RU2794156C1 - НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ГЕНОВ УСТОЙЧИВОСТИ К ТЕТРАЦИКЛИНАМ ИЗ ГРУППЫ tet У БАКТЕРИЙ МЕТОДОМ ПЦР С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ "РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ" - Google Patents
НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ГЕНОВ УСТОЙЧИВОСТИ К ТЕТРАЦИКЛИНАМ ИЗ ГРУППЫ tet У БАКТЕРИЙ МЕТОДОМ ПЦР С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ "РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ" Download PDFInfo
- Publication number
- RU2794156C1 RU2794156C1 RU2022118597A RU2022118597A RU2794156C1 RU 2794156 C1 RU2794156 C1 RU 2794156C1 RU 2022118597 A RU2022118597 A RU 2022118597A RU 2022118597 A RU2022118597 A RU 2022118597A RU 2794156 C1 RU2794156 C1 RU 2794156C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- insdseq
- insdqualifier
- insdfeature
- tetm
- teta
- Prior art date
Links
Images
Abstract
Изобретение относится к биотехнологии и представляет собой набор олигонуклеотидов для идентификации и детекции участков генов tetA, tetM, tetO, обеспечивающих устойчивость к тетрациклинам у бактерий методом ПЦР в режиме «реального времени», для образцов, полученных из продовольственного сырья, пищевых продуктов, от животных, из объектов окружающей среды, без этапа выделения бактериальных изолятов, а также для чистых бактериальных культур. Набор содержит праймеры и зонды для выявления фрагментов генов резистентности к тетрациклинам tetA, tetM, tetO. 3 ил., 7 табл., 1 пр.
Description
Изобретение относится к области ветеринарии, биотехнологии и молекулярной биологии и представляет собой набор олигонуклеотидов для идентификации и детекции участков генов tetA, tetM, tetO, обеспечивающих устойчивость к тетрациклинам у бактерий, выявленных в результате ветеринарного мониторинга, с помощью детектирующего амплификатора.
Тетрациклины, представляют собой семейство антибиотиков, широкого спектра действия, проявляющими активность в отношении широкого спектра грамположительных и грамотрицательных бактерий. Применяются для лечения инфекций домашней птицы, крупного рогатого скота, овец и свиней. В некоторых случаях, например, для терапевтического лечения большого количества домашней птицы, выращиваемой на коммерческих фермах, антибиотики добавляют непосредственно в корм или воду или могут вводиться в виде аэрозолей. Тетрациклины используются в аквакультуре для борьбы с инфекциями у лосося, сома и омаров [1,2]. Их также распыляют на фруктовые деревья и другие растения для лечения заражения Erwinia amylovara, вводят в пальмы для лечения микоплазменных инфекций и используют для борьбы с заражением семян Xanthomonas campestis (черная гниль). Они также находят применение в лечении насекомых, имеющих коммерческую ценность; например, окситетрациклин используется для лечения гнильца медоносных пчел, который вызывается либо личинками Bacillus, либо Streptococcus pluton.
Устойчивость к тетрациклинам часто связана с приобретением новых генов, которые кодируют энергозависимый отток тетрациклинов или белок, защищающий бактериальные рибосомы от действия тетрациклинов. Большинство генов tet у бактерий связаны с мобильными плазмидами, транспозонами, конъюгативными транспозонами и интегронами (генными кассетами). Эти мобильные единицы позволили генам tet перемещаться от вида к виду и в широкий диапазон родов путем конъюгации. Гены грамотрицательных tet, впервые описанные у Enterobacteriaceae и Pseudomonadaceae, теперь обнаруживают также у Neisseria, Haemophilus, Mannheimia, Treponema и Vibrio [3]
Существуют различные методы идентификации и детекции генетических детерминант резистентности, основанные на использовании технологии ДНК-чипов (RU 2685188 C2, RU 2415932 C1, RU 2415937 C1) и нескольких разновидностей ПЦР: метод одноцепочечного конформационного полиморфизма (PCR-SSCP), анализ полиморфизма длины рестрикционных фрагментов (PCR-RFLP) (RU 2646107 C1). Также возможно использование лигазной цепной реакции (ЛЦР). Метод секвенирования является «золотым стандартом» для идентификации неизвестных продуктов амплификации, что позволяет определять новые варианты ферментов [4].
Молекулярно-генетические методы направлены на выявление генов, ассоциированных с резистентностью, и характеризуются: высокой чувствительностью, скоростью получения результатов, стандартизованностью и технологичностью исследования. Важной особенностью является отсутствие манипуляций с живыми бактериальными культурами, что способствует предотвращению распространения и циркуляции микроорганизмов внутри лечебно-диагностических и лабораторных учреждений.
ПЦР в реальном времени (PCR-RT) метод является наиболее практичным методом идентификации, который используется для выявления генетических детерминант устойчивости к антибиотикам, включая гены устойчивости к тетрациклинам.
Целью настоящего изобретения является разработка набора олигонуклеотидных праймеров и зондов для ПЦР в реальном времени, используемой с целью выявления фрагментов генов устойчивости к тетрациклинам tetA, tetM и tetO из образцов продовольственного сырья, пищевых продуктов, от животных (фекалии), из объектов окружающей среды (смывы с клеток, стен, оборудования; образцы фекалий, подстилка и др.), без этапа выделения бактериальных изолятов, а также из чистых бактериальных культур.
Техническим результатом заявленного изобретения является высокая специфичность выбранных олигонуклеотидов специфичных к последовательностям генов tetA, tetM и tetO, по которым осуществляется определение устойчивости анализируемого образца к тетрациклинам.
Преимуществом данного изобретения является экспресс-выявление генов резистентности, к антибиотикам, наиболее часто применяемых в ветеринарной практике и являющихся критически важным для клинической медицины.
Заявленный технический результат достигается благодаря тому, что при проведении полимеразной цепной реакции в «режиме реального времени», используют специальный оригинальный набор олигонуклеотидных праймеров и зондов для выявления фрагментов генов устойчивости к тетрациклинам tetA, tetM и tetO, имеющий следующий нуклеотидный состав:
1) гена устойчивости к тетрациклинам tetA:
tetA-F CGGTCTTCTTCATCATGCAACT
tetA-R GAGTGAATGCAGAATGCCAAATG
tetA-Z ROX-TTTCGGCGAGGATCGCTTTCACT-BHQ2
2) гена устойчивости к тетрациклинам tetM:
tetM - F GGTACAACGAGGACGGATAATAC
tetM - R CCTGGCGTGTCTATGATGTT
tetM - Z ROX-ACGTCAGAGAGGAATTACAATTCAGACAG-BHQ2
3) гена устойчивости к тетрациклинам tetO:
tetO - F GAGCGTAGATGAAGGCACAA
tetO - R ATGGCCTGGCGTATCTATAATG
tetO - Z FAM-TCACTGCTGTCTGGATAGTGATTCCC-BHQ1
Согласно предлагаемому способу осуществляется идентификация трех генетических детерминант резистентности, чаще всего встречающихся в образцах продовольственного сырья, пищевых продуктов, от животных (фекалии), из объектов окружающей среды (смывы с клеток, стен, оборудования; образцы фекалий, подстилка и др.).
Олигонуклеотиды, входящие в набор, отличаются от известных из уровня техники тем, что имеют оригинальные олигонуклеотидные последовательности и позволяют специфическим образом детектировать и выявлять гены tetA, tetM и tetO, по которым осуществляется определение устойчивости анализируемого образца к тетрациклинам т.е. набор олигонуклеотидов является видоспецифичным.
Для выбора и анализа ДНК последовательностей генов резистентности были использованы базы данных ResFinder, Arg-ANNOT, CARD и NCBI BARRGD, а также последовательности геномов различных грамположительных и грамотрицательных бактерий, которые были ранее получены в ФГБУ «ВГНКИ» методом полногеномного секвенирования.
Для выбора генов-мишеней при разработке методики выявления генов устойчивости к тетрациклинам были проанализированы литературные данные о встречаемости генов группы tet в бактериях ветеринарного и медицинского происхождения. Кроме того, учитывались данные ветеринарного мониторинга антибиотикорезистености в РФ, распространенность генов tet среди возбудителей, данные полногеномного секвенирования изолятов из различных регионов РФ.
Ген tetA кодирует белок, осуществляющий выведение (эффлюкс) тетрациклинов из бактериальной клетки путем активного транспорта. Данный механизм резистентности к тетрациклинам широко распространен среди энтеробактерий, выделяемых от животных, птиц и из пищевых продуктов. Гены tetM и tetO кодируют белки, взаимодействующие с 23S рибосомальной РНК и препятствующие связыванию тетрациклинов с рибосомой. Данный механизм резистентности к тетрациклинам («защита мишени») распространен как среди грамотрицательных, так и грамположительных бактерий, выявляемых при ветеринарном мониторинге антибиотикорезистентности. Локализация tetM и tetА на мобильных генетических элементах способствует их горизонтальному переносу между микроорганизмами, в том числе таксономически и экологически отдаленными.
Подбор праймеров производили на онлайн-ресурсе «PrimerQuest Tool» (IDT). Для анализа множественного выравнивания последовательностей использовали программу «Ugene» и алгоритм Clustal omega. Для выбора оптимальных параметров структурных характеристик наборов праймеров использовали программы PCR Primer Stats и Oligo Analysis Tool, оценивали оптимальную температуру отжига, возможность образования димеров и «шпилек». Специфичность праймеров оценивали при помощи онлайн-ресурса «Primer-Blast», расположенном на сайте NCBI.
Последовательности и характеристики выбранных праймеров и зонда для детекции гена tetA и множественное выравнивание фрагментов гена из различных баз данных представлены в таблице 1 и на рисунке 1 (Множественное выравнивание последовательностей гена tetА. Последовательность праймера tetA-R1 дана в виде «reverse-complement»).
| Таблица 1 Характеристики праймеров и зонда для детекции гена tetA |
|||||
| Наименование | Последовательность | Длина праймера, п.н. | Tm, °C |
GC% | Длина ампликона, п.н. |
| tetA-F | CGGTCTTCTTCATCATGCAACT | 22 | 62.9 | 45.5 | 134 |
| tetA-Z | ROX-TTTCGGCGAGGATCGCTTTCACT-BHQ2 | 23 | 68.1 | 52.2 | |
| tetA-R | GAGTGAATGCAGAATGCCAAATG | 23 | 62.8 | 43.5 | |
Последовательности и характеристики выбранных праймеров и зонда для детекции гена tetM и множественное выравнивание фрагментов гена из различных баз данных представлены в таблице 2 и на рисунке 2 (Множественное выравнивание последовательностей гена tetM. Последовательность праймера tetM-R1 дана в виде «reverse-complement»).
| Таблица 2 Характеристики праймеров и зонда для детекции гена tetM |
|||||
| Наименование | Последовательность | Длина праймера, п.н. | Tm, °C |
GC% | Длина ампликона, п.н. |
| tetM-F | GGTACAACGAGGACGGATAATAC | 23 | 61.9 | 47.8 | 116 |
| tetM-Z | ROX-ACGTCAGAGAGGAATTACAATTCAGACAG-BHQ2 | 29 | 67.4 | 43.3 | |
| tetM-R | CCTGGCGTGTCTATGATGTT | 20 | 61.9 | 50 | |
Последовательности и характеристики выбранных праймеров и зонда для детекции гена tetO и множественное выравнивание фрагментов гена из различных баз данных представлены в таблице 3 и на рисунке 3 (Множественное выравнивание последовательностей гена tetO).
Последовательности праймера tetO-R2 и зонда tetO-Z2 даны в виде «reverse-complement».
| Таблица 3 Характеристики праймеров и зонда для детекции гена tetO |
|||||
| Наименование | Последовательность | Длина праймера, п.н. | Tm, °C |
GC% | Длина ампликона, п.н. |
| tetO-F | GAGCGTAGATGAAGGCACAA | 20 | 62.0 | 50 | 133 |
| tetO-Z | FAM-TCACTGCTGTCTGGATAGTGATTCCC-BHQ1 | 26 | 67.1 | 50 | |
| tetO-R | ATGGCCTGGCGTATCTATAATG | 22 | 61.9 | 45.5 | |
Выбранные комплекты праймеров и зондов не предназначены для выявления других генов устойчивости к терациклинам, например tet(B), (K), (L), (S), tet(38) и др.
Выделение ДНК из образца, осуществляют с помощью набора реагентов «АмплиПрайм ДНК-сорб-В» (ФБУН ЦНИИЭ) или «PureLink Genomic DNA» (Invitrogen), или «QIAamp DNA Mini Kit» (Qiagen) в соответствии с инструкцией производителя. В качестве отрицательного контроля выделения (Kв) используют 100 мм3 воды деионизованной. Срок хранения выделенной ДНК составляет при комнатной температуре не более 16 ч, при температуре (2-8) С - не более семи дней, при температуре не выше минус 16°С - не более шести месяцев.
Для приготовления соответствующих мастермиксов «ПЦР-смесь-1» в отдельных пробирках смешивают из расчета на одну реакцию (с учетом контролей выделения и ПЦР) следующие реагенты: растворы прямых и обратных ПЦР-праймеров и зондов в необходимой концентрации, 0,2 мм3 смеси дНТФ (25 ммоль/дм3) и воды деионизованной до 5 мм3. Смесь с полимеразой для выявления целевых генов готовили в отдельной пробирке (из расчета на каждую реакцию с учетом контролей выделения и ПЦР), вносят по 10 мм3 «ПЦР-смеси-1», 0,5 мм3 ДНК-полимеразы, 5 мм3 ПЦР-буфера с магнием. Затем вносят по 15 мм3 приготовленной смеси с полимеразой в тонкостенные пробирки и по 10 мм3 исследуемых или контрольных проб. Запускают на амплификаторе RotorGene соответствующие программы термоциклирования (табл. 4-5).
| Таблица 4 Программа амплификации для выявления фрагментов гена tetA и tetM |
||||
| Стадия | Температура | Время | Число циклов | Детекция флуоресценции |
| Удерживание | 95°С | 15 мин | 1 | - |
| Циклирование | 95°С | 15 сек | 35 | - |
| 62°С | 45 сек | По каналу Orange | ||
| Таблица 5 Программа амплификации для выявления фрагментов гена tetO |
||||
| Стадия | Температура | Время | Число циклов | Детекция флуоресценции |
| Удерживание | 95°С | 15 мин | 1 | - |
| Циклирование | 95°С | 15 сек | 40 | - |
| 62°С | 45 сек | По каналу Green | ||
При идентификации генов устойчивости к тетрациклинам tetA, tetO, tetM результаты интерпретируются в качественном формате на основании значения Ct. Учет результатов амплификации фрагментов генов начинают с оценки результатов амплификации положительных и отрицательных контролей в соответствии с таблицей 6. Результаты ПЦР исследования считаются достоверными, если получены правильные результаты для положительного и отрицательного контролей ПЦР и отрицательного контроля выделения ДНК.
| Таблица 6 Необходимые показатели результатов анализа контролей |
|||
| Контролируемый этап анализа |
Значение порогового цикла Сt по каналу, соответствующему | ||
| фрагменту гена tetA (канал Orange) |
фрагменту гена tetM (канал Orange) | фрагменту гена tetO (канал Green) |
|
| Выделение ДНК, Кв | Нет значений | Нет значений | Нет значений |
| ПЦР, К- | Нет значений | Нет значений | Нет значений |
| ПЦР, K+ | ≤ 27 | ≤ 27 | ≤ 31 |
В образце обнаружен ген устойчивости к тетрациклинам tetA, если в таблице результатов по каналу Orange определено среднее значение порогового цикла Ct ≤ 32, а результаты контрольных реакций соответствуют таблице 4.
В образце обнаружен ген устойчивости к тетрациклинам tetM, если в таблице результатов по каналу Orange определено среднее значение порогового цикла Ct ≤ 32, а результаты контрольных реакций соответствуют таблице 4.
В образце обнаружен ген устойчивости к тетрациклинам tetO, если в таблице результатов по каналу Green определено среднее значение порогового цикла Ct ≤ 35, а результаты контрольных реакций соответствуют таблице 6.
Изобретение имеет преимущество от известных из уровня техники методов возможностью экспресс-идентификации и высокой специфичностью. Для подтверждения специфичности изобретения готовили панель, содержащую ДНК, выделенную из различных чистых бактериальных культур коллекции ФГБУ «ВГНКИ». В качестве контрольных использовали изоляты, которые охарактеризованы полногеномно, с указанием на присутствие или отсутствие каких-либо из таргетных генов: tetA, tetO, tetM, а также отсутствие или присутствие других генов из группы tet (таблица 7).
| Таблица 7 Результаты амплификации фрагментов генов tetA, tetM, tetO, выделенных из чистых культур бактерий |
||||
| пп | Ожидаемый результат амплификации фрагментов генов | Полученный результат амплификации фрагмента гена |
Наименование образца | |
| Повтор1 | Повтор2 | |||
| 1 | - | - | - | Salmonella enterica subsp. enterica, чувствительный к тетрациклинам |
| 2 | tetA, tetM | tetA, tetM | tetA, tetM | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis, резистентный к тетрациклинам, с генами tetA/tetR, tetM |
| 3 | tetA | tetA | tetA | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis, резистентный к тетрациклинам, с генами tetA/tetR, tetB |
| 4 | tetA, | tetA | tetA | E.coli, резистентный к тетрациклинам, с генами tetA/tetR |
| 5 | tetO | tetO | tetO | Enterococcus faecalis, резистентный к тетрациклинам, с геном tetO |
| 6 | tetМ | tetМ. | tetМ, | Enterococcus faecium, резистентный к тетрациклинам, с геном tetМ |
| 7 | tetМ | tetМ | tetМ, | Enterococcus faecalis, резистентный к тетрациклинам, с геном tetМ |
| 8 | tetМ | tetМ, | tetМ, | Enterococcus faecalis, резистентный к тетрациклинам, с генами tetМ и tetL |
| 9 | tetO, | tetO | tetO | Campylobacter jejuni, резистентный к тетрациклинам, с геном tetO |
| 10 | tetO, | tetO | tetO | Campylobacter coli, резистентный к тетрациклинам, с геном tetO |
В рамках предложенной панели системы идентификации и детекции генов резистентности показали 100% специфичность: наблюдается амплификация только фрагментов генов tetA, tetO, tetM.
Способ не требует дорогостоящего оборудования и высококвалифицированного персонала.
Изобретение может быть использовано при выборе лекарственного препарата, режима лечения и с целью осуществления эпизоотического мониторинга.
Литературные источники
1. DePaola A, Hill W E, Harrell F M. Oligonucleotide probe determination of tetracycline-resistant bacteria isolated from catfish ponds. Mol Cell Probes. 1993;7:345-348.
2. Institute of Medicine, Division of Health Promotion and Disease Prevention. Report of a study. Human health risks with the subtherapeutic use of penicillin or tetracyclines in animal feed. Washington, D.C.: National Academy Press; 1998. [Google Scholar]
3. Morse S A, Johnson S J, Biddle J W, Roberts M C. High-level tetracycline resistance in Neisseria gonorrhoeae due to the acquisition of the tetM determinant. Antimicrob Agents Chemother. 1986;30:664-670.
4. Chroma M., Kolar M. Genetic methods for detection of antibiotic resistance: focus on extended-spectrum β-lactamases. Biomed. Pap. Med. Fac. Univ. Palacky Olomouc Czech Repub. 2010, 154(4): 289-296.
--->
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE ST26SequenceListing PUBLIC "-//WIPO//DTD Sequence Listing
1.3//EN" "ST26SequenceListing_V1_3.dtd">
<ST26SequenceListing dtdVersion="V1_3" fileName="НАБОР
ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ГЕНОВ УСТОЙЧИВОСТИ К ТЕТРАЦИКЛИНАМ ИЗ
ГРУППЫ tet У БАКТЕРИЙ МЕТОДОМ ПЦР С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО
ВРЕМЕНИ».xml" softwareName="WIPO Sequence" softwareVersion="2.1.2"
productionDate="2022-10-12">
<ApplicationIdentification>
<IPOfficeCode>RU</IPOfficeCode>
<ApplicationNumberText>2022118597</ApplicationNumberText>
<FilingDate>2022-07-07</FilingDate>
</ApplicationIdentification>
<ApplicantFileReference>02-10</ApplicantFileReference>
<ApplicantName languageCode="ru">Федеральное государственное
бюджетное учреждение «Всероссийский государственный Центр качества и
стандартизации лекарственных средств для животных и кормов» (ФГБУ
«ВГНКИ») (Federalnoe gosudarstvennoe biudzhetnoe uchrezhdenie
«Vserossiiskii gosudarstvennyi Tsentr kachestva i standartizatsii
lekarstvennykh sredstv dlia zhivotnykh i kormov» (FGBU «VGNKI»))
123022, Россия, Москва, Звенигородское шоссе д.5. (Rossiya, Moskva,
Zvenigorodskoye shosse d.5.)</ApplicantName>
<ApplicantNameLatin>FGBU VGNKI</ApplicantNameLatin>
<InventionTitle languageCode="ru">НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ
ВЫЯВЛЕНИЯ ГЕНОВ УСТОЙЧИВОСТИ К ТЕТРАЦИКЛИНАМ ИЗ ГРУППЫ tet У БАКТЕРИЙ
МЕТОДОМ ПЦР С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ»</InventionTitle>
<SequenceTotalQuantity>9</SequenceTotalQuantity>
<SequenceData sequenceIDNumber="1">
<INSDSeq>
<INSDSeq_length>22</INSDSeq_length>
<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>
<INSDSeq_division>PAT</INSDSeq_division>
<INSDSeq_feature-table>
<INSDFeature>
<INSDFeature_key>source</INSDFeature_key>
<INSDFeature_location>1..22</INSDFeature_location>
<INSDFeature_quals>
<INSDQualifier>
<INSDQualifier_name>mol_type</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>genomic DNA</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
<INSDQualifier id="q1">
<INSDQualifier_name>organism</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>unidentified</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
</INSDFeature_quals>
</INSDFeature>
</INSDSeq_feature-table>
<INSDSeq_sequence>cggtcttcttcatcatgcaact</INSDSeq_sequence>
</INSDSeq>
</SequenceData>
<SequenceData sequenceIDNumber="2">
<INSDSeq>
<INSDSeq_length>23</INSDSeq_length>
<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>
<INSDSeq_division>PAT</INSDSeq_division>
<INSDSeq_feature-table>
<INSDFeature>
<INSDFeature_key>source</INSDFeature_key>
<INSDFeature_location>1..23</INSDFeature_location>
<INSDFeature_quals>
<INSDQualifier>
<INSDQualifier_name>mol_type</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>genomic DNA</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
<INSDQualifier id="q2">
<INSDQualifier_name>organism</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>unidentified</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
</INSDFeature_quals>
</INSDFeature>
</INSDSeq_feature-table>
<INSDSeq_sequence>gagtgaatgcagaatgccaaatg</INSDSeq_sequence>
</INSDSeq>
</SequenceData>
<SequenceData sequenceIDNumber="3">
<INSDSeq>
<INSDSeq_length>23</INSDSeq_length>
<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>
<INSDSeq_division>PAT</INSDSeq_division>
<INSDSeq_feature-table>
<INSDFeature>
<INSDFeature_key>source</INSDFeature_key>
<INSDFeature_location>1..23</INSDFeature_location>
<INSDFeature_quals>
<INSDQualifier>
<INSDQualifier_name>mol_type</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>other DNA</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
<INSDQualifier id="q3">
<INSDQualifier_name>organism</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>unidentified</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
</INSDFeature_quals>
</INSDFeature>
</INSDSeq_feature-table>
<INSDSeq_sequence>tttcggcgaggatcgctttcact</INSDSeq_sequence>
</INSDSeq>
</SequenceData>
<SequenceData sequenceIDNumber="4">
<INSDSeq>
<INSDSeq_length>23</INSDSeq_length>
<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>
<INSDSeq_division>PAT</INSDSeq_division>
<INSDSeq_feature-table>
<INSDFeature>
<INSDFeature_key>source</INSDFeature_key>
<INSDFeature_location>1..23</INSDFeature_location>
<INSDFeature_quals>
<INSDQualifier>
<INSDQualifier_name>mol_type</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>genomic DNA</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
<INSDQualifier id="q4">
<INSDQualifier_name>organism</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>unidentified</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
</INSDFeature_quals>
</INSDFeature>
</INSDSeq_feature-table>
<INSDSeq_sequence>ggtacaacgaggacggataatac</INSDSeq_sequence>
</INSDSeq>
</SequenceData>
<SequenceData sequenceIDNumber="5">
<INSDSeq>
<INSDSeq_length>20</INSDSeq_length>
<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>
<INSDSeq_division>PAT</INSDSeq_division>
<INSDSeq_feature-table>
<INSDFeature>
<INSDFeature_key>source</INSDFeature_key>
<INSDFeature_location>1..20</INSDFeature_location>
<INSDFeature_quals>
<INSDQualifier>
<INSDQualifier_name>mol_type</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>other DNA</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
<INSDQualifier id="q5">
<INSDQualifier_name>organism</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>unidentified</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
</INSDFeature_quals>
</INSDFeature>
</INSDSeq_feature-table>
<INSDSeq_sequence>cctggcgtgtctatgatgtt</INSDSeq_sequence>
</INSDSeq>
</SequenceData>
<SequenceData sequenceIDNumber="6">
<INSDSeq>
<INSDSeq_length>29</INSDSeq_length>
<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>
<INSDSeq_division>PAT</INSDSeq_division>
<INSDSeq_feature-table>
<INSDFeature>
<INSDFeature_key>source</INSDFeature_key>
<INSDFeature_location>1..29</INSDFeature_location>
<INSDFeature_quals>
<INSDQualifier>
<INSDQualifier_name>mol_type</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>genomic DNA</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
<INSDQualifier id="q6">
<INSDQualifier_name>organism</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>unidentified</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
</INSDFeature_quals>
</INSDFeature>
</INSDSeq_feature-table>
<INSDSeq_sequence>acgtcagagaggaattacaattcagacag</INSDSeq_sequence>
</INSDSeq>
</SequenceData>
<SequenceData sequenceIDNumber="7">
<INSDSeq>
<INSDSeq_length>20</INSDSeq_length>
<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>
<INSDSeq_division>PAT</INSDSeq_division>
<INSDSeq_feature-table>
<INSDFeature>
<INSDFeature_key>source</INSDFeature_key>
<INSDFeature_location>1..20</INSDFeature_location>
<INSDFeature_quals>
<INSDQualifier>
<INSDQualifier_name>mol_type</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>genomic DNA</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
<INSDQualifier id="q7">
<INSDQualifier_name>organism</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>unidentified</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
</INSDFeature_quals>
</INSDFeature>
</INSDSeq_feature-table>
<INSDSeq_sequence>gagcgtagatgaaggcacaa</INSDSeq_sequence>
</INSDSeq>
</SequenceData>
<SequenceData sequenceIDNumber="8">
<INSDSeq>
<INSDSeq_length>22</INSDSeq_length>
<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>
<INSDSeq_division>PAT</INSDSeq_division>
<INSDSeq_feature-table>
<INSDFeature>
<INSDFeature_key>source</INSDFeature_key>
<INSDFeature_location>1..22</INSDFeature_location>
<INSDFeature_quals>
<INSDQualifier>
<INSDQualifier_name>mol_type</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>genomic DNA</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
<INSDQualifier id="q8">
<INSDQualifier_name>organism</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>unidentified</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
</INSDFeature_quals>
</INSDFeature>
</INSDSeq_feature-table>
<INSDSeq_sequence>atggcctggcgtatctataatg</INSDSeq_sequence>
</INSDSeq>
</SequenceData>
<SequenceData sequenceIDNumber="9">
<INSDSeq>
<INSDSeq_length>26</INSDSeq_length>
<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>
<INSDSeq_division>PAT</INSDSeq_division>
<INSDSeq_feature-table>
<INSDFeature>
<INSDFeature_key>source</INSDFeature_key>
<INSDFeature_location>1..26</INSDFeature_location>
<INSDFeature_quals>
<INSDQualifier>
<INSDQualifier_name>mol_type</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>genomic DNA</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
<INSDQualifier id="q9">
<INSDQualifier_name>organism</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>unidentified</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
</INSDFeature_quals>
</INSDFeature>
</INSDSeq_feature-table>
<INSDSeq_sequence>tcactgctgtctggatagtgattccc</INSDSeq_sequence>
</INSDSeq>
</SequenceData>
</ST26SequenceListing>
<---
Claims (13)
- Набор олигонуклеотидов для идентификации и детекции участков генов tetA, tetM, tetO у бактерий, обеспечивающих устойчивость к тетрациклинам методом ПЦР в режиме реального времени, характеризующийся тем, что имеет следующий нуклеотидный состав:
- 1) гена устойчивости к тетрациклинам tetA:
- tetA–F CGGTCTTCTTCATCATGCAACT
- tetA–R GAGTGAATGCAGAATGCCAAATG
- tetA–Z ROX-TTTCGGCGAGGATCGCTTTCACT-BHQ2
- 2) гена устойчивости к тетрациклинам tetM:
- tetM – F GGTACAACGAGGACGGATAATAC
- tetM – R CCTGGCGTGTCTATGATGTT
- tetM – Z ROX–ACGTCAGAGAGGAATTACAATTCAGACAG–BHQ2
- 3) гена устойчивости к тетрациклинам tetO:
- tetO – F GAGCGTAGATGAAGGCACAA
- tetO – R ATGGCCTGGCGTATCTATAATG
- tetO – Z FAM-TCACTGCTGTCTGGATAGTGATTCCC-BHQ1
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2794156C1 true RU2794156C1 (ru) | 2023-04-12 |
Family
ID=
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2759396C1 (ru) * | 2020-12-22 | 2021-11-12 | Федеральное государственное бюджетное учреждение "Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов" (ФГБУ "ВГНКИ") | Штамм бактерий salmonella enterica (вкшм-б-849м) в качестве контрольного штамма для микробиологических и молекулярно-генетических исследований в определении антибиотикорезистентности |
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2759396C1 (ru) * | 2020-12-22 | 2021-11-12 | Федеральное государственное бюджетное учреждение "Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов" (ФГБУ "ВГНКИ") | Штамм бактерий salmonella enterica (вкшм-б-849м) в качестве контрольного штамма для микробиологических и молекулярно-генетических исследований в определении антибиотикорезистентности |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| Simpson A. E., Skurray R. A., Firth N. An IS 257-derived hybrid promoter directs transcription of a tetA (K) tetracycline resistance gene in the Staphylococcus aureus chromosomal mec region //Journal of Bacteriology. - 2000. - Т. 182. - No. 12. - С. 3345-3352. Bannam T. L., Rood J. I. Identification of structural and functional domains of the tetracycline efflux protein TetA (P) from Clostridium perfringens //Microbiology. - 1999. - Т. 145. - No. 10. - С. 2947-2955. * |
| Ерошенко Г. А. и др. Антибиотикоустойчивые штаммы возбудителя чумы и разработка способа их детекции методом полимеразной цепной реакции //Проблемы особо опасных инфекций. - 2011. - No. 1. - С. 53-57. * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Stoesser et al. | Colistin resistance gene mcr-1 and pHNSHP45 plasmid in human isolates of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae | |
| Gorski et al. | Prevalence, distribution, and diversity of Salmonella enterica in a major produce region of California | |
| Glenn et al. | Analysis of antimicrobial resistance genes detected in multidrug-resistant Salmonella enterica serovar Typhimurium isolated from food animals | |
| Sharma et al. | Prevalence, virulence potential, and antibiotic susceptibility profile of Listeria monocytogenes isolated from bovine raw milk samples obtained from Rajasthan, India | |
| McCabe et al. | An investigation of shedding and super‐shedding of Shiga toxigenic Escherichia coli O157 and E. coli O26 in cattle presented for slaughter in the Republic of Ireland | |
| Frasao et al. | Molecular detection, typing, and quantification of Campylobacter spp. in foods of animal origin | |
| Prendergast et al. | Verocytotoxigenic Escherichia coli O157 in beef and sheep abattoirs in Ireland and characterisation of isolates by pulsed-field gel electrophoresis and multi-locus variable number of tandem repeat analysis | |
| Hoque et al. | Antibiogram and virulence profiling reveals multidrug resistant Staphylococcus aureus as the predominant aetiology of subclinical mastitis in riverine buffaloes | |
| Malik et al. | Molecular characterization of antibiotic resistance in poultry gut origin enterococci and horizontal gene transfer of antibiotic resistance to Staphylococcus aureus | |
| Hinenoya et al. | Isolation and characterization of Escherichia albertii in poultry at the pre‐harvest level | |
| Grønvold et al. | Fecal microbiota of calves in the clinical setting: Effect of penicillin treatment | |
| Dong et al. | Occurrence and characterization of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) isolated from Chinese beef processing plants | |
| Shah et al. | Migratory birds as the vehicle of transmission of multi drug resistant extended spectrum β lactamase producing Escherichia fergusonii, an emerging zoonotic pathogen | |
| KR101496835B1 (ko) | 살모넬라균 검출을 위한 등온증폭반응용 프라이머 조성물 및 이를 이용한 살모넬라균의 검출 방법 | |
| Yousif et al. | Prevalence and molecular detection of intimin (eaeA) virulence gene in E. coli O157: H7 in calves | |
| Noroozi et al. | Molecular characterization and antimicrobial resistance of Enterococcus faecalis isolated from seafood samples | |
| Islam et al. | Sorbitol non-fermenting shiga toxin-producing Escherichia coli in cattle on smallholdings | |
| RU2794156C1 (ru) | НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ГЕНОВ УСТОЙЧИВОСТИ К ТЕТРАЦИКЛИНАМ ИЗ ГРУППЫ tet У БАКТЕРИЙ МЕТОДОМ ПЦР С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ "РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ" | |
| Khan et al. | Isolation, identification, molecular detection and sensitivity to antibiotics of Salmonella from cattle faeces | |
| Barel et al. | A rcobacter species isolated from various seafood and water sources; virulence genes, antibiotic resistance genes and molecular characterization | |
| Harvey et al. | A metagenomic approach for determining prevalence of tetracycline resistance genes in the fecal flora of conventionally raised feedlot steers and feedlot steers raised without antimicrobials | |
| Panel on Biological Hazards | Public health risks associated with Enteroaggregative Escherichia coli (EAEC) as a food‐borne pathogen | |
| Mangalappalli-Illathu et al. | Dynamics of antimicrobial resistance and virulence genes in Enterococcus faecalis during swine manure storage | |
| Zarei Ahmady et al. | Occurrence of diarrheagenic Escherichia coli pathotypes from raw milk and unpasteurized buttermilk by culture and multiplex polymerase chain reaction in southwest Iran | |
| Vincent et al. | Metagenomic analysis of enteric bacterial pathogens affecting the performance of dairy cows in smallholder productions systems |