KR102330205B1 - 암의 진단용 조성물 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 암을 진단할 수 있는 조성물, 이를 포함하는 진단용 키트 및 상기 조성물을 이용하여 암의 진단을 위한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다.
본 발명의 바이오마커를 사용하는 경우, 암 중에서도 특히 유방암을 조기에 정확하면서도 간편하게 진단할 수 있고, 더 나아가서는 암의 병기를 진단할 수 있고, 치료 반응성 또는 치료 후 예후를 예측할 수 있다.

Description

암의 진단용 조성물{Composition for diagnosing cancer}
본 발명은 암을 진단할 수 있는 조성물, 이를 포함하는 진단용 키트 및 상기 조성물을 이용하여 암의 진단을 위한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다.
전 세계에서 유방암은 폐암에 이어 두 번째로 흔히 발생되는 암이며, 사망률은 5위에 해당하는 위험한 암이다. 유방암의 경우 일단 암세포가 주변 조직에 침범하거나 림프절로 전이가 시작되면 완치가 어렵기 때문에 조기 발견이 다른 암보다 더 중요하다고 할 수 있다.
유방암으로 인한 사망률을 줄이기 위해서는 첫째, 유방암을 조기 진단하고, 둘째, 일차 수술에 의한 치료 이후 예후를 진단하여 적절한 부가 치료 (Adjuvant therapy)를 하는 것이 중요하다. 현재 유방암 진단에는 1차 촉진에 의한 자가 진단 외에, 유방 X-선 조영술, 초음파검사법 등이 예방차원에서의 검진방법으로 사용되고 있으며 이 방법은 초기의 유방암을 진단하는 데에도 가장 널리 사용되는 방법이다. 그러나 유방 X-선 조영술은 우리나라 여성들에서 흔히 발견되는 조밀유방일 경우 섬유질이 많아서, 진단율이 떨어지는 단점이 있으며, 특히 젊은 여성같이 유선이 많이 발달되어 있어도 진단율이 떨어진다. 또한, X-선을 사용하기 때문에 진단 과정에서 오히려 유방암이 생길 가능성도 배제할 수 없다. 그래서 대안으로 초음파검사법이 사용되고 있지만 이 역시 악성 종양(cancer)과 양성 종양(non-cancer)을 구별하기는 쉽지 않다. 실제 임상에서는 이상 소견이 있으면 세침흡입세포검사법, 자기공명촬영법 등을 부가적으로 사용하여 진단율을 높이고 있다. 그러나 이 방법들을 사용하더라도 정상조직과 비 정상조직을 형태상으로 구분할 뿐 악성 종양(cancer)과 양성 종양(non-cancer)을 구분하기가 쉽지 않기 때문에 확진을 위해서는 더욱 정밀한 조직검사를 하게 된다.
이와 같은 이유들로 인해 유방암은 다른 암에 비해 비교적 분자 유전학적인 방법으로 유방암을 진단하는 방법이 발달되어 있다. 조직 검사에서 조직을 잘라서 병변을 확인한 다음 적출을 위한 1차 수술이 시행된다. 이후의 부가 치료를 어떻게 할지 결정하기 위하여 에스트로겐 수용체(Estrogen receptor, ER)의 유무와 유방암 특이 종양표지자인 HER2/neu(Human Epidermal growth factor Receptor 2, ErbB-2 또는 ERBB2라고도 알려져 있다) 유전자의 수를 조직내 교잡법(in situ hybridization)을 통해 확인하는 방법을 사용한다. 만약, 발견된 암 조직이 에스트겐 수용체를 가지고 있으면, 타목시펜(Tamoxifen)과 같은 에스트로겐 유사체를 사용하여 치료를 하게 되고, HER2/neu 유전자가 과발현되어 있으면, HER2/neu 단클론항체인 trastuzumab을 제품화한 허셉틴(Herceptin)을 유방암의 치료에 사용하게 된다. 유방암의 진단 및 치료에 가장 유용하게 사용되는 유방암 특이 진단 마커인 HER2/neu 유전자의 증폭 및 과발현은 침습성 유방암의 20 ~ 35%에서 발견된다. 따라서. HER2/neu 검사는 에스트로겐 수용체 검사와 더불어 유방암 환자의 치료에 결정적인 역할을 한다.
그러나 유방암 환자 모두가 ER 유전자나 Her2/neu 유전자가 과발현되어 있는 것은 아니므로, 이러한 진단 방법들의 단점을 보완하고 좀 더 빠르고 확실하게 암을 구분하기 위하여 암 특이적 종양표지자(biomarker)를 찾기 위한 시도가 다양하게 이루어지고 있다.
본 발명의 일 목적은 암 중에서도 특히 유방암을 정확하고 간편하게 진단할 수 있는 조성물을 제공하고자 한다.
본 발명의 다른 목적은 암 중에서도 특히 유방암을 정확하고 간편하게 진단할 수 있는 키트를 제공하고자 한다.
본 발명의 또 다른 목적은 암 중에서도 특히 유방암을 진단하기 위한 정보를 제공하는 방법을 제공하고자 한다.
본 발명의 또 다른 목적은 암 중에서도 특히 유방암의 치료 반응성을 예측하는 방법을 제공하고자 한다.
본 발명의 또 다른 목적은 암 중에서도 특히 유방암의 예후를 예측하는 방법을 제공하고자 한다.
본 발명의 또 다른 목적은 암 중에서도 특히 유방암의 병기를 예측하는 방법을 제공하고자 한다.
본 발명의 또 다른 목적은 암 중에서도 특히 유방암의 재발 가능성을 예측하는 방법을 제공하고자 한다.
본 발명의 또 다른 목적은 암 중에서도 특히 유방암을 치료하기 위한 약물을 스크리닝하는 방법을 제공하고자 한다.
그러나 본 발명이 이루고자 하는 기술적 과제는 이상에서 언급한 과제에 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 당 업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.
본 발명의 일 구현 예에 따르면, S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 암 진단용 마커에 관한 것이다.
본 발명에서 상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(CNS central nervoussystem) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있다.
본 발명의 다른 구현 예에 따르면, S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질; 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 암의 진단용 조성물에 관한 것이다.
본 발명에서 상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(CNS central nervoussystem) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있다.
본 발명에서 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1 GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1의 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 올리고펩타이드, 리간드, PNA(peptide nucleic acid) 및 앱타머(aptamer)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있다.
본 발명에서 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질을 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질을 코딩하는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, 본 발명의 암의 진단용 조성물을 포함하는 암의 진단용 키트에 관한 것이다.
본 발명에서 상기 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트, ELISA 키트, 단백질 칩 키트, 래피드(rapid) 키트 또는 MRM(Multiple reaction monitoring) 키트일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 상기 단백질을 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는 암의 진단을 위한 정보 제공 방법에 관한 것이다.
본 발명에서 상기 생물학적 시료는 전혈(whole blood), 백혈구(leukocytes), 말초혈액 단핵 세포(peripheral blood mononuclear cells), 백혈구 연층(buffy coat), 혈장(plasma), 혈청(serum), 객담(sputum), 눈물(tears), 점액(mucus), 세비액(nasal washes), 비강 흡인물(nasal aspirate), 호흡(breath), 소변(urine), 정액(semen), 침(saliva), 복강 세척액(peritoneal washings), 복수(ascites), 낭종액(cystic fluid), 뇌척수막 액(meningeal fluid), 양수(amniotic fluid), 선액(glandular fluid), 췌장액(pancreatic fluid), 림프액(lymph fluid), 흉수(pleural fluid), 유두 흡인물(nipple aspirate), 기관지 흡인물(bronchial aspirate), 활액(synovial fluid), 관절 흡인물(joint aspirate), 기관 분비물(organ secretions), 세포(cell), 세포 추출물(cell extract) 또는 뇌척수액(cerebrospinal fluid)일 수 있다.
본 발명에서 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 올리고펩타이드, 리간드, PNA(peptide nucleic acid) 및 앱타머(aptamer)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있다.
본 발명에서 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질의 발현 수준의 측정은 단백질 칩 분석, 면역측정법, 리간드 바인딩 어세이, MALDI-TOF(Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry) 분석, SELDI-TOF(Sulface Enhanced Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry) 분석, 방사선 면역분석, 방사 면역 확산법, 오우크테로니 면역 확산법, 로케트 면역전기영동, 조직면역 염색, 보체 고정 분석법, 2차원 전기영동 분석, 액상 크로마토그래피-질량분석(liquid chromatography-Mass Spectrometry, LC-MS), LC-MS/MS(liquid chromatography-Mass Spectrometry/ Mass Spectrometry), 웨스턴 블랏팅 또는 ELISA(enzyme linked immunosorbentassay)에 의해 수행될 수 있다.
본 발명에서 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질의 발현 수준의 측정은 다중 반응 모니터링 (multiple reaction monitoring; MRM) 방법에 의할 수 있다.
본 발명에서 상기 S100A8의 타겟 펩티드는 서열번호 14 또는 15로 표시되는 아미노산 서열로 이루어지거나;
상기 S100A9의 타겟 펩티드는 서열번호 16 내지 18 중 어느 하나로 표시되는 아미노산 서열로 이루어지거나;
상기 ANXA2의 타겟 펩티드는 서열번호 19 또는 20으로 표시되는 아미노산 서열로 이루어지거나;
상기 KRT19의 타겟 펩티드는 서열번호 21 또는 22로 표시되는 아미노산 서열로 이루어지거나;
상기 TRX1의 타겟 펩티드는 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 아미노산 서열로 이루어지거나;
상기 GSN을 대표하는 타겟 펩티드는 서열번호 25 또는 26으로 표시되는 아미노산 서열로 이루어지거나;
상기 APOC1을 대표하는 타겟 펩티드는 서열번호 27 내지 30 중 어느 하나로 표시되는 아미노산 서열로 이루어지거나;
상기 CA1을 대표하는 타겟 펩티드는 서열번호 31 또는 32로 표시되는 아미노산 서열로 이루어지거나;
상기 CHL1을 대표하는 타겟 펩티드는 서열번호 33 내지 37 중 어느 하나로 표시되는 아미노산 서열로 이루어지거나;
상기 FN1을 대표하는 타겟 펩티드는 서열번호 38 내지 41 중 어느 하나로 표시되는 아미노산 서열로 이루어지거나;
상기 LPA를 대표하는 타겟 펩티드는 서열번호 42 내지 45 중 어느 하나로 표시되는 아미노산 서열로 이루어지거나;
상기 MUC1을 대표하는 타겟 펩티드는 서열번호 46으로 표시되는 아미노산 서열로 이루어지거나;
상기 PLAC1을 대표하는 타겟 펩티드는 서열번호 47로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있다.
본 발명에서 상기 S100A8의 타겟 펩티드의 어미이온/딸이온 쌍은 각각 432.23 m/z 과 732.41 m/z, 432.23 m/z 과 619.33 m/z, 432.23 m/z 과 518.28 m/z, 636.85 m/z과 887.50 m/z, 636.85 m/z과 774.41 m/z, 636.85 m/z과 661.33 m/z, 또는 636.85 m/z과 546.30 m/z이거나;
상기 S100A9의 타겟 펩티드의 어미이온/딸이온 쌍은 각각 439.24 m/z 과 649.37 m/z, 439.24 m/z 과 521.31 m/z, 439.24 m/z 과 407.27 m/z, 486.25 m/z 과 757.36 m/z, 486.25 m/z 과 571.28 m/z, 486.25 m/z 과 500.25 m/z, 486.25 m/z 과 413.21 m/z, 602.98 m/z 과 908.46 m/z, 602.98 m/z 과 761.39 m/z, 602.98 m/z 과 624.34 m/z, 또는 602.98 m/z 과 486.28 m/z이거나;
상기 ANXA2의 타겟 펩티드의 어미이온/딸이온 쌍은 각각 440.72 m/z 과 652.33 m/z, 440.72 m/z 과 489.27 m/z, 440.72 m/z 과 374.24 m/z, 440.72 m/z 과 303.20 m/z, 556.28 m/z 과 868.47 m/z, 556.28 m/z 과 755.38 m/z, 556.28 m/z 과 684.35 m/z, 556.28 m/z 과 537.28 m/z, 또는 556.28 m/z 과 466.24 m/z이거나;
상기 KRT19의 타겟 펩티드의 어미이온/딸이온 쌍은 각각 558.93 m/z 과 846.47 m/z, 558.93 m/z 과 745.42 m/z, 558.93 m/z 과 644.37 m/z, 558.93 m/z 과 531.29 m/z, 695.35 m/z 과 789.41 m/z, 695.35 m/z 과 676.33 m/z, 695.35 m/z 과 605.29 m/z, 695.35 m/z 과 476.25 m/z, 또는 695.35 m/z 과 375.20 m/z이거나;
상기 TRX1의 타겟 펩티드의 어미이온/딸이온 쌍은 각각 668.82 m/z 과 889.43 m/z, 668.82 m/z 과 760.38 m/z, 668.82 m/z 과 689.35 m/z, 668.82 m/z 과 576.26 m/z, 668.82 m/z 과 461.24 m/z, 603.28 m/z 과 914.48 m/z, 603.28 m/z 과 817.42 m/z, 603.28 m/z 과 716.38 m/z, 603.28 m/z 과 569.31 m/z, 603.28 m/z 과 441.25 m/z, 454.727 m/z 과 809.379 m/z, 454.727 m/z 과 752.357 m/z, 454.727 m/z 과 623.315 m/z, 454.727 m/z 과 476.246 m/z, 454.727 m/z 과 389.214 m/z, 668.823 m/z 과 889.426 m/z, 668.823 m/z 과 760.384 m/z, 668.823 m/z 과 689.346 m/z 또는 668.823 m/z 과 576.262 m/z 이거나;
상기 GSN의 타겟 펩티드의 어미이온/딸이온 쌍은 각각 444.25 m/z 과 729.43 m/z, 444.25 m/z 과 658.39 m/z, 444.25 m/z 과 530.33 m/z, 444.25 m/z 과 401.29 m/z, 539.76 m/z 과 802.37 m/z, 539.76 m/z 과 673.33 m/z, 539.76 m/z 과 572.28 m/z, 539.76 m/z 과 457.25 m/z 또는 539.76 m/z 과 360.20 m/z이거나;
상기 APOC1의 타겟 펩티드의 어미이온/딸이온 쌍은 각각 516.76 m/z 과 719.39 m/z, 516.76 m/z 과 620.32 m/z, 516.76 m/z 과 533.29 m/z, 516.76 m/z 과 466.24 m/z, 526.75 m/z 과 605.31 m/z, 526.75 m/z 과 776.38 m/z, 526.75 m/z 과 719.36 m/z, 526.75 m/z 과 504.27 m/z, 526.75 m/z 과 391.18 m/z이거나, 601.28 m/z 과 886.43 m/z, 601.28 m/z 과 739.36 m/z, 601.28 m/z 과 652.33 m/z, 601.28 m/z 과 523.29 m/z, 601.28 m/z 과 422.24 m/z, 381.70 m/z 과 547.31 m/z, 381.70 m/z 과 418.27 m/z 또는 381.70 m/z 과 305.18 m/z이거나;
상기 CA1의 타겟 펩티드의 어미이온/딸이온 쌍은 각각 485.80 m/z 과 758.44 m/z, 485.80 m/z 과 643.41 m/z, 485.80 m/z 과 572.38 m/z, 485.80 m/z 과 459.29 m/z, 593.85 m/z 과 759.48 m/z, 593.85 m/z 과 660.41 m/z, 593.85 m/z 과 547.33 m/z 또는 593.85 m/z 과 490.31 m/z이거나;
상기 CHL1의 타겟 펩티드의 어미이온/딸이온 쌍은 각각 603.32 m/z 과 490.23 m/z, 603.32 m/z 과 795.37 m/z, 603.32 m/z 과 681.33 m/z, 603.32 m/z 과 567.29 m/z, 603.32 m/z 과 480.26 m/z, 478.78 m/z 과 744.40 m/z, 478.78 m/z 과 673.36 m/z, 478.78 m/z 과 574.29 m/z, 478.78 m/z 과 460.25 m/z, 642.81 m/z 과 836.42 m/z, 642.81 m/z 과 689.35 m/z, 642.81 m/z 과 618.31 m/z, 642.81 m/z 과 504.27 m/z, 548.27 m/z 과 853.41 m/z, 548.27 m/z 과 739.36 m/z, 548.27 m/z 과 640.29 m/z, 548.27 m/z 과 553.26 m/z, 548.27 m/z 과 390.20 m/z, 540.94 m/z 과 915.50 m/z, 540.94 m/z 과 801.46 m/z, 540.94 m/z 과 744.44 m/z, 540.94 m/z 과 643.39 m/z 또는 540.94 m/z 과 530.30 m/z이거나;
상기 FN1의 타겟 펩티드의 어미이온/딸이온 쌍은 각각 772.39 m/z 과 808.38 m/z, 772.39 m/z 과 680.32 m/z, 772.39 m/z 과 583.27 m/z, 772.39 m/z 과 526.25 m/z, 425.88 m/z 과 1011.50 m/z, 425.88 m/z 과 874.44 m/z, 425.88 m/z 과 775.37 m/z, 425.88 m/z 과 718.35 m/z, 644.94 m/z 과 985.40 m/z, 644.94 m/z 과 825.37 m/z, 644.94 m/z 과 724.32 m/z, 644.94 m/z 과 564.29 m/z, 644.94 m/z 과 417.22 m/z, 555.78 m/z 과 922.46 m/z, 555.78 m/z 과 821.42 m/z, 555.78 m/z 과 724.36 m/z, 또는 555.78 m/z 과 609.34 m/z이거나;
상기 LPA의 타겟 펩티드의 어미이온/딸이온 쌍은 각각 400.22 m/z 과 400.71 m/z, 400.22 m/z 과 800.41 m/z, 400.22 m/z 과 699.36 m/z, 400.22 m/z 과 628.32 m/z, 400.22 m/z 과 557.29 m/z, 521.76 m/z 과 634.30 m/z, 521.76 m/z 과 884.45 m/z, 521.76 m/z 과 721.38 m/z, 521.76 m/z 과 533.30 m/z, 566.78 m/z 과 696.38 m/z, 566.78 m/z 과 625.34 m/z, 566.78 m/z 과 496.30 m/z, 566.78 m/z 과 359.24 m/z, 749.34 m/z 과 1171.56 m/z, 749.34 m/z 과 1100.52 m/z, 749.34 m/z 과 1001.45 m/z 또는 749.34 m/z 과 930.41 m/z이거나;
상기 MUC1의 타겟 펩티드의 어미이온/딸이온 쌍은 각각 511.25 m/z 과 759.36 m/z, 511.25 m/z 과 662.31 m/z, 511.25 m/z 과 565.26 m/z, 511.25 m/z 과 478.23 m/z 또는 511.25 m/z과 391.19 m/z 이거나;
상기 PLAC1의 타겟 펩티드의 어미이온/딸이온 쌍은 각각 658.86 m/z과 1070.57 m/z, 658.86 m/z과 957.48 m/z, 658.86 m/z과 860.43 m/z, 658.86 m/z과 761.36 m/z, 658.86 m/z과 674.33 m/z 또는 658.86 m/z과 514.30 m/z일 수 있다.
본 발명에서 상기 다중 반응 모니터링 방법 시 내부 표준 물질은 타겟 펩타이드를 구성하는 특정 아미노산을 동위원소로 치환한 합성 펩타이드 또는 대장균 베타 갈락토시다아제를 사용할 수 있다.
본 발명에서 상기 대장균 베타 갈락토시다아제의 타겟 펩티드는 서열번호 48의 아미노산 서열로 이루어지며 어미이온과 딸이온은 각각 542.3 m/z과 636.3 m/z일 수 있다.
본 발명에서 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질을 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질을 코딩하는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있다.
본 발명에서 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질을 코딩하는 유전자의 발현 수준의 측정은 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 DNA 칩에 의할 수 있다.
본 발명에서 상기 목적하는 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준이 정상 대조군에 비하여 증가하거나 감소한 경우, 상기 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다.
본 발명에서 상기 정보 제공 방법은 목적하는 개체의 화학적 항암 치료 또는 면역 치료에 대한 반응성을 예측하는 것일 수 있다.
본 발명에서 상기 정보 제공 방법은 목적하는 개체가 외과적 수술 후 예후를 예측하는 것일 수 있다.
본 발명에서 상기 정보 제공 방법은 상기 목적하는 개체의 암의 병기를 진단하는 것일 수 있다.
본 발명에서 상기 정보 제공 방법은 상기 목적하는 개체의 암의 재발 가능성을 예측하는 것일 수 있다.
본 발명에서 상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(CNS central nervoussystem) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, (a) 암 개체로부터 분리한 시료 또는 암 질환 동물 모델에 후보 약제를 처리하는 단계; 및 (b) 상기 후보 약제가 처리된 시료 또는 암 질환 동물 모델에서 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 암의 예방 또는 치료용 약물을 스크리닝하는 방법에 관한 것이다.
본 발명에서 상기 시료는 암 개체로부터 분리된 세포 또는 조직일 수 있다.
본 발명에서 (c) 상기 (b) 단계에서 측정된 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질; 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준이 후보 약제가 처리되기 전에 비하여 감소하거나 증가한 경우 상기 후보 약제를 암의 예방 또는 치료용 약제로 판단하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
본 발명에서 상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(CNS central nervoussystem) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 구현 예에 따르면, 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는 암의 진단용 조성물에 관한 것이다.
본 발명에서, 상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(CNS central nervoussystem) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종인, 암의 진단용 조성물에 관한 것이다.
본 발명에서, 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 항체, 올리고펩티드, 리간드, PNA(peptide nucleic acid) 및 앱타머(aptamer)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는, 암의 진단용 조성물에 관한 것이다.
본 발명에서, 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 폴리펩티드를 코딩하는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는, 암의 진단용 조성물에 관한 것이다.
본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, 암의 진단용 조성물을 포함하는 암의 진단용 키트에 관한 것이다.
본 발명에서 상기 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트, ELISA 키트, 단백질 칩 키트, 래피드(rapid) 키트 또는 MRM(Multiple reaction monitoring) 키트인, 암의 진단용 키트 일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는 암의 진단을 위한 정보 제공 방법일 수 있다.
본 발명에서 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 항체, 올리고펩티드, 리간드, PNA(peptide nucleic acid) 및 앱타머(aptamer)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함 할 수 있다.
본 발명에서 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드의 발현 수준의 측정은 단백질 칩 분석, 면역측정법, 리간드 바인딩 어세이, MALDI-TOF(Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry) 분석, SELDI-TOF(Sulface Enhanced Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry) 분석, 방사선 면역분석, 방사 면역 확산법, 오우크테로니 면역 확산법, 로케트 면역전기영동, 조직면역 염색, 보체 고정 분석법, 2차원 전기영동 분석, 액상 크로마토그래피-질량분석(liquid chromatography-Mass Spectrometry, LC-MS), LC-MS/MS(liquid chromatography-Mass Spectrometry/ Mass Spectrometry), 웨스턴 블랏팅 또는 ELISA(enzyme linked immunosorbentassay)에 의해 수행될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드의 발현 수준의 측정은 다중 반응 모니터링 (multiple reaction monitoring; MRM) 방법에 의하는, 암의 진단을 위한 정보 제공 방법일 수 있다.
본 발명에서 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드의 타겟 펩티드의 서열번호 23, 24, 49 또는 50의 어미이온의 질량 대 전하비는 각각 668.82 m/z 과 889.43 m/z, 668.82 m/z 과 760.38 m/z, 668.82 m/z 과 689.35 m/z, 668.82 m/z 과 576.26 m/z, 668.82 m/z 과 461.24 m/z, 603.28 m/z 과 914.48 m/z, 603.28 m/z 과 817.42 m/z, 603.28 m/z 과 716.38 m/z, 603.28 m/z 과 569.31 m/z, 603.28 m/z 과 441.25 m/z, 454.727 m/z 과 809.379 m/z, 454.727 m/z 과 752.357 m/z, 454.727 m/z 과 623.315 m/z, 454.727 m/z 과 476.246 m/z, 454.727 m/z 과 389.214 m/z, 668.823 m/z 과 889.426 m/z, 668.823 m/z 과 760.384 m/z, 668.823 m/z 과 689.346 m/z 또는 668.823 m/z 과 576.262 m/z 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 모니터링 방법 시 내부 표준 물질은 타겟 펩티드를 구성하는 특정 아미노산을 동위원소로 치환한 합성 펩티드 또는 대장균 베타 갈락토시다아제를 사용하는, 암의 진단을 위한 정보 제공 방법일 수 있다.
본 발명에서 상기 대장균 베타 갈락토시다아제의 타겟 펩티드는 서열번호 48로 표시되는 폴리펩티드로 이루어지며 어미이온과 딸이온은 각각 542.3 m/z 와 636.3 m/z일 수 있다.
본 발명에서 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 폴리펩티드를 코딩하는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있다.
본 발명에서 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드를 코딩하는 유전자의 발현 수준의 측정은 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 DNA 칩에 의하는 것일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, 목적하는 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준이 정상 대조군에 비하여 증가한 경우, 상기 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측하는 단계를 포함하는 암의 진단을 위한 정보 제공 방법일 수 있다.
본 발명에서 상기 정보 제공 방법은 목적하는 개체가 외과적 수술 후 예후를 예측하는 것일 수 있다.
본 발명에서 상기 정보 제공 방법은 상기 목적하는 개체의 암의 병기를 진단하는 것일 수 있다.
본 발명에서 상기 정보 제공 방법은 상기 목적하는 개체의 암의 재발 가능성을 예측하는 것일 수 있다.
본 발명에서 상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(CNS central nervoussystem) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, (a) 암 개체로부터 분리한 시료 또는 암 질환 동물 모델에 후보 약제를 처리하는 단계; 및 (b) 상기 후보 약제가 처리된 시료 또는 암 질환 동물 모델에서 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 암의 예방 또는 치료용 약물을 스크리닝하는 방법에 관한 것일 수 있다.
본 발명에서 상기 시료는 암 개체로부터 분리된 세포 또는 조직일 수 있다.
본 발명에서 (c) 상기 (b) 단계에서 측정된 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준이 후보 약제가 처리되기 전에 비하여 증가하거나 감소한 경우 상기 후보 약제를 암의 예방 또는 치료용 약제로 판단하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
본 발명에서 상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(CNS central nervoussystem) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, 환자로부터 수득된 시료를 포함하는 시료부, 상기 시료에 포함된 시료에서 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자를 검출하는 검출부; 및 상기 검출부로부터 수득된 환자의 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준과 정상인의 수준을 비교하는 비교부를 포함하고, 상기 비교부를 통해서 얻는 결과에 따라 암을 진단하는, 진단 장치 일 수 있다.
본 발명에서, 상기 비교부에서 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자가 검출된 경우 유방암으로 진단하는, 진단 장치일 수 있다.
본 발명의 바이오마커를 사용하는 경우, 암 중에서도 특히 유방암을 조기에 정확하면서도 간편하게 진단할 수 있고, 더 나아가서는 암의 병기를 진단할 수 있고, 치료 반응성 또는 치료 후 예후를 예측할 수 있다.
도 1은 본 발명의 실시예 1에서 APOC1, CA1 및 CHL1의 바이오마커 조합에 있어서, 66명의 유방암 환자와 66명의 정상 대조군에 대한 수용자-조작 특성(ROC) 그래프를 나타낸 것이다.
도 2는 본 발명의 실시예1에서 APOC1, CA1, CHL1, S100A9 및 S100A8의 바이오마커 조합에 있어서, 66명의 유방암 환자와 66명의 정상 대조군에 대한 수용자-조작 특성(ROC) 그래프를 나타낸 것이다.
도 3은 본 발명의 실시예1에서 APOC1, CA1, CHL1, S100A9, S100A8, ANXA2 및 GSN의 바이오마커 조합에 있어서, 66명의 유방암 환자와 66명의 정상 대조군에 대한 수용자-조작 특성(ROC) 그래프를 나타낸 것이다.
도 4는 본 발명의 실시예 1에서 유방암 환자와 비 환자 대조군 사이에 티오레독신-1(Thioredoxin-1; Trx1) 발현량의 차이를 확인한 결과를 나타낸 그래프이다.
도 5는 본 발명의 실시예 1에서 유방암 환자와 비 환자 대조군 사이에 서열번호 2로 표시되는 폴리펩티드의 타겟 펩티드를 이용한 티오레독신-1(Thioredoxin-1; Trx1)의 바이오마커의 정량 결과를 바탕으로 한 수용자-조작 특성(ROC) 그래프를 나타낸 것이다.
도 6은 본 발명의 실시예 1에서 유방암 환자와 비 환자 대조군 사이에 티오레독신-1(Thioredoxin-1; Trx1) 발현량의 차이를 확인한 결과를 나타낸 그래프이다.
도 7은 본 발명의 실시예 1에서 유방암 환자와 비 환자 대조군 사이에 서열번호 2로 표시되는 폴리펩티드의 타겟 펩티드를 이용한 티오레독신-1(Thioredoxin-1; Trx1)의 바이오마커의 정량 결과를 바탕으로 한 수용자-조작 특성(ROC) 그래프를 나타낸 것이다.
본 발명의 일 구현 예에 따르면, S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 암 진단용 마커에 관한 것이다.
본 발명에서 진단의 대상이 되는 질환으로 상기 "암"은 포유류에서 전형적으로 조절되지 않는 세포 성장으로 특징 지어진 생리적 상태를 나타내거나 가리킨다. 본 발명에서 진단의 대상이 되는 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(CNS central nervoussystem) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있으나, 바람직하게는 유방암일 수 있다.
본 발명에서 상기 "S100A8"은 S100 칼슘 결합 단백질 A8 (S100 calcium-binding protein; S100A8)로, 인간에서 S100A8 유전자에 의해 코딩되는 단백질에 해당한다. 또한 상기 S100A8은 칼그래눌린 A(calgranulin A)라고도 불리운다. S100A8과 S100A9는 칼프로텍틴(calprotectin)이라고 불리는 헤테로다이머를 형성한다. S100A8 유전자에 의해 코딩되는 단백질은 2 EF-핸드 칼슘-결합 모티프(2 EF-hand calcium-binding motifs)를 포함하는 S100 패밀리 단백질에 속한다. S100 단백질은 세포의 넓은 범위의 세포질 및/또는 핵에 위치하며 세포 주기 진행 및 분화와 같은 다수의 세포 과정에 관여한다. S100 유전자는 염색체 1q21 상의 클러스터에 위치하는 적어도 13개 멤버를 포함하며, 단백질은 카세인 키나아제(casein kinase)를 억제하거나 사이토카인으로 기능을 한다. 이러한 단백질의 발현상 변화는 낭포성 섬유증 질환과 관련된 것으로 알려진 바 있다. 본 발명에서 상기 S100A8 단백질은 서열번호 1로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "S100A9"는 S100 칼슘 결합 단백질 A9 (S100 calcium-binding protein; S100A9)로, 인간에서 S100A9 유전자에 의해 코딩되는 단백질에 해당한다. 또한 상기 S100A9는 이주 억제 요소-관련 단백질 14(migration inhibitory factor-related protein 14; MRP14) 혹은 칼그래눌린 B(calgranulin B)라고도 불리운다. S100A8과 S100A9는 칼프로텍틴(calprotectin)이라고 불리는 헤테로다이머를 형성한다. S100A9 단백질 또한 2 EF-핸드 칼슘-결합 모티프(2 EF-hand calcium-binding motifs)를 포함하는 S100 패밀리 단백질에 속한다. 본 발명에서 상기 S100A9 단백질은 서열번호 2로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "ANXA2"는 ANXA2 유전자에 의해 코딩되는 아넥신 A2(Annexin A2) 단백질로, 아넥신 II(annexin II)라고도 불리운다. ANXA2는 세포 이동(특히, 상피 세포), 막-관련 단백질 복합체의 액틴 세포골격(cytoskeleton)의 연결, 엔도시토시스(endocytosis), 섬유소용해현상(fibrinolysis), 이온 채널 형성 및 세포 매트릭스 상호작용 등과 같은 다양한 세포 반응에 관여한다. 또한, 상기 ANXA2는 칼슘-의존성 포스포리피디-결합 단백질로, 세포 내 단백질의 세포 외 도메인으로 엑소시토시스(exocytosis)를 조절한다. 본 발명에서 상기 ANXA2는 서열번호 3으로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "KRT19"는 KRT19 유전자에 의해 코딩되는 케라틴 I형 세포 골격 19(Keratin, type I cytoskeletal 19)로, 사이토케라틴-19(cytokeratin-19; CK-19) 또는 케라틴-19(keratin-19; K19)로도 알려져 있다. KRT19는 40kDa 사이즈로 케라틴 패밀리에 속하며, 상피 세포의 구조적 일체성을 위한 중간적 필라멘트 단백질에 해당하며, 사이토케라틴과 머리 케라틴으로 구분될 수 있다. 본 발명에서 상기 KRT19는 서열번호 4로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "TRX1"은 티오레독신-1(Thioredoxin-1; Trx1) 또는 TXN이라고도 불리우며, 산하환원 변화에 대한 반응이나 세포 성장, 유전자 발현 조절 및 세포 자멸에 매우 중요한 시그널 분자로 작용한다. 상기 TRX1의 활성화 자리는 보존된 C-G-P-C 모티프에 해당한다. 본 발명에서 상기 TRX1은 서열번호 5로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "GSN"은 겔솔린(Gelsolin)이라고 불리우며 액틴 필라멘트의 조립 및 분해의 중심 조절자에 해당하는 액틴-결합 단백질에 해당한다. GSN은 액틴-절단 겔솔린/빌린 수퍼 패밀리에 속하며 거의 100%의 효율로 절단한다. 겔솔린은 세포 내(사이토졸 및 미토콘드리아) 및 세포 외(혈장)에 존재한다. 본 발명에서 상기 GSN은 서열번호 6으로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "APOC1"은 아포리포단백질 C1(apolipoprotein C1)으로, 아포리포단백질 C 패밀리에 속하는 유전자에 의해 암호화되는 단백질로서, 주로 간에서 높게 발현되며, 단핵구가 대식 세포로 분화될 때 활성화된다. 본 발명에서 상기 APOC1은 서열번호 7로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "CA1"은 탄산무수화효소 1(Carbonic anhydrase 1)으로도 불리우며, CA1 유전자에 의해 암호화되는 효소로, 탄산무수화효소는 아연 금속효소(zinc metalloenzymes)의 큰 패밀리로서, 이산화탄소의 역수화를 촉매하는 역할을 한다. 이들은 다양한 생물학적 반응으로 예를 들면, 세포 호흡, 석회화, 산-염기 균형, 뼈 재흡수, 뇌척수액, 타액, 위산의 생성 등에 관여하는 것으로 알려져 있다. 본 발명에서 상기 CA1은 서열번호 8로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "CHL1"은 신경 세포 접착 분자 L1-유사 단백질(neural cell adhesion molecule L1-like protein) 또는 L1의 근접 상동체(close homolog of L1)라고 불리우며, CHL1 유전자에 의해 암호화되는 단백질이다. CHL1은 L1과 매우 밀접하게 관련된 세포 접착 분자로, 멜라닌 세포에서 CHL1 유전자 발현은 MITF에 의해 조절되며 유사 분열의 간기 단계에서 나선 효소로 작용하기도 한다. 본 발명에서 상기 CHL1은 서열번호 9로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "FN1"은 피브로넥틴 1(fibronectin 1)으로, 혈장에서 용해성 이합체, 세포 표면이나 세포 외 기질에서에서 이합체 또는 다중체로 존재하는 글리코단백질에 해당한다. 이러한 피브로넥틴 단백질은 배 형성, 상처 회복, 혈액 응고, 숙주 방어 및 전이와 같이 이주 과정이나 세포 접착에 관여하는 역할을 한다. 본 발명에서 상기 FN1은 서열번호 10으로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "LPA"는 리포단백질 (a)(Lipoprotein(a)) 또는 Lp(a)로 불리우며, 관상동맥 심질환이나 뇌졸중 등의 동맥경화성 질환의 위험 인자로 알려져 있다. 본 발명에서 상기 LPA는 서열번호 11로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "MUC1"은 MUC1 유전자에 의해 암호화되는 단백질로, 세포 외 도메인에서 광범위한 O-연결 글리코실화로 연결된 글리코단백질에 해당한다. 뮤신은 폐, 위, 장, 눈 및 몇몇의 다른 기관의 상피 세포의 정단 표면에 분포한다. 뮤신은 세포 외 도메인에서 병원균이 올리고당에 결합하도록 하여 상기 병원균에 의한 감염을 막는 역할을 한다. 본 발명에서 상기 MUC1은 서열번호 12로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "PLAC1"은 태반-특이1(Placenta-specific1)으로, 태반에서 높은 수준으로 발현되는 X-연결 세포영양막(X-linked trophoblast)에 해당한다. 본 발명에서 상기 PLAC1은 서열번호 13으로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 다른 구현 예에 따르면, S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질; 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 암의 진단용 조성물에 관한 것이다.
본 발명에서 진단의 대상이 되는 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(CNS central nervoussystem) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있으나, 바람직하게는 유방암일 수 있다.
본 발명에서 상기 "진단"은 특정 질병 또는 질환에 대한 대상(subject)의 감수성(susceptibility)을 판정하는 것, 대상이 특정 질병 또는 질환을 현재 가지고 있는지 여부를 판정하는 것, 특정 질병 또는 질환에 걸린 대상의 예후(prognosis)(예컨대, 전-전이성 또는 전이성 암 상태의 동정, 암의 단계 결정 또는 치료에 대한 암의 반응성 결정)를 판정하는 것, 또는 테라메트릭스(therametrics)(예컨대, 치료 효능에 대한 정보를 제공하기 위하여 객체의 상태를 모니터링하는 것)을 포함한다. 본 발명의 목적상, 상기 진단은 상기한 암의 발병 여부 또는 발병 가능성(위험성)을 확인하는 것이다.
본 발명에서 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1의 각각의 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제는 특별히 제한하지는 않으나, 예를 들면 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1의 각각의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 올리고펩타이드, 리간드, PNA(peptide nucleic acid) 및 앱타머(aptamer)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있다.
본 발명에 상기 "항체"는 항원과 특이적으로 결합하여 항원-항체 반응을 일으키는 물질을 가리킨다. 본 발명의 목적상, 항체는 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 각각의 단백질에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 의미한다. 본 발명의 항체는 다클론 항체, 단클론 항체 및 재조합 항체를 모두 포함한다. 상기 항체는 당업계에 널리 공지된 기술을 이용하여 용이하게 제조될 수 있다. 예를 들어, 다클론 항체는 상기 단백질의 항원을 동물에 주사하고 동물로부터 채혈하여 항체를 포함하는 혈청을 수득하는 과정을 포함하는 당업계에 널리 공지된 방법에 의해 생산될 수 있다. 이러한 다클론 항체는 염소, 토끼, 양, 원숭이, 말, 돼지, 소, 개 등의 임의의 동물로부터 제조될 수 있다. 또한, 단클론 항체는 당업계에 널리 공지된 하이브리도마 방법(hybridoma method; Kohler 및 Milstein (1976) European Journal of Immunology 6:511-519 참조), 또는 파지 항체 라이브러리 기술(Clackson et al, Nature, 352:624-628, 1991; Marks et al, J. Mol. Biol., 222:58, 1-597, 1991 참조)을 이용하여 제조될 수 있다. 상기 방법으로 제조된 항체는 겔 전기영동, 투석, 염 침전, 이온교환 크로마토그래피, 친화성 크로마토그래피 등의 방법을 이용하여 분리, 정제될 수 있다. 또한, 본 발명의 항체는 2개의 전장의 경쇄 및 2개의 전장의 중쇄를 갖는 완전한 형태뿐만 아니라, 항체 분자의 기능적인 단편을 포함한다. 항체 분자의 기능적인 단편이란, 적어도 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 의미하며, Fab, F(ab'), F(ab')2 및 Fv 등이 있다.
본 발명에 상기 "PNA(Peptide Nucleic Acid)"는 인공적으로 합성된, DNA 또는 RNA와 비슷한 중합체를 가리키며, 1991년 덴마크 코펜하겐 대학교의 Nielsen, Egholm, Berg와 Buchardt 교수에 의해 처음으로 소개되었다. DNA는 인산-리보스당 골격을 갖는데 반해, PNA는 펩타이드 결합에 의해 연결된 반복된 N-(2-아미노에틸)-글리신 골격을 가지며, 이로 인해 DNA 또는 RNA에 대한 결합력과 안정성이 크게 증가되어 분자 생물학, 진단 분석 및 안티센스 치료법에 사용되고 있다. PNA는 문헌[Nielsen PE, Egholm M, Berg RH, Buchardt O (December 1991). "Sequence-selective recognition of DNA by strand displacement with a thymine-substituted polyamide". Science 254 (5037): 1497-1500]에 상세하게 개시되어 있다.
본 발명에서 상기 "앱타머"는 올리고핵산 또는 펩타이드 분자이며, 앱타머의 일반적인 내용은 문헌[Bock LC et al., Nature 355(6360):5646(1992); Hoppe-Seyler F, Butz K "Peptide aptamers: powerful new tools for molecular medicine". J Mol Med. 78(8):42630(2000); Cohen BA, Colas P, Brent R. "An artificial cell-cycle inhibitor isolated from a combinatorial library". Proc Natl Acad Sci USA. 95(24): 142727(1998)]에 상세하게 개시되어 있다.
본 발명에서 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 각각의 단백질을 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 각각을 코딩하는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있다.
본 발명에서 상기 "프라이머"는 표적 유전자 서열을 인지하는 단편으로서, 정방향 및 역방향의 프라이머 쌍을 포함하나, 바람직하게는, 특이성 및 민감성을 가지는 분석 결과를 제공하는 프라이머 쌍이다. 프라이머의 핵산 서열이 시료 내 존재하는 비-표적 서열과 불일치하는 서열이어서, 상보적인 프라이머 결합 부위를 함유하는 표적 유전자 서열만 증폭하고 비특이적 증폭을 유발하지 않는 프라이머일 때, 높은 특이성이 부여될 수 있다.
본 발명에서 상기 "프로브"란 시료 내의 검출하고자 하는 표적 물질과 특이적으로 결합할 수 있는 물질을 의미하며, 상기 결합을 통하여 특이적으로 시료 내의 표적 물질의 존재를 확인할 수 있는 물질을 의미한다. 프로브의 종류는 당업계에서 통상적으로 사용되는 물질로서 제한은 없으나, 바람직하게는 PNA(peptide nucleic acid), LNA(locked nucleic acid), 펩타이드, 폴리펩타이드, 단백질, RNA 또는 DNA일 수 있으며, 가장 바람직하게는 PNA이다. 보다 구체적으로, 상기 프로브는 바이오 물질로서 생물에서 유래되거나 이와 유사한 것 또는 생체 외에서 제조된 것을 포함하는 것으로, 예를 들어, 효소, 단백질, 항체, 미생물, 동식물 세포 및 기관, 신경세포, DNA, 및 RNA일 수 있으며, DNA는 cDNA, 게놈 DNA, 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, RNA는 게놈 RNA, mRNA, 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 단백질의 예로는 항체, 항원, 효소, 펩타이드 등을 포함할 수 있다.
본 발명에서 상기 "LNA(Locked nucleic acids)"란, 2'-O, 4'-C 메틸렌 브릿지를 포함하는 핵산 아날로그를 의미한다 [J Weiler, J Hunziker and J Hall Gene Therapy (2006) 13, 496.502]. LNA 뉴클레오사이드는 DNA와 RNA의 일반적 핵산 염기를 포함하며, Watson-Crick 염기 쌍 규칙에 따라 염기 쌍을 형성할 수 있다. 하지만, 메틸렌 브릿지로 인한 분자의 'locking'으로 인해, LNA는 Watson-Crick 결합에서 이상적 형상을 형성하지 못하게 된다. LNA가 DNA 또는 RNA 올리고뉴클레오티드에 포함되면, LNA는 보다 빠르게 상보적 뉴클레오티드 사슬과 쌍을 이루어 이중 나선의 안정성을 높일 수 있다. 본 발명에서 상기 "안티센스"는 안티센스 올리고머가 왓슨-크릭 염기쌍 형성에 의해 RNA 내의 표적 서열과 혼성화되어, 표적서열 내에서 전형적으로 mRNA와 RNA:올리고머 헤테로이중체의 형성을 허용하는, 뉴클레오티드 염기의 서열 및 서브유닛간 백본을 갖는 올리고머를 의미한다. 올리고머는 표적 서열에 대한 정확한 서열 상보성 또는 근사 상보성을 가질 수 있다.
본 발명에 따른 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질이나, 이들을 코딩하는 유전자의 정보는 알려져 있으므로, 당업자라면 이를 바탕으로 상기 단백질을 코딩하는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 또는 안티센스 뉴클레오티드를 용이하게 디자인할 수 있을 것이다.
본 발명의 다른 구현 예에 따르면, 본 발명에 따른 암의 진단용 조성물을 포함하는 암의 진단용 키트에 관한 것이다.
본 발명에서는 상기 진단용 키트를 이용하여 암 질환의 발병 여부, 발병 가능성, 치료 반응성, 예후, 병기, 재발 가능성 등을 진단할 수 있다.
본 발명에서 상기 진단의 대상이 되는 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(CNS central nervoussystem) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있으나, 바람직하게는 유방암일 수 있다.
본 발명에서 상기 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트, ELISA 키트, 단백질 칩 키트, 래피드(rapid) 키트 또는 MRM(Multiple reaction monitoring) 키트일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 상기 암의 진단용 키트는 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액 또는 장치를 더 포함할 수 있다.
예를 들면, 본 발명에서 상기 암의 진단용 키트는 역전사 중합효소반응을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 더 포함할 수 있다. 역전사 중합효소반응 키트는 마커 단백질을 코딩하는 유전자에 대해 특이적인 프라이머 쌍을 포함한다. 프라이머는 상기 유전자의 핵산서열에 특이적인 서열을 가지는 뉴클레오티드로서, 약 7 bp 내지 50 bp의 길이, 보다 바람직하게는 약 10 bp 내지 30 bp의 길이를 가질 수 있다. 또한 대조군 유전자의 핵산 서열에 특이적인 프라이머를 포함할 수 있다. 그 외 역전사 중합효소반응 키트는 테스트 튜브 또는 다른 적절한 용기, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNase 억제제 DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다.
또한, 본 발명의 진단용 키트는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함할 수 있다. DNA 칩 키트는 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide)가 부착되어 있는 기판, 및 형광표지 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한 기판은 대조군 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
또한, 본 발명의 진단용 키트는 ELISA를 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함할 수 있다. ELISA 키트는 상기 단백질에 대해 특이적인 항체를 포함한다. 항체는 마커 단백질에 대한 특이성 및 친화성이 높고 다른 단백질에 대한 교차 반응성이 거의 없는 항체로, 단클론 항체, 다클론 항체 또는 재조합 항체이다. 또한 ELISA 키트는 대조군 단백질에 특이적인 항체를 포함할 수 있다. 그 외 ELISA 키트는 결합된 항체를 검출할 수 있는 시약, 예를 들면, 표지된 2차 항체, 발색단(chromophores), 효소(예: 항체와 컨주게이트됨) 및 그의 기질 또는 항체와 결합할 수 있는 다른 물질 등을 포함할 수 있다.
본 발명의 진단용 키트에서 항원-항체 결합반응을 위한 고정체로는 니트로셀룰로오즈 막, PVDF 막, 폴리비닐(polyvinyl) 수지 또는 폴리스티렌(polystyrene) 수지로 합성된 웰 플레이트(Well plate), 유리로 된 슬라이드 글래스 등이 사용될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 본 발명의 진단용 키트에서 2차 항체의 표지체는 발색 반응을 하는 통상의 발색제가 바람직하며, HRP(horseradish peroxidase), 염기성 탈인산화효소(alkaline phosphatase), 콜로이드 골드(coloid gold), FITC(폴리 L-라이신-플루오르세인 아이소티오시아네이트), RITC(로다민-B-아이소티오시아네이트) 등의 형광물질(fluorescein) 및 색소(dye) 등의 표지체가 사용될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 본 발명의 진단용 키트에서 발색을 유도하기 위한 발색 기질은 발색 반응을 하는 표지체에 따라 사용하는 것이 바람직하며, TMB(3,3',5,5'-테트라메틸 베지딘), ABTS[2,2'-아지노-비스(3-에틸벤조티아졸린-6-설폰산)], OPD(o-페닐렌다이아민) 등을 사용할 수 있다. 이때, 발색기질은 완충용액(0.1 M NaAc, pH 5.5)에 용해된 상태로 제공되는 것이 더욱 바람직하다. TMB와 같은 발색기질은 이차항체 접합체의 표지체로 사용된 HRP에 의해 분해되어 발색 침적체를 생성하고, 이 발색 침적체의 침적 정도를 육안으로 확인함으로써 상기 마커 단백질들의 존재 유무를 검출한다.
본 발명의 진단용 키트에서 세척액은 인산염 완충용액, NaCl 및 트윈 20(Tween 20)을 포함하는 것이 바람직하며, 0.02 M 인산염 완충용액, 0.13 M NaCl, 및 0.05% 트윈 20으로 구성된 완충용액(PBST)이 더욱 바람직하다. 세척액은 항원-항체 결합반응 후 항원-항체 결합체에 2차 항체를 반응시킨 다음 적당량을 고정체에 첨가하여 3 내지 6회 세척한다. 반응 정지용액은 황산 용액이 바람직하게 사용될 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 상기 단백질을 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는 암의 진단을 위한 정보 제공 방법에 관한 것이다.
본 발명에서 상기 "목적하는 개체"란, 상기 암의 발병 여부가 불확실한 개체로, 발병 가능성이 높은 개체를 의미한다.
본 발명에서 상기 "생물학적 시료"는 개체로부터 얻어지거나 개체로부터 유래된 임의의 물질, 생물학적 체액, 조직 또는 세포를 의미하는 것으로, 예를 들면, 전혈(whole blood), 백혈구(leukocytes), 말초혈액 단핵 세포(peripheral blood mononuclear cells), 백혈구 연층(buffy coat), 혈장(plasma), 혈청(serum), 객담(sputum), 눈물(tears), 점액(mucus), 세비액(nasal washes), 비강 흡인물(nasal aspirate), 호흡(breath), 소변(urine), 정액(semen), 침(saliva), 복강 세척액(peritoneal washings), 복수(ascites), 낭종액(cystic fluid), 뇌척수막 액(meningeal fluid), 양수(amniotic fluid), 선액(glandular fluid), 췌장액(pancreatic fluid), 림프액(lymph fluid), 흉수(pleural fluid), 유두 흡인물(nipple aspirate), 기관지 흡인물(bronchial aspirate), 활액(synovial fluid), 관절 흡인물(joint aspirate), 기관 분비물(organ secretions), 세포(cell), 세포 추출물(cell extract) 또는 뇌척수액(cerebrospinal fluid)을 포함할 수 있지만, 바람직하게는 발병 가능성이 높은 환자의 피부를 절개하지 않고 중공침 등을 생체 내 기관에 자입하여 병리조직학적 검사용으로 채취한 액체 생검(예를 들면, 환자의 조직, 세포, 혈액, 혈청, 혈장, 타액, 객담 또는 복수(ascites) 등)일 수 있다.
본 발명에서는 상기와 같이 분리된 생물학적 시료에서 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함할 수 있다.
본 발명에서 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 각각의 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제는 특별히 제한하지는 않으나, 바람직하게는 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 각각의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 올리고펩타이드, 리간드, PNA(peptide nucleic acid) 및 앱타머(aptamer)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있다.
본 발명에 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질의 발현 수준을 측정 또는 비교 분석 방법으로는 단백질 칩 분석, 면역측정법, 리간드 바인딩 어세이, MALDI-TOF(Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry) 분석, SELDI-TOF(Sulface Enhanced Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry) 분석, 방사선 면역분석, 방사 면역 확산법, 오우크테로니 면역 확산법, 로케트 면역전기영동, 조직면역 염색, 보체 고정 분석법, 2차원 전기영동 분석, 액상 크로마토그래피-질량분석(liquid chromatography-Mass Spectrometry, LC-MS), LC-MS/MS(liquid chromatography-Mass Spectrometry/ Mass Spectrometry), 웨스턴 블랏팅 및 ELISA(enzyme linked immunosorbentassay) 등이 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질의 발현 수준을 측정 또는 비교 분석 방법으로는 다중 반응 모니터링 (multiple reaction monitoring; MRM) 방법에 의할 수 있다.
본 발명에서 상기 다중 반응 모니터링 방법은 질량분석기 (mass-spectrometry), 바람직하게는 삼중 사극자 질량분석기 (triple quadrupole mass-spectrometry)를 이용하여 수행될 수 있다.
본 발명에서 질량분석기 (mass-spectrometry)를 이용한 다중 반응 모니터링 (multiple reaction monitoring; MRM) 방법은 특정 분석물질을 선택적으로 분리하여 검출하고 정량하여 그 농도변화를 모니터링할 수 있는 분석기술이다. MRM은 생체 시료 중에 존재하는 미량의 바이오마커와 같은 물질을 정량적으로 정확하게 다중 측정할 수 있는 방법으로 제1 질량필터 (Q1)를 이용하여 이온화원에서 생성된 이온 단편들 중 어미이온을 선택적으로 충돌관으로 전달한다. 이어 충돌관에 도달한 어미이온은 내부 충돌기체와 충돌하여, 쪼개져 딸이온을 생성하여 제2 질량 필터 (Q2)로 보내지고, 여기서 특징적인 이온만이 검출부로 전달된다. 이런 방식으로 목적하는 성분의 정보만을 검출할 수 있는 선택성 및 민감도가 높은 분석방법이다. MRM은 작은 분자의 정량분석에 활용되어 특정 유전병을 진단하는데 쓰이고 있다. MRM 방법은 다수의 펩티드를 동시에 측정하기에 용이하며, 항체가 없이 정상인과 암환자 사이에서 단백질 진단 마커 후보들의 상대적 농도차를 확인할 수 있다는 장점이 있다. 또한 민감도와 선택성이 탁월하여 특히, 질량분석기를 이용한 프로테옴 분석에서 혈액 내에 있는 복잡한 단백질과 펩타이드의 분석을 위해 MRM 분석방법이 도입되고 있다 (Anderson L. et al., Mol CellProteomics, 5: 375-88, 2006; DeSouza, L. V. et al., Anal. Chem., 81: 3462-70, 2009).
본 발명에서 상기 다중 반응 모니터링 방법에 의해 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질의 발현 수준을 분석하기 위해, 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 각각의 단백질을 대표할 수 있는 타겟 펩티드를 선정할 수 있다.
또한, 본 발명에서 상기 다중 반응 모니터링 방법에 의해 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질의 발현 수준을 분석하기 위하여, 상기 선정된 타겟 펩티드에서의 어미이온/딸이온 쌍을 선정할 수 있다.
본 발명에서 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 각각의 단백질을 대표하는 타겟 펩티드 및 상기 타겟 펩티드의 어미이온/딸이온 쌍의 정보는 하기 표 1에 나타낸 바와 같다.
구분 유전자 명칭 단백질 명칭 uniprotKB 펩티드 서열 어미이온 딸이온
1 S100A8 Protein S100-A8 P05109 1 MLTELEK
(서열번호 14)		 432.23 732.41
432.23 619.33
432.23 518.28
2 ALNSIIDVYHK
(서열번호 15)		 636.85 887.50
636.85 774.41
636.85 661.33
636.85 546.30
2 S100A9 Protein S100-A9 P06702 1 DLQNFLK
(서열번호 16)		 439.24 649.37
439.24 521.31
439.24 407.27
2 LTWASHEK
(서열번호 17)		 486.25 757.36
486.25 571.28
486.25 500.25
486.25 413.21
3 NIETIINTFHQYSVK
(서열번호 18)		 602.98 908.46
602.98 761.39
602.98 624.34
602.98 486.28
3 ANXA2 Annexin A2 P07355 1 DLYDAGVK
(서열번호 19)		 440.72 652.33
440.72 489.27
440.72 374.24
440.72 303.20
2 QDIAFAYQR
(서열번호 20)		 556.28 868.47
556.28 755.38
556.28 684.35
556.28 537.28
556.28 466.24
4 KRT19 Keratin, type I cytoskeletal 19 P08727 1 DYSHYYTTIQDLR
(서열번호 21)		 558.93 846.47
558.93 745.42
558.93 644.37
558.93 531.29
2 AALEDTLAETEAR
(서열번호 22)		 695.35 789.41
695.35 676.33
695.35 605.29
695.35 476.25
695.35 375.20
5 TRX1 Thioredoxin P10599 1 TAFQEALDAAGDK
(서열번호 23)		 668.82 889.43
668.82 760.38
668.82 689.35
668.82 576.26
668.82 461.24
2 CMPTFQFFK
(서열번호 24)		 603.28 914.48
603.28 817.42
603.28 716.38
603.28 569.31
603.28 441.25
3 VGEFSGANK
(서열번호 49)		 454.727 809.379
454.727 752.357
454.727 623.315
454.727 476.246
454.727 389.214
4 TAFQEALDAAGDK
(서열번호 50)		 668.823 889.426
668.823 760.384
668.823 689.346
668.823 576.262
6 GSN Gelsolin P06396 1 TGAQELLR
(서열번호 25)		 444.25 729.43
444.25 658.39
444.25 530.33
444.25 401.29
2 YIETDPANR
(서열번호 26)		 539.76 802.37
539.76 673.33
539.76 572.28
539.76 457.25
539.76 360.20
7 APOC1 Apolipoprotein C-I P02654 1 TPDVSSALDK
(서열번호 27)		 516.76 719.39
516.76 620.32
516.76 533.29
516.76 446.26
2 EFGNTLEDK
(서열번호 28)		 526.75 605.31
526.75 776.38
526.75 719.36
526.75 504.27
526.75 391.18
3 EWFSETFQK
(서열번호 29)		 601.28 886.43
601.28 739.36
601.28 652.33
601.28 523.29
601.28 422.24
4 QSELSAK
(서열번호 30)		 381.70 547.31
381.70 418.27
381.70 305.18
8 CA1 Carbonic anhydrase 1 P00915 1 VLDALQAIK
(서열번호 31)		 485.80 758.44
485.80 643.41
485.80 572.38
485.80 459.29
2 ADGLAVIGVLMK
(서열번호 32)		 593.85 759.48
593.85 660.41
593.85 547.33
593.85 490.31
9 CHL1 Neural cell adhesion molecule L1-like protein O00533 1 IIPSNNSGTFR
(서열번호 33)		 603.32 490.23
603.32 759.37
603.32 681.33
603.32 567.29
603.32 480.26
2 VIAVNEVGR
(서열번호 34)		 478.78 744.40
478.78 673.36
478.78 574.29
478.78 460.25
3 GDLYFANVEEK
(서열번호 35)		 642.81 836.42
642.81 689.35
642.81 618.31
642.81 504.27
4 IENVSYQDK
(서열번호36)		 548.27 853.41
548.27 739.36
548.27 640.29
548.27 553.26
548.27 390.20
5 YHIYENGTLQINR
(서열번호 37)		 540.94 915.50
540.94 801.46
540.94 744.44
540.94 643.39
540.94 530.30
10 FN1 Fibronectin P02751 1 SYTITGLQPGTDYK
(서열번호 38)		 772.39 808.38
772.39 680.32
772.39 583.27
772.39 526.25
2 TYHVGEQWQK
(서열번호 39)		 425.88 1011.50
425.88 874.44
425.88 775.37
425.88 718.35
3 HEEGHMLNCTCFGQGR
(서열번호 40)		 644.94 985.40
644.94 825.37
644.94 724.32
644.94 564.29
644.94 417.22
4 STTPDITGYR
(서열번호 41)		 555.78 922.46
555.78 821.42
555.78 724.36
555.78 609.34
11 LPA Apolipoprotein(a) P08519 1 WVLTAAHCLK
(서열번호 42)		 400.22 400.71
400.22 800.41
400.22 699.36
400.22 628.32
400.22 557.29
2 GTYSTTVTGR
(서열번호 43)		 521.76 634.30
521.76 884.45
521.76 721.38
521.76 533.30
3 YICAEHLAR
(서열번호 44)		 566.78 696.38
566.78 625.34
566.78 496.30
566.78 359.24
4 NPDAVAAPYCYTR
(서열번호 45)		 749.34 1171.56
749.34 1100.52
749.34 1001.45
749.34 930.41
12 MUC1 Mucin-1 P15941 1 YVPPSSTDR
(서열번호 46)		 511.25 759.36
511.25 662.31
511.25 565.26
511.25 478.23
511.25 391.19
13 PLAC1 Placenta-specific protein 1 Q9HBJ0 1 FVIPVSCAAPQK
(서열번호 47)		 658.86 1070.57
658.86 957.48
658.86 860.43
658.86 761.36
658.86 674.33
658.86 514.30
본 발명에서는 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질을 검출하기 위하여, 상기한 각각의 단백질의 타겟 펩티드 중 일부 아미노산이 안정한 동위원소로 치환된 펩티드를 합성하고, 다중 반응 모니터링 분석 시 내부 표준 물질로 사용하면 상기 단백질의 혈액 내 절대량도 측정할 수 있어 분석의 정확도를 더욱 높일 수 있다.
본 발명에 있어서 내부 표준 물질은 상기 다중 반응 모니터링 분석 시 일반적으로 사용되는 임의의 내부 표준 물질이 사용될 수 있으나, 예를 들어, 대장균 베타 갈락토시다아제가 사용될 수 있다. 대장균 베타-갈락토시다아제를 대표하는 타겟 펩티드는 서열번호 48의 아미노산 서열로 이루어지며 어미이온과 딸이온은 각각 542.3 m/z과 636.3 m/z일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 본 발명에서 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질의 혈액 내 절대량을 측정하기 위하여 타겟 펩티드의 일부 아미노산이 안정한 동위원소로 치환된 특정 펩티드를 내부 표준물질로서 합성하는 경우, 동위 원소로 치환된 아미노산은 리신(Lysine)이나 아르기닌(Arginine)이 바람직하나 이에 제한되는 것은 아니다. 여기서 합성된 펩티드는 95% 이상 순수 분리된 펩티드를 사용하는 것이 바람직하다.
한편, 본 발명에서 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 각각의 단백질을 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질을 코딩하는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있다.
본 발명에 상기 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 각각의 단백질을 코딩하는 유전자의 존재 여부와 발현 정도를 확인하는 과정으로 mRNA의 양을 측정하는 분석 방법으로는 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting), DNA 칩 등이 있으나 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 일 구체 예에서 목적하는 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준이 정상 대조군에 비하여 증가하거나 감소한 경우, 상기 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다.
본 발명의 다른 구체 예에서 목적하는 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하여 치료 반응성, 바람직하게는 화학적 항암 치료 또는 면역 치료에 대한 반응성을 예측할 수 있다.
본 발명의 또 다른 구체 예에서 목적하는 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하여 상기 개체의 예후, 바람직하게는 외과적 수술 후 예후를 예측할 수 있다. 여기서 상기 목적하는 개체는 암이 발병하여 외과적 절제 수술을 받은 개체일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구체 예에서 목적하는 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하여 상기 개체에서 암의 병기를 예측할 수 있다.
본 발명에서 상기 "병기(stage)"란 암세포가 퍼진 정도, 암의 진행 단계를 의미하는 것으로, 암의 진행상황에 따른 국제적분류는 일반적으로 TNM 병기 분류에 따른다. 여기서 'T(Tumor Size)'는 원발 종양의 크기에 따른 분류이고, 'N(Lymph Node)'은 림프절 전이 정도에 따른 분류이며, 'M(Metastasis)'은 다른 장기로의 전이 여부에 따른 분류에 해당한다. T, N, M에 있어서 상세 분류는 하기 표 2와 같으며 이에 따른 암의 병기 분류는 하기 표 3과 같다.
TNM 병기 정의
원발 종양의 크기
(T 병기)
Size of the primary tumor(T stage)		 T0 종양세포의 형태가 악성종양의 모습을 보이나 발생한 점막 또는 상피에 국한돼 있고 아직 기저막을 침윤하지 않은 종양
T1 원발된 장기에 제한된 병변, 종양이 가동서잉 있으며 인접 및 주위조직에 침범이 없음
T2 종양의 크기가 2~5cm 정도
T3 종양의 크기가 T2 보다 크나 장기 내에 국한됨
T4 주변 조직과 유착 및 침윤한 상태
림프절 전이 여부
(N 병기)
Lymph node status(N stage)		 N0 림프절 병변의 증거가 없음
N1 촉지되고 가동성이 있으며 첫 번째 위치에 제한되어 있는 림프절(1~2cm 이상, 보통 3cm까지의 크기) 하나에 침범
N2 촉지되고 부분적으로 가동성이 있는 또는 단단하거나 딱딱한 림프절, 현미경적으로 침범의 증거가 있고 임상적으로 서로 엉켜있으며 반대측 또는 양측에서 나타남(3~5cm)
N3 완저?? 고정돼 있고 피막을 통과해 뼈나 큰 혈관, 피부, 신경 등에 완전히 고정되어 있으며 6cm 이상의 크기
원격전이 여부
(M 병기)
Distant metastasis
(M stage)		 M0 원격전이가 없음
M1 원격전이가 있음
병기분류 T1 T2 T3 T4
N0 1기 2기
N1 3기
N2
N3
M1 4기
본 발명의 또 다른 구체 예에서 목적하는 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하여 암의 재발 가능성을 예측할 수 있다.
본 발명에서 상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(CNS central nervoussystem) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있으나, 바람직하게는 유방암일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, (a) 암 개체로부터 분리한 시료 또는 암 질환 동물 모델에 후보 약제를 처리하는 단계; 및
(b) 상기 후보 약제가 처리된 시료 또는 암 질환 동물 모델에서 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 암의 예방 또는 치료용 약물을 스크리닝하는 방법에 관한 것이다.
본 발명에서 상기 "시료"란 조직, 세포, 전혈, 혈청, 혈장, 조직 부검 시료(뇌, 피부, 림프절, 척수 등), 세포 배양 상등액, 파열된 진핵세포 및 세균 발현계 등을 들 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 본 발명의 목적상 상기 분리된 시료는 암 개체로부터 분리된 세포 또는 조직임이 바람직하나, 이에 제한되지 않는다. 이들 생물학적 시료를 조작하거나 조작하지 않은 상태로 암의 예방 또는 치료용 후보 약제와 반응시킬 수 있다.
본 발명에 상기 "암 질환 동물 모델"이란 인간을 제외한 동물로서, 암의 병리학적 상태에 있다고 통상의 기술자가 판단할 수 있는 상태에 있는 동물로, 예를 들면 래트, 마우스, 모르모트, 햄스터, 토끼, 원숭이, 개, 고양이, 소, 말, 돼지, 양 및 염소로 구성된 군으로부터 선택될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서는 상기 암 개체로부터 분리한 시료 또는 암 질환 동물 모델에 후보 약제를 처리하기에 앞서, 상기 시료 또는 암 질환 동물 모델에서 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 수행할 수 있다.
본 발명에서의 용어 "후보 물질"은 암 환자에 적용하여 암에 의한 환자의 증세를 호전시키거나 이롭게 변경할 수 있는 물질을 의미하며, S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질; 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 또는 활성을 감소시킬 수 있는 물질로, 저분자 화합물, 항체, 안티센스 뉴클레오티드, 작은 간섭 RNA(short interfering RNA), 짧은 헤어핀 RNA(short hairpin RNA), 핵산, 단백질, 펩티드, 기타 추출물 또는 천연물을 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 후보 약제의 처리 전 또는 후에 있어서, 시료 또는 암 질환 동물 모델에서 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 및 PLAC1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 방법 및 그에 사용되는 제제는 상기 암의 진단을 위한 정보 제공 방법에 기재된 바와 중복되어 이하 자세한 기재를 생략한다.
본 발명에서는, 추가로 (c) 상기 (b) 단계에서 측정된 S100A8, S100A9, ANXA2, KRT19, TRX1, GSN, APOC1, CA1, CHL1, FN1, LPA, MUC1 또는 PLAC1 단백질; 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준이 후보 약제가 처리되기 전에 비하여 증가하거나 감소한 경우 상기 후보 약제를 암의 예방 또는 치료용 약제로 판단하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
이하, 본 발명을 하기의 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.
실시예
[실시예 1] 유방암 진단을 위한 바이오마커 세트의 검출
1. 시료의 준비
본 발명의 바이오마커 조합의 유방암 진단의 정확도를 확인하기 위하여, 유방암 환자 66명과 정상 대조군 66명으로부터 얻은 혈액 시료에서 혈장을 분리하고, Bradford assay를 통하여 총 단백질을 정량하였다. 이 중 총 단백질 200 ㎍을 우레아(urea)로 변형시킨 뒤 디티오트레이톨(dithiothreitol, DTT)로 환원시키고, 이오도아세트아미드(iodoacetamide)를 통해 알킬화 시켰다. 이후, 트립신을 상기 총 단백질량의 1:50(W/W)로 넣어주어 펩티드화 시키고, C18 컬럼을 이용하여 염을 제거하였다. 내부표준물질로는 각 펩타이드의 말단에 붙어있는 아미노산기가 동위원소로 치환된 합성품을 이용하였다.
2. 삼중 사극자 질량분석기를 이용한 다중 반응 모니터링 수행
삼중 사극자 질량분석을 위하여 본 발명의 바이오마커 13종의 타겟 펩티드와 어미이온과 딸이온 쌍을 선정하여 그 결과는 상기 표 1에 나타낸 바 있다. 상기 1.에서 준비된 최종 시료를 역상 수지 크로마토그래피에 걸어 혈장 펩티드 절편을 분리하였고, 삼중 사극자 질량분석기(기기: 5500 Qtrap, AB Sciex, USA)를 사용해 각 펩티드의 MRM 스펙트럼을 얻었다. 이때, 역상 수지 크로마토그래피는 HALOTM C18 컬럼 (Eksigent, USA) 컬럼으로 45분간 5%~40%의 아세토니트릴 농도 구배를 이용하여 실시하였다. MultiQuantTM 컴퓨터 정량 분석 프로그램 (AB Sciex, USA)으로 타깃 펩티드의 MRM 크로마토그램의 피크 면적을 계산하여 정량 정보를 확인하였다. 이때 각 타깃 펩티드의 정량값은 내부 표준물질로 넣어준 대장균 베타-갈락토시다아제의 MRM 크로마토그램의 피크 면적에 대한 비율로 표시하였다. 각 펩티드의 MRM 크로마토그램 면적비를 구함으로써 유방암 환자와 비 환자 대조군 사이에 단백질 발현량의 차이를 확인할 수 있었다.
3. 바이오마커의 조합 별 유방암 진단의 정확도 확인
상기 2.에서 확인된 13개의 바이오마커의 정량 결과를 로지스틱 회귀분석을 통해 하나로 통합하여 다수의 마커로 구성된 하나의 진단 마커(다표지 마커)로 만들어 유방암 진단 효율을 확인하였다.
그 결과, 도 1에서 보는 바와 같이, 본 발명의 13종의 바이오마커 중 APOC1, CA1 및 CHL1의 바이오마커 조합에 있어서, 66명의 유방암 환자와 66명의 정상 대조군에 대한 수용자-조작 특성(ROC) 그래프로 도시한 결과 AUC(area under the curve)는 0.908로 나타났다. 또한, 도 2에서 보는 바와 같이, APOC1, CA1, CHL1, S100A9 및 S100A8의 바이오마커 조합의 경우 AUC는 0.935로 나타났다. 또한, 도 3에서 보는 바와 같이, APOC1, CA1, CHL1, S100A9, S100A8, ANXA2 및 GSN의 바이오마커 조합의 경우 AUC는 0.947로 나타났다.
이처럼 본 발명의 바이오마커 조합은 유방암 진단의 정확도가 매우 뛰어난 것을 확인할 수 있었다.
또한 도 4 내지 7에서 보는 바와 같이, 본 발명의 TRX1의 바이오마커 중 서열번호 49 및 50의 바이오 마커에 있어서, 10명의 유방암 환자와 10명의 정상 대조군에 대한 수용자-조작 특성(ROC) 그래프로 도시한 결과 AUC(area under the curve)는 0.78 및 0.70으로 나타나, 단일 마커로 정확도가 매우 뛰어난 것을 확인할 수 있었다.
[서열목록]
서열번호 1: S100A8
Met Leu Thr Glu Leu Glu Lys Ala Leu Asn Ser Ile Ile Asp Val Tyr
1 5 10 15
His Lys Tyr Ser Leu Ile Lys Gly Asn Phe His Ala Val Tyr Arg Asp
20 25 30
Asp Leu Lys Lys Leu Leu Glu Thr Glu Cys Pro Gln Tyr Ile Arg Lys
35 40 45
Lys Gly Ala Asp Val Trp Phe Lys Glu Leu Asp Ile Asn Thr Asp Gly
50 55 60
Ala Val Asn Phe Gln Glu Phe Leu Ile Leu Val Ile Lys Met Gly Val
65 70 75 80
Ala Ala His Lys Lys Ser His Glu Glu Ser His Lys Glu
85 90
서열번호 2: S100A9
Met Thr Cys Lys Met Ser Gln Leu Glu Arg Asn Ile Glu Thr Ile Ile
1 5 10 15
Asn Thr Phe His Gln Tyr Ser Val Lys Leu Gly His Pro Asp Thr Leu
20 25 30
Asn Gln Gly Glu Phe Lys Glu Leu Val Arg Lys Asp Leu Gln Asn Phe
35 40 45
Leu Lys Lys Glu Asn Lys Asn Glu Lys Val Ile Glu His Ile Met Glu
50 55 60
Asp Leu Asp Thr Asn Ala Asp Lys Gln Leu Ser Phe Glu Glu Phe Ile
65 70 75 80
Met Leu Met Ala Arg Leu Thr Trp Ala Ser His Glu Lys Met His Glu
85 90 95
Gly Asp Glu Gly Pro Gly His His His Lys Pro Gly Leu Gly Glu Gly
100 105 110
Thr Pro
서열번호 3: ANXA2
Met Ser Thr Val His Glu Ile Leu Cys Lys Leu Ser Leu Glu Gly Asp
1 5 10 15
His Ser Thr Pro Pro Ser Ala Tyr Gly Ser Val Lys Ala Tyr Thr Asn
20 25 30
Phe Asp Ala Glu Arg Asp Ala Leu Asn Ile Glu Thr Ala Ile Lys Thr
35 40 45
Lys Gly Val Asp Glu Val Thr Ile Val Asn Ile Leu Thr Asn Arg Ser
50 55 60
Asn Ala Gln Arg Gln Asp Ile Ala Phe Ala Tyr Gln Arg Arg Thr Lys
65 70 75 80
Lys Glu Leu Ala Ser Ala Leu Lys Ser Ala Leu Ser Gly His Leu Glu
85 90 95
Thr Val Ile Leu Gly Leu Leu Lys Thr Pro Ala Gln Tyr Asp Ala Ser
100 105 110
Glu Leu Lys Ala Ser Met Lys Gly Leu Gly Thr Asp Glu Asp Ser Leu
115 120 125
Ile Glu Ile Ile Cys Ser Arg Thr Asn Gln Glu Leu Gln Glu Ile Asn
130 135 140
Arg Val Tyr Lys Glu Met Tyr Lys Thr Asp Leu Glu Lys Asp Ile Ile
145 150 155 160
Ser Asp Thr Ser Gly Asp Phe Arg Lys Leu Met Val Ala Leu Ala Lys
165 170 175
Gly Arg Arg Ala Glu Asp Gly Ser Val Ile Asp Tyr Glu Leu Ile Asp
180 185 190
Gln Asp Ala Arg Asp Leu Tyr Asp Ala Gly Val Lys Arg Lys Gly Thr
195 200 205
Asp Val Pro Lys Trp Ile Ser Ile Met Thr Glu Arg Ser Val Pro His
210 215 220
Leu Gln Lys Val Phe Asp Arg Tyr Lys Ser Tyr Ser Pro Tyr Asp Met
225 230 235 240
Leu Glu Ser Ile Arg Lys Glu Val Lys Gly Asp Leu Glu Asn Ala Phe
245 250 255
Leu Asn Leu Val Gln Cys Ile Gln Asn Lys Pro Leu Tyr Phe Ala Asp
260 265 270
Arg Leu Tyr Asp Ser Met Lys Gly Lys Gly Thr Arg Asp Lys Val Leu
275 280 285
Ile Arg Ile Met Val Ser Arg Ser Glu Val Asp Met Leu Lys Ile Arg
290 295 300
Ser Glu Phe Lys Arg Lys Tyr Gly Lys Ser Leu Tyr Tyr Tyr Ile Gln
305 310 315 320
Gln Asp Thr Lys Gly Asp Tyr Gln Lys Ala Leu Leu Tyr Leu Cys Gly
325 330 335
Gly Asp Asp
서열번호 4: KRT 19
Met Thr Ser Tyr Ser Tyr Arg Gln Ser Ser Ala Thr Ser Ser Phe Gly
1 5 10 15
Gly Leu Gly Gly Gly Ser Val Arg Phe Gly Pro Gly Val Ala Phe Arg
20 25 30
Ala Pro Ser Ile His Gly Gly Ser Gly Gly Arg Gly Val Ser Val Ser
35 40 45
Ser Ala Arg Phe Val Ser Ser Ser Ser Ser Gly Ala Tyr Gly Gly Gly
50 55 60
Tyr Gly Gly Val Leu Thr Ala Ser Asp Gly Leu Leu Ala Gly Asn Glu
65 70 75 80
Lys Leu Thr Met Gln Asn Leu Asn Asp Arg Leu Ala Ser Tyr Leu Asp
85 90 95
Lys Val Arg Ala Leu Glu Ala Ala Asn Gly Glu Leu Glu Val Lys Ile
100 105 110
Arg Asp Trp Tyr Gln Lys Gln Gly Pro Gly Pro Ser Arg Asp Tyr Ser
115 120 125
His Tyr Tyr Thr Thr Ile Gln Asp Leu Arg Asp Lys Ile Leu Gly Ala
130 135 140
Thr Ile Glu Asn Ser Arg Ile Val Leu Gln Ile Asp Asn Ala Arg Leu
145 150 155 160
Ala Ala Asp Asp Phe Arg Thr Lys Phe Glu Thr Glu Gln Ala Leu Arg
165 170 175
Met Ser Val Glu Ala Asp Ile Asn Gly Leu Arg Arg Val Leu Asp Glu
180 185 190
Leu Thr Leu Ala Arg Thr Asp Leu Glu Met Gln Ile Glu Gly Leu Lys
195 200 205
Glu Glu Leu Ala Tyr Leu Lys Lys Asn His Glu Glu Glu Ile Ser Thr
210 215 220
Leu Arg Gly Gln Val Gly Gly Gln Val Ser Val Glu Val Asp Ser Ala
225 230 235 240
Pro Gly Thr Asp Leu Ala Lys Ile Leu Ser Asp Met Arg Ser Gln Tyr
245 250 255
Glu Val Met Ala Glu Gln Asn Arg Lys Asp Ala Glu Ala Trp Phe Thr
260 265 270
Ser Arg Thr Glu Glu Leu Asn Arg Glu Val Ala Gly His Thr Glu Gln
275 280 285
Leu Gln Met Ser Arg Ser Glu Val Thr Asp Leu Arg Arg Thr Leu Gln
290 295 300
Gly Leu Glu Ile Glu Leu Gln Ser Gln Leu Ser Met Lys Ala Ala Leu
305 310 315 320
Glu Asp Thr Leu Ala Glu Thr Glu Ala Arg Phe Gly Ala Gln Leu Ala
325 330 335
His Ile Gln Ala Leu Ile Ser Gly Ile Glu Ala Gln Leu Gly Asp Val
340 345 350
Arg Ala Asp Ser Glu Arg Gln Asn Gln Glu Tyr Gln Arg Leu Met Asp
355 360 365
Ile Lys Ser Arg Leu Glu Gln Glu Ile Ala Thr Tyr Arg Ser Leu Leu
370 375 380
Glu Gly Gln Glu Asp His Tyr Asn Asn Leu Ser Ala Ser Lys Val Leu
385 390 395 400
서열번호 5: TRX1
Met Val Lys Gln Ile Glu Ser Lys Thr Ala Phe Gln Glu Ala Leu Asp
1 5 10 15
Ala Ala Gly Asp Lys Leu Val Val Val Asp Phe Ser Ala Thr Trp Cys
20 25 30
Gly Pro Cys Lys Met Ile Asn Pro Phe Phe His Ser Leu Ser Glu Lys
35 40 45
Tyr Ser Asn Val Ile Phe Leu Glu Val Asp Val Asp Asp Cys Gln Asp
50 55 60
Val Ala Ser Glu Cys Glu Val Lys Cys Thr Pro Thr Phe Gln Phe Phe
65 70 75 80
Lys Lys Gly Gln Lys Val Gly Glu Phe Ser Gly Ala Asn Lys Glu Lys
85 90 95
Leu Glu Ala Thr Ile Asn Glu Leu Val
100 105
서열번호 6: GSN
Met Ala Pro His Arg Pro Ala Pro Ala Leu Leu Cys Ala Leu Ser Leu
1 5 10 15
Ala Leu Cys Ala Leu Ser Leu Pro Val Arg Ala Ala Thr Ala Ser Arg
20 25 30
Gly Ala Ser Gln Ala Gly Ala Pro Gln Gly Arg Val Pro Glu Ala Arg
35 40 45
Pro Asn Ser Met Val Val Glu His Pro Glu Phe Leu Lys Ala Gly Lys
50 55 60
Glu Pro Gly Leu Gln Ile Trp Arg Val Glu Lys Phe Asp Leu Val Pro
65 70 75 80
Val Pro Thr Asn Leu Tyr Gly Asp Phe Phe Thr Gly Asp Ala Tyr Val
85 90 95
Ile Leu Lys Thr Val Gln Leu Arg Asn Gly Asn Leu Gln Tyr Asp Leu
100 105 110
His Tyr Trp Leu Gly Asn Glu Cys Ser Gln Asp Glu Ser Gly Ala Ala
115 120 125
Ala Ile Phe Thr Val Gln Leu Asp Asp Tyr Leu Asn Gly Arg Ala Val
130 135 140
Gln His Arg Glu Val Gln Gly Phe Glu Ser Ala Thr Phe Leu Gly Tyr
145 150 155 160
Phe Lys Ser Gly Leu Lys Tyr Lys Lys Gly Gly Val Ala Ser Gly Phe
165 170 175
Lys His Val Val Pro Asn Glu Val Val Val Gln Arg Leu Phe Gln Val
180 185 190
Lys Gly Arg Arg Val Val Arg Ala Thr Glu Val Pro Val Ser Trp Glu
195 200 205
Ser Phe Asn Asn Gly Asp Cys Phe Ile Leu Asp Leu Gly Asn Asn Ile
210 215 220
His Gln Trp Cys Gly Ser Asn Ser Asn Arg Tyr Glu Arg Leu Lys Ala
225 230 235 240
Thr Gln Val Ser Lys Gly Ile Arg Asp Asn Glu Arg Ser Gly Arg Ala
245 250 255
Arg Val His Val Ser Glu Glu Gly Thr Glu Pro Glu Ala Met Leu Gln
260 265 270
Val Leu Gly Pro Lys Pro Ala Leu Pro Ala Gly Thr Glu Asp Thr Ala
275 280 285
Lys Glu Asp Ala Ala Asn Arg Lys Leu Ala Lys Leu Tyr Lys Val Ser
290 295 300
Asn Gly Ala Gly Thr Met Ser Val Ser Leu Val Ala Asp Glu Asn Pro
305 310 315 320
Phe Ala Gln Gly Ala Leu Lys Ser Glu Asp Cys Phe Ile Leu Asp His
325 330 335
Gly Lys Asp Gly Lys Ile Phe Val Trp Lys Gly Lys Gln Ala Asn Thr
340 345 350
Glu Glu Arg Lys Ala Ala Leu Lys Thr Ala Ser Asp Phe Ile Thr Lys
355 360 365
Met Asp Tyr Pro Lys Gln Thr Gln Val Ser Val Leu Pro Glu Gly Gly
370 375 380
Glu Thr Pro Leu Phe Lys Gln Phe Phe Lys Asn Trp Arg Asp Pro Asp
385 390 395 400
Gln Thr Asp Gly Leu Gly Leu Ser Tyr Leu Ser Ser His Ile Ala Asn
405 410 415
Val Glu Arg Val Pro Phe Asp Ala Ala Thr Leu His Thr Ser Thr Ala
420 425 430
Met Ala Ala Gln His Gly Met Asp Asp Asp Gly Thr Gly Gln Lys Gln
435 440 445
Ile Trp Arg Ile Glu Gly Ser Asn Lys Val Pro Val Asp Pro Ala Thr
450 455 460
Tyr Gly Gln Phe Tyr Gly Gly Asp Ser Tyr Ile Ile Leu Tyr Asn Tyr
465 470 475 480
Arg His Gly Gly Arg Gln Gly Gln Ile Ile Tyr Asn Trp Gln Gly Ala
485 490 495
Gln Ser Thr Gln Asp Glu Val Ala Ala Ser Ala Ile Leu Thr Ala Gln
500 505 510
Leu Asp Glu Glu Leu Gly Gly Thr Pro Val Gln Ser Arg Val Val Gln
515 520 525
Gly Lys Glu Pro Ala His Leu Met Ser Leu Phe Gly Gly Lys Pro Met
530 535 540
Ile Ile Tyr Lys Gly Gly Thr Ser Arg Glu Gly Gly Gln Thr Ala Pro
545 550 555 560
Ala Ser Thr Arg Leu Phe Gln Val Arg Ala Asn Ser Ala Gly Ala Thr
565 570 575
Arg Ala Val Glu Val Leu Pro Lys Ala Gly Ala Leu Asn Ser Asn Asp
580 585 590
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Gly Ala Ser Glu Ala Glu Lys Thr Gly Ala Gln Glu Leu Leu Arg Val
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Leu Arg Ala Gln Pro Val Gln Val Ala Glu Gly Ser Glu Pro Asp Gly
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Phe Trp Glu Ala Leu Gly Gly Lys Ala Ala Tyr Arg Thr Ser Pro Arg
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Leu Lys Asp Lys Lys Met Asp Ala His Pro Pro Arg Leu Phe Ala Cys
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Ser Asn Lys Ile Gly Arg Phe Val Ile Glu Glu Val Pro Gly Glu Leu
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Asp Gln Val Phe Val Trp Val Gly Lys Asp Ser Gln Glu Glu Glu Lys
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Asn Arg Asp Arg Arg Thr Pro Ile Thr Val Val Lys Gln Gly Phe Glu
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Pro Pro Ser Phe Val Gly Trp Phe Leu Gly Trp Asp Asp Asp Tyr Trp
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서열번호 7: APOC1
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Ala Leu Asp Lys Leu Lys Glu Phe Gly Asn Thr Leu Glu Asp Lys Ala
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Arg Glu Leu Ile Ser Arg Ile Lys Gln Ser Glu Leu Ser Ala Lys Met
50 55 60
Arg Glu Trp Phe Ser Glu Thr Phe Gln Lys Val Lys Glu Lys Leu Lys
65 70 75 80
Ile Asp Ser
서열번호 8: CA1
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1 5 10 15
Trp Ser Lys Leu Tyr Pro Ile Ala Asn Gly Asn Asn Gln Ser Pro Val
20 25 30
Asp Ile Lys Thr Ser Glu Thr Lys His Asp Thr Ser Leu Lys Pro Ile
35 40 45
Ser Val Ser Tyr Asn Pro Ala Thr Ala Lys Glu Ile Ile Asn Val Gly
50 55 60
His Ser Phe His Val Asn Phe Glu Asp Asn Asp Asn Arg Ser Val Leu
65 70 75 80
Lys Gly Gly Pro Phe Ser Asp Ser Tyr Arg Leu Phe Gln Phe His Phe
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Val Arg Ala Ser Phe
260
서열번호 9: CHL1
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Leu Leu Leu Lys Phe Ser Lys Ala Ile Glu Ile Pro Ser Ser Val Gln
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서열번호 10: FN1
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Ser Arg Glu
서열번호 11: LPA
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<110> BERTIS CO., LTD. <120> Composition for diagnosing cancer <130> PDPB187339k01 <160> 50 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 93 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1 Met Leu Thr Glu Leu Glu Lys Ala Leu Asn Ser Ile Ile Asp Val Tyr 1 5 10 15 His Lys Tyr Ser Leu Ile Lys Gly Asn Phe His Ala Val Tyr Arg Asp 20 25 30 Asp Leu Lys Lys Leu Leu Glu Thr Glu Cys Pro Gln Tyr Ile Arg Lys 35 40 45 Lys Gly Ala Asp Val Trp Phe Lys Glu Leu Asp Ile Asn Thr Asp Gly 50 55 60 Ala Val Asn Phe Gln Glu Phe Leu Ile Leu Val Ile Lys Met Gly Val 65 70 75 80 Ala Ala His Lys Lys Ser His Glu Glu Ser His Lys Glu 85 90 <210> 2 <211> 114 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Met Thr Cys Lys Met Ser Gln Leu Glu Arg Asn Ile Glu Thr Ile Ile 1 5 10 15 Asn Thr Phe His Gln Tyr Ser Val Lys Leu Gly His Pro Asp Thr Leu 20 25 30 Asn Gln Gly Glu Phe Lys Glu Leu Val Arg Lys Asp Leu Gln Asn Phe 35 40 45 Leu Lys Lys Glu Asn Lys Asn Glu Lys Val Ile Glu His Ile Met Glu 50 55 60 Asp Leu Asp Thr Asn Ala Asp Lys Gln Leu Ser Phe Glu Glu 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sequence of S100A8 <400> 14 Met Leu Thr Glu Leu Glu Lys 1 5 <210> 15 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of S100A8 <400> 15 Ala Leu Asn Ser Ile Ile Asp Val Tyr His Lys 1 5 10 <210> 16 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of S100A9 <400> 16 Asp Leu Gln Asn Phe Leu Lys 1 5 <210> 17 <211> 8 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of S100A9 <400> 17 Leu Thr Trp Ala Ser His Glu Lys 1 5 <210> 18 <211> 15 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of S100A9 <400> 18 Asn Ile Glu Thr Ile Ile Asn Thr Phe His Gln Tyr Ser Val Lys 1 5 10 15 <210> 19 <211> 8 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of ANXA2 <400> 19 Asp Leu Tyr Asp Ala Gly Val Lys 1 5 <210> 20 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of ANXA2 <400> 20 Gln Asp Ile Ala Phe Ala Tyr Gln Arg 1 5 <210> 21 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of KRT19 <400> 21 Asp Tyr Ser His Tyr Tyr Thr Thr Ile Gln Asp Leu Arg 1 5 10 <210> 22 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of KRT19 <400> 22 Ala Ala Leu Glu Asp Thr Leu Ala Glu Thr Glu Ala Arg 1 5 10 <210> 23 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of TRX1 <400> 23 Thr Ala Phe Gln Glu Ala Leu Asp Ala Ala Gly Asp Lys 1 5 10 <210> 24 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of TRX1 <400> 24 Cys Met Pro Thr Phe Gln Phe Phe Lys 1 5 <210> 25 <211> 8 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of GSN <400> 25 Thr Gly Ala Gln Glu Leu Leu Arg 1 5 <210> 26 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of GSN <400> 26 Tyr Ile Glu Thr Asp Pro Ala Asn Arg 1 5 <210> 27 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of APOC1 <400> 27 Thr Pro Asp Val Ser Ser Ala Leu Asp Lys 1 5 10 <210> 28 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of APOC1 <400> 28 Glu Phe Gly Asn Thr Leu Glu Asp Lys 1 5 <210> 29 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of APOC1 <400> 29 Glu Trp Phe Ser Glu Thr Phe Gln Lys 1 5 <210> 30 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of APOC1 <400> 30 Gln Ser Glu Leu Ser Ala Lys 1 5 <210> 31 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of CA1 <400> 31 Val Leu Asp Ala Leu Gln Ala Ile Lys 1 5 <210> 32 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of CA1 <400> 32 Ala Asp Gly Leu Ala Val Ile Gly Val Leu Met Lys 1 5 10 <210> 33 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of CHL1 <400> 33 Ile Ile Pro Ser Asn Asn Ser Gly Thr Phe Arg 1 5 10 <210> 34 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of CHL1 <400> 34 Val Ile Ala Val Asn Glu Val Gly Arg 1 5 <210> 35 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of CHL1 <400> 35 Gly Asp Leu Tyr Phe Ala Asn Val Glu Glu Lys 1 5 10 <210> 36 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of CHL1 <400> 36 Ile Glu Asn Val Ser Tyr Gln Asp Lys 1 5 <210> 37 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of CHL1 <400> 37 Tyr His Ile Tyr Glu Asn Gly Thr Leu Gln Ile Asn Arg 1 5 10 <210> 38 <211> 14 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of FN1 <400> 38 Ser Tyr Thr Ile Thr Gly Leu Gln Pro Gly Thr Asp Tyr Lys 1 5 10 <210> 39 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of FN1 <400> 39 Thr Tyr His Val Gly Glu Gln Trp Gln Lys 1 5 10 <210> 40 <211> 16 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of FN1 <400> 40 His Glu Glu Gly His Met Leu Asn Cys Thr Cys Phe Gly Gln Gly Arg 1 5 10 15 <210> 41 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of FN1 <400> 41 Ser Thr Thr Pro Asp Ile Thr Gly Tyr Arg 1 5 10 <210> 42 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of LPA <400> 42 Trp Val Leu Thr Ala Ala His Cys Leu Lys 1 5 10 <210> 43 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of LPA <400> 43 Gly Thr Tyr Ser Thr Thr Val Thr Gly Arg 1 5 10 <210> 44 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of LPA <400> 44 Tyr Ile Cys Ala Glu His Leu Ala Arg 1 5 <210> 45 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of LPA <400> 45 Asn Pro Asp Ala Val Ala Ala Pro Tyr Cys Tyr Thr Arg 1 5 10 <210> 46 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of MUC1 <400> 46 Tyr Val Pro Pro Ser Ser Thr Asp Arg 1 5 <210> 47 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of PLAC1 <400> 47 Phe Val Ile Pro Val Ser Cys Ala Ala Pro Gln Lys 1 5 10 <210> 48 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of E. coli beta-galactosidase <400> 48 Gly Asp Phe Gln Phe Asn Ile Ser Arg 1 5 <210> 49 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of TRX1 <400> 49 Val Gly Glu Phe Ser Gly Ala Asn Lys 1 5 <210> 50 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Target peptide sequence of TRX1 <400> 50 Thr Ala Phe Gln Glu Ala Leu Asp Ala Ala Gly Asp Lys 1 5 10

Claims (28)

  1. 다중 반응 모니터링 (multiple reaction monitoring; MRM) 방법을 통해 어미이온의 질량 대 전하비 및 딸이온의 질량 대 전하비를 이용하여 선별된 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 유방암의 진단용 조성물.
  2. 제1항에 있어서,
    상기 어미이온 및 딸이온의 질량 대 전하비는 각각 668.82 m/z 과 889.43 m/z, 668.82 m/z 과 760.38 m/z, 668.82 m/z 과 689.35 m/z, 668.82 m/z 과 576.26 m/z, 668.82 m/z 과 461.24 m/z, 603.28 m/z 과 914.48 m/z, 603.28 m/z 과 817.42 m/z, 603.28 m/z 과 716.38 m/z, 603.28 m/z 과 569.31 m/z, 603.28 m/z 과 441.25 m/z, 454.727 m/z 과 809.379 m/z, 454.727 m/z 과 752.357 m/z, 454.727 m/z 과 623.315 m/z, 454.727 m/z 과 476.246 m/z, 454.727 m/z 과 389.214 m/z, 668.823 m/z 과 889.426 m/z, 668.823 m/z 과 760.384 m/z, 668.823 m/z 과 689.346 m/z 또는 668.823 m/z 과 576.262 m/z 인, 유방암의 진단용 조성물.
  3. 제1항에 있어서,
    상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 항체, 올리고펩티드, 리간드, PNA(peptide nucleic acid) 및 앱타머(aptamer)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는, 유방암의 진단용 조성물.
  4. 제1항에 있어서,
    상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 폴리펩티드를 코딩하는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는, 유방암의 진단용 조성물.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항의 유방암의 진단용 조성물을 포함하는, 유방암의 진단용 키트.
  6. 제5항에 있어서,
    상기 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트, ELISA 키트, 단백질 칩 키트, 래피드(rapid) 키트 또는 MRM(Multiple reaction monitoring) 키트인, 유방암의 진단용 키트.
  7. 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 다중 반응 모니터링 (multiple reaction monitoring; MRM) 방법을 통해 어미이온의 질량 대 전하비 및 딸이온의 질량 대 전하비를 이용하여 선별된 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 유방암의 진단을 위한 정보 제공 방법.
  8. 제7항에 있어서,
    상기 생물학적 시료는 전혈(whole blood), 백혈구(leukocytes), 말초혈액 단핵 세포(peripheral blood mononuclear cells), 백혈구 연층(buffy coat), 혈장(plasma), 혈청(serum), 객담(sputum), 눈물(tears), 점액(mucus), 세비액(nasal washes), 비강 흡인물(nasal aspirate), 호흡(breath), 소변(urine), 정액(semen), 침(saliva), 복강 세척액(peritoneal washings), 복수(ascites), 낭종액(cystic fluid), 뇌척수막 액(meningeal fluid), 양수(amniotic fluid), 선액(glandular fluid), 췌장액(pancreatic fluid), 림프액(lymph fluid), 흉수(pleural fluid), 유두 흡인물(nipple aspirate), 기관지 흡인물(bronchial aspirate), 활액(synovial fluid), 관절 흡인물(joint aspirate), 기관 분비물(organ secretions), 세포(cell), 세포 추출물(cell extract) 또는 뇌척수액(cerebrospinal fluid)인, 유방암의 진단을 위한 정보 제공 방법.
  9. 제7항에 있어서,
    상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 항체, 올리고펩티드, 리간드, PNA(peptide nucleic acid) 및 앱타머(aptamer)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는, 유방암의 진단을 위한 정보 제공 방법.
  10. 삭제
  11. 삭제
  12. 제7항에 있어서,
    상기 어미이온 및 딸이온의 질량 대 전하비는 각각 668.82 m/z 과 889.43 m/z, 668.82 m/z 과 760.38 m/z, 668.82 m/z 과 689.35 m/z, 668.82 m/z 과 576.26 m/z, 668.82 m/z 과 461.24 m/z, 603.28 m/z 과 914.48 m/z, 603.28 m/z 과 817.42 m/z, 603.28 m/z 과 716.38 m/z, 603.28 m/z 과 569.31 m/z, 603.28 m/z 과 441.25 m/z, 454.727 m/z 과 809.379 m/z, 454.727 m/z 과 752.357 m/z, 454.727 m/z 과 623.315 m/z, 454.727 m/z 과 476.246 m/z, 454.727 m/z 과 389.214 m/z, 668.823 m/z 과 889.426 m/z, 668.823 m/z 과 760.384 m/z, 668.823 m/z 과 689.346 m/z 또는 668.823 m/z 과 576.262 m/z 인, 유방암의 진단을 위한 정보 제공 방법.
  13. 제7항에 있어서,
    상기 다중 반응 모니터링 방법 시 내부 표준 물질은 타겟 펩티드를 구성하는 특정 아미노산을 동위원소로 치환한 합성 펩티드 또는 대장균 베타 갈락토시다아제를 사용하는, 유방암의 진단을 위한 정보 제공 방법.
  14. 제13항에 있어서,
    상기 대장균 베타 갈락토시다아제의 타겟 펩티드는 서열번호 48로 표시되는 폴리펩티드로 이루어지며 어미이온과 딸이온은 각각 542.3 m/z 와 636.3 m/z 인, 유방암의 진단을 위한 정보 제공 방법.
  15. 제7항에 있어서,
    상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 폴리펩티드를 코딩하는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는, 유방암의 진단을 위한 정보 제공 방법.
  16. 제7항에 있어서,
    상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드를 코딩하는 유전자의 발현 수준의 측정은 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 DNA 칩에 의하는, 유방암의 진단을 위한 정보 제공 방법.
  17. 제7항에 있어서,
    상기 목적하는 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준이 정상 대조군에 비하여 증가한 경우, 상기 유방암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측하는, 유방암의 진단을 위한 정보 제공 방법.
  18. 제7항에 있어서,
    상기 정보 제공 방법은 목적하는 개체의 화학적 항암 치료 또는 면역 치료에 대한 반응성을 예측하는 것인, 유방암의 진단을 위한 정보 제공 방법.
  19. 제7항에 있어서,
    상기 정보 제공 방법은 목적하는 개체가 외과적 수술 후 예후를 예측하는 것인, 유방암의 진단을 위한 정보 제공 방법.
  20. 제7항에 있어서,
    상기 정보 제공 방법은 상기 목적하는 개체의 유방암의 병기를 진단하는 것인, 유방암의 진단을 위한 정보 제공 방법.
  21. 제7항에 있어서,
    상기 정보 제공 방법은 상기 목적하는 개체의 유방암의 재발 가능성을 예측하는 것인, 유방암의 진단을 위한 정보 제공 방법.
  22. 삭제
  23. (a) 유방암 개체로부터 분리한 시료 또는 유방암 질환 동물 모델에 후보 약제를 처리하는 단계; 및
    (b) 상기 후보 약제가 처리된 시료 또는 유방암 질환 동물 모델에서 다중 반응 모니터링 (multiple reaction monitoring; MRM) 방법을 통해 어미이온의 질량 대 전하비 및 딸이온의 질량 대 전하비를 이용하여 선별된 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 유방암의 예방 또는 치료용 약물을 스크리닝하는 방법.
  24. 제23항에 있어서,
    상기 시료는 유방암 개체로부터 분리된 세포 또는 조직인, 유방암의 예방 또는 치료용 약물을 스크리닝하는 방법.
  25. 제23항에 있어서,
    (c) 상기 (b) 단계에서 측정된 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준이 후보 약제가 처리되기 전에 비하여 증가하거나 감소한 경우 상기 후보 약제를 유방암의 예방 또는 치료용 약제로 판단하는 단계를 추가로 포함하는, 유방암의 예방 또는 치료용 약물을 스크리닝하는 방법.
  26. 삭제
  27. 환자로부터 수득된 시료를 포함하는 시료부,
    상기 시료에 포함된 시료에서 다중 반응 모니터링 (multiple reaction monitoring; MRM) 방법을 통해 어미이온의 질량 대 전하비 및 딸이온의 질량 대 전하비를 이용하여 선별된 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자를 검출하는 검출부; 및
    상기 검출부로부터 수득된 환자의 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준과 정상인의 수준을 비교하는 비교부를 포함하고,
    상기 비교부를 통해서 얻는 결과에 따라 유방암을 진단하는, 유방암 진단 장치.
  28. 제 27항에 있어서,
    상기 비교부에서 상기 서열번호 23, 24, 49 또는 50으로 표시되는 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 유전자가 검출된 경우 유방암으로 진단하는, 유방암 진단 장치.
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