KR102261239B1 - SSR primer set for discriminating leaf color of Perilla sp. and uses thereof - Google Patents
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Abstract
Description
본 발명은 들깨 속 식물의 엽색 판별용 SSR 프라이머 세트 및 이의 용도에 관한 것이다.The present invention relates to a set of SSR primers for leaf color discrimination of plants of the genus Perilla and uses thereof.
들깨(Perilla frutescens var. frutescens)와 차조기(P. frutescens var. crispa)는 Perilla 종 내에서 변종으로 구분되고 있으며, 동아시아를 중심으로 들깨는 유료작물(oil crops)로, 차조기는 약용작물로서 폭넓게 재배·이용되어 왔다. 들깨와 차조기는 동일 염색체수(2n=40)를 가지고 있으며 인공교배에 의해 서로 교잡이 가능하다. 또한 이들 작물의 잡초형 계통들 중에서 일부 계통들은 들깨와 차조기 간의 자연교잡에 의해 유래된 것으로 보고되어 있으며, 들깨와 차조기 작물을 교배하여 세대를 진전하면 다양한 계통의 품종을 만들 수 있다.Perilla ( Perilla frutescens var. frutescens ) and Perilla ( P. frutescens var. crispa ) are classified as varieties within the Perilla species, and perilla is an oil crop mainly in East Asia, and perilla is widely cultivated as a medicinal crop. · has been used Perilla and perilla have the same number of chromosomes (2n=40) and can hybridize with each other by artificial crossbreeding. In addition, some of the weed-type lines of these crops have been reported to be derived from natural hybridization between perilla and perilla plants, and by crossing perilla and perilla crops to advance generations, various strains can be created.
들깨와 차조기는 식물체의 크기, 향, 엽색, 줄기와 꽃 색 및 종자 크기 등의 여러 형태적 특징들에 의해서 뚜렷하게 구분되고 있다. 들깨 작물의 엽색은 녹색을 띠지만 자색이나 연한 자색을 띠는 품종도 있다. 들깨 엽색이 자색일 경우 안토시아닌의 함량이 높은 것으로 알려져 있다. 안토시아닌(anthocyanin)은 플라보노이드(flavonoid) 계통의 수용성 색소로 식물의 잎, 꽃 및 과실의 푸른색, 자주색 및 붉은색을 결정하며, 식물의 생장과 발달에도 중요한 역할을 한다. 안토시아닌을 포함한 플라보노이드 화합물은 곤충 및 외부 스트레스에 대한 식물의 손상을 보호하는 기능(생물학적 및 비생물학적 스트레스 저항성 부여)을 하고, 특히 활성산소에 의한 손상을 막기 위해 항산화제로서의 기능을 한다. 또한 안토시아닌은 사람에게도 항산화제 역할을 하여 세포사멸을 감소시키고, 심혈관 질병, 암, 당뇨, 신경퇴화, 염증, 바이러스 감염 및 비만을 예방할 수 있어 건강식품의 소재로 각광을 받고 있다.Perilla and perilla are clearly distinguished by various morphological characteristics such as plant size, fragrance, leaf color, stem and flower color, and seed size. The leaf color of perilla crops is green, but there are varieties with purple or light purple. When the leaf color of perilla leaves is purple, it is known that the content of anthocyanins is high. Anthocyanin is a water-soluble pigment of the flavonoid family, which determines the blue, purple and red colors of leaves, flowers and fruits of plants, and plays an important role in plant growth and development. Flavonoid compounds including anthocyanins have a function of protecting plants from damage to insects and external stress (providing biological and abiotic stress resistance), and in particular, function as an antioxidant to prevent damage caused by free radicals. In addition, anthocyanins act as antioxidants in humans, reduce apoptosis, and prevent cardiovascular diseases, cancer, diabetes, neurodegeneration, inflammation, viral infections and obesity.
집단분리분석법(Bulked segregant analysis, BSA)은 특정 유전자 또는 게놈 영역에 연관된 마커를 빠르게 동정하기 위해 개발된 것으로, 유전적 맵핑을 쉽게 적용할 수 없는 상황에서 표적 형질과 연관된 마커를 선별하기 위한 효과적인 접근법이다. 현재까지 개발된 다양한 분자마커들 중에서 SSR(simple sequence repeat) 마커는 일반적으로 2~10 bp의 짧은 염기서열의 반복 모티프에 기반하여 개발된 것으로, 특정 식물체의 DNA 지문분석(DNA fingerprinting)에 유용한 기법이다. SSR 마커는 하나의 좌위(loci)마다 여러 대립 유전자를 검출할 수 있는 공우성 마커로서, 분석 방법이 간단하고 높은 재현성과 높은 수준의 다형성 및 자동화된 시스템으로 용이하게 탐지를 할 수 있다는 장점이 있다. 이러한 장점으로 인해 연관지도 작성 및 유전적 다양성 연구, 표지이용 선발 등에 활용되고 있다.Bulked segregant analysis (BSA) was developed to rapidly identify markers related to specific genes or genomic regions, and is an effective approach to select markers related to target traits in situations where genetic mapping cannot be easily applied. to be. Among the various molecular markers developed so far, the simple sequence repeat (SSR) marker is generally developed based on a repeating motif of a short nucleotide sequence of 2 to 10 bp, a technique useful for DNA fingerprinting of specific plants. to be. SSR markers are co-dominant markers that can detect multiple alleles at each loci, and have the advantages of a simple analysis method, high reproducibility, high polymorphism, and easy detection with an automated system. . Due to these advantages, it is being used for association mapping, genetic diversity research, and marker-based selection.
한편, 한국등록특허 제1993289호에 잎 뒷면이 보라색인 레몬들깨와 잎 뒷면이 녹색인 범꼬리소엽의 게놈 서열 간 SNP에 기반한 '들깨 잎의 보라색 판별용 분자마커 및 이의 용도'가 개시되어 있으나, 본 발명의 들깨 속 식물의 엽색 판별용 SSR 프라이머 세트 및 이의 용도에 대해서는 기재된 바가 없다.On the other hand, Korean Patent No. 1993289 discloses a 'molecular marker for the discrimination of purple perilla leaves and their use' based on SNPs between the genome sequence of lemon perilla with purple leaf backs and pan-tailed lobules with green leaf backs. There is no description about the SSR primer set for leaf color discrimination of plants of the genus Perilla of the present invention and its use.
본 발명은 상기와 같은 요구에 의해 도출된 것으로서, 본 발명자들은 들깨 속 식물을 대상으로 개발된 106개의 SSR(simple sequence repeat) 마커 중 재배형 들깨(Perilla frutescens var. frutescens)와 잡초형 차조기(Perilla frutescens var. crispa) 간의 다형성을 보이는 SSR 마커 25개를 선발한 후, 들깨 및 차조기의 F3 집단의 형태적 특성과 SSR DNA 단편들을 이용하여 엽색 형질과 관련성이 가장 높은 SSR 마커 5개를 최종 선발하였다. 또한, 상기 5개의 SSR 마커를 사용하여 들깨 및 차조기의 F3 집단에서 잎의 앞면 및 뒷면이 모두 녹색이거나 자색인 개체를 대상으로 UPGMA를 이용하여 계통수(phylogenetic tree)를 작성한 결과, 본 발명의 SSR 마커가 들깨 자원간의 유전적 다양성을 분석하여 잎의 앞면 및 뒷면이 모두 녹색이거나 자색인 들깨 속 식물체를 효과적으로 판별할 수 있음을 확인함으로써, 본 발명을 완성하였다.The present invention is derived by the request as described above, the present inventors cultivated type perilla of (simple sequence repeat) of a 106 developed for Perilla spp SSR marker (Perilla frutescens var. Frutescens) and weed type perilla (Perilla frutescens var. crispa ) after selecting 25 SSR markers showing polymorphism in the liver , using the morphological characteristics of the F 3 group of perilla and perilla and SSR DNA fragments and finally selecting 5 SSR markers with the highest correlation with leaf color traits did. In addition, as a result of creating a phylogenetic tree using UPGMA for individuals whose front and back sides are both green or purple in the F 3 group of perilla and perilla by using the five SSR markers, the SSR of the present invention The present invention was completed by confirming that the marker can effectively discriminate plants of the genus Perilla, which are both green or purple, by analyzing the genetic diversity of the markers between the perilla resources.
상기 과제를 해결하기 위해, 본 발명은 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 13 및 14의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 17 및 18의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 33 및 34의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;를 포함하는 들깨 속(Perilla sp.) 식물의 엽색 판별용 프라이머 세트를 제공한다.In order to solve the above problems, the present invention provides an oligonucleotide primer set of SEQ ID NOs: 9 and 10; oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 13 and 14; oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 17 and 18; oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 23 and 24; and oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 33 and 34; provides a primer set for determining the leaf color of plants of the genus Perilla sp.
또한, 본 발명은 상기 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는 들깨 속 식물의 엽색 판별용 키트를 제공한다.In addition, the present invention is the primer set; And it provides a kit for determining the leaf color of plants of the genus Perilla, comprising a reagent for performing an amplification reaction.
또한, 본 발명은 들깨 속 식물 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계; 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및 상기 증폭 단계의 산물을 검출하는 단계;를 포함하는, 들깨 속 식물의 엽색을 판별하는 방법을 제공한다.In addition, the present invention comprises the steps of isolating genomic DNA from a plant sample of the genus Perilla; amplifying a target sequence by using the isolated genomic DNA as a template and performing an amplification reaction using the primer set of the present invention; and detecting the product of the amplification step; provides a method for determining the leaf color of plants of the genus perilla, including.
본 발명의 SSR 프라이머 세트는 들깨와 들깨의 변종인 차조기 식물의 엽색 형질과 관련된 DNA 다형성을 효과적으로 검출할 수 있고, 어린 들깨 속 개체들에서 잎의 녹색 또는 보라색 여부를 신속하고 정확하게 파악할 수 있으므로, 들깨 속 식물의 분자육종연구, 신품종 육종 등에 유용하게 활용될 수 있을 것으로 기대된다.The SSR primer set of the present invention can effectively detect DNA polymorphisms related to leaf color traits of perilla and perilla plants, which are varieties of perilla, and can quickly and accurately determine whether the leaves are green or purple in young perilla genus individuals. It is expected to be useful for molecular breeding research of genus plants and breeding of new varieties.
도 1은 모본인 재배형 들깨(Perilla frutescens var. frutescens; PF13-096, ♀)와 부본인 잡초형 차조기(P. frutescens var. crispa; PF13-119, ♂)의 F3 계통에서 잎의 앞면(A) 및 뒷면(B) 색을 보여주는 사진이다. 왼쪽 사진: 들깨, 가운데 사진: 들깨 및 차조기의 F3 개체, 왼쪽 사진: 차조기.
도 2는 들깨(♀), 차조기(♂) 및 들깨와 차조기의 F3 16계통을 대상으로 KNUPF11 마커로 PCR을 수행한 결과이다. M: 1Kb marker ladder, A: 들깨의 유전자형과 동형(homo)을 나타내는 개체, B: 차조기의 유전자형과 동형을 나타내는 개체, H; 이형(hetero)을 나타내는 개체.
도 3은 본 발명의 SSR 마커 5개(KNUPF11, KNUPF15, KNUPF21, KNUPF29 및 KNUPF60)를 이용하여 작성된, 잎의 앞면 및 뒷면이 모두 녹색인 F3-1, 2, 3, 4, 5 및 6계통(●); 및 잎의 앞면 및 뒷면이 모두 자색(보라색)인 F3-12, 13, 14, 15 및 16계통(■);에 대한 UPGMA 계통수를 보여주는 그림이다.1 shows the front surface of the leaf in the F 3 line of the parent, cultivated perilla ( Perilla frutescens var. frutescens ; PF13-096, ♀) and the parent, weed-type perilla ( P. frutescens var. crispa ; PF13-119, ♂). It is a photograph showing the color of A) and the back side (B). Left photo: perilla, middle photo: F 3 objects of perilla and perilla, left photo: perilla perilla.
2 is a result of performing PCR with a KNUPF11 marker targeting perilla (♀), perilla perilla (♂), and F 3 16 lines of perilla and perilla perilla. M: 1Kb marker ladder, A: an individual showing the genotype and homotype of perilla, B: an individual showing the genotype and homozygosity of perilla, H; An entity representing a heterogeneity.
3 is a F 3 -1, 2, 3, 4, 5 and 6 lineage of which the front and back sides of the leaves are all green, created using five SSR markers (KNUPF11, KNUPF15, KNUPF21, KNUPF29 and KNUPF60) of the present invention. (●); and F 3 -12, 13, 14, 15, and 16 lineages (■); both the front and back sides of the leaves are purple (purple); it is a figure showing the UPGMA phylogenetic tree.
본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 13 및 14의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 17 및 18의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 33 및 34의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;를 포함하는 들깨 속(Perilla sp.) 식물의 엽색 판별용 프라이머 세트를 제공한다.In order to achieve the object of the present invention, the present invention provides an oligonucleotide primer set of SEQ ID NOs: 9 and 10; oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 13 and 14; oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 17 and 18; oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 23 and 24; and oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 33 and 34; provides a primer set for determining the leaf color of plants of the genus Perilla sp.
본 발명의 프라이머 세트에 있어서, 상기 들깨 속 식물은 들깨(Perilla frutescens var. frutescens), 차조기(P. frutescens var. crispa) 또는 들깨와 차조기의 종내 교배 집단에 속한 개체일 수 있으나. 이에 제한되지 않는다. 상기 들깨 및 차조기는 동일 종 내의 서로 다른 변종이다.In the primer set of the present invention, the plant of the genus Perilla may be perilla (Perilla frutescens var. frutescens ), perilla perilla ( P. frutescens var. crispa ), or an individual belonging to an intraspecific crossbreeding group of perilla and perilla. It is not limited thereto. The perilla and perilla perilla are different varieties within the same species.
상기 프라이머는 각 프라이머의 서열 길이에 따라 서열번호 9, 10, 13, 14, 17, 18, 23, 24, 33 및 34의 서열 내의 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 예를 들면, 서열번호 9의 프라이머(22개 올리고뉴클레오티드)는 서열번호 9의 서열 내의 19개 이상, 20개 이상, 21개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 또한, 상기 프라이머는 서열번호 9, 10, 13, 14, 17, 18, 23, 24, 33 및 34의 염기서열의 부가, 결실 또는 치환된 서열도 포함할 수 있다. 상기 서열번호 중 홀수 번호의 올리고뉴클레오티드 프라이머는 정방향 프라이머이며, 짝수 번호의 올리고뉴클레오티드 프라이머는 역방향 프라이머이다.The primers contain 16 or more, 17 or more, 18 or more, 19 or more, in the sequence of SEQ ID NOs: 9, 10, 13, 14, 17, 18, 23, 24, 33 and 34, depending on the sequence length of each primer; It may comprise oligonucleotides consisting of segments of 20 or more contiguous nucleotides. For example, the primer of SEQ ID NO: 9 (22 oligonucleotides) may include an oligonucleotide consisting of a fragment of 19 or more, 20 or more, 21 or more consecutive nucleotides in the sequence of SEQ ID NO: 9. In addition, the primer may also include a sequence in which the nucleotide sequence of SEQ ID NOs: 9, 10, 13, 14, 17, 18, 23, 24, 33 and 34 is added, deleted, or substituted. The odd-numbered oligonucleotide primers in the SEQ ID NO: are forward primers, and the even-numbered oligonucleotide primers are reverse primers.
본 발명의 프라이머 세트는 들깨 속 식물을 대상으로 개발된 다양한 SSR(simple sequence repeat) 프라이머 세트 중에서 엽색이 녹색인 재배형 들깨(cultivated type of P. frutescens var. frutescens)와 엽색이 자색(보라색)인 잡초형 차조기(weedy type of P. frutescens var. crispa) 계통 간에 다형성을 보이는 SSR 마커를 우선 선발한 후, 들깨 및 차조기 F3 집단의 형태적 특징과 SSR DNA 단편들을 이용하여 엽색 형질과 관련성이 가장 높은 SSR 마커로 최종 선발된 것이다.Among the various simple sequence repeat (SSR) primer sets developed for plants of the genus Perilla, the primer set of the present invention is a cultivated type of P. frutescens var. frutescens with green leaf color and purple (purple) leaf color. SSR markers showing polymorphism between weedy type of P. frutescens var. crispa lineages were first selected, and then, using the morphological characteristics of the perilla and perilla F 3 groups and SSR DNA fragments, the relationship with the leaf color trait was the most It was finally selected as a high SSR marker.
본 발명의 프라이머 세트를 사용했을 때 엽색이 녹색인 들깨의 유전형과 동일하면 잎의 앞면 및 뒷면이 모두 녹색인 들깨 속 식물 개체로 판별할 수 있고, 엽색이 자색인 차조기의 유전형과 동일하면 잎의 앞면 및 뒷면이 모두 자색인 들깨 속 식물 개체로 판별할 수 있다.When the primer set of the present invention is used, if the genotype is the same as that of perilla with green leaf color, it can be identified as a plant individual of the genus Perilla with both green front and back sides of the leaf. It can be identified as a plant of the genus Perilla with both the front and back sides purple.
본 발명의 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 13 및 14의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 17 및 18의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 33 및 34의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;를 모두 이용하면, 들깨 속 식물의 잎의 앞면 및 뒷면이 모두 녹색이거나 보라색인 들깨 속 식물 개체를 정확하게 판별할 수 있다.oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 9 and 10 of the present invention; oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 13 and 14; oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 17 and 18; oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 23 and 24; and oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 33 and 34; by using both, it is possible to accurately identify plants of the genus Perilla in which both the front and back sides of the leaves of the plant of the genus Perilla are green or purple.
본 발명에 있어서, "프라이머"는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 한다. 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity)뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다.In the present invention, "primer" refers to a single-stranded oligonucleotide sequence complementary to a nucleic acid strand to be copied, and can serve as a starting point for synthesis of a primer extension product. The length and sequence of the primers should allow synthesis of the extension product to begin. The specific length and sequence of the primer will depend on the conditions of use of the primer, such as temperature and ionic strength, as well as the complexity of the DNA or RNA target required.
본 명세서에 있어서, 프라이머로서 이용된 올리고뉴클레오티드는 또한 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들면, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산(peptide nucleic acid)를 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(intercalating agent)를 포함할 수 있다.As used herein, the oligonucleotide used as a primer may also contain a nucleotide analogue, for example, a phosphorothioate, an alkylphosphorothioate or a peptide nucleic acid or An intercalating agent may be included.
본 발명은 또한, 상기 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는 들깨 속 식물의 엽색 판별용 키트를 제공한다.The present invention also includes the primer set; And it provides a kit for determining the leaf color of plants of the genus Perilla, comprising a reagent for performing an amplification reaction.
본 발명의 키트에 있어서, 상기 프라이머 세트는 전술한 바와 같으며, 판별 가능한 들깨 속 식물은 들깨, 차조기 또는 들깨와 차조기의 종내 교배 집단에 속한 개체일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.In the kit of the present invention, the primer set is the same as described above, and the identifiable plant of the genus Perilla may be perilla, perilla, or an individual belonging to an intraspecific crossbreeding group of perilla and perilla, but is not limited thereto.
본 발명의 일 구현 예에 있어서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.In one embodiment of the present invention, the reagent for performing the amplification reaction may include, but is not limited to, DNA polymerase, dNTPs, and a buffer.
본 발명의 일 구현 예에 있어서, 상기 키트는 또한 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 안내서를 추가로 포함할 수 있다. 안내서는 키트 사용법, 예를 들면, 역전사 완충액 및 PCR 완충액 제조 방법, 제시되는 반응 조건 등을 설명하는 인쇄물이다. 안내서는 팜플렛 또는 전단지 형태의 안내 책자, 키트에 부착된 라벨, 및 키트를 포함하는 패키지의 표면상에 설명을 포함한다. 또한, 안내서는 인터넷과 같이 전기 매체를 통해 공개되거나 제공되는 정보를 포함한다.In one embodiment of the present invention, the kit may further include a user guide describing optimal conditions for performing the reaction. The handbook is a printout explaining how to use the kit, eg, how to prepare reverse transcription buffer and PCR buffer, and suggested reaction conditions. Instructions include a brochure in the form of a pamphlet or leaflet, a label affixed to the kit, and instructions on the surface of the package containing the kit. In addition, the guide includes information published or provided through electronic media such as the Internet.
본 발명은 또한,The present invention also
들깨 속 식물 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;isolating genomic DNA from a plant sample of the genus perilla;
상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및amplifying a target sequence by using the isolated genomic DNA as a template and performing an amplification reaction using the primer set of the present invention; and
상기 증폭 단계의 산물을 검출하는 단계;를 포함하는, 들깨 속 식물의 엽색을 판별하는 방법을 제공한다.Detecting the product of the amplification step; provides a method for determining the leaf color of plants in the genus Perilla, including.
본 발명의 일 구현에 따른 방법에 있어서, 상기 들깨 속 식물은 들깨, 차조기 또는 들깨와 차조기의 종내 교배 집단에 속한 개체일 수 있으나, 이에 제한되지 않으며, 프라이머 세트는 전술한 것과 같다.In the method according to one embodiment of the present invention, the plant of the genus Perilla may be an individual belonging to an intraspecies cross group of perilla, perilla or perilla and perilla, but is not limited thereto, and the primer set is the same as described above.
본 발명의 방법은 들깨 속 식물 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계를 포함한다. 상기 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 방법은 당업계에 공지된 방법을 이용할 수 있으며, 예를 들면, CTAB 방법을 이용할수도 있고, Wizard prep 키트(Promega 사)를 이용할 수도 있다. 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 일 실시예에 따른 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 프라이머로 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭할 수 있다. 표적 핵산을 증폭하는 방법은 중합효소연쇄반응(polymerase chain reaction; PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 핵산 서열 기재 증폭(nucleic acid sequence-based amplification), 전사 기재 증폭시스템(transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification) 또는 Qβ 복제효소(replicase)를 통한 증폭 또는 당업계에 알려진 핵산 분자를 증폭하기 위한 임의의 기타 적당한 방법이 있다. 이 중에서, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다.The method of the present invention comprises the step of isolating genomic DNA from a plant sample of the genus Perilla. A method for isolating genomic DNA from the sample may use a method known in the art, for example, a CTAB method may be used, or a Wizard prep kit (Promega) may be used. The target sequence may be amplified by performing an amplification reaction using the isolated genomic DNA as a template and using the oligonucleotide primer set according to an embodiment of the present invention as a primer. Methods for amplifying a target nucleic acid include a polymerase chain reaction (PCR), a ligase chain reaction, a nucleic acid sequence-based amplification, and a transcription-based amplification system. amplification system), strand displacement amplification or amplification via Qβ replicase, or any other suitable method for amplifying nucleic acid molecules known in the art. Among them, PCR is a method of amplifying a target nucleic acid from a primer pair that specifically binds to the target nucleic acid using a polymerase. Such PCR methods are well known in the art, and commercially available kits may be used.
본 발명의 일 구현 예에 있어서, 상기 증폭된 표적 서열은 검출가능한 표지 물질로 표지될 수 있다. 상기 표지 물질은 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 물질일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 바람직하게는, 상기 표지 물질은 Cy-5 또는 Cy-3이다. 표적 서열의 증폭시 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지될 수 있다. 또한, 방사성 물질을 이용한 표지는 PCR 수행시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하면 증폭 산물이 합성되면서 방사성이 증폭 산물에 혼입되어 증폭 산물이 방사성으로 표지될 수 있다. 표적 서열을 증폭하기 위해 이용된 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트는 전술한 것과 같다.In one embodiment of the present invention, the amplified target sequence may be labeled with a detectable labeling substance. The labeling material may be a material emitting fluorescence, phosphorescence, or radioactivity, but is not limited thereto. Preferably, the labeling substance is Cy-5 or Cy-3. When PCR is performed by labeling Cy-5 or Cy-3 at the 5'-end of the primer during amplification of the target sequence, the target sequence may be labeled with a detectable fluorescent labeling material. In addition, when a radioactive isotope such as 32 P or 35 S is added to a PCR reaction solution for labeling using a radioactive material, the amplification product is synthesized and radioactivity is incorporated into the amplification product, so that the amplification product can be radioactively labeled. The oligonucleotide primer sets used to amplify the target sequence are as described above.
본 발명의 일 구현 예에 있어서, 상기 들깨 속 식물의 엽색을 판별하기 위한 방법은 상기 증폭 단계의 산물을 검출하는 단계를 포함하며, 상기 증폭 단계 산물의 검출은 DNA 칩, 겔 전기영동, 모세관 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 증폭 산물을 검출하는 방법 중의 하나로서, 모세관 전기영동을 수행할 수 있다. 모세관 전기영동은 예를 들면, ABi Sequencer를 이용할 수 있다. 또한, 겔 전기영동을 수행할 수 있으며, 겔 전기영동은 증폭 산물의 크기에 따라 아가로스 겔 전기영동 또는 아크릴아미드 겔 전기영동을 이용할 수 있다. 또한, 형광 측정 방법은 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지되며, 이렇게 표지된 형광은 형광 측정기를 이용하여 측정할 수 있다. 또한, 방사성 측정 방법은 PCR 수행시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하여 증폭 산물을 표지한 후, 방사성 측정기구, 예를 들면, 가이거 계수기(Geiger counter) 또는 액체섬광계수기(liquid scintillation counter)를 이용하여 방사성을 측정할 수 있다.In one embodiment of the present invention, the method for determining the leaf color of a plant of the genus Perilla comprises the step of detecting a product of the amplification step, and the detection of the product of the amplification step is a DNA chip, gel electrophoresis, capillary electrophoresis It may be carried out through electrophoresis, radiometric measurement, fluorescence measurement or phosphorescence measurement, but is not limited thereto. As one of the methods for detecting the amplification product, capillary electrophoresis may be performed. Capillary electrophoresis may use, for example, an ABi Sequencer. In addition, gel electrophoresis can be performed, and agarose gel electrophoresis or acrylamide gel electrophoresis can be used for gel electrophoresis depending on the size of the amplification product. In addition, in the fluorescence measurement method, when PCR is performed by labeling the 5'-end of the primer with Cy-5 or Cy-3, the target sequence is labeled with a detectable fluorescent labeling material, and the labeled fluorescence is measured using a fluorometer. can do. In addition, the radioactive measurement method is a radioactive isotope such as 32 P or 35 S is added to the PCR reaction solution during PCR to label the amplification product, and then a radioactive measuring instrument, for example, a Geiger counter (Geiger counter) or liquid scintillation The radioactivity can be measured using a liquid scintillation counter.
본 발명의 일 구현 예에 따른 방법에 있어서, 상기 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 13 및 14의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 17 및 18의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 33 및 34의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;를 모두 이용하면, 잎의 앞면 및 뒷면이 모두 녹색이거나 보라색인 들깨 속 식물을 판별할 수 있다.In the method according to an embodiment of the present invention, the oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 9 and 10; oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 13 and 14; oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 17 and 18; oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 23 and 24; and oligonucleotide primer sets of SEQ ID NOs: 33 and 34; by using both, plants of the genus Perilla in which both the front and back sides of leaves are green or purple can be discriminated.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, the present invention will be described in detail by way of Examples. However, the following examples are merely illustrative of the present invention, and the content of the present invention is not limited to the following examples.
재료 및 방법Materials and Methods
1. 식물 재료 및 DNA 추출1. Plant material and DNA extraction
본 발명에서 사용된 들깨 속 식물 자원은 우리나라에서 수집한 재배형 들깨(PF13-096, ♀)와 잡초형 차조기(PF13-119, ♂)를 모본과 부본으로 선발하고 2016년 8월에 교배하여 F1 잡종 종자를 만들고, 2017년에 F1 종자를 파종하여 F2 종자를 수확한 후 2018년 봄에 F2 종자를 파종하여 285개의 F2:3 분리집단에 대하여 특성조사를 한 다음 F3 종자를 수확하였다. 이들 중 16개의 F3 분리계통에서 잎의 앞면과 뒷면이 모두 녹색인 6계통, 잎의 앞면은 녹색이고 뒷면은 자색(보라색)인 5계통, 잎의 앞면과 뒷면이 모두 자색인 5계통을 선발하여 실험에 사용하였다(표 1 및 도 1). 그리고 게놈 DNA는 각 식물체의 어린 잎 조직 0.15 g을 채취하고 CTAB(Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide) 방법을 이용하여 추출하였다. The plant resources of the genus perilla used in the present invention were selected from cultivated perilla (PF13-096, ♀) and weed-type perilla (PF13-119, ♂) collected in Korea as the parent and parent, and crossed in August 2016 to obtain F. 1 to create a hybrid seed, and then by seeding the F 1 seed in the 2017 harvest the F 2 seeds of 285 F 2 by seeding the F 2 seed in the spring of 2018: a characteristic investigated in three separate groups and then F 3 seed was harvested. Of these 16 F 3 separate lines, 6 lines with both green front and back sides of the leaves, 5 lines with green front and back sides of the leaves and purple (purple), and 5 lines with both the front and back sides of leaves purple were selected. and used in the experiment (Table 1 and FIG. 1). And genomic DNA was extracted by using the CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide) method by collecting 0.15 g of young leaf tissue from each plant.
2. SSR 마커 선발2. SSR marker selection
들깨와 차조기 작물의 유전분석을 위해서 들깨 작물과 관련하여 개발된 총 106개의 SSR 마커들을 이용하여 재배형 들깨(PF13-096, ♀)와 잡초형 차조기(PF13-119, ♂) 계통에 대해 예비실험을 시행하여 이 중에서 양친형 계통들에서 다형성을 보이는 SSR 마커 25개를 선발한 후(표 2), F3 분리집단에서 잎의 특성에 따라 구분되는 16계통을 대상으로 집단분리분석(Bulked-segregant anlysis, BSA)을 수행하였다.Preliminary experiments on cultivated perilla (PF13-096, ♀) and weed-type perilla (PF13-119, ♂) strains using a total of 106 SSR markers developed in relation to perilla crops for genetic analysis of perilla and perilla crops. After selecting 25 SSR markers showing polymorphism in parental lineages from among them (Table 2), bulked-segregant analysis (Bulked-segregant) was performed on 16 lineages classified according to leaf characteristics in the F 3 segregated group. analysis, BSA) was performed.
3. PCR 증폭 및 전기영동3. PCR amplification and electrophoresis
상기 16개의 F3 분리계통의 게놈 DNA을 10X PCR 버퍼(TaKaRa Ex Taq®), 0.5 M의 정방향 및 역방향 프라이머, 0.2 mM dNTPs, 1 unit의 Taq Polymerase를 총 20㎕로 혼합하여 PCR를 실시하였다. PCR 조건은 전변성 95℃ 3분; 변성(denaturation) 95℃ 30초, 결합(annealing) 55℃ 30초, 신장(extension) 72℃ 1분 30초의 과정을 총 36회 반복; 최종 신장 72℃ 5분;의 조건으로 수행하였다. PCR이 끝난 후 40% 아크릴아마이드 겔에 1 kb 크기 마커와 염색 시약으로 염색한 PCR 증폭산물을 로딩하고, 250V로 40분간 전기영동하였다. The genomic DNA of the 16 F 3 isolation lines was mixed with 10X PCR buffer (TaKaRa Ex Taq ® ), 0.5 M forward and reverse primers, 0.2 mM dNTPs, and 1 unit of Taq Polymerase in a total amount of 20 μl, followed by PCR. PCR conditions were: predenaturation at 95°C for 3 minutes; A total of 36 cycles of denaturation at 95° C. for 30 seconds, annealing at 55° C. for 30 seconds, and extension at 72° C. for 1 minute and 30 seconds; Final elongation at 72° C. for 5 minutes; After PCR was completed, the PCR amplified product stained with a 1 kb marker and a staining reagent was loaded on a 40% acrylamide gel, and electrophoresed at 250V for 40 minutes.
실시예 1. FExample 1. F 2:32:3 분리계통에 대한 형태적 특성 조사 Investigation of Morphological Characteristics of Separation Lines
모본인 재배형 들깨(PF13-096, ♀)와 부본인 잡초형 차조기(PF13-119, ♂)를 교잡하여 육성한 F2 집단에서 선발된 16개의 F3 분리계통의 잎의 앞면 및 뒷면 색을 관찰하였다(표 1 및 도 1). 상기 16개의 F3 분리계통은 잎의 앞면 및 뒷면이 각각 녹색/녹색인 6계통, 녹색/자색인 5계통, 자색/자색인 5계통으로 구성되어 있다.The front and back colors of the leaves of 16 F 3 isolates selected from the F 2 group bred by crossing the parent cultivated perilla (PF13-096, ♀) and the parent weedy perilla (PF13-119, ♂) were examined. observed (Table 1 and FIG. 1). The 16 F 3 separated lines consist of 6 lines with green/green leaves, 5 lines with green/purple colors, and 5 lines with purple/purple colors, respectively.
실시예 2. FExample 2. F 33 분리집단에 대한 집단분리분석(BSA) Separation analysis (BSA) for segregation groups
상기 16개의 F3 계통을 대상으로 표 2의 SSR 마커 25개를 이용하여 집단분리분석을 수행하였다. Group separation analysis was performed using 25 SSR markers in Table 2 for the 16 F 3 lines.
2-1. F2-1. F 33 계통과 SSR 마커 간의 연관 분석 Association analysis between lineages and SSR markers
재배형 들깨 및 잡초형 차조기에서 분석된 DNA 유전자형과 F3 분리집단의 형태적 특성 결과를 이용하여 연관 분석(Genes Genom, 2017, 39, 843-853)을 실시한 결과, 잎의 앞면 및 뒷면 색에 대하여 25개의 SSR 마커 중, 5개의 SSR 마커에서 8개의 SMTA(significant marker-trait associations)가 확인되었다. 상기 SMTA 분석에서 확인된 SSR 마커 중에서 KNUPF21, KNUPF15 및 KNUPF60는 잎의 앞면 색과 뒷면 색에 대하여 각각 P≤0.01, P≤0.001의 유의확률로 연관성이 있고, KNUPF29는 잎의 앞면 색에 대하여 P≤0.01의 유의확률로 연관성이 있으며, KNUPF11은 잎의 뒷면 색에 대하여 P≤0.001의 유의확률로 연관성이 있음을 확인하였다(표 3). As a result of a linkage analysis (Genes Genom, 2017, 39, 843-853) using the DNA genotype analyzed in cultivated perilla and weed-type perilla and the morphological characteristics of the F 3 isolate group, the color of the front and back sides of the leaves was Among the 25 SSR markers, 8 significant marker-trait associations (SMTA) were identified in 5 SSR markers. Among the SSR markers identified in the SMTA analysis, KNUPF21, KNUPF15, and KNUPF60 were correlated with significant probabilities of P≤0.01 and P≤0.001 for the front and back colors of leaves, respectively, and KNUPF29 was associated with P≤ for the front color of leaves. There was a correlation with a significance probability of 0.01, and it was confirmed that KNUPF11 was related with a significance probability of P≤0.001 with respect to the color of the back side of the leaf (Table 3).
또한, KNUPF11를 이용하여 모부본과 F3 분리집단을 대상으로 PCR을 수행한 결과, F3 분리집단에서 8번 계통만이 이형(hetero)을 보였고, 나머지 개체들은 동형(homo)으로 1∼6번 개체는 모본과 동일한 단일 밴드가 나타나 잎의 뒷면 색이 녹색임을 알 수 있었고, 7번 및 9∼16번 계통은 부본과 동일한 단일 밴드가 나타나 잎의 뒷면 색이 자색임을 알 수 있었다(도 2).In addition, as a result of performing PCR on the parent and F 3 isolates using KNUPF11, only line 8 in the F 3 isolate group showed heterogeneity, and the rest of the individuals were homozygous 1 to 6 Individual No. showed the same single band as the parent, indicating that the color of the back side of the leaf was green, and lines 7 and 9 to 16 showed the same single band as the parent, indicating that the color of the back side of the leaf was purple (Fig. 2). ).
즉, KNUPF11 마커는 잎의 뒷면 색에 대하여 P≤0.001의 유의확률로 연관성이 높으므로, 들깨 속 식물의 잎 색이 녹색인지 혹은 자색인지를 구분하는데 유용하게 사용될 수 있는 마커인 것으로 사료되었다.That is, since the KNUPF11 marker has a high correlation with the significance probability of P≤0.001 with respect to the color of the back side of the leaf, it was considered to be a marker that can be usefully used to distinguish whether the leaf color of a perilla plant is green or purple.
*P≤0.01, **P≤0.001 * P≤0.01, ** P≤0.001
또한, SSR 마커를 이용하여 모본과 부본의 분리 양상이 잘 나타난 잎의 앞면과 뒷면이 모두 녹색인 6계통과 자색인 5계통을 대상으로 SMTA를 분석한 결과, 잎의 앞면과 뒷면 색에 대하여 KNUPF11는 P≤0.001의 유의확률로 연관성을 보였고, KNUPF21, KNUPF15, KNUPF60 및 KNUPF29는 P≤0.01의 유의확률로 연관성을 보였다(표 4). In addition, as a result of SMTA analysis using SSR markers for 6 lines with both green front and back sides and 5 lines with purple leaves, the color of the front and back sides of the leaves was KNUPF11. showed a correlation with a significance probability of P≤0.001, and KNUPF21, KNUPF15, KNUPF60 and KNUPF29 showed a correlation with a significance probability of P≤0.01 (Table 4).
*P≤0.01, **P≤0.001 * P≤0.01, ** P≤0.001
2-2. F2-2. F 33 분리집단에 대한 계통 유연관계 및 집단구조 분석 Phylogenetic relationship and group structure analysis for segregated groups
모본과 부본의 분리 양상이 잘 나타난 잎의 앞면 및 뒷면 색이 녹색인 F3 6계통과 자색인 F3 5계통들에 대한 유전적 유연관계를 조사하기 위해 UPGMA(unweighted pair group method with arithmetic mean)로 5개의 SSR 마커(KNUPF11, KNUPF15, KNUPF21, KNUPF29 및 KNUPF60)를 이용하여 계통 유연관계를 분석하였다.Whose mobon and separating aspects are well presented front and back of the leaves of the Deputy Color Green F 3 6 strain and the purple of F 3 5 grid Genetic UPGMA To investigate the relationship (unweighted pair group method with arithmetic mean ) for the The phylogenetic relationship was analyzed using five SSR markers (KNUPF11, KNUPF15, KNUPF21, KNUPF29 and KNUPF60).
그 결과, 도 3에 나타난 바와 같이 유전적 유사성 값 48% 수준에서 3개의 그룹으로 구분되었다. 그룹 Ⅰ은 잎의 앞면 및 뒷면이 모두 녹색인 F3-1, 2, 3, 4, 5 및 6계통이 포함되어 있었고, 그룹 Ⅱ에는 잎의 앞면 및 뒷면이 모두 자색인 F3-12 및 15계통이 포함되어 있었으며, 그룹 Ⅲ에는 잎의 앞면 및 뒷면이 모두 자색인 F3-13, 14 및 16계통이 포함되어 있었다. As a result, as shown in FIG. 3, the genetic similarity value was divided into three groups at the level of 48%. Group I included F 3 -1, 2, 3, 4, 5, and 6 lines with both green front and back sides of leaves, and group II included F 3 -12 and 15 with purple front and back sides of leaves. lineages were included, and group Ⅲ contained lines F 3 -13, 14 and 16 with both the front and back sides of the leaves purple.
종합하면, 본 발명의 SSR 마커는 들깨 속 식물 중에서 잎의 앞면 및 뒷면 색이 모두 녹색이거나 자색인 개체를 정확하게 구별할 수 있으므로, 들깨, 차조기 및 이들의 종내 교배 집단을 대상으로 잎 특성과 유전적 형질을 이해하는데 유용하게 활용되어 들깨 속 식물의 품종 개발을 위한 육종 및 유전 연구에 많은 도움을 줄 것으로 사료되었다.Taken together, the SSR marker of the present invention can accurately discriminate individuals whose front and back leaves are both green or purple among plants of the genus Perilla, and thus, leaf characteristics and genetic It was usefully used to understand the traits, and it was thought that it would be very helpful in breeding and genetic research for the development of varieties of plants of the genus perilla.
<110> KNU-Industry Cooperation Foundation <120> SSR primer set for discriminating leaf color of Perilla sp. and uses thereof <130> PN20090 <160> 50 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 1 ttccttgtag tcatctgatc cc 22 <210> 2 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 2 tggaaattaa ttaaagggct ga 22 <210> 3 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 3 tttcaaaaat cttaccaacg ct 22 <210> 4 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 4 ttcgtttttg catctaatta ttca 24 <210> 5 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 5 tccatctcat ctcattcaaa ca 22 <210> 6 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 6 atggatcgga aatctaaaaa ca 22 <210> 7 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 7 gctgatggga ctacccataa ta 22 <210> 8 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 8 aggatcggaa caattattag cc 22 <210> 9 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 9 ttgcaaggta agatgatgat ga 22 <210> 10 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 10 ttgaggattg acaatgttcg t 21 <210> 11 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 11 aattcaatct cgcctccata tt 22 <210> 12 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 12 ttctgaatct tgaagctttg gt 22 <210> 13 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 13 ccacacgtaa acctcataaa cc 22 <210> 14 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 14 ttatctctaa agaaatcggg ca 22 <210> 15 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 15 cctgtatctc tccccgataa at 22 <210> 16 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 16 tggatttaat gcagttgagt tg 22 <210> 17 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 17 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primer <400> 2 tggaaattaa ttaaagggct ga 22 <210> 3 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 3 tttcaaaaat cttaccaacg ct 22 <210> 4 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 4 ttcgtttttg catctaatta ttca 24 <210> 5 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 5 tccatctcat ctcattcaaa ca 22 <210> 6 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 6 atggatcgga aatctaaaaa ca 22 <210> 7 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 7 gctgatggga ctacccataa ta 22 <210> 8 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 8 aggatcggaa caattattag cc 22 <210> 9 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 9 ttgcaaggta agatgatgat ga 22 <210> 10 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 10 ttgaggattg acaatgttcg t 21 <210> 11 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 11 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48 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 48 acgaccaacc agtagatgat 20 <210> 49 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 49 actcaccaga agagaagaag a 21 <210> 50 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 50 gccactgacc tgttaatatc tg 22
Claims (7)
상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제1항의 프라이머 세트 조성물을 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및
상기 증폭 단계의 산물을 검출하는 단계;를 포함하는, 들깨, 차조기 또는 들깨와 차조기의 종내 교배 집단에 속한 개체의 엽색을 판별하는 방법. isolating genomic DNA from an individual sample belonging to Perilla frutescens var. frutescens ), Perilla frutescens var. crispa ), or an in-species crossbreeding population of Perilla and Perilla;
amplifying a target sequence by using the isolated genomic DNA as a template and performing an amplification reaction using the primer set composition of claim 1; and
Detecting the product of the amplification step; Method for determining the leaf color of an individual belonging to perilla, perilla, or an intraspecies hybrid of perilla and perilla.
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|---|---|---|---|
| KR1020200064460A KR102261239B1 (en) | 2020-05-28 | 2020-05-28 | SSR primer set for discriminating leaf color of Perilla sp. and uses thereof |
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ID=76391983
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Citations (4)
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|---|---|---|---|---|
| KR20060023378A (en) * | 2004-09-09 | 2006-03-14 | 대한민국(강원대학교 총장) | Method for producing a marker for detecting polymorphism in a plant |
| KR20060023379A (en) * | 2004-09-09 | 2006-03-14 | 대한민국(강원대학교 총장) | Ssr primer isolated from perilla spp. and use thereof |
| JP2013240356A (en) * | 2013-08-12 | 2013-12-05 | Nissin Foods Holdings Co Ltd | Primer, and method for detecting specific plant |
| KR20190037609A (en) * | 2017-09-29 | 2019-04-08 | 대한민국(농촌진흥청장) | Molecular marker for identifying Perilla cultivars and Perilla wild species based on the information of chloroplast genomes and 45S nrDNAs sequence and uses thereof |
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2020
- 2020-05-28 KR KR1020200064460A patent/KR102261239B1/en active IP Right Grant
Patent Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20060023378A (en) * | 2004-09-09 | 2006-03-14 | 대한민국(강원대학교 총장) | Method for producing a marker for detecting polymorphism in a plant |
| KR20060023379A (en) * | 2004-09-09 | 2006-03-14 | 대한민국(강원대학교 총장) | Ssr primer isolated from perilla spp. and use thereof |
| JP2013240356A (en) * | 2013-08-12 | 2013-12-05 | Nissin Foods Holdings Co Ltd | Primer, and method for detecting specific plant |
| KR20190037609A (en) * | 2017-09-29 | 2019-04-08 | 대한민국(농촌진흥청장) | Molecular marker for identifying Perilla cultivars and Perilla wild species based on the information of chloroplast genomes and 45S nrDNAs sequence and uses thereof |
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