JPWO2021243172A5 - - Google Patents
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Description
本開示は、ピコルナウイルスゲノムおよび異種ポリヌクレオチドを含む組換えRNAレプリコンを提供する。一部の実施形態では、異種ポリヌクレオチドが、2Aコード領域と2Bコード領域との間に挿入される。一部の実施形態では、異種ポリヌクレオチドが、5’UTRと2Aコード領域との間に挿入される。一部の実施形態では、異種ポリヌクレオチドが、3Dコード領域と3’UTRとの間に挿入される。一部の実施形態では、ピコルナウイルスが、セネカウイルス(senecavirus)、カルジオウイルス、およびエンテロウイルスから選択される。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
ピコルナウイルスゲノムであって、一つ以上のタンパク質コード領域に欠失または切断を含むピコルナウイルスゲノム、および
異種ポリヌクレオチドを含む、組換えRNAレプリコン。
(項目2)
前記ピコルナウイルスゲノムが、一つ以上のVPコード領域に前記欠失または前記切断を含む、項目1に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目3)
前記ピコルナウイルスゲノムが、VP1コード領域、VP3コード領域およびVP2コード領域のそれぞれに欠失または切断を含む、項目1または2に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目4)
前記ピコルナウイルスゲノムが、VP1コード領域およびVP3コード領域の欠失ならびにVP2コード領域の切断を含む、項目1~3のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目5)
前記ピコルナウイルスが、セネカウイルス(senecavirus)、カルジオウイルス、およびエンテロウイルスから選択される、項目1~4のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目6)
前記欠失または前記切断は、少なくとも500bp、少なくとも1000bp、少なくとも1500bp、少なくとも2000bp、少なくとも2500bp、または少なくとも3000bpを含む、項目1~5のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目7)
前記欠失または前記切断が、少なくとも2000bpを含む、項目6に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目8)
前記欠失の部位または前記切断の部位が、異種ポリヌクレオチドを含む、項目1~7のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目9)
前記異種ポリヌクレオチドが、2Aコード領域と2Bコード領域との間に挿入される、項目1~7のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目10)
前記異種ポリヌクレオチドが、3Dコード領域と3’非翻訳領域(UTR)との間に挿入される、項目1~7のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目11)
前記異種ポリヌクレオチドが、少なくとも1000bp、少なくとも2000bp、または少なくとも3000bpを含む、項目1~10のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目12)
前記ピコルナウイルスが、セネカバレーウイルス(SVV)である、項目1~11のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目13)
前記欠失または前記切断が、配列番号1の番号付けに従って、上限下限を含めて、1261位および3477位のヌクレオチドの間の一つ以上のヌクレオチドを含む、項目12に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目14)
前記欠失または前記切断が、配列番号1の番号付けに従って、上限下限を含めて、1261位から3477位のヌクレオチドを含む、項目12に記載の組換えRNAレプリコ
ン。
(項目15)
前記欠失または前記切断が、少なくとも500bp、少なくとも1000bp、少なくとも1500bp、または少なくとも2000bpを含む、項目12~13に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目16)
前記欠失または前記切断が、少なくとも2000bpを含む、項目15に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目17)
SVVゲノムが、5’リーダータンパク質コード配列を含む、項目12~16のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目18)
SVVゲノムが、VP4コード領域を含む、項目12~17のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目19)
SVVゲノムが、VP2コード領域またはその切断を含む、項目12~18のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目20)
SVVゲノムが、5’から3’方向に、5’リーダータンパク質コード配列、VP4コード領域、およびVP2コード領域またはその切断を含む、項目19に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目21)
5’リーダータンパク質コード配列、VP4コード領域、およびVP2コード領域またはその切断を含むSVVゲノムの部分が、配列番号1の1~1260位のヌクレオチドに対して少なくとも90%の配列同一性を有する、項目20に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目22)
SVVゲノムが、5’から3’方向に、5’リーダータンパク質コード配列、VP4コード領域、VP2コード領域またはその切断、および異種ポリヌクレオチドを含む、項目20または21に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目23)
SVVゲノムが、シス作用性複製エレメント(CRE)を含む、項目1~22のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目24)
CREが、10~200bpを含む、項目23に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目25)
CREが、配列番号1に従う1000位のヌクレオチドから1260位のヌクレオチドに対応する領域内に一つ以上のヌクレオチドを含む、項目23または24に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目26)
CREが、配列番号1に従う1117位のヌクレオチドから1260位のヌクレオチドに対応する領域内に一つ以上のヌクレオチドを含む、項目23または24に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目27)
CREが、配列番号149に対して、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有するポリヌクレオチド配列を含む、項目23~26のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目28)
SVVゲノムが、2Aコード領域をさらに含む、項目12~27のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目29)
2Aコード領域が、VP2コード領域またはその切断と異種ポリヌクレオチドとの間に位置している、項目28に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目30)
SVVゲノムが、2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、3Cproコード領域、および3D(RdRp)コード領域のうちの一つ以上を含む、項目12~29のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目31)
SVVゲノムが、2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、3Cproコード領域、および3D(RdRp)コード領域を含む、項目12~29のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目32)
SVVゲノムが、5’から3’方向に、2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、3Cproコード領域、および3D(RdRp)コード領域を含む、項目31に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目33)
2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、3Cproコード領域、および3D(RdRp)コード領域を含むSVVゲノムの部分が、配列番号1に従う3505位から7310位のヌクレオチドに対して少なくとも90%の配列同一性を有する、項目32に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目34)
SVVゲノムが、5’から3’方向に、異種ポリヌクレオチドと2Bコード領域を含む、項目30~33のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目35)
ピコルナウイルスが、コクサッキーウイルスである、項目1~11のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目36)
前記欠失または前記切断が、配列番号3の番号付けに従って、上限下限を含めて、717位から3332位のヌクレオチドの間の一つ以上のヌクレオチドを含む、項目35に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目37)
前記欠失または前記切断が、配列番号3の番号付けに従って、上限下限を含めて、717位から3332位のヌクレオチドを含む、項目35に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目38)
前記欠失または前記切断が、少なくとも500bp、少なくとも1000bp、少なくとも1500bp、少なくとも2000bp、または少なくとも2600bpを含む、項目35または36に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目39)
コクサッキーウイルスゲノムが、5’UTRを含む、項目35~38のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目40)
5’UTRを含むコクサッキーウイルスゲノムの部分が、配列番号4に対して少なくとも90%の配列同一性を有する、項目35~39のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目41)
コクサッキーウイルスゲノムが、2Aコード領域、2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、VPgコード領域、3Cコード領域、3D polコ
ード領域、および3’UTRのうちの一つ以上を含む、項目35~40のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目42)
コクサッキーウイルスゲノムが、2Aコード領域、2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、VPgコード領域、3Cコード領域、3D polコード領域、および3’UTRを含む、項目35~40のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目43)
コクサッキーウイルスゲノムが、5’から3’方向に、2Aコード領域、2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、VPgコード領域、3Cコード領域、3D polコード領域、および3’UTRを含む、項目42に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目44)
2Aコード領域、2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、VPgコード領域、3Cコード領域、3D polコード領域、および3’UTRを含むコクサッキーウイルスゲノムの部分が、配列番号3における3492位から7435位のヌクレオチドに対して少なくとも90%の配列同一性を有する、項目42に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目45)
コクサッキーウイルスゲノムが、5’から3’方向に、5’UTR、異種ポリヌクレオチドおよび2Aコード領域を含む、項目41~44のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目46)
ピコルナウイルスが、脳心筋炎ウイルス(EMCV)である、項目1~11のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目47)
組換えRNAレプリコンが、異種ポリヌクレオチドと2Bコード領域との間に挿入される内部リボソーム進入部位(IRES(internal ribosome entry site))を含む、項目9および11~46のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目48)
異種ポリヌクレオチドが、一つ以上のペイロード分子をコードする、項目1~47のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目49)
異種ポリヌクレオチドが、二つ以上のペイロード分子をコードする、項目1~47のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目50)
二つ以上のペイロード分子が、一つ以上の開裂ポリペプチドによって動作可能に連結される、項目49に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目51)
開裂ポリペプチドが、2Aファミリーの自己開裂ペプチド、3C開裂部位、フーリン部位、IGSF1ポリペプチド、またはHIVプロテアーゼ部位を含む、項目50に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目52)
開裂ポリペプチドが、IGSF1ポリペプチドを含み、また該IGSF1ポリペプチドが、配列番号75に対して少なくとも90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目51に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目53)
開裂ポリペプチドが、HIVプロテアーゼ部位を含む、項目51に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目54)
開裂ポリペプチドが、2Aファミリーの自己開裂ペプチドを含む、項目51に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目55)
開裂ポリペプチドが、フーリン部位を含む、項目50~54のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目56)
異種ポリヌクレオチドが、N末端からC末端の方向に、N’-ペイロード分子1-開裂ポリペプチド-ペイロード分子2-C’を含む二つ以上のペイロード分子と開裂ポリペプチドとを含むポリペプチドをコードするものである、項目50から55のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目57)
異種ポリヌクレオチドが、HIVプロテアーゼをコードするコード領域をさらに含み、また異種ポリヌクレオチドが、N末端からC末端の方向に、N’-ペイロード分子1-HIVプロテアーゼ部位-HIVプロテアーゼ-HIVプロテアーゼ部位-ペイロード分子2-C’を含むポリペプチドをコードするコード領域を含む、項目53に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目58)
異種ポリヌクレオチドが、第三のペイロード分子をコードするコード領域をさらに含み、また異種ポリヌクレオチドが、N末端からC末端の方向に、
N’-ペイロード分子1-HIVプロテアーゼ部位-HIVプロテアーゼ-HIVプロテアーゼ部位-ペイロード分子2-HIVプロテアーゼ部位-ペイロード分子3-C’を含むポリペプチドをコードするコード領域を含む、項目57に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目59)
当該コードされたポリペプチドのC末端に開裂ポリペプチドをさらに含む、項目56~58のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目60)
ペイロード分子が、蛍光タンパク質、酵素、サイトカイン、ケモカイン、抗原、細胞表面受容体に結合することができる抗原結合分子、および細胞表面受容体に対するリガンドから選択される、項目48~59のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目61)
前記ペイロード分子が、
a)IFNγ、GM-CSF、IL-2、IL-12、IL-15、IL-18、IL-23、およびIL-36γを含む一つ以上のサイトカイン、
b)CXCL10、CCL4、CCL5、およびCCL21を含む一つ以上のケモカイン、
c)抗-PD1-VHH-Fc抗体、抗-CD47-VHH-Fc抗体、および抗-TGFβ-VHH(またはscFv)-Fc抗体を含む一つ以上の抗体、
d)DLL3およびエフェクター細胞標的抗原と結合する二部位ポリペプチドと、FAPおよびエフェクター細胞標的抗原と結合する二部位ポリペプチドと、EpCAMおよびエフェクター細胞標的抗原と結合する二部位ポリペプチドとを含む、一つ以上の二部位ポリペプチド、
e)サバイビン、MAGEファミリータンパク質、および表6に記載のすべての抗原を含む一つ以上の腫瘍関連抗原、
f)一つ以上の腫瘍新生抗原、
g)MHC-ペプチド抗原複合体に結合する一つ以上の二部位ポリペプチド、
h)単純ヘルペスウイルス(HSV)UL27/糖タンパク質B/gB、HSV UL53/糖タンパク質K/gK、呼吸器合胞体ウイルス(RSV)Fタンパク質、FASTp15、VSV-G、シンシチン(syncitin)-1(ヒト内在性レトロウイルス
-W(HERV-W)由来)またはシンシチン-2(HERVFRDE1由来)、パラミクソウイルスSV5-F、はしかウイルス-H、はしかウイルス-F、および例えばテナガザル白血病ウイルス(GALV)、マウス白血病ウイルス(MLV)、メーソン-ファイザーモンキーウイルス(MPMV)およびウマ伝染性貧血ウイルス(EIAV)等であり、任意でR膜貫通ペプチドが除去されている(R-バージョン)、レトロウイルスまたはレンチウイルス由来の糖タンパク質を含む一つ以上の膜融合性タンパク質、
i)IL15R、PGDH、ADA、ADA2、HYAL1、HYAL2、CHIPS、MLKL(またはその4HBドメインのみ)、GSDMD(またはそのL192A変異体、またはそのアミノ酸1~233断片、またはL192A変異を有するそのアミノ酸1~233断片)、GSDME(またはそのアミノ酸1~237断片)、HMGB1(またはそのボックスBドメインのみ)、メリチン(例えば、アルファ-メリチン)、SMAC/Diablo(またはそのアミノ酸56~239断片)、ヘビLAAO、ヘビディスインテグリン、レプチン、FLT3L、TRAIL、ガスダーミンDまたはその切断、およびガスダーミンEまたはその切断、を含む一つ以上の他のペイロード分子、
j)デングウイルス、チクングニヤウイルス、ヒト結核菌、ヒト免疫不全ウイルス、SARS-CoV-2、コロナウイルス、B型肝炎ウイルス、トガウイルス科ウイルス、フラビウイルス科ウイルス、インフルエンザAウイルス、インフルエンザBウイルス、および動物ウイルス(veterinary virus)を含む、病原体由来の一つ以上の抗原、または
k)それらの任意の組み合わせ、から選択される、項目48から59のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目62)
二つ以上のペイロード分子が、蛍光タンパク質、酵素、サイトカイン、ケモカイン、細胞表面受容体に結合することができる抗原結合分子、および細胞表面受容体に対するリガンドからなる群から選択される、項目49~59のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目63)
異種ポリヌクレオチドが、
a.IL-2およびIL-36γ、
b.CXCL10ならびにFAPおよびCD3に結合する抗原結合分子、
c.IL-2ならびにDLL3およびCD3に結合する抗原結合分子、
d.IL-36γならびにDLL3およびCD3に結合する抗原結合分子、または
e.IL-2、IL-36γならびにDLL3およびCD3に結合する抗原結合分子、を含む二つ以上のペイロード分子をコードする、項目49から59のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目64)
一つ以上のmiRNA標的配列を含むマイクロRNA(miRNA)標的配列(miR-TS)カセットをさらに含む、項目1~63のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目65)
一つ以上のmiRNAは、miR-124、miR-1、miR-143、miR-128、miR-219、miR-219a、miR-122、miR-204、miR-217、miR-137、およびmiR-126を含む、項目64に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目66)
5’から3’方向に、プロモーター配列、5’結合部開裂配列、項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンをコードするポリヌクレオチド配列、および3’結合部開裂配列を含む、組換えDNA分子。
(項目67)
プロモーター配列が、T7プロモーター配列である、項目66に記載の組換えDNA
分子。
(項目68)
5’結合部開裂配列がリボザイム配列であり、また3’結合部開裂配列がリボザイム配列である、項目66または67に記載の組換えDNA分子。
(項目69)
5’リボザイム配列が、ハンマーヘッド型リボザイム配列であり、また3’リボザイム配列が、デルタ型肝炎ウイルスリボザイム配列である、項目68に記載の組換えDNA分子。
(項目70)
5’結合部開裂配列がリボザイム配列であり、また3’結合部開裂配列が制限酵素認識配列である、項目66または67に記載の組換えDNA分子。
(項目71)
5’リボザイム配列が、ハンマーヘッド型リボザイム配列、ピストル型リボザイム配列、または改変されたピストル型リボザイム配列である、項目70に記載の組換えDNA分子。
(項目72)
3’制限酵素認識配列が、タイプIIS制限酵素認識配列である、項目70または71に記載の組換えDNA分子。
(項目73)
タイプIIS認識配列が、SapI認識配列である、項目72に記載の組換えDNA分子。
(項目74)
5’結合部開裂配列がRNAseHプライマー結合配列であり、また3’結合部開裂配列が制限酵素認識配列である、項目66または67に記載の組換えDNA分子。
(項目75)
項目66~74のいずれか一項に記載のDNA分子のインビトロ転写、および結果として生じる組換えRNAレプリコンの精製を含む、項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンを産生する方法。
(項目76)
有効量の項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンおよび哺乳類対象への投与に適した担体を含む、組成物。
(項目77)
項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンを含む、ベクター。
(項目78)
ベクターがウイルスベクターである、項目77に記載のベクター。
(項目79)
ベクターが非ウイルスベクターである、項目77に記載のベクター。
(項目80)
項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンを含む、粒子。
(項目81)
当該粒子が、ナノ粒子、エクソソーム、リポソーム、およびリポプレックス(lipoplex)からなる群から選択される、項目80に記載の粒子。
(項目82)
ナノ粒子が、カチオン性脂質、一つ以上のヘルパー脂質、およびリン脂質-ポリマーコンジュゲートを含む脂質ナノ粒子(LNP)である、項目81に記載の粒子。
(項目83)
カチオン性脂質が、DLinDMA、DLin-KC2-DMA、DLin-MC3-DMA(MC3)、COATSOME(登録商標)SS-LC(旧名:SS-18/4PE-13)、COATSOME(登録商標)SS-EC(旧名:SS-33/4PE-15)、COATSOME(登録商標)SS-OC、COATSOME(登録商標)SS-
OP、ジ((Z)-ノン-2-エン-1-イル)9-((4-ジメチルアミノ)ブタノイル)オキシ)ヘプタデカンジオアート(L-319)、またはN-(2,3-ジオレオイルオキシ)プロピル)-N,N,N-トリメチルアンモニウムクロリド(DOTAP)から選択される、項目82に記載の粒子。
(項目84)
ヘルパー脂質が、1,2-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホコリン(DSPC)、1,2-ジラウロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン(DLPE)、1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホコリン(DOPC)、1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン(DOPE)、およびコレステロールから選択される、項目82または83に記載の粒子。
(項目85)
カチオン性脂質が、1,2-ジオレオイル-3-トリメチルアンモニウム-プロパン(DOTAP)であり、また中性脂質が、1,2-ジラウロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン(DLPE)または1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン(DOPE)である、項目82に記載の粒子。
(項目86)
PEG脂質が、1,2-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン-N-[アミノ(ポリエチレングリコール)](DSPE-PEG)、1,2-ジパルミトイル-rac-グリセロールメトキシポリエチレングリコール(DPG-PEG)、1,2-ジステアロイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン(DSG-PEG)、1,2-ジステアロイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン(DSG-PEG)、1,2-ジミリストイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン(DMG-PEG)、および1,2-ジミリストイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン(DMG-PEG)、または1,2-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン-N-[アミノ(ポリエチレングリコール)](DSPE-PEG-アミン)から選択される、項目82~85のいずれか一項に記載の粒子。
(項目87)
PEG脂質が、1,2-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン-N-[アミノ(ポリエチレングリコール)-5000](DSPE-PEG5K)、1,2-ジパルミトイル-rac-グリセロールメトキシポリエチレングリコール-2000(DPG-PEG2K)、1,2-ジステアロイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン-5000(DSG-PEG5K)、1,2-ジステアロイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン-2000(DSG-PEG2K)、1,2-ジミリストイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン-5000(DMG-PEG5K)、および1,2-ジミリストイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン-2000(DMG-PEG2K)から選択される、項目82~86のいずれか一項に記載の粒子。
(項目88)
カチオン性脂質が、COATSOME(登録商標)SS-OCを含むものであり、一つ以上のヘルパー脂質が、コレステロール(Chol)およびDSPCを含み、またリン脂質-ポリマーコンジュゲートが、DPG-PEG2000を含む、項目82に記載の粒子。
(項目89)
SS-OC:DSPC:Chol:DPG-PEG2Kの比(総脂質含量の百分率として)が、A:B:C:Dであり、式中、
a.A=40%~60%、B=10%~25%、C=20%~30%、およびD=0%~3%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
b.A=45%~50%、B=20%~25%、C=25%~30%、およびD=0%~1%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
c.A=40%~60%、B=10%~30%、C=20%~45%、およびD=0%~3%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
d.A=40%~60%、B=10%~30%、C=25%~45%、およびD=0%~3%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
e.A=45%~55%、B=10%~20%、C=30%~40%、およびD=1%~2%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
f.A=45%~50%、B=10%~15%、C=35%~40%、およびD=1%~2%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
g.A=45%~65%、B=5%~20%、C=20%~45%、およびD=0%~3%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
h.A=50%~60%、B=5%~15%、C=30%~45%、およびD=0%~3%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
i. A=55%~60%、B=5%~15%、C=30%~40%、およびD=1%~2%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
j.A=55%~60%、B=5%~10%、C=30%~35%、およびD=1%~2%であり、且つ、A+B+C+D=100%である、項目88に記載の粒子。
(項目90)
SS-OC:DSPC:Chol:DPG-PEG2Kの比(総脂質含量の百分率として)が、
a.約49:22:28.5:0.5、
b.約49:11:38.5:1.5、または
c.約58:7:33.5:1.5である、項目88に記載の粒子。
(項目91)
SS-OC:DSPC:Chol:DPG-PEG2Kの比(総脂質含量の百分率として)が、約49:22:28.5:0.5である、項目88に記載の粒子。
(項目92)
カチオン性脂質が、1,2-ジオレオイル-3-トリメチルアンモニウム-プロパン(DOTAP)であり、また中性脂質が、1,2-ジラウロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン(DLPE)または1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン(DOPE)である、項目82に記載の粒子。
(項目93)
PEG脂質であって、1,2-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン-ポリ(エチレングリコール)(DSPE-PEG)、または1,2-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン-N-[アミノ(ポリエチレングリコール)](DSPE-PEG-アミン)であるPEG脂質をさらに含む、項目82または92に記載の粒子。
(項目94)
腫瘍崩壊ウイルスをコードする第二の組換えRNA分子をさらに含む、項目80から93のいずれか一項に記載の粒子。
(項目95)
腫瘍崩壊ウイルスがピコルナウイルスである、項目94に記載の粒子。
(項目96)
ピコルナウイルスが、セネカウイルス(senecavirus)、カルジオウイルス、およびエンテロウイルスから選択される、項目95に記載の粒子。
(項目97)
ピコルナウイルスが、セネカバレーウイルス(SVV)である、項目95に記載の粒子。
(項目98)
ピコルナウイルスが、コクサッキーウイルスである、項目95に記載の粒子。
(項目99)
ピコルナウイルスが、脳心筋炎ウイルス(EMCV)である、項目95に記載の粒子。
(項目100)
項目82~99のいずれか一項に記載の複数の脂質ナノ粒子を含む、治療組成物。
(項目101)
複数のLNPが、約50nm~約120nmの平均サイズを有する、項目100に記載の治療組成物。
(項目102)
複数のLNPが、約100nmの平均サイズを有する、項目100に記載の治療組成物。
(項目103)
複数のLNPが、約20mV~約-20mV、約10mV~約-10mV、約5mV~約-5mV、または約20mV~約-40mV、-50mV~約-20mV、約-40mV~約-20mV、または約-30mV~約-20mVの平均ゼータ電位を有する、項目100~102のいずれか一項に記載の治療組成物。
(項目104)
複数のLNPが、約-30mV、約-31mV、約-32mV、約-33mV、約-34mV、約-35mV、約-36mV、約-37mV、約-38mV、約-39mV、または約-40mVの平均ゼータ電位を有する、項目103に記載の治療組成物。
(項目105)
がん細胞を死滅させる方法であって、項目80~97のいずれか一項に記載の粒子、項目77~79のいずれか一項に記載のベクター、項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン、またはその組成物に、がん細胞を曝露することを含む、方法。
(項目106)
当該方法が、インビボ、インビトロ、またはエクスビボで実施される、項目105に記載の方法。
(項目107)
対象においてがんを治療する方法であって、項目80~97のいずれか一項に記載の粒子、項目77~79のいずれか一項に記載のベクター、項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン、またはその組成物の有効量を、前記がんに罹患している前記対象に投与することを含む、方法。
(項目108)
粒子、組換え型RNAレプリコンまたはその組成物が、静脈内、鼻腔内、吸入剤として投与されるか、または腫瘍に直接注射される、項目107に記載の方法。
(項目109)
粒子、組換えRNAレプリコン、またはその組成物が、前記対象に繰り返し投与される、項目107または108に記載の方法。
(項目110)
前記対象が、マウス、ラット、ウサギ、ネコ、イヌ、ウマ、非ヒト霊長類、またはヒトである、項目107~109のいずれかに記載の方法。
(項目111)
前記がんが、肺がん、乳がん、卵巣がん、子宮頸がん、前立腺がん、精巣がん、結腸直腸がん、結腸がん、膵がん(例えば、去勢抵抗性神経内分泌前立腺がん)、肝がん、胃がん、頭頸部がん、甲状腺がん、悪性神経膠腫、膠芽腫、黒色腫、B細胞性慢性リンパ性白血病、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、肉腫、神経芽腫、神経内分泌がん、横紋筋肉腫、髄芽腫、膀胱がん、辺縁帯リンパ腫(MZL)、メルケル細胞がん、および腎細胞がんから選択される、項目107~110のいずれか一項に記載の方法。
(項目112)
a.前記肺がんが、小細胞肺がんまたは非小細胞肺がんであり、
b.肝がんが、肝細胞がん(HCC)であり、および/または
c.前立腺がんが、治療下で発現した神経内分泌前立腺がんである、項目111に記載の方法。
(項目113)
前記がんが、神経内分泌がんである、項目111に記載の方法。
(項目114)
疾患に対して対象を免疫化する方法であって、項目80~97のいずれか一項に記載の粒子、項目77~79のいずれか一項に記載のベクター、項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン、またはその組成物の有効量を、前記対象に投与することを含む、方法。
(項目115)
粒子、組換えRNAレプリコンまたはその組成物が、静脈内に、筋肉内に、皮内に、鼻腔内に、または吸入剤として投与される、項目114に記載の方法。
(項目116)
粒子、組換えRNAレプリコン、またはその組成物が、前記対象に繰り返し投与される、項目114または115に記載の方法。
(項目117)
前記疾患が、感染症である、項目114から116のいずれか一項に記載の方法。
(項目118)
当該感染症が、デングウイルス、チクングニヤウイルス、ヒト結核菌、ヒト免疫不全ウイルス、SARS-CoV-2、コロナウイルス、B型肝炎ウイルス、トガウイルス科ウイルス、フラビウイルス科ウイルス、インフルエンザAウイルス、インフルエンザBウイルス、および動物ウイルス(veterinary virus)を含む病原体のうちのひとつに起因する、項目117に記載の方法。
(項目119)
ピコルナウイルスゲノムおよび異種ポリヌクレオチドを含む、組換えRNAレプリコン。
(項目120)
前記異種ポリヌクレオチドが、2Aコード領域と2Bコード領域との間に挿入される、項目0に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目121)
異種ポリヌクレオチドが、5’UTRと2Aコード領域との間に挿入される、項目0
に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目122)
異種ポリヌクレオチドが、3Dコード領域と3’UTRとの間に挿入される、項目119に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目123)
前記ピコルナウイルスが、セネカウイルス、カルジオウイルス、およびエンテロウイルスから選択される、項目119~122のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
ピコルナウイルスゲノムであって、一つ以上のタンパク質コード領域に欠失または切断を含むピコルナウイルスゲノム、および
異種ポリヌクレオチドを含む、組換えRNAレプリコン。
(項目2)
前記ピコルナウイルスゲノムが、一つ以上のVPコード領域に前記欠失または前記切断を含む、項目1に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目3)
前記ピコルナウイルスゲノムが、VP1コード領域、VP3コード領域およびVP2コード領域のそれぞれに欠失または切断を含む、項目1または2に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目4)
前記ピコルナウイルスゲノムが、VP1コード領域およびVP3コード領域の欠失ならびにVP2コード領域の切断を含む、項目1~3のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目5)
前記ピコルナウイルスが、セネカウイルス(senecavirus)、カルジオウイルス、およびエンテロウイルスから選択される、項目1~4のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目6)
前記欠失または前記切断は、少なくとも500bp、少なくとも1000bp、少なくとも1500bp、少なくとも2000bp、少なくとも2500bp、または少なくとも3000bpを含む、項目1~5のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目7)
前記欠失または前記切断が、少なくとも2000bpを含む、項目6に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目8)
前記欠失の部位または前記切断の部位が、異種ポリヌクレオチドを含む、項目1~7のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目9)
前記異種ポリヌクレオチドが、2Aコード領域と2Bコード領域との間に挿入される、項目1~7のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目10)
前記異種ポリヌクレオチドが、3Dコード領域と3’非翻訳領域(UTR)との間に挿入される、項目1~7のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目11)
前記異種ポリヌクレオチドが、少なくとも1000bp、少なくとも2000bp、または少なくとも3000bpを含む、項目1~10のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目12)
前記ピコルナウイルスが、セネカバレーウイルス(SVV)である、項目1~11のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目13)
前記欠失または前記切断が、配列番号1の番号付けに従って、上限下限を含めて、1261位および3477位のヌクレオチドの間の一つ以上のヌクレオチドを含む、項目12に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目14)
前記欠失または前記切断が、配列番号1の番号付けに従って、上限下限を含めて、1261位から3477位のヌクレオチドを含む、項目12に記載の組換えRNAレプリコ
ン。
(項目15)
前記欠失または前記切断が、少なくとも500bp、少なくとも1000bp、少なくとも1500bp、または少なくとも2000bpを含む、項目12~13に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目16)
前記欠失または前記切断が、少なくとも2000bpを含む、項目15に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目17)
SVVゲノムが、5’リーダータンパク質コード配列を含む、項目12~16のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目18)
SVVゲノムが、VP4コード領域を含む、項目12~17のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目19)
SVVゲノムが、VP2コード領域またはその切断を含む、項目12~18のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目20)
SVVゲノムが、5’から3’方向に、5’リーダータンパク質コード配列、VP4コード領域、およびVP2コード領域またはその切断を含む、項目19に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目21)
5’リーダータンパク質コード配列、VP4コード領域、およびVP2コード領域またはその切断を含むSVVゲノムの部分が、配列番号1の1~1260位のヌクレオチドに対して少なくとも90%の配列同一性を有する、項目20に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目22)
SVVゲノムが、5’から3’方向に、5’リーダータンパク質コード配列、VP4コード領域、VP2コード領域またはその切断、および異種ポリヌクレオチドを含む、項目20または21に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目23)
SVVゲノムが、シス作用性複製エレメント(CRE)を含む、項目1~22のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目24)
CREが、10~200bpを含む、項目23に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目25)
CREが、配列番号1に従う1000位のヌクレオチドから1260位のヌクレオチドに対応する領域内に一つ以上のヌクレオチドを含む、項目23または24に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目26)
CREが、配列番号1に従う1117位のヌクレオチドから1260位のヌクレオチドに対応する領域内に一つ以上のヌクレオチドを含む、項目23または24に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目27)
CREが、配列番号149に対して、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有するポリヌクレオチド配列を含む、項目23~26のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目28)
SVVゲノムが、2Aコード領域をさらに含む、項目12~27のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目29)
2Aコード領域が、VP2コード領域またはその切断と異種ポリヌクレオチドとの間に位置している、項目28に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目30)
SVVゲノムが、2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、3Cproコード領域、および3D(RdRp)コード領域のうちの一つ以上を含む、項目12~29のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目31)
SVVゲノムが、2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、3Cproコード領域、および3D(RdRp)コード領域を含む、項目12~29のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目32)
SVVゲノムが、5’から3’方向に、2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、3Cproコード領域、および3D(RdRp)コード領域を含む、項目31に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目33)
2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、3Cproコード領域、および3D(RdRp)コード領域を含むSVVゲノムの部分が、配列番号1に従う3505位から7310位のヌクレオチドに対して少なくとも90%の配列同一性を有する、項目32に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目34)
SVVゲノムが、5’から3’方向に、異種ポリヌクレオチドと2Bコード領域を含む、項目30~33のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目35)
ピコルナウイルスが、コクサッキーウイルスである、項目1~11のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目36)
前記欠失または前記切断が、配列番号3の番号付けに従って、上限下限を含めて、717位から3332位のヌクレオチドの間の一つ以上のヌクレオチドを含む、項目35に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目37)
前記欠失または前記切断が、配列番号3の番号付けに従って、上限下限を含めて、717位から3332位のヌクレオチドを含む、項目35に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目38)
前記欠失または前記切断が、少なくとも500bp、少なくとも1000bp、少なくとも1500bp、少なくとも2000bp、または少なくとも2600bpを含む、項目35または36に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目39)
コクサッキーウイルスゲノムが、5’UTRを含む、項目35~38のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目40)
5’UTRを含むコクサッキーウイルスゲノムの部分が、配列番号4に対して少なくとも90%の配列同一性を有する、項目35~39のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目41)
コクサッキーウイルスゲノムが、2Aコード領域、2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、VPgコード領域、3Cコード領域、3D polコ
ード領域、および3’UTRのうちの一つ以上を含む、項目35~40のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目42)
コクサッキーウイルスゲノムが、2Aコード領域、2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、VPgコード領域、3Cコード領域、3D polコード領域、および3’UTRを含む、項目35~40のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目43)
コクサッキーウイルスゲノムが、5’から3’方向に、2Aコード領域、2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、VPgコード領域、3Cコード領域、3D polコード領域、および3’UTRを含む、項目42に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目44)
2Aコード領域、2Bコード領域、2Cコード領域、3Aコード領域、3Bコード領域、VPgコード領域、3Cコード領域、3D polコード領域、および3’UTRを含むコクサッキーウイルスゲノムの部分が、配列番号3における3492位から7435位のヌクレオチドに対して少なくとも90%の配列同一性を有する、項目42に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目45)
コクサッキーウイルスゲノムが、5’から3’方向に、5’UTR、異種ポリヌクレオチドおよび2Aコード領域を含む、項目41~44のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目46)
ピコルナウイルスが、脳心筋炎ウイルス(EMCV)である、項目1~11のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目47)
組換えRNAレプリコンが、異種ポリヌクレオチドと2Bコード領域との間に挿入される内部リボソーム進入部位(IRES(internal ribosome entry site))を含む、項目9および11~46のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目48)
異種ポリヌクレオチドが、一つ以上のペイロード分子をコードする、項目1~47のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目49)
異種ポリヌクレオチドが、二つ以上のペイロード分子をコードする、項目1~47のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目50)
二つ以上のペイロード分子が、一つ以上の開裂ポリペプチドによって動作可能に連結される、項目49に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目51)
開裂ポリペプチドが、2Aファミリーの自己開裂ペプチド、3C開裂部位、フーリン部位、IGSF1ポリペプチド、またはHIVプロテアーゼ部位を含む、項目50に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目52)
開裂ポリペプチドが、IGSF1ポリペプチドを含み、また該IGSF1ポリペプチドが、配列番号75に対して少なくとも90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目51に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目53)
開裂ポリペプチドが、HIVプロテアーゼ部位を含む、項目51に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目54)
開裂ポリペプチドが、2Aファミリーの自己開裂ペプチドを含む、項目51に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目55)
開裂ポリペプチドが、フーリン部位を含む、項目50~54のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目56)
異種ポリヌクレオチドが、N末端からC末端の方向に、N’-ペイロード分子1-開裂ポリペプチド-ペイロード分子2-C’を含む二つ以上のペイロード分子と開裂ポリペプチドとを含むポリペプチドをコードするものである、項目50から55のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目57)
異種ポリヌクレオチドが、HIVプロテアーゼをコードするコード領域をさらに含み、また異種ポリヌクレオチドが、N末端からC末端の方向に、N’-ペイロード分子1-HIVプロテアーゼ部位-HIVプロテアーゼ-HIVプロテアーゼ部位-ペイロード分子2-C’を含むポリペプチドをコードするコード領域を含む、項目53に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目58)
異種ポリヌクレオチドが、第三のペイロード分子をコードするコード領域をさらに含み、また異種ポリヌクレオチドが、N末端からC末端の方向に、
N’-ペイロード分子1-HIVプロテアーゼ部位-HIVプロテアーゼ-HIVプロテアーゼ部位-ペイロード分子2-HIVプロテアーゼ部位-ペイロード分子3-C’を含むポリペプチドをコードするコード領域を含む、項目57に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目59)
当該コードされたポリペプチドのC末端に開裂ポリペプチドをさらに含む、項目56~58のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目60)
ペイロード分子が、蛍光タンパク質、酵素、サイトカイン、ケモカイン、抗原、細胞表面受容体に結合することができる抗原結合分子、および細胞表面受容体に対するリガンドから選択される、項目48~59のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目61)
前記ペイロード分子が、
a)IFNγ、GM-CSF、IL-2、IL-12、IL-15、IL-18、IL-23、およびIL-36γを含む一つ以上のサイトカイン、
b)CXCL10、CCL4、CCL5、およびCCL21を含む一つ以上のケモカイン、
c)抗-PD1-VHH-Fc抗体、抗-CD47-VHH-Fc抗体、および抗-TGFβ-VHH(またはscFv)-Fc抗体を含む一つ以上の抗体、
d)DLL3およびエフェクター細胞標的抗原と結合する二部位ポリペプチドと、FAPおよびエフェクター細胞標的抗原と結合する二部位ポリペプチドと、EpCAMおよびエフェクター細胞標的抗原と結合する二部位ポリペプチドとを含む、一つ以上の二部位ポリペプチド、
e)サバイビン、MAGEファミリータンパク質、および表6に記載のすべての抗原を含む一つ以上の腫瘍関連抗原、
f)一つ以上の腫瘍新生抗原、
g)MHC-ペプチド抗原複合体に結合する一つ以上の二部位ポリペプチド、
h)単純ヘルペスウイルス(HSV)UL27/糖タンパク質B/gB、HSV UL53/糖タンパク質K/gK、呼吸器合胞体ウイルス(RSV)Fタンパク質、FASTp15、VSV-G、シンシチン(syncitin)-1(ヒト内在性レトロウイルス
-W(HERV-W)由来)またはシンシチン-2(HERVFRDE1由来)、パラミクソウイルスSV5-F、はしかウイルス-H、はしかウイルス-F、および例えばテナガザル白血病ウイルス(GALV)、マウス白血病ウイルス(MLV)、メーソン-ファイザーモンキーウイルス(MPMV)およびウマ伝染性貧血ウイルス(EIAV)等であり、任意でR膜貫通ペプチドが除去されている(R-バージョン)、レトロウイルスまたはレンチウイルス由来の糖タンパク質を含む一つ以上の膜融合性タンパク質、
i)IL15R、PGDH、ADA、ADA2、HYAL1、HYAL2、CHIPS、MLKL(またはその4HBドメインのみ)、GSDMD(またはそのL192A変異体、またはそのアミノ酸1~233断片、またはL192A変異を有するそのアミノ酸1~233断片)、GSDME(またはそのアミノ酸1~237断片)、HMGB1(またはそのボックスBドメインのみ)、メリチン(例えば、アルファ-メリチン)、SMAC/Diablo(またはそのアミノ酸56~239断片)、ヘビLAAO、ヘビディスインテグリン、レプチン、FLT3L、TRAIL、ガスダーミンDまたはその切断、およびガスダーミンEまたはその切断、を含む一つ以上の他のペイロード分子、
j)デングウイルス、チクングニヤウイルス、ヒト結核菌、ヒト免疫不全ウイルス、SARS-CoV-2、コロナウイルス、B型肝炎ウイルス、トガウイルス科ウイルス、フラビウイルス科ウイルス、インフルエンザAウイルス、インフルエンザBウイルス、および動物ウイルス(veterinary virus)を含む、病原体由来の一つ以上の抗原、または
k)それらの任意の組み合わせ、から選択される、項目48から59のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目62)
二つ以上のペイロード分子が、蛍光タンパク質、酵素、サイトカイン、ケモカイン、細胞表面受容体に結合することができる抗原結合分子、および細胞表面受容体に対するリガンドからなる群から選択される、項目49~59のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目63)
異種ポリヌクレオチドが、
a.IL-2およびIL-36γ、
b.CXCL10ならびにFAPおよびCD3に結合する抗原結合分子、
c.IL-2ならびにDLL3およびCD3に結合する抗原結合分子、
d.IL-36γならびにDLL3およびCD3に結合する抗原結合分子、または
e.IL-2、IL-36γならびにDLL3およびCD3に結合する抗原結合分子、を含む二つ以上のペイロード分子をコードする、項目49から59のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目64)
一つ以上のmiRNA標的配列を含むマイクロRNA(miRNA)標的配列(miR-TS)カセットをさらに含む、項目1~63のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目65)
一つ以上のmiRNAは、miR-124、miR-1、miR-143、miR-128、miR-219、miR-219a、miR-122、miR-204、miR-217、miR-137、およびmiR-126を含む、項目64に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目66)
5’から3’方向に、プロモーター配列、5’結合部開裂配列、項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンをコードするポリヌクレオチド配列、および3’結合部開裂配列を含む、組換えDNA分子。
(項目67)
プロモーター配列が、T7プロモーター配列である、項目66に記載の組換えDNA
分子。
(項目68)
5’結合部開裂配列がリボザイム配列であり、また3’結合部開裂配列がリボザイム配列である、項目66または67に記載の組換えDNA分子。
(項目69)
5’リボザイム配列が、ハンマーヘッド型リボザイム配列であり、また3’リボザイム配列が、デルタ型肝炎ウイルスリボザイム配列である、項目68に記載の組換えDNA分子。
(項目70)
5’結合部開裂配列がリボザイム配列であり、また3’結合部開裂配列が制限酵素認識配列である、項目66または67に記載の組換えDNA分子。
(項目71)
5’リボザイム配列が、ハンマーヘッド型リボザイム配列、ピストル型リボザイム配列、または改変されたピストル型リボザイム配列である、項目70に記載の組換えDNA分子。
(項目72)
3’制限酵素認識配列が、タイプIIS制限酵素認識配列である、項目70または71に記載の組換えDNA分子。
(項目73)
タイプIIS認識配列が、SapI認識配列である、項目72に記載の組換えDNA分子。
(項目74)
5’結合部開裂配列がRNAseHプライマー結合配列であり、また3’結合部開裂配列が制限酵素認識配列である、項目66または67に記載の組換えDNA分子。
(項目75)
項目66~74のいずれか一項に記載のDNA分子のインビトロ転写、および結果として生じる組換えRNAレプリコンの精製を含む、項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンを産生する方法。
(項目76)
有効量の項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンおよび哺乳類対象への投与に適した担体を含む、組成物。
(項目77)
項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンを含む、ベクター。
(項目78)
ベクターがウイルスベクターである、項目77に記載のベクター。
(項目79)
ベクターが非ウイルスベクターである、項目77に記載のベクター。
(項目80)
項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンを含む、粒子。
(項目81)
当該粒子が、ナノ粒子、エクソソーム、リポソーム、およびリポプレックス(lipoplex)からなる群から選択される、項目80に記載の粒子。
(項目82)
ナノ粒子が、カチオン性脂質、一つ以上のヘルパー脂質、およびリン脂質-ポリマーコンジュゲートを含む脂質ナノ粒子(LNP)である、項目81に記載の粒子。
(項目83)
カチオン性脂質が、DLinDMA、DLin-KC2-DMA、DLin-MC3-DMA(MC3)、COATSOME(登録商標)SS-LC(旧名:SS-18/4PE-13)、COATSOME(登録商標)SS-EC(旧名:SS-33/4PE-15)、COATSOME(登録商標)SS-OC、COATSOME(登録商標)SS-
OP、ジ((Z)-ノン-2-エン-1-イル)9-((4-ジメチルアミノ)ブタノイル)オキシ)ヘプタデカンジオアート(L-319)、またはN-(2,3-ジオレオイルオキシ)プロピル)-N,N,N-トリメチルアンモニウムクロリド(DOTAP)から選択される、項目82に記載の粒子。
(項目84)
ヘルパー脂質が、1,2-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホコリン(DSPC)、1,2-ジラウロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン(DLPE)、1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホコリン(DOPC)、1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン(DOPE)、およびコレステロールから選択される、項目82または83に記載の粒子。
(項目85)
カチオン性脂質が、1,2-ジオレオイル-3-トリメチルアンモニウム-プロパン(DOTAP)であり、また中性脂質が、1,2-ジラウロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン(DLPE)または1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン(DOPE)である、項目82に記載の粒子。
(項目86)
PEG脂質が、1,2-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン-N-[アミノ(ポリエチレングリコール)](DSPE-PEG)、1,2-ジパルミトイル-rac-グリセロールメトキシポリエチレングリコール(DPG-PEG)、1,2-ジステアロイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン(DSG-PEG)、1,2-ジステアロイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン(DSG-PEG)、1,2-ジミリストイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン(DMG-PEG)、および1,2-ジミリストイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン(DMG-PEG)、または1,2-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン-N-[アミノ(ポリエチレングリコール)](DSPE-PEG-アミン)から選択される、項目82~85のいずれか一項に記載の粒子。
(項目87)
PEG脂質が、1,2-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン-N-[アミノ(ポリエチレングリコール)-5000](DSPE-PEG5K)、1,2-ジパルミトイル-rac-グリセロールメトキシポリエチレングリコール-2000(DPG-PEG2K)、1,2-ジステアロイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン-5000(DSG-PEG5K)、1,2-ジステアロイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン-2000(DSG-PEG2K)、1,2-ジミリストイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン-5000(DMG-PEG5K)、および1,2-ジミリストイル-rac-グリセロ-3-メチルポリオキシエチレン-2000(DMG-PEG2K)から選択される、項目82~86のいずれか一項に記載の粒子。
(項目88)
カチオン性脂質が、COATSOME(登録商標)SS-OCを含むものであり、一つ以上のヘルパー脂質が、コレステロール(Chol)およびDSPCを含み、またリン脂質-ポリマーコンジュゲートが、DPG-PEG2000を含む、項目82に記載の粒子。
(項目89)
SS-OC:DSPC:Chol:DPG-PEG2Kの比(総脂質含量の百分率として)が、A:B:C:Dであり、式中、
a.A=40%~60%、B=10%~25%、C=20%~30%、およびD=0%~3%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
b.A=45%~50%、B=20%~25%、C=25%~30%、およびD=0%~1%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
c.A=40%~60%、B=10%~30%、C=20%~45%、およびD=0%~3%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
d.A=40%~60%、B=10%~30%、C=25%~45%、およびD=0%~3%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
e.A=45%~55%、B=10%~20%、C=30%~40%、およびD=1%~2%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
f.A=45%~50%、B=10%~15%、C=35%~40%、およびD=1%~2%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
g.A=45%~65%、B=5%~20%、C=20%~45%、およびD=0%~3%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
h.A=50%~60%、B=5%~15%、C=30%~45%、およびD=0%~3%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
i. A=55%~60%、B=5%~15%、C=30%~40%、およびD=1%~2%であり、且つ、A+B+C+D=100%、
j.A=55%~60%、B=5%~10%、C=30%~35%、およびD=1%~2%であり、且つ、A+B+C+D=100%である、項目88に記載の粒子。
(項目90)
SS-OC:DSPC:Chol:DPG-PEG2Kの比(総脂質含量の百分率として)が、
a.約49:22:28.5:0.5、
b.約49:11:38.5:1.5、または
c.約58:7:33.5:1.5である、項目88に記載の粒子。
(項目91)
SS-OC:DSPC:Chol:DPG-PEG2Kの比(総脂質含量の百分率として)が、約49:22:28.5:0.5である、項目88に記載の粒子。
(項目92)
カチオン性脂質が、1,2-ジオレオイル-3-トリメチルアンモニウム-プロパン(DOTAP)であり、また中性脂質が、1,2-ジラウロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン(DLPE)または1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン(DOPE)である、項目82に記載の粒子。
(項目93)
PEG脂質であって、1,2-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン-ポリ(エチレングリコール)(DSPE-PEG)、または1,2-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン-N-[アミノ(ポリエチレングリコール)](DSPE-PEG-アミン)であるPEG脂質をさらに含む、項目82または92に記載の粒子。
(項目94)
腫瘍崩壊ウイルスをコードする第二の組換えRNA分子をさらに含む、項目80から93のいずれか一項に記載の粒子。
(項目95)
腫瘍崩壊ウイルスがピコルナウイルスである、項目94に記載の粒子。
(項目96)
ピコルナウイルスが、セネカウイルス(senecavirus)、カルジオウイルス、およびエンテロウイルスから選択される、項目95に記載の粒子。
(項目97)
ピコルナウイルスが、セネカバレーウイルス(SVV)である、項目95に記載の粒子。
(項目98)
ピコルナウイルスが、コクサッキーウイルスである、項目95に記載の粒子。
(項目99)
ピコルナウイルスが、脳心筋炎ウイルス(EMCV)である、項目95に記載の粒子。
(項目100)
項目82~99のいずれか一項に記載の複数の脂質ナノ粒子を含む、治療組成物。
(項目101)
複数のLNPが、約50nm~約120nmの平均サイズを有する、項目100に記載の治療組成物。
(項目102)
複数のLNPが、約100nmの平均サイズを有する、項目100に記載の治療組成物。
(項目103)
複数のLNPが、約20mV~約-20mV、約10mV~約-10mV、約5mV~約-5mV、または約20mV~約-40mV、-50mV~約-20mV、約-40mV~約-20mV、または約-30mV~約-20mVの平均ゼータ電位を有する、項目100~102のいずれか一項に記載の治療組成物。
(項目104)
複数のLNPが、約-30mV、約-31mV、約-32mV、約-33mV、約-34mV、約-35mV、約-36mV、約-37mV、約-38mV、約-39mV、または約-40mVの平均ゼータ電位を有する、項目103に記載の治療組成物。
(項目105)
がん細胞を死滅させる方法であって、項目80~97のいずれか一項に記載の粒子、項目77~79のいずれか一項に記載のベクター、項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン、またはその組成物に、がん細胞を曝露することを含む、方法。
(項目106)
当該方法が、インビボ、インビトロ、またはエクスビボで実施される、項目105に記載の方法。
(項目107)
対象においてがんを治療する方法であって、項目80~97のいずれか一項に記載の粒子、項目77~79のいずれか一項に記載のベクター、項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン、またはその組成物の有効量を、前記がんに罹患している前記対象に投与することを含む、方法。
(項目108)
粒子、組換え型RNAレプリコンまたはその組成物が、静脈内、鼻腔内、吸入剤として投与されるか、または腫瘍に直接注射される、項目107に記載の方法。
(項目109)
粒子、組換えRNAレプリコン、またはその組成物が、前記対象に繰り返し投与される、項目107または108に記載の方法。
(項目110)
前記対象が、マウス、ラット、ウサギ、ネコ、イヌ、ウマ、非ヒト霊長類、またはヒトである、項目107~109のいずれかに記載の方法。
(項目111)
前記がんが、肺がん、乳がん、卵巣がん、子宮頸がん、前立腺がん、精巣がん、結腸直腸がん、結腸がん、膵がん(例えば、去勢抵抗性神経内分泌前立腺がん)、肝がん、胃がん、頭頸部がん、甲状腺がん、悪性神経膠腫、膠芽腫、黒色腫、B細胞性慢性リンパ性白血病、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、肉腫、神経芽腫、神経内分泌がん、横紋筋肉腫、髄芽腫、膀胱がん、辺縁帯リンパ腫(MZL)、メルケル細胞がん、および腎細胞がんから選択される、項目107~110のいずれか一項に記載の方法。
(項目112)
a.前記肺がんが、小細胞肺がんまたは非小細胞肺がんであり、
b.肝がんが、肝細胞がん(HCC)であり、および/または
c.前立腺がんが、治療下で発現した神経内分泌前立腺がんである、項目111に記載の方法。
(項目113)
前記がんが、神経内分泌がんである、項目111に記載の方法。
(項目114)
疾患に対して対象を免疫化する方法であって、項目80~97のいずれか一項に記載の粒子、項目77~79のいずれか一項に記載のベクター、項目1~65のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン、またはその組成物の有効量を、前記対象に投与することを含む、方法。
(項目115)
粒子、組換えRNAレプリコンまたはその組成物が、静脈内に、筋肉内に、皮内に、鼻腔内に、または吸入剤として投与される、項目114に記載の方法。
(項目116)
粒子、組換えRNAレプリコン、またはその組成物が、前記対象に繰り返し投与される、項目114または115に記載の方法。
(項目117)
前記疾患が、感染症である、項目114から116のいずれか一項に記載の方法。
(項目118)
当該感染症が、デングウイルス、チクングニヤウイルス、ヒト結核菌、ヒト免疫不全ウイルス、SARS-CoV-2、コロナウイルス、B型肝炎ウイルス、トガウイルス科ウイルス、フラビウイルス科ウイルス、インフルエンザAウイルス、インフルエンザBウイルス、および動物ウイルス(veterinary virus)を含む病原体のうちのひとつに起因する、項目117に記載の方法。
(項目119)
ピコルナウイルスゲノムおよび異種ポリヌクレオチドを含む、組換えRNAレプリコン。
(項目120)
前記異種ポリヌクレオチドが、2Aコード領域と2Bコード領域との間に挿入される、項目0に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目121)
異種ポリヌクレオチドが、5’UTRと2Aコード領域との間に挿入される、項目0
に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目122)
異種ポリヌクレオチドが、3Dコード領域と3’UTRとの間に挿入される、項目119に記載の組換えRNAレプリコン。
(項目123)
前記ピコルナウイルスが、セネカウイルス、カルジオウイルス、およびエンテロウイルスから選択される、項目119~122のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
Claims (35)
- ピコルナウイルスゲノムであって、一つ以上のタンパク質コード領域に欠失または切断を含むピコルナウイルスゲノム、および
異種ポリヌクレオチドを含む、組換えRNAレプリコン。 - 前記ピコルナウイルスゲノムが、一つ以上のVPコード領域に前記欠失または前記切断を含む、請求項1に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記ピコルナウイルスゲノムが、VP1コード領域、VP3コード領域およびVP2コード領域のそれぞれに欠失または切断を含む、請求項1または2に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記ピコルナウイルスゲノムが、VP1コード領域およびVP3コード領域の欠失ならびにVP2コード領域の切断を含む、請求項1~3のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記ピコルナウイルスが、セネカウイルス(senecavirus)、カルジオウイルス、およびエンテロウイルスから選択される、請求項1~4のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記欠失または前記切断は、少なくとも500bp、少なくとも1000bp、少なくとも1500bp、少なくとも2000bp、少なくとも2500bp、または少なくとも3000bpを含む、請求項1~5のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記異種ポリヌクレオチドが、2Aコード領域と2Bコード領域との間または3Dコード領域と3’非翻訳領域(UTR)との間に挿入される、請求項1~6のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記ピコルナウイルスが、セネカバレーウイルス(SVV)である、請求項1~7のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記欠失または前記切断が、配列番号1の番号付けに従って、上限下限を含めて、1261位および3477位のヌクレオチドの間の一つ以上のヌクレオチドを含む、請求項8に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記欠失または前記切断が、少なくとも500bp、少なくとも1000bp、少なくとも1500bp、または少なくとも2000bpを含む、請求項9に記載の組換えRNAレプリコン。
- SVVゲノムが、シス作用性複製エレメント(CRE)を含み、前記CREが、配列番号1に従う1117位のヌクレオチドから1260位のヌクレオチドに対応する領域内に一つ以上のヌクレオチドを含む、請求項8~10のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記CREが、配列番号149に対して、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有するポリヌクレオチド配列を含む、請求項11に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記ピコルナウイルスが、コクサッキーウイルスである、請求項1~7のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記欠失または前記切断が、配列番号3の番号付けに従って、上限下限を含めて、717位から3332位のヌクレオチドの間の一つ以上のヌクレオチドを含む、請求項13に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記欠失または前記切断が、少なくとも500bp、少なくとも1000bp、少なくとも1500bp、少なくとも2000bp、または少なくとも2600bpを含む、請求項14に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記異種ポリヌクレオチドが、一つ以上のペイロード分子をコードする、請求項1~15のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記異種ポリヌクレオチドが、二つ以上のペイロード分子をコードし、前記二つ以上のペイロード分子が、一つ以上の開裂ポリペプチドによって動作可能に連結される、請求項1~15のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記開裂ポリペプチドが、2Aファミリーの自己開裂ペプチド、3C開裂部位、フーリン部位、IGSF1ポリペプチド、またはHIVプロテアーゼ部位を含む、請求項17に記載の組換えRNAレプリコン。
- 前記一つ以上のペイロード分子が、抗原である、請求項16~18のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン。
- 5’から3’方向に、プロモーター配列、5’結合部開裂配列、請求項1~19のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンをコードするポリヌクレオチド配列、および3’結合部開裂配列を含む、組換えDNA分子。
- 前記5’結合部開裂配列がリボザイム配列であり、また前記3’結合部開裂配列が制限酵素認識配列である、請求項20に記載の組換えDNA分子。
- 請求項20~21のいずれか一項に記載のDNA分子のインビトロ転写、および結果として生じる組換えRNAレプリコンの精製を含む、組換えRNAレプリコンを産生する方法。
- 有効量の請求項1~19のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンおよび哺乳類対象への投与に適した担体を含む、組成物。
- 請求項1~19のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンを含む、ベクター。
- 請求項1~19のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンを含む、粒子。
- 前記粒子が、カチオン性脂質、一つ以上のヘルパー脂質、およびリン脂質-ポリマーコンジュゲートを含む脂質ナノ粒子(LNP)である、請求項25に記載の粒子。
- 腫瘍崩壊ウイルスをコードする第二の組換えRNA分子をさらに含む、請求項25~26のいずれか一項に記載の粒子。
- 請求項25~27のいずれか一項に記載の複数の粒子を含む、治療組成物。
- がん細胞を死滅させるインビトロの方法であって、請求項25~27のいずれか一項に記載の粒子、請求項24に記載のベクター、請求項1~19のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコン、またはその組成物に、前記がん細胞を曝露することを含む、インビトロの方法。
- がんに罹患している対象における前記がんの治療における使用のための、請求項25~27のいずれか一項に記載の粒子を含む組成物、請求項24に記載のベクターを含む組成物、または請求項1~19のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンを含む組成物。
- 前記組成物が、静脈内投与、鼻腔内投与、吸入剤としての投与のものである、または腫瘍に直接注射されることを特徴とする、請求項30に記載の使用のための組成物。
- 前記がんが、肺がん、乳がん、卵巣がん、子宮頸がん、前立腺がん、精巣がん、結腸直腸がん、結腸がん、膵がん、肝がん、胃がん、頭頸部がん、甲状腺がん、悪性神経膠腫、膠芽腫、黒色腫、B細胞性慢性リンパ性白血病、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、肉腫、神経芽腫、神経内分泌がん、横紋筋肉腫、髄芽腫、膀胱がん、辺縁帯リンパ腫(MZL)、メルケル細胞がん、および腎細胞がんから選択される、請求項30~31のいずれか一項に記載の使用のための組成物。
- 疾患に対する対象の免疫化における使用のための、請求項25~27のいずれか一項に記載の粒子を含む組成物、請求項24に記載のベクターを含む組成物、または請求項1~19のいずれか一項に記載の組換えRNAレプリコンを含む組成物。
- ピコルナウイルスゲノムおよび異種ポリヌクレオチドを含む、組換えRNAレプリコン。
- 前記異種ポリヌクレオチドが、2Aコード領域と2Bコード領域との間、5’UTRと2Aコード領域との間、または3Dコード領域と3’UTRとの間に挿入される、請求項34に記載の組換えRNAレプリコン。
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