JPWO2019232483A5 - - Google Patents
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Description
概要
本明細書において、表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルを、対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルと比較する工程であって、該対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルに対する、該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルの差は、該対象が結腸直腸新形成を有することを示す、該比較する工程を含む、対象において結腸直腸新形成を検出する方法を提供する。表3に列挙されたバイオマーカー遺伝子から選択される1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の、対象の由来便試料から抽出した真核生物核酸におけるバリアントアレル頻度を測定する工程;該便試料における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度を、対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度と比較する工程であって、該対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度に対する、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度の差は、該対象が結腸直腸がんを有するか、または結腸直腸がんのリスクがあることを示す、該比較する工程を含む、対象において結腸直腸新形成を検出する方法も提供する。表4に列挙された結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子のうちの任意のものから選択される2つまたはそれより多くのバイオマーカー遺伝子の、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルを、対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルと比較する工程であって、該対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子に対する、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルとの、該生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルの差は、結腸直腸がんの該分子サブタイプを示す、該比較する工程を含む、対象において結腸直腸がんの分子サブタイプを検出する方法も提供する。
[本発明1001]
a）表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;
b）該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルを、対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルと比較する工程であって、該対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルに対する、該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルの差は、該対象が結腸直腸新形成を有することを示す、該比較する工程
を含む、対象において結腸直腸新形成を検出する方法。
[本発明1002]
対象がヒトである、本発明1001の方法。
[本発明1003]
結腸直腸新形成が、結腸直腸がん、高リスク腺腫、中リスク腺腫および低リスク腺腫からなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1004]
便由来真核生物RNAバイオマーカーが、ACY1、TNFRSF10B、DST、EGLN2、PER3、CTNNB1、ACHE、SMAD4、EDN1、ERBB2およびGAPDHからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1005]
前記核酸が、RNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsnoRNA、またはRNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsnoRNAのうちの任意のものの組合せを含む、本発明1001の方法。
[本発明1006]
前記発現レベルが、核酸シーケンシング、マイクロアレイシーケンシング、分子バーコーディング、アンプリコンシーケンシング、プローブキャプチャー、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、ddPCR、dPCR、RT-PCRまたはRT-qPCRによって測定される、本発明1001の方法。
[本発明1007]
対象の個体群統計情報を明らかにする工程をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1008]
対象に対して免疫化学的便検査（FIT）を施行する工程をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1009]
結腸直腸新形成を有するか、または結腸直腸新形成のリスクがある対象のための臨床計画を選択する方法であって、
a）表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの、該対象由来の便試料中に存在する真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;
b）該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルを、対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルと比較する工程であって、該対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルに対する、該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルの差は、該対象が結腸直腸新形成を有するか、または結腸直腸新形成のリスクがあることを示す、該比較する工程;
c）診断手順もしくは処置または診断手順と処置の組合せを施行する工程
を含む、前記方法。
[本発明1010]
対象がヒトである、本発明1009の方法。
[本発明1011]
結腸直腸新形成が、結腸直腸がん、高リスク腺腫、中リスク腺腫および低リスク腺腫からなる群より選択される、本発明1009の方法。
[本発明1012]
便由来真核生物RNAバイオマーカーが、ACY1、TNFRSF10B、DST、EGLN2、PER3、CTNNB1、ACHE、SMAD4、EDN1、ERBB2およびGAPDHからなる群より選択される、本発明1009の方法。
[本発明1013]
前記核酸が、RNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsnoRNA、またはRNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsnoRNAのうちの任意のものの組合せを含む、本発明1009の方法。
[本発明1014]
前記発現レベルが、核酸シーケンシング、マイクロアレイシーケンシング、分子バーコーディング、アンプリコンシーケンシング、プローブキャプチャー、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、ddPCR、dPCR、RT-PCRまたはRT-qPCRによって測定される、本発明1009の方法。
[本発明1015]
対象の個体群統計情報を明らかにする工程をさらに含む、本発明1009の方法。
[本発明1016]
対象に対して免疫化学的便検査（FIT）を施行する工程をさらに含む、本発明1009の方法。
[本発明1017]
臨床計画が診断手順または処置を含む、本発明1009の方法。
[本発明1018]
診断手順が結腸内視鏡検査を含む、本発明1009の方法。
[本発明1019]
処置が、手術、化学療法、放射線療法、標的療法または免疫療法を含む、本発明1009の方法。
[本発明1020]
化学療法が、5-フルオロウラシル、ロイコボリン、カペシタビン、オキサリプラチン、イリノテカンまたはそれらの組合せの投与を含む、本発明1019の方法。
[本発明1021]
標的療法が、ベバシズマブ（抗VEGF）、ラムシラマブ（抗VEGFR2）、アフリベルセプト、レゴラフェニブ、セツキシマブ（抗EGFR）、パニツムマブ、トリプフルリジン-チピラシルまたはそれらの組合せの投与を含む、本発明1019の方法。
[本発明1022]
a）表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの発現レベルを含むフィーチャーの所定のセットに基づいて結腸直腸新形成の存在を判定するように構成されるランダムフォレストモデルを作成する工程;
b）表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの、対象における発現レベルを測定する工程;および
c）表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの、対象における発現レベルに基づいて、結腸直腸新形成の存在を、該ランダムフォレストモデルによって判定する工程
を含む、対象において結腸直腸新形成を検出する方法。
[本発明1023]
フィーチャーの所定のセットが個体群統計情報を含む、本発明1022の方法。
[本発明1024]
ランダムフォレストモデルによって陽性免疫化学的便検査（FIT）強制モデルを適用する工程を含む、本発明1022の方法。
[本発明1025]
前記2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーが、ACY1、TNFRSF10B、DST、EGLN2、PER3、CTNNB1、ACHE、SMAD4、EDN1、ERBB2およびGAPDHからなる群より選択される、本発明1022の方法。
[本発明1026]
a）患者由来の便試料が、対象由来の便試料中に存在する真核生物核酸において、表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの増加したレベルを発現していると判定する工程;および
b）該対象に対して結腸内視鏡検査、手術、化学療法、放射線療法、標的療法または免疫療法を施行する工程
を含む、対象の結腸直腸新形成を処置する方法。
[本発明1027]
a）表3に列挙されたバイオマーカー遺伝子から選択される1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸におけるバリアントアレル頻度を測定する工程;
b）該便試料における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度を、対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度と比較する工程であって、該対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度に対する、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度の差は、該対象が結腸直腸がんを有するか、または結腸直腸がんのリスクがあることを示す、該比較する工程
を含む、対象において結腸直腸新形成を検出する方法。
[本発明1028]
a）表3に列挙されたバイオマーカー遺伝子から選択される1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸におけるバリアントアレル頻度を測定する工程;
b）該便試料における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度を、対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度と比較する工程であって、該対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度に対する、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度の差は、該対象が結腸直腸がんを有するか、または結腸直腸がんのリスクがあることを示す、該比較する工程
を含む、対象が結腸直腸がんを有するかどうか、または結腸直腸がんのリスクがあるかどうかを判定する方法。
[本発明1029]
結腸直腸がんを有するか、または結腸直腸がんのリスクがある対象のための臨床計画を選択する方法であって、
a）該対象由来の生物学的試料中の真核生物核酸における、表3に列挙されたバイオマーカー遺伝子から選択されるバイオマーカー遺伝子の1つまたは複数のバリアントアレルを検出する工程であって、該バリアントが結腸直腸がんの腫瘍形成と関連している、該検出する工程;
b）診断手順もしくは処置または診断手順と処置の組合せを施行する工程
を含む、前記方法。
[本発明1030]
a）対象由来の便試料中に存在する真核生物核酸における、表3に列挙されたバイオマーカー遺伝子から選択されるバイオマーカー遺伝子の1つまたは複数のバリアントアレルを検出する工程であって、該バリアントが結腸直腸がんの腫瘍形成と関連している、該検出する工程;および
b）該対象に対して結腸内視鏡検査、手術、化学療法、放射線療法、標的療法または免疫療法を施行する工程
を含む、対象の結腸直腸がんを処置する方法。
[本発明1031]
バリアントアレルが、サイレント突然変異、ミスセンス突然変異、挿入、欠失、フレームシフト突然変異および/またはナンセンス突然変異を含む、本発明1027～1030のいずれかの方法。
[本発明1032]
生物学的試料が便試料である、本発明1027～1031のいずれかの方法。
[本発明1033]
便試料がヒトの便試料である、本発明1027～1032のいずれかの方法。
[本発明1034]
前記核酸が、cDNA、RNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsno RNA、またはcDNA、RNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsno RNAのうちの任意のものの組合せを含む、本発明1027～1033のいずれかの方法。
[本発明1035]
前記発現レベルが、核酸シーケンシング、マイクロアレイシーケンシング、分子バーコーディング、プローブキャプチャー、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、ddPCR、RT-PCRまたはRT-qPCRによって測定される、本発明1027～1034のいずれかの方法。
[本発明1036]
前記臨床計画が、手術、化学療法、放射線療法、免疫療法および標的療法のうちの1つまたは複数を含む、本発明1027～1035のいずれかの方法。
[本発明1037]
a）表4に列挙された結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子のうちの任意のものから選択される2つまたはそれより多くのバイオマーカー遺伝子の、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;
b）生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルを、対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルと比較する工程であって、該対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子に対する、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルとの、該生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルの差は、結腸直腸がんの該分子サブタイプを示す、該比較する工程
を含む、対象において結腸直腸がんの分子サブタイプを検出する方法。
[本発明1038]
a）表4に列挙された結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子のうちの任意のものから選択される2つまたはそれより多くのバイオマーカー遺伝子の、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;
b）生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルを、対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルと比較する工程であって、該対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子に対する、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルとの、該生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルの差は、該対象が結腸直腸がんの分子サブタイプを有するか、または結腸直腸がんの分子サブタイプのリスクがあることを示す、該比較する工程
を含む、対象が結腸直腸がんの分子サブタイプを有するかどうか、または結腸直腸がんの分子サブタイプのリスクがあるかどうかを判定する方法。
[本発明1039]
a）ゲノム不安定性、マイクロサテライト不安定性または免疫浸潤に関係している表4に列挙された結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の任意のものから選択される2つまたはそれより多くのバイオマーカー遺伝子の、患者由来の便試料中の真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;
b）生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルを、対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルと比較する工程であって、対照における、該2つまたはそれより多くの遺伝子の測定されたレベルに対する、マイクロサテライト不安定性または免疫浸潤に関係している該結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の変化したレベルは、該患者が免疫療法の候補であることを示す、該比較する工程;および
c）免疫療法を施行する工程
を含む、患者の結腸直腸がんを処置する方法。
[本発明1040]
免疫療法が阻害性チェックポイント分子または免疫チェックポイント阻害薬である、本発明1039の方法。
[本発明1041]
結腸直腸がんを有するか、または結腸直腸がんのリスクがある対象のための臨床計画を選択する方法であって、
a）表4に列挙された結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の任意のものから選択される2つまたはそれより多くのバイオマーカー遺伝子の、該対象由来の生物学的試料中の真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;
b）該生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルを、対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルと比較し、それにより結腸直腸がんの該分子サブタイプを同定する工程;
c）診断手順もしくは処置または診断手順と処置の組合せを施行する工程
を含む、前記方法。
[本発明1042]
a）患者由来の便試料が、対象由来の便試料中に存在する真核生物核酸において、表4に列挙された結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子のうちの任意のものの増加したレベルを発現していると判定する工程;および
b）該患者に対して結腸内視鏡検査、手術、化学療法、放射線療法、標的療法または免疫療法を施行する工程
を含む、結腸直腸新形成を処置する方法。
[本発明1043]
結腸直腸新生物分子サブタイプが、CMS1、CMS2、CMS3およびCMS4からなる群より選択される、本発明1037～1042のいずれかの方法。
[本発明1044]
生物学的試料が便試料である、本発明1037～1043のいずれかの方法。
[本発明1045]
便試料がヒトの便試料である、本発明1037～1044のいずれかの方法。
[本発明1046]
前記核酸が、cDNA、RNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsno RNA、またはcDNA、RNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsnoRNAのうちの任意のものの組合せを含む、本発明1037～1045のいずれかの方法。
[本発明1047]
前記発現レベルが、核酸シーケンシング、マイクロアレイシーケンシング、分子バーコーディング、プローブキャプチャー、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、ddPCR、RT-PCRまたはRT-qPCRによって測定される、本発明1037～1046のいずれかの方法。
[本発明1048]
前記臨床計画が、手術、化学療法、放射線療法、免疫療法および標的療法のうちの1つまたは複数を含む、本発明1037～1047のいずれかの方法。
[本発明1049]
a）対照に対して、患者由来の便試料が、対象由来の便試料中に存在する真核生物核酸において、表1もしくは表2または表1と表2の組合せまたは表3または表4に列挙されたバイオマーカーから選択される2つまたはそれより多くの便由来真核生物バイオマーカーの増加したレベルを含むと判定する工程;
b）該判定に基づいて、該患者は結腸直腸新形成のリスクがあると判定する工程;および
c）該患者に対して結腸内視鏡検査を施行する工程
を含む方法。
[本発明1050]
便試料を準備する工程をさらに含む、本発明1001～1049のいずれかの方法。
本明細書において、表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルを、対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルと比較する工程であって、該対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルに対する、該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルの差は、該対象が結腸直腸新形成を有することを示す、該比較する工程を含む、対象において結腸直腸新形成を検出する方法を提供する。表3に列挙されたバイオマーカー遺伝子から選択される1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の、対象の由来便試料から抽出した真核生物核酸におけるバリアントアレル頻度を測定する工程;該便試料における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度を、対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度と比較する工程であって、該対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度に対する、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度の差は、該対象が結腸直腸がんを有するか、または結腸直腸がんのリスクがあることを示す、該比較する工程を含む、対象において結腸直腸新形成を検出する方法も提供する。表4に列挙された結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子のうちの任意のものから選択される2つまたはそれより多くのバイオマーカー遺伝子の、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルを、対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルと比較する工程であって、該対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子に対する、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルとの、該生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルの差は、結腸直腸がんの該分子サブタイプを示す、該比較する工程を含む、対象において結腸直腸がんの分子サブタイプを検出する方法も提供する。
[本発明1001]
a）表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;
b）該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルを、対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルと比較する工程であって、該対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルに対する、該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルの差は、該対象が結腸直腸新形成を有することを示す、該比較する工程
を含む、対象において結腸直腸新形成を検出する方法。
[本発明1002]
対象がヒトである、本発明1001の方法。
[本発明1003]
結腸直腸新形成が、結腸直腸がん、高リスク腺腫、中リスク腺腫および低リスク腺腫からなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1004]
便由来真核生物RNAバイオマーカーが、ACY1、TNFRSF10B、DST、EGLN2、PER3、CTNNB1、ACHE、SMAD4、EDN1、ERBB2およびGAPDHからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1005]
前記核酸が、RNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsnoRNA、またはRNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsnoRNAのうちの任意のものの組合せを含む、本発明1001の方法。
[本発明1006]
前記発現レベルが、核酸シーケンシング、マイクロアレイシーケンシング、分子バーコーディング、アンプリコンシーケンシング、プローブキャプチャー、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、ddPCR、dPCR、RT-PCRまたはRT-qPCRによって測定される、本発明1001の方法。
[本発明1007]
対象の個体群統計情報を明らかにする工程をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1008]
対象に対して免疫化学的便検査（FIT）を施行する工程をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1009]
結腸直腸新形成を有するか、または結腸直腸新形成のリスクがある対象のための臨床計画を選択する方法であって、
a）表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの、該対象由来の便試料中に存在する真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;
b）該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルを、対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルと比較する工程であって、該対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルに対する、該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルの差は、該対象が結腸直腸新形成を有するか、または結腸直腸新形成のリスクがあることを示す、該比較する工程;
c）診断手順もしくは処置または診断手順と処置の組合せを施行する工程
を含む、前記方法。
[本発明1010]
対象がヒトである、本発明1009の方法。
[本発明1011]
結腸直腸新形成が、結腸直腸がん、高リスク腺腫、中リスク腺腫および低リスク腺腫からなる群より選択される、本発明1009の方法。
[本発明1012]
便由来真核生物RNAバイオマーカーが、ACY1、TNFRSF10B、DST、EGLN2、PER3、CTNNB1、ACHE、SMAD4、EDN1、ERBB2およびGAPDHからなる群より選択される、本発明1009の方法。
[本発明1013]
前記核酸が、RNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsnoRNA、またはRNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsnoRNAのうちの任意のものの組合せを含む、本発明1009の方法。
[本発明1014]
前記発現レベルが、核酸シーケンシング、マイクロアレイシーケンシング、分子バーコーディング、アンプリコンシーケンシング、プローブキャプチャー、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、ddPCR、dPCR、RT-PCRまたはRT-qPCRによって測定される、本発明1009の方法。
[本発明1015]
対象の個体群統計情報を明らかにする工程をさらに含む、本発明1009の方法。
[本発明1016]
対象に対して免疫化学的便検査（FIT）を施行する工程をさらに含む、本発明1009の方法。
[本発明1017]
臨床計画が診断手順または処置を含む、本発明1009の方法。
[本発明1018]
診断手順が結腸内視鏡検査を含む、本発明1009の方法。
[本発明1019]
処置が、手術、化学療法、放射線療法、標的療法または免疫療法を含む、本発明1009の方法。
[本発明1020]
化学療法が、5-フルオロウラシル、ロイコボリン、カペシタビン、オキサリプラチン、イリノテカンまたはそれらの組合せの投与を含む、本発明1019の方法。
[本発明1021]
標的療法が、ベバシズマブ（抗VEGF）、ラムシラマブ（抗VEGFR2）、アフリベルセプト、レゴラフェニブ、セツキシマブ（抗EGFR）、パニツムマブ、トリプフルリジン-チピラシルまたはそれらの組合せの投与を含む、本発明1019の方法。
[本発明1022]
a）表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの発現レベルを含むフィーチャーの所定のセットに基づいて結腸直腸新形成の存在を判定するように構成されるランダムフォレストモデルを作成する工程;
b）表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの、対象における発現レベルを測定する工程;および
c）表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの、対象における発現レベルに基づいて、結腸直腸新形成の存在を、該ランダムフォレストモデルによって判定する工程
を含む、対象において結腸直腸新形成を検出する方法。
[本発明1023]
フィーチャーの所定のセットが個体群統計情報を含む、本発明1022の方法。
[本発明1024]
ランダムフォレストモデルによって陽性免疫化学的便検査（FIT）強制モデルを適用する工程を含む、本発明1022の方法。
[本発明1025]
前記2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーが、ACY1、TNFRSF10B、DST、EGLN2、PER3、CTNNB1、ACHE、SMAD4、EDN1、ERBB2およびGAPDHからなる群より選択される、本発明1022の方法。
[本発明1026]
a）患者由来の便試料が、対象由来の便試料中に存在する真核生物核酸において、表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの増加したレベルを発現していると判定する工程;および
b）該対象に対して結腸内視鏡検査、手術、化学療法、放射線療法、標的療法または免疫療法を施行する工程
を含む、対象の結腸直腸新形成を処置する方法。
[本発明1027]
a）表3に列挙されたバイオマーカー遺伝子から選択される1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸におけるバリアントアレル頻度を測定する工程;
b）該便試料における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度を、対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度と比較する工程であって、該対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度に対する、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度の差は、該対象が結腸直腸がんを有するか、または結腸直腸がんのリスクがあることを示す、該比較する工程
を含む、対象において結腸直腸新形成を検出する方法。
[本発明1028]
a）表3に列挙されたバイオマーカー遺伝子から選択される1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸におけるバリアントアレル頻度を測定する工程;
b）該便試料における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度を、対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度と比較する工程であって、該対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度に対する、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度の差は、該対象が結腸直腸がんを有するか、または結腸直腸がんのリスクがあることを示す、該比較する工程
を含む、対象が結腸直腸がんを有するかどうか、または結腸直腸がんのリスクがあるかどうかを判定する方法。
[本発明1029]
結腸直腸がんを有するか、または結腸直腸がんのリスクがある対象のための臨床計画を選択する方法であって、
a）該対象由来の生物学的試料中の真核生物核酸における、表3に列挙されたバイオマーカー遺伝子から選択されるバイオマーカー遺伝子の1つまたは複数のバリアントアレルを検出する工程であって、該バリアントが結腸直腸がんの腫瘍形成と関連している、該検出する工程;
b）診断手順もしくは処置または診断手順と処置の組合せを施行する工程
を含む、前記方法。
[本発明1030]
a）対象由来の便試料中に存在する真核生物核酸における、表3に列挙されたバイオマーカー遺伝子から選択されるバイオマーカー遺伝子の1つまたは複数のバリアントアレルを検出する工程であって、該バリアントが結腸直腸がんの腫瘍形成と関連している、該検出する工程;および
b）該対象に対して結腸内視鏡検査、手術、化学療法、放射線療法、標的療法または免疫療法を施行する工程
を含む、対象の結腸直腸がんを処置する方法。
[本発明1031]
バリアントアレルが、サイレント突然変異、ミスセンス突然変異、挿入、欠失、フレームシフト突然変異および/またはナンセンス突然変異を含む、本発明1027～1030のいずれかの方法。
[本発明1032]
生物学的試料が便試料である、本発明1027～1031のいずれかの方法。
[本発明1033]
便試料がヒトの便試料である、本発明1027～1032のいずれかの方法。
[本発明1034]
前記核酸が、cDNA、RNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsno RNA、またはcDNA、RNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsno RNAのうちの任意のものの組合せを含む、本発明1027～1033のいずれかの方法。
[本発明1035]
前記発現レベルが、核酸シーケンシング、マイクロアレイシーケンシング、分子バーコーディング、プローブキャプチャー、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、ddPCR、RT-PCRまたはRT-qPCRによって測定される、本発明1027～1034のいずれかの方法。
[本発明1036]
前記臨床計画が、手術、化学療法、放射線療法、免疫療法および標的療法のうちの1つまたは複数を含む、本発明1027～1035のいずれかの方法。
[本発明1037]
a）表4に列挙された結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子のうちの任意のものから選択される2つまたはそれより多くのバイオマーカー遺伝子の、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;
b）生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルを、対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルと比較する工程であって、該対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子に対する、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルとの、該生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルの差は、結腸直腸がんの該分子サブタイプを示す、該比較する工程
を含む、対象において結腸直腸がんの分子サブタイプを検出する方法。
[本発明1038]
a）表4に列挙された結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子のうちの任意のものから選択される2つまたはそれより多くのバイオマーカー遺伝子の、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;
b）生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルを、対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルと比較する工程であって、該対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子に対する、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルとの、該生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルの差は、該対象が結腸直腸がんの分子サブタイプを有するか、または結腸直腸がんの分子サブタイプのリスクがあることを示す、該比較する工程
を含む、対象が結腸直腸がんの分子サブタイプを有するかどうか、または結腸直腸がんの分子サブタイプのリスクがあるかどうかを判定する方法。
[本発明1039]
a）ゲノム不安定性、マイクロサテライト不安定性または免疫浸潤に関係している表4に列挙された結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の任意のものから選択される2つまたはそれより多くのバイオマーカー遺伝子の、患者由来の便試料中の真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;
b）生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルを、対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルと比較する工程であって、対照における、該2つまたはそれより多くの遺伝子の測定されたレベルに対する、マイクロサテライト不安定性または免疫浸潤に関係している該結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の変化したレベルは、該患者が免疫療法の候補であることを示す、該比較する工程;および
c）免疫療法を施行する工程
を含む、患者の結腸直腸がんを処置する方法。
[本発明1040]
免疫療法が阻害性チェックポイント分子または免疫チェックポイント阻害薬である、本発明1039の方法。
[本発明1041]
結腸直腸がんを有するか、または結腸直腸がんのリスクがある対象のための臨床計画を選択する方法であって、
a）表4に列挙された結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の任意のものから選択される2つまたはそれより多くのバイオマーカー遺伝子の、該対象由来の生物学的試料中の真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;
b）該生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルを、対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルと比較し、それにより結腸直腸がんの該分子サブタイプを同定する工程;
c）診断手順もしくは処置または診断手順と処置の組合せを施行する工程
を含む、前記方法。
[本発明1042]
a）患者由来の便試料が、対象由来の便試料中に存在する真核生物核酸において、表4に列挙された結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子のうちの任意のものの増加したレベルを発現していると判定する工程;および
b）該患者に対して結腸内視鏡検査、手術、化学療法、放射線療法、標的療法または免疫療法を施行する工程
を含む、結腸直腸新形成を処置する方法。
[本発明1043]
結腸直腸新生物分子サブタイプが、CMS1、CMS2、CMS3およびCMS4からなる群より選択される、本発明1037～1042のいずれかの方法。
[本発明1044]
生物学的試料が便試料である、本発明1037～1043のいずれかの方法。
[本発明1045]
便試料がヒトの便試料である、本発明1037～1044のいずれかの方法。
[本発明1046]
前記核酸が、cDNA、RNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsno RNA、またはcDNA、RNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsnoRNAのうちの任意のものの組合せを含む、本発明1037～1045のいずれかの方法。
[本発明1047]
前記発現レベルが、核酸シーケンシング、マイクロアレイシーケンシング、分子バーコーディング、プローブキャプチャー、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、ddPCR、RT-PCRまたはRT-qPCRによって測定される、本発明1037～1046のいずれかの方法。
[本発明1048]
前記臨床計画が、手術、化学療法、放射線療法、免疫療法および標的療法のうちの1つまたは複数を含む、本発明1037～1047のいずれかの方法。
[本発明1049]
a）対照に対して、患者由来の便試料が、対象由来の便試料中に存在する真核生物核酸において、表1もしくは表2または表1と表2の組合せまたは表3または表4に列挙されたバイオマーカーから選択される2つまたはそれより多くの便由来真核生物バイオマーカーの増加したレベルを含むと判定する工程;
b）該判定に基づいて、該患者は結腸直腸新形成のリスクがあると判定する工程;および
c）該患者に対して結腸内視鏡検査を施行する工程
を含む方法。
[本発明1050]
便試料を準備する工程をさらに含む、本発明1001～1049のいずれかの方法。
Claims (19)
- a）表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;
b）該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルを、対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルと比較する工程であって、該対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルに対する、該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルの差は、該対象が結腸直腸新形成を有することを示す、該比較する工程
を含む、対象において結腸直腸新形成を検出する方法。 - 対象がヒトである、請求項1記載の方法。
- 結腸直腸新形成が、結腸直腸がん、高リスク腺腫、中リスク腺腫および低リスク腺腫からなる群より選択される、請求項1記載の方法。
- 前記核酸が、RNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsnoRNA、またはRNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsnoRNAのうちの任意のものの組合せを含む、請求項1記載の方法。
- 前記発現レベルが、核酸シーケンシング、マイクロアレイシーケンシング、分子バーコーディング、アンプリコンシーケンシング、プローブキャプチャー、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、ddPCR、dPCR、RT-PCRまたはRT-qPCRによって測定される、請求項1記載の方法。
- 対象の個体群統計情報を明らかにする工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
- 結腸直腸新形成を有するか、または結腸直腸新形成のリスクがある対象のための臨床計画を選択する方法であって、
a）表1もしくは表2または表1と表2の組合せに列挙されたバイオマーカーから選択される2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの、該対象由来の便試料中に存在する真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;および
b）該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルを、対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルと比較する工程であって、該対照における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルに対する、該便試料における、該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29種の便由来真核生物RNAバイオマーカーの測定された発現レベルの差は、該対象が結腸直腸新形成を有するか、または結腸直腸新形成のリスクがあることを示す、該比較する工程
を含む、前記方法。 - 対象がヒトである、請求項7記載の方法。
- 結腸直腸新形成が、結腸直腸がん、高リスク腺腫、中リスク腺腫および低リスク腺腫からなる群より選択される、請求項7記載の方法。
- 前記核酸が、RNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsnoRNA、またはRNA、全RNA、mRNA、seRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNAもしくはsnoRNAのうちの任意のものの組合せを含む、請求項7記載の方法。
- 前記発現レベルが、核酸シーケンシング、マイクロアレイシーケンシング、分子バーコーディング、アンプリコンシーケンシング、プローブキャプチャー、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、ddPCR、dPCR、RT-PCRまたはRT-qPCRによって測定される、請求項7記載の方法。
- 対象の個体群統計情報を明らかにする工程をさらに含む、請求項7記載の方法。
- 臨床計画が診断手順または処置を含む、請求項7記載の方法。
- 診断手順が結腸内視鏡検査を含む、請求項7記載の方法。
- a）表3に列挙されたバイオマーカー遺伝子から選択される1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸におけるバリアントアレル頻度を測定する工程;
b）該便試料における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度を、対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度と比較する工程であって、該対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度に対する、該便試料における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度の差は、該対象が結腸直腸がんを有するか、または結腸直腸がんのリスクがあることを示す、該比較する工程
を含む、対象において結腸直腸新形成を検出する方法。 - a）表3に列挙されたバイオマーカー遺伝子から選択される1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸におけるバリアントアレル頻度を測定する工程;
b）該便試料における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度を、対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子の測定されたバリアントアレル頻度と比較する工程であって、該対照における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度に対する、該便試料における、該1つまたは複数のバリアントバイオマーカー遺伝子のバリアントアレル頻度の差は、該対象が結腸直腸がんを有するか、または結腸直腸がんのリスクがあることを示す、該比較する工程
を含む、対象が結腸直腸がんを有するかどうか、または結腸直腸がんのリスクがあるかどうかを判定する方法。 - a）表4に列挙された結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子のうちの任意のものから選択される2つまたはそれより多くのバイオマーカー遺伝子の、対象由来の便試料から抽出した真核生物核酸における発現のレベルを測定する工程;
b）生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルを、対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルと比較する工程であって、該対照における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルに対する、生物学的試料における、該2つまたはそれより多くの結腸直腸新生物分子サブタイプバイオマーカー遺伝子の測定された発現レベルの差は、結腸直腸がんの該分子サブタイプを示す、該比較する工程
を含む、対象において結腸直腸がんの分子サブタイプを検出する方法。 - a）対照に対して、患者由来の便試料が、対象由来の便試料中に存在する真核生物核酸において、表1もしくは表2または表1と表2の組合せまたは表3または表4に列挙されたバイオマーカーから選択される2つまたはそれより多くの便由来真核生物バイオマーカーの増加したレベルを含むと判定する工程;および
b）該判定に基づいて、該患者は結腸直腸新形成のリスクがあると判定する工程
を含む方法。 - 便試料を準備する工程をさらに含む、請求項18記載の方法。
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2023
- 2023-11-30 US US18/524,594 patent/US20240093312A1/en active Pending
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