JP2003279576A - Ｄｎａチップの品質管理方法 - Google Patents
Ｄｎａチップの品質管理方法Info
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Abstract
(57)【要約】
【課題】 ＤＮＡチップの品質管理方法を提供する。
【解決手段】 特定の波長において励起／放出される第
１の蛍光物質を含有するＤＮＡスポッティング溶液を調
製する段階と、前記ＤＮＡスポッティング溶液を基板に
スポッティングしてＤＮＡチップを製造する段階と、前
記ＤＮＡスポットから発せられる蛍光シグナルを検出す
る段階と、を含むＤＮＡチップの品質管理方法。これに
より、ＤＮＡチップのＤＮＡスポットにおいてＤＮＡプ
ローブと共にＤＮＡチップの固体基板に共有結合により
固定した蛍光物質からのシグナルを検出することにより
ＤＮＡチップの品質管理が行えるため、既存の染色方法
による品質管理方法に比べて染色及び脱色の操作を経る
必要がない。
１の蛍光物質を含有するＤＮＡスポッティング溶液を調
製する段階と、前記ＤＮＡスポッティング溶液を基板に
スポッティングしてＤＮＡチップを製造する段階と、前
記ＤＮＡスポットから発せられる蛍光シグナルを検出す
る段階と、を含むＤＮＡチップの品質管理方法。これに
より、ＤＮＡチップのＤＮＡスポットにおいてＤＮＡプ
ローブと共にＤＮＡチップの固体基板に共有結合により
固定した蛍光物質からのシグナルを検出することにより
ＤＮＡチップの品質管理が行えるため、既存の染色方法
による品質管理方法に比べて染色及び脱色の操作を経る
必要がない。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明はＤＮＡチップに係
り、より具体的には、ＤＮＡチップの品質管理方法に関
する。
り、より具体的には、ＤＮＡチップの品質管理方法に関
する。
【０００２】
【従来の技術】ＤＮＡチップとは、通常、シリコン、表
面改質ガラス、ポリプロピレン、活性化ポリアクリルア
ミドなどからなる固体表面上の数百ないし数十万個の定
まった位置に、ヌクレオチドの数個ないし数百個の既知
の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドプローブを固定
させて微細集積化させたものである。このようなＤＮＡ
チップに分析しようとする標的ＤＮＡを接触させれば、
ＤＮＡチップに固定されているプローブと標的ＤＮＡ断
片上の塩基配列との相補の度合いによってそれぞれ相異
なるハイブリッド結合状態をなし、このハイブリッド結
合状態を光学的な方法または放射能化学的な方法などを
通じて検出、解析することにより、標的ＤＮＡの塩基配
列を分析することができる。
面改質ガラス、ポリプロピレン、活性化ポリアクリルア
ミドなどからなる固体表面上の数百ないし数十万個の定
まった位置に、ヌクレオチドの数個ないし数百個の既知
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させて微細集積化させたものである。このようなＤＮＡ
チップに分析しようとする標的ＤＮＡを接触させれば、
ＤＮＡチップに固定されているプローブと標的ＤＮＡ断
片上の塩基配列との相補の度合いによってそれぞれ相異
なるハイブリッド結合状態をなし、このハイブリッド結
合状態を光学的な方法または放射能化学的な方法などを
通じて検出、解析することにより、標的ＤＮＡの塩基配
列を分析することができる。
【０００３】ＤＮＡチップは、ＤＮＡ分析システムを小
型化し、極少量の試料でも遺伝子の分析を可能にした。
さらに、標的ＤＮＡ上の幾つかの塩基配列を同時に検出
できることにより、低コストで迅速に遺伝情報を提供す
ることができる。また、ＤＮＡチップは、膨大な量の遺
伝情報を短時間内に分析できるだけではなく、遺伝子間
の相互関連性まで分析できる。ゆえに、ＤＮＡチップは
遺伝病及び癌の診断、突然変異ならびに病原体の検出、
遺伝子発現分析および新薬の開発などの幅広い分野にお
いて応用可能であると期待されている。また、ＤＮＡチ
ップを微生物や環境汚染の感知器として用い解毒物質に
対する遺伝子を捜し出して、遺伝子組み換え技術を適用
することにより、解毒物質を大量生産したり、医薬用の
農作物、低脂肪含有の肉類の生産にも応用できる。ＤＮ
Ａチップは、ほとんどの生物関連産業に用いられ、革命
的な発展をもたらすことができる。
型化し、極少量の試料でも遺伝子の分析を可能にした。
さらに、標的ＤＮＡ上の幾つかの塩基配列を同時に検出
できることにより、低コストで迅速に遺伝情報を提供す
ることができる。また、ＤＮＡチップは、膨大な量の遺
伝情報を短時間内に分析できるだけではなく、遺伝子間
の相互関連性まで分析できる。ゆえに、ＤＮＡチップは
遺伝病及び癌の診断、突然変異ならびに病原体の検出、
遺伝子発現分析および新薬の開発などの幅広い分野にお
いて応用可能であると期待されている。また、ＤＮＡチ
ップを微生物や環境汚染の感知器として用い解毒物質に
対する遺伝子を捜し出して、遺伝子組み換え技術を適用
することにより、解毒物質を大量生産したり、医薬用の
農作物、低脂肪含有の肉類の生産にも応用できる。ＤＮ
Ａチップは、ほとんどの生物関連産業に用いられ、革命
的な発展をもたらすことができる。
【０００４】ＤＮＡチップは、用いられたプローブの種
類によってオリゴチップとｃＤＮＡチップとに大別でき
る。また、製造方法によってフォトリソグラフィチップ
とピン方式のスポッティングチップ、インクジェット方
式のスポッティングチップに分類される。ＤＮＡチップ
の製造方法は、固定化されるプローブの種類によって様
々で且つ複雑な化学的過程を経る。ガラス表面の狭い面
積に極少量のＤＮＡプローブが固定されるため、固定さ
れたプローブ間の定量的な変動とチップ間の変動とによ
り相当の誤差が発生し、ハイブリッドを通じて得られる
結果に一貫性がないという致命的な短所が指摘されてき
た。
類によってオリゴチップとｃＤＮＡチップとに大別でき
る。また、製造方法によってフォトリソグラフィチップ
とピン方式のスポッティングチップ、インクジェット方
式のスポッティングチップに分類される。ＤＮＡチップ
の製造方法は、固定化されるプローブの種類によって様
々で且つ複雑な化学的過程を経る。ガラス表面の狭い面
積に極少量のＤＮＡプローブが固定されるため、固定さ
れたプローブ間の定量的な変動とチップ間の変動とによ
り相当の誤差が発生し、ハイブリッドを通じて得られる
結果に一貫性がないという致命的な短所が指摘されてき
た。
【０００５】このような問題点を解決するために、ハイ
ブリッド結合に入る前にＤＮＡチップの品質を管理する
方法が開発され、用いられている。スタンフォード大学
のブラウンらは、ガラスの表面にスポッティングされる
ＤＮＡプローブと共存する塩により、光線が散乱される
ことをレーザースキャナにより検出し、ＤＮＡプローブ
スポッティングの均一性及びガラス表面の損傷の有無を
検査する方法を開発した。この方法は、スポッティング
直後にのみ簡単にＤＮＡスポットを検査する方法として
用いられるのに対し、次の作業である固定化及び洗浄後
にはＤＮＡスポットに存在する塩が除去されるため、Ｄ
ＮＡチップの製造が終わった後のＤＮＡスポットの品質
を検査できないという問題点がある。
ブリッド結合に入る前にＤＮＡチップの品質を管理する
方法が開発され、用いられている。スタンフォード大学
のブラウンらは、ガラスの表面にスポッティングされる
ＤＮＡプローブと共存する塩により、光線が散乱される
ことをレーザースキャナにより検出し、ＤＮＡプローブ
スポッティングの均一性及びガラス表面の損傷の有無を
検査する方法を開発した。この方法は、スポッティング
直後にのみ簡単にＤＮＡスポットを検査する方法として
用いられるのに対し、次の作業である固定化及び洗浄後
にはＤＮＡスポットに存在する塩が除去されるため、Ｄ
ＮＡチップの製造が終わった後のＤＮＡスポットの品質
を検査できないという問題点がある。
【０００６】最近では、ＤＮＡプローブに結合し得る蛍
光物質を用いてガラス表面上のＤＮＡスポットを染色す
る方法が開発された（非特許文献１）。これは、単一ス
トランドのＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）に高い親和性をもって
結合する蛍光物質であるSYBRGreen IIでＤＮＡチップを
処理してガラス表面上に固定されたＤＮＡプローブを、
レーザースキャナによって感知する方法である。ＤＮＡ
プローブに結合された蛍光物質は洗浄によって完全に除
去されると報告している。この方法は、ブラウンらによ
り開発された前記方法に比べて、ＤＮＡチップの製造が
終わった後にＤＮＡチップを検査できるという長所はあ
るが、検査のために染色及び脱色の操作をしなければな
らず、ＤＮＡチップを数回に亘って洗浄する作業が必要
である。また、洗浄後にガラスの表面に残留しうる蛍光
物質がハイブリッドに影響を及ぼす可能性がある。
光物質を用いてガラス表面上のＤＮＡスポットを染色す
る方法が開発された（非特許文献１）。これは、単一ス
トランドのＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）に高い親和性をもって
結合する蛍光物質であるSYBRGreen IIでＤＮＡチップを
処理してガラス表面上に固定されたＤＮＡプローブを、
レーザースキャナによって感知する方法である。ＤＮＡ
プローブに結合された蛍光物質は洗浄によって完全に除
去されると報告している。この方法は、ブラウンらによ
り開発された前記方法に比べて、ＤＮＡチップの製造が
終わった後にＤＮＡチップを検査できるという長所はあ
るが、検査のために染色及び脱色の操作をしなければな
らず、ＤＮＡチップを数回に亘って洗浄する作業が必要
である。また、洗浄後にガラスの表面に残留しうる蛍光
物質がハイブリッドに影響を及ぼす可能性がある。
【０００７】
【非特許文献１】Battaglia C, Salani G, Consolandi
C, Rossi Bernardi L, De Bellis G. 「Analysis of DN
A Microarrays by Non-Destructive Fluorescent Stain
ing Using SYBR Green II, Biotechniques」, 2000 Ju
l; 29, P.78-81
C, Rossi Bernardi L, De Bellis G. 「Analysis of DN
A Microarrays by Non-Destructive Fluorescent Stain
ing Using SYBR Green II, Biotechniques」, 2000 Ju
l; 29, P.78-81
【０００８】
【発明が解決しようとする課題】従って、本発明の主な
目的は、染色及び脱色の過程を経ることなく、ＤＮＡス
ポットの品質及び大きさを、非破壊的な方法により検査
することのできるＤＮＡチップの品質管理方法を提供す
るところにある。
目的は、染色及び脱色の過程を経ることなく、ＤＮＡス
ポットの品質及び大きさを、非破壊的な方法により検査
することのできるＤＮＡチップの品質管理方法を提供す
るところにある。
【０００９】
【課題を解決するための手段】前記目的を達成するため
に、本発明は、ＤＮＡチップ基板にスポットするＤＮＡ
スポッティング溶液を調製する際に蛍光物質を添加し、
スポッティングすることにより、ＤＮＡチップのスポッ
トから発っせられる蛍光シグナルを検出することを含む
ＤＮＡチップの品質管理方法を提供する。
に、本発明は、ＤＮＡチップ基板にスポットするＤＮＡ
スポッティング溶液を調製する際に蛍光物質を添加し、
スポッティングすることにより、ＤＮＡチップのスポッ
トから発っせられる蛍光シグナルを検出することを含む
ＤＮＡチップの品質管理方法を提供する。
【００１０】
【発明の実施の形態】本発明のＤＮＡチップの品質管理
方法は、特定の波長において励起／放出される第１の蛍
光物質を含有するＤＮＡスポッティング溶液を調製する
段階と、前記ＤＮＡスポッティング溶液を基板にスポッ
ティングしてＤＮＡチップを製造する段階と、前記ＤＮ
Ａスポットから発せられる蛍光シグナルを検出する段階
と、を含むＤＮＡチップの品質管理方法である。
方法は、特定の波長において励起／放出される第１の蛍
光物質を含有するＤＮＡスポッティング溶液を調製する
段階と、前記ＤＮＡスポッティング溶液を基板にスポッ
ティングしてＤＮＡチップを製造する段階と、前記ＤＮ
Ａスポットから発せられる蛍光シグナルを検出する段階
と、を含むＤＮＡチップの品質管理方法である。
【００１１】本発明は、ピン方式のスポッティングチッ
プに関するものであるが、ＤＮＡチップ基板にＤＮＡス
ポッティング溶液をスポッティングした後に蛍光物質を
固定してチップの品質を管理する従来の方法とは異なっ
て、ＤＮＡチップ基板にスポットするＤＮＡスポッティ
ング溶液にＤＮＡプローブと共に第１の蛍光物質を含む
点に特徴がある。具体的な調製方法としては、ゲルマト
リックス、ＤＭＳＯなどの溶媒に、重合酵素連鎖反応
（ＰＣＲ）等により予め調製したＤＮＡプローブ、およ
び第１の蛍光物質を添加するものである。また第１の蛍
光物質は該溶液中に均一に分散、または溶解しているこ
とが好ましく、ボルテックスミキサーなどにより均一に
撹拌して調製する。
プに関するものであるが、ＤＮＡチップ基板にＤＮＡス
ポッティング溶液をスポッティングした後に蛍光物質を
固定してチップの品質を管理する従来の方法とは異なっ
て、ＤＮＡチップ基板にスポットするＤＮＡスポッティ
ング溶液にＤＮＡプローブと共に第１の蛍光物質を含む
点に特徴がある。具体的な調製方法としては、ゲルマト
リックス、ＤＭＳＯなどの溶媒に、重合酵素連鎖反応
（ＰＣＲ）等により予め調製したＤＮＡプローブ、およ
び第１の蛍光物質を添加するものである。また第１の蛍
光物質は該溶液中に均一に分散、または溶解しているこ
とが好ましく、ボルテックスミキサーなどにより均一に
撹拌して調製する。
【００１２】次に、ＤＮＡスポッティング溶液を基板に
スポッティングしてＤＮＡチップを製造する段階では、
ＤＮＡプローブをＤＮＡチップ基板に固定する際、第１
の蛍光物質も基板の表面に共有結合により固定すること
で、ＤＮＡチップを製造する。
スポッティングしてＤＮＡチップを製造する段階では、
ＤＮＡプローブをＤＮＡチップ基板に固定する際、第１
の蛍光物質も基板の表面に共有結合により固定すること
で、ＤＮＡチップを製造する。
【００１３】さらに、前記ＤＮＡスポットから発せられ
る蛍光シグナルを検出する段階において、スポットから
発せられる蛍光シグナルを検出することにより、ＤＮＡ
スポットの均一度を非破壊的に測定することができる。
る蛍光シグナルを検出する段階において、スポットから
発せられる蛍光シグナルを検出することにより、ＤＮＡ
スポットの均一度を非破壊的に測定することができる。
【００１４】ＤＮＡスポットの均一度とは、上記のよう
に検出した蛍光シグナルから、ＤＮＡスポットのスポッ
ト径及び形状、ならびに蛍光シグナルの蛍光強度等を測
定した後、各スポット間のスポット径及び形状、ならび
に蛍光シグナルの蛍光の強度等を比較することにより判
断するものである。前記ＤＮＡスポットの均一度は、シ
グナルの蛍光強度の標準偏差が小さく、さらにスポット
径及び形状が一定であるものが好ましい。これは、スポ
ット径および形状が一定でないとシグナル強度にバラツ
キが生じ、信頼性の低いデータとなるためである。
に検出した蛍光シグナルから、ＤＮＡスポットのスポッ
ト径及び形状、ならびに蛍光シグナルの蛍光強度等を測
定した後、各スポット間のスポット径及び形状、ならび
に蛍光シグナルの蛍光の強度等を比較することにより判
断するものである。前記ＤＮＡスポットの均一度は、シ
グナルの蛍光強度の標準偏差が小さく、さらにスポット
径及び形状が一定であるものが好ましい。これは、スポ
ット径および形状が一定でないとシグナル強度にバラツ
キが生じ、信頼性の低いデータとなるためである。
【００１５】上述のように、前記ＤＮＡスポットの均一
度の差が任意の許容可能なレベル内であるか管理するこ
とにより、ＤＮＡチップの品質管理を行う。
度の差が任意の許容可能なレベル内であるか管理するこ
とにより、ＤＮＡチップの品質管理を行う。
【００１６】本発明において用いられる第１の蛍光物質
は、図１に示すような、蛍光シグナルを発する蛍光グル
ープＦと、固体基板と単独または他のものを介して共有
結合し得る官能基Ｒとを含む。
は、図１に示すような、蛍光シグナルを発する蛍光グル
ープＦと、固体基板と単独または他のものを介して共有
結合し得る官能基Ｒとを含む。
【００１７】蛍光グループＦとしては、フルオレセイ
ン、Ｃｙ３、Ｃｙ５、テキサスレッド、ＴＡＭＲＡ、お
よびこれらの１価以上の基が挙げられる。また官能基Ｒ
としては、アミノ、活性化エステル、イソチオシアナー
ト、またはアルデヒドなどが挙げられる。
ン、Ｃｙ３、Ｃｙ５、テキサスレッド、ＴＡＭＲＡ、お
よびこれらの１価以上の基が挙げられる。また官能基Ｒ
としては、アミノ、活性化エステル、イソチオシアナー
ト、またはアルデヒドなどが挙げられる。
【００１８】蛍光グループＦと官能基Ｒとは、直接結合
してもよいが、エチレン、メチレン等の二価の基とを介
して結合してもよい。また図１において、ＦとＲの結合
を波線で示す。
してもよいが、エチレン、メチレン等の二価の基とを介
して結合してもよい。また図１において、ＦとＲの結合
を波線で示す。
【００１９】前記ＤＮＡスポッティング溶液中の第１の
蛍光物質の濃度は、１〜１０μＭであり、これは前記Ｄ
ＮＡスポッティング溶液に含有するＤＮＡプローブの濃
度によって変化しうる。
蛍光物質の濃度は、１〜１０μＭであり、これは前記Ｄ
ＮＡスポッティング溶液に含有するＤＮＡプローブの濃
度によって変化しうる。
【００２０】蛍光シグナルを発する第１の蛍光物質に含
まれる蛍光グループＦとしては、ＤＮＡチップの製造
後、標的ＤＮＡのラベリングに用いられる第２の蛍光物
質に含まれる蛍光グループの励起／放出波長における相
互干渉がないものであって、好ましくは、フルオレセイ
ン、Ｃｙ３、Ｃｙ５、テキサスレッド、またはＴＡＭＲ
Ａなどの蛍光グループが用いられる。
まれる蛍光グループＦとしては、ＤＮＡチップの製造
後、標的ＤＮＡのラベリングに用いられる第２の蛍光物
質に含まれる蛍光グループの励起／放出波長における相
互干渉がないものであって、好ましくは、フルオレセイ
ン、Ｃｙ３、Ｃｙ５、テキサスレッド、またはＴＡＭＲ
Ａなどの蛍光グループが用いられる。
【００２１】本発明において、ＤＮＡプローブの固定
は、第１の蛍光物質の基板への固定と共に行い、ＤＮＡ
プローブおよび第１の蛍光物質は共に固体基板と共有結
合をする官能基を有し、該官能基はＤＮＡチップの類型
によってアミン、アルデヒド、ポリ−ライシンなど固体
基板の表面の官能基と共有結合をし得るものでなければ
ならず、上記のようにアミン、イソチオシアナート、活
性化エステルなどの官能基が用いられる。
は、第１の蛍光物質の基板への固定と共に行い、ＤＮＡ
プローブおよび第１の蛍光物質は共に固体基板と共有結
合をする官能基を有し、該官能基はＤＮＡチップの類型
によってアミン、アルデヒド、ポリ−ライシンなど固体
基板の表面の官能基と共有結合をし得るものでなければ
ならず、上記のようにアミン、イソチオシアナート、活
性化エステルなどの官能基が用いられる。
【００２２】なお、本発明はＤＮＡスポッティング溶液
に上記第１の蛍光物質を含む点に特徴があり、該溶液に
使用するＤＮＡプローブや溶媒の種類、ＤＮＡプローブ
の溶液中の濃度等は上述の通りである。
に上記第１の蛍光物質を含む点に特徴があり、該溶液に
使用するＤＮＡプローブや溶媒の種類、ＤＮＡプローブ
の溶液中の濃度等は上述の通りである。
【００２３】前記方法により製造されたＤＮＡチップの
品質管理方法において、蛍光シグナルの検出方法は蛍光
物質の種類によって適宜選択でき、当該分野に公知の方
法を広く採用でき、特に制限されるものではない。例え
ば、蛍光グループとしてフルオレセイン、または蛍光物
質としてＦＩＴＣを用いた場合、アルゴンイオンレーザ
ーにより４８８ｎｍ波長において励起し、５２０ｎｍ波
長のフィルターを用いて蛍光シグナルを検出することが
できる。
品質管理方法において、蛍光シグナルの検出方法は蛍光
物質の種類によって適宜選択でき、当該分野に公知の方
法を広く採用でき、特に制限されるものではない。例え
ば、蛍光グループとしてフルオレセイン、または蛍光物
質としてＦＩＴＣを用いた場合、アルゴンイオンレーザ
ーにより４８８ｎｍ波長において励起し、５２０ｎｍ波
長のフィルターを用いて蛍光シグナルを検出することが
できる。
【００２４】本発明の方法によるＤＮＡチップの品質管
理方法は、ＤＮＡチップだけではなく、ＲＮＡチップ及
び蛋白質チップなど、他の類型にも適用可能である。
理方法は、ＤＮＡチップだけではなく、ＲＮＡチップ及
び蛋白質チップなど、他の類型にも適用可能である。
【００２５】以下、実施例を通じて本発明をより詳細に
説明する。これらの実施例は単に本発明を例示するため
のものであるため、本発明の範囲がこれらの実施例によ
り制限されると解釈されてはならない。
説明する。これらの実施例は単に本発明を例示するため
のものであるため、本発明の範囲がこれらの実施例によ
り制限されると解釈されてはならない。
【００２６】
【実施例】下記実施例において、ＤＮＡチップの製造時
にＤＮＡプローブと共に固定した蛍光物質が、ＤＮＡチ
ップ上で蛍光標識した標的ＤＮＡとハイブリッドした後
に生成される蛍光の強度に影響を及ぼすか否かを調べ
た。
にＤＮＡプローブと共に固定した蛍光物質が、ＤＮＡチ
ップ上で蛍光標識した標的ＤＮＡとハイブリッドした後
に生成される蛍光の強度に影響を及ぼすか否かを調べ
た。
【００２７】オリゴヌクレオチドプローブを固定させた
ＤＮＡチップとｃＤＮＡを固定したＤＮＡチップの二つ
のタイプのＤＮＡチップを用いた。
ＤＮＡチップとｃＤＮＡを固定したＤＮＡチップの二つ
のタイプのＤＮＡチップを用いた。
【００２８】実施例１：オリゴヌクレオチドプローブを
固定したＤＮＡチップの品質管理 Ａ．ゲルマトリックスを用いたＤＮＡオリゴヌクレオチ
ドチップの製造 ２種類のオリゴヌクレオチドプローブ（ＰＭ（perfect
match）：５’−ＴＧＴＡＧＡＣＡＣＧＣＡＣＣＴＣＣ
ＧＴＧ−３’（配列番号１）、ＭＭ（mismatch）：５’
−ＴＧＴＡＧＡＣＡＣＣＣＡＣＣＴＣＣＧＴＧ−３’
（配列番号２））及び蛍光物質である４’−（アミノメ
チル）フルオレセイン（０μＭ、１μＭ、２μＭ）をゲ
ルマトリックス溶液に添加して撹拌し、３７℃において
１４時間放置することによりマトリックス−ＤＮＡ共役
を製造した後、これをスポッティング溶液として用い
た。前記スポッティング溶液を、アミノ基を有するよう
に表面処理したガラス表面上にスポッティングした後、
３７℃の湿式チャンバに４時間放置した。次に、バック
グラウンドノイズの制御に必要な工程、すなわち標的核
酸をガラス表面に固定させないために、スポッティング
されていない位置のガラス表面のアミノ基が負電荷を帯
びるように下記工程を経た。５ｇの無水コハク酸を３１
５ｍｌの１−メチル−２−ピロリジノン（ＮＭＰ）に溶
かした後、３５ｍｌのホウ酸ナトリウムを添加及び撹拌
して得られた溶液によりガラスを処理した後、蒸留水を
用いて洗浄し、乾燥器に保管した。
固定したＤＮＡチップの品質管理 Ａ．ゲルマトリックスを用いたＤＮＡオリゴヌクレオチ
ドチップの製造 ２種類のオリゴヌクレオチドプローブ（ＰＭ（perfect
match）：５’−ＴＧＴＡＧＡＣＡＣＧＣＡＣＣＴＣＣ
ＧＴＧ−３’（配列番号１）、ＭＭ（mismatch）：５’
−ＴＧＴＡＧＡＣＡＣＣＣＡＣＣＴＣＣＧＴＧ−３’
（配列番号２））及び蛍光物質である４’−（アミノメ
チル）フルオレセイン（０μＭ、１μＭ、２μＭ）をゲ
ルマトリックス溶液に添加して撹拌し、３７℃において
１４時間放置することによりマトリックス−ＤＮＡ共役
を製造した後、これをスポッティング溶液として用い
た。前記スポッティング溶液を、アミノ基を有するよう
に表面処理したガラス表面上にスポッティングした後、
３７℃の湿式チャンバに４時間放置した。次に、バック
グラウンドノイズの制御に必要な工程、すなわち標的核
酸をガラス表面に固定させないために、スポッティング
されていない位置のガラス表面のアミノ基が負電荷を帯
びるように下記工程を経た。５ｇの無水コハク酸を３１
５ｍｌの１−メチル−２−ピロリジノン（ＮＭＰ）に溶
かした後、３５ｍｌのホウ酸ナトリウムを添加及び撹拌
して得られた溶液によりガラスを処理した後、蒸留水を
用いて洗浄し、乾燥器に保管した。
【００２９】前記実験において用いられた蛍光物質であ
る４’−（アミノメチル）フルオレセインの構造式は、
下記の通りである：
る４’−（アミノメチル）フルオレセインの構造式は、
下記の通りである：
【００３０】
【化１】
【００３１】ガラス表面のアミノ基と、ゲルマトリック
スがリンカの役割を果たしてアミノメチルフルオレセイ
ンとにより結合する。
スがリンカの役割を果たしてアミノメチルフルオレセイ
ンとにより結合する。
【００３２】Ｂ．Ｃｙ３の蛍光によるハイブリッド敏感
度の測定 前記ＤＮＡチップにハイブリッドした蛍光標識標的物質
により放射された蛍光シグナルをスキャンアレイスキャ
ナを用いて解像度１０μｍピクセルにて検出し（GSI Lu
nonics）、プローブアレイ細胞の強度、ヌクレオチド塩
基−コール、配列の測定及びリポートをＧｅｎｅＰｉｘ
チップソフトウェア（アクソン）上において使用可能な
機能により示した。
度の測定 前記ＤＮＡチップにハイブリッドした蛍光標識標的物質
により放射された蛍光シグナルをスキャンアレイスキャ
ナを用いて解像度１０μｍピクセルにて検出し（GSI Lu
nonics）、プローブアレイ細胞の強度、ヌクレオチド塩
基−コール、配列の測定及びリポートをＧｅｎｅＰｉｘ
チップソフトウェア（アクソン）上において使用可能な
機能により示した。
【００３３】前記方法により行われたゲルマトリックス
を用いたＤＮＡチップの標的核酸とハイブリッドする前
のＤＮＡチップ製造後のスキャニング結果（品質管理過
程、ＱＣテスト）、及び標的核酸とのハイブリッド後の
スキャニング結果（Ｕｓｅテスト）を図２に示す。
を用いたＤＮＡチップの標的核酸とハイブリッドする前
のＤＮＡチップ製造後のスキャニング結果（品質管理過
程、ＱＣテスト）、及び標的核酸とのハイブリッド後の
スキャニング結果（Ｕｓｅテスト）を図２に示す。
【００３４】図２において、ＤＮＡチップのＱＣテスト
のスキャニングはアルゴン−イオンレーザーによって４
８８ｎｍ波長において励起させ、５２０ｎｍ波長のフィ
ルターを用いて放出信号を得たものであり、Ｕｓｅテス
トのスキャニングは５５０ｎｍ波長において励起させ、
５７０ｎｍ波長のフィルターを用いて放出信号を得たも
のである。Ｕｓｅテストにおいて用いられた標的核酸は
ＨＮＦ−１α遺伝子エクソン４区間のコドン２６３に該
当するヌクレオチドＣ（シトシン）ベースが中央に位置
し、５’末端にＣｙ３が固定した２０ヌクレオチドシー
ケンスである（５’−Ｃｙ３−ＣＡＣＧＧＡＧＧＴＧＣ
ＧＴＧＴＣＴＡＣＡ−３’（配列番号３））。
のスキャニングはアルゴン−イオンレーザーによって４
８８ｎｍ波長において励起させ、５２０ｎｍ波長のフィ
ルターを用いて放出信号を得たものであり、Ｕｓｅテス
トのスキャニングは５５０ｎｍ波長において励起させ、
５７０ｎｍ波長のフィルターを用いて放出信号を得たも
のである。Ｕｓｅテストにおいて用いられた標的核酸は
ＨＮＦ−１α遺伝子エクソン４区間のコドン２６３に該
当するヌクレオチドＣ（シトシン）ベースが中央に位置
し、５’末端にＣｙ３が固定した２０ヌクレオチドシー
ケンスである（５’−Ｃｙ３−ＣＡＣＧＧＡＧＧＴＧＣ
ＧＴＧＴＣＴＡＣＡ−３’（配列番号３））。
【００３５】図２に示したように、完全マッチに該当す
るプローブとミスマッチに該当するプローブとをそれぞ
れ９スポットずつスポッティングし、スポット径は１７
０±１５μｍであり、スポット間の間隔は３７５μｍに
調節した。
るプローブとミスマッチに該当するプローブとをそれぞ
れ９スポットずつスポッティングし、スポット径は１７
０±１５μｍであり、スポット間の間隔は３７５μｍに
調節した。
【００３６】Ｃ．結果
表１から見られるように、Ｕｓｅテストにおいて４’−
（アミノメチル）フルオレセインと共に固定化したスポ
ットの蛍光強度は蛍光物質のないスポットの蛍光強度と
大差なかった。これは、４’−（アミノメチル）フルオ
レセインの蛍光物質が標的核酸とのハイブリッドに影響
を及ぼさないということを示す。
（アミノメチル）フルオレセインと共に固定化したスポ
ットの蛍光強度は蛍光物質のないスポットの蛍光強度と
大差なかった。これは、４’−（アミノメチル）フルオ
レセインの蛍光物質が標的核酸とのハイブリッドに影響
を及ぼさないということを示す。
【００３７】
【表１】
【００３８】実施例２：ｃＤＮＡを固定させたＤＮＡチ
ップの品質管理 Ａ．重合酵素連鎖反応（ＰＣＲ）によるプローブとして
用いる遺伝子増幅 グリセルアルデヒド−３−ホスファートデヒドロゲナー
ゼ（ＧＡＰＤＨ）を生産する組換え遺伝子をＤＮＡ核酸
抽出キット（ＱＡＩＧＥＮ）を用いて分離した。分離し
た組換え遺伝子を用いて多量のＧＡＰＤＨ遺伝子のみを
増幅するために、全ての重合酵素連鎖反応は最終体積が
１００μｌになるようにして行った。
ップの品質管理 Ａ．重合酵素連鎖反応（ＰＣＲ）によるプローブとして
用いる遺伝子増幅 グリセルアルデヒド−３−ホスファートデヒドロゲナー
ゼ（ＧＡＰＤＨ）を生産する組換え遺伝子をＤＮＡ核酸
抽出キット（ＱＡＩＧＥＮ）を用いて分離した。分離し
た組換え遺伝子を用いて多量のＧＡＰＤＨ遺伝子のみを
増幅するために、全ての重合酵素連鎖反応は最終体積が
１００μｌになるようにして行った。
【００３９】純粋な組換えＧＡＰＤＨ ＤＮＡ ５０ｎ
ｇ、熱安定性ＤＮＡポリマラーゼ；２．５Ｕ、２００μ
Ｍ ｄＮＴＰ：（ｄＡＴＰ，ｄＴＴＰ，ｄＧＴＰ，ｄＣ
ＴＰ）、５０ｍＭ トリス−ＨＣｌ、４０ｍＭ ＫＣｌ、
１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2、１００ｐｍｏｌのセンスプライ
マ（５’−ＣＴＧＧＴＡＡＧＴＴＴＡＧＴＣＴＴＴＴＴ
ＧＴＣ−３’（配列番号４））と１００ｐｍｏｌのアン
チセンスプライマ（５’−ＣＡＧＴＧＣＣＡＡＧＣＴＴ
ＧＣＡＴＧＣＣＴ−３’（配列番号５））を用いた。全
てのＰＣＲ条件は９４℃変性を３０秒；５５℃アニーリ
ングを６０秒；７２℃における伸張を９０秒とするもの
を１周期として３５回繰り返し行い、予備変性及び最終
伸張はそれぞれ９４℃において５分、７２℃において５
分間行った。この時に合成された増幅物はＤＮＡ核酸抽
出キット（ＱＡＩＧＥＮ）を用いて精製し、ガラス基板
上に固定するプローブとして用いた。
ｇ、熱安定性ＤＮＡポリマラーゼ；２．５Ｕ、２００μ
Ｍ ｄＮＴＰ：（ｄＡＴＰ，ｄＴＴＰ，ｄＧＴＰ，ｄＣ
ＴＰ）、５０ｍＭ トリス−ＨＣｌ、４０ｍＭ ＫＣｌ、
１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2、１００ｐｍｏｌのセンスプライ
マ（５’−ＣＴＧＧＴＡＡＧＴＴＴＡＧＴＣＴＴＴＴＴ
ＧＴＣ−３’（配列番号４））と１００ｐｍｏｌのアン
チセンスプライマ（５’−ＣＡＧＴＧＣＣＡＡＧＣＴＴ
ＧＣＡＴＧＣＣＴ−３’（配列番号５））を用いた。全
てのＰＣＲ条件は９４℃変性を３０秒；５５℃アニーリ
ングを６０秒；７２℃における伸張を９０秒とするもの
を１周期として３５回繰り返し行い、予備変性及び最終
伸張はそれぞれ９４℃において５分、７２℃において５
分間行った。この時に合成された増幅物はＤＮＡ核酸抽
出キット（ＱＡＩＧＥＮ）を用いて精製し、ガラス基板
上に固定するプローブとして用いた。
【００４０】Ｂ．増幅されたＧＡＰＤＨ遺伝子のスポッ
ティング：ｃＤＮＡチップの製造２本のチューブのそれ
ぞれにおいて前記増幅された遺伝子の最終濃度が０．２
５ｍｇ／ｍｌになるように５０％のＤＭＳＯに混合し、
１本のチューブにはＦＩＴＣ蛍光物質を混ぜて最終濃度
を８μＭにした。それぞれのチューブについて、前記増
幅された遺伝子とＤＭＳＯ、及びＦＩＴＣ蛍光物質をボ
ルテックスミキサー（Voltex mixer）により均一に混合
した。次に、よく混ぜられた試薬を３８４ウェルプレー
トに移し、スポッティング溶液を用意した。前記スポッ
ティング溶液をアミノ基を有するように表面処理したガ
ラス表面上に２０×４の配列にてスポッティングした
後、８０℃において４時間加熱した。次に、バックグラ
ウンドノイズの制御に必要な工程、すなわち標的核酸が
ガラス表面に固定しないようにするためにスポッティン
グしていない位置のガラス表面のアミノ基が負電荷を帯
びるように下記工程を経た。５ｇの無水コハク酸を３１
５ｍｌの１−メチル−２−ピロリジノンに溶解した後、
３５ｍｌのホウ酸ナトリウムを付加及び撹拌して得られ
た溶液により、ガラスを処理した後に蒸留水を用いて洗
浄し、乾燥器に保管した。
ティング：ｃＤＮＡチップの製造２本のチューブのそれ
ぞれにおいて前記増幅された遺伝子の最終濃度が０．２
５ｍｇ／ｍｌになるように５０％のＤＭＳＯに混合し、
１本のチューブにはＦＩＴＣ蛍光物質を混ぜて最終濃度
を８μＭにした。それぞれのチューブについて、前記増
幅された遺伝子とＤＭＳＯ、及びＦＩＴＣ蛍光物質をボ
ルテックスミキサー（Voltex mixer）により均一に混合
した。次に、よく混ぜられた試薬を３８４ウェルプレー
トに移し、スポッティング溶液を用意した。前記スポッ
ティング溶液をアミノ基を有するように表面処理したガ
ラス表面上に２０×４の配列にてスポッティングした
後、８０℃において４時間加熱した。次に、バックグラ
ウンドノイズの制御に必要な工程、すなわち標的核酸が
ガラス表面に固定しないようにするためにスポッティン
グしていない位置のガラス表面のアミノ基が負電荷を帯
びるように下記工程を経た。５ｇの無水コハク酸を３１
５ｍｌの１−メチル−２−ピロリジノンに溶解した後、
３５ｍｌのホウ酸ナトリウムを付加及び撹拌して得られ
た溶液により、ガラスを処理した後に蒸留水を用いて洗
浄し、乾燥器に保管した。
【００４１】前記実験において用いられた蛍光物質であ
るＦＩＴＣの構造式は、下記の通りである：
るＦＩＴＣの構造式は、下記の通りである：
【００４２】
【化２】
【００４３】Ｃ．重合酵素連鎖反応による蛍光標識標的
物質の製造 蛍光標識標的物質を製造するために、前記ＤＮＡ核酸抽
出キットを用いて分離したグリセルアルデヒド−３−ホ
スファートジハイドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）生産組換
え遺伝子を用い、多量のグリセルアルデヒド−３−ホス
ファートジハイドロゲナーゼ遺伝子のみを増幅するため
に全ての重合酵素連鎖反応は下記のように５０μｌにて
行った。
物質の製造 蛍光標識標的物質を製造するために、前記ＤＮＡ核酸抽
出キットを用いて分離したグリセルアルデヒド−３−ホ
スファートジハイドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）生産組換
え遺伝子を用い、多量のグリセルアルデヒド−３−ホス
ファートジハイドロゲナーゼ遺伝子のみを増幅するため
に全ての重合酵素連鎖反応は下記のように５０μｌにて
行った。
【００４４】純粋な組換えＧＡＰＤＨ ＤＮＡ ５０ｎ
ｇ、熱安定性ＤＮＡポリマラーゼ；２．５Ｕ、２００μ
Ｍ ｄＮＴＰ：ｄＡＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ、６５μ
Ｍ ｄＴＴＰ、１３０μＭ Ｃｙ３−ｄＵＴＰ、５０ｍＭ
トリス−ＨＣｌ、ｐＨ ８．３の４０ｍＭ ＫＣｌ、
１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2、１００ｐｍｏｌのセンスプライ
マー（５’−ＣＴＧＧＴＡＡＧＴＴＴＡＧＴＣＴＴＴＴ
ＴＧＴＣ−３’（配列番号６））と１００ｐｍｏｌのア
ンチセンスプライマー（５’−ＣＡＧＴＧＣＣＡＡＧＣ
ＴＴＧＣＡＴＧＣＣＴ−３’（配列番号７））を用い
た。全てのＰＣＲは前記条件下で行った。この時、合成
された増幅物はゲルエキストラクション抽出キット（Ｑ
ＡＩＧＥＮ）を用いて純粋に分離した。精製したＧＡＰ
ＤＨ ＤＮＡは分光光度計を用いて濃度を測定し、ハイ
ブリッド実験が効率よく行えるように濃度を５０ｎｇ／
μｌに一定に調節した。蛍光標識の標的ＤＮＡはＧＡＰ
ＤＨ遺伝子を前記ＰＣＲ反応中にＣｙ３−ｄＵＴＰを付
加してＣｙ３−ラベリングしたものであって、６００ｂ
ｐより構成されている。
ｇ、熱安定性ＤＮＡポリマラーゼ；２．５Ｕ、２００μ
Ｍ ｄＮＴＰ：ｄＡＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ、６５μ
Ｍ ｄＴＴＰ、１３０μＭ Ｃｙ３−ｄＵＴＰ、５０ｍＭ
トリス−ＨＣｌ、ｐＨ ８．３の４０ｍＭ ＫＣｌ、
１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2、１００ｐｍｏｌのセンスプライ
マー（５’−ＣＴＧＧＴＡＡＧＴＴＴＡＧＴＣＴＴＴＴ
ＴＧＴＣ−３’（配列番号６））と１００ｐｍｏｌのア
ンチセンスプライマー（５’−ＣＡＧＴＧＣＣＡＡＧＣ
ＴＴＧＣＡＴＧＣＣＴ−３’（配列番号７））を用い
た。全てのＰＣＲは前記条件下で行った。この時、合成
された増幅物はゲルエキストラクション抽出キット（Ｑ
ＡＩＧＥＮ）を用いて純粋に分離した。精製したＧＡＰ
ＤＨ ＤＮＡは分光光度計を用いて濃度を測定し、ハイ
ブリッド実験が効率よく行えるように濃度を５０ｎｇ／
μｌに一定に調節した。蛍光標識の標的ＤＮＡはＧＡＰ
ＤＨ遺伝子を前記ＰＣＲ反応中にＣｙ３−ｄＵＴＰを付
加してＣｙ３−ラベリングしたものであって、６００ｂ
ｐより構成されている。
【００４５】Ｄ．ｃＤＮＡチップと蛍光標識標的物質と
のハイブリッド ハイブリッド反応のために前記製造されたｃＤＮＡチッ
プを４×ＳＳＣ、０．１％ ＳＤＳ、１０ｍｇ／ｍｌ Ｂ
ＳＡ溶液を用いて５０℃において４５分間あらかじめハ
イブリッドし、イソプロパノール及び純水を用いて洗浄
した。次に、前記ＤＮＡチップを遠心分離器に入れ、５
００ｒｐｍにおいて３分間遠心分離して水気を除去し
た。
のハイブリッド ハイブリッド反応のために前記製造されたｃＤＮＡチッ
プを４×ＳＳＣ、０．１％ ＳＤＳ、１０ｍｇ／ｍｌ Ｂ
ＳＡ溶液を用いて５０℃において４５分間あらかじめハ
イブリッドし、イソプロパノール及び純水を用いて洗浄
した。次に、前記ＤＮＡチップを遠心分離器に入れ、５
００ｒｐｍにおいて３分間遠心分離して水気を除去し
た。
【００４６】次に、前記製造された蛍光標識標的ＤＮＡ
１μｇを９５℃において５分間変性した後、３分間氷中
に放置し、３×ＳＳＣ、０．１％ ＳＤＳ、０．５ｍｇ
／ｍｌイーストｔＲＮＡ、３０μｇ／ｍｌのニシンの精
液ＤＮＡ）と混合して前記チップに落とした。次に、カ
バーガラスを覆って溶液をよく拡散させた後、５０℃に
おいて一晩中ハイブリッドした。スライドは０．１×Ｓ
ＳＣ（１．５ｍＭクエン酸ナトリウム、１５ｍＭ Ｎａ
Ｃｌ， ｐＨ ７．０）、０．１％ ＳＤＳ溶液にて５分
間１回、０．１×ＳＳＣにて５分間２５℃において２回
洗浄した。前記過程が終了すれば、前記の方法と同様に
遠心分離器を用いて水気を除去した。
１μｇを９５℃において５分間変性した後、３分間氷中
に放置し、３×ＳＳＣ、０．１％ ＳＤＳ、０．５ｍｇ
／ｍｌイーストｔＲＮＡ、３０μｇ／ｍｌのニシンの精
液ＤＮＡ）と混合して前記チップに落とした。次に、カ
バーガラスを覆って溶液をよく拡散させた後、５０℃に
おいて一晩中ハイブリッドした。スライドは０．１×Ｓ
ＳＣ（１．５ｍＭクエン酸ナトリウム、１５ｍＭ Ｎａ
Ｃｌ， ｐＨ ７．０）、０．１％ ＳＤＳ溶液にて５分
間１回、０．１×ＳＳＣにて５分間２５℃において２回
洗浄した。前記過程が終了すれば、前記の方法と同様に
遠心分離器を用いて水気を除去した。
【００４７】Ｅ．Ｃｙ３の蛍光によるハイブリッドの敏
感度の測定 前記実施例１における方法と同様にしてハイブリッド感
度を測定した。 前記方法により行ったｃＤＮＡチップ
のスポットの標的核酸とハイブリッドする前のＤＮＡチ
ップの製造後のスキャニング結果（品質管理過程、ＱＣ
テスト）及び標的核酸によるハイブリッド後のスキャニ
ング結果（Ｕｓｅテスト）を図３に示す。
感度の測定 前記実施例１における方法と同様にしてハイブリッド感
度を測定した。 前記方法により行ったｃＤＮＡチップ
のスポットの標的核酸とハイブリッドする前のＤＮＡチ
ップの製造後のスキャニング結果（品質管理過程、ＱＣ
テスト）及び標的核酸によるハイブリッド後のスキャニ
ング結果（Ｕｓｅテスト）を図３に示す。
【００４８】図３において、ＱＣテストのスキャニング
はアルゴン−イオンレーザーにより４８８ｎｍ波長にお
いて励起し、５２０ｎｍ波長のフィルターを用いて放出
信号を得たものであり、Ｕｓｅテストのスキャニングは
５５０ｎｍ波長において励起させ、５７０ｎｍ波長のフ
ィルターを用いて放出信号を得たものである。
はアルゴン−イオンレーザーにより４８８ｎｍ波長にお
いて励起し、５２０ｎｍ波長のフィルターを用いて放出
信号を得たものであり、Ｕｓｅテストのスキャニングは
５５０ｎｍ波長において励起させ、５７０ｎｍ波長のフ
ィルターを用いて放出信号を得たものである。
【００４９】図３に示されたＤＮＡスポットは８０スポ
ットずつスポッティングしたものであり、スポット径は
１７０±１５μｍとし、スポット間の間隔は３７５μｍ
に調節した。
ットずつスポッティングしたものであり、スポット径は
１７０±１５μｍとし、スポット間の間隔は３７５μｍ
に調節した。
【００５０】Ｆ．実験の結果
前記図３の実験の結果をまとめて下記表２に、蛍光物質
としてＦＩＴＣを用いた場合と蛍光物質を用いていない
場合とに対する蛍光強度を示す。
としてＦＩＴＣを用いた場合と蛍光物質を用いていない
場合とに対する蛍光強度を示す。
【００５１】表２に見られるように、Ｕｓｅテストにお
いてＦＩＴＣと共に固定化したスポットの強度は蛍光物
質のないスポットの強度と大差なかった。これは、ＦＩ
ＴＣ蛍光物質が標的核酸によるハイブリッドに影響を及
ぼさないということを示す。
いてＦＩＴＣと共に固定化したスポットの強度は蛍光物
質のないスポットの強度と大差なかった。これは、ＦＩ
ＴＣ蛍光物質が標的核酸によるハイブリッドに影響を及
ぼさないということを示す。
【００５２】
【表２】
【００５３】
【発明の効果】上述したように、本発明のＤＮＡマイク
アレイの品質管理方法によれば、ＤＮＡチップのＤＮＡ
スポットにおいてＤＮＡプローブ と共にＤＮＡチップ
の固体基板に共有結合により固定させた蛍光物質からの
信号を感知することによりＤＮＡチップの品質管理をす
るので、既存の染色方法による品質管理方法に比べて染
色及び脱色の操作を経る必要がない。
アレイの品質管理方法によれば、ＤＮＡチップのＤＮＡ
スポットにおいてＤＮＡプローブ と共にＤＮＡチップ
の固体基板に共有結合により固定させた蛍光物質からの
信号を感知することによりＤＮＡチップの品質管理をす
るので、既存の染色方法による品質管理方法に比べて染
色及び脱色の操作を経る必要がない。
【００５４】また、ＤＮＡプローブと共にＤＮＡチップ
の固体基板に共有結合させた蛍光物質が以降にＤＮＡチ
ップの蛍光標識標的物質とのハイブリッド後に測定する
蛍光の強度に影響をほとんど及ぼさないので、蛍光物質
がハイブリッドに影響を及ぼし得る既存の方法の問題点
が解決された。
の固体基板に共有結合させた蛍光物質が以降にＤＮＡチ
ップの蛍光標識標的物質とのハイブリッド後に測定する
蛍光の強度に影響をほとんど及ぼさないので、蛍光物質
がハイブリッドに影響を及ぼし得る既存の方法の問題点
が解決された。
【００５５】従って、上記方法により製造したＤＮＡチ
ップはいかなる染色段階が無くても正確に品質管理を行
うことができ、そのようにして製造されたＤＮＡチップ
は以降のハイブリッドなどの使用に関して安定した結果
を出すことができる。
ップはいかなる染色段階が無くても正確に品質管理を行
うことができ、そのようにして製造されたＤＮＡチップ
は以降のハイブリッドなどの使用に関して安定した結果
を出すことができる。
【００５６】また、既存の品質管理方法とは異なって、
蛍光物質がＤＮＡプローブと共にガラス表面の反応基と
共有結合をするので、ＤＮＡプローブのシーケンス及び
長さに関係なく同じ大きさの蛍光シグナルが発せられ
る。これにより、正確なＤＮＡスポットの相対的な比較
分析が可能である。
蛍光物質がＤＮＡプローブと共にガラス表面の反応基と
共有結合をするので、ＤＮＡプローブのシーケンス及び
長さに関係なく同じ大きさの蛍光シグナルが発せられ
る。これにより、正確なＤＮＡスポットの相対的な比較
分析が可能である。
【００５７】
【配列表】
SEQUENCE LISTING
<110> Samsung Electronics Co., Ltd
<120> ＤＮＡチップの品質管理方法
<160> 7
<170> PatentIn Ver. 2.1
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<223> Description of Artificial Sequence: primer
<400> 1
tgtagacacg cacctccgtg 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<223> Description of Artificial Sequence: primer
<400> 2
tgtagacacc cacctccgtg 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<223> Description of Artificial Sequence: primer
<400> 3
cacggaggtg cgtgtctaca 20
<210> 4
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<223> Description of Artificial Sequence: primer
<400> 4
ctggtaagtt tagtcttttt gtc 23
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<223> Description of Artificial Sequence: primer
<400> 5
cagtgccaag cttgcatgcc t 21
<210> 6
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<223> Description of Artificial Sequence: primer
<400> 6
ctggtaagtt tagtcttttt gtc 23
<210> 7
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<223> Description of Artificial Sequence:primer
<400> 7
cagtgccaag cttgcatgcc t 21
【図１】 蛍光グループＦと官能基Ｒとを含む蛍光物質
を示すものである。
を示すものである。
【図２】 実施例１において、オリゴヌクレオチドプロ
ーブを固定したＤＮＡチップが標的核酸とハイブリッド
する前のスキャニング結果（品質管理過程、ＱＣテス
ト）、及び標的核酸によるハイブリッド後のスキャニン
グ結果（Ｕｓｅテスト）を示すものである。
ーブを固定したＤＮＡチップが標的核酸とハイブリッド
する前のスキャニング結果（品質管理過程、ＱＣテス
ト）、及び標的核酸によるハイブリッド後のスキャニン
グ結果（Ｕｓｅテスト）を示すものである。
【図３】 実施例２において、ｃＤＮＡを固定したＤＮ
Ａチップが標的核酸とハイブリッドする前のスキャニン
グ結果（品質管理過程、ＱＣテスト）及び標的核酸によ
るハイブリッド後のスキャニング結果（Ｕｓｅテスト）
を示すものである。
Ａチップが標的核酸とハイブリッドする前のスキャニン
グ結果（品質管理過程、ＱＣテスト）及び標的核酸によ
るハイブリッド後のスキャニング結果（Ｕｓｅテスト）
を示すものである。
フロントページの続き
(72)発明者 沈 儲 暎
大韓民国慶尚南道馬山市会原区桧原２洞
644−30番地
(72)発明者 金 敬 姫
大韓民国大田広域市東区龍田洞176−15番
地14統１班
(72)発明者 朴 佳 永
大韓民国京畿道龍仁市器興邑農書里山14−
１番地 三星綜合技術院内
Ｆターム(参考） 2G043 AA06 BA16 DA02 DA06 EA01
JA03 KA02 KA05 KA09
2G054 AA10 CA22 CE02 EA03 GB02
GE07
4B024 AA20 CA01 CA09 HA12 HA20
Claims (5)
- 【請求項１】 特定の波長において励起／放出される第
１の蛍光物質を含有するＤＮＡスポッティング溶液を調
製する段階と、 前記ＤＮＡスポッティング溶液を基板にスポッティング
してＤＮＡチップを製造する段階と、 前記ＤＮＡスポットから発せられる蛍光シグナルを検出
する段階と、を含むＤＮＡチップの品質管理方法。 - 【請求項２】 前記第１の蛍光物質は、ハイブリッド後
に検出に用いられる第２の蛍光物質の励起／放出波長と
は相互干渉がないことを特徴とする請求項１に記載のＤ
ＮＡチップの品質管理方法。 - 【請求項３】 前記蛍光シグナルの均一度を測定する段
階をさらに含むことを特徴とする請求項１に記載のＤＮ
Ａチップの品質管理方法。 - 【請求項４】 前記蛍光シグナルの均一度は、ＤＮＡス
ポットのスポット径及び形状、ならびに蛍光シグナルの
蛍光の強度によって測定されること特徴とする請求項３
に記載のＤＮＡチップの品質管理方法。 - 【請求項５】 前記第１の蛍光物質とは、ＦＩＴＣ、フ
ルオレセイン、Ｃｙ３、Ｃｙ５、テキサスレッド、また
はＴＡＭＲＡであることを特徴とする請求項１〜４のい
ずれかに記載の品質管理方法。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR10-2002-0012158A KR100450817B1 (ko) | 2002-03-07 | 2002-03-07 | Ｄｎａ 마이크로어레이 스팟의 품질관리방법 |
| KR2002-012158 | 2002-03-07 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2003279576A true JP2003279576A (ja) | 2003-10-02 |
| JP3872762B2 JP3872762B2 (ja) | 2007-01-24 |
Family
ID=27786001
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2003047159A Expired - Fee Related JP3872762B2 (ja) | 2002-03-07 | 2003-02-25 | Ｄｎａチップの品質管理方法 |
Country Status (5)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20030170672A1 (ja) |
| EP (1) | EP1356860A3 (ja) |
| JP (1) | JP3872762B2 (ja) |
| KR (1) | KR100450817B1 (ja) |
| CN (1) | CN1222624C (ja) |
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| WO2007049827A1 (ja) * | 2005-10-28 | 2007-05-03 | Mitsubishi Rayon Co., Ltd. | 核酸アレイにおけるプローブ搭載位置の確認方法 |
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| WO2004081570A1 (fr) * | 2003-03-13 | 2004-09-23 | Chengdu Kuachang Medical Industrial Limited | Matrice de puce, puce comprenant une matrice et leur preparation et application |
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| KR20100086827A (ko) | 2009-01-23 | 2010-08-02 | 삼성전자주식회사 | 프로브 핵산의 서열을 분석하는 방법, 그를 위한 마이크로어레이 및 키트 및 프로브 핵산의 합성 효율을 결정하는 방법 |
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| CN111458494B (zh) * | 2020-03-31 | 2024-07-05 | 京东方科技集团股份有限公司 | 免疫芯片的质量检测方法 |
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