EP4569137A1 - Methode pour determiner la nature virale ou bacterienne d'une infection - Google Patents

Methode pour determiner la nature virale ou bacterienne d'une infection

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EP4569137A1
EP4569137A1 EP23755063.7A EP23755063A EP4569137A1 EP 4569137 A1 EP4569137 A1 EP 4569137A1 EP 23755063 A EP23755063 A EP 23755063A EP 4569137 A1 EP4569137 A1 EP 4569137A1
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EP
European Patent Office
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expression
chosen
olah
mmp8
il1r2
Prior art date
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Pending
Application number
EP23755063.7A
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German (de)
English (en)
Inventor
Marine MOMMERT
Karen BRENGEL PESCE
Guy Oriol
Audrey GUICHARD
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Biomerieux SA
Original Assignee
Biomerieux SA
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Publication date
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Application filed by Biomerieux SA filed Critical Biomerieux SA
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    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1096—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA cDNA Synthesis; Subtracted cDNA library construction, e.g. RT, RT-PCR
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    • C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
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    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
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    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
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    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Definitions

  • the present invention relates to the technical field of in vitro diagnostic methods and kits.
  • the subject of the invention is methods and kits for determining from a biological sample of a subject the nature of an infection, namely viral or bacterial, through the identification of the variation of the expression level of several biomarkers.
  • Viruses and bacteria interact with different recognition receptors on the surface of leukocytes present in circulating blood. This interaction leads to specific transcriptional events in the host that regulate the immune response (Takeuchi et al. 2010). Therefore, differential activation of host transcriptional programs generates unique transcriptomic signatures that can help distinguish viral from bacterial causes.
  • analysis of the host transcriptomic profile can provide an indirect approach to detecting the nature of an infection, thus complementing direct approaches, such as culture or nucleic acid amplification (Ramilo et al. 2009). This is also of particular interest because viral infections are frequently the cause of fever with no apparent source, especially in young children.
  • document W02018011316 describes a method for identifying a subject with a bacterial infection.
  • the method consists of detecting in an mRNA sample the modulation of the expression of 2 to 10 genes chosen from the following gene signature: IFI44L, FAM89A, IFI27L, IFTI1, RSAD2, IFIT3, OTOF, IFIT2, EPSTI1, SERPING1, OAS1, IFI6, HLA-DRB6, HBZ, HS.386275, EIF2AK2, IFIT1L, FCER1A, C21ORF7, GYPE, GYPB, HBM, EIF1AY, LOC649143, HBD, FBX07, KCNMA1, MERTK, EBI3, UPB1, EMR1, PTPN20, TMEM119, SLPI, S100P and PI3.
  • the present invention is based on the identification of transcriptomic signatures associated with viral and bacterial infections.
  • the method according to the invention makes it possible to identify in a subject diagnosed as having an infection, or suspected of having an infection, the nature of said infection, in order to select the most appropriate treatment. Quite advantageously, the method according to the invention makes it possible to exclude the presence of a bacterial infection and to limit the inappropriate use of antibiotics.
  • a first aspect of the invention relates to an in vitro or ex vivo method for determining the nature of an infection in a subject by measuring, from a biological sample of said subject, the variation in the expression level at least one viral target gene and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • the method according to the invention from a biological sample from a subject infected or likely to be infected, thus comprises the following steps: (a) measurement of the expression of at least one viral target gene and at least one bacterial target gene chosen from the bacterial target genes OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2,
  • step (b) comparison of the expressions measured in step (a) with predetermined reference expression values of said target genes
  • transcriptomic signature whose expression is characteristic of the viral or bacterial nature of the infection and to use the measurement of the variation of this expression to identify the source of infection. This is all the more remarkable since it is particularly difficult to identify effective bacterial target genes which, when combined with viral target genes, make it possible, in particular, to exclude the presence of a bacterial infection.
  • Identifying the nature of an infection is of certain interest, in particular enabling the clinician to provide more appropriate and personalized care, particularly to avoid the unnecessary prescription of antibiotics when the infection is of a viral or viral nature. when the presence of a bacterial infection is excluded.
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from the viral genes of the host involved in the pro-inflammatory cytokine pathway, in the interferon, in the Toll-like receptors (TLR) signaling pathway, in the RIG-I-like receptors (RLR) signaling pathway and in the antigen presentation pathway mediated by the Major Histocompatibility Complex (MHC) class II, and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • TLR Toll-like receptors
  • RLR RIG-I-like receptors
  • MHC Major Histocompatibility Complex
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from the viral genes of the host involved in the interferon pathway and antigen presentation mediated by MHC class II, and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from the viral genes of the host involved in the interferon pathway, and in particular, said genes are chosen from the viral target genes IFI27, IFN-a, IFN-P, IFN-e, IFN-K, IFN-C ⁇ , IFN-y, IFNL1, IFNL2, IFNL3, ADAR1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFIT5 , IFI44L, ISG15, ISG20, MDA5, OAS1, OAS2, OAS3, OASL, PARP12, PKR, RIG-I, RNaseL, TRIM25, ZAP, ZCCHC3, ZNFX1, RBBP6, SHFL, TRIM22, TRIM25, TRIM32, TRIM69, Viperin, HERC1 , HERC2, HERC3, HERC4, HERC5, HERC6 and combinations thereof, and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L, SIGLEC1, ISG15 and HERC6, and at least one gene bacterial target chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L, SIGLEC1, ISG15 and HERC6, and the bacterial target gene FAM20A and optionally at least one other bacterial target gene chosen from OLAH, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from ISG15 and OAS1, and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from SIGLEC1, ISG15 and HERC6 and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2. More preferably, measurement step (a) comprises or consists of measuring the viral target genes SIGLEC1, ISG15 and HERC6, and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2 .
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L, SIGLEC1, ISG15 and HERC6, and at least one gene bacterial target chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from SIGLEC1, ISG15 and HERC6, and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1, IFI44L and at least one bacterial target gene chosen among OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2,
  • step (a) comprises measuring the expression of the viral target gene IFI27 and the bacterial target gene OLAH, and more preferably, also measuring the expression of the bacterial target gene FAM20A.
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring the expression of two viral target genes chosen from IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1 and IFI44L and two target genes bacteria chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2, and preferably chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 and MMP8.
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring the expression of two to five viral target genes chosen from SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 and IFI44L and three or four bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2, and preferably chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 and MMP8.
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene IFI27, and optionally at least one other viral gene chosen from SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1 , IFI44L, and at least two bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2, and preferably chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 and MMP8.
  • step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from SIGLEC1, ISG15 and HERC6, and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2, preferably from IL1R2, OLAH and FAM20A.
  • step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1 and IFI44L, the bacterial target gene OLAH, and at least one other bacterial target gene chosen from FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2, preferably from FAM20A, IL1R2 and MMP8.
  • step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1 and IFI44L, the bacterial target gene FAM20 A, and d at least one other bacterial target gene chosen from OLAH, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2, preferably from OLAH, IL1R2 and MMP8.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene IFI27, of another viral target gene chosen from HERC6, SIGLEC1, IFI44L and ISG15, of the bacterial target gene FAM20A and of another bacterial target gene chosen from OLAH and IL1R2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene IFI27, of two other viral target genes chosen from SIGLEC1, HERC6, OAS1 and IFIT1, of the bacterial target gene FAM20A and of a another bacterial target gene chosen from OLAH, IL1R2 and MMP8.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes IFI27 and SIGLEC1, of another viral target gene chosen from IFIT1, HERC6, ISG15 and ISG15, of the bacterial target genes FAM20A and MMP8, and another bacterial target gene chosen from OLAH and IL1R2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes IFI27 and SIGLEC1, and of two other viral target genes chosen from IFIT1, OAS1, HERC6 and ISG15, of the bacterial target genes FAM20A and MMP8, and another bacterial target gene chosen from OLAH and IL1R2.
  • step (a) consists of measuring a combination of viral and bacterial target genes chosen from the combinations of target genes listed in Tables 6 to 12 and which present an AUC of the model for determining the nature viral or bacterial infection of at least 0.90.
  • the reference expression value of the target genes corresponds to the respective expression of said target genes in a reference biological sample obtained from a subject having a bacterial infection.
  • the reference expression value of said target genes corresponds to the respective expression of said target genes in a reference biological sample obtained from a subject having a viral infection.
  • the method according to the invention further comprises a step (a') of measuring the expression of at least one additional target gene chosen from PI3, EBI3, ADGRE1 and S100P, a step (b') of comparison expressions measured in step (a') with reference expression values of said additional target genes and a step (c'j of conclusion as to the viral or bacterial nature of the infection on the basis of the comparison results.
  • a' of measuring the expression of at least one additional target gene chosen from PI3, EBI3, ADGRE1 and S100P
  • step (b') of comparison expressions measured in step (a') with reference expression values of said additional target genes and a step (c'j of conclusion as to the viral or bacterial nature of the infection on the basis of the comparison results.
  • the measurement of the expression of target genes is carried out at the mRNA level.
  • the measurement of the expression variation is carried out by amplification via an RT-PCR, preferably a quantitative RT-PCR, or a nested PCR.
  • the expression is normalized relative to the expression of one or more housekeeping genes chosen from DECRI, HPRT1, PPIB, GAPDH, and ACTB.
  • the subject is a child, preferably a child under 4 years old, and even more preferably, a child under 4 years old.
  • the biological sample is a blood sample, preferably a whole blood sample.
  • the invention also relates to a kit for measuring in vitro or ex vivo the expression of at least one viral target gene chosen from SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L, and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2, said kit comprising reagents specific for the expression products of said target genes, said reagents preferably being primers or probes.
  • the kit is particularly suitable for implementing the method according to the invention and thus makes it possible to determine the viral or bacterial nature of an infection from a biological sample of a subject.
  • the transcriptome is the set of RNAs resulting from the transcription of the genome. Transcriptomic analysis can characterize the entire or partial transcriptome, of a particular tissue, of a cell type, or compare transcriptomes between different experimental or clinical conditions. Pathogens such as viruses and bacteria interact in the host with different recognition receptors on the surface of leukocytes present in the circulating blood. As mentioned previously, this interaction leads to specific transcriptional events that regulate the immune response, thus generating specific transcriptomic signatures.
  • Transcriptomic signatures can therefore be decision-making tools based on an analysis of previously selected gene transcripts.
  • a first subject of the invention relates to an in vitro or ex vivo method for determining the viral or bacterial nature of an infection in a subject. More particularly, the inventors identified that the demonstration, from a biological sample of an infected subject or likely to be infected, of the variation in the level of expression of several target genes made it possible to characterize the viral nature or bacterial infection. In other words, the method according to the invention makes it possible to exclude the presence of a bacterial infection.
  • the method according to the invention comprises the following steps of:
  • step (b) comparison of the expressions measured in step (a) with predetermined reference expression values of said target genes
  • viral target gene refers to a host gene whose expression is dysregulated in the presence of a viral infection, that is to say a gene whose expression is significantly increased or decreased in the presence of said infection.
  • bacterial target gene refers to a host gene whose expression is deregulated in the presence of a bacterial infection, that is to say a gene whose expression is significantly increased or decreased in the presence of said infection.
  • target gene refers indifferently to a viral target gene or a bacterial target gene unless the context makes it possible to clearly identify that it is a viral target gene. or a bacterial target gene.
  • biomarker refers to an objectively measurable biological characteristic which represents an indicator of normal or pathological biological processes following the presence of an infection.
  • the biomarkers are the viral target genes and the bacterial target genes, and very particularly the transcripts of said target genes.
  • infectious subject refers to a subject having an infection, in other words, a subject having been diagnosed as having an infection.
  • the diagnosis of the presence of the infection can be carried out by any method known to those skilled in the art allowing such a conclusion to be reached.
  • the diagnosis can thus be made by a molecular method, such as for example a protein assay of procalcitonin (PCT), or directly by the clinician on the basis of symptom(s) or clinical sign(s) of the subject.
  • PCT protein assay of procalcitonin
  • the clinical symptoms or signs associated with the presence of an infection are also well known to those skilled in the art, and examples include headaches, pain in a specific part of the body (the abdomen for example ), fever (>38°C) with or without chills, body temperature below 35.5°C, a respiratory symptom chosen from the group including cough, expectoration, dyspnea, tachypnea and pleuritic pain; a finding on auscultation, nausea with or without vomiting, systolic blood pressure greater than 90 mmHg, heart rate greater than 120 beats/min, a symptom of infection of an organ or organ system selected from the group consisting of respiratory tract infections, digestive tract infections, vaginal infections, meningitis, septicemia, erysipelas, peritonitis, cholangitis, cholecystitis and osteomyelitis.
  • the method according to the invention makes it possible to identify the nature of the infection of said subject.
  • the expression “nature of the infection” refers only to the etiology of said infection, namely an infection of a viral nature or an infection of a bacterial nature.
  • the method according to the invention thus makes it possible to distinguish a viral infection from a bacterial infection, or vice versa. In other words, the method according to the invention makes it possible to exclude the presence of a bacterial infection.
  • the term “subject” designates a human being and preferably, the subject is a patient.
  • the patient is a person who has come into contact with a health professional, in particular a doctor, a medical structure or a health establishment.
  • target genes involved in the method according to the invention are well known to those skilled in the art but it is to the merit of the inventors to have identified that transcriptomic signatures based on the variation in expression of said genes could make it possible to effectively determine the viral or bacterial nature of an infection.
  • the person skilled in the art is able to identify the viral target genes, for the implementation of the method according to the invention.
  • any viral target gene the expression of which is significantly increased or decreased in the presence of an infection can be used in the method according to the invention.
  • Such genes are known to those skilled in the art.
  • the viral target genes can be chosen from the genes of the interferon pathway, the pro-inflammatory cytokine pathway, the Toll-like receptors (TLR) signaling pathway. , the RIG-I-like receptors (RLR) signaling pathway, or the antigen presentation pathway mediated by the MHC class IL
  • the viral target genes of the interferon pathway in particular the genes stimulated by interferons, called ISG genes, are well known to those skilled in the art (Schneider et al, 2014; Yang et al. 2020).
  • IFN-a IFN-P, IFN-e, IFN-K, IFN-C ⁇ , IFN-y, IFNL1, IFNL2, IFNL3, ADAR1, IFIT1, IFIT2, IFIT3 , IFIT5, IFI27, IFI44L, ISG15, ISG20, MDA5, OAS1, OAS2, OAS3, OASL, PARP12, PKR, RIG-I, RNaseL, RSAD2, RBBP6, SIGLEC1, SHFL, TRIM22, TRIM25, TRIM32, TRIM69, Viperin, ZAP , ZCCHC3, and ZNFXl.
  • the viral target genes of the pro-inflammatory cytokine pathway are also well known to those skilled in the art (Mogensen et al. 2001). As an example of these genes, mention will be made in particular of TNFa, IL-ip, IL-6, IL-IRa, IL-8, GM-CSF, MIP-lo, MIP-ip, IL-10, IL-la, TGF-P, TGF-pi, IL-2, IL-4, IL-13, IL-15, IL-3, IL-5, IP10, and SCM-1.
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from the viral genes of the host involved in the proinflammatory cytokine pathway, and in particular chosen from the viral target genes TNFa, IL-ip, IL-6, IL-IRa, IL-8, GM-CSF, MIP-la, MIP-ip, IL-10, IL-la, TGF-P, TGF -pi, IL-2, IL-4, IL-13, IL-15, IL-3, IL-5, IP10, SCM-1 and combinations thereof, and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A , IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • the viral target genes of the Toll-like receptor pathway are also well known to those skilled in the art (Kawasaki et al., 2014) and include in particular native TLR genes, TLR coreceptor genes (“TLR co-receptor genes”), TLR regulatory genes (“TLR regulatory genes”), TLR signaling inhibitors genes, TLR adapter genes, and TLR signaling genes.
  • TLR3, TLR7, TLR8 and TLR9 genes we will cite in particular the TLR3, TLR7, TLR8 and TLR9 genes.
  • TLR co-receptor genes we will cite in particular the CD 14, LBP, MD1 and MD2 genes.
  • TLR regulatory genes we will cite in particular the CD300LF, GRP94, PRAT4A, PRAT4B and UNC93Bl genes.
  • genes inhibiting TLR signaling mention will be made in particular of the genes ATF3, AXL, BAMBI, BCL3, BPI, CENTB1, DAK, FLII, HSP10, IRAKM (IRAK3), LGP2 (DHX58), MSK1, MSK2 , NLRP12(NALP12), NFKBIA, NFKBIB, NFKBIE, PECAM1, PIN1, PPP3CA, PPP3CB, PPP3R1, PTPN6, RNF125, RP105, SHIP1, SIGIRR, SIKE, TNFAIP3, TNIP1, TNIP2, TNIP3, TOLLIP, TRAFD1, TRIAD3, TYRO3 and ZCCHCl l.
  • TLR adapter genes we will cite in particular the MyD88, RAC1, SARM1, TANK, TIRAP, TRAM(TICAM2) and TRIF(TICAMl) genes.
  • TLR signaling genes As an example of TLR signaling genes, mention will be made in particular of the genes AAMP, ACT1(TRAF3IP2), AGER, AKT1, BECN1, BTK, CARD6, CARD11, DDX3X, FADD, IKKa, IKK(3, IKKe, IPS1, IRAQI, IRAK4, IRF1, IRF3, IRF5, IRF7, IRF8, IRF9, ITCH, LRRC59, LRRFIP2, MAP2K2, MAP3K7(TAK1), MAPK1, MDA5(IFIH1), NAIP5, NAP1, NEMO, NIBP, OTUD5, PKR, PRKRA, RIG-1, RIPK1, RIPK2, RIPK3, STAP2, SUGT1, SYK, TAB1, TAB2, TAB3, TBK1, TBKBP1, TIFA, TRADD, TRAF3, TRAF6, TRIL and WDFY1.
  • AAMP ACT1(TRAF3IP2)
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from the viral genes of the host involved in the TLR receptor signaling pathway, and in particular chosen from TLR3, TLR7, TLR8, TLR9, CD14, LBP, MD1, MD2, CD300LF, GRP94, PRAT4A, PRAT4B, UNC93B1 ATF3, AXL, BAMBI, BCL3, BPI, CENTB1, DAK, FLII, HSP10, IRAKM( IRAK3), LGP2(DHX58), MSK1, MSK2, NLRP12(NALP12), NFKBIA, NFKBIB, NFKBIE, PECAM1, PIN1, PPP3CA, PPP3CB, PPP3R1, PTPN6, RNF125, RP105, SHIP1, SIGIRR, SIKE, TNFAIP3, TNIP1, TNIP2 , TNIP3, TOLLIP, TRAFD1, TRIAD3, TYRO
  • the viral target genes of the RIG-I-like receptor signaling pathway are also known to those skilled in the art.
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from the viral genes of the host involved in the RLR receptor signaling pathway, and in particular, said genes are chosen from the viral target genes LGP2(DHX58), MDA5(IFIH1), RIG-I(DDX58), TRAFD1, CYLD, DAK, DDX60, MFN2, MUL1, OTUD5, PIN1, RNF125, SIKE, TNFAIP3, IPS1, IPS1-HA, PARP13, STING, TOMM70A, TRIM13, TRIM26, TRIM32, ZDHHC1 and combinations thereof, and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • the viral target genes of the MHC class II-mediated antigen presentation pathway are also well known to those skilled in the art.
  • the viral target genes whose expression is measured in step (a) are chosen from the viral target genes of the pro-inflammatory cytokine pathway, of the interferon pathway, the Toll-like receptors (TLR) signaling pathway, the RIG-I-like receptors (RLR) signaling pathway, and the RIG-I-like receptors (RLR) signaling pathway of antigen presentation mediated by MHC class IL
  • the viral target genes whose expression is measured in step (a) are chosen from TNFa, IL-ip, IL-6, IL-IRa, IL-8, GM-CSF, MIP -la, MIP-ip, IL-10, IL-la, TGF-P, TGF-pi, IL-2, IL-4, IL-13, IL-15, IL-3, IL-5, IP10, SCM -1, IFN-a, IFN-P, IFN-e, IFN-K, IFN-C ⁇ , IFN-y, IFNL1, IFNL2, IFNL3, ADAR1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFIT5, IFI27, IFI44L, ISG15, ISG20 , MDA5, OAS1, OAS2, OAS3, OASL, PARP12, PKR, RIG-I, RNaseL, ZAP, ZCCHC3, ZNFX1, RBBP6, SHFL, TRIM22, TRIM25,
  • the viral target genes whose expression is measured in step (a) are chosen from the viral target genes of the interferon pathway and the MHC-mediated antigen presentation pathway.
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from IFN-a, IFN-P, IFN-e, IFN-K, IFN- C ⁇ , IFN-y, IFNL1, IFNL2, IFNL3, ADAR1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFIT5, IFI27, IFI44L, ISG15, ISG20, MDA5, 0AS1, OAS2, OAS3, OASL, PARP12, PKR, RIG-I, RNaseL, RSAD2, RBBP6, SIGLEC1, SHFL, TRIM22, TRIM25, TRIM32, TRIM69, Viperin, ZAP, ZCCHC3, ZNFX1, HERC1, HERC2, HERC3, HERC4, HERC5, HERC6 and combinations thereof, and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • viral target gene chosen from IFN-a, I
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from IFI27, IFN-y, IFIT1, IFIT2, IFI44L, ISG15, OAS1, OAS2 , OAS3, RSAD2, TRIM25, SIGLEC1, TRIM22, TRIM32, HERC5, HERC6 and combinations thereof, and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • measurement step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from SIGLEC1, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L, ISG15 and
  • HERC6 and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • the SIGLEC1 gene encodes a member of the immunoglobulin superfamily.
  • the encoded protein is a lectin-like adhesion molecule that binds glycoconjugated ligands on cell surfaces in a sialic acid-dependent manner. It is a type I transmembrane protein expressed only by a subpopulation of macrophages and is involved in mediating cell-cell interactions.
  • the ISG15 gene encodes a ubiquitin-like protein that is conjugated to intracellular target proteins upon activation by interferon-alpha and interferon-beta.
  • Several functions have been attributed to the encoded protein, including chemotactic activity toward neutrophils, directing target proteins conjugated to intermediate filaments, intercellular signaling, and antiviral activity during viral infections.
  • the HERC6 gene belongs to the HERC family of ubiquitin ligases, all of which contain at least a 350 amino acid HECT domain catalyzing the formation of a thioester with fubiquitin before transferring it to a substrate.
  • the SLC1 A2 gene encodes a member of a family of solute transporter proteins.
  • This membrane-bound protein is the primary transporter that removes glutamate, an excitatory neurotransmitter, from the extracellular space at synapses in the central nervous system. Glutamate clearance is necessary for proper synaptic activation and to prevent neuronal damage due to excessive activation of glutamate receptors.
  • the IL1R2 gene encodes a cytokine receptor protein that belongs to the interleukin 1 receptor family. This protein binds interleukin alpha (IL1(A), interleukin beta (IL1B), and the interleukin receptor 1 type I (IL1R1/IL1R(A), and acts as a decoy receptor that inhibits the activity of its ligands. Interleukin 4 (IL4) is thought to antagonize the activity of interleukin 1 by inducing the expression and release of this cytokine. This gene and three other genes form a cytokine receptor gene cluster on chromosome 2ql2. Alternative splicing gives rise to multiple transcription variants and isoforms of membrane and soluble proteins.
  • the FAM20A gene encodes a presumably secreted protein that may play a role in hematopoiesis.
  • a mutation at this locus has been associated with amelogenesis imperfecta and gingival hyperplasia syndrome.
  • the OLAH gene allows the hydrolase activity of dodecanoyl-[acyl carrier protein]; myristoyl-[acyl carrier protein] hydrolase activity; and palmitoyl-[acyl carrier-protein] hydrolase activity. It is involved in the biosynthesis process of medium-chain fatty acids.
  • the RETN gene codes for a protein with an antimicrobial role in the skin via antibacterial activity against Gram-positive and Gram-negative bacteria.
  • MMP8 gene encodes a member of the matrix metalloproteinase (MMP) family of proteins. These proteins are involved in the degradation of the extracellular matrix during embryonic development, reproduction and tissue remodeling, as well as in pathological processes, such as arthritis and metastasis. Proteolysis at different sites on this protein gives rise to several active forms of the enzyme with distinct N-termini. This protein functions in the degradation of type I, II and III collagens.
  • MMP matrix metalloproteinase
  • the RASAD2 gene encodes an interferon-inducible antiviral protein that belongs to the S-adenosyl-L-methionine (SAM) enzyme superfamily that plays a role in cellular antiviral response and innate immune signaling.
  • SAM S-adenosyl-L-methionine
  • the IFI27 gene is notably involved in the metabolic process of cellular proteins, the defense response to other organisms and the extrinsic apoptotic signaling pathway. This gene also acts upstream or in the negative regulation of transcription by RNA polymerase II and the regulation of protein export from the nucleus.
  • the OAS1 gene encodes a protein synthesizing 2',5'-oligoadenylates (2-5 As) and playing a key role in the innate cellular antiviral response.
  • the IFIT1 gene encodes a tetratricopeptide repeat-containing protein originally identified as being induced by interferon treatment.
  • the encoded protein can inhibit viral replication and translation initiation
  • the IFI44L gene is associated with GTP binding activity and involved in the defense response to viruses.
  • the identification or measurement of the level of gene expression consists of highlighting a variation in the expression at the transcriptomic level of said genes, said variation being highlighted in relation to a reference expression of said genes. For this reason, we will speak in particular of a transcriptomic signature.
  • transcripts of the various target genes useful for implementing the method according to the present description are also known to those skilled in the art and their sequences are made available in the NCBI or Ensembl databases.
  • transcripts are presented in Table 2 below for certain preferred viral and bacterial target genes:
  • the measurement of the expression of viral and bacterial target genes is carried out at the level of the mRNA transcripts, and preferably at the level of the transcripts chosen from the transcripts in Table 2.
  • the measurement of the expression of target genes is carried out at the level of the mRNA transcripts, and preferably at the level of the transcripts chosen from the transcripts (NCBI database) NM_023068.4, NM_001367089.1, NM 005101.4, NM_017912.4, NM 001165136.2, NM_017565.4, NM_001243746.2, NM_002424.3, NM_001304442.2, NM 001304441.2, NM_001039702.3, NM_ 018324.3, NM 004633.4, NM_001261419.2, NM_003256.4, NM_004171.4 , NM_001195728.3, NM_001252652.2, NM_020415.4, NM_001385725.1, NM_001385726.1, NM_001385727.1, NM_001193374.2 and combinations thereof.
  • the measurement can be carried out via a direct method making it possible to determine the presence of said transcript in the biological sample, or by indirect detection of the transcript after transformation of the latter into DNA.
  • RNA-Seq The techniques commonly used to simultaneously measure the concentration of a large number of different types of messenger RNA are known to those skilled in the art and it is not necessary to give details.
  • gene expression at the transcriptional level can be measured by any known molecular detection method.
  • the variation in gene expression can be measured by amplification via in particular a Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction or RT-PCR, by sequencing (preferably by high-throughput sequencing) or by hybridization techniques (for example with hybridization microchips or by techniques such as NanoString® nCounter®). All these methods are also well known to those skilled in the art and it is not necessary to detail them here.
  • the determination of gene expression can be carried out in the following manner: (1) extraction of total RNAs from a blood sample or PBMCs and carrying out a reverse transcription step in order to obtain the different DNAs complementary to the different messenger RNAs initially present in the sample or the PBMCs (or cDNA),
  • the specific reagent used comprises at least one gene-specific amplification primer. This step can be carried out by a PCR type amplification reaction or by any other appropriate amplification technique,
  • the measurement of gene expression is carried out by RT-PCR, preferably quantitative or semi-quantitative RT-PCR, or by nested PCR also called “Nested” PCR, for example using FilmArray technology. ® (Poritz et al. 2011) or the BiomarkTM platform from Fluidigm.
  • the expression is measured at the level of the mRNA transcripts of the target genes.
  • Measuring the expression level makes it possible to determine the quantity of transcripts in the biological sample or also to give a derived value.
  • the expression level of the target genes of the signature is a value derived or normalized from the quantity of transcripts, in particular mRNA, of said target genes.
  • the gene expression is normalized relative to the expression of one or more housekeeping genes (or reference genes) according to methods known to those skilled in the art.
  • expression is normalized using one or more of the following housekeeping genes: DECRI (chromosomal location: chr8, 90001352-90053633), HPRT1 (chromosomal location: chrX, 134452842-134520513) and PPIB (chromosomal location: chrl5:64155812 -64163205), RPLP0 (chromosomal location: chrl2, 120196699-120201111), PPIA (chromosomal location: chr7, 44795960-44803117), GLYR1 (chromosomal location: chrlô, 4803203-4847288), RANBP3 (chromosomal location: chromosome: chrl9, 5916139-5978140 ), B2M (chromosomal location: chrl5, 4471149
  • Chromosomal locations are given according to GRCh38/hg38.
  • the expression is normalized using one or more housekeeping genes chosen from: DECRI, HPRT1, PPIB, GAPDH, ACTB and their combinations, more preferably, chosen from DECRI, HPRT1, PPIB and their combinations.
  • the reference level used is also standardized beforehand, in the same way.
  • the standardization whether for the reference level or for the level of transcripts of the biological sample to be tested, is carried out before the comparison, in particular before the calculation of a ratio between the level of transcripts of said sample to be tested and the reference level.
  • this standardization may be taken into account when choosing the threshold value.
  • the level of transcript(s) of the genes is normalized to the level of transcripts of one or more housekeeping genes, of course, this implies that the present method includes the determination of the level of transcripts of the gene(s). of household used for standardization.
  • the level of expression of a target gene (preferably the normalized expression) in the subject's biological sample is compared to a predetermined expression value of this same gene (preferably the normalized expression) in a biological reference sample. This comparison makes it possible to obtain the variation in the expression of said target gene measured according to the present method.
  • the reference expression value corresponds to an expression level of transcripts of said gene obtained from a reference biological sample from a subject having an infection of a specific nature.
  • the biological reference sample is of the same nature as the biological sample to be tested or at least of a compatible nature to constitute a reference as to the determination of the level of expression of the target genes
  • the reference value for a given gene corresponds to the average of the level of mRNA transcripts of said gene obtained from biological reference samples from a population of subjects presenting an infection.
  • reference value or “predetermined reference value” is synonymous with the expressions “control value” or “threshold value”, and serves as a point of comparison to determine whether the level of expression of a target gene is decreased or increased.
  • the reference value of the target genes corresponds to the level of expression of the mRNA transcripts of said genes obtained from a biological reference sample from a subject having a bacterial infection.
  • the reference value of the target genes corresponds to the level of expression of the mRNA transcripts of said genes obtained from a reference biological sample from a subject having a viral infection.
  • the comparison can be carried out by any methods known to those skilled in the art and can for example involve the calculation of a ratio or a difference.
  • the comparison(s) and the issuance of a conclusion as to the nature of the infection in the subject from which the biological sample comes is carried out by an automated technique, performed by a computer or computer-assisted.
  • the viral or bacterial nature of the subject's infection is determined when comparisons of the expression levels of the target genes with their respective reference values make it possible to identify a statistically significant difference, in other words, a variation of said level of expression. Consequently, we will speak of overexpression when a significantly increased expression is highlighted, and conversely of underexpression, when a significantly decreased expression is highlighted.
  • the person skilled in the art is able to determine the statistical test to be used to determine this reference value with which the level of expression of the target genes must be compared.
  • the implementation examples present one of the possible methods.
  • the reference expression value of each target gene is determined from a reference biological sample from a pool of biological samples from subjects suffering from a bacterial infection.
  • the reference expression value of the target genes corresponds to the respective expression of said target genes in a reference biological sample obtained from a subject having a bacterial infection.
  • the reference value of each target gene is determined from a reference biological sample from a pool of biological samples from subjects suffering from a viral infection.
  • the person skilled in the art is able to opt for one or the other of the variants depending on the biological reference samples available.
  • the reference biological sample is advantageously a pool of biological samples from subjects having a bacterial infection or a pool of biological samples from subjects having a viral infection.
  • the conclusion as to the nature of the infection is made taking into account the overexpression/underexpression of the different target genes demonstrated from the biological sample of the subject, and such as defined previously in one or the other of the two alternative embodiments.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of at least one viral target gene chosen from SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 and IFI44L, and of at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a single viral target gene chosen from SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 and IFI44L, and two, three, four, five or six bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1 A2, and preferably, two or three bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of two viral target genes chosen from SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 and IFI44L, and two , three, four, five or six bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLCl A2, and preferably, two or three bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of three viral target genes chosen from SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 and IFI44L, and two , three, four, five or six bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of four viral target genes chosen from SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 and IFI44L, and two , three, four, five or six bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of five viral target genes chosen from SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 and IFI44L, and two , three, four, five or six bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of six viral target genes chosen from SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 and IFI44L, and two , three, four, five or six bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of seven viral target genes chosen from SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 and IFI44L, and two , three, four, five or six bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the eight viral target genes SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 and IFI44L, and two, three , four, five or six bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene SIGLEC1 and one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2, preferably from SLC1A2, IL1R2, OLAH, FAM20A and RETN, and more preferably from SLC1A2, IL1R2, OLAH and FAM20A.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene SIGLEC1 and at least three selected bacterial target genes SLC1A2, IL1R2, OLAH, FAM20A and RETN .
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene ISG15 and one or more bacterial target genes chosen from, OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2, preferably from SLC1A2, IL1R2, OLAH, FAM20A and RETN, and more preferably from SLC1A2, IL1R2, OLAH and FAM20A.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the viral gene HERC6 and one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2, preferably from SLC1A2, IL1R2, OLAH, FAM20A and RETN, and more preferably from SLC1A2, IL1R2, OLAH and FAM20A.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene IFIT1 and one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene IFI44L and one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene RSAD2 and one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene OAS1 and one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene IFI27 and one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2 , and preferably from IL1R2, OLAH, FAM20 and RETN.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene IFI27, and optionally at least one other viral gene chosen from SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1, IFI44L, and two bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2, and preferably chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 and MMP8.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene IFI27, the bacterial target gene OLAH and at least one other bacterial target gene chosen from SLC1A2, IL1R2 , FAM20A, RETN and MMP8.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a combination of two target genes chosen from the combinations in Table 6, and preferably those which present a performance in terms area under the ROC curve of the model of at least 0.86, and most particularly, of at least 0.88.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a combination of a viral target gene and a bacterial target gene, said combination being chosen from the following combinations: SIGLEC1 IL1R2, IFI44L OLAH and IFI27 1L1R2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a combination of two target genes chosen from the following combinations: SIGLEC1 IL1R2; SIGLEC1 FAM20A ; HERC6 IL1R2; SIGLEC1 OLAH ; HERC6 OLAH; ISG15 IL1R2; SIGLEC1 RETN ; HERC6 FAM20A; SLC1A2 OLAH; HERC6 RETN; SIGLEC1_SLC1A2 ; ISG15 OLAH; SIGLEC1 MMP8; HERC6 MMP8; IL1R2 OLAH; IL1R2 FAM20A; SIGLEC1_HERC6 ; HERC6 SLC1A2; SIGLEC1 ISG15; FAM20A OLAH; ISG15 FAM20A; SLC1A2 IL1R2; ISG15 RETN; ISG15 MMP8 and ISG15 SLC1A2, and preferably chosen from
  • step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1 and IFI44L, of the bacterial target gene OLAH, and at least one other bacterial target gene chosen from FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2, preferably from FAM20A, IL1R2 and MMP8.
  • step (a) step (a) comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1 and IFI44L, the bacterial target gene FAM20A, and at least one other bacterial target gene chosen from OLAH, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2, preferably from OLAH, IL1R2 and MMP8.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1 and ISG15, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1 and HERC6, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1 and RSAD2, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1 and IFI27, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1 and IFI27, and of two to four bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 and MMP8.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1 and OAS1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2, and preferably chosen from OLAH and FAM20A.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15 and HERC6, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15 and RSAD2, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15 and IFI27, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2, and preferably chosen from OLAH and FAM20A.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15 and OAS1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes HERC6 and RSAD2, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes HERC6 and IFI27, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2, and preferably chosen from OLAH and FAM20A.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes HERC6 and OAS1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes HERC6 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes HERC6 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes RSAD2 and IFI27, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes RSAD2 and OAS1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes RSAD2 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes RSAD2 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes IFI27 and OAS1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes IFI27 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes IFI27 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes OAS1 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes OAS1 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes IFI44L and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8 , RETN and SLC1A2.
  • the measurement step comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from SIGLEC1, ISG15 and HERC6, and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • the measurement step comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from SIGLEC1, ISG15 and HERC6, and at least one target gene chosen from IL1R2, OLAH, and FAM20A.
  • the measurement step comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 and IFI44L, and at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • the measurement step comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 and IFI44L, and at least one bacterial target gene chosen among IL1R2, OLAH, and FAM20A.
  • the measurement step comprises or consists of measuring at least one viral target gene chosen from SIGLEC1, ISG15 and HERC6, and at least two bacterial target genes chosen from SLC1A2, IL1R2, OLAH, FAM20A and RETN and MMP8, and preferably IL1R2, OLAH and FAM20A.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene SIGLEC1 and at least two bacterial target genes chosen from the group consisting of OLAH, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, RETN and MMP8.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene ISG15 and of at least two bacterial target genes chosen from the group consisting of OLAH, SLC1A2 , IL1R2, FAM20A, RETN and MMP8.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene SIGLEC1 and the bacterial target gene OLAH, and at least one other target gene chosen from the group consisting of ISG15, HERC6, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, RETN and MMP8.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene SIGLEC1 and the bacterial target gene IL1R2, and at least one other target gene chosen from ISG15, HERC6, SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN and MMP8, and preferably chosen from SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN and MMP8.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, ISG15 and HERC6, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, ISG15 and RSAD2, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, ISG15 and IFI27, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, ISG15 and OAS1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, ISG15 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, ISG15 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, HERC6 and RSAD2, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, HERC6 and IFI27, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, HERC6 and OAS1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, HERC6 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC 1, HERC6 and IFI44L, and one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC 1, RSAD2 and IFI27, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, RSAD2 and OAS1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, RSAD2 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC 1, RS AD2 and IFI44L, and one or more bacterial target genes chosen from OL AH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC 1, IFI27 and OAS1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, IFI27 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, IFI27 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, IFIT1 and OAS1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC 1, OAS1 and OAS1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes SIGLEC1, IFI27 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15, HERC6 and RSAD2, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15, HERC6 and IFI27, and one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15, HERC6 and OAS1, and one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15, HERC6 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15, HERC6 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15, RSAD2 and IFI27, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15, RSAD2 and OAS1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15, RSAD2 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15, RSAD2 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15, IFI27 and OAS1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15, IFI27 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15, IFI27 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15, OAS1 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15, OAS1 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes ISG15, IFIT1 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes HERC6, RSAD2 and IFI27, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes HERC6, RSAD2 and OAS1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes HERC6, RSAD2 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes HERC6, RSAD2 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes HERC6, IFI27 and OAS1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes HERC6, IFI27 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes HERC6, IFI27 and IFI44L, and one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes HERC6, OAS1 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes HERC6, OAS 1 and IFI44L, and one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes HERC6, IFI44L and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes RSAD2, OAS1 and IFI27, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes RSAD2, IFI27 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes RSAD2, IFI27 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes RSAD2, OAS1 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes RSAD2, OAS1 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes RSAD2, IFIT1 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes IFI27, OAS1 and IFIT1, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes IFI27, OAS1 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes IFI27, IFIT1 and IFI44L and one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes OAS1, IFIT1 and IFI44L, and of one or more bacterial target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a combination of three target genes chosen from those listed in Table 7, and preferably those which present a performance in terms of area under the ROC curve of the model of at least 0.86, at least 0.88, and most particularly, at least 0.90.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of a combination of three target genes chosen from the following combinations: SIGLEC1JL1R2 FAM20A, HERC6 IL 1R2 FAM20 A, SIGLEC1_SLC1A2_OLAH ,
  • SIGLEC1 HERC6 IL1R2 SIGLEC1 FAM20A OLAH, SIGLEC1 JL1R2 MMP8, SIGLEC1 ISG15 IL1R2, SIGLEC1 SLC1A2 IL1R2, SIGLEC1_IL1R2_OLAH, SIGLEC1_SLC1A2_FAM2OA,
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of a combination of three target genes chosen from the following combinations: SIGLEC 1 IL1R2 FAM20 A, HERC6_IL1R2_FAM2OA, SIGLEC1 SLC1A2 OLAH, SIGLEC 1 HERC6 IL1R2, SIGLEC 1 FAM20A OL AH,
  • SIGLEC 1 IL1R2 MMP8 SIGLEC1_ISG15_IL1R2, SIGLEC 1 SLC1A2 IL1R2, SIGLEC 1 IL1R2 OLAH, SIGLEC1 SLC1A2 FAM20A and HERC6 FAM20A OLAH, and more preferably from SIGLEC 1 IL1R2 FAM20 A, HERC6 IL1R2 FAM20A and SIGLEC 1 SLC1 A2 OL AH.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a combination of a combination of three target genes chosen from the following combinations: IFI27 OLAH FAM20A, IFI27 IL1R2 FAM20A, IFI27 OLAH MMP8, IFI27 HERC6 OLAH,
  • IFI27 IL1R2 OLAH IFI27 ISG15 OLAH, IFI27 OLAH RETN, IFI27 SLC1A2 OLAH,
  • IFI27 SIGLEC 1 OLAH IFI27 SIGLEC 1JL1R2, IFI27 IFI44L OLAH, IFI27 IFIT1 OLAH,
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of at least four target genes.
  • the measurement step comprises or consists of measuring at least two target genes chosen from SIGLEC1, ISG15 and HERC6, and at least two target genes chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2 , MMP8, RETN and SLC1A2, and preferably IL1R2, OLAH and FAM20A.
  • the measurement step comprises or consists of measuring SIGLEC1 and at least three target genes chosen from SLC1A2, IL1R2, OLAH, FAM20A and RETN.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1 and IL1R2, and of at least two other target genes chosen from ISG15, HERC6, SLC1 A2, OLAH, FAM20A, RETN and MMP8, preferably from SLC1A2, OLAH and FAM20A.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1 and HERC6, and of at least two other target genes chosen from ISG15, IL1R2, SLC1A2, OLAH , FAM20A, RETN and MMP8.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1, IL1R2 and FAM20A, and at least one other target gene chosen from ISG15, HERC6, SLC1A2, OLAH, RETN and MMP8.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1 and SLC1A2, and of at least two other target genes chosen from ISG15, IL1R2, HERC6, OLAH , FAM20A, RETN and MMP8, and preferably IL1R2, OLAH, FAM20A and MMP8.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene IFI27, of another viral target gene chosen from HERC6, SIGLEC1, IFI44L and ISG15, of the bacterial target gene FAM20A and another bacterial target gene chosen from OLAH and IL1R2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a combination of four target genes chosen from those listed in Table 8, and preferably those of this table which present a performance in terms of area under the ROC curve of the model of at least 0.86, at least 0.88, and most particularly, at least 0.90.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of a combination of four target genes chosen from the combinations presented in Table 3 below:
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of a combination of four target genes chosen from the following combinations: SIGLEC 1_IL 1R2 FAM20 A MMP8, SIGLEC 1 HERC6 IL 1R2 F AM20 HAS,
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of at least five target genes.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of at least two target genes chosen from SIGLEC1, ISG15 and HERC6 and at least three other target genes chosen from IL1R2 , SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN and MMP8.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1, ISG15 and HERC6 and at least two other target genes chosen from IL1R2, SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN and MMP8, preferably from IL1R2, OLAH and FAM20A.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1 and ISG15 and at least three other target genes chosen from HERC6, IL1R2, SLC1A2, OLAH, FAM20A , RETN and MMP8, preferably from IL1R2, OLAH, FAM20A and MMP8.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1 and IL1R2 and at least three other target genes chosen from HERC6, ISG15, SLC1A2, OLAH, FAM20A , RETN and MMP8, preferably from OLAH, SLC1A2, FAM20A and MMP8.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1 and MMP8 and at least three other target genes chosen from HERC6, ISG15, SLC1 A2, OLAH, FAM20A, RETN and IL1R2, preferably from OLAH, SLC1A2, FAM20A and IL1R2.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1 and HERC6 and at least three other target genes chosen from ISG15, IL1R2, SLC1 A2, OLAH, FAM20A, RETN and MMP8, preferably from IL1R2, OLAH, FAM20A and MMP8.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1, FAM20A and MMP8, and of at least two other target genes chosen from IL1R2, ISG15, HERC6 , SLC1A2, OLAH, and RETN, preferably from IL1R2, ISG15, SLC1A2 and OLAH.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1, IL1R2 and HERC6 and at least two other target genes chosen from ISG15, SLC1A2, OLAH, FAM20A , RETN and MMP8.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1, IL1R2 and ISG15 and at least two other target genes chosen from HERC6, SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN and MMP8.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of a combination of five target genes chosen from the combinations presented in Table 4 below:
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of a combination of five target genes chosen from the following combinations: SIGLEC1_HERC6_IL1R2_FAM2OA_MMP8, SIGLEC1 _IL1R2_FAM20A_OLAH_MMP8;
  • SIGLEC1_HERC6_IL1R2_FAM20A_OLAH SIGLEC1_SLC1A2_FAM20A_OLAH_MMP8 and SIGLEC1_ISG15_IL1R2_FAM20A_OLAH.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target gene IFI27, of two other viral target genes chosen from SIGLEC1, HERC6, OAS1 and IFIT1, of the gene bacterial target FAM20A and another bacterial target gene chosen from OLAH, IL1R2 and MMP8.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a combination of five target genes chosen from those listed in Table 9, and preferably those of this table which present a performance in terms of area under the ROC curve of the model of at least 0.86, at least 0.88, and most particularly, at least 0.90.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes IFI27 and SIGLEC1, and of the bacterial target genes FAM20A, IL1R2 and MMP8.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of at least six target genes.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1, ISG15 and HERC6 and at least three other target genes chosen from IL1R2, SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN and MMP8.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1, FAM20A and MMP8 and at least three other target genes chosen from ISG15, HERC6, IL1R2 , SLC1A2, OLAH, and RETN.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1, ISG15 and SLC1 A2, and at least three other target genes chosen from HERC6, IL1R2 , OLAH, FAM20A, MMP8 and RETN.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1 and IL1R2, and of at least four other target genes chosen from, HERC6, SLC1 A2, OLAH, FAM20A, RETN and MMP8.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1 and HERC6, and of at least four other target genes chosen from ISG15, IL1R2, SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN and MMP8.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1 and MMP8, and of at least four other target genes chosen from HERC6, ISG15, IL1R2, SLC1A2, OLAH, FAM20A, and RETN.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1 and OLAH, and of at least four other target genes chosen from HERC6, ISG15, IL1R2, SLC1A2, MMP8, FAM20A, and RETN.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of a combination of six target genes chosen from the following combinations:
  • SIGLEC1_ISG15_SLC1A2_FAM20A_OLAH_MMP8 SIGLEC1_ISG15_SLC1A2_FAM20A_OLAH_MMP8 ;
  • SIGLEC 1 ISG15_HERC6_FAM20A_RETN_MMP8 ;
  • SIGLEC1_SLC1A2_IL1R2_OLAH_RETN_MMP8 SIGLEC1_SLC1A2_IL1R2_OLAH_RETN_MMP8 ;
  • SIGLEC 1 ISG15 SLC 1A2 IL 1R2 OL AH RETN ;
  • SIGLEC1_ISG15_SLC1A2_OLAH_RETN_MMP8 SIGLEC1_ISG15_SLC1A2_OLAH_RETN_MMP8 ;
  • SIGLEC1_ISG15_IL1R2_OLAH_RETN_MMP8
  • ISG15 SLC 1 A2 IL 1R2 FAM20 A OLAH MMP8;
  • SIGLEC1_ISG15_HERC6_OLAH_RETN_MMP8 SIGLEC1_ISG15_HERC6_OLAH_RETN_MMP8 ;
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of a combination of six target genes chosen from the following combinations:
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes IFI27 and SIGLEC1, of another viral target gene chosen from IFIT1, HERC6, ISG15 and ISG15 , bacterial target genes FAM20A and MMP8, and another bacterial target gene chosen from OLAH and ILlR2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a combination of six target genes chosen from those listed in Table 10, and preferably those of this table which present a performance in terms of area under the ROC curve of the model of at least 0.86, at least 0.88, and most particularly, at least 0.90.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of at least seven target genes.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the target gene SIGLEC1 and six other target genes chosen from ISG15, HERC6, OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the target gene MMP8 and six other target genes chosen from ISG15, HERC6, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH , RETN and SIGLEC 1.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1 and MMP8, and of at least four other target genes chosen from ISG15, HERC6, IL1R2, SLC1A2, OLAH, FAM20A, and RETN, preferably from ISG15, HERC6, IL1R2, OLAH, FAM20A, and RETN.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1 and ISG15, and of five other target genes chosen from HERC6, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH , RETN and MMP8.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1, ISG15 and HERC6, and of four other target genes chosen from SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH , RETN and MMP8.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1, FAM20A and MMP8, and of at least three other target genes chosen from ISG15, HERC6, IL1R2, SLC1A2, OLAH and RETN, and preferably from ISG15, HERC6, IL1R2, OLAH and RETN.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of the target genes SIGLEC1, FAM20A, IL1R2 and MMP8, and of at least two other target genes chosen from ISG15, HERC6, SLC1A2, OLAH and RETN, and preferably from ISG15, HERC6, OLAH and RETN.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of seven target genes chosen from the following combinations:
  • SIGLEC 1 ISG15 SLC 1A2 IL 1R2 FAM20 A OLAH MMP8;
  • SIGLEC 1 ISG15 SLC 1A2 IL 1R2 FAM20 A RETN MMP8;
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of seven target genes chosen from the following combinations:
  • SIGLEC 1 ISG15 SLC 1A2 IL 1R2 FAM20 A OLAH MMP8;
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of the viral target genes IFI27 and SIGLEC1, and of two other viral target genes chosen from IFITl, OAS1, HERC6 and ISG15, bacterial target genes FAM20A and MMP8, and another bacterial target gene chosen from OLAH and IL1R2
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a combination of seven target genes chosen from those listed in Table 11, and preferably those of this table which present a performance in terms of area under the ROC curve of the model of at least 0.86, at least 0.88, and most particularly, at least 0.90.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of at least eight target genes.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of SIGLEC1 and ISG15, and of at least six other target genes chosen from HERC6, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH , RETN and MMP8.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of SIGLEC1, MMP8 and at least six other target genes chosen from HERC6, ISG15, SLC1A2, IL1R2, FAM20A , OLAH, and RETN.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of SIGLEC1, MMP8 and ISG15, and of at least five other target genes chosen from HERC6, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH, and RETN.
  • the measurement step comprises or consists of measuring the expression of a combination of eight target genes chosen from the following combinations:
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a combination of eight target genes chosen from those listed in Table 12, and preferably, those which present a performance in terms of area under the ROC curve of the model of at least 0.87, at least 0.88, and most particularly, at least 0.89.
  • the method comprises a step of measuring the variation in the expression of at least nine target genes.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a combination of nine target genes chosen from those listed in Table 13, and preferably those which present a performance in terms of area under the ROC curve of the model of at least 0.87, at least 0.88, and most particularly, at least 0.89.
  • the method comprises a step of measuring the variation in the expression of the ten target genes.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a combination of ten target genes chosen from those listed in Table 14, and preferably those which present a performance in terms of area under the ROC curve of the model of at least 0.87, at least 0.88, and most particularly, at least 0.89.
  • the method comprises a step of measuring the variation in the expression of at least eleven target genes.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a combination of eleven target genes chosen from those listed in Table 15, and preferably those which present a performance in terms of area under the ROC curve of the model of at least 0.86, and most particularly, of at least 0.87.
  • the method comprises a step of measuring the variation in the expression of at least twelve target genes.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a combination of twelve target genes chosen from those listed in Table 16, and preferably those which present a performance in terms of area under the ROC curve of the model of at least 0.86, and most particularly, of at least 0.87.
  • the method comprises a step of measuring the variation in the expression of at least thirteen target genes.
  • step (a) comprises or consists of measuring the expression of a combination of thirteen target genes chosen from those listed in Table 17.
  • biological sample we refer in this description to any sample coming from a subject and which may be of different natures, such as blood or its derivatives, sputum, urine, stools, skin, liquid cerebrospinal fluid, bronchoalveolar lavage fluid, abdominal cavity puncture fluid, saliva, gastric secretions, semen, seminal fluid, tears, spinal cord, trigeminal nerve ganglion, adipose tissue, lymphoid tissue, placental tissue, gastrointestinal tract tissue, genital tract tissue, or central nervous system tissue.
  • blood or its derivatives sputum, urine, stools, skin, liquid cerebrospinal fluid, bronchoalveolar lavage fluid, abdominal cavity puncture fluid, saliva, gastric secretions, semen, seminal fluid, tears, spinal cord, trigeminal nerve ganglion, adipose tissue, lymphoid tissue, placental tissue, gastrointestinal tract tissue, genital tract tissue, or central nervous system tissue.
  • biological reference sample refers to the biological sample from which the expression levels of the target genes, and possibly those of additional genes, in the biological sample to be tested are compared.
  • the biological reference sample is of the same nature as the biological sample to be tested or at least of a compatible nature to constitute a reference for determining the level of expression of the target genes. This sample comes from a subject presenting a bacterial or viral infection, or a pool of biological samples all from patients presenting an infection of the same nature, namely viral or bacterial.
  • the biological reference sample is calibrated to contain the quantity of transcripts of at least two target genes, and possibly one or more additional genes, corresponding to the quantity or concentration representative of the level of expression measured in a pool of samples from subjects with a bacterial infection or a viral infection.
  • the biological reference sample is calibrated to contain the average quantity of transcripts of said target genes obtained from a pool of samples from subjects having a bacterial infection or from subjects having a viral infection.
  • the biological sample may be a biological fluid, such as a blood sample or a sample derived from blood, which may in particular be chosen from whole blood (as collected venously, that is to say containing white and red cells, platelets and plasm(a), plasma, serum, as well as all types of cells extracted from blood, such as peripheral blood mononuclear cells (or PBMC, containing B lymphocytes , T lymphocytes, NK cells, dendritic cells and monocytes), subpopulations of B and T lymphocytes, purified monocytes, or even neutrophils.
  • a biological fluid such as a blood sample or a sample derived from blood, which may in particular be chosen from whole blood (as collected venously, that is to say containing white and red cells, platelets and plasm(a), plasma, serum, as well as all types of cells extracted from blood, such as peripheral blood mononuclear cells (or PBMC, containing B lymphocytes , T lymphocytes, NK cells, dendritic cells and
  • the biological sample used in the method according to the invention is a blood sample, preferably a whole blood sample.
  • the subject is a patient within a hospital, preferably within the emergency department, the intensive care unit, in an intensive care unit (ICU) or in a continuing care unit, and in particular, a patient in the emergency department.
  • the intensive care unit in an intensive care unit (ICU) or in a continuing care unit, and in particular, a patient in the emergency department.
  • ICU intensive care unit
  • the subject is a patient aged less than 6 years, preferably less than 4 years old, and more preferably less than 2 years old.
  • the patient can be in the emergency department, and in particular in a pediatric emergency room.
  • the method makes it possible to identify the nature of the infection with a sensitivity of at least 80%, 85%, 90% or even at least 95%.
  • Sensitivity corresponds to the probability of correctly identifying the viral or bacterial nature of the infection when the subject is infected and can be defined by the following formula: number of true positives
  • Sensitivity - - - - - - - - - - - — - - - - — number of true positives + number of false negatives
  • the method makes it possible to identify the nature of the infection with a specificity of at least 80%, 85%, 90% or even at least 95%.
  • Specificity corresponds to the probability of incorrectly identifying the viral or bacterial nature of the infection. In other words, to identify the presence of a viral infection when it is a bacterial infection, or vice versa. Specificity can be defined by the following formula: number of true negatives
  • ROC Receiveiver Operating Characteristics
  • the method according to the present description makes it possible to identify the viral or bacterial nature of an infection with a performance reflected by an area under the ROC curve of at least 0.85, at least 0.86, at least 0.87, at least 0.88, at least 0.89, and particularly at least 0.90 for the most efficient transcriptomic signatures.
  • the method according to the invention in all its embodiments, can further comprise the measurement of the variation of at least one additional gene chosen from the following genes: PI3, EBI3, ADGRE1 and S100P.
  • the reference value corresponds to a level of expression of transcripts of said gene obtained from a biological reference sample from a subject presenting an infection.
  • the reference value for a given additional gene corresponds to the average of the level of mRNA transcripts of said gene obtained from reference biological samples from a population of subjects presenting a infection.
  • the reference value of each additional gene is determined from a reference biological sample from a subject suffering from a bacterial infection.
  • the reference value of each additional gene is determined from a biological reference sample from subjects suffering from a viral infection.
  • the method according to the invention comprises measuring the variation in the expression of all the target genes and the following additional genes: SIGLEC1, ISG15, HERC6, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH, RETN, MMP8, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L, PI3, EBI3, ADGRE1 and S100P.
  • the method comprises the steps:
  • a biological blood sample preferably whole blood, from a subject with an infection
  • reagents specific for the expression products of one or more viral genes according to the present description, and of at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2 , and optionally one or more additional genes chosen from PI3, EBI3, ADGRE1 and S100P,
  • the method comprises the steps:
  • a biological blood sample preferably whole blood, from a subject with an infection
  • the kit comprises reagents specific for the expression products of at least three target genes, four target genes, five target genes, six target genes, seven target genes, eight target genes or all target genes.
  • the kit allows the implementation of the method according to the invention.
  • the kit according to the invention can therefore be advantageously used for determining the viral or bacterial nature of an infection.
  • the specific reagents allowing gene expression to be measured are known to those skilled in the art and according to a particular embodiment, these are amplification primers and/or hybridization probes.
  • the level of transcripts determined may not correspond directly to the quantity of transcripts present in the biological sample, but be a derived value representative of the quantity of transcripts.
  • the quantitative determination can include a step of amplification and/or normalization and/or calculation of a ratio...
  • kit we mean a set of products and/or tools to be used together to obtain, in particular, the determination of the level of transcripts of the target genes defined in the context of the invention.
  • the necessary reagents may or may not be grouped together in the same kit or device.
  • amplification primer or “primer” means a nucleotide fragment which may consist of 5 to 100 nucleotides, preferably 15 to 30 nucleotides, and having hybridization specificity with a target nucleotide sequence, under conditions determined for the initiation of an enzymatic polymerization, for example in an enzymatic amplification reaction of the target nucleotide sequence.
  • “pairs of primers” are used, consisting of two primers.
  • transcripts The person skilled in the art is entirely able, from the sequence of a gene, and in particular from the sequence of the corresponding transcripts, for example those listed in Table 2, to determine the nucleotide sequences of the primers in order to allow amplification. transcripts.
  • primers are present in the kit, said primers comprising, or consisting of, a nucleotide sequence complementary to at least part of a sequence of the transcripts as presented in Table 2 previously.
  • probe or “hybridization probe” means a nucleotide fragment typically consisting of 5 to 100 nucleotides, preferably 15 to 90 nucleotides, even more preferably 15 to 35 nucleotides, having hybridization specificity. under specific conditions to form a hybridization complex with a target nucleotide sequence.
  • the probe also includes a reporter (such as a fluorophore, an enzyme or any other detection system), which will allow detection of the target nucleotide sequence.
  • the target nucleotide sequence may be a nucleotide sequence included in a messenger RNA (mRNA) or a nucleotide sequence included in a complementary DNA (cDNA) obtained by reverse transcription of said mRNA.
  • mRNA messenger RNA
  • cDNA complementary DNA
  • hybridization is meant the process during which, under appropriate conditions, two nucleotide fragments, such as for example a hybridization probe and a target nucleotide fragment, having sufficiently complementary sequences, are capable of forming a double strand with stable and specific hydrogen bonds.
  • a nucleotide fragment "capable of hybridizing" with a polynucleotide is a fragment capable of hybridizing with said polynucleotide under hybridization conditions, which can be determined in each case in a known manner.
  • the hybridization conditions are determined by stringency, that is to say the rigor of the operating conditions. The hybridization is all the more specific as it is carried out at higher stringency.
  • Stringency is defined in particular as a function of the base composition of a probe/target duplex, as well as by the degree of mismatch between two nucleic acids.
  • the stringency can also be a function of the reaction parameters, such as the concentration and type of ionic species present in the hybridization solution, the nature and concentration of denaturing agents and/or the hybridization temperature.
  • the stringency of the conditions under which a hybridization reaction must be carried out will depend mainly on the hybridization probes used. All these data are well known and the appropriate conditions can be determined by those skilled in the art.
  • the temperature for the hybridization reaction is between approximately 20 and 70°C, in particular between 35 and 65°C in a saline solution at a concentration of approximately 0 .5 to 1 M.
  • a step of detecting the hybridization reaction is then carried out.
  • the kit comprises a control sample calibrated to contain the quantity of transcripts of at least two target genes, and possibly one or more additional genes, corresponding to the quantity or concentration representative of the level of expression measured in a pool of samples from subjects with a bacterial infection and/or a control sample calibrated to contain the quantity of transcripts of at least two target genes, and possibly one or more additional genes, corresponding to the quantity or at the concentration representative of the expression level measured in a pool of samples from subjects with a viral infection.
  • control sample is calibrated to contain the average quantity of transcripts of said target genes obtained from a pool of samples from subjects having a bacterial infection or from subjects having a viral infection.
  • the reagents specific for the expression of target genes can be linked to the same solid support.
  • the kit can therefore comprise a solid support comprising one or more oligonucleotide(s) suitable for determining the level of transcripts of the or each target gene, or even one or several oligonucleotide(s) suitable for determining the level of transcripts of the gene or each selected housekeeping gene, or even one or more oligonucleotide(s) suitable for detecting at least one target gene, such as previously described.
  • Such solid supports are well known to those skilled in the art, and in particular described in applications WO2008/140568 and WO2017/093672 to which reference may be made for more details.
  • the kit in all its embodiments, may also include reagents specific for the expression products of one or more additional genes chosen from PI3, EBI3, ADGRE1 and S100P and their combinations.
  • the kit may also include, in the same manner as defined above, a value for the expression level of additional genes and/or control samples (positive or negative) of said additional genes.
  • the kit in all its embodiments, may also include reagents specific for the expression products of one or more housekeeping genes.
  • the kit according to the invention may comprise reagents specific to the expression products of each selected housekeeping gene.
  • the kit is in the form of a consumable integrating nucleic acid purification, multiplex nested PCR and detection in a single consumable in the form of a FilmArray® cassette or pocket.
  • a consumable is advantageously intended for use with the BioFire® FilmArray® V2.0 and Torch systems.
  • Another object concerns the use of a kit as defined above to determine the viral or bacterial nature of an infection in a subject.
  • Another subject of the present description relates to a method comprising the quantitative measurement, in particular by RT-qPCR, of the mRNAs of at least one viral target gene chosen from IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1, IFI44L, and of at least one bacterial target gene chosen from OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN and SLC1A2, and optionally one or more additional genes as defined above, in a biological blood sample from a subject presenting an infection.
  • the description also concerns the methods for determining the viral or bacterial nature of an infection in an infected subject as defined above, which further comprise a step of treating the viral or bacterial infection.
  • the treatment comprises the administration of at least one antiviral agent.
  • the antiviral agent can be chosen from the following agents: amantadine, rimantadine, ritonavir, cobicistat, interferon alfa-2b/ribavirin, ombitasvir/paritaprevir/ritonavir, peginterferon alfa-2a, peginterferon alfa-2b, maraviroc , raltegravir, dolutegravir, elvitegravir, sofosbuvir, enfuvirtide, foscamet, fomivirsen, zanamivir, oseltamivir, peramivir, nevirapine, etravirine, efavirenz, rilpivirine, delavirdine, nevirapine
  • the treatment comprises the administration of at least one antibiotic.
  • the antibiotic can be chosen from the following antibiotics: erythromycin, clindamucin, gentamicin, tetracycline, amoxicillin, amikacin, aztreonam, chloramphenicol, ceftazidime, clindamycin, cefalotin, ciprofloxacin, colistin, cefotetan, cefotaxime, erythromycin, fusidic acid, fosfomycin, cefoxitin, furans, gentamicin, imipenem, kanamycin, lincomycin, cefamandole, minocycline, latamoxef, metronidazole, nalidixic acid, netilmicin, oxacillin, benzylpenicillin, pebucin, azidime, clindamycin, cefalotin, ciprofloxacin, colistin, cefo
  • the present invention is illustrated in a non-limiting manner from the following examples.
  • the patient samples were divided into two data groups.
  • the first is the “explain” function of the FastShap package which is derived from game theory.
  • a reward is given to the biomarkers which contribute the most in the machine learning model to classify patients and allow the identification of the nature of the infection (viral or bacterial).
  • the second method is the IML package's "Featureimp" function which returns the factor by which the model's prediction error increases when a feature is mixed.
  • the selection made it possible to identify viral biomarkers, and in particular biomarkers involved in the interferon pathway and antigen presentation mediated by MHC class II, but also bacterial biomarkers, in particular the SLC1A2 biomarkers, IL1R2, FAM20A, OLAH, RETN and MMP8.
  • Performance was also evaluated and confirmed on two other machine learning models, namely Random Forest and Partial Least Squares-Discriminant (PLS) regression.
  • PLS Partial Least Squares-Discriminant
  • BoxPlot analysis reveals the overexpression/underexpression of different target genes depending on the nature of the infection.
  • the genes SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH, RETN and MMP are overexpressed during a bacterial infection while the genes SIGLEC1, ISG15, HERC6, IFI44L, RSAD2, IFI27, OAS1 and IFIT1 are overexpressed during an infection viral.
  • transcriptomic signatures according to the invention make it possible to determine the viral or bacterial nature of an infection in an infected patient with a robust level of performance because the AUCs obtained on the TEST set are generally equal to or greater than the AUCs obtained on the set.

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Abstract

La présente invention a pour objet des méthodes in vitro ou ex vivo et des kits pour déterminer à partir d'un échantillon biologique d'un sujet la nature d'une infection, à savoir virale ou bactérienne, par l'intermédiaire de l'identification de la variation du niveau d'expression de plusieurs biomarqueurs. En particulier, la méthode comprenant les étapes de (a) mesure de l'expression d'au moins un gène cible viral et d'au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, de (b) comparaison des expressions mesurées à l'étape (a) avec des valeurs d'expression de références desdits gènes cibles, et de (c) conclusion quant à la nature virale ou bactérienne de l'infection sur la base des résultats de comparaison.

Description

METHODE POUR DETERMINER LA NATURE VIRALE OU BACTERIENNE D’UNE INFECTION
DOMAINE TECHNIQUE
La présente invention concerne le domaine technique des méthodes et kits de diagnostic in vitro. En particulier, l’invention a pour objet des méthodes et kits pour déterminer à partir d’un échantillon biologique d’un sujet la nature d’une infection, à savoir virale ou bactérienne, par l’intermédiaire de l’identification de la variation du niveau d’expression de plusieurs biomarqueurs.
TECHNIQUE ANTERIEURE
Les virus et les bactéries interagissent avec différents récepteurs de reconnaissance à la surface des leucocytes présents dans le sang circulant. Cette interaction entraine chez l’hôte des évènements transcriptionnels spécifiques qui régulent la réponse immunitaire (Takeuchi et al. 2010). Par conséquent, l’activation différentielle des programmes transcriptionnels de l’hôte génère des signatures transcriptomiques uniques qui peuvent permettre de distinguer les causes virales des causes bactériennes.
Dans ce contexte, l'analyse du profil transcriptomique de l'hôte peut fournir une approche indirecte de la détection de la nature d’une infection, complétant ainsi les approches directes, telles que la culture ou l'amplification des acides nucléiques (Ramilo et al. 2009). Cela représente également un intérêt particulier car les infections virales sont fréquemment la cause de fièvre sans source apparente, notamment chez les jeunes enfants.
De plus, en considérant la pratique courante dans les hôpitaux à administrer systématiquement, à titre préventif, des antibiotiques aux patients fébriles jusqu'à l’obtention des résultats des tests de culture implique malheureusement que de nombreuses infections virales sont traitées à tort par des médicaments antimicrobiens.
En outre, il a été démontré que l'administration excessive d'antibiotiques conduit à une augmentation de la résistance bactérienne, non seulement au niveau individuel mais aussi à un niveau plus global. Par conséquent, le mauvais usage et la surutilisation des antibiotiques disponibles contribuent activement au développement des résistances antimicrobiennes (Fauci et al. 2014). De surcroit, en raison des difficultés à distinguer les étiologies virales, bactériennes ou non infectieuses, un certain nombre de patients sont traités de manière inappropriée avec des antibiotiques à des taux élevés.
Une distinction précoce entre les patients présentant une infection virale et ceux présentant une infection bactérienne pourrait donc permettre une prise en charge plus précise et plus fine desdits patients, tout en réduisant de manière significative l'utilisation inutile d’antibiotique.
Depuis quelques années, la découverte de biomarqueurs capables de distinguer, à partir de l'expression génétique du sang total, les infections virales des infections bactériennes présentant des phénotypes cliniques initiaux similaires, suscite un intérêt croissant. Des auteurs ont par exemple décrit que les profils transcriptionnels des enfants fébriles viropositifs et des enfants fébriles atteints d'infection bactérienne aiguë diffèrent des profils des enfants non fébriles viropositifs et négatifs (Hu et al. 2013).
Des efforts croissants sont ainsi déployés pour développer des biomarqueurs de l'hôte permettant de distinguer les infections virales des infections bactériennes, notamment chez les enfants fébriles (D. Brown et al. 2016). Cet intérêt découle non seulement de la nécessité de distinguer les infections bactériennes potentiellement mortelles des infections virales, mais aussi d'éviter la prescription inutile d'une antibiothérapie empirique, quelle que soit la gravité de l'infection. Comme mentionné précédemment, la surconsommation d'antibiotiques dans le monde entier accélère la résistance aux antimicrobiens (AMR), qui est reconnue par l’Organisation Mondiale de la Santé comme l'une des plus grandes menaces pour la santé humaine dans les années à venir.
Par exemple, le document W02018011316 décrit une méthode pour identifier un sujet présentant une infection bactérienne. En particulier, la méthode consiste à détecter dans un échantillon d’ARNm la modulation de l’expression de 2 à 10 gènes choisis parmi la signature génique suivante : IFI44L, FAM89A, IFI27L, IFTI1, RSAD2, IFIT3, OTOF, IFIT2, EPSTI1, SERPING1, OAS1, IFI6, HLA-DRB6, HBZ, HS.386275, EIF2AK2, IFIT1L, FCER1A, C21ORF7, GYPE, GYPB, HBM, EIF1AY, LOC649143, HBD, FBX07, KCNMA1, MERTK, EBI3, UPB1, EMR1, PTPN20, TMEM119, SLPI, S100P et PI3.
La discrimination entre une infection virale et une bactérienne à partir de d’une signature transcriptomique a également été décrite par d’autres auteurs. En particulier, à partir d’une cohorte indépendante de 623 patients, lesquels présentaient une infection bactérienne, une infection virale, une co-infection ou une maladie non infectieuse, une signature de 45 ARNm a été identifiée pour discriminer entre une infection virale ou bactérienne (E L.Tsalik et al., 2021).
Cependant, des efforts supplémentaires sont nécessaires pour évaluer la précision et l'utilité diagnostique des biomarqueurs, notamment transcriptomiques, avant qu'ils puissent être transformés en test cliniquement applicable pour déterminer l’origine virale ou bactérienne d’une infection.
Ainsi, bien que des solutions existent, il demeure toujours un besoin de développer de nouvelles signatures transcriptomiques permettant d’identifier la nature d’une infection et de discriminer ainsi les étiologies virales et bactériennes. Cela revêt une importance toute particulière afin d’améliorer la prise en charge des patients, notamment des enfants fébriles, de réduire l’utilisation inappropriée d’antibiotiques et participer à la lutte contre le développement de la résistance aux antibiotiques.
Résumé
La présente invention est basée sur l’identification de signatures transcriptomiques associées aux infections virales et bactériennes. La méthode selon l’invention permet d’identifier chez un sujet diagnostiqué comme ayant une infection, ou suspecté d’avoir une infection, la nature de ladite infection, afin de sélectionner la prise en charge la plus adaptée. De manière tout à fait avantageuse, la méthode selon l’invention permet d’exclure la présence d’une infection bactérienne et de limiter l’utilisation inappropriée d’antibiotiques.
Ainsi, un premier aspect de l’invention concerne une méthode in vitro ou ex vivo pour déterminer la nature d’une infection chez un sujet par la mesure, à partir d’un échantillon biologique dudit sujet, de la variation du niveau d’expression d’au moins un gène cible viral et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
La méthode selon l’invention, à partir d’un échantillon biologique d’un sujet infecté ou susceptible d’être infecté, comprend ainsi les étapes suivantes: (a) mesure de l’expression d’au moins un gène cible viral et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi les gènes cibles bactériens OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2,
(b) comparaison des expressions mesurées à l’étape (a) avec des valeurs d’expression de références prédéterminées desdits gènes cibles, et
(c) conclusion quant à la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des résultats de comparaison.
Les avantages de la méthode selon l’invention sont nombreux, notamment :
(i) Différencier de façon précise la nature virale ou bactérienne de l’infection avec un niveau de performance élevée, la majorité des combinaisons de biomarqueurs ayant une performance en termes d’aire sous la courbe (AUC) d’au moins 0,85, voire d’au moins 0,90 parfois,
(ii) Exclure la présence d’une infection bactérienne, .
(iii) Identifier rapidement des variations significatives du niveau d’expression des gènes, notamment par la mise en œuvre de systèmes automatisés ou par l’intermédiaire des kits de détection selon l’invention,
(iv) Eviter l’identification de faux positifs correspondant à la présence de bactéries ou de virus non pathogéniques naturellement présents chez les sujets,
(v) Permettre une identification de la nature de l’infection lorsque le pathogène n’est pas identifiable ou lorsqu’il est inaccessible. En effet, la présente méthode ne nécessite pas un accès direct au pathogène, seul un échantillon biologique du sujet est nécessaire.
Après de nombreuses recherches, il est ainsi du mérite des inventeurs d’avoir identifié une signature transcriptomique dont l’expression est caractéristique de la nature virale ou bactérienne de l’infection et d’utiliser la mesure de la variation de cette expression pour identifier la source de l’infection. Cela est d’autant plus remarquable qu’il est particulièrement difficile d’identifier des gènes cibles bactériens performants qui permettent notamment, lorsqu’ils sont combinés avec des gènes cibles viraux, d’exclure la présence d’une infection bactérienne.
L’identification de la nature d’une infection présente un intérêt certain en permettant notamment d’accompagner le clinicien dans une prise en charge plus adaptée et personnalisée, notamment pour éviter la prescription inutile d’antibiotique lorsque l’infection est de nature virale ou lorsque la présence d’une infection bactérienne est exclue.
De préférence, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi les gènes viraux de l’hôte impliqués dans la voie des cytokines pro-inflammatoires, dans la voie de l’interféron, dans la voie de signalisation des récepteurs Toll-like (« Toll-like receptors » ou TLR), dans la voie de signalisation des récepteurs RIG-I-like (« RIG-I-like receptors » ou RLR) et dans la voie de la présentation antigènique médiée par le Complexe Majeur d’Histocompatibilité (CMH) de classe II, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
De préférence, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi les gènes viraux de l’hôte impliqués dans la voie de l’interféron et de la présentation antigènique médiée par le CMH de classe II, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
De préférence, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi les gènes viraux de l’hôte impliqués dans la voie de la voie de l’interféron, et en particulier, lesdits gènes sont choisis parmi les gènes cibles viraux IFI27, IFN-a, IFN-P, IFN-e, IFN-K, IFN-CÛ, IFN-y, IFNL1, IFNL2, IFNL3, ADAR1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFIT5, IFI44L, ISG15, ISG20, MDA5, OAS1, OAS2, OAS3, OASL, PARP12, PKR, RIG-I, RNaseL, TRIM25, ZAP, ZCCHC3, ZNFX1, RBBP6, SHFL, TRIM22, TRIM25, TRIM32, TRIM69, Vipérin, HERC1, HERC2, HERC3, HERC4, HERC5, HERC6 et leurs combinaisons, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
De préférence, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L, SIGLEC1, ISG15 et HERC6, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
De préférence, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L, SIGLEC1, ISG15 et HERC6, et du gène cible bactérien FAM20A et éventuellement d’au moins un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
De préférence, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi ISG15 et OAS1, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
De préférence, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi SIGLEC1, ISG15 et HERC6 et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2. De préférence encore, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure des gènes cibles viraux SIGLEC1, ISG15 et HERC6, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
De préférence, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L, SIGLEC1, ISG15 et HERC6, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2
De préférence, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi SIGLEC1, ISG15 et HERC6, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
De préférence, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1, IFI44L et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2,
De préférence, l’étape (a) comprend la mesure de l’expression du gène cible viral IFI27 et du gène cible bactérien OLAH, et de préférence encore, également la mesure de l’expression du gène cible bactérien FAM20A.
De préférence, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression de deux gènes cibles viraux choisis parmi IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1 et IFI44L et de deux gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, et de préférence choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2 et MMP8.
De préférence, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression de deux à cinq gènes cibles viraux choisis parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 et IFI44L et de trois ou quatre gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, et de préférence choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2 et MMP8.
De préférence, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral IFI27, et éventuellement d’au moins un autre gène viral choisi parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1, IFI44L, et d’au moins deux gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, et de préférence choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2 et MMP8.
De préférence, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi SIGLEC1, ISG15 et HERC6, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, de préférence parmi IL1R2, OLAH et FAM20A.
De préférence, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1 et IFI44L, du gène cible bactérien OLAH, et d’au moins un autre gène cible bactérien choisi parmi FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, de préférence parmi FAM20A, IL1R2 et MMP8.
De préférence, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1 et IFI44L, du gène cible bactérien FAM20 A, et d’au moins un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, de préférence parmi OLAH, IL1R2 et MMP8.
De préférence, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral IFI27, d’un autre gène cible viral choisi parmi HERC6, SIGLEC1, IFI44L et ISG15, du gène cible bactérien FAM20A et d’un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH et IL1R2.
De préférence, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral IFI27, de deux autres gènes cibles viraux choisis parmi SIGLEC1, HERC6, OAS1 et IFIT1, du gène cible bactérien FAM20A et d’un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH, IL1R2 et MMP8.
De préférence, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux IFI27 et SIGLEC1, d’un autre gène cible viral choisi parmi IFIT1, HERC6, ISG15 et ISG15, des gènes cibles bactériens FAM20A et MMP8, et d’un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH et IL1R2.
De préférence, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux IFI27 et SIGLEC1, et de deux autres gènes cibles viraux choisis parmi IFIT1, OAS1, HERC6 et ISG15, des gènes cibles bactériens FAM20A et MMP8, et d’un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH et IL1R2.
De préférence, l’étape (a) consiste en la mesure d’une combinaison de gène cibles viraux et bactériens choisie parmi les combinaisons de gènes cibles listés dans les tableaux 6 à 12 et qui présentent une AUC du modèle pour la détermination de la nature virale ou bactérienne de l’infection d’au moins 0,90. De préférence, dans la méthode selon l’invention, la valeur d’expression de référence des gènes cibles correspond à l’expression respectives desdits gènes cibles dans un échantillon biologique de référence obtenu chez un sujet ayant une infection bactérienne. Ainsi, il pourra être conclu à une infection de nature virale lorsque la comparaison du niveau d’expression des gènes cibles au niveau des transcrits ARNm par rapport aux valeurs de référence respectives, met en évidence au moins une variation d’expression choisie parmi:
- une surexpression de SIGLEC1,
- une surexpression de ISG15,
- une surexpression de HERC6,
- une surexpression de RSAD2,
- une surexpression de IFI27,
- une surexpression de OAS1,
- une surexpression de IFIT1, et
- une surexpression de IFI44L, et au moins une autre variation d’expression choisie parmi :
- une sous expression de SLC1A2,
- une sous expression de IL1R2,
- une sous expression de FAM20A,
- une sous expression de OLAH,
- une sous expression de RETN, et
- une sous expression de MMP8.
De préférence encore, dans la méthode selon l’invention la valeur d’expression de référence desdits gènes cibles correspond à l’expression respectives desdits gènes cibles dans un échantillon biologique de référence obtenu chez un sujet ayant une infection virale. Ainsi, il peut être conclu à une infection de nature bactérienne lorsque les résultats de comparaison d’expression des gènes cibles met en évidence au moins deux variations choisies parmi les variations suivantes :
- une sous expression de SIGLEC1,
- une sous expression de ISG15,
- une sous expression de HERC6,
- une sous expression de RSAD2,
- une sous expression de IFI27,
- une sous expression de OAS1, - une sous expression de IFIT1, et
- une sous expression de IFI44L, et au moins une autre variation d’expression choisie parmi :
- une surexpression de SLC1A2,
- une surexpression de IL1R2,
- une surexpression de FAM20A,
- une surexpression de OLAH,
- une surexpression de RETN, et
- une surexpression de MMP8.
De préférence, la méthode selon l’invention comprend en outre une étape (a’) de mesure de l’expression d’au moins un gène cible additionnel choisi parmi PI3, EBI3, ADGRE1 et S100P, une étape (b’) de comparaison des expressions mesurées à l’étape (a’) avec des valeurs d’expression de références desdits gènes cibles additionnels et une étape (c’j de conclusion quant à la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des résultats comparaisons.
De préférence, dans la méthode selon l’invention, la mesure de l’expression des gènes cibles est réalisée au niveau des ARNm.
De préférence, dans la méthode selon l’invention, la mesure de la variation d’expression est réalisée par amplification via une RT-PCR, de préférence une RT-PCR quantitative, ou une PCR nichée.
De préférence, dans la méthode selon l’invention, l’expression est normalisée par rapport à l’expression d’un ou plusieurs gènes de ménage choisis parmi DECRI, HPRT1, PPIB, GAPDH, et ACTB.
De préférence, dans la méthode selon l’invention le sujet est un enfant, de préférence un enfant de moins de 4 ans, et de préférence encore, un enfant de moins de 4 ans.
De préférence, dans la méthode selon l’invention, l’échantillon biologique est un échantillon de sang, de préférence un échantillon de sang total.
L’invention concerne également un kit de mesure in vitro ou ex vivo de l’expression d’au moins un gène cible viral choisi parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, ledit kit comprenant des réactifs spécifiques des produits d’expression desdits gènes cibles, lesdits réactifs étant de préférence des amorces ou des sondes. Le kit est particulièrement adapté pour la mise en œuvre de la méthode selon l’invention et permet ainsi de déterminer la nature virale ou bactérienne d’une infection à partir d’un échantillon biologique d’un sujet.
BREVE DESCRIPTION DES FIGURES La Figure 1 représente les box plot de l’expression des gènes cibles SIGLEC1, ISG15, HERC6, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH, RETN et MMP8 obtenue à partir des valeurs brutes de RT-PCR normalisées avec les gènes de ménage DECRI, HPRT1 et PPIB ; A : Infection bactérienne (n=68) ; B : Infection virale (n=123).
La Figure 2 représente les box plot de l’expression des gènes cibles RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 et IFI44L obtenue à partir des valeurs bmtes de RT-PCR normalisées avec les gènes de ménage DECRI, HPRT1 et PPIB ; A : Infection bactérienne (n=68) ; B : Infection virale (n=123).
DESCRIPTION DETAILLEE
Le transcriptome est l'ensemble des ARNs issus de la transcription du génome. L'analyse transcriptomique peut caractériser le transcriptome entier ou partiel, d'un tissu particulier, d'un type cellulaire, ou comparer les transcriptomes entre différentes conditions expérimentales ou cliniques. Les agents pathogènes tels que les virus et les bactéries interagissent chez l’hôte avec différents récepteurs de reconnaissance à la surface des leucocytes présents dans le sang circulant. Comme mentionné précédemment, cette interaction entraine des évènements transcriptionnels spécifiques qui régulent la réponse immunitaire, générant ainsi des signatures transcriptomiques spécifiques.
Les signatures transcriptomiques peuvent donc être des outils d’aide à la décision basées sur une analyse de transcrits de gènes préalablement sélectionnés.
Un premier objet de l’invention concerne une méthode in vitro ou ex vivo pour déterminer la nature virale ou bactérienne d’une infection chez un sujet. Plus particulièrement, les inventeurs ont identifié que la mise en évidence, à partir d’un échantillon biologique d’un sujet infecté ou susceptible d’être infecté, de la variation du niveau d’expression de plusieurs gènes cibles permettait de caractériser la nature virale ou bactérienne de l’infection. En d’autres termes, la méthode selon l’invention permet d’exclure la présence d’une infection bactérienne.
Ainsi, la méthode selon l’invention comprend les étapes suivantes de :
(a) mesure, à partir de l’échantillon biologique d’un sujet infecté, de l’expression d’au moins un gène cible viral et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi les gènes cibles bactériens OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2,
(b) comparaison des expressions mesurées à l’étape (a) avec des valeurs d’expression de références prédéterminées desdits gènes cibles, et
(c) conclusion quant à la nature virale ou bactérienne de l’infection dudit sujet sur la base des résultats de comparaison.
L’expression « gène cible viral », fait référence à un gène de l’hôte dont l’expression est dérégulée en présence d’une infection virale, c’est-à-dire un gène dont l’expression est significativement augmentée ou diminuée en présence de ladite infection. L’expression « gène cible bactérien », fait référence à un gène de l’hôte dont l’expression est dérégulée en présence d’une infection bactérienne, c’est-à-dire un gène dont l’expression est significativement augmentée ou diminuée en présence de ladite infection.
Au sens de la présente description, l’expression « gène cible » fait indifféremment référence à un gène cible viral ou un gène cible bactérien à moins que le contexte ne permette d’identifier clairement qu’il s’agisse d’un gène cible viral ou d’un gène cible bactérien.
Les termes « biomarqueur » ou « marqueur », font référence à une caractéristique biologique mesurable objectivement qui représente un indicateur des processus biologiques normaux ou pathologiques suite à la présence d’une infection. Ainsi, Au sens de la présente invention, les biomarqueurs sont les gènes cibles viraux et les gènes cibles bactériens, et tout particulièrement les transcrits desdits gènes cibles.
Pour l’ensemble de la présente description, lorsqu’il est fait référence à la mesure de l’expression « d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2», cela inclut la possibilité de la mesure de l’expression de plusieurs gènes cibles, englobant ainsi de facto toutes les combinaisons possibles de 2 à 6 gènes cibles bactériens sans qu’il soit nécessaire d’en donner la liste exhaustive. Ceci s’applique pour toutes les listes de gènes cibles introduites dans la présente description par l’expression « au moins » et concerne donc également la mesure de l’expression des gènes cibles viraux.
L’expression « sujet infecté », fait référence à un sujet ayant une infection, en d’autres termes, un sujet ayant été diagnostiqué comme ayant une infection. Le diagnostic de la présence de l’infection peut être réalisé par n’importe quelle méthode connue de la personne du métier permettant d’apporter une telle conclusion. Le diagnostic peut ainsi être réalisé par une méthode moléculaire, comme par exemple un dosage protéique de la procalcitonine (PCT), ou directement par le clinicien sur la base de(s) symptôme(s) ou signe(s) clinique(s) du sujet.
Les symptômes ou signes cliniques associés à la présence d’une infection sont également bien connus de la personne du métier, et on citera à titre d’exemple les maux de tête, des douleurs dans une partie spécifique du corps (l’abdomen par exemple), de la fièvre (>38°C°) avec ou pas des frissons, une température corporelle inférieure à 35,5°C, un symptôme respiratoire choisi dans le groupe comprenant la toux, l'expectoration, la dyspnée, la tachypnée et la douleur pleurétique; une constatation à l'auscultation, une nausée avec ou sans vomissement, une pression artérielle systolique supérieure à 90 mmHg, une fréquence cardiaque supérieure à 120 battements/min, un symptôme d'infection d'un organe ou d'un système organique choisi dans le groupe constitué par les infections des voies respiratoires, les infections des voies digestives, les infections vaginales, les méningites, les septicémies, les érysipèles, les péritonites, les cholangites, les cholécystites et les ostéomyélites.
Dès lors, la méthode selon l’invention permet d’identifier la nature de l’infection dudit sujet.
L’expression « nature de l’infection » fait référence uniquement à l’étiologie de ladite infection, à savoir une infection de nature virale ou une infection de nature bactérienne. La méthode selon l’invention permet ainsi de distinguer une infection virale d’une infection bactérienne, ou inversement. En d’autres termes, la méthode selon l’invention permet d’exclure la présence d’une infection bactérienne. Au sens de la présente description, le terme « sujet » désigne un être humain et de préférence, le sujet est un patient. Par définition, le patient est une personne entrée en contact avec un professionnel de santé, notamment un médecin, une structure médicale ou un établissement de santé.
Les gènes cibles impliqués dans la méthode selon l’invention sont bien connus de la personne du métier mais il est du mérite des inventeurs d’avoir identifié que des signatures transcriptomiques basées sur la variation d’expression desdits gènes pouvaient permettre de déterminer de manière efficace la nature virale ou bactérienne d’une infection.
En effet, la personne du métier est en mesure d’identifier les gènes cibles viraux, pour la mise en œuvre de la méthode selon l’invention. Il en est de même pour les positions chromosomiques desdits gènes cibles qui sont accessibles dans les bases de données publiques, comme par exemple dans la base Ensembl (assemblage GRCh38/hg38).
Ainsi, n’importe quel gène cible viral, dont l’expression est significativement augmentée ou diminuée en présence d’une infection peut être utilisé dans la méthode selon l’invention. De tels gènes sont connus de l’homme du métier.
Par conséquent, les gènes cibles viraux peuvent être choisis parmi les gènes de la voie de l’interféron, de la voie des cytokines pro-inflammatoires, de la voie de signalisation des récepteurs Toll-like (« Toll-like receptors » ou TLR), de la voie de signalisation des récepteurs RIG-I-like (« RIG-I-like receptors » ou RLR), ou encore, de la voie de la présentation antigénique médiée par le CMH de classe IL
Les gènes cibles viraux de la voie de l’interféron, notamment les gènes stimulés parles interférons, dits gènes ISG, sont bien connus de la personne du métier (Schneider et al, 2014 ; Yang et al. 2020). A titre d’exemple de ces gènes, on peut notamment citer IFN-a, IFN-P, IFN-e, IFN-K, IFN-CÛ, IFN-y, IFNL1, IFNL2, IFNL3, ADAR1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFIT5, IFI27, IFI44L, ISG15, ISG20, MDA5, OAS1, OAS2, OAS3, OASL, PARP12, PKR, RIG-I, RNaseL, RSAD2, RBBP6, SIGLEC1, SHFL, TRIM22, TRIM25, TRIM32, TRIM69, Vipérin, ZAP, ZCCHC3, et ZNFXl.
Les gènes cibles viraux de la voie des cytokines pro-inflammatoires sont également bien connus de la personne du métier (Mogensen et al. 2001). A titre d’exemple de ces gènes, on citera notamment TNFa, IL-ip, IL-6, IL-IRa, IL-8, GM-CSF, MIP-lo, MIP-ip, IL-10, IL-la, TGF-P, TGF-pi, IL-2, IL-4, IL-13, IL-15, IL-3, IL-5, IP10, et SCM-1.
Ainsi, selon un mode de réalisation particulier, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi les gènes viraux de l’hôte impliqués dans la voie des cytokines proinflammatoires, et en particulier choisis parmi les gènes cibles viraux TNFa, IL-ip, IL-6, IL-IRa, IL-8, GM-CSF, MIP-la, MIP-ip, IL-10, IL-la, TGF-P, TGF-pi, IL-2, IL-4, IL-13, IL-15, IL-3, IL-5, IP10, SCM-1 et leurs combinaisons, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Les gènes cibles viraux de la voie des récepteurs Toll-like (« Toll-like receptor ») sont également bien connus de la personne du métier (Kawasaki et al., 2014) et comprennent notamment les gènes TLR natifs, les gènes corécepteurs des TLR (« TLR co-receptor genes »), les gènes régulateurs des TLR (« TLR regulator genes »), les gènes inhibiteurs de la signalisation des TLR (« TLR signaling inhibitors »), les gènes adaptateurs des TLR (« TLR adaptator genes »), et les gènes de signalisation des TLR (« TLR signaling genes »).
A titre d’exemple de gènes TLR natifs, on citera notamment les gènes TLR3, TLR7, TLR8 et TLR9.
A titre d’exemple de gènes co-récepteurs des TLR, on citera notamment les gènes CD 14, LBP, MD1 et MD2.
A titre d’exemple de gènes régulateurs des TLR, on citera notamment les gènes CD300LF, GRP94, PRAT4A, PRAT4B et UNC93Bl.
A titre d’exemple de gènes inhibiteurs de la signalisation des TLR, on citera notamment les gènes ATF3, AXL, BAMBI, BCL3, BPI, CENTB1, DAK, FLII, HSP10, IRAKM(IRAK3), LGP2(DHX58), MSK1, MSK2, NLRP12(NALP12), NFKBIA, NFKBIB, NFKBIE, PECAM1, PIN1, PPP3CA, PPP3CB, PPP3R1, PTPN6, RNF125, RP105, SHIP1, SIGIRR, SIKE, TNFAIP3, TNIP1, TNIP2, TNIP3, TOLLIP, TRAFD1, TRIAD3, TYRO3 et ZCCHCl l.
A titre d’exemple de gènes adaptateurs des TLR, on citera notamment les gènes MyD88, RAC1, SARM1, TANK, TIRAP, TRAM(TICAM2) et TRIF(TICAMl).
A titre d’exemple de gènes de signalisation des TLR, on citera notamment les gènes AAMP, ACT1(TRAF3IP2), AGER, AKT1, BECN1, BTK, CARD6, CARD11, DDX3X, FADD, IKKa, IKK(3, IKKe, IPS1, IRAKI, IRAK4, IRF1, IRF3, IRF5, IRF7, IRF8, IRF9, ITCH, LRRC59, LRRFIP2, MAP2K2, MAP3K7(TAK1), MAPK1, MDA5(IFIH1), NAIP5, NAP1, NEMO, NIBP, OTUD5, PKR, PRKRA, RIG-1, RIPK1, RIPK2, RIPK3, STAP2, SUGT1, SYK, TAB1, TAB2, TAB3, TBK1, TBKBP1, TIFA, TRADD, TRAF3, TRAF6, TRIL et WDFY1.
Ainsi, selon un mode de réalisation particulier, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi les gènes viraux de l’hôte impliqués dans la voie de signalisation des récepteurs TLR, et en particulier choisis parmi TLR3, TLR7, TLR8, TLR9, CD14, LBP, MD1, MD2, CD300LF, GRP94, PRAT4A, PRAT4B, UNC93B1 ATF3, AXL, BAMBI, BCL3, BPI, CENTB1, DAK, FLII, HSP10, IRAKM(IRAK3), LGP2(DHX58), MSK1, MSK2, NLRP12(NALP12), NFKBIA, NFKBIB, NFKBIE, PECAM1, PIN1, PPP3CA, PPP3CB, PPP3R1, PTPN6, RNF125, RP105, SHIP1, SIGIRR, SIKE, TNFAIP3, TNIP1, TNIP2, TNIP3, TOLLIP, TRAFD1, TRIAD3, TYRO3, ZCCHC11, MyD88, RAC1, SARM1, TANK, TIRAP, TRAM(TICAM2), TRIF(TICAMl), AAMP, ACT1(TRAF3IP2), AGER, AKT1, BECN1, BTK, CARD6, CARD11, DDX3X, FADD, IKKa, IKK(3, IKKe, IPS1, IRAKI, IRAK4, IRF1, IRF3, IRF5, IRF7, IRF8, IRF9, ITCH, LRRC59, LRRFIP2, MAP2K2, MAP3K7(TAK1), MAPK1, MDA5(IFIH1), NAIP5, NAP1, NEMO, NIBP, OTUD5, PKR, PRKRA, RIG-1, RIPK1, RIPK2, RIPK3, STAP2, SUGT1, SYK, TAB1, TAB2, TAB3, TBK1, TBKBP1, TIFA, TRADD, TRAF3, TRAF6, TRIL, WDFY1 et leurs combinaisons, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Les gènes cibles viraux de la voie de signalisation des récepteurs RIG-I-like sont également connus de la personne du métier. A titre d’exemple, on peut citer les gènes LGP2(DHX58), MDA5(IFIH1), RIG-I(DDX58), TRAFD1, CYLD, DAK, DDX60, MFN2, MUL1, OTUD5, PIN1, RNF125, SIKE, TNFAIP3, IPS1, IPS1-HA, PARP13, STING, TOMM70A, TRIM13, TRIM26, TRIM32 et ZDHHC1. Ainsi, selon un mode de réalisation particulier, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi les gènes viraux de l’hôte impliqués dans la voie de signalisation des récepteurs RLR, et en particulier, lesdits gènes sont choisis parmi les gènes cibles viraux LGP2(DHX58), MDA5(IFIH1), RIG-I(DDX58), TRAFD1, CYLD, DAK, DDX60, MFN2, MUL1, OTUD5, PIN1, RNF125, SIKE, TNFAIP3, IPS1, IPS1-HA, PARP13, STING, TOMM70A, TRIM13, TRIM26, TRIM32, ZDHHC1 et leurs combinaisons, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Enfin, les gènes cibles viraux de la voie de la présentation antigènique médiée par le CMH de classe II sont également bien connus de la personne du métier. A titre d’exemple, on peut citer les gènes cibles de la famille des ubiquitine ligases, notamment HERC1, HERC2, HERC3, HERC4, HERC5 et HERC6 (Hochrainer et al., 2005).
Ainsi, selon un mode de réalisation particulier, les gènes cibles viraux dont l’expression est mesurée à l’étape (a) sont choisis parmi les gènes cibles viraux de la voie des cytokines pro-inflammatoires, de la voie de l’interféron, de la voie de signalisation des récepteurs Toll-like (« Toll-like receptors » ou TLR), de la voie de signalisation des récepteurs RIG-I-like (« RIG-I-like receptors » ou RLR), et de la voie de la présentation antigènique médiée par le CMH de classe IL
Selon un mode de réalisation particulier, les gènes cibles viraux dont l’expression est mesurée à l’étape (a) sont choisis parmi TNFa, IL-ip, IL-6, IL-IRa, IL-8, GM-CSF, MIP-la, MIP-ip, IL-10, IL-la, TGF-P, TGF-pi, IL-2, IL-4, IL-13, IL-15, IL-3, IL-5, IP10, SCM-1, IFN-a, IFN-P, IFN-e, IFN-K, IFN-CÛ, IFN-y, IFNL1, IFNL2, IFNL3, ADAR1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFIT5, IFI27, IFI44L, ISG15, ISG20, MDA5, OAS1, OAS2, OAS3, OASL, PARP12, PKR, RIG-I, RNaseL, ZAP, ZCCHC3, ZNFX1, RBBP6, SHFL, TRIM22, TRIM25, TRIM32, TRIM69, Vipérin, TLR3, TLR7, TLR8, TLR9, CD14, LBP, MD1, MD2, CD300LF, GRP94, PRAT4A, PRAT4B, UNC93B1 ATF3, AXL, BAMBI, BCL3, BPI, CENTB1, DAK, FLII, HSP10, IRAKM(IRAK3), LGP2(DHX58), MSK1, MSK2, NLRP12(NALP12), NFKBIA, NFKBIB, NFKBIE, PECAM1, PIN1, PPP3CA, PPP3CB, PPP3R1, PTPN6, RNF125, RP105, SHIP1, SIGIRR, SIKE, TNFAIP3, TNIP1, TNIP2, TNIP3, TOLLIP, TRAFD1, TRIAD3, TYRO3, ZCCHC11, MyD88, RAC1, SARM1, TANK, TIRAP, TRAM(TICAM2), TRIF(TICAMl), AAMP, ACT1(TRAF3IP2), AGER, AKT1, BECN1, BTK, CARD6, CARD11, DDX3X, F ADD, IKKa, IKKp, IKKe, IPS1, IRAKI, IRAK4, IRF1, IRF3, IRF5, IRF7, IRF8, IRF9, ITCH, LRRC59, LRRFIP2, MAP2K2, MAP3K7(TAK1), MAPK1, MDA5(IFIH1), NAIP5, NAP1, NEMO, NIBP, OTUD5, PKR, PRKRA, RIG-1, RIPK1, RIPK2, RIPK3, STAP2, SUGT1, SYK, TAB1, TAB2, TAB3, TBK1, TBKBP1, TIFA, TRADD, TRAF3, TRAF6, TRIL, WDFY1, LGP2(DHX58), MDA5(IFIH1), RIG-I(DDX58), TRAFD1, CYLD, DAK, DDX60, MFN2, MUL1, OTUD5, PIN1, RNF125, SIKE, TNFAIP3, IPS1, IPS1-HA, PARP13, STING, TOMM70A, TRIM13, TRIM26, TRIM32, ZDHHC1, HERC1, HERC2, HERC3, HERC4, HERC5, HERC6 et leurs combinaisons.
Selon un mode de réalisation préféré, les gènes cibles viraux dont l’expression est mesurée à l’étape (a) sont choisis parmi les gènes cibles viraux de la voie de l’interféron et de la voie de la présentation antigènique médiée par le CMH de classe IL
Selon un autre mode de réalisation préféré, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi IFN-a, IFN-P, IFN-e, IFN-K, IFN-CÛ, IFN-y, IFNL1, IFNL2, IFNL3, ADAR1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFIT5, IFI27, IFI44L, ISG15, ISG20, MDA5, 0AS1, OAS2, OAS3, OASL, PARP12, PKR, RIG-I, RNaseL, RSAD2, RBBP6, SIGLEC1, SHFL, TRIM22, TRIM25, TRIM32, TRIM69, Viperin, ZAP, ZCCHC3, ZNFX1, HERC1, HERC2, HERC3, HERC4, HERC5, HERC6 et leurs combinaisons, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
5 Selon un autre mode de réalisation préféré, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi IFI27, IFN-y, IFIT1, IFIT2, IFI44L, ISG15, OAS1, OAS2, OAS3, RSAD2, TRIM25, SIGLEC1, TRIM22, TRIM32, HERC5, HERC6 et leurs combinaisons, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulièrement préféré, l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la 0 mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi SIGLEC1, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L, ISG15 et
HERC6, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Les positions chromosomiques des gènes cibles selon ce mode de réalisation préféré sont notamment données dans le tableau 1 ci-dessous :
[Tableau 1]
Le gène SIGLEC1 code pour un membre de la superfamille des immunoglobulines. La protéine codée est une molécule d'adhésion de type lectine qui se lie aux ligands glycoconjugués sur les surfaces cellulaires de manière dépendante de l'acide sialique. Il s'agit d'une protéine transmembranaire de type I exprimée uniquement par une sous-population de macrophages et qui est impliquée dans la médiation des interactions cellule-cellule.
Le gène ISG15 code pour une protéine de type ubiquitine qui est conjuguée à des protéines cibles intracellulaires lors de l'activation par l'interféron-alpha et l'interféron-bêta. Plusieurs fonctions ont été attribuées à la protéine codée, notamment l'activité chimiotactique envers les neutrophiles, la direction des protéines cibles conjuguées aux filaments intermédiaires, la signalisation intercellulaire et l'activité antivirale pendant les infections virales.
Le gène HERC6 appartient à la famille HERC des ubiquitine ligases, qui contiennent toutes a minima un domaine HECT de 350 acides aminés catalysant la formation d'un thioester avec fubiquitine avant de la transférer à un substrat.
Le gène SLC1 A2 code pour un membre d'une famille de protéines transporteuses de solutés. Cette protéine liée à la membrane est le principal transporteur qui élimine le glutamate, un neurotransmetteur excitateur, de l'espace extracellulaire au niveau des synapses du système nerveux central. La clairance du glutamate est nécessaire pour une activation synaptique correcte et pour prévenir les dommages neuronaux dus à une activation excessive des récepteurs du glutamate.
Le gène IL1R2 code pour une protéine récepteur de cytokine qui appartient à la famille des récepteurs de l'interleukine 1. Cette protéine lie l'interleukine alpha (IL1(A), l'interleukine bêta (IL1B) et le récepteur de l'interleukine 1 de type I (IL1R1/IL1R(A), et agit comme un récepteur leurre qui inhibe l'activité de ses ligands. L'interleukine 4 (IL4) antagoniserait l'activité de l'interleukine 1 en induisant l'expression et la libération de cette cytokine. Ce gène et trois autres gènes forment un groupe de gènes de récepteurs de cytokines sur le chromosome 2ql2. L'épissage alternatif donne lieu à de multiples variantes de transcription et isoformes de protéines membranaires et solubles.
Le gène FAM20A code pour une protéine vraisemblablement sécrétée qui pourrait jouer un rôle dans l'hématopoïèse. Une mutation à ce locus a été associée à l'amélogénèse imparfaite et au syndrome d'hyperplasie gingivale.
Le gène OLAH permet l'activité hydrolase du dodécanoyl-[porteuse d'acy le -protéine] ; l'activité hydrolase du myristoyl-[porteuse d'acyle-protéine] ; et l'activité hydrolase du palmitoyl- [porteuse d'acy le-protéine]. Il intervient dans le processus de biosynthèse des acides gras à chaîne moyenne.
Le gène RETN code pour une protéine ayant un rôle antimicrobien au niveau de la peau via une activité antibactérienne contre les bactéries à Gram positif et à Gram négatif.
Le gène MMP8 code pour un membre de la famille des protéines de la matrice métalloprotéinase (MMP). Ces protéines sont impliquées dans la dégradation de la matrice extracellulaire au cours du développement embryonnaire, de la reproduction et du remodelage des tissus, ainsi que dans les processus pathologiques, tels que l'arthrite et les métastases. La protéolyse à différents sites sur cette protéine donne lieu à plusieurs formes actives de l'enzyme avec des extrémités N-terminales distinctes. Cette protéine fonctionne dans la dégradation des collagènes de type I, II et III.
Le gène RASAD2 code pour une protéine antivirale inductible par l'interféron qui appartient à la superfamille des enzymes S-adénosyl-L-méthionine (SAM) qui joue un rôle dans la réponse antivirale cellulaire et la signalisation immunitaire innée. Les effets antiviraux résultent notamment de l'inhibition de la réplication de l'ARN viral, de l'interférence dans la voie de sécrétion, de la liaison aux protéines virales et de la dérégulation du métabolisme des lipides cellulaires.
Le gène IFI27 est notamment impliqué dans le processus métabolique des protéines cellulaires, la réponse de défense à d'autres organismes et la voie de signalisation apoptotique extrinsèque. Ce gène agit également en amont ou dans la régulation négative de la transcription par l'ARN polymérase II et la régulation de l'exportation des protéines du noyau.
Le gène OAS1 code pour une protéine synthétisant les 2',5'-oligoadénylates (2-5 As) et jouant un rôle clé dans la réponse antivirale cellulaire innée.
Le gène IFIT1 code une protéine contenant des répétitions tetratricopeptidiques identifiée à l'origine comme étant induite par un traitement à l'interféron. La protéine codée peut inhiber la réplication virale et l'initiation de la traduction
Le gène IFI44L est associé à l’activité de liaison au GTP et impliqué dans la réponse de défense aux virus.
Selon la présente description, l’identification ou la mesure du niveau d’expression génique consiste à mettre en évidence une variation de l’expression au niveau transcriptomique desdits gènes, ladite variation étant mise en évidence par rapport à une expression de référence desdits gènes. Pour cette raison, on parlera notamment de signature transcriptomique.
Les transcrits des différents gènes cibles utiles pour la mise en œuvre de la méthode selon la présente description sont également connus de la personne du métier et leurs séquences sont mises à disposition dans les bases de données NCBI ou Ensembl.
Des exemples de transcris sont présentés dans le tableau 2 ci-après pour certains gènes cibles viraux et bactériens préférés :
[Tableau 2]
Selon un mode de réalisation particulier, la mesure de l’expression des gènes cibles viraux et bactériens est réalisée au niveau des transcrits ARNm, et de préférence au niveau des transcrits choisis parmi les transcrits du tableau 2.
Selon un mode de réalisation préféré, la mesure de l’expression des gènes cibles est réalisée au niveau des transcrits ARNm, et de préférence au niveau des transcrits choisis parmi les transcrits (base de données NCBI) NM_023068.4, NM_001367089.1, NM 005101.4, NM_017912.4, NM 001165136.2, NM_017565.4, NM_001243746.2, NM_002424.3, NM_001304442.2, NM 001304441.2, NM_001039702.3, NM_018324.3, NM 004633.4, NM_001261419.2, NM_003256.4, NM_004171.4, NM_001195728.3, NM_001252652.2, NM_020415.4, NM_001385725.1, NM_001385726.1, NM_001385727.1, NM_001193374.2 et leurs combinaisons.
N’importe quelle méthode connue de la personne du métier permettant de mesurer le niveau d’expression génique, ou une variation d’expression génique, au niveau transcriptionnel peut être utilisée dans le cadre de la méthode selon l’invention.
Ainsi, la mesure peut être réalisée via une méthode directe permettant de déterminer la présence dudit transcrit dans l’échantillon biologique, ou par détection indirecte du transcrit après transformation de ce dernier en ADN.
Les techniques couramment utilisées pour mesurer simultanément la concentration d'un grand nombre de types différents d'ARN messagers sont connues de la personne du métier et il n’est pas nécessaire d’en donner le détail. A titre d’exemple, on citera notamment les puces à ADN, le CAGE, le SAGE et, plus récemment, le séquençage d'ARN à haut débit dit RNA-Seq.
Selon la présente description, l’expression des gènes au niveau transcriptionnel peut être mesurée par toute méthode connue de détection moléculaire. Ainsi, la variation de l’expression génique peut être mesurée par amplification via notamment une Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction ou RT-PCR, par séquençage (de préférence par séquençage haut débit) ou par des techniques d’hybridation (par exemple avec des micropuces d’hybridation ou par des techniques du type NanoString® nCounter®). Toutes ces méthodes sont également bien connues de la personne du métier et il n’est pas nécessaire de les détailler ici.
Selon un mode de réalisation particulier, la détermination de l’expression des gènes peut être réalisée de la manière suivante : (1) extraction des ARN totaux d'un échantillon sanguin ou des PBMC et réalisation d’une étape de transcription inverse afin d'obtenir les différents ADN complémentaires des différents ARN messagers initialement présents dans l'échantillon ou les PBMC (ou ADNc),
(2) amplification spécifique des ADNc. Dans ce cas, le réactif spécifique utilisé comprend au moins une amorce d’amplification spécifique du gène. Cette étape peut être réalisée par une réaction d’amplification de type PCR ou par tout autre technique d’amplification appropriée,
(3) détermination de l’expression du gène en quantifiant les ADNc.
Selon un mode de réalisation préféré, la mesure de l’expression génique est réalisée par RT-PCR, de préférence RT-PCR quantitative ou semi-quantitative, ou par PCR nichée également appelée « Nested » PCR, par exemple en utilisant la technologie FilmArray® (Poritz et al. 2011) ou la plateforme Biomark™ de Fluidigm. Selon ce mode de réalisation, l’expression est mesurée au niveau des transcrits ARNm des gènes cibles.
La personne du métier est tout en fait en mesure de déterminer les séquences des amorces ou couples d’amorces nécessaires à l’amplification des transcrits des gènes cibles, et éventuellement des gènes cibles additionnels définis plus loin dans la description, pour déterminer leurs niveaux d’expressions respectifs. En effet, de nombreux outils sont disponibles, par exemple Geneious ou Primer 3, lesdites séquences pouvant ensuite être ajustées si besoin par la personne du métier.
La mesure du niveau d’expression permet de déterminer la quantité des transcrits dans l’échantillon biologique ou également d’en donner une valeur dérivée.
Selon un mode de réalisation particulier, le niveau d’expression des gènes cibles de la signature est une valeur dérivée ou normalisée de la quantité des transcrits, notamment ARNm, desdits gènes cibles.
Selon un mode de réalisation particulier, l’expression génique est normalisée par rapport à l’expression d’un ou plusieurs gènes de ménage (ou gènes de référence) selon les méthodes connues de la personne du métier. Ainsi, l’expression est normalisée en utilisant un ou plusieurs des gènes de ménage suivants : DECRI (localisation chromosomique : chr8, 90001352-90053633), HPRT1 (localisation chromosomique: chrX, 134452842- 134520513) et PPIB (localisation chromosomique: chrl5:64155812-64163205), RPLP0 (localisation chromosomique : chrl2 , 120196699-120201111), PPIA (localisation chromosomique : chr7 , 44795960- 44803117), GLYR1 (localisation chromosomique : chrlô , 4803203-4847288), RANBP3 (localisation chromosomique : chrl9 , 5916139-5978140), B2M (localisation chromosomique : chrl5, 44711492-44718145), IBP (localisation chromosomique : chr6, 170554369-170572859), GAPDH (localisation chromosomique : chrl2, 6534517-6538371) et ACTB (localisation chromosomique : chrl4 , 5527148-5530601). Les localisations chromosomiques sont données selon le GRCh38/hg38. De préférence, l’expression est normalisée en utilisant un ou plusieurs gènes de ménage choisis parmi : DECRI, HPRT1, PPIB, GAPDH, ACTB et leurs combinaisons, de préférence encore, choisis parmi DECRI, HPRT1, PPIB et leurs combinaisons.
Dans un tel cas, le niveau de référence utilisé est également normalisé au préalable, de la même manière. La normalisation, que ce soit pour le niveau de référence ou pour le niveau de transcrits de l’échantillon biologique à tester, est réalisée avant la comparaison, notamment avant le calcul d’un rapport entre le niveau de transcrits dudit échantillon à tester et le niveau de référence. Lorsqu’une valeur seuil différente d’un niveau de référence est utilisée pour émettre une conclusion, il pourra être tenu compte de cette normalisation, pour le choix de la valeur seuil.
Dans le cas où le niveau de(s) transcrits des gènes est normalisé par rapport au niveau de transcrits d’un ou plusieurs gènes de ménage, bien entendu, cela implique que la présente méthode inclut la détermination du niveau de transcrits du ou des gènes de ménage utilisé(s) pour la normalisation.
D’une manière générale, selon la méthode de la présente invention, et quels que soient ses modes de réalisations, le niveau d’expression d’un gène cible (de préférence l’expression normalisée) dans réchantillon biologique du sujet est comparé à une valeur d’expression prédéterminée de ce même gène (de préférence l’expression normalisée) dans un échantillon biologique de référence. Cette comparaison permet d’obtenir la variation de l’expression dudit gène cible mesurée selon la présente méthode.
Pour un gène cible donné, la valeur d’expression de référence correspond à un niveau d’expression de transcrits dudit gène obtenu à partir d’un échantillon biologique de référence issu d’un sujet ayant une infection de nature déterminée. L’échantillon biologique de référence est de même nature que réchantillon biologique à tester ou tout du moins d’une nature compatible pour constituer une référence quant à la détermination du niveau d’expression des gènes cibles Avantageusement, et notamment pour les modes de réalisation ci-après, la valeur de référence pour un gène donné correspond à la moyenne du niveau de transcrits ARNm dudit gène obtenue à partir d’échantillons biologiques de références issus d’une population de sujets présentant une infection.
Au sens de la présente description, l’expression « valeur de référence » ou « valeur de référence prédéterminée », est synonyme des expressions « valeur contrôle » ou « valeur seuil », et sert de point de comparaison pour déterminer si le niveau d’expression d’un gène cible est diminué ou augmenté.
Selon un mode de réalisation particulier, la valeur de référence des gènes cibles correspond au niveau d’expression des transcrits ARNm desdits gènes obtenus à partir d’un échantillon biologique de référence issu d’un sujet ayant une infection bactérienne.
Selon un mode de réalisation particulier, la valeur de référence des gènes cibles correspond au niveau d’expression des transcrits ARNm desdits gènes obtenus à partir d’un échantillon biologique de référence issu d’un sujet ayant une infection virale.
La comparaison peut être effectuée par toutes méthodes connues de la personne du métier et peut par exemple impliquer le calcul d’un rapport ou d’une différence. Avantageusement, dans le cadre de la présente méthode, la(les) comparaisons) et l’émission d’une conclusion quant à la nature de l’infection chez le sujet dont est issu l’échantillon biologique, est effectuée par une technique automatisée, réalisée par un ordinateur ou assistée par ordinateur.
Ainsi, la nature virale ou bactérienne de l’infection du sujet est déterminée lorsque les comparaisons des niveaux d’expression des gènes cibles avec leurs valeurs de références respectives permet d’identifier une différence statistiquement significative, en d’autres termes, une variation dudit niveau d’expression. Par conséquent, on parlera de surexpression lorsqu’une expression significativement augmentée est mise en évidence, et à l’inverse de sous-expression, lorsqu’une expression significativement diminuée est mise en évidence. La personne du métier est en mesure de déterminer le test statistique à utiliser pour déterminer cette valeur de référence avec laquelle le niveau d’expression des gènes cibles doit être comparé. Les exemples de réalisation présentent une des méthodes possibles.
Selon une première variante de réalisation de l’invention, la valeur d’expression de référence de chaque gène cible est déterminée à partir d’un échantillon biologique de référence issu d’un pool d’échantillons biologiques de sujets atteints d’une infection bactérienne. De préférence, dans la méthode selon l’invention, la valeur d’expression de référence des gènes cibles correspond à l’expression respectives desdits gènes cibles dans un échantillon biologique de référence obtenu chez un sujet ayant une infection bactérienne. Ainsi, il pourra être conclu à une infection de nature virale lorsque la comparaison du niveau d’expression des gènes cibles au niveau des transcrits ARNm par rapport aux valeurs de référence respectives, met en évidence au moins une variation d’expression choisie parmi:
- une surexpression de SIGLEC1,
- une surexpression de ISG15,
- une surexpression de HERC6,
- une surexpression de RSAD2,
- une surexpression de IFI27,
- une surexpression de OAS1,
- une surexpression de IFIT1, et
- une surexpression de IFI44L, et au moins une autre variation d’expression choisie parmi :
- une sous expression de SLC1A2,
- une sous expression de IL1R2,
- une sous expression de FAM20A,
- une sous expression de OLAH,
- une sous expression de RETN, et
- une sous expression de MMP8.
Selon une deuxième variante de réalisation de l’invention, la valeur de référence de chaque gène cible est déterminée à partir d’un échantillon biologique de référence issu d’un pool d’échantillons biologiques de sujets atteints d’une infection virale. Ainsi, il peut être conclu à une infection de nature bactérienne lorsque les résultats de comparaison d’expression des gènes cibles met en évidence au moins deux variations choisies parmi les variations suivantes :
- une sous expression de SIGLEC1,
- une sous expression de ISG15, - une sous expression de HERC6,
- une sous expression de RSAD2,
- une sous expression de IFI27,
- une sous expression de OAS1,
- une sous expression de IFIT1, et
- une sous expression de IFI44L, et au moins une autre variation d’expression choisie parmi :
- une surexpression de SLC1A2,
- une surexpression de IL1R2,
- une surexpression de FAM20A,
- une surexpression de OLAH,
- une surexpression de RETN, et
- une surexpression de MMP8.
La personne du métier est en mesure d’opter pour l’une ou l’autre des variantes en fonction des échantillons biologiques de référence à disposition. L’échantillon biologique de référence est avantageusement être un pool d’échantillons biologiques de sujets ayant une infection bactérienne ou un pool d’échantillons biologiques de sujets ayant une infection virale.
Pour tous les modes de réalisation particuliers ci-après, la conclusion quant à la nature de l’infection est réalisée en tenant compte des surexpression/sous expression des différents gènes cibles mises en évidence à partir de l’échantillon biologique du sujet, et telles que définies précédemment dans l’une ou l’autre des deux variantes de réalisation.
Selon un mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’au moins un gène cible viral choisi parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 et IFI44L, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’un seul gène cible viral choisi parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 et IFI44L, et de deux, trois, quatre, cinq ou six gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1 A2, et de préférence, de deux ou trois gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression de deux gènes cibles viraux choisis parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 et IFI44L, et de deux, trois, quatre, cinq ou six gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLCl A2, et de préférence, de deux ou trois gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression de trois gènes cibles viraux choisis parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 et IFI44L, et de deux, trois, quatre, cinq ou six gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression de quatre gènes cibles viraux choisis parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 et IFI44L, et de deux, trois, quatre, cinq ou six gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression de cinq gènes cibles viraux choisis parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 et IFI44L, et de deux, trois, quatre, cinq ou six gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression de six gènes cibles viraux choisis parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 et IFI44L, et de deux, trois, quatre, cinq ou six gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression de sept gènes cibles viraux choisis parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 et IFI44L, et de deux, trois, quatre, cinq ou six gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des huit gènes cibles viraux SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 et IFI44L, et de deux, trois, quatre, cinq ou six gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral SIGLEC1 et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, de préférence parmi SLC1A2, IL1R2, OLAH, FAM20A et RETN, et de préférence encore parmi SLC1A2, IL1R2, OLAH et FAM20A.
Selon une variante préférée de ce mode de réalisation, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral SIGLEC1 et d’au moins trois gènes cibles bactériens choisi SLC1A2, IL1R2, OLAH, FAM20A et RETN.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral ISG15 et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisi parmi, OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, de préférence parmi SLC1A2, IL1R2, OLAH, FAM20A et RETN, et de préférence encore parmi SLC1A2, IL1R2, OLAH et FAM20A. Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène viral HERC6 et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, de préférence parmi SLC1A2, IL1R2, OLAH, FAM20A et RETN, et de préférence encore parmi SLC1A2, IL1R2, OLAH et FAM20A.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral IFIT1 et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral IFI44L et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral RSAD2 et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral OAS1 et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un mode de réalisation préféré, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral IFI27 et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, et de préférence parmi IL1R2, OLAH, FAM20 et RETN.
Selon un autre mode de réalisation préféré, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral IFI27, et éventuellement d’au moins un autre gène viral choisi parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1, IFI44L, et de deux gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, et de préférence choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2 et MMP8.
Selon un autre mode de réalisation préféré, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral IFI27, du gène cible bactérien OLAH et d’au moins un autre gène cible bactérien choisi parmi SLC1A2, IL1R2, FAM20A, RETN et MMP8.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de deux gènes cibles choisie parmi les combinaisons du tableau 6, et de préférence celles qui présentent une performance en termes d’aire sous la courbe ROC du modèle d’au moins 0,86, et tout particulièrement, d’au moins 0,88.
Selon une variante préférée de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison d’un gène cible viral et d’un gène cible bactérien, ladite combinaison étant choisie parmi les combinaisons suivantes : SIGLEC1 IL1R2, IFI44L OLAH et IFI27 1L1R2.
Selon un autre mode de réalisation, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de deux gènes cibles choisie parmi les combinaisons suivantes : SIGLEC1 IL1R2 ; SIGLEC1 FAM20A ; HERC6 IL1R2 ; SIGLEC1 OLAH ; HERC6 OLAH ; ISG15 IL1R2 ; SIGLEC1 RETN ; HERC6 FAM20A ; SLC1A2 OLAH ; HERC6 RETN ; SIGLEC1_SLC1A2 ; ISG15 OLAH ; SIGLEC1 MMP8 ; HERC6 MMP8 ; IL1R2 OLAH ; IL1R2 FAM20A ; SIGLEC1_HERC6 ; HERC6 SLC1A2 ; SIGLEC1 ISG15 ; FAM20A OLAH ; ISG15 FAM20A ; SLC1A2 IL1R2 ; ISG15 RETN ; ISG15 MMP8 et ISG15 SLC1A2, et de préférence choisie parmi les combinaisons de gènes suivantes : SIGLEC1 IL1R2 ; SIGLEC1_FAM2OA ; HERC6 IL1R2 ; SIGLEC1 OLAH et HERC6 OLAH.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1 et IFI44L, du gène cible bactérien OLAH, et d’au moins un autre gène cible bactérien choisi parmi FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, de préférence parmi FAM20A, IL1R2 et MMP8.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1 et IFI44L, du gène cible bactérien FAM20A, et d’au moins un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, de préférence parmi OLAH, IL1R2 et MMP8.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1 et ISG15, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1 et HERC6, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1 et RSAD2, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un mode de réalisation préféré, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1 et IFI27, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon une variante de ce mode de réalisation préféré, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1 et IFI27, et de deux à quatre gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2 et MMP8.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, et de préférence, choisis parmi OLAH et FAM20A. Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15 et HERC6, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15 et RSAD2, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15 et IFI27, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, et de préférence, choisis parmi OLAH et FAM20A.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux HERC6 et RSAD2, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux HERC6 et IFI27, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, et de préférence choisis, parmi OLAH et FAM20A.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux HERC6 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux HERC6 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2. Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux HERC6 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux RSAD2 et IFI27, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux RSAD2 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux RSAD2 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux RSAD2 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux IFI27 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux IFI27 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux IFI27 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux OAS1 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux OAS1 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux IFI44L et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi SIGLEC1, ISG15 et HERC6, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2. De préférence, selon ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi SIGLEC1, ISG15 et HERC6, et d’au moins un gène cible choisi parmi IL1R2, OLAH, et FAM20A.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 et IFI44L, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2. De préférence, selon ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 et IFI44L, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi IL1R2, OLAH, et FAM20A.
Selon un autre mode de réalisation préféré, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi SIGLEC1, ISG15 et HERC6, et d’au moins deux gènes cibles bactériens choisis parmi SLC1A2, IL1R2, OLAH, FAM20A et RETN et MMP8, et de préférence IL1R2, OLAH et FAM20A.
Selon une variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral SIGLEC1 et d’au moins deux gènes cibles bactériens choisis parmi le groupe constitué de OLAH, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, RETN et MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral HERC6 et d’au moins deux gènes cibles bactériens choisis parmi le groupe constitué de OLAH, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, RETN et MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral ISG15 et d’au moins deux gènes cibles bactériens choisis parmi le groupe constitué de OLAH, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, RETN et MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral SIGLEC1 et du gène cible bactérien OLAH, et d’au moins un autre gène cible choisi parmi le groupe constitué de ISG15, HERC6, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, RETN et MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral SIGLEC1 et du gène cible bactérien IL1R2, et d’au moins un autre gène cible choisi parmi ISG15, HERC6, SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN et MMP8, et de préférence choisi parmi SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN et MMP8.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, ISG15 et HERC6, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, ISG15 et RSAD2, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, ISG15 et IFI27, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2. Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, ISG15 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, ISG15 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, ISG15 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, HERC6 et RSAD2, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, HERC6 et IFI27, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, HERC6 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, HERC6 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC 1 , HERC6 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC 1, RSAD2 et IFI27, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, RSAD2 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, RSAD2 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2. Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC 1 , RS AD2 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OL AH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC 1, IFI27 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, IFI27 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, IFI27 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, IFIT1 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC 1, OAS1 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux SIGLEC1, IFI27 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15, HERC6 et RSAD2, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15, HERC6 et IFI27, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15, HERC6 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15, HERC6 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2. Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15, HERC6 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15, RSAD2 et IFI27, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15, RSAD2 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15, RSAD2 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15, RSAD2 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15, IFI27 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15, IFI27 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15, IFI27 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15, OAS1 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15, OAS1 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux ISG15, IFIT1 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2. Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux HERC6, RSAD2 et IFI27, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux HERC6, RSAD2 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux HERC6, RSAD2 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux HERC6, RSAD2 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux HERC6, IFI27 et OAS1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux HERC6, IFI27 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux HERC6, IFI27 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux HERC6, OAS1 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux HERC6, OAS 1 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux HERC6, IFI44L et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux RSAD2, OAS1 et IFI27, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2. Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux RSAD2, IFI27 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux RSAD2, IFI27 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux RSAD2, OAS1 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux RSAD2, OAS1 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux RSAD2, IFIT1 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux IFI27, OAS1 et IFIT1, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux IFI27, OAS1 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux IFI27, IFIT1 et IFI44L et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux OAS1, IFIT1 et IFI44L, et d’un ou plusieurs gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de trois gènes cibles choisie parmi celles listées dans le tableau 7, et de préférence celles qui présentent une performance en termes d’aire sous la courbe ROC du modèle d’au moins 0,86, d’au moins 0,88, et tout particulièrement, d’au moins 0,90.
Selon un autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de trois gènes cibles choisie parmi les combinaisons suivantes : SIGLEC1JL1R2 FAM20A, HERC6 IL 1R2 FAM20 A, SIGLEC1_SLC1A2_OLAH,
SIGLEC1 HERC6 IL1R2, SIGLEC1 FAM20A OLAH, SIGLEC1 JL1R2 MMP8, SIGLEC1 ISG15 IL1R2, SIGLEC1 SLC1A2 IL1R2, SIGLEC1_IL1R2_OLAH, SIGLEC1_SLC1A2_FAM2OA,
SLC1A2 FAM20A MMP8, SLC1A2 RETN MMP8, et FAM20A_RETN_MMP8. De préférence, selon cette variante, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de trois gènes cibles choisis parmi les combinaisons suivantes : SIGLEC 1 IL1R2 FAM20 A, HERC6_IL1R2_FAM2OA, SIGLEC1 SLC1A2 OLAH, SIGLEC 1 HERC6 IL1R2, SIGLEC 1 FAM20A OL AH,
SIGLEC 1 IL1R2 MMP8, SIGLEC1_ISG15_IL1R2, SIGLEC 1 SLC1A2 IL1R2, SIGLEC 1 IL1R2 OLAH, SIGLEC1 SLC1A2 FAM20A et HERC6 FAM20A OLAH, et de préférence encore parmi SIGLEC 1 IL1R2 FAM20 A, HERC6 IL1R2 FAM20A et SIGLEC 1 SLC1A2 OL AH.
Selon une autre variante de mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison d’une combinaison de trois gènes cibles choisie parmi les combinaisons suivantes: IFI27 OLAH FAM20A, IFI27 IL1R2 FAM20A, IFI27 OLAH MMP8, IFI27 HERC6 OLAH,
IFI27 IL1R2 OLAH, IFI27 ISG15 OLAH, IFI27 OLAH RETN, IFI27 SLC1A2 OLAH,
IFI27 SIGLEC 1 OLAH, IFI27 SIGLEC 1JL1R2, IFI27 IFI44L OLAH, IFI27 IFIT1 OLAH,
IFI27 OAS1 OLAH, IFI27 HERC6 IL1R2, RSAD2 IFI27 OLAH, IFI27 IL1R2 RETN,
IFI27 IFI44L IL1R2, IFI27 IFIT1 IL1R2, IFI27 ISG15 IL1R2 et RSAD2 IFI27 IL1R2.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’au moins quatre gènes cibles.
Selon une variante de ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure d’au moins deux gènes cibles choisis parmi SIGLEC1, ISG15 et HERC6, et d’au moins deux gènes cibles choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, et de préférence IL1R2, OLAH etFAM20A. Selon une autre variante de ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de SIGLEC1 et d’au moins trois gènes cibles choisis parmi SLC1A2, IL1R2, OLAH, FAM20A et RETN.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1 et IL1R2, et d’au moins deux autres gènes cibles choisis parmi ISG15, HERC6, SLC1 A2, OLAH, FAM20A, RETN et MMP8, de préférence parmi SLC1A2, OLAH et FAM20A.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1 et HERC6, et d’au moins deux autres gènes cibles choisis parmi ISG15, IL1R2, SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN et MMP8. Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1, IL1R2 et FAM20A, et d’au moins un autre gène cible choisi parmi ISG15, HERC6, SLC1A2, OLAH, RETN et MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1 et SLC1A2, et d’au moins deux autres gènes cibles choisis parmi ISG15, IL1R2, HERC6, OLAH, FAM20A, RETN et MMP8, et de préférence IL1R2, OLAH, FAM20A et MMP8.
Selon une autre variante préférée de ce mode de réalisation, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral IFI27, d’un autre gène cible viral choisi parmi HERC6, SIGLEC1, IFI44L et ISG15, du gène cible bactérien FAM20A et d’un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH et IL1R2.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de quatre gènes cibles choisie parmi celles listées dans le tableau 8, et de préférence celles de ce tableau qui présentent une performance en termes d’aire sous la courbe ROC du modèle d’au moins 0,86, d’au moins 0,88, et tout particulièrement, d’au moins 0,90.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de quatre gènes cibles choisie parmi les combinaisons présentées dans le tableau 3 ci-dessous :
[Tableau 3]
De préférence, selon cette variante, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de quatre gènes cibles choisie parmi les combinaisons suivantes : SIGLEC 1_IL 1R2 FAM20 A MMP8, SIGLEC 1 HERC6 IL 1R2 F AM20 A,
SIGLEC 1 ISG15_IL 1R2 FAM20A, SIGLEC 1_IL 1R2 FAM20 A OL AH, SIGLEC 1_IL 1R2 FAM20 A RETN, SIGLEC 1 SLC 1 A2 IL 1R2 F AM20 A, SIGLEC 1 SLC 1 A2_F AM20 A_OL AH,
ISG15_HERC6_IL1R2_FAM2OA, SIGLEC 1_FAM20A_OLAH_MMP8, et HERC6_IL1R2_FAM20A_OLAH.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’au moins cinq gènes cibles.
Selon une variante de ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’au moins deux gènes cibles choisis parmi SIGLEC1, ISG15 et HERC6 et d’au moins trois autres gènes cibles choisis parmi IL1R2, SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN et MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1, ISG15 et HERC6 et d’au moins deux autres gènes cibles choisis parmi IL1R2, SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN et MMP8, de préférence parmi IL1R2, OLAH et FAM20A.
Selon une variante de ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1 et ISG15 et d’au moins trois autres gènes cibles choisis parmi HERC6, IL1R2, SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN et MMP8, de préférence parmi IL1R2, OLAH, FAM20A et MMP8.
Selon une variante de ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1 et IL1R2 et d’au moins trois autres gènes cibles choisis parmi HERC6, ISG15, SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN et MMP8, de préférence parmi OLAH, SLC1A2, FAM20A et MMP8.
Selon une variante de ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1 et MMP8 et d’au moins trois autres gènes cibles choisis parmi HERC6, ISG15, SLC1 A2, OLAH, FAM20A, RETN et IL1R2, de préférence parmi OLAH, SLC1A2, FAM20A et IL1R2.
Selon une variante de ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1 et HERC6 et d’au moins trois autres gènes cibles choisis parmi ISG15, IL1R2, SLC1 A2, OLAH, FAM20A, RETN et MMP8, de préférence parmi IL1R2, OLAH, FAM20A et MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1, FAM20A et MMP8, et d’au moins deux autres gènes cibles choisis parmi IL1R2, ISG15, HERC6, SLC1A2, OLAH, et RETN, de préférence parmi IL1R2, ISG15, SLC1A2 et OLAH.
Selon une variante de ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1, IL1R2 et HERC6 et d’au moins deux autres gènes cibles choisis parmi ISG15, SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN et MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1, IL1R2 et ISG15 et d’au moins deux autres gènes cibles choisis parmi HERC6, SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN et MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de cinq gènes cibles choisie parmi les combinaisons présentées dans le tableau 4 ci-dessous :
[Tableau 4]
De préférence, selon cette variante, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de cinq gènes cibles choisie parmi les combinaisons suivantes : SIGLEC1_HERC6_IL1R2_FAM2OA_MMP8, SIGLEC1 _IL1R2_FAM20A_OLAH_MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_IL1R2_FAM2OA_MMP8 ; SIGLEC1_IL1R2_FAM2OA_RETN_MMP8 ;
SIGLEC1_SLC1A2_IL1R2_FAM2OA_MMP8 ; SIGLEC1 JSG15_HERC6_IL1R2_FAM2OA ;
SIGLEC1_HERC6_IL1R2_FAM20A_OLAH ; SIGLEC1_SLC1A2_FAM20A_OLAH_MMP8 et SIGLEC1_ISG15_IL1R2_FAM20A_OLAH.
Selon une variante préférée de ce mode de réalisation, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral IFI27, de deux autres gènes cibles viraux choisis parmi SIGLEC1, HERC6, OAS1 et IFIT1, du gène cible bactérien FAM20A et d’un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH, IL1R2 et MMP8.
Selon une autre variante préférée de ce mode de réalisation, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de cinq gènes cibles choisie parmi celles listées dans le tableau 9, et de préférence celles de ce tableau qui présentent une performance en termes d’aire sous la courbe ROC du modèle d’au moins 0,86, d’au moins 0,88, et tout particulièrement, d’au moins 0,90.
Selon une autre variante préférée de ce mode de réalisation, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux IFI27 et SIGLEC1, et des gènes cibles bactériens FAM20A, IL1R2 et MMP8.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’au moins six gènes cibles.
Selon une variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1, ISG15 et HERC6 et d’au moins trois autres gènes cibles choisis parmi IL1R2, SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN et MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1, FAM20A et MMP8 et d’au moins trois autres gènes cibles choisis parmi ISG15, HERC6, IL1R2, SLC1A2, OLAH, et RETN.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1, ISG15 et SLC1 A2, et d’au moins trois autres gènes cibles choisis parmi HERC6, IL1R2, OLAH, FAM20A, MMP8 et RETN. Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1 et IL1R2, et d’au moins quatre autres gènes cibles choisis parmi, HERC6, SLC1 A2, OLAH, FAM20A, RETN et MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1 et HERC6, et d’au moins quatre autres gènes cibles choisis parmi ISG15, IL1R2, SLC1A2, OLAH, FAM20A, RETN et MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1 et MMP8, et d’au moins quatre autres gènes cibles choisis parmi HERC6, ISG15, IL1R2, SLC1A2, OLAH, FAM20A, et RETN.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1 et OLAH, et d’au moins quatre autres gènes cibles choisis parmi HERC6, ISG15, IL1R2, SLC1A2, MMP8, FAM20A, et RETN.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de six gènes cibles choisis parmi les combinaisons suivantes :
SIGLEC 1 _IS G 15_IL 1R2 F AM20 A OL AH MMP8 ;
SIGLEC 1 HERC6 IL 1R2 FAM20 A OLAH MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG 15 HERC6 IL 1R2 F AM20A MMP8 ;
SIGLEC 1 SLC 1 A2 IL 1R2 FAM20 A OL AH MMP8 ;
SIGLEC 1 HERC6 IL 1R2 FAM20 A RETN MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_IL1R2_FAM2OA_RETN_MMP8 ;
SIGLEC 1_IL1R2_FAM20A_OLAH_RETN_MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 SLC 1A2 IL 1R2 FAM20A MMP8 ;
SIGLEC 1 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 F AM20 A MMP8 ;
SIGLEC 1 SLC 1 A2 IL 1R2 FAM20 A RETN MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_SLC1A2_FAM20A_OLAH_MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_HERC6_IL1R2_FAM20A_OLAH ;
SIGLEC 1 HERC6 SLC 1 A2_F AM20 A OL AH MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15_IL 1R2 FAM20 A OL AH RETN ;
SIGLEC 1 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 FAM20A OL AH ;
SIGLEC 1 SLC 1 A2 IL 1R2 F AM20A OLAH RETN ;
SIGLEC 1 SLC 1 A2_F AM20 A OL AH RETN MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_SLC1A2_IL1R2_FAM20A_OLAH ;
SIGLEC1_ISG15_HERC6_IL1R2_FAM2OA_RETN ;
SIGLEC 1 HERC6 IL 1R2 FAM20A OLAH RETN ;
SIGLEC1_ISG15_HERC6_SLC1A2_IL1R2_FAM2OA ;
SIGLEC1_ISG15_SLC1A2_IL1R2_FAM2OA_RETN ;
SIGLEC 1_HERC6_FAM20A_OLAH_RETN_MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG 15 HERC6 FAM20 A OLAH MMP8 ; SIGLEC 1 ISG15 HERC6 SLC 1 A2 FAM20A OL AH ;
SIGLEC 1 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 FAM20A RETN ;
SIGLEC1_ISG15_FAM20A_OLAH_RETN_MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_SLC1A2_FAM20A_OLAH_RETN ;
ISG15 HERC6 IL 1R2 FAM20 A OLAH MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15_HERC6_FAM20A_RETN_MMP8 ;
ISG15_HERC6_IL1R2_FAM2OA_RETN_MMP8 ;
SIGLEC 1 HERC6 SLC 1 A2_F AM20 A_OL AH RETN ;
ISG15_HERC6_IL1R2_FAM20A_OLAH_RETN ;
SIGLEC1_ISG15_HERC6_FAM20A_OLAH_RETN ;
SIGLEC 1 ISG15 SLC 1A2 IL 1R2 OLAH MMP8 ;
SIGLEC 1 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 OLAH MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG 15 HERC6 SLC 1 A2 OLAH MMP8 ;
HERC6_IL1R2_FAM20A_OLAH_RETN_MMP8 ;
SIGLEC 1 HERC6 SLC 1 A2_F AM20 A RETN MMP8 ;
ISG15_HERC6_SLC1A2_IL1R2_FAM20A_OLAH ;
SIGLEC1_ISG15_HERC6_SLC1A2_IL1R2_OLAH ;
SIGLEC1_SLC1A2_IL1R2_OLAH_RETN_MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 SLC 1 A2 FAM20 A RETN MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 SLC 1A2 IL 1R2 OL AH RETN ;
HERC6_SLC1A2_IL1R2_FAM20A_OLAH_MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 SLC 1A2 FAM20A RETN ;
ISG15_HERC6_SLC1A2_IL1R2_FAM2OA_RETN ;
SIGLEC 1 _IS G 15 HERC6 IL 1R2 RETN MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_SLC1A2_OLAH_RETN_MMP8 ;
SIGLEC 1_HERC6_IL1R2_OLAH_RETN_MMP8 ;
SIGLEC 1 _IS G 15 HERC6 IL 1R2 OL AH MMP8 ;
SIGLEC 1 HERC6 SLC 1 A2 OL AH RETN MMP8 ;
HERC6_SLC1A2_IL1R2_FAM20A_OLAH_RETN ;
ISG15 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 F AM20A MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_HERC6_SLC1A2_IL1R2_MMP8 ;
SIGLEC 1 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 OL AH RETN ;
ISG15_HERC6_FAM20A_OLAH_RETN_MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_HERC6_SLC1A2_OLAH_RETN ;
SIGLEC 1 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 RETN MMP8 ;
ISG15_HERC6_SLC1A2_FAM20A_OLAH_RETN ;
HERC6_SLC1A2_FAM20A_OLAH_RETN_MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_HERC6_SLC1A2_FAM2OA_MMP8 ;
ISG15_HERC6_SLC1A2_FAM20A_OLAH_MMP8 ; SIGLEC1_ISG15_SLC1A2_IL1R2_RETN_MMP8 ;
HERC6_SLC1A2_IL1R2_FAM2OA_RETN_MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_HERC6_SLC1A2_IL1R2_RETN ;
SIGLEC1_ISG15_IL1R2_OLAH_RETN_MMP8 ;
ISG15 SLC 1 A2 IL 1R2 FAM20 A OLAH MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 IL 1R2 OL AH RETN ;
ISG15_SLC1A2_IL1R2_FAM20A_OLAH_RETN ;
SIGLEC1_ISG15_HERC6_OLAH_RETN_MMP8 ;
ISG15_HERC6_IL1R2_OLAH_RETN_MMP8 ;
ISG15 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 OLAH RETN ;
ISG15_HERC6_SLC1A2_OLAH_RETN_MMP8 ;
ISG15_HERC6_SLC1A2_IL1R2_OLAH_MMP8 ;
HERC6_SLC1A2_IL1R2_OLAH_RETN_MMP8 ;
ISG15_SLC1A2_IL1R2_FAM2OA_RETN_MMP8 ;
ISG15_IL1R2_FAM20A_OLAH_RETN_MMP8 ;
ISG15_HERC6_SLC1A2_FAM2OA_RETN_MMP8 ;
ISG15 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 RETN MMP8 ;
ISG15_SLC1A2_FAM20A_OLAH_RETN_MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG 15 HERC6 SLC 1 A2 RETN MMP8 ;
ISG15_SLC1A2_IL1R2_OLAH_RETN_MMP8 ; et SLC1A2_IL1R2_FAM20A_OLAH_RETN_MMP8.
De préférence, selon cette variante, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de six gènes cibles choisie parmi les combinaisons suivantes :
SIGLEC 1 _IS G 15_IL 1R2 F AM20 A OL AH MMP8 ;
SIGLEC 1 HERC6 IL 1R2 FAM20 A OLAH MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG 15 HERC6 IL 1R2 F AM20A MMP8 ;
SIGLEC 1 SLC 1 A2 IL 1R2 F AM20 A OL AH MMP8 ;
SIGLEC 1 HERC6 IL 1R2 FAM20 A RETN MMP8 ;
SIGLEC1 JSG15_IL1R2_FAM2OA_RETN_MMP8 ; et
SIGLEC 1 IL 1R2 FAM20 A OLAH RETN MMP8
Selon une variante préférée de ce mode de réalisation, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux IFI27 et SIGLEC1, d’un autre gène cible viral choisi parmi IFIT1, HERC6, ISG15 et ISG15, des gènes cibles bactériens FAM20A et MMP8, et d’un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH et ILlR2.
Selon une autre variante préférée de ce mode de réalisation, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de six gènes cibles choisie parmi celles listées dans le tableau 10, et de préférence celles de ce tableau qui présentent une performance en termes d’aire sous la courbe ROC du modèle d’au moins 0,86, d’au moins 0,88, et tout particulièrement, d’au moins 0,90. Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’au moins sept gènes cibles.
Selon une variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible SIGLEC1 et de six autres gènes cibles choisis parmi ISG15, HERC6, OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible MMP8 et de six autres gènes cibles choisis parmi ISG15, HERC6, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH, RETN et SIGLEC 1.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1 et MMP8, et d’au moins quatre autres gènes cibles choisis parmi ISG15, HERC6, IL1R2, SLC1A2, OLAH, FAM20A, et RETN, de préférence parmi ISG15, HERC6, IL1R2, OLAH, FAM20A, et RETN.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1 et ISG15, et de cinq autres gènes cibles choisis parmi HERC6, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH, RETN et MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1, ISG15 et HERC6, et de quatre autres gènes cibles choisis parmi SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH, RETN et MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1, FAM20A et MMP8, et d’au moins trois autres gènes cibles choisis parmi ISG15, HERC6, IL1R2, SLC1A2, OLAH et RETN, et de préférence parmi ISG15, HERC6, IL1R2, OLAH et RETN.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles SIGLEC1, FAM20A, IL1R2 et MMP8, et d’au moins deux autres gènes cibles choisis parmi ISG15, HERC6, SLC1A2, OLAH et RETN, et de préférence parmi ISG15, HERC6, OLAH et RETN.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression de sept gènes cibles choisis parmi les combinaisons suivantes :
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 IL 1R2 FAM20 A OLAH MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 SLC 1A2 IL 1R2 FAM20 A OLAH MMP8 ;
IGLEC 1 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 F AM20 A OL AH MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_IL1R2_FAM20A_OLAH_RETN_MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 IL 1R2 FAM20 A RETN MMP8 ;
SIGLEC 1 HERC6 IL 1R2 F AM20A OL AH RETN MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 FAM20 A MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 SLC 1A2 IL 1R2 FAM20 A RETN MMP8 ;
SIGLEC 1 SLC 1 A2 IL 1R2 FAM20A OL AH RETN MMP8 ; SIGLEC1_HERC6_SLC1A2_IL1R2_FAM2OA_RETN_MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 SLC 1 A2 FAM20A OLAH MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 SLC 1 A2 FAM20A OL AH RETN MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_SLC1A2_IL1R2_FAM20A_OLAH_RETN ;
SIGLEC1_HERC6_SLC1A2_FAM20A_OLAH_RETN_MMP8;
SIGLEC 1 ISG 15 HERC6 IL 1R2 F AM20A OLAH RETN ;
SIGLEC 1 ISG 15 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 FAM20A OL AH ;
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 FAM20 A OLAH RETN MMP8 ;
SIGLEC 1 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 FAM20 A OLAH RETN ;
SIGLEC1_ISG15_HERC6_SLC1A2_IL1R2_FAM2OA_RETN ;
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 SLC 1 A2 FAM20 A OLAH RETN ;
ISG15 HERC6 IL 1R2 FAM20 A OL AH RETN MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 SLC 1 A2 FAM20 A RETN MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 SLC 1A2 IL 1R2 OLAH MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_SLC1A2_IL1R2_OLAH_RETN_MMP8 ;
ISG15_HERC6_SLC1A2_IL1R2_FAM2OA_RETN_MMP8 ;
ISG15_HERC6_SLC1A2_IL1R2_FAM20A_OLAH_MMP8 ;
SIGLEC 1 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 OL AH RETN MMP8 ;
ISG15 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 FAM20 A OLAH RETN ;
HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 F AM20 A OL AH RETN MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_HERC6_IL1R2_OLAH_RETN_MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_HERC6_SLC1A2_OLAH_RETN_MMP8 ;
ISG15_HERC6_SLC1A2_FAM20A_OLAH_RETN_MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 SLC 1A2 IL 1R2 OL AH RETN ;
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 SLC 1A2 IL 1R2 RETN MMP8 ;
ISG15_SLC1A2_IL1R2_FAM20A_OLAH_RETN_MMP8 ; et ISG15_HERC6_SLC1A2_IL1R2_OLAH_RETN_MMP8.
De préférence, selon cette variante, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression de sept gènes cibles choisis parmi les combinaisons suivantes :
SIGLEC 1 ISG15 SLC 1A2 IL 1R2 FAM20 A OLAH MMP8 ;
IGLEC 1 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 F AM20 A OL AH MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_IL1R2_FAM20A_OLAH_RETN_MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 IL 1R2 FAM20 A RETN MMP8 ;
SIGLEC 1 HERC6 IL 1R2 F AM20A OL AH RETN MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_HERC6_SLC1A2_IL1R2_FAM2OA_MMP8 ; et
SIGLEC1_ISG15_SLC1A2_IL1R2_FAM2OA_RETN_MMP8.
Selon une variante préférée de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux IFI27 et SIGLEC1, et de deux autres gènes cibles viraux choisis parmi IFITl, OAS1, HERC6 et ISG15, des gènes cibles bactériens FAM20A et MMP8, et d’un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH et IL1R2
Selon une autre variante préférée de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de sept gènes cibles choisie parmi celles listées dans le tableau 11, et de préférence celles de ce tableau qui présentent une performance en termes d’aire sous la courbe ROC du modèle d’au moins 0,86, d’au moins 0,88, et tout particulièrement, d’au moins 0,90.
Selon un autre mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’au moins huit gènes cibles.
Selon une variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression de SIGLEC1 et ISG15, et d’au moins six autres gènes cibles choisis parmi HERC6, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH, RETN et MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression de SIGLEC1, MMP8 et d’au moins six autres gènes cibles choisis parmi HERC6, ISG15, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH, et RETN.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression de SIGLEC1, MMP8 et ISG15, et d’au moins cinq autres gènes cibles choisis parmi HERC6, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH, et RETN.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de huit gènes cibles choisie parmi les combinaisons suivantes :
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 IL 1R2 FAM20 A OL AH RETN MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 SLC 1A2 IL 1R2 FAM20A OLAH MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 SLC 1 A2 IL 1R2 FAM20 A OL AH RETN MMP8 ;
SIGLEC1_ISG15_HERC6_SLC1A2_IL1R2_FAM2OA_RETN_MMP8 ;
SIGLEC 1 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 F AM20A OL AH RETN MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 SLC 1 A2_F AM20A OL AH RETN MMP8 ;
SIGLEC 1 ISG15 HERC6 SLC 1A2 IL 1R2 FAM20A OLAH RETN ;
ISG15_HERC6_SLC1A2_IL1R2_FAM20A_OLAH_RETN_MMP8, et
SIGLEC 1 ISG 15 HERC6 SLC 1 A2 IL 1R2 OL AH RETN MMP8.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de huit gènes cibles choisie parmi celles listées dans le tableau 12, et de préférence, celles qui présentent une performance en termes d’aire sous la courbe ROC du modèle d’au moins 0,87, d’au moins 0,88, et tout particulièrement, d’au moins 0,89.
Selon un autre mode de réalisation particulier, la méthode comprend une étape de mesure de la variation de l’expression d’au moins neuf gènes cibles.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de neuf gènes cibles choisie parmi celles listées dans le tableau 13, et de préférence celles qui présentent une performance en termes d’aire sous la courbe ROC du modèle d’au moins 0,87, d’au moins 0,88, et tout particulièrement, d’au moins 0,89.
Selon un autre mode de réalisation particulier, la méthode comprend une étape de mesure de la variation de l’expression des dix gènes cibles.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de dix gènes cibles choisie parmi celles listées dans le tableau 14, et de préférence celles qui présentent une performance en termes d’aire sous la courbe ROC du modèle d’au moins 0,87, d’au moins 0,88, et tout particulièrement, d’au moins 0,89.
Selon un autre mode de réalisation particulier, la méthode comprend une étape de mesure de la variation de l’expression d’au moins onze gènes cibles.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de onze gènes cibles choisie parmi celles listées dans le tableau 15, et de préférence celles qui présentent une performance en termes d’aire sous la courbe ROC du modèle d’au moins 0,86, et tout particulièrement, d’au moins 0,87.
Selon un autre mode de réalisation particulier, la méthode comprend une étape de mesure de la variation de l’expression d’au moins douze gènes cibles.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de douze gènes cibles choisie parmi celles listées dans le tableau 16, et de préférence celles qui présentent une performance en termes d’aire sous la courbe ROC du modèle d’au moins 0,86, et tout particulièrement, d’au moins 0,87.
Selon un autre mode de réalisation particulier, la méthode comprend une étape de mesure de la variation de l’expression d’au moins treize gènes cibles.
Selon une autre variante de ce mode de réalisation particulier, l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression d’une combinaison de treize gènes cibles choisie parmi celles listées dans le tableau 17.
Par « échantillon biologique », on se réfère dans la présente description à tout échantillon provenant d’un sujet et pouvant être de différentes natures, comme le sang ou ses dérivés, les expectorations, l’urine, les selles, la peau, le liquide céphalo-rachidien, le liquide de lavage broncho-alvéolaire, le liquide de ponction de la cavité abdominale, la salive, les sécrétions gastriques, le sperme, le liquide séminal, les larmes, la moelle épinière, ganglion du nerf trijumeau, tissu adipeux, tissu lymphoïde, tissu placentaire, tissu du tractus gastro-intestinal, tissu du tractus génital, ou le tissu du système nerveux central.
L’expression « ’échantillon biologique de référence », ou «échantillon contrôle, fait référence à l’échantillon biologique à partir duquel les niveaux d’expressions des gènes cibles, et éventuellement ceux des gènes additionnels, dans l’échantillon biologique à tester sont comparés. L’échantillon biologique de référence est de même nature que l’échantillon biologique à tester ou tout du moins d’une nature compatible pour constituer une référence quant à la détermination du niveau d’expression des gènes cibles. Cet échantillon est issu de d’un sujet présentant une infection bactérienne ou virale, ou d’un pool d’échantillons biologiques tous issus de patients présentant une infection de même nature, à savoir virale ou bactérienne.
Selon un mode de réalisation particulier, l’échantillon biologique de référence est calibré pour contenir la quantité de transcrits d’au moins deux gènes cibles, et éventuellement d’un ou plusieurs gènes additionnels, correspondant à la quantité ou à la concentration représentative du niveau d’expression mesurée dans un pool d’échantillons de sujets présentant une infection bactérienne ou une infection virale. En d’autres termes, l’échantillon biologique de référence est calibré pour contenir la quantité moyenne des transcrits desdits gènes cibles obtenue à partir d’un pool d’échantillons de sujets ayant une infection bactérienne ou de sujets ayant une infection virale.
En particulier, l’échantillon biologique peut être un fluide biologique, comme un échantillon de sang ou un échantillon dérivé du sang, qui peut notamment être choisi parmi le sang total (tel que collecté par voie veineuse, c'est-à-dire contenant les cellules blanches et rouges, les plaquettes et le plasm(a), le plasma, le sérum, ainsi que tous les types de cellules extraites à partir du sang, comme par exemple les cellules mononuclées sanguines périphériques (ou PBMC, contenant les lymphocytes B, les lymphocytes T, les cellules NK, les cellules dendritiques et les monocytes), des sous-populations de lymphocytes B et T, des monocytes purifiés, ou encore des neutrophiles.
Selon un mode de réalisation préféré, l’échantillon biologique mis en œuvre dans la méthode selon l’invention est un échantillon de sang, de préférence un échantillon de sang total.
Selon un autre mode de réalisation particulier, le sujet est un patient au sein d’un hôpital, de préférence au sein du service des urgences, du service de réanimation, en unité de soins intensifs (USI) ou en unité de soins continus, et tout particulièrement, un patient au sein du service des urgences.
Selon un mode de réalisation préféré, le sujet est un patient âgé de moins de 6 ans, de préférence de moins de 4 ans, et de préférence encore, de moins de 2 ans. Selon ce mode de réalisation, le patient peut être au sein du service des urgences, et notamment en urgence pédiatrique.
Selon un mode de réalisation particulier, la méthode permet d’identifier la nature de l’infection avec une sensibilité d’au moins 80%, 85%, 90% ou encore d’au moins 95%. La sensibilité correspond à la probabilité d’identifier correctement la nature virale ou bactérienne de l’infection lorsque le sujet est infecté et peut être définie par la formule suivante : nombre de vrais positifs
Sensibilité = - - - - - - - - - - — - - - - — nombre de vrais positifs + nombre de faux négatifs
Selon un mode de réalisation particulier, la méthode permet d’identifier la nature de l’infection avec une spécificité d’au moins 80%, 85%, 90% ou encore d’au moins 95%.
La spécificité correspond à la probabilité d’identifier de manière erronée la nature virale ou bactérienne de l’infection. En d’autres termes, d’identifier la présence d’une infection virale alors qu’il s’agit d’une infection bactérienne, ou inversement. La spécificité peut être définie par la formule suivante : nombre de vrais négatifs
Spécificité = - nombre de vrais négatifs + nombre de faux positifs La sensibilité et la spécificité d’un test diagnostic, telle que la méthode selon la présente invention, peuvent également être résumées par l’intermédiaire d’une courbe ROC (de l’anglais « Receiver Operating Characteristics), en particulier de l’aire sous la courbe ROC, qui est bien connue de la personne du métier.
Ainsi, la méthode selon la présente description permet d’identifier la nature virale ou bactérienne d’une infection avec une performance reflétée par une aire sous la courbe ROC d’au moins 0,85, d’au moins 0,86, d’au moins 0,87, d’au moins 0,88, d’au moins 0,89, et tout particulièrement d’au moins 0,90 pour les signatures transcriptomiques les plus performantes.
Bien que les performances de la méthode selon l’invention soient tout à fait satisfaisantes, dans certaines situations, la mesure de la variation d’expression des gènes cibles peut être complétée par la mesure de la variation d’expression de gènes additionnels.
Ainsi, la méthode selon l’invention, dans tous ses modes de réalisations, peut en outre comprendre la mesure de la variation d’au moins un gène additionnel choisi parmi les gènes suivants : PI3, EBI3, ADGRE1 et S100P.
Ces gènes additionnels sont également connus de la personne du métier et les positions chromosomiques sont données dans le tableau 5 ci-dessous :
[Tableau 5] :
De la même manière que précédemment, pour un gène additionnel donné, la valeur de référence correspond à un niveau d’expression de transcrits dudit gène obtenu à partir d’un échantillon biologique de référence issu d’un sujet présentant une infection. Avantageusement, et notamment pour les variantes définies ci-après, la valeur de référence pour un gène additionnel donné correspond à la moyenne du niveau de transcrits ARNm dudit gène obtenue à partir d’échantillons biologiques de références issus d’une population de sujets présentant une infection.
Selon une première variante, la valeur de référence de chaque gène additionnel est déterminée à partir d’un échantillon biologique de référence issu d’un sujet atteint d’une infection bactérienne. Ainsi, il pourra être conclu à la présence d’une infection de nature virale lorsque la comparaison du niveau d’expression des gènes additionnels au niveau des transcrits ARNm par rapport aux valeurs de référence respectives met en évidence au moins une variation d’expression choisi parmi :
- une sous expression de PI3,
- une sous expression de EBI3,
- une sous expression de ADGRE1, et - une sous expression de S100P.
Selon une deuxième variante, la valeur de référence de chaque gène additionnel est déterminée à partir d’un échantillon biologique de référence issu de sujets atteints d’une infection virale. Ainsi, il pourra être conclu à la présence d’une infection de nature bactérienne lorsque la comparaison du niveau d’expression des gènes additionnels au niveau des transcrits ARNm par rapport aux valeurs de référence respectives met en évidence au moins une variation d’expression choisi parmi :
- une surexpression de PI3,
- une surexpression de EBI3,
- une surexpression de ADGRE1, et
- une surexpression de S100P.
Selon un mode de réalisation particulier, la méthode selon l’invention comprend la mesure de la variation de l’expression de l’ensemble des gènes cibles et des gènes additionnels suivants : SIGLEC1, ISG15, HERC6, SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH, RETN, MMP8, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L, PI3, EBI3, ADGRE1 et S100P.
La conclusion quant à la nature virale ou bactérienne de l’infection est faite telle que définie précédemment sur la base de la surexpression ou de la sous expression desdits gènes en fonction des valeurs de références déterminées.
Ainsi, selon un mode de réalisation particulier, la méthode comprend les étapes :
- obtention d’un échantillon biologique de sang, de préférence de sang total, d’un sujet présentant une infection,
- mise en contact dudit échantillon biologique avec des réactifs spécifiques des produits d’expression d’un ou plusieurs gènes viraux selon la présente description, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, et éventuellement d’un ou plusieurs gènes additionnels choisis parmi PI3, EBI3, ADGRE1 et S100P,
- mesure de l’expression desdits gènes cibles, et éventuellement du ou des gènes additionnels.
Selon un mode de réalisation préféré, la méthode comprend les étapes :
- obtention d’un échantillon biologique de sang, de préférence de sang total, d’un sujet présentant une infection,
- mise en contact dudit échantillon biologique avec des réactifs spécifiques des produits d’expression d’au moins un gène cible viral choisi parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L, et d’au moins un gène bactérien choisi parmi SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH, RETN et MMP8, et éventuellement d’un ou plusieurs gènes additionnels choisis parmi, PI3, EBI3, ADGRE1 et S100P,
- mesure de l’expression desdits gènes cibles, et éventuellement du ou des gènes additionnels.
Un autre objet de l’invention concerne un kit de mesure in vitro ou ex vivo de l’expression d’au moins un gène cible viral choisi parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, ledit kit comprenant des réactifs spécifiques des produits d’expression desdits gènes cibles. Selon un mode de réalisation particulier, le kit comprend des réactifs spécifiques des produits d’expression d’au moins trois gènes cibles, quatre gènes cibles, cinq gènes cibles, six gènes cibles, sept gènes cibles, huit gènes cibles ou de l’ensemble des gènes cibles.
Tout particulièrement, le kit permet la mise en œuvre de la méthode selon Tinvention. Le kit selon l’invention peut donc être avantageusement utilisé pour la détermination de nature virale ou bactérienne d’une infection.
Par conséquent, tous les modes de réalisations particuliers et préférés décrits pour la méthode selon l’invention, notamment sur les combinaisons de gènes cibles dont l’expression est mesurée, s’appliquent également pour le kit.
Les réactifs spécifiques permettant de mesure l’expression des gènes sont connus de la personne du métier et selon un mode de réalisation particulier, il s’agit des amorces d’amplification et/ou des sondes d’hybridation.
De tels réactifs permettent de déterminer quantitativement le niveau de transcrits dudit gène sélectionné dans l’échantillon biologique test. Comme expliqué précédemment, le niveau de transcrits déterminé peut ne pas correspondre directement à la quantité de transcrits présents dans l’échantillon biologique, mais être une valeur dérivée représentative de la quantité de transcrits. En effet, de manière classique, la détermination quantitative peut inclure une étape d’amplification et/ou de normalisation et/ou de calcul d’un rapport...
Par kit, on entend un ensemble de produits et/ou outils à utiliser ensemble pour obtenir, en particulier, la détermination du niveau de transcrits des gènes cibles définis dans le cadre de l’invention. Les réactifs nécessaires peuvent ou non être rassemblés au sein d’un même kit ou d’un même dispositif.
On entend par « amorce d'amplification » ou « amorce », un fragment nucléotidique pouvant être constitué de 5 à 100 nucléotides, de préférence de 15 à 30 nucléotides, et possédant une spécificité d'hybridation avec une séquence nucléotidique cible, dans des conditions déterminées pour l'initiation d'une polymérisation enzymatique, par exemple dans une réaction d'amplification enzymatique de la séquence nucléotidique cible. Généralement, on utilise des « couples d’amorces », constitués de deux amorces. Lorsque l’on souhaite réaliser l’amplification de plusieurs biomarqueurs (e.g des gènes ou des ARNm desdits gènes) différents, plusieurs couples d’amorces différents sont de préférence utilisés, ayant préférentiellement chacun une capacité à s’hybrider spécifiquement avec un biomarqueur différent.
La personne du métier est tout à fait en mesure à partir de la séquence d’un gène, et notamment de la séquence des transcrits correspondants, par exemple ceux listés dans le tableau 2, de déterminer les séquences nucléotidiques des amorces afin de permettre une amplification des transcrits.
Selon un mode de réalisation particulier, des amorces sont présentes dans le kit, lesdites amorces comprenant, ou consistant en, une séquence nucléotidique complémentaire d’au moins une partie d’une séquence des transcrits tels que présentés dans le tableau 2 précédemment.
On entend par « sonde » ou « sonde d’hybridation », un fragment nucléotidique constitué typiquement de 5 à 100 nucléotides, de préférence de 15 à 90 nucléotides, de manière encore plus préférée de 15 à 35 nucléotides, possédant une spécificité d'hybridation dans des conditions déterminées pour former un complexe d'hybridation avec une séquence nucléotidique cible. La sonde comporte également un rapporteur (tel qu’un fluorophore, une enzyme ou tout autre système de détection), qui va permettre la détection de la séquence nucléotidique cible. Dans la présente invention, la séquence nucléotidique cible peut être une séquence nucléotidique comprise dans un ARN messager (ARNm) ou une séquence nucléotidique comprise dans un ADN complémentaire (ADNc) obtenu par transcription inverse dudit ARNm. Lorsque l’on souhaite cibler plusieurs biomarqueurs (e.g. des gènes ou des ARNm desdits gènes) différents, plusieurs sondes différentes sont de préférence utilisées, ayant préférentiellement chacune une capacité à s’hybrider spécifiquement avec un biomarqueur différent.
Par « hybridation », on entend le processus au cours duquel, dans des conditions appropriées, deux fragments nucléotidiques, tels que par exemple une sonde d'hybridation et un fragment nucléotidique cible, ayant des séquences suffisamment complémentaires, sont susceptibles de formerun double brin avec des liaisons hydrogènes stables et spécifiques.
Un fragment nucléotidique "capable de s'hybrider" avec un polynucléotide est un fragment pouvant s'hybrider avec ledit polynucléotide dans des conditions d'hybridation, qui peuvent être déterminées dans chaque cas de façon connue. Les conditions d'hybridation sont déterminées par la stringence, c'est-à-dire la rigueur des conditions opératoires. L'hybridation est d'autant plus spécifique qu'elle est effectuée à plus forte stringence.
La stringence est définie notamment en fonction de la composition en bases d'un duplex sonde/cible, ainsi que par le degré de mésappariement entre deux acides nucléiques. La stringence peut également être fonction des paramètres de la réaction, tels que la concentration et le type d'espèces ioniques présentes dans la solution d'hybridation, la nature et la concentration d'agents dénaturants et/ou la température d'hybridation. La stringence des conditions dans lesquelles une réaction d'hybridation doit être réalisée dépendra principalement des sondes d'hybridation utilisées. Toutes ces données sont bien connues et les conditions appropriées peuvent être déterminées par la personne du métier.
En général, selon la longueur des sondes d’hybridation utilisées, la température pour la réaction d'hybridation est comprise entre environ 20 et 70°C, en particulier entre 35 et 65°C dans une solution saline à une concentration d'environ 0,5 à 1 M. On réalise ensuite une étape de détection de la réaction d'hybridation.
Selon un mode de réalisation préféré, le kit comprend un échantillon contrôle calibré pour contenir la quantité de transcrits d’au moins deux gènes cibles, et éventuellement d’un ou plusieurs gènes additionnels, correspondant à la quantité ou à la concentration représentative du niveau d’expression mesurée dans un pool d’échantillons de sujets présentant une infection bactérienne et/ou un échantillon contrôle calibré pour contenir la quantité de transcrits d’au moins deux gènes cibles, et éventuellement d’un ou plusieurs gènes additionnels, correspondant à la quantité ou à la concentration représentative du niveau d’expression mesurée dans un pool d’échantillons de sujets présentant une infection virale.
En d’autres termes, l’échantillon contrôle est calibré pour contenir la quantité moyenne des transcrits desdits gènes cibles obtenue à partir d’un pool d’échantillons de sujets ayant une infection bactérienne ou de sujets ayant une infection virale.
Selon un mode de réalisation, les réactifs spécifiques de l’expression des gènes cibles, plus précisément, des produits d’amplification et/ou produits de détection, tels que par exemple des amorces ou des sondes, peuvent être liés à un même support solide. Le kit peut donc comprendre un support solide comprenant un ou plusieurs oligonucléotide(s) adapté(s) à la détermination du niveau de transcrits du ou de chaque gène cible, voire un ou plusieurs oligonucléotide(s) adapté(s) à la détermination du niveau de transcrits du gène ou de chaque gène de ménage sélectionné, voire un ou plusieurs oligonucléotide(s) adapté(s) à la détection d’au moins un gène cible, comme précédemment décrit. De tels supports solides sont bien connus de la personne du métier, et notamment décrits dans les demandes W02008/140568 et WO2017/093672 auxquelles on pourra se référer pour plus de détails.
Le kit, dans tous ses modes de réalisation, peut également comprendre en outre des réactifs spécifiques des produits d’expression d’un ou plusieurs gènes additionnels choisis parmi PI3, EBI3, ADGRE1 et S100P et leurs combinaisons.
Le kit peut également comprendre, de la même manière que définie précédemment, une valeur du niveau d’expression des gènes additionnels et/ou des échantillons contrôles (positifs ou négatifs) desdits gènes additionnels.
Le kit, dans tous ses modes de réalisation, peut également comprendre en outre des réactifs spécifiques des produits d’expression d’un ou plusieurs gènes de ménage. Là encore, le kit selon l’invention peut comprendre des réactifs spécifiques des produits d’expression de chaque gène de ménage sélectionné.
Selon un mode de réalisation particulier, le kit se présente sous la forme d’un consommable intégrant la purification des acides nucléiques, la PCR nichée multiplexe et la détection en un seul consommable sous la forme d’une cassette ou poche FilmArray®. Un tel consommable est avantageusement destiné à être utilisé avec les systèmes BioFire® FilmArray® V2.0 et Torch.
Un autre objet concerne l’utilisation d’un kit tel que défini précédemment pour déterminer la nature virale ou bactérienne d’une infection chez un sujet.
Un autre objet de la présente description concerne une méthode comprenant la mesure quantitative, notamment par RT-qPCR, des ARNm d’au moins un gène cible viral choisi parmi IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1, IFI44L, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, et éventuellement d’un ou plusieurs gènes additionnels tels que définis précédemment, dans un échantillon biologique de sang d’un sujet présentant une infection.
La description concerne également les méthodes de détermination de la nature virale ou bactérienne d’une infection chez un sujet infecté telles que définies précédemment, qui comprennent en outre une étape de traitement de l’infection virale ou bactérienne.
Selon un mode de réalisation particulier, lorsqu’une infection virale est identifiée, le traitement comprend l’administration d’au moins un agent antiviral. La personne du métier est en mesure de choisir l’agent antiviral le plus adapté parmi les agents connus. A titre d’exemple, l’agent antiviral peut être choisi parmi les agents suivants : amantadine, rimantadine, ritonavir, cobicistat, interferon alfa-2b/ribavirin, ombitasvir/paritaprevir/ritonavir, peginterferon alfa-2a, peginterferon alfa-2b, maraviroc, raltegravir, dolutegravir, elvitegravir, sofosbuvir, enfuvirtide, foscamet, fomivirsen, zanamivir, oseltamivir, peramivir, nevirapine, etravirine, efavirenz, rilpivirine, delavirdine, nevirapine, daclatasvir, entacavir, lamivudine, adefovir, didanosine, tenofovir, abacavir, lamivudine, zidovudine, stavudine, emtricitabine, zalcitabine, telbivudine, didanosine, boceprevir, simeprevir, telaprevir, lopinavir, fosamprenavir, darunavir, ritonavir, tipranavir, atazanavir, nelfinavir, amprenavir, indinavir, saquinavir, ribavirin, valacyclovir, famciclovir, acyclovir, ganciclovir, valganciclovir et cidofovir.
Selon un mode de réalisation particulier, lorsqu’une infection virale est identifiée, le traitement comprend l’administration d’au moins un antibiotique. La personne du métier est en mesure de choisir l’antibiotique le plus adapté parmi les antibiotiques connus. A titre d’exemple, l’antibiotique peut être choisi parmi les antibiotiques suivants : érythromycine, clindamucine, gentamicine, tetracycline, l’amoxicilline, amikacine, aztréonam, chloramphénicol, ceftazidime, clindamycine, céfalotine, ciprofloxacine, ,colistine, céfotétan, céfotaxime, érythromycine, acide fusidique, fosfomycine, céfoxitine, furanes, gentamicine, imipénème, kanamycine, lincomycine, céfamandole, minocycline, latamoxef, métronidazole, acide nalidixique, nétilmicine, oxacilline, benzylpénicilline, péfloxacine, pipéracilline, pristinamycine, rifampicine, spiramycine, sulfamides, streptomycine, triméthoprime, sulfamétoxazole, tétracycline, téicoplanine, ticarcilline, tobramycine, triméthoprime, vancomycine, meclocycline, sulfacetamide, ceftobiprole, ceftaroline, dalbavancine, daptomycine, linezolide, mupirocine, oritavancine, telavancine, tigecycline, vancomycine, aminoglycosides, carbapenemes, ceftazidime, cefepime, ceftobiprole, fluorquinolones, piperacilline/tazobactame, ticarcilline/acide clavulanic, linezolide, streptogramines, daptomycine, amikacine, kanamycine, neomycine, netilmicine, tobramycine, paromomycine, , spectinomycine, geldanamycine, herbimycine et rifaximine.
La présente invention est illustrée de manière non limitative à partir des exemples suivants.
EXEMPLES
1. Matériel et méthode
1.1 Caractéristiques cliniques des patients & échantillons
Des échantillons cliniques de sang total ont été collectés dans des tubes PAXgène® lors de l’admission du patient au sein service des urgences (JO) en suivant les recommandations du fabriquant. Au total, 191 échantillons ont été collectés avec la répartition suivantes : 68 échantillons issus d’une infection bactérienne caractérisée et 123 échantillons issus d’une infection virale caractérisée.
L’origine et la répartition des échantillons sont résumées ci-dessous :
Patients : Femme - 82 (42,9%) ; Homme 109(57,1%)
Age moyen : 3,4 ans
Infection bactérienne (GRAM-), n(%) : 28 (14,6)
Infection bactérienne (GRAM+), n(%) : 24 (12,6)
Infection bactérienne probable, n(%) : 16 (8,4)
Infection virale, n(%) : 123 (64,4)
1.2. Identification et validation des biomarqueurs Une première sélection de biomarqueurs transcriptomiques caractéristiques des infections virales et bactériennes a été effectuée par l’intermédiaire de la base de données interne de la Demanderesse. Plusieurs centaines de biomarqueurs ont ainsi été identifiés.
Pour chacun d’entre eux, plusieurs scores ont alors été attribués afin d’évaluer une multitudes de critères, à savoir notamment la capacité d’expression à partir des données de RNAseq issus de banque d’échantillons, la capacité de discrimination entre une infection virale et bactérienne à partir de données de micro-array issues des bases de données publiques, ou encore la possibilité de mettre au point des paires d’amorces pour l’amplification dans un système de PCR automatisé (FilmArray® par exemple).
En tenant compte des différents scores obtenus pour chaque biomarqueur, un score global a été calculé afin de permettre une sélection optimale et l’identification des biomarqueurs les plus prometteurs pour l’identification de la nature de l’infection.
Ensuite, pour finalement valider les biomarqueurs identifiés, les échantillons des patients ont été divisés en deux groupes de données. Le premier groupe, dit set « TRAIN » (n=128), permet d’entrainer le modèle d’apprentissage sur les données, tandis que le second groupe, dit set « TEST » (n=63), est utilisé pour la validation indépendante des performances.
Pour évaluer les performances individuelles des biomarqueurs, l’aire sous la courbe ROC a été calculée avec un indice de confiance à 95% (IC95%). Concernant les performances des combinaisons, des analyses ont été effectuées à l’aide de classificateurs complexes basés sur l’apprentissage automatique en utilisant la version 3.6.1 de R.
Deux méthodes ont particulièrement été utilisées pour évaluer l’importance des variables. La première est la fonction "explain" du package FastShap qui est dérivée de la théorie des jeux. Une récompense (poids) est donnée aux biomarqueurs qui apportent le plus dans le modèle d'apprentissage automatique pour classer les patients et permettre l’identification de la nature de l’infection (virale ou bactérienne).
La deuxième méthode est la fonction "Featureimp" du paquet IML qui renvoie le facteur par lequel l'erreur de prédiction du modèle augmente lorsqu'une caractéristique est mélangée.
En définitive, la sélection a permis d’identifier des biomarqueurs viraux, et notamment des biomarqueurs impliqués dans la voie de l’interféron et de la présentation antigènique médiée par le CMH de classe II, mais également des biomarqueurs bactériens, notamment les biomarqueurs SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH, RETN et MMP8.
Les performances ont également été évaluées et confirmées sur deux autres modèles d’apprentissage automatique, à savoir le Random Forest et la régression « Partial Least Squares-Discriminant » (PLS).
2. Résultats
2.1 BoxPlot
L’analyse des BoxPlot révèle les surexpression/sous-expression des différents gènes cibles selon la nature de l’infection. Ainsi, lorsque l’on compare les expressions des gènes cibles entre les infections virales et bactérienne, on constate que les gènes SLC1A2, IL1R2, FAM20A, OLAH, RETN et MMP sont surexprimés lors d’une infection bactérienne alors que les gènes SIGLEC1, ISG15, HERC6, IFI44L, RSAD2, IFI27, OAS1 et IFIT1 sont surexprimés lors d’une infection virale.
2.2 Analyse des performances des biomarqueurs selon l’invention Les performances des gènes cibles de la méthode selon l’invention pour déterminer la nature virale ou bactérienne d’une infection sont présentées dans les tableaux ci-dessous. Pour chaque modèle, les performances ont été évaluée plusieurs fois et les AUC du modèle correspondent donc à la moyenne des différentes AUC obtenues.
Performances obtenues pour l’identification de la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des combinaisons à 2 gènes : [Tableau 6]
Performances obtenues pour l’identification de la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des combinaisons à trois gènes :
[Tableau 7]
Performances obtenues pour l’identification de la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des combinaisons à 4 gènes :
[Tableau 8]
Performances obtenues pour l’identification de la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des combinaisons à 5 gènes :
[Tableau 9]
Performances obtenues pour l’identification de la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des combinaisons à 6 gènes :
[Tableau 10]
Performances obtenues pour l’identification de la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des combinaisons à 7 gènes :
[Tableau 11]
Performances obtenues pour l’identification de la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des combinaisons à 8 gènes :
[Tableau 12]
Performances obtenues pour l’identification de la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des combinaisons à 9 gènes :
[Tableau 13]
Performances obtenues pour l’identification de la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des combinaisons à 10 gènes cibles :
[Tableau 14]
Performances obtenues pour l’identification de la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des combinaisons à 11 gènes cibles :
[Tableau 15]
Performances obtenues pour l’identification de la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des combinaisons à 12 gènes cibles :
[Tableau 16]
Performances obtenues pour l’identification de la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des combinaisons à 13 gènes cibles :
[Tableau 17]
Performances obtenues pour l’identification de la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des combinaisons des 14 gènes cibles :
[Tableau 18]
Performances obtenues pour l’identification de la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des combinaisons des 14 gènes cibles et des 4 gènes additionnels:
[Tableau 19]
Ainsi, les signatures transcriptomiques selon l’invention permettent de déterminer la nature virale ou bactérienne d’une infection chez un patient infecté avec un niveau robuste de performance car les AUC obtenues sur le set TEST sont généralement égales ou supérieures aux AUC obtenues sur le set TRAIN. REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
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Claims

Revendications
1 . Méthode in vitro ou ex vivo pour déterminer la nature virale ou bactérienne d’une infection à partir d’un échantillon biologique d’un sujet infecté, ou susceptible d’être infecté, comprenant les étapes suivantes :
(a) mesure de l’expression d’au moins un gène cible viral et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi les gènes cibles bactériens OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
(b) comparaison des expressions mesurées à l’étape (a) avec des valeurs d’expression de références prédéterminées desdits gènes cibles, et
(c) conclusion quant à la nature virale ou bactérienne de l’infection sur la base des résultats de comparaison.
2. Méthode selon la revendication 1, caractérisée en ce que le gène cible viral est choisi parmi les gènes cibles viraux de la voie de l’interféron, de la voie des cytokines pro-inflammatoires, de la voie de signalisation des récepteurs Toll- like, de la voie de signalisation des récepteurs RIG-I-like et de la voie de la présentation antigènique médiée par le CMH de classe II.
3. Méthode selon la revendication 1 ou 2, caractérisée en ce que le gène cible viral est choisi parmi les gènes cibles viraux impliqués dans la voie de l’interféron et de la présentation antigénique médiée par le CMH de classe II.
4. Méthode selon la revendication 3, caractérisée en ce que les gènes cibles viraux sont choisis parmi IFI27, SIGLEC1, IFN-a, IFN-P, IFN-e, IFN-K, IFN-CÛ, IFN-y, IFNL1, IFNL2, IFNL3, ADAR1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFIT5, IFI44L, ISG15, ISG20, MDA5, OAS1, OAS2, OAS3, OASL, PARP12, PKR, RIG-I, RNaseL, RSAD2, RBBP6, SHFL, TRIM22, TRIM25, TRIM32, TRIM69, Vipérin, ZAP, ZCCHC3, ZNFX1, HERC1, HERC2, HERC3, HERC4, HERC5, HERC6 et leurs combinaisons.
5. Méthode selon l’une des revendications 1 à 4, caractérisée en ce que l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1, IFI44L et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2.
6. Méthode selon la revendication 5, caractérisée en ce que l’étape (a) comprend la mesure de l’expression du gène cible viral IFI27 et du gène cible bactérien OLAH.
7. Méthode selon la revendication 6, caractérisée en ce que l’étape (a) comprend également la mesure de l’expression du gène cible bactérien FAM20A.
8. Méthode selon l’une des revendications 1 à 5, caractérisée en ce que l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression de deux gènes cibles viraux choisis parmi IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1 et IFI44L et de deux gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, et de préférence choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2 et MMP8.
9. Méthode selon l’une des revendications 1 à 5, caractérisée en ce que l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression de deux à cinq gènes cibles viraux choisis parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, IFI27, OAS1, IFIT1 et IFI44L et de trois ou quatre gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, et de préférence choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2 et MMP8.
10. Méthode selon la revendication 5, caractérisée en ce que l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral IFI27, et éventuellement d’au moins un autre gène viral choisi parmi SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1, IFI44L, et d’au moins deux gènes cibles bactériens choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, et de préférence choisis parmi OLAH, FAM20A, IL1R2 et MMP8.
11. Méthode selon la revendication 5, caractérisée en ce que l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi SIGLEC1, ISG15 et HERC6, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, de préférence parmi IL1R2, OLAH et FAM20A.
12. Méthode selon la revendication 5, caractérisée en ce que l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1 et IFI44L, du gène cible bactérien OLAH, et d’au moins un autre gène cible bactérien choisi parmi FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, de préférence parmi FAM20A, IL1R2 et MMP8.
13. Méthode selon la revendication 5, caractérisée en ce que l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure d’au moins un gène cible viral choisi parmi IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1 et IFI44L, du gène cible bactérien FAM20A, et d’au moins un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, de préférence parmi OLAH, IL1R2 et MMP8.
14. Méthode selon la revendication 5, caractérisée en ce que l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral IFI27, d’un autre gène cible viral choisi parmi HERC6, SIGLEC1, IFI44L et ISG15, du gène cible bactérien FAM20A et d’un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH et IL1R2.
15. Méthode selon la revendication 9, caractérisée en ce que l’étape (a) comprend ou consiste en la mesure de l’expression du gène cible viral IFI27, de deux autres gènes cibles viraux choisis parmi SIGLEC1, HERC6, OAS1 et IFIT1, du gène cible bactérien FAM20A et d’un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH, IL1R2 et MMP8.
16. Méthode selon la revendication 5, caractérisée en ce que l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux IFI27 et SIGLEC1, d’un autre gène cible viral choisi parmi IFIT1, HERC6, ISG15 et ISG15, des gènes cibles bactériens FAM20A et MMP8, et d’un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH et ILlR2.
17. Méthode selon la revendication 5, caractérisée en ce que l’étape (a) de mesure comprend ou consiste en la mesure de l’expression des gènes cibles viraux IFI27 et SIGLEC1, et de deux autres gènes cibles viraux choisis parmi IFIT1, OAS1, HERC6 et ISG15, des gènes cibles bactériens FAM20A et MMP8, et d’un autre gène cible bactérien choisi parmi OLAH et IL1R2.
18. Méthode selon la revendication 1, caractérisé en ce que l’étape (a) consiste en la mesure d’une combinaison de gène cibles viraux et bactériens choisie parmi les combinaisons de gènes cibles listés dans les tableaux 6 à 12 et qui présentent une AUC du modèle pour la détermination de la nature virale ou bactérienne de l’infection d’au moins 0,90.
19. Méthode selon l’une des revendications 5 à 18, caractérisée en ce que la valeur d’expression de référence prédéterminée des gènes cibles correspond à l’expression respectives desdits gènes cibles dans un échantillon biologique de référence obtenu chez un sujet ayant une infection bactérienne et en ce qu’il est conclu à une infection de nature virale lorsque les résultats de comparaison d’expression des gènes cibles mettent en évidence au moins une variation d’expression choisie parmi:
- une surexpression de SIGLEC1,
- une surexpression de ISG15,
- une surexpression de HERC6,
- une surexpression de RSAD2,
- une surexpression de IFI27,
- une surexpression de OAS1,
- une surexpression de IFIT1, et
- une surexpression de IFI44L, et au moins une autre variation d’expression choisie parmi :
- une sous expression de SLC1A2,
- une sous expression de IL1R2,
- une sous expression de FAM20A,
- une sous expression de OLAH,
- une sous expression de RETN, et
- une sous expression de MMP8.
20. Méthode selon l’une des revendications 5 à 18, caractérisée en ce que la valeur d’expression de référence prédéterminée desdits gènes cibles correspond à l’expression respectives desdits gènes cibles dans un échantillon biologique de référence obtenu chez un sujet ayant une infection virale et en ce qu’il est conclu à une infection de nature bactérienne lorsque les résultats de comparaison d’expression des gènes cibles mettent en en évidence au moins une variation d’expression choisie parmi:
- une sous expression de SIGLEC1,
- une sous expression de ISG15,
- une sous expression de HERC6,
- une sous expression de RSAD2,
- une sous expression de IFI27,
- une sous expression de OAS1,
- une sous expression de IFIT1, et
- une sous expression de IFI44L, et au moins une autre variation d’expression choisie parmi : - une surexpression de SLC1A2,
- une surexpression de IL1R2,
- une surexpression de FAM20A,
- une surexpression de OLAH,
- une surexpression de RETN, et
- une surexpression de MMP8
21 . Méthode selon l’une des revendications 1 à 20, caractérisée en ce qu’elle comprend en outre une étape (a’) de mesure de l’expression d’au moins un gène cible additionnel choisi parmi PI3, EBI3, ADGRE1 et S100P, une étape (b’) de comparaison des expressions mesurées à l’étape (a’) avec des valeurs d’expression de références desdits gènes cibles additionnels.
22. Méthode selon l’une des revendications 1 à 21, caractérisée en ce que la mesure de l’expression des gènes cibles est réalisée au niveau ARNm.
23. Méthode selon l’une des revendications 1 à 22, caractérisée en ce que la mesure de la variation d’expression est réalisée par amplification via une RT-PCR, de préférence une RT-PCR quantitative, ou une PCR nichée.
24. Méthode selon l’une des revendications 1 à 23, caractérisée en ce que l’expression est normalisée par rapport à l’expression d’un ou plusieurs gènes de ménage, de préférence choisis parmi DECRI, HPRT1, PPIB, GAPDH, et ACTB.
25. Méthode selon l’une des revendications 1 à 24, caractérisée en ce que l’échantillon biologique est issu d’un sujet qui est un enfant, de préférence un enfant de moins de 4 ans, et de préférence encore un enfant de moins de 2 ans.
26. Méthode selon l’une des revendications 1 à 25, caractérisée en ce que l’échantillon biologique est un échantillon de sang, de préférence un échantillon de sang total.
27. Kit pour la mesure in vitro ou ex vivo dans un échantillon biologique de l’expression génique, ledit kit comprenant des moyens de détermination de la variation du niveau d’expression d’au moins un gène cible viral choisi parmi IFI27, SIGLEC1, ISG15, HERC6, RSAD2, OAS1, IFIT1, IFI44L, et d’au moins un gène cible bactérien choisi parmi OLAH, FAM20A, IL1R2, MMP8, RETN et SLC1A2, lesdits moyens étant de préférence des amorces ou des sondes.
28. Utilisation du kit selon la revendication 27 pour déterminer la nature virale ou bactérienne d’une infection à partir d’un échantillon biologique d’un sujet.
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