JP5613160B2 - ゲノムdna中の標的配列の検出又は解析方法 - Google Patents
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Description
本明細書に開示される、標的配列の検出又は解析方法は、前記標的配列の一部又はその近傍に相補的な配列を有する第1のクエリプローブと、前記標的配列の他の一部又はその近傍に相補的な配列を有し前記キャプチャープローブが有する識別配列(+)に相補的な識別配列(−)とを備える第2のクエリプローブとを、前記標的核酸に接触させる工程(接触工程)と、前記標的核酸にハイブリダイズした前記第1のクエリプローブと前記第2のクエリプローブとを連結させて連結分子を取得する工程(連結工程)と、前記連結分子と前記固相担体上のキャプチャープローブとを接触させ、前記連結分子を、前記キャプチャープローブと前記連結分子中の前記識別配列(−)とのハイブリダイズによって前記固相担体に捕捉する工程(ハイブリダイズ工程)と、捕捉された前記連結分子を検出する工程(検出工程)と、を備えることができる。
本方法で表される用いる固相体100は、本方法の実施に先立って予め準備していてもよいし、商業的に入手してもよいし、検出方法の実施毎に調製してもよい。
本方法においては、接触工程に先立って、被験試料中の標的核酸の増幅工程を備えることができる。増幅工程を実施することで、接触工程及び連結工程を迅速化ないし効率化できる。増幅工程にあたっては、被験試料中における1又は2以上の標的核酸を増幅可能に行う。したがって、増幅しようとするないし検出しようとする標的核酸の種類(数)に応じたプライマーセットを適宜準備し、PCRなどにより増幅工程を実施することができる。
接触工程は、標的核酸中の標的配列の一部又はその近傍に相補的な配列を有する第1のクエリプローブと、前記標的配列の他の一部又はその近傍に相補的な配列を有し前記キャプチャープローブの一部に相補的な識別配列(−)とを備える第2のクエリプローブとを、前記標的核酸に接触させる工程である。接触工程において、第1のクエリプローブと第2のクエリプローブとによって、被験試料中に標的核酸が存在するとき、当該標的核酸中の標的配列を検出できる。標的核酸、すなわち、標的配列毎に第1のクエリプローブと第2のクエリプローブが準備される。接触工程は、複数の第1のクエリプローブと複数の第2のクエリプローブとを用いて、複数の標的核酸とこれらとを同時に接触させる工程であってもよい。
連結工程は、標的核酸の標的配列にハイブリダイズした第1のクエリプローブと第2のクエリプローブとを連結させて連結分子を取得する工程である。この工程においては、標的配列にハイブリダイズした状態の第1のクエリプローブと第2のクエリプローブとを連結する工程である。通常には、DNAリガーゼを、作用させて第1のクエリプローブの3’末端と第2のクエリプローブの5’末端を連結する。連結工程は、クエリプローブの標的配列に対するアニール状態を確保した状態でかつ使用するリガーゼが機能する条件で行うことができる。したがって、アニール温度及びライゲーション反応温度を考慮することで、接触工程及び連結工程を一つの工程として実施できるようになる。耐熱性リガーゼを用いる場合には、容易にこれらを一工程として実施できる。
本方法においては、後述する検出工程に先だって、第1のクエリプローブ、第2のクエリプローブ及び連結分子からなる群から選択されるいずれかを標識する工程を備えることができる。いずれかが標識されていれば、連結分子は、標識を備えることとなり、検出工程において特定のキャプチャープローブに対する標識の検出により、ハイブリダイズを検出できる。
ハイブリダイズ工程は、連結分子と固相担体上のキャプチャープローブ104とを接触させ、連結分子を、キャプチャープローブ104の識別配列(+)と連結分子中の識別配列(−)とのハイブリダイズによって固相担体に捕捉する工程である。この工程により、連結分子は、特定のキャプチャープローブ104に、識別配列(+)(−)の対合により特異的にハイブリダイズして二重鎖を形成する。この結果、予め特定のキャプチャープローブ104に関連付けられた標的配列の検出が可能となる。
検出工程は、キャプチャープローブ102に捕捉された連結分子を検出する工程である。検出工程におけるハイブリダイズ産物の検出方法は特に限定されない。連結分子が標識を有する場合には、その標識を検出すればよい。また、電気的な検出方法などにより、二重鎖を検出してもよい。
本明細書の開示によれば、既に説明した第1のクエリプローブと第2のクエリプローブを備えるプローブセットが提供される。このプローブセットは、キャプチャープローブ104が固定化された固相体100と組み合わされて使用されるものであり、既に説明した連結分子を取得するのに好適なプローブセットである。第1のクエリプローブは、たとえば、同一の遺伝子等に関して個体内に存在する変異や種や属において存在する相違を検出可能な標的配列に相補的な配列とキャプチャープローブ104に関連付けられた識別配列(−))を有しており、第2のクエリプローブは、標的配列の他の一部又はその近傍に相補的な配列を有し予め関連付けられたキャプチャープローブが有する識別配列(+)に相補的な識別配列(−)とを有している。プローブセットは、こうした第1のクエリプローブと第2のクエリプローブとを、少なくとも一つ含んでいればよく、2種類以上の標的核酸を検出するために2種類以上のプローブセットを含んでいてもよい。
東洋鋼鈑社製geneslideガラス基板に、3’末端をアミノ基で修飾した合成オリゴDNA(株式会社日本遺伝子研究所製)を溶かした水溶液をキャプチャープローブとし、日本ガイシ株式会社にてGENESHOT(登録商標)スポッターを用いてスポットした。使用した合成オリゴDNA配列は、文献(Analytical Biochemistry 364(2007)78-85)のSupplementary Table1記載のD1_1からD1_100(配列番号1〜100)の100種とした。(表1)。
口腔内に存在する微生物種のうち、Enterococcus faecalis及びPseudoramibacter alactolyticusを検出対象微生物とした。また、上記各微生物に由来する標的核酸を増幅するために以下のプライマーを用いた。これらのプライマーは、これらの微生物の16S rRNA遺伝子領域の特定部分を増幅するために設計されている。
F−プライマー:5’-AGGTTAAAACTCAAAGGAATTGACG-3'(配列番号101)
R−プライマー:5’-ATGGTGTGACGGGCGGTGTGT-3' (配列番号102)
次に、増幅産物である試料1及び2に対して、クエリプローブをアニールさせ、ライゲーション反応を行った。ライゲーション反応にはNew England Biolabs社のTaq DNA Ligase(Catalog # M0208S)を使用した。加熱にはサーマルサイクラーとして、Applied Biosystems社のGeneAmp PCR System 9700を使用した。用いた第1のクエリプローブと第2のクエリプローブを以下に示す。なお、第2のクエリプローブについてはそれぞれ5’Phosphorylationしたものを使用した。クエリ1−1及びクエリ2−1は、試料1の標的核酸を増幅するためのプローブセットであり、クエリ2−1及びクエリ2−2は、試料2の標的核酸を増幅するためのプローブセットである。第1及び第2のクエリプローブ中のイタリック文字が、標的配列に相補的な配列である。また、第2のクエリプローブ中の、下線部がそれぞれ予め関連付けられたキャプチャープローブの識別配列(−)である。
連結分子の蛍光等による標識は、ラベル化したプライマーを用いるPCRを行うことで実施した。標識には、TaKaRa Bio社のTaKaRa Ex Taq(R)(Catalog# RR001B)を使用した。サーマルサイクラーとして、Applied Biosystems社のGeneAmp PCR System 9700を使用した。なお、ラベル化プライマーの標識試薬はCy3、5、Alexa555、647等スキャナーの仕様に合わせることが可能である。
ラベル化済み試料を用いたDNAマイクロアレイへの反応及びその検出手順は以下の通りとした。すなわち、まず、以下の組成の標識サンプル溶液を調製し、調製した標識サンプル溶液を、Applied Biosystems社のGeneAmp PCR System 9700を使用し、90℃で1分加熱した後、ヒートブロック(TAITEC社DTU-N)を使用し80℃で1分加熱した。さらに、処理後の標識サンプル溶液を各9μlずつ、DNAマイクロアレイのスポットエリアにかけ、乾燥防止のためコンフォート/プラス用サーモブロックSlide(eppendorf社)を使用し、37℃で60分間静置することによりハイブリダイズ反応を行った。
Appleied Precision社ArrayWoRxを使用して適宜、露光時間を調節し、蛍光画像を取得した。さらにGenePix Proを使用し、得られた画像の蛍光シグナルの数値化を行った。結果を図3に示す。
図3に示すように、試料1と試料2とを混合して反応した場合、両者とも反応による蛍光シグナルが得られており、サンプルを検出することが可能と思われた。また、サンプルを混合せずに個々に反応した場合、既存の方法での結果と比べ狙いとしないプローブでは蛍光シグナルが得られておらず(1%以下)、サンプルの非特異的反応を大幅に低減できる(検出性能が向上している)ことがわかった。
既存の方法(先行技術文献2参考)にて行った評価手順と結果を以下に示す。なお、検出対象微生物は、実施例と同様、口腔内に存在する微生物種のうち、Enterococcus faecalis及びPseudoramibacter alactolyticusとした。
東洋鋼鈑社製geneslideガラス基板に、3’末端をアミノ基で修飾した合成オリゴDNA(株式会社日本遺伝子研究所製)を溶かした水溶液をキャプチャープローブとし、日本ガイシ株式会社にてGENESHOT(登録商標)スポッターを用いてスポットした。スポットの後、80℃、1時間のベークを行った。さらに、実施例と同様の手順で合成オリゴDNAの固定化を行った。上記各微生物を検出するためのキャプチャープローブに用いた配列は以下の通りであった。
Enterococcus faecalis検出用プローブ :5'-ACCACTCTAGAGATA-3'(配列番号108)
Pseudoramibacter alactolyticus検出用プローブ :5'-AGCGCAATAGAGATA-3'(配列番号109)
上記各微生物に由来する標的核酸を増幅するため、実施例と同様の配列で、かつ、5’側末端にCy3を有する標的核酸増幅用プライマーを用いた。
F−プライマー:5’-Cy3-AGGTTAAAACTCAAAGGAATTGACG-3'(配列番号101)
R−プライマー:5’-Cy3-ATGGTGTGACGGGCGGTGTGT-3' (配列番号102)
ラベル化済み比較試料1、2を用いたDNAマイクロアレイへの反応・洗浄の手順は以下の通りとした。洗浄は、洗浄液をガラス染色バットに移し、ハイブリダイズ反応終了後のガラス基板を浸漬し、5分間上下振とうした。さらに、滅菌水を入れたガラス染色バットにガラス基板を移し、1分間上下振とうした。次いで、2000rpmで1分間遠心乾燥し、ガラス基板表面に残った水分を除去した。
Appleied Precision社ArrayWoRxを使用して適宜、露光時間を調節し、蛍光画像を取得した。
画像の数値化ソフトウエアとしてGenePix Proを使用し、得られた画像の蛍光シグナルの数値化を行った。結果を図4に示す。
配列番号101、102、107:プライマー
Claims (5)
- 固相担体に固定化されたキャプチャープローブを用いて複数の標的核酸中において複数の標的配列の検出又は解析方法であって、
前記標的配列は、2以上の塩基からなる配列であって、
前記複数の標的配列のそれぞれについて準備された、前記標的配列の一部に相補的な配列と、前記複数の標的配列に共通する標識を付与するための標識用配列とを有する第1のクエリプローブと、前記標的配列の他の一部に相補的な配列と、前記標的配列に固有に関連付けられた前記キャプチャープローブの少なくとも一部と相補的な配列である識別配列とを有する第2のクエリプローブとのセットを前記標的核酸に接触させる工程と、
前記標的核酸にハイブリダイズした前記第1のクエリプローブと前記第2のクエリプローブとを連結させて連結分子を取得する工程と、
前記連結分子を前記標識用配列を介して増幅しつつ共通の標識により標識する工程と、
前記連結分子と前記固相担体上の前記キャプチャープローブとを接触させ、前記連結分子を、前記キャプチャープローブと前記連結分子中の前記識別配列とのハイブリダイズによって前記固相担体にそれぞれ捕捉する工程と、
捕捉された前記連結分子を前記標識に基づいて検出する工程と、
を備える、方法。 - 前記標的配列は、生物の属又は種に固有の配列である、請求項1に記載の方法。
- 前記標的配列は、特定の起源生物を検出又は同定可能な配列であり、特定の起源生物を検出又は同定する、請求項1又は2に記載の方法。
- 前記標的配列は、食品衛生及び疾患の診断・検査の対象となるウイルス及び微生物から選択されるいずれかに由来し、前記検出工程は、前記ウイルス及び前記微生物を検出又は同定する、請求項1〜3のいずれかに記載の方法。
- 請求項1〜4のいずれかに記載の方法に用いるためのキットであって、
マイクロアレイであって、前記マイクロアレイ上に固定化された前記キャプチャープローブが、配列番号1〜100に記載された塩基配列及び当該塩基配列に相補的な塩基配列から選択されるいずれかの塩基配列を有する1以上の前記キャプチャープローブによって構成されていることを特徴とする、マイクロアレイと、
前記標的配列の一部に相補的な配列と、前記複数の標的配列に共通する標識を付与するための標識用配列とを有する第1のクエリプローブと、
前記標的配列の他の一部に相補的な配列と、前記標的配列に固有に関連付けられた前記キャプチャープローブの少なくとも一部と相補的な配列である識別配列とを有する第2のクエリプローブと、
を備える、キット。
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