JP2020503875A - 喘息治療のためのＴｈ２経路を標的とする組成物および方法 - Google Patents

Abstract

喘息およびＴｈ２ｈｉｇｈ喘息表現型を有する喘息患者を診断および治療するための組成物および方法が開示される。

Description

本出願は、２０１７年１月９日および２０１７年１２月１８日にそれぞれ出願された米国仮特許出願第６２／４４４，２５５号および同第６２／６０７，２６９号に基づく優先権を主張する。これらの各出願は、全体が明記されたのと同様に参照により本明細書に組み込まれる。

本発明は、Ｔｈ２−ｈｉｇｈ喘息被験者のサブセットで観測される上位遺伝子相互作用に基づく個別化医療および標的化療法の分野に関する。

本発明が関連する最新技術をさらに記載するために、いくつかの刊行物および特許文書を本出願で括弧内に引用する。これらの各参照文献は、全体が明記されたのと同様に参照により本明細書に組み込まれる。

喘息グローバルイニシアティブ（Ｇｌｏｂａｌ Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ ｆｏｒ Ａｓｔｈｍａ）（ＧＩＮＡ）は、呼気流量制限の変動を伴って経時的に強さが変動する喘鳴、息切れ、胸部絞扼感、咳などの呼吸器症状の病歴に関連する慢性気道炎症により通常特徴付けられる「ヘテロな疾患」として喘息を定義する。

根底をなすヘテロ性はまさにその疾患の基礎に及ぶことが、いくつかの一連の証拠から示唆される。２００９年、Ｗｏｏｄｒｕｆｆら（２）は、気道のＴヘルパー２型（Ｔｈ２）炎症の程度により定義される少なくとも２つの識別可能な分子表現型に喘息患者を分離できることを示した。Ｔｈ２炎症は、ＩＬ−４、ＩＬ−５、およびＩＬ−１３により媒介され、それまで、すべての喘息の根底をなす中心的分子機序と考えられていた。「Ｔｈ２−ｈｉｇｈ」および「Ｔｈ２−ｌｏｗ」と称されるサブグループは、炎症のマーカーだけでなく療法に対する反応も異なる。

抗インターロイキン（ＩＬ）−５、抗ＩＬ−１３、および抗ＩＬ−４レセプターα（抗ＩＬ−４Ｒα）のモノクローナル抗体など、高特異的喘息療法の臨床試験から、これらの高特異的療法は標的機序または経路活性化に基づいて選択された患者群で一般により有効であることがさらに明らかにされた。

現在、喘息療法に対する反応は、血中好酸球数および血清中ＩｇＥの測定により決定される。しかしながら、これらの測定は、細菌感染またはウイルス感染および分類を不正確にする季節性アレルゲンなどの環境変数による影響を受ける可能性がある。明らかなように、喘息表現型とくに小児発症喘息の出現に関与する遺伝子相互作用を同定する必要性が存在する。かかる知識は、この病態の診断を促進するための、さらには喘息治療に効力のある療法剤を開発するための新しい標的を提供するであろう。

本発明によれば、喘息バイオマーカーを同定するための、さらにはＴｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型を有する喘息患者を同定するバイオマーカーを同定するための、組成物および方法が提供される。バイオマーカーは、喘息患者を診断する方法、さらにはＴｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型を有する喘息患者を診断する方法に使用可能である。また、単一ヌクレオチド多型（ｓｎｐ）の組合せを検出する方法、およびある特定の標的化療法が奏効する可能性が最も高い患者を同定する方法が提供される。かかるバイオマーカーを有する被験者を治療する方法も開示される。かかるバイオマーカーは、喘息療法に対する反応の予測にも有利に使用可能である。

いくつかの実施形態では、ｓｎｐの組合せを検出することを含む、Ｔｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型喘息をはじめとする喘息を診断する方法および治療する方法が提供される。ただし、一方のｓｎｐはＤＥＮＮ１Ｂ遺伝子に存在し、かつ他方のｓｎｐはＰＭ２０Ｄ１遺伝子に存在し、組合せが検出された場合、被験者はＴｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型喘息を有し、かつＴｈ２炎症経路を標的とする薬剤で治療可能である。Ｔｈ２炎症経路を標的とする薬剤はＣＲＴＨ２阻害剤でありうる。ＣＲＴＨ２阻害剤は、表２の１つ以上の薬剤、たとえば、ＡＰ７６８および／またはＡＰ７７０でありうる。いくつかの実施形態では、ＤＥＮＮ１Ｂ ｓｎｐはｒｓ２７８６０９８である。いくつかの実施形態では、ＰＭ２０Ｄ１ ｓｎｐは、ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４から選択される。いくつかの実施形態では、ＤＥＮＮ１ＢとＰＭ２０Ｄ１との組合せは、以下：
ａ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２、
ｂ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６、
ｃ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２およびｒｓ７５２２０５６、
ｄ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ６６７３６８７、
ｅ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５６５、
ｆ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５５４、
ｇ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ８２３１１６、
ｈ．ｒｓ２７８６０７９８およびｒｓ１７７５１４６、
ｉ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４３、
ｊ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６５３２１、ならびに
ｋ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６７８９４
から選択される。

いくつかの実施形態では、患者が１）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２または２）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６から選択される単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の組合せを有するかを決定することと、存在する場合、被験者を喘息を有するか、またはＴｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型の喘息を有すると診断することと、を含む、ヒト被験者を喘息を有すると診断する方法またはヒト喘息被験者をＴｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型の喘息を有すると診断する方法が提供される。いくつかの実施形態では、患者が１）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２または２）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６から選択される単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の組合せを有するかを決定することと、存在する場合、喘息患者がＴｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型を有すると予測することと、を含む、喘息患者がＴｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型を有するかを予測する方法が提供される。

いくつかの実施形態では、Ｔｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型を有する喘息患者を治療する方法が提供される。

いくつかの実施形態では、
ａ）ヒト喘息患者から核酸を含む生物学的サンプルを得ることと、
ｂ）前記サンプルで、１）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２または２）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６から選択される単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の組合せを保有する核酸を検出することにより、前記患者においてＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型を同定することと、
を含む、ヒト喘息患者においてＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型を同定する方法が提供される。いくつかの実施形態では、ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２は上位で機能する。いくつかの実施形態では、本方法は、Ｔｈ２炎症経路を標的とする薬剤を投与することをさらに含む。Ｔｈ２炎症経路を標的とする薬剤はＣＲＴＨ２阻害剤でありうる。ＣＲＴＨ２阻害剤は、表２の１つ以上の薬剤、たとえば、ＡＰ７６８および／またはＡＰ７７０でありうる。

いくつかの実施形態では、
ａ）患者から核酸を含む生物学的サンプルを得ることと、
ｂ）前記サンプルで、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６を保有する核酸を検出することにより、前記患者においてＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型を同定することと、
を含む、喘息患者においてＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型を同定する方法が提供される。いくつかの実施形態では、ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６は上位で機能する。いくつかの実施形態では、本方法は、表２の１つ以上の薬剤、たとえば、ＡＰ７６８および／またはＡＰ７７０を投与することをさらに含む。

本方法は、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４から選択されるｒｓ番号を有する単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を保有する１つ以上の核酸を検出することをさらに含みうる。ある特定の実施形態では、リスク対立遺伝子が検出され、喘息のリスクが高い被験者であることを示唆する。他の実施形態では、保護対立遺伝子が検出され、リスクが高くない被験者であることを示唆する。

いくつかの実施形態では、
ａ）患者から核酸を含む生物学的サンプルを得ることと、
ｂ）前記サンプルで、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の以下の組合せ：
ａ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２、
ｂ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６、
ｃ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２およびｒｓ７５２２０５６、
ｄ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ６６７３６８７、
ｅ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５６５、
ｆ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５５４、
ｇ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ８２３１１６、
ｈ．ｒｓ２７８６０７９８およびｒｓ１７７５１４６、
ｉ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４３、
ｊ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６５３２１、
ｋ．ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６７８９４
のいずれかを保有する核酸を検出し、いずれか１つ以上の組合せが同定された場合、被験者を喘息またはＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型の喘息を有すると同定することと、
を含む、被験者を喘息またはＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型の喘息を有すると同定する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、同定された被験者に表２の１つ以上の薬剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、薬剤はＡＰ７６８である。いくつかの実施形態では、薬剤はＡＰ７７０である。

いくつかの実施形態では、本発明は、
ａ）患者から核酸を含む生物学的サンプルを得ることと、
ｂ）前記サンプルで、ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を保有する核酸を検出することにより、前記患者において喘息を診断することと、
を含む、被験者を喘息を有すると診断する方法を含む。

いくつかの実施形態では、本発明は、
ａ）患者から核酸を含む生物学的サンプルを得て、または被験者の核酸の検査から導かれる情報を解析して、以下：
ｉ）ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上、ならびに
ｉｉ）ｒｓ２７８６０９８
の存在または不在を決定することを含み、存在により患者が喘息を有することが示唆される、被験者を喘息を有すると診断する方法を含む。

いくつかの実施形態では、喘息を有すると同定された被験者／患者には、表２の薬剤のいずれか１つ以上が投与される。ある特定の実施形態では、薬剤はＡＰ７６８である。

いくつかの実施形態では、多型の存在は、被験者／患者をＴｈ２−ｈｉｇｈ喘息として喘息を有すると同定する。

本明細書に記載の診断方法のいずれかでは、ＳＮＰは、特異的ハイブリダイゼーション検出、対立遺伝子サイズ測定、制限断片長多型解析、対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション解析、単一塩基プライマー伸長反応、および増幅ポリヌクレオチドシーケンシングから選択されるプロセスを実施することにより検出しうる。標的核酸は、検出前に増幅しうる。

前記多型を含む核酸は、ヒト被験者から単離された細胞から得られうる。

いくつかの実施形態では、本発明は、
ａ）患者から核酸を含む生物学的サンプルを得ること、または患者から遺伝子情報を得ることと、
ｂ）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２またはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６から選択される単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を保有する少なくとも２つの核酸を前記サンプルで検出することによりまたは前記遺伝子情報で同定することにより、前記患者においてＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型を同定することと、
ｃ）Ｔｈ２炎症経路を標的とする薬剤で前記患者を治療することと、
を含む、Ｔｈ２ｈｉｇｈ分子表現型を有する喘息患者を治療する方法を含む。薬剤は、表２に列挙された薬剤のいずれか１つでありうる。いくつかの実施形態では、ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２は上位で機能する。いくつかの実施形態では、ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６は上位で機能する。

いくつかの実施形態では、治療方法は、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４から選択されるｒｓ番号を有する単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を保有する１つ以上の核酸を検出することをさらに含む。

いくつかの実施形態では、本発明は、以下：
１）ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上、または
２）ＳＮＰ：ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８、
を有する被験者に表２の薬剤のいずれかを投与することを含む喘息を治療する方法を含む。

いくつかの実施形態では、本発明は、以下：
１）ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上、または
２）ＳＮＰ：ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８、
を有する被験者に表２の薬剤のいずれかを投与することを含む、Ｔｈ２ｈｉｇｈ分子表現型を有する喘息患者を治療する方法を含む。

いくつかの実施形態では、本発明は、
ａ）被験者に関する遺伝子情報を得ることと、
ｂ）被験者が以下：
ｉ）ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上、または
ｉｉ）ＳＮＰ：ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８、
を有するかを遺伝子情報から決定することと、
ｃ）被験者がパートｉ）またはｉｉ）を充足するものと決定された場合、被験者に有効量の表２の薬剤のいずれか１つ以上を投与することにより喘息を治療することと、
を含む、ヒト被験者において喘息を治療する方法を含む。いくつかの実施形態では、被験者はＴｈ２−ｈｉｇｈ喘息表現型を有する。ある特定の実施形態では、被験者はＡＰ７６８で治療される。

いくつかの実施形態では、ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２またはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６を有する被験者に表２の１つ以上の薬剤を投与することを含む喘息を治療する方法が提供される。

図１は、ＰＭ２０Ｄ１のメチル化状態（ｙ軸上のＭ値）がｒｓ２０１４２０２遺伝子型（ｘ軸０＝ホモ接合野生型、１＝ヘテロ接合体、２＝ホモ接合体（マイナー対立遺伝子））に相関することを示す。 図２Ａは、１１日間にわたるＰＢＭＣからの拡大Ｔ細胞の拡大および分化誘導を実証する。 図２Ｂは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を用いたリードＳＮＰの切除を実証する。 図２Ｃは、ｒｓ２７８６０９８の存在下（ベースライン左側パネル）および不在下（右側ライトグレーパネル）におけるＧＦＲタグを用いたＤＥＮＮＤ１ｂの発現を示す（中間パネルはネガティブベクター）。実験をトリプリケートで実施したところ、ｒｓ２７８６０９８の不在下では発現が一貫して１２〜１５％低かったことから、ＳＮＰはＤＥＮＮＤ１Ｂの発現をレギュレートすることが実証される。 ＤＥＮＮＤ１Ｂノックアウトの存在下および不在下でならびにＣＲＩＳＰＲを用いたリードＤＥＮＮＤ１Ｂ ＳＮＰ（ｒｓ２７８６０９８）の切除後に、ＴＨ２サイトカイン発現に及ぼす影響を調べた。Ｔ細胞分化誘導を前述のように実施した。 ＤＥＮＮＤ１Ｂ ＫＯ後およびＣＲＩＳＰＲを用いたｒｓ２７８６０９８の切除後にＩＬ１３およびＩＬ４の発現が増加することから、ＤＥＮＮＤ１ＢはＴＨ２サイトカインの発現をレギュレートし、かつ発現レギュレーションはｒｓ２７８６０９８の作用に主に起因することが示唆される。 ＣＤ３／ＣＤ２８刺激の存在下または不在下で健常ヒト志願者のＴ細胞を漸増濃度のＰＧＤ２（ＣＲＴＨ２レセプターに対するリガンド）で刺激した。ＩＬ−１３産生にＣＤ３／ＣＤ２８刺激を必要としたが、ＰＤＧ２の存在下では追加のＩＬ−１３が産生された。 図５Ａ：ＣＤ３／ＣＤ２８刺激の存在下または不在下で健常ヒト志願者のＴ細胞を３００ｎＭ ＰＧＤ２で刺激した。漸増濃度のＣＲＴＨ２阻害剤ＡＰ７６８の存在下で刺激を行った。ＩＬ１３産生の阻害が観測されたことから、ＩＬ１３産生はＣＲＴＨ２レセプターにより媒介され、かつ漸増濃度の阻害剤で阻害されることが示唆される。 図５Ｂ：ＣＤ３Ｅ発現に対して正規化されたＩＬ１３発現対ｒｓ２７８６０９８。 １０日間の拡大後、細胞は基本的にすべてＣＤ３＋である。示されるように、ＰＭ２０Ｄ１ ＳＮＰのヘテロ接合体（リスク対立遺伝子Ａ）はホモ接合体ＷＴ（ＧＧ遺伝子型）よりも多くのＣＤ４＋細胞を有する。ｒｓ２０１４２０２のＡ対立遺伝子は、我々のデータセットではＰＭ２０Ｄ１遺伝子座のメチル化の減少に関連付けられた。ＰＭ２０Ｄ１のメチル化の減少は、喘息の母親から生まれた子供の乳児アトピーに関連付けられた（ＰＭＩＤ：２４１６６８８９）。この場合、Ａ対立遺伝子は、拡大Ｔ細胞集団のより多くのＣＤ４＋細胞に関連付けられる。ＤＥＮＮＤ１Ｂ ＳＮＰ（ｒｓ２７８６０９８）のリスク対立遺伝子（対立遺伝子Ｇ）は、ＣＤ４＋細胞数をさらに増加させ、このことはＰＭ２０Ｄ１遺伝子にリスク対立遺伝子（対立遺伝子Ａ）を有する被験者でより顕著である。ＡＡ／ＧＧリスク遺伝子型の研究では細胞を利用できなかった。 診断で喘息が確認された被験者の拡大Ｔ細胞でＣＲＴＨ２染色を実施した（ｘ軸上にＣＤ３、ｙ軸上にＣＲＴＨ２）。ＤＥＮＮＤ１Ｂ ＳＮＰの感受性対立遺伝子のホモ接合体は、野生型対立遺伝子のホモ接合体よりも多くのＣＲＴＨ２＋細胞を有する。ＤＥＮＮＤ１Ｂ ＳＮＰの感受性対立遺伝子のホモ接合体は耐性対立遺伝子のホモ接合体よりも多くのＣＲＴＨ２＋細胞を有する。 喘息を有する人々の気道におけるＴＨ２免疫プロセスの模式図を提供する（１）。 喘息を有する人々の気道におけるＴＨ２免疫プロセスの模式図を提供する。図８Ｂは、喘息病理発生に関与する経路および遺伝子を示す。

ＤＥＮＮドメインは、すべての真核生物に見いだされる進化的保存タンパク質モジュールであり、Ｒａｂ−ＧＴＰアーゼの交換因子として機能し、さまざまな細胞機能をレギュレートする。ＤＥＮＮＤ１Ｂの変異体は、小児期喘息および他の免疫障害の発症に関連する（３）。他の研究では、抗原チャレンジ後に過剰アレルギー反応を呈するＤｅｎｎｄ１ｂ−／−マウスが作製された。Ｄｅｎｎｄ１ｂ−／−ＴＨ２細胞は、レセプター誘発Ｔ細胞レセプター（ＴＣＲ）ダウンモジュレーションの遅延、ＴＣＲシグナリングの増強、およびエフェクターサイトカイン産生の増加を呈するが、他のＴＨ細胞はそうではない。とくに、喘息関連ＤＥＮＮＤ１Ｂ変異体を有するＴＨ２細胞は、より少ないＤＥＮＮＤ１Ｂを発現し、Ｄｅｎｎｄ１ｂ−／−ＴＨ２細胞の表現型を模写する（４）。これらの結果は、ＴＨ２細胞におけるＴＣＲダウンモジュレーションのこれまで認識されていなかったレギュレーターＤＥＮＮＤ１Ｂがどのように喘息病理発生に寄与するかおよびＤＥＮＮドメイン含有タンパク質がどのように他のヒト障害に寄与しうるかの分子基盤を提供する。Ｙａｎｇら（４）を参照されたい。

サイトカイン分泌のプロファイルに基づいて機能的に二極化されたＣＤ４＋Ｔ細胞反応の存在が多くの一連の証拠から示唆される。１型Ｔヘルパー（Ｔｈ１）細胞は、インターフェロン−γ、インターロイキン（ＩＬ）−２、および腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）−βを産生することにより、マクロファージを活性化して細胞媒介免疫および食細胞依存防御反応に関与する。これとは対照的に、２型Ｔｈ（Ｔｈ２）細胞は、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−１０、およびＩＬ−１３を産生することにより、強力な抗体産生、好酸球性活性化、およびいくつかのマクロファージ機能の阻害を行って食細胞非依存防御反応を提供する。Ｔｈ１細胞は、細胞内細菌およびいくつかのウイルスの感染後に主に発生し、一方、Ｔｈ２細胞は、胃腸内線虫の寄生への反応が支配的である。二極化されたＴｈ１細胞およびＴｈ２細胞は、異なる機能性を呈するだけでなくいくつかの活性化マーカーおよび識別可能な転写因子の優先的発現を示す。個別の遺伝的背景との関連で、さまざまな原因因子により引き起こされる「自然免疫」のサイトカインプロファイル、ペプチドリガンドの性質、さらにはいくつかの共刺激分子およびマイクロ環境分泌ホルモンの活性を含むいくつかの機序がＴｈ細胞分化に影響を及ぼしうる。保護においてさまざまな役割を果たすほか、二極化されたＴｈ１型およびＴｈ２型の反応は、さまざまなタイプの免疫病理学的反応にも関与する（８）。

プロスタグランジンＤ２（ＰＧＤ２）は、２つの識別可能なＰＧＤ２レセプター、プロスタグランジンＤレセプター（ＤＰ）、およびＴｈ２細胞上に発現される化学誘引剤レセプター相同分子（ＣＲＴＨ２）を介して各種免疫学的反応をレギュレートする。本発明は、喘息被験者ならびにより大きなＴｈ２経路反応および／またはバイオマーカーを呈する他の被験者がＣＲＴＨ２をブロックする薬剤により治療効果を得る可能性がより高いことを示唆するこれ以降に提示されるデータに基づく。本発明者らは、かかる被験者の同定に使用可能で、ひいてはＣＲＴＨ２阻害剤が喘息症状を軽減するとともに治療効果を提供することを示唆する、ＤＥＮＮＤ１ＢおよびＰＭ２０Ｄ１のリスク変異体を同定した。

定義：
本発明の目的では、「ａ」または「ａｎ」エンティティーとは、１つ以上のそのエンティティーを意味する。たとえば、「ａ ｃＤＮＡ」とは、１つ以上のｃＤＮＡまたは少なくとも１つのｃＤＮＡを意味する。したがって、「ａ」または「ａｎ」、「ｏｎｅ ｏｒ ｍｏｒｅ（１つ以上）」、および「ａｔ ｌｅａｓｔ ｏｎｅ（少なくとも１つ）」という用語は、本明細書では同義的に用いることが可能である。「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（〜を含む）」、「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（〜を含む）」、および「ｈａｖｉｎｇ（〜を有する）」という用語もまた、同義的に用いることが可能であることに留意されたい。さらに、「〜からなる群から選択される」化合物とは、化合物の２つ以上の混合物（すなわち組合せ）を含めて、挙げられたリストの化合物の１つ以上を意味する。本発明によれば、単離されたまたは生物学的に純粋な分子とは、その天然環境から取り出された化合物のことである。したがって、「単離された」および「生物学的に純粋な」とは、化合物が精製された程度を必ずしも反映するものとは限らない。本発明の単離された化合物は、その天然源から得ることが可能であるか、実験室合成技術を用いて生成可能であるか、またはいずれかのかかる化学合成経路により生成可能である。

「Ｔｈ２ｈｉｇｈ喘息関連ＳＮＰ又は特異的マーカー」とは、Ｔｈ２ｈｉｇｈ分子表現型に関連付けられるＳＮＰまたはマーカーのことである。かかるマーカーとしては、限定されるものではないが、核酸、それによりコードされるタンパク質、または他の低分子が挙げられうる。

本明細書では「Ｔｈ２ｈｉｇｈ分子表現型」喘息、「Ｔｈ２−ｈｉｇｈ」喘息などともいう「Ｔｈ２−ｈｉｇｈ喘息分子表現型」とは、Ｗｏｏｄｒｕｆｆら著（３）により記載されたＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型を意味する。たとえば、Ｔｈ２−ｈｉｇｈ喘息とは、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−１３などのＴｈ２サイトカイン（ＩＬ−２、ＩＬ−１２、ＩＦＮ−γなどのＴｈ１サイトカインではない）を生成することにより被験者が喘息トリガーに反応する傾向を有することを意味する。ＴＨ２ｈｉｇｈ表現型はまた、多くの場合、血清中または血漿中のＩｇＥレベルの上昇および好酸球数の上昇に関連付けられる。

「単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）」とは、ＤＮＡ中の単一塩基がその位置の通常の塩基と異なる変化を意味する。こうした単一塩基変化は、ＳＮＰまたは「ｓｎｉｐ」と呼ばれる。何百万ものＳＮＰがヒトゲノムにカタログされてきた。鎌状細胞の原因となるようないくつかのＳＮＰは疾患に関与する。他のＳＮＰはゲノムの正常変動である。核酸オリゴマーに存在するＳＮＰは、多くの場合、「ｒｓ」番号により同定される。ＳＮＰおよびＳＮＰを含むフランキング配列は、ウェブサイトの検索バーに「ｒｓ」番号に入力することにより、公的に利用可能なＳＮＰデータベースｄｂＳＮＰに見いだしうる。

通常の複合疾患のリスク対立遺伝子は、マイナーなまたはきわめて稀な対立遺伝子頻度（ＭＡＦ）により通常定義される。これにより集団における通常の対立遺伝子と稀な対立遺伝子との区別が可能になる。通常のリスク対立遺伝子のＭＡＦは、５％〜５０％の範囲内でありうる。本明細書に記載のＳＮＰのリスク対立遺伝子は、表１Ａおよび１Ｂに提供される。

本明細書で用いられる「遺伝子変異」という用語は、１つ以上の核酸分子の野生型配列または参照配列からの変化を意味する。遺伝子変異としては、限定されるものではないが、既知の配列の核酸分子の少なくとも１つのヌクレオチドの塩基対置換、付加、および欠失が挙げられる。

「連鎖」は、遺伝子、対立遺伝子、遺伝子座、または遺伝子マーカーが同一染色体上に位置する結果として一緒に遺伝する傾向を記述し、２つの遺伝子間、対立遺伝子間、遺伝子座間、または遺伝子マーカー間のパーセント組換え（組換え率またはθとも呼ばれる）により測定される。２つの遺伝子座が染色体上で物理的により近くにあるほど、組換え率は低くなるであろう。通常、疾患原因遺伝子内の多型部位を疾患との関連で試験する場合、組換え率はゼロになるであろうから、疾患および疾患原因遺伝子は常に共遺伝することが示唆される。遺伝子がゲノムの非常に大きなセグメントにわたる稀な場合には、遺伝子の一端の多型部位と他端の原因突然変異との間の組換えを観測可能なこともある。しかしながら、原因突然変異が疾患との関連で試験される多型である場合、組換えは観測されないであろう。

「センチモルガン」とは、いずれかの減数分裂イベントに対する２つのマーカー間または遺伝子座間の組換え確率１％に対応する２つの遺伝子マーカー間、対立遺伝子間、遺伝子間、または遺伝子座間の連鎖の指標となる遺伝子距離の単位のことである。

「連鎖不平衡」または「対立遺伝子相関」とは、集団におけるいずれかの特定の対立遺伝子頻度の偶然の期待値よりも高頻度に、特定の対立遺伝子、遺伝子座、遺伝子、または遺伝子マーカーと、染色体上の近接位置の特異的な対立遺伝子、遺伝子座、遺伝子、または遺伝子マーカーと、が優先的に関連付けられることを意味する。既知のＳＮＰが同定されたら、市販のプログラムを介して連鎖不平衡（ＬＤとも称される）のＳＮＰを同定しうる。たとえば、ａｎａｌｙｓｉｓｔｏｏｌｓ．ｎｃｉ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＬＤｌｉｎｋ／？ｔａｂ＝ｌｄｐｒｏｘｙのワールドワイドウェブ上で。最初に、ＬＤｐｒｏｘｙタブを選択する。参照ｒｓ番号を入力し、ｒ２タブおよび対象集団を選択し、そして「ｃａｌｃｕｌａｔｅ」タブをクリックすると、ＬＤのＳＮＰが同定される。周囲領域のプロットが現われ、（ｒ２値と共に）ＬＤのＳＮＰの表が示される。

本明細書で用いられる「固体マトリックス」という用語は、ビーズ、マイクロ粒子、マイクロアレイ、マイクロタイトレーションウェルまたは試験管の表面、ディップスティック、フィルターなどのいずれかのフォーマットを意味する。マトリックス材料は、ポリスチレン、セルロース、ラテックス、ニトロセルロース、ナイロン、ポリアクリルアミド、デキストラン、またはアガロースでありうる。

特定のヌクレオチドまたはアミノ酸を参照するときの「〜から本質的になる」という語句は、所与の配列番号の性質を有する配列を意味する。たとえば、アミノ酸配列の参照に用いられる場合、この語句は、配列自体および配列の機能的かつ新規な特性に影響を及ぼさない分子修飾を含む。

本明細書で用いられる「標的核酸」とは、複合核酸混合物に存在する核酸の以上に定義された領域を意味する。ただし、定義された野生型領域は、喘息に関連付けられうるものであってもなくてもよい少なくとも１つの既知のヌクレオチド変異を含有する。核酸分子は、ｃＤＮＡクローニングもしくはサブトラクティブハイブリダイゼーションにより天然源から単離しうるか、または手動で合成しうる。核酸分子は、トリエステル合成法により手動でまたは自動ＤＮＡシンセサイザーを用いて合成しうる。

本発明で用いられる核酸に関して、「単離された核酸」という用語がときどき利用される。この用語は、ＤＮＡに適用される場合、その由来源の生物の天然に存在するゲノム中でそれが（５’および３’方向に）直接隣接する配列から分離されたＤＮＡ分子を意味する。たとえば、「単離された核酸」は、プラスミドベクターやウイルスベクターなどのベクターに挿入されたＤＮＡ分子または原核生物もしくは真核生物のゲノムＤＮＡに組み込まれたＤＮＡ分子を含みうる。「単離された核酸分子」は、ｃＤＮＡ分子も含みうる。ベクターに挿入された単離された核酸分子は、本明細書ではときどき組換え核酸分子ともいう。

ＲＮＡ分子に関して、「単離された核酸」という用語は、以上に定義された単離されたＤＮＡ分子によりコードされるＲＮＡ分子を主に意味する。代替的に、その用語は、それがその天然の状態で（すなわち細胞中または組織中で）関連付けられたＲＮＡ分子から「実質的に純粋な」形で存在するように十分に分離されたＲＮＡ分子を意味しうる。

核酸に関して「富化された」という用語が用いられる場合、それは特異的なＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列が、正常細胞中または配列が採取された細胞中よりも有意に高い分率で、対象の細胞中または溶液中に存在する全ＤＮＡまたは全ＲＮＡを構成することを意味する。これは、存在する他のＤＮＡもしくはＲＮＡの量を優先的に低減することにより、または特異的なＤＮＡ配列もしくはＲＮＡ配列もしくは両者の組合せの量を優先的に増加させることにより、人が行いうる。しかしながら、「富化された」とは、他のＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列が存在しないことを示唆するのではなく、単に対象の配列の相対量が有意に増加したことを示唆することに留意すべきである。

また、いくつかの目的では、クレオチド配列が精製された形態であることが有利である。核酸に関して「精製された」という用語は、（均一な調製物などの）絶対純度を必要とするものではなく、配列が天然環境中よりも相対的に純粋であることを示唆するものである（天然レベルと比較して、このレベルはたとえばｍｇ／ｍｌ単位で少なくとも２〜５倍にすべきである）。ｃＤＮＡライブラリーから単離された個別クローンは、電気泳動的均一性まで精製しうる。これらのクローンから得られる特許請求されたＤＮＡ分子は、全ＤＮＡからまたは全ＲＮＡから直接得られうる。ｃＤＮＡクローンは、天然には存在しないが、好ましくは、部分精製された天然に存在する物質（メッセンジャーＲＮＡ）を操作することにより得られる。ｍＲＮＡからのｃＤＮＡライブラリーの構築は、合成物質（ｃＤＮＡ）の生成を必要とし、純粋な個別ｃＤＮＡクローンは、ｃＤＮＡライブラリーを有する細胞のクローン選択により合成ライブラリーから単離可能である。そのため、ｍＲＮＡからのｃＤＮＡライブラリーの構築と識別可能なｃＤＮＡクローンの単離とを含む方法では、天然メッセージの精製倍率は約１０^-6倍となる。そのため、少なくとも１桁、好ましくは２桁または３桁、より好ましくは４桁または５桁の精製倍率が明示的に企図される。そのため、「実質的に純粋な」という用語は、少なくとも５０〜６０重量％の対象化合物（たとえば、核酸、オリゴヌクレオチドなど）を含む調製物を意味する。より好ましくは、調製物は、少なくとも７５重量％、最も好ましくは９０〜９９重量％の対象化合物を含む。純度は、対象化合物に適した方法により測定される。

「相補的」という用語は、互いに複数の有利な相互作用を形成可能な２つのヌクレオチドを意味する。たとえば、アデニンは、チミンに対して２つの水素結合を形成可能であるので相補的である。同様に、グアニンおよびシトシンは、３つの水素結合を形成可能であるので相補的である。そのため、核酸配列が次の塩基、すなわち、チミン、アデニン、グアニン、およびシトシンの配列を含有する場合、この核酸分子の「相補体」は、チミンの代わりにアデニン、アデニンの代わりにチミン、グアニンの代わりにシトシン、およびシトシンの代わりにグアニンを含有する分子になるであろう。相補体は、親核酸分子との最適な相互作用を形成する核酸配列を含有しうるので、かかる相補体は、その親分子に高い親和性で結合可能である。

一本鎖核酸とくにオリゴヌクレオチドに関して、「特異的にハイブリダイズする」という用語は、当技術分野で一般に用いられるあらかじめ決められた条件下でかかるハイブリダイゼーションを可能にする十分に相補的な配列の２つの一本鎖ヌクレオチド分子間の相関を意味する（ときどき「実質的に相補的」と称される）。特定的には、この用語は、オリゴヌクレオチドと本発明の一本鎖のＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子に含まれる実質的に相補的な配列とのハイブリダイゼーションを意味し、オリゴヌクレオチドと非相補的配列の一本鎖核酸とのハイブリダイゼーションを実質的に排除する。たとえば、特異的ハイブリダイゼーションとは、いずれかの喘息特異的マーカー核酸にハイブリダイズするが他のヌクレオチドにハイブリダイズしない配列を意味しうる。また、「特異的にハイブリダイズする」ポリヌクレオチドは、本明細書に含まれる表に示される喘息特異的マーカーなどの気道特異的マーカーにのみハイブリダイズしうる。さまざまな相補性の一本鎖核酸分子の特異的ハイブリダイゼーションを可能にする適切な条件は、当技術分野で周知である。

たとえば、特定の配列相同性の核酸分子間のハイブリダイゼーションを達成するのに必要なストリンジェンシー条件を計算する１つの一般式は、以下（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（１９８９）：
Ｔ_m＝８１．５”Ｃ＋１６．６Ｌｏｇ［Ｎａ＋］＋０．４１（％Ｇ＋Ｃ）−０．６３（％ホルムアミド）−６００／二本鎖中ｂｐ数
に示される。以上の式の実例として、４２％のＧＣ含有率および２００塩基の平均プローブサイズと共に［Ｎａ＋］＝［０．３６８］および５０％ホルムアミドを用いると、Ｔ_mは５７”Ｃである。ＤＮＡ二本鎖のＴ_mは、相同性が１％減少するごとに１〜１．５”Ｃ減少する。そのため、約７５％超の配列同一性を有する標的は、４２”Ｃのハイブリダイゼーション温度を用いて観測されるであろう。ハイブリダイゼーションおよび洗浄のストリンジェンシーは、主に溶液の塩濃度および温度に依存する。一般に、プローブとその標的とのアニーリング率を最大化するために、ハイブリダイゼーションは、通常、ハイブリッドの計算Ｔ_mよりも２０〜２５℃低い塩および温度の条件で行われる。洗浄条件は、標的に対するプローブの同一度に合わせてできる限りストリンジェントにすべきである。一般に、洗浄条件は、ハイブリッドのＴ_mよりも約１２〜２０℃低く選択される。本発明の核酸に関して、中程度のストリンジェンシーのハイブリダイゼーションは、６×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％ＳＤＳ、および１００μｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡにおける４２℃でのハイブリダイゼーション、ならびに２×ＳＳＣおよび０．５％ＳＤＳにおける５５℃での１５分間の洗浄として定義される。高ストリンジェンシーのハイブリダイゼーションは、６×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％ＳＤＳ、および１００μｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡにおける４２℃でのハイブリダイゼーション、ならびに１×ＳＳＣおよび０．５％ＳＤＳにおける６５℃での１５分間の洗浄として定義される。非常に高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーションは、６×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％のＳＤＳ、および１００μｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡにおける４２℃でのハイブリダイゼーション、ならびに０．１×ＳＳＣおよび０．５％ＳＤＳにおける６５℃での１５分間の洗浄として定義される。

本明細書で用いられる「オリゴヌクレオチド」という用語は、２つ以上、好ましくは３つ超のリボまたはデオキシリボヌクレオチドを含む核酸分子として定義される。オリゴヌクレオチドの厳密なサイズは、各種因子ならびにオリゴヌクレオチドの特定の用途および使用に依存するであろう。プローブとプライマーとを含むオリゴヌクレオチドは、３ヌクレオチドから核酸分子の全長までのいずれかの長さでありうるとともに、明示的には、３からポリヌクレオチドの全長までのすべての可能な数の連続核酸を含む。好ましくは、オリゴヌクレオチドは、少なくとも約１０ヌクレオチド長の、より好ましくは少なくとも１５ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約２０ヌクレオチド長である。オリゴヌクレオチドは、その配列内に単一ヌクレオチド多型を含みうる。たとえば、ｒｓ番号ｒｓ２７８６０９８により表されるＳＮＰを含むオリゴヌクレオチドは、ＳＮＰデータベースに見いだされる。ＳＮＰデータベースに指定のｒｓ番号をタイプすると、ＳＮＰを含む配列およびさらには短いフランキング配列が現れるであろう。かかる配列は、以下に記載のオリゴヌクレオチドプローブおよびプライマーとして有用である。

本明細書で用いられる「プローブ」という用語は、精製された制限酵素消化物のように天然に存在するかまたは合成的に生成されるかにかかわらず、プローブに相補的な配列を有する核酸にアニール可能または特異的にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、または核酸（ＲＮＡもしくはＤＮＡのいずれか）を意味する。プローブは、一本鎖または二本鎖のどちらかでありうる。プローブの厳密な長さは、温度、プローブ源、および本方法の使用をはじめとする多くの因子に依存するであろう。たとえば、診断用途では、標的配列の複雑性に依存して、オリゴヌクレオチドプローブは、典型的には１５〜２５ヌクレオチドまたはそれ以上を含有するが、それはより少ないヌクレオチドを含有しうる。本明細書のプローブは、特定の標的核酸配列のさまざまな鎖に相補的になるように選択される。このことは、プローブがあらかじめ決められた一群の条件下でそのそれぞれの標的鎖に「特異的にハイブリダイズ」可能またはアニール可能になるように十分に相補的でなければならないことを意味する。したがって、プローブ配列は、標的の厳密な相補的配列を反映する必要はない。たとえば、非相補的ヌクレオチド断片をプローブの５’末端または３’末端に装着して、プローブ配列の残りの部分を標的鎖に相補的になるようにしうる。代替的に、プローブ配列が標的核酸の配列に特異的にアニールするのに十分な相補性を有する限り、非相補的な塩基またはより長い配列をプローブ内に散在させることが可能である。

本明細書で用いられる「プライマー」という用語は、適正な環境内に配置したときに鋳型依存核酸合成のイニシエーターとして機能的に作用可能な、ＲＮＡまたはＤＮＡのどちらかの、一本鎖または二本鎖のどちらかの、生体系に由来するか、制限酵素消化により作製されるか、または合成的に生成されるかのいずれかの、オリゴヌクレオチドを意味する。適切な核酸鋳型、核酸の好適なヌクレオシド三リン酸前駆体、ポリメラーゼ酵素、好適な共因子、および好適な温度やｐＨなどの条件と共に提示された場合、プライマーは、ポリメラーゼの作用または類似の活性によりヌクレオチドが付加されてその３’末端が伸長し、プライマー伸長産物を生成しうる。プライマーは、特定の条件および適用要件に依存して長さを変動しる。たとえば、診断用途では、オリゴヌクレオチドプライマーは、典型的には１５〜２５ヌクレオチド長またはそれ以上である。プライマーは、所望の伸長産物の合成をプライミングするために、すなわち、ポリメラーゼまたは類似の酵素による合成の開始に使用するのに適した並びでプライマーの３’ヒドロキシル部分を提供するのに十分な程度に所望の鋳型鎖にアニール可能にするために、所望の鋳型に対する十分な相補性がなければならない。プライマー配列は、所望の鋳型の厳密な相補体である必要はない。たとえば、非相補的ヌクレオチド配列を他の部分は相補的なプライマーの５’末端に装着しうる。代替的に、プライマー配列が所望の鋳型鎖の配列との十分な相補性を有して伸長産物を合成するための鋳型プライマー複合体を機能的に提供する限り、非相補的塩基をオリゴヌクレオチドプライマー配列内に散在させうる。

ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）は、米国特許第４，６８３，１９５号明細書、同第４，８００，１９５号明細書、および同第４，９６５，１８８号明細書（それらの開示はすべて参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている。

「ｓｉＲＮＡ」とは、標的遺伝子の配列との相同性を有する低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を提供することにより配列特異的な転写後の遺伝子サイレンシングまたは遺伝子ノックダウンのためのＲＮＡ干渉プロセスに関与する分子を意味する。低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで合成可能であるかまたはより長いｄｓＲＮＡからリボヌクレアーゼＩＩＩ切断により作製可能であり、配列特異的ｍＲＮＡ分解のメディエーターである。好ましくは、本発明のｓｉＲＮＡは、適切に保護されたリボヌクレオシドホスホロアミダイトおよび従来のＤＮＡ／ＲＮＡシンセサイザーを用いて化学合成される。ｓｉＲＮＡは、２つの個別の相補的ＲＮＡ分子としてまたは２つの相補的領域を有する単一のＲＮＡ分子として合成可能である。合成ＲＮＡ分子または合成試薬の供給業者としては、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ，ＵＳＡ）、Ｐｒｏｌｉｇｏ（Ｈａｍｂｕｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、Ｄｈａｒｍａｃｏｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｌａｆａｙｅｔｔｅ，Ｃｏｌｏ．，ＵＳＡ）、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ（ｐａｒｔ ｏｆ Ｐｅｒｂｉｏ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，Ｉｌｌ．，ＵＳＡ）、Ｇｌｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｓｔｅｒｌｉｎｇ，Ｖａ．，ＵＳＡ）、ＣｈｅｍＧｅｎｅｓ（Ａｓｈｌａｎｄ，Ｍａｓｓ．，ＵＳＡ）、およびＣｒｕａｃｈｅｍ（Ｇｌａｓｇｏｗ，ＵＫ）が挙げられる。ＤＥＮＮ／Ｄ１Ｂ ｍＲＮＡを阻害するための特異的ｓｉＲＮＡ構築物は、当技術分野で公知であり、たとえば、１５〜３５ヌクレオチド長、より典型的には約２１ヌクレオチド長でありうる。

「ベクター」という用語は、細胞に感染、トランスフェクト、またはトランスフォームして独立してまたは宿主細胞ゲノム内でレプリケート可能な一本鎖または二本鎖の環状核酸分子を意味する。環状二本鎖核酸分子は、制限酵素で処理することにより切断して線状化することが可能である。各種のベクター、制限酵素、および制限酵素の標的となるヌクレオチド配列の知識は、当業者であれば容易に入手可能であり、他の遺伝子配列またはエレメント（ＤＮＡまたはＲＮＡのどちらか）を装着して装着された配列またはエレメントの複製を引き起こしうるプラスミド、コスミド、バクミド、ファージ、ウイルスなどのいずれかのレプリコンを含む。本発明の核酸分子は、制限酵素でベクターを切断し２つのピースをライゲートして一体化させることによりベクターに挿入可能である。

原核生物または真核生物への発現構築物のトランスフォーメーション、トランスフェクション、またはトランスダクションを促進するために、当業者であれば多くの技術を利用可能である。「トランスフォーメーション」、「トランスフェクション」、およびＡトランスダクション＠という用語は、核酸および／または発現構築物を細胞または宿主生物に挿入する方法を意味する。これらの方法は、対象の核酸分子が宿主細胞の外膜または壁を透過できるようにする高濃度の塩、電界、または界面活性剤による細胞の処理、マイクロインジェクション、ＰＥＧ融合など、さまざまな技術を含む。

「プロモーターエレメント」という用語は、適切な細胞内に入ると転写因子および／またはポリメラーゼの結合ならびに続いてｍＲＮＡへのベクターＤＮＡ部分の転写を促進可能であるベクターに取り込まれるヌクレオチド配列を意味する。一実施形態では、本発明のプロモーターエレメントは、喘息特異的マーカー核酸分子の５’末端の前に置かれ、後者はｍＲＮＡに転写される。次いで、宿主細胞機構によりｍＲＮＡがポリペプチドに翻訳される。

核酸ベクターがプロモーターエレメントや喘息特異的マーカーコード核酸以外の核酸エレメントを含有しうることは、当業者であれば分かるであろう。これらの他の核酸エレメントとしては、限定されるものではないが、複製起点、リボソーム結合部位、薬剤耐性酵素またはアミノ酸代謝酵素をコードする核酸配列、および分泌シグナル局在化シグナル、またはポリペプチド精製に有用なシグナルをコードする核酸配列が挙げられる。

「レプリコン」とは、主に自己制御下で複製可能ないずれかの遺伝エレメント、たとえば、プラスミド、コスミド、バクミド、プラスチド、ファージ、またはウイルスである。レプリコンは、ＲＮＡまたはＤＮＡのどちらかでありうるとともに、単一鎖または二本鎖でありうる。

「発現オペロン」とは、プロモーター、エンハンサー、翻訳開始シグナル（たとえばＡＴＧまたはＡＵＧコドン）、ポリアデニル化シグナル、ターミネーターなどの転写および翻訳の制御配列を有しうるとともに、宿主細胞または宿主生物でポリペプチドコード配列の発現を促進する核酸セグメントを意味する。

本明細書で用いられる場合、「レポーター」「レポーター系」、「レポーター遺伝子」、または「レポーター遺伝子産物」という用語は、核酸が、発現時に、たとえば、生物学的アッセイ、免疫アッセイ、ラジオ免疫アッセイにより、または比色法、蛍光法、化学発光法、もしくは他の方法により、容易に測定可能なレポーターシグナルを生成する産物をコードする遺伝子を含む、効果的遺伝系を意味するものとする。この核酸は、ＲＮＡまたはＤＮＡ、線状または環状、一本鎖または二本鎖、アンチセンス極性またはセンス極性のどちらかでありうるとともに、レポーター遺伝子産物の発現に必要な制御エレメントに作動的に結合される。所要の制御エレメントは、レポーター系の性質およびレポーター遺伝子がＤＮＡの形態であるかＲＮＡの形態であるかによって異なるであろうが、例としては、限定されるものではないが、プロモーター、エンハンサー、翻訳制御配列、ポリＡ付加シグナル、転写終止シグナルなどのエレメントが挙げられうる。

導入核酸は、レシピエントの細胞または生物の核酸に組み込まれても（共有結合されても）組み込まれなくてもよい。たとえば、細菌、酵母、植物、および哺乳動物の細胞では、導入核酸は、エピソームエレメントまたは非依存レプリコンたとえばプラスミドとして維持しうる。代替的に、導入核酸は、レシピエントの細胞または生物の核酸に組み込まれた状態になりうるとともに、その細胞または生物に安定に維持されて、レシピエントの細胞または生物の後代の細胞または生物にさらに伝達または遺伝されうる。最後に、導入核酸は、レシピエント細胞または宿主生物に一過的にのみ存在しうる。

「選択可能マーカー遺伝子」という用語は、発現時にトランスフォーム細胞に抗生物質耐性などの選択可能表現型を付与する遺伝子を意味する。

「作動可能に結合された」という用語は、コード配列の発現に必要なレギュラトリー配列が、コード配列の発現を行うためにコード配列に対してＤＮＡ分子中の適切な位置に配置されることを意味する。前述の定義は、ときどき、転写単位の配置および発現ベクター中の他の転写制御エレメント（たとえばエンハンサー）に適用される。

「組換え生物」または「トランスジェニック生物」という用語は、遺伝子または核酸分子の新しい組合せを有する生物を意味する。遺伝子または核酸分子の新しい組合せは、当業者が利用可能な広範にわたる一連の核酸操作技術を用いて生物に導入可能である。「生物」という用語は、少なくとも１つの細胞で構成されたいずれかの生物を意味する。生物は、１つの真核細胞と同程度に単純であっても哺乳動物と同程度に複雑であってもよい。したがって、「組換え生物」という語句は、組み換えられた細胞さらには真核生物および原核生物を包含する。

「単離されたタンパク質」または「単離および精製されたタンパク質」という用語がときどき本明細書で用いられる。この用語は、主に本発明の単離された核酸分子の発現により産生されるタンパク質を意味する。代替的に、この用語は、「実質的に純粋な」形態で存在するように、天然で関連付けられる他のタンパク質から十分に分離されたタンパク質を意味しうる。「単離された」とは、他の化合物もしくは材料との人工もしくは合成の混合物を除外したり、または基本活性を妨害しない不純物の存在、および不完全な精製、安定化剤の添加、または配合による免疫原性調製物や薬学的に許容可能な調製物などの作製に起因して存在しうる不純物の存在を除外したりすることを意味するものではない。

「特異的結合対」は、互いに特定の特異性を有しかつ正常状態で他の分子に優先して互いに結合する特異的結合メンバー（ｓｂｍ）および結合パートナー（ｂｐ）を含む。特異的結合対の例は、抗原と抗体、リガンドとレセプター、および相補的ヌクレオチド配列である。多くの他の例については当業者の熟知するところである。さらに、「特異的結合対」という用語は、特異的結合メンバーおよび結合パートナーの一方または両方が大きな分子の一部を含む場合にも適用可能である。特異的結合対が核酸配列を含む実施形態では、それらはアッセイ条件下で互いにハイブリダイズする長さ、好ましくは１０ヌクレオチド超の長さ、より好ましくは１５または２０ヌクレオチド超の長さであろう。

「サンプル」または「患者サンプル」または「生物学的サンプル」とは、特定の分子、好ましくは喘息特異的マーカー分子、たとえば、以下に提供されるマーカーに関して試験しうるサンプルを一般に意味する。サンプルとしては、限定されるものではないが、細胞、血液、血清、痰、血漿、尿、唾液、涙液、胸水などをはじめとする体液が挙げられうる。

「薬剤」および「試験化合物」という用語は、本明細書では同義的に用いられ、化学化合物、低分子、化学化合物の混合物、生体マクロ分子、または細菌、植物、真菌、もしくは動物（とくに哺乳動物）の細胞もしくは組織などの生体物質から作製される抽出物を意味する。生体マクロ分子としては、本明細書に記載のＳＮＰ含有核酸またはそのコードタンパク質の活性をモジュレートする能力を呈する抗体、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ペプチド、ペプチド／ＤＮＡ複合体、およびいずれかの核酸ベースの分子が挙げられる。薬剤は、以下に記載のスクリーニングアッセイに組み入れて潜在的な生物学的活性に関して評価される。

本明細書で用いられる「治療」とは、ヒトをはじめとする哺乳動物における疾患療法剤のいずれの投与または適用も包含し、疾患または疾患進行の阻害、疾患またはその進行の阻害または遅延、その発症の阻止、疾患の部分的または完全な緩和、疾患の発症の予防、あるいは疾患の症状の再発の予防を含む。治療例としては、有効用量の表２に列挙される薬剤の投与が挙げられる。

いくつかの実施形態では、被験者の核酸を解析してまたは被験者の核酸の検査から導かれる情報を解析して、ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上の存在または不在を決定することを含む、被験者を喘息を有すると診断する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、被験体の核酸を解析してまたは被験者の核酸の検査から導かれる情報を解析して、以下：
１）ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上、ならびに
２）ｒｓ２７８６０９８、
の存在または不在を決定することを含む。ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上が単独でまたはｒｓ２７８６０９８との組合せで存在することは、喘息の指標となる。本方法により喘息を有すると同定された被験者に表２の薬剤のいずれかを投与しうる。いくつかの実施形態では、薬剤はＡＰ７６８またはＡＰ７７０である。

いくつかの実施形態では、被験者の核酸を解析してまたは被験者の核酸の検査から導かれる情報を解析して、ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上の存在または不在を決定することを含む、被験者をＴｈ２−ｈｉｇｈ喘息を有すると診断する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、被験体の核酸を解析してまたは被験者の核酸の検査から導かれる情報を解析して、以下：
１）ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上、ならびに
２）ｒｓ２７８６０９８、
の存在または不在を決定することを含む。ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上が単独でまたはｒｓ２７８６０９８との組合せで存在することは、Ｔｈ２−ｈｉｇｈ喘息の指標となる。同定されたら、これら被験者は、表２の薬剤のいずれかで効果的に治療可能である。いくつかの実施形態では、薬剤はＡＰ７６８またはＡＰ７７０である。

いくつかの実施形態では、以下：
１）ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上、または
２）ＳＮＰ：ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８、
を有する被験者に表２の薬剤のいずれかを投与することを含む、喘息およびＴｈ２−ｈｉｇｈ喘息を治療する方法が提供される。

いくつかの実施形態では、
ａ）被験者に関する遺伝子情報を得ること、または核酸を含む生物学的サンプルを得ることと、
ｂ）被験者が以下：
ｉ）ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上、または
ｉｉ）ＳＮＰ：ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８
を有するかを遺伝子情報または生物学的サンプルから決定することと、
ｃ）被験者がパートｉ）またはｉｉ）を充足するものと決定された場合、被験者に有効量の表２の薬剤のいずれか１つ以上を投与することによりＴｈ２−ｈｉｇｈ喘息を治療することと、
を含む、ヒト被験者において喘息およびＴｈ２−ｈｉｇｈ喘息を治療する方法が提供される。

限定されるものではないが表１および実施例に列挙されているものを含めて、ＳＮＰ含有核酸（本明細書では「喘息関連ＳＮＰ」または「Ｔｈ２−ｈｉｇｈ喘息関連ＳＮＰ」ともいう）は、本発明に従ってさまざまな目的に使用しうる。喘息関連ＳＮＰを含有するＤＮＡ、ＲＮＡ、またはそれらの断片は、喘息特異的マーカーの存在および／または発現を検出するためのプローブまたはプライマーとして使用しうる。かかるアッセイのためのプローブまたはプライマーとして喘息特異的マーカー核酸を利用しうる方法としては、限定されるものではないが、以下：（１）ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、（２）サザンハイブリダイゼーション（３）ノーザンハイブリダイゼーション、および（４）ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）やｑＰＣＲなどの分別増幅反応が挙げられる。

さらに、喘息関連ＳＮＰまたはそれによりコードされるタンパク質の検出アッセイは、いずれかのタイプの生物学的サンプル、たとえば、限定されるものではないが、体液（血液、痰、尿、血清、気管支洗浄液を含む）、いずれかのタイプの細胞（肺細胞、気道平滑筋細胞、白血球、単核細胞など）、または生体組織で行いうる。

Ｔｈ２ｈｉｇｈ表現型に関連付けられる喘息関連ＳＮＰ含有核酸、それを発現するベクター、喘息ＳＮＰ含有マーカータンパク質、および本発明の抗喘息特異的マーカー抗体は、生体組織、生体細胞、または体液で喘息関連ＳＮＰを検出するためにならびに喘息の発症に関与する遺伝子およびタンパク質の相互作用を評価する目的で喘息ＳＮＰ含有マーカータンパク質発現を改変するために使用可能であることが、以上の考察から分かる。

Ｔｈ２−ｈｉｇｈ喘息関連ＳＮＰのスクリーニングのためのほとんどの実施形態では、サンプル中に存在する他の配列と比較して鋳型の量を増加させるために、たとえば、ＰＣＲを用いて、サンプル中の喘息関連ＳＮＰ含有核酸を初期に増幅させるであろう。これにより、標的配列がサンプル中に存在する場合、高感度で検出することが可能になる。この初期工程は、当技術分野でますます重要になりつつある高感度アレイ技術を用いることにより回避しうる。

代替的に、新しい検出技術は、この制約を克服可能であり、１μｇ程度の少ない全ＲＮＡを含有する少量サンプルの解析を可能にする。伝統的な蛍光技術とは対照的な共鳴光散乱（ＲＬＳ）技術を用いた場合、ビオチン標識でハイブリダイズされた標的と抗ビオチン抗体とを用いて複数のリードにより少量のｍＲＮＡを検出可能である。ＰＣＲ増幅の他の代替法は、シグナル対ノイズ比を増加させるためにおよびバックグランド干渉を低減するために平面導波路技術（ＰＷＧ）を含む。両技術とも、Ｑｉａｇｅｎ Ｉｎｃ．（ＵＳＡ）から市販されている。

そのため、上述した技術のいずれかを用いてＴｈ２−ｈｉｇｈ喘息関連ＳＮＰマーカー発現を検出または定量しうるので、この経路を標的とする治療プロトコルが奏効する可能性が最も高い喘息患者を診断しうる。

上述した製品はいずれも、Ｔｈ２−ｈｉｇｈ喘息関連ＳＮＰ特異的マーカーポリヌクレオチドまたはＧｅｎｅ Ｃｈｉｐ上に固定された１つ以上のかかるマーカー、オリゴヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド、抗体、標識、マーカー、またはレポーター、薬学的に許容可能な担体、生理学的に許容可能な担体、使用説明書、容器、投与に供される管、アッセイ基質、またはそれらのいずれかの組合せを含有しうるキットに組込み可能性である。

喘息患者およびＴｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型を有する喘息患者の同定
本明細書の以上の情報は、喘息およびＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型の喘息を有する可能性を同定、診断、および予測するために臨床的に患者に適用可能であるので、かかる患者の治療介入方法を合理化する。診断組成物（マイクロアレイを含む）および方法は、Ｔｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型喘息の発症感受性を評価するために患者の核酸で本明細書に記載のＳＮＰを保有する核酸を同定するように設計可能である。このことは患者が病院に到着した後に行うることが可能である。すなわち、患者の血液を採取し、臨床医は、本明細書に記載の診断方法を用いて本明細書に記載のＳＮＰを検出可能である。評価前に任意選択的に増幅可能な患者サンプルから得られた情報は、Ｔｈ２ｈｉｇｈ喘息の発症感受性の増加または減少を伴う患者として診断するために使用されるであろう。本発明の診断方法を実施するためのキットもまた、本明細書に提供される。かかるキットは、本明細書に提供されるＳＮＰの少なくとも１つおよび以上に記載の患者サンプルを評価するのに必要な試薬を含むマイクロアレイを含む。

いくつかの実施形態では、
ａ）ヒト喘息患者から核酸を含む生物学的サンプルを得ることと、
ｂ）１）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２、２）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６、または３）ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８、から選択される単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の組合せを保有する核酸を前記サンプルで検出することにより、前記患者においてＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型を同定することと、
を含む、ヒト喘息患者においてＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型を同定する方法が包含される。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ６６７３６８７である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５６５である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５５４である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ８２３１１６である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４６である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４３である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６５３２１である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６７８９４である。

いくつかの実施形態では、喘息を診断する方法は、
ａ）ヒト喘息患者から核酸を含む生物学的サンプルを得ることと、
ｂ）１）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２、２）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６、または３）ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８、から選択される単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の組合せを保有する核酸を前記サンプルで検出することにより、かかる組合せが検出された場合、被験者が喘息およびＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型の喘息を有すると診断することと、
を含む、ヒト喘息患者をＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型の喘息を有すると診断する方法として提供される。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ６６７３６８７である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５６５である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５５４である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ８２３１１６である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４６である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４３である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６５３２１である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６７８９４である。

いくつかの実施形態では、診断を行うのではなく、ヒト生物学的サンプルから核酸を単離することと、サンプルと十分な長さおよび組成のプローブまたはプライマーとを接触させて、１）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２、２）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６、または３）ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８、から選択されるｓｎｐの組合せを検出することと、を含む、ヒト生物学的サンプルで単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の組合せを検出する方法が包含される。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ６６７３６８７である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５６５である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５５４である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ８２３１１６である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４６である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４３である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６５３２１である。いくつかの実施形態では、検出されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６７８９４である。

本明細書に記載の各同定方法および診断方法では、本方法は、ＣＲＴＨ２阻害剤を投与して喘息／Ｔｈ２ｈｉｇｈ喘息を治療することをさらに含みうる。ＣＲＴＨ２阻害剤は、いずれかの既知のＣＲＴＨ２阻害剤または表２から選択されるいずれか１つ以上でありうる。

喘息およびＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型喘息を治療する方法
喘息を有する個体およびＴｈ２ｈｉｇｈ分子喘息表現型を有する患者を治療して疾患の徴候または症状を軽減するために、以下の表２に開示される遺伝子を標的とする好適な薬剤を単独または組合せで投与して患者に治療効果を提供することが可能である。かかる薬剤は、喘息および／またはＴｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型喘息の少なくとも１つの症状を軽減するのに有効な用量で投与されるであろう。

最初に、以上に記載のように、患者から生物学的サンプルまたは遺伝子型決定情報を得る。次いで、サンプル中に存在する核酸から収集された遺伝子情報は、このタイプの喘息に関連付けられるＴｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型喘息ＳＮＰ含有核酸の存在または不在に関して評価されるであろう。Ｔｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型喘息の存在の指標となるリスク対立遺伝子ＳＮＰの存在は、罹患遺伝子の同時同定と共に、どの療法剤が適切かに関するガイダンスを臨床医に提供する。単一の全治療用量または複数の全治療用量（２つ以上の標的がモジュレートされる場合）は、単回用量として被験者に投与可能であるか、または分割治療プロトコルを用いて投与可能であり、この場合、複数／個別用量は、より長時間にわたり、たとえば、一日投与量の投与を可能にすべく一日にわたり、または所望の期間にわたり用量を投与すべくより長期間にわたり、投与される。被験者において有効用量を得るのに必要なＴｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型喘息剤の量が、被験者の年齢、体重、および健康状態、さらには投与経路および施される治療の回数をはじめとする多くの因子に依存することは、当業者であれば分かるであろう。これらの因子を考慮して、当業者は、Ｔｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型喘息を有する個体の治療に有効な用量を得るために特定の用量を調整するであろう。

Ｔｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型喘息、とくにその疾患のより重篤な形態に罹患している個体では、療法剤の投与は、たとえば、かかる疾患の従来の治療剤との組合せで投与した場合、とくに有用でありうる。当業者は、Ｔｈ２−ｈｉｇｈ分子表現型喘息療法剤、たとえば、Ｔｈ２炎症経路を標的とする薬剤、たとえば、ＣＲＴＨ２阻害剤、たとえば、表２に示される薬剤のいずれか１つ以上を単独でまたは表２にない喘息療法との組合せで投与して、ルーチンの方法、たとえば、肺機能決定および／または炎症機能決定、放射線学的アッセイ、免疫学的アッセイ、または必要があれば病理組織学的方法を用いてかかる治療の有効性をモニターするであろう。他の従来の喘息治療剤はステロイドを含むか、またはその疾患に潜む症状を軽減する他の薬剤の投与を含む。

医薬製剤の投与は、好ましくは、個体に十分に奏功する「有効量」で行われる。この量は、患者において喘息症状の予防、軽減、寛解、さもなければその重症度の低減を行う。

本発明のいくつかの実施形態では、表２に開示される医薬剤を組み合わせて用いる喘息の相乗的治療法が提供される。有利なことに、本発明の相乗的方法は、被験者において喘息の発症を低減するかまたは喘息の症状を低減する。

これらのほとんどの薬剤の安全かつ有効な投与方法は、当業者に公知である。そのほか、それらの投与は標準的文献に記載されている。

たとえば、多くの抗炎症剤の投与は、”Ｐｈｙｓｉｃｉａｎｓ’Ｄｅｓｋ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ”（ＰＤＲ），ｅ．ｇ．，１９９６ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｍｅｄｉｃａｌ Ｅｃｏｎｏｍｉｃｓ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｍｏｎｔｖａｌｅ，ＮＪ ０７６４５−１７４２，ＵＳＡ）（その開示はそれを参照することにより本明細書に組み込まれる）に記載されている。

本発明はまた、薬学的に許容可能な担体または希釈剤を用いてまたは用いずに、Ｔｈ２炎症経路を標的とする治療有効量の薬剤たとえばＣＲＴＨ２阻害剤、たとえば、表２の１つ以上の薬剤、または表２の薬剤と他の喘息療法剤との組合せを投与することを含む、喘息および／またはＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型喘息の治療に有用な医薬組成物を包含する。本発明の相乗的医薬組成物は、表２に列挙される２種以上の薬剤と薬学的に許容可能な担体とを含む。本発明の組成物は、１つ以上の薬学的に許容可能な追加成分、たとえば、ミョウバン、安定化剤、抗微生物剤、緩衝剤、着色剤、風味剤、佐剤などをさらに含みうる。本発明の抗喘息組成物は、静脈内、筋肉内、腹腔内、皮下、エアロゾル化、および外用の投与経路を含めて、経口的または非経口的に投与しうる。

特定の状況に対する適正投与量を決定することは、当該技術の範囲内にある。一般に、治療は、化合物の最適用量未満のより少ない投与量で開始される。その後、その状況下で最適効果に達するまで、投与量を少量ずつ増加させる。便宜上、１日当たりの全投与量を分割して所望によりその日に何回かに分けて投与しうる。間欠療法（たとえば、３週間のうち１週間は未処置または４週間のうち３週間は未処置）も使用しうる。

ある特定の患者は、表２に列挙された複数の抗喘息化合物で効果的に治療可能である。かかる組合せは、より大きな効力を提供可能である。かかる２種、３種、および４種の組合せで使用した場合、投与量は、既知のプロトコルに従って決定可能である。

本発明の組合せはまた、治療される病態に対して特定の有用性を有するとして選択される他の周知の療法剤と共投与しうる。代替的に、複数種を組み合わせた製剤が不適切な場合、本発明の組合せは、既知の薬学的に許容可能な薬剤と逐次的に使用しうる。

また、一般的には、列挙した化合物は、同一の医薬組成物で投与する必要はなく、異なる物理的特性および化学的特性が理由で、異なる経路で投与しなければならないこともある。たとえば、第１の化合物は、その良好な血中レベルを発生および維持するために経口投与してもよく、一方、第２の化合物は、静脈内投与してもよい。投与の形態および可能であれば同一医薬組成物での投与の妥当性の決定は、十分に熟練臨床医の知識の範囲内にある。初期投与は、当技術分野で公知の既定のプロトコルに従って実施可能であり、次いで、観測された効果に基づいて、熟練臨床医は、投与量、投与形態、および投与時期を変更可能である。

Ｔｈ２細胞上に発現される化学誘引剤レセプター相同分子（ＣＲＴＨ２）に対する多くのアンタゴニスト／阻害剤が記載されている。このたび、本発明は、表１Ａおよび１Ｂならびに実施例のＳＮＰバイオマーカーを有する被験者の治療に有用なものとしてこれらの薬剤を同定する。これらの薬剤は、単独または組合せで、本明細書に記載のバイオマーカーを有する患者において喘息の治療に使用可能である。表２に開示される薬剤はいずれも、本明細書に記載の方法および使用に使用可能である。

表２の化合物に関する追加情報は以下の通りである。
・ ＡＣＴ−４５３８５９、すなわち、２−（１，２，３，４−テトラヒドロ−９Ｈ−カルバゾール−９−イル酢酸誘導体）は、臨床開発段階にあるセチピプラントのフォローアップＣＲＴＨ２アンタゴニストである（Ｇｅｈｉｎ Ｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５５（７）：７８７−９７（２０１５）を参照されたい）。
・ ＡＣＴ−４６３０３６は、同様に評価されてきたＡＣＴ−４５３８５９の脱アルキル化代謝物である（Ｋｒａｕｓｅ Ａ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔ．５５（７）：８１３−２１（２０１６）を参照されたい）。
・ ＡＤＣ−３６８０は、アレルギー性鼻炎、喘息、および慢性閉塞性肺疾患の治療用として研究されている低分子経口治療用ＣＲＴＨ２アンタゴニストである（Ｆｉｔｚｇｅｒａｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ Ｊｏｕｒｎａｌ ４２：Ｐ３４０１（２０１３）を参照されたい）。
・ＡＤＣ−７４０５は、喘息治療用として研究されているＡＤＣ−３６８０のバックアップ化合物である。
・ＡＤＣ−９９７１は、アレルギー性鼻炎、喘息、および慢性閉塞性肺疾患の治療用として研究されているＡＤＣ−３６８０の他のバックアップ化合物である。
・ＡＭ−２１１は、喘息、慢性閉塞性肺疾患、および呼吸器疾患の治療用として研究されている低分子経口ＣＲＴＨ２アンタゴニストである（Ｂａｉｎ Ｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ．３３８（１）：２９０−３０１（２０１１）を参照されたい）。ＡＭ−２１１の構造は以下の通りである。
・ＡＭ−４６１は、気道アレルギーの治療用として研究されている低分子経口ＣＲＴＨ２アンタゴニストである（Ｎｏｒｍａｎ Ｐ Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｔｈｅｒ Ｐａｔ．２１（１２）：１９３１−６（２０１１）を参照されたい）。ＡＭ−４６１の構造は以下の通りである。
・ＡＭＧ−００９は、錠剤として製剤化可能な低分子経口ＣＲＴＨ２アンタゴニストである（Ｌｉｕ Ｊ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ Ｌｅｔｔ．１９（２２）：６４１９−２３（２００９）を参照されたい）。ＡＭＧ−００９の構造は以下の通りである。
・ＡＰ−７６８（ＡＰ−７６１、塩形）は、Ｎｏｒｍａｎ Ｐ Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｏｎ Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎａｌ Ｄｒｕｇｓ １９：８（２０１０）に記載の低分子ＣＲＴＨ２アンタゴニストである。ＡＰ−７７０もまたＣＲＴＨ２アンタゴニストである。
・ＡＲＲＹ−００５およびＡＲＲＹ−００６は、Ｎｏｒｍａｎ Ｐ．Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｉｎｖｅｓｔｉｇ Ｄｒｕｇｓ．２３（１）：５５−６６（２０１４）に記載のＣＲＴＨ２アンタゴニストである。
・ＡＲＲＹ−５０２は、Ｗｅｎｚｅｌ ＳＥ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ １３３：２，Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ，Ｐａｇｅ ＡＢ４（２０１４）に記載のＣＲＴＨ２アンタゴニストであり、以下の構造を有する。
・ＡＴＸ−２２８６はＣＲＴＨ２アンタゴニストである。
・ＡＴＸ−２４１７は、臨床試験ＮＣＴ０２３１６９１２で評価されてきた経口ＣＲＴＨ２アンタゴニストである。
・ＡＺＤ−１９８１は、喘息および慢性閉塞性肺疾患に対して臨床開発段階にある経口ＣＲＴＨ２アンタゴニストである（Ｓｃｈｍｉｄｔ ＪＡ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．１６８（７）：１６２６−３８（２０１３）およびＳｎｅｌｌ Ｎ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｓｐｉｒ Ｍｅｄ．１０７（１１）：１７２２−３０（２０１３）を参照されたい）。ＡＺＤ−１９８１の構造は以下の通りである。
・ＡＺＤ−５９８５は経口ＣＲＴＨ２アンタゴニストである。ＡＺＤ−５９８５の薬動学は臨床試験ＮＣＴ００７９９３３１で研究されてきた。ＡＺＤ−５９８５の構造は以下の通りである。
・ＡＺＤ−８０７５は経口ＣＲＴＨ２アンタゴニストである。ＡＺＤ−８０７５の薬動学は臨床試験ＮＣＴ００７８７０７２で研究されてきた。
・ＢＢＩ−５０００は経口ＣＲＴＨ２アンタゴニストである。ＢＢＩ−５０００の薬動学は臨床試験ＮＣＴ０２５９０２８９で研究されてきた。
・ＢＩ−１０２１９５８は、臨床試験ＮＣＴ０１６２９８４９で喘息患者において研究されてきた経口ＣＲＴＨ２アンタゴニストである。
・ＢＩ１０６０４６９は経口ＣＲＴＨ２アンタゴニストであり、その安全性、薬動学、および薬力学は臨床試験で評価されてきた（Ｂａｔｅｍａｎ Ｅ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ Ｊｏｕｒｎａｌ ４８：ＰＡ４１２５（２０１６）を参照されたい。
・ＢＩ−６７１８００は、喘息（Ｈａｌｌ ＩＰ ｅｔ ａｌ．，Ｐｕｌｍ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ．３２：３７−４４（２０１５）を参照されたい）および季節性アレルギー性鼻炎（Ｋｒｕｇ Ｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３３（２）：４１４−９（２０１４）を参照されたい）の患者において評価されてきた経口ＣＲＴＨ２アンタゴニストである。ＢＩ−６７１８００の構造は以下の通りである。
・チエノピロール酢酸は、アレルギー性喘息、アレルギー性鼻炎、および他の炎症性疾患の治療用ＣＲＴＨ２アンタゴニストとしてＡｂｂｏｔｔらにより研究されてきた（Ｂｏｎａｆｏｕｘ Ｄ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ Ｌｅｔｔ．１５；２１（６）：１８６１−４（２０１１）を参照されたい）。例示的な構造は以下の通りである。
・以下の構造の経口ＣＲＴＨ２アンタゴニストは、アレルギー治療剤としてＡｓｔｅｌｌａｓにより研究されてきた（Ｉｔｏ Ｓ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ Ｌｅｔｔ．２２（２）：１１９４−７（２０１２）を参照されたい）。
・ビアリール系のＣＲＴＨ２アンタゴニストは、炎症性疾患の治療剤としてＡｌｍｉｒａｌｌにより研究されてきた（Ａｌｏｎｓｏ ＪＡ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ Ｌｅｔｔ．２４（２１）：５１２７−３３（２０１４）を参照されたい）。例示的な構造は以下の通りである。
・イソキノリンＣＲＴＨ２アンタゴニストは、喘息、アレルギー性鼻炎、およびアトピー性皮膚炎の治療用ＣＲＴＨ２アンタゴニストとしてＴａｉｓｈｏにより研究されてきた（Ｎｉｓｈｉｋａｗａ−Ｓｈｉｍｏｎｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｐｈａｒｍ．Ｂｕｌｌ．６２（６）５２８−５３７（２０１４）を参照されたい。例示的な構造は以下の通りである。
・ＳＯＡ−００２は、喘息、過敏症、および炎症に対して研究されている抗ＣＲＴＨ２モノクローナル抗体である（ａｄｉｓｉｎｓｉｇｈｔ．ｓｐｒｉｎｇｅｒ．ｃｏｍ／ｄｒｕｇｓ／８０００１８１４６（２００８）を参照されたい）。
・３−インドリルスルタムは、選択的ＣＲＴＨ２アンタゴニストとしてＡｔｈｅｒｓｙｓにより研究されてきた（Ｔｕｍｅｙ ＬＮ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ Ｌｅｔｔ．２０（１１）：３２８７−９０（２０１０）を参照されたい）。代表的な構造は以下の通りである。
・７−アザインドール−３−酢酸誘導体は、ＣＲＴＨ２アンタゴニストとしてＮｏｖａｒｔｉｓにより研究されてきた。代表的な構造は以下の通りである。
・ＡＭ１５６およびＡＭ２０６は、炎症の動物モデルで研究されたＣＲＴＨ２アンタゴニストである（Ｓｔｅｂｂｉｎｓ ＫＪ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．６３８（１−３）：１４２−９ ２０１０）およびＳｔｅｂｂｉｎｓ ＫＪ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ．３３２（３）：７６４−７５（２０１０）を参照されたい）。ＡＭ１５６の構造は以下の通りである。
ＡＭ２０６の構造は以下の通りである。
・ＣＴ１３３は、アレルギー性の喘息および鼻炎の治療用としてＣＳＰＣ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｇｒｏｕｐにより研究されているＣＲＴＨ２アンタゴニストである（Ｇｕｏ Ｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏ １３５（２）：ＡＢ３（２０１５）を参照されたい）。
・ＣＲＴＨ２のフェノキシ酢酸レセプターアンタゴニストは、Ｍｅｒｃｋ Ｓｅｒｏｎｏにより研究されている（Ｃｒｏｓｉｇｎａｎｉ Ｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．５４（２０）：７２９９−７３１７（２０１１）を参照されたい）。代表的な構造は以下の通りである。
・フェビピプラント（ＱＡＷ−０３９）およびその誘導体は、喘息〜治療用のＣＲＴＨ２レセプターアンタゴニストとして研究されている（Ｌｕｕ ＶＴ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｌａｂｅｌｌｅｄ Ｃｏｍｐ Ｒａｄｉｏｐｈａｒｍ．５８（５）：１８８−９５（２０１５）およびＧｏｎｅｍ Ｓ ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ Ｒｅｓｐｉｒ Ｍｅｄ．４（９）：６９９−７０７（２０１６）を参照されたい）。フェビピプラントの構造は以下の通りである。
・ＩＷ−１２２１はピロール系ＣＲＴＨ２アンタゴニストである。この系の化合物としては、２−［３−シアノ−２，５−ジメチル−４−［（２−ピロリジン−１−イルスルホニルフェニル）メチル］ピロール−１−イル］酢酸が挙げられる。
・ＭＫ−７２４６の経口利用可能な誘導体ＭＫ−１０２９は、持続性喘息のＮＣＴ０２７２００８１臨床試験で研究されているＣＲＴＨ２アンタゴニストである（Ｎｏｒｍａｎ Ｐ．Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｉｎｖｅｓｔｉｇ Ｄｒｕｇｓ．２３（１）：５５−６６（２０１４）を参照されたい）。ＭＫ−７２４６（Ｇａｔｔａｎｔ ｅｔ ａｌ Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ Ｌｅｔｔ ２１：２８８−２９３（２０１１）およびＧｅｒｖａｉｓ ＦＧ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．７９（１）：６９−７６ （２０１１）を参照されたい）の構造は以下の通りである。
・ＫＢＰ−７０２６は、喘息および慢性閉塞性肺疾患の治療用として評価されている低分子ＣＲＴＨ２アンタゴニストである。
・ＮＶＰ−ＱＡＶ６８０は、アレルギー疾患モデルで研究されている経口利用可能なＣＲＴＨ２レセプターアンタゴニストである（Ｓａｎｄｈａｍ ＤＡ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ．２１（２１）：６５８２−９１（２０１３）およびＥｒｐｅｎｂｅｃｋ ＶＪ，Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ Ｊｏｕｒｎａｌ ４４：Ｐ４０７５（２０１４）を参照されたい）。ＮＶＰ−ＱＡＶ６８０の構造は以下の通りである。
・ラマトロバンアイソスターアナログは、ＣＲＴＨ２アンタゴニストとしてＡｔｈｅｒｓｙｓにより研究されている（Ｒｏｂａｒｇｅ ＭＪ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ＆Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｌｅｔｔｅｒｓ １５（６）：１７４９−１７５３（２００５）を参照されたい）。代表的な構造は以下の通りである。
・ＲＧ−７１８５は、以下の構造を有する低分子ＣＲＴＨ２アンタゴニストである（国際公開第２０１００５５００４号パンフレットを参照されたい）。
・ＳＡＲ３９８１７１は低分子ＣＲＴＨ２アンタゴニストである。
・セチピプラント（ＡＣＴ−１２９９６８、ＫＹＴＨ−１０５）は、薬動学の臨床試験（Ｓｉｄｈａｒｔａ ＰＮ ｅｔ ａｌ．，Ｆｕｎｄａｍ Ｃｌｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２８（６）：６９０−９（２０１４）を参照されたい）および喘息男性の治療（Ｄｉａｍａｎｔ Ｚ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ Ａｌｌｅｒｇｙ．４４（８）：１０４４−５２（２０１４）を参照されたい）で研究された経口利用可能な低分子ＣＲＴＨ２アンタゴニストである。セチピプラントの構造は以下の通りである。
・チマピプラント（ＯＣ−４５９、ＯＣ０００４５９）は、喘息の臨床試験で研究された経口利用可能な低分子ＣＲＴＨ２である（Ｐｅｔｔｉｐｈｅｒ Ｒ ｅｔ ａｌ．，Ａｌｌｅｒｇｙ ６９（９）：１２２３−３２（２０１４）およびＰｅｔｔｉｐｈｅｒ Ｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ．３４０（２）：４７３−８２（２０１２）を参照されたい）。チマピプラントの構造は以下の通りである。
・ＴＭ−３０５１０は、以下の構造を有する経口利用可能な低分子ＣＲＴＨ２アンタゴニスト（Ｇｒｉｍｓｔｒｕｐ Ｍ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ Ｌｅｔｔ．２０（５）：１６３８−４１（２０１０）を参照されたい）。
・ビズピプラント（ＡＭＧ−８５３）は、喘息の臨床試験で評価されている経口利用可能な低分子ＣＲＴＨ２アンタゴニストである（Ｌｉｕ Ｊ ｅｔ ａｌ．，ＡＣＳ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ Ｌｅｔｔ．２（５）：３２６−３０（２０１１）およびＢｕｓｓｅ ＷＷ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３１（２）：３３９−４５（２０１３）を参照されたい）。ビズピプラントの構造は以下の通りである。

いくつかの実施形態では、
ａ）ヒト被験者から核酸を含む生物学的サンプルを得ること、またはヒト被験者から遺伝子情報を得ることと、
ｂ）１）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２、２）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６、または３）ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８、から選択される単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の組合せを保有する核酸の存在または不在を、前記サンプルで検出すること、または前記遺伝子情報で同定することと、
ｃ）組合せが検出された場合、Ｔｈ２炎症経路を標的とする薬剤を投与することと、
を含む、喘息を治療する方法が包含される。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ６６７３６８７である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５６５である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５５４である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ８２３１１６である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４６である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４３である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６５３２１である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６７８９４である。いくつかの実施形態では、Ｔｈ２炎症経路を標的とする薬剤はＣＲＴＨ２阻害剤である。いくつかの実施形態では、ＣＲＴＨ２阻害剤は表２の薬剤の１つ以上である。

いくつかの実施形態では、以下：
１）ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上、または
２）ＳＮＰ：のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８、
ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４、
を有する被験者に表２の薬剤のいずれか１つ以上を投与することを含む、喘息を治療する方法が包含される。

いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ６６７３６８７である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５６５である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５５４である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ８２３１１６である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４６である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４３である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６５３２１である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６７８９４である。いくつかの実施形態では、薬剤はＡＰ７６８またはＡＰ７７０である。

いくつかの実施形態では、以下：
１）ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上、または
２）ＳＮＰ：ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８、
を有する被験者にＴｈ２炎症経路を標的とする薬剤、たとえば、表２のＣＲＴＨ２阻害剤のいずれか１つ以上を投与することを含む、Ｔｈ２ｈｉｇｈ分子表現型を有する喘息患者を治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ６６７３６８７である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５６５である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５５４である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ８２３１１６である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４６である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４３である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６５３２１である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６７８９４である。いくつかの実施形態では、薬剤はＡＰ７６８またはＡＰ７７０である。

いくつかの実施形態では、
ａ）ヒト被験者から核酸を含む生物学的サンプルを得ること、または被験者に関する遺伝子情報を得ることと、
ｂ）被験者が以下：
ｉ）ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上、または
ｉｉ）ＳＮＰ：ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８、
を有するかを、サンプルで検出すること、または遺伝子情報から決定することと、
ｃ）被験者がパートｉ）またはｉｉ）を充足するものと決定された場合、被験者にＴｈ２炎症経路を標的とする有効量の薬剤、たとえば、表２の薬剤のいずれか１つ以上を投与することにより喘息を治療することと、
を含む、ヒト被験者において喘息を治療するおよび／またはＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型喘息を治療する方法が包含される。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ６６７３６８７である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５６５である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５５４である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ８２３１１６である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４６である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４３である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６５３２１である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６７８９４である。いくつかの実施形態では、薬剤はＡＰ７６８またはＡＰ７７０である。

いくつかの実施形態では、以下：１）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２、２）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６、または３）ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８、から選択されるｓｎｐの組合せを有する被験者にＴｈ２炎症経路を標的とする薬剤、たとえば、表２の１つ以上の薬剤を投与することを含む、喘息を治療する方法が包含される。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ６６７３６８７である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５６５である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１１２４０５５４である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ８２３１１６である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４６である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１７７５１４３である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６５３２１である。いくつかの実施形態では、検出または同定されるｓｎｐの組合せはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ１２５６７８９４である。いくつかの実施形態では、薬剤はＡＰ７６８またはＡＰ７７０である。

以下の実施例は、本発明のある特定の実施形態を例示するために提供される。それらは、なんら本発明を限定することを意図したものではない。

実施例Ｉ
ＤＥＮＮ１Ｂ変異体とＰＭ２０Ｄ１変異体との上位相互作用はＴｈ２経路療法剤の標的となりうるＴｈ２−ｈｉｇｈ喘息患者のサブセットを規定する
我々は、ＤＥＮＮＤ１Ｂ遺伝子の変異体と重症喘息との関連をすでに報告した（３）。ＤＥＮＮＤ１Ｂは、Ｔｈ２細胞の表面Ｔ細胞レセプター（ＴＣＲ）のダウンレギュレーションで中心的な役割を果たし、レギュレーション不全になると、シグナリングの長期化、Ｔｈ２エフェクター機能の亢進、ひいてはアレルギー性の喘息を引き起こすことが最近示されている（４）。重要なこととして、その研究では、我々が報告した喘息関連変異体がマウスにおいて工学操作された機能喪失対立遺伝子と同様に機能することも示されたことから（４）、これらの変異体の直接的な機能的役割が示唆される。これらのうち最も有意なのは、多型部位が括弧内に示された配列番号１の配列を有するｒｓ２７８６０９８であり、これについては我々はすでに公開した（３）。

このたび、変異体とＴｈ２機能との間で直接的な機能的関連が確立されたので、変異体遺伝子型をＴｈ２状態の代わりに使用可能であった。しかしながら、識別をさらに向上させるために、我々は、遺伝子型が決定されたすべての他の変異体に対して最も有意なＤＥＮＮＤ１Ｂ変異体ｒｓ２７８６０９８の（上位）相互作用解析を行い、その変異体がゲノム中のいずれか他のものと相互作用してＴｈ２駆動喘息の発症リスクを増加させるかを決定した。染色体１ｑ３２．１上の遺伝子座の複数の変異体との有意な相互作用が観測され（表１）、そのうち最も優位であったのは配列番号２の配列を有するｒｓ２０１４２０２であり、相互作用Ｐ値は３．３２×１０^-3、相互作用オッズ比は１．４３であった。これらの変異体がヒト疾患に関与することは、これまで報告されていない。変異体はすべて、全血においてＰＭ２０Ｄ１遺伝子のきわめて有意な発現量的形質遺伝子座（ｅＱＴＬ）であり、さらに、我々は、それらがＰＭ２０Ｄ１のメチル化パターンと非常に有意に相関することを示す（ｐ値７．５×１０^-27）（図１）。ＰＭ２０Ｄ１の示差的メチル化は喘息に関連付けられた。ＰＭ２０Ｄ１遺伝子のメチル化の低減は、吸入コルチコステロイド治療により喘息の母親から生まれた乳児で報告されており（５）、ＰＭ２０Ｄ１の示差的メチル化は、呼吸性アレルギー個体の唾液および血液でも報告されている（６）。ＰＭ２０Ｄ１は、一群のＮ−脂質化アミノ酸の生合成において機能することが最近報告された分泌酵素をコードする（７）。しかしながら、機能的には、シンターゼ酵素クラスがこれまで喘息に関連付けられたので、ＰＭ２０Ｄ１は研究段階のままである。Ｔｈ２によりレギュレートされる誘導型一酸化窒素シンターゼ（ｉＮＯＳ）酵素は、喘息患者により多く存在することが示されており、その産物の呼気一酸化窒素（ＦｅＮＯ）は、Ｔｈ２状態のバイオマーカーとして提案されている（１）。

健常志願者由来の拡大Ｔ細胞セットでリードＤＥＮＮＤ１Ｂ ＳＮＰ（ｒｓ２７８６０９８）を評価するために、さらなる実験を実施した。図２Ａは、１１日間にわたるＰＢＭＣからの拡大Ｔ細胞の拡大および分化を実証する。図２Ｂは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を用いたリードＳＮＰの切除を実証する。図２Ｃは、ｒｓ２７８６０９８の存在下（ベースライン左側パネル）および不在下（右側ライトグレーパネル）におけるＧＦＲタグを用いたＤＥＮＮＤ１ｂの発現を示す（中間パネルはネガティブベクター）。実験をトリプリケートで実施したところ、ｒｓ２７８６０９８の不在下では発現が一貫して１２〜１５％低かったことから、ＳＮＰはＤＥＮＮＤ１Ｂの発現をレギュレートすることが実証される。

図３は、ＤＥＮＮＤ１Ｂノックアウトの存在下および不在下ならびにＣＲＩＳＰＲを用いたリードＤＥＮＮＤ１Ｂ ＳＮＰ（ｒｓ２７８６０９８）の切除後におけるＴＨ２サイトカイン発現に及ぼす影響を示す。すでに記載したようにＴ細胞分化を実施した（図３Ａ）。ＤＥＮＮＤ１Ｂ ＫＯ後およびＣＲＩＳＰＲを用いたｒｓ２７８６０９８の切除後にＩＬ１３およびＩＬ４の発現が増加することから、ＤＥＮＮＤ１ＢはＴＨ２サイトカインの発現をレギュレートし、かつ発現レギュレーションはｒｓ２７８６０９８の作用に主に起因することが示唆される（図３Ｂ）。

以上で考察したように、ＣＲＴＨ２は、ＴＨ２サイトカインの発現および作用の主要なレギュレーターである。我々は、ＣＲＴＨ２の発現および作用に及ぼすＳＮＰ（ｒｓ２７８６０９８）の影響を決定するためにＣＲＴＨ２アッセイを開発した。次のプロトコルを用いてＣＲＴＨ２アッセイを開発した。ＰＢＭＣを解凍し、１５ｍｌコニカルチューブ内の１０ｍｌのＲＰＭＩ＋２０％ＦＢＳ中に配置した。チューブを耐密に密閉し、インキュベーター中のロッカー上に一晩配置した。翌日、生細胞数を得た。Ｈｕｍａｎ Ｔ−Ｅｘｐａｎｄｅｒ ＣＤ３／ＣＤ２８ Ｄｙｎａｂｅａｄを用いて、ＣＤ３＋細胞を静置ＰＢＭＣから単離した。これらの磁気ビーズを用いてＰＢＭＣ混合物からＣＤ３＋／ＣＤ２８＋Ｔ細胞を精製し、次いで、細胞培養物中に残して刺激および共刺激を行うことによりＴ細胞の拡大を誘導した。精製されたＴ細胞をＩＬ−２、ＩＬ−４、抗ＩＦＮγ、および抗ＩＬ−１２の存在下でビーズと共に培養した。ＩＬ−２は増殖刺激を提供し、一方、ＩＬ−４、抗ＩＦＮγ、および抗ＩＬ−１２は、ＴＨ２スキューイング条件を提供する。細胞を培養し、必要に応じて培養体積を１０日間増加させ、その時点で、５００，０００細胞／ウェルにおいて指定の刺激で８時間刺激した。細胞ペレットを採取し、ＲＮＡを抽出した。遺伝子発現をｑＰＣＲにより決定した。

図４は、ＣＤ３／ＣＤ２８刺激の存在下または不在下で健常ヒト志願者のＴ細胞を漸増濃度のＰＧＤ２（ＣＲＴＨ２レセプターに対するリガンド）で刺激した後の結果を示すグラフである。ＩＬ−１３産生にＣＤ３／ＣＤ２８刺激を必要としたが、ＰＤＧ２の存在下では追加のＩＬ−１３が産生された。図５Ａは、ＣＤ３／ＣＤ２８刺激の存在下または不在下で３００ｎＭ ＰＧＤ２で刺激した健常ヒト志願者のＴ細胞を示すグラフである。漸増濃度のＣＲＴＨ２阻害剤ＡＰ７６８の存在下で刺激を行った。ＩＬ−１３産生の阻害が観測されたことから、ＩＬ−１３産生はＣＲＴＨ２レセプターにより媒介され、かつ漸増濃度の阻害剤で阻害されることが示唆される。図５Ｂは、図４および５Ａに示されるｑＰＣＲ結果のさらなる詳細を提供する。

図６は、拡大Ｔ細胞上のＣＤ４の表面染色を示す。１０日間の拡大後、細胞は基本的にすべてＣＤ３＋である。示されるように、ＰＭ２０Ｄ１ ＳＮＰのヘテロ接合体（リスク対立遺伝子Ａ）はホモ接合体ＷＴ（ＧＧ遺伝子型）よりも多くのＣＤ４＋細胞を有する。ｒｓ２０１４２０２のＡ対立遺伝子は、我々のデータセットではＰＭ２０Ｄ１遺伝子座のメチル化の減少に関連付けられた。ＰＭ２０Ｄ１のメチル化の減少は、喘息の母親から生まれた子供の乳児アトピーに関連付けられた（ＰＭＩＤ：２４１６６８８９）。この場合、Ａ対立遺伝子は、拡大Ｔ細胞集団のより多くのＣＤ４＋細胞に関連付けられる。ＤＥＮＮＤ１Ｂ ＳＮＰ（ｒｓ２７８６０９８）のリスク対立遺伝子（対立遺伝子Ｇ）は、ＣＤ４＋細胞数をさらに増加させ、このことはＰＭ２０Ｄ１遺伝子にリスク対立遺伝子（対立遺伝子Ａ）を有する被験者でより顕著である。

図７は、診断で喘息が確認された被験者の拡大Ｔ細胞におけるＣＲＴＨ２染色の結果を示す（ｘ軸上にＣＤ３、ｙ軸上にＣＲＴＨ２）。ＤＥＮＮＤ１Ｂ ＳＮＰの感受性対立遺伝子のホモ接合体は、野生型対立遺伝子のホモ接合体よりも多くのＣＲＴＨ２＋細胞を有する。ＤＥＮＮＤ１Ｂ ＳＮＰの感受性対立遺伝子のホモ接合体は耐性対立遺伝子のホモ接合体よりも多くのＣＲＴＨ２＋細胞を有する。

以上のデータは、ｒｓ２０１４２０２を単独で用いてＴＨ２ｈｉｇｈ分子表現型喘息のリスク増加を予測可能であることを示す。以上のデータはまた、ｒｓ７５２２０５６を単独で用いてＴＨ２ｈｉｇｈ分子表現型喘息のリスク増加を予測可能であることを示す。さらに、集団の約２２％が有するｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２またはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６のリスク遺伝子型を組合せでバイオマーカーとして使用することにより、喘息患者を遺伝子的に「Ｔｈ２−ｈｉｇｈ」層に層別化し、ＰＧＤ２、ＰＴＧＤＲ、およびＣＲＴＨ２、さらにはＴＳＬＰおよびＤＥＮＮＤ１Ｂ（これらはすべて喘息治療で臨床的意義がある）を含むＴｈ２経路を標的とする新規療法剤に対する反応を予測可能であることが、データから示される。

我々はまた、ＦＡＣＳ染色に合致してＣＲＴＨ２発現がＤＥＮＮＤ１Ｂ ＧＧ遺伝子型を有するＴ細胞でより高いことを実証する。ＣＲＴＨ２ ｍＲＮＡは、ＣＤ３刺激後にダウンレギュレートされる。我々はまた、ＡＰ７６８がＣＤ３／ＣＤ２８ダウンモジュレーションの誘導を介してＣＲＴＨ２をダウンレギュレートするのに有効であることを示す。まとめると、本明細書に記載のＤＥＮＮＤ１Ｂ／ＰＭ２０Ｄ１のリスク対立遺伝子は、ＴＨ２サイトカインの発現レベルおよびＣＲＴＨ２＋細胞の数の上昇の存在から示唆されるＣＲＴＨ２の発現および作用の増強を呈するＴ細胞を有する被験者を同定するためのバイオマーカーとして使用可能であることが、これらのデータから実証される。ＣＲＴＨ２阻害剤ＡＰ７６８は、Ｔｈ２サイトカインの発現および作用のアップレギュレーションをブロックするので、これらのリスク対立遺伝子を有する被験者において、たとえば、Ｔｈ２−ｈｉｇｈ表現型の喘息を有する患者において、喘息を治療する効力を有するはずであることが、データから明らかにされる。

参照文献
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４． Ｙａｎｇ ＣＷ，Ｈｏｊｅｒ ＣＤ，Ｚｈｏｕ Ｍ，Ｗｕ Ｘ，Ｗｕｓｔｅｒ Ａ，Ｌｅｅ ＷＰ，Ｙａｓｐａｎ ＢＬ，Ｃｈａｎ ＡＣ．Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｔ Ｃｅｌｌ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ｂｙ ＤＥＮＮＤ１Ｂ ｉｎ ＴＨ２ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ａｌｌｅｒｇｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅ．Ｃｅｌｌ．２０１６；１６４（１−２）：１４１−５５．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０１５．１１．０５２．ＰｕｂＭｅｄ ＰＭＩＤ：２６７７４８２２。
５． Ｇｕｎａｗａｒｄｈａｎａ ＬＰ，Ｂａｉｎｅｓ ＫＪ，Ｍａｔｔｅｓ Ｊ，Ｍｕｒｐｈｙ ＶＥ，Ｓｉｍｐｓｏｎ ＪＬ，Ｇｉｂｓｏｎ ＰＧ．Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ＤＮＡ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｏｆ ｉｎｆａｎｔｓ ｅｘｐｏｓｅｄ ｔｏ ｍａｔｅｒｎａｌ ａｓｔｈｍａ ｄｕｒｉｎｇ ｐｒｅｇｎａｎｃｙ．Ｐｅｄｉａｔｒ Ｐｕｌｍｏｎｏｌ．２０１４；４９（９）：８５２−６２．ｄｏｉ：１０．１００２／ｐｐｕｌ．２２９３０．ＰｕｂＭｅｄ ＰＭＩＤ：２４１６６８８９。
６． Ｌａｎｇｉｅ ＳＡ，Ｓｚａｒｃ Ｖｅｌ Ｓｚｉｃ Ｋ，Ｄｅｃｌｅｒｃｋ Ｋ，Ｔｒａｅｎ Ｓ，Ｋｏｐｐｅｎ Ｇ，Ｖａｎ Ｃａｍｐ Ｇ，Ｓｃｈｏｅｔｅｒｓ Ｇ，Ｖａｎｄｅｎ Ｂｅｒｇｈｅ Ｗ，Ｄｅ Ｂｏｅｖｅｒ Ｐ．Ｗｈｏｌｅ−Ｇｅｎｏｍｅ Ｓａｌｉｖａ ａｎｄ Ｂｌｏｏｄ ＤＮＡ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｉｎ Ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ ｗｉｔｈ ａ Ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ Ａｌｌｅｒｇｙ．ＰＬｏＳ Ｏｎｅ．２０１６；１１（３）：ｅ０１５１１０９．ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．０１５１１０９．ＰｕｂＭｅｄ ＰＭＩＤ：２６９９９３６４；ＰＭＣＩＤ：ＰＭＣ４８０１３５８。
７． Ｌｏｎｇ ＪＺ，Ｓｖｅｎｓｓｏｎ ＫＪ，Ｂａｔｅｍａｎ ＬＡ，Ｌｉｎ Ｈ，Ｋａｍｅｎｅｃｋａ Ｔ，Ｌｏｋｕｒｋａｒ ＩＡ，Ｌｏｕ Ｊ，Ｒａｏ ＲＲ，Ｃｈａｎｇ ＭＲ，Ｊｅｄｒｙｃｈｏｗｓｋｉ ＭＰ，Ｐａｕｌｏ ＪＡ，Ｇｙｇｉ ＳＰ，Ｇｒｉｆｆｉｎ ＰＲ，Ｎｏｍｕｒａ ＤＫ，Ｓｐｉｅｇｅｌｍａｎ ＢＭ．Ｔｈｅ Ｓｅｃｒｅｔｅｄ Ｅｎｚｙｍｅ ＰＭ２０Ｄ１ Ｒｅｇｕｌａｔｅｓ Ｌｉｐｉｄａｔｅｄ Ａｍｉｎｏ Ａｃｉｄ Ｕｎｃｏｕｐｌｅｒｓ ｏｆ Ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ．Ｃｅｌｌ．２０１６；１６６（２）：４２４−３５．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０１６．０５．０７１．ＰｕｂＭｅｄ ＰＭＩＤ：２７３７４３３０；ＰＭＣＩＤ：ＰＭＣ４９４７００８。
８． Ｒｏｍａｇｎａｎｉ Ｓ．Ｔｈ１／Ｔｈ２ ｃｅｌｌｓ Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ．１９９９ Ｎｏｖ；５（４）：２８５−９４。

本発明の好ましい実施形態のいくつかを以上に記載して具体的に例示してきたが、本発明は、かかる実施形態に限定することが意図されるものではない。以下の請求項に明記される本発明の範囲および趣旨から逸脱することなく、各種変更を加えうる。

Claims (23)

1. ヒト喘息患者においてＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型を同定する方法であって、
   ａ）ヒト喘息患者から核酸を含む生物学的サンプルを得ることと、
   ｂ）前記サンプルで、１）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２または２）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６から選択される単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の組合せを保有する核酸を検出することにより、前記患者においてＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型を同定することと、
   を含む、方法。
2. ヒト生物学的サンプルにおいて単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の組合せを検出する方法であって、ヒト生物学的サンプルから核酸を単離することと、前記サンプルと十分な長さおよび組成のプローブまたはプライマとを接触させて１）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２または２）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６から選択されるｓｎｐの組合せを検出することと、を含む、方法。
3. ヒト喘息患者をＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型の喘息を有すると診断する方法であって、
   ａ）ヒト喘息患者から核酸を含む生物学的サンプルを得ることと、
   ｂ）前記サンプルで、１）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２または２）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６から選択される単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の組合せを保有する核酸を検出することであって、どちらかの組合せが検出された場合、前記被験者がＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型の喘息を有すると診断される、検出することと、
   を含む、方法。
4. ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４から選択されるｒｓ番号を有する単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を保有する１つ以上の核酸を検出することをさらに含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
5. 被験者を喘息を有すると診断する方法であって、
   ａ）前記患者から核酸を含む生物学的サンプルを得ることと、
   ｂ）前記サンプルで、ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）のうちのいずれか１つ以上のＳＮＰを保有する核酸を検出することにより、前記患者において喘息を診断することと、
   を含む、方法。
6. 被験者を喘息を有すると診断する方法であって、
   ａ）前記患者から核酸を含む生物学的サンプルを得て、または被験者の核酸の検査から導かれる情報を解析して、以下：
   ｉ）ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上、および
   ｉｉ）ｒｓ２７８６０９８
   の存在または不在を決定することを含み、
   存在により前記患者が喘息を有することが示唆される、方法。
7. Ｔｈ２炎症経路を標的とする薬剤、たとえばＣＲＴＨ２阻害剤、たとえば、表２の薬剤のいずれか１つ以上を投与することをさらに含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
8. 喘息を有すると同定された前記患者がＴｈ２−ｈｉｇｈ喘息を有する、請求項５〜７のいずれか一項に記載の方法。
9. 前記ＳＮＰが、特異的ハイブリダイゼーション検出、対立遺伝子サイズ測定、制限断片長多型解析、対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション解析、単一塩基プライマー伸長反応、および増幅ポリヌクレオチドシーケンシングから選択される方法を実施することにより検出される、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
10. 前記標的核酸が検出前に増幅される、請求項９に記載の方法。
11. 前記多型を含む核酸が、ヒト被験者から単離された細胞から得られる、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
12. 喘息を治療する方法であって、
    ａ）ヒト被験者から核酸を含む生物学的サンプルを得ること、またはヒト被験者から遺伝子情報を得ることと、
    ｂ）１）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２または２）ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６から選択される単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の組合せを保有する核酸の存在または不在を、前記サンプルで検出すること、または前記遺伝子情報で同定することと、
    ｃ）どちらかの組合せが検出された場合、Ｔｈ２炎症経路を標的とする薬剤を投与することと、
    を含む、方法。
13. ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４から選択されるｒｓ番号を有する単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を保有する１つ以上の核酸の検出をさらに含む、請求項１２に記載の方法。
14. 前記薬剤が、前記Ｔｈ２炎症経路を標的とするもの、たとえばＣＲＴＨ２阻害剤、たとえば、表２の薬剤のいずれか１つ以上である、請求項１２または１３に記載の方法。
15. 喘息を治療する方法であって、
    以下：
    ３）ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上、または
    ４）ＳＮＰ：ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８、
    を有する被験者に表２の薬剤のいずれかを投与することを含む、方法。
16. Ｔｈ２ｈｉｇｈ分子表現型を有する喘息患者を治療する方法であって、
    以下：
    １）ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上、または
    ２）ＳＮＰ：ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８、
    を有する被験者にＴｈ２炎症経路を標的とする薬剤、たとえば、表２のＣＲＴＨ２阻害剤のいずれかを投与することを含む、方法。
17. ヒト被験者において喘息を治療するおよび／またはＴｈ２ｈｉｇｈ分子表現型喘息を治療する方法であって、
    ａ）ヒト被験者から核酸を含む生物学的サンプルを得ること、または前記被験者に関する遺伝子情報を得ることと、
    ｂ）前記被験者が以下：
    ｉ）ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のＳＮＰのうちのいずれか１つ以上、または
    ｉｉ）ＳＮＰ：ｒｓ２０１４２０２、ｒｓ７５２２０５６、ｒｓ６６７３６８７、ｒｓ１１２４０５６５、ｒｓ１１２４０５５４、ｒｓ８２３１１６、ｒｓ１７７５１４６、ｒｓ１７７５１４３、ｒｓ１２５６５３２１、およびｒｓ１２５６７８９４のいずれか１つ以上と共にｒｓ２７８６０９８、
    を有するかを、前記サンプルで検出すること、または前記遺伝子情報から決定することと、
    ｃ）前記被験者がパートｉ）またはｉｉ）を充足するものと決定された場合、前記被験者にＴｈ２炎症経路を標的とする有効量の薬剤、たとえば、表２の薬剤のいずれか１つ以上を投与することにより喘息を治療することと、
    を含む、方法。
18. 前記被験者がＴｈ２−ｈｉｇｈ喘息を有する、請求項１５または１７に記載の方法。
19. 前記薬剤がＡＰ７６８またはＡＰ７７０である、請求項７、８、または１４〜１８のいずれか一項に記載の方法。
20. ヒト被験者において喘息を治療する方法であって、ｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２またはｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６のｓｎｐを有する被験者にＴｈ２炎症経路を標的とする薬剤、たとえば、表２の１つ以上の薬剤を投与することを含む、方法。
21. 前記薬剤はＡＰ７６８またはＡＰ７７０である、請求項２０に記載の方法。
22. 前記被験者がｒｓ２７８６０９８およびｒｓ２０１４２０２のｓｎｐを有するとともに、前記リスク対立遺伝子が検出される、請求項２０または２１に記載の方法。
23. 前記被験者がｒｓ２７８６０９８およびｒｓ７５２２０５６のｓｎｐを有し、かつ前記リスク対立遺伝子が検出される、請求項２０または２１に記載の方法。