JP2020516892A - 細胞表面グリコシル化を評価するための方法 - Google Patents
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- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
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- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
Abstract
Description
本願は、「METHODS FOR ASSESSING CELL SURFACE GLYCOSYLATION」を表題とする2017年4月14日に出願された米国仮特許出願第62/485,897号および「METHODS FOR ASSESSING CELL SURFACE GLYCOSYLATION」を表題とする2017年6月5日に出願された米国仮出願第62/515,515号に基づく優先権の恩典を主張し、それらの各内容の全体を参照により組み入れる。
本願は電子形式の配列表と共に出願される。配列表は、2018年4月13日に作成された735042008540SeqList.TXTという名称のファイルとして提供され、37,188バイトのサイズである。電子形式の配列表内の情報は、その全体が参照により組み入れられる。
遊離させた表面グリカンの試料を評価し、試料中のグリカンの有無または試料中に存在するグリカンのレベルを決定することによって、細胞表面グリカン(例えばN-グリカン)を評価するための方法が、本明細書において提供される。細胞組成物の細胞表面グリカンプロフィールを評価し、そのプロフィールを参照試料と比較することによって、細胞組成物をアッセイおよび/または評価する方法も提供される。ばらつきが少ない一貫した表面グリカン発現を有する複数の細胞組成物を製造および/または培養するための方法も提供される。
グリカンは細胞の主要構成成分である。ほぼ全てのヒト膜タンパク質と数多くの細胞内タンパク質が、グリカンの共有結合的付加により、翻訳と同時および翻訳後に修飾される。特にN-グリカンは、構造および機能に広範な影響を有し得る、タンパク質の翻訳後修飾である。細胞レベルでは、グリコシル化は、細胞のシグナル伝達、接着、ホーミング特性、および他の機能的活性に関係づけられている。当技術分野では、細胞の表面に発現されたグリカン(例えばN-グリカン)を測定し同定するためのさらなる方法が、必要とされている。
本明細書において、細胞表面グリカンを評価するための方法であって、(a)複数の細胞を含む試験組成物を、試験組成物中の細胞の表面から1つまたは複数のグリカンを遊離させる条件下でインキュベーションする工程であって、1つまたは複数の細胞表面グリカンを含む試料が生成される、工程;ならびに(b)試料中に存在するグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する工程であって、それによって試料の細胞表面グリカンプロフィールを評価する、工程、を含む方法が提供される。
組成物中の細胞の表面から遊離されるまたは遊離されたグリカンを含有する試料中のグリカンの有無または同試料中に存在するグリカンのレベルを決定することによって、細胞表面に発現しかつ/または露出しているグリカン、すなわち表面グリカンを評価するための方法が、本明細書において提供される。いくつかの態様において、提供される方法は、組成物中の細胞の表面からグリカン(例えばN-グリカン)を遊離させるための1つまたは複数の工程を含む。特定の態様において、本明細書において提供される方法は、細胞表面から遊離したグリカンを1つまたは複数の適切な技術(例えば、液体クロマトグラフィーおよび質量分析のうちの1つまたは複数)によって検出するための工程を設ける。いくつかの態様において、本明細書において提供される方法は、細胞組成物の表面グリカン発現プロフィールの高感度かつ正確な評価または分析を可能にする。
細胞の表面に発現されるグリカン(例えばN-グリカン)を同定し、定量し、かつ/または分析する方法が、本明細書において提供される。特定の態様では、個々のグリカン種の有無および相対的存在量が、高い分解能および感度で検出される。特定の態様において、本方法は、グリカンの検出を改良するための手順および/または修飾を含む。特定の態様において、グリカンの検出は、個々のグリカン種を同定しかつ/またはその量を定量することができる技術によって実行し得る。特定の態様において、グリカン種は、他のグリカン種の構造とは異なる同一構造を有するグリカンを含む。特定の態様において、前記技術は、質量分析技術および/または液体クロマトグラフィー(LC)技術、例えば高速液体クロマトグラフィー(HPLC)またはウルトラパフォーマンス液体クロマトグラフィー(UPLC)である。
特定の態様において、細胞の組成物は、組成物の細胞の表面からグリカン(例えばN-グリカン)を除去し、遊離させ、または脱離させるのに適した条件下で、インキュベーション、培養または処理される。特定の態様では、細胞の表面からグリカン(例えばN-グリカン)を除去し、分離し、または脱離させるために、細胞の組成物を、作用物質で処理し、作用物質と共にインキュベーションし、かつ/または作用物質と接触させる。特定の態様において、細胞は無傷である。すなわち細胞は、作用物質による処理の前に、溶解もホモジナイズもされていない。特定の態様において、細胞は生細胞である。いくつかの態様において、細胞を作用物質で処理し、作用物質と共にインキュベーションし、かつ/または作用物質と接触させる工程は、細胞膜を破壊および/または破裂させない。いくつかの態様において、細胞は生細胞であり、細胞を作用物質で処理し、作用物質と共にインキュベーションし、または作用物質と接触させる工程は、細胞を殺さない。特定の態様において、細胞は生細胞であり、細胞を作用物質で処理し、作用物質と共にインキュベーションし、または作用物質と接触させる工程は、細胞死、例えば細胞におけるアポトーシスまたは壊死を誘導しない。
いくつかの態様では、細胞の組成物を、作用物質(例えばN-グリコシダーゼ、例えばPNGase F)で処理する、当該作用物質とインキュベーションする、または当該作用物質と接触させることで、表面露出複合糖質からグリカン(例えばN-グリカン)の除去、分離、および/または脱離が起きる。いくつかの態様において、複合糖質はタンパク質、例えば糖タンパク質である。特定の態様において、細胞の組成物を作用物質で処理し、作用物質と接触させ、かつ/または作用物質と共にインキュベーションする工程は、表面露出タンパク質からのグリカンの除去、分離および/または脱離をもたらす。特定の態様において、遊離し、除去され、かつ/または脱離されたN-グリカンは無傷である。いくつかの態様において、表面露出タンパク質からのグリカンの除去、分離および/または脱離は、グリカンの構造に、損傷、消化および/またはその他の改変を加えない。特定の態様において、表面露出タンパク質からのグリカンの除去、分離および/または脱離は、グリカンを遊離させた部分、例えばタンパク質の構造に、損傷、消化および/またはその他の改変を加えない。いくつかの態様において、表面露出タンパク質からのグリカンの除去、分離および/または脱離は、アスパラギンのアスパラギン酸への変換をもたらすが、それ以外には、グリカンを遊離させたタンパク質の構造に、損傷、消化および/またはその他の改変を加えない。
特定の態様において、細胞の表面からグリカンを除去し、遊離させまたは脱離させるのに適した条件下でのインキュベーションは、細胞を作用物質と接触させ、作用物質で処理し、かつ/または作用物質と共にインキュベーションする工程を含む。特定の態様において、作用物質はPNGase Fであるか、またはPNGase Fを含む。PNGase Fは、ペプチド-N4-(N-アセチル-ベータ-グルコサミニル)アスパラギンアミダーゼクラスのアミダーゼである。いくつかの態様において、PNGase Fは、アスパラギンからN-グリカンを遊離させる細菌酵素である。特定の態様において、PNGase Fは、アスパラギンから完全な(すなわちインタクトな)N-グリカンを遊離させる。特定の態様において、PNGase Fは、アスパラギンに結合したオリゴマンノース型、ハイブリッド型、および複合型N-グリカンを除去する。特定の態様において、PNGase Fは、アスパラギンの窒素に結合したN-グリカンを遊離させることにより、アスパラギンをアスパラギン酸に変換する。特定の態様において、切断は、糖質のうち、アスパラギン残基に隣接する位置で起こる。特定の態様において、作用物質はペプチド-N-(N-アセチル-β-N-グルコサミニル)アスパラギンアミダーゼ活性を示す酵素であるか、またはそのような酵素を含む。特定の態様において、細胞の組成物は、PNGase FであるかPNGase Fを含む作用物質で処理されるか、同作用物質と接触させられるか、または同作用物質と共にインキュベーションされる。
いくつかの態様では、細胞の組成物、例えば試験組成物を、例えば約5分、約10分、約15分、約20分、約25分、約30分、約35分、約40分、約45分、約50分、約55分、約60分、約1.5時間、約2時間、約3時間、約4時間、約5時間、約6時間、または5分〜1時間、1時間〜4時間、4時間〜6時間、または6時間以上にわたって、N-グリコシダーゼなどの作用物質、例えばPNGase Fと接触させ、同作用物質で処理し、かつ/または同作用物質と共にインキュベーションする。特定の態様では、細胞の組成物を、30分〜60分の期間にわたって、PGNase FであるかPGNase Fを含む作用物質と接触させ、同作用物質で処理し、かつ/または同作用物質と共にインキュベーションする。特定の態様では、細胞の組成物を、約30分にわたって、PNGase FであるかPNGase Fを含む作用物質と接触させ、同作用物質で処理し、かつ/または同作用物質と共にインキュベーションする。特定の態様では、細胞の組成物を、約60分にわたって、PNGase FであるかPNGase Fを含む作用物質と接触させ、同作用物質で処理し、かつ/または同作用物質と共にインキュベーションする。
いくつかの態様において、細胞を細胞の表面に発現したタンパク質からグリカン(例えばN-グリカン)を除去し、遊離させかつ/または脱離させる作用物質と共にインキュベーションすることを含む条件は、その処理、インキュベーションおよび/または接触が実行される溶液または培地へのグリカンの遊離をもたらす。特定の態様において、組成物の細胞はインキュベーション後も無傷であり、例えば細胞は、破裂せず、溶解せず、瀕死ではなく、かつ/または死んでいない。特定の態様において、細胞は、インキュベーションを実行した後に培地または溶液から除去される。特定の態様において、細胞は、細胞を破裂させず、溶解せず、かつ/または殺さない方法で、培地または溶液から除去される。いくつかの態様において、細胞は、遠心分離によって、例えば低速および/または低g遠心分離によって除去され、細胞を含有するペレットから上清が除去される。特定の態様において、上清は、処理、インキュベーションまたは接触中に細胞の表面から除去されたグリカン(例えばN-グリカン)を含有する。
いくつかの態様において、提供される方法によるインキュベーション後に、細胞の表面に発現しかつ/または露出しているタンパク質に結合しているグリカン(例えばN-グリカン)は、培地および/または溶液中に遊離し、除去されかつ/または脱離される。特定の態様において、少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも11種、少なくとも12種、少なくとも13種、少なくとも14種、少なくとも15種、少なくとも16種、少なくとも17種、少なくとも18種、少なくとも19種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種、少なくとも55種、少なくとも60種、少なくとも65種、少なくとも70種、少なくとも75種、少なくとも80種、少なくとも85種、少なくとも90種、少なくとも95種、少なくとも100種、少なくとも125種、少なくとも150種、少なくとも175種、少なくとも200種、少なくとも225種、少なくとも250種、少なくとも300種、少なくとも350種、少なくとも400種、少なくとも450種、もしくは少なくとも500種、またはそれ以上のグリカン種(例えばN-グリカン種)が、培地または溶液に入る。特定の態様において、グリカン種(例えばN-グリカン種)は、検出可能なグリカン種である。いくつかの態様において、検出可能な種は、試料内で、または試料から生産し、生成させ、調製しかつ/または誘導することができる調製物から、検出、同定、測定および/または定量することができるN-グリカンである。
特定の態様において、グリカン(例えばN-グリカン)は、グリカンの検出を改良および/または増強するために修飾される。多くの例において、グリカンは、液体クロマトグラフィーおよび/または質量分析によって検出可能な強い発色団もしくは蛍光体または活性部分が存在しないために、容易には検出され得ない。いくつかの態様において、グリカンの吸光度および蛍光応答は比較的弱いか、検出のためのしきい値より低い場合もある。いくつかの態様において、アッセイの感度を最大限にする方策の一つは、関心対象の化合物、すなわちグリカンを、利用される特定の検出方法に関してより良い応答を示す誘導体に変換することである。特定の態様において、誘導体化剤は、誘導体化された分子の感度、収率および/または安定性を最大化することによって、分析の最終的な感度および精度に影響を及ぼし、またはそれらを左右する。したがっていくつかの態様において、細胞表面から遊離したグリカン(例えばN-グリカン)は、分析または検出のための何らかの手順に先だって誘導体化される。
特定の態様において、グリカンを含有する細胞外溶液の試料は、分析用に、例えば質量分析用に調製される。いくつかの態様において、グリカン(例えばN-グリカン)の試料は、分析前に精製される。いくつかの態様において、精製は、N-グリカンの検出を混乱させ、妨害し、かつ/または弱める存在またはその可能性がある存在からN-グリカンを分離することができる任意の方法を含む。いくつかの態様では、細胞デブリ、脱グリコシル化されたタンパク質、PNGase F、緩衝液/製剤構成成分、界面活性剤、標識反応副生成物、ならびに/または過剰な標識試薬およびもしくは誘導体化試薬からN-グリカンを取り出すために、精製工程が実行される。特定の態様において、精製工程は、標識されたグリカン(例えばN-グリカン)、例えば検出可能なラベルが共有結合しているグリカンに対して実行される。特定の態様において、精製は、例えば限定するわけではないが固相抽出(SPE)、液液抽出、ゲル濾過、ペーパークロマトグラフィー、および沈殿など、グリカンを精製するための任意の適切な技術によって実行される。
試料中のグリカンの有無または試料中に存在するグリカンのレベルを決定することによって細胞表面のグリカン(例えばN-グリカン)を評価するための方法が提供される。特定の態様において、試料は、細胞組成物、例えば試験細胞組成物中に存在する細胞の表面から遊離し、除去されまたは脱離されたグリカンを含有する。特定の態様において、細胞の表面から遊離したグリカン(例えばN-グリカン)を含有する試料が、試料中のグリカンの有無または試料中に存在するグリカンのレベルを決定するために評価され、かつ/または分析される。
いくつかの態様では、試料中に存在するグリカン(例えばN-グリカン)を分析するために、高速液体クロマトグラフィーを含む液体クロマトグラフィー(LC)が使用される。グリカンの研究には、アニオン交換クロマトグラフィー、逆相HPLC、サイズ排除クロマトグラフィー、高速アニオン交換クロマトグラフィー、およびNP-HPLCを含む順相(NP)クロマトグラフィーなど、様々な形態のLCを使用することができる。親水性相互作用クロマトグラフィー(HILIC)は、部分的に水系の移動相を使って実行することができるNP-HPLCの変形であり、これはペプチド、糖質、核酸および多くのタンパク質の順相分離を可能にする。いくつかの態様において、試料中のグリカンは、HPLCもしくはHILICなどのLCによって、またはLCを含む方法によって、検出される。
特定の態様において、蛍光検出は液体クロマトグラフィー技術および/または質量分析技術に連結することができる。特定の態様において、グリカン(例えばN-グリカン)は、蛍光ラベルに結合、例えば共有結合される。特定の態様において、蛍光標識されたグリカン(例えばN-グリカン)は、液体クロマトグラフィーで蛍光検出によって分析された後、質量分析による分析を受ける。いくつかの態様において、液体クロマトグラフィー、質量分析、および蛍光検出の組合せは、試料の、例えば細胞の表面から遊離または脱離したN-グリカンの試料の、包括的グリカン分析に使用することができる分析プラットフォームである。
様々な態様において、方法は、グリカン混合物の一部を質量分析技術による分析に供する工程を含む。質量分析(MS)は、その最も簡単な定義において、それぞれの質量電荷(m/z)比に従って分離されるイオンの作成および検出である。そのようなイオンの検出は、それぞれのm/z比の関数としてのイオンの相対的存在量のプロットである質量スペクトルをもたらす。グリカンの分析に最も広く使用されているMSイオン化技術は、マトリックス支援レーザー脱離イオン化(MALDI)とエレクトロスプレーイオン化(ESI)の2つであり、どちらにおいても、遊離グリカンは、典型的には、正イオンモードでは金属(通常はナトリウム)付加物として、また負イオンモードでは脱プロトン化種またはアニオン付加種として、検出される。グリカンは、それぞれのプロトン化型または脱プロトン化型で検出され得る。MALDIとESIはどちらもソフトイオン化技術である。すなわち、このイオン化プロセスは過剰なエネルギーをほとんど与えないので、グリカンの断片をほとんどまたは全く生成させず、したがって、インタクトな分子イオンを容易に観察することができる。それでもなお、不安定な基、とりわけシアル酸およびフコースの迅速な喪失は発生し得るので、その発生の程度は、特に定量的研究では、評価されるべきである。MALDI-MSとESI-MSはどちらも総合的グリカンプロフィールを得るために応用することができる。
グリカンを含有する試料(例えば、試験細胞組成物などの細胞組成物から遊離した表面N-グリカンを含有する試料)を評価および/または分析するための方法が、本明細書において提供される。特定の態様において、試料は、1つまたは複数のグリカン(例えばN-グリカン)の有無、レベル、相対的存在量および/または量を決定することによって評価または分析される。いくつかの態様において、1つまたは複数のグリカン(例えばN-グリカン)は、試料中に検出されるグリカンの細胞表面プロフィールの一部である。いくつかの態様において、細胞表面プロフィールは、1つまたは複数の異なるN-グリカン種の有無、レベル、相対的存在量および/または量を示す。いくつかの局面において、1つまたは複数の異なる種は、表E1またはそのサブセットに示されるものをいずれも含むことができる。いくつかの態様において、異なるグリカン種の数は、5超、10超、20超、30超、40超、50超、60超、70超、80超、90超、100超、150超、200超、300超、400超、500超もしくはそれ以上の異なる種または約5超、約10超、約20超、約30超、約40超、約50超、約60超、約70超、約80超、約90超、約100超、約150超、約200超、約300超、約400超、約500超もしくはそれ以上の異なる種である。
特定の態様において、本明細書において提供される方法は、細胞組成物中および/または細胞組成物から収集された試料中に存在し得る1つまたは複数の物質、例えば残留物質の有無、アイデンティティまたはレベルを検出するために使用される。特定の態様において、物質は、1つもしくは複数のグリカンであるかまたはそれを含む任意の化合物、構成成分、材料、または物である。特定の態様において、物質は生きている生物であるか、または生きている生物によって産生、生成、発現および/もしくは合成される。特定の態様において、物質は、核酸、タンパク質および/もしくは脂質部分であるか、または核酸、タンパク質および/もしくは脂質部分を含む。特定の態様において、物質は、1つもしくは複数のタンパク質(例えば糖タンパク質)であるかまたはそれを含む。
いくつかの態様では、本明細書において提供される方法は、上記で提供される方法のいずれかなどにしたがって、細胞の1つまたは複数の組成物の表面グリカン、例えば、N-グリカンの発現を評価して、細胞の表面上に存在する1つまたは複数のグリカン、例えば、N-グリカンの有無、またはレベルを決定または評価するために使用することができる。いくつかの態様では、評価される組成物は、供給源組成物などの、別の組成物の部分である試験細胞組成物である。いくつかの態様では、提供される方法は、組成物の細胞の表面上の1つのより多くのグリカンの有無、量、レベル、および/または相対的存在量を評価または分析するために使用することができる。
いくつかの態様では、細胞組成物、例えば、試験細胞組成物などの供給源組成物またはその部分は、細胞の集団を含む。細胞を含む任意の組成物を、提供される方法にしたがって評価することができる。いくつかの態様では、細胞の集団は、細胞株または初代細胞であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、細胞の集団は、対象、例えば、ヒト対象から得られる初代細胞などの初代細胞であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、細胞の集団は、人工多能性幹細胞などの幹細胞であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、細胞の組成物、例えば、試験細胞組成物などの供給源組成物またはその部分は、組み換え核酸を用いた細胞の操作と関連するものなどの、細胞組成物を製造するプロセスと関連付けられる組成物である。いくつかの態様では、細胞の組成物は薬学的組成物である。
特定の態様では、操作された細胞は、組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを含む。いくつかの態様では、組み換え受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)またはT細胞受容体(TCR)などのキメラ受容体または抗原受容体である。特定の態様では、操作された細胞は、セクションIIIに記載するように、生産、製造、および/または生成される。
特定の態様では、本明細書において提供される方法は、組み換え受容体、例えば、機能的な非TCR抗原受容体、例えば、キメラ抗原受容体(CAR)、およびトランスジェニックT細胞受容体(TCR)などの他の抗原結合受容体などの抗原受容体を一般に発現する細胞を含むかまたはそれから構成される細胞の組成物の表面グリカン発現を評価するために使用することができる。受容体の中には他のキメラ受容体もある。
特定の態様では、組み換え受容体を発現する操作された細胞を含有する細胞組成物のグリカン(例えばN-グリカン)の表面発現は、本明細書において提供される方法により評価される。いくつかの態様では、表面グリカンの発現は、T細胞受容体(TCR)またはその抗原結合部分を発現するT細胞などの操作された細胞において評価される。
いくつかの態様では、表面グリカン発現は、マルチターゲティング戦略のために設計された細胞を含有する細胞組成物において評価される。いくつかの態様では、細胞組成物は、各受容体が同じかまたは異なる抗原を認識し、典型的にはそれぞれが異なる細胞内シグナル伝達成分を含む、細胞上の2つまたはそれより多くの遺伝子操作された受容体を発現する細胞などの、マルチターゲティング戦略のために設計された細胞を含む。そのようなマルチターゲティング戦略は、例えば国際公開公報第2014055668A1号(例えば、オフターゲット細胞、例えば正常細胞上では個別に存在するが、治療される疾患または病態の細胞上でのみ一緒に存在する2つの異なる抗原を標的とする、活性化CARと共刺激CARとの組み合わせを記載する)、ならびにFedorov et al.,Sci.Transl.Medicine,5(215)(2013)(活性化CARが正常細胞または非罹患細胞、および治療される疾患または病態の細胞の両方で発現される1つの抗原に結合し、抑制性CARが正常細胞または治療されることが望ましくない細胞でのみ発現される別の抗原に結合するものなどの、活性化CARと抑制性CARを発現する細胞を記載する)に記載されている。
特定の態様では、本明細書において提供される方法は、操作された細胞を製造または生成するプロセスの様々な段階において1つまたは複数の組成物のグリカン(例えばN-グリカン)の表面発現を評価するために使用することができる。特定の態様では、プロセスは、セクションIIIにおけるような本明細書に記載される組み換え受容体、例えば、CARまたはTCRを発現する操作された細胞の製造または生成のためのものであり得る。いくつかの態様では、プロセスは、細胞の単離、分離、選択、培養(例えば、例えば増殖および/または活性化を誘導するための、細胞の刺激)、形質導入および/もしくはトランスフェクション、洗浄、懸濁、希釈、濃縮、ならびに/または製剤化のための工程を含む。特定の態様では、表面グリカン発現は、細胞の単離、分離、選択、培養(例えば、例えば増殖および/または活性化を誘導するための、細胞の刺激)、形質導入および/もしくはトランスフェクション、洗浄、懸濁、希釈、濃縮、ならびに/または製剤化のための工程の前に、それとの関連で、またはその後に得られる1つまたは複数の細胞組成物において評価される。特定の態様では、細胞は、操作された細胞を製造または生成するプロセスにおける任意の段階においてまたは任意の段階の間に回収され得る。いくつかの態様では、細胞は、後の表面グリカンの分析のために貯蔵(例えば凍結保存)されてよく、または表面グリカンを遊離する条件下で直接的にインキュベーションされてよい。
本明細書において提供される方法によりグリカン表面発現について評価され得る細胞の中には、組み換え受容体を発現する操作された細胞がある。特定の態様では、表面グリカン発現は、遺伝子操作プロセスの様々な段階から回収された細胞の1つまたは複数の組成物から本明細書において提供される方法により評価され得る。
遺伝子操作された成分、例えば組み換え受容体、例えばCARまたはTCRの導入のための様々な方法が周知である。例示的な方法には、ウイルス(例えば、レトロウイルスまたはレンチウイルス)による形質導入、トランスポゾンおよびエレクトロポレーションによる方法を含めて、受容体をコードする核酸を移入するための様々な方法が含まれる。いくつかの態様では、表面グリカン発現は、遺伝子操作プロセスの前、間、または直後に回収される細胞の組成物において評価される。いくつかの態様では、表面グリカン発現は、遺伝子操作された成分を導入するプロセスの対応する段階において細胞の組成物の間で評価され、比較される。いくつかの態様では、組成物は、遺伝材料を導入する異なる方法により同じ組み換え受容体を発現するように操作されるか、またはそのように操作されたものである。
いくつかの局面において、細胞はさらに、サイトカインまたは他の因子の発現を促進するように操作される。さらなる核酸、例えば、導入のための遺伝子には、治療の有効性を、例えば、移入された細胞の生存性および/または機能を促進することなどによって改善するための核酸;細胞の選択および/または評価のための遺伝子マーカーを提供するための遺伝子、例えば、インビボでの生存または局在化を評価するためなどの遺伝子;安全性を、例えば、Lupton S.D. et al.,Mol.and Cell Biol.,11:6(1991)、およびRiddell et al.,Human Gene Therapy 3:319-338(1992)によって記載されるように細胞をインビボでの陰性選択に対して感受性にすることによって改善するための遺伝子が挙げられる。また、優勢な陽性選択マーカーを陰性選択マーカーと融合することから得られる二官能性の選択可能な融合遺伝子の使用を記載する、LuptonらによるPCT/US91/08442およびPCT/US94/05601の公開公報もまた参照のこと。例えば、Riddellら、米国特許第6,040,177号、第14欄〜第17欄を参照のこと。
いくつかの態様では、組み換え受容体を用いて遺伝子操作された細胞(例えば、CAR-T細胞)などの細胞は、所与の用量またはその部分において投与するための細胞の数を含む、単位用量形態組成物などの薬学的組成物および製剤などの組成物として提供される。薬学的組成物および製剤は、一般に、1つまたは複数の任意の薬学的に許容される担体または賦形剤を含む。いくつかの態様では、組成物は、少なくとも1つの追加の治療用作用物質を含む。
別途定義される場合を除き、本明細書において使用する全ての専門用語、表記法、ならびに他の技術用語および科学用語または用語法は、請求項に記載された主題が関係する技術分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有することが意図される。いくつかの場合には、一般に理解されている意味を有する用語が、明快さのために、かつ/または即座の参照のために本明細書において定義されており、そして、そのような定義が本明細書に含まれることは、当技術分野において一般に理解されていることを超える実質的な違いを表すように必ずしも解釈されなければならないことはない。
以下の態様が提供される。
1. 細胞表面グリカンを評価するための方法であって、
(a)複数の細胞を含む試験組成物を、該試験組成物中の細胞の表面から1つまたは複数のグリカンを遊離させる条件下でインキュベーションする工程であって、ここで1つまたは複数の細胞表面グリカンを含む試料が生成される、工程;ならびに
(b)該試料中に存在するグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する工程であって、それによって該試料の細胞表面グリカンプロフィールを評価する、工程
を含む、方法。
2. 細胞表面グリカンを評価するための方法であって、
試料中に存在するグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する工程であって、それによって該試料の細胞表面グリカンプロフィールを評価する、工程を含み、
該試料が、複数の細胞を含む試験組成物中に存在する細胞の表面から、1つまたは複数のグリカンを遊離させる条件下での該試験組成物のインキュベーション後に遊離した、1つまたは複数のグリカンを含む、
方法。
3. 前記グリカンがN-グリカンである、態様1または態様2の方法。
4. 前記試験細胞組成物中の細胞が、全細胞(whole cell)またはインタクトな細胞を含む、態様1〜3のいずれかの方法。
5. 前記細胞が生細胞である、態様1〜4のいずれかの方法。
6. 前記試験細胞組成物が、前記インキュベーションの前にホモジナイズまたは超音波処理されず;かつ/または
前記試験細胞組成物が、前記インキュベーションの前にプロテアーゼと共にインキュベーションされず、任意で該プロテアーゼがトリプシンであり;かつ/または
前記試験細胞組成物中の細胞が、前記インキュベーションの前または前記インキュベーション中に、1つまたは複数の細胞表面タンパク質または膜タンパク質を抽出するための作用物質と接触せず、任意で該作用物質が界面活性剤またはプロテアーゼ、任意でトリプシンであり;かつ/または
前記インキュベーション中に溶解されかつ/もしくは破裂する細胞が10%未満である、
態様1〜5のいずれかの方法。
7. 前記試験細胞組成物が、5×106個以下の細胞を含む、態様1〜6のいずれかの方法。
8. 前記試験細胞組成物が、1×106〜5×106個(両端の値を含む)の細胞を含む、態様1〜7のいずれかの方法。
9. 前記試験細胞組成物が、1×108個/mL以下の濃度の細胞を含む、態様1〜8のいずれかの方法。
10. 前記試験細胞組成物が、1×105個/mL〜1×108個/mL(両端の値を含む)、1×106個/mL〜5×107個/mL(両端の値を含む)、または5×106個/mL〜2.5×107個/mL(両端の値を含む)の濃度の細胞を含む、態様1〜9のいずれかの方法。
11. 前記インキュベーションがN-グリコシダーゼの存在下で行われる、態様1〜10のいずれかの方法。
12. 前記N-グリコシダーゼがペプチドN-グリコシダーゼ(PNGase)Fである、態様11の方法。
13. 前記PNGase Fが組み換え体である、態様12の方法。
14. 前記1つまたは複数のグリカンが1つまたは複数のN-グリカンであり、前記方法が、
(i)前記試験組成物の細胞の表面から該1つまたは複数のN-グリカンを遊離させる条件下で、該試験組成物からの1×106〜5×106個の細胞を組み換えPNGase Fと共にインキュベーションする工程;
(ii)該1つまたは複数のN-グリカンを、検出可能なラベル、任意で蛍光ラベルで標識する工程;および
(iii)標識されたN-グリカンの有無またはレベルを決定する工程であって、それによって該試料の細胞表面グリカンプロフィールを評価する、工程
を含む、態様1〜6のいずれかの方法。
15. 前記試験細胞組成物が約1×106〜2.5×106個の細胞を含む、態様14の方法。
16. 前記試験細胞組成物が1×106個/mL〜5×107個/mLの濃度の細胞を含む、態様13または態様14の方法。
17. 前記PNGase Fが、フラボバクテリウム・メニンゴセプチカム(Flavobacterium meningosepticum)のPGNase Fまたは酵素的に活性なその一部もしくは変異体を含む、態様12〜16のいずれかの方法。
18. 前記PNGase Fが、SEQ ID NO:1に示されるアミノ酸配列または酵素的に活性なその一部もしくは変異体を含むか、あるいはSEQ ID NO:1と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくはそれより高い配列同一性を示すアミノ酸配列を含むかまたは酵素的に活性なその一部である、態様12〜17のいずれかの方法。
19. 前記PNGase Fが、SEQ ID NO:1に示されるアミノ酸配列を含む、態様12〜18のいずれかの方法。
20. 前記PNGase Fが、タグ、任意で親和性タグを含む、態様12〜19のいずれかの方法。
21. 前記タグがポリ-ヒスチジン(Hisタグ)である、態様20の方法。
22. 前記PNGase Fが、90%超もしくは約90%超、92%超もしくは約92%超、95%超もしくは約95%超、または98%超もしくは約98%超、純粋であり;かつ/または
該PNGase Fが、10%未満もしくは約10%未満、8%未満もしくは約8%未満、5%未満もしくは約5%未満、2%未満もしくは約2%未満の非PNGase Fタンパク質夾雑物を含み;かつ/または
該PNGase Fが、任意でSDS-PAGEおよびタンパク質染色、任意でクマシーブルー染色による決定で、90%超もしくは約90%超、92%超もしくは約92%超、95%超もしくは約95%超、または98%超もしくは約98%超、均一である、
態様12〜21のいずれかの方法。
23. 前記N-グリコシダーゼの量、任意でPNGase Fの量が、35℃〜39℃、任意で約37℃の温度における12時間以下のインキュベーション後に、1つもしくは複数の天然もしくは非変性糖タンパク質からおよび/または細胞組成物の細胞から、1つまたは複数のN-グリカンを遊離させる酵素的有効量である、態様11〜22のいずれかの方法。
24. 前記酵素的有効量が、25℃〜39℃または35℃〜39℃(それぞれ両端の値を含む)、任意で約37℃の温度における、長くても15分〜3時間または30分〜2時間のインキュベーション後に、1つまたは複数のN-グリカンを遊離させる量である、態様23の方法。
25. 前記PNGase Fの酵素的有効量が、前記1つもしくは複数の糖タンパク質に存在するN-グリカンおよび/または前記細胞組成物の表面に存在するN-グリカンのうちの50%超、55%超、60%超、65%超、70%超、75%超、80%超、85%超、90%超、95%超、99%超を遊離させる、態様23または態様24の方法。
26. 前記インキュベーションの条件が、前記試験細胞組成物の表面に存在する50%超、55%超、60%超、65%超、70%超、75%超、80%超、85%超、90%超、95%超、99%超のN-グリカンの遊離を達成するのに十分である、態様1〜25のいずれかの方法。
27. 前記N-グリコシダーゼ、任意でPNGase Fの量が、1単位〜5000単位、1単位〜1000単位、1単位〜500単位、1単位〜250単位、1単位〜100単位、1単位〜50単位、1単位〜25単位、25単位〜5000単位、25単位〜1000単位、25単位〜500単位、25単位〜250単位、25単位〜100単位、25単位〜50単位、50単位〜5000単位、50単位〜1000単位、50単位〜500単位、50単位〜250単位、50単位〜100単位、100単位〜5000単位、100単位〜1000単位、100単位〜500単位、100単位〜250単位、250単位〜5000単位、250単位〜1000単位、250単位〜500単位、500単位〜5000単位、500単位〜1000単位、または1000単位〜5000単位(それぞれ両端の値を含む)である、態様11〜26のいずれかの方法。
28. 前記N-グリコシダーゼ、任意でPNGase Fの量が、1単位超もしくは約1単位超または1単位もしくは約1単位、5単位超もしくは約5単位超または5単位もしくは約5単位、10単位超もしくは約10単位超または10単位もしくは約10単位、15単位超もしくは約15単位超または15単位もしくは約15単位、20単位超もしくは約20単位超または20単位もしくは約20単位、25単位超もしくは約25単位超または25単位もしくは約25単位、50単位超もしくは約50単位超または50単位もしくは約50単位、100単位超もしくは約100単位超または100単位もしくは約100単位、250単位超もしくは約250単位超または250単位もしくは約250単位、500単位超もしくは約500単位超または500単位もしくは約500単位、1000単位超もしくは約1000単位超または1000単位もしくは約1000単位、2500単位超もしくは約2500単位超または2500単位もしくは約2500単位、あるいは5000単位超もしくは約5000単位超または5000単位もしくは約5000単位である、態様11〜27のいずれかの方法。
29. 1単位が、37℃において30分間で1ナノモルの変性リボヌクレアーゼB(RNase B)の脱グリコシル化を触媒するのに十分な前記N-グリコシダーゼ、任意でPNGase Fの量である、態様27または態様28の方法。
30. 500単位が、37℃または室温において5〜10分間、1×PBS中でインキュベーションされた10μgのリボヌクレアーゼB(RNase B)の脱グリコシル化を触媒するのに十分な前記N-グリコシダーゼ、任意でPNGase Fの量である、態様27または態様28の方法。
31. 前記試験組成物のインキュベーションが、5もしくは約5分間〜12もしくは約12時間、30もしくは約30分間〜6もしくは約6時間、または1もしくは約1時間〜3もしくは約3時間(それぞれ両端の値を含む)行われる、態様1〜30のいずれかの方法。
32. 前記試験組成物のインキュベーションが、少なくとも5もしくは約5分間または5もしくは約5分間、少なくとも10もしくは約10分間または10もしくは約10分間、少なくとも15もしくは約15分間または15もしくは約15分間、少なくとも30もしくは約30分間または30もしくは約30分間、少なくとも1もしくは約1時間または1もしくは約1時間、少なくとも2もしくは約2時間または2もしくは約2時間、少なくとも3もしくは約3時間または3もしくは約3時間、少なくとも4もしくは約4時間または4もしくは約4時間、少なくとも5もしくは約5時間または5もしくは約5時間、あるいは少なくとも6もしくは約6時間または6もしくは約6時間行われる、態様1〜31のいずれかの方法。
33. 前記試験組成物のインキュベーションが、約30分間行われる、態様1〜32のいずれかの方法。
34. 前記試験組成物のインキュベーションが、25℃〜39℃または35℃〜39℃の温度で行われる、態様1〜33のいずれかの方法。
35. 前記試験組成物のインキュベーションが、約37℃の温度で行われる、態様1〜35のいずれかの方法。
36. 前記試験組成物のインキュベーションが、約37℃の温度で約30分間行われる、態様1〜35のいずれかの方法。
37. 試料中に存在するグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する前に、該試料からのグリカンを、検出可能なラベル、任意で蛍光ラベルで標識する工程をさらに含む、態様1〜36のいずれかの方法。
38. 前記ラベルが蛍光ラベルであり、該蛍光ラベルが、2-アミノベンズアミド(2-AB)、2-アミノ安息香酸(2-AA)、2-アミノピリジン(PA)、2-アミノアクリドン(AMAC)、2-アミノナフタレントリスルホン酸(ANTS)、および1-アミノピレン-3,6,8-トリスルホン酸(APTS)、3-(アセチルアミノ)-6-アミノアクリジン(AA-Ac)、6-アミノキノリン(6-AQ)、7-アミノメチル-クマリン(AMC)、2-アミノ(6-アミド-ビオチニル)ピリジン(BAP)、9-フルオレニルメトキシカルボニル(FMOC)-ヒドラジド、1,2-ジアミノ-4,5-メチレンジオキシ-ベンゼン(DMB)、もしくはo-フェニレンジアミン(OPD)であるか、またはそれを含む、態様14〜37のいずれかの方法。
39. 前記蛍光ラベルが、キノリニル蛍光体を含む、態様14〜38のいずれかの方法。
40. 前記蛍光ラベルが、カルバメート標識基を含む、態様14〜39のいずれかの方法。
41. 前記蛍光ラベルが、塩基性第3級アミンを含む、態様14〜40のいずれかの方法。
42. 前記蛍光ラベルが、カルバメート標識基、キノロン蛍光体、および第3級アミンを含む、態様14〜37および態様39〜41のいずれかの方法。
43. 前記1つまたは複数のグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する前に、前記試料がグリカン精製またはグリカン濃縮に供される、態様1〜42のいずれかの方法。
44. 前記グリカン精製またはグリカン濃縮が、固相抽出(SPE)によって行われる、態様43の方法。
45. 前記1つまたは複数のグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する工程が、前記試料を質量分析に供することを含む、態様1〜44のいずれかの方法。
46. 前記質量分析が、エレクトロスプレーイオン化質量分析(ESI-MS)、ターボスプレーイオン化質量分析、ナノスプレーイオン化質量分析、サーモスプレーイオン化質量分析、ソニックスプレーイオン化質量分析、表面強化レーザー脱離イオン化質量分析(SELDI-MS)、およびマトリックス支援レーザー脱離イオン化質量分析(MALDI-MS)である、態様45の方法。
47. 前記質量分析がMALDI-MSである、態様45または態様46の方法。
48. 前記グリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する工程が、前記試料を液体クロマトグラフィー(LC)とそれに続く質量分析とに供することを含む、態様1〜47のいずれかの方法。
49. 前記液体クロマトグラフィーが、高速液体クロマトグラフィー(HPLC)、超高速液体クロマトグラフィー(UHPLC)、またはウルトラパフォーマンス液体クロマトグラフィー(UPLC)である、態様48の方法。
50. 前記液体クロマトグラフィーが、ウルトラパフォーマンス液体クロマトグラフィー(UPLC)である、態様48または態様49の方法。
51. 前記液体クロマトグラフィーと前記質量分析とがオンラインで行われる、態様48〜50のいずれかの方法。
52. 前記液体クロマトグラフィーが、順相(NP-)、逆相(RP)、および親水性相互作用クロマトグラフィー(HILIC)から選択される、態様48〜51のいずれかの方法。
53. 前記液体クロマトグラフィーが、親水性相互作用クロマトグラフィー(HILIC)である、態様48〜52のいずれかの方法。
54. 前記質量分析が、エレクトロスプレーイオン化質量分析(ESI-MS)、ターボスプレーイオン化質量分析、ナノスプレーイオン化質量分析、サーモスプレーイオン化質量分析、またはソニックスプレーイオン化質量分析を含む、態様45〜53のいずれかの方法。
55. 前記質量分析がESI-MSを含む、態様45〜54のいずれかの方法。
56. 前記質量分析が、タンデム質量分析(MS/MS)を含む、態様45〜55のいずれかの方法。
57. 前記質量分析が、タンデムESI質量分析(ESI-MS/MS)を含む、態様45〜56のいずれかの方法。
58. 前記質量分析を実行する質量分析計が、四重極型質量分析装置、イオントラップ型質量分析装置、飛行時間(TOF)型質量分析装置、またはフーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴型質量分析装置のうちの1つまたは複数を含む、態様45〜57のいずれかの方法。
59. 前記質量分析計が、三次元四重極イオントラップ型質量分析装置、円筒形イオントラップ型質量分析装置、線形四重極イオントラップ型質量分析装置、またはオービトラップ型質量分析装置であるイオントラップ型質量分析装置を含む、態様58の方法。
60. 前記質量分析計が、四重極-オービトラップ型質量分析計である、態様45〜59のいずれかの方法。
61. 前記1つまたは複数のグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する工程が、1つまたは複数のグリカン構造を、分岐、単糖間の結合、および/または単糖の位置について分析することを含む、態様1〜60のいずれかの方法。
62. 前記1つまたは複数のグリカンが、高マンノース型N-グリカン、バイセクト型およびシアリルルイスX N-グリカン、ならびに/またはN-アセチルラクトサミン含有N-グリカンを含む、態様1〜61のいずれかの方法。
63. 前記1つまたは複数のグリカンが、還元末端ガラクトース残基を有しないフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、還元末端ガラクトース残基を有しないバイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および1つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、5つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、6つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、7つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、8つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、ならびに/または9つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカンを含む、態様1〜62のいずれかの方法。
64. 前記試料中に存在するグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する工程が、少なくとも25種、少なくとも50種、少なくとも60種、少なくとも70種、少なくとも80種、少なくとも90種、少なくとも100種、または少なくとも200種の異なるグリカン種の有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定することを含む、態様1〜63のいずれかの方法。
65. 前記試料中に存在するグリカン種の存在またはレベルが、少なくとも100amol、少なくとも500amol、少なくとも1fmol、少なくとも5fmol、または少なくとも10fmolの該グリカン種が該試料中に存在する場合に決定される、態様1〜64のいずれかの方法。
66. 前記試料中に存在するグリカン種の存在またはレベルが、該グリカン種が該試料中の全グリカンの少なくとも0.00001%、0.00005%、0.0001%、0.0005%、0.001%、0.005%、または0.01%を構成する場合に決定される、態様1〜65のいずれかの方法。
67. 前記グリカン種がN-グリカン種である、態様62〜65のいずれかの方法。
68. 前記試験細胞組成物が、前記複数の細胞を含むソース細胞組成物の少なくとも一部であるかまたはそれを含む、態様1〜67のいずれかの方法。
69. 前記細胞が哺乳動物細胞を含むか、または前記試験細胞組成物が哺乳動物細胞を含む、態様1〜68のいずれかの方法。
70. 前記細胞がヒト細胞を含むか、または前記試験細胞組成物がヒト細胞を含む、態様1〜69のいずれかの方法。
71. 前記細胞が幹細胞を含むか、または前記試験細胞組成物が幹細胞を含む、態様1〜70のいずれかの方法。
72. 前記幹細胞が誘導多能性幹細胞(iPSC)である、態様71の方法。
73. 前記試験細胞組成物が、アフェレーシス産物もしくは白血球アフェレーシス産物中に存在する細胞またはそれに由来する細胞を含む、態様1〜70のいずれかの方法。
74. 前記細胞が、免疫細胞、白血球、末梢血単核球(PBMC)、リンパ球、もしくは未分画T細胞を含むか;または
前記試験細胞組成物が、免疫細胞、白血球、末梢血単核球(PBMC)、リンパ球、もしくは未分画T細胞を含む、
態様1〜70および態様73のいずれかの方法。
75. 前記細胞が免疫細胞を含むか、または前記試験細胞組成物が免疫細胞を含む、態様1〜74のいずれかの方法。
76. 前記免疫細胞が、T細胞、B細胞、マクロファージ、好中球、ナチュラルキラー(NK)細胞、または樹状細胞である、態様75の方法。
77. 前記細胞が、CD4+T細胞および/もしくはCD8+T細胞であるT細胞を含むか、または前記試験細胞組成物が、CD4+T細胞および/もしくはCD8+T細胞であるT細胞を含む、態様1〜76のいずれかの方法。
78. 前記試験細胞組成物が、
免疫親和性ベースの方法によって生物学的試料から単離された細胞;ならびに/または
組み換えタンパク質をコードするウイルスベクターを用いて形質導入された細胞;ならびに/または
1つもしくは複数の試験作用物質、任意でさらに1つのペプチド、タンパク質、ポリペプチド、核酸、低分子の存在下でインキュベーションされた細胞;ならびに/または
1つもしくは複数の刺激条件の存在下で活性化されかつ/もしくは拡大増殖した細胞;ならびに/または
凍結保存された細胞、および/もしくは凍結保護物質を含む細胞;ならびに/または
対象に投与するために製剤化された、任意で薬学的に許容される賦形剤の存在下で製剤化された、細胞
を含む、態様1〜77のいずれかの方法。
79. 前記試験作用物質が、前記試験細胞組成物中の1つまたは複数の細胞の成長、増殖、生存性、分化、細胞内シグナル伝達、活性化、および/または拡大増殖を調節するための候補である、態様78の方法。
80. 前記刺激条件が、TCR複合体の1つもしくは複数の構成成分の1つもしくは複数の細胞内シグナル伝達ドメインおよび/または1つもしくは複数の共刺激分子の1つもしくは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化させることができる刺激試薬とのインキュベーションを含む、態様78または態様79の方法。
81. 前記刺激試薬が、TCR複合体のメンバーに特異的に結合する第一の作用物質、およびT細胞共刺激分子に特異的に結合する第二の作用物質を含む、態様80の方法。
82. 前記第一の作用物質がCD3に特異的に結合し;かつ/または前記共刺激分子が、CD28、CD137(4-1-BB)、OX40、もしくはICOSからなる群より選択される、態様81の方法。
83. 前記刺激試薬が、抗CD3抗体またはその抗原結合断片、および抗CD28抗体またはその抗原結合断片を含む、態様80〜82のいずれかの方法。
84. 前記第一および第二の作用物質が、抗体を含み、かつ/または固体支持体の表面に存在する、態様80〜83のいずれかの方法。
85. 前記固体支持体がビーズであるかまたはそれを含む、態様84の方法。
86. 前記細胞が組み換え受容体を発現するか、または前記試験組成物が組み換え受容体を発現する細胞を含む、態様1〜85のいずれかの方法。
87. 前記組み換え受容体が、キメラ受容体および/もしくは組み換え抗原受容体であるかまたはそれを含む、態様86の方法。
88. 前記組み換え受容体が標的抗原に結合することができ、該標的抗原が、ある疾患、障害、もしくは病態に関連し、それに特異的であり、かつ/またはその細胞もしくは組織において発現する、態様86または態様87の方法。
89. 前記疾患、障害、または病態が、感染性疾患もしくは感染性障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくはがんである、態様88の方法。
90. 前記標的抗原が腫瘍抗原である、態様88または態様89の方法。
91. 前記標的抗原が、ROR1、B細胞成熟抗原(BCMA)、炭酸脱水酵素9(CAIX)、tEGFR、Her2/neu(受容体チロシンキナーゼerbB2)、L1-CAM、CD19、CD20、CD22、メソテリン、CEAおよびB型肝炎表面抗原、抗葉酸受容体、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、EGFR、上皮糖タンパク質2(EPG-2)、上皮糖タンパク質40(EPG-40)、EPHa2、erb-B2、erb-B3、erb-B4、erbB二量体、EGFR vIII、葉酸結合タンパク質(FBP)、FCRL5、FCRH5、胎児型アセチルコリン受容体、GD2、GD3、HMW-MAA、IL-22R-α、IL-13R-α2、キナーゼ挿入ドメイン受容体(kdr)、カッパ軽鎖、ルイスY、L1細胞接着分子(L1-CAM)、メラノーマ関連抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、メラノーマ優先発現抗原(PRAME)、サバイビン、TAG72、B7-H6、IL-13受容体α2(IL-13Ra2)、CA9、GD3、HMW-MAA、CD171、G250/CAIX、HLA-A1 MAGE A1、HLA-A2 NY-ESO-1、PSCA、葉酸受容体a、CD44v6、CD44v7/8、avb6インテグリン、8H9、NCAM、VEGF受容体、5T4、胎児型AchR、NKG2Dリガンド、CD44v6、二重抗原(dual antigen)、がん精巣抗原、メソテリン、マウスCMV、ムチン1(MUC1)、MUC16、PSCA、NKG2D、NY-ESO-1、MART-1、gp100、腫瘍胎児性抗原、ROR1、TAG72、VEGF-R2、がん胎児性抗原(CEA)、Her2/neu、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、エフリンB2、CD123、c-Met、GD-2、O-アセチル化GD2(OGD2)、CE7、ウィルムス腫瘍1(WT-1)、サイクリン、サイクリンA2、CCL-1、CD138、病原体特異的抗原ならびにユニバーサルタグに関連する抗原から選択される、態様88〜90のいずれかの方法。
92. 前記組み換え受容体が、機能的非TCR抗原受容体もしくはTCRまたはその抗原結合断片であるかあるいはそれを含む、態様88〜91のいずれかの方法。
93. 前記組み換え受容体がキメラ抗原受容体(CAR)である、態様88〜92のいずれかの方法。
94. (a)複数の細胞を含む試験細胞組成物からの試料における細胞表面グリカンプロフィールを態様1〜91のいずれかの方法に従って評価する工程;および
(b)該試料の細胞表面グリカンプロフィールを参照試料の細胞表面グリカンプロフィールと比較する工程
を含む、細胞組成物をアッセイする方法。
95. 複数の細胞を含む試験細胞組成物から態様1〜93のいずれかの方法に従って決定されるまたは決定された、試料の細胞表面グリカンプロフィールを、参照試料の細胞表面プロフィールと比較する工程を含む、細胞組成物をアッセイする方法。
96. 前記細胞表面グリカンプロフィールが、少なくとも25種、少なくとも50種、少なくとも60種、少なくとも70種、少なくとも80種、少なくとも90種、少なくとも100種、または少なくとも200種の異なるグリカン種、任意で異なるN-グリカン種を含む、態様94または態様95の方法。
97. 前記細胞表面グリカンプロフィールが、高マンノース型N-グリカン、バイセクト型およびシアリルルイスX N-グリカン、ならびに/またはN-アセチルラクトサミン含有N-グリカンを含む、態様94〜96のいずれかの方法。
98. 前記細胞表面グリカンプロフィールが、還元末端ガラクトース残基を有しないフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、還元末端ガラクトース残基を有しないバイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および1つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、5つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、6つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、7つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、8つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、ならびに/または9つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカンを含む、態様94〜97のいずれかの方法。
99. 前記細胞表面グリカンプロフィールが、表E1中のグリカンまたはそのサブセットを含む、態様94〜98のいずれかの方法。
100. 前記参照試料が、出荷規格、ラベル要件、または公定規格を含む参照標準である、態様94〜99のいずれかの方法。
101. 前記細胞組成物が、該組成物の細胞表面グリカンプロフィールが前記参照試料のものと実質的に同じである場合、および/または前記試料中に存在する全グリカンに対する標的グリカンの割合もしくは複数の標的グリカンのそれぞれの割合が、該参照試料中に存在する全グリカンに対する該標的グリカンの割合または該複数の標的グリカンのそれぞれの割合と、25%以下、20%以下、もしくは10%以下しか相違しない場合にのみ、対象の処置のために出荷される、態様94〜100のいずれかの方法。
102. 前記標的グリカンが、少なくとも25種、少なくとも50種、少なくとも60種、少なくとも70種、少なくとも80種、少なくとも90種、少なくとも100種、または少なくとも200種の異なるグリカン種を含む、態様101の方法。
103. 前記標的グリカンが、高マンノース型N-グリカン、バイセクト型およびシアリルルイスX N-グリカン、ならびに/またはN-アセチルラクトサミン含有N-グリカンを含む、態様101または態様102の方法。
104. 前記標的グリカンが、還元末端ガラクトース残基を有しないフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、還元末端ガラクトース残基を有しないバイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および1つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、5つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、6つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、7つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、8つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、ならびに/または9つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカンを含む、態様101〜103のいずれかの方法。
105. 前記標的グリカンが、表E1中のグリカンまたはそのサブセットを含む、態様101〜104のいずれかの方法。
106. 前記標的グリカンが、前記細胞表面グリカンプロフィールにおいて検出可能なグリカンを含む、態様101〜105のいずれかの方法。
107. 前記参照試料が、異なる細胞組成物である、態様95〜99のいずれかの方法。
108. 前記異なる細胞組成物が、前記試験細胞組成物を生産するための製造プロセスの異なる段階からの細胞組成物であるか、または該試験組成物が由来するもしくは取得されたソース細胞組成物であり、該製造プロセスの該段階が、任意で該製造プロセスの先行する段階である、態様107の方法。
109. 前記製造プロセスが、
白血球アフェレーシスもしくはアフェレーシスによって生物学的試料から単離された細胞;
免疫親和性ベースの方法によって生物学的試料から選択された細胞;および/または
組み換え核酸、任意で組み換えタンパク質をコードするウイルスベクター、を導入された細胞;および/または
1つもしくは複数の試験作用物質の存在下で、任意でさらに1つのペプチド、タンパク質、ポリペプチド、核酸、低分子の存在下で、インキュベーションされた細胞;および/または
1つもしくは複数の刺激条件の存在下で活性化されかつ/もしくは拡大増殖した細胞;および/または
凍結保護物質の存在下での細胞の凍結保存;および/または
対象に投与するために製剤化された、任意で薬学的に許容される賦形剤の存在下で製剤化された、細胞
から選択される1つまたは複数の段階を含む、態様108の方法。
110. 前記試験組成物と参照試料との間のグリカンプロフィールの相違が、前記製造プロセス中の異なる段階において生産される細胞の間で、1つまたは複数の相違が細胞に存在することを示す、態様107〜109のいずれかの方法。
111. 前記組成物の細胞表面グリカンプロフィールが前記参照試料と実質的に相違する場合、および/あるいは前記試料中に存在する全グリカンに対する標的グリカンの割合または1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれの割合が、該参照試料中に存在する全グリカンに対する該標的グリカンの割合または該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれの割合と、10%超もしくは約10%超、20%超もしくは約20%超、30%超もしくは約30%超、40%超もしくは約40%超、50%超もしくは約50%超、60%超もしくは約60%超、70%超もしくは約70%超、80%超もしくは約80%超、90%超もしくは約90%超、またはそれ以上相違する場合に、前記グリカンプロフィールの相違が存在する、態様110の方法。
112. 前記標的グリカンが、少なくとも25種、少なくとも50種、少なくとも60種、少なくとも70種、少なくとも80種、少なくとも90種、少なくとも100種、または少なくとも200種の異なるグリカン種を含み、任意で該グリカン種がN-グリカンである、態様111の方法。
113. 前記標的グリカンが、高マンノース型N-グリカン、バイセクト型およびシアリルルイスX N-グリカン、ならびに/またはN-アセチルラクトサミン含有N-グリカンを含む、態様111または態様112の方法。
114. 前記標的グリカンが、還元末端ガラクトース残基を有しないフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、還元末端ガラクトース残基を有しないバイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および1つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、5つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、6つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、7つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、8つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、ならびに/または9つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカンを含む、態様111〜113のいずれかの方法。
115. 前記標的グリカンが、表E1中のグリカンまたはそのサブセットを含む、態様111〜114のいずれかの方法。
116. 前記標的グリカンが、前記細胞表面グリカンプロフィールにおいて検出可能なグリカンを含む、態様111〜115のいずれかの方法。
117. 前記1つまたは複数の相違が、前記細胞の機能的活性または表現型に関連する、態様111〜116のいずれかの方法。
118. 前記機能的活性または表現型が、細胞表面マーカーのマスキング、代謝活性、分化状態、増殖能もしくは拡大増殖能、活性化状態、細胞溶解活性、シグナル伝達活性、接着特性、またはホーミング特性のうちの1つまたは複数を含む、態様117の方法。
119. 前記細胞組成物を製造するためのプロセスを調節するまたは変化させる工程をさらに含む、態様111〜118のいずれかの方法。
120. 前記参照標準が、前記プロセスによって生産される複数の組成物の間での1つまたは複数の標的グリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルの平均または中央値を含む、態様108〜119のいずれかの方法。
121. 細胞組成物を製造するための方法であって、
複数の細胞を含む入力組成物を、1つもしくは複数の作用物質と、かつ/または1つもしくは複数の条件下で、インキュベーションしかつ/または接触させ、それによって該細胞組成物を生成させる、工程
を含み、
該細胞組成物が、該入力組成物からの1つまたは複数の細胞とは遺伝的、表現型的、および/または機能的に異なる1つまたは複数の細胞を含み;かつ
該細胞組成物が、1つまたは複数の標的グリカンを含む細胞表面グリカンプロフィールを含む1つまたは複数の細胞を含み;該細胞表面グリカンプロフィールおよび/または該細胞表面グリカンプロフィール中の該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれが、参照試料における細胞表面グリカンプロフィールまたは参照試料中に存在する全グリカンに対する該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれと25%以下しか相違せず;該細胞表面グリカンプロフィールが、該細胞組成物中の細胞の表面から遊離したグリカンを含む、
方法。
122. 前記細胞表面グリカンプロフィールまたは前記1つもしくは複数の標的グリカンが、態様1〜93のいずれかの方法に従って決定される、態様121の方法。
123. 前記細胞組成物が、組み換え核酸を含む細胞を含む、態様121または態様122の方法。
124. 前記インキュベーションおよび/もしくは接触の前、間、または後に、細胞の洗浄、希釈、単離、選択、分離、培養、刺激、組み換え核酸の導入、凍結保存、製剤化、および/またはパッケージングから選択される1つまたは複数の工程を含む、態様121〜123のいずれかの方法。
125. 前記インキュベーションおよび/もしくは接触の前、間、または後に、
白血球アフェレーシスまたはアフェレーシスによって生物学的試料から細胞を単離する工程;
免疫親和性ベースの方法によって生物学的試料から細胞を単離する工程;ならびに/または
組み換え核酸、任意で組み換えタンパク質をコードするウイルスベクター、を細胞に導入する工程;ならびに/または
1つまたは複数の作用物質の存在下で、任意でさらに1つのペプチド、タンパク質、ポリペプチド、核酸、低分子の存在下で、細胞をインキュベーションする工程;ならびに/または
1つまたは複数の刺激条件の存在下で細胞を活性化および/もしくは拡大増殖させる工程;ならびに/または
凍結保護物質の存在下で細胞を凍結保存する工程;ならびに/または
対象への投与のために、任意で薬学的に許容される賦形剤の存在下で、細胞を製剤化する工程
から選択される1つまたは複数の工程を含む、態様121〜124のいずれかの方法。
126. 前記1つもしくは複数の作用物質または条件が、血清の存在もしくは濃度、培養時間、刺激物質の存在もしくは量、刺激物質のタイプもしくは程度、アミノ酸の存在もしくは量、温度、ソース組成物の供給源もしくは細胞タイプ、ソース組成物における細胞タイプの比もしくは割合、任意でCD4+/CD8+細胞比、ビーズの存在もしくは量、細胞密度、静置培養、揺動培養、灌流、ウイルスベクターのタイプ、ベクターコピー数、形質導入アジュバントの存在、凍結保存におけるソース組成物の細胞密度、組み換え受容体の発現の程度、または細胞表現型を調節する化合物の存在を含む、態様121〜125のいずれかの方法。
127. 前記1つまたは複数の作用物質または条件が、刺激条件、ペプチド、タンパク質、ポリペプチド、核酸、低分子、および/または組み換え核酸、任意で組み換えタンパク質をコードするウイルスベクター、を含む、態様121〜126のいずれかの方法。
128. 前記作用物質が、前記細胞組成物中の1つまたは複数の細胞の成長、増殖、生存性、分化、細胞内シグナル伝達、活性化、および/または拡大増殖を調節する、態様121〜127のいずれかの方法。
129. 前記刺激条件が、TCR複合体の1つもしくは複数の構成成分の1つもしくは複数の細胞内シグナル伝達ドメイン、および/または1つもしくは複数の共刺激分子の1つもしくは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化させることができる刺激物質とのインキュベーションを含む、態様125〜127のいずれかの方法。
130. 前記刺激物質が、TCR複合体のメンバーに特異的に結合する第一の作用物質、およびT細胞共刺激分子に特異的に結合する第二の作用物質を含む、態様129の方法。
131. 前記第一の作用物質がCD3に特異的に結合し、かつ/または前記共刺激分子が、CD28、CD137(4-1-BB)、OX40、もしくはICOSからなる群より選択される、態様130の方法。
132. 前記刺激物質が、抗CD3抗体もしくはその抗原結合断片および/または抗CD28抗体もしくはその抗原結合断片を含む、態様129〜131のいずれかの方法。
133. 前記第一および第二の作用物質が、抗体を含み、かつ/または固体支持体表面に存在する、態様129〜132のいずれかの方法。
134. 前記固体支持体が、ビーズであるかまたはそれを含む、態様133の方法。
135. 前記刺激条件が、1つまたは複数のサイトカインの存在、任意でIL-2、IL-15、および/またはIL-7の存在を含む、態様125〜127および129〜134のいずれかの方法。
136. 前記参照試料が、出荷規格、ラベル要件、または公定規格を含む参照標準である、態様121〜135のいずれかの方法。
137. 前記参照試料が、ソース組成物を、前記1つもしくは複数の作用物質と、かつ/または前記1つもしくは複数の条件下で、インキュベーションしかつ/または接触させることによって生産される複数の組成物の間での、前記1つまたは複数の標的グリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルの平均または中央値を含む、態様121〜136のいずれかの方法。
138. 前記1つもしくは複数の標的グリカンを含む細胞表面グリカンプロフィールまたは該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれが、前記参照試料における細胞表面グリカンプロフィールまたは該参照試料中に存在する全グリカンに対する該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれと、20%以下もしくは約20%、15%以下もしくは約15%、10%以下もしくは約10%、または5%以下もしくは約5%しか相違しない、態様121〜137のいずれかの方法。
139. 前記標的グリカンが、少なくとも25種、少なくとも50種、少なくとも60種、少なくとも70種、少なくとも80種、少なくとも90種、少なくとも100種、または少なくとも200種の異なるグリカン種を含み、任意で該グリカン種がN-グリカンである、態様121〜138のいずれかの方法。
140. 前記標的グリカンが、高マンノース型N-グリカン、バイセクト型およびシアリルルイスX N-グリカン、ならびに/またはN-アセチルラクトサミン含有N-グリカンを含む、態様121〜139のいずれかの方法。
141. 前記標的グリカンが、還元末端ガラクトース残基を有しないフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、還元末端ガラクトース残基を有しないバイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および1つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、5つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、6つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、7つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、8つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、ならびに/または9つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカンを含む、態様121〜140のいずれかの方法。
142. 前記標的グリカンが、表E1中のグリカンまたはそのサブセットを含む、態様121〜141のいずれかの方法。
143. 前記標的グリカンが、前記細胞表面グリカンプロフィールにおいて検出可能なグリカンを含む、態様121〜142のいずれかの方法。
144. 細胞組成物において1つまたは複数の試験作用物質または条件をスクリーニングするための方法であって、
(a)1つもしくは複数の試験作用物質もしくは条件の存在下でインキュベーションもしくは処理されたソース組成物であるかまたは該ソース組成物に由来する試験細胞組成物からの試料における細胞表面グリカンプロフィールを評価する工程、および
(b)該試料の該細胞表面グリカンプロフィールを、1つまたは複数の標的グリカンを含む参照試料の細胞表面グリカンプロフィールと比較する工程
を含む、方法。
145. 細胞組成物において1つまたは複数の試験作用物質または条件をスクリーニングするための方法であって、1つもしくは複数の試験作用物質もしくは条件の存在下でインキュベーションもしくは処理されたソース組成物であるかまたは該ソース組成物に由来する試験細胞組成物からの試料の細胞表面グリカンプロフィールを、参照試料の細胞表面グリカンプロフィールと比較する工程を含む、方法。
146. 前記細胞表面グリカンプロフィールが、前記試料中の1つまたは複数のグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを含む、態様144または態様145の方法。
147. 前記細胞表面グリカンプロフィールが、態様1〜93のいずれかの方法に従って決定される、態様145〜146のいずれかの方法。
148. 前記参照試料が、前記1つまたは複数の試験作用物質もしくは条件の存在下での処理がないこと、または1つもしくは複数の別の試験作用物質もしくは条件の存在下であること以外は、前記試験細胞組成物または前記ソース組成物と同じまたは実質的に同じ条件下でインキュベーションまたは処理された組成物に由来する、態様144〜147のいずれかの方法。
149. 前記参照試料が、前記1つまたは複数の試験作用物質または条件の存在下でインキュベーションまたは処理された複数の組成物の間での前記1つまたは複数の標的グリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルの平均または中央値を含む、態様144〜147のいずれかの方法。
150. 前記1つもしくは複数の試験作用物質または条件が、血清の存在もしくは濃度、培養時間、刺激物質の存在もしくは量、刺激物質のタイプもしくは程度、アミノ酸の存在もしくは量、温度、ソース組成物の供給源もしくは細胞タイプ、ソース組成物における細胞タイプの比もしくは割合、任意でCD4+/CD8+T細胞比、ビーズの存在もしくは量、細胞密度、静置培養、揺動培養、灌流、ウイルスベクターのタイプ、ベクターコピー数、形質導入アジュバントの存在、凍結保存におけるソース組成物の細胞密度、組み換え受容体の発現の程度、または細胞表現型を調節する化合物の存在を含む、態様144〜149のいずれかの方法。
151. 前記1つまたは複数の試験作用物質または条件が、試験化合物のライブラリーからの1つまたは複数の化合物を含む、態様144〜150のいずれかの方法。
152. 前記標的グリカンが、少なくとも25種、少なくとも50種、少なくとも60種、少なくとも70種、少なくとも80種、少なくとも90種、少なくとも100種、または少なくとも200種の異なるグリカン種を含み、任意で該グリカン種がN-グリカンである、態様144〜151のいずれかの方法。
153. 前記標的グリカンが、高マンノース型N-グリカン、バイセクト型およびシアリルルイスX N-グリカン、ならびに/またはN-アセチルラクトサミン含有N-グリカンを含む、態様144〜152のいずれかの方法。
154. 前記標的グリカンが、還元末端ガラクトース残基を有しないフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、還元末端ガラクトース残基を有しないバイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および1つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、5つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、6つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、7つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、8つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、ならびに/または9つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカンを含む、態様144〜153のいずれかの方法。
155. 前記標的グリカンが、表E1中のグリカンまたはそのサブセットを含む、態様144〜154のいずれかの方法。
156. 前記標的グリカンが、前記細胞表面グリカンプロフィールにおいて検出可能なグリカンを含む、態様144〜155のいずれかの方法。
157. 前記試料の細胞表面グリカンプロフィールまたは前記1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれが前記参照試料と実質的に同じであることを前記比較が示す場合;および/あるいは、該1つもしくは複数の標的グリカンを含む細胞表面グリカンプロフィールまたは該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれが、該参照試料における細胞表面グリカンプロフィールまたは該参照試料中に存在する全グリカンに対する該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれと、20%以下もしくは約20%、15%以下もしくは約15%、10%以下もしくは約10%、または5%以下もしくは約5%しか相違しないことを前記比較が示す場合に、前記1つまたは複数の試験作用物質または条件を、細胞のインキュベーションまたは処理用に選択する工程を含む、態様144〜156のいずれかの方法。
158. 前記試料の細胞表面グリカンプロフィールまたは前記1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれが前記参照試料と実質的に相違することを前記比較が示す場合;および/あるいは、該1つもしくは複数の標的グリカンを含む細胞表面グリカンプロフィールまたは該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれが、該参照試料における細胞表面グリカンプロフィールまたは該参照試料中に存在する全グリカンに対する該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれと、10%超もしくは約10%超、20%超もしくは約20%超、30%超もしくは約30%超、40%超もしくは約40%超、50%超もしくは約50%超、60%超もしくは約60%超、70%超もしくは約70%超、80%超もしくは約80%超、90%超もしくは約90%超、またはそれ以上相違することを前記比較が示す場合に、1つまたは複数のさらなる試験作用物質または条件を使って前記方法を繰り返す工程を含む、態様144〜156のいずれかの方法。
159. 前記試験作用物質が、試験細胞組成物中の1つまたは複数の細胞の成長、増殖、生存性、分化、活性化、および/または拡大増殖を調節するための候補である、態様144〜156のいずれかの方法。
160. 前記試験細胞組成物が組み換え核酸を含む細胞を含む、態様144〜159のいずれかの方法。
161. 前記組み換え核酸が、組み換えタンパク質、任意で組み換え受容体、をコードする、態様125〜160のいずれかの方法。
162. 前記組み換え受容体が、キメラ受容体および/もしくは組み換え抗原受容体であるかまたはそれを含む、態様160の方法。
163. 前記組み換え受容体が標的抗原に結合することができ、該標的抗原が、ある疾患、障害、または病態に関連し、それに特異的であり、かつ/またはその細胞もしくは組織において発現する、態様161または態様162の方法。
164. 前記疾患、障害、または病態が、感染性疾患もしくは感染性障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくはがんである、態様163の方法。
165. 前記標的抗原が腫瘍抗原である、態様163または態様164の方法。
166. 前記標的抗原が、ROR1、B細胞成熟抗原(BCMA)、炭酸脱水酵素9(CAIX)、tEGFR、Her2/neu(受容体チロシンキナーゼerbB2)、L1-CAM、CD19、CD20、CD22、メソテリン、CEAおよびB型肝炎表面抗原、抗葉酸受容体、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、EGFR、上皮糖タンパク質2(EPG-2)、上皮糖タンパク質40(EPG-40)、EPHa2、erb-B2、erb-B3、erb-B4、erbB二量体、EGFR vIII、葉酸結合タンパク質(FBP)、FCRL5、FCRH5、胎児型アセチルコリン受容体、GD2、GD3、HMW-MAA、IL-22R-α、IL-13R-α2、キナーゼ挿入ドメイン受容体(kdr)、カッパ軽鎖、ルイスY、L1細胞接着分子(L1-CAM)、メラノーマ関連抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、メラノーマ優先発現抗原(PRAME)、サバイビン、TAG72、B7-H6、IL-13受容体α2(IL-13Ra2)、CA9、GD3、HMW-MAA、CD171、G250/CAIX、HLA-A1 MAGE A1、HLA-A2 NY-ESO-1、PSCA、葉酸受容体a、CD44v6、CD44v7/8、avb6インテグリン、8H9、NCAM、VEGF受容体、5T4、胎児型AchR、NKG2Dリガンド、CD44v6、二重抗原(dual antigen)、がん精巣抗原、メソテリン、マウスCMV、ムチン1(MUC1)、MUC16、PSCA、NKG2D、NY-ESO-1、MART-1、gp100、腫瘍胎児性抗原、ROR1、TAG72、VEGF-R2、がん胎児性抗原(CEA)、Her2/neu、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、エフリンB2、CD123、c-Met、GD-2、O-アセチル化GD2(OGD2)、CE7、ウィルムス腫瘍1(WT-1)、サイクリン、サイクリンA2、CCL-1、CD138、病原体特異的抗原ならびにユニバーサルタグに関連する抗原から選択される、態様163〜165のいずれかの方法。
167. 前記組み換え受容体が、機能的非TCR抗原受容体もしくはTCRまたはその抗原結合断片であるかあるいはそれを含む、態様163〜166のいずれかの方法。
168. 前記組み換え受容体がキメラ抗原受容体(CAR)である、態様163〜167のいずれかの方法。
169. 前記細胞が哺乳動物細胞を含むか、または前記試験細胞組成物が哺乳動物細胞を含む、態様121〜168のいずれかの方法。
170. 前記細胞がヒト細胞を含むか、または前記試験細胞組成物がヒト細胞を含む、態様121〜169のいずれかの方法。
171. 前記細胞が幹細胞を含むか、または前記試験細胞組成物が幹細胞を含む、態様121〜168のいずれかの方法。
172. 前記幹細胞が誘導多能性幹細胞(iPSC)である、態様171の方法。
173. 前記組成物または前記試験細胞組成物が、アフェレーシス産物もしくは白血球アフェレーシス産物中に存在する細胞またはそれに由来する細胞を含む、態様121〜170のいずれかの方法。
174. 前記細胞が、免疫細胞、白血球、末梢血単核球(PBMC)、リンパ球、もしくは未分画T細胞を含むか、または
前記試験細胞組成物が、免疫細胞、白血球、末梢血単核球(PBMC)、リンパ球、もしくは未分画T細胞を含む、
態様121〜170および態様173のいずれかの方法。
175. 前記細胞が免疫細胞を含むか、または前記試験細胞組成物が免疫細胞を含む、態様121〜174のいずれかの方法。
176. 前記免疫細胞が、T細胞、B細胞、マクロファージ、好中球、ナチュラルキラー(NK)細胞、または樹状細胞である、態様175の方法。
177. 前記細胞がCD4+および/もしくはCD8+T細胞であるT細胞を含むか、または前記試験細胞組成物がCD4+および/もしくはCD8+T細胞であるT細胞を含む、態様121〜176のいずれかの方法。
178. 前記細胞が初代細胞である、態様1〜177のいずれかの方法。
179. 細胞組成物中の1つまたは複数の物質の有無、アイデンティティ、および/またはレベルを検出する方法であって、
(a)ある細胞タイプからの複数の細胞またはある細胞タイプに由来する複数の細胞を含む試験細胞組成物からの試料における細胞表面グリカンプロフィールを態様1〜93のいずれかの方法に従って評価する工程、ならびに
(b)該細胞表面グリカンプロフィールにおける、該細胞タイプの細胞によって合成および/または発現されない1つまたは複数の非天然グリカンを同定する工程
を含む、方法。
180. 前記細胞タイプがヒト細胞である、態様179の方法。
181. 前記細胞タイプが免疫細胞である、態様179または態様180の方法。
182. 前記細胞タイプがT細胞である、態様180または態様181のいずれかの方法。
183. 前記試験細胞組成物が、1つまたは複数の非天然グリカンを含む少なくとも1つのタンパク質を含む物質の存在下で前記複数の細胞を培養および/またはインキュベーションすることによって生産される、態様179〜182のいずれかの方法。
184. 前記少なくとも1つのタンパク質が、アルブミン、成長因子、サイトカイン、ケモカイン、インスリンもしくはインスリン様ペプチド、トランスフェリン、またはスーパーオキシドジスムターゼである、態様183の方法。
185. 前記少なくとも1つのタンパク質が組み換えタンパク質である、態様183または態様184の方法。
186. 前記1つもしくは複数の非天然グリカンおよび/または前記少なくとも1つのタンパク質が血清中に存在する、態様183〜185のいずれかの方法。
187. 前記血清が、ウシ胎児血清(FBS)、仔ウシ血清(BCS)、新生仔ウシ血清(NBCS)、ウマ血清、ヤギ血清、仔ヒツジ血清、ロバ血清、またはブタ血清である、態様186の方法。
188. 前記1つまたは複数の非天然グリカンおよび/または前記少なくとも1つのタンパク質が、(i)前記複数の細胞と同じ目、科、属、または種からの細胞によって産生されず、かつ/または(ii)前記複数の細胞と同じ目、科、属、または種からの細胞の表面に発現されない、態様179〜187のいずれかの方法。
189. 前記1つまたは複数の非天然グリカンが非ヒトグリカンを含む、態様179〜188のいずれかの方法。
190. 前記1つまたは複数の非天然グリカンを同定する工程が、前記表面グリカンプロフィールを参照グリカンプロフィールと比較することを含み、前記参照試料が、前記1つまたは複数の非天然グリカンを含有する供給源からのグリカンプロフィールである、態様179〜189のいずれかの方法。
191. 前記参照グリカンプロフィールが、前記複数の細胞と接触しておらず、前記複数の細胞と共にインキュベーションされておらず、かつ/または前記複数の細胞に曝露されていない物質、任意で培地、血清、もしくはその構成成分であるかまたはそれらを含む物質、を含む参照試料から生成されるか;あるいはタンパク質もしくはその組み換えタンパク質である、態様189または態様190の方法。
以下の実施例は、例示を目的として含まれるにすぎず、本発明の範囲を限定することは意図されていない。
細胞組成物の細胞表面N結合型グリカンプロフィールをマッピングするために、キメラ抗原受容体(CAR)を発現する細胞を含む例示的な凍結保存T細胞組成物を個々に解凍し、37℃に加熱した細胞培養培地にて1:10で希釈し、1〜2.5×106個の細胞の試料を新たなチューブに移した。
グリカンの同定を確認するために、高分解能質量分析を用いて、HILICにより区別されるアイソバリック種を含むグリカンを同定した。例えば磁気ビーズ上にコーティングされた抗CD3/抗CD28を用いた刺激後に活性化された活性化CD3+T細胞を含む例示的な組成物に対して、分析を実施した。実施例1に記載したようにN-グリカンを抽出し、標識し、処理した。タンデム質量分析(MS/MS)を使用した以外は実質的に実施例1に記載したようにHILIC-ESI-MSを行った。N-グリカンを、HILICにより分離し、蛍光(HILIC-FLR)およびESI-MS/MSにより検出し、これにより相対的な定量化および同定が提供された。
実施例1に記載したインタクトな細胞全体のN-グリカンマッピングプロフィールを使用して、異なる細胞組成物間でN-グリカンプロフィールを比較した。
キメラ抗原受容体(CAR)を有するように操作されたT細胞を製造する例示的プロセスの様々な工程で得られた細胞組成物を比較して、細胞産物中のT細胞表面N-グリカンに対するプロセスの影響を調べた。例示的プロセスは概して、バルクPBMCの単離の後に、選択されたCD4+T細胞および選択されたCD8+T細胞をもたらす免疫親和性ベースの選択を伴い、次いでこれらの細胞を凍結保存した。解凍された、選択されたCD4+および/またはCD8+T細胞を別々にビーズベースの活性化試薬とインキュベーションし、CARをコードするレンチウイルスベクターを用いて形質導入を行った。形質導入した細胞を、サイトカインの存在下でインキュベーションして拡大増殖させ、その後、凍結乾燥させた。具体的には、以下の組成物を分析した:(1)バルクPBMCを含有する細胞組成物;(2)免疫親和性ベースの選択により選択されたCD4+またはCD8+T細胞を含有する、解凍された、凍結保存された細胞組成物;(3)IL-2、IL-15、および/またはIL-7の存在下で18〜24時間37℃で抗CD3/抗CD28ビーズとインキュベーションされた選択されたT細胞を含有する細胞組成物;(4)CARをコードするレンチウイルスベクターを用いて形質導入された細胞組成物;ならびに(5)凍結保存の前にIL-2、IL-15、および/またはIL-17サイトカインの存在下での拡大増殖に供されたCAR発現細胞を含有する、解凍された、凍結保存された細胞組成物。上記の各細胞組成物からのインタクトな細胞全体のN-グリカンプロフィールを、実質的に実施例1に記載したような手順を使用して評価した。
CAR+T細胞の操作に用いた細胞組成物を、N-グリカンプロフィールに対するプロセスの特徴(例えば選択および活性化)の影響について評価した。CD3+T細胞を免疫親和性ベースの選択によりバルクPBMCから選択し、凍結保存した。解凍後、選択されたCD3+T細胞を抗CD3/抗CD28ビーズベースの活性化と共にインキュベーションした。具体的には、以下の組成物を分析した:(1)末梢血単核細胞を含有する細胞組成物;(2)免疫親和性ベースの選択により選択されたCD3+T細胞を含有する細胞組成物;および(3)抗CD3/抗CD28ビーズとインキュベーションされた選択されたT細胞を含有する細胞組成物。上記の各細胞組成物からのインタクトな細胞全体のN-グリカンプロフィールを、実質的に実施例1に記載したような手順を使用して評価した。
上記の抗CD19 CARを発現するT細胞を含むCD4+およびCD8+T細胞組成物の表面N結合型グリカンプロフィールを、代替的な抗CD19 CARを発現するT細胞を含有する細胞組成物、および代替的な標的抗原を認識するCARを発現するT細胞を含有する細胞組成物のN-グリカンプロフィールと比較した。代替的な抗CD19 CARは、マウス抗体に由来する抗CD19 scFv(これは上記の抗CD19 CARの抗CD19 scFvとは異なるものであった)、細胞外領域と、膜貫通ドメインと、共刺激領域とを含むヒトCD28の領域、ならびにヒトCD3-ζ細胞内シグナル伝達ドメインを含んだ。代替的な標的抗原を認識するCARは、ヒトscFv、スペーサー領域、CD28膜貫通ドメイン、4-1BB由来の細胞内共シグナル伝達配列、およびCD3-ζ由来の細胞内シグナル伝達ドメインを含んだ。各細胞組成物を製造するプロセスもまた、CD4+およびCD8+細胞の存在、数もしくは比、ならびに/または活性化、形質導入および/もしくは拡大増殖のための条件などの様々な特徴に関して異なるものであった。
実施例3Aにおける上記の例示的な抗CD19 CARを発現するT細胞を含む3つの異なるCD4+T細胞組成物の表面N結合型グリカンプロフィールを、実施例1に記載したものと実質的に同じ方法により得た。CD4+T細胞組成物のうちの2つは、同じ個体対象由来の試料から得られ、そのうちの1つは、実施例3Aに記載した例示的な操作プロセス(「例示的プロセス」)と類似の方法により製造し、他のCD4+T細胞組成物は、例示的な代替的な操作プロセス(「代替的プロセス」)により製造した。追加の対象試料からの第2のCD4+T細胞組成物を代替的な方法により製造した。
実施例3Aにおける上記の例示的な抗CD19 CARまたは代替的な標的抗原を有するCARのいずれかを発現するT細胞を含むT細胞組成物の表面N結合型グリカンプロフィールを実施例1に記載した方法により得た。健常対象から得られた試料から2つの組成物を生成し、標的抗原と関連する疾患を有する対象(患者)から1つの組成物を得た。
様々な物質(例えば、細胞組成物中に存在する残留タンパク質などの潜在的な残留物質)を起源とするグリカンを検出するための表面N-グリカンプロファイリングの能力を試験した。そのような物質には、組み換え受容体(例えばCAR)を発現する細胞などの細胞を操作するプロセスにおいて使用される血清タンパク質、サイトカイン、または成長因子が含まれ得る。
CARを発現する細胞を含有する混合CD4+およびCD8+T細胞組成物を健常個体対象から生成し、クライオ凍結した。CAR T細胞組成物を解凍し、すすいだ後、細胞から表面グリカンを除去するためのPNGase F(PNGase F Prime)または細胞から末端シアル酸残基を除去するためのSialidase A 51で30分間処理した。陰性対照として、DPBS単独で細胞をインキュベーションした。
Claims (191)
- 細胞表面グリカンを評価するための方法であって、
(a)複数の細胞を含む試験組成物を、該試験組成物中の細胞の表面から1つまたは複数のグリカンを遊離させる条件下でインキュベーションする工程であって、ここで1つまたは複数の細胞表面グリカンを含む試料が生成される、工程;ならびに
(b)該試料中に存在するグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する工程であって、それによって該試料の細胞表面グリカンプロフィールを評価する、工程
を含む、方法。 - 細胞表面グリカンを評価するための方法であって、
試料中に存在するグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する工程であって、それによって該試料の細胞表面グリカンプロフィールを評価する、工程を含み、
該試料が、複数の細胞を含む試験組成物中に存在する細胞の表面から、1つまたは複数のグリカンを遊離させる条件下での該試験組成物のインキュベーション後に遊離した、1つまたは複数のグリカンを含む、
方法。 - 前記グリカンがN-グリカンである、請求項1または請求項2記載の方法。
- 前記試験細胞組成物中の細胞が、全細胞(whole cell)またはインタクトな細胞を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
- 前記細胞が生細胞である、請求項1〜4のいずれか一項記載の方法。
- 前記試験細胞組成物が、前記インキュベーションの前にホモジナイズまたは超音波処理されず;かつ/または
前記試験細胞組成物が、前記インキュベーションの前にプロテアーゼと共にインキュベーションされず、任意で該プロテアーゼがトリプシンであり;かつ/または
前記試験細胞組成物中の細胞が、前記インキュベーションの前または前記インキュベーション中に、1つまたは複数の細胞表面タンパク質または膜タンパク質を抽出するための作用物質と接触せず、任意で該作用物質が界面活性剤またはプロテアーゼ、任意でトリプシンであり;かつ/または
前記インキュベーション中に溶解されかつ/もしくは破裂する細胞が10%未満である、
請求項1〜5のいずれか一項記載の方法。 - 前記試験細胞組成物が、5×106個以下の細胞を含む、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
- 前記試験細胞組成物が、1×106〜5×106個(両端の値を含む)の細胞を含む、請求項1〜7のいずれか一項記載の方法。
- 前記試験細胞組成物が、1×108個/mL以下の濃度の細胞を含む、請求項1〜8のいずれか一項記載の方法。
- 前記試験細胞組成物が、1×105個/mL〜1×108個/mL(両端の値を含む)、1×106個/mL〜5×107個/mL(両端の値を含む)、または5×106個/mL〜2.5×107個/mL(両端の値を含む)の濃度の細胞を含む、請求項1〜9のいずれか一項記載の方法。
- 前記インキュベーションがN-グリコシダーゼの存在下で行われる、請求項1〜10のいずれか一項記載の方法。
- 前記N-グリコシダーゼがペプチドN-グリコシダーゼ(PNGase)Fである、請求項11記載の方法。
- 前記PNGase Fが組み換え体である、請求項12記載の方法。
- 前記1つまたは複数のグリカンが1つまたは複数のN-グリカンであり、前記方法が、
(i)前記試験組成物の細胞の表面から該1つまたは複数のN-グリカンを遊離させる条件下で、該試験組成物からの1×106〜5×106個の細胞を組み換えPNGase Fと共にインキュベーションする工程;
(ii)該1つまたは複数のN-グリカンを、検出可能なラベル、任意で蛍光ラベルで標識する工程;および
(iii)標識されたN-グリカンの有無またはレベルを決定する工程であって、それによって該試料の細胞表面グリカンプロフィールを評価する、工程
を含む、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。 - 前記試験細胞組成物が約1×106〜2.5×106個の細胞を含む、請求項14記載の方法。
- 前記試験細胞組成物が1×106個/mL〜5×107個/mLの濃度の細胞を含む、請求項14または請求項15記載の方法。
- 前記PNGase Fが、フラボバクテリウム・メニンゴセプチカム(Flavobacterium meningosepticum)のPGNase Fまたは酵素的に活性なその一部もしくは変異体を含む、請求項12〜16のいずれか一項記載の方法。
- 前記PNGase Fが、SEQ ID NO:1に示されるアミノ酸配列または酵素的に活性なその一部もしくは変異体を含むか、あるいはSEQ ID NO:1と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくはそれより高い配列同一性を示すアミノ酸配列を含むかまたは酵素的に活性なその一部である、請求項12〜17のいずれか一項記載の方法。
- 前記PNGase Fが、SEQ ID NO:1に示されるアミノ酸配列を含む、請求項12〜18のいずれか一項記載の方法。
- 前記PNGase Fが、タグ、任意で親和性タグを含む、請求項12〜19のいずれか一項記載の方法。
- 前記タグがポリ-ヒスチジン(Hisタグ)である、請求項20記載の方法。
- 前記PNGase Fが、90%超もしくは約90%超、92%超もしくは約92%超、95%超もしくは約95%超、または98%超もしくは約98%超、純粋であり;かつ/または
該PNGase Fが、10%未満もしくは約10%未満、8%未満もしくは約8%未満、5%未満もしくは約5%未満、2%未満もしくは約2%未満の非PNGase Fタンパク質夾雑物を含み;かつ/または
該PNGase Fが、任意でSDS-PAGEおよびタンパク質染色、任意でクマシーブルー染色による決定で、90%超もしくは約90%超、92%超もしくは約92%超、95%超もしくは約95%超、または98%超もしくは約98%超、均一である、
請求項12〜21のいずれか一項記載の方法。 - 前記N-グリコシダーゼの量、任意でPNGase Fの量が、35℃〜39℃、任意で約37℃の温度における12時間以下のインキュベーション後に、1つもしくは複数の天然もしくは非変性糖タンパク質からおよび/または細胞組成物の細胞から、1つまたは複数のN-グリカンを遊離させる酵素的有効量である、請求項11〜22のいずれか一項記載の方法。
- 前記酵素的有効量が、25℃〜39℃または35℃〜39℃(それぞれ両端の値を含む)、任意で約37℃の温度における、長くても15分〜3時間または30分〜2時間のインキュベーション後に、1つまたは複数のN-グリカンを遊離させる量である、請求項23記載の方法。
- 前記PNGase Fの酵素的有効量が、前記1つもしくは複数の糖タンパク質に存在するN-グリカンおよび/または前記細胞組成物の表面に存在するN-グリカンのうちの50%超、55%超、60%超、65%超、70%超、75%超、80%超、85%超、90%超、95%超、99%超を遊離させる、請求項23または請求項24記載の方法。
- 前記インキュベーションの条件が、前記試験細胞組成物の表面に存在する50%超、55%超、60%超、65%超、70%超、75%超、80%超、85%超、90%超、95%超、99%超のN-グリカンの遊離を達成するのに十分である、請求項1〜25のいずれか一項記載の方法。
- 前記N-グリコシダーゼ、任意でPNGase Fの量が、1単位〜5000単位、1単位〜1000単位、1単位〜500単位、1単位〜250単位、1単位〜100単位、1単位〜50単位、1単位〜25単位、25単位〜5000単位、25単位〜1000単位、25単位〜500単位、25単位〜250単位、25単位〜100単位、25単位〜50単位、50単位〜5000単位、50単位〜1000単位、50単位〜500単位、50単位〜250単位、50単位〜100単位、100単位〜5000単位、100単位〜1000単位、100単位〜500単位、100単位〜250単位、250単位〜5000単位、250単位〜1000単位、250単位〜500単位、500単位〜5000単位、500単位〜1000単位、または1000単位〜5000単位(それぞれ両端の値を含む)である、請求項11〜26のいずれか一項記載の方法。
- 前記N-グリコシダーゼ、任意でPNGase Fの量が、1単位超もしくは約1単位超または1単位もしくは約1単位、5単位超もしくは約5単位超または5単位もしくは約5単位、10単位超もしくは約10単位超または10単位もしくは約10単位、15単位超もしくは約15単位超または15単位もしくは約15単位、20単位超もしくは約20単位超または20単位もしくは約20単位、25単位超もしくは約25単位超または25単位もしくは約25単位、50単位超もしくは約50単位超または50単位もしくは約50単位、100単位超もしくは約100単位超または100単位もしくは約100単位、250単位超もしくは約250単位超または250単位もしくは約250単位、500単位超もしくは約500単位超または500単位もしくは約500単位、1000単位超もしくは約1000単位超または1000単位もしくは約1000単位、2500単位超もしくは約2500単位超または2500単位もしくは約2500単位、あるいは5000単位超もしくは約5000単位超または5000単位もしくは約5000単位である、請求項11〜27のいずれか一項記載の方法。
- 1単位が、37℃において30分間で1ナノモルの変性リボヌクレアーゼB(RNase B)の脱グリコシル化を触媒するのに十分な前記N-グリコシダーゼ、任意でPNGase Fの量である、請求項27または請求項28記載の方法。
- 500単位が、37℃または室温において5〜10分間、1×PBS中でインキュベーションされた10μgのリボヌクレアーゼB(RNase B)の脱グリコシル化を触媒するのに十分な前記N-グリコシダーゼ、任意でPNGase Fの量である、請求項27または請求項28記載の方法。
- 前記試験組成物のインキュベーションが、5もしくは約5分間〜12もしくは約12時間、30もしくは約30分間〜6もしくは約6時間、または1もしくは約1時間〜3もしくは約3時間(それぞれ両端の値を含む)行われる、請求項1〜30のいずれか一項記載の方法。
- 前記試験組成物のインキュベーションが、少なくとも5もしくは約5分間または5もしくは約5分間、少なくとも10もしくは約10分間または10もしくは約10分間、少なくとも15もしくは約15分間または15もしくは約15分間、少なくとも30もしくは約30分間または30もしくは約30分間、少なくとも1もしくは約1時間または1もしくは約1時間、少なくとも2もしくは約2時間または2もしくは約2時間、少なくとも3もしくは約3時間または3もしくは約3時間、少なくとも4もしくは約4時間または4もしくは約4時間、少なくとも5もしくは約5時間または5もしくは約5時間、あるいは少なくとも6もしくは約6時間または6もしくは約6時間行われる、請求項1〜31のいずれか一項記載の方法。
- 前記試験組成物のインキュベーションが、約30分間行われる、請求項1〜32のいずれか一項記載の方法。
- 前記試験組成物のインキュベーションが、25℃〜39℃または35℃〜39℃の温度で行われる、請求項1〜33のいずれか一項記載の方法。
- 前記試験組成物のインキュベーションが、約37℃の温度で行われる、請求項1〜35のいずれか一項記載の方法。
- 前記試験組成物のインキュベーションが、約37℃の温度で約30分間行われる、請求項1〜35のいずれか一項記載の方法。
- 試料中に存在するグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する前に、該試料からのグリカンを、検出可能なラベル、任意で蛍光ラベルで標識する工程をさらに含む、請求項1〜36のいずれか一項記載の方法。
- 前記ラベルが蛍光ラベルであり、該蛍光ラベルが、2-アミノベンズアミド(2-AB)、2-アミノ安息香酸(2-AA)、2-アミノピリジン(PA)、2-アミノアクリドン(AMAC)、2-アミノナフタレントリスルホン酸(ANTS)、および1-アミノピレン-3,6,8-トリスルホン酸(APTS)、3-(アセチルアミノ)-6-アミノアクリジン(AA-Ac)、6-アミノキノリン(6-AQ)、7-アミノメチル-クマリン(AMC)、2-アミノ(6-アミド-ビオチニル)ピリジン(BAP)、9-フルオレニルメトキシカルボニル(FMOC)-ヒドラジド、1,2-ジアミノ-4,5-メチレンジオキシ-ベンゼン(DMB)、もしくはo-フェニレンジアミン(OPD)であるか、またはそれを含む、請求項14〜37のいずれか一項記載の方法。
- 前記蛍光ラベルが、キノリニル蛍光体を含む、請求項14〜38のいずれか一項記載の方法。
- 前記蛍光ラベルが、カルバメート標識基を含む、請求項14〜39のいずれか一項記載の方法。
- 前記蛍光ラベルが、塩基性第3級アミンを含む、請求項14〜40のいずれか一項記載の方法。
- 前記蛍光ラベルが、カルバメート標識基、キノロン蛍光体、および第3級アミンを含む、請求項14〜37および請求項39〜41のいずれか一項記載の方法。
- 前記1つまたは複数のグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する前に、前記試料がグリカン精製またはグリカン濃縮に供される、請求項1〜42のいずれか一項記載の方法。
- 前記グリカン精製またはグリカン濃縮が、固相抽出(SPE)によって行われる、請求項43記載の方法。
- 前記1つまたは複数のグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する工程が、前記試料を質量分析に供することを含む、請求項1〜44のいずれか一項記載の方法。
- 前記質量分析が、エレクトロスプレーイオン化質量分析(ESI-MS)、ターボスプレーイオン化質量分析、ナノスプレーイオン化質量分析、サーモスプレーイオン化質量分析、ソニックスプレーイオン化質量分析、表面強化レーザー脱離イオン化質量分析(SELDI-MS)、およびマトリックス支援レーザー脱離イオン化質量分析(MALDI-MS)である、請求項45記載の方法。
- 前記質量分析がMALDI-MSである、請求項45または請求項46記載の方法。
- 前記グリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する工程が、前記試料を液体クロマトグラフィー(LC)とそれに続く質量分析とに供することを含む、請求項1〜47のいずれか一項記載の方法。
- 前記液体クロマトグラフィーが、高速液体クロマトグラフィー(HPLC)、超高速液体クロマトグラフィー(UHPLC)、またはウルトラパフォーマンス液体クロマトグラフィー(UPLC)である、請求項48記載の方法。
- 前記液体クロマトグラフィーが、ウルトラパフォーマンス液体クロマトグラフィー(UPLC)である、請求項48または請求項49記載の方法。
- 前記液体クロマトグラフィーと前記質量分析とがオンラインで行われる、請求項48〜50のいずれか一項記載の方法。
- 前記液体クロマトグラフィーが、順相(NP-)、逆相(RP)、および親水性相互作用クロマトグラフィー(HILIC)から選択される、請求項48〜51のいずれか一項記載の方法。
- 前記液体クロマトグラフィーが、親水性相互作用クロマトグラフィー(HILIC)である、請求項48〜52のいずれか一項記載の方法。
- 前記質量分析が、エレクトロスプレーイオン化質量分析(ESI-MS)、ターボスプレーイオン化質量分析、ナノスプレーイオン化質量分析、サーモスプレーイオン化質量分析、またはソニックスプレーイオン化質量分析を含む、請求項45〜53のいずれか一項記載の方法。
- 前記質量分析がESI-MSを含む、請求項45〜54のいずれか一項記載の方法。
- 前記質量分析が、タンデム質量分析(MS/MS)を含む、請求項45〜55のいずれか一項記載の方法。
- 前記質量分析が、タンデムESI質量分析(ESI-MS/MS)を含む、請求項45〜56のいずれか一項記載の方法。
- 前記質量分析を実行する質量分析計が、四重極型質量分析装置、イオントラップ型質量分析装置、飛行時間(TOF)型質量分析装置、またはフーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴型質量分析装置のうちの1つまたは複数を含む、請求項45〜57のいずれか一項記載の方法。
- 前記質量分析計が、三次元四重極イオントラップ型質量分析装置、円筒形イオントラップ型質量分析装置、線形四重極イオントラップ型質量分析装置、またはオービトラップ型質量分析装置であるイオントラップ型質量分析装置を含む、請求項58記載の方法。
- 前記質量分析計が、四重極-オービトラップ型質量分析計である、請求項45〜59のいずれか一項記載の方法。
- 前記1つまたは複数のグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する工程が、1つまたは複数のグリカン構造を、分岐、単糖間の結合、および/または単糖の位置について分析することを含む、請求項1〜60のいずれか一項記載の方法。
- 前記1つまたは複数のグリカンが、高マンノース型N-グリカン、バイセクト型およびシアリルルイスX N-グリカン、ならびに/またはN-アセチルラクトサミン含有N-グリカンを含む、請求項1〜61のいずれか一項記載の方法。
- 前記1つまたは複数のグリカンが、還元末端ガラクトース残基を有しないフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、還元末端ガラクトース残基を有しないバイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および1つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、5つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、6つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、7つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、8つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、ならびに/または9つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカンを含む、請求項1〜62のいずれか一項記載の方法。
- 前記試料中に存在するグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定する工程が、少なくとも25種、少なくとも50種、少なくとも60種、少なくとも70種、少なくとも80種、少なくとも90種、少なくとも100種、または少なくとも200種の異なるグリカン種の有無、アイデンティティ、および/またはレベルを決定することを含む、請求項1〜63のいずれか一項記載の方法。
- 前記試料中に存在するグリカン種の存在またはレベルが、少なくとも100amol、少なくとも500amol、少なくとも1fmol、少なくとも5fmol、または少なくとも10fmolの該グリカン種が該試料中に存在する場合に決定される、請求項1〜64のいずれか一項記載の方法。
- 前記試料中に存在するグリカン種の存在またはレベルが、該グリカン種が該試料中の全グリカンの少なくとも0.00001%、0.00005%、0.0001%、0.0005%、0.001%、0.005%、または0.01%を構成する場合に決定される、請求項1〜65のいずれか一項記載の方法。
- 前記グリカン種がN-グリカン種である、請求項62〜66のいずれか一項記載の方法。
- 前記試験細胞組成物が、前記複数の細胞を含むソース細胞組成物の少なくとも一部であるかまたはそれを含む、請求項1〜67のいずれか一項記載の方法。
- 前記細胞が哺乳動物細胞を含むか、または前記試験細胞組成物が哺乳動物細胞を含む、請求項1〜68のいずれか一項記載の方法。
- 前記細胞がヒト細胞を含むか、または前記試験細胞組成物がヒト細胞を含む、請求項1〜69のいずれか一項記載の方法。
- 前記細胞が幹細胞を含むか、または前記試験細胞組成物が幹細胞を含む、請求項1〜70のいずれか一項記載の方法。
- 前記幹細胞が誘導多能性幹細胞(iPSC)である、請求項71記載の方法。
- 前記試験細胞組成物が、アフェレーシス産物もしくは白血球アフェレーシス産物中に存在する細胞またはそれに由来する細胞を含む、請求項1〜70のいずれか一項記載の方法。
- 前記細胞が、免疫細胞、白血球、末梢血単核球(PBMC)、リンパ球、もしくは未分画T細胞を含むか;または
前記試験細胞組成物が、免疫細胞、白血球、末梢血単核球(PBMC)、リンパ球、もしくは未分画T細胞を含む、
請求項1〜70および請求項73のいずれか一項記載の方法。 - 前記細胞が免疫細胞を含むか、または前記試験細胞組成物が免疫細胞を含む、請求項1〜74のいずれか一項記載の方法。
- 前記免疫細胞が、T細胞、B細胞、マクロファージ、好中球、ナチュラルキラー(NK)細胞、または樹状細胞である、請求項75記載の方法。
- 前記細胞が、CD4+T細胞および/もしくはCD8+T細胞であるT細胞を含むか、または前記試験細胞組成物が、CD4+T細胞および/もしくはCD8+T細胞であるT細胞を含む、請求項1〜76のいずれか一項記載の方法。
- 前記試験細胞組成物が、
免疫親和性ベースの方法によって生物学的試料から単離された細胞;ならびに/または
組み換えタンパク質をコードするウイルスベクターを用いて形質導入された細胞;ならびに/または
1つもしくは複数の試験作用物質、任意でさらに1つのペプチド、タンパク質、ポリペプチド、核酸、低分子の存在下でインキュベーションされた細胞;ならびに/または
1つもしくは複数の刺激条件の存在下で活性化されかつ/もしくは拡大増殖した細胞;ならびに/または
凍結保存された細胞、および/もしくは凍結保護物質を含む細胞;ならびに/または
対象に投与するために製剤化された、任意で薬学的に許容される賦形剤の存在下で製剤化された、細胞
を含む、請求項1〜77のいずれか一項記載の方法。 - 前記試験作用物質が、前記試験細胞組成物中の1つまたは複数の細胞の成長、増殖、生存性、分化、細胞内シグナル伝達、活性化、および/または拡大増殖を調節するための候補である、請求項78記載の方法。
- 前記刺激条件が、TCR複合体の1つもしくは複数の構成成分の1つもしくは複数の細胞内シグナル伝達ドメインおよび/または1つもしくは複数の共刺激分子の1つもしくは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化させることができる刺激試薬とのインキュベーションを含む、請求項78または請求項79記載の方法。
- 前記刺激試薬が、TCR複合体のメンバーに特異的に結合する第一の作用物質、およびT細胞共刺激分子に特異的に結合する第二の作用物質を含む、請求項80記載の方法。
- 前記第一の作用物質がCD3に特異的に結合し;かつ/または前記共刺激分子が、CD28、CD137(4-1-BB)、OX40、もしくはICOSからなる群より選択される、請求項81記載の方法。
- 前記刺激試薬が、抗CD3抗体またはその抗原結合断片、および抗CD28抗体またはその抗原結合断片を含む、請求項80〜82のいずれか一項記載の方法。
- 前記第一および第二の作用物質が、抗体を含み、かつ/または固体支持体の表面に存在する、請求項80〜83のいずれか一項記載の方法。
- 前記固体支持体がビーズであるかまたはそれを含む、請求項84記載の方法。
- 前記細胞が組み換え受容体を発現するか、または前記試験組成物が組み換え受容体を発現する細胞を含む、請求項1〜85のいずれか一項記載の方法。
- 前記組み換え受容体が、キメラ受容体および/もしくは組み換え抗原受容体であるかまたはそれを含む、請求項86記載の方法。
- 前記組み換え受容体が標的抗原に結合することができ、該標的抗原が、ある疾患、障害、もしくは病態に関連し、それに特異的であり、かつ/またはその細胞もしくは組織において発現する、請求項86または請求項87記載の方法。
- 前記疾患、障害、または病態が、感染性疾患もしくは感染性障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくはがんである、請求項88記載の方法。
- 前記標的抗原が腫瘍抗原である、請求項88または請求項89記載の方法。
- 前記標的抗原が、αvβ6インテグリン(avb6インテグリン)、B細胞成熟抗原(BCMA)、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水酵素9(CA9;CAIXまたはG250としても知られる)、がん精巣抗原、がん/精巣抗原1B(CTAG;NY-ESO-1およびLAGE-2としても知られる)、がん胎児性抗原(CEA)、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1(CCL-1)、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4(CSPG4)、上皮成長因子タンパク質(EGFR)、短縮型上皮成長因子タンパク質(tEGFR)、III型上皮成長因子受容体変異体(EGFR vIII)、上皮糖タンパク質2(EPG-2)、上皮糖タンパク質40(EPG-40)、エフリンB2、エフリン受容体A2(EPHa2)、エストロゲン受容体、Fc受容体様5(FCRL5;Fc受容体ホモログ5またはFCRH5としても知られる)、胎児型アセチルコリン受容体(胎児型AchR)、葉酸結合タンパク質(FBP)、葉酸受容体α、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2(OGD2)、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100(gp100)、グリピカン-3(GPC3)、Gタンパク質共役受容体5D(GPCR5D)、Her2/neu(受容体チロシンキナーゼerb-B2)、Her3(erb-B3)、Her4(erb-B4)、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原(HMW-MAA)、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1(HLA-A1)、ヒト白血球抗原A2(HLA-A2)、IL-22受容体α(IL-22Rα)、IL-13受容体α2(IL-13Rα2)、キナーゼインサートドメイン受容体(kdr)、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子(L1-CAM)、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA(LRRC8A)、ルイスY、メラノーマ関連抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン(MSLN)、c-Met、マウスサイトメガロウイルス(CMV)、ムチン1(MUC1)、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD(NKG2D)リガンド、メランA(MART-1)、神経系細胞接着分子(NCAM)、腫瘍胎児性抗原、メラノーマ優先発現抗原(PRAME)、プロゲステロン受容体、前立腺特異的抗原、前立腺幹細胞抗原(PSCA)、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1)、サバイビン、トロホブラスト糖タンパク質(TPBG;5T4としても知られる)、腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72)、チロシナーゼ関連タンパク質1(TRP1;TYRP1またはgp75としても知られる)、チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP2;ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタ-イソメラーゼまたはDCTとしても知られる)、血管内皮成長因子受容体(VEGFR)、血管内皮成長因子受容体2(VEGFR2)、ウィルムス腫瘍1(WT-1)、病原体特異的抗原もしくは病原体発現抗原、またはユニバーサルタグに関連する抗原、および/またはビオチン化分子、および/またはHIV、HCV、HBVもしくは他の病原体によって発現される分子の中から選択される、請求項88〜90のいずれか一項記載の方法。
- 前記組み換え受容体が、機能的非TCR抗原受容体もしくはTCRまたはその抗原結合断片であるかあるいはそれを含む、請求項88〜91のいずれか一項記載の方法。
- 前記組み換え受容体がキメラ抗原受容体(CAR)である、請求項88〜92のいずれか一項記載の方法。
- (a)複数の細胞を含む試験細胞組成物からの試料における細胞表面グリカンプロフィールを請求項1〜93のいずれか一項記載の方法に従って評価する工程;および
(b)該試料の細胞表面グリカンプロフィールを参照試料の細胞表面グリカンプロフィールと比較する工程
を含む、細胞組成物をアッセイする方法。 - 複数の細胞を含む試験細胞組成物から請求項1〜93のいずれか一項記載の方法に従って決定されるまたは決定された、試料の細胞表面グリカンプロフィールを、参照試料の細胞表面プロフィールと比較する工程を含む、細胞組成物をアッセイする方法。
- 前記細胞表面グリカンプロフィールが、少なくとも25種、少なくとも50種、少なくとも60種、少なくとも70種、少なくとも80種、少なくとも90種、少なくとも100種、または少なくとも200種の異なるグリカン種、任意で異なるN-グリカン種を含む、請求項94または請求項95記載の方法。
- 前記細胞表面グリカンプロフィールが、高マンノース型N-グリカン、バイセクト型およびシアリルルイスX N-グリカン、ならびに/またはN-アセチルラクトサミン含有N-グリカンを含む、請求項94〜96のいずれか一項記載の方法。
- 前記細胞表面グリカンプロフィールが、還元末端ガラクトース残基を有しないフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、還元末端ガラクトース残基を有しないバイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および1つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、5つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、6つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、7つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、8つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、ならびに/または9つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカンを含む、請求項94〜97のいずれか一項記載の方法。
- 前記細胞表面グリカンプロフィールが、表E1中のグリカンまたはそのサブセットを含む、請求項94〜98のいずれか一項記載の方法。
- 前記参照試料が、出荷規格、ラベル要件、または公定規格を含む参照標準である、請求項94〜99のいずれか一項記載の方法。
- 前記細胞組成物が、該組成物の細胞表面グリカンプロフィールが前記参照試料のものと実質的に同じである場合、および/または前記試料中に存在する全グリカンに対する標的グリカンの割合もしくは複数の標的グリカンのそれぞれの割合が、該参照試料中に存在する全グリカンに対する該標的グリカンの割合または該複数の標的グリカンのそれぞれの割合と、25%以下、20%以下、もしくは10%以下しか相違しない場合にのみ、対象の処置のために出荷される、請求項94〜100のいずれか一項記載の方法。
- 前記標的グリカンが、少なくとも25種、少なくとも50種、少なくとも60種、少なくとも70種、少なくとも80種、少なくとも90種、少なくとも100種、または少なくとも200種の異なるグリカン種を含む、請求項101記載の方法。
- 前記標的グリカンが、高マンノース型N-グリカン、バイセクト型およびシアリルルイスX N-グリカン、ならびに/またはN-アセチルラクトサミン含有N-グリカンを含む、請求項101または請求項102記載の方法。
- 前記標的グリカンが、還元末端ガラクトース残基を有しないフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、還元末端ガラクトース残基を有しないバイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および1つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、5つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、6つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、7つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、8つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、ならびに/または9つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカンを含む、請求項101〜103のいずれか一項記載の方法。
- 前記標的グリカンが、表E1中のグリカンまたはそのサブセットを含む、請求項101〜104のいずれか一項記載の方法。
- 前記標的グリカンが、前記細胞表面グリカンプロフィールにおいて検出可能なグリカンを含む、請求項101〜105のいずれか一項記載の方法。
- 前記参照試料が、異なる細胞組成物である、請求項94〜99のいずれか一項記載の方法。
- 前記異なる細胞組成物が、前記試験細胞組成物を生産するための製造プロセスの異なる段階からの細胞組成物であるか、または該試験組成物が由来するもしくは取得されたソース細胞組成物であり、該製造プロセスの該段階が、任意で該製造プロセスの先行する段階である、請求項107記載の方法。
- 前記製造プロセスが、
白血球アフェレーシスもしくはアフェレーシスによって生物学的試料から単離された細胞;
免疫親和性ベースの方法によって生物学的試料から選択された細胞;および/または
組み換え核酸、任意で組み換えタンパク質をコードするウイルスベクター、を導入された細胞;および/または
1つもしくは複数の試験作用物質の存在下で、任意でさらに1つのペプチド、タンパク質、ポリペプチド、核酸、低分子の存在下で、インキュベーションされた細胞;および/または
1つもしくは複数の刺激条件の存在下で活性化されかつ/もしくは拡大増殖した細胞;および/または
凍結保護物質の存在下での細胞の凍結保存;および/または
対象に投与するために製剤化された、任意で薬学的に許容される賦形剤の存在下で製剤化された、細胞
から選択される1つまたは複数の段階を含む、請求項108記載の方法。 - 前記試験組成物と参照試料との間のグリカンプロフィールの相違が、前記製造プロセス中の異なる段階において生産される細胞の間で、1つまたは複数の相違が細胞に存在することを示す、請求項107〜109のいずれか一項記載の方法。
- 前記組成物の細胞表面グリカンプロフィールが前記参照試料と実質的に相違する場合、および/あるいは前記試料中に存在する全グリカンに対する標的グリカンの割合または1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれの割合が、該参照試料中に存在する全グリカンに対する該標的グリカンの割合または該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれの割合と、10%超もしくは約10%超、20%超もしくは約20%超、30%超もしくは約30%超、40%超もしくは約40%超、50%超もしくは約50%超、60%超もしくは約60%超、70%超もしくは約70%超、80%超もしくは約80%超、90%超もしくは約90%超、またはそれ以上相違する場合に、前記グリカンプロフィールの相違が存在する、請求項110記載の方法。
- 前記標的グリカンが、少なくとも25種、少なくとも50種、少なくとも60種、少なくとも70種、少なくとも80種、少なくとも90種、少なくとも100種、または少なくとも200種の異なるグリカン種を含み、任意で該グリカン種がN-グリカンである、請求項111記載の方法。
- 前記標的グリカンが、高マンノース型N-グリカン、バイセクト型およびシアリルルイスX N-グリカン、ならびに/またはN-アセチルラクトサミン含有N-グリカンを含む、請求項111または請求項112記載の方法。
- 前記標的グリカンが、還元末端ガラクトース残基を有しないフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、還元末端ガラクトース残基を有しないバイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および1つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、5つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、6つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、7つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、8つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、ならびに/または9つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカンを含む、請求項111〜113のいずれか一項記載の方法。
- 前記標的グリカンが、表E1中のグリカンまたはそのサブセットを含む、請求項111〜114のいずれか一項記載の方法。
- 前記標的グリカンが、前記細胞表面グリカンプロフィールにおいて検出可能なグリカンを含む、請求項111〜115のいずれか一項記載の方法。
- 前記1つまたは複数の相違が、前記細胞の機能的活性または表現型に関連する、請求項111〜116のいずれか一項記載の方法。
- 前記機能的活性または表現型が、細胞表面マーカーのマスキング、代謝活性、分化状態、増殖能もしくは拡大増殖能、活性化状態、細胞溶解活性、シグナル伝達活性、接着特性、またはホーミング特性のうちの1つまたは複数を含む、請求項117記載の方法。
- 前記細胞組成物を製造するためのプロセスを調節するまたは変化させる工程をさらに含む、請求項111〜118のいずれか一項記載の方法。
- 前記参照標準が、前記製造プロセスによって生産される複数の組成物の間での1つまたは複数の標的グリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルの平均または中央値を含む、請求項108〜119のいずれか一項記載の方法。
- 細胞組成物を製造するための方法であって、
複数の細胞を含む入力組成物を、1つもしくは複数の作用物質と、かつ/または1つもしくは複数の条件下で、インキュベーションしかつ/または接触させ、それによって該細胞組成物を生成させる、工程
を含み、
該細胞組成物が、該入力組成物からの1つまたは複数の細胞とは遺伝的、表現型的、および/または機能的に異なる1つまたは複数の細胞を含み;かつ
該細胞組成物が、1つまたは複数の標的グリカンを含む細胞表面グリカンプロフィールを含む1つまたは複数の細胞を含み;該細胞表面グリカンプロフィールおよび/または該細胞表面グリカンプロフィール中の該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれが、参照試料における細胞表面グリカンプロフィールまたは参照試料中に存在する全グリカンに対する該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれと25%以下しか相違せず;該細胞表面グリカンプロフィールが、該細胞組成物中の細胞の表面から遊離したグリカンを含む、
方法。 - 前記細胞表面グリカンプロフィールまたは前記1つもしくは複数の標的グリカンが、請求項1〜93のいずれか一項記載の方法に従って決定される、請求項121記載の方法。
- 前記細胞組成物が、組み換え核酸を含む細胞を含む、請求項121または請求項122記載の方法。
- 前記インキュベーションおよび/もしくは接触の前、間、または後に、細胞の洗浄、希釈、単離、選択、分離、培養、刺激、組み換え核酸の導入、凍結保存、製剤化、および/またはパッケージングから選択される1つまたは複数の工程を含む、請求項121〜123のいずれか一項記載の方法。
- 前記インキュベーションおよび/もしくは接触の前、間、または後に、
白血球アフェレーシスまたはアフェレーシスによって生物学的試料から細胞を単離する工程;
免疫親和性ベースの方法によって生物学的試料から細胞を単離する工程;ならびに/または
組み換え核酸、任意で組み換えタンパク質をコードするウイルスベクター、を細胞に導入する工程;ならびに/または
1つまたは複数の作用物質の存在下で、任意でさらに1つのペプチド、タンパク質、ポリペプチド、核酸、低分子の存在下で、細胞をインキュベーションする工程;ならびに/または
1つまたは複数の刺激条件の存在下で細胞を活性化および/もしくは拡大増殖させる工程;ならびに/または
凍結保護物質の存在下で細胞を凍結保存する工程;ならびに/または
対象への投与のために、任意で薬学的に許容される賦形剤の存在下で、細胞を製剤化する工程
から選択される1つまたは複数の工程を含む、請求項121〜124のいずれか一項記載の方法。 - 前記1つもしくは複数の作用物質または条件が、血清の存在もしくは濃度、培養時間、刺激物質の存在もしくは量、刺激物質のタイプもしくは程度、アミノ酸の存在もしくは量、温度、ソース組成物の供給源もしくは細胞タイプ、ソース組成物における細胞タイプの比もしくは割合、任意でCD4+/CD8+細胞比、ビーズの存在もしくは量、細胞密度、静置培養、揺動培養、灌流、ウイルスベクターのタイプ、ベクターコピー数、形質導入アジュバントの存在、凍結保存におけるソース組成物の細胞密度、組み換え受容体の発現の程度、または細胞表現型を調節する化合物の存在を含む、請求項121〜125のいずれか一項記載の方法。
- 前記1つまたは複数の作用物質または条件が、刺激条件、ペプチド、タンパク質、ポリペプチド、核酸、低分子、および/または組み換え核酸、任意で組み換えタンパク質をコードするウイルスベクター、を含む、請求項121〜126のいずれか一項記載の方法。
- 前記作用物質が、前記細胞組成物中の1つまたは複数の細胞の成長、増殖、生存性、分化、細胞内シグナル伝達、活性化、および/または拡大増殖を調節する、請求項121〜127のいずれか一項記載の方法。
- 前記1つまたは複数の刺激条件が、TCR複合体の1つもしくは複数の構成成分の1つもしくは複数の細胞内シグナル伝達ドメイン、および/または1つもしくは複数の共刺激分子の1つもしくは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化させることができる刺激物質とのインキュベーションを含む、請求項125〜128のいずれか一項記載の方法。
- 前記刺激物質が、TCR複合体のメンバーに特異的に結合する第一の作用物質、およびT細胞共刺激分子に特異的に結合する第二の作用物質を含む、請求項129記載の方法。
- 前記第一の作用物質がCD3に特異的に結合し、かつ/または前記共刺激分子が、CD28、CD137(4-1-BB)、OX40、もしくはICOSからなる群より選択される、請求項130記載の方法。
- 前記刺激物質が、抗CD3抗体もしくはその抗原結合断片および/または抗CD28抗体もしくはその抗原結合断片を含む、請求項129〜131のいずれか一項記載の方法。
- 前記第一および第二の作用物質が、抗体を含み、かつ/または固体支持体表面に存在する、請求項130〜132のいずれか一項記載の方法。
- 前記固体支持体が、ビーズであるかまたはそれを含む、請求項133記載の方法。
- 前記1つまたは複数の刺激条件が、1つまたは複数のサイトカインの存在、任意でIL-2、IL-15、および/またはIL-7の存在を含む、請求項125〜134のいずれか一項記載の方法。
- 前記参照試料が、出荷規格、ラベル要件、または公定規格を含む参照標準である、請求項121〜135のいずれか一項記載の方法。
- 前記参照試料が、ソース組成物を、前記1つもしくは複数の作用物質と、かつ/または前記1つもしくは複数の条件下で、インキュベーションしかつ/または接触させることによって生産される複数の組成物の間での、前記1つまたは複数の標的グリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルの平均または中央値を含む、請求項121〜136のいずれか一項記載の方法。
- 前記1つもしくは複数の標的グリカンを含む細胞表面グリカンプロフィールまたは該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれが、前記参照試料における細胞表面グリカンプロフィールまたは該参照試料中に存在する全グリカンに対する該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれと、20%以下もしくは約20%、15%以下もしくは約15%、10%以下もしくは約10%、または5%以下もしくは約5%しか相違しない、請求項121〜137のいずれか一項記載の方法。
- 前記標的グリカンが、少なくとも25種、少なくとも50種、少なくとも60種、少なくとも70種、少なくとも80種、少なくとも90種、少なくとも100種、または少なくとも200種の異なるグリカン種を含み、任意で該グリカン種がN-グリカンである、請求項121〜138のいずれか一項記載の方法。
- 前記標的グリカンが、高マンノース型N-グリカン、バイセクト型およびシアリルルイスX N-グリカン、ならびに/またはN-アセチルラクトサミン含有N-グリカンを含む、請求項121〜139のいずれか一項記載の方法。
- 前記標的グリカンが、還元末端ガラクトース残基を有しないフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、還元末端ガラクトース残基を有しないバイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および1つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、5つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、6つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、7つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、8つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、ならびに/または9つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカンを含む、請求項121〜140のいずれか一項記載の方法。
- 前記標的グリカンが、表E1中のグリカンまたはそのサブセットを含む、請求項121〜141のいずれか一項記載の方法。
- 前記標的グリカンが、前記細胞表面グリカンプロフィールにおいて検出可能なグリカンを含む、請求項121〜142のいずれか一項記載の方法。
- 細胞組成物において1つまたは複数の試験作用物質または条件をスクリーニングするための方法であって、
(a)1つもしくは複数の試験作用物質もしくは条件の存在下でインキュベーションもしくは処理されたソース組成物であるかまたは該ソース組成物に由来する試験細胞組成物からの試料における細胞表面グリカンプロフィールを評価する工程、および
(b)該試料の該細胞表面グリカンプロフィールを、1つまたは複数の標的グリカンを含む参照試料の細胞表面グリカンプロフィールと比較する工程
を含む、方法。 - 細胞組成物において1つまたは複数の試験作用物質または条件をスクリーニングするための方法であって、1つもしくは複数の試験作用物質もしくは条件の存在下でインキュベーションもしくは処理されたソース組成物であるかまたは該ソース組成物に由来する試験細胞組成物からの試料の細胞表面グリカンプロフィールを、参照試料の細胞表面グリカンプロフィールと比較する工程を含む、方法。
- 前記細胞表面グリカンプロフィールが、前記試料中の1つまたは複数のグリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルを含む、請求項144または請求項145記載の方法。
- 前記細胞表面グリカンプロフィールが、請求項1〜93のいずれか一項記載の方法に従って決定される、請求項145〜146のいずれか一項記載の方法。
- 前記参照試料が、前記1つまたは複数の試験作用物質もしくは条件の存在下での処理がないこと、または1つもしくは複数の別の試験作用物質もしくは条件の存在下であること以外は、前記試験細胞組成物または前記ソース組成物と同じまたは実質的に同じ条件下でインキュベーションまたは処理された組成物に由来する、請求項144〜147のいずれか一項記載の方法。
- 前記参照試料が、前記1つまたは複数の試験作用物質または条件の存在下でインキュベーションまたは処理された複数の組成物の間での前記1つまたは複数の標的グリカンの有無、アイデンティティ、および/またはレベルの平均または中央値を含む、請求項144〜147のいずれか一項記載の方法。
- 前記1つもしくは複数の試験作用物質または条件が、血清の存在もしくは濃度、培養時間、刺激物質の存在もしくは量、刺激物質のタイプもしくは程度、アミノ酸の存在もしくは量、温度、ソース組成物の供給源もしくは細胞タイプ、ソース組成物における細胞タイプの比もしくは割合、任意でCD4+/CD8+細胞比、ビーズの存在もしくは量、細胞密度、静置培養、揺動培養、灌流、ウイルスベクターのタイプ、ベクターコピー数、形質導入アジュバントの存在、凍結保存におけるソース組成物の細胞密度、組み換え受容体の発現の程度、または細胞表現型を調節する化合物の存在を含む、請求項144〜149のいずれか一項記載の方法。
- 前記1つまたは複数の試験作用物質または条件が、試験化合物のライブラリーからの1つまたは複数の化合物を含む、請求項144〜150のいずれか一項記載の方法。
- 前記標的グリカンが、少なくとも25種、少なくとも50種、少なくとも60種、少なくとも70種、少なくとも80種、少なくとも90種、少なくとも100種、または少なくとも200種の異なるグリカン種を含み、任意で該グリカン種がN-グリカンである、請求項144〜151のいずれか一項記載の方法。
- 前記標的グリカンが、高マンノース型N-グリカン、バイセクト型およびシアリルルイスX N-グリカン、ならびに/またはN-アセチルラクトサミン含有N-グリカンを含む、請求項144〜152のいずれか一項記載の方法。
- 前記標的グリカンが、還元末端ガラクトース残基を有しないフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、還元末端ガラクトース残基を有しないバイアンテナ型複合型グリカン、1つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つの還元末端ガラクトース残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および1つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するフコシル化バイアンテナ型複合型グリカン、2つのガラクトース残基および2つのN-アセチルノイラミン酸残基を有するバイアンテナ型複合型グリカン、5つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、6つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、7つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、8つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカン、ならびに/または9つのマンノース残基を有する高マンノース型グリカンを含む、請求項144〜153のいずれか一項記載の方法。
- 前記標的グリカンが、表E1中のグリカンまたはそのサブセットを含む、請求項144〜154のいずれか一項記載の方法。
- 前記標的グリカンが、前記細胞表面グリカンプロフィールにおいて検出可能なグリカンを含む、請求項144〜155のいずれか一項記載の方法。
- 前記試料の細胞表面グリカンプロフィールまたは前記1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれが前記参照試料と実質的に同じであることを前記比較が示す場合;および/あるいは、該1つもしくは複数の標的グリカンを含む細胞表面グリカンプロフィールまたは該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれが、該参照試料における細胞表面グリカンプロフィールまたは該参照試料中に存在する全グリカンに対する該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれと、20%以下もしくは約20%、15%以下もしくは約15%、10%以下もしくは約10%、または5%以下もしくは約5%しか相違しないことを前記比較が示す場合に、前記1つまたは複数の試験作用物質または条件を、細胞のインキュベーションまたは処理用に選択する工程を含む、請求項144〜156のいずれか一項記載の方法。
- 前記試料の細胞表面グリカンプロフィールまたは前記1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれが前記参照試料と実質的に相違することを前記比較が示す場合;および/あるいは、該1つもしくは複数の標的グリカンを含む細胞表面グリカンプロフィールまたは該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれが、該参照試料における細胞表面グリカンプロフィールまたは該参照試料中に存在する全グリカンに対する該1つもしくは複数の標的グリカンのそれぞれと、10%超もしくは約10%超、20%超もしくは約20%超、30%超もしくは約30%超、40%超もしくは約40%超、50%超もしくは約50%超、60%超もしくは約60%超、70%超もしくは約70%超、80%超もしくは約80%超、90%超もしくは約90%超、またはそれ以上相違することを前記比較が示す場合に、1つまたは複数のさらなる試験作用物質または条件を使って前記方法を繰り返す工程を含む、請求項144〜156のいずれか一項記載の方法。
- 前記試験作用物質が、試験細胞組成物中の1つまたは複数の細胞の成長、増殖、生存性、分化、活性化、および/または拡大増殖を調節するための候補である、請求項144〜156のいずれか一項記載の方法。
- 前記試験細胞組成物が組み換え核酸を含む細胞を含む、請求項144〜159のいずれか一項記載の方法。
- 前記組み換え核酸が、組み換えタンパク質、任意で組み換え受容体、をコードする、請求項125〜160のいずれか一項記載の方法。
- 前記組み換え受容体が、キメラ受容体および/もしくは組み換え抗原受容体であるかまたはそれを含む、請求項160記載の方法。
- 前記組み換え受容体が標的抗原に結合することができ、該標的抗原が、ある疾患、障害、または病態に関連し、それに特異的であり、かつ/またはその細胞もしくは組織において発現する、請求項161または請求項162記載の方法。
- 前記疾患、障害、または病態が、感染性疾患もしくは感染性障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくはがんである、請求項163記載の方法。
- 前記標的抗原が腫瘍抗原である、請求項163または請求項164記載の方法。
- 前記標的抗原が、αvβ6インテグリン(avb6インテグリン)、B細胞成熟抗原(BCMA)、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水酵素9(CA9;CAIXまたはG250としても知られる)、がん精巣抗原、がん/精巣抗原1B(CTAG;NY-ESO-1およびLAGE-2としても知られる)、がん胎児性抗原(CEA)、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1(CCL-1)、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4(CSPG4)、上皮成長因子タンパク質(EGFR)、短縮型上皮成長因子タンパク質(tEGFR)、III型上皮成長因子受容体変異体(EGFR vIII)、上皮糖タンパク質2(EPG-2)、上皮糖タンパク質40(EPG-40)、エフリンB2、エフリン受容体A2(EPHa2)、エストロゲン受容体、Fc受容体様5(FCRL5;Fc受容体ホモログ5またはFCRH5としても知られる)、胎児型アセチルコリン受容体(胎児型AchR)、葉酸結合タンパク質(FBP)、葉酸受容体α、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2(OGD2)、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100(gp100)、グリピカン-3(GPC3)、Gタンパク質共役受容体5D(GPCR5D)、Her2/neu(受容体チロシンキナーゼerb-B2)、Her3(erb-B3)、Her4(erb-B4)、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原(HMW-MAA)、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1(HLA-A1)、ヒト白血球抗原A2(HLA-A2)、IL-22受容体α(IL-22Rα)、IL-13受容体α2(IL-13Rα2)、キナーゼインサートドメイン受容体(kdr)、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子(L1-CAM)、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA(LRRC8A)、ルイスY、メラノーマ関連抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン(MSLN)、c-Met、マウスサイトメガロウイルス(CMV)、ムチン1(MUC1)、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD(NKG2D)リガンド、メランA(MART-1)、神経系細胞接着分子(NCAM)、腫瘍胎児性抗原、メラノーマ優先発現抗原(PRAME)、プロゲステロン受容体、前立腺特異的抗原、前立腺幹細胞抗原(PSCA)、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1)、サバイビン、トロホブラスト糖タンパク質(TPBG;5T4としても知られる)、腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72)、チロシナーゼ関連タンパク質1(TRP1;TYRP1またはgp75としても知られる)、チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP2;ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタ-イソメラーゼまたはDCTとしても知られる)、血管内皮成長因子受容体(VEGFR)、血管内皮成長因子受容体2(VEGFR2)、ウィルムス腫瘍1(WT-1)、病原体特異的抗原もしくは病原体発現抗原、またはユニバーサルタグに関連する抗原、および/またはビオチン化分子、および/またはHIV、HCV、HBVもしくは他の病原体によって発現される分子の中から選択される、請求項163〜165のいずれか一項記載の方法。
- 前記組み換え受容体が、機能的非TCR抗原受容体もしくはTCRまたはその抗原結合断片であるかあるいはそれを含む、請求項163〜166のいずれか一項記載の方法。
- 前記組み換え受容体がキメラ抗原受容体(CAR)である、請求項163〜167のいずれか一項記載の方法。
- 前記細胞が哺乳動物細胞を含むか、または前記試験細胞組成物が哺乳動物細胞を含む、請求項121〜168のいずれか一項記載の方法。
- 前記細胞がヒト細胞を含むか、または前記試験細胞組成物がヒト細胞を含む、請求項121〜169のいずれか一項記載の方法。
- 前記細胞が幹細胞を含むか、または前記試験細胞組成物が幹細胞を含む、請求項121〜170のいずれか一項記載の方法。
- 前記幹細胞が誘導多能性幹細胞(iPSC)である、請求項171記載の方法。
- 前記組成物または前記試験細胞組成物が、アフェレーシス産物もしくは白血球アフェレーシス産物中に存在する細胞またはそれに由来する細胞を含む、請求項121〜170のいずれか一項記載の方法。
- 前記細胞が、免疫細胞、白血球、末梢血単核球(PBMC)、リンパ球、もしくは未分画T細胞を含むか、または
前記試験細胞組成物が、免疫細胞、白血球、末梢血単核球(PBMC)、リンパ球、もしくは未分画T細胞を含む、
請求項121〜170および請求項173のいずれか一項記載の方法。 - 前記細胞が免疫細胞を含むか、または前記試験細胞組成物が免疫細胞を含む、請求項121〜174のいずれか一項記載の方法。
- 前記免疫細胞が、T細胞、B細胞、マクロファージ、好中球、ナチュラルキラー(NK)細胞、または樹状細胞である、請求項175記載の方法。
- 前記細胞がCD4+および/もしくはCD8+T細胞であるT細胞を含むか、または前記試験細胞組成物がCD4+および/もしくはCD8+T細胞であるT細胞を含む、請求項121〜176のいずれか一項記載の方法。
- 前記細胞が初代細胞である、請求項1〜177のいずれか一項記載の方法。
- 細胞組成物中の1つまたは複数の物質の有無、アイデンティティ、および/またはレベルを検出する方法であって、
(a)ある細胞タイプからの複数の細胞またはある細胞タイプに由来する複数の細胞を含む試験細胞組成物からの試料における細胞表面グリカンプロフィールを請求項1〜93のいずれか一項記載の方法に従って評価する工程、ならびに
(b)該細胞表面グリカンプロフィールにおける、該細胞タイプの細胞によって合成および/または発現されない1つまたは複数の非天然グリカンを同定する工程
を含む、方法。 - 前記細胞タイプがヒト細胞である、請求項179記載の方法。
- 前記細胞タイプが免疫細胞である、請求項179または請求項180記載の方法。
- 前記細胞タイプがT細胞である、請求項180または請求項181のいずれか一項記載の方法。
- 前記試験細胞組成物が、1つまたは複数の非天然グリカンを含む少なくとも1つのタンパク質を含む物質の存在下で前記複数の細胞を培養および/またはインキュベーションすることによって生産される、請求項179〜182のいずれか一項記載の方法。
- 前記少なくとも1つのタンパク質が、アルブミン、成長因子、サイトカイン、ケモカイン、インスリンもしくはインスリン様ペプチド、トランスフェリン、またはスーパーオキシドジスムターゼである、請求項183記載の方法。
- 前記少なくとも1つのタンパク質が組み換えタンパク質である、請求項183または請求項184記載の方法。
- 前記1つもしくは複数の非天然グリカンおよび/または前記少なくとも1つのタンパク質が血清中に存在する、請求項183〜185のいずれか一項記載の方法。
- 前記血清が、ウシ胎児血清(FBS)、仔ウシ血清(BCS)、新生仔ウシ血清(NBCS)、ウマ血清、ヤギ血清、仔ヒツジ血清、ロバ血清、またはブタ血清である、請求項186記載の方法。
- 前記1つまたは複数の非天然グリカンおよび/または前記少なくとも1つのタンパク質が、(i)前記複数の細胞と同じ目、科、属、または種からの細胞によって産生されず、かつ/または(ii)前記複数の細胞と同じ目、科、属、または種からの細胞の表面に発現されない、請求項179〜187のいずれか一項記載の方法。
- 前記1つまたは複数の非天然グリカンが非ヒトグリカンを含む、請求項179〜188のいずれか一項記載の方法。
- 前記1つまたは複数の非天然グリカンを同定する工程が、前記表面グリカンプロフィールを参照グリカンプロフィールと比較することを含み、前記参照試料が、前記1つまたは複数の非天然グリカンを含有する供給源からのグリカンプロフィールである、請求項179〜189のいずれか一項記載の方法。
- 前記参照グリカンプロフィールが、前記複数の細胞と接触しておらず、前記複数の細胞と共にインキュベーションされておらず、かつ/または前記複数の細胞に曝露されていない物質、任意で培地、血清、もしくはその構成成分であるかまたはそれらを含む物質、を含む参照試料から生成されるか;あるいは前記複数の細胞と接触してらず、前記複数の細胞と共にインキュベーションされておらず、かつ/または前記複数の細胞に曝露されていないタンパク質もしくはその組み換えタンパク質から生成される、請求項189または請求項190記載の方法。
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