JPWO2019241250A5

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Publication number: JPWO2019241250A5
Application number: JP2020568719A
Authority: JP
Publication date: 2023-10-24

Description

「サブゲノム区間」という用語は、本明細書で使用される場合、ゲノム配列の一部を指す。ある実施形態では、サブゲノム区間は、単一のヌクレオチド位置であり得、例えば、その位置での変異体は、腫瘍表現型と（正または負に）関連している。ある実施形態では、サブゲノム区間は、１を超えるヌクレオチド位置を含む。そのような実施形態は、長さが少なくとも２、５、１０、５０、１００、１５０、または２５０ヌクレオチド位置の配列を含む。サブゲノム区間は、全遺伝子、またはその一部、例えばコード化領域（またはその一部）、イントロン（またはその一部）、またはエクソン（またはその一部）を含むことができる。サブゲノム区間は、天然に存在する、例えば、ゲノムＤＮＡ、核酸の断片の全部または一部を含むことができる。例えば、サブゲノム区間は、配列決定反応に供されるゲノムＤＮＡの断片に対応し得る。実施形態では、サブゲノム区間は、ゲノム供給源からの連続した配列である。実施形態では、サブゲノム区間は、ゲノム中で近接していない配列を含み、例えば、ｃＤＮＡ中のサブゲノム区間は、スプライシングの結果として形成されるエクソン－エクソン接合点を含み得る。

ある実施形態では、サブゲノム区間は、再配列された配列、例えば、ＶセグメントとＤセグメントとの連結、ＤセグメントとＪセグメントとの連結、ＶセグメントとＪセグメントとの連結、またはＪセグメントとクラスセグメントとの連結の結果として生じるＢ細胞またはＴ細胞における配列に対応する。

ある実施形態では、サブゲノム区間は、１つの配列によって表される。ある実施形態では、サブゲノム区間は、１を超える配列によって表され、例えば、ＶＤ配列をカバーするサブゲノム区間は、１を超えるシグネチャーによって表すことができる。

ある実施形態では、サブゲノム区間は、単一のヌクレオチド位置；遺伝子内領域または遺伝子間領域；エクソンもしくはイントロン、またはその断片、典型的にはエクソン配列またはその断片；コード化領域または非コード化領域、例えば、プロモーター、エンハンサー、５’非翻訳領域（５’ＵＴＲ）、もしくは３’非翻訳領域（３’ＵＴＲ）、またはその断片；ｃＤＮＡまたはその断片；ＳＮＰ；体細胞性突然変異、生殖系列突然変異、またはその両方；変化、例えば、点突然変異または単一突然変異；欠失突然変異（例えば、インフレーム欠失、遺伝子内欠失、完全遺伝子欠失）；挿入突然変異（例えば、遺伝子内挿入）；逆位突然変異（例えば、染色体内逆位）；逆位重複突然変異；タンデム重複（例えば、染色体内のタンデム重複）；転座（例えば、染色体転座、非逆数転座）；再配列（例えば、ゲノム再配列（例えば、１つ以上のイントロンの再配列、１つ以上のエクソンの再配列、またはその組合せおよび／もしくは断片；再配列されたイントロンは５’および／または３’ＵＴＲを含み得る））；遺伝子コピー数の変化；遺伝子発現の変化；ＲＮＡレベルの変化；またはそれらの組合せを含むまたはそれからなる。「遺伝子のコピー数」とは、特定の遺伝子産物をコードする細胞内のＤＮＡ配列の数を指す。一般的に、所定の遺伝子について、哺乳動物は、各遺伝子のコピーを２つ有する。コピー数は、例えば、遺伝子増幅または重複によって増加させることができ、または欠失によって低下させることができる。

「対象区間」という用語は、本明細書で使用される場合、サブゲノム区間または発現されたサブゲノム区間を指す。ある実施形態では、サブゲノム区間および発現されたサブゲノム区間が対応し、これは、発現されたサブゲノム区間が、対応するサブゲノム区間から発現される配列を含むことを意味する。ある実施形態では、サブゲノム区間および発現されたサブゲノム区間は非対応であり、これは、発現されたサブゲノム区間が、非対応のサブゲノム区間から発現された配列を含まず、むしろ、異なるサブゲノム区間に対応することを意味する。ある実施形態では、サブゲノム区間および発現されたサブゲノム区間は部分的に対応し、これは、発現されたサブゲノム区間が、対応するサブゲノム区間から発現される配列、および異なる対応するサブゲノム区間から発現される配列を含むことを意味する。

Claims

第１の標的捕捉試薬（Ｒ１）および第２の標的捕捉試薬（Ｒ２）を含む複数の標的捕捉試薬であって、
Ｒ１の各々が、第１の標的核酸配列にハイブリダイズするように構成された同一の第１の核酸配列を含み、Ｒ１は、結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ１の第１の部分を含み；
Ｒ２の各々が、第２の標的核酸配列にハイブリダイズするように構成された同一の第２の核酸配列を含み、Ｒ２は、結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ２の第１の部分、および結合対の機能的な第１のメンバーを欠くＲ２の第２の部分を含み；
結合対の機能的な第１のメンバーは、基質上に配置された結合対の第２のメンバーに結合することができ、
結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ１の比率は、結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ２の比率よりも大きい、複数の標的捕捉試薬。
Ｒ１が、結合対の機能的な第１のメンバーを欠くＲ１の第２の部分を含む、請求項１に記載の複数の標的捕捉試薬。
結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ１の比率が、結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ２の比率よりも、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、または１，０００倍大きい、請求項１または２に記載の複数の標的捕捉試薬。
Ｒ１の各々が第１の断片／第１の標的捕捉試薬（Ｆ１／Ｒ１）ハイブリッドを形成することができ、Ｒ２の各々が第２の断片／第２の標的捕捉試薬（Ｆ２／Ｒ２）ハイブリッドを形成することができ、
Ｆ１、Ｆ２、またはその両方は、表１Ａ～５Ａに記載される遺伝子から選択される対象区間を含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の複数の標的捕捉試薬。
第３の標的捕捉試薬（Ｒ３）をさらに含み、
Ｒ３が、結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ３、および結合対の機能的な第１のメンバーを欠くＲ３を含み；
結合対の第１のメンバーが、基質上に配置された結合対の第２のメンバーに結合することができ、
結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ２の比率は、結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ３の比率よりも大きい、請求項１から４のいずれか一項に記載の複数の標的捕捉試薬。
試料を分析する方法であって、
複数の第１の断片／第１の標的捕捉試薬（Ｆ１／Ｒ１）ハイブリッドを基質と接触させて、Ｆ１／Ｒ１ハイブリッド／基質複合体を形成すること；および
複数の第２の断片／第２の標的捕捉試薬（Ｆ２／Ｒ２）ハイブリッドを基質と接触させて、Ｆ２／Ｒ２ハイブリッド／基質複合体を形成すること
を含み、基質に結合するＦ１／Ｒ１ハイブリッドの比率は、基質に結合するＦ２／Ｒ２ハイブリッドの比率よりも大きく、
Ｒ１の各々が、Ｆ１にハイブリダイズするように構成された同一の第１の核酸配列を含み、Ｒ２の各々が、Ｆ２にハイブリダイズするように構成された同一の第１の核酸配列を含み、
Ｒ１の第１の部分およびＲ２の第１の部分が、結合対の機能的な第１のメンバーを含み、Ｒ１の第２の部分、Ｒ２の第２の部分、または両方が、結合対の機能的な第１のメンバーを欠き、
結合対の機能的な第１のメンバーは、基質上に配置された結合対の第２のメンバーに結合することができ、
それによって試料を分析する、方法。
Ｆ１が、高い配列決定深度事象を含み；Ｆ２が、低い配列決定深度事象を含む、請求項６に記載の方法。
結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ１の比率が、結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ２の比率よりも大きい、請求項６または７に記載の方法。
結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ１の比率および結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ２の比率が、Ｆ１／Ｒ１ハイブリッド／基質複合体およびＦ２／Ｒ２ハイブリッド／基質複合体の形成時に、Ｆ１／Ｒ１ハイブリッド／基質複合体中のＦ１の数およびＦ２／Ｒ２ハイブリッド／基質複合体中のＦ２の数が、以下の関係：
（ｉ）Ｆ１の数が、Ｆ２の数より大きいかまたはＦ２の数と同じである；および／または
（ｉｉ）第１の対象区間における変化を含むＦ１の数が、第２の対象区間における変化を含むＦ２の数よりも大きいかまたは同じである
のうちの１つまたは両方を有するものである、請求項６から８のいずれか一項に記載の方法。
Ｆ１、Ｆ２、またはその両方が、表１Ａ～５Ａに記載される遺伝子から選択される対象区間を含む、請求項６から９のいずれか一項に記載の方法。
Ｆ１における対象区間が第１の深度まで配列決定され、Ｆ２における対象区間が第２の深度まで配列決定され、第１の深度が第２の深度よりも、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０倍大きい、請求項６から１０のいずれか一項に記載の方法。
Ｆ１における対象区間が少なくとも５，０００×深度まで配列決定され、Ｆ２における対象区間が少なくとも８００×深度であるが５，０００×深度未満まで配列決定される、
請求項６から１１のいずれか一項に記載の方法。
複数の第３の断片／第３の標的捕捉試薬（Ｆ３／Ｒ３）ハイブリッドを基質とさらに接触させて、Ｆ３／Ｒ３ハイブリッド／基質複合体を形成することを含む、請求項６から１２のいずれか一項に記載の方法。
結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ２の比率および結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ３の比率が、Ｆ２／Ｒ２ハイブリッド／基質複合体およびＦ３／Ｒ３ハイブリッド／基質複合体の形成時に、Ｆ２／Ｒ２ハイブリッド／基質複合体中のＦ２の数およびＦ３／Ｒ３ハイブリッド／基質複合体中のＦ３の数が、以下の関係：
（ｉ）Ｆ２の数が、Ｆ３の数より大きい；および／または
（ｉｉ）第２の対象区間における変化を含むＦ２の数が、第３の対象区間における変化を含むＦ３の数よりも大きい
のうちの１つまたは両方を有するようなものである、請求項１３に記載の方法。
Ｆ１、Ｆ２、またはＦ３のうちの１つ、２つ、または全てが、表１Ａ～５Ａに記載される遺伝子から選択される対象区間を含む、請求項１３または１４に記載の方法。
試料が、ゲノムＤＮＡ、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）または循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含む、
請求項６から１５のいずれか一項に記載の方法。
複数のＦ１をＲ１と接触させて複数のＦ１／Ｒ１ハイブリッドを提供し、複数のＦ２をＲ２と接触させて複数のＦ２／Ｒ２ハイブリッドを提供することをさらに含む、請求項６から１６のいずれか一項に記載の方法。
結合対の第１のメンバーがビオチン部分を含み、結合対の第２のメンバーがストレプトアビジンまたはアビジン部分、またはその修飾バージョンを含む；または
結合対の第１のメンバーがジゴキシゲニン部分を含み、結合対の第２のメンバーが抗ジゴキシゲニン抗体部分を含む；または
結合対の第１のメンバーがＦＩＴＣ部分を含み、結合対の第２のメンバーが抗ＦＩＴＣ抗体部分を含む；または
Ｒ１中の結合対の第１のメンバーが、リンカーを介してＦ１を捕捉するＲ１中の部分にカップリングされ、Ｒ２中の結合対の第１のメンバーが、リンカーを介してＦ２を捕捉するＲ２中の部分にカップリングされる、請求項６から１７のいずれか一項に記載の方法。
複数のＦ１／Ｒ１ハイブリッド／基質複合体からＦ１を配列決定し、複数のＦ２／Ｒ２ハイブリッド／基質複合体からＦ２を配列決定することをさらに含む、請求項６から１８のいずれか一項に記載の方法。
試料を分析する方法であって、
ａ）複数の第１の断片／第１の標的捕捉試薬（Ｆ１／Ｒ１）ハイブリッドおよび複数の第２の断片／第２の標的捕捉試薬（Ｆ２／Ｒ２）ハイブリッドを提供することであって、
Ｒ１の各々が、Ｆ１にハイブリダイズするように構成された同一の第１の核酸配列を含み、Ｒ２の各々が、Ｆ２にハイブリダイズするように構成された同一の第１の核酸配列を含み、
Ｒ１の第１の部分およびＲ２の第１の部分が、結合対の機能的な第１のメンバーを含み、Ｒ１の第２の部分、Ｒ２の第２の部分、または両方が、結合対の機能的な第１のメンバーを欠き、
結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ１の比率は、結合対の機能的な第１のメンバーを含むＲ２の比率よりも大きく、
結合対の第１のメンバーは、基質上に配置された結合対の第２のメンバーに結合することができる、ハイブリッドを提供すること；
ｂ）複数のＦ１／Ｒ１ハイブリッドを基質と接触させて、Ｆ１／Ｒ１ハイブリッド／基質複合体を形成し、複数のＦ２／Ｒ２ハイブリッドを基質と接触させて、Ｆ２／Ｒ２ハイブリッド／基質複合体を形成することであって、
基質に結合するＦ１／Ｒ１ハイブリッドの比率は、基質に結合するＦ２／Ｒ２ハイブリッドの比率よりも大きい、複合体を形成すること；ならびに
ｃ）複数のＦ１／Ｒ１ハイブリッド／基質複合体からＦ１を配列決定し、複数のＦ２／Ｒ２ハイブリッド／基質複合体からＦ２を配列決定すること
を含み、Ｆ１はＦ２より大きな深度まで配列決定され、
それによって試料を分析する、方法。
試料を分析する方法であって、
１）ゲノムＤＮＡ、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）または循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含む試料から核酸を得ること；
２）核酸を断片化して、複数の断片（Ｆ）を提供すること；
３）アダプター配列を複数の断片（Ｆ）に付着させて、複数のアダプター化断片（ＡＦ）を提供すること；
４）第１のＡＦ（ＡＦ１）を増幅して複数のＡＦ１を提供し、第２のＡＦ（ＡＦ２）を増幅して複数のＡＦ２を提供すること；
５）前記複数のＡＦ１を、Ｒ１の各々がＡＦ１にハイブリダイズする同一のヌクレオチド配列を含む第１の標的捕捉試薬（Ｒ１）と接触させて、複数のＡＦ１／Ｒ１ハイブリッドを提供し、前記複数のＡＦ２を、Ｒ２の各々がＡＦ２にハイブリダイズする同一のヌクレオチド配列を含む第２の標的捕捉試薬（Ｒ２）と接触させて、複数のＡＦ２／Ｒ２ハイブリッドを提供することであって、
Ｒ１の第１の部分およびＲ２の第１の部分は、結合対の機能的な第１のメンバーを含み、結合対の機能的な第１のメンバーは、基質上に配置された結合対の第２のメンバーに結合することができ、
Ｒ１の第２の部分、Ｒ２の第２の部分、またはその両方は、結合対の機能的な第１のメンバーを欠く、ハイブリッドを提供すること；
６）複数のＡＦ１／Ｒ１ハイブリッドを基質と接触させて、ＡＦ１／Ｒ１ハイブリッド／基質複合体を形成し、複数のＡＦ２／Ｒ２ハイブリッドを基質と接触させて、ＡＦ２／Ｒ２ハイブリッド／基質複合体を形成することであって、
基質に結合するＡＦ１／Ｒ１ハイブリッドの比率は、基質に結合するＡＦ２／Ｒ２ハイブリッドの比率よりも大きい、複合体を形成すること；ならびに
７）複数のＡＦ１／Ｒ１ハイブリッド／基質複合体からのＡＦ１を配列決定し、複数のＡＦ２／Ｒ２ハイブリッド／基質複合体からのＡＦ２を配列決定すること
を含み、
それによって試料を分析する、方法。
試料中の１つ以上のゲノムシグネチャーを評価することをさらに含む、請求項６から２１のいずれか一項に記載の方法。
試料が血液試料である、請求項２２に記載の方法。
体細胞性変化または生殖系列変化として試料中の変化を特徴づけることをさらに含む、請求項６から２３のいずれか一項に記載の方法。
試料中の変化の接合性を決定することをさらに含む、請求項６から２４のいずれか一項に記載の方法。
試料、または試料の分析に応答して得られた試料が由来する対象を分類することをさらに含む、請求項６から２５のいずれか一項に記載の方法。
報告書を、得られた試料が由来する対象に、または別の人もしくは団体、介護者、医師、がん専門医、病院、診療所、第三者支払人、保険会社もしくは政府機関に提供することをさらに含む、請求項６から２６のいずれか一項に記載の方法。