JP2017023138A - 糖ヌクレオチド合成触媒組成物 - Google Patents

糖ヌクレオチド合成触媒組成物 Download PDF

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【課題】糖ヌクレオチドの合成において、使用する酵素の種類を減らすことができる糖ヌクレオチド合成触媒組成物を提供することにある。更に詳しくは、ATPの再生活性と、糖ヌクレオチドの合成に対する活性を有する糖ヌクレオチド合成触媒組成物を提供することにある。【解決手段】下記反応(a)及び反応(b)を含む糖ヌクレオチド合成方法に用いる糖ヌクレオチド合成触媒組成物であって、所定のアミノ酸配列を含むタンパク質、前記タンパク質をコードする核酸を含む組換えベクターが導入された宿主の形質転換体、又は所定の塩基配列を遺伝子に有する細胞のいずれか少なくとも1つを含有する糖ヌクレオチド合成触媒組成物。(a)糖リン酸とUTPから、糖残基が単糖由来であるUDP−糖を合成する反応(b)AMPとUTPからATPを合成する反応、又はADPとUTPからATPを合成する反応【選択図】なし

Description

本発明は、糖ヌクレオチド合成触媒組成物に関する。より詳しくはATPの再生活性及び糖転移活性を有する糖ヌクレオチド合成触媒組成物に関する。
糖ヌクレオチド合成触媒組成物として、1)化学触媒(非特許文献1)、2)酵素(特許文献1)、3)酵母等の微生物乾燥菌体(特許文献2)等が知られている。
1)の場合、原料としてヌクレオシド一リン酸(以下、NMPと略記)の誘導体や糖リン酸等が必要であり、2)の場合、原料としてヌクレオシド三リン酸(以下、NTPと略記)、ホスホエノールピルビン酸、糖リン酸等やピルビン酸キナーゼ等の多数の酵素が必要であり、3)の場合、菌体の乾燥工程等が必要である。上記いずれの場合においても、原料として高価なヌクレオチドや糖リン酸等が必要であるという課題又は大量生産が困難な工程が必要であるため、糖ヌクレオチドを効率的に合成できていないという課題がある。
2)の場合、ATPの再生反応と組み合わせることで、安価な単糖から糖リン酸を合成し(非特許文献2)、合成した糖リン酸から糖ヌクレオチドを合成することで高価な原料であるATPを再生して糖ヌクレオチドを合成する方法が知られている。しかし、ATPの再生反応、糖リン酸の合成及び糖ヌクレオチドの合成のそれぞれにおいて、アデニル酸キナーゼやポリリン酸キナーゼ等の複数の酵素が必要であり、使用する酵素の種類を減らすことが出来る方法が望まれていた。
BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN,1973,Vol.46,No.10,p.3275−3277 APPLIED AND ENVIROMENTAL MICROBIOLOGY,2000,Vol.66,No.5,p2045−2051 特表平7−508413号公報 特公昭45−2073号公報
本発明の目的は、糖ヌクレオチドの合成において、使用する酵素の種類を減らすことができる糖ヌクレオチド合成触媒組成物を提供することにある。更に詳しくは、ATPの再生活性と、糖ヌクレオチドの合成に対する活性を有する糖ヌクレオチド合成触媒組成物を提供することにある。
本発明者は、鋭意研究を重ねてきた結果、本発明に到達した。即ち、本発明は、下記反応(a)及び反応(b)を含む糖ヌクレオチド合成方法に用いる糖ヌクレオチド合成触媒組成物であって、下記(i)、(ii)及び/又は(iii)を満たす糖ヌクレオチド合成触媒組成物である。
(a)糖リン酸とウリジン三リン酸(以下、UTPと略記)から、糖残基が単糖由来であるウリジン二リン酸(以下、UDPと略記)−糖を合成する反応
(b)アデノシン一リン酸(以下、AMPと略記)とUTPからアデノシン三リン酸(以下、ATPと略記)を合成する反応、又はアデノシン二リン酸(以下、ADPと略記)とUTPからATPを合成する反応
(i)糖ヌクレオチド合成触媒組成物が、配列番号1に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質(c1)及び/又は配列番号1に示されるアミノ酸配列との相同性が70%以上100%未満であるアミノ酸配列を含むタンパク質(c2)を含有する。
(ii)糖ヌクレオチド合成触媒組成物が、前記タンパク質(c1)又は前記タンパク質(c2)をコードする核酸(d)を含む組換えベクター(e)が導入された、動物細胞、植物細胞又は微生物の形質転換体(f)を含有する。
(iii)糖ヌクレオチド合成触媒組成物が、前記核酸(d)の塩基配列を遺伝子に有する細胞(g)を含有する。
本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物は、ATPの再生活性を有し、かつ糖ヌクレオチドの合成において糖転移活性を有することで効率的に糖ヌクレオチドを合成できるという効果を奏する。
なお、本発明において、「効率的に糖ヌクレオチドを合成できる」とは、ひとつの酵素でATPの再生及び糖ヌクレオチドの合成を同時に行うことを意味する。
本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物は、下記反応(a)及び反応(b)を含む糖ヌクレオチド合成方法に用いる糖ヌクレオチド合成触媒組成物である。
(a)糖リン酸とウリジン三リン酸(以下、UTPと略記)から、糖残基が単糖由来であるウリジン二リン酸(以下、UDPと略記)−糖を合成する反応
(b)アデノシン一リン酸(以下、AMPと略記)とUTPからアデノシン三リン酸(以下、ATPと略記)を合成する反応、又はアデノシン二リン酸(以下、ADPと略記)とUTPからATPを合成する反応
反応(a)において糖残基の由来となる単糖としては、合成効率の観点から好ましいのは、N−アセチルヘキソサミン等が挙げられる。
N−アセチルヘキソサミンとしては、ヘキソースが有するヒドロキシル基のうち1つがアミノ基に置換されたヘキソサミンのアミノ基がアセチル化されたものが含まれ、具体的には、N−アセチルグルコサミン、N−アセチルガラクトサミン及びN−アセチルマンノサミン等が挙げられる。
反応(a)において用いる糖リン酸としては、合成効率の観点から好ましいのは、N−アセチルヘキソサミン−1−リン酸等が挙げられる。
N−アセチルヘキソサミン−1−リン酸としては、ヘキソースが有するヒドロキシル基のうち1つがアミノ基に置換されたヘキソサミンのアミノ基がアセチル化されたものが含まれ、具体的には、N−アセチルグルコサミン−1−リン酸、N−アセチルガラクトサミン−1−リン酸及びN−アセチルマンノサミン−1−リン酸等が挙げられる。
反応(a)において用いる糖リン酸は、下記の反応(b)において合成されたATP及び単糖から合成された糖リン酸であることが好ましい。すなわち、反応(a)は、反応(b)において合成されたATP及び単糖から合成された糖リン酸と、UTPから、UDP−糖を合成する反応であることが好ましい。
反応(b)は、前述の通り、AMPとUTPからATPを合成する反応、又はADPとUTPからATPを合成する反応である。
AMPとUTPからATPを合成する反応においては、まず、AMPとUTPからADPが合成され、合成されたADPは、更にUTPと反応してATPとなる。
反応(b)において合成されたATPは、更に糖と反応することで糖リン酸となり、生成した糖リン酸は前記反応(a)に用いることができる。
本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物は、下記(i)、(ii)及び/又は(iii)満たす糖ヌクレオチド合成触媒組成物であり、反応(a)において糖ヌクレオチドの合成触媒及び反応(b)においてATPを合成する反応触媒として作用する。
(i)糖ヌクレオチド合成触媒組成物が、配列番号1に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質(c1)及び/又は配列番号1に示されるアミノ酸配列との相同性が70%以上100%未満であるアミノ酸配列を含むタンパク質(c2)を含有する。
(ii)糖ヌクレオチド合成触媒組成物が、タンパク質(c1)又はタンパク質(c2)をコードする核酸(d)を含む組換えベクター(e)が導入された、動物細胞、植物細胞又は微生物の形質転換体(f)を含有する。
(iii)糖ヌクレオチド合成触媒組成物が、核酸(d)の塩基配列を遺伝子に有する細胞(g)を含有する。
本発明のタンパク質(c1)は、配列番号1に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質である。
また、本発明のタンパク質(c2)は、配列番号1に示されるアミノ酸配列との相同性が70%以上100%未満であるアミノ酸配列を含むタンパク質である。
配列番号1は456個のアミノ酸から構成されるアミノ酸配列であり、ATPを再生する機能(以下、ATP再生活性という)と、糖ヌクレオチド(好ましくは、UDP−N−アセチルヘキソサミン)の合成において、リン酸(好ましくはUTP)に糖(好ましくはN−アセチルヘキソサミン)を転移する反応を触媒する機能(以下、糖転移活性という)とを有するアミノ酸配列である。
配列番号1に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質(c1)は、配列番号1に示されるアミノ酸配列を少なくとも1つ含んでいればよいが、触媒活性の観点から、1〜5個が好ましい。
タンパク質(c1)は、配列番号1に示されるアミノ酸配列を含むことにより、ATP再生活性と、糖ヌクレオチドの合成における糖転移活性を有する。
また、タンパク質(c1)は、更に1〜100個(反応性の観点から、好ましくは1〜50個)のアミノ酸で構成された他のアミノ酸配列を有していてもよい。
タンパク質(c2)は、配列番号1のアミノ酸配列との相同性が70%以上100%未満であるアミノ酸配列を有するタンパク質であり、タンパク質(c2)が有するアミノ酸配列は、配列番号1に示されるアミノ酸配列と同等であるので、タンパク質(c1)と同様にATP再生活性と、糖ヌクレオチドの合成における糖転移活性を有する。
本発明における相同性とは、アミノ酸配列同士の類似性である。
本発明における相同性は以下のデータベースにより算出できる。
DNAデータバンクジャパンの提供する配列比較プログラム「ClustalW」(http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top−j.html)
また、タンパク質(c2)は、更に1〜100個(反応性の観点から、好ましくは1〜50個)のアミノ酸で構成された他のアミノ酸配列を有していてもよい。
タンパク質(c1)又はタンパク質(c2)であるかは、ペプチドマッピング法等の一般的な方法によってアミノ酸配列を決定することにより確認することができる。
また、天然物から抽出したタンパク質が、タンパク質(c1)又はタンパク質(c2)に該当するかどうかは、ペプチドマッピング法等の一般的な方法によって、抽出したタンパク質のアミノ酸配列を決定し、DNAデータバンクジャパンの提供する配列比較プログラム「ClustalW」(http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top−j.html)を用いてタンパク質(c1)又は(c2)の配列と相同部分を検索することにより決定できる。
上記タンパク質(c1)及びタンパク質(c2)は、タンパク質(c1)又はタンパク質(c2)をコードする核酸(d)を含む組換えベクター(e)を用いて、以下に詳述する方法で、形質転換体(f)を作成し、この形質転換体(f)を培養液中で培養し、培養液中からタンパク質(c1)及びタンパク質(c2)を採取及び精製することによって生産することができる。なお、タンパク質(c1)又はタンパク質(c2)をコードする核酸(d)は、自然界等から得ることも可能ではあるが、更に部位特異的突然変異誘発法等の公知の手法[Molecular cloning−a Laboratory manual 2nd edition(Sambrookら、1989)等に記載の手法]を利用して調製することもできる。
形質転換体(f)を得るために用いる組換えベクター(e)は、核酸(d)の核酸を含む組換えベクターである。
組換えベクターは、適当なベクターに上記核酸(d)を挿入することによって得ることができる。
ベクターは種々のものが公知であり、市販品も多く存在する。当業者であれば、宿主の種類に応じて適切なベクターを容易に選択することができる。ベクターの具体例としては、pETシリーズ、pUCシリーズなどが挙げられる。
組換えベクターの調製方法自体は周知の常法である。
形質転換体(f)は、核酸(d)を含む組換えベクター(e)が導入された宿主の形質転換体である。形質転換体(f)は、組換えベクター(e)を含有する。
形質転換体(f)を得るために用いる宿主としては、動物細胞、植物細胞及び微生物等が挙げられる。
動物細胞としては、特に限定されないが、サル細胞COS−7、Vero、マウスL細胞、ラットGH3、ヒトFL細胞、CHO細胞、Sf9細胞及びSf21細胞等が挙げられる。
植物細胞としては、特に限定されないが、BY−2細胞等が挙げられる。
微生物としては、特に限定されないが、細菌及び酵母等が挙げられる。
細菌としては、真正細菌及び古細菌等が挙げられる。
また、真正細菌としては、グラム陰性菌及びグラム陽性菌が挙げられる。
グラム陰性細菌としては、エシェリチア属菌(Escherichia)、サーマス属菌(Thermus)、リゾビウム属菌(Rhizobium)、シュードモナス属菌(Pseudomonas)、シュワネラ属菌(Shewanella)、ビブリオ属菌(Vibrio)、サルモネラ属菌(Salmonella)、アセトバクター属(Acetobacter属)、シネコシスティス属(Synechocystis属)等が挙げられる。
グラム陽性菌としては、バチルス属(Bacillus属)、ストレプトマイセス属(Streptmyces属)、コリネバクテリウム属(Corynebacterium属)、ブレビバチルス属(Brevibacillus属)、ビフィドバクテリウム属 (Bifidobacterium属)、ラクトコッカス属 (Lactococcus属)、エンテロコッカス属 (Enterococcus属)、ペディオコッカス属(Pediococcus属)、リューコノストック属 (Leuconostoc属)、ストレプトマイセス属(Streptomyces属)等が挙げられる。
タンパク質(c1)又はタンパク質(c2)を得るために用いる宿主としては、クローニングの容易さの観点から、微生物が好ましく、更に好ましくはエシェリチア属菌(Escherichia)、サーマス属菌(Thermus)、リゾビウム属菌(Rhizobium)、シュードモナス属菌(Pseudomonas)、シュワネラ属菌(Shewanella)、ビブリオ属菌(Vibrio)、サルモネラ属菌(Salmonella)、アセトバクター属(Acetobacter属)、シネコシスティス属(Synechocystis属)、バチルス属(Bacillus属)及びブレビバチルス属(Brevibacillus属)であり、特に好ましくはエシェリチア属菌(Escherichia)、シュワネラ属菌(Shewanella)、バチルス属(Bacillus属)、ブレビバチルス属(Brevibacillus属)である。
宿主を形質転換して形質転換体(f)を得る具体的な方法としては、エレクトロポレーション法及びカルシウム法等が挙げられる。
形質転換体(f)の培養は、微生物等の宿主の資化可能な炭素源、窒素源その他の必須栄養素を含む培地に、形質転換体(f)を接種し、常法に従って行えばよい。
本発明において、形質転換体(f)を培養した培養液からタンパク質(c1)又はタンパク質(c2)を採取及び精製する方法としては、常法に準じて行うことができる。例えば、培養物から遠心分離又は濾過することで菌体を除き、得られた培養上清液から常法手段により目的酵素を濃縮することができる。このようにして得られた酵素液又は乾燥粉末はそのまま用いることもできるが、さらに公知の方法[Current approaches to macromolecular crystallization(1990)等に記載の方法]により結晶化や造粒化することができる。
本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物において、核酸(d)は、反応性の観点から、大腸菌(エシェリチア属菌等)由来であることが好ましく、タンパク質(c1)又はタンパク質(c2)は、大腸菌由来の核酸(d)を用いて得られるタンパク質であることが好ましい。
前記(ii)において、糖ヌクレオチド合成触媒組成物が含む形質転換体(f)は、タンパク質(c1)又はタンパク質(c2)の製造方法において説明した形質転換体(f)と同じである。
本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物が、形質転換体(f)を含有する場合、反応用液中で形質転換体(f)が、ATP再生活性と、糖ヌクレオチドの合成における糖転移活性を有するタンパク質(c1)又はタンパク質(c2)を生成するため、糖ヌクレオチド合成触媒組成物は、本発明の効果を奏することができる。
前記(iii)において、細胞(g)は、遺伝子の塩基配列に、核酸(d)の塩基配列を有する細胞である。
細胞としては、タンパク質(c1)及びタンパク質(c2)の説明で例示した微生物及び植物細胞等が挙げられる。
本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物が、細胞(g)を含有する場合、反応用液中で細胞(g)が、ATP再生活性と、糖ヌクレオチドの合成における糖転移活性を有するタンパク質(c1)又はタンパク質(c2)を生成するため、糖ヌクレオチド合成触媒組成物は、本発明の効果を奏することができる。
本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物としては、合成の効率の観点から、少なくともタンパク質(c1)又はタンパク質(c2)の内いずれかを含むことが好ましい。
タンパク質(c1)又はタンパク質(c2)は、前記組換えベクター(e)を用いて宿主を形質転換した組換えベクター(e)を含む形質転換体(f)を培養した培養液から公知の方法で採取することができ、採取したタンパク質(c1)又はタンパク質(c2)に核酸(d)、ベクター(e)及び形質転換体(f)のうちいずれかの成分が含まれていても良い。
本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物は、(i)配列番号1に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質(c1)及び/若しくは配列番号1に示されるアミノ酸配列との相同性が70%以上100%未満であるアミノ酸配列を含むタンパク質(c2)、(ii)前記組換えベクター(e)で形質転換された形質転換体(f)、又は(iii)核酸(d)の塩基配列を遺伝子に有する細胞(g)の少なくともいずれか1つを有するので、ATPの再生活性と、糖ヌクレオチドの合成における糖転移活性を有する。
このため、AMP又はADPと、UTPと、単糖とを、使用する単糖に対応するキナーゼ(例えば、単糖がN−アセチルヘキソサミンの場合は、N−アセチルヘキソサミンキナーゼ)及び本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物存在下で反応させるという1回の工程で、反応(a)及び反応(b)を経て単糖から糖ヌクレオチドを合成することができる。
上記の工程において、本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物以外に、使用する触媒(酵素)は、前記の単糖に対応するキナーゼのみである。
例えば、単糖がN−アセチルヘキソサミンである場合に、本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物と、酵素としてN−アセチルヘキソサミンキナーゼ1種とを用いて反応(a)及び反応(b)を経て、単糖から糖ヌクレオチドを合成することができる。
すなわち、本発明の合成触媒組成物の作用によりAMPとUTPからATPを合成する反応又はADPとUTPからATPを合成する反応[反応(b)]が進行し、更にN−アセチルヘキソサミンキナーゼの作用によりN−アセチルヘキソサミンと前記反応(b)で合成されたATPとから糖リン酸(N−アセチルヘキソサミン−1−リン酸)が得られ、更に、本発明の合成触媒組成物の作用により糖リン酸(N−アセチルヘキソサミン−1−リン酸)とUTPとから糖ヌクレオチド(UDP−N−アセチルヘキソサミン)を合成する反応[反応(a)]が進行する。
N−アセチルヘキソサミンキナーゼの作用により、N−アセチルヘキソサミン−1−リン酸を合成する反応において、ADPが副生する。副生したADPは、反応(b)においてのUTPと反応することでATPとして再生され、N−アセチルヘキソサミン−1−リン酸を合成する反応で消費されたATPを補う。そのため、高価なATPの使用量を抑えることができるという効果も有する。
本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物が触媒として作用する反応(a)は、例えば、糖リン酸であるN−アセチルグルコサミン−1−リン酸、UTP、糖ヌクレオチド合成触媒組成物、2価の金属塩(塩化マグネシウム及び塩化カルシウム等)を含むリン酸緩衝液を反応液として調製し、この反応液を所定の温度で培養することで行うことができる。なかでも以下のような条件で反応を行うことが合成効率の観点から好ましい。
反応液中での、N−アセチルグルコサミン−1−リン酸及びUTPの濃度は、それぞれ0.001〜1000mMであることが好ましい。
反応中での、2価の金属塩の濃度は、0.1〜1000mMであることが好ましい。
用いるリン酸緩衝液は、10〜200mMリン酸緩衝液であることが更に好ましい。
反応液のpHは、7〜8であることが好ましい。
反応液温度は、25〜40℃であることが好ましく、30〜38℃であることが更に好ましい。
本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物が触媒として作用する反応(b)は、例えば、AMP又はADP、UTP、糖ヌクレオチド合成触媒組成物、2価の金属塩(塩化マグネシウム及び塩化カルシウム等)を含むリン酸緩衝液を反応液として調製し、この反応液を所定の温度で培養することで行うことができる。なかでも以下のような条件で反応を行うことが合成効率の観点から好ましい。
反応液中での、AMP、ADP及びUTPの濃度は、それぞれ0.001〜1000mMであることが好ましい。
反応中での、2価の金属塩の濃度は、0.1〜1000mMであることが好ましい。
用いるリン酸緩衝液は、10〜200mMリン酸緩衝液であることが好ましい。
反応液のpHは、7〜8であることが好ましい。
反応液温度は、25〜40℃であることが好ましく、30〜38℃であることが更に好ましい。
本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物が触媒として作用させて、単糖から反応(a)及び反応(b)を経て、糖ヌクレオチドを合成する反応としては、例えば、AMP又はADP、UTP、糖であるN−アセチルグルコサミン、糖ヌクレオチド合成触媒組成物、N−アセチルグルコサミンキナーゼ、2価の金属塩(塩化マグネシウム及び塩化カルシウム等)を含むリン酸緩衝液を反応液として調製し、この反応液を所定の温度で培養することで行うことができる。なかでも以下のような条件で反応を行うことが合成効率の観点から好ましい。
反応液中での、AMP、ADP及びUTPの濃度は、それぞれ0.001〜1000mMであることが好ましい。
反応中での、2価の金属塩の濃度は、0.1〜1000mMであることが好ましい。
用いるリン酸緩衝液は、10〜200mMリン酸緩衝液であることが更に好ましい。
反応液のpHは、7〜8であることが好ましい。
反応液温度は、25〜40℃であることが好ましく、30〜38℃であることが更に好ましい。
以下、実施例により本発明を更に説明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。
<製造例1:糖ヌクレオチド合成触媒組成物(c1)の製造>
大腸菌由来の配列番号1のアミノ酸配列をコードする遺伝子(配列番号2)(5’末端側に制限酵素NcoI認識配列、3’末端側に制限酵素XhoI認識配列を付加し、ライフテクノロジーズジャパン株式会社に合成を依頼したもの)にFLAGタグを融合した遺伝子を制限酵素NcoI及びXhoIで処理し、pET22b(Novagen社製)に組み込んで、配列番号1のタンパク質(c1)を発現するプラスミド(P−1)を作成した。作成したプラスミド(P−1)を大腸菌BL21(DE3)に形質転換し、配列番号1のタンパク質(c1)を発現する大腸菌(α)を作成した。
作成した大腸菌(α)を、100mg/L アンピシリンを含有するLB培養液2mlに植菌し、一晩培養を行った。この培養液2mlを100mg/L アンピシリンを含有するLB培養液20mlに植菌し、30℃で3時間振とう培養を行った後、100mg/L アンピシリン及び0.1mM IPTGを含有するTB培養液(Difco社)100mlに植菌して30℃で培養を開始した。培養開始後、40時間目に培養を停止し、培養液を回収した。続いて遠心分離機(6,000×g、15分間)を用いて大腸菌を回収し、回収した大腸菌を、緩衝液A{100mMリン酸緩衝液(pH7.0)、100mM塩化ナトリウム、10mM塩化マグネシウム}に再懸濁して、超音波破砕(130W、10分)を行った。その後、抗FLAG抗体カラム[シグマアルドリッチジャパン(株)製]で精製を行い、(c1)を含む糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−1)を得た。
<糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−1)の濃度(糖ヌクレオチド合成活性)測定>
水溶液a1{1mMのN−アセチルグルコサミン−1−リン酸、10mMの塩化マグネシウム及び1mMのUTPを含む100mMリン酸緩衝液(pH8.0)}0.2mLに、製造例1の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−1)を1μL、0.6μL、0.2μL、0.02μL加えて、反応溶液(r1〜r4)とし、37℃で30分間反応を行った。30分後、反応溶液(r1〜r4)を100℃で2分間加熱して酵素反応を停止した。酵素反応を停止した溶液について、遠心分離器(4℃、13,000×g、10分)を用いて遠心し、不純物を沈殿させた。上清50μLを下記条件で高速液体クロマトグラフィ(HPLC)により分析し、酵素反応開始から30分後のUDP−N−アセチルグルコサミンのピーク面積を記録した。
<HPLCの測定条件>
以下において、HPLCの測定条件は全て同じである。
装置:Prominence HPLCシステム[(株)島津製作所製]
カラム:Shodex IEC DEAE−825[昭和電工(株)製]
移動相:0.01〜0.5M NaHPO・2HO、20体積%アセトニトリル(ナカライテスク社製)水溶液
流速:1ml/min
検出器:Prominence HPLC UV検出器
温度:35℃
UDP−N−アセチルグルコサミン(Sigma社製)を100mMリン酸緩衝液に15mM、5mM、1.5mM及び0.5mMの濃度となるようにそれぞれ溶解したUDP−N−アセチルグルコサミン標準溶液(1)〜(4)を作製し、HPLCにより分析したUDP−N−アセチルグルコサミンのピーク面積を縦軸(y軸)とし、UDP−N−アセチルグルコサミン標準溶液(1)〜(4)のUDP−N−アセチルグルコサミン濃度(mM)を横軸(x軸)としてプロットし、線形近似して、以降のUDP−N−アセチルグルコサミン濃度の計算の際に用いる検量線を作成した。
反応溶液(r1〜r4)における30分後のUDP−N−アセチルグルコサミン濃度はそれぞれ0.54mM、0.33mM、0.11mM、0.01mMであった。UDP−N−アセチルグルコサミンの合成量から、糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−1)の濃度を計算した。その結果、3,600U/Lであった。
<製造例2;糖ヌクレオチド合成触媒組成物(c2−1)の製造>
配列番号3及び4の遺伝子配列であるプライマー遺伝子(ライフテクノロジーズジャパン株式会社に合成を依頼したもの)を使用して、製造例1で作成した配列番号1のタンパク質(c1)を発現するプラスミド(P−1)を鋳型としてPCRを行い、配列番号1のアミノ酸配列と70%の相同性を有する遺伝子を増幅した。増幅した遺伝子を制限酵素NcoI及びXhoIで処理し、pET22b(Novagen社製)に組み込んで、配列番号5のタンパク質(c2−1)を発現するプラスミド(P−2)を作成した。作成したプラスミド(P−2)を大腸菌BL21(DE3)に形質転換し、配列番号5のタンパク質(c2−1)を発現する大腸菌(β)を作成した。
作成した大腸菌(β)を、100mg/L アンピシリンを含有するLB培養液2mlに植菌し、一晩培養を行った。この培養液2mlを100mg/L アンピシリンを含有するLB培養液20mlに植菌し、30℃で3時間振とう培養を行った後、100mg/L アンピシリン及び0.1mMイソプロピル−β−チオガラクトピラノシド(IPTG)を含有するTB培養液(Difco社)100mlに植菌して30℃で培養を開始した。培養開始後、40時間目に培養を停止し、培養液を回収した。続いて遠心分離機(6,000×g、15分間)を用いて大腸菌を回収し、回収した大腸菌を、緩衝液Aに再懸濁して、超音波破砕(130W、10分)を行った。その後、抗FLAG抗体カラムで精製を行い、(c2−1)を含む糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−2−1)を得た。
<糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−2−1)の濃度(糖ヌクレオチド合成活性)測定>
水溶液a1を0.2mLに、製造例2の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−2−1)を1μL、0.6μL、0.2μL、0.02μL加えて、反応溶液(r5〜r8)とし、37℃で30分間反応を行った。30分後、反応溶液(r5〜r8)を100℃で2分間加熱して酵素反応を停止した。酵素反応を停止した溶液について、遠心分離器(4℃、13,000×g、10分)を用いて遠心し、不純物を沈殿させた。上清50μLをHPLCにより分析し、酵素反応開始から30分後のUDP−N−アセチルグルコサミンのピーク面積を記録した。
反応溶液(r5〜r8)における30分後のUDP−N−アセチルグルコサミン濃度はそれぞれ0.82mM、0.83mM、0.31mM、0.03mMであった。UDP−N−アセチルグルコサミンの合成量から、(c2−1)水溶液(S−2−1)の濃度を計算した。その結果、10,200U/Lであった。
<製造例3;糖ヌクレオチド合成触媒組成物(c2−2)の製造>
製造例2において、「配列番号4の遺伝子配列であるプライマー遺伝子」に代えて「配列番号6の遺伝子配列であるプライマー遺伝子」を使用すること以外は製造例2と同様にして、配列番号1のアミノ酸配列と80%の相同性を有する遺伝子を増幅した。増幅した遺伝子を制限酵素NcoI及びXhoIで処理し、pET22b(Novagen社製)に組み込んで、配列番号7のタンパク質(c2−2)を発現するプラスミド(P−3)を作成した。作成したプラスミド(P−3)を大腸菌BL21(DE3)に形質転換し、配列番号7のタンパク質(c2−2)を発現する大腸菌(γ)を作成した。
作成した大腸菌(γ)から、製造例2と同様の操作を行うことで(c2−2)を含む糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−2−2)を得た。
<糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−2−2)の濃度(糖ヌクレオチド合成活性)測定>
水溶液a1を0.2mLに、製造例3の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−2−2)を1μL、0.6μL、0.2μL、0.02μL加えて、反応溶液(r9〜r12)とし、37℃で30分間反応を行った。30分後、反応溶液(r9〜r12)を100℃で2分間加熱して酵素反応を停止した。酵素反応を停止した溶液について、遠心分離器(4℃、13,000×g、10分)を用いて遠心し、不純物を沈殿させた。上清50μLをHPLCにより分析し、酵素反応開始から30分後のUDP−N−アセチルグルコサミンのピーク面積を記録した。
反応溶液(r9〜r12)における30分後のUDP−N−アセチルグルコサミン濃度はそれぞれ0.52mM、0.31mM、0.13mM、0.01mMであった。UDP−N−アセチルグルコサミンの合成量から、(c2−2)水溶液(S−2−2)の濃度を計算した。その結果、3,400U/Lであった。
<製造例4;比較用の糖ヌクレオチド合成触媒組成物(c3)の製造>
製造例2において、「配列番号4の遺伝子配列であるプライマー遺伝子」に代えて「配列番号8の遺伝子配列であるプライマー遺伝子」を使用すること以外は製造例2と同様にして、配列番号1のアミノ酸配列と60%の相同性を有する遺伝子を増幅した。増幅した遺伝子を制限酵素NcoI及びXhoIで処理し、pET22b(Novagen社製)に組み込んで、配列番号9のタンパク質(c3)を発現するプラスミド(P−4)を作成した。作成したプラスミド(P−4)を大腸菌BL21(DE3)に形質転換し、配列番号9のタンパク質(c3)を発現する大腸菌(δ)を作成した。
作成した大腸菌(δ)から、製造例2と同様の操作を行うことで(c3)を含む比較用の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−3)
<比較用の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−3)の濃度(糖ヌクレオチド合成活性)測定>
水溶液a1を0.2mLに、製造例4の比較用の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−3)を1μL、0.6μL、0.2μL、0.02μL加えて、反応溶液(r13〜r16)とし、37℃で30分間反応を行った。30分後、反応溶液(r13〜r16)を100℃で2分間加熱して酵素反応を停止した。酵素反応を停止した溶液について、遠心分離器(4℃、13,000×g、10分)を用いて遠心し、不純物を沈殿させた。上清50μLをHPLCにより分析し、酵素反応開始から30分後のUDP−N−アセチルグルコサミンのピーク面積を記録した。
反応溶液(r13〜r16)における30分後のUDP−N−アセチルグルコサミン濃度はそれぞれ0.005mM、0.003mM、0.001mM、0mMであった。UDP−N−アセチルグルコサミンの合成量から、(c3)水溶液(S−3)の濃度を計算した。その結果、30U/Lであった。
<製造例5:N−アセチルグルコサミン−1−キナーゼの製造>
製造例1において、「大腸菌由来の配列番号1のアミノ酸配列をコードする遺伝子(配列番号2)」に代えて、「ビフィドバクテリウム由来の配列番号10のアミノ酸配列をコードする遺伝子(配列番号11)」を用いる以外は同様にして、N−アセチルグルコサミン−1−キナーゼ水溶液を得た。
<N−アセチルグルコサミン−1−キナーゼの濃度(糖リン酸合成活性)測定>
水溶液a2{1mMのN−アセチルグルコサミン、10mMの塩化マグネシウム、1mMのUTP、1mMのATP及び製造例1で作成した糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−1)1μLを含む100mMリン酸緩衝液(pH8.0)}0.2mLに、製造例5のN−アセチルグルコサミン−1−キナーゼ水溶液を1μL、0.6μL、0.2μL、0.02μL加えて、反応溶液(r17〜r20)とし、37℃で30分間反応を行った。30分後、反応溶液(r17〜r20)を100℃で2分間加熱して酵素反応を停止した。酵素反応を停止した溶液について、遠心分離器(4℃、13,000×g、10分)を用いて遠心し、不純物を沈殿させた。上清50μLをHPLCにより分析し、酵素反応開始から30分後のUDP−N−アセチルグルコサミンのピーク面積を記録した。
反応溶液(r17〜r20)における30分後のUDP−N−アセチルグルコサミンの濃度はそれぞれ0.9mM、0.5mM、0.2mM、0mMであった。
N−アセチルグルコサミン−1−キナーゼの作用で生成したN−アセチルグルコサミン−1−リン酸は、過剰に加えた糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−1)により、全てUDP−N−アセチルグルコサミンに変換されたものと仮定して、UDP−N−アセチルグルコサミンの合成量から、N−アセチルグルコサミン−1−キナーゼの濃度を計算した。その結果、5,400U/Lであった。
本発明において、ATPの再生活性及び糖転移活性は下記のように測定した。
<糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−1)のATP再生活性測定>
水溶液a3{1mMのADP、10mMの塩化マグネシウム及び1mMのUTPを含む100mMリン酸緩衝液(pH8.0)}0.2mLに、製造例1の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−1)を1μL、0.6μL、0.2μL、0.02μL加えて、反応溶液(r21〜r24)とし、37℃で30分間反応を行った。30分後、反応溶液(r21〜r24)を100℃で2分間加熱して酵素反応を停止した。酵素反応を停止した溶液について、遠心分離器(4℃、13,000×g、10分)を用いて遠心し、不純物を沈殿させた。上清50μLをHPLCにより分析し、酵素反応開始から30分後のATPのピーク面積を記録した。
ATP(Wako社製)を100mMリン酸緩衝液に15mM、5mM、1.5mM及び0.5mMの濃度となるようにそれぞれ溶解したATP標準溶液(1)〜(4)を作製し、HPLCにより分析したATPのピーク面積を縦軸(y軸)とし、ATP標準溶液(1)〜(4)のATP濃度(mM)を横軸(x軸)としてプロットし、線形近似して検量線を作成した。
反応溶液(r21〜r24)における30分後のATP濃度はそれぞれ0.63mM、0.39mM、0.13mM、0.01mMであった。ATPの合成量から、糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−1)のATP再生活性を計算した。その結果、4,200U/Lであった。
<糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−2−1)のATP再生活性測定>
水溶液a3を0.2mLに、製造例2の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−2−1)を1μL、0.6μL、0.2μL、0.02μL加えて、反応溶液(r25〜r28)とし、37℃で30分間反応を行った。30分後、反応溶液(r25〜r28)を100℃で2分間加熱して酵素反応を停止した。酵素反応を停止した溶液について、遠心分離器(4℃、13,000×g、10分)を用いて遠心し、不純物を沈殿させた。上清50μLを下記条件でHPLCにより分析し、酵素反応開始から30分後のATPのピーク面積を記録した。
反応溶液(r25〜r28)における30分後のATP濃度はそれぞれ0.45mM、0.28mM、0.10mM、0.01mMであった。ATPの合成量から、(c2−1)水溶液(S−2−1)のATP再生活性を計算した。その結果、3,000U/Lであった。
<糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−2−2)のATP再生活性測定>
水溶液a3を0.2mLに、製造例3の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−2−2)を1μL、0.6μL、0.2μL、0.02μL加えて、反応溶液(r29〜r32)とし、37℃で30分間反応を行った。30分後、反応溶液(r29〜r32)を100℃で2分間加熱して酵素反応を停止した。酵素反応を停止した溶液について、遠心分離器(4℃、13,000×g、10分)を用いて遠心し、不純物を沈殿させた。上清50μLを下記条件でHPLCにより分析し、酵素反応開始から30分後のATPのピーク面積を記録した。
反応溶液(r29〜r32)における30分後のATP濃度はそれぞれ0.53mM、0.33mM、0.10mM、0.01mMであった。ATPの合成量から、(c2−2)水溶液(S−2−2)のATP再生活性を計算した。その結果、3,500U/Lであった。
<比較用の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−3)のATP再生活性測定>
水溶液a3を0.2mLに、製造例4の比較用の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−3)を1μL、0.6μL、0.2μL、0.02μL加えて、反応溶液(r33〜r36)とし、37℃で30分間反応を行った。30分後、反応溶液(r33〜r36)を100℃で2分間加熱して酵素反応を停止した。酵素反応を停止した溶液について、遠心分離器(4℃、13,000×g、10分)を用いて遠心し、不純物を沈殿させた。上清50μLを下記条件でHPLCにより分析し、酵素反応開始から30分後のATPのピーク面積を記録した。
反応溶液(r33〜r36)における30分後のATP濃度はそれぞれ0.30mM、0.19mM、0.06mM、0.01mMであった。ATPの合成量から、(c3)水溶液(S−3)のATP再生活性を計算した。その結果、2,000U/Lであった。
<実施例1>
水溶液a4{1mMのN−アセチルグルコサミン、10mMの塩化マグネシウム、1mMのUTP、1mMのAMPを含む100mMリン酸緩衝液(pH8.0)}0.2mLに、製造例1の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−1)を1μL及び製造例5のN−アセチルグルコサミン−1−キナーゼ水溶液を1μL加えて、反応溶液とし、37℃で30分間反応を行った。30分後、反応溶液を100℃で2分間加熱して酵素反応を停止した。酵素反応を停止した溶液について、遠心分離器(4℃、13,000×g、10分)を用いて遠心し、不純物を沈殿させた。上清50μLをHPLCにより分析し、酵素反応開始から30分後のUDP−N−アセチルグルコサミンのピーク面積を記録した。
反応溶液における30分後のUDP−N−アセチルグルコサミン濃度をピーク面積から算出したところ、0.20mMであった。
<実施例2>
実施例1において、「製造例1の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−1)」に代えて「製造例2の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−2−1)」を用いる以外は同様にして、反応溶液における30分後のUDP−N−アセチルグルコサミン濃度をピーク面積から算出したところ、0.31mMであった。
<実施例3>
実施例1において、「製造例1の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−1)」に代えて「製造例3の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−2−2)」を用いる以外は同様にして、反応溶液における30分後のUDP−N−アセチルグルコサミン濃度をピーク面積から算出したところ、0.15mMであった。
<比較例1>
実施例1において、「製造例1の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−1)」に代えて「製造例4の比較用の糖ヌクレオチド合成触媒組成物水溶液(S−3)」を用いる以外は同様にして、反応溶液における30分後のUDP−N−アセチルグルコサミン濃度をピーク面積から算出したところ、0mMであった。
実施例1〜3及び比較例1の結果から配列番号1に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質(c1)又は配列番号1に示されるアミノ酸配列と少なくとも70%以上の相同性のあるアミノ酸配列である糖ヌクレオチド合成活性を有するタンパク質(c2)を使用した場合、単糖、AMP、UTP及びN−アセチルヘキソサミンキナーゼの存在下で糖ヌクレオチドを合成できることがわかる。
本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物は、ATP再生活性を有し、かつ糖ヌクレオチドの合成において糖転移活性を有することで効率的に糖ヌクレオチドを合成できる。本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物を用いて得られる糖ヌクレオチドは多様な生物機能を持つ糖鎖の合成に必要である。したがって、本発明の糖ヌクレオチド合成触媒組成物は、糖鎖関連分野、研究用試薬などの化学品として有用である。

Claims (3)

  1. 下記反応(a)及び反応(b)を含む糖ヌクレオチド合成方法に用いる糖ヌクレオチド合成触媒組成物であって、下記(i)、(ii)及び/又は(iii)を満たす糖ヌクレオチド合成触媒組成物。
    (a)糖リン酸とウリジン三リン酸(以下、UTPと略記)から、糖残基が単糖由来であるウリジン二リン酸(以下、UDPと略記)−糖を合成する反応
    (b)アデノシン一リン酸(以下、AMPと略記)とUTPからアデノシン三リン酸(以下、ATPと略記)を合成する反応、又はアデノシン二リン酸(以下、ADPと略記)とUTPからATPを合成する反応
    (i)糖ヌクレオチド合成触媒組成物が、配列番号1に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質(c1)及び/又は配列番号1に示されるアミノ酸配列との相同性が70%以上100%未満であるアミノ酸配列を含むタンパク質(c2)を含有する。
    (ii)糖ヌクレオチド合成触媒組成物が、前記タンパク質(c1)又は前記タンパク質(c2)をコードする核酸(d)を含む組換えベクター(e)が導入された、動物細胞、植物細胞又は微生物の形質転換体(f)を含有する。
    (iii)糖ヌクレオチド合成触媒組成物が、前記核酸(d)の塩基配列を遺伝子に有する細胞(g)を含有する。
  2. 前記反応(a)が、反応(b)において合成されたATP及び単糖から合成された糖リン酸と、UTPから、UDP−糖を合成する反応である請求項1に記載の糖ヌクレオチド合成触媒組成物。
  3. 前記単糖が、N−アセチルヘキソサミンであり、前記糖リン酸が、N−アセチルヘキソサミン−1−リン酸である請求項2に記載の糖ヌクレオチド合成触媒組成物。


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