KR20240067118A - 접합된 올리고뉴클레오타이드 및 이의 용도 - Google Patents

접합된 올리고뉴클레오타이드 및 이의 용도 Download PDF

Info

Publication number
KR20240067118A
KR20240067118A KR1020247013784A KR20247013784A KR20240067118A KR 20240067118 A KR20240067118 A KR 20240067118A KR 1020247013784 A KR1020247013784 A KR 1020247013784A KR 20247013784 A KR20247013784 A KR 20247013784A KR 20240067118 A KR20240067118 A KR 20240067118A
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
oligomeric compound
modified
certain embodiments
oligomeric
modified oligonucleotide
Prior art date
Application number
KR1020247013784A
Other languages
English (en)
Inventor
푸니트 피. 세스
미하엘 외스터가르드
미셸 캐러
마이클 타노위츠
마이클 릭비
마이클 스키너
스티븐 스탠웨이
리우드비카스 우르보나스
카테린 반 리에트쇼텐
Original Assignee
아이오니스 파마수티컬즈, 인코포레이티드
바이사이클티엑스 리미티드
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 아이오니스 파마수티컬즈, 인코포레이티드, 바이사이클티엑스 리미티드 filed Critical 아이오니스 파마수티컬즈, 인코포레이티드
Publication of KR20240067118A publication Critical patent/KR20240067118A/ko

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/62—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being a protein, peptide or polyamino acid
    • A61K47/64—Drug-peptide, drug-protein or drug-polyamino acid conjugates, i.e. the modifying agent being a peptide, protein or polyamino acid which is covalently bonded or complexed to a therapeutically active agent
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/56—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an organic macromolecular compound, e.g. an oligomeric, polymeric or dendrimeric molecule
    • A61K47/59—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an organic macromolecular compound, e.g. an oligomeric, polymeric or dendrimeric molecule obtained otherwise than by reactions only involving carbon-to-carbon unsaturated bonds, e.g. polyureas or polyurethanes
    • A61K47/60—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an organic macromolecular compound, e.g. an oligomeric, polymeric or dendrimeric molecule obtained otherwise than by reactions only involving carbon-to-carbon unsaturated bonds, e.g. polyureas or polyurethanes the organic macromolecular compound being a polyoxyalkylene oligomer, polymer or dendrimer, e.g. PEG, PPG, PEO or polyglycerol
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/111—General methods applicable to biologically active non-coding nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1137—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against enzymes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/11—Antisense
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
    • C12N2310/315—Phosphorothioates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/323—Chemical structure of the sugar modified ring structure
    • C12N2310/3231—Chemical structure of the sugar modified ring structure having an additional ring, e.g. LNA, ENA
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/334—Modified C
    • C12N2310/3341—5-Methylcytosine
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/35—Nature of the modification
    • C12N2310/351—Conjugate
    • C12N2310/3513—Protein; Peptide
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/35—Nature of the modification
    • C12N2310/351—Conjugate
    • C12N2310/3515—Lipophilic moiety, e.g. cholesterol
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/35—Nature of the modification
    • C12N2310/352—Nature of the modification linked to the nucleic acid via a carbon atom
    • C12N2310/3525—MOE, methoxyethoxy
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/30—Special therapeutic applications
    • C12N2320/32—Special delivery means, e.g. tissue-specific
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y204/00—Glycosyltransferases (2.4)
    • C12Y204/02—Pentosyltransferases (2.4.2)
    • C12Y204/02008—Hypoxanthine phosphoribosyltransferase (2.4.2.8)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y207/00—Transferases transferring phosphorus-containing groups (2.7)
    • C12Y207/11—Protein-serine/threonine kinases (2.7.11)

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Abstract

이환 리간드 및 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 저중합체 화합물이 본원에서 제공된다. 이러한 화합물은 세포 표적화 모이어티로서 이환 리간드를 포함할 수 있으며 또한 이환 리간드 및 변형된 올리고뉴클레오타이드를 연결하기 위한 접합체 링커를 포함할 수 있다. 이러한 화합물은 약제학적으로 허용 가능한 염과 함께 사용될 수 있다.

Description

접합된 올리고뉴클레오타이드 및 이의 용도
본 출원은 전자 형식의 서열 목록과 함께 제출된다. 서열 목록은 크기가 3,314 kb인 2022년 9월 29일 생성된 파일명 CHEM0103WOSEQ.xml의 파일로 제공된다. 서열 목록의 전자 형식의 정보는 전문이 참조에 의해 본원에 원용된다.
본 실시양태는 올리고뉴클레오타이드로 관심 세포를 표적화하기 위한 화합물 및 방법을 제공한다.
siRNA 및 단일 가닥 안티센스 올리고뉴클레오타이드(ASO)와 같은 저중합체 화합물(oligomeric compound)은 유전자 발현 조절에 유용하고 치료적으로 효과적인 것으로 나타났다. 저중합체 화합물의 특정 화학적 변형은 저중합체 화합물의 역가, 효능 및 원치 않는 부작용을 개선하여 더 낮은 용량의 투여를 허용하고 독성 가능성을 감소시키며 전체 치료 비용을 감소시킬 수 있다. 저중합체 화합물은 접합체기, 예를 들어, 관심 세포상에서 발현된 수용체에 대한 리간드로 변형될 수 있으며, 이는 저중합체 화합물을 하나 이상의 관심 조직으로 표적화하는 결과를 초래한다.
CD71로도 알려져 있는 유형 1 트랜스페린 수용체(TfR1)는 수용체 매개 세포내이입에 의해 철 결합 트랜스페린에 결합하고 내재화하는 막횡단 당단백질이다. 항-TfR1 항체가 있는 항체-약물 접합체는 CNS 및 근육을 포함한 다양한 조직에 약물을 전달하기 위해 사용되어 왔다.
환형 펩타이드는 단백질 표적에 대한 높은 친화도 및 특이성으로 결합할 수 있으므로 치료제 개발을 위한 매력적인 분자 부류이다. 실제로, 여러 환형 펩타이드는, 예를 들어, 항균 펩타이드 반코마이신, 면역억제제 약물 사이클로스포린 또는 항암 약물 옥트레오타이드와 같이, 임상에서 이미 성공적으로 사용되고 있다(Driggers 등 (2008), Nat. Rev. Drug. Discov. 7(7), 608-24). 양호한 결합 특성은 펩타이드와 표적 사이에 형성된 상대적으로 큰 상호작용 표면뿐만 아니라 환형 구조의 구조적 가요성이 감소하기 때문에 초래된다. 전형적으로, 거대고리는 수백 평방 옹스트롬의 표면, 예를 들어, 환형 펩타이드 CXCR4 길항제 CVX15(400 Å2; Wu 등 (2007), Science 330, 1066-71), 인테그린 αVb3에 결합하는 Arg-Gly-Asp 모티프를 갖는 환형 펩타이드(355 Å2)(Xiong 등 (2002), Science 296(5565), 151-5) 또는 유로카이네이스-유형 플라스미노겐 활성화제에 결합하는 환형 펩타이드 억제제인 유페인-1(603 Å2; Zhao 등 (2007), J. Struct. Biol. 160(1), 1-10).
펩타이드 거대고리는 환형 배열로 인해 선형 펩타이드에 비해 가요성이 낮아 표적에 결합할 시 엔트로피 손실이 적고 결합 친화력이 높다. 가요성이 감소하면 표적 특이적 형태가 고정되어 선형 펩타이드에 비해 결합 특이성이 증가한다. 이러한 효과는 고리가 개방되는 경우 다른 MMP에 비해 선택성을 상실하는 매트릭스 금속단백질분해효소 8(MMP-8)의 강력하고 선택적인 억제제에 의해 예시된 바 있다(Cherney 등 (1998), J. Med. Chem. 41(11), 1749-51). 거대고리화를 통해 달성된 유리한 결합 특성은 예를 들어, 반코마이신, 나이신 및 악티노마이신에서와 같이 2개 이상의 펩타이드 고리를 갖는 다환 펩타이드에서 보다 더 두드러진다.
다양한 연구 팀은 이전에 시스테인 잔기가 있는 폴리펩타이드를 합성 분자 구조에 테더링(tethering)하였다(Kemp 및 McNamara (1985), J. Org. Chem; Timmerman 등 (2005), ChemBioChem). Meloen과 공동 연구자들은 단백질 표면의 구조적 모방을 위해 합성 스캐폴드상에 여러 펩타이드 루프를 신속하고 정량적으로 고리화하기 위해 트리스(브로모메틸)벤젠 및 관련 분자를 활용하였다(Timmerman 등 (2005), ChemBioChem). 후보 약물 화합물을 생성하는 방법으로서, 상기 화합물은 예를 들어, 시스테인 함유 폴리펩타이드를 분자 스캐폴드, 예를 들어, 1,1',1''-(1,3,5-트라이아지네인-1,3,5-트라이일)트라이프로프-2-엔-1-온(TATA)에 연결하여 생성되는 방법(Heinis 등 (2014) Angewandte Chemie, 국제판 53(6) 1602-1606).
파지 디스플레이 기반 조합 접근법은 관심 표적에 대한 이환식 펩타이드의 대규모 라이브러리를 생성하고 선별하기 위해 개발되었다(Heinis 등 (2009), Nat. Chem. Biol. 5(7), 502-7 및 WO 2009/098450). 간략히 설명하자면, 3개의 시스테인 잔기와 6개의 무작위 아미노산(Cys-(Xaa)6-Cys-(Xaa)6-Cys)의 2개 영역을 함유하는 선형 펩타이드의 조합 라이브러리를 파지상에 표시하고 시스테인 측쇄를 소분자 스캐폴드에 공유 연결하여 고리화하였다.
본원에서 제공되는 실시양태는 올리고뉴클레오타이드 및 접합체기를 포함하는 저중합체 화합물에 관한 것이다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 세포 표적화 모이어티를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 세포 표적화 모이어티를 올리고뉴클레오타이드에 연결하는 접합체 링커를 포함한다. 특정 실시양태에서, 세포 표적화 모이어티는 분자 스캐폴드에 부착된 2개의 폴리펩타이드 루프를 포함하는 폴리펩타이드를 포함하거나 이로 구성된다. 특정 실시양태에서, 세포 표적화 모이어티는 이환 리간드를 포함하거나 이로 구성된다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 올리고뉴클레오타이드를 폴리펩타이드에 연결한다. 일반적으로, 접합체 링커는 올리고뉴클레오타이드 및 이환 리간드를 분리하기에 충분한 길이 및/또는 구조를 가지므로 이환 리간드는 올리고뉴클레오타이드의 활성(예를 들어, 안티센스 활성)을 억제하지 않고 올리고뉴클레오타이드는 이환 리간드의 활성(예를 들어, 트랜스페린 수용체에 결합)을 억제하지 않는다.
전술한 일반적인 설명 및 다음의 상세한 설명은 모두 예시적이고 설명적일 뿐이며 청구된 바와 같이 본 실시양태를 제한하지 않는 것으로 이해하여야 한다. 본원에서, 단수의 사용은 달리 구체적으로 기술되지 않는 한 복수를 포함한다. 본원에서 사용되는 "또는"의 사용은 달리 기술되지 않는 한 "및/또는"을 의미한다. 또한, 용어 "포함"뿐만 아니라 "포함하다", "포함한다" 및 "포함된"과 같은 다른 형태의 사용은 제한적이지 않다.
본원에서 사용되는 부문 표제는 오직 체계적 목적을 위한 것이며 설명되는 특허 대상을 제한하는 것으로 해석되지 않아야 한다. 특허, 특허 출원, 기사, 서적, 논문 및 GenBank, NCBI 및 ENSEMBL 참조 서열 기록을 포함하나 이에 제한되지 않는 본 출원에서 인용되는 모든 문서 또는 문서의 일부는 본원에서 논의되는 문서의 일부뿐만 아니라 이의 전체가 참조에 의해 본원에 명시적으로 원용된다.
본원에 포함되는 예에서 올리고뉴클레오타이드의 각각의 서열식별번호에서 제시되는 서열은 당 모이어티, 뉴클레오사이드간 연결 또는 핵염기에 대한 임의의 변형과 독립적이라는 점이 이해된다. 이와 같이, 서열식별번호에 의해 정의되는 올리고뉴클레오타이드는 독립적으로 당 모이어티, 뉴클레오사이드간 연결 또는 핵염기에 대한 하나 이상의 변형을 포함할 수 있다.
명세서 전반에 걸쳐, 펩타이드 서열에 있는 제1 문자는 N-말단에 있는 펩타이드의 제1 아미노산이며, 펩타이드 서열에 있는 최종 문자는 달리 지시되지 않는 한 C-말단에 있는 펩타이드의 최종 아미노산인 것으로 이해된다.
정의
구체적 정의가 제공되지 않는 한, 본원에서 설명되는 분석 화학, 합성 유기 화학, 의약 및 약학 화학과 관련하여 사용되는 명명법, 절차 및 기법은 당해 기술분야에서 잘 알려져 있고 일반적으로 사용되는 것이다. 허용되는 경우, 본 개시내용 전반에 걸쳐 언급되는 모든 특허, 출원, 공개 출원 및 다른 간행물 및 다른 데이터는 전문이 본원에 참조로 원용된다.
달리 명시하지 않는 한, 다음 용어는 다음과 같은 의미를 갖는다:
본원에서 사용되는 "2'-데옥시뉴클레오사이드"는 2'-H(H) 데옥시퓨라노실 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드를 의미한다. 특정 실시양태에서, 2'-데옥시뉴클레오사이드는 2'-β-D-데옥시뉴클레오사이드이고, 2'-β-D-데옥시리보실 당 모이어티를 포함하며, 이는 천연 발생 데옥시리보핵산 (DNA)에서 발견되는 바와 같은 β-D 리보실 배열을 갖는다. 특정 실시양태에서, 2'-데옥시뉴클레오사이드는 변형된 핵염기를 포함할 수 있거나 RNA 핵염기(유라실)를 포함할 수 있다.
본원에서 사용되는 "2'-MOE"는 퓨라노실 당 모이어티의 2'-OH기를 대신하는 2'-OCH2CH2OCH3기를 의미한다. "2'-MOE 당 모이어티"는 퓨라노실 당 모이어티의 2'-OH기를 대신하는 2'-OCH2CH2OCH3기를 갖는 당 모이어티를 의미한다. 달리 명시하지 않는 한, 2'-MOE 당 모이어티는 β-D-리보실 배열이다. "MOE"는 O-메톡시에틸을 의미한다.
본원에서 사용되는 "2'-MOE 뉴클레오사이드"는 2'-MOE 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드를 의미한다.
본원에서 사용되는 "2'-OMe"은 퓨라노실 당 모이어티의 2'-OH기를 대신하는 2'-OCH3기를 의미한다. "2'-O-메틸 당 모이어티" 또는 "2'-OMe 당 모이어티"는 퓨라노실 당 모이어티의 2'-OH기를 대신하는 2'-OCH3기를 갖는 당 모이어티를 의미한다. 달리 명시하지 않는 한, 2'-OMe 당 모이어티는 β-D-리보실 배열이다.
본원에서 사용되는 "2'-OMe 뉴클레오사이드"는 2'-OMe 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드를 의미한다.
본원에서 사용되는 "2'-F"은 퓨라노실 당 모이어티의 2'-OH기를 대신하는 2'-F기를 의미한다. "2'-플루오로 당 모이어티" 또는 "2'-F 당 모이어티"는 퓨라노실 당 모이어티의 2'-OH기를 대신하는 2'-F기를 갖는 당 모이어티를 의미한다. 달리 명시하지 않는 한, 2'-F 당 모이어티는 β-D-리보실 배열이다.
본원에서 사용되는 "2'-F 뉴클레오사이드"는 2'-F 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드를 의미한다.
본원에서 사용되는 "2'-NMA"는 리보실 당 모이어티의 2'-OH기를 대신하는 -O-CH2-C(=O)-NH-CH3기를 의미한다. "2'-NMA 당 모이어티"는 리보실 당 모이어티의 2'-OH기를 대신하는 2'-O-CH2-C(=O)-NH-CH3기를 갖는 당 모이어티이다. 달리 명시하지 않는 한, 2'-NMA 당 모이어티는 β-D 배열이다. "NMA"는 O-N-메틸 아세트아마이드를 의미한다.
본원에서 사용되는 "2'-NMA 뉴클레오사이드"는 2'-NMA 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드를 의미한다.
본원에서 사용되는 "2'-치환된 뉴클레오사이드"는 2'-치환된 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드를 의미한다. 본원에서 사용되는 당 모이어티와 관련하여 "2'-치환된"은 H 또는 OH 이외의 적어도 하나의 2'-치환기를 포함하는 당 모이어티를 의미한다.
본원에서 사용되는 "5-메틸 사이토신"은 5 위치에 부착된 메틸기가 있는 변형된 사이토신을 의미한다. 5-메틸 사이토신은 변형된 핵염기이다.
본원에서 사용되는 "투여"는 저중합체 작용제 또는 약제학적 조성물을 대상체에게 제공하는 것을 의미한다.
본원에서 사용되는 "지방족 아미노산"은 H 및 C로 구성되는 측쇄를 갖는 아미노산이다. 지방족 아미노산은 글라이신, 알라닌, 류신, 아이소류신, 발린, 베타-알라닌, 2-아미노아이소뷰티르산을 포함하나 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용되는 "아미노산"은 아미노기, 카복실레이트기 및 선택적인 측쇄를 포함하는 카복실레이트기와 아미노기 사이에 공유 연결된 적어도 하나의 탄소를 갖는 화합물 또는 폴리펩타이드의 단량체 하위단위이다. "α-아미노산"은 선택적인 측쇄를 보유하는 카복실레이트기와 아미노기 사이에 있는 정확히 하나의 탄소를 함유한다. "β-아미노산"은 아미노기와 카복실레이트기 사이에 정확히 2개의 선택적으로 치환된 탄소를 함유한다.
본원에서 사용되는 "아미노산 모방체"는 아미노기 대용물, 카복실레이트기 대용물 및 선택적인 측쇄를 포함하는 아미노기 대용물과 카복실레이트기 대용물 사이에 공유 연결된 적어도 하나의 탄소를 갖는 화합물 또는 펩타이드모방체의 단량체 하위단위이다.
본원에 사용되는 "방향족 아미노산"은 측쇄에 방향족 고리를 갖는 아미노산이다. 방향족 아미노산은 페닐알라닌, 타이로신 및 트립토판을 포함하나 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용되는 "이환 리간드"는 3개의 개별 부위에서 분자 스캐폴드에 공유 결합되어 2개의 폴리펩타이드 루프를 형성하는 폴리펩타이드 또는 펩타이드모방체를 포함하는 리간드를 의미한다. 전형적으로, 이러한 펩타이드 또는 펩타이드모방체는 스캐폴드에 대한 공유 결합을 형성하는 반응기를 포함하는 제1, 제2 및 제3 아미노산을 포함하는 천연 또는 비천연 아미노산 또는 아미노산 모방체를 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 펩타이드 또는 펩타이드모방체는 적어도 3개의 시스테인 잔기(본원에서 Ci, Cii 및 Ciii로 지칭됨)를 포함하며, 이는 반응기이다. 본원에서 사용되는 "루프 폴리펩타이드"는 반응기를 포함하나 N-말단 또는 C-말단 연장부를 제외한 2개의 폴리펩타이드 루프를 형성하는 이환 리간드의 부분을 지칭한다. 본원에서 사용되는 "루프 서열"은 반응기 사이의 아미노산 또는 아미노산 모방체를 지칭한다.
본원에서 사용되는 "이환식 뉴클레오사이드" 또는 "BNA"는 이환식 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드를 의미한다.
본원에서 사용되는 "이환식 당" 또는 "이환식 당 모이어티"는 2개의 고리를 포함하는 변형된 당 모이어티를 의미하며, 여기서 제2 고리는 제1 고리의 원자 중 2개를 연결하는 브릿지를 통해 형성되어 이환식 구조를 형성한다. 특정 실시양태에서, 이환식 당 모이어티의 제1 고리는 퓨라노실 모이어티이다. 특정 실시양태에서, 이환식 당 모이어티는 퓨라노실 모이어티를 포함하지 않는다.
본원에서 사용되는 "세포 표적화 모이어티"는 특정 세포 유형 또는 특정 세포 유형들에 결합할 수 있는 접합체기 또는 접합체기의 부분을 의미한다. 특정 실시양태에서, 세포 표적화 모이어티는 세포 표면 수용체 또는 세포 표면 모이어티에 결합할 수 있다. 특정 실시양태에서, 세포 표적화 모이어티는 세포 표면 수용체 또는 세포 표면 모이어티와 상호작용하거나 결합하는 경우 내재화될 수 있다. 특정 실시양태에서, 세포 표적화 모이어티는 이환식 폴리펩타이드 또는 이환 리간드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 세포 표적화 모이어티는 이환식 폴리펩타이드 또는 이환 리간드로 구성된다.
본원에서 사용되는 "세포 표면 모이어티"는 세포 외부의 물질과 상호작용하기 위해 이용 가능한 세포 표면상에 존재하는 모이어티를 의미한다. 특정 실시양태에서, 세포 표면 모이어티의 부분은 세포의 세포 막과 통합되어 있다. 세포 표면 모이어티의 비제한적인 예는 지질, 단백질 및 탄수화물이다. 특정 실시양태에서, 세포 표면 모이어티는 세포 표면 수용체이다. 특정 실시양태에서, 세포 표면 수용체는 트랜스페린 수용체이다.
본원에서 사용되는 "세포 표면 수용체"는 상응하는 리간드와 상호작용하기 위해 이용 가능한 세포 표면상에 발현되는 단백질 수용체를 의미한다. 리간드는 내인성 또는 외인성일 수 있다. 특정 실시양태에서, 세포 표면 수용체는 트랜스페린 수용체이다.
본원에서 사용되는 "하전된 아미노산"은 pH=7.0의 용액에서 양전하 또는 음전하를 포함하는 측쇄를 갖는 아미노산이다. "염기성 아미노산"은 pH=7.0의 용액에서 양전하를 포함하는 측쇄를 갖는다. 염기성 아미노산은 라이신, 아르기닌 및 오르니틴을 포함하나 이에 제한되지 않는다. "산성 아미노산"은 pH=7.0의 용액에서 음전하를 포함하는 측쇄를 갖는다. 산성 아미노산은 글루탐산 및 아스파트산을 포함하나 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용되는 "카이랄 농축 집단"은 동일한 분자식의 복수의 분자를 의미하고, 여기서 특정 카이랄 중심에서 특정 입체화학적 배열을 함유하는 집단 내의 분자의 수 또는 백분율은 특정 카이랄 중심이 입체무작위(stereorandom)이면 집단 내의 동일한 특정 카이랄 중심에서 동일한 특정 입체화학적 배열을 함유할 것으로 예상되는 분자의 수 또는 백분율보다 크다. 각의각 분자 내에 다수의 카이랄 중심을 갖는 분자의 카이랄 농축 집단은 하나 이상의 입체무작위 카이랄 중심을 함유할 수 있다. 특정 실시양태에서, 분자는 본원에서 개시되는 저중합체 화합물이다. 특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 안티센스 화합물이다. 특정 실시양태에서, 분자는 변형된 올리고뉴클레오타이드이다. 특정 실시양태에서, 분자는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 저중합체 화합물이다.
본원에서 사용되는 "절단 가능한 모이어티"는 생리학적 조건하에서, 예를 들어, 세포 또는 대상체 내부에서 절단되는 결합 또는 원자단을 의미한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 올리고뉴클레오타이드와 관련하여 "상보적"은 올리고뉴클레오타이드의 핵염기 및 또 다른 핵산의 핵염기 또는 이의 하나 이상의 영역의 적어도 70%가 올리고뉴클레오타이드의 핵염기 서열 및 다른 핵산이 반대 방향으로 정렬되는 경우 서로 수소 결합할 수 있음을 의미한다. 올리고뉴클레오타이드의 영역과 관련하여 "상보적 영역"은 해당 영역의 핵염기 및 또 다른 핵산의 핵염기 또는 이의 하나 이상의 영역의 적어도 70%가 올리고뉴클레오타이드의 핵염기 서열 및 다른 핵산이 반대 방향으로 정렬되는 경우 서로 수소 결합할 수 있음을 의미한다. 상보적 핵염기는 서로 수소 결합을 형성할 수 있는 핵염기를 의미한다. 상보적인 핵염기 쌍은 아데닌(A)과 타이민(T), 아데닌(A)과 유라실(U), 사이토신(C)과 구아닌(G), 5-메틸 사이토신(mC)과 구아닌(G)을 포함한다. 천연 핵염기 또는 다른 변형된 핵염기와 쌍을 이루는 특정 변형된 핵염기는 당해 기술분야에서 알려져 있으며 달리 명시하지 않는 한 본원에서 정의되는 상보적 핵염기로 간주되지 않는다. 예를 들어, 이노신은 아데노신, 사이토신, 유라실과 쌍을 이룰 수 있으나 상보적인 것으로 간주되지는 않는다. 상보적 올리고뉴클레오타이드 및/또는 핵산은 각각의 뉴클레오사이드에서 핵염기 상보성을 가질 필요는 없다. 오히려 일부 불일치는 허용된다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 올리고뉴클레오타이드와 관련하여 "완전히 상보적" 또는 "100% 상보적"은 올리고뉴클레오타이드가 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드에서 다른 올리고뉴클레오타이드 또는 핵산에 상보적임을 의미한다.
본원에서 사용되는 "접합체기"는 올리고뉴클레오타이드에 직접 부착된 원자단을 의미한다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 접합체 모이어티 및 접합체 모이어티를 올리고뉴클레오타이드에 부착시키는 접합체 링커를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 이환 리간드를 포함한다.
본원에서 사용되는 "접합체 링커"는 단일 결합 또는 접합체 모이어티를 올리고뉴클레오타이드에 연결하는 적어도 하나의 결합을 포함하는 원자단을 의미한다.
본원에서 사용되는 "접합체 모이어티"는 접합체 링커를 통해 올리고뉴클레오타이드에 부착된 원자단을 의미한다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 세포 표적화 모이어티를 포함한다. 특정 실시양태에서, 세포 표적화 모이어티는 이환 리간드를 포함하거나 이로 구성된다. 특정 실시양태에서, 세포 표적화 모이어티는 이환식 폴리펩타이드를 포함하거나 이로 구성된다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 올리고뉴클레오타이드와 관련하여 "인접"은 서로 바로 인접한 뉴클레오사이드, 핵염기, 당 모이어티 또는 뉴클레오사이드간 연결을 지칭한다. 예를 들어, "인접 핵염기"는 서열에서 서로 바로 인접한 핵염기를 의미한다.
본원에서 사용되는 "환형 아미노산"은 측쇄가 백본 아마이드에 연결되어 환형 구조를 형성하는 아미노산이다. "환형 아미노산"은 프롤린 또는 하이드록시프롤린을 포함하나 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용되는 "갭머"(gapmer)는 하나 이상의 뉴클레오사이드를 갖는 외부 영역 사이에 위치하는 RNase H 절단을 지지하는 복수의 뉴클레오사이드를 갖는 내부 영역을 포함하는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 의미하며, 여기서 내부 영역을 포함하는 뉴클레오사이드는 외부 영역을 포함하는 뉴클레오사이드 또는 뉴클레오사이드들과 화학적으로 구별된다. 내부 영역은 "갭"으로 지칭될 수 있으며 외부 영역은 "윙"으로 지칭될 수 있다. 달리 명시하지 않는 한, "갭머"는 당 모티프를 지칭한다. 달리 명시하지 않는 한, 갭의 각각의 뉴클레오사이드의 당 모이어티는 2'-β-D-데옥시리보실 당 모이어티이다. 따라서, 예를 들어, 용어 "MOE 갭머"는 2'-β-D-데옥시뉴클레오사이드를 포함하는 갭 및 2'-MOE 뉴클레오사이드를 포함하는 윙을 갖는 갭머를 나타낸다. 달리 명시하지 않는 한, MOE 갭머는 하나 이상의 변형된 뉴클레오사이드간 연결 및/또는 변형된 핵염기를 포함할 수 있으며, 이러한 변형은 반드시 당 변형의 갭머 패턴을 따르지는 않는다.
본원에서 사용되는 "혼성화"는올리고뉴클레오타이드 및/또는 핵산의 어닐링을 의미한다. 특정 메커니즘으로 제한되지 않지만, 혼성화의 가장 일반적인 메커니즘은 상보적 핵염기 사이의 왓슨-크릭(Watson-Crick), 훅스틴(Hoogsteen) 또는 역 훅스틴 수소 결합일 수 있는 수소 결합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 상보적 핵산 분자는 안티센스 화합물 및 핵산 표적을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 특정 실시양태에서, 상보적 핵산 분자는 올리고뉴클레오타이드 및 핵산 표적을 포함하나 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 아미노산 서열과 관련하여 "동일" 또는 "백분율 동일"은 아미노산 서열이 최대 유사성을 위해 정렬되는 경우 2개의 아미노산 서열 사이에서 동일한 아미노산의 백분율을 의미한다. "동일"은 아미노산의 각각의 원자가 동일함을 의미하며, 즉, 치환이나 변형이 있는 아미노산은 "동일"한 아미노산으로 계수되지 않는다.
본원에서 사용되는 용어 "뉴클레오사이드간 연결"은 올리고뉴클레오타이드에 있는 인접 뉴클레오사이드 사이의 공유 결합이다. 본원에서 사용되는 "변형된 뉴클레오사이드간 연결"은 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결 이외의 임의의 뉴클레오사이드간 연결을 의미한다. "포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결"은 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결의 비가교 산소 원자 중 하나가 황 원자로 대체된 변형된 뉴클레오사이드간 연결이다.
본원에서 사용되는 "비이환식 변형된 당 모이어티"는 제2 고리를 형성하기 위해 당의 두 원자 사이에 브릿지를 형성하지 않는 치환기와 같은 변형을 포함하는 변형된 당 모이어티를 의미한다.
본원에서 사용되는 "N-말단 변형" 또는 "C-말단 변형"은 아실화 또는 아마이드화와 같은 폴리펩타이드의 어느 한 측면상의 이환 리간드에 대한 말단 비펩타이드성 화학적 변형을 의미하며 이는 접합체 링커의 일부가 되지 않는다
본원에서 사용되는 "N-말단 연장부" 또는 "C-말단 연장부"는 올리고뉴클레오타이드에 접합 시 접합체 링커의 일부가 되는 작용기와 이환 리간드의 폴리펩타이드의 말단 사이에 있는 폴리펩타이드의 어느 한 측면상의 이환 리간드에 대한 비펩타이드성 화학적 변형을 의미한다.
본원에서 사용되는 "불일치" 또는 "비상보적"은 제1 및 제2 올리고뉴클레오타이드가 정렬되는 경우 제2 올리고뉴클레오타이드 또는 표적 핵산의 상응하는 핵염기와 상보적이지 않은 제1 올리고뉴클레오타이드의 핵염기를 의미한다.
본원에서 사용되는 "모티프"는 올리고뉴클레오타이드에서 변형되지 않은 및/또는 변형된 당 모이어티, 핵염기 및/또는 뉴클레오사이드간 연결의 패턴을 의미한다.
본원에서 사용되는 "천연 아미노산"은 Gly 또는 다음의 각각의 L-이성질체를 의미한다: Ala, Arg, Asn, Asp, Cys, Gln, Glu, His, Ile, Lys, Leu, Met, Phe, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, Val.
본원에서 사용되는 "중성 아미노산"은 pH=7.0의 용액에서 양전하 또는 음전하를 포함하지 않는 측쇄를 갖는 아미노산이다. 중성 아미노산은 글라이신, 알라닌, 류신, 아이소류신, 발린, 세린, 시스테인, 메싸이오닌, 프롤린, 트레오닌, 타이로신, 페닐알라닌, 트립토판, 베타-알라닌 및 2-아미노아이소뷰티르산을 포함하나 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용되는 "비천연 아미노산"은 다음의 각각의 D-이성질체를 포함하는 인간 유전자 코드에 의해 코딩되는 표준 20개 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 의미한다: Ala, Arg, Asn, Asp, Cys, Gln, Glu, His, Ile, Lys, Leu, Met, Phe, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, Val.
본원에서 사용되는 "핵염기"는 변형되지 않은 핵염기 또는 변형된 핵염기를 의미한다. 핵염기는 헤테로환식 모이어티이다. 본원에서 사용되는 "변형되지 않은 핵염기"는 아데닌(A), 타이민(T), 사이토신(C), 유라실(U) 또는 구아닌(G)이다. 본원에서 사용되는 "변형된 핵염기"는 적어도 하나의 다른 핵염기와 쌍을 이룰 수 있는 변형되지 않은 A, T, C, U 또는 G 이외의 원자단이다. "5-메틸 사이토신"은 변형된 핵염기이다. 보편적 염기는 5개의 변형되지 않은핵염기 중 임의의 하나와 쌍을 이룰 수 있는 변형된 핵염기이다.
본원에서 사용되는 "핵염기 서열"은 임의의 당 또는 뉴클레오사이드간 연결 변형과 독립적인 핵산 또는 올리고뉴클레오타이드에서 인접 핵염기의 순서를 의미한다.
본원에서 사용되는 "뉴클레오사이드"는 핵염기 및 당 모이어티를 포함하는 화합물 또는 화합물의 단편을 의미한다. 핵염기 및 당 모이어티는 각각 독립적으로 변형되지 않거나 변형된다.
본원에서 사용되는 "분자 스캐폴드"는 폴리펩타이드의 반응기와 공유 결합을 형성하여 분자 스캐폴드에 의해 연결되는 적어도 2개의 폴리펩타이드 루프를 형성하는 화학기를 의미한다. 특정 실시양태에서, 분자 스캐폴드는 1,1',1''-(1,3,5-트라이아지네인-1,3,5-트라이일)트라이프로프-2-엔-1-온(TATA)이다. 특정 실시양태에서, 분자 스캐폴드는 1,1',1''-(1,3,5-트라이아지네인-1,3,5-트라이일)트리스(2-브로모에타논)(TATB)이다.
본원에서 사용되는 "저중합체 작용제"는 저중합체 화합물 및 선택적으로 하나 이상의 추가 특징부, 예컨대, 제2 저중합체 화합물을 의미한다. 저중합체 작용제는 단일 가닥 저중합체 화합물일 수 있거나 2개의 상보적 저중합체 화합물에 의해 형성되는 저중합체 이중체(oligomeric duplex)일 수 있다.
본원에서 사용되는 "저중합체 화합물"은 올리고뉴클레오타이드 및 선택적으로 하나 이상의 추가 특징부, 예컨대, 접합체기 또는 말단기를 의미한다. 저중합체 화합물은 제1 저중합체 화합물에 상보적인 제2 저중합체 화합물과 짝을 이룰 수 있거나 짝을 이루지 않을 수 있다. "단일 가닥 저중합체 화합물"은 짝을 이루지 않은 저중합체 화합물이다.
용어 "저중합체 이중체"는 상보적 핵염기 서열을 갖는 2개의 저중합체 화합물에 의해 형성되는 이중체를 의미한다.
본원에서 사용되는 "올리고뉴클레오타이드"는 뉴클레오사이드간 연결을 통해 연결된 연결된 뉴클레오사이드의 가닥을 의미하며, 여기서 각각의 뉴클레오사이드 및 뉴클레오사이드간 연결은 독립적으로 변형되거나 변형되지 않을 수 있다. 달리 명시하지 않는 한, 올리고뉴클레오타이드는 8개 내지 50개의 연결된 뉴클레오사이드로 구성된다. 본원에서 사용되는 "변형된 올리고뉴클레오타이드"는 올리고뉴클레오타이드를 의미하며, 여기서 적어도 하나의 뉴클레오사이드 또는 뉴클레오사이드간 연결이 변형된다. 본원에서 사용되는 "변형되지 않은 올리고뉴클레오타이드"는 임의의 뉴클레오사이드 변형 또는 뉴클레오사이드간 변형을 포함하지 않는 올리고뉴클레오타이드를 의미한다.
본원에서 사용되는 "폴리펩타이드" 또는 "펩타이드"는 아마이드 결합을 통해 함께 연결된 3개 이상의 아미노산으로 구성되는 화합물 또는 화합물의 단편을 의미한다. 달리 명시하지 않는 한, 폴리펩타이드는 3개 내지 50개의 아미노산으로 구성된다.
본원에서 사용되는 "펩타이드모방체"는 함께 연결된 3개 이상의 아미노산 또는 아미노산 모방체로 구성되는 화합물 또는 화합물의 단편을 의미하며, 여기서 적어도 2개의 하위단위는 아마이드 결합이 아닌 결합에 의해 연결된다. 달리 명시하지 않는 한, 펩타이드 모방체는 3개 내지 50개의 아미노산 또는 아미노산 모방체로 구성된다.
본원에서 사용되는 "약제학적으로 허용 가능한 담체 또는 희석제"는 대상체에게 투여하는데 사용하기에 적합한 임의의 물질을 의미한다. 특정 이러한 담체는 약제학적 조성물이, 예를 들어, 대상체에 의한 경구 섭취를 위한 정제, 알약, 드라제, 캡슐, 액체, 겔, 시럽, 슬러리, 현탁액 및 로젠지로서 제제화될 수 있게 한다. 특정 실시양태에서, 약제학적으로 허용 가능한 담체 또는 희석제는 멸균수, 주사용 증류수, 멸균 식염수, 멸균 완충제 용액 또는 멸균 인공 뇌척수액이다.
본원에서 사용되는 "약제학적으로 허용 가능한 염(들)"은 저중합체 화합물의 생리학적으로 및 약제학적으로 허용 가능한 염(들)을 의미한다. 약제학적으로 허용 가능한 염은 모 화합물의 목적하는 생물학적 활성을 유지하고 이에 목적하지 않는 독성 효과를 부여하지 않는다.
본원에서 사용되는 "약제학적 조성물"은 대상체에게 투여하기에 적합한 물질의 혼합물을 의미한다. 예를 들어, 약제학적 조성물은 저중합체 화합물 및 멸균 수용액을 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 특정 세포주에서의 자유 흡수 검정에서 활성을 나타낸다.
본원에서 사용되는 "전구약물"은 대상체 또는 이의 세포 내에서 제2 형태로 전환되는 신체 외부의 제1 형태의 치료제를 의미한다. 전형적으로, 대상체 내 전구약물의 전환은 세포 또는 조직에 존재하는 효소(예를 들어, 내인성 또는 바이러스 효소) 또는 화학물질의 작용에 의해 그리고/또는 생리적 조건에 의해 촉진된다. 특정 실시양태에서, 전구약물의 제1 형태는 제2 형태보다 덜 활성이다.
본원에서 사용되는 "반응기"는 다른 화합물, 예를 들어, 다른 아미노산 또는 다른 화합물의 다른 원자 또는 원자단과 결합을 형성할 수 있는 아미노산의 원자 또는 원자단을 의미한다. 특정 실시양태에서, 반응기는 시스테인 아미노산의 황 원자이다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 올리고뉴클레오타이드와 관련하여 "자가상보적"은 적어도 부분적으로 자신과 혼성화하는 올리고뉴클레오타이드를 의미한다.
본원에서 사용되는 "측쇄"는 당해 기술분야에서의 일반적인 의미를 가지며 아미노산의 아미노 및 카복실레이트기를 연결하지 않고, 예를 들어, 아미노산의 알파 또는 베타 탄소에 부착되는 아미노산의 하위 구조를 의미한다.
본원에서 사용되는 "안정화된 포스페이트기"는 생물학적 조건하에서 변형되지 않은 뉴클레오사이드의 비변형된 5'-포스페이트의 안정성에 비해 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단 뉴클레오사이드의 5'-포스페이트 모이어티의 안정화를 초래하는 5'-화학적 부분을 지칭한다. 5'-포스페이트기의 이러한 안정화는 인산분해효소에 의한 제거에 대한 저항성을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 안정화된 포스페이트기는 5'-바이닐 포스포네이트 및 5'-사이클로프로필 포스포네이트를 포함하나 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 동일한 분자식의 분자 집단과 관련하여 "입체무작위 카이랄 중심"은 무작위 입체화학적 배열을 갖는 카이랄 중심을 의미한다. 예를 들어, 입체난수 카이랄 중심을 포함하는 분자의 집단에서, 입체무작위 카이랄 중심의 (S) 배열을 갖는 분자의 수는 입체난수 카이랄 중심의 (R) 배열을 갖는 분자의 수와 동일할 수 있지만 반드시 동일하지는 않다. 카이랄 중심의 입체화학적 배열은 입체화학적 배열을 제어하도록 설계되지 않은 합성 방법의 결과인 경우 무작위로 간주된다. 특정 실시양태에서, 입체무작위 카이랄 중심은 입체무작위 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결이다.
본원에서 사용되는 "표준 세포 검정"은 실시예에서 설명되는 검정(들) 및 이의 합리적인 변형을 의미한다.
본원에서 사용되는 "대상체"는 마우스, 래트, 토끼, 개, 고양이, 돼지 및 원숭이 및 침팬지를 포함하나 이에 제한되지 않는 비인간 영장류를 포함하나 이에 제한되지 않는 인간 또는 비인간 동물을 지칭한다.
본원에서 사용되는 "당 모이어티"는 변형되지 않은 당 모이어티 또는 변형된 당 모이어티를 의미한다. 본원에서 사용되는 "변형되지 않은 당 모이어티"는 RNA에서 발견되는 바과 같은 2'-OH(H) 리보실 모이어티("변형되지 않은 RNA 당 모이어티") 또는 DNA에서 발견되는 바과 같은 2'-H(H) 데옥시리보실 당 모이어티("변형되지 않은 DNA 당 모이어티")를 의미한다. 변형되지 않은 당 모이어티는 1', 3', 4' 위치 각각에서 수소 1개, 3' 위치에서 산소 1개 및 5' 위치에서 수소 2개를 갖고 있다. 본원에서 사용되는 "변형된 당 모이어티" 또는 "변형된 당"은 변형된 퓨라노실 당 모이어티 또는 당 대용물을 의미한다.
본원에서 사용되는 "당 대용물"은 핵 염기를 다른 기, 예컨대, 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레오사이드간 연결, 접합체기 또는 말단기에 연결할 수 있는 퓨라노실 모이어티 이외의 것을 갖는 변형된 당 모이어티를 의미한다. 당 대용물을 포함하는 변형된 뉴클레오사이드는 올리고뉴클레오타이드 내의 하나 이상의 위치에 통합될 수 있으며 이러한 올리고뉴클레오타이드는 상보적 저중합체 화합물 또는 표적 핵산에 혼성화할 수 있다.
본원에서 사용되는 "표적 핵산" 및 "표적 RNA"는 저중합체 화합물이 영향을 미치도록 설계된 핵산을 의미한다. 표적 RNA는 RNA 전사체를 의미하며 이는 달리 명시하지 않는 한 pre-mRNA 및 mRNA를 포함한다.
본원에서 사용되는 "표적 영역"은 저중합체 화합물이 혼성화하도록 설계된 표적 핵산의 부분을 의미한다.
본원에서 사용되는 "말단기"는 올리고뉴클레오타이드의 말단에 공유 연결된 화학기 또는 원자단을 의미한다.
본원에서 사용되는 "트랜스페린 수용체", "TfR1" 및 "CD71"은 포유동물 1형 트랜스페린 수용체를 의미한다. "인간 트랜스페린 수용체" 및 "인간 TfR1"은 ENSEMBL ID ENSG00000072274 및/또는 GenBank Gene ID 7037로 나타내는 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 의미한다. "마우스 트랜스페린 수용체" 및 "마우스 TfR1"은 ENSEMBL ID ENSMUSG00000022797 및/또는 GenBank Gene ID 22042로 나타내는 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 의미한다.
본원에서 사용되는 "안티센스 활성"은 안티센스 화합물의 이의 표적 핵산에 대한 혼성화에 기인하는 임의의 검출 가능한 및/또는 측정 가능한 변화를 의미한다. 특정 실시양태에서, 안티센스 활성은 안티센스 화합물의 부재하의 표적 핵산 수준 또는 표적 단백질 수준과 비교한 이러한 표적 핵산에 의해 코딩되는 표적 핵산 또는 단백질의 양 또는 발현의 감소이다. 특정 실시양태에서, 안티센스 활성은 표적 pre-mRNA의 스플라이싱 조절이다.
본원에서 사용되는 "안티센스 작용제"는 안티센스 화합물 및 선택적으로 하나 이상의 추가 특징부, 예컨대, 센스 화합물을 의미한다.
본원에서 사용되는 "안티센스 화합물"은 안티센스 올리고뉴클레오타이드 및 선택적으로 하나 이상의 추가 특징부, 예컨대, 접합체기를 의미한다.
본원에서 사용되는 "센스 화합물"은 센스 올리고뉴클레오타이드 및 선택적으로 하나 이상의 추가 특징부, 예컨대, 접합체기를 의미한다.
본원에서 사용되는 "안티센스 올리고뉴클레오타이드"는 표적 핵산에 혼성화할 수 있고 적어도 하나의 안티센스 활성을 가질 수 있는 안티센스 화합물의 올리고뉴클레오타이드 부분을 포함하는 올리고뉴클레오타이드를 의미한다. 안티센스 올리고뉴클레오타이드는 안티센스 RNAi 올리고뉴클레오타이드 및 안티센스 RNase H 올리고뉴클레오타이드를 포함하나 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용되는 "센스 올리고뉴클레오타이드"는 안티센스 올리고뉴클레오타이드에 혼성화할 수 있는 센스 화합물의 올리고뉴클레오타이드 부분을 포함하는 올리고뉴클레오타이드를 의미한다.
본원에서 사용되는 "RNAi 작용제"는, 적어도 부분적으로, RISC 또는 Ago2를 통해 작용하여 표적 핵산 및/또는 표적 핵산에 의해 코딩된 단백질을 조절하는 안티센스 작용제를 의미한다. RNAi 작용제는 이중 가닥 siRNA, 단일 가닥 RNAi(ssRNAi) 및 마이크로RNA 모방체를 포함한 마이크로RNA를 포함하나 이에 제한되지 않는다. RNAi 작용제는 접합체기 및/또는 말단기를 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, RNAi 작용제는 표적 핵산의 양 및/또는 활성을 조절한다. 용어 RNAi 작용제는 RNase H를 통해 작용하는 안티센스 작용제를 제외한다.
본원에서 사용되는 "RNase H 작용제"는 RNase H를 통해 작용하여 표적 핵산 및/또는 표적 핵산에 의해 코딩된 단백질을 조절하는 안티센스 작용제를 의미한다. 특정 실시양태에서, RNase H 작용제는 단일 가닥이다. 특정 실시양태에서, RNase H 작용제는 이중 가닥이다. RNase H 작용제는 접합체기 및/또는 말단기를 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, RNase H 작용제는 표적 핵산의 양 및/또는 활성을 조절한다. 용어 RNase H 작용제는 주로 RISC/Ago2를 통해 작용하는 안티센스 작용제를 제외한다.
본원에서 사용되는 "스플라이스 조절제"는 표적 핵산의 스플라이싱을 조절하여, 적어도 부분적으로, 작용하는 안티센스 작용제를 의미한다. "스플라이스 조절제"는 "스플라이스 조절 올리고뉴클레오타이드"를 포함한다.
본원에서 사용되는 "입체 차단제"는 표적 핵산에 대한 직접 결합으로 인해, 적어도 부분적으로, 작용하여 표적 핵산과 다른 핵산 또는 단백질의 상호작용을 차단하는 안티센스 작용제를 의미한다.
본원에서 사용되는 "치료"는 본원에서 설명되는 저중합체 작용제 또는 저중합체 화합물을 투여하여 대상체의 질환 또는 병태를 개선하는 것을 의미한다. 특정 실시양태에서, 대상체를 치료하면 치료가 부재한 경우의 동일한 증상에 비해 증상이 개선된다. 특정 실시양태에서, 치료는 증상의 중증도 또는 빈도를 감소시키거나, 증상의 발현을 지연시키거나, 증상의 진행을 둔화시키거나, 증상의 중증도 또는 빈도를 둔화시킨다.
본원에서 사용되는 "치료적 유효량"은 대상체에게 치료적 이점을 제공하는 저중합체 작용제 또는 약제학적 조성물의 양을 의미한다. 예를 들어, 치료적 유효량은 질환의 증상을 개선한다.
특정 실시양태
또한, 본 개시내용은 다음의 비제한적으로 열거된 실시양태를 제공한다.
실시양태 1. 저중합체 화합물로서, 변형된 올리고뉴클레오타이드 및 접합체기를 포함하며, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 300개의 연결된 뉴클레오사이드로 구성되며, 상기 접합체기는 이환 리간드 및 접합체 링커를 포함하며,
상기 이환 리간드는 13 내지 22개의 연결된 아미노산 또는 아미노산 모방체 및 분자 스캐폴드로 구성되는 폴리펩타이드를 포함하며,
상기 폴리펩타이드의 제1, 제2 및 제3 아미노산 각각은 반응기를 포함하며, 이들 각각은 상기 분자 스캐폴드와 결합을 별도로 형성하여 상기 분자 스캐폴드에 부착된 2개의 폴리펩타이드 루프를 형성하며;
상기 이환 리간드의 부분은 유형 1 트랜스페린 수용체에 결합하며;
상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 상기 접합체 링커를 통해 상기 이환 리간드에 공유 연결되는, 저중합체 화합물.
실시양태 2. 실시양태 1에 있어서, 상기 접합체기는 상기 이환 리간드 및 접합체 링커로 구성되는, 저중합체 화합물.
실시양태 3. 실시양태 1 또는 실시양태 2에 있어서, 상기 저중합체 화합물은 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드 및 상기 접합체기로 구성되는, 저중합체 화합물.
실시양태 4. 실시양태 1 내지 실시양태 3 중 어느 하나에 있어서, 상기 3개의 반응기는 각각 시스테인의 싸이올인, 저중합체 화합물.
실시양태 5. 실시양태 1 내지 실시양태 4 중 어느 하나에 있어서, 상기 폴리펩타이드는 N-말단에서 C-말단으로 하기 화학식:
[B]n-[Zi]-[J]m-[Zii]-[O]o-[Ziii]-[U]p을 가지며, 식 중
Zi, Zii 및 Ziii은 반응기를 포함하는 상기 제1, 제2 및 제3 아미노산이며;
각각의 B, J, O 및 U는 독립적으로 선택된 아미노산 또는 아미노산 모방체이며;
n은 0 내지 5이며;
m은 3 내지 7이며;
o는 3 내지 7이며;
p는 0 내지 5이며;
식 중 m+o의 합은 12 미만인, 저중합체 화합물.
실시양태 6. 실시양태 5에 있어서, m은 7이고 o는 3인, 저중합체 화합물.
실시양태 7. 실시양태 5에 있어서, m은 2이고 o는 9인, 저중합체 화합물.
실시양태 8. 실시양태 5에 있어서, m 및 o는 모두 6인 저중합체 화합물.
실시양태 9. 실시양태 5에 있어서, m은 3이고 o는 8인, 저중합체 화합물.
실시양태 10. 실시양태 5 내지 실시양태 9 중 어느 하나에 있어서, n은 0인, 저중합체 화합물.
실시양태 11. 실시양태 5 내지 실시양태 9 중 어느 하나에 있어서, n은 3 또는 4인, 저중합체 화합물.
실시양태 12. 실시양태 5 내지 실시양태 11 중 어느 하나에 있어서, p는 0인, 저중합체 화합물.
실시양태 13. 실시양태 5 내지 실시양태 11 중 어느 하나에 있어서, p는 3 또는 4인, 저중합체 화합물.
실시양태 14. 실시양태 1 내지 실시양태 13 중 어느 하나에 있어서, 상기 폴리펩타이드는 N-말단 변형을 갖는, 저중합체 화합물.
실시양태 15. 실시양태 14에 있어서, 상기 N-말단 변형은 아세틸기인, 저중합체 화합물.
실시양태 16. 실시양태 14에 있어서, 상기 N-말단 변형은 아자이도프로필기인, 저중합체 화합물.
실시양태 17. 실시양태 1 내지 실시양태 13 중 어느 하나에 있어서, 상기 폴리펩타이드는 C-말단 변형을 갖는, 저중합체 화합물.
실시양태 18. 실시양태 14에 있어서, 상기 C-말단 변형은 아마이드기인, 저중합체 화합물.
실시양태 19. 실시양태 1 내지 실시양태 18 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체 링커는 상기 이환 리간드의 N-말단 아미노산에 부착되는, 저중합체 화합물.
실시양태 20. 실시양태 1 내지 실시양태 19 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체 링커는 상기 이환 리간드의 C-말단 아미노산에 부착되는, 저중합체 화합물.
실시양태 21. 실시양태 1 내지 실시양태 20 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체 링커는 상기 이환 리간드의 폴리펩타이드 루프 중 하나 내에 있는 아미노산의 측쇄에 부착되는, 저중합체 화합물.
실시양태 22. 실시양태 1 내지 실시양태 21 중 어느 하나에 있어서, 상기 이환 리간드는 C-말단 연장부를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 23. 실시양태 22에 있어서, 상기 C-말단 연장부는 PEG10 또는 PEG24로부터 선택되는, 저중합체 화합물.
실시양태 24. 실시양태 1 내지 실시양태 23 중 어느 하나에 있어서, 상기 이환 리간드는 N-말단 연장부를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 25. 실시양태 24에 있어서, 상기 N-말단 연장부는 PEG10 또는 PEG24로부터 선택되는, 저중합체 화합물.
실시양태 26. 실시양태 1 내지 실시양태 25 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체기는 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단 뉴클레오사이드에 부착되는, 저중합체 화합물.
실시양태 27. 실시양태 26에 있어서, 상기 접합체기는 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단 뉴클레오사이드의 5'-위치에 부착되는, 저중합체 화합물.
실시양태 28. 실시양태 1 내지 실시양태 25 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체기는 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 3'-말단 뉴클레오사이드에 부착되는, 저중합체 화합물.
실시양태 29. 실시양태 28에 있어서, 상기 접합체기는 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 3'-말단 뉴클레오사이드의 3'-위치에 부착되는, 저중합체 화합물.
실시양태 30. 실시양태 1 내지 실시양태 25 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체기는 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 내부 뉴클레오사이드에 부착되는, 저중합체 화합물.
실시양태 31. 실시양태 1 내지 실시양태 25 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체기는 변형된 뉴클레오사이드간 연결을 통해 부착되는, 저중합체 화합물.
실시양태 32. 실시양태 28 내지 실시양태 30 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체기는 2'-변형된 퓨라노실 당 모이어티를 통해 부착되는, 저중합체 화합물.
실시양태 33. 실시양태 1 내지 실시양태 32 중 어느 하나에 있어서, 상기 이환 리간드는 서열식별번호: 26 내지 27, 36 내지 56, 58 내지 65, 67 내지 76, 79 내지 88, 90 내지 152 또는 192 내지 246 중 임의의 하나와 적어도 80% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는, 저중합체 화합물.
실시양태 34. 실시양태 33에 있어서, 상기 이환 리간드는 서열식별번호: 26 내지 27, 36 내지 56, 58 내지 65, 67 내지 76, 79 내지 88, 90 내지 152 또는 192 내지 246 중 임의의 하나와 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는, 저중합체 화합물.
실시양태 35. 실시양태 5 내지 실시양태 34 중 어느 하나에 있어서, [Zi]-[J]m-[Zii]-[O]o-[Ziii]은 서열식별번호: 26 내지 27, 35 내지 56, 58 내지 65, 67 내지 76, 79 내지 88, 90 내지 152 또는 192 내지 246 중 임의의 하나와 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는, 저중합체 화합물.
실시양태 36. 실시양태 5 내지 실시양태 35 중 어느 하나에 있어서, [Zi]-[J]m-[Zii]-[O]o-[Ziii]은 CXXDXXXGCISYC(서열식별번호: 35)의 아미노산 서열을 가지며, 식 중 각각의 "X"는 독립적으로 선택되는 아미노산인, 저중합체 화합물.
실시양태 37. 실시양태 1 내지 실시양태 36 중 어느 하나에 있어서, 상기 이환 리간드는 적어도 1개, 적어도 2개 또는 적어도 3개의 비천연 아미노산을 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 38. 실시양태 37에 있어서, 적어도 하나의 비천연 아미노산은 D-아미노산, 알로-아이소류신, 2-아미노-3-에틸-펜테인산, 아미노아이소뷰티르산, 아미노뷰티르산, 아제티딘, 7-아자트립토판, 6-아자이도라이신, β-사이클로뷰틸알라닌, β-메틸 아이소류신, 4, 4-바이페닐알라닌, 시스-하이드록시프롤린, 사이클로뷰틸 글라이신, 사이클로헥실 글라이신, 사이클로펜틸 알라닌, 사이클로펜틸 글라이신, 2,6-다이메틸 타이로신, 3,3-다이페닐 알라닌, 4-트랜스-하이드록시-L-프롤린, 1-나프타일알라닌, 2-나프틸알라닌, N-메틸 알라닌, 1-메틸 히스티딘, 3-메틸 히스티딘, N-메틸-트립토판, 피페콜산, 4-피리딜알라닌, 사코신, t-뷰틸 알라닌 또는 3-t-뷰틸 타이로신으로부터 선택되는, 저중합체 화합물.
실시양태 39. 실시양태 38에 있어서, 적어도 하나의 비천연 아미노산은 4-트랜스-하이드록시-L-프롤린, 6-아자이도라이신 및 t-뷰틸 글라이신으로부터 선택되는, 저중합체 화합물.
실시양태 40. 실시양태 1 내지 실시양태 39 중 어느 하나에 있어서, 상기 분자 스캐폴드는 1,1',1''-(1,3,5-트라이아지네인-1,3,5-트라이일)트라이프로프-2-엔-1-온(TATA)인, 저중합체 화합물.
실시양태 41. 실시양태 1 내지 실시양태 39 중 어느 하나에 있어서, 상기 분자 스캐폴드는 1,1',1''-(1,3,5-트라이아지네인-1,3,5-트라이일)트리스(2-브로모에타논)(TATB)인, 저중합체 화합물.
실시양태 42. 실시양태 1 내지 실시양태 41 중 어느 하나에 있어서, 상기 이환 리간드는 상기 트랜스페린 수용체에 대한 트랜스페린의 결합을 억제하지 않는, 저중합체 화합물.
실시양태 43. 실시양태 1 내지 실시양태 42 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 44. 실시양태 43에 있어서, 적어도 하나의 변형된 당 모이어티는 이환식 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 45. 실시양태 44에 있어서, 상기 이환식 당 모이어티는 -O-CH2-; 및 -O-CH(CH3)-로부터 선택되는 2'-4' 브릿지를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 46. 실시양태 43 내지 실시양태 45에 있어서, 적어도 하나의 변형된 당 모이어티는 비이환식 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 47. 실시양태 46에 있어서, 상기 비이환식 변형된 당 모이어티는 2'-MOE 당 모이어티 또는 2'-OMe 당 모이어티인, 저중합체 화합물.
실시양태 48. 실시양태 43 내지 실시양태 47 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드 화합물의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 당 대용물(surrogate)을 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 49. 실시양태 1 내지 실시양태 48 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오사이드간 연결을 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 50. 실시양태 49에 있어서, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오사이드간 연결은 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결인, 저중합체 화합물.
실시양태 51. 실시양태 49 내지 실시양태 50 중 어느 하나에 있어서, 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 변형된 뉴클레오사이드간 연결인, 저중합체 화합물.
실시양태 52. 실시양태 51에 있어서, 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결인, 저중합체 화합물.
실시양태 53. 실시양태 1 내지 실시양태 50 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나의 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 54. 실시양태 1 내지 실시양태 50 또는 실시양태 53 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포다이에스터 또는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결로부터 독립적으로 선택되는, 저중합체 화합물.
실시양태 55. 실시양태 49에 있어서, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오사이드간 연결은 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결인, 저중합체 화합물.
실시양태 56. 실시양태 49 내지 실시양태 55 중 어느 하나에 있어서, 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포다이에스터, 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 또는 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결로부터 독립적으로 선택되는, 저중합체 화합물.
실시양태 57. 실시양태 49 내지 실시양태 55 중 어느 하나에 있어서, 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 또는 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결로부터 독립적으로 선택되는, 저중합체 화합물.
실시양태 58. 실시양태 1 내지 실시양태 57 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나의 변형된 핵염기를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 59. 실시양태 58에 있어서, 상기 변형된 핵염기는 5-메틸사이토신인, 저중합체 화합물.
실시양태 60. 실시양태 1 내지 실시양태 59 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 5개 내지 12개의 인접 2'-데옥시뉴클레오사이드로 구성되는 데옥시 영역을 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 61. 실시양태 60에 있어서, 상기 데옥시 영역의 각각의 뉴클레오사이드는 2'-β-D-데옥시뉴클레오사이드인, 저중합체 화합물.
실시양태 62. 실시양태 60 또는 실시양태 61에 있어서, 상기 데옥시 영역은 7개, 8개, 9개, 10개 또는 7개 내지 10개의 연결된 뉴클레오사이드로 구성되는, 저중합체 화합물.
실시양태 63. 실시양태 60 내지 실시양태 62 중 어느 하나에 있어서, 상기 데옥시 영역에 바로 인접한 각각의 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 64. 실시양태 60 내지 실시양태 63 중 어느 하나에 있어서, 상기 데옥시 영역은 1개 내지 6개의 연결된 5'-영역 뉴클레오사이드로 구성되는 5'-영역에 의해 5'-측상에 그리고 1개 내지 6개의 연결된 3'-영역 뉴클레오사이드로 구성되는 3'-영역에 의해 3'-측상에 측접하며;
상기 5'-영역의 3'-가장자리 뉴클레오사이드(3'-most nucleoside)는 변형된 당 모이어티를 포함하며;
상기 3'-영역의 5'-가장자리 뉴클레오사이드(5'-most nucleoside)는 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 65. 실시양태 64에 있어서, 상기 3'-영역의 각각의 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 66. 실시양태 64 또는 실시양태 65에 있어서, 상기 5'-영역의 각각의 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 67. 실시양태 1 내지 실시양태 66 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는
1개 내지 6개의 연결된 5'-영역 뉴클레오사이드로 구성되는 5'-영역;
6개 내지 10개의 연결된 내부 영역 뉴클레오사이드로 구성되는 내부 영역; 및
1개 내지 6개의 연결된 3'-영역 뉴클레오사이드로 구성되는 3'-영역;
을 포함하는 당 모티프를 가지며, 여기서 각각의 상기 5'-영역 뉴클레오사이드 및 각각의 상기 3'-영역 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함하며; 각각의 상기 내부 영역 뉴클레오사이드는 2'-데옥시뉴클레오사이드 및 2'-치환 뉴클레오사이드로부터 선택되는, 저중합체 화합물.
실시양태 68. 실시양태 67에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는
1개 내지 6개의 연결된 5'-영역 뉴클레오사이드로 구성되는 5'-영역;
6개 내지 10개의 연결된 내부 영역 뉴클레오사이드로 구성되는 내부 영역; 및
1개 내지 6개의 연결된 3'-영역 뉴클레오사이드로 구성되는 3'-영역;
을 포함하는 당 모티프를 가지며, 여기서 각각의 상기 5'-영역 뉴클레오사이드 및 각각의 상기 3'-영역 뉴클레오사이드는 cEt 뉴클레오사이드 또는 2'-MOE 뉴클레오사이드이며; 각각의 상기 내부 영역 뉴클레오사이드는 2'-β-D-데옥시뉴클레오사이드인, 저중합체 화합물.
실시양태 69. 실시양태 1 내지 실시양태 59 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드는 2'-당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 70. 실시양태 69에 있어서, 각각의 2'-당 모이어티는 2'-OMe, 2'-MOE 또는 2'-NMA로부터 선택되는, 저중합체 화합물.
실시양태 71. 실시양태 69 또는 실시양태 70에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드는 동일한 2'-당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 72. 실시양태 1 내지 실시양태 71 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체 링커는 절단 가능한, 저중합체 화합물.
실시양태 73. 실시양태 1 내지 실시양태 72 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체 링커는 1개 내지 3개의 링커 뉴클레오사이드를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 74. 실시양태 1 내지 실시양태 72 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체 링커는 임의의 링커 뉴클레오사이드를 포함하지 않는, 저중합체 화합물.
실시양태 75. 실시양태 1 내지 실시양태 74 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체기는를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 76. 실시양태 1 내지 실시양태 74 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체기는를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 77. 실시양태 1 내지 실시양태 74 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체기는 를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 78. 실시양태 1 내지 실시양태 74 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체기는 , 선택적으로 를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 79. 실시양태 1 내지 실시양태 74 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체기는 를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 80. 실시양태 1 내지 실시양태 74 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체기는 를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 81. 실시양태 1 내지 실시양태 74 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체기는 를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 82. 실시양태 1 내지 실시양태 74 중 어느 하나에 있어서, 상기 접합체기는 를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 83. 실시양태 1 내지 실시양태 82 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 근육에서 발현되는 표적 핵산에 상보적인, 저중합체 화합물.
실시양태 84. 실시양태 1 내지 실시양태 83 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 Rnase H의 활성화를 통해 표적 핵산의 양을 감소시킬 수 있는, 저중합체 화합물.
실시양태 85. 실시양태 1 내지 실시양태 83 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 RISC/Ago2의 활성화를 통해 표적 핵산의 양을 감소시킬 수 있는, 저중합체 화합물.
실시양태 86. 실시양태 1 내지 실시양태 83 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 표적 핵산의 스플라이싱을 조절할 수 있는, 저중합체 화합물.
실시양태 87. 실시양태 1 내지 실시양태 83 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 가이드 RNA, tracrRNA 또는 스카우트 RNA인, 저중합체 화합물.
실시양태 88. 실시양태 1 내지 실시양태 87 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 근육에서 발현되는 표적 핵산의 보체에 상보적인, 저중합체 화합물.
실시양태 89. 실시양태 83 내지 실시양태 88 중 어느 하나에 있어서, 상기 표적 핵산은 근육 질환과 연관되는, 저중합체 화합물.
실시양태 90. 실시양태 83 내지 실시양태 89 중 어느 하나에 있어서, 상기 표적 핵산은 CaMK2d, NLRP3, PLN, DMD, DMPK, DNM2, DUX4 또는 HPRT로부터 선택되는, 저중합체 화합물.
실시양태 91. 실시양태 83 내지 실시양태 90 중 어느 하나에 있어서, 상기 근육 표적 핵산은 서열식별번호: 1 내지 15 중 임의의 것으로부터 선택되는 서열을 갖는, 저중합체 화합물.
실시양태 92. 실시양태 83 내지 실시양태 91 중 어느 하나에 있어서, 상기 표적 핵산은 골격근(사두근, 비복근, 전경골근, 삼두근, 교근, 장지신근(EDL), 비장근, 횡격막을 포함하나 이에 제한되지 않음), 심장, 좌골 신경, 대동맥 또는 간 조직 중 적어도 하나에서 발현되는, 저중합체 화합물.
실시양태 93. 실시양태 1 내지 실시양태 92 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 핵염기 서열은 서열식별번호: 167 내지 191 중 임의의 것의 핵염기 서열 중 임의의 것의 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개, 적어도 15개 또는 적어도 16개의 인접 핵염기를 포함하는, 저중합체 화합물.
실시양태 94. 실시양태 1 내지 실시양태 93 중 어느 하나에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10개 내지 25개, 10개 내지 30개, 12개 내지 20개, 12개 내지 25개, 12개 내지 30개, 13개 내지 20개, 13개 내지 25개, 13개 내지 30개, 14개 내지 20개, 14개 내지 25개, 14개 내지 30개, 15개 내지 20개, 15개 내지 25개, 15개 내지 30개, 16개 내지 18개, 16개 내지 20개, 16개 내지 25개, 16개 내지 30개, 17개 내지 20개, 17개 내지 25개, 17개 내지 30개, 18개 내지 20개, 18개 내지 25개, 18개 내지 30개, 19개 내지 20개, 19개 내지 25개, 19개 내지 30개, 20개 내지 25개, 20개 내지 30개, 21개 내지 25개, 21개 내지 30개, 21개 내지 50개, 22개 내지 25개, 22개 내지 30개, 23개 내지 25개, 23개 내지 30개, 20개 내지 100개, 40개 내지 100개, 50개 내지 100개, 50개 내지 200개, 100개 내지 300개, 150개 내지 300개 또는 200개 내지 300개의 연결된 뉴클레오사이드로 구성되는, 저중합체 화합물.
실시양태 95. 저중합체 이중체로서, 16개 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 구성되는 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 제2 저중합체 화합물 및 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 제1 저중합체 화합물을 포함하며, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 핵염기 서열은 상기 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드의 동일한 길이 부분에 적어도 90% 상보적인 적어도 12개의 핵염기의 상보적 영역을 포함하며, 상기 제2 저중합체 화합물은 실시양태 1 내지 실시양태 86 또는 실시양태 89 내지 실시양태 94 중 임의의 하나의 저중합체 화합물인, 저중합체 이중체.
실시양태 96. 실시양태 95에 있어서, 상기 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드는 근육 표적 핵산에 상보적인, 저중합체 이중체.
실시양태 97. 실시양태 96에 있어서, 상기 이중체는 RISC/Ago2의 활성화를 통해 표적 핵산의 양을 감소시킬 수 있는, 저중합체 이중체.
실시양태 98. 실시양태 95 내지 실시양태 97 중 어느 하나에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 이중체.
실시양태 99. 실시양태 98에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 변형된 당 모이어티는 이환식 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 이중체.
실시양태 100. 실시양태 99에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 이환식 당 모이어티는 -O-CH2-; 및 -O-CH(CH3)-으로부터 선택되는 2'-4' 브릿지를 포함하는, 저중합체 이중체.
실시양태 101. 실시양태 100에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 변형된 당 모이어티는 비이환식 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 이중체.
실시양태 102. 실시양태 101에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 비이환식 변형된 당 모이어티는 2'-MOE 당 모이어티, 2'-F 당 모이어티 또는 2'-OMe 당 모이어티인, 저중합체 이중체.
실시양태 103. 실시양태 95 내지 실시양태 102 중 어느 하나에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 당 대용물을 포함하는, 저중합체 이중체.
실시양태 104. 실시양태 95 내지 실시양태 102 중 어느 하나에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드간 연결은 변형된 뉴클레오사이드간 연결인, 저중합체 이중체.
실시양태 105. 실시양태 104에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 변형된 뉴클레오사이드간 연결은 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결인, 저중합체 이중체.
실시양태 106. 실시양태 95 내지 실시양태 105항 중 어느 하나에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결인, 저중합체 이중체.
실시양태 107. 실시양태 95 내지 실시양태 104 또는 실시양태 106 중 어느 하나에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포다이에스터 또는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결로부터 독립적으로 선택되는, 저중합체 이중체.
실시양태 108. 실시양태 95 내지 실시양태 107 중 어느 하나에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나의 변형된 핵염기를 포함하는, 저중합체 이중체.
실시양태 109. 실시양태 108에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 변형된 핵염기는 5-메틸사이토신인, 저중합체 이중체.
실시양태 110. 실시양태 95 내지 실시양태 109 중 어느 하나에 있어서, 상기 제1 저중합체 화합물은 5'-안정화된 포스페이트기를 포함하는, 저중합체 이중체.
실시양태 111. 실시양태 95 내지 실시양태 109 중 어느 하나에 있어서, 상기 제2 저중합체 화합물은 5'-안정화된 포스페이트기를 포함하는, 저중합체 이중체.
실시양태 112. 실시양태 110 또는 실시양태 111에 있어서, 상기 안정화된 포스페이트기는 사이클로프로필 포스포네이트 또는 바이닐 포스포네이트를 포함하는, 저중합체 이중체.
실시양태 113. 실시양태 95 내지 실시양태 112 중 어느 하나에 있어서, 상기 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드는 글라이콜 핵산(GNA) 당 대용물을 포함하는, 저중합체 이중체.
실시양태 114. 실시양태 95 내지 실시양태 113 중 어느 하나에 있어서, 상기 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드는 2'-NMA 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 이중체.
실시양태 115. 실시양태 95 내지 실시양태 114 중 어느 하나에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드는 글라이콜 핵산(GNA) 당 대용물을 포함하는, 저중합체 이중체.
실시양태 116. 실시양태 95 내지 실시양태 115 중 어느 하나에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드 화합물은 2'-NMA 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 이중체.
실시양태 117. 대상체에서 핵산 표적을 조절하는 방법으로서, 상기 대상체에게 실시양태 1 내지 실시양태 94 중 어느 하나에 따른 저중합체 화합물 또는 실시양태 95 내지 실시양태 116 중 어느 하나에 따른 저중합체 이중체를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
실시양태 118. 실시양태 117에 있어서, 상기 핵산 표적은 골격근(사두근, 비복근, 전경골근, 삼두근, 교근, 장지신근(EDL), 비장근, 횡격막을 포함하나 이에 제한되지 않음), 심장, 좌골 신경, 대동맥 또는 간 중 적어도 하나에서 발현되는, 방법.
실시양태 119. 실시양태 117 또는 실시양태 118에 있어서, 실시양태 1 내지 실시양태 94 중 어느 하나의 저중합체 화합물 또는 실시양태 95 내지 실시양태 116 중 어느 하나의 저중합체 이중체의 투여는 상기 핵산 표적의 감소를 초래하는, 방법.
실시양태 120. 실시양태 117 또는 실시양태 118에 있어서, 실시양태 1 내지 실시양태 94 중 어느 하나의 저중합체 화합물 또는 실시양태 95 내지 실시양태 116 중 어느 하나의 저중합체 이중체의 투여는 상기 핵산 표적의 스플라이싱에서 변화를 초래하는, 방법.
실시양태 121. 실시양태 117 내지 실시양태 120 중 어느 하나에 있어서, 상기 저중합체 화합물 또는 저중합체 이중체는 정맥내 또는 피하 투여를 통해 투여되는, 방법.
실시양태 122. 실시양태 117 내지 실시양태 120 중 어느 하나에 있어서, 상기 저중합체 화합물 또는 저중합체 이중체는 5 mg, 10 mg, 15 mg, 20 mg, 25 mg, 30 mg, 35 mg, 40 mg, 45 mg, 50 mg, 55 mg, 60 mg, 65 mg, 70 mg, 75 mg, 80 mg, 85 mg, 90 mg, 95 mg, 100 mg, 105 mg, 110 mg, 115 mg, 120 mg, 125 mg, 130 mg, 135 mg, 140 mg, 145 mg, 150 mg, 155 mg, 160 mg, 165 mg, 170 mg, 175 mg, 180 mg, 185 mg, 190 mg, 195 mg, 200 mg, 205 mg, 210 mg, 215 mg, 220 mg, 225 mg, 230 mg, 235 mg, 240 mg, 245 mg, 250 mg, 255 mg, 260 mg, 265 mg, 270 mg, 275 mg, 280 mg, 285 mg, 290 mg, 295 mg, 300 mg, 305 mg, 310 mg, 315 mg, 320 mg, 325 mg, 330 mg, 335 mg, 340 mg, 345 mg 또는 350 mg의 용량으로 투여되는, 방법.
실시양태 123. 실시양태 117 내지 실시양태 122 중 어느 하나에 있어서, 상기 저중합체 화합물 또는 저중합체 이중체를 4주마다 1회, 6주마다 1회, 8주마다 1회, 12주마다 1회, 16주마다 1회, 20주마다 1회, 24주마다 1회, 6개월마다 1회 또는 연 1회 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
실시양태 124. 이환 리간드로서, CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPWK(서열식별번호: 245, 본원에서 BCY21757로 지칭됨) 및 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPWC(서열식별번호: 246, 본원에서 BCY21758로 지칭됨)로부터 선택되는 아미노산 서열을 포함하는 트랜스페린 수용체 1(TfR1)에 특이적이며, HyP는 트랜스-4-하이드록시-L-프롤린을 나타내며 tBuGly는 t-뷰틸-글라이신을 나타내는, 이환 리간드.
실시양태 125. 실시양태 124에 있어서, N-말단 아세틸기 및 C-말단 CONH2기를 포함하는, 이환 리간드.
실시양태 126. 실시양태 124 또는 실시양태 125에 있어서, 약제학적으로 허용 가능한 염인, 이환 리간드.
실시양태 127. 실시양태 126에 있어서, 상기 약제학적으로 허용 가능한 염은 소듐, 포타슘, 칼슘 또는 암모늄 염으로부터 선택되는, 약제학적 염.
실시양태 128. 실시양태 124에 있어서, 상기 펩타이드 리간드 내에 있는 제1, 제2 및 제3 시스테인 잔기가 분자 스캐폴드에 공유 결합되어 2개의 폴리펩타이드 루프가 상기 분자 스캐폴드상에 형성되는, 이환 리간드.
실시양태 129. 실시양태 125에 있어서, 상기 분자 스캐폴드는 1,1',1''-(1,3,5-트라이아지네인-1,3,5-트라이일)트라이프로프-2-엔-1-온(TATA)인, 이환 리간드.
특정 화합물
특정 실시양태에서, 하나 이상의 올리고뉴클레오타이드 및 하나 이상의 접합체기를 포함하는 화합물이 본원에서 제공된다. 특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 변형된 올리고뉴클레오타이드이다. 특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 변형되지 않은 올리고뉴클레오타이드이다. 특정 실시양태에서, 화합물은 올리고뉴클레오타이드, 세포 표적화 모이어티 및 접합체 링커를 포함한다. 특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 올리고뉴클레오타이드, 이환 리간드 및 접합체 링커를 포함한다. 특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 올리고뉴클레오타이드, 폴리펩타이드, 접합체 링커 및 선택적으로 폴리펩타이드에 대한 N-말단 또는 C-말단 변형을 포함한다. 특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 올리고뉴클레오타이드, 2개 이상의 폴리펩타이드, 분지화기, 접합체 링커 및 선택적으로 폴리펩타이드에 대한 N-말단 또는 C-말단 변형을 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 폴리펩타이드 및/또는 이환 리간드를 올리고뉴클레오타이드에 연결한다.
특정 실시양태에서, 이환 리간드의 N-말단은 접합체 링커에 공유 연결되며, 접합체 링커는 올리고뉴클레오타이드의 3' 말단에 공유 연결된다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드의 C-말단은 접합체 링커에 공유 연결되며, 접합체 링커는 올리고뉴클레오타이드의 3' 말단에 공유 연결된다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드의 내부 아미노산은 접합체 링커에 공유 연결되며, 접합체 링커는 올리고뉴클레오타이드의 3' 말단에 공유 연결된다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드의 N-말단은 접합체 링커에 공유 연결되며, 접합체 링커는 올리고뉴클레오타이드의 5' 말단에 공유 연결된다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드의 C-말단은 접합체 링커에 공유 연결되며, 접합체 링커는 올리고뉴클레오타이드의 5' 말단에 공유 연결된다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드의 내부 아미노산은 접합체 링커에 공유 연결되며, 접합체 링커는 올리고뉴클레오타이드의 5' 말단에 공유 연결된다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드의 N-말단은 접합체 링커에 공유 연결되며, 접합체 링커는 올리고뉴클레오타이드의 내부 위치에 공유 연결된다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드의 C-말단은 접합체 링커에 공유 연결되며, 접합체 링커는 올리고뉴클레오타이드의 내부 위치에 공유 연결된다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드의 내부 아미노산은 접합체 링커에 공유 연결되며, 접합체 링커는 올리고뉴클레오타이드의 내부 위치에 공유 연결된다. 특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드의 내부 위치는 변형된 당 모이어티의 2'-위치이다. 특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드의 내부 위치는 변형된 뉴클레오사이드간 연결이다.
특정 접합체기
특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 약력학, 약동학, 안정성, 결합, 흡수, 조직 분포, 세포 분포, 세포 흡수, 전하 및 제거율을 포함하나 이에 제한되지 않는 부착된 올리고뉴클레오타이드의 하나 이상의 특성을 변형한다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 부착된 올리고뉴클레오타이드에 새로운 특성을 부여한다.
특정 실시양태에서, 접합체기는 접합체 모이어티 및 접합체 링커를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 세포 표적화 모이어티를 포함하거나 이로 구성된다. 특정 실시양태에서, 세포 표적화 모이어티는 세포 표면 수용체 또는 세포 표면 모이어티에 결합할 수 있다. 특정 실시양태에서, 세포 표적화 모이어티를 포함하는 화합물은 세포 표면 수용체 또는 세포 표면 모이어티와 상호작용하거나 결합하는 경우 내재화될 수 있다. 특정 실시양태에서, 세포 표적화 모이어티는 이환식 폴리펩타이드 또는 이환 리간드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 세포 표적화 모이어티는 이환식 폴리펩타이드 또는 이환 리간드로 구성된다.
특정 실시양태에서, 이환 리간드는 적어도 2개의 루프 서열에 의해 분리된 적어도 3개의 반응기를 포함하는 폴리펩타이드 및 적어도 2개의 폴리펩타이드 루프가 분자 스캐폴드상에 형성되도록 폴리펩타이드의 반응기와 공유 결합을 형성하는 분자 스캐폴드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 분자 스캐폴드는 1,1',1''-(1,3,5-트라이아지네인-1,3,5-트라이일)트라이프로프-2-엔-1-온(TATA)이다. 특정 실시양태에서, 분자 스캐폴드는 1,1',1''-(1,3,5-트라이아지네인-1,3,5-트라이일)트리스(2-브로모에타논)(TATB)이다.
특정 실시양태에서, 반응기는 시스테인이다. 특정 실시양태에서, 루프 서열은 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 또는 9개의 아미노산을 포함한다. 특정 실시양태에서, 루프 서열은 2개의 루프 서열에 의해 분리된 3개의 시스테인 잔기를 포함하며, 이 중 제1 루프 서열은 2개의 아미노산으로 구성되며 제2 루프 서열은 9개의 아미노산으로 구성된다. 특정 실시양태에서, 루프 서열은 둘 모두 6개의 아미노산으로 구성되는 2개의 루프 서열에 의해 3개의 시스테인 잔기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 루프 서열은 2개의 루프 서열에 의해 분리된 3개의 시스테인 잔기를 포함하며, 이 중 제1 루프 서열은 3개의 아미노산으로 구성되며 제2 루프 서열은 8개의 아미노산으로 구성된다. 특정 실시양태에서, 루프 서열은 2개의 루프 서열에 의해 분리된 7개의 시스테인 잔기를 포함하며, 이 중 제1 루프 서열은 3개의 아미노산으로 구성되며 제2 루프 서열은 3개의 아미노산으로 구성된다.
특정 실시양태에서, 이환 리간드는
CiXXCiiXXXXXXXXXCiii;
CiXXXXXXCiiXXXXXXCiii;
CiXXXCiiXXXXXXXXiii; 또는
CiXXXXXXXCiiXXXCiii;
로부터 선택되는 아미노산을 포함하며, 식 중 Ci, Cii 및 Ciii은 각각 제1, 제2 및 제3 시스테인 잔기를 나타내며, 각각의 "X"는 독립적으로 선택된 천연 또는 비천연 아미노산 또는 이의 약제학적으로 허용 가능한 염을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드는 N-말단 연장부 및/또는 C-말단 연장부를 추가로 포함한다.
특정 실시양태에서, 이환 리간드는 다음 서열 중 임의의 것과 적어도 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 동일한 아미노산 서열을 포함하며:
CiSPDAHLGCiiISYCiii(서열식별번호: 26);
CiSPDAYLGCiiISYCiii(서열식별번호: 27);
CiP[HyP]DAYLGCiiISYCiii(서열식별번호: 93);
CiS[HyP]DAHLGCiiISYCiii(서열식별번호: 95);
CiS[Aze]DAHLGCiiISYCiii(서열식별번호: 128);
CiP[HyP]DAYLGCii[tBuGly]SYCiii(서열식별번호: 86);
Ci[K(N3)]PDAHLGCiiISYCiii(서열식별번호: 150);
CiS[K(N3)]DAHLGCiiISYCiii(서열식별번호: 151); 또는
CiSPD[K(N3)]HLGCiiISYCiii(서열식별번호: 152);
Ci, Cii및 Ciii은 각각 제1, 제2 및 제3 시스테인을 나타내며; [HyP]는 4-트랜스-하이드록시-L-프롤린을 나타내며; [Aze]는 아제티딘을 나타내며; [tBuGly]는 t-뷰틸 글라이신을 나타내며; [K(N3)]은 6-아자이도 라이신을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드는 N-말단 연장부 및/또는 C-말단 연장부를 추가로 포함한다.
특정 실시양태에서, 이환 리간드는CiXXDXXXGCiiISYCiii(서열식별번호: 35)의 아미노산 서열을 포함하며; 식 중 각각의 X는 천연 또는 비천연 아미노산 또는 이의 약제학적으로 허용 가능한 염으로부터 독립적으로 선택된다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드는 N-말단 연장부 및/또는 C-말단 연장부를 추가로 포함한다.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 분지화기를 포함하는 2가 링커를 포함하는 접합체 링커를 통해 부착된 2개 이상의 이환식 리간드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 2가 링커는 하나 이상의 PEG 반복을 포함한다. 특정 실시양태에서, 2가 링커는 아래 구조로 나타나 있다:
.
특정 실시양태에서, 이환 리간드는 세포상에 있는 세포 표면 수용체와 상호작용할 수 있다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드는 세포상에 있는 세포 표면 모이어티와 상호작용할 수 있다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드는 세포상에 있는 세포 표면 수용체와 결합할 수 있다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드는 세포상에 있는 세포 표면 모이어티와 결합할 수 있다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드는 세포 표면 수용체 또는 세포 표면 모이어티와 상호작용하거나 결합하는 경우 세포에 의해 내재화될 수 있다. 특정 실시양태에서, 세포 표면 수용체는 편재적으로 발현되지 않고(예를 들어, 세포 표면 수용체는 인간 대상체의 적어도 하나의 조직에서 검출 가능하지 않음), 이환 리간드는 올리고뉴클레오타이드를 관심 조직 또는 관심 세포에 선택적으로 전달한다. 비제한적 예로서, 관심 조직은 뇌, 척수, 망막, 심장, 신장, 간, 폐, 골격근, 심장근, 평활근, 지방, 백색 지방, 갈색 지방, 비장, 골, 창자, 결장, 고환, 유방, 난소, 태반, 자궁, 방광, 췌장, 뇌하수체, 전립선, 피부, 부신 및 갑상선 중 임의의 하나일 수 있다. 비제한적 예로서, 관심 세포는 근육세포, 지방세포, 간세포, 심근세포, 혈관평활근세포, 내피세포, 신경세포, 혈액세포, 대식세포, 림프구, 암세포, 면역세포 중 임의의 하나일 수 있다.
특정 실시양태에서, 이환 리간드는 세포 표면 수용체와 상호작용할 수 있거나 이에 결합할 수 있다. 특정 실시양태에서, 세포 표면 수용체는 이환 리간드를 내재화할 수 있다. 특정 실시양태에서, 세포 표면 수용체는 접합체 링커를 통해 이환 리간드에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 내재화할 수 있다. 특정 실시양태에서, 세포 표면 수용체는 인간 트랜스페린 수용체이다.
특정 실시양태에서, 이환 리간드는 화학식 [B]n-[Zi]-[J]m-[Zii]-[O]o-[Ziii]-[U]p로 나타내며, 식 중
Zi, Zii 및 Ziii은 반응기를 포함하는 상기 제1, 제2 및 제3 아미노산이며;
각각의 B, J, O 및 U는 독립적으로 선택된 아미노산 또는 아미노산 모방체이며;
n은 0 내지 5이며;
m은 3 내지 7이며;
o는 3 내지 7이며;
p는 0 내지 5이며;
식 중 m+o의 합은 12 미만인, 저중합체 화합물.
특정 실시양태에서, 이환 리간드는 다음 구조:
를 포함하며, 식 중 각각의 Xaa는 독립적으로 선택된 아미노산 측쇄이며;
각각의 Baa는 독립적으로 선택된 아미노산 또는 아미노산 모방체이며;
n은 0 내지 5이며;
m은 3 내지 7이며;
o는 3 내지 7이며;
p는 0 내지 5이며;
식 중 m+o의 합은 12 미만인, 저중합체 화합물.
특정 실시양태에서, 접합체 링커는 N-말단, C-말단 또는 루프 아미노산 중 하나를 통해 부착된다.
특정 실시양태에서, 이환 리간드는 화학식 [Zi]-[J]m-[Zii]-[O]o-[Ziii]을 포함한다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드는 다음 구조: 를 포함하며
식 중 각각의 Xaa는 독립적으로 선택된 아미노산 측쇄이며; 각각의 Baa는 독립적으로 선택된 아미노산 또는 아미노산 모방체이며;
m은 3 내지 7이며;
o는 3 내지 7이다.
특정 실시양태에서, 이환 리간드는 N-말단 연장부 및/또는 C-말단 연장부를 추가로 포함한다.
특정 실시양태에서, 접합체 링커는 N-말단, C-말단 또는 루프 아미노산 중 하나를 통해 부착된다.
특정 실시양태에서, 이환 리간드는 다음 표에서 선택되는 서열을 포함하거나 이로 구성된다:
이환 리간드
이환 번호 N-말단 변형 서열 서열식별번호:
BCY13983 없음 ACSADDWLGCISWCA 36
BCY14474 없음 ACSADDWLGCISWCA[Sar]6[K-Fl] 37
BCY13986 없음 ACSSDAYLGCISWCA 38
BCY14475 없음 ACSSDAYLGCISWCA[Sar]6[K-Fl] 39
BCY15466 없음 ACPPDAHLGCISWCA 40
BCY15889 Ac CPPDAHLGCISWC 41
BCY15467 없음 ACPQDAYLGCISWCA 42
BCY15890 Ac CPQDAYLGCISWC 43
BCY13989 없음 ACPPDSWQGCISYCA 44
BCY14476 없음 ACPPDSWQGCISYCA[Sar]6[K-Fl] 45
BCY15468 없음 ACSPDAHLGCISYCA 46
BCY15768 없음 ACSPDAHLGCISYC[Sar]6[K-Fl] 192
BCY15934 없음 CSPDAHLGCISYC[Sar]6[K-Fl] 47
BCY15937 Ac CSPDAHLGCISYCA[Sar]6[K-Fl] 48
BCY15938 Ac CSPDAHLGCISYC[Sar]6[K-Fl] 47
BCY15940 없음 [Fl-G][Sar]5ACSPDAHLGCISYCA 49
BCY18030 없음 N[1Nal]NCSPDAHLGCISYC 50
BCY18039 Ac CSPDAHLGCISYCE[Pip]W 51
BCY17994 Ac CSPDAHLGCISYCEPW 52
BCY18029 없음 NWNCSPDAHLGCISYC 53
BCY17109 없음 NWNCSPDAHLGCISYCA 54
BCY18037 Ac CSPDAHLGCISYCE[Aze]W 55
BCY17992 Ac NWNCSPDAHLGCISYC 53
BCY18038 Ac CSPDAHLGCISYCE[dP]W 56
BCY18034 Ac N[1Nal]NCSPDAHLGCISYC 57
BCY18031 없음 N[dW]NCSPDAHLGCISYC 58
BCY18035 Ac N[dW]NCSPDAHLGCISYC 58
BCY17110 없음 HWMCSPDAHLGCISYCA 59
BCY17115 없음 ACSPDAHLGCISYCPHP 60
BCY17114 없음 ACSPDAHLGCISYCEPW 61
BCY17112 없음 NEVCSPDAHLGCISYCA 62
BCY17120 없음 ACSPDAHLGCISYCPIVH 63
BCY15891 Ac CSPDAHLGCISYC 26
BCY17111 없음 HTSCSPDAHLGCISYCA 64
BCY18036 Ac N[NMeTrp]NCSPDAHLGCISYC 65
BCY18032 없음 N[NMeTrp]NCSPDAHLGCISYC 65
BCY15939 Ac ACSPDAHLGCISYCA 66
BCY17119 없음 ACSPDAHLGCISYCEHQE 67
BCY17113 없음 ESFCSPDAHLGCISYCA 68
BCY17870 없음 NWNCSPDAHLGCISYC[K(N3)] 69
BCY17871 Ac NWNCSPDAHLGCISYC[K(N3)] 69
BCY17872 AzPro NWNCSPDAHLGCISYC 53
BCY17873 Ac CSPDAHLGCISYCEPW[K(N3)] 70
BCY17874 AzPro CSPDAHLGCISYCEPW 52
BCY17868 Ac CSPDAHLGCISYC[K(N3)] 71
BCY17869 AzPro CSPDAHLGCISYC 26
BCY17882 Ac N[dY]NCSPDAHLGCISYC[K(N3)] 72
BCY17890 Ac CSPDAHLGCISYCE-[dP]W[K(N3)] 73
BCY17892 Ac CSPDAHLGCISYCE-[Aze]W[K(N3)] 74
BCY17894 Ac CSPDAHLGCISYCE-[Pip]W[K(N3)] 75
BCY17906 Ac CSPDAHLGCISYC[K(N3)(PYA-말레이미드)] 76
BCY19405 Ac CSPDAHLGCISYCEPW[PEG10][K(N3)] 77
BCY19406 Ac CSPDAHLGCISYCEPW[PEG24][K(N3)] 78
BCY19407 Ac CSPDAHLGCISYCEPWGGSGGS[K(N3)] 79
BCY15469 없음 ACPGDAHLGCISYCA 80
BCY15892 Ac CPGDAHLGCISYC 81
BCY15470 없음 ACPPDSHLGCISYCA 82
BCY15893 Ac CPPDSHLGCISYC 83
BCY15471 없음 ACSADDWLGCISYCA 84
BCY15894 Ac CSADDWLGCISYC 85
BCY17991 Ac CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYC 86
BCY17995 Ac CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPW 87
BCY17993 Ac NWNCP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYC 88
BCY16754 없음 ACP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCA 89
BCY18033 없음 NWNCP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYC 88
BCY17896 Ac CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYC[K(N3)] 90
BCY17899 Ac NWNCP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYC[K(N3)] 91
BCY17901 Ac CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPW[K(N3)] 92
BCY17990 Ac CP[HyP]DAYLGCISYC 93
BCY17875 Ac CP[HyP]DAYLGCISYC[K(N3)] 94
BCY17876 AzPro CP[HyP]DAYLGCISYC 93
BCY17989 Ac CS[HyP]DAHLGCISYC 95
BCY16047 없음 ACS[HyP]DAHLGCISYCA 96
BCY17877 Ac CS[HyP]DAHLGCISYC[K(N3)] 97
BCY17878 AzPro CS[HyP]DAHLGCISYC 95
BCY16962 없음 ACP[Aib]DAHLGC[tBuGly]SYCA 98
BCY17117 없음 TYMNCPPDAHLGCISYCA 99
BCY16048 없음 ACPPDAHLGCISYCA 100
BCY16963 없음 ACP[Aib]DAYLGC[tBuGly]SYCA 101
BCY17987 Ac CSADAHLGCISYC 102
BCY16753 없음 ACS[Aib]DAHLGC[tBuGly]SYCA 103
BCY16046 없음 ACSPDAHLGC[EPA]SYCA 104
BCY16964 없음 ACPPDAYLGC[tBuGly]SYCA 105
BCY16965 없음 ACS[Aib]DAYLGC[tBuGly]SYCA 106
BCY17986 Ac CAPDAHLGCISYC 107
BCY16550 없음 ACP[Aib]DAHLGCISYCA 108
BCY16966 없음 ACSPDAYLGC[tBuGly]SYCA 109
BCY16051 없음 ACSPDAHLGC[tBuGly]SYCA 110
BCY17118 없음 IDSNCPNDAHLGCISYCA 111
BCY17116 없음 WGKSCPIDAHLGCISYCA 112
BCY16053 없음 ACSPDAYLGCISYCA 113
BCY16557 없음 ACPPDAYLGCISYCA 114
BCY16035 없음 ACS[Aib]DAHLGCISYCA 115
BCY16043 없음 ACSPDAHLGC[Chg]SYCA 116
BCY15769 없음 ACAPDAHLGCISYCA[Sar]6[K-Fl] 117
BCY15648 없음 ACYLPDW[tBuAla]CGDEYCA 118
BCY16031 없음 ACSPDAHLGCIS[2Nal]CA 119
BCY16079 없음 ACSPDAHLGCIS[3tBuTyr]CA 120
BCY16036 없음 ACSPD[Aib]HLGCISYCA 121
BCY16029 없음 ACSPDAHLGCIS[1Nal]CA 122
BCY16089 없음 ACSPDAH[tBuAla]GCISYCA 123
BCY16088 없음 ACSPDAH[Cba]GCISYCA 124
BCY16052 없음 ACSPDAHLGCISWCA 125
BCY16033 없음 ACSPD[Abu]HLGCISYCA 126
BCY16039 없음 ACS[Aze]DAHLGCISYCA 127
BCY17988 Ac CS[Aze]DAHLGCISYC 128
BCY17879 Ac CS[Aze]DAHLGCISYC[K(N3)] 129
BCY17880 AzPro CS[Aze]DAHLGCISYC 128
BCY16038 Ac ACSPDDHLGCISYCA 130
BCY16050 없음 ACSPDSHLGCISYCA 131
BCY16034 없음 ACSPDAH[Abu]GCISYCA 132
BCY16032 없음 ACSPDAHLGCIS[4Pal]CA 133
BCY16049 없음 ACP[dA]DAHLGCISYCA 134
BCY16558 없음 ACSPDAYLGC[tBuAla]SYCA 135
BCY16041 없음 ACSPDAHLGC[C5g]SYCA 136
BCY16042 없음 ACSPDAHLGC[Cbg]SYCA 137
BCY16045 없음 ACSPDAHL[dA]CISYCA 138
BCY16037 없음 ACSPDAH[Aib]GCISYCA 139
BCY16044 없음 ACSPDAHLGC[Cpg]SYCA 140
BCY16040 없음 ACSPDAHLGC[B-MeIle]SYCA 141
BCY15771 없음 ACSADAHLGCISYCA[Sar]6[K-Fl] 142
BCY15772 없음 ACSPAAHLGCISYCA[Sar]6[K-Fl] 143
BCY15773 없음 ACSPDAALGCISYCA[Sar]6[K-Fl] 144
BCY15774 없음 ACSPDAHAGCISYCA[Sar]6[K-Fl] 145
BCY15775 없음 ACSPDAHLACISYCA[Sar]6[K-Fl] 146
BCY15776 없음 ACSPDAHLGCASYCA[Sar]6[K-Fl] 147
BCY15777 없음 ACSPDAHLGCIAYCA[Sar]6[K-Fl] 148
BCY15770 없음 ACSPDAHLGCISACA[Sar]6[K-Fl] 149
BCY17903 Ac C[K(N3)]PDAHLGCISYC 150
BCY17904 Ac CS[K(N3)]DAHLGCISYC 151
BCY17905 Ac CSPD[K(N3)]HLGCISYC 152
BCY23180 없음 C[HyP][HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPW 195
BCY21757 Ac CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPWK 245
BCY21758 Ac CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPWC 246
BCY23181 없음 C[Oxa][HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPW 196
BCY23182 없음 C[Cis-HyP][HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPW 197
BCY23183 없음 CP[Oxa]DAYLGC[tBuGly]SYCEPW 198
BCY23184 없음 CP[Cis-HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPW 199
BCY23185 없음 CP[HyP]DA[DOPA]LGC[tBuGly]SYCEPW 200
BCY23186 없음 CP[HyP]DA[pCaPhe]LGC[tBuGly]SYCEPW 201
BCY23187 없음 CP[HyP]DA[pCoPhe]LGC[tBuGly]SYCEPW 202
BCY23188 없음 CP[HyP]DA[hTyr]LGC[tBuGly]SYCEPW 203
BCY23189 없음 CP[HyP]DAYL[dS]C[tBuGly]SYCEPW 204
BCY23190 없음 CP[HyP]DAYL[dT]C[tBuGly]SYCEPW 205
BCY23191 없음 CP[HyP]DAYL[dD]C[tBuGly]SYCEPW 206
BCY23192 없음 CP[HyP]DAYL[dE]C[tBuGly]SYCEPW 207
BCY23193 없음 CP[HyP]DAYL[dN]C[tBuGly]SYCEPW 208
BCY23194 없음 CP[HyP]DAYL[dQ]C[tBuGly]SYCEPW 209
BCY23195 없음 CP[HyP]DAYL[dY]C[tBuGly]SYCEPW 210
BCY23196 없음 CP[HyP]DAYLSC[tBuGly]SYCEPW 211
BCY23197 없음 CP[HyP]DAYLDC[tBuGly]SYCEPW 212
BCY23198 없음 CP[HyP]DAYLYC[tBuGly]SYCEPW 213
BCY23199 없음 CP[HyP]DAYLNC[tBuGly]SYCEPW 214
BCY23200 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]S[DOPA]CEPW 215
BCY23201 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]S[pCaPhe]CEPW 216
BCY23202 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]S[pCoPhe]CEPW 217
BCY23203 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]S[hTyr]CEPW 218
BCY23204 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCE[HyP]W 219
BCY23205 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCE[Oxa]W 220
BCY23206 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCE[Cis-HyP]W 221
BCY23207 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPY 222
BCY23208 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEP[DOPA] 223
BCY23209 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEP[pCaPhe] 224
BCY23210 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEP[pCoPhe] 225
BCY23211 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEP[hTyr] 226
BCY23216 없음 CP[HyP]EAYLGC[tBuGly]SYCEPW 227
BCY23217 없음 CP[HyP][Gla]AYLGC[tBuGly]SYCEPW 228
BCY23218 없음 CP[HyP]DAYSGC[tBuGly]SYCEPW 229
BCY23219 없음 CP[HyP]DAYTGC[tBuGly]SYCEPW 230
BCY23220 없음 CP[HyP]DAYDGC[tBuGly]SYCEPW 231
BCY23221 없음 CP[HyP]DAYEGC[tBuGly]SYCEPW 232
BCY23222 없음 CP[HyP]DAYNGC[tBuGly]SYCEPW 233
BCY23223 없음 CP[HyP]DAYQGC[tBuGly]SYCEPW 234
BCY23224 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly][HSer]YCEPW 235
BCY23225 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]TYCEPW 236
BCY23226 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]DYCEPW 237
BCY23227 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]EYCEPW 238
BCY23228 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]NYCEPW 239
BCY23229 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]QYCEPW 240
BCY23230 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCDPW 241
BCY23231 없음 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYC[Gla]PW 242
BCY23514 없음 CP[HyP]DAYLGCYSYCEPW 243
BCY23515 없음 CP[HyP]DAYLGC[3HyV]SYCEPW 244
식 중 Ac는 아세틸을 나타내고, AzPro는 아자이도프로필을 나타내며, Abu는 아미노뷰티르산을 나타내고, Aib는 아미노아이소뷰티르산을 나타내며, Aze는 아제티딘을 나타내고, B-MeIle은 베타-메틸 아이소류신을 나타내며, C5g는 사이클로펜틸 글라이신을 나타내고, Cba는 β-사이클로뷰틸알라닌을 나타내며, Cbg는 사이클로뷰틸 글라이신을 나타내고, Chg는 사이클로헥실 글라이신을 나타내며, Cpg는 사이클로프로필 글라이신을 나타내고, EPA는 2-아미노-3-에틸-펜테인산을 나타내며, HyP는 트랜스-4-하이드록시-L-프롤린을 나타내고, K(N3)은 6-아자이도 라이신을 나타내며, 1Nal은 1-나프틸알라닌을 나타내고, 2Nal은 2-나프틸알라닌을 나타내며, 4Pal은 4-피리딜알라닌을 나타내고, Pip는 피페콜산을 나타내며; tBuAla는 t-뷰틸-알라닌을 나타내고, tBuGly는 t-뷰틸-글라이신을 나타내며, 3tBuTyr은 3-t-뷰틸-타이로신을 나타내고, Sar은 사코신을 나타내며, K-Fl는 라이신의 6 위치에 부착된 플루오레세인을 나타내고, Fl-G는 글라이신의 N-말단에 부착된 플루오레세인을 나타내며, NMeTrp는 N-메틸 트립토판을 나타내고, dP는 D-프롤린을 나타내며, dA는 D-알라닌을 나타내고, dW는 D-트립토판을 나타내며, dS는 D-세린을 나타내고, dT는 D-트레오닌을 나타내며, dD는 D-아스파트산을 나타내고, dN은 D-아스파라긴을 나타내며, dQ는 D-글루타민을 나타내고, Cis-HyP는 시스-L-4-하이드록시프롤린을 나타내며, DOPA는 3,4-다이하이드록시-페닐알라닌을 나타내고, Gla는 L-γ-카복시글루탐산을 나타내며, HSer는 호모세린을 나타내고, hTyr는 호모-타이로신을 나타내며, 3HyV는 3-하이드록시-L-발린을 나타내고, Oxa는 옥사졸리딘-4-카복실산을 나타내며, pCaPhe는 L-4-카바모일페닐알라닌을 나타내고, pCoPhe는 4-카복시-L-페닐알라닌을 나타내며, [K(N3)(PYA-말레이미드)]는 다음의 구조를 갖는 변형된 라이신을 나타낸다: .
특정 실시양태에서, 이환 리간드는 다음 구조:
또는 이의 염을 가지며, 식 중 Q는 N3(BCY17901, 서열식별번호: 92), NH2(BCY21758, 서열식별번호: 245), SH(BCY21758, 서열식별번호: 246), 접합체 링커 또는 올리고뉴클레오타이드에 공유결합된 접합체 링커이다.
특정 실시양태에서, 이환 리간드는 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPWK(서열식별번호: 245, 본원에서 BCY21757로 지칭됨) 및 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPWC(서열식별번호: 246, 본원에서 BCY21758로 지칭됨)로부터 선택되는 아미노산 서열을 포함하며, 식 중 HyP는 트랜스-4-하이드록시-L-프롤린을 나타내며 tBuGly는 t-뷰틸-글라이신을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드는 N-말단 아세틸기 및 C-말단 CONH2기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드 내에 있는 제1, 제2 및 제3 시스테인 잔기는 분자 스캐폴드에 공유 결합되어 2개의 폴리펩타이드 루프가 분자 스캐폴드상에 형성된다. 특정 실시양태에서, 분자 스캐폴드는 1,1',1''-(1,3,5-트라이아지네인-1,3,5-트라이일)트라이프로프-2-엔-1-온(TATA)이다.
트랜스페린 수용체
특정 실시양태에서, 이환 리간드는 유형 1 트랜스페린 수용체와 상호작용할 수 있다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드는 유형 1 트랜스페린 수용체에 결합할 수 있다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드는 천연 리간드 트랜스페린의 결합을 방해하지 않으면서 유형 1 트랜스페린 수용체에 결합할 수 있다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드는 천연 리간드 트랜스페린의 결합을 억제한다.
특정 접합체 링커
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 올리고뉴클레오타이드 및 접합체기를 포함하며, 접합체기는 접합체 모이어티 및 접합체 링커를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 접합체 모이어티를 올리고뉴클레오타이드에 연결한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 단일 화학 결합이다(즉, 접합체 모이어티는 단일 결합을 통해 올리고뉴클레오타이드에 직접 부착된다). 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 하나 이상의 원자를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 화학기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 하이드로카빌 사슬과 같은 사슬 구조, 또는 에틸렌 글라이콜, 뉴클레오사이드 또는 아미노산 단위와 같은 반복 단위의 저중합체를 포함한다. 특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 변형된 올리고뉴클레오타이드이다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 이환 리간드이다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 분자 스캐폴드에 부착된 2개의 폴리펩타이드 루프를 포함한다.
특정 실시양태에서, 접합체 링커는 알킬, 아미노, 옥소, 아마이드, 다이설파이드, 폴리에틸렌 글라이콜, 에터, 싸이오에터 및 하이드록실아미노로부터 선택되는 하나 이상의 기를 포함한다. 특정 이러한 실시양태에서, 접합체 링커는 알킬, 아미노, 옥소, 아마이드 및 에터기로부터 선택되는 기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 알킬 및 아마이드기로부터 선택되는 기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 알킬 및 에터기로부터 선택되는 기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 적어도 하나의 인 모이어티를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 적어도 하나의 포스페이트기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 적어도 하나의 중성 연결기를 포함한다.
특정 실시양태에서, 위에서 설명되는 접합체 링커를 포함하는 접합체 링커는 이작용성 연결 모이어티, 예를 들어, 본원에서 제공되는 올리고뉴클레오타이드와 같은 모 화합물에 접합체 모이어티를 부착하는데 유용한 것으로 당해 기술분야에서 공지된 것이다. 일반적으로, 이작용성 연결 모이어티는 적어도 2개의 작용기를 포함한다. 작용기 중 하나는 모 화합물상에 있는 특정 부위와 반응하도록 선택되고 다른 하나는 펩타이드 증량제와 반응하도록 선택된다. 이작용성 연결 모이어티에서 사용되는 작용기의 예는 친핵성기와 반응하기 위한 친전자체 및 친전자성기와 반응하기 위한 친핵체를 포함하나 이에 제한되지 않는다. 특정 실시양태에서, 이작용성 연결 모이어티는 아미노, 하이드록실, 카복실산, 싸이올, 알킬, 알케닐 및 알키닐로부터 선택되는 하나 이상의 기를 포함한다.
특정 실시양태에서, 접합체 링커는 제1 작용기와 제2 작용기 사이의 반응 시 형성되는 화학기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 합성 동안 제1 작용기에 부착되고 접합체 모이어티는 합성 동안 제2 작용기에 부착된다. 이후, 두 화합물을 특정 조건하에서 혼합하여 최종 저중합체 화합물을 수득한다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 이환 리간드이다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 분자 스캐폴드에 부착된 2개의 폴리펩타이드 루프를 포함한다. 올리고뉴클레오타이드 및 펩타이드 화학 모두와 호환되는 이러한 반응은 이전에 설명되었으며 종종 "생체접합" 반응으로 지칭된다. 이러한 반응은 균주 촉진 아자이도-알카인 고리첨가(SPAAC), 구리 촉매 클릭 반응(CuAAC), 아미노 변형된 올리고뉴클레오타이드에 대한 활성 에스터 접합, 말레이미드-싸이올 마이클(Michael) 첨가, 케놀/하이드록실아민 결찰, 스타우딩거(Staudinger) 결찰, 환원성 알킬화, 싸이오 에터 형성, 다이설파이드 형성, 환원성 알킬화, 무촉매 N-아릴화, 불화 황 교환 클릭 반응(SuFEx) 및 역 수요 디엘스 올더(Diels Alder) 반응을 포함한다. 특정 이러한 반응은 Jbara, 등, “Oligonucleotide Bioconjugation with Bifunctional Palladium Reagents”, Angew. Chem. 국제판 2021, 60(21)12109-12115; Dong, 등, “Sulfur(VI) Fluoride Exchange (SuFEx): Another Good Reaction for Click Chemistry,” Angew. Chem. 국제판 2014, 53(36):9430-9448.4; Zhang, 등, “Arylation Chemistry for Bioconjugation,” Angew. Chem. 국제판 Engl. 2019; 58(15): 4810-4839; Walsh, 등, “Site-selective modification strategies in antibody-drug conjugates” Chem. Soc. Rev., 2021, 50: 1305-1353; Tiefenbrunn, 등, “Chemoselective ligation techniques: modern applications of time-honored chemistry”, Biopolymers, 2010, 94(1):95-106; Drake, 등, Bioconjug. Chem. 2014, 25(7):1331-1341; Bode, Acc. Chem. Res., 2017, 50, 9, 2104-2115; J. Magano, B. Bock, 등, Org. Proc. Res. Dev. 2014, 18:142-151; Craig S. McKay 및 M.G. Finn, “Click Chemistry in Complex Mixtures: Bioorthogonal Bioconjugation”, Chemistry & Biology 2014; Mitchell P. Christy 등, Org. Lett. 2020, 22: 2365; Ren 등, Angew. Chem. 국제판 Engl. 2009, 48, 9658-9662; Rohrbacher, F. 등, Helv. Chim. Acta. 2018, 101; Baalmaan, 등, “A Bioorthogonal Click Chemistry Toolbox for Targeted Synthesis of Branched and Well-Defined Protein-Protein Conjugates”, Angew. Chem. 국제판 2020 (59): 12885-12893; Lang, 등, “Biorthogonal Reactions for Labeling Proteins”, J. Am. Chem. Soc, 2014, 9(1):16-20; Nair, 등, “The Thiol-Michael Addition Click Reaction: A Powerful and Widely Used Tool in Materials Chemistry”, Chem. Mater. 2013 26(1):724-744; Kalia 및 Raines, “Hydrolytic Stability of Hydrazones and Oximes”, Angew. Chem. 국제판, 2008, 47:7523-7526에서 설명된다.
접합체 링커의 예는 피롤리딘, 8-아미노-3,6-다이옥사옥테인산(ADO), 석신이미딜 4-(N-말레이미도메틸) 사이클로헥세인-1-카복실레이트(SMCC) 및 6-아미노헥세인산(AHEX 또는 AHA)을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 다른 접합체 링커는 치환되거나 치환되지 않은 C1-C10 알킬, 치환되거나 치환되지 않은 C2-C10 알케닐 또는 치환되거나 치환되지 않은 C2-C10 알키닐을 포함하나 이에 제한되지 않으며, 바람직한 치환기의 비제한적 목록은 하이드록실, 아미노, 알콕시, 카복시, 벤질, 페닐, 나이트로, 싸이올, 싸이오알콕시, 할로겐, 알킬, 아릴, 알케닐 및 알키닐을 포함한다.
특정 실시양태에서, 이환 리간드는 N-말단 또는 C-말단 연장부 아자이드기를 포함하며, 이는 선택적으로 바이사이클로[6.1.0]논-4-인-9-일메틸 카바메이트-올리고 또는 2-(사이클로옥트-2-인-1-일옥시)아세트아마이드-올리고를 사용한 고리첨가에 의한 저중합체 화합물과 연결될 수 있다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드는 선택적으로 올리고-7-아미도-7-옥소헵테인산과의 커플링에 의해 저중합체 화합물과 연결될 수 있는 N-말단 또는 C-말단 연장부 아마이드기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드는 선택적으로 5-옥소-5-(4-옥소피페리딘-1-일)펜탄아마이드-올리고와의 축합에 의해 저중합체 화합물과 연결될 수 있는 N-말단 또는 C-말단 연장부 2-(아미노옥시)아세트아마이드기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 이환 리간드는 선택적으로 3-(2,5-다이옥소-2,5-다이하이드로-1H-피롤-1-일)프로펜아마이드-올리고의 첨가에 의해 저중합체 화합물과 연결될 수 있는 N-말단 또는 C-말단 연장부 싸이올기를 포함한다.
특정 실시양태에서, 접합체 링커는 1개 내지 10개의 링커-뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 2개 내지 5개의 링커-뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 정확히 3개의 링커-뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 TCA 모티프를 포함한다. 특정 실시양태에서, 이러한 링커-뉴클레오사이드는 변형된 뉴클레오사이드이다. 특정 실시양태에서, 이러한 링커-뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함한다. 특정 실시양태에서, 링커-뉴클레오사이드는 변형되지 않는다. 특정 실시양태에서, 링커-뉴클레오사이드는 퓨린, 치환된 퓨린, 피리미딘 또는 치환된 피리미딘으로부터 선택되는 선택적으로 보호되는 헤테로환식 염기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 절단 가능한 모이어티는 유라실, 타이민, 사이토신, 4-N-벤조일사이토신, 5-메틸 사이토신, 4-N-벤조일-5-메틸 사이토신, 아데닌, 6-N-벤조일아데닌, 구아닌 및 2-N-아이소뷰티릴구아닌으로부터 선택되는 뉴클레오사이드이다. 링커-뉴클레오사이드는 표적 조직에 도달한 후 저중합체 화합물로부터 절단되는 것이 전형적으로 바람직하다. 따라서, 링커-뉴클레오사이드는 전형적으로 서로 연결되고 절단 가능한 결합을 통해 저중합체 화합물의 나머지 부분에 연결된다. 특정 실시양태에서, 이러한 절단 가능한 결합은 포스포다이에스터 결합이다.
본원에서, 링커-뉴클레오사이드는 올리고뉴클레오타이드의 일부로 간주되지 않는다. 따라서, 저중합체 화합물이 연결된 뉴클레오사이드의 특정 수 또는 범위 및/또는 기준 핵산에 대한 특정 퍼센트 상보성으로 구성되는 올리고뉴클레오타이드를 포함하며 또한 저중합체 화합물이 링커-뉴클레오사이드를 포함하는 접합체 링커를 포함하는 실시양태에서, 이러한 링커-뉴클레오사이드는 올리고뉴클레오타이드의 길이에 따라 계수되지 않으며 참조 핵산에 대한 올리고뉴클레오타이드의 상보성 백분율을 결정하는 데 사용되지 않는다. 예를 들어, 저중합체 화합물은 (1) 8개 내지 30개의 뉴클레오사이드로 구성되는 올리고뉴클레오타이드 및 (2) 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레오사이드와 인접한 1개 내지 10개의 링커-뉴클레오사이드를 포함하는 접합체 링커를 포함할 수 있다. 이러한 저중합체 화합물에서 인접 연결된 뉴클레오사이드의 총 수는 30개 초과이다. 대안적으로, 저중합체 화합물은 8개 내지 30개의 뉴클레오사이드로 구성되고 접합체 링커는 포함하지 않는 올리고뉴클레오타이드를 포함할 수 있다. 이러한 저중합체 화합물에서 인접 연결된 뉴클레오사이드의 총 수는 30개 이하이다. 달리 명시하지 않는 한, 접합체 링커는 10개 이하의 링커-뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 5개 이하의 링커-뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 3개 이하의 링커-뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 2개 이하의 링커-뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 1개 이하의 링커-뉴클레오사이드를 포함한다.
특정 실시양태에서, 접합체 모이어티가 올리고뉴클레오타이드로부터 절단되는 것이 바람직하다. 예를 들어, 특정 상황에서, 특정 접합체 모이어티를 포함하는 저중합체 화합물은 특정 세포 유형에 의해 더 양호하게 흡수되나, 일단 저중합체 화합물이 흡수되면, 접합체 모이어티가 절단되어 비접합 또는 모 올리고뉴클레오타이드를 방출하는 것이 바람직하다. 따라서, 특정 접합체 링커는 하나 이상의 절단 가능한 모이어티를 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 절단 가능한 모이어티는 접합 가능한 결합이다. 특정 실시양태에서, 절단 가능한 모이어티는 적어도 하나의 절단 가능한 결합을 포함하는 원자단이다. 특정 실시양태에서, 절단 가능한 모이어티는 1개, 2개, 3개, 4개 또는 4개 초과의 절단 가능한 결합을 갖는 원자단을 포함한다.　 특정 실시양태에서, 절단 가능한 모이어티는 세포 또는 리소좀과 같은 세포하 구획 내부에서 선택적으로 절단된다. 특정 실시양태에서, 절단 가능한 모이어티는 핵산분해효소와 같은 내인성 효소에 의해 선택적으로 절단된다.　
특정 실시양태에서, 절단 가능한 결합은 아마이드, 에스터, 에터, 포스포다이에스터의 하나 또는 둘 모두의 에스터, 포스페이트 에스터, 카바메이트 또는 다이설파이드 중에서 선택된다. 특정 실시양태에서, 절단 가능한 결합은 포스포다이에스터의 에스터 중 하나 또는 둘 모두이다. 특정 실시양태에서, 절단 가능한 모이어티는 포스페이트 또는 포스포다이에스터를 포함한다. 특정 실시양태에서, 절단 가능한 모이어티는 올리고뉴클레오타이드와 접합체 모이어티 사이의 포스포다이에스터 연결이다.
특정 실시양태에서, 절단 가능한 모이어티는 하나 이상의 링커-뉴클레오사이드를 포함하거나 이로 구성된다. 특정 이러한 실시양태에서, 하나 이상의 링커-뉴클레오사이드는 서로 연결되고/되거나 절단 가능한 결합을 통해 저중합체 화합물의 나머지 부분에 연결된다. 특정 실시양태에서, 이러한 절단 가능한 결합은 변형되지 않은 포스포다이에스터 결합이다. 특정 실시양태에서, 절단 가능한 모이어티는 포스페이트 뉴클레오사이드간 연결에 의해 올리고뉴클레오타이드의 3' 또는 5'-말단 뉴클레오사이드에 부착되고 포스페이트 또는 포스포로싸이오에이트 연결에 의해 접합체 링커 또는 접합체 모이어티의 나머지에 공유 부착되는 2'-데옥시 뉴클레오사이드이다. 특정 이러한 실시양태에서, 절단 가능한 모이어티는 2'-데옥시아데노신이다.
특정 실시양태에서, 본원에서 개시되는 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결되는 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 여기서 저중합체 화합물은 당해 기술분야에서 알려진 클릭 화학을 사용하여 제조된다. 화합물은 고체 지지체에 부착되는 저중합체 화합물의 알키닐 포스포네이트 뉴클레오사이드간 연결이 1,2,3-트라이아졸릴포스포네이트 뉴클레오사이드간 연결로 전환된 후 고체 지지체로부터 절단되는 클릭 화학을 사용하여 제조되었으며(Krishna 등, J. Am. Chem. Soc. 2012, 134(28), 11618-11631), 이는 전문이 본원에서 참조에 의해 원용된다. 여러 실시양태에서 사용하기에 적합한 추가 접합체 링커는 "Click Chemistry for Biotechnology and Materials Science" 편집 Joerg Laham, Wiley 2009에서 설명되는 클릭 화학에 의해 제조될 수 있으며, 이는 전문이 본원에서 참조에 의해 원용된다.
특정 실시양태에서, 클릭 반응은 다음과 같은 반응을 통해 접합체 모이어티와 올리고뉴클레오타이드를 연결하기 위해 사용될 수 있다:
를 다음 화합물을 포함하나 이에 제한되지 않는 말단 아민을 갖는 올리고뉴클레오타이드과 반응시키고:
,
여기서 Y는 올리고뉴클레오타이드의 나머지 부분이며, 다음을 수득하고:
,
이는 아자이드를 갖는 접합체 모이어티와 반응하여 다음을 수득할 수 있으며:
,
여기서 N-N=N은 접합체 모이어티의 아자이도기로부터 형성되고, X는 접합체 부분의 나머지를 나타낸다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 이환 리간드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 폴리펩타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 아미노산 측쇄에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 N-말단에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 라이신의 아미노기를 대체한다.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 접합체 링커는 다음 화합물로부터 제조된다:
.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 접합체 링커는 다음 화합물을 포함한다:
.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 접합체 링커는 다음 화합물을 포함한다:
.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 화합물은 다음을 포함한다:
;
여기서 N-N=N은 접합체 모이어티의 아자이도기로부터 형성되고; X는 접합체 모이어티의 나머지 부분을 나타내며; Y는 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 저중합체 화합물의 부분을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 이환 리간드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 폴리펩타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 아미노산 측쇄에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 N-말단에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 라이신의 아미노기를 대체한다.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 저중합체 화합물은 다음을 포함한다:
;
여기서 N-N=N은 접합체 모이어티의 아자이도기로부터 형성되고; X는 접합체 모이어티의 나머지 부분을 나타내며; Y는 올리고뉴클레오타이드의 나머지 부분을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 이환 리간드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 폴리펩타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 아미노산 측쇄에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 N-말단에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 라이신의 아미노기를 대체한다.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 저중합체 화합물은 다음을 포함한다:
;
여기서 N-N=N은 접합체 모이어티의 아자이도기로부터 형성되고; X는 접합체 모이어티의 나머지 부분을 나타내며; Y는 올리고뉴클레오타이드의 나머지 부분을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 이환 리간드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 폴리펩타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 아미노산 측쇄에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 N-말단에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 라이신의 아미노기를 대체한다.
특정 실시양태에서, 클릭 반응은 다음과 같은 반응을 통해 접합체 모이어티와 올리고뉴클레오타이드를 연결하기 위해 사용될 수 있다:
함께 용액에 있는 및
를 다음 화합물을 포함하나 이에 제한되지 않는 말단 아민을 갖는 올리고뉴클레오타이드과 반응시키고:
,
여기서 Y는 올리고뉴클레오타이드의 나머지 부분이며, 다음을 수득하고:
,
이는 아자이드를 갖는 접합체 모이어티와 반응하여 다음을 수득할 수 있으며:
,
여기서 N-N=N은 접합체 모이어티의 아자이도기로부터 형성되고, X는 접합체 부분의 나머지를 나타낸다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 이환 리간드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 폴리펩타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 아미노산 측쇄에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 N-말단에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 라이신의 아미노기를 대체한다.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 접합체 링커는 다음 화합물로부터 제조된다:
.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 접합체 링커는 다음 화합물을 포함한다:
.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 접합체 링커는 다음 화합물을 포함한다:
.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 화합물은 다음을 포함한다:
;
여기서 N-N=N은 접합체 모이어티의 아자이도기로부터 형성되고; X는 접합체 모이어티의 나머지 부분을 나타내며; Y는 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 저중합체 화합물의 부분을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 이환 리간드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 폴리펩타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 아미노산 측쇄에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 N-말단에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 라이신의 아미노기를 대체한다.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 저중합체 화합물은 다음을 포함한다:
;
여기서 N-N=N은 접합체 모이어티의 아자이도기로부터 형성되고; X는 접합체 모이어티의 나머지 부분을 나타내며; Y는 올리고뉴클레오타이드의 나머지 부분을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 이환 리간드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 폴리펩타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 아미노산 측쇄에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 N-말단에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 라이신의 아미노기를 대체한다.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 저중합체 화합물은 다음을 포함한다:
;
여기서 N-N=N은 접합체 모이어티의 아자이도기로부터 형성되고; X는 접합체 모이어티의 나머지 부분을 나타내며; Y는 올리고뉴클레오타이드의 나머지 부분을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 이환 리간드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 폴리펩타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 아미노산 측쇄에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 N-말단에 부착된다. 특정 실시양태에서, 아자이도기는 폴리펩타이드의 라이신의 아미노기를 대체한다.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 저중합체 화합물은 다음을 포함한다:
,
X는 접합체 모이어티를 포함하며; Y는 올리고뉴클레오타이드를 포함한다.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 저중합체 화합물은 다음을 포함한다:
,
X는 올리고뉴클레오타이드를 포함하며; Y는 접합체 모이어티를 포함한다.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 접합체 링커는 다음 화합물을 포함한다:
.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 접합체 링커는 다음 화합물을 포함한다:
.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 접합체 링커는 다음 화합물을 포함한다:
.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 접합체 링커는 다음 화합물을 포함한다:
.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 의해 접합체 모이어티에 연결된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 접합체 링커는 다음 화합물을 포함한다:
.
위의 출발 물질 및 중간체의 제조를 설명하는 합성 방법은 다음 중 하나 이상에서 확인할 수 있다: Agard, 등, “A Strain-Promoted [3 + 2] Azide-Alkyne Cycloaddition for Covalent Modification of Biomolecules in Living Systems.” J. Am. Chem. Soc. 2004, 126:15046- 15047; Lang, 등, “Biorthogonal Reactions for Labeling Proteins”, J. Am. Chem. Soc, 2014, 9(1):16-20; Nair, 등, “The Thiol-Michael Addition Click Reaction: A Powerful and Widely Used Tool in Materials Chemistry”, Chem. Mater. 2013 26(1):724-744; WO2011/136645; Kmel 및 Kool, “Oximes and Hydrazones in Bioconjugation: Mechanism and Catalysis, Chem. Rev., 2017, 117:10358-10376; Wang, 등, “Polyfluorophenyl Ester-Terminated Homobifunctional CrossLinkers for Protein Conjugation”, Synlett, 2017, 28: 1934-1938; Kishimoto, 등, “Site-Specific Chemical Conjugation of Antibodies by Using Affinity Peptide for the Development of Therapeutic Antibody Format”, Bioconj. Chem., 2019, 30:698-702.
특정 올리고뉴클레오타이드
특정 실시양태에서, 연결된 뉴클레오사이드로 구성되는 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 저중합체 화합물이 본원에서 제공된다. 올리고뉴클레오타이드는 변형되지 않은 올리고뉴클레오타이드(RNA 또는 DNA)일 수 있거나 변형된 올리고뉴클레오타이드일 수 있다. 변형된 올리고뉴클레오타이드는 변형되지 않은 RNA 또는 DNA에 비해 적어도 하나의 변형을 포함한다. 즉, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오사이드(변형된 당 모이어티 및/또는 변형된 핵염기를 포함함) 및/또는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오사이드간 연결을 포함한다.
특정 변형된 뉴클레오사이드
변형된 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티 또는 변형된 핵염기 또는 변형된 당 모이어티와 변형된 핵염기를 모두 포함한다.
특정 당 모이어티
특정 실시양태에서, 변형된 당 모이어티는 비이환식 변형된 당 모이어티이다. 특정 실시양태에서, 변형된 당 모이어티는 이환식 또는 삼환식 당 모이어티이다. 특정 실시양태에서, 변형된 당 모이어티는 당 대용물이다. 이러한 당 대용물은 다른 유형의 변형된 당 모이어티의 치환에 상응하는 하나 이상의 치환을 포함할 수 있다.
특정 실시양태에서, 변형된 당 모이어티는 퓨라노실 고리의 두 원자를 가교하여 이환식 구조를 형성하지 않는 하나 이상의 치환기를 갖는 퓨라노실 고리를 포함하는 비이환식 변형된 당 모이어티이다. 이러한 비가교식 치환기는 2', 4' 및/또는 5' 위치의 치환기를 포함하나 이에 제한되지 않는 퓨라노실의 임의의 위치에 있을 수 있다. 특정 실시양태에서, 비이환식 변형된 당 모이어티의 하나 이상의 비가교 치환기는 분지형이다. 비이환식 변형된 당 모이어티에 적합한 2'-치환기의 예는 2'-F, 2'-OCH3 ("OMe" 또는 "O-메틸") 및 2'-O(CH2)2OCH3 ("MOE")를 포함하나 이에 제한되지 않는다. 특정 실시양태에서, 2'-치환기는 할로, 알릴, 아미노, 아자이도, SH, CN, OCN, CF3, OCF3, O-C1-C10 알콕시, O-C1-C10 치환된 알콕시, O-C1-C10 알킬, O-C1-C10 치환된 알킬, S-알킬, N(Rm)-알킬, O-알케닐, S-알케닐, N(Rm)-알케닐, O-알키닐, S-알키닐, N(Rm)-알키닐, O-알킬레닐-O-알킬, 알키닐, 알카릴, 아랄킬, O-알카릴, O-아랄킬, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2ON(Rm)(Rn) 또는 OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn) 중에서 선택되며, 식 중 각각의 Rm 및 Rn은, 독립적으로, H, 아미노 보호기 또는 치환되거나 비치환된 C1-C10 알킬 및 Cook 등, U.S. 6,531,584; Cook 등, U.S. 5,859,221; 및 Cook 등, U.S. 6,005,087에서 설명되는 2'-치환기이다. 이러한 2'-치환기의 특정 실시양태는 하이드록실, 아미노, 알콕시, 카복시, 벤질, 페닐, 나이트로(NO2), 싸이올, 싸이오알콕시, 싸이오알킬, 할로겐, 알킬, 아릴, 알케닐 및 알키닐 중에서 독립적으로 선택되는 하나 이상의 치환기로 추가로 치환된다. 비이환식 변형된 당 모이어티에 적합한 4'-치환기의 예는 알콕시(예를 들어, 메톡시), 알킬 및 Manoharan 등, WO 2015/106128에서 설명되는 4'-치환기를 포함하나 이에 제한되지 않는다. 비이환식 변형된 당 모이어티에 적합한 5'-치환기의 예는 5'-메틸(R 또는 S), 5'-바이닐 및 5'-메톡시를 포함하나 이에 제한되지 않는다. 특정 실시양태에서, 비이환식 변형된 당 모이어티는 2개 이상의 비가교 당 치환기, 예를 들어, 2'-F-5'-메틸 당 모이어티 및 Migawa 등, WO 2008/101157 및 Rajeev 등, US2013/0203836에서 설명되는 변형된 당 모이어티 및 변형된 뉴클레오사이드를 포함한다.
특정 실시양태에서, 2'-치환된 비이환식 변형된 뉴클레오사이드는 F, NH2, N3, OCF3, OCH3, O(CH2)3NH2, CH2CH=CH2, OCH2CH=CH2, OCH2CH2OCH3, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2ON(Rm)(Rn), O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2 및 N-치환된 아세트아마이드(OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn))로부터 선택되는 비가교 2'-치환기를 포함하는 당 모이어티를 포함하며, 식 중 각각의 Rm 및 Rn은, 독립적으로, H, 아미노 보호기 또는 치환되거나 비치환된 C1-C10 알킬이다.
특정 실시양태에서, 2'-치환된 비이환식 뉴클레오사이드 변형된 뉴클레오사이드는 F, OCF3, OCH3, OCH2CH2OCH3, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2ON(CH3)2, O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2, 및 OCH2C(=O)-N(H)CH3("NMA")로부터 선택되는 비가교 2'-치환기를 포함하는 당 모이어티를 포함한다.
특정 실시양태에서, 2'-치환된 비이환식 변형된 뉴클레오사이드는 F, OCH3 및 OCH2CH2OCH3로부터 선택되는 비가교 2'-치환기를 포함하는 당 모이어티를 포함한다.
특정 변형된 당 모이어티는 퓨라노실 고리의 두 원자를 가교하여 제2 고리를 형성하는 치환기를 포함하며, 이는 이환식 당 모이어티를 생성한다. 특정 이러한 실시양태에서, 이환식 당 모이어티는 4' 및 2' 퓨라노스 고리 원자 사이에 브릿지를 포함한다. 이러한 4' 내지 2' 가교 당 치환기의 예는 4'-CH2-2', 4'-(CH2)2-2', 4'-(CH2)3-2', 4'-CH2-O-2'("LNA"), 4'-CH2-S-2', 4'-(CH2)2-O-2'("ENA"), 4'-CH(CH3)-O-2'("구속된(constrained) 에틸" 또는 "cEt"로 지칭됨), 4'-CH2-O-CH2-2', 4'-CH2-N(R)-2', 4'-CH(CH2OCH3)-O-2'("구속된 MOE" 또는 "cMOE") 및 이의 유사체(예를 들어, Seth 등, U.S. 7,399,845, Bhat 등, U.S. 7,569,686, Swayze 등, U.S. 7,741,457 및 Swayze 등, U.S. 8,022,193 참조), 4'-C(CH3)(CH3)-O-2' 및 이의 유사체(예를 들어, Seth 등, U.S. 8,278,283 참조), 4'-CH2-N(OCH3)-2' 및 이의 유사체(예를 들어, Prakash 등, U.S. 8,278,425 참조), 4'-CH2-O-N(CH3)-2'(예를 들어, Allerson 등, U.S. 7,696,345 및 Allerson 등, U.S. 8,124,745 참조), 4'-CH2-C(H)(CH3)-2'(예를 들어, Zhou, 등, J. Org. Chem.,2009, 74, 118-134 참조), 4'-CH2-C(=CH2)-2' 및 이의 유사체(예를 들어, Seth 등, U.S. 8,278,426), 4'C(-RaRb)-N(R)-O-2', 4'-C(RaRb)-O-N(R)-2', 4'-CH2-O-N(R)-2', 및 4'-CH2-N(R)-O-2'를 포함하나 이에 제한되지 않으며, 식 중 각각의 R, Ra 및 Rb는, 독립적으로, H, 보호기 또는 C1-C12 알킬(예를 들어, Imanishi 등, U.S. 7,427,672 참조)이다.
특정 실시양태에서, 이러한 4' 내지 2' 브릿지는 --[C(Ra)(Rb)]n-, -[C(Ra)(Rb)]n-O-, -C(Ra)=C(Rb)-, -C(Ra)=N-, C(=NRa)-, -C(=O)-, -C(=S)-, -O-, -Si(Ra)2-, -S(=O)x-, 및 -N(Ra)-로부터 독립적으로 선택되는 1 내지 4개의 연결된 기를 독립적으로 포함하며;
식 중 x는 0, 1 또는 2이며; n은 1, 2, 3 또는 4이며; 각각의 Ra 및 Rb는, 독립적으로, H, 보호기, 하이드록실, C1-C12 알킬, 치환된 C1-C12 알킬, C2-C12 알케닐, 치환된 C2-C12 알케닐, C2-C12 알키닐, 치환된 C2-C12 알키닐, C5-C20 아릴, 치환된 C5-C20 아릴, 복소환 라디칼, 치환된 복소환 라디칼, 헤테로아릴, 치환된 헤테로아릴, C5-C7 지환식 라디칼, 치환된 C5-C7 지환식 라디칼, 할로겐, OJ1, NJ1J2, SJ1, N3, COOJ1, 아실 (C(=O)-H), 치환된 아실, CN, 설포닐(S(=O)2-J1) 또는 설포닐(S(=O)-J1)이며;
각각의 J1 및 J2는, 독립적으로, H, C1-C12 알킬, 치환된 C1-C12 알킬, C2-C12 알케닐, 치환된 C2-C12 알케닐, C2-C12 알키닐, 치환된 C2-C12 알키닐, C5-C20 아릴, 치환된 C5-C20 아릴, 아실 (C(=O)-H), 치환된 아실, 복소환 라디칼, 치환된 복소환 라디칼, C1-C12 아미노알킬, 치환된 C1-C12 아미노알킬 또는 보호기이다.
추가 이환식 당 모이어티는 당해 기술분야에서 알려져 있다(예를 들어, Freier 등, Nucleic Acids Research, 1997, 25(22), 4429-4443, Albaek 등, J. Org. Chem., 2006, 71, 7731-7740, Singh 등, Chem. Commun., 1998, 4, 455-456; Koshkin 등, Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Kumar 등, Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222; Singh 등, J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039; Srivastava 등, J. Am. Chem. Soc., 20017, 129, 8362-8379; Wengel 등, U.S. 7,053,207; Imanishi 등, U.S. 6,268,490; Imanishi 등 U.S. 6,770,748; Imanishi 등, U.S. RE44,779; Wengel 등, U.S. 6,794,499; Wengel 등, U.S. 6,670,461; Wengel 등, U.S. 7,034,133; Wengel 등, U.S. 8,080,644; Wengel 등, U.S. 8,034,909; Wengel 등, U.S. 8,153,365; Wengel 등, U.S. 7,572,582; 및 Ramasamy 등, U.S. 6,525,191; Torsten 등, WO 2004/106356; Wengel 등, WO 1999/014226; Seth 등, WO 2007/134181; Seth 등, U.S. 7,547,684; Seth 등, U.S. 7,666,854; Seth 등, U.S. 8,088,746; Seth 등, U.S. 7,750,131; Seth 등, U.S. 8,030,467; Seth 등, U.S. 8,268,980; Seth 등, U.S. 8,546,556; Seth 등, U.S. 8,530,640; Migawa 등, U.S. 9,012,421; Seth 등, U.S. 8,501,805; 및 U.S. 특허 공개 Allerson 등, US2008/0039618 및 Migawa 등, US2015/0191727 참조).
특정 실시양태에서, 이환식 당 모이어티 및 이러한 이환식 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드는 이성질체 배열에 의해 추가로 정의된다. 예를 들어, LNA 뉴클레오사이드(본원에서 설명됨)는 α-L 배열 또는 β-D 배열일 수 있다.
α-L-메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') 또는 α-L-LNA 이환식 뉴클레오사이드는 안티센스 활성을 나타내는 올리고뉴클레오타이드에 통합되었다(Frieden 등, Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372). 본원에서, 이환식 뉴클레오사이드에 대한 일반적인 설명은 이성질체 배열을 모두 포함한다. 특정 이환식 뉴클레오사이드(예를 들어, LNA 또는 cEt)의 위치가 본원의 예시된 실시양태에서 식별되는 경우 이들은 달리 명시하지 않는 한 β-D 배열이다.
특정 실시양태에서, 변형된 당 모이어티는 하나 이상의 비가교 당 치환기 및 하나 이상의 가교 당 치환기(예를 들어, 5'-치환 및 4'-2' 가교 당)를 포함한다.
특정 실시양태에서, 변형된 당 모이어티는 당 대용물이다. 특정 이러한 실시양태에서, 당 모이어티의 산소 원자는 예를 들어, 황, 탄소 또는 질소 원자로 대체된다. 특정 이러한 실시양태에서, 이러한 변형된 당 모이어티는 또한 본원에서 설명되는 바와 같은 가교 및/또는 비가교 치환기를 포함한다. 예를 들어, 특정 당 대용물은 4'-황 원자 및 2'-위치(예를 들어, Bhat 등, U.S. 7,875,733 및 Bhat 등, U.S. 7,939,677 참조) 및/또는 5' 위치에서의 치환을 포함한다.
특정 실시양태에서, 당 대용물은 5개 이외의 원자를 갖는 고리를 포함한다. 예를 들어, 특정 실시양태에서, 당 대용물은 6원 테트라하이드로피란("THP")을 포함한다. 이러한 테트라하이드로피란은 추가로 변형되거나 치환될 수 있다. 이러한 변형된 테트라하이드로피란를 포함하는 뉴클레오사이드는 헥시톨 핵산("HNA"), 아니톨 핵산("ANA"), 마니톨 핵산("MNA")(예를 들어, Leumann, CJ. Bioorg. & Med. Chem. 2002, 10, 841-854), 플루오로 HNA:
("F-HNA", 예를 들어, Swayze 등, U.S. 8,088,904; Swayze 등, U.S. 8,440,803; Swayze 등, U.S. 8,796,437; 및 Swayze 등, U.S. 9,005,906 참조; F-HNA는 또한 F-THP 또는 3'-플루오로 테트라하이드로피란으로도 지칭될 수 있음) 및 다음 화학식을 갖는 추가 변형된 THP 화합물을 포함하는 뉴클레오사이드를 포함하며:
식 중, 독립적으로, 상기 각각의 변형된 THP 뉴클레오사이드에 대해:
Bx는 핵염기 모이어티이며;
T3 및 T4는 각각, 독립적으로, 변형된 THP 뉴클레오사이드를 올리고뉴클레오타이드의 나머지 부분에 연결하는 뉴클레오사이드간 연결기이거나 또는 T3 및 T4 중 하나는 변형된 THP 뉴클레오사이드를 올리고뉴클레오타이드의 나머지 부분에 연결하는 뉴클레오사이드간 연결기이고 T3 및 T4 중 다른 하나는 H, 하이드록실 보호기, 연결된 접합체 모이어티 또는 5' 또는 3'-말단기이며;
q1, q2, q3, q4, q5, q6 및 q7은 각각, 독립적으로, H, C1-C6 알킬, 치환된 C1-C6 알킬, C2-C6 알케닐, 치환된 C2-C6 알케닐, C2-C6 알키닐 또는 치환된 C2-C6 알키닐이며;
각각의 R1 및 R2는 수소, 할로겐, 치환되거나 비치환된 알콕시, NJ1J2, SJ1, N3, OC(=X)J1, OC(=X)NJ1J2, NJ3C(=X)NJ1J2 및 CN 중에서 독립적으로 선택되며, 식 중 X는 O, S 또는 NJ1이며, 각각의 J1, J2 및 J3은, 독립적으로, H 또는 C1-C6 알킬이다.
특정 실시양태에서, 변형된 THP 뉴클레오사이드는가 제공되며, 식 중 q1, q2, q3, q4, q5, q6 및 q7은 각각 H이다. 특정 실시양태에서, q1, q2, q3, q4, q5, q6 및 q7 중 적어도 하나는 H가 아니다. 특정 실시양태에서, q1, q2, q3, q4, q5, q6 및 q7 중 적어도 하나는 메틸이다. 특정 실시양태에서, 변형된 THP뉴클레오사이드가 제공되며, 여기서 R1 및 R2 중 하나는 F이다. 특정 실시양태에서, R1은 F이고 R2는 H이며, 특정 실시양태에서, R1은 메톡시이고, R2는 H이며, 특정 실시양태에서 R1는 메톡시에톡시이고, R2는 H이다.
특정 실시양태에서, 당 대용물은 6개 이상의 원자 및 2개 이상의 헤테로원자를 갖는 고리를 포함한다. 예를 들어, 모폴리노 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드 및 올리고뉴클레오타이드에서의 이의 용도가 보고되었다 (예를 들어, Braasch 등, Biochemistry, 2002, 41, 4503-4510 및 Summerton 등, U.S. 5,698,685; Summerton 등, U.S. 5,166,315; Summerton 등, U.S. 5,185,444; 및 Summerton 등, U.S. 5,034,506 참조). 본원에서 사용되는 용어 "모폴리노"는 다음 구조를 갖는 당 대용물을 의미한다:
.
특정 실시양태에서, 모폴리노는 예를 들어, 위의 모폴리노 구조로부터 다양한 치환기를 추가하거나 변경하여 변형될 수 있다. 이러한 당 대용물은 본원에서 "변형된 모폴리노"로 지칭된다.
특정 실시양태에서, 당 대용물은 비환식 모이어티를 포함한다. 이러한 비환식 당 대용물을 포함하는 뉴클레오사이드 및 올리고뉴클레오타이드의 예는 펩타이드 핵산("PNA"), 비환식 뷰틸 핵산(예를 들어, Kumar 등, Org. Biomol. Chem., 2013, 11, 5853-5865 참조) 및 Manoharan 등, WO2011/133876에서 설명되는 뉴클레오사이드 및 올리고뉴클레오타이드를 포함하나 이에 제한되지 않는다.
변형된 뉴클레오사이드에 사용될 수 있는 많은 다른 이환식 및 삼환식 당 및 당 대용물 고리계가 당해 기술분야에서 알려져 있다(예를 들어 리뷰 논문 참조: Leumann, Bioorg. Med. Chem., 2002, 10, 841-854).
특정 변형된 핵염기
특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 변형되지 않은 핵염기를 포함하는 하나 이상의 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 변형된 핵염기를 포함하는 하나 이상의 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 무염기성 뉴클레오사이드로 지칭되는 핵염기를 포함하지 않는 하나 이상의 뉴클레오사이드를 포함한다.
특정 실시양태에서, 변형된 핵염기는 5-치환된 피리미딘, 6-아자피리미딘, 알킬 또는 알키닐 치환 피리미딘, 알킬 치환 퓨린, 및 N-2, N-6 및 O-6 치환 퓨린으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 변형된 핵염기는 2-아미노프로필아데닌, 5-하이드록시메틸 사이토신, 잔틴, 하이포잔틴, 2-아미노아데닌, 6-N-메틸구아닌, 6-N-메틸아데닌, 2-프로필아데닌, 2-싸이오유라실, 2-싸이오타이민 및 2-싸이오사이토신, 5-프로필(-C≡C-CH3) 유라실, 5-프로피닐사이토신, 6-아조유라실, 6-아조사이토신, 6-아조타이민, 5-리보실유라실(슈도유라실), 4-싸이오유라실, 8-할로, 8-아미노, 8-싸이올, 8-싸이오알킬, 8-하이드록실, 8-아자 및 다른 8-치환된 퓨린, 5-할로, 특히 5-브로모, 5-트라이플루오로메틸, 5-할로유라실 및 5-할로사이토신, 7-메틸구아닌, 7-메틸아데닌, 2-F-아데닌, 2-아미노아데닌, 7-데아자구아닌, 7-데아자아데닌, 3-데아자구아닌, 3-데아자아데닌, 6-N-벤조일아데닌, 2-N-아이소뷰티릴구아닌, 4-N-벤조일사이토신, 4-N-벤조일유라실, 5-메틸 4-N-벤조일사이토신, 5-메틸 4-N-벤조일유라실, 보편적 염기, 소수성 염기, 무차별(promiscuous) 염기, 크기 확장 염기 및 플루오린화 염기로부터 선택된다. 추가로 변형된 핵염기는 1,3-다이아자페녹사진-2-온, 1,3-다이아자페노싸이아진-2-온 및 9-(2-아미노에톡시)-1,3-다이아자페녹사진-2-온(G-클램프)와 같은 삼환식 피리미딘을 포함한다. 또한, 변형된 핵염기는 퓨린 또는 피리미딘 염기가 다른 복소환, 예를 들어, 7-데아자-아데닌, 7-데아자구아노신, 2-아미노피리딘 및 2-피리돈으로 대체되는 것을 포함할 수 있다. 추가 핵염기는 Merigan 등, U.S. 3,687,808에서 설명된 것, The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, Kroschwitz, J.I., 편집, John Wiley & Sons, 1990, 858-859; Englisch 등, Angewandte Chemie, 국제판, 1991, 30, 613; Sanghvi, Y.S., 제15장, Antisense Research and Applications, Crooke, S.T. 및 Lebleu, B., 편집, CRC Press, 1993, 273-288에서 설명된 것; 및 Antisense Drug Technology, Crooke S.T., 편집, CRC Press, 2008, 163-166 및 442-443의 제6장 및 제15장에서 설명된 것을 포함한다.
위에서 언급되는 특정 변형된 핵염기뿐만 아니라 다른 변형된 핵염기의 제조를 교시하는 공개 문헌은 Manoharan 등, US2003/0158403; Manoharan 등, US2003/0175906; Dinh 등, U.S. 4,845,205; Spielvogel 등, U.S. 5,130,302; Rogers 등, U.S. 5,134,066; Bischofberger 등, U.S. 5,175,273; Urdea 등, U.S. 5,367,066; Benner 등, U.S. 5,432,272; Matteucci 등, U.S. 5,434,257; Gmeiner 등, U.S. 5,457,187; Cook 등, U.S. 5,459,255; Froehler 등, U.S. 5,484,908; Matteucci 등, U.S. 5,502,177; Hawkins 등, U.S. 5,525,711; Haralambidis 등, U.S. 5,552,540; Cook 등, U.S. 5,587,469; Froehler 등, U.S. 5,594,121; Switzer 등, U.S. 5,596,091; Cook 등, U.S. 5,614,617; Froehler 등, U.S. 5,645,985; Cook 등, U.S. 5,681,941; Cook 등, U.S. 5,811,534; Cook 등, U.S. 5,750,692; Cook 등, U.S. 5,948,903; Cook 등, U.S. 5,587,470; Cook 등, U.S. 5,457,191; Matteucci 등, U.S. 5,763,588; Froehler 등, U.S. 5,830,653; Cook 등, U.S. 5,808,027; Cook 등, 6,166,199; 및 Matteucci 등, U.S. 6,005,096을 포함하나 이에 제한되지 않는다.
특정 변형된 뉴클레오사이드간 연결
특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레오사이드는 임의의 뉴클레오사이드간 연결을 사용하여 함께 연결될 수 있다. 뉴클레오사이드간 연결기의 두 가지 주요 부류는 인 원자의 존재 여부에 따라 정의된다. 대표적인 인 함유 뉴클레오사이드간 연결은 포스포다이에스터("P=O")(변형되지 않은 또는 자연 발생 연결 또는 포스페이트 연결로도 지칭됨), 포스포트라이에스터, 메틸포스포네이트, 포스포라미데이트 및 포스포로싸이오에이트("P=S") 및 포스포로다이싸이오에이트("HS-P=S")를 포함하나 이에 제한되지 않는다. 대표적인 비인(non-phosphorus) 함유 뉴클레오사이드간 연결기는 메틸렌메틸이미노(-CH2-N(CH3)-O-CH2-), 싸이오다이에스터, 싸이오카바메이트(-O-C(=O)(NH)-S-); 실록세인(-O-SiH2-O-); 및 N,N'-다이메틸하이드라진(-CH2-N(CH3)-N(CH3)-)을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 자연 발생 포스포다이에스터 연결과 비교하여 변형된 뉴클레오사이드간 연결을 사용하여 올리고뉴클레오타이드의 핵산분해효소 저항성을 변경, 전형적으로, 증가시킬 수 있다. 특정 실시양태에서, 카이랄 원자를 갖는 뉴클레오사이드간 연결은 라세미 혼합물 또는 별도의 거울상이성질체로서 제조될 수 있다. 인 함유 및 비인 함유 뉴클레오사이드간 연결의 제조 방법은 통상의 기술자에게 잘 알려져 있다.
특정 실시양태에서, 변형된 뉴클레오사이드간 연결은 본원에서 참조에 의해 원용되는 WO2021/030778에서 설명되는 것 중 임의의 하나이다. 특정 실시양태에서, 변형된 뉴클레오사이드간 연결은 화학식:
를 포함하며, 식 중 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드간 연결기에 대해 독립적으로
X는 O 또는 S로부터 선택되며;
R1은 H, C1-C6 알킬 및 치환된 C1-C6 알킬로부터 선택되며;
T는 SO2R2, C(=O)R3 및 P(=O)R4R5로부터 선택되며 식 중
R2는 아릴, 치환된 아릴, 복소환, 치환된 복소환, 방향족 복소환, 치환된 방향족 복소환, 다이아졸, 치환된 다이아졸, C1-C6 알콕시, C1-C6 알킬, C1-C6 알케닐, C1-C6 알키닐, 치환된 C1-C6 알킬, 치환된 C1-C6 알케닐, 치환된 C1-C6 알키닐 및 접합체기로부터 선택되며;
R3은 아릴, 치환된 아릴, CH3, N(CH3)2, OCH3 및 접합체기로부터 선택되며;
R4는 OCH3, OH, C1-C6 알킬, 치환된 C1-C6 알킬 및 접합체기로부터 선택되며;
R5는 OCH3, OH, C1-C6 알킬 및 치환된 C1-C6 알킬로부터 선택된다.
특정 실시양태에서, 변형된 뉴클레오사이드간 연결은 다음 화학식을 갖는 메실 포스포라미데이트 연결기를 포함한다:
특정 실시양태에서, 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결은 카이랄 중심을 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, (Rp) 및/또는 (Sp) 메실 포스포라미데이트를 포함하는 변형된 올리고뉴클레오타이드는 각각 하기 화학식 중 하나 이상을 포함하며, 식 중 "B"는 핵염기를 나타낸다:
.
카이랄 중심을 갖는 대표적인 뉴클레오사이드간 연결은 알킬포스포네이트, 메실 포스포라미데이트 및 포스포로싸이오에이트를 포함하나 이에 제한되지 않는다. 카이랄 중심을 갖는 뉴클레오사이드간 연결을 포함하는 변형된 올리고뉴클레오타이드는 입체무작위 뉴클레오사이드간 연결을 포함하는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 집단으로서 또는 포스포로싸이오에이트 또는 특정 입체화학적 배열에서 카이랄 중심을 함유하는 다른 연결을 포함하는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 집단으로서 제조될 수 있다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 집단은 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결을 포함하며, 여기서 모든 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결은 입체무작위이다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 집단은 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결을 포함하며, 여기서 모든 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결은 입체무작위이다. 이러한 변형된 올리고뉴클레오타이드는 각각의 포스포로싸이오에이트 또는 메실 포스포라미데이트 연결의 입체화학적 배열을 무작위로 선택하는 합성 방법을 사용하여 생성될 수 있다. 그럼에도 불구하고, 각각의 개별 올리고뉴클레오타이드 분자의 각각의 개별 포스포로싸이오에이트 또는 메실 포스포라미데이트는 정의된 입체배열을 갖는다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 집단은 독립적으로 선택된 특정한 입체화학적 배열로 하나 이상의 특정한 포스포로싸이오에이트 또는 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결을 포함하는 변형된 올리고뉴클레오타이드에 대해 농축된다. 특정 실시양태에서, 특정 포스포로싸이오에이트 또는 메실 포스포라미데이트 연결의 특정 배열은 집단에 있는 분자의 적어도 65%에서 존재한다. 특정 실시양태에서, 특정 포스포로싸이오에이트 또는 메실 포스포라미데이트 연결의 특정 배열은 집단에 있는 분자의 적어도 70%에서 존재한다. 특정 실시양태에서, 특정 포스포로싸이오에이트 또는 메실 포스포라미데이트 연결의 특정 배열은 집단에 있는 분자의 적어도 80%에서 존재한다. 특정 실시양태에서, 특정 포스포로싸이오에이트 또는 메실 포스포라미데이트 연결의 특정 배열은 집단에 있는 분자의 적어도 90%에서 존재한다. 특정 실시양태에서, 특정 포스포로싸이오에이트 또는 메실 포스포라미데이트 연결의 특정 배열은 집단에 있는 분자의 적어도 99%에서 존재한다. 이러한 변형된 올리고뉴클레오타이드의 카이랄 농축 집단은 당해 기술분야에서 알려진 합성 방법 예를 들어, Oka 등, JACS 125, 8307 (2003), Wan 등 Nuc. Acid. Res. 42, 13456 (2014) 및 WO 2017/015555에서 설명되는 방법을 사용하여 생성될 수 있다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 집단은 (Sp) 배열에서 적어도 하나의 지시된 포스포로싸이오에이트 또는 메실 포스포라미데이트를 갖는 변형된 올리고뉴클레오타이드가 농축되어 있다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 집단은 (Rp) 배열에서 적어도 하나의 포스포로싸이오에이트 또는 메실 포스포라미데이트를 갖는 변형된 올리고뉴클레오타이드가 농축되어 있다. 특정 실시양태에서, (Rp) 및/또는 (Sp) 포스포로싸이오에이트를 포함하는 변형된 올리고뉴클레오타이드는 각각 하기 화학식 중 하나 이상을 포함하며, 식 중 "B"는 핵염기를 나타낸다:
달리 명시되지 않는 한, 본원에서 설명되는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 카이랄 뉴클레오사이드간 연결은 입체무작위이거나 특정 입체화학적 배열일 수 있다.
중성 뉴클레오사이드간 연결은 포스포트라이에스터, 메틸포스포네이트, MMI(3'-CH2-N(CH3)-O-5'), 아마이드-3(3'-CH2-C(=O)-N(H)-5'), 아마이드-4(3'-CH2-N(H)-C(=O)-5'), 폼아세탈(3'-O-CH2-O-5'), 메톡시프로필(MOP) 및 싸이오폼아세탈(3'-S-CH2-O-5')을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 추가의 중성 뉴클레오사이드간 연결은 실록세인(다이알킬실록세인), 카복실레이트 에스터, 카복사미드, 설파이드, 설포네이트 에스터 및 아마이드를 포함하는 비이온성 결합을 포함한다(예를 들어: Carbohydrate Modifications in Antisense Research; Y.S. Sanghvi 및 P.D. Cook, 편집, ACS Symposium Series 580; 제3장 및 제4장, 40-65 참조). 추가 중성 뉴클레오사이드간 연결은 혼합된 N, O, S 및 CH2 성분 부분을 포함하는 비이온성 연결을 포함한다.
특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 아래 나타낸 바와 같이 하나 이상의 역전된 뉴클레오사이드를 포함하며:
,
식 중 각각의 Bx는 독립적으로 임의의 핵염기를 나타낸다.
특정 실시양태에서, 역전된 뉴클레오사이드는 말단(즉, 올리고뉴클레오타이드의 일 말단의 최종 뉴클레오사이드)이므로 위에서 묘사되는 뉴클레오사이드간 연결은 하나만 존재할 것이다. 특정 이러한 실시양태에서, 추가적인 특징(예컨대, 접합체기)이 역전된 뉴클레오사이드에 부착될 수 있다. 이러한 말단 역전된 뉴클레오사이드는 올리고뉴클레오타이드의 일 말단 또는 양 말단에 부착될 수 있다.
특정 실시양태에서, 이러한 기는 핵염기가 결여되어 있으며 본원에서는 역전된 당 모이어티로 지칭된다. 특정 실시양태에서, 역전된 당 모이어티는 말단(즉, 올리고뉴클레오타이드의 일 말단의 당 모이어티에 부착됨)이므로 위의 뉴클레오사이드간 연결은 하나만 존재할 것이다. 특정 이러한 실시양태에서, 추가적인 특징(예컨대, 접합체기)이 역전된 당 모이어티에 부착될 수 있다. 이러한 말단 역전된 당 모이어티는 올리고뉴클레오타이드의 일 말단 또는 양 말단에 부착될 수 있다.
특정 실시양태에서, 핵산은 표준 3'에서 5' 연결보다는 2'에서 5'로 연결될 수 있다. 이러한 연결은 아래에서 예시된다.
,
식 중 각각의 Bx는 임의의 핵염기를 나타낸다.
특정 모티프
특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 변형된 당 모이어티를 포함하는 하나 이상의 변형된 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 변형된 핵염기를 포함하는 하나 이상의 변형된 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하나 이상의 변형된 뉴클레오사이드간 연결을 포함한다. 이러한 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 변형, 비변형 및 상이하게 변형된 당 모이어티, 핵염기 및/또는 뉴클레오사이드간 연결은 패턴 또는 모티프를 정의한다. 특정 실시양태에서, 당 모이어티, 핵염기 및 뉴클레오사이드간 연결의 패턴은 각각 서로 독립적이다. 따라서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 당 모티프, 핵염기 모티프 및/또는 뉴클레오사이드간 연결 모티프에 의해 설명될 수 있다(본원에서 사용되는 핵염기 모티프는 핵염기 서열과 독립적으로 핵염기에 대한 변형을 설명함).
특정 당 모티프
특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 정의된 패턴 또는 당 모티프로 올리고뉴클레오타이드 또는 이의 영역을 따라 배열된 하나 이상의 유형의 변형된 당 및/또는 변형되지 않은 당 모이어티를 포함한다. 특정 경우, 이러한 당 모티프는 본원에서 논의되는 임의의 당 변형을 포함하나 이에 제한되지 않는다.
갭머
특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 2개의 외부 영역 또는 "윙"과 중앙 또는 내부 영역 또는 "갭"으로 정의되는 갭머 모티프를 갖는 영역을 포함하거나 이로 구성된다. 갭머 모티프의 3개 영역(5'-윙, 갭 및 3'-윙)은 인접 뉴클레오사이드 서열을 형성하며, 여기서 각각의 윙의 뉴클레오사이드의 당 모이어티 중 적어도 일부는 갭의 뉴클레오사이드의 당 모이어티 중 적어도 일부와 상이하다. 구체적으로, 갭에 최근접한 각각의 윙의 뉴클레오사이드의 적어도 당 모이어티(5'-윙의 3'-가장자리 뉴클레오사이드 및 3'-윙의 5'-가장자리 뉴클레오사이드)는 이웃하는 갭 뉴클레오사이드의 당 모이어티와 상이하여, 윙과 갭 사이의 경계(즉, 윙/갭 접합)를 정의한다. 특정 실시양태에서, 갭 내에 있는 당 모이어티는 서로 동일하다. 특정 실시양태에서, 갭은 갭의 하나 이상의 다른 뉴클레오사이드의 당 모이어티와 상이한 당 모이어티를 갖는 하나 이상의 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 두 윙의 당 모티프는 서로 동일하다(대칭 갭머). 특정 실시양태에서, 5'-윙의 당 모티프는 3'-윙의 당 모티프와 상이하다(비대칭 갭머).
특정 실시양태에서, 갭머의 윙은 1개 내지 5개의 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 갭머의 각각의 윙의 각각의 뉴클레오사이드는 변형된 뉴클레오사이드이다. 특정 실시양태에서, 갭머의 각각의 윙의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 변형된 뉴클레오사이드이다. 특정 실시양태에서, 갭머의 각각의 윙의 적어도 2개의 뉴클레오사이드는 변형된 뉴클레오사이드이다. 특정 실시양태에서, 갭머의 각각의 윙의 적어도 3개의 뉴클레오사이드는 변형된 뉴클레오사이드이다. 특정 실시양태에서, 갭머의 각각의 윙의 적어도 4개의 뉴클레오사이드는 변형된 뉴클레오사이드이다.
특정 실시양태에서, 갭머의 갭은 7개 내지 12개의 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 갭머의 갭의 각각의 뉴클레오사이드는 변형되지 않은 2'-데옥시 뉴클레오사이드이다.
특정 실시양태에서, 샙머는 데옥시 갭머이다. 실시양태에서, 각각의 윙/갭 접합의 갭 측상에 있는 뉴클레오사이드는 변형되지 않은 2'-데옥시 뉴클레오사이드이며, 각각의 윙/갭 접합의 윙 측상에 있는 뉴클레오사이드는 변형된 뉴클레오사이드이다. 특정 실시양태에서, 갭의 각각의 뉴클레오사이드는 변형되지 않은 2'-데옥시 뉴클레오사이드이다. 특정 실시양태에서, 갭머의 각각의 윙의 각각의 뉴클레오사이드는 변형된 뉴클레오사이드이다.
특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 완전히 변형된 당 모티프를 갖는 영역을 포함하거나 이로 구성된다. 이러한 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 완전히 변형된 영역의 각각의 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함한다. 특정 실시양태에서, 전체 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함한다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 완전히 변형된 당 모티프를 갖는 영역을 포함하거나 이로 구성되며, 완전히 변형된 영역 내의 각각의 뉴클레오사이드는 동일한 변형된 당 모이어티를 포함하며, 이는 본원에서 균일하게 변형된 당 모티프라고 지칭된다. 특정 실시양태에서, 완전히 변형된 올리고뉴클레오타이드는 균일하게 변형된 올리고뉴클레오타이드이다. 특정 실시양태에서, 균일하게 변형된 각각의 뉴클레오사이드는 동일한 2'-변형을 포함한다.
본원에서, 갭머의 3개 영역의 길이(뉴클레오사이드의 수)는 [5'-윙에 있는 뉴클레오사이드의 수] - [갭에 있는 뉴클레오사이드의 수] - [3'-윙에 있는 뉴클레오사이드의 수]의 표기를 사용하여 제공될 수 있다. 따라서, 5-10-5 갭머는 각각의 윙에 있는 5개의 연결된 뉴클레오사이드 및 갭에 있는 10개의 연결된 뉴클레오사이드로 구성된다. 이러한 명명법에 특정 변형이 따르는 경우, 해당 변형은 각각의 윙의 각각의 당 모이어티의 변형이고 갭 뉴클레오사이드는 변형되지 않은 데옥시뉴클레오사이드 당을 포함한다. 따라서, 5-10-5 MOE 갭머는 5'-윙에 있는 5개의 연결된 MOE 변형된 뉴클레오사이드, 갭에 있는 10개의 연결된 데옥시뉴클레오사이드 미 3'-윙에 있는 5개의 연결된 MOE 뉴클레오사이드로 구성된다.
특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 5-10-5 MOE 갭머이다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 3-10-3 BNA 갭머이다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 3-10-3 cEt 갭머이다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 3-10-3 LNA 갭머이다.
특정 핵염기 모티프
특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 정의된 패턴 또는 모티프로 올리고뉴클레오타이드 또는 이의 영역을 따라 배열된 변형된 및/또는 변형되지 않은 핵염기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 각각의 핵염기는 변형된다. 특정 실시양태에서, 핵염기 중 어느 것도 변형되지 않는다. 특정 실시양태에서, 각각의 퓨린 또는 각각의 피리미딘이 변형된다. 특정 실시양태에서, 각각의 아데닌이 변형된다. 특정 실시양태에서, 각각의 구아닌이 변형된다. 특정 실시양태에서, 각각의 타이민이 변형된다. 특정 실시양태에서, 각각의 유라실이 변형된다. 특정 실시양태에서, 각각의 사이토신이 변형된다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드에 있는 사이토신 핵염기의 일부 또는 전부는 5-메틸 사이토신이다. 특정 실시양태에서, 모든 사이토신 핵염기는 5-메틸 사이토신이며, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 모든 다른 핵염기는 변형되지 않은 핵염기이다.
특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 변형된 핵염기의 블록을 포함한다. 특정 이러한 실시양태에서, 블록은 올리고뉴클레오타이드의 3'-말단에 있다. 특정 실시양태에서, 블록은 올리고뉴클레오타이드의 3'-말단의 3개 뉴클레오사이드 내에 있다. 특정 실시양태에서, 블록은 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단에 있다. 특정 실시양태에서, 블록은 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단의 3개 뉴클레오사이드 내에 있다.
특정 실시양태에서, 갭머 모티프를 갖는 올리고뉴클레오타이드는 변형된 핵염기를 포함하는 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 이러한 실시양태에서, 변형된 핵염기를 포함하는 하나의 뉴클레오사이드는 갭머 모티프를 갖는 올리고뉴클레오타이드의 중앙 갭에 있다. 특정 이러한 실시양태에서, 상기 뉴클레오사이드의 당 모이어티는 2'-데옥시리보실 모이어티이다. 특정 실시양태에서, 변형된 핵염기는 2-싸이오피리미딘 및 5-프로핀피리미딘으로부터 선택된다.
특정 뉴클레오사이드간 연결 모티프
특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 정의된 패턴 또는 모티프로 올리고뉴클레오타이드 또는 이의 영역을 따라 배열된 변형된 및/또는 변형되지 않은 뉴클레오사이드간 연결을 포함한다. 특정 실시양태에서, 각각의 뉴클레오사이드간 연결기는 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결(P=O)이다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드간 연결기는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결(P=S)이다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결 및 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결로부터 독립적으로 선택된다. 특정 실시양태에서, 각각의 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결은 입체무작위 포스포로싸이오에이트, (Sp) 포스포로싸이오에이트 및 (Rp) 포스포로싸이오에이트로부터 독립적으로 선택된다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 당 모티프는 갭머이며, 갭 내에 있는 뉴클레오사이드간 연결은 모두 변형된다. 특정 이러한 실시양태에서, 윙의 뉴클레오사이드간 연결의 일부 또는 전부는 변형되지 않은 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결이다. 특정 실시양태에서, 말단 뉴클레오사이드간 연결이 변형된다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 당 모티프는 갭머이며, 뉴클레오사이드간 연결 모티프는 적어도 하나의 윙에 있는 적어도 하나의 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 포함하며, 여기서 적어도 하나의 포스포다이에스터은 말단 뉴클레오사이드간 연결이 아니며, 나머지 뉴클레오사이드간 연결은 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결이다. 특정 이러한 실시양태에서, 모든 포스포로싸이오에이트 연결은 입체무작위이다. 특정 실시양태에서, 윙의 모든 포스포로싸이오에이트 연결은 (Sp) 포스포로싸이오에이트이며, 갭은 적어도 하나의 Sp, Sp, Rp 모티프를 포함한다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 집단은 이러한 뉴클레오사이드간 연결 모티프를 포함하는 변형된 올리고뉴클레오타이드가 농축되어 있다.
특정 길이
활성을 제거하지 않고 올리고뉴클레오타이드의 길이를 늘리거나 줄이는 것이 가능하다. 예를 들어, Woolf 등 (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:7305-7309, 1992)에서, 길이가 13개 내지 25개의 핵염기인 일련의 올리고뉴클레오타이드를 난모세포 주입 모델에서 표적 RNA의 절단을 유도하는 능력에 대해 시험하였다. 올리고뉴클레오타이드 말단 근처에 8개 또는 11개의 불일치 염기를 갖는 길이 25개의 핵염기 올리고뉴클레오타이드는 비록 불일치를 함유하지 않은 올리고뉴클레오타이드보다 그 정도는 적지만 표적 RNA의 특이적 절단을 지시할 수 있었다. 유사하게, 표적 특이적 절단은 1개 또는 3개의 불일치를 갖는 것을 포함하여 13개의 핵염기 올리고뉴클레오타이드를 사용하여 달성되었다.
특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드(변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함함)는 임의의 다양한 길이 범위를 가질 수 있다. 특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 X개 내지 Y개의 연결된 뉴클레오사이드로 구성되며, 여기서 X는 범위에서 가장 적은 수의 뉴클레오사이드를 나타내며 Y는 범위에서 가장 큰 수의 뉴클레오사이드를 나타낸다. 특정 이러한 실시양태에서, X 및 Y는 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 및 50으로부터 각각 독립적으로 선택되며, 단, X≤Y이다. 예를 들어, 특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 12개 내지 13개, 12개 내지 14개, 12개 내지 15개, 12개 내지 16개, 12개 내지 17개, 12개 내지 18개, 12개 내지 19개, 12개 내지 20개, 12개 내지 21개, 12개 내지 22개, 12개 내지 23개, 12개 내지 24개, 12개 내지 25개, 12개 내지 26개, 12개 내지 27개, 12개 내지 28개, 12개 내지 29개, 12개 내지 30개, 13개 내지 14개, 13개 내지 15개, 13개 내지 16개, 13개 내지 17개, 13개 내지 18개, 13개 내지 19개, 13개 내지 20개, 13개 내지 21개, 13개 내지 22개, 13개 내지 23개, 13개 내지 24개, 13개 내지 25개, 13개 내지 26개, 13개 내지 27개, 13개 내지 28개, 13개 내지 29개, 13개 내지 30개, 14개 내지 15개, 14개 내지 16개, 14개 내지 17개, 14개 내지 18개, 14개 내지 19개, 14개 내지 20개, 14개 내지 21개, 14개 내지 22개, 14개 내지 23개, 14개 내지 24개, 14개 내지 25개, 14개 내지 26개, 14개 내지 27개, 14개 내지 28개, 14개 내지 29개, 14개 내지 30개, 15개 내지 16개, 15개 내지 17개, 15개 내지 18개, 15개 내지 19개, 15개 내지 20개, 15개 내지 21개, 15개 내지 22개, 15개 내지 23개, 15개 내지 24개, 15개 내지 25개, 15개 내지 26개, 15개 내지 27개, 15개 내지 28개, 15개 내지 29개, 15개 내지 30개, 16개 내지 17개, 16개 내지 18개, 16개 내지 19개, 16개 내지 20개, 16개 내지 21개, 16개 내지 22개, 16개 내지 23개, 16개 내지 24개, 16개 내지 25개, 16개 내지 26개, 16개 내지 27개, 16개 내지 28개, 16개 내지 29개, 16개 내지 30개, 17개 내지 18개, 17개 내지 19개, 17개 내지 20개, 17개 내지 21개, 17개 내지 22개, 17개 내지 23개, 17개 내지 24개, 17개 내지 25개, 17개 내지 26개, 17개 내지 27개, 17개 내지 28개, 17개 내지 29개, 17개 내지 30개, 18개 내지 19개, 18개 내지 20개, 18개 내지 21개, 18개 내지 22개, 18개 내지 23개, 18개 내지 24개, 18개 내지 25개, 18개 내지 26개, 18개 내지 27개, 18개 내지 28개, 18개 내지 29개, 18개 내지 30개, 19개 내지 20개, 19개 내지 21개, 19개 내지 22개, 19개 내지 23개, 19개 내지 24개, 19개 내지 25개, 19개 내지 26개, 19개 내지 27개, 19개 내지 28개, 19개 내지 29개, 19개 내지 30개, 20개 내지 21개, 20개 내지 22개, 20개 내지 23개, 20개 내지 24개, 20개 내지 25개, 20개 내지 26개, 20개 내지 27개, 20개 내지 28개, 20개 내지 29개, 20개 내지 30개, 21개 내지 22개, 21개 내지 23개, 21개 내지 24개, 21개 내지 25개, 21개 내지 26개, 21개 내지 27개, 21개 내지 28개, 21개 내지 29개, 21개 내지 30개, 22개 내지 23개, 22개 내지 24개, 22개 내지 25개, 22개 내지 26개, 22개 내지 27개, 22개 내지 28개, 22개 내지 29개, 22개 내지 30개, 23개 내지 24개, 23개 내지 25개, 23개 내지 26개, 23개 내지 27개, 23개 내지 28개, 23개 내지 29개, 23개 내지 30개, 24개 내지 25개, 24개 내지 26개, 24개 내지 27개, 24개 내지 28개, 24개 내지 29개, 24개 내지 30개, 25개 내지 26개, 25개 내지 27개, 25개 내지 28개, 25개 내지 29개, 25개 내지 30개, 26개 내지 27개, 26개 내지 28개, 26개 내지 29개, 26개 내지 30개, 27개 내지 28개, 27개 내지 29개, 27개 내지 30개, 28개 내지 29개, 28개 내지 30개 또는 29개 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 구성된다
특정 변형된 올리고뉴클레오타이드
특정 실시양태에서, 위의 변형(당, 핵염기, 뉴클레오사이드간 연결)은 변형된 올리고뉴클레오타이드에 통합된다. 특정 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 이의 변형 모티프 및 전체 길이를 특징으로 한다. 특정 실시양태에서, 이러한 매개변수는 각각 서로 독립적이다. 따라서, 달리 명시하지 않는 한, 갭머 당 모티프를 갖는 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 변형되거나 변형되지 않을 수 있며 당 변형의 갭머 변형 패턴을 따를 수도 있고 따르지 않을 수도 있다. 예를 들어, 당 갭머의 윙 영역 내의 뉴클레오사이드간 연결은 서로 동일하거나 상이할 수 있으며, 당 모티프의 갭 영역의 뉴클레오사이드간 연결과 동일하거나 상이할 수 있다. 마찬가지로, 이러한 당 갭머 올리고뉴클레오타이드는 당 변형의 갭머 패턴과 독립적으로 하나 이상의 변형된 핵염기를 포함할 수 있다. 달리 명시하지 않는 한, 모든 변형은 핵염기 서열과 독립적이다.
변형된 올리고뉴클레오타이드의 특정 집단
집단의 모든 변형된 올리고뉴클레오타이드가 동일한 분자식을 갖는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 집단은 입체무작위 집단 또는 카이랄 농축 집단일 수 있다. 모든 변형된 올리고뉴클레오타이드의 모든 카이랄 중심은 입체무작위 집단에서 입체무작위이다. 카이랄 농축 집단에서, 적어도 하나의 특정 카이랄 중심은 집단의 변형된 올리고뉴클레오타이드에서 입체무작위가 아니다. 특정 실시양태에서, 카이랄 농축 집단의 변형된 올리고뉴클레오타이드는 β-D 리보실 당 모이어티가 농축되고, 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결 모두는 입체무작위이다. 특정 실시양태에서, 카이랄 농축 집단의 변형된 올리고뉴클레오타이드는 특정 입체화학적 배열에서 β-D 리보실 당 모이어티 및 적어도 하나의 특정 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결 모두에 대해 농축된다.
핵염기 서열
특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드(비변형된 또는 변형된 올리고뉴클레오타이드)는 이들의 핵염기 서열에 의해 추가로 설명된다. 특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 표적 핵산과 같은 제2 올리고뉴클레오타이드 또는 식별된 참조 핵산에 상보적인 핵염기 서열을 갖는다. 특정 이러한 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드의 영역은 표적 핵산과 같은 제2 올리고뉴클레오타이드 또는 식별된 참조 핵산에 상보적인 핵염기 서열을 갖는다. 특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드의 영역 또는 전체 길이의 핵염기 서열은 표적 핵산과 같은 제2 올리고뉴클레오타이드 또는 핵산에 대해 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100% 상보적이다.
저중합체 이중체
특정 실시양태에서, 본원에서 설명되는 저중합체 화합물은 표적 핵산의 핵염기 서열에 상보적인 핵염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 제2 저중합체 화합물과 쌍을 이루어 저중합체 이중체를 형성한다. 이러한 저중합체 이중체는 표적 핵산에 상보적인 영역을 갖는 제1 저중합체 화합물 및 제1 저중합체 화합물에 상보적인 영역을 갖는 제2 저중합체 화합물을 포함한다. 특정 실시양태에서, 저중합체 이중체의 제1 저중합체 화합물은 변형되거나 변형되지 않은 올리고뉴클레오타이드, 접합체 링커 및 접합체 모이어티를 포함하거나 본질적으로 이로 구성된다. 특정 실시양태에서, 저중합체 이중체의 제1 저중합체 화합물은 변형되거나 변형되지 않은 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 본질적으로 이로 구성된다. 특정 실시양태에서, 저중합체 이중체의 제2 저중합체 화합물은 변형되거나 변형되지 않은 올리고뉴클레오타이드, 접합체 링커 및 접합체 모이어티를 포함하거나 본질적으로 이로 구성된다. 저중합체 이중체의 저중합체 화합물 중 하나 또는 둘 모두는 접합체 링커 및 접합체 모이어티를 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 접합체 링커에 직접 연결되며, 접합체 링커는 접합체 모이어티에 직접 연결된다. 저중합체 이중체의 각각의 저중합체 화합물의 올리고뉴클레오타이드는 비상보적 오버행 뉴클레오사이드를 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 오버행 뉴클레오사이드는 표적 핵산에 상보적일 수 있다. 특정 실시양태에서, 오버행 뉴클레오사이드는 표적 핵산이 아닐 수 있다. 특정 실시양태에서, 2개의 올리고뉴클레오타이드는 서로에 대해 적어도 하나의 불일치를 갖는다. 특정 실시양태에서, 저중합체 이중체는 안티센스 작용제이다.
특정 실시양태에서, 제1 저중합체 화합물은 안티센스 화합물이다. 특정 실시양태에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드는 안티센스 올리고뉴클레오타이드이다. 특정 실시양태에서, 제2 저중합체 화합물은 센스 화합물이다. 특정 실시양태에서, 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드는 센스 올리고뉴클레오타이드이다. 특정 실시양태에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드는 안티센스 RNAi 올리고뉴클레오타이드이다. 특정 실시양태에서, 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드는 센스 RNAi 올리고뉴클레오타이드이다. 특정 실시양태에서, 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 핵염기 서열은 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드의 동일한 부분의 핵염기 서열에 적어도 90% 상보적인 적어도 9개, 적어도 10개, 적어도 11개, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개, 적어도 15개, 적어도 16개, 적어도 17개, 적어도 18개, 적어도 19개, 적어도 20개 또는 21개의 핵염기의 상보적 영역을 포함한다. 특정 실시양태에서, 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 핵염기 서열은 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드의 동일한 부분의 핵염기 서열에 적어도 95% 상보적인 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 적어도 11개, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개, 적어도 15개, 적어도 16개, 적어도 17개, 적어도 18개, 적어도 19개, 적어도 20개 또는 21개의 핵염기의 상보적 영역을 포함한다. 특정 실시양태에서, 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 핵염기 서열은 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드의 동일한 부분의 핵염기 서열에 100% 상보적인 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 적어도 11개, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개, 적어도 15개, 적어도 16개, 적어도 17개, 적어도 18개, 적어도 19개, 적어도 20개 또는 21개의 핵염기의 상보적 영역을 포함한다. 특정 실시양태에서, 저중합체 이중체는 안티센스 작용제이다. 특정 실시양태에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드는 21개 내지 23개의 올리고뉴클레오타이드의 길이를 갖는 안티센스 RNAi 올리고뉴클레오타이드이다. 특정 실시양태에서, 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드는 19개 내지 21개의 올리고뉴클레오타이드의 길이를 갖는 센스 RNAi 올리고뉴클레오타이드이다.
본원에서 설명되는 임의의 저중합체 이중체에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드 및/또는 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함할 수 있다. 적합한 변형된 당 모이어티의 예는 이환식 당 모이어티, 예컨대, -O-CH2- 및 -O-CH(CH3)-로부터 선택되는 2'-4' 브릿지 및 비이환식 당 모이어티, 예컨대, 2'-MOE 당 모이어티, 2'-F 당 모이어티, 2'-OMe 당 모이어티 또는 2'-NMA 당 모이어티를 포함하나 이에 제한되지 않는다. 특정 실시양태에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드 및/또는 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 변형된 2'-데옥시리보실 당 모이어티를 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드 및/또는 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레오사이드의 적어도 80%, 적어도 90% 또는 100%는 2'-F 및 2'-OMe로부터 선택되는 변형된 당 모이어티를 포함한다. 특정 실시양태에서, 하나 이상의 2'-F 당 모이어티는 2'-β-D-리보실 이외의 형태를 갖는다. 특정 실시양태에서, 하나 이상의 2'-F 당 모이어티는 2'-β-D-자일로실 형태로 존재한다.
본원에서 설명되는 임의의 저중합체 이중체에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드 및/또는 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 당 대용물을 포함할 수 있다. 적합한 당 대용물의 예는 모폴리노, 헥시톨 핵산(HNA), 플루오로-헥시톨 핵산(F-HNA), 글라이콜 핵산(GNA)의 당 대용물 및 잠금 해제된 핵산(unlocked nucleic acid, UNA)을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 특정 실시양태에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 GNA일 수 있는 당 대용물을 포함한다.
본원에서 설명되는 임의의 저중합체 이중체에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드 및/또는 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드간 연결은 변형된 뉴클레오사이드간 연결을 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 변형된 뉴클레오사이드간 연결은 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결이다. 특정 실시양태에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드의 5' 말단 및/또는 3' 말단의 제1, 제2, 또는 제3 뉴클레오사이드간 연결 중 적어도 하나는 포스포로싸이오에이트 연결을 포함한다. 특정 실시양태에서, 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 5' 말단 및/또는 3' 말단의 제1, 제2, 또는 제3 뉴클레오사이드간 연결 중 적어도 하나는 포스포로싸이오에이트 연결을 포함한다. 특정 실시양태에서, 변형된 뉴클레오사이드간 연결은 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결이다. 특정 실시양태에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드의 5' 말단 및/또는 3' 말단의 제1 또는 제2 뉴클레오사이드간 연결 중 적어도 하나는 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결을 포함한다. 특정 실시양태에서, 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 5' 말단 및/또는 3' 말단의 제1 또는 제2 뉴클레오사이드간 연결 중 적어도 하나는 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결을 포함한다.
본원에서 설명되는 임의의 저중합체 이중체에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드 및/또는 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 포함할 수 있다.
본원에서 설명되는 임의의 저중합체 이중체에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드 및/또는 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포다이에스터, 포스포로싸이오에이트 또는 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결로부터 독립적으로 선택될 수 있다.
본원에서 설명되는 임의의 저중합체 이중체에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드 및/또는 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포다이에스터 또는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결로부터 독립적으로 선택될 수 있다.
본원에서 설명되는 임의의 저중합체 이중체에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드 및/또는 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포다이에스터 또는 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결로부터 독립적으로 선택될 수 있다.
본원에서 설명되는 임의의 저중합체 이중체에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레오사이드간 연결 모티프는 ssooooooooooooooooooss일 수 있으며, 여기서 각각의 "s"는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결이며 각각의 “o"는 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결이다. 본원에서 설명되는 임의의 저중합체 이중체에서, 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레오사이드간 연결 모티프는 ssooooooooooooooooss일 수 있으며, 여기서 각각의 "s"는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결이며 각각의 “o"는 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결이다.
본원에서 설명되는 임의의 저중합체 이중체에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드 및/또는 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 핵염기는 변형된 핵염기일 수 있다. 특정 실시양태에서, 변형된 핵염기는 5-메틸사이토신이다.
본원에서 설명되는 임의의 저중합체 이중체에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드는 5'-가장자리 뉴클레오사이드의 5' 위치에 부착된 안정화된 포스페이트기를 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 안정화된 포스페이트기는 사이클로프로필 포스포네이트 또는 (E)-바이닐 포스포네이트를 포함한다.
일부 실시양태에서, 저중합체 이중체는 국제 공개 번호 제WO 2022/174053호에서 설명되는 모티프를 갖는다.
본원에서 설명되는 임의의 저중합체 이중체에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드 및/또는 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드는 접합체기를 포함할 수 있다. 바람직하게는, 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드는 접합체기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 접합체 링커 및 접합체 모이어티를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단에서 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드에 부착된다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 3'-말단에서 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드에 부착된다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 내부 위치에서 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드에 부착된다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 퓨라노실 당 모이어티의 2'-변형을 통해 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드에 부착된다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 변형된 뉴클레오사이드간 연결을 통해 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드에 부착된다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단에서 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드에 부착된다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 3'-말단에서 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드에 부착된다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 내부 위치에서 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드에 부착된다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 퓨라노실 당 모이어티의 2'-변형을 통해 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드에 부착된다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 변형된 뉴클레오사이드간 연결을 통해 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드에 부착된다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 TfR1 및 CD71로도 알려진 트랜스페린 수용체(TfR)에 대한 친화도를 갖는 세포 표적화 모이어티를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 항TfR1 항체 또는 이의 단편을 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 TfR1에 결합할 수 있는 단백질 또는 펩타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체기는 TfR1에 결합할 수 있는 이환식 펩타이드이다.
안티센스 활성
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물 및 저중합체 이중체는 표적 핵산에 혼성화하여 적어도 하나의 안티센스 활성을 초래할 수 있으며; 이러한 저중합체 화합물 및 저중합체 이중체는 안티센스 화합물이다. 특정 실시양태에서, 안티센스 화합물은 표준 세포 검정에서 표적 핵산의 양 또는 활성을 25% 이상 감소시키거나 억제하는 경우 안티센스 활성을 갖는다. 특정 실시양태에서, 안티센스 화합물은 하나 이상의 표적 핵산에 선택적으로 영향을 미친다. 이러한 안티센스 화합물은 하나 이상의 표적 핵산에 혼성화하여, 하나 이상의 원하는 안티센스 활성을 생성하며, 하나 이상의 비표적 핵산에 혼성화하지 않거나 또는 유의한 목적하지 않는 안티센스 활성을 생성하는 방식으로 하나 이상의 비표적 핵산에 혼성화하지 않는 핵염기 서열을 포함한다.
특정 안티센스 활성에서, 안티센스 화합물의 표적 핵산으로의 혼성화는 표적 핵산을 절단하는 단백질의 동원을 초래한다. 예를 들어, 특정 안티센스 화합물은 표적 핵산의 RNase H 매개 절단을 초래한다. RNase H는 RNA:DNA 이중체의 RNA 가닥을 절단하는 세포 핵산내부분해효소이다. 이러한 RNA:DNA 이중체의 DNA는 변형되지 않은 DNA일 필요는 없다. 특정 실시양태에서, 본원에서 설명되는 안티센스 화합물은 RNase H 활성을 유도하기에 충분히 "DNA 유사"하다. 특정 실시양태에서, 갭머의 갭에 있는 하나 이상의 비DNA 유사 뉴클레오사이드가 허용된다.
특정 안티센스 활성에서, 안티센스 화합물 또는 안티센스 화합물의 부분이 RNA 유도 침묵 복합체(RISC)에 로딩되어 궁극적으로 표적 핵산이 절단된다. 예를 들어, 특정 안티센스 화합물은 아고노트(Argonaute)에 의해 표적 핵산이 절단되는 결과를 초래한다. RISC에 로딩되는 안티센스 화합물은 RNAi 화합물이다. RNAi 화합물은 이중 가닥(siRNA) 또는 단일 가닥(ssRNA)일 수 있다.
특정 실시양태에서, 안티센스 화합물의 표적 핵산으로의 혼성화는 해당 표적 핵산을 절단하는 단백질의 동원을 초래하지 않는다. 특정 실시양태에서, 안티센스 화합물의 표적 핵산으로의 혼성화는 표적 핵산의 스플라이싱의 변경을 초래한다. 특정 실시양태에서, 안티센스 화합물의 표적 핵산으로의 혼성화는 표적 핵산과 단백질 또는 다른 핵산 사이의 결합 상호작용을 억제하는 결과를 초래한다. 특정 실시양태에서, 안티센스 화합물의 표적 핵산으로의 혼성화는 표적 핵산의 번역의 변경을 초래한다.
안티센스 활성은 직접적으로 또는 간접적으로 관찰될 수 있다. 특정 실시양태에서, 안티센스 활성의 관찰 또는 검출은 표적 핵산 또는 이러한 표적 핵산에 의해 코딩된 단백질의 양 변화, 핵산 또는 단백질의 스플라이스 변이체 비율의 변화 및 /또는 세포나 대상체의 표현형 변화의 관찰 또는 검출을 포함한다.
특정 표적 핵산
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 표적 핵산에 상보적인 영역을 포함하는 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 이로 구성된다. 특정 실시양태에서, 표적 핵산은 내인성 RNA 분자이다. 특정 실시양태에서, 표적 핵산은 단백질을 코딩한다. 특정 이러한 실시양태에서, 표적 핵산은 인트론, 엑손 및 비번역 영역을 포함하는 성숙 mRNA 및 pre-mRNA로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 표적 RNA는 성숙 mRNA이다. 특정 실시양태에서, 표적 핵산은 pre-mRNA이다. 특정 이러한 실시양태에서, 표적 영역은 전체적으로 인트론 내에 있다. 특정 실시양태에서, 표적 영역은 인트론/엑손 접합에 걸쳐 있다. 특정 실시양태에서, 표적 영역은 인트론 내에 적어도 50%이다. 특정 실시양태에서, 표적 핵산은 레트로유전자의 RNA 전사 생성물이다. 특정 실시양태에서, 표적 핵산은 비코딩 RNA이다. 특정 이러한 실시양태에서, 표적 비코딩 RNA는 긴 비코딩 RNA, 짧은 비코딩 RNA, 인트론 RNA 분자로부터 선택된다.
표적 핵산에 대한 상보성/불일치
활성을 제거하지 않고 불일치 염기를 도입하는 것이 가능하다. 예를 들어, Gautschi 등(J. Natl. Cancer Inst. 93:463-471, 2001년 3월)은 bcl-2 mRNA에 대해 100% 상보성을 갖고 bcl-xL mRNA에 대해 3개의 불일치를 갖는 올리고뉴클레오타이드가 시험관내 및 생체내에서 bcl-2 및 bcl-xL 둘 모두의 발현을 감소시키는 능력을 입증하였다. 또한, 이러한 올리고뉴클레오타이드는 생체내에서 강력한 항종양 활성을 입증하였다. Maher 및 Dolnick(Nuc. Acid. Res. 16:3341-3358, 1988)은 토끼 망상적혈구 검정에서 인간 DHFR의 번역을 정지하는 능력에 대해 일련의 탠덤 14 핵염기 올리고뉴클레오타이드 및 각각 2개 또는 3개의 탠덤 올리고뉴클레오타이드의 서열로 구성되는 28 및 42 핵염기 올리고뉴클레오타이드를 시험하였다. 각각의 3개의 14개의 핵염기 올리고뉴클레오타이드는 비록 28개 또는 42개의 핵염기 올리고뉴클레오타이드보다 더 적당한 수준이기는 하지만 번역을 억제할 수 있었다.
특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 올리고뉴클레오타이드의 전체 길이에 걸쳐 표적 핵산에 상보적이다. 특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 표적 핵산에 99%, 95%, 90%, 85% 또는 80% 상보적이다. 특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 올리고뉴클레오타이드의 전체 길이에 걸쳐 표적 핵산에 대해 적어도 80% 상보적이며 표적 핵산에 대해 100% 또는 완전히 상보적인 영역을 포함한다. 특정 실시양태에서, 완전 상보성 영역은 길이가 6개 내지 20개, 10개 내지 18개 또는 18개 내지 20개의 핵염기이다.
특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 표적 핵산에 비해 하나 이상의 불일치 핵염기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 표적에 대한 안티센스 활성은 이러한 불일치에 의해 감소되나 비표적에 대한 활성은 더 큰 양만큼 감소된다. 따라서, 특정 실시양태에서 올리고뉴클레오타이드의 선택성이 개선된다. 특정 실시양태에서, 불일치는 갭머 모티프를 갖는 올리고뉴클레오타이드 내에 특이적으로 위치된다. 특정 실시양태에서, 불일치는 갭 영역의 5'-말단으로부터 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8에 있다. 특정 실시양태에서, 불일치는 갭 영역의 3'-말단으로부터 위치 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1에 있다. 특정 실시양태에서, 불일치는 윙 영역의 5'-말단으로부터 위치 1, 2, 3, 또는 4에 있다. 특정 실시양태에서, 불일치는 윙 영역의 3'-말단으로부터 위치 4, 3, 2, 또는 1에 있다.
특정 표적 핵산
제공되는 발명과 관련하여 유용할 수 있는 근육 핵산을 표적으로 하는 변형된 올리고뉴클레오타이드는 이전에 설명되었으며, 특히 변형된 올리고뉴클레오타이드는 본 발명의 조성물에 포함될 수 있다. 특정 실시양태에서, 표적 핵산은 근육 표적 핵산이다. 특정 실시양태에서, 표적 핵산은 ACTC1, ACTN2, ACVR1, ACVR1B, C9ORF72, CALR3, CaMK2d, CSRP3, DMD, DMPK, DNM2, DUX4, FBX032, FLNC, FXN, GYS1, HPRT, INHBA, JPH2, KLF15, LDB3, MED1, MED13, MEF2D, MSTN, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MLCK1, MYOZ2, MYPN, NEXN, NLRP3, PLN, PPP1R3A, PRKAG2, RYR, SOD1, TCAP, TNN, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TRIM64 또는 VCL로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 하나 이상의 이러한 표적 핵산을 표적으로하는 변형된 올리고뉴클레오타이드는 국제 특허 공개 번호 제WO2019/090160호, 제WO2020/028842호, 제WO2020/028841호, 제WO2020/028831호, 제WO2021/142260호, 제WO2021/142227호, 제WO2020/028840호, 제WO2021/142217호, 제WO2021/142331호 또는 제WO2021/142269호에서 설명되고 제시되는 하나 이상의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다.
특정 실시양태에서, 근육 표적 핵산은 CaMK2d, NLRP3, PLN, DMD, DMPK, DNM2, DUX4, 또는 HPRT로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, CaMK2d 핵산은 서열식별번호: 1(GENBANK 수탁 번호 제NC_000004.12호의 보체, 뉴클레오사이드 113448001 내지 113765000으로부터 절단됨) 또는 서열식별번호: 2(GENBANK 수탁 번호 제NM_001321571.2호)에서 제시되는 서열을 갖는다. 특정 실시양태에서, NLRP3 핵산은 서열식별번호: 3(GENBANK 수탁 번호 제NC_000001.11호, 뉴클레오사이드 247413001 내지 247454000으로부터 절단됨) 또는 서열식별번호: 4(GENBANK 수탁 번호 제NM_004895.4호)에서 제시되는 서열을 갖는다. 특정 실시양태에서, PLN 핵산은 서열식별번호: 5(GENBANK 수탁 번호 제NC_000006.12호, 뉴클레오사이드 118545001 내지 118565000으로부터 절단됨) 또는 서열식별번호: 6(GENBANK 수탁 번호 제NM_002667.4호)에서 제시되는 서열을 갖는다. 특정 실시양태에서, DMD 핵산은 서열식별번호: 7(GENBANK NT_011757.15의 보체, 뉴클레오타이드 28916001 내지 31142000으로부터 절단됨)에서 제시되는 서열을 갖는다. 특정 실시양태에서, DMPK 핵산은 서열식별번호: 8(GenBank 수탁번호 제NT_011109.15호, 뉴클레오타이드 18540696 내지 18555106으로부터 절단됨) 또는 서열식별번호: 9(GENBANK 수탁번호 제NM_001081560.1호)에서 제시되는 서열을 갖는다. 특정 실시양태에서, DNM2 핵산은 서열식별번호: 10(GenBank 수탁 번호 제NC_000019.10호, 뉴클레오사이드 10715001 내지 10835000으로부터 절단됨) 또는 서열식별번호: 11(GENBANK 수탁 번호 제NM_004945.3호)에서 제시되는 서열을 갖는다. 특정 실시양태에서, DUX4 핵산은 서열식별번호: 12(GENBANK 수탁 번호 제NC_000004.12호, 뉴클레오타이드 190171001 내지 190187000으로부터 절단됨) 또는 서열식별번호: 13(GENBANK 수탁 번호 제NM_001306068.2호)에서 제시되는 서열을 갖는다. 특정 실시양태에서, HPRT1 핵산은 서열식별번호: 253(ENSEMBL ID ENSG00000165704.15, 릴리스 107(2022년 7월))에 제시된 서열을 갖는다.
특정 실시양태에서, CaMK2d를 표적으로 하는 변형된 올리고뉴클레오타이드는 국제 특허 공개 번호 제WO2019/165067호, 제WO2021/158810호 또는 제WO2022/058386호에서 설명되고 제시되는 하나 이상의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, NLRP3를 표적으로 하는 변형된 올리고뉴클레오타이드는 국제 특허 공개 번호 제WO2022178146A1호에서 설명되고 제시되는 하나 이상의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 이는 참조에 의해 본원에 원용된다. 특정 실시양태에서, PLN를 표적으로 하는 변형된 올리고뉴클레오타이드는 국제 특허 공개 번호 제WO2022/173976호(이는 참조에 의해 본원에 원용됨) 또는 국제 특허 공개 번호 제WO2001/16312호에서 설명되고 제시되는 하나 이상의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, DMD를 표적으로 하는 변형된 올리고뉴클레오타이드는 WO2018/014042(이는 참조에 의해 본원에 원용됨) 또는 국제 특허 공개 제WO2022/020107호, 제WO2021/025899호, 제WO2021/003573호, 제WO2021/142307호, 제WO2020/257489호, 제WO2020/219820호, 제WO2020/214763호, 제WO2020/198268호, 제WO2020/089325호, 제WO2020/028832호, 제WO2019/200185호, 제WO2019/090160호, 제WO2019/060775호, 제WO2019/014772호, 제WO2018/129384호, 제WO2018/067973호, 제WO2018/055577호, 제WO2018/014043호, 제WO2018/014042호, 제WO2018/007475호, 제WO2018/005805호, 제WO2017/210647호, 제WO2017/192679호, 제WO2017/047707호, 제WO2015/137409호, 제WO2014/153220호, 제WO2013/112053호, 제WO2013/100190호, 제WO2012/029986호, 제WO2011/057350호, 제WO2010/123369호, 제WO2010/048586호, 제WO2009/054725호, 제WO2007/135105호, 제WO2006/000057호, 제WO2004/083446호, 제WO2004/048570호 또는 제WO2002/024906호에서 설명되고 제시되는 하나 이상의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, DMPK를 표적으로 하는 변형된 올리고뉴클레오타이드는 국제 특허 공개 제WO 2012/012443호, 제WO2012/012467호, 제WO2015/021457호(이는 참조에 의해 본원에 원용됨) 또는 국제 특허 공개 제WO2022/147209호, 제WO2022/026152호, 제WO2021142234호, 제WO2021/076856호, 제WO2020/028861호, 제WO2019/113393호, 제WO2006/006948호, 제WO 2005/116204호, 제WO2018/002812호, 제WO2018/078131호 또는 제WO2018/078134호에서 설명되고 제시되는 하나 이상의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, DNM2를 표적으로 하는 변형된 올리고뉴클레오타이드는 국제 특허 공개 번호 제WO2019/140452호(이는 참조에 의해 본원에 원용됨) 또는 국제 특허 공개 번호 제WO2020/028844호, 제WO2015/055859호 또는 제WO2016/170162호에서 설명되고 제시되는 하나 이상의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, DUX4를 표적으로 하는 변형된 올리고뉴클레오타이드는 국제 특허 공개 번호 제WO2016/115490호, 제WO2022/159712호(이는 참조에 의해 본원에 원용됨) 또는 미국 특허 공개 번호 제US2021220479호 또는 국제 특허 공개 번호 제WO2022/147207호, 제WO2022/020106호, 제WO2021/142275호, 제WO2020/028840호, 제WO2020/203880호, 제WO2020/028864호, 제WO2019/060432호, 제WO 2017/050836호, 제WO2016/115490호 또는 제WO2012/024535호에서 설명되고 제시되는 하나 이상의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다.
특정 약제학적 조성물
특정 실시양태에서, 본원에서 설명되는 약제학적 조성물은 하나 이상의 저중합체 화합물을 포함한다. 특정 실시양태에서, 하나 이상의 저중합체 화합물은 각각 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 약제학적으로 허용 가능한 희석제 또는 담체를 포함한다. 특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 멸균 식염수 용액 및 하나 이상의 저중합체 화합물을 포함한다. 특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 멸균 식염수 용액 및 하나 이상의 저중합체 화합물로 구성되거나 이로 본질적으로 구성된다. 특정 실시양태에서, 멸균 식염수는 약제학적 등급 식염수이다. 특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 하나 이상의 저중합체 화합물 및 멸균수를 포함한다. 특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 하나 이상의 저중합체 화합물 및 멸균수로 구성되거나 이로 본질적으로 구성된다. 특정 실시양태에서, 멸균수는 약제학적 등급 물이다. 특정 실시양태에서, 약제학적으로 허용 가능한 희석제 또는 담체는 주사용 증류수이다. 특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 하나 이상의 저중합체 화합물 및 인산염 완충 식염수(PBS)를 포함한다. 특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 하나 이상의 저중합체 화합물 및 PBS로 구성되거나 이로 본질적으로 구성된다. 특정 실시양태에서, 멸균 PBS는 약제학적 등급 PBS이다. 특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 하나 이상의 저중합체 화합물 및 인공 뇌척수액을 포함한다. 특정 실시양태에서, 멸균 PBS는 약제학적 등급 PBS이다. 특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 인공 뇌척수액으로 구성되거나 이로 본질적으로 구성된다. 특정 실시양태에서, 인공 뇌척수액은 약제학적 등급이다.
특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 본원에서 개시되는 하나 이상의 저중합체 화합물 및 하나 이상의 부형제를 포함한다. 특정 실시양태에서, 부형제는 물, 염 용액, 알코올, 폴리에틸렌 글라이콜, 젤라틴, 락토스, 아밀레이스, 마그네슘 스테아레이트, 활석, 규산, 점성 파라핀, 하이록시메틸셀룰로스 및 폴리바이닐피롤리돈으로부터 선택된다.
특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 약제학적 조성물 또는 제제의 제조를 위해 약제학적으로 허용 가능한 활성 및/또는 불활성 물질과 혼합될 수 있다. 약제학적 조성물의 제제화를 위한 조성물 및 방법은 투여 경로, 질환의 정도 또는 투여 용량을 포함하나 이에 제한되지 않는 다수의 기준에 따라 달라진다.
특정 실시양태에서, 본원에서 개시되는 저중합체 화합물을 포함하는 약제학적 조성물은 저중합체 화합물의 임의의 약제학적으로 허용 가능한 염, 저중합체 화합물의 에스터 또는 이러한 에스터의 염을 포함한다. 특정 실시양태에서, 하나 이상의 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 저중합체 화합물을 포함하는 약제학적 조성물은 인간을 포함하는 대상체에게 투여 시 생물학적 활성 대사산물 또는 이의 잔기를 (직접적으로 또는 간접적으로) 제공할 수 있다. 따라서, 예를 들어, 본 개시내용은 또한 저중합체 화합물의 약제학적으로 허용 가능한 염, 전구약물, 이러한 전구약물의 약제학적으로 허용 가능한 염 및 다른 생물학적 등가물에 관한 것이다. 적합한 약제학적으로 허용 가능한 염은 소듐 및 포타슘 염을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 특정 실시양태에서, 전구약물은 올리고뉴클레오타이드에 부착된 접합체 모이어티를 포함하며, 여기서 접합체 모이어티는 신체 내에서 내인성 핵산분해효소에 의해 절단된다.
지질 모이어티는 다양한 방법으로 핵산 요법에서 사용되어 왔다. 특정 이러한 방법에서, 저중합체 화합물과 같은 핵산은 양이온성 지질과 중성 지질의 혼합물로 구성되는 사전 형성된 리포솜 또는 리포플렉스에 도입된다. 특정 방법에서, 단일 또는 다중 양이온성 지질과의 DNA 복합체가 중성 지질의 존재 없이 형성된다. 특정 실시양태에서, 지질 모이어티가 특정 세포 또는 조직에 대한 저중합체 작용제의 분포를 증가시키기 위해 선택된다. 특정 실시양태에서, 지질 모이어티가 지방 조직에 대한 저중합체 작용제의 분포를 증가시키기 위해 선택된다. 특정 실시양태에서, 지질 모이어티가 근육 조직에 대한 저중합체 작용제의 분포를 증가시키기 위해 선택된다.
특정 실시양태에서, 본원에서 개시되는 약제학적 조성물은 전달 시스템을 포함한다. 전달 시스템의 예는 리포솜 및 유화액을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 특정 전달 시스템은 소수성 화합물을 포함하는 것을 포함하는 특정 약제학적 조성물을 제조하는 데 유용하다. 특정 실시양태에서, 다이메틸설폭사이드와 같은 특정 유기 용매가 사용된다.
특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 본원에서 설명되는 저중합체 화합물을 특정 조직 또는 세포 유형에 전달하도록 설계된 하나 이상의 조직 특이적 전달 분자를 포함한다. 예를 들어, 특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 조직 특이적 항체로 코팅된 리포솜을 포함한다.
특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 공용매 시스템을 포함한다. 특정 이러한 공용매 시스템 중 일부는 예를 들어 벤질 알코올, 비극성 계면활성제, 수혼화성 유기 중합체 및 수성상(aqueous phase)을 포함한다. 특정 실시양태에서, 이러한 공용매 시스템은 소수성 화합물에 사용된다. 이러한 공용매 시스템의 비제한적인 예는 3% w/v 벤질 알코올, 8% w/v의 비극성 계면활성제 폴리소르베이트 80™ 및 65% w/v 폴리에틸렌 글라이콜 300을 포함하는 무수 에탄올의 용액인 VPD 공용매 시스템이다. 이러한 공용매 시스템의 비율은 용해도 및 독성 특성을 유의하게 변경하지 않고도 상당히 다양할 수 있다. 또한, 공용매 성분의 동일성은 다양할 수 있고, 예를 들어, 다른 계면활성제가 폴리소르베이트 80™ 대신에 사용될 수 있으며, 폴리에틸렌 글라이콜의 분획 크기가 다양할 수 있고, 다른 생체적합성 중합체가 폴리에틸렌 글리콜, 예를 들어, 폴리바이닐 피롤리돈을 대체할 수 있으며, 다른 당 또는 다당류가 덱스트로스를 대체할 수 있다.
특정 실시양태에서, 본원에서 개시되는 약제학적 조성물은 경구 투여를 위해 제조된다. 특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 협측 투여를 위해 제조된다. 특정 실시양태에서, 약제학적 조성물은 주사에 의한 투여를 위해 제조된다(예를 들어, 정맥내, 피하, 근육내, 경막내(IT), 뇌실내(ICV) 등). 특정 이러한 실시양태에서, 약제학적 조성물은 담체를 포함하며 물 또는 행크스 용액(Hanks's solution), 링거 용액(Ringer's solution) 또는 생리 식염수 완충제와 같은 생리학적으로 적합한 완충제와 같은 수용액으로 제제화된다. 특정 실시양태에서, 다른 성분이 포함된다(예를 들어, 용해도를 보조하거나 보존제 역할을 하는 성분). 특정 실시양태에서, 주사용 현탁액은 적절한 액체 담체, 현탁화제 등을 사용하여 제조된다. 주사를 위한 특정 약제학적 조성물은 단위 투여량 형태, 예를 들어, 앰플 또는 다중 투여 용기에 제시된다. 주사를 위한 특정 약제학적 조성물은 유성 또는 수성 운반체(vehicle) 중 현탁액, 용액 또는 유화액일 수 있으며, 제제화제(formulatory agent), 예컨대, 현탁제, 안정화제 및/또는 분산제를 함유할 수 있다. 주사를 위한 약제학적 조성물에 사용하기에 적합한 특정 용매는 친유성 용매 및 지방유, 예컨대, 참기름, 합성 지방산 에스터, 예컨대, 에틸 올레이트 또는 트라이글리세라이드 및 리포솜을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 수성 주사 현탁액을 함유할 수 있다.
특정 조건하에서, 본원에 개시된 특정 화합물은 산으로 작용한다. 이러한 화합물은 양성자화(유리 산) 형태, 이온화(음이온) 형태 또는 이온화되어 양이온(염) 형태와 회합되어 도시되거나 설명될 수 있으나, 이러한 화합물의 수용액은 이러한 형태 사이에서 평형 상태로 존재한다. 예를 들어, 수용액에서 올리고뉴클레오타이드의 포스페이트 연결은 유리 산, 음이온 및 염 형태 사이에서 평형 상태로 존재한다. 달리 명시하지 않는 한, 본원에서 설명되는 화합물은 이러한 모든 형태를 포함하도록 의도된다. 더욱이, 특정 올리고뉴클레오타이드는 여러 개의 이러한 연결을 가지며, 각각은 평형 상태에 있다. 따라서 용액에 있는 올리고뉴클레오타이드는 모두 평형 상태에서 여러 위치에서 형태의 집합체로 존재한다. 용어 "올리고뉴클레오타이드"는 이러한 모든 형태를 포함하도록 의도된다. 도시되는 구조는 필연적으로 단일한 형태를 도시한다. 그럼에도 불구하고, 달리 명시하지 않는 한, 이러한 도면은 마찬가지로 상응하는 형태를 포함하도록 의도된다. 본원에서, 용어 "또는 이의 염"이 이어지는 화합물의 유리 산을 나타내는 구조는 양이온과 회합하여 완전히 또는 부분적으로 양성자화/탈양성자화될 수 있는 모든 이러한 형태를 명시적으로 포함한다. 특정 경우, 하나 이상의 특정 양이온이 식별되다.
특정 실시양태에서, 본원에서 개시되는 저중합체 화합물은 소듐을 갖는 수용액에서 존재한다. 특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 포타슘을 갖는 수용액에서 존재한다. 특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 PBS에서 존재한다. 특정 실시양태에서, 저중합체 화합물은 물에서 존재한다. 특정 이러한 실시양태에서, 용액의 pH는 목적하는 pH를 달성하기 위해 NaOH 및/또는 HCl로 조정된다.
본원에서, 특정 구체적 용량이 설명된다. 용량은 투여량 단위 형태일 수 있다. 명확성을 위하여, 밀리그램 단위의 변형된 올리고뉴클레오타이드 또는 저중합체 화합물의 용량(또는 투여량 단위)은 임의의 접합체기의 질량을 제외하고 변형된 올리고뉴클레오타이드의 유리 산 형태의 질량을 나타낸다. 위에서 설명한 바와 같이 수용액에서 유리 산은 음이온 및 염 형태와 평형을 이룬다. 그러나, 용량 계산의 목적을 위해, 변형된 올리고뉴클레오타이드 또는 저중합체 화합물은 무용매, 소듐 아세테이트 미포함, 무수, 유리 산으로 존재한다고 가정한다. 예를 들어, 변형된 올리고뉴클레오타이드 또는 저중합체 화합물이 소듐(예를 들어, 식염수)을 포함하는 용액에 있는 경우, 변형된 올리고뉴클레오타이드 또는 저중합체 화합물은 부분적으로 또는 완전히 탈양성자화되고 Na+ 이온과 회합될 수 있다. 그러나, 그럼에도 불구하고, 양성자의 질량은 용량의 중량에 포함되며, Na+ 이온의 질량은 용량의 중량에 포함되지 않는다. 또한, 접합체기 또는 이환 리간드의 질량은 본원에서 설명되는 바와 같이 용량의 중량을 계산하는 경우 포함되지 않으며, 즉, 용량은 올리고뉴클레오타이드 또는 저중합체 이중체에만 관련된다. 따라서, 예를 들어, 화합물 번호 제486178호 또는 화합물 번호 제1590463-BCY17868호의 3.5 mg의 용량 또는 투여량 단위는 중량이 3.5 mg인 분자의 완전 양성자화 올리고뉴클레오타이드 부분의 분자 수와 동일하다. 이는 무용매, 소듐 아세테이트 미포함, 무수 소듐화 화합물 번호 제486178호의 3.7 mg에 해당하며, 이는 접합체 화합물 1590463-BCY17868의 4.7 mg에 해당한다.
실시예
다음 예는 본 개시내용의 특정 실시양태를 예시하며 제한적이지 않다. 또한, 특정 실시양태가 제공되는 경우, 발명자들은 이러한 특정 실시양태의 일반적인 적용을 고려하였다. 예를 들어, 특정 모티프를 갖는 올리고뉴클레오타이드의 개시내용은 동일하거나 유사한 모티프를 갖는 추가적인 올리고뉴클레오타이드에 대한 합리적인 지지를 제공한다. 그리고, 예를 들어, 특정한 고친화도 변형이 특정 위치에 나타나는 경우, 달리 명시하지 않는 한 동일한 위치의 다른 고친화도 변형이 적합한 것으로 간주된다.
실시예 1: 이환 리간드의 설계 및 합성
폴리펩타이드를 수동 커플링(대규모)을 사용하여 또는 Biotage SyroII 자동 펩타이드 합성기(소규모)를 사용하여 표준 Fmoc(9-플루오레닐메틸옥시카보닐) 고체상 펩타이드 합성을 사용하여 링크 아마이드 수지상에서 합성하였다. 수지로부터 TFA 기반 절단 후, 펩타이드를 다이에틸 에터로 침전시키고 50:50 아세토니트릴/물에 용해시켰다. 이후, 미가공 펩타이드(~1 mM 농도)를 1.3 당량의 분자 스캐폴드인 1,1',1''-(1,3,5-트라이아지네인-1,3,5-트라이일)트리스(2-브로모에타논)(TATB)를 사용하여, 중탄산 암모늄(100 mM)을 염기로 사용하여, 고리화하였다. 고리화의 완료를 매트릭스 보조 레이저 탈착 이온화 비행 시간(MALDI-TOF) 또는 LC-MS로 결정하였다. 완료되면, 고리화 반응을 N-아세틸 시스테인(펩타이드에 대해 10당량)을 사용하여 켄칭하였으며, 용액을 동결건조하였다. 잔류물을 적절한 용매에 용해시켰고 RP-HPLC로 정제하였다. 충분한 순도와 정확한 분자량(MALDI-TOF 및 HPLC 또는 LCMS로 검증됨)의 펩타이드 분획을 모아서 동결건조하였다. 농도를 Trp/Tyr 함량을 기준으로 하였던 280 nm에서의 흡광 계수를 사용하여 UV 흡수로 결정하였다. 달리 명시되지 않는 한 모든 아미노산은 L-배열을 갖는다. 각각의 C-말단은 아마이드화된다.
이환 리간드
이환 리간드 ID 서열(N에서 C로) N-말단 변형 서열식별번호:
BCY17868 CSPDAHLGCISYC[K(N3)] 아세틸 71
BCY17869 CSPDAHLGCISYC 아자이도프로필 26
BCY17870 NWNCSPDAHLGCISYC[K(N3)] 없음 69
BCY17871 NWNCSPDAHLGCISYC[K(N3)] 아세틸 69
BCY17872 NWNCSPDAHLGCISYC 아자이도프로필 53
BCY17873 CSPDAHLGCISYCEPW[K(N3)] 아세틸 70
BCY17874 CSPDAHLGCISYCEPW 아자이도프로필 52
BCY17875 CP[HyP]DAYLGCISYC[K(N3)] 아세틸 94
BCY17876 CP[HyP]DAYLGCISYC 아자이도프로필 93
BCY17877 CS[HyP]DAHLGCISYC[K(N3)] 아세틸 97
BCY17878 CS[HyP]DAHLGCISYC 아자이도프로필 95
BCY17879 CS[Aze]DAHLGCISYC[K(N3)] 아세틸 129
BCY17880 CS[Aze]DAHLGCISYC 아자이도프로필 128
BCY17882 N[dY]NCSPDAHLGCISYC[K(N3)] 아세틸 72
BCY17890 CSPDAHLGCISYCE[dP]W[K(N3)] 아세틸 73
BCY17892 CSPDAHLGCISYCE[Aze]W[K(N3)] 아세틸 74
BCY17894 CSPDAHLGCISYCE[Pip]W[K(N3)] 아세틸 75
BCY17896 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYC[K(N3)] 아세틸 90
BCY17899 NWNCP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYC[K(N3)] 아세틸 91
BCY17901 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPW[K(N3)] 아세틸 92
BCY17903 C[K(N3)]PDAHLGCISYC 아세틸 150
BCY17904 CS[K(N3)]DAHLGCISYC 아세틸 151
BCY17905 CSPD[K(N3)]HLGCISYC 아세틸 152
BCY17906 CSPDAHLGCISYC[K(N3)(PYA-말레이미드)] 아세틸 76
dY는 D-타이로신을 나타내고; [HyP]는 4-트랜스-하이드록시-L-프롤린을 나타내며; [Aze]는 아제티딘을 나타내고; [tBuGly]는 t-뷰틸 글라이신을 나타내며; [K(N3)]는 6-아자이도 라이신을 나타내고; [Pip]는 피페콜산을 나타내며; [K(N3)(PYA-말레이미드)]는 다음의 구조를 갖는 변형된 라이신을 나타낸다: .
실시예 2: 마우스 DMPK에 상보적인 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
마우스 DMPK에 상보적인 변형된 올리고뉴클레오타이드 (아래 표에서 표시되는 바와 같이) 설계하고 합성하였다. 아래 표에서 선택된 화합물은 이환 리간드에 접합할 수 있도록 5' 말단에 변형이 있다. 화합물 번호 제486178호는 WO 2014/120861에서 이전에 개시되었다.
마우스 DMPK에 상보적인 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
화합물 번호 화학 표기법(5'에서 3'로) 서열식별번호
486178 Aks mCksAksAdsTdsAdsAdsAdsTdsAds mCds mCdsGdsAksGksGk 167
1590463 [BCN][nC6o]oAks mCksAksAdsTdsAdsAdsAdsTdsAds mCds mCdsGdsAksGksGk 176
1614439 [sC6o]oAks mCksAksAdsTdsAdsAdsAdsTdsAds mCds mCdsGdsAksGksGk 179
1602000 [PEG1알카인][nC6o]oAks mCksAksAdsTdsAdsAdsAdsTdsAds mCds mCdsGdsAksGksGk 178
1609732 [BCN][nC6o]o[Tdo mCdoAd]oAks mCksAksAdsTdsAdsAdsAdsTdsAds mCds mCdsGdsAksGksGk 168
1468770 [말레이미드C3oyl][nC6o]oAks mCksAksAdsTdsAdsAdsAdsTdsAds mCds mCdsGdsAksGksGk 175
아래 첨자 "k"는 cEt 뉴클레오사이드를 나타내고, 아래 첨자 "d"는 스테레오-표준 DNA 뉴클레오사이드를 나타내며, 아래 첨자 "s"는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결을 나타내고, 아래 첨자 "o"는 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 나타내며, C 이전의 위 첨자 "m"은 5-메틸사이토신을 나타내고, "[nC6o]"는 6-아미노헥산올 링커를 나타내며, "[BCN]"은 (바이사이클로[6.1.0]노나인)-포밀 링커를 나타내고, "[sC6o]"는 6-머캅토헥산올 라이너를 나타내며, "[PEG1알카인]"은 프로파길-PEG1-산을 나타내고, "[Tdo mCdoAd]"는 TCA 트라이뉴클레오타이드 링커를 나타내며, "[말레이미드C3oyl]"은 다음의 구조를 갖는 말레이미도 프로피오닐 링커를 나타낸다:
.
486178에 상보적인 변형된 올리고뉴클레오타이드(위에서 본원에 설명됨)를 (아래 표에서 설명되는 바와 같이) 설계하고 합성하였다. 아래 표의 화합물은 이환 리간드에 접합할 수 있도록 5' 말단에 변형이 있다.
CD71 이환 리간드에 대한 접합을 위한 링커가 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계, 486178에 상보적임.
화합물 번호 화학 표기법(5'에서 3'로) 서열식별번호
1614438 [BCN][nC6o]o mCko mCkoTko mCdoGdoGdoTdoAdoTdoTdoTdoAdoTdoTkoGkoTk 169
아래 첨자 "k"는 cEt 뉴클레오사이드를 나타내고, 아래 첨자 "d"는 스테레오-표준 DNA 뉴클레오사이드를 나타내며, 아래 첨자 "o"는 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 나타내고, C 이전의 위 첨자 "m"은 5-메틸사이토신을 나타내며, "[nC6o]"는 6-아미노헥산올 링커를 나타내고, "[BCN]"은 (바이사이클로[6.1.0]노나인)-포밀 링커를 나타낸다.
마우스 MALAT에 상보적인 변형된 올리고뉴클레오타이드 (아래 표에서 표시되는 바와 같이) 설계하고 합성하였다. 아래 표의 화합물은 이환 리간드에 접합할 수 있도록 3' 말단에 변형이 있다.
마우스 MALAT에 상보적인 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
화합물 번호 화학 표기법(5'에서 3'로) 서열식별번호
1598988 [5Cy3cHex]sGeo mCeoAeoTeoTeo mCeoTeoAeoAeoTeoAeoGeo mCeoAeoGeo mCeo[3nC7][BCN] 177
1591118 [5Cy3cHex]sGks mCksAksTdsTds mCdsTdsAdsAdsTdsAdsGds mCdsAksGks mCko[3nC7][BCN] 170
아래 첨자 "e"는 2'-MOE 변형된 뉴클레오사이드를 나타내고, 아래 첨자 "s"는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결을 나타내며, 아래 첨자 "o"는 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 나타내고, C 이전의 위 첨자 "m"은 5-메틸사이토신을 나타내며, "[BCN]"은 (바이사이클로[6.1.0]노나인)-포밀 링커를 나타내고, "[5Cy3cHex]"는 5'-Cy3-사이클로헥세인 모이어티(GenePharma 11-4100)를 나타내며, "[3nC7]"은 다음의 구조를 갖는 3'-C7 아미노 변형자를 나타낸다:
[3nC7]
실시예 3: HPRT1을 표적으로 하는 RNAi 화합물의 설계
마우스 HPRT에 상보적인 안티센스 가닥 변형된 올리고뉴클레오타이드를 아래의 표에서 표시되는 바와 같이 설계하고 합성하였다.
인간/마우스 HPRT1을 표적으로 하는 안티센스 가닥 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
화합물 번호 화학 표기법(5'에서 3'로) 표적 서열식별번호
1453015 AysUfsAyoAyoAyoAfoUyoCyoUyoAyoCyoAyoGyoUfoCyoAfoUyoAyoGyoGyoAysAysUy 마우스 HPRT 171
위의 표에서, 아래 첨자 "f"는 2'-F 변형된 뉴클레오사이드를 나타내고, 아래 첨자 "y"는 2’-OMe 변형된 뉴클레오사이드를 나타내며, 아래 첨자 "s"는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결을 나타내고, 아래 첨자 "o"는 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 나타낸다.센스 올리고뉴클레오타이드는 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 21개 뉴클레오사이드 중 제1 뉴클레오사이드(5'에서 3'로)에 상보적이며 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 최종 2개의 3'-뉴클레오사이드는 센스 올리고뉴클레오타이드와 쌍을 이루지 않는다(오버행 뉴클레오사이드임).
인간/마우스 HPRT1을 표적으로 하는 센스 가닥 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계 C16 변형된 뉴클레오사이드 함유
화합물 번호 화학 표기법(5'에서 3'로) 서열식별번호
1550983 UysCysCyoUyoAyoUyoGfoAyoCfoUfoGfoUyoAyoGyoAyoUyoUyoUyoUyoAyoUyo[3nC7][BCN] 181
1547771 UysCysCyoUyoAyoUyoGfoAyoCfoUfoGfoUyoAyoGyoAyoUyoUyoUyoUyoAyoUyo[3nC7]
[말레이미드C3oyl]		 172
위의 표에서, 아래 첨자 "f"는 2'-F 변형된 뉴클레오사이드를 나타내고, 아래 첨자 "y"는 2'-OMe 변형된 뉴클레오사이드를 나타내며, 아래 첨자 "s"는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결을 나타내고, 아래 첨자 "o"는 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 나타내며, "[BCN]"은 (바이사이클로[6.1.0]노나인)-포밀 링커를 나타내고, "[3nC7]"은 3'-C7 아미노 변형자를 나타내며, "[말레이미드C3oyl]"은 말레이미도 프로피오닐 링커를 나타낸다.
인간/마우스 HPRT1을 표적으로 하는 RNAi 화합물의 설계
이중체 화합물 번호 안티센스 가닥 화합물 번호 센스 가닥 화합물 번호
1453015:1550983 1453015 1550983
1453015:1547771 1453015 1547771
실시예 4: 인간 트랜스페린 수용체인 CD71에 대한 CD71 이환 리간드를 포함하는 저중합체 화합물의 결합에 대한 시험관내 결합 검정
nanoBRET 검정을 CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드 및 CD71 이환 리간드에 접합된 RNAi 화합물의 억제 상수 K i를 수득하기 위해 개발하였다. 단백질에 대한 올리고뉴클레오타이드의 결합을 위한 nanoBRET 검정의 사용은 이전에 설명되었다(예를 들어, Vickers 및 Crooke, PloS One, 2016, 11(8):e061930 참조).
hCD71-Nluc 융합 단백질을 GGGSGGSSG 가요성 링커를 사용하여 NanoLuc(ProMega)를 N-말단 Val을 통해 h-CD71의 C-말단 F760 잔기에 연결하여 구축하였다. 형광 표지된(Cy3) 변형된 올리고뉴클레오타이드 1598988은 균주 촉진 아자이드-알카인 고리첨가(SPAAC) 반응을 통해 이환 리간드 BCY17871에 접합되었다.
hCD71-Nluc를 안정적으로 발현하는 HEK293 세포로부터 유래한 미가공 막 분획을 PBS에 재현탁하고 100 μL를 웰당 10,000개 세포에 상응하는 양의 백색 96웰 검정 플레이트(ThermoFisher Scientific, 카탈로그 번호 제136101호)에 분배하였다. 막을 1000 내지 0.006 nM의 연속 희석 최종 농도에서 11.1 μL의 BCY17871-1598988로 처리하였다. 혼합물을 실온에서 3시간 동안 배양하여 평형에 도달하였다. BRET를 개시하기 위해 100 μM의 Nluc 기질 퓨리마진 중 12.4 μL를 각각의 웰에 첨가하였으며, 혼합물을 5분 내지 30분 동안 배양하였다. 검정 플레이트를 Promega GlowMax Discover 플레이트 판독기상에서 450 nm 및 600 nm의 파장에서 판독하였으며, 파장 450/600의 방출 비율을 사용하여 %BRET 효율을 수득하였다. 데이터는 비선형 회귀 분석을 거친 후 단일 부위 결합 쌍곡선 함수에 대입하였다. BC17871-1598988의 해리 상수 K D는 57 내지 58 nM인 것으로 결정되었다.
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드 및 CD71 이환 리간드에 접합된 RNAi 화합물을 평가하기 위해 검정을 다음과 같이 변형하였다. 안정적으로 형질감염된 hCD71-Nluc HEK293 세포의 미가공 막 분획 100 μL를 백색 96웰 검정 플레이트(ThermoFisher Scientific, 카탈로그 번호 제136101호)에 분배하였다. BCY17871-1598988을 추적 화합물로 사용하였으며 최종 농도 60 nM이 되도록 각각의 웰에 첨가하였다. 변형된 올리고뉴클레오타이드를 SPAAC 반응을 통해 이환 리간드에 접합시켰다. 이후, 이를 3중 검정 지점에서 다양한 농도로 첨가하였으며 혼합물을 3시간 동안 실온에서 배양하였다. BRET는 퓨리마진을 첨가하여 개시되었으며 검정을 위에서 설명되는 바와 같이 완료하였다. 억제 상수(K i)는 동일한 실행에서 수득한 BCY17871-1598988에 대해 추정된 K D값을 사용하여 %BRET 효율 값을 경쟁 억제 모델에 대입하여 수득하였다. 값은 아래 표에서 3중 데이터의 평균으로 제시된다. 각각의 실험은 별도의 표에서 제시된다.
이환 리간드를 BCN 링커를 통해 변형된 올리고뉴클레오타이드에 부착하였다. 화합물 1590463-BCY17901은 예시로 아래와 같이 나타낸다:
(서열식별번호: 92 및 176)
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드에 대한 억제 상수, nanoBRET에 의함
화합물 번호 이환 리간드 K i (nM)
1590463 BCY17868 20
1590463 BCY17869 55
1590463 BCY17870 7
1590463 BCY17871 6
1590463 BCY17872 21
1590463 BCY17873 6
1590463 BCY17874 10
1590463 BCY17875 4
1590463 BCY17876 29
1590463 BCY17877 18
1590463 BCY17878 74
1590463 BCY17879 25
1590463 BCY17880 102
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드에 대한 억제 상수, nanoBRET에 의함
화합물 번호 이환 리간드 K i (nM)
1590463 BCY17882 23
1590463 BCY17890 17
1590463 BCY17892 11
1590463 BCY17894 8
1590463 BCY17896 2
1590463 BCY17899 4
1590463 BCY17901 1
1590463 BCY17903 125
1590463 BCY17904 31
1590463 BCY17905 148
1590463 BCY17873 7
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드에 대한 억제 상수, nanoBRET에 의함
화합물 번호 이환 리간드 K i (nM)
1590463 BCY17882 3
1590463 BCY17890 2
1590463 BCY17892 1
1590463 BCY17894 1
1590463 BCY17896 1
1590463 BCY17899 1
1590463 BCY17901 0.3
1590463 BCY17903 24
1590463 BCY17904 5
1590463 BCY17905 16
1614439 BCY17906 2
1590463 BCY17873 1
1602000 BCY17873 1
1609732 BCY17873 1
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드에 대한 억제 상수, nanoBRET에 의함
화합물 번호 이환 리간드 K i (nM)
1590463 BCY17882 55
1590463 BCY17890 20
1590463 BCY17892 11
1590463 BCY17894 10
1590463 BCY17896 2
1590463 BCY17899 4
1590463 BCY17901 1
1590463 BCY17904 60
1614439 BCY17906 23
1590463 BCY17873 10
1602000 BCY17873 36
1609732 BCY17873 10
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드에 대한 억제 상수, nanoBRET에 의함
화합물 번호 이환 리간드 K i (nM)
1590463 BCY17873 4
1590463 BCY19405 3
1590463 BCY19406 2
1590463 BCY19407 2
1590463 BCY19409 1
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드에 대한 억제 상수, nanoBRET에 의함
화합물 번호 이환 리간드 K i (nM)
1598988 BCY17896 9.9
1591118 BCY17896 3.1
1598988 BCY17901 4.4
1591118 BCY17901 1.4
변형된 올리고뉴클레오타이드의 이중체는 화합물 번호 제486178호 및 제1614438호를 혼합하여 화합물 번호 제486178:1614438호를 생성하여 생성되었다.
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드 이중체에 대한 억제 상수, nanoBRET에 의함
화합물 번호 이환 리간드 K i (nM)
486178:1614438 BCY17873 95
CD71 이환 리간드에 접합된 RNAi 화합에 대한 억제 상수, nanoBRET에 의함
화합물 번호 이환 리간드 K i (nM)
1453015:1550983 BCY17873 9
CD71 이환 리간드에 접합된 RNAi 화합에 대한 억제 상수, nanoBRET에 의함
화합물 번호 이환 리간드 K i (nM)
1453015:1550983 BCY17873 38
실시예 5: CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 결합 친화도
CD71 이환 리간드에 접합된 다음의 각각의 변형된 올리고뉴클레오타이드에 대한 결합 친화도를 Biacore X100 표면 플라스몬 공명(SPR) 기구상에서 시험하였다. CD71 이환 리간드에 접합된 200 단위의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 HBS-P(10 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl, 0.0005% 계면활성제 P20) 러닝 완충제에서 CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드로 이중체화된 5'-비오틴 표지된 DNA(변형된 올리고뉴클레오타이드에 대한 5'-비오틴-TEG-DNA 보체)의 20 nM 용액을 주입하여 스트렙타비딘 칩상에 고정시켰다. 이후, 런닝 완충제에 있는 CD71을 6.25 nM, 12.5 nM, 25 nM, 50 nM 및 100 nM의 농도로 증가시키면서 25℃에서 CD71 이환 리간드 이중체 고정화 스트렙타비딘 칩에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드에 주입하였다. 동역학 및 평형 결합 분석을 Biacore X100 평가 소프트웨어를 사용하여 1:1 결합 대입을 적용하여 수행하였다. 결합 친화도는 아래 표에서 평형 해리 상수(K D)로 표현된다.
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 결합 친화도, SPR
화합물 번호 이환 리간드 K D (nM)
1590463 BCY17868 0.9
1590463 BCY17869 14.5
1590463 BCY17870 0.1
1590463 BCY17871 2.4
1590463 BCY17872 77.1
1590463 BCY17873 12
1590463 BCY17874 32
1590463 BCY17875 4.5
1590463 BCY17876 95.4
1590463 BCY17877 12.5
1590463 BCY17878 126
1590463 BCY17879 31.2
1590463 BCY17880 8.2
실시예 6: hTFR KI/+ 녹 인 마우스에서 CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성 및 내약성
이 연구에서 사용된 인간 트랜스페린 수용체(hTFR)/CD71 녹 인 마우스는 NCBI 유전 정보 NM_001128148.2에 따라 인간 TFR 오픈 리딩 프레임으로 대체된 마우스 엑손 2의 코딩 영역 및 마우스 인트론 2의 스플라이스 공여체 부위를 갖는다. 트랜스페린 수용체 유전자의 인간화를 CRISPR/Cas-9 매개 유전자 편집을 통해 수행하였으며, 이는 인간화 트랜스페린 수용체 유전자의 구성적 발현을 갖는 모델의 생성을 가능하게 하였다.　 표적화 전략은 NCBI 유전 정보 NM_011638.4(마우스) 및 NM_001128148.2(인간)를 기반으로 하였다. Cas9 mRNA, 특정 gRNA 및 퓨로마이신 저항성 카세트를 발현하게 하는 플라스미드; 및 마우스 트랜스페린 수용체 유전자의 상동성 영역, FRT 부위 및 대체된 인간 영역을 함유하는 플라스미드를 Taconic Biosciences C57BL/6N Tac ES 세포주에 공동 형질감염시켰다.　 인간화 마우스는 본원에서 hTFRKI/+ 녹 인 마우스로 지칭된다. 이들은 내인성 마우스 프로모터의 제어하에서 마우스 TFR 유전자의 1개 사본 및 인간화 TFR 유전자의 1개 사본을 발현한다.
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성 및 내약성을 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 시험하였다. 또한, 인간 CD71을 표적으로 하는 OKT9 항체(BioXCell, 카탈로그 번호: BE0023)의 Fab' 단편에 접합된 화합물 번호 제1468770호(위에서 본원에 설명됨)의 활성을 시험하였다.
처리
hTFRKI/+ 마우스를 각각 3마리의 마우스 군으로 구분하였다. 각각의 마우스에 아래 표에서 표시되는 용량으로 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 접합 변형된 올리고뉴클레오타이드를 정맥내 투여하였다. 3마리로 구성된 마우스 군에 아래 표에서 표시되는 용량으로 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 비접합 변형된 올리고뉴클레오타이드인 화합물 번호 제486178호를 정맥내 투여하였다. 4마리의 마우스의 군에 PBS를 음성 대조군으로 투여하였다.
RNA 분석
마우스를 최종 투여 1주 후(22일차) 안락사하였고, 최종 RNA를 마우스 프라이머 프로브 세트 RTS3181(정방향 서열 GACATATGCCAAGATTGTGCACTAC, 서열식별번호: 16으로 본원에서 지정됨; 역방향 서열 CACGAATGAGGTCCTGAGCTT, 서열식별번호: 17으로 본원에서 지정됨; 프로브 서열 AACACTTGTCGCTGCCGCTGGC, 서열식별번호: 18로 본원에서 지정됨)을 사용하여 마우스 DMPK RNA의 양을 측정하기 위한 정량적 실시간 RTPCR 분석을 위해 다양한 근육 조직(사두근(Quad), 전경골근(TA), 횡격막, 삼두근, 심장, 비복근(gastroc)을 포함함), 대동맥, 좌골 신경 및 간 조직으로부터 추출하였다. 결과는 마우스 GAPDH(% 대조군)로 정규화된 PBS 대조군에 대한 마우스 DMPK RNA 백분율로 제시된다.
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
화합물 번호 접합체 용량
(mg/kg) 		마우스 DMPK RNA(% 대조군)
Quad TA 횡경막 Gastroc 비복근 삼두근 대동맥 간 좌골 신경
486178 없음 35 25 36 30 53 24 31 44 10 50
1468770 OKT9 3.5 19 23 24 39 16 28 61 11 72
1590463 BCY17868 3.5 47 58 46 76 44 56 60 28 71
1590463 BCY17869 3.5 48 64 51 74 46 58 69 25 65
1590463 BCY17877 3.5 45 54 54 78 42 54 103 34 72
1590463 BCY17878 3.5 52 57 55 81 46 56 93 31 87
1590463 BCY17879 3.5 46 55 50 79 43 55 78 29 76
1590463 BCY17880 3.5 49 58 60 82 46 53 80 30 71
1590463 BCY17875 3.5 34 39 44 72 30 40 61 30 71
1590463 BCY17876 3.5 54 61 59 84 48 57 59 27 81
1590463 BCY17870 3.5 35 43 44 70 32 40 67 29 72
1590463 BCY17872 3.5 36 44 43 73 35 44 64 26 70
1590463 BCY17871 3.5 40 51 44 71 37 49 61 27 79
1590463 BCY17873 3.5 32 40 39 70 31 38 62 27 73
1590463 BCY17874 3.5 36 48 45 72 36 43 69 29 72
혈장 화학 마커
간 및 신장 기능에 대한 변형된 올리고뉴클레오타이드의 효과를 평가하기 위해, 알부민(ALB), 알라닌 아미노기전달효소(ALT), 아스파테이트 아미노기전달효소(AST), 혈액 요소 질소(BUN), 총 빌리루빈(TBIL), 총 단백질(PROT), 크레아틴(CREAT) 및 크레아틴 인산화효소(CK)의 혈장 수준을 마우스를 안락사한 날(22일차)에 자동화된 임상 화학 분석기(Hitachi Olympus AU400c, Melville, NY)를 사용하여 측정하였다. 결과는 각각의 마우스 군에 대해 평균화되었으며 아래 표에서 제시된다. 변형된 올리고뉴클레오타이드 대해 예상되는 범위를 벗어나는 임의의 간 또는 신장 기능 마커의 수준 변화를 야기한 저중합체 화합물은 추가 연구에서 제외되었다.
hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 혈장 화학 마커
화합물 번호 접합체 용량
(mg/kg) 		혈장 임상 화학　
ALB
(g/dL) 		ALT
(U/L) 		AST
(U/L) 		TBIL
(mg/dL) 		BUN
(mg/dL) 		PROT
(g/dL) 		CREAT
(mg/dL) 		CK
(U/L)
PBS 없음 0 2.95‡ 30‡ 124‡ 0.19‡ 23‡ 5.03‡ 0.13‡ 409‡
486178 없음 35 2.95 44 199 0.29 20 5.03 0.15 671
1468770 OKT9 3.5 3.18 28 113 0.19 21 5.00 0.11 372
1590463 BCY17868 3.5 3.04 51 172 0.16 19 4.97 0.14 571
1590463 BCY17869 3.5 3.01 56 143 0.21 17 4.90 0.11 350
1590463 BCY17870 3.5 3.18 40 132 0.20 20 5.20 0.17 374
1590463 BCY17871 3.5 3.20 45 167 0.24 17 5.33 0.16 505
1590463 BCY17872 3.5 3.21 42 116 0.17 18 5.23 0.15 297
1590463 BCY17873 3.5 3.11 68 231 0.20 19 5.13 0.12 723
1590463 BCY17874 3.5 3.31 28 107 0.13 17 5.33 0.15 395
1590463 BCY17875 3.5 2.91 50 147 0.13 18 4.60 0.11 486
1590463 BCY17876 3.5 2.86 25 133 0.13 15 4.57 0.13 463
1590463 BCY17877 3.5 3.19 22 85 0.18 19 5.27 0.12 163
1590463 BCY17878 3.5 3.20 31 160 0.14 19 5.23 0.14 531
1590463 BCY17879 3.5 2.94 44 176 0.12 16 4.83 0.12 554
1590463 BCY17880 3.5 3.15 34 268 0.20 17 4.97 0.13 1080
‡는 이용 가능한 검체가 4개 미만임을 나타낸다
혈액학 검정
마우스를 안락사한 날(22일차)에 마우스로부터 수득한 혈액을 혈액 세포 수의 측정을 위해 IDEXX BioResearch로 송부하였다. 취득한 수는 적혈구(RBC) 수, 백혈구(WBC) 수, 헤모글로빈(HGB), 헤마토크릿(HCT), 평균 혈구 부피(MCV), 평균 혈구 헤모글로빈(MCH) 및 평균 혈구 헤모글로빈 농도(MCHC)를 포함한다. 단핵구(MON), 호중구(NEU), 림프구(LYM), 호산구(EOS), 호염기구(BAS), 망상적혈구 및 혈소판과 같은 개별 백혈구 수를 평가하였다. 결과를 아래 표에 제시한다. 예상 범위를 벗어나는 혈액 세포 수의 변화를 야기하는 저중합체 화합물은 추가 연구에서 제외되었다.
[표 21]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스의 혈액학 매개변수
‡는 이용 가능한 검체가 4개 미만임을 나타낸다
[표 22]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 혈액 세포 수
‡는 이용 가능한 검체가 4개 미만임을 나타낸다
신체 및 장기 중량
hTFRKI/+ 마우스의 체중을 1일차 및 22일차에 측정하였으며, 각각의 군의 평균 체중을 아래 표에서 제시하였다. 마우스를 안락사한 날(22일차)에 간, 신장 및 비장의 중량을 측정하였고, 각각의 군의 평균 장기 무게는 아래 표에서 제시된다. 변형된 올리고뉴클레오타이드 대해 예상되는 범위를 벗어나는 장기 중량의 임의의 변화를 야기한 저중합체 화합물은 추가 연구에서 제외되었다.
[표 23]
신체 및 장기 중량(g 단위)
‡는 이용 가능한 검체가 4개 미만임을 나타낸다
실시예 7: hTFR KI/+ 녹 인 마우스에서 CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드 및 CD71 이환 리간드에 접합된 이중체화된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성 및 내약성
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성 및 내약성을 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 시험하였다(위에서 본원에 설명됨). 또한, 인간 CD71을 표적으로 하는 OKT9 항체(BioXCell, 카탈로그 번호: BE0023)의 Fab' 단편에 접합된 화합물 번호 제1468770호(위에서 본원에 설명됨)의 활성을 시험하였다.
처리
hTFRKI/+ 마우스를 각각 3마리의 마우스 군으로 구분하였다. 각각의 마우스에 아래 표에서 표시되는 용량으로 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 접합 변형된 올리고뉴클레오타이드를 정맥내 투여하였다. 3마리로 구성된 마우스 군에 아래 표에서 표시되는 용량으로 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 비접합 변형된 올리고뉴클레오타이드인 화합물 번호 제486178호를 정맥내 투여하였다. 4마리의 마우스의 군에 PBS를 음성 대조군으로 투여하였다.
RNA 분석
마우스를 최종 투여 4일 후(19일차) 안락사하였고, 최종 RNA를 마우스 프라이머 프로브 세트 RTS3181(위에서 본원에 설명됨)을 사용하여 마우스 DMPK RNA의 양을 측정하기 위한 정량적 실시간 RTPCR 분석을 위해 다양한 근육 조직(사두근(Quad), 전경골근(TA), 횡격막(Diaphr), 삼두근, 심장, 비복근(gastroc)을 포함함), 대동맥, 좌골 신경 및 간 조직으로부터 추출하였다. 결과는 마우스 GAPDH(% 대조군)로 정규화된 PBS 대조군에 대한 마우스 DMPK RNA 백분율로 제시된다.
[표 24]
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
‡는 이용 가능한 검체가 3개 미만임을 나타낸다
혈장 화학 마커
간 및 신장 기능에 대한 변형된 올리고뉴클레오타이드의 효과를 평가하기 위해, 알부민(ALB), 알라닌 아미노기전달효소(ALT), 아스파테이트 아미노기전달효소(AST), 혈액 요소 질소(BUN), 총 빌리루빈(TBIL), 총 단백질(PROT), 크레아틴(CREAT) 및 크레아틴 인산화효소(CK)의 혈장 수준을 마우스를 안락사한 날(19일차)에 자동화된 임상 화학 분석기(Hitachi Olympus AU400c, Melville, NY)를 사용하여 측정하였다. 결과는 각각의 마우스 군에 대해 평균화되었으며 아래 표에서 제시된다. 변형된 올리고뉴클레오타이드 대해 예상되는 범위를 벗어나는 임의의 간 또는 신장 기능 마커의 수준 변화를 야기한 저중합체 화합물은 추가 연구에서 제외되었다.
[표 25]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 혈장 화학 마커
‡는 이용 가능한 검체가 3개 미만임을 나타낸다
혈액학 검정
마우스를 안락사한 날(19일차)에 마우스로부터 수득한 혈액을 혈액 세포 수의 측정을 위해 IDEXX BioResearch로 송부하였다. 취득한 수는 적혈구(RBC) 수, 백혈구(WBC) 수, 헤모글로빈(HGB), 헤마토크릿(HCT), 평균 혈구 부피(MCV), 평균 혈구 헤모글로빈(MCH) 및 평균 혈구 헤모글로빈 농도(MCHC)를 포함한다. 단핵구(MON), 호중구(NEU), 림프구(LYM), 호산구(EOS), 호염기구(BAS), 망상적혈구 및 혈소판과 같은 개별 백혈구 수를 평가하였다. 결과를 아래 표에 제시한다. 예상 범위를 벗어나는 혈액 세포 수의 변화를 야기하는 저중합체 화합물은 추가 연구에서 제외되었다.
[표 26]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스의 혈액학 매개변수
‡는 이용 가능한 검체가 3개 미만임을 나타낸다
[표 27]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 혈액 세포 수
‡는 이용 가능한 검체가 3개 미만임을 나타낸다
신체 및 장기 중량
hTFRKI/+ 마우스의 체중을 1일차 및 19일차에 측정하였으며, 각각의 군의 평균 체중을 아래 표에서 제시하였다. 마우스를 안락사한 날(19일차)에 간, 신장 및 비장의 중량을 측정하였고, 각각의 군의 평균 장기 무게는 아래 표에서 제시된다. 변형된 올리고뉴클레오타이드 대해 예상되는 범위를 벗어나는 장기 중량의 임의의 변화를 야기한 저중합체 화합물은 추가 연구에서 제외되었다.
[표 28]
신체 및 장기 중량(g 단위)
‡는 이용 가능한 검체가 3개 미만임을 나타낸다
실시예 8: hTFR KI/+ 녹 인 마우스에서 CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성 및 내약성, 다중 용량
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성 및 내약성을 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 시험하였다(위에서 본원에 설명됨). 또한 인간 CD71을 표적으로 하는 OKT9 항체(BioXCell, 카탈로그 번호: BE0023)의 Fab' 단편에 접합된 화합물 번호 제1468770호(위에서 본원에 설명됨)의 활성 및 내약성을 시험하였다.
처리
hTFRKI/+ 마우스를 각각 3마리 내지 4마리의 마우스 군으로 구분하였다. 각각의 마우스에 아래 표에서 표시되는 용량으로 총 3회 용량(1일차, 5일차 및 9일차) 동안 접합 변형된 올리고뉴클레오타이드의 정맥내(i.v.) 투여 또는 피하(s.c.) 투여를 받았다. 3마리로 구성된 마우스 군에 아래 표에서 표시되는 용량으로 총 3회 용량(1일차, 5일차 및 9일차) 동안 비접합 변형된 올리고뉴클레오타이드인 화합물 번호 제486178호를 정맥내 투여하였다. 4마리의 마우스의 군에 PBS를 음성 대조군으로 투여하였다.
RNA 분석
마우스를 최종 투여 6일 후(15일차) 안락사하였고, 최종 RNA를 마우스 프라이머 프로브 세트 RTS3181(위에서 본원에 설명됨)을 사용하여 마우스 DMPK RNA의 양을 측정하기 위한 정량적 실시간 RTPCR 분석을 위해 다양한 근육 조직(사두근(Quad), 전경골근(TA), 횡격막, 삼두근, 심장, 비복근(gastroc)을 포함함), 대동맥, 좌골 신경 및 간 조직으로부터 추출하였다. 결과는 마우스 GAPDH(% 대조군)로 정규화된 PBS 대조군에 대한 마우스 DMPK RNA 백분율로 제시된다.
[표 29]
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
[표 30]
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
혈장 화학 마커
간 및 신장 기능에 대한 변형된 올리고뉴클레오타이드의 효과를 평가하기 위해, 알부민(ALB), 알라닌 아미노기전달효소(ALT), 아스파테이트 아미노기전달효소(AST), 혈액 요소 질소(BUN), 총 빌리루빈(TBIL), 총 단백질(PROT), 크레아틴(CREAT) 및 크레아틴 인산화효소(CK)의 혈장 수준을 마우스를 안락사한 날(15일차)에 자동화된 임상 화학 분석기(Hitachi Olympus AU400c, Melville, NY)를 사용하여 측정하였다. 결과는 각각의 마우스 군에 대해 평균화되었으며 아래 표에서 제시된다. 변형된 올리고뉴클레오타이드 대해 예상되는 범위를 벗어나는 임의의 간 또는 신장 기능 마커의 수준 변화를 야기한 저중합체 화합물은 추가 연구에서 제외되었다.
[표 31]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 혈장 화학 마커
혈액학 검정
마우스를 안락사한 날(15일차)에 마우스로부터 수득한 혈액을 혈액 세포 수의 측정을 위해 IDEXX BioResearch로 송부하였다. 취득한 수는 적혈구(RBC) 수, 백혈구(WBC) 수, 헤모글로빈(HGB), 헤마토크릿(HCT), 평균 혈구 부피(MCV), 평균 혈구 헤모글로빈(MCH) 및 평균 혈구 헤모글로빈 농도(MCHC)를 포함한다. 단핵구(MON), 호중구(NEU), 림프구(LYM), 호산구(EOS), 호염기구(BAS), 망상적혈구 및 혈소판과 같은 개별 백혈구 수를 평가하였다. 결과를 아래 표에 제시한다. 예상 범위를 벗어나는 혈액 세포 수의 변화를 야기하는 저중합체 화합물은 추가 연구에서 제외되었다.
[표 32]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스의 혈액학 매개변수
[표 33]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 혈액 세포 수
신체 및 장기 중량
hTFRKI/+ 마우스의 체중을 1일차 및 15일차에 측정하였으며, 각각의 군의 평균 체중을 아래 표에서 제시하였다. 마우스를 안락사한 날(15일차)에 간, 신장 및 비장의 중량을 측정하였고, 각각의 군의 평균 장기 무게는 아래 표에서 제시된다. 변형된 올리고뉴클레오타이드 대해 예상되는 범위를 벗어나는 장기 중량의 임의의 변화를 야기한 저중합체 화합물은 추가 연구에서 제외되었다.
[표 34]
신체 및 장기 중량(g 단위)
실시예 9: hTFR KI/+ 녹 인 마우스에서 CD71 이환 리간드에 접합된 RNAi 화합물의 활성 및 내약성
CD71 이환 리간드에 접합된 RNAi 화합물의 활성 및 내약성을 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 시험하였다(위에서 본원에 설명됨). 또한 인간 CD71을 표적으로 하는 OKT9 항체(BioXCell, 카탈로그 번호: BE0023)의 Fab' 단편에 접합된 화합물 번호 제1468770호(위에서 본원에 설명됨)의 활성 및 내약성을 시험하였다.
처리
hTFRKI/+ 마우스를 각각 3마리의 마우스 군으로 구분하였다. 각각의 마우스에 아래 표에서 표시되는 용량으로 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 접합 RNAi 화합물을 정맥내 투여하였다. 4마리의 마우스의 군에 PBS를 음성 대조군으로 투여하였다.
RNA 분석
마우스를 최종 투여 4일 후(19일차) 안락사하였고, 최종 RNA를 마우스 프라이머 프로브 세트 RTS43125(정방향 서열 CTCCTCAGACCGCTTTTTGC, 서열식별번호: 19로 본원에서 지정됨; 역방향 서열 TAACCTGGTTCATCATCGCTAATC, 서열식별번호: 20으로 본원에서 지정됨; 프로브 서열 CCGTCATGCCGACCCGCAGT, 서열식별번호: 21로 본원에서 지정됨)을 사용하여 마우스 HPRT RNA의 양을 측정하기 위한 정량적 실시간 RTPCR 분석을 위해 다양한 근육 조직(사두근(Quad), 전경골근(TA), 횡격막(Dia.), 삼두근, 심장, 비복근(gastroc)을 포함함), 대동맥 및 간 조직으로부터 추출하였다. 결과는 마우스 GAPDH(% 대조군)로 정규화된 PBS 대조군에 대한 마우스 HPRT RNA 백분율로 제시된다.
[표 35]
CD71 이환 리간드에 접합된 RNAi 화합물을 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 HPRT RNA의 감소
혈장 화학 마커
간 및 신장 기능에 대한 변형된 올리고뉴클레오타이드의 효과를 평가하기 위해, 알부민(ALB), 알라닌 아미노기전달효소(ALT), 아스파테이트 아미노기전달효소(AST), 혈액 요소 질소(BUN), 총 빌리루빈(TBIL), 총 단백질(PROT), 크레아틴(CREAT) 및 크레아틴 인산화효소(CK)의 혈장 수준을 마우스를 안락사한 날(19일차)에 자동화된 임상 화학 분석기(Hitachi Olympus AU400c, Melville, NY)를 사용하여 측정하였다. 결과는 각각의 마우스 군에 대해 평균화되었으며 아래 표에서 제시된다. 변형된 올리고뉴클레오타이드 대해 예상되는 범위를 벗어나는 임의의 간 또는 신장 기능 마커의 수준 변화를 야기한 저중합체 화합물은 추가 연구에서 제외되었다.
[표 36]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 혈장 화학 마커
혈액학 검정
마우스를 안락사한 날(19일차)에 마우스로부터 수득한 혈액을 혈액 세포 수의 측정을 위해 IDEXX BioResearch로 송부하였다. 취득한 수는 적혈구(RBC) 수, 백혈구(WBC) 수, 헤모글로빈(HGB), 헤마토크릿(HCT), 평균 혈구 부피(MCV), 평균 혈구 헤모글로빈(MCH) 및 평균 혈구 헤모글로빈 농도(MCHC)를 포함한다. 단핵구(MON), 호중구(NEU), 림프구(LYM), 호산구(EOS), 호염기구(BAS), 망상적혈구 및 혈소판과 같은 개별 백혈구 수를 평가하였다. 결과를 아래 표에 제시한다. 예상 범위를 벗어나는 혈액 세포 수의 변화를 야기하는 저중합체 화합물은 추가 연구에서 제외되었다.
[표 37]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스의 혈액학 매개변수
[표 38]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 혈액 세포 수
신체 및 장기 중량
hTFRKI/+ 마우스의 체중을 1일차 및 19일차에 측정하였으며, 각각의 군의 평균 체중을 아래 표에서 제시하였다. 마우스를 안락사한 날(19일차)에 간, 신장 및 비장의 중량을 측정하였고, 각각의 군의 평균 장기 무게는 아래 표에서 제시된다. 변형된 올리고뉴클레오타이드 대해 예상되는 범위를 벗어나는 장기 중량의 임의의 변화를 야기한 저중합체 화합물은 추가 연구에서 제외되었다.
[표 39]
신체 및 장기 중량(g 단위)
실시예 10: 다양한 링커 화학을 갖는 hTFR KI/+ 녹 인 마우스에서 CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계, 활성 및 내약성
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성 및 내약성을 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 시험하였다(위에서 본원에 설명됨). 여러 CD71 이환 리간드는, 아래 표에서 나타낸 바와 같이, 올리고뉴클레오타이드와 이환 리간드의 폴리펩타이드 루프 사이의 거리를 증가시키기 위해 C-말단 연장부가 있도록 설계되었다.
[표 40]
이환 리간드
[PEG10]은 에틸렌 글라이콜의 10개 반복을 나타내고; [PEG24]는 에틸렌 글라이콜의 24개 반복을 나타내며, Biv는 2개의 폴리펩타이드에 부착된 다음 구조에 따른 2가 링커를 나타낸다.
2가 링커
처리
hTFRKI/+ 마우스를 각각 4마리의 마우스 군으로 구분하였다. 각각의 마우스에 아래 표에서 표시되는 용량으로 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 접합 변형된 올리고뉴클레오타이드를 정맥내 투여하였다. 4마리로 구성된 마우스 군에 아래 표에서 표시되는 용량으로 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 비접합 변형된 올리고뉴클레오타이드인 화합물 번호 제486178호를 정맥내 투여하였다. 4마리의 마우스의 군에 PBS를 음성 대조군으로 투여하였다.
RNA 분석
마우스를 최종 투여 7일 후(22일차) 안락사하였고, 최종 RNA를 마우스 프라이머 프로브 세트 RTS3181(위에서 본원에 설명됨)을 사용하여 마우스 DMPK RNA의 양을 측정하기 위한 정량적 실시간 RTPCR 분석을 위해 다양한 근육 조직(사두근(Quad), 전경골근(TA), 횡격막(Diaphr), 심장, 비복근(gastroc)을 포함함), 대동맥, 좌골 신경 및 간 조직으로부터 추출하였다. 결과는 마우스 GAPDH(% 대조군)로 정규화된 PBS 대조군에 대한 마우스 DMPK RNA 백분율로 제시된다.
[표 41]
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
체중
hTFRKI/+ 마우스의 체중을 1일차 및 22일차에 측정하였으며, 각각의 군의 평균 체중을 아래 표에서 제시하였다.
[표 42]
체중(g 단위)
실시예 11: hTFR KI/+ 녹 인 마우스에서 CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성, 단일 용량
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성을 이형접합 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 시험하였다(위에서 본원에 설명됨).
처리
hTFRKI/+ 마우스를 각각 4마리의 마우스 군으로 구분하였다. 각각의 마우스에 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 3.5 mg/kg의 접합 변형된 올리고뉴클레오타이드의 정맥내(i.v.) 투여를 받았다. 4마리로 구성된 마우스 군에 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 35 mg/kg의 비접합 변형된 올리고뉴클레오타이드인 화합물 번호 제486178호를 정맥내 투여하였다. 4마리의 마우스의 군에 PBS를 음성 대조군으로 투여하였다.
RNA 분석
마우스를 최종 투여 1주 후(22일차) 안락사하였고, 최종 RNA를 마우스 프라이머 프로브 세트 RTS3181(위에서 본원에 설명됨)을 사용하여 마우스 DMPK RNA의 양을 측정하기 위한 정량적 실시간 RTPCR 분석을 위해 사두근(quad), 전경골근(TA), 비복근(gastroc), 심장, 횡격막, 간 조직 및 좌골 신경을 포함하는 다양한 근육 조직으로부터 추출하였다. 마우스 DMPK RNA 수준을 마우스 GAPDH로 정규화하였다. 마우스 GAPDH를 마우스 프라이머 프로브 세트 mGapdh_LTS00102(위에서 본원에 설명됨)를 사용하여 증폭하였다. 결과는 마우스 GAPDH RNA(% 대조군)로 정규화된 PBS 처리 대조군 동물의 마우스 DMPK RNA 양에 대한 마우스 DMPK RNA 백분율로 제시된다.
[표 43]
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
체중
hTFRKI/+ 마우스의 체중을 1일차 및 22일차에 측정하였으며, 각각의 군의 평균 체중을 아래 표에서 제시하였다.
[표 44]
체중(g 단위)
실시예 12: hTFR KI/+ 녹 인 마우스에서 CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성, 다중 용량
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성 및 내약성을 이형접합 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 시험하였다(위에서 본원에 설명됨).
처리
hTFRKI/+ 녹 인 마우스를 각각 3마리의 마우스 군으로 구분하였다. 각각의 마우스에 아래 표에서 표시되는 용량으로 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 접합 화합물 번호 제1590463-BCY17901호를 정맥내 투여하였다. 3마리로 구성된 마우스 군에 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 비접합 변형된 올리고뉴클레오타이드인 화합물 번호 제486178호를 정맥내 투여하였다. 4마리의 마우스의 군에 PBS를 음성 대조군으로 투여하였다.
RNA 분석
마우스를 최종 투여 1주 후(22일차) 안락사하였고, 최종 RNA를 마우스 프라이머 프로브 세트 RTS3181(위에서 본원에 설명됨)을 사용하여 마우스 DMPK RNA의 양을 측정하기 위한 정량적 실시간 RTPCR 분석을 위해 다양한 근육 조직(사두근(quad), 비복근(gastroc) 및 심장을 포함함)으로부터 추출하였다. 마우스 DMPK RNA 수준을 마우스 GAPDH로 정규화하였다. 마우스 GAPDH를 마우스 프라이머 프로브 세트 mGapdh_LTS00102(위에서 본원에 설명됨)를 사용하여 증폭하였다. 결과는 마우스 GAPDH RNA(% 대조군)로 정규화된 PBS 처리 대조군 동물의 마우스 DMPK RNA 양에 대한 마우스 DMPK RNA 백분율로 제시된다. ED50 값을 가변 힐 기울기(4개의 매개변수), Y=Bottom + (Top-Bottom)/(1+ (10^logEC50/X)^HillSlope)와 함께 비선형 대입을 사용하여 GraphPad Prism에서 계산하였으며, Top = 100, Bottom = 0, Hill Slope < -1의 제약이 있다.
[표 45]
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
‡는 이용 가능한 검체가 3개 미만임을 나타낸다
체중
hTFRKI/+ 마우스의 체중을 1일차 및 22일차에 측정하였으며, 각각의 군의 평균 체중을 아래 표에서 제시하였다.
[표 46]
체중(g 단위)
실시예 13: 동형접합 hTFR KI/KI 녹 인 마우스에서 CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성, 다중 용량
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성 및 내약성을 동형접합 hTFRKI/KI 녹 인 마우스에서 시험하였다
이 연구에서 사용된 인간 트랜스페린 수용체(hTFR)/CD71 녹 인 마우스는 NCBI 유전 정보 NM_001128148.2에 따라 인간 TFR 오픈 리딩 프레임으로 대체된 마우스 엑손 2의 코딩 영역 및 마우스 인트론 2의 스플라이스 공여체 부위를 갖는다. 트랜스페린 수용체 유전자의 인간화를 CRISPR/Cas-9 매개 유전자 편집을 통해 수행하였으며, 이는 인간화 트랜스페린 수용체 유전자의 구성적 발현을 갖는 모델의 생성을 가능하게 하였다.　 표적화 전략은 NCBI 유전 정보 NM_011638.4(마우스) 및 NM_001128148.2(인간)를 기반으로 하였다. Cas9 mRNA, 특정 gRNA 및 퓨로마이신 저항성 카세트를 발현하게 하는 플라스미드; 및 마우스 트랜스페린 수용체 유전자의 상동성 영역, FRT 부위 및 대체된 인간 영역을 함유하는 플라스미드를 Taconic Biosciences C57BL/6N Tac ES 세포주에 공동 형질감염시켰다.　 동형접합 인간화 마우스는 본원에서 hTFRKI/KI 녹 인 마우스로 지칭된다. 이들은 내인성 마우스 프로모터의 제어하에서 인간화 TFR 유전자의 2개 사본을 발현한다.
처리
hTFRKI/KI 녹 인 마우스를 각각 3마리의 마우스 군으로 구분하였다. 각각의 마우스에 아래 표에서 표시되는 용량으로 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 접합 화합물 번호 제1590463-BCY17901호를 정맥내 투여하였다. 3마리로 구성된 마우스 군에 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 비접합 변형된 올리고뉴클레오타이드인 화합물 번호 제486178호를 정맥내 투여하였다. 4마리의 마우스의 군에 PBS를 음성 대조군으로 투여하였다.
RNA 분석
마우스를 최종 투여 1주 후(22일차) 안락사하였고, 최종 RNA를 마우스 프라이머 프로브 세트 RTS3181(위에서 본원에 설명됨)을 사용하여 마우스 DMPK RNA의 양을 측정하기 위한 정량적 실시간 RTPCR 분석을 위해 다양한 근육 조직(사두근(quad), 비복근(gastroc) 및 심장을 포함함)으로부터 추출하였다. 마우스 DMPK RNA 수준을 마우스 GAPDH로 정규화하였다. 마우스 GAPDH를 마우스 프라이머 프로브 세트 mGapdh_LTS00102(위에서 본원에 설명됨)를 사용하여 증폭하였다. 결과는 마우스 GAPDH RNA(% 대조군)로 정규화된 (아래 표에서 표시되는 바와 같은) PBS 처리 대조군 동물의 마우스 DMPK RNA 양에 대한 마우스 DMPK RNA 백분율로 제시된다. ED50 값을 가변 힐 기울기(4개의 매개변수), Y=Bottom + (Top-Bottom)/(1+ (10^logEC50/X)^HillSlope)와 함께 비선형 대입을 사용하여 GraphPad Prism에서 계산하였으며, Top = 100, Bottom = 0, Hill Slope < -1의 제약이 있다.
[표 47]
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/KI 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소, PBS 군에 대한 데이터
혈장 화학 마커
간 및 신장 기능에 대한 변형된 올리고뉴클레오타이드의 효과를 평가하기 위해, 알부민(ALB), 알라닌 아미노기전달효소(ALT), 아스파테이트 아미노기전달효소(AST), 총 빌리루빈(TBIL), 총 단백질(PROT), 크레아틴(CREAT) 및 크레아틴 인산화효소(CK)의 혈장 수준을 마우스를 안락사한 날(22일차)에 자동화된 임상 화학 분석기(Hitachi Olympus AU400c, Melville, NY)를 사용하여 측정하였다. 결과는 각각의 마우스 군에 대해 평균화되었으며 아래 표에서 제시된다.
[표 48]
hTFRKI/KI 녹 인 마우스에서 혈장 화학 마커
혈액학 검정
마우스를 안락사한 날(22일차)에 마우스로부터 수득한 혈액을 혈액 세포 수의 측정을 위해 IDEXX BioResearch로 송부하였다. 취득한 수는 적혈구(RBC) 수, 백혈구(WBC) 수, 헤모글로빈(HGB), 헤마토크릿(HCT), 평균 혈구 부피(MCV), 평균 혈구 헤모글로빈(MCH) 및 평균 혈구 헤모글로빈 농도(MCHC)를 포함한다. 단핵구(MON), 호중구(NEU), 림프구(LYM), 호산구(EOS), 호염기구(BAS) 및 혈소판(PLT)과 같은 개별 백혈구 수를 평가하였다. 결과를 아래 표에 제시한다. "N.D."는 값이 결정되지 않았음을 표시하였다.
[표 49]
hTFRKI/KI 녹 인 마우스의 혈액학 매개변수
‡는 이용 가능한 검체가 3개 미만임을 나타낸다
[표 50]
hTFRKI/KI 녹 인 마우스에서 혈액 세포 수
‡는 이용 가능한 검체가 3개 미만임을 나타낸다
신체 및 장기 중량
hTFRKI/KI마우스의 체중을 1일과 22일에 측정하였고, 각각의 군의 평균 체중을 아래 표에 제시하였다. 마우스를 안락사한 날(22일차)에 간, 신장 및 비장의 중량을 측정하였고, 각각의 군의 평균 장기 무게는 아래 표에서 제시된다.
[표 51]
신체 및 장기 중량(g 단위)
실시예 14: DMPK를 표적으로 하는 RNAi 화합물의 설계
마우스 DMPK에 상보적인 안티센스 가닥 변형된 올리고뉴클레오타이드를 아래의 표에서 표시되는 바와 같이 설계하고 합성하였다.
[표 52]
마우스 DMPK를 표적으로 하는 안티센스 가닥 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
위의 표에서 "vP"는 5' 바이닐 포스포네이트 모이어티를 나타내고, 아래 첨자 "f"는 2'-F 변형된 뉴클레오사이드를 나타내며, 아래 첨자 "y"는 2'-OMe 변형된 뉴클레오사이드를 나타내고, 아래 첨자 "e"는 2' MOE 변형된 뉴클레오사이드를 나타내며, 아래 첨자 "s"는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결을 나타내고, 아래 첨자 "o"는 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 나타낸다.
센스 올리고뉴클레오타이드는 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 21개 뉴클레오사이드 중 제1 뉴클레오사이드(5'에서 3'로)에 상보적이며 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 최종 2개의 3'-뉴클레오사이드는 센스 올리고뉴클레오타이드와 쌍을 이루지 않는다(오버행 뉴클레오사이드임). 변형된 올리고뉴클레오타이드 화합물 번호 제1652967호는 위에서 본원에 설명되는 바와 같이 BCY17901에 접합되었다.
[표 53]
마우스 DMPK를 표적으로 하는 센스 가닥 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
위의 표에서, 아래 첨자 "f"는 2'-F 변형된 뉴클레오사이드를 나타내고, 아래 첨자 "y"는 2'-OMe 변형된 뉴클레오사이드를 나타내며, 아래 첨자 "s"는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결을 나타내고, 아래 첨자 "o"는 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 나타내며, "[3nC7]"은 3'-C7 아미노 변형자를 나타내고,:"[BCN]"은 (바이사이클로[6.1.0]노나인)-포밀 링커를 나타내며, "[말레이미드C3oyl]"은 말레이미도 프로피오닐 링커를 나타낸다.
[표 54]
이환 리간드에 접합된 센스 가닥 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
[표 55]
인간/마우스 DMPK를 표적으로 하는 RNAi 화합물의 설계
실시예 15: hTFR KI/+ 녹 인 마우스에서 CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성, 다중 용량
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성 및 내약성을 이형접합 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 시험하였다(위에서 본원에 설명됨).
처리
hTFRKI/+ 녹 인 마우스를 각각 3마리의 마우스 군으로 구분하였다. 각각의 마우스에 아래 표에서 표시되는 용량으로 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 접합 화합물 1590463-BCY17901를 정맥내 투여하였다. 3마리로 구성된 마우스 군에 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 비접합 변형된 올리고뉴클레오타이드인 화합물 번호 제486178호를 정맥내 투여하였다. 4마리의 마우스의 군에 PBS를 음성 대조군으로 투여하였다.
RNA 분석
마우스를 최종 투여 1주 후(22일차) 안락사하였고, 최종 RNA를 마우스 프라이머 프로브 세트 RTS3181(위에서 본원에 설명됨)을 사용하여 마우스 DMPK RNA의 양을 측정하기 위한 정량적 실시간 RTPCR 분석을 위해 사두근(quad), 비복근(gastroc), 심장 및 횡격막 및 간 조직을 포함하는 다양한 근육 조직으로부터 추출하였다. 마우스 DMPK RNA 수준을 마우스 GAPDH로 정규화하였다. 마우스 GAPDH를 마우스 프라이머 프로브 세트 mGapdh_LTS00102(위에서 본원에 설명됨)를 사용하여 증폭하였다. 결과는 마우스 GAPDH RNA(% 대조군)로 정규화된 PBS 처리 대조군 동물의 마우스 DMPK RNA 양에 대한 마우스 DMPK RNA 백분율로 제시된다. ED50 값을 가변 힐 기울기(4개의 매개변수), Y=Bottom + (Top-Bottom)/(1+ (10^logEC50/X)^HillSlope)와 함께 비선형 대입을 사용하여 GraphPad Prism에서 계산하였으며, Top = 100, Bottom = 0, Hill Slope < -1의 제약이 있다.
[표 56]
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
[표 57]
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
혈장 화학 마커
간 및 신장 기능에 대한 변형된 올리고뉴클레오타이드의 효과를 평가하기 위해, 알부민(ALB), 알라닌 아미노기전달효소(ALT), 아스파테이트 아미노기전달효소(AST), 총 빌리루빈(TBIL), 혈액 요소 질소(BUN), 총 단백질(PROT), 크레아틴(CREAT), 철분 및 크레아틴 인산화효소(CK)의 혈장 수준을 마우스를 안락사한 날(22일차)에 자동화된 임상 화학 분석기(Hitachi Olympus AU400c, Melville, NY)를 사용하여 측정하였다. 결과는 각각의 마우스 군에 대해 평균화되었으며 아래 표에서 제시된다.
[표 58]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 혈장 화학 마커
혈액학 검정
마우스를 안락사한 날(22일차)에 마우스로부터 수득한 혈액을 혈액 세포 수의 측정을 위해 IDEXX BioResearch로 송부하였다. 취득한 수는 적혈구(RBC) 수, 백혈구(WBC) 수, 헤모글로빈(HGB), 헤마토크릿(HCT), 평균 혈구 부피(MCV), 평균 혈구 헤모글로빈(MCH) 및 평균 혈구 헤모글로빈 농도(MCHC)를 포함한다. 단핵구(MON), 호중구(NEU), 림프구(LYM), 호산구(EOS), 호염기구(BAS) 및 혈소판(PLT)과 같은 개별 백혈구 수를 평가하였다. 결과를 아래 표에 제시한다.
[표 59]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스의 혈액학 매개변수
[표 60]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 혈액 세포 수
체중
hTFRKI/+ 마우스의 체중을 1일차 및 22일차에 측정하였으며, 각각의 군의 평균 체중을 아래 표에서 제시하였다.
[표 61]
체중(g 단위)
실시예 16: hTFR KI/+ 녹 인 마우스에서 CD71 이환 리간드에 접합된 RNAi 화합물의 활성, 다중 용량
CD71 이환 리간드에 접합된 RNAi 화합물 번호 제1653456:1547300호의 활성을 이형접합 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 시험하였다(위에서 본원에 설명됨). 또한 인간 CD71을 표적으로 하는 OKT9 항체(BioXCell, 카탈로그 번호: BE0023)의 Fab' 단편에 접합된 화합물 번호 제1653456:1547300호(위에서 본원에 설명됨)의 활성을 시험하였다.
처리
hTFRKI/+ 녹 인 마우스를 각각 3마리 내지 4마리의 마우스 군으로 구분하였다. 3마리로 구성된 마우스 군에 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 접합 RNAi 화합물 1653456:1547300-OKT9 Fab를 정맥내 투여하였다. 3마리로 구성된 마우스 군에 아래 표에서 표시되는 용량으로 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 접합 RNAi 화합물 제1653456:1678385호를 정맥내 투여하였다. 4마리로 구성된 마우스 군에 10 mg/kg으로 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 접합 RNAi 화합물 1653456:1678385를 피하 투여하였다. 4마리의 마우스의 군에 PBS를 음성 대조군으로 투여하였다.
RNA 분석
마우스를 최종 투여 1주 후(22일차) 안락사하였고, 최종 RNA를 마우스 프라이머 프로브 세트 RTS3181(위에서 본원에 설명됨)을 사용하여 마우스 DMPK RNA의 양을 측정하기 위한 정량적 실시간 RTPCR 분석을 위해 사두근(quad), 비복근(gastroc), 심장 및 횡격막 및 간 조직을 포함하는 다양한 근육 조직으로부터 추출하였다. 마우스 DMPK RNA 수준을 마우스 GAPDH로 정규화하였다. 마우스 GAPDH를 마우스 프라이머 프로브 세트 mGapdh_LTS00102(위에서 본원에 설명됨)를 사용하여 증폭하였다. 결과는 마우스 GAPDH RNA(% 대조군)로 정규화된 PBS 처리 대조군 동물의 마우스 DMPK RNA 양에 대한 마우스 DMPK RNA 백분율로 제시된다. ED50 값을 가변 힐 기울기(4개의 매개변수), Y=Bottom + (Top-Bottom)/(1+ (10^logEC50/X)^HillSlope)와 함께 비선형 대입을 사용하여 GraphPad Prism에서 계산하였으며, Top = 100, Bottom = 0, Hill Slope < -1의 제약이 있다. "N.C."는 값을 계산하지 않았음을 나타낸다.
[표 62]
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
[표 63]
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
혈장 화학 마커
간 및 신장 기능에 대한 변형된 올리고뉴클레오타이드의 효과를 평가하기 위해, 알부민(ALB), 알라닌 아미노기전달효소(ALT), 아스파테이트 아미노기전달효소(AST), 총 빌리루빈(TBIL), 혈액 요소 질소(BUN), 총 단백질(PROT), 크레아틴(CREAT), 철분 및 크레아틴 인산화효소(CK)의 혈장 수준을 마우스를 안락사한 날(22일차)에 자동화된 임상 화학 분석기(Hitachi Olympus AU400c, Melville, NY)를 사용하여 측정하였다. 결과는 각각의 마우스 군에 대해 평균화되었으며 아래 표에서 제시된다.
[표 64]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 혈장 화학 마커
혈액학 검정
마우스를 안락사한 날(22일차)에 마우스로부터 수득한 혈액을 혈액 세포 수의 측정을 위해 IDEXX BioResearch로 송부하였다. 취득한 수는 적혈구(RBC) 수, 백혈구(WBC) 수, 헤모글로빈(HGB), 헤마토크릿(HCT), 평균 혈구 부피(MCV), 평균 혈구 헤모글로빈(MCH) 및 평균 혈구 헤모글로빈 농도(MCHC)를 포함한다. 단핵구(MON), 호중구(NEU), 림프구(LYM), 호산구(EOS), 호염기구(BAS) 및 혈소판(PLT)과 같은 개별 백혈구 수를 평가하였다. 결과를 아래 표에 제시한다.
[표 65]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스의 혈액학 매개변수
[표 66]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 혈액 세포 수
체중
hTFRKI/+ 마우스의 체중을 1일차 및 22일차에 측정하였으며, 각각의 군의 평균 체중을 아래 표에서 제시하였다.
[표 67]
체중(g 단위)
실시예 17: CD71 이환 리간드에 접합된 DMPK를 표적으로 하는 RNAi 화합물의 설계
센스 변형된 올리고뉴클레오타이드를 아래의 표에서 표시되는 바와 같이 설계하고 합성하였다. 센스 올리고뉴클레오타이드는 안티센스 올리고뉴클레오타이드 화합물 제1653456호(위에서 본원에 설명됨)의 21개 뉴클레오사이드 중 제1 뉴클레오사이드(5'에서 3'로)에 상보적이며 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 최종 2개의 3'-뉴클레오사이드는 센스 올리고뉴클레오타이드와 쌍을 이루지 않는다(오버행 뉴클레오사이드임).
[표 68]
마우스 DMPK를 표적으로 하는 센스 가닥 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
위의 표에서, 아래 첨자 "f"는 2'-F 변형된 뉴클레오사이드를 나타내고, 아래 첨자 "y"는 2’-OMe 변형된 뉴클레오사이드를 나타내며, 아래 첨자 "s"는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결을 나타내고, 아래 첨자 "o"는 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 나타내며, "[nC6o]"는 6-아미노헥산올 링커를 나타내고, "[BCN]"은 (바이사이클로[6.1.0]노나인)-포밀 링커를 나타낸다.
변형된 올리고뉴클레오타이드 화합물 번호 제1709195호 및 제1590463호는 아래 표에서 설명되는 바와 같이 BCY17901에 추가로 접합되었다.
[표 69]
이환 리간드에 접합된 센스 가닥 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
[표 70]
인간/마우스 DMPK를 표적으로 하는 RNAi 화합물의 설계
실시예 18: 이형접합 hTFR KI/+ 녹 인 마우스에서 CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성, 다중 용량
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성 및 내약성을 이형접합 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 시험하였다(위에서 본원에 설명됨).
처리
hTFRKI/+ 녹 인 마우스를 각각 3마리의 마우스 군으로 구분하였다. 각각의 마우스에 아래 표에서 표시되는 용량으로 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 접합 변형된 올리고뉴클레오타이드의 정맥내(i.v.) 투여 또는 피하(s.c.) 투여를 받았다. 3마리로 구성된 마우스 군에 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 비접합 변형된 올리고뉴클레오타이드인 화합물 번호 제486178호를 피하 투여하였다. 4마리의 마우스의 군에 PBS를 음성 대조군으로 투여하였다.
RNA 분석
마우스를 최종 투여 1주 후(22일차) 안락사하였고, 최종 RNA를 마우스 프라이머 프로브 세트 RTS3181(위에서 본원에 설명됨)을 사용하여 마우스 DMPK RNA의 양을 측정하기 위한 정량적 실시간 RTPCR 분석을 위해 다양한 근육 조직(사두근(quad), 비복근(gastroc), 심장, 간을 포함함)으로부터 추출하였다. 마우스 DMPK RNA 수준을 마우스 GAPDH로 정규화하였다. 마우스 GAPDH를 마우스 프라이머 프로브 세트 mGapdh_LTS00102(위에서 본원에 설명됨)를 사용하여 증폭하였다. 결과는 마우스 GAPDH RNA(% 대조군)로 정규화된 PBS 처리 대조군 동물의 마우스 DMPK 양에 대한 마우스 DMPK RNA 백분율로 제시된다. ED50 값을 가변 힐 기울기(4개의 매개변수), Y=Bottom + (Top-Bottom)/(1+ (10^logEC50/X)^HillSlope)와 함께 비선형 대입을 사용하여 GraphPad Prism에서 계산하였으며, Top = 100, Bottom = 0, Hillslope < -1의 제약이 있다.
[표 71]
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
[표 72]
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
체중
hTFRKI/+ 마우스의 체중을 1일차 및 22일차에 측정하였으며, 각각의 군의 평균 체중을 아래 표에서 제시하였다.
[표 73]
체중(g 단위)
실시예 19: 이형접합 hTFR KI/+ 녹 인 마우스에서 CD71 이환 리간드에 접합된 RNAi 화합물의 활성 및 내약성, 다중 용량
CD71 이환 리간드에 접합된 RNAi 화합물의 활성 및 내약성을 이형접합 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 시험하였다(위에서 본원에 설명됨).
처리
hTFRKI/+ 녹 인 마우스를 각각 3마리의 마우스 군으로 구분하였다. 각각의 마우스에 아래 표에서 표시되는 용량으로 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 접합 RNAi 화합물의 정맥내(i.v.) 투여 또는 피하(s.c.) 투여를 받았다. 4마리의 마우스의 군에 PBS를 음성 대조군으로 투여하였다.
RNA 분석
마우스를 최종 투여 1주 후(22일차) 안락사하였고, 최종 RNA를 마우스 프라이머 프로브 세트 RTS3181(위에서 본원에 설명됨)을 사용하여 마우스 DMPK RNA의 양을 측정하기 위한 정량적 실시간 RTPCR 분석을 위해 다양한 근육 조직(사두근(quad), 비복근(gastroc), 심장, 간을 포함함)으로부터 추출하였다. 마우스 DMPK RNA 수준을 마우스 GAPDH로 정규화하였다. 마우스 GAPDH를 마우스 프라이머 프로브 세트 mGapdh_LTS00102(위에서 본원에 설명됨)를 사용하여 증폭하였다. 결과는 마우스 GAPDH RNA(% 대조군)로 정규화된 PBS 처리 대조군 동물의 마우스 DMPK 양에 대한 마우스 DMPK RNA 백분율로 제시된다. ED50 값을 가변 힐 기울기(4개의 매개변수), Y=Bottom + (Top-Bottom)/(1+ (10^logEC50/X)^HillSlope)와 함께 비선형 대입을 사용하여 GraphPad Prism에서 계산하였으며, Top = 100, Bottom = 0, Hillslope < -1의 제약이 있다.
[표 74]
CD71 이환 리간드에 접합된 RNAi 화합물을 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
‡는 이용 가능한 검체가 3개 미만임을 나타낸다
[표 75]
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
혈장 화학 마커
간 및 신장 기능에 대한 변형된 올리고뉴클레오타이드의 효과를 평가하기 위해, 알부민(ALB), 알라닌 아미노기전달효소(ALT), 아스파테이트 아미노기전달효소(AST), 총 빌리루빈(TBIL), 총 단백질(PROT), 크레아틴(CREAT), 철분 및 크레아틴 인산화효소(CK)의 혈장 수준을 마우스를 안락사한 날(18일차)에 자동화된 임상 화학 분석기(Hitachi Olympus AU400c, Melville, NY)를 사용하여 측정하였다. 결과는 각각의 마우스 군에 대해 평균화되었으며 아래 표에서 제시된다.
[표 76]
hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 혈장 화학 마커
신체 및 장기 중량
hTFRKI/+ 마우스의 체중을 1일차 및 22일차에 측정하였으며, 각각의 군의 평균 체중을 아래 표에서 제시하였다. 마우스를 안락사한 날(22일차)에 간, 신장 및 비장의 중량을 측정하였고, 각각의 군의 평균 장기 무게는 아래 표에서 제시된다. "N.D."는 데이터가 결정되지 않았음을 표시한다.
[표 77]
신체 및 장기 중량(g 단위)
실시예 20: CD71 이환 리간드에 접합된 MALAT를 표적으로 하는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
마우스 MALAT에 상보적인 변형된 올리고뉴클레오타이드 (아래 표에서 표시되는 바와 같이) 설계하고 합성하였다. 아래 표의 화합물은 이환 리간드에 접합할 수 있도록 5' 말단에 변형이 있다.
[표 78]
마우스 MALAT에 상보적인 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
위의 표에서, 아래 첨자 "k"는 cEt 뉴클레오사이드를 나타내고, 아래 첨자 "d"는 스테레오-표준 DNA 뉴클레오사이드를 나타내며, 아래 첨자 "s"는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결을 나타내고, 아래 첨자 "o"는 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 나타내며, C 이전의 위 첨자 "m"은 5-메틸 사이토신을 나타내고, "[nC6o]"는 6-아미노헥산올 링커를 나타내며, "[BCN]"은 (바이사이클로[6.1.0]노나인)-포밀 링커를 나타낸다.
변형된 올리고뉴클레오타이드는 아래 표에서 설명되는 바와 같이 BCY17901에 추가로 접합되었다.
[표 79]
이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
실시예 21: CD71 이환 리간드에 접합된 HPRT를 표적으로 하는 RNAi 화합물의 설계
마우스 HPRT에 상보적인 안티센스 가닥 변형된 올리고뉴클레오타이드를 아래의 표에서 표시되는 바와 같이 설계하고 합성하였다.
[표 80]
인간/마우스 HPRT1을 표적으로 하는 안티센스 가닥 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
위의 표에서 "vP"는 5' 바이닐 포스포네이트 모이어티를 나타내고, 아래 첨자 "f"는 2'-F 변형된 뉴클레오사이드를 나타내며, 아래 첨자 "y"는 2'-OMe 변형된 뉴클레오사이드를 나타내고, 아래 첨자 "e"는 2' MOE 변형된 뉴클레오사이드를 나타내며, 아래 첨자 "s"는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결을 나타내고, 아래 첨자 "o"는 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 나타낸다.
센스 변형된 올리고뉴클레오타이드를 아래의 표에서 표시되는 바와 같이 설계하고 합성하였다. 센스 올리고뉴클레오타이드는 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 21개 뉴클레오사이드 중 제1 뉴클레오사이드(5'에서 3'로)에 상보적이며 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 최종 2개의 3'-뉴클레오사이드는 센스 올리고뉴클레오타이드와 쌍을 이루지 않는다(오버행 뉴클레오사이드임). 센스 변형된 올리고뉴클레오타이드는 이환 리간드에 접합할 수 있도록 3' 말단에 변형을 갖는다.
[표 81]
마우스 HPRT를 표적으로 하는 센스 가닥 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
위의 표에서, 아래 첨자 "f"는 2'-F 변형된 뉴클레오사이드를 나타내고, 아래 첨자 "y"는 2'-OMe 변형된 뉴클레오사이드를 나타내며, 아래 첨자 "s"는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결을 나타내고, 아래 첨자 "o"는 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 나타내며, "[BCN]"은 (바이사이클로[6.1.0]노나인)-포밀 링커를 나타내고, "[3nC7]"은 다음의 구조를 갖는 3'-C7 아미노 변형자를 나타낸다:
[3nC7]
센스 변형된 올리고뉴클레오타이드 화합물 1653454는 아래 표에서 설명되는 바와 같이 BCY17901에 추가로 접합되었다.
[표 82]
이환 리간드에 접합된 센스 가닥 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
[표 83]
마우스 HPRT를 표적으로 하는 RNAi 화합물의 설계
실시예 22: 사이노몰거스 원숭이에서 CD71 이환 리간드를 포함하는 저중합체 작용제의 효과
사이노몰거스 원숭이를 CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드 또는 위의 실시예에서 설명되는 연구로부터 선택된 CD71 이환 리간드에 접합된 RNAi 화합물로 처리하였다.
처리
연구 전, 원숭이를 검역소에 보관하면서 일반적인 건강 상태를 매일 관찰하였다. 원숭이의 연령은 2세 내지 4세였으며 체중은 2 내지 4 kg이었다. 암컷 사이노몰거스 원숭이를 각각 3마리의 원숭이로 구성된 4개의 군으로 구분하였다. 각각의 원숭이는 경피 배치된 카테터를 통해 접합 변형된 올리고뉴클레오타이드 또는 접합 RNAi 화합물의 정맥내(i.v.) 주입(1시간)을 받았다. 새로운 멸균 유치 카테터(indwelling catheter)를 각각의 투여 전 배치하였다. 원숭이에게 25 mg/kg으로 총 3회(1일차, 8일차, 15일차) 동안 주 1회 10 mL/kg을 투여하였다.
연구 기간 동안 원숭이에게 질병이나 고통의 징후가 있는지 적어도 1일 1회 관찰하였다. 치료, 부상 또는 질병으로 인해 순간적이거나 경미한 통증이나 고통을 겪고 있는 임의의 동물은 연구 책임자와 협의한 후 통증을 완화하기 위한 승인된 진통제 또는 작용제를 사용하여 수의학 연구진이 치료하였다. 건강이 불량하거나 빈사 상태에 있는 임의의 동물을 추가 모니터링 동안 식별하였으며 수의사와의 협의에 참석하여 가능한 한 빨리 안락사할 수 있었다. 동물의 예정된 안락사를 최종 투여 후 대략 13일차인 28일차에 깊은 마취하에서 방혈을 통해 수행하였다. 실시예에서 설명되는 프로토콜은 동물 실험 윤리 위원회(Institutional Animal Care and Use Committee, IACUC)에 의해 승인되었다.
RNA 분석
접합 변형된 올리고뉴클레오타이드 또는 접합 RNAi 화합물이 표적 RNA 발현 수준에 미치는 영향을 평가하기 위해 골격근 조직(사두근(quad), 비복근(gastroc), 전경골근(TA), 횡격막, 비장근) 및 심장 조직의 횡단면 조각을 모든 동물로부터 채취하였다. 대략 8 mm2 또는 300 mg의 간 조직을 모든 연구 동물로부터 채취하였으며 2 mL 스크류 캡 튜브(150 mg x 2 튜브)에 배치하였다.
원숭이를 최종 투여 2주 후(28일차) 안락사하였고, 표적 RNA의 양을 측정하기 위한 정량적 실시간 RTPCR 분석을 위해 근육 조직(사두근(quad), 횡경막, 비장근, 전경골근(TA), 비복근(gastroc), 심장을 포함함) 및 간으로부터 RNA를 추출하였다.
MALAT RNA 수준을 NHP 프라이머 프로브 세트 MALAT1_LTS01104(정방향 서열 AAGGAGTGTACCGCTGTACTGTTG, 서열식별번호: 247로 본원에서 지정됨; 역방향 서열 CCAAAGCTGCACTGTGCTGTA, 서열식별번호: 248로 본원에서 지정됨; 프로브 서열 ACACCTTCAGGGACTGGAGCTGCTTTTATC, 서열식별번호: 249로 본원에서 지정됨)를 사용하여 측정하였다. 원숭이 MALAT RNA 수준을 RIBOGREEN®으로 측정한 바와 같이 총 RNA 함량으로 정규화하였다. 결과는 MALAT 표적화 접합 변형된 올리고뉴클레오타이드로 처리되지 않은 모든 군에서 원숭이 MALAT RNA의 양에 대한 원숭이 MALAT RNA 백분율로서 제시된다. DMPK RNA 수준을 NHP 프라이머 프로브 세트 DMPK_RTS4447(정방향 서열 AGCCTGAGCCGGGAGATG, 서열식별번호: 250로 본원에서 지정됨; 역방향 서열 GCGTAGTTGACTGGCAAAGTT, 서열식별번호: 251로 본원에서 지정됨; 프로브 서열 AGGCCATCCGCATGGCCAACC, 서열식별번호: 252로 본원에서 지정됨)을 사용하여 측정하였다. 원숭이 DMPK RNA 수준을 RIBOGREEN®으로 측정한 바와 같이 총 RNA 함량으로 정규화하였다. 결과는 DMPK 표적화 접합 변형된 올리고뉴클레오타이드 또는 접합 RNAi 화합물로 처리되지 않은 모든 군에서 원숭이 DMPK RNA의 양에 대한 원숭이 DMPK RNA 백분율로서 제시된다. HPRT RNA 수준을 NHP 프라이머 프로브 세트 Rh02800695_m1(Thermofisher)을 사용하여 측정하였다. 원숭이 HPRT RNA 수준을 RIBOGREEN®으로 측정한 바와 같이 총 RNA 함량으로 정규화하였다. 결과는 HPRT 표적화 접합 RNAi 화합물로 처리되지 않은 모든 군에서 원숭이 HPRT RNA의 양에 대한 원숭이 HPRT RNA 백분율로서 제시된다.
[표 84]
CD71 이환 리간드를 포함하는 저중합체 작용제를 사용한 사이노몰거스 원숭이에서 표적 RNA의 감소
실시예 23: CD71 이환 리간드에 접합된 DMPK를 표적으로 하는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
마우스 DMPK에 상보적인 변형된 올리고뉴클레오타이드 (아래 표에서 표시되는 바와 같이) 설계하고 합성하였다. 아래 표의 화합물은 이환 리간드에 접합할 수 있도록 5' 말단에 변형이 있다.
[표 85]
마우스 DMPK에 상보적인 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
위의 표에서, 아래 첨자 "k"는 cEt 뉴클레오사이드를 나타내고, 아래 첨자 "d"는 스테레오-표준 DNA 뉴클레오사이드를 나타내며, 아래 첨자 "z"는 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결을 나타내고, 아래 첨자 "s"는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결을 나타내며, 아래 첨자 "o"는 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 나타내고, C 이전의 위 첨자 "m"은 5-메틸 사이토신을 나타내며, "[nC6o]"는 6-아미노헥산올 링커를 나타내고, "[BCN]"은 (바이사이클로[6.1.0]노나인)-포밀 링커를 나타낸다.
변형된 올리고뉴클레오타이드는 아래 표에서 설명되는 바와 같이 BCY17901에 추가로 접합되었다.
[표 86]
이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 설계
실시예 24: 이형접합 hTFR KI/+ 녹 인 마우스에서 CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성 및 내약성을 이형접합 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 시험하였다(위에서 본원에 설명됨).
처리
hTFRKI/+ 녹 인 마우스를 각각 4마리의 마우스 군으로 구분하였다. 각각의 마우스에 아래 표에서 표시되는 바와 같이 총 3회 용량(1일차, 8일차 및 15일차) 동안 3.5 mg/kg 접합 변형된 올리고뉴클레오타이드의 정맥내(i.v.) 투여 또는 피하(s.c.) 투여를 받았다. 4마리의 마우스의 군에 PBS를 음성 대조군으로 투여하였다.
RNA 분석
마우스를 접합 변형된 올리고뉴클레오타이드 군에 대한 최종 투여 1주일 후 22일차에 안락사하였다. RNA를 마우스 프라이머 프로브 세트 RTS3181(위에서 본원에 설명됨)을 사용하여 마우스 DMPK RNA의 양을 측정하기 위한 정량적 실시간 RTPCR 분석을 위해 다양한 근육 조직(사두근(quad) 및 비복근(gastric)을 포함함)으로부터 추출하였다. 마우스 DMPK RNA 수준을 마우스 GAPDH로 정규화하였다. 마우스 GAPDH를 마우스 프라이머 프로브 세트 mGapdh_LTS00102(위에서 본원에 설명됨)를 사용하여 증폭하였다. 결과는 마우스 GAPDH RNA(% 대조군)로 정규화된 s.c-PBS 처리 대조군 동물의 마우스 DMPK 양에 대한 마우스 DMPK RNA 백분율로 제시된다.
[표 89]
CD71 이환 리간드에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 사용한 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 마우스 DMPK RNA의 감소
실시예 25: CD71 이환 리간드에 접합되는 RNAi 화합물의 설계 및 활성
[표 90]
이환 리간드
다양한 센스 변형된 올리고뉴클레오타이드를 설계한다. 센스 올리고뉴클레오타이드는 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 21개 뉴클레오사이드 중 제1 뉴클레오사이드(5'에서 3'로)에 상보적이며, 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 최종 2개의 3'-뉴클레오사이드는 센스 올리고뉴클레오타이드와 쌍을 이루지 않는다(오버행 뉴클레오사이드임). 센스 변형된 올리고뉴클레오타이드는 5' 말단상에서 이환 리간드에 접합되어 다음의 접합체를 형성한다.
[표 91]
다양한 링커와의 접합체
Y는 이환 리간드를 나타내며 X는 5' 말단에 접합된 21개의 연결된 핵산으로 구성되는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 나타낸다.
활성
CD71 이환 리간드에 접합된 RNAi 화합물의 활성을 이형접합 hTFRKI/+ 녹 인 마우스에서 시험한다(위에서 본원에 설명됨).
처리
hTFRKI/+ 녹 인 마우스를 각각 2마리 내지 4마리의 마우스 군으로 구분한다. 각각의 마우스에 접합된 변형된 올리고뉴클레오타이드 또는 접합된 RNAi 화합물의 단일 정맥내(i.v.) 투여 또는 피하(s.c.) 투여를 받는다. 4마리의 마우스의 군에 PBS를 음성 대조군으로 투여한다.
RNA 분석
마우스를 투여 1주 후 안락사하였다. RNA를 마우스 표적 RNA의 양을 측정하기 위한 정량적 실시간 RTPCR 분석을 위해 다양한 근육 조직(사두근(quad), 비복근(gastroc), 심장, 간을 포함함)으로부터 추출한다. 마우스 표적 RNA 수준을 마우스 GAPDH로 정규화한다. 마우스 GAPDH를 마우스 프라이머 프로브 세트 mGapdh_LTS00102(위에서 본원에 설명됨)를 사용하여 증폭한다.
서열목록 전자파일 첨부

Claims (129)

  1. 저중합체 화합물(oligomeric compound)로서, 변형된 올리고뉴클레오타이드 및 접합체기를 포함하며, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 300개의 연결된 뉴클레오사이드로 구성되며, 상기 접합체기는 이환 리간드 및 접합체 링커를 포함하며,
    상기 이환 리간드는 13 내지 22개의 연결된 아미노산 또는 아미노산 모방체 및 분자 스캐폴드로 구성되는 폴리펩타이드를 포함하며,
    상기 폴리펩타이드의 제1, 제2 및 제3 아미노산 각각은 반응기를 포함하며, 이들 각각은 상기 분자 스캐폴드와 결합을 별도로 형성하여 상기 분자 스캐폴드에 부착된 2개의 폴리펩타이드 루프를 형성하며;
    상기 이환 리간드의 부분은 유형 1 트랜스페린 수용체에 결합하며;
    상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 상기 접합체 링커를 통해 상기 이환 리간드에 공유 연결되는, 저중합체 화합물.
  2. 제1항에 있어서, 상기 접합체기는 상기 이환 리간드 및 접합체 링커로 구성되는, 저중합체 화합물.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 저중합체 화합물은 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드 및 상기 접합체기로 구성되는, 저중합체 화합물.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 3개의 반응기는 각각 시스테인의 싸이올인, 저중합체 화합물.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 폴리펩타이드는 N-말단에서 C-말단으로 하기 화학식:
    [B]n-[Zi]-[J]m-[Zii]-[O]o-[Ziii]-[U]p을 가지며, 식 중
    Zi, Zii 및 Ziii은 반응기를 포함하는 상기 제1, 제2 및 제3 아미노산이며;
    각각의 B, J, O 및 U는 독립적으로 선택된 아미노산 또는 아미노산 모방체이며;
    n은 0 내지 5이며;
    m은 3 내지 7이며;
    o는 3 내지 7이며;
    p는 0 내지 5이며;
    식 중 m+o의 합은 12 미만인, 저중합체 화합물.
  6. 제5항에 있어서, m은 7이고 o는 3인, 저중합체 화합물.
  7. 제5항에 있어서, m은 2이고 o는 9인, 저중합체 화합물.
  8. 제5항에 있어서, m 및 o는 모두 6인 저중합체 화합물.
  9. 제5항에 있어서, m은 3이고 o는 8인, 저중합체 화합물.
  10. 제5항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, n은 0인, 저중합체 화합물.
  11. 제5항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, n은 3 또는 4인, 저중합체 화합물.
  12. 제5항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, p는 0인, 저중합체 화합물.
  13. 제5항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, p는 3 또는 4인, 저중합체 화합물.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 폴리펩타이드는 N-말단 변형을 갖는, 저중합체 화합물.
  15. 제14항에 있어서, 상기 N-말단 변형은 아세틸기인, 저중합체 화합물.
  16. 제14항에 있어서, 상기 N-말단 변형은 아자이도프로필기인, 저중합체 화합물.
  17. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 폴리펩타이드는 C-말단 변형을 갖는, 저중합체 화합물.
  18. 제14항에 있어서, 상기 C-말단 변형은 아마이드기인, 저중합체 화합물.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체 링커는 상기 이환 리간드의 N-말단 아미노산에 부착되는, 저중합체 화합물.
  20. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체 링커는 상기 이환 리간드의 C-말단 아미노산에 부착되는, 저중합체 화합물.
  21. 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체 링커는 상기 이환 리간드의 상기 폴리펩타이드 루프 중 하나 내에 있는 아미노산의 측쇄에 부착되는, 저중합체 화합물.
  22. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 이환 리간드는 C-말단 연장부를 포함하는, 저중합체 화합물.
  23. 제22항에 있어서, 상기 C-말단 연장부는 PEG10 또는 PEG24로부터 선택되는, 저중합체 화합물.
  24. 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 이환 리간드는 N-말단 연장부를 포함하는, 저중합체 화합물.
  25. 제24항에 있어서, 상기 N-말단 연장부는 PEG10 또는 PEG24로부터 선택되는, 저중합체 화합물.
  26. 제1항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체기는 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단 뉴클레오사이드에 부착되는, 저중합체 화합물.
  27. 제26항에 있어서, 상기 접합체기는 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 상기 5'-말단 뉴클레오사이드의 5'-위치에 부착되는, 저중합체 화합물.
  28. 제1항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체기는 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 3'-말단 뉴클레오사이드에 부착되는, 저중합체 화합물.
  29. 제28항에 있어서, 상기 접합체기는 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 상기 3'-말단 뉴클레오사이드의 3'-위치에 부착되는, 저중합체 화합물.
  30. 제1항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체기는 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 내부 뉴클레오사이드에 부착되는, 저중합체 화합물.
  31. 제1항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체기는 변형된 뉴클레오사이드간 연결을 통해 부착되는, 저중합체 화합물.
  32. 제28항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체기는 2'-변형된 퓨라노실 당 모이어티를 통해 부착되는, 저중합체 화합물.
  33. 제1항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 이환 리간드는 서열식별번호: 26 내지 27, 36 내지 56, 58 내지 65, 67 내지 76, 79 내지 88, 90 내지 152 또는 192 내지 246 중 임의의 하나와 적어도 80% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는, 저중합체 화합물.
  34. 제33항에 있어서, 상기 이환 리간드는 서열식별번호: 26 내지 27, 36 내지 56, 58 내지 65, 67 내지 76, 79 내지 88, 90 내지 152 또는 192 내지 246 중 임의의 하나와 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는, 저중합체 화합물.
  35. 제5항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, [Zi]-[J]m-[Zii]-[O]o-[Ziii]은 서열식별번호: 26 내지 27, 35 내지 56, 58 내지 65, 67 내지 76, 79 내지 88, 90 내지 152 또는 192 내지 246 중 임의의 하나와 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는, 저중합체 화합물.
  36. 제5항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, [Zi]-[J]m-[Zii]-[O]o-[Ziii]은 CXXDXXXGCISYC(서열식별번호: 35)의 아미노산 서열을 가지며, 식 중 각각의 "X"는 독립적으로 선택되는 아미노산인, 저중합체 화합물.
  37. 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 이환 리간드는 적어도 1개, 적어도 2개 또는 적어도 3개의 비천연 아미노산을 포함하는, 저중합체 화합물.
  38. 제37항에 있어서, 적어도 하나의 비천연 아미노산은 D-아미노산, 알로-아이소류신, 2-아미노-3-에틸-펜테인산, 아미노아이소뷰티르산, 아미노뷰티르산, 아제티딘, 7-아자트립토판, 6-아자이도라이신, β-사이클로뷰틸알라닌, β-메틸 아이소류신, 4, 4-바이페닐알라닌, 시스-하이드록시프롤린, 사이클로뷰틸 글라이신, 사이클로헥실 글라이신, 사이클로펜틸 알라닌, 사이클로펜틸 글라이신, 2,6-다이메틸 타이로신, 3,3-다이페닐 알라닌, 4-트랜스-하이드록시-L-프롤린, 1-나프타일알라닌, 2-나프틸알라닌, N-메틸 알라닌, 1-메틸 히스티딘, 3-메틸 히스티딘, N-메틸-트립토판, 피페콜산, 4-피리딜알라닌, 사코신, t-뷰틸 알라닌 또는 3-t-뷰틸 타이로신으로부터 선택되는, 저중합체 화합물.
  39. 제38항에 있어서, 적어도 하나의 비천연 아미노산은 4-트랜스-하이드록시-L-프롤린, 6-아자이도라이신 및 t-뷰틸 글라이신으로부터 선택되는, 저중합체 화합물.
  40. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 분자 스캐폴드는 1,1',1''-(1,3,5-트라이아지네인-1,3,5-트라이일)트라이프로프-2-엔-1-온(TATA)인, 저중합체 화합물.
  41. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 분자 스캐폴드는 1,1',1''-(1,3,5-트라이아지네인-1,3,5-트라이일)트리스(2-브로모에타논)(TATB)인, 저중합체 화합물.
  42. 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 이환 리간드는 상기 트랜스페린 수용체에 대한 트랜스페린의 결합을 억제하지 않는, 저중합체 화합물.
  43. 제1항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
  44. 제43항에 있어서, 적어도 하나의 변형된 당 모이어티는 이환식 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
  45. 제44항에 있어서, 상기 이환식 당 모이어티는 -O-CH2-; 및 -O-CH(CH3)-로부터 선택되는 2'-4' 브릿지를 포함하는, 저중합체 화합물.
  46. 제43항 내지 제45항에 있어서, 적어도 하나의 변형된 당 모이어티는 비이환식 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
  47. 제46항에 있어서, 상기 비이환식 변형된 당 모이어티는 2'-MOE 당 모이어티 또는 2'-OMe 당 모이어티인, 저중합체 화합물.
  48. 제43항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드 화합물의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 당 대용물(surrogate)을 포함하는, 저중합체 화합물.
  49. 제1항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오사이드간 연결을 포함하는, 저중합체 화합물.
  50. 제49항에 있어서, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오사이드간 연결은 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결인, 저중합체 화합물.
  51. 제49항 또는 제50항에 있어서, 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 변형된 뉴클레오사이드간 연결인, 저중합체 화합물.
  52. 제51항에 있어서, 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결인, 저중합체 화합물.
  53. 제1항 내지 제50항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나의 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결을 포함하는, 저중합체 화합물.
  54. 제1항 내지 제50항 또는 제53항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포다이에스터 또는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결로부터 독립적으로 선택되는, 저중합체 화합물.
  55. 제49항에 있어서, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오사이드간 연결은 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결인, 저중합체 화합물.
  56. 제49항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포다이에스터, 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 또는 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결로부터 독립적으로 선택되는, 저중합체 화합물.
  57. 제49항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 또는 메실 포스포라미데이트 뉴클레오사이드간 연결로부터 독립적으로 선택되는, 저중합체 화합물.
  58. 제1항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나의 변형된 핵염기를 포함하는, 저중합체 화합물.
  59. 제58항에 있어서, 상기 변형된 핵염기는 5-메틸사이토신인, 저중합체 화합물.
  60. 제1항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 5개 내지 12개의 인접 2'-데옥시뉴클레오사이드로 구성되는 데옥시 영역을 포함하는, 저중합체 화합물.
  61. 제60항에 있어서, 상기 데옥시 영역의 각각의 뉴클레오사이드는 2'-β-D-데옥시뉴클레오사이드인, 저중합체 화합물.
  62. 제60항 또는 제61항에 있어서, 상기 데옥시 영역은 7개, 8개, 9개, 10개 또는 7개 내지 10개의 연결된 뉴클레오사이드로 구성되는, 저중합체 화합물.
  63. 제60항 내지 제62항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 데옥시 영역에 바로 인접한 각각의 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
  64. 제60항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 데옥시 영역은 1개 내지 6개의 연결된 5'-영역 뉴클레오사이드로 구성되는 5'-영역에 의해 5'-측상에 그리고 1개 내지 6개의 연결된 3'-영역 뉴클레오사이드로 구성되는 3'-영역에 의해 3'-측상에 측접하며;
    상기 5'-영역의 3'-가장자리 뉴클레오사이드(3'-most nucleoside)는 변형된 당 모이어티를 포함하며;
    상기 3'-영역의 5'-가장자리 뉴클레오사이드(5'-most nucleoside)는 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
  65. 제64항에 있어서, 상기 3'-영역의 각각의 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
  66. 제64항 또는 제65항에 있어서, 상기 5'-영역의 각각의 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
  67. 제1항 내지 제66항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는
    1개 내지 6개의 연결된 5'-영역 뉴클레오사이드로 구성되는 5'-영역;
    6개 내지 10개의 연결된 내부 영역 뉴클레오사이드로 구성되는 내부 영역; 및
    1개 내지 6개의 연결된 3'-영역 뉴클레오사이드로 구성되는 3'-영역;
    을 포함하는 당 모티프를 가지며, 여기서 각각의 상기 5'-영역 뉴클레오사이드 및 각각의 상기 3'-영역 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함하며; 각각의 상기 내부 영역 뉴클레오사이드는 2'-데옥시뉴클레오사이드 및 2'-치환 뉴클레오사이드로부터 선택되는, 저중합체 화합물.
  68. 제67항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는
    1개 내지 6개의 연결된 5'-영역 뉴클레오사이드로 구성되는 5'-영역;
    6개 내지 10개의 연결된 내부 영역 뉴클레오사이드로 구성되는 내부 영역; 및
    1개 내지 6개의 연결된 3'-영역 뉴클레오사이드로 구성되는 3'-영역;
    을 포함하는 당 모티프를 가지며, 여기서 각각의 상기 5'-영역 뉴클레오사이드 및 각각의 상기 3'-영역 뉴클레오사이드는 cEt 뉴클레오사이드 또는 2'-MOE 뉴클레오사이드이며; 각각의 상기 내부 영역 뉴클레오사이드는 2'-β-D-데옥시뉴클레오사이드인, 저중합체 화합물.
  69. 제1항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드는 2'-당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
  70. 제69항에 있어서, 각각의 2'-당 모이어티는 2'-OMe, 2'-MOE 또는 2'-NMA로부터 선택되는, 저중합체 화합물.
  71. 제69항 또는 제70항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드는 동일한 2'-당 모이어티를 포함하는, 저중합체 화합물.
  72. 제1항 내지 제71항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체 링커는 절단 가능한, 저중합체 화합물.
  73. 제1항 내지 제72항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체 링커는 1개 내지 3개의 링커 뉴클레오사이드를 포함하는, 저중합체 화합물.
  74. 제1항 내지 제72항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체 링커는 임의의 링커 뉴클레오사이드를 포함하지 않는, 저중합체 화합물.
  75. 제1항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체기는 를 포함하는, 저중합체 화합물.
  76. 제1항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체기는 를 포함하는, 저중합체 화합물.
  77. 제1항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체기는 를 포함하는, 저중합체 화합물.
  78. 제1항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체기는 , 선택적으로 를 포함하는, 저중합체 화합물.
  79. 제1항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체기는 를 포함하는, 저중합체 화합물.
  80. 제1항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체기는 를 포함하는, 저중합체 화합물.
  81. 제1항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체기는 를 포함하는, 저중합체 화합물.
  82. 제1항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체기는를 포함하는, 저중합체 화합물.
  83. 제1항 내지 제82항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 근육에서 발현되는 표적 핵산에 상보적인, 저중합체 화합물.
  84. 제1항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 Rnase H의 활성화를 통해 표적 핵산의 양을 감소시킬 수 있는, 저중합체 화합물.
  85. 제1항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 RISC/Ago2의 활성화를 통해 표적 핵산의 양을 감소시킬 수 있는, 저중합체 화합물.
  86. 제1항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 표적 핵산의 스플라이싱을 조절할 수 있는, 저중합체 화합물.
  87. 제1항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 가이드 RNA, tracrRNA 또는 스카우트 RNA인, 저중합체 화합물.
  88. 제1항 내지 제87항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 근육에서 발현되는 표적 핵산의 보체에 상보적인, 저중합체 화합물.
  89. 제83항 내지 제88항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 표적 핵산은 근육 질환과 연관되는, 저중합체 화합물.
  90. 제83항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 표적 핵산은 CaMK2d, NLRP3, PLN, DMD, DMPK, DNM2, DUX4 또는 HPRT로부터 선택되는, 저중합체 화합물.
  91. 제83항 내지 제90항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 근육 표적 핵산은 서열식별번호: 1 내지 15 중 임의의 것으로부터 선택되는 서열을 갖는, 저중합체 화합물.
  92. 제83항 내지 제91항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 표적 핵산은 골격근(사두근, 비복근, 전경골근, 삼두근, 교근, 장지신근(EDL), 비장근, 횡격막을 포함하나 이에 제한되지 않음), 심장, 좌골 신경, 대동맥 또는 간 조직 중 적어도 하나에서 발현되는, 저중합체 화합물.
  93. 제1항 내지 제92항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 핵염기 서열은 서열식별번호: 167 내지 191 중 임의의 것의 핵염기 서열 중 임의의 것의 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개, 적어도 15개 또는 적어도 16개의 인접 핵염기를 포함하는, 저중합체 화합물.
  94. 제1항 내지 제93항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10개 내지 25개, 10개 내지 30개, 12개 내지 20개, 12개 내지 25개, 12개 내지 30개, 13개 내지 20개, 13개 내지 25개, 13개 내지 30개, 14개 내지 20개, 14개 내지 25개, 14개 내지 30개, 15개 내지 20개, 15개 내지 25개, 15개 내지 30개, 16개 내지 18개, 16개 내지 20개, 16개 내지 25개, 16개 내지 30개, 17개 내지 20개, 17개 내지 25개, 17개 내지 30개, 18개 내지 20개, 18개 내지 25개, 18개 내지 30개, 19개 내지 20개, 19개 내지 25개, 19개 내지 30개, 20개 내지 25개, 20개 내지 30개, 21개 내지 25개, 21개 내지 30개, 21개 내지 50개, 22개 내지 25개, 22개 내지 30개, 23개 내지 25개, 23개 내지 30개, 20개 내지 100개, 40개 내지 100개, 50개 내지 100개, 50개 내지 200개, 100개 내지 300개, 150개 내지 300개 또는 200개 내지 300개의 연결된 뉴클레오사이드로 구성되는, 저중합체 화합물.
  95. 저중합체 이중체(oligomeric duplex)로서, 16개 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 구성되는 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 제2 저중합체 화합물 및 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 제1 저중합체 화합물을 포함하며, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 핵염기 서열은 상기 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드의 동일한 길이 부분에 적어도 90% 상보적인 적어도 12개의 핵염기의 상보적 영역을 포함하며, 상기 제2 저중합체 화합물은 제1항 내지 제86항 또는 제89항 내지 제94항 중 임의의 한 항의 저중합체 화합물인, 저중합체 이중체.
  96. 제95항에 있어서, 상기 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드는 근육 표적 핵산에 상보적인, 저중합체 이중체.
  97. 제96항에 있어서, 상기 이중체는 RISC/Ago2의 활성화를 통해 표적 핵산의 양을 감소시킬 수 있는, 저중합체 이중체.
  98. 제95항 내지 제97항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 이중체.
  99. 제98항에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 상기 변형된 당 모이어티는 이환식 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 이중체.
  100. 제99항에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 상기 이환식 당 모이어티는 -O-CH2-; 및 -O-CH(CH3)-으로부터 선택되는 2'-4' 브릿지를 포함하는, 저중합체 이중체.
  101. 제100항에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 상기 변형된 당 모이어티는 비이환식 변형된 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 이중체.
  102. 제101항에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 상기 비이환식 변형된 당 모이어티는 2'-MOE 당 모이어티, 2'-F 당 모이어티 또는 2'-OMe 당 모이어티인, 저중합체 이중체.
  103. 제95항 내지 제102항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 당 대용물을 포함하는, 저중합체 이중체.
  104. 제95항 내지 제102항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드간 연결은 변형된 뉴클레오사이드간 연결인, 저중합체 이중체.
  105. 제104항에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 변형된 뉴클레오사이드간 연결은 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결인, 저중합체 이중체.
  106. 제95항 내지 제105항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포다이에스터 뉴클레오사이드간 연결인, 저중합체 이중체.
  107. 제95항 내지 제104항 또는 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각각의 뉴클레오사이드간 연결은 포스포다이에스터 또는 포스포로싸이오에이트 뉴클레오사이드간 연결로부터 독립적으로 선택되는, 저중합체 이중체.
  108. 제95항 내지 제107항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나의 변형된 핵염기를 포함하는, 저중합체 이중체.
  109. 제108항에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드의 상기 변형된 핵염기는 5-메틸사이토신인, 저중합체 이중체.
  110. 제95항 내지 제109항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제1 저중합체 화합물은 5'-안정화된 포스페이트기를 포함하는, 저중합체 이중체.
  111. 제95항 내지 제109항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 저중합체 화합물은 5'-안정화된 포스페이트기를 포함하는, 저중합체 이중체.
  112. 제110항 또는 제111항에 있어서, 상기 안정화된 포스페이트기는 사이클로프로필 포스포네이트 또는 바이닐 포스포네이트를 포함하는, 저중합체 이중체.
  113. 제95항 내지 제112항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드는 글라이콜 핵산(GNA) 당 대용물을 포함하는, 저중합체 이중체.
  114. 제95항 내지 제113항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드는 2'-NMA 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 이중체.
  115. 제95항 내지 제114항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드는 글라이콜 핵산(GNA) 당 대용물을 포함하는, 저중합체 이중체.
  116. 제95항 내지 제115항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드 화합물은 2'-NMA 당 모이어티를 포함하는, 저중합체 이중체.
  117. 대상체에서 핵산 표적을 조절하는 방법으로서, 상기 대상체에게 제1항 내지 제94항 중 어느 한 항에 따른 저중합체 화합물 또는 제95항 내지 116항 중 어느 한 항에 따른 저중합체 이중체를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  118. 제117항에 있어서, 상기 핵산 표적은 골격근(사두근, 비복근, 전경골근, 삼두근, 교근, 장지신근(EDL), 비장근, 횡격막을 포함하나 이에 제한되지 않음), 심장, 좌골 신경, 대동맥 또는 간 중 적어도 하나에서 발현되는, 방법.
  119. 제117항 또는 제118항에 있어서, 제1항 내지 제94항 중 어느 한 항의 저중합체 화합물 또는 제95항 내지 제116항 중 어느 한 항의 저중합체 이중체의 투여는 상기 핵산 표적의 감소를 초래하는, 방법.
  120. 제117항 또는 제118항에 있어서, 제1항 내지 제94항 중 어느 한 항의 저중합체 화합물 또는 제95항 내지 제116항 중 어느 한 항의 저중합체 이중체의 투여는 상기 핵산 표적의 스플라이싱에서 변화를 초래하는, 방법.
  121. 제117항 내지 제120항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 저중합체 화합물 또는 저중합체 이중체는 정맥내 또는 피하 투여를 통해 투여되는, 방법.
  122. 제117항 내지 제120항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 저중합체 화합물 또는 저중합체 이중체는 5 mg, 10 mg, 15 mg, 20 mg, 25 mg, 30 mg, 35 mg, 40 mg, 45 mg, 50 mg, 55 mg, 60 mg, 65 mg, 70 mg, 75 mg, 80 mg, 85 mg, 90 mg, 95 mg, 100 mg, 105 mg, 110 mg, 115 mg, 120 mg, 125 mg, 130 mg, 135 mg, 140 mg, 145 mg, 150 mg, 155 mg, 160 mg, 165 mg, 170 mg, 175 mg, 180 mg, 185 mg, 190 mg, 195 mg, 200 mg, 205 mg, 210 mg, 215 mg, 220 mg, 225 mg, 230 mg, 235 mg, 240 mg, 245 mg, 250 mg, 255 mg, 260 mg, 265 mg, 270 mg, 275 mg, 280 mg, 285 mg, 290 mg, 295 mg, 300 mg, 305 mg, 310 mg, 315 mg, 320 mg, 325 mg, 330 mg, 335 mg, 340 mg, 345 mg 또는 350 mg의 용량으로 투여되는, 방법.
  123. 제117항 내지 제122항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 저중합체 화합물 또는 저중합체 이중체를 4주마다 1회, 6주마다 1회, 8주마다 1회, 12주마다 1회, 16주마다 1회, 20주마다 1회, 24주마다 1회, 6개월마다 1회 또는 연 1회 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  124. 이환 리간드로서, CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPWK(서열식별번호: 245, 본원에서 BCY21757로 지칭됨) 및 CP[HyP]DAYLGC[tBuGly]SYCEPWC(서열식별번호: 246, 본원에서 BCY21758로 지칭됨)로부터 선택되는 아미노산 서열을 포함하는 트랜스페린 수용체 1(TfR1)에 특이적이며, HyP는 트랜스-4-하이드록시-L-프롤린을 나타내며 tBuGly는 t-뷰틸-글라이신을 나타내는, 이환 리간드.
  125. 제124항에 있어서, N-말단 아세틸기 및 C-말단 CONH2기를 포함하는, 이환 리간드.
  126. 제124항 또는 제125항에 있어서, 약제학적으로 허용 가능한 염인, 이환 리간드.
  127. 제126항에 있어서, 상기 약제학적으로 허용 가능한 염은 소듐, 포타슘, 칼슘 또는 암모늄 염으로부터 선택되는, 약제학적 염.
  128. 제124항에 있어서, 상기 펩타이드 리간드 내에 있는 제1, 제2 및 제3 시스테인 잔기가 분자 스캐폴드에 공유 결합되어 2개의 폴리펩타이드 루프가 상기 분자 스캐폴드상에 형성되는, 이환 리간드.
  129. 제125항에 있어서, 상기 분자 스캐폴드는 1,1',1''-(1,3,5-트라이아지네인-1,3,5-트라이일)트라이프로프-2-엔-1-온(TATA)인, 이환 리간드.
KR1020247013784A 2021-09-29 2022-09-29 접합된 올리고뉴클레오타이드 및 이의 용도 KR20240067118A (ko)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US202163250135P 2021-09-29 2021-09-29
US63/250,135 2021-09-29
US202263340130P 2022-05-10 2022-05-10
US63/340,130 2022-05-10
PCT/US2022/077301 WO2023056388A1 (en) 2021-09-29 2022-09-29 Conjugated oligonucleotides and uses thereof

Publications (1)

Publication Number Publication Date
KR20240067118A true KR20240067118A (ko) 2024-05-16

Family

ID=85783658

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020247013784A KR20240067118A (ko) 2021-09-29 2022-09-29 접합된 올리고뉴클레오타이드 및 이의 용도

Country Status (7)

Country Link
EP (1) EP4408433A1 (ko)
KR (1) KR20240067118A (ko)
AU (1) AU2022354260A1 (ko)
CA (1) CA3230670A1 (ko)
IL (1) IL311381A (ko)
MX (1) MX2024003753A (ko)
WO (1) WO2023056388A1 (ko)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB202206431D0 (en) * 2022-05-03 2022-06-15 Bicycletx Ltd Bicyclic peptide ligands specific for transferrin receptor 1 (TfR1)

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101970679B (zh) * 2008-01-03 2015-04-22 嘉吉公司 氨基转移酶和氧化还原酶核酸和多肽和使用方法
GB201810329D0 (en) * 2018-06-22 2018-08-08 Bicycletx Ltd Peptide ligands for binding to integrin avB3
US20210261680A1 (en) * 2018-08-02 2021-08-26 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle-targeting complexes and uses thereof

Also Published As

Publication number Publication date
EP4408433A1 (en) 2024-08-07
WO2023056388A1 (en) 2023-04-06
AU2022354260A1 (en) 2024-03-07
MX2024003753A (es) 2024-04-16
IL311381A (en) 2024-05-01
CA3230670A1 (en) 2023-04-06

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US10238753B2 (en) Antisense conjugates for decreasing expression of DMPK
EP2173373B1 (en) Soluble her2 and her3 splice variant proteins, splice-switching oligonucleotides, and their use in the treatment of disease
JP2023134635A (ja) Ｌｒｒｋ２発現を低減するための化合物及び方法
KR20230064620A (ko) DUX4의 발현을 억제하기 위한 RNAi 작용제, 그의 조성물, 및 사용 방법
KR20190115445A (ko) 감소된 신장 청소율을 갖는 다중결합 올리고뉴클레오티드
US20220064636A1 (en) Modified oligomeric compounds and uses thereof
KR20220158011A (ko) PNPLA3의 발현을 억제하기 위한 RNAi 작용제, 이의 약제학적 조성물, 및 사용 방법
KR20240067118A (ko) 접합된 올리고뉴클레오타이드 및 이의 용도
KR20210091180A (ko) 디스트로핀 엑손 스키핑을 위한 이중특이적 안티센스 올리고뉴클레오타이드
JP2020537653A (ja) アシアロ糖タンパク質受容体１の発現を阻害するためのＲＮＡｉ剤および組成物
JPWO2020023737A5 (ko)
US20230338555A1 (en) Conjugated oligonucleotides and uses thereof
AU2021354760A9 (en) Antisense oligonucleotides targeting the exon 51 of dystrophin gene
CN118510522A (zh) 经缀合的寡核苷酸和其用途
CN114846142A (zh) 用于抑制β-ENaC表达的RNAi试剂、其组合物和使用方法
KR20240099149A (ko) 뒤센 근이영양증에서 엑손 45를 스키핑하기 위한 조성물 및 방법
KR20240082358A (ko) 치료제의 표적화된 전달을 위한 디아민 스캐폴드를 갖는 다가 리간드 클러스터
CN118541485A (zh) 用于抑制基质金属蛋白酶7(MMP7)表达的RNAi剂、其组合物和使用方法
KR20240082344A (ko) 뒤센 근이영양증에서 엑손 44를 스키핑하기 위한 화합물 및 방법
CN116042627A (zh) 一种siRNA及其缀合物
CN117980003A (zh) 核酸的脂肪酸缀合物