JP2003521071A - Integrated access to biomedical resources - Google Patents

Integrated access to biomedical resources

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JP2003521071A
JP2003521071A JP2001555385A JP2001555385A JP2003521071A JP 2003521071 A JP2003521071 A JP 2003521071A JP 2001555385 A JP2001555385 A JP 2001555385A JP 2001555385 A JP2001555385 A JP 2001555385A JP 2003521071 A JP2003521071 A JP 2003521071A
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バベンコ、ヴァディム
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インフォーマックス、インコーポレイテッド
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    • G06F19/10Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
    • G06F19/28Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology for programming tools or database systems, e.g. ontologies, heterogeneous data integration, data warehousing or computing architectures

Abstract

(57)【要約】 ゲノム研究をゲノム・データ・オブジェクトのオンライン解析を介して実行するシステムおよび方法を提供する。 (57) [summary] genomic research to provide a system and method for performing through the online analysis of genomic data objects. 新しい技術情報モデルおよび実施機構がゲノム視覚化および解析ツールを、ゲノム・データ・オブジェクトを複数のデータベースに渡って(かつそれらの内部で)リンクする能力と結合する。 New technology information model and implementation mechanism genomic visualization and analysis tools, across the genomic data objects to a plurality of databases (and their internal) binds to link capacity. これにより、従来のインターネット・アクセス・プロセスを使用して可能ではなかったインタラクティブ性に備え、またゲノム研究の効果をさらに高めるデータ統合にも備える。 Thus, with the possible interactivity was not using conventional Internet access process, also provided to further enhance the data integrating effect of genome research. ビジネス・プロセスがデータベースへのアクセス方法、特に商用有料データベースをコントロールし、本発明によるシステムを使用する研究者がアクセス制限の追跡に関与する必要がなくなる。 Access method of the business process to the database, in particular to control the commercial fee database, researchers need not be involved in tracking access restrictions using the system according to the present invention.

Description

【発明の詳細な説明】 【0001】 (発明の背景) 1. Description of the Invention [0001] BACKGROUND OF THE INVENTION 1. 発明の分野 本発明は、一般に、データ処理の分野に関する。 The present invention relates generally to the field of data processing. より詳細には、本発明は、ゲノム研究の効率を高める目的で、統合された手法で様々な生化学的データ・リソースにアクセスするための、インターネットの使用法に関する。 More particularly, the present invention for the purpose of enhancing the efficiency of genome research, to access the various biochemical data resources in an integrated approach relates to the use of the Internet. 【0002】 2. [0002] 2. 背景情報 全ての生物のほぼ全ての細胞は、その生存期間全体にわたってその生物を作り出しかつその細胞構造および活性を調整するための、1組の完全な命令を含んでいる。 Almost all cells of the Background Information All organisms include for adjusting the organism produced and its cellular structure and activity throughout its lifetime, a set of complete instructions. この命令の集合体をゲノムと呼ぶ。 A collection of this instruction is called a genome. 【0003】 ゲノムは、クロモソームと呼ばれる明確に区別される顕微鏡的単位で構成されている。 [0003] genome is composed of microscopic units clearly distinguished called chromosome. クロモソームは、デオキシリボ核酸(DNA)のコイル状の糸である。 Chromosome is a coiled yarn of deoxyribonucleic acid (DNA).
DNAの各糸は、共に巻き付けられ対をなして二重らせんを形成する2本の長いヌクレオチドの鎖からなる。 Each thread of DNA, consisting of a chain of two long nucleotides forming the double helix form a wound pair together. ヒト・ゲノムは、これら35億対のヌクレオチドで構成される。 The human genome is made up of these 3.5 billion pairs of nucleotides. 【0004】 所与のDNA鎖は、タンパク質を産生するための細胞命令を含んでいる。 [0004] a given DNA strand includes cells instructions for producing a protein. これらの命令は、DNA鎖内で、遺伝子と呼ばれるヌクレオチド塩基の特定の配列の形をとる。 These instructions, in the DNA strand in the form of a specific sequence of nucleotide bases, called genes. 科学者は、これら基本的な遺伝単位80,000〜100,000個がヒト・ゲノム内に存在すると推定している。 Scientists, 80,000~100,000 one these basic genetic units are estimated to exist in the human genome. タンパク質は、広く様々な生理学的な仕事をする。 Protein, widely various physiological work. これらは、消化や呼吸、免疫応答、熱およびエネルギーの生成、細胞内および細胞外での流体の移動などのプロセスを促進させる。 These digestive and respiratory, immune response, the generation of heat and energy, to facilitate the process such as the movement of fluid in the intracellular and extracellular. 【0005】 ある種のほとんどのメンバーは、同じ遺伝子集合を有する。 [0005] Certain Most of the members of have the same gene set. しかし、各個体独自の特徴は、その個体の遺伝子を含むヌクレオチドの配列のわずかな変異から生じる。 However, each individual unique feature results from slight variations in the sequence of nucleotides containing the gene of the individual. 個体の独自の特徴を定めるこれらのわずかな遺伝的変異は、多形性と呼ばれる。 These slight defining its own characteristics genetic variation of individuals is referred to as polymorphism. 平均すると、ある種の任意の2つの個体のDNAは、約0.1%だけ異なることになる。 On average, DNA of certain any two individuals will be different by about 0.1%. 【0006】 突然変異と呼ばれる別のクラスの変異も生じる。 [0006] The mutation of another class, called the mutation also occurs. 多形的変異と突然変異原的変異の両方は、タンパク質の産生を阻害しまたはタンパク質の通常の機能を変化させることにより個体に有害である可能性がある。 Both polymorphic variants and mutagen mutation is likely to be harmful to an individual by changing the inhibition or normal function of the protein production of the protein. ほとんどの疾病は、これらのタイプの遺伝的変異から生じる。 Most diseases resulting from these types of genetic variation. 【0007】 ゲノミクスは、ゲノム内の核酸配列の研究である。 [0007] genomics is the study of nucleic acid sequences in the genome. ゲノム調査の目的は、ヌクレオチドの配列を決定し、それらが含む全ての遺伝子の機能を理解し、個体性を定め疾病を生み出す遺伝的変異を明確にすることである。 The purpose of genome study is to determine the sequence of nucleotides to understand the functions of all genes they contain, it is to clarify the genetic mutation that produces a disease determine the individuality. 【0008】 ゲノミクスは、広範囲にわたり適用される。 [0008] genomics, is applied over a wide range. これらは、研究作業の最も基本的な事項から、診断に有用であるという展望に至るまで適用される。 These are the most basic matters of research work, applied up to the prospect of being useful for diagnosis. 【0009】 新薬の開発を制限する重要な因子は、そのために新薬を開発することができる既知の標的分子の数が限定されることである。 [0009] An important factor limiting the development of new drugs is that the number of known target molecules can be developed new drugs therefor are limited. 疾病標的分子は、薬物によって影響を受ける可能性があるものであり、体内で、後続の所望の生物学的反応を引き起こす。 Disease target molecule, which may be affected by the drug, in the body, causing the subsequent desired biological response. 歴史的に見ると、新しい標的分子を発見するプロセスは、試行錯誤的な発見手法に頼っていたため極めて遅く、非常に費用がかかっていた。 Historically, the process of finding a new target molecule is extremely slow because it was relying on trial and error discovery technique, it takes a very cost. ゲノム研究は、薬物設計者が問題の標的分子に直接進むことができるので、試行錯誤への依存を減少させることになる。 Genome research, it is possible that drug designers proceed directly to the target molecule in question, would reduce the dependence on trial and error. このため、薬物開発にゲノム研究を適用することによって、新しくより良い薬物が、より迅速にかつ少ないコストで生成される。 Therefore, by applying the genomic research in drug development, better new drug is produced more quickly and for less cost. 【0010】 ゲノム研究が医薬品産業を助けることができる別の方法は、薬理ゲノム学の新興分野にある。 [0010] Another method of genome research can help the pharmaceutical industry is in the emerging field of pharmacogenomics. 薬理ゲノム学は、より個人に向けた薬物療法を開発するために、 Pharmacogenomics, in order to develop a drug therapy for the more personal,
薬物治療の効果−すなわちどのくらいうまく個体が特定の薬物を吸収し、特定の薬物を代謝するか−に影響を与える可能性がある患者間での遺伝的変異の識別に焦点を当てている。 Effect of drug treatment - to absorb how well an individual has a particular drug ie, metabolize certain drugs - have focused on the identification of genetic variation between patients can affect. ほぼ全ての製薬会社は、所与の薬剤が全ての人々に同じ効果を発揮しないという増加しつつある証拠に対する反動で、薬理ゲノム学的ユニットを開発している。 Almost all of the pharmaceutical companies, in reaction to evidence that is increasing that a given drug does not exert the same effect to all of the people, we have developed a pharmacogenomic unit. 【0011】 特に、薬理ゲノム学は、少なくとも3つの異なる有用な適用例を提供すると考えられている。 [0011] In particular, pharmacogenomics is believed to provide at least three different useful applications. すなわち、 患者群の選択プロセスを改善することによって、臨床試験の成功率を高めること、 既存の薬物の新たな用法を明らかにすること、および 薬物の使用により適した集団を特定することによって、薬物試験に依然失敗したことがある薬物を救済することである。 In other words, by improving the selection process of patients, to increase the success rate of clinical trials, to reveal a new use of existing drugs, and by identifying a suitable population by the use of drugs, drug it still failed the test is to remedy the drug is. 救済すべき薬物候補には、特定のサブ集団で拒絶反応をもたらしたものが含まれる。 The drug candidate to be relieved, include those brought rejection in certain subpopulations. 【0012】 分子中毒学は、ゲノム研究の恩恵を受けることができる別の技術領域である。 [0012] The molecular toxicology is another technology area that can benefit from genome research.
薬物による有害な副作用の結果、毎年約220万人の米国人が入院している。 The results of the adverse side effects of drugs, about 220 million Americans each year are hospitalized. このような有害な(かつしばしば予測できない作用により)、年間100,000 Such detrimental (and often by the action unpredictable), annual 100,000
人を超える米国人が死亡している。 More than people Americans have died. 例えば、一部では肝臓に損傷を引き起こし、 For example, it causes damage to the liver in some,
一部は腎臓に有害である。 Some of which are harmful to the kidneys. すでに利用可能な、薬物に関する臓器特異的な遺伝子発現プロフィルによって、研究者は、新薬化合物の毒性をより確かに調査することが可能になる。 Already available, the organ-specific gene expression profile related drugs, researchers, it is possible to more certainly investigate the toxicity of new drugs compounds. 【0013】 さらに、代謝経路に関連する多形情報と組み合わせた遺伝子発現データにより、個々の患者が様々な投薬レベルの薬物に反応するという方法の重要な指標が提供され、それによって、治療による望ましくない副作用が著しく低減される。 Furthermore, the gene expression data in conjunction with polymorphic information related to the metabolic pathway, an important indicator of how that individual patient will react to different dosage levels of the drug is provided whereby, preferably by treatment no side effects is significantly reduced. 【0014】 リスク・アセスメントは、ゲノミクスの恩恵を受ける診断の主要な領域である。 [0014] The risk assessment is a major area of ​​benefit from diagnosis of genomics. 歴史的に見て、誰かが特定の疾病に特有の危険に曝されているかどうかの予測は、血圧やコレステロール・レベルなど身体の一般的指標を測定することに焦点を当てている。 Historically, someone prediction of whether the risk specific to a particular disease, have focused on measuring the general index of the body, such as blood pressure and cholesterol levels. これらの測定値は一般的な生理現象を反映しているが、個々の患者の疾病に関する具体的な遺伝的基礎事項を説明していない。 These measurements reflect the general physiological phenomena but does not describe specific genetic basis regarding diseases of the individual patient. その結果、これらの診断検査法では疾病の根本的な原因が見分けられず、患者に対する医療を脅かし、訴訟のリスクが増大する可能性がある。 As a result, in these diagnostic tests not be distinguished root cause of the disease, threatening medical care for the patient, the risk of litigation is likely to increase. 【0015】 新たなゲノム・ベースの診断は、特定の遺伝子および疾病に関連する患者のあらゆる変化を見ることによって、特定の疾病にかかる個々のリスクを決定することに焦点を当てることになる。 [0015] New genome-based diagnostics, by looking at any change in patient associated with a particular gene and diseases, will focus on determining the individual risk of a particular disease. これらの新しい診断では、特定の疾病にかかるという患者の潜在的なリスクのより正確なアセスメントを提供することによって、 These new diagnostic, by providing a more accurate assessment of the potential risks of the patient that according to the particular disease,
はるかに良い予防的ケアが可能になると考えられる。 Much is considered to be a possible good preventive care. 【0016】 個人向けの医療は、ゲノミクスの恩恵を受ける診断の別の主要な領域である。 [0016] of personal medical care is another major area of ​​benefit from diagnosis of genomics.
ゲノム情報は、個々の遺伝的構成を特定する分子診断検査法を開発するために、 Genomic information, in order to develop a molecular diagnostic test to identify the individual genetic makeup,
入手可能である。 It is available. これらの診断検査法は、医師が各患者ごとに療法を確立することができるため、医療に大きな変革をもたらし、すなわち個人向け医療が可能にある。 These diagnostic tests, since it is possible the physician to establish the therapy for each patient, revolutionized medicine, ie allows personalized medicine. 【0017】 例えば細胞レベルでそれぞれ明らかに異なる多くのタイプの癌は、それにもかかわらず、同様の症状を示す。 [0017] For example, many types of cancer that clearly differ respectively at the cellular level, nevertheless, show similar symptoms. 症状は、1つの遺伝的タイプの癌と別のタイプの癌で類似する可能性があるので、効果的な治療を処方するには、癌遺伝子およびそれらの相互作用について可能な限り全てを知ることが重要である。 Symptoms, there is a possibility that similar in one genetic type of cancer and other types of cancer, to prescribe effective treatment, knowing all as much as possible for oncogenes and their interaction is important. 【0018】 別の例として、医師は、副作用が最小限に抑えられた最も有効な薬物を選択するのを助けるため、分子/ゲノム試験を使用することができる。 [0018] As another example, the physician to help select the most effective drug side effects are minimized, it is possible to use a molecular / genomic tests. その結果、この手法により、患者はオーダーメード医療を受けることができ、病気の期間を短縮することができ、最終的には、より良くより長い人生を送ることができるようになる。 As a result, this approach, the patient can receive personalized medicine, it is possible to shorten the duration of illness, ultimately, it is possible to send a better longer life. 【0019】 健康管理の他、農業の分野もゲノム研究の恩恵を受けると考えられる。 [0019] The health management of the other, the field of agriculture is also believed to benefit from genome research. 植物および動物の疾病を診断することができ、それらの疾病をターゲットにした治療を開発することができることによって、より良い農産物が生産され、収量が増大すする。 Can diagnose diseases of plants and animals, by their disease can develop a therapeutic that targets better agricultural products are produced, yield sip increased. 例えば、耐病性または病虫害抵抗性の植物株からの遺伝情報と非耐性株を比較し、好ましい形質に関する選択的育種プログラムを使用することにより、世界中の様々な農業地域で利用可能な新種の株の数を著しく増大させ、かつそのような新種の株を非常にうまく成功させることができる。 For example, by comparing the genetic information and non-resistant strains from plant line of disease resistance or pest resistance, by using a selective breeding program of the preferred traits, strains of a new species available in different agricultural regions in the world significantly increase the number of, and the strains of such new can be very well successful. これは、食品の量を増加させるだけではなく、食品の栄養の質も高めるという、重要な意味合いを持つ。 This not only increases the amount of food, of increasing the quality of food nutrition has important implications. 【0020】 ゲノム情報から重要な恩恵を受けると考えられるその他の分野には、法医学、 [0020] in other fields is considered an important benefit from the genomic information, forensic,
獣医学、繊維生産、廃棄物制御、環境改善が含まれる。 Veterinary, fiber production, waste control, include environmental improvement. 【0021】 ゲノム研究に関して予測された前述の有益な結果のいずれかを達成するのに著しい障害は、全体がふるいにかけられて研究されるゲノム情報の量の全体の大きさである。 The serious impairment to achieve any beneficial results described above that predicted for genome research is the overall size of the amount of genomic information to be studied is subjected to whole sieve. 誇張ではなく、全体がふるいにかけられて研究される入手可能な生の核酸配列データは、想像を絶するほど膨大である。 Rather than exaggerated raw nucleic acid sequence data available to be studied is subjected to whole sieve is a large unimaginably. さらに、新たに配列決定されたDNA鎖は逐次記録されるので、データ本体は日々大きくなる(事実上)。 Furthermore, since the DNA strand newly sequenced is sequentially recorded, the data main body is increased daily (virtually). ゲノム・データが膨大であるので、これはコンピュータを介して記憶され、処理され、操作される。 Since genomic data is enormous, which is stored via a computer, processed, and operated. 【0022】 バイオインフォマティクスは、生物学的情報を検索し、処理し、分析するためにコンピュータを使用することである。 [0022] Bioinformatics is to search the biological information, processed, using a computer to analyze. このデータ処理の分野は、現在、薬物の発見および開発に重要と考えられている。 Field of data processing is currently considered to be important for the discovery and development of drugs. 科学者は、従来の「ウェットな(we Scientists, conventional "wet (we
t)」生物学を、定量分析、データベースの比較、およびコンピュータ・アルゴリズムで補っている。 A t) "biology, is compensated quantitative analysis, comparison of the database, and a computer algorithm. このように生物学の研究は、少なくとも事前に仮想環境で行われ、その後、科学者が実験室で実際に行う。 In this way the study of biology is carried out in at least prior to the virtual environment, and then, scientists actually do in the laboratory. バイオインフォマティクスのツールおよびサービスは、遺伝子発見、疾病経路の理解、新しい疾病標的の特定、 Tools and services bioinformatics, gene discovery, understanding of disease pathways, new disease targets identified,
および疾病に対する遺伝子配列の変異の発見および相関関係も含め、薬物の発見および開発の全ての段階で、医薬品およびバイオテクノロジーの研究者を補助する。 And including detection and correlation of mutations in the gene sequence for the disease at all stages of drug discovery and development, to assist researchers in pharmaceutical and biotechnology. 【0023】 残念ながら、ゲノム情報にアクセスする従来の手段は、データを計算上透過的な方法で解析あるいは研究することができる総合的かつ容易なアクセスには備えていない。 [0023] Unfortunately, conventional means of accessing the genome information is not provided with the comprehensive and easy access can be analyzed or research data computationally transparent way. ゲノム情報は幅広い種類のデータベースに蓄積されており、その一部は公用(無料で使用可能)であり、一部は商用(有料で使用可能)であり、一部はメーカ独自(外部の者とは共有されない「企業内」のリソース)である。 Genome information is stored in a wide variety of databases, and in part will be public (available for free), some are commercial (available for a fee), some of the proprietary (outside of those who it is a resource of not shared "the company"). 【0024】 図1を参照すると、公用102および専用104のゲノム・データベース、ならびに探索ツール106がオンラインで使用可能である。 Referring to FIG. 1, public 102 and private 104 genome database, and the search tool 106 is available online. ユーザ110がインターフェイス・デバイス112を使用してデータベース102、104および探索ツール106にアクセスする。 User 110 to access the database 102, 104, and search tools 106 using the interface device 112. インターフェイス・デバイス112はデータ・アクセス・ポータル・サイト120と、インターネット接続130を介して通信する。 Interface device 112 is a data access portal site 120, communicate via the Internet connection 130. ポータル120はデータベース102、104および探索ツール106への接続を、インターネット140を介して行う。 Portal 120 a connection to the database 102, 104, and search tools 106, performed over the Internet 140. ユーザ110がゲノム研究リソース102、104、106にアクセスするためのもう1つの動作モードは、直列にインターネット接続を介して、ポータル120を使用しないものである。 Another operation mode for a user 110 to access genomic research resources 102, 104, 106 via the Internet connection in series and do not use the portal 120. (この簡素化された接続のモードは図示しない)。 (This mode of simplified connection not shown). インターフェイス・デバイス11 Interface device 11
2は通常、シン・クライアント・ブラウザ・アプリケーションの実施である。 2 is a normal, implementation of the thin-client browser application. 【0025】 各データベースは、生物学的データを含むデータ・オブジェクトからなる。 [0025] Each database consists of data objects, including biological data. データ・オブジェクトはデータベース毎に、それらが含む生物学的データのタイプに関して、かつそれらのフォーマットに関して異なる。 Data objects for each database, with respect to the type of biological data they contain, and differ with respect to their format. したがって、複数のデータベースからのデータの研究には、研究者が一意のデータ構造において提示されたデータおよび各特定のデータベースのデータ内容を解釈する方法を学ぶことが必要である。 Therefore, the data for research from multiple databases, researchers are required to learn how to interpret the presented data and data contents of the particular database in a unique data structure. これは著しい不都合である。 This is a significant disadvantage. 【0026】 したがって、必要とされるものは、多様なゲノム・データベース(それぞれが異なるフォーマットのゲノム・データ・オブジェクトを含む)からのデータを自動的に解釈し、それがユーザに予測可能で容易に認識可能なフォーマットで提示されるようにする、バイオインフォマティックス視覚化ツールである。 [0026] Therefore, what is needed is a data from a variety of genomic database (each containing genomic data objects of different formats) automatically interpreted, it easily predictable to the user to be presented in a recognizable format, it is a bioinformatics visualization tool. 【0027】 加えて、多様な格納フォーマットが異なるデータベースによって使用されるので、自動解析ツールを使用して解析されるデータ・オブジェクトの多数を、それらの固有のフォーマットから、使用される自動解析ツールが認識可能であるフォーマットに変換しなければならない。 [0027] In addition, since a variety of storage formats used by the different databases, the number of data objects to be analyzed using the automated analysis tool, from their native format, an automatic analysis tool used It must be converted into recognizable and is format. これはさらに不都合である。 This is a further disadvantage. 【0028】 したがって、必要とされるものは、多様なゲノム・データベース(それぞれが異なるフォーマットのゲノム・データ・オブジェクトを含む)からのデータを自動的に翻訳し、それが一様なフォーマットによる解析機構に提示されるようにする、バイオインフォマティックス・ソフトウェア・ツールである。 [0028] Therefore, what is needed is a variety of genomic databases automatically translate data from the (each containing a genomic data objects in different formats), it analyzes mechanism by uniform format to be presented to, is a bioinformatics software tools. 【0029】 さらに、データ・オブジェクトのペアが互いに著しい関係を有することが発見されたとき、それらの間のリンキング関係を確立するための従来のメカニズム( Furthermore, when a pair of data objects is found to have a significant relationship with each other, the conventional mechanism for establishing a linking relationship between them (
手動で注記をそれ自体に書き込む以外のもの)はない。 Manually Note anything other than to write to itself) is not. このようなメカニズムは、データ・オブジェクトのペアが2つのまったく異なるデータベースにおいて発見される場合、存在しないことがもっとも著しい。 Such a mechanism, if the pair of data objects is found in two completely different databases, it is most significant that does not exist. 【0030】 したがって、必要とされるものは、データ・オブジェクトが多様なデータベースから引き出され、かつ多様なフォーマットおよび内容のタイプを有するときでさえ、ユーザがこれらのデータ・オブジェクトの間のリンキング関係を確立することができるソフトウェア機構である。 [0030] Therefore, what is needed is a data object is drawn from a variety of databases, and even when having a type of diverse formats and content, the user of the linking relationship between these data objects it is a software mechanism that can be established. 【0031】 さらに、インターネット・データベース・ホストによって、あるいは中央インターネット・ポータルによって提供されたハイパー・テキスト・マークアップ言語(HTML)のゲノム・データ・ファイルにアクセスかつこれをナビゲートする既存の方法には、重大な制限がある。 [0031] In addition, by Internet database host, or to genomic data file of the central Internet hypertext mark-up language that has been provided by the portal (HTML) access and this to existing methods of navigating , there are significant limitations. 1つには、データの操作および/または解析について可能なインタラクティブ性がない。 For one, there is no interactivity possible for manipulation and / or analysis of data. このインタラクティブ性は、研究効果に関して重大なものである。 This interactivity is one crucial respect to research effect. 【0032】 したがって、必要とされるものは、ユーザがゲノム・データ・ファイルに、インターネットを介して、これらのファイルがHTML(通常行われるもの)の形式であるか、データを表示することができる他のフォーマットであるかに関わらず、インタラクティブにアクセスかつこれをナビゲートすることができるソフトウェア機構である。 [0032] Therefore, what is needed is a user genomic data files via the Internet, if these files are in the form of HTML (usually being performed), the data can be displayed regardless of whether the other formats, a software mechanism that interactively access and this can navigate. 【0033】 (発明の概要) 本発明の目的は、データを多様なゲノム・データベース(それぞれが異なるフォーマットのゲノム・データ・オブジェクトを含む)からのデータを自動的に解釈し、それがユーザに予測可能で容易に認識可能なフォーマットで提示されるようにする、バイオインフォマティックス視覚化ツールを提供することである。 The object of the present invention (Summary of the invention), data diverse genomic database automatically interpret the data from the (each containing a genomic data objects in different formats), it is predicted user possible to be presented in an easily recognizable format, it is to provide a bioinformatics visualization tools. 【0034】 本発明のもう1つの目的は、多様なゲノム・データベース(それぞれが異なるフォーマットのゲノム・データ・オブジェクトを含む)からのデータを自動的に翻訳し、それが一様なフォーマットによる解析機構に提示されるようにする、バイオインフォマティックス・ソフトウェア・プロセスおよびシステムを提供することである。 [0034] Another object of the present invention, various genomic databases automatically translate data from the (each containing a genomic data objects in different formats), it analyzes mechanism by uniform format to be presented to, it is to provide a bioinformatics software processes and systems. 【0035】 本発明のさらにもう1つの目的は、データ・オブジェクトが多様なデータベースから引き出され、かつ多様なフォーマットおよび内容のタイプを有するときでさえ、ユーザがこれらのデータ・オブジェクトの間のリンキング関係を確立することができるソフトウェア・プロセスおよびシステムを提供することである。 [0035] Yet another object of the present invention, the data object is drawn from a variety of databases, and even when having a type of diverse formats and content, users linking relationship between these data objects to provide a software process and system can be established. 【0036】 本発明のさらにもう1つの目的は、ユーザがHTML(または他のフォーマット)のゲノム・データ・ファイルに、インターネットを介してインタラクティブにアクセスかつこれをナビゲートすることができるソフトウェア・プロセスおよびシステムを提供することである。 [0036] Yet another object of the present invention, the genomic data file users HTML (or other format), and software processes can access and it navigates interactively via the Internet it is to provide a system. 【0037】 本発明のさらなる目的は、複数のゲノム・データベースへのシームレスなアクセスおよびインタラクティブ性を、それらのデータベースのうち1つまたは複数が商用(すなわち、有料の)データベースである場合でさえ可能にするためのビジネス・プロセスを提供することである。 [0037] A further object of the present invention, seamless access and interactivity to multiple genomic databases, one or more commercial of these databases (i.e., paid) even capable when a database it is to provide the business process to. 【0038】 上記の目的のうちいくつかは、ローカル・ゲノム・データベースシステムと、 [0038] Some of the above objects, and local Genome database system,
かつ1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムと電子的に通信するデータ処理システムによって可能とされる。 And it is enabled by one or more remote Genome database system and a data processing system for electronic communication. このデータ処理システムは、 The data processing system,
ユーザがゲノム・データ・オブジェクトをグラフィカルに表示することができるグラフィカル・ユーザ・インターフェイスを含む。 The user includes a graphical user interface that can display genome data objects graphically. これはまた、ゲノム・データ・オブジェクト・リンカ、および1つまたは複数のゲノム・データ・オブジェクトを解決するリンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバを含み、このオブジェクトは、ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムにおいて発見されたデータ・オブジェクトの中からの、対象ゲノム・データ・オブジェクトに関してリンカブルである。 It also includes a Rinkaburu data object resolver to resolve genomic data object linker, and the one or more genomic data object, this object, and one local Genome Database System or more from among the remote genome database system found data objects in a Rinkaburu for subjects genomic data objects. リンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバによって解決される解決済ゲノム・データ・オブジェクトが、データ・オブジェクト・リンカによって対象ゲノム・データ・オブジェクトにリンクされ、解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・データ・オブジェクトがそれぞれグラフィカル・ユーザ・ Resolved genomic data object is solved by Rinkaburu data object resolver is linked to the target genomic data object by the data object linker, resolved genomic data object and target genomic data objects There graphical user each
インターフェイスに提供されるようになる。 It will be provided to the interface. 【0039】 上記の目的のうちいくつかはまた、ローカル・ゲノム・データベース・システムと、かつ1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムと電子的に通信する、ゲノム研究を実行するためのシステムによっても可能とされる。 Further some of the above objects, a system for performing a local Genome database system, and communicate one or more of the electronically remote genome database system, genome research It is made possible by.
このシステムは、ユーザにゲノム・データ・オブジェクトのグラフィカル・ビューを提示する手段、ならびに、ゲノム・データ・オブジェクトを互いにリンクする手段を含む。 The system includes means for presenting a graphical view of genomic data object to a user, and includes means for linking together the genomic data objects. このシステムはさらに、ゲノム・データ・オブジェクトを、ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムにおいて発見されたゲノム・データ・オブジェクトの中からの、対象ゲノム・データ・オブジェクトに関して解決する手段を含む。 The system further genomic data object, from among the discovered genomic data object in the local Genome database system and one or more remote Genome database system, the target genomic data - including the means to resolve with respect to the object.
解決する手段によって解決される解決済ゲノム・データ・オブジェクトが、リンクする手段によって対象ゲノム・データ・オブジェクトにリンクされ、解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・データ・オブジェクトがそれぞれ印刷する手段に提供されるようになる。 Resolved genomic data object is solved by resolving means, the link means being linked to the target genomic data object, the means resolved genomic data object and target genomic data object to print each so it is provided. 【0040】 上記の目的のうちいくつかが可能とされるもう1つの方法は、ゲノム研究を対象ゲノム・データ・オブジェクトに関して、ローカル・ゲノム・データベースおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベースをリソースとして使用して実行する方法によるものである。 [0040] Another way to some of the above objects is made possible with respect target genomic data objects genome research, resources local Genome Database and one or more remote Genome Database it is by methods performed using as. この方法は、リンカブル・ゲノム・データ・ This method, Rinkaburu genome data
オブジェクトを、ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムの中からの、対象ゲノム・データ・オブジェクトに関して、ゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず、解決する動作を含む。 The object, from among the local Genome database system and one or more remote Genome database system, with respect to the target genomic data object, regardless of the data format of genomic data objects, solving It includes an act of. 加えて、この方法は、対象ゲノム・データ・オブジェクトを、リンカブル・ゲノム・データ・オブジェクトにリンクして、リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットを形成する動作を含む。 Additionally, the method includes the target genomic data object, linked to Rinkaburu genome data object, the operation of forming a set of links already genomic data objects. さらに、この方法は、リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットをローカル・ゲノム・データベースに格納する動作を含む。 Further, the method includes an act of storing a set of links already genomic data object on a local genome database. 【0041】 上記の目的のうちいくつかが可能とされるさらにもう1つの方法は、ゲノム研究において使用するための、上記のような方法を実施するコンピュータ・システムによるものである。 [0041] Yet another way some of the above objects is made possible, for use in genome research, it is by a computer system for implementing the method as described above. 【0042】 上記の目的のうち1つは、新しい技術情報モデルおよび実施機構によって可能とされる。 [0042] One of the above objects is made possible by new technology information model and implementation mechanism. これは、ゲノム視覚化および解析ツールを、ゲノム・データ・オブジェクトを複数のデータベースに渡って(かつそれらの内部で)リンクする能力と結合することによって実施される。 This genomic visualization and analysis tools, is conducted by binding across the genome data object into a plurality of databases (and their internal) ability to link. 【0043】 上記の目的のうちもう1つは、複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理する方法によって可能とされ、このときゲノム・データベースはローカル・ゲノム・データベース、公用ゲノム・データベースおよび商用ゲノム・データベースを含む。 [0043] another one of the above objects is made possible by a method for managing access to a plurality of genome databases, this time genome database local Genome database, - public genomic databases and commercial genome including the database. この方法は、リンカブル・データ・オブジェクトを対象データ・オブジェクトに関して解決するステップ、および、さらに解決済データ・オブジェクトを対象ゲノム・データ・オブジェクトにリンクするステップを含む。 The method includes the step of linking Rinkaburu data object Step solve respect target data objects, and, further resolved data objects in the target genome data object. 公用ゲノム・データベースから解決されるリンカブル・データ・オブジェクトは、その中に格納されたゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず解決され、アクセス・コストについての制限がない。 Rinkaburu data object is resolved from public genomic database, are resolved regardless of the data format of genomic data object stored therein, there are no restrictions on the access cost. 商用ゲノム・データベースから解決されるリンカブル・データ・オブジェクトは、その中に格納されたゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず解決され、商用ゲノム・データベースについての適用可能な所定のアクセス取り決めを受けて解決される。 Rinkaburu data object is solved from the commercial genomic database, are resolved regardless of the data format of genomic data object stored therein, the applicable predetermined access arrangements for commercial Genome Database It is resolved received by. 【0044】 上記の目的のうちいくつかが可能とされるさらにもう1つの方法は、コンピュータが複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理することができる、コンピュータ・プログラム製品による。 [0044] Yet another way some of the above objects is possible because, the computer can control access to multiple genomic databases, by a computer program product. 複数のゲノム・データベースは、ローカル・ Multiple genome database, local
ゲノム・データベース、公用ゲノム・データベースおよび商用ゲノム・データベースを含む。 Genome database, including the public genome database and commercial genome databases. コンピュータ・プログラム製品は、コンピュータが所定の動作を実行できるようにするためのソフトウェア命令、およびソフトウェア命令を実施するコンピュータ可読媒体である。 Computer program products are software instructions, and computer readable media for implementing the software instruction for the computer to perform predetermined operations. 所定の動作には、上述の方法による動作が含まれる。 The predetermined operation includes operation of the above-described method. 【0045】 本発明の一態様は、核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、Basi [0045] One aspect of the present invention, nucleic acid sequences, amino acid sequences, oligonucleotide, Basi
c Local Aligned Search Tool(BLAST)探索の結果、およびMEDLINEなどの医療データベースからのエントリなど、ゲノム・データを格納するためのローカル・データベースである。 c Local Aligned Search Tool (BLAST) search results, and such entries from medical databases such as MEDLINE, a local database for storing genomic data. 【0046】 本発明の別の態様は視覚化および解析機構である。 [0046] Another aspect of the present invention is a visualization and analysis mechanism. 視覚化および解析は好ましくはダイアログ・ボックスを介して提供され、パラメータをBLAST探索用に設定できるようにし、テキストベースの探索を配列データベースからなるようにすることができ、かつ文献探索をデータベースで行うことができるようにする。 Visualization and analysis are preferably provided through the dialog box, to set the parameters for the BLAST search is performed it is possible to so that the text-based search from the sequence database and literature search in the database to make it possible.
リンカは、核酸配列、アミノ酸配列、BLAST探索結果、MEDLINEエントリなどを共にリンクするために含まれる。 The linker nucleic acid sequences, amino acid sequences, BLAST search results are included to both link and MEDLINE entry. すべてのタイプのゲノム/生物医学情報は、ビューアおよびエディタ・コンポーネントを組み込むグラフィカル・インターフェイスを介して視覚化される。 All types of genome / biomedical information is visualized through a graphical interface to incorporate the viewer and editor components. 【0047】 本発明のさらにもう1つの態様は、データベース・オブジェクトの間のリンクを解決するプログラミング・モジュールを有するインターネット・コネクタである。 [0047] Yet another aspect of the present invention is an Internet connector having a programming module to resolve the link between the database objects. このコネクタは、ローカル・データベースまたはリモート・インターネット・サーバを調べて、求められているデータ・オブジェクトを得る。 This connector examines a local database or a remote Internet server, obtain data objects are required. 【0048】 本発明の追加の目的および利点は、以下の詳細な説明を添付の図面と共に読むことによって明らかになるであろう。 [0048] Additional objects and advantages of the present invention will become apparent by the following detailed description when read with the accompanying drawings. 【0049】 (発明の詳細な説明) 本発明を考察する1つの方法は、シン・クライアント・ブラウザおよびシン・ [0049] DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION One way to consider the present invention, thin client browser and Shin
ポータル(図1を参照)を使用して、研究者にゲノム研究リソースへのアクセスを提供する従来の手法が断念されることである。 Using a portal (see Figure 1), it is that the conventional approach to providing access to genome research resources are abandoned to researchers. その代わりに、出願人は、インタラクティブなインターフェイスをリソースと共に提供するシステムの効果が増すことを発見した。 Instead, applicants have discovered that the effect of a system for providing an interactive interface with the resource increases. このインタラクティブ性は、ゲノム研究の効果を増すために重要である。 This interactivity is important in order to increase the effect of genome research. 本発明を考察するもう1つの方法は、技術情報モデルおよび実施機構としてである。 Another way to consider the present invention is as a technical information model and implementation mechanism. 本発明のインタラクティブ性の態様は、データ・オブジェクトのリンキングおよびその視覚化および解析の態様の組合せによって提供される。 Interactivity aspect of the present invention are provided by linking and combining aspects of the visualization and analysis of data objects. 【0050】 中間および最終結果を格納するためのローカル・データベースに加えて、本発明は視覚化および解析の態様を有する。 [0050] In addition to the local database for storing intermediate and final results, the present invention has aspects of visualization and analysis. 視覚化は高度な形式において提供され、 Visualization is provided in advanced form,
これは配列および他の分子を、人の知覚に直観的にアピールするグラフィカル・ This sequence and other molecules, graphical intuitively appeal to the perception of the people
プレゼンテーションにおいて示すものである。 It illustrates in presentation. インタラクティブ性に加えて、ユーザが容易にデータを統合(すなわち、リンク)し、統合されたデータをローカル・データベースに格納するための機能がとても有用である。 In addition to the interactive user to easily integrate the data (i.e., links), and it is very useful function for storing the integrated data in a local database. 【0051】 本発明の好ましい実施形態において提供される追加の機能性は、リモートでインターネットを介するのではなくユーザ・インターフェイスで直接使用可能なフルスケール解析ツールおよびアルゴリズムである。 [0051] This preferred additional functionality that is provided in an embodiment of the invention is a full-scale analysis tools and algorithms that can be directly used in the user interface rather than via the Internet remotely. フルスケール解析では、DN In the full-scale analysis, DN
Aをタンパク質、酵素およびオリゴ・データ・セット、BLAST結果、MED Protein A, enzyme and oligo data set, BLAST result, MED
LINE Entrezデータおよびアミノ酸に鑑みて評価することができる。 It can be evaluated in view of the LINE Entrez data and amino acid. 【0052】 本発明の視覚化および解析の態様を提供することができるソフトウェア製品の一実施例は、North Bethesda、MarylandのInforM [0052] One embodiment of a software product that can provide aspects of visualization and analysis of the present invention, North Bethesda, InforM of Maryland
ax,Inc. ax, Inc. のVectorNTI(商標)製品である。 Which is the VectorNTI (TM) products. 【0053】 本発明の好ましい実施形態によるもう1つの態様は、インターネットを介して複数のデータベース(たとえば、NCBI、Entrez、PubMed、SR A preferred embodiment Another embodiment according to the present invention, via the Internet multiple databases (e.g., NCBI, Entrez, PubMed, SR
S)に接触する解決システムを使用して、統合されたデータベース探索を提供することである。 Solution Use the system in contact with the S), it is to provide an integrated database search. 【0054】 図2を参照すると、公用202および専用204のデータベース、および様々な研究ツール206がオンラインで使用可能である。 Referring to FIG. 2, public 202 and private 204 databases, and various research tools 206 are available online. また、研究リソースとして使用可能なものは、ユーザ210がローカル・データベース・システム208に格納する以前の研究結果および他のメーカ独自のデータである。 Also, usable as a research resource is the previous studies and other proprietary data user 210 is stored in the local database system 208. 従来技術のように、インターネット220が、様々なリモートのリソース202、204、20 As in the prior art, the Internet 220, a variety of remote resources 202,204,20
6にアクセスするための通信媒介として使用される。 6 is used as a communication medium for accessing. しかし、従来技術とは対照的に、まったく異なるツールのセットが、研究を行うために使用される。 However, in contrast to the prior art, a set of completely different tool, is used to perform the research. 【0055】 ユーザ210がユーザ・インターフェイス230を利用し、これは視覚化システム232およびデータ・セット・リンキング機構234(以下、短く「リンカ」とする)を含む。 [0055] The user 210 using the user interface 230, which is the visualization system 232 and data set linking mechanism 234 (hereinafter, shortened as "linker") including. リンカ234は、ユーザが、互いの関係においてさらに研究するために互いに関連付ける価値があると見なすデータ・セットの統合に備える。 The linker 234, the user is provided with the integration of the data set that deemed worthy to associate with each other to further studied in relation to each other. そのようにリンクされたデータ・セットは、解析ツールおよびアルゴリズム2 Such linked data sets, analysis tools and algorithms 2
40を使用してより綿密に検査あるいは解析することができる。 It can be more closely examined or analyzed using 40. 本発明と共に使用するために含める有用な解析ツールおよびアルゴリズムの実施例は、BioP Example of useful analysis tools and algorithms included for use with the present invention, BioP
lot(商標)、AlignX(商標)およびContigExpress(商標)であり、これらはすべてNorth Bethesda、MDのInfor lot (TM), is a AlignX (TM) and ContigExpress (TM), all of which are North Bethesda, MD Infor of
Max,Inc. Max, Inc. の製品である。 Which is the product. BLASTなど、いくつかの他の使用可能な解析ツールも有効に使用することができる。 Such as BLAST, also some of the other possible use analysis tool can be effectively used. 【0056】 この検査および解析手順は、それら自体を、それらが導出された元のデータ・ [0056] The inspection and analysis procedures are, themselves, the original data from which they were derived
セットにリンクすることができる結果となる。 A result that can be linked to the set. ローカル・データベース208が使用されて、統合されたデータ・セットおよび後の研究についての結果がユーザ210またはその同僚によって格納される。 It used the local database 208, the result of the integration data set and after the study is stored by the user 210 or colleagues. 後の研究を、追加のコンピュータ解析の形式にすることができ、あるいは、結果が十分に有望であると見なされた場合、生物学研究所におけるものにすることができる。 After research, it can be in the form of additional computer analysis, or if the results are deemed to be sufficiently promising, it is possible to those in Biological Laboratory. 【0057】 リンキングについての候補は、リンカブル・データ・オブジェクト解決システム250によって識別される。 [0057] candidates for linking is identified by Rinkaburu Data Object resolution system 250. リンカブル・データ・オブジェクト解決システム250はインターネット220を介して、様々な探索ツール206およびデータベース202、204のいずれにもアクセスして、ユーザ210が関心のあるものとして識別した対象データ・オブジェクトに関連するデータ・オブジェクトについて探索する。 Rinkaburu data object resolution system 250 via the Internet 220, to either the access of the various search tools 206 and databases 202, 204, associated with the target data object that the user 210 is identified as being of interest to search for the data object. 解決システム250はリンクを確立しない。 Resolution system 250 does not establish a link. むしろ、解決システム250は、インターネットを介して閲覧するために使用可能である莫大なデータの集まりから、対象データ・オブジェクトに関連する妥当な確率を有するべきデータ・オブジェクトを識別する。 Rather, resolution system 250 is a collection of enormous data is available for viewing via the Internet, identifies the data objects should have a reasonable probability associated with the target data object. 【0058】 解決システム250による探索を制限かつガイドするため、パーミッショニングおよびアカウンティング・モジュール260が解決システム250に、アクセス取り決めが確立ている公用202またはこれらの商用データベース204であるデータベースのみにアクセスするように指示する。 [0058] To limit and guide the search by the resolution system 250, par commissioning and accounting module 260 resolution system 250, to access the database only public 202 or these commercial database 204 access arrangements are established to tell. パーミッショニングおよびアカウンティング・モジュール260のアカウンティングの態様は、商用データベース204の使用に関するアクセス時間、持続時間および権限付与の記録を保持する。 Aspects of the accounting par commissioning and accounting module 260, the access time to the use of commercial database 204 maintains a record of the duration and authorization. 【0059】 本発明の装置の態様に加えて、方法も本発明のいくつかの態様を形成する。 [0059] In addition to the embodiment of the apparatus of the present invention, a method also form some embodiments of the present invention. 本発明によるゲノム研究を実行するための方法は、最初にリンカブル・ゲノム・データ・オブジェクトを解決することによって、次いで、リンカブル・ゲノム・データ・オブジェクトを対象ゲノム・データ・オブジェクトとリンクして、リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットを形成することによって実施される。 Method for performing genomic studies by the present invention, by first solving the Rinkaburu genome data object, then Rinkaburu Genome Data objects target genomic data objects and links, link It is carried out by forming a set of already genomic data objects.
解決の動作は対象ゲノム・データ・オブジェクトに関して、1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベースをリソースとして使用して実行される。 Operation of the resolution with respect to target genomic data objects is performed using one or more remote genome databases as a resource. オプショナルで、ローカル・ゲノム・データベースもリンカブル・ゲノム・データ・オブジェクトの解決において使用される。 In optional, used in solve local Genome Database Rinkaburu genome data object. 解決の動作は、ゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず実行され、これは、ゲノム・データ・オブジェクトが様々なデータベースにおいて発見される可能性があるからである。 Operation of the resolution is performed regardless of the data format of genomic data object, which is because there is a possibility that genomic data object is found in various databases.
ゲノム・データ・オブジェクトがリンクされた後、これらがリンク済ゲノム・データ・オブジェクトとしてローカル・ゲノム・データベースに格納されることが好ましい。 After genomic data objects are linked, it is preferable to be stored in the local genome database as a link already genomic data objects. 【0060】 本発明のもう1つの態様は、ビジネス・プロセスを表すことであり、このとき、商用データベースについての所定のアクセス取り決めが、研究ステップをガイドするために使用され、これらのデータベースへのアクセスが、このプロセスを使用する研究者/ユーザの観点からまったくシームレスとなる。 [0060] Another aspect of the present invention is to represent a business process, this time, the predetermined access arrangements for commercial databases, are used to guide the study step, access to these databases There, a completely seamless from the perspective of the researcher / user to use this process. この結果、公用、商用ならびにローカル(場合によってはメーカ独自の)の複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理するプロセスとなる。 As a result, public, and the process of managing access to a plurality of genome databases (manufacturer proprietary, as the case may be) a commercial as well as locally. このプロセスは、リンカブル・データ・オブジェクトを、対象データ・オブジェクトに関して解決するステップ、および、さらに解決済データ・オブジェクトを対象ゲノム・データ・オブジェクトにリンクするステップを含む。 This process includes the step of linking Rinkaburu data object, step solves respect target data objects, and, further resolved data objects in the target genome data object. 公用ゲノム・データベースから解決されたリンカブル・データ・オブジェクトは、その中に格納されたゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず解決され、アクセス・コストについての制限はない。 Rinkaburu data object is resolved from public genomic database, it is resolved regardless of the data format of genomic data object stored therein, no restrictions on access cost. 商用ゲノム・データベースから解決されたリンカブル・データ・オブジェクトは、その中に格納されたゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず解決され、商用ゲノム・データベースについての適用可能な所定のアクセス取り決めを受けて解決される。 Resolved Rinkaburu data object from the commercial genomic database, are resolved regardless of the data format of genomic data object stored therein, the applicable predetermined access arrangements for commercial Genome Database It is resolved received by. 【0061】 本発明を好ましい実施形態に関して記載したが、様々な修正および改良を、記載した実施形態に、本発明の範囲から逸脱することなく行うことができることは理解されよう。 [0061] Although described with respect to preferred embodiments of the present invention, various modifications and improvements to the embodiments described, may be made without departing from the scope of the present invention will be understood. 本発明の範囲は、付属の特許請求の範囲によって限定される。 The scope of the invention is defined by the appended claims. 【図面の簡単な説明】 【図1】 ブラウザを使用して、ポータルを介してインターネット・データベース・リソースにアクセスする従来の構成を例示する図である。 Use BRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS [Figure 1] browser is a diagram illustrating a conventional configuration for accessing the Internet database resource through the portal. 【図2】 本発明の一実施形態による、インターネット・データベース・リソースへの統合されたアクセスを例示する図である。 According to an embodiment of the present invention; FIG diagrams illustrating an integrated access to the internet database resource.

【手続補正書】 【提出日】平成14年8月26日(2002.8.26) 【手続補正1】 【補正対象書類名】明細書【補正対象項目名】特許請求の範囲【補正方法】変更【補正の内容】 【特許請求の範囲】 【請求項1】 ローカル・データベース・システムと通信し、かつ1つまたは複数のリモート・データベース・システムと通信するデータ処理システムであって、 ユーザがデータ・オブジェクトをグラフィカルに表示することができるグラフィカル・ユーザ・インターフェイスと、 データ・オブジェクト・リンカと、 1つまたは複数のデータ・オブジェクトを解決するリンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバとを含み、このオブジェクトは、ローカル・データベース・ [Procedure amendment] [filing date] 2002 August 26 (2002.8.26) [Amendment 1] [corrected document name] range [correction method] of the specification [correction target item name] claims It communicates with change [correction of contents] claims 1. a local database system, and a data processing system in communication with one or more remote database system, user data and a graphical user interface, the object can be displayed graphically, and data object linker, and a Rinkaburu data object resolver to resolve one or more data objects, the object, local database
システムおよび1つまたは複数のリモート・データベース・システムにおいて発見されたデータ・オブジェクトの中からの対象データ・オブジェクトに関してリンカブルであり、 リンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバによって解決された、解決済データ・オブジェクトが、データ・オブジェクト・リンカによって対象データ・オブジェクトにリンクされ、解決済データ・オブジェクトおよび対象データ・オブジェクトがそれぞれグラフィカル・ユーザ・インターフェイスに提供される、データ処理システム。 A Rinkaburu with respect to the system and one or more target data object from among the found data objects in a remote database system, were resolved by Rinkaburu data object resolver, it is resolved data object It is linked to the target data object by the data object linker, resolved data objects and object data object is provided to the graphical user interface, respectively, the data processing system. 【請求項2】 ローカル・ゲノム・データベース・システムと電子的に通信し、かつ1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムと電子的に通信するデータ処理システムであって、 ユーザがゲノム・データ・オブジェクトをグラフィカルに表示することができるグラフィカル・ユーザ・インターフェイスと、 ゲノム・データ・オブジェクト・リンカと、 1つまたは複数のゲノム・データ・オブジェクトを解決するリンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバとを含み、このオブジェクトは、ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムにおいて発見されたデータ・オブジェクトの中からの対象ゲノム・データ・オブジェクトに関してリンカブルであり、 2. A local Genome database system and electronically communicate, and a one or more remote Genome database system and electronically data processing system to communicate, the user genomic data · includes a graphical user interface that can be displayed graphically objects, and genomic data object linker, and Rinkaburu data object resolver to resolve one or more genomic data objects, this object is Rinkaburu for subjects genomic data objects from the discovered data object in the local genome database system and one or more remote genome database system, リンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバによって解決された、解決済ゲノム・データ・オブジェクトが、データ・オブジェクト・リンカによって対象ゲノム・データ・オブジェクトにリンクされ、解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・データ・オブジェクトがそれぞれグラフィカル・ユーザ・ Was resolved by Rinkaburu data object resolver, resolved genomic data object, linked to the target genomic data object by the data object linker, resolved genomic data object and target genomic data object, each graphical user
インターフェイスに提供される、データ処理システム。 It is provided to an interface, the data processing system. 【請求項3】 1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムと、ネットワークを介して通信する、請求項2に記載のデータ処理システム。 3. A one or more remote Genome database system communicate via the network, data processing system according to claim 2. 【請求項4】 1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムと、ネットワークのネットワークを介して通信する、請求項2に記載のデータ処理システム。 4. and one or more remote Genome database system communicate via a network of networks, data processing system according to claim 2. 【請求項5】 1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムと、インターネットを介して通信する、請求項2に記載のデータ処理システム。 5. A one or more remote Genome database system to communicate over the Internet, data processing system according to claim 2. 【請求項6】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・データ・オブジェクトがそれぞれ、核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果および医療データからなるグループから選択されたデータ・タイプのものである、請求項2に記載のデータ処理システム。 6. resolved genomic data object and target genomic data objects, respectively, nucleic acid sequences, amino acid sequences, oligonucleotides, those results and data type selected from the group consisting of medical data of BLAST search in a data processing system according to claim 2. 【請求項7】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・データ・オブジェクトが異なるデータ・タイプのものである、請求項6に記載のデータ処理システム。 7. resolved genomic data object and target genomic data objects are of different data types, data processing system according to claim 6. 【請求項8】 ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムがそれぞれ、核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果および医療データからなるグループから選択されるタイプのデータ・オブジェクトを含む、請求項2に記載のデータ処理システム。 8. A local Genome database system and one or more remote Genome database system, respectively, nucleic acid sequences, amino acid sequences, oligonucleotide, is selected from the result, and the group consisting of medical data of BLAST search that type includes a data object, the data processing system of claim 2. 【請求項9】 グラフィカル・ユーザ・インターフェイスが、核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果および医療データをグラフィカルに示す機能を有する、請求項2に記載のデータ処理システム。 9. graphical user interface, a nucleic acid sequence having the amino acid sequence, oligonucleotides, the functions shown results and medical data graphically the BLAST search, the data processing system of claim 2. 【請求項10】 ゲノム・データ・オブジェクト・リンカが、異なるデータ・タイプのものであるゲノム・データ・オブジェクトをリンクする、請求項2に記載のデータ処理システム。 10. A genomic data object linker, linking the genomic data objects are of different data types, data processing system according to claim 2. 【請求項11】 ゲノム研究を実行するためのシステムであって、このシステムはローカル・ゲノム・データベース・システムと電子的に通信し、かつ1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムと電子的に通信し、 ユーザにゲノム・データ・オブジェクトのグラフィカル・ビューを提示する手段と、 ゲノム・データ・オブジェクトを互いにリンクする手段と、 ゲノム・データ・オブジェクトを、ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムにおいて発見されたゲノム・データ・オブジェクトの中からの、対象ゲノム・データ・オブジェクトに関して解決する手段とを含み、 解決する手段によって解決された解決済ゲノム・データ・オブジェクトが、リ 11. A system for performing genome research, the system communicates electronically with the local Genome database system, and electronic and one or more remote Genome Database System communicate with, and means for presenting a graphical view of genomic data object to a user, and means for linking together the genomic data object, the genomic data objects, and one local genome database system or in a plurality of remote genome database system from among the discovered genomic data object, and means for solving for subjects genomic data objects, resolved genomic data that were resolved by resolving means object, Li クする手段によって対象ゲノム・データ・オブジェクトにリンクされ、解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・データ・オブジェクトがそれぞれ提示する手段に提供される、ゲノム研究を実行するためのシステム。 System for linked to the target genomic data objects by click to means, resolved genomic data object and target genomic data object is provided to means for presenting each executes genomic research. 【請求項12】 1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムと、インターネットを介して通信する、請求項11に記載のゲノム研究を実行するためのシステム。 12. A one or more remote Genome database system communicate via the Internet, a system for performing genomic studies of claim 11. 【請求項13】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象の解決済ゲノム・データ・オブジェクトがそれぞれ、核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果および医療データからなるグループから選択されたデータ・タイプのものである、請求項11に記載のゲノム研究を実行するためのシステム。 13. resolved genomic data objects and object resolved genomic data objects, respectively, nucleic acid sequences, amino acid sequences, the data that has been selected oligonucleotides, the results and the group consisting of medical data of BLAST search it is of the type, a system for performing the genome study described in claim 11. 【請求項14】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象の解決済ゲノム・データ・オブジェクトが異なるデータ・タイプのものである、請求項1 14. resolved genomic data objects and object resolved genomic data objects are of different data types, according to claim 1
3に記載のゲノム研究を実行するためのシステム。 System for performing the genome study described in 3. 【請求項15】 ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムがそれぞれ、核酸配列、 15. Local Genome database system and one or more remote Genome database system, respectively, nucleic acid sequences,
アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果および医療データからなるグループから選択されるタイプのデータ・オブジェクトを含む、請求項1 Amino acid sequence comprises an oligonucleotide, the type of data object that is selected from the results and the group consisting of medical data of BLAST search claim 1
1に記載のゲノム研究を実行するためのシステム。 System for performing genomic studies described 1. 【請求項16】 提示する手段が、核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果および医療データをグラフィカルに示す機能を有する、請求項11に記載のゲノム研究を実行するためのシステム。 16. presenting means a nucleic acid sequence, amino acid sequence, an oligonucleotide, has the functions shown results and medical data graphically the BLAST search, for performing genome research system of claim 11. 【請求項17】 リンクする手段が、異なるデータ・タイプのものであるゲノム・データ・オブジェクトをリンクする、請求項11に記載のゲノム研究を実行するためのシステム。 17. link means for linking the genomic data objects are of different data types, system for performing genomic studies of claim 11. 【請求項18】 ローカル・ゲノム・データベースおよびリモート・ゲノム・データベースをリソースとして使用した、対象ゲノム・データ・オブジェクトに関するゲノム研究に適合されたコンピュータ・システムであって、 プロセッサと、 メモリとを含み、このメモリはプロセッサと電子的に通信し、 リンカブル・ゲノム・データ・オブジェクトを、ローカル・ゲノム・データベースおよびリモート・ゲノム・データベースの中からの、対象ゲノム・データ・ 18. Using the local genome database and remote genomic databases as a resource, a computer system adapted for genome research relating to the target genomic data objects includes a processor and a memory, this memory in electronic communication with the processor, the Rinkaburu genome data object, from among the local genome database and remote genome database, the target genomic data
オブジェクトに関して、ゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず、解決するステップと、 対象ゲノム・データ・オブジェクトを、リンカブル・ゲノム・データ・オブジェクトにリンクして、リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットを形成するステップと、 リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットをローカル・ゲノム・データベースに格納するステップとをコンピュータ・システムが実行できるように適合されたソフトウェア命令を含む、コンピュータ・システム。 About the object, regardless of the data format of genomic data objects, and a step to resolve, the target genome data objects, links to Rinkaburu genome data objects, set of links already genomic data objects and forming, software instructions and steps a computer system adapted to run to store the set of links already genomic data object on a local genome database, computer system. 【請求項19】 ローカル・ゲノム・データベースおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベースをリソースとして使用して、対象ゲノム・データ・オブジェクトに関してゲノム研究を実行する方法であって、 リンカブル・ゲノム・データ・オブジェクトを、ローカル・ゲノム・データベースおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベースの中からの、対象ゲノム・データ・オブジェクトに関して、ゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず、解決すること、 対象ゲノム・データ・オブジェクトを、リンカブル・ゲノム・データ・オブジェクトにリンクして、リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットを形成すること、および リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットをローカル・ 19. Use local genome database and one or more remote genome database as a resource, a method for performing a genome research regarding target genomic data object, Rinkaburu Genome Data the object, from among the local genome database and one or more remote genome database, with respect to the target genomic data object, regardless of the data format of genomic data objects and resolve it, the target genomic data object, linked to Rinkaburu genome data objects, forming a set of links already genomic data objects, and local sets of links already genomic data objects ゲノム・データベースに格納することを含む、ゲノム研究を実行する方法。 And storing in the genome database, a method for performing a genome research. 【請求項20】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・ 20. Resolved genomic data objects and the target genome,
データ・オブジェクトがそれぞれ、核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果および医療データからなるグループから選択されたデータ・タイプのものである、請求項19に記載のゲノム研究を実行する方法。 Data objects, respectively, nucleic acid sequences, amino acid sequences, those oligonucleotides, results and data type selected from the group consisting of medical data of BLAST search, how to perform genome study described in claim 19. 【請求項21】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・ 21. Resolved genomic data objects and the target genome,
データ・オブジェクトが異なるデータ・タイプのものである、請求項20に記載のゲノム研究を実行する方法。 Data objects are of different data types, how to perform genome study described in claim 20. 【請求項22】 ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムがそれぞれ、核酸配列、 22. Local Genome database system and one or more remote Genome database system, respectively, nucleic acid sequences,
アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果および医療データからなるグループから選択されるタイプのデータ・オブジェクトを含む、請求項1 Amino acid sequence comprises an oligonucleotide, the type of data object that is selected from the results and the group consisting of medical data of BLAST search claim 1
9に記載のゲノム研究を実行する方法。 How to perform a genome study described in 9. 【請求項23】 グラフィカル・ユーザ・インターフェイスを提供して、対象ゲノム・データ・オブジェクトおよび解決済ゲノム・データ・オブジェクトを、それらが核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果または医療データであるかに関わらず、グラフィカルに示すことをさらに含む、請求項19に記載のゲノム研究を実行する方法。 23. provides a graphical user interface, the target genomic data objects and resolved genomic data objects, they are nucleic acid sequences, amino acid sequences, oligonucleotide, the result or medical data BLAST search regardless of whether further includes indicating graphically, how to perform genome study described in claim 19. 【請求項24】 リンクする動作が、異なるデータ・タイプのものであるゲノム・データ・オブジェクトをリンクする、請求項19に記載のゲノム研究を実行する方法。 How 24. link operation, to link genomic data objects are of different data types, performing genomic studies of claim 19. 【請求項25】 複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理する方法であって、複数のゲノム・データベースはローカル・ゲノム・データベース、公用ゲノム・データベースおよび商用ゲノム・データベースを含み、 1つまたは複数のリンカブル・データ・オブジェクトを対象データ・オブジェクトに関して解決すること、および、 1つまたは複数の解決済データ・オブジェクトを前記対象ゲノム・データ・オブジェクトにリンクすることを含み、 1つまたは複数のリンカブル・データ・オブジェクトが公用ゲノム・データベースから、その中に格納されたゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず、アクセス・コストについての制限がなく解決され、 1つまたは複数のリンカブル・データ・オブジェクトが 25. A method of managing access to a plurality of genome databases, the plurality of genome databases include local genome database, a public genomic databases and commercial genome databases, one or more solving the Rinkaburu data object on the target data object, and comprises linking the one or more resolved data object to the target genomic data objects, one or more Rinkaburu data · from the object is public genome databases, regardless of the data format of genomic data object stored therein, restrictions on access cost is resolved without one or more of Rinkaburu data objects 用ゲノム・データベースから、その中に格納されたゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず、商用ゲノム・データベースについての所定のアクセス取り決めを受けて解決される、複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理する方法。 Access from the use genome database, regardless of the data format of genomic data object stored therein, is solved by receiving a predetermined access arrangements for commercial genome databases, to a plurality of genome databases how to manage. 【請求項26】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・ 26. Resolved genomic data objects and the target genome,
データ・オブジェクトがそれぞれ、核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果および医療データからなるグループから選択されたデータ・タイプのものである、請求項25に記載の複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理する方法。 Data objects, respectively, nucleic acid sequences, amino acid sequences, those oligonucleotides, results and data type selected from the group consisting of medical data of BLAST search of the plurality of genome databases of claim 25 how to manage access. 【請求項27】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・ 27. Resolved genomic data objects and the target genome,
データ・オブジェクトが異なるデータ・タイプのものである、請求項26に記載の複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理する方法。 Data objects are of different data types, a method for managing access to a plurality of genome databases of claim 26. 【請求項28】 ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムがそれぞれ、核酸配列、 28. Local Genome database system and one or more remote Genome database system, respectively, nucleic acid sequences,
アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果および医療データからなるグループから選択されるタイプのデータ・オブジェクトを含む、請求項2 Amino acid sequence comprises an oligonucleotide, the type of data object that is selected from the results and the group consisting of medical data of BLAST search, claim 2
5に記載の複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理する方法。 Method of managing access to a plurality of genome databases described 5. 【請求項29】 グラフィカル・ユーザ・インターフェイスを提供して、対象ゲノム・データ・オブジェクトおよび解決済ゲノム・データ・オブジェクトを、それらが核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果または医療データであるかに関わらず、グラフィカルに示すことをさらに含む、請求項25に記載の複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理する方法。 29. provides a graphical user interface, the target genomic data objects and resolved genomic data objects, they are nucleic acid sequences, amino acid sequences, oligonucleotide, the result or medical data BLAST search regardless of whether further includes indicating graphically, how to manage access to multiple genome database of claim 25. 【請求項30】 リンクする動作が、異なるデータ・タイプのものであるゲノム・データ・オブジェクトをリンクする、請求項25に記載の複数のゲノム・ 30. A link operation, to link genomic data objects are of different data types, a plurality of genomic according to claim 25
データベースへのアクセスを管理する方法。 How to manage access to the database. 【請求項31】 コンピュータが、ローカル・ゲノム・データベースおよびリモート・ゲノム・データベースをリソースとして使用して、対象ゲノム・データ・オブジェクトに関してゲノム研究を実行できるようにするためのコンピュータ・プログラム製品であって、 コンピュータが所定の動作を実行できるようにするためのソフトウェア命令と、 ソフトウェア命令を実施するコンピュータ可読媒体とを含み、 所定の動作は、 リンカブル・ゲノム・データ・オブジェクトを、ローカル・ゲノム・データベースおよびリモート・ゲノム・データベースの中からの、対象ゲノム・データ・ 31. computer, a computer program product for enabling using local genome database and remote genomic databases as a resource, perform a genome research regarding target genomic data objects the computer includes a computer-readable medium for implementing the software instructions to be able to perform a predetermined operation, the software instructions, predetermined operations, a Rinkaburu genome data object, the local genome database and from among the remote genome database, the target genome data
オブジェクトに関して、ゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず、解決する動作と、 対象ゲノム・データ・オブジェクトを、リンカブル・ゲノム・データ・オブジェクトにリンクして、リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットを形成する動作と、 リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットをローカル・ゲノム・データベースに格納する動作とを含む、コンピュータ・プログラム製品。 About the object, regardless of the data format of genomic data objects, and operation of resolve, the target genome data objects, links to Rinkaburu genome data objects, set of links already genomic data objects the acts of forming includes an operation and storing a set of links already genomic data object on a local genome database, computer program product. 【請求項32】 コンピュータが複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理できるようにするためのコンピュータ・プログラム製品であって、複数のゲノム・データベースは、ローカル・ゲノム・データベース、公用ゲノム・データベースおよび商用ゲノム・データベースを含み、 コンピュータが所定の動作を実行できるようにするためのソフトウェア命令と、 ソフトウェア命令を実施するコンピュータ可読媒体とを含み、 所定の動作は、 1つまたは複数のリンカブル・データ・オブジェクトを対象データ・オブジェクトに関して解決する動作と、 1つまたは複数の解決済データ・オブジェクトを前記対象ゲノム・データ・オブジェクトにリンクする動作とを含み、 1つまたは複数のリンカブル・データ・オブジェクトが公用ゲノム 32. A computer program product for a computer to be able to manage access to multiple genomic databases, the plurality of genome databases, the local genomic databases, public genomic databases and commercial It includes genomic databases, including computer and software instructions for enabling executing a predetermined operation and computer readable media for implementing the software instruction, a predetermined operation, one or more Rinkaburu data objects an act of solving with respect to the target data object to one or more of the resolved data object comprises an act of linking to the target genomic data objects, one or more Rinkaburu data objects public genome ・データベースから、その中に格納されたゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず、アクセス・コストについての制限がなく解決され、 1つまたは複数のリンカブル・データ・オブジェクトが商用ゲノム・データベースから、その中に格納されたゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず、商用ゲノム・データベースについての所定のアクセス取り決めを受けて解決される、コンピュータ・プログラム製品。 · From the database, regardless of the data format of genomic data object stored therein, restrictions on access cost is resolved without one or more Rinkaburu data object from the commercial genomic database , regardless of the data format of genomic data object stored therein, it is solved by receiving a predetermined access arrangements for commercial genome databases, a computer program product. 【請求項33】 ローカル・ゲノム・データベース・システムと電子的に通信し、かつ1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムと電子的に通信するデータ処理システムであって、 ユーザがゲノム・データ・オブジェクトをグラフィカルに表示することができるグラフィカル・ユーザ・インターフェイスと、 ゲノム・データ・オブジェクト・リンカと、 1つまたは複数のゲノム・データ・オブジェクトを解決するリンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバとを含み、このオブジェクトは、ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムにおいて発見されたデータ・オブジェクトの中からの対象ゲノム・データ・オブジェクトに関してリンカブルであり 33. electronically communicate with local Genome database system, and a one or more remote Genome database system and a data processing system for electronic communication, the user genomic data · includes a graphical user interface that can be displayed graphically objects, and genomic data object linker, and Rinkaburu data object resolver to resolve one or more genomic data objects, this object is an Rinkaburu for subjects genomic data objects from the discovered data object in the local genome database system and one or more remote genome database system 、さらに、 グラフィカル・ユーザ・インターフェイスに統合された1つまたは複数のゲノム解析ツールとを含み、 リンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバによって解決された、解決済ゲノム・データ・オブジェクトが、データ・オブジェクト・リンカによって対象ゲノム・データ・オブジェクトにリンクされ、解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・データ・オブジェクトがそれぞれグラフィカル・ユーザ・ Further includes one or more genome analysis tools integrated into the graphical user interface, which is solved by Rinkaburu data object resolver, it is resolved genomic data object, data object Linker linked to the target genomic data objects by, resolved genomic data object and target genomic data object graphical user respectively
インターフェイスに提供されて、1つまたは複数のゲノム解析ツールを介した解析を受けるようにされる、データ処理システム。 Is provided to the interface, it is to receive the analysis via one or more genome analysis tool, the data processing system.

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 【請求項1】 ローカル・データベース・システムと通信し、かつ1つまたは複数のリモート・データベース・システムと通信するデータ処理システムであって、 ユーザがデータ・オブジェクトをグラフィカルに表示することができるグラフィカル・ユーザ・インターフェイスと、 データ・オブジェクト・リンカと、 1つまたは複数のデータ・オブジェクトを解決するリンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバとを含み、このオブジェクトは、ローカル・データベース・ [Claims 1 to communicate with the local database system, and a data processing system in communication with one or more remote database system, the user displays the data objects graphically and a graphical user interface that may be a data object linker, and a Rinkaburu data object resolver to resolve one or more data objects, the object, the local database
    システムおよび1つまたは複数のリモート・データベース・システムにおいて発見されたデータ・オブジェクトの中からの対象データ・オブジェクトに関してリンカブルであり、 リンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバによって解決された、解決済データ・オブジェクトが、データ・オブジェクト・リンカによって対象データ・オブジェクトにリンクされ、解決済データ・オブジェクトおよび対象データ・オブジェクトがそれぞれグラフィカル・ユーザ・インターフェイスに提供される、データ処理システム。 A Rinkaburu with respect to the system and one or more target data object from among the found data objects in a remote database system, were resolved by Rinkaburu data object resolver, it is resolved data object It is linked to the target data object by the data object linker, resolved data objects and object data object is provided to the graphical user interface, respectively, the data processing system.
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