RU2021113366A - Предоперационная стратификация риска на основании экспрессии PDE4D7 и DHX9 - Google Patents
Предоперационная стратификация риска на основании экспрессии PDE4D7 и DHX9 Download PDFInfo
- Publication number
- RU2021113366A RU2021113366A RU2021113366A RU2021113366A RU2021113366A RU 2021113366 A RU2021113366 A RU 2021113366A RU 2021113366 A RU2021113366 A RU 2021113366A RU 2021113366 A RU2021113366 A RU 2021113366A RU 2021113366 A RU2021113366 A RU 2021113366A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- expression profile
- gene expression
- pde4d7
- dhx9
- preoperative
- Prior art date
Links
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 title claims 38
- 101700045225 DHX9 Proteins 0.000 title claims 24
- 102100017780 DHX9 Human genes 0.000 title claims 24
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 claims 9
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims 8
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 claims 6
- 102100016790 HPRT1 Human genes 0.000 claims 5
- 101710011940 HPRT1 Proteins 0.000 claims 5
- 108010044281 TATA-Box Binding Protein Proteins 0.000 claims 5
- 102000012235 TATA-box binding protein Human genes 0.000 claims 5
- 102100004214 TUBA1B Human genes 0.000 claims 5
- 101710033655 TUBA1B Proteins 0.000 claims 5
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 claims 4
- 101700057277 PDE4D Proteins 0.000 claims 4
- 102100018798 PDE4D Human genes 0.000 claims 4
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims 4
- 238000004590 computer program Methods 0.000 claims 3
- 230000004570 RNA-binding Effects 0.000 claims 2
- 229920000160 (ribonucleotides)n+m Polymers 0.000 claims 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 claims 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 claims 1
- 238000001794 hormone therapy Methods 0.000 claims 1
- 238000010606 normalization Methods 0.000 claims 1
- 238000003762 quantitative reverse transcription PCR Methods 0.000 claims 1
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 claims 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 claims 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 claims 1
Claims (33)
1. Способ предоперационной стратификации риска у субъекта, страдающего раком предстательной железы, включающий:
- определение профиля экспрессии гена для варианта 7 фосфодиэстеразы 4D (PDE4D7) в биологическом образце, полученном от указанного субъекта,
- определение профиля экспрессии гена для DExH-бокс-геликазы 9 (DHX9) в том же или другом биологическом образце, полученном от указанного субъекта, и
- определение предоперационной прогностической оценки риска для указанного субъекта на основании указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 и указанного профиля экспрессии гена для DHX9.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанный профиль экспрессии гена для PDE4D7 и профиль экспрессии гена для DHX9 комбинируют с функцией регрессии, которая была получена на основании популяции субъектов, страдающих раком предстательной железы.
3. Способ по п. 1, дополнительно включающий:
- предложение первичного лечения для указанного субъекта на основании указанной предоперационной прогностической оценки риска,
причем указанное первичное лечение выбрано из группы, состоящей из: (i) по меньшей мере частичной простатэктомии; (ii) активной терапии, выбранной из лучевой терапии, гормональной терапии, химиотерапии и их комбинации; и (iii) активного наблюдения.
4. Способ по п. 1, дополнительно включающий:
- нормирование указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 и/или профиля экспрессии гена для DHX9 по отношению к одному или более референсным генам, выбранным из группы, состоящей из: гипоксантинфосфорибозилтрансферазы 1 (HPRT1) Homo sapiens, тубулина-альфа-1b (TUBA1B), члена РНК-связывающего семейства pumilio (PUM1) Homo sapiens и ТАТА-бокс-связывающего белка (ТВР) Homo sapiens,
причем указанную предоперационную прогностическую оценку риска определяют на основании указанного (ых) нормированного (ых) профиля (ей) экспрессии гена (ов).
5. Способ по п. 4, отличающийся тем, что указанный один или более референсных генов содержат по меньшей мере два или по меньшей мере три, или все из HPRT1, TUBA1B, PUM1 и TBP.
6. Способ по п. 5, отличающийся тем, что указанное определение профиля экспрессии гена для PDE4D7 и/или профиля экспрессии гена для DHX9 включает выполнение количественной полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (RT-qPCR) на РНК, выделенной из биологического(их) образца (образцов), причем значение Cq определяют для PDE4D7 и/или DHX9 и для каждого из одного или более референсных генов, и при этом указанное определение предоперационной оценки риска включает нормирование указанного значения Cq для PDE4D7 и/или DHX9 с использованием указанного значения Cq для каждого из одного или более референсных генов и вычисление указанной предоперационной оценки риска на основании указанного(ых) нормированного(ых) значения (значений) Cq.
7. Диагностический набор, содержащий:
по меньшей мере один праймер и/или зонд для определения профиля экспрессии гена для варианта 7 фосфодиэстеразы 4D (PDE4D7) в биологическом образце, полученном от субъекта, страдающего раком предстательной железы;
по меньшей мере один праймер и/или зонд для определения профиля экспрессии гена для DExH-бокс-геликазы 9 (DHX9) в том же или другом биологическом образце, полученном от указанного субъекта; и
необязательно по меньшей мере один праймер и/или зонд для определения профиля экспрессии гена для одного или более референсных генов, выбранных из группы, состоящей из: гипоксантинфосфорибозилтрансферазы 1 (HPRT1) Homo sapiens, тубулина-альфа-1b (TUBA1B), члена РНК-связывающего семейства pumilio (PUM1) Homo sapiens и ТАТА-бокс-связывающего белка (ТВР) Homo sapiens;
причем указанный диагностический набор дополнительно содержит инструкции по вычислению предоперационной прогностической оценки риска на основании указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 и профиля экспрессии гена для DHX9, при этом указанные инструкции хранятся в компьютерном программном продукте, который, при выполнении компьютером, осуществляет способ, включающий:
- определение указанной предоперационной прогностической оценки риска для указанного субъекта на основании указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 и профиля экспрессии гена для DHX9,
при этом необязательно указанный способ включает:
- нормирование указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 и/или профиля экспрессии гена для DHX9 по отношению к одному или более референсным генам,
при этом указанную предоперационную прогностическую оценку риска определяют на основании указанного(ых) нормированного(ых) профиля(ей) экспрессии гена(ов).
8. Диагностический набор по п. 7, отличающийся тем, что указанные инструкции по вычислению указанной предоперационной прогностической оценки риска содержат инструкции по комбинированию указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 и профиля экспрессии гена для DHX9 с функцией регрессии, которая была получена на основании популяции субъектов, страдающих раком предстательной железы.
9. Применение диагностического набора по п. 7 или 8 в способе предоперационной стратификации риска у субъекта, страдающего раком предстательной железы.
10. Применение профиля экспрессии гена для варианта 7 фосфодиэстеразы 4D (PDE4D7) и профиля экспрессии гена для DExH-бокс-геликазы 9 (DHX9) в предоперационной стратификации риска у субъекта, страдающего раком предстательной железы, включающее:
- определение указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 в биологическом образце, полученном от указанного субъекта,
- определение указанного профиля экспрессии гена для DHX9 в том же или другом биологическом образце, полученном от указанного субъекта, и
- определение предоперационной прогностической оценки риска для указанного субъекта на основании указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 и профиля экспрессии гена для DHX9.
11. Применение по п. 10, отличающееся тем, что указанный профиль экспрессии гена для PDE4D7 и профиль экспрессии гена для DHX9 комбинируют с функцией регрессии, которая была получена на основании популяции субъектов, страдающих раком предстательной железы.
12. Компьютерный программный продукт, содержащий инструкции, которые, при выполнении указанной программы компьютером, приводят к осуществлению компьютером способа, включающего:
- определение предоперационной прогностической оценки риска для субъекта, страдающего раком предстательной железы, на основании профиля экспрессии гена для варианта 7 фосфодиэстеразы 4D (PDE4D7) и профиля экспрессии гена для DExH-бокс-геликазы 9 (DHX9),
причем указанный профиль экспрессии гена для PDE4D7 был определен в биологическом образце, полученном от указанного субъекта, и указанный профиль экспрессии гена для DHX9 был определен в том же или другом биологическом образце, полученном от указанного субъекта.
13. Компьютерная программа по п. 12, отличающаяся тем, что указанный профиль экспрессии гена для PDE4D7 и профиль экспрессии гена для DHX9 комбинируют с функцией регрессии, которая была получена на основании популяции субъектов, страдающих раком предстательной железы.
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| EP18199784.2 | 2018-10-11 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2021113366A true RU2021113366A (ru) | 2022-11-11 |
| RU2793635C2 RU2793635C2 (ru) | 2023-04-04 |
Family
ID=
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Barthel et al. | Longitudinal molecular trajectories of diffuse glioma in adults | |
| Ren et al. | Expression level of fibroblast growth factor 5 (FGF5) in the peripheral blood of primary hypertension and its clinical significance | |
| Brennan et al. | Serum HE4 as a prognostic marker in endometrial cancer—a population based study | |
| Gilsbach et al. | Comparison of in vitro and in vivo reference genes for internal standardization of real-time PCR data | |
| JP6770957B2 (ja) | 試料中のｐｉｋ３ｃａ突然変異状態を決定する方法 | |
| Macaulay et al. | Hypomethylation of functional retrotransposon-derived genes in the human placenta | |
| Ramasamy et al. | Integrative DNA methylation and gene expression analysis identifies discoidin domain receptor 1 association with idiopathic nonobstructive azoospermia | |
| JP2020536530A (ja) | 標的遺伝子発現の数学的モデル化を使用する、Ｎｏｔｃｈ細胞シグナル伝達経路活性の評価 | |
| Mohammadpour-Gharehbagh et al. | Genetic and epigenetic analysis of the BAX and BCL2 in the placenta of pregnant women complicated by preeclampsia | |
| JP2017526345A (ja) | 不妊ならびに関連する病態を評価するための方法およびシステム | |
| Cui et al. | Spermatozoa expression of piR-31704, piR-39888, and piR-40349 and their correlation to sperm concentration and fertilization rate after ICSI | |
| JP2024028940A (ja) | 核酸分子を分析するための方法およびシステム | |
| Benton et al. | Mapping eQTLs in the Norfolk Island genetic isolate identifies candidate genes for CVD risk traits | |
| JP2019514387A5 (ru) | ||
| Yadav et al. | Identification of suitable housekeeping genes for expression analysis in mammary epithelial cells of buffalo (Bubalus bubalis) during lactation cycle | |
| EP2971087B1 (en) | Assessing dna quality using real-time pcr and ct values | |
| Smith et al. | A compact, in vivo screen of all 6-mers reveals drivers of tissue-specific expression and guides synthetic regulatory element design | |
| Jiang et al. | Gestational age assessment by methylation and size profiling of maternal plasma DNA: a feasibility study | |
| Jahaninejad et al. | StuI polymorphism on the androgen receptor gene is associated with recurrent spontaneous abortion | |
| Katarzyńska-Banasik et al. | Selection of reference genes for quantitative real-time PCR analysis in chicken ovary following silver nanoparticle treatment | |
| Liu et al. | Insertion of 275-bp SINE into first intron of PDIA4 gene is associated with litter size in Xiang pigs | |
| RU2019120046A (ru) | Оценки риска на основе экспрессии варианта 7 фосфодиэстеразы 4d человека | |
| Jursza et al. | Validation of reference genes in the feline endometrium | |
| Nowak et al. | Determination of novel reference genes for improving gene expression data normalization in selected canine reproductive tissues–a multistudy analysis | |
| Gruszczyñska et al. | Restriction fragment length polymorphism of exon 2 Ovar-DRB1 gene in Polish Heath Sheep and Polish Lowland Sheep |