JP5310764B2 - 微小転移の検出方法 - Google Patents
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Description
本願発明によるオリゴヌクレオチドプライマーの組合わせを用いて,癌胎児性抗原(carcino embryonic antigen;CEA)RNAの特異的増幅を行った。なおCEA RNAとは、CEAの塩基配列(National Center Biotechnology Informationのaccession No.: M29540)を含む2本鎖DNAを鋳型としたインビトロ転写により合成、精製されたRNAである。そして本実施例における特定配列は、後述する表1における転写産物を意味するものである。
60.0mM Tris−塩酸緩衝液(pH8.6)
17.0mM 塩化マグネシウム
100.0mM 塩化カリウム
1.0mM DTT
6U RNase Inhibitor(タカラバイオ(株)製)
各0.25mM dATP,dCTP,dGTP,dTTP
各3.0mM ATP、CTP、UTP
2.25mM GTP
3.6mM ITP
各1.0μMの第1のオリゴヌクレオチドプライマーと第2のオリゴヌクレオチドプライマー(配列及び使用したプライマーの組合せは表1の通り)。なお、第2オリゴヌクレオチドプライマーの塩基配列の5’末端には配列番号23(T7ポリメレースのプロモータ配列)を付加して使用した。
容量調製用蒸留水
2.0% ソルビトール
8ユニット AMV逆転写酵素 (タカラバイオ(株)製)
142ユニット T7 RNAポリメレース (GIBCO製)
3.6μg 牛血清アルブミン
容量調製用蒸留水
(4)引き続きPCRチューブを44℃に30分間保温した後、特定の増幅産物を3%アガロースゲルを用いた電気泳動により分析した。
インタカレーター性蛍光色素で標識されたオリゴヌクレオチドプローブを作製した。
本願発明によるオリゴヌクレオチドプライマーの組合わせを用いて、CEA RNAの様々な初期コピー数における検出を行った。
60.0mM Tris−塩酸緩衝液(pH8.6)
17.0mM 塩化マグネシウム
100.0mM 塩化カリウム
1.0mM DTT
各0.25mM dATP,dCTP,dGTP,dTTP
各3.0mM ATP、CTP、UTP
2.25mM GTP
3.6mM ITP
各1.0μMの第1のオリゴヌクレオチドプライマー(配列番号20)と第2のオリゴヌクレオチドプライマー(配列番号12)。なお、第2オリゴヌクレオチドプライマーの塩基配列の5’末端には配列番号23(T7ポリメレースのプロモータ配列)を付加して使用した。
6U リボヌクレエース インヒビター(タカラバイオ社製)
13.0% DMSO
容量調製用蒸留水
15.0nMのインターカレーター性蛍光色素で標識されたオリゴヌクレオチドプローブ(実施例2で調製したもの)。
(3)上記の反応液を、44℃で5分間保温後、以下の組成で、かつ、予め44℃で2分間保温した酵素液5.0μlを添加した。
2.0% ソルビトール
8ユニット AMV逆転写酵素 (タカラバイオ(株)製)
142ユニット T7 RNAポリメレース (GIBCO製)
3.6μg 牛血清アルブミン
容量調製用蒸留水
(4)引き続きPCRチューブを直接測定可能な温調機能付き蛍光分光光度計を用い、44℃保温して、励起波長470nm、蛍光波長510nmで、反応溶液の蛍光強度を経時的に測定した。
本願発明によるオリゴヌクレオチドプライマーの組合わせを用いて,実際の低分化型胃癌細胞株MKN45が発現するCEAを測定した。
低分化型胃癌細胞株MKN45をそれぞれRPMI1640培地(10%FCS含有)で培養後、トリプシン処理によって細胞をディッシュから剥離、回収した。遠心分離により培地を除き、リン酸緩衝化生理食塩水で洗浄した後、細胞ペレットを0.5mL TRIZOL試薬(インビトロジェン社製)に溶解した。
測定データを図4に示した。10^4の正常白血球中のMKN45は10^1個まで検出できた。正常白血球抽出物(nega)は検出しなかった。得られた結果から、本発明は正常組織中の微小な癌細胞を検出しうることを証明した。
本願発明による、別のオリゴヌクレオチドプライマーの組み合わせを用いて、CEA RNAの様々な初期コピー数における検出を実施例3と同様に行った。ただし、第1のオリゴヌクレオチドプライマーは配列番号20、第2のオリゴヌクレオチドプライマーは配列番号22を使用した。なお、第2のオリゴヌクレオチドプライマーの塩基配列の5‘末端には配列番号23(T7ポリメレースのプロモータ配列を)付加して使用した。切断用オリゴヌクレオチドプライマーは配列番号21を使用した。
Claims (1)
- 被験者における腫瘍細胞の原発巣部位以外から得られた試料に対して、癌胎児性抗原(CEA)由来のm−RNAに存在する特定配列について、特定配列の3’末端領域に相補的な配列を有する配列番号20に記載した第1のプライマー、特定配列の5’末端領域に相同的な配列を有する配列番号22に記載したオリゴヌクレオチドの5’末端にRNAポリメラーゼのプロモーター配列を付加した第2のプライマー、及び特定配列の5’末端に重複して隣接する領域に対して相補的な配列を有する配列番号21に記載した切断用オリゴヌクレオチドを用いて、
(1)切断用オリゴヌクレオチドとリボヌクレアーゼH活性を有する酵素により、特定配列の5’末端側でRNAを切断し、
(2)第1のプライマーが特定配列と相補結合して、RNAを鋳型とするRNA依存性DNAポリメラーゼ活性を有する酵素により、特定配列に相補的なcDNAを合成し、
(3)リボヌクレアーゼH活性を有する酵素により、RNA−DNA2本鎖のRNAを分解して1本鎖DNAを生成し、
(4)第2のプライマーが1本鎖DNAと相補結合して、DNA依存性DNAポリメラーゼ活性を有する酵素により、特定配列と相同的な配列からなるRNAを転写可能なプロモーター配列を有する2本鎖DNAを生成し、
(5)RNAポリメラーゼ活性を有する酵素により、2本鎖DNAを鋳型とするRNA転写産物を生成し、このRNA転写産物が前記(2)の反応における鋳型となる、
反応を行ない、増幅された特定配列の存在を検出してその存否を確認し、又は、増幅された特定配列量から試料中に存在した特定配列量を推定することで、腫瘍細胞の微小転移を検出する方法。
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