ES2276468T3 - Secuencias retroviricas endogeneticas, asociados con efermedades autoinmunitarias y/o con transtornos del embarazo. - Google Patents
Secuencias retroviricas endogeneticas, asociados con efermedades autoinmunitarias y/o con transtornos del embarazo. Download PDFInfo
- Publication number
- ES2276468T3 ES2276468T3 ES98935106T ES98935106T ES2276468T3 ES 2276468 T3 ES2276468 T3 ES 2276468T3 ES 98935106 T ES98935106 T ES 98935106T ES 98935106 T ES98935106 T ES 98935106T ES 2276468 T3 ES2276468 T3 ES 2276468T3
- Authority
- ES
- Spain
- Prior art keywords
- baselineskip
- seq
- sequence
- nucleotide
- type
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Lifetime
Links
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 title description 8
- 230000035935 pregnancy Effects 0.000 title description 6
- 201000010099 disease Diseases 0.000 title description 4
- 230000005784 autoimmunity Effects 0.000 title 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 77
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 77
- 239000000463 material Substances 0.000 claims abstract description 32
- 230000001177 retroviral effect Effects 0.000 claims abstract description 24
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims abstract description 5
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 43
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 41
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 22
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 19
- 208000034189 Sclerosis Diseases 0.000 claims description 13
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 9
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims description 9
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 9
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 claims description 5
- 102100034353 Integrase Human genes 0.000 claims description 4
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 claims description 4
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 4
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 claims description 3
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 claims description 3
- 108010078428 env Gene Products Proteins 0.000 claims description 3
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 claims description 3
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 claims description 2
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 claims 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 60
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 43
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 39
- 101000820777 Homo sapiens Syncytin-1 Proteins 0.000 description 33
- 241000005822 Human endogenous retrovirus W Species 0.000 description 33
- 102100021696 Syncytin-1 Human genes 0.000 description 33
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 27
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 22
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 22
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 21
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 20
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 19
- 210000002826 placenta Anatomy 0.000 description 15
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 13
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 13
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 12
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 11
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 11
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 10
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 9
- 101000768957 Acholeplasma phage L2 Uncharacterized 37.2 kDa protein Proteins 0.000 description 8
- 101000823746 Acidianus ambivalens Uncharacterized 17.7 kDa protein in bps2 3'region Proteins 0.000 description 8
- 101000916369 Acidianus ambivalens Uncharacterized protein in sor 5'region Proteins 0.000 description 8
- 101000769342 Acinetobacter guillouiae Uncharacterized protein in rpoN-murA intergenic region Proteins 0.000 description 8
- 101000823696 Actinobacillus pleuropneumoniae Uncharacterized glycosyltransferase in aroQ 3'region Proteins 0.000 description 8
- 101000786513 Agrobacterium tumefaciens (strain 15955) Uncharacterized protein outside the virF region Proteins 0.000 description 8
- 101000618005 Alkalihalobacillus pseudofirmus (strain ATCC BAA-2126 / JCM 17055 / OF4) Uncharacterized protein BpOF4_00885 Proteins 0.000 description 8
- 102100020724 Ankyrin repeat, SAM and basic leucine zipper domain-containing protein 1 Human genes 0.000 description 8
- 101000967489 Azorhizobium caulinodans (strain ATCC 43989 / DSM 5975 / JCM 20966 / LMG 6465 / NBRC 14845 / NCIMB 13405 / ORS 571) Uncharacterized protein AZC_3924 Proteins 0.000 description 8
- 101000823761 Bacillus licheniformis Uncharacterized 9.4 kDa protein in flaL 3'region Proteins 0.000 description 8
- 101000819719 Bacillus methanolicus Uncharacterized N-acetyltransferase in lysA 3'region Proteins 0.000 description 8
- 101000789586 Bacillus subtilis (strain 168) UPF0702 transmembrane protein YkjA Proteins 0.000 description 8
- 101000792624 Bacillus subtilis (strain 168) Uncharacterized protein YbxH Proteins 0.000 description 8
- 101000790792 Bacillus subtilis (strain 168) Uncharacterized protein YckC Proteins 0.000 description 8
- 101000819705 Bacillus subtilis (strain 168) Uncharacterized protein YlxR Proteins 0.000 description 8
- 101000948218 Bacillus subtilis (strain 168) Uncharacterized protein YtxJ Proteins 0.000 description 8
- 101000718627 Bacillus thuringiensis subsp. kurstaki Putative RNA polymerase sigma-G factor Proteins 0.000 description 8
- 101000641200 Bombyx mori densovirus Putative non-structural protein Proteins 0.000 description 8
- 101000947633 Claviceps purpurea Uncharacterized 13.8 kDa protein Proteins 0.000 description 8
- 101000948901 Enterobacteria phage T4 Uncharacterized 16.0 kDa protein in segB-ipI intergenic region Proteins 0.000 description 8
- 101000805958 Equine herpesvirus 4 (strain 1942) Virion protein US10 homolog Proteins 0.000 description 8
- 101000790442 Escherichia coli Insertion element IS2 uncharacterized 11.1 kDa protein Proteins 0.000 description 8
- 101000788354 Escherichia phage P2 Uncharacterized 8.2 kDa protein in gpA 5'region Proteins 0.000 description 8
- 101000770304 Frankia alni UPF0460 protein in nifX-nifW intergenic region Proteins 0.000 description 8
- 101000797344 Geobacillus stearothermophilus Putative tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase Proteins 0.000 description 8
- 101000748410 Geobacillus stearothermophilus Uncharacterized protein in fumA 3'region Proteins 0.000 description 8
- 101000772675 Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) UPF0438 protein HI_0847 Proteins 0.000 description 8
- 101000631019 Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) Uncharacterized protein HI_0350 Proteins 0.000 description 8
- 101000768938 Haemophilus phage HP1 (strain HP1c1) Uncharacterized 8.9 kDa protein in int-C1 intergenic region Proteins 0.000 description 8
- 101000785414 Homo sapiens Ankyrin repeat, SAM and basic leucine zipper domain-containing protein 1 Proteins 0.000 description 8
- 101000782488 Junonia coenia densovirus (isolate pBRJ/1990) Putative non-structural protein NS2 Proteins 0.000 description 8
- 101000811523 Klebsiella pneumoniae Uncharacterized 55.8 kDa protein in cps region Proteins 0.000 description 8
- 101000818409 Lactococcus lactis subsp. lactis Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator in lacX 3'region Proteins 0.000 description 8
- 101000878851 Leptolyngbya boryana Putative Fe(2+) transport protein A Proteins 0.000 description 8
- 101000758828 Methanosarcina barkeri (strain Fusaro / DSM 804) Uncharacterized protein Mbar_A1602 Proteins 0.000 description 8
- 101001122401 Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (isolate United Kingdom/H123990006/2012) Non-structural protein ORF3 Proteins 0.000 description 8
- 101001055788 Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) Pentapeptide repeat protein MfpA Proteins 0.000 description 8
- 101000740670 Orgyia pseudotsugata multicapsid polyhedrosis virus Protein C42 Proteins 0.000 description 8
- 101000769182 Photorhabdus luminescens Uncharacterized protein in pnp 3'region Proteins 0.000 description 8
- 101710159752 Poly(3-hydroxyalkanoate) polymerase subunit PhaE Proteins 0.000 description 8
- 101710130262 Probable Vpr-like protein Proteins 0.000 description 8
- 101000961392 Pseudescherichia vulneris Uncharacterized 29.9 kDa protein in crtE 3'region Proteins 0.000 description 8
- 101000731030 Pseudomonas oleovorans Poly(3-hydroxyalkanoate) polymerase 2 Proteins 0.000 description 8
- 101001065485 Pseudomonas putida Probable fatty acid methyltransferase Proteins 0.000 description 8
- 101000711023 Rhizobium leguminosarum bv. trifolii Uncharacterized protein in tfuA 3'region Proteins 0.000 description 8
- 101000948156 Rhodococcus erythropolis Uncharacterized 47.3 kDa protein in thcA 5'region Proteins 0.000 description 8
- 101000917565 Rhodococcus fascians Uncharacterized 33.6 kDa protein in fasciation locus Proteins 0.000 description 8
- 101000790284 Saimiriine herpesvirus 2 (strain 488) Uncharacterized 9.5 kDa protein in DHFR 3'region Proteins 0.000 description 8
- 101000936719 Streptococcus gordonii Accessory Sec system protein Asp3 Proteins 0.000 description 8
- 101000788499 Streptomyces coelicolor Uncharacterized oxidoreductase in mprA 5'region Proteins 0.000 description 8
- 101001102841 Streptomyces griseus Purine nucleoside phosphorylase ORF3 Proteins 0.000 description 8
- 101000708557 Streptomyces lincolnensis Uncharacterized 17.2 kDa protein in melC2-rnhH intergenic region Proteins 0.000 description 8
- 101000649826 Thermotoga neapolitana Putative anti-sigma factor antagonist TM1081 homolog Proteins 0.000 description 8
- 101000827562 Vibrio alginolyticus Uncharacterized protein in proC 3'region Proteins 0.000 description 8
- 101000778915 Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) Uncharacterized membrane protein VP2115 Proteins 0.000 description 8
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 8
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 8
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 7
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 7
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 7
- 239000000047 product Substances 0.000 description 7
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 7
- 108091026898 Leader sequence (mRNA) Proteins 0.000 description 6
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 6
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 6
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 6
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 6
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 6
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 6
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 6
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 5
- 208000023275 Autoimmune disease Diseases 0.000 description 5
- 108091027544 Subgenomic mRNA Proteins 0.000 description 5
- 108091036066 Three prime untranslated region Proteins 0.000 description 5
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 5
- 230000001363 autoimmune Effects 0.000 description 5
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 description 5
- 206010039073 rheumatoid arthritis Diseases 0.000 description 5
- 108020004437 Endogenous Retroviruses Proteins 0.000 description 4
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 4
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 4
- 230000001506 immunosuppresive effect Effects 0.000 description 4
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 4
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 4
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 4
- 238000013081 phylogenetic analysis Methods 0.000 description 4
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 4
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 4
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 4
- 108091005703 transmembrane proteins Proteins 0.000 description 4
- 102000035160 transmembrane proteins Human genes 0.000 description 4
- 241001213911 Avian retroviruses Species 0.000 description 3
- 108091060211 Expressed sequence tag Proteins 0.000 description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 3
- 108020005067 RNA Splice Sites Proteins 0.000 description 3
- 108091081062 Repeated sequence (DNA) Proteins 0.000 description 3
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 3
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 3
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 3
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 3
- -1 aryl phosphonate Chemical compound 0.000 description 3
- 230000008827 biological function Effects 0.000 description 3
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 3
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 3
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 3
- 108700004025 env Genes Proteins 0.000 description 3
- 108700004026 gag Genes Proteins 0.000 description 3
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 3
- 201000006417 multiple sclerosis Diseases 0.000 description 3
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 3
- 108700004029 pol Genes Proteins 0.000 description 3
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 3
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 3
- 241000894007 species Species 0.000 description 3
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 3
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 3
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- MXHRCPNRJAMMIM-SHYZEUOFSA-N 2'-deoxyuridine Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 MXHRCPNRJAMMIM-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 2
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical group OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 description 2
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 2
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 2
- 230000003682 DNA packaging effect Effects 0.000 description 2
- 241001272567 Hominoidea Species 0.000 description 2
- 241001135958 Human type D retrovirus Species 0.000 description 2
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 2
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 2
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 2
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 2
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 2
- 108010076039 Polyproteins Proteins 0.000 description 2
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 2
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 description 2
- 208000021386 Sjogren Syndrome Diseases 0.000 description 2
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 2
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 2
- 229920001222 biopolymer Polymers 0.000 description 2
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 2
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 2
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 2
- 239000012228 culture supernatant Substances 0.000 description 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MXHRCPNRJAMMIM-UHFFFAOYSA-N desoxyuridine Natural products C1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 MXHRCPNRJAMMIM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101150030339 env gene Proteins 0.000 description 2
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 210000003754 fetus Anatomy 0.000 description 2
- 101150098622 gag gene Proteins 0.000 description 2
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 2
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 2
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 2
- 229960001438 immunostimulant agent Drugs 0.000 description 2
- 239000003022 immunostimulating agent Substances 0.000 description 2
- 230000003308 immunostimulating effect Effects 0.000 description 2
- 239000012678 infectious agent Substances 0.000 description 2
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 2
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 2
- 230000002757 inflammatory effect Effects 0.000 description 2
- NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N insulin Chemical compound N1C(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(NC(=O)CN)C(C)CC)CSSCC(C(NC(CO)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CSSCC(NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2C=CC(O)=CC=2)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(C)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2NC=NC=2)NC(=O)C(CO)NC(=O)CNC2=O)C(=O)NCC(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC(O)=CC=3)C(=O)NC(C(C)O)C(=O)N3C(CCC3)C(=O)NC(CCCCN)C(=O)NC(C)C(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(O)=O)=O)NC(=O)C(C(C)CC)NC(=O)C(CO)NC(=O)C(C(C)O)NC(=O)C1CSSCC2NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CC(N)=O)NC(=O)C(NC(=O)C(N)CC=1C=CC=CC=1)C(C)C)CC1=CN=CN1 NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 2
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 2
- LCCNCVORNKJIRZ-UHFFFAOYSA-N parathion Chemical compound CCOP(=S)(OCC)OC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 LCCNCVORNKJIRZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 2
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 2
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 2
- 230000003169 placental effect Effects 0.000 description 2
- 101150088264 pol gene Proteins 0.000 description 2
- 230000008488 polyadenylation Effects 0.000 description 2
- 229920002635 polyurethane Polymers 0.000 description 2
- 239000004814 polyurethane Substances 0.000 description 2
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 2
- 239000012925 reference material Substances 0.000 description 2
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 2
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 2
- 238000004904 shortening Methods 0.000 description 2
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 2
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 2
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 2
- 201000000596 systemic lupus erythematosus Diseases 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VUFNLQXQSDUXKB-DOFZRALJSA-N 2-[4-[4-[bis(2-chloroethyl)amino]phenyl]butanoyloxy]ethyl (5z,8z,11z,14z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate Chemical compound CCCCC\C=C/C\C=C/C\C=C/C\C=C/CCCC(=O)OCCOC(=O)CCCC1=CC=C(N(CCCl)CCCl)C=C1 VUFNLQXQSDUXKB-DOFZRALJSA-N 0.000 description 1
- WOVKYSAHUYNSMH-RRKCRQDMSA-N 5-bromodeoxyuridine Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(Br)=C1 WOVKYSAHUYNSMH-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- LUCHPKXVUGJYGU-XLPZGREQSA-N 5-methyl-2'-deoxycytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 LUCHPKXVUGJYGU-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 9H-purine-2,6-diamine Chemical compound NC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 241000271566 Aves Species 0.000 description 1
- 208000012164 Avian Reticuloendotheliosis Diseases 0.000 description 1
- WOVKYSAHUYNSMH-UHFFFAOYSA-N BROMODEOXYURIDINE Natural products C1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C(Br)=C1 WOVKYSAHUYNSMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 206010061452 Complication of pregnancy Diseases 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 241000598436 Human T-cell lymphotropic virus Species 0.000 description 1
- 241000713887 Human endogenous retrovirus Species 0.000 description 1
- 206010053317 Hydrophobia Diseases 0.000 description 1
- 206010061598 Immunodeficiency Diseases 0.000 description 1
- 208000029462 Immunodeficiency disease Diseases 0.000 description 1
- 206010062016 Immunosuppression Diseases 0.000 description 1
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 102000004877 Insulin Human genes 0.000 description 1
- 108090001061 Insulin Proteins 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 description 1
- 101000686985 Mouse mammary tumor virus (strain C3H) Protein PR73 Proteins 0.000 description 1
- 208000012902 Nervous system disease Diseases 0.000 description 1
- 208000025966 Neurological disease Diseases 0.000 description 1
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 1
- 239000004952 Polyamide Substances 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 206010037742 Rabies Diseases 0.000 description 1
- 108700005075 Regulator Genes Proteins 0.000 description 1
- 206010038802 Reticuloendothelial system stimulated Diseases 0.000 description 1
- 206010038997 Retroviral infections Diseases 0.000 description 1
- 241000712907 Retroviridae Species 0.000 description 1
- 208000005074 Retroviridae Infections Diseases 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 1
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 1
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 1
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 description 1
- 210000001766 X chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000001594 aberrant effect Effects 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000001412 amines Chemical group 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 238000000376 autoradiography Methods 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 1
- 229950004398 broxuridine Drugs 0.000 description 1
- 230000021523 carboxylation Effects 0.000 description 1
- 238000006473 carboxylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 230000007969 cellular immunity Effects 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 238000004891 communication Methods 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 1
- 230000002950 deficient Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 206010012601 diabetes mellitus Diseases 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 125000002147 dimethylamino group Chemical group [H]C([H])([H])N(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 239000001177 diphosphate Substances 0.000 description 1
- XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J diphosphate(4-) Chemical compound [O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 1
- 235000011180 diphosphates Nutrition 0.000 description 1
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 238000006872 enzymatic polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 230000032050 esterification Effects 0.000 description 1
- 238000005886 esterification reaction Methods 0.000 description 1
- 150000002148 esters Chemical group 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 230000006870 function Effects 0.000 description 1
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 1
- 230000000799 fusogenic effect Effects 0.000 description 1
- 108700010759 gag-pro-pol Proteins 0.000 description 1
- 101150061559 gag-pro-pol gene Proteins 0.000 description 1
- 230000002650 habitual effect Effects 0.000 description 1
- 210000002216 heart Anatomy 0.000 description 1
- 230000003054 hormonal effect Effects 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 230000003301 hydrolyzing effect Effects 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 230000007813 immunodeficiency Effects 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 230000008595 infiltration Effects 0.000 description 1
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 description 1
- 208000027866 inflammatory disease Diseases 0.000 description 1
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 1
- 229940125396 insulin Drugs 0.000 description 1
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 230000004807 localization Effects 0.000 description 1
- PWPJGUXAGUPAHP-UHFFFAOYSA-N lufenuron Chemical compound C1=C(Cl)C(OC(F)(F)C(C(F)(F)F)F)=CC(Cl)=C1NC(=O)NC(=O)C1=C(F)C=CC=C1F PWPJGUXAGUPAHP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 206010025135 lupus erythematosus Diseases 0.000 description 1
- 125000000325 methylidene group Chemical group [H]C([H])=* 0.000 description 1
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 1
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N nitrogen group Chemical group [N] QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 1
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 1
- 229920002647 polyamide Polymers 0.000 description 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 1
- 208000012113 pregnancy disease Diseases 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 230000001012 protector Effects 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 230000007420 reactivation Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 125000000548 ribosyl group Chemical group C1([C@H](O)[C@H](O)[C@H](O1)CO)* 0.000 description 1
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 210000002027 skeletal muscle Anatomy 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 238000001179 sorption measurement Methods 0.000 description 1
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 231100000617 superantigen Toxicity 0.000 description 1
- 150000003573 thiols Chemical group 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 241001529453 unidentified herpesvirus Species 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P15/00—Drugs for genital or sexual disorders; Contraceptives
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P29/00—Non-central analgesic, antipyretic or antiinflammatory agents, e.g. antirheumatic agents; Non-steroidal antiinflammatory drugs [NSAID]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
- A61P3/08—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis
- A61P3/10—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis for hyperglycaemia, e.g. antidiabetics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
- A61P37/02—Immunomodulators
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/564—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for pre-existing immune complex or autoimmune disease, i.e. systemic lupus erythematosus, rheumatoid arthritis, multiple sclerosis, rheumatoid factors or complement components C1-C9
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2740/00—Reverse transcribing RNA viruses
- C12N2740/00011—Details
- C12N2740/10011—Retroviridae
- C12N2740/10022—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Hematology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Diabetes (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Rheumatology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Endocrinology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Emergency Medicine (AREA)
- Reproductive Health (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Obesity (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Pain & Pain Management (AREA)
- Rehabilitation Therapy (AREA)
- Pathology (AREA)
- Virology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Biophysics (AREA)
Abstract
Material nucleico genómico retrovírico endógeno HFRV-W, en el estado aislado o purificado, que comprende una secuencia nucleotídica seleccionada de entre SEC ID nº: 1 a 5 y sus secuencias complementarias.
Description
Secuencias retrovíricas endogenéticas, asociadas
con enfermedades autoinmunitarias y/o con trastornos del
embarazo.
La presente invención se refiere a un nuevo
material nucleico del tipo genómico retrovírico endógeno, a diversos
fragmentos nucleotídicos que lo comprenden o que se obtienen a
partir de dicho material, así como a su uso como marcador para
esclerosis en placas.
La identificación sistemática de la librería de
ADNc con la ayuda de la sonda Ppol-MSRV (SEC ID nº:
29) ha hecho posible detectar clones que solapan, permitiendo la
reconstrucción de un ARN genómico putativo de 7582 nucleótidos. -
Secuencia reconstruida quiere decir la secuencia deducida a partir
del alineamiento de los clones que solapan -. Este ARN genómico
tiene la estructura
R-U5-gag-pol-env-U3-R.
Una búsqueda "blastn" en varias bases de datos, con la ayuda
del genoma reconstruido, muestra que en el genoma humano existe una
gran cantidad de secuencias genómicas relacionadas (ADN). Alrededor
de 400 secuencias se han identificado en GenBank (véase figura 2),
y más de 200 secuencias se han identificado en la librería EST
(Expressed Sequence Tag), la mayoría como antisentido. Estas
secuencias se encuentran en varios cromosomas, en particular en los
cromosomas 5, 7, 14, 16, 21, 22, X, o con una concentración
aparente elevada de LTR en el cromosoma X.
La secuencia reconstruida (ARNm) está contenida
íntegramente en el interior del clon genómico RGOB3M05 (gb AC00064)
(9,4 kb), y muestra 96% de similitud con dos regiones discontinuas
de este clon, que también contiene regiones repetidas en cada
extremo. El alineamiento de las secuencias experimentales que
corresponden a las regiones 5' y 3' del ARN genómico reconstruido
con el ADN del clon RG083M05 ha permitido deducir una secuencia de
LTR, e identificar elementos característicos de retrovirus, en
particular los implicados en la transcripción inversa, a saber, el
PBS (sitio de unión del cebador) en dirección 3' de la 5' LTR, y el
PPT (tracto de polipurina) en dirección 5' de la 3' LTR. Se observa
que el elemento U3 es extremadamente corto en comparación con los
retrovirus de tipo C de mamíferos, y tienen un tamaño comparable a
la región U3 descrita generalmente en los retrovirus de tipo D y
los retrovirus aviares. La región de PBS es homóloga al PBS de los
retrovirus aviares, sugiriendo el uso del ARNt^{Trp} como cebador
para la transcripción inversa. En consecuencia, esta nueva familia
de HERV se denomina HERV-W (retrovirus endógeno
humano).
El análisis filogenético en la región pol ha
demostrado que la familia HERV-W está ligada
filogenéticamente a las familias ERV-9 y
RTVL-H, y por lo tanto pertenece a la familia de
retrovirus endógenos de tipo I. El análisis filogenético del marco
de lectura abierta (ORF) de env está más próximo a los retrovirus de
simios de tipo D y a los retrovirus de la reticuloendoteliosis
aviar que a los retrovirus de mamíferos de tipo C, sugiriendo una
estructura genómica quimérica C/D.
Los árboles filogenéticos, apoyados por valores
elevados de "bootstrap" (toma de muestras con reemplazamiento),
muestran que las familias ERV-9 y
HERV-W derivan de dos ondas de inserciones
independientes. De este modo, el elemento o elementos activos en el
origen de la familia HERV-W es o son diferentes de
aquel o aquellos del que deriva la familia ERV-9.
Además, el PBS de HERV-W usa probablemente un
ARNt^{Trp}, mientras que ERV-9 usa probablemente
un ARNt^{Arg}.
Finalmente, los miembros de la familia
HERV-W se expresan en la placenta, mientras que los
ARN de ERV-9 no se detectan en este tejido.
La expresión de HERV-W
restringida a la placenta, y el gran marco de lectura que codifica
potencialmente una cubierta retrovírica, hacen posible proponer
funciones biológicas fisiológicas cuya alteración podría estar
asociada con patologías.
La expresión restringida a la placenta sugiere
que la expresión de los genes retrovíricos y/o no retrovíricos bajo
el control de las LTR puede depender de las hormonas. Estos genes
pueden estar adyacentes, o bajo el control de las LTR aisladas.
Entonces, puede resultar una patología a partir de una expresión
aberrante tras la reactivación de una LTR silenciosa, mediante
diversos factores: infección vírica (por ejemplo, mediante un
miembro de la familia de los virus del herpes), o activación
inmunitaria local. Un polimorfismo a nivel de las LTR también podría
promover estos acontecimientos.
La cubierta de HERV-W jugaría un
papel fusogénico, en particular a nivel de los subtipos celulares de
la placenta. Un péptido inmunosupresor de esta cubierta podría
proteger al feto frente al ataque por el sistema inmunitario de la
madre. Finalmente, mediante un mecanismo de saturación de los
receptores, la cubierta de HERV-W jugaría un papel
protector frente a infecciones retrovíricas exógenas. La alteración
de la inmunidad celular local puede resultar de una señal
inmunoestimulante llevada a cabo por la cubierta. Este efecto pude
estar ligado a una región que tiene una actividad de superantígeno,
o a la región inmunosupresora que se haría inmunoestimulante tras
un polimorfismo o un efecto de la dosis (sobreexpresión).
\newpage
La verificación de estas implicaciones y la
comprensión de las consecuencias ligadas a una alteración de las
funciones biológicas de las LTR endógenas o de la cubierta
retrovírica pueden conducir al establecimiento de métodos de
diagnóstico o de monitorización:
- -
- de estados de embarazo patológico o de embarazo fallido,
- -
- de enfermedades autoinmunitarias tales como esclerosis múltiple o artritis reumatoide.
Según la presente invención, se ha descubierto,
en el estado endógeno, un nuevo material nucleico, expuesto
explícitamente y descrito más abajo, que tiene la organización de un
retrovirus, y que es capaz de ser correlacionado con una esclerosis
en placas.
El material nucleico según la presente
invención, en forma de ARNm, representa alrededor de 8 Kb; está
representado en la Figura 1, y se describe mediante SEC ID nº: 11, y
está representado en la Figura 2 en forma de ADN genómico.
La expresión "de tipo retrovírico"
significa la característica según la cual el material nucleico
considerado comprende una o más secuencias nucleotídicas
relacionadas con la organización de un retrovirus, y/o con sus
secuencias funcionales o codificantes.
Este material nucleico de referencia está
relacionado con un retrovirus endógeno humano, denominado mediante
HERV-W. En consecuencia, se puede obtener mediante
cualquier técnica apropiada para identificar sistemáticamente
cualquier librería de ADN humano, o de ADNc de la placenta, como se
muestra más abajo, en particular con cebadores nucleicos o sondas
sintetizadas para hibridarse con toda o parte de SEC ID nº: 11.
La presente invención también se refiere a
cualquier producto nucleico o peptídico, obtenido o derivado del
material nucleico de referencia, según SEC ID nº: 11.
Finalmente, la invención se refiere a las
distintas correlaciones que se pueden realizar entre el material
nucleico antes citado, y/o sus productos derivados, con la
esclerosis en placa.
La presente invención se refiere, en primer
lugar, a un material nucleico del tipo genómico retrovírico, en
estado aislado o purificado, por lo menos parcialmente funcional o
no funcional.
Este material está caracterizado porque su
genoma comprende una secuencia nucleotídica de referencia
seleccionada de entre el grupo que incluye las secuencias SEC ID
nº: 1 a 15, y sus secuencias complementarias.
En particular, este material comprende un
fragmento nucleico insertado entre dos secuencias que corresponden
respectivamente a la región de LTR y al gen gag de la estructura
genómica retrovírica, especialmente un fragmento nucleico
constituido por o que comprende la secuencia SEC ID nº: 12.
La invención se refiere asimismo a un material
nucleico de tipo retrovírico sub-genómico,
constituido de una secuencia nucleotídica idéntica a SEC ID nº: 11,
con una supresión tal como se ejemplifica mediante los clones
cl.PH74 (SEC ID nº: 7), cl.PH7 (SEC ID nº: 8) y cl.Pi5T (SEC ID nº:
9), resultando o no está supresión de una estrategia de corte y
empalme.
El material nucleico definido anteriormente
comprende por lo menos una secuencia nucleotídica funcional que
codifica por lo menos una proteína retrovírica, y/o por lo menos una
secuencia nucleotídica reguladora. La invención se refiere también
a cualquier sonda nucleica de detección de un material nucleico de
la invención, insertado o no en un ácido nucleico, caracterizada
porque se selecciona de entre SEC ID nº 16-18 y
21-28.
Dicha sonda puede comprender o no un
marcador.
La invención se refiere también a un cebador
nucleico para la amplificación mediante polimerización de un
material nucleico de la invención, caracterizado porque se
selecciona de entre SEC ID nº 16-18 y
21-28.
La invención se refiere también a cualquier
péptido codificado mediante cualquier marco de lectura abierta que
pertenece a un fragmento nucleotídico, tal como se define
anteriormente, especialmente polipéptido, por ejemplo oligopéptido
que forma un determinante antigénico reconocido mediante sueros de
pacientes que padecen de la esclerosis en placas.
A título de ejemplo, este polipéptido está
codificado por un fragmento nucleotídico que comprende un marco de
lectura abierta que codifica una o más proteínas Env
retrovíricas.
Finalmente, la invención se refiere a:
- -
- el uso de un material nucleico, o de un fragmento nucleotídico, o de un péptido definido anteriormente, según se define previamente, como marcador molecular para la esclerosis en placas;
- -
- el uso de un material nucleico, o de un fragmento nucleotídico, como se define anteriormente, como marcador cromosómico para determinar la susceptibilidad a la esclerosis en placas;
- -
- el uso de un material nucleico, o de un fragmento nucleotídico, como se define anteriormente, como marcador de proximidad para un gen, para determinar la susceptibilidad a la esclerosis en placas.
Antes de detallar la invención, se definen a
continuación diversos términos usados en la descripción y en las
reivindicaciones:
- -
- se entiende mediante "virus humano" un virus capaz de infectar o de ser hospedado por un ser humano,
- -
- teniendo en cuenta todas las variaciones naturales o inducidas y/o recombinaciones que se pueden encontrar en la implementación práctica de la presente invención, los sujetos de la misma, definidos anteriormente y en las reivindicaciones, se han expresado comprendiendo los equivalentes o derivados de los diferentes materiales definidos más abajo, en particular las secuencias nucleotídicas o peptídicas homólogas,
- -
- la variante de un virus o de un agente patógeno y/o infeccioso según la invención comprende por lo menos un antígeno reconocido por por lo menos un anticuerpo dirigido contra por lo menos un antígeno correspondiente de dicho virus y/o de dicho agente patógeno y/o infeccioso, y/o un genoma del cual se detecta cualquier parte mediante por lo menos una sonda de hibridación, y/o por lo menos un cebador de amplificación nucleotídico específico para dicho virus y/o agente patógeno y/o infeccioso, en particular un genoma que pertenece a la familia HERV-W, bajo determinadas condiciones de hibridación bien conocidas por la persona experta en la técnica,
- -
- según la invención, un fragmento nucleotídico o un oligonucleótido o un polinucleótido es un tramo de monómeros, o un biopolímero, caracterizado por la secuencia, informacional o de no, de los ácidos nucleicos naturales, capaz de hibridarse con cualquier otro fragmento nucleotídico bajo condiciones predeterminadas, siendo posible que el tramo contenga monómeros de diferentes estructuras químicas, y que se obtenga de una molécula de ácidos nucleicos naturales y/o mediante recombinación genética y/o mediante síntesis química; un fragmento nucleotídico puede ser idéntico a un fragmento genómico de un elemento de la familia HERV-W considerado por la presente invención, en particular un gen para este último, por ejemplo pol o env en el caso de dicho elemento;
- -
- de este modo, un monómero puede ser un nucleotídico natural de un ácido nucleico, cuyos elementos constituyentes son un azúcar, un grupo fosfato y una base nitrogenada; en ARN, el azúcar es ribosa, en ADN, el azúcar es 2-desoxirribosa; dependiendo de si se trata de ADN o ARN, la base nitrogenada se selecciona de entre adenina, guanina, uracilo, citosina, timina; o el nucleotídico se puede modificar en por lo menos uno de los tres elementos constituyentes; a título de ejemplo, la modificación puede tener lugar a nivel de las bases, generando bases modificadas tales como inosina, 5-metil-desoxicitidina, desoxiuridina, 5-(dimetilamino)desoxiuridina, 2,6-diaminopurina, 5-bromodesoxiuridina, y cualquier otra base modificada que promueva la hibridación; a nivel del azúcar, la modificación puede consistir en la sustitución de por lo menos una desoxirribosa por una poliamida; y a nivel del grupo fosfato, la modificación puede consistir en la sustitución con ésteres, en particular seleccionados de entre difosfato, alquil- y arilfosfonato y ésteres de fosforotioato,
- -
- "funcional" se entiende la característica según la cual una secuencia nucleotídica, un material nucleico o un fragmento nucleotídico comprende una "secuencia informacional",
- -
- "secuencia informacional" se entiende cualquier secuencia ordenada de monómeros cuya naturaleza química, y el orden en la dirección de referencia, constituyen de cualquier modo una información funcional de la misma calidad que aquella de los ácidos nucleicos naturales, por ejemplo un marco de lectura que codifica una proteína, una secuencia reguladora, un sitio de corte y empalme o un sitio de recombinación,
- -
- hibridación se entiende el proceso durante el cual, en condiciones de operación apropiadas, en particular restrictivas, dos pares de fragmentos nucleotídicos, que tienen secuencias suficientemente complementarias, forman una estructura compleja, en particular doble o triple, preferiblemente en forma de una hélice,
- -
- una sonda comprende un fragmento nucleotídico sintetizado en particular mediante la vía química o de polimerización, u obtenido mediante digestión o escisión enzimática de un fragmento nucleotídico más largo, que comprende por lo menos seis monómeros, ventajosamente de 10 hasta 100 monómeros, preferiblemente de 10 a 30 monómeros, y que posee una especificidad de hibridación bajo determinadas condiciones; preferiblemente, una sonda que posee menos de 10 monómeros no se usa sola, sino que se usa en presencia de otras sondas igualmente cortas en tamaño o de otro modo; en ciertas condiciones específicas, puede ser útil usar sondas mayores que 100 monómeros; una sonda se puede usar en particular con fines de diagnóstico, e incluirá, por ejemplo, sondas de captura y/o de detección,
- -
- la sonda de captura se puede inmovilizar sobre un soporte sólido mediante cualquier medio apropiado, esto es, directa o indirectamente, por ejemplo mediante covalencia o mediante adsorción pasiva,
- -
- la sonda de detección se puede marcar por medio de un marcador seleccionado, en particular, a partir de isótopos radiactivos, enzimas, seleccionadas particularmente de entre peroxidasa y fosfatasa alcalina, y aquellas capaces de hidrolizar un sustrato cromógeno, fluorógeno o luminiscente, compuestos químicos cromóforos, compuestos cromógenos, fluorógenos o luminiscentes, análogos de bases nucleotídicas, y biotina,
- -
- las sondas usadas con fines de diagnóstico de la invención se pueden usar en todas las técnicas de hibridación conocidas por la persona experta en la técnica, y en particular las técnicas denominadas "TRANSFERENCIA DE PUNTO", "TRANSFERENCIA SOUTHERN", "TRANSFERENCIA NORTHERN", técnica la cual es idéntica a la "TRANSFERENCIA SOUTHERN" pero que usa ARN como diana, la técnica SÁNDWICH. Ventajosamente, en la presente invención, se usa la técnica SÁNDWICH, que comprende una sonda de captura específica y/o una sonda de detección específica, entendiéndose que la sonda de captura y la sonda de detección deben tener una secuencia nucleotídica que sea por lo menos parcialmente diferente,
- -
- cualquier sonda según la presente invención se puede hibridar in vivo o in vitro con ARN y/o con ADN, para bloquear los fenómenos de replicación, en particular producción y/o transcripción, y/o para degradar dicho ADN y/o ARN,
- -
- un cebador es una sonda que comprende por lo menos seis monómeros, y ventajosamente de 10 a 30 monómeros, que posee una especificidad de hibridación bajo determinadas condiciones, para la iniciación de una polimerización enzimática, por ejemplo en una técnica de amplificación tal como PCR (reacción en cadena de polimerasa), en un método de extensión tal como la secuenciación, en un método de transcripción inversa, y similar,
- -
- se dice que dos secuencias nucleotídicas o peptídicas son equivalentes o derivan una de la otra, o con relación a una secuencia de referencia, si funcionalmente los biopolímeros correspondientes pueden desempeñar sustancialmente el mismo papel, sin ser idénticos, en relación con la aplicación o uso considerados, o en la técnica en la que se usan; son especialmente equivalentes dos secuencias obtenidas debido a la variabilidad natural dentro del mismo individuo, o la diversidad natural de un individuo a otro dentro de la misma especie, en particular mutaciones espontáneas de la especie a partir de la que se identifican, o mutaciones inducidas, así como dos secuencias homólogas, definiéndose la homología más abajo,
- -
- "variabilidad" se entiende cualquier modificación, espontánea o inducida, de una secuencia, en particular mediante sustitución, y/o inserción, y/o supresión de nucleótidos y/o de fragmentos nucleotídicos, y/o la extensión y/o el acortamiento de la secuencia en por lo menos uno de los extremos; una variabilidad no natural puede resultar de técnicas de ingeniería genética usadas, por ejemplo a partir de la elección de los cebadores sintéticos, degenerados o de otro modo, seleccionados para amplificar un ácido nucleico; esta variabilidad puede dar como resultado modificaciones de cualquier secuencia de partida, considerada como referencia, y que se puede expresar mediante un grado de homología con relación a dicha secuencia de referencia,
- -
- La homología caracteriza el grado de identidad de dos fragmentos nucleotídicos o peptídicos comparados; se mide mediante el porcentaje de identidad que se determina especialmente mediante comparación directa de secuencias nucleotídicas o peptídicas, con relación a secuencias nucleotídicas o peptídicas de referencia,
- -
- este porcentaje de identidad se determinó específicamente para los fragmentos nucleotídicos, en particular clones dentro de la presente invención, y se obtuvo del mismo individuo; a título de ejemplo no limitante, el porcentaje de identidad más bajo observado entre los diferentes clones procedentes del mismo individuo (véanse las SEC ID nº: 13 y 14) es por lo menos 90%, y el porcentaje de identidad más bajo observado entre los diferentes clones de dos individuos es por lo menos 80%,
- -
- cualquier fragmento nucleotídico se afirma que es equivalente o deriva de un fragmento de referencia si muestra una secuencia nucleotídica equivalente a la secuencia del fragmento de referencia; según la definición anterior, son particularmente equivalentes al fragmento nucleotídico de referencia:
- (a)
- cualquier fragmento capaz de hibridarse por lo menos parcialmente con el complemento del fragmento de referencia,
- (b)
- cualquier fragmento cuyo alineamiento con el fragmento de referencia conduce a bases contiguas idénticas que se identifican en un número más elevado que con cualquier otro fragmento obtenido de otro grupo taxonómico,
- (c)
- cualquier fragmento que resulte o capaz de resultar de la variabilidad natural dentro de un mismo individuo, y procedente de la diversidad natural de un individuo a otro dentro de la misma especie, de la que se obtiene,
\newpage
- (d)
- cualquier fragmento capaz de resultar de técnicas de ingeniería genética aplicadas al fragmento de referencia,
- (e)
- cualquier fragmento que contiene por lo menos ocho nucleótidos contiguos, que codifica un péptido homólogo o idéntico al péptido codificado por el fragmento de referencia,
- (f)
- cualquier fragmento diferente del fragmento de referencia mediante inserción, supresión, sustitución de por lo menos un monómero, extensión, o acortamiento de por lo menos uno de sus extremos; por ejemplo, cualquier fragmento que corresponde al fragmento de referencia, flanqueado en por lo menos uno de sus extremos por una secuencia nucleotídica que no codifica un polipéptido,
- -
- secuencia nucleotídica parcial o completa de un material nucleico de referencia también se entiende como cualquier secuencia asociada mediante coencapsidación, o mediante coexpresión, o recombinada con dicho material nucleico de referencia,
- -
- polipéptido quiere decir, en particular, cualquier péptido de por lo menos dos aminoácidos, en particular un oligopéptido o una proteína, extraído, separado o sustancialmente aislado o sintetizado, mediante la intervención de las manos humanas, en particular aquellos obtenidos mediante síntesis química, o mediante expresión en un organismo recombinante,
- -
- polipéptido parcialmente codificado mediante un fragmento nucleotídico significa un polipéptido que tiene por lo menos tres aminoácidos codificados por por lo menos nueve monómeros contiguos contenidos en dicho fragmento nucleotídico,
- -
- un aminoácido se dice que es análogo a otro aminoácido cuando sus características fisicoquímicas respectivas, tales como polaridad, hidrofobia y/o basicidad, y/o acidez, y/o neutralidad, son sustancialmente las mismas; de este modo, una leucina es análoga a una isoleucina,
- -
- cualquier polipéptido se dice que es equivalente o deriva de un polipéptido de referencia si los polipéptidos comparados tienen sustancialmente las mismas propiedades, y en particular las mismas propiedades antigénicas, inmunológicas, enzimológicas y/o de reconocimiento molecular; particularmente equivalente a un polipéptido de referencia es:
- (a)
- cualquier polipéptido que posee una secuencia en la que por lo menos se ha sustituido un aminoácido por un aminoácido análogo;
- (b)
- cualquier polipéptido que tenga una secuencia peptídica equivalente obtenida mediante variación natural o inducida de dicho polipéptido de referencia, y/o del fragmento nucleotídico que codifica dicho polipéptido,
- (c)
- un mimótopo de dicho polipéptido de referencia,
- (d)
- cualquier polipéptido en cuya secuencia se sustituye uno o más aminoácidos de la serie L por un aminoácido de la serie D, y viceversa,
- (e)
- cualquier polipéptido en cuya secuencia se ha introducido una modificación de las cadenas laterales de los aminoácidos, tal como, por ejemplo, una acetilación de las funciones amina, una carboxilación de las funciones tiol, una esterificación de las funciones carboxilo,
- (f)
- cualquier polipéptido en cuya secuencia se han modificado uno o más enlaces peptídicos, tal como, por ejemplo, los enlaces carba, retro, inverso, retroinverso, reducido y metilenoxi,
- (g)
- cualquier polipéptido de los cuales se reconoce por lo menos un antígeno mediante un anticuerpo dirigido contra un polipéptido de referencia,
- -
- el porcentaje de identidad que caracteriza la homología entre dos fragmentos peptídicos comparados es, según la presente invención, por lo menos 80% y preferiblemente por lo menos 90%.
Las expresiones que se refieren al orden que se
usan en la presente descripción y en las reivindicaciones, tales
como "primera secuencia nucleotídica", no se seleccionan para
expresar ningún orden particular, sino para definir la invención más
claramente.
Mediante detección de una sustancia o agente se
entiende en lo sucesivo tanto una identificación como una
cuantificación, o una separación o aislamiento de dicha sustancia o
de dicho agente.
La invención se comprenderá más claramente al
leer la descripción detallada siguiente, con referencia a las
Figuras adjuntas, en las que:
- la Figura 1 representa, por un
lado, la organización del material retrovírico endógeno descubierto
según la presente invención, en forma de un ARNm genómico putativo,
y, por otro lado, la localización de los clones usados según la
presente invención, con relación a esta organización; las escalas
para la longitud se expresan en Kb; las regiones de flanqueo (5'
UTR y 3' UTR) se indican en cajas ralladas; las regiones repetidas
en estas dos regiones de flanqueo se indican mediante flechas
negras; las regiones que corresponden a los genes gag, pol, y env
se indican en negro, blanco y gris, respectivamente; se indica la
posición de la sonda Ppol-MSRV;
- la Figura 2 representa una
posibilidad de organización genética (ADN), ilustrada mediante el
clon RG083M05, y una estrategia de corte y empalme que une a esta
secuencia, los clones experimentales (ARNm); esta figura también
muestra los sitios de corte y empalme observados con referencia a la
organización retrovírica; se indican adicionalmente en esta
figura:
- la localización de las sondas usadas (Pgag-LB19, Ppro-E, Ppol-MSRV y Penv-C15);
- los sitios dadores de corte y empalme (DS1 y DS2), y los sitios aceptores (AS1 a AS3);
- las secuencias obtenidas a partir del clon RG083M05, en las cajas en minúsculas, y las secuencias derivadas de clones de la placenta experimentales (ARNm), en las cajas en mayúsculas;
- los ORF putativos (ORF1, ORF2 y ORF3); y
- un inserto de 2 Kb presente en forma de ADN pero no detectado en forma de ARN, representado en forma de rayas verticales.
Las otras convenciones usadas en esta figura son
las mismas que las de la Figura 1.
- La Figura 3 da una
representación de clones genómicos (ADN) que corresponden a los
clones de ADNc aislados; se indican en esta figura:
- el porcentaje de similitud con respecto al ARN genómico reconstruido (ARN Recons);
- la presencia de secuencias repetidas en cada extremo de estos genomas (repeticiones); y
- la presencia y el tamaño de los marcos de lectura abierta (los ORF).
- La Figura 4 representa un
análisis filogenético que identifica la familia
HERV-W.
- La Figura 5 representa el
alineamiento de las regiones de flanqueo de 5' y 3' del clon
RG083M05 con las regiones 5' y/o 3' terminales de algunos clones de
la placenta; el tándem de CAAC, que flanquea las 3' y 5' LTR, se
subraya doblemente bajo las secuencias de ADN, la secuencia de LTR
de consenso, de 783 pb (pares de bases), se indica bajo el
alineamiento; se indican el PPT en dirección 5' del extremo 5' de la
LTR, y el PBS en dirección 3' del extremo 3' de LTR; se indican las
regiones U3R y U5; los sitios que corresponden a la unión del
factor de transcripción se subrayan y se numeran desde 1 hasta 6; la
región 73 a 284 corresponde a la secuencia evaluada en el "ensayo
de CAT"; * corresponde a sitios putativos para el "capado";
[poliA] indica la señal de poliadenilación.
- La Figura 6 representa una
secuencia putativa de un polipéptido de cubierta de
HERV-W (ORF1) obtenido a partir de 3 clones de ADNc
de la placenta diferentes; el péptido líder (L), la proteína de
superficie (SU) y la proteína transmembránica (TM) se indican
mediante flechas; el péptido de fusión hidrófobo y la región
carboxi transmembránica se subrayan mediante una sola línea y una
línea doble, respectivamente; la región de inmunosupresión se
indica en cursiva; los sitios de glicosilación potenciales se
indican mediante puntos; los aminoácidos divergentes se indican en
la línea inferior; la Figura 6 también presenta los marcos de
lectura abierta que corresponden a ORF2 y ORF3 como se describen en
la Figura 2, y más particularmente sus homologías con los genes
reguladores retrovíricos.
El material nucleico previamente presentado
explícitamente se descubrió y caracterizó al final del protocolo
experimental descrito posteriormente, entendiéndose que este
protocolo no puede limitar el alcance de la presente invención ni
de las reivindicaciones adjuntas.
Las informaciones que se refieren a la
organización de HERV-W se obtuvieron ensayando una
librería de ADNc de la placenta (Clontech cat# HL5014a) con las
sondas Ppol-MSRV (SEC ID nº: 29) y
Penv-C15 (SEC ID nº: 31) (véase Ejemplo 8), y
llevando a cabo entonces una técnica de "paseo génico" con la
ayuda de las nuevas secuencias obtenidas. Los experimentos se
llevaron a cabo con referencia a las recomendaciones del proveedor
de la genoteca. También se explotaron las amplificaciones mediante
PCR en ADN, a fin de comprender esta organización.
\newpage
Se seleccionaron y secuenciaron un número de
clones, véase la Figura 1:
- -
- clon Cl.6A2 (SEC ID nº: 1): región 5' no producida de HERV-W y parte de gag
- -
- clon Cl.6A1 (SEC ID nº: 2): gag y parte de pol
- -
- clon cl.7A16 (SEC ID nº: 3): región 3' de pol
- -
- clon cl.Pi22 (SEC ID nº: 4): región 3' de pol, y comienzo de env
- -
- clon cl.24.4 (SEC ID nº: 5): ARN cortado y empalmado, que comprende parte de la región 5' no traducida de HERV-W, el final de pol, y la región 5' de env
- -
- clon cl.C4C5 (SEC ID nº: 6): final de env, y región 3' no traducida de HERV-W
- -
- clon cl.PH74 (SEC ID nº: 7): ARN subgenómico: región 5' no traducida de HERV-W, final de pol, env, y región 3' no traducida de HERV-W
- -
- clon cl.PH7 (SEC ID nº: 8) ARN cortado y empalmado múltiples veces: región 5' no traducida de HERV-W, final de env, y región 3' no traducida de HERV-W
- -
- clon cl.Pi5T (SEC ID nº: 9): gen pol parcial, y región U3-R
- -
- clon cl.44.4 (SEC ID nº: 10): región R-U5, gen gag y gen pol parcial.
Con la ayuda de estos clones, llevando a cabo
alineamientos de secuencias, se produjo un modelo de secuencia
completa de HERV-W. Los ARN cortados y empalmados se
identificaron, así como los sitios dadores y aceptores de corte y
empalme potenciales. En la Figura 2 se muestra el conjunto de
información. A través de un estudio de similitud con retrovirus
existentes, se definieron las entidades LTR, gag, pol y env.
La organización genética putativa de
HERV-W en forma de ARN es la siguiente (SEC ID nº:
11):
gen 1..7582
\vskip1.000000\baselineskip
Localización de los clones en la secuencia de
ARN genómico reconstruida
cl.6A2 (1321 pb) 1-1325;
cl.PH74 (535+2229 = 2764 pb)
72-606 y 5353-7582;
cl.24,4 (491+1457 = 1948 pb);
115-606 y 5353-6810;
cl.44,4 (2372 pb) 115-2496;
cl.PH7 (369+297 = 666 pb)
237-606 y 7017-7313;
cl.6A1 (2938 pb) 586-3559.;
cl.Pi5T (2785+566 = 3351 pb)
2747-5557 y 7017-7582;
cl.7A16 (1422 pb) 2908-4337;
cl.Pi22 (317+1689 = 2006 pb)
3957-4273 y 4476-6168;
cl.C4C5 (1116 pb) 6467-7582
\vskip1.000000\baselineskip
- 5'LTR
- 1..120
- \quad
- /nota = ``R de 5'LTR (extremo 5' incierto)''
- \quad
- 121..575
- \quad
- /nota = ``U5 de 5'LTR''
\newpage
- diverso
- 579..596
- \quad
- /nota = ``PBS (sitio de unión a cebador) para ARNt-W''
- diverso
- 606
- \quad
- /nota = ``unión de corte y empalme (sitio donante de corte y empalme ATCCAAAGTG-GTGAGTAATA y sitio aceptor de corte y empalme CTTTTTTCAG-ATGGGAAACG clon RG083MO5, GenBank acceso AC000064)''
- diverso
- 5353
- \quad
- /nota = ``sitio aceptor de corte y empalme para ORF1 (env)''
- diverso
- 5560
- \quad
- /nota = ``sitio donante de corte y empalme''
- ORF
- 5581..7194
- \quad
- /nota = ``ORF1 env 538 AA''
- \quad
- /producto- = ``cubierta''
- diverso
- 7017
- \quad
- /nota = ``sitio aceptor de corte y empalme para ORF2 y ORF3''
- ORF
- 7039..7194
- \quad
- /nota = ``ORF2 52 AA''
- ORF
- 7112..7255
- \quad
- /nota = ``ORF3 48 AA''
- diverso
- 7244..7254
- \quad
- /nota = ``PPT (tracto de polipurina)''
- 3'LTR
- 7256..7582
- \quad
- /nota- = ``U3-R de 3' LTR (unión U3-R indeterminada)''
- diverso
- 7563..7569
- \quad
- señal de poliadenilación.
\vskip1.000000\baselineskip
Una interrogación "blastn" de varias bases
de datos, con la ayuda del genoma reconstruido, muestra que existe
una gran cantidad de secuencias relacionadas en el genoma humano. Se
identificaron alrededor de 400 secuencias en GenBank, y más de 200
secuencias en la librería de EST, y la mayoría como antisentido. Las
4 secuencias más significativas en tamaño y en similitud,
ilustradas en la Figura 3, son los siguientes clones genómicos
(ADN):
- el clon humano RG083M05 (gb AC000064), cuya localización cromosómica es 7q21-7q22,
- el clon humano BAC378 (gb U85196, gb AE000660), que corresponde al locus alfa delta del receptor de células T, localizado en 14q11-12,
- el cósmido humano Q11M15 (gb AF045450), que corresponde a la región 21q22.3 del cromosoma 21,
- el cósmido U134E6 (embl Z83850) en el cromosoma Xq22.
Se indica la localización de las regiones
alineadas para cada uno de los clones, y se indica entre corchetes
cuadrados la afiliación a un cromosoma. Se indica el porcentaje de
similitud (sin supresiones amplias) entre las 4 secuencias y el ARN
genómico reconstruido, así como la presencia de secuencias de
repetición en cada extremo del genoma, y el tamaño de los marcos de
lectura (ORF) más grandes. Las secuencias de repetición se
encuentran en los extremos de tres de estos clones. La secuencia
reconstruida está contenida íntegramente dentro del clon RG083M05
(9,6 Kb), y muestra un 96% de similitud. Sin embargo, el clon
RG083M05 muestra un inserto de 2 Kb situado inmediatamente en
dirección 3' de la región 5' no traducida (5' UTR). Este inserto
también se encuentra en otros dos clones genómicos que muestran una
supresión de 2,3 Kb inmediatamente en dirección 5' de la región 3'
no traducida (3' UTR). Ningún clon contiene los tres marcos de
lectura funcionales (ORF) gag, pol y env. El clon RG083M05 muestra
un ORF de 538 aminoácidos (AA), correspondiente a una cubierta
completa. El cósmido Q11M15 contiene dos ORF contiguos grandes de
413 AA (marco 0) y 305 AA (marco +1), que corresponde a una
poliproteína pol
truncada.
truncada.
Se llevó a cabo un análisis filogenético a nivel
de los ácidos nucleicos en 11 subrregiones diferentes del ARN
genómico reconstruido, y a nivel proteínico en 2 subrregiones
diferentes de env. Todos los árboles obtenidos muestran la misma
topología independientemente de la región estudiada. Esto se ilustra
en la Figura 4 a nivel de los ácidos nucleicos en la LTR más
conservada y las regiones pol entre las secuencias obtenidas en
ERV-9 y RTLV-H. Los árboles
muestran claramente que las secuencias experimentales describen una
nueva familia diferente de ERV-9 y muy diferente de
RTLV-H como se subraya mediante el análisis de
"bootstrap". Estas secuencias se encuentran en varios
cromosomas, en particular en los cromosomas 5, 7, 14, 16, 21, 22 y
X, con una concentración aparente elevada de LTR en el cromosoma
X.
La comparación a nivel proteínico entre las
regiones más conservadas de las proteínas env retrovíricas muestra
que la familia de HERV-W está más próxima a los
retrovirus de simios de tipo D y a los retrovirus de la
reticuloendoteliosis aviar que a los retrovirus de mamíferos de tipo
C.
Esto sugiere una estructura genómica quimérica
C/D.
La secuencia reconstruida (ARN) está
íntegramente contenida dentro del clon genómico RG083M05 (9,6 Kb), y
muestra un 96% de similitud con dos regiones discontinuas de este
clon, que también contiene regiones de repetición en cada extremo.
El alineamiento de las secuencias experimentales que corresponden a
las regiones 5' y 3' del ARN genómico reconstruido con el ADN del
clon RG083M05
[5'(5-RG-28000-28872)
y
3'(3-RG-37500-38314)]
hizo posible deducir una secuencia de LTR, e identificar elementos
característicos de los retrovirus, en particular aquellos
implicados en la transcripción inversa, a saber, PBS en dirección 3'
de la 5' LTR, y el PPT en dirección 5' de la 3' LTR (véase la Figura
5). Se observó que el elemento U3 es extremadamente corto en
comparación con el observado en los retrovirus de tipo C de
mamíferos, y tiene un tamaño comparable a la región U3 descrita
generalmente en los retrovirus de tipo D y en los retrovirus
aviares. La región que corresponde a las bases 2364 a 2720 del clon
cl.PH74 (SEC ID nº: 7) se amplificó mediante PCR, y se subclonó en
el vector pCAT3 (Promega) a fin de llevar a cabo la evaluación de
la actividad promotora. Se encontró una actividad significativa en
células HeLa mediante el método del denominado "ensayo de CAT",
que muestra la funcionalidad de la secuencia promotora de la
LTR.
La región de PBS es homóloga al PBS de los
retrovirus aviares.
Se llevaron a cabo amplificaciones mediante PCR
en clones de HERV-W completos recuperados de una
librería genómica humana (véase el Ejemplo 1 para el modo de
obtención), usando los siguientes pares oligonucleotídicos:
- U5 4992 (SEC ID nº: 16), GAG 4619 (SEC ID nº: 17)
- GAG 4782 (SEC ID nº: 18), POL 3167 (SEC ID nº: 19)
- POL 3390 (SEC ID nº: 20), POL 5144 (SEC ID nº: 21)
- POL 5145 (SEC ID nº: 22), U5 4991 (SEC ID nº: 23)
\newpage
Las PCR se llevaron a cabo en las siguientes
condiciones:
- Oligonucleótidos a la concentración de 0,33 micromolar
- Tampón de TAQ polimerasa de Boerhinger 1X
- 0,5 unidades de TAQ polimerasa de Boerhinger
- Mezcla de dNTP a 0,25 mM cada una
- 0,5 mg de ADN humano
- Volumen final 100 ml
- Condiciones de la PCR (95ºC, 5 min.) x 1, (95ºC, 30 s + 54ºC, 30 s + 72ºC 3 min.) x 35
Los productos de la PCR se depositaron entonces
sobre gel de agarosa al 1%, para ser analizados tras la migración.
El conjunto de las PCR da fragmentos de amplificación del tamaño
esperado, excepto para la PCR de
LTR-4991-gag-4619,
que da un fragmento de tamaño mayor, de alrededor de 2 Kb con
relación al tamaño esperado (deducido a partir de los ADNc de la
librería de la placenta). La reconstrucción de
HERV-W en forma de ADN endógeno representa por lo
tanto una entidad de alrededor de 10 Kb.
Después de clonar, secuenciar y analizar el
PCR-4992 gag-4619, se observó la
presencia de una región de inserción entre LTR y gag de SEC ID nº:
12 (clon cl.6A5). Esta región no corresponde a una región
tradicional no traducida de un retrovirus: ninguna región \Psi ni
PBS.
Los productos de PCR pol-3390 y
pol-5144 también se clonaron, y se secuenciaron dos
de los clones obtenidos. El resultado de estas secuencias está dado
por los clones cl.7A20 (SEC ID nº: 13) y cl.7A21 (SEC ID nº: 14).
La comparación de estas dos secuencias nucleotídicas da una
puntuación de 90% de homología para la región pertinente, mostrando
de este modo la variabilidad de HERV-W en el mismo
individuo.
En la Figura 2 se propone HERV-W
en forma de ADN.
Habiéndose obtenido los diversos clones de ADNc,
y habiéndose adquirido los resultados en PCR sobre ADN, se
deduce:
- -
- una organización de ADN de 10 Kb que posee una secuencia de inserción de 2 Kb entre LTR y gag.
El resultado de PCR sobre ADN, que muestra la
presencia de un inserto de 2 Kb entre las regiones de LTR y gag,
sugiere que los ADNc aislados de la placenta se obtienen a partir de
la expresión de un genoma de tipo RG083M05.
- -
- Una organización de ARN de 8 Kb que resulta de una transcripción de 10 Kb seguida de un corte y empalme entre LTR y gag, haciendo posible restaurar un 5' gag de RF (región de flanqueo) de continuidad, y dando de este modo un ARN de 8 Kb según se identifica en transferencia Northern.
Las sondas gag (Pgag-LB19, SEC
ID nº: 30) y proteasa (Ppro-E, SEC ID nº: 32)
revelan un ARN que tiene un tamaño próximo a 8 Kb, la sonda
Penv-C15 (SEC ID nº: 31) revela, además, un ARN
próximo a 3,1 Kb. Dos sondas definidas en la región 5' no
traducida, obtenidas identificando la librería de ADNc dada
anteriormente (sonda P5'-gag-cl.6A2
derivada del clon cl.6A2 y sonda
P5'-env-cl.24.4 derivada del clon
cl.24.4), revelan los dos ARN anteriores y un ARN de alrededor de
1,3 Kb. Esta distribución de los ARN es típica de transcritos
retrovíricos complejos: un ARN genómico que codifica
gag-pro-pol, un ARN subgenómico que
codifica la cubierta, y uno o más ARN múltiplemente cortados y
empalmados, que codifican potencialmente genes reguladores.
La semivida de tal ARN
(LTR-R-U5-Inserción-GAG-POL-ENV-U3-R-HERV-W)
es probablemente muy corta, debido a que no se detectó ningún ARN
de 10 Kb en la transferencia Northern. Analizando y comparando
secuencias, los sitios dadores de corte y empalme (DS1 y DS2)
potenciales, y los sitios aceptores (AS1 a AS3) se definieron y se
describieron en la Figura 2.
Se estudiaron diversos tejidos humanos sanos
mediante la técnica de transferencia Northern (Human Multiple
Tissue Northern Blot, Clontech cat# 7760-1), con la
ayuda de las sondas Ppol-MSRV (SEC ID nº: 29),
Pgag-LB19 (SEC ID nº: 30), Penv-C15
(SEC ID nº: 31), Ppro-E (SEC ID nº: 32),
P5'-gag-cl.6A2 y
P5'-env-cl.24.4, marcadas como se
describe en el Ejemplo 1. Los experimentos se llevaron a cabo
siguiendo las recomendaciones de los fabricantes, y las
autorradiografías se expusieron durante 5 días. El análisis de los
resultados revela productos de transcripción sólo en la placenta, y
en ninguno de los otros tejidos humanos estudiados (corazón,
cerebro, pulmones, hígado, músculo esquelético, riñón y
páncreas).
Usando una técnica de transferencia de punto
para ARN (Clontech: Human RNA Master Blot Cat#
7770-1), y usando el protocolo experimental
recomendado por el fabricante, se estudiaron alrededor de cuarenta
tejidos diferentes, incluyendo tejidos fetales: sólo la placenta da
una respuesta específica tras la hibridación con las sondas
Pgag-LB19 (SEC ID nº: 30) y Penv-C15
(SEC ID nº: 31).
Se observa una señal en el riñón en la
transferencia de punto de ARN, que se invalida por el análisis de
transferencia Northern.
La identificación de una librería de ADNc de la
placenta, con la ayuda de una sonda definida en la región 5' no
traducida, hizo posible aislar un ADNc definido mediante una región
5' no traducida (5' NTR), una unión de corte y empalme, una
secuencia codificante, una región 3' no traducida (3' NTR) y una
cola poliadenilada, Cl.PH74)(SEC ID nº: 7). Este clon corresponde a
un ARN cortado y empalmado, que codifica una cubierta. Comparando
las secuencias entre este ADNc y el modelo de HERV-W
endógeno propuesto según la Figura 2, se identificó una unión de
corte y empalme en el ARNm, una unión de corte y empalme que se
coloca a continuación de la región 5' NTR y el gen env, conduciendo
a la producción de un ARN subgenómico cortado y empalmado, que
codifica el gen de cubierta. Esta información hizo posible definir
un oligonucleótido específico para este ARNm eligiendo una
localización situada en el sitio de corte y empalme (oligo 5307,
según SEC ID nº: 24).
La identificación de esta región de unión hace
posible establecer un método de discriminación entre ARN y ADN
retrovíricos endógenos, usando, en una PCR, un oligonucleótido
definido en esta región de unión, en particular un oligonucleótido
seleccionado del gen env (oligo 4986, según SEC ID nº: 25).
Las PCR se llevaron a cabo en las siguientes
condiciones:
- Oligonucleótidos a la concentración de 0,33 micromolar
- Tampón de TAQ polimerasa de Boerhinger 1X
- 0,5 unidades de TAQ polimerasa de Boerhinger
- Mezcla de dNTP a 0,25 mM cada una
- 0,5 mg de ADN humano
- Volumen final 100 ml
De 10 ADN diferentes estudiados, este tipo de
PCR no permitió obtener productos de amplificación. Por otro lado,
en ADNc derivados de ARN de la placenta, o de células que expresan
HERV-W, esta PCR da un producto de amplificación.
Este resultado confirma por lo tanto la naturaleza específicamente
de ARN de este fragmento subgenómico.
La estrategia de corte y empalme descrita en el
Ejemplo 5 es compatible con la presencia de tres marcos de lectura
ORF1 (SEC ID nº: 33), ORF2 (SEC ID nº: 34) y ORF3 (SEC ID nº: 35)
(véase la Figura 6).
La identificación de una librería de ADNc de la
placenta hizo posible aislar un ADNc (SEC ID nº: 7, cl.PH74)
definido mediante una región 5' no traducida (5' NTR), una unión de
corte y empalme, una secuencia codificante, una región 3' no
traducida (3' NTR) y una cola poliadenilada. La secuencia
codificante tiene 538 aminoácidos (SEC ID nº: 33). Los análisis
llevados a cabo sobre bancos de datos hacen posible identificar
características de una cubierta retrovírica completa: la iniciación
de la traducción de una poliproteína de cubierta, de un péptido
líder altamente hidrófobo de alrededor de 21 aminoácidos, de una
proteína de superficie SU, de una proteína transmembránica TM. Estas
dos entidades proteínicas muestran diferentes sitios de
glicosilación potenciales. Se identifica una región inmunosupresora
dentro de la proteína de TM.
Se encontraron respectivamente dos codones de
iniciación, de 22 pb y 95 pb en dirección 5' del sitio aceptor de
corte y empalme, que fueron capaces de dirigir la síntesis de 52 AA
(ORF2, SEC ID nº: 34) y de 48 AA (ORF3, SEC ID nº: 35). El ORF2
consiste en parte del extremo carboxi-terminal de
env, y ORF3 corresponde a una traducción diferente pero que se
solapa.
No se encontró ninguna homología significativa
mediante interrogación "blast". Sin embargo, una interrogación
LFASTA en un banco de datos limitado a los Retroviridae, ORF2 y ORF3
mostraron un porcentaje de identidad de 35% con, respectivamente Rex
del virus T linfotrópico humano y de primate, y con Tat del virus de
inmunodeficiencia del simio.
El número de copias presente en el genoma humano
de cada una de las secuencia se evalúa mediante una técnica de
transferencia de punto, con la ayuda de las sondas
Pgag-LB19 (SEC ID nº: 30), Ppro-E
(SEC ID nº: 32) y Penv-C15 (SEC ID nº: 31).
Cada una de las sondas se desnaturaliza y
deposita sobre una membrana Hybond N+, en una cantidad de 2,5, 5,
10, 25, 50, 100 pg por depósito. También se depositaron 0,5 mg de
ADN humano sobre la misma membrana. Las membranas se secan durante
2 horas a vacío, a 80ºC. Las membranas se hibridan entonces con la
sonda depositada. Las técnicas para marcar las sondas, para la
hibridación y para el lavado de las membranas son las mismas que
para la transferencia Southern. Después de la autorradiografía de
las membranas, se observan los niveles de intensidad de señal que
son proporcionales a los depósitos sobre la membrana. Después de
cortar las zonas de hibridación, se lleva a cabo un recuento por
centelleo. Mediante comparación entre la serie de diluciones para la
sonda depositada sobre la membrana y el resultado obtenido con el
ADN humano, es posible evaluar el número de copias por genoma
haploide de cada una de las regiones cubierta por las sondas:
- -
- el número de gag endógeno se evalúa de 56 a 112 copias (76)
- -
- el número de proteasa endógena se evalúa de 166 a 334 copias (260)
- -
- el número de env endógeno se evalúa a menos de 52 copias (13).
La identificación sistemática de 10^{6} clones
de una librería de ADN de placenta humana (Clontech cat# HI5014b)
hace posible contar 144 clones reconocidos por la sonda
Pgag-LB19, y 64 clones reconocidos por la sonda
Penv-C15. Se aislaron 13 clones hibridados
conjuntamente con las sondas Penv-C15 y
Pgag-LB19, confirmando la presencia de varias copias
de un genoma que posee tanto gag como env, sin consideración de
funcionalidad.
El material nucleico, las secuencias
nucleotídicas y los péptidos o proteínas que se pueden expresar
mediante dichos materiales y secuencias se pueden usar para
detectar, predecir, tratar y monitorizar esclerosis en placas.
De hecho, los datos objetivos y experimentales
hacen posible enlazar a los retrovirus y las enfermedades
autoinmunitarias y los retrovirus y los trastornos del embarazo:
- (1)
- se usan mecanismos habituales en las patologías retrovíricas y en enfermedades autoinmunitarias (presencia de anticuerpos, de complejos inmunitarios, infiltración celular de ciertos tejidos, trastornos neurológicos),
- (2)
- aparecen trastornos patológicos, comparables con ciertas enfermedades autoinmunitarias, durante infecciones con retrovirus de VIH y HTLV (síndrome de Sjögren, lupus eritematoso diseminado, artritis reumatoide y similares),
- (3)
- se detectó actividad de transcriptasa inversa, y se observaron partículas de tipo retrovírico en sobrenadantes de cultivos celulares de pacientes que sufren esclerosis múltiple (Perron et coll, Res. Virol. 1989; 140: 551-561/Lancet 1991; 337: 862-863/Res. Virol. 1992; 143: 337-350), o artritis reumatoide,
- (4)
- las patologías autoinmunitarias o inflamatorias crónicas de animales están ligadas a retrovirus endógenos; algunas de ellas se usan como modelos de animales de enfermedades humanas (diabetes dependiente de insulina, lupus eritematoso diseminado),
- (5)
- se han descrito niveles significativos de anticuerpos anti-retrovirus endógenos en el contexto de enfermedades autoinmunitarias, sistémicas o inflamatorias; se comunicaron otros datos de esta naturaleza por varios autores del IV Encuentro Europeo sobre los retrovirus endógenos (Uppsala, octubre 1996). Según Venables (comunicación del IV Encuentro Europeo sobre los retrovirus endógenos, Uppsala, octubre 1996), se encuentra un nivel significativamente elevado de anticuerpos anti-HERV-H' durante el embarazo, pero también en el contexto de diversos trastornos autoinmunitarios tales como síndrome de Sjögren, lupus eritematoso diseminado o artritis reumatoide, sin que se proporcione, sin embargo, hasta ahora, ninguna prueba de su implicación directa.
La implicación de los retrovirus en el fenómeno
autoinmunitario sigue siendo compatible con el carácter
multifactorial de las enfermedades autoinmunitarias, sistémicas o
inflamatorias que confrontan factores genéticos, hormonales,
medioambientales e infecciosos.
Las partículas observadas en los sobrenadantes
de cultivos celulares procedentes de pacientes que sufren esclerosis
múltiple (Perron et coll, Res. Virol. 1989; 140:
551-561/Lancet 1991; 337:
862-863/Res. Virol. 1992; 143:
337-350) o artritis reumatoide (datos no publicados)
pueden resultar de la expresión: (i) de un retrovirus endógeno
competente para la replicación, (ii) de varios retrovirus endógenos
defectuosos que cooperan mediante un fenómeno de
transcomplementación, o (iii) de un retrovirus exógeno.
Todas estas observaciones hacen posible usar y
considerar al material biológico descrito anteriormente como un
marcador para la esclerosis en placas.
En particular, se consideran las siguientes
técnicas de marcaje:
- -
- identificación del genoma humano con sondas de hibridación de elevada restricción, derivadas del material nucleico descrito anteriormente,
- -
- amplificación directa de ADN genómico mediante PCR, usando cebadores específicos para la región considerada,
- -
- análisis de las regiones de flanqueo de los genes celulares extraños.
(1) INFORMACIONES GENERALES:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- SOLICITANTE:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE: BIO MERIEUX
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- CALLE: CHEMIN DE L'ORME
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- CIUDAD: MARCY L'ETOILE
\vskip0.500000\baselineskip
- (E)
- PAÍS: FRANCIA
\vskip0.500000\baselineskip
- (F)
- CÓDIGO POSTAL: 69280
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TÍTULO DE LA INVENCIÓN: SECUENCIAS RETROVÍRICAS ENDOGENÉTICAS, ASOCIADAS CON ENFERMEDADES AUTOINMUNITARIAS Y/O CON TRASTORNOS DEL EMBARAZO
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- NÚMERO DE SECUENCIAS: 35
\vskip0.800000\baselineskip
- (iv)
- FORMATO LEGIBLE POR ORDENADOR:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- TIPO DE SOPORTE: Disquete
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- ORDENADOR: IBM PC compatible
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- SISTEMA LEGIBLE: PC-DOS/MS-DOS
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- PROGRAMA: PatentIn Release #1.0, Version #1.30 (OEB)
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 1:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 1321 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ARNm (en ADN)
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 1:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 2:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 2938 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ARNm (en ADN)
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 2:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 3:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 1422 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ARNm (en ADN)
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 3:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 4:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 2006 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ARNm (en ADN)
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 4:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 5:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 1948 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ARNm (en ADN)
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 5:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 6:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 1136 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ARNm (en ADN)
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 6:
\newpage
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 7:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 2782 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ARNm (en ADN)
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 7
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 8:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 666 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ARNm (en ADN)
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 8:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 9:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 3372 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ARNm (en ADN)
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 9:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 10:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 2372 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ARNm (en ADN)
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 10:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 11:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 7582 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ARNm (en ADN)
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 11:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 12:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 2563 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 12:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 13:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 2585 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 13:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 14:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 2575 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 14:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 15:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 783 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 15:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 16:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 20 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 16:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipTGTCCGCTGT GCTCCTGATC
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 17:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 21 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 17:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipATGCACTCTG GCTGGGCCAA T
\hfill21
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 18:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 21 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 18:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipACCATTTGAC CCTCAGACAC T
\hfill21
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 19:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 24 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 19:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipAACCCTTTGC CACTACATCA ATTT
\hfill24
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 20:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 21 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 20:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipTCAGGGATAG CCCCCATCTA T
\hfill21
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 21:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 22 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 21:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipTTGTCTCCTG GATTTTCAGG TT
\hfill22
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 22:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 20 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 22:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipGGACCCTACC CAGTCATTTT
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 23:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 20 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 23:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipATCAGGAGCA CAGCGGACAC
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 24:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 22 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 24:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipGGACATCCAA AGTGATACAT CC
\hfill22
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 25:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 21 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 25:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipAATGTATGGC CTGAAGTGCA G
\hfill21
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 26:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 22 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 26:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipCTTCCCAGGA TGTATCACTT TG
\hfill22
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 27:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 24 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 27:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipCACTGCAGAA GAATATAAGT CGTT
\hfill24
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 28:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 21 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 28:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipGCTTCCAAGA TGGTGGCAAG C
\hfill21
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 29:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 678 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 29:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 30:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 536 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 30:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 31:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 591 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 31:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 32:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 364 pares de base
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: nucleótido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADN
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 32:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 33:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 538 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: proteína
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 33:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 34:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 52 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 34:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIONES PARA LA SEC ID nº: 35:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 48 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE HEBRAS: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID nº: 35:
Claims (9)
1. Material nucleico genómico retrovírico
endógeno HFRV-W, en el estado aislado o purificado,
que comprende una secuencia nucleotídica seleccionada de entre SEC
ID nº: 1 a 5 y sus secuencias complementarias.
2. Sonda nucleica para la detección de un
material nucleico según la reivindicación 1, caracterizada
porque se selecciona de entre SEC ID nº: 16-18 y
21-28.
3. Sonda según la reivindicación 2,
caracterizada porque comprende un marcador.
4. Cebador nucleico para la amplificación
mediante polimerización de un material nucleico según la
reivindicación 1, caracterizado porque se selecciona de entre
SEC ID nº: 16-18 y 21-28.
5. Péptido codificado mediante cualquier
marco de lectura abierta de la secuencia SEC ID nº: 11 que codifica
una o varias proteínas ENV retrovíricas.
6. Péptido según la reivindicación 5,
caracterizado porque forma un determinante antigénico
reconocido por sueros de pacientes que padecen la esclerosis en
placas.
7. Uso de un material nucleico según la
reivindicación 1, o de un péptido según la reivindicación 5 ó 6,
como marcador molecular de la esclerosis en placas, excluyendo
cualquier método de diagnóstico aplicado al cuerpo humano o
animal.
8. Uso de un material nucleico según la
reivindicación 1, como marcador cromosómico de una susceptibilidad
a la esclerosis en placas, excluyendo cualquier método de
diagnóstico aplicado al cuerpo humano o animal.
9. Uso de un material nucleico según la
reivindicación 1, como marcador de proximidad de un gen de
susceptibilidad a la esclerosis en placas, excluyendo cualquier
método de diagnóstico aplicado al cuerpo humano o animal.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| FR9708815 | 1997-07-07 | ||
| FR9708815 | 1997-07-07 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| ES2276468T3 true ES2276468T3 (es) | 2007-06-16 |
Family
ID=9509116
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| ES98935106T Expired - Lifetime ES2276468T3 (es) | 1997-07-07 | 1998-07-06 | Secuencias retroviricas endogeneticas, asociados con efermedades autoinmunitarias y/o con transtornos del embarazo. |
Country Status (8)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP1000158B1 (es) |
| JP (1) | JP4249269B2 (es) |
| AT (1) | ATE346153T1 (es) |
| AU (1) | AU8447098A (es) |
| CA (1) | CA2298834C (es) |
| DE (1) | DE69836484T2 (es) |
| ES (1) | ES2276468T3 (es) |
| WO (1) | WO1999002696A1 (es) |
Families Citing this family (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| FR2780069B1 (fr) * | 1998-06-23 | 2002-06-28 | Inst Nat Sante Rech Med | Famille de sequences nucleiques et de sequences proteiques deduites presentant des motifs retroviraux endogenes humains et leurs applications |
| FR2788784A1 (fr) * | 1999-01-21 | 2000-07-28 | Bio Merieux | Fragment nucleique endogene associe a une maladie auto-immune, procede de marquage et reactif |
| EP1029917A1 (en) * | 1999-02-15 | 2000-08-23 | Bio Merieux | The LTR region of MSRV-1 and the proteins it encodes, and probes and methods for detecting MSRV-1 retrovirus |
| FR2797888A1 (fr) * | 1999-09-01 | 2001-03-02 | Bio Merieux | Procede de detection de l'expression d'une proteine d'enveloppe d'un retrovirus endogene humain et utilisations d'un gene codant pour cette proteine |
| FR2797889A1 (fr) | 1999-09-01 | 2001-03-02 | Bio Merieux | Procede de detection de l'expression d'une proteine d'enveloppe d'un retrovirus endogene humain et utilisations d'un gene codant pour cette proteine |
| JP2003512844A (ja) * | 1999-10-28 | 2003-04-08 | ユニヴェルシテ・ドゥ・ジュネーブ | 多発性硬化症関連スーパー抗原 |
| FR2805279B1 (fr) * | 2000-02-23 | 2004-09-24 | Jean Jacques Guilhou | Sequences retrovirales associees a des affections cutanees |
| US20020102530A1 (en) * | 2000-07-07 | 2002-08-01 | Keith James C. | Methods and compositions for diagnosing and treating preeclampsia and gestational trophoblast disorders |
| CA2744294A1 (en) | 2009-01-13 | 2010-07-22 | Transgene Sa | Use of a saccharomyces cerevisiae mitochondrial nucleic acids fraction for immune stimulation |
Family Cites Families (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| FR2689520B1 (fr) * | 1992-04-03 | 1996-07-19 | Bio Merieux | Procede et milieu de culture pour l'obtention de cellules infectees par un virus associe a la sclerose en plaques. |
| GB2273099A (en) * | 1992-11-10 | 1994-06-08 | Asta Medica Ag | Glycoprotein encoded by a human endogenous retrovirus K envelope gene |
| FR2731356B1 (fr) * | 1995-03-09 | 1997-04-30 | Bio Merieux | Virus msrv-1 et agent pathogene et/ou infectant msrv-2 associes a la polyarthrite rhumatoide |
| FR2737500B1 (fr) * | 1995-08-03 | 1997-08-29 | Bio Merieux | Materiel viral et fragments nucleotidiques associes a la sclerose en plaques, a des fins de diagnostic, prophylactiques et therapeutiques |
-
1998
- 1998-07-06 EP EP98935106A patent/EP1000158B1/fr not_active Expired - Lifetime
- 1998-07-06 CA CA2298834A patent/CA2298834C/fr not_active Expired - Lifetime
- 1998-07-06 WO PCT/FR1998/001442 patent/WO1999002696A1/fr active IP Right Grant
- 1998-07-06 DE DE69836484T patent/DE69836484T2/de not_active Expired - Lifetime
- 1998-07-06 AU AU84470/98A patent/AU8447098A/en not_active Abandoned
- 1998-07-06 ES ES98935106T patent/ES2276468T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1998-07-06 JP JP50824499A patent/JP4249269B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 1998-07-06 AT AT98935106T patent/ATE346153T1/de not_active IP Right Cessation
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JP2002512530A (ja) | 2002-04-23 |
| JP4249269B2 (ja) | 2009-04-02 |
| CA2298834C (fr) | 2015-03-10 |
| DE69836484D1 (de) | 2007-01-04 |
| CA2298834A1 (fr) | 1999-01-21 |
| WO1999002696A1 (fr) | 1999-01-21 |
| DE69836484T2 (de) | 2007-09-13 |
| ATE346153T1 (de) | 2006-12-15 |
| AU8447098A (en) | 1999-02-08 |
| EP1000158B1 (fr) | 2006-11-22 |
| EP1000158A1 (fr) | 2000-05-17 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US7932350B2 (en) | Viral material and nucleotide fragments associated with multiple sclerosis, for diagnostic, prophylactic and therapeutic purposes | |
| Volchkov et al. | The envelope glycoprotein of Ebola virus contains an immunosuppressive-like domain similar to oncogenic retroviruses | |
| Mamoun et al. | Sequence variability of bovine leukemia virus env gene and its relevance to the structure and antigenicity of the glycoproteins | |
| PT85148B (pt) | Processo para a obtencao de variantes, do virus lav e de compostos proteicos, assim como as suas aplicacoes | |
| Stavnezer et al. | The v-ski oncogene encodes a truncated set of c-ski coding exons with limited sequence and structural relatedness to v-myc | |
| ES2276468T3 (es) | Secuencias retroviricas endogeneticas, asociados con efermedades autoinmunitarias y/o con transtornos del embarazo. | |
| JP2001521384A (ja) | 乳癌の処置および診断のための組成物および方法 | |
| ES2316151T3 (es) | Retrovirus del grupo de vih y su uso. | |
| ES2348203T3 (es) | Eritrovirus y sus aplicaciones. | |
| US20130115602A1 (en) | Endogenetic retroviral sequences, associated with autoimmune diseases or with pregnancy disorders | |
| US7119181B1 (en) | DNA sequences and peptides of human immunodeficiency virus (HIV-1) | |
| ES2376726T3 (es) | Procedimiento de detección de la expresión de una proteína de cubierta de un retrovirus endógeno humano y utilizaciones de un gen que codifica para esta proteína | |
| US5980900A (en) | Amino acid DNA sequences related to genomic RNA of human immunodeficiency virus (HIV-1) | |
| ES2247708T3 (es) | Material nucleico retroviral y fragmentos de nucleotidos notablemente asociados a la esclerosis multiple y/o a la poliartritis reumatoide, para obtener un diagnostico, y usos profilactivos y terapeuticos. | |
| ES2254136T3 (es) | Region ltr del msrv-1 y proteinas que esta codifica, y sondas y metodos para la deteccion de retrovirus msrv-1. | |
| US20240200048A1 (en) | Peptide translated by circular rna circ-ace2 and application thereof | |
| US7205102B1 (en) | Cloned DNA sequences related to the genomic RNA of lymphadenopathy-associated virus (LAV) and proteins encoded by said LAV genomic RNA | |
| US6555112B1 (en) | Peptides derived from the lymphadenopathy-associated virus (LAV) envelope coding region | |
| Jiang | Selective incorporation and genomic placement of tRNA in human immunodeficiency virus type 1 |