JP2009190983A - Oligonucleotide derivative - Google Patents

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JP2009190983A JP2008030372A JP2008030372A JP2009190983A JP 2009190983 A JP2009190983 A JP 2009190983A JP 2008030372 A JP2008030372 A JP 2008030372A JP 2008030372 A JP2008030372 A JP 2008030372A JP 2009190983 A JP2009190983 A JP 2009190983A
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Koji Kiyoo
Kazuya Miyazaki
Mitsuo Sekine
Yusuke Takahisa
一也 宮崎
康志 清尾
光雄 関根
悠介 高久
Original Assignee
Tokyo Institute Of Technology
国立大学法人東京工業大学
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Abstract

<P>PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a new nucleotide derivative useful for the synthesis of an oligonucleotide derivative and also an oligonucleotide obtained by using the above derivative and capable of bonding with a short complemental chain but not with a long complemental chain RNA or a long complemental DNA. <P>SOLUTION: This phosphoamidite compound expressed by formula (7) and the oligonucleotide derivative obtained by using the above compound are provided. The derivative is useful as an oligonucleotide array or a medicinal composition. <P>COPYRIGHT: (C)2009,JPO&INPIT

Description

本発明は、マイクロRNA(miRNA)を検出するために用いられるハイブリダイゼーションプローブに関する。 The present invention relates to hybridization probes used to detect the micro-RNA (miRNA). 特には、鎖長15〜30ヌクレオチド程度の成熟miRNAをpre−miRNA及びpri−miRNA及びpre−miRNAから区別して検出するのに用いることのできるハイブリダイゼーションプローブに関する。 In particular, to a hybridization probe that can be used mature miRNA about chain length 15 to 30 nucleotides for distinctively detecting the pre-miRNA and pri-miRNA and pre-miRNA.

マイクロRNA(miRNA)は生物のゲノムから転写された、タンパク質をコードしない通常19〜23塩基程度、場合によっては15〜30塩基程度の鎖長のRNAである。 Micro RNA (miRNA) is transcribed from the genome of an organism, a protein normally 19-23 base about which do not encode, in some cases an RNA chain length of about 15 to 30 bases. 最近の研究により、miRNAが細胞の発生、分化、癌化などの過程やウイルスの感染プロセスなどに重要な役割を果たしていることが示唆されている。 A recent study, miRNA generation of cells, differentiation, it has been suggested to play an important role, such as in the infection process of the process and viruses, such as cancerous. 活性な成熟miRNAの生成機構は以下のとおりである。 Generation mechanism of active mature miRNA is as follows.

まず、ゲノムより転写された1000塩基程度のpri−miRNAが切断され70−100塩基のpre−miRNAが生成する。 First, pri-miRNA of about 1000 bases which is transcribed from the genome is cut 70-100 bases of pre-miRNA is produced. このpre−miRNAが更に切断され、19〜23塩基程度の活性な成熟miRNAが生成する。 The pre-miRNA is further cleaved to produce active mature miRNA of about 19-23 bases. この成熟miRNAは標的のメッセンジャーRNAに結合しその翻訳を制御することで、そのメッセンジャーRNAの情報をもとに合成されるタンパク質の発現量の調節を行っている。 The mature miRNA is by controlling the combined its translation into messenger RNA of the target and regulate the expression of proteins synthesized on the basis of information of the messenger RNA. これらのmiRNAの機能を解明し、それらの情報を疾患の診断や治療に応用するためには細胞内に存在する多数のRNAの中から成熟miRNAを迅速かつ網羅的に検出する技術の開発が必要である。 To elucidate the function of these miRNA, is such information for application to the diagnosis and treatment of diseases requires the development of techniques for detecting the mature miRNA quickly and comprehensively from a number of RNA present in the cell it is.

現在使用されている手法としては、生体内の全RNAをカラムクロマトグラフィーやゲル電気泳動で鎖長にしたがって分離し、短鎖RNAのみを含む画分を溶出した後、ハイブリダイゼーション技術により、短鎖RNAのみを検出する方法が知られている(非特許文献1)。 The method currently being used, the total RNA in vivo separated according chain length by column chromatography or gel electrophoresis, after elution of the fractions containing only short chain RNA, by hybridization techniques, short chain how to detect only RNA is known (non-Patent Document 1). この方法によれば、サンプル中に長鎖核酸が含まれていないため、短鎖核酸のみを分析することができるが、カラムクロマトグラフィーや電気泳動を行うのに時間やコストがかかること、操作が煩雑なため熟練した技術社でなければ実施が困難であるなどの問題点がある。 According to this method, since the sample does not contain long chain nucleic acid, can be analyzed only short nucleic acid, it takes time and cost to perform the column chromatography and electrophoresis, the operation it is carried out if it is not skilled technology company for complicated there is a problem, such as it is difficult.

また、短鎖RNAの分子工程を省略するためにDNAポリメラーゼを用いて短鎖RNAをプライマーとした場合のみ鎖伸長が可能な酵素反応を用いた核酸の蛍光ラベルを用いる方法が報告されている(非特許文献2)。 Further, a method using a fluorescent label of a nucleic acid with a case where the short-chain RNA was primer only chain extension capable enzymatic reaction using DNA polymerase in order to omit the molecular processes of short RNA have been reported ( non-Patent Document 2). しかし、この方法は、複数の酵素反応を用いる方法であるため、操作が煩雑になるという問題がある。 However, this method is a method of using a plurality of enzymatic reactions, there is a problem that the operation becomes complicated.

また、非特許文献3には、短いRNAのみに結合するヘアピンプライマーを用いた成熟miRNA選択的なRT−PCR法が開示されている。 Further, Non-Patent Document 3, the mature miRNA selective RT-PCR method is disclosed using a hairpin primer that binds only to a short RNA. しかし、ヘアピンプライマーはそのヘアピン構造の熱力学的安定性を精密にデザインする必要があり、かならずしも汎用的かつ容易に用いることができるものではない。 However, hairpin primer must be precisely designed thermodynamic stability of the hairpin structure, does not necessarily can be used universally and easily. またRT−PCRでは細胞内に多数存在するmiRNAを網羅的に検出することが困難であるためスループットの点では最適な方法ではない。 Also not a miRNA an exhaustive in terms of throughput since it is difficult to detect the best way to present a large number in the cell in RT-PCR.

上記問題の根本原因は、これまでに存在する天然型および非天然型のオリゴヌクレオチドは核酸分子の配列を選択的に認識することはできるが、そのサイズを認識することができない点にある。 Root cause of the problem, but this natural and non-natural oligonucleotides present up can be selectively recognize the sequence of a nucleic acid molecule, in the inability to recognize the size. すなわち、ある配列に相補的なオリゴヌクレオチドはそのターゲットとする配列を一部として含む長い核酸分子にも結合してしまうため、pre−miRNAのように成熟miRNAの配列をその一部に含むRNAと成熟miRNAとをハイブリダイゼーションにより区別することが困難である。 In other words, an oligonucleotide complementary to a sequence order would also bind to a long nucleic acid molecule comprising a sequence of the target as part of a RNA comprising a sequence of a mature miRNA as pre-miRNA to a part it is difficult to distinguish between mature miRNA by hybridization. これらの問題点に関する解決法がいくつか提唱されている。 The solution for these problems have been proposed several.

例えば、マイクロアレイ上にヘアピン型のプローブを固定化した成熟RNA選択的マイクロアレイが報告されている(非特許文献4)。 For example, the mature RNA selective microarray immobilized hairpin probe have been reported on the microarray (Non-Patent Document 4). 該文献には、このヘアピンプローブにより短くプロセッシングされた成熟miRNAのみを認識できると記載されているが、プローーブにヘアピン構造を形成するためには、プローブの鎖長を必要以上に長くしなければならないため、プローブの合成コストを考えた場合最適な手法ではない。 The said document, it is described as to recognize only short processing mature miRNA by the hairpin probe, in order to form the hairpin structure Purobu must longer than necessary chain length of the probe Therefore, not an optimal approach when considering cost of synthesis of the probe. また、ヘアピンプライマーが実際にどのくらい成熟miRNAに選択的に結合するのかといった定量的評価も充分ではない。 In addition, quantitative evaluation, such as whether to selectively bind to actually how much mature miRNA hairpin primer not be enough.
また、オリゴヌクレオチドプローブの両末端に立体的に嵩高い置換基を導入して短鎖RNAのみを検出する方法も報告されている(特許文献1)が、短鎖RNAに対する結合の選択性が低く実用的な方法ではない。 Further, both ends sterically method of detecting only short RNA by introducing a bulky substituent has also been reported (Patent Document 1) oligonucleotide probes, less selective binding to short RNA not a practical way.

特開2007−238550号公報 JP 2007-238550 JP

従って、より効果的な分子デザインにより、簡素な化学修飾のみで優れた短鎖RNA選択性を示すことのできる、生産コスト的にも優れた人工オリゴヌクレオチドプローブの開発と、それらを用いた信頼性の高いRNA検出デバイスの開発が望まれる。 Thus, the more effective molecular design, capable of exhibiting an excellent short RNA selectivity only a simple chemical modification, development of artificial oligonucleotide probes excellent production cost, reliability with them development of high RNA detection devices with are desired.
本発明の目的はこれらの課題を解決するオリゴヌクレオチド誘導体とそれらを製造するための化合物を提供することにある。 An object of the present invention is to provide compounds for their manufacture and oligonucleotide derivatives for solving these problems.

上記目的を達成するため、本発明者らは鋭意検討した結果、オリゴヌクレオチドの末端にアニオンに解離することが可能な置換基を有するオリゴヌクレオチド誘導体を用いることにより、上記課題を解決し得るという知見を得た。 To achieve the above object, the present inventors have a result of intensive studies, the finding that by using oligonucleotide derivatives having a substituent capable of dissociating into anions at the end of an oligonucleotide, can solve the above problems It was obtained.
本発明は、上記知見に基づいてなされたものであり、一般式(1)で表わされるオリゴヌクレオチド誘導体及びそれらの塩を提供するものである。 The present invention has been made based on the above findings, there is provided an oligonucleotide derivatives and their salts represented by the general formula (1).
(式中、R 及びR は同一であっても異なっていてもよく、水素原子又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、j及びmは同一であっても異なっていてもよく、1〜10の整数を表わし、kは1〜50の整数を表わし、X、Y及びZは同一であっても異なっていてもよく、水酸基、水素原子、又は置換基を有してもよいアルコキシ基を表わす。Vは水素原子、水酸基、又は置換基を有してもよいアルコキシ基を表わし、Bは、互いに異なっていてもよい、天然もしくは非天然型の核酸塩基を表わし、W は、互いに異なっていてもよい、天然型もしくは非天然型の核酸塩基又は下記一般式(2)、一般式(4)、一般式(5)又は一般式(6)のいずれかで表わされる基を表わし、W は、互いに異なっていてもよい、天然型もしくは非 (Wherein, R 1 and R 2 may be the same or different and represent 1-6 alkyl hydrogen atom or a carbon atoms, j and m may be different even in the same represents an integer of 1 to 10, k is an integer of 1 to 50, X, Y and Z may be the same or different and a hydroxyl group, and a hydrogen atom, or a substituent .V representing the alkoxy group represents a hydrogen atom, a hydroxyl group, or an optionally substituted alkoxy group, B may be different from each other, it represents a natural or unnatural nucleobase, W 1 is , it may be different from each other, natural or unnatural nucleobase or the following general formula (2), the general formula (4), the general formula (5) or the general formula a group represented by any one of (6) It represents, W 2 may be different from each other, naturally occurring or non 然型の核酸塩基又は下記一般式(2)、一般式(4)、一般式(5)又は一般式(6)のいずれかで表わされる基を表わす(但し、W 及びW のうち少なくとも1個は一般式(2)、一般式(4)、一般式(5)又は一般式(6)のいずれかで表わされる基である。)) Natural type nucleic acid base or the following general formula (2), the general formula (4), the general formula (5) or the general formula represents a group represented by any one of (6) (provided that at least one of W 1 and W 2 1 is the general formula (2), the general formula (4), a group represented by any one of formulas (5) or the general formula (6).))
(式中、R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、L は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R はカルボキシル基、末端にカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、一般式(3)で表わされる基、又は末端に一般式(3)で表わされる基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, R 3 represents an alkyl group of 1-6 several hydrogen or carbon, L 1 is 2 to 6 carbon atoms alkane - diyl group, 4-8 cycloalkane carbon atoms - diyl group, phenylene group, or represents a naphthylidene group, R 4 is represented by the group represented by a carboxyl group, terminus alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a carboxyl group, the general formula (3), or terminal in the general formula (3) is an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms which has a group.)
(中Q及びTは、互いに同一であっても異なっていてもよく、酸素原子又は硫黄原子を表わし、R は水素原子、又は置換基を有してもよい炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Medium Q and T may be the being the same or different, an oxygen atom or represents a sulfur atom, R 5 is a hydrogen atom, or a substituted alkyl which may number 1 to 6 carbons have It represents a group.)
(式中R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、L は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R はカルボキシル基、末端にカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、一般式(3)で表わされる基、又は末端に一般式(3)で表わされる基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein R 6 represents hydrogen or alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, L 2 is 2 to 6 carbon atoms alkane - diyl group, 4-8 cycloalkane carbon atoms - diyl group, a phenylene group , or represents a naphthylidene group, represented by R 7 is a group represented by a carboxyl group, terminus alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a carboxyl group, the general formula (3), or terminal in the general formula (3) It represents the alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a group.)
(中Q及びTは、互いに同一であっても異なっていてもよく、酸素原子又は硫黄原子を表わし、R は水素原子、又は置換基を有してもよい炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Medium Q and T may be the being the same or different, an oxygen atom or represents a sulfur atom, R 5 is a hydrogen atom, or a substituted alkyl which may number 1 to 6 carbons have It represents a group.)
(式中、R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、L は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R はカルボキシル基、末端にカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、一般式(3)で表わされる基、又は末端に一般式(3)で表わされる基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, R 8 represents hydrogen or an alkyl group having 1 to 6 carbon, L 3 is an alkane of 2 to 6 carbon atoms - diyl group, number 4-8 cycloalkane carbon - diyl group, phenylene group, or represents a naphthylidene group, R 9 is represented by a group represented by a carboxyl group, terminus alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a carboxyl group, the general formula (3), or terminal in the general formula (3) is an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms which has a group.)
(中Q及びTは、互いに同一であっても異なっていてもよく、酸素原子又は硫黄原子を表わし、R は水素原子、又は置換基を有してもよい炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Medium Q and T may be the being the same or different, an oxygen atom or represents a sulfur atom, R 5 is a hydrogen atom, or a substituted alkyl which may number 1 to 6 carbons have It represents a group.)
(式中、L 、L は互いに同一であっても異なっていてもよく炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R 10 、R 11は互いに同一であっても異なっていてもよくカルボキシル基、末端にカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、一般式(3)で表わされる基、又は末端に一般式(3)で表わされる基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, L 4, L 5 is each independently an A to or different carbon atoms 2-6 alkane - diyl group, cycloalkane 4-8 carbon atoms - diyl group, a phenylene group, or represents naphthylidene group, R 10, R 11 group represented by alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, the general formula (3) with each other may carboxyl group which may be the same or different, terminal carboxyl group , or represents a alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a group represented terminated by the general formula (3).)
(式中、Q及びTは、互いに同一であっても異なっていてもよく、酸素原子又は硫黄原子を表わし、R は水素原子、又は置換基を有してもよい炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, Q and T may be the being the same or different, represent an oxygen atom or a sulfur atom, R 5 is a hydrogen atom, or a good number from 1 to 6 carbon which may have a substituent It represents an alkyl group.)

本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、好ましくは核酸検出用プローブとして用いられる。 Oligonucleotide derivatives of the present invention is preferably used as a probe for detecting nucleic acids.
また、本発明は、上記オリゴヌクレオチド誘導体を固体担体上に固定化してなるオリゴヌクレオチドアレイを提供する。 Further, the present invention provides an oligonucleotide array comprising the oligonucleotide derivative immobilized on a solid support.
また、本発明は、上記オリゴヌクレオチド誘導体を含む医薬組成物を提供する。 The present invention also provides a pharmaceutical composition comprising the oligonucleotide derivatives.
また、本発明は、一般式(7)で表わされるホスホロアミダイト化合物を提供する。 The present invention also provides a phosphoramidite compound represented by the general formula (7).
(式中、R 12は、5'水酸基の保護基を表わし、R 13はリン酸基の保護基を表わし、R 14及びR 15は、同一であっても異なっていてもよく、炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、R 14及びR 15が互いに結合して窒素原子とともに、環員数3〜13個の環を形成してもよく、R 16は水素原子、置換基を有してもよいアルコキシ基、RNA2'水酸基の保護基で保護された水酸基を表わし、B は一般式(8)、(9)(10)又は(11)のいずれかで表わされる基を表わす。) (Wherein, R 12 is 5 'represents a protecting group for a hydroxyl group, R 13 represents a protecting group of phosphoric acid group, R 14 and R 15, which may be the same or different and carbons 1 represents a 6 alkyl groups, together with the nitrogen atom bonded R 14 and R 15 together may form a ring members 3 to 13 ring, R 16 is a hydrogen atom, a substituent alkoxy group which may, RNA2 'represents a hydroxyl group protected by a protective group for a hydroxyl group, B 1 is the general formula (8), (9) (10) or a group represented by any one of (11).)
(式中、R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、L は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R 17は、一般式(12)で表わされる置換基、保護された水酸基、保護されたカルボキシル基、末端に保護されたカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に一般式(12)で表わされる置換基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に保護された水酸基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, R 3 represents an alkyl group of 1-6 several hydrogen or carbon, L 1 is 2 to 6 carbon atoms alkane - diyl group, 4-8 cycloalkane carbon atoms - diyl group, phenylene group, or represents a naphthylidene group, R 17 has the general formula (12) a substituent represented by, protected hydroxyl group, protected carboxyl group, the number 1 to 6 carbons having a protected carboxyl group at the end represents an alkyl group, terminus formula having 1-6 carbon having a substituent represented by (12) an alkyl group, alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a hydroxyl group protected in the end.)
(式中、R 23及びR 24は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ、リン酸基の保護基を表わす。) (Wherein, R 23 and R 24, which may be the same or different and each represents a protecting group of the phosphate group.)
(式中R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、L は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R 18は、一般式(12)で表わされる置換基、保護された水酸基、保護されたカルボキシル基、末端に保護されたカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に一般式(12)で表わされる置換基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に保護された水酸基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein R 6 represents hydrogen or alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, L 2 is 2 to 6 carbon atoms alkane - diyl group, 4-8 cycloalkane carbon atoms - diyl group, a phenylene group , or represents a naphthylidene group, R 18 is a substituted group represented by the general formula (12), protected hydroxyl group, protected carboxyl group, an alkyl having 1 to 6 carbon atoms having a protected carboxyl group at the end represents groups, terminal generally alkyl groups having 1 to 6 carbon atoms having a substituent represented by (12), the alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a hydroxyl group protected in the end.)
(式中、R 23及びR 24は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ、リン酸基の保護基を表わす。) (Wherein, R 23 and R 24, which may be the same or different and each represents a protecting group of the phosphate group.)
(式中、R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、L は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R 19は、一般式(12)で表わされる置換基、保護された水酸基、保護されたカルボキシル基、末端に保護されたカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に一般式(12)で表わされる置換基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に保護された水酸基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, R 8 represents hydrogen or an alkyl group having 1 to 6 carbon, L 3 is an alkane of 2 to 6 carbon atoms - diyl group, number 4-8 cycloalkane carbon - diyl group, phenylene group, or represents a naphthylidene group, R 19 is a substituted group represented by the general formula (12), protected hydroxyl group, protected carboxyl group, the number 1 to 6 carbons having a protected carboxyl group at the end represents an alkyl group, terminus formula having 1-6 carbon having a substituent represented by (12) an alkyl group, alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a hydroxyl group protected in the end.)
(式中、R 23及びR 24は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ、リン酸基の保護基を表わす。) (Wherein, R 23 and R 24, which may be the same or different and each represents a protecting group of the phosphate group.)
(式中、L 、L は互いに同一であっても異なっていてもよく炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R 20 、R 21は互いに同一であっても異なっていてもよく、一般式(12)で表わされる置換基、保護された水酸基、保護されたカルボキシル基、末端に保護されたカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に一般式(12)で表わされる置換基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に保護された水酸基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, L 4, L 5 is each independently an A to or different carbon atoms 2-6 alkane - diyl group, cycloalkane 4-8 carbon atoms - diyl group, a phenylene group, or represents naphthylidene group, R 20, R 21 may be the being the same or different, substituent represented by the general formula (12), protected hydroxyl group, protected carboxyl group, protected at the terminal alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a carboxyl group, the number of carbon atoms having a hydroxyl group protected alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, the terminal having a substituent represented by the general formula (12) to the terminal 1 It represents a 6 alkyl group.)
(式中、R 23及びR 24は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ、リン酸基の保護基を表わす。) (Wherein, R 23 and R 24, which may be the same or different and each represents a protecting group of the phosphate group.)

本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、その末端部にアニオンに解離することが可能な置換基を有しているので、適当な反応条件を設定することにより、短い相補鎖とのみ結合し、長い相補鎖RNAや相補DNAとは結合しないオリゴヌクレオチド誘導体である。 Oligonucleotide derivatives of the present invention has a substituent capable of dissociating into anions at its end portion, by setting the appropriate reaction conditions, bonded only to the short complementary strand, long complementary strand the RNA and complementary DNA oligonucleotide derivative which does not bind. その結果、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体と細胞から抽出した様々な鎖長及び配列を有する核酸を反応させることにより、加えたオリゴヌクレオチドに相補的な配列を有し、かつ加えたオリゴヌクレオチドよりも鎖長の短い核酸とのみ結合させ、鎖長の短い核酸の単離、検出、機能制御に用いることができる。 As a result, by reacting the nucleic acid with a variety of chain lengths and sequences extracted from an oligonucleotide derivative and the cells of the present invention, a sequence complementary to the oligonucleotide was added, and the chain than the oligonucleotides added it is bonded only to the length of short nucleic acid, the isolation of short chain length nucleic acid, detection, can be used for function control.

以下、まず本発明のオリゴヌクレオチド誘導体について説明する。 Hereinafter, it will be described first oligonucleotide derivative of the present invention.
本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、下記一般式(1)で表わされる。 Oligonucleotide derivatives of the present invention is represented by the following general formula (1).

上記一般式(1)において、R 及びR は同一であっても異なっていてもよく、水素原子又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。 In the general formula (1), R 1 and R 2 may be the same or different and represent a hydrogen atom or an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms. アルキル基としては、例えば、メチル、エチル、n−プロピル、イソプロピル、n−ブチル、イソブチル、ブタン−2−イル、n−ペンチル、n−ヘキシルが挙げられるが、これらに限定されない。 As the alkyl group, e.g., methyl, ethyl, n- propyl, isopropyl, n- butyl, isobutyl, butan-2-yl, n- pentyl, n- hexyl include, but are not limited to.
j及びmは、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ1〜10の整数であり、好ましくは1〜5である。 j and m may be the same or different and is an integer of 1 to 10, respectively, preferably 1 to 5. j及びmが10を超えても、10以下の場合に比べて効果に差異はないため、上記範囲が適当である。 Also j and m is greater than 10, since there is no difference to the effect as compared with the case of 10 or less, the range is appropriate.

kは1〜50の整数であり、好ましくは5〜30である。 k is an integer of 1 to 50, preferably 5 to 30. kは、検出しようとするDNA又はRNA(miRNA等)の鎖長によって変えることができる。 k can be varied by the chain length of DNA or RNA to be detected (miRNA etc.). すなわち、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、その末端部にアニオンに解離することが可能な置換基を有しており、この置換基がアニオンに解離することにより相補鎖RNA又は相補鎖DNAと静電反発が起こり、長い鎖長のものは結合できなくなり、末端部のアニオンとアニオンとの長さのものよりも短いDNA鎖及びRNA鎖のみが、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体と結合することができるようになる。 In other words, an oligonucleotide derivative of the present invention has a substituent capable of dissociating into anions at its end portion, complementary strand RNA or complementary strand DNA and electrostatic By this substituent is dissociated into anion rebound occurs, chain length ones will not bind, only short DNA strand and an RNA strand than the length of the anion and the anion of the distal portion, so that can bind to an oligonucleotide derivative of the present invention become. 従って、検出しようとするmiRNA等の長さによって、kの範囲を変動させることが可能である。 Therefore, the length of the miRNA, etc. to be detected, it is possible to vary the range of k.

X、Y及びZは、同一であっても、異なっていてもよく、それぞれ水素原子、水酸基、又は置換基を有していてもよいアルコキシ基である。 X, Y and Z are identical or different and are each a hydrogen atom, a hydroxyl group, or have a substituent is also alkoxy groups. アルコキシ基としては、炭素数が1〜6個のアルコキシ基が好ましく、このようなアルコキシ基としては、例えば、メトキシ基、エトキシ基、プロポキシ基、プロパン−1−イルオキシ基、ブタン−1−イルオキシ基、1−ブチルオキシ基、1−ペンチルオキシ基、1−ヘキシルオキシ基等が挙げられ、また、2−プロピルオキシ基、イソブチルオキシ基等のように分枝したアルコキシ基、シクロプロピルオキシ基、シクロブチルオキシ基、シクロペンチルオキシ基、シクロヘキシルオキシ基、シクロプロピルメチルオキシ基等の、側鎖の一部もしくは全部が環化したアルコキシ基も含む。 The alkoxy group preferably has 1-6 alkoxy group carbon atoms, examples of such alkoxy groups include a methoxy group, an ethoxy group, a propoxy group, propane-1-yloxy group, butan-1-yloxy group , 1-butyloxy group, 1-pentyloxy group, 1-hexyloxy group and the like, also, 2-propyl group, branched alkoxy group such as such as isobutyl group, cyclopropyl group, cyclobutyl oxy group, cyclopentyloxy group, cyclohexyloxy group, such as cyclopropylmethyl group, also alkoxy group in which part or all cyclized side chains containing. また、上記置換基としては、例えば、ブロモ、クロロ、ヨード、ヒドロキシル、シアノ、アルコキシ、アミノ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アリール、ヘテロアリール等が挙げられる。 Further, examples of the substituent, for example, bromo, chloro, iodo, hydroxyl, cyano, alkoxy, amino, alkylamino, dialkylamino, aryl, heteroaryl and the like.
Vは水素原子、水酸基、又は置換基を有していてもよいアルコキシ基である。 V is an alkoxy group which may have a hydrogen atom, a hydroxyl group, or a substituent. アルコキシ基、置換基については、上記X、Y及びZについて説明したのと同様である。 Alkoxy groups, for the substituents are the same as described above X, the Y and Z.

Bは、互いに異なっていてもよい、天然もしくは非天然型の核酸塩基を表す。 B may be different from each other, it represents a natural or unnatural nucleobase. 天然型の核酸塩基としては、例えば、チミン−1−イル、シトシン−1−イル、5−メチル−シトシン−1−イル、ウラシル−1−イル、ウラシル−5−イル、アデニン−9−イル、グアニン−9−イルなどが挙げられる。 The natural nucleobases, e.g., thymine-1-yl, cytosine-1-yl, 5-methyl - cytosine-1-yl, uracil-1-yl, uracil-5-yl, adenine-9-yl, such as guanine-9-yl. また、非天然型の核酸塩基とは、天然型の核酸塩基の環外酸素原子や環外窒素原子や環内窒素原子や環内炭素原子に置換基を有するなどの化学修飾、または環外酸素原子や環内窒素原子や環内炭素原子が他の原子に置換されるなどの化学修飾、もしくはこれらの化学修飾をともに有する核酸塩基の誘導体を表わし特に限定はされないが、好ましくは2−チオチミン−1−イル、2−チオウラシル−1−イル、N2−アシル−3−デアザグアニン−9−イル、N2−カルバモイルグアニン−9−イル、N4−アシルシトシン−1−イル、N6−アシル−7−デアザアデニン−9−イル、N6−アシル−7−デアザ−8‐アザアデニン−9−イルなどがあげられ、特に好ましくは2−チオチミン−1−イル、2−チオウラシル−1−イル、N2− Also, the non-naturally occurring nucleobases, chemical modifications, such as with an exocyclic oxygen atom or exocyclic nitrogen atom or endocyclic nitrogen atom or endocyclic substituent to a carbon atom of a natural nucleic acid bases or exocyclic oxygen chemical modifications, such as atoms or endocyclic nitrogen atoms and ring carbon atoms are replaced with another atom or is not limited particularly represent derivatives of nucleic bases having both these chemical modifications, preferably 2-thiothymine - 1-yl, 2-thiouracil-1-yl, N2- acyl-3-deazaguanine-9-yl, N2- carbamoyl guanine-9-yl, N4-acyl cytosine-1-yl, N6-acyl-7-deazaadenine - 9-yl, N6-acyl-7-deaza-8-azaadenine-9-yl and the like, particularly preferably thiothymine-1-yl, 2-thiouracil-1-yl, N2- セチル−3−デアザグアニン−9−イル、N2−カルバモイルグアニン−9−イル、N4−アセチルシトシン−1−イル、N6−アセチル−7−デアザアデニン−9−イル、N6−アセチル−7−デアザ−8‐アザアデニン−9−イルなどがあげられる。 Cetyl-3-deazaguanine-9-yl, N2- carbamoyl guanine-9-yl, N4-acetyl cytosine-1-yl, N6-acetyl-7-deazaadenine-9-yl, N6-acetyl-7-deaza-8- azaadenine-9-yl, and the like. また、これらの互変異性体であってもよい。 Or it may be a tautomer thereof.

は、互いに異なっていてもよい、天然型もしくは非天然型の核酸塩基、又は一般式(2)、一般式(4)一般式(5)又は一般式(6)のいずれかで表わされる置換基を表す。 W 1 is represented by any one of which may be different from each other, natural or unnatural nucleobase, or the general formula (2), the general formula (4) Formula (5) or the general formula (6) It represents a substituent. 天然型もしくは非天然型の核酸塩基とは、上記Bについて説明したのと同様である。 The natural or unnatural nucleobase, is similar to that described above B.
上記一般式(2)において、R は水素原子又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。 In the general formula (2), R 3 represents a hydrogen atom or an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms. アルキル基としては、例えば、メチル、エチル、n−プロピル、イソプロピル、n−ブチル、イソブチル、ブタン−2−イル、n−ペンチル、n−ヘキシルが挙げられるが、これらに限定されない。 As the alkyl group, e.g., methyl, ethyl, n- propyl, isopropyl, n- butyl, isobutyl, butan-2-yl, n- pentyl, n- hexyl include, but are not limited to.
は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わす。 L 1 is an alkane of 2 to 6 carbon atoms - represents a diyl group, phenylene group, or naphthylidene group - diyl group, cycloalkane 4-8 carbon atoms. アルカン−ジイル基としては、例えば、炭素数2〜6個のアルカンジイル基を表わし、エチレン、プロパン−1,3−ジイル、ブタン−1,4−ジイル、ペンタン−1,5−ジイル、ヘキサン−1,6−ジイル等が挙げられる。 Alkane - The diyl group, for example, represents the number 2-6 alkanediyl group atoms include ethylene, propane-1,3-diyl, butane-1,4-diyl, pentane-1,5-diyl, hexane - 1,6-diyl, and the like. また、ブタン−1,3−ジイルなどの分岐した基も含まれる。 Also included are branched groups such as butane-1,3-diyl. シクロアルカン−ジイル基とは、例えば、炭素数4〜8個のシクロアルカンから導かれる二価の基を意味し、シクロブタン−1,3−ジイル、シクロブタン−1,2−ジイル、シクロペンタン−1,3−ジイル、シクロペンタン−1,2−ジイル、シクロヘキサン−1,2−ジイル、シクロヘキサン−1,3−ジイル、シクロヘキサン−1,4−ジイル等が含まれ、シス、トランスの区別が可能な基についてはその双方が含まれる。 Cycloalkanes - and diyl group, for example, means a divalent group derived from a number 4-8 cycloalkane carbon, cyclobutane-1,3-diyl, cyclobutane-1,2-diyl, cyclopentane -1 , 3-diyl, cyclopentane-1,2-diyl, cyclohexane-1,2-diyl, cyclohexane-1,3-diyl, cyclohexane-1,4-diyl and the like are included, which can cis, the distinction between trans the group includes both. フェニレン基はベンゼンから導かれる二価の基を意味し、1,2−フェニレン、1,3−フェニレン、1,4−フェニレン等が含まれる。 Phenylene group means a divalent group derived from benzene, 1,2-phenylene, 1,3-phenylene include 1,4-phenylene. ナフチリデン基とはナフタレンから導かれる二価の基を意味し、1,2−ナフチリデン、1,3−ナフチリデン、1,4−ナフチリデン、1,5−ナフチリデン、1,6−ナフチリデン、1,7−ナフチリデン、1,8−ナフチリデン、2,3−ナフチリデン、2,6−ナフチリデン、2,7−ナフチリデン等が挙げられる。 Means a divalent radical from the naphthylidene group derived from naphthalene, 1,2-naphthylidene, 1,3-naphthylidene, 1,4-naphthylidene, 1,5-naphthylidene, 1,6-naphthylidene, 1,7 naphthylidene, 1,8-naphthylidene, 2,3-naphthylidene, 2,6-naphthylidene, 2,7-naphthylidene and the like.
はカルボキシル基、末端にカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、一般式(3)で表わされる基、又は末端に一般式(3)で表わされる基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。 R 4 is 1 to carbon atoms having a carboxyl group, terminal alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a carboxyl group, the general formula a group represented by (3), or terminal in the general formula a group represented by (3) It represents a 6 alkyl groups. ここで、アルキル基とは、上述したものが挙げられる。 Here, the alkyl group include those described above.
上記一般式(3)において、Q及びTは、互いに同一であっても異なっていてもよく、酸素原子又は硫黄原子を表わし、R は水素原子、又は置換基を有してもよい炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。 In the general formula (3), Q and T may be the being the same or different, represent an oxygen atom or a sulfur atom, R 5 is a hydrogen atom, or carbon atoms, which may have a substituent It represents 1 to 6 alkyl groups. ここで、アルキル基としては、例えば、メチル、エチル、n−プロピル、イソプロピル、n−ブチル、イソブチル、ブタン−2−イル、n−ペンチル、n−ヘキシルが挙げられるが、これらに限定されない。 The alkyl group, e.g., methyl, ethyl, n- propyl, isopropyl, n- butyl, isobutyl, butan-2-yl, n- pentyl, n- hexyl include, but are not limited to. また、置換基としては、例えば、ブロモ、クロロ、ヨード、ヒドロキシル、シアノ、アルコキシ、アミノ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アリール、ヘテロアリール等が挙げられる。 As the substituent, for example, bromo, chloro, iodo, hydroxyl, cyano, alkoxy, amino, alkylamino, dialkylamino, aryl, heteroaryl and the like.

上記一般式(4)において、R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。 In the general formula (4), R 6 represents hydrogen or alkyl group having 1 to 6 carbon atoms. アルキル基としては、例えば、メチル、エチル、n−プロピル、イソプロピル、n−ブチル、イソブチル、ブタン−2−イル、n−ペンチル、n−ヘキシルが挙げられるが、これらに限定されない。 As the alkyl group, e.g., methyl, ethyl, n- propyl, isopropyl, n- butyl, isobutyl, butan-2-yl, n- pentyl, n- hexyl include, but are not limited to. は、炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わす。 L 2 is an alkane of 2-6 carbon atoms - represents diyl group, a phenylene group, or naphthylidene group - diyl group, a 4 to 8 carbon atoms cycloalkanes. アルカン−ジイル基としては、例えば、炭素数2〜6個のアルカンジイル基を表わし、エチレン、プロパン−1,3−ジイル、ブタン−1,4−ジイル、ペンタン−1,5−ジイル、ヘキサン−1,6−ジイル等が挙げられる。 Alkane - The diyl group, for example, represents the number 2-6 alkanediyl group atoms include ethylene, propane-1,3-diyl, butane-1,4-diyl, pentane-1,5-diyl, hexane - 1,6-diyl, and the like. また、ブタン−1,3−ジイルなどの分岐した基も含まれる。 Also included are branched groups such as butane-1,3-diyl. シクロアルカン−ジイル基とは、例えば、炭素数4〜8個のシクロアルカンから導かれる二価の基を意味し、シクロブタン−1,3−ジイル、シクロブタン−1,2−ジイル、シクロペンタン−1,3−ジイル、シクロペンタン−1,2−ジイル、シクロヘキサン−1,2−ジイル、シクロヘキサン−1,3−ジイル、シクロヘキサン−1,4−ジイル等が含まれ、シス、トランスの区別が可能な基についてはその双方が含まれる。 Cycloalkanes - and diyl group, for example, means a divalent group derived from a number 4-8 cycloalkane carbon, cyclobutane-1,3-diyl, cyclobutane-1,2-diyl, cyclopentane -1 , 3-diyl, cyclopentane-1,2-diyl, cyclohexane-1,2-diyl, cyclohexane-1,3-diyl, cyclohexane-1,4-diyl and the like are included, which can cis, the distinction between trans the group includes both. フェニレン基はベンゼンから導かれる二価の基を意味し、1,2−フェニレン、1,3−フェニレン、1,4−フェニレン等が含まれる。 Phenylene group means a divalent group derived from benzene, 1,2-phenylene, 1,3-phenylene include 1,4-phenylene. ナフチリデン基とはナフタレンから導かれる二価の基を意味し、1,2−ナフチリデン、1,3−ナフチリデン、1,4−ナフチリデン、1,5−ナフチリデン、1,6−ナフチリデン、1,7−ナフチリデン、1,8−ナフチリデン、2,3−ナフチリデン、2,6−ナフチリデン、2,7−ナフチリデン等が挙げられる。 Means a divalent radical from the naphthylidene group derived from naphthalene, 1,2-naphthylidene, 1,3-naphthylidene, 1,4-naphthylidene, 1,5-naphthylidene, 1,6-naphthylidene, 1,7 naphthylidene, 1,8-naphthylidene, 2,3-naphthylidene, 2,6-naphthylidene, 2,7-naphthylidene and the like. はカルボキシル基、末端にカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、一般式(3)で表わされる基、又は末端に一般式(3)で表わされる基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。 R 7 is 1 to carbon atoms having a carboxyl group, terminal alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a carboxyl group, the general formula a group represented by (3), or terminal in the general formula a group represented by (3) It represents a 6 alkyl groups. ここで、アルキル基とは、上述したものが挙げられる。 Here, the alkyl group include those described above.

上記一般式(5)において、R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。 In the general formula (5), R 8 represents hydrogen or alkyl group having 1 to 6 carbon atoms. アルキル基としては、例えば、メチル、エチル、n−プロピル、イソプロピル、n−ブチル、イソブチル、ブタン−2−イル、n−ペンチル、n−ヘキシルが挙げられるが、これらに限定されない。 As the alkyl group, e.g., methyl, ethyl, n- propyl, isopropyl, n- butyl, isobutyl, butan-2-yl, n- pentyl, n- hexyl include, but are not limited to. は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わす。 L 3 is alkane of 2 to 6 carbon atoms - represents a diyl group, phenylene group, or naphthylidene group - diyl group, cycloalkane 4-8 carbon atoms. アルカン−ジイル基としては、例えば、炭素数2〜6個のアルカンジイル基を表わし、エチレン、プロパン−1,3−ジイル、ブタン−1,4−ジイル、ペンタン−1,5−ジイル、ヘキサン−1,6−ジイル等が挙げられる。 Alkane - The diyl group, for example, represents the number 2-6 alkanediyl group atoms include ethylene, propane-1,3-diyl, butane-1,4-diyl, pentane-1,5-diyl, hexane - 1,6-diyl, and the like. また、ブタン−1,3−ジイルなどの分岐した基も含まれる。 Also included are branched groups such as butane-1,3-diyl. シクロアルカン−ジイル基とは、例えば、炭素数4〜8個のシクロアルカンから導かれる二価の基を意味し、シクロブタン−1,3−ジイル、シクロブタン−1,2−ジイル、シクロペンタン−1,3−ジイル、シクロペンタン−1,2−ジイル、シクロヘキサン−1,2−ジイル、シクロヘキサン−1,3−ジイル、シクロヘキサン−1,4−ジイル等が含まれ、シス、トランスの区別が可能な基についてはその双方が含まれる。 Cycloalkanes - and diyl group, for example, means a divalent group derived from a number 4-8 cycloalkane carbon, cyclobutane-1,3-diyl, cyclobutane-1,2-diyl, cyclopentane -1 , 3-diyl, cyclopentane-1,2-diyl, cyclohexane-1,2-diyl, cyclohexane-1,3-diyl, cyclohexane-1,4-diyl and the like are included, which can cis, the distinction between trans the group includes both. フェニレン基はベンゼンから導かれる二価の基を意味し、1,2−フェニレン、1,3−フェニレン、1,4−フェニレン等が含まれる。 Phenylene group means a divalent group derived from benzene, 1,2-phenylene, 1,3-phenylene include 1,4-phenylene. ナフチリデン基とはナフタレンから導かれる二価の基を意味し、1,2−ナフチリデン、1,3−ナフチリデン、1,4−ナフチリデン、1,5−ナフチリデン、1,6−ナフチリデン、1,7−ナフチリデン、1,8−ナフチリデン、2,3−ナフチリデン、2,6−ナフチリデン、2,7−ナフチリデン等が挙げられる。 Means a divalent radical from the naphthylidene group derived from naphthalene, 1,2-naphthylidene, 1,3-naphthylidene, 1,4-naphthylidene, 1,5-naphthylidene, 1,6-naphthylidene, 1,7 naphthylidene, 1,8-naphthylidene, 2,3-naphthylidene, 2,6-naphthylidene, 2,7-naphthylidene and the like. はカルボキシル基、末端にカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、一般式(3)で表わされる基、又は末端に一般式(3)で表わされる基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。 R 9 is 1 to carbon atoms having a carboxyl group, terminal alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a carboxyl group, the general formula a group represented by (3), or terminal in the general formula a group represented by (3) It represents a 6 alkyl groups. ここで、アルキル基とは、上述したものが挙げられる。 Here, the alkyl group include those described above.
上記一般式(6)において、L 、L は同一であっても異なっていてもよく炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わす。 In the general formula (6), L 4, L 5 may 2 to 6 carbon atoms be different even in the same alkane - diyl group, 4-8 cycloalkane carbon atoms - diyl group, phenylene It represents a group, or naphthylidene group. アルカン−ジイル基としては、例えば、炭素数2〜6個のアルカンジイル基を表わし、エチレン、プロパン−1,3−ジイル、ブタン−1,4−ジイル、ペンタン−1,5−ジイル、ヘキサン−1,6−ジイル等が挙げられる。 Alkane - The diyl group, for example, represents the number 2-6 alkanediyl group atoms include ethylene, propane-1,3-diyl, butane-1,4-diyl, pentane-1,5-diyl, hexane - 1,6-diyl, and the like. また、ブタン−1,3−ジイルなどの分岐した基も含まれる。 Also included are branched groups such as butane-1,3-diyl. シクロアルカン−ジイル基とは、例えば、炭素数4〜8個のシクロアルカンから導かれる二価の基を意味し、シクロブタン−1,3−ジイル、シクロブタン−1,2−ジイル、シクロペンタン−1,3−ジイル、シクロペンタン−1,2−ジイル、シクロヘキサン−1,2−ジイル、シクロヘキサン−1,3−ジイル、シクロヘキサン−1,4−ジイル等が含まれ、シス、トランスの区別が可能な基についてはその双方が含まれる。 Cycloalkanes - and diyl group, for example, means a divalent group derived from a number 4-8 cycloalkane carbon, cyclobutane-1,3-diyl, cyclobutane-1,2-diyl, cyclopentane -1 , 3-diyl, cyclopentane-1,2-diyl, cyclohexane-1,2-diyl, cyclohexane-1,3-diyl, cyclohexane-1,4-diyl and the like are included, which can cis, the distinction between trans the group includes both. フェニレン基はベンゼンから導かれる二価の基を意味し、1,2−フェニレン、1,3−フェニレン、1,4−フェニレン等が含まれる。 Phenylene group means a divalent group derived from benzene, 1,2-phenylene, 1,3-phenylene include 1,4-phenylene. ナフチリデン基とはナフタレンから導かれる二価の基を意味し、1,2−ナフチリデン、1,3−ナフチリデン、1,4−ナフチリデン、1,5−ナフチリデン、1,6−ナフチリデン、1,7−ナフチリデン、1,8−ナフチリデン、2,3−ナフチリデン、2,6−ナフチリデン、2,7−ナフチリデン等が挙げられる。 Means a divalent radical from the naphthylidene group derived from naphthalene, 1,2-naphthylidene, 1,3-naphthylidene, 1,4-naphthylidene, 1,5-naphthylidene, 1,6-naphthylidene, 1,7 naphthylidene, 1,8-naphthylidene, 2,3-naphthylidene, 2,6-naphthylidene, 2,7-naphthylidene and the like. はカルボキシル基、末端にカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、一般式(3)で表わされる基、又は末端に一般式(3)で表わされる基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。 R 9 is 1 to carbon atoms having a carboxyl group, terminal alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a carboxyl group, the general formula a group represented by (3), or terminal in the general formula a group represented by (3) It represents a 6 alkyl groups. ここで、アルキル基とは、上述したものが挙げられる。 Here, the alkyl group include those described above.

は、W と同様、互いに異なっていてもよい、天然型もしくは非天然型の核酸塩基又は一般式(2)、一般式(4)、一般式(5)、又は一般式(6)のいずれかで表わされる基を表す。 W 2 is similar to the W 1, may be different from each other, natural or unnatural nucleobase, or the general formula (2), the general formula (4), the general formula (5), or the general formula (6) It represents a group represented by any one of. 天然型もしくは非天然型の核酸塩基、一般式(2)、一般式(4)、一般式(5)、又は一般式(6)については、W において説明したものと同様である。 Natural or unnatural nucleobase, general formula (2), for the general formula (4), the general formula (5), or the general formula (6) are the same as those described in W 1. 本発明のオリゴヌクレオチド誘導体においては、W 及びW のうち少なくとも1個が、一般式(2)、一般式(4)、一般式(5)、又は一般式(6)のいずれかで表わされる基である。 In the oligonucleotide derivatives of the present invention, at least one of W 1 and W 2, the general formula (2), the general formula (4), the general formula (5), or any by represented the general formula (6) is a group. すなわち、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、少なくとも一方の末端に、一般式(2)、一般式(4)、一般式(5)、又は一般式(6)のいずれかで表わされる基を有している。 In other words, an oligonucleotide derivative of the present invention, the at least one end, the general formula (2), the general formula (4), the general formula (5), or has a group represented by any one of formulas (6) ing. すなわち、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、少なくとも一方の末端に、カルボン酸アニオン、リン酸アニオン等のアニオンに解離することが可能な置換基が存在する。 In other words, an oligonucleotide derivative of the present invention, the at least one end, a carboxylate anion, a substituted group that can dissociate into an anion such as phosphate anions are present. 本発明のオリゴヌクレオチド誘導体においては、少なくとも一方の末端に、少なくとも1個の、アニオンに解離することが可能な置換基があればよく、両方の末端にあってもよい。 In the oligonucleotide derivatives of the present invention, the at least one end, at least one, it may be any substituent group capable of dissociating into anions may be in both ends. また、アニオンに解離することが可能な置換基は1個のみでなく、複数個存在してもよい。 The substitution group capable of dissociating into anions not only one, may be plural exist.
なお、一般式(1)におけるBは、検出しようとする核酸に相補的な配列となるなど、適当な結合力を有する配列を選択することができる。 Incidentally, B in the general formula (1), such as a sequence complementary to the nucleic acid to be detected, it is possible to select the sequence with the appropriate cohesive strength.

本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、その塩の形態であってもよい。 Oligonucleotide derivatives of the present invention may be in the form of its salts. 本明細書で用いられる塩とは、本発明のヌクレオチド誘導体中に含まれる一部もしくは全てのリン酸基及びカルボキシル基のプロトンが陽イオンに置き換わった化合物を意味する。 Salts, as used herein, protons partially contained in the nucleotide derivative or all of the phosphoric acid group and a carboxyl group of the present invention means a compound replaced by cations. 陽イオンとしては、例えば、アンモニウム、モノアルキルアンモニウム、ジアルキルアンモニウム、トリアルキルアンモニウム、テトラアルキルアンモニウムなどのアンモニウムイオン類および、ナトリウムイオン、カリウムイオン、リチウムイオン、カルシウムイオン、マグネシウムイオン、マンガンイオン、鉄イオン、銅イオンなどの金属イオン類が挙げられる。 The cations such as ammonium, monoalkyl ammonium, dialkyl ammonium, trialkylammonium, ammonium ions such as tetraalkylammonium and sodium ions, potassium ions, lithium ions, calcium ions, magnesium ions, manganese ions, iron ions , and metal ions such as copper ions.

本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、その末端部にアニオンに解離することが可能な置換基を有しているので、適当な反応条件を設定することにより、末端部にアニオンが生成する。 Oligonucleotide derivatives of the present invention has a substituent capable of dissociating into anions at its end portion, by setting the appropriate reaction conditions, the anion is generated in the end. 本発明のオリゴヌクレオチド誘導体を用いて、短い相補鎖のみを検出する方法について図面を参照しつつ説明する。 Using the oligonucleotide derivative of the present invention will be described with reference to the drawings a method of detecting only short complementary strand. 図1は、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体を用いて、短い相補鎖のみを検出する方法を模式的に示した図である。 1, using the oligonucleotide derivative of the present invention, is a diagram schematically showing a method of detecting only short complementary strand.

図1に示すように、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、適当な反応条件下では、その末端部にアニオンが生成する。 As shown in FIG. 1, an oligonucleotide derivative of the present invention, in suitable reaction conditions, the anion is generated in its distal end. ここに、長い相補鎖と短い相補鎖を混合すると、短い相補鎖(ここで、短いとは、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体の末端のアニオンから他方の末端のアニオンの間の距離よりも短いことを意味する。)は、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体と結合する。 Here, when mixing long complementary strand and short complementary strand, short complementary strand (here, short and is that from the end of the anion of an oligonucleotide derivative of the present invention shorter than the distance between the other end of the anion meaning.) binds to an oligonucleotide derivative of the present invention. 一方、長い相補鎖においては、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体と結合と相補的な部分を有しているにもかかわらず、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体の末端部にアニオンが存在するため、この部分で静電反発が起こり、長い相補鎖は本発明のオリゴヌクレオチド誘導体と結合することができない。 On the other hand, in the long complementary strand, despite have complementary part and coupled to the oligonucleotide derivative of the present invention, since the anion is present at the end portion of the oligonucleotide derivative of the present invention, in this part occur electrostatic repulsion, long complementary strand can not be combined with an oligonucleotide derivative of the present invention.

このような性質を利用することにより、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体と細胞から抽出した様々な鎖長及び配列を有する核酸とを反応させることにより、本発明のオリゴヌクレオチドに相補的な配列を有し、かつ鎖長の短い核酸のみと結合させ、鎖長の短い核酸を単離、検出、機能制御することが可能となる。 By utilizing such properties, by reacting a nucleic acid having a variety of chain lengths and sequences extracted from an oligonucleotide derivative and the cells of the present invention, a sequence complementary to the oligonucleotide of the present invention and short nucleic acid only bound with chain length, isolated short chain length nucleic acid, detection, it is possible to function control. 例えば、細胞内に存在する成熟miRNAをPre−mRNAと区別して検出することが可能となる。 For example, it is possible to detect the mature miRNA present in a cell in distinction from the Pre-mRNA. すなわち、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、核酸検出プローブとして用いることができる。 In other words, an oligonucleotide derivative of the present invention can be used as a nucleic acid detection probe.
なお、適当な反応条件とは、当該技術分野において公知であり、プローブとオリゴヌクレオチドとをハイブリダイズするための条件を意味する。 Here, the suitable reaction conditions are known in the art, it refers to the conditions for hybridizing a probe and oligonucleotides.

なお、上記適当な条件とは、検出しようとするオリゴヌクレオチド、また、本発明のヌクレオチドの塩基配列や塩基組成等により異なるため、一概には規定できないが、一般的な条件としては下記の通りである。 The above and the suitable conditions, the oligonucleotides to be detected also, because it varies by nucleotide sequences or nucleotide composition of the polynucleotides of the present invention, but unconditionally can not be defined, as the general conditions were as follows is there.
ハイブリダイゼーションは、96穴又は384穴のプラスチックプレート中で実施してもよい。 Hybridization may be carried out in plastic plates in 96-well or 384-well. このようなプレートの穴に、本発明のオリゴヌクレオチドを点着させ、次いで、試料を添加してハイブリダイゼーションを行う。 The holes of such plates, the oligonucleotides of the present invention is spotted, then, performing hybridization with the addition of sample. 又は、後述する、本発明のオリゴヌクレオチドアレイを用いてもよい。 Or, to be described later, it may be used oligonucleotide arrays of the present invention. ハイブリダイゼーションは、室温〜70℃程度の温度範囲で、6〜20時間の範囲で実施することが好ましい。 Hybridization is carried out at a temperature range of about room temperature to 70 ° C., it is preferably carried out in the range of 6 to 20 hours. ハイブリダイゼーション終了後、界面活性剤と緩衝液との混合溶液を用いて洗浄を行い、未反応のオリゴヌクレオチドを除去する。 After completion of the hybridization, washed with a mixed solution of a surfactant and a buffer to remove unreacted oligonucleotides. 界面活性剤としては、ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)等が挙げられる。 The surface active agents include sodium dodecyl sulfate (SDS) and the like. ハイブリダイゼーションを実施する緩衝液としては、例えば、クエン酸緩衝液、リン酸緩衝液、ホウ酸緩衝液、トリス緩衝液、グッド緩衝液等が挙げられる。 The buffer solution to carry out hybridization, for example, citrate buffer, phosphate buffer, borate buffer, Tris buffer, Good's buffer and the like.
本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、当業者に公知の方法、例えばホスホロアミダイト法を用いて製造することができる。 Oligonucleotide derivatives of the present invention can be prepared using those methods known to skill in the art, for example a phosphoramidite method. ホスホロアミダイト法を実施する際には、後述する、本発明の化合物を用いることにより、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体を製造することができる。 In practicing the phosphoramidite method is described later, by using the compound of the present invention, it is possible to produce the oligonucleotide derivative of the present invention.

次に、本発明のオリゴヌクレオチドアレイについて説明する。 Next, a description will be given oligonucleotide arrays of the present invention.
本発明のオリゴヌクレオチドアレイは、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体を固相担体上に固定化してなる。 Oligonucleotide arrays of the invention, the oligonucleotide derivative of the present invention is obtained by fixing, on a solid support. 本発明のオリゴヌクレオチドアレイは、特定の塩基配列を有する、短い鎖長(通常、50塩基以下)のオリゴヌクレオチドを検出するために用いられる。 Oligonucleotide arrays of the present invention have a specific base sequence, a short chain length (typically 50 bases or less) is used to detect the oligonucleotide. 従って、固相担体に固定するオリゴヌクレオチド誘導体の塩基配列は、検出しようとする配列の相補的配列を有するものなど、適当な結合力を有する配列となる。 Thus, nucleotide sequence of the oligonucleotide derivative immobilized on a solid phase support, such as those having a complementary sequence of sequence to be detected, the sequence with the appropriate cohesive strength. 一般に、固相担体に固定化されているオリゴヌクレオチド誘導体は、検出しようとするオリゴヌクレオチドとハイブリダイゼーションにより特異的結合により結合する。 In general, an oligonucleotide derivative which is immobilized to a solid support, the binding to the specific binding by oligonucleotide hybridization to be detected.

なお、本明細書において、オリゴヌクレオチドアレイを製造する方法としては、固相担体表面で直接オリゴヌクレオチド を合成する方法(オン・チップ法)と、予め調製したオリゴヌクレオチドを、当該技術分野において公知の適切なリンカーを介して固相担体表面に固定する方法とが知られている。 In the present specification, the method for producing the oligonucleotide array, a method of synthesizing directly oligonucleotides surface of the solid support (on-chip method), a previously prepared oligonucleotides, known in the art and a method of fixing the surface of the solid support via a suitable linker are known. 本発明におけるオリゴヌクレオチドアレイは、このいずれの方法でも製造することができる。 Oligonucleotide array according to the present invention can be produced in this one manner. オン・チップ法としては、例えば光照射で選択的に除去される保護基の使用と、半導体製造に利用されるフォトリソグラフィー技術および固相合成技術とを組み合わせて、微少なマトリックスの所定の領域での選択的合成を行う方法(マスキング技術:例えば、Fodor,S.P.A.Science 251:767,1991)等によって行うことができるが、この方法に限定されるものではない。 The on-chip method, for example, the use of protecting groups are selectively removed by light irradiation, by combining the photolithography technique and solid phase synthesis techniques are used in semiconductor manufacturing, a predetermined area of ​​the fine matrix selective synthesis method of performing the (masking technique: e.g., Fodor, S.P.A.Science 251: 767,1991) can be carried out by such as but not limited to this method. 一方、予め調製したオリゴヌクレオチドを固相担体表面に固定する場合には、官能基を導入したオリゴヌクレオチドを合成し、表面処理した固相担体表面にオリゴヌクレオチドを点着し、共有結合させる(例えば、Lamture,J.B.et al.Nucl.Acids Res.22:2121−2125,1994;Guo,Z.et al.Nucl.Acids Res.22:5456−5465,1994)。 On the other hand, in the case of fixing the previously prepared oligonucleotide to the solid support surface, oligonucleotides are synthesized by introducing a functional group, spotted oligonucleotides to the surface-treated surface of the solid support, covalently bound (e.g. , Lamture, J.B.et al.Nucl.Acids Res.22: 2121-2125,1994; Guo, Z.et al.Nucl.Acids Res.22: 5456-5465,1994). オリゴヌクレオチドは、一般的には、表面処理した固相担体にスペーサーやクロスリンカーを介して共有結合させる。 Oligonucleotides are generally to a solid support surface-treated covalently attached via a spacer or crosslinker. ガラス表面にポリアクリルアミドゲルの微小片を整列させ、そこに合成オリゴヌクレオチド を共有結合させる方法も知られている(Yershov,G.et al.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94:4913,1996)。 The glass surface to align the fine pieces of polyacrylamide gel are also known methods for covalently linking a thereto synthetic oligonucleotide (Yershov, G.et al.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94: 4913,1996 ).
また、ポーラスガラス、ポリスチレンなどの固相担体にあらかじめオリゴヌクレオチドを固相合成法で合成しておき、その固相担体を接着剤などの適当な方法や物理的手法によりガラス基板上に固定化する方法も含まれる。 Further, porous glass, leave synthesized previously oligonucleotides by solid phase synthesis on a solid phase support such as polystyrene, immobilized on a glass substrate by suitable methods and physical methods, such as adhesives and the solid support methods are also included.

用いられる固相担体としては、従来よりDNAチップ及び遺伝子検出用マイクロアレイを製造するために用いられているものを特に制限なく用いることができる。 The solid carrier used can be used without particular limitation, which has been used to produce a DNA chip and for gene detection microarray conventionally. 用いられる固相担体としては、例えば、シリコン;微小多孔質ガラス、ポーラスガラス等のガラス;金属;フェライトを芯にグリシンメタクリレートで表面を覆った磁性ビーズ;プラスチック(例えば、ポリエステル樹脂、ポリエチレン樹脂、ポリプロピレン樹脂、アクリロニトリルブタジエンスチレン樹脂、ナイロン、アクリル樹脂、フッ素樹脂、ポリカーボネート樹脂、ポリウレタン樹脂、メチルペンテン樹脂、フェノール樹脂、メラミン樹脂、エポキシ樹脂、塩化ビニル樹脂)等が挙げられる。 The solid carrier to be used, for example, silicon; micro porous glass, glass such as porous glass; metals; magnetic beads covering the surface ferrite in core glycine methacrylate; plastic (e.g., polyester resins, polyethylene resins, polypropylene resin, acrylonitrile butadiene styrene resin, nylon, acrylic resin, fluorine resin, polycarbonate resin, polyurethane resin, methylpentene resin, phenol resin, melamine resin, epoxy resin, vinyl chloride resin), and the like. 担体の形状としては、板状(基板状)、ビーズ状、糸状、球状、多角形状、粉末状等、どのような形状のものであってもよい。 The shape of the carrier, the plate (like substrate), beaded, filamentous, spherical, polygonal, powder, etc., may be of any shape.

上記固相担体は、ダイヤモンドライクカーボンによる表面処理層を形成したものであってもよい。 The solid support may be made by forming a surface treatment layer by a diamond-like carbon. ダイヤモンドライクカーボン(DLC、Diamond Like Carbon)とは、ダイヤモンドとカーボンとの混合体である不完全ダイヤモンド構造体の総称であり、その混合割合は特に限定されない。 Diamond-like carbon (DLC, Diamond Like Carbon) and is a generic name for mixture and is incomplete diamond structure of diamond and carbon, the mixing ratio is not particularly limited. ダイヤモンドライクカーボンによる表面処理層を形成する場合、その層の厚みは好ましくは1nm〜10μmである。 When forming a surface treatment layer by a diamond-like carbon, the thickness of the layer is preferably 1Nm~10myuemu.

また、本発明のオリゴヌクレオチドを固相担体に共有結合させるためには、固相担体表面にアミノ基が結合しているものを用いてもよい。 Further, in order to the oligonucleotides of the present invention covalently bonded to a solid support may be used as the amino group is attached to a solid support surface. 従って、担体としては、表面にアミノ基が結合しているか、又はアミノ基を結合することのできるものを用いることが好ましい。 Accordingly, as the carrier, or an amino group is bonded to the surface, or it is preferable to use those which can be bonded to an amino group.

次に、本発明の医薬組成物について説明する。 Next, a description for the pharmaceutical compositions of the present invention. 本発明の医薬組成物は、上述した本発明のオリゴヌクレオチド誘導体を含む。 The pharmaceutical composition of the invention comprises an oligonucleotide derivative of the present invention described above.
本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、上述したように、短い鎖長の相補鎖とのみ結合し、このような短鎖長の相補鎖の機能を制御するために用いることができ、例えば、細胞内に存在する成熟miRNAの制御か可能となり、がん、腫瘍、白血病、悪性リンパ腫、ウイルス感染症、細菌感染症、ヘルペス感染症、メタボリックシンドローム、糖尿病、高脂血症、高血圧、アレルギー性疾患、パーキンソン病、、筋ジストロフィー、神経変性疾患、自己免疫疾患、炎症、ダウン症、アルツハイマー病、筋萎縮症、 ALS、 頸髄損傷、 脊髄損傷、 ギランバレー症、ベーチェット病、 膠原病、リウマチなどの治療薬に用いることができる。 Oligonucleotide derivatives of the present invention, as described above, shorter bonded only to the chain length of the complementary strands, can be used to control the functions of the complementary strand of such short chain length, for example, into cells It enables or control of mature miRNA present, cancer, tumors, leukemia, malignant lymphoma, viral infections, bacterial infections, herpes infections, metabolic syndrome, diabetes, hyperlipidemia, hypertension, allergic diseases, Parkinson's disease ,, muscular dystrophy, neurodegenerative diseases, autoimmune diseases, inflammation, down's syndrome, Alzheimer's disease, muscular atrophy, ALS, tetraplegia, spinal cord injury, Guillain-Barre syndrome, Behcet's disease, collagen disease, be used for the therapeutic agent, such as rheumatoid it can. 従って、本発明は、上述した、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体を含む医薬組成物を提供する。 Accordingly, the present invention described above, provides a pharmaceutical composition comprising an oligonucleotide derivative of the present invention.

本発明の医薬組成物は、医薬として許容できる担体の混合などの公知の方法によって製造することができる。 The pharmaceutical compositions of the present invention can be produced by a known method such as mixing of the pharmaceutically acceptable carrier. 本発明の医薬組成物は、それ自体又は適宜の薬理学的に許容される、賦形剤、希釈剤等と混合し、錠剤、カプセル剤、顆粒剤、散剤若しくはシロップ剤等として、又は注射剤、坐剤、貼付剤、若しくは外用剤等として製造することが出来る。 The pharmaceutical compositions of the present invention, by itself or as appropriate pharmacologically acceptable excipients, diluents and the like, tablets, capsules, granules, as a powder or syrup, etc., or injections , suppositories, patches, or can be prepared as an external preparation like.
上記医薬組成物は、賦形剤(例えば、乳糖、白糖、葡萄糖、マンニトール、ソルビトール等の糖誘導体;トウモロコシデンプン、バレイショデンプン、αデンプン、デキストリン等のデンプン類;結晶セルロース;アラビアゴム;デキストラン;プルラン;軽質無水ケイ酸、合成ケイ酸アルミニウム、ケイ酸カルシウム、メタケイ酸アルミン酸マグネシウムの等のケイ酸塩誘導体;燐酸水素カルシウム;炭酸カルシウム;硫酸カルシウム、滑沢剤(例えば、ステアリン酸、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、タルク、コロイドシリカ、ラウリル硫酸ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウム)、結合剤(例えば、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ポリビニルピロリドン、マクロゴール The pharmaceutical compositions, excipients (e.g., lactose, sucrose, glucose, mannitol, sugar derivatives such as sorbitol; corn starch, potato starch, alpha starch, starches such as dextrin; crystalline cellulose; gum arabic; dextran; pullulan ; calcium hydrogen phosphate; light anhydrous silicic acid, synthetic aluminum silicate, calcium silicate, silicates derivatives such as magnesium metasilicate aluminate, calcium carbonate, calcium sulfate, lubricants (e.g., stearic acid, calcium stearate, magnesium stearate, talc, colloidal silica, sodium lauryl sulfate, magnesium lauryl sulfate), binders (e.g., hydroxypropylcellulose, hydroxypropylmethylcellulose, polyvinylpyrrolidone, macrogol 、崩壊剤(例えば、低置換度ヒドロキシプロピルセルロース、カルボキシメチルセルロース、カルボキシメチルセルロースカルシウム、内部架橋カルボキシメチルセルロースナトリウム、カルボキシメチルスターチ、カルボキシメチルスターチナトリウム、架橋ポリビニルピロリドン)、乳化剤(例えば、ベントナイト、ビーガム、水酸化マグネシウム、水酸化アルミニウム、ラウリル硫酸ナトリウム、ステアリン酸カルシウム、塩化ベンザルコニウム等の陽イオン界面活性剤、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル、ショ糖脂肪酸エステル等の非イオン界面活性剤)、安定剤(メチルパラベン、プロピルパラベン、クロロブタノール、ベンジルアルコール、フェニルエチルアルコール、塩化 , Disintegrating agents (e.g., low-substituted hydroxypropylcellulose, carboxymethylcellulose, carboxymethylcellulose calcium, internally crosslinked carboxymethyl cellulose sodium, carboxymethyl starch, sodium carboxymethyl starch, crosslinked polyvinylpyrrolidone), emulsifiers (e.g., bentonite, Veegum, hydroxide magnesium, aluminum hydroxide, sodium lauryl sulfate, calcium stearate, cationic surfactants such as benzalkonium chloride, polyoxyethylene alkyl ethers, polyoxyethylene sorbitan fatty acid esters, nonionic surfactants such as sucrose fatty acid ester) , stabilizers (methyl paraben, propyl paraben, chlorobutanol, benzyl alcohol, phenylethyl alcohol, chloride ベンザルコニウム、フェノール、クレゾール、チメロサール、デヒドロ酢酸、ソルビン酸)、矯味矯臭剤(甘味料、酸味料、香料等)、希釈剤等の添加剤を用いて周知の方法により製造することができる。 Benzalkonium, phenol, cresol, thimerosal, dehydroacetic acid, sorbic acid), flavoring agents (sweeteners, acidulants, flavors, etc.), can be prepared by known methods using additives such as diluents.

本発明の医薬組成物を被験者に導入する方法については、コロイド分散系を用いてもよい。 For information on how to introduce the pharmaceutical compositions of the present invention to a subject, it may be used colloidal dispersion. コロイド分散系は化合物の生体内の安定性を高める効果や、特定の臓器、組織又は細胞へ化合物を効率的に輸送する効果を奏する。 Colloidal dispersion exhibits effects and to improve the stability in vivo of the compound, the particular organ, efficiently transported to effect the compound to the tissue or cells. コロイド分散系は、通常用いられるものであれば特に制限はなく、高分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズ、及び水中油系の乳化剤、ミセル、混合ミセル及びリポソームを包含する脂質をベースとする分散系が挙げられる。 Colloidal dispersion systems is not particularly limited as long as it is usually employed, macromolecule complexes, nanocapsules, microspheres, beads, and oil-in-water emulsifiers, micelles, and the base encompassing lipid mixed micelles and liposomes distributed system that can be cited. また、0.2〜0.4μmのサイズの単膜リポソームは、巨大分子を含有する水性緩衝液のかなりの割合を被包化することができ、オリゴヌクレオチド誘導体がこの水性内膜に被胞化され、生物学的に活性な形態で脳細胞へ輸送される。 Further, unilamellar liposomes size 0.2~0.4μm is a substantial percentage of an aqueous buffer containing macromolecules can be encapsulated, an oligonucleotide derivative is the vacuolization in the aqueous inner membrane It is transported to a biologically brain cells in an active form. リポソームの組成は、通常、脂質、特にリン脂質(相転移温度の高いリン脂質が好ましい)を、ステロイド、特にコレステロールと通常複合したものである。 The composition of the liposome is usually one which lipids, especially phospholipids (high phospholipid of phase transition temperature is preferred), steroids, especially cholesterol and usually complex. リポソームの製造に有用な脂質の具体れとしては、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルコリン、ホスファチジルセリン、スフィンゴ脂質、ホスファチジルエタノールアミン、セレブロシド及びガングリオシド等のホスファチジル化合物が挙げられる。 As Re Specific useful lipids for the preparation of liposomes, phosphatidylcholine, phosphatidylserine, sphingolipids, phosphatidylethanolamine, phosphatidyl compounds such as cerebrosides and gangliosides.

本発明のオリゴヌクレオチド誘導体を含む医薬組成物の投与量は症状や年齢等により異なるが、経口投与の場合には、1回当り下限1mg(好適には、30mg)、上限2000mg(好適には、1500mg)を、注射の場合には、1回当り下限0.1mg(好適には、5mg)、上限1000mg(好適には、500mg)を皮下注射、筋肉注射または静脈注射によって投与することができる。 The dosage of a pharmaceutical composition comprising an oligonucleotide derivative of the present invention may vary depending on symptoms and age, and the like, in the case of oral administration, the lower limit 1 mg (preferably, 30 mg) per upper limit 2000 mg (preferably, the 1500 mg), in the case of injection, the lower limit 0.1 mg (preferably per, 5 mg), the upper limit 1000 mg (preferably, 500 mg) can be administered by subcutaneous injection, intramuscular injection or intravenous injection.

次に、本発明のホスホロアミダイト化合物について説明する。 Next, a description will be given phosphoramidite compound of the present invention. 本発明のホスホロアミダイト化合物は、一般式(7)で表わされる。 Phosphoramidite compound of the present invention is represented by the general formula (7).
上記一般式(7)において、R 12は、5'水酸基の保護基を表わし、具体的には、4−メトキシトリチル基、4,4'−ジメトキシトリチル基等が挙げられる。 In the general formula (7), R 12 is 5 'represents a protecting group for a hydroxyl group, specifically, 4-methoxytrityl group, such as 4,4'-dimethoxytrityl group. 13はリン酸基の保護基を表わし、具体的には、2−シアノエチル基、メチル基、2−(4−ニトロフェニル)エチル基、アルキルスルホニルエチル基、アリールスルホニルエチル基等が挙げられる。 R 13 represents a protecting group of phosphoric acid group, specifically, 2-cyanoethyl group, a methyl group, 2- (4-nitrophenyl) ethyl group, an alkylsulfonyl ethyl group, and an arylsulfonyl ethyl group. 14及びR 15は、同一であっても異なっていてもよく、炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。 R 14 and R 15, which may be the same or different and represent alkyl group having 1 to 6 carbon atoms. アルキル基としては、例えば、メチル、エチル、n−プロピル、イソプロピル、n−ブチル、イソブチル、ブタン−2−イル、n−ペンチル、n−ヘキシルが挙げられるが、これらに限定されない。 As the alkyl group, e.g., methyl, ethyl, n- propyl, isopropyl, n- butyl, isobutyl, butan-2-yl, n- pentyl, n- hexyl include, but are not limited to. 好ましくはR 14及びR 15はイソプロピル基である。 Preferably R 14 and R 15 is isopropyl group. また、はR 14及びR 15が互いに結合して窒素原子とともに、環員数3〜13個の環を形成してもよい。 Also, together with the nitrogen atom bonded R 14 and R 15 together may form a ring members 3 to 13 ring. 16は水素原子、置換基を有してもよいアルコキシ基、RNA2'水酸基の保護基で保護された水酸基を表わす。 R 16 represents a hydrogen atom, a substituent an alkoxy group which may have a protected hydroxy group with a protecting group of RNA2 'hydroxyl group. 置換基を有してもよいアルコキシ基としては、メトキシ基、エトキシ基、2−シアノエチル基、2−メトキシエチル基等が挙げられる。 The alkoxy group optionally having a substituent, a methoxy group, an ethoxy group, a 2-cyanoethyl group, 2-methoxyethyl group and the like. RNA2'水酸基の保護基としては、例えば、炭素数1〜6個の同一又は異なるアルキル基が結合したトリアルキルシリル基、炭素数1〜6個の同一又は異なるアルキル基が結合したトリアルキルシリルオキシメチル基、2−シアノエチル基、2−シアノエトキシメチル基等が挙げられる。 RNA2 'The protective group for a hydroxyl group, for example, trialkyl silyloxy the trialkylsilyl group is the same or different alkyl group having 1 to 6 carbon atoms bonded, are 1-6 identical or different alkyl group having a carbon number attached methyl, 2-cyanoethyl, 2-cyano ethoxymethyl group and the like. 好ましくは、t−ブチルジメチルシリル基、トリイソプロピルシリルオキシメチル基、2−シアノエチル基、2−シアノエトキシメチル基等である。 Preferably, t- butyl dimethyl silyl group, triisopropylsilyloxymethyl group, 2-cyanoethyl, 2-cyano ethoxymethyl group.

上記一般式(7)において、B は一般式(8)、(9)、(10)、又は(11)のいずれかで表わされる基を表わす。 In the general formula (7), B 1 is the general formula (8) represents the (9), (10), or a group represented by any one of (11).
上記一般式(8)において、R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、L は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わす。 In the general formula (8), R 3 represents an alkyl group of 1-6 several hydrogen or carbon, L 1 is 2 to 6 carbon atoms alkane - diyl group, 4-8 cycloalkane carbon atoms - It represents a diyl group, phenylene group, or naphthylidene group. 及びL については、上述した一般式(2)において説明したものと同様である。 For R 3 and L 1 are the same as those described in the general formula (2) described above. 17は、一般式(12)で表わされる置換基、保護された水酸基、保護されたカルボキシル基、末端に保護されたカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に一般式(12)で表わされる置換基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に保護された水酸基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。 R 17 is a substituted group represented by the general formula (12), protected hydroxyl group, protected carboxyl group, alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a protected carboxyl group at the terminal, terminal to general formula ( It represents a alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a hydroxyl group protected alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, the terminal having a substituent represented by 12). 保護された水酸基、保護されたカルボキシル基とは、水酸基、カルボキシル基が当業者に公知の保護基で保護された基を指す。 Protected hydroxy, the protected carboxyl group refers hydroxyl, a carboxyl group protected group a protecting group known to those of ordinary skill in the art. 保護基の具体例を以下に例示するが、本発明に含まれる保護基はこれらに含まれるものではない。 Specific examples of protecting groups are given below, but the protecting groups contained in the present invention is not intended to be included in these. 水酸基の保護基としては、具体的には、アセチル基、プロピオニル基、ブチリル基、イソブチリル基、レブリニル基などのアシル基、フルオレニルメトキシカルボニル基、t−ブチルオキシカルボニル基、2,2,2−トリクロローt−ブチルオキシカルボニル基などのアルコキシカルボニル基、t−ブチルジメチルシリル基、トリイソプロピルシリル基などのトリアルキル基などが挙げることができる。 As the protective group for a hydroxyl group, an acetyl group, a propionyl group, a butyryl group, an isobutyryl group, an acyl group such as levulinyl, fluorenyl methoxy carbonyl group, t- butyl oxycarbonyl group, 2,2,2 - it can be an alkoxycarbonyl group such as trichloroacetic over t- butyloxycarbonyl group, t- butyl dimethyl silyl group, such as tri-alkyl group such as triisopropylsilyl group exemplified. カルボキシル基の保護基としては、メチル基、エチル基、t−ブチル基、2−シアノエチル基などを挙げることができる。 Examples of protecting groups for carboxyl group include methyl group, ethyl group, t- butyl group, and 2-cyanoethyl groups.

(式中、R 23及びR 24は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ、リン酸基の保護基を表わす。) (Wherein, R 23 and R 24, which may be the same or different and each represents a protecting group of the phosphate group.)
23及びR 24としては2−シアノエチル基、メチル基、2−(4−ニトロフェニル)エチル基、アルキルスルホニルエチル基、アリールスルホニルエチル基などがあげられる。 As R 23 and R 24 are 2-cyanoethyl group, a methyl group, 2- (4-nitrophenyl) ethyl group, an alkylsulfonyl ethyl group, an arylsulfonyl ethyl group.

一般式(9)において、R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、L は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わす。 In the general formula (9), R 6 represents an alkyl group of 1-6 several hydrogen or carbon, L 2 is 2 to 6 carbon atoms alkane - diyl group, 4-8 cycloalkane carbon atoms - diyl group, a phenylene group, or naphthylidene group. 及びL については、上述した一般式(4)において説明したものと同様である。 For R 6 and L 2 are the same as those described in the above-described general formula (4). 18は、一般式(12)で表わされる置換基、保護された水酸基、保護されたカルボキシル基、末端に保護されたカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に一般式(12)で表わされる置換基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に保護された水酸基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、上記一般式(8)において説明したのと同様である。 R 18 is a substituted group represented by the general formula (12), protected hydroxyl group, protected carboxyl group, alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a protected carboxyl group at the terminal, terminal to general formula ( represents an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a hydroxyl group protected alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, the terminal having a substituent represented by 12), as described in the general formula (8) it is the same.

一般式(10)において、R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、L は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わす。 In the general formula (10), R 8 represents hydrogen or alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, L 3 is 2 to 6 carbon atoms alkane - diyl group, number 4-8 cycloalkane carbon - diyl group, a phenylene group, or naphthylidene group. 及びL については、上述した一般式(5)において説明したものと同様である。 For R 8 and L 3, which is the same as that described in the above-described general formula (5). 19は、一般式(12)で表わされる置換基、保護された水酸基、保護されたカルボキシル基、末端に保護されたカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に一般式(12)で表わされる置換基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に保護された水酸基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、上記一般式(8)において説明したのと同様である。 R 19 is a substituted group represented by the general formula (12), protected hydroxyl group, protected carboxyl group, alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a protected carboxyl group at the terminal, terminal to general formula ( represents an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a hydroxyl group protected alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, the terminal having a substituent represented by 12), as described in the general formula (8) it is the same.
(式中、L 、L は互いに同一であっても異なっていてもよく炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R 20 、R 21は互いに同一であっても異なっていてもよく、一般式(12)で表わされる置換基、保護された水酸基、保護されたカルボキシル基、末端に保護されたカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に一般式(12)で表わされる置換基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に保護された水酸基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、上記上記一般式(8)において説明したのと同様である。 (Wherein, L 4, L 5 is each independently an A to or different carbon atoms 2-6 alkane - diyl group, cycloalkane 4-8 carbon atoms - diyl group, a phenylene group, or represents naphthylidene group, R 20, R 21 may be the being the same or different, substituent represented by the general formula (12), protected hydroxyl group, protected carboxyl group, protected at the terminal alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a carboxyl group, the number of carbon atoms having a hydroxyl group protected alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, the terminal having a substituent represented by the general formula (12) to the terminal 1 represents 6 alkyl groups, is the same as that described in the above the general formula (8).

本発明の、一般式(7)で表わされるホスホロアミダイト化合物は、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体を製造する際に、3'末端および5'末端のヌクレオチドとして用いられる。 Of the present invention, the phosphoramidite compound represented by the general formula (7), when the production of an oligonucleotide derivative of the present invention is used as a 3 'end and the 5' terminal nucleotide. 一般式(7)で表わされる化合物は、本明細書、特に後述する実施例の記載等を参照することによって、当業者であれば容易に合成することができる。 Compound represented by the general formula (7), by reference to the specification, in particular wherein such embodiments to be described later, can be readily synthesized by those skilled in the art. また、本明細書に記載されていない諸条件は当業者が適宜選択することができる。 Conditions that are not described herein can be appropriately selected by those skilled in the art.

以下、本発明を実施例により更に詳細に説明する。 Hereinafter, further detailed explanation of the present invention embodiment. なお、本発明の範囲は、かかる実施例に限定されないことはいうまでもない。 The scope of the present invention is, of course, not limited to such examples.
実施例1 Example 1
ホスホロアミダイト化合物の合成 ホスホロアミダイト化合物は、下記合成方法により合成した。 Synthesis phosphoramidite compound of phosphoramidite compounds were synthesized by the following synthesis method.

化合物2(3'−5'−O−ビス−(t−ブチルジメチルシリル)− N6−[N−(トランス−4−ヒドロキシシクロヘキシル)カルバモイル]デオキシアデノシン)の合成 Compound 2 (3'-5'-O- bis - (t-butyldimethylsilyl) - N6- [N- (trans-4-hydroxycyclohexyl) carbamoyl] deoxyadenosine) Synthesis of
3'−5'−O−ビス−(t−ブチルジメチルシリル)デオキシアデノシン(化合物1、3.0g,6.25ミリモル)をピリジン63mlに溶解させた後、クロロ炭酸フェニル(1.72ml,13.8ミリモル)を加え、室温で2時間反応させた。 3'-5'-O-bis - (t-butyldimethylsilyl) deoxyadenosine (compound 1,3.0g, 6.25 mmol) was dissolved in pyridine 63 ml, phenyl chlorocarbonate (1.72 ml, 13 .8 mmol) was added and reacted at room temperature for 2 hours. 次いで、抽出操作を行わずにトランス−4−アミノシクロヘキサノール(3.6g,31.3ミリモル)を加え、85℃で30分間反応させた。 Then, trans-4-aminocyclohexanol without extraction (3.6 g, 31.3 mmol) was added and reacted for 30 minutes at 85 ° C.. 反応終了後、溶媒を減圧下留去してクロロホルムに溶解させた後、飽和炭酸水素ナトリウムで抽出操作を行った。 After completion of the reaction, the solvent was distilled off under reduced pressure was dissolved in chloroform, followed by extracting with saturated sodium bicarbonate. 有機層を集め、硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去した。 The organic layers were combined, dried by adding sodium sulfate, filtered and the solvent was evaporated under reduced pressure. 得られた残渣を、展開溶媒としてヘキサン/クロロホルムを用いてNHシリカゲルクロマトグラフィーにより精製し、目的物(以下の化学式を有する化合物2、2.95g,76%)を得た。 The resulting residue was purified by NH silica gel chromatography using hexane / chloroform as a developing solvent to give (compound 2,2.95g having the formula, 76%) desired product.

H NMR (DMSO, 500 MHz) δ 0.08−0.11 (12H, m), 0.79−0.93 (18H, m), 1.26−1.34 (4H, m), 1.82−1.84 (2H, br), 1.94−1.96 (2H, br), 2.33−2.38 (1H, m), 2.91−2.96 (1H, m), 3.46−3.48 (1H, m), 3.55−3.57 (1H, m), 3.65 (1H, dd, J = 4.4 Hz, J = 11.0 Hz), 3.79 (1H, dd, J = 5.9 Hz, J = 11.0 Hz), 3.85−3.88 (1H, m), 4.57 (1H, dd, J = 4.4 Hz), 4.63−4.66 (1H, m), 6.40 (1H, t, J = 6.6 Hz); 8.52 (1H, s), 1 H NMR (DMSO, 500 MHz ) δ 0.08-0.11 (12H, m), 0.79-0.93 (18H, m), 1.26-1.34 (4H, m), 1 .82-1.84 (2H, br), 1.94-1.96 (2H, br), 2.33-2.38 (1H, m), 2.91-2.96 (1H, m) , 3.46-3.48 (1H, m), 3.55-3.57 (1H, m), 3.65 (1H, dd, J = 4.4 Hz, J = 11.0 Hz), 3.79 (1H, dd, J = 5.9 Hz, J = 11.0 Hz), 3.85-3.88 (1H, m), 4.57 (1H, dd, J = 4.4 Hz ), 4.63-4.66 (1H, m), 6.40 (1H, t, J = 6.6 Hz); 8.52 (1H, s), .57 (1H, s), 9.35 (1H, d, J = 7.6 Hz), 9.54 (1H, s); 13 C NMR (DMSO) δ −5.5, −5.0, −4.8, 17.7, 17.9, 25.7, 30.4, 33.5, 38.5, 48.0, 62.4, 67.8, 71.8, 83.5, 87.1, 120.3, 142.1, 150.0, 150.3, 150.7, 152.6。 .57 (1H, s), 9.35 (1H, d, J = 7.6 Hz), 9.54 (1H, s); 13 C NMR (DMSO) δ -5.5, -5.0, -4.8, 17.7, 17.9, 25.7, 30.4, 33.5, 38.5, 48.0, 62.4, 67.8, 71.8, 83.5, 87 .1, 120.3, 142.1, 150.0, 150.3, 150.7, 152.6.

化合物3(3'−5'−O−ビス−(t−ブチルジメチルシリル)− N6−[N−(トランス−4−(4−オキソペンタノイルオキシ)シクロヘキシル)カルバモイル]デオキシアデノシン)の合成 Compound 3 (3'-5'-O- bis - (t-butyldimethylsilyl) - N6-[N-(trans-4- (4-oxopentanoyl) cyclohexyl) carbamoyl] deoxyadenosine) Synthesis of
化合物2(2.2g,3.55ミリモル)にピリジン(脱水)を加えて共沸した後、ジクロロメタン(脱水)36mlに溶解させた。 Compound 2 (2.2 g, 3.55 mmol) was azeotroped by adding pyridine (dehydration) in was dissolved in dichloromethane (dehydrated) 36 ml. ここに、レブリン酸(729μg,7.09ミリモル)、N,N'−ジシクロヘキシルカルボジイミド(1.46g,7.09ミリモル)、4−ジメチルアミノピリジン(43mg,0.34ミリモル)を加え、室温で1時間反応させた。 Here, levulinic acid (729μg, 7.09 mmol), N, N'- dicyclohexylcarbodiimide (1.46 g, 7.09 mmol), 4-dimethylaminopyridine (43 mg, 0.34 mmol) was added, at room temperature It was allowed to react for 1 hour. 反応終了後、吸引濾過により析出物を除去して、ジクロロメタンで洗いこみを行った。 After completion of the reaction, to remove the precipitate by suction filtration, it was being washed with dichloromethane. ろ液を飽和炭酸水素ナトリウムで抽出操作を行い、有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去した。 It performs extraction of the filtrate with saturated sodium bicarbonate, dried with sodium sulfate added thereto combined organic layer was filtered and the solvent was evaporated under reduced pressure. 得られた残渣を、展開溶媒としてヘキサン/クロロホルムを用いてNHシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより精製し、目的物(以下の化学式を有する化合物3、1.62g,64%) を得た。 The resulting residue was purified by NH silica gel column chromatography using hexane / chloroform as a developing solvent to give (compound 3,1.62g having the formula, 64%) desired product.

H NMR (CDCl , 500 MHz) δ 0.05−0.09 (12H, m), 0.84−0.90 (18H, m), 1.46−1.57 (4H, m), 1.99−2.01 (2H, br), 2.13−2.15 (2H, br), 2.18 (3H, m), 2.42−2.46 (1H, m), 2.54−2.56 (2H, m), 2.61−2.66 (1H, m), 2.72−2.75 (2H, m), 3.73−3.76 (1H, m), 3.83−3.86 (2H, m), 4.00−4.01 (1H, m), 4.61 (1H, m), 4.75−4.79 (1H, m), 6.44−6.47 (1H, m), 8.33 (1H, s), 8.49 (1H, s), 9.45−9.46 (1H, m)。 1 H NMR (CDCl 3, 500 MHz) δ 0.05-0.09 (12H, m), 0.84-0.90 (18H, m), 1.46-1.57 (4H, m), 1.99-2.01 (2H, br), 2.13-2.15 (2H, br), 2.18 (3H, m), 2.42-2.46 (1H, m), 2. 54-2.56 (2H, m), 2.61-2.66 (1H, m), 2.72-2.75 (2H, m), 3.73-3.76 (1H, m), 3.83-3.86 (2H, m), 4.00-4.01 (1H, m), 4.61 (1H, m), 4.75-4.79 (1H, m), 6. 44-6.47 (1H, m), 8.33 (1H, s), 8.49 (1H, s), 9.45-9.46 (1H, m).

化合物4(N6−[N−(トランス−4−(4−オキソペンタノイルオキシ)シクロヘキシル)カルバモイル]デオキシアデノシン)の合成 Synthesis of Compound 4 (N6-[N-(trans-4- (4-oxopentanoyl) cyclohexyl) carbamoyl] deoxyadenosine)
化合物3(1.5 g,2.08ミリモル)にピリジン(脱水)を加えて共沸した後、ピリジン(脱水) 21 mlに溶解させた。 Compound 3 (1.5 g, 2.08 mmol) was azeotroped by adding pyridine (dehydrated) to and dissolved in pyridine (dehydrated) 21 ml. ここにトリエチルアミントリヒドロフルオリド(1.70 ml,10.4ミリモル)及びトリエチルアミン(1.44ml,10.4ミリモル)を加え、室温で12時間反応させた。 Here Triethylamine trihydrofluoride (1.70 ml, 10.4 mmol) and triethylamine (1.44 ml, 10.4 mmol) was added and reacted at room temperature for 12 hours. 水でクエンチした後、溶媒を減圧下留去してクロロホルムに溶解させ、飽和炭酸水素ナトリウムで抽出操作を行った。 After quenching with water, the solvent was distilled off under reduced pressure was dissolved in chloroform, followed by extracting with saturated sodium bicarbonate. 有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去した。 The organic layer was collected and dried by adding sodium sulfate, filtered and the solvent was evaporated under reduced pressure. 得られた残渣を展開溶媒としてクロロホルム/メタノールを用いてNHシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより精製し、目的物(以下の化学式を有する化合物4、730mg,72%)を得た。 The resulting residue with chloroform / methanol and purified by NH silica gel column chromatography as a developing solvent to give (compound 4,730mg having the formula, 72%) desired product.

H NMR (CDCl , 500 MHz) δ 1.45−1.59 (4H, m) 2.01−2.02 (2H, m), 2.14−2.16 (2H, m), 2.19 (3H, s), 2.39−2.43 (1H, m), 2.55−2.57 (2H, m), 2.74−2.76 (2H, m), 2.96−3.00 (2H, m), 3.80−3.84 (2H, m), 3.96−3.99 (1H, m), 4.23 (1H, s), 4.76−4.80 (2H, m), 5.74−5.76 (1H, m), 6.43−6.45 (1H, m), 7.26 (1H, s), 8.26 (1H, m), 8.48 (1H, s), 8.75 (1H, s), 9.44−9.48 (1H, m); 13 C NMR (CDCl ) δ 28 1 H NMR (CDCl 3, 500 MHz) δ 1.45-1.59 (4H, m) 2.01-2.02 (2H, m), 2.14-2.16 (2H, m), 2 .19 (3H, s), 2.39-2.43 (1H, m), 2.55-2.57 (2H, m), 2.74-2.76 (2H, m), 2.96 -3.00 (2H, m), 3.80-3.84 (2H, m), 3.96-3.99 (1H, m), 4.23 (1H, s), 4.76-4 .80 (2H, m), 5.74-5.76 (1H, m), 6.43-6.45 (1H, m), 7.26 (1H, s), 8.26 (1H, m ), 8.48 (1H, s) , 8.75 (1H, s), 9.44-9.48 (1H, m); 13 C NMR (CDCl 3) δ 28 4, 29.8, 30.0, 30.4, 38.1, 41.1, 48.3, 63.3, 72.1, 73.1, 87.5, 89.5, 121.9, 142.8, 149.4, 150.7, 151.0, 153.5, 172.4, 207.0。 4, 29.8, 30.0, 30.4, 38.1, 41.1, 48.3, 63.3, 72.1, 73.1, 87.5, 89.5, 121.9, 142.8, 149.4, 150.7, 151.0, 153.5, 172.4, 207.0.

化合物5(5'−O−(4,4'−ジメトキシトリチル)− N6−[N−(トランス−4−(4−オキソペンタノイルオキシ)シクロヘキシル)カルバモイル]デオキシアデノシン)の合成 Compound 5 (5'-O- (4,4'- dimethoxytrityl) - N6-[N-(trans-4- (4-oxopentanoyl) cyclohexyl) carbamoyl] deoxyadenosine) Synthesis of
化合物4(600mg,1.22ミリモル)にピリジン(脱水)を加えて共沸した後、ピリジン(脱水)12 mlに溶解させた。 Compound 4 (600 mg, 1.22 mmol) was azeotroped by adding pyridine (dehydrated), the dissolved pyridine (dehydrated) in 12 ml. ここに4,4'−ジメトキシトリチルクロリド(497mg,1.47ミリモル)を加え、室温で4時間反応させた。 Here 4,4'-dimethoxytrityl chloride (497 mg, 1.47 mmol) was added and allowed to react at room temperature for 4 hours. メタノールでクエンチした後、クロロホルムで反応溶媒を希釈し、飽和炭酸水素ナトリウムで抽出操作を行った。 After quenching with methanol, dilute the reaction solvent chloroform, followed by extracting with saturated sodium bicarbonate. 有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去した。 The organic layer was collected and dried by adding sodium sulfate, filtered and the solvent was evaporated under reduced pressure. 得られた残渣を、展開溶媒としてヘキサン/クロロホルムを用いてNHシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより精製し、目的物(以下の化学式を有する化合物5、741 mg, 77%) を得た。 The resulting residue was purified by NH silica gel column chromatography using hexane / chloroform as a developing solvent to obtain the desired product (following compound 5,741 mg having the formula, 77%).

H NMR (CDCl , 500 MHz) δ 1.45−1.60 (4H, m), 2.01−2.03 (2H, br), 2.14−2.18 (2H, br), 2.20 (3H, s), 2.54−2.58 (3H, m), 2.75 (2H, t, J = 6.5 Hz), 2.82−2.87 (1H, m), 3.36−3.43 (2H, m), 3.76 (6H, s), 3.84−3.86 (1H, m), 4.15−4.18 (1H, dd, J = 4.4 Hz, J = 8.3 Hz), 4.68−4.71 (1H, m), 4.77−4.81 (1H, m), 6.47 (1H, t, J = 6.3 Hz), 6.78 (4H, d, J = 8.5 Hz), 7.19−7.39 (9H, m), 8.09 (1H, s), 8. 1 H NMR (CDCl 3, 500 MHz) δ 1.45-1.60 (4H, m), 2.01-2.03 (2H, br), 2.14-2.18 (2H, br), 2.20 (3H, s), 2.54-2.58 (3H, m), 2.75 (2H, t, J = 6.5 Hz), 2.82-2.87 (1H, m) , 3.36-3.43 (2H, m), 3.76 (6H, s), 3.84-3.86 (1H, m), 4.15-4.18 (1H, dd, J = 4.4 Hz, J = 8.3 Hz), 4.68-4.71 (1H, m), 4.77-4.81 (1H, m), 6.47 (1H, t, J = 6 .3 Hz), 6.78 (4H, d, J = 8.5 Hz), 7.19-7.39 (9H, m), 8.09 (1H, s), 8. 13 (1H, br), 8.43 (1H, s), 9.38 (1H, d J = 7.6 Hz); 13 C NMR (CDCl ) δ 28.5, 29.8, 30.0, 30.4, 38.1, 40.3, 48.2, 55.3, 63.8, 72.2, 72.5, 84.6, 86.3, 86.7, 113.3, 120.9, 127.1, 128.0, 128.2, 130.1, 135.7, 141.1, 144.6, 150.0, 150.4, 151.1, 153.3, 158.7, 172.4, 206.9。 13 (1H, br), 8.43 (1H, s), 9.38 (1H, d J = 7.6 Hz); 13 C NMR (CDCl 3) δ 28.5, 29.8, 30.0 , 30.4, 38.1, 40.3, 48.2, 55.3, 63.8, 72.2, 72.5, 84.6, 86.3, 86.7, 113.3, 120 .9, 127.1, 128.0, 128.2, 130.1, 135.7, 141.1, 144.6, 150.0, 150.4, 151.1, 153.3, 158.7 , 172.4, 206.9.

ホスホロアミダイト化合物(5'−O−(4,4'−ジメトキシトリチル)− N6−[N−(トランス−4−(4−オキソペンタノイルオキシ)シクロヘキシル)カルバモイル]デオキシアデノシン3'−(2−シアノエチルN, N−ジイソプロピルホスホロアミダイト)の合成 化合物5(350mg,0.441ミリモル)をピリジン(脱水)、トルエン(脱水)、ジクロロメタン(脱水)の順で各々3回ずつ共沸した後、ジクロロメタン(脱水)4.4 mlに溶解させた。これにテトラゾール(19mg,0.264ミリモル)、ジイソプロピルアミン(37 μl,0.264ミリモル)及び2−シアノエチル−ビス(N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(154μl,0.486ミリモル)を加え、室温で4時間反応させた Phosphoramidite compound (5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl) - N6-[N-(trans-4- (4-oxopentanoyl) cyclohexyl) carbamoyl] deoxyadenosine 3 '- (2- cyanoethyl N, solution of compound N- diisopropyl phosphoramidite) 5 (350 mg, 0.441 mmol) in pyridine (dehydrated), toluene (dehydrated), then azeotroped by three times each in the order of dichloromethane (dehydrated), dichloromethane dissolved in (dehydrated) 4.4 ml This tetrazole (19 mg, 0.264 mmol), diisopropylamine (37 [mu] l, 0.264 mmol) and 2-cyanoethyl -. bis (N, N-diisopropyl) - phospho Roamidaito (154μl, 0.486 mmol) was added and allowed to react for 4 hours at room temperature 水でクエンチした後、溶媒を減圧下留去した後、酢酸エチル−ジエチルエーテルの混合溶媒に溶解させ、0.2 M水酸化ナトリウム水溶液で3回抽出操作を行い、有機層を集め溶媒を減圧下留去した。得られた残渣を、展開溶媒としてクロロホルムを用いてリサイクルHPLCで精製し、目的物(下記式で表されるホスホロアミダイト化合物、303mg,77%)を得た。 After quenching with water, after distilling off the solvent under reduced pressure, ethyl acetate - dissolved in a mixed solvent of diethyl ether, subjected to 3 times extraction with 0.2 M sodium hydroxide solution, under reduced pressure and the solvent combined organic layers and evaporated down. the residue obtained was purified by recycle HPLC using chloroform as a developing solvent to obtain the desired product (phosphoramidite compound represented by the following formula, 303 mg, 77%).

1H NMR (CDCl 3, 500 MHz) δ 1.12−1.21 (12H, m), 1.48−1.60 (4H, m), 2.02−2.04 (2H, br), 2.15−2.17 (2H, br), 2.20 (3H, s), 2.46−2.48 (1H, m), 2.56−2.63 (3H, m), 2.74−2.77 (2H, m), 2.93−2.98 (1H, m), 3.35−3.43 (2H, m), 3.60−3.75 (4H, m), 3.77 (6H, s), 3.80−3.86 (1H, m), 4.29−4.32 (1H, m), 4.78−4.81 (2H, m), 6.43−6.46 (1H, m), 6.76−6.79 (4H, m), 7.18−7.40 (9H, m), 8.21−8.24 (1H 1H NMR (CDCl 3, 500 MHz ) δ 1.12-1.21 (12H, m), 1.48-1.60 (4H, m), 2.02-2.04 (2H, br), 2 .15-2.17 (2H, br), 2.20 (3H, s), 2.46-2.48 (1H, m), 2.56-2.63 (3H, m), 2.74 -2.77 (2H, m), 2.93-2.98 (1H, m), 3.35-3.43 (2H, m), 3.60-3.75 (4H, m), 3 .77 (6H, s), 3.80-3.86 (1H, m), 4.29-4.32 (1H, m), 4.78-4.81 (2H, m), 6.43 -6.46 (1H, m), 6.76-6.79 (4H, m), 7.18-7.40 (9H, m), 8.21-8.24 (1H , m), 8.34−8.36 (1H, br), 8.43 (1H, s), 9.48 (1H, d, J = 7.6 Hz); 13 C NMR (CDCl ) δ 20.2, 20.3, 20.4, 20.5, 24.5, 24.6, 24.7, 28.4, 29.7, 29.9, 30.3, 38.0, 39.3, 43.3, 43.4, 48.0, 48.2, 55.2, 55.3, 58.2, 58.3, 58.5, 63.3, 63.5, 72.1, 73.3, 73.4, 74.0, 84.8, 86.0, 86.5, 113.1, 117.5, 117.6, 121.0, 126.9, 127.9, 128.1, 128.2, 130.1, 135.7, 141.6, 144.6, 150.0, 150.4, 151.0, 1 , M), 8.34-8.36 (1H, br), 8.43 (1H, s), 9.48 (1H, d, J = 7.6 Hz); 13 C NMR (CDCl 3) δ 20.2, 20.3, 20.4, 20.5, 24.5, 24.6, 24.7, 28.4, 29.7, 29.9, 30.3, 38.0, 39. 3, 43.3, 43.4, 48.0, 48.2, 55.2, 55.3, 58.2, 58.3, 58.5, 63.3, 63.5, 72.1, 73.3, 73.4, 74.0, 84.8, 86.0, 86.5, 113.1, 117.5, 117.6, 121.0, 126.9, 127.9, 128. 1, 128.2, 130.1, 135.7, 141.6, 144.6, 150.0, 150.4, 151.0, 1 53.3, 158.6, 172.3, 206.7; 31 P NMR (CDCl ) δ 149.7, 149.8。 53.3, 158.6, 172.3, 206.7; 31 P NMR (CDCl 3) δ 149.7, 149.8.

実施例2 Example 2
オリゴヌクレオチド5'−(dA*) CAACCUACU( dA**)−3'(配列番号:1)の合成ここで下線部のヌクレオチド残基は2'−O−メチル−リボヌクレオチド残基を表わす。 Oligonucleotides 5 '- (dA *) CAACCUACU (dA **) - 3' ( SEQ ID NO: 1) nucleotide residues of synthetic here underlined are 2'-O- methyl - represents a ribonucleotide residue. dA*、dA**はそれぞれ下図で示すヌクレオチド残基を表わす。 dA *, dA ** represents a nucleotide residue shown in the figure below, respectively.

グレンリサーチ社より購入したユニバーサルサポートII(1μmol)を固相担体として用い、実施例1のホスホロアミダイト化合物、およびグレンリサーチ社より購入した2'−O−メチルRNA ホスホロアミダイト試薬を用い、ABI−392DNA/RNA合成機の標準的な1.0μmolスケールRNA合成プロトコールにて合成を行った。 Using universal support II (1 [mu] mol) were purchased from Glen Research Corporation as the solid support, phosphoramidite compound of Example 1, and the 2'-O- methyl RNA phosphoramidites reagents were purchased from Glen Research Corporation used, ABI -392DNA / RNA synthesis machine under standard 1.0μmol scale RNA synthesis protocol was synthesized. 5'末端のヌクレオチド残基を結合後、オリゴヌクレオチドに対して、50当量のヒドラジン(ピリジン−酢酸、3:2,V/V 溶液)を加え、室温で15分間放置することにより、Lev基を除去した。 5 'After binding the nucleotide residues of the terminal, relative to an oligonucleotide, 50 equivalents of hydrazine (pyridine - acetic acid, 3: 2, V / V solution) was added, by standing at room temperature for 15 minutes, the Lev group It was removed.

次いで、グレンリサーチ社より購入したホスファリンク試薬(50当量)を1H−テトラゾール(50当量)の存在下反応させ、次いで、常法によりヨウ素酸化と2M アンモニア/メタノールによる切り出しついで、濃アンモニア水で室温18時間攪拌した。 Then, phosphazene linked reagents were purchased from Glen Research (50 eq) 1H-tetrazole is reacted presence of (50 equiv), followed by conventional methods and then cut by iodine oxidation and 2M ammonia / methanol, concentrated aqueous ammonia and the mixture was stirred at room temperature for 18 hours. このアンモニア溶液をC18カートリッジカラムに担持し、副生物を洗浄した後、2%トリフルオロ酢酸水溶液で処理した後、目的物を溶出した。 The ammonia solution was carried on C18 cartridge column, after washing the byproduct, it was treated with 2% aqueous trifluoroacetic acid to elute the desired product. 得られた目的物の粗精製物を陰イオン交換HPLCで精製して目的物を得た。 The crude product of the obtained target product was purified by anion exchange HPLC to obtain the desired compound. 目的物の構造はMALDI−TOF 質量分析により確認した。 The structure of the target product was confirmed by MALDI-TOF mass spectrometry.

実施例3 Example 3
オリゴヌクレオチド5'−(dA*) CAACCUACU −3'(配列番号:2)の合成 実施例2と同様の方法により目的物を合成した。 Oligonucleotides 5 '- (dA *) CAACCUACU -3' ( SEQ ID NO: 2) was synthesized desired product by the same method as that of Synthesis Example 2. 目的物の構造はMALDI−TOF 質量分析により確認した。 The structure of the target product was confirmed by MALDI-TOF mass spectrometry.

実施例4 Example 4
オリゴヌクレオチド5'− CAACCUACU (dA**)−3'(配列番号:3)の合成 実施例2と同様の方法により目的物を合成した。 Oligonucleotide 5'- CAACCUACU (dA **) - 3 '( SEQ ID NO: 3) was synthesized desired product by the same method as that of Synthesis Example 2. 目的物の構造はMALDI−TOF 質量分析により確認した。 The structure of the target product was confirmed by MALDI-TOF mass spectrometry.
なお、実施例2で得られたオリゴヌクレオチドは、両末端にアニオンに解離することが可能な置換基を有しており、実施例3及び実施例で得られたオリゴヌクレオチドは、それぞれ、5'末端、3'末端にアニオンに解離することが可能な置換基を有している。 Incidentally, the resulting oligonucleotide in Example 2 has a substituent capable of dissociating into anions at both ends, the oligonucleotides obtained in Example 3 and Example, respectively, 5 ' end, and has a substituent group capable of dissociating into anions at the 3 'end.

実施例5 Example 5
Tm測定による鎖長依存的ハイブリダイゼーションの解析 実施例2、実施例3又は実施例4で得られたオリゴヌクレオチドを10 mM リン酸緩衝液(pH 7.0)、0.1 M NaCl中に、濃度が1.0 μMになるように調整した。 Analysis Example of chain length dependent hybridization with Tm measurements 2, Example 3 or oligonucleotides obtained in Example 4 10 mM phosphate buffer (pH 7.0), in 0.1 M NaCl, concentration was adjusted to 1.0 μM. この溶液に、下記長鎖RNA(配列番号:4)又は短鎖RNA(配列番号:5)を同じく濃度1.0 μMになるように溶解し、260nmでの吸光度の温度依存性を5℃から90℃まで測定した。 To this solution, the following long-chain RNA (SEQ ID NO: 4) or a short chain RNA (SEQ ID NO: 5) and also dissolved to a concentration 1.0 [mu] M, the temperature dependence of the absorbance at 260nm from 5 ° C. It was measured up to 90 ℃. 得られたUV融解曲線を微分し、その一次微分係数が極大となる温度をTmとした。 Obtained by differentiating the UV melting curve, it was the temperature at which the first-order differential coefficient becomes the maximum and Tm. 比較として、下記天然型プローブ、および非アニオン性プローブのTmも測定した。 As a comparison, the following natural probe, and Tm of the non-anionic probe was also measured. 結果を表1に示す。 The results are shown in Table 1.

長鎖RNA(配列番号:4):3'−AUUAUAUGUUGGAUGAUGGUUA−5' Long chain RNA (SEQ ID NO: 4): 3'-AUUAUAUGUUGGAUGAUGGUUA-5 '
短鎖RNA(配列番号:5):3'−GUUCCAUGA−5' Short-chain RNA (SEQ ID NO: 5): 3'-GUUCCAUGA-5 '
天然型プローブ(配列番号:6):5'−(dC) CAACCUACU (dC)−3' Natural probe (SEQ ID NO: 6): 5 '- ( dC) CAACCUACU (dC) -3'
非アニオン性プローブ(配列番号:7):5'−(dA#) CAACCUACU (dA##)−3' Non anionic probe (SEQ ID NO: 7): 5 '- ( dA #) CAACCUACU (dA ##) - 3'
ここで、A,U、G、Cはリボヌクレオチド残基である。 Here, A, U, G, C is a ribonucleotide residue. 下線部のヌクレオチド残基は2'−O−メチル−リボヌクレオチド残基である。 Nucleotide residues underlined 2'-O- methyl - a ribonucleotide residue. dA#、dA##はそれぞれ下図に示すヌクレオチド残基を表わす。 dA #, dA ## represents a nucleotide residue shown below, respectively.

表1より、以下のことが明らかになった。 From Table 1, it revealed the following.
プローブの両末端、又は5'末端に、アニオンに解離することが可能な置換基を導入した実施例2、実施例3、実施例4のオリゴヌクレオチドは、長鎖RNAよりも短鎖RNAに強く結合した。 Both ends of the probe, or 5 'end, Example 2 in which a substituent is introduced that can dissociate into an anion, Example 3, oligonucleotide Example 4, resistant to short RNA from long chain RNA bound.
天然型プローブは、逆に短鎖RNAよりも長鎖RNAに強く結合した。 Natural probe, rather than short RNA Conversely strongly bound to the long-chain RNA.
末端にアニオンに解離することが可能な置換基を有しない、非アニオン性プローブは長鎖RNAよりも短鎖RNAより強く結合したが、その選択性の指標であるΔTm=+4は、アニオン性置換基を有する実施例2のΔTm=9 および実施例3のプローブのΔTm=+7よりも小さかった。 Having no substituent capable of dissociating the terminal anion, but non-anionic probe also bound strongly than short RNA longer chain RNA,? Tm = + 4 is an indication of the selectivity, anionic substitution smaller than? Tm = + 7 of the probe? Tm = 9 and example 3 example 2 having a group.
以上の結果より、自身よりも鎖長の短いRNAと選択的に結合する核酸プローブとしては本発明の実施例に示したオリゴヌクレオチドの方が、天然型プローブよりも優れていた。 These results towards the oligonucleotides shown in the embodiment of the present invention as nucleic acid probes that selectively bind with a short chain length RNA than himself, was superior to native probe. また、アニオンを有しないオリゴヌクレオチドと本発明の実施例に示したアニオンを有するオリゴヌクレオチドでは、本発明の実施例に示したオリゴヌクレオチドがも優れていることがわかった。 Further, the oligonucleotides having anion shown in the embodiment of the oligonucleotides and the present invention does not have an anionic, oligonucleotides shown in the examples of the present invention has been found to be excellent.

実施例6 Example 6
5'末端にリン酸基を有する短鎖RNAに対する結合能評価 実施例5に示した実験と同様の方法により、実施例2に示すオリゴヌクレオチドが下記の長鎖RNA、及び短鎖5'リン酸化RNAに結合する強度をTm測定により調べた。 5 'by the same method as the experiment shown in terminus binding capacity evaluation Example 5 for short RNA having a phosphoric acid group, a long-chain RNA oligonucleotides described below in Examples 2, and short 5' phosphorylated the strength that binds to RNA were examined by Tm measurement. なお、短鎖RNAとしては、5'末端がリン酸化されているものを用いた。 As the short-chain RNA, 5 'end was used that has been phosphorylated. 結果を表2に示す。 The results are shown in Table 2.
すなわち、短鎖RNAの5'末端は下記構造を有する。 That is, the 5 'end of the short RNA has the following structure.

表2から、実施例2で得られたオリゴヌクレオチドは、5'リン酸化された短鎖RNAに対しても、5'リン酸を有しない短鎖RNAと同様に、長鎖RNAと比較して高い親和性を示すことがわかった。 From Table 2, the resulting oligonucleotide in Example 2, 5 'against phosphorylated short RNA, 5' similar to the small RNA having no phosphoric acid, as compared to long chain RNA It was found to show high affinity.

本発明のオリゴヌクレオチド誘導体を用いて、短い相補鎖のみを検出する方法を模式的に示した図である。 Using the oligonucleotide derivative of the present invention, it is a diagram schematically showing a method of detecting only short complementary strand.

Claims (5)

  1. 一般式(1)で表わされるオリゴヌクレオチド誘導体及びそれらの塩。 Oligonucleotide derivatives and salts thereof represented by the general formula (1).
    (式中、R 及びR は同一であっても異なっていてもよく、水素原子又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、j及びmは同一であっても異なっていてもよく、1〜10の整数を表わし、kは1〜50の整数を表わし、X、Y及びZは同一であっても異なっていてもよく、水酸基、水素原子、又は置換基を有してもよいアルコキシ基を表わす。Vは水素原子、水酸基、又は置換基を有してもよいアルコキシ基を表わし、Bは、互いに異なっていてもよい、天然もしくは非天然型の核酸塩基を表わし、W は、互いに異なっていてもよい、天然型もしくは非天然型の核酸塩基又は下記一般式(2)、一般式(4)一般式(5)又は一般式(6)のいずれかで表わされる基を表わし、W は、互いに異なっていてもよい、天然型もしくは非天 (Wherein, R 1 and R 2 may be the same or different and represent 1-6 alkyl hydrogen atom or a carbon atoms, j and m may be different even in the same represents an integer of 1 to 10, k is an integer of 1 to 50, X, Y and Z may be the same or different and a hydroxyl group, and a hydrogen atom, or a substituent .V representing the alkoxy group represents a hydrogen atom, a hydroxyl group, or an optionally substituted alkoxy group, B may be different from each other, it represents a natural or unnatural nucleobase, W 1 is represents a group represented by any one of which may be different from each other, natural or unnatural nucleobase or the following general formula (2), the general formula (4) formula (5) or the general formula (6) , W 2 may be different from each other, naturally occurring or non heaven 型の核酸塩基又は下記一般式(2)、一般式(4)、一般式(5)又は一般式(6)のいずれかで表わされる基を表わす(但し、W 及びW のうち少なくとも1個は一般式(2)、一般式(4)、一般式(5)又は一般式(6)のいずれかで表わされる基である。) The type of nucleic acid base or the following general formula (2), the general formula (4), the general formula (5) or the general formula represents a group represented by any one of (6) (provided that at least one of W 1 and W 2 This formula (2), the general formula (4), a group represented by any one of formulas (5) or the general formula (6).)
    (式中、R は水素原子又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、L は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R はカルボキシル基、末端にカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、一般式(3)で表わされる基、又は末端に一般式(3)で表わされる基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, R 3 represents a hydrogen atom or an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, L 1 is 2 to 6 carbon atoms alkane - diyl group, number 4-8 cycloalkane carbon - diyl group, It represents a phenylene group, or naphthylidene group, R 4 is a carboxyl group, terminus alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a carboxyl group, a group represented by the general formula (3), or to end the general formula (3) It represents an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having the group represented.)
    (式中、Q及びTは、互いに同一であっても異なっていてもよく、酸素原子又は硫黄原子を表わし、R は水素原子、又は置換基を有してもよい炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, Q and T may be the being the same or different, represent an oxygen atom or a sulfur atom, R 5 is a hydrogen atom, or a good number from 1 to 6 carbon which may have a substituent It represents an alkyl group.)
    (式中、R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、L は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R はカルボキシル基、末端にカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、一般式(3)で表わされる基、又は末端に一般式(3)で表わされる基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, R 6 represents an alkyl group of 1-6 several hydrogen or carbon, L 2 is 2 to 6 carbon atoms alkane - diyl group, 4-8 cycloalkane carbon atoms - diyl group, phenylene group, or represents a naphthylidene group, R 7 is represented by the group represented by a carboxyl group, terminus alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a carboxyl group, the general formula (3), or terminal in the general formula (3) is an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms which has a group.)
    (式中、Q及びTは、互いに同一であっても異なっていてもよく、酸素原子又は硫黄原子を表わし、R は水素原子、又は置換基を有してもよい炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, Q and T may be the being the same or different, represent an oxygen atom or a sulfur atom, R 5 is a hydrogen atom, or a good number from 1 to 6 carbon which may have a substituent It represents an alkyl group.)
    (式中、R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、L は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R はカルボキシル基、末端にカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、一般式(3)で表わされる基、又は末端に一般式(3)で表わされる基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, R 8 represents hydrogen or an alkyl group having 1 to 6 carbon, L 3 is an alkane of 2 to 6 carbon atoms - diyl group, number 4-8 cycloalkane carbon - diyl group, phenylene group, or represents a naphthylidene group, R 9 is represented by a group represented by a carboxyl group, terminus alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a carboxyl group, the general formula (3), or terminal in the general formula (3) is an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms which has a group.)
    (式中、Q及びTは、互いに同一であっても異なっていてもよく、酸素原子又は硫黄原子を表わし、R は水素原子、又は置換基を有してもよい炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, Q and T may be the being the same or different, represent an oxygen atom or a sulfur atom, R 5 is a hydrogen atom, or a good number from 1 to 6 carbon which may have a substituent It represents an alkyl group.)
    (式中、L 、L は互いに同一であっても異なっていてもよく炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R 10 、R 11は互いに同一であっても異なっていてもよくカルボキシル基、末端にカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、一般式(3)で表わされる基、又は末端に一般式(3)で表わされる基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, L 4, L 5 is each independently an A to or different carbon atoms 2-6 alkane - diyl group, cycloalkane 4-8 carbon atoms - diyl group, a phenylene group, or represents naphthylidene group, R 10, R 11 group represented by alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, the general formula (3) with each other may carboxyl group which may be the same or different, terminal carboxyl group , or represents a alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a group represented terminated by the general formula (3).)
    (式中、Q及びTは、互いに同一であっても異なっていてもよく、酸素原子又は硫黄原子を表わし、R は水素原子、又は置換基を有してもよい炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, Q and T may be the being the same or different, represent an oxygen atom or a sulfur atom, R 5 is a hydrogen atom, or a good number from 1 to 6 carbon which may have a substituent It represents an alkyl group.)
  2. 核酸検出用プローブとして用いられる、請求項1記載のオリゴヌクレオチド誘導体。 Used as a nucleic acid probe for detecting, an oligonucleotide derivative according to claim 1, wherein.
  3. 請求項1又は2に記載のオリゴヌクレオチド誘導体を固体担体上に固定化してなるオリゴヌクレオチドアレイ。 Oligonucleotide array comprising immobilized oligonucleotide derivative according to the solid support to claim 1 or 2.
  4. 請求項1又は2記載のオリゴヌクレオチド誘導体を含む医薬組成物。 Claim 1 or a pharmaceutical composition comprising two oligonucleotide derivatives according.
  5. 一般式(7)で表わされるホスホロアミダイト化合物。 Phosphoramidite compound represented by the general formula (7).
    (式中、R 12は、5'水酸基の保護基を表わし、R 13はリン酸基の保護基を表わし、R 14及びR 15は、同一であっても異なっていてもよく、炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、R 14及びR 15が互いに結合して窒素原子とともに、環員数3〜13個の環を形成してもよく、R 16は水素原子、置換基を有してもよいアルコキシ基、RNA2'水酸基の保護基で保護された水酸基を表わし、B は一般式(8)、(9)(10)又は(11)のいずれかで表わされる基を表わす。) (Wherein, R 12 is 5 'represents a protecting group for a hydroxyl group, R 13 represents a protecting group of phosphoric acid group, R 14 and R 15, which may be the same or different and carbons 1 represents a 6 alkyl groups, together with the nitrogen atom bonded R 14 and R 15 together may form a ring members 3 to 13 ring, R 16 is a hydrogen atom, a substituent alkoxy group which may, RNA2 'represents a hydroxyl group protected by a protective group for a hydroxyl group, B 1 is the general formula (8), (9) (10) or a group represented by any one of (11).)
    (式中、R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、L は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R 17は、一般式(12)で表わされる置換基、保護された水酸基、保護されたカルボキシル基、末端に保護されたカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に一般式(12)で表わされる置換基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に保護された水酸基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, R 3 represents an alkyl group of 1-6 several hydrogen or carbon, L 1 is 2 to 6 carbon atoms alkane - diyl group, 4-8 cycloalkane carbon atoms - diyl group, phenylene group, or represents a naphthylidene group, R 17 has the general formula (12) a substituent represented by, protected hydroxyl group, protected carboxyl group, the number 1 to 6 carbons having a protected carboxyl group at the end represents an alkyl group, terminus formula having 1-6 carbon having a substituent represented by (12) an alkyl group, alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a hydroxyl group protected in the end.)
    (式中、R 23及びR 24は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ、リン酸基の保護基を表わす。) (Wherein, R 23 and R 24, which may be the same or different and each represents a protecting group of the phosphate group.)
    (式中R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、L は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R 18は、一般式(12)で表わされる置換基、保護された水酸基、保護されたカルボキシル基、末端に保護されたカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に一般式(12)で表わされる置換基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に保護された水酸基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein R 6 represents hydrogen or alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, L 2 is 2 to 6 carbon atoms alkane - diyl group, 4-8 cycloalkane carbon atoms - diyl group, a phenylene group , or represents a naphthylidene group, R 18 is a substituted group represented by the general formula (12), protected hydroxyl group, protected carboxyl group, an alkyl having 1 to 6 carbon atoms having a protected carboxyl group at the end represents groups, terminal generally alkyl groups having 1 to 6 carbon atoms having a substituent represented by (12), the alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a hydroxyl group protected in the end.)
    (式中、R 23及びR 24は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ、リン酸基の保護基を表わす。) (Wherein, R 23 and R 24, which may be the same or different and each represents a protecting group of the phosphate group.)
    (式中、R は水素又は炭素数1〜6個のアルキル基を表わし、L は炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R 19は、一般式(12)で表わされる置換基、保護された水酸基、保護されたカルボキシル基、末端に保護されたカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に一般式(12)で表わされる置換基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に保護された水酸基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, R 8 represents hydrogen or an alkyl group having 1 to 6 carbon, L 3 is an alkane of 2 to 6 carbon atoms - diyl group, number 4-8 cycloalkane carbon - diyl group, phenylene group, or represents a naphthylidene group, R 19 is a substituted group represented by the general formula (12), protected hydroxyl group, protected carboxyl group, the number 1 to 6 carbons having a protected carboxyl group at the end represents an alkyl group, terminus formula having 1-6 carbon having a substituent represented by (12) an alkyl group, alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a hydroxyl group protected in the end.)
    (式中、R 23及びR 24は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ、リン酸基の保護基を表わす。) (Wherein, R 23 and R 24, which may be the same or different and each represents a protecting group of the phosphate group.)
    (式中、L 、L は互いに同一であっても異なっていてもよく炭素数2〜6個のアルカン−ジイル基、炭素数4〜8個のシクロアルカン−ジイル基、フェニレン基、又はナフチリデン基を表わし、R 20 、R 21は互いに同一であっても異なっていてもよく、一般式(12)で表わされる置換基、保護された水酸基、保護されたカルボキシル基、末端に保護されたカルボキシル基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に一般式(12)で表わされる置換基を有する炭素数1〜6個のアルキル基、末端に保護された水酸基を有する炭素数1〜6個のアルキル基を表わす。) (Wherein, L 4, L 5 is each independently an A to or different carbon atoms 2-6 alkane - diyl group, cycloalkane 4-8 carbon atoms - diyl group, a phenylene group, or represents naphthylidene group, R 20, R 21 may be the being the same or different, substituent represented by the general formula (12), protected hydroxyl group, protected carboxyl group, protected at the terminal alkyl group having 1 to 6 carbon atoms having a carboxyl group, the number of carbon atoms having a hydroxyl group protected alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, the terminal having a substituent represented by the general formula (12) to the terminal 1 It represents a 6 alkyl group.)
    (式中、R 23及びR 24は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ、リン酸基の保護基を表わす。) (Wherein, R 23 and R 24, which may be the same or different and each represents a protecting group of the phosphate group.)
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