KR101286989B1 - Multiplex real time pcr method for discrimination of rice cultivar - Google Patents
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Abstract
본 발명은 국내외산 벼의 품종 구분이 가능한 벼 품종 식별용 마커 세트 및 실시간 다중 PCR을 이용한 벼 품종의 식별 방법에 관한 것으로, 국내외에서 생산되는 514 종을 식별할 수 있다.The present invention relates to a method for identifying rice varieties that can distinguish varieties of domestic and international rice varieties and a method for identifying rice varieties using real-time multiplex PCR, and can identify 514 species produced at home and abroad.
Description
본 발명은 벼 품종을 식별하기 위한 다중 실시간 PCR 방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로는, 514종의 벼(또는 쌀)를 신속, 정확하게 식별할 수 있는 자동화된 다중 실시간 PCR 방법에 관한 것이다.The present invention relates to multiple real-time PCR methods for identifying rice varieties, and more particularly, to an automated multiple real-time PCR method capable of quickly and accurately identifying 514 types of rice (or rice).
벼는 화본(Gramineae)과 벼속(genus Oryza) 식물로서, 국제 미작연구소(IRRI, Int'l Rice Research Institute)에 의하면 60,000여 종이 있는 것으로 알려져 있다. 2004년 농림부의 보고에 따르면, 국내에는 정부에서 공급한 113개 품종과 195개 육종 품종이 있다. 재배벼에는 아시아벼(O. sativa)와 아프리카벼(O. glaberrima)의 두 종이 있으며, 이중에 아시아벼(O. sativa)가 세계적으로 더 널리 경작되고 있다. Rice is a plant (Gramineae) and genus Oryza, and there are about 60,000 species according to the Int'l Rice Research Institute (IRRI). According to the 2004 Ministry of Agriculture, there are 113 varieties and 195 breeding varieties supplied by the government. There are two species of cultivated rice: Asian rice (O. sativa) and African rice (O. glaberrima), among which Asian rice (O. sativa) is more widely cultivated worldwide.
벼는, 최근 10여개 국이 참여하는 국제 벼 게놈 염기해석 프로젝트(IRGSP: International Rice Genome Sequencing Project)를 통하여 니폰바레(Nipponbare) 품종에 대한 게놈 염기서열 분석이 이루어지고 있으며(Japan, America, China, France, India, Taiwan, Korea, Brazil, Thailand and England), 2002년도를 기준으로 니폰바레 게놈의 약 4억여 개의 염기서열 중 92%의 염기서열이 밝혀진 상태이다. Rice is being analyzed for genome sequencing of Nipponbare varieties through the International Rice Genome Sequencing Project (IRGSP), which has been participated by more than 10 countries (Japan, America, China, France, India, Taiwan, Korea, Brazil, Thailand and England), as of 2002, 92% of the approximately 400 million sequences of the Nippon Barre genome have been identified.
한편, 우리나라에서는 쌀시장 개방에 대한 '도하 개발 아젠다'에 앞서, 고품질의 쌀 생산을 장려하기 위하여 2004년도부터 정부가 정부 품종제한 수매제를 시행하여, 지역별 3개의 품종을 선정하여 28개 품종에 대한 수매를 실시하고 있으며, 또한, 벼의 품종에 대한 정보를 포장지에 표시하도록 하는 포장양곡 표시제를 2004년도 1월부터 실시하여, 브랜드쌀 평가제의 실시를 통하여 농림부는 쌀의 고품질화와 유통질서 확립을 추진하고 있다.(Announcement of MAF: Law of rice management Subsection 1 of Article 20). 이러한 제도는 쌀의 품질에 대한 알권리 충족을 위한 것이며, 생산과 소비, 투명한 유통과정의 확립을 목적으로 하고 있다.Meanwhile, in 2004, in order to encourage the production of high-quality rice in Korea, the government has implemented a government limited purchase system to encourage the production of high-quality rice before opening the rice market. In January 2004, the Ministry of Agriculture and Forestry promoted the establishment of a high quality rice and distribution order through the Brand Rice Evaluation System. Announcement of MAF: Law of
따라서, 벼의 품종을 식별하는 기술에 대한 관심이 집중되고 있으며, 최근들어 여러가지 DNA 마커를 이용하여 벼 품종을 식별하기 위한 많은 연구들이 진행되었다. 그중에서도, RAPD(random amplified polymorphic DNA), AFLP(amplified fragment length polymorphism)와 마이크로세틀라이트(microsatellite)가 품종 식별에 사용되고 있다. 예로, Wang 등의 RFLP(restricted fragment length polymorphism) 마커를 이용한 품종을 식별 방법(Wang, Z.Y., Tanksley, S.D. 1989 L. Genome. 32, 1113-1118), Ryu의 단백질 모세관 전기영동 방법을 이용한 품종 식별 방법(Ryu, D.J. 1998 J. food science and nutrition. 3, 43-347), 6개의 마이크로세틀라이트 마커를 이용한 유전자 지도에서의 위치 확인으로 자포니카 벼 51개 품종의 식별 방법(Ji, H.S. et al., 1998 Korean J. Breed. 30, 350-360)이 보고되었으며, RAPD, 마이크로세틀라이트, STS(sequence tagged site), 및 PCR(polymerase chain reaction) 방법을 이용한 국내산 40개의 품종 식별 방법과 각 방법의 장단점이 비교되기도 하였다(Jeong O.Y. et al., Korean 1998 J. Breed. 30, 136-137). 아울러, RAPD와 마이크로세틀라이트를 이용한 31개 벼 품종의 식별 방법(Kwon, S.J. et al., 1999 Korean J Crop Science 44, 112-116), 화상분석기술을 이용한 벼 품종의 식별 방법Kwon, S.J. et al., 1998 Korean J Crop Science 43, 33-34)들도 보고되었다. Therefore, attention has been focused on techniques for identifying rice varieties, and recently, many studies have been conducted to identify rice varieties using various DNA markers. Among them, random amplified polymorphic DNA (RAPD), amplified fragment length polymorphism (AFLP) and microsatellite are used for breed identification. For example, Wang, ZY, Tanksley, SD 1989 L. Genome. 32, 1113-1118), and Ryu's protein capillary electrophoresis method to identify varieties using restricted fragment length polymorphism (RFLP) markers. Method (Ryu, DJ 1998 J. food science and nutrition. 3, 43-347), identification method of 51 varieties of Japonica rice (Ji, HS et al., 1998 Korean J. Breed. 30, 350-360), reported 40 varieties of domestic varieties using RAPD, microsatellite, sequence tagged site (STS), and polymerase chain reaction (PCR) methods, and their advantages and disadvantages. It was also compared (Jeong OY et al., Korean 1998 J. Breed. 30, 136-137). In addition, the identification method of 31 rice varieties using RAPD and microsatellite (Kwon, S.J. et al., 1999 Korean J Crop Science 44, 112-116), the identification method of rice varieties using image analysis technology Kwon, S.J. et al., 1998 Korean J Crop Science 43, 33-34).
그러나 이러한 식별 방법들과 이미지 기술은 특이적인 단일 밴드를 형성할 수 없으므로, 혼합된 품종들로부터 각각의 품종을 식별하기가 어렵고, 분석 결과를 논의하기가 어려운 단점이 있다.However, since these identification methods and imaging techniques cannot form a specific single band, it is difficult to identify each breed from mixed varieties and it is difficult to discuss the analysis results.
또한, 국내 출원번호 제2005-69858호에서도 프라이머를 이용한 PCR 방법에 의한 벼 품종 식별방법이 개시되어 있으며, 이는 현재 국내 표준검사법으로 고시되어 있다. 그러나, 상기한 방법은 1개의 벼 시료를 검사하였을 경우, 무작위적으로 선별된 24립의 벼(또는 쌀)로부터 각각 추출된 24개의 DNA를 주형으로 하여 9가지의 SNP 분석용 프라이머로 쌀 내재유전자를 포함하여, 총 240번 이상의 PCR 반응을 수행하여야 한다. 아울러, PCR 종료 후, 240개의 PCR 산물에 대하여 27 웰 아가로스 젤 10장의 전기영동이 요구된다. 또한, 이러한 과정은 1인의 검사원이 3일간 수행해야 하는 노동력 집약적이며, 결과를 얻기까지 장기간이 소요되는 문제가 있다. In addition, Korean Patent Application No. 2005-69858 discloses a rice variety identification method by the PCR method using a primer, which is currently published as a domestic standard test method. However, in the above method, when one rice sample was examined, the rice intrinsic gene was used as 9 SNP analysis primers with 24 DNAs extracted from randomly selected 24 rice (or rice) as templates. Including, a total of 240 or more PCR reactions should be performed. In addition, after completion of PCR, electrophoresis of 10 27-well agarose gels is required for 240 PCR products. In addition, this process is labor-intensive, which requires one inspector to perform for three days, there is a problem that takes a long time to obtain a result.
따라서, 각각의 벼 품종에 특이적인 식별 마커를 동시에 신속 정확하게 분석하여, 자동화된 방식으로 그 결과를 산출할 수 있는 보다 효율적인 방법이 필요한 실정이다.Therefore, there is a need for a more efficient method for simultaneously and accurately analyzing identification markers specific to each rice variety and calculating the result in an automated manner.
본 발명은 상기한 문제점을 해결하기 위한 것으로, 본 발명의 목적은 국내외산 벼 상호간에 품종을 복수개의 마커로 동시에 분석할 수 있는, 신속하고 간단하며, 자동화된 식별 방법을 제공하는 것이다.The present invention is to solve the above problems, an object of the present invention is to provide a quick, simple, automated identification method that can simultaneously analyze a variety of varieties of domestic and foreign rice with a plurality of markers.
상기한 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 (a) 내지 (o)로 이루어진 군으로부터 선택된 벼 품종 식별용 마커 세트 2종 이상을 포함하는, 벼 품종을 식별하기 위한 마커 조합 조성물을 제공한다:In order to achieve the above object, the present invention provides a marker combination composition for identifying a rice variety, comprising two or more sets of markers for identifying a rice variety selected from the group consisting of (a) to (o):
(a) 서열번호 1을 포함하는 프라이머, 서열번호 2를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 3을 포함하는 프로브;(a) a primer comprising SEQ ID NO: 1, a primer comprising SEQ ID NO: 2, and a probe comprising SEQ ID NO: 3;
(b) 서열번호 4를 포함하는 프라이머, 서열번호 5를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 6을 포함하는 프로브;(b) a primer comprising SEQ ID NO: 4, a primer comprising SEQ ID NO: 5, and a probe comprising SEQ ID NO: 6;
(c) 서열번호 7을 포함하는 프라이머, 서열번호 8을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 9를 포함하는 프로브;(c) a primer comprising SEQ ID NO: 7, a primer comprising SEQ ID NO: 8, and a probe comprising SEQ ID NO: 9;
(d) 서열번호 10을 포함하는 프라이머, 서열번호 11을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 12를 포함하는 프로브;(d) a primer comprising SEQ ID NO: 10, a primer comprising SEQ ID NO: 11, and a probe comprising SEQ ID NO: 12;
(e) 서열번호 13을 포함하는 프라이머, 서열번호 14를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 15를 포함하는 프로브;(e) a primer comprising SEQ ID NO: 13, a primer comprising SEQ ID NO: 14, and a probe comprising SEQ ID NO: 15;
(f) 서열번호 16을 포함하는 프라이머, 서열번호 17을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 18을 포함하는 프로브;(f) a primer comprising SEQ ID NO: 16, a primer comprising SEQ ID NO: 17, and a probe comprising SEQ ID NO: 18;
(g) 서열번호 19를 포함하는 프라이머, 서열번호 20을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 21을 포함하는 프로브;(g) a primer comprising SEQ ID NO: 19, a primer comprising SEQ ID NO: 20, and a probe comprising SEQ ID NO: 21;
(h) 서열번호 22를 포함하는 프라이머, 서열번호 23을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 24를 포함하는 프로브;(h) a primer comprising SEQ ID NO: 22, a primer comprising SEQ ID NO: 23, and a probe comprising SEQ ID NO: 24;
(i) 서열번호 25를 포함하는 프라이머, 서열번호 26을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 27을 포함하는 프로브;(i) a primer comprising SEQ ID NO: 25, a primer comprising SEQ ID NO: 26, and a probe comprising SEQ ID NO: 27;
(j) 서열번호 28을 포함하는 프라이머, 서열번호 29을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 30을 포함하는 프로브;(j) a primer comprising SEQ ID NO: 28, a primer comprising SEQ ID NO: 29, and a probe comprising SEQ ID NO: 30;
(k) 서열번호 31을 포함하는 프라이머, 서열번호 32를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 33을 포함하는 프로브;(k) a primer comprising SEQ ID NO: 31, a primer comprising SEQ ID NO: 32, and a probe comprising SEQ ID NO: 33;
(l) 서열번호 34를 포함하는 프라이머, 서열번호 35를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 36을 포함하는 프로브;(l) a primer comprising SEQ ID NO: 34, a primer comprising SEQ ID NO: 35, and a probe comprising SEQ ID NO: 36;
(m) 서열번호 37을 포함하는 프라이머, 서열번호 38을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 39을 포함하는 프로브;(m) a primer comprising SEQ ID NO: 37, a primer comprising SEQ ID NO: 38, and a probe comprising SEQ ID NO: 39;
(n) 서열번호 40을 포함하는 프라이머, 서열번호 41을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 42를 포함하는 프로브; 및(n) a primer comprising SEQ ID NO: 40, a primer comprising SEQ ID NO: 41, and a probe comprising SEQ ID NO: 42; And
(o) 서열번호 43을 포함하는 프라이머, 서열번호 44를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 45를 포함하는 프로브.(o) a primer comprising SEQ ID NO: 43, a primer comprising SEQ ID NO: 44, and a probe comprising SEQ ID NO: 45.
또한, 본 발명은 상기 벼 품종을 식별하기 위한 마커 조합 조성물을 이용하여 벼로부터 추출한 DNA를 주형으로 실시간 PCR을 실시하는 단계; 상기 실시간 PCR 결과로 구현된 형광물질 피크를 감지하여, 각 벼 품종 식별용 마커 세트에 의한 PCR 증폭 여부를 확인하는 단계; 및 상기 PCR 증폭 여부에 따라 벼의 품종을 식별하는 단계를 포함하는, 복수개의 벼 품종용 식별 마커 세트를 이용한 벼 품종 식별 방법을 제공한다.In addition, the present invention comprises the steps of performing a real-time PCR with a DNA extracted from rice template using a marker combination composition for identifying the rice varieties; Detecting amplification of the fluorescence material implemented by the real-time PCR result and confirming PCR amplification by a set of markers for identifying each rice variety; And it provides a rice variety identification method using a plurality of rice varieties identification marker sets, comprising the step of identifying the rice varieties according to the PCR amplification.
상기에서 살펴본 바와 같이, 본 발명의 벼 품종 식별 방법은 벼 품종 식별용 마커 세트 2종, 3종, 4종 또는 5종 이상을 동시에 사용한 실시간 PCR 방법을 확립한 것으로, 기존의 벼 품종을 식별하기 위해 각 마커별로 실시하여야 하는 PCR 과정을 현저하게 단축시킬 수 있을 뿐만 아니라, 결과가 분석되어 검사가 종료되기까지 모든 시험과정이 자동 시스템으로 운영되기 때문에 시험자의 실수, 검사의 오류 등이 발생할 확률이 낮으며, 데이터의 수집, 분석이 용이하고 소요되는 검사시간과 노동력을 최소화시킬 수 있다는 점에서 매우 유용하다. 따라서, 현재 정부 품종제한 수매제, 포장양곡 표시제, 브랜드쌀 평가제 등의 다양한 정책을 과학적으로 뒷받침해 줄 수 있으며, 유통중인 쌀의 원산지 관리를 위한 품종 식별에도 유용하게 이용될 수 있다.As described above, the rice variety identification method of the present invention establishes a real-time PCR method using two, three, four, or five or more kinds of marker sets for identifying a rice variety, and to identify existing rice varieties. Not only can the PCR process that is performed for each marker significantly shorten, but all the test processes are operated by an automated system until the results are analyzed and the test is completed. It is very useful in that it is easy to collect and analyze data and minimizes inspection time and labor. Therefore, it can scientifically support a variety of policies, such as government varieties of purchase restrictions, packaging grain labeling, brand rice evaluation system, and can be usefully used to identify varieties for managing the origin of rice in circulation.
도 1 내지 도 514는 국내외 벼 514개 품종으로부터 추출한 DNA를 주형으로 실시간 PCR을 실시한 결과를 나타낸 것이다. 1 to 514 show the results of real-time PCR using a template extracted from 514 varieties of domestic and foreign rice.
이하, 본 발명을 상세히 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in detail.
본 발명자들은 하나의 SNP만을 검출할 수 있는 현재 국내 검사법은 시간, 비용, 노동력 측면에서 비효율적임을 인식하여, 다수종의 SNP를 한꺼번에 검출할 수 있는 프라이머 쌍과 프로브의 조합, PCR 조건 및 PCR 증폭 결과를 확인하는 방법에 대해 연구하던 중, 서로 다른 SNP를 타겟으로 하더라도 하나의 PCR 반응물에서 그 각각의 고유 PCR 증폭을 효율적으로 수행할 수 있는 프라이머 쌍과 프로브의 조합, 상기 프라이머 쌍과 프로브의 조합이 동시에 작용할 수 있는 PCR 조건 및 PCR 증폭 결과를 한꺼번에 파악할 수 있는 방법을 확립하게 되었으며, 이를 토대로 본 발명을 완성하였다.The present inventors recognize that the current domestic test method that can detect only one SNP is inefficient in terms of time, cost, and labor, and a combination of primer pairs and probes capable of detecting multiple SNPs at once, PCR conditions, and PCR amplification results While researching how to identify a combination of primer pairs and probes, the combination of primer pairs and probes that can efficiently perform their respective PCR amplification in one PCR reaction, even if different SNPs are targeted It was established a method that can simultaneously grasp the PCR conditions and PCR amplification results that can act at the same time, and completed the present invention based on this.
따라서, 본 발명은 각 벼 품종에 특이적인 SNP를 PCR을 통해 증폭시키고, 동시에 증폭 산물에 혼성가능하며 검출가능한 수단으로 표지된 프로브를 반응시킴으로써, 실시간 PCR 방법을 통해 테스트한 벼의 품종을 식별하는 방법에 관한 것이다. 특히, 본 발명은 각 벼 품종에 특이적인 SNP를 증폭시키는 프라이머 세트와 프로브를 한 세트로 하여, 2세트 이상의 벼 품종 식별용 마커 세트를 동시에 이용한 벼 품종 식별 방법에 관한 것으로, 벼 품종 식별에 필요한 과정을 현저하게 단축시킨 경제 효용성이 높은 방법이다.Accordingly, the present invention identifies a variety of rice tested by real-time PCR method by amplifying SNPs specific to each rice variety through PCR and simultaneously reacting labeled probes with hybridizable and detectable means to the amplification products. It is about a method. In particular, the present invention relates to a rice variety identification method using two or more sets of rice variety identification markers simultaneously using a primer set and a probe for amplifying SNPs specific to each rice variety. It is a highly economic method that has significantly shortened the process.
하기 표 1에 본 발명의 벼 품종 식별용 마커 세트를 나타낸다.Table 1 shows a set of markers for identifying rice varieties of the present invention.
DK2511
상기 표 1의 마커는 서열번호 1 내지 45로 염기 서열을 기재한 것이다. 상기 표 1에서, 마커 명칭은 임의로 설정한 것이며, 타입은 SNP 및 In/Del 마커 타입이다. SNP 마커는 어느 하나의 대립형질의 염기부가 정확하게 매치되어지지만, 이와는 다른 특정 대립형질에는 미스매치되어지는 염기로 치환되어져 있는 마커를 말하며, In/Del 마커는 어느 하나의 대립형질에는 정확하게 매치되는 염기를 가지지만, 이와는 다른 특정 대립형질에는 염기가 삽입(insertion) 또는 삭제(deletion)되어 미스매치되어지는 마커를 의미한다.The markers of Table 1 describe the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 45. In Table 1, the marker name is arbitrarily set, and the types are SNP and In / Del marker types. SNP markers refer to markers in which the base portion of any allele is exactly matched, but is substituted with a base that is mismatched to a particular allele, while the In / Del marker is a base that exactly matches either allele. In other alleles, the marker refers to a marker to which a base is inserted or deleted and mismatched.
상기 본 발명에 따른 벼 품종 식별용 마커에 따른 프라이머는 모든 벼 품종의 염기서열과 일치하나, 프로브는 SNP를 나타내는 특정 대립유전자(the specific allele)와 일치한다. 따라서 상보적으로 일치하는 대립유전자형에 대해서는 프로브가 특이적으로 주형 DNA에 혼성화(hybridization) 하나, 비 특이 대립유전자에 대해서는 프로브가 혼성화 하지 않는다. 이때 프로브는 검출가능한 수단으로 표지되므로 PCR로 증폭된 산물의 SNP 타입을 확인할 수 있다. 이러한 프라이머 쌍과 각 벼 품종에 특이적인 프로브 세트를 2 세트 이상으로 벼 품종을 쉽게 분석할 수 있다.
The primer according to the marker for identifying the rice variety according to the present invention is consistent with the nucleotide sequence of all rice varieties, the probe is consistent with the specific allele representing the SNP (the specific allele). Thus, the probe hybridizes specifically to the template DNA for complementary allelic types, but the probe does not hybridize to nonspecific alleles. In this case, since the probe is labeled with a detectable means, the SNP type of the product amplified by PCR can be confirmed. Rice varieties can be easily analyzed with more than two sets of primer pairs and probe sets specific to each rice variety.
본 발명에 따른 벼 품종 식별용 마커 세트는 자포니카 재배 벼(쌀)에 대한 품종 식별을 위해 고안되었다. 자포니카 벼 품종은 Oryza sativa L.의 학명을 가진 아종의 국내산 및 외국산 품종이다. 상기 본 발명에 따른 벼 품종 식별용 마커는 벼 게놈상의 DNA의 단일 염기차이를 이용한 것으로 벼의 12개 염색체 내에 산재하여 존재한다. 본 발명에 따른 상기 각각의 마커는 벼의 12개 염색체중 일본 니폰바레 품종에 대한 CAPS 사이트를 참고하여 일정 부위를 PCR을 이용하여 증폭한 후 이 부위의 염기서열을 분석하여 개별 벼 품종 중에 존재하는 SNP 또는 InDel 위치를 찾아내고, 이 위치를 이용하여 품종별 식별이 가능한 대립유전자 특이 프로브로서 고안한 것이다.The marker set for identifying a rice variety according to the present invention is designed for breed identification for japonica grown rice (rice). Japonica rice varieties Oryza sativa Domestic and foreign varieties of subspecies with the scientific name of L. The marker for identifying a rice variety according to the present invention uses a single base difference of DNA on the rice genome and is scattered within 12 chromosomes of rice. Each marker according to the present invention refers to the CAPS site for Japanese Nippon Barre varieties among 12 chromosomes of rice, and amplifies a certain region by PCR, and then analyzes the sequencing of the region. It was designed as an allele-specific probe that can identify the SNP or InDel position and identify the breed by using this position.
본 발명에 따른 벼 품종 식별용 마커 세트의 특징은 구체적으로 다음과 같다. The characteristics of the marker set for identifying a rice variety according to the present invention are as follows.
DK17-1: 8번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AP003886 클론DK17-1: present on chromosome 8 and site of site used for sequencing is clone AP003886
DK34: 1번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AP003209 클론DK34: present on
DK50: 11번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AC145367 클론DK50: present on chromosome 11 and site of site used for sequencing is clone of AC145367
DK63: 3번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AC135495 클론DK63: located on
DK560: 12번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 BX000560 클론DK560: located on chromosome 12 and site of site used for sequencing is BX000560 clone
DK1412: 7번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AP005198 클론DK1412: located on chromosome 7 and site of site used for sequencing is clone AP005198
DK2394: 7번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AP003866 클론DK2394: located on chromosome 7 and site of site used for sequencing is AP003866 clone
DK2401: 7번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AP004010 클론DK2401: located on chromosome 7 and site of site used for sequencing was cloned AP004010
DK1123: 2번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AC091238 클론DK1123: located on chromosome 2 and site of site used for sequencing is clone AC091238
DK1361: 10번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AC079888 클론DK1361: located on chromosome 10 and site of site used for sequencing is clone AC079888
DK600: 4번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AL606660 클론DK600: located on
DK2511: 2번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AP005111 클론DK2511: located on chromosome 2 and site of site used for sequencing is clone AP005111
DK601: 2번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AP005284 클론DK601: located on chromosome 2 and site of site used for sequencing is clone AP005284
DK2708: 12번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AL731784 클론
DK2708: located on chromosome 12 and site of site used for sequencing is AL731784 clone
아울러, 본 발명의 벼 품종 식별 방법의 양성 대조군으로, 벼 내재 유전자, 예컨대 내재 유전자로서 벼에 존재하는 곡물중심체 염기서열(Cereal Centromeric Sequence)과 유사한 CCS1으로 AB013614 클론 위치에 존재하는 게놈 DNA를 이용할 수 있다. In addition, as a positive control of the rice variety identification method of the present invention, genomic DNA present at the AB013614 clone position can be used as a CCS1 similar to the Cereal Centromeric Sequence in rice as an endogenous gene, such as an endogenous gene. have.
본 발명의 벼 품종 식별용 마커 세트 총 15종, DK17-1, DK34, DK50, DK63, DK560, DK1412, DK2171, DK2394, DK2401, DK1123, DK1361, DK600, DK600, DK2511, DK601 및 DK2708 중 이들의 2종 이상의 조합, 바람직하기로는 3종 이상의 조합을 동시에 사용하여 실시간 PCR을 수행할 수 있다. 이들 총 15종의 벼 품종 식별용 마커 세트의 조합은 프로브 표지에 이용할 수 있는 검출가능한 수단의 종류 및 개수에 따라 결정할 수 있다. 15 kinds of marker sets for identifying rice varieties of the present invention, DK17-1, DK34, DK50, DK63, DK560, DK1412, DK2171, DK2394, DK2401, DK1123, DK1361, DK600, DK600, DK2511, DK601 and DK2708 Real time PCR can be performed using more than one combination, preferably three or more combinations simultaneously. The combination of these 15 sets of rice varieties for identifying markers can be determined according to the type and number of detectable means available for probe labeling.
즉, 상기 검출가능한 수단은 실시하는 하나의 실시간 PCR 반응물에 동시에 사용할 수 있으며, 사용한 각각의 검출가능한 수단은 각각 검출할 수 있어야 한다. 예컨대, 단일 PCR 반응물에 동시에 사용가능하며 종류별로 특이적으로 검출할 수 있는 검출가능한 수단의 종류가 2종이라면, 본 발명의 벼 품종 식별용 마커 세트는 총 2종을 조합하여 실시간 PCR을 동시 실시할 수 있다. 다른 예로, 특이적인 검출가능한 수단의 종류가 3종, 4종, 5종, 6종 또는 7종 이상인 경우, 본 발명의 벼 품종 식별용 마커 세트는 각각 3종, 4종, 5종, 6종 또는 7종 이상의 조합으로 사용할 수 있다. 상기에서, 특이적인 검출가능한 수단에 사용된 "특이적인"은 단일 PCR 반응물에 2종 이상을 동시에 사용가능할 뿐만 아니라 검출가능한 조건에서 사용한 각각의 것을 별도로 검출할 수 있는 특성을 의미한다.That is, the detectable means can be used simultaneously in one real time PCR reactant, and each detectable means used must be detectable respectively. For example, if there are two kinds of detectable means that can be used simultaneously for a single PCR reaction and can be specifically detected for each kind, the set of markers for identifying rice varieties of the present invention simultaneously performs a real-time PCR in combination of two kinds. can do. As another example, when three, four, five, six, or seven or more kinds of specific detectable means are used, the marker set for identifying the rice variety of the present invention is three, four, five, six, respectively. Or a combination of seven or more kinds. As used above, "specific" as used in specific detectable means means a property capable of using two or more kinds of a single PCR reaction at the same time as well as separately detecting each of those used under detectable conditions.
상기 검출가능한 수단은 프로브에 연결, 결합, 또는 부착시켜 통상적인 방식으로 밀도, 농도, 양 등을 확인할 수 있는 화합물, 생체 분자 또는 생체 분자 모방체 등을 의미한다. 그 예로, 통상적으로 사용되는 형광물질, 발광물질, 생발광물질, 동위원소 등이 있으나, 이로 한정되는 것은 아니다. 다른 예로, 형광물질이 가장 바람직하다. 형광물질은 현재 시중에 다수 종이 시판되고 있으므로, 용이하게 입수가능하다. 형광물질의 예로는, FAM™(6-카르복시플루오레세인), SYBR Green, VIC(2'-클로로-7'-페닐-1,4-디클로로-6-카르복시플루오레세인), JOE(카르복시-4', 5'-디클로로-2', 7'-디메톡시플루오레세인), NED™(2'-클로로-5'-플루오로-7' 8'-융합된 페닐-1,4-디클로로-6-카르복시플루오레세인), TAMRA™(카르복시테트라메틸로다민), Cy3™, ROX™(카르복시-X-로다민), HEX(2', 4', 5', 7'-테트라클로로-6-카르복시-4,7-디클로로플루오레세인), TET(2', 7'-디클로로-6-카르복시-4,7-디클로로플루오레세인), Texas Red, Cy5™ 등이 있으나, 이로 한정되는 것은 아니다. 형광물질은 종류에 따라 여기 및 방사 파장이 다르면 사용방법 또한 상이하므로, 이를 고려하여 하나의 PCR 반응물에 함께 사용하는 형광물질은 별개로 검출가능한지 여부를 판단하여 선택 사용하여야 한다. 대표적인 형광물질의 특징은 아래 표 2에 간략하게 나타내었다.The detectable means means compounds, biomolecules or biomolecule mimetics, etc., which can be linked, bound, or attached to a probe to determine the density, concentration, amount, etc. in a conventional manner. Examples thereof include fluorescent materials, light emitting materials, bioluminescent materials, and isotopes which are commonly used, but are not limited thereto. As another example, fluorescent materials are most preferred. Since a large number of fluorescent materials are currently on the market, they are readily available. Examples of fluorescent materials include FAM ™ (6-carboxyfluorescein), SYBR Green, VIC (2'-chloro-7'-phenyl-1,4-dichloro-6-carboxyfluorescein), JOE (carboxy-4 ', 5'-dichloro-2', 7'-dimethoxyfluoresce Phosphorus), NED ™ (2'-chloro-5'-fluoro-7 '8'-fused phenyl-1,4-dichloro-6-carboxyfluorescein), TAMRA ™ (carboxytetramethyldamine), Cy3 ™, ROX ™ (carboxy-X-rhodamine), HEX (2 ', 4', 5 ', 7'-tetrachloro-6-carboxy-4,7-dichlorofluorescein), TET (2', 7'-dichloro-6-carboxy-4,7-dichlorofluorescein), Texas Red, Cy5 ™ and the like, but is not limited thereto. If the fluorescent material has different excitation and emission wavelengths depending on the type, the method of use is also different. Therefore, the fluorescent material used together in one PCR reaction should be selected and used to determine whether the fluorescent material can be detected separately. Representative fluorescent material characteristics are briefly shown in Table 2 below.
본 발명의 일 예로, 형광물질은 통상의 방법으로 본 발명에 따른 벼 품종 식별용 마커 세트에 포함된 프로브에 표지된다. 표지 방법은 인터컬레이팅(interchelating) 방법, TaqMan™ 프로브법 및 분자 비콘(Molecualr beacon) 방법들이 있다. 인터컬레이팅 방법은 이중가닥 DNA에 결합하여 형광을 나타내는 시약(inter-chelator: SYBR Green I, EtBr 등)을 PCR 반응에 첨가하여 증폭과 함께 발색하는 형광을 검출하는 방법으로, 인터컬레이터가 PCR 반응으로 합성된 이중가닥 DNA에 결합하여 형광을 발하며 이 형광강도를 검출하여 증폭산물의 생성량을 측정할 수 있다. TaqMan™ 프로브법은 5말단을 형광물질(FAM 등)로 3말단을 quencher 물질(TAMRA 등)로 수식한 올리고뉴클레오티드(TaqManTM probe)를 PCR 반응액에 첨가하는 방법으로, TaqManTM 프로브가 어닐링 단계에서 주형 DNA에 특이적으로 혼성화하지만, 프로브상의 quencher에 의해 형광 발생이 억제되고, 연장 단계에서 Taq DNA 중합효소가 갖는 5→ 3 엑소뉴클레아제 활성으로 주형에 혼성화한 TaqMan™ 프로브만 분해되어 형광색소가 프로브에서 유리되므로서 quencher에 의한 억제가 해제되어 형광을 발하게 된다. 분자 비콘 방법은 양 말단을 형광물질(FAM, TAMRA 등)과 quencher 물질(DABCYL 등)로 수식한 헤어핀형 이차구조를 만드는 올리고뉴클레오티드 프로브(Molecular Beacon probe)를 PCR 반응계에 첨가하는 방법이다. 분자 비콘 프로브는 유리 상태에서 헤어핀 구조를 취하며 형광물질과 quencher 물질에 근접해 있어 형광발생이 억제되지만, 어닐링 단계에서 주형 DNA와 상보적인 영역에서 특이적으로 혼성화할때 형광물질과 quencher 물질과의 거리가 멀어져 quencher 물질에 의한 억제가 해소됨으로써 프로브상의 형광색소가 형광을 나타내게 된다. 그러나, 혼성화되지 않은 분자 비콘 프로브는 헤어핀 구조를 유지하고 있어 형광을 나타내지 않게 된다.In one embodiment of the present invention, the fluorescent material is labeled on a probe included in a marker set for identifying a rice variety according to the present invention in a conventional manner. Labeling methods include interchelating methods, TaqMan ™ probe methods, and molecular beacon methods. Intercalating method is a reagent that binds to double-stranded DNA and fluoresces (inter-chelator: SYBR). Green I, EtBr, etc.) is added to the PCR reaction to detect fluorescence that develops with amplification.The intercalator binds to the double-stranded DNA synthesized by the PCR reaction and emits fluorescence. The amount of produced can be measured. TaqMan ™ probe method is a method in which an oligonucleotide (TaqManTM probe) modified with 5 ends of fluorescent material (FAM, etc.) and 3 ends of quencher material (TAMRA, etc.) is added to the PCR reaction solution. Fluorescence is inhibited by quencher on the probe, but only in the extension step, only the TaqMan ™ probe hybridized to the template by 5 → 3 exonuclease activity of the Taq DNA polymerase was decomposed to cause fluorescence. As it is released from the probe, the inhibition by the quencher is released and fluoresces. The molecular beacon method is a method of adding a oligonucleotide probe (Molecular Beacon probe) to the PCR reaction system to form a hairpin secondary structure in which both ends are modified with a fluorescent material (FAM, TAMRA, etc.) and a quencher material (DABCYL, etc.). Molecular beacon probes have a hairpin structure in the glass state and are close to the fluorescent material and quencher material to suppress fluorescence, but the distance between the fluorescent material and quencher material when specifically hybridized in the region complementary to the template DNA in the annealing step The quenching of fluorescence on the probes fluoresces because the inhibition by the quencher material is eliminated. However, unhybridized molecular beacon probes retain their hairpin structure and thus do not fluoresce.
이러한 방법을 본 발명의 벼 품종을 식별하기 위한 다중 실시간 PCR 법에 적용할 수 있다. 상기한 방법들은 당업계에 공지된 것이므로, 반응 효율, 시간, 형광물질 타입 등을 적절히 고려하여, 특정 방법을 선택할 수 있을 것이다. 본 발명에서는 일 예로, TaqMan™ 프로브 방법을 사용할 수 있다. This method can be applied to multiple real time PCR methods for identifying rice varieties of the present invention. Since the above methods are known in the art, specific methods may be selected in consideration of reaction efficiency, time, fluorescent material type, and the like. In the present invention, for example, a TaqMan ™ probe method may be used.
본 발명에 따른 벼 품종 식별용 마커 세트 3종을 트리플렉스 실시간 PCR에 사용할 경우, 형광물질로 FAM, VIC 및 NEDTM 3종을 각각 사용하여 프로브 5' 말단에 표지하며, 프로브 3' 말단은 MGBNFQ(molecular grove binding non-fluorescence quencher)를 부착시킨다. 일예로, 트리플렉스 실시간 PCR에 사용가능한 벼 품종 식별용 마커 세트의 조합은, 다음과 같을 수 있다:When three kinds of rice varieties for identifying marker sets according to the present invention are used for triplex real-time PCR, the FAM, VIC, and NED TM three species are used as fluorescents, respectively, to label the 5 'end of the probe, and the 3' end of the probe is MGBNFQ. (molecular grove binding non-fluorescence quencher) is attached. In one example, a combination of a set of markers for identifying rice variety that can be used for triplex real-time PCR can be as follows:
DK2401, DK50 및 DK2171로 이루어진 군으로부터 선택된 마커 세트 1종;One marker set selected from the group consisting of DK2401, DK50, and DK2171;
DK17-1, DK1412 및 DK34로 이루어진 군으로부터 선택된 마커 세트 1종; One marker set selected from the group consisting of DK17-1, DK1412, and DK34;
DK560, DK2394 및 DK63로 이루어진 군으로부터 선택된 마커 세트 1종;One marker set selected from the group consisting of DK560, DK2394 and DK63;
DK1123, DK1361 및 DK600로 이루어진 군으로부터 선택된 마커 세트 1종;One marker set selected from the group consisting of DK1123, DK1361, and DK600;
및And
DK2511, DK2708 및 DK601로 이루어진 군으로부터 선택된 마커 세트 1종.1 set of markers selected from the group consisting of DK2511, DK2708 and DK601.
상기한 조합은 서로 다른 형광물질로 표지된 마커 세트를 함께 사용할 수 있다는 조건에 의한 것으로, 일 예에 불과하며, 상기 조합 외에도 형광물질을 변경하면서 다양한 조합을 만들 수 있다. 이는, 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자라면 용이하게 이해 및 실시할 수 있을 것이다. 본 발명의 다른 예로, (1) DK2401(FAM), DK50(VIC), DK2171(NED); (2) DK17-1(FAM), DK1412(VIC), DK34(NED); (3) DK560(FAM), DK2394(VIC), DK63(NED); (4) DK1123(FAM), DK1361(VIC), DK600(NED); 및 (5) DK2511(FAM), DK2708(VIC), DK601(NED); 조합을 사용할 수 있다.The combination is based on the condition that a set of markers labeled with different fluorescent materials can be used together, and is only an example, and various combinations can be made while changing the fluorescent material in addition to the combination. This can be easily understood and implemented by those skilled in the art to which the present invention pertains. In another embodiment of the present invention, (1) DK2401 (FAM), DK50 (VIC), DK2171 (NED); (2) DK17-1 (FAM), DK1412 (VIC), DK34 (NED); (3) DK560 (FAM), DK2394 (VIC), DK63 (NED); (4) DK1123 (FAM), DK1361 (VIC), DK600 (NED); And (5) DK2511 (FAM), DK2708 (VIC), DK601 (NED); Combinations may be used.
또한, 본 발명의 벼 품종 식별용 마커 세트는 통상적인 실시간 PCR 방법 및 장치를 사용하여, 실시할 수 있다. 상기 실시간 PCR 방법은 DNA 중합효소와 형광공명 에너지이동(Fluorescence Resonance Energy Transfer, FRET)의 원리에 의해 PCR의 매 주기마다 실시간으로 시행되는 형광을 검출하고 정량하는 방법이다. 이러한 방법은 특이적인 증폭산물을 비 특이적인 증폭산물로부터 구별하여 확인할 수 있으며, 자동화된 양상으로 분석 결과를 쉽게 입수할 수 있다.In addition, the marker set for rice variety identification of this invention can be implemented using a conventional real-time PCR method and apparatus. The real-time PCR method is a method for detecting and quantitating fluorescence performed in real time every cycle of PCR based on the principle of DNA polymerase and Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET). This method distinguishes specific amplification products from non-specific amplification products and can easily obtain analysis results in an automated manner.
본 발명에 사용가능한 실시간 PCR 기기로는 AB 사의 Real-time PCR 기기 7900, 7500, 7300, Stratagene 사의 Mx3000p, 및 BioRad 사의 Chromo 4 기기 등이 있으나, 이로 한정되는 것은 아니다. PCR 종료시 이러한 실시간 PCR 기기의 레이저는 증폭된 PCR 산물의 프로브에 표지된 형광물질을 감지하여 도 1과 같은 피크를 구현한다. 이에, 전기영동과정 없이 기기에 내장된 프로그램을 실행시켜 자동으로 결과를 분석할 수 있다. Real-time PCR devices that can be used in the present invention include, but are not limited to, AB Real-time PCR devices 7900, 7500, 7300, Stratagene Mx3000p, and
본 발명의 벼 품종 식별용 마커 세트 및 이를 이용한 벼 품종 식별 방법을 통해, 수종의 벼 품종을 식별할 수 있으며, 특히 아래 표 3에 기재된 총 514종의 국내외산 벼 품종을 각각 식별할 수 있다.
Through the marker set for identifying the rice variety of the present invention and the rice variety identification method using the same, it is possible to identify several kinds of rice varieties, and in particular, it is possible to identify a total of 514 domestic and foreign rice varieties, respectively, described in Table 3 below.
고성, 홍소륙도5호, 대도4호, B+ZUY AKAN, 개량 13호, 육도2호, 육도신력1호, HIN+DE, 주부지, MIYAMAM+CHI, 대도1호, 사국나, 육도농림9호, 사향도, 개량 41호, 육도농림11호, 모나, 육도농림나3호K + GY + KA, Yukdo Nabuji-style, Daneun Ark, Yukdo-wook, Power, Ungung, Hitome bare, Gyeongbuk Gokyangdo, Chungseungjae, Milky Queen, Gogane Mochi, D + IKU 154, Conviction, Gokyangdo, North Sea Red hair, rebirth of the sea, Sasanishi, Sun Ya Mona, Jana, Hoshiyudaka, SANTAM + MI, Kanto PL3, Nippon bare, Mauretsu, 5 million stone, Jado, Poonna, RIKUT + SAKUMAI, GINSUKEYAKAN, HATA K + GANE M + CHI, + NJ + HAKAM + D + SHI, TACHIMINAMI, Kuk Kwang Na, Daedo No. 3, Yeodo Agriculture and Forestry No. 16, Yeodo Agriculture and Forestry No. 19, Yeodo Agriculture and Forestry 21, Yeodo Agriculture and Forestry No. 13, Yeodo Agriculture and Forestry No. 1, and Yeodo Agriculture and Forestry No. 4 , Chungseungdo Island, HATA K + GANEM ++, + TSUKAM + D + SHI, Satominori
Goseong, Hong So Land 5, Daedo 4, B + ZUY AKAN, Improved No. 13, Yeodo No. 2, Yeokdo Edo No. 1, HIN + DE, Chubu Site, MIYAMAM + CHI, Daedo No. 1, Sagukna, Yeodo Agriculture and Forestry No. 9, Muskdo, Improvement 41, Yudo-do Agriculture 11, Mona, Yudo-do Agriculture 3
원산지 및 품종에 대한 판정은 15개 마커의 증폭 여부에 따라 결정되는데, 각 품종은 증폭된 마커의 조합이 다르게 나타나도록 하였다. 위 514개 품종에 대한 15개 SNP 마커의 Real-time PCR 결과는 표 4와 같다. 해당 마커에 대하여 PCR 증폭이 일어난 경우에는 + 로, 그렇지 않은 경우는 - 로 표기하였다. The determination of origin and variety is based on amplification of 15 markers, and each variety has a different combination of amplified markers. Real-time PCR results of 15 SNP markers for the above 514 varieties are shown in Table 4. If PCR amplification has occurred for the marker, it is marked with +, otherwise it is indicated with-.
또한, 품종 및 원산지에 대한 판정을 용이하게 하기 위해 각 마커에 score를 부여함으로써 각 품종 당 증폭된 마커에 대한 score의 합으로 구별을 할 수 있게 하였다. 해당 마커 별 스코어는 아래 표 5와 같다. In addition, in order to facilitate determination of the breed and the origin, scores were assigned to each marker to distinguish the sum of the scores for the markers amplified for each breed. The score for each marker is shown in Table 5 below.
상기한 본 발명의 벼 품종 식별용 마커 세트 2종, 3종, 4종 또는 5종 이상을 동시에 사용한 실시간 PCR 방법에 의해, 기존의 벼 품종을 식별하기 위해 각 마커별로 실시하여야 하는 PCR 과정을 현저하게 단축시킬 수 있을 뿐만 아니라, 그 결과를 실시간으로 신속하게 확인할 수 있다. 이러한 방법은 전기영동법으로는 분별하기 어려웠던 적은 농도의 DNA 절편의 유무나 100 bp 미만의 PCR 산물의 확인을 레이저 감광으로 구분할 수 있고, PCR 산물에 의한 오염에 대한 우려가 없으며, 결과가 분석되어 검사가 종료되기까지 모든 시험과정이 자동 시스템으로 운영되기 때문에 시험자의 실수, 검사의 오류 등이 발생할 확률이 낮으며, 데이터의 수집, 분석이 용이하고 소요되는 검사시간과 노동력을 최소화시킬 수 있다는 점에서 매우 유용하다.By the real-time PCR method using two, three, four or five or more of the above-described marker set for identifying the rice variety of the present invention, the PCR process to be performed for each marker to distinguish the existing rice variety is remarkable. Not only can it be shortened, but the result can be quickly confirmed in real time. This method can be distinguished by laser sensitization of the presence of small DNA fragments and identification of PCR products of less than 100 bp that were difficult to distinguish by electrophoresis, and there is no concern about contamination by PCR products. All test procedures are operated as an automatic system until the end of the test period. Therefore, it is unlikely that a mistake of a tester or an error of a test will occur, and it is easy to collect and analyze data, and minimize test time and labor required. Very useful.
하기 실시예를 들어 본 발명을 상세히 설명한다. 하기 실시예들은 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐, 본 발명의 보호 범위를 한정하는 것은 아니다.
The present invention is described in detail with reference to the following examples. The following examples are merely to illustrate the invention, but not to limit the protection scope of the invention.
실시예Example 1: 벼 품종 식별용 1: for identifying rice varieties 복수개의Plural 마커Marker 세트를 이용한 Set 간척벼Reclaimed rice 품종 식별 Breed Identification
1-1. 주형 DNA 추출1-1. Template DNA extraction
특허 출원 제2005-69858호의 방법에 따라, 시료 벼로부터 DNA를 추출하였다. 간략하게는, 식물에서 DNA를 추출할 때 일반적으로 사용되는 CTAB 방법을 변형하여 본 발명에 사용하였다. According to the method of patent application 2005-69858, DNA was extracted from the sample rice. Briefly, the CTAB method which is generally used when extracting DNA from a plant was modified and used in the present invention.
시료의 오염을 방지하기 위해, 기름종이에 올려놓고 간척벼 쌀 시료를 망치를 이용하여 아주 작은 조각으로 분쇄한다. 분쇄한 시료(약 30 ㎎)를 1.5 ㎖ 튜브에 넣고, CTBA 용액 500 ㎕를 첨가하여 잘 섞은 후, 65 ℃ 항온 수조에 30분간 담가 둔다. CTAB 용액의 조성은 다음과 같다: DNA 추출 완충액(Sorbitol 63.75 g, Tris-base 12.1 g, EDTA-Na2 1.68 g/1ℓ)와 핵 융해 완충액(CTAB 20 g, 1M Tris(pH 8.0) 200 ㎖, 0.25M EDTA 200 ㎖, 5M NaCl 400 ㎖/1ℓ)를 1:1로 섞고, 0.2 부피 10% 사르코실, 0.2 부피 식염수, 1% 2-머르캅토에탄올을 65 ℃ 항온 수조에서 혼합한다. 14,240 xg(15,000rpm)에서 10분 동안 원심분리한 후, 상등액에 3.8 g/ℓ 소디움 바이설파이트 1 부피와 페놀: 클로로포름: 이소아밀알콜(25:24:1) 1 부피를 섞어서 상온에서 5분 동안 방치한 후, 14,240 xg에서 5분 동안 원심분리 한다. 상등액을 1.5 ㎖ 튜브로 옮기고 클로로포름: 이소아밀알콜(24:1) 1 부피를 섞어서 상온에서 5분 동안 회전시켜 섞어준다. 14,240 xg에서 5분 동안 원심분리를 하여, 상등액을 1.5 ㎖ 튜브로 옮긴다. 상기의 절차를 경계면이 투명해질 때까지 반복한다. 동량의 이소프로판올을 넣고 5분 동안 잘 섞어주고, -20 ℃에 20분간 넣어두었다가 4 ℃에서 15분 동안 원심분리를 실시한다. 상등액을 버리고 DNA 펠렛을 70% 에탄올 200 ㎕를 넣어서 4 ℃에서 5분 동안 원심분리를 실시한다. 상등액을 버리고 남은 에탄올을 바람이나 진공 건조기로 건조시킨다. 여기에 멸균 증류수 65㎕와 RNase A(1㎎/ ㎖) 15 ㎕를 넣어 37 ℃ 수조에 15분 동안 넣어둔다. To prevent contamination of the sample, place it on oil paper and grind the rice sample into a very small piece with a hammer. The ground sample (about 30 mg) is put in a 1.5 ml tube, 500 µl of CTBA solution is added, mixed well, and soaked for 30 minutes in a 65 ° C constant temperature water bath. The composition of the CTAB solution is as follows: DNA extraction buffer (Sorbitol 63.75 g, Tris-base 12.1 g, EDTA-Na2 1.68 g / 1 L) and nuclear fusion buffer (CTAB 20 g, 1M Tris (pH 8.0) 200 ml, 0.25 200 ml of M EDTA, 400 ml / 1 L of 5M NaCl) is mixed 1: 1, and 0.2 volume 10% sarcosyl, 0.2 volume saline, 1% 2-mercaptoethanol is mixed in a 65 DEG C constant temperature water bath. After centrifugation at 14,240 xg (15,000 rpm) for 10 minutes, the supernatant is mixed with 1 volume of 3.8 g / L sodium bisulfite and 1 volume of phenol: chloroform: isoamyl alcohol (25: 24: 1) at room temperature for 5 minutes. For 5 minutes at 14,240 xg. Transfer the supernatant to a 1.5 ml tube,
1-2. 실시간 PCR 반응1-2. Real time PCR reaction
2x Master mix 12.5 ㎕, 10-20 ng 주형 DNA, 벼 품종 식별용 마커 세트 4 ㎕, 최종적으로 ddH2O를 포함하여 총 25 ㎕ 부피로 반응액을 혼합한다. 프라이머와 프로브의 적정 농도는 아래 표 6에 나타내었다. 이때 벼 품족 식별용 마커세트는 (1) DK2401(FAM), DK50(VIC), DK2171(NED); (2) DK17-1(FAM), DK1412(VIC), DK34(NED); (3) DK560(FAM), DK2394(VIC), DK63(NED); (4) DK1123(FAM), DK1361(VIC), DK600(NED); 및 (5) DK2511(FAM), DK2708(VIC), DK601(NED)의 조합을 사용하여 5번의 트리플렉스 실시간 PCR을 수행하였다.Mix the reaction solution in a total volume of 25 μl, including 12.5 μl 2x Master mix, 10 μl template DNA, 4 μl of rice varietal marker set, and finally ddH 2 O. Proper concentrations of primers and probes are shown in Table 6 below. At this time, the marker set for rice product group identification is (1) DK2401 (FAM), DK50 (VIC), DK2171 (NED); (2) DK17-1 (FAM), DK1412 (VIC), DK34 (NED); (3) DK560 (FAM), DK2394 (VIC), DK63 (NED); (4) DK1123 (FAM), DK1361 (VIC), DK600 (NED); And (5) five triplex real-time PCRs were performed using a combination of DK2511 (FAM), DK2708 (VIC), and DK601 (NED).
이 반응액을 50 ℃에서 2분, 95 ℃에서 10분간의 DNA 변성(pre-denaturation) 반응 후, 95 ℃에서 15초, 60 ℃에서 1분의 반응을 40회 반복하여 실시간 PCR을 수행한다. The reaction solution was pre-denaturated for 2 minutes at 50 ° C. and 10 minutes at 95 ° C., followed by 40 minutes of reaction for 15 seconds at 95 ° C. and 1 minute at 60 ° C. to perform real-time PCR.
1-3. 실시간 PCR을 이용한 PCR 산물의 분석1-3. Analysis of PCR Products Using Real-Time PCR
본 발명은 AB 사의 Real-time PCR 기기 7500에 적용할 수 있다. PCR이 종료되면 기기의 레이저가 증폭된 PCR 산물의 프로브에 표지된 형광물질을 감지하여 도 1과 같은 피크로 구현된다. 즉, 전기영동과정 없이도 기기에 내장된 프로그램을 실행시켜 자동적으로 결과를 분석할 수 있다.The present invention can be applied to the Real-time PCR device 7500 of AB. When the PCR is terminated, the laser of the device detects the fluorescent material labeled on the probe of the amplified PCR product is implemented as a peak as shown in FIG. In other words, the results can be analyzed automatically by running the program embedded in the device without the electrophoresis process.
1-4. 최종 판정1-4. Final judgment
도 1은 남평벼로부터 추출한 DNA를 주형으로 실시간 PCR을 실시한 결과를 나타낸 것이다.Figure 1 shows the results of real-time PCR with a template extracted from Nampyeong rice.
도 1을 참조하면, 벼 품종 식별용 마커세트 DK2401 및 DK560에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 간척벼로 바르게 판정되었음을 확인하였다.
Referring to FIG. 1, it was confirmed that the sample rice was correctly judged as reclaimed rice by specifically amplifying the rice varieties marker sets DK2401 and DK560.
실시예Example 2 내지 50: 벼 품종 식별용 2 to 50: for identifying rice varieties 복수개의Plural 마커Marker 세트를 이용한 품종 식별 Breed Identification Using Sets
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 7에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 7 및 도 2 내지 도 50에 나타내었다.According to the method of Example 1, real-time PCR was performed using the samples described in Table 7 below, and the results are shown in Table 7 and FIGS. 2 to 50.
상기 표 7 및 도 2 내지 도 50의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
According to Table 7 and the results of FIGS. 2 to 50, the DNA extracted from the sample rice was specifically amplified in each rice variety marker set to confirm that the sample rice was correctly determined.
실시예Example 51 내지 100: 벼 품종 식별용 51 to 100: for identifying rice varieties 복수개의Plural 마커Marker 세트를 이용한 벼 품종 식별 Rice Variety Identification Using Sets
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 8에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 8 및 도 51 내지 도 100에 나타내었다.According to the method of Example 1, real-time PCR was performed using the samples described in Table 8 below, and the results are shown in Table 8 and FIGS. 51 to 100.
상기 표 8 및 도 51 내지 도 100의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
According to Table 8 and the results of FIGS. 51 to 100, the DNA extracted from the sample rice was specifically amplified in each rice variety marker set to confirm that the sample rice was correctly determined.
실시예Example 101 내지 150: 벼 품종 식별용 101 to 150: for identifying rice varieties 복수개의Plural 마커Marker 세트를 이용한 품종 식별 Breed Identification Using Sets
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 9에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 9 및 도 101 내지 도 150에 나타내었다.According to the method of Example 1, real-time PCR was performed using the samples described in Table 9 below, and the results are shown in Table 9 and FIGS. 101 to 150.
상기 표 9 및 도 101 내지 도 150의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
According to Table 9 and the results of FIGS. 101 to 150, the DNA extracted from the sample rice was specifically amplified in each rice variety marker set to confirm that the sample rice was correctly determined.
실시예Example 151 내지 200: 벼 품종 식별용 151 to 200: for identifying rice varieties 복수개의Plural 마커Marker 세트를 이용한 벼 품종 식별 Rice Variety Identification Using Sets
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 10에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 10 및 도 151 내지 도 200에 나타내었다.According to the method of Example 1, real-time PCR was performed using the samples described in Table 10, and the results are shown in Table 10 and FIGS. 151 to 200.
상기 표 10 및 도 151 내지 도 200의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
According to Table 10 and the results of FIGS. 151 to 200, the DNA extracted from the sample rice was specifically amplified in each rice variety marker set to confirm that the sample rice was correctly determined.
실시예Example 201 내지 250: 벼 품종 식별용 201 to 250: for identifying rice varieties 복수개의Plural 마커Marker 세트를 이용한 품종 식별 Breed Identification Using Sets
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 11에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 11 및 도 201 내지 도 250에 나타내었다.According to the method of Example 1, real-time PCR was performed using the samples described in Table 11 below, and the results are shown in Table 11 and FIGS. 201 to 250.
상기 표 11 및 도 201 내지 도 250의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
According to Table 11 and the results of FIGS. 201 to 250, the DNA extracted from the sample rice was specifically amplified in each rice variety marker set to confirm that the sample rice was correctly determined.
실시예Example 251 내지 300: 벼 품종 식별용 251 to 300: for identifying rice varieties 복수개의Plural 마커Marker 세트를 이용한 벼 품종 식별 Rice Variety Identification Using Sets
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 12에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 12 및 도 251 내지 도 300에 나타내었다.According to the method of Example 1, real-time PCR was performed using the samples described in Table 12 below, and the results are shown in Table 12 and FIGS. 251 to 300.
상기 표 12 및 도 251 내지 도 300의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
According to Table 12 and the results of FIGS. 251 to 300, the DNA extracted from the sample rice was specifically amplified in each rice variety marker set to confirm that the sample rice was correctly determined.
실시예Example 301 내지 350: 벼 품종 식별용 301 to 350: for identifying rice varieties 복수개의Plural 마커Marker 세트를 이용한 품종 식별 Breed Identification Using Sets
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 13에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 13 및 도 301 내지 도 350에 나타내었다.According to the method of Example 1, real-time PCR was performed using the samples described in Table 13 below, and the results are shown in Table 13 and FIGS. 301 to 350.
상기 표 13 및 도 301 내지 도 350의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
According to Table 13 and the results of FIGS. 301 to 350, the DNA extracted from the sample rice was specifically amplified in each rice variety marker set to confirm that the sample rice was correctly determined.
실시예Example 351 내지 400: 벼 품종 식별용 351 to 400: for identifying rice varieties 복수개의Plural 마커Marker 세트를 이용한 벼 품종 식별 Rice Variety Identification Using Sets
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 12에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 14 및 도 351 내지 도 400에 나타내었다.According to the method of Example 1, real-time PCR was performed using the samples described in Table 12 below, and the results are shown in Table 14 and FIGS. 351 to 400.
상기 표 14 및 도 351 내지 도 400의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
According to Table 14 and the results of FIGS. 351 to 400, the DNA extracted from the sample rice was specifically amplified in each rice variety marker set to confirm that the sample rice was correctly determined.
실시예Example 401 내지 450: 벼 품종 식별용 401 to 450: for identifying rice varieties 복수개의Plural 마커Marker 세트를 이용한 품종 식별 Breed Identification Using Sets
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 15에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 15 및 도 401 내지 도 450에 나타내었다.According to the method of Example 1, real time PCR was performed using the samples described in Table 15 below, and the results are shown in Table 15 and FIGS. 401 to 450.
상기 표 15 및 도 401 내지 도 450의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
According to Table 15 and the results of FIGS. 401 to 450, the DNA extracted from the sample rice was specifically amplified in each rice variety marker set to confirm that the sample rice was correctly determined.
실시예Example 451 내지 500: 벼 품종 식별용 451 to 500: for identifying rice varieties 복수개의Plural 마커Marker 세트를 이용한 벼 품종 식별 Rice Variety Identification Using Sets
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 16에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 16 및 도 451 내지 도 500에 나타내었다.According to the method of Example 1, real-time PCR was performed using the samples described in Table 16 below, and the results are shown in Table 16 and FIGS. 451 to 500.
상기 표 16 및 도 451 내지 도 500의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
According to the results of Table 16 and the results of FIGS. 451 to 500, the DNA extracted from the sample rice was specifically amplified in each rice variety marker set to confirm that the sample rice was correctly determined.
실시예Example 501 내지 514: 벼 품종 식별용 501 to 514: for identifying rice varieties 복수개의Plural 마커Marker 세트를 이용한 품종 식별 Breed Identification Using Sets
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 17에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 17 및 도 501 내지 도 514에 나타내었다.According to the method of Example 1, real-time PCR was performed using the samples described in Table 17 below, and the results are shown in Table 17 and FIGS. 501 to 514.
상기 표 17 및 도 501 내지 도 514의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
According to Table 17 and the results of FIGS. 501 to 514, DNA extracted from the sample rice was specifically amplified in each rice variety identification marker set to confirm that the sample rice was correctly determined.
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Claims (7)
프로브의 5' 말단이 FAM, VIC, TET, JOE, HEX, TAMRA, CY3, CY5, ROX,
RED610, TEXAS RED, RED670 및 NED로 이루어진 군으로부터 선택된 1종의 형광물질로 표지되며 3' 말단이 MGBNFQ(molecular grove binding non-fluorescence quencher)로 표지된, 하기 (a), (b) 및 (f)로 이루어진 마커 조합 조성물을 이용하여 벼로부터 추출한 DNA를 주형으로 실시간 PCR을 실시하는 단계;
프로브의 5' 말단이 FAM, VIC, TET, JOE, HEX, TAMRA, CY3, CY5, ROX, RED610, TEXAS RED, RED670 및 NED로 이루어진 군으로부터 선택된 1종의 형광물질로 표지되며 3' 말단이 MGBNFQ(molecular grove binding non-fluorescence quencher)로 표지된, 하기 (d), (e) 및 (h)로 이루어진 마커 조합 조성물을 이용하여 벼로부터 추출한 DNA를 주형으로 실시간 PCR을 실시하는 단계;
프로브의 5' 말단이 FAM, VIC, TET, JOE, HEX, TAMRA, CY3, CY5, ROX, RED610, TEXAS RED, RED670 및 NED로 이루어진 군으로부터 선택된 1종의 형광물질로 표지되며 3' 말단이 MGBNFQ(molecular grove binding non-fluorescence quencher)로 표지된, 하기 (j), (k) 및 (l)로 이루어진 마커 조합 조성물을 이용하여 벼로부터 추출한 DNA를 주형으로 실시간 PCR을 실시하는 단계;
프로브의 5' 말단이 FAM, VIC, TET, JOE, HEX, TAMRA, CY3, CY5, ROX, RED610, TEXAS RED, RED670 및 NED로 이루어진 군으로부터 선택된 1종의 형광물질로 표지되며 3' 말단이 MGBNFQ(molecular grove binding non-fluorescence quencher)로 표지된, 하기 (m), (n) 및 (o)로 이루어진 마커 조합 조성물을 이용하여 벼로부터 추출한 DNA를 주형으로 실시간 PCR을 실시하는 단계;
상기 실시간 PCR 결과로 구현된 형광물질 피크를 감지하여, 각 벼 품종 식별
용 마커 세트에 의한 PCR 증폭 여부를 확인하는 단계; 및
상기 PCR 증폭 여부에 따라 벼의 품종을 식별하는 단계
를 포함하는, 복수개의 벼 품종용 식별 마커 세트를 이용한 벼 품종 식별 방법:
(a) 서열번호 1로 이루어진 프라이머, 서열번호 2로 이루어진 프라이머, 및 서열번호 3으로 이루어진 프로브;
(b) 서열번호 4로 이루어진 프라이머, 서열번호 5로 이루어진 프라이머, 및 서열번호 6으로 이루어진 프로브;
(c) 서열번호 7로 이루어진 프라이머, 서열번호 8로 이루어진 프라이머, 및 서열번호 9로 이루어진 프로브;
(d) 서열번호 10으로 이루어진 프라이머, 서열번호 11로 이루어진 프라이머, 및 서열번호 12로 이루어진 프로브;
(e) 서열번호 13으로 이루어진 프라이머, 서열번호 14로 이루어진 프라이머, 및 서열번호 15로 이루어진 프로브;
(f) 서열번호 16으로 이루어진 프라이머, 서열번호 17로 이루어진 프라이머, 및 서열번호 18로 이루어진 프로브;
(g) 서열번호 19로 이루어진 프라이머, 서열번호 20으로 이루어진 프라이머, 및 서열번호 21로 이루어진 프로브;
(h) 서열번호 22로 이루어진 프라이머, 서열번호 23으로 이루어진 프라이머, 및 서열번호 24로 이루어진 프로브;
(i) 서열번호 25로 이루어진 프라이머, 서열번호 26으로 이루어진 프라이머, 및 서열번호 27로 이루어진 프로브;
(j) 서열번호 28로 이루어진 프라이머, 서열번호 29로 이루어진 프라이머, 및 서열번호 30으로 이루어진 프로브;
(k) 서열번호 31로 이루어진 프라이머, 서열번호 32로 이루어진 프라이머, 및 서열번호 33으로 이루어진 프로브;
(l) 서열번호 34로 이루어진 프라이머, 서열번호 35로 이루어진 프라이머, 및 서열번호 36으로 이루어진 프로브;
(m) 서열번호 37로 이루어진 프라이머, 서열번호 38로 이루어진 프라이머, 및 서열번호 39로 이루어진 프로브;
(n) 서열번호 40으로 이루어진 프라이머, 서열번호 41로 이루어진 프라이머, 및 서열번호 42로 이루어진 프로브; 및
(o) 서열번호 43으로 이루어진 프라이머, 서열번호 44로 이루어진 프라이머, 및 서열번호 45로 이루어진 프로브.The 5 'end of the probe is labeled with one fluorescent material selected from the group consisting of FAM, VIC, TET, JOE, HEX, TAMRA, CY3, CY5, ROX, RED610, TEXAS RED, RED670 and NED and the 3' end is MGBNFQ performing real-time PCR with a template extracted from rice using a marker combination composition consisting of (c), (g) and (i), labeled with a molecular grove binding non-fluorescencequencher;
The 5 'end of the probe is FAM, VIC, TET, JOE, HEX, TAMRA, CY3, CY5, ROX,
(A), (b) and (f) labeled with one fluorescent material selected from the group consisting of RED610, TEXAS RED, RED670 and NED and labeled with a molecular grove binding non-fluorescence quencher (MGBNFQ). Performing a real-time PCR with a template extracted from rice using a marker combination composition consisting of;
The 5 'end of the probe is labeled with one fluorescent material selected from the group consisting of FAM, VIC, TET, JOE, HEX, TAMRA, CY3, CY5, ROX, RED610, TEXAS RED, RED670 and NED and the 3' end is MGBNFQ performing real-time PCR with a template extracted from rice using a marker combination composition consisting of (d), (e) and (h), labeled with a molecular grove binding non-fluorescence quencher;
The 5 'end of the probe is labeled with one fluorescent material selected from the group consisting of FAM, VIC, TET, JOE, HEX, TAMRA, CY3, CY5, ROX, RED610, TEXAS RED, RED670 and NED and the 3' end is MGBNFQ performing real-time PCR with a template extracted from rice using a marker combination composition consisting of (j), (k) and (l), labeled with a molecular grove binding non-fluorescence quencher;
The 5 'end of the probe is labeled with one fluorescent material selected from the group consisting of FAM, VIC, TET, JOE, HEX, TAMRA, CY3, CY5, ROX, RED610, TEXAS RED, RED670 and NED and the 3' end is MGBNFQ performing real-time PCR with a template extracted from rice using a marker combination composition consisting of (m), (n) and (o), labeled with a molecular grove binding non-fluorescence quencher;
By detecting the peak of the fluorescent material implemented by the real-time PCR results, to identify each rice variety
Checking whether the PCR is amplified by a set of markers; And
Identifying a variety of rice according to whether the PCR amplification
Rice variety identification method using a set of identification markers for a plurality of rice varieties, including:
(a) a primer consisting of SEQ ID NO: 1, a primer consisting of SEQ ID NO: 2, and a probe consisting of SEQ ID NO: 3;
(b) a primer consisting of SEQ ID NO: 4, a primer consisting of SEQ ID NO: 5, and a probe consisting of SEQ ID NO: 6;
(c) a primer consisting of SEQ ID NO: 7, a primer consisting of SEQ ID NO: 8, and a probe consisting of SEQ ID NO: 9;
(d) a primer consisting of SEQ ID NO: 10, a primer consisting of SEQ ID NO: 11, and a probe consisting of SEQ ID NO: 12;
(e) a primer consisting of SEQ ID NO: 13, a primer consisting of SEQ ID NO: 14, and a probe consisting of SEQ ID NO: 15;
(f) a primer consisting of SEQ ID NO: 16, a primer consisting of SEQ ID NO: 17, and a probe consisting of SEQ ID NO: 18;
(g) a primer consisting of SEQ ID NO: 19, a primer consisting of SEQ ID NO: 20, and a probe consisting of SEQ ID NO: 21;
(h) a primer consisting of SEQ ID NO: 22, a primer consisting of SEQ ID NO: 23, and a probe consisting of SEQ ID NO: 24;
(i) a primer consisting of SEQ ID NO: 25, a primer consisting of SEQ ID NO: 26, and a probe consisting of SEQ ID NO: 27;
(j) a primer consisting of SEQ ID NO: 28, a primer consisting of SEQ ID NO: 29, and a probe consisting of SEQ ID NO: 30;
(k) a primer consisting of SEQ ID NO: 31, a primer consisting of SEQ ID NO: 32, and a probe consisting of SEQ ID NO: 33;
(l) a primer consisting of SEQ ID NO: 34, a primer consisting of SEQ ID NO: 35, and a probe consisting of SEQ ID NO: 36;
(m) a primer consisting of SEQ ID NO: 37, a primer consisting of SEQ ID NO: 38, and a probe consisting of SEQ ID NO: 39;
(n) a primer consisting of SEQ ID NO: 40, a primer consisting of SEQ ID NO: 41, and a probe consisting of SEQ ID NO: 42; And
(o) a primer consisting of SEQ ID NO: 43, a primer consisting of SEQ ID NO: 44, and a probe consisting of SEQ ID NO: 45.
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Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
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---|---|---|---|---|
KR20050024321A (en) * | 2002-06-10 | 2005-03-10 | 가부시키가이샤 쇼쿠부츠 게놈 센터 | Method of distinguishing rice varieties |
KR20070014875A (en) * | 2005-07-29 | 2007-02-01 | 대한민국(국립농산물품질관리원장) | The snp marker for discrimination of korean and foreign rice cultivar |
KR20090035303A (en) * | 2007-10-05 | 2009-04-09 | 대한민국(국립농산물품질관리원장) | Multiplex real time pcr method for discrimination of rice cultivar |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
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