JP2014193172A5 - - Google Patents

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  1. CRCの進行を判定するための予後サインであって、下記ａ又はｂ：
    ａ．
    WD反復ドメイン44（WDR44）、
    一本鎖相互作用タンパク質1,アイソフォームd（RBMS1）、
    Ras-GTPアーゼ活性化タンパク質SH3ドメイン-結合タンパク質2（SACM1L）、
    ステロールo-アシルトランスフェラーゼアシル-補酵素a:コレステロールアシルトランスフェラーゼ1（SOAT1）、
    pdz-結合キナーゼ（PBK）、
    ras-gtpase活性化タンパク質sh3ドメイン-結合タンパク質2（G3BP2）、
    亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有20（ZBTB20）、
    亜鉛フィンガータンパク質410（ZNF410）、
    COMMドメイン含有2（COMMD2）、
    プロテアソーム(プロサム,マクロペイン)26sサブユニット,ATPアーゼ,1（PSMC1）、
    シトクロムcオキシダーゼアセンブリータンパク質,ヘムA:ファルネシルトランスフェラーゼ(酵母)（COX10）、
    基本転写因子iiic,ポリペプチド5(63kd)（GTF3C5）、
    ヒアルロン酸媒介運動性受容体(rhamm)（HMMR）、
    ユビキチン複合酵素e2l3（UBE2L3）、
    gnas複合遺伝子座（GNAS）、
    タンパク質ホスファターゼ2(以前は2a),調節サブユニットb(pr52),αアイソフォーム（PPP2R2A）、
    リボヌクレアーゼ,rnase aファミリー,2(肝臓,エオシン好性誘発神経毒)（RNASE2）、
    short coiled-coilタンパク質（SCOC）、
    プロテアソーム(プロサム,マクロペイン)26sサブユニット,non-ATPアーゼ,9（PSMD9）、
    真核生物翻訳開始因子3,サブユニット7(ζ,66/67kd)（EIF3S7）、
    ATPアーゼ,Ca++輸送,細胞膜4（ATP2B4）、及び
    ATP結合カセット,サブファミリーc,メンバー9,アイソフォームsur2a-δ-14（ABCC9）；

    ｂ．
    ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド10（CXCL10）、
    TNF受容体スーパーファミリー,メンバー6（FAS）、
    ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド9（CXCL9）、
    tousled様キナーゼ1（TLK1）、
    ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド11（CXCL11）、
    T-LAK細胞起源のプロテインキナーゼ（PBK）、
    ホスホセリンアミノトランスフェラーゼ1（PSAT1）、
    MAD2 mitotic arrest deficient-like 1(酵母)（MAD2L1）、
    炭酸脱水酵素II（CA2）、
    グランザイムB(グランザイム2,細胞毒性T-リンパ球-関連セリンエステラーゼ1)（GZMB）、
    溶質キャリアーファミリー4,炭酸水素ナトリウムコトランスポーター,メンバー4（SLC4A4）、
    discs,largeホモログ7(ショウジョウバエ)（DLG7）、
    腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー,メンバー11a,NFKBの活性化剤（TNFRSF11A）
    KITリガンド（KITLG）、
    インドールアミン-ピロール2,3ジオキシゲナーゼ（INDO）、
    グアニレート結合タンパク質1,インターフェロン誘発性,67kDa（GBP1）、
    ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド13(B-細胞化学誘引物質)（CXCL13）、
    クロリドチャンネル,カルシウム活性化,ファミリーメンバー4（CLCA4）、及び
    Purkinje細胞タンパク質4（PCP4）
    からなる、予後サイン。
  2. ステージII又はステージIIIのCRCの再発の可能性を判定するための予後サインであって、下記ａ又はｂ：
    ａ．
    WD反復ドメイン44（WDR44）、
    一本鎖相互作用タンパク質1,アイソフォームd（RBMS1）、
    Ras-GTPアーゼ活性化タンパク質SH3ドメイン-結合タンパク質2（SACM1L）、
    ステロールo-アシルトランスフェラーゼアシル-補酵素a:コレステロールアシルトランスフェラーゼ1（SOAT1）、
    pdz-結合キナーゼ（PBK）、
    ras-gtpase活性化タンパク質sh3ドメイン-結合タンパク質2（G3BP2）、
    亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有20（ZBTB20）、
    亜鉛フィンガータンパク質410（ZNF410）、
    COMMドメイン含有2（COMMD2）、
    プロテアソーム(プロサム,マクロペイン)26sサブユニット,ATPアーゼ,1（PSMC1）、
    シトクロムcオキシダーゼアセンブリータンパク質,ヘムA:ファルネシルトランスフェラーゼ(酵母)（COX10）、
    基本転写因子iiic,ポリペプチド5(63kd)（GTF3C5）、
    ヒアルロン酸媒介運動性受容体(rhamm)（HMMR）、
    ユビキチン複合酵素e2l3（UBE2L3）、
    gnas複合遺伝子座（GNAS）、
    タンパク質ホスファターゼ2(以前は2a),調節サブユニットb(pr52),αアイソフォーム（PPP2R2A）、
    リボヌクレアーゼ,rnase aファミリー,2(肝臓,エオシン好性誘発神経毒)（RNASE2）、
    short coiled-coilタンパク質（SCOC）、
    プロテアソーム(プロサム,マクロペイン)26sサブユニット,non-ATPアーゼ,9（PSMD9）、
    真核生物翻訳開始因子3,サブユニット7(ζ,66/67kd)（EIF3S7）、
    ATPアーゼ,Ca++輸送,細胞膜4（ATP2B4）、及び
    ATP結合カセット,サブファミリーc,メンバー9,アイソフォームsur2a-δ-14（ABCC9）；

    ｂ．
    ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド10（CXCL10）、
    TNF受容体スーパーファミリー,メンバー6（FAS）、
    ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド9（CXCL9）、
    tousled様キナーゼ1（TLK1）、
    ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド11（CXCL11）、
    T-LAK細胞起源のプロテインキナーゼ（PBK）、
    ホスホセリンアミノトランスフェラーゼ1（PSAT1）、
    MAD2 mitotic arrest deficient-like 1(酵母)（MAD2L1）、
    炭酸脱水酵素II（CA2）、
    グランザイムB(グランザイム2,細胞毒性T-リンパ球-関連セリンエステラーゼ1)（GZMB）、
    溶質キャリアーファミリー4,炭酸水素ナトリウムコトランスポーター,メンバー4（SLC4A4）、
    discs,largeホモログ7(ショウジョウバエ)（DLG7）、
    腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー,メンバー11a,NFKBの活性化剤（TNFRSF11A）
    KITリガンド（KITLG）、
    インドールアミン-ピロール2,3ジオキシゲナーゼ（INDO）、
    グアニレート結合タンパク質1,インターフェロン誘発性,67kDa（GBP1）、
    ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド13(B-細胞化学誘引物質)（CXCL13）、
    クロリドチャンネル,カルシウム活性化,ファミリーメンバー4（CLCA4）、及び
    Purkinje細胞タンパク質4（PCP4）
    からなる、予後サイン。
  3. CRCの予後を判定するための装置であって、その上に1以上の位置を有する基板からなり、各位置はその上にオリゴヌクレオチドを有し、各オリゴヌクレオチドは、下記ａ又はｂの遺伝子群：
    ａ．
    WD反復ドメイン44（WDR44）、
    一本鎖相互作用タンパク質1,アイソフォームd（RBMS1）、
    Ras-GTPアーゼ活性化タンパク質SH3ドメイン-結合タンパク質2（SACM1L）、
    ステロールo-アシルトランスフェラーゼアシル-補酵素a:コレステロールアシルトランスフェラーゼ1（SOAT1）、
    pdz-結合キナーゼ（PBK）、
    ras-gtpase活性化タンパク質sh3ドメイン-結合タンパク質2（G3BP2）、
    亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有20（ZBTB20）、
    亜鉛フィンガータンパク質410（ZNF410）、
    COMMドメイン含有2（COMMD2）、
    プロテアソーム(プロサム,マクロペイン)26sサブユニット,ATPアーゼ,1（PSMC1）、
    シトクロムcオキシダーゼアセンブリータンパク質,ヘムA:ファルネシルトランスフェラーゼ(酵母)（COX10）、
    基本転写因子iiic,ポリペプチド5(63kd)（GTF3C5）、
    ヒアルロン酸媒介運動性受容体(rhamm)（HMMR）、
    ユビキチン複合酵素e2l3（UBE2L3）、
    gnas複合遺伝子座（GNAS）、
    タンパク質ホスファターゼ2(以前は2a),調節サブユニットb(pr52),αアイソフォーム（PPP2R2A）、
    リボヌクレアーゼ,rnase aファミリー,2(肝臓,エオシン好性誘発神経毒)（RNASE2）、
    short coiled-coilタンパク質（SCOC）、
    プロテアソーム(プロサム,マクロペイン)26sサブユニット,non-ATPアーゼ,9（PSMD9）、
    真核生物翻訳開始因子3,サブユニット7(ζ,66/67kd)（EIF3S7）、
    ATPアーゼ,Ca++輸送,細胞膜4（ATP2B4）、及び
    ATP結合カセット,サブファミリーc,メンバー9,アイソフォームsur2a-δ-14（ABCC9）；

    ｂ．
    ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド10（CXCL10）、
    TNF受容体スーパーファミリー,メンバー6（FAS）、
    ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド9（CXCL9）、
    tousled様キナーゼ1（TLK1）、
    ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド11（CXCL11）、
    T-LAK細胞起源のプロテインキナーゼ（PBK）、
    ホスホセリンアミノトランスフェラーゼ1（PSAT1）、
    MAD2 mitotic arrest deficient-like 1(酵母)（MAD2L1）、
    炭酸脱水酵素II（CA2）、
    グランザイムB(グランザイム2,細胞毒性T-リンパ球-関連セリンエステラーゼ1)（GZMB）、
    溶質キャリアーファミリー4,炭酸水素ナトリウムコトランスポーター,メンバー4（SLC4A4）、
    discs,largeホモログ7(ショウジョウバエ)（DLG7）、
    腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー,メンバー11a,NFKBの活性化剤（TNFRSF11A）
    KITリガンド（KITLG）、
    インドールアミン-ピロール2,3ジオキシゲナーゼ（INDO）、
    グアニレート結合タンパク質1,インターフェロン誘発性,67kDa（GBP1）、
    ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド13(B-細胞化学誘引物質)（CXCL13）、
    クロリドチャンネル,カルシウム活性化,ファミリーメンバー4（CLCA4）、及び
    Purkinje細胞タンパク質4（PCP4）
    から選択される、装置。
  4. CRCの予後を判定するための遺伝子マーカーとしての、請求項１に記載のサインの使用。
  5. ステージII又はステージIIIのCRCの再発の可能性を判定するための遺伝子マーカーとしての、請求項１に記載のサインの使用。
  6. 各遺伝子のmRNAの発現量を遺伝子マーカーとして使用する、請求項４又は５に記載の使用。
  7. 各遺伝子のcDNAの発現量を遺伝子マーカーとして使用する、請求項４又は５に記載の使用。
  8. cDNAの発現量を、前記cDNAの少なくとも一部に相補的なヌクレオチドを用いて決定する、請求項７記載の使用。
  9. mRNAの発現量を、順方向プライマーおよび逆方向プライマーを用いるqPCR法を用いて決定する、請求項６記載の使用。
  10. cDNAの発現量を、順方向プライマーおよび逆方向プライマーを用いるqPCR法を用いて決定する、請求項７記載の使用。
  11. mRNAの発現量を、請求項3記載の装置を用いて決定する、請求項６記載の使用。
  12. 各遺伝子によりコードされるタンパク質の発現量を遺伝子マーカーとして使用する、請求項４〜５のいずれか1つに記載の使用。
  13. 各遺伝子によりコードされるペプチドの発現量を遺伝子マーカーとして使用する、請求項４〜５のいずれか1つに記載の使用。
  14. タンパク質又はペプチドの発現量を、該タンパク質又はペプチドに対する抗体を用いて検出する、請求項１２または請求項１３記載の使用。
  15. 前記抗体がモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、抗体フラグメント又は抗体様分子である、請求項１２〜１４のいずれか1つに記載の使用。
  16. 前記抗体がポリクローナル抗血清である、請求項１２〜１５のいずれか1つに記載の使用。
  17. タンパク質又はペプチドの発現量を、サンドイッチイムノアッセイ法を用いて検出する、請求項１２〜１５のいずれか1つに記載の使用。
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