NO322726B1 - Fremgangsmate for identifikasjon av risiko for trombogenetisk forstyrrelse ved bestemmelse av TAFI-IIe347-polymorfisme og anvendelse av TAFI-IIe347 eller TAFI-IIe347-genet for produksjon av et diagnostika. - Google Patents
Fremgangsmate for identifikasjon av risiko for trombogenetisk forstyrrelse ved bestemmelse av TAFI-IIe347-polymorfisme og anvendelse av TAFI-IIe347 eller TAFI-IIe347-genet for produksjon av et diagnostika. Download PDFInfo
- Publication number
- NO322726B1 NO322726B1 NO20050677A NO20050677A NO322726B1 NO 322726 B1 NO322726 B1 NO 322726B1 NO 20050677 A NO20050677 A NO 20050677A NO 20050677 A NO20050677 A NO 20050677A NO 322726 B1 NO322726 B1 NO 322726B1
- Authority
- NO
- Norway
- Prior art keywords
- tafi
- gene
- ile347
- amino acid
- risk
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 64
- 230000002885 thrombogenetic effect Effects 0.000 title claims abstract description 28
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims description 42
- 108090000201 Carboxypeptidase B2 Proteins 0.000 claims abstract description 52
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims abstract description 27
- 208000032109 Transient ischaemic attack Diseases 0.000 claims abstract description 23
- 201000010875 transient cerebral ischemia Diseases 0.000 claims abstract description 23
- 208000026106 cerebrovascular disease Diseases 0.000 claims abstract description 18
- 230000002035 prolonged effect Effects 0.000 claims abstract description 12
- 230000003143 atherosclerotic effect Effects 0.000 claims abstract description 11
- 208000029078 coronary artery disease Diseases 0.000 claims abstract description 10
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims abstract description 8
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 claims abstract description 7
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 claims abstract description 4
- 102100035023 Carboxypeptidase B2 Human genes 0.000 claims abstract 4
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 27
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 25
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 24
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 23
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 21
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 21
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 claims description 16
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 16
- 230000007971 neurological deficit Effects 0.000 claims description 13
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 claims description 12
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 12
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 10
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 10
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 10
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 9
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 9
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 9
- 206010061592 cardiac fibrillation Diseases 0.000 claims description 9
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 9
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 claims description 7
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 claims description 7
- 206010012601 diabetes mellitus Diseases 0.000 claims description 7
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 7
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 claims description 7
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 238000003174 enzyme fragment complementation Methods 0.000 claims description 6
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 claims description 6
- 125000000741 isoleucyl group Chemical group [H]N([H])C(C(C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])[H])C(=O)O* 0.000 claims description 6
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims description 5
- 230000002600 fibrillogenic effect Effects 0.000 claims description 5
- 238000002821 scintillation proximity assay Methods 0.000 claims description 5
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 claims description 4
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 4
- 238000002875 fluorescence polarization Methods 0.000 claims description 4
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 claims description 4
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims description 4
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims description 4
- 108090000190 Thrombin Proteins 0.000 claims description 3
- 229910052747 lanthanoid Inorganic materials 0.000 claims description 3
- 150000002602 lanthanoids Chemical class 0.000 claims description 3
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 3
- 229960004072 thrombin Drugs 0.000 claims description 3
- YCKRFDGAMUMZLT-UHFFFAOYSA-N Fluorine atom Chemical compound [F] YCKRFDGAMUMZLT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 claims description 2
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 claims description 2
- 229940049370 fibrinolysis inhibitor Drugs 0.000 claims description 2
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 claims description 2
- 239000011737 fluorine Substances 0.000 claims description 2
- 239000002874 hemostatic agent Substances 0.000 claims description 2
- 238000013537 high throughput screening Methods 0.000 claims description 2
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 claims description 2
- 238000004020 luminiscence type Methods 0.000 claims description 2
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims 4
- 102000023732 binding proteins Human genes 0.000 claims 4
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 abstract description 17
- 229940079593 drug Drugs 0.000 abstract description 12
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract description 12
- 230000009787 cardiac fibrosis Effects 0.000 abstract 1
- 230000004776 neurological deficiency Effects 0.000 abstract 1
- 102000003847 Carboxypeptidase B2 Human genes 0.000 description 33
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 18
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 15
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 14
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 14
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 14
- 208000006011 Stroke Diseases 0.000 description 12
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 12
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 11
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 10
- 229910052693 Europium Inorganic materials 0.000 description 9
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 9
- OGPBJKLSAFTDLK-UHFFFAOYSA-N europium atom Chemical compound [Eu] OGPBJKLSAFTDLK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 9
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 9
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 description 8
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 8
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 8
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 8
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 7
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 7
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 6
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 6
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 6
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 5
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 5
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 4
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 4
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 4
- 102000009123 Fibrin Human genes 0.000 description 4
- 108010073385 Fibrin Proteins 0.000 description 4
- BWGVNKXGVNDBDI-UHFFFAOYSA-N Fibrin monomer Chemical compound CNC(=O)CNC(=O)CN BWGVNKXGVNDBDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 4
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 4
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 4
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 4
- 229950003499 fibrin Drugs 0.000 description 4
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 4
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 4
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 4
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 4
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 3
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 3
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 3
- 208000008457 Neurologic Manifestations Diseases 0.000 description 3
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 3
- 230000001567 anti-fibrinolytic effect Effects 0.000 description 3
- 230000006931 brain damage Effects 0.000 description 3
- 231100000874 brain damage Toxicity 0.000 description 3
- 208000029028 brain injury Diseases 0.000 description 3
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 3
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 3
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 3
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 3
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 3
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 3
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 3
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 3
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 3
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 3
- 239000003978 infusion fluid Substances 0.000 description 3
- 125000003588 lysine group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 3
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 3
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 3
- 102000013415 peroxidase activity proteins Human genes 0.000 description 3
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 3
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 3
- 208000019553 vascular disease Diseases 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229910001868 water Inorganic materials 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 1-beta-D-Xylofuranosyl-NH-Cytosine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000005367 Carboxypeptidases Human genes 0.000 description 2
- 108010006303 Carboxypeptidases Proteins 0.000 description 2
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 2
- UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N Cytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 description 2
- MYMOFIZGZYHOMD-UHFFFAOYSA-N Dioxygen Chemical compound O=O MYMOFIZGZYHOMD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010001515 Galectin 4 Proteins 0.000 description 2
- 102100039556 Galectin-4 Human genes 0.000 description 2
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101000946518 Homo sapiens Carboxypeptidase B2 Proteins 0.000 description 2
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- 102000019298 Lipocalin Human genes 0.000 description 2
- 108050006654 Lipocalin Proteins 0.000 description 2
- 238000000585 Mann–Whitney U test Methods 0.000 description 2
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- 108700008625 Reporter Genes Proteins 0.000 description 2
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 2
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- 238000003491 array Methods 0.000 description 2
- 102000005936 beta-Galactosidase Human genes 0.000 description 2
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 2
- 238000000546 chi-square test Methods 0.000 description 2
- UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N cytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N 0.000 description 2
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 2
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 2
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 2
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 238000001802 infusion Methods 0.000 description 2
- 239000000644 isotonic solution Substances 0.000 description 2
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 2
- 239000008363 phosphate buffer Substances 0.000 description 2
- 229920005862 polyol Polymers 0.000 description 2
- 150000003077 polyols Chemical class 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 238000000528 statistical test Methods 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 2
- XOAAWQZATWQOTB-UHFFFAOYSA-N taurine Chemical compound NCCS(O)(=O)=O XOAAWQZATWQOTB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000000341 threoninyl group Chemical group [H]OC([H])(C([H])([H])[H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 2
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 2
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 1
- JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid Chemical compound OCC[NH+]1CCN(CCS([O-])(=O)=O)CC1 JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WFCSWCVEJLETKA-UHFFFAOYSA-N 2-piperazin-1-ylethanol Chemical compound OCCN1CCNCC1 WFCSWCVEJLETKA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005541 ACE inhibitor Substances 0.000 description 1
- 101800001401 Activation peptide Proteins 0.000 description 1
- 102400000069 Activation peptide Human genes 0.000 description 1
- 206010059245 Angiopathy Diseases 0.000 description 1
- 108010039627 Aprotinin Proteins 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-N Betaine Natural products C[N+](C)(C)CC([O-])=O KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710189812 Bilin-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 1
- 208000024172 Cardiovascular disease Diseases 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 235000016795 Cola Nutrition 0.000 description 1
- 241001634499 Cola Species 0.000 description 1
- 235000011824 Cola pachycarpa Nutrition 0.000 description 1
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000010911 Enzyme Precursors Human genes 0.000 description 1
- 108010062466 Enzyme Precursors Proteins 0.000 description 1
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 description 1
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- 239000007995 HEPES buffer Substances 0.000 description 1
- 208000023661 Haematological disease Diseases 0.000 description 1
- 108091006905 Human Serum Albumin Proteins 0.000 description 1
- 102000008100 Human Serum Albumin Human genes 0.000 description 1
- 208000012659 Joint disease Diseases 0.000 description 1
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical group C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 description 1
- 239000007993 MOPS buffer Substances 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 108010085220 Multiprotein Complexes Proteins 0.000 description 1
- 102000007474 Multiprotein Complexes Human genes 0.000 description 1
- KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-O N,N,N-trimethylglycinium Chemical compound C[N+](C)(C)CC(O)=O KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 241000700584 Simplexvirus Species 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000012607 Thrombomodulin Human genes 0.000 description 1
- 108010079274 Thrombomodulin Proteins 0.000 description 1
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 1
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 1
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 1
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 1
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 1
- 108010004469 allophycocyanin Proteins 0.000 description 1
- WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K aluminium hydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[OH-].[Al+3] WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 229960002684 aminocaproic acid Drugs 0.000 description 1
- 229940044094 angiotensin-converting-enzyme inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 1
- 229960004405 aprotinin Drugs 0.000 description 1
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- 229960003237 betaine Drugs 0.000 description 1
- 238000010876 biochemical test Methods 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 239000002775 capsule Substances 0.000 description 1
- 230000007211 cardiovascular event Effects 0.000 description 1
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 1
- 238000006555 catalytic reaction Methods 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 1
- 238000001311 chemical methods and process Methods 0.000 description 1
- 238000007705 chemical test Methods 0.000 description 1
- 239000003593 chromogenic compound Substances 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000007012 clinical effect Effects 0.000 description 1
- 230000015271 coagulation Effects 0.000 description 1
- 238000005345 coagulation Methods 0.000 description 1
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 239000000599 controlled substance Substances 0.000 description 1
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 1
- 238000013075 data extraction Methods 0.000 description 1
- 239000007857 degradation product Substances 0.000 description 1
- 229960003964 deoxycholic acid Drugs 0.000 description 1
- KXGVEGMKQFWNSR-LLQZFEROSA-N deoxycholic acid Chemical compound C([C@H]1CC2)[C@H](O)CC[C@]1(C)[C@@H]1[C@@H]2[C@@H]2CC[C@H]([C@@H](CCC(O)=O)C)[C@@]2(C)[C@@H](O)C1 KXGVEGMKQFWNSR-LLQZFEROSA-N 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 239000000032 diagnostic agent Substances 0.000 description 1
- 229940039227 diagnostic agent Drugs 0.000 description 1
- 229910003460 diamond Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010432 diamond Substances 0.000 description 1
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 1
- 238000012377 drug delivery Methods 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 238000002825 functional assay Methods 0.000 description 1
- 238000012252 genetic analysis Methods 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 1
- 238000012203 high throughput assay Methods 0.000 description 1
- 230000013632 homeostatic process Effects 0.000 description 1
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000008105 immune reaction Effects 0.000 description 1
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 1
- ZPNFWUPYTFPOJU-LPYSRVMUSA-N iniprol Chemical compound C([C@H]1C(=O)NCC(=O)NCC(=O)N[C@H]2CSSC[C@H]3C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@H](C(N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC=4C=CC(O)=CC=4)C(=O)N[C@@H](CC=4C=CC=CC=4)C(=O)N[C@@H](CC=4C=CC(O)=CC=4)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CSSC[C@H](NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC=4C=CC=CC=4)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC2=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CSSC[C@H](NC(=O)[C@H](CC=2C=CC=CC=2)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H]2N(CCC2)C(=O)[C@@H](N)CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N[C@@H](CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N3)C(=O)NCC(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC=2C=CC=CC=2)C(=O)N[C@H](C(=O)N1)C(C)C)[C@@H](C)O)[C@@H](C)CC)=O)[C@@H](C)CC)C1=CC=C(O)C=C1 ZPNFWUPYTFPOJU-LPYSRVMUSA-N 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 1
- 230000000302 ischemic effect Effects 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 210000000214 mouth Anatomy 0.000 description 1
- 210000004400 mucous membrane Anatomy 0.000 description 1
- 229930014626 natural product Natural products 0.000 description 1
- 238000010899 nucleation Methods 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 239000006186 oral dosage form Substances 0.000 description 1
- 230000003204 osmotic effect Effects 0.000 description 1
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 1
- 230000008058 pain sensation Effects 0.000 description 1
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 1
- 108010091212 pepstatin Proteins 0.000 description 1
- FAXGPCHRFPCXOO-LXTPJMTPSA-N pepstatin A Chemical compound OC(=O)C[C@H](O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)C[C@H](O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)CC(C)C FAXGPCHRFPCXOO-LXTPJMTPSA-N 0.000 description 1
- 239000000825 pharmaceutical preparation Substances 0.000 description 1
- 239000003504 photosensitizing agent Substances 0.000 description 1
- 229940012957 plasmin Drugs 0.000 description 1
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 1
- 238000002203 pretreatment Methods 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 239000000047 product Substances 0.000 description 1
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 1
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 1
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 description 1
- 238000012175 pyrosequencing Methods 0.000 description 1
- HDACQVRGBOVJII-JBDAPHQKSA-N ramipril Chemical compound C([C@@H](C(=O)OCC)N[C@@H](C)C(=O)N1[C@@H](C[C@@H]2CCC[C@@H]21)C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 HDACQVRGBOVJII-JBDAPHQKSA-N 0.000 description 1
- 229960003401 ramipril Drugs 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 102000029752 retinol binding Human genes 0.000 description 1
- 108091000053 retinol binding Proteins 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 238000010187 selection method Methods 0.000 description 1
- 238000002764 solid phase assay Methods 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 1
- 239000008223 sterile water Substances 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- -1 sucrose or glucose Chemical compound 0.000 description 1
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 1
- 238000000672 surface-enhanced laser desorption--ionisation Methods 0.000 description 1
- 229960003080 taurine Drugs 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- 125000000430 tryptophan group Chemical group [H]N([H])C(C(=O)O*)C([H])([H])C1=C([H])N([H])C2=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C12 0.000 description 1
- 238000010396 two-hybrid screening Methods 0.000 description 1
- 239000001993 wax Substances 0.000 description 1
- 239000003871 white petrolatum Substances 0.000 description 1
- 230000003462 zymogenic effect Effects 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Foreliggende oppfinnelse er rettet mot en fremgangsmåte for identifikasjon av rsiko for trombogenisk forstyrrelse som uten begrensning inkluderer hjerteflimmer, slag, forlenget avbrutt neurologisk mangel (PRIND), forbigående iskemisk attakk (TIA), aterosklerotisk cerebrovaskulær sykdom (CVD) og/eller koronar hjertesykdom, så vel som til en fremgangsmåte for å selektere pasienter med risiko for trombogenisk forstyrrelse, til en fremgangsmåte for identifikasjon av et farmasøytika for terapien eller profylaksen av en trombogenisk forstyrrelse, så vel som til en fremgangsmåte for produksjon av et medikament og et diagnostika ved anvendelse av TAFI-I1e347 polymorfisme.
Description
Foreliggende oppfinnelse er rettet mot en fremgangsmåte for å identifisere risiko for trombogenisk forstyrrelse, som uten begrensning inkluderer hjertefiimmer, slag, forlenget avbrutt neurologisk mangel (PRIND = prolonged intermitted neurological deficit), forbigående iskemisk anfall (TIA = transitory ischemic attack), aterosklerotisk cerebrovaskulær sykdom (CVD = atherosclerotic cerebrovascular disease) og/eller koronar hjertesykdom, en fremgangsmåte for identifikasjon av et farmasøytika for behandling eller profylakse av en trombogenisk forstyrrelse, og anvendelse av TAFI-Ile347 eller TAFI-Ile347-genet for å fremstille et slikt farmasøytisk preparat.
Den trombinaktiverbare fibrinolyseinhibitoren (TAFI) er et kjent plasmazymogen som syntetiseres i leveren som et prepropeptid inneholdende 423 aminosyrer med en molekylvekt på 55 kDa (figur 1). Prepropeptidet inneholder et 22 aminosyrer langt signalpeptid (aminosyrene nr. 1-22), et 92 aminosyrer langt aktiveringspeptid og et 309 aminosyrer langt katalytisk doméne. Nukleinsyresekvensen inneholder 1723 nukleotider (figur 2). Proteinsekvensaksesjonsnummeret (NCBI-protein database) til TAPI er NP_001863, nukleotidsekvensaksesjonsnummeret (NCBI-nukleotid database) er NM_001872, og aksesjonsnummeret for TAFI-mformasjon i OMIM ("Online Mendelian Inheritance in Man") er 603101.
TAFI aktiveres av trombin, plasmin eller trombin/trombomodulin-komplekset Etter prosessering svekker TAFI blodlevringslysering ved å fjerne lysinrestene fra en fibrinklump. Aktivert og prosessert TAFI er ustabilt ved 37 °C og har en halveringstid på ca. 8 minutter. Derfor spiller TAFI en sentral rolle i homeostasen der den fungerer som en potent fibrinolyseinhibitor. Det humane TAFI-genet er kartlagt til kromosom 13ql4.11. Det består av 11 eksoner og spenner over en genomisk region på ca. 48 kb lengde (Boffa et al., (1999) Biochemistry, 38,6547-6558)).
Genetisk analyse av TAFI-genet hos mennesker avslørte flere variable nukleotider (SNP'er, enkel nukleotidpolymorfisme) i promoteren og i den kodende regionen. For SNFer i promoterregionen til TAFI-genet er det vist at noen av disse polymorfismene også er assosiert med endrete TAFI-proteinnivåer i blodet (Franco et a/., 2001, Haematologica, 86,510-517; Henry et al., 2001, Blood, bind 97, nr. 7,2053-2058).
Nylig ble to SNFer identifiserte i den kodende regionen til TAFI-genet, som fører til en ammosyreutbytting i den korresponderende TAFI-proteinet, disse polymorfismene er T169A (T « Treonin (Thr) ved posisjon 169 til A = Alanin (Ala)) og T347I (Treonin ved posisjon 347 til I = Isoleusin (Ile)). TAFI-Ile347-varianten ser ut til å ha en forlenget halveringstid fra 8 minutter til 15 minutter, og ser ut til å ha et øket antifibrinolytisk potensiale på 60 % (Brouwers et al., 2001, Blood, bind 98, nr. 6,1992-1993; Schneider et al, 2001, J. Biological Chemistry, bind 277, nr. 2,1021-1030) under de testete in vitro betingelsene. Variasjoner ved posisjon 169 av TAFI-proteinet ser ikke ut til å ha noen effekt på det antifibrinolytiske potensialet til TAFI (Schneider et al.,
2002, supra). I øyeblikket finnes det imidlertid ingen tilgjengelige data om de kliniske effektene, om det finnes noen, av de beskrevne polymorfismene inkluderende TAFI-Ile347- vari anten for trombogenisk eller andre forstyrrelser.
Santamaria et al., 2003, Stroke, Vol. 34, side 2387-2391 og Boffa et al., 2001, Current Drug Targets-Cardiovascular and Haematological Disorders, Vol 1, side 59-74 beskriver nær beslektet teknikk. De beskriver imidlertid ikke hvordan TAFI-Ile347 har betydning for igangsettelse av trombogene forstyrrelser og hvordan dette kan anvendes forbehandling og forebygge slike forstyrrelser.
Ifølge foreliggende oppfinnelse er det funnet at spesielt individer med en TAFI-Ile347 polymorfisme har øket risiko for slag og forbigående iskemisk anfall (TIA). Derfor kan den genetiske TAFI-Ile347 polymorfisme anvendes som en genetisk markør, for eksempel for identifisering av risiko for en trombogenisk forstyrrelse, for utvelgelse av pasienter som har risiko for trombogenisk forstyrrelse, for eksempel i kliniske studier, for identifisering av et farmasøytika for terapi og/eller profylakse av en trombogenisk forstyrrelse, for produksjon av et medikament for forebyggelse og/eller den terapeutiske behandling av en trombogenisk forstyrrelse, for produksjonen av et diagnostika for identifisering av en trombogenisk forstyrrelse og/eller for tilpasning av dosering av et medikament for behandling og/eller profylakse av en trombogenisk forstyrrelse.
Derfor er en utførelsesform ifølge foreliggende oppfinnelse rettet mot en in vitro fremgangsmåte for identifikasjon av risiko for en trombogenisk forstyrrelse som uten begrensning inkluderer risiko for hjerteflimmer, slag, forlenget avbrutt neurologisk mangel (PRIND), forbigående iskemisk anfall (TIA), aterosklerotisk cerebrovaskulær sykdom (CVD) og/eller koronar hjertesykdom, der fremgangsmåten omfatter å bestemme i en prøve tilstedeværelsen av en aminosyreutbytting fra treonin til isoleusin ved posisjon 347 i den trombinaktiverbare fibrinolyseinhibitoren (TAFI) med aminosyresekvensen ifølge SEQ ID NO: 1 (TAFI-Ile347). Fordi diabetikere ofte viser hypofibrinolyse er prøven fortrinnsvis fra en diabetiker. Vanligvis er prøven en celle eller en kroppsvæske, for eksempel blod eller en dyre- eller en menneskecelle, isolert fra et dyr eller menneske.
TIA, PRIND og slag er nevrologiske mangler med en plutselig start som skyldes en vaskulær sykdom, slik som en trombogenisk forstyrrelse som bare er forskjellige med hensyn på tidsperioden for rekonvalesens og i alvorlighetsgraden. For eksempel varer de nevrologiske manglene ved TIA vanligvis mindre enn 24 timer, og resulterer ikke i permanent hjerneskade. For PRIND varer de nevrologiske manglene vanligvis i mer enn 24 timer uten permanent hjerneskade. Et slag resulterer vanligvis en permanent hjerneskade.
TAFI-Ile347 polymorfismen kan generelt bestemmes ved fremgangsmåter kjent fra litteraturen. En fremgangsmåte er å bestemme aminosyreutbyttingen ved aminosyresekvensering, for eksempel standard proteindegradering eller analyse av proteinsekvensfragmenter med massespektrometri, enzymatisk behandling av proteinet og etterfølgende analyse av degraderingsproduktet, eller ved hjelp av et bindingsprotein eller et bindingspeptid eller aptamer, spesifikt rettet mot TAFI-Ile347, spesielt ved hjelp av et antistoff, en antigenbindende del av et antistoff og/eller et proteinskaffold, fortrinnsvis et anticalin.
Ifølge foreliggende oppfinnelse refererer uttrykket "bindingsprotein" eller "bindingspeptid" til en klasse proteiner eller peptider som spesifikt binder TAFI eller TAFI-Ile347 og som inkluderer uten begrensning monospesifikke polyklonale eller monoklonale antistoffer, antistoffragmenter eller proteinskaffold som spesifikt er rettet mot TAFI eller TAFI-Ile347, for eksempel anticaliner som er spesifikt rettet mot TAFI-Ile347. Uttrykket "spesifikt" betyr at bindingsproteinet eller -peptidet skiller mellom TAFI-Ile347 og andre polymorfismer ved aminosyreposisjon nr. 347 i TAFI, spesielt TAFI-Thr347.
Bestemmelse av andre polymorfismer ved aminosyreposisjon nr. 347 i TAFI, spesielt TAFI-Thr347, kan anvendes som referanse eller kontroll i fremgangsmåten ifølge foreliggende oppfinnelse.
Prosedyren for å konstruere et antistoff eller antistoffragment utføres i samsvar med fremgangsmåter velkjent for fagpersoner, for eksempel ved å immunisere et pattedyr, for eksempel en kanin med TAFI eller TAFI-Ile347, der det er passende i nærvær av for eksempel Freunds adjuvans og/eller aluminiumhydroksidgéler (se for eksempel Diamond, B. A. et al, 1981, The New England Journal of Medicine: 1344-1349). De polyklonale antistoffer som dannes i dyret som et resultat av en immunologisk reaksjon, kan deretter isoleres fra blodet ved anvendelse av velkjente fremgangsmåter og for eksempel renses ved kolonnekromatografi. Monoklonale antistoffer kan for eksempel konstrueres i samsvar med den kjente fremgangsmåten til Winter & Milstein (Winter, G. & Milstein, C, 1991, Nature, 349,293-299).
Ifølge foreliggende oppfinnelse forstås uttrykket "antistoff' eller "antistofrfagment" også som antistoffer eller antigenbindende deler derav som er laget rekombinant, og der hvor det er passende modifiseres slik som kimære antistoffer, humaniserte antistoffer, multifunksjonelle antistoffer, bispesifikke eller oligospesifikke antistoffer, enkeltrådete antistoffer og F(ab)- eller F(ab)2-rfagmenter (se for eksempel EP-Bl-0 368 648,
US 4 816 567, US 4 816 397, WO 88/01649, WO 93/06213 eller WO 98/24884).
Som et alternativ til de klassiske antistoffene er det også mulig å anvende proteinskaffold mot TAFI eller TAFI-Ile347, for eksempel anticaliner som er basert på lipocalin (Beste et al., 1999, Proe. Nati. Acad. Sei., USA, 96,1898-1903). De naturlige ligandbindende setene i lipocalinene, for eksempel det retinolbindende protein eller det bilinbindende proteinet kan endres, for eksempel ved hjelp av en "kombinatorisk proteinkonstruksjon tilnærming" på en slik måte at de binder selektivt til haptener, her til TAFI eller TAFI-Ile347 (Skerra, 2000, Biochim. Biophys. Acta, 1482,337-50). Andre kjente proteinskaffold er kjente for å være alternativer til antistoffer for molekylær gjenkjenning (Skerra, 2000, J. Mol. Recognit., 13,167-187).
Aptamerer er nukleinsyrer som binder med høy affinitet til et polypeptid, her TAFI eller TAFI-Ile347. Aptamerene kan isoleres ved seleksjonsfremgangsmåter slik som SELEX (se for eksempel Jayasena, 1999, Clin. Chem., 45:1628-50; Klug og Famulok (1994) M. Mol. Biol. Rep., 20:97-107; US 5 582 981) fra en stor samling av enkeltrådete RNA-molekyler. Aptamerene kan også syntetiseres og selekteres i deres speilbildeform, for eksempel som L-ribonukleotidet (Nolte et al., 1996, Nat. Biotechnol., 14:116-1119; Klussmann et al., 1996, Nat. Biotechnol., 14:1112-1115). Former isolerte på denne måte har fordel av at de ikke er degraderte av naturlig forekommende ribonukleaser, og derfor innehar de høyere stabilitet.
En annen fremgangsmåte for å bestemme TAFI-Ile347 polymorfisme er analyse av TAFI-genet, spesielt nukleinsyresekvensen ved posisjon 1064 for påvisning av nukleotidutbyttingen fra cytidin til tymidin. Vanligvis kan bestemmelsen av nukleotidutbyttingen utføres ved nukleinsyresekvensering, for eksempel pyrosekvensering, sekvenseringsfremgangsmåter som anvender radioaktivt merkete nukleotider eller nukleotider som er merket med en fluorescerende farge, primerutvidelsesanalyse, analyse av sekvensfragmenter med massespektrometri eller ved hjelp av et antistoff, en antigenbindende del av et antistoff eller et proteinskaffold, fortrinnsvis et anticalin og/eller en komplementær nukleinsyre, spesifikt rettet mot mutasjonen i TAFI-genet.
I dette henseende betyr uttrykket "spesifikt" at antistoffet, en antigenbindende del av del av et antistoff eller et proteinskaffold, fortrinnsvis et anticalin, og/eller en komplementær nukleinsyre, skiller mellom TAFI-Ile347-genet og andre polymorfismer av nukleotidkodonet for aminosyreposisjon nr. 347 i TAFI, spesielt TAFI-Thr347. Den foretrukne nukleotidutbyttingen fra polymorfismen av aminosyren ved posisjon nr. 347 er nukleotidet ved posisjon 1064.
De komplementære nukleinsyrene som fortrinnsvis er enkeltrådete DNA-molekyler, kan kjemisk syntetiseres, for eksempel i samsvar med fosfotriesterrfemgangsmåten (se for eksempel Uhlmann, E. & Peyman, A., 1990, Chemical Reviews, 90:543-584). Disse komplementære nukleinsyrene kan anvendes som hybridiseirngsprober, for eksempel på DNA-mikromatriser, eller som oppformeringsprober, for eksempel i "TaqMan"-analysen ("TaqMan" Laboratory), som er en fluorogenisk 5' nukleaseanalyse.
Den antigenbindende delen av et antistoff eller proteinskaffold kan produseres i henhold til det ovenfor beskrevne.
I alle tilfeller er det fordelaktig for fremgangsmåten ifølge foreliggende oppfinnelse og i tillegg bestemme andre potensielle polymorfismer ved aminosyreposisjon 347 i TAFI, for eksempel TAFI-Thr347, som en referanse eller kontroll, fortrinnsvis med en fremgangsmåte som ovenfor beskrevet.
Med fremgangsmåten ifølge foreliggende oppfinnelse kan vanligvis en øket risiko for vaskulær forstyrrelse uten begrensning inkludere hjerteflimmer, slag, forlenget avbrutt neurologisk mangel (PRIND), forbigående iskemisk anfall (TIA), aterosklerotisk cerebrovaskulær sykdom (CVD) og/eller koronar hjertesykdom, sammenliknet med en referanse eller kontroll identifiseres som kan føre til en profylaktisk og/eller terapeutisk behandling av et individ, for eksempel en diabetiker, eller til tilpassing av doseringen av et farmasøytika som skal gis, som beskrevet nedenfor.
En annen utførelsesform ifølge foreliggende oppfinnelse er rettet mot en fremgangsmåte for identifikasjon av et farmasøytika, helst en hemmer av TAFI-De347 for terapien og/eller profylaksen av en trombogenisk forstyrrelse som uten begrensning inkluderer hjerteflimmer, slag, forlenget avbrutt neurologisk mangel (PRIND), forbigående iskemisk attakk (TIA), aterosklerotisk cerebrovaskulær sykdom (CVD) og/eller koronar hjertesykdom, hvor fremgangsmåten omfatter trinnene:
(a) å tilveiebringe TAFI-Ile347 eller TAFI-Ile347-genet,
(b) å tilveiebringe en testforbindelse, og
(c) å måle eller påvise påvirkningen av testforbindelsen på TAFMle347 eller TAFI-Ile347-genet.
Ifølge den foreliggende oppfinnelse refererer uttrykket "inhibitor" til en biokjemisk eller kjemisk forbindelse som inhiberer eller reduserer zymogenisk aktivitet til TAFI-Ile347, spesielt fjerningen av lysinrestene fra en fibrinklump, og/eller som reduserer halveringstiden til TAFI-Ile347, spesielt med minst ca. 20 % til ca. 50 %, fortrinnsvis minst med ca. 30 % til ca. 45 %, spesielt med ca. 45 %. Uttrykket "ca." betyr vanligvis en feilmargin på ± 20 %, spesielt ± 10 %, fortrinnsvis ± 5 %.
Generelt tilveiebringes TAFI-Ile347 eller TAFI-Ile347-genet eksempelvis i et analysesystem og bringes direkte eller indirekte i kontakt med en testforbindelse, spesielt en biokjemisk eller kjemisk testforbindelse, dvs. i form av et kjemisk forbindelsesbibliotek. Deretter måles eller påvises virkningen av testforbindelsen på TAFI-Ile347 eller TAFI-Ile347-genet. Passende inhibitorer kan så analyseres og/eller isoleres. For screening av kjemiske forbindelsesbiblioteker, foretrekkes anvendelsen av høykapasitetsanalyse, som er kjent for fagpersoner eller som er kommersielt tilgjengelige.
Ifølge foreliggende oppfinnelse refererer uttrykket "kjemisk forbindelsesbibliotek" til en mengde kjemiske forbindelser som er samlet fra mange kilder, inkludert kjemisk syntetiserte molekyler og naturlige produkter, eller som er generert ved kombinatorisk kjemiske teknikker.
Generelt blir påvirkningen av testforbindelsen på TAFI-Ile347 eller TAFHle347-genet målt eller påvist i en heterogen eller homogen analyse. Som anvendt heri er en heterogen analyse en analyse som inkluderer ett eller flere vasketrinn, mens det i en homogen analyse ikke er påkrevd med slike vasketrinn. Reagensene og forbindelsene bare blandes og måles.
Passende funksjonelle analyser kan baseres på genekspresjon av TAFI~Ile347 i nærvær av en biokjemisk eller kjemisk forbindelse som skal testes som en inhibitor av TAFI-Xle347 genekspresjon, kan den direkte inhiberingen måles ved måter som vanligvis er kjent for en fagperson, og som er beskrevet ovenfor. For å måle den enzymatiske aktiviteten til TAFI (for eksempel som en referanse eller kontroll) og/eller TAFI-Ile347, kan for eksempel clotlysis og/eller fjerning av lysinrester fra fibrin eller vanligvis dets karboksypeptidaseaktivitet ved anvendelse av for eksempel det syntetiske karboksypeptidasesubstratet anisylazoformyllysin måles i en passende analyse som er kjent for fagperson (se for eksempel Schneider, M. et al., 2002, suprd).
Heterogene analyser er for eksempel ELISA (enzymkoblet immunsorbent analyse), DELFIA, SPA og flashplateanalyse.
ELISA er en generelt kjent analyse som anvender et enzym som markørmolekyl. For eksempel startes en peroksidase fargereaksjon ved tilsetting av peroksidasesubstrat, og den optiske tetthet måles i et passende densimeter.
DELFIA (dissosiasjonsforsterket lantanid fluorimmunanalyse) baserte analyser er fast faseanalyse. Antistoffet merkes vanligvis med Europium eller et annet lantanid, og Europiumfluorescensen påvises etter at ikke-bundet Europiummerkete antistoffer er vasket bort.
SPA (scintillasjons nærhetsanalyse) og flash plateanalyse utnytter vanligvis biotin/avidin interaksjoner for å fange radioaktivt merkete substrater. Vanligvis inkluderer reaksjonsblandingen et biotinylert peptidsubstrat. Etter reaksjonen fanges de biotinylerte peptidene av streptavidin. I SPA-påvisning bindes streptavidin på scintillasjonsinneholdende kuler, mens i flash platepåvisningen bindes streptavidin på brønnens innside i scintillasjonsinneholdende mikrotiterplater. Straks det er immobilisert er det radioaktivt merkete substratet nær nok scintillanten for å stimulere lysemisjonen. Alternative homogene analyser er for eksempel TR-FRET, FP, ALPHA, EFC og genanalyser.
TR-FRET (tidsbestemt fluorescensresonansenergioverføring) baserte analyser er analyser som vanligvis utnytter fluorescensresonansenergioverføring mellom Europium og APC, et modifisert allofycocyanin eller andre fargestoffer med overlappende spektra, slik som Cy3/Cy5 eller Cy5/Cy7 (Schobel, U. et al., 1999, Bioconjugate Chem.
10:1107-1114). Etter eksitasjon av for eksempel Europium med lys ved 337 nm, fluorescerer molekylet ved 620 nm. Men hvis denne fluorofor er APC nær nok, vil Europium overføre sin eksitasjonsenergi til APC, som fluorescerer ved 665 nm. Etter reaksjonen tilsettes Europiummerkete antistoffer sammen med streptavidin-APC. Den tette nærhet mellom APC og Europium fluorofor vil forårsake en bremsing av Europium fluorescens med fordel for APC fluorescensen (FRET).
Fluorescens polarisering (FP) baserte analyser er analyser som anvender polarisert lys for å eksitere fluorescerende substratpeptider i løsning. Disse fluorescerende peptidene er frie i løsning, tumler rundt og forårsaker det emitterte lyset til å bli depolarisert. Når substratpeptidet binder til et større molekyl vil dets tumlende hastighet imidlertid sterkt reduseres og det emitterte lyset forblir veldig polarisert.
ALPHA (oppformert luminescens nærhetshomogen) baserte analyser er analyser som er avhengige av overføring av enkelt oksygen mellom donor- og akseptorkuler som bringes i hverandres nærhet. Ved eksitering ved 680 nm omdanner foto-sensitiviserere i donorkuler omgivende oksygen til enkeltilstandsoksygen som diffuserer opptil en distanse på 200 nm. Kjemiluminiserende grupper i akseptorkulene overfører energi til fluorescerende mottakere innen kulen, som så emitterer lys ved ca. 600 nm.
EFC (enzymfragment komplementering) baserte analyser eller ekvivalente analyser, kan anvendes spesielt for høykapasitetsscreening av forbindelser. EFC-analyse baseres på et konstruert p-galaktosidaseenzym bestående av to fragmenter; enzymakseptoren (EA) og enzymdonoren (ED). Når fragmentene er separert er det ingen b-galaktosidaseaktivitet, men når fragmentene er sammen assosierer de (komplement) og danner aktivt enzym. EFC-analyse benytter et ED-analyttkonjugat der analytten kan gjenkjennes av et spesifikt bindingsprotein, slik som et antistoff eller en reseptor. I fravær av det spesifikke bindingsproteinet, er ED-analyttkonjugatet i stand til å komplementere EA slik at det dannes aktivt p-galaktosidase som produserer et positivt luminiserende signal. Hvis ED-analyttkonjugatet er bundet av et spesifikt bindingsprotein forhindres komplementering med EA, og det er intet signal. Hvis fri analytt tilveiebringes (i en prøve) vil den konkurrere med ED-analyttkonjugatet for binding til det spesifikke bindingsproteinet. Fri analytt vil frigjøre ED-analyttkonjugat for komplementering med EA, og produsere et signal avhengig av mengden fri analytt til stede i prøven.
Et eksempel på en genanalyse er to-hybridsystemanalysen (Fields og Stemglanz (1994) Trends in Genetics, 10,286-292; Colas og Brent (1998) TIBTECH, 16,355-363). I denne testen transformers celler med ekspresjonsvektorer som uttrykker fusjonsproteiner bestående av polypeptidet i følge oppfinnelsen, og et DNA-bindende domene til en transkripsjonsfaktor, slik som Gal4 eller LexA. De transformerte cellene inneholder i tillegg et rapportørgen med en promoter inneholdende bindingsseter for det korresponderende DNA-bindingsdoménet. Ved transformasjon med en annen ekspresjonsvektor uttrykkende et annet fusjonsprotein bestående av et kjent ellet ukjent polypeptid, og et aktiveringsdoméne, for eksempel fra Gal4 eller herpes simplex virus VP 16, kan ekspresjonen av rapportørgenet økes mye dersom det andre fusjonsproteinet interagerer med polypeptidet. Som en konsekvens av dette kan dette testsystemet anvendes for å screene biologiske eller kjemiske forbindelser som inhiberer en interaksjon mellom TAFI-He347 og dets substrat, for eksempel fibrin. På denne måten er det mulig å identifisere nye, aktive forbindelser hurtig.
En annen analyse baseres på fastfasebundete polypeptider, slik som TAFI-Ile347. En testforbindelse inneholder således eksempelvis en påvisbar markør, forbindelsen kan være radioaktivt merket, fluorescensmerket eller luminisensmerket. Videre kan forbindelser tilkobles proteiner som tillater indirekte påvisning, for eksempel ved hjelp av enzymatisk katalyse som bruker en peroksidaseanalyse som anvender et kromogenisk substrat eller ved å binde et påvisbart antistoff. En annen mulighet er å undersøke de fastfasebundne proteinkompleksene ved hjelp av massespektrometri (SELDI). Forandringer i konformasjonen av for eksempel TAFI-Ile347 i løpet av dets aktivering som resultat av interaksjon med en testsubstans, kan påvises for eksempel ved forandring i fluorescens av en endogen tryptofanrest i polypeptidet
De fastfasebundne polypeptidene kan også være en del av en oppstilling. Fremgangsmåter for å konstruere slike oppstillinger ved anvendelse av fastfasekjemi og fotolabile beskyttelsesgrupper er beskrevet i US 5 744 305. Disse oppstillingene kan også bringes i kontakt med testforbindelse eller forbindelsesbiblioteker og testes for interaksjon, for eksempel binding eller forandring i konformasjon.
På en fordelaktig måte utføres fremgangsmåten ifølge foreliggende oppfinnelse i et robotsystem, for eksempel utsåing ved hjelp av robot og et robotflytende overføringssystem, for eksempel ved anvendelse av mikrovæsketekmkker, dvs. kanaliserte strukturer.
I en annen utførelsesform ifølge foreliggende oppfinnelse utføres fremgangsmåten i form av et høykapasitets screeningssystem. I et slikt system er det fordelaktig at screeningsfremgangsmåten automatiseres og miniatyriseres, spesielt anvender den miniatyriserte brønner og mikrovæsketeknikker som kontrolleres av en robot.
En annen utførelsesform ifølge foreliggende oppfinnelse er rettet mot anvendelse for identifikasjon av en trombogenisk sykdom hos en diabetiker. Den trombogeniske forstyrrelse, inkluderer uten begrensning hjerteflimmer, slag, forlenget avbrutt neurologisk mangel (PRIND), forbigående iskemisk attakk (TIA), aterosklerotisk cerebrovaskulær sykdom (CVD) og/eller koronar hjertesykdom.
For fremstilling av medikamentet formuleres vanligvis det identifiserte farmasøytika med én eller flere farmasøytisk akseptable bærere eller hjelpesubstanser, slik som fysiologisk bufferløsning, for eksempel natriumkloridløsning, demineralisert vann, stabilisatorer som protease- eller nukleaseinhibitorer fortrinnsvis aprotinin, s-aminokapronsyre eller pepstatin-A eller kelateringsmidler som EDTA, gélformuleringer som hvit vaselin, lav-viskositets parafin og/eller gul voks, osv., avhengig av tilførselsmåte.
Passende tilleggsstoffer er videre eksempelvis detergenter som for eksempel Triton-X-100 eller natriumdeoksycholat, men også polyoler som for eksempel polyetylenglykol eller glyserol, sukkere som for eksempel sukrose eller glukose, zwitterioniske forbindelser som for eksempel aminosyrer som glysin eller spesielt taurin eller betain og/eller et protein som for eksempel bovint eller humant serumalbumin. Detergenter, polyoler og/eller zwitterioniske forbindelser foretrekkes.
Den fysiologiske bufferløsningen har fortrinnsvis en pH på ca. 6,0-8,0, spesielt en pH på ca. 6,8-7,8, særlig en pH på ca. 7,4, og/eller en osmolaritet på ca. 200-400 milliosmol/liter, fortrinnsvis på ca. 290-310 milliosmol/liter. Medikamentets pH justeres vanligvis ved anvendelse av en passende organisk eller uorganisk buffer, slik som for eksempel fortrinnsvis fosfatbuffer, tris-buffer (tris(hydroksymetyl)aminometan), HEPES-buffer ([4-(2-hydroksyetyl)piperazin]etansulfons<y>re) eller MOPS-buffer (3-morfolin-l-propansulfonsyre). Valget av respektiv buffer avhenger generelt av den ønskete buffermolaritet Fosfatbuffer er egnet for eksempel for injeksjons- og infusjonsløsninger.
Medikamentet kan tilføres på konvensjonell måte, for eksempel ved orale doseringsformer, slik som for eksempel tabletter eller kapsler, ved hjelp av slim-membranene, for eksempel nese eller den orale hule, i form av "dispositorer" implantert under huden ved hjelp av injeksjoner, infusjoner eller géler inneholdende medikamentene. Det er videre mulig å tilføre medikamentet topikalt og lokalt for å behandle den bestemte leddsykdommen beskrevet ovenfor, om det er passende, i form av liposomkomplekser. Behandlingen kan videre utføres ved hjelp av et transdermalt, terapeutisk system (TTS), som muliggjør en midlertidig, kontrollert medikamentrfigivelse. TTS er kjent for eksempel fra EP 0944398 Al, EP 0916336 Al, EP 0889723 Al og EP 0852493 Al.
Injeksjonsløsninger anvendes vanligvis bare hvis relativt små mengder av en løsning eller suspensjon, for eksempel fra omkring 1-20 ml skal tilføres kroppen. Infusjonsløsninger anvendes vanligvis hvis en større mengde av en løsning eller suspensjon, for eksempel én eller flere liter skal tilføres. Fordi bare noen få milliliter gis i tilfellet av injeksjonsløsninger, i kontrast til infusjonsløsninger, vil ikke små forskjeller i pH og det osmotiske trykket til blodet eller vevsvæsken i injeksjonen være merkbart, eller vil bare være merkbart i en ubetydelig grad med hensyn til smertefølelse. Fortynning av formuleringen før anvendelse ifølge oppfinnelsen, er derfor generelt ikke nødvendig. I tilfelle tilførsel av relativt store mengder, bør imidlertid formuleringen fortynnes kort før tilførsel i en slik grad at minst omtrent isotonisk løsning oppnås. Eksempel på isotonisk løsning er en 0,9 % løsningsstyrke av natriumklorid. I tilfelle infusjon kan fortynninger utføres ved å anvende sterilt vann, mens tilførselen for eksempel kan utføres via en såkalt bypass.
I en annen utførelsesform anvendes TAFI-Ile347 eller TAFI-Ile347-genet for produksjon av et diagnostika for identifikasjon av en vaskulær sykdom, spesielt hos en diabetiker, som uten begrensning inkluderer hjerteflimmer, slag, forlenget avbrutt neurologisk mangel (PRIND), forbigående iskemisk attakk (TIA), aterosklerotisk cerebrovaskulær sykdom (CVD) og/eller koronar hjertesykdom.
TAFI-Ile347 kan for eksempel anvendes for produksjon av bindingsproteiner, bindingspeptider eller aptamerer, og kan benyttes som diagnostiske midler, som beskrevet ovenfor. TAFI-Ile347-genet kan anvendes i seg selv, spesielt i enkeltrådet form eller for produksjon av en komplementær nukleinsyre, fortrinnsvis et komplementært, enkeltrådet DNA, og kan benyttes som en hybridiserings- og/eller oppformeirngsprobe, generelt kjent av fagpersoner i feltet
Som beskrevet ovenfor viser TAFI-Ile347 utvidet halveringstid og øket antifibirnolytisk aktivitet in vivo, og fortrinnsvis en øket risiko for slag og TIA. Individer med en TAFI-
Ile347 polymorfisme trenger derfor en større mengde av et medikament for behandling og/eller profylakse av en trombogenisk forstyrrelse. Generelt bør doseringen av et medikament tilpasses den genetiske TAFI-profilen til et individ eller pasient, fortrinnvis til individer eller pasienter som er homozygote med hensyn på isoleusin i posisjon 347. Bestemmelsestrinnet (a) i den foreliggende fremgangsmåten kan utføres som forklart ovenfor.
De påfølgende eksemplene, tabell og figurer vil forklare den foreliggende oppfinnelse uten å begrense oppfinnelsens formål.
Beskrivelse av figurene
Figur 1 viser proteinsekvensen til TAFI.
Figur 2 viser nukleotidsekvensen til TAFI.
Forkortelser
TAFI-varianter som har treonin ved posisjon 347 i proteinet som en konsekvens av polymorfismer ved den korresponderende posisjon på begge allelene til TAFI-genet betegnes TAFI-347-TT.
TAFI-varianter som har treonin og isoleusin ved posisjon 347 i proteinet som en konsekvens av en polymorfisme ved den korresponderende posisjon på ett av begge allelene til TAFI-genet betegnes TAFI-347-TI.
TAFI-varianter som har isoleusin ved posisjon 347 i proteinet som en konsekvens av polymorfismer ved den korresponderende posisjon på begge allelene til TAFI-genet betegnes TAFI-347-II.
Eksempler
TAFI-polymorfismen ved posisjon 347 i TAFI-proteinet (NCBI aksesjonsnummer for proteinsekvens: NP_001863; Figur 1) ble analysert i en pasientgruppe med eller uten kardiovaskulære begivenheter eller endepunkter.
1. SNP ( enkel nukleotidpolvmorfismet påvisning ved sekvensering og analyse 1.1 Oppformering av genomisk DNA-region med polymorfisme av interesse
For påvisning av det nukleotidutbyttete cytidin med tymidin ved posisjon 1064 i TAFI-sekvensen med NCBI aksesjonsnummer NM_001872 som fører til TAFI-Ile347-proteinvariant (tabell 2) ble de følgende oppformeringsprimeme anvendt:
For oppformeringen ble den følgende PCR-protokollen anvendt, mens alle de påfølgende reagenser for oppformeringen var fra Applied Biosystems (Foster City, USA): 20 ng genomisk DNA; 1 enhet TaqGold polymerase; 1 x Taq polymerasebuffer; 500 uM dNTP; 2,5 mM MgCk; 200 nM av hvert oppformeringsprimerpar (for sekvens se oppformeringsprimerpar 1. ovenfor);
H2Otil5 ul.
Oppformeringsprogram for PCR/genotyping:
95 °C x 10 minutter x 1 syklus;
95 °C x 30 sekunder
70 °C x 30 sekunder x 2 sykluser;
95 °C x 30 sekunder
65 °C x 30 sekunder x 2 sykluser;
95 °C x 30 sekunder
60 °C x 30 sekunder x 2 sykluser;
95 °C x 30 sekunder
56 °C x 30 sekunder
72 °C x 30 sekunder x 40 sykluser;
72°Cx 10 minutter
4 °C x 30 sekunder x 1 syklus.
1.2 Identifikasjon av polymorfismer av interesse
For minisekvensering og påvisning av polymorfismer ble den påfølgende protokollen anvendt, mens alle de påfølgende reagenser var fra Applied Biosystems (Foster City, USA): 2 ul renset PCR-produkt; 1,5 ul BigDye terminatorsett; 200 nM av en sekvenseringsprimer (for sekvens se forover eller revers oppformeirngsprimer 1. ovenfor); H20 til 10 ul.
Oppformeringsprogram for sekvensering:
96 °C x 2' x 1 syklus;
96 °C x lO-
SS <6>C x 10" 65 °C x 4* x 30 sykluser; 72 °C x 7
4 °C x 30" x 1 syklus.
Sekvensene ble først analysert med sekvenseringsanalyseverktøy (Applied Biosystems, Foster City, USA) for rådataekstraksjon, deretter prosessert med Phred (base fremkaller), Phrap (sammenstiller), polyphred (SNP fremkaller) og Consed (resultat iakttaker). Phred, Phrap, Polyphred og Consed er dataprogramvare konstruert ved Washington Universitet av Phil Green, (http ://www.genome. washington.edu).
1.3 Statistiske tilnærmingsmåter for genotype/fenotype korrelasjon
Alle analyser ble utført med SAS statistisk pakke (versjon 6,12 eller høyere, SAS Institute GmbH, Heidelberg, Tyskland). For påvisning av assosiasjoner mellom genetiske polymorfismer og et stort antall kliniske relevante parametre ble beskrevne statistikker beregnet (median, kvadraturer) og Wilcoxon-rank-sum-tester ble utført. Wilcoxon-rank-sum-test ble anvendt for sammenlikning av to uavhengige prøver. Beregningen av test-statistikken er basert på gradene i den sammenslåtte prøven.
For søk etter assosiasjoner mellom SNP'er og risikofaktorer og sykdommer ble Chi-Square-Test utført og antall og prosenter ble beregnet for å beskrive dataene. Chi-Square-Testen er en statistisk test for å beregne avhengigheten av to variabler. Verdiene av variablene finnes i to eller flere klasser. For analyse av assosiasjonen av disse variablene, ble en eventualitetstabell anvendt. Denne tabellen inneholder like mange rader som antall realiseringer av den andre variabelen. Hver celle inneholder en spesiell pasients karakteristikk. For konstruksjon av en teststatistikk ble forskjellene av beregnete og observerte frekvenser beregnet.
Etter inspeksjon av resultatene ble relevante variabler utvalgt. For å ta hensyn til ukontrollerte samtidige variabler, ble logistikkregresjon anvendt for å validere resultatene. Logistikkregresjonsfremgangsmåten ble anvendt for å analysere påvirkningen av flere forklarende variabler på en bestemt respons variabel. Den assosierte, statistiske testen ga en p-verdi. Tolkningen av denne p-verdi er
betydelig påvirkning av den assosierte forklarende variabelen.
For en todelt variabel ble forskjellsforholdet beregnet Forskjellsforholdet er forholdet av forskjellene for at en begivenhet vil finne sted i en gruppe til sannsynligheten for at begivenheten vil rinne sted i den andre gruppen.
2. Resultater
Resultatene ble oppnådd ved analyse av en undergruppe av en pasientpopulasjon, mens undergruppen hadde de følgende karakteristikker: Alle diabetikere, ingen behandling med ACE-inhibitoren Ramipril, ingen alkohol.
Som det ses av tabellen har alle individer med TAFI-I347I-polymorfisme øket risiko for slag, (7,35 % vs. 3,35 %) og TIA (4,41 % vs. 0,7 %), sammenliknet med individer med TAFI-I347T og TAFI-T347T-polymorfisme.
Claims (28)
1.
Fremgangsmåte for identifikasjon av en risiko for en trombogenisk forstyrrelse, karakterisert ved at fremgangsmåten omfatter å bestemme i prøve tilstedeværelsen av en aminosyreutbytting fra treonin til isoleusin ved posisjon 347 i den trombinaktiverbare fibrinolyseinhibitoren TAFI med aminosyresekvensen ifølge SEQ ID NO: 1 betegnet TAFI-Ile347.
2.
Fremgangsmåte ifølge krav 1, karakterisert ved at risikoen for en trombogenisk forstyrrelse inkluderer risikoen for hjerteflimmer, slag, forlenget avbrutt neurologisk mangel PRIND, forbigående iskemisk anfall TIA, aterosklerotisk cerebrovaskulær sykdom CVD og/eller koronar hjertesykdom.
3.
Fremgangsmåte ifølge krav 1 og 2, karakterisert ved at prøven er fra en diabetiker.
4.
Fremgangsmåte ifølge minst ett av kravene 1-3, karakterisert ved at aminosyreutbyttingen blir bestemt i TAFI-proteinet.
5.
Fremgangsmåte ifølge krav 4, karakterisert ved at aminosyreutbyttingen er bestemt ved aminosyresekvensering eller ved hjelp av et bindingsprotein eller et bindingspeptid, eller ved en aptamer, spesielt rettet mot TAFI-Ile347.
6.
Fremgangsmåte ifølge krav 5, karakterisert ved at bindingsproteinet eller bindingspeptidet er et antistoff, en antigenbindende del av et antistoff og/eller et proteinskaffold, fortrinnsvis et anticalin.
7.
Fremgangsmåte ifølge minst ett av kravene 1-3, karakterisert ved at aminosyreutbyttingen er bestemt i TAFI-genet, fortrinnsvis på begge allelene i TAFI-genet.
8.
Fremgangsmåte ifølge krav 7, karakterisert ved at bestemmelsen i TAFI-genet utføres ved nukleinsyresekvensering eller ved bjelp av et antistoff, en antigenbindende del av et antistoff, eller et proteinskaffold, fortrinnsvis et anticalin, og/eller en komplementær nukleinsyre, spesifikt rettet mot mutasjonen i TAFI-genet.
9.
Fremgangsmåte for å selektere pasienter med risiko for trombogenisk forstyrrelse, karakterisert ved at fremgangsmåten omfatter å bestemme i en prøve tilstedeværelsen av en aminosyreutbytting fra treonin til isoleusin ved posisjon 347 i den trombinakitverbare fibrinolyseinhibitoren med aminosyresekvensen ifølge SEQIDNO: 1.
10.
Fremgangsmåte ifølge krav 9, karakterisert ved at risikoen for en trombogenisk forstyrrelse inkluderer risikoen for hjerteflimmer, slag, forlenget avbrutt neurologisk mangel, forbigående iskemisk anfall, aterosklerotisk cerebrovaskulær sykdom og/eller koronar hjertesykdom.
11.
Fremgangsmåte ifølge krav 9 eller 10, karakterisert ved at prøven er fra en diabetiker.
12.
Fremgangsmåte ifølge minst ett av kravene 9-11, karakterisert ved at aminosyreutbyttingen er bestemt i TAFI-proteinet.
13.
Fremgangsmåte ifølge krav 12, karakterisert ved at aminosyreutbyttingen er bestemt ved hjelp av et bindingsprotein eller et bindingspeptid, eller ved en aptamer, spesielt rettet mot TAFI-Ile347.
14.
Fremgangsmåte ifølge krav 13, karakterisert ved at bindingsproteinet eller bindingspeptidet er et antistoff, en antigenbindende del av et antistoff og/eller et proteinskaffold, fortrinnsvis et anticalin.
15.
Fremgangsmåte ifølge minst ett av kravene 9-11, karakterisert ved at aminosyreutbyttingen er bestemt i TAFI-genet, fortrinnsvis på begge allelene i TAFI-genet.
16.
Fremgangsmåte ifølge krav 15, karakterisert ved at bestemmelsen i TAFI-genet utføres ved hjelp av et antistoff, en antigenbindende del av et antistoff, eller et proteinskaffold, fortrinnsvis et anticalin, og/eller en komplementær nukleinsyre, spesifikt rettet mot mutasjonen i TAFI-genet.
17.
Fremgangsmåte for identifikasjon av et farmasøytika, helst en hemmer av TAFI-Ile347, for terapien og/eller profylaksen av en trombogenisk forstyrrelse, karakterisert ved at fremgangsmåten omfatter trinnene: (a) å tilveiebringe TAFI-De347 eller TAFI-Ile347-genet, (b) å tilveiebringe en testforbindelse, og (c) å måle eller påvise påvirkningen av testforbindelsen på TAFI-Ile347 eller TAFI-Ile347-genet.
18.
Fremgangsmåte ifølge krav 19, karakterisert ved at testforbindelsen tilveiebringes i form av et kjemisk forbindelsesbibliotek.
19.
Fremgangsmåte ifølge krav Heller 18, karakterisert ved at påvirkningen av testforbindelsen på TAFI-Ile347 eller TAFI-Ile347-genet, måles eller påvises i en heterogen eller homogen analyse.
20.
Fremgangsmåte ifølge krav 19, karakterisert ved at den heterogene analysen er en enzymkoblet immunsorbent analyse, en dissosiasjonsforsterket lantanidfluorimmunanalyse, eller en scintillasj onnærhetsanalyse.
21.
Fremgangsmåte ifølge krav 19, karakterisert ved at den homogene analysen er en tidsbestemt fluorescensresonansenergioverføringsanalyse, en fluorescens polariseringsanalyse, en oppformert luminescens nærhetshomogenanalyse, en enzymfragmentkomplementeringsanalyse eller en genanalyse.
22.
Fremgangsmåte ifølge minst ett av kravene 17 til 21, karakterisert ved at fremgangsmåten utføres på en matrise.
23.
Fremgangsmåte ifølge minst ett av kravene 17 til 22, karakterisert ved at fremgangsmåten utføres i et robotsystem.
24.
Fremgangsmåte ifølge minst ett av kravene 17 til 23, karakterisert ved at fremgangsmåten utføres ved anvendelse av mikrovæsketeknikker.
25.
Fremgangsmåte ifølge minst ett av kravene 17 til 24, karakterisert ved at fremgangsmåten er en fremgangsmåte for høykapasitetsscreening.
26.
Anvendelse av TAFI-Ile347 eller TAFI-Ile347-genet for produksjon av et diagnostika for identifikasjon av en trombogenisk sykdom.
27.
Anvendelse ifølge krav 26, karakterisert ved at den trombogeniske forstyrrelsen inkluderer risikoen for hjerteflimmer, slag, forlenget avbrutt neurologisk mangel, forbigående iskemisk anfall, aterosklerotisk cerebrovaskulær sykdom og/eller koronar hjertesykdom.
28.
Anvendelse ifølge krav 26 eller 27 for identifikasjon av en trombogenisk sykdom hos en diabetiker.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NO20050677A NO322726B1 (no) | 2005-02-09 | 2005-02-09 | Fremgangsmate for identifikasjon av risiko for trombogenetisk forstyrrelse ved bestemmelse av TAFI-IIe347-polymorfisme og anvendelse av TAFI-IIe347 eller TAFI-IIe347-genet for produksjon av et diagnostika. |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NO20050677A NO322726B1 (no) | 2005-02-09 | 2005-02-09 | Fremgangsmate for identifikasjon av risiko for trombogenetisk forstyrrelse ved bestemmelse av TAFI-IIe347-polymorfisme og anvendelse av TAFI-IIe347 eller TAFI-IIe347-genet for produksjon av et diagnostika. |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| NO20050677D0 NO20050677D0 (no) | 2005-02-09 |
| NO20050677L NO20050677L (no) | 2006-08-10 |
| NO322726B1 true NO322726B1 (no) | 2006-12-04 |
Family
ID=35229567
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| NO20050677A NO322726B1 (no) | 2005-02-09 | 2005-02-09 | Fremgangsmate for identifikasjon av risiko for trombogenetisk forstyrrelse ved bestemmelse av TAFI-IIe347-polymorfisme og anvendelse av TAFI-IIe347 eller TAFI-IIe347-genet for produksjon av et diagnostika. |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| NO (1) | NO322726B1 (no) |
-
2005
- 2005-02-09 NO NO20050677A patent/NO322726B1/no not_active IP Right Cessation
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| NO20050677L (no) | 2006-08-10 |
| NO20050677D0 (no) | 2005-02-09 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP6628226B2 (ja) | 痛風発症素因の評価方法 | |
| JP2005536187A (ja) | Ｎ−ホルミルペプチド受容体様１（ｆｐｒｌ１）に関連する疾患の診断および治療 | |
| US8940286B2 (en) | Urate transporter, as well as method and kit for evaluating urate transport-related disease factor and inflammation-related disease factor, and test sample and drug | |
| JP2008515394A (ja) | 心臓の圧負荷関連遺伝子 | |
| JPWO2015108180A6 (ja) | 痛風発症関連分子、並びに、尿酸関連疾患素因及び炎症関連疾患素因の評価方法及び評価キット、検査体及び薬 | |
| US8420321B2 (en) | Method for the identification of a risk for a thrombogenic disorder by determining the TAFI-Ile347 polymorphism | |
| JP2012110335A (ja) | ＴＡＦＩ−Ｉｌｅ３４７多型を決定することによって血栓形成性障害に関する危険性を同定する方法 | |
| US8071297B2 (en) | Method for the diagnosis and treatment of cardiovascular diseases | |
| NO322726B1 (no) | Fremgangsmate for identifikasjon av risiko for trombogenetisk forstyrrelse ved bestemmelse av TAFI-IIe347-polymorfisme og anvendelse av TAFI-IIe347 eller TAFI-IIe347-genet for produksjon av et diagnostika. | |
| WO2008046517A1 (en) | Ctgf as a biomarker, therapeutic and diagnostic target | |
| CA2496985C (en) | Method for the identification of a risk for a thrombogenic disorder by determining the tafi -ile347 polymorphism | |
| US20110130347A1 (en) | Identification of new splice-variants of g-protein coupled receptor ep3 and uses thereof | |
| US7122655B2 (en) | Compositions involving M-RIP, and related methods for screening for anti-hypertensive agents, and uses thereof | |
| Deng et al. | Angiotensin detection: A comprehensive review of current methods and novel technologies | |
| KR20230035082A (ko) | 헵시딘의 레닌-기반 분석 | |
| ES2308157T3 (es) | Disgnosticos y tratamientos para enfermedades asociadas con el receptor de la dopamina d3 (drd3). | |
| JP2005534282A5 (no) | ||
| Jain et al. | Biomarkers of Cardiovascular Disorders | |
| WO2008046543A1 (en) | Cell protective genes | |
| JP2005523427A (ja) | ニューロペプチドｆｆ受容体２（ｎｐｆｆ２）に関連する疾患の診断および治療 | |
| WO2011039171A1 (en) | Vasoactive peptide and derivatives thereof | |
| Mouton | The role of novel protein-protein interactions in the function and mechanism of the sarcomeric protein, myosin binding protein H (MyBPH) |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| MM1K | Lapsed by not paying the annual fees |