FI121884B - Förfarande för detektering och identifiering av meticillinresistenta stafylykocker, och probe och testförpackning för genomförande av förfarandet - Google Patents
Förfarande för detektering och identifiering av meticillinresistenta stafylykocker, och probe och testförpackning för genomförande av förfarandet Download PDFInfo
- Publication number
- FI121884B FI121884B FI20085041A FI20085041A FI121884B FI 121884 B FI121884 B FI 121884B FI 20085041 A FI20085041 A FI 20085041A FI 20085041 A FI20085041 A FI 20085041A FI 121884 B FI121884 B FI 121884B
- Authority
- FI
- Finland
- Prior art keywords
- seq
- specific
- gyrb
- pare
- complementary
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
- C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Claims (25)
1. Förfarande för detektering och identifiering av meticillinresistenta Staphylococcus-arterfran ett prov omfattande steg, i vilka: 5 a) amplifieras fran provet härstammande DNA genom användning av ett första primerpar, som hybridiseras tili konserverade omräden av gener som kodar för topoisomeraserna gyrB och parE, och ett and ra primerpar, som hybridiseras tili en mecA-gen; och b) bringas amplifierat DNA i hybridiseringsförhallanden i kontakt 10 med i) minst en stafylokocksläktspecifik, tili det amplifierade gyrB- eller parE-genomradet hybridiserande oligonukleotidprobe, ii) minst en S. aurei/s-specifik, tili det amplifierade gyrB- eller parE-genomradet hybridiserande oligonukleotidprobe, och 15 iii) minst en mecA-specifik oligonukleotidprobe, som omfattar en se- kvens visad i sekvensnummer 11; och c) detekteras bildning av ett eventuellt hybridiseringskomplex.
2. Förfarande enligt patentkrav 1, som dessutom omfattar bringande av amplifierat DNA i kontakt med minst en S. ep/derm/s-artspecifik, tili det 20 amplifierade gyrB- eller parE-genomrädet hybridiserande oligonukleotidprobe.
3. Förfarande enligt patentkrav 2, väri nämnda probe omfattar en sekvens, som har valts frän en grupp bildad av sekvensnumren 21-25 och de-ras komplementära eller omvända sekvenser.
4. Förfarande enligt patentkrav 1, väri nämnda första primerpar om-25 fattar minst en i sekvensnummer 1 eller 2 visad sekvens eller deras komple- ^ mentära eller omvända sekvens.
™ 5. Förfarande enligt patentkrav 1, väri nämnda andra primerpar om- i g fattar minst en sekvens, som har valts frän sekvensnumren 5 och 6 och deras i g komplementära eller omvända sekvenser. x 30
6. Förfarande enligt patentkrav 1, väri nämnda stafylokocksläktspe- tr cifika probe omfattar en sekvens, som har valts frän en grupp bildad av se- g kvensnumren 26-33 och deras komplementära eller omvända sekvenser. S
7. Förfarande enligt patentkrav 1, väri nämnda S. aureus- o artspecifika probe omfattar en sekvens, som har valts frän en grupp bildad av 35 sekvensnumren 13-20 och deras komplementära eller omvända sekvenser.
8. Förfarande enligt patentkrav 1, som dessutom omfattar bringande av amplifierat DNA i kontakt i hybridiseringsförhällanden med minst en sadan mecAspecifik probe, som omfattar en sekvens, som har vaits frän en grupp bil-dad av sekvensnumren 7-10 ooh 12 ooh deras komplementära eiler omvända 5 sekvenser.
9. Förfarande enligt patentkrav 1, väri amplifieringen av DNA i steg a) utförs dessutom med minst en S. aureus-specifik primer, som hybridiseras tili konserverade omräden av gener som kodar för topoisomeraser gyrB ooh parE.
10 10. Förfarande enligt patentkrav 9, väri nämnda S. aureus-specifika primer omfattar en sekvens, som har vaits frän sekvensnumren 3 ooh 4 ooh deras komplementära eller omvända sekvenser.
11. Förfarande enligt patentkrav 1, väri nämnda prov är en S.aureus-renkultur ooh nämnda första primerpar har vaits frän sekvensnumren 15. ooh 4 ooh deras komplementära eller omvända sekvenser.
12. Förfarande enligt patentkrav 11, väri steg i) inte utförs.
13. Förfarande enligt nägot av de föregäende patentkraven, väri nämnda oligonukleotidprober är fästa vid en fast bärare.
14. mecA-specifik oligonukleotidprobe, som omfattar en i sekvens- 20 nummer 11 visad nukleotidsekvens.
15. Testförpackning, som är avsedd att användas i förfarandet enligt patentkrav 1 ooh som omfattar a) minst en gyrB- ooh parE-specifik primer b) minst en mecA-specifik primer 25 c) minst en S. ai/rei/s-artspecifik gyrB- eller parE-probe d) minst en mecAspecifik oligonukleotidprobe, som omfattar en i se-^ kvensnummer 11 visad sekvens.
^ 16. Testförpackning enligt patentkrav 15, väri nämnda gyrB- och pa- C\l 9 rE-specifika primer omfattar minst en i sekvensnummer 1 eller 2 visad sekvens o 30 eller deras komplementära eller omvända sekvens, och testförpackningen | dessutom omfattar minst en stafylokocksläktspecifik gyrB- eller parE-probe.
17. Testförpackning enligt patentkrav 16, väri nämnda stafylokocks-o pecifika probe omfattar en sekvens, som har vaits frän en grupp bildad av se- o kvensnumren 26-33 och deras komplementära eller omvända sekvenser. o ^ 35
18. Testförpackning enligt patentkrav 16, som dessutom omfattar minst en S. epidermis-artspecifik gyrB- eller parE-probe.
19. Testförpackning enligt patentkrav 18, väri nämnda gyrB- elier parE-probe omfattar en sekvens, som har valts frän en grupp bildad av se-kvensnumren 21-25 och deras komplementära elier omvända sekvenser.
20. Testförpackning enligt patentkrav 15, väri nämnda gyrB- elier 5 parE-specifika primer är en S.aureus-artspecifik primer, som omfattar en se kvens, som har valts f ra n sekvensnumren 3 och 4 och deras komplementära elier omvända sekvenser.
21. Testförpackning enligt nägot av patentkraven 16-19, vilken dessutom omfattar minst en S.aureus-artspecifik, gyrB- elier parE-specifik pri- 10 mer, som omfattar en sekvens, som har valts frän sekvensnumren 3 och 4 och deras komplementära elier omvända sekvenser.
22. Testförpackning enligt nagot av patentkraven 15-21, väri nämnda S.ai/reus-artspecifika, gyrB- elier parE-specifika probe omfattar en sekvens, som har valts frän en grupp bildad av sekvensnumren 13-20 och deras kom- 15 plementära elier omvända sekvenser.
23. Testförpackning enligt nägot av patentkraven 15-22, väri nämnda meoA-specifika primer omfattar en sekvens, som har valts frän sekvensnumren 5 och 6 och deras komplementära elier omvända sekvenser.
24. Testförpackning enligt nägot av patentkraven 15-23, väri nämn- 20 da /77ec>4-specifika oligonukleotidprobe omfattar en sekvens, som har valts frän en grupp bildad av sekvensnumren 7-10 och 12 och deras komplementära el-ler omvända sekvenser.
25. Testförpackning enligt nagot av patentkraven 15-24, väri nämnda primers och prober är inkluderade pä ett biochip. δ (M i (M O O) o X en CL o LO 00 o o C\l
Priority Applications (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| FI20085041A FI121884B (sv) | 2008-01-17 | 2008-01-17 | Förfarande för detektering och identifiering av meticillinresistenta stafylykocker, och probe och testförpackning för genomförande av förfarandet |
| EP20090702463 EP2240607B8 (en) | 2008-01-17 | 2009-01-16 | Method of detecting and identifying staphylococci |
| PCT/FI2009/050036 WO2009090310A1 (en) | 2008-01-17 | 2009-01-16 | Method of detecting and identifying staphylococci |
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| FI20085041 | 2008-01-17 | ||
| FI20085041A FI121884B (sv) | 2008-01-17 | 2008-01-17 | Förfarande för detektering och identifiering av meticillinresistenta stafylykocker, och probe och testförpackning för genomförande av förfarandet |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| FI20085041A0 FI20085041A0 (sv) | 2008-01-17 |
| FI20085041A FI20085041A (sv) | 2009-07-18 |
| FI121884B true FI121884B (sv) | 2011-05-31 |
Family
ID=39004341
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| FI20085041A FI121884B (sv) | 2008-01-17 | 2008-01-17 | Förfarande för detektering och identifiering av meticillinresistenta stafylykocker, och probe och testförpackning för genomförande av förfarandet |
Country Status (3)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP2240607B8 (sv) |
| FI (1) | FI121884B (sv) |
| WO (1) | WO2009090310A1 (sv) |
Families Citing this family (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CA2348042A1 (en) | 2001-06-04 | 2002-12-04 | Ann Huletsky | Sequences for detection and identification of methicillin-resistant staphylococcus aureus |
| US11834720B2 (en) | 2005-10-11 | 2023-12-05 | Geneohm Sciences, Inc. | Sequences for detection and identification of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) of MREJ types xi to xx |
| US8367337B2 (en) | 2007-12-21 | 2013-02-05 | Biomerieux S.A. | Detection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus |
| EP2794917B1 (en) | 2011-12-23 | 2018-08-08 | bioMérieux | Detection of meca variant strains of methicillin-resistant staphylococcus aureus |
Family Cites Families (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP3957338B2 (ja) | 1996-02-23 | 2007-08-15 | 株式会社カイノス | 診断薬 |
| US7135283B1 (en) * | 1998-11-17 | 2006-11-14 | Nanogen, Inc. | Topoisomerase type II gene polymorphisms and their use in identifying drug resistance and pathogenic strains of microorganisms |
| US7393636B2 (en) * | 2001-11-08 | 2008-07-01 | Sanko Junyaku Co., Ltd. | Method for forming self-assembly substance using oligonucleotide synthesized by gene amplification reaction, self-assembly substance and method for detecting gene |
| DE10244456A1 (de) * | 2002-09-24 | 2004-04-15 | Hain Lifescience Gmbh | Verfahren zum Nachweis und Differenzierung von Bakterien |
| FI113549B (sv) * | 2002-11-19 | 2004-05-14 | Mobidiag Oy | Diagnostiskt förfarande för indikering och identifiering av bakterier som orsakar luftvägsinfektioner samt vid förfarandet användbar primerkomposition |
| EP1629124A2 (en) * | 2003-06-05 | 2006-03-01 | Wyeth | Nucleic acid arrays for detecting multiple strains of a non-viral species |
| JP2006271370A (ja) * | 2005-03-02 | 2006-10-12 | Kitasato Inst:The | 黄色ブドウ球菌とメチシリン耐性菌の検出方法及びキット |
| WO2007023461A2 (en) | 2005-08-26 | 2007-03-01 | Philips Intellectual Property & Standards Gmbh | Method for detection of micro-organisms and antibiotic resistance markers and nucleic acid oligonucleotides therefor |
| WO2007120808A2 (en) * | 2006-04-14 | 2007-10-25 | Biohelix Corporation | A method of asymmetric helicase-dependent amplification for probe-based detection of targets |
| KR100868765B1 (ko) * | 2006-09-29 | 2008-11-17 | 삼성전자주식회사 | 항생제 내성 박테리아의 표적 서열을 증폭시킬 수 있는프라이머 세트, 박테리아의 표적 서열에 특이적으로혼성화하는 프로브 세트, 상기 프로브 세트가 고정화되어있는 마이크로어레이 및 상기 프로브 세트를 이용하여박테리아의 존재를 검출하는 방법 |
-
2008
- 2008-01-17 FI FI20085041A patent/FI121884B/sv active IP Right Grant
-
2009
- 2009-01-16 EP EP20090702463 patent/EP2240607B8/en active Active
- 2009-01-16 WO PCT/FI2009/050036 patent/WO2009090310A1/en active Application Filing
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| FI20085041A0 (sv) | 2008-01-17 |
| EP2240607A1 (en) | 2010-10-20 |
| FI20085041A (sv) | 2009-07-18 |
| EP2240607B8 (en) | 2015-05-06 |
| WO2009090310A1 (en) | 2009-07-23 |
| EP2240607B1 (en) | 2015-04-01 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US7205104B2 (en) | Identification of biological (micro) organisms by detection of their homologous nucleotide sequences on arrays | |
| Barken et al. | Advances in nucleic acid-based diagnostics of bacterial infections | |
| Rasooly et al. | Food microbial pathogen detection and analysis using DNA microarray technologies | |
| EP1788098A1 (en) | Design of capture molecules for the detection of amplicons with high sensitivity | |
| JP5851395B2 (ja) | 食中毒菌検出用担体、及び食中毒菌の検出方法 | |
| US7202026B2 (en) | Identification of a large number of biological (micro)organisms groups at different levels by their detection on a same array | |
| FI121428B (sv) | Bredspektrumprimers, testförpackning och förfarande för att upptäcka och identifiera bakteriearter | |
| Anthony et al. | DNA array technology and diagnostic microbiology | |
| EP1859053A2 (en) | Determination of antibiotic resistance in staphylococcus aureus | |
| FI121884B (sv) | Förfarande för detektering och identifiering av meticillinresistenta stafylykocker, och probe och testförpackning för genomförande av förfarandet | |
| EP1602735A2 (en) | Method and kit for the detection and/or quantification of homologous nucleotide sequences on arrays | |
| JP2007512021A5 (sv) | ||
| JP5916740B2 (ja) | 核酸標的の定量的多重同定 | |
| EP1565573B1 (en) | Nucleic acid probes and broad-range primers from regions in topoisomerase genes, and methods in which they are used | |
| US20080026370A1 (en) | Method For Geno-And Pathotyping Pseudomonas Aeruginosa | |
| US20100167956A1 (en) | Dna chip for detection of escherichia coli | |
| US20060281112A1 (en) | Design of capture molecules for the detection of amplicons with high sensitivity | |
| EP4130275A1 (en) | Primer set and probe for detecting staphylococcus argenteus | |
| US20100099860A1 (en) | Capture molecules for the detection of amplicons with high sensitivity | |
| WO2007132001A1 (en) | Design of capture molecules for the detection of amplicons with high sensitivity | |
| EP1529848B1 (en) | Substances, sequences and methods for identifying epidemic methicillin resistant Staphylococcus aureus strains | |
| US20070059714A1 (en) | Detection of presence and antibiotic susceptibility of enterococci | |
| EP2240608B1 (en) | Method of producing single-stranded dna | |
| EP2027289A1 (en) | Design of capture molecules for the detection of amplicons with high sensitivity |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FG | Patent granted |
Ref document number: 121884 Country of ref document: FI |