JP2003310252A - 組織の細胞dnaからの組込みウイルスの直接レスキュー及び増幅の方法 - Google Patents

組織の細胞dnaからの組込みウイルスの直接レスキュー及び増幅の方法

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Abstract

(57)【要約】 【課題】 NHP組織の細胞DNAからAAVウイルス
を単離する方法の提供、および、この方法を実施するた
めに有用なキットの提供。 【解決手段】 非ヒト霊長類(NHP)の細胞DNAを
293細胞にトランスフェクションし、ウイルスをレス
キューし、そしてアデノウイルスヘルパー機能の存在下
で連続継代によってそれを増幅する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】パルボウイルス科のメンバー
であるアデノ随伴ウイルス(AAV)は、4.7〜6k
b(Mr.1.5−2.0x10)の一本鎖線状DNA
ゲノムを有する小型のエンベロープの無い正二十面体ウ
イルスである。AAVは、精製されたアデノウイルスス
トックにおける汚染物(contaminant)として発見された
のでディペンドウイルス(Dependovirus)
属に特定される。AAVの生活環は、AAVゲノムが感
染後に宿主染色体に部位特異的に組込まれる潜伏期及び
アデノウイルスもしくは単純ヘルペスウイルスのいずれ
かの重複感染後に、組込みゲノムを続いてレスキュー
し、複製し、そして感染性ウイルスにパッケージングす
る増殖もしくは生産期を含む。単純なゲノム構造、非病
原性、非分裂細胞を包含する、感染性についての広い宿
主範囲、及び潜在的な部位特異的染色体組込みの特性
は、AAVを遺伝子導入の魅力的な手段にする。最近の
研究は、AAVベクターが安定な遺伝子発現を得るため
の好ましい媒体であり得ることを示唆する。
【0002】
【従来の技術】現在まで、AAVの6種の異なる血清型
(AAV1−6)が、ヒトもしくは非ヒト霊長類(NH
P)から単離され、十分に特性化され、そして遺伝子導
入用途のベクターとされている。これらの全ては、霊長
類及び非ヒト霊長類起源の汚染されたアデノウイルス調
製物もしくは組織検体のいずれかから感染性ウイルスと
して単離されている。これらの中で、AAV1及びAA
V4は非ヒト霊長類から単離され;AAV2、3及び5
はヒトから得られ、そしてAAV6はヒトアデノウイル
ス調製物の汚染物であった。
【0003】核に侵入し、宿主に組込みそしてヘルパー
ウイルス共感染なしに潜伏感染を確立するAAVの能力
を利用して、最近、我々は、非ヒト霊長類起源の異なる
組織から調製した細胞DNAからの新規なAAVの配列
の単離のためのポリメラーゼ連鎖反応(PCR)に基づ
く方法を考案した。この方法を用いて、我々は少なくと
も16分子タイプ及び8分子サブタイプの新規なAAV
を単離し、遺伝子導入用途におけるそれらの効率を評価
するためにそれらの二つに関して組換えウイルスを作製
した。
【0004】
【発明が解決しようとする課題】細胞源からAAVビリ
オンを同定及び単離する信頼できる方法の必要性が依然
として当該技術分野にある。
【0005】
【課題を解決するための手段】本発明は、細胞DNAを
細胞にトランスフェクションし、ウイルスをレスキュー
し、そしてアデノウイルスヘルパー機能の存在下で連続
継代によってウイルスを増幅することにより組織の細胞
DNAから新規なAAVウイルスを単離する独特な方法
を提供する。この方法は、組織、特に非ヒト霊長類(N
HP)及びヒト組織から新規なAAV及び他のヘルパー
依存性組込みウイルスを単離する非常に有用なそして実
用的な手段である。
【0006】本発明のこれら及び他の特徴は、以下の本
発明の詳細な記述から容易に明らかである。本明細書及
び請求項の全体にわたって使用する場合、「含んでなる
(comprise)」という用語及びとりわけ「含ん
でなる(comprises)」、「含んでなってい
る」を包含するその変形には、他の成分、要素、整数、
工程などが含まれる。「からなる」もしくは「からなっ
ている」という用語は、他の成分、要素、整数、工程な
どを除く。
【0007】
【発明の実施の形態】一つの態様として、本発明は、ヒ
トもしくは非ヒト組織からの細胞DNAからの組込みウ
イルスもしくは非ウイルス配列の直接レスキューの方法
を提供する。
【0008】該方法は、アデノ随伴ウイルス(AAV)
のようなヘルパーに依存する組込みウイルスのレスキュ
ーにおける使用に特によく適している。例えば、最近単
離された新規なAAV血清型を用いて、本発明の方法は
非常にうまく機能することが示された。AAV8配列及
びrep/capタンパク質発現は、トランスフェクシ
ョン及び連続継代後に293細胞において劇的に増幅さ
れた。しかしながら、本明細書における実施例は、新規
なAAV血清型のレスキュー及び増幅を示すが、本発明
の方法は、既知及び未知のAAV血清型の両方、並びに
宿主細胞のゲノムに組込む他のウイルス及び非ウイルス
配列に容易に適用できる。そのような他のウイルス配列
には、とりわけ、レトロウイルス[例えば、ネコ白血病
ウイルス(FeLV)、HTLVI及びHTLVI
I]、及びレンチウイルス亜科[例えば、ヒト免疫不全
ウイルス(HIV)、サル免疫不全ウイルス(SI
V)、ネコ免疫不全ウイルス(FIV)、ウマ伝染性貧
血ウイルス及びスプマウイルス亜科]が包含される。本
発明の方法の他の適当な使用は、当業者に容易に明らか
である。
【0009】本明細書において用いる場合、サンプルは
核酸を含有する任意の起源、例えば、組織、組織培養
物、細胞、細胞培養物、充実性腫瘍、及び限定なしに尿
及び血液を包含する生物学的流体である。これらの核酸
配列は、プラスミドからのDNAもしくはRNA、細
菌、酵母、ウイルス、及び植物もしくは動物のような高
等生物を包含する任意の起源からの天然のDNAもしく
はRNAであることができる。一つの望ましい態様とし
て、細胞は非ヒト霊長類もしくはヒト起源からである。
しかしながら、様々な哺乳動物及び非哺乳動物種からの
細胞もまた利用することができる。サンプルの起源及び
本発明の方法の適用のために核酸を得る方法は、本発明
の制約ではない。場合により、本発明の方法は、DNA
の起源に対して直接、もしくはある起源から得られる
(例えば抽出される)核酸に対して行うことができる。
【0010】細胞DNAは、様々な通常の技術のいずれ
かを用いて細胞源から抽出する。DNAもしくはRNA
は、Sambrook,Molecular Clon
ing:A Laboratory Manual(N
ew York:ColdSpring Harbor
Laboratory)により記述されているものの
ような、当業者に既知である様々な技術によりサンプル
から抽出する。
【0011】サンプルからのDNAは、標的組込み外来
DNA(例えばAAV)を切断せずに宿主生物に固有の
ゲノムDNAを優先的に切断するように選択された制限
酵素の存在下でインキュベーションする。
【0012】典型的に、標的組込み外来DNA(例えば
AAV)の量は、サンプルにおける宿主DNAの量と比
較してわずかである。従って、この消化工程は、AAV
を損なわずに保ちながら、細胞サンプルにおける宿主D
NAの複数フラグメントへの消化をもたらす。望ましく
は、宿主DNA及び使用する任意のヘルパーウイルスに
おける複数の認識部位を含有するが、標的AAVゲノム
(もしくは他の標的組込みDNA)における最低限の数
の認識部位のみを含有する制限酵素を選択する。最も望
ましくは、選択する制限酵素は、標的組込みDNAにお
けるいかなる認識部位も含有しない。本願において、そ
のような制限酵素はレアカッター(rare cutt
er)と称する。そのようなレアカッターの例には、例
えば、FseI、PacI、PmeI、PsrI、Bc
gI、BglI、BsabI、BstXI、DrdI、
EcoNI、FseI、MaMI、MslI、Mwo
I、PshaI、SfiI、SwaI、XcmI及びX
mnIなどを包含する、7、8もしくはそれ以上の塩基
の認識部位を有するものが包含される。適当なレアカッ
ターは、文献においてそして様々なオンラインデータベ
ース、例えばREBASETMデータベースにおいて当
業者が容易に利用できる情報を用いて同定することがで
きる。例えば、標的組込みDNAがAAV血清型8であ
る場合の本発明の方法における使用に適当なレアカッタ
ーには、例えばPmeIが包含される。本発明の方法の
ための他の適当なカッターは、様々なコンピュータープ
ログラム及び/もしくはオンラインデータベースを用い
て容易に決定することができる。適当な制限酵素は、と
りわけ、例えば、England Biolabs、O
biogene、Life Technology、R
oche、BB Clontech、Stratage
ne、Amersham Pharmaciaを包含す
る様々な商業供給元から入手できる。
【0013】いったん適切なサンプル及び消化酵素を選
択すると、通常の消化技術を利用する。典型的には、制
限酵素と混合したDNAのサンプルを約12〜約48時
間インキュベーションする。この後、通常のフェノール
/クロロホルム抽出工程を行う。例えば、フェノール/
クロロホルム抽出を利用し、続いてエタノールで沈殿さ
せ、そして沈殿物を方法工程の残部における使用のため
に(例えばTEもしくは別の適当なバッファーに)溶解
することができる。例えば、Sambrook,Mol
ecular Cloning:A Laborato
ry Manual,2nd Ed.,5.28−5.
32,Appendix E.3−E.4(Cold
Spring Harbor Press,Cold
Spring Harbor,New York,19
89)を参照。他の適当な方法は、利用する制限酵素の
製造業者もしくは販売者により提供されることができる
か、もしくはそうでなければ当業者に既知である。
【0014】サンプルにおける細胞DNAを消化した
後、消化したDNAを通常の技術を用いて適当な細胞に
トランスフェクションする。好適には、消化したDNA
を、細胞においてトランスフェクションされる細胞DN
Aの濃度を最大にするようにトランスフェクションす
る。例えば、これは50〜80%の密度の細胞で5x1
細胞当たり約0.2μg〜約2μgのDNAの量で
あることができる。しかしながら、これらの量は、とり
わけ、細胞プレートのサイズ及び細胞タイプを考慮に入
れて、必要もしくは所望に応じて調整することができ
る。
【0015】宿主細胞自体は、原核(例えば細菌)細
胞、並びに昆虫細胞、酵母細胞及び哺乳動物細胞を包含
する真核細胞を包含する任意の生物学的生物の中から選
択することができる。宿主細胞は、DNAの感染もしく
はトランスフェクション及びトランスフェクションした
DNAの発現が可能である。特に望ましい宿主細胞は、
限定なしに、A549、WEHI、3T3、10T1/
2、BHK、MDCK、COS1、COS7、BSC
1、BSC40、BMT10、VERO、WI38、H
eLa、293細胞(これは機能性アデノウイルスE1
を発現する)、Saos、C2C12、L細胞、HT1
080、HepG2、並びにヒト、サル、マウス、ラッ
ト、ウサギ及びハムスターを包含する哺乳動物から得ら
れる一次(primary)繊維芽細胞、肝細胞及び筋
芽細胞のような細胞を包含する任意の哺乳動物種の中か
ら選択する。細胞を提供する哺乳動物種の選択は本発明
の制約ではなく;また哺乳動物細胞のタイプ、すなわ
ち、繊維芽細胞、肝細胞、腫瘍細胞などもそうではな
い。
【0016】好適には、AAVの単離及び増幅のため
に、細胞はAAVの複製に必要なヘルパー機能を含有す
るかもしくは提供される。これらのヘルパー機能には、
少なくとも、アデノウイルスからのE1a、E1b、E
2a、E4、及びVAI RNA機能が包含される。例
えば、1999年9月23日に公開されたWO 99/
47691;RM Kotin,Hu Gene Th
er.,5:793−801(1994);1999年
4月1日に公開されたWO 99/15685を参照。
さらに、場合により、ヘルパーAAV機能を供給するこ
とができ、そしてこれはサンプルにおけるAAVの低コ
ピー数が推測される場合に望ましい。
【0017】アデノウイルスにより提供されるヘルパー
機能は、野生型アデノウイルスにより供給することがで
き、そしてヒトもしくは非ヒト起源、好ましくは非ヒト
霊長類(NHP)起源であることができる。Ad5型
[Genbank受託番号M73260]を包含する多
数のヒトアデノウイルス型のDNA配列がGenban
kから入手できる。アデノウイル配列は、血清型2、
3、4、7、12及び40のような、そしてさらに任意
の現在同定されているヒト型[例えば、Horwit
z,“Adenoviridae and Their
Replication”,VIROLOGY,2d
ed.,pp.1679−1721(1990)を参
照]を包含する任意の既知のアデノウイルス血清型から
得ることができる。同様に、非ヒト霊長類(例えば、チ
ンバンジー、アカゲザル、マカク及び他のサル種)もし
くは他の非ヒト哺乳動物に感染することが既知であるア
デノウイルスもまた本発明のベクター構築物において用
いることができる。例えば、適当なアデノウイルスはA
TCCから入手でき、そしてとりわけ、限定なしに、米
国特許第6,083,716号に記述されている、チン
パンジーアデノウイルスPan5[VR−591]、P
an6[VR−592]、Pan7[VR−593]並
びにC1及びC68(Pan9);限定なしにSV1
[VR−195];SV25[SV−201];SV3
5;SV15;SV−34;SV−36;SV−37を
包含するサルアデノウイウルス、並びにヒヒアデノウイ
ルス[VR−275]が包含される。野生型アデノウイ
ルスに加えて、必要なヘルパー機能を保有する組換えウ
イルスもしくは非ウイルスベクター(例えば、感染性及
び非感染性プラスミド、エピソームなど)を利用するこ
とができる。そのような組換えウイルスは当該技術分野
において既知であり、そして公開された技術に従って製
造することができる。例えば、ハイブリッドAd/AA
Vウイルスを記述する、米国特許第5,871,982
号及び米国特許6,251,677を参照。アデノウイ
ルス型の選択は、以下の本発明を限定すると予測されな
い。様々なアデノウイルス株が、American T
ype Culture Collection,Ma
nassas,Virginiaから入手でき、もしく
は様々な商業及び公共の供給元から要求に応じて入手で
きる。さらに、多数のそのような株の配列は、例えばP
ubMed及びGenBankを包含する様々なデータ
ベースから入手できる。以下の実施例では、便宜上、ア
デノウイルス5型(Ad5)、Pan6及びPan9を
使用する。しかしながら、他のアデノウイルス株から得
られる匹敵する領域を容易に選択しそしてこれらの血清
型の代わりに(もしくは組み合わせて)本発明において
使用できることを当業者は理解する。
【0018】一つの態様として、細胞は、AAVを増幅
する継代中の汚染ウイルスの相同的組換えを防ぐために
アデノウイルスE1、E2a及び/もしくはE4 OR
F6のみを含有する。別の態様として、細胞はアデノウ
イルスE1a及びE1b遺伝子機能を安定に発現し、そ
して他の必要なアデノウイルスヘルパー機能をトランス
に提供される。適当な細胞の例は、American
Type Culture Collection[A
TCC],Manassas,Virginia 20
110−2209から入手できる細胞系からである29
3細胞である。他の適当な細胞系は、ATCC、商業供
給元から入手でき、もしくは文献に記述されている。
【0019】AAVヘルパー機能が供給される場合、例
えば、サンプルにおけるAAVの低コピー数が推測され
る場合、宿主細胞は、場合により安定に含有することが
でき、もしくはそうでなければAAVヘルパー機能を提
供されることができる。一つの態様として、AAVヘル
パー機能は、capなしに存在するrep機能である。
この態様として、rep機能は、単一のAAV血清型に
より供給することができる。あるいはまた、2種、3種
もしくはそれ以上の異なるAAV血清型からのrep機
能を選択することができる。好適には、rep機能は、
任意の所望のAAV血清型の中から選択することができ
る。
【0020】適当なAAV血清型には、文献に記述され
ている、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、A
AV5もしくはAAV6、2002年11月12日に出
願された国際特許出願第PCT/US02/33630
号の主題であるAAV8;国際特許出願第PCT/US
02/33631号の主題であるAAV9;及び同時係
属中の米国特許出願第10/291,583号に同定さ
れているAAV7、AAV10、AAV11、AAV1
2などのようなAAV血清型が包含され、これらは引用
することにより本明細書に組み込まれる。さらに、AA
V7及びAAV8の配列は記述されている[G−P.G
ao,et al,Proc NatlAcad.Sc
i USA,99(18):11854−11859
(2002年9月3日);GenBankデータベース
受託番号AF513851(AAV7)及び受託番号A
F513852(AAV8)]。様々なAAV血清型を
これらの同時係属中の出願に記述されている方法に従っ
て単離することができ、もしくはAmerican T
ype Culture Collection(AT
CC),Manassas Virginiaを包含す
る様々な供給元から入手することができる。これらのA
AV血清型の配列は公開されており、そして多くはPu
bMed及びGenBankのようなデータベースから
入手できる。
【0021】別の態様として、rep及びcapの両方
をAAVヘルパー機能として利用する。この態様とし
て、rep機能及びcap機能を同じAAV血清型によ
りもしくは異なるAAV血清型から供給することができ
る。所望に応じて、rep機能及び/もしくはcap機
能を2種、3種もしくはそれ以上の異なるAAV血清型
により供給することができ、ここで、repのAAVの
起源は、capのAAV血清型の起源と同じもしくは異
なる。好適には、rep及びcap機能を任意の所望の
AAV血清型の中から選択することができる。
【0022】本発明において有用な一つの宿主細胞は、
rep及びcapをコードする配列で安定に形質転換さ
れそしてアデノウイルスE1、E2a及びE4ORF6
DNAでトランスフェクションされる宿主細胞であ
る。B−50(PCT/US98/19463)のよう
な安定なrep及び/もしくはcap発現細胞系もしく
は米国特許第5,658,785号に記述されているも
のもまた同様に用いることができる。別の望ましい宿主
細胞は、E4ORF6を発現するために十分な最低限の
アデノウイルスDNAを含有する。さらに別の細胞系を
他のAAV rep及び/もしくはcap配列を用いて
構築することができる。そのような技術には、周知であ
りそして上記に引用するSambrook et a
l.に記述されているcDNA及びゲノムクローニン
グ、ポリメラーゼ連鎖反応と組み合わせた、アデノウイ
ルス及びAAVゲノムの重複するオリゴヌクレオチド配
列の使用、合成法、並びに所望のヌクレオチド配列を提
供する任意の他の適当な方法が包含される。
【0023】場合により、所望のAAVヘルパー機能、
例えばrep及び/もしくはcapは、所望のヘルパー
機能をコードする配列を保有する一つもしくはそれ以上
のベクターにより宿主細胞に提供される。例えば、米国
特許6,203,975[場合により組換えアデノウイ
ルスに結合したrep/capタンパク質を保有するプ
ラスミド]及び米国特許第6,258,595号[re
p及び/もしくはcap機能を保有する多数のプラスミ
ドを記述する]を参照。rep及びcap配列は、それ
らの発現制御配列と一緒に、単一のベクター上で供給す
ることができ、もしくは各配列をそれ自体のベクター上
で供給することができる。好ましくは、rep及びca
p配列は、同じベクター上で供給される。あるいはま
た、rep及びcap配列は、宿主細胞に導入されるべ
き他のDNA配列、例えばヘルパーアデノウイルス機能
を含有するベクター上で供給することができる。好まし
くは、repもしくはcapタンパク質を発現するプロ
モーターは、当業者に既知であるかもしくは上記に説明
するような構成性、誘導性もしくは天然のプロモーター
のいずれかであることができる。一つの態様として、A
AV P5プロモーター配列をrepタンパク質の発現
に用いる。任意のAAV起源から得ることができるが、
パルボウイルスP5プロモーターは、好ましくは、re
p及びcap遺伝子配列を提供する血清型と同じ血清型
である。あるいはまた、プロモーターは、rep及びc
ap配列を提供するものと別のAAV型からのP5プロ
モーターであることができる。他のヒトもしくは他の動
物に感染することが既知であるAAVもまたP5プロモ
ーターを提供することができる。これらの配列のいずれ
かを提供するAAVの選択は、本発明を限定しない。別
の態様として、repのプロモーターは誘導性プロモー
ターである。上記に説明するように、誘導性プロモータ
ーには、限定なしに、メタロチオネイン(metall
othionine)(MT)プロモーター;デキサメ
タゾン(Dex)−誘導性マウス乳癌ウイルス(MMT
V)プロモーター;T7ポリメラーゼプロモーター系;
エクジソン昆虫プロモーター;テトラサイクリン抑制
系;テトラサイクリン誘導系;RU486-誘導系;及
びラパマイシン誘導系が包含される。rep発現の一つ
の好ましいプロモーターはT7プロモーターである。T
7プロモーターにより調節されるrep遺伝子、及びc
ap遺伝子を含んでなるベクターは、T7ポリメラーゼ
を構成的もしくは誘導的のいずれかで発現する細胞にト
ランスフェクションもしくは形質転換される。1998
年3月12日に公開されたWO 98/10088を参
照。
【0024】AAV rep及びcapタンパク質を提
供する代表的な分子は、プラスミド、例えば、pMT−
Rep/Cap、pP5−Rep/Cap及びpMMT
V−Rep/Capである。これらのプラスミドは、ネ
オマイシン選択マーカー遺伝子を含有し、そしてそれら
の天然のP5プロモーター(pP5−Rep/Ca
p)、亜鉛誘導性ヒツジメタロチオネインプロモーター
(pMTRep/Cap)、もしくはデキサメタゾン
(Dex)誘導性マウス乳癌ウイルス(MMTV)プロ
モーター(pMMTV−Rep/Cap)のいずれかに
より導かれるAAVrep/cap遺伝子を発現する。
これらのタンパク質は様々な手段により細胞に提供する
ことができるが、本発明の代表的な方法には様々なプラ
スミドの使用が包含される。プラスミドpMT−Rep
/Capの構築のためには、ORF6配列をpMTE4
ORF6プラスミド[G.P.Gao et al,
J.Virol.,70:8934−8943(199
6)]からBamHI消化により取り除き、そしてpS
ub201プラスミド[RJ Samulski,et
al.,J.Virol.,63:3822−3828
(1989)]を鋳型として用いてPCR増幅により製
造した4.1kbのrep/capフラグメントで置換
した。プラスミドpMMTV−Rep/Capは、pM
MTVE4ORF6プラスミド[Gao et a
l.,上記に引用]をベクターバックボーンとして用い
たことを除いて、pMT−Rep/Capと同じように
構築した。P5−Rep/Capの構築のためには、M
Tプロモーター及びORF6配列をpMTE4ORF6
プラスミド[G.P.Gao et al,J.Vir
ol.,70:8934−8943(1996)]から
EcoRI/BamHI消化により取り除き、そしてp
Sub201プラスミド[RJ Samulski,e
tal.,J.Virol.,63:3822−382
8(1989)]からXbaI消化により単離した4.
3kbのP5−Rep/Capフラグメントで置換し
た。プラスミド構築は、Sambrook et a
l,上記に引用に記述されているもののような通常の遺
伝子工学方法を含んだ。上記に引用する参考文献の全て
は、引用することにより本明細書に組み込まれる。
【0025】rep及び/もしくはcapタンパク質を
提供する様々な他のプラスミド構築物は当該技術分野に
おいて既知であり、そして本発明の宿主細胞において用
いることができる。例えば、rep及び/もしくはca
p構築物は、上記の構築物において言及するプロモータ
ーとrep及び/もしくはcap遺伝子間のスペーサー
を省くことができる。rep/cap遺伝子の3’にP
5プロモーターを配置する米国特許第5,622,85
6号に記述されているもののような、当該技術分野の他
の構築物もまたこれに関連して用いることができる。
【0026】rep及び/もしくはcapタンパク質を
提供する分子は、これらの成分を宿主細胞に導入する任
意の形態であることができる。一つの態様として、この
分子はプラスミドの形態であり、これはマーカー遺伝子
のもののような他の非ウイルス配列を含有することがで
きる。好適には、この分子はAAV ITRを含有せ
ず、そして一般にAAVパッケージング配列を含有しな
い。従って、様々なベクターが、宿主細胞にAAVヘル
パー機能を送達することが既知である。しかしながら、
AAVヘルパー機能の送達のための適切なベクターの選
択は、本発明の制約ではない。
【0027】本発明によれば、細胞において安定に(sta
bly)含有されない任意の所望のヘルパー機能(例えば、
アデノウイルス、AAV rep、AAV cap、もし
くは他のヘルパー機能)は、適当なベクターにより細胞
に提供される。本明細書において用いる場合、ベクター
は、宿主細胞に送達することができる任意の遺伝子要
素、例えば、その上に保有する配列を導入する裸のDN
A、プラスミド(感染性もしくは非感染性)、ファー
ジ、エピソーム、トランスポゾン、コスミド、ウイルス
などである。選択したベクターは、トランスフェクショ
ン、電気穿孔、リポソーム送達、膜融合技術、高速DN
A被覆ペレット、感染及びプロトプラスト融合を包含す
る任意の適当な方法により細胞に送達することができ
る。トランスフェクションは、便宜のためにのみ本明細
書の全体にわたって言及するが、細胞に遺伝子要素を導
入する方法に対する限定ではない。
【0028】従って、全ての必要なヘルパー機能が宿主
細胞において安定に含有されない場合、本明細書におい
て記述するように、ヘルパー機能を共トランスフェクシ
ョン、感染もしくは重複感染により供給する。好適に
は、細胞に1〜5x10細胞当たり約0.2μg〜約
2μgのDNA、そしてより好ましくは5x10細胞
当たり約1μg〜約1.8μgのDNAの量でヘルパー
を共トランスフェクション/感染させる。本発明は、細
胞のこの濃度に限定されず、それはウェルプレート、細
胞タイプ、もしくは当業者に既知である他の因子により
変えることができる(例えば、10以下の細胞〜10
12以上の細胞)。制限酵素で消化したDNA及びヘル
パーベクターは、好適には、1:1〜1:10の消化し
たDNA:ヘルパーの比率で細胞に提供する。あるいは
また、ヘルパーベクターより多量の消化したDNAを細
胞に提供することができる。
【0029】従って、本発明の方法によれば、消化した
DNAを標的配列のレスキュー及び増幅のために宿主細
胞にトランスフェクションする。一例として、本発明の
方法は、霊長類(ヒトもしくは非ヒト)組織からAAV
をレスキューするために利用する。
【0030】一つの態様として、消化したDNAを宿主
細胞に一晩トランスフェクションし;細胞を一晩インキ
ュベーションし、そして次にヘルパーアデノウイルスを
重複感染させ;完全な細胞変性効果(CPE)後に採取
し、そして場合によりさらに継代する。本明細書におい
て用いる場合、重複感染は、宿主細胞により提供されな
い任意の必要なヘルパー機能を提供するヘルパーウイル
スの送達をさす。例えば、ヘルパー機能をアデノウイル
スにより提供する場合、AAVパッケージング及び複製
は、少なくとも、E1機能(すなわち、E1a及びE1
b)、E2a、E4(もしくはORF6フラグメントの
ようなその機能性フラグメント)及びVAI RNAを
必要とする。宿主細胞がE1機能を提供しない場合、ヘ
ルパーベクター、例えばヘルパーアデノウイルスがこれ
らの機能を供給する。好ましくは、E1機能は、宿主細
胞において安定に含有される。
【0031】従って、選択した宿主細胞のトランスフェ
クション後に、選択した宿主細胞がヘルパー機能の発現
及びAAVの複製をできるように細胞をその後培養す
る。典型的には、細胞を通常の条件下で約18〜約30
時間、便宜上約24時間培養し、この時点でそれらにア
デノウイルスヘルパーウイルスを重複感染させる。
【0032】重複感染には、野生型アデノウイルス遺伝
子機能を提供するウイルスベクターを利用することがで
き、もしくはE1アデノウイルス機能を提供する組換え
アデノウイルスゲノムを提供する。あるいはまた、細胞
系がE1遺伝子機能を提供する場合、E1を除く全ての
アデノウイルス遺伝子機能を含有するウイルスベクター
を利用することができる。しかしながら、好適には、宿
主細胞に少なくともE1a、E1b、E2a及びVAI
RNA機能を提供する。アデノウイルスヘルパー機能
は、細胞における他のヘルパー機能を提供するものと同
じアデノウイルス血清型から、もしくはトランス相補性
(transcomplementing)血清型から
であることができる。例えば、ヒトAd5 E1a及び
E1bを発現する細胞系並びにヒトもしくはサルアデノ
ウイルスヘルパー機能(例えばチンパンジーC68)を
保有するヘルパーウイルスを利用することができる。あ
るいはまた、ヒトAd5 E1a及びE1bを発現する
細胞系、アデノウイルスヘルパー機能を保有する第一の
ヘルパーベクター、並びに重複感染工程用のアデノウイ
ルスを利用することができる。多数の他の組み合わせが
可能であり、そして当業者に容易に明らかである。好適
には、ヘルパーウイルスは、2〜5の範囲の感染多重度
(MOI)で提供される。しかしながら、他の適当なM
OIを当業者は容易に決定することができる。
【0033】任意の所望のヘルパーAAV機能は、消化
したDNAのトランスフェクションの時点もしくは重複
感染の時点のいずれかで供給することができる。典型的
には、完全なCPEが認められた後に細胞を採取し、こ
れは通常、重複感染後約72〜約96時間である。細胞
は、通常の技術を用いて採取する。典型的には、培養物
を1回もしくは好ましくは数回の凍結融解に供し、そし
て得られる粗ライセートを次の継代もしくは標的DNA
の検出用に集める。
【0034】場合により、第一の継代からの全細胞DN
A及びタンパク質を含有するペレットを、培養及び収集
工程を繰り返すことによりさらなる継代に供する。場合
により、適当なベクターは、1回もしくはそれ以上の追
加の継代工程中に追加のAAVヘルパー機能を提供する
ことができる。これらの工程は、必要応じて、例えば全
部で2〜50継代にわたって繰り返すことができる。し
かしながら、継代工程は、所望に応じて、さらに少な
い、例えば全部で2〜30継代、2〜20継代、2〜1
0継代、2〜5継代、もしくはそれ以上であることがで
きる。
【0035】第二の態様として、消化したDNAは、最
低限のアデノウイルスE2a、E4(もしくはその機能
性フラグメント)及びVAI RNA機能のみを提供す
るアデノウイルスヘルパープラスミドと共にアデノウイ
ルスE1機能を発現する宿主細胞に共トランスフェクシ
ョンし;採取し;そして第一の継代でウイルスを重複感
染させる。あるいはまた、宿主細胞はE1機能を提供せ
ず、そしてこれらの機能は、他のヘルパー機能を提供す
るものと同じもしくは異なることができるヘルパーベク
ター上で供給される。任意の所望のヘルパーAAV機能
は、消化したDNAのトランスフェクションの時点もし
くは重複感染の時点のいずれかで供給することができ
る。
【0036】この第二の態様では、いかなるCPEも認
められず、そして細胞は、典型的に、通常の技術を用い
てトランスフェクション後約72〜約96時間後に採取
する。典型的には、培養物を上記のような凍結融解に供
し、そして粗ライセートを継代用に集める。この時点
で、アデノウイルスヘルパー機能を好ましくは感染性プ
ラスミドもしくはウイルスの形態で供給することが必要
である。その後、培養物を上記の第一の態様において記
述するように継代する。さらに、場合により、消化した
DNAでの最初のトランスフェクションの時点、もしく
は好ましくは、第一の継代(すなわち、重複感染で)を
開始する時点で共トランスフェクションもしくは感染に
より細胞系に任意の所望のAAV機能を提供することが
できる。場合により、追加のAAVヘルパー機能(例え
ばrep)を1回もしくはそれ以上の追加の継代中に供
給することができる。
【0037】さらに第三の態様として、消化したDNA
は、感染性プラスミドと共に宿主細胞に共トランスフェ
クションする。典型的に、感染性プラスミドは、全長ア
デノウイルスゲノムを含有する。しかしながら、E1機
能を発現する細胞系にトランスフェクションする場合、
感染性プラスミドは、E1が欠失しているかもしくは非
機能性にされていることを除いて全長アデノウイルスゲ
ノムを含有することができる。場合により、細胞はま
た、任意の所望のAAVヘルパー機能でトランスフェク
ションされる。通常の技術を用いてCPEが認められた
後に細胞を培養する。典型的には、細胞を上記のように
凍結融解に供し、そして粗ライセートを次の継代もしく
は標的DNAの検出用に集める。
【0038】上記の3つの別の態様のいずれを利用する
かにかかわらず、第一の継代からの全細胞DNA及びタ
ンパク質を含有する粗ライセートを、場合により、トラ
ンスフェクション、培養及び収集工程を繰り返すことに
よりさらなる継代に供する。これらの工程は、必要応じ
て、例えば全部で2〜50継代にわたって繰り返すこと
ができる。しかしながら、継代工程は、所望に応じて、
さらに少ない、例えば全部で2〜30、2〜20、2〜
10、2〜5、もしくはそれ以上であることができる実
施する最終継代工程からの細胞ペレットの収集後に、標
的組込みDNA、すなわち、AAVの存在を検出するた
めにペレット中の細胞DNA及びタンパク質をアッセイ
する。この検出工程は、任意の適当な方法を用いて行う
ことができる。一つの態様として、TaqMan PC
R技術を利用する。一般的には、本明細書に引用するS
ambrook et alを参照。別の代案として、
ゲノム歩行技術(Siebert et al.,19
95,Nucleic Acid Research,
23:1087−1088,Friezner−Deg
en et al.,1986,J.Biol.Che
m.261:6972−6985,BD Biosci
ences Clontech,Palo Alto,
CA)を用いて感染性AAVを単離することができる。
別の態様として、本発明者等の研究所において開発され
た新規な検出方法を利用することができる。この方法
は、新規なそして/もしくは未知の血清型のAAV
の検出に特によく適しており、そして引用することに
より本明細書に組み込まれる「アデノ随伴ウイルス(A
AV)配列を検出及び/もしくは同定する方法並びにそ
れにより同定される新規な配列を単離する方法(“A
Method of Detecting and/o
r Identifying Adeno−Assoc
iated Virus(AAV)Sequences
and Isolating Novel Sequ
ences Identified Thereb
y”)」という表題の2001年11月12日に出願さ
れた同時係属中の出願、米国特許出願第10/291,
583号の主題である。
【0039】あるいはまた、継代後に、細胞ペレットを
標準的な方法に従ってAAVビリオンの精製用に採取す
る。そのような標準的な方法の中には、塩化セシウム
(CsCl)勾配精製、カラムクロマトグラフィー、及
び文献において記述されているもの[Gao et a
l,Hu Gene Therapy,11:2079
−2091(2002年10月)]などのような技術が
ある。
【0040】例えば、細胞をトランスフェクション培地
と一緒にスクレーパーにより採取し、そしてエタノール
−ドライアイス及び37℃の水浴における3回の凍結融
解に供することができる。細胞を例えば4℃で15分間
遠心分離することができる。一般的には、本明細書に引
用するSambrook et alを参照。
【0041】従って、本発明の方法は、標的ウイルス配
列、特に組込みウイルス配列の検出、同定及び単離を可
能にする。本発明はさらに、本発明の方法を用いて同定
及び単離される新規なウイルスを提供する。いったんそ
のように単離及び同定されると、当業者に既知である方
法を用いて新規なウイルスを特性化し、そして当業者に
容易に明らかである様々な目的に利用することができ
る。
【0042】本発明の方法は、新規なAAV血清型を含
むことができる、AAV配列の検出、同定及び単離にお
ける使用に特によく適している。本発明の方法は、様々
な疫学研究、生体内分布の研究、AAVベクター及び他
の組込みウイルスから得られるベクターによる遺伝子治
療のモニタリングに容易に用いることができる。従っ
て、これらの方法は、臨床医、研究者及び疫学者による
使用のために事前包装したキットにおける使用によく適
している。 II.診断キット 別の態様として、本発明は、サンプルにおける既知もし
くは未知の組込み標的、例えばアデノ随伴ウイルス(A
AV)の存在を検出するための診断キットを提供する。
そのようなキットは、とりわけ、稀な制限酵素、抽出し
たDNAを継代するための細胞、ヘルパーウイルスプラ
スミド及び/もしくはウイルスを含有するバイアルを含
むことができる。
【0043】本発明はさらに、本発明の方法に従って検
出されるAAV血清型を同定するため及び/もしくは既
知のAAVから新規なAAVを区別するために有用なキ
ットを提供する。さらに、本発明のキットは、使用説明
書、陰性及び/もしくは陽性コントロール、容器、サン
プルの希釈剤及びバッファー、特徴(signatur
e)比較のための表示図、使い捨て手袋、汚染除去使用
説明書、アプリケーター棒もしくは容器、及びサンプル
準備カップ、並びに培地、洗浄試薬及び濃縮試薬を包含
する任意の所望の試薬を含むことができる。そのような
試薬は、本明細書において記述する試薬の中から、そし
て通常の濃縮試薬の中から容易に選択することができ
る。一つの望ましい態様として、洗浄試薬は、リン酸緩
衝食塩水(PBS)のような生理的pHに酸性度を調節
されている等張食塩水溶液であり;溶出試薬は0.4M
NaClを含有するPBS、並びに濃縮試薬及び装置
である。例えば、ポリエチレングリコール(PEG)も
しくはNHSOのような試薬、もしくはフィルター
装置のような装置が有用であり得ることを当業者は認識
する。例えば、100K膜を有するフィルター装置はr
AAVを濃縮する。
【0044】本発明により提供されるキットは、本明細
書において記述する方法を行うことそして生体内分布、
疫学、ヒト及びNHPにおける新規なAAV血清型の伝
達形態の研究に有用である。
【0045】従って、本発明の方法及びキットは、標的
ウイルス配列、特に組込みウイルス配列の検出、同定及
び単離を可能にする。該方法及びキットは、新規なAA
V血清型を含むことができる、AAV配列の検出、同定
及び単離における使用に特によく適している。
【0046】
【実施例】以下の実施例は、本発明のいくつかの特徴及
び態様を例示する。 実施例1:アカゲザル組織におけるAAV8配列の検出
及び定量 リアルタイムPCR分析(TaqMan)用にAAV8
キャプシド遺伝子の超可変領域4内に位置する一続きの
配列に基づいて一組のプライマー及びプローブを考案し
た。TaqMan分析は、2つの異なる集団の11匹の
アカゲザルの各々10の組織からの110のDNAサン
プルにわたって行った。一匹のサル(98E056)の
心臓及び肝臓組織は、AAV8配列が最も豊富であるこ
とが見出された。1μgのDNA当たりのAAV8配列
のゲノムコピーは心臓では88000、そして肝臓では
22000である。これら2つのDNAサンプルにおけ
るそのような多量のAAV8配列のために、これらはA
AV8ウイルスのレスキューの優れた候補であると考え
られた。 実施例2:組織DNAの制限酵素消化 サル組織DNAからAAV8をレスキューするために、
適切な細胞へのDNAの送達は第一の工程である。哺乳
動物細胞への高分子量細胞DNAの直接トランスフェク
ションは、通常、乏しい遺伝子導入効率をもたらす。こ
の障壁を克服するために、サル#98E056の5μg
の肝臓DNAをAAV8ゲノムにおける非カッター(n
on−cutter)であるPmeIで一晩処理し、そ
して次にフェノール/クロロホルム抽出し、エタノール
沈殿させ、そしてTE(1M Tris,pH 8.0、
0.5M EDTA,pH 8.0、dHO)に溶解し
た。 実施例3:293細胞におけるAAV8のトランスフェ
クション及びレスキュー この研究では、ヒトアデノウイルス血清型5のE1遺伝
子で形質転換したヒト胚腎臓繊維芽細胞細胞系、293
細胞をその高いトランスフェクション能力(trans
fectability)及び異なる血清型の様々なA
AVベクターを生産することにおける成功した利用のた
めにレスキュー用の宿主として選択した。異なる血清型
の組換えAAVの生産のための293細胞の三重トラン
スフェクションにおいて一般に用いられた方法であるリ
ン酸カルシウム法は、この実験におけるトランスフェク
ションの方法であった。
【0047】AAVゲノムのレスキューのための別の重
要な必要条件は、適切なアデノウイルスヘルパー機能の
存在である。この実験において、我々は、ヒトアデノウ
イルス血清型5を2つの結果に基づいて出発するヘルパ
ーとして選択した。第一のものは、293細胞の三重ト
ランスフェクションにおけるAd5ヘルパープラスミド
の使用が、AAV2/8ベクターの高収量生産をもたら
すことであり、Ad5が優れたヘルパーであることを示
唆した。第二の結果は、高コピー数のAAV8配列が肝
臓及び心臓において検出されたサル98E056が、殺
される前に肝静脈投与によって組換えアデノウイルスベ
クターで処理されたことであった。これは、アデノウイ
ルスの感染が、このサルのいくつかの組織におけるAA
V8ゲノムのレスキュー及び増幅をもたらしたという考
察につながることができた。
【0048】293細胞をウェル当たり5x10細胞
の密度で12ウェルプレートにおいて接種した。トラン
スフェクション及びレスキュー実験を以下のように実施
した。
【0049】グループA−1:1μgのPmeI処理し
た肝臓DNA+1μgのpBluescript DN
A(キャリヤーDNA) グループA−2:0.2μgのPmeI処理した肝臓D
NA+1.8μgのpBluescript DNA
(キャリヤーDNA) グループB−1:1μgのPmeI処理した肝臓DNA
+1μgのpAdΔF6 DNA(非感染性Adヘルパ
ープラスミド) グループB−2:0.2μgのPmeI処理した肝臓D
NA+1.8μgのpAdΔF6 DNA(非感染性A
dヘルパープラスミド) グループC−1:1μgのPmeI処理した肝臓DNA
+1μgのpAdCMVLacZ(感染性Adプラスミ
ド) グループC−2:0.2μgのPmeI処理した肝臓D
NA+1.8μgのpAdCMVLacZ(感染性Ad
プラスミド)) トランスフェクション後24時間で、A−1及びA−2
の細胞にAd5wtウイルスを2のMOIで感染させ
た。A−1、A−2、B−1及びB−2の細胞をトラン
スフェクション後96時間で採取し、そして3サイクル
の凍結/融解により溶解させた。C−1及びC−2の細
胞は、トランスフェクション後15日で完全な細胞変性
効果(CPE)が認められた後に粗ライセート調製用に
採取した。
【0050】各グループからの全粗細胞ライセートを次
に293細胞の100mmプレート上に継代した。グル
ープB−1及びB−2には、細胞にE1欠失Ad5wt
ウイルスも5のMOIで重複感染させた。コントロール
として、293細胞の100mmプレートに同じAd5
wtウイルスを5のMOIで感染させた。完全なCPE
が認められた場合、各感染を採取した。1/10の各感
染を3サイクルの凍結融解用に取っておき、そして次の
継代用に293細胞の別の100mmプレート上に継代
した。残りの感染は、全細胞DNA及びタンパク質の調
製用の細胞ペレットを集めるために回転して落とした。
該工程を最初の特性化のための継代2及び3の各サンプ
ル用に繰り返した。実施例4:異なる継代で再感染した
293細胞の全DNA、タンパク質及び粗ライセートの
特性化A.TaqMan PCR AAV8配列が連続継代中にレスキューされそして増幅
されるかどうかを調べるために、各実験グループの異な
る継代から抽出した全DNAをAAV8 cap遺伝子
配列のTaqMan分析に供した。結果を以下に要約す
る(GC=ゲノムコピー)。表1を参照。
【0051】
【表1】
【0052】データは以下のことを示唆した:A−1、
B−1及びB−2及びC−1グループにおいて、AAV
8ウイルスはトランスフェクション工程においてレスキ
ューされ、そして連続継代中にさらに増幅された。その
ような増幅は、おそらく293細胞におけるAAVの限
られたパッケージング能力及びアデノウイルスとAAV
間の競合的増殖阻害のために継代中に劇的ではない。
【0053】A−2及びC−2において0.2μgのサ
ルDNAを用いた場合、あらゆる継代においていかなる
有意なAAV8配列も検出されなかった。これは、AA
Vの最初のゲノムコピーの閾値が、293細胞における
レスキュー及び増幅のアデノウイルス阻害を克服するた
めに必要とされることを意味することができる。しか
し、B−2の場合、AAV8及びアデノウイルスレスキ
ューの両方が同時に起こったので、アデノウイルス複製
及びパッケージングによるAAV8レスキュー、複製及
びパッケージングの阻害は害が少なく、より低いゲノム
コピーでさえAAV8の成功レスキュー及び増幅につな
がる。
【0054】これは、どのようにしてそしていつアデノ
ウイルスヘルパー機能を提供するかが、この方法による
AAVのレスキュー及び増幅にとって重要であることを
示唆する。
【0055】B.PCRクローニング TaqManデータは、AAV8プローブ/プライマー
と293細胞のDNA配列間のいくらかの交差反応性を
示唆した。感染におけるAAV配列の存在を確かめるた
めに、2つの追加試験を実施した。
【0056】1.ユニバーサルプライマー組を用いるA
AVシグネチャー領域の通常のPCR増幅 パッケージングされていないAAV8ゲノムを消化する
ためにA−1−P3、C−1−P3及びAd−コントロ
ール−P3の粗ライセートをDNアーゼIで37℃で1
時間処理した。各々0.4μlの処理したライセートを
50μlのPCR増幅に用いた。PCR産物を2%アガ
ロースゲル電気泳動により調べた。結果は、A−1−P
3及びC−1−P3サンプルにおいて予想される250
bpのシグネチャーPCR産物を示し、一方、Ad−コ
ントロール−P3は、全くバンドを示さなかった。これ
は、A−1及びC−1においてTaqManにより捕捉
されるシグナルがAAV配列であることを裏付けた。
【0057】2.特定のAAV配列を同定するためのP
CRクローニング及び塩基配列決定 AAV配列のどの分子タイプ(一つもしくは複数)がこ
の実験においてレスキューされそしてパッケージングさ
れたかを同定するために、全cap遺伝子及びrep遺
伝子の3’末端にまたがる3.1kbの配列を増幅する
ように一対のユニベーサルプライマー組を考案した。P
CR産物をクローン化し、そして同定のために部分的に
塩基配列を決定した。
【0058】C.ウェスタンブロット 粗ライセートにおけるAAVウイルスの存在を確かめる
別の方法として、異なる継代でのAAV Rep及びC
apタンパク質発現を調べた。以前の実験において、A
AV2キャプシドタンパク質に対するマウスモノクロー
ナル抗体、クローンB1は、AAV1、5、7及び8か
らのキャプシドタンパク質とよく交差反応できることが
見出された。AAVの全てのタイプの詳細な配列比較に
より、Rep領域における強い類似性が示された。ウェ
スタンブロット分析には、AAV2 Repタンパク質
に対するマウスモノクローナル抗体、クローン259.
5を使用すると決定した。
【0059】いくつかの感染の継代3の細胞ペレットか
ら全細胞タンパク質を抽出し、そして定量した。各々5
μgの全タンパク質をウェスタンブロット分析に用い
た。結果を以下の表2に要約する。
【0060】
【表2】
【0061】データは、AAV8配列のゲノムコピーと
Rep/Cap発現間の相関関係を示唆し、細胞に与え
たAAV8配列が転写的そして翻訳的に活性であること
を示した。 実施例5:AAV8ビリオンの増大 TaqMan分析、PCR/クローニング及びウェスタ
ンブロット分析は、本明細書において記述するようなA
AV配列の存在及びrep/cap遺伝子発現を示し
た。
【0062】TaqMan技術を用いて、サル#98E
056における2つの組織はAAV8配列が最も豊富で
あることが決定されている。それらは心臓及び肝臓であ
る(それぞれ、DNAのμg当たり88,000及び2
2,000GCのAAV8)。組織DNAにおけるAA
V8配列がレスキュー可能でありそしてビリオンにパッ
ケージング可能であるかどうかを調べるために、このサ
ルの肝臓DNAをAAV8ゲノムにおける非カッターP
meIで制限し、そして感染性もしくは非感染性アデノ
ウイルスヘルパープラスミドと293細胞にトランスフ
ェクションし、もしくは続いて24時間後にアデノウイ
ルスを感染させた。各トランスフェクションもしくはト
ランスフェクション/感染からの粗ライセートをトラン
スフェクション後72時間で採取し、そして連続継代に
供した。
【0063】より特に、サル肝臓から調製した細胞DN
AをPmeIエンドヌクレアーゼで制限し、そして通常
のリン酸カルシウム方法論を用いて感染性及び非感染性
アデノウイルスプラスミドもしくはコントロールプラス
ミドと293細胞に共トランスフェクションした(アカ
ゲザル肝臓DNA)。コントロールプラスミドを擬似ト
ランスフェクションに使用した(pBluescrip
t)。非感染性アデノウイルスヘルパープラスミドは、
E2a、E4及びVARNAヘルパー機能を提供した。
感染性E1欠失組換えアデノウイルスプラスミドを29
3細胞において感染させるために使用した(pAdΔF
6)。A−1及びA−2グループでは、ヘルパーアデノ
ウイルスをトランスフェクション後24時間で加え、そ
して細胞ライセートを継代用に48時間後に採取した
(pAdCMVLacZ)。C−1、C−2及びコント
ロールグループでは、細胞ライセートをトランスフェク
ション後72時間で調製し、そしてヘルパーウイルスを
第一の継代において293細胞に加えた(Ad5 wt
ウイルス)。表3を参照。
【0064】
【表3】
【0065】粗ライセートにおけるAAVウイルスの存
在を確かめる方法として、異なる継代でのAAV Re
p及びCapタンパク質発現を調べた。以前の実験にお
いて、AAV2キャプシドタンパク質に対するマウスモ
ノクローナル抗体、クローンB1は、AAV1、5、7
及び8からのキャプシドタンパク質とよく交差反応でき
ることが見出された(データは示さない)。AAVの全
てのタイプの詳細な配列比較もまた、Rep領域におけ
る強い類似性を示した。
【0066】AAV2 Repタンパク質に対するマウ
スモノクローナル抗体(クローン259.5)をウェス
タンブロット分析における使用のために選択した。実験
B−1及びB−2の継代1の細胞ペレットから全細胞タ
ンパク質を抽出し、そして定量した。各々2μgの全タ
ンパク質をrep及びcapのウェスタンブロット分析
に用いた。B−1及びB−2グループの継代1から抽出
した細胞DNAにおけるAAV8 cap遺伝子配列の
存在もまた、AAV8 cap特異的プライマー及びプ
ローブを用いてTaqManにより定量した。
【0067】レスキューされるAAVゲノムが実際にA
AV8であることを決定するために、C−1及び擬似ト
ランスフェクションの継代3のDNアーゼI処理した粗
ライセートからの3.1kb cap領域のPCR増幅
及びクローニングを実施した。予想されるように、擬似
トランスフェクションしたサンプルではいかなるPCR
バンドも検出されなかったが、C−1クローンの配列分
析は、アデノウイルスヘルパーの存在下で293細胞に
おいてレスキューされそしてパッケージングされたゲノ
ムがAAV8であることを裏付けた(データは示さな
い)。
【0068】次の工程は、この分子存在のAAVビリオ
ンを単離することである。実施例6においてさらに記述
するように、A−1、B−1、C−1及びAd−コント
ロールの粗ライセートを293細胞の1、5及び50の
150mmプレート上に連続して継代した。細胞ペレッ
トを標準的な方法に従ってAAVビリオンのCsCl勾
配精製用に感染後42時間で採取した。実施例6:AA
V8ビリオンの透過型電子顕微鏡検査及び感染性クロー
ンの作製いったんAAVビリオンが単離されると、AA
Vビリオンの形態を示すために陰性染色サンプルの透過
型電子顕微鏡検査を行う。さらに、Xiao et a
l.,J.Virol.,73(5):3994−40
03(1999年5月)に記述されている方法に従っ
て、ビリオンにパッケージングされたAAVゲノムの感
染性分子クローンをさらなる特性化のために作製する。
【0069】AAV8の物理的(physical)ビ
リオンを調べるために、グループC−1の連続継代の粗
ライセートを擬似トランスフェクショングループのもの
と一緒に50プレート感染に増やし、そしてAAVビリ
オンの精製のためのCsCl勾配遠心分離に供した。A
AV8のゲノムコピー濃度は、TaqMan分析により
決定した。陰性染色サンプルの透過型電子顕微鏡検査を
行った。結果(示さない)としてC−1サンプルは典型
的なAAVビリオンを示したが、擬似トランスフェクシ
ョンはいかなる可視のAAV構造も有さなかった。実施
例7:脾臓組織において同定される新規なAAVのレス
キュー本明細書において記述する方法(実施例3を参
照)を用いて、アカゲザルの脾臓組織において同定され
る新規なサルAAVをレスキューするために実験を行っ
た。細胞DNAをPmeIで処理し、そして293細胞
においてサルアデノウイルスPan6のE1欠失分子ク
ローン、サルアデノウイルスPan9のE1欠失分子ク
ローン及びヒトAd5のE1欠失分子クローンで等量
(各々1μg)で共トランスフェクションした。AAV
力価は、これらの実施例において記述するようにトラン
スフェクション後継代1でTaqMan分析により決定
した。
【0070】
【表4】
【0071】このデータは、サルアデノウイルス血清型
がサルAAV血清型のレスキューにおいていっそう効率
がよい可能性があることを示唆する。
【0072】本明細書に引用する全ての公開は、引用す
ることにより本明細書に組み込まれる。本発明は特定の
好ましい態様に関連して記述されているが、本発明の精
神からそれずに改変を行うことができると理解される。
そのような改変は、請求項の範囲内に入るものとする。
【0073】本発明の特徴及び態様を示せば、以下のと
おりである。 1. (a)天然のAAVゲノムにおいて切断しない制
限酵素で哺乳動物細胞源からのゲノムDNAのサンプル
におけるDNAを消化し; (b)消化したDNAを細胞にトランスフェクション
し; (c)トランスフェクションした細胞を、AAVのパッ
ケージング及び複製に必要な少なくとも最低限のアデノ
ウイルス機能が細胞において発現される条件下で培養
し; (d)ヘルパー機能を発現する細胞において(c)の培
養工程から得られるライセートを継代し;そして (e)場合により継代工程からのライセートをさらなる
継代に供する:組織からの細胞DNAからのアデノ随伴
ウイルス(AAV)の直接レスキューの方法。 2. 消化工程をPmeI、FseI、PacI、Ps
rI、BcgI、BglI、BsabI、BstXI、
DrdI、EcoNI、FseI及びMaMIよりなる
群から選択される制限酵素を用いて行う上記1に記載の
方法。 3. 消化工程が、サンプルからのDNAをPmeIと
インキュベーションすること、フェノール/クロロホル
ム抽出を行うこと、エタノールで沈殿すること及び沈殿
物を溶解することの工程をさらに含んでなる上記1もし
くは2に記載の方法。 4. インキュベーションする工程を約12〜48時間
行う上記3に記載の方法。 5. 哺乳動物細胞源が非ヒト霊長類もしくはヒトから
の組織である上記1〜4のいずれかに記載の方法。 6. 工程(b)の細胞をE1a及びE1b遺伝子産物
の発現を導く調節制御要素の制御下のアデノウイルスE
1a及びE1b遺伝子で安定に形質転換する上記1〜5
のいずれかに記載の方法。 7. 工程(b)の細胞が293細胞である上記1〜6
のいずれかに記載の方法。 8. 工程(b)の細胞がAAVヘルパー機能を発現す
る上記1〜5のいずれかに記載の方法。 9. 工程(b)の細胞がAAV repタンパク質を
発現する上記1〜8のいずれかに記載の方法。 10. 工程(b)の細胞をアデノウイルスE1a、E
1b、E2a、E4(もしくはその機能性フラグメン
ト)及びVAI RNAからなるアデノウイルス配列を
含有するベクターと共トランスフェクションする上記1
〜5のいずれかに記載の方法。 11. 工程(b)の細胞をアデノウイルスE2a、E
4(もしくはその機能性フラグメント)及びVAI R
NAからなるアデノウイルス配列を含有するベクターと
共トランスフェクションする上記1〜5のいずれかに記
載の方法。 12. アデノウイルスヘルパー機能をプラスミド上で
提供する上記1〜5のいずれかに記載の方法。 13. ヘルパー機能を一つもしくはそれ以上のアデノ
ウイルス血清型により提供する上記1〜12のいずれか
に記載の方法。 14. アデノウイルスE1a及びE1b機能をヒトア
デノウイルスにより提供する上記1〜13のいずれかに
記載の方法。 15. 他の必要なアデノウイルスヘルパー機能をチン
パンジーアデノウイルス血清型により提供する上記14
に記載の方法。 16. 工程(b)の細胞を0.2μg〜2μgでトラ
ンスフェクションする上記12〜14のいずれかに記載
の方法。 17. 非感染性ヘルパーアデノウイルスプラスミドで
トランスフェクションすること及び継代中に野生型アデ
ノウイルスを細胞に重複感染させることの工程をさらに
含んでなる上記1に記載の方法。 18. 非感染性ヘルパーアデノウイルスプラスミドで
トランスフェクションすること及び継代中にE1欠失ア
デノウイルスを細胞に重複感染させることの工程をさら
に含んでなる上記1〜5のいずれかに記載の方法。 19. 継代工程を293細胞において行う上記1〜1
8のいずれかに記載の方法。 20. 継代工程を繰り返す上記1〜18のいずれかに
記載の方法。 21. (a)天然のAAVゲノムにおいて切断しない
制限酵素で哺乳動物細胞源からのゲノムDNAのサンプ
ルにおけるDNAを消化し; (b)消化したDNAを細胞にトランスフェクション
し; (c)トランスフェクションした細胞をインキュベーシ
ョンし; (d)トランスフェクションした細胞に、細胞がAAV
のパッケージング及び複製に必要な少なくとも最低限の
アデノウイルス機能を含有するようにアデノウイルスヘ
ルパー機能を重複感染させ; (e)重複感染細胞をAAVの複製に必要なヘルパー機
能が発現される条件下で培養し; (f)重複感染培養物から粗ライセートを採取し;そし
て (g)粗ライセートを継代する:組織からの細胞DNA
からのアデノ随伴ウイルス(AAV)の直接レスキュー
及び検出の方法。 22. 採取する工程が、粗ライセートを得るために重
複感染細胞培養物を凍結融解に供することをさらに含ん
でなる上記21に記載の方法。 23. 粗ライセートを2回もしくはそれ以上の継代に
供する上記21に記載の方法。 24. (a)天然のAAVゲノムにおいて切断しない
制限酵素で哺乳動物細胞源からのゲノムDNAのサンプ
ルにおけるDNAを消化し; (b)消化したDNA並びに宿主細胞により供給されな
いAAVのパッケージング及び複製に必要な最低限のア
デノウイルス機能からなるアデノウイルス配列を含んで
なる非感染性アデノウイルスヘルパープラスミドを共ト
ランスフェクションし; (c)トランスフェクションした細胞を、AAVのパッ
ケージング及び複製に必要な最低限のアデノウイルス機
能のみが細胞において発現される条件下で培養し; (d)粗ライセートを得るために細胞培養物を処理し; (e)細胞に粗ライセートをトランスフェクションしそ
して細胞がAAVのパッケージング及び複製に必要な少
なくとも最低限のアデノウイルス機能を含有するように
アデノウイルスヘルパー機能を細胞に重複感染させるこ
とにより粗ライセートを第一の継代に供し;そして (f)場合によりもう2回もしくはそれ以上継代する:
組織からの細胞DNAからのアデノ随伴ウイルス(AA
V)の直接レスキューの方法。 25. a)天然のAAVゲノムにおいて切断しない制
限酵素で哺乳動物細胞源からのゲノムDNAのサンプル
におけるDNAを消化し; (b)消化したDNA並びに宿主細胞により供給されな
いAAVのパッケージング及び複製に必要な最低限のア
デノウイルス機能を含んでなる感染性アデノウイルスヘ
ルパープラスミドを共トランスフェクションし; (c)トランスフェクションした細胞を、AAVのパッ
ケージング及び複製に必要な最低限のアデノウイルス機
能が細胞において発現される条件下で培養し; (d)粗ライセートを得るために細胞培養物を処理し;
そして (e)粗ライセートを細胞にトランスフェクションする
ことにより場合により粗ライセートを2回もしくはそれ
以上の継代に供する:組織からの細胞DNAからのアデ
ノ随伴ウイルス(AAV)の直接レスキューの方法。 26. AAVの存在に関して上記1、22、24もし
くは25の方法のいずれかから得られる粗ライセートを
アッセイすることの工程を含んでなる、組織における細
胞DNAからアデノ随伴ウイルス(AAV)を検出する
方法。 27. (a)細胞ペレットを提供するために上記1、
22、24もしくは25の方法のいずれかから得られる
粗ライセートを遠心分離すること;及び(b)細胞ペレ
ットからAAVを精製すること:の工程を含んでなる、
組織における細胞DNAからアデノ随伴ウイルス(AA
V)を精製する方法。 28. 上記1、22、24もしくは25のいずれかの
方法による組織の細胞DNAからのアデノ随伴ウイルス
(AAV)の直接レスキューに有用なキット。 29. 上記26の方法により組織からの細胞DNAか
らアデノ随伴ウイルス(AAV)を検出するのに有用な
キット。 30. 上記27の方法により組織からの細胞DNAか
らアデノ随伴ウイルス(AAV)を精製するのに有用な
キット。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (72)発明者 ジエイムズ・エム・ウイルソン アメリカ合衆国ペンシルベニア州19035グ ラドウイン・ノースアビニヨンドライブ 1350 (72)発明者 モーリシオ・アール・アルビラ アメリカ合衆国ペンシルベニア州19104フ イラデルフイア・アパートメント203・パ インストリート4417 Fターム(参考) 4B024 AA11 CA01 CA04 CA05 CA09 DA02 EA02 GA18 GA19 HA08 HA09 HA12 HA14 4B063 QA01 QA18 QQ10 QR32 QR41 QR42 QR48 QR55 QR69 QR77 QR82 QS12 QS24 QS25 QS28 QS34 QS36 QX01 4B065 AA95X BA24 CA46

Claims (9)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 (a)天然のAAVゲノムにおいて切断
    しない制限酵素で哺乳動物細胞源からのゲノムDNAの
    サンプルにおけるDNAを消化し; (b)消化したDNAを細胞にトランスフェクション
    し; (c)トランスフェクションした細胞を、AAVのパッ
    ケージング及び複製に必要な少なくとも最低限のアデノ
    ウイルス機能が細胞において発現される条件下で培養
    し; (d)ヘルパー機能を発現する細胞において(c)の培
    養工程から得られるライセートを継代し;そして (e)場合により継代工程からのライセートをさらなる
    継代に供する:組織からの細胞DNAからのアデノ随伴
    ウイルス(AAV)の直接レスキューの方法。
  2. 【請求項2】 (a)天然のAAVゲノムにおいて切断
    しない制限酵素で哺乳動物細胞源からのゲノムDNAの
    サンプルにおけるDNAを消化し; (b)消化したDNAを細胞にトランスフェクション
    し; (c)トランスフェクションした細胞をインキュベーシ
    ョンし; (d)トランスフェクションした細胞に、細胞がAAV
    のパッケージング及び複製に必要な少なくとも最低限の
    アデノウイルス機能を含有するようにアデノウイルスヘ
    ルパー機能を重複感染させ; (e)重複感染細胞を、AAVの複製に必要なヘルパー
    機能が発現される条件下で培養し; (f)重複感染培養物からの粗ライセートを採取し;そ
    して (g)粗ライセートを継代する:組織からの細胞DNA
    からのアデノ随伴ウイルス(AAV)の直接レスキュー
    及び検出の方法。
  3. 【請求項3】 (a)天然のAAVゲノムにおいて切断
    しない制限酵素で哺乳動物細胞源からのゲノムDNAの
    サンプルにおけるDNAを消化し; (b)消化したDNA並びに、宿主細胞により供給され
    ないAAVのパッケージング及び複製に必要な最低限の
    アデノウイルス機能からなるアデノウイルス配列を含ん
    でなる非感染性アデノウイルスヘルパープラスミドを、
    共トランスフェクションし; (c)トランスフェクションした細胞を、AAVのパッ
    ケージング及び複製に必要な最低限のアデノウイルス機
    能のみが細胞において発現される条件下で培養し; (d)粗ライセートを得るために細胞培養物を処理し; (e)細胞中に粗ライセートをトランスフェクション
    し、そして細胞がAAVのパッケージング及び複製に必
    要な少なくとも最低限のアデノウイルス機能を含有する
    ようにアデノウイルスヘルパー機能を細胞に重複感染さ
    せることにより、粗ライセートを第一の継代に供し;そ
    して (f)場合によりもう2回もしくはそれ以上継代する:
    組織からの細胞DNAからのアデノ随伴ウイルス(AA
    V)の直接レスキューの方法。
  4. 【請求項4】 a)天然のAAVゲノムにおいて切断し
    ない制限酵素で哺乳動物細胞源からのゲノムDNAのサ
    ンプルにおけるDNAを消化し; (b)消化したDNA、並びに宿主細胞により供給され
    ないAAVのパッケージング及び複製に必要な最低限の
    アデノウイルス機能を含んでなる感染性アデノウイルス
    ヘルパープラスミドを、共トランスフェクションし; (c)トランスフェクションした細胞を、AAVのパッ
    ケージング及び複製に必要な最低限のアデノウイルス機
    能が細胞において発現される条件下で培養し; (d)粗ライセートを得るために細胞培養物を処理し;
    そして (e)粗ライセートを細胞にトランスフェクションする
    ことにより、場合により粗ライセートを2回もしくはそ
    れ以上の継代に供する:組織からの細胞DNAからのア
    デノ随伴ウイルス(AAV)の直接レスキューの方法。
  5. 【請求項5】 AAVの存在に関して請求項1、3もし
    くは4の方法のいずれかから得られる粗ライセートをア
    ッセイすることの工程を含んでなる、組織における細胞
    DNAからアデノ随伴ウイルス(AAV)を検出する方
    法。
  6. 【請求項6】 (a)細胞ペレットを提供するために請
    求項1、3もしくは4の方法のいずれかから得られる粗
    ライセートを遠心分離すること;及び(b)細胞ペレッ
    トからAAVを精製すること:の工程を含んでなる、組
    織における細胞DNAからアデノ随伴ウイルス(AA
    V)を精製する方法。
  7. 【請求項7】 請求項1、3もしくは4のいずれかの方
    法による組織の細胞DNAからのアデノ随伴ウイルス
    (AAV)の直接レスキューに有用なキット。
  8. 【請求項8】 請求項5の方法により組織からの細胞D
    NAからアデノ随伴ウイルス(AAV)を検出するのに
    有用なキット。
  9. 【請求項9】 請求項6の方法により組織からの細胞D
    NAからアデノ随伴ウイルス(AAV)を精製するのに
    有用なキット。
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