KR20180136464A - 치료 항체 특징규명을 위한 어레이 기반 펩타이드 라이브러리 - Google Patents

치료 항체 특징규명을 위한 어레이 기반 펩타이드 라이브러리 Download PDF

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KR20180136464A
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매튜 그레빙
데이비드 스미스
고라브 사이니
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헬스텔 인크.
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Abstract

본원은 인시츄 패턴화된 화학반응을 수행하는 방법, 화학적 라이브러리 및 시뮬레이션 시스템을 제공한다. 조사되는 단백질 공간을 지식 기반 방식으로 증가시키는, 합성된 화학적 라이브러리의 사용을 포함하는, 항체-표적 상호작용을 특징규명하는 방법, 시스템 및 어세이로서, 항체의 표적 단백질을 확인하는 단계, 표적 단백질에서 항체 결합 영역을 특징규명하는 단계, 표적 단백질에서 선형 에피토프 및 구조적 에피토프를 확인하는 단계, 및 표적 단백질에 결합하는 항체의 성향을 결정하는 단계를 포함하는 방법, 시스템 및 어세이도 제공한다.

Description

치료 항체 특징규명을 위한 어레이 기반 펩타이드 라이브러리
관련 출원의 교차참조
본원은 2016년 4월 1일자로 출원된 미국 가출원 제62/317,353호, 및 2017년 3월 16일자로 출원된 미국 가출원 제62/472,504호(이들 둘 다는 전체로서 본원에 참고로 도입됨)의 이익을 주장한다.
암은 미국에서 날마다 1,600명 초과의 암 관련 사망, 즉 해마다 거의 600,000명의 암 관련 사망의 빈도로 미국에서 두 번째로 가장 흔한 사망 원인이다. 2015년에 대략 1백 6십 5만 명의 신규 암 사례가 진단되었고, 암 발병률은 인구통계학적 및 생활방식 요소로 인해 증가하고 있다. 민감하고 효과적인 암 검출 및 치료 방법이 필요하다.
암 사망은 진단제 및 치료제에서의 최근 개선으로 인해 감소하고 있고, 암은 계속 모니터링하고 추적 조사 치료하는 만성 질환에 가까워지고 있다. 암 환자 사망의 비율이 감소하고 있지만, 암 치료의 재정적 부담은 획기적 치료제의 높은 비용, 및 암 재발 및 추가 치유적 치료를 포함하는 연장된 장기간 관리로 인해 급속히 증가하고 있다. 암 치료 비용의 이 급속한 증가는 지탱불가능한 궤도에 있고, 현재 속도대로라면, 환자에 대한 자기부담비용은 2028년까지 100% 중위 가구 소득일 것이다. 상승하는 비용, 특히 암 면역치료제 및 항체 치료제의 비용의 결과로서, 환자들은 치료와 재정적 안정성 사이에 어려운 선택을 하도록 요구된다.
암의 면역요법 및 항체 기반 치료는 환자 생존을 연장시키는 데 있어서 2가지 주요 치료 돌파구이었다. 면역요법은 환자의 면역 시스템을 활성화시키고 이용하여 암세포를 사멸시키는 반면, 항체 기반 치료제는 암세포를 억제하거나 사멸시키는 특정 경로를 표적화한다. 이 방법들 각각은 고도 표적 특이적 항체 또는 생물제제, 보다 최근에는 다가 결합을 가진 다중 표적 특이적 항체 또는 생물제제의 발견 및 개발에 과도하게 또는 배타적으로 의존한다. 면역요법 및 항체 기반 치료에 의해 제공된 환자 생존의 상당한 진일보에도 불구하고, 특정 주요 과제들이 남아있다. 첫째, 면역요법제 및 항체 기반 치료는 주요 표적-이탈(off-target) 부작용의 높은 발생률로 인해 유리하게 반응하는 환자 군을 한정한다. 예를 들면, 2종의 가장 많이 처방되는 항체 치료제인 휴미라(Humira) 및 레미케이드(Remicade)는 환자 집단의 25%에서만 효과적이다. 둘째, 높은 발견 및 개발 비용은 면역요법 및 항체 기반 R&D 프로그램 및 시판되는 경쟁자의 수를 한정하는 도입 장벽이다. 상당한 비율의 환자들에서 높은 표적-이탈 효과 발생, 및 높은 R&D 비용 둘 다가 많은 경우에서 환자들에게 엄청나게 비싼 면역요법 및 항체 기반 치료에 대한 매우 높은 가격을 초래한다.
현재의 약학 R&D에 대한 주요 위협들 중 하나는 상승하는 R&D 비용으로 인한 생산성의 감소이다. 이 생산성 감소의 완화는 비용을 감소시키고 진행 중인 후보 분자의 수를 증가시키고 R&D 주기-시간을 감소시키는 혁신을 요구할 것이다. 면역요법 및 항체 기반 치료와 관련된 높은 R&D 비용 및 표적-이탈 위험을 감소시키기 위해, 발견 과정의 초기부터 후기 임상 전 개발까지 치료 항체 리드들(leads)의 포괄적인 스크리닝 및 특징규명을 가능하게 하는 혁신적인 플랫폼이 요구된다. 추가로, 신규 저비용 고처리율 항체 특징규명 플랫폼은 보다 더 많은 후보들이 발견 파이프라인으로 들어가게 할 것이고 추가 회사들이 면역요법 발견 프로그램으로 들어가게 하여, 혁신, 경쟁 및 시장 잠재력을 증가시킬 것이다.
면역요법은 암 치료에 있어서 돌파구이고 가장 빨리 성장하는 약학 시장 영역들 중 하나이다. 항체 라이브러리 스크리닝 및/또는 표적-적중/이탈 결합 특징규명은 면역요법 개발에 있어서 필수적인 활동이다. 현재, 치료 표적에 대해 큰 항체 라이브러리를 관례적으로 스크리닝하는 능력과 스크리닝에 의해 선택된 치료 항체 후보의 표적-적중/이탈 결합을 특징규명하는 제한된 능력 사이에 큰 간극이 존재한다. 이 간극은 후보들의 수가 단일특이적 항체보다 훨씬 더 큰 다중특이적 치료 항체 및 생물제제의 등장으로 인해 넓어지고 있다. 치료 항체 표적-적중/이탈 결합 특징규명에 있어서 주요 한계는 총 가능한 에피토프에 비해 프로파일링될 수 있는 극히 일부의 에피토프 상호작용이다(예를 들면, 10-머 펩타이드 에피토프는 10조 개의 가능한 서열들을 내포한다). 마이크로어레이, 표면 플라스몬 공명(SPR) 및 간섭측정을 포함하는 현재의 항체 특징규명 플랫폼은 10,000개 내지 50,000개 에피토프 상호작용 측정이라는 현실적인 한계를 가진다. 이러한 한정된 치료 항체 결합 프로파일은 검출되지 않는 표적-이탈 효과의 위험을 증가시키다.
본원은 검출되는 치료 항체 상호작용의 수를 현저히 증가시켜, 검출되지 않는 표적-이탈 효과의 이 위험을 감소시킬 수 있는 신규 플랫폼을 개시한다. 기술은 마스크 기반 포토리소그래피(photolithography)를 이용하여 8 인치 웨이퍼 위에 4천만 개 초과의 펩타이드들(잠재적 에피토프들)을 함유하는 라이브러리를 인시츄(in situ) 패턴화함으로써 반도체 제작 공정을 이용하는 병합된 펩타이드 합성 화학반응에 기반을 둔다. 이 웨이퍼는 다운스트림 분석을 위해 13개의 현미경 슬라이드 치수 칩으로 잘려진다. 본원에 기재된 이러한 펩타이드 라이브러리 칩을 이용하여, 현재 항체 특징규명 플랫폼의 비용의 극히 일부로 항체 결합 프로파일 어세이를 날마다 천만 개 초과의 항체-표적 상호작용까지 확장할 수 있다. 항체 에피토프 점-변이체 분석은 항체 특징규명에의 펩타이드 칩의 적용가능성을 입증한다.
한 양태에서, 본원은 (a) 생물학적 서열 및 다수의 합성 단계들을 수용하는 단계; (b) 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재(substrate) 위의 각각의 특징부(feature)에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계; (c) 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및 (d) 단량체를 특징부에 커플링시켜 분자를 형성하는 단계를 포함하는, 기재 위에서 복수의 분자들을 포함하는 화학적 라이브러리를 인시츄 합성하는 방법으로서, (c) 및 (d)가 하나의 상기 합성 단계를 구성(assemble)하고, 합성 단계를 반복하는 것인 방법을 개시한다. 일부 실시양태에서, 합성 단계의 수는 생물학적 서열의 길이의 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 크다. 일부 실시양태에서, 입력 생물학적 서열은 질환 관련 에피토프를 포함한다. 일부 실시양태에서, 입력 생물학적 서열은 펩타이드 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 입력 생물학적 서열은 에피토프 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 입력 생물학적 서열은 무작위 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 입력 생물학적 서열로부터 단량체들의 순서 목록을 유도하는 단계를 포함한다. 추가 실시양태에서, 순서 목록의 크기는 합성 단계의 수이다. 일부 실시양태에서, 단량체들의 순서 목록은 입력 생물학적 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단량체들의 순서 목록은 역순으로 입력 생물학적 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자는 펩타이드 또는 핵산이다. 일부 실시양태에서, 단량체들의 순서 목록은 아미노산의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단량체들의 순서 목록은 뉴클레오타이드의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90 또는 100 미만이다. 일부 실시양태에서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 합성 단계의 수이다. 일부 실시양태에서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 20% 내지 약 50%의 활성화 지정 특징부는 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩된다. 일부 실시양태에서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 30% 내지 약 45%의 활성화 지정 특징부는 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩된다. 일부 실시양태에서, 합성 단계는 포토리소그래피에 기반을 둔다. 일부 실시양태에서, 기재 위의 특징부는 직경이 약 0.5 마이크론 내지 약 200 마이크론이고 중심에서 중심-대-중심 거리가 약 1 마이크론 내지 약 300 마이크론이다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 40%의 분자들은 상이하다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자들은 상이하다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 60%의 분자들은 상이하다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 70%의 분자들은 상이하다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 80%의 분자들은 상이하다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 90%의 분자들은 상이하다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자들은 길이가 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체이다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자들은 길이가 기껏해야 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체이다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 분자들은 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체의 중간(median) 길이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이와 동등한 중간 단량체 길이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%보다 더 긴 중간 단량체 길이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 짧은 중간 단량체 길이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 기재는 어레이, 웨이퍼, 슬라이드 및 비드로 구성된 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 합성된 화학적 라이브러리는 펩타이드, 뉴클레오타이드 또는 이들의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 펩타이드는 길이가 약 5개 내지 약 25개 아미노산이다. 일부 실시양태에서, 아미노산 C, I 및 M, 및 임의적으로 Q 및 E는 펩타이드 합성을 위해 이용될 수 있는 아미노산에 포함되지 않는다. 일부 실시양태에서, 화학적 라이브러리는 산화 조건하에서 고리화할 수 있는 표면 스페이서에 의해 합성된다. 일부 실시양태에서, 표면 스페이서는 Cys-Gly-Pro-Gly-Xaan-Gly-Pro-Gly-Cys 또는 Cys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-Cys이다. 일부 실시양태에서, 화학적 라이브러리는 에스테르 결합으로 고리화할 수 있는 표면 스페이서에 의해 합성된다. 일부 실시양태에서, 에스테르 결합은 동종이작용성 디-NHS 에스테르 결합이다. 일부 실시양태에서, 표면 스페이서는 Lys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-라이신이다. 일부 실시양태에서, 기재는 친수성 단일층으로 코팅된다. 일부 실시양태에서, 친수성 단일층은 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 폴리비닐 알코올, 카복시메틸 덱스트란 및 이들의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 친수성 단일층은 균질(homogeneous)하다.
또 다른 양태에서, 본원은 복수의 분자들을 포함하는 인시츄 합성된 화학적 라이브러리로서, 합성이 (a) 생물학적 서열 및 다수의 합성 단계들을 수용하는 단계; (b) 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계; (c) 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및 (d) 단량체를 특징부에 커플링시켜 분자를 형성하는 단계를 포함하는 패턴화된 단계를 이용하여 기재 위에서 상기 라이브러리를 구축하고, (c) 및 (d)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 합성 단계가 반복되는 것인 인시츄 합성된 화학적 라이브러리를 개시한다. 일부 실시양태에서, 합성 단계의 수는 생물학적 서열의 길이의 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 크다. 일부 실시양태에서, 입력 생물학적 서열은 질환 관련 에피토프를 포함한다. 일부 실시양태에서, 입력 생물학적 서열은 펩타이드 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 입력 생물학적 서열은 에피토프 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 입력 생물학적 서열은 무작위 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 입력 생물학적 서열로부터 단량체들의 순서 목록을 유도하는 단계를 포함한다. 추가 실시양태에서, 순서 목록의 크기는 합성 단계의 수이다. 일부 실시양태에서, 단량체들의 순서 목록은 입력 생물학적 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단량체들의 순서 목록은 역순으로 입력 생물학적 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자는 펩타이드 또는 핵산이다. 일부 실시양태에서, 단량체들의 순서 목록은 아미노산의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단량체들의 순서 목록은 뉴클레오타이드의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90 또는 100 미만이다. 일부 실시양태에서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 합성 단계의 수이다. 일부 실시양태에서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 20% 내지 약 50%의 활성화 지정 특징부는 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩된다. 일부 실시양태에서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 30% 내지 약 45%의 활성화 지정 특징부는 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩된다. 일부 실시양태에서, 합성 단계는 포토리소그래피에 기반을 둔다. 일부 실시양태에서, 기재 위의 특징부는 직경이 약 0.5 마이크론 내지 약 200 마이크론이고 중심에서 중심-대-중심 거리가 약 1 마이크론 내지 약 300 마이크론이다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 40%의 분자들이 구별된다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자들이 구별된다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 60%의 분자들이 구별된다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 70%의 분자들이 구별된다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 80%의 분자들이 구별된다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 90%의 분자들이 구별된다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자들은 길이가 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체이다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자들은 길이가 기껏해야 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체이다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 분자들은 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체의 중간 길이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이와 동등한 중간 단량체 길이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%보다 더 긴 중간 단량체 길이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 짧은 중간 단량체 길이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 기재는 어레이, 웨이퍼, 슬라이드 및 비드로 구성된 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 합성된 화학적 라이브러리는 펩타이드, 뉴클레오타이드 또는 이들의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 펩타이드는 길이가 약 5개 내지 약 25개 아미노산이다. 일부 실시양태에서, 아미노산 C, I 및 M, 및 임의적으로 Q 및 E는 펩타이드 합성을 위해 이용될 수 있는 아미노산에 포함되지 않는다. 일부 실시양태에서, 화학적 라이브러리는 산화 조건하에서 고리화할 수 있는 표면 스페이서에 의해 합성된다. 일부 실시양태에서, 표면 스페이서는 Cys-Gly-Pro-Gly-Xaan-Gly-Pro-Gly-Cys 또는 Cys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-Cys이다. 일부 실시양태에서, 화학적 라이브러리는 에스테르 결합으로 고리화할 수 있는 표면 스페이서에 의해 합성된다. 일부 실시양태에서, 에스테르 결합은 동종이작용성 디-NHS 에스테르 결합이다. 일부 실시양태에서, 표면 스페이서는 Lys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-라이신이다. 일부 실시양태에서, 기재는 친수성 단일층으로 코팅된다. 일부 실시양태에서, 친수성 단일층은 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 폴리비닐 알코올, 카복시메틸 덱스트란 및 이들의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 친수성 단일층은 균질하다.
또 다른 양태에서, 본원은 (a) 프로세서 및 메모리; 및 (b) 프로세서에 의해 실행될 수 있는 지시를 포함하는 컴퓨터 프로그램을 포함하는, 기재 위에서 복수의 분자들을 포함하는 화학적 라이브러리의 인시츄 합성을 시뮬레이션하는 전산 시스템으로서, 컴퓨터 프로그램이 (1) 생물학적 서열 및 다수의 합성 단계를 수용하도록 구성된 수용 모듈, 및 (2) (i) 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계, (ii) 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계, 및 (iii) 단량체를 특징부에 커플링시켜 분자를 형성하는 단계를 수행하도록 구성된 시뮬레이션 모듈을 포함하고, (i), (ii) 및 (iii)이 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 합성 단계가 반복되는 것인 전산 시스템을 개시한다. 일부 실시양태에서, 합성 단계의 수는 생물학적 서열의 길이의 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 크다. 일부 실시양태에서, 입력 생물학적 서열은 질환 관련 에피토프를 포함한다. 일부 실시양태에서, 입력 생물학적 서열은 펩타이드 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 입력 생물학적 서열은 에피토프 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 입력 생물학적 서열은 무작위 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 시뮬레이션 모델은 입력 생물학적 서열로부터 단량체들의 순서 목록을 유도하는 단계를 포함한다. 추가 실시양태에서, 순서 목록의 크기는 합성 단계의 수이다. 일부 실시양태에서, 단량체들의 순서 목록은 입력 생물학적 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단량체들의 순서 목록은 역순으로 입력 생물학적 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자는 펩타이드 또는 핵산이다. 일부 실시양태에서, 단량체들의 순서 목록은 아미노산의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단량체들의 순서 목록은 뉴클레오타이드의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90 또는 100 미만이다. 일부 실시양태에서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 합성 단계의 수이다. 일부 실시양태에서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 20% 내지 약 50%의 활성화 지정 특징부는 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩된다. 일부 실시양태에서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 30% 내지 약 45%의 활성화 지정 특징부는 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩된다. 일부 실시양태에서, 합성 단계는 포토리소그래피에 기반을 둔다. 일부 실시양태에서, 기재 위의 특징부는 직경이 약 0.5 마이크론 내지 약 200 마이크론이고 중심에서 중심-대-중심 거리가 약 1 마이크론 내지 약 300 마이크론이다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 40%의 분자들이 구별된다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자들이 구별된다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 60%의 분자들이 구별된다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 70%의 분자들이 구별된다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 80%의 분자들이 구별된다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 90%의 분자들이 구별된다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자들은 길이가 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체이다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자들은 길이가 기껏해야 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체이다. 일부 실시양태에서, 라이브러리 내의 분자들은 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체의 중간 길이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이와 동등한 중간 단량체 길이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%보다 더 긴 중간 단량체 길이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 짧은 중간 단량체 길이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 기재는 어레이, 웨이퍼, 슬라이드 및 비드로 구성된 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 합성된 화학적 라이브러리는 펩타이드, 뉴클레오타이드 또는 이들의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 펩타이드는 길이가 약 5개 내지 약 25개 아미노산이다. 일부 실시양태에서, 아미노산 C, I 및 M, 및 임의적으로 Q 및 E는 펩타이드 합성을 위해 이용될 수 있는 아미노산에 포함되지 않는다. 일부 실시양태에서, 화학적 라이브러리는 산화 조건하에서 고리화할 수 있는 표면 스페이서에 의해 합성된다. 일부 실시양태에서, 표면 스페이서는 Cys-Gly-Pro-Gly-Xaan-Gly-Pro-Gly-Cys 또는 Cys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-Cys이다. 일부 실시양태에서, 화학적 라이브러리는 에스테르 결합으로 고리화할 수 있는 표면 스페이서에 의해 합성된다. 일부 실시양태에서, 에스테르 결합은 동종이작용성 디-NHS 에스테르 결합이다. 일부 실시양태에서, 표면 스페이서는 Lys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-라이신이다. 일부 실시양태에서, 기재는 친수성 단일층으로 코팅된다. 일부 실시양태에서, 친수성 단일층은 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 폴리비닐 알코올, 카복시메틸 덱스트란 및 이들의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 친수성 단일층은 균질하다.
(a) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 확인하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계; (b) 개별 펩타이드를 적어도 하나의 단백질 표적과 정렬시키는 단계로서, 단계 (a)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및 (c) 단계 (b)의 정렬 점수를 사용하여 적어도 하나의 단백질 표적에 대한 항체의 결합을 특징규명하는 단계를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 대한 항체 결합을 특징규명하는 방법 및 어세이도 포함된다.
본원은 (a) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계; (b) 개별 펩타이드를 적어도 하나의 단백질 표적과 정렬시키는 단계로서, 단계 (a)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및 (c) 단계 (a)의 개별 펩타이드에서 보존된 아미노산을 확인하여 보존된 결합 펩타이드 모티프를 확인하고, 개별 모티프를 상기 적어도 하나의 표적 단백질과 정렬시켜 표적 단백질의 적어도 하나의 항체 에피토프를 확인하는 단계를 포함하는, 표적 단백질에서 항체 에피토프를 확인하는 방법 및 어세이도 개시한다.
본원은 (a) 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 제1 펩타이드 어레이를 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 제1 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계; (b) 단계 (a)의 개별 펩타이드들 중 적어도 하나의 개별 펩타이드, 단계 (a)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 보존된 모티프 또는 단계 (a)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 정렬된 모티프로부터 선택된 입력 펩타이드 서열을 사용하여 제2 펩타이드 어레이를 생성하는 단계; (c) 상기 제2 펩타이드 어레이를 상기 항체와 접촉시켜 제2 세트의 펩타이드들을 확인하는 단계; (d) 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 상기 제2 펩타이드 어레이를 상기 항체와 접촉시키고, 단계 (c)에서 결합 신호의 제2 소정의 역치 이내에서 결합 신호를 나타내는, 단계 (c)로부터의 제2 세트의 개별 펩타이드들을 확인하는 단계; 및 (e) 상기 제2 세트의 개별 펩타이드들을 상기 표적 단백질과 정렬시키고 확인된 제2 세트의 개별 펩타이드들과 정렬되는 영역을 표적 단백질에서 확인함으로써, 표적 단백질에서 항체 결합 영역을 특징규명하는 단계를 포함하는, 표적 단백질에서 항체 결합 영역을 특징규명하는 방법 및 어세이로서, 제2 펩타이드 어레이를, i. 합성 단계의 수를 결정하는 단계; ii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계; iii. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및 iv. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계로 합성하고, (c) 및 (d)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법 및 어세이를 개시한다.
본원은 (a) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 제1 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 입력 아미노산 서열을 수득하는 단계로서, 확인된 입력 아미노산 서열이 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서의 결합 신호의 제1 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서의 결합 신호를 나타내는 것인 단계; (b) 단계 (a)의 개별 펩타이드들 중 적어도 하나의 개별 펩타이드, 단계 (a)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 보존된 모티프 또는 단계 (a)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 정렬된 모티프로부터 선택된 하나 이상의 입력 아미노산 서열을 사용하여 하나 이상의 2차 펩타이드 어레이(들)을 생성하는 단계; (c) 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 상기 2차 펩타이드 어레이(들) 각각을 상기 항체와 접촉시켜 한 세트의 펩타이드 서열들을 수득하는 단계로서, 확인된 세트의 펩타이드 서열들이 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 제2 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계; (d) 상기 세트의 펩타이드 서열들을 서로 정렬시켜 적어도 하나의 예측 결합 모티프를 수득하는 단계; 및 (e) 상기 예측 결합 모티프를 단백질 데이터베이스에 대한 검색 기준으로서 정렬시킴으로써, 단백질 데이터베이스 검색 결과 점수를 기준으로 항체의 표적 단백질을 확인하는 단계를 포함하는, 항체의 표적 단백질을 확인하는 방법 및 어세이로서, 하나 이상의 2차 펩타이드 어레이를, (i) 합성 단계의 수를 결정하는 단계; (ii) 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계; (iii) 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및 (iv) 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계로 합성하고, (iii) 및 (iv)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법 및 어세이도 포함한다.
본원은 (a) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하는 단계로서, 확인된 하나 이상이 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계; (b) 단계 (a)의 개별 펩타이드를 제1 단백질 표적과 정렬시키는 단계로서, 단계 (a)의 개별 펩타이드와 제1 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; (c) 단계 (a)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 추가 단백질 표적(들)의 정렬을 반복하는 단계로서, 단계 (a)의 개별 펩타이드와 추가 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및 (d) 단계 (b)로부터의 정렬 점수와 단계 (c)로부터의 정렬 점수를 비교하여 상기 단백질 표적에 결합하는 항체의 상대적 성향을 수득하는 단계를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 결합하는 항체의 성향을 결정하는 방법도 포함한다.
본원은 (a) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 제1 펩타이드 어레이와 하나 이상의 농도의 항체를 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계; (b) 단계 (a)의 하나 이상의 개별 펩타이드를 정렬시켜 적어도 하나의 예측 표적 모티프를 수득하는 단계; (c) 적어도 하나의 예측 표적 모티프를 제1 단백질 표적과 정렬시키는 단계로서, 단계 (a)의 개별 펩타이드와 제1 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; (d) 단계 (b)의 적어도 하나의 예측 표적 모티프와 적어도 하나의 추가 단백질 표적(들)의 정렬을 반복하는 단계로서, 단계 (b)의 적어도 하나의 예측 표적 모티프와 추가 단백질 표적(들) 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및 (e) 단계 (c)로부터의 정렬 점수와 단계 (d)로부터의 정렬 점수를 비교하여 상기 단백질 표적에 결합하는 항체의 상대적 성향을 수득하는 단계를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 결합하는 항체의 성향을 결정하는 방법 및 어세이를 개시한다.
본원은 (a) 펩타이드 어레이를 제공하는 단계, (b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계, (c) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계; (d) 개별 펩타이드를 적어도 하나의 단백질 표적과 정렬시키라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및 (e) 단계 (d)의 정렬 점수를 사용하여 적어도 하나의 단백질 표적에 대한 항체의 결합을 특징규명하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 대한 항체 결합을 특징규명하는 키트 및 시스템도 개시한다.
추가로, 본원은 (a) 펩타이드 어레이를 제공하는 단계; (b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계; (c) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계; (d) 개별 펩타이드를 적어도 하나의 단백질 표적과 정렬시키라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및 (e) 단계 (c)의 개별 펩타이드에서 보존된 아미노산을 확인하여 보존된 결합 펩타이드 모티프를 확인하고, 개별 모티프를 상기 적어도 하나의 표적 단백질과 정렬시켜 표적 단백질의 적어도 하나의 항체 에피토프를 확인하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계를 포함하는, 표적 단백질에서 항체 에피토프를 확인하는 키트 및 시스템을 개시한다.
또한, 본원은 (a) 펩타이드 어레이를 제공하는 단계; (b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계; (c) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계; (d) 개별 펩타이드를 적어도 하나의 단백질 표적과 정렬시키라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및 (e) 단계 (c)의 개별 펩타이드에서 보존된 아미노산을 확인하여 보존된 결합 펩타이드 모티프를 확인하고, 개별 모티프를 상기 적어도 하나의 표적 단백질과 정렬시켜 표적 단백질의 적어도 하나의 항체 에피토프를 확인하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계를 포함하는, 표적 단백질에서 항체 에피토프를 확인하는 키트 및 시스템도 개시한다.
추가로, 본원은 (a) 제1 펩타이드 어레이를 제공하는 단계; (b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계; (c) 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 제1 펩타이드 어레이를 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 제1 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계; (d) 단계 (c)의 개별 펩타이드들 중 적어도 하나의 개별 펩타이드, 단계 (c)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 보존된 모티프 또는 단계 (c)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 정렬된 모티프로부터 선택된 입력 펩타이드 서열을 사용하여 제2 펩타이드 어레이를 생성하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계; (e) 제2 펩타이드 어레이를 항체와 접촉시켜 제2 세트의 펩타이드들을 확인하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계; (f) 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 제2 펩타이드 어레이를 상기 항체와 접촉시키고, 단계 (e)에서 결합 신호의 제2 소정의 역치 이내에서 결합 신호를 나타내는, 단계 (e)로부터의 제2 세트의 개별 펩타이드들을 확인하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계; 및 (g) 상기 제2 세트의 개별 펩타이드를 상기 표적 단백질과 정렬시키고, 확인된 제2 세트의 개별 펩타이드들과 정렬되는 영역을 표적 단백질에서 확인함으로써, 표적 단백질에서 항체 결합 영역을 특징규명하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계를 포함하는, 표적 단백질에서 항체 결합 영역을 특징규명하는 키트 및 시스템으로서, 제2 펩타이드 어레이를, (i) 합성 단계의 수를 결정하는 단계; (ii) 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계; (iii) 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및 (iv) 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계로 합성하고, (ii) 및 (iii)이 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 키트 및 시스템을 개시한다.
본원은 (a) 펩타이드 어레이를 제공하는 단계; (b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계; (c) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계; (d) 단계 (c)의 개별 펩타이드를 제1 단백질 표적과 정렬시키라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 제1 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; (e) 단계 (c)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 추가 단백질 표적(들)의 정렬을 반복하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 추가 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및 (f) 단계 (c)로부터의 정렬 점수와 단계 (d)로부터의 정렬 점수를 비교하여, 상기 단백질 표적에 결합하는 항체의 상대적 성향을 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 결합하는 항체의 성향을 결정하는 키트 및 시스템도 개시한다.
본원은 (a) 제1 펩타이드 어레이를 제공하는 단계; (b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계; (c) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 제1 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계; (d) 단계 (c)의 하나 이상의 개별 펩타이드를 정렬시켜 적어도 하나의 예측 표적 모티프를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계; (e) 적어도 하나의 예측 표적 모티프를 제1 단백질 표적과 정렬시키라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 제1 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; (f) 단계 (e)의 적어도 하나의 예측 표적 모티프와 적어도 하나의 추가 단백질 표적(들)의 정렬을 반복하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (e)의 적어도 하나의 예측 표적 모티프와 추가 단백질 표적(들) 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및 (g) 단계 (c)로부터의 정렬 점수와 단계 (d)로부터의 정렬 점수를 비교하여, 상기 단백질 표적에 결합하는 항체의 상대적 성향을 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 결합하는 항체의 성향을 결정하는 키트 및 시스템을 개시한다.
본원에 개시된 방법들, 어세이들, 키트들 및 시스템들 중 일부에서, 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 20배 이내에 있는, 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호이다. 일부 개시에서, 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 18배 이내, 적어도 16배 이내, 적어도 14배 이내, 적어도 12배 이내, 적어도 10배 이내, 적어도 9배 이내, 적어도 8배 이내, 적어도 7배 이내, 적어도 6배 이내, 적어도 5배 이내, 적어도 4배 이내, 적어도 3배 이내, 적어도 2배 이내, 적어도 1배 이내, 적어도 0.5배 이내 또는 적어도 0.2배 이내에 있는, 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호이다. 본원에 개시된 다른 방법, 어세이, 키트 및 시스템에서, 소정의 역치는 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 5%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호이다. 본원에 개시된 다른 방법, 어세이, 키트 및 시스템에서, 소정의 역치는 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 10%, 적어도 15%, 적어도 20%, 적어도 25%, 적어도 30%, 적어도 35%, 적어도 40%, 적어도 45%, 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 100%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호이다. 일부 실시양태에서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플을 포함한다. 다른 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈청이다. 다른 실시양태에서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질로부터 유래한다. 다른 실시양태에서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질과 적어도 50% 유사하다. 일부 실시양태에서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질과 적어도 55% 유사하거나, 적어도 60% 유사하거나, 적어도 65% 유사하거나, 적어도 70% 유사하거나, 적어도 75% 유사하거나, 적어도 80% 유사하거나, 적어도 85% 유사하거나, 적어도 90% 유사하거나, 적어도 95% 유사하거나, 적어도 97% 유사하거나, 적어도 100% 유사하다. 일부 실시양태에서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프로부터 유래한다. 일부 실시양태에서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프와 적어도 50% 유사하다. 다른 실시양태에서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프와 적어도 55% 유사하거나, 적어도 60% 유사하거나, 적어도 65% 유사하거나, 적어도 70% 유사하거나, 적어도 75% 유사하거나, 적어도 80% 유사하거나, 적어도 85% 유사하거나, 적어도 90% 유사하거나, 적어도 95% 유사하거나, 적어도 97% 유사하거나, 적어도 100% 유사하다. 다른 실시양태에서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플 및 본원에 개시된 표적 단백질로부터 유래한 펩타이드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 펩타이드 어레이는 적어도 1000개의 독특한 펩타이드들을 포함한다. 다른 실시양태에서, 펩타이드 어레이는 적어도 10,000개의 독특한 펩타이드들을 포함한다. 다른 실시양태에서, 펩타이드 어레이는 적어도 100,000개의 독특한 펩타이드들을 포함한다. 다른 실시양태에서, 펩타이드 어레이는 적어도 1,000,000개의 독특한 펩타이드들을 포함한다. 다른 실시양태에서, 펩타이드 어레이는 적어도 5000개, 적어도 10,000개, 적어도 50,000개, 적어도 100,000개, 적어도 250,000개, 적어도 500,000개, 적어도 750,000개, 적어도 1,000,000,개, 적어도 2,000,000개, 적어도 3,000,000개 또는 더 많은 수의 독특한 펩타이드들을 포함한다. 다른 실시양태에서, 펩타이드 어레이는 인시츄 합성된다. 다른 실시양태에서, 펩타이드 어레이는 a. 입력 아미노산 서열을 제공받는 단계; b. 합성 단계의 수를 결정하는 단계; c. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계; d. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및 e. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계에 의해 합성되고, 이때 (c) 및 (d)는 하나 이상의 상기 합성 단계를 구성하고, 상기 합성 단계는 반복되어 펩타이드 어레이를 형성한다.
다른 실시양태에서, 결합 신호는 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 부재 및 존재하에서 신호의 강도로서 측정된다. 일부 실시양태에서, 겉보기 Kd는 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 존재 및 부재하에서 측정된다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 추가 항체를 펩타이드 어레이와 접촉시키고, 각각의 항체를 사용하여 수득한 정렬 점수의 순위를 매겨, 단백질 표적에 결합하는 각각의 항체의 성향을 결정한다. 본원에 개시된 방법, 어세이, 키트 및 시스템은 각각의 항체에 대한 계량 점수(metric score)를 결정하는 단계도 포함하고, 이때 각각의 항체는 본원에 개시된 단계 (b)로부터의 정렬 점수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 결합 프로파일 계량치가 배정된다. 본원에 개시된 방법, 어세이, 키트 및 시스템은 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계도 포함하고, 이때 각각의 항체는 본원에 개시된 단계 (b)로부터의 정렬 점수, 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 펩타이드의 수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 특이성 프로파일 계량치가 배정된다.
참고문헌의 도입
본 명세서에서 언급된 모든 공개문헌들, 특허들 및 특허출원들은 각각의 개별 공개문헌, 특허 또는 특허출원이 참고로 도입되는 것으로 구체적으로 및 개별적으로 표시된 것처럼 동일한 정도로 본원에 참고로 도입된다.
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본 발명의 신규 특징은 첨부된 청구범위에 구체적으로 기재되어 있다. 본 발명의 특징 및 장점은 본 발명의 원리가 이용되는 예시적 실시양태가 기재되어 있는 하기 상세한 설명 및 하기 첨부된 도면을 참조함으로써 더 잘 이해될 것이다.
도 1은 펩타이드 어레이를 구축하는 포토리소그래피 공정을 예시한다.
도 2는 현미경관찰로부터 촬영된 예시적 영상을 보여준다.
도 3은 펩타이드 라이브러리 어레이 위의 단일 어레이 특징부로부터 직접 획득된 질량 스펙트럼을 보여준다.
도 4는 p53 Ab1 단일클론 항체 에피토프(RHSVV)의 알라닌 스캐닝을 보여준다.
도 5는 마스크 알고리즘의 그래픽 표시를 보여준다.
도 6은 일련의 마스크들을 예시한다.
도 7은 순서대로 기재된 합성 단계의 그래픽 표시를 보여준다.
도 8은 인 실리코(in silico) 시뮬레이션된 펩타이드 라이브러리 합성으로부터의 펩타이드 길이의 예시적 분포를 보여준다.
도 9는 본원에 개시된 마스크 및 합성 알고리즘을 사용함으로써 생성된 시뮬레이션된 라이브러리에서 서열 길이의 예시적 분포를 보여준다.
도 10은 다양한(diverse) 라이브러리로부터 수득된 에피토프 모티프로부터의 어레이 펩타이드의 국한된(focused) 라이브러리로부터 수득된 에피토프 모티프로부터의 어레이 펩타이드의 국한된 라이브러리로부터 에피토프 서열을 수득하는 공정을 보여준다.
도 11은 다양한 라이브러리(A)에서 항-HER2 mAb에 의해 결합된, 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드로부터 HER2에 풍부한 에피토프 모티프를 수득하고(A), 상기 모티프를 사용하여, 항-HER2 mAb에 의해 결합된, 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드를 포함하는 어레이 펩타이드의 국한된 라이브러리를 제공하고(B), 이 라이브러리로부터 HER2의 전체 에피토프 서열을 확인함으로써(C), 표적 단백질에서 예시적 선형 에피토프를 확인하는 과정을 보여준다. ClustalW 정렬에 의해, 유의미한 펩타이드를 비롯한 HER2-정렬된 개별 펩타이드에서 가장 빈번히 확인된 아미노산은 웹로고(WebLogo)[Crooks GE et al., (2004) Genome Res 14: 1188-1190]로서 표시된다. 상응하는 HER2 서열(UniProt ID = #P04626)은 x 축을 따라 표시되어 있다. 어느 한 위치에서 아미노산은 수직으로 표시되어 있고, 정렬된 유의미한 라이브러리 펩타이드들에서의 존재율은 1-문자 코드의 높이로 표시된다.
도 12는 항-HER2 mAb에 의해 결합된, 다양한 라이브러리의 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드에 존재하는 삼량체의 정렬의 예시적 점수화를 보여준다.
도 13은 다양한 라이브러리부터의 펩타이드에서 확인된 감소된 세트의 아미노산들을 국한된 펩타이드 어레이 라이브러리의 전체 세트의 아미노산들에 예시적으로 맵핑하는 것을 보여준다.
도 14a는 항-HER2 mAb 써모(Thermo) MA5-13675(클론 3B5)의 용량 반응 어세이에서 다양한 라이브러리로부터 확인된, 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드들의 정렬을 보여준다.
도 14b는 항-HER2 mAb(써모 MA5-13675(클론 3B5))의 용량 반응 어세이에서 국한된 라이브러리로부터 확인된, 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드의 어레이 펩타이드 서열(좌측 컬럼) 및 상응하는 정렬(우측 컬럼)을 보여준다.
도 14c는 웹로고로서 표시된, HER2-정렬된 펩타이드에서 가장 빈번히 확인된 아미노산을 보여준다.
도 14d는 공지된 면역원과 예측된 에피토프 서열의 상응하는 동일성을 보여준다.
도 15a는 항-HER2 mAb(산타 크루즈(Santa Cruz) SC-33684(클론 3B5))의 용량 반응 어세이에서 다양한 라이브러리부터 확인된, 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드들의 정렬을 보여준다.
도 15b는 항-HER2 mAb(산타 크루즈 SC-33684(클론 3B5))의 용량 반응 어세이에서 국한된 라이브러리부터 확인된, 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드의 어레이 펩타이드 서열(좌측 컬럼) 및 상응하는 정렬(우측 컬럼)을 보여준다.
도 15c는 웹로고로서 표시된, HER2-정렬된 펩타이드에서 가장 빈번히 확인된 아미노산을 보여준다.
도 15d는 공지된 면역원과 예측된 에피토프 서열의 상응하는 동일성을 보여준다.
도 16a는 항-HER2 mAb(셀 시그날링(Cell Signaling) 2165(클론 29D8))의 용량 반응 어세이에서 다양한 라이브러리부터 확인된, 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드들의 정렬을 보여준다.
도 16b는 항-HER2 mAb(셀 시그날링 2165(클론 29D8))의 용량 반응 어세이에서 국한된 라이브러리부터 확인된, 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드의 웹로고로서 표시된, HER2-정렬된 펩타이드에서 가장 빈번히 확인된 아미노산을 보여준다.
도 16c는 웹로고로서 표시된, HER2-정렬된 펩타이드에서 가장 빈번히 확인된 아미노산을 보여준다.
도 16d는 공지된 면역원과 예측된 에피토프 서열의 상응하는 동일성을 보여준다.
도 17A는 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드들의 정렬로부터 확인된 HER2의 선형 성분 및 구조적 에피토프를 예시한다.
도 17B는 항-HER2 mAb에 의해 결합된, 국한된 라이브러리 내의 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드들의 정렬을 보여준다.
도 18은 도 17에 예시된 바와 같이 확인된 HER2의 구조적 에피토프의 선형 성분의 서열, 및 항-HER2 mAb 트라스투주맙(Trastuzumab) Fab(헤르셉틴(Herceptin)) 결정 구조와 선형 성분의 상호작용을 보여준다.
도 19는 항-HER2 mAb(셀 시그날링 2165(클론 29D8))의 용량 반응 어세이에서 국한된 라이브러리로부터 확인된, 유의미한 펩타이드를 비롯한 상위 10개의 개별 펩타이드들(A) 및 중간 10개의 펩타이드들(B)의 BLAST 정렬의 결과를 보여준다.
도 20은 항-HER2 mAb(써모 MA5-13675(클론 3B5))의 용량 반응 어세이에서 국한된 라이브러리로부터 확인된, 유의미한 펩타이드를 비롯한 상위 10개의 개별 펩타이드들(A) 및 중간 10개의 펩타이드들(B)의 BLAST 정렬의 결과를 보여준다.
도 21은 항-HER2 mAb(산타 크루즈 SC-33684(클론 3B5))의 용량 반응 어세이에서 국한된 라이브러리로부터 확인된, 유의미한 펩타이드를 비롯한 상위 10개의 개별 펩타이드들(A) 및 중간 10개의 펩타이드들(B)의 BLAST 정렬의 결과를 보여준다.
도 22는 HER2 및 EGFR에 대한 항-HER2 mAb(셀 시그날링 (#2165))의 성향을 보여준다.
면역요법은 신체의 면역 시스템을 이용하여 암을 찾아내고 치료하는 일종의 암 치료이다. 면역요법 개발의 고도로 활발한 영역은 암세포에 의해 강탈된 세포 표면 수용체, 예컨대, T 세포 억제 수용체(예를 들면, 항-CTLA-4, 항-PD-1)를 표적화하는 항체 또는 생물제제를 조작하는 능력이다(즉, 체크포인트 요법). 일부 방법들은 다수의 수용체들을 표적화하는 다중특이적 항체, 예컨대, T 세포 및 암세포를 단일 이중특이적 분자와 함께 회합하는 BiTE 항체 구조물의 조작에 기반을 둔다. 이 다중특이적 구조물은 추가 과제, 예컨대, 특징규명될 필요가 있는 보다 더 많은 리드 후보들 및 증가된 표적-이탈 결합에 대한 잠재력을 도입한다. 항체는 약학 연구 및 개발(R&D)에서 유연하고 치료적으로 적절한 플랫폼인 것으로 입증되었지만, 상당한 한계점들이 초기 발견부터 후기 개발까지 후보 항체의 표적-적중 및 표적-이탈 결합 활성을 포괄적으로 특징규명하는 능력에 존재한다.
합성된 펩타이드 라이브러리는 항체 결합 특징규명을 위해 통상적으로 사용되나, 이것은 비싸고 서열 공간의 작은 샘플(즉, 에피토프 맵핑(mapping)/비닝(binning))로 한정된다. 합성된 펩타이드 라이브러리를 사용하는 항체 특징규명은 현재 상대적으로 저처리율 방법, 예컨대, 10,000개 미만의 항체-펩타이드 상호작용(예를 들면, 20개의 항체 대 500개의 펩타이드)의 측정으로 한정되는 표면 플라스몬 공명 및 간섭측정에 의해 수행된다. 단백질 및 펩타이드 마이크로어레이는 10,000개 초과의 항체-펩타이드 상호작용을 특징규명하는 데 사용될 수 있으나, 단백질 및 로봇에 의해 인쇄된 펩타이드 어레이는 엄두도 못 낼 정도로 비싸고, 인시츄 합성된 펩타이드 어레이는 확장가능성, 재현성 및 생산 품질의 결여라는 문제점을 가진다. 파지 또는 효모 펩타이드 디스플레이 라이브러리도 항체-펩타이드 상호작용을 확인하는 데 사용되나, 이 반복적 선택 방법은 가장 높은 친화성 상호작용 및 많은 적당한 친화성에 대한 데이터만을 제공하고, 임상적으로 관련된 항체-표적 상호작용은 검출되지 않은 상태로 남겨진다. 항체-표적 특징규명에 있어서 이 한계점들은 통상적으로 검출되지 않은 표적-이탈 결합 효과의 결과인 리드 후보 실패로 인해 궁극적으로 개발 비용을 증가시킨다.
본원에 개시된 기술은 치료 항체 및 생물제제 리드 후보의 신뢰할 만한 고처리율, 저비용 및 포괄적 결합 특징규명을 가능하게 할 것이다. 예를 들면, 이 기술의 이점은 1) 특징규명될 수 있는 리드 후보의 수의 증가, 2) 리드 후보의 성공률의 개선, 및 3) 면역요법 개발 비용의 감소를 포함한다. 본원에 개시된 기술은 반도체 제작을 위해 개발된 공정 및 장치를 이용하는 인시츄 펩타이드 합성에 기반을 둔 고도로 확장가능한 어레이 기반 펩타이드 라이브러리 플랫폼을 포함한다. 본원에 개시된 방법 및 어세이는 에피토프 및 잠정적 에피토프를 포함하는 항체 결합 영역뿐만 아니라 항체에 대한 단백질 표적도 확인함으로써, 예를 들면, 불리한 또는 비-표적 상호작용에 있어서 역할을 수행할 수 있는 가능한 표적-이탈 단백질을 확인할 수 있게 하는 능력도 제공한다.
어레이 플랫폼
본원은 화학적 라이브러리 합성의 증가된 다양성 및 신뢰성을 가능하게 하는 어레이 플랫폼을 제공하는 방법 및 공정을 개시한다. 어레이 플랫폼은 어레이의 표면 위에서 복수의 개별 특징부를 포함한다. 각각의 특징부는 전형적으로 어레이의 표면 위에서 인시츄 합성된 복수의 개별 분자들을 포함하고, 이때 상기 분자들은 한 특징부 내에서 동일하나, 분자들의 서열 또는 정체성은 특징들 사이에 상이하다. 어레이 분자는 (DNA, RNA, 뉴클레오사이드, 뉴클레오타이드, 구조 유사체 또는 이들의 조합을 포함하는) 핵산, 펩타이드, 펩타이드 모방 물질, 및 이들의 조합 등을 포함하나 이들로 한정되지 않고, 이때 어레이 분자는 분자 내에 천연 또는 비-천연 단량체를 포함할 수 있다. 이러한 어레이 분자는 큰 합성 펩타이드 어레이의 합성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 어레이 내의 분자는 에피토프의 구조를 모방하고 에피토프에 의해 이끌어내진 항체에 결합할 수 있는 분자인 미모톱(mimotope)이다. 일부 실시양태에서, 어레이 내의 분자는 항원의 에피토프에 결합하는, 항체(또는 T 세포 수용체)의 가변 영역 내의 부위를 포함하는 파라토프(paratope) 또는 파라토프 모방 물질이다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 어레이는 무작위, 반무작위 또는 다양한 펩타이드 서열을 포함하는 펩타이드 어레이이다. 일부 실시양태에서, 다양한 펩타이드 서열들은 예를 들면, 특정 유기체로부터의 프로테옴(proteome) 라이브러리(예를 들면, 마이코박테리움 튜버큘로시스(Mycobacterium tuberculosis)(Mtb) 프로테옴 라이브러리(Schubert et al., Cell Host Microbe (2013) 13(5):602-12) 참조), 또는 세포소기관으로부터의 프로테옴 라이브러리(예를 들면, 미토콘드리아(Mtd) 프로테옴 라이브러리(Calvo and Mootha, Annu. Rev. Genomics (2010) 11:25-44) 참조) 등으로부터 유래할 수 있다.
다른 실시양태에서, 다양한 펩타이드 서열들은 한 세트의 아미노산들의 모든 공지된 조합, 예를 들면, 적어도 100%의 모든 가능한 사량체들, 적어도 90%의 모든 가능한 사량체들, 적어도 85%의 모든 가능한 사량체들, 적어도 80%의 모든 가능한 사량체들, 적어도 75%의 모든 가능한 사량체들, 적어도 70%의 모든 가능한 사량체들, 적어도 65%의 모든 가능한 사량체들, 적어도 60%의 모든 가능한 사량체들, 적어도 55%의 모든 가능한 사량체들, 적어도 50%의 모든 가능한 사량체들, 적어도 45%의 모든 가능한 사량체들, 적어도 40%의 모든 가능한 사량체들, 적어도 35%의 모든 가능한 사량체들, 적어도 30%의 모든 가능한 사량체들 또는 적어도 25%의 모든 가능한 사량체들로부터 유래할 수 있다. 다른 실시양태에서, 다양한 펩타이드 서열들은 한 세트의 모든 가능한 오량체들, 예를 들면, 적어도 100%의 모든 가능한 오량체들, 적어도 95%의 모든 가능한 오량체들, 적어도 90%의 모든 가능한 오량체들, 적어도 85%의 모든 가능한 오량체들, 적어도 80%의 모든 가능한 오량체들, 적어도 75%의 모든 가능한 오량체들, 적어도 70%의 모든 가능한 오량체들, 적어도 65%의 모든 가능한 오량체들, 적어도 60%의 모든 가능한 오량체들, 적어도 55%의 모든 가능한 오량체들, 적어도 50%의 모든 가능한 오량체들, 적어도 45%의 모든 가능한 오량체들, 적어도 40%의 모든 가능한 오량체들, 적어도 35%의 모든 가능한 오량체들, 적어도 30%의 모든 가능한 오량체들 또는 적어도 25%의 모든 가능한 오량체들로부터 유래할 수 있다. 다른 실시양태에서, 어레이의 다양한 펩타이드 서열들은 한 세트의 아미노산 조합, 예를 들면, 25% 내지 100%의 모든 가능한 육량체들, 25% 내지 100%의 모든 가능한 칠량체들, 25% 내지 100%의 모든 가능한 팔량체들, 25% 내지 100%의 모든 가능한 구량체들 또는 25% 내지 100%의 모든 가능한 십량체들, 또는 이들의 조합으로부터 유래할 수 있다. 다양한 펩타이드 서열들의 표시는 어레이의 크기에 의해서만 한정된다. 따라서, 큰 어레이, 예를 들면, 적어도 1백만 개, 적어도 2백만 개, 적어도 3백만 개, 적어도 4백만 개, 적어도 5백만 개, 적어도 6백만 개, 적어도 7백만 개, 적어도 8백만 개, 적어도 9백만 개, 적어도 1천만 개 또는 더 많은 수의 펩타이드들이 본원에 개시된 방법, 시스템 및 어세이와 함께 사용될 수 있다. 대안적으로 또는 추가로, 다수의 실질적으로 중첩되지 않는 펩타이드 라이브러리들/어레이들을 합성하여, 생물학적 샘플 또는 항체에 의해 인식되는 펩타이드 서열 또는 모티프(들)의 해상을 위해 요구된 서열 공간을 덮을 수 있다.
일부 실시양태에서, 어레이 위의 개별 펩타이드는 가변적 및/또는 상이한 길이를 가진다. 일부 실시양태에서, 상기 펩타이드는 길이가 약 6개 내지 20개 아미노산, 약 7개 내지 18개 아미노산, 약 8개 내지 15개 아미노산, 또는 약 9개 내지 14개 아미노산이다. 다른 실시양태에서, 상기 펩타이드는 길이가 적어도 6개 아미노산, 적어도 7개 아미노산, 적어도 8개 아미노산, 적어도 9개 아미노산, 적어도 10개 아미노산, 적어도 11개 아미노산, 적어도 12개 아미노산, 적어도 13개 아미노산, 적어도 14개 아미노산 또는 적어도 15개 아미노산이다. 다른 실시양태에서, 상기 펩타이드는 길이가 15개 이하의 아미노산, 14개 이하의 아미노산, 13개 이하의 아미노산, 12개 이하의 아미노산, 11개 이하의 아미노산, 10개 이하의 아미노산, 9개 이하의 아미노산 또는 8개 이하의 아미노산이다. 다른 실시양태에서, 어레이 위의 펩타이드는 약 6개 아미노산, 약 7개 아미노산, 약 8개 아미노산, 약 9개 아미노산, 약 10개 아미노산, 약 11개 아미노산, 약 12개 아미노산, 약 13개 아미노산, 약 14개 아미노산 또는 약 15개 아미노산의 평균 길이를 가진다.
다른 실시양태에서, 어레이 위의 펩타이드를 위한 아미노산 구축 블록은 모든 천연 아미노산들을 포함한다. 다른 실시양태에서, 어레이 위의 펩타이드를 위한 아미노산 구축 블록은 비-천연 또는 합성 아미노산으로 구성된다. 다른 실시양태에서, 19개의 아미노산만이 어레이 위의 펩타이드를 합성하기 위한 구축 블록으로서 사용된다. 다른 실시양태에서, 18개의 아미노산만, 17개의 아미노산만, 16개의 아미노산만, 15개의 아미노산만 또는 14개의 아미노산만이 어레이 위의 펩타이드를 합성하기 위한 구축 블록으로서 사용된다. 일부 실시양태에서, 시스테인은 펩타이드 합성 동안 누락된다. 다른 실시양태에서, 메티오닌은 펩타이드 합성 동안 누락된다. 다른 실시양태에서, 이소류신은 펩타이드 합성 동안 누락된다. 다른 실시양태에서, 쓰레오닌은 펩타이드 합성 동안 누락된다. 다른 실시양태에서, 시스테인, 메티오닌, 이소류신 및/또는 쓰레오닌(이들의 모든 조합을 포함함)은 펩타이드 합성 동안 누락된다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 어레이는 입력 아미노산 또는 펩타이드 서열, 또는 입력 아미노산 또는 펩타이드 모티프로부터 모두 유래한 국한된 또는 한정된 세트의 펩타이드 서열들을 포함하는 펩타이드 어레이이다. 다양한 또는 반무작위 펩타이드 어레이 및/또는 국한된 또는 한정된 세트의 펩타이드 서열을 포함하는 하나 이상의 펩타이드 어레이는 본원에 개시된 방법, 시스템 및 어세이와 함께 사용될 수 있다. 예를 들면, 본원에 개시된 방법, 시스템 및 어세이는 선택된 다양한 세트의 펩타이드들 및 국한된 또는 한정된 세트의 펩타이드들 둘 다를 사용할 수 있다. 펩타이드 어레이는 본원에 개시된 생물학적 샘플과 동시에 또는 순차적으로 사용될 수 있다. 예를 들면, 다양한 펩타이드 어레이를 먼저 사용할 수 있고, 예를 들면, 공지되어 있지 않은 결합 프로파일을 가진 단일클론 항체에 대한 적어도 하나의 모티프(서열 또는 구조 기반) 또는 서열을 수득한다. 그 다음, 확인된 모티프 또는 서열을 입력 서열로서 사용하여 적어도 하나의 국한된 또는 한정된 세트의 펩타이드 서열들을 생성할 수 있고, 어세이를 본원에 기재된 바와 같이 수행할 수 있다. 본원에 기재된 방법, 시스템 및 어레이를 이용할 때, 다수의 국한된 또는 한정된 세트의 펩타이드 어레이들을 사용하여 공지되어 있지 않은 단일클론 항체에 대한 항체 결합을 특징규명할 수 있다.
거의 모든 치료 항체 스크린은 선택된 수의 리드에 대한 일정 수준의 에피토프 맵핑 및 에피토프 비닝을 도입하고, 이 데이터는 어느 리드가 개발 파이프라인으로 향할 지에 대한 결정을 유도한다. 에피토프 맵핑 연구는 통상적으로 펩타이드의 체계적 중첩 서열들을 사용하여 항체-표적 상호작용을 담당하는 아미노산을 확인한다. 에피토프 비닝 연구는 여러 리드 항체들의 에피토프를 맵핑한 후, 항체들을 확인된 에피토프에 대한 그들의 결합 친화성/동력학으로 비닝한다. 에피토프 비닝 연구는 상이한 에피토프 반응성 및 잠재적으로 상이한 작용 방식 및 표적-이탈 효과를 가진 리드 항체를 확인하기 위한 핵심 결정 데이터세트이다. 전형적으로, 공지된 에피토프(들)와 관련된 표적화된 펩타이드 서열의 합성된 라이브러리를 사용하여 에피토프 비닝 및 맵핑 특징규명을 수행하는데, 이것은 정제된 합성 펩타이드 라이브러리의 한정된 분석 처리율 및 높은 비용으로 인해 분석을 수천 개의 표적화된 상호작용(예를 들면, 10개의 리드 항체 대 100개의 펩타이드)으로 한정한다. 이러한 작은 수의 항체-표적 상호작용의 특징규명은 많은 표적-이탈 및/또는 저친화성 상호작용이 검출되지 않게 하여, 추후에 개발 파이프라인에서 후보의 실패율을 증가시킨다.
모든 현재의 에피토프 맵핑/비닝 플랫폼들의 공통된 약점은 가능한 상호작용의 총 수에 비해 과도하게 한정된 항체-에피토프 상호작용 분석 처리율이다. 이 분석 처리율 한정은 항체 발견 과학자가 추가 개발을 위해 선택되는 리드의 수를 감소시키게 만든다. 결과적으로, 리드의 감소된 수는 후기 항체 치료 후보 실패의 위험을 증가시킨다. 이것은 궁극적으로 성공한 다음 실패한 후보의 R&D 비용을 보상할 후보의 비용을 증가시킨다. 한정된 분석 처리율과 관련된 위험은 표적 질환과 관련된 특정 다중특이성 및 최소한의 표적-이탈 효과를 가진 후보를 확인하기 위해 더 많은 수의 리드 항체들의 선택을 요구하는 다중특이적 항체 스크린의 등장으로 증가하고 있다.
본원에 개시된 기술은 반도체 제작 공정과 조합 화학적 합성을 병합하여 실리콘 웨이퍼 위에서 어레이 기반 라이브러리를 생성하는 포토리소그래피 어레이 합성 플랫폼을 포함한다. 도 1은 포토리소그래피 공정의 종단면도를 보여준다; 플랫폼은 펩타이드 합성을 성장시키기 위한 기재(101)를 포함한다. 마스크(102)에 이은 UV 광(103)의 적용이 펩타이드 합성을 조절할 수 있다. 추가로, UV 광 노출과 함께 또 다른 마스를 순차적으로 적용함으로써, 다양한 어레이 특징부를 확립할 수 있다. 포토리소그래피 특징부 패턴화의 엄청난 진일보를 이용함으로써, 어레이 합성 플랫폼은 고도로 확장가능하고 8 인치 웨이퍼 위에서 4천만 개의 특징부를 가진 조합 화학적 라이브러리를 생성할 수 있다. 높은 재현성을 달성하기 위해 클래스 10,000 무균실에서 반도체 웨이퍼 제조 장치를 이용하여 포토리소그래피 어레이 합성을 수행한다. 웨이퍼가 표준 현미경 슬라이드 치수로 잘려질 때, 각각의 슬라이드는 3백만 개 초과의 상이한 화학적 물질들을 함유한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 기술에 의해 제조된 화학적 라이브러리를 가진 어레이는 예를 들면, 면역시그너처 어세이로서 지칭되는 면역 기반 진단 어세이를 위해 사용된다. 결합된 어레이의 형광 결합 프로파일 영상은 어레이에 결합된 한 방울의 혈액으로부터의 환자의 항체 레퍼토리를 사용함으로써 질환 대 건강함으로 분류하기에 충분한 정보를 제공한다. 도 2는 현미경관찰로부터 촬영된 예시적 영상을 보여준다. 이 영상은 어레이에 결합된 IgG 항체 레퍼토리의 형광 영상을 포함한다. 각각의 정사각형 특징부는 14 ㎛2이고 현미경 슬라이드 위에서 3백만 개 초과의 상이한 펩타이드들의 밀도로 패턴화된다.
일부 실시양태에서, 면역시그너처 어세이는 자가면역 질환을 진단/모니터링하고 자가면역 치료에 대한 반응을 평가하기 위한 임상 적용을 위해 개발되고 있다. 면역시그너처 어세이의 예시적 실시양태는 미국 허가 전 공보 제2012/0190574호(발명의 명칭: "Compound Arrays for Sample Profiling") 및 미국 허가 전 공보 제2014/0087963호(발명의 명칭: "Immunosignaturing: A Path to Early Diagnosis and Health Monitoring")(이들 둘 다가 이러한 개시에 대해 본원에 참고로 도입됨)에 상세히 기재되어 있다. 본원에서 개발된 어레이는 타원편광측정(ellipsometry), 질량 분광측정 및 형광을 포함하는 오르토고날 분석 방법을 이용하여 각각의 합성된 어레이 내에 분석 측정 능력을 도입한다. 이 측정은 어레이 합성 성능의 종적인 정성적 및 정량적 평가를 가능하게 한다.
인시츄 합성된 펩타이드 어레이의 주요 결점들 중 하나는 합성된 펩타이드 특징부의 순도를 직접 측정하는 능력이 없다는 것이다. 일부 실시양태에서, 기술은 직접적으로 실리콘 웨이퍼로부터의 합성된 펩타이드의 정성적 인시츄 질량 분광측정을 포함한다. 질량 분광측정은 펩타이드의 절단이 어레이 특징부로부터의 확산 없이 수행되도록 실리콘 표면과 합성된 펩타이드 사이에 기체 상 절단가능한 링커를 도입함으로써 수행된다. 펩타이드 절단 후, 얇은 에어로졸 매트릭스 층을 적용한 후 MALDI 레이저의 초점을 개별 펩타이드 특징부에 맞추어 각각의 합성된 펩타이드에 대한 질량 스펙트럼을 획득함으로써 실리콘 표면 위에서 매트릭스-보조된 레이저 탈착 이온화(MALDI) 질량 분광측정을 수행한다.
도 3은 펩타이드 라이브러리 어레이 위의 단일 어레이 특징부로부터 직접 획득된 질량 스펙트럼을 보여준다. 포토리소그래피 합성 방법을 이용함으로써 생성된 펩타이드 어레이 특징부로부터의 정성적 인시츄 MALDI 질량 스펙트럼도 본원에 기재된 방법 및 디바이스에 포함된다. 당분야에서 숙련된 자에게 공지되어 있는 다른 분석도 본원에 개시된 인시츄 합성 공정의 신뢰도를 정량하고/하거나 정성하는 데 이용될 수 있다.
항체와 펩타이드 어레이의 결합
다양한 실시양태에서, 본원에 개시된 방법, 시스템 및 기술은 펩타이드 어레이 위에서 일어나는, 항체와 펩타이드의 결합 사건을 포함하는 결합 사건을 검출하기 위한 펩타이드 어레이 플랫폼을 제공한다. 일부 실시양태에서, 펩타이드 어레이는 고밀도 펩타이드 어레이이다. 일부 실시양태에서, 어레이는 0.5 nm 미만, 1 nm 미만, 2 nm 미만, 3 nm 미만, 4 nm 미만, 5 nm 미만, 6 nm 미만, 7 nm 미만, 8 nm 미만, 9 nm 미만, 10 nm 미만, 11 nm 미만, 12 nm 미만, 13 nm 미만, 14 nm 미만 또는 15 nm 미만의 간격을 둔, 어레이 위의 특징부 내에 개별 펩타이드를 포함한다.
생물학적 샘플을 첨가하고 펩타이드 어레이와 함께 항온처리한다. 생물학적 샘플은 혈액, 건조된 혈액, 혈청, 혈장, 침, 눈물, 누관액, 볼 면봉, 생검, 조직, 피부, 체모, 뇌척수액 샘플, 대변 또는 소변 샘플을 포함한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 예를 들면, "핑거스틱(fingerstick)" 또는 "핑거프릭(ingerprick)"을 이용하여 소량의 혈액을 뽑아내고 이를 표면, 예컨대, 필터 종이 또는 다른 흡착 공급원, 또는 바이알 또는 용기에 첨가하고 임의적으로 건조한다. 대상체에 의해 제공된 생물학적 샘플은 농축될 수 있거나 희석될 수 있다. 다른 실시양태에서, 생물학적 샘플은 단일클론 항체, 다중클론 항체, 항체 단편, 단일 쇄 항체, 키메라 항체, 인간화된 항체, 항체 약물 접합체 등을 포함하는 정제된 항체 제제이다. 다른 실시양태에서, 생물학적 샘플은 세포 숙주에서 재조합 항체를 증가시키기 위해 사용된 세포 배양물 또는 다른 생장 배지이다.
일부 실시양태에서, 약 0.5 nl 내지 약 50 ㎕ 이하의 생물학적 샘플이 본원에 개시된 방법 또는 시스템에 의한 분석을 위해 요구된다. 다른 실시양태에서, 약 0.5 nl 내지 25 ㎕, 약 5 nl 내지 10 ㎕, 약 5 nl 내지 5 ㎕, 약 10 nl 내지 5 ㎕, 약 10 nl 내지 2.5 ㎕, 약 100 nl 내지 2.5 ㎕, 또는 약 100 nl 내지 1 ㎕의 생물학적 샘플이 분석을 위해 요구된다. 일부 실시양태에서, 대상체는 예를 들면, 생검 또는 조직으로부터의 고체 생물학적 샘플을 제공할 수 있다. 일부 실시양태에서, 약 1 mg, 약 5 mg, 약 10 mg, 약 15 mg, 약 20 mg, 약 25 mg, 약 30 mg, 약 35 mg, 약 40 mg, 약 45 mg, 약 50 mg, 약 55 mg, 약 60 mg, 약 65 mg, 약 7 mg, 약 75 mg, 약 80 mg, 약 85 mg, 약 90 mg, 약 95 mg 또는 약 100 mg의 생물학적 샘플이 본원에 개시된 방법 또는 시스템에 의한 분석을 위해 요구된다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 생물학적 샘플은 너무 농축되어 있고 본 발명의 어레이와 접촉하기 전에 희석을 요구한다. 복수의 희석이 샘플을 본 발명의 어레이와 접촉시키기 전에 생물학적 샘플에 적용될 수 있다. 희석은 대수적 방식으로 농도의 등비수열을 야기할 수 있는 일련의 희석일 수 있다. 예를 들면, 10배 연속 희석은 1 M, 0.01 M, 0.001 M, 및 이들의 등비수열일 수 있다. 희석은 예를 들면, 1배 희석, 2배 희석, 3배 희석, 4배 희석, 5배 희석, 6배 희석, 7배 희석, 8배 희석, 9배 희석, 10배 희석, 16배 희석, 25배 희석, 32배 희석, 64배 희석 및/또는 125배 희석일 수 있다.
결합 사건의 검출
샘플의 성분과 펩타이드 어레이의 사이의 결합 상호작용은 다양한 포맷으로 검출될 수 있다. 일부 포맷에서, 샘플의 성분은 표지된다. 표지는 특히 방사성 동위원소 또는 염료일 수 있다. 표지는 샘플을 수득하기 전에 표지를 환자에게 투여하거나 표지를 샘플 또는 이의 선택적 성분(들)에 연결함으로써 공급될 수 있다.
결합 상호작용은 이차 검출 시약, 예컨대, 항체를 사용함으로써 검출될 수도 있다. 예를 들면, 샘플 중의 항체와 어레이의 결합은 항체의 이소타입(예를 들면, (임의의 서브타입, 예컨대, IgGl, IgG2, IgG3 및 IgG4를 포함하는) IgG, IgA, IgM)에 특이적인 이차 항체를 사용함으로써 검출될 수 있다. 이차 항체는 통상적으로 표지되고 분석되는 샘플 중의 특정 이소타입의 모든 항체들에 결합할 수 있다. 상이한 이소타입 특이성을 가진 (예를 들면, 상이한 숙주로부터의) 상이한 이차 항체가 사용될 수 있다.
결합 상호작용은 표지 부재(label-free) 방법, 예컨대, 표면 플라스몬 공명(SPR) 및 질량 분광측정을 이용함으로써 검출될 수도 있다. SPR은 예를 들면, 이 유형의 분석을 위해 A-100 Biocore/GE 기계를 이용하여 해리 상수 및 해리 속도의 측정치를 제공할 수 있다.
결합 사건의 검출은 경쟁자 펩타이드의 존재하에서도 일어날 수 있다. 일부 실시양태에서, 경쟁적 억제제는 본원에 개시된 확인된 에피토프, 모티프 또는 입력 서열과 동일하거나, 유사하거나 이로부터 유래한 펩타이드이다. 일부 실시양태에서, 경쟁적 억제제 펩타이드는 적어도 2개, 적어도 3개, 적어도 5개, 적어도 10개, 적어도 15개, 적어도 20개, 적어도 25개, 적어도 30개, 적어도 35개, 적어도 40개, 적어도 45개 또는 적어도 50개의 상이한 펩타이드들의 혼합물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 경쟁자 펩타이드는 천연 아미노산 및/또는 비-천연 아미노산을 포함한다. 일부 실시양태에서, 경쟁적 억제제 펩타이드는 확인된 에피토프, 모티프 또는 입력 서열과 적어도 20%, 적어도 25%, 적어도 30%, 적어도 35%, 적어도 40%, 적어도 45%, 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98% 및/또는 적어도 99% 동일한 펩타이드를 포함한다. 다른 실시양태에서, 경쟁적 억제제 펩타이드는 확인된 에피토프, 모티프 또는 입력 서열과 적어도 20%, 적어도 25%, 적어도 30%, 적어도 35%, 적어도 40%, 적어도 45%, 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98% 및/또는 적어도 99% 유사한 펩타이드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 유사성은 서열 또는 구조에 의해 확인될 수 있다. 다른 실시양태에서, 경쟁적 억제제 펩타이드는 무작위 또는 반무작위 펩타이드들의 혼합물을 포함할 수 있다. 다른 실시양태에서, 경쟁적 펩타이드 혼합물은 본원에 개시된 경쟁적 억제제 펩타이드 이외에 또는 대신에 생물학적 공급원, 예를 들면, 혈청, 혈장 또는 혈액을 포함할 수 있다. 경쟁적 억제제 펩타이드를 결합 반응에 첨가하고 경쟁적 억제제 펩타이드의 부재 및 존재하에서 결합 신호의 변화를 측정함으로써, 어레이 위의 펩타이드와 생물학적 샘플 사이의 상호작용의 엄격성에 대한 정보를 전달하는 특이성의 측정치를 수득할 수 있다. 특이성은 경쟁자의 존재하에서 측정된 친화성(Kd), 및/또는 생물학적 샘플 또는 항체에 결합하고 잠정적 결합 부위로서 확인된 모티프 또는 서열을 가진 확인된 펩타이드의 수의 관점에서 측정될 수 있다.
치료 항체의 개발 및 특징규명: 항체 에피토프 결합 프로파일
일부 실시양태에서, 펩타이드 어레이 위에서의 항체 결합의 검출은 본원에 개시된 기술에 의해 해결될 수 있는 일부 과제들을 제공한다. 상기 기술은 표면 성질을 특정 코팅 및 작용기 밀도로 조정할 수 있고, 이것은 항체 결합을 프로파일링하기 위한 펩타이드 어레이 사용의 두 가지 잠재적 단점을 해결하는 데 이용되고 있다. 첫째, 실리콘 표면을 적절한 친수성 단일층 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 폴리비닐 알코올, 카복시메틸 덱스트란 및 이들의 조합으로 코팅함으로써 펩타이드 어레이 위에서의 비-특이적 항체 결합을 최소화한다. 일부 실시양태에서, 친수성 단일층은 균질하다. 둘째, 펩타이드가 방해받지 않는 배향으로 항체에게 제시되도록 펩타이드를 표면으로부터 분리시키는 스페이서를 이용하여 합성된 펩타이드를 실리콘 표면에 연결한다. 또한, 모든 펩타이드들이 주로 무질서한 구조물인 선형 펩타이드에 비해 일관되게 질서정연한 구조물로 항체에게 제시되도록 표면 스페이서를 사용하여 펩타이드를 고리화할 수 있다. 일부 실시양태에서, 표면 스페이서는 하기 서열을 포함한다: 고리형 스페이서 예 1: 시스테인-글리신-프롤린-글리신-(가변 아미노산 서열(Xaa)n)-글리신-프롤린-글리신-시스테인, 이때 2개의 시스테인 잔기들은 산화 조건하에서 고리화할 수 있다. 다른 실시양태에서, 표면 스페이서는 하기 서열을 포함할 수 있다: 고리형 스페이서 예 2: 시스테인-(PEG3)-(가변 아미노산 서열(Xaa)n)-(PEG3)-시스테인, 이때 2개의 시스테인 잔기들은 산화 조건하에서 고리화할 수 있다. 다른 실시양태에서, 표면 스페이서는 하기 서열을 포함한다: 고리형 스페이서 예 3: 라이신-(PEG3)-(가변 아미노산 서열(Xaa)n)-(PEG3)-라이신, 이때 2개의 라이신 잔기들은 동종이작용성 디-NHS 에스테르 결합으로 고리화할 수 있다. 종합하건대, 이 표면 발생은 용액 상 항체 결합과 유사하거나 상호관련되어 있는 항체 결합 프로파일을 어레이 위에서 생성한다.
도 4는 p53 Ab1 단일클론 항체 에피토프(RHSVV)의 알라닌 스캐닝을 묘사하는, 본원에 개시된 방법의 예시적 실시양태를 보여준다. 상기 에피토프의 처음 3개 위치(RHS) 내로 개별적으로 치환된 알라닌으로 알라닌 스캐닝 라이브러리 어레이를 합성하였다. 본원에서 개발된 어레이 위에서 천연 에피토프(401)에 비해 알라닌 치환 특징부(402, 403 및 404)에 결합하는 감소된 p53 Ab1 항체는 공개된 p53 Ab1 에피토프 변이체 결합과 상호관련되어 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 기술은 어레이를 사용한 항체 결합 프로파일의 검출에 있어서 항체 표지부착 방법을 해결한다. 항체의 직접적 형광 표지부착은 종종 공지된 에피토프에의 결합을 억제하거나, 변형시키거나 제거한다. 이를 해결하기 위해, 본원에 개시된 기술은 먼저 표지되지 않은 일차 항체(프로파일링되는 항체)를 어레이에 결합시킨 후, 표지되지 않은 일차 항체의 고정된 에피토프(예를 들면, IgG 항체의 Fc 영역)에 결합하는 형광 표지된 이차 항체를 결합시키는, 샌드위치 ELISA 어세이와 유사한 "샌드위치 어세이" 방법을 포함한다. 표지된 이차 항체가 예상된 바와 같이 일차 항체에 결합하는 것을 보장하기 위해 표지된 이차 항체와 일차 항체의 결합을 어레이 위에서 항온처리하기 전에 검증한다.
어레이 표면 및 어세이 진일보가 강력한 항체 결합 프로파일을 생성한다는 것을 p53 결합 단일클론 항체(p53 Ab1)에 대한 공지된 펩타이드 에피토프(RHSVV)의 알라닌 스캔으로 검증하였다. 포토리소그래피 펩타이드 어레이 합성을 이용하여 알라닌 스캔 펩타이드 서열 세트를 합성하였고 이 세트는 AHSVV, RASVV 및 RHAVV를 포함하고, 이때 알라닌(A)은 상기 에피토프의 처음 3개 위치 내로 치환된다. 도 4에 나타낸 바와 같이, p53 AB1 항체를 사용하는 샌드위치 어세이 방법 및 알라닌 스캔 어레이를 이용하여, 각각의 알라닌 치환 서열에의 결합을 공지된 에피토프 RHSVV와 비교한다. 어레이로부터 수득된 p53 Ab1 알라닌 스캔 항체 결합 프로파일 결과는 p53 Ab1이 고친화성 결합을 위해 펩타이드 에피토프에서 R, H 및 S를 요구한다는 것을 보여주는 공개된 결과와 일치한다.
마스크 알고리즘
표적 에피토프가 알고리즘에 대한 입력 서열로서 사용될 수 있고, 그 결과 추가, 절두, 치환 및 결실을 포함하는, 그 에피토프를 둘러싸는 화학적 공간의 영역이 스크리닝될 수 있기 때문에, 본원에 개시된 신규 마스크 및 합성 알고리즘은 특히 항체 발견 및 특징규명에 적절하다. 이것은 특히 암에 존재하는 높은 에피토프 돌연변이율로 인해 암 표적 항체를 스크리닝하는 데 특히 중요하다. 에피토프 주변의 서열 공간의 영역을 스크리닝함으로써 다수의 암 관련 돌연변이를 검출할 수 있다.
순차적 마스크들(즉, 마스크 n 대 마스크 n+1) 사이에 개방된 특징부의 설정된 퍼센트 중첩을 포함시킴으로써, 입력 서열(즉, 표적 에피토프)을 둘러싸는 서열 공간의 철저한 맵핑 및 분석을 가능하게 하는 고도로 다양한 화학적 라이브러리 어레이(예를 들면, 펩타이드 어레이)를 합성할 수 있다.
일부 실시양태에서, 고정된 세트의 포토리소그래피 마스크들을 사용하여, 길이 n까지 임의의 입력 서열에 의해 정의된 화학적 공간의 영역을 샘플링하고, 이때 n은 상기 세트 내의 마스크의 수이다. 이 알고리즘은 정의된 서열을 가진 라이브러리의 생성이 전형적으로 비싸고 시간 소모적인 신규 세트의 마스크들을 요구한다는 점에서 광-패턴화된 합성에서의 유연성이라는 주요 한계점을 극복한다.
주요 혁신적 결과는 예를 들면, 길이가 최대 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 147개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 33개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 아미노산인 아미노산 서열까지 임의의 입력 펩타이드 에피토프 서열부터 유래한 적어도 500,000개의 서열 변이체들의 결합 프로파일(즉, 에피토프 맵핑 및 비닝)을 측정하는 능력을 가진 고도로 확장가능한 포괄적 항체 결합 특징규명 플랫폼이다. 본원에 개시된 플랫폼 방법 및 디바이스는 치료 항체 및 면역요법 발견의 분야를 상당히 발전시킬 것이다. 이 신규 플랫폼에 의해 가능해진 항체 결합 정보의 양 및 세부내용은 아직까지 달성되지 않은 신규 작용 방식 및/또는 최소한의 표적-이탈 부작용을 가진 신규 항체 기반 치료제의 발견을 용이하게 할 수 있다. 제안된 개발은 단일특이적 리드에 비해 더 복잡한 결합 프로파일을 가진 더 큰 수의 리드 후보들을 요구하는 다중특이적 항체의 개발을 용이하게 한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 기술은 하루에 수백만 개의 상호작용까지 항체-에피토프 프로파일 처리율을 증가시키는(현재의 플랫폼에 비해 적어도 한 자릿수의 증가) 항체 특징규명 플랫폼을 생성한다. 본원에 기재된 플랫폼을 이용하여 다수의 치료 항체 후보들(100s의 후보들)로 초기 항체-에피토프 상호작용 프로파일 연구(예를 들면, 에피토프 비닝)를 수행할 수 있다.
일부 실시양태에서, 최대 길이(k), 예를 들면, k=10의 임의의 입력 서열에 집중된 서열 공간을 생성하도록 규범(prescriptive) 포토리소그래피 마스크 및 합성 알고리즘을 고안한다. 다시 말해, 단일 세트의 마스크들은 길이가 최대 10개 아미노산인 임의의 입력 서열로부터 유래한 펩타이드 변이체 라이브러리 어레이를 생성한다. 일부 실시양태에서, 면역원성 에피토프 펩타이드는 길이가 전형적으로 8개 내지 10개 아미노산이기 때문에 10의 입력 서열 길이를 선택한다. 일부 실시양태에서, 또 다른 길이, 예를 들면, 최대 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 147개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 33개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 아미노산이 선택된다.
일부 실시양태에서, 이 마스크 및 합성 알고리즘에 의해 생성된 펩타이드 어레이 서열 공간은 특정 입력 서열로 한정되지 않고, 1) 사용자에 의해 특정된 입력 서열, 2) 합성 단계의 순서, 및 3) 마스크 n과 마스크 n-1 사이의 공통된 개방된 특징부의 비율에 의해 정의되고, 이때 개방된 특징부는 광이 특정 마스크 n을 통과하여, 그 위치에서 다음 추가되는 아미노산의 추가를 야기하도록 개방된 어레이 특징부이다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 마스크 및 합성 알고리즘은 리드 서열 주위에 집중된 서열 공간의 영역이 보다 더 높은 활성 서열에 대해 스크리닝될 수 있도록 리드 서열(예를 들면, 펩타이드)을 반복적으로 최적화하는 데 사용된다. 신규 리드를 선택하고 공정을 반복적으로 반복하여 궁극적으로 원하는 수준의 활성을 가진 펩타이드 서열을 확인할 수 있다. 일부 실시양태에서, 상기 기술은 리드 펩타이드(들) 친화성이 원하는 친화성에 도달할 때까지 반복적으로 개선될 수 있도록 친화성 시약(예를 들면, 펩타이드)을 위해 이용되거나 효소 활성 시약(예를 들면, 효소 억제제 또는 활성화제)을 위해 이용된다.
일부 실시양태에서, 개시된 포토리소그래피 마스크 및 화학적 합성 알고리즘은 단순하고 상대적으로 적은 화학적 단계를 포함한다. 상기 알고리즘은 샘플링된 공간이 1) 입력 서열, 2) 합성 단계의 순서 및 3) 마스크들 사이의 순차적 특징부 중첩(즉, 마스크 n과 n-1 사이의 중첩)에 의해 정의되도록 마스크 및 화학적 합성을 연관된 조합 문제로서 생각할 수 있다. 이 알고리즘을 인 실리코로 시뮬레이션하여, 정의된 1) 입력 서열, 2) 화학적 단계의 순서 및 3) 퍼센트 순차적 마스크 중첩으로 생성된 공간의 크기 및 다양성을 계산할 수 있다.
본원에 개시된 기술은 포토리소그래피 마스크 및 합성 순서를 이용하여, 입력 서열(예를 들면, 펩타이드 서열) 및 화학적 단계의 순서에 의해 정의된 화학적 공간의 영역을 샘플링하는 알고리즘을 포함한다. 상기 알고리즘은 합성을 위해 사용된 인접 순차적 마스크들 사이에 중첩되는 특징부의 설정된 퍼센트(p)를 결정한다. 본원에 개시된 알고리즘은 수학적으로 기재될 수 있다. 문자 p는 마스크 n과 마스크 n-1 사이에 중첩되는 개방된 특징부의 퍼센트를 표시하고; x는 라이브러리 내의 특징부의 총 수를 표시하고; ∩는 교차점, 또는 중첩되는 특징부의 세트(행, 열)를 표시하고; |·|는 기수, 또는 중첩되는 특징부의 수를 표시한다. 마스크 알고리즘은 p×x|(마스크 n) ∩ (마스크 n-1)|이다.
도 5는 마스크 알고리즘의 그래픽 표시를 보여준다. 각각의 마스크 n의 경우, 마스크 n-1과 퍼센트 중첩이 있다(도 5에서 음영으로 표시된 영역). 퍼센트 중첩의 크기에 따라, 일련의 여러(또는 모든) 순차적 마스크들 사이에 공유된 중첩(예를 들면, 이중 화살표로 표시됨)이 존재할 수 있다. 이 공유된 중첩을 조정하여, 샘플링된 공간에서 서열의 다양성 및 중간 길이를 정의할 수 있다.
도 6은 마스크 알고리즘의 또 다른 표시를 보여준다. 순차적 세트의 마스크들을 사용하여, 합성을 위해 어레이 특징부를 선택적으로 노출시키고 활성화시킨다. 각각의 마스크(n)는 마스크(n-1)와 부분적 특징부 중첩을 가진다. 이 알고리즘을 이용할 때, 라이브러리에서 최대 가능한 펩타이드 길이는 라이브러리 어레이를 구축하는 데 사용된 마스크 및 화학적 단계의 수와 동등하고, 라이브러리의 중간 펩타이드 길이는 마스크(n)와 마스크(n-1) 사이의 개방된 특징부 중첩의 비율에 의존한다.
도 7은 순서대로 기재된 합성 단계를 가진 일부 실시양태의 그래픽 표시를 보여준다. 도 7에서, 아미노산 커플링의 순서는 입력 서열에 기반을 둔다. 이 예에서, 12-머 입력 서열인 HVGAAAPVVPQA는 처음 12개 단계들에서의 총 특징부의 비율에 기반을 둔 것이고, 이때 각각의 단계는 마스크 수에 상응한다. 이 입력 서열 주위의 샘플링된 서열 공간의 영역은 (a) 아미노산의 순서, (b) 단계 1 내지 12에서 중첩되는 특징부와 중첩되지 않는 특징부의 비, 및 (c) 단계 13 내지 25에서 중첩되는 특징부 및 사용된 아미노산의 퍼센트로부터 생성된다. 입력 서열에 존재하지 않는 아미노산이 입력 아미노산 서열에 끼워 넣어지는 합성 순서의 다른 예가 존재한다(하기 구체적인 실시양태 단락 참조). 개시된 알고리즘은 합리적으로 서열 공간에 초점을 맞추거나 심지어 무작위 서열 공간을 샘플링할 정도로 유연성을 가진다(즉, 마스크 및 합성 단계의 순서가 무작위화된다).
예시적 실시양태에서, 펩타이드 라이브러리 어레이 합성에서 모든 20종의 천연 아미노산들을 포함하는 화학적 단계를 수용하기 위해 총 25개의 포토리소그래피 마스크들을 디자인하고 생성한다. 포토리소그래피 마스크 어레이 특징부를 18 ㎛ 피치(pitch)로 패턴화하여, 슬라이드당 총 4,000,000개의 특징부를 위해 75 mm × 25 mm 슬라이드당 8개의 어레이로 25개의 합성 단계 후 총 500,000개의 어레이 특징부를 생성할 것이다(1개 슬라이드 = 어레이당 500,000개 특징부의 8개 복제 어레이 = 4,000,000개 특징부/슬라이드). 일련의 마스크들에서 마스크 n과 마스크 n-1 사이의 개방된 특징부 중첩의 비율을 42%로 설정하여, 10의 입력 서열 길이와 동등한 중간 펩타이드 라이브러리 어레이 길이를 달성할 것이다. 각각의 마스크는 총 500,000개의 어레이 특징부로부터 무작위로 선택된 210,000개의 개방된 특징부를 가질 것이고, 이때 마스크 n 위의 개방된 특징부의 42%는 마스크 n-1과 중첩된다. 이 중첩 비율은 25개의 포토리소그래피 합성 단계로부터 458,305개의 상이한 서열 변이체들 및 41,695개의 복제된 서열 변이체들(총 500,000개의 특징부)의 라이브러리를 생성하기 위해 치료 항체 10-머 에피토프 입력 펩타이드 서열(QMWAPQWGPD, 헤르셉틴 치료 항체 에피토프[57])을 사용하는 인 실리코 시뮬레이션된 합성으로부터 측정되었다. 도 8은 10-머 입력 서열 및 25개의 합성 단계와 함께 도 6에 예시된 규범 마스크 알고리즘을 사용하는 인 실리코 시뮬레이션된 펩타이드 라이브러리 합성으로부터의 펩타이드 길이의 분포를 보여주고, 이때 중간 길이는 10이다.
질량 분광측정 검출
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 기술은 각각의 단계의 효율 및 순도를 정량하기 위해 모든 합성 단계에서 정보를 얻는 각각의 칩 위의 한 세트의 펩타이드 서열들의 인시츄 질량 분광측정 검출을 개발한다. 상기 기술은 수율 및 순도 정량을 가능하게 하기 위해 초기 MALDI 개발에 기반을 두었다. 일부 실시양태에서, 결합 어세이 조건에 안정하고 암모니아 기체의 사용을 통해 실리콘 표면으로부터의 확산 없이 절단될 수 있는 기체 상 절단가능한 안전장치 링커(SCL)를 도입함으로써 합성된 펩타이드 어레이로부터 인시츄 MALDI 질량 스펙트럼을 획득한다. SCL은 아민 작용기를 가진 실리콘 표면에 커플링될 것이고 펩타이드는 SCL 표면 연결로부터 구축될 것이다. 8 인치 웨이퍼 위에서의 펩타이드 어레이 합성 후, 칩당 8개의 복제 펩타이드 어레이들을 가진 13개의 현미경 슬라이드 치수 칩들을 웨이퍼로부터 잘라내고, MALDI 질량 스펙트럼 획득을 위해 1개의 칩을 남겨두었다. MALDI를 위해 보존된 칩의 암모니아 기체 처리는 합성된 펩타이드를 확산 없이 실리콘 표면으로부터 절단한다. 기체 상 절단 후, 어레이 표면 위의 절단된 펩타이드의 확산 없이 미세소적 에어로졸 적용을 이용하여, 펩타이드 탈착/이온화를 용이하게 하는 MALDI 매트릭스를 칩에 적용한다. 최종적으로, 레이저가 질량 스펙트럼 획득을 위해 의도된 어레이 특징부에 집중되도록 MALDI 레이저를 한 세트의 정렬 기준 마커들에 비해 특정 절단된 펩타이드 어레이 특징부와 정렬시킴으로써 합성된 펩타이드 어레이로부터 MALDI 질량 스펙트럼을 인시츄로 획득한다.
일부 실시양태에서, MALDI 질량 분광측정으로 모든 합성 단계의 효율을 정량하기 위해, 한 세트의 500 ㎛2 MALDI 합성-분석 어레이 특징부들을 제조된 마스크(예를 들면, 상기 언급된 25개의 마스크)에 포함시킨다. 25개의 합성 단계들 각각에 상응하는 총 25개의 MALDI 분석 어레이 특징부들을 8 인치 웨이퍼 내의 모든 13개의 칩들 위에 패턴화하여, 조합 합성에서 모든 단계들에 대한 효율 계산을 가능하게 한다. 공통된 C-말단(제1 합성 위치) 아미노산(예를 들면, 글리신)을 제1 합성 단계로서 모든 MALDI 분석 어레이 특징부들에 커플링시킨다. 공통된 아미노산 다음에, 각각의 개별 MALDI 분석 특징부를 25개의 어레이 합성 마스크들 각각으로 연속적으로 광탈보호한다. 그 합성 단계에 대한 상응하는 아미노산을 광탈보호된 MALDI 분석 특징부에 커플링시켜, 공통된 아미노산에 커플링된, 그 합성 단계에 대한 아미노산으로 구성된 이량체 서열(예를 들면, 아르기닌-글리신 이량체)을 생성한다. 모든 펩타이드 서열들에 걸쳐 MALDI 이온화를 표준화하기 위해, 트리스(2,4,6-트리메톡시페닐)포스포늄(TMPP) 신호 인핸서를 모든 N-말단에 커플링시킨다. 모든 25개의 특징부들로부터 MALDI 질량 스펙트럼 데이터를 획득한 후, 원하는 이량체 대 공통된 단량체(예를 들면, 아르기닌-글리신 대 글리신)의 질량 스펙트럼 피크의 비로서 각각의 합성 단계의 효율을 계산할 것이다.
결합 프로파일 재현성
다양한 실시양태에서, 본원에 개시된 기술은 한 세트의 5개 조작된 항체들로 어레이내 및 어레이간 결합 프로파일 재현성을 정량하는 것을 포함하고, 펩타이드 재합성 및 표면 플라스몬 공명(SPR)으로 결합 프로파일 확인시켜준다.
일부 실시양태에서, 한 세트의 5개 단일클론 항체들 및 5개 별도의 어레이들을 사용하여, 항체 결합 프로파일 재현성(즉, %CV)을 정량한다. 정의된 세트의 항체들을 사용하여, 항체 농도 및 샘플 조성을 엄격히 조절함으로써 어레이 생성의 가변성 대 샘플 또는 어세이의 가변성을 측정할 수 있다.
수득된 결합 프로파일 재현성을 시험하기 위한 예시적 실시양태에서, 6개 내지 10개 아미노산 범위 내의 길이를 가진 5개의 관련 없는 펩타이드 에피토프들을 문헌으로부터 확인할 것이고 에피토프 변이체 라이브러리의 5회 별도의 펩타이드 어레이 합성을 위한 입력 서열로서 사용할 것이다. 선택된 에피토프에 결합하도록 조작된 5개의 IgG 단일클론 항체들을 사용한다. 5개의 항체들 각각을 이들 각각의 변이체 라이브러리 어레이에 별도로 결합시킨다. 샌드위치 어세이 프로토콜을 기반으로 일차 IgG 항체의 Fc 영역에 결합하는 형광 표지된 항-IgG Fc 이차 항체를 사용하여 일차 항체 결합을 표지한다. 1개의 어레이 내의 복제 펩타이드 특징부 형광 강도를 사용하여 어레이내 %CV를 계산할 것이다. 복제 어레이들의 동일한 특징부 형광 강도를 사용하여 어레이간 %CV를 계산할 것이다. 합성 및 정제에 이은 용액 상 SPR 결합 분석을 위해 5개의 항체 어레이 결합 프로파일(총 25개의 펩타이드들) 각각으로부터 5개의 에피토프 변이체 서열을 선택한다.
디지털 프로세싱 디바이스
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 시스템, 플랫폼, 소프트웨어, 네트워크 및 방법은 디지털 프로세싱 디바이스, 또는 이의 사용을 포함한다. 추가 실시양태에서, 디지털 프로세싱 디바이스는 하나 이상의 하드웨어 중앙 프로세싱 유닛(CPU), 즉 디바이스의 기능을 수행하는 프로세서를 포함한다. 추가 실시양태에서, 디지털 프로세싱 디바이스는 실행가능한 지시를 수행하도록 구성된 운용 시스템을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 디지털 프로세싱 디바이스는 임의적으로 컴퓨터 네트워크에 연결된다. 추가 실시양태에서, 디지털 프로세싱 디바이스는 임의적으로 월드 와이드 웹(World Wide Web)에 접속하도록 인터넷에 연결된다. 추가 실시양태에서, 디지털 프로세싱 디바이스는 임의적으로 클라우드(cloud) 전산 기반시설에 연결된다. 다른 실시양태에서, 디지털 프로세싱 디바이스는 임의적으로 인트라넷(intranet)에 연결된다. 다른 실시양태에서, 디지털 프로세싱 디바이스는 임의적으로 데이터 저장 디바이스에 연결된다.
본원의 설명에 따라, 적합한 디지털 프로세싱 디바이스는 비-한정적 예로써 서버 컴퓨터, 데스크탑 컴퓨터, 랩탑 컴퓨터, 노트북 컴퓨터, 서브노트북 컴퓨터, 네트북 컴퓨터, 네트패드 컴퓨터, 셋-탑 컴퓨터, 초소형 컴퓨터, 인터넷 어플라이이언스(appliance), 모바일 스마트폰, 태블릿 컴퓨터, 개인용 디지털 단말기, 비디오 게임 콘솔 및 비히클을 포함한다. 당분야에서 숙련된 자는 많은 스마트폰들이 본원에 기재된 시스템에서 사용되기에 적합하다는 것을 인식할 것이다. 당분야에서 숙련된 자는 임의적 컴퓨터 네트워크 연결을 가진 선택된 텔레비전, 비디오 플레이어 및 디지털 뮤직 플레이어가 본원에 기재된 시스템에서 사용되기에 적합하다는 것도 인식할 것이다. 적합한 태블릿 컴퓨터는 당분야에서 숙련된 자에게 공지되어 있는 부클릿(booklet), 슬레이트(slate) 및 전환가능한 구성을 가진 태블릿 컴퓨터를 포함한다.
일부 실시양태에서, 디지털 프로세싱 디바이스는 실행가능한 지시를 수행하도록 구성된 운용 시스템을 포함한다. 운용 시스템은 예를 들면, 디바이스의 하드웨어를 관리하고 애플리케이션의 실행을 위한 서비스를 제공하는, 프로그램 및 데이터를 포함하는 소프트웨어이다. 당분야에서 숙련된 자는 적합한 서버 운용 시스템이 비-한정적 예로써 FreeBSD, OpenBSD, NetBSD®, 리눅스(Linux), 애플(Apple)® Mac OS X 서버®, 오라클(Oracle)® 솔라리스(Solaris)®, 원도우즈 서버(Windows Server)® 및 노벨(Novell)® 네트웨어(NetWare)®를 포함한다는 것을 인식할 것이다. 당분야에서 숙련된 자는 적합한 개인용 컴퓨터 운용 시스템이 비-한정적 예로써 마이크로소프트(Microsoft)® 윈도우즈((Windows)®, 애플® Mac OS X®, 유닉스(UNIX)®, 및 유닉스 유사 운용 시스템, 예컨대, GNU/리눅스®를 포함한다는 것을 인식할 것이다. 일부 실시양태에서, 운용 시스템은 클라우드 전산에 의해 제공된다. 당분야에서 숙련된 자는 적합한 모바일 스마트폰 운용 시스템이 비-한정적 예로써 노키아(Nokia)® 심비안(Symbian)® OS, 애플® iOS®, 리서치 인 모션(Research In Motion)® 블랙베리(BlackBerry) OS®, 구글(Google)® 안드로이드(Android)®, 마이크로소프트® 윈도우즈 폰(Phone)® OS, 마이크로소프트® 윈도우즈 모바일(Mobile)® OS, 리눅스®, 및 팜(Palm)® 웹OS(WebOS)®를 포함한다는 것도 인식할 것이다.
일부 실시양태에서, 디지털 프로세싱 디바이스는 저장 및/또는 메모리 디바이스를 포함한다. 저장 및/또는 메모리 디바이스는 데이터 또는 프로그램을 일시적으로 또는 영구적으로 저장하는 데 사용되는 하나 이상의 물리적 장치이다. 일부 실시양태에서, 상기 디바이스는 소멸성 메모리이고 저장된 정보를 유지하기 위해 전력을 요구한다. 일부 실시양태에서, 디바이스는 비-소멸성 메모리이고, 디지털 프로세싱 디바이스가 전력을 공급받지 않을 때 저장된 정보를 유지한다. 추가 실시양태에서, 비-소멸성 메모리는 플래시 메모리를 포함한다. 일부 실시양태에서, 비-소멸성 메모리는 동적 무작위 접속 메모리(DRAM)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 비-소멸성 메모리는 강유전성 무작위 접속 메모리(FRAM)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 비-소멸성 메모리는 상 변화 무작위 접속 메모리(PRAM)를 포함한다. 다른 실시양태에서, 상기 디바이스는 비-한정적 예로써 CD-ROM, DVD, 플래시 메모리 디바이스, 자기 디스크 드라이브, 자기 테이프 드라이브, 광학 디스크 드라이브 및 클라우드 전산 기반 저장장치를 포함하는 저장 디바이스이다. 추가 실시양태에서, 저장 및/또는 메모리 디바이스는 디바이스들, 예컨대, 본원에 개시된 디바이스들의 조합이다.
일부 실시양태에서, 디지털 프로세싱 디바이스는 시각적 정보를 사용자에게 보내는 디스플레이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 디스플레이는 음극선관(CRT)이다. 일부 실시양태에서, 디스플레이는 액정 디스플레이(LCD)이다. 추가 실시양태에서, 디스플레이는 박막 트랜지스터 액정 디스플레이(TFT-LCD)이다. 일부 실시양태에서, 디스플레이는 유기 발광 다이오드(OLED) 디스플레이이다. 다양한 추가 실시양태에서, OLED 디스플레이는 수동 매트릭스 OLED(PMOLED) 또는 능동 매트릭스 OLED(AMOLED) 디스플레이이다. 일부 실시양태에서, 디스플레이는 플라스마 디스플레이이다. 다른 실시양태에서, 디스플레이는 비디오 프로젝터이다. 추가 실시양태에서, 디스플레이는 디바이스들, 예컨대, 본원에 개시된 디바이스들의 조합이다.
일부 실시양태에서, 디지털 프로세싱 디바이스는 사용자로부터 정보를 수용하기 위한 입력 디바이스를 포함한다. 일부 실시양태에서, 입력 디바이스는 키보드이다. 일부 실시양태에서, 입력 디바이스는 비-한정적 예로써 마우스, 트랙볼(trackball), 트랙 패드(track pad), 조이스틱(joystick), 게임 제어기 또는 스타일러스(stylus)를 포함하는 포인팅 디바이스이다. 일부 실시양태에서, 입력 디바이스는 터치 스크린 또는 멀티터치 스크린이다. 다른 실시양태에서, 입력 디바이스는 음성 또는 다른 음향 입력물을 포착하기 위한 마이크로폰이다. 다른 실시양태에서, 입력 디바이스는 움직임 또는 시각적 입력물을 포착하기 위한 비디오 카메라이다. 추가 실시양태에서, 입력 디바이스는 디바이스들, 예컨대, 본원에 개시된 디바이스들의 조합이다.
일부 실시양태에서, 디지털 프로세싱 디바이스는 디지털 카메라를 포함한다. 일부 실시양태에서, 디지털 카메라는 디지털 영상을 포착한다. 일부 실시양태에서, 디지털 카메라는 자동초점 카메라이다. 일부 실시양태에서, 디지털 카메라는 전하-커플링된 디바이스(CCD) 카메라이다. 추가 실시양태에서, 디지털 카메라는 CCD 비디오 카메라이다. 다른 실시양태에서, 디지털 카메라는 상보성 금속-산화물-반도체(CMOS) 카메라이다. 일부 실시양태에서, 디지털 카메라는 정지 영상을 포착한다. 다른 실시양태에서, 디지털 카메라는 비디오 영상을 포착한다. 다양한 실시양태에서, 적합한 디지털 카메라는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30 이상의 메가화소(이들 사이에서의 증분을 포함함) 카메라를 포함한다. 일부 실시양태에서, 디지털 카메라는 표준 정의 카메라이다. 다른 실시양태에서, 디지털 카메라는 HD 비디오 카메라이다. 추가 실시양태에서, HD 비디오 카메라는 적어도 약 1280 x 약 720 화소 또는 적어도 약 1920 x 약 1080 화소로 영상을 포착한다. 일부 실시양태에서, 디지털 카메라는 컬러 디지털 영상을 포착한다. 다른 실시양태에서, 디지털 카메라는 흑백 디지털 영상을 포착한다. 다양한 실시양태에서, 디지털 영상은 임의의 적합한 디지털 영상 포맷으로 저장된다. 적합한 디지털 영상 포맷은 비-한정적 예로써 공동 사진 전문가 그룹(Joint Photographic Experts Group)(JPEG), JPEG 2000, 교환가능한 영상 파일 포맷(Exif), 태깅된 영상 파일 포맷(TIFF), RAW, 휴대용 네트워크 그래픽(PNG), 그래픽 인터체인지 포맷(GIF), 윈도우즈® 비트맵(bitmap)(BMP), 휴대용 픽스맵(pixmap)(PPM), 휴대용 그레이맵(graymap)(PGM), 휴대용 비트맵 파일 포맷(PBM) 및 WebP를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 디지털 영상은 임의의 적합한 디지털 비디오 포맷으로 저장된다. 적합한 디지털 비디오 포맷은 비-한정적 예로써 AVI, MPEG, 애플® 퀵타임(QuickTime)®, MP4, AVCHD®, 윈도우즈 미디어(Windows Media)®, DivX™, 플래시 비디오, 오그 테오라(Ogg Theora), WebM 및 리얼미디어(RealMedia)를 포함한다.
비-일시적 컴퓨터 판독가능한 저장 매체
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 시스템, 플랫폼, 소프트웨어, 네트워크 및 방법은 임의적으로 네트워킹된 디지털 프로세싱 디바이스의 운용 시스템에 의해 실행될 수 있는 지시를 포함하는 프로그램이 코딩된 하나 이상의 비-일시적 컴퓨터 판독가능한 저장 매체를 포함한다. 추가 실시양태에서, 컴퓨터 판독가능한 저장 매체는 디지털 프로세싱 디바이스의 유형 성분이다. 추가 실시양태에서, 컴퓨터 판독가능한 저장 매체는 임의적으로 디지털 프로세싱 디바이스로부터 제거될 수 있다. 일부 실시양태에서, 컴퓨터 판독가능한 저장 매체는 비-한정적 예로써 CD-ROM, DVD, 플래시 메모리 디바이스, 고체 상태 메모리, 자기 디스크 드라이브, 자기 테이프 드라이브, 광학 디스크 드라이브, 클라우드 전산 시스템 및 서비스 등을 포함한다. 일부 경우, 프로그램 및 지시는 상기 매체에 영구적으로, 실질적으로 영구적으로, 반영구적으로 또는 비-일시적으로 코딩된다.
컴퓨터 프로그램
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 시스템, 플랫폼, 소프트웨어, 네트워크 및 방법은 적어도 하나의 컴퓨터 프로그램을 포함한다. 컴퓨터 프로그램은 특정된 과제를 수행하도록 작성된, 디지털 프로세싱 디바이스의 CPU에 의해 실행될 수 있는 일련의 지시를 포함한다. 본원에서 제공된 개시에 비추어 볼 때, 당분야에서 숙련된 자는 컴퓨터 프로그램이 다양한 버전의 다양한 언어들로 작성될 수 있다는 것을 인식할 것이다. 일부 실시양태에서, 컴퓨터 프로그램은 한 일련의 지시를 포함한다. 일부 실시양태에서, 컴퓨터 프로그램은 복수의 일련의 지시들을 포함한다. 일부 실시양태에서, 컴퓨터 프로그램은 한 위치로부터 제공된다. 다른 실시양태에서, 컴퓨터 프로그램은 복수의 위치로부터 제공된다. 다양한 실시양태에서, 컴퓨터 프로그램은 하나 이상의 소프트웨어 모듈을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 컴퓨터 프로그램은 부분적으로 또는 전체적으로 하나 이상의 웹 애플리케이션, 하나 이상의 모바일 애플리케이션, 하나 이상의 독립형 애플리케이션, 하나 이상의 웹 브라우저 플러그-인(plug-in), 익스텐션(extension), 애드-인(add-in) 또는 애드-온(add-on), 또는 이들의 조합을 포함한다.
웹 애플리케이션
일부 실시양태에서, 컴퓨터 프로그램은 웹 애플리케이션을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 본원에서 제공된 개시에 비추어 볼 때, 당분야에서 숙련된 자는 웹 애플리케이션이 하나 이상의 소프트웨어 프레임워크 및 하나 이상의 데이터베이스 시스템을 사용한다는 것을 인식할 것이다. 일부 실시양태에서, 웹 애플리케이션은 소프트웨어 프레임워크, 예컨대, 마이크로소프트®.NET 또는 루비 온 레일즈(Ruby on Rails)(RoR)에서 생성된다. 일부 실시양태에서, 웹 애플리케이션은 비-한정적 예로써 관계 데이터베이스 시스템, 비-관계 데이터베이스 시스템, 객체 지향 데이터베이스 시스템, 연상 데이터베이스 시스템 및 XML 데이터베이스 시스템을 포함하는 하나 이상의 데이터베이스 시스템을 사용한다. 추가 실시양태에서, 적합한 관계 데이터베이스 시스템은 비-한정적 예로써 마이크로소프트® SQL 서버, mySQL™ 및 오라클®을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 당분야에서 숙련된 자는 웹 애플리케이션이 하나 이상의 버전의 하나 이상의 언어로 작성된다는 것도 인식할 것이다. 웹 애플리케이션은 하나 이상의 마크업(markup) 언어, 발표 정의 언어, 클라이언트-사이드 스크립팅(client-side scripting) 언어, 서버-사이드 코딩(server-side coding) 언어, 데이터베이스 질의 언어, 또는 이들의 조합으로 작성될 수 있다. 일부 실시양태에서, 웹 애플리케이션은 마크업 언어, 예컨대, 하이퍼텍스트 마크업 언어(HTML), 익스텐서블 하이퍼텍스트 마크업 언어(XHTML) 또는 익스텐서블 마크업 언어(XML)로 어느 정도까지 작성된다. 일부 실시양태에서, 웹 애플리케이션은 발표 정의 언어, 예컨대, 캐스케이딩 스타일 시트(CSS)로 어느 정도까지 작성된다. 일부 실시양태에서, 웹 애플리케이션은 클라이언트-사이드 스크립팅 언어, 예컨대, 비동기 자바스크립트 및 XML(AJAX), 플래시® 액션스크립트, 자바스크립트 또는 실버라이트(Silverlight)®로 어느 정도까지 작성된다. 일부 실시양태에서, 웹 애플리케이션은 서버-사이드 코딩 언어, 예컨대, 액티브 서버 페이지(Active Server Pages)(ASP), 콜드퓨전(ColdFusion)®, 펄(Perl), 자바(Java)™, 자바서버 페이지(JavaServer Pages)(JSP), 하이퍼텍스트 프리프로세서(PHP), 파이톤(Python)™, 루비(Ruby), Tcl, 스몰토크(Smalltalk), WebDNA® 또는 그루비(Groovy)로 어느 정도까지 작성된다. 일부 실시양태에서, 웹 애플리케이션은 데이터베이스 질의 언어, 예컨대, 구조화 질의 언어(SQL)로 어느 정도까지 작성된다. 일부 실시양태에서, 웹 애플리케이션은 기업 서버 제품, 예컨대, IBM® 로터스 도미노(Lotus Domino)®를 통합시킨다. 일부 실시양태에서, 예술가가 정보 및 미디어 파일을 업로딩할 수 있게 하는, 예술가용 경력 개발 네트워크를 제공하기 위한 웹 애플리케이션은 미디어 플레이어 요소를 포함한다. 다양한 추가 실시양태에서, 미디어 플레이어 요소는 비-한정적 예로써 어도비(Adobe)® 플래시®, HTML 5, 애플® 퀵타임®, 마이크로소프트® 실버라이트®, 자바™ 및 유니티(Unity)®를 포함하는 많은 적합한 멀티미디어 기술들 중 하나 이상의 적합한 멀티미디어 기술을 이용한다.
모바일 애플리케이션
일부 실시양태에서, 컴퓨터 프로그램은 모바일 디지털 프로세싱 디바이스에게 제공된 모바일 애플리케이션을 포함한다. 일부 실시양태에서, 모바일 애플리케이션은 모바일 디지털 프로세싱 디바이스가 제작될 때 이 디바이스에게 제공된다. 다른 실시양태에서, 모바일 애플리케이션은 본원에 기재된 컴퓨터 네트워크를 통해 모바일 디지털 프로세싱 디바이스에게 제공된다.
본원에서 제공된 개시에 비추어 볼 때, 모바일 애플리케이션은 당분야에서 공지되어 있는 하드웨어, 언어 및 개발 환경을 이용함으로써 당분야에서 숙련된 자에게 공지되어 있는 기법에 의해 생성된다. 당분야에서 숙련된 자는 모바일 애플리케이션이 여러 언어들로 작성된다는 것을 인식할 것이다. 적합한 프로그래밍 언어는 비-한정적 예로써 C, C++, C#, 오브젝티브(Objective)-C, 자바™, 자바스크립트, 파스칼(Pascal), 오브젝트 파스칼(Object Pascal), 파이톤™, 루비, VB.NET, WML, 및 CSS를 갖거나 갖지 않은 XHTML/HTML, 또는 이들의 조합을 포함한다.
적합한 모바일 애플리케이션 개발 환경은 여러 공급원들로부터 입수될 수 있다. 상업적으로 입수될 수 있는 개발 환경은 비-한정적 예로써 에어플레이(Airplay)SDK, 알케모(alcheMo), 앱셀러레이터(Appcelerator)®, 셀시우스(Celsius), 베드락(Bedrock), 플래시 라이트(Flash Lite), .NET 컴팩트 프레임워크(Compact Framework), 로모바일(Rhomobile) 및 워크라이트(WorkLight) 모바일 플랫폼을 포함한다. 비-한정적 예로써 라자루스(Lazarus), 모비플렉스(MobiFlex), 모신크(MoSync) 및 폰갭(Phonegap)을 포함하는 다른 개발 환경은 비용 없이 입수될 수 있다. 또한, 모바일 디바이스 제작자는 비-한정적 예로써 아이폰(iPhone) 및 아이패드(iPad)(iOS) SDK, 안드로이드™ SDK, 블랙베리® SDK, BREW SDK, 팜® OS SDK, 심비안 SDK, 웹OS SDK 및 윈도우즈® 모바일 SDK를 포함하는 소프트웨어 개발자 키트를 배포한다.
당분야에서 숙련된 자는 비-한정적 예로써 애플® 앱 스토어, 안드로이드™ 마켓, 블랙베리® 앱 월드, 팜 디바이스를 위한 앱 스토어, 웹OS를 위한 앱 카탈로그, 모바일용 윈도우즈® 마켓플레이스, 노키아® 디바이스를 위한 Ovi 스토어, 삼성(Samsung)® 앱스(Apps) 및 닌텐도(Nintendo)® DSi 숍을 포함하는 여러 상업적 포럼들이 모바일 애플리케이션의 분포를 위해 이용될 수 있다는 것을 인식할 것이다.
독립형 애플리케이션
일부 실시양태에서, 컴퓨터 프로그램은 기존 프로세스에의 애드-온이 아니고, 예를 들면, 플러그-인이 아니고 독립적 컴퓨터 프로세스로서 실행되는 프로그램인 독립형 애플리케이션을 포함한다. 당분야에서 숙련된 자는 독립형 애플리케이션이 종종 컴파일링된다는 것을 인식할 것이다. 컴파일러는 프로그래밍 언어로 작성된 원시 코드를 이진법 목적 코드, 예컨대, 조립 언어 또는 기계 코드로 변환시키는 컴퓨터 프로그램(들)이다. 적합한 컴파일링된 프로그래밍 언어는 비-한정적 예로써 C, C++, 오브젝티브-C, 코볼(COBOL), 델피(Delphi), 에이펠(Eiffel), 자바™, 리스프(Lisp), 파이톤™, 비쥬얼 베이직(Visual Basic) 및 VB .NET, 또는 이들의 조합을 포함한다. 컴파일화는 종종 적어도 부분적으로 실행가능한 프로그램을 생성하기 위해 수행된다. 일부 실시양태에서, 컴퓨터 프로그램은 하나 이상의 실행가능한 컴파일링된 애플리케이션을 포함한다.
소프트웨어 모듈
다양한 실시양태에서, 본원에 개시된 시스템, 플랫폼, 소프트웨어, 네트워크 및 방법은 소프트웨어, 서버 및 데이터베이스 모듈을 포함한다. 본원에서 제공된 개시에 비추어 볼 때, 소프트웨어 모듈은 당분야에서 공지되어 있는 기계, 소프트웨어 및 언어를 사용함으로써 당분야에서 숙련된 자에게 공지되어 있는 기법에 의해 생성된다. 본원에 개시된 소프트웨어 모듈은 다수의 방식들로 실행된다. 다양한 실시양태에서, 소프트웨어 모듈은 파일, 코드 섹션, 프로그래밍 객체, 프로그래밍 구조, 또는 이들의 조합을 포함한다. 추가 다양한 실시양태에서, 소프트웨어 모듈은 복수의 파일들, 복수의 코드 섹션들, 복수의 프로그래밍 객체들, 복수의 프로그래밍 구조들, 또는 이들의 조합을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 하나 이상의 소프트웨어 모듈은 비-한정적 예로써 웹 애플리케이션, 모바일 애플리케이션 및 독립형 애플리케이션을 포함한다. 일부 실시양태에서, 소프트웨어 모듈은 하나의 컴퓨터 프로그램 또는 애플리케이션에 있다. 다른 실시양태에서, 소프트웨어 모듈은 하나 초과의 컴퓨터 프로그램 또는 애플리케이션에 있다. 일부 실시양태에서, 소프트웨어 모듈은 하나의 기계에 호스팅되어 있다. 다른 실시양태에서, 소프트웨어 모듈은 하나 초과의 기계에 호스팅되어 있다. 추가 실시양태에서, 소프트웨어 모듈은 클라우드 전산 플랫폼에 호스팅되어 있다. 일부 실시양태에서, 소프트웨어 모듈은 하나의 위치에서 하나 이상의 기계에 호스팅되어 있다. 다른 실시양태에서, 소프트웨어 모듈은 하나 초과의 위치에서 하나 이상의 기계에 호스팅되어 있다.
키트
개시된 실시양태의 디바이스 및 방법은 키트로서 포장될 수 있다. 일부 실시양태에서, 키트는 상기 디바이스 또는 방법의 사용에 관한 작성된 지시를 포함한다. 작성된 자료는 예를 들면, 표지일 수 있다. 작성된 자료는 예를 들면, 어세이, 또는 어세이를 수행하기 위한 단계를 위한 조건을 암시할 수 있다. 상기 지시는 디바이스를 사용하고/하거나 본원에 개시된 방법 및 어세이를 수행하기 위한 최상의 지침을 사용자에게 제공한다.
실시양태
하기 비-한정적 실시양태들은 본 발명의 실례를 제공하나, 본 발명의 범위를 한정하지 않는다.
실시양태 1. 일부 실시양태에서, 본원은
(a) 생물학적 서열 및 다수의 합성 단계들을 수용하는 단계;
(b) 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
(c) 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
(d) 단량체를 특징부에 커플링시켜 분자를 형성하는 단계
를 포함하는, 기재 위에서 복수의 분자들을 포함하는 화학적 라이브러리를 인시츄 합성하는 방법으로서,
(e) (c) 및 (d)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 합성 단계를 반복하는 것인 방법을 제공한다.
실시양태 2. 실시양태 1에 있어서, 합성 단계의 수는 생물학적 서열의 길이의 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 큰 것인 방법.
실시양태 3. 실시양태 1에 있어서, 입력 생물학적 서열은 질환 관련 에피토프를 포함하는 것인 방법.
실시양태 4. 실시양태 1에 있어서, 입력 생물학적 서열은 질환 관련 에피토프를 포함하는 것인 방법.
실시양태 5. 실시양태 1에 있어서, 입력 생물학적 서열은 펩타이드 서열을 포함하는 것인 방법.
실시양태 6. 실시양태 1에 있어서, 입력 생물학적 서열은 에피토프 서열을 포함하는 것인 방법.
실시양태 7. 실시양태 1에 있어서, 입력 생물학적 서열은 무작위 서열을 포함하는 것인 방법.
실시양태 8. 실시양태 1에 있어서, 입력 생물학적 서열로부터 단량체들의 순서 목록을 유도하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
실시양태 9. 실시양태 8에 있어서, 순서 목록의 크기는 합성 단계의 수인 방법.
실시양태 10. 실시양태 8에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 입력 생물학적 서열을 포함하는 것인 방법.
실시양태 11. 실시양태 10에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 역순으로 입력 생물학적 서열을 포함하는 것인 방법.
실시양태 12. 실시양태 8에 있어서, 분자는 펩타이드 또는 핵산인 방법.
실시양태 13. 실시양태 8에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 아미노산의 서열을 포함하는 것인 방법.
실시양태 14. 실시양태 8에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 뉴클레오타이드의 서열을 포함하는 것인 방법.
실시양태 15. 실시양태 1에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90 또는 100 미만인 방법.
실시양태 16. 실시양태 1에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 합성 단계의 수인 방법.
실시양태 17. 실시양태 1에 있어서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 20% 내지 약 50%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 방법.
실시양태 18. 실시양태 1에 있어서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 30% 내지 약 45%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 방법.
실시양태 19. 실시양태 1에 있어서, 합성 단계는 포토리소그래피에 기반을 둔 것인 방법.
실시양태 20. 실시양태 1에 있어서, 기재 위의 특징부는 직경이 약 0.5 마이크론 내지 약 200 마이크론이고 중심에서 중심-대-중심 거리가 약 1 마이크론 내지 약 300 마이크론인 방법.
실시양태 21. 실시양태 1에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 40%의 분자, 적어도 50%의 분자, 적어도 60%의 분자, 적어도 70%의 분자, 적어도 80%의 분자 또는 적어도 90%의 분자는 상이한 것인 방법.
실시양태 22. 실시양태 1에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자는 길이가 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 방법.
실시양태 23. 실시양태 1에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자는 길이가 기껏해야 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 방법.
실시양태 24. 실시양태 1에 있어서, 라이브러리 내의 분자는 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체의 중간 길이를 포함하는 것인 방법.
실시양태 25. 실시양태 1에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이와 동등한 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 방법.
실시양태 26. 실시양태 1에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%보다 더 긴 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 방법.
실시양태 27. 실시양태 1에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 짧은 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 방법.
실시양태 28. 실시양태 1에 있어서, 기재는 어레이, 웨이퍼, 슬라이드 및 비드로 구성된 군으로부터 선택된 것인 방법.
실시양태 29. 실시양태 1에 있어서, 합성된 화학적 라이브러리는 펩타이드, 뉴클레오타이드 또는 이들의 조합을 포함하는 것인 방법.
실시양태 30. 실시양태 29에 있어서, 펩타이드는 길이가 약 5개 내지 약 25개 아미노산인 방법.
실시양태 31. 실시양태 29에 있어서, 아미노산 C, I 및 M, 및 임의적으로 Q 및 E는 펩타이드 합성을 위해 사용될 수 있는 아미노산에 포함되지 않는 것인 방법.
실시양태 32. 실시양태 1에 있어서, 화학적 라이브러리는 산화 조건하에서 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 것인 방법.
실시양태 33. 실시양태 32에 있어서, 표면 스페이서는 Cys-Gly-Pro-Gly-Xaan-Gly-Pro-Gly-Cys 또는 Cys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-Cys인 방법.
실시양태 34. 실시양태 1에 있어서, 화학적 라이브러리는 에스테르 결합으로 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 것인 방법.
실시양태 35. 실시양태 34에 있어서, 에스테르 결합은 동종이작용성 디-NHS 에스테르 결합인 방법.
실시양태 36. 실시양태 34에 있어서, 표면 스페이서는 Lys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-라이신인 방법.
실시양태 37. 실시양태 1에 있어서, 기재는 친수성 단일층으로 코팅되는 것인 방법.
실시양태 38. 실시양태 37에 있어서, 친수성 단일층은 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 폴리비닐 알코올, 카복시메틸 덱스트란, 및 이들의 조합을 포함하는 것인 방법.
실시양태 39. 실시양태 37에 있어서, 친수성 단일층은 균질한 것인 방법.
실시양태 40. 일부 실시양태에서, 본원은 복수의 분자들을 포함하는 인시츄 합성된 화학적 라이브러리로서, 합성이
(a) 생물학적 서열 및 다수의 합성 단계들을 수용하는 단계;
(b) 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
(c) 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
(d) 단량체를 특징부에 커플링시켜 분자를 형성하는 단계
를 포함하는 패턴화된 단계들을 이용하여 기재 위에서 라이브러리를 구축하고, (c) 및 (d)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 합성 단계가 반복되는 것인 인시츄 합성된 화학적 라이브러리를 제공한다.
실시양태 41. 실시양태 40에 있어서, 합성 단계의 수는 생물학적 서열의 길이의 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 큰 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 42. 실시양태 40에 있어서, 입력 생물학적 서열은 질환 관련 에피토프, 펩타이드 서열, 에피토프 서열 및/또는 무작위 서열을 포함하는 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 43. 실시양태 40에 있어서, 입력 생물학적 서열로부터 단량체들의 순서 목록을 유도하는 것을 추가로 포함하는 화학적 라이브러리.
실시양태 44. 실시양태 43에 있어서, 순서 목록의 크기는 합성 단계의 수인 화학적 라이브러리.
실시양태 45. 실시양태 43에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 입력 생물학적 서열을 포함하는 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 46. 실시양태 43에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 역순으로 입력 생물학적 서열을 포함하는 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 47. 실시양태 40에 있어서, 분자는 펩타이드 또는 핵산을 포함하는 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 48. 실시양태 43에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 아미노산의 서열 및/또는 뉴클레오타이드의 서열을 포함하는 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 49. 실시양태 40에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90 또는 100 미만인 화학적 라이브러리.
실시양태 50. 실시양태 40에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 합성 단계의 수인 화학적 라이브러리.
실시양태 51. 실시양태 40에 있어서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 20% 내지 약 50%, 또는 약 30% 내지 약 45%의 활성화 지정 특징부는 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 52. 실시양태 40에 있어서, 합성 단계는 포토리소그래피에 기반을 둔 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 53. 실시양태 40에 있어서, 기재 위의 특징부는 직경이 약 0.5 마이크론 내지 약 200 마이크론이고 중심에서 중심-대-중심 거리가 약 1 마이크론 내지 약 300 마이크론인 화학적 라이브러리.
실시양태 54. 실시양태 40에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80% 또는 적어도 90%의 분자는 상이한 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 55. 실시양태 40에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자는 길이가 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 화학적 라이브러리.
실시양태 56. 실시양태 40에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자는 길이가 기껏해야 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 화학적 라이브러리.
실시양태 57. 실시양태 40에 있어서, 라이브러리 내의 분자는 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체의 중간 길이를 포함하는 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 58. 실시양태 40에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이와 동등한 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 59. 실시양태 40에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%보다 더 긴 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 60. 실시양태 40에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 짧은 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 61. 실시양태 40에 있어서, 기재는 어레이, 웨이퍼, 슬라이드 및 비드로 구성된 군으로부터 선택된 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 62. 실시양태 40에 있어서, 펩타이드, 뉴클레오타이드 또는 이들의 조합을 포함하는 화학적 라이브러리.
실시양태 63. 실시양태 62에 있어서, 펩타이드는 길이가 약 5개 내지 약 25개 아미노산인 화학적 라이브러리.
실시양태 64. 실시양태 63에 있어서, 아미노산 C, I 및 M, 및 임의적으로 Q 및 E는 펩타이드 합성을 위해 사용될 수 있는 아미노산에 포함되지 않는 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 65. 실시양태 40에 있어서, 산화 조건하에서 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 화학적 라이브러리.
실시양태 66. 실시양태 65에 있어서, 표면 스페이서는 Cys-Gly-Pro-Gly-Xaan-Gly-Pro-Gly-Cys 또는 Cys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-Cys인 화학적 라이브러리.
실시양태 67. 실시양태 40에 있어서, 에스테르 결합으로 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 화학적 라이브러리.
실시양태 68. 실시양태 67에 있어서, 에스테르 결합은 동종이작용성 디-NHS 에스테르 결합인 화학적 라이브러리.
실시양태 69. 실시양태 68에 있어서, 표면 스페이서는 Lys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-라이신인 화학적 라이브러리.
실시양태 70. 실시양태 40에 있어서, 기재는 친수성 단일층으로 코팅된 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 71. 실시양태 70에 있어서, 친수성 단일층은 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 폴리비닐 알코올, 카복시메틸 덱스트란, 및 이들의 조합을 포함하는 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 72. 실시양태 70에 있어서, 친수성 단일층은 균질한 것인 화학적 라이브러리.
실시양태 73. 일부 실시양태에서, 본원은
(a) 프로세서 및 메모리; 및
(b) (1) 생물학적 서열 및 다수의 합성 단계들을 수용하도록 구성된 수용 모듈; 및 (2) (i) 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계; (ii) 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및 (iii) 단량체를 특징부에 커플링시켜 분자를 형성하는 단계를 수행하도록 구성된 시뮬레이션 모듈을 포함하는, 상기 프로세서에 의해 실행될 수 있는 지시를 포함하는 컴퓨터 프로그램
을 포함하는, 기재 위에서의 복수의 분자들을 포함하는 화학적 라이브러리의 인시츄 합성을 시뮬레이션하는 전산 시스템으로서, (i), (ii) 및 (iii)이 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 합성 단계가 반복되는 것인 전산 시스템을 제공한다.
실시양태 74. 실시양태 73에 있어서, 합성 단계의 수는 생물학적 서열의 길이의 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 큰 것인 시스템.
실시양태 75. 실시양태 73에 있어서, 입력 생물학적 서열은 질환 관련 에피토프, 펩타이드 서열, 에피토프 서열 및/또는 무작위 서열을 포함하는 것인 시스템.
실시양태 76. 실시양태 73에 있어서, 입력 생물학적 서열로부터 단량체들의 순서 목록을 유도하는 것을 추가로 포함하는 시스템.
실시양태 77. 실시양태 76에 있어서, 순서 목록의 크기는 합성 단계의 수인 시스템.
실시양태 78. 실시양태 76에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 입력 생물학적 서열을 포함하는 것인 시스템.
실시양태 79. 실시양태 78에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 역순으로 입력 생물학적 서열을 포함하는 것인 시스템.
실시양태 80. 실시양태 73에 있어서, 분자는 펩타이드 또는 핵산을 포함하는 것인 시스템.
실시양태 81. 실시양태 73에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 아미노산의 서열 및/또는 뉴클레오타이드의 서열을 포함하는 것인 시스템.
실시양태 82. 실시양태 73에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90 또는 100 미만인 시스템.
실시양태 83. 실시양태 73에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 합성 단계의 수인 시스템.
실시양태 84. 실시양태 73에 있어서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 20% 내지 약 50% 또는 약 30% 내지 약 45%의 활성화 지정 특징부는 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 시스템.
실시양태 85. 실시양태 73에 있어서, 합성 단계는 포토리소그래피에 기반을 둔 것인 시스템.
실시양태 86. 실시양태 73에 있어서, 기재 위의 특징부는 직경이 약 0.5 마이크론 내지 약 200 마이크론이고 중심에서 중심-대-중심 거리가 약 1 마이크론 내지 약 300 마이크론인 시스템.
실시양태 87. 실시양태 73에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80% 또는 적어도 90%의 분자는 상이한 것인 시스템.
실시양태 88. 실시양태 73에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자는 길이가 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 시스템.
실시양태 89. 실시양태 73에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자는 길이가 기껏해야 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 시스템.
실시양태 90. 실시양태 73에 있어서, 라이브러리 내의 분자는 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체의 중간 길이를 포함하는 것인 시스템.
실시양태 91. 실시양태 73에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이와 동등한 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 시스템.
실시양태 92. 실시양태 73에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%보다 더 긴 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 시스템.
실시양태 93. 실시양태 73에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 짧은 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 시스템.
실시양태 94. 실시양태 73에 있어서, 기재는 어레이, 웨이퍼, 슬라이드 및 비드로 구성된 군으로부터 선택된 것인 시스템.
실시양태 95. 실시양태 73에 있어서, 합성된 화학적 라이브러리는 펩타이드, 뉴클레오타이드 또는 이들의 조합을 포함하는 것인 시스템.
실시양태 96. 실시양태 95에 있어서, 펩타이드는 길이가 약 5개 내지 약 25개 아미노산인 시스템.
실시양태 97. 실시양태 96에 있어서, 아미노산 C, I 및 M, 및 임의적으로 Q 및 E는 펩타이드 합성을 위해 사용될 수 있는 아미노산에 포함되지 않는 것인 시스템.
실시양태 98. 실시양태 73에 있어서, 화학적 라이브러리는 산화 조건하에서 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 것인 시스템.
실시양태 99. 실시양태 98에 있어서, 표면 스페이서는 Cys-Gly-Pro-Gly-Xaan-Gly-Pro-Gly-Cys 또는 Cys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-Cys인 시스템.
실시양태 100. 실시양태 73에 있어서, 화학적 라이브러리는 에스테르 결합으로 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 것인 시스템.
실시양태 101. 실시양태 100에 있어서, 에스테르 결합은 동종이작용성 디-NHS 에스테르 결합인 시스템.
실시양태 102. 실시양태 101에 있어서, 표면 스페이서는 Lys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-라이신인 시스템.
실시양태 103. 실시양태 73에 있어서, 기재는 친수성 단일층으로 코팅된 것인 시스템.
실시양태 104. 실시양태 103에 있어서, 친수성 단일층은 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 폴리비닐 알코올, 카복시메틸 덱스트란, 및 이들의 조합을 포함하는 것인 시스템.
실시양태 105. 실시양태 103에 있어서, 친수성 단일층은 균질한 것인 시스템.
실시양태 106. 일부 실시양태에서, 본원은
(a) 입력 아미노산 서열을 수용하는 단계;
(b) 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
(c) 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
(d) 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
(e) 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
를 포함하는, 펩타이드 어레이를 인시츄 합성하는 방법으로서, (c) 및 (d)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법을 제공한다.
실시양태 107. 실시양태 106에 있어서, 합성 단계의 수는 생물학적 서열의 길이의 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 큰 것인 방법.
실시양태 108. 실시양태 106에 있어서, 입력 서열은 질환 관련 에피토프, 펩타이드 서열 또는 에피토프 서열을 포함하는 것인 방법.
실시양태 109. 실시양태 106에 있어서, 입력 서열로부터 단량체들의 순서 목록을 유도하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
실시양태 110. 실시양태 109에 있어서, 순서 목록의 크기는 합성 단계의 수인 방법.
실시양태 111. 실시양태 109에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 입력 서열을 포함하는 것인 방법.
실시양태 112. 실시양태 111에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 역순으로 입력 서열을 포함하는 것인 방법.
실시양태 113. 실시양태 109에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 아미노산의 서열을 포함하는 것인 방법.
실시양태 114. 실시양태 106에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90 또는 100 미만인 방법.
실시양태 115. 실시양태 106에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 합성 단계의 수인 방법.
실시양태 116. 실시양태 106에 있어서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 20% 내지 약 50% 또는 약 30% 내지 약 45%의 활성화 지정 특징부는 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 방법.
실시양태 117. 실시양태 106에 있어서, 합성 단계는 포토리소그래피에 기반을 둔 것인 방법.
실시양태 118. 실시양태 106에 있어서, 기재 위의 특징부는 직경이 약 0.5 마이크론 내지 약 200 마이크론이고 중심에서 중심-대-중심 거리가 약 1 마이크론 내지 약 300 마이크론인 방법.
실시양태 119. 실시양태 106에 있어서, 어레이 위의 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80% 또는 적어도 90%의 펩타이드는 상이한 것인 방법.
실시양태 120. 실시양태 106에 있어서, 어레이 위의 적어도 50%의 펩타이드는 길이가 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 방법.
실시양태 121. 실시양태 106에 있어서, 어레이 위의 적어도 50%의 펩타이드는 길이가 기껏해야 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 방법.
실시양태 122. 실시양태 106에 있어서, 어레이 위의 펩타이드는 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체의 중간 길이를 포함하는 것인 방법.
실시양태 123. 실시양태 106에 있어서, 어레이는 입력 서열의 길이와 동등한 중간 펩타이드 길이를 포함하는 것인 방법.
실시양태 124. 실시양태 106에 있어서, 어레이는 입력 서열의 길이의 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%보다 더 긴 중간 펩타이드 길이를 포함하는 것인 방법.
실시양태 125. 실시양태 106에 있어서, 어레이는 입력 서열의 길이의 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 짧은 중간 펩타이드 길이를 포함하는 것인 방법.
실시양태 126. 실시양태 106에 있어서, 펩타이드는 길이가 약 5개 내지 약 25개 아미노산인 방법.
실시양태 127. 실시양태 106에 있어서, 아미노산 C, I 및 M, 및 임의적으로 Q 및 E는 펩타이드 합성을 위해 사용될 수 있는 아미노산에 포함되지 않는 것인 방법.
실시양태 128. 실시양태 106에 있어서, 펩타이드 어레이는 산화 조건하에서 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 것인 방법.
실시양태 129. 실시양태 128에 있어서, 표면 스페이서는 Cys-Gly-Pro-Gly-Xaan-Gly-Pro-Gly-Cys 또는 Cys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-Cys인 방법.
실시양태 130. 실시양태 106에 있어서, 펩타이드 어레이는 에스테르 결합으로 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 것인 방법.
실시양태 131. 실시양태 130에 있어서, 에스테르 결합은 동종이작용성 디-NHS 에스테르 결합인 방법.
실시양태 132. 실시양태 130에 있어서, 표면 스페이서는 Lys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-라이신인 방법.
실시양태 133. 실시양태 106에 있어서, 펩타이드 어레이는 친수성 단일층으로 코팅되는 것인 방법.
실시양태 134. 실시양태 132에 있어서, 친수성 단일층은 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 폴리비닐 알코올, 카복시메틸 덱스트란, 및 이들의 조합을 포함하는 것인 방법.
실시양태 135. 실시양태 132에 있어서, 친수성 단일층은 균질한 것인 방법.
실시양태 136. 일부 실시양태에서, 본원은 어레이 위에 복수의 인시츄 합성된 펩타이드들을 포함하는 어레이로서, 상기 펩타이드가 복수의 패턴화된 마스크들에 의해 생성되고, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 어레이를 포함한다.
실시양태 137. 일부 실시양태에서, 본원은
(a) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 내에서 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
(b) 개별 펩타이드를 적어도 하나의 단백질 표적과 정렬시키는 단계로서, 단계 (a)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
(c) 단계 (b)의 정렬 점수를 사용하여 적어도 하나의 단백질 표적에 대한 항체의 결합을 특징규명하는 단계
를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 대한 항체 결합을 특징규명하는 방법을 포함한다.
실시양태 138. 실시양태 137에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 20배 이내에 있는 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
실시양태 139. 실시양태 137에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 5%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
실시양태 140. 실시양태 137에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플을 포함하는 것인 방법.
실시양태 141. 실시양태 137에 있어서, 생물학적 샘플은 혈청인 방법.
실시양태 142. 실시양태 137에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질로부터 유래한 것인 방법.
실시양태 143. 실시양태 142에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질과 적어도 50% 유사한 것인 방법.
실시양태 144. 실시양태 137에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프로부터 유래한 것인 방법.
실시양태 145. 실시양태 144에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프와 적어도 50% 유사한 것인 방법.
실시양태 146. 실시양태 137에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플 및 실시양태 142 내지 145 중 어느 한 실시양태의 펩타이드를 포함하는 것인 방법.
실시양태 147. 실시양태 137에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1000개, 적어도 10,000개, 적어도 100,000개 또는 적어도 1,000,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
실시양태 148. 실시양태 137에 있어서, 펩타이드 어레이는 인시츄 합성되는 것인 방법.
실시양태 149. 실시양태 148에 있어서, 펩타이드 어레이는
i. 입력 아미노산 서열을 수용하는 단계;
ii. 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
iii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
iv. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
v. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
에 의해 합성되고, (c) 및 (d)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법.
실시양태 150. 실시양태 137에 있어서, 결합 신호는 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 부재 및 존재하에서 신호의 강도로서 측정되는 것인 방법.
실시양태 151. 실시양태 137에 있어서, 겉보기 Kd가 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 존재 및 부재하에서 수득되는 것인 방법.
실시양태 152. 실시양태 137에 있어서, 적어도 하나의 추가 항체가 펩타이드 어레이와 접촉되고, 각각의 항체에 의해 수득된 정렬 점수의 순위를 매겨 단백질 표적에 결합하는 각각의 항체의 성향을 결정하는 것인 방법.
실시양태 153. 실시양태 137에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제169항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 결합 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
실시양태 154. 실시양태 137에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제169항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수, 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 펩타이드의 수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 특이성 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
실시양태 155. 일부 실시양태에서, 본원은
(a) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
(b) 개별 펩타이드를 적어도 하나의 단백질 표적과 정렬시키는 단계로서, 단계 (a)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
(c) 단계 (a)의 개별 펩타이드에서 보존된 아미노산을 확인하여 보존된 결합 펩타이드 모티프를 확인하고 개별 모티프를 상기 적어도 하나의 표적 단백질과 정렬시켜, 표적 단백질의 적어도 하나의 항체 에피토프를 확인하는 단계
를 포함하는, 표적 단백질에서 항체 에피토프를 확인하는 방법을 개시한다.
실시양태 156. 실시양태 155에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 20배 이내에 있는 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
실시양태 157. 실시양태 155에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호이고, 소정의 역치는 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 5%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
실시양태 158. 실시양태 155에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플을 포함하는 것인 방법.
실시양태 159. 실시양태 155에 있어서, 생물학적 샘플은 혈청인 방법.
실시양태 160. 실시양태 155에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질로부터 유래한 것인 방법.
실시양태 161. 실시양태 160에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질과 적어도 50% 유사한 것인 방법.
실시양태 162. 실시양태 155에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프로부터 유래한 것인 방법.
실시양태 163. 실시양태 162에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프와 적어도 50% 유사한 것인 방법.
실시양태 164. 실시양태 155에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플 및 실시양태 160 내지 163 중 어느 한 실시양태의 펩타이드를 포함하는 것인 방법.
실시양태 165. 실시양태 155에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1000개, 적어도 10,000개, 적어도 100,000개 또는 적어도 1,000,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
실시양태 166. 실시양태 155에 있어서, 펩타이드 어레이는 인시츄 합성되는 것인 방법.
실시양태 167. 실시양태 166에 있어서, 펩타이드 어레이는
i. 입력 아미노산 서열을 수용하는 단계;
ii. 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
iii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
iv. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
v. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
에 의해 합성되고, (c) 및 (d)는 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법.
실시양태 168. 실시양태 155에 있어서, 결합 신호는 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 부재 및 존재하에서 신호의 강도로서 측정되는 것인 방법.
실시양태 169. 실시양태 155에 있어서, 겉보기 Kd가 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 존재 및 부재하에서 수득되는 것인 방법.
실시양태 170. 실시양태 155에 있어서, 적어도 하나의 추가 항체가 펩타이드 어레이와 접촉되고, 각각의 항체에 의해 수득된 정렬 점수의 순위를 매겨 단백질 표적에 결합하는 각각의 항체의 성향을 결정하는 것인 방법.
실시양태 171. 실시양태 155에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제190항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 결합 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
실시양태 172. 실시양태 155에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제190항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수, 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 펩타이드의 수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 특이성 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
실시양태 173. 실시양태 155에 있어서, 단백질 데이터베이스에 대한 검색 기준으로서 적어도 하나의 항체 에피토프를 정렬시키는 단계를 추가로 포함하는 방법.
실시양태 174. 실시양태 173에 있어서, 단백질 데이터베이스는 프로테옴 데이터베이스이고, 추가 항체 표적 단백질 및/또는 교차반응성 단백질을 확인하는 것인 방법.
실시양태 175. 일부 실시양태에서, 본원은
(a) 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 제1 펩타이드 어레이를 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 제1 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계; 및
(b) 단계 (a)의 개별 펩타이드들 중 적어도 하나의 개별 펩타이드, 단계 (a)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 보존된 모티프 또는 단계 (a)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 정렬된 모티프로부터 선택된 입력 펩타이드 서열을 사용하여 제2 펩타이드 어레이를 생성하는 단계
를 포함하는, 표적 단백질에서 항체 결합 영역을 특징규명하는 방법으로서, 제2 펩타이드 어레이가, i. 합성 단계의 수를 결정하는 단계; ii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계; iii. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및 iv. 단량체를 특징부에 커플링시는 단계에 의해 합성되고, (ii) 및 (iii)이 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법을 개시한다.
실시양태 176. 실시양태 175에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플을 포함하는 것인 방법.
실시양태 177. 실시양태 175에 있어서, 생물학적 샘플은 혈청인 방법.
실시양태 178. 실시양태 175에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질로부터 유래한 것인 방법.
실시양태 179. 실시양태 178에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질과 적어도 50% 유사한 것인 방법.
실시양태 180. 실시양태 175에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프로부터 유래한 것인 방법.
실시양태 181. 실시양태 180에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프와 적어도 50% 유사한 것인 방법.
실시양태 182. 실시양태 175에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플 및 실시양태 178 내지 181 중 어느 한 실시양태의 펩타이드를 포함하는 것인 방법.
실시양태 183. 실시양태 175에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1000개, 적어도 10,000개, 적어도 100,000개 또는 적어도 1,000,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
실시양태 184. 실시양태 175에 있어서, 펩타이드 어레이는 인시츄 합성되는 것인 방법.
실시양태 185. 실시양태 175에 있어서, 펩타이드 어레이는
i. 입력 아미노산 서열을 수용하는 단계;
ii. 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
iii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
iv. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
v. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
에 의해 합성되고, (c) 및 (d)는 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법.
실시양태 186. 실시양태 175에 있어서, 결합 신호는 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 부재 및 존재하에서 신호의 강도로서 측정되는 것인 방법.
실시양태 187. 실시양태 175에 있어서, 겉보기 Kd가 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 존재 및 부재하에서 수득되는 것인 방법.
실시양태 188. 실시양태 175에 있어서, 적어도 하나의 추가 항체가 펩타이드 어레이와 접촉되고, 각각의 항체에 의해 수득된 정렬 점수의 순위를 매겨 단백질 표적에 결합하는 각각의 항체의 성향을 결정하는 것인 방법.
실시양태 189. 실시양태 175에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 실시양태 175의 단계 (b)로부터의 정렬 점수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 결합 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
실시양태 190. 실시양태 175에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제213항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수, 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 펩타이드의 수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 특이성 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
실시양태 191. 실시양태 175에 있어서, 단백질 데이터베이스에 대한 검색 기준으로서 적어도 하나의 항체 에피토프를 정렬시키는 단계를 추가로 포함하는 방법.
실시양태 192. 실시양태 191에 있어서, 단백질 데이터베이스는 프로테옴 데이터베이스이고, 추가 항체 표적 단백질 및/또는 교차반응성 단백질을 확인하는 것인 방법.
실시양태 193. 실시양태 175에 있어서, 제1 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 20배 이내에 있는 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
실시양태 194. 실시양태 175에 있어서, 제2 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 20배 이내에 있는 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
실시양태 195. 실시양태 175에 있어서, 제1 소정의 역치는 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 5%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
실시양태 196. 실시양태 175에 있어서, 제2 소정의 역치는 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 5%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
실시양태 197. 실시양태 175에 있어서, 항체 결합 영역(들)은 표적 단백질의 선형 에피토프인 방법.
실시양태 198. 실시양태 175에 있어서, 항체 결합 영역(들)은 표적 영역의 구조적 에피토프인 방법.
실시양태 199. 실시양태 198에 있어서, 제213항의 단계 (b) 내지 (d)를 실시양태 175의 단계 (a)의 개별 펩타이드들 중 적어도 하나의 개별 펩타이드로부터 선택된 추가 펩타이드로 반복하는 것인 방법.
실시양태 200. 일부 실시양태에서, 본원은
(a) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 제1 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 입력 아미노산 서열을 수득하는 단계로서, 확인된 입력 아미노산 서열이 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서의 결합 신호의 제1 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서의 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
(b) 단계 (a)의 개별 펩타이드들 중 적어도 하나의 개별 펩타이드, 단계 (a)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 보존된 모티프 또는 단계 (a)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 정렬된 모티프로부터 선택된 하나 이상의 입력 아미노산 서열을 사용하여 하나 이상의 제2 펩타이드 어레이(들)를 수득하는 단계;
(c) 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 각각의 상기 제2 펩타이드 어레이(들)를 상기 항체와 접촉시켜 한 세트의 펩타이드 서열들을 수득하는 단계로서, 확인된 세트의 펩타이드 서열들이 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 제2 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
(d) 상기 세트의 펩타이드 서열들을 서로 정렬시켜 적어도 하나의 예측 결합 모티프를 수득하는 단계; 및
(e) 상기 예측 결합 모티프를 단백질 데이터베이스에 대한 검색 기준으로서 정렬시킴으로써, 단백질 데이터베이스 검색 결과 점수를 기준으로 항체의 표적 단백질을 확인하는 단계
를 포함하는, 항체의 표적 단백질을 확인하는 방법으로서, 하나 이상의 제2 펩타이드 어레이가, i. 합성 단계의 수를 결정하는 단계; ii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계; iii. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및 iv. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계에 의해 합성되고, (ii) 및 (iii)이 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법을 개시한다.
실시양태 201. 실시양태 200에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플을 포함하는 것인 방법.
실시양태 202. 실시양태 200에 있어서, 생물학적 샘플은 혈청인 방법.
실시양태 203. 실시양태 200에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질로부터 유래한 것인 방법.
실시양태 205. 실시양태 203에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질과 적어도 50% 유사한 것인 방법.
실시양태 206. 실시양태 200에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프로부터 유래한 것인 방법.
실시양태 207. 실시양태 206에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프와 적어도 50% 유사한 것인 방법.
실시양태 208. 실시양태 200에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플 및 실시양태 203 내지 208 중 어느 한 실시양태의 펩타이드를 포함하는 것인 방법.
실시양태 209. 실시양태 200에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1000개, 적어도 10,000개, 적어도 100,000개 또는 적어도 1,000,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
실시양태 210. 실시양태 200에 있어서, 펩타이드 어레이는 인시츄 합성되는 것인 방법.
실시양태 211. 실시양태 200에 있어서, 제1 펩타이드 어레이는
i. 입력 아미노산 서열을 수용하는 단계;
ii. 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
iii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
iv. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
v. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
에 의해 합성되고, (c) 및 (d)는 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법.
실시양태 212. 실시양태 200에 있어서, 결합 신호는 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 부재 및 존재하에서 신호의 강도로서 측정되는 것인 방법.
실시양태 213. 실시양태 200에 있어서, 겉보기 Kd가 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 존재 및 부재하에서 수득되는 것인 방법.
실시양태 214. 실시양태 200에 있어서, 적어도 하나의 추가 항체가 펩타이드 어레이와 접촉되고, 각각의 항체에 의해 수득된 정렬 점수의 순위를 매겨 단백질 표적에 결합하는 각각의 항체의 성향을 결정하는 것인 방법.
실시양태 215. 실시양태 200에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제241항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 결합 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
실시양태 216. 실시양태 200에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제241항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수, 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 펩타이드의 수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 특이성 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
실시양태 217. 실시양태 200에 있어서, 단백질 데이터베이스에 대한 검색 기준으로서 적어도 하나의 항체 에피토프를 정렬시키는 단계를 추가로 포함하는 방법.
실시양태 218. 실시양태 217에 있어서, 단백질 데이터베이스는 프로테옴 데이터베이스이고, 추가 항체 표적 단백질 및/또는 교차반응성 단백질을 확인하는 것인 방법.
실시양태 219. 실시양태 200에 있어서, 제1 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 20배 이내에 있는 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
실시양태 220. 실시양태 200에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 5%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
실시양태 221. 일부 실시양태에서, 본원은
(a) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
(b) 단계 (a)의 개별 펩타이드를 제1 단백질 표적과 정렬시키는 단계로서, 단계 (a)의 개별 펩타이드와 제1 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계;
(c) 단계 (a)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 추가 단백질 표적(들)의 정렬을 반복하는 단계로서, 단계 (a)의 개별 펩타이드와 추가 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
(d) 단계 (b)로부터의 배정 점수와 단계 (c)로부터의 배정 점수를 비교하여 상기 단백질 표적에 결합하는 항체의 상대적 성향을 수득하는 단계
를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 결합하는 항체의 성향을 결정하는 방법을 개시한다.
실시양태 222. 실시양태 221에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플을 포함하는 것인 방법.
실시양태 223. 실시양태 222에 있어서, 생물학적 샘플은 혈청인 방법.
실시양태 224. 실시양태 221에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질로부터 유래한 것인 방법.
실시양태 225. 실시양태 221에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질과 적어도 50% 유사한 것인 방법.
실시양태 226. 실시양태 225에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프로부터 유래한 것인 방법.
실시양태 227. 실시양태 221에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플 및 실시양태 224 내지 226 중 어느 한 실시양태의 펩타이드를 포함하는 것인 방법.
실시양태 228. 실시양태 221에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1000개, 적어도 10,000개, 적어도 100,000개 또는 적어도 1,000,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
실시양태 229. 실시양태 221에 있어서, 펩타이드 어레이는 인시츄 합성되는 것인 방법.
실시양태 230. 실시양태 221에 있어서, 펩타이드 어레이는
i. 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
ii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
iii. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
iv. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
에 으해 합성되고, (b) 및 (c)는 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법.
실시양태 231. 실시양태 221에 있어서, 결합 신호는 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 부재 및 존재하에서 신호의 강도로서 측정되는 것인 방법.
실시양태 232. 실시양태 221에 있어서, 겉보기 Kd가 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 존재 및 부재하에서 수득되는 것인 방법.
실시양태 233. 실시양태 221에 있어서, 적어도 하나의 추가 항체가 펩타이드 어레이와 접촉되고, 각각의 항체에 의해 수득된 정렬 점수의 순위를 매겨 단백질 표적에 결합하는 각각의 항체의 성향을 결정하는 것인 방법.
실시양태 234. 실시양태 221에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제264항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 결합 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
실시양태 235. 실시양태 221에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제264항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수, 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 펩타이드의 수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 특이성 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
실시양태 236. 실시양태 221에 있어서, 단백질 데이터베이스에 대한 검색 기준으로서 적어도 하나의 항체 에피토프를 정렬시키는 단계를 추가로 포함하는 방법.
실시양태 237. 실시양태 236에 있어서, 단백질 데이터베이스는 프로테옴 데이터베이스이고, 추가 항체 표적 단백질 및/또는 교차반응성 단백질을 확인하는 것인 방법.
실시양태 238. 실시양태 221에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 20배 이내에 있는, 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
실시양태 239. 실시양태 221에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 5%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
실시양태 240. 일부 실시양태에서, 본원은
(a) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 제1 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
(b) 단계 (a)의 하나 이상의 개별 펩타이드를 정렬시켜 적어도 하나의 예측 표적 모티프를 수득하는 단계;
(c) 적어도 하나의 예측 표적 모티프를 제1 단백질 표적과 정렬시키는 단계로서, 단계 (a)의 개별 펩타이드와 제1 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계;
(d) 단계 (b)의 적어도 하나의 예측 표적 모티프와 적어도 하나의 추가 단백질 표적(들)의 정렬을 반복하는 단계로서, 단계 (b)의 적어도 하나의 예측 표적 모티프와 추가 단백질 표적(들) 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
(e) 단계 (c)로부터의 정렬 점수와 단계 (d)로부터의 정렬 점수를 비교하여 상기 단백질 표적에 결합하는 항체의 상대적 성향을 수득하는 단계
를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 결합하는 항체의 성향을 결정하는 방법을 개시한다.
실시양태 241. 실시양태 240에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플을 포함하는 것인 방법.
실시양태 242. 실시양태 240에 있어서, 생물학적 샘플은 혈청인 방법.
실시양태 243. 실시양태 240에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질로부터 유래한 것인 방법.
실시양태 244. 실시양태 243에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질과 적어도 50% 유사한 것인 방법.
실시양태 245. 실시양태 240에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프로부터 유래한 것인 방법.
실시양태 246. 실시양태 245에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프와 적어도 50% 유사한 것인 방법.
실시양태 247. 실시양태 240에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플 및 실시양태 243 내지 246 중 어느 한 실시양태의 펩타이드를 포함하는 것인 방법.
실시양태 248. 실시양태 240에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1000개, 적어도 10,000개, 적어도 100,000개 또는 적어도 1,000,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
실시양태 249. 실시양태 240에 있어서, 펩타이드 어레이는 인시츄 합성되는 것인 방법.
실시양태 250. 실시양태 240에 있어서, 펩타이드 어레이는
i. 입력 아미노산 서열을 수용하는 단계;
ii. 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
iii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
iv. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
v. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
에 의해 합성되고, (c) 및 (d)는 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법.
실시양태 251. 실시양태 240에 있어서, 결합 신호는 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 부재 및 존재하에서 신호의 강도로서 측정되는 것인 방법.
실시양태 252. 실시양태 240에 있어서, 겉보기 Kd가 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 존재 및 부재하에서 수득되는 것인 방법.
실시양태 253. 실시양태 240에 있어서, 적어도 하나의 추가 항체가 펩타이드 어레이와 접촉되고, 각각의 항체에 의해 수득된 정렬 점수의 순위를 매겨 단백질 표적에 결합하는 각각의 항체의 성향을 결정하는 것인 방법.
실시양태 254. 실시양태 240에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제287항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 결합 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
실시양태 255. 실시양태 240에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제287항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수, 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 펩타이드의 수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 특이성 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
실시양태 256. 실시양태 255에 있어서, 단백질 데이터베이스에 대한 검색 기준으로서 적어도 하나의 항체 에피토프를 정렬시키는 단계를 추가로 포함하는 방법.
실시양태 257. 실시양태 240에 있어서, 단백질 데이터베이스는 프로테옴 데이터베이스이고, 추가 항체 표적 단백질 및/또는 교차반응성 단백질을 확인하는 것인 방법.
실시양태 258. 실시양태 240에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 20배 이내에 있는, 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
실시양태 259. 실시양태 240에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 5%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
실시양태 260. 일부 실시양태에서, 본원은
(a) 펩타이드 어레이를 제공하는 단계;
(b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계;
(c) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
(d) 개별 펩타이드를 적어도 하나의 단백질 표적과 정렬시키라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
(e) 단계 (d)의 정렬 점수를 사용하여 적어도 하나의 단백질 표적에 대한 항체의 결합을 특징규명하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계
를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 대한 항체 결합을 특징규명하는 키트 및 시스템을 개시한다.
실시양태 261. 일부 실시양태에서, 본원은
(a) 펩타이드 어레이를 제공하는 단계;
(b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계;
(c) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
(d) 개별 펩타이드를 적어도 하나의 단백질 표적과 정렬시키라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
(e) 단계 (c)의 개별 펩타이드에서 보존된 아미노산을 확인하여 보존된 결합 펩타이드 모티프를 확인하고 개별 모티프를 상기 적어도 하나의 표적 단백질과 정렬시켜 표적 단백질의 적어도 하나의 항체 에피토프를 확인하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계
를 포함하는, 표적 단백질에서 항체 에피토프를 확인하는 키트 및 시스템을 개시한다.
실시양태 262. 일부 실시양태에서, 본원은
(a) 제1 펩타이드 어레이를 제공하는 단계;
(b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계;
(c) 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 제1 펩타이드 어레이를 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 제1 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
(d) 단계 (c)의 개별 펩타이드들 중 적어도 하나의 개별 펩타이드, 단계 (c)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 보존된 모티프 또는 단계 (c)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 정렬된 모티프로부터 선택된 입력 펩타이드 서열을 사용하여 제2 펩타이드 어레이를 생성하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계;
(e) 제2 펩타이드 어레이를 항체와 접촉시켜 제2 세트의 펩타이드들을 확인하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계;
(f) 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 제2 펩타이드 어레이를 상기 항체와 접촉시키고, 단계 (e)에서 결합 신호의 제2 소정의 역치 이내에서 결합 신호를 나타내는, 단계 (e)로부터의 제2 세트의 개별 펩타이드들을 확인하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계; 및
(g) 상기 제2 세트의 개별 펩타이드들을 상기 표적 단백질과 정렬시키고, 확인된 제2 세트의 개별 펩타이드들과 정렬되는 영역을 표적 단백질에서 확인함으로써, 표적 단백질에서 항체 결합 영역을 특징규명하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계
를 포함하는, 표적 단백질에서 항체 결합 영역을 특징규명하는 키트 및 시스템으로서, 제2 펩타이드 어레이가, i. 합성 단계의 수를 결정하는 단계; ii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계; iii. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및 iv. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계에 의해 합성되고, (ii) 및 (iii)이 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 키트 및 시스템을 개시한다.
실시양태 263. 일부 실시양태에서, 본원은
(a) 펩타이드 어레이를 제공하는 단계;
(b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계;
(c) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
(d) 단계 (c)의 개별 펩타이드를 제1 단백질 표적과 정렬시키라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 제1 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계;
(e) 단계 (c)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 추가 단백질 표적(들)의 정렬을 반복하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 추가 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
(f) 단계 (c)로부터의 정렬 점수와 단계 (d)로부터의 정렬 점수를 비교하여 상기 단백질 표적에 결합하는 항체의 상대적 성향을 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계
를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 결합하는 항체의 성향을 결정하는 키트 및 시스템을 개시한다.
실시양태 264. 일부 실시양태에서, 본원은
(a) 제1 펩타이드 어레이를 제공하는 단계;
(b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계;
(c) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 제1 펩타이드 어레이를 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
(d) 단계 (c)의 하나 이상의 개별 펩타이드를 정렬시켜 적어도 하나의 예측 표적 모티프를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계;
(e) 적어도 하나의 예측 표적 모티프를 제1 단백질 표적과 정렬시키라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 제1 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계;
(f) 단계 (e)의 적어도 하나의 예측 표적 모티프와 적어도 하나의 추가 단백질 표적(들)의 정렬을 반복하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (e)의 적어도 하나의 예측 표적 모티프와 추가 단백질 표적(들) 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
(g) 단계 (c)로부터의 정렬 점수와 단계 (d)로부터의 정렬 점수를 비교하여 상기 단백질 표적에 결합하는 항체의 상대적 성향을 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계
를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 결합하는 항체의 성향을 결정하는 키트 및 시스템을 개시한다.
실시예
실시예 1 - 인 실리코 시뮬레이션
일부 실시양태에서, 마스킹 알고리즘을 인 실리코 방법으로 시뮬레이션한다. 이 실시예에서, 시뮬레이션은 하기 파라미터들을 포함한다:
Figure pct00001
특징부의 총 수: 500,000
Figure pct00002
마스크 n과 마스크 n-1 사이의 퍼센트 중첩: 52%
Figure pct00003
입력 서열: HVGAAAPVVPQA(질환과 상호관련된 에피토프)
Figure pct00004
합성 단계의 수: 21
Figure pct00005
추가의 합성 순서: A,R,Q,S,P,W,V,V,P,A,D,A,A,M,G,V,F,H,K,L,Y
o 사용자는 입력 서열과 다소 밀접하게 관련된 서열 공간을 생성하기 위해 추가의 합성 순서를 선택하나(상기 참조), 입력 서열의 모든 아미노산들은 추가의 합성 순서에 포함되어야 한다. 입력 서열의 아미노산의 순서와 유사한 커플링의 합성 순서는 입력 서열과 더 밀접하게 관련된 공간을 생성할 것이나; 반대로, 입력 서열의 아미노산의 순서와 덜 유사한 커플링의 합성 순서는 입력 서열과 덜 밀접하게 관련된 서열 공간을 생성할 것이다.
시뮬레이션의 슈도 코드는 이하에 기재되어 있다:
Figure pct00006
Figure pct00007
하기 입력 및 파라미터 설정을 고려한다: 입력 서열은 HVGAAAPVVPQA이고; 합성 단계의 수는 21이고; 라이브러리 크기는 500,000개의 특징부를 포함하고; 샘플링된 공간에서 입력 서열 복제물의 수는 3이고; 샘플링된 공간에서 모든 서열들에 대한 복제물의 평균 수는 1.4개 복제물/서열이고; 샘플링된 공간에서 상이한 서열의 수는 360,064개의 서열이다. 도 9는 본원에 개시된 마스크 및 합성 알고리즘을 사용함으로써 생성된 시뮬레이션된 라이브러리에서 서열 길이의 분포를 보여주고, 이때 중간 길이는 11이다.
추가로, 하기 표는 본원에 개시된 마스크 및 합성 알고리즘의 시뮬레이션을 사용함으로써 생성된 서열 공간으로부터 선택된 예시적 세트의 서열들을 보여준다.
Figure pct00008
실시예 2: 고밀도 펩타이드 어레이에서의 항체 결합 프로파일의 특징규명
어레이 펩타이드에 결합하는 항-HER2 mAb의 확인
mAb의 생물학적 결합을 반영하는 어레이 펩타이드를 확인하도록 경쟁 결합 어세이를 디자인하였다. 이 특성을 가진 어레이 펩타이드를 개별 펩타이드로서 확인하였다. 개별 펩타이드의 순위 매김을 적용할 수 있었는데, 이때 간극과 함께 다양한 정도의 일치를 가진 펩타이드도 허용될 수 있지만, 유의미한 펩타이드들은 간극을 갖지 않는 하나 초과의 정확한 일치로서 정의된다. 상기 어세이를 수행하여, HER2에 대한 14종의 상업적으로 입수가능한 치료 또는 연구 단일클론 항체들에서 유의미한 펩타이드를 확인하였다(표 1). 패널은 상이한 면역원에 대해 생성된 상이한 클론으로부터의 mAb, 동일한 면역원에 대해 생성된 상이한 클론으로부터의 mAb, 및 상이한 판매자로부터 수득된 동일한 클론으로부터의 mAb를 포함하였다. 이하에 기재된 바와 같이 경쟁자의 부재 및 존재하에서 각각의 mAb에 대한 겉보기 Kd(절반 최대 포화가능한 결합에서의 항체의 농도)를 측정하였다.
Figure pct00009
경쟁 결합 어세이. 다양한 펩타이드 어레이 또는 국한된 펩타이드 라이브러리(실시예 1에 기재됨)를 포함하는 마이크로어레이를 수득하였고 약하게 교반하면서 1시간 동안 증류수, 30분 동안 PBS 및 1시간 동안 일차 항온처리 완충제(PBST, 1% 만니톨)에 담금으로써 사용 전에 재수화하였다. 마이크로어레이를 포함하는 슬라이드를 어레이잇(ArrayIt) 마이크로어레이 카세트(ArrayIt, 캘리포니아주 서니베일 소재)에 적재하여, 개별 마이크로어레이를 마이크로타이터 플레이트 풋프린트에 맞추었다. 원액을 항온처리 완충제(PBST, 1% 만니톨)로 연속 희석함으로써 각각의 mAb의 6개의 상이한 농도, 즉 3 nM, 1 nM, 0.33 nM, 0.11 nM, 0.0367 nM 및 0.012 nM의 mAb 용액을 제조하였다.
2개의 상이한 농도의 혈청 경쟁자(1/69 ND 및 1/71ND)의 부재 또는 존재하에서, 또는 2개의 상이한 농도의 경쟁자 펩타이드들의 혼합물(250 μM 및 750 μM)의 부재 또는 존재하에서 mAb 결합을 어세이하였다. 경쟁자 펩타이드들의 혼합물은 하기 기준에 따라 선택된 24개의 펩타이드들로 구성되었다: a) 균형 잡힌 아미노산 조성을 가진 혼합물, 즉 어느 한 아미노산이 풍부하지 않은 펩타이드들을 제공하는 것; b) 수성 어세이에서의 가용성을 보장하기 위한 0 미만의 GRAVY 점수를 갖는 것; 및 c) pI=3 내지 pI=10의 등전점(pI)의 균형 잡힌 연속적인 범위를 갖는 것. 어레이를 TeleShake95(INHECO, 독일 마르틴스리에트 소재) 위에서 혼합하면서 37℃에서 30분 동안 상이한 mAb 용액들과 함께 항온처리하여 항체-펩타이드 결합을 허용하였다. 항온처리 후, 카세트를 10X 챔버 부피의 PBST(PBS-Tween)로 세척하였다. 일차 항체의 기원에 따라, 알렉사플루오르(AlexaFluor) 647(Thermo-Invitrogen, 캘리포니아주 칼스바드 소재)에 접합된 4.0 nM 염소 항-인간 IgG(H+L), 염소 항-토끼 또는 염소 항-마우스 이차 항체를 사용하여 결합된 mAb를 검출하였다. TeleShake95 플랫폼 혼합기 위에서 혼합하면서 37℃에서 1시간 동안 항온처리 완충제(PBST 중의 3% BSA)에서 이차 항체의 결합을 진행시켰다. 이차 항체와 함께 항온처리한 후, 슬라이드를 10X 챔버 부피의 PBST 및 증류수로 다시 세척하고 카세트를 제거하고 이소프로판올로 분무하고 원심분리하여 건조하였다.
데이터 획득. 532 nm 레이저 및 572 nm BP 34 필터(Innopsys, 프랑스 카르본 소재)와 피팅된 이놉시스(Innopsys) 910AL 마이크로어레이 스캐너를 이용하여 어세이된 라이브러리 어레이를 영상화하였다. Mapix 소프트웨어 애플리케이션(버전 7.2.1)은 자동화된 격자 알고리즘을 이용하여 각각의 펩타이드 특징부와 관련된 영상의 영역을 확인하였다. 각각의 펩타이드 특징부에 대한 중간 화소 강도를 탭-한계결정된(tab-delimitated) 텍스트 파일로서 저장하였고 분석을 위해 데이터베이스에 보관하였다. 각각의 주소지정가능한 펩타이드 특징부에 대한 상대적 형광 값을 측정함으로써 1 μM 해상도 및 1% 특징부 포화에서 정량적 신호 측정치를 수득하였다. 어세이된 각각의 mAb에 대한 30개의 결합 측정치를 수득하였다.
신호 분석. 형광 신호를 정량함으로써 mAb와 각각의 특징부의 결합을 측정하였다. 음성 대조군(이차 항체 단독)을 기준으로 중간 특징부 강도를 먼저 배경 공제한 후, log10 변환시킨 다음, log10 변환된 중간치로 나눔으로써 표준화하였다.
어레이 펩타이드 결합의 특이성. 본원에서 특이성은 항체가 2개의 상이한 항원들을 구별하는 정도를 지칭한다(문헌(Immunology and Infectious Disease, S.A. Frank, 2002, Princeton Univ. Press) 참조). 각각의 어레이 펩타이드에 대한 결합 특이성을 경쟁자의 부재 및 존재하에서 수득된 결합 신호의 차이로 특징규명하였고, 결합이 비-동족 펩타이드 경쟁자 또는 혈청 경쟁자에 의해 약화된 정도는 mAb 특이성의 측정치를 제공하였다. 펩타이드 결합 특이성을 경쟁자의 부재하에서 및 각각의 혈청 및 비-동족 펩타이드 경쟁자의 존재하에서 각각의 어레이 펩타이드에 대한 겉보기 Kd 값의 차이로 측정하였다.
결과. 데이터는 어레이 펩타이드가 경쟁자의 부재하에서 포화가능한 mAb 용량 반응 결합을 나타내고, 포화가능한 결합이 혈청 또는 펩타이드 경쟁자의 존재하에서 유지된다는 것을 보여주었다. 그 후, 경쟁자의 부재하에서 수득된 겉보기 Kd에 비해 경쟁자의 존재하에서 측정된 겉보기 Kd의 감소를 이용하여, 펩타이드 라이브러리 어레이 스크린으로부터 개별 펩타이드, 이 경우 유의미한 펩타이드를 선택하였다.
Figure pct00010
겉보기 Kd의 배수 변화에 따라 펩타이드의 순위를 매겼다. 경쟁자의 존재하에서 측정된 겉보기 Kd의 변화가 각각의 경쟁자의 부재하에서 측정된 Kd의 10배 미만의 감소인, 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드를 선택하였다.
그 후, 유의미한 펩타이드를 포함하는 개별 펩타이드를 사용하여, 선형 에피토프 및 구조적 에피토프를 확인하였고 표적 에피토프 내의 핵심 아미노산을 확인하였고 mAb의 결합 특이성을 측정하였고 공지되어 있지 않은 단백질 표적을 확인하였다.
실시예 3: 다양한 및 국한된 펩타이드 어레이
다양한 라이브러리. 다양한 펩타이드 라이브러리를 제조하여, 조합 펩타이드 라이브러리에서 표시된 고도로 다양한 서열 공간을 샘플링하였고, 결합 에피토프를 예측하는 풍부한 모티프를 포함하는, 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드를 제공하였다. 풍부한 모티프는 국한된 라이브러리를 디자인하는 데 사용된 입력 서열을 확인하기 위한 기준으로서 사용되었다. 도 10을 참조한다.
제공된 방법에서 사용된 다양한 라이브러리는 5개 내지 13개 아미노산의 길이를 갖고 9개 잔기의 중간 길이를 가진 126,009개의 펩타이드들의 일차 고도로 다양한 조합 라이브러리로서 제조되었고, 16개 아미노산(메티오닌, M; 시스테인, C; 이소류신, I; 및 쓰레오닌, T는 배제되었음)의 모든 가능한 4-머 99.9% 및 모든 가능한 5-머 48.3%를 포함하도록 디자인되었다. tert-부틸옥시카보닐(BOC) 보호기 펩타이드 화학반응을 위해 개조된 표준 반도체 포토리소그래피 수단을 이용하여 200 mm 산화규소 웨이퍼 위에서 상기 펩타이드들을 합성하였다(Legutki JB et al., Nature Communications. 2014;5:4785). 요약하건대, 아미노실란 작용기를 가진 웨이퍼를 BOC-글리신으로 코팅하였다. 다음으로, UV 광에 의해 활성화되는 광산 생성제를 함유하는 포토레지스트(photoresist)를 스핀 코팅으로 상기 웨이퍼에 적용하였다. 광마스크를 통한 UV 광(365 nm)에의 상기 웨이퍼의 노출은 소정의 마스크를 사용하여 웨이퍼 위의 어느 특징부를 노출시킬 것인 지의 고정된 선택을 가능하게 한다. UV 광에의 노출 후, 웨이퍼를 가열하여, 노출된 특징부의 BOC-탈보호를 가능하게 하였다. 후속 세척에 이은 활성화된 아미노산의 적용은 주기를 완성한다. 각각의 주기로, 특정 아미노산을 어레이 위의 특정 위치에 위치된 펩타이드의 N-말단에 추가하였다. 커플링되는 마스크 및 아미노산을 변경하면서 이 주기를 반복하여 조합 펩타이드 라이브러리를 달성하였다. 표준 현미경 슬라이드의 치수를 가진 13개의 직사각형 영역을 각각의 웨이퍼로부터 잘라내었다. 각각의 완성된 웨이퍼를 표준 현미경 슬라이드(25 mm × 75 mm)의 치수를 가진 13개의 직사각형 영역으로 잘라내었다. 각각의 이 슬라이드는 8행 및 3열로 24개의 어레이들을 함유하였다. 마지막으로, 표준 칵테일을 사용하여 일부 아미노산들의 측쇄의 보호기를 제거하였다. 마감처리된 슬라이드를 필요할 때까지 건조한 질소 환경에서 저장하였다. 어레이가 각각의 단계에 대한 3σ 통계학적 한계의 사용을 포함하는 공정 규격 내에서 제작되도록 다수의 품질 시험을 수행한다. 웨이퍼 1회분(batch)을 MALDI-MS로 간헐적으로 샘플링하여, 각각의 아미노산이 정확한 단계에서 커플링되었다는 것을 확인함으로써, 조합 합성을 구성하는 개별 단계가 정확하였다는 것을 보장하였다. 비주얼 베이직(Visual Basic)으로 작성되고 SQL 백 엔드(back end)와 함께 접속 프론트 엔드(front end)를 가진 전자 주문제작 관계 데이터베이스를 통해 웨이퍼 제작을 초기부터 말기까지 추적하였다. 프론트 엔드 사용자 인터페이스는 작동자가 생성 정보를 용이하게 데이터베이스에 입력하게 한다. SQL 백 엔드는 데이터베이스를 백업하고 필요할 때 데이터 공유를 위해 다른 컴퓨터 시스템과 통합시키는 단순한 방법을 제공한다. 전형적으로 추적되는 데이터는 화학물질, 레시피, 시간 및 기술자 수행 과제를 포함한다. 웨이퍼가 생성된 후, 데이터를 검토하고 기록을 잠그고 저장한다. 마지막으로, 이하에 기재된 바와 같이, 성능을 확인하기 위해 결합 어세이에서 각각의 로트(lot)를 평가한다.
다양한 라이브러리의 어레이 펩타이드에 결합하는 단일클론은 국한된 라이브러리를 디자인하기 위한 입력 서열을 확인하는 데 사용된 3-머 내지 5-머 모티프를 포함하는, 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드를 확인시켜주었다(도 10).
국한된 라이브러리. 다양한 라이브러리에서 확인된, 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드의 풍부한 모티프를 포함하는 입력 서열 주위에서 다수의 위치들을 변경시키기 위해 국한된 라이브러리를 제조하였다. 제공된 방법에서 사용된 국한된 라이브러리는 0개 내지 17개 아미노산 잔기의 중간 길이를 가진 펩타이드의 합성을 야기하는, 일련의 24개 중첩 마스크들을 사용함으로써 16,920개의 펩타이드들의 라이브러리로서 제조되었다.
국한된 라이브러리의 펩타이드는 다양한 라이브러리의 개별 펩타이드, 이 경우 유의미한 펩타이드의 한 입력 서열의 변이체 서열을 제공하도록 각각 디자인되었다. 각각의 특징부의 치수는 특징부들 사이에 6 ㎛ 사이질 공간을 가진 50 ㎛ × 50 ㎛ 피치로 설정된 44 ㎛ × 44 ㎛이었다. 다양한 펩타이드 라이브러리의 합성에 대해 기재된 바와 같이, tert-부틸옥시카보닐(BOC) 보호기 펩타이드 화학반응을 위해 개조된 표준 반도체 포토리소그래피 수단을 이용하여 200 mm 산화규소 웨이퍼 위에서 펩타이드를 합성하였다(Legutki JB et al., Nature Communications. 2014;5:4785). 웨이퍼 1회분을 MALDI-MS로 간헐적으로 샘플링하여, 각각의 아미노산이 정확한 단계에서 커플링되었음을 확인함으로써, 국한된 합성을 구성하는 개별 단계들이 정확하였다는 것을 보장하였다.
실시예 4: 에피토프의 확인
HER2의 예측된 에피토프의 확인. 항-HER2 mAb SCBT sc-33684, 써모(Thermo) MA5-13675, 셀 시그날링 #2165 및 크리에이티브 바이오랩스(Creative Biolabs) TAB-005를 사용하여 다양한 또는 국한된 펩타이드 어레이/라이브러리(또는 이들 둘 다)에 대한 실시예 2에 기재된 경쟁 결합 어세이를 수행하여, 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드 및 예측된 에피토프 서열을 확인하였다.
실시예 2에 기재된 바와 같이, 결합 펩타이드들을 mAb에 대한 그들의 상대적 특이성 수준에 따라 순위를 매겼고, 겉보기 Kd의 10배 미만의 감소를 가진 개별 펩타이드를 선택하였다. 시험된 각각의 mAb에 대한 HER2 에피토프 서열을 예측하기 위해 개별 펩타이드, 구체적으로 유의미한 펩타이드를 선택하였다.
각각의 유의미한 펩타이드에 대한 어레이 신호를 중간치 표준화하고 로그 변환하였고, ClustalW 및 MUSCLE 정렬을 이용하여 중간치보다 적어도 2배 더 높은 신호를 가진 유의미한 펩타이드를 HER2 단백질(UNIPROT #P04626)의 중첩되는 6-머 서열과 정렬시켰다. 3-머의 유의미한 펩타이드의 정방향 서열 및 역방향 서열을 모든 가능한 HER2 표적 6-머들 중 임의의 가능한 HER2 표적 6-머와 정렬시켰고, 전체 HER2 단백질에서 모든 아미노산 위치에 대한 점수를 결정하였다. 정렬 점수를 각각의 위치에서의 모든 점수들의 합계로서 계산하였고, 상응하는 유의미한 펩타이드의 결합 신호와 조합하여 모티프 점수를 제공하였다(도 12). 모티프 점수는 표적 에피토프를 예측하기에 충분하였다.
서브모티프들의 선형 정렬을 수행하였고 CLUSTALW(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC308517/) 및 MUSCLE(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC390337/) 소프트웨어를 이용하여 비교하였다.
상기 모티프들도 유의미한 펩타이드에서의 그들의 풍부도(enrichment)에 따라 순위를 매겼다. 라이브러리 또는 어레이에서 특정 모티프의 확률/그 모티프를 무작위로 발견할 확률을 측정함으로써 모든 어레이 펩타이드들, 즉 유의미한 라이브러리 어레이 펩타이드 및 무의미한 라이브러리 어레이 펩타이드에서의 모티프의 발생률을 기준으로 배수 풍부도를 계산하였다. 표 3은 삼량체 모티프의 예시적 목록 및 상응하는 배수 풍부도를 보여준다.
최종적으로, 유의미한 펩타이드들을 정렬시켜(CLUSTALW(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC308517/) 및 MUSCLE(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC390337/)) 보존된 아미노산의 정체성 및 위치를 확인하였다.
Figure pct00011
실시예 5: 선형 에피토프의 확인
시험된 각각의 mAb에 대해, 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드를 실시예 4에 기재된 바와 같이 다양한 라이브러리에서 확인하였다. 상응하는 풍부한 모티프를 확인하여 HER2 에피토프를 예측하였고, 보존된 아미노산 및 이의 위치를 확인하였다. 3종의 예시적 항-HER2 항체들, 즉 MA5-13675(클론 3B5)(Thermo Fisher; 매사추세츠주 왈쌈 소재), sc-33684(클론 3B5)(Santa Cruz BioTechnologies, 텍사스주 달라스 소재) 및 2165(클론 29D8)(Cell Signalling Technologies, 매사추세츠주 댄버스 소재)의 다양한 라이브러리로부터 확인된 상위 용량 반응성 펩타이드 서열은 각각 도 14, 15 및 16에 표시되어 있다.
풍부한 모티프를 HER2 단백질에 대해 정렬시켜, 국한된 라이브러리를 디자인하기 위해 변경될 수 있는 모티프를 포함하는 영역을 확인하였다. 감소된 세트의 아미노산들을 사용하여 모티프의 각각의 잔기를 단백질 표적에 맵핑함으로써, 에피토프가 맵핑될 수 있는 프로테옴 서열의 전체 표시를 가지면서 어레이를 샘플링하기 위해 요구될 아미노산의 수를 감소시켰다(도 13). 국한된 라이브러리를 디자인하기 위해, 다양한 라이브러리에서 확인된 개별 펩타이드들, 구체적으로 유의미한 펩타이드들에 걸쳐 고도로 보존된 것으로 밝혀진 삼량체 모티프 및 사량체 모티프를 포함하는 표적 단백질의 영역을 입력 서열로서 사용하여, 보존된 모티프를 포함하는 그의 변이체 서열을 유도하였다.
실시예 2에 기재된 바와 같이 국한된 라이브러리 알고리즘을 개발하는 과정을 통해 위치 변이체를 생성하였다. 이 변이체는 국한된 라이브러리 디자인 동안 정의된 입력 서열, 마스크 순서 및 아미노산 순서로부터 유도된다.
각각의 국한된 라이브러리에서 확인된 개별 펩타이드들, 이 경우 유의미한 펩타이드들을 HER2 표적 단백질과 정렬시키고 그들의 상대적 특이성에 따라 점수화하고 정렬시켜 에피토프의 컨센서스 서열을 확인하였다.
3개의 국한된 라이브러리로부터 확인된 상위 유의미한 펩타이드들의 정렬은 도 14b, 15b 및 16b에 표시되어 있다. mAb MA5-13675(클론 3B5)(Thermo Fisher)에 대한 보존된 아미노산의 위치(도 11B 및 14c)는 다양한 라이브러리 및 국한된 라이브러리의 조합 스크리닝의 1회 반복이 면역원에 포함된 선형 HER2 에피토프의 전체 서열을 확인하였다는 것을 보여준다(도 14d).
유사하게, 항-HER 단일클론 항체 sc-33684(클론 3B5)(Santa Cruz BioTechnologies) 및 2165(클론 29D8)(Cell Signalling Technologies)의 전체 선형 에피토프를 정확하게 확인하였다(도 15c 및 15d, 및 도 16c 및 16d).
시험된 모든 항-HER2 mAb들에서, 다양한 라이브러리 및 국한된 라이브러리의 조합된 스크리닝은 항-HER2 mAb를 생성하는 데 사용된 공개된 면역원 서열에 상응하는, HER2의 선형 에피토프를 정확하게 확인하였다.
실시예 6: 구조적 HER2 에피토프의 확인
제공된 시스템 및 방법이 항-HER2 mAb에 대한 구조적 에피토프를 확인할 수 있다는 것을 입증하기 위해, 트라스투주맙 Fab 단일클론 항체(헤르셉틴)와 다양한 라이브러리 및 국한된 라이브러리의 결합을 수행하여, 헤르셉틴에 의해 인식되는 구조적 에피토프를 구성하는 3개의 선형 성분들을 확인하였다.
먼저, 실시예 1 및 2에 기재된 바와 같이 헤르셉틴과 다양한 라이브러리의 결합을 수행하여, 헤르셉틴에 의해 결합된 펩타이드에서 풍부한 모티프를 확인함으로써 구조적 에피토프의 선형 성분을 예측하였다. 트라스투주맙 Fab(헤르셉틴)에 의해 인식되는 HER2 구조적 에피토프의 3개 개별 선형 성분들(도 17A)은 FGPEADQ, KDPPFC 및 IWKFPDEEGACQPC이었다(Chen, H.-S. et al. Sci. Rep. 5, 12411; doi: 10.1038/ srep12411 [2015]). 그 후, 유의미한 펩타이드에 풍부한 모티프를 사용하여 HER2 표적 단백질의 3개 입력 영역들을 확인하였다. 서로 부착된 3개의 구조적 성분들에 상응하는 3개의 모티프들을 포함하는 입력 서열을 기반으로 국한된 라이브러리를 디자인하였다. 헤르셉틴을 사용하여 국한된 라이브러리를 스크리닝하였고, 확인된 유의미한 펩타이드들을 정렬시켜, 공개된 구조적 에피토프의 서열을 기준으로 보존된 아미노산 및 이의 위치를 확인하였다.
국한된 라이브러리로부터 확인된 상위 유의미한 펩타이드들의 예시적 정렬은 도 17B에 표시되어 있다. 각각의 선형 성분의 위치를, 구조적 에피토프의 성분을 포함하는 서열에 맵핑하였다(도 17A). 도 18은 트라스투주맙의 결정 구조(BLASTP Ident Score at https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK62051/), 및 HER2의 세포외 부분을 기준으로 한 그의 위치를 보여준다. HER2의 착색된 부분은 국한된 라이브러리에서 펩타이드 서열로부터 확인된 개별 선형 성분들을 나타낸다.
데이터는 구조적 에피토프의 전체 서열이 확인되었다는 것을 보여준다. 이 발견은 HER2 mAb와 이의 HER2 표적 사이의 생물학적 결합 상호작용을 재현하는 제공된 방법의 능력을 더 확증한다.
실시예 7: 전체 프로테옴으로부터 공지되어 있지 않은 항체 표적의 확인
3종의 mAb들, 즉 셀 시그날링 2165(클론 29D8), 써모 MA5-13675(클론 3B5) 및 산타 크루즈 SC-33684(클론 3B5)를 사용하여 전체 프로테옴으로부터 공지되어 있지 않은 단백질 표적을 확인하는 제공된 시스템 및 방법의 능력을 입증하였다.
먼저 각각의 mAb에 대한 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드 및 풍부한 모티프를 상응하는 다양한 라이브러리로부터 확인하였다. 이 짧은 모티프의 존재에 대한 프로테옴의 질의는 전형적으로 많은 정렬을 야기할 것이고, 이들 중 대다수는 찾고자 하는 진정한 표적과 관련 없는 서열과의 정렬일 것이다. 3-머 또는 4-머 모티프를 포함하는 서열의 후속 디자인, 및 생성된 국한된 라이브러리의 스크리닝은 인간 프로테옴에서 정확한 일치가 발견된 9-머 내지 12-머 서열을 확인하였다. 도 19A, 20a 및 21a는 상응하는 국한된 라이브러리의 스크리닝으로부터 확인된 상위 10개의 개별 펩타이드, 이 경우 유의미한 펩타이드를 사용하여 질의하였을 때 확인된 에피토프 서열들의 BLAST 정렬의 결과를 보여준다. 이 도면들은 모든 최고 점수화 정렬들이 v-erb-b2로서도 공지되어 있는 HER2 단백질과의 정렬이었다는 것을 보여준다. 대조적으로, 중간 특이성 점수를 가진 유의미한 펩타이드는 인간 프로테옴과 정렬될 때 관련된 HER2 서열을 확인하지 못하였다(도 19B, 20b 및 21c).
이 데이터는 BLAST 점수에 의해 확인될 때 항체에 대한 공지되어 있지 않은 표적 단백질이 높은 신뢰도로 확인될 수 있다는 것을 보여준다.
실시예 8: 항-HER2 mAb의 특이성의 측정
전술된 다양한 라이브러리 및 국한된 라이브러리를 사용하여 단일클론 항체의 특이성을 측정할 수 있다.
먼저, 실시예 2에 기재된 바와 같이, 다양한 라이브러리 및 국한된 라이브러리 둘 다에 대한 펩타이드의 결합 특이성을 측정할 수 있다. 국한된 라이브러리로부터 유의미한 펩타이드를 비롯한 용량 반응성 개별 펩타이드가 확인되면, 아미노산의 보존 정도를 이용하여 mAb의 특이성을 측정할 수 있다. 한 경우, 진정한 에피토프를 확인하는 데 사용된 mAb와 관련 없는 것으로 공지되어 있는 기준 항체 또는 기준 항체들의 패널을 사용할 때 에피토프, 예를 들면, 도 14d의 컨센서스 서열을 확인하는, 모든 보존된 아미노산들에 대한 비트(bit)의 합계를 동일한 잠정적 에피토프 서열에 대해 수득된 비트의 합계와 비교할 수 있다. 예를 들면, 항-HER2 항체와 관련 없는 10개의 mAb들의 패널을 다양한 라이브러리 및 국한된 라이브러리에 결합시키기 위한 혼합물로서 사용함으로써, 정렬될 때 개별 펩타이드들에 걸쳐 보존될 수 있는 아미노산에 대한 비트 점수를 제공할, 유의미한 펩타이드를 비롯한 개별 펩타이드를 제공할 수 있다.
따라서, 에피토프에 대한 항체의 특이성은 잠정적 에피토프 서열에서의 아미노산 보존의 정도에 의해 정의될 수 있다.
실시예 9. 한 세트의 상이한 단백질들에 대한 항체의 성향을 결정하는 방법
mAb(셀 시그날링(#2165))와 HER2 및 EGFR의 결합을 수행하여, 제공된 다양한 펩타이드 어레이 라이브러리 및 국한된 펩타이드 어레이 라이브러리가 상이한 단백질 표적에의 결합에 대한 항체의 성향을 결정하는 데 사용될 수 있다는 것을 입증하였다. 알고리즘을 개발하였다.
항-HER2 mAb와 펩타이드 어레이 라이브러리의 결합으로부터 유의미한 펩타이드를 비롯한 제1 세트의 개별 펩타이드들을 확인하였고, 항-EGFR mAb와 동일한 펩타이드 어레이 라이브러리로부터 유의미한 펩타이드를 비롯한 제2 세트의 개별 펩타이드들을 확인하였다. 상기 2개의 세트들 각각에 대해 유의미한 펩타이드를 비롯한 풍부한 개별 펩타이드 모티프를 확인하였고, 풍부한 모티프를 상응하는 표적 단백질과 정렬시켰다. 3종의 정렬 엄격성 수준을 이용하여 각각의 세트에 대한 상기 모티프의 정렬을 수행하였다:
높은 엄격성(정확한 정렬)
중간 엄격성(작은 간극 및 아미노산 치환을 허용함), 및
낮은 엄격성(보다 더 넓은 간극 및 아미노산 치환을 허용함).
각각의 정렬은 각각의 표적에서 특정 잔기를 확인하였다. 두 경우에서, 적색으로 표시된 잔기에 의해 확인된 바와 같이(도 22), 정렬의 규칙이 엄격해질수록, 즉 정렬 엄격성이 증가함에 따라, 생성된 정렬이 엄격해졌다. 각각의 정렬은 "적색" 잔기의 수에 의해 점수화될 수 있다.
도 22는 동일한 정렬 엄격성 규칙 하에서 mAb가 HER2에의 결합에 비해 더 적은 정도로 EGFR에 결합할 것으로 예측되었다는 것, 즉 mAb가 EGFR보다 HER2에의 결합에 대한 더 큰 성향을 가진다는 것을 보여준다.
다양한 라이브러리의 개별 펩타이드(이 경우 유의미한 펩타이드), 및/또는 국한된 라이브러리의 개별 펩타이드(이 경우 유의미한 펩타이드)로부터 확인된 풍부한 모티프를 사용하여 표적 단백질에의 결합에 대한 항체의 성향을 결정할 수 있다.
본 발명의 바람직한 실시양태가 본원에 제시되고 기재되어 있지만, 이러한 실시양태가 예로써만 제공된다는 것은 당분야에서 숙련된 자에게 자명할 것이다. 본 발명으로부터 벗어나지 않으면서 다수의 변경, 변화 및 치환이 당분야에서 숙련된 자에게 인식될 것이다. 본원에 기재된 본 발명의 실시양태에 대한 다양한 대안들이 본 발명을 실시하는 데 이용될 수 있다는 것을 이해할 것이다. 하기 청구범위는 본 발명의 범위를 정의하고 이 청구범위 및 이의 균등물 내에 있는 방법 및 구조는 이 청구범위에 의해 커버된다.
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Synthetic polypeptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(3) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (7)..(9) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (11)..(17) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (20)..(27) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (29)..(33) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (35)..(40) <223> Any amino acid <400> 113 Xaa Xaa Xaa Ser Pro Glu Xaa Xaa Xaa Tyr Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa 1 5 10 15 Xaa Tyr His Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Leu Xaa Xaa Xaa Xaa 20 25 30 Xaa Asp Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa 35 40 <210> 114 <211> 40 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(4) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (8)..(9) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (11)..(17) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (19)..(22) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (24)..(27) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> 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Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 127 Ala Pro Glu Phe Val Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 128 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 128 Glu Asn Phe Gly Leu Asp Leu Pro Val 1 5 <210> 129 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 129 Pro Thr Ala Glu Asn Val Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 130 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 130 Pro Thr Glu Asn Val Gly Leu Asp Pro Val 1 5 10 <210> 131 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 131 Pro Thr Gly Glu Asn Tyr Leu Gly Leu Asp Leu 1 5 10 <210> 132 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 132 Ala Pro Glu Tyr Leu Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 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Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(6) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (8)..(8) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (10)..(11) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (13)..(18) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (20)..(20) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (22)..(23) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (25)..(25) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (27)..(28) <223> Any amino acid <400> 170 Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Glu Xaa Tyr Xaa Xaa Ala Xaa Xaa Xaa Xaa 1 5 10 15 Xaa Xaa Gly Xaa Val Xaa Xaa Asp Xaa Phe Xaa Xaa Ser Asp 20 25 30 <210> 171 <211> 30 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <220> <221> MOD_RES <222> (3)..(6) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (8)..(8) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (10)..(11) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (13)..(18) 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amino acid <400> 218 Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Leu Xaa Xaa Xaa Asp Xaa Val Xaa Xaa 1 5 10 15 Pro Xaa Gln Arg Xaa Xaa Xaa His Pro Ser Glu 20 25 <210> 219 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (6)..(7) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (9)..(11) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (13)..(13) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (15)..(26) <223> Any amino acid <400> 219 Asp Gln His Ser His Xaa Xaa Leu Xaa Xaa Xaa Asp Xaa Val Xaa Xaa 1 5 10 15 Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Asp 20 25 <210> 220 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(3) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (9)..(11) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (13)..(13) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (15)..(16) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES 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amino acid <400> 223 Xaa Xaa Xaa Xaa Ala Xaa Xaa Leu Xaa Xaa Xaa Asp Xaa Val Xaa Xaa 1 5 10 15 Pro Ala Asp Asn Xaa Xaa Xaa Val Xaa Xaa Glu 20 25 <210> 224 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(4) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (6)..(7) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (9)..(11) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (13)..(13) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (15)..(16) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (18)..(18) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (21)..(26) <223> Any amino acid <400> 224 Xaa Xaa Xaa Xaa Ala Xaa Xaa Leu Xaa Xaa Xaa Asn Xaa Val Xaa Xaa 1 5 10 15 Pro Xaa Asp Ser Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Glu 20 25 <210> 225 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(7) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES 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1 5 10 15 Pro Xaa Asn Arg Xaa Xaa Xaa Phe Xaa Xaa Ser 20 25 <210> 227 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(4) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (6)..(7) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (9)..(11) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (13)..(13) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (15)..(16) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (18)..(18) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (21)..(23) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (26)..(26) <223> Any amino acid <400> 227 Xaa Xaa Xaa Xaa Asn Xaa Xaa Leu Xaa Xaa Xaa Ser Xaa Val Xaa Xaa 1 5 10 15 Pro Xaa Ala Asn Xaa Xaa Xaa Leu Arg Xaa Asp 20 25 <210> 228 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (6)..(7) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (9)..(11) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (13)..(13) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (15)..(16) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (18)..(18) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (21)..(23) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (25)..(27) <223> Any amino acid <400> 228 Arg Val Pro Ala His Xaa Xaa Phe Xaa Xaa Xaa Ser Xaa Val Xaa Xaa 1 5 10 15 Pro Xaa Gln His Xaa Xaa Xaa Phe Xaa Xaa Xaa 20 25 <210> 229 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(4) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (6)..(7) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (9)..(11) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (13)..(13) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (15)..(16) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (18)..(18) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (21)..(23) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (25)..(26) <223> Any amino acid <400> 229 Xaa Xaa Xaa Xaa His Xaa Xaa Leu Xaa Xaa Xaa Asp Xaa Val Xaa Xaa 1 5 10 15 Glu Xaa Ser Arg Xaa Xaa Xaa Val Xaa Xaa Asp 20 25 <210> 230 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(7) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (9)..(9) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (13)..(13) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (15)..(16) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (18)..(18) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (21)..(23) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (25)..(26) <223> Any amino acid <400> 230 Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Tyr Xaa Gln Lys Ser Xaa Val Xaa Xaa 1 5 10 15 Pro Xaa Gln Glu Xaa Xaa Xaa Phe Xaa Xaa Gly 20 25 <210> 231 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(3) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (6)..(7) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (9)..(11) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (13)..(13) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (18)..(18) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (21)..(23) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (25)..(26) <223> Any amino acid <400> 231 Xaa Xaa Xaa Pro His Xaa Xaa Leu Xaa Xaa Xaa Asp Xaa Val Phe Ala 1 5 10 15 Glu Xaa Ala Gln Xaa Xaa Xaa Leu Xaa Xaa Asp 20 25 <210> 232 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(2) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (6)..(7) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (9)..(11) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (13)..(13) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (15)..(26) <223> Any amino acid <400> 232 Xaa Xaa Asp Tyr His Xaa Xaa Trp Xaa Xaa Xaa Asp Xaa Val Xaa Xaa 1 5 10 15 Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Gly 20 25 <210> 233 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(7) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (9)..(11) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (13)..(13) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (15)..(16) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (18)..(18) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (22)..(23) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (25)..(26) <223> Any amino acid <400> 233 Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Trp Xaa Xaa Xaa Asp Xaa Val Xaa Xaa 1 5 10 15 Pro Xaa Val Arg Leu Xaa Xaa Phe Xaa Xaa Ser 20 25 <210> 234 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 234 Pro Thr Pro Glu Phe Tyr Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 235 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 235 Pro Thr Pro Glu Tyr Leu Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 236 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 236 Ala Glu Asn Phe Tyr Leu Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 237 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 237 Ala Pro Glu Tyr Leu Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 238 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 238 Gly Pro Glu Tyr Leu Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 239 <211> 14 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 239 Pro Thr Gly Glu Asn Phe Tyr Leu Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 240 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 240 Pro Thr Tyr Leu Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 241 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 241 Gly Ala Pro Glu Tyr Leu Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 242 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 242 Gly Ala Pro Glu Phe Tyr Val Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 243 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 243 Pro Glu Phe Tyr Leu Asp Val Pro Val 1 5 <210> 244 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 244 Gly Pro Glu Tyr Leu Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 245 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 245 Pro Glu Tyr Leu Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 246 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 246 Pro Thr Gly Glu Asn Phe Tyr Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 247 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 247 Ala Pro Glu Phe Tyr Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 248 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 248 Gly Pro Glu Phe Tyr Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 249 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 249 Gly Pro Glu Tyr Leu Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 250 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 250 Pro Thr Glu Asn Phe Tyr Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 251 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 251 Pro Thr Ala Pro Glu Tyr Val Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 252 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 252 Gly Pro Glu Tyr Val Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 253 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 253 Pro Thr Ala Pro Glu Tyr Val Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 254 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 254 Gly Phe Leu Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 <210> 255 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 255 Gly Ala Pro Glu Tyr Val Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 10 <210> 256 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 256 Pro Thr Glu Asn Tyr Leu Gly Leu Asp Val 1 5 10 <210> 257 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 257 Phe Tyr Leu Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 <210> 258 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 258 Glu Asn Tyr Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 <210> 259 <211> 8 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 259 Tyr Leu Gly Leu Asp Val Pro Val 1 5 <210> 260 <211> 100 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 260 Cys Gln Pro Gln Asn Gly Ser Val Thr Cys Phe Gly Pro Glu Ala Asp 1 5 10 15 Gln Cys Val Ala Cys Ala His Tyr Lys Asp Pro Pro Phe Cys Val Ala 20 25 30 Arg Cys Pro Ser Gly Val Lys Pro Asp Leu Ser Tyr Met Pro Ile Trp 35 40 45 Lys Phe Pro Asp Glu Glu Gly Ala Cys Gln Pro Cys Pro Ile Asn Cys 50 55 60 Thr His Ser Cys Val Asp Leu Asp Asp Lys Gly Cys Pro Ala Glu Gln 65 70 75 80 Asp Ile Glu Asn Leu Tyr Phe Gln Gly Ala Met Ala Ala Ala Ala Arg 85 90 95 Gly Gly Pro Glu 100 <210> 261 <211> 19 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (4)..(5) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (10)..(10) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (14)..(16) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (19)..(19) <223> Any amino acid <400> 261 Phe Gly Pro Xaa Xaa Gln Tyr Lys Pro Xaa Phe Trp Lys Xaa Xaa Xaa 1 5 10 15 Gln Pro Xaa <210> 262 <211> 19 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(1) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (4)..(5) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (9)..(10) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (12)..(14) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (16)..(16) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (19)..(19) <223> Any amino acid <400> 262 Xaa Pro Pro Xaa Xaa Phe Trp Lys Xaa Xaa Phe Xaa Xaa Xaa Gly Xaa 1 5 10 15 Ala Pro Xaa <210> 263 <211> 19 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (4)..(5) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (10)..(10) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (12)..(16) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (19)..(19) <223> Any amino acid <400> 263 Phe Gly Pro Xaa Xaa Gln Tyr Lys Pro Xaa Phe Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa 1 5 10 15 Gln Pro Xaa <210> 264 <211> 19 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (4)..(5) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (9)..(10) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (12)..(14) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (16)..(16) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (19)..(19) <223> Any amino acid <400> 264 Phe Gly Pro Xaa Xaa Gln Tyr Lys Xaa Xaa Phe Xaa Xaa Xaa Gly Xaa 1 5 10 15 Ala Pro Xaa <210> 265 <211> 19 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (4)..(5) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (10)..(10) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (14)..(14) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (16)..(16) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (19)..(19) <223> Any amino acid <400> 265 Phe Gly Pro Xaa Xaa Gln Tyr Lys Pro Xaa Ile Trp Lys Xaa Phe Xaa 1 5 10 15 Gln Pro Xaa <210> 266 <211> 19 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (4)..(6) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (16)..(16) <223> Any amino acid <220> <221> MOD_RES <222> (19)..(19) <223> Any amino acid <400> 266 Phe Gly Pro Xaa Xaa Xaa Tyr Lys Pro Pro Ile Trp Lys Phe Gly Xaa 1 5 10 15 Ala Pro Xaa <210> 267 <211> 30 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 267 Ala Lys Pro Asn Gly Ile Phe Lys Gly Ser Thr Ala Glu Asn Ala Glu 1 5 10 15 Tyr Leu Arg Val Ala Pro Gln Ser Ser Glu Phe Ile Gly Ala 20 25 30 <210> 268 <211> 30 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 268 Ala Lys Pro Asn Gly Ile Phe Lys Gly Ser Thr Ala Glu Asn Ala Glu 1 5 10 15 Tyr Leu Arg Val Ala Pro Gln Gly Ser Glu Phe Ile Gly Ala 20 25 30 <210> 269 <211> 4 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 269 His Glu Val Gly 1

Claims (314)

  1. (a) 생물학적 서열 및 다수의 합성 단계들을 수용하는 단계;
    (b) 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재(substrate) 위의 각각의 특징부(feature)에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
    (c) 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
    (d) 단량체를 특징부에 커플링시켜 분자를 형성하는 단계
    를 포함하고, (c) 및 (d)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 합성 단계를 반복하는 것인 기재 위에서 복수의 분자들을 포함하는 화학적 라이브러리를 인시츄(in situ) 합성하는 방법.
  2. 제1항에 있어서, 합성 단계의 수는 생물학적 서열의 길이의 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 큰 것인 방법.
  3. 제1항에 있어서, 입력 생물학적 서열은 질환 관련 에피토프를 포함하는 것인 방법.
  4. 제1항에 있어서, 입력 생물학적 서열은 펩타이드 서열을 포함하는 것인 방법.
  5. 제1항에 있어서, 입력 생물학적 서열은 에피토프 서열을 포함하는 것인 방법.
  6. 제1항에 있어서, 입력 생물학적 서열은 무작위 서열을 포함하는 것인 방법.
  7. 제1항에 있어서, 입력 생물학적 서열로부터 단량체들의 순서 목록을 유도하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  8. 제7항에 있어서, 순서 목록의 크기는 합성 단계의 수인 방법.
  9. 제7항에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 입력 생물학적 서열을 포함하는 것인 방법.
  10. 제9항에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 역순으로 입력 생물학적 서열을 포함하는 것인 방법.
  11. 제7항에 있어서, 분자는 펩타이드 또는 핵산인 방법.
  12. 제7항에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 아미노산의 서열을 포함하는 것인 방법.
  13. 제7항에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 뉴클레오타이드의 서열을 포함하는 것인 방법.
  14. 제1항에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90 또는 100 미만인 방법.
  15. 제1항에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 합성 단계의 수인 방법.
  16. 제1항에 있어서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 20% 내지 약 50%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 방법.
  17. 제1항에 있어서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 30% 내지 약 45%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 방법.
  18. 제1항에 있어서, 합성 단계는 포토리소그래피에 기반을 둔 것인 방법.
  19. 제1항에 있어서, 기재 위의 특징부는 직경이 약 0.5 마이크론 내지 약 200 마이크론이고 중심에서 중심-대-중심 거리가 약 1 마이크론 내지 약 300 마이크론인 방법.
  20. 제1항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 40%의 분자가 상이한 것인 방법.
  21. 제1항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자가 상이한 것인 방법.
  22. 제1항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 60%의 분자가 상이한 것인 방법.
  23. 제1항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 70%의 분자가 상이한 것인 방법.
  24. 제1항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 80%의 분자가 상이한 것인 방법.
  25. 제1항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 90%의 분자가 상이한 것인 방법.
  26. 제1항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자는 길이가 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 방법.
  27. 제1항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자는 길이가 기껏해야 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 방법.
  28. 제1항에 있어서, 라이브러리 내의 분자는 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체의 중간 길이를 포함하는 것인 방법.
  29. 제1항에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이와 동등한 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 방법.
  30. 제1항에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%보다 더 긴 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 방법.
  31. 제1항에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 짧은 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 방법.
  32. 제1항에 있어서, 기재는 어레이, 웨이퍼, 슬라이드 및 비드로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 방법.
  33. 제1항에 있어서, 합성된 화학적 라이브러리는 펩타이드, 뉴클레오타이드 또는 이들의 조합을 포함하는 것인 방법.
  34. 제33항에 있어서, 펩타이드는 길이가 약 5개 내지 약 25개 아미노산인 방법.
  35. 제34항에 있어서, 아미노산 C, I 및 M, 및 임의적으로 Q 및 E는 펩타이드 합성을 위해 사용될 수 있는 아미노산에 포함되지 않는 것인 방법.
  36. 제1항에 있어서, 화학적 라이브러리는 산화 조건하에서 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 것인 방법.
  37. 제36항에 있어서, 표면 스페이서는 Cys-Gly-Pro-Gly-Xaan-Gly-Pro-Gly-Cys 또는 Cys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-Cys인 방법.
  38. 제1항에 있어서, 화학적 라이브러리는 에스테르 결합으로 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 것인 방법.
  39. 제38항에 있어서, 에스테르 결합은 동종이작용성 디-NHS 에스테르 결합인 방법.
  40. 제38항에 있어서, 표면 스페이서는 Lys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-라이신인 방법.
  41. 제1항에 있어서, 기재는 친수성 단일층으로 코팅되는 것인 방법.
  42. 제41항에 있어서, 친수성 단일층은 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 폴리비닐 알코올, 카복시메틸 덱스트란, 및 이들의 조합을 포함하는 것인 방법.
  43. 제41항에 있어서, 친수성 단일층은 균질한 것인 방법.
  44. 복수의 분자들을 포함하는 인시츄 합성된 화학적 라이브러리로서, 합성이
    (a) 생물학적 서열 및 다수의 합성 단계들을 수용하는 단계;
    (b) 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
    (c) 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
    (d) 단량체를 특징부에 커플링시켜 분자를 형성하는 단계
    를 포함하는 패턴화된 단계들을 이용하여 기재 위에서 라이브러리를 구축하고, (c) 및 (d)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 합성 단계가 반복되는 것인 인시츄 합성된 화학적 라이브러리.
  45. 제44항에 있어서, 합성 단계의 수는 생물학적 서열의 길이의 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 큰 것인 라이브러리.
  46. 제44항에 있어서, 입력 생물학적 서열은 질환 관련 에피토프를 포함하는 것인 라이브러리.
  47. 제44항에 있어서, 입력 생물학적 서열은 펩타이드 서열을 포함하는 것인 라이브러리.
  48. 제44항에 있어서, 입력 생물학적 서열은 에피토프 서열을 포함하는 것인 라이브러리.
  49. 제44항에 있어서, 입력 생물학적 서열은 무작위 서열을 포함하는 것인 라이브러리.
  50. 제44항에 있어서, 입력 생물학적 서열로부터 단량체들의 순서 목록을 유도하는 것을 추가로 포함하는 라이브러리.
  51. 제50항에 있어서, 순서 목록의 크기는 합성 단계의 수인 라이브러리.
  52. 제50항에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 입력 생물학적 서열을 포함하는 것인 라이브러리.
  53. 제50항에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 역순으로 입력 생물학적 서열을 포함하는 것인 라이브러리.
  54. 제44항에 있어서, 분자는 펩타이드 또는 핵산을 포함하는 것인 라이브러리.
  55. 제50항에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 아미노산의 서열을 포함하는 것인 라이브러리.
  56. 제50항에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 뉴클레오타이드의 서열을 포함하는 것인 라이브러리.
  57. 제44항에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90 또는 100 미만인 라이브러리.
  58. 제44항에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 합성 단계의 수인 라이브러리.
  59. 제44항에 있어서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 20% 내지 약 50%의 활성화 지정 특징부는 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 라이브러리.
  60. 제44항에 있어서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 30% 내지 약 45%의 활성화 지정 특징부는 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 라이브러리.
  61. 제44항에 있어서, 합성 단계는 포토리소그래피에 기반을 둔 것인 라이브러리.
  62. 제44항에 있어서, 기재 위의 특징부는 직경이 약 0.5 마이크론 내지 약 200 마이크론이고 중심에서 중심-대-중심 거리가 약 1 마이크론 내지 약 300 마이크론인 라이브러리.
  63. 제44항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 40%의 분자가 상이한 것인 라이브러리.
  64. 제44항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자가 상이한 것인 라이브러리.
  65. 제44항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 60%의 분자가 상이한 것인 라이브러리.
  66. 제44항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 70%의 분자가 상이한 것인 라이브러리.
  67. 제44항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 80%의 분자가 상이한 것인 라이브러리.
  68. 제44항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 90%의 분자가 상이한 것인 라이브러리.
  69. 제44항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자는 길이가 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 라이브러리.
  70. 제44항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자는 길이가 기껏해야 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 라이브러리.
  71. 제44항에 있어서, 라이브러리 내의 분자는 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체의 중간 길이를 포함하는 것인 라이브러리.
  72. 제44항에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이와 동등한 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 라이브러리.
  73. 제44항에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%보다 더 긴 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 라이브러리.
  74. 제44항에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 짧은 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 라이브러리.
  75. 제44항에 있어서, 기재는 어레이, 웨이퍼, 슬라이드 및 비드로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 라이브러리.
  76. 제44항에 있어서, 펩타이드, 뉴클레오타이드 또는 이들의 조합을 포함하는 라이브러리.
  77. 제76항에 있어서, 펩타이드는 길이가 약 5개 내지 약 25개 아미노산인 라이브러리.
  78. 제77항에 있어서, 아미노산 C, I 및 M, 및 임의적으로 Q 및 E는 펩타이드 합성을 위해 사용될 수 있는 아미노산에 포함되지 않는 것인 라이브러리.
  79. 제44항에 있어서, 산화 조건하에서 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 라이브러리.
  80. 제79항에 있어서, 표면 스페이서는 Cys-Gly-Pro-Gly-Xaan-Gly-Pro-Gly-Cys 또는 Cys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-Cys인 라이브러리.
  81. 제44항에 있어서, 에스테르 결합으로 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 라이브러리.
  82. 제81항에 있어서, 에스테르 결합은 동종이작용성 디-NHS 에스테르 결합인 라이브러리.
  83. 제82항에 있어서, 표면 스페이서는 Lys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-라이신인 라이브러리.
  84. 제44항에 있어서, 기재는 친수성 단일층으로 코팅되는 것인 라이브러리.
  85. 제84항에 있어서, 친수성 단일층은 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 폴리비닐 알코올, 카복시메틸 덱스트란, 및 이들의 조합을 포함하는 것인 라이브러리.
  86. 제84항에 있어서, 친수성 단일층은 균질한 것인 라이브러리.
  87. (a) 프로세서 및 메모리; 및
    (b) (1) 생물학적 서열 및 다수의 합성 단계들을 수용하도록 구성된 수용 모듈;
    (2) (i) 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계; (ii) 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및 (iii) 단량체를 특징부에 커플링시켜 분자를 형성하는 단계를 수행하도록 구성된 시뮬레이션 모듈
    을 포함하는, 상기 프로세서에 의해 실행될 수 있는 지시를 포함하는 컴퓨터 프로그램
    을 포함하고, (i), (ii) 및 (iii)이 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 합성 단계가 반복되는 것인 기재 위에서 복수의 분자들을 포함하는 화학적 라이브러리의 인시츄 합성을 시뮬레이션하는 전산 시스템.
  88. 제87항에 있어서, 합성 단계의 수는 생물학적 서열의 길이의 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 큰 것인 시스템.
  89. 제87항에 있어서, 입력 생물학적 서열은 질환 관련 에피토프를 포함하는 것인 시스템.
  90. 제87항에 있어서, 입력 생물학적 서열은 펩타이드 서열을 포함하는 것인 시스템.
  91. 제87항에 있어서, 입력 생물학적 서열은 에피토프 서열을 포함하는 것인 시스템.
  92. 제87항에 있어서, 입력 생물학적 서열은 무작위 서열을 포함하는 것인 시스템.
  93. 제87항에 있어서, 입력 생물학적 서열로부터 단량체들의 순서 목록을 유도하는 것을 추가로 포함하는 시스템.
  94. 제93항에 있어서, 순서 목록의 크기는 합성 단계의 수인 시스템.
  95. 제93항에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 입력 생물학적 서열을 포함하는 것인 시스템.
  96. 제95항에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 역순으로 입력 생물학적 서열을 포함하는 것인 시스템.
  97. 제87항에 있어서, 분자는 펩타이드 또는 핵산을 포함하는 것인 시스템.
  98. 제87항에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 아미노산의 서열을 포함하는 것인 시스템.
  99. 제87항에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 뉴클레오타이드의 서열을 포함하는 것인 시스템.
  100. 제87항에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90 또는 100 미만인 시스템.
  101. 제87항에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 합성 단계의 수인 시스템.
  102. 제87항에 있어서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 20% 내지 약 50%의 활성화 지정 특징부는 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 시스템.
  103. 제87항에 있어서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 30% 내지 약 45%의 활성화 지정 특징부는 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 시스템.
  104. 제87항에 있어서, 합성 단계는 포토리소그래피에 기반을 둔 것인 시스템.
  105. 제87항에 있어서, 기재 위의 특징부는 직경이 약 0.5 마이크론 내지 약 200 마이크론이고 중심에서 중심-대-중심 거리가 약 1 마이크론 내지 약 300 마이크론인 시스템.
  106. 제87항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 40%의 분자가 상이한 것인 시스템.
  107. 제87항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자가 상이한 것인 시스템.
  108. 제87항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 60%의 분자가 상이한 것인 시스템.
  109. 제87항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 70%의 분자가 상이한 것인 시스템.
  110. 제87항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 80%의 분자가 상이한 것인 시스템.
  111. 제87항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 90%의 분자가 상이한 것인 시스템.
  112. 제87항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자는 길이가 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 시스템.
  113. 제87항에 있어서, 라이브러리 내의 적어도 50%의 분자는 길이가 기껏해야 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 시스템.
  114. 제87항에 있어서, 라이브러리 내의 분자는 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체의 중간 길이를 포함하는 것인 시스템.
  115. 제87항에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이와 동등한 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 시스템.
  116. 제87항에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%보다 더 긴 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 시스템.
  117. 제87항에 있어서, 라이브러리는 생물학적 서열의 길이의 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 짧은 중간 단량체 길이를 포함하는 것인 시스템.
  118. 제87항에 있어서, 기재는 어레이, 웨이퍼, 슬라이드 및 비드로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 시스템.
  119. 제87항에 있어서, 합성된 화학적 라이브러리는 펩타이드, 뉴클레오타이드 또는 이들의 조합을 포함하는 것인 시스템.
  120. 제119항에 있어서, 펩타이드는 길이가 약 5개 내지 약 25개 아미노산인 시스템.
  121. 제120항에 있어서, 아미노산 C, I 및 M, 및 임의적으로 Q 및 E는 펩타이드 합성을 위해 사용될 수 있는 아미노산에 포함되지 않는 것인 시스템.
  122. 제87항에 있어서, 화학적 라이브러리는 산화 조건하에서 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 것인 시스템.
  123. 제122항에 있어서, 표면 스페이서는 Cys-Gly-Pro-Gly-Xaan-Gly-Pro-Gly-Cys 또는 Cys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-Cys인 시스템.
  124. 제87항에 있어서, 화학적 라이브러리는 에스테르 결합으로 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 것인 시스템.
  125. 제124항에 있어서, 에스테르 결합은 동종이작용성 디-NHS 에스테르 결합인 시스템.
  126. 제125항에 있어서, 표면 스페이서는 Lys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-라이신인 시스템.
  127. 제87항에 있어서, 기재는 친수성 단일층으로 코팅되는 것인 시스템.
  128. 제127항에 있어서, 친수성 단일층은 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 폴리비닐 알코올, 카복시메틸 덱스트란, 및 이들의 조합을 포함하는 것인 시스템.
  129. 제127항에 있어서, 친수성 단일층은 균질한 것인 시스템.
  130. (a) 입력 아미노산 서열을 수용하는 단계;
    (b) 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
    (c) 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
    (d) 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
    (e) 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
    를 포함하고, (c) 및 (d)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하고, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 펩타이드 어레이를 인시츄 합성하는 방법.
  131. 제130항에 있어서, 합성 단계의 수는 생물학적 서열의 길이의 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 큰 것인 방법.
  132. 제130항에 있어서, 입력 서열은 질환 관련 에피토프를 포함하는 것인 방법.
  133. 제130항에 있어서, 입력 서열은 펩타이드 서열을 포함하는 것인 방법.
  134. 제130항에 있어서, 입력 서열은 에피토프 서열을 포함하는 것인 방법.
  135. 제130항에 있어서, 입력 서열로부터 단량체들의 순서 목록을 유도하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  136. 제135항에 있어서, 순서 목록의 크기는 합성 단계의 수인 방법.
  137. 제135항에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 입력 서열을 포함하는 것인 방법.
  138. 제137항에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 역순으로 입력 서열을 포함하는 것인 방법.
  139. 제135항에 있어서, 단량체들의 순서 목록은 아미노산의 서열을 포함하는 것인 방법.
  140. 제130항에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90 또는 100 미만인 방법.
  141. 제130항에 있어서, 복수의 패턴화된 마스크들의 수는 합성 단계의 수인 방법.
  142. 제130항에 있어서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 20% 내지 약 50%의 활성화 지정 특징부는 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 방법.
  143. 제130항에 있어서, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 30% 내지 약 45%의 활성화 지정 특징부는 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 방법.
  144. 제130항에 있어서, 합성 단계는 포토리소그래피에 기반을 둔 것인 방법.
  145. 제130항에 있어서, 기재 위의 특징부는 직경이 약 0.5 마이크론 내지 약 200 마이크론이고 중심에서 중심-대-중심 거리가 약 1 마이크론 내지 약 300 마이크론인 방법.
  146. 제130항에 있어서, 어레이 위의 적어도 40%의 펩타이드가 상이한 것인 방법.
  147. 제130항에 있어서, 어레이 위의 적어도 50%의 펩타이드가 상이한 것인 방법.
  148. 제130항에 있어서, 어레이 위의 적어도 60%의 펩타이드가 상이한 것인 방법.
  149. 제130항에 있어서, 어레이 위의 적어도 70%의 펩타이드가 상이한 것인 방법.
  150. 제130항에 있어서, 어레이 위의 적어도 80%의 펩타이드가 상이한 것인 방법.
  151. 제130항에 있어서, 어레이 위의 적어도 90%의 펩타이드가 상이한 것인 방법.
  152. 제130항에 있어서, 어레이 위의 적어도 50%의 펩타이드는 길이가 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 방법.
  153. 제130항에 있어서, 어레이 위의 적어도 50%의 펩타이드는 길이가 기껏해야 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체인 방법.
  154. 제130항에 있어서, 어레이 위의 펩타이드는 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 단량체의 중간 길이를 포함하는 것인 방법.
  155. 제130항에 있어서, 어레이는 입력 서열의 길이와 동등한 중간 펩타이드 길이를 포함하는 것인 방법.
  156. 제130항에 있어서, 어레이는 입력 서열의 길이의 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%보다 더 긴 중간 펩타이드 길이를 포함하는 것인 방법.
  157. 제130항에 있어서, 어레이는 입력 서열의 길이의 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% 또는 200%보다 더 짧은 중간 펩타이드 길이를 포함하는 것인 방법.
  158. 제130항에 있어서, 펩타이드는 길이가 약 5개 내지 약 25개 아미노산인 방법.
  159. 제130항에 있어서, 아미노산 C, I 및 M, 및 임의적으로 Q 및 E는 펩타이드 합성을 위해 사용될 수 있는 아미노산에 포함되지 않는 것인 방법.
  160. 제130항에 있어서, 펩타이드 어레이는 산화 조건하에서 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 것인 방법.
  161. 제160항에 있어서, 표면 스페이서는 Cys-Gly-Pro-Gly-Xaan-Gly-Pro-Gly-Cys 또는 Cys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-Cys인 방법.
  162. 제130항에 있어서, 펩타이드 어레이는 에스테르 결합으로 고리화할 수 있는 표면 스페이서로 합성되는 것인 방법.
  163. 제162항에 있어서, 에스테르 결합은 동종이작용성 디-NHS 에스테르 결합인 방법.
  164. 제160항에 있어서, 표면 스페이서는 Lys-(PEG3)-Xaan-(PEG3)-라이신인 방법.
  165. 제130항에 있어서, 펩타이드 어레이는 친수성 단일층으로 코팅되는 것인 방법.
  166. 제165항에 있어서, 친수성 단일층은 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 폴리비닐 알코올, 카복시메틸 덱스트란 및 이들의 조합을 포함하는 것인 방법.
  167. 제165항에 있어서, 친수성 단일층은 균질한 것인 방법.
  168. 어레이 위에 복수의 인시츄 합성된 펩타이드들을 포함하는 어레이로서, 상기 펩타이드가 복수의 패턴화된 마스크들에 의해 생성되고, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 어레이.
  169. (a) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 내에서 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
    (b) 개별 펩타이드를 적어도 하나의 단백질 표적과 정렬시키는 단계로서, 단계 (a)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
    (c) 단계 (b)의 정렬 점수를 사용하여 적어도 하나의 단백질 표적에 대한 항체의 결합을 특징규명하는 단계
    를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 대한 항체 결합을 특징규명하는 방법.
  170. 제169항에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 20배 이내에 있는 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
  171. 제169항에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 5%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
  172. 제169항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플을 포함하는 것인 방법.
  173. 제169항에 있어서, 생물학적 샘플은 혈청인 방법.
  174. 제169항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질로부터 유래한 것인 방법.
  175. 제174항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질과 적어도 50% 유사한 것인 방법.
  176. 제169항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프로부터 유래한 것인 방법.
  177. 제176항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프와 적어도 50% 유사한 것인 방법.
  178. 제169항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플 및 제174항 내지 제177항 중 어느 한 항의 펩타이드를 포함하는 것인 방법.
  179. 제169항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  180. 제169항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 10,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  181. 제169항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 100,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  182. 제169항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1,000,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  183. 제169항에 있어서, 펩타이드 어레이는 인시츄 합성되는 것인 방법.
  184. 제183항에 있어서, 펩타이드 어레이는
    i. 입력 아미노산 서열을 수용하는 단계;
    ii. 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
    iii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
    iv. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
    v. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
    에 의해 합성되고, (c) 및 (d)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하며, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법.
  185. 제169항에 있어서, 결합 신호는 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 부재 및 존재하에서 신호의 강도로서 측정되는 것인 방법.
  186. 제169항에 있어서, 겉보기 Kd가 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 존재 및 부재하에서 수득되는 것인 방법.
  187. 제169항에 있어서, 적어도 하나의 추가 항체가 펩타이드 어레이와 접촉되고, 각각의 항체에 의해 수득된 정렬 점수의 순위를 매겨 단백질 표적에 결합하는 각각의 항체의 성향을 결정하는 것인 방법.
  188. 제169항에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수(metric score)를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제169항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 결합 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
  189. 제169항에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제169항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수, 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 펩타이드의 수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 특이성 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
  190. (a) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
    (b) 개별 펩타이드를 적어도 하나의 단백질 표적과 정렬시키는 단계로서, 단계 (a)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
    (c) 단계 (a)의 개별 펩타이드에서 보존된 아미노산을 확인하여 보존된 결합 펩타이드 모티프를 확인하고 개별 모티프를 상기 적어도 하나의 표적 단백질과 정렬시켜 표적 단백질의 적어도 하나의 항체 에피토프를 확인하는 단계
    를 포함하는, 표적 단백질에서 항체 에피토프를 확인하는 방법.
  191. 제190항에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 20배 이내에 있는 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
  192. 제190항에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호이고, 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 5%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
  193. 제190항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플을 포함하는 것인 방법.
  194. 제190항에 있어서, 생물학적 샘플은 혈청인 방법.
  195. 제190항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질로부터 유래한 것인 방법.
  196. 제195항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질과 적어도 50% 유사한 것인 방법.
  197. 제190항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프로부터 유래한 것인 방법.
  198. 제197항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프와 적어도 50% 유사한 것인 방법.
  199. 제190항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플 및 제193항 내지 제198항 중 어느 한 항의 펩타이드를 포함하는 것인 방법.
  200. 제190항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  201. 제190항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 10,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  202. 제190항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 100,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  203. 제190항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1,000,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  204. 제190항 있어서, 펩타이드 어레이는 인시츄 합성되는 것인 방법.
  205. 제204항에 있어서, 펩타이드 어레이는
    i. 입력 아미노산 서열을 수용하는 단계;
    ii. 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
    iii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
    iv. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
    v. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
    에 의해 합성되고, (c) 및 (d)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하며, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법.
  206. 제190항에 있어서, 결합 신호는 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 부재 및 존재하에서 신호의 강도로서 측정되는 것인 방법.
  207. 제190항에 있어서, 겉보기 Kd가 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 존재 및 부재하에서 수득되는 것인 방법.
  208. 제190항에 있어서, 적어도 하나의 추가 항체가 펩타이드 어레이와 접촉되고, 각각의 항체에 의해 수득된 정렬 점수의 순위를 매겨 단백질 표적에 결합하는 각각의 항체의 성향을 결정하는 것인 방법.
  209. 제190항에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제190항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 결합 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
  210. 제190항에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제190항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수, 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 펩타이드의 수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 특이성 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
  211. 제190항에 있어서, 단백질 데이터베이스에 대한 검색 기준으로서 적어도 하나의 항체 에피토프를 정렬시키는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  212. 제211항에 있어서, 단백질 데이터베이스는 프로테옴 데이터베이스이고, 추가 항체 표적 단백질 및/또는 교차반응성 단백질을 확인하는 것인 방법.
  213. (a) 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 제1 펩타이드 어레이를 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 제1 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
    (b) 단계 (a)의 개별 펩타이드들 중 적어도 하나의 개별 펩타이드, 단계 (a)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 보존된 모티프 또는 단계 (a)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 정렬된 모티프로부터 선택된 입력 펩타이드 서열을 사용하여 제2 펩타이드 어레이를 생성하는 단계로서, 제2 펩타이드 어레이가
    i. 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
    ii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
    iii. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
    iv. 단량체를 특징부에 커플링시는 단계
    에 의해 합성되고, (ii) 및 (iii)이 하나의 상기 합성 단계를 구성하며, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 단계;
    (c) 상기 제2 펩타이드 어레이를 상기 항체와 접촉시켜 제2 세트의 펩타이드들을 확인하는 단계;
    (d) 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 상기 제2 펩타이드 어레이를 상기 항체와 접촉시키고, 단계 (c)에서 결합 신호의 제2 소정의 역치 이내에서 결합 신호를 나타내는 단계 (c)로부터의 제2 세트의 개별 펩타이드들을 확인하는 단계; 및
    (e) 상기 제2 세트의 개별 펩타이드들을 표적 단백질과 정렬시키고, 확인된 제2 세트의 개별 펩타이드들과 정렬되는 영역을 표적 단백질에서 확인함으로써, 표적 단백질에서 항체 결합 영역을 특징규명하는 단계
    를 포함하는, 표적 단백질에서 항체 결합 영역을 특징규명하는 방법.
  214. 제213항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플을 포함하는 것인 방법.
  215. 제213항에 있어서, 생물학적 샘플은 혈청인 방법.
  216. 제213항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질로부터 유래한 것인 방법.
  217. 제216항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질과 적어도 50% 유사한 것인 방법.
  218. 제213항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프로부터 유래한 것인 방법.
  219. 제218항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프와 적어도 50% 유사한 것인 방법.
  220. 제213항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플 및 제216항 내지 제219항 중 어느 한 항의 펩타이드를 포함하는 것인 방법.
  221. 제213항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  222. 제213항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 10,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  223. 제213항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 100,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  224. 제213항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1,000,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  225. 제213항에 있어서, 펩타이드 어레이는 인시츄 합성되는 것인 방법.
  226. 제213항에 있어서, 제1 펩타이드 어레이는
    i. 입력 아미노산 서열을 수용하는 단계;
    ii. 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
    iii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
    iv. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
    v. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
    에 의해 합성되고, (c) 및 (d)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하며, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법.
  227. 제213항에 있어서, 결합 신호는 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 부재 및 존재하에서 신호의 강도로서 측정되는 것인 방법.
  228. 제213항에 있어서, 겉보기 Kd가 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 존재 및 부재하에서 수득되는 것인 방법.
  229. 제213항에 있어서, 적어도 하나의 추가 항체가 펩타이드 어레이와 접촉되고, 각각의 항체에 의해 수득된 정렬 점수의 순위를 매겨 단백질 표적에 결합하는 각각의 항체의 성향을 결정하는 것인 방법.
  230. 제213항에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제213항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 결합 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
  231. 제213항에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제213항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수, 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 펩타이드의 수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 특이성 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
  232. 제213항에 있어서, 단백질 데이터베이스에 대한 검색 기준으로서 적어도 하나의 항체 에피토프를 정렬시키는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  233. 제232항에 있어서, 단백질 데이터베이스는 프로테옴 데이터베이스이고, 추가 항체 표적 단백질 및/또는 교차반응성 단백질을 확인하는 것인 방법.
  234. 제213항에 있어서, 제1 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 20배 이내에 있는 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
  235. 제213항에 있어서, 제2 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 20배 이내에 있는 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
  236. 제213항에 있어서, 제1 소정의 역치는 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 5%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
  237. 제213항에 있어서, 제2 소정의 역치는 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 5%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
  238. 제213항에 있어서, 항체 결합 영역(들)은 표적 단백질의 선형 에피토프인 방법.
  239. 제213항에 있어서, 항체 결합 영역(들)은 표적 영역의 구조적 에피토프인 방법.
  240. 제239항에 있어서, 제213항의 단계 (b) 내지 (d)를 제213항의 단계 (a)의 개별 펩타이드들 중 적어도 하나의 개별 펩타이드로부터 선택된 추가 펩타이드로 반복하는 것인 방법.
  241. (a) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 제1 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 입력 아미노산 서열을 수득하는 단계로서, 확인된 입력 아미노산 서열이 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서의 결합 신호의 제1 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서의 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
    (b) 단계 (a)의 개별 펩타이드들 중 적어도 하나의 개별 펩타이드, 단계 (a)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 보존된 모티프 또는 단계 (a)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 정렬된 모티프로부터 선택된 하나 이상의 입력 아미노산 서열을 사용하여 하나 이상의 제2 펩타이드 어레이(들)를 수득하는 단계로서, 하나 이상의 제2 펩타이드 어레이가
    i. 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
    ii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
    iii. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
    iv. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
    에 의해 합성되고, (ii) 및 (iii)이 하나의 상기 합성 단계를 구성하며, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 단계;
    (c) 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 각각의 상기 제2 펩타이드 어레이(들)를 상기 항체와 접촉시켜 한 세트의 펩타이드 서열들을 수득하는 단계로서, 확인된 세트의 펩타이드 서열들이 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 제2 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
    (d) 상기 세트의 펩타이드 서열들을 서로 정렬시켜 적어도 하나의 예측 결합 모티프를 수득하는 단계; 및
    (e) 상기 예측 결합 모티프를 단백질 데이터베이스에 대한 검색 기준으로서 정렬시킴으로써, 단백질 데이터베이스 검색 결과 점수를 기준으로 항체의 표적 단백질을 확인하는 단계
    를 포함하는, 항체의 표적 단백질을 확인하는 방법.
  242. 제241항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플을 포함하는 것인 방법.
  243. 제241항에 있어서, 생물학적 샘플은 혈청인 방법.
  244. 제241항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질로부터 유래한 것인 방법.
  245. 제244항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질과 적어도 50% 유사한 것인 방법.
  246. 제241항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프로부터 유래한 것인 방법.
  247. 제246항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프와 적어도 50% 유사한 것인 방법.
  248. 제241항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플 및 제244항 내지 제247항 중 어느 한 항의 펩타이드를 포함하는 것인 방법.
  249. 제241항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  250. 제241항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 10,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  251. 제241항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 100,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  252. 제241항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1,000,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  253. 제241항에 있어서, 펩타이드 어레이는 인시츄 합성되는 것인 방법.
  254. 제241항에 있어서, 제1 펩타이드 어레이는
    i. 입력 아미노산 서열을 수용하는 단계;
    ii. 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
    iii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
    iv. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
    v. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
    에 의해 합성되고, (c) 및 (d)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하며, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법.
  255. 제241항에 있어서, 결합 신호는 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 부재 및 존재하에서 신호의 강도로서 측정되는 것인 방법.
  256. 제241항에 있어서, 겉보기 Kd가 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 존재 및 부재하에서 수득되는 것인 방법.
  257. 제241항에 있어서, 적어도 하나의 추가 항체가 펩타이드 어레이와 접촉되고, 각각의 항체에 의해 수득된 정렬 점수의 순위를 매겨 단백질 표적에 결합하는 각각의 항체의 성향을 결정하는 것인 방법.
  258. 제241항에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제241항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 결합 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
  259. 제241항에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제241항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수, 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 펩타이드의 수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 특이성 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
  260. 제241항에 있어서, 단백질 데이터베이스에 대한 검색 기준으로서 적어도 하나의 항체 에피토프를 정렬시키는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  261. 제260항에 있어서, 단백질 데이터베이스는 프로테옴 데이터베이스이고, 추가 항체 표적 단백질 및/또는 교차반응성 단백질을 확인하는 것인 방법.
  262. 제241항에 있어서, 제1 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 20배 이내에 있는 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
  263. 제241항에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 5%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
  264. (a) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
    (b) 단계 (a)의 개별 펩타이드를 제1 단백질 표적과 정렬시키는 단계로서, 단계 (a)의 개별 펩타이드와 제1 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계;
    (c) 단계 (a)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 추가 단백질 표적(들)의 정렬을 반복하는 단계로서, 단계 (a)의 개별 펩타이드와 추가 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
    (d) 단계 (b) 및 (c)로부터의 배정 점수를 비교하여 상기 단백질 표적에 결합하는 항체의 상대적 성향을 수득하는 단계
    를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 결합하는 항체의 성향을 결정하는 방법.
  265. 제264항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플을 포함하는 것인 방법.
  266. 제265항에 있어서, 생물학적 샘플은 혈청인 방법.
  267. 제264항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질로부터 유래한 것인 방법.
  268. 제264항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질과 적어도 50% 유사한 것인 방법.
  269. 제264항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프로부터 유래한 것인 방법.
  270. 제269항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프와 적어도 50% 유사한 것인 방법.
  271. 제264항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플 및 제267항 내지 제270항 중 어느 한 항의 펩타이드를 포함하는 것인 방법.
  272. 제264항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  273. 제264항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 10,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  274. 제264항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 100,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  275. 제264항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1,000,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  276. 제264항에 있어서, 펩타이드 어레이는 인시츄 합성되는 것인 방법.
  277. 제264항에 있어서, 펩타이드 어레이는
    i. 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
    ii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
    iii. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
    iv. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
    에 의해 합성되고, (b) 및 (c)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하며, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법.
  278. 제264항에 있어서, 결합 신호는 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 부재 및 존재하에서 신호의 강도로서 측정되는 것인 방법.
  279. 제264항에 있어서, 겉보기 Kd가 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 존재 및 부재하에서 수득되는 것인 방법.
  280. 제264항에 있어서, 적어도 하나의 추가 항체가 펩타이드 어레이와 접촉되고, 각각의 항체에 의해 수득된 정렬 점수의 순위를 매겨 단백질 표적에 결합하는 각각의 항체의 성향을 결정하는 것인 방법.
  281. 제264항에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제264항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 결합 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
  282. 제264항에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제264항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수, 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 펩타이드의 수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 특이성 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
  283. 제264항에 있어서, 단백질 데이터베이스에 대한 검색 기준으로서 적어도 하나의 항체 에피토프를 정렬시키는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  284. 제283항에 있어서, 단백질 데이터베이스는 프로테옴 데이터베이스이고, 추가 항체 표적 단백질 및/또는 교차반응성 단백질을 확인하는 것인 방법.
  285. 제264항에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 20배 이내에 있는 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
  286. 제264항에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 5%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
  287. (a) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 제1 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
    (b) 단계 (a)의 하나 이상의 개별 펩타이드를 정렬시켜 적어도 하나의 예측 표적 모티프를 수득하는 단계;
    (c) 적어도 하나의 예측 표적 모티프를 제1 단백질 표적과 정렬시키는 단계로서, 단계 (a)의 개별 펩타이드와 제1 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계;
    (d) 단계 (b)의 적어도 하나의 예측 표적 모티프와 적어도 하나의 추가 단백질 표적(들)의 정렬을 반복하는 단계로서, 단계 (b)의 적어도 하나의 예측 표적 모티프와 추가 단백질 표적(들) 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
    (e) 단계 (c) 및 (d)로부터의 정렬 점수를 비교하여 상기 단백질 표적에 결합하는 항체의 상대적 성향을 수득하는 단계
    를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 결합하는 항체의 성향을 결정하는 방법.
  288. 제287항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플을 포함하는 것인 방법.
  289. 제288항에 있어서, 생물학적 샘플은 혈청인 방법.
  290. 제287항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질로부터 유래한 것인 방법.
  291. 제290항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 표적 단백질과 적어도 50% 유사한 것인 방법.
  292. 제287항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프로부터 유래한 것인 방법.
  293. 제292항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 항체의 공지된 에피토프와 적어도 50% 유사한 것인 방법.
  294. 제287항에 있어서, 경쟁자 펩타이드는 생물학적 샘플 및 제290항 내지 제293항 중 어느 한 항의 펩타이드를 포함하는 것인 방법.
  295. 제287항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  296. 제287항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 10,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  297. 제287항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 100,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  298. 제287항에 있어서, 펩타이드 어레이는 적어도 1,000,000개의 독특한 펩타이드들을 포함하는 것인 방법.
  299. 제287항에 있어서, 펩타이드 어레이는 인시츄 합성되는 것인 방법.
  300. 제287항에 있어서, 펩타이드 어레이는
    i. 입력 아미노산 서열을 수용하는 단계;
    ii. 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
    iii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
    iv. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
    v. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
    에 의해 합성되고, (c) 및 (d)가 하나의 상기 합성 단계를 구성하며, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 방법.
  301. 제287항에 있어서, 결합 신호는 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 부재 및 존재하에서 신호의 강도로서 측정되는 것인 방법.
  302. 제287항에 있어서, 겉보기 Kd가 하나 이상의 농도의 경쟁자 펩타이드의 존재 및 부재하에서 수득되는 것인 방법.
  303. 제287항에 있어서, 적어도 하나의 추가 항체가 펩타이드 어레이와 접촉되고, 각각의 항체에 의해 수득된 정렬 점수의 순위를 매겨 단백질 표적에 결합하는 각각의 항체의 성향을 결정하는 것인 방법.
  304. 제287항에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제287항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 결합 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
  305. 제287항에 있어서, 각각의 항체에 대한 계량 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 각각의 항체는 제287항의 단계 (b)로부터의 정렬 점수, 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 펩타이드의 수 및 단계 (b)로부터의 하나 초과의 정렬된 위치를 가진 단계 (a)의 개별 펩타이드의 신호의 조합으로부터 유도된 단일 특이성 프로파일 계량치가 배정되는 것인 방법.
  306. 제287항에 있어서, 단백질 데이터베이스에 대한 검색 기준으로서 적어도 하나의 항체 에피토프를 정렬시키는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  307. 제306항에 있어서, 단백질 데이터베이스는 프로테옴 데이터베이스이고, 추가 항체 표적 단백질 및/또는 교차반응성 단백질을 확인하는 것인 방법.
  308. 제287항에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자 펩타이드의 부재하에서의 결합 신호의 적어도 20배 이내에 있는 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
  309. 제287항에 있어서, 소정의 역치는 경쟁자의 부재하에 비해 적어도 5%의 결합 신호인 경쟁자 펩타이드의 존재하에서의 결합 신호인 방법.
  310. (a) 펩타이드 어레이를 제공하는 단계;
    (b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계;
    (c) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
    (d) 개별 펩타이드를 적어도 하나의 단백질 표적과 정렬시키라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
    (e) 단계 (d)의 정렬 점수를 사용하여 적어도 하나의 단백질 표적에 대한 항체의 결합을 특징규명하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계
    를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 대한 항체 결합을 특징규명하는 키트.
  311. (a) 펩타이드 어레이를 제공하는 단계;
    (b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계;
    (c) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
    (d) 개별 펩타이드를 적어도 하나의 단백질 표적과 정렬시키라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
    (e) 단계 (c)의 개별 펩타이드에서 보존된 아미노산을 확인하여 보존된 결합 펩타이드 모티프를 확인하고, 개별 모티프를 상기 적어도 하나의 표적 단백질과 정렬시켜 표적 단백질의 적어도 하나의 항체 에피토프를 확인하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계
    를 포함하는, 표적 단백질에서 항체 에피토프를 확인하는 키트.
  312. (a) 제1 펩타이드 어레이를 제공하는 단계;
    (b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계;
    (c) 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 제1 펩타이드 어레이를 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 제1 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
    (d) 단계 (c)의 개별 펩타이드들 중 적어도 하나의 개별 펩타이드, 단계 (c)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 보존된 모티프 또는 단계 (c)의 개별 펩타이드들의 정렬로부터 유도된 정렬된 모티프로부터 선택된 입력 펩타이드 서열을 사용하여 제2 펩타이드 어레이를 생성하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 제2 펩타이드 어레이가
    i. 합성 단계의 수를 결정하는 단계;
    ii. 복수의 패턴화된 마스크들을 결정하는 단계로서, 각각의 패턴화된 마스크는 기재 위의 각각의 특징부에 활성화 또는 비활성화 지정이 배정되고, 각각의 순차적 패턴화된 마스크에서 약 1% 내지 약 75%의 활성화 지정 특징부가 직전의 패턴화된 마스크의 활성화 지정 특징부와 중첩되는 것인 단계;
    iii. 적어도 하나의 단량체를 각각의 패턴화된 마스크에 배정하는 단계; 및
    iv. 단량체를 특징부에 커플링시키는 단계
    에 의해 합성되고, (ii) 및 (iii)이 하나의 상기 합성 단계를 구성하며, 상기 합성 단계를 반복하여 펩타이드 어레이를 형성하는 것인 단계;
    (e) 제2 펩타이드 어레이를 항체와 접촉시켜 제2 세트의 펩타이드들을 확인하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계;
    (f) 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 제2 펩타이드 어레이를 상기 항체와 접촉시키고, 단계 (e)에서 결합 신호의 제2 소정의 역치 이내에서 결합 신호를 나타내는 단계 (e)로부터의 제2 세트의 개별 펩타이드들을 확인하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계; 및
    (g) 상기 제2 세트의 개별 펩타이드들을 표적 단백질과 정렬시키고, 확인된 제2 세트의 개별 펩타이드들과 정렬되는 영역을 표적 단백질에서 확인함으로써, 표적 단백질에서 항체 결합 영역을 특징규명하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계
    를 포함하는, 표적 단백질에서 항체 결합 영역을 특징규명하는 키트.
  313. (a) 펩타이드 어레이를 제공하는 단계;
    (b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계;
    (c) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
    (d) 단계 (c)의 개별 펩타이드를 제1 단백질 표적과 정렬시키라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 제1 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계;
    (e) 단계 (c)의 개별 펩타이드와 적어도 하나의 추가 단백질 표적(들)의 정렬을 반복하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 추가 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
    (f) 단계 (c) 및 (d)로부터의 정렬 점수를 비교하여 상기 단백질 표적에 결합하는 항체의 상대적 성향을 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계
    를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 결합하는 항체의 성향을 결정하는 키트.
  314. (a) 제1 펩타이드 어레이를 제공하는 단계;
    (b) 복수의 경쟁자 펩타이드들을 제공하는 단계;
    (c) 하나 이상의 농도의 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재 및 부재하에서 제1 펩타이드 어레이를 하나 이상의 농도의 항체와 접촉시켜 하나 이상의 개별 펩타이드를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 확인된 하나 이상의 개별 펩타이드가 복수의 경쟁자 펩타이드들의 부재하에서 측정된 결합 신호의 소정의 역치 이내에서 복수의 경쟁자 펩타이드들의 존재하에서 측정된 결합 신호를 나타내는 것인 단계;
    (d) 단계 (c)의 하나 이상의 개별 펩타이드를 정렬시켜 적어도 하나의 예측 표적 모티프를 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계;
    (e) 적어도 하나의 예측 표적 모티프를 제1 단백질 표적과 정렬시키라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (c)의 개별 펩타이드와 제1 단백질 표적 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계;
    (f) 단계 (e)의 적어도 하나의 예측 표적 모티프와 적어도 하나의 추가 단백질 표적(들)의 정렬을 반복하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계로서, 단계 (e)의 적어도 하나의 예측 표적 모티프와 추가 단백질 표적(들) 사이의 정렬에 정렬 점수가 배정되는 것인 단계; 및
    (g) 단계 (c) 및 (d)로부터의 정렬 점수를 비교하여 상기 단백질 표적에 결합하는 항체의 상대적 성향을 수득하라는 사용자에 대한 지시를 제공하는 단계
    를 포함하는, 적어도 하나의 단백질 표적에 결합하는 항체의 성향을 결정하는 키트.
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