Ser Thr Val Gin Thr Glu Asp Glu Thr Phe Ala Met 140 135 130
Leu Lys Gly Val Ser Leu Ala Asp Cys Leu Asp lle lle Cys Leu Met 10 160 155 150 145
Ala Asp Thr Leu Thr Glu Cys Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Asp Pro 175 170 165 15
Tyr Asn Lys Pro Ser Gln Leu Ala Asp Gin Tyr Leu His GIn Glu Met 190 185 180 lle Ala Lys Lys Leu Asp Lys Val Val Val Ala Ser Arg Arg lle Leu 205 200 195
Lys Asp Arg Glu Gly Leu Ser Val Asn Glu Val Glu Phe Leu Thr Gly 220 215 210 lle Asp His Leu His GIn Glu Val Leu Lys Asp Glu Phe Gly Asn Ala 240 235 230 225
Lys Val Lys Asp Gly Lys Val Met Lys Thr Phe Val Glu Tyr Asp Asp 15 255 250 245
Phe Tyr Phe Lys lle Ser Gly Lys Arg Leu Val Asn Gly Tyr Thr Val
270 265 260
Thr Thr Lys Asp Asp Lys Pro Val Asn Val Asn Thr Met Leu Pro Ala 285 280 275 5
Leu Ser Asp Phe Gly Leu Leu Tyr Phe Cys Val Leu Phe Leu Ser Lys 300 295 290
Pro Tyr Ala Lys Leu Phe lle Asp Glu Val Arg Leu Phe Glu Tyr Ser 320 315 310 305
Pro Phe Asp Asp Lys Glu Asn Met lle Met Ser Glu Met Leu Ser lle 335 330 325
Tyr Arg lle Arg Thr Pro Arg Leu His Lys lle Asp Ser His Asp Ser 350 345 340
Lys Ala Thr Leu Ala Met Asp lle Phe Gly Glu Leu Arg Arg Cys Pro 5 365 360 355
Met Glu Leu Tyr Asn Leu Leu Asp Lys Asn Ala Gly 60 Pro Phe Phe 380 375 370 10
His Asp Glu Val Lys His Pro Asn Ser His Thr Pro Asp Val Ser Lys 400 395 390 385
Arg Leu Arg Tyr Asp Asp Arg Phe Pro Thr Leu Ala Leu Arg Tyr lle 415 410 405
Asp Glu Thr Glu Leu Phe Lys Arg lle Arg Phe GIn Leu Gin Leu Gly 430 425 420
Ser Phe Arg Tyr Lys Phe Tyr Asp Lys Glu Asn Cys lle Asp Gly Arg 445 440 435
Val Arg Val Arg Arg lle Gin Lys Glu lle Asn Gly Tyr Gly Arg Met 0 460 455 450
Gln Glu Val Ala Asp Lys Arg Met Asp Lys Trp Gly Asp Leu lle 60 480 475 470 465 15
Lys Arg Glu Glu Arg Ser Val Lys Leu Glu His Glu Glu Leu Tyr lle 495 490 485
Asn Leu Asp GIn Phe Leu Glu Asp Thr Ala Asp Ser Thr Pro Tyr Val 510 505 500
Thr Asp Arg Arg Pro Ala Tyr Asn lle His Ala Asn Arg lle Gly Leu 525 520 515
Tyr Trp Glu Asp Ser Gln Asn Pro Lys GIn Tyr Lys Val Phe Asp Glu 540 535 530
Asn Gly Met Tyr lle Pro Glu Leu Val Val Thr Glu Asp Lys Lys Ala 5 560 555 550 545
Pro lle Lys Met Pro Ala Pro Arg Cys Ala Leu Ser Val Tyr Asp Leu
575 570 565
Pro Ala Met Leu Phe Tyr Glu Tyr Leu Arg Glu Gin Gln Asp Asn Glu 590 585 580 5
Phe Pro Ser Ala Glu Gin Val lle lle Glu Tyr Glu Asp Asp Tyr Arg 605 600 595
Lys Phe Phe Lys Ala Val Ala Glu Gly Lys Leu Lys Pro Phe Lys Arg 620 615 610
Pro Lys Glu Phe Arg Asp Phe Leu Lys Lys Glu Tyr Pro Lys Leu Arg 640 635 630 625
Met Ala Asp lle Pro Lys Lys Leu GIn Leu Phe Leu Cys Ser His Gly 655 650 645
Leu Cys Tyr Asn Asn Lys Pro Glu Thr Val Tyr Glu Arg Leu Asp Arg 5 670 665 660
Leu Thr Leu GIn His Leu Glu Glu Arg Glu Leu His lle Gin Asn Arg 685 680 675 10
Leu Glu His Tyr GIn Lys Asp Arg Asp Met lle Gly Asn Lys Asp Asn 700 695 690
Gln Tyr Gly Lys Lys Ser Phe Ser Asp Val Arg His Gly Ala Leu Ala 720 715 710 705
Arg Tyr Leu Ala Gln Ser Met Met Glu Trp GIn Pro Thr Lys Leu Lys 735 730 725
Asp Lys Glu Lys Gly His Asp Lys Leu Thr Gly Leu Asn Tyr Asn Val 750 745 740
Leu Thr Ala Tyr Leu Ala Thr Tyr Gly His Pro Gin Val Pro Glu Glu 0 765 760 755
Gly Phe Thr Pro Arg Thr Leu Glu GIn Val Leu lle Asn Ala His Leu 780 775 770 15 lle Gly Gly Ser Asn Pro His Pro Phe lle Asn Lys Val Leu Ala Leu 800 795 790 785
Gly Asn Arg Asn lle Glu Glu Leu Tyr Leu His Tyr Leu Glu Glu Glu 815 810 805
Leu Lys His lle Arg Ser Arg lle Gln Ser Leu Ser Ser Asn Pro Ser 830 825 820
Asp Lys Ala Leu Ser Ala Leu Pro Phe lle His His Asp Arg Met Arg 845 840 835
Tyr His Glu Arg Thr Ser Glu Glu Met Met Ala Leu Ala Ala Arg Tyr 5 860 855 850
Thr Thr lle Gln Leu Pro Asp Gly Leu Phe Thr Pro Tyr lle Leu Glu
880 875 870 865 lle Leu 60 Lys His Tyr Thr Glu Asn Ser Asp Leu GIn Asn Ala Leu 895 890 885 5
Ser GIn Asp Val Pro Val Lys Leu Asn Pro Thr Cys Asn Ala Ala Tyr 910 905 900
Leu lle Thr Leu Phe Tyr Gin Thr Val Leu Lys Asp Asn Ala GIn Pro 925 920 915
Phe Tyr Leu Ser Asp Lys Thr Tyr Thr Arg Asn Lys Asp Gly Glu Lys 940 935 930
Ala Glu Ser Phe Ser Phe Lys Arg Ala Tyr Glu Leu Phe Ser Val Leu 960 955 950 945
Asn Asn Asn Lys Lys Asp Thr Phe Pro Phe Glu Met lle Pro Leu Phe 5 975 970 965
Leu Thr Ser Asp Glu lle Glin Glu Arg Leu Ser Ala Lys Leu Leu Asp 990 985 980 10
Gly Asp Gly Asn Pro Val Pro Glu Val Gly Glu Lys Gly Lys Pro Ala 1005 1000 995
Thr Asp Ser GIn Gly Asn Thr lle Trp Lys Arg Arg lle Tyr Ser 1020 1015 1010
Glu Val Asp Asp Tyr Ala Glu Lys Leu Thr Asp Arg Asp Met Lys 1035 1030 1025 lle Ser Phe Lys Gly Glu Trp Glu Lys Leu Pro Arg Trp Lys Gin 1050 1045 1040
Asp Lys lle lle Lys Arg Arg Asp Glu Thr Arg Arg ‏دا‎ Met Arg 0 1065 1060 1055
Asp Glu Leu Leu GIn Arg Met Pro Arg Tyr lle Arg Asp lle Lys 1080 1075 1070 15
Asp Asn Glu Arg Thr Leu Arg Arg Tyr Lys Thr Gin Asp Met Val 1095 1090 1085
Leu Phe Leu Leu Ala Glu Lys Met Phe Thr Asn lle lle Ser Glu 1110 1105 1100
Gln Ser Ser Glu Phe Asn Trp Lys Gln Met Arg Leu Ser Lys Val 1125 1120 1115
Cys Asn Glu Ala Phe Leu Arg Gin Thr Leu Thr Phe Arg Val Pro 1140 1135 1130
Val Thr Val Gly Glu Thr Thr lle Tyr Val Glu GIn Glu Asn Met 15 1155 1150 1145
Ser Leu Lys Asn Tyr Gly Glu Phe Tyr Arg Phe Leu Thr Asp Asp
1170 1165 1160
Arg Leu Met Ser Leu Leu Asn Asn lle Val Glu Thr Leu Lys Pro 1185 1180 1175 5
Asn Glu Asn Gly Asp Leu Val lle Arg His Thr Asp Leu Met Ser 1200 1195 1190
Glu Leu Ala Ala Tyr Asp Gin Tyr Arg Ser Thr lle Phe Met Leu 1215 1210 1205 lle Gln Ser lle Glu Asn Leu lle lle Thr Asn Asn Ala Val Leu 1230 1225 1220
Asp Asp Pro Asp Ala Asp Gly Phe Trp Val Arg Glu Asp Leu Pro 1245 1240 1235
Lys Arg Asn Asn Phe Ala Ser Leu Leu Glu Leu lle Asn Gin Leu 5 1260 1255 1250
Asn Asn Val Glu Leu Thr Asp Asp Glu Arg Lys Leu Leu Val Ala 1275 1270 1265 10 lle Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Ser Tyr Asn lle Asp Phe Ser 1290 1285 1280
Leu lle Lys Asp Val Lys His Leu Pro Glu Val Ala Lys Gly lle 1305 1300 1295
Leu GIn His Leu GIn Ser Met Leu Gly Val Glu lle Thr Lys 1320 1315 1310 >210< 567 >211< 668 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220>
Fusobacterium necrophorum subsp. funduliforme <223> 567 <400>
Met Thr Glu Lys Lys Ser lle lle Phe Lys Asn Lys Ser Ser Val Glu 15 10 5 1 lle Val Lys Lys Asp lle Phe Ser Gln Thr Pro Asp Asn Met lle Arg 30 25 20
Asn Tyr Lys lle Thr Leu Lys lle Ser Glu Lys Asn Pro Arg Val Val 5 45 40 35
Glu Ala Glu lle Glu Asp Leu Met Asn Ser Thr lle Leu Lys Asp Gly 60 55 50 10
Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Met Thr Glu Arg Lys Leu lle 80 75 70 65
Glu Glu Lys Val Ala Glu Asn Tyr Ser Leu Leu Ala Asn Cys Pro Met 95 90 85
Glu Glu Val Asp Ser lle Lys lle Tyr Lys lle Lys Arg Phe Leu Thr 110 105 100
Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala Ser lle Asn Ser Phe Leu 125 120 115
Cys Glu Gly lle Lys Gly Lys Asp Asn Glu Thr Glu Glu lle Trp His 0 140 135 130
Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys Val Lys Glu Asn Phe Lys 160 155 150 145 15
Asn Lys Leu lle Gln Ser Thr Glu Asn Tyr Asn Ser Ser Leu Lys Asn 175 170 165
Gin lle Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg Lys Glu Ser Lys Lys Gly 190 185 180
Ala Phe Tyr Arg Thr lle lle Lys Lys Leu GIn Gin Glu Arg lle Lys 205 200 195
Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp Cys Glu Lys lle lle Lys 220 215 210
Leu Tyr Ser Glu Leu Arg His Pro Leu Met His Tyr Asp Tyr GIn Tyr 5 240 235 230 225
Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Glu Asn Ser Glu Leu Thr Lys Asn
255 250 245
Leu Asn Leu Asp lle Phe Lys Ser Leu Pro Leu Val Arg Lys Met Lys 270 265 260 5
Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp Asn Asp Thr Leu Phe Val 285 280 275
Leu GIn Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu Tyr GIn lle Tyr Asp Ala 300 295 290
Leu Cys Glu Gin Lys Asn Gly Phe Asn Lys Phe lle Asn Asp Phe Phe 320 315 310 305
Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe Lys Gin lle lle Asn Glu 335 330 325
Lys Phe Gin Ser Glu Met Glu Phe Leu Glu Lys Arg lle Ser Glu Ser 5 350 345 340
Glu Lys Lys Asn Glu Lys Leu Lys Lys Lys Phe Asp Ser Met Lys Ala 365 360 355 10
His Phe His Asn lle Asn Ser Glu Asp Thr Lys Glu Ala Tyr Phe Trp 380 375 370
Asp lle His Ser Ser Ser Asn Tyr Lys Thr Lys Tyr Asn Glu Arg Lys 400 395 390 385
Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu Gly Ser Ser Lys Glu Lys 415 410 405
Lys Leu Leu Arg Glu Glu lle Thr Gin lle Asn Arg Lys Leu Leu Lys 430 425 420
Leu Lys GIn Glu Met Glu Glu lle Thr Lys Lys Asn Ser Leu Phe Arg 0 445 440 435
Leu Glu Tyr Lys Met Lys lle Ala Phe Gly Phe Leu Phe Cys Glu Phe 460 455 450 15
Asp Gly Asn lle Ser Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp Ala Ser Asn 07 480 475 470 465
Glu Lys lle lle GIn Tyr His Lys Asn Gly Glu Lys Tyr Leu Thr Tyr 495 490 485
Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe Asn Leu Glu Lys Met Gin 510 505 500
Lys lle lle Gln Lys Thr Glu Glu Glu Asp Trp Leu Leu Pro Glu Thr 525 520 515
Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu Thr Tyr Leu Leu Leu Pro 5 540 535 530
Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe Val Lys Lys His Tyr Tyr
560 555 550 545
Asp lle Lys Asn Val Asp Phe Met Asp Glu Asn GIn Asn Asn lle 0 575 570 565 5
Val Ser GIn Thr Val Glu Lys GIn Glu Asp Tyr Phe Tyr His Lys lle 590 585 580
Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr Glu lle Val Lys Tyr Ser 605 600 595 lle Val Pro Asn Glu Lys Leu Lys GIn Tyr Phe Glu Asp Leu Gly lle 620 615 610
Asp lle Lys Tyr Leu Thr Gly Ser Val Glu Ser Gly Glu Lys Trp Leu 640 635 630 625
Gly Glu Asn Leu Gly lle Asp lle Lys Tyr Leu Thr Val Glu GIn Lys 5 655 650 645
Ser Glu Val Ser Glu Glu Lys lle Lys Lys Phe Leu 665 660 10 568 <210> 796 <211>
PRT <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Tissierella sp. P1 <223>
568 >400<
Met Glu Lys Asp Lys Lys Gly Glu Lys lle Asp lle Ser Gin Glu Met 15 10 5 1 5 lle Glu Glu Asp Leu Arg Lys lle Leu lle Leu Phe Ser Arg Leu Arg 30 25 20
His Ser Met Val His Tyr Asp Tyr Glu Phe Tyr Gin Ala Leu Tyr Ser 45 40 35
Gly Lys Asp Phe Val lle Ser Asp Lys Asn Asn Leu Glu Asn Arg Met 60 55 50 lle Ser GIn Leu Leu Asp Leu Asn lle Phe Lys Glu Leu Ser Lys Val 80 75 70 65
Lys Leu lle Lys Asp Lys Ala lle Ser Asn Tyr Leu Asp Lys Asn Thr 5 95 90 85
Thr lle His Val Leu Gly GIn Asp lle Lys Ala lle Arg Leu Leu Asp 110 105 100 10 lle Tyr Arg Asp lle Cys Gly Ser Lys Asn Gly Phe Asn Lys Phe lle 125 120 115
Asn Thr Met lle Thr lle Ser Gly Glu Glu Asp Arg Glu Tyr Lys Glu 140 135 130
Lys Val lle Glu His Phe Asn Lys Lys Met Glu Asn Leu Ser Thr Tyr 160 155 150 145
Leu Glu Lys Leu Glu Lys Gin Asp Asn Ala Lys Arg Asn Asn Lys Arg 175 170 165
Val Tyr Asn Leu Leu Lys GIn Lys Leu lle Glu 60 GIn Lys Leu Lys 10 190 185 180
Glu Trp Phe Gly Gly Pro Tyr Val Tyr Asp lle His Ser Ser Lys Arg 205 200 195 15
Tyr Lys Glu Leu Tyr lle Glu Arg Lys Lys Leu Val Asp Arg His Ser 220 215 210
Lys Leu Phe Glu Glu Gly Leu Asp Glu Lys Asn Lys Lys Glu Leu Thr 240 235 230 225
Lys lle Asn Asp Glu Leu Ser Lys Leu Asn Ser Glu Met Lys Glu Met 255 250 245
Thr Lys Leu Asn Ser Lys Tyr Arg Leu GIn Tyr Lys Leu GIn Leu Ala 270 265 260
Phe Gly Phe lle Leu Glu Glu Phe Asp Leu Asn lle Asp Thr Phe lle 5 285 280 275
Asn Asn Phe Asp Lys Asp Lys Asp Leu lle lle Ser Asn Phe Met Lys
300 295 290
Lys Arg Asp lle Tyr Leu Asn Arg Val Leu Asp Arg Gly Asp Asn Arg 320 315 310 305 5
Leu Lys Asn lle lle Lys Glu Tyr Lys Phe Arg Asp Thr Glu Asp lle 335 330 325
Phe Cys Asn Asp Arg Asp Asn Asn Leu Val Lys Leu Tyr lle Leu Met 350 345 340
Tyr lle Leu Leu Pro Val Glu lle Arg Gly Asp Phe Leu Gly Phe Val 365 360 355
Lys Lys Asn Tyr Tyr Asp Met Lys His Val Asp Phe lle Asp Lys Lys 380 375 370
Asp Lys Glu Asp Lys Asp Thr Phe Phe His Asp Leu Arg Leu Phe Glu 5 400 395 390 385
Lys Asn lle Arg Lys Leu Glu lle Thr Asp Tyr Ser Leu Ser Ser Gly 415 410 405 10
Phe Leu Ser Lys Glu His Lys Val Asp lle Glu Lys Lys lle Asn Asp 430 425 420
Phe lle Asn Arg Asn Gly Ala Met Lys Leu Pro Glu Asp lle Thr lle 445 440 435
Glu Glu Phe Asn Lys Ser Leu lle Leu Pro lle Met Lys Asn Tyr Gin 460 455 450 lle Asn Phe Lys Leu Leu Asn Asp lle Glu lle Ser Ala Leu Phe Lys 480 475 470 465 lle Ala Lys Asp Arg Ser lle Thr Phe Lys Gin Ala lle Asp Glu lle 0 495 490 485
Lys Asn Glu Asp lle Lys Lys Asn Ser Lys Lys Asn Asp Lys Asn Asn 510 505 500 15
His Lys Asp Lys Asn lle Asn Phe Thr Gin Leu Met Lys Arg Ala Leu 525 520 515
His Glu Lys lle Pro Tyr Lys Ala Gly Met Tyr ‏ماك‎ lle Arg Asn Asn 540 535 530 lle Ser His lle Asp Met Glu Gin Leu Tyr lle Asp Pro Leu Asn Ser 560 555 550 545
Tyr Met Asn Ser Asn Lys Asn Asn lle Thr lle Ser Glu Gin lle Glu 575 570 565
Lys lle lle Asp Val Cys Val Thr Gly Gly Val Thr Gly Lys Glu Leu 15 590 585 580
Asn Asn Asn lle lle Asn Asp Tyr Tyr Met Lys Lys Glu Lys Leu Val
605 600 595
Phe Asn Leu Lys Leu Arg Lys GIn Asn Asp lle Val Ser lle Glu Ser 620 615 610 5
Gln Glu Lys Asn Lys Arg Glu Glu Phe Val Phe Lys Lys Tyr Gly Leu 640 635 630 625
Asp Tyr Lys Asp Gly Glu lle Asn lle lle Glu Val lle Gln Lys Val 655 650 645
Asn Ser Leu GIn Glu Glu Leu Arg Asn lle Lys Glu Thr Ser Lys Glu 670 665 660
Lys Leu Lys Asn Lys Glu Thr Leu Phe Arg Asp lle Ser Leu lle Asn 685 680 675
Gly Thr lle Arg Lys Asn lle Asn Phe Lys lle Lys Glu Met Val Leu 5 700 695 690
Asp lle Val Arg Met Asp Glu lle Arg His lle Asn lle His lle Tyr 720 715 710 705 10
Tyr Lys Gly Glu Asn Tyr Thr Arg Ser Asn lle lle Lys Phe Lys Tyr 735 730 725
Ala lle Asp Gly Glu Asn Lys Lys Tyr Tyr Leu Lys GIn His Glu lle 750 745 740
Asn Asp lle Asn Leu Glu Leu Lys Asp Lys Phe Val Thr Leu lle Cys 765 760 755
Asn Met Asp Lys His Pro Asn Lys Asn Lys GIn Thr lle Asn Leu Glu 780 775 770
Ser Asn Tyr lle ‏ماة‎ Asn Val Lys Phe lle lle Pro 0 795 790 785 569 <210> 897 <211> 15
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Fusobacterium ulcerans >223< 569 <400>
Met Glu Asn Lys Gly Asn Asn Lys Lys lle Asp Phe Asp Glu Asn Tyr 5 10 5 1
Asn lle Leu Val Ala 60 lle Lys Glu Tyr Phe Thr Lys Glu lle Glu 25 20 10
Asn Tyr Asn Asn Arg lle Asp Asn lle lle Asp Lys Lys Glu Leu Leu 40 35 15
Lys Tyr Ser Glu Lys Lys Glu Glu Ser Glu Lys Asn Lys Lys Leu Glu 60 55 50
Glu Leu Asn Lys Leu Lys Ser GIn Lys Leu Lys lle Leu Thr Asp Glu 80 75 70 65
Glu lle Lys Ala Asp Val lle Lys lle lle Lys lle Phe Ser Asp Leu 95 90 85
Arg His Ser Leu Met His Tyr Glu Tyr Lys Tyr Phe Glu Asn Leu Phe 10 110 105 100
Glu Asn Lys Lys Asn Glu Glu Leu Ala Glu Leu Leu Asn Leu Asn Leu 125 120 115 15
Phe Lys Asn Leu Thr Leu Leu Arg Gin Met Lys lle Glu Asn Lys Thr 140 135 130
Asn Tyr Leu Glu Gly Arg Glu Glu Phe Asn lle lle Gly Lys Asn lle 160 155 150 145
Lys Ala Lys Glu Val Leu Gly His Tyr Asn Leu Leu Ala Glu Gin Lys 175 170 165
Asn Gly Phe Asn Asn Phe lle Asn Ser Phe Phe Val Gin Asp Gly Thr 190 185 180
Glu Asn Leu Glu Phe Lys Lys Leu lle Asp Glu His Phe Val Asn Ala 5 205 200 195
Lys Lys Arg Leu Glu Arg Asn lle Lys Lys Ser Lys Lys Leu Glu Lys
220 215 210
Glu Leu Glu Lys Met Glu GIn His Tyr Gin Arg Leu Asn Cys Ala Tyr 240 235 230 225 5
Val Trp Asp lle His Thr Ser Thr Thr Tyr Lys Lys Leu Tyr Asn Lys 255 250 245
Arg Lys Ser Leu lle Glu Glu Tyr Asn Lys Gin lle Asn Glu lle Lys 270 265 260
Asp Lys Glu Val lle Thr Ala lle Asn Val Glu Leu Leu Arg lle Lys 285 280 275
Lys Glu Met Glu Glu lle Thr Lys Ser Asn Ser Leu Phe Arg Leu Lys 300 295 290
Tyr Lys Met Gin lle Ala Tyr Ala Phe Leu Glu lle Glu Phe Gly Gly 5 320 315 310 305
Asn lle Ala Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp Cys Ser Lys Met Glu Glu 335 330 325 10
Val GIn Lys Tyr Leu Lys Lys Gly Val Lys Tyr Leu Lys Tyr Tyr Lys 350 345 340
Asp Lys Glu Ala Gin Lys Asn Tyr Glu Phe Pro Phe Glu Glu lle Phe 365 360 355
Glu Asn Lys Asp Thr His Asn Glu Glu Trp Leu Glu Asn Thr Ser Glu 380 375 370
Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr lle Leu Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Met 400 395 390 385
Glu Phe Lys Gly Asp Phe Leu Gly Val Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp 0 415 410 405 lle Lys Asn Val Asp Phe Thr Asp Glu Ser Glu Lys Glu Leu Ser Gin 430 425 420 15
Val GIn Leu Asp Lys Met lle Gly Asp Ser Phe Phe His Lys lle Arg 445 440 435
Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Arg Tyr Glu lle lle Lys Tyr Ser lle 460 455 450
Leu Thr Ser Asp Glu lle Lys Arg Tyr Phe Arg Leu Leu Glu Leu Asp 480 475 470 465
Val Pro Tyr Phe Glu Tyr Glu Lys Gly Thr Asp Glu lle Gly lle Phe 495 490 485
Asn Lys Asn lle lle Leu Thr lle Phe Lys Tyr Tyr Gin lle lle Phe 15 510 505 500
Arg Leu Tyr Asn Asp Leu Glu lle His Gly Leu Phe Asn lle Ser Ser
525 520 515
Asp Leu Asp Lys lle Leu Arg Asp Leu Lys Ser Tyr Gly Asn Lys Asn 540 535 530 5 lle Asn Phe Arg Glu Phe Leu Tyr Val lle Lys Gin Asn Asn Asn Ser 560 555 550 545
Ser Thr Glu Glu Glu Tyr Arg Lys lle Trp Glu Asn Leu Glu Ala Lys 575 570 565
Tyr Leu Arg Leu His Leu Leu Thr Pro Glu Lys Glu Glu lle Lys Thr 590 585 580
Lys Thr Lys Glu Glu Leu Glu Lys Leu Asn Glu lle Ser Asn Leu Arg 605 600 595
Asn Gly lle Cys His Leu Asn Tyr Lys Glu lle lle Glu Glu lle Leu 5 620 615 610
Lys Thr Glu lle Ser Glu Lys Asn Lys Glu Ala Thr Leu Asn Glu Lys 640 635 630 625 10 lle Arg Lys Val lle Asn Phe lle Lys Glu Asn Glu Leu Asp Lys Val 655 650 645
Glu Leu Gly Phe Asn Phe lle Asn Asp Phe Phe Met Lys Lys Glu 07 670 665 660
Phe Met Phe Gly Gin lle Lys ‏ماى‎ Val Lys Glu Gly Asn Ser Asp Ser 685 680 675 lle Thr Thr Glu Arg Glu Arg Lys Glu Lys Asn Asn Lys Lys Leu Lys 700 695 690
Glu Thr Tyr Glu Leu Asn Cys Asp Asn Leu Ser Glu Phe Tyr Glu Thr 0 720 715 710 705
Ser Asn Asn Leu Arg Glu Arg Ala Asn Ser Ser Ser Leu Leu Glu Asp 735 730 725 15
Ser Ala Phe Leu Lys Lys lle Gly Leu Tyr Lys Val Lys Asn Asn Lys 750 745 740
Val Asn Ser Lys Val Lys Asp Glu Glu Lys Arg lle Glu Asn lle Lys 765 760 755
Arg Lys Leu Leu Lys Asp Ser Ser Asp lle Met Gly Met Tyr Lys Ala 780 775 770
Glu Val Val Lys Lys Leu Lys Glu Lys Leu lle Leu lle Phe Lys His 800 795 790 785
Asp Glu Glu Lys Arg lle Tyr Val Thr Val Tyr Asp Thr Ser Lys Ala 5 815 810 805
Val Pro Glu Asn lle Ser Lys Glu lle Leu Val Lys Arg Asn Asn Ser
830 825 820
Lys Glu Glu Tyr Phe Phe Glu Asp Asn Asn Lys Lys Tyr Val Thr Glu 845 840 835 5
Tyr Tyr Thr Leu Glu lle Thr Glu Thr Asn Glu Leu Lys Val lle Pro 860 855 850
Ala Lys Lys Leu Glu Gly Lys Glu Phe Lys Thr Glu Lys Asn Lys Glu 880 875 870 865
Asn Lys Leu Met Leu Asn Asn His Tyr Cys Phe Asn Val Lys lle lle 895 890 885
Tyr 570 <210> 5 >211< 919 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220> 10
Cetobacterium sp, ZOR0034 <223> 570 <400>
Met Glu Glu lle Lys His Lys Lys Asn Lys Ser Ser lle lle Arg Val 5 10 5 1 lle Val Ser Asn Tyr Asp Met Thr Gly lle Lys Glu lle Lys Val Leu
30 25 20
Tyr Gln Lys GIn Gly Gly Val Asp Thr Phe Asn Leu Lys Thr lle lle 45 40 35 5
Asn Leu Glu Ser Gly Asn Leu Glu lle lle Ser Cys Lys Pro Lys Glu 60 55 50
Arg Glu Lys Tyr Arg Tyr Glu Phe Asn Cys Lys Thr Glu lle Asn Thr 80 75 70 65 lle Ser lle Thr Lys Lys Asp Lys Val Leu Lys Lys Glu lle Arg Lys 95 90 85
Tyr Ser Leu Glu Leu Tyr Phe Lys Asn Glu Lys Lys Asp Thr Val Val 110 105 100
Ala Lys Val Thr Asp Leu Leu Lys Ala Pro Asp Lys lle Glu Gly Glu 5 125 120 115
Arg Asn His Leu Arg Lys Leu Ser Ser Ser Thr Glu Arg Lys Leu Leu 140 135 130 10
Ser Lys Thr Leu Cys Lys Asn Tyr Ser Glu lle Ser Lys Thr Pro lle 160 155 150 145
Glu Glu lle Asp Ser lle Lys lle Tyr Lys lle Lys Arg Phe Leu Asn 175 170 165
Tyr Arg Ser Asn Phe Leu lle Tyr Phe Ala Leu lle Asn Asp Phe Leu 190 185 180
Cys Ala Gly Val Lys Glu Asp Asp lle Asn Glu Val Trp Leu lle GIn 205 200 195
Asp Lys Glu His Thr Ala Phe Leu Glu Asn Arg lle Glu Lys lle Thr 0 220 215 210
Asp Tyr lle Phe Asp Lys Leu Ser Lys Asp lle Glu Asn Lys Lys Asn 240 235 230 225 15
Gln Phe Glu Lys Arg lle Lys Lys Tyr Lys Thr Ser Leu Glu Glu Leu 255 250 245
Lys Thr Glu Thr Leu Glu Lys Asn Lys Thr Phe Tyr lle Asp Ser lle 270 265 260
Lys Thr Lys lle Thr Asn Leu Glu Asn Lys lle Thr Glu Leu Ser Leu 285 280 275
Tyr Asn Ser Lys Glu Ser Leu Lys Glu Asp Leu lle Lys lle lle Ser 300 295 290 lle Phe Thr Asn Leu Arg His Ser Leu Met His Tyr Asp Tyr Lys Ser 15 320 315 310 305
Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn lle Glu Asn Glu Glu Leu Lys Asn Leu
335 330 325
Leu Asp Leu Asn Leu Phe Lys Ser lle Arg Met Ser Asp Glu Phe Lys 350 345 340 5
Thr Lys Asn Arg Thr Asn Tyr Leu Asp Gly Thr Glu Ser Phe Thr lle 365 360 355
Val Lys Lys His GIn Asn Leu Lys Lys Leu Tyr Thr Tyr Tyr Asn Asn 380 375 370
Leu Cys Asp Lys Lys Asn Gly Phe Asn Thr Phe lle Asn Ser Phe Phe 400 395 390 385
Val Thr Asp Gly lle Glu Asn Thr Asp Phe Lys Asn Leu lle lle Leu 415 410 405
His Phe Glu Lys Glu Met Glu Glu Tyr Lys Lys Ser lle Glu Tyr Tyr 5 430 425 420
Lys lle Lys lle Ser Asn Glu Lys Asn Lys Ser Lys Lys Glu Lys Leu 445 440 435 10
Lys Glu Lys lle Asp Leu Leu GIn Ser Glu Leu lle Asn Met Arg Glu 460 455 450
His Lys Asn Leu Leu Lys GIn lle Tyr Phe Phe Asp lle His Asn Ser 480 475 470 465 lle Lys Tyr Lys Glu Leu Tyr Ser Glu Arg Lys Asn Leu lle Glu 07 495 490 485
Tyr Asn Leu Gin lle Asn Gly Val Lys Asp Val Thr Ala lle Asn His 510 505 500 lle Asn Thr Lys Leu Leu Ser Leu Lys Asn Lys Met Asp Lys lle Thr 0 525 520 515
Lys GIn Asn Ser Leu Tyr Arg Leu Lys Tyr Lys Leu Lys lle Ala Tyr 540 535 530 15
Ser Phe Leu Met lle Glu Phe Asp Gly Asp Val Ser Lys Phe Lys Asn 560 555 550 545
Asn Phe Asp Pro Thr Asn Leu Glu Lys Arg Val Glu Tyr Leu Asp Lys 575 570 565
Lys Glu Glu Tyr Leu Asn Tyr Thr Ala Pro Lys Asn Lys Phe Asn Phe 590 585 580
Ala Lys Leu Glu Glu Glu Leu Gin Lys lle GIn Ser Thr Ser Glu Met 605 600 595
Gly Ala Asp Tyr Leu Asn Val Ser Pro Glu Asn Asn Leu Phe Lys Phe 15 620 615 610
Tyr lle Leu Thr Tyr lle Met Leu Pro Val Glu Phe Lys Gly Asp Phe
640 65 630 625
Leu Gly Phe Val Lys Asn His Tyr Tyr Asn lle Lys Asn Val Asp Phe 655 650 645 5
Met Asp Glu Ser Leu Leu Asp Glu Asn Glu Val Asp Ser Asn Lys Leu 670 665 660
Asn Glu Lys lle Glu Asn Leu Lys Asp Ser Ser Phe Phe Asn Lys lle 685 680 675
Arg Leu Phe Glu Lys Asn lle Lys Lys Tyr Glu lle Val Lys Tyr Ser 700 695 690
Val Ser Thr Gln Glu Asn Met Lys Glu Tyr Phe Lys GIn Leu Asn Leu 720 715 710 705
Asp lle Pro Tyr Leu Asp Tyr Lys Ser Thr Asp Glu lle Gly lle Phe 5 735 730 725
Asn Lys Asn Met lle Leu Pro lle Phe Lys Tyr Tyr Gln Asn Val Phe 750 745 740 10
Lys Leu Cys Asn Asp lle Glu lle His Ala Leu Leu Ala Leu Ala Asn 765 760 755
Lys Lys GIn ‏هاي‎ Asn Leu Glu Tyr Ala lle Tyr Cys Cys Ser Lys Lys 780 775 770
Asn Ser Leu Asn Tyr Asn Glu Leu Leu Lys Thr Phe Asn Arg Lys Thr 800 795 790 785
Tyr Gln Asn Leu Ser Phe lle Arg Asn Lys lle Ala His Leu Asn Tyr 815 810 805
Lys Glu Leu Phe Ser Asp Leu Phe Asn Asn Glu Leu Asp Leu Asn Thr 0 830 825 820
Lys Val Arg Cys Leu lle Glu Phe Ser GIn Asn Asn Lys Phe Asp 07 845 840 835 15 lle Asp Leu Gly Met Asn Phe lle Asn Asp Tyr Tyr Met Lys Lys Thr 860 855 850
Arg Phe lle Phe Asn ‏صاى‎ Arg Arg Leu Arg Asp Leu Asn Val Pro Ser 880 875 870 865
Lys Glu Lys lle lle Asp Gly Lys Arg Lys Gin ‏ماك‎ Asn Asp Ser Asn 895 890 885
Asn Glu Leu Leu Lys Lys Tyr Gly Leu Ser Arg Thr Asn lle Lys Asp 910 905 900 lle Phe Asn Lys Ala Trp Tyr 5 915 571 <210>
1110 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
Fusobacterium necrophorum >223< 571 <400>
Met Lys Val Arg Tyr Arg Lys GIn Ala GIn Leu Asp Thr Phe lle lle 10 10 5 1
Lys Thr Glu lle Val Asn Asn Asp lle Phe lle Lys Ser lle lle Glu 25 20 15
Lys Ala Arg Glu Lys Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu 40 35
Lys Tyr His Phe Lys Asn Lys Ser Ser Val Glu lle Val Lys Asn Asp 60 55 50 lle Phe Ser GIn Thr Pro Asp Asn Met lle Arg Asn Tyr Lys lle Thr 80 75 70 65
Leu Lys lle Ser Glu Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu lle Glu 95 90 85
Asp Leu Met Asn Ser Thr lle Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg 5 110 105 100
Arg Glu Lys Ser Met Thr Glu Arg Lys Leu lle Glu Glu Lys Val Ala
125 120 115
Glu Asn Tyr Ser Leu Leu Ala Asn Cys Pro lle Glu Glu Val Asp Ser 140 135 130 5 lle Lys lle Tyr Lys lle Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met 160 155 150 145
Leu Leu Tyr Phe Ala Ser lle Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly lle Lys 175 170 165
Gly Lys Asp Asn Glu Thr Glu Glu lle Trp His Leu Lys Asp Asn Asp 190 185 180
Val Arg Lys Glu Lys Val Lys Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu lle Gin 205 200 195
Ser Thr Glu Asn Tyr Asn Ser Ser Leu Lys Asn GIn lle Glu Glu Lys 5 220 215 210
Glu Lys Leu Ser Ser Lys Glu Phe Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr 240 235 230 225 0 lle lle Lys Lys Leu GIn GIn Glu Arg lle Lys Glu Leu Ser Glu Lys 255 250 245
Ser Leu Thr Glu Asp Cys Glu Lys lle lle Lys Leu Tyr Ser Glu Leu 270 265 260
Arg His Pro Leu Met His Tyr Asp Tyr Gln Tyr Phe Glu Asn Leu Phe 285 280 275
Glu Asn Lys Glu Asn Ser Glu Leu Thr Lys Asn Leu Asn Leu Asp lle 300 295 290
Phe Lys Ser Leu Pro Leu Val Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val 10 320 315 310 305
Asn Tyr Leu Glu Asp Asn Asp Thr Leu Phe Val Leu GIn Lys Thr Lys 335 330 325 15
Lys Ala Lys Thr Leu Tyr GIn lle Tyr Asp Ala Leu Cys Glu Gin Lys 350 345 340
Asn Gly Phe Asn Lys Phe lle Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu 365 360 355
Glu Asn Thr Val Phe Lys Gin lle lle Asn Glu Lys Phe GIn Ser Glu 380 375 370
Met Glu Phe Leu Glu Lys Arg lle Ser Glu Ser Glu Lys Lys Asn Glu 400 395 390 385
Lys Leu Lys Lys Lys Leu Asp Ser Met Lys Ala His Phe Arg Asn lle 5 415 410 405
Asn Ser Glu Asp Thr Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp lle His Ser Ser
430 425 420
Arg Asn Tyr Lys Thr Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu 445 440 435 5
Tyr Thr Lys Leu Leu Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu 460 455 450
Glu lle Thr Lys lle Asn Arg Gin Leu Leu Lys Leu Lys GIn Glu Met 480 475 470 465
Glu Glu lle Thr Lys Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met 495 490 485
Lys lle Ala Phe Gly Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn lle Ser 510 505 500
Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp Ala Ser Asn GIn Glu Lys lle lle GIn 5 525 520 515
Tyr His Lys Asn Gly Glu Lys Tyr Leu Thr Ser Phe Leu Lys Glu Glu 540 535 530 10
Glu Lys Glu Lys Phe Asn Leu Glu Lys Met Gin Lys lle lle Gin Lys 560 555 550 545
Thr Glu Glu Glu Asp Trp Leu Leu Pro Glu Thr Lys Asn Asn Leu Phe 575 570 565
Lys Phe Tyr Leu Leu Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly 590 585 580
Asp Phe Leu Gly Phe Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp lle Lys Asn Val 605 600 595
Asp Phe Met Asp Glu Asn ‏م6‎ Asn Asn lle Gln Val Ser GIn Thr Val 0 620 615 610
Glu Lys GIn Glu Asp Tyr Phe Tyr His Lys lle Arg Leu Phe Glu Lys 640 635 630 625 15
Asn Thr Lys Lys Tyr Glu lle Val Lys Tyr Ser lle Val Pro Asn Glu 655 650 645
Lys Leu Lys GIn Tyr Phe Glu Asp Leu Gly lle Asp lle Lys Tyr Leu 670 665 660
Thr Gly Ser Val Glu Ser Gly Glu Lys Trp Leu Gly Glu Asn Leu Gly 685 680 675 lle Asp lle Lys Tyr Leu Thr Val Glu Gln Lys Ser Glu Val Ser Glu 700 695 690
Glu Lys Asn Lys Lys Val Ser Leu Lys Asn Asn Gly Met Phe Asn Lys 15 720 715 710 705
Thr lle Leu Leu Phe Val Phe Lys Tyr Tyr Gin lle Ala Phe Lys Leu
735 730 725
Phe Asn Asp lle Glu Leu Tyr Ser Leu Phe Phe Leu Arg Glu Lys Ser 750 745 740 5
Glu Lys Pro Phe Glu Val Phe Leu Glu Glu Leu Lys Asp Lys Met lle 765 760 755
Gly Lys Gin Leu Asn Phe Gly GIn Leu Leu Tyr Val Val Tyr Glu Val 780 775 770
Leu Val Lys Asn Lys Asp Leu Asp Lys lle Leu Ser Lys Lys lle Asp 800 795 790 785
Tyr Arg Lys Asp Lys Ser Phe Ser Pro Glu lle Ala Tyr Leu Arg Asn 815 810 805
Phe Leu Ser His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe Leu Asp Asn Phe Met Lys 5 830 825 820 lle Asn Thr Asn Lys Ser Asp Glu Asn Lys Glu Val Leu lle Pro Ser 845 840 835 10 lle Lys lle Gln Lys Met lle Gln Phe lle Glu Lys Cys Asn Leu 0 860 855 850
Asn ‏ماه‎ lle Asp Phe Asp Phe Asn Phe Val Asn Asp Phe Tyr Met Arg 880 875 870 865
Lys Glu Lys Met Phe Phe lle Gin Leu Lys Gin lle Phe Pro Asp lle 895 890 885
Asn Ser Thr Glu Lys Gln Lys Lys Ser Glu Lys Glu Glu lle Leu Arg 910 905 900
Lys Arg Tyr His Leu lle Asn Lys Lys Asn Glu GIn lle Lys Asp Glu 0 925 920 915
His Glu Ala GIn Ser GIn Leu Tyr Glu Lys lle Leu Ser Leu GIn Lys 940 935 930 15 lle Phe Ser Cys Asp Lys Asn Asn Phe Tyr Arg Arg Leu Lys Glu Glu 960 955 950 945
Lys Leu Leu Phe Leu Glu Lys GIn Gly Lys Lys Lys lle Ser Met Lys 975 970 965
Glu lle Lys Asp Lys lle Ala Ser Asp lle Ser Asp Leu Leu Gly lle 990 985 980
Leu Lys Lys Glu lle Thr Arg Asp lle Lys Asp Lys Leu Thr Glu Lys 1005 1000 995
Phe Arg Tyr Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn lle Ser Phe Tyr Asn 5 1020 1015 1010
His Gin Asp Lys Lys Lys Glu Glu Gly lle Arg Val Phe Leu lle
1035 1030 1025
Arg Asp Lys Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe Glu Ser lle Leu Asp 1050 1045 1040 5
Asp Gly Ser Asn Lys lle Phe lle Ser Lys Asn Gly Lys Glu lle 1065 1060 1055
Thr lle GIn Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu Thr Leu Met lle Glu 1080 1075 1070
Lys Asn Thr Leu Lys lle Ser Ser Asn Gly Lys lle lle Ser Leu 1095 1090 1085 lle Pro His Tyr Ser Tyr Ser lle Asp Val Lys Tyr 1110 1105 1100 572 <210> 5 >211< 1110 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220> 10
Fusobacterium necrophorum <223> 572 <400>
Met Glu Lys Phe Arg Arg ‏ماك‎ Asn Arg Ser Ser lle lle Lys lle lle 5 10 5 1 lle Ser Asn Tyr Asp Thr Lys Gly lle Lys Glu Leu Lys Val Arg Tyr
30 25 20
Arg Lys GIn Ala Gin Leu Asp Thr Phe lle lle Lys Thr Glu lle Val 45 40 35 5
Asn Asn Asp lle Phe lle Lys Ser lle lle Glu Lys Ala Arg Glu Lys 60 55 50
Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu Lys Tyr His Phe Lys 80 75 70 65
Asn Lys Ser Ser Val Glu lle Val Lys Lys Asp lle Phe Ser 0 Thr 95 90 85
Pro Asp Asn Met lle Arg Asn Tyr Lys lle Thr Leu Lys lle Ser Glu 110 105 100
Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu lle Glu Asp Leu Met Asn Ser 5 125 120 115
Thr lle Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Met 140 135 130 10
Thr Glu Arg Lys Leu lle Glu Glu Lys Val Ala Glu Asn Tyr Ser Leu 160 155 150 145
Leu Ala Asn Cys Pro Met Glu Glu Val Asp Ser lle Lys lle Tyr Lys 175 170 165 lle Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala 190 185 180
Ser lle Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly lle Lys Gly Lys Asp Asn Glu 205 200 195
Thr Glu Glu lle Trp His Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys 10 220 215 210
Val Lys Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu lle Gln Ser Thr Glu Asn Tyr 240 235 230 225 15
Asn Ser Ser Leu Lys Asn Gin lle Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg 255 250 245
Lys Glu Ser Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr lle lle Lys Lys Leu 270 265 260
Gln GIn Glu Arg lle Lys Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp 285 280 275
Cys Glu Lys lle lle Lys Leu Tyr Ser Glu Leu Arg His Pro Leu Met 300 295 290
His Tyr Asp Tyr Gin Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Glu Asn 5 320 315 310 305
Ser Glu Leu Thr Lys Asn Leu Asn Leu Asp lle Phe Lys Ser Leu Pro
335 330 325
Leu Val Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp 350 345 340 5
Asn Asp Thr Leu Phe Val Leu GIn Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu 365 360 355
Tyr Gln lle Tyr Asp Ala Leu Cys Glu Gin Lys Asn Gly Phe Asn Lys 380 375 370
Phe lle Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe 400 395 390 385
Lys Gin lle lle Asn Glu Lys Phe GIn Ser Glu lle Glu Phe Leu Glu 415 410 405
Lys Arg lle Ser Glu Ser Glu Lys Lys Asn Glu Lys Leu Lys Lys Lys 5 430 425 420
Leu Asp Ser Met Lys Ala His Phe Arg Asn lle Asn Ser Glu Asp Thr 445 440 435 10
Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp lle His Ser Ser Arg Asn Tyr Lys Thr 460 455 450
Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu 480 475 470 465
Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu Glu lle Thr Lys lle 495 490 485
Asn Arg Gln Leu Leu Lys Leu Lys GIn Glu Met Glu Glu lle Thr Lys 510 505 500
Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met Lys Met Ala Phe Gly 10 525 520 515
Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn lle Ser Arg Phe Lys Asp Glu 540 535 530 15
Phe Asp Ala Ser Asn GIn Glu Lys lle lle Gin Tyr His Lys Asn Gly 560 555 550 545
Glu Lys Tyr Leu Thr Tyr Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe 575 570 565
Asn Leu Lys Lys Leu Gin Glu Thr lle Gln Lys Thr Gly Glu Glu Asn 590 585 580
Trp Leu Leu Pro Gin Asn Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu 605 600 595
Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe 15 620 615 610
Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp lle Lys Asn Val Asp Phe Met Asp Glu
640 65 630 625
Asn Gin Ser Ser Lys lle lle Glu Ser Lys Glu Asp Asp Phe Tyr His 655 650 645 5
Lys lle Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr Glu lle Val Lys 670 665 660
Tyr Ser lle Val Pro Asp Lys Lys Leu Lys GIn Tyr Phe Lys Asp Leu 685 680 675
Gly lle Asp Thr Lys Tyr Leu lle Leu Asp Gin Lys Ser Glu Val Ser 700 695 690
Gly Glu Lys Asn Lys Lys Val Ser Leu Lys Asn Asn Gly Met Phe Asn 720 715 710 705
Lys Thr lle Leu Leu Phe Val Phe Lys Tyr Tyr Gin lle Ala Phe Lys 5 735 730 725
Leu Phe Asn Asp lle Glu Leu Tyr Ser Leu Phe Phe Leu Arg Glu Lys 750 745 740 10
Ser Gly Lys Pro Phe Glu Val Phe Leu Lys Glu Leu Lys Asp Lys Met 765 760 755 lle Gly Lys GIn Leu Asn Phe Gly 60 Leu Leu Tyr Val Val Tyr Glu 780 775 770
Val Leu Val Lys Asn Lys Asp Leu Ser Glu lle Leu Ser Glu Arg lle 800 795 790 785
Asp Tyr Arg Lys Asp Met Cys Phe Ser Ala Glu lle Ala Asp Leu Arg 815 810 805
Asn Phe Leu Ser His Asn Tyr Ser Lys Phe Leu Asp Asn Phe MetLys 10 830 825 820 lle Asn Thr Asn Lys Ser Asp Glu Asn Lys Glu Val Leu lle Pro Ser 845 840 835 15 lle Lys lle Gln Lys Met lle Lys Phe lle Glu Glu Cys Asn Leu 0 860 855 850
Ser GIn lle Asp Phe Asp Phe Asn Phe Val Asn Asp Phe Tyr Met Arg 880 875 870 865
Lys Glu Lys Met Phe Phe lle Gin Leu Lys Gin lle Phe Pro Asp lle 895 890 885
Asn Ser Thr Glu Lys GIn Lys Met Asn Glu Lys Glu Glu lle Leu Arg 910 905 900
Asn Arg Tyr His Leu Thr Asp Lys Lys Asn Glu Gin lle Lys Asp Glu 5 925 920 915
His Glu Ala GIn Ser GIn Leu Tyr Glu Lys lle Leu Ser Leu GIn Lys
940 935 930 lle Tyr Ser Ser Asp Lys Asn Asn Phe Tyr Gly Arg Leu Lys Glu Glu 960 955 950 945 5
Lys Leu Leu Phe Leu Glu Lys GIn Glu Lys Lys Lys Leu Ser Met Glu 975 970 965
Glu lle Lys Asp Lys lle Ala Gly Asp lle Ser Asp Leu Leu Gly lle 990 985 980
Leu Lys Lys Glu lle Thr Arg Asp lle Lys Asp Lys Leu Thr Glu Lys 1005 1000 995
Phe Arg Tyr Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn Leu Ser Phe Tyr Asn 1020 1015 1010
His GIn Asp Lys Lys Lys Glu Glu Ser lle Arg Val Phe Leu lle 5 1035 1030 1025
Arg Asp Lys Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe Glu Ser lle Leu Asp 1050 1045 1040 10
Asp Gly Ser Asn Lys lle Phe lle Ser Lys Asn Gly Lys Glu lle 1065 1060 1055
Thr lle GIn Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu Thr Leu lle lle Glu 1080 1075 1070
Lys Asn Thr Leu Lys lle Ser Ser Asn Gly Lys lle lle Ser Leu 1095 1090 1085 lle Pro His Tyr Ser Tyr Ser lle Asp Val Lys Tyr 1110 1105 1100 573 <210> 10 1111 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
Anaerosalibacer massiliensis <223> 573 <400>
Met Lys Ser Gly Arg Arg Glu Lys Ala Lys Ser Asn Lys Ser Ser lle 10 5 1
Val Arg Val lle lle Ser Asn Phe Asp Asp Lys GIn Val Lys Glu lle 5 25 20
Lys Val Leu Tyr Thr Lys GIn Gly Gly lle Asp Val lle Lys Phe Lys 40 35 10
Ser Thr Glu Lys Asp Glu Lys Gly Arg Met Lys Phe Asn Phe Asp Cys 60 55 50 15
Ala Tyr Asn Arg Leu Glu Glu Glu Glu Phe Asn Ser Phe Gly Gly Lys 80 75 70 65
Gly Lys GIn Ser Phe Phe Val Thr Thr Asn Glu Asp Leu Thr Glu Leu 95 90 85
His Val Thr Lys Arg His Lys Thr Thr Gly Glu lle lle Lys Asp Tyr 110 105 100
Thr lle Gln Gly Lys Tyr Thr Pro lle Lys GIn Asp Arg Thr Lys Val 0 125 120 115
Thr Val Ser lle Thr Asp Asn Lys Asp His Phe Asp Ser Asn Asp Leu 140 135 130 15
Gly Asp Lys lle Arg Leu Ser Arg Ser Leu Thr GIn Tyr Thr Asn Arg 160 155 150 145 lle Leu Leu Asp Ala Asp Val Met Lys Asn Tyr Arg Glu lle Val Cys 175 170 165
Ser Asp Ser Glu Lys Val Asp Glu Thr lle Asn lle Asp Ser Gin Glu 190 185 180 lle Tyr Lys lle Asn Arg Phe Leu Ser Tyr Arg Ser Asn Met lle lle 205 200 195
Tyr Tyr ‏ماك‎ Met lle Asn Asn Phe Leu Leu His Tyr Asp Gly Glu Glu 5 220 215 210
Asp Lys Gly Gly Asn Asp Ser lle Asn Leu lle Asn Glu lle Trp Lys
240 235 230 225
Tyr Glu Asn Lys Lys Asn Asp Glu Lys Glu Lys lle lle Glu Arg Ser 255 250 245 5
Tyr Lys Ser lle Glu Lys Ser lle Asn GIn Tyr lle Leu Asn His Asn 270 265 260
Thr Glu Val Glu Ser Gly Asp Lys Glu Lys Lys lle Asp lle Ser Glu 285 280 275
Glu Arg lle Lys Glu Asp Leu Lys Lys Thr Phe lle Leu Phe Ser Arg 300 295 290
Leu Arg His Tyr Met Val His Tyr Asn Tyr Lys Phe Tyr Glu Asn Leu 320 315 310 305
Tyr Ser Gly Lys Asn Phe lle lle Tyr Asn Lys Asp Lys Ser Lys Ser 5 335 330 325
Arg Arg Phe Ser Glu Leu Leu Asp Leu Asn lle Phe Lys Glu Leu Ser 350 345 340 10
Lys lle Lys Leu Val Lys Asn Arg Ala Val Ser Asn Tyr Leu Asp Lys 365 360 355
Lys Thr Thr lle His Val Leu Asn Lys Asn lle Asn Ala lle Lys Leu 380 375 370
Leu Asp lle Tyr Arg Asp lle Cys Glu Thr Lys Asn Gly Phe Asn Asn 400 395 390 385
Phe lle Asn Asn Met Met Thr lle Ser Gly Glu Glu Asp Lys Glu Tyr 415 410 405
Lys Glu Met Val Thr Lys His Phe Asn Glu Asn Met Asn Lys Leu Ser 10 430 425 420 lle Tyr Leu Glu Asn Phe Lys Lys His Ser Asp Phe Lys Thr Asn Asn 445 440 435 15
Lys Lys Lys Glu Thr Tyr Asn Leu Leu Lys GIn Glu Leu Asp Glu 07 460 455 450
Lys Lys Leu Arg Leu Trp Phe Asn Ala Pro Tyr Val Tyr Asp lle His 480 475 470 465
Ser Ser Lys Lys Tyr Lys Glu Leu Tyr Val Glu Arg Lys Lys Tyr Val 495 490 485
Asp lle His Ser Lys Leu lle Glu Ala Gly lle Asn Asn Asp Asn Lys 510 505 500
Lys Lys Leu Asn Glu lle Asn Val Lys Leu Cys Glu Leu Asn Thr Glu 5 525 520 515
Met Lys Glu Met Thr Lys Leu Asn Ser Lys Tyr Arg Leu GIn Tyr Lys
540 535 530
Leu GIn Leu Ala Phe Gly Phe lle Leu Glu Glu Phe Asn Leu Asp lle 560 555 550 545 5
Asp Lys Phe Val Ser Ala Phe Asp Lys Asp Asn Asn Leu Thr lle Ser 575 570 565
Lys Phe Met Glu Lys Arg Glu Thr Tyr Leu Ser Lys Ser Leu Asp Arg 590 585 580
Arg Asp Asn Arg Phe Lys Lys Leu lle Lys Asp Tyr Lys Phe Arg Asp 605 600 595
Thr Glu Asp lle Phe Cys Ser Asp Arg Glu Asn Asn Leu Val Lys Leu 620 615 610
Tyr lle Leu Met Tyr lle Leu Leu Pro Val Glu lle Arg Gly Asp Phe 5 640 635 630 625
Leu Gly Phe Val Lys Lys Asn Tyr Tyr Asp Leu Lys His Val Asp Phe 655 650 645 10 lle Asp Lys Arg Asn Asn Asp Asn Lys Asp Thr Phe Phe His Asp Leu 670 665 660
Arg Leu Phe Glu Lys Asn Val Lys Arg Leu Glu Val Thr Ser Tyr Ser 685 680 675
Leu Ser Asp Gly Phe Leu Gly Lys Lys Ser Arg Glu Lys Phe Gly Lys 700 695 690
Glu Leu Glu Lys Phe lle Tyr Lys Asn Val Ser lle Ala Leu Pro Thr 720 715 710 705
Asn lle Asp lle Lys Glu Phe Asn Lys Ser Leu Val Leu Pro Met Met 10 735 730 725
Lys Asn Tyr Gin lle lle Phe Lys Leu Leu Asn Asp lle Glu lle Ser 750 745 740 15
Ala Leu Phe Leu lle Ala Lys Lys Glu Gly Asn Glu Gly Ser lle Thr 765 760 755
Phe Lys Lys Val lle Asp Lys Val Arg Lys Glu Asp Met Asn Gly Asn 780 775 770 lle Asn Phe Ser Gln Val Met Lys Met Ala Leu Asn Glu Lys Val Asn 800 795 790 785
Cys Gin lle Arg Asn Ser lle Ala His lle Asn Met Lys Gin Leu Tyr 815 810 805 lle Glu Pro Leu Asn lle Tyr lle Asn Asn Asn Gin Asn Lys Lys Thr 5 830 825 820 lle Ser Glu Gin Met Glu Glu lle lle Asp lle Cys lle Thr Lys Gly
845 840 835
Leu Thr Gly Lys Glu Leu Asn Lys Asn lle lle Asn Asp Tyr Tyr Met 860 855 850 5
Lys Lys Glu Lys Leu Val Phe Asn Leu Lys Leu Arg Lys Arg Asn Asn 880 875 870 865
Leu Val Ser lle Asp Ala GIn Gin Lys Asn Met Lys Glu Lys Ser lle 895 890 885
Leu Asn Lys Tyr Asp Leu Asn Tyr Lys Asp Glu Asn Leu Asn lle Lys 910 905 900
Glu lle lle Leu Lys Val Asn Asp Leu Asn Asn Lys Gin Lys Leu Leu 925 920 915
Lys Glu Thr Thr Glu Gly Glu Ser Asn Tyr Lys Asn Ala Leu Ser Lys 5 940 935 930
Asp lle Leu Leu Leu Asn Gly lle lle Arg Lys Asn lle Asn Phe Lys 960 955 950 945 10 lle Lys Glu Met lle Leu Gly lle lle Gin Gln Asn Glu Tyr Arg Tyr 975 970 965
Val Asn lle Asn lle Tyr Asp Lys lle Arg Lys Glu Asp His Asn lle 990 985 980
Asp Leu Lys lle Asn Asn Lys Tyr lle Glu lle Ser Cys Tyr Glu Asn 1005 1000 995
Lys Ser Asn Glu Ser Thr Asp Glu Arg lle Asn Phe Lys lle Lys 1020 1015 1010
Tyr Met Asp Leu Lys Val Lys Asn Glu Leu Leu Val Pro Ser Cys 10 1035 1030 1025
Tyr Glu Asp lle Tyr lle Lys Lys Lys lle Asp Leu Glu lle Arg 1050 1045 1040 15
Tyr lle Glu Asn Cys Lys Val Val Tyr lle Asp lle Tyr Tyr Lys 1065 1060 1055
Lys Tyr Asn lle Asn Leu Glu Phe Asp Gly Lys Thr Leu Phe Val 1080 1075 1070
Lys Phe Asn Lys Asp Val Lys Lys Asn Asn GIn Lys Val Asn Leu 1095 1090 1085
Glu Ser Asn Tyr lle Glin Asn lle Lys Phe lle Val Ser 1110 1105 1100 574 <210> 15 1111 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220>
Fusobacterium necrophorum <223> 574 <400>
Met Glu Lys Phe Arg Arg Gin Asn Arg Asn Ser lle lle Lys lle lle 10 5 1 lle Ser Asn Tyr Asp Thr Lys Gly lle Lys Glu Leu Lys Val Arg Tyr 0 25 20
Arg Lys GIn Ala Gin Leu Asp Thr Phe lle lle Lys Thr Glu lle Val 40 35 15
Asn Asn Asp lle Phe lle Lys Ser lle lle Glu Lys Ala Arg Glu Lys 60 55 50
Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu Lys Tyr His Phe Lys 80 75 70 65
Asn Lys Ser Ser Val Glu lle Val Lys Lys Asp lle Phe Ser GIn Thr 95 90 85
Pro Asp Asn Met lle Arg Asn Tyr Lys lle Thr Leu Lys lle Ser Glu 110 105 100
Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu lle Glu Asp Leu Met Asn Ser 15 125 120 115
Thr lle Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Val
140 135 130
Thr Glu Arg Lys Leu lle Glu Glu Lys Val Ala Glu Asn Tyr Ser Leu 160 155 150 145 5
Leu Ala Asn Cys Pro Met Glu Glu Val Asp Ser lle Lys lle Tyr Lys 175 170 165 lle Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala 190 185 180
Ser lle Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly lle Lys Gly Lys Glu Asn Glu 205 200 195
Thr Glu Glu lle Trp His Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys 220 215 210
Val Lys Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu lle Gln Ser Thr Glu Asn Tyr 5 240 235 230 225
Asn Ser Ser Leu Lys Asn Gin lle Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg 255 250 245 10
Lys Glu Ser Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr lle lle Lys Lys Leu 270 265 260
Gln GIn Glu Arg lle Lys Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp 285 280 275
Cys Glu Lys lle lle Lys Leu Tyr Ser Lys Leu Arg His Ser Leu Met 300 295 290
His Tyr Asp Tyr GIn Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Glu Thr 320 315 310 305
Pro Glu Leu Lys Asp Lys Leu Asp Leu His Leu Phe Lys Ser Leu Pro 0 335 330 325
Leu lle Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp 350 345 340 15
Gly Asp Thr Leu Phe Val Leu GIn Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu 365 360 355
Tyr ‏ماك‎ lle Tyr Asp Ala Leu Cys Glu Gin Lys Asn Gly Phe Asn Lys 380 375 370
Phe lle Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe 400 395 390 385
Lys Gin lle lle Asn Glu Lys Phe GIn Ser Glu Met Glu Phe Leu Gly 415 410 405
Lys Arg lle Ser Glu Ser Glu Glu Lys Asn Pro Lys Leu Lys Lys Lys 15 430 425 420
Phe Asp Ser Met Lys Ala His Phe His Asn lle Asn Ser Glu Asp Thr
445 440 435
Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp lle His Ser Ser Ser Asn Tyr Lys Thr 460 455 450 5
Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu 480 475 470 465
Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu Glu lle Thr Gin lle 495 490 485
Asn Arg Lys Leu Leu Lys Leu Lys GIn Glu Met Glu Glu lle Thr Lys 510 505 500
Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met Lys Met Ala Phe Gly 525 520 515
Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn lle Ser Arg Phe Lys Asp Glu 5 540 535 530
Phe Asp Ala Ser Asn Gin Glu Lys lle lle Gln Tyr His Lys Asn Gly 560 555 550 545 10
Glu Lys Tyr Leu Thr Tyr Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe 575 570 565
Asn Leu Lys Lys Leu Gin Glu Thr lle Gln Lys Thr Gly Lys Glu Asn 590 585 580
Trp Leu Leu Pro Gin Asn Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu 605 600 595
Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe 620 615 610
Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp lle Lys Asn Val Asp Phe Met Asp Glu 0 640 635 630 625
Asn Gin Ser Ser Lys lle lle Glu Ser Lys Glu Asp Asp Phe Tyr His 655 650 645 15
Lys lle Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr Glu lle Val Lys 670 665 660
Tyr Ser lle Val Pro Asp Glu Lys Leu Lys GIn Tyr Phe Lys Asp Leu 685 680 675
Gly lle Asp Thr Lys Tyr Leu lle Leu Glu Gin Lys Ser Glu Val Ser 700 695 690
Gly Glu Lys Asn Lys Lys Val Ser Leu Lys Asn Asn Gly Met Phe Asn 720 715 710 705
Lys Thr lle Leu Leu Phe Val Phe Lys Tyr Tyr Gin lle Ala Phe Lys 5 735 730 725
Leu Phe Asn Asp lle Glu Leu Tyr Ser Leu Phe Phe Leu Arg Glu Lys
750 745 740
Ser Gly Lys Pro Phe Glu Val Phe Leu Lys Glu Leu Lys Asp Lys Met 765 760 755 5 lle Gly Lys 60 Leu Asn Phe Gly GIn Leu Leu Tyr Val lle Tyr Glu 780 775 770
Val Leu Val Lys Asn Lys Asp Leu Ser Glu lle Leu Ser Glu Arg lle 800 795 790 785
Asp Tyr Arg Lys Asp Met Cys Phe Ser Ala Glu lle Ala Asp Leu Arg 815 810 805
Asn Phe Leu Ser His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe Leu Asp Ash Phe Met 830 825 820
Lys lle Asn Thr Asn Lys Ser Asp Glu Asn Lys Glu Val Leu lle Pro 5 845 840 835
Ser lle Lys lle Gin Lys Met lle Lys Phe lle Glu Glu Cys Asn Leu 860 855 850 10
Gln Ser Gin lle Asp Phe Asp Phe Asn Phe Val Asn Asp Phe Tyr Met 880 875 870 865
Arg Lys Glu Lys Met Phe Phe lle GIn Leu Lys Gin lle Phe Pro Asp 895 890 885 lle Asn Ser Thr Glu Lys GIn Lys Met Asn Glu Lys Glu Glu lle Leu 910 905 900
Arg Asn Arg Tyr His Leu Thr Asp Lys Lys Asn Glu Gin lle Lys Asp 925 920 915
Glu His Glu Ala GIn Ser GIn Leu Tyr Glu Lys lle Leu Ser Leu GIn 0 940 935 930
Lys lle Tyr Ser Ser Asp Lys Asn Asn Phe Tyr Gly Arg Leu Lys Glu 960 955 950 945 15
Glu Lys Leu Leu Phe Leu Gly Lys GIn Gly Lys Lys Lys Leu Ser Met 975 970 965
Glu Glu lle Lys Asp Lys lle Ala Gly Asp lle Ser Asp Leu Leu Gly 990 985 980 lle Leu Lys Lys Glu lle Thr Arg Asp lle Lys Asp Lys Leu Thr Glu 1005 1000 995
Lys Phe Arg Tyr Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn Leu Ser Phe Tyr 1020 1015 1010
Asn His GIn Asp Lys Lys Lys Glu Glu Ser lle Arg Val Phe Leu 5 1035 1030 1025 lle Arg Asp Lys Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe Glu Ser lle Leu
1050 1045 1040
Asp Asp Gly Ser Asn Lys lle Phe lle Ser Lys Asn Gly Lys Glu 1065 1060 1055 5 lle Thr lle Gln Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu Thr Leu Met lle 1080 1075 1070
Glu Lys Asn Thr Leu Lys lle Ser Ser Asn Gly Lys lle lle Ser 1095 1090 1085
Leu Val Pro His Tyr Ser Tyr Ser lle Asp Val Lys Tyr 1110 1105 1100
>210< 575 >211< 1115 ‎PRT <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220>
Fusobacterium necrophorum <223> 575 <400>
Met Glu Lys Phe Arg Arg Gin Asn Arg Asn Ser lle lle Lys lle lle 10 5 1 lle Ser Asn Tyr Asp Thr Lys Gly lle Lys Glu Leu Lys Val Arg Tyr 5 25 20
Arg Lys GIn Ala Gin Leu Asp Thr Phe lle lle Lys Thr Glu lle Val
45 40 35
Asn Asn Asp lle Phe lle Lys Ser lle lle Glu Lys Ala Arg Glu Lys 60 55 50 5
Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu Lys Tyr His Phe Lys 80 75 70 65
Asn Lys Ser Ser Val Glu lle Val Lys Lys Asp lle Phe Ser 60 Thr 95 90 85
Pro Asp Asn Met lle Arg Asn Tyr Lys lle Thr Leu Lys lle Ser Glu 110 105 100
Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu lle Glu Asp Leu Met Asn Ser 125 120 115
Thr lle Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Met 5 140 135 130
Thr Glu Arg Lys Leu lle Glu Glu Lys Val Ala Lys Asn Tyr Ser Leu 160 155 150 145 10
Leu Ala Asn Cys Pro Met Glu Glu Val Asp Ser lle Lys lle Tyr Lys 175 170 165 lle Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala 190 185 180
Ser lle Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly lle Lys Gly Lys Asp Asn Glu 205 200 195
Thr Glu Glu lle Trp His Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys 220 215 210
Val Arg Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu lle GIn Ser Thr Glu Asn Tyr 0 240 235 230 225
Asn Ser Ser Leu Lys Asn Gin lle Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg 255 250 245 15
Lys Glu Phe Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr lle lle Lys Lys Leu 270 265 260
Gln GIn Glu Arg lle Lys Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp 285 280 275
Cys Glu Lys lle lle Lys Leu Tyr Ser Lys Leu Arg His Ser Leu Met 300 295 290
His Tyr Asp Tyr GIn Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Lys Asn 320 315 310 305
Asp Asp Leu Met Lys Asp Leu Asn Leu Asp Leu Phe Lys Ser Leu Pro 5 335 330 325
Leu lle Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp
350 345 340
Gly Asp Thr Leu Phe Val Leu GIn Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu 365 360 355 5
Tyr Gln lle Tyr Asp Ala Leu Cys Glu Gin Lys Asn Gly Phe Asn Lys 380 375 370
Phe lle Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe 400 395 390 385
Lys Gin lle lle Asn Glu Lys Phe GIn Ser Glu Met Glu Phe Leu Glu 415 410 405
Lys Arg lle Ser Glu Ser Glu Lys Lys Asn Glu Lys Leu Lys Lys Lys 430 425 420
Leu Asp Ser Met Lys Ala His Phe Arg Asn lle Asn Ser Glu Asp Thr 5 445 440 435
Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp lle His Ser Ser Arg Asn Tyr Lys Thr 460 455 450 10
Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu 480 475 470 465
Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu Glu lle Thr Lys lle 495 490 485
Asn Arg Gln Leu Leu Lys Leu Lys GIn Glu Met Glu Glu lle Thr Lys 510 505 500
Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met Lys lle Ala Phe Gly 525 520 515
Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn lle Ser Lys Phe Lys Asp Glu 0 540 535 530
Phe Asp Ala Ser Asn GIn Glu Lys lle lle Gin Tyr His Lys Asn Gly 560 555 550 545 15
Glu Lys Tyr Leu Thr Ser Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe 575 570 565
Asn Leu Glu Lys Met Gin Lys lle lle Gin Lys Thr Glu Glu Glu Asp 590 585 580
Trp Leu Leu Pro Glu Thr Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu 605 600 595
Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe 620 615 610
Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp lle Lys Asn Val Asp Phe lle Asp Glu 5 640 635 630 625
Asn GIn Asn Asn lle Gln Val Ser GIn Thr Val Glu Lys Gln Glu Asp
655 650 645
Tyr Phe Tyr His Lys lle Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr 670 665 660 5
Glu lle Val Lys Tyr Ser lle Val Pro Asn Glu Lys Leu Lys GIn Tyr 685 680 675
Phe Glu Asp Leu Gly lle Asp lle Lys Tyr Leu Thr Val Glu GIn Lys 700 695 690
Ser Glu Val Ser Glu Glu Lys Asn Lys Lys Val Ser Leu Lys Asn Asn 720 715 710 705
Gly Met Phe Asn Lys Thr lle Leu Leu Phe Val Phe Lys Tyr Tyr 0 735 730 725 lle Ala Phe Lys Leu Phe Asn Asp lle Glu Leu Tyr Ser Leu Phe Phe 5 750 745 740
Leu Arg Glu Lys Ser Gly Lys Pro Leu Glu lle Phe Arg Lys Glu Leu 765 760 755 10
Glu Ser Lys Met Lys Asp Gly Tyr Leu Asn Phe Gly 60 Leu Leu Tyr 780 775 770
Val Val Tyr Glu Val Leu Val Lys Asn Lys Asp Leu Asp Lys lle Leu 800 795 790 785
Ser Lys Lys lle Asp Tyr Arg Lys Asp Lys Ser Phe Ser Pro Glu lle 815 810 805
Ala Tyr Leu Arg Asn Phe Leu Ser His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe Leu 830 825 820
Asp Asn Phe Met Lys lle Asn Thr Asn Lys Ser Asp Glu Asn Lys Glu 10 845 840 835
Val Leu lle Pro Ser lle Lys lle Gin Lys Met lle Gln Phe lle Glu 860 855 850 15
Lys Cys Asn Leu GIn Asn Gin lle Asp Phe Asp Phe Asn Phe Val Asn 880 875 870 865
Asp Phe Tyr Met Arg Lys Glu Lys Met Phe Phe lle Glin Leu Lys Gin 895 890 885 lle Phe Pro Asp lle Asn Ser Thr Glu Lys GIn Lys Met Asn Glu Lys 910 905 900
Glu Glu lle Leu Arg Asn Arg Tyr His Leu Thr Asp Lys Lys Asn Glu 925 920 915
GIn lle Lys Asp Glu His Glu Ala 60 Ser Gin Leu Tyr Glu Lys lle 5 940 935 930
Leu Ser Leu GIn Lys lle Tyr Ser Ser Asp Lys Asn Asn Phe Tyr Gly
960 955 950 945
Arg Leu Lys Glu Glu Lys Leu Leu Phe Leu Glu Lys 60 Gly Lys Lys 975 970 965 5
Lys Leu Ser Met Glu Glu lle Lys Asp Lys lle Ala Gly Asp lle Ser 990 985 980
Asp Leu Leu Gly lle Leu Lys Lys Glu lle Thr Arg Asp lle Lys Asp 1005 1000 995
Lys Leu Thr Glu Lys Phe Arg Tyr Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn 1020 1015 1010
Leu Ser Phe Tyr Asn His GIn Asp Lys Lys Lys Glu Glu Ser lle 1035 1030 1025
Arg Val Phe Leu lle Arg Asp Lys Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe 5 1050 1045 1040
Glu Ser lle Leu Asp Asp Gly Ser Asn Lys lle Phe lle Ser Lys 1065 1060 1055 10
Asn Gly Lys Glu lle Thr lle Gln Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu 1080 1075 1070
Thr Leu lle lle Glu Lys Asn Thr Leu Lys lle Ser Ser Asn Gly 1095 1090 1085
Lys lle lle Ser Leu lle Pro His Tyr Ser Tyr Ser lle Asp Val 1110 1105 1100
Lys Tyr 1115 576 <210> 10 1121 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
Fusobacterium perfoetens <223> 576 <400>
Met Gly Lys Pro Asn Arg Ser Ser lle lle Lys lle lle lle Ser Asn 10 5 1
Tyr Asp Asn Lys Gly lle Lys Glu Val Lys Val Arg Tyr Asn Lys GIn 5 25 20
Ala GIn Leu Asp Thr Phe Leu lle Lys Ser Glu Leu Lys Asp Gly Lys 40 35 10
Phe lle Leu Tyr Ser lle Val Asp Lys Ala Arg Glu Lys Tyr Arg Tyr 60 55 50 15
Ser Phe Glu lle Asp Lys Thr Asn lle Asn Lys Asn Glu lle Leu lle 80 75 70 65 lle Lys Lys Asp lle Tyr Ser Asn Lys Glu Asp Lys Val lle Arg Lys 95 90 85
Tyr lle Leu Ser Phe Glu Val Ser Glu Lys Asn Asp Arg Thr lle Val 110 105 100
Thr Lys lle Lys Asp Cys Leu Glu Thr Gin Lys Lys Glu Lys Phe Glu 10 125 120 115
Arg Glu Asn Thr Arg Arg Leu lle Ser Glu Thr Glu Arg Lys Leu Leu 140 135 130 15
Ser Glu Glu Thr Gin Lys Thr Tyr Ser Lys lle Ala Cys Cys Ser Pro 160 155 150 145
Glu Asp lle Asp Ser Val Lys lle Tyr Lys lle Lys Arg Tyr Leu Ala 175 170 165
Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Phe Phe Ser Leu lle Asn Asp lle Phe 190 185 180
Val Lys Gly Val Val Lys Asp Asn Gly Glu Glu Val Gly Glu lle Trp 205 200 195
Arg lle lle Asp Ser Lys Glu lle Asp Glu Lys Lys Thr Tyr Asp Leu 5 220 215 210
Leu Val Glu Asn Phe Lys Lys Arg Met Ser Gin Glu Phe lle Asn Tyr
240 235 230 225
Lys GIn Ser lle Glu Asn Lys lle Glu Lys Asn Thr Asn Lys lle Lys 255 250 245 5
Glu lle Glu GIn Lys Leu Lys Lys Glu Lys Tyr Lys Lys Glu lle Asn 270 265 260
Arg Leu Lys Lys GIn Leu lle Glu Leu Asn Arg Glu Asn Asp Leu Leu 285 280 275
Glu Lys Asp Lys lle Glu Leu Ser Asp Glu Glu lle Arg Glu Asp lle 300 295 290
Glu Lys lle Leu Lys lle Tyr Ser Asp Leu Arg His Lys Leu Met His 320 315 310 305
Tyr Asn Tyr 60 Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Lys lle Ser 5 335 330 325
Lys Glu Lys Asn Glu Asp Val Asn Leu Thr Glu Leu Leu Asp Leu Asn 350 345 340 10
Leu Phe Arg Tyr Leu Pro Leu Val Arg GIn Leu Lys Leu Glu Asn Lys 365 360 355
Thr Asn Tyr Leu Glu Lys Glu Asp Lys lle Thr Val Leu Gly Val Ser 380 375 370
Asp Ser Ala lle Lys Tyr Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Leu Cys Glu Gin 400 395 390 385
Lys Asn Gly Phe Asn Asn Phe lle Asn Ser Phe Phe Ser Asn Asp Gly 415 410 405
Glu Glu Asn Lys Ser Phe Lys Glu Lys lle Ash Leu Ser Leu Glu Lys 0 430 425 420
Glu lle Glu lle Met Glu Lys Glu Thr Asn Glu Lys lle Lys Glu lle 445 440 435 15
Asn Lys Asn Glu Leu GIn Leu Met Lys Glu GIn Lys Glu Leu Gly Thr 460 455 450
Ala Tyr Val Leu Asp lle His Ser Leu Asn Asp Tyr Lys lle Ser His 480 475 470 465
Asn Glu Arg Asn Lys Asn Val Lys Leu GIn Asn Asp lle Met Asn Gly 495 490 485
Asn Arg Asp Lys Asn Ala Leu Asp Lys lle Asn Lys Lys Leu Val Glu 510 505 500
Leu Lys lle Lys Met Asp Lys lle Thr Lys Arg Asn Ser lle Leu Arg 5 525 520 515
Leu Lys Tyr Lys Leu Gin Val Ala Tyr Gly Phe Leu Met Glu Glu Tyr
540 535 530
Lys Gly Asn lle Lys Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp lle Ser Lys Glu 560 555 550 545 5
Lys lle Lys Ser Tyr Lys Ser Lys Gly Glu Lys Tyr Leu Glu Val Lys 575 570 565
Ser Glu Lys Lys Tyr lle Thr Lys lle Leu Asn Ser lle Glu Asp lle 590 585 580
His Asn lle Thr Trp Leu Lys Asn Gin Glu Glu Asn Asn Leu Phe Lys 605 600 595
Phe Tyr Val Leu Thr Tyr lle Leu Leu Pro Phe Glu Phe Arg Gly Asp 620 615 610
Phe Leu Gly Phe Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp lle Lys Asn Val Glu 5 640 635 630 625
Phe Leu Asp Glu Asn Asn Asp Arg Leu Thr Pro Glu Gin Leu Glu Lys 655 650 645 10
Met Lys Asn Asp Ser Phe Phe Asn Lys lle Arg Leu Phe Glu Lys Asn 670 665 660
Ser Lys Lys Tyr Asp lle Leu Lys Glu Ser lle Leu Thr Ser Glu Arg 685 680 675 lle Gly Lys Tyr Phe Ser Leu Leu Asn Thr Gly Ala Lys Tyr Phe Glu 700 695 690
Tyr Gly Gly Glu Glu Asn Arg Gly lle Phe Asn Lys Asn lle lle lle 720 715 710 705
Pro lle Phe Lys Tyr Tyr Gin lle Val Leu Lys Leu Tyr Asn Asp Val 0 735 730 725
Glu Leu Ala Met Leu Leu Thr Leu Ser Glu Ser Asp Glu Lys Asp lle 750 745 740 15
Asn Lys lle Lys Glu Leu Val Thr Leu Lys Glu Lys Val Ser Pro Lys 765 760 755
Lys lle Asp Tyr Glu Lys Lys Tyr Lys Phe Ser Val Leu Leu Asp Cys 780 775 770
Phe Asn Arg lle lle Asn Leu Gly Lys Lys Asp Phe Leu Ala Ser Glu 800 795 790 785
Glu Val Lys Glu Val Ala Lys Thr Phe Thr Asn Leu Ala Tyr Leu Arg 815 810 805
Asn Lys lle Cys His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe lle Asp Asp Leu Leu 15 830 825 820
Thr lle Asp Thr Asn Lys Ser Thr Thr Asp Ser Glu Gly Lys Leu Leu
845 840 835 lle Asn Asp Arg lle Arg Lys Leu lle Lys Phe lle Arg Glu Asn Asn 860 855 850 5
Gln Lys Met Asn lle Ser lle Asp Tyr Asn Tyr lle Asn Asp Tyr Tyr 880 875 870 865
Met Lys Lys Glu Lys Phe lle Phe Gly Gln Arg Lys Gin Ala Lys Thr 895 890 885 lle lle Asp Ser Gly Lys Lys Ala Asn Lys Arg Asn Lys Ala Glu Glu 910 905 900
Leu Leu Lys Met Tyr Arg Val Lys Lys Glu Asn lle Asn Leu lle Tyr 925 920 915
Glu Leu Ser Lys Lys Leu Asn Glu Leu Thr Lys Ser Glu Leu Phe Leu 5 940 935 930
Leu Asp Lys Lys Leu Leu Lys Asp lle Asp Phe Thr Asp Val Lys lle 960 955 950 945 10
Lys Asn Lys Ser Phe Phe Glu Leu Lys Asn Asp Val Lys Glu Val Ala 975 970 965
Asn lle Lys GIn Ala Leu GIn Lys His Ser Ser Glu Leu lle Gly lle 990 985 980
Tyr Lys Lys Glu Val lle Met Ala lle Lys Arg Ser lle Val Ser Lys 1005 1000 995
Leu lle Tyr Asp Glu Glu Lys Val Leu Ser lle lle lle Tyr Asp 1020 1015 1010
Lys Thr Asn Lys Lys Tyr Glu Asp Phe Leu Leu Glu lle Arg Arg 10 1035 1030 1025
Glu Arg Asp lle Asn Lys Phe Gin Phe Leu lle Asp Glu Lys Lys 1050 1045 1040 15
Glu Lys Leu Gly Tyr Glu Lys lle lle Glu Thr Lys Glu Lys Lys 1065 1060 1055
Lys Val Val Val Lys lle GIn Asn Asn Ser Glu Leu Val Ser Glu 1080 1075 1070
Pro Arg lle lle Lys Asn Lys Asp Lys Lys Lys Ala Lys Thr Pro 1095 1090 1085
Glu Glu lle Ser Lys Leu Gly lle Leu Asp Leu Thr Asn His Tyr 1110 1105 1100
Cys Phe Asn Leu Lys lle Thr Leu 15 1120 1115 577 <210>
1137 <211>
PRT <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
Fusobacterium necrophorum >223< 577 <400>
Met Glu Lys Phe Arg Arg Gin Asn Arg Asn Ser lle lle Lys lle lle 10 10 5 1 lle Ser Asn Tyr Asp Thr Lys Gly lle Lys Glu Leu Lys Val Arg Tyr 25 20 15
Arg Lys GIn Ala Gin Leu Asp Thr Phe lle lle Lys Thr Glu lle Val 40 35
Asn Asn Asp lle Phe lle Lys Ser lle lle Glu Lys Ala Arg Glu Lys 60 55 50
Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu Lys Tyr His Phe Lys 80 75 70 65
Asn Lys Ser Ser Val Glu lle Val Lys Lys Asp lle Phe Ser 0 Thr 95 90 85
Pro Asp Asn Met lle Arg Asn Tyr Lys lle Thr Leu Lys lle Ser Glu 5 110 105 100
Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu lle Glu Asp Leu Met Asn Ser
125 120 115
Thr lle Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Met 140 135 130 5
Thr Glu Arg Lys Leu lle Glu Glu Lys Val Ala Lys Asn Tyr Ser Leu 160 155 150 145
Leu Ala Asn Cys Pro Met Glu Glu Val Asp Ser lle Lys lle Tyr Lys 175 170 165 lle Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala 190 185 180
Ser lle Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly lle Lys Gly Lys Asp Asn Glu 205 200 195
Thr Glu Glu lle Trp His Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys 5 220 215 210
Val Arg Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu lle Gln Ser Thr Glu Asn Tyr 240 235 230 225 0
Asn Ser Ser Leu Lys Asn Gin lle Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg 255 250 245
Lys Glu Phe Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr lle lle Lys Lys Leu 270 265 260
Gln GIn Glu Arg lle Lys Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp 285 280 275
Cys Glu Lys lle lle Lys Leu Tyr Ser Lys Leu Arg His Ser Leu Met 300 295 290
His Tyr Asp Tyr GIn Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Lys Asn 0 320 315 310 305
Asp Asp Leu Met Lys Asp Leu Asn Leu Asp Leu Phe Lys Ser Leu Pro 335 330 325 15
Leu lle Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp 350 345 340
Gly Asp Thr Leu Phe Val Leu GIn Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu 365 360 355
Tyr Gln lle Tyr Asp Ala Leu Cys Glu GIn Lys Asn Gly Phe Asn Lys 380 375 370
Phe lle Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe 400 395 390 385
Lys GIn lle lle Asn Glu Lys Phe GIn Ser Glu Met Glu Phe Leu Glu 5 415 410 405
Lys Arg lle Ser Glu Ser Glu Lys Lys Asn Glu Lys Leu Lys Lys Lys
430 425 420
Leu Asp Ser Met Lys Ala His Phe Arg Asn lle Asn Ser Glu Asp Thr 445 440 435 5
Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp lle His Ser Ser Arg Asn Tyr Lys Thr 460 455 450
Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu 480 475 470 465
Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu Glu lle Thr Lys lle 495 490 485
Asn Arg 0 Leu Leu Lys Leu Lys Gln Glu Met Glu Glu lle Thr Lys 510 505 500
Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met Lys lle Ala Phe Gly 5 525 520 515
Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn lle Ser Lys Phe Lys Asp Glu 540 535 530 10
Phe Asp Ala Ser Asn GIn Glu Lys lle lle Gin Tyr His Lys Asn Gly 560 555 550 545
Glu Lys Tyr Leu Thr Ser Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe 575 570 565
Asn Leu Glu Lys Met Gin Lys lle lle GIn Lys Thr Glu Glu Glu Asp 590 585 580
Trp Leu Leu Pro Glu Thr Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu 605 600 595
Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe 10 620 615 610
Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp lle Lys Asn Val Asp Phe lle Asp Glu 640 635 630 625 15
Asn GIn Asn Asn lle Gln Val Ser GIn Thr Val Glu Lys Gln Glu Asp 655 650 645
Tyr Phe Tyr His Lys lle Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr 670 665 660
Glu lle Val Lys Tyr Ser lle Val Pro Asn Glu Lys Leu Lys Gin Tyr 685 680 675
Phe Glu Asp Leu Gly lle Asp lle Lys Tyr Leu Thr Gly Ser Val Glu 700 695 690
Ser Gly Glu Lys Trp Leu Gly Glu Asn Leu Gly lle Asp lle Lys Tyr 5 720 715 710 705
Leu Thr Val Glu GIn Lys Ser Glu Val Ser Glu Glu Lys Asn Lys Lys
735 730 725
Val Ser Leu Lys Asn Asn Gly Met Phe Asn Lys Thr lle Leu Leu Phe 750 745 740 5
Val Phe Lys Tyr Tyr Gin lle Ala Phe Lys Leu Phe Asn Asp lle Glu 765 760 755
Leu Tyr Ser Leu Phe Phe Leu Arg Glu Lys Ser Gly Lys Pro Leu Glu 780 775 770 lle Phe Arg Lys Glu Leu Glu Ser Lys Met Lys Asp Gly Tyr Leu Asn 800 795 790 785
Phe Gly GIn Leu Leu Tyr Val Val Tyr Glu Val Leu Val Lys Asn Lys 815 810 805
Asp Leu Asp Lys lle Leu Ser Lys Lys lle Asp Tyr Arg Lys Asp Lys 5 830 825 820
Ser Phe Ser Pro Glu lle Ala Tyr Leu Arg Asn Phe Leu Ser His Leu 845 840 835 10
Asn Tyr Ser Lys Phe Leu Asp Asn Phe Met Lys lle Asn Thr Asn Lys 860 855 850
Ser Asp Glu Asn Lys Glu Val Leu lle Pro Ser lle Lys lle Gln Lys 880 875 870 865
Met lle ‏(ا6‎ Phe lle Glu Lys Cys Asn Leu GIn Asn Gin lle Asp Phe 895 890 885
Asp Phe Asn Phe Val Asn Asp Phe Tyr Met Arg Lys Glu Lys Met Phe 910 905 900
Phe lle GIn Leu Lys Gin lle Phe Pro Asp lle Asn Ser Thr Glu Lys 0 925 920 915
Gln Lys Met Asn Glu Lys Glu Glu lle Leu Arg Asn Arg Tyr His Leu 940 935 930 15
Thr Asp Lys Lys Asn Glu Gin lle Lys Asp Glu His Glu Ala Gln Ser 960 955 950 945
GIn Leu Tyr Glu Lys lle Leu Ser Leu GIn Lys lle Tyr Ser Ser Asp 975 970 965
Lys Asn Asn Phe Tyr Gly Arg Leu Lys Glu Glu Lys Leu Leu Phe Leu 990 985 980
Glu Lys GIn Gly Lys Lys Lys Leu Ser Met Glu Glu lle Lys Asp Lys 1005 1000 995 lle Ala Gly Asp lle Ser Asp Leu Leu Gly lle Leu Lys Lys Glu 15 1020 1015 1010 lle Thr Arg Asp lle Lys Asp Lys Leu Thr Glu Lys Phe Arg Tyr
1035 1030 1025
Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn Leu Ser Phe Tyr Asn His Gln Asp 1050 1045 1040 5
Lys Lys Lys Glu Glu Ser lle Arg Val Phe Leu lle Arg Asp Lys 1065 1060 1055
Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe Glu Ser lle Leu Asp Asp Gly Ser 1080 1075 1070
Asn Lys lle Phe lle Ser Lys Asn Gly Lys Glu lle Thr lle 60 1095 1090 1085
Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu Thr Leu lle lle Glu Lys Asn Thr 1110 1105 1100
Leu Lys lle Ser Ser Asn Gly Lys lle lle Ser Leu lle Pro His 5 1125 1120 1115
Tyr Ser Tyr Ser lle Asp Val Lys Tyr 1135 1130 10 578 <210> 1158 <211>
PRT <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Fusobacterium varium <223>
578 >400<
Met Glu Asn Lys Asn Lys Pro Asn Arg Gly Ser lle Val Arg lle lle 15 10 5 1 5 lle Ser Asn Tyr Asp Met Lys Gly lle Lys Glu Leu Lys Val Arg Tyr 30 25 20
Arg Lys GIn Ala Gin Leu Asp Thr Phe lle Leu Gin Thr Thr Leu Asp 45 40 35
Lys Ser Asn Asn Ser lle Leu lle Asn Asp Phe Arg Val Lys Ala Arg 60 55 50
Glu Lys Tyr Arg Tyr Ser Phe Thr Tyr Asp Gly Lys Glu Lys Phe Ser 80 75 70 65
Val Pro Ser Asn Ser lle lle Val Thr Lys lle Asp Asn Ala Ala Pro 5 95 90 85
Glu Lys Ser Lys Glu lle Arg Lys Tyr Lys lle Thr Leu Gly lle Asp 110 105 100 10
Glu Lys Cys Lys Thr Gly Ser Met lle Thr Ala Ala lle Glu Asp Leu 125 120 115
Leu Glu Asp Asp Arg Val Arg Glu Gly lle Arg Asn Pro Arg Arg Lys 140 135 130
Ala Ser Lys Thr Glu Arg Lys Leu lle Thr Glu Ser lle Cys His Asn 160 155 150 145
Tyr Ala GIn lle Thr Gln Cys Pro Val Glu Glu lle Asp Ala Val Lys 175 170 165 lle Tyr Lys Val Lys Arg Phe Leu Ser Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu 0 190 185 180
Phe Phe Ala Leu lle Asn Asp Phe Leu Cys Lys Asn Leu Lys Asn Glu 205 200 195 15
Lys Gly Glu Lys lle Asn Glu lle Trp Glu Met Glu Asn Lys Gly Asn 220 215 210
Asn Lys Lys lle Asp Phe Asp Glu Asn Tyr Asn lle Leu Val Ala 0 240 235 230 225 lle Lys Glu Tyr Phe Thr Lys Glu lle Glu Asn Tyr Asn Asn Arg lle 255 250 245
Asp Asn lle lle Asp Lys Lys Glu Leu Leu Lys Tyr Ser Glu Glu Lys 270 265 260
Glu Glu Ser Glu Lys Asn Lys Lys Leu Glu Glu Leu Asn Lys Leu Glu 5 285 280 275
Ser GIn Lys Leu Lys lle Leu Thr Asp Glu Glu lle Lys Ala Asp Val
300 295 290 lle Lys lle lle Lys lle Phe Ser Asp Leu Arg His Ser Leu Met His 320 315 310 305 5
Tyr Glu Tyr Lys Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Lys Asn Glu 335 330 325
Glu Leu Ala Glu Leu Leu Asn Leu Asn Leu Phe Lys Asn Leu Thr Leu 350 345 340
Leu Arg GIn Met Lys lle Glu Asn Lys Thr Asn Tyr Leu Glu Gly Asp 365 360 355
Glu Lys Phe Asn lle Leu Gly Lys Asp Val Arg Ala Lys Asn Ala Leu 380 375 370
Gly His Tyr Asp Leu Leu Val Glu GIn Lys Asn Gly Phe Asn Ash Phe 5 400 395 390 385 lle Asn Ser Phe Phe Val Gin Asp Gly Thr Glu Asn Leu Glu Phe Lys 415 410 405 10
Lys Phe lle Asp Glu Asn Phe lle Lys Ala GIn Lys Glu Leu Glu Glu 430 425 420
Asp lle Lys Asn Cys Lys Glu Ser Val Lys Lys Leu Glu Lys Lys Leu 445 440 435
Lys Glu Asn Pro Lys Lys Ser Glu Asp Leu Glu Lys Lys Leu Glu Lys 460 455 450
Lys GIn Lys Lys Leu Lys Glu Leu Lys Lys Glu Leu Glu Lys Met Lys 480 475 470 465
Gln His Tyr Lys Arg Leu Asn Cys Ala Tyr Val Trp Asp lle His Ser 0 495 490 485
Ser Thr Val Tyr Lys Lys Leu Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu lle Glu 510 505 500 15
Lys Tyr Asn Lys Gin Leu Asn Gly Leu Gin Asp Lys Asn Ala lle Thr 525 520 515
Gly lle Asn Ala 60 Leu Leu Arg lle Lys Lys Glu Met Glu Glu lle 540 535 530
Thr Lys Ser Asn Ser Leu Phe Arg Leu Lys Tyr Lys Met Gin lle Ala 560 555 550 545
Tyr Ala Phe Leu Glu Met Glu Tyr Glu Gly Asn lle Ala Lys Phe Lys 575 570 565
Asn Glu Phe Asp Cys Ser Lys Thr Glu Lys lle Gin Glu Trp Leu Glu 5 590 585 580
Lys Ser Glu Glu Tyr Leu Asn Tyr Cys Met Glu Lys Glu Glu Asp Gly
605 600 595
Lys Asn Tyr Lys Phe His Phe Lys Glu lle Ser Glu lle Lys Asp Thr 620 615 610 5
His Asn Glu Glu Trp Leu Glu Asn Thr Ser Glu Asn Asn Leu Phe Lys 640 635 630 625
Phe Tyr lle Leu Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Met Glu Phe Lys Gly Asp 655 650 645
Phe Leu Gly Val Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp lle Lys Asn Val Asp 670 665 660
Phe Thr Asp Glu Ser Glu Lys Glu Leu Ser Gin Glu Gin lle Asp Lys 685 680 675
Met lle Gly Asp Ser Phe Phe His Lys lle Arg Leu Phe Glu Lys Asn 5 700 695 690
Thr Lys Arg Tyr Glu lle lle Lys Tyr Ser lle Leu Thr Ser Asp Glu 720 715 710 705 10 lle Lys Lys Tyr Phe Glu Leu Leu Glu Leu Lys Val Pro Tyr Leu Glu 735 730 725
Tyr Lys Gly lle Asp Glu lle Gly lle Phe Asn Lys Asn lle lle Leu 750 745 740
Pro lle Phe Lys Tyr Tyr Gin lle lle Phe Arg Leu Tyr Asn Asp Leu 765 760 755
Glu lle His Gly Leu Phe Asn Val Ser Phe Asp lle Asn Lys lle Leu 780 775 770
Ser Asp Leu Lys Ser Tyr Gly Asn Glu Asn lle Asn Phe Arg Glu Phe 0 800 795 790 785
Leu Tyr Val lle Lys Gln Asn Asn Asn Ser Ser Thr Glu Glu Glu Tyr 815 810 805 15
Gln Lys lle Trp Glu Lys Leu Glu Ser Lys Tyr Leu Lys Glu Pro Leu 830 825 820
Leu Thr Pro Glu Lys Lys Glu lle Asn Lys Lys Thr Glu Lys Glu Leu 845 840 835
Lys Lys Leu Asp Gly lle Ser Phe Leu Arg Asn Lys lle Ser His Leu 860 855 850
Glu Tyr Glu Lys lle lle Glu Gly Val Leu Lys Thr Ala Val Asn Gly 880 875 870 865
Glu Asn Lys Lys Thr Ser Glu Thr Asn Ala Asp Lys Val Phe Leu Asn 5 895 890 885
Glu Lys lle Lys Lys lle lle Asn Phe lle Lys Glu Asn Glu Leu Asp
910 905 900
Lys lle Glu Leu Gly Phe Asn Phe lle Asn Asp Phe Phe Met Lys Lys 925 920 915 5
Glu 60 Phe Met Phe Gly Gin lle Lys Gln Val Lys Glu Gly Asn Ser 940 935 930
Asp Ser lle Thr Thr Glu Arg Lys Arg Lys Glu Glu Asn Asn Lys Arg 960 955 950 945
Leu Lys lle Thr Tyr Gly Leu Asn Tyr Asn Asn Leu Ser Lys lle Tyr 975 970 965
Glu Phe Ser Asn Thr Leu Arg Glu lle Val Asn Ser Pro Leu Phe Leu 990 985 980
Lys Asp Ser Thr Leu Leu Lys Lys Val Asp Leu Ser Lys Val Met Leu 5 1005 1000 995
Lys Glu Lys Pro lle Cys Ser Leu GIn Tyr Glu Asn Asn Thr Lys 1020 1015 1010 10
Leu Glu Asp Asp lle Lys Arg lle Leu Leu Lys Asp Ser Ser Asp 1035 1030 1025 lle Met Gly lle Tyr Lys Ala Glu Val Val Lys Lys Leu Lys Glu 1050 1045 1040
Lys Leu Val Leu lle Phe Lys Tyr Asp Glu Glu Lys Lys lle Tyr 1065 1060 1055
Val Thr Val Tyr Asp Thr Ser Lys Ala Val Pro Glu Asn lle Ser 1080 1075 1070
Lys Glu lle Leu Val Lys Arg Asn Asn Ser Lys Glu Glu Tyr Phe 10 1095 1090 1085
Phe Glu Asp Asn Lys Lys Lys Tyr Thr Thr Gin Tyr Tyr Thr Leu 1110 1105 1100 15
Glu lle Thr Lys Glu Asn Glu Leu Lys Val lle Pro Ala Lys Lys 1125 1120 1115
Leu Glu Gly Lys Glu Phe Lys Thr Glu Lys Lys Glu Glu Asn Lys 1140 1135 1130
Leu Met Leu Asn Asn His Tyr Cys Phe Asn Val Lys lle lle Tyr 1155 1150 1145 579 <210> 1385 <211>
PRT <212>
Leptotrichia sp oral taxon 879 str. F0557 <213> 579 <400>
Met Gly Asn Leu Phe Gly His Lys Arg Trp Tyr Glu Val Arg Asp Lys 15 10 5 1
Lys Asp Phe Lys lle Lys Arg Lys Val Lys Val Lys Arg Asn Tyr Asp 30 25 20
Gly Asn Lys Tyr lle Leu Asn lle Asn Glu Asn Asn Asn Lys Glu Lys 45 40 35 lle Asp Asn Asn Lys Phe lle Gly Glu Phe Val Asn Tyr Lys Lys Asn 60 55 50
Asn Asn Val Leu Lys Glu Phe Lys Arg Lys Phe His Ala Gly Asn lle 5 80 75 70 65
Leu Phe Lys Leu Lys Gly Lys Glu Glu lle lle Arg lle Glu Asn Asn
95 90 85
Asp Asp Phe Leu Glu Thr Glu Glu Val Val Leu Tyr lle Glu Val Tyr 110 105 100 5
Gly Lys Ser Glu Lys Leu Lys Ala Leu Glu lle Thr Lys Lys Lys lle 125 120 115 lle Asp Glu Ala lle Arg GIn Gly lle Thr Lys Asp Asp Lys Lys lle 140 135 130
Glu lle Lys Arg Gin Glu Asn Glu Glu Glu lle Glu lle Asp lle Arg 160 155 150 145
Asp Glu Tyr Thr Asn Lys Thr Leu Asn Asp Cys Ser lle lle Leu Arg 175 170 165 lle lle Glu Asn Asp Glu Leu Glu Thr Lys Lys Ser lle Tyr Glu lle 5 190 185 180
Phe Lys Asn lle Asn Met Ser Leu Tyr Lys lle lle Glu Lys lle lle 205 200 195 10
Glu Asn Glu Thr Glu Lys Val Phe Glu Asn Arg Tyr Tyr Glu Glu His 220 215 210
Leu Arg Glu Lys Leu Leu Lys Asp Asn Lys lle Asp Val lle Leu Thr 240 235 230 225
Asn Phe Met Glu lle Arg Glu Lys lle Lys Ser Asn Leu Glu lle Met 255 250 245
Gly Phe Val Lys Phe Tyr Leu Asn Val Ser Gly Asp Lys Lys Lys Ser 270 265 260
Glu Asn Lys Lys Met Phe Val Glu Lys lle Leu Asn Thr Asn Val Asp 0 285 280 275
Leu Thr Val Glu Asp lle Val Asp Phe lle Val Lys Glu Leu Lys Phe 300 295 290 15
Trp Asn lle Thr Lys Arg lle Glu Lys Val Lys Lys Phe Asn Asn Glu 320 315 310 305
Phe Leu Glu Asn Arg Arg Asn Arg Thr Tyr lle Lys Ser Tyr Val Leu 335 330 325
Leu Asp Lys His Glu Lys Phe Lys lle Glu Arg Glu Asn Lys Lys Asp 350 345 340
Lys lle Val Lys Phe Phe Val Glu Asn lle Lys Asn Asn Ser lle Lys 365 360 355
Glu Lys lle Glu Lys lle Leu Ala Glu Phe Lys lle Asn Glu Leu lle 5 380 375 370
Lys Lys Leu Glu Lys Glu Leu Lys Lys Gly Asn Cys Asp Thr Glu lle
400 395 390 385
Phe Gly lle Phe Lys Lys His Tyr Lys Val Asn Phe Asp Ser Lys Lys 415 410 405 5
Phe Ser Asn Lys Ser Asp Glu Glu Lys Glu Leu Tyr Lys lle lle Tyr 430 425 420
Arg Tyr Leu Lys Gly Arg lle Glu Lys lle Leu Val Asn Glu Gin Lys 445 440 435
Val Arg Leu Lys Lys Met Glu Lys lle Glu lle Glu Lys lle Leu Asn 460 455 450
Glu Ser lle Leu Ser Glu Lys lle Leu Lys Arg Val Lys GIn Tyr Thr 480 475 470 465
Leu Glu His lle Met Tyr Leu Gly Lys Leu Arg His Asn Asp lle Val 5 495 490 485
Lys Met Thr Val Asn Thr Asp Asp Phe Ser Arg Leu His Ala Lys Glu 510 505 500 10
Glu Leu Asp Leu Glu Leu lle Thr Phe Phe Ala Ser Thr Asn Met Glu 525 520 515
Leu Asn Lys lle Phe Asn Gly Lys Glu Lys Val Thr Asp Phe Phe Gly 540 535 530
Phe Asn Leu Asn Gly GIn Lys lle Thr Leu Lys Glu Lys Val Pro Ser 560 555 550 545
Phe Lys Leu Asn lle Leu Lys Lys Leu Asn Phe lle Asn Asn Glu Asn 575 570 565
Asn lle Asp Glu Lys Leu Ser His Phe Tyr Ser Phe 0 Lys Glu Gly 0 590 585 580
Tyr Leu Leu Arg Asn Lys lle Leu His Asn Ser Tyr Gly Asn lle Gin 605 600 595 15
Glu Thr Lys Asn Leu Lys Gly Glu Tyr Glu Asn Val Glu Lys Leu lle 620 615 610
Lys Glu Leu Lys Val Ser Asp Glu Glu lle Ser Lys Ser Leu Ser Leu 640 635 630 625
Asp Val lle Phe Glu Gly Lys Val Asp lle lle Asn Lys lle Asn Ser 655 650 645
Leu Lys lle Gly Glu Tyr Lys Asp Lys Lys Tyr Leu Pro Ser Phe Ser 670 665 660
Lys lle Val Leu Glu lle Thr Arg Lys Phe Arg Glu lle Asn Lys Asp 5 685 680 675
Lys Leu Phe Asp lle Glu Ser Glu Lys lle lle Leu Asn Ala Val Lys
700 695 690
Tyr Val Asn Lys lle Leu Tyr Glu Lys lle Thr Ser Asn Glu Glu Asn 720 715 710 705 5
Glu Phe Leu Lys Thr Leu Pro Asp Lys Leu Val Lys Lys Ser Asn Asn 735 730 725
Lys Lys Glu Asn Lys Asn Leu Leu Ser lle Glu Glu Tyr Tyr Lys Asn 750 745 740
Ala GIn Val Ser Ser Ser Lys Gly Asp Lys Lys Ala lle Lys Lys Tyr 765 760 755
Gln Asn Lys Val Thr Asn Ala Tyr Leu Glu Tyr Leu Glu Asn Thr Phe 780 775 770
Thr Glu lle lle Asp Phe Ser Lys Phe Asn Leu Asn Tyr Asp Glu lle 5 800 795 790 785
Lys Thr Lys lle Glu Glu Arg Lys Asp Asn Lys Ser Lys lle lle lle 815 810 805 10
Asp Ser lle Ser Thr Asn lle Asn lle Thr Asn Asp lle Glu Tyr lle 830 825 820 lle Ser lle Phe Ala Leu Leu Asn Ser Asn Thr Tyr lle Asn Lys lle 845 840 835
Arg Asn Arg Phe Phe Ala Thr Ser Val Trp Leu Glu Lys Gln Asn Gly 860 855 850
Thr Lys Glu Tyr Asp Tyr Glu Asn lle lle Ser lle Leu Asp Glu Val 880 875 870 865
Leu Leu lle Asn Leu Leu Arg Glu Asn Asn lle Thr Asp lle Leu Asp 0 895 890 885
Leu Lys Asn Ala lle lle Asp Ala Lys lle Val Glu Asn Asp Glu Thr 910 905 900 15
Tyr lle Lys Asn Tyr lle Phe Glu Ser Asn Glu Glu Lys Leu Lys Lys 925 920 915
Arg Leu Phe Cys Glu Glu Leu Val Asp Lys Glu Asp lle Arg Lys lle 940 935 930
Phe Glu Asp Glu Asn Phe Lys Phe Lys Ser Phe lle Lys Lys Asn Glu 960 955 950 945 lle Gly Asn Phe Lys lle Asn Phe Gly lle Leu Ser Asn Leu Glu Cys 975 970 965
Asn Ser Glu Val Glu Ala Lys Lys lle lle Gly Lys Asn Ser Lys Lys 15 990 985 980
Leu Glu Ser Phe lle Gin Asn lle lle Asp Glu Tyr Lys Ser Asn lle
1005 1000 995
Arg Thr Leu Phe Ser Ser Glu Phe Leu Glu Lys Tyr Lys Glu Glu 1020 1015 1010 5 lle Asp Asn Leu Val Glu Asp Thr Glu Ser Glu Asn Lys Asn Lys 1035 1030 1025
Phe Glu Lys lle Tyr Tyr Pro Lys Glu His Lys Asn Glu Leu Tyr 1050 1045 1040 lle Tyr Lys Lys Asn Leu Phe Leu Asn lle Gly Asn Pro Asn Phe 1065 1060 1055
Asp Lys lle Tyr Gly Leu lle Ser Lys Asp lle Lys Asn Val Asp 1080 1075 1070
Thr Lys lle Leu Phe Asp Asp Asp lle Lys Lys Asn Lys lle Ser 5 1095 1090 1085
Glu lle Asp Ala lle Leu Lys Asn Leu Asn Asp Lys Leu Asn Gly 1110 1105 1100 10
Tyr Ser Asn Asp Tyr Lys Ala Lys Tyr Val Asn Lys Leu Lys Glu 1125 1120 1115
Asn Asp Asp Phe Phe Ala Lys Asn lle Glin Asn Glu Asn Tyr Ser 1140 1135 1130
Ser Phe Gly Glu Phe Glu Lys Asp Tyr Asn Lys Val Ser Glu Tyr 1155 1150 1145
Lys Lys lle Arg Asp Leu Val Glu Phe Asn Tyr Leu Asn Lys lle 1170 1165 1160
Glu Ser Tyr Leu lle Asp lle Asn Trp Lys Leu Ala lle GIn Met 10 1185 1180 1175
Ala Arg Phe Glu Arg Asp Met His Tyr lle Val Asn Gly Leu Arg 1200 1195 1190 15
Glu Leu Gly lle lle Lys Leu Ser Gly Tyr Asn Thr Gly lle Ser 1215 1210 1205
Arg Ala Tyr Pro Lys Arg Asn Gly Ser Asp Gly Phe Tyr Thr Thr 1230 1225 1220
Thr Ala Tyr Tyr Lys Phe Phe Asp Glu Glu Ser Tyr Lys Lys Phe 1245 1240 1235
Glu Lys lle Cys Tyr Gly Phe Gly lle Asp Leu Ser Glu Asn Ser 1260 1255 1250
Glu lle Asn Lys Pro Glu Asn Glu Ser lle Arg Asn Tyr lle Ser 5 1275 1270 1265
His Phe Tyr lle Val Arg Asn Pro Phe Ala Asp Tyr Ser lle Ala
1290 1285 1280
Glu GIn lle Asp Arg Val Ser Asn Leu Leu Ser Tyr Ser Thr Arg 1305 1300 1295 5
Tyr Asn Asn Ser Thr Tyr Ala Ser Val Phe Glu Val Phe Lys Lys 1320 1315 1310
Asp Val Asn Leu Asp Tyr Asp Glu Leu Lys Lys Lys Phe Arg Leu 1335 1330 1325 lle Gly Asn Asn Asp lle Leu Glu Arg Leu Met Lys Pro Lys Lys 1350 1345 1340
Val Ser Val Leu Glu Leu Glu Ser Tyr Asn Ser Asp Tyr lle Lys 1365 1360 1355
Asn Leu lle lle Glu Leu Leu Thr Lys lle Glu Asn Thr Asn Asp 5 1380 1375 1370
Thr Leu 1385 10 580 <210> 1389 <211>
PRT <212> 15
Leptotrichia shahii <213> 580 <400>
Met Gly Asn Leu Phe Gly His Lys Arg Trp Tyr Glu Val Arg Asp Lys 10 5 1
Lys Asp Phe Lys lle Lys Arg Lys Val Lys Val Lys Arg Asn Tyr Asp 5 25 20
Gly Asn Lys Tyr lle Leu Asn lle Asn Glu Asn Asn Asn Lys Glu Lys 40 35 10 lle Asp Asn Asn Lys Phe lle Arg Lys Tyr lle Asn Tyr Lys Lys Asn 60 55 50 15
Asp Asn lle Leu Lys Glu Phe Thr Arg Lys Phe His Ala Gly Asn lle 80 75 70 65
Leu Phe Lys Leu Lys Gly Lys Glu Gly lle lle Arg lle Glu Asn Asn 95 90 85
Asp Asp Phe Leu Glu Thr Glu Glu Val Val Leu Tyr lle Glu Ala Tyr 110 105 100
Gly Lys Ser Glu Lys Leu Lys Ala Leu Gly lle Thr Lys Lys Lys lle 0 125 120 115 lle Asp Glu Ala lle Arg GIn Gly lle Thr Lys Asp Asp Lys Lys lle 140 135 130 15
Glu lle Lys Arg Gin Glu Asn Glu Glu Glu lle Glu lle Asp lle Arg 160 155 150 145
Asp Glu Tyr Thr Asn Lys Thr Leu Asn Asp Cys Ser lle lle Leu Arg 175 170 165 lle lle Glu Asn Asp Glu Leu Glu Thr Lys Lys Ser lle Tyr Glu lle 190 185 180
Phe Lys Asn lle Asn Met Ser Leu Tyr Lys lle lle Glu Lys lle lle 205 200 195
Glu Asn Glu Thr Glu Lys Val Phe Glu Asn Arg Tyr Tyr Glu Glu His 5 220 215 210
Leu Arg Glu Lys Leu Leu Lys Asp Asp Lys lle Asp Val lle Leu Thr
240 235 230 225
Asn Phe Met Glu lle Arg Glu Lys lle Lys Ser Asn Leu Glu lle Leu 255 250 245 5
Gly Phe Val Lys Phe Tyr Leu Asn Val Gly Gly Asp Lys Lys Lys Ser 270 265 260
Lys Asn Lys Lys Met Leu Val Glu Lys lle Leu Asn lle Asn Val Asp 285 280 275
Leu Thr Val Glu Asp lle Ala Asp Phe Val lle Lys Glu Leu Glu Phe 300 295 290
Trp Asn lle Thr Lys Arg lle Glu Lys Val Lys Lys Val Asn Asn Glu 320 315 310 305
Phe Leu Glu Lys Arg Arg Asn Arg Thr Tyr lle Lys Ser Tyr Val Leu 5 335 330 325
Leu Asp Lys His Glu Lys Phe Lys lle Glu Arg Glu Asn Lys Lys Asp 350 345 340 10
Lys lle Val Lys Phe Phe Val Glu Asn lle Lys Asn Asn Ser lle Lys 365 360 355
Glu Lys lle Glu Lys lle Leu Ala Glu Phe Lys lle Asp Glu Leu lle 380 375 370
Lys Lys Leu Glu Lys Glu Leu Lys Lys Gly Asn Cys Asp Thr Glu lle 400 395 390 385
Phe Gly lle Phe Lys Lys His Tyr Lys Val Asn Phe Asp Ser Lys Lys 415 410 405
Phe Ser Lys Lys Ser Asp Glu Glu Lys Glu Leu Tyr Lys lle lle Tyr 0 430 425 420
Arg Tyr Leu Lys Gly Arg lle Glu Lys lle Leu Val Asn Glu Gin Lys 445 440 435 15
Val Arg Leu Lys Lys Met Glu Lys lle Glu lle Glu Lys lle Leu Asn 460 455 450
Glu Ser lle Leu Ser Glu Lys lle Leu Lys Arg Val Lys Gin Tyr Thr 480 475 470 465
Leu Glu His lle Met Tyr Leu Gly Lys Leu Arg His Asn Asp lle Asp 495 490 485
Met Thr Thr Val Asn Thr Asp Asp Phe Ser Arg Leu His Ala Lys Glu 510 505 500
Glu Leu Asp Leu Glu Leu lle Thr Phe Phe Ala Ser Thr Asn Met Glu 5 525 520 515
Leu Asn Lys lle Phe Ser Arg Glu Asn lle Asn Asn Asp Glu Asn lle
540 535 530
Asp Phe Phe Gly Gly Asp Arg Glu Lys Asn Tyr Val Leu Asp Lys Lys 560 555 550 545 5 lle Leu Asn Ser Lys lle Lys lle lle Arg Asp Leu Asp Phe lle Asp 575 570 565
Asn Lys Asn Asn lle Thr Asn Asn Phe lle Arg Lys Phe Thr Lys lle 590 585 580
Gly Thr Asn Glu Arg Asn Arg lle Leu His Ala lle Ser Lys Glu Arg 605 600 595
Asp Leu GIn Gly Thr ‏ماك‎ Asp Asp Tyr Asn Lys Val lle Asn lle lle 620 615 610
GIn Asn Leu Lys lle Ser Asp Glu Glu Val Ser Lys Ala Leu Asn Leu 5 640 635 630 625
Asp Val Val Phe Lys Asp Lys Lys Asn lle lle Thr Lys lle Asn Asp 655 650 645 10 lle Lys lle Ser Glu Glu Asn Asn Asn Asp lle Lys Tyr Leu Pro Ser 670 665 660
Phe Ser Lys Val Leu Pro Glu lle Leu Asn Leu Tyr Arg Asn Asn Pro 685 680 675
Lys Asn Glu Pro Phe Asp Thr lle Glu Thr Glu Lys lle Val Leu Asn 700 695 690
Ala Leu lle Tyr Val Asn Lys Glu Leu Tyr Lys Lys Leu lle Leu Glu 720 715 710 705
Asp Asp Leu Glu Glu Asn Glu Ser Lys Asn lle Phe Leu GIn Glu Leu 10 735 730 725
Lys Lys Thr Leu Gly Asn lle Asp Glu lle Asp Glu Asn lle lle Glu 750 745 740 15
Asn Tyr Tyr Lys Asn Ala Gin lle Ser Ala Ser Lys Gly Asn Asn Lys 765 760 755
Ala lle Lys Lys Tyr 60 Lys Lys Val lle Glu Cys Tyr lle Gly Tyr 780 775 770
Leu Arg Lys Asn Tyr Glu Glu Leu Phe Asp Phe Ser Asp Phe Lys Met 800 795 790 785
Asn lle GIn Glu lle Lys Lys GIn lle Lys Asp lle Asn Asp Asn Lys 815 810 805
Thr Tyr Glu Arg lle Thr Val Lys Thr Ser Asp Lys Thr lle Val lle 15 830 825 820
Asn Asp Asp Phe Glu Tyr lle lle Ser lle Phe Ala Leu Leu Asn Ser
845 840 835
Asn Ala Val lle Asn Lys lle Arg Asn Arg Phe Phe Ala Thr Ser Val 860 855 850 5
Trp Leu Asn Thr Ser Glu Tyr Gln Asn lle lle Asp lle Leu Asp Glu 880 875 870 865 lle Met Gin Leu Asn Thr Leu Arg Asn Glu Cys lle Thr Glu Asn Trp 895 890 885
Asn Leu Asn Leu Glu Glu Phe lle Gin Lys Met Lys Glu lle Glu Lys 910 905 900
Asp Phe Asp Asp Phe Lys lle 60 Thr Lys Lys Glu lle Phe Asn Asn 925 920 915
Tyr Tyr Glu Asp lle Lys Asn Asn lle Leu Thr Glu Phe Lys Asp Asp 5 940 935 930 lle Asn Gly Cys Asp Val Leu Glu Lys Lys Leu Glu Lys lle Val lle 960 955 950 945 10
Phe Asp Asp Glu Thr Lys Phe Glu lle Asp Lys Lys Ser Asn lle Leu 975 970 965
Gln Asp Glu Gin Arg Lys Leu Ser Asn lle Asn Lys Lys Asp Leu Lys 990 985 980
Lys Lys Val Asp GIn Tyr lle Lys Asp Lys Asp Gin Glu lle Lys Ser 1005 1000 995
Lys lle Leu Cys Arg lle lle Phe Asn Ser Asp Phe Leu Lys Lys 1020 1015 1010
Tyr Lys Lys Glu lle Asp Asn Leu lle Glu Asp Met Glu Ser Glu 0 1035 1030 1025
Asn Glu Asn Lys Phe Gin Glu lle Tyr Tyr Pro Lys Glu Arg Lys 1050 1045 1040 15
Asn Glu Leu Tyr lle Tyr Lys Lys Asn Leu Phe Leu Asn lle Gly 1065 1060 1055
Asn Pro Asn Phe Asp Lys lle Tyr Gly Leu lle Ser Asn Asp lle 1080 1075 1070
Lys Met Ala Asp Ala Lys Phe Leu Phe Asn lle Asp Gly Lys Asn 1095 1090 1085 lle Arg Lys Asn Lys lle Ser Glu lle Asp Ala lle Leu Lys Asn 1110 1105 1100
Leu Asn Asp Lys Leu Asn Gly Tyr Ser Lys Glu Tyr Lys Glu Lys 15 1125 1120 1115
Tyr lle Lys Lys Leu Lys Glu Asn Asp Asp Phe Phe Ala Lys Asn
1140 1135 1130 lle GIn Asn Lys Asn Tyr Lys Ser Phe Glu Lys Asp Tyr Asn Arg 1155 1150 1145 5
Val Ser Glu Tyr Lys Lys lle Arg Asp Leu Val Glu Phe Asn Tyr 1170 1165 1160
Leu Asn Lys lle Glu Ser Tyr Leu lle Asp lle Asn Trp Lys Leu 1185 1180 1175
Ala lle GIn Met Ala Arg Phe Glu Arg Asp Met His Tyr lle Val 1200 1195 1190
Asn Gly Leu Arg Glu Leu Gly lle lle Lys Leu Ser Gly Tyr Asn 1215 1210 1205
Thr Gly lle Ser Arg Ala Tyr Pro Lys Arg Asn Gly Ser Asp Gly 5 1230 1225 1220
Phe Tyr Thr Thr Thr Ala Tyr Tyr Lys Phe Phe Asp Glu Glu Ser 1245 1240 1235 10
Tyr Lys Lys Phe Glu Lys lle Cys Tyr Gly Phe Gly lle Asp Leu 1260 1255 1250
Ser Glu Asn Ser Glu lle Asn Lys Pro Glu Asn Glu Ser lle Arg 1275 1270 1265
Asn Tyr lle Ser His Phe Tyr lle Val Arg Asn Pro Phe Ala Asp 1290 1285 1280
Tyr Ser lle Ala Glu Gin lle Asp Arg Val Ser Asn Leu Leu Ser 1305 1300 1295
Tyr Ser Thr Arg Tyr Asn Asn Ser Thr Tyr Ala Ser Val Phe Glu 10 1320 1315 1310
Val Phe Lys Lys Asp Val Asn Leu Asp Tyr Asp Glu Leu Lys Lys 1335 1330 1325 15
Lys Phe Lys Leu lle Gly Asn Asn Asp lle Leu Glu Arg Leu Met 1350 1345 1340
Lys Pro Lys Lys Val Ser Val Leu Glu Leu Glu Ser Tyr Asn Ser 1365 1360 1355
Asp Tyr lle Lys Asn Leu lle lle Glu Leu Leu Thr Lys lle Glu 1380 1375 1370
Asn Thr Asn Asp Thr Leu 1385 581 <210> 15 1197 <211>
PRT <212>
Leptotrichia wadei FO279 (Lw2) <213>
581 >400<
Met Lys Val Thr Lys Val Asp Gly lle Ser His Lys Lys Tyr lle Glu 15 10 5 1
Glu Gly Lys Leu Val Lys Ser Thr Ser Glu Glu Asn Arg Thr Ser Glu 30 25 20
Arg Leu Ser Glu Leu Leu Ser lle Arg Leu Asp lle Tyr lle Lys Asn 40 35
Pro Asp Asn Ala Ser Glu Glu Glu Asn Arg lle Arg Arg Glu Asn Leu 5 60 55 50
Lys Lys Phe Phe Ser Asn Lys Val Leu His Leu Lys Asp Ser Val Leu
80 75 70 65
Tyr Leu Lys Asn Arg Lys Glu Lys Asn Ala Val Gln Asp Lys Asn Tyr 95 90 85 5
Ser Glu Glu Asp lle Ser Glu Tyr Asp Leu Lys Asn Lys Asn Ser Phe 110 105 100
Ser Val Leu Lys Lys lle Leu Leu Asn Glu Asp Val Asn Ser Glu Glu 125 120 115
Leu Glu lle Phe Arg Lys Asp Val Glu Ala Lys Leu Asn Lys lle Asn 140 135 130
Ser Leu Lys Tyr Ser Phe Glu Glu Asn Lys Ala Asn Tyr Gin Lys lle 160 155 150 145
Asn Glu Asn Asn Val Glu Lys Val Gly Gly Lys Ser Lys Arg Asn lle 5 175 170 165 lle Tyr Asp Tyr Tyr Arg Glu Ser Ala Lys Arg Asn Asp Tyr lle Asn 190 185 180 10
Asn Val 60 Glu Ala Phe Asp Lys Leu Tyr Lys Lys Glu Asp lle Glu 205 200 195
Lys Leu Phe Phe Leu lle Glu Asn Ser Lys Lys His Glu Lys Tyr Lys 220 215 210 lle Arg Glu Tyr Tyr His Lys lle lle Gly Arg Lys Asn Asp Lys Glu 240 235 230 225
Asn Phe Ala Lys lle lle Tyr Glu Glu lle Gin Asn Val Asn Asn lle 255 250 245
Lys Glu Leu lle Glu Lys lle Pro Asp Met Ser Glu Leu Lys Lys Ser 10 270 265 260
Gln Val Phe Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asp Lys Glu Glu Leu Asn Asp Lys 285 280 275 15
Asn lle Lys Tyr Ala Phe Cys His Phe Val Glu lle Glu Met Ser Gin 300 295 290
Leu Leu Lys Asn Tyr Val Tyr Lys Arg Leu Ser Asn lle Ser Asn Asp 320 315 310 305
Lys lle Lys Arg lle Phe Glu Tyr Gin Asn Leu Lys Lys Leu lle Glu 335 330 325
Asn Lys Leu Leu Asn Lys Leu Asp Thr Tyr Val Arg Asn Cys Gly Lys 350 345 340
Tyr Asn Tyr Tyr Leu GIn Val Gly Glu lle Ala Thr Ser Asp Phe lle 5 365 360 355
Ala Arg Asn Arg Gin Asn Glu Ala Phe Leu Arg Asn lle lle Gly Val
380 375 370
Ser Ser Val Ala Tyr Phe Ser Leu Arg Asn lle Leu Glu Thr Glu Asn 400 395 390 385 5
Glu Asn Asp lle Thr Gly Arg Met Arg Gly Lys Thr Val Lys Asn Asn 415 410 405
Lys Gly Glu Glu Lys Tyr Val Ser Gly Glu Val Asp Lys lle Tyr Asn 430 425 420
Glu Asn Lys GIn Asn Glu Val Lys Glu Asn Leu Lys Met Phe Tyr Ser 445 440 435
Tyr Asp Phe Asn Met Asp Asn Lys Asn Glu lle Glu Asp Phe Phe Ala 460 455 450
Asn lle Asp Glu Ala lle Ser Ser lle Arg His Gly lle Val His Phe 5 480 475 470 465
Asn Leu Glu Leu Glu Gly Lys Asp lle Phe Ala Phe Lys Asn lle Ala 495 490 485 10
Pro Ser Glu lle Ser Lys Lys Met Phe GIn Asn Glu lle Asn Glu Lys 510 505 500
Lys Leu Lys Leu Lys lle Phe Lys Gln Leu Asn Ser Ala Asn Val Phe 525 520 515
Asn Tyr Tyr Glu Lys Asp Val lle lle Lys Tyr Leu Lys Asn Thr Lys 540 535 530
Phe Asn Phe Val Asn Lys Asn lle Pro Phe Val Pro Ser Phe Thr Lys 560 555 550 545
Leu Tyr Asn Lys lle Glu Asp Leu Arg Asn Thr Leu Lys Phe Phe Trp 0 575 570 565
Ser Val Pro Lys Asp Lys Glu Glu Lys Asp Ala Gin lle Tyr Leu Leu 590 585 580 15
Lys Asn lle Tyr Tyr Gly Glu Phe Leu Asn Lys Phe Val Lys Asn Ser 605 600 595
Lys Val Phe Phe Lys lle Thr Asn Glu Val lle Lys lle Asn Lys 0 620 615 610
Arg Asn GIn Lys Thr Gly His Tyr Lys Tyr Gin Lys Phe Glu Asn lle 640 635 630 625
Glu Lys Thr Val Pro Val Glu Tyr Leu Ala lle lle Gln Ser Arg Glu 655 650 645
Met lle Asn Asn Gin Asp Lys Glu Glu Lys Asn Thr Tyr lle Asp Phe 5 670 665 660 lle Glin GIn lle Phe Leu Lys Gly Phe lle Asp Tyr Leu Asn Lys Asn
685 680 675
Asn Leu Lys Tyr lle Glu Ser Asn Asn Asn Asn Asp Asn Asn Asp lle 700 695 690 5
Phe Ser Lys lle Lys lle Lys Lys Asp Asn Lys Glu Lys Tyr Asp Lys 720 715 710 705 lle Leu Lys Asn Tyr Glu Lys His Asn Arg Asn Lys Glu lle Pro His 735 730 725
Glu lle Asn Glu Phe Val Arg Glu lle Lys Leu Gly Lys lle Leu Lys 750 745 740
Tyr Thr Glu Asn Leu Asn Met Phe Tyr Leu lle Leu Lys Leu Leu Asn 765 760 755
His Lys Glu Leu Thr Asn Leu Lys Gly Ser Leu Glu Lys Tyr 60 Ser 5 780 775 770
Ala Asn Lys Glu Glu Thr Phe Ser Asp Glu Leu Glu Leu lle Asn Leu 800 795 790 785 10
Leu Asn Leu Asp Asn Asn Arg Val Thr Glu Asp Phe Glu Leu Glu Ala 815 810 805
Asn Glu lle Gly Lys Phe Leu Asp Phe Asn Glu Asn Lys lle Lys Asp 830 825 820
Arg Lys Glu Leu Lys Lys Phe Asp Thr Asn Lys lle Tyr Phe Asp Gly 845 840 835
Glu Asn lle lle Lys His Arg Ala Phe Tyr Asn lle Lys Lys Tyr Gly 860 855 850
Met Leu Asn Leu Leu Glu Lys lle Ala Asp Lys Ala Lys Tyr Lys lle 10 880 875 870 865
Ser Leu Lys Glu Leu Lys Glu Tyr Ser Asn Lys Lys Asn Glu lle Glu 895 890 885 15
Lys Asn Tyr Thr Met Gin GIn Asn Leu His Arg Lys Tyr Ala Arg Pro 910 905 900
Lys Lys Asp Glu Lys Phe Asn Asp Glu Asp Tyr Lys Glu Tyr Glu Lys 925 920 915
Ala lle Gly Asn lle GIn Lys Tyr Thr His Leu Lys Asn Lys Val Glu 940 935 930
Phe Asn Glu Leu Asn Leu Leu Gin Gly Leu Leu Leu Lys lle Leu His 960 955 950 945
Arg Leu Val Gly Tyr Thr Ser lle Trp Glu Arg Asp Leu Arg Phe Arg 5 975 970 965
Leu Lys Gly Glu Phe Pro Glu Asn His Tyr lle Glu Glu lle Phe Asn
990 985 980
Phe Asp Asn Ser Lys Asn Val Lys Tyr Lys Ser Gly Gin lle Val Glu 1005 1000 995 5
Lys Tyr lle Asn Phe Tyr Lys Glu Leu Tyr Lys Asp Asn Val Glu 1020 1015 1010
Lys Arg Ser lle Tyr Ser Asp Lys Lys Val Lys Lys Leu Lys Gin 1035 1030 1025
Glu Lys Lys Asp Leu Tyr lle Arg Asn Tyr lle Ala His Phe Asn 1050 1045 1040
Tyr lle Pro His Ala Glu lle Ser Leu Leu Glu Val Leu Glu Asn 1065 1060 1055
Leu Arg Lys Leu Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Alalle 5 1080 1075 1070
Met Lys Ser lle Val Asp lle Leu Lys Glu Tyr Gly Phe Val Ala 1095 1090 1085 10
Thr Phe Lys lle Gly Ala Asp Lys Lys lle Glu lle GIn Thr Leu 1110 1105 1100
Glu Ser Glu Lys lle Val His Leu Lys Asn Leu Lys Lys Lys Lys 1125 1120 1115
Leu Met Thr Asp Arg Asn Ser Glu Glu Leu Cys Glu Leu Val Lys 1140 1135 1130
Val Met Phe Glu Tyr Lys Ala Leu Glu Lys Arg Pro Ala Ala Thr 1155 1150 1145
Lys Lys Ala Gly GIn Ala Lys Lys Lys Lys Gly Ser Tyr Pro Tyr 0 1170 1165 1160
Asp Val Pro Asp Tyr Ala Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala 1185 1180 1175 15
Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala 1195 1190
582 <210> 1120 <211>
PRT <212> 5
Listeria seeligeri <213> 582 <400>
Met Trp lle Ser lle Lys Thr Leu lle His His Leu Gly Val Leu Phe 10 10 5 1
Phe Cys Asp Tyr Met Tyr Asn Arg Arg Glu Lys Lys lle lle Glu Val 25 20 15
Lys Thr Met Arg lle Thr Lys Val Glu Val Asp Arg Lys Lys Val Leu 40 35 lle Ser Arg Asp Lys Asn Gly Gly Lys Leu Val Tyr Glu Asn Glu Met 60 55 50
Gln Asp Asn Thr Glu Gin lle Met His His Lys Lys Ser Ser Phe Tyr 80 75 70 65
Lys Ser Val Val Asn Lys Thr lle Cys Arg Pro Glu Gin Lys Gln Met 95 90 85
Lys Lys Leu Val His Gly Leu Leu GIn Glu Asn Ser Gln Glu Lys lle 5 110 105 100
Lys Val Ser Asp Val Thr Lys Leu Asn lle Ser Asn Phe Leu Asn His
125 120 115
Arg Phe Lys Lys Ser Leu Tyr Tyr Phe Pro Glu Asn Ser Pro Asp Lys 140 135 130 5
Ser Glu Glu Tyr Arg lle Glu lle Asn Leu Ser GIn Leu Leu Glu Asp 160 155 150 145
Ser Leu Lys Lys Gin 60 Gly Thr Phe lle Cys Trp Glu Ser Phe Ser 175 170 165
Lys Asp Met Glu Leu Tyr lle Asn Trp Ala Glu Asn Tyr lle Ser Ser 190 185 180
Lys Thr Lys Leu lle Lys Lys Ser lle Arg Asn Asn Arg lle Gin Ser 205 200 195
Thr Glu Ser Arg Ser Gly Gin Leu Met Asp Arg Tyr Met Lys Asp lle 5 220 215 210
Leu Asn Lys Asn Lys Pro Phe Asp lle 60 Ser Val Ser Glu Lys Tyr 240 235 230 225 0
Gln Leu Glu Lys Leu Thr Ser Ala Leu Lys Ala Thr Phe Lys Glu Ala 255 250 245
Lys Lys Asn Asp Lys Glu lle Asn Tyr Lys Leu Lys Ser Thr Leu Gin 270 265 260
Asn His Glu Arg Gin lle lle Glu Glu Leu Lys Glu Asn Ser Glu Leu 285 280 275
Asn GIn Phe Asn lle Glu lle Arg Lys His Leu Glu Thr Tyr Phe Pro 300 295 290 lle Lys Lys Thr Asn Arg Lys Val Gly Asp lle Arg Asn Leu Glu lle 0 320 315 310 305
Gly Glu lle Gin Lys lle Val Asn His Arg Leu Lys Asn Lys lle Val 335 330 325 15
Gin Arg lle Leu GIn Glu Gly Lys Leu Ala Ser Tyr Glu lle Glu Ser 350 345 340
Thr Val Asn Ser Asn Ser Leu GIn Lys lle Lys lle Glu Glu Ala Phe 365 360 355
Ala Leu Lys Phe lle Asn Ala Cys Leu Phe Ala Ser Asn Asn Leu Arg 380 375 370
Asn Met Val Tyr Pro Val Cys Lys Lys Asp lle Leu Met lle Gly Glu 400 395 390 385
Phe Lys Asn Ser Phe Lys Glu lle Lys His Lys Lys Phe lle Arg GIn 5 415 410 405
Trp Ser Gln Phe Phe Ser GIn Glu lle Thr Val Asp Asp lle Glu Leu
430 425 420
Ala Ser Trp Gly Leu Arg Gly Ala lle Ala Pro lle Arg Asn Glu lle 445 440 435 5 lle His Leu Lys Lys His Ser Trp Lys Lys Phe Phe Asn Asn Pro Thr 460 455 450
Phe Lys Val Lys Lys Ser Lys lle lle Asn Gly Lys Thr Lys Asp Val 480 475 470 465
Thr Ser Glu Phe Leu Tyr Lys Glu Thr Leu Phe Lys Asp Tyr Phe Tyr 495 490 485
Ser Glu Leu Asp Ser Val Pro Glu Leu lle lle Asn Lys Met Glu Ser 510 505 500
Ser Lys lle Leu Asp Tyr Tyr Ser Ser Asp Gln Leu Asn ‏ماك‎ Val Phe 5 525 520 515
Thr lle Pro Asn Phe Glu Leu Ser Leu Leu Thr Ser Ala Val Pro Phe 540 535 530 10
Ala Pro Ser Phe Lys Arg Val Tyr Leu Lys Gly Phe Asp Tyr Gin Asn 560 555 550 545
Gln Asp Glu Ala GIn Pro Asp Tyr Asn Leu Lys Leu Asn lle Tyr Asn 575 570 565
Glu Lys Ala Phe Asn Ser Glu Ala Phe Gin Ala Gin Tyr Ser Leu Phe 590 585 580
Lys Met Val Tyr Tyr Gln Val Phe Leu Pro Gin Phe Thr Thr Asn Asn 605 600 595
Asp Leu Phe Lys Ser Ser Val Asp Phe lle Leu Thr Leu Asn Lys Glu 10 620 615 610
Arg Lys Gly Tyr Ala Lys Ala Phe Gin Asp lle Arg Lys Met Asn Lys 640 635 630 625 15
Asp Glu Lys Pro Ser Glu Tyr Met Ser Tyr lle GIn Ser GIn Leu Met 655 650 645
Leu Tyr Gln Lys Lys GIn Glu Glu Lys Glu Lys lle Asn His Phe Glu 670 665 660
Lys Phe lle Asn Gin Val Phe lle Lys Gly Phe Asn Ser Phe lle Glu 685 680 675
Lys Asn Arg Leu Thr Tyr lle Cys His Pro Thr Lys Asn Thr Val Pro 700 695 690
Glu Asn Asp Asn lle Glu lle Pro Phe His Thr Asp Met Asp Asp Ser 5 720 715 710 705
Asn lle Ala Phe Trp Leu Met Cys Lys Leu Leu Asp Ala Lys GIn Leu
735 730 725
Ser Glu Leu Arg Asn Glu Met lle Lys Phe Ser Cys Ser Leu GIn Ser 750 745 740 5
Thr Glu Glu lle Ser Thr Phe Thr Lys Ala Arg Glu Val lle Gly Leu 765 760 755
Ala Leu Leu Asn Gly Glu Lys Gly Cys Asn Asp Trp Lys Glu Leu Phe 780 775 770
Asp Asp Lys Glu Ala Trp Lys Lys Asn Met Ser Leu Tyr Val Ser Glu 800 795 790 785
Glu Leu Leu 60 Ser Leu Pro Tyr Thr Gin Glu Asp Gly Gin Thr Pro 815 810 805
Val lle Asn Arg Ser lle Asp Leu Val Lys Lys Tyr Gly Thr Glu Thr 5 830 825 820 lle Leu Glu Lys Leu Phe Ser Ser Ser Asp Asp Tyr Lys Val Ser Ala 845 840 835 10
Lys Asp lle Ala Lys Leu His Glu Tyr Asp Val Thr Glu Lys lle Ala 860 855 850
GIn GIn Glu Ser Leu His Lys GIn Trp lle Glu Lys Pro Gly Leu Ala 880 875 870 865
Arg Asp Ser Ala Trp Thr Lys Lys Tyr Gln Asn Val lle Asn Asp lle 895 890 885
Ser Asn Tyr GIn Trp Ala Lys Thr Lys Val Glu Leu Thr Gln Val Arg 910 905 900
His Leu His GIn Leu Thr lle Asp Leu Leu Ser Arg Leu Ala Gly Tyr 0 925 920 915
Met Ser lle Ala Asp Arg Asp Phe Gin Phe Ser Ser Asn Tyr lle Leu 940 935 930 15
Glu Arg Glu Asn Ser Glu Tyr Arg Val Thr Ser Trp lle Leu Leu Ser 960 955 950 945
Glu Asn Lys Asn Lys Asn Lys Tyr Asn Asp Tyr Glu Leu Tyr Asn Leu 975 970 965
Lys Asn Ala Ser lle Lys Val Ser Ser Lys Asn Asp Pro Gin Leu Lys 990 985 980
Val Asp Leu Lys Gin Leu Arg Leu Thr Leu Glu Tyr Leu Glu Leu Phe 1005 1000 995
Asp Asn Arg Leu Lys Glu Lys Arg Asn Asn lle Ser His Phe Asn 5 1020 1015 1010
Tyr Leu Asn Gly 60 Leu Gly Asn Ser lle Leu Glu Leu Phe Asp
1035 1030 1025
Asp Ala Arg Asp Val Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala 1050 1045 1040 5
Val Ser Lys Ser Leu Lys Glu lle Leu Ser Ser His Gly Met Glu 1065 1060 1055
Val Thr Phe Lys Pro Leu Tyr GIn Thr Asn His His Leu Lys lle 1080 1075 1070
Asp Lys Leu GIn Pro Lys Lys lle His His Leu Gly Glu Lys Ser 1095 1090 1085
Thr Val Ser Ser Asn GIn Val Ser Asn Glu Tyr Cys Gin Leu Val 1110 1105 1100
Arg Thr Leu Leu Thr MetLys 5 1120 1115 583 <210> 1340 <211> 10
PRT <212>
Lachnospiraceae bacterium MA2020 <213> 583 <400>
Met GIn lle Ser Lys Val Asn His Lys His Val Ala Val Gly GIn Lys 15 10 5 1
Asp Arg Glu Arg lle Thr Gly Phe lle Tyr Asn Asp Pro Val Gly Asp 30 25 20
Glu Lys Ser Leu Glu Asp Val Val Ala Lys Arg Ala Asn Asp Thr Lys 5 45 40 35
Val Leu Phe Asn Val Phe Asn Thr Lys Asp Leu Tyr Asp Ser 0 Glu 60 55 50 10
Ser Asp Lys Ser Glu Lys Asp Lys Glu lle lle Ser Lys Gly Ala Lys 80 75 70 65
Phe Val Ala Lys Ser Phe Asn Ser Ala lle Thr lle Leu Lys Lys Gin 95 90 85
Asn Lys lle Tyr Ser Thr Leu Thr Ser GIn Gin Val lle Lys Glu Leu 110 105 100
Lys Asp Lys Phe Gly Gly Ala Arg lle Tyr Asp Asp Asp lle Glu Glu 125 120 115
Ala Leu Thr Glu Thr Leu Lys Lys Ser Phe Arg Lys Glu Asn Val Arg 0 140 135 130
Asn Ser lle Lys Val Leu lle Glu Asn Ala Ala Gly lle Arg Ser Ser 160 155 150 145 15
Leu Ser Lys Asp Glu Glu Glu Leu lle 60 Glu Tyr Phe Val Lys Gin 175 170 165
Leu Val Glu Glu Tyr Thr Lys Thr Lys Leu GIn Lys Asn Val Val Lys 190 185 180
Ser lle Lys Asn GIn Asn Met Val lle Gln Pro Asp Ser Asp Ser 0 205 200 195
Val Leu Ser Leu Ser Glu Ser Arg Arg Glu Lys Gin Ser Ser Ala Val 220 215 210
Ser Ser Asp Thr Leu Val Asn Cys Lys Glu Lys Asp Val Leu Lys Ala 5 240 235 230 225
Phe Leu Thr Asp Tyr Ala Val Leu Asp Glu Asp Glu Arg Asn Ser Leu
255 250 245
Leu Trp Lys Leu Arg Asn Leu Val Asn Leu Tyr Phe Tyr Gly Ser Glu 270 265 260 5
Ser lle Arg Asp Tyr Ser Tyr Thr Lys Glu Lys Ser Val Trp Lys Glu 285 280 275
His Asp Glu GIn Lys Ala Asn Lys Thr Leu Phe lle Asp Glu lle Cys 300 295 290
His lle Thr Lys lle Gly Lys Asn Gly Lys Glu GIn Lys Val Leu Asp 320 315 310 305
Tyr Glu Glu Asn Arg Ser Arg Cys Arg Lys ‏ماى‎ Asn lle Asn Tyr Tyr 335 330 325
Arg Ser Ala Leu Asn Tyr Ala Lys Asn Asn Thr Ser Gly lle Phe Glu 5 350 345 340
Asn Glu Asp Ser Asn His Phe Trp lle His Leu lle Glu Asn Glu Val 365 360 355 10
Glu Arg Leu Tyr Asn Gly lle Glu Asn Gly Glu Glu Phe Lys Phe Glu 380 375 370
Thr Gly Tyr lle Ser Glu Lys Val Trp Lys Ala Val lle Asn His Leu 400 395 390 385
Ser lle Lys Tyr lle Ala Leu Gly Lys Ala Val Tyr Asn Tyr Ala Met 415 410 405
Lys Glu Leu Ser Ser Pro Gly Asp lle Glu Pro Gly Lys lle Asp Asp 430 425 420
Ser Tyr lle Asn Gly lle Thr Ser Phe Asp Tyr Glu lle lle Lys Ala 0 445 440 435
Glu Glu Ser Leu GIn Arg Asp lle Ser Met Asn Val Val Phe Ala Thr 460 455 450 15
Asn Tyr Leu Ala Cys Ala Thr Val Asp Thr Asp Lys Asp Phe Leu Leu 480 475 470 465
Phe Ser Lys Glu Asp lle Arg Ser Cys Thr Lys Lys Asp Gly Asn Leu 495 490 485
Cys Lys Asn lle Met Gin Phe Trp Gly Gly Tyr Ser Thr Trp Lys Asn 510 505 500
Phe Cys Glu Glu Tyr Leu Lys Asp Asp Lys Asp Ala Leu Glu Leu Leu 525 520 515
Tyr Ser Leu Lys Ser Met Leu Tyr Ser Met Arg Asn Ser Ser Phe His 5 540 535 530
Phe Ser Thr Glu Asn Val Asp Asn Gly Ser Trp Asp Thr Glu Leu lle
560 555 550 545
Gly Lys Leu Phe Glu Glu Asp Cys Asn Arg Ala Ala Arg lle Glu Lys 575 570 565 5
Glu Lys Phe Tyr Asn Asn Asn Leu His Met Phe Tyr Ser Ser Ser Leu 590 585 580
Leu Glu Lys Val Leu Glu Arg Leu Tyr Ser Ser His His Glu Arg Ala 605 600 595
Ser Gln Val Pro Ser Phe Asn Arg Val Phe Val Arg Lys Asn Phe Pro 620 615 610
Ser Ser Leu Ser Glu 60 Arg lle Thr Pro Lys Phe Thr Asp Ser Lys 640 635 630 625
Asp Glu Gin lle Trp GIn Ser Ala Val Tyr Tyr Leu Cys Lys Glu lle 5 655 650 645
Tyr Tyr Asn Asp Phe Leu GIn Ser Lys Glu Ala Tyr Lys Leu Phe Arg 670 665 660 10
Glu Gly Val Lys Asn Leu Asp Lys Asn Asp lle Asn Asn Gin Lys Ala 685 680 675
Ala Asp Ser Phe Lys GIn Ala Val Val Tyr Tyr Gly Lys Ala lle Gly 700 695 690
Asn Ala Thr Leu Ser 60 Val Cys Gin Ala lle Met Thr Glu Tyr Asn 720 715 710 705
Arg Gln Asn Asn Asp Gly Leu Lys Lys Lys Ser Ala Tyr Ala Glu Lys 735 730 725
GIn Asn Ser Asn Lys Tyr Lys His Tyr Pro Leu Phe Leu Lys 60 Val 0 750 745 740
Leu GIn Ser Ala Phe Trp Glu Tyr Leu Asp Glu Asn Lys Glu lle Tyr 765 760 755 15
Gly Phe lle Ser Ala Gin lle His Lys Ser Asn Val Glu lle Lys Ala 780 775 770
Glu Asp Phe lle Ala Asn Tyr Ser Ser Gin 0 Tyr Lys Lys Leu Val 800 795 790 785
Asp Lys Val Lys Lys Thr Pro Glu Leu Gin Lys Trp Tyr Thr Leu Gly 815 810 805
Arg Leu lle Asn Pro Arg Gin Ala Asn GIn Phe Leu Gly Ser lle Arg 830 825 820
Asn Tyr Val Gin Phe Val Lys Asp lle Gin Arg Arg Ala Lys Glu Asn 5 845 840 835
Gly Asn Pro lle Arg Asn Tyr Tyr Glu Val Leu Glu Ser Asp Ser lle
860 855 850 lle Lys lle Leu Glu Met Cys Thr Lys Leu Asn Gly Thr Thr Ser Asn 880 875 870 865 5
Asp lle His Asp Tyr Phe Arg Asp Glu Asp Glu Tyr Ala Glu Tyr lle 895 890 885
Ser GIn Phe Val Asn Phe Gly Asp Val His Ser Gly Ala Ala Leu Asn 910 905 900
Ala Phe Cys Asn Ser Glu Ser Glu Gly Lys Lys Asn Gly lle Tyr Tyr 925 920 915
Asp Gly lle Asn Pro lle Val Asn Arg Asn Trp Val Leu Cys Lys Leu 940 935 930
Tyr Gly Ser Pro Asp Leu lle Ser Lys lle lle Ser Arg Val Asn Glu 5 960 955 950 945
Asn Met lle His Asp Phe His Lys GIn Glu Asp Leu lle Arg Glu Tyr 975 970 965 10
Gln lle Lys Gly lle Cys Ser Asn Lys Lys Glu Gin Gln Asp Leu Arg 990 985 980
Thr Phe Gin Val Leu Lys Asn Arg Val Glu Leu Arg Asp lle Val Glu 1005 1000 995
Tyr Ser Glu lle lle Asn Glu Leu Tyr Gly GIn Leu lle Lys Trp 1020 1015 1010
Cys Tyr Leu Arg Glu Arg Asp Leu Met Tyr Phe 60 Leu Gly Phe 1035 1030 1025
His Tyr Leu Cys Leu Asn Asn Ala Ser Ser Lys Glu Ala Asp Tyr 0 1050 1045 1040 lle Lys lle Asn Val Asp Asp Arg Asn lle Ser Gly Ala lle Leu 1065 1060 1055 15
Tyr Gln lle Ala Ala Met Tyr lle Asn Gly Leu Pro Val Tyr Tyr 1080 1075 1070
Lys Lys Asp Asp Met Tyr Val Ala Leu Lys Ser Gly Lys Lys Ala 1095 1090 1085
Ser Asp Glu Leu Asn Ser Asn Glu GIn Thr Ser Lys Lys lle Asn 1110 1105 1100
Tyr Phe Leu Lys Tyr Gly Asn Asn lle Leu Gly Asp Lys Lys Asp 1125 1120 1115
GIn Leu Tyr Leu Ala Gly Leu Glu Leu Phe Glu Asn Val Ala Glu 5 1140 1135 1130
His Glu Asn lle lle lle Phe Arg Asn Glu lle Asp His Phe His
1155 1150 1145
Tyr Phe Tyr Asp Arg Asp Arg Ser Met Leu Asp Leu Tyr Ser Glu 1170 1165 1160 5
Val Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp Met Lys Leu Arg Lys Asn 1185 1180 1175
Val Val Asn Met Leu Tyr Asn lle Leu Leu Asp His Asn lle Val 1200 1195 1190
Ser Ser Phe Val Phe Glu Thr Gly Glu Lys Lys Val Gly Arg Gly 1215 1210 1205
Asp Ser Glu Val lle Lys Pro Ser Ala Lys lle Arg Leu Arg Ala 1230 1225 1220
Asn Asn Gly Val Ser Ser Asp Val Phe Thr Tyr Lys Val Gly Ser 5 1245 1240 1235
Lys Asp Glu Leu Lys lle Ala Thr Leu Pro Ala Lys Asn Glu Glu 1260 1255 1250 10
Phe Leu Leu Asn Val Ala Arg Leu lle Tyr Tyr Pro Asp Met Glu 1275 1270 1265
Ala Val Ser Glu Asn Met Val Arg Glu Gly Val Val Lys Val Glu 1290 1285 1280
Lys Ser Asn Asp Lys Lys Gly Lys lle Ser Arg Gly Ser Asn Thr 1305 1300 1295
Arg Ser Ser Asn GIn Ser Lys Tyr Asn Asn Lys Ser Lys Asn Arg 1320 1315 1310
Met Asn Tyr Ser Met Gly Ser lle Phe Glu Lys Met Asp Leu Lys 10 1335 1330 1325
Phe Asp 1340 15 584 <210> 1437 <211>
PRT <212>
Lachnospiraceae bacterium NK4A179 <213> 584 <400>
Met Lys lle Ser Lys Val Arg Glu Glu Asn Arg Gly Ala Lys Leu Thr 10 5 1
Val Asn Ala Lys Thr Ala Val Val Ser Glu Asn Arg Ser Gin Glu Gly 0 25 20 lle Leu Tyr Asn Asp Pro Ser Arg Tyr Gly Lys Ser Arg Lys Asn Asp 40 35 15
Glu Asp Arg Asp Arg Tyr lle Glu Ser Arg Leu Lys Ser Ser Gly Lys 60 55 50
Leu Tyr Arg lle Phe Asn Glu Asp Lys Asn Lys Arg Glu Thr Asp Glu 80 75 70 65
Leu GIn Trp Phe Leu Ser Glu lle Val Lys Lys lle Asn Arg Arg Asn 95 90 85
Gly Leu Val Leu Ser Asp Met Leu Ser Val Asp Asp Arg Ala Phe Glu 110 105 100
Lys Ala Phe Glu Lys Tyr Ala Glu Leu Ser Tyr Thr Asn Arg Arg Asn 5 125 120 115
Lys Val Ser Gly Ser Pro Ala Phe Glu Thr Cys Gly Val Asp Ala Ala
140 135 130
Thr Ala Glu Arg Leu Lys Gly lle lle Ser Glu Thr Asn Phe lle Asn 160 155 150 145 5
Arg lle Lys Asn Asn lle Asp Asn Lys Val Ser Glu Asp lle lle Asp 175 170 165
Arg lle lle Ala Lys Tyr Leu Lys Lys Ser Leu Cys Arg Glu Arg Val 190 185 180
Lys Arg Gly Leu Lys Lys Leu Leu Met Asn Ala Phe Asp Leu Pro Tyr 205 200 195
Ser Asp Pro Asp lle Asp Val ‏داى‎ Arg Asp Phe lle Asp Tyr Val Leu 220 215 210
Glu Asp Phe Tyr His Val Arg Ala Lys Ser Gin Val Ser Arg Ser lle 5 240 235 230 225
Lys Asn Met Asn Met Pro Val Gin Pro Glu Gly Asp Gly Lys Phe Ala 255 250 245 10 lle Thr Val Ser Lys Gly Gly Thr Glu Ser Gly Asn Lys Arg Ser Ala 270 265 260
Glu Lys Glu Ala Phe Lys Lys Phe Leu Ser Asp Tyr Ala Ser Leu Asp 285 280 275
Glu Arg Val Arg Asp Asp Met Leu Arg Arg Met Arg Arg Leu Val Val 300 295 290
Leu Tyr Phe Tyr Gly Ser Asp Asp Ser Lys Leu Ser Asp Val Asn Glu 320 315 310 305
Lys Phe Asp Val Trp Glu Asp His Ala Ala Arg Arg Val Asp Asn Arg 0 335 330 325
Glu Phe lle Lys Leu Pro Leu Glu Asn Lys Leu Ala Asn Gly Lys Thr 350 345 340 15
Asp Lys Asp Ala Glu Arg lle Arg Lys Asn Thr Val Lys Glu Leu Tyr 365 360 355
Arg Asn GIn Asn lle Gly Cys Tyr Arg Gin Ala Val Lys Ala Val Glu 380 375 370
Glu Asp Asn Asn Gly Arg Tyr Phe Asp Asp Lys Met Leu Asn Met Phe 400 395 390 385
Phe lle His Arg lle Glu Tyr Gly Val Glu Lys lle Tyr Ala Asn Leu 415 410 405
Lys Gln Val Thr Glu Phe Lys Ala Arg Thr Gly Tyr Leu Ser Glu Lys 15 430 425 420 lle Trp Lys Asp Leu lle Asn Tyr lle Ser lle Lys Tyr lle Ala Met
445 440 435
Gly Lys Ala Val Tyr Asn Tyr Ala Met Asp Glu Leu Asn Ala Ser Asp 460 455 450 5
Lys Lys Glu lle Glu Leu Gly Lys lle Ser Glu Glu Tyr Leu Ser Gly 480 475 470 465 lle Ser Ser Phe Asp Tyr Glu Leu lle Lys Ala Glu Glu Met Leu 07 495 490 485
Arg Glu Thr Ala Val Tyr Val Ala Phe Ala Ala Arg His Leu Ser Ser 510 505 500
Gln Thr Val Glu Leu Asp Ser Glu Asn Ser Asp Phe Leu Leu Leu Lys 525 520 515
Pro Lys Gly Thr Met Asp Lys Asn Asp Lys Asn Lys Leu Ala Ser Asn 5 540 535 530
Asn lle Leu Asn Phe Leu Lys Asp Lys Glu Thr Leu Arg Asp Thr lle 560 555 550 545 10
Leu GIn Tyr Phe Gly Gly His Ser Leu Trp Thr Asp Phe Pro Phe Asp 575 570 565
Lys Tyr Leu Ala Gly Gly Lys Asp Asp Val Asp Phe Leu Thr Asp Leu 590 585 580
Lys Asp Val lle Tyr Ser Met Arg Asn Asp Ser Phe His Tyr Ala Thr 605 600 595
Glu Asn His Asn Asn Gly Lys Trp Asn Lys Glu Leu lle Ser Ala Met 620 615 610
Phe Glu His Glu Thr Glu Arg Met Thr Val Val Met Lys Asp Lys Phe 10 640 635 630 625
Tyr Ser Asn Asn Leu Pro Met Phe Tyr Lys Asn Asp Asp Leu Lys Lys 655 650 645 15
Leu Leu lle Asp Leu Tyr Lys Asp Asn Val Glu Arg Ala Ser Gin Val 670 665 660
Pro Ser Phe Asn Lys Val Phe Val Arg Lys Asn Phe Pro Ala Leu Val 685 680 675
Arg Asp Lys Asp Asn Leu Gly lle Glu Leu Asp Leu Lys Ala Asp Ala 700 695 690
Asp Lys Gly Glu Asn Glu Leu Lys Phe Tyr Asn Ala Leu Tyr Tyr Met 720 715 710 705
Phe Lys Glu lle Tyr Tyr Asn Ala Phe Leu Asn Asp Lys Asn Val Arg 15 735 730 725
Glu Arg Phe lle Thr Lys Ala Thr Lys Val Ala Asp Asn Tyr Asp Arg
750 745 740
Asn Lys Glu Arg Asn Leu Lys Asp Arg lle Lys Ser Ala Gly Ser Asp 765 760 755 5
Glu Lys Lys Lys Leu Arg Glu GIn Leu GIn Asn Tyr lle Ala Glu Asn 780 775 770
Asp Phe Gly GIn Arg lle Lys Asn lle Val Glin Val Asn Pro Asp Tyr 800 795 790 785
Thr Leu Ala GIn lle Cys GIn Leu lle Met Thr Glu Tyr Asn Gin GIn 815 810 805
Asn Asn Gly Cys Met Gin Lys Lys Ser Ala Ala Arg Lys Asp lle Asn 830 825 820
Lys Asp Ser Tyr Gin His Tyr Lys Met Leu Leu Leu Val Asn Leu Arg 5 845 840 835
Lys Ala Phe Leu Glu Phe lle Lys Glu Asn Tyr Ala Phe Val Leu Lys 860 855 850 10
Pro Tyr Lys His Asp Leu Cys Asp Lys Ala Asp Phe Val Pro Asp Phe 880 875 870 865
Ala Lys Tyr Val Lys Pro Tyr Ala Gly Leu lle Ser Arg Val Ala Gly 895 890 885
Ser Ser Glu Leu ‏(ا6‎ Lys Trp Tyr lle Val Ser Arg Phe Leu Ser Pro 910 905 900
Ala GIn Ala Asn His Met Leu Gly Phe Leu His Ser Tyr Lys 60 Tyr 925 920 915
Val Trp Asp lle Tyr Arg Arg Ala Ser Glu Thr Gly Thr Glu lle Asn 0 940 935 930
His Ser lle Ala Glu Asp Lys lle Ala Gly Val Asp lle Thr Asp Val 960 955 950 945 15
Asp Ala Val lle Asp Leu Ser Val Lys Leu Cys Gly Thr lle Ser Ser 975 970 965
Glu lle Ser Asp Tyr Phe Lys Asp Asp Glu Val Tyr Ala Glu Tyr lle 990 985 980
Ser Ser Tyr Leu Asp Phe Glu Tyr Asp Gly Gly Asn Tyr Lys Asp Ser 1005 1000 995
Leu Asn Arg Phe Cys Asn Ser Asp Ala Val Asn Asp Gin Lys Val 1020 1015 1010
Ala Leu Tyr Tyr Asp Gly Glu His Pro Lys Leu Asn Arg Asn lle 5 1035 1030 1025 lle Leu Ser Lys Leu Tyr Gly Glu Arg Arg Phe Leu Glu Lys lle
1050 1045 1040
Thr Asp Arg Val Ser Arg Ser Asp lle Val Glu Tyr Tyr Lys Leu 1065 1060 1055 5
Lys Lys Glu Thr Ser 60 Tyr ‏ماك‎ Thr Lys Gly lle Phe Asp Ser 1080 1075 1070
Glu Asp Glu Gin Lys Asn lle Lys Lys Phe Gin Glu Met Lys Asn 1095 1090 1085 lle Val Glu Phe Arg Asp Leu Met Asp Tyr Ser Glu lle Ala Asp 1110 1105 1100
Glu Leu GIn Gly GIn Leu lle Asn Trp lle Tyr Leu Arg Glu Arg 1125 1120 1115
Asp Leu Met Asn Phe 60 Leu Gly Tyr His Tyr Ala Cys Leu Asn 5 1140 1135 1130
Asn Asp Ser Asn Lys GIn Ala Thr Tyr Val Thr Leu Asp Tyr 0 1155 1150 1145 10
Gly Lys Lys Asn Arg Lys lle Asn Gly Ala lle Leu Tyr Gin lle 1170 1165 1160
Cys Ala Met Tyr lle Asn Gly Leu Pro Leu Tyr Tyr Val Asp Lys 1185 1180 1175
Asp Ser Ser Glu Trp Thr Val Ser Asp Gly Lys Glu Ser Thr Gly 1200 1195 1190
Ala Lys lle Gly Glu Phe Tyr Arg Tyr Ala Lys Ser Phe Glu Asn 1215 1210 1205
Thr Ser Asp Cys Tyr Ala Ser Gly Leu Glu lle Phe Glu Asn lle 0 1230 1225 1220
Ser Glu His Asp Asn lle Thr Glu Leu Arg Asn Tyr lle Glu His 1245 1240 1235 15
Phe Arg Tyr Tyr Ser Ser Phe Asp Arg Ser Phe Leu Gly lle Tyr 1260 1255 1250
Ser Glu Val Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp Leu Lys Tyr Arg 1275 1270 1265
Lys Asn Val Pro Thr lle Leu Tyr Asn lle Leu Leu Gin His Phe 1290 1285 1280
Val Asn Val Arg Phe Glu Phe Val Ser Gly Lys Lys Met lle Gly 1305 1300 1295 lle Asp Lys Lys Asp Arg Lys lle Ala Lys Glu Lys Glu Cys Ala 15 1320 1315 1310
Arg lle Thr lle Arg Glu Lys Asn Gly Val Tyr Ser Glu 60 Phe
1335 1330 1325
Thr Tyr Lys Leu Lys Asn Gly Thr Val Tyr Val Asp Ala Arg Asp 1350 1345 1340 5
Lys Arg Tyr Leu GIn Ser lle lle Arg Leu Leu Phe Tyr Pro Glu 1365 1360 1355
Lys Val Asn Met Asp Glu Met lle Glu Val Lys Glu Lys Lys Lys 1380 1375 1370
Pro Ser Asp Asn Asn Thr Gly Lys Gly Tyr Ser Lys Arg Asp Arg 1395 1390 1385
‏ماك‎ Gin Asp Arg Lys Glu Tyr Asp Lys Tyr Lys Glu Lys Lys Lys 1410 1405 1400
Lys Glu Gly Asn Phe Leu Ser Gly Met Gly Gly Asn lle Asn Trp 5 1425 1420 1415
Asp Glu lle Asn Ala GIn Leu Lys Asn 1435 1430 10 585 <210> 1385 <211>
PRT <212> 15
Clostridium aminophilum DSM 10710 <213> 585 <400>
Met Lys Phe Ser Lys Val Asp His Thr Arg Ser Ala Val Gly lle Gin 10 5 1
Lys Ala Thr Asp Ser Val His Gly Met Leu Tyr Thr Asp Pro Lys Lys 5 25 20
Gln Glu Val Asn Asp Leu Asp Lys Arg Phe Asp Gin Leu Asn Val Lys 40 35 10
Ala Lys Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asn GIn Ser Lys Ala Glu Glu Asp 60 55 50 15
Asp Asp Glu Lys Arg Phe Gly Lys Val Val Lys Lys Leu Asn Arg Glu 80 75 70 65
Leu Lys Asp Leu Leu Phe His Arg Glu Val Ser Arg Tyr Asn Ser lle 95 90 85
Gly Asn Ala Lys Tyr Asn Tyr Tyr Gly lle Lys Ser Asn Pro Glu Glu 110 105 100 lle Val Ser Asn Leu Gly Met Val Glu Ser Leu Lys Gly Glu Arg Asp 10 125 120 115
Pro GIn Lys Val lle Ser Lys Leu Leu Leu Tyr Tyr Leu Arg Lys Gly 140 135 130 15
Leu Lys Pro Gly Thr Asp Gly Leu Arg Met lle Leu Glu Ala Ser Cys 160 155 150 145
Gly Leu Arg Lys Leu Ser Gly Asp Glu Lys Glu Leu Lys Val Phe Leu 175 170 165
GIn Thr Leu Asp Glu Asp Phe Glu Lys Lys Thr Phe Lys Lys Asn Leu 190 185 180 lle Arg Ser lle Glu Asn GIn Asn Met Ala Val GIn Pro Ser Asn Glu 205 200 195
Gly Asp Pro lle lle Gly lle Thr Gln Gly Arg Phe Asn Ser Gln Lys 5 220 215 210
Asn Glu Glu Lys Ser Ala lle Glu Arg Met Met Ser Met Tyr Ala Asp
240 235 230 225
Leu Asn Glu Asp His Arg Glu Asp Val Leu Arg Lys Leu Arg Arg Leu 255 250 245 5
Asn Val Leu Tyr Phe Asn Val Asp Thr Glu Lys Thr Glu Glu Pro Thr 270 265 260
Leu Pro Gly Glu Val Asp Thr Asn Pro Val Phe Glu Val Trp His Asp 285 280 275
His Glu Lys Gly Lys Glu Asn Asp Arg Gin Phe Ala Thr Phe Ala Lys 300 295 290 lle Leu Thr Glu Asp Arg Glu Thr Arg Lys Lys Glu Lys Leu Ala Val 320 315 310 305
Lys Glu Ala Leu Asn Asp Leu Lys Ser Ala lle Arg Asp His Asn lle 5 335 330 325
Met Ala Tyr Arg Cys Ser lle Lys Val Thr Glu Gin Asp Lys Asp Gly 350 345 340 10
Leu Phe Phe Glu Asp Gin Arg lle Asn Arg Phe Trp lle His His lle 365 360 355
Glu Ser Ala Val Glu Arg lle Leu Ala Ser lle Asn Pro Glu Lys Leu 380 375 370
Tyr Lys Leu Arg lle Gly Tyr Leu Gly Glu Lys Val Trp Lys Asp Leu 400 395 390 385
Leu Asn Tyr Leu Ser lle Lys Tyr lle Ala Val Gly Lys Ala Val Phe 415 410 405
His Phe Ala Met Glu Asp Leu Gly Lys Thr Gly Gin Asp lle Glu Leu 10 430 425 420
Gly Lys Leu Ser Asn Ser Val Ser Gly Gly Leu Thr Ser Phe Asp Tyr 445 440 435 15
Glu Gin lle Arg Ala Asp Glu Thr Leu GIn Arg GIn Leu Ser Val Glu 460 455 450
Val Ala Phe Ala Ala Asn Asn Leu Phe Arg Ala Val Val Gly GIn Thr 480 475 470 465
Gly Lys Lys lle Glu GIn Ser Lys Ser Glu Glu Asn Glu Glu Asp Phe 495 490 485
Leu Leu Trp Lys Ala Glu Lys lle Ala Glu Ser lle Lys Lys Glu Gly 510 505 500
Glu Gly Asn Thr Leu Lys Ser lle Leu Gin Phe Phe Gly Gly Ala Ser 5 525 520 515
Ser Trp Asp Leu Asn His Phe Cys Ala Ala Tyr Gly Asn Glu Ser Ser
540 535 530
Ala Leu Gly Tyr Glu Thr Lys Phe Ala Asp Asp Leu Arg Lys Ala lle 560 555 550 545 5
Tyr Ser Leu Arg Asn Glu Thr Phe His Phe Thr Thr Leu Asn Lys Gly 575 570 565
Ser Phe Asp Trp Asn Ala Lys Leu lle Gly Asp Met Phe Ser His Glu 590 585 580
Ala Ala Thr Gly lle Ala Val Glu Arg Thr Arg Phe Tyr Ser Asn Asn 605 600 595
Leu Pro Met Phe Tyr Arg Glu Ser Asp Leu Lys Arg lle Met Asp His 620 615 610
Leu Tyr Asn Thr Tyr His Pro Arg Ala Ser GIn Val Pro Ser Phe Asn 5 640 635 630 625
Ser Val Phe Val Arg Lys Asn Phe Arg Leu Phe Leu Ser Asn Thr Leu 655 650 645 10
Asn Thr Asn Thr Ser Phe Asp Thr Glu Val Tyr Gin Lys Trp Glu Ser 670 665 660
Gly Val Tyr Tyr Leu Phe Lys Glu lle Tyr Tyr Asn Ser Phe Leu Pro 685 680 675
Ser Gly Asp Ala His His Leu Phe Phe Glu Gly Leu Arg Arg lle Arg 700 695 690
Lys Glu Ala Asp Asn Leu Pro lle Val Gly Lys Glu Ala Lys Lys Arg 720 715 710 705
Asn Ala Val Gin Asp Phe Gly Arg Arg Cys Asp Glu Leu Lys Asn Leu 10 735 730 725
Ser Leu Ser Ala lle Cys 60 Met lle Met Thr Glu Tyr Asn Glu Gin 750 745 740 15
Asn Asn Gly Asn Arg Lys Val Lys Ser Thr Arg Glu Asp Lys Arg Lys 765 760 755
Pro Asp lle Phe Gin His Tyr Lys Met Leu Leu Leu Arg Thr Leu 07 780 775 770
Glu Ala Phe Ala lle Tyr lle Arg Arg Glu Glu Phe Lys Phe lle Phe 800 795 790 785
Asp Leu Pro Lys Thr Leu Tyr Val Met Lys Pro Val Glu Glu Phe Leu 815 810 805
Pro Asn Trp Lys Ser Gly Met Phe Asp Ser Leu Val Glu Arg Val Lys 5 830 825 820
Gln Ser Pro Asp Leu Gin Arg Trp Tyr Val Leu Cys Lys Phe Leu Asn
845 840 835
Gly Arg Leu Leu Asn Gin Leu Ser Gly Val lle Arg Ser Tyr lle GIn 860 855 850 5
Phe Ala Gly Asp lle Gln Arg Arg Ala Lys Ala Asn His Asn Arg Leu 880 875 870 865
Tyr Met Asp Asn Thr Gin Arg Val Glu Tyr Tyr Ser Asn Val Leu Glu 895 890 885
Val Val Asp Phe Cys lle Lys Gly Thr Ser Arg Phe Ser Asn Val Phe 910 905 900
Ser Asp Tyr Phe Arg Asp Glu Asp Ala Tyr Ala Asp Tyr Leu Asp Asn 925 920 915
Tyr Leu GIn Phe Lys Asp Glu Lys lle Ala Glu Val Ser Ser Phe Ala 5 940 935 930
Ala Leu Lys Thr Phe Cys Asn Glu Glu Glu Val Lys Ala Gly lle Tyr 960 955 950 945 10
Met Asp Gly Glu Asn Pro Val Met ‏ماى‎ Arg Asn lle Val Met Ala Lys 975 970 965
Leu Phe Gly Pro Asp Glu Val Leu Lys Asn Val Val Pro Lys Val Thr 990 985 980
Arg Glu Glu lle Glu Glu Tyr Tyr Gin Leu Glu Lys ‏داى‎ lle Ala Pro 1005 1000 995
Tyr Arg GIn Asn Gly Tyr Cys Lys Ser Glu Glu Asp Gin Lys Lys 1020 1015 1010
Leu Leu Arg Phe GIn Arg lle Lys Asn Arg Val Glu Phe 60 Thr 0 1035 1030 1025 lle Thr Glu Phe Ser Glu lle lle Asn Glu Leu Leu Gly Gin Leu 1050 1045 1040 15 lle Ser Trp Ser Phe Leu Arg Glu Arg Asp Leu Leu Tyr Phe 0 1065 1060 1055
Leu Gly Phe His Tyr Leu Cys Leu His Asn Asp Thr Glu Lys Pro 1080 1075 1070
Ala Glu Tyr Lys Glu lle Ser Arg Glu Asp Gly Thr Val lle Arg 1095 1090 1085
Asn Ala lle Leu His GIn Val Ala Ala Met Tyr Val Gly Gly Leu 1110 1105 1100
Pro Val Tyr Thr Leu Ala Asp Lys Lys Leu Ala Ala Phe Glu Lys 15 1125 1120 1115
Gly Glu Ala Asp Cys Lys Leu Ser lle Ser Lys Asp Thr Ala Gly
1140 1135 1130
Ala Gly Lys Lys lle Lys Asp Phe Phe Arg Tyr Ser Lys Tyr Val 1155 1150 1145 5
Leu lle Lys Asp Arg Met Leu Thr Asp GIn Asn 0 Lys Tyr Thr 1170 1165 1160 lle Tyr Leu Ala Gly Leu Glu Leu Phe Glu Asn Thr Asp Glu His 1185 1180 1175
Asp Asn lle Thr Asp Val Arg Lys Tyr Val Asp His Phe Lys Tyr 1200 1195 1190
Tyr Ala Thr Ser Asp Glu Asn Ala Met Ser lle Leu Asp Leu Tyr 1215 1210 1205
Ser Glu lle His Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp Met Lys Tyr GIn 5 1230 1225 1220
Lys Asn Val Ala Asn Met Leu Glu Asn lle Leu Leu Arg His Phe 1245 1240 1235 10
Val Leu lle Arg Pro Glu Phe Phe Thr Gly Ser Lys Lys Val Gly 1260 1255 1250
Glu Gly Lys Lys lle Thr Cys Lys Ala Arg Ala Gin lle Glu lle 1275 1270 1265
Ala Glu Asn Gly Met Arg Ser Glu Asp Phe Thr Tyr Lys Leu Ser 1290 1285 1280
Asp Gly Lys Lys Asn lle Ser Thr Cys Met lle Ala Ala Arg Asp 1305 1300 1295
GIn Lys Tyr Leu Asn Thr Val Ala Arg Leu Leu Tyr Tyr Pro His 10 1320 1315 1310
Glu Ala Lys Lys Ser lle Val Asp Thr Arg Glu Lys Lys Asn Asn 1335 1330 1325 15
Lys Lys Thr Asn Arg Gly Asp Gly Thr Phe Asn Lys Gin Lys Gly 1350 1345 1340
Thr Ala Arg Lys Glu Lys Asp Asn Gly Pro Arg Glu Phe Asn Asp 1365 1360 1355
Thr Gly Phe Ser Asn Thr Pro Phe Ala Gly Phe Asp Pro Phe Arg 1380 1375 1370
Asn Ser 1385 586 <210> 15 1175 <211>
PRT <212>
Carnobacterium gallinarum DSM 4847 <213>
586 >400<
Met Arg lle Thr Lys Val Lys lle Lys Leu Asp Asn Lys Leu Tyr Gin 15 10 5 1
Val Thr Met GIn Lys Glu Glu Lys Tyr Gly Thr Leu Lys Leu Asn Glu 30 25 20
Glu Ser Arg Lys Ser Thr Ala Glu lle Leu Arg Leu Lys Lys Ala Ser 40 35
Phe Asn Lys Ser Phe His Ser Lys Thr lle Asn Ser GIn Lys Glu Asn 5 60 55 50
Lys Asn Ala Thr lle Lys Lys Asn Gly Asp Tyr lle Ser Gin lle Phe
80 75 70 65
Glu Lys Leu Val Gly Val Asp Thr Asn Lys Asn lle Arg Lys Pro Lys 95 90 85 5
Met Ser Leu Thr Asp Leu Lys Asp Leu Pro Lys Lys Asp Leu Ala Leu 110 105 100
Phe lle Lys Arg Lys Phe Lys Asn Asp Asp lle Val Glu lle Lys Asn 125 120 115
Leu Asp Leu lle Ser Leu Phe Tyr Asn Ala Leu Gin Lys Val Pro Gly 140 135 130
Glu His Phe Thr Asp Glu Ser Trp Ala Asp Phe Cys Gln Glu Met Met 160 155 150 145
Pro Tyr Arg Glu Tyr Lys Asn Lys Phe lle Glu Arg Lys lle lle Leu 5 175 170 165
Leu Ala Asn Ser lle Glu GIn Asn Lys Gly Phe Ser lle Asn Pro Glu 190 185 180 10
Thr Phe Ser Lys Arg Lys Arg Val Leu His Gin Trp Ala lle Glu Val 205 200 195
Gln Glu Arg Gly Asp Phe Ser lle Leu Asp Glu Lys Leu Ser Lys Leu 220 215 210
Ala Glu lle Tyr Asn Phe Lys Lys Met Cys Lys Arg Val Gin Asp Glu 240 235 230 225
Leu Asn Asp Leu Glu Lys Ser Met Lys Lys Gly Lys Asn Pro Glu Lys 255 250 245
Glu Lys Glu Ala Tyr Lys Lys GIn Lys Asn Phe Lys lle Lys Thr lle 10 270 265 260
Trp Lys Asp Tyr Pro Tyr Lys Thr His lle Gly Leu lle Glu Lys lle 285 280 275 15
Lys Glu Asn Glu Glu Leu Asn GIn Phe Asn lle Glu lle Gly Lys Tyr 300 295 290
Phe Glu His Tyr Phe Pro lle Lys Lys Glu Arg Cys Thr Glu Asp Glu 320 315 310 305
Pro Tyr Tyr Leu Asn Ser Glu Thr lle Ala Thr Thr Val Asn Tyr GIn 335 330 325
Leu Lys Asn Ala Leu lle Ser Tyr Leu Met Gin lle Gly Lys Tyr Lys 350 345 340
GIn Phe Gly Leu Glu Asn Gin Val Leu Asp Ser Lys Lys Leu GIn Glu 5 365 360 355 lle Gly lle Tyr Glu Gly Phe GIn Thr Lys Phe Met Asp Ala Cys Val
380 375 370
Phe Ala Thr Ser Ser Leu Lys Asn lle lle Glu Pro Met Arg Ser Gly 400 395 390 385 5
Asp lle Leu Gly Lys Arg Glu Phe Lys Glu Ala lle Ala Thr Ser Ser 415 410 405
Phe Val Asn Tyr His His Phe Phe Pro Tyr Phe Pro Phe Glu Leu Lys 430 425 420
Gly Met Lys Asp Arg Glu Ser Glu Leu lle Pro Phe Gly Glu Gin Thr 445 440 435
Glu Ala Lys GIn Met GIn Asn lle Trp Ala Leu Arg Gly Ser Val 07 460 455 450
GIn lle Arg Asn Glu lle Phe His Ser Phe Asp Lys Asn GIn Lys Phe 5 480 475 470 465
Asn Leu Pro 60 Leu Asp Lys Ser Asn Phe Glu Phe Asp Ala Ser Glu 495 490 485 10
Asn Ser Thr Gly Lys Ser Gln Ser Tyr lle Glu Thr Asp Tyr Lys Phe 510 505 500
Leu Phe Glu Ala Glu Lys Asn Gin Leu Glu Gln Phe Phe lle Glu Arg 525 520 515 lle Lys Ser Ser Gly Ala Leu Glu Tyr Tyr Pro Leu Lys Ser Leu Glu 540 535 530
Lys Leu Phe Ala Lys Lys Glu Met Lys Phe Ser Leu Gly Ser Gin Val 560 555 550 545
Val Ala Phe Ala Pro Ser Tyr Lys Lys Leu Val Lys Lys Gly His Ser 10 575 570 565
Tyr Gln Thr Ala Thr Glu Gly Thr Ala Asn Tyr Leu Gly Leu Ser Tyr 590 585 580 15
Tyr Asn Arg Tyr Glu Leu Lys Glu Glu Ser Phe Gin Ala Gin Tyr Tyr 605 600 595
Leu Leu Lys Leu lle Tyr GIn Tyr Val Phe Leu Pro Asn Phe Ser Gin 620 615 610
Gly Asn Ser Pro Ala Phe Arg Glu Thr Val Lys Ala lle Leu Arg lle 640 635 630 625
Asn Lys Asp Glu Ala Arg Lys Lys Met Lys Lys Asn Lys Lys Phe Leu 655 650 645
Arg Lys Tyr Ala Phe Glu GIn Val Arg Glu Met Glu Phe Lys Glu Thr 15 670 665 660
Pro Asp GIn Tyr Met Ser Tyr Leu GIn Ser Glu Met Arg Glu Glu Lys
685 680 675
Val Arg Lys Ala Glu Lys Asn Asp Lys Gly Phe Glu Lys Asn lle Thr 700 695 690 5
Met Asn Phe Glu Lys Leu Leu Met GIn lle Phe Val Lys Gly Phe Asp 720 715 710 705
Val Phe Leu Thr Thr Phe Ala Gly Lys Glu Leu Leu Leu Ser Ser Glu 735 730 725
Glu Lys Val lle Lys Glu Thr Glu lle Ser Leu Ser Lys Lys lle Asn 750 745 740
Glu Arg Glu Lys Thr Leu Lys Ala Ser lle Gln Val Glu His GIn Leu 765 760 755
Val Ala Thr Asn Ser Ala lle Ser Tyr Trp Leu Phe Cys Lys Leu Leu 5 780 775 770
Asp Ser Arg His Leu Asn Glu Leu Arg Asn Glu Met lle Lys Phe Lys 800 795 790 785 10
Gln Ser Arg lle Lys Phe Asn His Thr Gin His Ala Glu Leu lle 0 815 810 805
Asn Leu Leu Pro lle Val Glu Leu Thr lle Leu Ser Asn Asp Tyr Asp 830 825 820
Glu Lys Asn Asp Ser GIn Asn Val Asp Val Ser Ala Tyr Phe Glu Asp 845 840 835
Lys Ser Leu Tyr Glu Thr Ala Pro Tyr Val GIn Thr Asp Asp Arg Thr 860 855 850
Arg Val Ser Phe Arg Pro lle Leu Lys Leu Glu Lys Tyr His Thr Lys 0 880 875 870 865
Ser Leu lle Glu Ala Leu Leu Lys Asp Asn Pro Gin Phe Arg Val Ala 895 890 885 15
Ala Thr Asp lle Gin Glu Trp Met His Lys Arg Glu Glu lle Gly Glu 910 905 900
Leu Val Glu Lys Arg Lys Asn Leu His Thr Glu Trp Ala Glu Gly GIn 925 920 915
Gln Thr Leu Gly Ala Glu Lys Arg Glu Glu Tyr Arg Asp Tyr Cys Lys 940 935 930
Lys lle Asp Arg Phe Asn Trp Lys Ala Asn Lys Val Thr Leu Thr Tyr 960 955 950 945
Leu Ser GIn Leu His Tyr Leu lle Thr Asp Leu Leu Gly Arg Met Val 15 975 970 965
Gly Phe Ser Ala Leu Phe Glu Arg Asp Leu Val Tyr Phe Ser Arg Ser
990 985 980
Phe Ser Glu Leu Gly Gly Glu Thr Tyr His lle Ser Asp Tyr Lys Asn 1005 1000 995 5
Leu Ser Gly Val Leu Arg Leu Asn Ala Glu Val Lys Pro lle Lys 1020 1015 1010 lle Lys Asn lle Lys Val lle Asp Asn Glu Glu Asn Pro Tyr Lys 1035 1030 1025
Gly Asn Glu Pro Glu Val Lys Pro Phe Leu Asp Arg Leu His Ala 1050 1045 1040
Tyr Leu Glu Asn Val lle Gly lle Lys Ala Val His Gly Lys lle 1065 1060 1055
Arg Asn Gin Thr Ala His Leu Ser Val Leu GIn Leu Glu Leu Ser 5 1080 1075 1070
Met lle Glu Ser Met Asn Asn Leu Arg Asp Leu Met Ala Tyr Asp 1095 1090 1085 10
Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val Thr Lys Ser Met lle Lys lle Leu 1110 1105 1100
Asp Lys His Gly Met lle Leu Lys Leu Lys lle Asp Glu Asn His 1125 1120 1115
Lys Asn Phe Glu lle Glu Ser Leu lle Pro Lys Glu lle lle His 1140 1135 1130
Leu Lys Asp Lys Ala lle Lys Thr Asn GIn Val Ser Glu Glu Tyr 1155 1150 1145
Cys GIn Leu Val Leu Ala Leu Leu Thr Thr Asn Pro Gly Asn GIn 0 1170 1165 1160
Leu Asn 1175 15 587 <210> 1164 <211>
PRT <212>
Carnobacterium gallinarum DSM 4847 <213> 587 <400>
Met Arg Met Thr Lys Val Lys lle Asn Gly Ser Pro Val Ser Met Asn 10 5 1
Arg Ser Lys Leu Asn Gly His Leu Val Trp Asn Gly Thr Thr Asn Thr 0 25 20
Val Asn lle Leu Thr Lys Lys Glu Gln Ser Phe Ala Ala Ser Phe Leu 40 35 15
Asn Lys Thr Leu Val Lys Ala Asp GIn Val Lys Gly Tyr Lys Val Leu 60 55 50
Ala Glu Asn lle Phe lle lle Phe Glu GIn Leu Glu Lys Ser Asn Ser 80 75 70 65
Glu Lys Pro Ser Val Tyr Leu Asn Asn lle Arg Arg Leu Lys Glu Ala 95 90 85
Gly Leu Lys Arg Phe Phe Lys Ser Lys Tyr His Glu Glu lle Lys Tyr 110 105 100
Thr Ser Glu Lys Asn GIn Ser Val Pro Thr Lys Leu Asn Leu lle Pro 5 125 120 115
Leu Phe Phe Asn Ala Val Asp Arg lle Gin Glu Asp Lys Phe Asp Glu
140 135 130
Lys Asn Trp Ser Tyr Phe Cys Lys Glu Met Ser Pro Tyr Leu Asp Tyr 160 155 150 145 5
Lys Lys Ser Tyr Leu Asn Arg Lys Lys Glu lle Leu Ala Asn Ser lle 175 170 165
Gln GIn Asn Arg Gly Phe Ser Met Pro Thr Ala Glu Glu Pro Asn Leu 190 185 180
Leu Ser Lys Arg Lys 60 Leu Phe GIn GIn Trp Ala Met Lys Phe 0 205 200 195
Glu Ser Pro Leu lle GIn Gin Asn Asn Phe Ala Val Glu Glin Phe Asn 220 215 210
Lys Glu Phe Ala Asn Lys lle Asn Glu Leu Ala Ala Val Tyr Asn Val 5 240 235 230 225
Asp Glu Leu Cys Thr Ala lle Thr Glu Lys Leu Met Asn Phe Asp Lys 255 250 245 10
Asp Lys Ser Asn Lys Thr Arg Asn Phe Glu lle Lys Lys Leu Trp Lys 270 265 260
Gln His Pro His Asn Lys Asp Lys Ala Leu lle Lys Leu Phe Asn 07 285 280 275
Glu Gly Asn Glu Ala Leu Asn 0 Phe Asn lle Glu Leu Gly Lys Tyr 300 295 290
Phe Glu His Tyr Phe Pro Lys Thr Gly Lys Lys Glu Ser Ala Glu Ser 320 315 310 305
Tyr Tyr Leu Asn Pro Gin Thr lle lle Lys Thr Val Gly Tyr GIn Leu 10 335 330 325
Arg Asn Ala Phe Val GIn Tyr Leu Leu GIn Val Gly Lys Leu His 0 350 345 340 15
Tyr Asn Lys Gly Val Leu Asp Ser GIn Thr Leu Gin Glu lle Gly Met 365 360 355
Tyr Glu Gly Phe GIn Thr Lys Phe Met Asp Ala Cys Val Phe Ala Ser 380 375 370
Ser Ser Leu Arg Asn lle lle Gln Ala Thr Thr Asn Glu Asp lle Leu 400 395 390 385
Thr Arg Glu Lys Phe Lys Lys Glu Leu Glu Lys Asn Val Glu Leu Lys 415 410 405
His Asp Leu Phe Phe Lys Thr Glu lle Val Glu Glu Arg Asp Glu Asn 5 430 425 420
Pro Ala Lys Lys lle Ala Met Thr Pro Asn Glu Leu Asp Leu Trp Ala
445 440 435 lle Arg Gly Ala Val Gin Arg Val Arg Asn Gin lle Phe His Gin Gin 460 455 450 5 lle Asn Lys Arg His Glu Pro Asn Gin Leu Lys Val Gly Ser Phe Glu 480 475 470 465
Asn Gly Asp Leu Gly Asn Val Ser Tyr Gin Lys Thr lle Tyr GIn Lys 495 490 485
Leu Phe Asp Ala Glu lle Lys Asp lle Glu lle Tyr Phe Ala Glu Lys 510 505 500 lle Lys Ser Ser Gly Ala Leu Glu GIn Tyr Ser Met Lys Asp Leu Glu 525 520 515
Lys Leu Phe Ser Asn Lys Glu Leu Thr Leu Ser Leu Gly Gly Gln Val 5 540 535 530
Val Ala Phe Ala Pro Ser Tyr Lys Lys Leu Tyr Lys GIn Gly Tyr Phe 560 555 550 545 10
Tyr Gln Asn Glu Lys Thr lle Glu Leu Glu Gin Phe Thr Asp Tyr Asp 575 570 565
Phe Ser Asn Asp Val Phe Lys Ala Asn Tyr Tyr Leu lle Lys Leu lle 590 585 580
Tyr His Tyr Val Phe Leu Pro ‏(ا6‎ Phe Ser ‏ماى‎ Ala Asn Asn Lys Leu 605 600 595
Phe Lys Asp Thr Val His Tyr Val lle Gin Gln Asn Lys Glu Leu Asn 620 615 610
Thr Thr Glu Lys Asp Lys Lys Asn Asn Lys Lys lle Arg Lys Tyr Ala 10 640 635 630 625
Phe Glu Gin Val Lys Leu Met Lys Asn Glu Ser Pro Glu Lys Tyr Met 655 650 645 15
Gln Tyr Leu GIn Arg Glu Met 60 Glu Glu Arg Thr lle Lys Glu Ala 670 665 660
Lys Lys Thr Asn Glu Glu Lys Pro Asn Tyr Asn Phe Glu Lys Leu Leu 685 680 675 lle Gin lle Phe lle Lys Gly Phe Asp Thr Phe Leu Arg Asn Phe Asp 700 695 690
Leu Asn Leu Asn Pro Ala Glu Glu Leu Val Gly Thr Val Lys Glu Lys 720 715 710 705
Ala Glu Gly Leu Arg Lys Arg Lys Glu Arg lle Ala Lys lle Leu Asn 5 735 730 725
Val Asp Glu Gin lle Lys Thr Gly Asp Glu Glu lle Ala Phe Trp lle
750 745 740
Phe Ala Lys Leu Leu Asp Ala Arg His Leu Ser Glu Leu Arg Asn Glu 765 760 755 5
Met lle Lys Phe Lys Gln Ser Ser Val Lys Lys Gly Leu lle Lys Asn 780 775 770
Gly Asp Leu lle Glu Gln Met Gin Pro lle Leu Glu Leu Cys lle Leu 800 795 790 785
Ser Asn Asp Ser Glu Ser Met Glu Lys Glu Ser Phe Asp Lys lle Glu 815 810 805
Val Phe Leu Glu Lys Val Glu Leu Ala Lys Asn Glu Pro Tyr Met Gin 830 825 820
Glu Asp Lys Leu Thr Pro Val Lys Phe Arg Phe Met Lys GIn Leu Glu 5 845 840 835
Lys Tyr GIn Thr Arg Asn Phe lle Glu Asn Leu Val lle Glu Asn Pro 860 855 850 10
Glu Phe Lys Val Ser Glu Lys lle Val Leu Asn Trp His Glu Glu Lys 880 875 870 865
Glu Lys lle Ala Asp Leu Val Asp Lys Arg Thr Lys Leu His Glu Glu 895 890 885
Trp Ala Ser Lys Ala Arg Glu lle Glu Glu Tyr Asn Glu Lys lle Lys 910 905 900
Lys Asn Lys Ser Lys Lys Leu Asp Lys Pro Ala Glu Phe Ala Lys Phe 925 920 915
Ala Glu Tyr Lys lle lle Cys Glu Ala lle Glu Asn Phe Asn Arg Leu 10 940 935 930
Asp His Lys Val Arg Leu Thr Tyr Leu Lys Asn Leu His Tyr Leu Met 960 955 950 945 15 lle Asp Leu Met Gly Arg Met Val Gly Phe Ser Val Leu Phe Glu Arg 975 970 965
Asp Phe Val Tyr Met Gly Arg Ser Tyr Ser Ala Leu Lys Lys 0 Ser 990 985 980 lle Tyr Leu Asn Asp Tyr Asp Thr Phe Ala Asn lle Arg Asp Trp Glu 1005 1000 995
Val Asn Glu Asn Lys His Leu Phe Gly Thr Ser Ser Ser Asp Leu 1020 1015 1010
Thr Phe Gin Glu Thr Ala Glu Phe Lys Asn Leu Lys Lys Pro Met 15 1035 1030 1025
Glu Asn GIn Leu Lys Ala Leu Leu Gly Val Thr Asn His Ser Phe
1050 1045 1040
Glu lle Arg Asn Asn lle Ala His Leu His Val Leu Arg Asn Asp 1065 1060 1055 5
Gly Lys Gly Glu Gly Val Ser Leu Leu Ser Cys Met Asn Asp Leu 1080 1075 1070
Arg Lys Leu Met Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val Thr 1095 1090 1085
Lys Ala lle lle Lys lle Leu Asp Lys His Gly Met lle Leu Lys 1110 1105 1100
Leu Thr Asn Asn Asp His Thr Lys Pro Phe Glu lle Glu Ser Leu 1125 1120 1115
Lys Pro Lys Lys lle lle His Leu Glu Lys Ser Asn His Ser Phe 5 1140 1135 1130
Pro Met Asp Gin Val Ser GIn Glu Tyr Cys Asp Leu Val Lys Lys 1155 1150 1145 10
Met Leu Val Phe Thr Asn 1160 588 <210> 1154 <211>
PRT <212>
Paludibacter propionicigenes WB4 >213< 588 <400>
Met Arg Val Ser Lys Val Lys Val Lys Asp Gly Gly Lys Asp Lys Met 5 10 5 1
Val Leu Val His Arg Lys Thr Thr Gly Ala 60 Leu Val Tyr Ser Gly 25 20 10
Gln Pro Val Ser Asn Glu Thr Ser Asn lle Leu Pro Glu Lys Lys Arg 40 35 15 ‏ماك‎ Ser Phe Asp Leu Ser Thr Leu Asn Lys Thr lle lle Lys Phe Asp 60 55 50
Thr Ala Lys Lys ‏ماى‎ Lys Leu Asn Val Asp GIn Tyr Lys lle Val Glu 80 75 70 65
Lys lle Phe Lys Tyr Pro Lys GIn Glu Leu Pro Lys Gin lle Lys Ala 95 90 85
Glu Glu lle Leu Pro Phe Leu Asn His Lys Phe Gin Glu Pro Val Lys 0 110 105 100
Tyr Trp Lys Asn Gly Lys Glu Glu Ser Phe Asn Leu Thr Leu Leu lle 125 120 115 15
Val Glu Ala Val GIn Ala Gin Asp Lys Arg Lys Leu Gin Pro Tyr Tyr 140 135 130
Asp Trp Lys Thr Trp Tyr lle Gln Thr Lys Ser Asp Leu Leu Lys Lys 160 155 150 145
Ser lle Glu Asn Asn Arg lle Asp Leu Thr Glu Asn Leu Ser Lys Arg 175 170 165
Lys Lys Ala Leu Leu Ala Trp Glu Thr Glu Phe Thr Ala Ser Gly Ser 190 185 180 lle Asp Leu Thr His Tyr His Lys Val Tyr Met Thr Asp Val Leu Cys 15 205 200 195
Lys Met Leu GIn Asp Val Lys Pro Leu Thr Asp Asp Lys Gly Lys lle
220 215 210
Asn Thr Asn Ala Tyr His Arg Gly Leu Lys Lys Ala Leu GIn Asn His 240 235 230 225 5
Gln Pro Ala lle Phe Gly Thr Arg Glu Val Pro Asn Glu Ala Asn Arg 255 250 245
Ala Asp Asn GIn Leu Ser lle Tyr His Leu Glu Val Val Lys Tyr Leu 270 265 260
Glu His Tyr Phe Pro lle Lys Thr Ser Lys Arg Arg Asn Thr Ala Asp 285 280 275
Asp lle Ala His Tyr Leu Lys Ala GIn Thr Leu Lys Thr Thr lle Glu 300 295 290
Lys Gln Leu Val Asn Ala lle Arg Ala Asn lle lle Gin GIn Gly Lys 5 320 315 310 305
Thr Asn His His Glu Leu Lys Ala Asp Thr Thr Ser Asn Asp Leu lle 335 330 325 10
Arg lle Lys Thr Asn Glu Ala Phe Val Leu Asn Leu Thr Gly Thr Cys 350 345 340
Ala Phe Ala Ala Asn Asn lle Arg Asn Met Val Asp Asn Glu 60 Thr 365 360 355
Asn Asp lle Leu Gly Lys Gly Asp Phe lle Lys Ser Leu Leu Lys Asp 380 375 370
Asn Thr Asn Ser GIn Leu Tyr Ser Phe Phe Phe Gly Glu Gly Leu Ser 400 395 390 385
Thr Asn Lys Ala Glu Lys Glu Thr Gin Leu Trp Gly lle Arg Gly Ala 0 415 410 405
Val GIn Gin lle Arg Asn Asn Val Asn His Tyr Lys Lys Asp Ala Leu 430 425 420 15
Lys Thr Val Phe Asn lle Ser Asn Phe Glu Asn Pro Thr lle Thr Asp 445 440 435
Pro Lys GIn ‏ماه‎ Thr Asn Tyr Ala Asp Thr lle Tyr Lys Ala Arg Phe 460 455 450 lle Asn Glu Leu Glu Lys lle Pro Glu Ala Phe Ala Gln Gin Leu Lys 480 475 470 465
Thr Gly Gly Ala Val Ser Tyr Tyr Thr lle Glu Asn Leu Lys Ser Leu 495 490 485
Leu Thr Thr Phe ‏ماو‎ Phe Ser Leu Cys Arg Ser Thr lle Pro Phe Ala 15 510 505 500
Pro Gly Phe Lys Lys Val Phe Asn Gly Gly lle Asn Tyr Gin Asn Ala
525 520 515
Lys Gln Asp Glu Ser Phe Tyr Glu Leu Met Leu Glu Gin Tyr Leu Arg 540 535 530 5
Lys Glu Asn Phe Ala Glu Glu Ser Tyr Asn Ala Arg Tyr Phe Met Leu 560 555 550 545
Lys Leu lle Tyr Asn Asn Leu Phe Leu Pro Gly Phe Thr Thr Asp Arg 575 570 565
Lys Ala Phe Ala Asp Ser Val Gly Phe Val Gln Met GIn Asn Lys Lys 590 585 580
GIn Ala Glu Lys Val Asn Pro Arg Lys Lys Glu Ala Tyr Ala Phe Glu 605 600 595
Ala Val Arg Pro Met Thr Ala Ala Asp Ser lle Ala Asp Tyr Met Ala 5 620 615 610
Tyr Val GIn Ser Glu Leu Met 60 Glu Gln Asn Lys Lys Glu Glu Lys 640 635 630 625 10
Val Ala Glu Glu Thr Arg lle Asn Phe Glu Lys Phe Val Leu GIn Val 655 650 645
Phe lle Lys Gly Phe Asp Ser Phe Leu Arg Ala Lys Glu Phe Asp Phe 670 665 660
Val GIn Met Pro GIn Pro Gin Leu Thr Ala Thr Ala Ser Asn 60 Gin 685 680 675
Lys Ala Asp Lys Leu Asn Gin Leu Glu Ala Ser lle Thr Ala Asp Cys 700 695 690
Lys Leu Thr Pro Gin Tyr Ala Lys Ala Asp Asp Ala Thr His lle Ala 0 720 715 710 705
Phe Tyr Val Phe Cys Lys Leu Leu Asp Ala Ala His Leu Ser Asn Leu 735 730 725 15
Arg Asn Glu Leu lle Lys Phe Arg Glu Ser Val Asn Glu Phe Lys Phe 750 745 740
His His Leu Leu Glu lle lle Glu lle Cys Leu Leu Ser Ala Asp Val 765 760 755
Val Pro Thr Asp Tyr Arg Asp Leu Tyr Ser Ser Glu Ala Asp Cys Leu 780 775 770
Ala Arg Leu Arg Pro Phe lle Glu Gin Gly Ala Asp lle Thr Asn Trp 800 795 790 785
Ser Asp Leu Phe Val GIn Ser Asp Lys His Ser Pro Val lle His Ala 5 815 810 805
Asn lle Glu Leu Ser Val Lys Tyr Gly Thr Thr Lys Leu Leu Glu Gin
830 825 820 lle lle Asn Lys Asp Thr Gin Phe Lys Thr Thr Glu Ala Asn Phe Thr 845 840 835 5
Ala Trp Asn Thr Ala Gin Lys Ser lle Glu GIn Leu lle Lys Gin Arg 860 855 850
Glu Asp His His Glu GIn Trp Val Lys Ala Lys Asn Ala Asp Asp Lys 880 875 870 865
Glu Lys GIn Glu Arg Lys Arg Glu Lys Ser Asn Phe Ala GIn Lys Phe 895 890 885 lle Glu Lys His Gly Asp Asp Tyr Leu Asp lle Cys Asp Tyr lle Asn 910 905 900
Thr Tyr Asn Trp Leu Asp Asn Lys Met His Phe Val His Leu Asn Arg 5 925 920 915
Leu His Gly Leu Thr lle Glu Leu Leu Gly Arg Met Ala Gly Phe Val 940 935 930 10
Ala Leu Phe Asp Arg Asp Phe 60 Phe Phe Asp Glu Gin Gin lle Ala 960 955 950 945
Asp Glu Phe Lys Leu His Gly Phe Val Asn Leu His Ser lle Asp Lys 975 970 965
Lys Leu Asn Glu Val Pro Thr Lys Lys lle Lys Glu lle Tyr Asp lle 990 985 980
Arg Asn Lys lle lle Gin lle Asn Gly Asn Lys lle Asn Glu Ser Val 1005 1000 995
Arg Ala Asn Leu lle Gin Phe lle Ser Ser Lys Arg Asn Tyr Tyr 0 1020 1015 1010
Asn Asn Ala Phe Leu His Val Ser Asn Asp Glu lle Lys Glu Lys 1035 1030 1025 15
Gln Met Tyr Asp lle Arg Asn His lle Ala His Phe Asn Tyr Leu 1050 1045 1040
Thr Lys Asp Ala Ala Asp Phe Ser Leu lle Asp Leu lle Asn Glu 1065 1060 1055
Leu Arg Glu Leu Leu His Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val 1080 1075 1070
Ser Lys Ala Phe lle Asp Leu Phe Asp Lys His Gly Met lle Leu 1095 1090 1085
Lys Leu Lys Leu Asn Ala Asp His Lys Leu Lys Val Glu Ser Leu 15 1110 1105 1100
Glu Pro Lys Lys lle Tyr His Leu Gly Ser Ser Ala Lys Asp Lys
1125 1120 1115
Pro Glu Tyr GIn Tyr Cys Thr Asn Gln Val Met Met Ala Tyr Cys 1140 1135 1130 5
Asn Met Cys Arg Ser Leu Leu Glu Met Lys Lys 1150 1145 589 <210> 970 <211>
PRT <212>
Listeria weihenstephanensis FSL 9-0317 <213> 15 589 <400>
Met Leu Ala Leu Leu His Gin Glu Val Pro Ser Gin Lys Leu His Asn
15 10 5 1
Leu Lys Ser Leu Asn Thr Glu Ser Leu Thr Lys Leu Phe Lys Pro Lys 30 25 20 5
Phe GIn Asn Met lle Ser Tyr Pro Pro Ser Lys Gly Ala Glu His Val 45 40 35
Gln Phe Cys Leu Thr Asp lle Ala Val Pro Ala lle Arg Asp Leu Asp 60 55 50
Glu lle Lys Pro Asp Trp Gly lle Phe Phe Glu Lys Leu Lys Pro Tyr 80 75 70 65
Thr Asp Trp Ala Glu Ser Tyr lle His Tyr Lys Gin Thr Thr lle Gin 95 90 85
Lys Ser lle Glu GIn Asn Lys lle Gin Ser Pro Asp Ser Pro Arg Lys 5 110 105 100
Leu Val Leu GIn Lys Tyr Val Thr Ala Phe Leu Asn Gly Glu Pro Leu 125 120 115 10
Gly Leu Asp Leu Val Ala Lys Lys Tyr Lys Leu Ala Asp Leu Ala Glu 140 135 130
Ser Phe Lys Val Val Asp Leu Asn Glu Asp Lys Ser Ala Asn Tyr Lys 160 155 150 145 lle Lys Ala Cys Leu GIn GIn His ‏ماى‎ Arg Asn lle Leu Asp Glu Leu 175 170 165
Lys Glu Asp Pro Glu Leu Asn Gin Tyr Gly lle Glu Val Lys Lys Tyr 190 185 180 lle Gln Arg Tyr Phe Pro lle Lys Arg Ala Pro Asn Arg Ser Lys His 0 205 200 195
Ala Arg Ala Asp Phe Leu Lys Lys Glu Leu lle Glu Ser Thr Val Glu 220 215 210 15
GIn GIn Phe Lys Asn Ala Val Tyr His Tyr Val Leu Glu Gin Gly Lys 240 235 230 225
Met Glu Ala Tyr Glu Leu Thr Asp Pro Lys Thr Lys Asp Leu GIn Asp 255 250 245 lle Arg Ser Gly Glu Ala Phe Ser Phe Lys Phe lle Asn Ala Cys Ala 270 265 260
Phe Ala Ser Asn Asn Leu Lys Met lle Leu Asn Pro Glu Cys Glu Lys 285 280 275
Asp lle Leu Gly Lys Gly Asp Phe Lys Lys Asn Leu Pro Asn Ser Thr 15 300 295 290
Thr Gin Ser Asp Val Val Lys Lys Met lle Pro Phe Phe Ser Asp Glu
320 315 310 305 lle Gin Asn Val Asn Phe Asp Glu Ala lle Trp Ala lle Arg Gly Ser 335 330 325 5 lle Gin GIn lle Arg Asn Glu Val Tyr His Cys Lys Lys His Ser Trp 350 345 340
Lys Ser lle Leu Lys lle Lys Gly Phe Glu Phe Glu Pro Asn Asn Met 365 360 355
Lys Tyr Thr Asp Ser Asp Met Gin Lys Leu Met Asp Lys Asp lle Ala 380 375 370
Lys lle Pro Asp Phe lle Glu Glu Lys Leu Lys Ser Ser Gly lle lle 400 395 390 385
Arg Phe Tyr Ser His Asp Lys Leu Gin Ser lle Trp Glu Met Lys GIn 5 415 410 405
Gly Phe Ser Leu Leu Thr Thr Asn Ala Pro Phe Val Pro Ser Phe Lys 430 425 420 10
Arg Val Tyr Ala Lys Gly His Asp Tyr GIn Thr Ser Lys Asn Arg Tyr 445 440 435
Tyr Asp Leu Gly Leu Thr Thr Phe Asp lle Leu Glu Tyr Gly Glu Glu 460 455 450
Asp Phe Arg Ala Arg Tyr Phe Leu Thr Lys Leu Val Tyr Tyr Gin Gin 480 475 470 465
Phe Met Pro Trp Phe Thr Ala Asp Asn Asn Ala Phe Arg Asp Ala Ala 495 490 485
Asn Phe Val Leu Arg Leu Asn Lys Asn Arg Gin Gin Asp Ala Lys Ala 0 510 505 500
Phe lle Asn lle Arg Glu Val Glu Glu Gly Glu Met Pro Arg Asp Tyr 525 520 515 15
Met Gly Tyr Val 60 Gly Gin lle Ala lle His Glu Asp Ser Thr Glu 540 535 530
Asp Thr Pro Asn His Phe Glu Lys Phe lle Ser Gln Val Phe lle Lys 560 555 550 545
Gly Phe Asp Ser His Met Arg Ser Ala Asp Leu Lys Phe lle Lys Asn 575 570 565
Pro Arg Asn GIn Gly Leu Glu GIn Ser Glu lle Glu Glu Met Ser Phe 590 585 580
Asp lle Lys Val Glu Pro Ser Phe Leu Lys Asn Lys Asp Asp Tyr lle 5 605 600 595
Ala Phe Trp Thr Phe Cys Lys Met Leu Asp Ala Arg His Leu Ser Glu
620 615 610
Leu Arg Asn Glu Met lle Lys Tyr Asp Gly His Leu Thr Gly Glu Gin 640 635 630 625 5
Glu lle lle Gly Leu Ala Leu Leu Gly Val Asp Ser Arg Glu Asn Asp 655 650 645
Trp Lys GIn Phe Phe Ser Ser Glu Arg Glu Tyr Glu Lys lle Met Lys 670 665 660
Gly Tyr Val Gly Glu Glu Leu Tyr Gin Arg Glu Pro Tyr Arg Gln Ser 685 680 675
Asp Gly Lys Thr Pro lle Leu Phe Arg Gly Val Glu Gin Ala Arg Lys 700 695 690
Tyr Gly Thr Glu Thr Val lle Gin Arg Leu Phe Asp Ala Ser Pro Glu 5 720 715 710 705
Phe Lys Val Ser Lys Cys Asn lle Thr Glu Trp Glu Arg Gin Lys Glu 735 730 725 10
Thr lle Glu Glu Thr lle Glu Arg Arg Lys Glu Leu His Asn Glu Trp 750 745 740
Glu Lys Asn Pro Lys Lys Pro Gin Asn Asn Ala Phe Phe Lys Glu Tyr 765 760 755
Lys Glu Cys Cys Asp Ala lle Asp Ala Tyr Asn Trp His Lys Asn Lys 780 775 770
Thr Thr Leu Val Tyr Val Asn Glu Leu His His Leu Leu lle Glu lle 800 795 790 785
Leu Gly Arg Tyr Val Gly Tyr Val Ala lle Ala Asp Arg Asp Phe GIn 0 815 810 805
Cys Met Ala Asn GIn Tyr Phe Lys His Ser Gly lle Thr Glu Arg Val 830 825 820 15
Glu Tyr Trp Gly Asp Asn Arg Leu Lys Ser lle Lys Lys Leu Asp Thr 845 840 835
Phe Leu Lys Lys Glu Gly Leu Phe Val Ser Glu Lys Asn Ala Arg Asn 860 855 850
His lle Ala His Leu Asn Tyr Leu Ser Leu Lys Ser Glu Cys Thr Leu 880 875 870 865
Leu Tyr Leu Ser Glu Arg Leu Arg Glu lle Phe Lys Tyr Asp Arg Lys 895 890 885
Leu Lys Asn Ala Val Ser Lys Ser Leu lle Asp lle Leu Asp Arg His 5 910 905 900
Gly Met Ser Val Val Phe Ala Asn Leu Lys Glu Asn Lys His Arg Leu
925 920 915
Val lle Lys Ser Leu Glu Pro Lys Lys Leu Arg His Leu Gly Glu Lys 940 935 930 5
Lys lle Asp Asn Gly Tyr lle Glu Thr Asn Gin Val Ser Glu Glu Tyr 960 955 950 945
Cys Gly lle Val Lys Arg Leu Leu Glu lle 970 965 590 <210> 1051 <211>
PRT <212>
Listeriaceae bacterium FSL M6-0635 <213>
590 <400>
Met Lys lle Thr Lys Met Arg Val Asp Gly Arg Thr lle Val Met Glu 15 10 5 1 5
Arg Thr Ser Lys Glu Gly GIn Leu Gly Tyr Glu Gly lle Asp Gly Asn 30 25 20
Lys Thr Thr Glu lle lle Phe Asp Lys Lys Lys Glu Ser Phe Tyr Lys 45 40 35
Ser lle Leu Asn Lys Thr Val Arg Lys Pro Asp Glu Lys Glu Lys Asn 60 55 50
Arg Arg Lys GIn Ala lle Asn Lys Ala lle Asn Lys Glu lle Thr Glu 80 75 70 65
Leu Met Leu Ala Val Leu His GIn Glu Val Pro Ser GIn Lys Leu His 5 95 90 85
Asn Leu Lys Ser Leu Asn Thr Glu Ser Leu Thr Lys Leu Phe Lys Pro 110 105 100 10
Lys Phe GIn Asn Met lle Ser Tyr Pro Pro Ser Lys Gly Ala Glu His 125 120 115
Val GIn Phe Cys Leu Thr Asp lle Ala Val Pro Ala lle Arg Asp Leu 140 135 130
Asp Glu lle Lys Pro Asp Trp Gly lle Phe Phe Glu Lys Leu Lys Pro 160 155 150 145
Tyr Thr Asp Trp Ala Glu Ser Tyr lle His Tyr Lys Gin Thr Thr lle 175 170 165
GIn Lys Ser lle Glu GIn Asn Lys lle Glin Ser Pro Asp Ser Pro Arg 0 190 185 180
Lys Leu Val Leu GIn Lys Tyr Val Thr Ala Phe Leu Asn Gly Glu Pro 205 200 195 15
Leu Gly Leu Asp Leu Val Ala Lys Lys Tyr Lys Leu Ala Asp Leu Ala 220 215 210
Glu Ser Phe Lys Leu Val Asp Leu Asn Glu Asp Lys Ser Ala Asn Tyr 240 235 230 225
Lys lle Lys Ala Cys Leu GIn GIn His Gin Arg Asn lle Leu Asp Glu 255 250 245
Leu Lys Glu Asp Pro Glu Leu Asn GIn Tyr Gly lle Glu Val Lys Lys 270 265 260
Tyr lle Gin Arg Tyr Phe Pro lle Lys Arg Ala Pro Asn Arg Ser Lys 5 285 280 275
His Ala Arg Ala Asp Phe Leu Lys Lys Glu Leu lle Glu Ser Thr Val
300 295 290
Glu GIn GIn Phe Lys Asn Ala Val Tyr His Tyr Val Leu Glu GIn Gly 320 315 310 305 5
Lys Met Glu Ala Tyr Glu Leu Thr Asp Pro Lys Thr Lys Asp Leu GIn 335 330 325
Asp lle Arg Ser Gly Glu Ala Phe Ser Phe Lys Phe lle Asn Ala Cys 350 345 340
Ala Phe Ala Ser Asn Asn Leu Lys Met lle Leu Asn Pro Glu Cys Glu 365 360 355
Lys Asp lle Leu Gly Lys Gly Asn Phe Lys Lys Asn Leu Pro Asn Ser 380 375 370
Thr Thr Arg Ser Asp Val Val Lys Lys Met lle Pro Phe Phe Ser Asp 5 400 395 390 385
Glu Leu GIn Asn Val Asn Phe Asp Glu Ala lle Trp Ala lle Arg Gly 415 410 405 10
Ser lle Gln GIn lle Arg Asn Glu Val Tyr His Cys Lys Lys His Ser 430 425 420
Trp Lys Ser lle Leu Lys lle Lys Gly Phe Glu Phe Glu Pro Asn Asn 445 440 435
Met Lys Tyr Ala Asp Ser Asp Met Gin Lys Leu Met Asp Lys Asp lle 460 455 450
Ala Lys lle Pro Glu Phe lle Glu Glu Lys Leu Lys Ser Ser Gly Val 480 475 470 465
Val Arg Phe Tyr Arg His Asp Glu Leu Gin Ser lle Trp Glu Met Lys 0 495 490 485
Gln Gly Phe Ser Leu Leu Thr Thr Asn Ala Pro Phe Val Pro Ser Phe 510 505 500 15
Lys Arg Val Tyr Ala Lys Gly His Asp Tyr Gin Thr Ser Lys Asn Arg 525 520 515
Tyr Tyr Asn Leu Asp Leu Thr Thr Phe Asp lle Leu Glu Tyr Gly Glu 540 535 530
Glu Asp Phe Arg Ala Arg Tyr Phe Leu Thr Lys Leu Val Tyr Tyr 0 560 555 550 545
Gln Phe Met Pro Trp Phe Thr Ala Asp Asn Asn Ala Phe Arg Asp Ala 575 570 565
Ala Asn Phe Val Leu Arg Leu Asn Lys Asn Arg Gin Gin Asp Ala Lys 15 590 585 580
Ala Phe lle Asn lle Arg Glu Val Glu Glu Gly Glu Met Pro Arg Asp
605 600 595
Tyr Met Gly Tyr Val Glin Gly GIn lle Ala lle His Glu Asp Ser lle 620 615 610 5
Glu Asp Thr Pro Asn His Phe Glu Lys Phe lle Ser GIn Val Phe lle 640 635 630 625
Lys Gly Phe Asp Arg His Met Arg Ser Ala Asn Leu Lys Phe lle Lys 655 650 645
Asn Pro Arg Asn 0 Gly Leu Glu GIn Ser Glu lle Glu Glu Met Ser 670 665 660
Phe Asp lle Lys Val Glu Pro Ser Phe Leu Lys Asn Lys Asp Asp Tyr 685 680 675 lle Ala Phe Trp lle Phe Cys Lys Met Leu Asp Ala Arg His Leu Ser 5 700 695 690
Glu Leu Arg Asn Glu Met lle Lys Tyr Asp Gly His Leu Thr Gly Glu 720 715 710 705 10
Gln Glu lle lle Gly Leu Ala Leu Leu Gly Val Asp Ser Arg Glu Asn 735 730 725
Asp Trp Lys GIn Phe Phe Ser Ser Glu Arg Glu Tyr Glu Lys lle Met 750 745 740
Lys Gly Tyr Val Val Glu Glu Leu Tyr ‏دا‎ Arg Glu Pro Tyr Arg Gin 765 760 755
Ser Asp Gly Lys Thr Pro lle Leu Phe Arg Gly Val Glu Gln Ala Arg 780 775 770
Lys Tyr Gly Thr Glu Thr Val lle GIn Arg Leu Phe Asp Ala Asn Pro 0 800 795 790 785
Glu Phe Lys Val Ser Lys Cys Asn Leu Ala Glu Trp Glu Arg GIn Lys 815 810 805 15
Glu Thr lle Glu Glu Thr lle Lys Arg Arg Lys Glu Leu His Asn Glu 830 825 820
Trp Ala Lys Asn Pro Lys Lys Pro GIn Asn Asn Ala Phe Phe Lys Glu 845 840 835
Tyr Lys Glu Cys Cys Asp Ala lle Asp Ala Tyr Asn Trp His Lys Asn 860 855 850
Lys Thr Thr Leu Ala Tyr Val Asn Glu Leu His His Leu Leu lle Glu 880 875 870 865 lle Leu Gly Arg Tyr Val Gly Tyr Val Ala lle Ala Asp Arg Asp Phe 15 895 890 885
Gln Cys Met Ala Asn GIn Tyr Phe Lys His Ser Gly lle Thr Glu Arg
910 905 900
Val Glu Tyr Trp Gly Asp Asn Arg Leu Lys Ser lle Lys Lys Leu Asp 925 920 915 5
Thr Phe Leu Lys Lys Glu Gly Leu Phe Val Ser Glu Lys Asn Ala Arg 940 935 930
Asn His lle Ala His Leu Asn Tyr Leu Ser Leu Lys Ser Glu Cys Thr 960 955 950 945
Leu Leu Tyr Leu Ser Glu Arg Leu Arg Glu lle Phe Lys Tyr Asp Arg 975 970 965
Lys Leu Lys Asn Ala Val Ser Lys Ser Leu lle Asp lle Leu Asp Arg 990 985 980
His Gly Met Ser Val Val Phe Ala Asn Leu Lys Glu Asn Lys His Arg 5 1005 1000 995
Leu Val lle Lys Ser Leu Glu Pro Lys Lys Leu Arg His Leu Gly 1020 1015 1010 10
Gly Lys Lys lle Asp Gly Gly Tyr lle Glu Thr Asn Gin Val Ser 1035 1030 1025
Glu Glu Tyr Cys Gly lle Val Lys Arg Leu Leu Glu Met 1050 1045 1040
591 <210> 1152 <211>
PRT <212>
Leptotrichia wadei F0279 <213> 5 591 <400>
Met Lys Val Thr Lys Val Asp Gly lle Ser His Lys Lys Tyr lle Glu 10 5 1 10
Glu Gly Lys Leu Val Lys Ser Thr Ser Glu Glu Asn Arg Thr Ser Glu 25 20 15
Arg Leu Ser Glu Leu Leu Ser lle Arg Leu Asp lle Tyr lle Lys Asn 40 35
Pro Asp Asn Ala Ser Glu Glu Glu Asn Arg lle Arg Arg Glu Asn Leu 60 55 50
Lys Lys Phe Phe Ser Asn Lys Val Leu His Leu Lys Asp Ser Val Leu 80 75 70 65
Tyr Leu Lys Asn Arg Lys Glu Lys Asn Ala Val Gin Asp Lys Asn Tyr 0 95 90 85
Ser Glu Glu Asp lle Ser Glu Tyr Asp Leu Lys Asn Lys Asn Ser Phe 110 105 100 15
Ser Val Leu Lys Lys lle Leu Leu Asn Glu Asp Val Asn Ser Glu Glu 125 120 115
Leu Glu lle Phe Arg Lys Asp Val Glu Ala Lys Leu Asn Lys lle Asn 140 135 130
Ser Leu Lys Tyr Ser Phe Glu Glu Asn Lys Ala Asn Tyr GIn Lys lle 160 155 150 145
Asn Glu Asn Asn Val Glu Lys Val Gly Gly Lys Ser Lys Arg Asn lle 175 170 165 lle Tyr Asp Tyr Tyr Arg Glu Ser Ala Lys Arg Asn Asp Tyr lle Asn 5 190 185 180
Asn Val 60 Glu Ala Phe Asp Lys Leu Tyr Lys Lys Glu Asp lle Glu
205 200 195
Lys Leu Phe Phe Leu lle Glu Asn Ser Lys Lys His Glu Lys Tyr Lys 220 215 210 5 lle Arg Glu Tyr Tyr His Lys lle lle Gly Arg Lys Asn Asp Lys Glu 240 235 230 225
Asn Phe Ala Lys lle lle Tyr Glu Glu lle Gin Asn Val Asn Asn lle 255 250 245
Lys Glu Leu lle Glu Lys lle Pro Asp Met Ser Glu Leu Lys Lys Ser 270 265 260
‏داك‎ Val Phe Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asp Lys Glu Glu Leu Asn Asp Lys 285 280 275
Asn lle Lys Tyr Ala Phe Cys His Phe Val Glu lle Glu Met Ser GIn 5 300 295 290
Leu Leu Lys Asn Tyr Val Tyr Lys Arg Leu Ser Asn lle Ser Asn Asp 320 315 310 305 10
Lys lle Lys Arg lle Phe Glu Tyr GIn Asn Leu Lys Lys Leu lle Glu 335 330 325
Asn Lys Leu Leu Asn Lys Leu Asp Thr Tyr Val Arg Asn Cys Gly Lys 350 345 340
Tyr Asn Tyr Tyr Leu GIn Val Gly Glu lle Ala Thr Ser Asp Phe lle 365 360 355
Ala Arg Asn Arg Gin Asn Glu Ala Phe Leu Arg Asn lle lle Gly Val 380 375 370
Ser Ser Val Ala Tyr Phe Ser Leu Arg Asn lle Leu Glu Thr Glu ‏80ح‎ 10 400 395 390 385
Glu Asn Asp lle Thr Gly Arg Met Arg Gly Lys Thr Val Lys Asn Asn 415 410 405 15
Lys Gly Glu Glu Lys Tyr Val Ser Gly Glu Val Asp Lys lle Tyr Asn 430 425 420
Glu Asn Lys GIn Asn Glu Val Lys Glu Asn Leu Lys Met Phe Tyr Ser 445 440 435
Tyr Asp Phe Asn Met Asp Asn Lys Asn Glu lle Glu Asp Phe Phe Ala 460 455 450
Asn lle Asp Glu Ala lle Ser Ser lle Arg His Gly lle Val His Phe 480 475 470 465
Asn Leu Glu Leu Glu Gly Lys Asp lle Phe Ala Phe Lys Asn lle Ala 15 495 490 485
Pro Ser Glu lle Ser Lys Lys Met Phe GIn Asn Glu lle Asn Glu Lys
510 505 500
Lys Leu Lys Leu Lys lle Phe Lys GIn Leu Asn Ser Ala Asn Val Phe 525 520 515 5
Asn Tyr Tyr Glu Lys Asp Val lle lle Lys Tyr Leu Lys Asn Thr Lys 540 535 530
Phe Asn Phe Val Asn Lys Asn lle Pro Phe Val Pro Ser Phe Thr Lys 560 555 550 545
Leu Tyr Asn Lys lle Glu Asp Leu Arg Asn Thr Leu Lys Phe Phe Trp 575 570 565
Ser Val Pro Lys Asp Lys Glu Glu Lys Asp Ala Gin lle Tyr Leu Leu 590 585 580
Lys Asn lle Tyr Tyr Gly Glu Phe Leu Asn Lys Phe Val Lys Ash Ser 5 605 600 595
Lys Val Phe Phe Lys lle Thr Asn Glu Val lle Lys lle Asn Lys 0 620 615 610 10
Arg Asn GIn Lys Thr Gly His Tyr Lys Tyr Gin Lys Phe Glu Asn lle 640 635 630 625
Glu Lys Thr Val Pro Val Glu Tyr Leu Ala lle lle Gln Ser Arg Glu 655 650 645
Met lle Asn Asn GIn Asp Lys Glu Glu Lys Asn Thr Tyr lle Asp Phe 670 665 660 lle Glin GIn lle Phe Leu Lys Gly Phe lle Asp Tyr Leu Asn Lys Asn 685 680 675
Asn Leu Lys Tyr lle Glu Ser Asn Asn Asn Asn Asp Asn Asn Asp lle 00 700 695 690
Phe Ser Lys lle Lys lle Lys Lys Asp Asn Lys Glu Lys Tyr Asp Lys 720 715 710 705 15 lle Leu Lys Asn Tyr Glu Lys His Asn Arg Asn Lys Glu lle Pro His 735 730 725
Glu lle Asn Glu Phe Val Arg Glu lle Lys Leu Gly Lys lle Leu Lys 750 745 740
Tyr Thr Glu Asn Leu Asn Met Phe Tyr Leu lle Leu Lys Leu Leu Asn 765 760 755
His Lys Glu Leu Thr Asn Leu Lys Gly Ser Leu Glu Lys Tyr Gin Ser 780 775 770
Ala Asn Lys Glu Glu Thr Phe Ser Asp Glu Leu Glu Leu lle Asn Leu 5 800 795 790 785
Leu Asn Leu Asp Asn Asn Arg Val Thr Glu Asp Phe Glu Leu Glu Ala
815 810 805
Asn Glu lle Gly Lys Phe Leu Asp Phe Asn Glu Asn Lys lle Lys Asp 830 825 820 5
Arg Lys Glu Leu Lys Lys Phe Asp Thr Asn Lys lle Tyr Phe Asp Gly 845 840 835
Glu Asn lle lle Lys His Arg Ala Phe Tyr Asn lle Lys Lys Tyr Gly 860 855 850
Met Leu Asn Leu Leu Glu Lys lle Ala Asp Lys Ala Lys Tyr Lys lle 880 875 870 865
Ser Leu Lys Glu Leu Lys Glu Tyr Ser Asn Lys Lys Asn Glu lle Glu 895 890 885
Lys Asn Tyr Thr Met Gln GIn Asn Leu His Arg Lys Tyr Ala Arg Pro 5 910 905 900
Lys Lys Asp Glu Lys Phe Asn Asp Glu Asp Tyr Lys Glu Tyr Glu Lys 925 920 915 10
Ala lle Gly Asn lle GIn Lys Tyr Thr His Leu Lys Asn Lys Val Glu 940 935 930
Phe Asn Glu Leu Asn Leu Leu 60 Gly Leu Leu Leu Lys lle Leu His 960 955 950 945
Arg Leu Val Gly Tyr Thr Ser lle Trp Glu Arg Asp Leu Arg Phe Arg 975 970 965
Leu Lys Gly Glu Phe Pro Glu Asn His Tyr lle Glu Glu lle Phe Asn 990 985 980
Phe Asp Asn Ser Lys Asn Val Lys Tyr Lys Ser Gly 60 lle Val Glu 0 1005 1000 995
Lys Tyr lle Asn Phe Tyr Lys Glu Leu Tyr Lys Asp Asn Val Glu 1020 1015 1010 15
Lys Arg Ser lle Tyr Ser Asp Lys Lys Val Lys Lys Leu Lys 0 1035 1030 1025
Glu Lys Lys Asp Leu Tyr lle Arg Asn Tyr lle Ala His Phe Asn 1050 1045 1040
Tyr lle Pro His Ala Glu lle Ser Leu Leu Glu Val Leu Glu Asn 1065 1060 1055
Leu Arg Lys Leu Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala lle 1080 1075 1070
Met Lys Ser lle Val Asp lle Leu Lys Glu Tyr Gly Phe Val Ala 15 1095 1090 1085
Thr Phe Lys lle Gly Ala Asp Lys Lys lle Glu lle GIn Thr Leu
1110 1105 1100
Glu Ser Glu Lys lle Val His Leu Lys Asn Leu Lys Lys Lys Lys 1125 1120 1115 5
Leu Met Thr Asp Arg Asn Ser Glu Glu Leu Cys Glu Leu Val Lys 1140 1135 1130
Val Met Phe Glu Tyr Lys Ala Leu Glu 1150 1145 592 <210> 1285 <211>
PRT <212>
Rhodobacter capsulatus SB1003 <213>
592 >400<
Met Gin lle Gly Lys Val Gln Gly Arg Thr lle Ser Glu Phe Gly Asp 15 10 5 1 5
Pro Ala Gly Gly Leu Lys Arg Lys lle Ser Thr Asp Gly Lys Asn Arg 30 25 20
Lys Glu Leu Pro Ala His Leu Ser Ser Asp Pro Lys Ala Leu lle Gly 45 40 35
Gln Trp lle Ser Gly lle Asp Lys lle Tyr Arg Lys Pro Asp Ser Arg 60 55 50
Lys Ser Asp Gly Lys Ala lle His Ser Pro Thr Pro Ser Lys Met 0 80 75 70 65
Phe Asp Ala Arg Asp Asp Leu Gly Glu Ala Phe Trp Lys Leu Val Ser 5 95 90 85
Glu Ala Gly Leu Ala Gin Asp Ser Asp Tyr Asp GIn Phe Lys Arg Arg 110 105 100 10
Leu His Pro Tyr Gly Asp Lys Phe Gin Pro Ala Asp Ser Gly Ala Lys 125 120 115
Leu Lys Phe Glu Ala Asp Pro Pro Glu Pro Gin Ala Phe His Gly Arg 140 135 130
Trp Tyr Gly Ala Met Ser Lys Arg Gly Asn Asp Ala Lys Glu Leu Ala 160 155 150 145
Ala Ala Leu Tyr Glu His Leu His Val Asp Glu Lys Arg lle Asp Gly 175 170 165
GIn Pro Lys Arg Asn Pro Lys Thr Asp Lys Phe Ala Pro Gly Leu Val 10 190 185 180
Val Ala Arg Ala Leu Gly lle Glu Ser Ser Val Leu Pro Arg Gly Met 205 200 195 15
Ala Arg Leu Ala Arg Asn Trp Gly Glu Glu Glu lle GIn Thr Tyr Phe 220 215 210
Val Val Asp Val Ala Ala Ser Val Lys Glu Val Ala Lys Ala Ala Val 240 235 230 225
Ser Ala Ala GIn Ala Phe Asp Pro Pro Arg Gin Val Ser Gly Arg Ser 255 250 245
Leu Ser Pro Lys Val Gly Phe Ala Leu Ala Glu His Leu Glu Arg Val 270 265 260
Thr Gly Ser Lys Arg Cys Ser Phe Asp Pro Ala Ala Gly Pro Ser Val 15 285 280 275
Leu Ala Leu His Asp Glu Val Lys Lys Thr Tyr Lys Arg Leu Cys Ala
300 295 290
Arg Gly Lys Asn Ala Ala Arg Ala Phe Pro Ala Asp Lys Thr Glu Leu 320 315 310 305 5
Leu Ala Leu Met Arg His Thr His Glu Asn Arg Val Arg Asn Gln Met 335 330 325
Val Arg Met Gly Arg Val Ser Glu Tyr Arg Gly Gin Gin Ala Gly Asp 350 345 340
Leu Ala GIn Ser His Tyr Trp Thr Ser Ala Gly 60 Thr Glu lle Lys 365 360 355
Glu Ser Glu lle Phe Val Arg Leu Trp Val Gly Ala Phe Ala Leu Ala 380 375 370
Gly Arg Ser Met Lys Ala Trp lle Asp Pro Met Gly Lys lle Val Asn 5 400 395 390 385
Thr Glu Lys Asn Asp Arg Asp Leu Thr Ala Ala Val Asn lle Arg 0 415 410 405 10
Val lle Ser Asn Lys Glu Met Val Ala Glu Ala Met Ala Arg Arg Gly 430 425 420 lle Tyr Phe Gly Glu Thr Pro Glu Leu Asp Arg Leu Gly Ala Glu Gly 445 440 435
Asn Glu Gly Phe Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg 460 455 450
Asn GIn Thr Phe His Leu Gly Ala Arg Ala Gly Phe Leu Lys Glu lle 480 475 470 465
Arg Lys Glu Leu Glu Lys Thr Arg Trp Gly Lys Ala Lys Glu Ala Glu 0 495 490 485
His Val Val Leu Thr Asp Lys Thr Val Ala Ala lle Arg Ala lle lle 510 505 500 15
Asp Asn Asp Ala Lys Ala Leu Gly Ala Arg Leu Leu Ala Asp Leu Ser 525 520 515
Gly Ala Phe Val Ala His Tyr Ala Ser Lys Glu His Phe Ser Thr Leu 540 535 530
Tyr Ser Glu lle Val Lys Ala Val Lys Asp Ala Pro Glu Val Ser Ser 560 555 550 545
Gly Leu Pro Arg Leu Lys Leu Leu Leu Lys Arg Ala Asp Gly Val Arg 575 570 565
Gly Tyr Val His Gly Leu Arg Asp Thr Arg Lys His Ala Phe Ala Thr 15 590 585 580
Lys Leu Pro Pro Pro Pro Ala Pro Arg Glu Leu Asp Asp Pro Ala Thr
605 600 595
Lys Ala Arg Tyr lle Ala Leu Leu Arg Leu Tyr Asp Gly Pro Phe Arg 620 615 610 5
Ala Tyr Ala Ser Gly lle Thr Gly Thr Ala Leu Ala Gly Pro Ala Ala 640 635 630 625
Arg Ala Lys Glu Ala Ala Thr Ala Leu Ala GIn Ser Val Asn Val Thr 655 650 645
Lys Ala Tyr Ser Asp Val Met Glu Gly Arg Thr Ser Arg Leu Arg Pro 670 665 660
Pro Asn Asp Gly Glu Thr Leu Arg Glu Tyr Leu Ser Ala Leu Thr Gly 685 680 675
Glu Thr Ala Thr Glu Phe Arg Val Gin lle Gly Tyr Glu Ser Asp Ser 5 700 695 690
Glu Asn Ala Arg Lys GIn Ala Glu Phe lle Glu Asn Tyr Arg Arg Asp 720 715 710 705 10
Met Leu Ala Phe Met Phe Glu Asp Tyr lle Arg Ala Lys Gly Phe Asp 735 730 725
Trp lle Leu Lys lle Glu Pro Gly Ala Thr Ala Met Thr Arg Ala Pro 750 745 740
Val Leu Pro Glu Pro lle Asp Thr Arg Gly Gln Tyr Glu His Trp Gin 765 760 755
Ala Ala Leu Tyr Leu Val Met His Phe Val Pro Ala Ser Asp Val Ser 780 775 770
Asn Leu Leu His GIn Leu Arg Lys Trp Glu Ala Leu Gin Gly Lys Tyr 0 800 795 790 785
Glu Leu Val Gin Asp Gly Asp Ala Thr Asp GIn Ala Asp Ala Arg Arg 815 810 805 15
Glu Ala Leu Asp Leu Val Lys Arg Phe Arg Asp Val Leu Val Leu Phe 830 825 820
Leu Lys Thr Gly Glu Ala Arg Phe Glu Gly Arg Ala Ala Pro Phe Asp 845 840 835
Leu Lys Pro Phe Arg Ala Leu Phe Ala Asn Pro Ala Thr Phe Asp Arg 860 855 850
Leu Phe Met Ala Thr Pro Thr Thr Ala Arg Pro Ala Glu Asp Asp Pro 880 875 870 865
Glu Gly Asp Gly Ala Ser Glu Pro Glu Leu Arg Val Ala Arg Thr Leu 5 895 890 885
Arg Gly Leu Arg Gin lle Ala Arg Tyr Asn His Met Ala Val Leu Ser
910 905 900
Asp Leu Phe Ala Lys His Lys Val Arg Asp Glu Glu Val Ala Arg Leu 925 920 915 5
Ala Glu lle Glu Asp Glu Thr Gin Glu Lys Ser Gin lle Val Ala Ala 940 935 930
Gln Glu Leu Arg Thr Asp Leu His Asp Lys Val Met Lys Cys His Pro 960 955 950 945
Lys Thr lle Ser Pro Glu Glu Arg Gin Ser Tyr Ala Ala Ala lle Lys 975 970 965
Thr lle Glu Glu His Arg Phe Leu Val Gly Arg Val Tyr Leu Gly Asp 990 985 980
His Leu Arg Leu His Arg Leu Met Met Asp Val lle Gly Arg Leu lle 5 1005 1000 995
Asp Tyr Ala Gly Ala Tyr Glu Arg Asp Thr Gly Thr Phe Leu lle 1020 1015 1010 10
Asn Ala Ser Lys Gin Leu Gly Ala Gly Ala Asp Trp Ala Val Thr 1035 1030 1025 lle Ala Gly Ala Ala Asn Thr Asp Ala Arg Thr Gin Thr Arg Lys 1050 1045 1040
Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala Asp Gly Thr Pro 1065 1060 1055
Asp Leu Thr Ala Leu Val Asn Arg Ala Arg Glu Met Met Ala Tyr 1080 1075 1070
Asp Arg Lys Arg Lys Asn Ala Val Pro Arg Ser lle Leu Asp Met 0 1095 1090 1085
Leu Ala Arg Leu Gly Leu Thr Leu Lys Trp Glin Met Lys Asp His 1110 1105 1100 15
Leu Leu Gin Asp Ala Thr lle Thr Gin Ala Ala lle Lys His Leu 1125 1120 1115
Asp Lys Val Arg Leu Thr Val Gly Gly Pro Ala Ala Val Thr Glu 1140 1135 1130
Ala Arg Phe Ser GIn Asp Tyr Leu GIn Met Val Ala Ala Val Phe 1155 1150 1145
Asn Gly Ser Val Gin Asn Pro Lys Pro Arg Arg Arg Asp Asp Gly 1170 1165 1160
Asp Ala Trp His Lys Pro Pro Lys Pro Ala Thr Ala GIn Ser Gln 5 1185 1180 1175
Pro Asp GIn Lys Pro Pro Asn Lys Ala Pro Ser Ala Gly Ser Arg
1200 1195 1190
Leu Pro Pro Pro GIn Val Gly Glu Val Tyr Glu Gly Val Val Val 1215 1210 1205 5
Lys Val lle Asp Thr Gly Ser Leu Gly Phe Leu Ala Val Glu Gly 1230 1225 1220
Val Ala Gly Asn lle Gly Leu His lle Ser Arg Leu Arg Arg lle 1245 1240 1235
Arg Glu Asp Ala lle lle Val Gly Arg Arg Tyr Arg Phe Arg Val 1260 1255 1250
Glu lle Tyr Val Pro Pro Lys Ser Asn Thr Ser Lys Leu Asn Ala 1275 1270 1265
Ala Asp Leu Val Arg lle Asp 5 1285 1280 593 <210> 1285 <211> 10
PRT <212>
Rhodobacter capsulatus R121 <213> 593 <400>
Met Gin lle Gly Lys Val Gln Gly Arg Thr lle Ser Glu Phe Gly Asp 15 10 5 1
Pro Ala Gly Gly Leu Lys Arg Lys lle Ser Thr Asp Gly Lys Asn Arg 30 25 20
Lys Glu Leu Pro Ala His Leu Ser Ser Asp Pro Lys Ala Leu lle Gly 5 45 40 35
Gln Trp lle Ser Gly lle Asp Lys lle Tyr Arg Lys Pro Asp Ser Arg 60 55 50 10
Lys Ser Asp Gly Lys Ala lle His Ser Pro Thr Pro Ser Lys Met 60 80 75 70 65
Phe Asp Ala Arg Asp Asp Leu Gly Glu Ala Phe Trp Lys Leu Val Ser 95 90 85
Glu Ala Gly Leu Ala Gin Asp Ser Asp Tyr Asp ‏داى‎ Phe Lys Arg Arg 110 105 100
Leu His Pro Tyr Gly Asp Lys Phe Gin Pro Ala Asp Ser Gly Ala Lys 125 120 115
Leu Lys Phe Glu Ala Asp Pro Pro Glu Pro Gin Ala Phe His Gly Arg 0 140 135 130
Trp Tyr Gly Ala Met Ser Lys Arg Gly Asn Asp Ala Lys Glu Leu Ala 160 155 150 145 15
Ala Ala Leu Tyr Glu His Leu His Val Asp Glu Lys Arg lle Asp Gly 175 170 165
‏ما‎ Pro Lys Arg Asn Pro Lys Thr Asp Lys Phe Ala Pro Gly Leu Val 190 185 180
Val Ala Arg Ala Leu Gly lle Glu Ser Ser Val Leu Pro Arg Gly Met 205 200 195
Ala Arg Leu Ala Arg Asn Trp Gly Glu Glu Glu lle GIn Thr Tyr Phe 220 215 210
Val Val Asp Val Ala Ala Ser Val Lys Glu Val Ala Lys Ala Ala Val 15 240 235 230 225
Ser Ala Ala GIn Ala Phe Asp Pro Pro Arg Gin Val Ser Gly Arg Ser
255 250 245
Leu Ser Pro Lys Val Gly Phe Ala Leu Ala Glu His Leu Glu Arg Val 270 265 260 5
Thr Gly Ser Lys Arg Cys Ser Phe Asp Pro Ala Ala Gly Pro Ser Val 285 280 275
Leu Ala Leu His Asp Glu Val Lys Lys Thr Tyr Lys Arg Leu Cys Ala 300 295 290
Arg Gly Lys Asn Ala Ala Arg Ala Phe Pro Ala Asp Lys Thr Glu Leu 320 315 310 305
Leu Ala Leu Met Arg His Thr His Glu Asn Arg Val Arg Asn GIn Met 335 330 325
Val Arg Met Gly Arg Val Ser Glu Tyr Arg Gly GIn ‏ماك‎ Ala Gly Asp 5 350 345 340
Leu Ala GIn Ser His Tyr Trp Thr Ser Ala Gly 60 Thr Glu lle Lys 365 360 355 10
Glu Ser Glu lle Phe Val Arg Leu Trp Val Gly Ala Phe Ala Leu Ala 380 375 370
Gly Arg Ser Met Lys Ala Trp lle Asp Pro Met Gly Lys lle Val Asn 400 395 390 385
Thr Glu Lys Asn Asp Arg Asp Leu Thr Ala Ala Val Asn lle Arg Gin 415 410 405
Val lle Ser Asn Lys Glu Met Val Ala Glu Ala Met Ala Arg Arg Gly 430 425 420 lle Tyr Phe Gly Glu Thr Pro Glu Leu Asp Arg Leu Gly Ala Glu Gly 0 445 440 435
Asn Glu Gly Phe Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg 460 455 450 15
Asn GIn Thr Phe His Leu Gly Ala Arg Ala Gly Phe Leu Lys Glu lle 480 475 470 465
Arg Lys Glu Leu Glu Lys Thr Arg Trp Gly Lys Ala Lys Glu Ala Glu 495 490 485
His Val Val Leu Thr Asp Lys Thr Val Ala Ala lle Arg Ala lle lle 510 505 500
Asp Asn Asp Ala Lys Ala Leu Gly Ala Arg Leu Leu Ala Asp Leu Ser 525 520 515
Gly Ala Phe Val Ala His Tyr Ala Ser Lys Glu His Phe Ser Thr Leu 15 540 535 530
Tyr Ser Glu lle Val Lys Ala Val Lys Asp Ala Pro Glu Val Ser Ser
560 555 550 545
Gly Leu Pro Arg Leu Lys Leu Leu Leu Lys Arg Ala Asp Gly Val Arg 575 570 565 5
Gly Tyr Val His Gly Leu Arg Asp Thr Arg Lys His Ala Phe Ala Thr 590 585 580
Lys Leu Pro Pro Pro Pro Ala Pro Arg Glu Leu Asp Asp Pro Ala Thr 605 600 595
Lys Ala Arg Tyr lle Ala Leu Leu Arg Leu Tyr Asp Gly Pro Phe Arg 620 615 610
Ala Tyr Ala Ser Gly lle Thr Gly Thr Ala Leu Ala Gly Pro Ala Ala 640 635 630 625
Arg Ala Lys Glu Ala Ala Thr Ala Leu Ala GIn Ser Val Asn Val Thr 5 655 650 645
Lys Ala Tyr Ser Asp Val Met Glu Gly Arg Ser Ser Arg Leu Arg Pro 670 665 660 10
Pro Asn Asp Gly Glu Thr Leu Arg Glu Tyr Leu Ser Ala Leu Thr Gly 685 680 675
Glu Thr Ala Thr Glu Phe Arg Val Gin lle Gly Tyr Glu Ser Asp Ser 700 695 690
Glu Asn Ala Arg Lys GIn Ala Glu Phe lle Glu Asn Tyr Arg Arg Asp 720 715 710 705
Met Leu Ala Phe Met Phe Glu Asp Tyr lle Arg Ala Lys Gly Phe Asp 735 730 725
Trp lle Leu Lys lle Glu Pro Gly Ala Thr Ala Met Thr Arg Ala Pro 10 750 745 740
Val Leu Pro Glu Pro lle Asp Thr Arg Gly Gln Tyr Glu His Trp Gin 765 760 755 15
Ala Ala Leu Tyr Leu Val Met His Phe Val Pro Ala Ser Asp Val Ser 780 775 770
Asn Leu Leu His GIn Leu Arg Lys Trp Glu Ala Leu GIn Gly Lys Tyr 800 795 790 785
Glu Leu Val Gin Asp Gly Asp Ala Thr Asp Gin Ala Asp Ala Arg Arg 815 810 805
Glu Ala Leu Asp Leu Val Lys Arg Phe Arg Asp Val Leu Val Leu Phe 830 825 820
Leu Lys Thr Gly Glu Ala Arg Phe Glu Gly Arg Ala Ala Pro Phe Asp 15 845 840 835
Leu Lys Pro Phe Arg Ala Leu Phe Ala Asn Pro Ala Thr Phe Asp Arg
860 855 850
Leu Phe Met Ala Thr Pro Thr Thr Ala Arg Pro Ala Glu Asp Asp Pro 880 875 870 865 5
Glu Gly Asp Gly Ala Ser Glu Pro Glu Leu Arg Val Ala Arg Thr Leu 895 890 885
Arg Gly Leu Arg Gin lle Ala Arg Tyr Asn His Met Ala Val Leu Ser 910 905 900
Asp Leu Phe Ala Lys His Lys Val Arg Asp Glu Glu Val Ala Arg Leu 925 920 915
Ala Glu lle Glu Asp Glu Thr Gin Glu Lys Ser Gin lle Val Ala Ala 940 935 930
GIn Glu Leu Arg Thr Asp Leu His Asp Lys Val Met Lys Cys His Pro 5 960 955 950 945
Lys Thr lle Ser Pro Glu Glu Arg Gin Ser Tyr Ala Ala Ala lle Lys 975 970 965 10
Thr lle Glu Glu His Arg Phe Leu Val Gly Arg Val Tyr Leu Gly Asp 990 985 980
His Leu Arg Leu His Arg Leu Met Met Asp Val lle Gly Arg Leu lle 1005 1000 995
Asp Tyr Ala Gly Ala Tyr Glu Arg Asp Thr Gly Thr Phe Leu lle 1020 1015 1010
Asn Ala Ser Lys Gin Leu Gly Ala Gly Ala Asp Trp Ala Val Thr 1035 1030 1025 lle Ala Gly Ala Ala Asn Thr Asp Ala Arg Thr GIn Thr Arg Lys 0 1050 1045 1040
Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala Asp Gly Thr Pro 1065 1060 1055 15
Asp Leu Thr Ala Leu Val Asn Arg Ala Arg Glu Met Met Ala Tyr 1080 1075 1070
Asp Arg Lys Arg Lys Asn Ala Val Pro Arg Ser lle Leu Asp Met 1095 1090 1085
Leu Ala Arg Leu Gly Leu Thr Leu Lys Trp Gin Met Lys Asp His 1110 1105 1100
Leu Leu Gin Asp Ala Thr lle Thr Gin Ala Ala lle Lys His Leu 1125 1120 1115
Asp Lys Val Arg Leu Thr Val Gly Gly Pro Ala Ala Val Thr Glu 15 1140 1135 1130
Ala Arg Phe Ser GIn Asp Tyr Leu GIn Met Val Ala Ala Val Phe
1155 1150 1145
Asn Gly Ser Val Gin Asn Pro Lys Pro Arg Arg Arg Asp Asp Gly 1170 1165 1160 5
Asp Ala Trp His Lys Pro Pro Lys Pro Ala Thr Ala GIn Ser 07 1185 1180 1175
Pro Asp ‏ماو‎ Lys Pro Pro Asn Lys Ala Pro Ser Ala Gly Ser Arg 1200 1195 1190
Leu Pro Pro Pro GIn Val Gly Glu Val Tyr Glu Gly Val Val Val 1215 1210 1205
Lys Val lle Asp Thr Gly Ser Leu Gly Phe Leu Ala Val Glu Gly 1230 1225 1220
Val Ala Gly Asn lle Gly Leu His lle Ser Arg Leu Arg Arg lle 5 1245 1240 1235
Arg Glu Asp Ala lle lle Val Gly Arg Arg Tyr Arg Phe Arg Val 1260 1255 1250 10
Glu lle Tyr Val Pro Pro Lys Ser Asn Thr Ser Lys Leu Asn Ala 1275 1270 1265
Ala Asp Leu Val Arg lle Asp 1285 1280
594 <210> 1285 <211>
PRT <212>
Rhodobacter capsulatus DE442 <213> 5 594 <400>
Met Gin lle Gly Lys Val Gln Gly Arg Thr lle Ser Glu Phe Gly Asp 10 5 1 10
Pro Ala Gly Gly Leu Lys Arg Lys lle Ser Thr Asp Gly Lys Asn Arg 25 20 15
Lys Glu Leu Pro Ala His Leu Ser Ser Asp Pro Lys Ala Leu lle Gly 40 35
‏ما‎ Trp lle Ser Gly lle Asp Lys lle Tyr Arg Lys Pro Asp Ser Arg 60 55 50
Lys Ser Asp Gly Lys Ala lle His Ser Pro Thr Pro Ser Lys Met GIn 80 75 70 65
Phe Asp Ala Arg Asp Asp Leu Gly Glu Ala Phe Trp Lys Leu Val Ser 0 95 90 85
Glu Ala Gly Leu Ala Gln Asp Ser Asp Tyr Asp GIn Phe Lys Arg Arg 110 105 100 15
Leu His Pro Tyr Gly Asp Lys Phe Gin Pro Ala Asp Ser Gly Ala Lys 125 120 115
Leu Lys Phe Glu Ala Asp Pro Pro Glu Pro Gin Ala Phe His Gly Arg 140 135 130
Trp Tyr Gly Ala Met Ser Lys Arg Gly Asn Asp Ala Lys Glu Leu Ala 160 155 150 145
Ala Ala Leu Tyr Glu His Leu His Val Asp Glu Lys Arg lle Asp Gly 175 170 165
GIn Pro Lys Arg Asn Pro Lys Thr Asp Lys Phe Ala Pro Gly Leu Val 15 190 185 180
Val Ala Arg Ala Leu Gly lle Glu Ser Ser Val Leu Pro Arg Gly Met
205 200 195
Ala Arg Leu Ala Arg Asn Trp Gly Glu Glu Glu lle GIn Thr Tyr Phe 220 215 210 5
Val Val Asp Val Ala Ala Ser Val Lys Glu Val Ala Lys Ala Ala Val 240 235 230 225
Ser Ala Ala GIn Ala Phe Asp Pro Pro Arg Gin Val Ser Gly Arg Ser 255 250 245
Leu Ser Pro Lys Val Gly Phe Ala Leu Ala Glu His Leu Glu Arg Val 270 265 260
Thr Gly Ser Lys Arg Cys Ser Phe Asp Pro Ala Ala Gly Pro Ser Val 285 280 275
Leu Ala Leu His Asp Glu Val Lys Lys Thr Tyr Lys Arg Leu Cys Ala 5 300 295 290
Arg Gly Lys Asn Ala Ala Arg Ala Phe Pro Ala Asp Lys Thr Glu Leu 320 315 310 305 10
Leu Ala Leu Met Arg His Thr His Glu Asn Arg Val Arg Asn Gin Met 335 330 325
Val Arg Met Gly Arg Val Ser Glu Tyr Arg Gly Gin Gin Ala Gly Asp 350 345 340
Leu Ala GIn Ser His Tyr Trp Thr Ser Ala Gly 60 Thr Glu lle Lys 365 360 355
Glu Ser Glu lle Phe Val Arg Leu Trp Val Gly Ala Phe Ala Leu Ala 380 375 370
Gly Arg Ser Met Lys Ala Trp lle Asp Pro Met Gly Lys lle Val Asn 0 400 395 390 385
Thr Glu Lys Asn Asp Arg Asp Leu Thr Ala Ala Val Asn lle Arg Gin 415 410 405 15
Val lle Ser Asn Lys Glu Met Val Ala Glu Ala Met Ala Arg Arg Gly 430 425 420 lle Tyr Phe Gly Glu Thr Pro Glu Leu Asp Arg Leu Gly Ala Glu Gly 445 440 435
Asn Glu Gly Phe Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg 460 455 450
Asn GIn Thr Phe His Leu Gly Ala Arg Ala Gly Phe Leu Lys Glu lle 480 475 470 465
Arg Lys Glu Leu Glu Lys Thr Arg Trp Gly Lys Ala Lys Glu Ala Glu 5 495 490 485
His Val Val Leu Thr Asp Lys Thr Val Ala Ala lle Arg Ala lle lle
510 505 500
Asp Asn Asp Ala Lys Ala Leu Gly Ala Arg Leu Leu Ala Asp Leu Ser 525 520 515 5
Gly Ala Phe Val Ala His Tyr Ala Ser Lys Glu His Phe Ser Thr Leu 540 535 530
Tyr Ser Glu lle Val Lys Ala Val Lys Asp Ala Pro Glu Val Ser Ser 560 555 550 545
Gly Leu Pro Arg Leu Lys Leu Leu Leu Lys Arg Ala Asp Gly Val Arg 575 570 565
Gly Tyr Val His Gly Leu Arg Asp Thr Arg Lys His Ala Phe Ala Thr 590 585 580
Lys Leu Pro Pro Pro Pro Ala Pro Arg Glu Leu Asp Asp Pro Ala Thr 5 605 600 595
Lys Ala Arg Tyr lle Ala Leu Leu Arg Leu Tyr Asp Gly Pro Phe Arg 620 615 610 10
Ala Tyr Ala Ser Gly lle Thr Gly Thr Ala Leu Ala Gly Pro Ala Ala 640 635 630 625
Arg Ala Lys Glu Ala Ala Thr Ala Leu Ala GIn Ser Val Asn Val Thr 655 650 645
Lys Ala Tyr Ser Asp Val Met Glu Gly Arg Ser Ser Arg Leu Arg Pro 670 665 660
Pro Asn Asp Gly Glu Thr Leu Arg Glu Tyr Leu Ser Ala Leu Thr Gly 685 680 675
Glu Thr Ala Thr Glu Phe Arg Val Gin lle Gly Tyr Glu Ser Asp Ser 10 700 695 690
Glu Asn Ala Arg Lys GIn Ala Glu Phe lle Glu Asn Tyr Arg Arg Asp 720 715 710 705 15
Met Leu Ala Phe Met Phe Glu Asp Tyr lle Arg Ala Lys Gly Phe Asp 735 730 725
Trp lle Leu Lys lle Glu Pro Gly Ala Thr Ala Met Thr Arg Ala Pro 750 745 740
Val Leu Pro Glu Pro lle Asp Thr Arg Gly Gln Tyr Glu His Trp Gin 765 760 755
Ala Ala Leu Tyr Leu Val Met His Phe Val Pro Ala Ser Asp Val Ser 780 775 770
Asn Leu Leu His GIn Leu Arg Lys Trp Glu Ala Leu Gin Gly Lys Tyr 5 800 795 790 785
Glu Leu Val Gin Asp Gly Asp Ala Thr Asp GIn Ala Asp Ala Arg Arg
815 810 805
Glu Ala Leu Asp Leu Val Lys Arg Phe Arg Asp Val Leu Val Leu Phe 830 825 820 5
Leu Lys Thr Gly Glu Ala Arg Phe Glu Gly Arg Ala Ala Pro Phe Asp 845 840 835
Leu Lys Pro Phe Arg Ala Leu Phe Ala Asn Pro Ala Thr Phe Asp Arg 860 855 850
Leu Phe Met Ala Thr Pro Thr Thr Ala Arg Pro Ala Glu Asp Asp Pro 880 875 870 865
Glu Gly Asp Gly Ala Ser Glu Pro Glu Leu Arg Val Ala Arg Thr Leu 895 890 885
Arg Gly Leu Arg Gin lle Ala Arg Tyr Asn His Met Ala Val Leu Ser 5 910 905 900
Asp Leu Phe Ala Lys His Lys Val Arg Asp Glu Glu Val Ala Arg Leu 925 920 915 10
Ala Glu lle Glu Asp Glu Thr GIn Glu Lys Ser Gin lle Val Ala Ala 940 935 930
GIn Glu Leu Arg Thr Asp Leu His Asp Lys Val Met Lys Cys His Pro 960 955 950 945
Lys Thr lle Ser Pro Glu Glu Arg Gin Ser Tyr Ala Ala Ala lle Lys 975 970 965
Thr lle Glu Glu His Arg Phe Leu Val Gly Arg Val Tyr Leu Gly Asp 990 985 980
His Leu Arg Leu His Arg Leu Met Met Asp Val lle Gly Arg Leu lle 10 1005 1000 995
Asp Tyr Ala Gly Ala Tyr Glu Arg Asp Thr Gly Thr Phe Leu lle 1020 1015 1010 15
Asn Ala Ser Lys Gin Leu Gly Ala Gly Ala Asp Trp Ala Val Thr 1035 1030 1025 lle Ala Gly Ala Ala Asn Thr Asp Ala Arg Thr GIn Thr Arg Lys 1050 1045 1040
Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala Asp Gly Thr Pro 1065 1060 1055
Asp Leu Thr Ala Leu Val Asn Arg Ala Arg Glu Met Met Ala Tyr 1080 1075 1070
Asp Arg Lys Arg Lys Asn Ala Val Pro Arg Ser lle Leu Asp Met 15 1095 1090 1085
Leu Ala Arg Leu Gly Leu Thr Leu Lys Trp ‏صا‎ Met Lys Asp His
1110 1105 1100
Leu Leu Gin Asp Ala Thr lle Thr Gln Ala Ala lle Lys His Leu 1125 1120 1115 5
Asp Lys Val Arg Leu Thr Val Gly Gly Pro Ala Ala Val Thr Glu 1140 1135 1130
Ala Arg Phe Ser GIn Asp Tyr Leu GIn Met Val Ala Ala Val Phe 1155 1150 1145
Asn Gly Ser Val Gin Asn Pro Lys Pro Arg Arg Arg Asp Asp Gly 1170 1165 1160
Asp Ala Trp His Lys Pro Pro Lys Pro Ala Thr Ala GIn Ser 07 1185 1180 1175
Pro Asp ‏ماو‎ Lys Pro Pro Asn Lys Ala Pro Ser Ala Gly Ser Arg 5 1200 1195 1190
Leu Pro Pro Pro GIn Val Gly Glu Val Tyr Glu Gly Val Val Val 1215 1210 1205 10
Lys Val lle Asp Thr Gly Ser Leu Gly Phe Leu Ala Val Glu Gly 1230 1225 1220
Val Ala Gly Asn lle Gly Leu His lle Ser Arg Leu Arg Arg lle 1245 1240 1235
Arg Glu Asp Ala lle lle Val Gly Arg Arg Tyr Arg Phe Arg Val 1260 1255 1250
Glu lle Tyr Val Pro Pro Lys Ser Asn Thr Ser Lys Leu Asn Ala 1275 1270 1265
Ala Asp Leu Val Arg lle Asp 0 1285 1280 595 <210> 1159 <211> 15
PRT <212>
Leptotrichia buccalis C-1013-b <213> 595 <400>
Met Lys Val Thr Lys Val Gly Gly lle Ser His Lys Lys Tyr Thr Ser 15 10 5 1
Glu Gly Arg Leu Val Lys Ser Glu Ser Glu Glu Asn Arg Thr Asp Glu 25 20
Arg Leu Ser Ala Leu Leu Asn Met Arg Leu Asp Met Tyr lle Lys Asn 10 40 35
Pro Ser Ser Thr Glu Thr Lys Glu Asn GIn Lys Arg lle Gly Lys Leu 60 55 50 15
Lys Lys Phe Phe Ser Asn Lys Met Val Tyr Leu Lys Asp Asn Thr Leu 80 75 70 65
Ser Leu Lys Asn Gly Lys Lys Glu Asn lle Asp Arg Glu Tyr Ser Glu 95 90 85
Thr Asp lle Leu Glu Ser Asp Val Arg Asp Lys Lys Asn Phe Ala Val 110 105 100
Leu Lys Lys lle Tyr Leu Asn Glu Asn Val Asn Ser Glu Glu Leu Glu 125 120 115
Val Phe Arg Asn Asp lle Lys Lys Lys Leu Asn Lys lle Asn Ser Leu 15 140 135 130
Lys Tyr Ser Phe Glu Lys Asn Lys Ala Asn Tyr Gin Lys lle Asn Glu
160 155 150 145
Asn Asn lle Glu Lys Val Glu Gly Lys Ser Lys Arg Asn lle lle Tyr 175 170 165 5
Asp Tyr Tyr Arg Glu Ser Ala Lys Arg Asp Ala Tyr Val Ser Asn Val 190 185 180
Lys Glu Ala Phe Asp Lys Leu Tyr Lys Glu Glu Asp lle Ala Lys Leu 205 200 195
Val Leu Glu lle Glu Asn Leu Thr Lys Leu Glu Lys Tyr Lys lle Arg 220 215 210
Glu Phe Tyr His Glu lle lle Gly Arg Lys Asn Asp Lys Glu Asn Phe 240 235 230 225
Ala Lys lle lle Tyr Glu Glu lle Gln Asn Val Asn Asn Met Lys Glu 5 255 250 245
Leu lle Glu Lys Val Pro Asp Met Ser Glu Leu Lys Lys Ser Gin Val 270 265 260 10
Phe Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asp Lys Glu Glu Leu Asn Asp Lys Asn lle 285 280 275
Lys Tyr Ala Phe Cys His Phe Val Glu lle Glu Met Ser Gin Leu Leu 300 295 290
Lys Asn Tyr Val Tyr Lys Arg Leu Ser Asn lle Ser Asn Asp Lys lle 320 315 310 305
Lys Arg lle Phe Glu Tyr Gin Asn Leu Lys Lys Leu lle Glu Asn Lys 335 330 325
Leu Leu Asn Lys Leu Asp Thr Tyr Val Arg Asn Cys Gly Lys Tyr Asn 0 350 345 340
Tyr Tyr Leu Gln Asp Gly Glu lle Ala Thr Ser Asp Phe lle Ala Arg 365 360 355 15
Asn Arg Gln Asn Glu Ala Phe Leu Arg Asn lle lle Gly Val Ser Ser 380 375 370
Val Ala Tyr Phe Ser Leu Arg Asn lle Leu Glu Thr Glu Asn Glu Asn 400 395 390 385
Asp lle Thr Gly Arg Met Arg Gly Lys Thr Val Lys Asn Asn Lys Gly 415 410 405
Glu Glu Lys Tyr Val Ser Gly Glu Val Asp Lys lle Tyr Asn Glu Asn 430 425 420
Lys Lys Asn Glu Val Lys Glu Asn Leu Lys Met Phe Tyr Ser Tyr Asp 5 445 440 435
Phe Asn Met Asp Asn Lys Asn Glu lle Glu Asp Phe Phe Ala Asn lle
460 455 450
Asp Glu Ala lle Ser Ser lle Arg His Gly lle Val His Phe Asn Leu 480 475 470 465 5
Glu Leu Glu Gly Lys Asp lle Phe Ala Phe Lys Asn lle Ala Pro Ser 495 490 485
Glu lle Ser Lys Lys Met Phe GIn Asn Glu lle Asn Glu Lys Lys Leu 510 505 500
Lys Leu Lys lle Phe Arg GIn Leu Asn Ser Ala Asn Val Phe Arg Tyr 525 520 515
Leu Glu Lys Tyr Lys lle Leu Asn Tyr Leu Lys Arg Thr Arg Phe Glu 540 535 530
Phe Val Asn Lys Asn lle Pro Phe Val Pro Ser Phe Thr Lys Leu Tyr 5 560 555 550 545
Ser Arg lle Asp Asp Leu Lys Asn Ser Leu Gly lle Tyr Trp Lys Thr 575 570 565 10
Pro Lys Thr Asn Asp Asp Asn Lys Thr Lys Glu lle lle Asp Ala 0 590 585 580 lle Tyr Leu Leu Lys Asn lle Tyr Tyr Gly Glu Phe Leu Asn Tyr Phe 605 600 595
Met Ser Asn Asn Gly Asn Phe Phe Glu lle Ser Lys Glu lle lle Glu 620 615 610
Leu Asn Lys Asn Asp Lys Arg Asn Leu Lys Thr Gly Phe Tyr Lys Leu 640 635 630 625
GIn Lys Phe Glu Asp lle Gin Glu Lys lle Pro Lys Glu Tyr Leu Ala 0 655 650 645
Asn lle GIn Ser Leu Tyr Met lle Asn Ala Gly Asn GIn Asp Glu Glu 670 665 660 15
Glu Lys Asp Thr Tyr lle Asp Phe lle Gin Lys lle Phe Leu Lys Gly 685 680 675
Phe Met Thr Tyr Leu Ala Asn Asn Gly Arg Leu Ser Leu lle Tyr lle 700 695 690
Gly Ser Asp Glu Glu Thr Asn Thr Ser Leu Ala Glu Lys Lys Gin Glu 720 715 710 705
Phe Asp Lys Phe Leu Lys Lys Tyr Glu GIn Asn Asn Asn lle Lys lle 735 730 725
Pro Tyr Glu lle Asn Glu Phe Leu Arg Glu lle Lys Leu Gly Asn lle 5 750 745 740
Leu Lys Tyr Thr Glu Arg Leu Asn Met Phe Tyr Leu lle Leu Lys Leu
765 760 755
Leu Asn His Lys Glu Leu Thr Asn Leu Lys Gly Ser Leu Glu Lys Tyr 780 775 770 5
Gln Ser Ala Asn Lys Glu Glu Ala Phe Ser Asp GIn Leu Glu Leu lle 800 795 790 785
Asn Leu Leu Asn Leu Asp Asn Asn Arg Val Thr Glu Asp Phe Glu Leu 815 810 805
Glu Ala Asp Glu lle Gly Lys Phe Leu Asp Phe Asn Gly Asn Lys Val 830 825 820
Lys Asp Asn Lys Glu Leu Lys Lys Phe Asp Thr Asn Lys lle Tyr Phe 845 840 835
Asp Gly Glu Asn lle lle Lys His Arg Ala Phe Tyr Asn lle Lys Lys 5 860 855 850
Tyr Gly Met Leu Asn Leu Leu Glu Lys lle Ala Asp Lys Ala Gly Tyr 880 875 870 865 10
Lys lle Ser lle Glu Glu Leu Lys Lys Tyr Ser Asn Lys Lys Asn Glu 895 890 885 lle Glu Lys Asn His Lys Met Gin Glu Asn Leu His Arg Lys Tyr Ala 910 905 900
Arg Pro Arg Lys Asp Glu Lys Phe Thr Asp Glu Asp Tyr Glu Ser Tyr 925 920 915
Lys Gin Ala lle Glu Asn lle Glu Glu Tyr Thr His Leu Lys Asn Lys 940 935 930
Val Glu Phe Asn Glu Leu Asn Leu Leu GIn Gly Leu Leu Leu Arg lle 0 960 955 950 945
Leu His Arg Leu Val Gly Tyr Thr Ser lle Trp Glu Arg Asp Leu Arg 975 970 965 15
Phe Arg Leu Lys Gly Glu Phe Pro Glu Asn 60 Tyr lle Glu Glu lle 990 985 980
Phe Asn Phe Glu Asn Lys Lys Asn Val Lys Tyr Lys Gly Gly Gin lle 1005 1000 995
Val Glu Lys Tyr lle Lys Phe Tyr Lys Glu Leu His Gin Asn Asp 1020 1015 1010
Glu Val Lys lle Asn Lys Tyr Ser Ser Ala Asn lle Lys Val Leu 1035 1030 1025
Lys GIn Glu Lys Lys Asp Leu Tyr lle Arg Asn Tyr lle Ala His 5 1050 1045 1040
Phe Asn Tyr lle Pro His Ala Glu lle Ser Leu Leu Glu Val Leu
1065 1060 1055
Glu Asn Leu Arg Lys Leu Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn 1080 1075 1070 5
Ala Val Met Lys Ser Val Val Asp lle Leu Lys Glu Tyr Gly Phe 1095 1090 1085
Val Ala Thr Phe Lys lle Gly Ala Asp Lys Lys lle Gly lle Gin 1110 1105 1100
Thr Leu Glu Ser Glu Lys lle Val His Leu Lys Asn Leu Lys Lys 1125 1120 1115
Lys Lys Leu Met Thr Asp Arg Asn Ser Glu Glu Leu Cys Lys Leu 1140 1135 1130
Val Lys lle Met Phe Glu Tyr Lys Met Glu Glu Lys Lys Ser Glu 5 1155 1150 1145
Asn 596 <210> 1285 <211>
PRT <212> 15
Herbinix hemicellulosilytics <213> 596 <400>
Met Lys Leu Thr Arg Arg Arg lle Ser Gly Asn Ser Val Asp GIn Lys 10 5 1 lle Thr Ala Ala Phe Tyr Arg Asp Met Ser Gin Gly Leu Leu Tyr Tyr 5 25 20
Asp Ser Glu Asp Asn Asp Cys Thr Asp Lys Val lle Glu Ser Met Asp 40 35 10
Phe Glu Arg Ser Trp Arg Gly Arg lle Leu Lys Asn Gly Glu Asp Asp 60 55 50 15
Lys Asn Pro Phe Tyr Met Phe Val Lys Gly Leu Val Gly Ser Asn Asp 80 75 70 65
Lys lle Val Cys Glu Pro lle Asp Val Asp Ser Asp Pro Asp Asn Leu 95 90 85
Asp lle Leu lle Asn Lys Asn Leu Thr Gly Phe Gly Arg Asn Leu Lys 110 105 100
Ala Pro Asp Ser Asn Asp Thr Leu Glu Asn Leu lle Arg Lys lle 6١ 10 125 120 115
Ala Gly lle Pro Glu Glu Glu Val Leu Pro Glu Leu Lys Lys lle Lys 140 135 130 15
Glu Met lle Gin Lys Asp lle Val Asn Arg Lys Glu Gin Leu Leu Lys 160 155 150 145
Ser lle Lys Asn Asn Arg lle Pro Phe Ser Leu Glu Gly Ser Lys Leu 175 170 165
Val Pro Ser Thr Lys Lys Met Lys Trp Leu Phe Lys Leu lle Asp Val 190 185 180
Pro Asn Lys Thr Phe Asn Glu Lys Met Leu Glu Lys Tyr Trp Glu lle 205 200 195
Tyr Asp Tyr Asp Lys Leu Lys Ala Asn lle Thr Asn Arg Leu Asp Lys 15 220 215 210
Thr Asp Lys Lys Ala Arg Ser lle Ser Arg Ala Val Ser Glu Glu Leu
240 235 230 225
Arg Glu Tyr His Lys Asn Leu Arg Thr Asn Tyr Asn Arg Phe Val Ser 255 250 245 5
Gly Asp Arg Pro Ala Ala Gly Leu Asp Asn Gly Gly Ser Ala Lys Tyr 270 265 260
Asn Pro Asp Lys Glu Glu Phe Leu Leu Phe Leu Lys Glu Val Glu 0 285 280 275
Tyr Phe Lys Lys Tyr Phe Pro Val Lys Ser Lys His Ser Asn Lys Ser 300 295 290
Lys Asp Lys Ser Leu Val Asp Lys Tyr Lys Asn Tyr Cys Ser Tyr Lys 320 315 310 305
Val Val Lys Lys Glu Val Asn Arg Ser lle lle Asn Gln Leu Val Ala 5 335 330 325
Gly Leu lle Gin GIn Gly Lys Leu Leu Tyr Tyr Phe Tyr Tyr Asn Asp 350 345 340 10
Thr Trp ‏ما‎ Glu Asp Phe Leu Asn Ser Tyr Gly Leu Ser Tyr lle 0 365 360 355
Val Glu Glu Ala Phe Lys Lys Ser Val Met Thr Ser Leu Ser Trp Gly 380 375 370 lle Asn Arg Leu Thr Ser Phe Phe lle Asp Asp Ser Asn Thr Val Lys 400 395 390 385
Phe Asp Asp lle Thr Thr Lys Lys Ala Lys Glu Ala lle Glu Ser Asn 415 410 405
Tyr Phe Asn Lys Leu Arg Thr Cys Ser Arg Met GIn Asp His Phe Lys 0 430 425 420
Glu Lys Leu Ala Phe Phe Tyr Pro Val Tyr Val Lys Asp Lys Lys Asp 445 440 435 15
Arg Pro Asp Asp Asp lle Glu Asn Leu lle Val Leu Val Lys Asn Ala 460 455 450 lle Glu Ser Val Ser Tyr Leu Arg Asn Arg Thr Phe His Phe Lys Glu 480 475 470 465
Ser Ser Leu Leu Glu Leu Leu Lys Glu Leu Asp Asp Lys Asn Ser Gly 495 490 485 ‎Asn Lys lle Asp Tyr Ser Val Ala Ala Glu Phe lle Lys Arg Asp‏ ماك 500 505 510 ‎lle Glu Asn Leu Tyr Asp Val Phe Arg Glu GIn lle Arg Ser Leu Gly 15‏ 515 520 525 ‎lle Ala Glu Tyr Tyr Lys Ala Asp Met lle Ser Asp Cys Phe Lys Thr‏
540 535 530
Cys Gly Leu Glu Phe Ala Leu Tyr Ser Pro Lys Asn Ser Leu Met Pro 560 555 550 545 5
Ala Phe Lys Asn Val Tyr Lys Arg Gly Ala Asn Leu Asn Lys Ala Tyr 575 570 565 lle Arg Asp Lys Gly Pro Lys Glu Thr Gly Asp GIn Gly Gin Asn Ser 590 585 580
Tyr Lys Ala Leu Glu Glu Tyr Arg Glu Leu Thr Trp Tyr lle Glu Val 605 600 595
Lys Asn Asn Asp Gin Ser Tyr Asn Ala Tyr Lys Asn Leu Leu GIn Leu 620 615 610 lle Tyr Tyr His Ala Phe Leu Pro Glu Val Arg Glu Asn Glu Ala Leu 5 640 635 630 625 lle Thr Asp Phe lle Asn Arg Thr Lys Glu Trp Asn Arg Lys Glu Thr 655 650 645 10
Glu Glu Arg Leu Asn Thr Lys Asn Asn Lys Lys His Lys Asn Phe Asp 670 665 660
Glu Asn Asp Asp lle Thr Val Asn Thr Tyr Arg Tyr Glu Ser lle Pro 685 680 675
Asp Tyr 60 Gly Glu Ser Leu Asp Asp Tyr Leu Lys Val Leu GIn Arg 700 695 690
Lys GIn Met Ala Arg Ala Lys Glu Val Asn Glu Lys Glu Glu Gly Asn 720 715 710 705
Asn Asn Tyr lle Gln Phe lle Arg Asp Val Val Val Trp Ala Phe Gly 10 735 730 725
Ala Tyr Leu Glu Asn Lys Leu Lys Asn Tyr Lys Asn Glu Leu GIn Pro 750 745 740 15
Pro Leu Ser Lys Glu Asn lle Gly Leu Asn Asp Thr Leu Lys Glu Leu 765 760 755
Phe Pro Glu Glu Lys Val Lys Ser Pro Phe Asn lle Lys Cys Arg Phe 780 775 770
Ser lle Ser Thr Phe lle Asp Asn Lys Gly Lys Ser Thr Asp Asn Thr 800 795 790 785
Ser Ala Glu Ala Val Lys Thr Asp Gly Lys Glu Asp Glu Lys Asp Lys 815 810 805
Lys Asn lle Lys Arg Lys Asp Leu Leu Cys Phe Tyr Leu Phe Leu Arg 15 830 825 820
Leu Leu Asp Glu Asn Glu lle Cys Lys Leu GIn His GIn Phe lle Lys
845 840 835
Tyr Arg Cys Ser Leu Lys Glu Arg Arg Phe Pro Gly Asn Arg Thr Lys 860 855 850 5
Leu Glu Lys Glu Thr Glu Leu Leu Ala Glu Leu Glu Glu Leu Met Glu 880 875 870 865
Leu Val Arg Phe Thr Met Pro Ser lle Pro Glu lle Ser Ala Lys Ala 895 890 885
Glu Ser Gly Tyr Asp Thr Met lle Lys Lys Tyr Phe Lys Asp Phe lle 910 905 900
Glu Lys Lys Val Phe Lys Asn Pro Lys Thr Ser Asn Leu Tyr Tyr His 925 920 915
Ser Asp Ser Lys Thr Pro Val Thr Arg Lys Tyr Met Ala Leu Leu Met 5 940 935 930
Arg Ser Ala Pro Leu His Leu Tyr Lys Asp lle Phe Lys Gly Tyr Tyr 960 955 950 945 10
Leu lle Thr Lys Lys Glu Cys Leu Glu Tyr lle Lys Leu Ser Asn lle 975 970 965 lle Lys Asp Tyr Gln Asn Ser Leu Asn Glu Leu His Glu GIn Leu Glu 990 985 980
Arg lle Lys Leu Lys Ser Glu Lys GIn Asn Gly Lys Asp Ser Leu Tyr 1005 1000 995
Leu Asp Lys Lys Asp Phe Tyr Lys Val Lys Glu Tyr Val Glu Asn 1020 1015 1010
Leu Glu ‏ماه‎ Val Ala Arg Tyr Lys His Leu GIn His Lys lle Asn 10 1035 1030 1025
Phe Glu Ser Leu Tyr Arg lle Phe Arg lle His Val Asp lle Ala 1050 1045 1040 15
Ala Arg Met Val Gly Tyr Thr Gin Asp Trp Glu Arg Asp Met His 1065 1060 1055
Phe Leu Phe Lys Ala Leu Val Tyr Asn Gly Val Leu Glu Glu Arg 1080 1075 1070
Arg Phe Glu Ala lle Phe Asn Asn Asn Asp Asp Asn Asn Asp Gly 1095 1090 1085
Arg lle Val Lys Lys lle GIn Asn Asn Leu Asn Asn Lys Asn Arg 1110 1105 1100
Glu Leu Val Ser Met Leu Cys Trp Asn Lys Lys Leu Asn Lys Asn 5 1125 1120 1115
Glu Phe Gly Ala lle lle Trp Lys Arg Asn Pro lle Ala His Leu
1140 1135 1130
Asn His Phe Thr GIn Thr Glu GIn Asn Ser Lys Ser Ser Leu Glu 1155 1150 1145 5
Ser Leu lle Asn Ser Leu Arg lle Leu Leu Ala Tyr Asp Arg Lys 1170 1165 1160
Arg Gln Asn Ala Val Thr Lys Thr lle Asn Asp Leu Leu Leu Asn 1185 1180 1175
Asp Tyr His lle Arg lle Lys Trp Glu Gly Arg Val Asp Glu Gly 1200 1195 1190
Gin lle Tyr Phe Asn lle Lys Glu Lys Glu Asp lle Glu Asn Glu 1215 1210 1205
Pro lle lle His Leu Lys His Leu His Lys Lys Asp Cys Tyr lle 5 1230 1225 1220
Tyr Lys Asn Ser Tyr Met Phe Asp Lys Gin Lys Glu Trp lle Cys 1245 1240 1235 10
Asn Gly lle Lys Glu Glu Val Tyr Asp Lys Ser lle Leu Lys Cys 1260 1255 1250 lle Gly Asn Leu Phe Lys Phe Asp Tyr Glu Asp Lys Asn Lys Ser 1275 1270 1265
Ser Ala Asn Pro Lys His Thr 1285 1280 597 <210> 1344 <211>
PRT <212>
Eubacterium rectale <213> 597 <400>
Met Leu Arg Arg Asp Lys Glu Val Lys Lys Leu Tyr Asn Val Phe Asn 10 5 1 15
GIn lle Gin Val Gly Thr Lys Pro Lys Lys Trp Asn Asn Asp Glu Lys 25 20
Leu Ser Pro Glu Glu Asn Glu Arg Arg Ala 60 GIn Lys Asn lle Lys 45 40 35
Met Lys Asn Tyr Lys Trp Arg Glu Ala Cys Ser Lys Tyr Val Glu Ser 60 55 50
Ser GIn Arg lle lle Asn Asp Val lle Phe Tyr Ser Tyr Arg Lys Ala 0 80 75 70 65
Lys Asn Lys Leu Arg Tyr Met Arg Lys Asn Glu Asp lle Leu Lys Lys 95 90 85 15
Met GIn Glu Ala Glu Lys Leu Ser Lys Phe Ser Gly Gly Lys Leu Glu 110 105 100
Asp Phe Val Ala Tyr Thr Leu Arg Lys Ser Leu Val Val Ser Lys Tyr 125 120 115
Asp Thr GIn Glu Phe Asp Ser Leu Ala Ala Met Val Val Phe Leu Glu 140 135 130
Cys lle Gly Lys Asn Asn lle Ser Asp His Glu Arg Glu lle Val Cys 160 155 150 145
Lys Leu Leu Glu Leu lle Arg Lys Asp Phe Ser Lys Leu Asp Pro Asn 5 175 170 165
Val Lys Gly Ser GIn Gly Ala Asn lle Val Arg Ser Val Arg Asn GIn
190 185 180
Asn Met lle Val Gin Pro ‏ماى‎ Gly Asp Arg Phe Leu Phe Pro Gin Val 205 200 195 5
Tyr Ala Lys Glu Asn Glu Thr Val Thr Asn Lys Asn Val Glu Lys Glu 220 215 210
Gly Leu Asn Glu Phe Leu Leu Asn Tyr Ala Asn Leu Asp Asp Glu Lys 240 235 230 225
Arg Ala Glu Ser Leu Arg Lys Leu Arg Arg lle Leu Asp Val Tyr Phe 255 250 245
Ser Ala Pro Asn His Tyr Glu Lys Asp Met Asp lle Thr Leu Ser Asp 270 265 260
Asn lle Glu Lys Glu Lys Phe Asn Val Trp Glu Lys His Glu Cys Gly 5 285 280 275
Lys Lys Glu Thr Gly Leu Phe Val Asp lle Pro Asp Val Leu Met Glu 300 295 290 10
Ala Glu Ala Glu Asn lle Lys Leu Asp Ala Val Val Glu Lys Arg Glu 320 315 310 305
Arg Lys Val Leu Asn Asp Arg Val Arg Lys GIn Asn lle lle Cys Tyr 335 330 325
Arg Tyr Thr Arg Ala Val Val Glu Lys Tyr Asn Ser Asn Glu Pro Leu 350 345 340
Phe Phe Glu Asn Asn Ala lle Asn 60 Tyr Trp lle His His lle Glu 365 360 355
Asn Ala Val Glu Arg lle Leu Lys Asn Cys Lys Ala Gly Lys Leu Phe 10 380 375 370
Lys Leu Arg Lys Gly Tyr Leu Ala Glu Lys Val Trp Lys Asp Ala lle 400 395 390 385 15
Asn Leu lle Ser lle Lys Tyr lle Ala Leu Gly Lys Ala Val Tyr Asn 415 410 405
Phe Ala Leu Asp Asp lle Trp Lys Asp Lys Lys Asn Lys Glu Leu Gly 430 425 420 lle Val Asp Glu Arg lle Arg Asn Gly lle Thr Ser Phe Asp Tyr Glu 445 440 435
Met lle Lys Ala His Glu Asn Leu GIn Arg Glu Leu Ala Val Asp lle 460 455 450
Ala Phe Ser Val Asn Asn Leu Ala Arg Ala Val Cys Asp Met Ser Asn 5 480 475 470 465
Leu Gly Asn Lys Glu Ser Asp Phe Leu Leu Trp Lys Arg Asn Asp lle
495 490 485
Ala Asp Lys Leu Lys Asn Lys Asp Asp Met Ala Ser Val Ser Ala Val 510 505 500 5
Leu GIn Phe Phe Gly Gly Lys Ser Ser Trp Asp lle Asn lle Phe Lys 525 520 515
Asp Ala Tyr Lys Gly Lys Lys Lys Tyr Asn Tyr Glu Val Arg Phe lle 540 535 530
Asp Asp Leu Arg Lys Ala lle Tyr Cys Ala Arg Asn Glu Asn Phe His 560 555 550 545
Phe Lys Thr Ala Leu Val Asn Asp Glu Lys Trp Asn Thr Glu Leu Phe 575 570 565
Gly Lys lle Phe Glu Arg Glu Thr Glu Phe Cys Leu Asn Val Glu Lys 5 590 585 580
Asp Arg Phe Tyr Ser Asn Asn Leu Tyr Met Phe Tyr GIn Val Ser Glu 605 600 595 10
Leu Arg Asn Met Leu Asp His Leu Tyr Ser Arg Ser Val Ser Arg Ala 620 615 610
Ala GIn Val Pro Ser Tyr Asn Ser Val lle Val Arg Thr Ala Phe Pro 640 635 630 625
Glu Tyr lle Thr Asn Val Leu Gly Tyr GIn Lys Pro Ser Tyr Asp Ala 655 650 645
Asp Thr Leu Gly Lys Trp Tyr Ser Ala Cys Tyr Tyr Leu Leu Lys Glu 670 665 660 lle Tyr Tyr Asn Ser Phe Leu GIn Ser Asp Arg Ala Leu GIn Leu Phe 0 685 680 675
Glu Lys Ser Val Lys Thr Leu Ser Trp Asp Asp Lys Lys Gin GIn Arg 700 695 690 15
Ala Val Asp Asn Phe Lys Asp His Phe Ser Asp lle Lys Ser Ala Cys 720 715 710 705
Thr Ser Leu Ala GIn Val Cys Gin lle Tyr Met Thr Glu Tyr Asn 07 735 730 725 ‏داك‎ Asn Asn Gin lle Lys Lys Val Arg Ser Ser Asn Asp Ser lle Phe 750 745 740
Asp GIn Pro Val Tyr Gin His Tyr Lys Val Leu Leu Lys Lys Ala lle 765 760 755
Ala Asn Ala Phe Ala Asp Tyr Leu Lys Asn Asn Lys Asp Leu Phe Gly 15 780 775 770
Phe lle Gly Lys Pro Phe Lys Ala Asn Glu lle Arg Glu lle Asp Lys
800 795 790 785
Glu GIn Phe Leu Pro Asp Trp Thr Ser Arg Lys Tyr Glu Ala Leu Cys 815 810 805 5 lle Glu Val Ser Gly Ser GIn Glu Leu GIn Lys Trp Tyr lle Val Gly 830 825 820
Lys Phe Leu Asn Ala Arg Ser Leu Asn Leu Met Val Gly Ser Met Arg 845 840 835
Ser Tyr lle GIn Tyr Val Thr Asp lle Lys Arg Arg Ala Ala Ser lle 860 855 850
Gly Asn Glu Leu His Val Ser Val His Asp Val Glu Lys Val Glu Lys 880 875 870 865
Trp Val Gin Val lle Glu Val Cys Ser Leu Leu Ala Ser Arg Thr Ser 5 895 890 885
Asn GIn Phe Glu Asp Tyr Phe Asn Asp Lys Asp Asp Tyr Ala Arg Tyr 910 905 900 10
Leu Lys Ser Tyr Val Asp Phe Ser Asn Val Asp Met Pro Ser Glu Tyr 925 920 915
Ser Ala Leu Val Asp Phe Ser Asn Glu Glu Gin Ser Asp Leu Tyr Val 940 935 930
Asp Pro Lys Asn Pro Lys Val Asn Arg Asn lle Val His Ser Lys Leu 960 955 950 945
Phe Ala Ala Asp His lle Leu Arg Asp lle Val Glu Pro Val Ser Lys 975 970 965
Asp Asn lle Glu Glu Phe Tyr Ser Gin Lys Ala Glu lle Ala Tyr Cys 0 990 985 980
Lys lle Lys Gly Lys Glu lle Thr Ala Glu Glu Gln Lys Ala Val Leu 1005 1000 995 15
Lys Tyr Gln Lys Leu Lys Asn Arg Val Glu Leu Arg Asp lle Val 1020 1015 1010
Glu Tyr Gly Glu lle lle Asn Glu Leu Leu Gly GIn Leu lle Asn 1035 1030 1025
Trp Ser Phe Met Arg Glu Arg Asp Leu Leu Tyr Phe Gin Leu Gly 1050 1045 1040
Phe His Tyr Asp Cys Leu Arg Asn Asp Ser Lys Lys Pro Glu Gly 1065 1060 1055
Tyr Lys Asn lle Lys Val Asp Glu Asn Ser lle Lys Asp Ala lle 5 1080 1075 1070
Leu Tyr Gin lle lle Gly Met Tyr Val Asn Gly Val Thr Val Tyr
1095 1090 1085
Ala Pro Glu Lys Asp Gly Asp Lys Leu Lys Glu GIn Cys Val Lys 1110 1105 1100 5
Gly Gly Val Gly Val Lys Val Ser Ala Phe His Arg Tyr Ser Lys 1125 1120 1115
Tyr Leu Gly Leu Asn Glu Lys Thr Leu Tyr Asn Ala Gly Leu Glu 1140 1135 1130 lle Phe Glu Val Val Ala Glu His Glu Asp lle lle Asn Leu Arg 1155 1150 1145
Asn Gly lle Asp His Phe Lys Tyr Tyr Leu Gly Asp Tyr Arg Ser 1170 1165 1160
Met Leu Ser lle Tyr Ser Glu Val Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr 5 1185 1180 1175
Asp lle Lys Tyr Gln Lys Asn Val Leu Asn Leu Leu Gin Asn lle 1200 1195 1190 10
Leu Leu Arg His Asn Val lle Val Glu Pro lle Leu Glu Ser Gly 1215 1210 1205
Phe Lys Thr lle Gly Glu Gin Thr Lys Pro Gly Ala Lys Leu Ser 1230 1225 1220 lle Arg Ser lle Lys Ser Asp Thr Phe GIn Tyr Lys Val Lys Gly 1245 1240 1235
Gly Thr Leu lle Thr Asp Ala Lys Asp Glu Arg Tyr Leu Glu Thr 1260 1255 1250 lle Arg Lys lle Leu Tyr Tyr Ala Glu Asn Glu Glu Asp Asn Leu 10 1275 1270 1265
Lys Lys Ser Val Val Val Thr Asn Ala Asp Lys Tyr Glu Lys Asn 1290 1285 1280 15
Lys Glu Ser Asp Asp GIn Asn Lys GIn Lys Glu Lys Lys Asn Lys 1305 1300 1295
Asp Asn Lys Gly Lys Lys Asn Glu Glu Thr Lys Ser Asp Ala Glu 1320 1315 1310
Lys Asn Asn Asn Glu Arg Leu Ser Tyr Asn Pro Phe Ala Asn Leu 1335 1330 1325
Asn Phe Lys Leu Ser Asn 1340 598 <210> 15 1373 <211>
PRT <212>
Eubacteriaceae bacterium CHKC1004 <213>
598 <400>
Met Lys lle Ser Lys Glu Ser His Lys Arg Thr Ala Val Ala Val Met 15 10 5 1
Glu Asp Arg Val Gly Gly Val Val Tyr Val Pro Gly Gly Ser Gly lle 30 25 20
Asp Leu Ser Asn Asn Leu Lys Lys Arg Ser Met Asp Thr Lys Ser Leu 40 35
Tyr Asn Val Phe Asn Gin lle GIn Ala Gly Thr Ala Pro Ser Glu Tyr 5 60 55 50
Glu Trp Lys Asp Tyr Leu Ser Glu Ala Glu Asn Lys Lys Arg Glu Ala
80 75 70 65 ‏داك‎ Lys Met lle ‏ماى‎ Lys Ala Asn Tyr Glu Leu Arg Arg Glu Cys Glu 95 90 85 5
Asp Tyr Ala Lys Lys Ala Asn Leu Ala Val Ser Arg lle lle Phe Ser 110 105 100
Lys Lys Pro Lys Lys lle Phe Ser Asp Asp Asp lle lle Ser His Met 125 120 115
Lys Lys Gln Arg Leu Ser Lys Phe Lys Gly Arg Met Glu Asp Phe Val 140 135 130
Leu lle Ala Leu Arg Lys Ser Leu Val Val Ser Thr Tyr Asn Gin Glu 160 155 150 145
Val Phe Asp Ser Arg Lys Ala Ala Thr Val Phe Leu Lys Asn lle Gly 5 175 170 165
Lys Lys Asn lle Ser Ala Asp Asp Glu Arg Gin lle Lys Gin Leu Met 190 185 180 10
Ala Leu lle Arg Glu Asp Tyr Asp Lys Trp Asn Pro Asp Lys Asp Ser 205 200 195
Ser Asp Lys Lys Glu Ser Ser Gly Thr Lys Val lle Arg Ser lle Glu 220 215 210
His GIn Asn Met Val lle ‏ماى‎ Pro Glu Lys Asn Lys Leu Ser Leu Ser 240 235 230 225
Lys lle Ser Asn Val Gly Lys Lys Thr Lys Thr Lys GIn Lys Glu Lys 255 250 245
Ala Gly Leu Asp Ala Phe Leu Lys Glu Tyr Ala GIn lle Asp Glu Asn 0 270 265 260
Ser Arg Met Glu Tyr Leu Lys Lys Leu Arg Arg Leu Leu Asp Thr Tyr 285 280 275 15
Phe Ala Ala Pro Ser Ser Tyr lle Lys Gly Ala Ala Val Ser Leu Pro 300 295 290
Glu Asn lle Asn Phe Ser Ser Glu Leu Asn Val Trp Glu Arg His Glu 320 315 310 305
Ala Ala Lys Lys Val Asn lle Asn Phe Val Glu lle Pro Glu Ser Leu 335 330 325
Leu Asn Ala Glu Gln Asn Asn Asn Lys lle Asn Lys Val Glu Gin Glu 350 345 340
His Ser Leu Glu GIn Leu Arg Thr Asp lle Arg Arg Arg Asn lle Thr 5 365 360 355
Cys Tyr His Phe Ala Asn Ala Leu Ala Ala Asp Glu Arg Tyr His Thr
380 375 370
Leu Phe Phe Glu Asn Met Ala Met Asn Gln Phe Trp lle His His Met 400 395 390 385 5
Glu Asn Ala Val Glu Arg lle Leu Lys Lys Cys Asn Val Gly Thr Leu 415 410 405
Phe Lys Leu Arg lle Gly Tyr Leu Ser Glu Lys Val Trp Lys Asp Met 430 425 420
Leu Asn Leu Leu Ser lle Lys Tyr lle Ala Leu Gly Lys Ala Val Tyr 445 440 435
His Phe Ala Leu Asp Asp lle Trp Lys Ala Asp lle Trp Lys Asp Ala 460 455 450
Ser Asp Lys Asn Ser Gly Lys lle Asn Asp Leu Thr Leu Lys Gly lle 5 480 475 470 465
Ser Ser Phe Asp Tyr Glu Met Val Lys Ala Gin Glu Asp Leu Gin Arg 495 490 485 10
Glu Met Ala Val Gly Val Ala Phe Ser Thr Asn Asn Leu Ala Arg Val 510 505 500
Thr Cys Lys Met Asp Asp Leu Ser Asp Ala Glu Ser Asp Phe Leu Leu 525 520 515
Trp Asn Lys Glu Ala lle Arg Arg His Val Lys Tyr Thr Glu Lys Gly 540 535 530
Glu lle Leu Ser Ala lle Leu Gin Phe Phe Gly Gly Arg Ser Leu Trp 560 555 550 545
Asp Glu Ser Leu Phe Glu Lys Ala Tyr Ser Asp Ser Asn Tyr Glu Leu 10 575 570 565
Lys Phe Leu Asp Asp Leu Lys Arg Ala lle Tyr Ala Ala Arg Asn Glu 590 585 580 15
Thr Phe His Phe Lys Thr Ala Ala lle Asp Gly Gly Ser Trp Asn Thr 605 600 595
Arg Leu Phe Gly Ser Leu Phe Glu Lys Glu Ala Gly Leu Cys Leu Asn 620 615 610
Val Glu Lys Asn Lys Phe Tyr Ser Asn Asn Leu Val Leu Phe Tyr Lys 640 635 630 625
Gln Glu Asp Leu Arg Val Phe Leu Asp Lys Leu Tyr Gly Lys Glu Cys 655 650 645
Ser Arg Ala Ala GIn lle Pro Ser Tyr Asn Thr lle Leu Pro Arg Lys 5 670 665 660
Ser Phe Ser Asp Phe Met Lys GIn Leu Leu Gly Leu Lys Glu Pro Val
685 680 675
Tyr Gly Ser Ala lle Leu Asp GIn Trp Tyr Ser Ala Cys Tyr Tyr Leu 700 695 690 5
Phe Lys Glu Val Tyr Tyr Asn Leu Phe Leu GIn Asp Ser Ser Ala Lys 720 715 710 705
Ala Leu Phe Glu Lys Ala Val Lys Ala Leu Lys Gly Ala Asp Lys Lys 735 730 725
Gln Glu Lys Ala Val Glu Ser Phe Arg Lys Arg Tyr Trp Glu lle Ser 750 745 740
Lys Asn Ala Ser Leu Ala Glu lle Cys GIn Ser Tyr lle Thr Glu Tyr 765 760 755
Asn GIn GIn Asn Asn Lys Glu Arg Lys Val Arg Ser Ala Asn Asp Gly 5 780 775 770
Met Phe Asn Glu Pro lle Tyr Gin His Tyr Lys Met Leu Leu Lys Glu 800 795 790 785 10
Ala Leu Lys Met Ala Phe Ala Ser Tyr lle Lys Asn Asp Lys Glu Leu 815 810 805
Lys Phe Val Tyr Lys Pro Thr Glu Lys Leu Phe Glu Val Ser Gln Asp 830 825 820
Asn Phe Leu Pro Asn Trp Asn Ser Glu Lys Tyr Asn Thr Leu lle Ser 845 840 835
Glu Val Lys Asn Ser Pro Asp Leu Gin Lys Trp Tyr lle Val Gly Lys 860 855 850
Phe Met Asn Ala Arg Met Leu Asn Leu Leu Leu Gly Ser Met Arg Ser 0 880 875 870 865
Tyr Leu GIn Tyr Val Ser Asp lle GIn Lys Arg Ala Ala Gly Leu Gly 895 890 885 15
Glu Asn GIn Leu His Leu Ser Ala Glu Asn Val Gly Gin Val Lys Lys 910 905 900
Trp lle GIn Val Leu Glu Val Cys Leu Leu Leu Ser Val Arg lle Ser 925 920 915
Asp Lys Phe Thr Asp Tyr Phe Lys Asp Glu Glu Glu Tyr Ala Ser Tyr 940 935 930
Leu Lys Glu Tyr Val Asp Phe Glu Asp Ser Ala Met Pro Ser Asp Tyr 960 955 950 945
Ser Ala Leu Leu Ala Phe Ser Asn Glu Gly Lys lle Asp Leu Tyr Val 5 975 970 965
Asp Ala Ser Asn Pro Lys Val Asn Arg Asn lle lle Gin Ala Lys Leu
990 985 980
Tyr Ala Pro Asp Met Val Leu Lys Lys Val Val Lys Lys lle Ser 0 1005 1000 995 5
Asp Glu Cys Lys Glu Phe Asn Glu Lys Lys Glu GIn lle Met GIn 1020 1015 1010
Phe Lys Asn Lys Gly Asp Glu Val Ser Trp Glu Glu GIn 0 Lys 1035 1030 1025 lle Leu Glu Tyr GIn Lys Leu Lys Asn Arg Val Glu Leu Arg Asp 1050 1045 1040
Leu Ser Glu Tyr Gly Glu Leu lle Asn Glu Leu Leu Gly Gin Leu 1065 1060 1055 lle Asn Trp Ser Tyr Leu Arg Glu Arg Asp Leu Leu Tyr Phe GIn 5 1080 1075 1070
Leu Gly Phe His Tyr Ser Cys Leu Met Asn Glu Ser Lys Lys Pro 1095 1090 1085 10
Asp Ala Tyr Lys Thr lle Arg Arg Gly Thr Val Ser lle Glu Asn 1110 1105 1100
Ala Val Leu Tyr Gin lle lle Ala Met Tyr lle Asn Gly Phe Pro 1125 1120 1115
Val Tyr Ala Pro Glu Lys Gly Glu Leu Lys Pro Gin Cys Lys Thr 1140 1135 1130
Gly Ser Ala Gly Gin Lys lle Arg Ala Phe Cys GIn Trp Ala Ser 1155 1150 1145
Met Val Glu Lys Lys Lys Tyr Glu Leu Tyr Asn Ala Gly Leu Glu 0 1170 1165 1160
Leu Phe Glu Val Val Lys Glu His Asp Asn lle lle Asp Leu Arg 1185 1180 1175 15
Asn Lys lle Asp His Phe Lys Tyr Tyr Gln Gly Asn Asp Ser lle 1200 1195 1190
Leu Ala Leu Tyr Gly Glu lle Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp 1215 1210 1205
Met Lys Tyr Arg Asn Asn Val Leu Asn His Leu 60 Asn lle Leu 1230 1225 1220
Leu Arg His Asn Val lle lle Lys Pro lle lle Ser Lys Asp Lys 1245 1240 1235
Lys Glu Val Gly Arg Gly Lys Met Lys Asp Arg Ala Ala Phe Leu 15 1260 1255 1250
Leu Glu Glu Val Ser Ser Asp Arg Phe Thr Tyr Lys Val Lys Glu
1275 1270 1265
Gly Glu Arg Lys lle Asp Ala Lys Asn Arg Leu Tyr Leu Glu Thr 1290 1285 1280 5
Val Arg Asp lle Leu Tyr Phe Pro Asn Arg Ala Val Asn Asp Lys 1305 1300 1295
Gly Glu Asp Val lle lle Cys Ser Lys Lys Ala Gin Asp Leu Asn 1320 1315 1310
Glu Lys Lys Ala Asp Arg Asp Lys Asn His Asp Lys Ser Lys Asp 1335 1330 1325
Thr Asn Gin Lys Lys Glu Gly Lys Asn GIn Glu Glu Lys Ser Glu 1350 1345 1340
Asn Lys Glu Pro Tyr Ser Asp Arg Met Thr Trp Lys Pro Phe Ala 5 1365 1360 1355
Gly lle Lys Leu Glu 1370 10 599 <210> 1276 <211>
PRT <212> 15 .Blautia sp <213> 599 <400>
Met Lys lle Ser Lys Val Asp His Val Lys Ser Gly lle Asp GIn Lys 10 5 1
Leu Ser Ser Gin Arg Gly Met Leu Tyr Lys Gin Pro Gln Lys Lys Tyr 5 25 20
Glu Gly Lys GIn Leu Glu Glu His Val Arg Asn Leu Ser Arg Lys Ala 40 35 10
Lys Ala Leu Tyr Gln Val Phe Pro Val Ser Gly Asn Ser Lys Met Glu 60 55 50 15
Lys Glu Leu Gin lle lle Asn Ser Phe lle Lys Asn lle Leu Leu Arg 80 75 70 65
Leu Asp Ser Gly Lys Thr Ser Glu Glu lle Val Gly Tyr lle Asn Thr 95 90 85
Tyr Ser Val Ala Ser GIn lle Ser Gly Asp His lle Gln Glu Leu Val 110 105 100
Asp GIn His Leu Lys Glu Ser Leu Arg Lys Tyr Thr Cys Val Gly Asp 0 125 120 115
Lys Arg lle Tyr Val Pro Asp lle lle Val Ala Leu Leu Lys Ser Lys 140 135 130 15
Phe Asn Ser Glu Thr Leu GIn Tyr Asp Asn Ser Glu Leu Lys lle Leu 160 155 150 145 lle Asp Phe lle Arg Glu Asp Tyr Leu Lys Glu Lys Gin lle Lys Gin 175 170 165 lle Val His Ser lle Glu Asn Asn Ser Thr Pro Leu Arg lle Ala Glu 190 185 180 lle Asn Gly GIn Lys Arg Leu lle Pro Ala Asn Val Asp Asn Pro Lys 205 200 195
Lys Ser Tyr lle Phe Glu Phe Leu Lys Glu Tyr Ala 60 Ser Asp Pro 5 220 215 210
Lys Gly GIn Glu Ser Leu Leu GIn His Met Arg Tyr Leu lle Leu Leu
240 235 230 225
Tyr Leu Tyr Gly Pro Asp Lys lle Thr Asp Asp Tyr Cys Glu Glu lle 255 250 245 5
Glu Ala Trp Asn Phe Gly Ser lle Val Met Asp Asn Glu Gin Leu Phe 270 265 260
Ser Glu Glu Ala Ser Met Leu lle Gin Asp Arg lle Tyr Val Asn Gin 285 280 275
Gin lle Glu Glu Gly Arg Gln Ser Lys Asp Thr Ala Lys Val Lys Lys 300 295 290
Asn Lys Ser Lys Tyr Arg Met Leu Gly Asp Lys lle Glu His Ser lle 320 315 310 305
Asn Glu Ser Val Val Lys His Tyr Gin Glu Ala Cys Lys Ala Val Glu 5 335 330 325
Glu Lys Asp lle Pro Trp lle Lys Tyr lle Ser Asp His Val Met Ser 350 345 340 10
Val Tyr Ser Ser Lys Asn Arg Val Asp Leu Asp Lys Leu Ser Leu Pro 365 360 355
Tyr Leu Ala Lys Asn Thr Trp Asn Thr Trp lle Ser Phe lle Ala Met 380 375 370
Lys Tyr Val Asp Met Gly Lys Gly Val Tyr His Phe Ala Met Ser Asp 400 395 390 385
Val Asp Lys Val Gly Lys Gln Asp Asn Leu lle lle Gly Gin lle Asp 415 410 405
Pro Lys Phe Ser Asp Gly lle Ser Ser Phe Asp Tyr Glu Arg lle Lys 0 430 425 420
Ala Glu Asp Asp Leu His Arg Ser Met Ser Gly Tyr lle Ala Phe Ala 445 440 435 15
Val Asn Asn Phe Ala Arg Ala lle Cys Ser Asp Glu Phe Arg Lys Lys 460 455 450
Asn Arg Lys Glu Asp Val Leu Thr Val Gly Leu Asp Glu lle Pro Leu 480 475 470 465
Tyr Asp Asn Val Lys Arg Lys Leu Leu 60 Tyr Phe Gly Gly Ala Ser 495 490 485
Asn Trp Asp Asp Ser lle lle Asp lle lle Asp Asp Lys Asp Leu Val 510 505 500
Ala Cys lle Lys Glu Asn Leu Tyr Val Ala Arg Asn Val Asn Phe His 15 525 520 515
Phe Ala Gly Ser Glu Lys Val Gln Lys Lys GIn Asp Asp lle Leu Glu
540 535 530
Glu lle Val Arg Lys Glu Thr Arg Asp lle Gly Lys His Tyr Arg Lys 560 555 550 545 5
Val Phe Tyr Ser Asn Asn Val Ala Val Phe Tyr Cys Asp Glu Asp lle 575 570 565 lle Lys Leu Met Asn His Leu Tyr GIn Arg Glu Lys Pro Tyr Gin Ala 590 585 580 ‏ماك‎ lle Pro Ser Tyr Asn Lys Val lle Ser Lys Thr Tyr Leu Pro Asp 605 600 595
Leu lle Phe Met Leu Leu Lys Gly Lys Asn Arg Thr Lys lle Ser Asp 620 615 610
Pro Ser lle Met Asn Met Phe Arg Gly Thr Phe Tyr Phe Leu Leu Lys 5 640 635 630 625
Glu lle Tyr Tyr Asn Asp Phe Leu Gin Ala Ser Asn Leu Lys Glu Met 655 650 645 10
Phe Cys Glu Gly Leu Lys Asn Asn Val Lys Asn Lys Lys Ser Glu Lys 670 665 660
Pro Tyr GIn Asn Phe Met Arg Arg Phe Glu Glu Leu Glu Asn Met Gly 685 680 675
Met Asp Phe Gly Glu lle Cys Gin GIn lle Met Thr Asp Tyr Glu 60 700 695 690
GIn Asn Lys Gin Lys Lys Lys Thr Ala Thr Ala Val Met Ser Glu Lys 720 715 710 705
Asp Lys Lys lle Arg Thr Leu Asp Asn Asp Thr Gin Lys Tyr Lys His 0 735 730 725
Phe Arg Thr Leu Leu Tyr lle Gly Leu Arg Glu Ala Phe lle lle Tyr 750 745 740 15
Leu Lys Asp Glu Lys Asn Lys Glu Trp Tyr Glu Phe Leu Arg Glu Pro 765 760 755
Val Lys Arg Glu Gin Pro Glu Glu Lys Glu Phe Val Asn Lys Trp Lys 780 775 770
Leu Asn GIn Tyr Ser Asp Cys Ser Glu Leu lle Leu Lys Asp Ser Leu 800 795 790 785
Ala Ala Ala Trp Tyr Val Val Ala His Phe lle Asn Gin Ala Gin Leu 815 810 805
Asn His Leu lle Gly Asp lle Lys Asn Tyr lle Gin Phe lle Ser Asp 15 830 825 820 lle Asp Arg Arg Ala Lys Ser Thr Gly Asn Pro Val Ser Glu Ser Thr
845 840 835
Glu lle Gin lle Glu Arg Tyr Arg Lys lle Leu Arg Val Leu Glu Phe 860 855 850 5
Ala Lys Phe Phe Cys Gly Gin lle Thr Asn Val Leu Thr Asp Tyr Tyr 880 875 870 865
Gln Asp Glu Asn Asp Phe Ser Thr His Val Gly His Tyr Val Lys Phe 895 890 885
Glu Lys Lys Asn Met Glu Pro Ala His Ala Leu GIn Ala Phe Ser Asn 910 905 900
Ser Leu Tyr Ala Cys Gly Lys Glu Lys Lys Lys Ala Gly Phe Tyr Tyr 925 920 915
Asp Gly Met Asn Pro lle Val Asn Arg Asn lle Thr Leu Ala Ser Met 5 940 935 930
Tyr Gly Asn Lys Lys Leu Leu Glu Asn Ala Met Asn Pro Val Thr Glu 960 955 950 945 10
GIn Asp lle Arg Lys Tyr Tyr Ser Leu Met Ala Glu Leu Asp Ser Val 975 970 965
Leu Lys Asn Gly Ala Val Cys Lys Ser Glu Asp Glu 60 Lys Asn Leu 990 985 980
Arg His Phe ‏صاى‎ Asn Leu Lys Asn Arg lle Glu Leu Val Asp Val Leu 1005 1000 995
Thr Leu Ser Glu Leu Val Asn Asp Leu Val Ala 60 Leu lle Gly 1020 1015 1010
Trp Val Tyr lle Arg Glu Arg Asp Met Met Tyr Leu Gin Leu Gly 0 1035 1030 1025
Leu His Tyr lle Lys Leu Tyr Phe Thr Asp Ser Val Ala Glu Asp 1050 1045 1040 15
Ser Tyr Leu Arg Thr Leu Asp Leu Glu Glu Gly Ser lle Ala Asp 1065 1060 1055
Gly Ala Val Leu Tyr Gin lle Ala Ser Leu Tyr Ser Phe Asn Leu 1080 1075 1070
Pro Met Tyr Val Lys Pro Asn Lys Ser Ser Val Tyr Cys Lys Lys 1095 1090 1085
His Val Asn Ser Val Ala Thr Lys Phe Asp lle Phe Glu Lys Glu 1110 1105 1100
Tyr Cys Asn Gly Asp Glu Thr Val lle Glu Asn Gly Leu Arg Leu 15 1125 1120 1115
Phe Glu Asn lle Asn Leu His Lys Asp Met Val Lys Phe Arg Asp
1140 1135 1130
Tyr Leu Ala His Phe Lys Tyr Phe Ala Lys Leu Asp Glu Ser lle 1155 1150 1145 5
Leu Glu Leu Tyr Ser Lys Ala Tyr Asp Phe Phe Phe Ser Tyr Asn 1170 1165 1160 lle Lys Leu Lys Lys Ser Val Ser Tyr Val Leu Thr Asn Val Leu 1185 1180 1175
Leu Ser Tyr Phe lle Asn Ala Lys Leu Ser Phe Ser Thr Tyr Lys 1200 1195 1190
Ser Ser Gly Asn Lys Thr Val ‏صاى‎ His Arg Thr Thr Lys lle Ser 1215 1210 1205
Val Val Ala Gin Thr Asp Tyr Phe Thr Tyr Lys Leu Arg Ser lle 5 1230 1225 1220
Val Lys Asn Lys Asn Gly Val Glu Ser lle Glu Asn Asp Asp Arg 1245 1240 1235 10
Arg Cys Glu Val Val Asn lle Ala Ala Arg Asp Lys Glu Phe Val 1260 1255 1250
Asp Glu Val Cys Asn Val lle Asn Tyr Asn Ser Asp Lys 1275 1270 1265
600 <210> 1385 >211<
PRT <212> .Leptotrichia sp <213> 5 600 <400>
Met Gly Asn Leu Phe Gly His Lys Arg Trp Tyr Glu Val Arg Asp Lys 10 5 1 10
Lys Asp Phe Lys lle Lys Arg Lys Val Lys Val Lys Arg Asn Tyr Asp 25 20 15
Gly Asn Lys Tyr lle Leu Asn lle Asn Glu Asn Asn Asn Lys Glu Lys 40 35 lle Asp Asn Asn Lys Phe lle Gly Glu Phe Val Asn Tyr Lys Lys Asn 60 55 50
Asn Asn Val Leu Lys Glu Phe Lys Arg Lys Phe His Ala Gly Asn lle 80 75 70 65
Leu Phe Lys Leu Lys Gly Lys Glu Glu lle lle Arg lle Glu Asn Asn 0 95 90 85
Asp Asp Phe Leu Glu Thr Glu Glu Val Val Leu Tyr lle Glu Val Tyr 110 105 100 15
Gly Lys Ser Glu Lys Leu Lys Ala Leu Glu lle Thr Lys Lys Lys lle 125 120 115 lle Asp Glu Ala lle Arg GIn Gly lle Thr Lys Asp Asp Lys Lys lle 140 135 130
Glu lle Lys Arg Gin Glu Asn Glu Glu Glu lle Glu lle Asp lle Arg 160 155 150 145
Asp Glu Tyr Thr Asn Lys Thr Leu Asn Asp Cys Ser lle lle Leu Arg 175 170 165 lle lle Glu Asn Asp Glu Leu Glu Thr Lys Lys Ser lle Tyr Glu lle 5 190 185 180
Phe Lys Asn lle Asn Met Ser Leu Tyr Lys lle lle Glu Lys lle lle
205 200 195
Glu Asn Glu Thr Glu Lys Val Phe Glu Asn Arg Tyr Tyr Glu Glu His 220 215 210 5
Leu Arg Glu Lys Leu Leu Lys Asp Asn Lys lle Asp Val lle Leu Thr 240 235 230 225
Asn Phe Met Glu lle Arg Glu Lys lle Lys Ser Asn Leu Glu lle Met 255 250 245
Gly Phe Val Lys Phe Tyr Leu Asn Val Ser Gly Asp Lys Lys Lys Ser 270 265 260
Glu Asn Lys Lys Met Phe Val Glu Lys lle Leu Asn Thr Asn Val Asp 285 280 275
Leu Thr Val Glu Asp lle Val Asp Phe lle Val Lys Glu Leu Lys Phe 5 300 295 290
Trp Asn lle Thr Lys Arg lle Glu Lys Val Lys Lys Phe Asn Asn Glu 320 315 310 305 10
Phe Leu Glu Asn Arg Arg Asn Arg Thr Tyr lle Lys Ser Tyr Val Leu 335 330 325
Leu Asp Lys His Glu Lys Phe Lys lle Glu Arg Glu Asn Lys Lys Asp 350 345 340
Lys lle Val Lys Phe Phe Val Glu Asn lle Lys Asn Asn Ser lle Lys 365 360 355
Glu Lys lle Glu Lys lle Leu Ala Glu Phe Lys lle Asn Glu Leu lle 380 375 370
Lys Lys Leu Glu Lys Glu Leu Lys Lys Gly Asn Cys Asp Thr Glu lle 0 400 395 390 385
Phe Gly lle Phe Lys Lys His Tyr Lys Val Asn Phe Asp Ser Lys Lys 415 410 405 15
Phe Ser Asn Lys Ser Asp Glu Glu Lys Glu Leu Tyr Lys lle lle Tyr 430 425 420
Arg Tyr Leu Lys Gly Arg lle Glu Lys lle Leu Val Asn Glu Gin Lys 445 440 435
Val Arg Leu Lys Lys Met Glu Lys lle Glu lle Glu Lys lle Leu Asn 460 455 450
Glu Ser lle Leu Ser Glu Lys lle Leu Lys Arg Val Lys GIn Tyr Thr 480 475 470 465
Leu Glu His lle Met Tyr Leu Gly Lys Leu Arg His Asn Asp lle Val 15 495 490 485
Lys Met Thr Val Asn Thr Asp Asp Phe Ser Arg Leu His Ala Lys Glu
510 505 500
Glu Leu Asp Leu Glu Leu lle Thr Phe Phe Ala Ser Thr Asn Met Glu 525 520 515 5
Leu Asn Lys lle Phe Asn Gly Lys Glu Lys Val Thr Asp Phe Phe Gly 540 535 530
Phe Asn Leu Asn Gly GIn Lys lle Thr Leu Lys Glu Lys Val Pro Ser 560 555 550 545
Phe Lys Leu Asn lle Leu Lys Lys Leu Asn Phe lle Asn Asn Glu Asn 575 570 565
Asn lle Asp Glu Lys Leu Ser His Phe Tyr Ser Phe Gin Lys Glu Gly 590 585 580
Tyr Leu Leu Arg Asn Lys lle Leu His Asn Ser Tyr Gly Asn lle GIn 5 605 600 595
Glu Thr Lys Asn Leu Lys Gly Glu Tyr Glu Asn Val Glu Lys Leu lle 620 615 610 10
Lys Glu Leu Lys Val Ser Asp Glu Glu lle Ser Lys Ser Leu Ser Leu 640 635 630 625
Asp Val lle Phe Glu Gly Lys Val Asp lle lle Asn Lys lle Asn Ser 655 650 645
Leu Lys lle Gly Glu Tyr Lys Asp Lys Lys Tyr Leu Pro Ser Phe Ser 670 665 660
Lys lle Val Leu Glu lle Thr Arg Lys Phe Arg Glu lle Asn Lys Asp 685 680 675
Lys Leu Phe Asp lle Glu Ser Glu Lys lle lle Leu Asn Ala Val Lys 0 700 695 690
Tyr Val Asn Lys lle Leu Tyr Glu Lys lle Thr Ser Asn Glu Glu Asn 720 715 710 705 15
Glu Phe Leu Lys Thr Leu Pro Asp Lys Leu Val Lys Lys Ser Asn Asn 735 730 725
Lys Lys Glu Asn Lys Asn Leu Leu Ser lle Glu Glu Tyr Tyr Lys Asn 750 745 740
Ala GIn Val Ser Ser Ser Lys Gly Asp Lys Lys Ala lle Lys Lys Tyr 765 760 755
Gln Asn Lys Val Thr Asn Ala Tyr Leu Glu Tyr Leu Glu Asn Thr Phe 780 775 770
Thr Glu lle lle Asp Phe Ser Lys Phe Asn Leu Asn Tyr Asp Glu lle 5 800 795 790 785
Lys Thr Lys lle Glu Glu Arg Lys Asp Asn Lys Ser Lys lle lle lle
815 810 805
Asp Ser lle Ser Thr Asn lle Asn lle Thr Asn Asp lle Glu Tyr lle 830 825 820 5 lle Ser lle Phe Ala Leu Leu Asn Ser Asn Thr Tyr lle Asn Lys lle 845 840 835
Arg Asn Arg Phe Phe Ala Thr Ser Val Trp Leu Glu Lys Gln Asn Gly 860 855 850
Thr Lys Glu Tyr Asp Tyr Glu Asn lle lle Ser lle Leu Asp Glu Val 880 875 870 865
Leu Leu lle Asn Leu Leu Arg Glu Asn Asn lle Thr Asp lle Leu Asp 895 890 885
Leu Lys Asn Ala lle lle Asp Ala Lys lle Val Glu Asn Asp Glu Thr 5 910 905 900
Tyr lle Lys Asn Tyr lle Phe Glu Ser Asn Glu Glu Lys Leu Lys Lys 925 920 915 10
Arg Leu Phe Cys Glu Glu Leu Val Asp Lys Glu Asp lle Arg Lys lle 940 935 930
Phe Glu Asp Glu Asn Phe Lys Phe Lys Ser Phe lle Lys Lys Asn Glu 960 955 950 945 lle Gly Asn Phe Lys lle Asn Phe Gly lle Leu Ser Asn Leu Glu Cys 975 970 965
Asn Ser Glu Val Glu Ala Lys Lys lle lle Gly Lys Asn Ser Lys Lys 990 985 980
Leu Glu Ser Phe lle Gin Asn lle lle Asp Glu Tyr Lys Ser Asn lle 0 1005 1000 995
Arg Thr Leu Phe Ser Ser Glu Phe Leu Glu Lys Tyr Lys Glu Glu 1020 1015 1010 15 lle Asp Asn Leu Val Glu Asp Thr Glu Ser Glu Asn Lys Asn Lys 1035 1030 1025
Phe Glu Lys lle Tyr Tyr Pro Lys Glu His Lys Asn Glu Leu Tyr 1050 1045 1040 lle Tyr Lys Lys Asn Leu Phe Leu Asn lle Gly Asn Pro Asn Phe 1065 1060 1055
Asp Lys lle Tyr Gly Leu lle Ser Lys Asp lle Lys Asn Val Asp 1080 1075 1070
Thr Lys lle Leu Phe Asp Asp Asp lle Lys Lys Asn Lys lle Ser 15 1095 1090 1085
Glu lle Asp Ala lle Leu Lys Asn Leu Asn Asp Lys Leu Asn Gly
1110 1105 1100
Tyr Ser Asn Asp Tyr Lys Ala Lys Tyr Val Asn Lys Leu Lys Glu 1125 1120 1115 5
Asn Asp Asp Phe Phe Ala Lys Asn lle Glin Asn Glu Asn Tyr Ser 1140 1135 1130
Ser Phe Gly Glu Phe Glu Lys Asp Tyr Asn Lys Val Ser Glu Tyr 1155 1150 1145
Lys Lys lle Arg Asp Leu Val Glu Phe Asn Tyr Leu Asn Lys lle 1170 1165 1160
Glu Ser Tyr Leu lle Asp lle Asn Trp Lys Leu Ala lle Gin Met 1185 1180 1175
Ala Arg Phe Glu Arg Asp Met His Tyr lle Val Asn Gly Leu Arg 5 1200 1195 1190
Glu Leu Gly lle lle Lys Leu Ser Gly Tyr Asn Thr Gly lle Ser 1215 1210 1205 10
Arg Ala Tyr Pro Lys Arg Asn Gly Ser Asp Gly Phe Tyr Thr Thr 1230 1225 1220
Thr Ala Tyr Tyr Lys Phe Phe Asp Glu Glu Ser Tyr Lys Lys Phe 1245 1240 1235
Glu Lys lle Cys Tyr Gly Phe Gly lle Asp Leu Ser Glu Asn Ser 1260 1255 1250
Glu lle Asn Lys Pro Glu Asn Glu Ser lle Arg Asn Tyr lle Ser 1275 1270 1265
His Phe Tyr lle Val Arg Asn Pro Phe Ala Asp Tyr Ser lle Ala 10 1290 1285 1280
Glu GIn lle Asp Arg Val Ser Asn Leu Leu Ser Tyr Ser Thr Arg 1305 1300 1295 15
Tyr Asn Asn Ser Thr Tyr Ala Ser Val Phe Glu Val Phe Lys Lys 1320 1315 1310
Asp Val Asn Leu Asp Tyr Asp Glu Leu Lys Lys Lys Phe Arg Leu 1335 1330 1325 lle Gly Asn Asn Asp lle Leu Glu Arg Leu Met Lys Pro Lys Lys 1350 1345 1340
Val Ser Val Leu Glu Leu Glu Ser Tyr Asn Ser Asp Tyr lle Lys 1365 1360 1355
Asn Leu lle lle Glu Leu Leu Thr Lys lle Glu Asn Thr Asn Asp 5 1380 1375 1370
Thr Leu
601 <210> 1224 <211> 5
PRT <212>
Bergeyella zoohelcum <213> 601 <400>
Met Glu Asn Lys Thr Ser Leu Gly Asn Asn lle Tyr Tyr Asn Pro Phe 10 5 1
Lys Pro GIn Asp Lys Ser Tyr Phe Ala Gly Tyr Phe Asn Ala Ala Met 15 25 20
Glu Asn Thr Asp Ser Val Phe Arg Glu Leu Gly Lys Arg Leu Lys Gly
45 40 35
Lys Glu Tyr Thr Ser Glu Asn Phe Phe Asp Ala lle Phe Lys Glu Asn 60 55 50 5 lle Ser Leu Val Glu Tyr Glu Arg Tyr Val Lys Leu Leu Ser Asp Tyr 80 75 70 65
Phe Pro Met Ala Arg Leu Leu Asp Lys Lys Glu Val Pro lle Lys Glu 95 90 85
Arg Lys Glu Asn Phe Lys Lys Asn Phe Lys Gly lle lle Lys Ala Val 110 105 100
Arg Asp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Glu His Gly Glu Val Glu 125 120 115 lle Thr Asp Glu lle Phe Gly Val Leu Asp Glu Met Leu Lys Ser Thr 5 140 135 130
Val Leu Thr Val Lys Lys Lys Lys Val Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu 160 155 150 145 10 lle Leu Lys Lys Ser lle Glu Lys Gin Leu Asp lle Leu Cys GIn Lys 175 170 165
Lys Leu Glu Tyr Leu Arg Asp Thr Ala Arg Lys lle Glu Glu Lys Arg 190 185 180
Arg Asn 60 Arg Glu Arg Gly Glu Lys Glu Leu Val Ala Pro Phe Lys 205 200 195
Tyr Ser Asp Lys Arg Asp Asp Leu lle Ala Ala lle Tyr Asn Asp Ala 220 215 210
Phe Asp Val Tyr lle Asp Lys Lys Lys Asp Ser Leu Lys Glu Ser Ser 0 240 235 230 225
Lys Ala Lys Tyr Asn Thr Lys Ser Asp Pro Gin Gin Glu Glu Gly Asp 255 250 245 15
Leu Lys lle Pro lle Ser Lys Asn Gly Val Val Phe Leu Leu Ser Leu 270 265 260
Phe Leu Thr Lys GIn Glu lle His Ala Phe Lys Ser Lys lle Ala Gly 285 280 275
Phe Lys Ala Thr Val lle Asp Glu Ala Thr Val Ser Glu Ala Thr Val 300 295 290
Ser His Gly Lys Asn Ser lle Cys Phe Met Ala Thr His Glu lle Phe 320 315 310 305
Ser His Leu Ala Tyr Lys Lys Leu Lys Arg Lys Val Arg Thr Ala Glu 5 335 330 325 lle Asn Tyr Gly Glu Ala Glu Asn Ala Glu GIn Leu Ser Val Tyr Ala
350 345 340
Lys Glu Thr Leu Met Met Gin Met Leu Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 365 360 355 5
Asp Val Val Tyr GIn Asn Leu Ser Glu Asp Val Gln Lys Thr Phe lle 380 375 370
Glu Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr 400 395 390 385
Met Glu Glu Glu GIn Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu 415 410 405
Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gin 430 425 420
Phe Pro Thr Leu Arg Phe ‏ماي‎ Val His Leu Gly Asn Tyr Leu His Asp 5 445 440 435
Ser Arg Pro Lys Glu Asn Leu lle Ser Asp Arg Arg lle Lys Glu Lys 460 455 450 10 lle Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu His Lys Lys Ala Leu 480 475 470 465
Phe lle Lys Asn Thr Glu Thr Asn Glu Asp Arg Glu His Tyr Trp Glu 495 490 485 lle Phe Pro Asn Pro Asn Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn lle Ser Val 510 505 500
Asn Asp Lys Asp Phe Pro lle Ala Gly Ser lle Leu Asp Arg Glu Lys 525 520 515
GIn Pro Val Ala Gly Lys lle Gly lle Lys Val Lys Leu Leu Asn GIn 0 540 535 530
Gln Tyr Val Ser Glu Val Asp Lys Ala Val Lys Ala His Gin Leu Lys 560 555 550 545 15
Gln Arg Lys Ala Ser Lys Pro Ser lle Gln Asn lle lle Glu Glu lle 575 570 565
Val Pro lle Asn Glu Ser Asn Pro Lys Glu Ala lle Val Phe Gly Gly 590 585 580
Gln Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp lle His Ser lle Leu Tyr 605 600 595
Glu Phe Phe Asp Lys Trp Glu Lys Lys Lys Glu Lys Leu Glu Lys Lys 620 615 610
Gly Glu Lys Glu Leu Arg Lys Glu lle Gly Lys Glu Leu Glu Lys Lys 5 640 635 630 625 lle Val Gly Lys lle Gln Ala GIn lle Gln Gin lle lle Asp Lys Asp
655 650 645
Thr Asn Ala Lys lle Leu Lys Pro Tyr Gln Asp Gly Asn Ser Thr Ala 670 665 660 5 lle Asp Lys Glu Lys Leu lle Lys Asp Leu Lys GIn Glu Gln Asn lle 685 680 675
Leu GIn Lys Leu Lys Asp Glu GIn Thr Val Arg Glu Lys Glu Tyr Asn 700 695 690
Asp Phe lle Ala Tyr Gln Asp Lys Asn Arg Glu lle Asn Lys Val Arg 720 715 710 705
Asp Arg Asn His Lys GIn Tyr Leu Lys Asp Asn Leu Lys Arg Lys Tyr 735 730 725
Pro Glu Ala Pro Ala Arg Lys Glu Val Leu Tyr Tyr Arg Glu Lys Gly 5 750 745 740
Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Thr 765 760 755 10
Asp Phe Lys Asn Glu Trp Lys Gly Glu GIn His Ser Leu Leu 60 Lys 780 775 770
Ser Leu Ala Tyr Tyr Glu 60 Cys Lys Glu Glu Leu Lys Ash Leu Leu 800 795 790 785
Pro Glu Lys Val Phe Gin His Leu Pro Phe Lys Leu Gly Gly Tyr Phe 815 810 805
GIn Gin Lys Tyr Leu Tyr Gln Phe Tyr Thr Cys Tyr Leu Asp Lys Arg 830 825 820
Leu Glu Tyr lle Ser Gly Leu Val Gin GIn Ala Glu Asn Phe Lys Ser 0 845 840 835
Glu Asn Lys Val Phe Lys Lys Val Glu Asn Glu Cys Phe Lys Phe Leu 860 855 850 15
Lys Lys GIn Asn Tyr Thr His Lys Glu Leu Asp Ala Arg Val GIn Ser 880 875 870 865 lle Leu Gly Tyr Pro lle Phe Leu Glu Arg Gly Phe Met Asp Glu Lys 895 890 885
Pro Thr lle lle Lys Gly Lys Thr Phe Lys Gly Asn Glu Ala Leu Phe 910 905 900
Ala Asp Trp Phe Arg Tyr Tyr Lys Glu Tyr GIn Asn Phe GIn Thr Phe 925 920 915
Tyr Asp Thr Glu Asn Tyr Pro Leu Val Glu Leu Glu Lys Lys Gln Ala 15 940 935 930
Asp Arg Lys Arg Lys Thr Lys lle Tyr Gin GIn Lys Lys Asn Asp Val
960 955 950 945
Phe Thr Leu Leu Met Ala Lys His lle Phe Lys Ser Val Phe Lys Gin 975 970 965 5
Asp Ser lle Asp GIn Phe Ser Leu Glu Asp Leu Tyr Gln Ser Arg Glu 990 985 980
Glu Arg Leu Gly Asn GIn Glu Arg Ala Arg Gin Thr Gly Glu Arg Asn 1005 1000 995
Thr Asn Tyr lle Trp Asn Lys Thr Val Asp Leu Lys Leu Cys Asp 1020 1015 1010
Gly Lys lle Thr Val Glu Asn Val Lys Leu Lys Asn Val Gly Asp 1035 1030 1025
Phe lle Lys Tyr Glu Tyr Asp Gin Arg Val Gin Ala Phe Leu Lys 5 1050 1045 1040
Tyr Glu Glu Asn lle Glu Trp GIn Ala Phe Leu lle Lys Glu Ser 1065 1060 1055 10
Lys Glu Glu Glu Asn Tyr Pro Tyr Val Val Glu Arg Glu lle Glu 1080 1075 1070
Gln Tyr Glu Lys Val Arg Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Val His 1095 1090 1085
Leu lle Glu Glu Tyr lle Leu Glu Lys Val Lys Asp Lys Glu lle 1110 1105 1100
Leu Lys Lys Gly Asp Asn GIn Asn Phe Lys Tyr Tyr lle Leu Asn 1125 1120 1115
Gly Leu Leu Lys GIn Leu Lys Asn Glu Asp Val Glu Ser Tyr Lys 10 1140 1135 1130
Val Phe Asn Leu Asn Thr Glu Pro Glu Asp Val Asn lle Asn Gin 1155 1150 1145 15
Leu Lys GIn Glu Ala Thr Asp Leu Glu Gin Lys Ala Phe Val Leu 1170 1165 1160
Thr Tyr lle Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Lys Lys 1185 1180 1175
Glu Phe Trp Asp Tyr Cys 60 Glu Lys Tyr Gly Lys lle Glu Lys 1200 1195 1190
Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu Val Phe Lys Lys Glu 1215 1210 1205
Lys Glu Ala Leu lle Lys 15 1220 602 <210>
1126 <211>
PRT <212>
Prevotella intermedia <213> 602 <400> 5
Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser lle Arg Tyr Glu Leu Lys 15 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 25 20
Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys lle Leu Glu Glu Gly Glu lle 5 40 35
Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Thr Thr Leu Lys Asn Thr Trp Asn Glu lle
60 55 50
Lys Asp lle Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu lle lle Lys His 80 75 70 65 5
Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala Thr Tyr Arg Leu Asn Pro Thr Asp Thr 95 90 85
Thr Lys GIn Lys Glu Glu Lys GIn Ala Glu Ala 60 Ser Leu Glu Ser 110 105 100
Leu Arg Lys Ser Phe Phe Val Phe lle Tyr Lys Leu Arg Asp Leu Arg 125 120 115
Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg Pro Lys 140 135 130
Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn lle Phe Asn Ala Ser 5 160 155 150 145 lle Arg Leu Val Lys Glu Asp Tyr Gin Tyr Asn Lys Asp lle Asn Pro 175 170 165 10
Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr 190 185 180
Tyr Phe Thr Lys Asp Asn Glu Gly Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu 205 200 195
Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Met Gin 220 215 210
Gln Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn Arg Glu Asn Lys Lys Lys Met 240 235 230 225
Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 0 255 250 245
Leu GIn Ser Thr Gin Thr Gln Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn 270 265 260 15
Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Arg Glu Glu 285 280 275
Asp Arg Glu Lys Phe Arg Val Pro lle Glu lle Ala Asp Glu Asp Tyr 300 295 290
Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp 320 315 310 305
Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe 335 330 325
Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle 5 350 345 340
Tyr Lys Lys Gin lle Gly Asp Tyr Lys Glu Ser His His Leu Thr His
365 360 355
Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle 60 Glu Phe Thr Lys ‏ماى‎ Asn Arg 380 375 370 5
Pro Asp Glu Trp Arg Lys Phe Val Lys Thr Phe Asn Ser Phe Glu Thr 400 395 390 385
Ser Lys Glu Pro Tyr lle Pro Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu 415 410 405
Asn Gin Lys lle Gly lle Arg Phe Arg Asn Asp Asn Asp Lys lle Trp 430 425 420
Pro Ser Leu Lys Thr Asn Ser Glu Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys 445 440 435
Leu Asp Lys Ser Phe GIn Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu 5 460 455 450
Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu Asn Thr Asp 480 475 470 465 10
Asn Asp Asn Glu lle Glu Thr Lys Lys Lys Glu Asn Lys Asn Asp Lys 495 490 485
GIn Glu Lys His Lys lle Glu Glu lle lle Glu Asn Lys lle Thr Glu 510 505 500 lle Tyr Ala Leu Tyr Asp Thr Phe Ala Asn Gly Glu lle Lys Ser lle 525 520 515
Asp Glu Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Gly Lys Asp lle Glu lle Gly His 540 535 530
Leu Pro Lys Gln Met lle Ala lle Leu Lys Asp Glu His Lys Val Met 10 560 555 550 545
Ala Thr Glu Ala Glu Arg Lys GIn Glu Glu Met Leu Val Asp Val Gin 575 570 565 15
Lys Ser Leu Glu Ser Leu Asp Asn GIn lle Asn Glu Glu lle Glu Asn 590 585 580
Val Glu Arg Lys Asn Ser Ser Leu Lys Ser Gly Lys lle Ala Ser Trp 605 600 595
Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Gin Lys Asp Asn Glu 620 615 610
Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr GIn Leu 640 635 630 625
Leu GIn Arg Thr Leu Ala Phe Phe Gly Ser Glu His Glu Arg Leu Ala 5 655 650 645
Pro Tyr Phe Lys GIn Thr Lys Leu lle Glu Ser Ser Asn Pro His Pro
670 665 660
Phe Leu Lys Asp Thr Glu Trp Glu Lys Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe 685 680 675 5
Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys 700 695 690
Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn Gin Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro 720 715 710 705
Lys Thr Lys Pro Lys Thr Leu Val Gin Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn 735 730 725
Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Pro lle Arg Lys Trp Phe Met Lys 750 745 740
His Arg Glu Asn lle Thr Val Ala Glu Leu Lys Arg Val Gly Leu Val 5 765 760 755
Ala Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Ser Glu Glu Tyr Lys Asp Ser Val 780 775 770 10
Gln Pro Phe Tyr Asn Tyr His Phe Asn Val Gly Asn lle Asn Lys Pro 800 795 790 785
Asp Glu Lys Asn Phe Leu Asn Cys Glu Glu Arg Arg Glu Leu Leu Arg 815 810 805
Lys Lys Lys Asp Glu Phe Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu 830 825 820
Asn Pro Ser Tyr Leu Glu Phe Lys Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu 845 840 835
Leu Arg Leu Val Arg Asn GIn Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Met 10 860 855 850
Glu Leu Phe Asn Lys Lys Lys lle Lys Glu Leu Asn Val Glu Lys lle 880 875 870 865 15
Tyr Leu Lys Asn lle Asn Thr Asn Thr Thr Lys Lys Glu Lys Asn Thr 895 890 885
Glu Glu Lys Asn Gly Glu Glu Lys Asn lle Lys Glu Lys Asn Asn lle 910 905 900
Leu Asn Arg lle Met Pro Met Arg Leu Pro lle Lys Val Tyr Gly Arg 925 920 915
Glu Asn Phe Ser Lys Asn Lys Lys Lys Lys lle Arg Arg Asn Thr Phe 940 935 930
Phe Thr Val Tyr lle Glu Glu Lys Gly Thr Lys Leu Leu Lys 60 Gly 5 960 955 950 945
Asn Phe Lys Ala Leu Glu Arg Asp Arg Arg Leu Gly Gly Leu Phe Ser
975 970 965
Phe Val Lys Thr Pro Ser Lys Ala Glu Ser Lys Ser Asn Thr lle Ser 990 985 980 5
Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Lys Ala Arg lle 1005 1000 995
Glu lle lle Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Lys Thr Leu lle Asp 1020 1015 1010
Lys Tyr Asn Ser Leu Asp Thr Asp Asn Phe Asn Lys Met Leu Thr 1035 1030 1025
Asp Trp Leu Glu Leu Lys Gly Glu Pro Asp Lys Ala Ser Phe Gin 1050 1045 1040
Asn Asp Val Asp Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His 5 1065 1060 1055
Asn GIn Tyr Pro Met Arg Asn Arg lle Ala Phe Ala Asn lle Asn 1080 1075 1070 10
Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn Thr Ser Glu Glu Lys Gly Leu 1095 1090 1085
Gly lle Ala Asn GIn Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Thr lle Glu 1110 1105 1100
Lys lle lle Glu lle Glu Lys Pro lle Glu Thr Lys Glu 1125 1120 1115 603 <210> 1127 <211>
PRT <212>
Prevotella buccae <213> 603 <400>
Met GIn Lys GIn Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala lle 10 5 1 15
Phe Ala Phe Pro Lys Tyr lle Thr lle Met Glu Asn Lys Glu Lys Pro 25 20
Glu Pro lle Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 45 40 35
Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr lle Asn His lle Asn 60 55 50
Arg Arg Leu Glu lle Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 0 80 75 70 65 lle Lys Gly Ser Trp Asn Glu GIn Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 95 90 85 15
Arg Leu Arg Asp Leu lle Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 110 105 100
Ala Tyr Glu Met Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu GIn Arg 125 120 115
Glu Lys Glu 60 Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 140 135 130
Leu Phe lle Phe Leu Glu Lys Leu GIn Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 160 155 150 145
His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro lle Phe Glu Thr Ser 15 175 170 165
Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val
190 185 180
Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn lle Asp Met Gin Arg Asp Phe 205 200 195 5
Thr His Leu Asn Arg Lys Lys GIn Val Gly Arg Thr Lys Asn lle lle 220 215 210
Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 240 235 230 225
Thr lle Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 255 250 245
Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 270 265 260
Asn Leu Arg Glu GIn Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg ‏ا‎ 5 285 280 275
Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gin Thr Lys Asp Trp Met 300 295 290 10
GIn Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 320 315 310 305
Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 335 330 325 lle Phe Ser Asp Asp Tyr Asn Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 350 345 340
Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 365 360 355
Asp Leu Asn Glu lle Phe Glu GIn Leu Arg Phe GIn lle Asp Leu Gly 0 380 375 370
Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Asn Lys Arg lle Gly Asp Glu Asp Glu 400 395 390 385 15
Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg lle Gln Asp 415 410 405
Phe Ala Pro Gin Asn GIn Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 430 425 420
Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr lle Ser Lys Thr Ala 445 440 435
Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys lle Gly lle Lys Phe Cys Ser 460 455 450
Ala His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu GIn Thr Asp Lys Thr Cys Asn 5 480 475 470 465
Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gin Phe Thr Ala Glu Ala Phe
495 490 485
Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 510 505 500 5
Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly lle 525 520 515 lle Arg Lys Glu lle Ser Asn lle Tyr Ala lle Tyr Asp Ala Phe Ala 540 535 530
Asn Asn Glu lle Asn Ser lle Ala Asp Leu Thr Arg Arg Leu GIn Asn 560 555 550 545
Thr Asn lle Leu GIn Gly His Leu Pro Lys Gln Met lle Ser lle Leu 575 570 565
Lys Gly Arg Gin Lys Asp Met Gly Lys Glu Ala Glu Arg Lys lle Gly 5 590 585 580
Glu Met lle Asp Asp Thr Gin Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys 0 605 600 595 10
Thr Asn Gin Lys lle Arg lle Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 620 615 610
Ser Gly Lys lle Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe 0 640 635 630 625
Pro Val GIn Lys Asp GIn Asn Asn lle Pro lle Asn Asn Ser Lys Ala 655 650 645
Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu GIn Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly 670 665 660
Ser Glu Asn Phe Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Asn Gin Met Asn Leu Val 0 685 680 675
Gly Asn Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gin Trp Glu His 700 695 690 15
Gln Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 720 715 710 705
Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gin Asn Trp Lys Gin Tyr Gin His 735 730 725
Phe Leu lle Leu Lys Val Gin Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 750 745 740
Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Gin Pro 765 760 755 lle Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg lle Tyr Asp 5 780 775 770 ‏ماك‎ lle Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala lle Pro
800 795 790 785
Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gin Pro Phe Tyr Asp 815 810 805 5
Tyr Pro Phe Asn lle Gly Asn Arg Leu Lys Pro Lys Lys Arg Gin Phe 830 825 820
Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp Gin Lys Asn Lys Glu Leu 845 840 835
Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Lys Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 860 855 850
Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu lle Lys 880 875 870 865
Asn Gin Asp lle Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Asn Met 5 895 890 885
Ala Thr Val Glu Gly Leu Lys lle Gly Glu lle His Leu Arg Asp lle 910 905 900 10
Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn lle Leu Asn Arg lle 925 920 915
Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 940 935 930
Asn lle Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr lle Glu Glu Thr 960 955 950 945
Glu Thr Lys Val Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 975 970 965
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp Leu Asn 0 990 985 980
Leu Glu Glu His Pro lle Ser Lys Leu Ser Val Asp Leu Glu Leu lle 1005 1000 995 15
Lys Tyr GIn Thr Thr Arg lle Ser lle Phe Glu Met Thr Leu Gly 1020 1015 1010
Leu Glu Lys Lys Leu lle Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 1035 1030 1025
Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu Gin Cys Lys Ala Asn 1050 1045 1040
Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu lle Ala Val Arg 1065 1060 1055
Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 15 1080 1075 1070
Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr
1095 1090 1085
Lys Lys lle Glu Leu Asn lle Ala Pro Gln Leu Leu Glu lle Val 1110 1105 1100 5
Gly Lys Ala lle Lys Glu lle Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1125 1120 1115 604 <210> 953 <211>
PRT <212>
Alistipes sp <213> 15 604 <400>
Met Ser Asn Glu lle Gly Ala Phe Arg Glu His Gln Phe Ala Tyr Ala
15 10 5 1
Pro Gly Asn Glu Lys Gin Glu Glu Ala Thr Phe Ala Thr Tyr Phe Asn 30 25 20 5
Leu Ala Leu Ser Asn Val Glu Gly Met Met Phe Gly Glu Val Glu Ser 45 40 35
Asn Pro Asp Lys lle Glu Lys Ser Leu Asp Thr Leu Pro Pro Ala lle 60 55 50
Leu Arg GIn lle Ala Ser Phe lle Trp Leu Ser Lys Glu Asp His Pro 80 75 70 65
Asp Lys Ala Tyr Ser Thr Glu Glu Val Lys Val lle Val Thr Asp Leu 95 90 85
Val Arg Arg Leu Cys Phe Tyr Arg Asn Tyr Phe Ser His Cys Phe Tyr 5 110 105 100
Leu Asp Thr Gin Tyr Phe Tyr Ser Asp Glu Leu Val Asp Thr Thr Ala 125 120 115 10 lle Gly Glu Lys Leu Pro Tyr Asn Phe His His Phe lle Thr Asn Arg 140 135 130
Leu Phe Arg Tyr Ser Leu Pro Glu lle Thr Leu Phe Arg Trp Asn Glu 160 155 150 145
Gly Glu Arg Lys Tyr Glu lle Leu Arg Asp Gly Leu lle Phe Phe Cys 175 170 165
Cys Leu Phe Leu Lys Arg Gly Gin Ala Glu Arg Phe Leu Asn Glu Leu 190 185 180
Arg Phe Phe Lys Arg Thr Asp Glu Glu Gly Arg lle Lys Arg Thr lle 0 205 200 195
Phe Thr Lys Tyr Cys Thr Arg Glu Ser His Lys His lle Gly lle Glu 220 215 210 15
Glu GIn Asp Phe Leu lle Phe GIn Asp lle lle Gly Asp Leu Asn Arg 240 235 230 225
Val Pro Lys Val Cys Asp Gly Val Val Asp Leu Ser Lys Glu Asn Glu 255 250 245
Arg Tyr lle Lys Asn Arg Glu Thr Ser Asn Glu Ser Asp Glu Asn Lys 270 265 260
Ala Arg Tyr Arg Leu Leu lle Arg Glu Lys Asp Lys Phe Pro Tyr Tyr 285 280 275
Leu Met Arg Tyr lle Val Asp Phe Gly Val Leu Pro Cys lle Thr Phe 15 300 295 290
Lys GIn Asn Asp Tyr Ser Thr Lys Glu Gly Arg Gly Gln Phe His Tyr
320 315 310 305
Gln Asp Ala Ala Val Ala 60 Glu Glu Arg Cys Tyr Asn Phe Val Val 335 330 325 5
Arg Asn Gly Asn Val Tyr Tyr Ser Tyr Met Pro Gin Ala Gin Asn Val 350 345 340
Val Arg lle Ser Glu Leu GIn Gly Thr lle Ser Val Glu Glu Leu Arg 365 360 355
Asn Met Val Tyr Ala Ser lle Asn Gly Lys Asp Val Asn Lys Ser Val 380 375 370
Glu 60 Tyr Leu Tyr His Leu His Leu Leu Tyr Glu Lys lle Leu Thr 400 395 390 385 lle Ser Gly 60 Thr lle Lys Glu Gly Arg Val Asp Val Glu Asp Tyr 5 415 410 405
Arg Pro Leu Leu Asp Lys Leu Leu Leu Arg Pro Ala Ser Asn Gly Glu 430 425 420 10
Glu Leu Arg Arg Glu Leu Arg Lys Leu Leu Pro Lys Arg Val Cys Asp 445 440 435
Leu Leu Ser Asn Arg Phe Asp Cys Ser Glu Gly Val Ser Ala Val Glu 460 455 450
Lys Arg Leu Lys Ala lle Leu Leu Arg His Glu 60 Leu Leu Leu Ser 480 475 470 465
Gln Asn Pro Ala Leu His lle Asp Lys lle Lys Ser Val lle Asp Tyr 495 490 485
Leu Tyr Leu Phe Phe Ser Asp Asp Glu Lys Phe Arg Gin Gin Pro Thr 0 510 505 500
Glu Lys Ala His Arg Gly Leu Lys Asp Glu Glu Phe Gln Met Tyr His 525 520 515 15
Tyr Leu Val Gly Asp Tyr Asp Ser His Pro Leu Ala Leu Trp Lys Glu 540 535 530
Leu Glu Ala Ser Gly Arg Leu Lys Pro Glu Met Arg Lys Leu Thr Ser 560 555 550 545
Ala Thr Ser Leu His Gly Leu Tyr Met Leu Cys Leu Lys Gly Thr Val 575 570 565
Glu Trp Cys Arg Lys GIn Leu Met Ser lle Gly Lys Gly Thr Ala Lys 590 585 580
Val Glu Ala lle Ala Asp Arg Val Gly Leu Lys Leu Tyr Asp Lys Leu 5 605 600 595
Lys Glu Tyr Thr Pro Glu GIn Leu Glu Arg Glu Val Lys Leu Val Val
620 615 610
Met His Gly Tyr Ala Ala Ala Ala Thr Pro Lys Pro Lys Ala Gin Ala 640 635 630 625 5
Ala lle Pro Ser Lys Leu Thr Glu Leu Arg Phe Tyr Ser Phe Leu Gly 655 650 645
Lys Arg Glu Met Ser Phe Ala Ala Phe lle Arg Gin Asp Lys Lys Ala 670 665 660
Gln Lys Leu Trp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr Val Glu Asn lle Lys Thr 685 680 675
Leu GIn Lys Arg GIn Ala Ala Ala Asp Ala Ala Cys Lys Lys Leu Tyr 700 695 690
Asn Leu Val Gly Glu Val Glu Arg Val His Thr Asn Asp Lys Val Leu 5 720 715 710 705
Val Leu Val Ala GIn Arg Tyr Arg Glu Arg Leu Leu Asn Val Gly Ser 735 730 725 10
Lys Cys Ala Val Thr Leu Asp Asn Pro Glu Arg Gin Gin Lys Leu Ala 750 745 740
Asp Val Tyr Glu Val Gln Asn Ala Trp Leu Ser lle Arg Phe Asp Asp 765 760 755
Leu Asp Phe Thr Leu Thr His Val Asn Leu Ser Asn Leu Arg Lys Ala 780 775 770
Tyr Asn Leu lle Pro Arg Lys His lle Leu Ala Phe Lys Glu Tyr Leu 800 795 790 785
Asp Asn Arg Val Lys 60 Lys Leu Cys Glu Glu Cys Arg Asn Val Arg 0 815 810 805
Arg Lys Glu Asp Leu Cys Thr Cys Cys Ser Pro Arg Tyr Ser Asn Leu 830 825 820 15
Thr Ser Trp Leu Lys Glu Asn His Ser Glu Ser Ser lle Glu Arg Glu 845 840 835
Ala Ala Thr Met Met Leu Leu Asp Val Glu Arg Lys Leu Leu Ser Phe 860 855 850
Leu Leu Asp Glu Arg Arg Lys Ala lle lle Glu Tyr Gly Lys Phe lle 880 875 870 865
Pro Phe Ser Ala Leu Val Lys Glu Cys Arg Leu Ala Asp Ala Gly Leu 895 890 885
Cys Gly lle Arg Asn Asp Val Leu His Asp Asn Val lle Ser Tyr Ala 15 910 905 900
Asp Ala lle Gly Lys Leu Ser Ala Tyr Phe Pro Lys Glu Ala Ser Glu
925 920 915
Ala Val Glu Tyr lle Arg Arg Thr Lys Glu Val Arg Glu Gin Arg Arg 940 935 930 5
Glu Glu Leu Met Ala Asn Ser Ser 0 950 945 605 <210> 1322 <211>
PRT <212> .Prevotella sp <213> 15 605 <400>
Met Ser Lys Glu Cys Lys Lys Gln Arg Gin Glu Lys Lys Arg Arg Leu
15 10 5 1 ‏ماك‎ Lys Ala Asn Phe Ser lle Ser Leu Thr Gly Lys His Val Phe Gly 30 25 20 5
Ala Tyr Phe Asn Met Ala Arg Thr Asn Phe Val Lys Thr lle Asn Tyr 45 40 35 lle Leu Pro lle Ala Gly Val Arg Gly Asn Tyr Ser Glu Asn Gin lle 60 55 50
Asn Lys Met Leu His Ala Leu Phe Leu lle Gin Ala Gly Arg Asn Glu 80 75 70 65
Glu Leu Thr Thr Glu Gin Lys ‏هي‎ Trp Glu Lys Lys Leu Arg Leu Asn 95 90 85
Pro Glu GIn GIn Thr Lys Phe Gin Lys Leu Leu Phe Lys His Phe Pro 5 110 105 100
Val Leu Gly Pro Met Met Ala Asp Val Ala Asp His Lys Ala Tyr Leu 125 120 115 10
Asn Lys Lys Lys Ser Thr Val Gln Thr Glu Asp Glu Thr Phe Ala Met 140 135 130
Leu Lys Gly Val Ser Leu Ala Asp Cys Leu Asp lle lle Cys Leu Met 160 155 150 145
Ala Asp Thr Leu Thr Glu Cys Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Asp Pro 175 170 165
Tyr Asn Lys Pro Ser Gln Leu Ala Asp GIn Tyr Leu His GIn Glu Met 190 185 180 lle Ala Lys Lys Leu Asp Lys Val Val Val Ala Ser Arg Arg lle Leu 0 205 200 195
Lys Asp Arg Glu Gly Leu Ser Val Asn Glu Val Glu Phe Leu Thr Gly 220 215 210 15 lle Asp His Leu His GIn Glu Val Leu Lys Asp Glu Phe Gly Asn Ala 240 235 230 225
Lys Val Lys Asp Gly Lys Val Met Lys Thr Phe Val Glu Tyr Asp Asp 255 250 245
Phe Tyr Phe Lys lle Ser Gly Lys Arg Leu Val Asn Gly Tyr Thr Val 270 265 260
Thr Thr Lys Asp Asp Lys Pro Val Asn Val Asn Thr Met Leu Pro Ala 285 280 275
Leu Ser Asp Phe Gly Leu Leu Tyr Phe Cys Val Leu Phe Leu Ser Lys 5 300 295 290
Pro Tyr Ala Lys Leu Phe lle Asp Glu Val Arg Leu Phe Glu Tyr Ser
320 315 310 305
Pro Phe Asp Asp Lys Glu Asn Met lle Met Ser Glu Met Leu Ser lle 335 330 325 5
Tyr Arg lle Arg Thr Pro Arg Leu His Lys lle Asp Ser His Asp Ser 350 345 340
Lys Ala Thr Leu Ala Met Asp lle Phe Gly Glu Leu Arg Arg Cys Pro 365 360 355
Met Glu Leu Tyr Asn Leu Leu Asp Lys Asn Ala Gly Gln Pro Phe Phe 380 375 370
His Asp Glu Val Lys His Pro Asn Ser His Thr Pro Asp Val Ser Lys 400 395 390 385
Arg Leu Arg Tyr Asp Asp Arg Phe Pro Thr Leu Ala Leu Arg Tyr lle 5 415 410 405
Asp Glu Thr Glu Leu Phe Lys Arg lle Arg Phe GIn Leu GIn Leu Gly 430 425 420 10
Ser Phe Arg Tyr Lys Phe Tyr Asp Lys Glu Asn Cys lle Asp Gly Arg 445 440 435
Val Arg Val Arg Arg lle Gin Lys Glu lle Asn Gly Tyr Gly Arg Met 460 455 450
Gln Glu Val Ala Asp Lys Arg Met Asp Lys Trp Gly Asp Leu lle 0 480 475 470 465
Lys Arg Glu Glu Arg Ser Val Lys Leu Glu His Glu Glu Leu Tyr lle 495 490 485
Asn Leu Asp GIn Phe Leu Glu Asp Thr Ala Asp Ser Thr Pro Tyr Val 10 510 505 500
Thr Asp Arg Arg Pro Ala Tyr Asn lle His Ala Asn Arg lle Gly Leu 525 520 515 15
Tyr Trp Glu Asp Ser Gln Asn Pro Lys GIn Tyr Lys Val Phe Asp Glu 540 535 530
Asn Gly Met Tyr lle Pro Glu Leu Val Val Thr Glu Asp Lys Lys Ala 560 555 550 545
Pro lle Lys Met Pro Ala Pro Arg Cys Ala Leu Ser Val Tyr Asp Leu 575 570 565
Pro Ala Met Leu Phe Tyr Glu Tyr Leu Arg Glu Gin Gln Asp Asn Glu 590 585 580
Phe Pro Ser Ala Glu Gin Val lle lle Glu Tyr Glu Asp Asp Tyr Arg 5 605 600 595
Lys Phe Phe Lys Ala Val Ala Glu Gly Lys Leu Lys Pro Phe Lys Arg
620 615 610
Pro Lys Glu Phe Arg Asp Phe Leu Lys Lys Glu Tyr Pro Lys Leu Arg 640 635 630 625 5
Met Ala Asp lle Pro Lys Lys Leu GIn Leu Phe Leu Cys Ser His Gly 655 650 645
Leu Cys Tyr Asn Asn Lys Pro Glu Thr Val Tyr Glu Arg Leu Asp Arg 670 665 660
Leu Thr Leu GIn His Leu Glu Glu Arg Glu Leu His lle Gin Asn Arg 685 680 675
Leu Glu His Tyr GIn Lys Asp Arg Asp Met lle Gly Asn Lys Asp Asn 700 695 690
GIn Tyr Gly Lys Lys Ser Phe Ser Asp Val Arg His Gly Ala Leu Ala 5 720 715 710 705
Arg Tyr Leu Ala Gln Ser Met Met Glu Trp Gln Pro Thr Lys Leu Lys 735 730 725 10
Asp Lys Glu Lys Gly His Asp Lys Leu Thr Gly Leu Asn Tyr Asn Val 750 745 740
Leu Thr Ala Tyr Leu Ala Thr Tyr Gly His Pro Gln Val Pro Glu Glu 765 760 755
Gly Phe Thr Pro Arg Thr Leu Glu GIn Val Leu lle Asn Ala His Leu 780 775 770 lle Gly Gly Ser Asn Pro His Pro Phe lle Asn Lys Val Leu Ala Leu 800 795 790 785
Gly Asn Arg Asn lle Glu Glu Leu Tyr Leu His Tyr Leu Glu Glu Glu 0 815 810 805
Leu Lys His lle Arg Ser Arg lle Gln Ser Leu Ser Ser Asn Pro Ser 830 825 820 15
Asp Lys Ala Leu Ser Ala Leu Pro Phe lle His His Asp Arg Met Arg 845 840 835
Tyr His Glu Arg Thr Ser Glu Glu Met Met Ala Leu Ala Ala Arg Tyr 860 855 850
Thr Thr lle Gln Leu Pro Asp Gly Leu Phe Thr Pro Tyr lle Leu Glu 880 875 870 865 lle Leu 60 Lys His Tyr Thr Glu Asn Ser Asp Leu GIn Asn Ala Leu 895 890 885
Ser GIn Asp Val Pro Val Lys Leu Asn Pro Thr Cys Asn Ala Ala Tyr 5 910 905 900
Leu lle Thr Leu Phe Tyr Gin Thr Val Leu Lys Asp Asn Ala GIn Pro
925 920 915
Phe Tyr Leu Ser Asp Lys Thr Tyr Thr Arg Asn Lys Asp Gly Glu Lys 940 935 930 5
Ala Glu Ser Phe Ser Phe Lys Arg Ala Tyr Glu Leu Phe Ser Val Leu 960 955 950 945
Asn Asn Asn Lys Lys Asp Thr Phe Pro Phe Glu Met lle Pro Leu Phe 975 970 965
Leu Thr Ser Asp Glu lle Glin Glu Arg Leu Ser Ala Lys Leu Leu Asp 990 985 980
Gly Asp Gly Asn Pro Val Pro Glu Val Gly Glu Lys Gly Lys Pro Ala 1005 1000 995
Thr Asp Ser Gin Gly Asn Thr lle Trp Lys Arg Arg lle Tyr Ser 5 1020 1015 1010
Glu Val Asp Asp Tyr Ala Glu Lys Leu Thr Asp Arg Asp Met Lys 1035 1030 1025 10 lle Ser Phe Lys Gly Glu Trp Glu Lys Leu Pro Arg Trp Lys Gin 1050 1045 1040
Asp Lys lle lle Lys Arg Arg Asp Glu Thr Arg Arg GIn Met Arg 1065 1060 1055
Asp Glu Leu Leu GIn Arg Met Pro Arg Tyr lle Arg Asp lle Lys 1080 1075 1070
Asp Asn Glu Arg Thr Leu Arg Arg Tyr Lys Thr Gin Asp Met Val 1095 1090 1085
Leu Phe Leu Leu Ala Glu Lys Met Phe Thr Asn lle lle Ser Glu 10 1110 1105 1100
Gln Ser Ser Glu Phe Asn Trp Lys Gin Met Arg Leu Ser Lys Val 1125 1120 1115 15
Cys Asn Glu Ala Phe Leu Arg Gin Thr Leu Thr Phe Arg Val Pro 1140 1135 1130
Val Thr Val Gly Glu Thr Thr lle Tyr Val Glu Gln Glu Asn Met 1155 1150 1145
Ser Leu Lys Asn Tyr Gly Glu Phe Tyr Arg Phe Leu Thr Asp Asp 1170 1165 1160
Arg Leu Met Ser Leu Leu Asn Asn lle Val Glu Thr Leu Lys Pro 1185 1180 1175
Asn Glu Asn Gly Asp Leu Val lle Arg His Thr Asp Leu Met Ser 5 1200 1195 1190
Glu Leu Ala Ala Tyr Asp Gin Tyr Arg Ser Thr lle Phe Met Leu
1215 1210 1205 lle Gln Ser lle Glu Asn Leu lle lle Thr Asn Asn Ala Val Leu 1230 1225 1220 5
Asp Asp Pro Asp Ala Asp Gly Phe Trp Val Arg Glu Asp Leu Pro 1245 1240 1235
Lys Arg Asn Asn Phe Ala Ser Leu Leu Glu Leu lle Asn GIn Leu 1260 1255 1250
Asn Asn Val Glu Leu Thr Asp Asp Glu Arg Lys Leu Leu Val Ala 1275 1270 1265 lle Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Ser Tyr Asn lle Asp Phe Ser 1290 1285 1280
Leu lle Lys Asp Val Lys His Leu Pro Glu Val Ala Lys Gly lle 5 1305 1300 1295
Leu GIn His Leu GIn Ser Met Leu Gly Val Glu lle Thr Lys 1320 1315 1310 10 606 <210> 1095 <211>
PRT <212> 15
Riemerella anatipestifer <213> 606 <400>
Met Glu Lys Pro Leu Leu Pro Asn Val Tyr Thr Leu Lys His Lys Phe 10 5 1
Phe Trp Gly Ala Phe Leu Asn lle Ala Arg His Asn Ala Phe lle Thr 5 25 20 lle Cys His lle Asn Glu GIn Leu Gly Leu Lys Thr Pro Ser Asn Asp 40 35 10
Asp Lys lle Val Asp Val Val Cys Glu Thr Trp Asn Asn lle Leu Asn 60 55 50 15
Asn Asp His Asp Leu Leu Lys Lys Ser GIn Leu Thr Glu Leu lle Leu 80 75 70 65
Lys His Phe Pro Phe Leu Thr Ala Met Cys Tyr His Pro Pro Lys Lys 95 90 85
Glu Gly Lys Lys Lys Gly His GIn Lys Glu 60 GIn Lys Glu Lys Glu 110 105 100
Ser Glu Ala GIn Ser GIn Ala Glu Ala Leu Asn Pro Ser Lys Leu lle 0 125 120 115
Glu Ala Leu Glu lle Leu Val Asn GIn Leu His Ser Leu Arg Asn Tyr 140 135 130 15
Tyr Ser His Tyr Lys His Lys Lys Pro Asp Ala Glu Lys Asp lle Phe 160 155 150 145
Lys His Leu Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu 175 170 165
Asp Tyr Lys Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His 190 185 180
Leu Asn Arg Lys Gly Lys Asn Lys Gin Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg 205 200 195
Tyr Arg Phe Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 15 220 215 210
Phe Thr Asn Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys
240 235 230 225
Lys Val Ser Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Arg Glu Lys Met Thr 255 250 245 5
Thr Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu 270 265 260
Glu Ser Arg Tyr Asp His Asn GIn Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu 285 280 275
Leu Ser Arg Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asn 300 295 290
Lys Lys His Phe GIn Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu lle Glu 320 315 310 305
Glu Glu GIn Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu lle Arg His Gin Asp Arg 5 335 330 325
Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys 350 345 340 10
Ser lle Arg Phe GIn Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys lle Tyr 365 360 355
Asp Lys Lys lle Gly Asp Glu Gin Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr 380 375 370
Leu Leu Ser Phe Gly Arg Leu 60 Asp Phe Thr Glu lle Asn Arg Pro 400 395 390 385
Gln Glu Trp Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser 415 410 405
Asn GIn Pro Phe lle Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His lle Thr Asp 0 430 425 420
Asn Lys lle Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser 445 440 435 15
Leu Glu lle Lys Asp Gly Ala Asn Arg lle Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn 460 455 450
Ser Gly Phe Val Ala His Ala Phe lle Ser Val His Glu Leu Leu Pro 480 475 470 465
Leu Met Phe Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys 495 490 485
Glu Thr Val Arg His lle Gln Arg lle Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu 510 505 500
Arg lle Asn Thr lle Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn Gin Gly Arg Leu 5 525 520 515
Pro Leu Gly Ala Phe Pro Lys 60 Met Leu Gly Leu Leu Gin Asn Lys
540 535 530
Gln Pro Asp Leu Ser Glu Lys Ala Lys lle Lys lle Glu Lys Leu lle 560 555 550 545 5
Ala Glu Thr Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser 575 570 565
Ser Pro Lys Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu lle Lys Thr Gly Val 590 585 580
Leu Ala Asp Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe GIn Pro Val Ala 605 600 595
Tyr Asp Ala GIn Asn GIn Pro lle Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr 620 615 610
Glu Phe Trp Phe lle Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys 5 640 635 630 625
Asn Arg Leu Glu Gly Tyr Phe Lys Gin Thr Asn Leu lle Gly Asn Thr 655 650 645 10
Asn Pro His Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn 670 665 660
Leu Val Asp Phe Tyr Gin GIn Tyr Leu Glu GIn Arg Glu Lys Phe Leu 685 680 675
Glu Ala lle Lys Asn Gin Pro Trp Glu Pro Tyr Gin Tyr Cys Leu Leu 700 695 690
Leu Lys lle Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu 720 715 710 705
GIn Gly Gly lle Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala lle Arg 0 735 730 725
Glu Thr Leu Ser Glu Asp Leu Met Leu Ser Lys Pro lle Arg Lys Glu 750 745 740 15 lle Lys Lys His Gly Arg Val Gly Phe lle Ser Arg Ala lle Thr Leu 765 760 755
Tyr Phe Lys Glu Lys Tyr Gln Asp Lys His GIn Ser Phe Tyr Asn Leu 780 775 770
Ser Tyr Lys Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Arg Glu Glu His 800 795 790 785
Tyr Glu Tyr Trp ‏ماي‎ Gln Asn Lys Pro Gln Ser Pro Thr Glu Ser Gin 815 810 805
Arg Leu Glu Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr 5 830 825 820
Lys Arg Trp Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gin
845 840 835
Asp Val Met Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe 860 855 850 5
Lys Glu Leu Asn Leu Asn Tyr His Gin Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala 880 875 870 865
Val Asn Val GIn Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn GIn Thr 895 890 885
Leu Pro Met Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Ala Thr Ala Phe Gly 910 905 900
Glu Val GIn Tyr His Lys Thr Pro lle Arg Thr Val Tyr lle Arg Glu 925 920 915
Glu His Thr Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 5 940 935 930
Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe lle Lys Glu Glu Asn Asp 960 955 950 945 10
Thr ‏ا‎ Lys His Pro lle Ser Gin Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu 975 970 965 lle Tyr Gln Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu 990 985 980
Glu Glu Lys Leu Leu Asn Lys His Thr Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn 1005 1000 995
Glu Phe Arg Ala Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Glu Tyr Ala Ala 1020 1015 1010
Ser Ser Met Val Thr Asp Glu His lle Ala Phe lle Ala Ser Val 10 1035 1030 1025
Arg Asn Ala Phe Cys His Asn Gin Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Ala 1050 1045 1040 15
Leu His Ala Pro lle Pro Leu Phe Thr Val Ala Gln Pro Thr Thr 1065 1060 1055
Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly lle Ala Glu Ala Leu Leu Lys Val 1080 1075 1070
Leu Arg Glu Tyr Cys Glu lle Val Lys Ser Gin lle 1095 1090 1085 607 <210> 1124 <211>
PRT <212>
Prevotella aurantiaca <213> 607 <400>
Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Gly Ser lle Ser Tyr Glu Leu Lys 15 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 30 25 20
Tyr lle Thr lle Asn His lle Asn Lys Leu Leu Glu lle Arg Glu lle 45 40 35
Asp Asn Asp Glu Lys Val Leu Asp lle Lys Thr Leu Trp GIn Lys Gly 60 55 50
Asn Lys Asp Leu Asn GIn Lys Ala Arg Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys 5 80 75 70 65
His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala lle Tyr Thr Lys Asn Lys Glu Asp
95 90 85
Lys Lys Glu Val Lys GIn Glu Lys Gin Ala Glu Ala GIn Ser Leu Glu 110 105 100 5
Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe Leu Asp Lys Leu Gin Glu Ala 125 120 115
Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr Ser Glu Phe Ser Lys Glu Pro 140 135 130
Glu Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn lle Phe Gly Asn 160 155 150 145
Asn lle GIn Leu Val lle Asn Asp Tyr GIn His Asn Lys Asp lle Asn 175 170 165
Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Gly 60 Phe Lys Tyr 5 190 185 180
Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 205 200 195 10
Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Met Gin 0 220 215 210
Lys Leu Asn Gly Phe Lys Asp Asn Leu Glu Asn Lys Lys Lys Met Thr 240 235 230 225
His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg lle Leu Met Pro Lys Leu Arg Leu 255 250 245
Glu Ser Thr GIn Thr Gin Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu 270 265 260
Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu GIn Gly Asp Asp 0 285 280 275
Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Asn 300 295 290 15
Ala Glu Gin Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu lle Arg His Gln Asp Arg 320 315 310 305
Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Lys 335 330 325
Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr 350 345 340
Lys Lys Leu lle Gly Gly GIn Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys 365 360 355
Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle GIn Glu Phe Ala Lys Gln Asn Arg Pro 5 380 375 370
Asp Glu Trp Lys Ala lle Val Lys Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser
400 395 390 385
Asn Lys Arg Tyr lle Ser Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn 415 410 405 5
Gin Lys lle Gly lle Arg Phe Arg Asn Gly Asn Lys Glu lle Trp Pro 430 425 420
Ser Leu Lys Thr Asn Asp Glu Asn Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys Leu 445 440 435
Asp Lys GIn Tyr Gln Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu 460 455 450
Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Lys Glu Lys Pro Asn Asn 480 475 470 465
Asp Glu lle Asn Ala Ser lle Val Glu Gly Phe lle Lys Arg Glu lle 5 495 490 485
Arg Asn lle Phe Lys Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu lle Asn 510 505 500 10
Asn lle Asp Asp Leu Glu Lys Tyr Cys Ala Asp Lys Gly lle Pro Lys 525 520 515
Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val Ala lle Leu Tyr Asp Glu His Lys 540 535 530
Asp Met Val Lys Glu Ala Lys Arg Lys GIn Lys Glu Met Val Lys Asp 560 555 550 545
Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu Glu Lys 60 Thr Gin Lys Glu Lys 575 570 565
Glu Asp Asp Gly Arg Asn Val Lys Leu Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala 0 590 585 580
Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val GIn Lys Asp 605 600 595 15
Asn Glu Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr 620 615 610
Gln Met Leu GIn Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Asn Glu Glu Lys Pro 640 635 630 625
Thr Arg Tyr Phe Arg ‏صاى‎ Val Asn Leu lle Glu Ser Asn Asn Pro His 655 650 645
Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp Glu Glu Cys Asn Asn lle Leu Thr 670 665 660
Phe Tyr Tyr Ser Tyr Leu Thr Lys Lys lle Glu Phe Leu Asn Lys Leu 15 685 680 675
Lys Pro Glu Asp Trp Lys Lys Asn 60 Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu
700 695 690
Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe 720 715 710 705 5
Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Pro lle Arg Glu Trp Phe Lys 735 730 725
Arg His GIn Asn Asn Ser Lys Glu Tyr Glu Lys Val Glu Ala Leu Asp 750 745 740
Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val lle Pro Leu Phe Phe Lys Glu Glu 765 760 755
Tyr Phe Lys Asp Lys Glu Glu Asn Phe Lys Glu Asp Thr Gin Lys Glu 780 775 770 lle Asn Asp Cys Val ‏صا6‎ Pro Phe Tyr Asn Phe Pro Tyr Asn Val Gly 5 800 795 790 785
Asn lle His Lys Pro Lys Glu Lys Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg 815 810 805 10 lle Glu Leu Trp Asp Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Glu 830 825 820
Lys lle Lys Ser Lys Lys Leu Thr Glu Lys Asp Lys Glu Glu Phe Arg 845 840 835
Ser Tyr Leu Glu Phe GIn Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg 860 855 850
Leu Val Arg Asn 0 Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Lys Glu Leu 880 875 870 865 lle Asp Lys Leu Lys lle Asp Glu Leu Asn lle Glu Glu Leu Lys Lys 10 895 890 885
Leu Arg Leu Asn Asn lle Asp Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn 910 905 900 15
Asn lle Leu Asn Arg Val Met Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr 925 920 915
Glu lle Asp Asp Ser His Lys lle Val Lys Asp Lys Pro Leu His Thr 940 935 930 lle Tyr lle Lys Glu Ala Glu Thr Lys Leu Leu Lys Gin Gly Asn Phe 960 955 950 945
Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val 975 970 965
Lys Thr Asn Ser Glu Ala Glu Ser Lys Arg Asn Pro lle Ser Lys Leu 15 990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Glu Ala Arg lle Glu lle
1005 1000 995 lle GIn Asp Met Leu Ala Leu Glu Glu Lys Leu lle Asn Lys Tyr 1020 1015 1010 5
Lys Asp Leu Pro Thr Asn Lys Phe Ser Glu Met Leu Asn Ser Trp 1035 1030 1025
Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ala Asp Lys Ala Arg Phe GIn Asn Asp 1050 1045 1040
Val Asp Phe Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gin 1065 1060 1055
Tyr Pro Met His Asn Lys lle Glu Phe Ala Asn lle Lys Pro Phe 1080 1075 1070
Ser Leu Tyr Thr Ala Asn Asn Ser Glu Glu Lys Gly Leu Gly lle 5 1095 1090 1085
Ala Asn Gin Leu Lys Asp Lys Thr Lys Glu Thr Thr Asp Lys lle 1110 1105 1100 10
Lys Lys lle Glu Lys Pro lle Glu Thr Lys Glu 1120 1115 608 <210> 1151 <211>
PRT <212>
Prevotella saccharolytica <213> 608 <400>
Met Glu Asp Lys Pro Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His 5 10 5 1
Asn Val Tyr Leu Thr Val Asn His lle Asn Lys Leu Leu Asp Leu Glu 25 20 10
Lys Leu Tyr Asp Glu Gly Lys His Lys Glu lle Phe Glu Arg Glu Asp 40 35 15 lle Phe Asn lle Ser Asp Asp Val Met Asn Asp Ala Asn Ser Asn Gly 60 55 50
Lys Lys Arg Lys Leu Asp lle Lys Lys lle Trp Asp Asp Leu Asp Thr 80 75 70 65
Asp Leu Thr Arg Lys Tyr GIn Leu Arg Glu Leu lle Leu Lys His Phe 95 90 85
Pro Phe lle GIn Pro Ala lle lle Gly Ala Gin Thr Lys Glu Arg Thr 0 110 105 100
Thr lle Asp Lys Asp Lys Arg Ser Thr Ser Thr Ser Asn Asp Ser Leu 125 120 115 15
Lys Gin Thr Gly Glu Gly Asp lle Asn Asp Leu Leu Ser Leu Ser Asn 140 135 130
Val Lys Ser Met Phe Phe Arg Leu Leu Gin lle Leu Glu GIn Leu Arg 160 155 150 145
Asn Tyr Tyr Ser His Val Lys His Ser Lys Ser Ala Thr Met Pro Asn 175 170 165
Phe Asp Glu Asp Leu Leu Asn Trp Met Arg Tyr lle Phe lle Asp Ser 190 185 180
Val Asn Lys Val Lys Glu Asp Tyr Ser Ser Asn Ser Val lle Asp Pro 5 205 200 195
Asn Thr Ser Phe Ser His Leu lle Tyr Lys Asp Glu Gin Gly Lys lle
220 215 210
Lys Pro Cys Arg Tyr Pro Phe Thr Ser Lys Asp Gly Ser lle Asn Ala 240 235 230 225 5
Phe Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys GIn Asp Ser 255 250 245 lle Trp Met GIn Lys Lys lle Pro Gly Phe Lys Lys Ala Ser Glu Asn 270 265 260
Tyr Met Lys Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Asn His lle Leu Leu 285 280 275
Pro Lys lle Arg Leu Glu Thr Val Tyr Asp Lys Asp Trp Met Leu Leu 300 295 290
Asp Met Leu Asn Glu Val Val Arg Cys Pro Leu Ser Leu Tyr Lys Arg 5 320 315 310 305
Leu Thr Pro Ala Ala GIn Asn Lys Phe Lys Val Pro Glu Lys Ser Ser 335 330 325 10
Asp Asn Ala Asn Arg Gin Glu Asp Asp Asn Pro Phe Ser Arg lle Leu 350 345 340
Val Arg His GIn Asn Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Phe Phe Asp 365 360 355
Leu Asn Glu Val Phe Thr Thr Leu Arg Phe Gin lle Asn Leu Gly Cys 380 375 370
Tyr His Phe Ala lle Cys Lys Lys GIn lle Gly Asp Lys Lys Glu Val 400 395 390 385
His His Leu lle Arg Thr Leu Tyr Gly Phe Ser Arg Leu GIn Asn Phe 0 415 410 405
Thr Gln Asn Thr Arg Pro Glu Glu Trp Asn Thr Leu Val Lys Thr Thr 430 425 420 15
Glu Pro Ser Ser Gly Asn Asp Gly Lys Thr Val Gin Gly Val Pro Leu 445 440 435
Pro Tyr lle Ser Tyr Thr lle Pro His Tyr GIn lle Glu Asn Glu Lys 460 455 450 lle Gly lle Lys lle Phe Asp Gly Asp Thr Ala Val Asp Thr Asp lle 480 475 470 465
Trp Pro Ser Val Ser Thr Glu Lys GIn Leu Asn Lys Pro Asp Lys Tyr 495 490 485
Thr Leu Thr Pro Gly Phe Lys Ala Asp Val Phe Leu Ser Val His Glu 5 510 505 500
Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Gin Leu Leu Leu Cys Glu Gly Met
525 520 515
Leu Lys Thr Asp Ala Gly Asn Ala Val Glu Lys Val Leu lle Asp Thr 540 535 530 5
Arg Asn Ala lle Phe Asn Leu Tyr Asp Ala Phe Val 60 Glu Lys lle 560 555 550 545
Asn Thr lle Thr Asp Leu Glu Asn Tyr Leu Gin Asp Lys Pro lle Leu 575 570 565 lle Gly His Leu Pro Lys GIn Met lle Asp Leu Leu Lys Gly His Gin 590 585 580
Arg Asp Met Leu Lys Ala Val Glu Gin Lys Lys Ala Met Leu lle Lys 605 600 595
Asp Thr Glu Arg Arg Leu Lys Leu Leu Asp Lys GIn Leu Lys GIn Glu 5 620 615 610
Thr Asp Val Ala Ala Lys Asn Thr Gly Thr Leu Leu Lys Asn Gly Gin 640 635 630 625 10 lle Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Lys 655 650 645
Arg Asp Lys Glu Gly Asn Pro lle Asn Cys Ser Lys Ala Asn Ser Thr 670 665 660
Glu Tyr Gin Met Leu GIn Arg Ala Phe Ala Phe Tyr Ala Thr Asp Ser 685 680 675
Cys Arg Leu Ser Arg Tyr Phe Thr Gin Leu His Leu lle His Ser Asp 700 695 690
Asn Ser His Leu Phe Leu Ser Arg Phe Glu Tyr Asp Lys Gin Pro Asn 10 720 715 710 705
Leu lle Ala Phe Tyr Ala Ala Tyr Leu Lys Ala Lys Leu Glu Phe Leu 735 730 725 15
Asn Glu Leu GIn Pro Gln Asn Trp Ala Ser Asp Asn Tyr Phe Leu Leu 750 745 740
Leu Arg Ala Pro Lys Asn Asp Arg Gin Lys Leu Ala Glu Gly Trp Lys 765 760 755
Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Lys lle Lys Thr 780 775 770
Trp Phe Asn Glu His Lys Thr lle Val Asp lle Ser Asp Cys Asp lle 800 795 790 785
Phe Lys Asn Arg Val Gly Gln Val Ala Arg Leu lle Pro Val Phe Phe 5 815 810 805
Asp Lys Lys Phe Lys Asp His Ser Gln Pro Phe Tyr Arg Tyr Asp Phe
830 825 820
Asn Val Gly Asn Val Ser Lys Pro Thr Glu Ala Asn Tyr Leu Ser Lys 845 840 835 5
Gly Lys Arg Glu Glu Leu Phe Lys Ser Tyr Gin Asn Lys Phe Lys Asn 860 855 850
Asn lle Pro Ala Glu Lys Thr Lys Glu Tyr Arg Glu Tyr Lys Asn Phe 880 875 870 865
Ser Leu Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu lle Lys Asn 0 895 890 885
Asp lle Leu lle Trp Leu Met Cys Lys Asn Leu Phe Asp Glu Lys lle 910 905 900
Lys Pro Lys Lys Asp lle Leu Glu Pro Arg lle Ala Val Ser Tyr lle 5 925 920 915
Lys Leu Asp Ser Leu GIn Thr Asn Thr Ser Thr Ala Gly Ser Leu Asn 940 935 930 10
Ala Leu Ala Lys Val Val Pro Met Thr Leu Ala lle His lle Asp Ser 960 955 950 945
Pro Lys Pro Lys Gly Lys Ala Gly Asn Asn Glu Lys Glu Asn Lys Glu 975 970 965
Phe Thr Val Tyr lle Lys Glu Glu Gly Thr Lys Leu Leu Lys Trp Gly 990 985 980
Asn Phe Lys Thr Leu Leu Ala Asp Arg Arg lle Lys Gly Leu Phe Ser 1005 1000 995
Tyr lle Glu His Asp Asp lle Asp Leu Lys GIn His Pro Leu Thr 0 1020 1015 1010
Lys Arg Arg Val Asp Leu Glu Leu Asp Leu Tyr GIn Thr Cys Arg 1035 1030 1025 15 lle Asp lle Phe Gin 0 Thr Leu Gly Leu Glu Ala Gin Leu Leu 1050 1045 1040
Asp Lys Tyr Ser Asp Leu Asn Thr Asp Asn Phe Tyr Gin Met Leu 1065 1060 1055 lle Gly Trp Arg Lys Lys Glu Gly lle Pro Arg Asn lle Lys Glu 1080 1075 1070
Asp Thr Asp Phe Leu Lys Asp Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1095 1090 1085
GIn Tyr Pro Asp Ser Lys Lys lle Ala Phe Arg Arg lle Arg Lys 15 1110 1105 1100
Phe Asn Pro Lys Glu Leu lle Leu Glu Glu Glu Glu Gly Leu Gly
1125 1120 1115 lle Ala Thr Gin Met Tyr Lys Glu Val Glu Lys Val Val Asn Arg 1140 1135 1130 5 lle Lys Arg lle Glu Leu Phe Asp 1150 1145 609 <210> 1120 <211>
PRT <212>
Prevotella intermedia <213> 15 609 <400>
Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser lle Arg Tyr Glu Leu Lys
15 10 5 1
Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 30 25 20 5
Tyr lle Thr Val Asn His lle Asn Lys lle Leu Glu Glu Asp Glu lle 45 40 35
Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Asn Thr Leu Glu Asn Ser Trp Asn Glu lle 60 55 50
Lys Asp lle Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu lle lle Lys His 80 75 70 65
Phe Pro Phe Leu Glu Ala Thr Thr Tyr Arg ‏داك‎ Asn Pro Thr Asp Thr 95 90 85
Thr Lys Gln Lys Glu Glu Lys GIn Ala Glu Ala GIn Ser Leu Glu Ser 5 110 105 100
Leu Lys Lys Ser Phe Phe Val Phe lle Tyr Lys Leu Arg Asp Leu Arg 125 120 115 10
Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg Pro Lys 140 135 130
Phe Glu Glu Asp Leu GIn Asn Lys Met Tyr Asn lle Phe Asp Val Ser 160 155 150 145 lle Gin Phe Val Lys Glu Asp Tyr Lys His Asn Thr Asp lle Asn Pro 175 170 165
Lys Lys Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Arg Lys Gly Lys Phe His 190 185 180
Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn lle Thr Glu Ser Gly Leu Leu 0 205 200 195
Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala lle Trp Val Gin 220 215 210 15
Lys Lys Leu Glu Gly Phe Lys Cys Ser Asn Lys Ser Tyr Gln Lys Met 240 235 230 225
Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 255 250 245
Leu Glu Ser Thr Gin Thr Gln Asp Trp lle Leu Leu Asp Met Leu Asn 270 265 260
Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Gin Gly Val 285 280 275
Asn Arg Lys Lys Phe Tyr Val Ser Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr 5 300 295 290
Asp Ala Glu GIn Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp
320 315 310 305
Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Val Phe 335 330 325 5
Ala Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser lle 350 345 340
Tyr Lys Lys Leu lle Gly Gly 60 Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His 365 360 355
Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle GIn Glu Phe Asp Lys GIn Asn Arg 380 375 370
Pro Asp Glu Trp Lys Ala lle Val Lys Asp Ser Asp Thr Phe Lys Lys 400 395 390 385
Lys Glu Glu Lys Glu Glu Glu Lys Pro Tyr lle Ser Glu Thr Thr Pro 5 415 410 405
His Tyr His Leu Glu Asn Lys Lys lle Gly lle Ala Phe Lys Asn His 430 425 420 10
Asn lle Trp Pro Ser Thr Gln Thr Glu Leu Thr Asn Asn Lys Arg Lys 445 440 435
Lys Tyr Asn Leu Gly Thr Ser lle Lys Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val 460 455 450
His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu 480 475 470 465
Asn Thr Lys Asn Asp Asn Lys Val Gly Gly Lys Lys Glu Thr Lys Lys 495 490 485
GIn Gly Lys His Lys lle Glu Ala lle lle Glu Ser Lys lle Lys Asp 10 510 505 500 lle Tyr Ala Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu lle Asn Ser Glu 525 520 515 15
Asp Glu Leu Lys Glu Tyr Leu Lys Gly Lys Asp lle Lys lle Val His 540 535 530
Leu Pro Lys GIn Met lle Ala lle Leu Lys Asn Glu His Lys Asp Met 560 555 550 545
Ala Glu Lys Ala Glu Ala Lys GIn Glu Lys Met Lys Leu Ala Thr Glu 575 570 565
Asn Arg Leu Lys Thr Leu Asp Lys GIn Leu Lys Gly Lys lle Gln Asn 590 585 580
Gly Lys Arg Tyr Asn Ser Ala Pro Lys Ser Gly Glu lle Ala Ser Trp 5 605 600 595
Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Gin Lys Asp Glu Asn
620 615 610
Gly Glu Ser Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Leu 640 635 630 625 5
Leu GIn Arg Thr Leu Ala Phe Phe Gly Ser Glu His Glu Arg Leu Ala 655 650 645
Pro Tyr Phe Lys GIn Thr Lys Leu lle Glu Ser Ser Asn Pro His Pro 670 665 660
Phe Leu Asn Asp Thr Glu Trp Glu Lys Cys Ser Asn lle Leu Ser Phe 685 680 675
Tyr Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys 700 695 690
Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn Gin Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro 5 720 715 710 705
Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu Val Gin Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn 735 730 725 10
Leu Pro Arg Gly Phe Phe Thr Glu Pro lle Arg Lys Trp Phe Met Glu 750 745 740
His Trp Lys Ser lle Lys Val Asp Asp Leu Lys Arg Val Gly Leu Val 765 760 755
Ala Lys Val Thr Pro Leu Phe Phe Ser Glu Lys Tyr Lys Asp Ser Val 780 775 770
GIn Pro Phe Tyr Asn Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asp Val Asn Lys Pro 800 795 790 785
Lys Glu Glu Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg lle Glu Leu Trp Asp 10 815 810 805
Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Lys Lys Phe Lys 830 825 820 15
Glu Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu His Arg Ser Tyr Leu Glu Phe 845 840 835
‏صا‎ Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn 07 860 855 850
Asp lle Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu lle Asp Lys Leu Lys 880 875 870 865 lle Asp Glu Leu Asn lle Lys Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp 895 890 885 lle Asn Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg 5 910 905 900
Val Met Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr Lys Val Asn Lys Gly
925 920 915
Gly Tyr lle lle Lys Asn Lys Pro Leu His Thr lle Tyr lle Lys Glu 940 935 930 5
Ala Glu Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 960 955 950 945
Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Lys Thr Pro Ser Glu 975 970 965
Ala Glu Ser Glu Ser Asn Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 990 985 980
Leu Gly Lys Tyr Gin Asn Ala Arg Leu Asp lle lle Glu Asp Met Leu 1005 1000 995
Ala Leu Glu Lys Lys Leu lle Asp Lys Tyr Asn Ser Leu Asp Thr 5 1020 1015 1010
Asp Asn Phe His Asn Met Leu Thr Gly Trp Leu Glu Leu Lys Gly 1035 1030 1025 10
Glu Ala Lys Lys Ala Arg Phe GIn Asn Asp Val Lys Leu Leu Thr 1050 1045 1040
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1065 1060 1055
Glu Asn Leu Phe Gly Asn lle Glu Arg Phe Ser Leu Ser Ser Ser 1080 1075 1070
Asn lle lle Glu Ser Lys Gly Leu Asp lle Ala Ala Lys Leu Lys 1095 1090 1085
Glu Glu Val Ser Lys Ala Ala Lys Lys lle GIn Asn Glu Glu Asp 10 1110 1105 1100
Asn Lys Lys Glu Lys Glu Thr 1120 1115 15 610 <210> 1199 <211>
PRT <212>
Capnocytophaga canimorsus <213> 610 <400>
Met Lys Asn lle Gln Arg Leu Gly Lys Gly Asn Glu Phe Ser Pro Phe 10 5 1
Lys Lys Glu Asp Lys Phe Tyr Phe Gly Gly Phe Leu Asn Leu Ala Asn 0 25 20
Asn Asn lle Glu Asp Phe Phe Lys Glu lle lle Thr Arg Phe Gly lle 40 35 15
Val lle Thr Asp Glu Asn Lys Lys Pro Lys Glu Thr Phe Gly Glu Lys 60 55 50 lle Leu Asn Glu lle Phe Lys Lys Asp lle Ser lle Val Asp Tyr Glu 80 75 70 65
Lys Trp Val Asn lle Phe Ala Asp Tyr Phe Pro Phe Thr Lys Tyr Leu 95 90 85
Ser Leu Tyr Leu Glu Glu Met GIn Phe Lys Asn Arg Val lle Cys Phe 110 105 100
Arg Asp Val Met Lys Glu Leu Leu Lys Thr Val Glu Ala Leu Arg Asn 5 125 120 115
Phe Tyr Thr His Tyr Asp His Glu Pro lle Lys lle Glu Asp Arg Val
140 135 130
Phe Tyr Phe Leu Asp Lys Val Leu Leu Asp Val Ser Leu Thr Val Lys 160 155 150 145 5
Asn Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu Phe Leu Asn Gin His 175 170 165 lle Gly Glu Glu Leu Lys Glu Leu Cys Lys GIn Arg Lys Asp Tyr Leu 190 185 180
Val Gly Lys Gly Lys Arg lle Asp Lys Glu Ser Glu lle lle Asn Gly 205 200 195 lle Tyr Asn Asn Ala Phe Lys Asp Phe lle Cys Lys Arg Glu Lys Gin 220 215 210
Asp Asp Lys Glu Asn His Asn Ser Val Glu Lys lle Leu Cys Asn Lys 5 240 235 230 225
Glu Pro GIn Asn Lys Lys GIn Lys Ser Ser Ala Thr Val Trp Glu Leu 255 250 245 10
Cys Ser Lys Ser Ser Ser Lys Tyr Thr Glu Lys Ser Phe Pro Asn Arg 270 265 260
Glu Asn Asp Lys His Cys Leu Glu Val Pro lle Ser Gln Lys Gly lle 285 280 275
Val Phe Leu Leu Ser Phe Phe Leu Asn Lys Gly Glu lle Tyr Ala Leu 300 295 290
Thr Ser Asn lle Lys Gly Phe Lys Ala Lys lle Thr Lys Glu Glu Pro 320 315 310 305
Val Thr Tyr Asp Lys Asn Ser lle Arg Tyr Met Ala Thr His Arg Met 0 335 330 325
Phe Ser Phe Leu Ala Tyr Lys Gly Leu Lys Arg Lys lle Arg Thr Ser 350 345 340 15
Glu lle Asn Tyr Asn Glu Asp Gly GIn Ala Ser Ser Thr Tyr Glu Lys 365 360 355
Glu Thr Leu Met Leu GIn Met Leu Asp Glu Leu Asn Lys Val Pro Asp 380 375 370
Val Val Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Asp Val 60 Lys Thr Phe lle Glu 400 395 390 385
Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr Met 415 410 405
Glu Glu Glu ‏ماك‎ Val lle His Pro Val lle Arg Lys Arg Tyr Glu Asp 5 430 425 420
Lys Phe Asn Tyr Phe Ala lle Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gln Phe
445 440 435
Pro Thr Leu Arg Phe Gin Val His Leu Gly Asn Tyr Leu Cys Asp Lys 460 455 450 5
Arg Thr Lys Gin lle Cys Asp Thr Thr Thr Glu Arg Glu Val Lys Lys 480 475 470 465
Lys lle Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu Asn Lys Lys Ala 495 490 485 lle Phe Leu Asn Glu Arg Glu Glu lle Lys Gly Trp Glu Val Phe Pro 510 505 500
Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn lle Ser Val Asn Tyr Lys 525 520 515
Asp Phe Pro lle Val Gly Ser lle Leu Asp Arg Glu Lys Gln Pro Val 5 540 535 530
Ser Asn Lys lle Gly lle Arg Val Lys lle Ala Asp Glu Leu GIn Arg 560 555 550 545 10
Glu lle Asp Lys Ala lle Lys Glu Lys Lys Leu Arg Asn Pro Lys Asn 575 570 565
Arg Lys Ala Asn GIn Asp Glu Lys GIn Lys Glu Arg Leu Val Asn Glu 590 585 580 lle Val Ser Thr Asn Ser Asn Glu 60 Gly Glu Pro Val Val Phe lle 605 600 595
Gly GIn Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp lle His Ser Val Leu 620 615 610
Tyr Glu Phe Leu lle Asn Lys lle Ser Gly Glu Ala Leu Glu Thr Lys 0 640 635 630 625 lle Val Glu Lys lle Glu Thr Gin lle Lys Gin lle lle Gly Lys Asp 655 650 645 15
Ala Thr Thr Lys lle Leu Lys Pro Tyr Thr Asn Ala Asn Ser Asn Ser 670 665 660 lle Asn Arg Glu Lys Leu Leu Arg Asp Leu Glu Gin Glu Gin GIn lle 685 680 675
Leu Lys Thr Leu Leu Glu Glu Gin GIn Gln Arg Glu Lys Asp Lys Lys 700 695 690
Asp Lys Lys Ser Lys Arg Lys His Glu Leu Tyr Pro Ser Glu Lys Gly 720 715 710 705
Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp lle Lys Arg Phe Met Pro Lys 15 735 730 725
Ala Phe Lys Glu GIn Trp Arg Gly Tyr His His Ser Leu Leu GIn Lys
750 745 740
Tyr Leu Ala Tyr Tyr Glu Gln Ser Lys Glu Glu Leu Lys 50 Leu Leu 765 760 755 5
Pro Lys Glu Val Phe Lys His Phe Pro Phe Lys Leu Lys Gly Tyr Phe 780 775 770 ‏اك‎ 0 GIn Tyr Leu Asn ‏(ا6‎ Phe Tyr Thr Asp Tyr Leu Lys Arg Arg 800 795 790 785
Leu Ser Tyr Val Asn Glu Leu Leu Leu Asn lle GIn Asn Phe Lys Asn 815 810 805
Asp Lys Asp Ala Leu Lys Ala Thr Glu Lys Glu Cys Phe Lys Phe Phe 830 825 820
Arg Lys GIn Asn Tyr lle lle Asn Pro lle Asn lle GIn lle Gin Ser 5 845 840 835 lle Leu Val Tyr Pro lle Phe Leu Lys Arg Gly Phe Leu Asp Glu Lys 860 855 850 10
Pro Thr Met lle Asp Arg Glu Lys Phe Lys Glu Asn Lys Asp Thr Glu 880 875 870 865
Leu Ala Asp Trp Phe Met His Tyr Lys Asn Tyr Lys Glu Asp Asn Tyr 895 890 885
Gln Lys Phe Tyr Ala Tyr Pro Leu Glu Lys Val Glu Glu Lys Glu Lys 910 905 900
Phe Lys Arg Asn Lys Gin lle Asn Lys GIn Lys Lys Asn Asp Val Tyr 925 920 915
Thr Leu Met Met Val Glu Tyr lle lle Gin Lys lle Phe Gly Asp Lys 0 940 935 930
Phe Val Glu Glu Asn Pro Leu Val Leu Lys Gly lle Phe GIn Ser Lys 960 955 950 945 15
Ala Glu Arg GIn Gin Asn Asn Thr His Ala Ala Thr Thr Gin Glu Arg 975 970 965
Asn Leu Asn Gly lle Leu Asn GIn Pro Lys Asp lle Lys lle GIn Gly 990 985 980
Lys lle Thr Val Lys Gly Val Lys Leu Lys Asp lle Gly Asn Phe Arg 1005 1000 995
Lys Tyr Glu lle Asp GIn Arg Val Asn Thr Phe Leu Asp Tyr Glu 1020 1015 1010
Pro Arg Lys Glu Trp Met Ala Tyr Leu Pro Asn Asp Trp Lys Glu 5 1035 1030 1025
Lys Glu Lys GIn Gly Gin Leu Pro Pro Asn Asn Val lle Asp Arg
1050 1045 1040
Gin lle Ser Lys Tyr Glu Thr Val Arg Ser Lys lle Leu Leu Lys 1065 1060 1055 5
Asp Val Gin Glu Leu Glu Lys lle lle Ser Asp Glu lle Lys Glu 1080 1075 1070
Glu His Arg His Asp Leu Lys GIn Gly Lys Tyr Tyr Asn Phe Lys 1095 1090 1085
Tyr Tyr lle Leu Asn Gly Leu Leu Arg GIn Leu Lys Asn Glu Asn 1110 1105 1100
Val Glu Asn Tyr Lys Val Phe Lys Leu Asn Thr Asn Pro Glu Lys 1125 1120 1115
Val Asn lle Thr Gin Leu Lys GIn Glu Ala Thr Asp Leu Glu GIn 5 1140 1135 1130
Lys Ala Phe Val Leu Thr Tyr lle Arg Asn Lys Phe Ala His Asn 1155 1150 1145 10
Gln Leu Pro Lys Lys Glu Phe Trp Asp Tyr Cys 60 Glu Lys Tyr 1170 1165 1160
Gly Lys lle Glu Lys Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu 1185 1180 1175
Val Phe Lys Arg Glu Lys Glu Ala Leu lle Lys 1195 1190 611 <210> 1175 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gulae <213> 611 <400>
Met Thr Glu GIn Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 10 5 1 15
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 25 20
Ala Tyr lle Thr Leu Thr His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 45 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp GIn Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 60 55 50
Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 10 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 95 90 85 15
Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 110 105 100
Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu GIn Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu GIn Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 5 175 170 165
Val Ser Val GIn Arg Val Lys lle Asp His Glu His Asn Asp Glu Val
190 185 180
Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 205 200 195 5
Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210
Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met Gin Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 5 285 280 275
Met Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 300 295 290 10
Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 320 315 310 305
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 335 330 325
Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 10 380 375 370
Lys Met lle Gly Glu GIn Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 400 395 390 385 15
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Ser 60 Thr Ser Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly 60 His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gin Asp 5 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro
495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 510 505 500 5
Ser Ala Glu Arg Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Arg ‏ماى‎ Met lle Ala lle Leu Ser GIn Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys lle Arg Lys Lys Leu GIn Glu Met Met Ala Asp Thr Asp His 5 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gin Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 605 600 595 10
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val lle Ala Asp Trp Leu 620 615 610
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Ala Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 0 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 700 695 690 15
Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg lle Gly Arg 720 715 710 705
Ser Asp Arg Val Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly His Asp Glu Val Ala Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 15 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val 60 Pro
800 795 790 785
Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 815 810 805 5
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 830 825 820
Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser Tyr Ser Ala Ala Arg 845 840 835
Arg lle Glu Asp Ala Phe Ala Gly lle Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 860 855 850
Lys Lys Lys lle Glu ‏0ا6‎ Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 880 875 870 865
Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Arg lle Asn Leu Ala Lys 5 895 890 885
Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 60 Glu His Pro Tyr His Asp Phe 910 905 900 10
Lys Ser Trp GIn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn 07 925 920 915
Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 940 935 930
Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Pro 960 955 950 945
Asn Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 975 970 965
Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 10 990 985 980
His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp 1005 1000 995 15
Thr Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1020 1015 1010
Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1035 1030 1025
Ala Met Glu GIn Tyr Pro lle Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1050 1045 1040
Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1065 1060 1055
Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 5 1080 1075 1070
Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu
1095 1090 1085
Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu lle 1110 1105 1100 5
Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 60 Tyr Pro Met Tyr Asp 1125 1120 1115
Glu Ala Val Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1140 1135 1130
Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle Ala His Arg Leu 1155 1150 1145
Ser Glu Glu Val Lys GIn Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg lle lle 1170 1165 1160
Gln Ala 5 1175 612 <210> 1090 <211> 10
PRT <212> .Prevotella sp <213> 612 <400>
Met Asn lle Pro Ala Leu Val Glu Asn GIn Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 15 10 5 1
Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala GIn Thr Val Leu Asp His lle 30 25 20
GIn Lys Val Ala Asp lle Glu Gly Glu GIn Asn Glu Asn Ash Glu Asn 5 45 40 35
Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 60 55 50 10
Tyr Asp Lys 60 Pro Glu Lys Thr Met Phe lle lle Glu Arg Leu 07 80 75 70 65
Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys lle Met Ala Glu Asn GIn Arg Glu Tyr 95 90 85
Ser Asn Gly Lys Tyr Lys GIn Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 110 105 100 lle Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 125 120 115
Asp Leu Thr Asn His Tyr Lys Thr Tyr Glu Glu Lys Leu Asn Asp Gly 0 140 135 130
Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gln Pro Leu Ser Gly Met lle Asn 160 155 150 145 15
Asn Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Met Asn Glu Arg Tyr Gly Tyr 175 170 165
Lys Thr Glu Asp Leu Ala Phe lle Gin Asp Lys Arg Phe Lys Phe Val 190 185 180
Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Lys Lys Ser GIn Val Asn Thr Gly Phe Phe 205 200 195
Leu Ser Leu 60 Asp Tyr Asn Gly Asp Thr Gln Lys Lys Leu His Leu 220 215 210
Ser Gly Val Gly lle Ala Leu Leu lle Cys Leu Phe Leu Asp Lys 610 5 240 235 230 225
Tyr lle Asn lle Phe Leu Ser Arg Leu Pro lle Phe Ser Ser Tyr Asn
255 250 245
Ala GIn Ser Glu Glu Arg Arg lle lle lle Arg Ser Phe Gly lle Asn 270 265 260 5
Ser lle Lys Leu Pro Lys Asp Arg lle His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 285 280 275
Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Val Lys Arg Cys Pro Asp Glu 300 295 290
Leu Phe Thr Thr Leu Ser Ala Glu Lys GIn Ser Arg Phe Arg lle lle 320 315 310 305
Ser Asp Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Ser Asp Arg Phe 335 330 325
Val Pro Leu Leu Leu Gin Tyr lle Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 5 350 345 340 lle Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 365 360 355 10
Asp Lys Thr Cys lle Asp Gly GIn Thr Arg Val Arg Val lle Glu GIn 380 375 370
Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Ala Glu Thr Met Arg Lys 400 395 390 385
Gln Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly lle Arg lle Arg Asp Phe 415 410 405
Glu Asn Met Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr lle 430 425 420
Val Asp Thr Tyr Thr His Tyr lle Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 10 445 440 435
Phe lle Asn Asp Lys Glu Asp Ser Ala Pro Leu Leu Pro Val lle Glu 460 455 450 15
Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr lle Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 480 475 470 465
Leu Glu lle Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Lys 495 490 485
Lys Thr Glu Lys Leu lle Val Asp Val His Asn Arg Tyr Lys Arg Leu 510 505 500
Phe GIn Ala Met 60 Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn lle Ala Ser 525 520 515
Phe Gly lle Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gin Lys lle Leu Asp Leu lle 15 540 535 530
Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe lle Arg Leu Thr
560 555 550 545
Val Asp Asp Met Leu Thr Asp Thr Glu Arg Arg lle Lys Arg Phe Lys 575 570 565 5
Asp Asp Arg Lys Ser lle Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 590 585 580
Gly Phe Lys Gin lle Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 605 600 595
Asp lle Val Leu Phe GIn Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys lle 620 615 610
Thr Gly Leu Asn Tyr Arg lle Met Gin Ser Ala lle Ala Val Tyr Asp 640 635 630 625
Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gin Gin Phe Lys Leu Met Phe Glu 5 655 650 645
Lys Ala Arg Leu lle Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 670 665 660 10
Tyr Lys Val Phe Ala Arg Ser lle Pro Ala Asn Ala Val Glu Phe Tyr 685 680 675
Glu Arg Tyr Leu lle Glu Arg Lys Phe Tyr Leu Thr Gly Leu Ser Asn 700 695 690
Glu lle Lys Lys Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe lle Arg Arg Asp 720 715 710 705
Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg lle Tyr 735 730 725
Ser Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg GIn Met Phe Asp Asn Glu 0 750 745 740 lle Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gin Met Glu Gly lle Asp Phe 765 760 755 15
Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu lle Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 780 775 770
Leu Asp Asp Asp Phe GIn Thr Phe Tyr Gin Trp Asn Arg Asn Tyr Arg 800 795 790 785
Tyr Met Asp Met Leu Lys Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu 0 815 810 805
His Cys Phe Thr Ser Val Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 830 825 820
Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Gin Ala Ser Asn Lys lle Arg 5 845 840 835
Ser Asn Arg Gin Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu lle Glu Thr lle
860 855 850
Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Ser Arg Asn Glu Tyr Gin Lys Ser Glu 880 875 870 865 5
Lys Val lle Arg Arg Tyr Arg Val Gin Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 895 890 885
Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 910 905 900
Lys Leu Lys Glu lle Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly lle Leu Ser Glu 925 920 915 lle Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Lys Tyr Thr 940 935 930 lle Thr Ser Glu Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 5 960 955 950 945
Leu Ala Ser Asp Lys Arg lle Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 975 970 965 10
Asp lle Val Ser Lys Glu Asp lle Met Glu Glu Phe Asn Lys Tyr Asp 990 985 980
Gln Cys Arg Pro Glu lle Ser Ser lle Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 1005 1000 995
Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Ser Ala Arg Val Asp Arg Glu 1020 1015 1010
Glu Lys Val Asp Phe Lys Ser lle Leu Lys lle Leu Leu Asn Asn 1035 1030 1025
Lys Asn lle Asn Lys Glu Gin Ser Asp lle Leu Arg Lys lle Arg 0 1050 1045 1040
Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly Val Val Glu 1065 1060 1055 15 lle Lys Ala Leu Pro Glu lle Ala Met Ser lle Lys Lys Ala Phe 1080 1075 1070
Gly Glu Tyr Ala lle Met Lys 1090 1085 613 <210> 1150 <211>
PRT <212>
Flavobacterium branchiophilum <213> 10 613 <400>
Met Glu Asn Leu Asn Lys lle Leu Asp Lys Glu Asn Glu lle Cys lle 10 5 1 15
Ser Lys lle Phe Asn Thr Lys Gly lle Ala Ala Pro lle Thr Glu Lys 25 20
Ala Leu Asp Asn lle Lys Ser Lys Gln Lys Asn Asp Leu Asn Lys Glu 45 40 35
Ala Arg Leu His Tyr Phe Ser lle Gly His Ser Phe Lys ‏ماى‎ lle Asp 60 55 50
Thr Lys Lys Val Phe Asp Tyr Val Leu lle Glu Glu Leu Lys Asp Glu 80 75 70 65
Lys Pro Leu Lys Phe lle Thr Leu GIn Lys Asp Phe Phe Thr Lys Glu 5 95 90 85
Phe Ser lle Lys Leu Gin Lys Leu lle Asn Ser lle Arg Asn lle Asn
110 105 100
Asn His Tyr Val His Asn Phe Asn Asp lle Asn Leu Asn Lys lle Asp 125 120 115 5
Ser Asn Val Phe His Phe Leu Lys Glu Ser Phe Glu Leu Ala lle lle 140 135 130
Glu Lys Tyr Tyr Lys Val Asn Lys Lys Tyr Pro Leu Asp Asn Glu lle 160 155 150 145
Val Leu Phe Leu Lys Glu Leu Phe lle Lys Asp Glu Asn Thr Ala Leu 175 170 165
Leu Asn Tyr Phe Thr Asn Leu Ser Lys Asp Glu Ala lle Glu Tyr lle 190 185 180
Leu Thr Phe Thr lle Thr Glu Asn Lys lle Trp Asn lle Asn Asn Glu 5 205 200 195
His Asn lle Leu Asn lle Glu Lys Gly Lys Tyr Leu Thr Phe Glu Ala 220 215 210 10
Met Leu Phe Leu lle Thr lle Phe Leu Tyr Lys Asn Glu Ala Asn His 240 235 230 225
Leu Leu Pro Lys Leu Tyr Asp Phe Lys Asn Asn Lys Ser Lys Gin Glu 255 250 245
Leu Phe Thr Phe Phe Ser Lys Lys Phe Thr Ser Gin Asp lle Asp Ala 270 265 260
Glu Glu Gly His Leu lle Lys Phe Arg Asp Met lle Gin Tyr Leu Asn 285 280 275
His Tyr Pro Thr Ala Trp Asn Asn Asp Leu Lys Leu Glu Ser Glu Asn 0 300 295 290
Lys Asn Lys lle Met Thr Thr Lys Leu lle Asp Ser lle lle Glu Phe 320 315 310 305 15
Glu Leu Asn Ser Asn Tyr Pro Ser Phe Ala Thr Asp lle GIn Phe Lys 335 330 325
Lys Glu Ala Lys Ala Phe Leu Phe Ala Ser Asn Lys Lys Arg Asn Gin 350 345 340
Thr Ser Phe Ser Asn Lys Ser Tyr Asn Glu Glu lle Arg His Asn Pro 365 360 355
His lle Lys GIn Tyr Arg Asp Glu lle Ala Ser Ala Leu Thr Pro lle 380 375 370
Ser Phe Asn Val Lys Glu Asp Lys Phe Lys lle Phe Val Lys Lys His 5 400 395 390 385
Val Leu Glu Glu Tyr Phe Pro Asn Ser lle Gly Tyr Glu Lys Phe Leu
415 410 405
Glu Tyr Asn Asp Phe Thr Glu Lys Glu Lys Glu Asp Phe Gly Leu Lys 430 425 420 5
Leu Tyr Ser Asn Pro Lys Thr Asn Lys Leu lle Glu Arg lle Asp Asn 445 440 435
His Lys Leu Val Lys Ser His Gly Arg Asn Gin Asp Arg Phe Met Asp 460 455 450
Phe Ser Met Arg Phe Leu Ala Glu Asn Asn Tyr Phe Gly Lys Asp Ala 480 475 470 465
Phe Phe Lys Cys Tyr Lys Phe Tyr Asp Thr 60 Glu GIn Asp Glu Phe 495 490 485
Leu GIn Ser Asn Glu Asn Asn Asp Asp Val Lys Phe His Lys Gly Lys 5 510 505 500
Val Thr Thr Tyr lle Lys Tyr Glu Glu His Leu Lys Asn Tyr Ser Tyr 525 520 515 10
Trp Asp Cys Pro Phe Val Glu Glu Asn Asn Ser Met Ser Val Lys lle 540 535 530
Ser lle Gly Ser Glu Glu Lys lle Leu Lys lle GIn Arg Asn Leu Met 560 555 550 545 lle Tyr Phe Leu Glu Asn Ala Leu Tyr Asn Glu Asn Val Glu Asn 07 575 570 565
Gly Tyr Lys Leu Val Asn Asn Tyr Tyr Arg Glu Leu Lys Lys Asp Val 590 585 580
Glu Glu Ser lle Ala Ser Leu Asp Leu lle Lys Ser Asn Pro Asp Phe 10 605 600 595
Lys Ser Lys Tyr Lys Lys lle Leu Pro Lys Arg Leu Leu His Asn Tyr 620 615 610 15
Ala Pro Ala Lys Gln Asp Lys Ala Pro Glu Asn Ala Phe Glu Thr Leu 640 635 630 625
Leu Lys Lys Ala Asp Phe Arg Glu Glu Gin Tyr Lys Lys Leu Leu Lys 655 650 645
Lys Ala Glu His Glu Lys Asn Lys Glu Asp Phe Val Lys Arg Asn Lys 670 665 660
Gly Lys Gin Phe Lys Leu His Phe lle Arg Lys Ala Cys 60 Met Met 685 680 675
Tyr Phe Lys Glu Lys Tyr Asn Thr Leu Lys Glu Gly Asn Ala Ala Phe 15 700 695 690
Glu Lys Lys Asp Pro Val lle Glu Lys Arg Lys Asn Lys Glu His Glu
720 715 710 705
Phe Gly His His Lys Asn Leu Asn lle Thr Arg Glu Glu Phe Asn Asp 735 730 725 5
Tyr Cys Lys Trp Met Phe Ala Phe Asn Gly Asn Asp Ser Tyr Lys Lys 750 745 740
Tyr Leu Arg Asp Leu Phe Ser Glu Lys His Phe Phe Asp Asn Gin Glu 765 760 755
Tyr Lys Asn Leu Phe Glu Ser Ser Val Asn Leu Glu Ala Phe Tyr Ala 780 775 770
Lys Thr Lys Glu Leu Phe Lys Lys Trp lle Glu Thr Asn Lys Pro Thr 800 795 790 785
Asn Asn Glu Asn Arg Tyr Thr Leu Glu Asn Tyr Lys Asn Leu lle Leu 5 815 810 805
Gln Lys GIn Val Phe lle Asn Val Tyr His Phe Ser Lys Tyr Leu lle 830 825 820 10
Asp Lys Asn Leu Leu Asn Ser Glu Asn Asn Val lle Gin Tyr Lys Ser 845 840 835
Leu Glu Asn Val Glu Tyr Leu lle Ser Asp Phe Tyr Phe GIn Ser Lys 860 855 850
Leu Ser lle Asp GIn Tyr Lys Thr Cys Gly Lys Leu Phe Asn Lys Leu 880 875 870 865
Lys Ser Asn Lys Leu Glu Asp Cys Leu Leu Tyr Glu lle Ala Tyr Asn 895 890 885
Tyr lle Asp Lys Lys Asn Val His Lys lle Asp lle Gin Lys lle Leu 10 910 905 900
Thr Ser Lys lle lle Leu Thr lle Asn Asp Ala Asn Thr Pro Tyr Lys 925 920 915 15 lle Ser Val Pro Phe Asn Lys Leu Glu Arg Tyr Thr Glu Met lle Ala 940 935 930 lle Lys Asn ‏داك‎ Asn Asn Leu Lys Ala Arg Phe Leu lle Asp Leu Pro 960 955 950 945
Leu Tyr Leu Ser Lys Asn Lys lle Lys Lys Gly Lys Asp Ser Ala Gly 975 970 965
Tyr Glu lle lle lle Lys Asn Asp Leu Glu lle Glu Asp lle Asn Thr 990 985 980 lle Asn Asn Lys lle lle Asn Asp Ser Val Lys Phe Thr Glu Val Leu 15 1005 1000 995
Met Glu Leu Glu Lys Tyr Phe lle Leu Lys Asp Lys Cys lle Leu
1020 1015 1010
Ser Lys Asn Tyr lle Asp Asn Ser Glu lle Pro Ser Leu Lys 07 1035 1030 1025 5
Phe Ser Lys Val Trp lle Lys Glu Asn Glu Asn Glu lle lle Asn 1050 1045 1040
Tyr Arg Asn lle Ala Cys His Phe His Leu Pro Leu Leu Glu Thr 1065 1060 1055
Phe Asp Asn Leu Leu Leu Asn Val Glu Gin Lys Phe lle Lys Glu 1080 1075 1070
Glu Leu ‏داك‎ Asn Val Ser Thr lle Asn Asp Leu Ser Lys Pro Gin 1095 1090 1085
Glu Tyr Leu lle Leu Leu Phe lle Lys Phe Lys His Asn Asn Phe 5 1110 1105 1100
Tyr Leu Asn Leu Phe Asn Lys Asn Glu Ser Lys Thr lle Lys Asn 1125 1120 1115 10
Asp Lys Glu Val Lys Lys Asn Arg Val Leu 60 Lys Phe lle Asn 1140 1135 1130
Gln Val lle Leu Lys Lys Lys 1150 1145
614 <210> 1119 <211>
PRT <212>
Porphyromonas gingivalis <213> 5 614 <400>
Met Thr Glu GIn Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 10 5 1 10
Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 25 20 15
Ala Tyr lle Thr Leu Ala His lle Asp Arg Gin Leu Ala Tyr Ser Lys 40 35
Ala Asp lle Thr Asn Asp Glu Asp lle Leu Phe Phe Lys Gly 60 Trp 60 55 50
Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 80 75 70 65 lle Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys | 0 95 90 85
Leu Phe Glu Ser Gin Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 110 105 100 15
Leu Ser Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu GIn Ala Asn Ala Leu Ser Leu 125 120 115
Asp Asn Leu Lys Ser lle Leu Phe Asp Phe Leu 60 Lys Leu Lys Asp 140 135 130
Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 160 155 150 145
Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu 60 Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 175 170 165
Val Ser Val GIn Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 15 190 185 180
Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp
205 200 195
Lys Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 220 215 210 5
Arg Glu Gly Thr Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 240 235 230 225
Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala lle Trp Met GIn Lys Lys lle Arg Gly 255 250 245
Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 270 265 260
Cys Arg Ser Arg lle Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 285 280 275
Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 5 300 295 290
Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 320 315 310 305 10
Arg Val Pro Val Asp lle Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 335 330 325
Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gin Asp Arg Phe 350 345 340
Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 365 360 355
Leu Arg Phe His lle Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala lle Tyr Lys 380 375 370
Lys Asn lle Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 0 400 395 390 385
Tyr Gly Phe Gly Arg lle Gin Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 415 410 405 15
Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 430 425 420
Lys Pro Tyr lle Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His lle Glu Lys Gly 445 440 435
Lys lle Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 460 455 450
Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 480 475 470 465
Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 5 495 490 485
Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val
510 505 500
Ser Ala Glu Lys Val GIn Gly Arg lle Lys Arg Val lle Glu Asp Val 525 520 515 5
Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu lle Asn Thr Arg Asp 540 535 530
Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly lle Arg Arg Gly His Leu 560 555 550 545
Pro Arg Gin Met lle Ala lle Leu Ser Gin Glu His Lys Asp Met Glu 575 570 565
Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gin Glu Met lle Ala Asp Thr Asp His 590 585 580
Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg ‏ماو‎ Thr Asp Arg Lys lle Arg lle Gly 5 605 600 595
Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Val Ala Asp Trp Leu 620 615 610 10
Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gin Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 640 635 630 625
Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 655 650 645
Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 670 665 660
Tyr Phe Arg Gin Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 685 680 675
Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn lle Leu Ser Phe Tyr 10 700 695 690
Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Arg Lys Ala Phe Leu GIn Ser lle Gly Arg 720 715 710 705 15
Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 735 730 725
Thr Asp Arg GIn Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 750 745 740
Pro Arg Gly lle Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu lle Glu Met 765 760 755
Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 780 775 770
Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Ser Lys Asp Arg Val Gln Pro 5 800 795 790 785
Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys
815 810 805
Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 830 825 820 5
Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu lle Leu Glu Ala 845 840 835
Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp Gin Lys Phe Glu Arg 860 855 850
Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn GIn Asp lle lle Thr Trp Met Met Cys 880 875 870 865
Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 895 890 885
Leu Tyr Leu Lys Asp lle Arg Thr Asp Val 60 Glu GIn Gly Ser Leu 5 910 905 900
Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 925 920 915 10
Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu GIn Ala Pro Leu Ala 940 935 930
Thr Val Tyr lle Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 960 955 950 945
Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 975 970 965
Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gin Tyr Pro lle Ser Lys Leu 990 985 980
Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gin Thr Ala Arg Val Cys Ala 10 1005 1000 995
Phe Glu Gin Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1020 1015 1010 15
Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1035 1030 1025
Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Asn Val 1050 1045 1040
Arg Leu Leu lle Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn GIn Tyr 1065 1060 1055
Pro Met Tyr Asp Glu Thr Leu Phe Ser Ser lle Arg Lys Tyr Asp 1080 1075 1070
Pro Ser Ser Pro Asp Ala lle Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn lle 5 1095 1090 1085
Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys ‏ماي‎ Ala Lys Glu Met Val
1110 1105 1100
Glu Arg lle lle GIn Ala 1115 5 615 <210> 1132 <211>
PRT <212> 10
Prevotella intermedia <213> 615 <400>
Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Lys Glu Ser Thr Asn Met Leu Asp Ash 5 10 5 1
Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr
30 25 20 lle Thr Val Asn His lle Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn Lys Lys 45 40 35 5
Asp GIn Asp lle lle lle Asp Asn Asp Gin Asp lle Leu Ala lle Lys 60 55 50
Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu Arg Leu 80 75 70 65
Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala lle Tyr 95 90 85
Thr Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Gln Glu Lys GIn Ala 110 105 100
Lys Ala GIn Ser Phe Asp Ser Leu Lys His Cys Leu Phe Leu Phe Leu 5 125 120 115
Glu Lys Leu GIn Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr Ser 140 135 130 10
Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Lys Glu Leu Leu Lys Lys Met 160 155 150 145
Tyr Asn lle Phe Asp Asp Asn lle Gin Leu Val lle Lys Asp Tyr GIn 175 170 165
His Asn Lys Asp lle Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg 190 185 180
Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Thr Asn Lys Lys Gly Asn 205 200 195 lle Thr Ala Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys 0 220 215 210
Lys Asp Ala lle Trp Met Gin ‏داك‎ Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn 240 235 230 225 15
Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg 255 250 245
Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gin Thr Gln Asp Trp 270 265 260 lle Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu lle Arg Cys Pro Lys Ser Leu 285 280 275
Tyr Glu Arg Leu GIn Gly Glu Tyr Arg Lys Lys Phe Asn Val Pro Phe 300 295 290
Asp Ser Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gin Glu Pro Phe Lys Asn 5 320 315 310 305
Thr Leu Val Arg His GIn Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr
335 330 325
Phe Asp Tyr Asn Glu lle Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gin lle Asp Leu 350 345 340 5
Gly Thr Tyr His Phe Ser lle Tyr Lys Lys Leu lle Gly Gly GIn Lys 365 360 355
Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg lle Gin 380 375 370
Glu Phe Ala Lys Gln Asn Arg Thr Asp Glu Trp Lys Ala lle Val Lys 400 395 390 385
Asp Phe Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Glu Glu Pro Tyr lle Ser Glu Thr 415 410 405
Ala Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gin Lys lle Gly lle Arg Phe Arg 5 430 425 420
Asn Asp Asn Asp Glu lle Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu Asn 445 440 435 10
Asn Glu Lys Arg Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Gln Tyr Gln Ala Glu Ala 460 455 450
Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu 480 475 470 465
Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser lle Val 495 490 485
Glu Gly Phe lle Lys Arg Glu lle Arg Asp lle Tyr Lys Leu Tyr Asp 510 505 500
Ala Phe Ala Asn Gly Glu lle Asn Asn lle Asp Asp Leu Glu Lys Tyr 0 525 520 515
Cys Glu Asp Lys Gly lle Pro Lys Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val 540 535 530 15
Ala lle Leu Tyr Asp Glu His Lys Asp Met Ala Glu Glu Ala Lys Arg 560 555 550 545
Lys GIn Lys Glu Met Val Lys Asp Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu 575 570 565
Glu Lys GIn Thr Gin Gly Glu lle Glu Asp Gly Gly Arg Asn lle Arg 590 585 580
Leu Leu Lys Ser Gly Glu lle Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met 605 600 595
Arg Phe Gin Pro Val Gin Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu Asn Asn 5 620 615 610
Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gin Met Leu GIn Arg Ser Leu Ala
640 65 630 625
Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gin Val Asn 655 650 645 5
Leu lle Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp 670 665 660
Glu Glu Cys Asn Asn lle Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu Thr Lys 685 680 675
Lys lle Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn 700 695 690
Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu 720 715 710 705
Val GIn Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly lle Phe Thr 5 735 730 725
Glu Pro lle Arg Glu Trp Phe Lys Arg His GIn Asn Asp Ser Glu Glu 750 745 740 10
Tyr Glu Lys Val Glu Thr Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val 765 760 755 lle Pro Leu Phe Phe Lys Lys Glu Asp Ser Lys Asp Lys Glu Glu Tyr 780 775 770
Leu Lys Lys Asp Ala GIn Lys Glu lle Asn Asn Cys Val 60 Pro Phe 800 795 790 785
Tyr Gly Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn lle His Lys Pro Asp Glu Lys 815 810 805
Asp Phe Leu Pro Ser Glu Glu Arg Lys Lys Leu Trp Gly Asp Lys Lys 0 830 825 820
Tyr Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys Leu Thr 845 840 835 15
Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Phe Gin Ser Trp 860 855 850
Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn GIn Asp lle Val 880 875 870 865
Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu lle Asp Lys Leu Lys Val Glu Gly 895 890 885
Leu Asn Val Glu Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp lle Asp Thr 910 905 900
Asp Thr Ala Lys GIn Glu Lys Asn Asn lle Leu Asn Arg Val Met Pro 5 925 920 915
Met GIn Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu lle Asp Asp Ser His Asn lle
940 935 930
Val Lys Asp Arg Pro Leu His Thr Val Tyr lle Glu Glu Thr Lys Thr 960 955 950 945 5
Lys Leu Leu Lys GIn Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg 975 970 965
Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Ser Ser Glu Thr Glu Leu 990 985 980
Lys Ser Asn Pro lle Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu 1005 1000 995
Tyr GIn Asn Ala Arg lle Glu Thr lle Lys Asp Met Leu Leu Leu 1020 1015 1010
Glu Glu Thr Leu lle Glu Lys Tyr Lys Thr Leu Pro Thr Asp Asn 5 1035 1030 1025
Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly Trp Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ala 1050 1045 1040 10
Asp Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp Val Lys Leu Leu Val Ala Val 1065 1060 1055
Arg Asn Ala Phe Ser His Asn ‏ماه‎ Tyr Pro Met Arg Asn Arg lle 1080 1075 1070
Ala Phe Ala Asn lle Asn Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asp Thr 1095 1090 1085
Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp lle Ala Asn GIn Leu Lys Asp Lys 1110 1105 1100
Thr His Lys lle lle Lys Arg lle lle Glu lle Glu Lys Pro lle 0 1125 1120 1115
Glu Thr Lys Glu 1130 15 616 <210> 1115 <211>
PRT <212>
Fusobacterium necrophorum <213> 616 <400>
Met Glu Lys Phe Arg Arg Gin Asn Arg Asn Ser lle lle Lys lle lle 10 5 1 lle Ser Asn Tyr Asp Thr Lys Gly lle Lys Glu Leu Lys Val Arg Tyr 0 25 20
Arg Lys GIn Ala Gin Leu Asp Thr Phe lle lle Lys Thr Glu lle Val 40 35 15
Asn Asn Asp lle Phe lle Lys Ser lle lle Glu Lys Ala Arg Glu Lys 60 55 50
Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu Lys Tyr His Phe Lys 80 75 70 65
Asn Lys Ser Ser Val Glu lle Val Lys Lys Asp lle Phe Ser 0 Thr 95 90 85
Pro Asp Asn Met lle Arg Asn Tyr Lys lle Thr Leu Lys lle Ser Glu 110 105 100
Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu lle Glu Asp Leu Met Asn Ser 15 125 120 115
Thr lle Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Met
140 135 130
Thr Glu Arg Lys Leu lle Glu Glu Lys Val Ala Lys Asn Tyr Ser Leu 160 155 150 145 5
Leu Ala Asn Cys Pro Met Glu Glu Val Asp Ser lle Lys lle Tyr Lys 175 170 165 lle Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala 190 185 180
Ser lle Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly lle Lys Gly Lys Asp Asn Glu 205 200 195
Thr Glu Glu lle Trp His Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys 220 215 210
Val Arg Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu lle Gln Ser Thr Glu Asn Tyr 5 240 235 230 225
Asn Ser Ser Leu Lys Asn Gin lle Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg 255 250 245 10
Lys Glu Phe Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr lle lle Lys Lys Leu 270 265 260
Gln GIn Glu Arg lle Lys Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp 285 280 275
Cys Glu Lys lle lle Lys Leu Tyr Ser Lys Leu Arg His Ser Leu Met 300 295 290
His Tyr Asp Tyr GIn Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Lys Asn 320 315 310 305
Asp Asp Leu Met Lys Asp Leu Asn Leu Asp Leu Phe Lys Ser Leu Pro 0 335 330 325
Leu lle Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp 350 345 340 15
Gly Asp Thr Leu Phe Val Leu GIn Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu 365 360 355
Tyr ‏ماك‎ lle Tyr Asp Ala Leu Cys Glu GIn Lys Asn Gly Phe Asn Lys 380 375 370
Phe lle Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe 400 395 390 385
Lys Gin lle lle Asn Glu Lys Phe GIn Ser Glu Met Glu Phe Leu Glu 415 410 405
Lys Arg lle Ser Glu Ser Glu Lys Lys Asn Glu Lys Leu Lys Lys Lys 15 430 425 420
Leu Asp Ser Met Lys Ala His Phe Arg Asn lle Asn Ser Glu Asp Thr
445 440 435
Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp lle His Ser Ser Arg Asn Tyr Lys Thr 460 455 450 5
Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu 480 475 470 465
Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu Glu lle Thr Lys lle 495 490 485
Asn Arg Gln Leu Leu Lys Leu Lys Gln Glu Met Glu Glu lle Thr Lys 510 505 500
Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met Lys lle Ala Phe Gly 525 520 515
Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn lle Ser Lys Phe Lys Asp Glu 5 540 535 530
Phe Asp Ala Ser Asn GIn Glu Lys lle lle Gln Tyr His Lys Asn Gly 560 555 550 545 10
Glu Lys Tyr Leu Thr Ser Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe 575 570 565
Asn Leu Glu Lys Met Gin Lys lle lle GIn Lys Thr Glu Glu Glu Asp 590 585 580
Trp Leu Leu Pro Glu Thr Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu 605 600 595
Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe 620 615 610
Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp lle Lys Asn Val Asp Phe lle Asp Glu 0 640 635 630 625
Asn GIn Asn Asn lle Gln Val Ser GIn Thr Val Glu Lys Gln Glu Asp 655 650 645 15
Tyr Phe Tyr His Lys lle Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr 670 665 660
Glu lle Val Lys Tyr Ser lle Val Pro Asn Glu Lys Leu Lys Gin Tyr 685 680 675
Phe Glu Asp Leu Gly lle Asp lle Lys Tyr Leu Thr Val Glu GIn Lys 700 695 690
Ser Glu Val Ser Glu Glu Lys Asn Lys Lys Val Ser Leu Lys Asn Asn 720 715 710 705
Gly Met Phe Asn Lys Thr lle Leu Leu Phe Val Phe Lys Tyr Tyr GIn 5 735 730 725 lle Ala Phe Lys Leu Phe Asn Asp lle Glu Leu Tyr Ser Leu Phe Phe
750 745 740
Leu Arg Glu Lys Ser Gly Lys Pro Leu Glu lle Phe Arg Lys Glu Leu 765 760 755 5
Glu Ser Lys Met Lys Asp Gly Tyr Leu Asn Phe Gly Gin Leu Leu Tyr 780 775 770
Val Val Tyr Glu Val Leu Val Lys Asn Lys Asp Leu Asp Lys lle Leu 800 795 790 785
Ser Lys Lys lle Asp Tyr Arg Lys Asp Lys Ser Phe Ser Pro Glu lle 815 810 805
Ala Tyr Leu Arg Asn Phe Leu Ser His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe Leu 830 825 820
Asp Asn Phe Met Lys lle Asn Thr Asn Lys Ser Asp Glu Asn Lys Glu 5 845 840 835
Val Leu lle Pro Ser lle Lys lle Gin Lys Met lle GIn Phe lle Glu 860 855 850 10
Lys Cys Asn Leu GIn Asn GIn lle Asp Phe Asp Phe Asn Phe Val Asn 880 875 870 865
Asp Phe Tyr Met Arg Lys Glu Lys Met Phe Phe lle Gin Leu Lys Gin 895 890 885 lle Phe Pro Asp lle Asn Ser Thr Glu Lys GIn Lys Met Asn Glu Lys 910 905 900
Glu Glu lle Leu Arg Asn Arg Tyr His Leu Thr Asp Lys Lys Asn Glu 925 920 915
Gin lle Lys Asp Glu His Glu Ala Gin Ser 60 Leu Tyr Glu Lys lle 10 940 935 930
Leu Ser Leu GIn Lys lle Tyr Ser Ser Asp Lys Asn Asn Phe Tyr Gly 960 955 950 945 15
Arg Leu Lys Glu Glu Lys Leu Leu Phe Leu Glu Lys GIn Gly Lys Lys 975 970 965
Lys Leu Ser Met Glu Glu lle Lys Asp Lys lle Ala Gly Asp lle Ser 990 985 980
Asp Leu Leu Gly lle Leu Lys Lys Glu lle Thr Arg Asp lle Lys Asp 1005 1000 995
Lys Leu Thr Glu Lys Phe Arg Tyr Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn 1020 1015 1010
Leu Ser Phe Tyr Asn His Glin Asp Lys Lys Lys Glu Glu Ser lle 5 1035 1030 1025
Arg Val Phe Leu lle Arg Asp Lys Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe
1050 1045 1040
Glu Ser lle Leu Asp Asp Gly Ser Asn Lys lle Phe lle Ser Lys 1065 1060 1055 5
Asn Gly Lys Glu lle Thr lle Gin Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu 1080 1075 1070
Thr Leu lle lle Glu Lys Asn Thr Leu Lys lle Ser Ser Asn Gly 1095 1090 1085
Lys lle lle Ser Leu lle Pro His Tyr Ser Tyr Ser lle Asp Val 1110 1105 1100
Lys Tyr 1115 617 <210> 5 1111 <211>
PRT <212>
Fusobacterium necrophorum <213> 617 <400> 10
Met Glu Lys Phe Arg Arg Gin Asn Arg Ser Ser lle lle Lys lle lle 10 5 1 15 lle Ser Asn Tyr Asp Thr Lys Gly lle Lys Glu Leu Lys Val Arg Tyr 25 20
Arg Lys GIn Ala Gin Leu Asp Thr Phe lle lle Lys Thr Glu lle Val 45 40 35
Asn Asn Asp lle Phe lle Lys Ser lle lle Glu Lys Ala Arg Glu Lys 5 60 55 50
Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu Lys Tyr His Phe Lys 80 75 70 65 10
Asn Lys Ser Ser Val Glu lle Val Lys Lys Asp lle Phe Ser 0 Thr 95 90 85
Pro Asp Asn Met lle Arg Asn Tyr Lys lle Thr Leu Lys lle Ser Glu 110 105 100
Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu lle Glu Asp Leu Met Asn Ser 125 120 115
Thr lle Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Met 140 135 130
Thr Glu Arg Lys Leu lle Glu Glu Lys Val Ala Glu Asn Tyr Ser Leu 0 160 155 150 145
Leu Ala Asn Cys Pro Met Glu Glu Val Asp Ser lle Lys lle Tyr Lys 175 170 165 15 lle Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala 190 185 180
Ser lle Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly lle Lys Gly Lys Asp Asn Glu 205 200 195
Thr Glu Glu lle Trp His Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys 220 215 210
Val Lys Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu lle Gln Ser Thr Glu Asn Tyr 240 235 230 225
Asn Ser Ser Leu Lys Asn Gin lle Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg 5 255 250 245
Lys Glu Ser Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr lle lle Lys Lys Leu
270 265 260
Gln GIn Glu Arg lle Lys Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp 285 280 275 5
Cys Glu Lys lle lle Lys Leu Tyr Ser Glu Leu Arg His Pro Leu Met 300 295 290
His Tyr Asp Tyr GIn Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Glu Asn 320 315 310 305
Ser Glu Leu Thr Lys Asn Leu Asn Leu Asp lle Phe Lys Ser Leu Pro 335 330 325
Leu Val Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp 350 345 340
Asn Asp Thr Leu Phe Val Leu GIn Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu 5 365 360 355
Tyr Gln lle Tyr Asp Ala Leu Cys Glu Gin Lys Asn Gly Phe Asn Lys 380 375 370 10
Phe lle Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe 400 395 390 385
Lys Gin lle lle Asn Glu Lys Phe GIn Ser Glu lle Glu Phe Leu Glu 415 410 405
Lys Arg lle Ser Glu Ser Glu Lys Lys Asn Glu Lys Leu Lys Lys Lys 430 425 420
Leu Asp Ser Met Lys Ala His Phe Arg Asn lle Asn Ser Glu Asp Thr 445 440 435
Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp lle His Ser Ser Arg Asn Tyr Lys Thr 0 460 455 450
Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu 480 475 470 465 15
Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu Glu lle Thr Lys lle 495 490 485
Asn Arg 60 Leu Leu Lys Leu Lys Gln Glu Met Glu Glu lle Thr Lys 510 505 500
Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met Lys Met Ala Phe Gly 525 520 515
Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn lle Ser Arg Phe Lys Asp Glu 540 535 530
Phe Asp Ala Ser Asn GIn Glu Lys lle lle Gin Tyr His Lys Asn Gly 5 560 555 550 545
Glu Lys Tyr Leu Thr Tyr Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe
575 570 565
Asn Leu Lys Lys Leu Gin Glu Thr lle Gln Lys Thr Gly Glu Glu Asn 590 585 580 5
Trp Leu Leu Pro Gin Asn Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu 605 600 595
Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe 620 615 610
Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp lle Lys Asn Val Asp Phe Met Asp Glu 640 635 630 625
Asn Gin Ser Ser Lys lle lle Glu Ser Lys Glu Asp Asp Phe Tyr His 655 650 645
Lys lle Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr Glu lle Val Lys 5 670 665 660
Tyr Ser lle Val Pro Asp Lys Lys Leu Lys GIn Tyr Phe Lys Asp Leu 685 680 675 10
Gly lle Asp Thr Lys Tyr Leu lle Leu Asp Gin Lys Ser Glu Val Ser 700 695 690
Gly Glu Lys Asn Lys Lys Val Ser Leu Lys Asn Asn Gly Met Phe Asn 720 715 710 705
Lys Thr lle Leu Leu Phe Val Phe Lys Tyr Tyr Gin lle Ala Phe Lys 735 730 725
Leu Phe Asn Asp lle Glu Leu Tyr Ser Leu Phe Phe Leu Arg Glu Lys 750 745 740
Ser Gly Lys Pro Phe Glu Val Phe Leu Lys Glu Leu Lys Asp Lys Met 0 765 760 755 lle Gly Lys GIn Leu Asn Phe Gly 60 Leu Leu Tyr Val Val Tyr Glu 780 775 770 15
Val Leu Val Lys Asn Lys Asp Leu Ser Glu lle Leu Ser Glu Arg lle 800 795 790 785
Asp Tyr Arg Lys Asp Met Cys Phe Ser Ala Glu lle Ala Asp Leu Arg 815 810 805
Asn Phe Leu Ser His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe Leu Asp Asn Phe Met 830 825 820
Lys lle Asn Thr Asn Lys Ser Asp Glu Asn Lys Glu Val Leu lle Pro 845 840 835
Ser lle Lys lle Gln Lys Met lle Lys Phe lle Glu Glu Cys Asn Leu 15 860 855 850
Gln Ser Gin lle Asp Phe Asp Phe Asn Phe Val Asn Asp Phe Tyr Met
880 875 870 865
Arg Lys Glu Lys Met Phe Phe lle GIn Leu Lys Gin lle Phe Pro Asp 895 890 885 5 lle Asn Ser Thr Glu Lys GIn Lys Met Asn Glu Lys Glu Glu lle Leu 910 905 900
Arg Asn Arg Tyr His Leu Thr Asp Lys Lys Asn Glu Gin lle Lys Asp 925 920 915
Glu His Glu Ala GIn Ser 0 Leu Tyr Glu Lys lle Leu Ser Leu 0 940 935 930
Lys lle Tyr Ser Ser Asp Lys Asn Asn Phe Tyr Gly Arg Leu Lys Glu 960 955 950 945
Glu Lys Leu Leu Phe Leu Glu Lys GIn Glu Lys Lys Lys Leu Ser Met 5 975 970 965
Glu Glu lle Lys Asp Lys lle Ala Gly Asp lle Ser Asp Leu Leu Gly 990 985 980 10 lle Leu Lys Lys Glu lle Thr Arg Asp lle Lys Asp Lys Leu Thr Glu 1005 1000 995
Lys Phe Arg Tyr Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn Leu Ser Phe Tyr 1020 1015 1010
Asn His ‏اك‎ Asp Lys Lys Lys Glu Glu Ser lle Arg Val Phe Leu 1035 1030 1025 lle Arg Asp Lys Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe Glu Ser lle Leu 1050 1045 1040
Asp Asp Gly Ser Asn Lys lle Phe lle Ser Lys Asn Gly Lys Glu 0 1065 1060 1055 lle Thr lle Gln Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu Thr Leu lle lle 1080 1075 1070 15
Glu Lys Asn Thr Leu Lys lle Ser Ser Asn Gly Lys lle lle Ser 1095 1090 1085
Leu lle Pro His Tyr Ser Tyr Ser lle Asp Val Lys Tyr 1110 1105 1100 618 <210> 1110 <211>
PRT <212>
Fusobacterium necrophorum BFTR-1 <213> 10 618 <400>
Met Lys Val Arg Tyr Arg Lys GIn Ala Gin Leu Asp Thr Phe lle lle 10 5 1 15
Lys Thr Glu lle Val Asn Asn Asp lle Phe lle Lys Ser lle lle Glu 25 20
Lys Ala Arg Glu Lys Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu 45 40 35
Lys Tyr His Phe Lys Asn Lys Ser Ser Val Glu lle Val Lys Asn Asp 60 55 50 lle Phe Ser GIn Thr Pro Asp Asn Met lle Arg Asn Tyr Lys lle Thr 80 75 70 65
Leu Lys lle Ser Glu Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu lle Glu 5 95 90 85
Asp Leu Met Asn Ser Thr lle Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg
110 105 100
Arg Glu Lys Ser Met Thr Glu Arg Lys Leu lle Glu Glu Lys Val Ala 125 120 115 5
Glu Asn Tyr Ser Leu Leu Ala Asn Cys Pro lle Glu Glu Val Asp Ser 140 135 130 lle Lys lle Tyr Lys lle Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met 160 155 150 145
Leu Leu Tyr Phe Ala Ser lle Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly lle Lys 175 170 165
Gly Lys Asp Asn Glu Thr Glu Glu lle Trp His Leu Lys Asp Asn Asp 190 185 180
Val Arg Lys Glu Lys Val Lys Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu lle GIn 5 205 200 195
Ser Thr Glu Asn Tyr Asn Ser Ser Leu Lys Asn Gin lle Glu Glu Lys 220 215 210 10
Glu Lys Leu Ser Ser Lys Glu Phe Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr 240 235 230 225 lle lle Lys Lys Leu GIn GIn Glu Arg lle Lys Glu Leu Ser Glu Lys 255 250 245
Ser Leu Thr Glu Asp Cys Glu Lys lle lle Lys Leu Tyr Ser Glu Leu 270 265 260
Arg His Pro Leu Met His Tyr Asp Tyr Gin Tyr Phe Glu Asn Leu Phe 285 280 275
Glu Asn Lys Glu Asn Ser Glu Leu Thr Lys Asn Leu Asn Leu Asp lle 10 300 295 290
Phe Lys Ser Leu Pro Leu Val Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val 320 315 310 305 15
Asn Tyr Leu Glu Asp Asn Asp Thr Leu Phe Val Leu GIn Lys Thr Lys 335 330 325
Lys Ala Lys Thr Leu Tyr GIn lle Tyr Asp Ala Leu Cys Glu 60 Lys 350 345 340
Asn Gly Phe Asn Lys Phe lle Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu 365 360 355
Glu Asn Thr Val Phe Lys Gin lle lle Asn Glu Lys Phe GIn Ser Glu 380 375 370
Met Glu Phe Leu Glu Lys Arg lle Ser Glu Ser Glu Lys Lys Asn Glu 5 400 395 390 385
Lys Leu Lys Lys Lys Leu Asp Ser Met Lys Ala His Phe Arg Asn lle
415 410 405
Asn Ser Glu Asp Thr Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp lle His Ser Ser 430 425 420 5
Arg Asn Tyr Lys Thr Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu 445 440 435
Tyr Thr Lys Leu Leu Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu 460 455 450
Glu lle Thr Lys lle Asn Arg Gin Leu Leu Lys Leu Lys GIn Glu Met 480 475 470 465
Glu Glu lle Thr Lys Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met 495 490 485
Lys lle Ala Phe Gly Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn lle Ser 5 510 505 500
Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp Ala Ser Asn GIn Glu Lys lle lle Gin 525 520 515 10
Tyr His Lys Asn Gly Glu Lys Tyr Leu Thr Ser Phe Leu Lys Glu Glu 540 535 530
Glu Lys Glu Lys Phe Asn Leu Glu Lys Met GIn Lys lle lle Gin Lys 560 555 550 545
Thr Glu Glu Glu Asp Trp Leu Leu Pro Glu Thr Lys Asn Asn Leu Phe 575 570 565
Lys Phe Tyr Leu Leu Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly 590 585 580
Asp Phe Leu Gly Phe Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp lle Lys Asn Val 10 605 600 595
Asp Phe Met Asp Glu Asn GIn Asn Asn lle Gin Val Ser GIn Thr Val 620 615 610 15
Glu Lys GIn Glu Asp Tyr Phe Tyr His Lys lle Arg Leu Phe Glu Lys 640 635 630 625
Asn Thr Lys Lys Tyr Glu lle Val Lys Tyr Ser lle Val Pro Asn Glu 655 650 645
Lys Leu Lys GIn Tyr Phe Glu Asp Leu Gly lle Asp lle Lys Tyr Leu 670 665 660
Thr Gly Ser Val Glu Ser Gly Glu Lys Trp Leu Gly Glu Asn Leu Gly 685 680 675 lle Asp lle Lys Tyr Leu Thr Val Glu 60 Lys Ser Glu Val Ser Glu 5 700 695 690
Glu Lys Asn Lys Lys Val Ser Leu Lys Asn Asn Gly Met Phe Asn Lys
720 715 710 705
Thr lle Leu Leu Phe Val Phe Lys Tyr Tyr Gin lle Ala Phe Lys Leu 735 730 725 5
Phe Asn Asp lle Glu Leu Tyr Ser Leu Phe Phe Leu Arg Glu Lys Ser 750 745 740
Glu Lys Pro Phe Glu Val Phe Leu Glu Glu Leu Lys Asp Lys Met lle 765 760 755
Gly Lys Gin Leu Asn Phe Gly Gin Leu Leu Tyr Val Val Tyr Glu Val 780 775 770
Leu Val Lys Asn Lys Asp Leu Asp Lys lle Leu Ser Lys Lys lle Asp 800 795 790 785
Tyr Arg Lys Asp Lys Ser Phe Ser Pro Glu lle Ala Tyr Leu Arg Asn 5 815 810 805
Phe Leu Ser His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe Leu Asp Asn Phe Met Lys 830 825 820 10 lle Asn Thr Asn Lys Ser Asp Glu Asn Lys Glu Val Leu lle Pro Ser 845 840 835 lle Lys lle GIn Lys Met lle Gin Phe lle Glu Lys Cys Asn Leu 07 860 855 850
Asn ‏ماه‎ lle Asp Phe Asp Phe Asn Phe Val Asn Asp Phe Tyr Met Arg 880 875 870 865
Lys Glu Lys Met Phe Phe lle Gin Leu Lys Gin lle Phe Pro Asp lle 895 890 885
Asn Ser Thr Glu Lys Gin Lys Lys Ser Glu Lys Glu Glu lle Leu Arg 0 910 905 900
Lys Arg Tyr His Leu lle Asn Lys Lys Asn Glu Gin lle Lys Asp Glu 925 920 915 15
His Glu Ala 60 Ser GIn Leu Tyr Glu Lys lle Leu Ser Leu GIn Lys 940 935 930 lle Phe Ser Cys Asp Lys Asn Asn Phe Tyr Arg Arg Leu Lys Glu Glu 960 955 950 945
Lys Leu Leu Phe Leu Glu Lys GIn Gly Lys Lys Lys lle Ser Met Lys 975 970 965
Glu lle Lys Asp Lys lle Ala Ser Asp lle Ser Asp Leu Leu Gly lle 990 985 980
Leu Lys Lys Glu lle Thr Arg Asp lle Lys Asp Lys Leu Thr Glu Lys 15 1005 1000 995
Phe Arg Tyr Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn lle Ser Phe Tyr Asn
1020 1015 1010
His Gin Asp Lys Lys Lys Glu Glu Gly lle Arg Val Phe Leu lle 1035 1030 1025 5
Arg Asp Lys Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe Glu Ser lle Leu Asp 1050 1045 1040
Asp Gly Ser Asn Lys lle Phe lle Ser Lys Asn Gly Lys Glu lle 1065 1060 1055
Thr lle GIn Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu Thr Leu Met lle Glu 1080 1075 1070
Lys Asn Thr Leu Lys lle Ser Ser Asn Gly Lys lle lle Ser Leu 1095 1090 1085 lle Pro His Tyr Ser Tyr Ser lle Asp Val Lys Tyr 5 1110 1105 1100 619 <210> 668 <211> 10
PRT <212>
Fusobacterium necrophorum <213> 619 <400>
Met Thr Glu Lys Lys Ser lle lle Phe Lys Asn Lys Ser Ser Val Glu 15 10 5 1 lle Val Lys Lys Asp lle Phe Ser Gln Thr Pro Asp Asn Met lle Arg 30 25 20
Asn Tyr Lys lle Thr Leu Lys lle Ser Glu Lys Asn Pro Arg Val Val 5 45 40 35
Glu Ala Glu lle Glu Asp Leu Met Asn Ser Thr lle Leu Lys Asp Gly 60 55 50 10
Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Met Thr Glu Arg Lys Leu lle 80 75 70 65
Glu Glu Lys Val Ala Glu Asn Tyr Ser Leu Leu Ala Asn Cys Pro Met 95 90 85
Glu Glu Val Asp Ser lle Lys lle Tyr Lys lle Lys Arg Phe Leu Thr 110 105 100
Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala Ser lle Asn Ser Phe Leu 125 120 115
Cys Glu Gly lle Lys Gly Lys Asp Asn Glu Thr Glu Glu lle Trp His 0 140 135 130
Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys Val Lys Glu Asn Phe Lys 160 155 150 145 15
Asn Lys Leu lle Gln Ser Thr Glu Asn Tyr Asn Ser Ser Leu Lys Asn 175 170 165
Gin lle Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg Lys Glu Ser Lys Lys Gly 190 185 180
Ala Phe Tyr Arg Thr lle lle Lys Lys Leu GIn Gin Glu Arg lle Lys 205 200 195
Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp Cys Glu Lys lle lle Lys 220 215 210
Leu Tyr Ser Glu Leu Arg His Pro Leu Met His Tyr Asp Tyr 60 Tyr 15 240 235 230 225
Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Glu Asn Ser Glu Leu Thr Lys Asn
255 250 245
Leu Asn Leu Asp lle Phe Lys Ser Leu Pro Leu Val Arg Lys Met Lys 270 265 260 5
Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp Asn Asp Thr Leu Phe Val 285 280 275
Leu GIn Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu Tyr Gin lle Tyr Asp Ala 300 295 290
Leu Cys Glu Gin Lys Asn Gly Phe Asn Lys Phe lle Asn Asp Phe Phe 320 315 310 305
Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe Lys Gin lle lle Asn Glu 335 330 325
Lys Phe Gin Ser Glu Met Glu Phe Leu Glu Lys Arg lle Ser Glu Ser 5 350 345 340
Glu Lys Lys Asn Glu Lys Leu Lys Lys Lys Phe Asp Ser Met Lys Ala 365 360 355 10
His Phe His Asn lle Asn Ser Glu Asp Thr Lys Glu Ala Tyr Phe Trp 380 375 370
Asp lle His Ser Ser Ser Asn Tyr Lys Thr Lys Tyr Asn Glu Arg Lys 400 395 390 385
Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu Gly Ser Ser Lys Glu Lys 415 410 405
Lys Leu Leu Arg Glu Glu lle Thr Gin lle Asn Arg Lys Leu Leu Lys 430 425 420
Leu Lys GIn Glu Met Glu Glu lle Thr Lys Lys Asn Ser Leu Phe Arg 0 445 440 435
Leu Glu Tyr Lys Met Lys lle Ala Phe Gly Phe Leu Phe Cys Glu Phe 460 455 450 15
Asp Gly Asn lle Ser Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp Ala Ser Asn 07 480 475 470 465
Glu Lys lle lle GIn Tyr His Lys Asn Gly Glu Lys Tyr Leu Thr Tyr 495 490 485
Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe Asn Leu Glu Lys Met Gin 510 505 500
Lys lle lle Gln Lys Thr Glu Glu Glu Asp Trp Leu Leu Pro Glu Thr 525 520 515
Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu Thr Tyr Leu Leu Leu Pro 5 540 535 530
Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe Val Lys Lys His Tyr Tyr
560 555 550 545
Asp lle Lys Asn Val Asp Phe Met Asp Glu Asn GIn Asn Asn lle 0 575 570 565 5
Val Ser GIn Thr Val Glu Lys GIn Glu Asp Tyr Phe Tyr His Lys lle 590 585 580
Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr Glu lle Val Lys Tyr Ser 605 600 595 lle Val Pro Asn Glu Lys Leu Lys GIn Tyr Phe Glu Asp Leu Gly lle 620 615 610
Asp lle Lys Tyr Leu Thr Gly Ser Val Glu Ser Gly Glu Lys Trp Leu 640 635 630 625
Gly Glu Asn Leu Gly lle Asp lle Lys Tyr Leu Thr Val Glu GIn Lys 5 655 650 645
Ser Glu Val Ser Glu Glu Lys lle Lys Lys Phe Leu 665 660 10 620 <210> 1121 <211>
PRT <212> 15
Fusobacterium perfoetens <213> 620 <400>
Met Gly Lys Pro Asn Arg Ser Ser lle lle Lys lle lle lle Ser Asn 10 5 1
Tyr Asp Asn Lys Gly lle Lys Glu Val Lys Val Arg Tyr Asn Lys GIn 5 25 20
Ala GIn Leu Asp Thr Phe Leu lle Lys Ser Glu Leu Lys Asp Gly Lys 40 35 10
Phe lle Leu Tyr Ser lle Val Asp Lys Ala Arg Glu Lys Tyr Arg Tyr 60 55 50 15
Ser Phe Glu lle Asp Lys Thr Asn lle Asn Lys Asn Glu lle Leu lle 80 75 70 65 lle Lys Lys Asp lle Tyr Ser Asn Lys Glu Asp Lys Val lle Arg Lys 95 90 85
Tyr lle Leu Ser Phe Glu Val Ser Glu Lys Asn Asp Arg Thr lle Val 110 105 100
Thr Lys lle Lys Asp Cys Leu Glu Thr GIn Lys Lys Glu Lys Phe Glu 0 125 120 115
Arg Glu Asn Thr Arg Arg Leu lle Ser Glu Thr Glu Arg Lys Leu Leu 140 135 130 15
Ser Glu Glu Thr Gin Lys Thr Tyr Ser Lys lle Ala Cys Cys Ser Pro 160 155 150 145
Glu Asp lle Asp Ser Val Lys lle Tyr Lys lle Lys Arg Tyr Leu Ala 175 170 165
Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Phe Phe Ser Leu lle Asn Asp lle Phe 190 185 180
Val Lys Gly Val Val Lys Asp Asn Gly Glu Glu Val Gly Glu lle Trp 205 200 195
Arg lle lle Asp Ser Lys Glu lle Asp Glu Lys Lys Thr Tyr Asp Leu 5 220 215 210
Leu Val Glu Asn Phe Lys Lys Arg Met Ser Gin Glu Phe lle Asn Tyr
240 235 230 225
Lys GIn Ser lle Glu Asn Lys lle Glu Lys Asn Thr Asn Lys lle Lys 255 250 245 5
Glu lle Glu GIn Lys Leu Lys Lys Glu Lys Tyr Lys Lys Glu lle Asn 270 265 260
Arg Leu Lys Lys GIn Leu lle Glu Leu Asn Arg Glu Asn Asp Leu Leu 285 280 275
Glu Lys Asp Lys lle Glu Leu Ser Asp Glu Glu lle Arg Glu Asp lle 300 295 290
Glu Lys lle Leu Lys lle Tyr Ser Asp Leu Arg His Lys Leu Met His 320 315 310 305
Tyr Asn Tyr 60 Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Lys lle Ser 5 335 330 325
Lys Glu Lys Asn Glu Asp Val Asn Leu Thr Glu Leu Leu Asp Leu Asn 350 345 340 10
Leu Phe Arg Tyr Leu Pro Leu Val Arg Gln Leu Lys Leu Glu Asn Lys 365 360 355
Thr Asn Tyr Leu Glu Lys Glu Asp Lys lle Thr Val Leu Gly Val Ser 380 375 370
Asp Ser Ala lle Lys Tyr Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Leu Cys Glu Gin 400 395 390 385
Lys Asn Gly Phe Asn Asn Phe lle Asn Ser Phe Phe Ser Asn Asp Gly 415 410 405
Glu Glu Asn Lys Ser Phe Lys Glu Lys lle Asn Leu Ser Leu Glu Lys 0 430 425 420
Glu lle Glu lle Met Glu Lys Glu Thr Asn Glu Lys lle Lys Glu lle 445 440 435 15
Asn Lys Asn Glu Leu GIn Leu Met Lys Glu GIn Lys Glu Leu Gly Thr 460 455 450
Ala Tyr Val Leu Asp lle His Ser Leu Asn Asp Tyr Lys lle Ser His 480 475 470 465
Asn Glu Arg Asn Lys Asn Val Lys Leu GIn Asn Asp lle Met Asn Gly 495 490 485
Asn Arg Asp Lys Asn Ala Leu Asp Lys lle Asn Lys Lys Leu Val Glu 510 505 500
Leu Lys lle Lys Met Asp Lys lle Thr Lys Arg Asn Ser lle Leu Arg 5 525 520 515
Leu Lys Tyr Lys Leu GIn Val Ala Tyr Gly Phe Leu Met Glu Glu Tyr
540 535 530
Lys Gly Asn lle Lys Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp lle Ser Lys Glu 560 555 550 545 5
Lys lle Lys Ser Tyr Lys Ser Lys Gly Glu Lys Tyr Leu Glu Val Lys 575 570 565
Ser Glu Lys Lys Tyr lle Thr Lys lle Leu Asn Ser lle Glu Asp lle 590 585 580
His Asn lle Thr Trp Leu Lys Asn Gin Glu Glu Asn Asn Leu Phe Lys 605 600 595
Phe Tyr Val Leu Thr Tyr lle Leu Leu Pro Phe Glu Phe Arg Gly Asp 620 615 610
Phe Leu Gly Phe Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp lle Lys Asn Val Glu 5 640 635 630 625
Phe Leu Asp Glu Asn Asn Asp Arg Leu Thr Pro Glu Gin Leu Glu Lys 655 650 645 10
Met Lys Asn Asp Ser Phe Phe Asn Lys lle Arg Leu Phe Glu Lys Asn 670 665 660
Ser Lys Lys Tyr Asp lle Leu Lys Glu Ser lle Leu Thr Ser Glu Arg 685 680 675 lle Gly Lys Tyr Phe Ser Leu Leu Asn Thr Gly Ala Lys Tyr Phe Glu 700 695 690
Tyr Gly Gly Glu Glu Asn Arg Gly lle Phe Asn Lys Asn lle lle lle 720 715 710 705
Pro lle Phe Lys Tyr Tyr Gin lle Val Leu Lys Leu Tyr Asn Asp Val 0 735 730 725
Glu Leu Ala Met Leu Leu Thr Leu Ser Glu Ser Asp Glu Lys Asp lle 750 745 740 15
Asn Lys lle Lys Glu Leu Val Thr Leu Lys Glu Lys Val Ser Pro Lys 765 760 755
Lys lle Asp Tyr Glu Lys Lys Tyr Lys Phe Ser Val Leu Leu Asp Cys 780 775 770
Phe Asn Arg lle lle Asn Leu Gly Lys Lys Asp Phe Leu Ala Ser Glu 800 795 790 785
Glu Val Lys Glu Val Ala Lys Thr Phe Thr Asn Leu Ala Tyr Leu Arg 815 810 805
Asn Lys lle Cys His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe lle Asp Asp Leu Leu 15 830 825 820
Thr lle Asp Thr Asn Lys Ser Thr Thr Asp Ser Glu Gly Lys Leu Leu
845 840 835 lle Asn Asp Arg lle Arg Lys Leu lle Lys Phe lle Arg Glu Asn Asn 860 855 850 5
Gln Lys Met Asn lle Ser lle Asp Tyr Asn Tyr lle Asn Asp Tyr Tyr 880 875 870 865
Met Lys Lys Glu Lys Phe lle Phe Gly Gln Arg Lys Gin Ala Lys Thr 895 890 885 lle lle Asp Ser Gly Lys Lys Ala Asn Lys Arg Asn Lys Ala Glu Glu 910 905 900
Leu Leu Lys Met Tyr Arg Val Lys Lys Glu Asn lle Asn Leu lle Tyr 925 920 915
Glu Leu Ser Lys Lys Leu Asn Glu Leu Thr Lys Ser Glu Leu Phe Leu 5 940 935 930
Leu Asp Lys Lys Leu Leu Lys Asp lle Asp Phe Thr Asp Val Lys lle 960 955 950 945 10
Lys Asn Lys Ser Phe Phe Glu Leu Lys Asn Asp Val Lys Glu Val Ala 975 970 965
Asn lle Lys GIn Ala Leu GIn Lys His Ser Ser Glu Leu lle Gly lle 990 985 980
Tyr Lys Lys Glu Val lle Met Ala lle Lys Arg Ser lle Val Ser Lys 1005 1000 995
Leu lle Tyr Asp Glu Glu Lys Val Leu Ser lle lle lle Tyr Asp 1020 1015 1010
Lys Thr Asn Lys Lys Tyr Glu Asp Phe Leu Leu Glu lle Arg Arg 10 1035 1030 1025
Glu Arg Asp lle Asn Lys Phe Gin Phe Leu lle Asp Glu Lys Lys 1050 1045 1040 15
Glu Lys Leu Gly Tyr Glu Lys lle lle Glu Thr Lys Glu Lys Lys 1065 1060 1055
Lys Val Val Val Lys lle Gin Asn Asn Ser Glu Leu Val Ser Glu 1080 1075 1070
Pro Arg lle lle Lys Asn Lys Asp Lys Lys Lys Ala Lys Thr Pro 1095 1090 1085
Glu Glu lle Ser Lys Leu Gly lle Leu Asp Leu Thr Asn His Tyr 1110 1105 1100
Cys Phe Asn Leu Lys lle Thr Leu 15 1120 1115 621 <210>
897 <211>
PRT <212>
Fusobacterium ulcerans <213> 621 <400> 5
Met Glu Asn Lys Gly Asn Asn Lys Lys lle Asp Phe Asp Glu Asn Tyr 15 10 5 1
Asn lle Leu Val Ala 60 lle Lys Glu Tyr Phe Thr Lys Glu lle Glu 25 20
Asn Tyr Asn Asn Arg lle Asp Asn lle lle Asp Lys Lys Glu Leu Leu 15 40 35
Lys Tyr Ser Glu Lys Lys Glu Glu Ser Glu Lys Asn Lys Lys Leu Glu
60 55 50
Glu Leu Asn Lys Leu Lys Ser GIn Lys Leu Lys lle Leu Thr Asp Glu 80 75 70 65 5
Glu lle Lys Ala Asp Val lle Lys lle lle Lys lle Phe Ser Asp Leu 95 90 85
Arg His Ser Leu Met His Tyr Glu Tyr Lys Tyr Phe Glu Asn Leu Phe 110 105 100
Glu Asn Lys Lys Asn Glu Glu Leu Ala Glu Leu Leu Asn Leu Asn Leu 125 120 115
Phe Lys Asn Leu Thr Leu Leu Arg ‏(اى‎ Met Lys lle Glu Asn Lys Thr 140 135 130
Asn Tyr Leu Glu Gly Arg Glu Glu Phe Asn lle lle Gly Lys Asn lle 5 160 155 150 145
Lys Ala Lys Glu Val Leu Gly His Tyr Asn Leu Leu Ala Glu GIn Lys 175 170 165 10
Asn Gly Phe Asn Asn Phe lle Asn Ser Phe Phe Val Gin Asp Gly Thr 190 185 180
Glu Asn Leu Glu Phe Lys Lys Leu lle Asp Glu His Phe Val Asn Ala 205 200 195
Lys Lys Arg Leu Glu Arg Asn lle Lys Lys Ser Lys Lys Leu Glu Lys 220 215 210
Glu Leu Glu Lys Met Glu GIn His Tyr Gin Arg Leu Asn Cys Ala Tyr 240 235 230 225
Val Trp Asp lle His Thr Ser Thr Thr Tyr Lys Lys Leu Tyr Asn Lys 10 255 250 245
Arg Lys Ser Leu lle Glu Glu Tyr Asn Lys Gin lle Asn Glu lle Lys 270 265 260 15
Asp Lys Glu Val lle Thr Ala lle Asn Val Glu Leu Leu Arg lle Lys 285 280 275
Lys Glu Met Glu Glu lle Thr Lys Ser Asn Ser Leu Phe Arg Leu Lys 300 295 290
Tyr Lys Met GIn lle Ala Tyr Ala Phe Leu Glu lle Glu Phe Gly Gly 320 315 310 305
Asn lle Ala Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp Cys Ser Lys Met Glu Glu 335 330 325
Val GIn Lys Tyr Leu Lys Lys Gly Val Lys Tyr Leu Lys Tyr Tyr Lys 5 350 345 340
Asp Lys Glu Ala Gin Lys Asn Tyr Glu Phe Pro Phe Glu Glu lle Phe
365 360 355
Glu Asn Lys Asp Thr His Asn Glu Glu Trp Leu Glu Asn Thr Ser Glu 380 375 370 5
Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr lle Leu Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Met 400 395 390 385
Glu Phe Lys Gly Asp Phe Leu Gly Val Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp 415 410 405 lle Lys Asn Val Asp Phe Thr Asp Glu Ser Glu Lys Glu Leu Ser Gin 430 425 420
Val GIn Leu Asp Lys Met lle Gly Asp Ser Phe Phe His Lys lle Arg 445 440 435
Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Arg Tyr Glu lle lle Lys Tyr Ser lle 5 460 455 450
Leu Thr Ser Asp Glu lle Lys Arg Tyr Phe Arg Leu Leu Glu Leu Asp 480 475 470 465 10
Val Pro Tyr Phe Glu Tyr Glu Lys Gly Thr Asp Glu lle Gly lle Phe 495 490 485
Asn Lys Asn lle lle Leu Thr lle Phe Lys Tyr Tyr Gin lle lle Phe 510 505 500
Arg Leu Tyr Asn Asp Leu Glu lle His Gly Leu Phe Asn lle Ser Ser 525 520 515
Asp Leu Asp Lys lle Leu Arg Asp Leu Lys Ser Tyr Gly Asn Lys Asn 540 535 530 lle Asn Phe Arg Glu Phe Leu Tyr Val lle Lys Gin Asn Asn Asn Ser 0 560 555 550 545
Ser Thr Glu Glu Glu Tyr Arg Lys lle Trp Glu Asn Leu Glu Ala Lys 575 570 565 15
Tyr Leu Arg Leu His Leu Leu Thr Pro Glu Lys Glu Glu lle Lys Thr 590 585 580
Lys Thr Lys Glu Glu Leu Glu Lys Leu Asn Glu lle Ser Asn Leu Arg 605 600 595
Asn Gly lle Cys His Leu Asn Tyr Lys Glu lle lle Glu Glu lle Leu 620 615 610
Lys Thr Glu lle Ser Glu Lys Asn Lys Glu Ala Thr Leu Asn Glu Lys 640 635 630 625 lle Arg Lys Val lle Asn Phe lle Lys Glu Asn Glu Leu Asp Lys Val 15 655 650 645
Glu Leu Gly Phe Asn Phe lle Asn Asp Phe Phe Met Lys Lys Glu 07
670 665 660
Phe Met Phe Gly Gin lle Lys Gin Val Lys Glu Gly Asn Ser Asp Ser 685 680 675 5 lle Thr Thr Glu Arg Glu Arg Lys Glu Lys Asn Asn Lys Lys Leu Lys 700 695 690
Glu Thr Tyr Glu Leu Asn Cys Asp Asn Leu Ser Glu Phe Tyr Glu Thr 720 715 710 705
Ser Asn Asn Leu Arg Glu Arg Ala Asn Ser Ser Ser Leu Leu Glu Asp 735 730 725
Ser Ala Phe Leu Lys Lys lle Gly Leu Tyr Lys Val Lys Asn Asn Lys 750 745 740
Val Asn Ser Lys Val Lys Asp Glu Glu Lys Arg lle Glu Asn lle Lys 5 765 760 755
Arg Lys Leu Leu Lys Asp Ser Ser Asp lle Met Gly Met Tyr Lys Ala 780 775 770 10
Glu Val Val Lys Lys Leu Lys Glu Lys Leu lle Leu lle Phe Lys His 800 795 790 785
Asp Glu Glu Lys Arg lle Tyr Val Thr Val Tyr Asp Thr Ser Lys Ala 815 810 805
Val Pro Glu Asn lle Ser Lys Glu lle Leu Val Lys Arg Asn Asn Ser 830 825 820
Lys Glu Glu Tyr Phe Phe Glu Asp Asn Asn Lys Lys Tyr Val Thr Glu 845 840 835
Tyr Tyr Thr Leu Glu lle Thr Glu Thr Asn Glu Leu Lys Val lle Pro 0 860 855 850
Ala Lys Lys Leu Glu Gly Lys Glu Phe Lys Thr Glu Lys Asn Lys Glu 880 875 870 865 15
Asn Lys Leu Met Leu Asn Asn His Tyr Cys Phe Asn Val Lys lle lle 895 890 885
Tyr 622 <210> 1111 <211>
PRT <212>
Anaerosalibacter sp.ND1 <213> 10 622 <400>
Met Lys Ser Gly Arg Arg Glu Lys Ala Lys Ser Asn Lys Ser Ser lle 10 5 1 15
Val Arg Val lle lle Ser Asn Phe Asp Asp Lys Gin Val Lys Glu lle 25 20
Lys Val Leu Tyr Thr Lys GIn Gly Gly lle Asp Val lle Lys Phe Lys 45 40 35
Ser Thr Glu Lys Asp Glu Lys Gly Arg Met Lys Phe Asn Phe Asp Cys 60 55 50
Ala Tyr Asn Arg Leu Glu Glu Glu Glu Phe Asn Ser Phe Gly Gly Lys 80 75 70 65
Gly Lys GIn Ser Phe Phe Val Thr Thr Asn Glu Asp Leu Thr Glu Leu 5 95 90 85
His Val Thr Lys Arg His Lys Thr Thr Gly Glu lle lle Lys Asp Tyr
110 105 100
Thr lle Gin Gly Lys Tyr Thr Pro lle Lys ‏ماى‎ Asp Arg Thr Lys Val 125 120 115 5
Thr Val Ser lle Thr Asp Asn Lys Asp His Phe Asp Ser Asn Asp Leu 140 135 130
Gly Asp Lys lle Arg Leu Ser Arg Ser Leu Thr Gln Tyr Thr Asn Arg 160 155 150 145 lle Leu Leu Asp Ala Asp Val Met Lys Asn Tyr Arg Glu lle Val Cys 175 170 165
Ser Asp Ser Glu Lys Val Asp Glu Thr lle Asn lle Asp Ser 60 Glu 190 185 180 lle Tyr Lys lle Asn Arg Phe Leu Ser Tyr Arg Ser Asn Met lle lle 5 205 200 195
Tyr Tyr Gln Met lle Asn Asn Phe Leu Leu His Tyr Asp Gly Glu Glu 220 215 210 10
Asp Lys Gly Gly Asn Asp Ser lle Asn Leu lle Asn Glu lle Trp Lys 240 235 230 225
Tyr Glu Asn Lys Lys Asn Asp Glu Lys Glu Lys lle lle Glu Arg Ser 255 250 245
Tyr Lys Ser lle Glu Lys Ser lle Asn GIn Tyr lle Leu Asn His Asn 270 265 260
Thr Glu Val Glu Ser Gly Asp Lys Glu Lys Lys lle Asp lle Ser Glu 285 280 275
Glu Arg lle Lys Glu Asp Leu Lys Lys Thr Phe lle Leu Phe Ser Arg 0 300 295 290
Leu Arg His Tyr Met Val His Tyr Asn Tyr Lys Phe Tyr Glu Asn Leu 320 315 310 305 15
Tyr Ser Gly Lys Asn Phe lle lle Tyr Asn Lys Asp Lys Ser Lys Ser 335 330 325
Arg Arg Phe Ser Glu Leu Leu Asp Leu Asn lle Phe Lys Glu Leu Ser 350 345 340
Lys lle Lys Leu Val Lys Asn Arg Ala Val Ser Asn Tyr Leu Asp Lys 365 360 355
Lys Thr Thr lle His Val Leu Asn Lys Asn lle Asn Ala lle Lys Leu 380 375 370
Leu Asp lle Tyr Arg Asp lle Cys Glu Thr Lys Asn Gly Phe Asn Asn 5 400 395 390 385
Phe lle Asn Asn Met Met Thr lle Ser Gly Glu Glu Asp Lys Glu Tyr
415 410 405
Lys Glu Met Val Thr Lys His Phe Asn Glu Asn Met Asn Lys Leu Ser 430 425 420 5 lle Tyr Leu Glu Asn Phe Lys Lys His Ser Asp Phe Lys Thr Asn Asn 445 440 435
Lys Lys Lys Glu Thr Tyr Asn Leu Leu Lys GIn Glu Leu Asp Glu Gin 460 455 450
Lys Lys Leu Arg Leu Trp Phe Asn Ala Pro Tyr Val Tyr Asp lle His 480 475 470 465
Ser Ser Lys Lys Tyr Lys Glu Leu Tyr Val Glu Arg Lys Lys Tyr Val 495 490 485
Asp lle His Ser Lys Leu lle Glu Ala Gly lle Asn Asn Asp Asn Lys 5 510 505 500
Lys Lys Leu Asn Glu lle Asn Val Lys Leu Cys Glu Leu Asn Thr Glu 525 520 515 10
Met Lys Glu Met Thr Lys Leu Asn Ser Lys Tyr Arg Leu GIn Tyr Lys 540 535 530
Leu GIn Leu Ala Phe Gly Phe lle Leu Glu Glu Phe Asn Leu Asp lle 560 555 550 545
Asp Lys Phe Val Ser Ala Phe Asp Lys Asp Asn Asn Leu Thr lle Ser 575 570 565
Lys Phe Met Glu Lys Arg Glu Thr Tyr Leu Ser Lys Ser Leu Asp Arg 590 585 580
Arg Asp Asn Arg Phe Lys Lys Leu lle Lys Asp Tyr Lys Phe Arg Asp 10 605 600 595
Thr Glu Asp lle Phe Cys Ser Asp Arg Glu Asn Asn Leu Val Lys Leu 620 615 610 15
Tyr lle Leu Met Tyr lle Leu Leu Pro Val Glu lle Arg Gly Asp Phe 640 635 630 625
Leu Gly Phe Val Lys Lys Asn Tyr Tyr Asp Leu Lys His Val Asp Phe 655 650 645 lle Asp Lys Arg Asn Asn Asp Asn Lys Asp Thr Phe Phe His Asp Leu 670 665 660
Arg Leu Phe Glu Lys Asn Val Lys Arg Leu Glu Val Thr Ser Tyr Ser 685 680 675
Leu Ser Asp Gly Phe Leu Gly Lys Lys Ser Arg Glu Lys Phe Gly Lys 5 700 695 690
Glu Leu Glu Lys Phe lle Tyr Lys Asn Val Ser lle Ala Leu Pro Thr
720 715 710 705
Asn lle Asp lle Lys Glu Phe Asn Lys Ser Leu Val Leu Pro Met Met 735 730 725 5
Lys Asn Tyr GIn lle lle Phe Lys Leu Leu Asn Asp lle Glu lle Ser 750 745 740
Ala Leu Phe Leu lle Ala Lys Lys Glu Gly Asn Glu Gly Ser lle Thr 765 760 755
Phe Lys Lys Val lle Asp Lys Val Arg Lys Glu Asp Met Asn Gly Asn 780 775 770 lle Asn Phe Ser Gln Val Met Lys Met Ala Leu Asn Glu Lys Val Asn 800 795 790 785
Cys Gin lle Arg Asn Ser lle Ala His lle Asn Met Lys GIn Leu Tyr 5 815 810 805 lle Glu Pro Leu Asn lle Tyr lle Asn Asn Asn Gin Asn Lys Lys Thr 830 825 820 10 lle Ser Glu Gln Met Glu Glu lle lle Asp lle Cys lle Thr Lys Gly 845 840 835
Leu Thr Gly Lys Glu Leu Asn Lys Asn lle lle Asn Asp Tyr Tyr Met 860 855 850
Lys Lys Glu Lys Leu Val Phe Asn Leu Lys Leu Arg Lys Arg Asn Asn 880 875 870 865
Leu Val Ser lle Asp Ala Gln 0 Lys Asn Met Lys Glu Lys Ser lle 895 890 885
Leu Asn Lys Tyr Asp Leu Asn Tyr Lys Asp Glu Asn Leu Asn lle Lys 10 910 905 900
Glu lle lle Leu Lys Val Asn Asp Leu Asn Asn Lys Gin Lys Leu Leu 925 920 915 15
Lys Glu Thr Thr Glu Gly Glu Ser Asn Tyr Lys Asn Ala Leu Ser Lys 940 935 930
Asp lle Leu Leu Leu Asn Gly lle lle Arg Lys Asn lle Asn Phe Lys 960 955 950 945 lle Lys Glu Met lle Leu Gly lle lle Gin Gln Asn Glu Tyr Arg Tyr 975 970 965
Val Asn lle Asn lle Tyr Asp Lys lle Arg Lys Glu Asp His Asn lle 990 985 980
Asp Leu Lys lle Asn Asn Lys Tyr lle Glu lle Ser Cys Tyr Glu Asn 5 1005 1000 995
Lys Ser Asn Glu Ser Thr Asp Glu Arg lle Asn Phe Lys lle Lys
1020 1015 1010
Tyr Met Asp Leu Lys Val Lys Asn Glu Leu Leu Val Pro Ser Cys 1035 1030 1025 5
Tyr Glu Asp lle Tyr lle Lys Lys Lys lle Asp Leu Glu lle Arg 1050 1045 1040
Tyr lle Glu Asn Cys Lys Val Val Tyr lle Asp lle Tyr Tyr Lys 1065 1060 1055
Lys Tyr Asn lle Asn Leu Glu Phe Asp Gly Lys Thr Leu Phe Val 1080 1075 1070
Lys Phe Asn Lys Asp Val Lys Lys Asn Asn GIn Lys Val Asn Leu 1095 1090 1085
Glu Ser Asn Tyr lle Gin Asn lle Lys Phe lle Val Ser 5 1110 1105 1100 623 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
Sythetic primer <223> 15 <220> ‏خصائص متنوعة‎ <221>
(1)..(1) <222>
FAM-56/ <223> <220> de glia ‏خصائص‎ <221> 5 9)-.(9) <222>
ZEN <223> 623 <400> aggaaacagc tatgaccatg attacgcc 28 10 624 <210> 28 <211>
DNA <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏إرشادي‎ RNA <223>
624 <400> ctcacgaaga aagttgtgca accaaaca 28 625 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> ‎RNA <223>‏ إرشادي ‎625 <400> tcttcaatct ggttggtaat ggatattt 28 15 ‎626 <210> ‎28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> ‏إرشادي‎ RNA <223> 5 626 <400> gccaatttgt tagtgtcctc tataaatt 28 627 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> ‎RNA <223>‏ إرشادي ‎627 <400> tatctcacag accctatttg attttgcc 28 628 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> ‏إرشادي‎ RNA <223> 0 628 <400> aaattcttca ttaaattcac catttttg 28 629 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏إرشادي‎ RNA <223> 629 <400> 5 tatagtttaa acataactct ctcaattc 28 630 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏إرشادي‎ RNA <223> 15 630 <400> atccaaaaag cctaggatcc ccggtgeg 28
631 <210> 28 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> ‏إرشادي‎ RNA <223> 631 <400> 10 agaatgtcaa gttgtattgg atggttat 28 632 <210> 28 <211> 15
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
‎RNA <223>‏ إرشادي
‎632 <400>
‎aaagcagcct tgttgtagtc aattagtc 28
‎633 <210>
‎28 <211>
‎DNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‎RNA <223>‏ إرشادي >400< 633
‎tgatctcttt cttctttttg tcccttac 28
‎634 <210>
28 >211<
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< ‎RNA <223>‏ إرشادي ‎634 <400> ‎tctetttett ctttttgtce cttactat 28 ‎635 <210> ‎28 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‎RNA <223>‏ إرشادي
635 <400> caatcaaatg cctaggatcc 32191029 28 636 <210> 5 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 636 <400> gttactcttc gtagggaggt ggagagct 28 637 <210> 28 <211>
DNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 637 <400> ctggttggta atggatattt acaaagag 28 638 <210> 10 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< متوالية مباعدة 638 <400> cagaaggttt aaacagtgcc tgcaaagg 28
639 <210> 28 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 639 <400> agctgtcaaa tttctgccag 11 28 640 <210> 15 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 640 >400< gtggtatctg gtaggatttc ggccctgt 28 5
641 <210> 28 <211>
‎DNA <212> 10‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
‎15 ‎641 >400< ctctetggac ttgecttgac 081-02 28
>210< 642 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة >400< 642 ‎agcctcacga agaaagttgt gcaaccaa 28 10‏ >210< 643 >211< 28 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
643 >400< tcagtcgatg tcctcggeca ccgacccg 28 644 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 644 >400< tccecttgag tctaaacctg cceeccac 28 15 645 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 645 <400> ctagatttgc taaaacaaag tctgcaat 28 646 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 646 <400> caaaagcgac agtggaatca gcagaata 28 647 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< متوالية مباعدة 647 >400< ggaggattac acttatctct gaacccaa 28 648 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 648 <400> 5 cgatgcagga agaggttccc aaggacat 28 649 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 5 649 >400< aagtcctgct agaaagactt 1810© 28
>210< 650 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 0 >400< 650 ‎tattttggac aaggtttctt ccttcaaa 28‏ >210< 651 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< متوالية مباعدة
651 <400> agtggcacag gctcccactc aggtccaa 28
652 <210>
28 <211>
‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< متوالية مباعدة 5 <400> 652
‎aatcccatcc agtattcttt tggagccc 28
‎653 <210>
28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 653 <400> caccaagtat caagggatct tccatgta 28 654 <210> 28 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< متوالية مباعدة
654 <400> atatcaaaga caccatcgtt caccttga 28 655 <210> 5 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 655 <400> gtggaggcat tcatccaaca ttcttcta 28 656 <210> 28 <211>
DNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 656 <400> gagagcatga taaaagttca gccacacc 28 657 <210> 10 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< متوالية مباعدة 657 <400> accaagaata tcaatgaaaa tttcctta 28
658 <210> 28 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 658 <400> gtgcgtaaag tccactgaaa ttgaaaac 28 659 <210> 5 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 659 <400> tgagcatgta gtcccacaga tectttaa 28 5 660 <210> 28 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 660 <400> gtcaggccct gectaatcaa catggcag 28
>210< 661 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة >400< 661 ‎tcggtaagag aaccacccaa aaccaaac 28 10‏ >210< 662 >211< 28 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
662 <400> gcctetecac atttttgttc accacctt 28 663 <210> 28 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 663 <400> cccagtgcect cagcaccate ttcagatg 28 15 664 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 664 >400< ccatgaaaaa ttgcctaatg tcctggtt 28 665 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 665 <400> atgattcaaa atacacctgt tttaagaa 28 666 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< متوالية مباعدة 666 <400> ctaacaacaa attcatcaac cagactgg 28 667 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 667 <400> 5 ggcaaggtca gaaaacagaa cagtgtaa 28 668 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 5 666 <400> caacatgaga aatgagtgac aaggattc 28
>210< 669 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة >400< 669 ‎cagaggtcaa ggaatttaat tctgggac 28‏ >210< 670 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< متوالية مباعدة
670 <400> catgtcagac ataaatggaa gaagctga 28
671 <210>
28 <211>
‎DNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< متوالية مباعدة 5 >400< 671
‎accgcctcac agattgaatc acttggtt 28
‎672 <210>
28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 672 >400< agccttgagc tctcaggctt tettgceta 28 673 <210> 28 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< متوالية مباعدة
673 <400> cttaagagtt aggttctcac tgttattc 28 674 <210> 5 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 674 >400< ggacccaaac acccaactca aaagagtt 28 675 <210> 28 <211>
DNA <212>
>213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 675 >400< tcccaaagaa gaggccttaa aaggcata 28 676 <210> 10 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< متوالية مباعدة 676 <400> atgagactgt ttgtcacaaa tgtacagc 28
677 <210> 28 >211<
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 677 >400< ctcttgtcac atgatcatct gtggttag 28 678 <210> 15 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 678 <400> tacagatttt ccctattttt gtttctca 28 5 679 <210> 28 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 679 <400> gcaaaggcct ataaagccag atgagata 28
>210< 680 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة >400< 680 ‎tgattgcttc tgacagcagc ttctgtge 28 10‏ >210< 681 >211< 28 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
681 <400> agtttgttct ggagtgtctt gatcaatg 28 682 <210> 28 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 682 <400> agtcatcact gatggataaa ccaccttt 28 15 683 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 683 <400> ggaacatttc attcaaattc aaccagtt 28 684 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 684 <400> tcttcttcaa gaccgaggag gtctccca 28 685 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< متوالية مباعدة 685 <400> atctctgtta aataggtcta agaaaaat 28 686 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 686 <400> 5 tgagcttatg atgcagtttc cttacaag 28 687 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 5 687 >400< ttaggacaca gttcctcaat gagtcttt 28
>210< 688 <211> 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 0 >400< 688 ‎atccagccaa tctttcacat cagtgttg 28‏ >210< 689 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< متوالية مباعدة
689 <400> aagggaaatt ggcatacttt aggaggtc 28
690 <210>
28 <211>
‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< متوالية مباعدة 5 <400> 690
‎ttaactaggg agactgggac gccatttg 28
‎691 <210>
28 >211<
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 691 <400> 2101311011 tcacaaagtt gatgtggc 28 692 <210> 28 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< متوالية مباعدة
692 >400< gcgctgcaga tacaaacttt gtgagaag 28 693 <210> 5 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 693 <400> tagaatctag atttaaattc tgcagcga 28 694 <210> 28 <211>
DNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 694 >400< gctgataaat ttgtttaaca agccgctc 28 695 <210> 0 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< متوالية مباعدة 695 <400> ggacaaggac ttcctccgga tcacttac 28
696 <210> 28 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 696 <400> tcaaataaag tgatctgatc atcacttg 28 697 <210> 15 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 697 >400< gccaaagata acaccaatgc agtagttg 28 5 698 <210> 28 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 698 <400> catagaagtc agaagcatta tgcaagat 28
>210< 699 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة >400< 699 ‎ctggatatat gggatggcac tatcccca 28 10‏ >210< 700 >211< 28 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
700 <400> tctctcagta acagttgttt ctgaaccc 28 701 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 701 <400> tgacatatga tttcatcatt gcattcac 28 15 702 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 702 <400> agcttatgca tgtgccaagt taacaaag 28 703 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 703 <400> acgcacatac tggtcatcac ctagtttg 28 704 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< متوالية مباعدة 704 <400> acaaaaatgg gcacatcatt ggtcccca 28 705 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 705 <400> 5 tttaagaacc cttcccgcac attgatag 28 706 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 5 706 <400> aaattcctta tcattgttta aacaggag 28
<210> 707 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 0 >400< 707 ‎actcaaaata atcttctatt aaccttgt 28‏ >210< 708 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< متوالية مباعدة
708 <400> ccaatataga gttctctatt tcccccaa 28
709 <210>
28 <211>
‎DNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< متوالية مباعدة 5 >400< 709
‎aaatttcagc cttccagagt caggacct 28
‎710 <210>
28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 710 <400> attcttctga gtagaagcac agattttt 28 711 <210> 28 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< متوالية مباعدة
711 <400> gtcaacgaca gagctttact aagggact 28 712 <210> 5 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 712 >400< gattctcacg tcttcttcca ‏معامتاو‎ 28 713 <210> 28 <211>
DNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 713 <400> cttgcctttg catatgcctg tatttcce 28 714 <210> 10 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< متوالية مباعدة 714 <400> tgcaacagaa tcatcttcat gcaagaaa 28
715 <210> 28 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 715 <400> ctttctacaa aggttttttg ccatctca 28 716 <210> 15 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 716 <400> tgactgaggt gaaatacaaa ggtgacag 28 5 717 <210> 28 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 717 <400> tcacagataa atttcatgtc atcattgg 28
>210< 718 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة >400< 718 ‎ttctactaaa tggaaagata tttctgac 28 10‏ >210< 719 >211< 28 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
719 <400> 0310:126١ tgttagaata agctgtaa 28 720 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 720 <400> gtaagttttt ctccatctcc tttgtcat 28 15 721 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 721 <400> ccgtgctatt gtggtgttga ccttttct 28 722 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 722 >400< tctcttcttc tccatcaaaa catatttc 28 723 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< متوالية مباعدة 723 <400> cctgtctctt ctececttgga 38 28 724 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 724 <400> 5 aactttatat tcatagtctg agtggctc 28 725 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 5 725 <400> cgaaactctc cgtaatttga ctcacagce 28
>210< 726 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 0 >400< 726 ‎tcatattcca gaagtcgttc tccattta 28‏ >210< 727 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< متوالية مباعدة
727 <400> tttgttacta gcaagatcta atgctgtc 28
728 <210>
28 <211>
‎DNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< متوالية مباعدة 5 >400< 728
‎gatctaggct gtttagcttc ttctctce 28
‎729 <210>
28 >211<
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 729 >400< ttaaatgaag acaccattag gctaaagg 28 730 <210> 28 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< متوالية مباعدة
730 <400> tgtatgctga cagtcaattt ctttacta 28 731 <210> 5 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 73[ <400> agaacacaca ttcttcctca ggagtgat 28 732 <210> 28 <211>
DNA <212>
<213> متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
>400< 732 ‎aaaccaaatt gacttttggg ctcaaaga 28‏ 0 >210< 733 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< متوالية مباعدة <400> 733 ‎atctgttagc ctgtcagggg tctecttt 28‏
734 <210> 28 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 734 >400< acacattcaa cataaattta aattttgc 28 735 <210> 15 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 735 <400> 0130033338 tagtttttat taggaatc 28 5 736 <210> 28 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 736 <400> ctcagcaggt gtgatcagat cctcccte 28
>210< 737 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة <400> 737 ‎atgagaaatc tgacactatt gccatcac 28 10‏ >210< 738 >211< 28 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
738 <400> tgcttttgat ttctetttgt tgggttgg 28 739 <210> 28 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 739 >400< cctcagtgca acctcaatgt cggtgaga 28 15 740 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 740 <400> 2101381003 tgaaatcatg atgtctat 28 741 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 741 <400> gaaaaaattg gtaaaaagaa ccttttag 28 742 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< متوالية مباعدة 742 >400< atgaccatcc gggccttgta tggagtag 28 743 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 743 <400> 5 tctggtataa taggtggtat tcttcaga 28 744 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 5 744 >400< aacacttctt tgcattctac cacttgat 28
<210> 745 <211> 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 0 >400< 745 ‎ttgccttagt ctagcaactg agctagtt 28‏ >210< 746 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< متوالية مباعدة
746 <400> gacaaacaga tgataatctt ctcaggct 28
747 <210>
28 <211>
‎DNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< متوالية مباعدة 5 >400< 747
‎gtgctgggtt ggaaattgta atcttcaa 28
‎748 <210>
28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 748 <400> gtgagctcca attttcataa agttctca 28 749 <210> 28 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< متوالية مباعدة
749 <400> attcttgctc aaggtgttca gacagtcc 28 750 <210> 5 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 750 >400< accactaaca ggcatttttg aatttttg 28 751 <210> 28 <211>
DNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 751 <400> cctaaacaat tcctcaaaag acaccttt 28 752 <210> 0 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< متوالية مباعدة 752 <400> tattcctcaa aagtctaatg aactcctc 28
753 <210> 28 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 753 <400> agcctatcat tcacactact atagcaac 28 754 <210> 15 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 754 <400> ttttaaccct ttgaatttcg actgtttt 28 5 755 <210> 28 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 755 <400> catccagatt taacaactgt ctccttct 28
>210< 756 <211> 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة >400< 756 ‎ttgactttgt ttaacataga gaggagcc 28 10‏ >210< 757 >211< 28 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
757 <400> acttcccctt tegtgeccat gggtetet 28 758 <210> 28 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 758 <400> gacaggattc cactgcctcc ctgcttaa 28 15 759 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 759 <400> gcaaggtttt catagagctc agagaatt 28 760 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 760 <400> tactttctga aagtttctct ttaatttc 28 761 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< متوالية مباعدة 761 <400> acctgctgaa aagagagttt attccaaa 28 762 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 762 <400> 5 ttggggttga tgccttcgtg gecacatce 28 763 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 5 763 >400< tgacctcgca tctttcagaa ttttcata 28
>210< 764 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة >400< 764 ‎cgatagtagt cttcagggac tcacagag 28‏ >210< 765 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< متوالية مباعدة
765 <400> aagactttct cattttggtt agaatact 28
766 <210>
28 <211>
‎DNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< متوالية مباعدة 5 <400> 766
‎tctaaatttg 3801110002 301-1996 28
‎767 <210>
28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 767 <400> aacgaccatc tactattgga actaatgt 28 768 <210> 28 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< متوالية مباعدة
766 <400> 60193106 310262683311 gttagtgt 28 769 <210> 5 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 769 <400> actggctgga gtgctcctaa caaaacac 28 770 <210> 28 <211>
DNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 770 <400> ctatcagctt gtaaccatca ggaatgat 28 771 <210> 10 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< متوالية مباعدة 77[ <400> attccagact ccaccaaaat tgtttcca 28
772 <210> 28 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 772 <400> tgtgcagcca ctcttgtctg cactgtct 28 773 <210> 15 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 773 <400> acttgagtcc ctcaatcaga accattct 28 5 774 <210> 28 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 774 <400> ttgagtttct gccttgacaa cctctcat 28
>210< 775 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة >400< 775 ‎taactctctc aattctgaga tgatttca 28 10‏ >210< 776 >211< 28 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
776 <400> ttcagcgtct tttccagacg gtttttac 28 777 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 777 >400< caactacaaa ttcctttgtt ggttaatc 28 15 778 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 778 <400> accttttatg tgcctgtgtg ttggtatt 28 779 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 779 >400< tgactagata tgcagatgtg gaaaacat 28 780 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< متوالية مباعدة 780 <400> ggggtactcc cctgcctctt tatgtaat 28 781 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 781 <400> 5 catgttatcg gcttcctgtt cgatttga 28 782 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 5 782 <400> agtaagaacc attggtgaca agccagca 28
>210< 783 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة >400< 783 ‎gtctttgcat gttctaggta ccaaaact 28‏ >210< 784 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< متوالية مباعدة
784 <400> ccccatcaga tctctcaagt ggttecte 28
785 <210>
28 <211>
‎DNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< متوالية مباعدة 5 >400< 785
‎aagaattcac tgttgttttg aataagtg 28
‎786 <210>
28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 786 <400> ttgaacttac tcaaagcagc cttgttgt 28 787 <210> 28 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< متوالية مباعدة
787 <400> acagaattct tcatcatgat ttacattg 28 788 <210> 5 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 788 <400> cgaaacactt aagctctgca gcaagaat 28 789 <210> 28 <211>
DNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 789 <400> ccacctggat tctccacccce tgaagagt 28 790 <210> 10 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< متوالية مباعدة 790 <400> gcccgctagt ctecctagtga agaactta 28
791 <210> 28 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 791 <400> tcctggacat cccaaaagga cctgcata 28 792 <210> 15 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 792 >400< ctattttgta taatcaggta ttggtaac 28 5 793 <210> 28 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 793 <400> cttgccatct gagcctgtcc agecccag 28
>210< 794 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة >400< 794 ‎cgaaggcagt tctaaacata tctaggac 28 10‏ >210< 795 >211< 28 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
795 <400> tggctctgag cactitgtgce atttgaga 28 796 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 796 <400> tatgccattg ttgaagtcgc aggatact 28 15 797 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 797 >400< tgatactgag gtgtaggctc gaaactat 28 798 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 798 <400> gtctttttat tgaaggcaga ggtcagat 28 799 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< متوالية مباعدة 799 <400> ggaatcattg gtgaaggtca attctagt 28 800 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 800 <400> 5 aatggtggga gttgttggct gaacatgce 28 801 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 5 801 <400> tgtgacatat caaactccac tgacttaa 28
<10> 802 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 0 >400< 802 ‎ttaagaccgt 381008 28‏ 010991002 >210< 803 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< متوالية مباعدة
803 <400> ggaaactgat caatgcgaat atcccaca 28
804 <210>
28 <211>
‎DNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< متوالية مباعدة 5 >400< 804
‎ttgatacccg tgatcacgat aagcacaa 28
‎805 <210>
28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 805 >400< atcgatgatg tgaggcagag cctcaaac 28 806 <210> 28 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< متوالية مباعدة
806 <400> ttctgtagga tagggcctga cacccagt 28 807 <210> 5 25 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 807 <400> caaaaagcct aggatccccg gtgceg 25 808 <210> 28 <211>
DNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 808 <400> cttagagtgt cacaacattt gggcctct 28 809 <210> 10 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< متوالية مباعدة 809 <400> atgttgtgaa cagttttcag atctggga 28
810 <210> 28 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 810 <400> aaaaatgatg cagtccatga gtgcacag 28 811 <210> 15 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 811 <400> ttttgtccct tactattcca gtatgcat 28 5 812 <210> 28 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 812 <400> tcccacactt tgtcttcata ctcecteg 28
>210< 813 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة <400> 813 ‎atcgataagc ttaatgtcct tcctattc 28 10‏ >210< 814 >211< 28 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
814 <400> tgtcatcgga gccttgacag cttagaac 28 815 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 815 >400< ataactgacg aggtcaaccc gggttgcg 28 15 816 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 816 <400> catgccgtgt gagtacttgg aatcttge 28 817 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 817 <400> gttccctgta aaagtgtatg aactgecc 28 818 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< متوالية مباعدة 818 <400> atttccactg gatcattaaa tctaccct 28 819 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 819 <400> 5 gttggggtca 31100106008 tgaggtcet 28 820 <210~> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 5 820 <400> agcttaagcc cacctgaggt ggacctge 28
>210< 821 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة >400< 821 ‎gagttgactg caggtttctc gcttgtga 28‏ >210< 822 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< متوالية مباعدة
822 <400> tgctctccee acaatcgatg ttctacaa 28
823 <210>
28 <211>
‎DNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< متوالية مباعدة >400< 823
‎ctgaaaggca aactttatag aggatgtt 28
‎824 <210>
28 >211<
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 824 <400> acttggtctg aaacaaacat gttgagtt 28 825 <210> 28 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< متوالية مباعدة
825 >400< cttcaagagg tcctcgetgt tgcttgge 28 826 <210> 5 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 826 <400> tgttaccccc atccaacagg gctgcccce 28 827 <210> 28 <211>
DNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 827 <400> ctaaagttat agccagaaat gttgatgc 28 828 <210> 10 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< متوالية مباعدة 828 <400> ccccagaact gggtgcttgt ctttcage 28
829 <210> 28 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 529 <400> gatacttgac tgtgtaaagc aagccaag 28 830 <210> 15 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 830 <400> tcattgagcg gagtctgtga ctgtttgg 28 5 831 <210> 28 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 831 <400> tggcattgtg ccaaattgat tgticaaa 28
>210< 832 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة >400< 832 ‎aaactcttac cacaccactt gcaccctg 28 10‏ >210< 833 >211< 28 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
833 <400> atctgtagga tctgagatct ttggtcta 28 834 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 834 <400> catatatacc cctgaagcct ggggectt 28 15 835 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 835 >400< tcagcttctc aaggtcagcc gcaagaga 28 836 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 836 <400> ctcceccactt tcaaaacatt cttctttg 28 837 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< متوالية مباعدة 837 <400> agaatgtaca gtctggttga gacttctg 28 838 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 838 <400> 5 ctctcttttc cttcctcatg atcctetg 28 839 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 5 839 <400> tccaacccat tcagaaggtt ggttgcat 28
>210< 840 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة >400< 840 ‎atctgatgtg aagctctgca attctctt 28‏ >210< 841 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
‏متوالية مباعدة‎ <223> 841 <400> agctcttaac ttccttagac aaggacat 28 842 <210> 28 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 0 <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 842 <400> 15 agacaaatgc gcaatcaaat gcctagga 28 843 <210>
28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 843 <400> cgcaccgagg atcctaggct ttttgatg 28 844 <210> 28 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< متوالية مباعدة
844 <400> ttgagggact caagttgctg tcacgctg 28 845 <210> 5 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 845 >400< gttacaagct gatagacaat tctctcat 28 846 <210> 28 <211>
DNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 846 <400> tagtagatgg tcgttgtgat tatgataa 28 847 <210> 10 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< متوالية مباعدة 847 <400> cgcaccgagg atcctaggct ttttgatg 28
848 <210> 28 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 848 <400> ttgagggact caagttgctg tcacgctg 28 849 <210> 15 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 849 <400> gttacaagct gatagacaat tctctcat 28 5 850 <210> 28 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 850 >400< tagtagatgg tcgttgtgat tatgataa 28
>210< 851 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة >400< 851 ‎tgaagactac tatcgacaag cgctccgg 28 10‏ >210< 852 >211< 28 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
852 >400< ctcttttcag caggtttaga agagattt 28 853 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 853 >400< cagtggaatc ctgtcctitg atgagatt 28 15 854 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 854 >400< tgttaaatct ggatgttttg tgtctttc 28 855 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 855 >400< gacttttgag gaatagaaaa aagtcaaa 28 856 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< متوالية مباعدة 856 >400< accttgagca agaatgccac ataccatt 28 857 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 857 <400> 5 tatcatctgt ttgtctggcc ttaacaaa 28 858 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 5 858 >400< acctattata ccagaagact ggagaatc 28
>210< 859 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة >400< 859 ‎tttcatggat tagatcatgt cctgattt 28‏ >210< 860 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< متوالية مباعدة
860 <400> tgtcagattt ctcatctaca tcattaat 28
861 <210>
28 <211>
‎DNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< متوالية مباعدة >400< 861
‎ttatgttgaa tgtgtcatac ctgtgtca 28
‎862 <210>
28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 862 <400> aagaatgtgt gttctatgag caaatgaa 28 863 <210> 28 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< متوالية مباعدة
863 <400> taaacagcct agatcccatg actaactc 28 864 <210> 5 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 864 <400> ttacggagag tttcgtaaga aaacaaaa 28 865 <210> 28 <211>
DNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 865 >400< atggagaaga agagacaagc ttcttcaa 28 866 <210> 10 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< متوالية مباعدة 866 <400> taacagggaa gatggctcac ttaagaaa 28
867 <210> 28 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 867 <400> atttcacctc agtcattaaa gatcagtg 28 868 <210> 15 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 868 <400> atatgcaaag gcaaggcttg aatttcaa 28 5 869 <210> 28 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 869 <400> tctactcaga agaatcacca acatcata 28
>210< 870 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة <400> 870 ‎aagattattt tgagtctttt tcaagttt 28 10‏ >210< 871 >211< 28 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
871 <400> tgtgcccatt tttgttctta atgtttct 28 872 <210> 28 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 872 <400> tgaaatcata tgtcaagtcg aagctaaa 28 15 873 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 873 <400> cttctgactt ctatggtttg cttagcga 28 874 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 874 <400> aggaagtcct tgtcctgttg gaattcca 28 875 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< متوالية مباعدة 875 >400< ttgtatctgc agcgctacac aatgtcaa 28 876 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 876 <400> 5 atgccaattt ccctttggat ccatttct 28 877 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 5 877 <400> tgcatcataa gctcaaaaat ggtgaatt 28
>210< 878 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة >400< 878 ‎tgaatgaaat gttcccatta aggatggt 28‏ >210< 879 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< متوالية مباعدة
879 <400> tgtcagaagc aatcaacaag tcagcttt 28
880 <210>
28 <211>
‎DNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< متوالية مباعدة >400< 880
‎atcatgtgac aagagtttgc aatcggga 28
‎881 <210>
28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 881 <400> tgggtgtttg ggtcctagca gaaccgac 28 882 <210> 28 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< متوالية مباعدة
882 <400> aatctgtgag gcggttatat cccaagat 28 883 <210> 5 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 883 <400> tcatttctca tgttgttaag tggaaaag 28 884 <210> 28 <211>
DNA <212>
<213> متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
>400< 884 ‎tgtattttga atcatttgtt cgagaatt 28‏ >210< 885 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< متوالية مباعدة <400> 885 ‎aaaatgtgga gaggcctatg tttaggaa 28‏
886 <210> 28 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 886 <400> gggactacat gctcaactac acaaaagg 28 887 <210> 15 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 887 <400> ttttatcatg ctctcacctc tttaaggg 28 5 888 <210> 28 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 888 <400> ccttgatact tggtgattct cttgagct 28
>210< 889 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة >400< 589 ‎accttgtcca aaatatcatt gtgaagct 28 10‏ >210< 890 >211< 28 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
890 <400> taagtgtaat cctccaggaa ctatgtat 28
>210< 891 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة >400< 891 ttagactcaa ggggaggtcc tgcgacga 28 15 892 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 892 >400< gtgggtgtgt gtgtgtgtgt gtgtgegt 28 893 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 893 <400> tgttgatatc ttcaatctgg ttggtaat 28 894 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< متوالية مباعدة 894 <400> taaagggcca agataggtgg tatctggt 28 895 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 895 <400> 5 caactaaacg cctaggatcc ccggtgeg 28 896 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 5 896 <400> cgcaccgggg atcctaggct ttttggat 28
>210< 897 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة >400< 897 ‎tgcttatcgt gatcacgggt atcaaggce 28‏ >210< 898 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< متوالية مباعدة
898 <400> agtcagtgga gtttgatatg tcacatct 28
899 <210>
28 <211>
‎DNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< متوالية مباعدة >400< 899
‎tgacctctge cttcaataaa aagacctt 28
‎900 <210>
28 >211<
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 900 >400< caaatgcaca aagtgctcag agccagtg 28 901 <210> 28 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‏>223< متوالية مباعدة
901 <400> accaatacct gattatacaa aatagaac 28 902 <210> 5 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 902 <400> cttcaggggt ggagaatcca ggtggtta 28 903 <210> 28 <211>
DNA <212>
<213> متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 903 >400< acaaggctgc tttgagtaag ttcaaaga 28 904 <210> 10 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< >223< متوالية مباعدة 904 >400< tttggtacct agaacatgca aagaccgg 28
905 <210> 28 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 905 <400> acataaagag gcaggggagt 300000 28 906 <210> 15 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 906 >400< taaccaacaa aggaatttgt agttgtgg 28 5 907 <210> 28 <211>
DNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 907 >400< cgcacagtgg atcctaggca tttgattg 28
>210< 908 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< متوالية مباعدة >400< 908 ‎tgtcattaag gatgcaacca accttctg 28 10‏ >210< 909 >211< 28 ‎DNA <212> 15‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة
909 <400> aaagtcaaca tcaaagaaga atgttttg 28 910 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 910 <400> aacacagcaa ctagaccaaa gatctcag 28 15 911 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 911 <400> ggcttgtatg gccaaacagt cacagact 28 912 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< متوالية مباعدة 912 <400> acagcagtcc agcatcaaca tttctggce 28 913 <210> 28 <211> 5
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< 0 >223< متوالية مباعدة 913 >400< ggccaagaga aaactcaaca tgtttgtt 28 914 <210> 28 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 914 >400< 5 aacaattgat ctcacaagcg agaaacct 28 915 <210> 28 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏متوالية مباعدة‎ <223> 5 915 <400> gattgacatt gagggtagat ttaatgat 28
>210< 916 <211> 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< متوالية مباعدة 0 >400< 916 ‎cctcttcaat 00203822200 ggttgacc 28‏ >210< 917 >211< 28 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< متوالية مباعدة
917 >400< cagggaagct tcgagggagt atgaagac 28
918 <210>
28 <211>
‎DNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‏>223< متوالية مباعدة 5 >400< 918
‎caaagcaagg ctcccagatc tgaaaact 28
‎919 <210>
25 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 5
TT ‏معزز‎ <223> 919 <400> gaaattaata cgactcacta taggg 25 920 <210> 400 <211>
DNA <212>
Zikv Brazil <213> 5 920 <400> ctcatcaata gatggggttc agtggggaaa aaagaggcta tggaaataat aaagaagttc 60 aagaaagatc tggctgccat gctgagaata atcaatgcta ggaaggagaa gaagagacgg 120 ggcgcagata ctagtgtcgg aattgttggc ctcectgetga ccacagctat ggcagcggag 5
180 gtcactagac gtgggagtgc atactatatg tacttggaca gaaacgatgc tggggaggcc 240 atatcttttc caaccacatt ggggatgaat aagtgttata tacagatcat ggatcttgga 300 cacatgtgtg atgccaccat gagctatgaa tgccctatgc tggatgaggg ggtggaacca 360 gatgacgtcg attgttggtg caacacgacg tcaacttggg 400 921 <210>
400 <211> 20
DNA <212>
Zikv Brazil <213> 921 <400> ctcatcaata gatggggttc agtggggaaa aaagaggcta tggaaataat aaagaagtic 5 60 aagaaagatc tggctgccat gctgagaata atcaatgcta ggaaggagaa gaagagacgg 120 ggcgcagata ctagtgtcgg aattgttggc ctecctgctga ccacagctat ggcagcggag 180 gtcactagac gtgggagtgc atactatatg tacttggaca gaagcgatgc tggggaggcc 240 15 atatcttttc caaccacatt ggggatgaat aagtgttata tacagatcat ggatcttgga 300 cacatgtgtg atgccaccat gagctatgaa tgccctatgc tggatgaggg ggtggaacca 360 20 gatgacgtcg attgttggtg caacacgacg tcaacttggg 400 922 <210> 5 425 <211>
DNA <212> 17 Zikv Brazil jj. <213> 922 <400> 10 gaaattaata cgactcacta tagggctcat caatagatgg ggttcagtgg ggaaaaaaga 60 ggctatggaa ataataaaga agttcaagaa agatctggct gccatgctga gaataatcaa 120 5 tgctaggaag gagaagaaga gacggggcgc agatactagt gtcggaattg ttggcctcct 180 gctgaccaca gctatggcag cggaggtcac tagacgtggg agtgcatact atatgtactt 240 ggacagaaac gatgctgggg aggccatatc ttttccaacc acattgggga tgaataagtg 300 5 ttatatacag atcatggatc ttggacacat gtgtgatgcc accatgagct atgaatgccc 360 tatgctggat gagggggtgg aaccagatga cgtcgattgt tggtgcaaca cgacgtcaac 420 10 ttggg 425 923 <210> 15 425 <211>
DNA <212> 17 Zikv Brazil jj. <213> 923 <400> 20 gaaattaata cgactcacta tagggctcat caatagatgg ggttcagtgg ggaaaaaaga 60 ggctatggaa ataataaaga agttcaagaa agatctggct gccatgctga gaataatcaa 120 5 tgctaggaag gagaagaaga gacggggcgc agatactagt gtcggaattg ttggcctcct 180 gctgaccaca gctatggcag cggaggtcac tagacgtggg agtgcatact atatgtactt 10 240 ggacagaagc gatgctgggg aggccatatc ttttccaacc acattgggga tgaataagtg 300 ttatatacag atcatggatc ttggacacat gtgtgatgcc accatgagct atgaatgccc 360 tatgctggat gagggggtgg aaccagatga cgtcgattgt tggtgcaaca cgacgtcaac 420 ttggg 425
924 <210> 25 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220>
RPA ‏بادئات‎ <223> 924 <400> gaaattaata cgactcacta taggg 25 925 <210> 15 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220>
RPA ‏بادئات‎ <223> 925 <400> gaaattaata cgactcacta tagggcgtgg cgcactacat gtact 45 5 926 <210> <211> ‎DNA <212> 10‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< بادئات ‎RPA‏ ‎15 ‎926 <400> tgtcaatgtc agtcaccact attccatcca 30
>210< 927 >211< 59 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220>
RPA ‏بادئات‎ <223> 927 <400> gaaattaata cgactcacta tagggaacag catattgacg ctgggagaga ccagagatc 10 59 928 <210> >211< 36 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
RPA «ab <223> 928 <400> attcaacagc accattccat tttctggcgt ‏ووأ‎ 36 929 <210> <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 0 <220>
RPA ‏بادئات‎ <223> 929 <400> 15 gaaattaata cgactcacta tagggcacaa aaacagcata ttgacgctgg gaaag 55
930 <210> 29 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
RPA ‏بادئات‎ <223> 930 <400> catcttgcgg cgctctgtge ctggattga 29 10 931 <210> <211>
DNA <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
RPA ‏بادئات‎ <223>
931 <400> gaaattaata cgactcacta taggggtaca acatgatggg gaaragagar aaraa 55 932 <210> 30 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< >223< بادئات ‎RPA‏ >220< >221< خصائص متنوعة >222< )15)..(15( ‎slen <223>‏ عن ‎«gc@‏ أو ‎t‏
932 >400< cgkgtgtcce ageengcekgt gtcatcwgcea 30 >210< 933 >211< 53 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية <220>
RPA ‏بادئات‎ <223> 933 <400> gaaattaata cgactcacta tagggttgag caaaccgtgc tgcctgtagce tcc 53 15 934 <210> 27 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220>
RPA ‏بادئات‎ <223> 5 934 <400> gggaggggtc tcctctaacc rctagte 27 935 <210> 55 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220>
RPA ‏بادئات‎ <223> 935 <400> gaaattaata cgactcacta tagggactgt cttagacttg catcctggag ctggg 55 936 <210> 30 <211> 5
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
RPA ‏بادئات‎ <223> 0 936 <400> cttcctecat ttcagcageg acaaccctgg 30 937 <210> <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220>
RPA ‏بادئات‎ <223> 937 <400> 5 gaaattaata cgactcacta tagggtagag tcgaaaattg gatattcagg aaccc 55 938 <210> 10 >211< 33 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< بادئات ‎RPA‏ ‏>220< ‏>221< خصائص متنوعة
(33)..(33) <222> t ‏عبارة عن 8؛ ©» 0؛ أو‎ n <223> 938 <400> aacccaagtc ccacctgaca taccttccac 07 33 5
939 <210> <211>
‎DNA <212> 10‏ >213< متوالية اصطناعية >220< >223< بادئات ‎RPA‏
‎15 ‎939 <400> gaaattaata cgactcacta tagggtggaa gagaatggag ttcaactgac ggtcg 55
940 <210> <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220>
RPA ‏بادئات‎ <223> 940 <400> 10 gaagtgcgat ttcccccaag ccttccagee 30 941 <210> <211> 15
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220>
RPA «ab <223>
941 <400> gaaattaata cgactcacta tagggtacta gtgtcggaat tgttg 45
942 <210>
28 <211>
‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‎RPA ‏بادئات‎ <223> 942 <400> 15
‎taacacttat tcatccccaa tgtggttg 28
‎943 <210>
55 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220<
RPA «ab <223> 943 <400> gaaattaata cgactcacta tagggttggg cctgaaaatc catacaatac tccag 55 944 <210> 29 <211> ‎DNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‎RPA ‏بادئات‎ <223>
944 >400< aaaatatgca tcacccacat ccagtactg 29 945 <210> 5 56 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220<
RPA ‏بادئات‎ <223> 945 <400> gaaattaata cgactcacta tagggaggat caccagcaat attccaaagt agcatg 56 15 946 <210> <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220>
RPA ‏بادئات‎ <223> 5 946 <400> ttgttctatg ctgccctatt tctaagtcag 30 947 <210> 36 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 947 <400> gauuuagacu accccaaaaa cgaaggggac uaaaac 36 948 <210> 25 <211> 5
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 0 948 <400> gaaattaata cgactcacta taggg 25 949 <210> 28 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213>
<220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 949 <400> 5 ugcugccugce agcccuggga ucaaguac 28 950 <210> 28 <211> 10
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 5 950 <400> uggaaugaug cuguagagac agcaggau 28
951 <210> 28 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 951 <400> 0 gaggagacag caggaucucu ggucuuuc 28 952 <210> 28 <211> 15
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> crRNA ‏مباعد‎ <223>
952 <400> uggauugaug uugcagagac agcaggau 28
953 <210>
28 <211>
‎RNA <212>‏ 0 >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‎crRNA ‏مباعد‎ <223> 953 <400> 15
‎uccuccuggu augcgacuca ucucuucu 28
‎954 <210>
28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< crRNA xl <223> 954 <400> ucccccugga aucuuugaua ugucucug 28 955 <210> 28 <211> ‎RNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‎crRNA ‏مباعد‎ <223>
955 <400> gcccccaggce cgggugccaa cuucacgce 28 956 <210> 5 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 0 >220< crRNA xl <223> 956 <400> auucucucug gaugcccagu ggucuuca 28 957 <210> 28 <211>
RNA <212>
>213< متوالية اصطناعية <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 957 <400> auggguugca gccucccggg uuuuuaca 28 958 <210> 10 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< crRNA xls <223> 958 <400> ggccucccag auuuuuuaca ccuucuca 28
959 >0< 28 <211>
RNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 959 <400> cacgguuugc agccucccag gcuuuacg 28 960 <210> 15 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 960 <400> uggcgcaugg ccucccuggg aauuuuac 28 5 961 <210> 28 <211>
RNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 961 <400> auggguucac ggacuauuuc aggaagaa 28
962 <210> 28 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 962 <400> auagguucac ggacuauuuc aggaagaa 28 10 963 <210> 28 <211>
RNA <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> crRNA ‏مباعد‎ <223>
963 <400> augaguuuuu ggcucguuga gcuuccca 28 964 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 964 <400> auaaguuuuu ggcucguuga gcuuccca 28 15 965 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 5 965 <400> gaccacucca caugggguuu uuuacaga 28 966 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 966 <400> gagcacucca caugggguuu uuuacaga 28 967 <210> 28 <211> 5
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 0 967 <400> cguuacuguc caaguacauy uaguaugc 28 968 <210> 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 968 <400> 5 cgcuacuguc caaguacauy uaguaugc 28 969 <210> 28 <211> 10
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 5 969 <400> gcaucguuuc uguccaagua cauyuagu 28
970 <210> 28 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 970 <400> 0 gcaucgcuuc uguccaagua cauyuagu 28 971 <210> 28 <211> 15
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> crRNA xl <223>
971 <400> uuuuguuuau ggcaaauacu ggaguauu 28
972 <210>
28 <211>
‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
‎<220>
‎crRNA ‏مباعد‎ <223> 972 <400> 15
‎uucuguuuau ggcaaauacu ggaguauu 28
‎973 <210>
28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< crRNA xl <223> 973 <400> uuuuacuuuu uuaacccugc gggaugug 28 974 <210> 28 <211> ‎RNA <212>‏ 5 >213< متوالية اصطناعية ‎<220> ‎crRNA ‏مباعد‎ <223>
974 <400> uuguacuuuu uuaacccugc gggaugug 28 975 <210> 5 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 0 >220< crRNA xl <223> 975 <400> guuacugauu uuuucuuuuu uaacccug 28 976 <210> 28 <211>
RNA <212>
>213< متوالية اصطناعية <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 976 <400> gucauugauu uuuucuuuuu uaacccug 28 977 <210> 10 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية 5 >220< crRNA xls <223> 977 <400> gauacauaac uaugucugga uuuuguuu 28
978 <210> 28 >211<
RNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 978 <400> gacacauaac uaugucugga uuuuguuu 28 979 <210> 15 28 <211>
RNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 979 <400> caugaauuga uagauaacua ugucugga 28 5 980 <210> 28 <211>
RNA <212> 10 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 980 <400> cacgaauuga uagauaacua ugucugga 28
981 <210> 28 <211>
RNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> crRNA ‏مباعد‎ <223> 981 <400> auccaacaua caaaucaucc auguauug 28 10 982 <210> 28 <211>
RNA <212> 15 ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> crRNA ‏مباعد‎ <223>
982 >400< augcaacaua caaaucaucc auguauug 28 983 <210> 25 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية <220> >223< تخليقي 983 <400> gaaattaata cgactcacta taggg 25 15 984 <210> 469 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 5 984 <400> gaaattaata cgactcacta taggggtgga agactgcagt ggaagctgtg aacgatccaa 60 ggttctgggce tctagtggac aaggaaagag agcaccacct gagaggagag tgccagagtt 120 gtgtgtacaa catgatggga aaaagagaaa agaaacaagg ggaatttgga aaggccaagg 180 15 gcagccgcgce catctggtat atgtggctag gggctagatt tctagagttc gaagcccttg 240 gattcttgaa cgaggatcac tggatgggga gagagaactc aggaggtggt gttgaagggc 300 tgggattaca aagactcgga tatgtcctag aagagatgag tcgcatacca ggaggaagga 360 5 tgtatgcaga tgacactgct ggctgggaca cccgcatcag caggtttgat ctggagaatg 420 aagctctaat caccaaccaa atggagaaag ggcacagggc cttggcatt 10 469 985 <210> 469 <211> 15
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 20
985 >400< gaaattaata cgactcacta tagggatgga actcagcaaa agaggcagtg gaagatgaac 60 ggttctggga ccttgtgcac agagagaggg agcttcataa acaaggaaaa tgtgccacgt 120 gtgtctacaa catgatggga aagagagaga aaaaattagg agagttcgga aaggcaaaag 180 10 gaagtcgcgc aatatggtac atgtggttgg gagcgcgctt tttagagttt gaagcccttg 240 gtttcatgaa tgaagatcac tggttcagca gagagaattc actcagtgga gtggaaggag 300 15 aaggactcca caaacttgga tacatactca gagacatatc aaagattcca gggggaaata 360 tgtatgcaga tgacacagcc ggatgggaca caagaataac agaggatgat cttcagaatg 20 420 aggccaaaat cactgacatc atggaacctg aacatgccct attggccac 469 986 <210> 5 490 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 10 alas <223> 986 <400> gaaattaata cgactcacta tagggatgga ggagcgccag agaagcagtt gaagatccaa 60 15 aattttggga gatggtggat gaggagcgcg aggcacatct gcggggggaa tgtcacactt 120 gcatttacaa catgatggga aagagagaga aaaaacccgg agagttcgga aaggccaagg 180 gaagcagagc catttggttc atgtggctcg gagctcgctt tctggagttc gaggctcetgg 240 gttttctcaa tgaagaccac tggcttggaa gaaagaactc aggaggaggt gtcgagggct 300 tgggcctcca aaaactgggt tacatcctge gtgaagttgg cacccggect gggggcaaga 360 10 tctatgctga tgacacagct ggctgggaca cccgcatcac gagagctgac ttggaaaatg 420 aagctaaggt gcttgagctg cttgatgggg aacatcggceg tecttgccagg gecatcattg 5 480 agctcaccta 490
987 <210> 469 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 987 <400> gaaattaata cgactcacta tagggatgga agacagccaa tgaagcagtc caagacccca 10 60 agttttggga gatggttgac gctgagcgca agctccatca acaggggcegg tgccagtctt 120 gtgtctataa catgatggga aagagagaga aaaaattatc tgaatttggt aaagcaaaag 180 gaagccgtgc catctggtac atgtggctgg gggcegegttt cctcgagttt gaagcetcettg 240 ggttcctgaa tgaagaccac tgggcatcca gagagaattc aggaggaggt gttgaaggca 300 taggactcca atatctaggc tatgtaatca aggacctatc caccaaagaa gggggaggat 360 5 tctatgctga tgacacagca ggatgggaca cacgtatcac ggaagctgac ctagacgatg 420 agcaggagat catgagctac atgaacgctg agcagaggaa actggcttg 10 469 988 <210> 498 <211> 15
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 20
988 <400> gaaattaata cgactcacta tagggcactc tggtaagtca acacattcac aaaacaaagg 60 aaaataagaa atcaaacaag gcaagaagtc aggccggatt aagccatagt acggtaagag 120 ctatgctgcc tgtgagcccce gtctaaggac gtaaaatgaa gtcaggccgg aagccacggt 180 10 ttgagcaaac cgtgctgcct gtagctccat cgtggggatg taaaaacccg ggaggctgca 240 acccatggaa gctgtacgca tggggtagca gactagtggt tagaggagac ccctcccaaa 5 300 acacaacgca gcagcggggc ccaacaccag gggaagctgt accctggtgg taaggactag 360 aggttagagg agaccccccg cacaacaata aacagcatat tgacgctggg agagaccaga 420 gatcctgctg tctctacage atcattccag gcacagaacg ccagaaaatg gaatggtgcet 480 5 gttgaatcaa caggttct 498 989 <210> 10 498 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< alas <223> 989 <400> gaaattaata cgactcacta tagggagagg caggagtcct gtggtagaag gcaaaactaa 60 20 catgaaacaa ggctagaagt caggtcggat taagccatag tacggaaaaa actatgctac 120 ctgtgagccc cgtccaagga cgttaaaaga agtcaggcca ttacaaatgce catagcettga 5
180 gtaaactgtg cagcctgtag ctccacctga gaaggtgtaa aaaatctggg aggccacaaa 240 ccatggaagc tgtacgcatg gcgtagtgga ctagcggtta gaggagaccc ctcccttaca 300 aatcgcagca acaatggggg cccaaggtga gatgaagctg tagtctcact ggaaggacta
360 15 gaggttagag gagacccccc caaaacaaaa aacagcatat tgacgctggg aaagaccaga 420 gatcctgcetg tctectcage atcattccag gcacagaacg ccagaaaatg gaatggtget 20 480 gttgaatcaa caggttct 498 990 <210> 5 497 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 10 alas <223> 990 <400> gaaattaata cgactcacta tagggagaga ttcaggaagg aggaggagtc agagggagcc 60 15 atttggtaaa agcaggaggc aaactgtcag gccaccttaa gccacagtac ggaagaagct 120 gtgcagcctg tgagccecgt ccaaggacgt taaaagaaga agtcaggccc aaaagccacg 180 gittgagcaa accgtgctgc ctgtagctcc gtcgtgggga cgtaaagect gggaggcetge 240 5 aaaccgtgga agctgtacgc acggtgtagc agactagtgg ttagaggaga cccctcccat 300 gacacaacgc agcagcgggg cccgagcact gagggaagct gtacctcctg caaaggacta 10 360 gaggttatag gagacccccc gcaaacaaaa acagcatatt gacgctggga gagaccagag 420 atcctgctgt ctcctcagca tcattccagg cacagaacgc cagaaaatgg aatggtgctg 480 ttgaatcaac aggttct 497
991 <210> 496 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 991 <400> gaaattaata cgactcacta tagggatctg atcggaaaag aggaatatgt ggattacatg 10 60 ccagccatga aaagatacag cgctcctttc gagagtgaag gagttctgta attgttaaca 120 acaaacacca aagggaccat tgaagtcagg ccacttgtgc cacggcttga gcaaaccgtg 180 ctgcctgtag ctccgccaat aatgggaggce gtaaaattcc cagggaggcec atgcgccacg 240 20 gaagctgtac gcgtggcata ttggactagc ggttagagga 0306001666 atcactgaca 300 aaacgcagca aaaaaggggg cccgaagcca ggaggaagct gtactcctgg tggaaggact 5 360 agaggttaga ggagaccccc ccaacacaaa aacagcatat tgacgctggg aaagaccaga 420 gatcctgcetg tctctgcaac atcaatccag gcacagagceg ccgcgagatg gattggtgtt 480 gttgatccaa caggttct 498 992 <210> 425 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> alas <223> 992 <400> 5 gaaattaata cgactcacta tagggtaccc agcaggaact tcaggatctc caatcctaga 60 caagtgtggg agagtgatag gactttatgg caatggggtc gtgatcaaaa atgggagtta 120 10 tgttagtgcc atcacccaag ggaggaggga ggaagagact cctgttgagt gcttcgagcec 180 ttcgatgctg aagaagaagc agctaactgt cttagacttg catcctggag ctgggaaaac 5 240 caggagagtt cttcccgaaa tagtccgtga agccataaaa acaagactcc gtactgtgat 300 cttagctcca accagggttg tcgctgctga aatggaggaa gcccttagag ggcttccagt 360 gcgttatatg acaacagcag tcaatgtcac ccactctgga acagaaatcg tcgacttaat 420 5 gtgee 425 993 <210> 10 425 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< alas ‏تذ‎ <223> 993 <400> gaaattaata cgactcacta tagggtaccc agcaggaact tcaggatctc caatcctaga 60 20 caagtgtggg agagtgatag gactttatgg caatggggtc gtgatcaaaa atgggagtta 120 tgttagtgcc atcacccaag ggaggaggga ggaagagact cctgttgagt gecttcgagece ‏م‎ ‎180 ‎ttcgatgctg aagaagaagc agctaactgt cttagacttg catcctggag ctgggaaaac 240 caggagagtt cttcccgaaa tagtccgtga agctataaaa acaagactcc gtactgtgat 300 cttagctcca accagggttg tcgctgctga aatggaggaa gcccttagag ggcttccagt 360 15 gcgttatatg acaacagcag tcaatgtcac ccactctgga acagaaatcg tcgacttaat 420 gtgcc 425 0
994 <210> 425 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> 5 <220> alas <223> 994 <400> 10 gaaattaata cgactcacta tagggtgtgt acggaacctg ccatcacaaa aaaggtgaag 60 cacggagatc tagaagagct gtgacgctcc cctcccattc cactaggaag ctgcaaacgc 120 5 ggtcgcaaac ctggttggaa tcaagagaat acacaaagca cttgattaga gtcgaaaatt 180 ggatattcag gaaccctggc ttcgcgttag cagcagctge catcgcettgg cttttgggaa 240 20 gctcaacgag ccaaaaagtc atatacttgg tcatgatact gctgattgcc ccggcataca 300 gcatcaggtg cataggagtc agcaataggg actttgtgga aggtatgtca ggtgggactt 5
360 gggttgatat tgtcttggaa catggaggtt gtgtcaccgt aatggcacag gacaaaccga 420 ctgtc 425 995 <210>
>211< 425 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية >220<
>223< تخليقي
995 >400< gaaattaata cgactcacta tagggtgtgt acggaacctg ccatcacaaa aaaggtgaag 60 cacggagatc tagaagagct gtgacgctcc cctcccattc cactaggaag ctgcaaacgc 120 ggtcgcaaac ctggttggaa tcaagagaat acacaaagca cttgattaga gtcgaaaatt 180 10 ggatattcag gaaccctggc ttcgcgttag cagcagctge catcgcettgg cttttgggaa 240 gctcaacgag ccaaaaagtt atatacttgg tcatgatact gctgattgcc ccggcataca 300 15 gcatcaggtg cataggagtc agcaataggg actttgtgga aggtatgtca ggtgggactt 360 gggttgatat tgtcttggaa catggaggtt gtgtcaccgt aatggcacag gacaaaccga 20 420 ctgtc 425 996 <210> 5 425 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 10 alas <223> 996 <400> gaaattaata cgactcacta tagggtcccc ccgtagattg gcagcagcag tcaagcaagce 60 15 ctgggaagat ggtatctgcg ggatctcctce tgtttcaaga atggaaaaca tcatgtggag 120 atcagtagaa ggggagctca acgcaatcct ggaagagaat ggagttcaac tgacggtcgt 180 tgtgggatct gtaaaaaacc ccatgtgggg aggtccacag agattgcccg tgcctgtgaa 240 5 cgagctgccc cacggctgga aggcettgggg gaaatcgcac ttcgtcagag cagcaaagac 300 aaataacagc tttgtcgtgg atggtgacac actgaaggaa tgcccactca aacatagagc 0 360 atggaacagc tttcttgtgg aggatcatgg gttcggggta tttcacacta gtgtctggct 420 caagg 425 15 997 <210> 425 <211>
DNA <212> 20
‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> alas <223>
997 <400> gaaattaata cgactcacta tagggtcccc ccgtagattg gcagcagcag tcaagcaagc 60 ctgggaagat ggtatctgcg ggatctccte tgtttcaaga atggaaaaca tcatgtggag 0 120 atcagtagaa ggggagctca acgcaatcct ggaagagaat ggagttcaac tgacggtcgt 180 tgtgggatct gtaaaaaacc ccatgtgggg agctccacag agattgcccg tgcctgtgaa 240 cgagctgccc cacggctgga aggcettgggg gaaatcgcac ttcgtcagag cagcaaagac 300 20 aaataacagc tttgtcgtgg atggtgacac actgaaggaa tgcccactca aacatagagc 360 atggaacagc tttcttgtgg aggatcatgg gttcggggta tttcacacta gtgtctggct 420 5 caagg 425
10 >210< 998 >211< 425 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي <400> 998 gaaattaata cgactcacta tagggctcat caatagatgg ggttcagtgg ggaaaaaaga 60 ggctatggaa ataataaaga agttcaagaa agatctggct gccatgctga gaataatcaa 120 5 tgctaggaag gagaagaaga gacggggcgc agatactagt gtcggaattg ttggcctcct 180 gctgaccaca gctatggcag cggaggtcac tagacgtggg agtgcatact atatgtactt 10 240 ggacagaagc gatgctgggg aggccatatc ttttccaacc acattgggga tgaataagtg 300 ttatatacag atcatggatc ttggacacat gtgtgatgcc accatgagct atgaatgccc 360 tatgctggat gagggggtgg aaccagatga cgtcgattgt tggtgcaaca cgacgtcaac 420 ttggg 425
999 <210> 493 <211>
DNA <212> 5 >213< متوالية اصطناعية >220< ‎alas <223>‏ 999 <400> gaaattaata cgactcacta tagggtcaaa aattgggcct gaaaatccat acaatactcc 60 agtatttgcc ataaagaaaa aagacagtac taaatggaga aaattagtag atttcagaga 15 120 acttaataag agaactcaag acttctggga agttcaatta ggaataccac atcccgcagg 180 gttaaaaaag aaaaaatcag taacagtact ggatgtgggt gatgcatatt tttcagttcc 240 cttagataaa gacttcagga agtatactgc atttaccata cctagtataa acaatgagac 300 accagggatt agatatcagt acaatgtgct tccacaggga tggaaaggat caccagcaat 360 attccaaagt agcatgacaa aaatcttaga gccttttaga aaacaaaatc cagacatagt 420 10 tatctatcaa tacatggatg atttgtatgt aggatctgac ttagaaatag ggcagcatag 480 aacaaaaata gag 493 1000 <210> 493 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية
<220> alas <223> 1000 <400> 5 gaaattaata cgactcacta tagggtcaaa aattgggcct gaaaatccat acaatactcc 60 agtatttgcc ataaagaaaa aagacagtac taaatggaga aaattagtag atttcagaga
120 10 acttaataag agaactcaag acttctggga agttcaatta ggaataccac atcccgcagg 180 gttaaaaaag aaaaaatcag taacagtact ggatgtgggt gatgcatatt tttcagttcc 240 15 cttagataaa gacttcagga agtatactgc atttaccata cctagtataa acaatgagac 300 accagggatt agatatcagt acaatgtgct tccacaggga tggaaaggat caccagcaat 360 attccaaagt agcatgacaa aaatcttaga gccttttaga aaacaaaatc cagacatagt 420 5 tatctatcaa tacatggatg atttgtatgt aggatctgac ttagaaatag ggcagcatag 480 aacaaaaata gag 493 10 1001 <210> 493 <211>
DNA <212> >213< متوالية اصطناعية >220< ‎alas <223>‏
1001 <400> gaaattaata cgactcacta tagggtcaaa aattgggcct gaaaatccat acaatactcc 60 agtatttgcc ataaagagaa aagacagtac taaatggaga aaattagtag atttcagaga 5 120 acttaataag agaactcaag acttctggga agttcaatta ggaataccac atcccgcagg 180 gttaaaaaag aaaaaatcag taacagtact ggatgtgggt gatgcatatt tttcagttcc 240 cttagataaa gacttcagga agtatactgc atttaccata cctagtataa acaatgagac 300 accagggatt agatatcagt acaatgtgct tccacaggga tggaaaggat caccagcaat 360 attccaaagt agcatgacaa aaatcttaga gccttttaga aaacaaaatc cagacatagt 420 20 tatctatcaa tacatggatg atttgtatgt aggatctgac ttagaaatag ggcagcatag 480 aacaaaaata gag 493
>210< 1002 >211< 493 ‎DNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
<220> alas <223> 1002 <400> gaaattaata cgactcacta tagggtcaaa aattgggcct gaaaatccat acaatactcc 15 60 agtatttgcc ataaagaaaa aagacagtac taaatggaga aaattagtag atttcagaga 120 acttaataag agaactcaag acttctggga agttcaatta ggaataccac atcccgcagg 180 gttaaaaaag aacaaatcag taacagtact ggatgtgggt gatgcatatt tttcagttcc 240 5 cttagataaa gacttcagga agtatactgc atttaccata cctagtataa acaatgagac 300 accagggatt agatatcagt acaatgtgct tccacaggga tggaaaggat caccagcaat 10 360 attccaaagt agcatgacaa aaatcttaga gccttttaga aaacaaaatc cagacatagt 420 tatctatcaa tacatggatg atttgtatgt aggatctgac ttagaaatag ggcagcatag 480 aacaaaaata gag 493
1003 <210> 493 >211<
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 1003 <400> gaaattaata cgactcacta tagggtcaaa aattgggcct gaaaatccat acaatactcc 0 60 agtatttgcc ataaagaaaa aagacagtac taaatggaga aaattagtag atttcagaga 120 acttaataag agaactcaag acttctggga agttcaatta ggaataccac atcccgcagg 180 gttaaaaaag aaaaaatcaa tgacagtact ggatgtgggt gatgcatatt tttcagttcc 240 cttagataaa gacttcagga agtatactgc atttaccata cctagtataa acaatgagac 300 accagggatt agatatcagt acaatgtgct tccacaggga tggaaaggat caccagcaat 360 5 attccaaagt agcatgacaa aaatcttaga gccttttaga aaacaaaatc cagacatagt 420 tatctatcaa tacatggatg atttgtatgt aggatctgac ttagaaatag ggcagcatag 480 10 aacaaaaata gag 493 1004 <210> 15 493 <211>
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> 20 alas <223> 1004 <400> gaaattaata cgactcacta tagggtcaaa aattgggcct gaaaatccat acaatactcc 60 5 agtatttgcc ataaagaaaa aagacagtac taaatggaga aaattagtag atttcagaga 120 acttaataag agaactcaag acttctggga agttcaatta ggaataccac atcccgcagg 10 180 gttaaaaaag aaaaaatcag taacagtact ggatgtgggt gatgcatatt tttcagttcc 240 cttagataaa gacttcagga agtatactgc atttaccata cctagtataa acaatgagac 15 300 accagggatt agatatcagt acaatgtgct tccacaggga tggaaaggat caccagcaat 360 attccaaagt agcatgacaa aaatcttaga gccttttaga aaacaaaatc cagacatagt 420 tatctgtcaa tacatggatg atttgtatgt aggatctgac ttagaaatag ggcagcatag 480 aacaaaaata gag 493 1005 <210> 493 <211> 10
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 5 1005 >400< gaaattaata cgactcacta tagggtcaaa aattgggcct gaaaatccat acaatactcc 60 agtatttgcc ataaagaaaa aagacagtac taaatggaga aaattagtag atttcagaga 120 acttaataag agaactcaag acttctggga agttcaatta ggaataccac atcccgcagg 5
180 gttaaaaaag aaaaaatcag taacagtact ggatgtgggt gatgcatatt tttcagttcc 240 cttagataaa gacttcagga agtatactgc atttaccata cctagtataa acaatgagac 10
300 accagggatt agatatcagt acaatgtgct tccacaggga tggaaaggat caccagcaat
360 attccaaagt agcatgacaa aaatcttaga gccttttaga aaacaaaatc cagacatagt
420 tatctatcaa tacgtggatg atttgtatgt aggatctgac ttagaaatag ggcagcatag 480 aacaaaaata gag 493 1006 <210> 493 <211> 5
DNA <212> ‏متوالية اصطناعية‎ <213> <220> ‏تخليقي‎ <223> 0 1006 >400< gaaattaata cgactcacta tagggtcaaa aattgggcct gaaaatccat acaatactcc 60 agtatttgcc ataaagaaaa aagacagtac taaatggaga aaattagtag atttcagaga 120 acttaataag agaactcaag acttctggga agttcaatta ggaataccac atcccgcagg 180 20 gttaaaaaag aaaaaatcag taacagtact ggatgtgggt gatgcatatt tttcagttcc 240 cttagataaa gacttcagga agtatactgc atttaccata cctagtataa acaatgagac 300 5 accagggatt agatatcagt acaatgtgct tccacaggga tggaaaggat caccagcaat 360 attccaaagt agcatgacaa aaatcttaga gccttttaga aaacaaaatc cagacatagt 10 420 tatctatcaa tacatggatg atttgtatgt agcatctgac ttagaaatag ggcagcatag 480 aacaaaaata gag 493 15 1007 <210> 14 <211>
RNA <212> 20
<213> متوالية اصطناعية >220< >223< تخليقي
>220< >221< خصائص متنوعة >222< )1)..(1( ‎FAM-56 <223> 10‏ >220< >221< خصائص متنوعة >222< )14)..(14( ‎Bio3 <223> 15‏ >400< 1007 ‎uuuuuuuuuu uuuu 14‏
>210< 1008 <211> 36 ‎RNA <212>‏ >213< متوالية اصطناعية
>220< >223< تخليقي
1008 <400> 10 gauuuagacu accccaaaaa cgaaggggac uaaaac .36

Claims (1)

  1. عناصر الحماية 1 - طريقة للكشف عن الفيروسات ‎viruses‏ في المختبرء تشتمل على: تكبير عينة الحمض النووي الريبوزي ‎(RNA) Ribonucleic acid‏ ؛ عرض نظام الوحدات التكرارية الراجعة القصيرة المتخللة بانتظام المتعاقبة ‎Clustered‏ ‎(CRISPR) Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats‏ يشتمل على بروتين مؤثر وواحد أو أكثر من الاحماض النووية الريبوزية ‎Ribonucleic acids‏ الإرشادية التي تمت تهيئتها للارتباط بجزيئات مستهدفة خاصة بالفيروس مناظرة؛ و تركيب حجب أساسه الحمض النووي الريبوزي ‎Ribonucleic acid‏ بعينة؛ تنشيط البروتين المؤثر عن طريق ربط الواحدة أو أكثر من الاحماض النووية الريبوزية الإرشادية بواحد أو أكثر من الاحماض النووية الريبوزية ‎Ribonucleic acids‏ المستهدفة الخاصة- 0 الميكروبية أو بواحد أو أكثر من الاحماض النووية الريبوزية ‎Ribonucleic acids‏ المثيرة للتفاعل؛ بحيث يتم إنتاج إشارة موجبة يمكن الكشف عنها؛ و الكشف عن الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنهاء حيث يدل الكشف عن الإشارة الموجبة التي يمكن الكشف عنها على وجود واحد أو ‎JST‏ من الفيروسات في جهاز أخذ العينات؛ 5 حيث تشتمل الطريقة كذلك على خطوة تعطيل نيوكلياز 010016856 وخطوة تعطيل فيروسية قبل تكبير عينة الحمض النووي الريبوزي ‎.(RNA) Ribonucleic acid‏ 2 - الطريقة وفقًا لعنصر الحماية 1؛ حيث يتم تنفيذ خطوة تعطيل نيوكلياز ‎Nuclease‏ عند ‎day‏ ‏حرارة ما بين 37 م و50 م و/أو ‎Cum‏ تستغرق خطوة تعطيل نيوكلياز 000016856 فترة مختارة من 0 5 دقائق» 10 دقائق» 15 ‎dada‏ و20 دقيقة. 3- الطريقة ‎Gg‏ لعنصر الحماية 1؛ حيث يتم تنفيذ خطوة التعطيل الفيروسية عند درجة حرارة ما بين 64 م و95 م و/ أو حيث تستغرق خطوة التعطيل الفيروسية 5 دقائق.
    4- الطريقة وفقًا لعنصر الحماية 1؛ حيث تكون العينة عبارة عن عينة حيوية أو بيئية ‎biological or environmental sample‏ . 5- الطريقة وفقا لعنصر الحماية 4؛ حيث يتم الحصول على العينة البيئية من عينة طعام؛ عينة شراب؛ سطح ورقي؛ سطح قماش؛ سطح معدن؛ سطح خشبي؛ سطح بلاستيكي؛ عينة تربة؛ عينة ماء عذب؛ عينة مياه صرف»؛ عينة ماء ‎(ale‏ التعرض إلى هواء جوي أو ‎due‏ غاز أخرى؛ أو توليفة منهاء حيث يتم الحصول على العينة الحيوية من عينة نسيج ‎tissue sample‏ ؛ اللعاب ‎blood al + 8‏ « البلازما ‎plasma‏ « الأمصال ‎sera‏ ؛ البراز ‎stool‏ » البول ‎urine‏ ؛ البصاق ‎sputum‏ ؛ المخاط ‎mucous‏ ؛ اللمف ‎lymph‏ ؛ المائع الزليلي ‎synovial fluid‏ « 0 السائل التخاعي ‎cerebrospinal fluid‏ « استسقاء ‎ascites‏ ؛ انصباب جنبي ‎pleural‏ ‏0 + تورم ‎seroma Lae‏ « القيح ‎pUS‏ ؛ أو مسحة من البشرة ‎swab of skin‏ أو سطح غشاء مخاطي ‎.mucosal membrane surface‏ 6 - الطريقة وفقًا لعنصر الحماية 4؛ ‎Cun‏ تكون العينة البيئية أو العينات الحيوية ‎biological‏ ‎samples 15‏ هي عينات خام ‎crude samples‏ و/ أو حيث تكون الواحدة أو أكثر من الجزيئات المستهدفة غير منقاة أو مكيّرَةِ من العينة قبل تطبيق الطريقة. 7 - الطريقة ‎Gg‏ لعنصر الحماية 1 حيث يكون نظام الوحدات التكرارية الراجعة القصيرة المتخللة بانتظام المتعاقبة ‎Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic‏ ‎(CRISPR) Repeats 20‏ على ركيزة؛ وحيث تكون الركيزة ‎substrate‏ معرضة إلى العينة. 8- الطريقة وفقا لعنصر الحماية 7 حيث يتم تطبيق نظام الوحدات التكرارية الراجعة القصيرة المتخللة بانتظام المتعاقبة ‎Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic‏ ‎(CRISPR) Repeats‏ نفسه أو نظام مختلف على عدة مواضع منفصلة على الركيزة ‎substrate 5‏ + أو
    حيث تكون الركيزة عبارة عن ركيزة مواد مرنة؛ حيث تكون ركيزة المواد المرنة عبارة عن ركيزة ‎(di),‏ ركيزة من قماش» أو ركيزة أساها بوليمر مرن ‎flexible polymer-based substrate‏ 9- الطريقة وفقًا لعنصر الحماية 1؛ حيث يكون الفيروس عبارة عن فيروس نظام الوحدات التكرارية الراجعة القصيرة المتخللة بانتظام المتعاقبة ‎Clustered Regularly Interspaced‏ ‎(CRISPR) Short Palindromic Repeats‏ » أو حيث تكون العدوى الفيروسية بسبب فيروس الحمض النووي الريبوزي ‎(RNA) Ribonucleic acid‏ مزدوج الجديلة؛ فيروس الحمض النووي الريبوزي ‎(RNA) Ribonucleic acid‏ إيجابي في اتجاه النسخ؛ فيروس الحمض النووي الرربوزي ‎(RNA) Ribonucleic acid‏ سلبي في اتجاه النسخ» فيروس قهقري ‎retrovirus‏ « أو 0 توليفة منهم. 0- الطريقة وفقا لعنصر الحماية 9؛ حيث يكون فيروس الحمض النووي عبارة عن فيروسات عضلية ‎Myoviridae‏ « الفيروسات القدمية ‎Podoviridae‏ ؛ فيروسات سيفاوية ‎Siphoviridae‏ ‏» الفيروسات الهريسية الخيفية ‎Alloherpesviridae‏ ؛ الفيروسات الهريسية ‎Herpesviridae‏ ‏15 بما في ذلك فيروس الهربس البشري ‎human herpes virus‏ ؛ وفيروس الحماق النطاقي ‎Varicella Zozter virus‏ ؛ الفيروسات الهريسية لمالوكو ‎Malocoherpesviridae‏ ؛ فيروسات شحمي الشعر ‎Lipothrixviridae‏ ؛ فيروسات العتائق ؛ فيروسات غدانية ‎Adenoviridae‏ « فيروسات الأمبولة ‎Ampullaviridae‏ « فيروسات الزق ‎Ascoviridae‏ ؛ فيروسات حمى الخنازير لأفريقية والمرتبط بها بما في ذلك فيروس حمى الخنازير ا لأفريقية ‎African swine fever virus‏ ‎(ugyd¢ 0‏ عصوي ‎(Cicaudaviridae « Baculoviridae‏ الفيروس الملتصق ‎Clavaviridae‏ « الفيروس القشري ‎Corticoviridae‏ ؛ فيروسات مستدقة ‎Fuselloviridae‏ « الفيروسات الكروية ‎Globuloviridae‏ ؛ فيروسات قطرة ‎Guttaviridae‏ ؛ فيروس تضخم والتهاب الغدة اللعابية ‎Hytrosaviridae‏ ؛ الفيروسات المقزحة ‎Iridoviridae‏ ؛ فيروسات حمى مارسيليا ‎Maseilleviridae‏ « الفيروسات العملاقة ‎Mimiviridae‏ « الفيروسات العارية ‎Nudiviridae‏ « متلازمة البقع البيضاء ‎Nimaviridae‏ « فيروسات باندورا ‎Pandoraviridae‏ « الفيروسات الحليمية ‎Papillomaviridae‏ « فيروسات الطحالب حقيقية النواة ‎Phycodnaviridae‏ «
    فيروسات بلازمية ‎Plasmaviridae‏ ؛ فيروسات متعددة ‎Polydnaviruses‏ ؛ فيروسة التورام 68 بما في ذلك الفيروس القردي 40؛ فيروس ‎JC‏ فيروس ‎(BK‏ فيروسات الوقس ‎Poxviridae‏ بما في ذلك الوقس ‎Cowpox‏ والجدري ‎«smallpox‏ الفيروس الشحمي لذباب الروث الصغير ‎Sphaerolipoviridae‏ ¢ الفيروسات السقفية ‎Tectiviridae‏ «
    ‎cTurriviridae 5‏ فيروس 008 دوراني» فيروس ‎(Salterpro‏ فيروس 12:00 أو توليفة منها. 1- الطريقة وفقا لعنصر الحماية 9؛ حيث يكون الفيروس ‎Ble VITUS‏ عن فيروس الحمة الإكليلية ‎Coronaviridae virus‏ ؛ فيروس البيكورناوية ‎Picornaviridae virus‏ ؛ فيروسات كأسية ‎Caliciviridae virus‏ ء الفيروسات المصفرة ‎Flaviviridae virus‏ » الفيروسات الطخائية
    ‏0 نالا ‎Togaviridae‏ « فيروسات بورنوية ‎Bornaviridae‏ ¢ الفيروسات الخيطية ‎Filoviridae‏ ‏« الفيروسات المخاطانية ‎Paramyxoviridae‏ « الفيروسات الرئوية ‎Pneumoviridae‏ « الفيروسات الريدية ‎Rhabdoviridae‏ ؛ الفيروسات الرملية ‎Arenaviridae‏ « الفيروسات البنياوية ‎Bunyaviridae‏ ء الفيروسات المخاطية القويمة ‎Orthomyxoviridae‏ « أو فيروس دلتا ‎Deltavirus‏ » أو حيث يكون الفيروس عبارة عن الفيروسة المكللة 00100871115 ‎«SARS‏
    ‏5 الفيروسة السنجابية ‎Poliovirus‏ ء الفيروسة الأنفية ‎«Rhinovirus‏ الالتهاب الكبدي ‎Hepatitis A‏ ؛ فيروس نوروواك ‎Norwalk virus‏ ؛ فيروس الحمى الصفراء ‎Yellow fever‏ ‎virus‏ ؛ فيروس غرب ‎«West Nile virus all‏ فيروس الالتهاب الكبدي © ‎Hepatitis‏ ‎Virus‏ ؛ فيروس حمى الدنك ‎Dengue fever virus‏ « فيروس زيكا ‎Zika virus‏ ؛ فيروس الحصبة الألمانية ‎Rubella virus‏ ؛ فيروس نهر روس ‎«Ross River virus‏ فيروس
    ‏0 سندبيس ‎Sindbis virus‏ ؛ فيروس تشيكونجوانيا ‎Chikungunya virus‏ ؛ فيروس مرض ‎Uys‏ ‎Borna disease virus‏ ؛ فيروس الإيبولا ‎Ebola virus‏ ؛ فيروس ماريرج ‎Marburg virus‏ « فيروس الحصبة ‎Measles virus‏ ؛ فيروس النكاف ‎Mumps virus‏ ؛ فيروس نيبه ‎Nipah‏ ‎virus‏ ¢ فيروس هندرا ‎Hendra virus‏ ؛ فيروس مرض نيوكاسل ‎Newcastle disease‏ ‎virus‏ ¢ الفيروس التنفسي المخلوي البشري ‎Human respiratory syncytial virus‏ ؛ السعار
    ‎Rabies virus 5‏ ؛ فيروس لاسا ‎Lassa virus‏ ؛ فيروس هانتا ‎Hantavirus‏ ؛ فيروس حمى
    الكونجو والقرم النزفية ‎Crimean-Congo hemorrhagic fever virus‏ « الإنفلوتزا ‎Influenza‏ ؛ أو فيروس الالتهاب الكبدي ‎virus‏ نا ‎.Hepatitis‏ ‏2- الطريقة ‎Gg‏ لعنصر الحماية 1؛ حيث يتم اختيار فترة خطوة التكبير من المجموعة المتكونة من: ساعتين» ساعة واحدة» 30 ‎«dads‏ 20 دقيقة و10 دقائق. 13 الطريقة ‎bg‏ لعنصر الحماية 1 حيث يتم اختيار فترة خطوة الكشف من المجموعة المتكونة من: 3 ساعات؛ ساعتين» ‎deli‏ واحدة؛ 30 دقيقة؛ 20 دقيقة و10 دقائق. 0 14- الطريقة ‎Bg‏ لعنصر الحماية 1؛ حيث حجم العينة المطلوب للكشف من 100 ميكرو لتر إلى 1 ميكرو لتر . 5- الطريقة ‎Gg‏ لعنصر الحماية 1 حيث يكون الفيروس عبارة عن فيروس زيكا ‎Zika Virus‏ 5 16 - الطريقة ‎Gg‏ لعنصر الحماية 1؛ حيث تشتمل العينة على اثنين أو أكثر من الفيروسات ؛ وحيث تميّز الطريقة بين الاثنين أو أكثر من الفيروسات ‎viruses‏ .
    7 - الطريقة ‎Gig‏ لعنصر الحماية 1؛ حيث تشتمل بنية حجب أساسها الحمض النووي الريبوزي ‎(RNA) Ribonucleic acid‏ على أوليجونيوكليوتيد ‎oligonucleotide‏ الحمض النووي 0 الريبوزي ‎(RNA) Ribonucleic acid‏ يرتبط به مركب ترابطي يمكن الكشف عنه ومكون حجب.
    RPARNA ‏زمن‎ duis ‏ما تزال عمليات‎ ‏الومولال المسان الزمني‎ ¥ aria wd ‏لتويولان‎ ta Yoav Yor ‏وام‎ an se 7 ‏راد‎ :
    a . ove ‏د‎ : ‏ث‎ T _ 1 Ey aie i 4 Aye 3 di 4 | ai = : oo Yaw a 3 3 a oo on x ‏ايا‎ ‎wee A Lo awe 3 T - ‏ا‎ xe : LEE } - Vos 5 of Ea SE ov a ‏سب د‎ 2 \ : 3 AE HE ONS aw amc AR lai or ‏ا‎ ‎sane. fa ‏ل‎ 8 a SET aa on 3 Si 3 a ae pb 1 7 + ‏ا ا‎ AR sees ongibet SEN ath Sa 2 5 Rane 5 on » Sa ‏ا‎ 1 A 0 ki ! ¥ ¥ 1 A Poiana ‏ماما‎ ‎4 ‏م 3 د تو .قو‎ a + £05 82 2 ‏ليق‎ + 3 \ " ps: : ٍِ >4 33 3 3 54 3 3 3 3 3 ~~ Po ~ ‏بح يح ص‎ 3 x ¥ - ‏بخ ع‎ > - x > > ~~ oo ~~ =~ o 505 5 + 5 5 sw 5 Ff 0140 05 i LF 4 ‏م‎ 4 4 Fh hm + ‏م‎ ‏بي تبي‎ po SE HH a 4 & 4 =) 4 4 Yr ‏الشكل‎
    RPA-RNA ‏كما تعزز زيادة 77 بولسيراز من الحساسية تجاه‎ , TITAS geass TIA Apt Arosa ‏وام رط‎
    0. Sn | Tae Hd § AW > = : Bs) : A . 8 4 3 5% - 3 5 . ‏وداب‎ ER Gofal x - : : Co ‏ا‎ x ; ‏ل‎ ‎1 io Sana NN : 3 2 Sond | ; Lo LL 0 ‏م‎ > EE 00 aaa Pe Dae Ch ‏ا‎ Oc. ‏ا ام‎ | a = - - < = - i i 8 5 = fe 3 4 A 4 J 4 ‏الشكل + ؟‎
    ب ‎A‏ ‏الل الكلفية تيكو مولار) ‎odes OME Yas oo ¥ ©" 3 *‏ 2 ل ل ‎TT‏ التاق ‎Salt‏ بي ‎GABE 28 Lidar‏ ا ال 8 فين ‎Gn‏ ‏"م ااا 0 ‎BE‏ اط ا ساد ا ا ال ا ان ا ‎oR‏ ااا 0 2 ‎HR Rea‏ ‎Eee! 4‏ اللي ‎Ca a‏ ااا ‎BNR‏ لت انبح { ‎CHa ss‏ ‎A‏ اا 0 ‎Cod‏ 3 على الهدف ‎Es‏ ال الل ‎No‏ 4 ‎ie Hoa 3‏ ‎Po‏ ليذ ‎ver‏ = ب ا 0 5 ل ‎ws‏ ‏#ي ال ‎١‏ ‏الشكل £1
    ABIES ‏مستشعر تم‎ RNA ‏مسيار‎ Lis nay Saved Cy5 Ra a x ds Se ‏نانو‎ 7/56 edie Cyl ‏ل اا قا‎ {se ‏حا المطول 3 ا "بيك‎ . ‏مولار)‎ Faro} ‏مهت المحلول‎ o« b ‏مد‎ ّ LE en > 3 £ all : ‏قي ا‎ 3 ky 3 QF Yi Tern IW oe TET LA 1 < = 28 7 0 ‏لم‎ ‏إٍْ‎ TE 1 Ee ‏ل‎ Ge JN pf Ye NEY ‏م‎ ‎: Rea NE ok Ad AES : en NR : aay ‏"م‎ ‎* Sy A ‏مح‎ he ‏يحض‎ gi sli soiled Bd pied Bd es bool aes: + ‏ما‎ Vas ‏الزمن (بالدفيقة)‎ £Y ‏الشكل‎
    ا ‎i‏ # يا ‎F-‏ ‎aR Rd 2‏ ا ة # ‎a‏ ‎١ Mm‏ ) اس 0 0 8 من لود ‎ea Ba‏ اد : ج = بي 8 31 ‎STE ra‏ أ 002 ‎fein‏ - | ض . ‎a 8‏ . اد ‎١‏ إ % ‎SE‏ ‏ب س- ~ | 8 1 ‎SRE‏ ا يه ‎NY‏ \ { ا يل ر . ب : > © 4 ‎RRR‏ ‏0 0 ‎RR ny,‏ ققطرة ‎SSRANA‏ ب رابط ‎TINA‏ — الشكل ‎£Y‏
    Salli ‏قرا‎ Rt ‏قياس: اللون‎ Ay pn LEC ‏ا‎ ‎> ‏ل‎ ‏امك ال‎ 3 SEL TR 1 Ag RNR ‏امو ا‎ a a ! Bena ‏جين ا ا ماع كا ا ا ا ال ا‎ SOE ‏وحدة ولاس الك‎ ١56 © vid PEN oF ha Ak EN ‏ل‎ {ita 3 Iran : 2 5 AE IANA FT TY 2 ‏ا ل‎ #4 ” ‏ا ل ا اا‎ rasa Se ; g§ HC aie & VA ‏لاا 8 أو‎ REY ‏وخدة‎ Te X F : a ‏الاق‎ HE oN Noli thal wn a SN ‏الي‎ EH ‏ل ا‎ ‏ا ام اموس ب‎ TR SSSR ahd gh 8 LS ‏الت ال‎ ٍ ‏وميم جوري وم موي الود متلا اا لضي م‎ nse : : Bosman TR ‏ل ليا اا‎ SE ss mei > A - ‏ا ا التي اد ل اللاي ار ا‎ By ha 5 ‏اد ال‎ dE See FEE ‏ين لح‎ EEE SE RE TRE T Y 3 WERT Sal A aE ‏الت التي‎ Pt RIE ‏حم تت‎ ERE PA Ral) 3 AREY FO SEA ET a TEENA sem ‏ا‎ Es & 32 ‏ال ال ا‎ 0: * - 8 ENE NC REE NEE IEE 4, TH EEL ET ‏ا‎ He ERT FERAL, % & ¥ 3 f x Ss Xow Ys Xo ox ‏ا‎ ٍ ‏الزمن (بالدقيقة)‎ ‏يع‎ ‎++ ‏الشكل‎
    اا عا ا الزمن ‎Sa‏ | تصلف الخد الأقضني. ثم طرح الخلفية ‎(Re vey‏ رمن حلي فى ص 3 ‎Aly‏ 8 4, : * 4 x 5 ‏إٍْ ا‎ 4 % ot 1 0 1 | I: i إ 3 5 $ { 8a i ge i = اج 3 |, | : ١ 3 : : :
    2 ٠. ْ : or : 0 "> . 1 Yi . > > 7 x 4 4 - 4 4 2 3 - 4 4 3 4 4 3 4 2 > ET) fo ‏الشكل‎
    § : : 3 ‏ااا‎ ‎\ 3 & we \ 3 a a i Ln 5 ¢ i ‏شر وحذدة § وحدات‎ ‏د‎ Ting ‏«؟‎ 8 : x 3 Pam Yok g ‏ا ¥ وسدة‎ ٍْ : 1 : X 7 pepe 8 3 FS 0 RAST © 2 A A AE A 3 8 3 ‏ل ا‎ et ay i ‏مودو جد‎ SE Ge ‏ا‎ ae 5 ‏ل ا‎ ERS ‏ل ل ا‎ NN . ‏ا ا ا ا ل اا ميج جو‎ ‏ا ا ا ا ا ل ل ا سس‎ ‏ا ل ل ا ا‎ EER Cam SE EE BR A SERN ER RE DENRA haan RR ‏ا‎ 0 ah a EEA ha BES Seen a HE SN EE CNIS GRE SR SAREE AIOE SEGERe GRIER ‏ل‎ a Na a hae ER SEER a BE NR Sh Ga a IE 8 ‏ا‎ NE og EN a her Sa AE Np CREE Bh RENAN ANNAN ‏ا ل‎ SRE pene a ‏ا‎ aaa PRP NEN ee EG NE NE P La Sama a a Eee ‏ا‎ Eng To Oe a Pe ae ‏ل‎ fhe a aes ‏ا ا ا ا ا ا ل ا ا ا‎ ‏ل ا ال ا اا ا ا‎ Ne MEE Ean A Reh RNR La ‏ما الح‎ 0 Si ER Sa ; Sane fa owe ‏ا‎ Rt RU REE REE NY Ce ROE Taga ERNE RY NINA Ea aaa 5 0 AAR 00 RN STINE ‏ا‎ NEE EO Ee a ae ‏ب‎ ‎ERE FES ARR 9 ‏ل ل‎ EE eo a ‏ا‎ ‎RN Re CNR EN a flan ae a eae = aan a ‏ا‎ Sinan Ed EN cma AN SEE i ‏ل‎ AR EY Ee Aa RO A Ra a NR SATION TEE ey ARERR a] SNe es EE Sa 8 Brea a oh ea oe dO ‏ا‎ ‎SR ECR RG ‏ل ل ا ل ا‎ OY ‏ا ا‎ a BCI PRT TNE ‏ل‎ BIRR ANA NRE Le RN CONNER OT NS TERR NR AE i IR SUN aa ae RR OR ORE AER SHURE TER BN EEN NE Raa RRNA Bo wo TN SHEEN Oe 0 SONS NASER Sa ESE HEL ON PE RD ‏ا ل‎ CARER EE ae SONA eh SN CERO BE NER SER a EEN pats AE eh EAE, TA RN Sei RE CR ER RRS SERN ‏ا‎ REN 0 ‏ل‎ ‎EPO rR: 011 TR BERRI nr 6 5 RE ET SESE) Ri Gone a S ‏ا ل‎ 0 Ria HNN Nee NEE ean : Eee Ea jes Cea wl : © av ho a ‏ل ل‎ 3 ia a BR RE EY \ ‏الشكل‎
    : ‏جع لم رك سو وج‎ 1 SN : ‏ل ل‎ SE Pe $I : rR NER SN RR PE RR Iocan tae aaa 0 SEE Li Ne RE oR BE I TE Sao Shaan Fone CEE Re HR 3 ‏ا‎ ARR SOE RR ‏ا‎ ow os Nena er —— ‏اا‎ ee TT 3 HORROR Son ba eR a Poi sane ‏اا الا‎ ‏خا ا‎ SEE IHRE BETTIE ea RR ERE CR PS SRST bo RR EN Fro 0 ‏ل‎ ‎RINE ERLE SEIS REE Paine RK Sha a oo Cola a oe Pooh haem SEO ‏ا‎ ‎ERE RR ee TARE Rodina nee ea AR NE A soma HEINEY Pores Sones Sree GONE ‏ا‎ Ra Shiga Saga Ct STN Ee seen SEE ‏يح‎ IE I SRNR FER ‏ل‎ aaa Tne Cond Pooh ‏ل‎ aay Soe ae SORA ‏ل 0 ا ل‎ ‏ا لا ل اا‎ da ae ‏اا إ‎ EE ON ‏ل‎ § Sadi ‏ا‎ a boa ‏ل ل ل اا‎ YS ‏ل ااا ال‎ aad La 2 Cie © ‏ا‎ RR Psa Re se ae Calas a SRO ee uss ee SHERRI e Sadana away ANA Re Fone dada aden anno Nua fo ame aa ‏ل ا‎ Oe Po ‏ا‎ Jeg Cae CHEN ON aoe NER EE RN ‏ا الت‎ 0 NRE Ra SREARER 0 ‏ا‎ 5 0 ‏ل ا ال لا‎ Su ‏ل ل‎ 0 ONG 0 fee te ‏ا ل ا‎ tee ‏ا ا‎ NG SR RRA Fo CANE RR CERI RR REINO ARENA NN ia Bootie ne ONAN EE Oh aa au INNA Joana SAR CERNE CREAR SE Na 0 ‏ا 0 ا‎ ‏ااا‎ a Yo Sod Loan Sua SEINE aaa Lhe Sn aoe aaa Seah ‏ا‎ ode a ‏ا‎ ee He ee Pers a EIN RNIN Seri eae NN EE ANE Sa CORR CHORES ON NeQual Fone ei es NN NE ea RE ER NON a 0 TRE ‏ا‎ 9 RA SRR Lae Gea ae CoE Eliana 2 ‏ل‎ ‏ا ٍ ا 0 ا ا ا إ : اا ا ا‎ ‏ا اا ا‎ Poiana ERR ONE en EAN Sa aaa ‏ا ا‎ New RnR Rese NA a ‏الا‎ RRR Fomine Noein gag fr RR 2 Noa ¥ Foon NN Sao giaay aaa Noa SN Bi hE NCR SNe SENN NLD dia ade aun CER boa SON a uae Ea a Say Nese ae Prone RETR ae Sy ENG Ee ‏ل‎ Anis fo ee Re a CONE ‏ل‎ 0 AE ‏ل ا ل ا‎ ‏ل‎ 1 aR ‏ا ا ا‎ Cae RE eB SR SRR Pron sR Cima eee SORE RIS RI Foon SrtA ‏ل ا‎ BED ‏ل ا ا 0 ل الا لاا‎ ‏ا ع ا‎ x NR RO Ca A I ‏ل ل ل ا ا‎ Pre NO Be LOSS Sl aa Si Sanaa SN Eolas Soba CIETY ER a OR Nona Bola RR RN cone EER ‏ا‎ El Pama Seale 0 ‏ل‎ ‏اا ا ا لا ا لاا ا ا ا‎ aia naa NEG Sena No Si SN PR, Frain: REPRE ER Cosa SEE ‏ا‎ Ia ‏ل ل ا اا‎
    ]. ‏سات ل‎ a ‏ا إ‎ ‏ا ل وا ل ا ل و‎ NNER EE Ee Ri gone SRE Ea fies A a et lla SNORE Ge SINNER RNase A R A Ls : RNase ' 5 ‏حر اي‎ ase Nase A fg
    الال ‎ss dT SRY Sa‏ ‎or Say‏ 0 ا الي ب 8 ‎T™ ee &‏ ‎RT TLE ¥‏ الأ اي 2 ‎ka‏ #35 م ‎Rook‏ # ؟ :3_0 , ‎SBT ATERAOT, 5‏ "م ‎wh Ei‏ ا ‎Poe oF‏ 4 8 378 توي“ ب + الى ‎ERTIES‏ ‎id 21 Ar,‏ ‎od Tay‏ ¥ ‎a TET en 1 on \ }‏ مسال واد ‎pt oi LR Sor, ) BB rains he Be Ka Se A‏ ال ا ‎ot oe‏ وال حي ‎i Raw Goede CET pk ee‏ ‎SAGA La %‏ حم ل 8 خب ‎A ¥ A 3 son TSE * FEB T Tis‏ ‎ae SES TF Sa, PEERY TONY at‏ بو لاع وا تايا اليب ل اوتام ؟ ‎ind‏ ‎FREE LURAY RRR ep‏ خا اااي ا : ‎eri‏ اع ا § ‎etd‏ ‎J # and‏ ا ‎FH ad en SERN v‏ ‎Sr IO Cae RR Oe i‏ ‎oT Taam 0 By‏ انز ب ا ااه يا لحي ‎Dae‏ ل ايشا ال ‎ig‏ ‏تاك ‎EX TREY BENE‏ اممو ‎ENE DEN = Ee‏ ا 3 الوا ‎See‏ ‎BN SS EE 8 He ea Ime‏ 2 3 اا 3 مح اال حي ا ال ا 8 ‎Fog he SIE‏ 0 د : - 4 نب صمي نت 3 ‎fk‏ : ‎wt‏ ‎Fay el‏ الشكل 48
    FRX wa ‏تروميين )2 مولار)‎ ‏اجاج اجاج اجاج اجاج تجا اجاج اجاج اجن جا اجاج نج لج بج ج اجاج جج اج ججججججججججججججج. وا ل وا‎ A laa dais FA = ‏اا ل وج‎ & * 4nd! ‏ا حي‎ 3 8 ْ: ‏ا 0 ع ال‎ ‏ااال‎ Pe oi i 0 Nn co A On rE Sas ‏ذا‎ 0 ne a Ae ‏ا‎ 0 We nn ‏ات‎ : so 1 2 SE ‘ 5 es 3 fe 3 Si 5 Ga ih SH Sahni STE SEE CNEL ‏اا اااي نش‎ 0) Sa Hon SoS EAN SH SERRE FEET CREE Sew JN Ea sl Mah Sheth wae. oa he Tam 1 0 4 ‏اي‎ ‎A wo esr ‏الات‎ : Ae a ANE FE... Cahn Sag LE FREESE 8 an I ARE ERE NTR NEEL ; XE ry ‏الأ اب الم‎ a aaa Lf sada am ae ‏ا ا ااه‎ ‏ل‎ aE CERI ERIE HE TL he ae 8 sal £4 ‏الشكل‎
    SAY tay FEV CYA v2c_Leptotnchia shahil IRRFTRIGTH ERNRILHER STRRYISHEYIVRAP 22-5 Lachnospiracess bacterium MA2020 ‏مكيزا كلتلا‎ 1 ‏2ف‎ Lachnospiracese 0 ‏ل‎ 8 2-27 [Clostridium] aremophifum DSM 10710 SODERKATVS LRNETRHE OVENYYTHERYATS ¢2c2-8 Camobacterium gallinarum DSM 4847 ‏وولاكمة ناز‎ TRNE TRUS KIRNQTAHLSVLOLE 22-9 Camobacterium gallinarum DSM 4847 LA TRGAVOR ‏ال‎ EIRMTANLIVA END £2¢2-H Paludibacter prapionicigenss 4 ‏مهوة تا‎ 1 100 ‏2:2-11ع‎ Listeria welhenstephanansis 281090317 14156 ‏ا عاقيا‎ c2c242 Listeriacese bacterium 51-5 THATRES ION TRNEVYNE 88 252-13 Leptotrichia wadei FORTY ‏القع‎ 152355 TRRBIVEF 71 262-14 Rhodobacter capsudatus 58 3 ‏بم فلا11 ل‎ g2cd-15 Rhodobacter capsulatus R121 ‏متم الاي لاني لل تناج نال‎ 262-16 Rhodobacter capsulatus 2 VEALLRYIRG CRHOTRHL ‏مم70‎ ‎e233 L wadei {Lw2) FAYINEATSS TRUSTE VERRVIAHFRY IRMA 24 Listeria seeligeri ‏ومانتم سنس توا‎ ft 1 0 ‏وي‎ ُ LA ‏أ‎
    4368 ‏حسما ل‎ pr i 8 8 . 8 : on 8 3 WN 34 ‏ل‎ souEROOK ww Py ‏نهب‎ 1 Ja ١. 8 3 i H A 1 of * Ye A . * a 3 Trax 4 1 8 ‏ها‎ ‎+ ‏االمسسيسيسسا‎ ge omg Vong Sng ge gpg ‏وسسيسا‎ ‎Sa aL 5 i, e xr. ¥ Yo ta Yu You CA.
    Ys Ya (355) ‏فل توج‎ 1 {ow} 385 ‏رالا‎ ‎oy ‏الشكل‎
    معلاو بول بشري ‎Wn,‏ لاقي 0 - ‎ws,‏ سس ‎bi meme‏ ‎RT RNase H‏ 0 ات 8 ‎١! 8‏ ** #رجة منوية ‎a l‏ 20 = درجة منوية ‎ya RRR ARE‏ ; نم تن« ‎١‏ *دثيقة + ساعات . ‎es‏ ‎we w= a‏ ته { ‎ee‏ 3 كشف 038138 بستخدام 17 ‎REIN‏ = ب
    27 .من عيتة بشزية * لجل الع ! لط ب 5 ‎I a‏ 3 داعسا ‎doe Ga ١‏ ‎i i‏ 4 ا 3 ‎praia‏ ‎Lory. : i‏ ا ‎Va‏ ‎oq, 3‏ ب ‎YE‏ : 0 = ين 4 ‎Lays‏ 5 ب يدون دخل * ‎rr‏ ف ىب ‎LYE‏ بجع ‎{Sas 7 RAYS aya‏ ميك رو لير بم را 5 5 5 ‎ali gual‏ الشكل ؟ 8
    : (1 ‏كرتت كرا مجوعة البادئة‎ § ‏تعد‎ ‎a SHERLOCK # 3 ‏ال ماي‎ 3 ْ ‏ال« : للا‎ © ‏ويا‎ of B® #8 # BOTs q ‏؟ 4ل‎ 4 taxed Ld ; 5 A La 0 4 + 1 YEE - *# 0 ' : 7 Bi xe Tal fey Pao Ta, Ya Vy, th, ta, Tl Epa} ‏خياد‎ Ea oY ‏الشكل‎ ‎} ‎SARS 1 ‏معو‎ ‎7 4 NH SS ter 4 XE ] 5 uy q Nu 1 ‏ا‎ exci 1 ‏ا‎ rom bs 3 8 ‏ا‎ ‎3 8 RS 8 4 ‏د‎ 0 oy ANE Thame * 0
    BE. v LR RL Bee Trem Tier Tween Teed Yipes Typos ‏النشاخة المتوقعة/ ميكري نتر‎ + ‏الشكل‎
    ‏ب‎ ‎ssDNA 1 8 1 ‏عا‎ ‎4 CL ‏ود‎ ‎: ‎! Yay i TIP oo LL Yay ‏الي ا‎ vax ‏يوا‎ Tixr TtekY ١# ‏ج‎ Aga 3 byoxi a WE BARE MERE RARE ‏وم جه بيه‎ a, } = ‏ا حم ا ل‎ 03 NY BY ‏جم‎ 3 son HEE AREA: LE Lax 0 0 08 03 | 0 sii Vaan Paar Yaar ‏يجا اليو‎ Viaxt Ttaxy { tod DNA2 ‏تركيد‎ ‏الشكل ؛ *(يتبع)‎ i ard 8 att ‏القطرزة‎ POR (ddPCR) ¥ Yo FRR > 5 You ‏ا‎ Fd 1 “3 ‏ل اا‎ + Ya, Hi 3 ‏لاج ا‎ : ol am 8 ‏قدت‎ ‎3 # + ‏سي«‎ | « 0 ‏ل‎ ‏ببح‎ ٍ Moret Foor ‏اعد‎ Teen ‏ب ا ويا واي اويا‎ wn ree ‏ا اا ال‎ Giada A ‏ميكزري‎ fad gadt dil} ‏الزمن الفعتي ب‎ 8 ‏املا‎ ‏يويد‎ ‎Ye ‏يو ب ا عي‎ ‏لايل جه‎ oi . Bh SP Hedeoh & a - AE Rg dR AE ١. ‏جر عي‎ ‏بذ‎ LN 1 ‏رقي قت‎ ‏بط‎ . wy vy ‏لان ل لا‎ Ya Taam Yawn Trey Tees Bra Tras Troms Seon ren Tron Tees Fran disk Jus ‏النسخة المتوقعة/ ميكزو لثر‎ se ‏الشكل‎ z SYBR Green i & BPA 3 LE +: * de x . *. . lee oT. Le de Lt a * ‏مه‎ ‎& * . . Je 3 © fr 1 @ oo i» ® |e * nil ® |. 0% 3 eo ® | ‏مانا‎ T
    =. ‏ااا‎ ‎hl x ‏1ل حو‎ >" . 1 + - 3 ‏جد‎ ‎Fa, ‎١ TT 1 ¥ { ‏جد‎ Yawn ast Trews Fy wy; T Sam ‏ا ب‎ Yi ‏لعجي ل كج ال‎ 5 Cums dy ‏يذو ا‎ ‏دخل‎ ‏النسخة المتوقعة/ ميكرى لثر‎ a SHERLOCK Tha Xefkl ddd ‏مد تخ‎ ddd RRs ‏الالال لالطالا لوال‎ N ‏صو ين د د د سداد مادقا ا‎ EEE ¥ 3 = ‏يدك“ + ؟‎ << 3 ‏ييه‎ ‎3 & . ‏لا ا امتح بيهت د‎ 3 Yo ou = ® + Tas yep ‏الوا‎ Pram Sve dy Gey Trews Tees hy EY yaa ts TEN Ta. wn Ea #8 ‏يدون‎ ‏لتر‎ aS fad galt AS 1 a . te os ‏شكل‎ ‏الشكل 8 © (يتبع)‎
    120 ‏ا‎ ‏ب‎ HT ad a {TH ddPCR ‏له‎ qPCR ‏ا‎ RPA-SYBR NN SHERLOCK Ir i 3 ‏ل‎ 0 0 ‏ل‎ 0 ‏إ سح‎ 1k N 22 8 ‏لآ‎ 0 1
    ‏ل . ب‎ 0 8 Feo 8 © ‏!ا‎ 1 Nb BRN
    8 a. LR 0 8 N : il: ‏ا ] 8 لد‎ + 0 0 | ‏ا لا وا‎ 0 HEEN ‏لل‎ 0 0 A El 00 8 0 HRY ‏ال«‎ § 0 0 UR ‏ا اللا مها‎ Re HEN 0 > YUEN HIN OR HS i 5 a N N ANE HEHE + ‏ايا‎ ERD 1 8 8 5 SHED SENN FN NE EE 0 1 N 3B 8 88 ‏ال ا‎ PHAN i ‏م‎ HES LHR SHES | 85 ‏اال ِ ا ااانا ال انع ا‎ Tot Yom ‏اود‎ Moss ‏الك‎ Tues Pas ‏يفون‎ ‏دغل‎ ‎expected Copy as sia ’ CV ‏متوسط تمليل‎ +3, 3 Xan 4 ‏مم‎ ‏ا‎ ane ‏اد و ات‎ 2 EE RR ‏د ا‎ ‏اد ا‎ ‏ا اساي ا سمح سو‎ ‏اد ل ل ا‎ —— - PRR SN ‏ا‎ Eas 0 ‘ ER i RR RE 0705 08 RPA-SYBR SHERLOCK Ee 5 Es ‏الشكل 5 (يتبع)‎ XN wt ‏ب‎
    EX KPC crBNA SEY NDM-1 crRNA Pp HEX "ERR EEE ‏ا لع ل‎ 8 ‏اا ا‎ EI |S ER Sa 3 3 EN > Ne 4 i Youd ~ 0 | o 5 ] 0 0 ‏جم‎ ‏ب ب ا و‎ 0 0 0 ‏ا يا ا ا‎ ‏لامج لا ل ل ا‎ nen Cl = Lm ‏اا داس‎ BIDMC ‏فق‎ BIDMC 14 BWH 22 MGH 10 MBH 89 Ecol (KPC) (KPC) (KPC) (NDM-1) (NDM-1) of ‏الشكل‎
    ‎i‏ ‏4 ‎ur‏ ‏8 & من ‎SARALCUL GAUUURE‏ ‎A PEE 7‏ ‎TAY Was vA op‏ وا وات ‎TUNIC UAT‏ رارزا الفا اتات لاا ‎vr ve‏ لوكليوتيد فرتعا عل انون لجن لاا
    سا .2 الوكليوتيد مم اس الات ريعي * - . ا راو فقلاياى الاو لللوفقش فول خرذ ناعللا ص ‎AUBUBACCALAAGAUGGUUCALIUAGGHA. , - ™ ssHANAY‏ أ ‎patAUSTUANL AS, ed‏ ‎t‏ فيضن لاسا االلفضقة 0 9 ا ا ل ل موصخ ‎RAEN AW AN a b‏ ات ‎REEL RE‏ لاا عدم تطايق. % اونا لاع اا ‎orBNA‏ ْ ا ‎SREMEALTIS IDEALLY 3‏ ¥ الال القت تلا لذو الشكل ‎oy‏
    ‏ب‎ ‏توكليوتيد المياعة‎ 8 ‏ححا‎ ‎- Cl + ssRNA BN 1 ‏ا‎ ‎0 - rsSRNA EN a ‏ا لالض‎
    1 >. ‏ا أن ال‎ BS i | 88 5 Red 3 ‏ا ب‎ 8 3 lls ‏ا‎ ‎x 5 NE BB 0 Xd RE 88 NE ‏ىلا الا‎ § KB ‏ذا‎ ‏ااا لإ‎ +N 0 ‏ا‎ BIN Es ‏معلل‎ EN ‏يوجذ‎ X ¥ £ & 3 ¥ CrRNA ‏موضع عنم تطال‎ ‏8؟ نوكليوتيد‎ walt hd ‏عا‎ ‎oN ‎<r oe 2 x 0 Ly, : ‏ب‎ oe 7 ‏ب‎ ‎2 OO © ‏د"‎ Ne HAE BN NA ‏يوجدذ‎ 2 Y * & 5 7 rRNA Gils ‏موضع عدم‎ ‏(يتبع)‎ oY ‏الشكل‎ ‎A EC
    ‏المياعد‎ Al glSgivy 3 4 ES Hi oo 4 + ssANA 3 + َ yssRNA BN Uy Ya
    3. Make 3 14 8 ) ‏اتاد‎ IRN 8 Ye BB ED \ 0 AN Ne Ne ‏سال اا‎ > > - X dx gs ‏د‎ 4 * % 4 CrRNA ‏موطع عدم تطابق‎ R oh wd ‏لوكنيوثيد‎ YY دعابملا‎ Ages ‏ونا جاع‎ ‏ا‎ ‎© + ‏ب‎ ‎2 ‏ل‎ ‎2 LL i = Rong, Ta RR Ne SN En < + LL £ = BR BR i xy AN OR 8 DN 3 & X Be PEs ‏ا ا لأ‎ 8 aN 3 AR Na ‏يؤجد‎ 0 3 3 + 3 7 CRNA ‏موضع عدم تطابق‎ ‏اذ ا‎ 8 ‏ب 8 (يتبع)‎ Jd
    ‎٠‏ الوكليوتيد المياغد ‎on ' ssRNA‏ 4 ‎ox vssRNA 8‏ 2 و ¢ 0 ‎Text :‏ 3 8 8# سي سلا ‎age 2 3 ¥ $ a 1 3‏ ‎page‏ عدم تطابق ‎rRNA‏ ‎J‏ ‏نسية المباعد ‎٠‏ ؟ توكليوتيد جاع ‎S$ . 8‏ 5 ‎i‏ 0 0 0 0 داج ع 0 0 ‎١‏ ‏ااا اق ‎a = #‏ £ ¥ 1 الايوجد موضع عدم تطايق ‎CrRINA‏ ‏الشكل ‎o‏ (يتبع)
    } TC CHCAUCHAACGALAAGAUGGULCAUBAGLLA. . ‏د‎ # + ssHNNA
    +. CCHCAURUBALGACAAGALGGUUCALIAGLEA, | ‏كد‎ ١ 55RNA VARS SU ARG RAIA ‏ف‎ ‏موظنع‎ 1 SEER BAR aa Al : gab | FATE HLEMEAR A EY aga ‏الاق لمارا 1005 المستهيف‎ pe : ‏ل ل ا‎ # orlRNA oo AGAR ‏اماي م‎ i ASAI ES LAT TE ANAL Tan } a FEE A AT A AR LEE FL ‏سنال لا‎ CACAAGAUGEULTAIUAGEUS, ‏عن‎ ¢38RNA oo, CUCAUBUAACGACARGAUGEULCAUUAGSEA. . ve ¥ SaRNA PIAA REA CAMERAS ‏و‎ ‎ERR SANGO ‏ع‎ ‎ipa |0480 Yay ‏المستهدف‎ | SURAT * me i ‏ا ا ا ا‎ ari ETE 2 : . i i h TRG RAN vi CAEN NU BALA CrRMNA Tl REA EIT {LSet enas Y Wo CUEAUCUAACGACAAGAUGHUBCARUAGEIA. , ‏ةطيع + كت‎ TY CUCAUSUAACSACARGAUGEUBCALUAGEUA, .. — >» . + ‏ماقي‎ ‏ل‎ RIO RT ‏ل اج ا ا ا ل ا موطيع‎ A ‏ا ل عدم‎ WL ‏موطيع ا‎ ‏ل ا ا ا ا ا ا ا‎ et ‏الل ا‎ digit ‏برا تساي لأا‎ IER UAL LSA ARR IL 8 HE ‏عدم‎
    ‎. ‏لحا ل لواو ارا‎ Ue ‏ميات ّْ درطت اااي‎ ‏اااي ااا ال لانت ا‎ TY ‏ا‎ DRAB A We, THCAULUARCGACAAGAUGSUBCAUNAGEIA. | ‏للدي + مت‎ Ys CHAE AALEACAAGAURRUUCAUUAGGYA .. ‏بلطم ¥ عد‎ CCAIR UMA ase EE ‏اداج‎ A ‏ل ترج‎ A ‏جاع‎ AS HE 2 6 . 3 Akh pas EAR LA EA ‏ران‎ GRR UL BE NBL * ‏موضيع‎ ‎Shpall ١١ ‏الماع ا اريزا‎ aki ‏عدم‎ ‏تجوز الور‎ A LARD Yor RMA ' EAREMEARR RATAN 8 AERATOR AAR 8 SA ‏الشكل‎
    حب إزاسة ‎di ga‏ ِ إزاسة موضع ‎CrRNA‏ ‎iy‏ ‎Ym‏ ‏ال : 1 اب ‎١ ssRNA BE‏ 3 ‎hy J 3 aN‏ ‎i x + ssRNA BY‏ = ‎Tye TSR |)‏ ‎TEE‏ ; 0 4 8 8 0 1 1 3 8 7 ] 10 44 اج ا نع ل ب ‎NE HH ! 0 ] 8 © 8‏ ا ‎BH 8 3 HON HH 2‏ 7 85 8 8 8 8 + ‎hE: N RB BH Hill BH R:iE ® B‏ ‎SHH BEB i‏ ل م 8 3 ‎ARERR UNE Hr RE AR 1‏ : > 1 الال الي ‎'٠*“‏ 3 ‎ME HOB H NEE 3 Ni 2 i H‏ ‎Hos‏ ا ا ا ل = ‎ROR: NE HENNE Na Hs 5‏ ‎SANE I iN HENGE BE - 10 a § 0‏ ‎Basil‏ التي اليا ‎CBRE,‏ ‎CRNA vey Fx Fesiv ¥REVY A fig yad‏ ‎cds‏ ‎digs? ¥ i 2 1‏ وضع عيم التطايق + لا 2 ‎١ DE‏ & نسبة ززاحة موضع| ‎CrRNA‏ ‎i x‏ ‎od‏ ‎of Te‏
    © .7 > \ @ 0 ب 9 ‎Nad, tore 4 N‏ 0 0 ‎N‏ 0 5 0 0 = ‎٠ 0 0 N‏ اط ‎wu BNE 0 Nix‏ ‎alle sq | 8‏ اس ‎BN EY BS Re 5 IY £3 SE‏ = ‎N 0 N N 1 0 8 0 Nom RY 2 0 Moy 8‏ ‎BINNE NG‏ ةا لت تيج ياي تت تتا قل 2 ‎boy 3 : :‏ ‎val‏ ديو لخد + ‎r¥esny‏ 1 ”حدم يبد ‎crRNA‏ ‎ATL ¥ i * 3‏ موضع عد التطايق ‎At‏ عدم 3 ‎a AT‏ الشكل ‎aA‏ (يتيع) ‎A wg‏
    ‏ل‎ ‎¥ ‎١١ ‏الفرد ؟ الفرد * الفرد‎ درفلا‎ ‏8م (لعاب معي‎ shade ‏ذا يد‎ dh ‏يد‎ ‏ل‎ a A | ER ke 1 Rok we
    ¥ . ¥ . | ok i | RRA a BE = ‏ما‎ a RNY + Pr 1 SEE BNE <L 3 8 Lo 7 i . : 2 0 2 "1 ‏ا‎ ‏ا‎ Cn bias ANA 1 ‏اا أ‎ ‏ل‎ Sed pd em hel BNE BR a be SU pe NN ©) XE BB at | ‏اتا‎ 0 LL ad ‏ا‎ 0 0 Cl ‏ابوج بع‎ LR ‏ااي‎ Pa NEY . Cd Bo NON LL
    NEW. BER FE ‏الل‎ ‏ينس‎ A AG © A 4 8 8 wr AG 8 8 AG G 6 ‏ري ضع‎ A G 54 ‏الشكل‎
    ‏اس ا‎ ved ‏ات‎ ‎3 AA ‏ويم ميان‎ Je ‏يا‎ 2:0 es 1 re601338 ig Te — 0 0 ] Ee bol Be 0 ‏ا 0 ا ل‎ $10 ‏لاج‎ m= ‏اا ج‎ La ‏ا‎ ‎Sell ‏ا ا ا‎ 0 TEE Ei 0 0. ‏!]ين‎ ! B RRS MYA AG 6 ‏د‎ 6 AAGGAAG WYAGGGAGG AGGGAGTG orBNA A 05 ‏فب‎ ‎§ a ‏؟‎ ad van +o ER ‏ل‎ GE ‏امعيار‎ BS 0:7 ‏امغيار‎ TT ‏سا‎ ‎0 rs4363657 = aq NE x 2 , 8 oy RY SR - 0 ‏الل‎ | is iis a bi Pd Ry 0 © NE bod Nl. ‏ا طب‎ Po 0 ‏اج‎ RT 0 Let 0 ‏ذا أ ب‎ ON ‏لخي تا با‎ OER ‏لق يت عم ا‎ ١ ‏ال‎ ‏اي‎ Lm ‏ا لذ‎ ‏لين‎ ١ ‏نا نا‎ ] ] © ن١‎ GCTTGOT ‏ب + | | ح نس‎ 7 17 CTTTCTT ‏ايانط[‎ C T >< ‏الشكل‎ z ‏معيار معيار‎ rs601338 A crRNA 5601338 G crRNA AA AG 5 AA AG GG Las
    EES. ‏يمل‎ ‏ا لأا أ ا‎ CEE ot SE 0 ‏اد‎ : VA) ‏ا‎ (AA) - 0 ‏ااا ا ا‎ ‏و ا ا‎ wa 0 ‏اا ا الا‎ ; a SEER A : HER ‏أ ا‎ a 0 PAG) ١ --- -- (AO) ‏ا‎ Lee GEE ‏ل‎ Be EE fil 3 ‏ا ل‎ a ‏ان‎ ‏ل ا ل‎ ee ‏ف يا ا ا ا ا‎ * ‏ل‎ SERS ‏ل ا ل‎ 1. ot ht ‏ا ميت حرو و حا لوا م حي حا ل‎ ١ : ‏ا 0 : اا ا‎ a (GE) § oT (GG) 0 ‏ال ا‎ Ch ‏ل اه ا‎ fy Se Shae REE 0 a To pinnae ve SE EE NEN ‏حم نرب ل‎ dea eae Ga ‏ا‎ ‎+ )3:3( ‏اد‎ (ERE) . SER ‏اا‎ 4 ‏ل ا‎ ES NN ‏ا ل ا‎ ae a ‏دا ال‎ ‏ال اسان ا‎ 3 ‏معيار معيار‎ rs4363657 C crRNA rs4363657 T crRNA GC oT TT Ce GT 17 ‏القيمة.م‎ ‏سيا سسا‎ ١ NE ‏مس ا‎ NEE ‏ا‎ ‎6 ‏نه الا‎ : 0 a r(GC Naa r{CGC) Be sail ‏اا ااا ب‎ 0 ‏ا ا ا ا م‎ CG ‏ال ا ا ا‎ cm ‏ا ال ا‎ 0 ‏و‎ GD ‏د‎ on . poe 5 SHO ae RN CINE maa = = Lo 0 ‏اا‎ Vil ‏و‎ ‎0 ‏ااا 0 ال ا‎ Cad bh vax oye. WE CO - | EE NN re ba (TT) ‏نا‎ a {TTY ‏لا لايع . ا‎ ‏ا ا ل‎ eS 0 ‏لت ا ل ل‎ al 5 ‏اا‎ | od pd Soa xd ‏ا ا ان‎ = Lame oN ‏"م‎ ‎Ny OE ‏ا 0 ل‎ OTs a 8 HTT SRE Ne (TT) 0 ‏بي لا‎ 0 ‏ا ا ااا‎ Te Cota ‏ال‎ EE ‏ل ات ا‎ = RB Ay nad ‏التزكبيات الورالبة‎ SHERLOCK ‏الينة بابتقدا‎ pl 1 ‏لك‎ Aa am Sad sar Rady Sent ‏ل ا محم جم مه مدوم‎ ‏اس ان‎ aE - ‏ا ا‎ Chai SNES ‏وا‎ ‎ie ‏لكل نجيار من‎ SHERLOCK sali 3 Sea Ra per A gt SE -_ ‏و‎ ‎+ ¥ > 3 mea RE ‏الترتيبر‎ ‎SHERLOCK gi AMOVA lua + an | ee a ‏ل ا | |- للقرم مفابل قل مهيار من المعايير‎ oon ً ERE © ‏الوراثي تلك المفارثة غير‎ a + ١ ‏ا‎ ‎iid ‏ع‎ RE Sh SARA ‏اا ب‎ (5) He ‏الشكل‎
    Aus shalt DNA ‏باستخدام خلفية‎ SHERLOCK t Xow pd 7 ‏ع‎ ‏ا‎ NN ‏المصسر؛ 3ق‎ Lb 53 vy 0 ‏ل ا‎ 8 1: 8 ‏ل‎ A 3 3 1 ‏ل‎ HAE 2 5: A LL ‏ا‎ ‎1 1 ‏ل لل‎ Nay ‏ا‎ ‏اا‎ Tre ‏ا‎ ‎4 | | - oP 3 ‏ا ا‎ 3 | . 1 1 1 = . boa ‏د‎ : 5 ee LE a LJ FF 1 . ‏ا اي ا‎ A LL ‏ا‎ ‎% sy Lk Lo ‏ب + ا ب‎ ‏نيوا‎ hem gy Yoas® ‏مالالا‎ Yax¥ » (25s ( SSDNA 385 ١١ ‏الشكل‎
    : ‏يول مباشن:‎ ‏الكشف ¥ ساعاث‎ (RPA ‏ساكتين‎ ‎Yow rons ‏ووو‎ ‎3 Aree L a | . to 2 ‏كل‎ db 1 7 Eases 1 0 | & > 3 lo ‏الغ«‎ ‎Tol 0 ‏وو‎ ‎< 5: 3 ¢ IN AY ND Lg B00. 1171317717734 PY ‏الشكل‎ ‏بول مباشر.‎ ‏الكشف + ساعاث‎ RPA Gite 3] 1 ard .
    Ma. 8 ‏ال‎ 8 a] 1 u ‏ا‎ ‎2 ْ: ‏ب‎ XN 3 ‏ب‎ nl J ARE ro I 3 1 ‏ا احم م‎ 1 6 01! 0 ‏الشكل حب‎
    ‏الكشفب * ساعات‎ RPA Glave ‏ب مو م‎ 3 ‏ل‎ ‏ال‎ ‎] 0 : ِ 1 1 ‏الا‎ 0 ‏ا‎ oa zl seam F333 17 33174 re ‏الشكل‎
    ‎. + ‏بول مياشر‎ ‏والهدة‎ Sle ‏الكشف‎ (RPA Bade ‏ا‎ [ 71 0 MN Vine 8 & 0 2 8 % + 8 ‏م‎ NN 1 ١ 0 al RS EF. La [DEE 11323777774 ar ‏الشكل‎
    ‏يول مياشر‎ ‏؟ دشقك الكشف ساعة‎ ٠ RPA ‏الإرشادي)‎ +( Nae w 4 ‏ب‎ ‏ماح "و"‎ ُ 0 2 Hn 0 025 ‏ج‎ i 1710 8 3 gL & 0 SL . aa LL - ¥ § EL } : : ‏”الم‎ +» pe © ‏*«ة 3-0 © اله‎ a 3 8a oe > IL << wo > 2 2 By FX i1iiiii313% 4 1 ‏لنشكل‎ 7 }
    Sela ‏الكشف‎ odds Yo RPA ‏معايزة العامل الإرشادي‎ id ‏ب‎ 2 a wy FH ‏ما‎ ‏ب ل‎ LS ‏ده‎ I 3 ّ 8 sy 8 KR 3 | Elikihan -
    3.11 3 LE ~— BRE oss oo XE bg 8 : 2 4 02 ‏قاذ © و دح‎ 1 1131431311711 4 Ms ‏الشكل‎ ‏بول مباشن‎ ‏ساعة‎ chats Hida YY RPA id JE ‏معايرة الحامل‎ ud Hexe ‏ب‎ ‎3 ura Sa 8 ِ"" ‏ل‎ Fe we » sa % FH Faas s ’ : gos ‏د‎
    ‎. 3 ‏علا #8 ب‎ eo gp | - 4 3 Ww Pian . — wo woo won eB ‏ل‎ om 1 0: 1 4 14 7313 17 249 7 Ma sa A 3 d 4 1 4 a 4 to ‏الت لشكل‎
    Vesey ‏اب‎ ‎5 ‏تع‎ #7 2 Fx ‏لاق‎ 9 35 TA Wo Seven FE a a Ho BE en DNA : AE x 0 ale BR wes KJ ni 17 om 3: ns | 0 a 1 ‏ا ا‎ H 8 wo SRR Sar SER 3 ee 3 H 1 i i 5 : 2 0 5 ChE ai ha aie ‏اتاج‎ ofA TY CENA ‏فلج‎ + } ‏ا‎ target Spat ret bE ‏مانا تت‎ car tat ag gg TTATTECAATRATTALTTIE AA{GARGARTY ada {askas patio dial age BAT TRACRBAY ‏ا ل تيا‎ ptmarabd 6 TICVISATTRC 705 ‏لاا‎ ATTY ‏الأميادة االمسوفاواءة‎ primer sed TR TICARTITCAAATAAGRATATAGTE TACTIC P falsinart Saver § primar nt 28 saastiastucgactiactotanag TTUTTATYACLARARIARGE 1 ‏أي معطا‎ primerset 15 ‏اليا ا‎ sasabtataceactoacrat aga sf THT TATSCRATOTTARAAST ١١ ‏مط يي لاا‎ wal JF. & SER : 48 AL TRITCCMRTA TAATIGACETCSB IU CATARTARAGLA ‏ا ا‎ target 2 primer ad £8 QAATTAIAGTIGITRAACTIOGTO EE ‏الا‎ {mpi prise set IR cetartasgeataaticarcapatiztggtittagtoocat ogni § 0 ‏اونا‎ target ‏ناوا‎ at ‏م‎ ‎1 tastite geatggteatgcatpeocgttttiaptigtittogtorentostt | ‏!للفو ونا‎ prime set ‏لتر‎ ‏ل ل‎ ile ‏الا أو‎ ipa tus ‏الجاع يتويد‎ ١ ‏اونا‎ target 210 seb LORS 1 11 ‏#انتسبتنا ا 13و13‎ ‏متام فونه لطا 3 | االمبعات 1721311 و زا زواع‎ sot okie {Htgzeutagtotantoaccianagtzagtogiatianlite ‏الشكل كذ‎
    RNA @ - 0 ‏كيلو قاعدة‎ © 5 IGR : BERENS 11 AY Naa Er BL TN | ‏ا الاي‎ ‏ييحم‎ SNe ‏اليج‎ f % ‏وا حصن الع‎ : ‏ااا‎ 1 Aad i al Sd Bd 34 Syd Foy x Ra Ne he ‏كبلق قاعدة‎ ¥y . ‏».مت انوج‎ LC aan cd af Tan ‏قا 5 ا‎ fe : 1 i. 2 ‏ل‎ LA aid pS 5 " ‏يي‎ I< a4
    ب ‎Pn‏ ع ‎baa ’‏ : 0 ‎ww i i‏ ‎i :‏ عا م - الفيروسن ‎hv 8‏ < ا ‎z SEE‏ يحي : ول ا ند حب ‎Sa FR Moana i 8 {‏ ‎i‏ 0 « ] عمل رخدي خلايا كص ‎A E01. Lg‏ عي ‎g‏ زتعن ‎Castds‏ ‏5 § 3 & 5 5 = ‎doe iB REE BE‏ ‎i‏ : 4 7 5 3 4 ‎EB ]: 1 1‏ © 3 ‎XY xy * HII‏ ‎rill‏ ا ‎TIGHT oi RNAse vo | B‏ ‎A 0101 I‏ ‎FE EERERRERE EE‏ ‎‘AAA RAL LL‏ ل ا عا الى كل 4 ‎Ra‏ = = بح حت اح 3 ‎FFI‏ 3 م ‎BAN‏ ‏نولي لين لن لي ناي ‎SEES‏ الالال 0 : يح 5 9 ‎Chest a‏ يروي كفت ا 3 الشكل ‎TA‏
    ماج ا ‎LB‏ لال ‎J‏ ‏| 1 إ ااه 1 = : ٍ 3 ‎Yuva x ْ i ) :‏ 2 ْ إ أ # 2 ض ‎q 1:11 wr‏ ‎Senn | | ,‏ © تك « ات كك ىب © « ات تك اج 1 010ااء 0 اا حي ني ني اي راثي ‎Al CEES‏ ل م اك كك كك © ك ل ‎LaF‏ 3 ; و ! الشكل 19
    را الاو“ يجين = 8ج >< = ‎h SFE‏ £3 . جاجدو ‎Yh‏ 3 3 ‎PII F SPSS PEF‏ 1 47 ‎SEIS FINS‏ ار اي د ‎A ١‏ من ام لي 3 9 300.90 - 4 ص ات ات ب< خم ابح ‎FS‏ ا ‎wa)‏ ‏4 ا الشكل ‎Yoo‏
    Ra ae 21% ‏حا ؟‎ © ‏ا‎ ae ‏ال د »هه‎ AN Nes 8 ‏ا‎ 0 4 7 ‏ا ا‎ NA 8 SN, : dL ‏ل‎ 0 based ‏إرشادات‎ 8# ‏(مرمزة) ان" > ا"‎ GPC ‏ال إرشادات استهداف‎ / 5 ‏(غير مرمزة) ذا الل“‎ GPC ‏إرشادات استهداف‎ ٠ 0 + Hn oy Se a 2 1: J 8 ‏أ ا‎ NRE a i ET ‏:اي نه‎ ed iT Noo ‏ب‎ \ LL ‏(مرمزة)‎ NP ‏إرشادات استهداف‎ EES SEEN 1 : ‏ال‎ i . 0 Co Fre | ‏(غير مرمزة)‎ NP ‏اسشهداف‎ id % Tae - 8 8 ‏مجح ا ا ل م ’ 7 1 ل‎ . ‏(مرمزة)‎ L ‏إرشادات استهداف‎ ١٠ ‏؟) ا‎ | LT ‏لأا‎ hat dan Roo CG ‏لا إرشادات استهداف .1 ([غير مرمزة)‎ RL ‏ال مع‎ Laat ‏#اشادت‎ 8 Va Oa ‏شق لرشادات المتيقبا‎ ‏ا ال‎ ae ‏ا ا ا اا الا‎ ‏د اد ا ااي‎ ‏ا ل لا ا الب‎ ‏ل‎ Oh Va SEs ‏ال ا‎ VY ‏الشكل‎
    ب ام« ع ‎Yi 4 BE‏ ‎ae‏ ; 2% 4 ا و ‎BR‏ 3 ‎ved BE‏ = ‎a‏ 3 ‎Be ER‏ ‎Be‏ 3 ‎NA‏ 2 ‎pe Nae‏ ‎J te RE‏ ‎Sa‏ : * ‎noes‏ ‎ay‏ ‎Saas‏ ‎RN‏ ‎EDTA‏ ‎RE‏ ‎s | Ray‏ ‎Ne San‏ ‎ea‏ اله ‎ER‏ ‎SE ON AORN‏ ‎ERE es 8‏ ‎Rn‏ = ل ‎Se‏ ‎ON awed nee BW 85‏ ايت ا ا ‎Sh‏ ‎x‏ . = اسم اس لا مس لما ل ل اا + ب 8 م ‎Xs ie ¥ x ¥& ¥ x re‏ & * ‎tome‏ ا اع ‎TEL‏ ا ال لذ لجوج ‎A ARG alt oid‏ بالإرشاد ‎malt‏ عن الهدفب ‎ig ky‏ 2# ‎TH‏ م4
    ال حم ا ا ا ل ل امتح ماج ات اد لج ا ا ا
    LX a ee 2 Si ‏ا‎ ana . EE 0 BE I ‏م‎ ‏ا ل ل‎ ‏ا ل ل ل ل ل ا ل‎ ‏ل‎ NRA WE ra SA Ns TE B ‏أ‎ A ‏ل ل م لوم مي ل ا ا ا يو ا جر اج ل ا ا ا‎ A A Se FAR ‏ل‎ OY ‏ل‎ EN a a ‏ا ل ا‎ RE SA ‏ل‎ Se Se eine eee in ia BR ‏ا جا‎ ‏ا‎ ‏اخ‎ ‏ا ل ل‎ ‏ل ل ا ا ل ال ا ا‎ a an A TREN a aay RAR a er ‏ل‎ Ep ‏ل‎ a EE Ry SE EE a ese ‏ل ل‎ ‏ا ال‎ FO CR RE ES aR ve ‏ا ل‎ a a ae ‏ل‎ NS RR BE A A Ce ‏ل ل‎
    ‎SRN CENA‏ ل ‎GER ae‏ حش ا ‎I CEN NE‏ ا
    ‎Ay SAAN A Se ‏ال يت تت د اتات عا حت‎ x 3x, A ‏لول اا بي‎ 8 1 4 0 + 0 ‏الفارخ‎ GEO ‏المقارئه؛‎ ade BI Tn By En BR BR Ee AN BD
    ‎BE A a ER BE OR BE EA ST BE AN Br a RN a BE ea a ‏ل‎ NR Co A oR a RR Ta ‏ا‎ ON Ran EE Seu RSet Seve SCT ‏ا‎ ‎A BE ‏ا ل‎ 0 ‏لل لل‎ 0 Ne Er NR TERY ‏ا‎ A PA KS ERNE ‏ا ل ل‎ a ey ‏ا‎ a a aa RA FAN BE a a AN ASO A YS ‏ا ل‎ aR ESE ‏ا ل ل‎ ES ‏اح ا‎ DE I ‏ل‎ ‏ا ا‎ aig ‏ل‎ rs 0 ae 0 ‏ل‎ ER eR veh A i as ‏ل‎ ND ENR ARR HR ER BE Ee I Ry ‏ل‎ a ER RES ‏ا ل‎ ES ANd ‏و م ا ا م تا ا د ا الم مج وكا رض مت حا م م ا ما ا وا ال م مو يا مج وجا م حا ا جو حا ا جا ا ا‎ Pay ‏ل ع ل ا ا و اق‎
    ‎Te ‏قو‎ y Yo Eat Anh ay { vee Ey 1| ‏الإرشادالمستهدقاك‎
    1 اع“
    ا 3
    ; و ‎a‏ ا 3
    3 ‏دض‎ i | | : { :
    y ! wo 1 4 INE } 5 1 ٍ ً 1
    ا ا 2
    7 i a i | 8 1 Bool ‏ا‎ a Ch اده 4 i wor F a 0 Cl i ‏ا‎ ْ 0 01 17 | Po i i 3 . i i k : ; ٠ 4 3 & ascent 88 4 is ii in . had i 4 3 dis : ‏ا 3 3 1 3 ا‎ ‏ا ا ا وا الو الا ل ...ا‎ E S BMA L RNA Vi ‏الشكل‎
    & ‏ب‎ ‎} ‏تور | ل‎ BUSS ‏تلض‎ gDwgroup 8 17 ‏ض 0 اواو ا‎ ١ ; . 3 1 : y 0 = i ae >< ; 8 ‏ا‎ 5 VY cel 3 3 1 Ls . 2 om x 3 , 0 = oz 7 : ; ; : 7 Bi if ia 3, 5 . 3 Moan we : : { J 3 1 ٍ ‏ل 2 ل‎ 0: 4 4 I i 0 5; 3 A 3 ‏ماج‎ 8 . ; . } 11 he ‏ا‎ sil ‏امع‎ be ‏ل‎ RE JF = Co : 1 dp 3 : 5 vi x = La ‏بول‎ 8 1 4 “i 0 01 0 ‏ا ب‎ 0 5 > & Y ‏أو‎ Bi ; 0 ‏الا ا‎ an | ‏ف لذ‎ : 0 ‏ل ل‎ En Hd ‏امع‎ . : Sie | 2h a wy 4 Ea . ' Be By 0 1 ME 2 8 2x ge s ; : 8 2 0 ‏ل‎ i 5 0 gE - 4 gens i ew i ax el Z + ERE ‏ا ل‎ : os 0 a AR ERE BME 058 Bd ‏ال ا ال‎ x Te eT x ‏ا‎ Ei ‏ها ال‎ : DOM ‏فقا‎ RMD i : : 2 5 ‏ل‎ ‎1 1 533 54 : ‏المنطقة الإرشادية‎ of La iim 3, ‏ال‎ 3 1 7 ّ TT 5 3 5 5 4 od ‏ةي‎ ‏ل الك‎ ٠ 0 x Vo Aga ‏زيقا‎ cDNA ‏لشكز تركيز‎
    ‏نس ا جا ايج‎ ُ iain a ] 34 4 , sr 1 : Tore a | i SH 4 ٍ ‏ا‎ ‎34 : B J iowa : ] ; Yoox am Jd 5 1 | : we x ® we + wo “ ow" ‏ع نج‎ oF 3 ‏ب"‎ 53, “3, . 0 3 3, 3 3 5 8 Ty 4, 7 5 J 3 Va ‏الشكل‎
    + ‏برا ياف المي‎ {| ‏الا ترانسكرير 7+ إيقاف النشاط‎ Er Ls ‏الماء‎ 2 a Po Ava ‏ا = الاب ء‎ Eh pad RPA - ‏ا‎ a & 5 5 Py ‏الب‎ 8 ‏نبول يي الل كنف و3 أعقي‎ NO REE 8 SE Be Si § i E — — 7 5 : 2% £2 = 2 a bod : a > 4 ‏ل‎ & or Xa 8 ‏ا‎ & Sus : a Sn ge ‏م‎ ‎og Gas Ye hE ‏؟‎ + sits Rona & a ‏الل‎ u a ‏نا‎ ١ 1 yo 3 oa ‏ا‎ ‎et va. dB mE SE mE 18 Bl E i Se ‏لاف‎ an og boa ‏مام أي يول‎ 4 i Bae gl mu Sib ‏المام او يول‎ ¥ V Jedd { Se a 1 5 8 Bc INA ‏اال تم رشه ب‎ BE Gb . . 20 ‏سه‎ ‏ا ا ا ا‎ 1 5 2 YY 3 i ‏ل 0_2 ؟‎ 3 * a a ‏و7‎ & = ‏ل‎ 5
    ‏لس‎ ‎7 ‎JE Ns sw Ge ge San ‏الماء‎ 88 ‏إْ‎ Hl ‏نيقاف‎ TY ‏الستريتز‎ 5 i ‏و‎ 5 i.
    The ‏البول‎ 8 ‏اا‎ 3 ARR IES IE Mak RIRPA عخيبروو‎ an Bee Hot Tot ‏ومس‎ 8 : - ‏ب‎ Wer gaan ‏دغ‎ ‎> | ‏هب‎ ed ‏يبس‎ 1 iE RE SH - Bae af oo 0 Fhe dar.
    Sete 8 ‏ل اليف‎ lo ‏ب‎ 3 Bey emp ENE vo ‏لاا الا الغنام أو يؤل يشرى‎ J RNA aka CBRE Boa nin ' ‏ع الاق ا + م ام‎ a + gE ‏الل ألا‎ 3 1 5 ‏5ج‎ © 3 1 5 3% 5 4 303 A mo" 3 ‏ةك‎ 5 Too ‏لمن‎ VY ‏الشكل‎ r AY eae a 0:11 85 PES #8 em . 5 ‏البوّل % جام م عاك‎ 2 ‏النشاط‎ iy i 17 Spat 4 Vaal ww wg Saad RT-RPA (asta ‏فد‎ 7 = a = ST ‏ب‎ » ya ma mE ah ‏لإلسيسة جع‎ ssn ——— A * I EIR Be x . 1 ‏اي ا‎ om 3 0 1 Ries 5 ‏دقيقة‎ Yo asl & CE 0 ‏ل‎ 0 0 0 ‏ا اا ,ا : العام أو بول بكري‎ ‏د اخ اك لورشاء‎ ‏بجسيماك فبروس زبها‎ 1 3 3 5 3 3 : yg 5 َِ 3 i bs 2 2 & #7 ‏يبن‎ VV ‏الشكل‎
    ءِ ‎od‏ ا .+ جبلوم فيروس زيكا ومع ميمه موصي ‎EHUD‏ م ‎a‏ ال وو من النفظ غير المجالج كدف طق انسح 17 أب سس ‎toemeroneensecescorsnese‏ يمي مما : \ 1 نل ‎Caslda aks‏ - 3 31 ‎We SERA EA 2 4 : a‏ يفي — ب ْ 0 1 ناج ‎RA‏ ‎a |‏ ال ‎Bee‏ غير المعالج = —— ‎Als Fhe S 5d i FER , So‏ : الهندوراسن . + 5 8 8 ‎Alt py HMA‏ © م & ‎SS‏ ‎a ny‏ 1 ; ججهورية الدوميتبتان ‎Lo &F LE ab‏ + قافر * ‎BSA‏ ‏الولايات المتعدة ست ‎a‏ ‏الأمريكية ‏الشكل ‎VA‏
    ج + : مير ‎PEA‏ بل ‎UY aL ORI £ nL‏ اانا ‎PAS‏ ‏وحييون ‎ax CRADLES TNR J‏ 00 ىت ‎CR‏ ومسو حوور 5 ‎i * SRE HY‏ ‎BY‏ موا لتلا ‎A‏ ‎i ;‏ ‎i: I =‏ 1 3 3 . ا 3 0 3 ل - 0 2 ‎a 1 8‏ : 1 ‎J + = s ®‏ ‎a py :‏ 0 3 ‎A wy‏ 0 | 0 4 ‎J 4‏ > 5 0 3 ‎we 2‏ 1 8 2 8 ¥ 8 0 . 3 ‎Be £5 2 %‏ ‎ay a. 1B nN 5 =‏ ‎hen 0 = 5 0 : i‏ ‎ft BS 0 > 0‏ دا 2 ‎Babu‏ ‎pated 0 par EAE 3 £4 pi 8‏ 0 0 ا 0 0 الى د ‎J al i ot be‏ 8 ل + ‎oo‏ ٍ 0 1 او ‎or + bedi al‏ ال لد لا ا ‎nck oR pas de‏ = لق اط : ‎OR‏ ا ا ‎HE LAS GE dat‏ 7 مكل ‎AE‏ من التخط ‎of uit‏ ب ‎hadi‏ ‏تقل ‎Ran‏ من الفط ‎Shel gp = ha‏ تير ‎Shah‏ ‏غير ‎hath‏ ‎a‏ ¥ م الشكل ‎YA‏ رب
    ‏ا‎ ‎8 ‏ا‎ FT ‏ا‎ - DOM Gane BENE ١
    =... Ar SSE ‏ال‎
    ‎3. 0 USA ‏اا امرض‎ BY phd 8 0 0 x 1 8 ‏الم ا د ا‎ ko 0 ‏ا ان‎ BEER ‏ا ل‎ 0 HND jae - ‏لد‎ ‎0 ‏ا مم ا‎
    0 . me a 3 0 Aeolian ‏لا اا اا‎ RY 0 ER SR 0 4 0% od = 2 2 at 0 z & EF cA Shin EE ce ‏خخ = = سرس .لأسو‎ = SE EE mm = ‏ب‎ “3 z= wa gg Le a 2 = = DOM ‏مكنا‎ Hip pies 2 aa VA ‏الشكل‎
    £ P x Cha 8 Why 9 : ‏ل"‎ ‎“nd ‎4 NO EN Erin SEN <7 3 NY 4 Po " . Sr REY 0 re Sa Nos BS 3 a Rol oO Ny Nid va EN pong fae ¥ aN $ 0 8 RAN ¥ Ey RR Pr ERE oi Hen Puasa NN + Bel Pusha Na Roget aN en Ng ‏ا‎ 3 SY ‏0غ‎ Jing panied Ras Neg Na aN NN : IN rR aa aa Nae Rea Ran Bod aa Bae 3 NN eho ay £ IANS pay BR Ged Soa EN SSN BONE Yea 0 <0 Nu Ee : Nu REE dean RN Ne ERG EN aN ‏ل‎ oY Ray AE Rey REA RUT RON Re EN AE NG REIN i fa EIA ENE RRA DR GR EI 8 ‏ا ل‎ i SX RASS 1 as Kasay 1 ] | Ndi ios BN nl aN NG NY So NH a a ENG oN ; EG) INGE En So EA ‏ا ا‎ ‏ا‎ Nl Ni Sho 3 0 1 EN i ‏ل ل ل‎ Bea Nl COI ENG CR rnd Pay BR ENN NEN ‏ل‎ ‏ل ا‎ Een Ean ~ anno a el PRE [EN RY : ‏ل‎ ‎: ‏ا ا ل‎ ‏مجمججد‎ 0 BRS 3 FE ENE 1 Aaa RT IN 0 8 0 3 | ٍ 1 51398 0... ‏ض‎ ‎N139S i" -
    } . 1 ‏م‎ + Block ‏خام تعد‎ ‏ا‎ gBlock ; ‏يدون دشل‎ FARR Ra rd ‏برب قز‎ = 3 FEN 1 4 fe a VA ‏الشكل‎
    } ‎REA cls‏ 1105 نوعية ‎Bait‏ التضلي وعية روس ‎i‏ ‏ض نوعية ‎Lg‏ الدنك هنا هج مسي ‎CD)‏ حت ‎١‏ ٍ 0س ‎pe AZ‏ هن احا( ‎YAIR‏ © ا تكبير ‎RPA‏ ‏هع جا سناسيء ((" > - ~~ © الت[ _ النمط التصلي؟؛ © الشكل ‎V4‏
    ج ب ‎JE SEE : +‏ = ‎qed Soe B‏ ‎ne RN‏ 5 ‎BE JE Lene |‏ اي ال ا 9 5 ب ‎a 3 = Ln DENYS‏ ‎FE Aad OF bo FEET 3‏ 9 ‎on SE 2 i i : BER 3 1,‏ ‎Poli DEN‏ = = 0 1 ‎fond 38 = = ow -‏ ’ ج دج 5 = 8 0 4 ده ما ££ 8 8 2 ‎EX‏ ‎LAER 5% a BR BB = > - 3‏ = ; ‎Sad Oe PR EE‏ يي كي ‎SHH FH‏ ل ‎HH‏ .© جر اك ‎Sa‏ حي المي الي ا اح ام > حجر ‎A Yo‏ ‎REX‏ § ني و يي أي أو اي باج رض ‎FILE‏ ‏متي ‎AB DENVZORNA SR CENVIoRNAL BN DERVE‏ كه ‎DENVE‏ م الشكل ‎VA‏ يب:
    i RPA wus oo 3 EN ‏انوعية النصينة‎ CrRNAS ‏ض الفبروسة المصفرة الدولية‎ ' : © ‏بسب فبرومن زيكا‎ 0 Sie ~8 _— J = ; A ‏د‎ alt ‏عرب‎ ag pd = Sh RPA ‏تكبير‎ Sy ‏حب‎ . NS ‏ض‎ 0 Ll ‏فبروس‎ end (Gn TC) wwe ‏هن جا‎ A 1 ‏كا‎ =
    ‏ب‎ ‎3 ‏واو‎ ‎ٍِ ‏مدصي‎ & 3 Ferns ow "0 3 w= p ! oN] a a ‏قر باج اك‎ 0 a, 9 | 0 ‏ب‎ J ‏اباقع‎ wd Be 1 0 37 ‏الم‎ =u 0 3 oo 0 1 3 end "0 2 ‏ب 0 ٍ ا‎ 0 ‏الا نه‎ 1 dad ‏لم كم كك‎ 0 ‏ملي‎ Fg & FTESFE FFEFE © ZIV oRNA NE WNVORNA 28 DENVORNA SY YRV orRNA g 3 Bor vores ‏ا ملت ل طح اا ا ا‎ A ‏حصا لما م ويا لاع‎ ‏ا م‎ Sl uel x TRIER) a SRL ‏الت‎ Tn sm ST TI 3 ‏ا‎ AE 4 ? ١ ] BEE - 8. « 8 on A ted aoa oe mis 0 ‏لد الآ« ج‎ om Be HRon ‏ل ا‎ OAR EE SE ‏ا‎ ‎4 1 vous Ea . oR . . a sid 208 8B 2 ] aed go 0 FBX . ‏ااا‎ ¢ = Su COREE Aa an on SE ERR N N Gi 8 ‏لا‎ ‎3 ‏اا ا الا ند لكا‎ ‏ا 0 0 ا ا ل ل ل‎ ‏ا جالعل‎ x LL & & & & < & oS 3 &L % ‏يج‎ ‎A ‏ب‎ & a & & ‏حر عل‎ 4 & 3 <5 SN ZIV ORNA NA WNV rRNA ‏اعبت‎ DENV RNA ‏ل‎ YFV oRNA ‏يع‎ Arg ‏الشكز‎
    ‎i Sash gigs ga‏ ‎Le a 0‏
    ‎J.‏ 20 83 ‎Fee 000‏ ل اا 0 ال ‎PRONE‏ ‎ow |‏ ‎Hs‏ الل ‎aw |‏ > > يه ‎og‏ ‏سه = امم = ‎Io‏ معلا ‎on‏ لخ حيط ‎aa‏ اح ل ‎o‏ جح ‎<Q‏ 3 هلما اسم اسم ‎x‏ ‏نا ‏العدوى المشتركة ب ; ري ا ا ‎CL 26/8‏ ‎BY lve 8‏ ‎ZKV& DENY .‏ سه ‎LL‏ ‏ل" ‎EES lw‏ ‎٠‏ الاقم ةلالا ل ‎a 0"‏ يروي ا ‎WNVEYRV‏ »ا ‎EDEN & YF‏ بت ‎LL‏ ‏شه ابن ال اه نا نا نا خم ‎Seow Bn: San Saas‏ تا تخ ثة ب حا ‎pe‏ اج ‎SEES‏ ‏نا ‎N=‏ ‏الشكل ‎AY‏ i _ phil ‏ينتج‎ ‎gm ‏م3 أكق‎ das ‏المرشد إشارةٌ‎ £4 ‏استتلاصن‎ 7 Mo Gr 0 ~ - 3 1 i 3 ‏.ب‎ 0 wn ‏م‎ ‎gas ‏الحمض‎ RY RPA FR T7 fd WIN . ‏ال‎ . 3 88 ١ ) ‏مقي ا‎ : ‏يباج ااي هات‎ Bn ‏هه‎ GE ‏هوا هلد سن‎ ‏م = ِ 7 - ل‎ 0 #7 Pa af id hy, , as U RY Zo On ‏ض‎ ‏ا ستيب ب‎ os cae . ) sofa 5 ‏الي العينة الإكليتيكية‎ ٍ : rey ‏ل هيج‎ # Pod ‏ملوالية مستهدقة‎ (0 Cast3a-crRNA ‏مرش الانقسام هس‎ ً ‏ب‎ ‎& ‏الو‎ 3 . a ‏ا عا ل‎ beet ‏دق‎ : 0 cu? ile es PS * coe 8% 58 § UR Pa : os . dich an 77 ‏اغيدة مقارنة إيجابية .) التناخ‎ © : a
    : . = REA Casiy ‏عينة مقارثة تلبية © كتف‎ + : #8 ®
    3 . ® ‏ين رمي ا‎ ERY ‏ج 8 : ال‎ * “3 ‏اك‎ « 0 0" P| use ‏اي تليق‎ Be rrr re Pw aE 2 ‏بس‎ hr ‏سا‎ FRA OKA ee = : % a 1 LAE JY 8 i mere een ‏يج‎ 87 © ; ® # 2 4 ve i ‏نتيا‎ 5 * : Fi J ~ _, 2. oo. 3 "vil oe PCR otis gv . 4 4 ١ ® ‏تعديد مقدار. م # دورة‎ id : 3 5 * ‏النووي‎ path 1 ‏الجا‎ © ioe ni nee ¥ re ‏م‎ Bh An a XA A Pen WE SK A A ‏ع جد‎ <i #. * 5 - : rere el - a — . wr ee re ene el aa ae sie ae ad 5 ‏الا الي الم‎ re aan ‏ل‎ ‎yor Wt 0# ‏اج‎ * SHERI POR ‏و ** اح ل | ينين‎ ve A : > go 5 . ° Sade * ‏و‎
    ‎. . ‏ل‎ / 4 5 0 : ‏إٍْ اا‎ ; ptr A SRR ‏ل‎ ve : 2 3 % 3 2 x x ‏نمت :ناانانالتن‎ 5 He ty Y ‏؟‎ 1 3 oR ] ND. ‏م‎ « Td + yr 2 : 3 4 ‏(تالوجرام /ميكرو لتر‎ pom patie ‏تاتج‎ ‎z- ‏الشكل ؟ خا‎
    YH ean ‏د‎
    ‎. ‎Ww ‏ذاه‎ x ‏ع‎ 0 ‏إيقاف نشاط‎ Ti Ehud 4 RE NE 82 a TURF ‏حي بق مولع لخم‎ = + 3 YB ca NE ANE ‏ع‎ NT ZIV cDNA 58 25133 iis ‏ب‎ 7 ERE ٍ : NON ‏ا م‎ ‏اا | 343 هد قا الي‎ sho BE Ee og Reel ‏ااا‎ ‏و درجة منوية‎ yd nL OEE BE ‏د‎ ‎NON a 8 ARLE 1 : = 4 > x ho, 3 30% iy 9 > 3 2 * 5 3 4 = >) 5 ّ = a ‏ا‎ 3 > wu 2 ‏رام ع رالا‎ : i 3 § y § BE Gi TE Fels ‏اليس ميم‎ 1 7 007 : 7 GT LGA i Chit ‏و‎ 1 | G i : § : Hi ‏ا‎ Rae RTRRY cama as 1 NR. ‏ب‎ ‏اس ان‎ eed ‏ا أ ل‎ SB Gar. dete 2 4 ‏ا‎ ‎A gah i 5 a3 4 8 ‏مارج‎ & ; : . : ; 0 : gd ‏ا ا‎ 4 ‏م ّّ م‎ : | ! i : : 4 EET : . 0 0 8 : i : Le ~~ eo . ar i ‏با‎ ‎5h Lo on * 83 17 53 5 5 7 3 3 3 3 3 2 3 ‏م‎ 3 z 42 5 5 4 ‏ار“‎ bre ‏يخ الول ميقا ا‎ Teed ‏البو‎ 8 ‏سينا يور‎ BSH ‏إيقاف‎ 77 deny Foss 8# ov ‏دوجو بالهارة ويا‎ ‏ا ا‎ TU ada ‏كتف‎ ‎1 aa 3 ‏يو موللا ليسي للست لب‎ : ; ; Foe re "
    Ho. i» g ads on 4.34 + ‏ساعة‎ ; : : ١ ْ: ‏د‎ 8 ; : : Fen Ji ‏عند << درجة منوية‎ 3 . : BR : #8 8 : nn . la ‏ديق‎ Bg Re ‏الت يس‎ 0 ‏عند 4# درجة منوية‎ 3-7 REE, ‏أ‎ ‎ni ‏ملا‎ ‎Syl ang ‏فعا‎ ‎id Lr Sy 0 rei a . a NR 1 CRRA ‏ا 1 ا‎ y NE RSE LE RES % oR jos x : v ~ 3 $e ‏ا‎ 3 Be = - a i &- TAY ‏الشكل‎ 3 3 1 2 8 3 4 3, ES A > 7 4 . 2 8 ! 7 - 8# ‏اتدل‎ BW
    RPA cus ‏ا‎ ‎i ‏الوعيه الفصينة‎ crRNAS } ‏الفيروسة المصخرة الذولية‎ ٍ : ‏جسم عثةبيبية‎ OR ‏ب الس‎ ZIKY RPA ‏لاا منتع‎ 0 . ‏اب‎ I oD ‏حي حي‎ Te? © mot ‏هع هج‎ * ‏ين جاب‎ a, oo ri 3 wo ‏غرب الثيل 0 > ا كاي كي > * لزيد‎ Gago ‏هج للب‎ ‏لد نحن‎ wd 2 EN es ; 0 ‏هد« > يروس الحمن الصقراء‎ ‏ب‎ ‏مه‎ vem 1 HOVE Ya ‏ا‎ a 1 we 2 aust 8 77 Vier ‏و‎ + 8 be 0 ‏المي‎ ١١١" ‏م 2ك‎ rw 3 4 0 ‏ب‎ = He ZR vee au 0" 2 ‏لو‎ ‎3 1 ٍّ ‏ان 0 ا ا‎ DENY ‏مع‎ ‎Lev = a ou EE aay ba 0 & a EW WLS ‏دن‎ ‎al | = ao = ‏إٍْ‎ Lovey Sa SR Se 1 1 ‏لب ال ا‎ Tr | 1 Si | ps wo ib ‏ا‎ S588 xa ‏وروا‎ Sy iy VE CHRNA BE ZIV RNA BE DENY rRNA SS WAV TRNAS ‏يك‎ orRNA ‏الشكل 184 ب‎
    ج اج عه ااا الدخل
    ‎x. fed .‏ 3 ‎TU‏ وا ات 8 3 ‎HOARY.‏ ‎zap‏ ااا ا ب 0 ‎a, th‏ 1 ااا و ا + ا 8 نج 9 ‎ond Breas‏ اا 8 & ٍ 5 3 ا ‎oy & x o 2 bay ao Za&wW‏ 0 ا ذا ‎om‏ لي أ ا ‎Bir ey Evens‏ الا ا ‎q od 808 loa ba‏ ‎Wl aa Bou Ea __ _-‏ 7 الا ‎SOS :‏ ا ‎jist Fags SE a To‏ 8 : ‎Pea Te 3 1 2‏ م و 0 3 ‎A 5 fd a‏ 88 = 3 3 ‎SPR bE a | paw enn‏ + = ‎He i Enon 8 a i a a SR rr 8‏ 5 2 : ‎HE we TEE a2 BR gna ns‏ 2 ب ‎bay |‏ أ ‎bn‏ ا ‎OD‏ ا ‎wom HR‏ ف ألا اللا ا 3 0 ‎Sl oan‏ ذا ‎Ly a oo‏ ال لس ا اد ل الا أله ا ا ا ‎&Y‏ الأ ل نت لشن الت ل نثن_ شن ‎HSER‏ ‎a A aE WN a re vf Ch hes raed KERRIES‏ ام ‎Ag‏ ‎DEVE ZY ER ZV DENVER DENY BE NTN a A‏ بن احم حر حكن يوي يك ابو يحل ‎DENY wine‏ ‎VS‏ ‎Q‏ ‎RNA 38 DENY GrRNA 35 WNV arBNA 80 YFV orRNA crRNA‏ لماع ‎A $£ tg & {‏ ‎z t‏ a RPA cuss haal ‏توعية التمط‎ CrRNAS ‏قيروين الدنك الدوني‎ “ ‏لخ عينة إيجابية‎ . Ww) ‏نهين يّخ ا الالنمط التطاتي ؟؛‎ ™ > ‏أل‎ 8 id . ; DENY < RPA ‏منج‎ Ty @) ‏هع هي مورسب؛؟‎ SIT ‏اس الي بي لي ب رص‎ : 08 ‏“باس‎ a 2 ‏لي حي‎ Sy 0 Flea od 0 © ‏اليج‎ of “a SNS Rt ‏رن‎ Cla ‏جنك الفط‎ 8# oR Xx sv Heal ‏ا‎ - ew ١ HE BOER, ed once ‏جام اه‎ 33 > ‏ضع | ل‎ 3 A, ‏ماما‎ 5 Pel ta ee 05 5 ‏الواح‎ ‎3 > 0 LL Ee 1, 0 5 ‏م‎ ‎0 0 fire o 0 ‏ا‎ & SF + sl RR ns 3 o FG DER SEMYE RERYS PRES ‏ذال‎ ‎WR DENVRNA 38 DENY orRNA ‏كي‎ DENVS ‏ال طعي‎ DERVE ‏حليدن‎ ‏الشكل +484 هه‎
    ‎rRNA sa‏ حشتق ‎om‏ ‎agian‏ روسن زيكا .© 0 0 2 يوجد عدم تطايق مج ‎USAGE MEDIVH COMUBS SR‏ هدك سلقى داق مشتق ‎ax‏ التطابق التخليتي ‎or‏ { ف م من اي مسقي ‎ov.‏ = - 7 الل ‎x‏ 0 3 ض 0 0 ل ‎Salt wig‏ ل 0 8 3 السطلقين 52 ب = 28 8 ‎GIRNA a E‏ تلع م ‎ated‏ أبنت ‎iy . os‏ ‎Hm OSE‏ = 2 = 2 عام تطايق مسنتحث بوانطة ‎SHE‏ م 5 ‎x‏ : 8 ا جمهورية ‎has daa pall‏ 5 8 5 » : -- عدم التطايق التتليقي ‎i a‏ 5 ‎henna 4 4 3 4 bt eee‏ ‎ly gh‏ المتحدة الأمريكية ‎oh Bok scopes eo‏ تت شت 3 امس ‎dag‏ المشتق ‎"oF‏ 8 . 5 الشكل ‎ed — he‏ i 0041055249 SNP USAZ35 SNP 802788 SNP 3 Alay Yann Your Cx ‏مج‎ 0 3 tS ‏ا‎ 3 st 1 0 ‏ااا أل‎ 5 vee i 0 ‏ل ا 0 «ً ل‎ 1 © 4 ‏اناا‎ wh BE be #2 hd We ¥ Ss 0 ox ‏لا‎ a 3 5 0 4 > Boo J ‏الام‎ 8 © Fond © ‏امام‎ {58 pid £5 ‏ب‎ aan 5 0 Re = 8 ‏اي اي ا‎ PE 8 wi = od
    I. ims a a 5 rE JER ‏ا‎ © JED 8 ‏الع‎ Ami Gam dw Goal ‏بن‎ Gude MRS a Si we REE dew She eile ke fda ib lege Ei ee a 4 3 ‏م‎ 8 Moray si % Sas 5 ‏ا‎ 8 i 8 DOM ve 3 F 7 2 ok Te “ > 3 2 BAA i « Po 1 = 5 = ‏الا‎ USAC ga ‏لمجموعة‎ Eh 2 + = 3 2 8 RE NAN 0 » a 2 ‏لا‎ . 5 Po ‏سص ا‎ Wg 5 0 : ‏ال‎ ad ‏ل‎ a ‏ب‎ ‏ا ل ا‎ PL putea u wg, ‏ا‎ = Lib = FF 0 ‏امموعة برض تجن‎ BV aga & Sl WES ‏جين‎ ‎DE . ‏فى مير‎ rRNA Pia ‏تفي‎ Ca OR usa aa {S130N) 15 {5139N) 3 # 8 - zh 2 ‏الشكل‎
    0 I 17 = ] RPA agian ‏كشف‎ ‎= ‏حب يه‎ ] iiss Xo dele ‏تخفيفات‎ ‏الماء‎ sas CDNA 3 Boa Ng a a ‏اال‎ | 3٠١ 241 A 4 ‏ا‎ ak ‏ب‎ 4 “ BE Ys BEE al 3 ١ ‏جو‎ | ١ + ‏لكف‎ ٠ 8 : 8 : h 2 1 : . 3 - 5 3 5 > 3 , ١+ ‏ة‎ 3 3 © 3 2 yz" 3 3° AT ‏الشكل‎
    ‏مجموعات يمر هن ا‎ ‏ا نو‎
    EE. = a 4, TEE a Sol JE EE Fool ho Ja oo vedi EB iil TRE : ‏ا‎ 2 8 as or oe . oo he ST ‏ل ل‎ Nn De ‏ا‎ A NA ARN ‏ده‎ ‎08 F&F ‏و‎ ‏م 5 اجن ص‎ oO 3 REE SE ‏ة‎ ‎os © % 6 ٍ
    "8 . eS = 0 ‏م ار ين‎ & IF x Co > ‏رحا‎ ‎AY ‏الشكل‎
    ب ينات الفصلن . } ا ماج اضرو ‎lami.‏ ‏ب ‎HEARSE‏ ‏ود ‎EE EE‏ عد د وو و ‎Src‏ 3 ‎La‏ 5 ‎Eres FE 8 3 FRB ١‏ ‎Eh 5 1 8 8 ©‏ 4 ااا ااال ( ااا ااال ع لان ا لاا المت ع اط 3 بي حب تر حر تي تر تر تر ترق رقي توق ‎A > > > 5 i =F‏ ا جر اي 0 كما هي 3 4 أت ‎A aT AT TT‏ كدب اك ‎ATT ET‏ ‎SP 4‏ ل د الي الا ‎RE‏ ا الا ال ا ال قرا الا ا ع لكر مي ار قي ا ل كر ‎SUR SH‏ ‎FOF TIF FF‏ ار ذو أ © ‎TYE‏ تي ين رن ا ‎PY FR‏ ‎os Bs‏ ا ‎oY Wor‏ ا يد عا وام ‎OB Br ME‏ ثم ‎BAND SDR HELE YOY‏ ‎LEY AT aR Wg gd WA qr‏ “رق را ام لم تمض مدا ‎ANY‏ ‎a‏ ل ل ا اران ا اج الشكل “لحب
    عينات اليلازما او ودج ‎Vi‏ ‏جا .اه ‎am oe win me‏ ل ‎FRE‏ ‎on Bt win ff onan cmon was iorage SpE oma 3‏ بو ل رد سس دا 4 ا ا اا 53 )أ ا .1.2 الال وا ‎SI TST STAT DT TT 3‏ ال الم لني ل كد الا الا اا ا ا ! ا قر الو ار الور ال ال ‎a‏ الو ا ا ‎aE BE EEE VE EE‏ أل ‎TS‏ ار اج ال ان ال انير ال ار ا ‎iW‏ ‏في قري الذي ال لاي اي لاي ااي ا اليا ا الال ا ا ا أن ف ا ا ب اد ص ل اليل "الم تير ليا تك كم جيم اليم" لير لي "لكي ل كا ‎PS‏ ل ل ل ‎oT PS‏ مر ورا وكا ال وض اليد ‎OA‏ الك ضار ا أي وه الشكل 7 ‎zh‏ a ‏عبنات البول‎ x ‏ام اجاج‎ 2] BRE NE ne ford xa 3 NERY NBER ‏المع‎ ‎a NEE 2 ‏ال‎ 4 F111 5 & BEER red REEL eed BEDE Hl Beas ara a Dad ah ah a a Da ‏اخ‎ ND ‏بل‎ ‏اك ل ا د ا كر ا ل لي‎ 4 3 3 3 5 ‏لق م عي اي كي ني ال اتن اك تر لي إن‎ 333 3 4 ‏ا ا الى‎ STR AT ‏تل الى‎ YN 4 J 4 4 9 FANS BRT RT BTS No SND ‏ا ال‎ Ta TN oP % el Nol & & & 3 % & 2 2 ‏و‎ oF oF ev STEFF FF FCF RS 3 # 3 a or Jr ‏ال ا ار د‎ ofc fo) Worse Jo | 3 3 ‏ل ل ل ل ل ل ل ل ل ل‎ 1111 ‏ال ل ا ا أ ل‎ SR TITTY S” QTR SAY ‏الشكل‎
    { 7
    3 x 5. » 4 3 8 aE
    3 - ٍ x #8 ‏ل‎
    © عينة إكلبنيكية ‎Le‏ 8 ‎rs‏ مجموعة ‎pA‏ ® 83« 8# 5 عيثة مقارنة إيجابية ‎I RE a a‏ عينة مقارنة سلبية ‎ *#‏ «ج« # & =
    Fe Vig.
    2 4 #8
    £
    A
    N i5)
    4 MDA ow” / & 2
    اس ا اا ااا ااا 3
    ‎“ae LE‏ ما ‎ND.
    Th “yx‏ ب
    ‏تركيز أمبليكون ‎POR‏ المجموعة + زنانق جرام / سيكرو 5( الشكل فا
    ‏لب‎ ‏جل‎ ‎yp - 3. stan AY ; : LO LF ‏ون‎ : 8 : : 8 ٍ EY Sh 4 SE hal ? afi ‏ابلا لاد‎ © 3 Qt Ne So * A 7 8 ‏ير الحم‎ a © ‏ورا الت‎ Rl Se + ‏م‎ £3 Tn x 4 8 ‏وم‎ ‎3 5 ‏يخ 5 3 ا‎ = 3 8 ay 1 w oes x Ky 3 ‏م ع‎ 2 ‏ا‎ 8 0 hh
    4 |. Se ® x . DN 8 5 i § 8 i ‏يخ & = ا‎ sf fe i Le <Q 50K 5, p 3 BA ; 8 og © a st & ‏يي‎ ‎: Go Poa © “x, Ty, ‏بج‎ + Ya, FL 5 ‏ا‎ : i. ‏اول اداج‎ ‏جرام 7 ميكرو لتر‎ ad) PCR ‏نانج أمبليكون‎ de ‏لاخ‎ ‎AA ‏الشكل‎
    ‎z‏ ‎VF i al‏ ‎nmap >‏ } ‎ad‏ . مسد ا ‎ras PI‏ § ٍ ا سسحتت ‎i “Sea, ind Jr‏ : ابا ‎GL‏ ‎TN ,‏ ل صب 1 اذ 7 : ‎Be‏ ’ :3 > ا ‎i SN |S‏ \ با ان أ ‎N‏ ٍ ‎i 3, 4‏ ‎EN 3 1‏ “ ا ‎i 3‏ حب العزم 3 ¥ َك ‎on x‏ رج 0 الس التذكر 1 3 ا ا سا ألم ‎Foo‏ إحصاني ) ب ٍ ‎RRR‏ كن سج لمتحت وجة ‎٠.‏ ‎amore reo Sr Boos ee‏ تجا اجو مج جوج لجالج اجون سج وجا مهاه بوه وج ا جم ‎oreo‏ * ‎Xx ¥ 3 8‏ ¥ & § : * 0 -3 القيمة الحدية الناتجة: (نانو جرام /ميكرو لثر) الشكل ‎z AA‏ v m TCEP cu i. ‏را‎ Co 4 ss TCEPEDTA 3 a ١ 2 RNase ‏مقط‎ ‎ad Tee 2 TCEP/EDTA + ‏النقط‎ ‎a, 3 2 1 1 1 ‏مي ا‎ if d ra ny les > ‏ب‎ ems Hon ‏ل*‎ 3 ‏ا ب‎ 3 x 4 x # ؟ #2 ة 4 > :2 2 2 # 3 TE Oz tT rox ‏م‎ FE 1 MoE ‏م‎ or v g AR ‏الشكل‎ 7
    ‏الاج ا‎ i 0 ‏ا‎ 5 8 8 a) ‏اج‎ ‎+ trond ON | ame DN
    TA . 8 0 | a "i 7 “ ‏ب‎ ; ‏ونب‎ A EE ERAN ‏ا ا‎ ia 0 0 0 0 > NNR aE ug on 1 srs ١ 1 | ‏ا‎ ‎1 1i11E ‘ NN ‏ة‎ 10 Yai Ne Nd aN Ee ¥& ax $ a ‏ب ا‎ {| 3 XR "0 ‏ا لاد‎ 0 RE ‏ب‎ ‏هلللا‎ ّ 5 ” fd = ” x 0 ‏و‎ ow = | ‏و‎ + 3 4 4 | 3 ‏ب‎ 3, a 5 3 05» 0|» |» ‏كل‎ a pas 3 3 #8 > 8 ْ 3 shalt NES ‏بول معالج‎ _ 1
    14. ‏الشكل‎
    ب ب ‎A «© ak‏ سه قلاع حم نم ا ‎i] sRMAS‏ 0 3 0 دوبيا ‎oy‏ ‏0 37 ‎el‏ ا ‎A & a‏ ِ 0 1 )+ ‎J‏ الت ال أ لم ‎rr w= : lal el La 3‏ ل 3 . ,7 ٍ 8 ا ,5 > * 1 1 ‎rn A‏ 3“ 3 + + + ا 043 .]و 03 .0 ء ‎A = | 5 0‏ 3 الشكل ب
    ‎sox ow ow §‏ ب ‎sat‏ ب 5 البول: إيقاف ‎bad‏ على ‎oid‏ أ اليج يمي جح مو وم جومم ميو ارما ‎SB‏ جم الجر ويج مجح مي يم ا 3 ّ ال 3 ‎ol °‏ و ‎ks‏ ‎ER ui‏ ‎a 0 Fy‏ ‎As Oo @‏ ‎kJ 5 00 ©‏ ‎Fx fous on 0‏ 5 0 0 مخ ‎i 2‏ 3 ا ا ألا ‎ood‏ ‏ا ألا أل ‎BE fn 0‏ ‎x = fb oe ~‏ كي ام 8 جام اج :0 تم كط + 3+ 3 5 3 1 ‎A‏ © ؟ 3 3 ,3 * #2 الل ‎A 3 =‏ الشكل ‎41١‏
    عه 217 ب" ‎serene dl | [0 01 CE Vo Co DENV aria‏ ‘ « § { الل هلا 0 0 ‎i | i‏ 0 ‎Pod | EEE ENE‏ ب يبنلا ا 5 ‎١ ١1 0) [I 07‏ ؟ ‎boyd | i TT } fd 1 i i‏ م 3 ‎Cod 0‏ لات ‎dd 1 | i HE bod preps‏ لير 2 ‎Pod | i Ld Pod Yea | i { TT TTT fd‏ 0 2 ‎add i FI Yo 3 wn 1 Po [I To‏ ¥ ‎“te coeffi pendent ld : i io ! [I Pd‏ ا 7 3 ’ ‎bo [I HE‏ ا ‎i FE a.‏ 1 يا ا ييا ‎I)‏ 0 ا ‎ad Po‏ ‎Pod Pd i i tT Ld Ld‏ ‎a4 bid ] 1 | sree | 1 aT‏ ليا ‎VEE‏ إْ ساسا تايا ساس سات | 01 ‎OF weed‏ ‎Co TT pent Ll LE‏ أل ‎ad‏ ‎i 15 TY 1‏ 1 الم تكلا ‎Pd Pd‏ ا \ ‎Ld‏ = 4 ‎bod | 1 HE: [I bod‏ مستا ساسا الات اا ‎pl‏ ‎TTT TTT ne Coa‏ ‎edo] Vb Pl TT dtd IE‏ ‎Pod i | i i Pod Grann dl i eR i iri‏ ‎i 1 Poa 3 } a x Pon Pol‏ : ‎i i PT Cd Pod HE‏ لل اسل ال اا اللا با ‎i i TAF ERE demon SH 1 0 Pog‏ : | اللببيج ‎i : Pod‏ ! جد ل لالتلا 1 ‎١ : { i Pd‏ أله لتيل لتاقي ‎Ladd by Po‏ ا ‎Pb‏ ‎i Lag | + i TTT‏ الأ ‎i AAT bod‏ لد ‎dae Ld Po | i 3 oor Cod HI‏ الوا لا ااا ‎Ld pe io ! 101 +‏ تل ل لل اليا ‎CTT Lea‏ ‎did, dob ! |i I id i Pd Pd‏ اا ‎Fe‏ : { ' ال مس ‎Let TTI‏ مط ‎I. were aso‏ كل ‎A | bod [I Po‏ | ب ل ‎ih‏ ا ب | 4 © ‎wor A.‏ لجيج > 2 ‎pg eds Hegde |‏ أن ‎Lob,‏ ا الح لي اعد ال يال الا جد الا ‎Coa‏ ‎ZK‏ م ‎Ul‏ بل 1 ‎TTT i‏ اذام ‎os‏ 2 6ل لو ‎ee‏ الم اجا لج جم عم ‎wae Xe xe‏ د اح وات ‎NL‏ راغ ال ةا ماله ا م حر اله اس ‎Se mn‏ ‎2x‏ ا ‎Dd‏ > ; ‎DENY‏ 22 2 2ت ‎WIN rRNA Sure‏ ريل .+ ‎REE Cogn YY arRNA‏ يه ‎WHY‏ 'ْ 0 أ 1 10 | ‎Void‏ = ‎i A. Pod ; Cod + i i i + iy‏ طلا ‎seer] Po Porgy‏ م ‎bd dL‏ ,4 ‎Pd EEE‏ ا ‎YEE aa Vo PUT TTT‏ *
    ‎HE. 1 HI HI. fonder ended edd dnd i Poe LS‏ = يوجد ا : ‎Volo bod Pd Poa [I‏ 3 ‎Pod | | ST‏ 1 إٍْ ا ‎veers‏ ل 0 ‎a 7 \ Lo 1 Pd‏ ‎i v 1 3 Lt EEE‏ ا ا ٍ + | ‎os‏ ‎i‏ ات 1 مل ا ‎bo | HI ESE ER AL i‏ مويل الله 4 ‎i‏ ل الال ا ممم سي أي مي لد ‎Vo od Dad Pod‏ 3 لقت ا اا ا ااهل سام : ب ‎Vol Poole Po‏ 5 ‎Vi‏ ب | 00 ‎ddd veep‏ 53 ‎HI‏ | ا ‎FD WE ee vod Pr SR [HI i‏ ‎vod vo‏ ؛ | 421 : ‎aE Wee vod Lay Pod HE SRR‏ ‎bbe]‏ اانا ‎Po‏ 0 م ‎Vo‏ 3 ‎Lope eed TT‏ 1 ا ب ‎rs EERE REC EERE a‏ ا ب 1 أ ا ‎Pod Pd [I Base id Pog [I TITTY‏ ‎HE [I i 0‏ 0 | 1 0 ا لل الال ‎ee‏ 3~ ‎Volo iA Pa TTT Ad ia | Pd Pid‏ ارقا ‎I Pod i Pod TTT AE TO A id‏ ‎id [I bod wR let [i TTT‏ ا ‎od‏ ا 0 :ا 1 ‎Ea ede be dnd [I‏ ‎Vi‏ ب ا أ نا ا انا نا ا ا اا ‎Ltd‏ ‎HE‏ | أ ‎AT AE Po deeded eden i‏ ‎SR‏ لات ‎code led | HE } freee‏ 1 ل ا ‎PUNT‏ ‎TTT rr Ld be hd dala beet od TE‏ ‎bod | ce ETE emda |‏ الال اج ‎mete te‏ هاا و25 2 ‎Lod | TU‏ ا كل © ‎ST wn ow oa op‏ مجم ‎sIr rosa‏ ا رس ا ا حي ‎ETT‏ ‏اج 22 ‎Row cre‏ الزمن ‎{ABER‏ ‏الزمن «بالدقيقة) الت ‎Ji‏ 4
    — . ZIKV & DENY ‏الابقا & كاك‎ : : : : : ¢ i | i 1 i i | i Aer ae i i i { Amie i : 3 ¥ : ‏ا‎ A i } : : : : ‏ا ا ا ا‎ 1 : ‏ا ا + 0 ا‎ ed ‏ام ل ل‎ - > ‏ني ا‎ 1 1 : | ! ! ! 3 1 i NYE { { i] ‏دو و19‎ i io \ i { ‏ب“‎ i i i i i =) : i i i = i 1 A a : : : : ‏ا‎ ‎"1 1 ‘ : : : : ‏لاد« دم‎ i a IEEE | i i t i i do : : : : ‏ا‎ ‎i i i i i 1 1 : ; TTT : i : : : : ‏ا‎ \ i \ > 1 i i 1 i i ‏ا اهلا‎ i i i 1 qs vara oy] | i i i i i i oo { : 3 i i 1 } { 3 ‏الال‎ dd ‏ال ا اتن ال‎ dif dnd 3 | : feed EE : 5 1 : : I seas dd \ 1 ‏ارك‎ ‏مقع‎ i i 1 ‏مل‎ i i i i EAT i i } io i i 1 i ‏ا‎ EY i i ie | i i i CA ‏ل[‎ CL ‏ا اع لم‎ ; t - a iE i | Ld | i \ { Unde dee i 1 i | { ep ‏لاا‎ i { Lady 1 ‏؛:] هع‎ i ‏ب‎ Po ‏ا “لهي ل‎ i Ee 1 : : a | ore] : 1 { LEY { i ‏ال تا‎ i bbb bleed LL LLL Lb : ‏أ + | | | | | 777 سس‎ Le] i I 1 i Lda Foo dood he A ‏اا ا ا جا ا تا لال ال ا‎ RR ‏ا ا‎ ‏ا ل أ‎ NER ‏لمي ع لق مس مو‎ 1 1 { i { : ir - A a ‏ساي‎ = TT ‏ا ا اا‎ ٍ T JN ‏اه رام »© بذ لق‎ oe Teg woe LE mh ‏جر هاه‎ eg WE ‏الى‎ ‏ا ب اش احم انا الي د اهم ابن اال رالا الث‎ - ; ; . + 8 ‏ططاح لضا‎ DENV & WNV } } ‏ا‎ ‎i i i : i \ 3 ‏با يوضلا‎ i i i $& ‏صر‎ 3 i i i i i | i i = ‏ا‎ v 1 i : 1 : > 1 3 1 8 i i i FE TT TTT TTT TTT TTT ‏د‎ : 1 i i | Aa . i i i he VRB | | | ded VHS ca i i i SA } ! } se } i } we ¥ \ 1 i 1 ‏ا ا‎ 4 = EE TEE ‏ا 1 و مسا‎ ‏ا‎ i i a | ‏اي السو‎ ET ETE TTT ‏ل بممما عم‎ 4 4 ‏ا : : ا‎ \ i : HE 184 x i : } Low ‏جا جا‎ : : Pod 1 i i ccd i i : ١ | ‏ل‎ ‏لس عت‎ oto ; { Pp] TRY qd 1" ‏ا‎ ٍ [+ x ‏ا : : اع‎ 3 FE ‏هما‎ a 1 3 Nay i Pox } Ways | A 1 ‏يي‎ DENY : i i | ATE a i i I : ‏على‎ 0: : 88 ‏أب‎ Ad > ‏بللا‎ ‎i 4 + ‏هل جل‎ i 2 i ‏الى ا‎ ‏يرج‎ i £4 fs JE . } 4 2 bE 8 HE . 4 i 4 + wax ‏بج | ان‎ 3 HE 57 ‏بعلا‎ ‎: & H JT be Pod i ; i i 8 ‏أل‎ Pd 1 ١ ‏م‎ i i Aang : 2 2 HE ‏اقلا‎ an HE } } ane i 7| od : ‏ا‎ : HS Oa i a} a : vob i i acer : Ee i Pod i pbb ‏“احلا‎ ٠ : a : HE 5 ‏ا‎ i i Ae i HE EE sea ‏ا ل‎ vas” 3 3 TIE ba ¥ ed a edie TUL Lp Ln bn nde een ‏ا‎ | | : 0 ُ 1 ‏ا‎ ed ‏إلكل اا ا ا اا ل ٍ 7 وج عقي حتف الاو‎
    1 . i Ld 1 .ٍ > SSE Sede ‏سل‎ po ‏و اوسا‎ anaes pe hi > on i i | 1 ‏ا 1 الي جد وام © لاع لوال‎ apm DD <3 Te ‏ل‎ TT rrr { cRNA ‏ذا ارا ا ام أن الله اله إلى‎ a Bow WaT op ‏سم‎ Loe ‏على © كه لو الج‎ << > ‏اد ب د ا د ل ا‎ DENV ‏يناج‎ ‎3 I WNV & ‏يض ب‎ I + : : i § { : [I i i { { ‏ا‎ | i ‏ددا ته‎ i i i i ne 1 i i i i i i | i i loi } i 1 1 ‏جد أده مأل دمل حم مما دده مجه ستيه تق ده لدج جح حا‎ dre dR ‏7خ‎ + 1] + I } 1 : La i i i ‏ا‎ 1 { i Sf i . i i i sad ‏ال مب. .عم«‎ | i i 0 0 ‏ا‎ : i Voie ‏ا‎ i ! i > Po = | | fob i { | i = [I 8 i i EL i Ld 1 ; ba ‏ب‎ ‎5 i Lb | T = { 4 ٍٍ TE i i 3 Poke [I Ji } ‏لمج‎ + : i ET bod Eom dames | A Fares i i = ! i dm i { a i 9 1 | A 1 i i Ea Ld ‏تل ال للا تل ال تاتالا‎ 3 1 a i ! 1 SEY [I i } 1 i { { ‏أ‎ i 5 i 1 3 i LE 1 1 2 i Po 4 i | Ir i & 7 i i ; i [od 5 4 versid| | \ 5 i = vere 1 5 ! Pod & 1 } } 5 { ‏ألم‎ 1 1 we 1 Ld i i i : i ‘ 4 Es bb LL ‏بلحل اح‎ : 1 ; 7 Tr 1 i by Lor i i Po i AE * i UH Lo 3 ‏بار ااي‎ i VN i RANE 3 Farrand] | ‏ل‎ a } i VS i ‏لي‎ ‎i A AA { } ‏لا : ا‎ i I. i #1 aT | yt a 3 ST i obey Li ‏عام وقالا‎ i ‏ام‎ 5 i i Taran i dd wi i i iF i do } i } ‏أ‎ da Pod : 5 i A 3 \ | ‏المج اد لد لل الج‎ BR fas dias bes dis | ‏جدود مادج لح حي‎ ‏اا ا ١ب تيبم‎ + : RN Leg : bod "5 1 1 1 Lob Poles Cbd } ‏ا‎ det Ld bh LE bh oA | ead EEL Se Do nl RL NEARER + i ‏ما ات لس لح ةدج‎ de ‏ب بو ها‎ 1 1 1 i : 1 { i 1 i i 7 7 َ ‏الو لاغ دان اجاج .اجالع او ا‎ weed ‏ام بج‎ The ‏ها حاير © ع«‎ ‏عم ل سوا لم‎ BOR LZ we 1 ‏لو خلا ل‎ we & 0h ‏ل ا ا‎ wm ‏ا ل‎ : 2 ‏ماما ل لغ‎ ‏ل 1 اانه‎ ‏الزمن «بالدثيقة‎ (daly ‏الزمن‎ ‎AF ‏الشكل‎
    ‎cRNA‏ 0801 ا 1 1 ا 1 ‎ara‏ ‎Dod 1 id vo , pe‏ : يراه ‎IE 1 bids Ctr DEMVE‏ ‎ddd 011 NIE 11 | 4 | |‏ ‎Po 7‏ 104 ا ‎io‏ 1 ا | ‎romeo Pod [EE‏ 1 ‎Eli‏ 0 أ ا ‎Er‏ ساس سات ‎i Poi‏ ‎Son : HI. i bod Pia TT fd] Piolo Pod Pd‏ 5 ‎Pod CETTE Rd [I Poa‏ 10 ؟ ‎Tod 1 Po‏ 3 5 ست 0 00 5 ‎Pol HI Pod Pb‏ ; 010 1 1 3 ‎Sonne I 1 1011 Polo rr pt‏ | ا ‎Hom i HE i bo Poi‏
    ‎I. Pod‏ + :0 1 1 | ] 1[ 1 1 ا ا 1 1 ‎og id i‏ ‎HI‏ 0 01 1 ا 1 1 1 ا | ‎i TT i Pod fed‏ 4 ‎io‏ 0 ]0 01 1 ا 0 1 ‎i Bal Pb‏ ٍ اا 1 ‎AoA i HE‏ إٍْ 711171 ‎ai ced 4 | 1 | CE ddd‏ بن ب ‎PoE Lb ER‏ 3 ‎Lt‏ |0 ا |0 الها ا أ ا 1010 1 ‎bod ١ 0 [I } 7 1 1 0:1 1 Prob Pod io‏ : و 1 ;3 +0 ؟ ‎HI‏ ؛] :0 1 ‎io A Po Porro 1 ١‏ 0 3 للب + 3 ‎bod Pod‏ ؛] 1 1 1 100 ‎bod EE‏ ها ‎TT : I‏ : 3 ‎io‏ 10 4 1 ا ساس ااا 10 1 1 ‎HI Poa‏ 1 1 ا ‎ERPIRE § I Tod : vo i } | dd‏ ‎rbd [I HI‏ ا 0 | لمر ‎od i bod‏ 1 ‎[I Led‏ ب 7 ‎i PE 3 i : Po Poor rd‏ ‎Pi Pl AU ree I wane‏ ‎١‏ تقر ] ‎Prob‏ 100 1 ا ‎ddd : ? Pood I.‏ 1 اللي ‎Pb‏ 10710 1 ا ‎TTT led LE Pod‏ ‎Ti fy | Poller‏ ال تسسا ‎ae obo 7‏ 1 ا | ‎oi Sr Pood‏ ‎hein pede SI SO TS. Sil bod +‏ 7 1 : ‎be‏ ا الل لين تح ا سا يس ليس نل ‎TD‏ ل يي ا اا ‎fon‏ المع و سج جايس ا ِ َي تا ار :اج غات 2 فك ‎To TT‏ ا ا 6 + اج ‎Sram x ae‏ ‎ion‏ ل ُ ملسي 3 كام خا اج ات د ‎x‏ ج ب ؟ ب - ‎Lh ae DENY‏ 2 ته اي ‎si ESA Sel‏ حم ال الي ابوجو لوحا ‎Coa‏ ‎DENYS‏ تسوج ‎aru i Po i Ps i PAL rh Saad‏ ‎DENY‏ ا ‎YE‏ ب ل * ج ‎i Tod i § 1 0١0 1 : Tor‏ .> : كل 0500/4 ‎CL i CL,‏ ا ‎cen dbo 0! 3 . ~‏ | 3 ) \ 1 1 ‎Sob Cy >‏ ا و0[ | لأ 1 ‎Lobb ddd dd Pol‏ ‎Pd 10107 da ; Po ! { ®‏ لا أل ا ال ‎i od‏ الح ‎io : oa : Po‏ 1 01 1 لا ‎i To i Pod‏ ‎vo ; 1 SERN‏ : أ ‎Po | Po Vd pl‏ ! مدحهة ايوج ا | 1 ] ‎rood‏ و 7 1 ا ‎bo‏ و ا ‎IE‏ 3 ‎Ty : 0 i Po Polo Pod 01010: 1 i Vd + 1‏ ‎bod Polo Pod vee | 1 1 1 i bo i 1‏ ا تت 2 ‎SE rp bib PoE Py Pl‏ ‎ad i Lo i Po FETT TT ERR : bo i 1‏ ‎aR Ere i Po 1 Po Poy bo dmb ; tod i i‏ ‎dene Pd‏ ا ا الا ‎Pod : Po I Poe‏ ,#33 ‎HE i id : Po Pood Lo Cob i TTT TT‏ ‎i eeidl Fob Ed 3 LE i i‏ ا ‎aad : Dod } HE‏ ‎J free + Co 20 1‏ ا 1 | 1 1{ ‎cor‏ | ل ‎Y cedemmabona dementias‏ 1 1 :1 :1 ‎tae dee 101 7 + : to 1 1‏ د ‎i HE : id‏ 7 ‎geod bh Le Hebden PL 1‏ ‎HE : PLAT bod Pod i ssid 1‏ ا ‎Pon TE‏ ل 1 ا ‎Cet‏ ا ‎Pol i ; Po bobo‏ ا ا ‎HE boobs fn‏ ‎i Pod sof” Pol TET eid 1 010: 1 : HE Leaf‏ ‎i bo Ae i‏ تتح ‎bo Pd Po‏ 1 ال سا : اشم د 5م" | ‎pert‏ ساسا اس ‎op‏ ‎ST > bod itd i To [I HER id Fo a‏ ‎FE 1 i‏ ل تتم ال مسح 31 ا ‎LOE now Ed x‏ ‎oho. os EN eles > ERE ES a 1 i‏ ‎TTT‏ يا :1574م ‎windy i‏ ا ‎wr JE Lr ae E nl‏ رمن ‎han‏ ‎FEI sande SE‏ ’ ‎"١‏ الزحن ‎FES‏ لكا $8
    POY al Ch es 0% galt : ١ ‏انهوم‎ CRNAs ad ‏ست‎ ‏اختبار تمييل الأهداف التخلبقية إرضادات التيينة‎
    RPA ‏وبلاتات‎ SNP do ‏الشكل‎
    ‎Toe ad‏ ; ‎at‏ ا ‎As‏ ‎ad 0‏ و| ل 5 = 14 ا ا ا م اا ل ا 0 أ ل : يدون دخل “ ‎gBlock gBlock gu‏ اتير وسي المشتدق ‎CAIRO‏ المكشتق ‎sion) 1355) (S139N)‏ الشكل ‎an‏
    % aw 2 ‏ل‎ ‎4 Yen
    Qi. =
    Ww . 4 68 103١! Vi0eM ‏القت‎ MI18aV ‏خ190ي‎ ‎57 ‏الشكل‎
    ‎ge‏ 7 حم ‎«=x‏ و3513 ‎i | RPA‏ تس تت > ساعة ‎ads ٠‏ 0 ن = سس ‎cDNA‏ زيكا في الماج 0 :1 ® خدج م2 3 سا ا 2 م ل 7 4 ‎“A a 1 3 : ) : : i 0 :‏ ‎oo 3 ] : ] | | ee‏ ا ‎Ea‏ 87 ب ‎BERR‏ 2 ا ‎EEE‏ 7 ‎ee oe moe‏ جم د 3 ِ ب ال ‎a‏ - 1 ‎Hoy 3‏ ب * ‎١‏ ‏4 3 3 2 0% 3 5 ‎on‏ 7 ا 5 الشكل ‎4A‏ i ‏الفسام‎ £25 ‏بشارة وى ا اما‎ uA ‏تي ايد‎ Cas 13. ‏كشف‎ or at NES ‏الات‎ Sg ‏ل‎ on : ‏د ل اسشتلاصضص التمص‎ Horr ‏ا‎ ~ : = ww vr fry Chr 1 ‏لدي‎ RTRPA Ras 17 ‏انتضاغ‎ Em ‏يشي‎ / ‏ا يا يد ب‎ > gl ml ee 8 J An i in nh nf ‏سي يي‎ + fay wl Ge of ae ‏تي‎ “nea 4 fol \J oa Tal a ; prt ws 7 ie ol ‏كن ال اصن‎ 5 Aan Ale So . TEE ‏سا شا كمي سف سكسل وار سانا رماع‎ ie A i EE hm at oe) 5 4 6 AE 8 Lo Sagar die 1100353-0040156 7# alii ‏مرشد‎
    ‎= . z ‏ك3‎ ‏ورا‎ © ty 3 oe C1 3 : » ‏م‎ ‎7 i ; = if 9 : 5 1 J : 5 3 = ERE RY 4 fy ; o* : x 4 ay, i ww . 4 LEW i i cane i + * = i ‏ب‎ 1 : Hom PT ‏ا‎ i ks PR ¢ 373 & 5% oi Fel a id ٍ . wd fed Ld fuego os . 0 ioe, aa wy of i SR 8 God : q+ : oo 3 ‏ب‎ gd Tyg 0 ‏وام تم مما‎ er ‏م يري دجويال‎ ERB ‏ير ال‎ i * #3 i
    : . | 0 : 2 ‏تت الله‎ Sie ‏الاي‎ SS ‏نب‎ ‎8 i : 2 x . * 3 1 ‏ب‎ : 3 ٠ ‏ا إٍْ‎ 1 “ * ‏ب‎ a id Cre ‏ال إ‎ | ’ vod : } tad x a Ta, ‏ا لت[ ب‎ ‏وة‎ —————— 3 5 3 3 + 3% 4 2 & 3 > 5 4 BOX © ‏هم‎ 3 Ed Ang x 3 = 3 A 1 3 A ‏قي © 1 3 ا ا‎ : 4 1 5 3 { ‏أ ؟‎ had a 4 3 A A 3 1 4 al 3 wh 54 ‏الشكل‎ a
    } . . ‏ججججج ججججبب جججحجججحججب‎ a ARNE | ‏ا ان‎ 1 EEE ‏ا و ليح رضي‎ ] SET SE - 2 ‏وهب ذا‎ ١ ‏الا ات‎ Altos ‏ا ال‎ EE ‏اج حي حاتي اواج طم ا‎ #2 8 end Bo Ey I 3 wd dE RN ‏ير‎ FRIESE EE TYLA 2 ‏ماحد مسا‎ fH Ty $4 3% 5 8 ‏اللا‎ Lge 8 | ‏ا‎ EE ‏ا‎ ‎wd Thee ‏ميق ل‎ RR ER FEIN FEL EX ET Nak Na 3 ei 1 ‏ا الي‎ 3 ERT A an ART 1 ‏الح‎ TRINERINS, 0 ‏ع‎ CECI. a REY AINE A eR 1 ‏ا ا‎ Tent 7 ‏مياه لتحا‎ ‏الى ل‎ OWTIRE ERE MEER i SR BE Sabena ERE ¥ i Ln ‏ل‎ ORR RR, ‏ا‎ 5 ‏ل ل‎ IIE ] Ra A ‏اللا‎ ho REE ae - AILEY ‏ل ب‎ fen ‏ا ا ال ب‎ 3 Fu WoT NIE : Frain m OTST RNG To etien ] RAE a Ped UREA ‏الما‎ wave hug 1 Ea RR ‏تح‎ ‎Thi ‏م ا ا‎ iE ee 3 CAEL ORE 0 ‏الا‎ ‏جل رع لات 0 م ا‎ RU ‏ا‎ Fi SEER RY Ean ‏ا‎ ey SERRE j ‏ل ل‎ RRR SG TR pa 3 ‏اق ا‎ PSR ‏ل 3 جا‎ SERS ER Re Ye NN ‏ل‎ TREES ] Rr A : # ‏ا‎ ‎0 - “ ” cerned ‏با ا‎ WT > GY ‏ل‎ ‎a asa - “ A N ‏ا‎ ‏لاد لكا‎ TER AE ‏قد‎ ‎4 81 4 vod ‏الشكل‎
    AR wand GE ‏ص ب سد‎ NE ‏ص هه‎ ON BSE NO ‏الل الل‎ EE NN BE ‏ل‎ ‎#
    Kel ‏من‎ : gd is ms .
    4S HEIR PP (had a 335) SHERLOCK cussed
    ٠١١ ‏الشكل‎
    ب ا ‎er em‏ ال ‎Ve ye od‏ ‎a < 5 pn‏ عاد ل = ا ‎Wen 4 reeds‏ 3 ‎Reo = 4 d‏ حتجم ‎es.‏ لد + ‎VE‏ ‎as we‏ مص ليق م ا ا 4 5 ‎ed oo‏ زا ‎BE BEE‏ ا الامو ‎Am‏ ‎ad EE 8 FB ad Tia a‏ ‎Lie ood BE BE BE 4 3 Soa‏ ‎TE Be Ba ge DENS AH, eee BEY BE we TIER‏ 34 ‎ww DENVZ RNA‏ 5 | ار ‎DENVI cRNA‏ ااام ‎Bh‏ ‎EE 2 BB PRE E‏ ¥ = ‎ae‏ الا م 4 ‎Pi oa men‏ لال ا ا لاي 3 ‎vaio BE RE ER‏ متا ‎PoP OSE BE + tA Shoe Bi‏ 5 ‎TEE !‏ ل دش الخد ‎RE‏ 7 ‎UR UR =‏ بيب 3 ‎ee: FB‏ 3 د ‎fae‏ الخد ا لكب + <> ‎TE Me BS‏ ‎ae‏ ب م ‎FE = 2 FT‏ مستي تو الل 1 سمي بلألا الت ‎2B oC‏ 7 8 7 3 ب ‎J‏ ع ; ‎oo‏ & : 2 ال 5 ‎ERE‏ 11 13 1 ‎T1001‏ ;4 3 4 4 ‎pod iw 2 Soy a 2 +3 ©‏ )5 : 3 2 . 3 4 4 1 3 1 1 3 & ‎re = 3 py Coy‏ نِِ ‎qa 3 4 34 4 0%‏ ام ‎Yow‏ مج هي 5 ‎WE = 2‏ ا في . : ] رج عا يل ‎a‏ يع بع خا وك 8 رن ‎a ia‏ ‎A sme weer we =‏ & ب ‎Widnes‏ سا 3و ‎en a oe‏ ير + << 4 ‎rs‏ ال ‎Ba on‏ 88 ل تج 4 ‎dE Se men Sq MEE an‏ لج حم ‎“a‏ ‏| ا ا ‎AHA.
    Pi un‏ ‎oF SEES ME SE Ta 5 DEM 3 vad SRE ;‏ اد ا ‎Cred 1 DENVE cRNA‏ الا ‎ul Ti 00 0 0 sw ODENVAgRNA‏ 1 جين ‎LE‏ :1 نا ‎SEE Be oil‏ 308 لدم بد ‎F‏ 4 ‎Ea‏ ا ا ل أ لا لذ 7 ‎Jud,‏ ‎a‏ 0 مل ا ‎Pa‏ 3 ‎San + 3 we HR‏ ان ‎of SEE BEE‏ ل ب ‎Po od Ero un ho‏ ال ‎RC‏ ‏ل ® ‎i Po ae me ae‏ ا ‎bE‏ ا سيد لمش ب ‎a Sa‏ ف ‎STE TH see‏ نيم« 3 ‎ae‏ ا ‎Veeco dl Bad‏ ‎Joann a nn‏ سس ‎EEE‏ ‏ل د ث0 :0 انم ات 4 ا الال % و ‎not, nL‏ 4 1 1 1 4 [ 1 4 4 2 4 م + 48 3 ‎i 3 3 3‏ 3 , : 4 4 + 1 5 : 1 + ؟؛ 2 لشكل ¥ ‎a 3 1 3 Ya‏ ‎io = 5 ! 3 83 0 Ee‏ :7
    : ‏أ‎ ‏ب"‎ ُ ‏ب‎ ‎3 ‏ا بق‎ 4 ond Woawh Shank Bred 5 FI. 5 2 oh oot ‏ع ري‎ Am ‏م ك‎ . end 1 sissy 3 ‏أ‎ * A ‏يا‎ Lon E £3
    15 . 15 es gm ga ‏ين‎ sill ts i 3 71 ad IRBs | 3348 8 en =F - EE {30 Ln ١ 3 1 1 5 © pt ‏ااا ال ل‎ i Ya ‏انيم‎ Fe LE or a an a a Ahh $52 8 ee 5 a os 8 8 vr on vn an 3 2 YE a ‏ا اا‎ om un Ss ae or ‏ا مره‎ Bh 13) 2 311 si
    0 . 111 8 ‏اا اا‎ a - ‏وا اا اا‎ ْ 111117 ‏ا‎ 0 ‏م‎ SN ‏خخ‎ 111131171 1 ‏ب‎ ; i aR Wan a ‏ي يم مي ي‎ A ‏دو دو يوي‎ FE ‏ا ال لو ووو‎ SEE 3 JOY CF RRS FEL ‏ال و ري‎ 5 ‏كا‎ 0 ‏وا ا‎ & Yew a a * = Seer. 5 Ws dh on } = Sh ug us A ar eo 4 7 oF f ‏بسع‎ I 3 ft 5 533 3 F 3 a Coven Sue Ee 4 Coed gE ‏مو سق‎ i 2 a Le ‏إل‎ dll Bl LL 1 ‏ا‎ ‎1 ‏اال 48 اا ااا‎ ‏ل مثا ل‎ uo ou Zum ‏ال‎ Ye ‏اا ب‎ 0 + a Sanu at 1 33 ‏أ‎ ١ 0 3 Ali Le 35 11 A 11 cll FESS FE pgp Good oops it: 5 BA er SE FF ‏نج لخ‎ ASE A LR oy ia GEL 3 Spgs i$ Kars AV ‏حب ل 0 ل لك 3 ا مولع 8 م‎ 6 ‏ا ا لال اق‎ 3 SESE i 3 SY 3 Q CEL 4 FE FFE 4 + ‏انلشكا.‎ ‎sa 1111 ay ‏لا ابن‎ 5
    LI INE 2 HUDSON ; SHERLOCK Castd hax § = on a ; ‏تي اي‎ Soll oF CRE ‏إيقاف النشاط‎ i ‏ليج‎ dS NE Sool - ‏نشاط‎ uy ‏مح‎ 8 bo «Fy 717 ‏يح اي انتما‎ ‏اكير حي تو كليل‎ ii RT-RPA TAIL Gl ‏ب رين‎ ‏كيار‎ ti rnd ‏يت‎ ET Tm ‏بد‎ ‎resin ore ew 3 ‏هس‎ ‎: : 8 4 ‏ااي ا‎ Ean ‏سن‎ ‏درج نويد ب‎ + wy ‏ل‎ Speci ‏ما«‎ cd Laat ‏الع‎ aE 0 ‏اص ٍ إراغداء> تثيقة‎ ٌ wa x > ‏ا‎ i - ‏عينة إكذينيكية‎ z ER ‏:ا‎ 01000 : 3 84 ‏ددر يمف‎ i gs o :
    2 . My ‏مارج‎ CEE ‏نا‎ : 1 ‏وار ار‎ 1 | Le : 5 ‏ابه © يدم رمه‎ ta 1 : = 8 : ‏أن‎ i : 3 58 1 ® : i = ‏ل‎ ta pS | : SE ‏الحم‎ WE 4a TERT RR i Aomori 8 3 yd aun 8 5 1 ‏ل ل‎ ْ #8 1 Easy PRLS 8 0 ‏ا‎ Freed ‏اد‎ YER : ad . TERRES i ‏ال اك‎ ‘www wm ow As “ns PER RLE 0: : SF #6 OSE 5 8 xT oe rrr 8 3 Faas ‏با‎ CRE : : : 35 CER EAE FR AF ‏ا ا‎ ES 5 ad LF oN 0 ‏ل‎ ERE OE 8 i ~ 0 4% SF 8 ‏ل‎ Yi | 0 3 BREN Raa x : > ‏نال‎ 1 : vod SRE BR ‏د‎ : ~ rant > 4 ‏بيجا‎ CEE { 8 : 3 > ‏المج‎ CEE ‏الا ل ل اي‎ 2 Tox : 2: 2 x 1 8 ‏ب‎ i LERIER ER % PA = 4 ‏5خ‎ 3 ‏قا‎ Eien ‏بتع ا تتا‎ 43 1 T A 3 4 ADF Enh + ‏ل 0*2 ال اج‎ Ty 5 * goa 4 3 ‏ا ب“ 4 5 ال‎ x ‏ل“‎ 3 2 x > 1 A, 3 5 ‏د ال‎ R 1 5 3 x ‏د ال‎ 3 4 4 ‏ة3 ؟‎ 2 ox 3 ‏ا‎ hg ‏د‎ 3 * : ; > ‏ل ب‎ 3 ps J ow [Ca IL ox 37 7 KS Ea 2 > PAS ‏و‎ Smit gi TC 3 ) ١ 2 ‏متسل ريطن‎ A ‏مل نوي 888 ب«‎ 3 PRY we de ‏جع ا ل ل الإ ايسا هر‎ 4 ‏ااا ا ل ل‎ 0
    J. ‏الا ا اا‎ 5 1 ‏اا ل اا نم‎ ‏و ل لل‎ 1 [1 0» 0 al Sa LL Se ‏ب‎ 0 Ta 4: ; Tua as ae Se RE Ea 3 & % 4 8» ‏ع ب‎ Ee an HX a ‏طخ‎ a SER FRR pt * 3 Pate PERE ad . YE * . wed 0 ‏بردي‎ ‏عن‎ I= rd] ase ‏ليم © عليم لحب‎ Jak 1 ® 3 7 ‏د دي‎ AY ‏لعي‎ Saal Ruan i 4 0 SRR ‏ا لذ ل‎ ‏ب‎ ER + ‏لاا‎ aE aay ‏الا‎ aa 3 Tn I Saw SE aa SE CT ‏كعاب 5 ب‎ wt 3 ‏ل ال لا اا‎ a Guta - 3 : abe 3 Sh Boas fa faa SRE BE vas a 4 ‏لد للا لد لت د03 3 ميف‎ ٠١6 ‏الشكل‎
    ‏حا‎ or SEINE TEPRY Seve ad 2) &:8 3 0 oe 8 5) ‏مدي ا .د‎ ING UY 2 ‏ا ا‎ fd +5 ١ ‏ا‎ ‏ا ال.. آذ‎ 3d ‏ا ل ل‎ ‏آ!‎ ‎ْ ‏ا ا‎ ‏لاله‎ i ae 0) Hl EE IND ENO) i XN LLL) VN Bd 1 1 Ri | .
    a . - & oo a 4 5 % ‏4ه‎ - < 3 3 3 3 13 ; 4 3 ‏؛‎ 2 4 3 8 > ‏م كمل‎ ER ‏األبلازما‎ 8# Yeo ‏الشكل‎ ‎5# ‏الا اا‎ 1 LITT ‏ا‎ x ae =H ed N A a i 2 OW Ear RE Es ESS 8
    9. LE BE ‏لاي‎ ‎434 | ‏ا ل | 0 ا 0 ا‎ =F Bile 0 2 ‏ب‎ 0 0 88:1 0 4 ‏لبا‎ FX L N EX L 3 il 1 i 0 1 on Ril = I ‏ل‎ ‎ean ‎2 0 1 N SN . : fi 5 % 4 5 3 4 *3, 1 3, Hy we ‏رب‎ ‎3 3 ‏و‎ ‎$2 5 ‏ة‎ 4 4 8 ‏الماء‎ EN ‏اللعاب‎ 4 ٠١١ ‏الشكل‎
    ‏با‎ Sse ‏لمدة‎ Agia ‏درجة‎ * ٠ ‏عند‎ RNase Blas ‏إيقاف‎ ‏ا‎ ‎0 1 6) ; ‏الاب‎ $Y & 4 0 3 Fens HR ‏ل‎ ‎a 0 ‏بد " ل‎ : 0 3 > = : 1 Na
    5. © ‏ا‎ ‎١ ‏مص‎ 1 14 BE £ a i 58 $ X Bb 8 ‏ا‎ ‏عة 4خ |0( »5 ل‎ 5 A G5. #* ‏جع 3 3 ل‎ gr gy ‏ل‎ A F&F A A 3 4 3 34 » “ 2 1 3 2 IS = = > 31227737 SE ٠٠ ‏الشكل‎ ‏ال ا‎ ٍ 0 1 2 FB . ‏جاع بد‎ N : N : faa) : 5 1 > :
    5 . : 0 ae | ; DN 3 8 i 2 ‏حو‎ : : : : ْ: “TR ١ ‏ا‎ ‏ا 0 ٍ 0 اا 4خ‎ 0 :
    9.4 3 3 SN No aN : DN 1 4 A * AN 3 1 i 8 : 3 : NEE BE I ‏الا‎ ‎3d Coe 3 Co 0 ْ ; Xena CN) 1 0 : . ‏إٍْ‎ ‏ا‎ XM YY AY ‏اا‎ : de se = : z pa ” 3 ‏و0 5ت‎ nh 3 < 3 $3 3 4 4 3 ّ wi % 7 i 2 5 * 2, PBS ‏نض‎ Sia BN % 5 A ‏الشكل‎
    إيقاف نشاط ‎RNase‏ 8 © درجة مدوية لمدة .© دقيقة # يوا ‎Yim‏ ‎a \‏ ‎a 5. nN‏ ‎h Vand IN‏ ‎LN‏ | »= ب 0 4 ‎a 0‏ ا 0 ل 0 0 ميا 1 ‎i‏ 0 3 ار ‎i 8 ©‏ ‎FE § I‏ ‎I‏ اا 2 ‎ER‏ ‏ا £ ‎Bo‏ ‏م 8 8 = ‎BFE.‏ 0 8 ل ‎ac 0 FF‏ © دج ‎IY © BF‏ .يي ‎N BN‏ : لج ‎GELB RR ee oo BB‏ سينا ‎Ves‏ ‏جم و5 > 3 93 909 1 7 ة 7 + + 12 33# 3 1111133337 ؟ ‎Ye ep dor 5 oz‏ هج 2 0 ل ل 2 حلم حي 1 ب = 2 + > جه " - 7 “م ب مي عي الشكل ‎٠١5‏
    !( 3 ‏ام 1 ناا‎ ‏مق‎ IR ‏تي[‎ 8 og 3 3 2% 3 i ‏اس‎ i 5 uy § . : 50 i 16 ‏آل‎ a | ِ nil 3 | 8 1 ‏لاي‎ ‏و‎ TOY OY ‏ةج ة‎ 3 2 5 Bon BOE A : FEES os ‏و ب‎ 3 3 * 3 -- ‏دم كامل 55م‎ BR was a Bhan 18 ‏ب م‎ as UW 8 Yr 4 +14 B % 0 . Bel ١ ga ‏اا"‎ i a . on ‏ب‎ 8 & ‏ا‎ E
    3 . il a iL i . a . ‏ل‎ ‎EEE ‏ل‎ 5 He = = = = 4 0 EE # ‏د ة‎ * 3 1 3 ‏3خ‎ + ‏المصل ا‎ ‏ا‎ - ‏ل‎ ‏ل الل ال‎ 8 0 ‏ا‎ ‎2 dl NE ‏ابن‎ 8 0 ag aE B 3 1 | i | 88 . ّ i 3 : 1 ‏ب‎ 3 x 9 0 0 0 8 1 | 0 ‏ل‎ 0 1 8 : vg 1: : 5 5 bod 42 0% % op ‏؟ ؟‎ EE * #8 5 * £53 3 - PBS we ‏اللعاب‎ 8 ١1٠١ Jest
    ‎en Ca‏ مم ‎HF 3+ fe : 8 : : we‏ ا ا ال 8 ‎q a‏ ‎segs «0501 orRNA‏ ا ا ب ‎de‏ ل 06/2 ااا ا ا لل $4 10 ‎jel : we si Ab \‏ . 2 5 ‎CL = DENVAGRNA‏ 8 ا ‎491m THe‏ ‎DENVEoRNA‏ 0 ا ‎fool‏ أ ‎a We Bee SZ 8 : a BE OF‏ } ‎se Et‏ ; لاغ ‎a Fi‏ ا ‎BS SE ; a‏ ل ‎yeaa‏ ‏ا 0 : 8 0 ‎ws‏ 1 لل ‎a‏ ‎iE ii a Emer Cfo‏ 0 ‎So = ot 22‏ ; ا ا ا يهم بم ‎Bn‏ ‏مي ان ‎FF‏ 3 7 ا نِّ ‎A & ag‏ 8 ’ & ٍ اا رعذ ‎a‏ : . . داعام ‎Yo‏ & ج7١ ‎mo‏ : ٌ 3 ‎i i : 2 0 3 = : : .‏ ب دا 278 0 ‎“dy‏ ‎go 3 5 dere : : 8‏ : ا = ‎J‏ ‎on +5 : | =‏ 8 3470 ‎pd 0 Cr yr | Co‏ ‎oh 3 3‏ ٍ 8 : : 7 ار ‎Was‏ م ‎A Wass ad Bo BB 3 3 1 i :‏ 3 ‎gr { or = 1 vend wl : 0‏ ته ل" ‎i‏ ٍْ نا 4 0 : : ‎Ro‏ 4 = "| ب ‎Yann‏ : 2 إٍْ 0 : ‎YE.
    Z‏ ‎fi diana SRR ASA‏ مسالالمسسمس السام ‎oo SL‏ ‎Smee Borin > naman >‏ + ‎Ri oF i & 5‏ & & ‎Ng 7 0 & &‏ م 7 ‎a‏ 7 تي الشكل ‎1١١‏ i . Sd orRNA ‏ب‎ SE ‏يع‎ i 5 ‏الفيروسي‎ Mf see CEILS RA ‏تمد‎ ada ‏عحعايث حدق ستقي‎ LRAT ‏ارخ م1‎ ‏التطايق اللخليقي سي لأ ل‎ Ce SASS ‏عدص‎ DOMUSASME 1 ‏ا 0 . تا‎ ‏اد‎ a 7 ‏رك‎ & SaaS ‏اليف ممتي‎ 41 8 Hi & : ; i 3 ‏صخ‎ 3 AN ‏الا‎ Se p xX prs ella FINE ‏مسقنا‎ LE ‏ناتيت‎ 1 ‏بو اسطة الأو اا‎ net ‏ل عم التطايق‎ = & a i . 0 LH a ei g & 5 0% Pope wea oH i ‏التليتي‎ RR ‏ا ا عدم‎ 1 ‏اا تت‎ SEE pe ‏جطهورية الموجينيقان ا ال‎ ell tag Spree ‏الولايات المنشدة المزيكية‎ 18 ‏صرفو نو‎ ‏ال‎ DOMusasae mg ‏و‎ eq 88 0 « i & 4 ‏ا‎ RB ¢ 3 ‏ا‎ i 2 te 2 ‏اا م3‎ 3 ‏ا ا لالس هيه 2 و ااا هار‎ A dW os ‏ا‎ 8 8 3 ie 0 ‏الا‎ wok EA ‏ميج‎ ° 2 0% 2 Wx eed 8 vy ‏ا ال # ردق‎ 1 Foon. gr Ben So 4% sees Fd Er id ‏الود‎ hat ~~ ‏عدون‎ 3 sae aad ad a 3 ad ‏هدك‎ ٠ ‏ام‎ Cos 3 ‏المشتق‎ pla SEE ag 3 MA OTR Amy WI CE Ce AE UT oF o* ¥ ٍ ١ ‏انسدق التق م أي‎ a 5 Qa Fa splint Hi 2 ‏دكن‎ ‎+ ‏د فلالا لمت‎ Lindt ‏نام‎ gre a ‏ا‎ ‎<< ‏المشتل‎ ER <5 liad ‏ا‎ ** ja all ‏الستقي.‎ 8 EY ‏ا فاق التق‎ 3 ‏هب‎ J Vey EER ‏مدب‎ OAD a = ‏ددح‎ ‏3ن‎ se DOMUBASHS a : Charme Lo ey 2 7 ‏02788لاط«‎ 8 Ses ees med ARTY : 8 ‏كيد 0 ب‎ sR ‏الل‎ 22 : 23 x 1 3 Ging Rad ‏ا‎ TRI a A ‏اا‎ x : 8 ¥ X RB sas ‏ا 1 ّ نل لح 8 لذليق اليد‎ 4 0 ‏ات اه لأسا‎ 2. rs a ie me ; x > 3 3 i & N 8 Co ‏الل 8 2 ل التتتلييية‎ . ‏اج ااه عا ا‎ 3 Feds Lads SRA Gay ne asa an LX ESR ‏قيار‎ 88 Shes na LE Ld ‏تتشي‎ 03 Fras mW wp o> a en ‏ساني عد‎ aR 3 TL oy SEE pt ‏بيخ‎ {81 SAN} Shoal eens Nia ‏افقرة‎ ‎NE EN fm ‏ريسي‎ 8 +. BEE es 8 Det ‏مريش هم‎ GR ‏يفوخ‎ ‎NNEC ‏مجوعة بعوض لون‎ 7 NG 8: = 5 ‏ال‎ ‎083 08 hy ‏ب‎ gBlack ghlock A= poM HND ‏نتن‎ ‎: ‏ومخوما 8 9-88 مريف 00 ل ا‎ Des AncDer Ane Der ‏عرض‎ Der Ang ‏بوط‎ fie TH EE EY O00 YE SION BALE Oe Maat ‏ا" و يد‎ FE DEON I Ue fae Jon JER & NR Sw Ei aa aad Mada & CRED aE baa bu nee ‏لاقن‎ ‎YY ‏الشكل‎
    ‎SHERLOCK = [ha‏ سين 506 0 ‎BTS‏ ونع ساعة) : اليوم ‎TY‏ التهينة والترتيب ‎Gia‏ بقار وتيف ‎rR NAS‏ دقلا ‎R‏ المستهدف ز ف ساعة*) (-؟ ‎RPA it dog (hel‏ ‎ug . 00 0‏ لطن ‎waste 7-١‏ إعداد اختيارات ‎SHERLOCK‏ نيدنية تهيئة 01448( ْ ‎hg‏ و أغراف ‎Cheb + Eh ihe Eat‏ وضع ترتيب ل ‎DNA‏ تتليقي: باستخدام ‎fe RPA‏ أو أهداف تتليقية ‎EX) AA Ade‏ شاعة**) بادنات ‎RPA‏ رانب ‎oTRNA‏ أحداف ‎{Tra‏ ا إعداد الفاعلات التساخ في المختير لك ‎crRNAs‏ والأداف ‎(Roly‏ ‏* يعتمد التوليث المحدد على عاد الأهداف والتصسيمات لكل هدف ** يعتمد على ما إذا كان الاختيار يستخدم ‎RPA‏ من لوالب تتليقية منخفضة النسخاء أو القط لواب تخليقية عاثية النسقة الشكل ‎VAY‏
    {PBS ‏اث‎ ‎ar 3 * « . 4 ‏انسخة 7 يقري لتر (تخفيا‎ ZK oe a ‏ف ا‎ ١ ‏ل‎ 8 ١ ‏ا‎ VOR ‏بن م‎ ‏د ا اا‎ 3 8 ‏ا‎ X RS OUR ©“ 3 SN Se enue SN SNe Ne AEE REO SEEN © SORE La = = Naa Ns Lo Lo LC oo BR Lon a Sa 5 NY Na oo LL . oo La . LL LL Lo LL LL N HER XR Nay Ne aaa 2 LN a aR ae a Na LL a No \ -. . Lo oo oo LL REAR LL CL oo Lo oo LL La Lo La a Nae Lo a La © aan LL Bz LL EEN, 3 SRE NE x > ARN en Ree X ARN oo NR 0 ‏ا حا‎ SPER 5 SENG 3 0 ‏ا‎ ‏اث البول)‎ DORN ‏(تشفيفات البول)‎ 2 ْ ‏ميكري اش‎ 2 ‏لي‎ d ‏تمشة‎ ‏ا‎ 2 KV Jaw ‘ Tt.
    ONG EN 3 ‏حا‎ maw 0 RR a aS [WW | Ran ROE ¥ Lan Naa N AR Nn X N ‏بس‎ 5 A ‏ا ا ا ا‎ ‏و ل اا ا‎ SEE Rt SER 8 : SN NER : aay Na LL LL = LL LL ‏ا‎ a = LL ‏ا‎ NN LL - Nhe Naas Nae 3 LL 2 NN 8 a a oa ; nN 2 LL AR Sas SIRNA aN a AE ARN No : Sa WN) Ay aN - a N a NL NN ‏د‎ RY NN XE 3 AAR ae DEN oN RR NR AN SRE NN : ‏ل‎ RE NE OR NR ON SER . Ne 2 [RK N aN AN SR am 8 aE OX WN RN my JRE ‏با‎ al Na Da 2) NN SRN oo Neat SNe Se RR ER 2 DER oe NN SRR 5 a NR SR NAAT ENR SRE } NN aS 8 Naa a» oo . Lh a EE SRE 3 ‏أ‎ 0 ٍ . AE
    الحاضهة الهيلة السعودية الملضية الفكرية ‎Swed Authority for intallentual Property pW‏ ‎RE‏ .¥ + \ ا 0 § ام 5 + < ‎Ne‏ ‎ge‏ ”بن اج > عي كي الج دا لي ايام ‎TEE‏ ‏ببح ةا ‎Nase eg‏ + ‎Ed - 2 -‏ 3 .++ .* وذلك بشرط تسديد المقابل المالي السنوي للبراءة وعدم بطلانها ‎of‏ سقوطها لمخالفتها ع لأي من أحكام نظام براءات الاختراع والتصميمات التخطيطية للدارات المتكاملة والأصناف ع النباتية والنماذج الصناعية أو لائحته التنفيذية. »> صادرة عن + ب ب ‎٠.‏ ب الهيئة السعودية للملكية الفكرية > > > ”+ ص ب ‎101١‏ .| لريا ‎1*١ uo‏ ؛ المملكة | لعربية | لسعودية ‎SAIP@SAIP.GOV.SA‏
SA519410124A 2017-03-15 2019-09-14 تقنيات تشخيصية تقوم على نظام مؤثر crispr للكشف عن الفيروسات SA519410124B1 (ar)

Applications Claiming Priority (6)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201762471931P 2017-03-15 2017-03-15
US201762484857P 2017-04-12 2017-04-12
US201762530086P 2017-07-07 2017-07-07
US201762568315P 2017-10-05 2017-10-05
US201762588138P 2017-11-17 2017-11-17
US201762596735P 2017-12-08 2017-12-08

Publications (1)

Publication Number Publication Date
SA519410124B1 true SA519410124B1 (ar) 2023-03-12

Family

ID=63522599

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
SA519410124A SA519410124B1 (ar) 2017-03-15 2019-09-14 تقنيات تشخيصية تقوم على نظام مؤثر crispr للكشف عن الفيروسات

Country Status (11)

Country Link
US (1) US20200181720A1 (ar)
EP (1) EP3596218B1 (ar)
JP (2) JP2020513815A (ar)
KR (1) KR20190140918A (ar)
CN (1) CN111108220A (ar)
AU (1) AU2018234832A1 (ar)
BR (1) BR112019019087A2 (ar)
CA (1) CA3056411A1 (ar)
IL (1) IL269330A (ar)
SA (1) SA519410124B1 (ar)
WO (1) WO2018170340A1 (ar)

Families Citing this family (101)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2734621B1 (en) 2011-07-22 2019-09-04 President and Fellows of Harvard College Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity
US9163284B2 (en) 2013-08-09 2015-10-20 President And Fellows Of Harvard College Methods for identifying a target site of a Cas9 nuclease
US9359599B2 (en) 2013-08-22 2016-06-07 President And Fellows Of Harvard College Engineered transcription activator-like effector (TALE) domains and uses thereof
US9526784B2 (en) 2013-09-06 2016-12-27 President And Fellows Of Harvard College Delivery system for functional nucleases
US9340799B2 (en) 2013-09-06 2016-05-17 President And Fellows Of Harvard College MRNA-sensing switchable gRNAs
US9322037B2 (en) 2013-09-06 2016-04-26 President And Fellows Of Harvard College Cas9-FokI fusion proteins and uses thereof
US9840699B2 (en) 2013-12-12 2017-12-12 President And Fellows Of Harvard College Methods for nucleic acid editing
AU2015298571B2 (en) 2014-07-30 2020-09-03 President And Fellows Of Harvard College Cas9 proteins including ligand-dependent inteins
IL310721A (en) 2015-10-23 2024-04-01 Harvard College Nucleobase editors and their uses
EP3494215A1 (en) 2016-08-03 2019-06-12 President and Fellows of Harvard College Adenosine nucleobase editors and uses thereof
EP3497214B1 (en) 2016-08-09 2023-06-28 President and Fellows of Harvard College Programmable cas9-recombinase fusion proteins and uses thereof
WO2018039438A1 (en) 2016-08-24 2018-03-01 President And Fellows Of Harvard College Incorporation of unnatural amino acids into proteins using base editing
JP2019530464A (ja) 2016-10-14 2019-10-24 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ 核酸塩基エディターのａａｖ送達
US10745677B2 (en) 2016-12-23 2020-08-18 President And Fellows Of Harvard College Editing of CCR5 receptor gene to protect against HIV infection
WO2018165504A1 (en) 2017-03-09 2018-09-13 President And Fellows Of Harvard College Suppression of pain by gene editing
CN110914310A (zh) 2017-03-10 2020-03-24 哈佛大学的校长及成员们 胞嘧啶至鸟嘌呤碱基编辑器
IL306092A (en) 2017-03-23 2023-11-01 Harvard College Nucleic base editors that include nucleic acid programmable DNA binding proteins
US11618928B2 (en) * 2017-04-12 2023-04-04 The Broad Institute, Inc. CRISPR effector system based diagnostics for malaria detection
WO2018209320A1 (en) 2017-05-12 2018-11-15 President And Fellows Of Harvard College Aptazyme-embedded guide rnas for use with crispr-cas9 in genome editing and transcriptional activation
EP3658573A1 (en) 2017-07-28 2020-06-03 President and Fellows of Harvard College Methods and compositions for evolving base editors using phage-assisted continuous evolution (pace)
WO2019139645A2 (en) 2017-08-30 2019-07-18 President And Fellows Of Harvard College High efficiency base editors comprising gam
RU2020115264A (ru) * 2017-10-04 2021-11-08 Зе Броад Институт, Инк. Диагностика на основе эффекторной системы crispr
CN111757937A (zh) 2017-10-16 2020-10-09 布罗德研究所股份有限公司 腺苷碱基编辑器的用途
WO2020006036A1 (en) 2018-06-26 2020-01-02 Massachusetts Institute Of Technology Crispr effector system based amplification methods, systems, and diagnostics
CN112639121A (zh) 2018-06-26 2021-04-09 博德研究所 基于crispr双切口酶的扩增组合物、系统和方法
BR112020025319A2 (pt) 2018-06-26 2021-03-09 The Broad Institute Inc. Composições, sistemas e métodos de amplificação baseada em crispr/cas e transposase
WO2020028729A1 (en) 2018-08-01 2020-02-06 Mammoth Biosciences, Inc. Programmable nuclease compositions and methods of use thereof
US20210396756A1 (en) * 2018-10-03 2021-12-23 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based diagnostics for hemorrhagic fever detection
EP3650553B1 (en) * 2018-11-07 2023-07-12 Siemens Healthcare GmbH Method for detection of specific nucleic acids
CA3119971A1 (en) 2018-11-14 2020-05-22 Pardis SABETI Multiplexing highly evolving viral variants with sherlock
WO2020124050A1 (en) 2018-12-13 2020-06-18 The Broad Institute, Inc. Tiled assays using crispr-cas based detection
JP7333171B2 (ja) * 2018-12-18 2023-08-24 栄研化学株式会社 Ｒｎａ検出方法、ｒｎａ検出用核酸及びｒｎａ検出用キット
RU192778U1 (ru) * 2018-12-26 2019-10-01 Федеральное государственное учреждение "Федеральный исследовательский центр "Фундаментальные основы биотехнологии" Российской академии наук" (ФИЦ Биотехнологии РАН) Устройство для иммунохроматографической экспрессной внелабораторной диагностики заболевания винограда, вызываемого вирусом скручивания листьев
EP3931313A2 (en) 2019-01-04 2022-01-05 Mammoth Biosciences, Inc. Programmable nuclease improvements and compositions and methods for nucleic acid amplification and detection
WO2020186231A2 (en) 2019-03-14 2020-09-17 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based multiplex diagnostics
WO2020186223A1 (en) * 2019-03-14 2020-09-17 The Broad Institute, Inc. Sherlock assays for tick-borne diseases
DE112020001306T5 (de) 2019-03-19 2022-01-27 Massachusetts Institute Of Technology Verfahren und zusammensetzungen zur editierung von nukleotidsequenzen
CN110396557B (zh) * 2019-04-30 2023-06-02 广州普世利华科技有限公司 一种基于CRISPR/Cas12a的特异性HPV核酸检测方法
US20220282341A1 (en) * 2019-08-05 2022-09-08 Massachusetts Institute Of Technology Transplant diagnostics using crispr-based technology
US20220333208A1 (en) 2019-09-03 2022-10-20 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based multiplex cancer diagnostics
CN114981409A (zh) 2019-09-03 2022-08-30 美洛德生物医药公司 用于基因组整合的方法和组合物
US11844800B2 (en) 2019-10-30 2023-12-19 Massachusetts Institute Of Technology Methods and compositions for predicting and preventing relapse of acute lymphoblastic leukemia
CN111118212B (zh) * 2020-01-07 2023-11-14 河北农业大学 检测新城疫病毒的引物和探针组合以及试剂盒和检测方法
US20230059683A1 (en) * 2020-01-07 2023-02-23 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Transposition-based diagnostics methods and devices
CN111118218B (zh) * 2020-01-20 2024-01-23 杭州奥盛仪器有限公司 对虾虹彩病毒的CRISPR-Cas12a蛋白酶等温检测引物组、试剂盒及其检测方法
EP3875602A1 (en) 2020-03-05 2021-09-08 Nederlandse Organisatie voor toegepast- natuurwetenschappelijk Onderzoek TNO Nucleic acid fluorescence detection
CN111235313A (zh) * 2020-03-08 2020-06-05 深圳市创新医学科技有限公司 一种快速检测新型冠状病毒的CRISPR-Cas13方法
WO2021183921A1 (en) * 2020-03-12 2021-09-16 New England Biolabs, Inc. A rapid diagnostic test for lamp
US10968493B1 (en) 2020-03-12 2021-04-06 New England Biolabs, Inc. Rapid diagnostic test using colorimetric LAMP
US11732315B2 (en) 2020-03-12 2023-08-22 New England Biolabs, Inc. Rapid diagnostic test for lamp
US11345970B2 (en) 2020-03-12 2022-05-31 New England Biolabs, Inc. Rapid diagnostic test for LAMP
US20220228150A1 (en) * 2020-03-17 2022-07-21 Gowtham THAKKU Crispr system high throughput diagnostic systems and methods
CN111334610B (zh) * 2020-03-20 2023-11-14 广东省妇幼保健院 一种登革病毒通用型rt-raa-lfd扩增引物及检测方法
US11851702B2 (en) 2020-03-23 2023-12-26 The Broad Institute, Inc. Rapid diagnostics
JP2023525304A (ja) 2020-05-08 2023-06-15 ザ ブロード インスティテュート，インコーポレーテッド 標的二本鎖ヌクレオチド配列の両鎖同時編集のための方法および組成物
CN111548918A (zh) * 2020-05-14 2020-08-18 上海交通大学 一种能实现多体系兼容的全封闭一体式反应管
CN111653312B (zh) * 2020-05-28 2021-04-16 上海宝藤生物医药科技股份有限公司 一种利用基因组数据探究疾病亚型亲缘性的方法
CN111733287B (zh) * 2020-06-22 2022-10-11 天津大学 检测发热伴血小板减少综合征病原体核酸的试剂盒
US20220017978A1 (en) * 2020-07-14 2022-01-20 Northwestern University Virofind: a novel platform for detection and discovery of the entire virogenome in clinical samples
CN111733294A (zh) * 2020-07-27 2020-10-02 广州动物园 鹦鹉博尔纳病毒4型的鉴定引物、鉴定方法和试剂盒
WO2022031046A1 (ko) * 2020-08-04 2022-02-10 한국생명공학연구원 Dcas9/grna 복합체 기반의 표적 rna 검출 방법
CN111961705A (zh) * 2020-08-11 2020-11-20 佛山科学技术学院 一种沙门氏菌的检测方法
CN111996291A (zh) * 2020-08-21 2020-11-27 深圳海关动植物检验检疫技术中心 用于西尼罗河病毒检测的试剂、试剂盒、检测方法及应用
WO2022040443A2 (en) * 2020-08-21 2022-02-24 New England Biolabs, Inc. A rapid diagnostic test for lamp
WO2022051667A1 (en) * 2020-09-03 2022-03-10 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based diagnostics for virus detection
GB2600103B (en) * 2020-10-19 2024-01-10 Quantumdx Group Ltd Integrated thermal conditioning and PCR in a molecular POC diagnostic system
KR20220059418A (ko) * 2020-11-02 2022-05-10 주식회사 이지다이아텍 다중 진단을 위한 핵산 분리 및 검출용 미세입자 프로브
CN112359146A (zh) * 2020-11-30 2021-02-12 浙江大学 一种用于快速检测乙型肝炎病毒基因的试剂盒及其检测方法
CN112501256A (zh) * 2020-12-03 2021-03-16 台州市中心医院（台州学院附属医院） 一种CRSPR-cas13a驱动的基于双酶信号扩增策略的RNA快速检测方法
CN112575059A (zh) * 2020-12-08 2021-03-30 天津大学 核酸检测试剂及检测方法
CN112609010B (zh) * 2020-12-09 2023-03-10 四川大学 一种基于点亮型RNA适体的CRISPR-Cas13核酸检测试剂盒
CN112813179B (zh) * 2020-12-09 2023-04-18 广州市第一人民医院（广州消化疾病中心、广州医科大学附属市一人民医院、华南理工大学附属第二医院） 一种用于尿路感染病原菌检测的试剂盒及其使用方法
CN112646932B (zh) * 2021-01-08 2022-06-07 湖南超亟检测技术有限责任公司 一步法可视化检测新型冠状病毒核酸的引物组和试剂盒
US20230014132A1 (en) * 2021-01-15 2023-01-19 Purdue Research Foundation Loop-mediated isothermal amplification (lamp) analysis for pathogenic targets
US20220252518A1 (en) * 2021-01-15 2022-08-11 Purdue Research Foundation Electronic test result determination and confirmation
US20240093190A1 (en) * 2021-01-19 2024-03-21 President And Fellows Of Harvard College Engineered nucleic acids targeting long noncoding rna involved in pathogenic infection
CN113046357B (zh) * 2021-01-25 2023-05-16 柳州市柳铁中心医院 一种乐伐替尼耐药基因dusp9、其筛选方法及应用
CN112779358B (zh) * 2021-01-27 2023-06-09 重庆威斯腾前沿生物研究院有限责任公司 一种非诊断目的的dcas9介导检测HPV16型E6基因的免疫层析方法
CN112904002A (zh) * 2021-02-01 2021-06-04 广西大学 一种基于stern-volmer原理检测甘蔗中高粱花叶病毒的方法
KR102555480B1 (ko) * 2021-02-22 2023-07-13 가천대학교 산학협력단 유전자가위 기반 인플루엔자 바이러스 타입의 신속 검출
CN112725539B (zh) * 2021-02-24 2023-05-23 遵义医科大学珠海校区 一种呼吸合胞病毒的RPA/Cas12a/IF试剂盒及其检测方法
CN112899356B (zh) * 2021-03-03 2022-12-13 广西扬翔股份有限公司 一种快速鉴定猪早期胚胎性别的引物组、试剂盒及其应用
CN112795702A (zh) * 2021-03-07 2021-05-14 珠海市迪奇孚瑞生物科技有限公司 虾血细胞虹彩病毒lamp检测引物组、试剂盒及方法
CN113005230B (zh) * 2021-04-28 2024-02-20 南通海关综合技术中心(江苏国际旅行卫生保健中心南通分中心、南通海关口岸门诊部) 亚洲型寨卡病毒RT-RPA/CRISPR-Cas12a检测试剂盒及其检测方法
CN113340648B (zh) * 2021-06-04 2023-01-06 深圳市悦诚达信息技术股份有限公司 一种冷链物流用病毒检验设备
CN113552103B (zh) * 2021-07-20 2022-12-30 济南大学 一种基于CRISPR-Cas系统的检测外泌体的荧光生物传感器
CN113504274B (zh) * 2021-07-20 2023-11-21 郑州轻工业大学 一种共价有机骨架材料及其制备方法和应用，适配体传感器及其制备方法
WO2023004391A2 (en) 2021-07-21 2023-01-26 Montana State University Nucleic acid detection using type iii crispr complex
CN113791207A (zh) * 2021-08-06 2021-12-14 南方科技大学 高灵敏度的免疫检测方法及其应用
CN113755560A (zh) * 2021-10-15 2021-12-07 宁夏农林科学院动物科学研究所(宁夏草畜工程技术研究中心) 一种蓝氏贾第虫lamp快速检测方法
KR20230062112A (ko) * 2021-10-29 2023-05-09 가천대학교 산학협력단 유전자가위 기반 중증열성혈소판감소증후군 바이러스의 신속 검출
CN114703324A (zh) * 2022-03-29 2022-07-05 广西壮族自治区兽医研究所 检测禽偏肺炎病毒的试剂及方法
CN114854862A (zh) * 2022-05-31 2022-08-05 重庆大学 一种检测融合基因及其变体的系统以及方法和应用
CN114807334A (zh) * 2022-05-31 2022-07-29 深圳联合医学科技有限公司 目标基因的检测方法、引物组、试剂盒及应用
CN115011713B (zh) * 2022-06-15 2023-09-26 湖南工程学院 基于DNAzyme双循环体系的牛结核分枝杆菌检测探针组及其检测方法
US20240093278A1 (en) * 2022-09-19 2024-03-21 Domus Diagnostics, Inc. Rapid molecular diagnostics with unified-one-pot sample processing, nucleic acid amplification, and result readout
KR102576803B1 (ko) * 2022-10-14 2023-09-12 주식회사 풀무원 CRISPR-Cas 기반의 리스테리아 모노사이토제네스 검출용 조성물 및 이를 이용한 리스테리아 모노사이토제네스 검출방법
CN115820939A (zh) * 2022-12-18 2023-03-21 厦门大学 用于猴痘病毒检测的crRNA、核酸分子组合物、检测体系及应用
CN116904662A (zh) * 2023-01-10 2023-10-20 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所 一种基于RAA-CRISPR/Cas12a的猴痘病毒核酸检测方法
WO2024158966A1 (en) * 2023-01-26 2024-08-02 The Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary Of The Navy Degenerate crispr cas13a crrnas for detection of highly variable rna sequences
CN117646089A (zh) * 2024-01-22 2024-03-05 烟台海关技术中心 YHV-1检测引物、crRNA、CRISPR组合物、试剂盒及应用

Family Cites Families (58)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0450060A1 (en) 1989-10-26 1991-10-09 Sri International Dna sequencing
DE69836092T2 (de) 1997-10-24 2007-05-10 Invitrogen Corp., Carlsbad Rekombinatorisches klonieren unter verwendung von nukleinsaüren mit rekombinationsstellen
US6465177B1 (en) 1998-10-26 2002-10-15 John Wayne Cancer Institute Detection of loss of heterozygosity in tumor and serum of melanoma patients
WO2001059103A2 (en) * 2000-02-11 2001-08-16 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. Method and reagent for the modulation and diagnosis of cd20 and nogo gene expression
US6699722B2 (en) * 2000-04-14 2004-03-02 A-Fem Medical Corporation Positive detection lateral-flow apparatus and method for small and large analytes
DE60141087D1 (de) * 2000-06-26 2010-03-04 Nugen Technologies Inc Methoden und zusammensetzungen zur auf transkription basierenden vervielfältigung von nukleinsäuren
US20030064366A1 (en) 2000-07-07 2003-04-03 Susan Hardin Real-time sequence determination
US7211414B2 (en) 2000-12-01 2007-05-01 Visigen Biotechnologies, Inc. Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity
US7057026B2 (en) 2001-12-04 2006-06-06 Solexa Limited Labelled nucleotides
AU2003216291A1 (en) 2002-02-20 2003-09-09 Chroma Therapeutics Ltd. A non-invasive diagnostic test utilizing histone modification markers
EP3363809B1 (en) 2002-08-23 2020-04-08 Illumina Cambridge Limited Modified nucleotides for polynucleotide sequencing
WO2005074161A1 (en) 2004-01-27 2005-08-11 Altivera L.L.C. Diagnostic radio frequency identififcation sensors and applications thereof
WO2006044078A2 (en) 2004-09-17 2006-04-27 Pacific Biosciences Of California, Inc. Apparatus and method for analysis of molecules
JP5101288B2 (ja) 2004-10-05 2012-12-19 カリフォルニア インスティテュート オブ テクノロジー アプタマー調節される核酸及びその利用
US7405281B2 (en) 2005-09-29 2008-07-29 Pacific Biosciences Of California, Inc. Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor
WO2007052765A1 (ja) * 2005-11-02 2007-05-10 Shimadzu Corporation Rnaの抽出方法及びrnaの検出方法
EP4105644A3 (en) 2006-03-31 2022-12-28 Illumina, Inc. Systems and devices for sequence by synthesis analysis
WO2007121276A2 (en) 2006-04-12 2007-10-25 Biocept, Inc. Enrichment of circulating fetal dna
AU2007309504B2 (en) 2006-10-23 2012-09-13 Pacific Biosciences Of California, Inc. Polymerase enzymes and reagents for enhanced nucleic acid sequencing
WO2008149176A1 (en) 2007-06-06 2008-12-11 Cellectis Meganuclease variants cleaving a dna target sequence from the mouse rosa26 locus and uses thereof
KR20100128340A (ko) 2008-03-27 2010-12-07 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 종이 기반 마이크로유체 시스템
US20100240054A1 (en) 2008-09-22 2010-09-23 Biocept, Inc. Identification and isolation of fetal cells and nucleic acid
BR112012006757A2 (pt) * 2009-09-25 2015-09-08 Alere San Diego Inc detecção de ácidos nucleicos em matrizes brutas
CN103003446A (zh) 2010-02-24 2013-03-27 布罗德研究所有限公司 诊断传染病病原体及其药物敏感性的方法
KR20130000396A (ko) 2010-03-04 2013-01-02 메사추세츠 인스티튜트 오브 테크놀로지 세포 검출 및 단리를 위한 마이크로유체 선별기
BR112012027532A2 (pt) 2010-04-26 2020-10-13 Sangamo Biosciences, Inc. edição de genoma de um locus rosa usando nucleases de dedo de zinco.
WO2012125781A2 (en) 2011-03-15 2012-09-20 Colorado State University Research Foundation Rapid detection of pathogens using paper devices
EP3495507B1 (en) * 2011-07-06 2022-03-30 Quest Diagnostics Investments Incorporated Direct amplification and detection of viral and bacterial pathogens
GB201115098D0 (en) 2011-09-01 2011-10-19 Belgian Volition Sa Method for detecting nucleosomes containing histone variants
WO2013071301A1 (en) 2011-11-10 2013-05-16 The Administrators Of The Tulane Educational Fund Paper based diagnostic test
US9688971B2 (en) * 2012-06-15 2017-06-27 The Regents Of The University Of California Endoribonuclease and methods of use thereof
EP2898096B1 (en) 2012-09-21 2024-02-14 The Broad Institute, Inc. Methods for labeling of rnas
KR20150105956A (ko) 2012-12-12 2015-09-18 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 서열 조작 및 치료적 적용을 위한 시스템, 방법 및 조성물의 전달, 유전자 조작 및 최적화
US11441196B2 (en) 2013-03-15 2022-09-13 The Broad Institute, Inc. Ribosomal ribonucleic acid hybridization for organism identification
US11414695B2 (en) 2013-05-29 2022-08-16 Agilent Technologies, Inc. Nucleic acid enrichment using Cas9
MX2015017313A (es) * 2013-06-17 2016-11-25 Broad Inst Inc Suministro, uso y aplicaciones terapéuticas de los sistemas y composiciones crispr-cas, para actuar sobre trastornos y enfermedades utilizando componentes víricos.
US20150065821A1 (en) 2013-09-05 2015-03-05 Google Inc. Nanoparticle Phoresis
WO2015058008A2 (en) * 2013-10-18 2015-04-23 California Institute Of Technology Enhanced nucleic acid identification and detection
JP6387606B2 (ja) * 2013-11-27 2018-09-12 東ソー株式会社 核酸の検出方法
US10253353B2 (en) 2013-12-06 2019-04-09 The Broad Institute, Inc. Enhanced methods of ribonucleic acid hybridization
US9737251B2 (en) 2014-05-28 2017-08-22 Verily Life Sciences Llc Needle-free blood draw
CN107208137A (zh) * 2014-10-20 2017-09-26 龙公司 检测rna病毒的组合物和方法
CA2913428A1 (en) * 2014-12-03 2016-06-03 Bubble Technology Industries Inc. System and method for detection of contaminants
US10975442B2 (en) 2014-12-19 2021-04-13 Massachusetts Institute Of Technology Molecular biomarkers for cancer immunotherapy
EP3250689B1 (en) * 2015-01-28 2020-11-04 The Regents of The University of California Methods and compositions for labeling a single-stranded target nucleic acid
WO2016172598A1 (en) 2015-04-22 2016-10-27 The Broad Institute Inc. Exosomes and uses thereof
IL302102A (en) 2015-05-20 2023-06-01 Dana Farber Cancer Inst Inc shared neoantigens
EP3314020A1 (en) 2015-06-29 2018-05-02 The Broad Institute Inc. Tumor and microenvironment gene expression, compositions of matter and methods of use thereof
US11332783B2 (en) 2015-08-28 2022-05-17 The Broad Institute, Inc. Sample analysis, presence determination of a target sequence
US20170211142A1 (en) * 2015-10-22 2017-07-27 The Broad Institute, Inc. Novel crispr enzymes and systems
US11371081B2 (en) * 2016-05-25 2022-06-28 Arizona Board Of Regents On Behalf Of Arizona State University Portable, low-cost pathogen detection and strain identification platform
US10337051B2 (en) * 2016-06-16 2019-07-02 The Regents Of The University Of California Methods and compositions for detecting a target RNA
EP3548637A1 (en) * 2016-11-29 2019-10-09 Genomic Vision Method for designing a set of polynucleotide sequences for analysis of specific events in a genetic region of interest
PL3551753T3 (pl) * 2016-12-09 2022-10-31 The Broad Institute, Inc. Diagnostyka oparta na uk‎‎‎ładzie efektorowym crispr
US11584955B2 (en) * 2017-07-14 2023-02-21 Shanghai Tolo Biotechnology Company Limited Application of Cas protein, method for detecting target nucleic acid molecule and kit
CN107939288B (zh) 2017-11-14 2019-04-02 中国科学院地质与地球物理研究所 一种非旋转套的防转装置以及旋转导向装置
WO2020186223A1 (en) * 2019-03-14 2020-09-17 The Broad Institute, Inc. Sherlock assays for tick-borne diseases
US11851702B2 (en) * 2020-03-23 2023-12-26 The Broad Institute, Inc. Rapid diagnostics

Also Published As

Publication number Publication date
IL269330A (en) 2019-11-28
US20200181720A1 (en) 2020-06-11
CA3056411A1 (en) 2018-09-20
KR20190140918A (ko) 2019-12-20
EP3596218A1 (en) 2020-01-22
BR112019019087A2 (pt) 2020-05-12
EP3596218A4 (en) 2020-12-30
WO2018170340A1 (en) 2018-09-20
AU2018234832A1 (en) 2019-10-10
JP2023052052A (ja) 2023-04-11
CN111108220A (zh) 2020-05-05
EP3596218B1 (en) 2023-08-23
JP2020513815A (ja) 2020-05-21

Similar Documents

Publication Publication Date Title
SA519410124B1 (ar) تقنيات تشخيصية تقوم على نظام مؤثر crispr للكشف عن الفيروسات
JP7527961B2 (ja) Ｃｒｉｓｐｒエフェクター系に基づく診断
US11898142B2 (en) Multi-effector CRISPR based diagnostic systems
JP7228514B2 (ja) Ｃｒｉｓｐｒエフェクターシステムベースの診断法
US11174515B2 (en) CRISPR effector system based diagnostics
US20210108267A1 (en) Crispr effector system based multiplex diagnostics
US20180305773A1 (en) Crispr effector system based diagnostics for malaria detection
US20190144929A1 (en) Devices for crispr effector system based diagnostics
WO2020102610A1 (en) Crispr system based droplet diagnostic systems and methods
CN111630162A (zh) 基于crispr效应系统的诊断
US20240102115A1 (en) Crispr effector system based diagnostics for virus detection
Agarwal et al. Comparative genome analysis reveals driving forces behind Monkeypox virus evolution and sheds light on the role of ATC trinucleotide motif