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Process for preparing phosphorodiamidart morpholino oligomers
JP7022078B2
Japan
- Other languages
Japanese - Inventor
バオ カイ, ミッチェル マルティーニ, ケイティ トーマス, ロス シマブク,
Description
translated from Japanese
関連出願
本特許出願は、2017年5月18日に出願された米国仮特許出願第62/508,256号、2016年5月24日に出願された米国仮特許出願第62/341,049号、2016年5月24日に出願された米国仮特許出願第62/340,953号、2016年6月30日に出願された米国仮特許出願第62/357,134号、および2016年6月30日に出願された米国仮特許出願第62/357,166号の利益を主張する。上記参照の仮特許出願の内容全体は参照により本明細書に組み込まれる。
Related Applications This patent application is a US provisional patent application No. 62 / 508,256 filed on May 18, 2017, and a US provisional patent application No. 62 / 341,049 filed on May 24, 2016. , US Provisional Patent Application No. 62 / 340,953 filed May 24, 2016, US Provisional Patent Application No. 62 / 357,134 filed June 30, 2016, and June 2016. Claims the interests of US Provisional Patent Application No. 62 / 357,166 filed on the 30th. The entire contents of the provisional patent application referred to above are incorporated herein by reference.
アンチセンス技術は、選択的スプライシング産物を含む1つまたは複数の特定の遺伝子産物の発現を調節するための手段を提供し、多くの治療、診断および研究用途において非常に有用である。アンチセンス技術の背後にある原理は、標的核酸にハイブリダイズするアンチセンス化合物、例えばオリゴヌクレオチドが、いくつかのアンチセンス機構のいずれか1つを通して転写、スプライシングまたは翻訳などの遺伝子発現活性を調節することである。アンチセンス化合物の配列特異性のため、それらは、標的評価および遺伝子機能化のためのツールとして、ならびに疾患に関与する遺伝子の発現を選択的に調節するための治療薬として魅力的である。 Antisense techniques provide a means for regulating the expression of one or more specific gene products, including alternative splicing products, and are very useful in many therapeutic, diagnostic and research applications. The principle behind antisense technology is that antisense compounds that hybridize to the target nucleic acid, such as oligonucleotides, regulate gene expression activity such as transcription, splicing or translation through any one of several antisense mechanisms. That is. Due to the sequence specificity of the antisense compounds, they are attractive as tools for target evaluation and gene functionalization, as well as therapeutic agents for selectively regulating the expression of genes involved in the disease.
デュシェンヌ型筋ジストロフィー(DMD)は、タンパク質ジストロフィンの発現の欠陥によって引き起こされる。このタンパク質をコードする遺伝子は、DNAの200万を超えるヌクレオチドに広がった79のエクソンを含有する。エクソンの読み枠を変化させる、もしくは停止コドンを導入する、もしくはアウトオブフレームエクソン(単数もしくは複数)全体の除去によって特徴付けられる任意のエクソンの変異、または1つもしくは複数のエクソンの重複は、機能性ジストロフィンの産生を妨げる可能性を有し、結果としてDMDとなる。 Duchenne muscular dystrophy (DMD) is caused by a defective expression of the protein dystrophin. The gene encoding this protein contains 79 exons spread across over 2 million nucleotides of DNA. Mutations in any exon, or duplication of one or more exons, characterized by altering the exon reading frame, introducing stop codons, or removing the entire out-of-frame exon (s) or duplication of one or more exons are functional. It has the potential to interfere with the production of sex dystrophin, resulting in DMD.
DMDの治療のためのスプライススイッチングオリゴヌクレオチド(SSO)の安全性および有効性を試験する最近の臨床試験は、スプライソソームの立体封鎖によるプレmRNAの選択的スプライシングを誘導するSSO技術に基づいている(Cirak et al., 2011;Goemans et al., 2011;Kinali et al., 2009;van Deutekom et al., 2007)。しかしながら、これらの成功にもかかわらず、DMDの治療に利用可能な薬理学的選択肢は限られている。 Recent clinical trials testing the safety and efficacy of splice-switching oligonucleotides (SSOs) for the treatment of DMD are based on SSO techniques that induce alternative splicing of premRNA by steric blockade of spliceosomes (SSO technology). Cirak et al., 2011; Goemans et al., 2011; Kinali et al., 2009; van Deutekom et al., 2007). However, despite these successes, the pharmacological options available for the treatment of DMD are limited.
Golodirsenは、読み枠を修復し、ジストロフィンタンパク質の機能的により短い形態を産生するための、エクソン53スキップを適用可能なDMDの患者のヒトジストロフィン遺伝子のエクソン53をスキップするように設計されたホスホロジアミダートモルホリノオリゴマー(PMO)である。 Goldirsen is a phosphorology designed to skip exon 53 of the human dystrophin gene in DMD patients to whom exon 53 skip is applicable to repair the reading frame and produce functionally shorter forms of the dystrophin protein. It is an amidatomorpholino oligomer (PMO).
アンチセンス技術の分野において著しい進歩がなされているが、改善されたアンチセンスまたはアンチジーン性能を有するホスホロジアミダートモルホリノオリゴマーを調製する方法が、当該技術分野において依然として必要とされている。 Although significant advances have been made in the field of antisense technology, there is still a need in the art for methods of preparing phosphorodiamidate morpholino oligomers with improved antisense or antigene performance.
ホスホロジアミダートモルホリノオリゴマー(PMO)を調製するためのプロセスが本明細書に提供される。本明細書に記載の合成プロセスは、全体の収率および合成されるPMOの純度を維持しながら、PMO合成のスケールアップを可能にする。 A process for preparing a phosphorodiamidate morpholino oligomer (PMO) is provided herein. The synthetic process described herein allows for scale-up of PMO synthesis while maintaining overall yield and purity of PMO synthesized.
したがって、一態様では、式(A):
のオリゴマー化合物を調製するためのプロセスが本明細書に提供される。 Therefore, in one aspect, the formula (A):
A process for preparing an oligomeric compound of is provided herein.
ある実施形態では、式(G):
のオリゴマー化合物を調製するためのプロセスが本明細書に提供される。 In one embodiment, equation (G):
A process for preparing an oligomeric compound of is provided herein.
さらに別の実施形態では、例えば、式(G)のオリゴマー化合物のいくつかの実施形態を含む本開示のオリゴマー化合物は、式(XII):
のオリゴマー化合物である。 In yet another embodiment, the oligomeric compounds of the present disclosure, including, for example, some embodiments of the oligomeric compound of formula (G), are of formula (XII) :.
It is an oligomer compound of.
明確にするために、例えば、式(C)のオリゴマー化合物および式(XII)で表されるGolodirsenを含む構造式は、5’から3’への連続した構造式であり、式全体を上記の構造式に小さくまとめた形で図示する便宜上、出願人は、「中断A」および「中断B」とラベル付けされた様々な図示の中断を含めている。当業者に理解されるであろうように、例えば、「中断A」の各表示は、これらの点で構造式の図が連続することを示す。当業者は、Golodirsenを含む上記の構造式中の「中断B」の各場合についても同じであることを理解する。しかしながら、図の中断は、Golodirsenを含む上記の構造式の実際の不連続を示すことを意図するものではなく、当業者がそれらを意味すると理解するものでもない。 For clarity, for example, the structural formula containing the oligomeric compound of formula (C) and Goldirsen represented by formula (XII) is a continuous structural formula from 5'to 3', the entire formula being described above. For convenience, illustrated in small structural formulas, Applicants include various illustrated interruptions labeled "Interruption A" and "Interruption B". As will be appreciated by those skilled in the art, for example, each indication of "interruption A" indicates that the structural formula diagram is continuous at these points. Those skilled in the art will understand that the same applies to each case of "interruption B" in the above structural formula including Goldirsen. However, the interruptions in the figure are not intended to indicate the actual discontinuities of the above structural formulas, including Goldirsen, and are not understood by those of skill in the art to mean them.
モルホリノオリゴマーを調製するためのプロセスが本明細書に提供される。本明細書に記載のモルホリノオリゴマーは、天然または未修飾のオリゴヌクレオチドに対して、配列選択性を損なうことなくDNAおよびRNAへのより強い親和性を示す。いくつかの実施形態では、本開示のモルホリノオリゴマーは、RNase Hによる切断を最小化するか、または防ぐ。いくつかの実施形態では、本開示のモルホリノオリゴマーは、RNase Hを活性化しない。 A process for preparing a morpholino oligomer is provided herein. The morpholino oligomers described herein exhibit stronger affinity for DNA and RNA for natural or unmodified oligonucleotides without compromising sequence selectivity. In some embodiments, the morpholino oligomers of the present disclosure minimize or prevent cleavage by RNase H. In some embodiments, the morpholino oligomers of the present disclosure do not activate RNase H.
本明細書に記載のプロセスは、工業スケールのプロセスに有利であり、高収率および高スケール(例えば、約1kg、約1~10kg、約2~10kg、約5~20kg、約10~20kg、または約10~50kg)で多量のモルホリノオリゴマーを調製するのに適用され得る。 The processes described herein are advantageous for industrial scale processes and are high yield and high scale (eg, about 1 kg, about 1-10 kg, about 2-10 kg, about 5-20 kg, about 10-20 kg, Or about 10-50 kg) and can be applied to prepare large amounts of morpholino oligomers.
定義
本開示の記載に使用された様々な用語の定義を以下に列挙する。これらの定義は、特定の場合に、個別にまたはより大きな群の一部として、別段の限定がない限り、本明細書および特許請求の範囲を通して使用される用語に適用される。
Definitions The definitions of the various terms used in the description of this disclosure are listed below. These definitions apply, in particular cases, individually or as part of a larger group, to terms used throughout the specification and claims, unless otherwise specified.
「塩基保護された」または「塩基保護」は、モルホリノサブユニット上の塩基対形成基、例えばプリンまたはピリミジン塩基を、段階的オリゴマー合成中に塩基対形成基の反応または干渉を防ぐのに適した保護基で保護することを指す。(塩基保護されたモルホリノサブユニットの例は、以下に示すシトシンアミノ基上にCBZ保護基を有する活性化Cサブユニット化合物(C)である。) "Base-protected" or "base-protected" is suitable for preventing the reaction or interference of base pair-forming groups on morpholino subunits, such as purine or pyrimidine bases, during stepwise oligomer synthesis. Refers to protection with a protecting group. (An example of a base-protected morpholino subunit is the activated C subunit compound (C) having a CBZ protecting group on the cytosine amino group shown below.)
「活性化ホスホロアミダート基」は、典型的には、オリゴマー中の最終的なホスホロジアミダート連結に望ましい窒素での置換を有する、クロロホスホロアミダート基である。例は、(ジメチルアミノ)クロロホスホロアミダート、すなわち、-O-P(=O)(NMe2)Clである。 An "activated phosphoramidate group" is typically a chlorophosphoroamidate group having a desired nitrogen substitution in the final phosphoramidate linkage in the oligomer. An example is (dimethylamino) chlorophosphoroamidate, ie-OP (= O) (NMe 2 ) Cl.
用語「支持体に結合した」は、支持媒体に共有結合的に連結した化学物質を指す。 The term "bound to a support" refers to a chemical that is covalently linked to a support medium.
用語「支持媒体」は、例えば、その上にオリゴマーが付着もしくは合成され得るか、またはオリゴマーの付着もしくは合成のために修飾され得る任意の粒子、ビーズ、または表面を含む任意の材料を指す。代表的な基材としては、ガラスおよび修飾または官能化ガラス、プラスチック(アクリル、ポリスチレンおよびスチレンと他の材料とのコポリマー、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリブチレン、ポリウレタン、テフロン(登録商標)などを含む)、多糖類、ナイロンまたはニトロセルロース、セラミックス、樹脂、シリコンおよび修飾シリコンを含むシリカまたはシリカ系材料、炭素、金属、無機ガラス、プラスチック、光ファイバ束、ならびに様々な他のポリマーなどの無機支持体ならびに有機支持体が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態に特に有用な支持媒体および固体表面はフローセル装置内に位置する。本明細書に記載のプロセスのいくつかの実施形態では、支持媒体は、1%ジビニルベンゼン架橋ポリスチレンを含む。 The term "support medium" refers to any material, including, for example, any particles, beads, or surfaces on which an oligomer can be attached or synthesized, or which can be modified for attachment or synthesis of an oligomer. Typical substrates include glass and modified or functionalized glass, plastics (including copolymers of acrylic, polystyrene and styrene with other materials, polypropylene, polyethylene, polybutylene, polyurethane, Teflon®, etc.), poly. Inorganic supports and organic supports such as silica or silica-based materials including saccharides, nylon or nitrocellulose, ceramics, resins, silicon and modified silicon, carbon, metals, inorganic glass, plastics, optical fiber bundles, and various other polymers. The body is mentioned, but not limited to these. Support media and solid surfaces that are particularly useful in some embodiments are located within the flow cell device. In some embodiments of the process described herein, the supporting medium comprises 1% divinylbenzene crosslinked polystyrene.
いくつかの実施形態では、代表的な支持媒体は、オリゴマーの付着または合成のための少なくとも1つの反応部位を含む。例えば、いくつかの実施形態では、本開示の支持媒体は、オリゴマーを付着または合成するために、入ってくるサブユニットまたは他の活性化された基と化学結合を形成することができる1つまたは複数の末端アミノまたはヒドロキシル基を含む。 In some embodiments, the representative support medium comprises at least one reaction site for oligomer attachment or synthesis. For example, in some embodiments, the supporting medium of the present disclosure is one or one capable of forming a chemical bond with an incoming subunit or other activated group for attachment or synthesis of an oligomer. Contains multiple terminal amino or hydroxyl groups.
本明細書に記載のプロセスに適しているいくつかの代表的な支持媒体としては、以下:コントロールドポアガラス(controlled pore glass)(CPG)、オキサリルコントロールドポアガラス(例えば、Alul, et al., Nucleic Acids Research 1991, 19, 1527を参照)、トリクロロ-[3-(4-クロロメチル)フェニル]プロピルシランと多孔質ガラスビーズとの反応によって形成されるもののような、多孔質ガラスビーズおよびシリカゲルなどのシリカ含有粒子(Parr and Grohmann, Angew. Chem. Internal. Ed. 1972, 11, 314を参照、商標「PORASIL E」でWaters Associates, Framingham, Mass., USAにより販売)、1,4-ジヒドロキシメチルベンゼンとシリカとのモノエステル(Bayer and Jung, Tetrahedron Lett., 1970, 4503を参照、商標「BIOPAK」でWaters Associatesにより販売)、
TENTAGEL(例えば、Wright, et al., Tetrahedron Letters 1993, 34, 3373を参照)、架橋スチレン/ジビニルベンゼンコポリマービーズマトリックス、またはPOROS、ポリスチレン/ジビニルベンゼンのコポリマー(Perceptive Biosystemsから入手可能)、ポリエチレングリコール PEGのような可溶性支持媒体(Bonora et al., Organic Process Research & Development, 2000, 4, 225-231を参照)、ペンダント長鎖ポリスチレン(PS)グラフトを有するポリエチレン(PE)フィルムであるPEPS支持体(Berg, et al., J. Am. Chem. Soc.,1989, 111, 8024および国際特許出願公開WO 1990/02749を参照)、既知の量のN-tert-ブトキシカルボニル-ベータ-アラニル-N’-アクリロイルヘキサメチレンジアミンを含む、N、N’-ビスアクリロイルエチレンジアミンと架橋したジメチルアクリルアミドのコポリマー(Atherton, et al., J. Am. Chem. Soc., 1975, 97, 6584, Bioorg. Chem. 1979, 8, 351,およびJ. C. S. Perkin I 538 (1981)を参照)、疎水性架橋スチレンポリマーで被覆されたガラス粒子(Scott, et al., J. Chrom. Sci., 1971, 9, 577を参照)、ポリスチレンをグラフトされたフッ化エチレンポリマー(Kent and Merrifield, Israel J. Chem. 1978, 17, 243およびvan Rietschoten in Peptides 1974, Y. Wolman, Ed., Wiley and Sons, New York, 1975, pp. 113-116を参照)、ヒドロキシプロピルアクリレート被覆ポリプロピレン膜(Daniels, et al., Tetrahedron Lett.1989, 4345)、アクリル酸グラフトポリエチレンロッド(Geysen, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1984, 81, 3998)、伝統的に使用されているポリマービーズを含有する「ティーバッグ」(Houghten, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1985, 82, 5131)、ならびにそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
Some representative supporting media suitable for the processes described herein include: controlled pore glass (CPG), oxalyl controlled pore glass (eg, Allul, et al.). , Nuclear Acids Research 1991, 19, 1527), Porous glass beads and silica gel, such as those formed by the reaction of trichloro- [3- (4-chloromethyl) phenyl] propylsilane to porous glass beads. Silica gel-containing particles such as (Parr and Grohmann, Angew. Chem. International. Ed. 1972, 11, 314, under the trademark "POLASIL E", Waters Associates, Framingham, sold by Mass. 1, USA, USA). Monoester of methylbenzene and silica (see Bayer and Jung, Tetrahedron Lett., 1970, 4503, sold by Waters Associates under the trademark "BIOPAK"),
TENTAGEL (see, eg, Wright, et al., Tetrahedron Letters 1993, 34, 3373), crosslinked styrene / divinylbenzene copolymer bead matrix, or POROS, polystyrene / divinylbenzene copolymer (available from Perceptive Biosystems), polyethylene glycol PEG. Soluble support medium (see Bonora et al., Organic Process Research & Development, 2000, 4, 225-231), a polyethylene (PE) film with a pendant long-chain polystyrene (PS) graft (PEPS support) (see See Berg, et al., J. Am. Chem. Soc., 1989, 111, 8024 and International Patent Application Publication WO 1990/02749), known amounts of N-tert-butoxycarbonyl-beta-alanyl-N'. -Copolymer of dimethylacrylamide crosslinked with N, N'-bisacryloylethylenediamine, including acryloylhexamethylenediamine (Atherton, et al., J. Am. Chem. Soc., 1975, 97, 6584, Bioorg. Chem. 1979. , 8, 351 and J.C. S. Perkin I 538 (1981)), glass particles coated with hydrophobic crosslinked styrene polymer (Scott, et al., J. Chrom. Sci., 1971, 9). , 577), polystyrene-grafted ethylene fluoropolymer (Kent and Merrifield, Israel J. Chem. 1978, 17, 243 and van Rietschoten in Polyethylene 1974, Y. Wolman, Ed. , 1975, pp. 113-116), hydroxypropyl acrylate-coated polystyrene film (Daniels, et al., Tetrahedron Lett. 1989, 4345), acrylate-grafted polyethylene rods (Geysen, et al., Proc. Natl. Acad). Sci. USA, 1984, 81, 399 8) A "tea bag" containing traditionally used polymer beads (Houghten, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1985, 82, 5131), and combinations thereof, but are not limited thereto.
用語「フローセル装置」は、1つまたは複数の流体試薬(例えば、液体もしくは気体)を流すことができる表面(例えば、固体表面)を含むチャンバを指す。 The term "flow cell device" refers to a chamber comprising a surface (eg, a solid surface) through which one or more fluid reagents (eg, liquid or gas) can flow.
用語「脱ブロッキング剤」は、保護基を除去するための化学酸または化学酸の組み合わせを含む組成物(例えば、溶液)を指す。脱ブロッキング剤に使用される例示的な化学酸としては、ハロゲン化酸、例えば、クロロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸、フルオロ酢酸、ジフルオロ酢酸、およびトリフルオロ酢酸が挙げられる。いくつかの実施形態では、脱ブロッキング剤は、例えば、オリゴマー、支持体に結合したオリゴマー、支持体に結合したサブユニット、または他の保護された窒素もしくは酸素部分から、1つまたは複数のトリチル基を除去する。 The term "deblocking agent" refers to a composition (eg, a solution) comprising a chemical acid or a combination of chemical acids for removing a protecting group. Exemplary chemical acids used in deblocking agents include halogenated acids such as chloroacetic acid, dichloroacetic acid, trichloroacetic acid, fluoroacetic acid, difluoroacetic acid, and trifluoroacetic acid. In some embodiments, the deblocking agent is one or more trityl groups from, for example, an oligomer, an oligomer bound to a support, a subunit bound to a support, or another protected nitrogen or oxygen moiety. To remove.
用語「ハロゲン」および「ハロ」は、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素からなる群から選択される原子を指す。 The terms "halogen" and "halo" refer to atoms selected from the group consisting of fluorine, chlorine, bromine and iodine.
用語「キャッピング剤」は、例えば、入ってくるサブユニットまたは他の活性化された基と化学結合を形成する支持媒体の、反応部位をブロックするのに有用な酸無水物(例えば、無水安息香酸、無水酢酸、フェノキシ酢酸無水物など)を含む組成物(例えば、溶液)を指す。 The term "capping agent" is an acid anhydride useful for blocking the reaction site of, for example, a supporting medium that forms a chemical bond with an incoming subunit or other activated group (eg, benzoic anhydride). , Acetic anhydride, phenoxyacetic anhydride, etc.) refers to a composition (eg, solution).
用語「切断剤」は、例えば、支持体に結合したオリゴマーを支持媒体から切断するのに有用な化学塩基(アンモニアもしくは1,8-ジアザビシクロウンデカ-7-エン)または化学塩基の組み合わせを含む組成物(例えば、液体溶液もしくは気体混合物)を指す。 The term "cleaving agent" refers, for example, to a combination of chemical bases (ammonia or 1,8-diazabicycloundec-7-ene) or chemical bases useful for cleaving oligomers attached to a support from a support medium. Refers to a composition comprising (eg, a liquid solution or a gas mixture).
用語「脱保護剤」は、保護基を除去するのに有用な化学塩基(アンモニア、1,8-ジアザビシクロウンデカ-7-エンもしくは炭酸カリウム)または化学塩基の組み合わせを含む組成物(例えば、液体溶液もしくは気体混合物)を指す。例えば、脱保護剤は、いくつかの実施形態では、例えばモルホリノサブユニット、モルホリノオリゴマーのモルホリノサブユニット、またはそれらの支持体に結合した形から塩基保護を除去し得る。 The term "deprotecting agent" is a composition comprising a chemical base (ammonia, 1,8-diazabicycloundec-7-ene or potassium carbonate) or a combination of chemical bases useful for removing the protecting group (eg,). , Liquid solution or gas mixture). For example, the deprotecting agent may, in some embodiments, remove the base protection from, for example, the morpholino subunit, the morpholino subunit of the morpholino oligomer, or the form bound to their support.
用語「溶媒」は、溶質がその中に溶解される溶液または混合物の成分を指す。溶媒は、無機または有機溶媒(例えば、酢酸、アセトン、アセトニトリル、アセチルアセトン、2-アミノエタノール、アニリン、アニソール、ベンゼン、ベンゾニトリル、ベンジルアルコール、1-ブタノール、2-ブタノール、i-ブタノール、2-ブタノン、t-ブチルアルコール、二硫化炭素、四塩化炭素、クロロベンゼン、クロロホルム、シクロヘキサン、シクロヘキサノール、シクロヘキサノン、フタル酸ジ-n-ブチル、1,1-ジクロロエタン、1,2-ジクロロエタン、ジエチルアミン、ジエチレングリコール、ジグリム、ジメトキシエタン(グリム)、N,N-ジメチルアニリン、ジメチルホルムアミド、ジメチルフタレート、ジメチルスルホキシド、ジオキサン、エタノール、エーテル、酢酸エチル、アセト酢酸エチル、安息香酸エチル、エチレングリコール、グリセリン、ヘプタン、1-ヘプタノール、ヘキサン、1-ヘキサノール、メタノール、酢酸メチル、メチルt-ブチルエーテル、塩化メチレン、1-オクタノール、ペンタン、1-ペンタノール、2-ペンタノール、3-ペンタノール、2-ペンタノン、3-ペンタノン、1-プロパノール、2-プロパノール、ピリジン、テトラヒドロフラン、トルエン、水、p-キシレン)であってよい。 The term "solvent" refers to a component of a solution or mixture in which a solute is dissolved. The solvent may be an inorganic or organic solvent (eg acetic acid, acetone, acetonitrile, acetylacetone, 2-aminoethanol, aniline, anisole, benzene, benzonitrile, benzyl alcohol, 1-butanol, 2-butanol, i-butanol, 2-butanol. , T-butyl alcohol, carbon disulfide, carbon tetrachloride, chlorobenzene, chloroform, cyclohexane, cyclohexanol, cyclohexanone, di-n-butyl phthalate, 1,1-dichloroethane, 1,2-dichloroethane, diethylamine, diethylene glycol, diglycim , Dimethoxyethane (Glym), N, N-dimethylaniline, dimethylformamide, dimethylphthalate, dimethylsulfoxide, dioxane, ethanol, ether, ethyl acetate, ethyl acetoacetate, ethyl benzoate, ethylene glycol, glycerin, heptane, 1-heptanol , Hexan, 1-hexanol, methanol, methyl acetate, methyl t-butyl ether, methylene chloride, 1-octanol, pentan, 1-pentanol, 2-pentanol, 3-pentanol, 2-pentanone, 3-pentanone, 1 -Propanol, 2-propanol, pyridine, tetrahydrofuran, toluene, water, p-xylene).
語句「モルホリノオリゴマー」および「ホスホロジアミダートモルホリノオリゴマー」または「PMO」は、1つのサブユニットのモルホリノ窒素を隣接するサブユニットの5’-環外炭素に接合するホスホロジアミダート連結によって共に連結されたモルホリノサブユニットを有するオリゴマーを指す。各モルホリノサブユニットは、核酸塩基特異的水素結合によって標的中の核酸塩基に結合するのに有効な核酸塩基対形成部分を含む。 The phrases "morpholino oligomer" and "phosphologiamidate morpholino oligomer" or "PMO" are linked together by a phosphorodiamidate linkage that joins the morpholino nitrogen of one subunit to the 5'-external carbon of the adjacent subunit. Refers to an oligomer having a morpholino subunit. Each morpholinosubunit contains a nucleobase pairing moiety that is effective for binding to a nucleobase in a target by a nucleobase-specific hydrogen bond.
用語「EG3テール」は、例えば、その3’末端または5’末端でオリゴマーにコンジュゲートしたトリエチレングリコール部分を指す。例えば、いくつかの実施形態では、オリゴマーの3’末端にコンジュゲートした「EG3テール」は、構造:
のものであり得る。 The term "EG3 tail" refers, for example, to a triethylene glycol moiety conjugated to an oligomer at its 3'end or 5'end. For example, in some embodiments, the "EG3 tail" conjugated to the 3'end of the oligomer is a structure:
Can be
用語「約(about)」または「およそ(approximately)」は、関連する対象領域の有識者によって一般に理解されるが、ある状況では、所与の値または範囲の±10%以内または±5%以内を意味し得る。 The terms "about" or "approximately" are commonly understood by experts in the relevant area of study, but in some situations within ± 10% or within ± 5% of a given value or range. Can mean.
モルホリノオリゴマーを調製するためのプロセス
合成は一般に、本明細書に記載されているように、支持媒体上で調製される。一般に、第1のシントン(例えば、モルホリノサブユニットのようなモノマー)をまず支持媒体に付着させ、その後、支持体に結合したシントンにサブユニットを連続的にカップリングすることによってオリゴマーを合成する。この反復伸長は、最終的に最終オリゴマー化合物をもたらす。好適な支持媒体は、可溶性もしくは不溶性であり得、または成長している支持体結合ポリマーが、所望のように溶液中もしくは溶液外のいずれかに存在できるように、異なる溶媒中で変化する溶解度を有してもよい。伝統的な支持媒体は大部分が不溶性であり、オリゴマーが目標の長さに達するまで、試薬および溶媒が成長鎖と反応および/または成長鎖を洗浄し、その後、このオリゴマーが支持体から切断され、必要に応じてさらに加工されて最終ポリマー化合物が生成される間、常に反応容器中に置かれる。より最近のアプローチは、可溶性ポリマー支持体を含む可溶性支持体を導入し、反復合成された生成物を合成の所望の点で沈殿および溶解させることができる(Gravert et al., Chem. Rev.,1997,97,489-510)。
Processes for preparing morpholino oligomers Synthesis is generally prepared on a support medium, as described herein. Generally, the oligomer is synthesized by first attaching a first synthon (eg, a monomer such as a morpholino subunit) to a support medium and then continuously coupling the subunit to the synthons bound to the support. This repeated extension ultimately results in the final oligomer compound. A suitable support medium can be soluble or insoluble, or has a varying solubility in different solvents so that the growing support-bound polymer can be present either in solution or out of solution as desired. You may have. Traditional support media are largely insoluble, with reagents and solvents reacting with the growth chain and / or washing the growth chain until the oligomer reaches the target length, after which the oligomer is cleaved from the support. It is always placed in the reaction vessel while it is further processed as needed to produce the final polymer compound. More recent approaches can introduce soluble supports, including soluble polymer supports, to precipitate and dissolve the iteratively synthesized product at the desired point of synthesis (Gravert et al., Chem. Rev., 1997,97,489-510).
モルホリノオリゴマーを調製するためのプロセスが本明細書に提供される)。 A process for preparing a morpholino oligomer is provided herein).
したがって、一態様では、式(II):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を調製するためのプロセスが本明細書に提供され、
プロセスは、式(A1):
(式中、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択される)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(II)の化合物を形成することを含む。 Therefore, in one aspect, formula (II) :.
A process for preparing a compound (where R 1 is a supporting medium in the formula) is provided herein.
The process is the formula (A1) :.
(In the formula, R 1 is a support medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl) in contact with a deblocking agent of formula (II). Includes forming compounds.
別の態様では、式(A3):
(式中、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択される)の化合物を調製するためのプロセスが本明細書に提供され、
プロセスは、式(II):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を式(A2):
(式中、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択される)の化合物と接触させて式(A3)の化合物を形成することを含む。 In another embodiment, the formula (A3):
A process for preparing a compound of (in the formula, R 1 is the supporting medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl) is provided herein. ,
The process is in equation (II) :.
The compound of the formula (in the formula, R 1 is a support medium) is represented by the formula (A2) :.
In the formula, R 3 comprises contacting with a compound of the formula (selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl) to form the compound of formula (A3).
さらに別の態様では、式(IV):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を調製するためのプロセスが本明細書に提供され、
プロセスは、式(A3):
(式中、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択される)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(IV)の化合物を形成することを含む。 In yet another embodiment, formula (IV) :.
A process for preparing a compound (where R 1 is a supporting medium in the formula) is provided herein.
The process is the formula (A3) :.
(In the formula, R 1 is a support medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl) in contact with a deblocking agent of formula (IV). Includes forming compounds.
さらに別の態様では、式(A5):
(式中、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は以下:
からなる群から選択される)の化合物を調製するためのプロセスが本明細書に提供され、
プロセスは、式(IV):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を式(A4):
(式中、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は以下:
からなる群から選択される)の化合物と接触させて式(A5)の化合物を形成することを含む。 In yet another embodiment, the formula (A5):
(In the formula, R 1 is the supporting medium, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is:
A process for preparing a compound (selected from the group consisting of) is provided herein.
The process is in equation (IV) :.
The compound of the formula (in the formula, R 1 is a support medium) is represented by the formula (A4) :.
(In the formula, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is:
It involves contacting with a compound of formula (A5) to form a compound of formula (A5).
別の態様では、式(A9):
(式中、nは10~40の整数であり、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される)の化合物を調製するためのプロセスが本明細書に提供され、
プロセスは、
(a)式(IV):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を式(A4):
(式中、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は以下:
からなる群から選択される)の化合物と接触させて式(A5):
(式中、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は以下:
からなる群から選択される)の化合物を形成するステップ、ならびに
(b)以下の連続したステップのn-1回の反復を実施するステップであって、
(b1)直前のステップによって形成された生成物を脱ブロッキング剤と接触させるステップ、および
(b2)直前のステップによって形成された化合物を式(A8):
(式中、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は、以下:
からなる群から選択される)の化合物と接触させて式(A9)の化合物を形成するステップ
の連続したステップのn-1回の反復を実施するステップ
の連続したステップを含む。 In another embodiment, the formula (A9):
(In the formula, n is an integer of 10-40, R 1 is the supporting medium, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, where R 4 is each occurrence. Independently about:
A process for preparing a compound (selected from the group consisting of) is provided herein.
The process,
(A) Equation (IV):
The compound of the formula (in the formula, R 1 is a support medium) is represented by the formula (A4) :.
(In the formula, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is:
(Selected from the group consisting of) in contact with the compound of formula (A5) :.
(In the formula, R 1 is the supporting medium, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is:
A step of forming a compound (selected from the group consisting of) and (b) a step of performing n-1 iterations of the following consecutive steps.
(B1) The step of contacting the product formed by the immediately preceding step with the deblocking agent, and (b2) the compound formed by the immediately preceding step of formula (A8) :.
(In the formula, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is:
Includes a series of steps of performing n-1 iterations of a series of steps of contacting with a compound of formula (A9) to form a compound of formula (A9).
さらに別の態様では、式(A10):
(式中、nは10~40の整数であり、R1は支持媒体であり、R4は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される)の化合物を調製するためのプロセスが本明細書に提供され、
プロセスは、式(A9):
(式中、nは10~40の整数であり、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(A10)の化合物を形成することを含む。 In yet another embodiment, the formula (A10):
(In the equation, n is an integer from 10 to 40, R 1 is the supporting medium, and R 4 is independent for each appearance, and so on:
A process for preparing a compound (selected from the group consisting of) is provided herein.
The process is the formula (A9) :.
(In the formula, n is an integer of 10-40, R 1 is the supporting medium, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, where R 4 is each occurrence. Independently about:
It comprises contacting a compound of (selected from the group consisting of) with a deblocking agent to form a compound of formula (A10).
さらに別の態様では、式(A11):
(式中、nは10~40の整数であり、R4は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される)の化合物を調製するためのプロセスが本明細書に提供され、
プロセスは、式(A10):
(式中、nは10~40の整数であり、R1は支持媒体であり、R4は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される)の化合物を切断剤と接触させて式(A11)の化合物を形成することを含む。 In yet another embodiment, the formula (A11):
(In the equation, n is an integer from 10 to 40, and R4 is independent for each occurrence, and the following:
A process for preparing a compound (selected from the group consisting of) is provided herein.
The process is the formula (A10) :.
(In the equation, n is an integer from 10 to 40, R 1 is the supporting medium, and R 4 is independent for each appearance, and so on:
It comprises contacting a compound of (selected from the group consisting of) with a cleavage agent to form a compound of formula (A11).
別の態様では、式(A):
(式中、nは10~40の整数であり、各R2は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される)のオリゴマー化合物を調製するためのプロセスが本明細書に提供され、
プロセスは、式(A11):
(式中、nは10~40の整数であり、R4は、各出現について独立して、以下:
,
からなる群から選択される)の化合物を脱保護剤と接触させて式(A)のオリゴマー化合物を形成することを含む。 In another embodiment, the formula (A):
(In the equation, n is an integer from 10 to 40, and each R 2 is independent for each occurrence, and the following:
A process for preparing an oligomer compound (selected from the group consisting of) is provided herein.
The process is the formula (A11) :.
(In the equation, n is an integer from 10 to 40, and R4 is independent for each occurrence, and the following:
,,
It comprises contacting a compound of (selected from the group consisting of) with a deprotecting agent to form an oligomeric compound of formula (A).
別の態様では、式(A):
(式中、nは10~40の整数であり、各R2は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される)のオリゴマー化合物を調製するためのプロセスが本明細書に提供され、プロセスは、
(a)式(A1):
(式中、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択される)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(II):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(b)式(II)の化合物を式(A2):
(式中、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択される)の化合物と接触させて式(A3):
(式中、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択される)の化合物を形成するステップ;
(c)式(A3)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(IV):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(d)式(IV)の化合物を式(A4):
(式中、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は以下:
からなる群から選択される)の化合物と接触させて式(A5):
(式中、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は以下:
からなる群から選択される)の化合物を形成するステップ;
(e)以下の連続したステップのn-1回の反復を実施するステップであって、
(e1)直前のステップによって形成された生成物を脱ブロッキング剤と接触させるステップ、および
(e2)直前のステップによって形成された化合物を式(A8):
(式中、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は、式(A8)の各化合物について独立して、以下:
からなる群から選択される)の化合物と接触させて式(A9):
(式中、nは10~40の整数であり、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される)の化合物を形成するステップ
の連続したステップのn-1回の反復を実施するステップ;ならびに
(f)式(A9)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(A10):
(式中、nは10~40の整数であり、R1は支持媒体であり、R4は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される)の化合物を形成するステップ;
(g)式(A10)の化合物を切断剤と接触させて式(A11):
(式中、nは10~40の整数であり、R4は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される)の化合物を形成するステップ;ならびに
(h)式(A11)の化合物を脱保護剤と接触させて式(A)のオリゴマー化合物を形成するステップ
の連続したステップを含む。 In another embodiment, the formula (A):
(In the equation, n is an integer from 10 to 40, and each R 2 is independent for each occurrence, and the following:
A process for preparing an oligomeric compound (selected from the group consisting of) is provided herein.
(A) Equation (A1):
The compound of (in the formula, R 1 is the supporting medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl) is contacted with the deblocking agent to formulate (II) :.
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(B) The compound of the formula (II) is represented by the formula (A2) :.
(In the formula, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl) in contact with the compound of formula (A3):.
(In the formula, R 1 is the supporting medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl).
(C) The compound of the formula (A3) is brought into contact with the deblocking agent to formulate (IV):
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(D) The compound of the formula (IV) is represented by the formula (A4) :.
(In the formula, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is:
(Selected from the group consisting of) in contact with the compound of formula (A5) :.
(In the formula, R 1 is the supporting medium, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is:
The step of forming a compound (selected from the group consisting of);
(E) A step of performing n-1 iterations of the following consecutive steps.
(E1) The step of contacting the product formed by the immediately preceding step with the deblocking agent, and (e2) the compound formed by the immediately preceding step of formula (A8) :.
(In the formula, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is independently for each compound of formula (A8), and the following:
(Selected from the group consisting of) in contact with the compound of formula (A9) :.
(In the formula, n is an integer of 10-40, R 1 is the supporting medium, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, where R 4 is each occurrence. Independently about:
A step of performing n-1 iterations of a series of steps to form a compound of formula (selected from the group consisting of); as well as contacting the compound of formula (f) formula (A9) with a deblocking agent to formulate (f). A10):
(In the equation, n is an integer from 10 to 40, R 1 is the supporting medium, and R 4 is independent for each appearance, and so on:
The step of forming a compound (selected from the group consisting of);
(G) The compound of the formula (A10) is brought into contact with the cutting agent to formulate (A11) :.
(In the equation, n is an integer from 10 to 40, and R4 is independent for each occurrence, and the following:
The step of forming a compound of formula (A); and the step of contacting the compound of formula (A11) with a deprotecting agent to form an oligomeric compound of formula (A). ..
一実施形態では、ステップ(d)またはステップ(e2)は、それぞれ式(IV)の化合物または直前のステップによって形成された化合物を、キャッピング剤と接触させることをさらに含む。 In one embodiment, step (d) or step (e2) further comprises contacting the compound of formula (IV) or the compound formed by the previous step, respectively, with a capping agent.
別の実施形態では、各ステップは少なくとも1つの溶媒の存在下で実施される。 In another embodiment, each step is performed in the presence of at least one solvent.
さらに別の実施形態では、各ステップで使用される脱ブロッキング剤は、ハロゲン化酸を含む溶液である。 In yet another embodiment, the deblocking agent used in each step is a solution containing a halogenated acid.
さらに別の実施形態では、各ステップで使用される脱ブロッキング剤は、シアノ酢酸である。 In yet another embodiment, the deblocking agent used in each step is cyanoacetic acid.
別の実施形態では、ハロゲン化酸は、クロロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸、フルオロ酢酸、ジフルオロ酢酸、およびトリフルオロ酢酸からなる群から選択される。 In another embodiment, the halogenated acid is selected from the group consisting of chloroacetic acid, dichloroacetic acid, trichloroacetic acid, fluoroacetic acid, difluoroacetic acid, and trifluoroacetic acid.
別の実施形態では、ハロゲン化酸は、トリフルオロ酢酸である。 In another embodiment, the halogenated acid is trifluoroacetic acid.
さらに別の実施形態では、ステップ(a)、(c)、(e)および(g1)の少なくとも1つは、各ステップの脱ブロックされた化合物を中和剤と接触させるステップをさらに含む。 In yet another embodiment, at least one of steps (a), (c), (e) and (g1) further comprises contacting the deblocked compound of each step with a neutralizing agent.
さらに別の実施形態では、ステップ(a)、(c)、(e)および(g1)の各々は、各ステップの脱ブロックされた化合物を中和剤と接触させるステップをさらに含む。 In yet another embodiment, each of steps (a), (c), (e) and (g1) further comprises contacting the deblocked compound of each step with a neutralizing agent.
別の実施形態では、中和剤はジクロロメタンおよびイソプロピルアルコールを含む溶液中に存在する。 In another embodiment, the neutralizer is present in a solution containing dichloromethane and isopropyl alcohol.
さらに別の実施形態では、中和剤はモノアルキル、ジアルキル、またはトリアルキルアミンである。 In yet another embodiment, the neutralizing agent is a monoalkyl, dialkyl, or trialkylamine.
さらに別の実施形態では、中和剤はN,N-ジイソプロピルエチルアミンである。 In yet another embodiment, the neutralizing agent is N, N-diisopropylethylamine.
別の実施形態では、各ステップで使用される脱ブロッキング剤は、4-シアノピリジン、ジクロロメタン、トリフルオロ酢酸、トリフルオロエタノール、および水を含む溶液である。 In another embodiment, the deblocking agent used in each step is a solution containing 4-cyanopyridine, dichloromethane, trifluoroacetic acid, trifluoroethanol, and water.
さらに別の実施形態では、キャッピング剤は、エチルモルホリンおよびメチルピロリジノンを含む溶液中に存在する。 In yet another embodiment, the capping agent is present in a solution containing ethyl morpholine and methylpyrrolidinone.
さらに別の実施形態では、キャッピング剤は酸無水物である。 In yet another embodiment, the capping agent is acid anhydride.
別の実施形態では、酸無水物は無水安息香酸である。 In another embodiment, the acid anhydride is benzoic anhydride.
別の実施形態では、式(A4)および式(A8)の化合物は、各々独立して、エチルモルホリンおよびジメチルイミダゾリジノンを含む溶液中に存在する。 In another embodiment, the compounds of formula (A4) and formula (A8) are independently present in a solution containing ethyl morpholine and dimethylimidazolidinone.
別の実施形態では、切断剤は、ジチオトレイトールおよび1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エンを含む。 In another embodiment, the cleavage agent comprises dithiothreitol and 1,8-diazabicyclo [5.4.0] undec-7-ene.
さらに別の実施形態では、切断剤は、N-メチル-2-ピロリドンを含む溶液中に存在する。 In yet another embodiment, the cleavage agent is present in a solution containing N-methyl-2-pyrrolidone.
さらに別の実施形態では、脱保護剤はNH3を含む。 In yet another embodiment, the deprotecting agent comprises NH 3 .
さらに別の実施形態では、脱保護剤は水溶液中に存在する。 In yet another embodiment, the deprotecting agent is present in aqueous solution.
さらに別の実施形態では、支持媒体は、1%ジビニルベンゼン架橋ポリスチレンを含む。 In yet another embodiment, the supporting medium comprises 1% divinylbenzene crosslinked polystyrene.
別の実施形態では、式(A4)の化合物は式(A4a):
の化合物であり、式中、
R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
R4は、以下:
から選択される。 In another embodiment, the compound of formula (A4) is of formula (A4a) :.
In the formula,
R3 is selected from the group consisting of trityl , monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl.
R4 is as follows:
Is selected from.
別の実施形態では、式(A5)の化合物は式(A5a):
の化合物であり、式中、
R1は支持媒体であり、
R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
R4は、以下:
から選択される。 In another embodiment, the compound of formula (A5) is of formula (A5a) :.
In the formula,
R 1 is a support medium and
R3 is selected from the group consisting of trityl , monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl.
R4 is as follows:
Is selected from.
さらに別の実施形態では、式(A8)の化合物は式(A8a):
の化合物であり、式中、
R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
R4は、式(A8a)の化合物の各出現で独立して、以下:
からなる群から選択される。 In yet another embodiment, the compound of formula (A8) is of formula (A8a) :.
In the formula,
R3 is selected from the group consisting of trityl , monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl.
R4 is independent of each appearance of the compound of formula (A8a),
It is selected from the group consisting of.
さらに別の実施形態では、式(A9)の化合物は式(A9a):
の化合物であり、式中、
nは10~40の整数であり、
R1は支持媒体であり、
R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
R4は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される。 In yet another embodiment, the compound of formula (A9) is of formula (A9a) :.
In the formula,
n is an integer of 10 to 40,
R 1 is a support medium and
R3 is selected from the group consisting of trityl , monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl.
R4 is independent for each appearance,
It is selected from the group consisting of.
別の実施形態では、式(A10)の化合物は式(A10a):
の化合物であり、式中、
nは10~40の整数であり、
R1は支持媒体であり、
R4は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される。 In another embodiment, the compound of formula (A10) is of formula (A10a) :.
In the formula,
n is an integer of 10 to 40,
R 1 is a support medium and
R4 is independent for each appearance,
It is selected from the group consisting of.
別の実施形態では、式(A11)の化合物は式(A11a):
の化合物であり、式中、
nは10~40の整数であり、
R4は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される。 In another embodiment, the compound of formula (A11) is of formula (A11a) :.
In the formula,
n is an integer of 10 to 40,
R4 is independent for each appearance,
It is selected from the group consisting of.
式(A)のオリゴマー化合物の実施形態では、nは30であり、R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
であり、
式(A)のオリゴマー化合物は式(G):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩である。 In an embodiment of the oligomeric compound of formula (A), n is 30 and R 2 is from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
And
The oligomer compound of formula (A) is of formula (G) :.
Compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
Golodirsenは、以前はそのコード名「SPR-4053」で知られており、5’-GTTGCCTCCGGTTCTGAAGGTGTTC-3’(配列番号1)の塩基配列を有するPMOである。Golodirsenは、CAS登録番号1422959-91-8で登録されている。化学名としては、all-P-ambo-[P,2’,3’-トリデオキシ-P-(ジメチルアミノ)-2’,3’-イミノ-2’,3’-セコ](2’a→5’)(G-T-T-G-C-C-T-C-C-G-G-T-T-C-T-G-A-A-G-G-T-G-T-T-C) 5’-[4-({2-[2-(2-ヒドロキシエトキシ)エトキシ]エトキシ}カルボニル)-N,N-ジメチルピペラジン-1-ホスホンアミダート]が挙げられる。 Goldirsen is a PMO previously known by its code name "SPR-4053" and having the base sequence of 5'-GTTGCCTCCGGTTCTGAGGTGTTC-3'(SEQ ID NO: 1). Goldirsen is registered under CAS Registry Number 1422959-91-8. The chemical name is all-P-ambo- [P, 2', 3'-trideoxy-P- (dimethylamino) -2', 3'-imino-2', 3'-seco] (2'a → 5') (GT-T-G-C-C-C-C-C-G-G-T-T-C-T-G-A-A-G-G-T-GT- TC) 5'-[4-({2- [2- (2-hydroxyethoxy) ethoxy] ethoxy} carbonyl) -N, N-dimethylpiperazine-1-phosphonamidate] can be mentioned.
Golodirsenは以下の構造:
を有し、以下の化学構造:
によっても表される。 Greendirsen has the following structure:
Has the following chemical structure:
Also represented by.
Golodirsenは式(XII):
の構造によっても表され得る。 Golden is the formula (XII):
It can also be represented by the structure of.
したがって、上記のプロセスの一実施形態では、式(A)のオリゴマー化合物は式(G):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩である。 Therefore, in one embodiment of the above process, the oligomeric compound of formula (A) is of formula (G) :.
Compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
さらに別の実施形態では、式(G)のオリゴマー化合物は式(XII):
のオリゴマー化合物、またはその医薬的に許容される塩である。 In yet another embodiment, the oligomeric compound of formula (G) is of formula (XII) :.
Oligomer compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
さらに別の実施形態では、R3は、各出現で、トリチルである。 In yet another embodiment, R 3 is trityl at each appearance.
Golodirsenを調製するためのプロセス
Golodirsenを調製するためのプロセスが本明細書に提供される。
Process for Preparing Greendirsen A process for preparing Greendirsen is provided herein.
一態様では、式(G):
のオリゴマー化合物を調製するためのプロセスが本明細書に提供され、
プロセスは、
(a)式(I):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(II):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(b)式(II)の化合物を化合物(B):
と接触させて式(III):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(c)式(III)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(IV):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(d)式(IV)の化合物を式(DPG):
の化合物と接触させて式(V):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(e)式(V)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(VI):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(f)式(VI)の化合物を式(T):
の化合物と接触させて式(VII):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(g)以下の連続したステップの23回の反復を実施するステップであって、
(g1)直前のステップによって形成された生成物を脱ブロッキング剤と接触させるステップ、および
(g2)直前のステップによって形成された化合物を式(VIII):
(式中、R2は、式(VIII)の各化合物について独立して、以下:
からなる群から選択され、各反復1~23について、R2は、以下:
である)の化合物と接触させて式(IX):
(式中、
R1は支持媒体であり、
R2は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である)の化合物を形成するステップ
の連続したステップの23回の反復を実施するステップ;
(h)式(IX)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(X):
(式中、
R1は支持媒体であり、
R2は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である)の化合物を形成するステップ;
(i)式(X)の化合物を切断剤と接触させて式(XI):
(式中、R2は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である)の化合物を形成するステップ;ならびに
(j)式(XI)の化合物を脱保護剤と接触させて式(G)のオリゴマー化合物を形成するステップ
の連続したステップを含む。 In one aspect, equation (G):
The process for preparing the oligomeric compounds of is provided herein.
The process,
(A) Formula (I):
The compound of (in the formula, R 1 is a support medium) is brought into contact with the deblocking agent to formulate (II) :.
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(B) The compound of the formula (II) is compounded with the compound (B):
In contact with equation (III):
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(C) The compound of formula (III) is brought into contact with a deblocking agent to formulate (IV) :.
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(D) The compound of the formula (IV) is represented by the formula (DPG) :.
In contact with the compound of formula (V):
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(E) The compound of the formula (V) is brought into contact with the deblocking agent to formulate (VI) :.
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
The compound of the formula (f) formula (VI) is represented by the formula (T) :.
In contact with the compound of formula (VII) :.
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(G) A step of performing 23 iterations of the following consecutive steps.
(G1) The step of contacting the product formed by the immediately preceding step with the deblocking agent, and (g2) the compound formed by the immediately preceding step of formula (VIII) :.
(In the formula, R 2 is independently for each compound of the formula (VIII), and the following:
Selected from the group consisting of, for each iteration 1-23, R2 is:
In contact with the compound of formula (IX) :.
(During the ceremony,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent for each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
A step of performing 23 iterations of a series of steps to form a compound;
(H) The compound of the formula (IX) is brought into contact with the deblocking agent to form the formula (X):
(During the ceremony,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent for each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
The step of forming the compound of);
(I) The compound of formula (X) is brought into contact with a cutting agent to formulate (XI) :.
(In the formula, R 2 is independent for each appearance, and:
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
The steps include the steps of forming the compound of formula (G); as well as the step of contacting the compound of formula (XI) with a deprotecting agent to form the oligomeric compound of formula (G).
一実施形態では、ステップ(d)、ステップ(f)、ステップ(g2)またはそれらの組み合わせは、それぞれ式(IV)の化合物、式(VI)の化合物または直前のステップによって形成された化合物を、キャッピング剤と接触させることをさらに含む。 In one embodiment, step (d), step (f), step (g2) or a combination thereof is a compound of formula (IV), a compound of formula (VI) or a compound formed by the immediately preceding step, respectively. Further includes contacting with a capping agent.
ある実施形態では、ステップ(d)、ステップ(f)、ステップ(g2)の各々は、それぞれ式(IV)の化合物、式(VI)の化合物または直前のステップによって形成された化合物を、キャッピング剤と接触させることをさらに含む。 In certain embodiments, each of step (d), step (f), and step (g2) caps the compound of formula (IV), the compound of formula (VI), or the compound formed by the previous step, respectively. Further includes contacting with.
別の実施形態では、各ステップは少なくとも1つの溶媒の存在下で実施される。 In another embodiment, each step is performed in the presence of at least one solvent.
さらに別の実施形態では、各ステップで使用される脱ブロッキング剤は、ハロゲン化酸を含む溶液である。 In yet another embodiment, the deblocking agent used in each step is a solution containing a halogenated acid.
さらに別の実施形態では、各ステップで使用される脱ブロッキング剤は、シアノ酢酸である。 In yet another embodiment, the deblocking agent used in each step is cyanoacetic acid.
別の実施形態では、ハロゲン化酸は、クロロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸、フルオロ酢酸、ジフルオロ酢酸、およびトリフルオロ酢酸からなる群から選択される。 In another embodiment, the halogenated acid is selected from the group consisting of chloroacetic acid, dichloroacetic acid, trichloroacetic acid, fluoroacetic acid, difluoroacetic acid, and trifluoroacetic acid.
さらに別の実施形態では、ハロゲン化酸は、トリフルオロ酢酸である。 In yet another embodiment, the halogenated acid is trifluoroacetic acid.
さらに別の実施形態では、ステップ(c)、(e)および(g1)の少なくとも1つは、各ステップの脱ブロックされた化合物を中和剤と接触させるステップをさらに含む。 In yet another embodiment, at least one of steps (c), (e) and (g1) further comprises contacting the deblocked compound of each step with a neutralizing agent.
別の実施形態では、ステップ(c)、(e)および(g1)の各々は、各ステップの脱ブロックされた化合物を中和剤と接触させるステップをさらに含む。 In another embodiment, each of steps (c), (e) and (g1) further comprises contacting the deblocked compound of each step with a neutralizing agent.
さらに別の実施形態では、中和剤はジクロロメタンおよびイソプロピルアルコールを含む溶液中に存在する。 In yet another embodiment, the neutralizer is present in a solution containing dichloromethane and isopropyl alcohol.
さらに別の実施形態では、中和剤はモノアルキル、ジアルキル、またはトリアルキルアミンである。 In yet another embodiment, the neutralizing agent is a monoalkyl, dialkyl, or trialkylamine.
別の実施形態では、中和剤はN,N-ジイソプロピルエチルアミンである。 In another embodiment, the neutralizing agent is N, N-diisopropylethylamine.
さらに別の実施形態では、各ステップで使用される脱ブロッキング剤は、4-シアノピリジン、ジクロロメタン、トリフルオロ酢酸、トリフルオロエタノール、および水を含む溶液である。 In yet another embodiment, the deblocking agent used in each step is a solution containing 4-cyanopyridine, dichloromethane, trifluoroacetic acid, trifluoroethanol, and water.
さらに別の実施形態では、キャッピング剤は、エチルモルホリンおよびメチルピロリジノンを含む溶液中に存在する。 In yet another embodiment, the capping agent is present in a solution containing ethyl morpholine and methylpyrrolidinone.
別の実施形態では、キャッピング剤は酸無水物である。 In another embodiment, the capping agent is acid anhydride.
さらに別の実施形態では、酸無水物は無水安息香酸である。 In yet another embodiment, the acid anhydride is benzoic anhydride.
さらに別の実施形態では、式(VIII)の化合物、式(DPG)の化合物および化合物(F)は、各々独立して、エチルモルホリンおよびジメチルイミダゾリジノンを含む溶液中に存在する。 In yet another embodiment, the compound of formula (VIII), the compound of formula (DPG) and the compound (F) are independently present in a solution containing ethyl morpholine and dimethylimidazolidinone, respectively.
別の実施形態では、切断剤は、ジチオトレイトールおよび1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エンを含む。 In another embodiment, the cleavage agent comprises dithiothreitol and 1,8-diazabicyclo [5.4.0] undec-7-ene.
さらに別の実施形態では、切断剤は、N-メチル-2-ピロリドンを含む溶液中に存在する。 In yet another embodiment, the cleavage agent is present in a solution containing N-methyl-2-pyrrolidone.
さらに別の実施形態では、脱保護剤はNH3を含む。 In yet another embodiment, the deprotecting agent comprises NH 3 .
別の実施形態では、脱保護剤は水溶液中に存在する。 In another embodiment, the deprotecting agent is present in aqueous solution.
さらに別の実施形態では、支持媒体は、1%ジビニルベンゼン架橋ポリスチレンを含む。 In yet another embodiment, the supporting medium comprises 1% divinylbenzene crosslinked polystyrene.
別の実施形態では、式(DPG)の化合物は式(DPG1)の化合物である。
別の実施形態では、式(V)の化合物は式(Va):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物である。 In another embodiment, the compound of formula (V) is of formula (Va) :.
(In the formula, R 1 is a supporting medium).
別の実施形態では、式(T)の化合物は式(T1)の化合物である。
別の実施形態では、式(VII)の化合物は式(VIIa):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物である。 In another embodiment, the compound of formula (VII) is of formula (VIIa) :.
(In the formula, R 1 is a supporting medium).
別の実施形態では、式(VIII)の化合物は式(VIIIa):
(式中、R2は、式(VIIIa)の各化合物について独立して、以下:
からなる群から選択される)の化合物である。 In another embodiment, the compound of formula (VIII) is of formula (VIIIa) :.
(In the formula, R 2 is independently for each compound of the formula (VIIIa), and the following:
(Selected from the group consisting of) compounds.
別の実施形態では、式(IX)の化合物は式(IXa):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩であり、式中、
R1は支持媒体であり、
R2は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である。 In another embodiment, the compound of formula (IX) is of formula (IXa) :.
Compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, in the formula,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent of each appearance,
Selected from the group consisting of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is.
別の実施形態では、式(X)の化合物は式(Xa):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩であり、式中、
R1は支持媒体であり、
R2は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である。 In another embodiment, the compound of formula (X) is of formula (Xa) :.
Compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, in the formula,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent of each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is.
別の実施形態では、式(XI)の化合物は式(XIa):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩であり、式中、
R2は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である。 In another embodiment, the compound of formula (XI) is of formula (XIa) :.
Compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, in the formula,
R 2 is independent of each appearance,
Selected from the group consisting of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is.
別の実施形態では、式(VI)の化合物は式(VIa):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物である。 In another embodiment, the compound of formula (VI) is of formula (VIa) :.
(In the formula, R 1 is a supporting medium).
さらに別の実施形態では、式(G)のオリゴマー化合物は式(XII)のオリゴマー化合物である。
別の態様では、式(A5):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩が本明細書に提供され、式中、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は以下:
からなる群から選択される。 In another embodiment, the formula (A5):
Compounds, or pharmaceutically acceptable salts thereof, are provided herein, wherein R 1 is the supporting medium and R 3 is from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl. Selected, R4 is below:
It is selected from the group consisting of.
いくつかの実施形態では、式(A5)の化合物は式(A5a):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩であり、式中、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は以下:
からなる群から選択される。 In some embodiments, the compound of formula (A5) is of formula (A5a) :.
In the formula, R 1 is the supporting medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, R 4 Is below:
It is selected from the group consisting of.
別の態様では、式(V):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩が本明細書に提供され、式中、R1は支持媒体である。 In another embodiment, the formula (V):
A compound of, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, is provided herein, in which R1 is the supporting medium.
いくつかの実施形態では、式(V)の化合物は式(Va):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩であり、式中、R1は支持媒体である。 In some embodiments, the compound of formula (V) is of formula (Va) :.
A compound of, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein R 1 is a supporting medium in the formula.
別の態様では、式(VI):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩が本明細書に提供され、式中、R1は支持媒体である。 In another embodiment, the formula (VI):
A compound of, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, is provided herein, in which R1 is the supporting medium.
いくつかの実施形態では、式(VI)の化合物は式(VIa):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩であり、式中、R1は支持媒体である。 In some embodiments, the compound of formula (VI) is of formula (VIa) :.
A compound of, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein R 1 is a supporting medium in the formula.
別の態様では、式(VII):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩が本明細書に提供され、式中、R1は支持媒体である。 In another embodiment, formula (VII) :.
A compound of, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, is provided herein, in which R1 is the supporting medium.
いくつかの実施形態では、式(VII)の化合物は式(VIIa):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩であり、式中、R1は支持媒体である。 In some embodiments, the compound of formula (VII) is of formula (VIIa) :.
A compound of, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein R 1 is a supporting medium in the formula.
別の態様では、式(IX):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩が本明細書に提供され、式中、
R1は支持媒体であり、
R2は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である。 In another aspect, formula (IX) :.
Compounds, or pharmaceutically acceptable salts thereof, are provided herein in the formula.
R 1 is a support medium and
R 2 is independent of each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is.
一実施形態では、式(IX)の化合物は式(IXa):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩であり、式中、
R1は支持媒体であり、
R2は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である。 In one embodiment, the compound of formula (IX) is of formula (IXa) :.
Compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, in the formula,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent of each appearance,
Selected from the group consisting of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is.
別の態様では、式(A9):
nは10~40の整数であり、
R1は支持媒体であり、
R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
R4は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択される。 In another embodiment, the formula (A9):
n is an integer of 10 to 40,
R 1 is a support medium and
R3 is selected from the group consisting of trityl , monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl.
R4 is independent for each appearance,
It is selected from the group consisting of.
一実施形態では、式(A9)の化合物は式(A9a):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩であり、式中、
nは10~40の整数であり、
R1は支持媒体であり、
R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
R4は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択される。 In one embodiment, the compound of formula (A9) is of formula (A9a) :.
Compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, in the formula,
n is an integer of 10 to 40,
R 1 is a support medium and
R3 is selected from the group consisting of trityl , monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl.
R4 is independent for each appearance,
It is selected from the group consisting of.
別の態様では、式(X):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩が本明細書に提供され、式中、
R1は支持媒体であり、
R2は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である。 In another embodiment, formula (X) :.
Compounds, or pharmaceutically acceptable salts thereof, are provided herein in the formula.
R 1 is a support medium and
R 2 is independent of each appearance,
Selected from the group consisting of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is.
一実施形態では、式(X)の化合物は式(Xa):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩であり、式中、
R1は支持媒体であり、
R2は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である。 In one embodiment, the compound of formula (X) is of formula (Xa) :.
Compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, in the formula,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent of each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is.
別の態様では、式(A10):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩が本明細書に提供され、式中、
nは10~40の整数であり、
R1は支持媒体であり、
R4は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択される。 In another embodiment, the formula (A10):
Compounds, or pharmaceutically acceptable salts thereof, are provided herein in the formula.
n is an integer of 10 to 40,
R 1 is a support medium and
R4 is independent for each appearance,
It is selected from the group consisting of.
一実施形態では、式(A10)の化合物は式(A10a):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩であり、式中、
nは10~40の整数であり、
R1は支持媒体であり、
R4は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択される。 In one embodiment, the compound of formula (A10) is of formula (A10a) :.
Compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, in the formula,
n is an integer of 10 to 40,
R 1 is a support medium and
R4 is independent for each appearance,
It is selected from the group consisting of.
これらの化合物の別の実施形態では、支持媒体は、1%ジビニルベンゼン架橋ポリスチレンを含む。 In another embodiment of these compounds, the supporting medium comprises 1% divinylbenzene crosslinked polystyrene.
別の態様では、式(XI):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩が本明細書に提供され、式中、
R2は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である。 In another embodiment, formula (XI) :.
Compounds, or pharmaceutically acceptable salts thereof, are provided herein in the formula.
R 2 is independent of each appearance,
Selected from the group consisting of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is.
一実施形態では、式(XI)の化合物は式(XIa):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩であり、式中、
R2は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である。 In one embodiment, the compound of formula (XI) is of formula (XIa) :.
Compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, in the formula,
R 2 is independent of each appearance,
Selected from the group consisting of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is.
別の態様では、式(A11):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩が本明細書に提供され、式中、
nは10~40の整数であり、
R4は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択される。 In another aspect, formula (A11):
Compounds, or pharmaceutically acceptable salts thereof, are provided herein in the formula.
n is an integer of 10 to 40 and
R4 is independent for each appearance,
It is selected from the group consisting of.
一実施形態では、式(A11)の化合物は式(A11a):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩であり、式中、
nは10~40の整数であり、
R4は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択される。 In one embodiment, the compound of formula (A11) is of formula (A11a) :.
Compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, in the formula,
n is an integer of 10 to 40,
R4 is independent for each appearance,
It is selected from the group consisting of.
オリゴマー
モルホリノベースのサブユニットの重要な特性としては、1)安定な、非荷電、または正に帯電した骨格連結によってオリゴマー形態で連結する能力;2)形成されたポリマーが標的RNAを含む相補塩基標的核酸とハイブリダイズすることができるようにヌクレオチド塩基(例えば、アデニン、シトシン、グアニン、チミジン、ウラシル、5-メチル-シトシン、およびヒポキサンチン)を支持する能力;3)オリゴマーが哺乳類細胞中に能動的または受動的に輸送される能力;ならびに4)オリゴマーおよびオリゴマー:RNAヘテロ二本鎖のRNAseおよびRNase H分解にそれぞれ耐える能力が挙げられる。
Oligomers Key properties of morpholino-based subunits include 1) the ability to ligate in oligomeric form by stable, uncharged, or positively charged skeletal linkages; 2) complementary base targets where the polymer formed contains the target RNA. Ability to support nucleotide bases (eg, adenin, cytosine, guanine, thymidine, uracil, 5-methyl-citosin, and hypoxanthin) so that they can hybridize with nucleic acids; 3) oligomers are active in mammalian cells. Or the ability to be passively transported; and 4) oligomers and oligomers: the ability to withstand RNA heteroduplex RNAse and RNase H degradation, respectively.
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、塩基修飾または置換を含有する。例えば、本明細書に記載のアンチセンスオリゴマーの結合親和性を増加させるために、特定の核酸塩基が選択されてもよい。5-メチルシトシン置換は、核酸二本鎖の安定性を0.6~1.2℃上昇させることが示されており、本明細書に記載のアンチセンスオリゴマーに組み込まれてもよい。一実施形態では、オリゴマーの少なくとも1つのピリミジン塩基は、5-置換ピリミジン塩基を含み、ピリミジン塩基は、シトシン、チミンおよびウラシルからなる群から選択される。一実施形態では、5-置換ピリミジン塩基は5-メチルシトシンである。別の実施形態では、オリゴマーの少なくとも1つのプリン塩基は、ヒポキサンチンを含む。 In some embodiments, the antisense oligomer contains a base modification or substitution. For example, specific nucleobases may be selected to increase the binding affinity of the antisense oligomers described herein. 5-Methylcytosine substitution has been shown to increase the stability of the nucleic acid double strand by 0.6-1.2 ° C and may be incorporated into the antisense oligomers described herein. In one embodiment, the at least one pyrimidine base of the oligomer comprises a 5-substituted pyrimidine base and the pyrimidine base is selected from the group consisting of cytosine, thymine and uracil. In one embodiment, the 5-substituted pyrimidine base is 5-methylcytosine. In another embodiment, the at least one purine base of the oligomer comprises hypoxanthine.
モルホリノベースのオリゴマー(アンチセンスオリゴマーを含む)は、例えば、米国特許第5,698,685号、第5,217,866号、第5,142,047号、第5,034,506号、第5,166,315号、第5,185,444号、第5,521,063号、第5,506,337号、第8,299,206号および第8,076,476号、国際特許出願公開WO/2009/064471およびWO/2012/043730、ならびにSummerton et al.(1997、Antisense and Nucleic Acid Drug Development,7,187-195)に詳述されており、これらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。 Morphorino-based oligomers (including antisense oligomers) include, for example, US Pat. Nos. 5,698,685, 5,217,866, 5,142,047, 5,034,506, No. 5,166,315, 5,185,444, 5,521,063, 5,506,337, 8,299,206 and 8,076,476, international patent applications Published WO / 2009/064471 and WO / 2012/0437330, and Summerton et al. (1997, Antisense and Nucleic Acid Drug Development, 7, 187-195), each of which is incorporated herein by reference in its entirety.
本開示のオリゴマー化合物は、不斉中心、キラル軸、およびキラル面を有してもよく(例えば、E. L. Eliel and S. H. Wilen, Stereo-chemistry of Carbon Compounds, John Wiley & Sons, New York, 1994, pages 1119-1190、およびMarch, J., , Advanced Organic Chemistry, 3d. Ed., Chap. 4, John Wiley & Sons, New York (1985)に記載されているような)、光学異性体を含むすべての可能な異性体およびそれらの混合物に関して、ラセミ体、ラセミ混合物として、および個々のジアステレオマーとして、生じてもよい。その立体化学のいかなる指示もなく本明細書に具体的に述べられた本開示のオリゴマー化合物は、すべての可能な異性体およびそれらの混合物を表すことを意図している。 The oligomeric compounds of the present disclosure may have an asymmetric center, a chiral axis, and a chiral plane (eg, EL Eliel and S. H. Wilen, Stereo-chemistry of Carbon Compounds, John Willey & Sons, New York, 1994, pages 1119-1190, and March, J.,, Advanced Organic Chemistry, 3d. Ed., Chap. 4, John Wiley & Sons, 198, as described in New (198) Optical. With respect to all possible isomers, including isomers, and mixtures thereof, they may occur as chiral forms, as racemic mixtures, and as individual diastereomers. The oligomeric compounds of the present disclosure specifically described herein without any indication of their stereochemistry are intended to represent all possible isomers and mixtures thereof.
具体的には、いかなる特定の理論にも縛られることを望むものではないが、本開示のオリゴマー化合物は、本明細書に記載されるように、式(VIII):
の化合物のような非限定的な例などを含む活性化モルホリノサブユニットから調製され、式中、R2は、式(VIII)の各化合物について独立して、以下:
からなる群から選択される。 Specifically, without wishing to be bound by any particular theory, the oligomeric compounds of the present disclosure are, as described herein, in formula (VIII) :.
Prepared from activated morpholino subunits, including non-limiting examples such as the compounds of, in the formula, R 2 is independently for each compound of formula (VIII):
It is selected from the group consisting of.
上述の式(VIII)の化合物の各々は、例えば、以下に示すような対応するベータ-D-リボフラノシルから調製されてもよい。
Summerton et al., Antisense & Nucleic Acid Drug Dev. 7:187-195 (1997)を参照されたい。いかなる特定の理論にも縛られることなく、2つのキラル炭素の立体化学は、例えば、アルファ-L-リボフラノシル、アルファ-D-リボフラノシル、ベータ-L-リボフラノシル、またはベータ-D-リボフラノシル出発物質の選択に基づいて、各モルホリノサブユニットの多くの可能な立体異性体が生成され得るように、合成条件下で保持される。 Each of the compounds of formula (VIII) described above may be prepared, for example, from the corresponding beta-D-ribofuranosyl as shown below.
Summerton et al. , Antisense & Nucleic Acid Drag Dev. 7: 187-195 (1997). Without being bound by any particular theory, the stereochemistry of the two chiral carbons is, for example, the selection of alpha-L-ribofuranosyl, alpha-D-ribofuranosyl, beta-L-ribofuranosyl, or beta-D-ribofuranosyl starting material. Based on, it is retained under synthetic conditions so that many possible stereoisomers of each morpholino subunit can be produced.
例えば、いくつかの実施形態では、本開示の式(VIII)の化合物は、式(VIIIa):
の化合物であってもよく、式中、R2は、式(VIIIa)の各化合物について独立して、以下:
からなる群から選択される。 For example, in some embodiments, the compounds of formula (VIII) of the present disclosure are of formula (VIIIa) :.
In the formula, R 2 is independently used for each compound of the formula (VIIIa), and the following:
It is selected from the group consisting of.
いかなる特定の理論にも縛られることを望むものではないが、10~40個の式(VIII)の化合物の、例えば本開示のオリゴマー化合物中への組み込みは、多数の可能な立体異性体をもたらし得る。 Incorporation of 10-40 compounds of formula (VIII) into, for example, the oligomeric compounds of the present disclosure, without wishing to be bound by any particular theory, results in a number of possible stereoisomers. obtain.
いかなる特定の理論にも縛られることを望むものではないが、本開示のオリゴマー化合物は1つまたは複数のリン含有サブユニット間を含み、それは各リンでキラル中心を作り出し、その各々は、当該技術分野で理解されているように、「Sp」または「Rp」立体配置と名付けられる。いかなる特定の理論にも縛られることを望むものではないが、このキラリティは、同一の化学組成を有するが、それらの原子の3次元配置が異なる立体異性体を作り出す。 Without wishing to be bound by any particular theory, the oligomeric compounds of the present disclosure include between one or more phosphorus-containing subunits, which create a chiral center at each phosphorus, each of which is the art. As is understood in the art, it is named "Sp" or "Rp" subunit arrangement. Without wishing to be bound by any particular theory, this chirality produces stereoisomers with the same chemical composition but different three-dimensional arrangements of their atoms.
いかなる特定の理論にも縛られることを望むものではないが、各リンサブユニット間連結の立体配置は、例えば、本開示のオリゴマー化合物の合成中にランダムに生じる。いかなる特定の理論にも縛られることを望むものではないが、本開示のオリゴマー化合物は、多数のリンサブユニット間連結で構成され、各リンサブユニット間連結はランダムなキラル立体配置を有するため、合成プロセスは、本開示のオリゴマー化合物の指数関数的に多くの立体異性体を生み出す。具体的には、いかなる特定の理論にも縛られることを望むものではないが、付加されるモルホリノサブユニットの各サブユニット間連結は、生成物の立体異性体の数を2倍にするので、本開示のオリゴマー化合物の従来通りの調製物は、実際は、2N個の立体異性体(Nはリンサブユニット間連結の数を表す)の非常に不均一な混合物である。 Without wishing to be bound by any particular theory, the configuration of each phosphorus subunit linkage occurs, for example, randomly during the synthesis of the oligomeric compounds of the present disclosure. Although not bound by any particular theory, the oligomeric compounds of the present disclosure are composed of a large number of phospho-subunit linkages, each of which has a random chiral configuration. The synthetic process produces many stereoisomers exponentially in the oligomeric compounds of the present disclosure. Specifically, we do not want to be bound by any particular theory, but since the subunit-to-subunit linkages of the added morpholino subunits double the number of product stereoisomers. The conventional preparation of the oligomeric compounds of the present disclosure is in fact a very heterogeneous mixture of 2 N stereoisomers, where N represents the number of linkages between the phosphorus subunits.
したがって、別段の指示がない限り、例えば、1つまたは複数の立体中心からの1つまたは複数の結合が、当該技術分野で理解されるであろうように、「-」または「~~」または等価物で示されるような場合、ジアステレオマーおよびエナンチオマーの混合物、ならびに純粋なエナンチオマーおよびジアステレオマーを含む、すべてのそのような異性体が含まれる。 Thus, unless otherwise indicated, for example, one or more bonds from one or more stereocenters are "-" or "~~" or as will be understood in the art. Where indicated by equivalents, a mixture of diastereomers and enantiomers, as well as all such isomers, including pure enantiomers and diastereomers, are included.
表1は、本明細書に記載のプロセスで提供されるモルホリノサブユニットの様々な実施形態を示す。
実施例
実施例は、例示の目的のために、および本開示のある特定の実施形態を説明するために、以下に記載されている。しかしながら、特許請求の範囲は、本明細書に記載された実施例によって何ら限定されるものではない。開示された実施形態に対する様々な変更および修正は当業者には明らかであり、本開示の化学構造、置換基、誘導体、配合物または方法に関するものを含むがこれらに限定されないそのような変更および修正が、本開示の趣旨および添付の特許請求の範囲から逸脱することなくなされてもよい。本明細書のスキーム中の構造における変数の定義は、本明細書に提示される式中の対応する位置のものに一致する。
Examples Examples are described below for purposes of illustration and to illustrate certain embodiments of the present disclosure. However, the scope of claims is not limited by the examples described herein. Various changes and modifications to the disclosed embodiments will be apparent to those of skill in the art, including but not limited to those relating to the chemical structures, substituents, derivatives, formulations or methods of the present disclosure. However, it may be made without departing from the spirit of the present disclosure and the scope of the attached claims. The definitions of variables in the structures in the schemes herein are consistent with those at the corresponding positions in the equations presented herein.
実施例1:NCP2アンカー合成
1. 4-フルオロ-3-ニトロ安息香酸メチル(1)の調製
100Lフラスコに12.7kgの4-フルオロ-3-ニトロ安息香酸を入れ、40kgのメタノールおよび2.82kgの濃硫酸を加えた。混合物を還流(65℃)しながら36時間撹拌した。反応混合物を0℃に冷却した。38℃で結晶が生じた。混合物を0℃で4時間保持し、その後、窒素下で濾過した。100Lフラスコを洗浄し、0℃に冷却された10kgのメタノールで濾過ケーキを洗浄した。固体濾過ケーキを漏斗上で1時間乾燥し、トレーに移し、真空オーブンで室温にて一定重量まで乾燥して13.695kgの4-フルオロ-3-ニトロ安息香酸メチルとした(100%収率、HPLC 99%)。 Example 1: NCP2 anchor synthesis 1. Preparation of 4-fluoro-3-nitromethyl benzoate (1)
12.7 kg of 4-fluoro-3-nitrobenzoic acid was placed in a 100 L flask, and 40 kg of methanol and 2.82 kg of concentrated sulfuric acid were added. The mixture was stirred at reflux (65 ° C.) for 36 hours. The reaction mixture was cooled to 0 ° C. Crystals were formed at 38 ° C. The mixture was held at 0 ° C. for 4 hours and then filtered under nitrogen. The 100 L flask was washed and the filtered cake was washed with 10 kg of methanol cooled to 0 ° C. The solid filtered cake was dried on a funnel for 1 hour, transferred to a tray and dried in a vacuum oven at room temperature to a constant weight to 13.695 kg of methyl 4-fluoro-3-nitrobenzoate (100% yield, 100% yield, HPLC 99%).
2. 3-ニトロ-4-(2-オキソプロピル)安息香酸の調製
A. (Z)-メチル4-(3-ヒドロキシ-1-メトキシ-1-オキソブタ2-エン-2-イル)-3-ニトロベンゾエート(2)
100Lフラスコに、前のステップからの3.98kgの4-フルオロ-3-ニトロ安息香酸メチル(1)、9.8kgのDMF、2.81kgのアセト酢酸メチルを入れた。混合物を撹拌し、0℃に冷却した。これに3.66kgのDBUを、温度を5℃以下に維持しながら約4時間かけて加えた。混合物をさらに1時間撹拌した。反応温度を15℃以下に維持しながら、反応フラスコに37.5kgの精製水中の8.15kgのクエン酸の溶液を加えた。加えた後、反応混合物をさらに30分間撹拌し、その後、窒素下で濾過した。ウェット濾過ケーキを14.8kgの精製水と共に100Lフラスコに戻した。スラリーを10分間撹拌し、その後濾過した。ウェットケーキを再度100Lフラスコに戻し、14.8kgの精製水で10分間スラリー化し、濾過して、粗(Z)-メチル4-(3-ヒドロキシ-1-メトキシ-1-オキソブタ2-エン-2-イル)-3-ニトロベンゾエートとした。 2. 2. Preparation of 3-Nitro-4- (2-oxopropyl) Benzoic Acid A. (Z) -Methyl 4- (3-Hydroxy-1-methoxy-1-oxobuta2-en-2-yl) -3-nitrobenzoate (2)
A 100 L flask was charged with 3.98 kg of methyl 4-fluoro-3-nitrobenzoate (1) from the previous step, 9.8 kg of DMF and 2.81 kg of methyl acetoacetate. The mixture was stirred and cooled to 0 ° C. To this was added 3.66 kg of DBU over about 4 hours while maintaining the temperature below 5 ° C. The mixture was stirred for an additional hour. A solution of 8.15 kg of citric acid in 37.5 kg of purified water was added to the reaction flask while maintaining the reaction temperature below 15 ° C. After addition, the reaction mixture was stirred for an additional 30 minutes and then filtered under nitrogen. The wet filtered cake was returned to a 100 L flask with 14.8 kg of purified water. The slurry was stirred for 10 minutes and then filtered. The wet cake is returned to the 100 L flask again, slurryed with 14.8 kg of purified water for 10 minutes, filtered, and coarsely (Z) -methyl 4- (3-hydroxy-1-methoxy-1-oxobuta2-en-2). -Il) -3-Nitrobenzoate.
B. 3-ニトロ-4-(2-オキソプロピル)安息香酸
粗(Z)-メチル4-(3-ヒドロキシ-1-メトキシ-1-オキソブタ2-エン-2-イル)-3-ニトロベンゾエートを窒素下で100L反応フラスコに入れた。これに14.2kgの1,4-ジオキサンを加え、撹拌した。混合物に16.655kgの濃塩酸および13.33kgの精製水の溶液(6M HCl)を、反応混合物の温度を15℃未満に維持しながら2時間かけて加えた。加え終えたら、反応混合物を還流(80℃)しながら24時間加熱し、室温まで冷却して、窒素下で濾過した。固体濾過ケーキを14.8kgの精製水で粉砕し、濾過し、14.8kgの精製水で再度粉砕し、濾過した。固体を39.9kgのDCMと共に100Lフラスコに戻し、1時間撹拌しながら還流した。1.5kgの精製水を残っている固体を溶解するために加えた。下層の有機層を予熱した72Lフラスコに分け、その後清浄な乾燥した100Lフラスコに戻した。溶液を0℃に冷却し、1時間保持し、その後濾過した。固体濾過ケーキを2回、それぞれ9.8kgのDCMおよび5kgのヘプタンの溶液で洗浄し、その後、漏斗上で乾燥した。固体をトレーに移し、一定重量まで乾燥して1.855kgの3-ニトロ-4-(2-オキソプロピル)安息香酸とした。化合物1からの全体の収率42%。HPLC 99.45%。 B. 3-Nitro-4- (2-oxopropyl) benzoic acid
Crude (Z) -methyl 4- (3-hydroxy-1-methoxy-1-oxobuta 2-en-2-yl) -3-nitrobenzoate was placed in a 100 L reaction flask under nitrogen. 14.2 kg of 1,4-dioxane was added thereto, and the mixture was stirred. A solution of 16.655 kg of concentrated hydrochloric acid and 13.33 kg of purified water (6M HCl) was added to the mixture over 2 hours while maintaining the temperature of the reaction mixture below 15 ° C. Upon completion of the addition, the reaction mixture was heated at reflux (80 ° C.) for 24 hours, cooled to room temperature and filtered under nitrogen. The solid filtered cake was ground with 14.8 kg of purified water, filtered, reground with 14.8 kg of purified water and filtered. The solid was returned to a 100 L flask with 39.9 kg of DCM and refluxed with stirring for 1 hour. 1.5 kg of purified water was added to dissolve the remaining solid. The lower organic layer was divided into preheated 72 L flasks and then returned to a clean, dry 100 L flask. The solution was cooled to 0 ° C., held for 1 hour and then filtered. The solid filtered cake was washed twice with a solution of 9.8 kg of DCM and 5 kg of heptane, respectively, and then dried on a funnel. The solid was transferred to a tray and dried to a certain weight to give 1.855 kg of 3-nitro-4- (2-oxopropyl) benzoic acid. 42% overall yield from compound 1. HPLC 99.45%.
3. N-トリチルピペラジンコハク酸塩(NTP)の調製
72Lジャケット付きフラスコに窒素下で1.805kgの塩化トリフェニルメチルおよび8.3kgのトルエンを入れた(TPC溶液)。混合物を固体が溶解するまで撹拌した。100Lジャケット付き反応フラスコに窒素下で5.61kgのピペラジン、19.9kgのトルエン、および3.72kgのメタノールを加えた。混合物を撹拌し、0℃に冷却した。これにTPC溶液を少しずつ、反応温度を10℃以下に維持しながら4時間かけてゆっくりと加えた。混合物を10℃で1.5時間撹拌し、その後、14℃に昇温させた。32.6kgの精製水を72Lフラスコに入れ、その後、内部バッチ温度を20±5℃に維持しながら100Lフラスコに移した。層を分かれさせ、下層の水層を分離および保存した。有機層を3回、各32kgの精製水で抽出し、水層を分離し、保存しておいた水溶液と合わせた。 3. 3. Preparation of N-tritylpiperazin succinate (NTP)
1.805 kg of triphenylmethyl chloride and 8.3 kg of toluene were placed in a 72 L jacketed flask under nitrogen (TPC solution). The mixture was stirred until the solid dissolved. 5.61 kg of piperazine, 19.9 kg of toluene, and 3.72 kg of methanol were added to a reaction flask with a 100 L jacket under nitrogen. The mixture was stirred and cooled to 0 ° C. The TPC solution was slowly added thereto over 4 hours while maintaining the reaction temperature at 10 ° C. or lower. The mixture was stirred at 10 ° C. for 1.5 hours and then heated to 14 ° C. 32.6 kg of purified water was placed in a 72 L flask and then transferred to a 100 L flask while maintaining the internal batch temperature at 20 ± 5 ° C. The layers were separated and the underlying aqueous layer was separated and preserved. The organic layer was extracted 3 times with 32 kg of purified water each, the aqueous layer was separated and combined with the stored aqueous solution.
残っている有機層を18℃に冷却し、10.87kg精製水中の847gのコハク酸の溶液を有機層に少しずつゆっくりと加えた。混合物を20±5℃で1.75時間撹拌した。混合物を濾過し、固体を2kgのTBMEおよび2kgのアセトンで洗浄し、その後、漏斗上で乾燥した。濾過ケーキを2回、各5.7kgのアセトンで粉砕し、粉砕と粉砕の間に濾過し、1kgのアセトンで洗浄した。固体を漏斗上で乾燥し、その後、トレーに移し、真空オーブンで室温にて一定重量まで乾燥して2.32kgのNTPとした。収率80%。 The remaining organic layer was cooled to 18 ° C. and a solution of 847 g of succinic acid in 10.87 kg of purified water was slowly and slowly added to the organic layer. The mixture was stirred at 20 ± 5 ° C. for 1.75 hours. The mixture was filtered and the solid washed with 2 kg TBME and 2 kg acetone and then dried on a funnel. The filtered cake was ground twice with 5.7 kg of acetone each, filtered between the grounds and washed with 1 kg of acetone. The solid was dried on a funnel, then transferred to a tray and dried in a vacuum oven at room temperature to a constant weight to give 2.32 kg of NTP. Yield 80%.
4. (4-(2-ヒドロキシプロピル)-3-ニトロフェニル)(4-トリチルピペラジン-1-イル)メタノンの調製
A. 1-(2-ニトロ-4(4-トリチルピペラジン-1-カルボニル)フェニル)プロパン-2-オンの調製
100Lジャケット付きフラスコに窒素下で2kgの3-ニトロ-4-(2-オキソプロピル)安息香酸(3)、18.3kgのDCM、1.845kgのN-(3-ジメチルアミノプロピル)-N’-エチルカルボジイミド塩酸塩(EDC.HCl)を入れた。均一な混合物が形成されるまで溶液を撹拌した。3.048kgのNTPを30分以上かけて室温で加え、8時間撹拌した。5.44kgの精製水を反応混合物に加え、30分間撹拌した。層を分離させ、生成物を含有する下層の有機層を排出および保存した。水層を5.65kgのDCMで2回抽出した。合わせた有機層を4.08kgの精製水中の1.08kgの塩化ナトリウムの溶液で洗浄した。有機層を1.068kgの硫酸ナトリウムで乾燥し、濾過した。硫酸ナトリウムを1.3kgのDCMで洗浄した。合わせた有機層を252gのシリカゲルでスラリー化し、252gのシリカゲルのベッドを含有する濾過用漏斗を通して濾過した。シリカゲルベッドを2kgのDCMで洗浄した。合わせた有機層をロータリーエバポレータで留去した。4.8kgのTHFを残留物に加え、その後、THF中の粗1-(2-ニトロ-4(4-トリチルピペラジン-1-カルボニル)フェニル)プロパン-2-オンが2.5倍量に達するまでロータリーエバポレータで留去した。 4. Preparation of (4- (2-Hydroxypropyl) -3-nitrophenyl) (4-tritylpiperazin-1-yl) metanone A. Preparation of 1- (2-nitro-4 (4-tritylpiperazin-1-carbonyl) phenyl) propane-2-one
2 kg of 3-nitro-4- (2-oxopropyl) benzoic acid (3) under nitrogen in a 100 L jacketed flask, 18.3 kg of DCM, 1.845 kg of N- (3-dimethylaminopropyl) -N' -Ethylcarbodiimide hydrochloride (EDC.HCl) was added. The solution was stirred until a uniform mixture was formed. 3.048 kg of NTP was added at room temperature over 30 minutes and stirred for 8 hours. 5.44 kg of purified water was added to the reaction mixture and stirred for 30 minutes. The layers were separated and the underlying organic layer containing the product was discharged and stored. The aqueous layer was extracted twice with 5.65 kg DCM. The combined organic layers were washed with 1.08 kg of sodium chloride solution in 4.08 kg of purified water. The organic layer was dried over 1.068 kg sodium sulfate and filtered. Sodium sulfate was washed with 1.3 kg of DCM. The combined organic layers were slurryed with 252 g of silica gel and filtered through a filtration funnel containing a bed of 252 g of silica gel. The silica gel bed was washed with 2 kg of DCM. The combined organic layer was distilled off by a rotary evaporator. 4.8 kg of THF is added to the residue, after which crude 1- (2-nitro-4 (4-tritylpiperazin-1-carbonyl) phenyl) propane-2-one in THF reaches 2.5 times the amount. Distilled off with a rotary evaporator.
B. (4-(2-ヒドロキシプロピル)-3-ニトロフェニル)(4-トリチルピペラジン-1-イル)メタノン(5)の調製
100Lジャケット付きフラスコに窒素下で前のステップからの3600gの4および9800gのTHFを入れた。撹拌した溶液を5℃以下に冷却した。溶液を11525gのエタノールで希釈し、194gの水素化ホウ素ナトリウムを5℃以下で約2時間かけて加えた。反応混合物を5℃以下でさらに2時間撹拌した。約3kgの水中の約1.1kgの塩化アンモニウムの溶液を、温度を10℃以下に維持するためにゆっくりと加えることにより、反応をクエンチした。反応混合物をさらに30分間撹拌し、濾過して無機物を除去し、100Lジャケット付きフラスコに再び入れ、23kgのDCMで抽出した。有機層を分離し、水層をさらに2回、各4.7kgのDCMで抽出した。合わせた有機層を、約3kgの水中の約800gの塩化ナトリウムの溶液で洗浄し、その後2.7kgの硫酸ナトリウムで乾燥した。懸濁液を濾過し、濾過ケーキを2kgのDCMで洗浄した。合わせた濾液を2.0倍量に濃縮し、360gの酢酸エチルで希釈し、留去した。粗生成物を、窒素下でDCMで充填した4kgのシリカのシリカゲルカラムにかけ、7.2kgのDCM中の2.3kgの酢酸エチルで溶出した。合わせた画分を留去し、残留物を11.7kgのトルエンに取り入れた。トルエン溶液を濾過し、濾過ケーキを2回、各2kgのトルエンで洗浄した。濾過ケーキを一定重量まで乾燥して2.275kgの化合物5とした(化合物3からの収率46%)、HPLC 96.99%。 B. Preparation of (4- (2-Hydroxypropyl) -3-nitrophenyl) (4-tritylpiperazin-1-yl) metanone (5)
A flask with a 100 L jacket was charged with 3600 g of 4 and 9800 g of THF from the previous step under nitrogen. The stirred solution was cooled to 5 ° C. or lower. The solution was diluted with 11525 g of ethanol and 194 g of sodium borohydride was added at 5 ° C. or lower over about 2 hours. The reaction mixture was stirred at 5 ° C. or lower for an additional 2 hours. The reaction was quenched by the slow addition of about 1.1 kg of ammonium chloride solution in about 3 kg of water to keep the temperature below 10 ° C. The reaction mixture was stirred for an additional 30 minutes, filtered to remove minerals, placed back in a 100 L jacketed flask and extracted with 23 kg DCM. The organic layer was separated and the aqueous layer was extracted twice more with 4.7 kg DCM each. The combined organic layers were washed with about 800 g of sodium chloride solution in about 3 kg of water and then dried over 2.7 kg of sodium sulfate. The suspension was filtered and the filtered cake was washed with 2 kg of DCM. The combined filtrate was concentrated 2.0 times, diluted with 360 g of ethyl acetate, and distilled off. The crude product was applied to a silica gel column of 4 kg silica filled with DCM under nitrogen and eluted with 2.3 kg ethyl acetate in 7.2 kg DCM. The combined fractions were distilled off and the residue was incorporated into 11.7 kg of toluene. The toluene solution was filtered and the filtered cake was washed twice with 2 kg of toluene each. The filtered cake was dried to a constant weight to give 2.275 kg of compound 5 (46% yield from compound 3), HPLC 96.99%.
5. 炭酸2,5-ジオキソピロリジン-1-イル(1-(2-ニトロ-4-(4-トリフェニルメチルピペラジン-1-カルボニル)フェニル)プロパン-2-イル)(NCP2アンカー)の調製
100Lジャケット付きフラスコに窒素下で4.3kgの化合物5(重量は1H NMRによる残留トルエンに基づいて調整され、この後のすべての試薬はそれにしたがってスケールを合わせた)および12.7kgのピリジンを入れた。これに3.160kgのDSC(1H NMRで78.91重量%)を、内部温度を35℃以下に維持しながら入れた。反応混合物を周囲条件で約22時間熟成させ、その後濾過した。濾過ケーキを200gのピリジンで洗浄した。濾液体積の1/2を各々含む2つのバッチで、約50kgの水中の約11kgのクエン酸の溶液を含有する100Lジャケット付きフラスコに濾液をゆっくりと入れ、30分間撹拌して固体を沈殿させた。固体を濾過用漏斗で回収し、1回の洗浄につき4.3kgの水で2回洗浄し、濾過用漏斗上で真空乾燥した。 5. Preparation of 2,5-Dioxopyrrolidine-1-yl (1- (2-nitro-4- (4-triphenylmethylpiperazine-1-carbonyl) phenyl) propan-2-yl) (NCP2 anchor)
In a 100 L jacketed flask, under nitrogen 4.3 kg of compound 5 (weight adjusted based on residual toluene by 1 1 H NMR, all subsequent reagents scaled accordingly) and 12.7 kg of pyridine. I put it in. 3.160 kg of DSC (78.91% by weight by 1 1 H NMR) was added thereto while maintaining the internal temperature at 35 ° C. or lower. The reaction mixture was aged in ambient conditions for about 22 hours and then filtered. The filtered cake was washed with 200 g of pyridine. The filtrate was slowly placed in a 100 L jacketed flask containing about 11 kg of citric acid solution in about 50 kg of water in two batches each containing 1/2 of the filtrate volume and stirred for 30 minutes to precipitate the solid. .. The solid was collected in a filtration funnel, washed twice with 4.3 kg of water per wash and vacuum dried on the filtration funnel.
合わせた固体を100Lジャケット付きフラスコに入れ、28kgのDCM中に溶解させ、4.3kgの水中の900gの炭酸カリウムの溶液で洗浄した。1時間後、層を分離させ、水層を除去した。有機層を10kgの水で洗浄し、分離し、3.5kgの硫酸ナトリウムで乾燥した。DCMを濾過し、留去し、真空乾燥して6.16kgのNCP2アンカーとした(114%収率)。 The combined solids were placed in a 100 L jacketed flask, dissolved in 28 kg of DCM and washed with 4.3 kg of water in 900 g of potassium carbonate solution. After 1 hour, the layers were separated and the aqueous layer was removed. The organic layer was washed with 10 kg of water, separated and dried over 3.5 kg of sodium sulfate. The DCM was filtered, distilled off and vacuum dried to a 6.16 kg NCP2 anchor (114% yield).
実施例2:アンカー担持樹脂合成
75L固相合成反応器に、約52LのNMPおよび2600gのアミノメチルポリスチレン樹脂を入れた。樹脂をNMP中で撹拌し、約2時間膨潤させ、その後排出した。樹脂を1回の洗浄につき約39LのDCMで2回洗浄し、その後1回の洗浄につき39Lの中和溶液で2回洗浄し、その後1回の洗浄につき39LのDCMで2回洗浄した。撹拌中の樹脂溶液にNCP2アンカー溶液をゆっくりと加え、室温で24時間撹拌し、排出した。樹脂を1回の洗浄につき39LのNMPで4回洗浄し、1回の洗浄につき39LのDCMで6回洗浄した。樹脂をDEDCキャッピング溶液の1/2で30分間処理および撹拌し、排出し、2回目の1/2のDEDCキャッピング溶液で30分間処理および撹拌し、排出した。樹脂を1回の洗浄につき39LのDCMで6回洗浄し、その後オーブンで一定重量まで乾燥して3573.71gのアンカー担持樹脂とした。
Example 2: Anchor-supported resin synthesis A 75 L solid-phase synthesis reactor was charged with about 52 L of NMP and 2600 g of aminomethylpolystyrene resin. The resin was stirred in NMP, swollen for about 2 hours and then drained. The resin was washed twice with about 39 L DCM per wash, then twice with 39 L neutralization solution per wash, and then twice with 39 L DCM per wash. The NCP2 anchor solution was slowly added to the stirring resin solution, and the mixture was stirred at room temperature for 24 hours and discharged. The resin was washed 4 times with 39 L of NMP per wash and 6 times with 39 L of DCM per wash. The resin was treated, stirred and drained with 1/2 of the DEDC capping solution for 30 minutes and drained, and treated and stirred with the second 1/2 DEDC capping solution for 30 minutes and drained. The resin was washed 6 times with 39 L of DCM per wash and then dried in an oven to a certain weight to give 3573.71 g of anchor-supported resin.
実施例3:活性化EG3テールの調製
1.トリチルピペラジンフェニルカルバメート35の調製
冷却したジクロロメタン(6mL/g NTP)中のNTPの懸濁液に、水(4mL/g炭酸カリウム)中の炭酸カリウム(3.2等量)の溶液を加えた。この2相混合物に、ジクロロメタン(2g/gクロロギ酸フェニル)中のクロロギ酸フェニル(1.03等量)の溶液をゆっくりと加えた。反応混合物を20℃に加温した。反応が完了したら(1~2時間)、層を分離した。有機層を水洗し、無水炭酸カリウムで乾燥した。生成物35をアセトニトリルからの結晶化により単離した。収率=80%。 Example 3: Preparation of activated EG3 tail 1. Preparation of Trityl Piperazine Phenyl Carbamate 35
A solution of potassium carbonate (3.2 equal volumes) in water (4 mL / g potassium carbonate) was added to the suspension of NTP in chilled dichloromethane (6 mL / g NTP). A solution of phenyl chloroformate (1.03 equal volume) in dichloromethane (2 g / g phenyl chloroformate) was slowly added to this two-phase mixture. The reaction mixture was heated to 20 ° C. When the reaction was complete (1-2 hours), the layers were separated. The organic layer was washed with water and dried over anhydrous potassium carbonate. Product 35 was isolated by crystallization from acetonitrile. Yield = 80%.
2.カルバメートアルコール(36)の調製
水素化ナトリウム(1.2等量)を1-メチル-2-ピロリドン(32mL/g水素化ナトリウム)中に懸濁させた。この懸濁液にトリエチレングリコール(10.0等量)および化合物35(1.0等量)を加えた。結果として生じるスラリーを95℃に加熱した。反応が完了したら(1~2時間)、混合物を20℃に冷却した。この混合物に30%ジクロロメタン/メチルtert-ブチルエーテル(v:v)および水を加えた。生成物含有有機層をNaOH水溶液、コハク酸水溶液、および飽和塩化ナトリウム水溶液で連続して洗浄した。生成物36をジクロロメタン/メチルtert-ブチルエーテル/ヘプタンからの結晶化により単離した。収率=90%。 2. 2. Preparation of Carbamate Alcohol (36)
Sodium hydride (1.2 eq) was suspended in 1-methyl-2-pyrrolidone (32 mL / g sodium hydride). Triethylene glycol (10.0 eq) and compound 35 (1.0 eq) were added to this suspension. The resulting slurry was heated to 95 ° C. When the reaction was complete (1-2 hours), the mixture was cooled to 20 ° C. 30% dichloromethane / methyl tert-butyl ether (v: v) and water were added to this mixture. The product-containing organic layer was washed successively with aqueous NaOH solution, aqueous solution of succinic acid, and saturated aqueous sodium chloride solution. Product 36 was isolated by crystallization from dichloromethane / methyl tert-butyl ether / heptane. Yield = 90%.
3.EG3テール酸(37)の調製
テトラヒドロフラン(7mL/g 36)中の化合物36の溶液に、無水コハク酸(2.0等量)およびDMAP(0.5等量)を加えた。混合物を50℃に加熱した。反応が完了したら(5時間)、混合物を20℃に冷却し、NaHCO3水溶液でpH8.5に調整した。メチルtert-ブチルエーテルを加え、生成物を水層に抽出した。ジクロロメタンを加え、混合物をクエン酸水溶液でpH3に調整した。生成物含有有機層をpH=3のクエン酸緩衝液と飽和塩化ナトリウム水溶液との混合物で洗浄した。この37のジクロロメタン溶液を、化合物38の調製に単離せずに使用した。 3. 3. Preparation of EG3 tail acid (37)
Succinic anhydride (2.0 eq) and DMAP (0.5 eq) were added to a solution of compound 36 in tetrahydrofuran (7 mL / g 36). The mixture was heated to 50 ° C. When the reaction was complete (5 hours), the mixture was cooled to 20 ° C. and adjusted to pH 8.5 with aqueous NaHCO3 solution. Methyl tert-butyl ether was added and the product was extracted into an aqueous layer. Dichloromethane was added and the mixture was adjusted to pH 3 with aqueous citric acid. The product-containing organic layer was washed with a mixture of pH = 3 citric acid buffer and saturated aqueous sodium chloride solution. This 37 dichloromethane solution was used without isolation in the preparation of compound 38.
4.活性化EG3テール(38)の調製
化合物37の溶液に、N-ヒドロキシ-5-ノルボルネン-2,3-ジカルボン酸イミド(HONB)(1.02当量)、4-ジメチルアミノピリジン(DMAP)(0.34当量)、およびその後1-(3-ジメチルアミノプロピル)-N’-エチルカルボジイミド塩酸塩(EDC)(1.1当量)を加えた。混合物を55℃に加熱した。反応が完了したら(4~5時間)、混合物を20℃に冷却し、1:1の0.2Mクエン酸/ブラインおよびブラインで連続して洗浄した。ジクロロメタン溶液をアセトン、およびその後N,N-ジメチルホルムアミドに溶媒交換し、生成物をアセトン/N,N-ジメチルホルムアミドから飽和塩化ナトリウム水溶液への沈殿により単離した。粗生成物を水中で数回再スラリー化して残留N,N-ジメチルホルムアミドおよび塩を除去した。化合物36からの活性化EG3テール38の収率=70%。 4. Preparation of activated EG3 tail (38)
In a solution of compound 37, N-hydroxy-5-norbornen-2,3-dicarboxylic acidimide (HONB) (1.02 eq), 4-dimethylaminopyridine (DMAP) (0.34 eq), and then 1- (3-Dimethylaminopropyl) -N'-ethylcarbodiimide hydrochloride (EDC) (1.1 eq) was added. The mixture was heated to 55 ° C. When the reaction was complete (4-5 hours), the mixture was cooled to 20 ° C. and washed continuously with 1: 1 0.2 M citric acid / brine and brine. The dichloromethane solution was solvent exchanged with acetone and then with N, N-dimethylformamide, and the product was isolated by precipitation from acetone / N, N-dimethylformamide into saturated aqueous sodium chloride solution. The crude product was reslurried several times in water to remove residual N, N-dimethylformamide and salts. Yield of activated EG3 tail 38 from compound 36 = 70%.
実施例4:Golodirsen[オリゴマー化合物(XII)]粗原薬の50L固相合成
1.材料
出発物質の化学構造:
A.活性化EG3テール
B.活性化Cサブユニット(調製については、米国特許第8,067,571号を参照)
C.活性化Aサブユニット(調製については、米国特許第8,067,571号を参照)
D.活性化DPGサブユニット(調製については、WO2009/064471を参照)
E.活性化Tサブユニット(調製については、WO2013/082551を参照)
F.アンカー担持樹脂
式中、R1は支持媒体である。 Chemical structure of starting material:
A. Activated EG3 tail
B. Activated C subunit (see US Pat. No. 8,067,571 for preparation)
C. Activated A subunit (see US Pat. No. 8,067,571 for preparation)
D. Activated DPG subunit (see WO2009 / 064471 for preparation)
E. Activated T subunit (see WO2013 / 082551 for preparation)
F. Anchor-supported resin
In the formula, R 1 is a support medium.
2.Golodirsen粗原薬の合成
A.樹脂膨潤
750gのアンカー担持樹脂および10.5LのNMPを50Lのシラン処理した反応器に入れ、3時間撹拌した。NMPを排出し、アンカー担持樹脂を各5.5LのDCMで2回、各5.5Lの30% TFE/DCMで2回洗浄した。
2. 2. Synthesis of Greendisen crude drug A. Resin swelling 750 g of anchor-supported resin and 10.5 L of NMP were placed in a 50 L silane-treated reactor and stirred for 3 hours. NMP was drained and the anchor-supported resin was washed twice with 5.5 L DCM each and twice with 5.5 L 30% TFE / DCM each.
B.サイクル0:EG3テールカップリング
アンカー担持樹脂を各5.5Lの30% TFE/DCMで3回洗浄し、排出し、5.5LのCYFTA溶液で15分間洗浄し、排出し、再度5.5LのCYTFA溶液で15分間洗浄し、排出せずに122mLの1:1 NEM/DCMを入れ、懸濁液を2分間撹拌し、排出した。樹脂を5.5Lの中和溶液で10分間1回洗浄し、排出し、5.5Lの中和溶液で5分間2回洗浄し、排出し、その後各5.5LのDCMで2回洗浄し、排出した。3LのDMI中の706.2gの活性化EG3テール(MW 765.85)および234mLのNEMの溶液を樹脂に入れ、室温で3時間撹拌し、排出した。樹脂を5.5Lの中和溶液で10分間1回洗浄し、排出し、5.5Lの中和溶液で5分間1回洗浄し、排出し、5.5LのDCMで1回洗浄し、排出した。2680mLのNMP中の374.8gの無水安息香酸および195mLのNEMの溶液を入れ、15分間撹拌し、排出した。樹脂を5.5Lの中和溶液で10分間1回洗浄し、排出し、5.5Lの中和溶液で5分間1回洗浄し、排出し、5.5LのDCMで1回洗浄し、排出し、各5.5Lの30% TFE/DCMで2回洗浄した。樹脂を5.5Lの30% TFE/DCM中に懸濁させ、14時間保持した。
B. Cycle 0: EG3 tail coupling anchor-bearing resin washed 3 times with 5.5 L of each 30% TFE / DCM, drained, washed with 5.5 L of CYFTA solution for 15 minutes, drained and again at 5.5 L. Washed with CYTFA solution for 15 minutes, 122 mL of 1: 1 NEM / DCM was added without draining, the suspension was stirred for 2 minutes and drained. The resin was washed once for 10 minutes with 5.5 L of neutralization solution, drained, washed twice with 5.5 L of neutralized solution for 5 minutes, drained, and then washed twice with 5.5 L of DCM each. , Discharged. A solution of 706.2 g of activated EG3 tail (MW 765.85) and 234 mL of NEM in 3 L of DMI was placed in the resin, stirred at room temperature for 3 hours and discharged. The resin is washed once for 10 minutes with 5.5 L of neutralization solution and drained, washed once with 5.5 L of neutralized solution once for 5 minutes, drained, washed once with 5.5 L of DCM and drained. did. A solution of 374.8 g of benzoic anhydride and 195 mL of NEM in 2680 mL of NMP was added, stirred for 15 minutes and drained. The resin is washed once for 10 minutes with 5.5 L of neutralization solution and drained, washed once with 5.5 L of neutralized solution once for 5 minutes, drained, washed once with 5.5 L of DCM and drained. Then, each was washed twice with 5.5 L of 30% TFE / DCM. The resin was suspended in 5.5 L of 30% TFE / DCM and held for 14 hours.
C.サブユニットカップリングサイクル1~30
i.カップリング前処理
図1に記載されているような各カップリングサイクルの前に、樹脂を:1)30% TFE/DCMで洗浄し、2)a)CYTFA溶液で15分間処理し、排出し、b)CYTFA溶液で15分間処理して1:1 NEM/DCMを加え、撹拌し、排出し、3)中和溶液で3回撹拌し、4)DCMで2回洗浄した。表4を参照。
C. Subunit coupling cycle 1-30
i. Coupling Pretreatment Prior to each coupling cycle as described in FIG. 1, the resin is: 1) washed with 30% TFE / DCM, 2) a) treated with CYTFA solution for 15 minutes and drained. b) Treated with CYTFA solution for 15 minutes, 1: 1 NEM / DCM was added, stirred and drained, 3) stirred with neutralized solution 3 times and 4) washed twice with DCM. See Table 4.
ii.カップリング後処理
各サブユニット溶液を表4に記載されているように排出した後、樹脂を:1)DCMで洗浄し、2)30% TFE/DCMで3回洗浄した。樹脂を次のカップリングサイクルの前にある時間保持する場合、第3のTFE/DCM洗浄液を排出せず、樹脂を前述のTFE/DCM洗浄溶液中に保持した。表4を参照。
ii. Post-Coupling Treatment After draining each subunit solution as shown in Table 4, the resin was 1) washed with DCM and 2) washed 3 times with 30% TFE / DCM. When the resin was retained for some time prior to the next coupling cycle, the third TFE / DCM wash solution was not drained and the resin was retained in the aforementioned TFE / DCM wash solution. See Table 4.
iii.活性化サブユニットカップリングサイクル
カップリングサイクルを、表4に記載されているように実施した。
iii. Activation subunit coupling cycle A coupling cycle was performed as described in Table 4.
iv.最終IPA洗浄
最終カップリングステップを表4に記載されているように実施した後、樹脂を各19.5LのIPAで8回洗浄し、室温で約63.5時間、乾燥重量4857.9gまで真空乾燥した。
iv. Final IPA Cleaning After performing the final coupling steps as described in Table 4, the resin was washed 8 times with 19.5 L of IPA each and vacuumed to a dry weight of 4857.9 g for about 63.5 hours at room temperature. It was dry.
D.切断
上記樹脂結合エテプリルセン(Eteplisen)粗原薬を2つのロットに分け、各ロットを以下のように処理した。1619.3gのロットの樹脂を:1)10LのNMPと共に2時間撹拌し、その後NMPを排出し、2)各10Lの30% TFE/DCMで3回洗浄し、3)10LのCYTFA溶液で15分間処理し、4)その後、15分間10LのCYTFA溶液に130mlの1:1 NEM/DCMを加え、2分間撹拌し、排出した。樹脂を各10Lの中和溶液で3回処理し、10LのDCMで6回、各10LのNMPで8回洗浄した。樹脂を1530.4gのDTTの切断溶液および6.96LのNMP中の2980 DBUで2時間処理して樹脂からエテプリルセン(Eteplisen)粗原薬を取り外した。切断溶液を排出し、別の容器に保持した。反応器および樹脂を、4.97LのNMPで洗浄し、それを切断溶液と合わせた。
[1] mlは1:1 NEM/DCMの量を示す D. Cutting The above resin-bound Etepilsen crude drug substance was divided into two lots, and each lot was treated as follows. 1619.93 g of lot of resin is 1) stirred with 10 L of NMP for 2 hours, then drained, 2) washed 3 times with 10 L of each 30% TFE / DCM, 3) 15 with 10 L of CYTFA solution. Treatment for 1 minute, 4) Then, 130 ml of 1: 1 NEM / DCM was added to 10 L of CYTFA solution for 15 minutes, and the mixture was stirred for 2 minutes and discharged. The resin was treated 3 times with 10 L of each neutralizing solution and washed 6 times with 10 L of DCM and 8 times with 10 L of NMP each. The resin was treated with 1530.4 g of a cleavage solution of DTT and 2980 DBU in 6.96 L of NMP for 2 hours to remove the Eteplisen crude drug substance from the resin. The cutting solution was drained and held in a separate container. The reactor and resin were washed with 4.97 L of NMP and combined with the cleavage solution.
[1] ml indicates the amount of 1: 1 NEM / DCM
E.脱保護
切断溶液とNMP洗浄とを合わせたものを圧力容器に移し、冷凍庫で-10~-25℃の温度に冷やした39.8LのNH4OH(NH3・H2O)を加えた。圧力容器を密閉し、45℃に16時間加熱し、その後25℃に冷却させた。このGolodirsen粗原薬を含有する脱保護溶液を溶媒除去の前に精製水で3:1に希釈した。溶媒除去の間、脱保護溶液を2Mリン酸でpH 3.0に調整し、その後NH4OHでpH 8.03に調整した。HPLC:C18 77.552%(図1)およびSCX-10 73.768%(図2)。
E. The combination of the deprotected cutting solution and NMP washing was transferred to a pressure vessel, and 39.8 L of NH 4 OH (NH 3・ H 2 O) cooled to a temperature of −10 to -25 ° C. in a freezer was added. The pressure vessel was sealed and heated to 45 ° C. for 16 hours and then cooled to 25 ° C. The deprotected solution containing this Goodirsen crude drug substance was diluted 3: 1 with purified water prior to solvent removal. During solvent removal, the deprotected solution was adjusted to pH 3.0 with 2M phosphoric acid and then to pH 8.03 with NH 4 OH. HPLC: C18 77.552% (Fig. 1) and SCX-10 73.768% (Fig. 2).
実施例5:Golodirsen粗原薬の精製
Golodirsen粗原薬を含有する実施例4のパートEからの脱保護溶液を、ToyoPearl Super-Q 650S陰イオン交換樹脂(Tosoh Bioscience)のカラムに充填し、17カラム容積にわたって0~35%Bの勾配で溶出し(緩衝液A:10mM水酸化ナトリウム;緩衝液B:10mM水酸化ナトリウム中の1M塩化ナトリウム)、許容される純度の画分(C18およびSCX HPLC)を貯めて精製された薬物生成物溶液とした。HPLC:93.571%(C18;図3) 88.270%(SCX;図4)。
Example 5: Purification of Goldirsen crude drug substance A deprotection solution from Part E of Example 4 containing the crude drug substance of Goldirsen is filled in a column of ToyoPearl Super-Q 650S anion exchange resin (Tosoh Bioscience), and 17 Elution with a gradient of 0-35% B over column volume (buffer A: 10 mM sodium hydroxide; buffer B: 1 M sodium chloride in 10 mM sodium hydroxide) and a fraction of acceptable purity (C18 and SCX HPLC). ) Was stored and used as a purified drug product solution. HPLC: 93.571% (C18; FIG. 3) 88.270% (SCX; FIG. 4).
精製された原薬溶液を脱塩および凍結乾燥して1450.72gの精製されたGolodirsen原薬とした。収率54.56%;HPLC:93.531%(図5;C18) 88.354%(図6;SCX)。
参照による組み込み
本出願を通じて引用されるすべての参考文献の内容(文献参照、発行された特許、公開特許出願、および同時係属中の特許出願を含む)は、その全体が本明細書に明示的に組み込まれる。別段の定義がない限り、本明細書で使用されるすべての技術的および科学的用語は、当業者に一般に知られている意味と一致する。
Incorporation by Reference The content of all references cited throughout this application, including literature references, issued patents, published patent applications, and co-pending patent applications, is expressly herein in its entirety. Be incorporated. Unless otherwise defined, all technical and scientific terms used herein are consistent with those commonly known to those of skill in the art.
均等物
当業者は、本明細書に記載された開示の特定の実施形態の多くの均等物を、認識するか、または所定の実験方法だけを用いて確認することができるであろう。そのような均等物は、以下の特許請求の範囲によって包含されることが意図される。
一実施形態において、例えば、以下の項目が提供される。
(項目1)
式(A):
(式中、nは10~40の整数であり、各R 2 は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される)のオリゴマー化合物を調製するためのプロセスであって、以下の連続したステップ:
(a)式(A1):
(式中、R 1 は支持媒体であり、R 3 はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択される)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(II):
(式中、R 1 は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(b)式(II)の化合物を式(A2):
(式中、R 3 はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択される)の化合物と接触させて式(A3):
(式中、R 1 は支持媒体であり、R 3 はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択される)の化合物を形成するステップ;
(c)式(A3)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(IV):
(式中、R 1 は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(d)式(IV)の化合物を式(A4):
(式中、R 3 はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R 4 は以下:
からなる群から選択される)の化合物と接触させて式(A5):
から選択される)の化合物を形成するステップ;
(e)以下の連続したステップ:
(e1)直前のステップによって形成された生成物を脱ブロッキング剤と接触させるステップ、および
(e2)直前のステップによって形成された化合物を式(A8):
(式中、R 3 はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R 4 は、式(A8)の各化合物について独立して、以下:
からなる群から選択される)の化合物と接触させて式(A9):
(式中、nは10~40の整数であり、R 1 は支持媒体であり、R 3 はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R 4 は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される)の化合物を形成するステップ
のn-1回の反復を実施するステップ;
(f)式(A9)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(A10):
(式中、nは10~40の整数であり、R 1 は支持媒体であり、R 4 は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される)の化合物を形成するステップ;
(g)式(A10)の化合物を切断剤と接触させて式(A11):
(式中、nは10~40の整数であり、R 4 は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される)の化合物を形成するステップ;ならびに
(g)式(A11)の化合物を脱保護剤と接触させて式(A)のオリゴマー化合物を形成するステップ
を含むプロセス。
(項目2)
式(A4)の化合物が式(A4a):
の化合物であり、式中、
R 3 はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
R 4 は、以下:
から選択される、
項目1に記載のプロセス。
(項目3)
式(A5)の化合物が式(A5a):
の化合物であり、式中、
R 1 は支持媒体であり、
R 3 はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
R 4 は、以下:
から選択される、
項目1または2に記載のプロセス。
(項目4)
式(A8)の化合物が式(A8a):
の化合物であり、式中、
R 3 はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
R 4 は、式(A8a)の化合物の各出現で独立して、以下:
からなる群から選択される、
項目1~3のいずれか一項に記載のプロセス。
(項目5)
式(A9)の化合物が式(A9a):
の化合物であり、式中、
nは10~40の整数であり、
R 1 は支持媒体であり、
R 3 はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
R 4 は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される、
項目1~4のいずれか一項に記載のプロセス。
(項目6)
式(A10)の化合物が式(A10a):
の化合物であり、式中、
nは10~40の整数であり、
R 1 は支持媒体であり、
R 4 は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される、
項目1~5のいずれか一項に記載のプロセス。
(項目7)
式(A11)の化合物が式(A11a):
の化合物であり、式中、
nは10~40の整数であり、
R 4 は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択される、
項目1~6のいずれか一項に記載のプロセス。
(項目8)
式(A)のオリゴマー化合物について、nは25であり、R 2 は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
であり、
式(A)のオリゴマー化合物は式(G):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩である、
項目1~7のいずれか一項に記載のプロセス。
(項目9)
式(G)のオリゴマー化合物は式(XII):
のオリゴマー化合物、またはその医薬的に許容される塩である、項目1~8のいずれか一項に記載のプロセス。
(項目10)
R 3 は、各出現でトリチルである、項目1~9のいずれか一項に記載のプロセス。
(項目11)
式(G):
のオリゴマー化合物を調製するためのプロセスであって、以下の連続したステップ:
(a)式(I):
(式中、R 1 は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(b)式(II)の化合物を化合物(B):
と接触させて式(III):
(式中、R 1 は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(c)式(III)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(IV):
(式中、R 1 は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(d)式(IV)の化合物を式(DPG):
の化合物と接触させて式(V):
(式中、R 1 は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(e)式(V)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(VI):
(式中、R 1 は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(f)式(VI)の化合物を式(T):
の化合物と接触させて式(VII):
(式中、R 1 は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(g)以下の連続したステップ:
(g1)直前のステップによって形成された生成物を脱ブロッキング剤と接触させるステップ、および
(g2)直前のステップによって形成された化合物を式(VIII):
(式中、R 2 は、式(VIII)の各化合物について独立して、以下:
からなる群から選択され、各反復1~23について、R 2 は、以下:
である)の化合物と接触させて式(IX):
(式中、
R 1 は支持媒体であり、
R 2 は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択され、
R 2 は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である)の化合物を形成するステップ
の23回の反復を実施するステップ;
(h)式(IX)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(X):
(式中、
R 1 は支持媒体であり、
R 2 は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択され、
R 2 は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である)の化合物を形成するステップ;
(i)式(X)の化合物を切断剤と接触させて式(XI):
(式中、R 2 は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択され、
R 2 は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である)の化合物を形成するステップ;ならびに
(j)式(XI)の化合物を脱保護剤と接触させて式(G)のオリゴマー化合物を形成するステップ
を含むプロセス。
(項目12)
ステップ(d)、ステップ(f)またはステップ(g2)が、それぞれ式(IV)の化合物、式(VI)の化合物または前記直前のステップによって形成された化合物を、キャッピング剤と接触させることをさらに含む、項目1~11のいずれか一項に記載のプロセス。
(項目13)
各ステップで使用される前記脱ブロッキング剤は、シアノ酢酸である、項目1~12のいずれか一項に記載のプロセス。
(項目14)
前記ハロゲン化酸は、クロロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸、フルオロ酢酸、ジフルオロ酢酸、およびトリフルオロ酢酸からなる群から選択される、項目13に記載のプロセス。
(項目15)
前記支持媒体は、ガラス、修飾または官能化ガラス、プラスチック(アクリル、ポリスチレン(例えば、1%ジビニルベンゼン架橋ポリスチレン)、スチレンと他の材料とのコポリマー、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリブチレン、ポリウレタン、およびテフロン(登録商標)を含む)、多糖類、ナイロンまたはニトロセルロース、セラミックス、樹脂、シリカまたはシリカ系材料(シリコンおよび修飾シリコンを含む)、炭素、金属、ならびに光ファイバ束からなる群から選択される材料を含む、項目1~14のいずれか一項に記載のプロセス。
(項目16)
式(G)のオリゴマー化合物が式(XII):
のオリゴマー化合物である、項目1~15のいずれか一項に記載のプロセス。
(項目17)
式(IX):
の化合物であって、式中、
R 1 は支持媒体であり、
R 2 は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R 2 は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である、
化合物、またはその医薬的に許容される塩。
(項目18)
式(IX)の化合物が式(IXa):
の化合物であり、式中、
R 1 は支持媒体であり、
R 2 は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R 2 は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である、
項目17に記載の化合物、またはその医薬的に許容される塩。
(項目19)
式(X):
の化合物であって、式中、
R 1 は支持媒体であり、
R 2 は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R 2 は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である、
化合物、またはその医薬的に許容される塩。
(項目20)
式(X)の化合物が式(Xa):
の化合物であり、式中、
R 1 は支持媒体であり、
R 2 は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択され、
R 2 は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である、
項目19に記載の化合物、またはその医薬的に許容される塩。
(項目21)
前記支持媒体は1%ジビニルベンゼン架橋ポリスチレンを含む、項目17~20のいずれか一項に記載の化合物。
(項目22)
式(XI):
R 2 は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R 2 は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である、
化合物、またはその医薬的に許容される塩。
(項目23)
式(XI)の化合物が式(XIa):
の化合物であり、式中、
R 2 は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R 2 は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である、
項目22に記載の化合物、またはその医薬的に許容される塩。
Equivalents One of ordinary skill in the art will be able to recognize or confirm many of the equivalents of the particular embodiments of the disclosure described herein using only predetermined experimental methods. Such equivalents are intended to be embraced by the following claims.
In one embodiment, for example, the following items are provided.
(Item 1)
Equation (A):
(In the equation, n is an integer from 10 to 40, and each R 2 is independent for each occurrence, and the following:
A process for preparing an oligomeric compound (selected from the group consisting of), the following consecutive steps:
(A) Equation (A1):
The compound of (in the formula, R 1 is the supporting medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl) is contacted with the deblocking agent to formulate (II) :.
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(B) The compound of the formula (II) is represented by the formula (A2) :.
(In the formula, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl) in contact with the compound of formula (A3):.
(In the formula, R 1 is the supporting medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl).
(C) The compound of the formula (A3) is brought into contact with the deblocking agent to formulate (IV):
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(D) The compound of the formula (IV) is represented by the formula (A4) :.
(In the formula, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is:
(Selected from the group consisting of) in contact with the compound of formula (A5) :.
The step of forming a compound (selected from);
(E) The following consecutive steps:
(E1) The step of contacting the product formed by the immediately preceding step with the deblocking agent, and
(E2) The compound formed by the immediately preceding step is represented by the formula (A8) :.
(In the formula, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is independently for each compound of formula (A8), and the following:
(Selected from the group consisting of) in contact with the compound of formula (A9) :.
(In the formula, n is an integer of 10-40, R 1 is the supporting medium, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, where R 4 is each occurrence. Independently about:
Steps to form a compound (selected from the group consisting of)
Step of performing n-1 iterations of
(F) The compound of the formula (A9) is brought into contact with the deblocking agent to formulate (A10):
(In the equation, n is an integer from 10 to 40, R 1 is the supporting medium, and R 4 is independent for each appearance, and so on:
The step of forming a compound (selected from the group consisting of);
(G) The compound of the formula (A10) is brought into contact with the cutting agent to formulate (A11) :.
(In the equation, n is an integer from 10 to 40, and R4 is independent for each occurrence, and the following:
The step of forming a compound (selected from the group consisting of);
(G) A step of contacting the compound of the formula (A11) with a deprotecting agent to form an oligomer compound of the formula (A).
Process including.
(Item 2)
The compound of formula (A4) is of formula (A4a) :.
In the formula,
R3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl .
R4 is as follows:
Selected from,
The process according to item 1.
(Item 3)
The compound of formula (A5) is of formula (A5a) :.
In the formula,
R 1 is a support medium and
R3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl .
R4 is as follows:
Selected from,
The process according to
(Item 4)
The compound of formula (A8) is of formula (A8a) :.
In the formula,
R3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl .
R4 is independent of each appearance of the compound of formula (A8a),
Selected from a group of
The process according to any one of items 1 to 3.
(Item 5)
The compound of formula (A9) is of formula (A9a) :.
In the formula,
n is an integer of 10 to 40,
R 1 is a support medium and
R3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl .
R4 is independent for each appearance ,
Selected from a group of
The process according to any one of items 1 to 4.
(Item 6)
The compound of the formula (A10) is the formula (A10a) :.
In the formula,
n is an integer of 10 to 40,
R 1 is a support medium and
R4 is independent for each appearance ,
Selected from a group of
The process according to any one of items 1 to 5.
(Item 7)
The compound of formula (A11) is of formula (A11a) :.
In the formula,
n is an integer of 10 to 40,
R4 is independent for each appearance ,
Selected from a group of
The process according to any one of items 1 to 6.
(Item 8)
For the oligomeric compound of formula (A), n is 25 and R 2 is from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
And
The oligomer compound of formula (A) is of formula (G) :.
Compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof,
The process according to any one of items 1 to 7.
(Item 9)
The oligomer compound of formula (G) is of formula (XII) :.
The process according to any one of items 1 to 8, which is an oligomer compound of the above, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
(Item 10)
The process according to any one of items 1 to 9, wherein R 3 is trityl at each appearance.
(Item 11)
Equation (G):
A process for preparing an oligomeric compound of:
(A) Formula (I):
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(B) The compound of the formula (II) is compounded with the compound (B):
In contact with equation (III):
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(C) The compound of formula (III) is brought into contact with a deblocking agent to formulate (IV) :.
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(D) The compound of the formula (IV) is represented by the formula (DPG) :.
In contact with the compound of formula (V):
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(E) The compound of the formula (V) is brought into contact with the deblocking agent to formulate (VI) :.
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
The compound of the formula (f) formula (VI) is represented by the formula (T) :.
In contact with the compound of formula (VII) :.
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(G) The following consecutive steps:
(G1) The step of contacting the product formed by the immediately preceding step with the deblocking agent, and
(G2) The compound formed by the immediately preceding step is represented by the formula (VIII) :.
(In the formula, R 2 is independently for each compound of the formula (VIII), and the following:
Selected from the group consisting of, for each iteration 1-23, R2 is :
In contact with the compound of formula (IX) :.
(During the ceremony,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent for each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
The steps to form the compound
Steps to perform 23 iterations of
(H) The compound of the formula (IX) is brought into contact with the deblocking agent to form the formula (X):
(During the ceremony,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent for each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
The step of forming the compound of);
(I) The compound of formula (X) is brought into contact with a cutting agent to formulate (XI) :.
(In the formula, R 2 is independent for each appearance, and:
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
The steps to form the compound;
(J) A step of contacting the compound of the formula (XI) with a deprotecting agent to form an oligomer compound of the formula (G).
Process including.
(Item 12)
Further, step (d), step (f) or step (g2) further contacts the compound of formula (IV), the compound of formula (VI) or the compound formed by the immediately preceding step with the capping agent. The process according to any one of items 1 to 11, which comprises.
(Item 13)
The process of any one of items 1-12, wherein the deblocking agent used in each step is cyanoacetic acid.
(Item 14)
Item 13. The process of item 13, wherein the halogenated acid is selected from the group consisting of chloroacetic acid, dichloroacetic acid, trichloroacetic acid, fluoroacetic acid, difluoroacetic acid, and trifluoroacetic acid.
(Item 15)
The supporting mediums are glass, modified or functionalized glass, plastics (acrylic, polystyrene (eg, 1% divinylbenzene crosslinked polystyrene), copolymers of styrene with other materials, polypropylene, polyethylene, polybutylene, polyurethane, and Teflon (registered). Includes), polysaccharides, nylon or polystyrene, ceramics, resins, silica or silica-based materials (including silicon and modified silicon), carbon, metals, and materials selected from the group consisting of fiber bundles. , The process according to any one of items 1 to 14.
(Item 16)
The oligomer compound of formula (G) is of formula (XII) :.
The process according to any one of items 1 to 15, which is an oligomer compound of.
(Item 17)
Equation (IX):
In the formula,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent of each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is,
A compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
(Item 18)
The compound of formula (IX) is of formula (IXa) :.
In the formula,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent of each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is,
Item 17. The compound according to item 17, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
(Item 19)
Equation (X):
In the formula,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent of each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is,
A compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
(Item 20)
The compound of formula (X) is of formula (Xa) :.
In the formula,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent for each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is,
Item 19. The compound according to item 19, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
(Item 21)
The compound according to any one of items 17 to 20, wherein the supporting medium comprises 1% divinylbenzene crosslinked polystyrene.
(Item 22)
Equation (XI):
R 2 is independent of each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is,
A compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
(Item 23)
The compound of formula (XI) is of formula (XIa) :.
In the formula,
R 2 is independent of each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is,
Item 22 or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
Claims (22)
Hide Dependent
translated from Japanese
(式中、nは25であり、R 2 は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
であり、
式(A)のオリゴマー化合物は式(G):
の化合物、またはその医薬的に許容される塩である)のオリゴマー化合物を調製するためのプロセスであって、以下の連続したステップ:
(a)式(A1):
(式中、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択される)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(II):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(b)式(II)の化合物を式(A2):
(式中、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択される)の化合物と接触させて式(A3):
(式中、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択される)の化合物を形成するステップ;
(c)式(A3)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(IV):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(d)式(IV)の化合物を式(A4):
(式中、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は以下:
(e)以下の連続したステップ:
(e1)直前のステップによって形成された生成物を脱ブロッキング剤と接触させるステップ、および
(e2)直前のステップによって形成された化合物を式(A8):
(式中、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は、位置番号に応じて、以下:
(式中、nは25であり、R1は支持媒体であり、R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、R4は、位置番号に応じて、以下:
のn-1回の反復を実施するステップ;
(f)式(A9)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(A10):
(式中、nは25であり、R1は支持媒体であり、R4は、位置番号に応じて、以下:
(g)式(A10)の化合物を切断剤と接触させて式(A11):
(式中、nは25であり、R4は、位置番号に応じて、以下:
(g)式(A11)の化合物を脱保護剤と接触させて式(A)のオリゴマー化合物を形成するステップ
を含むプロセス。 Equation (A):
(In the equation, n is 25, and R 2 is from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
And
The oligomer compound of formula (A) is of formula (G) :.
A process for preparing an oligomeric compound of (or a pharmaceutically acceptable salt thereof ), wherein the following consecutive steps:
(A) Equation (A1):
The compound of (in the formula, R 1 is the supporting medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl) is contacted with the deblocking agent to formulate (II) :.
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(B) The compound of the formula (II) is represented by the formula (A2) :.
(In the formula, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl) in contact with the compound of formula (A3):.
(In the formula, R 1 is the supporting medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl).
(C) The compound of the formula (A3) is brought into contact with the deblocking agent to formulate (IV) :.
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(D) The compound of the formula (IV) is represented by the formula (A4) :.
(In the formula, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is:
(E) The following consecutive steps:
(E1) The step of contacting the product formed by the immediately preceding step with the deblocking agent, and (e2) the compound formed by the immediately preceding step of formula (A8) :.
(In the formula, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R4 is according to the position number :
(In the formula, n is 25 , R 1 is the supporting medium, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is, depending on the position number , Less than:
(F) The compound of the formula (A9) is brought into contact with the deblocking agent to formulate (A10):
(In the equation, n is 25 , R 1 is the supporting medium, and R 4 is the following , depending on the position number :
(G) The compound of the formula (A10) is brought into contact with the cutting agent to formulate (A11) :.
(In the formula, n is 25 , and R4 is the following , depending on the position number :
の化合物であり、式中、
R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
R4は、以下:
請求項1に記載のプロセス。 The compound of formula (A4) is of formula (A4a) :.
In the formula,
R3 is selected from the group consisting of trityl , monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl.
R4 is as follows:
The process of claim 1.
の化合物であり、式中、
R1は支持媒体であり、
R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
R4は、以下:
請求項1または2に記載のプロセス。 The compound of formula (A5) is of formula (A5a) :.
In the formula,
R 1 is a support medium and
R3 is selected from the group consisting of trityl , monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl.
R4 is as follows:
The process according to claim 1 or 2.
の化合物であり、式中、
R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
R4は、式(A8a)の化合物の各出現で独立して、以下:
請求項1~3のいずれか一項に記載のプロセス。 The compound of formula (A8) is of formula (A8a) :.
In the formula,
R3 is selected from the group consisting of trityl , monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl.
R4 is independent of each appearance of the compound of formula (A8a),
The process according to any one of claims 1 to 3.
の化合物であり、式中、
nは25であり、
R1は支持媒体であり、
R3はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
R4は、各出現について独立して、以下:
請求項1~4のいずれか一項に記載のプロセス。 The compound of formula (A9) is of formula (A9a) :.
In the formula,
n is 25
R 1 is a support medium and
R3 is selected from the group consisting of trityl , monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl.
R4 is independent for each appearance,
The process according to any one of claims 1 to 4.
の化合物であり、式中、
nは25であり、
R1は支持媒体であり、
R4は、各出現について独立して、以下:
請求項1~5のいずれか一項に記載のプロセス。 The compound of the formula (A10) is the formula (A10a) :.
In the formula,
n is 25
R 1 is a support medium and
R4 is independent for each appearance,
The process according to any one of claims 1 to 5.
の化合物であり、式中、
nは25であり、
R4は、各出現について独立して、以下:
請求項1~6のいずれか一項に記載のプロセス。 The compound of formula (A11) is of formula (A11a) :.
In the formula,
n is 25
R4 is independent for each appearance,
The process according to any one of claims 1 to 6.
のオリゴマー化合物を調製するためのプロセスであって、以下の連続したステップ:
(a)式(I):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(b)式(II)の化合物を化合物(B):
と接触させて式(III):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(c)式(III)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(IV):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(d)式(IV)の化合物を式(DPG):
の化合物と接触させて式(V):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(e)式(V)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(VI):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(f)式(VI)の化合物を式(T):
の化合物と接触させて式(VII):
(式中、R1は支持媒体である)の化合物を形成するステップ;
(g)以下の連続したステップ:
(g1)直前のステップによって形成された生成物を脱ブロッキング剤と接触させるステップ、および
(g2)直前のステップによって形成された化合物を式(VIII):
(式中、R2は、式(VIII)の各化合物について独立して、以下:
からなる群から選択され、各反復1~23について、R2は、以下:
である)の化合物と接触させて式(IX):
(式中、
R1は支持媒体であり、
R2は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である)の化合物を形成するステップ
の23回の反復を実施するステップ;
(h)式(IX)の化合物を脱ブロッキング剤と接触させて式(X):
(式中、
R1は支持媒体であり、
R2は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である)の化合物を形成するステップ;
(i)式(X)の化合物を切断剤と接触させて式(XI):
(式中、R2は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である)の化合物を形成するステップ;ならびに
(j)式(XI)の化合物を脱保護剤と接触させて式(G)のオリゴマー化合物を形成するステップ
を含むプロセス。 Equation (G):
A process for preparing an oligomeric compound of:
(A) Formula (I):
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(B) The compound of the formula (II) is compounded with the compound (B):
In contact with equation (III):
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(C) The compound of formula (III) is contacted with a deblocking agent to formulate (IV) :.
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(D) The compound of the formula (IV) is represented by the formula (DPG) :.
In contact with the compound of formula (V):
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(E) The compound of the formula (V) is brought into contact with the deblocking agent to formulate (VI) :.
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
The compound of the formula (f) formula (VI) is represented by the formula (T) :.
In contact with the compound of formula (VII) :.
The step of forming the compound (in the formula, R 1 is the supporting medium);
(G) The following consecutive steps:
(G1) The step of contacting the product formed by the immediately preceding step with the deblocking agent, and (g2) the compound formed by the immediately preceding step of formula (VIII) :.
(In the formula, R 2 is independently for each compound of the formula (VIII), and the following:
Selected from the group consisting of, for each iteration 1-23, R2 is:
In contact with the compound of formula (IX) :.
(During the ceremony,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent for each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
The step of performing 23 iterations of the step of forming the compound of);
(H) The compound of the formula (IX) is brought into contact with the deblocking agent to form the formula (X):
(During the ceremony,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent for each appearance,
Selected from the group consisting of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
The step of forming the compound of);
(I) The compound of formula (X) is brought into contact with a cutting agent to formulate (XI) :.
(In the formula, R 2 is independent for each appearance, and:
Selected from the group consisting of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
A process comprising contacting a compound of formula (XI) with a deprotecting agent to form an oligomeric compound of formula (G);
のオリゴマー化合物である、請求項1~14のいずれか一項に記載のプロセス。 The oligomer compound of formula (G) is of formula (XII) :.
The process according to any one of claims 1 to 14 , which is an oligomer compound of the above.
の化合物であって、式中、
R1は支持媒体であり、
R2は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である、
化合物、またはその医薬的に許容される塩。 Equation (IX):
In the formula,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent of each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is,
A compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
の化合物であり、式中、
R1は支持媒体であり、
R2は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である、
請求項16に記載の化合物、またはその医薬的に許容される塩。 The compound of formula (IX) is of formula (IXa) :.
In the formula,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent of each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is,
The compound according to claim 16 , or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
の化合物であって、式中、
R1は支持媒体であり、
R2は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である、
化合物、またはその医薬的に許容される塩。 Equation (X):
In the formula,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent of each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is,
A compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
の化合物であり、式中、
R1は支持媒体であり、
R2は、各出現について独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である、
請求項18に記載の化合物、またはその医薬的に許容される塩。 The compound of formula (X) is of formula (Xa) :.
In the formula,
R 1 is a support medium and
R 2 is independent for each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is,
The compound according to claim 18 , or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
R2は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である、
化合物、またはその医薬的に許容される塩。 Equation (XI):
R 2 is independent of each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is,
A compound, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
の化合物であり、式中、
R2は、各出現で独立して、以下:
からなる群から選択され、
R2は5’から3’へ向かって1~25の各位置で以下:
である、
請求項21に記載の化合物、またはその医薬的に許容される塩。
The compound of formula (XI) is of formula (XIa) :.
In the formula,
R 2 is independent of each appearance,
Selected from a group of
R 2 goes from 5'to 3'at each position from 1 to 25:
Is,
The compound according to claim 21 , or a pharmaceutically acceptable salt thereof.