PL220131B1 - Test diagnostyczny do identyfikacji lekooporności szczepów bakteryjnych oraz sposób jego wytwarzania - Google Patents

Description

Przedmiotem wynalazku jest test diagnostyczny do identyfikacji lekooporności szczepów bakteryjnych takich jak: Pseudomonas areugineosa opornych na działanie karbapenemów, Staphylococus aureus opornych na działanie antybiotyków β-laktamowych i Enterococcus spp. opornych na działanie wankomycyny oraz sposób jego wytwarzania.

Zakażenia szpitalne to problem jaki jest obecny w współczesnej służbie zdrowia, do najpoważniejszych zakażeń szpitalnych należą zakażenia bakteryjne takimi bakteriami jak: Pseudomonas areugineosa, Staphylococcus aureus czy też Enterococcus spp. Największe zagrożenie dla człowieka stanowią zakażenia szczepami bakteryjnymi opornymi na działanie antybiotyków. Wśród zakażeń szpitalnych najczęściej występują izolowane szczepy: Pseudomonas areugineosa oporne na działanie karbapenemów, Staphylococcus aureus oporne na działanie antybiotyków β-laktamowych czy też Enterococcus spp. oporne na działanie wankomycyny.

Obecnie stosowane procedury diagnostyczne zmierzające do identyfikacji i charakterystyki biochemicznej zakażeń bakteryjnych to techniki bazujące na procedurach klasycznej mikrobiologii - posiewy izolacyjne oraz testy krążkowe oporności na antybiotyki lub też testy bazujące na technikach biologii molekularnej - reakcja X łańcuchowa polimerazy PCR. Wymienione procedury diagnostyczne są czasochłonne oraz kosztowne i wymagają wykorzystania drogiego sprzętu w celu realizacji kompleksowego badania mającego na celu izolację szczepu i jego charakterystykę biochemiczną taką jak oporność na antybiotyki X.

Wśród opisanych w literaturze rozwiązań diagnostycznych wykorzystywanych do identyfikacji antybiotykoodporności należy wymienić głównie techniki bazujące na mikromacierzach. Jedną z technik opisanych w literaturze przez Douglas R. Call i współpracowników w artykule pt. „Identifying Antimicrobial Resistance Genes with DNA Microarrays” (Antimicrob. Agents Chemother. October 2003 vol. 47 no. 10 3290-3295) jest metoda identyfikacji antybiotykooporności szczepów bakteryjnych wykorzystująca macierz diagnostyczną wykonaną na bazie silanizowanego szkła z immobilizowanym kowalencyjnie nukleotydem (sondą molekularną) znakowaną fluoroforem hybrydyzującą z genem warunkującym antybiotykooporność. Procedura analityczna związana z detekcją genu oporności na antybiotyki zaproponowana przez autorów wymaga ekstrakcji DNA bakteryjnego a analiza wyników wymaga zastosowania skanera fluorescencyjnego, co czyni procedurę mało użyteczną w warunkach słabo wyposażonych laboratoriów szpitalnych.

Alternatywne rozwiązanie mikromacierzowe bazujące na badaniach polimorfizmu pojedynczych nukleotydów w celu identyfikacji antybiotykooporności przedstawiła Verena Grimm i współautorzy w publikacji „Use of DNA Microarrays for Rapid Genotyping of TEM Beta-Lactamases That Confer Resistance” (J. Clin. Microbiol. August 2004 vol. 42 no. 8 3766-3774). Opisane rozwiązanie diagnostyczne bazuje na zastosowaniu matrycy diagnostycznej z szeregiem sond diagnostycznych o określonej sekwencji (z polimorfizmem pojedynczych nukleotydów), które wykorzystywane są w procedurze analitycznej do detekcji genu oporności na antybiotyki. Jako znacznika fluorescencyjnego użyto dodatkowej sondy znakowanej fluorescencyjnie, której związanie z genem przejawia się wzrostem fluorescencji określonego rejonu macierzy diagnostycznej. Fluorescencja układu diagnostycznego a zarazem obecność genu warunkującego oporność na antybiotyki jest rejestrowana za pomocą skanera fluorescencyjnego.

Z publikacji James J Storhoff i współpracownicy „Homogeneous detection of unamplified genomie DNA sequences based on colorimetric scatter of gold nanoparticle probes” (Nature Biotechnology 22, 883-887 2004) znany jest układ diagnostyczny na bazie szkła oraz nanocząstek złota do detekcji antybiotykoodporności bakterii. Zaproponowane rozwiązanie wykorzystuje nanocząstki modyfikowane sondami nukleotydowymi hybrydyzującymi z genem oporności na antybiotyki. Analiza wyniku testu diagnostycznego odbywa się poprzez ocenę barwy układu nanocząstek naniesionych na szklaną powierzchnię.

Z amerykańskiego zgłoszenia patentowego nr US2012129180 znana jest metoda detekcji bakterii opornych na karbapemy bazująca na multipleksowej reakcji PCR ze specjalnie zaprojektowanymi starterami pozwalającymi na detekcję bakterii Gram X(-).

Natomiast z międzynarodowego zgłoszenia patentowego nr WO2010062001 znany jest sposób wytwarzania testu diagnostycznego opartego na dwóch sondach hybrydyzacyjnych z których jedna jest immobilizowana na powierzchni szkła natomiast druga znakowana fluorescencyjnie jest dodana do mieszaniny hybrydyzacyjnej. Warunkiem zadziałania testu jest obecność

PL 220 131 B1 w badanym materiale genu o sekwencjach komplementarnych do dwóch sond, których rolą jest wychwyt i zabarwienie analitu.

Istotą wynalazku jest test diagnostyczny do identyfikacji lekooporności szczepów bakteryjnych, który składa się z membrany nitrocelulozowej typu Lateral Flow o natężeniu przepływu analitu od 135 do 240 sekund/cm nasączonej punktowo roztworem białka wiążącego biotynę w ilości od 22

0,005 mg/mm² do 0,1 mg/mm² zawieszonego w 10% roztworze wodnego etanolu oraz reagenta detekcyjnego zawierającego 25 μg nanocząstek Au sprzęganych kowalencyjnie z sondą hybrydyzacyjną z aktywowaną grupą tiolową w ilości 1-10 nmoli z 1-10 pmolami sondy hybrydyzacyjnej znakowanej biotyną, przy czym sondy hybrydyzacyjne określone są wzorami od 1 do 6.

Korzystnie białko wiążące biotynę wybrane jest z grupy: streptawidyna, awidyna lub ich rekombinowane pochodne.

Korzystnie test diagnostyczny do identyfikacji szczepu Pseudomonas Areugineosa zawiera pojedynczą sondę o wzorze 1 lub 2.

Korzystnie test diagnostyczny do identyfikacji szczepu Staphylococcus Aureus zawiera równomolową mieszaninę 2 sond o wzorze 3 lub 4.

Korzystnie test diagnostyczny do identyfikacji szczepu Enterococcus spp zawiera równomolową mieszaninę 4 sond o wzorze 5 lub 6.

Sposób wytwarzania testu diagnostycznego do identyfikacji lekooporności szczepów bakteryjnych polega na tym, że w pierwszym etapie membranę nitrocelulozową typu Lateral Flow o natężeniu przepływu analitu od 135 do 240 sekund/cm nasącza się punktowo roztworem białka wiążącego bio22 tynę w ilości od 0,005 mg/mm² do 0,1 mg/mm² zawieszonego w 10% roztworze wodnego etanolu, w drugim etapie prowadzi się inkubację nanocząstek Au o stężeniu 25 μg/ml z sondą hybrydyzacyjną z aktywowaną grupą tiolową zawierającą od 1 do 10 nmoli oligonukleotydu, po zakończeniu sprzęgania nanocząstki Au poddaje się koncentracji w procesie wirowania 14 400 x g przez 30 minut, odrzuca się supernatant a osad zawiesza się w 100 μl - 200 μl dejonizowanej wody destylowanej, następnie roztwór ponownie poddaje się koncentracji, osad nanocząstek Au zawiesza się w 39-109 μl dejonizowanej wody destylowanej i dodaje się 1 μl roztworu biotynylowanej sondy hybrydyzacyjnej zawierającej 1-10 pmoli oligonukleotydu, po czym w trzecim etapie do 10-30 μl reagenta detekcyjnego dodaje się 10 μl gęstej hodowli bakteryjnej, mieszaninę reakcyjną umieszcza się w łaźni wodnej w temperaturze 90-100°C w czasie 3-5 min, następnie pozostawia się do ostygnięcia do temperatury pokojowej i 10-20 μl mieszaniny reakcyjnej przenosi się na membranę z immobilizowanym białkiem wiążącym biotynę.

Korzystnie jako białko wiążące biotynę stosuje się streptawidynę, awidynę lub ich rekombinowane pochodne.

Korzystnie w przypadku identyfikacji szczepu Pseudomonas areugineosa stosuje się pojedynczą sondę o wzorze 1 lub 2.

Korzystnie w przypadku identyfikacji szczepu Staphylococcus aureus stosuje się równomolową mieszaninę 2 sond o wzorze 3 lub 4.

Korzystnie w przypadku identyfikacji szczepu Enterococcus spp. stosuje się równomolową mieszaninę 4 sond o wzorze 5 lub 6.

Zaletą wynalazku jest to że test pozwala na identyfikację lekooporności w oparciu o genetyczne mechanizmy oporności. Analiza lekooporności bakterii nie wymaga wstępnej ekstrakcji kwasów nukleinowych.

Przedmiot wynalazku przedstawiony jest bliżej w przykładach wykonania.

P r z y k ł a d 1. Sposób wytworzenia testu do identyfikacji szczepu Pseudomonas areugineosa opornego na karbapenemy.

Membranę nitrocelulozową o minimalnych wymiarach 3 cm x 3 cm typu Lateral Flow o natężeniu przepływu analitu 135 sekund/cm nasącza się punktowo w centralnym miejscu roztworem strepta₂ widyny w ilości 0,1 μg/mm zawieszonej w 10% roztworze wodnym etanolu. Po naniesieniu białka i wyschnięciu membranę umieszcza się w 2% roztworze mleka rozpuszczonego w buforze TBS, a następnie inkubuje się w czasie 1 godziny przy łagodnym mieszaniu. Po procesie blokowania membranę dwukrotnie przemywa się buforem TBS poprzez delikatne wytrząsanie w czasie 15 min, a następnie membranę suszy się.

Do 1 ml złota koloidalnego o średnicy około 20 nm zawierającego 25 μg czystego złota dodaje się 1 nmol oligonukleotydu GTTTGGTCGCATATCGCAAC znakowanego łącznikiem tiolowym. Mieszaninę poddaje się inkubacji przez 12 godzin, następnie wirowaniu przy 14 400 x g przez 30 minut.

PL 220 131 B1

Powstały supernatant oddziela się, a osad zawiesza się w 200 μΐ dejonizowanej wody destylowanej. Roztwór ponownie poddaje się koncentracji w procesie wirowania, po czym osad nanocząstek Au zawiesza się w 39 μΐ dejonizowanej wody destylowanej i dodaje się 1 μΐ roztworu biotynylowanej sondy AATGCGCAGCACCAGGATAG zawierającej 1 pmol oligonukleotydu.

W kolejnym etapie miesza się 10 μΐ reagenta detekcyjnego z 10 μΐ gęstej hodowli bakteryjnej powstałej przez odwirowanie 0,5 ml, preinkubowanej w okresie 5 godzin na pożywce płynnej próbki, zawierającej bakterie i zawieszenie jej w 50 μl dejonizowanej wody. Mieszaninę reakcyjną umieszcza się w łaźni wodnej o temperaturze 90°C na 5 min. Po inkubacji mieszaninę pozostawia się do ostygnięcia do temperatury pokojowej po czym 10 μl mieszaniny reakcyjnej przenosi się na membranę detekcyjną z immobilizowaną streptawidyną.

Analiza wyniku:

a) „bez odmywania” po naniesieniu próbki obserwuje się powstałą plamę jeśli plama posiada jasną (czasami nawet wodnistą dobrze wyodrębnioną obwódkę) wynik pozytywny kiedy inaczej wynik negatywny.

b) „z odmywaniem” po naniesieniu próbki membranę płucze się wodą lub dowolnym buforem, w przypadku kiedy powstała plama barwna nie ulegnie odmyciu wynik pozytywny kiedy inaczej wynik negatywny.

P r z y k ł a d 2. Sposób wytworzenia testu do identyfikacji szczepu Pseudomonas areugineosa opornego na karbapenemy.

Membranę nitrocelulozową o minimalnych wymiarach 3 cm x 3 cm typu Lateral Flow o natężeniu przepływu analitu 135 sekund/cm nasącza się punktowo w centralnym miejscu roztworem awidyny ₂ w ilości 0,1 μg/mm zawieszonej w 10% roztworze wodnym etanolu. Po naniesieniu białka i wyschnięciu membranę umieszcza się w 2% roztworze mleka rozpuszczonego w buforze TBS, a następnie inkubuje się w czasie 1 godziny przy łagodnym mieszaniu. Po procesie blokowania membranę dwukrotnie przemywa się buforem TBS poprzez delikatne wytrząsanie w czasie 15 min, a następnie membranę suszy się.

Do 1 ml złota koloidalnego o średnicy około 20 nm zawierającego 25 μg czystego złota dodaje się 5 nmol oligonukleotydu AATGCGCAGCACCAGGATAG znakowanego łącznikiem tiolowym. Mieszaninę poddaje się inkubacji przez 12 godzin, następnie wirowaniu przy 14 400 x g przez 30 minut. Powstały supernatant oddziela się, a osad zawiesza się w 200 μl dejonizowanej wody destylowanej. Roztwór ponownie poddaje się koncentracji w procesie wirowania, po czym osad nanocząstek Au zawiesza się w 39 μl dejonizowanej wody destylowanej i dodaje się 1 μl roztworu biotynylowanej sondy GTTTGGTCGCATATCGCAAC zawierającej 5 pmol oligonukleotydu.

W kolejnym etapie miesza się 10 μl reagenta detekcyjnego z 10 μl gęstej hodowli bakteryjnej powstałej przez odwirowanie 0,5 ml, preinkubowanej w okresie 5 godzin na pożywce płynnej próbki, zawierającej bakterie i zawieszenie jej w 50 μl dejonizowanej wody. Mieszaninę reakcyjną umieszcza się w łaźni wodnej o temperaturze 90°C na 5 min. Po inkubacji mieszaninę pozostawia się do ostygnięcia do temperatury pokojowej po czym 10 μl mieszaniny reakcyjnej przenosi się na membranę detekcyjną z immobilizowaną awidyną.

Analiza wyniku:

a) „bez odmywania” po naniesieniu próbki obserwuje się powstałą plamę jeśli plama posiada jasną (czasami nawet wodnistą dobrze wyodrębnioną obwódkę) wynik pozytywny kiedy inaczej wynik negatywny.

b) „z odmywaniem” po naniesieniu próbki membranę płucze się wodą lub dowolnym buforem, w przypadku kiedy powstała plama barwna nie ulegnie odmyciu wynik pozytywny kiedy inaczej wynik negatywny.

P r z y k ł a d 3. Sposób wytworzenia testu do identyfikacji szczepu Pseudomonas areugineosa opornego na karbapenemy.

Membranę nitrocelulozową o minimalnych wymiarach 3 cm x 3 cm typu Lateral Flow o natężeniu przepływu analitu 135 sekund/cm nasącza się punktowo w centralnym miejscu roztworem rekom₂ binowanej awidyny w ilości 0,01 μg/mm zawieszonej w 10% roztworze wodnym etanolu. Po naniesieniu białka i wyschnięciu membranę umieszcza się w 2% roztworze mleka rozpuszczonego w buforze TBS, a następnie inkubuje się w czasie 1 godziny przy łagodnym mieszaniu. Po procesie blokowania a następnie membranę suszy się.

Do 1 ml złota koloidalnego o średnicy około 20 nm zawierającego 25 μg czystego złota dodaje się 10 nmol oligonukleotydu AATGCGCAGCACCAGGATAG znakowanego łącznikiem tiolowym. MiePL 220 131 B1 szaninę poddaje się inkubacji przez 12 godzin, następnie wirowaniu przy 14 400 x g przez 30 minut.

Powstały supernatant oddziela się, a osad zawiesza się w 200 μΐ dejonizowanej wody destylowanej. Roztwór ponownie poddaje się koncentracji w procesie wirowania, po czym osad nanocząstek Au zawiesza się w 59 μΐ dejonizowanej wody destylowanej i dodaje się 1 μΐ roztworu biotynylowanej sondy GTTTGGTCGCATATCGCAAC zawierającej 10 pmol oligonukleotydu.

W kolejnym etapie miesza się 20 μΐ reagenta detekcyjnego z 10 μΐ gęstej hodowli bakteryjnej powstałej przez odwirowanie 0,5 pi, preinkubowanej w okresie 5 godzin na pożywce płynnej próbki zawierającej bakterie i zawieszenie jej w 50 p1 dejonizowanej wody. Mieszaninę reakcyjną umieszcza się w łaźni wodnej o temperaturze 100°C na 3 min. Po inkubacji mieszaninę pozostawia się do ostygnięcia do temperatury pokojowej po czym 10 μΐ mieszaniny reakcyjnej przenosi się na membranę detekcyjną z immobilizowanym rekombinowaną awidyną.

Analiza wyniku:

a) „bez odmywania” po naniesieniu próbki obserwuje się powstałą plamę jeśli plama posiada jasną (czasami nawet wodnistą dobrze wyodrębnioną obwódkę) wynik pozytywny kiedy inaczej wynik negatywny.

b) „z odmywaniem” po naniesieniu próbki membranę płucze się wodą lub dowolnym buforem, w przypadku kiedy powstała plama barwna nie ulegnie odmyciu wynik pozytywny kiedy inaczej wynik negatywny.

P r z y k ł a d 4. Sposób wytworzenia testu do detekcji Staphylococcus Aureus opornego na metycylinę

Membranę nitrocelulozową o minimalnych wymiarach 3 cm x 3 cm typu Lateral Flow o natężeniu przepływu analitu 180 sekund/cm nasącza się punktowo w centralnym miejscu roztworem rekom₂ binowanej streptawidyny w ilości 0,005 μg/mm zawieszonej w 10% roztworze wodnym etanolu. Po naniesieniu białka i wyschnięciu membranę umieszcza się w 2% roztworze mleka rozpuszczonego w buforze TBS, a następnie inkubuje się w czasie 1 godziny przy łagodnym mieszaniu. Po procesie blokowania membranę dwukrotnie przemywa się buforem TBS poprzez delikatne wytrząsanie w czasie 15 min, a następnie membranę suszy się.

Do 1 ml złota koloidalnego o średnicy około 20 nm zawierającego 25 μg czystego złota dodaje się 1 nmol mieszaniny oligonukleotydów o następujących sekwencjach: GTAGAAATGACTGAACGTCCGATAA, TTACAGAGTTAACTGTTACC znakowanych łącznikiem tiolowym. Mieszaninę poddaje się inkubacji przez 12 godzin, następnie wirowaniu przy 14 400 x g przez 30 minut. Powstały supernatant oddziela się, a osad zawiesza się w 200 μΐ dejonizowanej wody destylowanej. Roztwór ponownie poddaje się koncentracji w procesie wirowania, po czym osad nanocząstek Au zawiesza się w 69 p1 dejonizowanej wody destylowanej i dodaje się 1 μΐ roztworu sondy złożonej z następujących oligonukleotydów CCAATTCCACATTGTTTCGGTCTAA, ATACAAATCCAGCACGCTCT zawierającej łącznie 1 pmol oligonukleotydów znakowanych biotyną.

W kolejnym etapie miesza się 10 p1 reagenta detekcyjnego z 10 μΐ gęstej hodowli bakteryjnej powstałej przez odwirowanie 0,5 ml, preinkubowanej w okresie 5 godzin na pożywce, płynnej próbki zawierającej bakterie i zawieszenie jej w 50 μΐ dejonizowanej wody. Mieszaninę reakcyjną umieszcza się w łaźni wodnej o temperaturze 90°C na 5 min. Po inkubacji mieszaninę pozostawia się do ostygnięcia do temperatury pokojowej po czym 10 μΐ mieszaniny reakcyjnej przenosi się na membranę detekcyjną z immobilizowaną rekombinowaną streptawidyną.

Analiza wyniku:

a) „bez odmywania” po naniesieniu próbki obserwuje się powstałą plamę jeśli plama posiada jasną (czasami nawet wodnistą dobrze wyodrębnioną obwódkę) wynik pozytywny kiedy inaczej wynik negatywny.

b) „z odmywaniem” po naniesieniu próbki membranę płucze się wodą lub dowolnym buforem, w przypadku kiedy powstała plama barwna nie ulegnie odmyciu wynik pozytywny kiedy inaczej wynik negatywny.

P r z y k ł a d 5. Sposób wytworzenia testu do detekcji Staphylococcus Aureus opornego na metycylinę

Membranę nitrocelulozową o minimalnych wymiarach 3 cm x 3 cm typu Lateral Flow o natężeniu przepływu analitu 180 sekund/cm nasącza się punktowo w centralnym miejscu roztworem rekom₂ binowanej streptawidyny w ilości 0,005 μg/mm zawieszonej w 10% roztworze wodnym etanolu. Po naniesieniu białka i wyschnięciu membranę umieszcza się w 2% roztworze mleka rozpuszczonego

PL 220 131 B1 w buforze TBS, a następnie inkubuje się w czasie 1 godziny przy łagodnym mieszaniu. Po procesie blokowania membranę dwukrotnie przemywa się buforem TBS poprzez delikatne wytrząsanie w czasie 15 min, a następnie membranę suszy się.

Do 1 ml złota koloidalnego o średnicy około 20 nm zawierającego 25 μg czystego złota dodaje się 1 nmol mieszaniny oligonukleotydów o następujących sekwencjach: CCAATTCCACATTGTTTCGGTCTAA, ATACAAATCCAGCACGCTCT znakowanych łącznikiem tiolowym.

Mieszaninę poddaje się inkubacji przez 12 godzin, następnie wirowaniu przy 14 400 X g przez 30 minut. Powstały supernatant oddziela się, a osad zawiesza się w 200 μΐ dejonizowanej wody destylowanej. Roztwór ponownie poddaje się koncentracji w procesie wirowania, po czym osad nanocząstek Au zawiesza się w 69 μl dejonizowanej wody destylowanej i dodaje się 1 μl roztworu sondy złożonej z następujących oligonukleotydów:

GTAGAAATGACTGAACGTCCGATAA, TTACAGAGTTAACTGTTACC zawierającej łącznie 1 pmol oligonukleotydów znakowanych biotyną.

W kolejnym etapie miesza się 25 μl reagenta detekcyjnego z 10 μl gęstej hodowli bakteryjnej powstałej przez odwirowanie 0,5 ml, preinkubowanej w okresie 5 godzin na pożywce, płynnej próbki zawierającej bakterie i zawieszenie jej w 50 μl dejonizowanej wody. Mieszaninę reakcyjną umieszcza się w łaźni wodnej o temperaturze 100°C na 5 min. Po inkubacji mieszaninę pozostawia się do ostygnięcia do temperatury pokojowej po czym 10 μl mieszaniny reakcyjnej przenosi się na membranę detekcyjną z immobilizowaną rekombinowaną streptawidyną.

Analiza wyniku:

a) „bez odmywania” po naniesieniu próbki obserwuje się powstałą plamę jeśli plama posiada jasną (czasami nawet wodnistą dobrze wyodrębnioną obwódkę) wynik pozytywny kiedy inaczej wynik negatywny.

b) „z odmywaniem” po naniesieniu próbki membranę płucze się wodą lub dowolnym buforem, w przypadku kiedy powstała plama barwna nie ulegnie odmyciu wynik pozytywny kiedy inaczej wynik negatywny.

P r z y k ł a d 6. Sposób wytworzenia testu do detekcji Enterococcus spp. opornych na wankomycynę

Membranę nitrocelulozową o minimalnych wymiarach 3 cm x 3 cm typu Lateral Flow o natężeniu przepływu analitu 240 sekund/cm nasącza się punktowo w centralnym miejscu roztworem strepta₂ widyny w ilości 0,1 μg/mm zawieszonej w 10% roztworze wodnym etanolu. Po naniesieniu białka i wyschnięciu membranę umieszcza się w 2% roztworze mleka rozpuszczonego w buforze TBS, a następnie inkubuje się w czasie 1 godziny przy łagodnym mieszaniu. Po procesie blokowania membranę dwukrotnie przemywa się buforem TBS poprzez delikatne wytrząsanie w czasie 15 min, a następnie membranę suszy się.

Do 1 ml złota koloidalnego o średnicy około 20 nm zawierającego 25 μg czystego złota dodaje się 10 nmol mieszaniny oligonukleotydów o następujących sekwencjach: CATGAATAGAATAAAAGTTGCAATA, GTGACAAACCGGAGGCGAGGA, GGTATCAAGGAAACCTC, CGGGGAAGATGGCAGTAT znakowanych łącznikiem tiolowym. Mieszaninę poddaje się inkubacji przez 12 godzin, następnie wirowaniu przy 14 400 x g przez 30 minut. Powstały supernatant oddziela się, a osad zawiesza się w 200 μl dejonizowanej wody destylowanej. Roztwór ponownie poddaje się koncentracji w procesie wirowania, po czym osad nanocząstek Au zawiesza się w 109 μl dejonizowanej wody destylowanej i dodaje się 1 μl roztworu sondy złożonej z następujących oligonukleotydów: CCCCTTTAACGCTAATACGATCAA, CCGCCATCCTCCTGCAAAAAA, CTTCCGCCATCATAGCT, CGCAGGGACGGTGATTTT zawierającej łącznie 10 pmol oligonukleotydów znakowanych biotyną.

W kolejnym etapie miesza się 25 μl reagenta detekcyjnego z 10 μl gęstej hodowli bakteryjnej powstałej przez odwirowanie 0,5 ml, preinkubowanej w okresie 5 godzin na pożywce, płynnej próbki zawierającej bakterie i zawieszenie jej w 50 μl dejonizowanej wody. Mieszaninę reakcyjną umieszcza się w łaźni wodnej o temperaturze 95°C na 5 min. Po inkubacji mieszaninę pozostawia się do ostygnięcia do temperatury pokojowej po czym 10 μl mieszaniny reakcyjnej przenosi się na membranę detekcyjną z immobilizowaną streptawidyną.

Analiza wyniku:

a) „bez odmywania” po naniesieniu próbki obserwuje się powstałą plamę jeśli plama posiada jasną (czasami nawet wodnistą dobrze wyodrębnioną obwódkę) wynik pozytywny kiedy inaczej wynik negatywny.

PL 220 131 B1

b) „z odmywaniem” po naniesieniu próbki membranę płucze się wodą lub dowolnym buforem, w przypadku kiedy powstała plama barwna nie ulegnie odmyciu wynik pozytywny kiedy inaczej wynik negatywny.

P r z y k ł a d 7. Sposób wytworzenia testu do detekcji Enterococcus spp. opornych na wankomycynę

Membranę nitrocelulozową o minimalnych wymiarach 3 cm x 3 cm typu Lateral Flow o natężeniu przepływu analitu 240 sekund/cm nasącza się punktowo w centralnym miejscu roztworem strepta₂ widyny w ilości 0,05 μg/mm zawieszonej w 10% roztworze wodnym etanolu. Po naniesieniu białka i wyschnięciu membranę umieszcza się w 2% roztworze mleka rozpuszczonego w buforze TBS, a następnie inkubuje się w czasie 1 godziny przy łagodnym mieszaniu. Po procesie blokowania membranę dwukrotnie przemywa się buforem TBS poprzez delikatne wytrząsanie w czasie 15 min, a następnie membranę suszy się.

Do 1 ml złota koloidalnego o średnicy około 20 nm zawierającego 25 μg czystego złota dodaje się 5 nmol mieszaniny oligonukleotydów o następujących sekwencjach: CCCCTTTAACGCTAATACGATCAA, CCGCCATCCTCCTGCAAAAAA, CTTCCGCCATCATAGCT, CGCAGGGACGGTGATTTT znakowanych łącznikiem tiolowym. Mieszaninę poddaje się inkubacji przez 12 godzin, następnie wirowaniu przy 14 400 x g przez 30 minut. Powstały supernatant oddziela się, a osad zawiesza się w 200 μl dejonizowanej wody destylowanej. Roztwór ponownie poddaje się koncentracji w procesie wirowania, po czym osad nanocząstek Au zawiesza się w 109 μl dejonizowanej wody destylowanej i dodaje się 1 μl roztworu sondy złożonej z następujących oligonukleotydów: CATGAATAGAATAAAAGTTGCAATA, GTGACAAACCGGAGGCGAGGA, GGTATCAAGGAAACCTC, CGGGGAAGATGGCAGTAT zawierającej łącznie 10 pmol oligonukleotydów znakowanych biotyną.

W kolejnym etapie miesza się 30 μl reagenta detekcyjnego z 10 μl gęstej hodowli bakteryjnej powstałej przez odwirowanie 0,5 ml preinkubowanej w okresie 5 godzin na pożywce, płynnej próbki zawierającej bakterie i zawieszenie jej w 50 μl dejonizowanej wody. Mieszaninę reakcyjną umieszcza się w łaźni wodnej o temperaturze 95°C na 5 min. Po inkubacji mieszaninę pozostawia się do ostygnięcia do temperatury pokojowej po czym 10 μl mieszaniny reakcyjnej przenosi się na membranę detekcyjną z immobilizowaną streptawidyną.

Analiza wyniku:

a) „bez odmywania” po naniesieniu próbki obserwuje się powstałą plamę jeśli plama posiada jasną (czasami nawet wodnistą dobrze wyodrębnioną obwódkę) wynik pozytywny kiedy inaczej wynik negatywny.

b) „z odmywaniem” po naniesieniu próbki membranę płucze się wodą lub dowolnym buforem, w przypadku kiedy powstała plama barwna nie ulegnie odmyciu wynik pozytywny kiedy inaczej wynik negatywny.

P r z y k ł a d 8. Sposób wytworzenia testu do detekcji Enterococcus spp. opornych na wankomycynę

Membranę nitrocelulozową o minimalnych wymiarach 3 cm x 3 cm typu Lateral Flow o natężeniu przepływu analitu 240 sekund/cm nasącza się punktowo w centralnym miejscu roztworem strepta₂ widyny w ilości 0,025 μg/mm zawieszonej w 10% roztworze wodnym etanolu. Po naniesieniu białka i wyschnięciu membranę umieszcza się w 2% roztworze mleka rozpuszczonego w buforze TBS, a następnie inkubuje się w czasie 1 godziny przy łagodnym mieszaniu. Po procesie blokowania membranę dwukrotnie przemywa się buforem TBS poprzez delikatne wytrząsanie w czasie 15 min, a następnie membranę suszy się.

Do 1 ml złota koloidalnego o średnicy około 20 nm zawierającego 25 μg czystego złota dodaje się 1 nmol mieszaniny oligonukleotydów o następujących sekwencjach, CCCCTTTAACGCTAATACGATCAA, CCGCCATCCTCCTGCAAAAAA, CTTCCGCCATCATAGCT, CGCAGGGACGGTGATTTT znakowanych łącznikiem tiolowym. Mieszaninę poddaje się inkubacji przez 12 godzin, następnie wirowaniu przy 14 400 x g przez 30 minut. Powstały supernatant oddziela się, a osad zawiesza się w 200 μl dejonizowanej wody destylowanej. Roztwór ponownie poddaje się koncentracji w procesie wirowania, po czym osad nanocząstek Au zawiesza się w 109 μl dejonizowanej wody destylowanej i dodaje się 1 μl roztworu sondy złożonej z następujących oligonukleotydów: CATGAATAGAATAAAAGTTGCAATA, GTGACAAACCGGAGGCGAGGA, GGTATCAAGGAAACCTC, CGGGGAAGATGGCAGTAT zawierającej łącznie 1 pmol oligonukleotydów znakowanych biotyną.

W kolejnym etapie miesza się 30 μl reagenta detekcyjnego z 10 μl gęstej hodowli bakteryjnej powstałej przez odwirowanie 0,5 ml, preinkubowanej w okresie 5 godzin na pożywce, płynnej próbki

PL 220 131 B1 zawierającej bakterie i zawieszenie jej w 50 μΐ dejonizowanej wody. Mieszaninę reakcyjną umieszcza się w łaźni wodnej o temperaturze 100°C na 3 min. Po inkubacji mieszaninę pozostawia się do ostygnięcia do temperatury pokojowej po czym 10 μΐ mieszaniny reakcyjnej przenosi się na membranę detekcyjną z immobilizowaną streptawidyną.

Analiza wyniku:

a) „bez odmywania” po naniesieniu próbki obserwuje się powstałą plamę jeśli plama posiada jasną (czasami nawet wodnistą dobrze wyodrębnioną obwódkę) wynik pozytywny kiedy inaczej wynik negatywny.

b) „z odmywaniem” po naniesieniu próbki membranę płucze się wodą lub dowolnym buforem, w przypadku kiedy powstała plama barwna nie ulegnie odmyciu wynik pozytywny kiedy ina-

Claims (10)

1. Test diagnostyczny do identyfikacji lekooporności szczepów bakteryjnych, znamienny tym, że składa się z membrany nitrocelulozowej typu Lateral Flow o natężeniu przepływu analitu od 135 do ₂

240 sekund/cm nasączonej punktowo roztworem białka wiążącego biotynę w ilości od 0,0005 mg/mm² ₂ do 0,1 mg/mm² zawieszonego w 10% roztworze wodnego etanolu oraz reagenta detekcyjnego zawierającego 25 μg nanocząstek Au sprzęganych kowalencyjnie z sondą hybrydyzacyjną z aktywowaną grupą tiolową w ilości 1-10 nmoli z 1-10 pmolami sondy hybrydyzacyjnej znakowanej biotyną, przy czym sondy hybrydyzacyjne określone są wzorami od 1 do 6.

2. Test według zastrz. 1, znamienny tym, że białko wiążące biotynę wybrane jest z grupy: streptawidyna, awidyna lub ich rekombinowane pochodne.

3. Test według zastrz. 1, znamienny tym, że w przypadku identyfikacji szczepu Pseudomonas Areugineosa zawiera pojedynczą sondę o wzorze 1 lub 2.

4. Test według zastrz. 1, znamienny tym, że w przypadku identyfikacji szczepu Staphylococcus aureus stosuje się równomolową mieszaninę 2 sond o wzorze 3 lub 4.

5. Test według zastrz. 1, znamienny tym, że w przypadku identyfikacji szczepu Enterococcus spp zawiera równomolową mieszaninę 4 sond o wzorze 5 lub 6.

6. Sposób wytwarzania testu diagnostycznego do identyfikacji lekooporności szczepów bakteryjnych, znamienny tym, że w pierwszym etapie membranę nitrocelulozową typu Lateral Flow o natężeniu przepływu analitu od 135 do 240 sekund/cm nasącza się punktowo roztworem białka wiążącego biotynę w ilości od 0,0005 mg/mm² do 0,1 mg/mm² zawieszonego w 10% roztworze wodnego etanolu, w drugim etapie prowadzi się inkubację nanocząstek Au o stężeniu 25 μg/ml z sondą hybrydyzacyjną z aktywowaną grupą tiolową zawierającą od 1 do 10 nmoli oligonukleotydu, po zakończeniu sprzęgania nanocząstki Au poddaje się koncentracji w procesie wirowania 14 400 x g przez 30 minut, odrzuca się supernatant a osad zawiesza się w 100 μl - 200 μl dejonizowanej wody destylowanej, następnie roztwór ponownie poddaje się koncentracji, osad nanocząstek Au zawiesza się w 99-199 μl dejonizowanej wody destylowanej i dodaje się 1 μl roztworu biotynylowanej sondy hybrydyzacyjnej zawierającej 1-10 pmoli oligonukleotydu, po czym w trzecim etapie do 2-30 μl reagenta detekcyjnego dodaje się 10 μl gęstej hodowli bakteryjnej, mieszaninę reakcyjną umieszcza się w łaźni wodnej w temperaturze 90-100°C w czasie 5-15 min, następnie pozostawia się do ostygnięcia do temperatury pokojowe i 10-20 μl mieszaniny reakcyjnej przenosi się na membranę z immobilizowanym białkiem wiążącym biotynę.

7. Sposób według zastrz. 6, znamienny tym, że jako białko wiążące biotynę stosuje się streptawidynę, awidynę lub ich rekombinowane pochodne.

8. Sposób według zastrz. 6, znamienny tym, że w przypadku identyfikacji szczepu Psudomonas areugineosa stosuje się pojedynczą sondę o wzorze 1 lub 2.

9. Sposób według zastrz. 6, znamienny tym, że w przypadku identyfikacji szczepu Staphylococcus aureus stosuje się równomolową mieszaninę 2 sond o wzorze 3 lub 4.

10. Sposób według zastrz. 6, znamienny tym, że przypadku identyfikacji szczepu Enterococcus spp. stosuje się jest to równomolową mieszaninę 4 sond o wzorze 5 lub 6.