EP3285786A1 - La prévention ou le traitement d'une infection par bacteroides thetaiotaomicron - Google Patents

La prévention ou le traitement d'une infection par bacteroides thetaiotaomicron

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EP3285786A1
EP3285786A1 EP16721201.8A EP16721201A EP3285786A1 EP 3285786 A1 EP3285786 A1 EP 3285786A1 EP 16721201 A EP16721201 A EP 16721201A EP 3285786 A1 EP3285786 A1 EP 3285786A1
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EP
European Patent Office
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infection
composition
group
subject
lactobacillus
Prior art date
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Withdrawn
Application number
EP16721201.8A
Other languages
German (de)
English (en)
Inventor
Harry SOKOL
Philippe Langella
Thomas Walter HOFFMANN
Chantal BRIDONNEAU
Hang Phuong PHAM
Mathias LAVIE-RICHARD
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Universite Pierre et Marie Curie
Assistance Publique Hopitaux de Paris APHP
Institut National de la Recherche Agronomique INRA
Original Assignee
Universite Pierre et Marie Curie
Assistance Publique Hopitaux de Paris APHP
Institut National de la Recherche Agronomique INRA
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Universite Pierre et Marie Curie, Assistance Publique Hopitaux de Paris APHP, Institut National de la Recherche Agronomique INRA filed Critical Universite Pierre et Marie Curie
Publication of EP3285786A1 publication Critical patent/EP3285786A1/fr
Withdrawn legal-status Critical Current

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    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
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    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Definitions

  • the present invention relates to the field of medicine and more specifically to the field of infections, in particular intestinal infections.
  • An infection refers to the invasion and then the multiplication of microorganisms within an organ of the living body.
  • microorganisms can be viruses, bacteria, parasites or yeasts.
  • the body will put in place defense processes to eradicate the unwanted microorganism.
  • Intestinal infections are infections affecting one or more of the segments that make up the intestine (small intestine, cecum, colon, rectum). These infections can be caused by a virus (eg Rotavirus), a bacterium (such as salmonella, staphylococcus, or shigella), a parasite (such as amoebae, lamblias, or worms) or yeast (eg , candida albicans).
  • a virus eg Rotavirus
  • a bacterium such as salmonella, staphylococcus, or shigella
  • a parasite such as amoebae, lamblias, or worms
  • yeast eg , candida albicans
  • the name given to the infection differs from enteritis when the small intestine is affected, from colitis to the colon, from sigmoiditis to the lower part of the colon, or from proctitis for the rectum.
  • Intestinal infections cause as many as 1.7 billion cases of diarrhea each year worldwide and are the second leading cause of death among children under five (760,000 child deaths per year). In developing countries, children under three years of age suffer from an average of three diarrheal episodes per year, each of which deprives them of nutrients essential for their growth. Thus, intestinal infections are also a major cause of malnutrition in children (WHO, see the WHO website at the following link: http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs330/en/) . Beyond these aspects purely medical, intestinal infections also have a very important economic and social cost.
  • the intestinal flora of the adult thus constitutes a first curtain of defense against infections by offering, by its mere presence, resistance to any colonization by pathogenic microorganisms.
  • the intestinal flora also participates in food digestion and energy metabolism.
  • the object of the present invention is to provide a novel composition for effectively controlling infections while preserving intestinal microflora.
  • Bacteroides thetaiotaomicron Bacteroides thetaiotaomicron (B. thetaiotaomicron) makes it possible to mature the immune system and thus to fight against infections.
  • Bacteroides thetaiotaomicron Bacteroides thetaiotaomicron
  • the bacterium B. thetaiotaomicron being one of the species of bacteria naturally present in the intestinal microflora, its administration will not alter the microflora but will, on the contrary, have the effect of strengthening the defenses of the intestinal microflora against pathogenic bacteria.
  • the present invention relates, in a first aspect, to a composition
  • a composition comprising B. thetaiotaomicron and / or an extract thereof for use in the prevention or treatment of an infection in an immunosuppressed, immunosuppressed subject having a Immature immune system, and / or frailty, and wherein the composition comprises at most six species of bacteria and / or extracts thereof.
  • the composition comprises B. thetaiotaomicron and / or an extract thereof as the only bacterium or bacterial extract.
  • the subject is infected.
  • the infection according to the present invention is an intestinal infection, more preferably an infection selected from the group consisting of oesophagitis, gastritis, enteritis, colitis, sigmoiditis, proctitis, peritonitis, or a combination thereof.
  • the infection according to the present invention may be a bacterial, viral, parasitic infection caused by yeast, or a combination thereof.
  • the infection may be a bacterial infection, preferably selected from the group consisting of Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Clostridium botulinum, Salmonella enteritidis, Salmonella typhi, Salmonella paratyphi, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aewmonas, Mycobacterium tuberculosis or a combination thereof.
  • Vibrio cholerae Vibrio parahaemolyticus
  • Escherichia coli
  • the infection may also be a viral infection, preferably selected from the group consisting of Rotavirus, Norwalk Virus, Adenovirus, Calicivirus, Coronavirus, Enterovirus, Astrovirus, or combination of these.
  • the infection may further be caused by a parasite, preferably selected from the group consisting of Entamoeba histolytica, Ascaris lumbricoides, Strongyloides stercoralis, Ancylostoma duodenale, Cyclospora cayetanensis, Cryptosporidium parvum, Microsporidium, Enterobius vermicularis, Giardia lamblia, Ancylostoma duodenale, Necator americanus, Taenia solium, Taenia saginata, Diphyllobothrium latum, Coccidia and Trichinella spiralis, or a combination thereof.
  • a parasite preferably selected from the group consisting of Entamoeba histolytica, Ascaris lumbricoides, Strongyloides stercoralis, Ancylostoma duodenale, Cyclospora cayetanensis, Cryptosporidium parvum, Microsporidium, Enterobius vermic
  • the infection may finally be caused by a yeast, preferably selected from the group consisting of Candida albicans, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida guillermondii, Torulopsis glabrata, or combinations thereof.
  • a yeast preferably selected from the group consisting of Candida albicans, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida guillermondii, Torulopsis glabrata, or combinations thereof.
  • composition according to the invention may also be administered orally.
  • the subject of the invention is an animal, preferably a non-human mammal, more preferably a mammal selected from the group consisting of dogs, cats, horses, cows, pigs, sheep, goats, rabbits, hamsters, guinea pigs. India, chickens, chickens, and non-human primates. Most preferably, the subject of the invention is a newborn animal.
  • the subject of the invention is a human, preferably a human selected from the group consisting of a newborn, a child and an elderly person.
  • composition according to the invention may also be a food or a food supplement.
  • composition according to the invention may be administered in combination with a prebiotic, preferably selected from the group consisting of oligofructose, inulin, galacto-oligosaccharides, lactulose, mother's milk oligosaccharides, derivatives or combinations of them.
  • a prebiotic preferably selected from the group consisting of oligofructose, inulin, galacto-oligosaccharides, lactulose, mother's milk oligosaccharides, derivatives or combinations of them.
  • composition according to the invention may also be administered in combination with an antibiotic, preferably selected from the group consisting of Amoxicillin, Ampicillin, Vancomycin, Neomycin sulfate, Metronidazole, Alatrofloxacin, Tetracycline, Moxifloxacin, Azithromycin, Bacampicillin, Oxacillin, Benzylpenicillin, Clarithromycin, Carbenicillin, Cefadroxile, Cephalexin, Cefditorene, Cefepime, Cefmetazole, Cefoperazone, Cefprozil, Cephalexin, Ciprofloxacin, Clarithromycin , Clindamycin, Daptomycin, Dicloxacillin, Erythromycin, Fidaxomycin, Gemifloxacin, Sulfamethoxazole, Kanamycin, Levofloxacin, Lincomycin, Lomefloxacin, Ofloxacin , Vancomycin, Meropeneme, Metronidazole, Na
  • composition according to the invention may finally further comprise at least one other bacterium and / or an extract thereof, preferably a bacterium selected from the group consisting of Bacteroides ovatus, Bacteroides fragilis, Bacteroides intestinalis, Bacteroides vulgatus, Bacteroides caccae Bacteroides massiliensis, Parabacteroides diastasonis, Odoribacter splanchnicus, Faecalibacterium prausnitzii, Escherichia coli, Ruminococcus gnavus, Roseburia intestinalis, Fusobacterium necrogenic, Bifidobacterium infantis, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium breve, Bifidobacterium lactis, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium bifidum, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus casei, Lactobacillus bulg
  • Figure 1 Study of gene expression in the colon of monocolonized mice by a DNA chip technique.
  • mice Monocolonized mice
  • sterile axenic group
  • conventionalized mice in red.
  • the axes correspond to the main components 1 (x-axis) and 2 (y-axis).
  • the mice were monocolonized by Escherichia coli, Ruminococcus gnavus, Bacteroides thetaiotaomicron, Roseburia intestinalis, Saccharomyces boulardii or Candida albicans.
  • the genes of 8 proteins of the immune system were selected: T-bet, Gata3, IFN ⁇ , TLR4, FoxP3, RORyt, IL- ⁇ , and CCL2.
  • the expression of these genes was determined in the colon by RT-qPCR from their RNAs.
  • a statistical comparison was made with the group of sterile mice using a Mann-Whitney test (* / ** / ***, p ⁇ 0.05 / 0.01 / 0.001).
  • the inventors have discovered that the administration of B. thetaiotaomicron in the intestine of axenic mice, i.e., sterile mice (devoid of any microorganism), results in a maturation of the immune system of their host which is quite comparable to that observed in conventionalized mice, i.e., axenic mice to which a complete intestinal microflora has been transferred.
  • the inventors have noted an infiltration of the intestinal mucosa of the host by T lymphocytes, B cells and macrophages but also a maturation of the system of immunoglobulin A (IgA). This maturation of the immune system is essential for an effective fight against infections.
  • IgA immunoglobulin A
  • the bacterium B. thetaiotaomicron is one of the most represented species of the phylum Bacteroidetes, in both humans and mice, the phylum Bacteroidetes being one of the three major phyla of the intestinal microflora (Qin J et al, 2010, Nature, 464, pp. 59-65). Being naturally present in the intestinal microflora, its administration will not have a deleterious effect on the microflora but will, on the contrary, have the effect of reinforcing the stimulation of the immune system and the defenses of the intestinal microflora against the pathogenic bacteria and thus of strengthen the fight against an infection or prevent a new infection.
  • the present invention relates, in a first aspect, to a composition
  • a composition comprising B. thetaiotaomicron and / or an extract thereof for use in preventing or treating an infection in a subject.
  • the subject is immunosuppressed, immunosuppressed, has an immature immune system, and / or has fragility.
  • said composition comprises at most six, five, four, three or two species of bacteria and / or extracts thereof.
  • the composition comprises B. thetaiotaomicron and / or an extract thereof as the only bacterium or bacterial extract.
  • the present invention also relates to the use of B. thetaiotaomicron or an extract thereof for preventing or treating an infection in a subject, preferably an immunocompromised, immunosuppressed subject, having an immature immune system, and / or having an fragility.
  • B. thetaiotaomicron or an extract thereof is used in combination with not more than five, four, three, two or one species of bacteria and / or extracts thereof.
  • B. thetaiotaomicron and / or an extract thereof is used as the only bacterium or bacterial extract.
  • the present invention also relates to the use of Bacteroides thetaiotaomicron and / or an extract thereof for the preparation of a medicament for the prevention or treatment of an infection in a subject, preferably an immunocompromised subject, immunosuppressed, with an immature immune system, and / or frailty.
  • B. thetaiotaomicron or an extract thereof is used in combination with not more than five, four, three, two or one species of bacteria and / or extracts thereof.
  • B. thetaiotaomicron and / or an extract thereof is used as the only bacterium or bacterial extract.
  • the present invention further relates to a method for preventing or treating an infection in a subject, preferably an immunocompromised, immunosuppressed, immature, and / or frail immune subject, comprising a step of administering an infection.
  • B. thetaiotaomicron or an extract thereof is used in combination with at most five, four, three, two or one species of bacteria and / or extracts thereof.
  • B. thetaiotaomicron and / or an extract thereof is used as the only bacterium or bacterial extract.
  • composition according to the invention comprises B. thetaiotaomicron and / or an extract thereof.
  • Bacteroides thetaiotaomicron refers to any bacterial strain belonging to the species Bacteroides thetaiotaomicron, particularly strain VPI-5482 (ATCC 29149).
  • extract refers to any fraction obtained from the bacterial cell, including a cell supernatant or a component thereof, a cell debris, a cell wall or a member thereof.
  • components in particular a peptidoglycan, a polysaccharide, or a protein of the wall, a DNA extract, the cytoplasm or one of its components, a molecule or a complex produced by the bacterium, enzymes or an enzyme preparation obtained from bacterial cells by chemical, physical and / or enzymatic treatment, and which is substantially free of living cells.
  • this term refers to an extract capable of reproducing all or part of the effects of Bacteroides thetaiotaomicron.
  • composition according to the invention may also comprise a mixture of Bacteroides thetaiotaomicron and extracts of Bacteroides thetaiotaomicron, the addition of extracts to enhance the effect of Bacteroides thetaiotaomicron without increasing the amount of bacteria administered to the subject.
  • composition according to the invention comprises at most six species of bacteria and / or extracts thereof.
  • composition according to the invention comprises Bacteroides thetaiotaomicron and / or an extract thereof and at most five other species of bacteria and / or extracts thereof.
  • the composition according to the invention comprises at most five species of bacteria and / or extracts thereof.
  • the composition according to the invention comprises at most four, at most three or at most two species of bacteria and / or extracts thereof.
  • composition according to the invention comprises exactly six, exactly five, exactly four, exactly three, exactly two species of bacteria and / or extracts thereof.
  • the composition according to the invention comprises a single species of bacterium and / or an extract thereof. This is B. thetaiotaomicron.
  • said composition is administered in combination with another microorganism, a microorganism extract or combinations thereof.
  • the species of bacteria that may be present in the composition according to the invention in addition to B. thetaiotaomicron are compatible with the intestinal microflora of the subject, more preferably they are commensal bacteria.
  • intestinal microflora refers to all microorganisms that are naturally present in the organs that make up the digestive tract.
  • intestinal microflora refers to all microorganisms that are naturally present in the organs that make up the digestive tract.
  • intestinal microflora refers to all microorganisms that are naturally present in the organs that make up the digestive tract.
  • intestinal microflora refers to all microorganisms that are naturally present in the organs that make up the digestive tract.
  • intestinal microflora refers to all microorganisms that are naturally present in the organs that make up the digestive tract.
  • intestinal microflora refers to all microorganisms that are naturally present in the organs that make up the digestive tract.
  • intestinal microflora refers to all microorganisms that are naturally present in the organs that make up the digestive tract.
  • intestinal microflora refers to all microorganisms that are naturally present in the organs that make up the digestive tract.
  • intestinal microflora refer
  • microorganism refers to microscopic living things such as bacteria, viruses, unicellular fungi (yeasts), and protists.
  • microbe and “microorganism” are equivalent and may be used interchangeably for the purposes of the present invention.
  • cancermensal microorganism for example commensal bacteria, refers to microorganisms naturally present in the intestinal microflora of the subject and are, in general, beneficial to their host.
  • pathogenic microorganism which, in general, has a detrimental effect on its host.
  • pathogenic microorganisms are responsible for infections.
  • the species of bacteria that may be present in the composition according to the invention in addition to B. thetaiotaomicron are selected from the group consisting of bacteria belonging to phyla Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria, and Proteobacteria. Even more preferably, the species of bacteria that may be present in the composition according to the invention in addition to B. thetaiotaomicron belong to a genus selected from the group consisting of Bacteroides, Parabacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Eubacterium, Faecalibacterium, Ruminococcus, Peptococcus.
  • thetaiotaomicron are selected from the group consisting of Bacteroides ovatus, Bacteroides fragilis, Bacteroides intestinalis, Bacteroides vulgatus, Bacteroides infantis, Bacteroides caccae, Bacteroides massiliensis, Bacteroides distasonis, Parabacteroides diastasonis, Odoribacter splanchnicus, Faecalibacterium prausnitzii, Escherichia coli, Ruminococcus gnavus, Roseburia intestinalis, Fusobacterium necrogenic, Bifidobacterium infantis, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium brief, Bifidobacterium lactis, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium bifidum, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus helveticus , Lactobacillus casei, Lactobacillus bulgaricus
  • the species of bacteria that may be present in the composition according to the invention in addition to B. thetaiotaomicron are selected from the group consisting of Bacteroides ovatus, Bacteroides fragilis, Bacteroides intestinalis, Bacteroides vulgatus, Bacteroides caccae, Bacteroides massiliensis , Parabacteroides diastasonis, Odoribacter splanchnicus, Faecalibacterium prausnitzii, Escherichia coli, Ruminococcus gnavus, Roseburia intestinalis, Fusobacterium necrogenic, Bifidobacterium infantis, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium breve, Bifidobacterium lactis, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium bifidum, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus casei, Lac
  • the species of bacteria that may be present in the composition according to the invention in addition to B. thetaiotaomicron are selected from the group consisting of Bacteroides intestinalis, Bacteroides massiliensis, Parabacteroides diastasonis, Odoribacter splanchnicus, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus gnavus, Roseburia intestinalis, Bifidobacterium infantis, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium bifidum, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus johnsonii, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus reuteri, Lactobacillus salivarius, Streptococcus thermophilus, Bacillus clausii, Enterococcus faecium -this.
  • the composition according to the invention may further comprise at least one other microorganism and / or a microorganism extract.
  • Said microorganism is preferably compatible with the intestinal microflora of the subject, more preferably it is a commensal microorganism.
  • the commensal microorganism is a yeast, more preferably the commensal microorganism is a yeast selected from the group consisting of Saccharomyces boulardii, Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans, and / or extracts thereof.
  • the composition according to the invention consists essentially of B. thetaiotaomicron and / or an extract thereof.
  • the term "essentially consists of" as used herein refers to a composition according to the invention not comprising any other microorganism, in particular commensal. More particularly, said composition does not comprise any other bacteria and does not include yeast.
  • composition according to the invention may further be administered in combination with another therapeutic agent, preferably selected from the group consisting of a prebiotic, an antibiotic, or a combination thereof.
  • additional therapeutic agent preferably selected from the group consisting of a prebiotic, an antibiotic, or a combination thereof.
  • the composition according to the invention and the additional therapeutic agent may be administered simultaneously or sequentially.
  • the additional therapeutic agent may be administered before or after administration of the composition according to the invention.
  • said composition is administered in combination with a prebiotic.
  • a prebiotic refers to any molecule having a prebiotic effect, ie promoting the growth or activity of intestinal microorganisms beneficial to the health of their host.
  • Prebiotics are generally short-chain oligosaccharides or polysaccharides consisting of approximately two to twenty monosaccharide units. They escape digestion in the small intestine and are potential substrates for hydrolysis and fermentation by intestinal bacteria.
  • the prebiotic employed in the invention may specifically target a species or kind of intestinal microorganisms such as several species or genera of microorganisms, thereby modulating the total number or relative proportion of one or more intestinal microorganisms.
  • the prebiotics according to the invention may in particular be substrates of Bacteroides thetaiotaomicron.
  • the prebiotics according to the invention are selected from the group consisting of oligofructose, inulin, galacto-oligosaccharides, lactulose, mother's milk oligosaccharides, derivatives or combinations thereof.
  • said composition is administered in combination with an antibiotic.
  • the antibiotic employed may specifically target a species or genus of intestinal microorganisms such as several species or genera of microorganisms, in order to modulate the total number or relative proportion of one or more intestinal microorganisms.
  • the antibiotics according to The invention is selected from the group consisting of Amoxicillin, Ampicillin, Vancomycin, Neomycin sulfate, Metronidazole, Alatrofloxacin, Tetracycline, Moxifloxacin, Azithromycin, Bacampicillin, Oxacillin, Benzylpenicillin, Clarithromycin, Carbenicillin, Cefadroxile, Cephalexin, Cefditorene, Cefepime, Cefmetazole, Cefoperazone, Cefprozile, Cephalexin, Ciprofloxacin, Clarithromycin, Clindamycin, Daptomycin, Dicloxacillin, Erythromycin, Fidaxomycin, Gemifloxacin, Sulfamethoxazole, Kanamycin, Levofloxacin, Lincomycin , Lomefloxacin, Ofloxacin, Vancomycin, Meropeneme, Metronidazole, Nafcillin, Nalid
  • composition according to the invention consists of B. thetaiotaomicron and / or an extract thereof.
  • the composition according to the invention does not comprise any other microorganism and is not administered in combination with another therapeutic agent.
  • B. thetaiotaomicron is present in a therapeutically effective amount.
  • the term "therapeutically effective amount” refers to an amount of Bacteroides thetaiotaomicron and / or extracts thereof capable of preventing or delaying the onset of infection, or curing or reduce the effects of an infection. It is obvious that the quantity to be administered can be adapted by those skilled in the art, depending on the subject to be treated, the nature of the infection, etc. In particular, dosages and dosing regimens depend on the nature, stage of development, and severity of the infection being treated, as well as the weight, age, and general health status of the subject to be treated. treat, or the judgment of the prescribing physician.
  • treatment refers to any act to improve the medical status of a person with an infection.
  • the treatment may be aimed at both improving the patient's condition, i.e., regression of the infection, or some of its symptoms, only to eradicate the infection or some of its symptoms.
  • the treatment may also have the effect of preventing or slowing down the progression of an infection.
  • prevention refers to any action to prevent or delay the onset of infection.
  • prevention and “prophylactic treatment” are equivalent and may be used interchangeably within the scope of the present invention.
  • Prevention can target both subjects with a predisposition to infections, preferably intestinal infections, as well as non-susceptible subjects.
  • the composition according to the invention may be delivered at its intestinal action site either in the form of a suppository, in the form of an enema, or orally, preferably orally.
  • formulations of the composition include, but are not limited to, solid formulations such as cachets, pills, capsules or capsules, liquid formulations such as beverages, and suspensions.
  • the composition is delivered orally and reaches its site of intestinal action without being damaged by the acidity of the stomach, for example through a gastro-resistant coating.
  • the composition can be administered in the form of a food, a dietary supplement, a nutraceutical, a yoghurt, a diet bar, or other products of the same kind.
  • composition according to the invention may be administered at the rate of a single dose, or at several doses depending on the formulation, the subject, his state of health and the infection to be treated. When several doses of the composition are administered, they may be spread over one or more days. Preferably, the composition according to the invention is administered at the rate of a single dose per day of administration. Alternatively, the subject receives several doses of the composition per day of treatment.
  • the composition according to the invention may be administered every day, every two days, once a week, once a month, or once a year, preferably once a day.
  • the periodicity of taking the composition depends on many parameters such as the expected overall duration of taking the composition, the age of the subject and / or the severity of the infection to be prevented or treated.
  • the frequency of setting of the composition can also change over time, in a given subject, particularly according to the evolution of his infection, his risk of infection, and / or his overall state of health.
  • composition according to the invention may be administered for a maximum of about 31 days, for a period of about 1 to about 24 months or for at least two years.
  • the composition according to the invention may be administered to the subject for a period of 1 to about 31 days, preferably for a period of about 2 to about 21 days, more preferably for a period of about 7 to about 14 days.
  • a duration of administration of the composition less than or equal to one month is particularly suitable for the acute treatment of an infection or the prevention of an immediate risk of infection.
  • the composition according to the invention may be administered throughout the duration of the infection or the duration of the risk of infection.
  • the composition according to the invention may also be administered to the subject for a period of about 1 to about 24 months, preferably for a period of about 2 to about 12 months, more preferably during a period of about 3 to about 6 months.
  • a duration of administration of the composition from about 1 to about 24 months is particularly suitable for preventing an infection.
  • the composition according to the invention may be administered throughout the period when the subject has an increased risk of infection.
  • the composition according to the invention may finally be administered to the subject for at least two years, preferably for at least 5 years, more preferably for at least 8 years.
  • a duration of administration of the composition of at least two years is particularly suitable for the prevention or treatment of a chronic infection.
  • the composition according to the invention can be administered throughout the life of the subject.
  • the composition according to the invention may be administered for the prevention or treatment of any infection, preferably an intestinal infection.
  • An intestinal infection is an infection affecting one of the organs of the intestine, namely the esophagus, stomach, small intestine, cecum, colon, or rectum.
  • the name given to the infection may be different, it is called oesophagitis when the esophagus is affected, gastritis when the stomach is touched, enteritis when the intestine Hail is affected, colitis for the colon, sigmoiditis for the lower part of the colon, or rectitus for the rectum.
  • the intestinal infection according to the invention is preferably selected from the group consisting of esophagitis, gastritis, enteritis, colitis, sigmoiditis, proctitis, peritonitis, intestinal tuberculosis. , or a combination thereof.
  • An intestinal infection can be caused by different pathogenic microorganisms, it can be viruses, bacteria, parasites, yeasts or combinations thereof.
  • the intestinal infection is caused by a virus, a parasite, a yeast or a combination thereof.
  • the intestinal infection is caused by a virus, preferably a virus excluding Rotavirus.
  • the intestinal infection is caused by a virus selected from the group consisting of Rotavirus, Norwalk Virus, Adenovirus, Calicivirus, Coronavirus, Enterovirus, Astrovirus, or a combination of these.
  • the intestinal infection is caused by a virus selected from the group consisting of Norwalk Virus, Adenovirus, Calicivirus, Coronavirus, Enterovirus, Astrovirus, or a combination of these.
  • the intestinal infection is caused by a bacterium, preferably the intestinal infection is caused by a bacterium excluding bacteria of the Clostridium difficile species, more preferably to the exclusion of bacteria of the genus Clostridium.
  • the intestinal infection is caused by a bacterium excluding bacteria of the bacteria Salmonella enteritidis species, preferably excluding bacteria of the genus Salmonella.
  • the intestinal infection is caused by a bacterium with the exception of bacteria of the species Salmonella enteritidis and Clostridium difficile.
  • the intestinal infection is caused by a bacterium with the exception of bacteria of the genera Salmonella and Clostridium.
  • the intestinal infection is caused by a bacterium selected from the group consisting of Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Clostridium difficile, Clostridium perfengens, Clostridium botulinum, Salmonella enteritidis, Salmonella typhi, Salmonella paratyphi, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto genes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, or a combination thereof.
  • a bacterium selected from the group consisting of Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolytic
  • the intestinal infection is caused by a bacterium selected from the group consisting of Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Clostridium perfengens, Clostridium botulinum, Salmonella typhi, Salmonella paratyphi, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto genes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, or a combination thereof.
  • a bacterium selected from the group consisting of Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella
  • the intestinal infection is caused by a bacterium selected from the group consisting of Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli , Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto genes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, or a combination thereof.
  • a bacterium selected from the group consisting of Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Yersinia enterocolitica,
  • the intestinal infection is caused by a bacterium selected from the group consisting of Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Clostridium difficile, Clostridium perfengens, Clostridium botulinum, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto genes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, or a combination thereof.
  • a bacterium selected from the group consisting of Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella
  • intestinal infection may still be caused by a bacterium selected from the group consisting of Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Salmonella enteritidis, Salmonella typhi, Salmonella paratyphi, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto genes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, or a combination thereof.
  • a bacterium selected from the group consisting of Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexn
  • the intestinal infection is caused by a parasite, preferably a parasite selected from the group consisting of Entamoeba histolytica, Ascaris lumbricoides, Strongyloides stercoralis, Ancylostoma duodenale, Cyclospora cayetanensis, Cryptosporidium parvum, Microsporidium, Enterobius vermicularis, Giardia lamblia, Ancylostoma duodenale, Necator americanus, Taenia solium, Taenia saginata, Diphyllobothrium latum, Coccidia and Trichinella spiralis, or a combination thereof.
  • a parasite preferably a parasite selected from the group consisting of Entamoeba histolytica, Ascaris lumbricoides, Strongyloides stercoralis, Ancylostoma duodenale, Cyclospora cayetanensis, Cryptosporidium parvum, Microspori
  • the intestinal infection is caused by a yeast, preferably a yeast selected from the group consisting of Candida albicans, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida guillermondii, Torulopsis glabrata, or a combination of these.
  • composition according to the invention may be intended for a pharmaceutical use or a veterinary use.
  • subject refers to an animal, preferably a mammal.
  • subject and patient are equivalent and may be used interchangeably in the context of the present invention.
  • the subject of the invention may be healthy or infected.
  • the subject of the invention may be infected, preferably the subject of the invention has an intestinal infection.
  • the subject of the invention does not present an infection, preferably, it does not present an intestinal infection.
  • the subject may present an increased risk of infection.
  • the subject of the invention may be immunocompromised, immunosuppressed, have an immature immune system, have an abnormal intestinal microflora, and / or exhibit fragility.
  • the subject of the invention is immunosuppressed, immunosuppressed, has an immature immune system, and / or has fragility.
  • the subject of the invention is immunosuppressed, immunosuppressed, and / or has a fragility.
  • the subject of the invention may be immunocompromised.
  • immunocompromised and “immunodeficient” are equivalent and can be used interchangeably.
  • immunosuppressed refers to a state in which the subject has weakened immune defenses. Immunocompromised people will be unable to normally manage microorganisms that normally do not present any danger.
  • the subject of the invention may be immuno deleted.
  • the term “suppressed immuno” refers to a state in which the subject no longer has immune defenses.
  • the subject of the invention may have an immature immune system.
  • immature immune system refers to a state in which the immune system has not yet reached maturity.
  • the immune defenses of an immature immune system are less effective in the fight against pathogens.
  • newborns have an immature immune system, especially premature newborns.
  • the immune system of a newborn is all the more immature as it is premature.
  • the subject of the invention may have a fragility.
  • fragment refers to a clinical syndrome reflecting a decrease in physiological reserve capacities that alters the mechanisms of adaptation to stress, its clinical expression is modulated by co-morbidities and psychological factors, social, economic and behavioral. Fragility syndrome is a marker of risk for mortality and pejorative events, including disability, falls, hospitalization and institutionalization. Age is a major determinant of frailty but does not explain this syndrome alone. Managing the determinants of frailty can reduce or delay its consequences.
  • abnormal intestinal microflora refers to an intestinal microflora unsuitable for effectively protecting the subject against intestinal infections.
  • a subject may present an abnormal intestinal microflora following antibiotic treatment. This abnormal intestinal microflora can also be the consequence of a congenital anomaly.
  • the subject of the invention may be a non-human mammal or a human mammal.
  • the subject of the invention is a human. It can be a newborn, a child, a teenager, an adult or a senior.
  • the subject is a human neonate or a child, more preferably a human neonate.
  • the subject is an elderly person.
  • the term "newborn" refers to a human being younger than 12 months, preferably less than 6 months, more preferably less than 3 months, and preferably especially preferred less than a month old.
  • the human subject is a child.
  • the term "child” refers to a human being aged 1 to 12 years, preferably to a human being aged 1 to 8 years, and still more preferably to a human being. human 1 to 5 years old.
  • the human subject is an elderly person.
  • the term “elderly person” refers to a human being aged 60 or over, preferably to a human being aged 65 or over, and even more preferably to a human being. human being 70 years of age or older.
  • the subject of the invention is a premature mammal, preferably a human, more preferably a newborn human or a child, most preferably a newborn human.
  • premature refers to a subject born before term, ie, before 40 weeks of amenorrhea (SA), preferably before 37 weeks.
  • SA amenorrhea
  • the premature subject may be slightly premature (35 to 37 weeks), moderately premature (32 to 34 weeks), a very premature baby (27 to 31 weeks), or an extreme premature baby (22 to 26 weeks).
  • the subject of the invention may be a non-human mammal, preferably a pet or farm animal, more preferably an animal selected from the group consisting of dogs, cats, horses, cows, pigs, sheep, goats, rabbits, hamsters, guinea pigs, chickens, chickens, and non-human primates.
  • the subject of the invention is in addition a newborn.
  • the term "newborn” refers to an animal less than 12 months old, preferably less than 6 months old, more preferably less than 3 months old, and thus particularly preferred less than a month old.
  • the subject of the invention may not be weaned.
  • the present invention also relates to a kit for treating or preventing an infection in a subject, preferably an immunocompromised, immunosuppressed subject, having an immature immune system, and / or having a fragility
  • said kit comprising ( i) a composition comprising a therapeutically effective amount of B. thetaiotaomicron and / or an extract thereof, as well as optionally (ii) a prebiotic, (iii) an antibiotic, and / or (iv) another microorganism and / or an extract thereof, and also optionally (v) a leaflet detailing the precautions of use of such a kit.
  • the other microorganisms are at most five, four, three, two or other species of microorganisms and / or extracts thereof, in particular bacteria.
  • the additional microorganism or microorganisms are commensals, more preferably one or more commensal yeast (s) or extracts from that (s).
  • the other microorganisms are at most five, four, three, two or other species of microorganisms and / or extracts thereof, in particular bacteria.
  • the additional microorganism (s) are commensal, more preferably one or more yeast (s) commensal (s) or extracts from that (s)
  • the present invention also relates to the use of a treatment or prevention kit for an infection in a subject, preferably immunocompromised, immunosuppressed, having an immature immune system, and / or having a fragility
  • a treatment or prevention kit for an infection in a subject preferably immunocompromised, immunosuppressed, having an immature immune system, and / or having a fragility
  • said kit comprising (i) a composition comprising a therapeutically effective amount of B. thetaiotaomicron and / or an extract thereof, as well as optionally (ii) a prebiotic, (iii) an antibiotic, and / or (iv) another microorganism and / or an extract thereof, and also optionally (v) a leaflet detailing the precautions of use of such a kit.
  • the other microorganisms are at most five, four, three, two or other species of microorganisms and / or extracts thereof, in particular bacteria.
  • the additional microorganism or microorganisms are commensals, more preferably one or more commensal yeast (s) or extracts from that (s).
  • the embodiments described for the first aspect of this invention are also included in this third aspect.
  • Monoxenic mice are mice whose intestine has only been colonized by a single microorganism, in this case a bacterium or a yeast.
  • Escherichia coli AIEC LF82 Ruminococcus gnavus ATCC 29149
  • Bacteroides thetaiotaomicwn VPI-5482 ATCC 29148
  • Roseburia intestinalis Ll-82 DSM 14610
  • Saccharomyces boulardii CNCM 1-745 Syn HANSEN CBS 5926, Biocodex Laboratories
  • Candida albicans SC5314 Echerichia coli AIEC LF82, Ruminococcus gnavus ATCC 29149, Bacteroides thetaiotaomicwn VPI-5482 (ATCC 29148), Roseburia intestinalis Ll-82 (DSM 14610), Saccharomyces boulardii CNCM 1-745 (syn HANSEN CBS 5926, Biocodex Laboratories) and Candida albicans SC5314.
  • mice Female axenic (non-microorganismic) C3H / HeN mice (ANAXEM platform, INRA, France) were raised in sterile incubators. Bacterial suspensions (10 8 -10 9 cfu in 400 ⁇ l), suspensions of yeasts (10 7 -10 8 cfu in 400 ⁇ l), feces of conventional mice, or a control medium were administered to 6-week-old mice by intra-gastric gavage (8 mice per group). After 6 weeks of implantation, the mice were euthanized and several samples were taken, namely the pieces and contents of the jejunum, ileum, cecum and colon.
  • Colon samples for histological studies were fixed in 4% paraformaldehyde acid (Electron Microscopy Sciences) and then embedded in paraffin before being cut into micro-metric sections. These sections were then incubated for histological and immunohistochemical analyzes.
  • RNA integrity test result was verified on a Bioanalyzer 2100 using RNA 6000 nanopips (Agilent Technologies), and all samples had an RNA integrity test result greater than 8.
  • Microarray analysis was carried out on the colon of monocolonized mice (6 groups corresponding to the six microorganisms of interest) as well as on that of axenic mice (no microorganisms) and conventionalized (colonized by a microbiota). normal integer).
  • the transcriptomic profile of monocolonized mice with B. thetaiotaomicron, unlike those obtained with other microorganisms, is very similar to that of conventionalized mice (see Figure 1).
  • the inventors confirmed by qPCR the stimulation of the expression of a selection of genes involved in major immune functions by B. thetaiotaomicron (see FIG. 2).
  • B. thetaiotaomicron induces an infiltration of the colonic mucosa by different populations of immune cells: T lymphocytes, B cells and macrophages. This reflects a maturation of the immune system.
  • B. thetaiotaomicron also induces the maturation of the IgA system in the intestinal mucosa (see Figure 3). Although some of the maturation aspects of the immune system are also observed with some of the other microorganisms studied, B. thetaiotaomicron is the only one to have an overall impact, on all the parameters studied.
  • the inventors have thus discovered that the bacterium B. thetaiotaomicron, alone, was perfectly capable of maturing the intestinal immune system of their host.

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Abstract

La présente invention concerne une composition comprenant une quantité thérapeutiquement efficace de Bacteroides thetaiotaomicron ou d'un extrait de celle-ci pour son utilisation dans la prévention ou le traitement d'une infection chez un sujet immunodéprimé, immunosupprimé, présentant un système immunitaire immature, et/ou présentant une fragilité, et dans lequel la composition comprend au plus six espèces de bactéries et/ou des extraits de celles-ci. Les infections concernées sont principalement les infections intestinales, en particulier celles qui touchent les mammifères non-humains et/ou les humains.

Description

La prévention ou le traitement d'une infection par Bacteroides
thetaiotaomicron
La présente invention relève du domaine de la médecine et plus spécifiquement du domaine des infections, en particulier les infections intestinales.
A IE E-PLAN TECHNOLOGIQUE DE L'INVENTION
Une infection désigne l'envahissement puis la multiplication de microorganismes au sein d'un organe du corps vivant. Ces microorganismes peuvent être des virus, des bactéries, des parasites ou des levures. L'organisme va mettre en place des procédés de défense pour éradiquer le microorganisme indésirable.
Les infections intestinales sont des infections affectant un ou plusieurs des segments qui constituent l'intestin (intestin grêle, caecum, colon, rectum). Ces infections peuvent être causées par un virus (par exemple le Rotavirus), une bactérie (comme les salmonelles, les staphylocoques, ou les shigelles), un parasite (comme les amibes, les lamblias, ou les vers) ou une levure (par exemple, candida albicans). Suivant la partie de l'intestin touchée, le nom donné à l'infection diffère, on parle ainsi d'entérite lorsque l'intestin grêle est touché, de colite pour le côlon, de sigmoïdite pour la partie basse du côlon, ou encore de rectite pour le rectum. Ces infections se manifestent, en général, par des diarrhées et des vomissements, qui peuvent s'accompagner de nausées, de douleurs abdominales et de fièvre. L'une des principales complications des infections intestinales est la déshydratation, surtout chez les jeunes enfants et les personnes âgées. Certaines de ces infections sont particulièrement graves. On peut ainsi citer le cas du Choléra, infection intestinale aiguë très contagieuse et mortelle qui touche actuellement l'Afrique Centrale et de l'Ouest, ou encore la tuberculose intestinale.
Les infections intestinales causent pas moins de 1,7 milliard de cas de diarrhée chaque année dans le monde et sont la deuxième cause de mortalité chez l'enfant de moins de cinq ans (760 000 décès d'enfants par an). Dans les pays en développement, les enfants de moins de trois ans souffrent en moyenne de trois épisodes diarrhéiques par an, chacun de ces épisodes les prive d'éléments nutritifs indispensables à leur croissance. Ainsi, les infections intestinales sont également une des causes majeures de malnutrition chez l'enfant (OMS, voir le site de l'OMS au lien suivant : http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs330/fr/). Au-delà de ces aspects purement médicaux, les infections intestinales ont également un coût économique et social très important.
La lutte contre les infections, et en particulier les infections intestinales, représente donc un enjeu de santé publique majeur et il existe encore aujourd'hui un grand besoin de développer de nouveaux traitements pour prévenir ou guérir ces infections.
Même si les mammifères naissent stériles (leur tube digestif est exempte de microorganisme), aussitôt après leur naissance, leurs muqueuses sont colonisées par toute une variété de microorganismes. Ainsi, la colonisation de la surface des muqueuses intestinales croit rapidement après la naissance pour former une micro flore intestinale contenant approximativement 1014 microorganismes. Une relation mutuellement bénéfique s'établit alors entre l'hôte et les microorganismes qui occupent son intestin. Cependant, la muqueuse intestinale constitue un environnement à l'équilibre fragile, elle peut en effet être envahie par des microorganismes pathogènes qui utilisent cette muqueuse comme une voie d'entrée dans l'organisme et provoquent par la même des infections. C'est le rôle du système immunitaire que de mettre en place des réponses différenciées vis-à-vis des microorganismes commensaux (bénéfiques) et pathogènes.
La flore intestinale de l'adulte constitue ainsi un premier rideau de défense contre les infections en offrant, de par sa simple présence, une résistance à toute colonisation par des microorganismes pathogènes. La flore intestinale participe également à la digestion des aliments et au métabolisme énergétique.
Lorsque des traitements antibiotiques sont utilisés contre des pathogènes afin de lutter contre des infections, la flore intestinale se retrouve partiellement détruite, les antibiotiques n'étant en général pas assez sélectifs. Cette destruction a paradoxalement pour effet de favoriser le développement de nouvelles infections intestinales. Par ailleurs, le développement de résistances aux antibiotiques rend l'utilisation de ces derniers de moins en moins efficace.
Il est donc urgent de proposer et de développer de nouvelles méthodes de prévention et de traitement des infections intestinales qui permettront de lutter efficacement contre les microorganismes pathogènes, responsables des infections, tout en préservant l'intégrité de la microflore intestinale. RESUME DE L'INVENTION
L'objectif de la présente invention est de proposer une nouvelle composition permettant de lutter efficacement contre les infections tout en préservant la microflore intestinale. Les inventeurs ont découvert que l'administration de Bacteroides thetaiotaomicron (B. thetaiotaomicron) permet de maturer le système immunitaire et ainsi de lutter contre les infections. Par ailleurs, la bactérie B. thetaiotaomicron étant une des espèces de bactérie naturellement présente dans la microflore intestinale, son administration ne va pas altérer la microflore mais aura, au contraire, pour effet de renforcer les défenses de la microflore intestinale contre les bactéries pathogènes.
Ainsi, la présente invention concerne, dans un premier aspect, une composition comprenant B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci, pour son utilisation dans la prévention ou le traitement d'une infection chez un sujet immunodéprimé, immunosupprimé, présentant un système immunitaire immature, et/ou présentant une fragilité, et dans lequel la composition comprend au plus six espèces de bactéries et/ou des extraits de celles-ci.
Dans un mode de réalisation particulier, la composition comprend B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci comme seule bactérie ou extrait bactérien.
De préférence, le sujet est atteint d'une infection.
De préférence, l'infection selon la présente invention est une infection intestinale, de manière encore préférée une infection sélectionnée dans le groupe constituée de l'œsophagite, la gastrite, l'entérite, la colite, la sigmoïdite, la rectite, la péritonite, ou une combinaison de celles-ci.
L'infection selon la présente invention peut être une infection bactérienne, virale, parasitaire, causée par une levure, ou une combinaison de celles-ci.
En particulier, l'infection peut être une infection bactérienne, de préférence sélectionnée dans le groupe constituée de Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Clostridium botulinum, Salmonella enteritidis, Salmonella typhi, Salmonella paratyphi, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fétus, Helicobacter pylori, Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aewmonas, Mycobacterium tuberculosis ou d'une combinaison de celles-ci.
L'infection peut également être une infection virale, de préférence sélectionnée dans le groupe constituée du Rotavirus, du Virus de Norwalk, de l'Adénovirus, du Calicivirus, des Coronavirus, de l'Enterovirus, de l'Astrovirus, ou d'une combinaison de ceux-ci.
L'infection peut encore être causée par un parasite, de préférence sélectionné dans le groupe constituée d' ' Entamoeba histolytica, Ascaris lumbricoides, Strongyloides stercoralis, Ancylostoma duodenale, Cyclospora cayetanensis, Cryptosporidium parvum, Microsporidium, Enterobius vermicularis, Giardia lamblia, Ancylostoma duodenale, Necator americanus, Taenia solium , Taenia saginata, Diphyllobothrium latum, Coccidie et Trichinella spiralis, ou d'une combinaison de ceux-ci.
L'infection peut enfin être causée par une levure, de préférence sélectionnée dans le groupe constituée de Candida albicans, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida guillermondii, Torulopsis glabrata, ou de combinaisons de celles-ci.
La composition selon l'invention peut en outre être administrée par voie orale.
Le sujet de l'invention est un animal, de préférence un mammifère non humain, de manière encore préférée un mammifère sélectionné dans le groupe constitué des chiens, chats, chevaux, vaches, cochons, moutons, chèvres, lapins, hamsters, cochons d'inde, poules, poulets, et primates non-humains. De manière tout particulièrement préférée, le sujet de l'invention est un animal nouveau-né.
Alternativement, le sujet de l'invention est un humain, de préférence un humain sélectionné dans le groupe constitué d'un nouveau-né, d'un enfant et d'une personne âgée.
La composition selon l'invention peut en outre être un alicament ou un complément alimentaire.
La composition selon l'invention peut être administrée en combinaison avec un prébiotique, de préférence sélectionné dans le groupe constitué de oligofructose, de l'inuline, des galacto-oligosaccharides, du lactulose, des oligosaccharides du lait maternel, des dérivés ou des combinaisons de ceux-ci.
La composition selon l'invention peut également être administrée en combinaison avec un antibiotique, de préférence sélectionné dans le groupe constitué de 1'Amoxicilline, de l'Ampicilline, de la Vancomycine, de la Neomycine sulfate, de la Metronidazole, de l'Alatrofloxacine, de la Tetracycline, de la Moxifloxacine, de l'Azithromycine, de la Bacampicilline, de l'Oxacilline, de la Benzylpenicilline, de la Clarithromycine, de la Carbenicilline, de la Cefadroxile, de la Cephalexine, de la Cefditorene, de la Cefepime, de la Cefmetazole, de la Cefoperazone, de la Cefprozile, de la Cephalexine, de la Ciprofloxacine, de la Clarithromycine, de la Clindamycine, de la Daptomycine, de la Dicloxacilline, de l'Erythromycine, de la Fidaxomycine, de la Gemifloxacine, de la Sulfamethoxazole, de la Kanamycine, de la Levofloxacine, de la Lincomycine, de la Lomefloxacine, de l'Ofloxacine, de la Vancomycine, de la Meropeneme, du Metronidazole, de la Nafcilline, de la Nalidixice acide, de la Tobramycine, de la Piperacilline, de la Polymyxine, de la Trimethoprime, de la Rifampine, de la Streptomycine, de la Trovafloxacine, de dérivés ou de combinaisons de ceux-ci.
La composition selon l'invention peut enfin comprendre en outre au moins une autre bactérie et/ou un extrait de celle-ci, de préférence une bactérie sélectionnée dans le groupe constitué de Bacteroides ovatus, Bacteroides fragilis, Bacteroides intestinalis, Bacteroides vulgatus, Bacteroides caccae, Bacteroides massiliensis, Parabacteroides diastasonis, Odoribacter splanchnicus, Faecalibacterium prausnitzii, Escherichia coli, Ruminococcus gnavus, Roseburia intestinalis, Fusobacterium necrogenes, Bifidobacterium infantis, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium brève, Bifidobacterium lactis, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium bifidum, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus casei, Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus johnsonii, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus reuteri, Lactobacillus salivarius, Streptococcus thermophilus, Bacillus clausii, Enterococcus faecium, et des combinaisons de celles-ci.
BREVE DESCRIPTION DES DESSINS
Figure 1. Etude de l'expression des gènes dans le colon de souris monocolonisées par une technique de puce à ADN.
L'expression des gènes dans le colon de souris monocolonisées (monoxénique), stériles (groupe axénique), et conventionnalisées a été analysée par microarray et représentés en utilisant une analyse en composantes principales. Les ellipses délimitent les groupes de souris étudiés : souris monocolonisées (groupe monoxénique, en vert), stériles (groupe axénique, en noir), et conventionnalisées (groupe conventionnel, en rouge). Les axes correspondent aux composantes principales 1 (axe des x) et 2 (axe des y). Les souris ont été monocolonisées par Escherichia coli, Ruminococcus gnavus, Bacteroides thetaiotaomicron, Roseburia intestinalis, Saccharomyces boulardii ou Candida albicans.
Figure 2. Etude de l'expression de gènes clefs du système immunitaire dans le colon de souris monocolonisées.
Pour confirmer les résultats de puces à ADN, les gènes de 8 protéines du système immunitaire ont été sélectionnés : T-bet, Gata3, IFNy, TLR4, FoxP3, RORyt, IL-Ιβ, et CCL2. L'expression de ces gènes a été déterminée dans le colon par RT-qPCR à partir de leurs ARNs. La méthode du AACt a été utilisée pour les quantifier en utilisant GAPDH comme gène de référence et le groupe de souris stériles pour calibrer le système. Les résultats sont exprimés sous forme de moyennes ± SEM (n=5 par groupe). Une comparaison statistique a été réalisée avec le groupe des souris stériles en utilisant un test de Mann-Whitney (*/**/***. p < 0.05/0.01/0.001).
Figure 3. Etude de la mise en place du système immunitaire dans le colon de souris monocolonisées.
Des échantillons de colon ont été fixés à l'acide de paraformaldéhyde, puis inclus dans de la paraffine avant d'être découpés en quatre sections micrométriques. Ces sections ont ensuite été incubées pour une analyse immuno-histochimique avec des anticorps polyclonaux de lapin anti-CD3 (cellules T, FIG 3A), des anticorps monoclonaux de rat anti-CD45R (cellules B, FIG 3B), et des anticorps monoclonaux de rat anti-F4/80 (macrophages, FIG 3C); La production d'Immunoglobulines A (IgA) a été déterminée par un test d' ELIS A réalisé sur des échantillons de fèces (FIG 3D). Les résultats sont exprimés sous forme de moyennes ± SEM (n=5 par groupe). Une comparaison statistique a été réalisée avec le groupe des souris stériles en utilisant un test de Mann-Whitney (*/**/***: p < 0.05/0.01/0.001). Des photos représentatives ont été prises (grossissement X100). DESCRIPTION DÉTAILLÉE DE L'INVENTION
De façon surprenante, les inventeurs ont découvert que l'administration de B. thetaiotaomicron dans l'intestin de souris axéniques, c'est-à-dire des souris stériles (dépourvues de tout microorganisme), entraîne une maturation du système immunitaire de leur hôte qui est tout à fait comparable à celle observée chez des souris conventionnalisées, c'est-à-dire des souris axéniques auxquelles une microflore intestinale complète a été transférée. En particulier, les inventeurs ont noté une infiltration de la muqueuse intestinale de l'hôte par des lymphocytes T, des lymphocytes B et des macrophages mais également une maturation du système des Immunoglobulines A (IgA). Cette maturation du système immunitaire est indispensable à une lutte efficace contre les infections.
La bactérie B. thetaiotaomicron est une des espèces les plus représentées du phylum Bacteroidetes, aussi bien chez l'homme que chez la souris, le phylum Bacteroidetes étant l'un des trois phyla majeurs de la microflore intestinale (Qin J et al, 2010, Nature, 464, pp. 59-65). Etant naturellement présente dans la microflore intestinale, son administration n'aura pas d'effet délétère sur la microflore mais aura, au contraire, pour effet de renforcer la stimulation du système immunitaire et les défenses de la microflore intestinale contre les bactéries pathogènes et ainsi de renforcer la lutte contre une infection ou de prévenir une nouvelle infection.
Ainsi, la présente invention concerne, dans un premier aspect, une composition comprenant B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci, pour son utilisation dans la prévention ou le traitement d'une infection chez un sujet. De préférence, le sujet est immunodéprimé, immunosupprimé, présente un système immunitaire immature, et/ou présente une fragilité. De préférence, ladite composition comprend au plus six, cinq, quatre, trois ou deux espèces de bactéries et/ou des extraits de celles-ci. Dans un mode de réalisation particulier, la composition comprend B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci comme seule bactérie ou extrait bactérien.
La présente invention concerne également l'utilisation de B. thetaiotaomicron ou d'un extrait de celle-ci pour prévenir ou traiter une infection chez un sujet, de préférence un sujet immunodéprimé, immunosupprimé, présentant un système immunitaire immature, et/ou présentant une fragilité. De préférence, B. thetaiotaomicron ou un extrait de celle-ci est utilisée en combinaison avec au plus cinq, quatre, trois, deux ou une espèces de bactéries et/ou des extraits de celles-ci. Dans un mode de réalisation particulier, B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci est utilisée comme seule bactérie ou extrait bactérien.
La présente invention concerne également l'utilisation de Bacteroides thetaiotaomicron et/ou d'un extrait de celle-ci pour la préparation d'un médicament destiné à la prévention ou au traitement d'une infection chez un sujet, de préférence un sujet immunodéprimé, immunosupprimé, présentant un système immunitaire immature, et/ou présentant une fragilité. De préférence, B. thetaiotaomicron ou d'un extrait de celle- ci est utilisée en combinaison avec au plus cinq, quatre, trois, deux ou une espèces de bactéries et/ou des extraits de celles-ci. Dans un mode de réalisation particulier, B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci est utilisée comme seule bactérie ou extrait bactérien.
Enfin, la présente invention concerne encore une méthode de prévention ou de traitement d'une infection chez un sujet, de préférence un sujet immunodéprimé, immunosupprimé, présentant un système immunitaire immature, et/ou présentant une fragilité, comprenant une étape d'administration de Bacteroides thetaiotaomicron et/ou d'un extrait de celle-ci audit sujet. De préférence, B. thetaiotaomicron ou d'un extrait de celle-ci est utilisée en combinaison avec au plus cinq, quatre, trois, deux ou une espèces de bactéries et/ou des extraits de celles-ci. Dans un mode de réalisation particulier, B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci est utilisée comme seule bactérie ou extrait bactérien.
La composition selon l'invention comprend B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci.
Tel qu'utilisé ici, le terme « Bacteroides thetaiotaomicron » se réfère à toute souche de bactérie appartenant à l'espèce Bacteroides thetaiotaomicron, en particulier la souche VPI-5482 (ATCC 29149).
Tel qu'utilisé ici, le terme « extrait » ou « extrait cellulaire » se réfère à toute fraction obtenue à partir de la cellule bactérienne, notamment un surnageant cellulaire ou un de ses composants, un débris cellulaire, une paroi cellulaire ou un de ses composants, en particulier un peptidoglycane, un polysaccharide, ou une protéine de la paroi, un extrait d'ADN, le cytoplasme ou un de ses composants, une molécule ou un complexe moléculaire produit par la bactérie, des enzymes ou une préparation d'enzymes obtenues à partir des cellules bactériennes par traitement chimique, physique et/ou enzymatique, et qui est substantiellement sans cellules vivantes. De préférence, lorsqu'il s'agit d'un extrait de B. thetaiotaomicron, ce terme se réfère à un extrait capable de reproduire tous ou une partie des effets de Bacteroides thetaiotaomicron.
La composition selon l'invention peut également comprendre un mélange de Bacteroides thetaiotaomicron et d'extraits de Bacteroides thetaiotaomicron, l'ajout d'extraits permettant de renforcer l'effet de Bacteroides thetaiotaomicron sans augmenter la quantité de bactérie administrée au sujet.
La composition selon l'invention comprend au plus six espèces de bactéries et/ou des extraits de celles-ci. Ainsi, la composition selon l'invention comprend Bacteroides thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci et au plus cinq autres espèces de bactéries et/ou extraits de celles-ci.
De préférence, la composition selon l'invention comprend au plus cinq espèces de bactéries et/ou extraits de celles-ci. Alternativement, la composition selon l'invention comprend au plus quatre, au plus trois, ou au plus deux, espèces de bactéries et/ou extraits de celles-ci.
Dans un mode de réalisation alternatif, la composition selon l'invention comprend exactement six, exactement cinq, exactement quatre, exactement trois, exactement deux espèces de bactéries et/ou extraits de celles-ci.
Dans un mode de réalisation particulièrement préféré, la composition selon l'invention comprend une seule espèce de bactérie et/ou un extrait de celle-ci. Il s'agit alors de B. thetaiotaomicron.
Dans un autre mode de réalisation particulier, ladite composition est administrée en combinaison avec un autre microorganisme, un extrait de microorganisme ou des combinaisons de ceux-ci. De préférence, les espèces de bactéries pouvant être présentes dans la composition selon l'invention en plus de B. thetaiotaomicron sont compatible avec la microflore intestinale du sujet, de manière encore préférée ce sont des bactéries commensales.
Tel qu'utilisé ici, le terme de «microflore intestinale » se réfère à l'ensemble des microorganismes qui se trouvent naturellement présents dans les organes composants le tube digestif. Les termes de « microflore intestinale », de « flore intestinale » et de « microbiote intestinal » sont équivalents dans le cadre de la présente invention et peuvent s'employer indifféremment l'un pour l'autre.
Tel qu'utilisé ici, le terme de « microorganisme » se réfère à des êtres vivants microscopiques tel que les bactéries, les virus, les champignons unicellulaires (levures), et les protistes. Les termes de « microbe », et de « microorganisme » sont équivalents et peuvent être employés indifféremment l'un pour l'autre dans le cadre de la présente invention.
Tel qu'utilisé ici, le terme de « microorganisme commensal », par exemple des bactéries commensales, se réfère à des microorganismes naturellement présents dans la microflore intestinale du sujet et sont, en général, bénéfique à leur hôte.
Il se distingue du microorganisme pathogène qui a, en général, un effet néfaste sur son hôte. Les microorganismes pathogènes sont, en particulier, responsables des infections.
De préférence, les espèces de bactéries pouvant être présentes dans la composition selon l'invention en plus de B. thetaiotaomicron sont sélectionnées dans le groupe constitué des bactéries appartenant aux phyla Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria, et Proteobacteria. De manière encore préféré, les espèces de bactéries pouvant être présentes dans la composition selon l'invention en plus de B. thetaiotaomicron appartiennent à un genre sélectionné dans le groupe constituée de Bacteroides, Parabacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Eubacterium, Faecalibacterium, Ruminococcus, Peptococcus, Peptostreptococcus, Bifidobacterium, Escherichia, Lactobacillus, Odoribacter, Roseburia, Streptococcus, Bacillus, et Enterococcus. De manière toujours préférée, les espèces de bactéries pouvant être présentes dans la composition selon l'invention en plus de B. thetaiotaomicron sont sélectionnées dans le groupe constitué de Bacteroides ovatus, Bacteroides fragilis, Bacteroides intestinalis, Bacteroides vulgatus, Bacteroides infantis, Bacteroides caccae, Bacteroides massiliensis, Bacteroides distasonis, Parabacteroides diastasonis, Odoribacter splanchnicus, Faecalibacterium prausnitzii, Escherichia coli, Ruminococcus gnavus, Roseburia intestinalis, Fusobacterium necrogenes, Bifidobacterium infantis, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium brève, Bifidobacterium lactis, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium bifidum, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus casei, Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus johnsonii, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus reuteri, Lactobacillus salivarius, Streptococcus thermophilus, Streptococcus faecalis, Streptococcus bovis, Bacillus clausii, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Clostridium bifementans, Clostridium clostridiforme, Clostridium symbosium, Clostridium innocuum, Clostridium ramosum, et des combinaisons de celles-ci. De manière tout particulièrement préférée, les espèces de bactéries pouvant être présentes dans la composition selon l'invention en plus de B. thetaiotaomicron sont sélectionnées dans le groupe constitué de Bacteroides ovatus, Bacteroides fragilis, Bacteroides intestinalis, Bacteroides vulgatus, Bacteroides caccae, Bacteroides massiliensis, Parabacteroides diastasonis, Odoribacter splanchnicus, Faecalibacterium prausnitzii, Escherichia coli, Ruminococcus gnavus, Roseburia intestinalis, Fusobacterium necrogenes, Bifidobacterium infantis, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium brève, Bifidobacterium lactis, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium bifidum, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus casei, Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus johnsonii, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus reuteri, Lactobacillus salivarius, Streptococcus thermophilus, Bacillus clausii, Enterococcus faecium, et des combinaisons de celles-ci. Alternativement, les espèces de bactéries pouvant être présentes dans la composition selon l'invention en plus de B. thetaiotaomicron sont sélectionnées dans le groupe constitué de Bacteroides intestinalis, Bacteroides massiliensis, Parabacteroides diastasonis, Odoribacter splanchnicus, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus gnavus, Roseburia intestinalis, Bifidobacterium infantis, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium brève, Bifidobacterium lactis, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium bifidum, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus johnsonii, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus reuteri, Lactobacillus salivarius, Streptococcus thermophilus, Bacillus clausii, Enterococcus faecium, et des combinaisons de celles-ci.
La composition selon l'invention peut en outre comprendre au moins un autre microorganisme et/ou un extrait de microorganisme. Ledit microorganisme est de préférence compatible avec la microflore intestinale du sujet, de manière encore préférée, c'est un microorganisme commensal. De préférence, le microorganisme commensal est une levure, de manière encore préférée le microorganisme commensal est une levure sélectionnée dans le groupe constitué de Saccharomyces boulardii, Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans, et/ou des extraits de celles-ci. Dans un mode de réalisation particulier, la composition selon l'invention consiste essentiellement en B. thetaiotaomicron et/ou en un extrait de celle-ci. Le terme « consiste essentiellement en », tel qu'utilisé ici, se réfère à une composition selon l'invention ne comprenant pas d'autre microorganisme, en particulier commensal. Plus particulièrement, ladite composition ne comprend aucune autre bactérie et ne comprend pas de levure.
La composition selon l'invention peut en outre être administrée en combinaison avec un autre agent thérapeutique, de préférence sélectionné dans le groupe constitué d'un prébiotique, d'un antibiotique, ou d'une combinaison de ceux-ci. La composition selon l'invention et l'agent thérapeutique additionnel peuvent être administrés simultanément ou séquentiellement. Lorsqu'ils sont administrés séquentiellement, l'agent thérapeutique additionnel peut être administré avant ou après administration de la composition selon l'invention.
Dans un mode de réalisation particulier, ladite composition est administrée en combinaison avec un prébiotique. Tel qu'utilisé ici, le terme de « prébiotique » se réfère à toute molécule ayant un effet prébiotique, c'est à dire favorisant la croissance ou l'activité des microorganismes intestinaux bénéfiques à la santé de leur hôte. Les prébiotiques sont généralement des oligosaccharides ou des polysaccharides à courtes chaînes constitués approximativement de deux à vingt unités de monosaccharides. Ils échappent à la digestion dans l'intestin grêle et sont des substrats potentiels pour l'hydrolyse et la fermentation par les bactéries intestinales. Le prébiotique employé dans l'invention peut spécifiquement cibler une espèce ou un genre de microorganismes intestinaux comme plusieurs espèces ou genres de microorganismes, ce qui permet de moduler le nombre total ou la proportion relative d'un ou de plusieurs microorganismes intestinaux. Les prébiotiques selon l'invention peuvent en particulier être des substrats de Bacteroides thetaiotaomicron. De préférence, les prébiotiques selon l'invention sont sélectionnés dans le groupe constitué de oligofructose, de l'inuline, de galacto- oligosaccharides, de le lactulose, d' oligosaccharides du lait maternel, de dérivés ou de combinaisons de ceux-ci.
Dans un autre mode de réalisation particulier, ladite composition est administrée en combinaison avec un antibiotique. L'antibiotique employé peut spécifiquement cibler une espèce ou un genre de microorganismes intestinaux comme plusieurs espèces ou genres de microorganismes, afin de moduler le nombre total ou la proportion relative d'un ou de plusieurs microorganismes intestinaux. De préférence, les antibiotiques selon l'invention sont sélectionnés dans le groupe constitué de Γ Amoxicilline, de l'Ampicilline, de la Vancomycine, de la Neomycine sulfate, de la Metronidazole, de l'Alatrofloxacine, de la Tetracycline, de la Moxifloxacine, de l'Azithromycine, de la Bacampicilline, de l'Oxacilline, de la Benzylpenicilline, de la Clarithromycine, de la Carbenicilline, de la Cefadroxile, de la Cephalexine, de la Cefditorene, de la Cefepime, de la Cefmetazole, de la Cefoperazone, de la Cefprozile, de la Cephalexine, de la Ciprofloxacine, de la Clarithromycine, de la Clindamycine, de la Daptomycine, de la Dicloxacilline, de l'Erythromycine, de la Fidaxomycine, de la Gemifloxacine, de la Sulfamethoxazole, de la Kanamycine, de la Levofloxacine, de la Lincomycine, de la Lomefloxacine, de l'Ofloxacine, de la Vancomycine, de la Meropeneme, du Metronidazole, de la Nafcilline, de la Nalidixice acide, de la Tobramycine, de la Piperacilline, de la Polymyxine, de la Trimethoprime, de la Rifampine, de la Streptomycine, de la Trovafloxacine, de dérivés ou de combinaisons de ceux-ci.
Dans un autre mode de réalisation particulier, la composition selon l'invention consiste en B. thetaiotaomicron et/ou en un extrait de celle-ci. En particulier, la composition selon l'invention ne comprend pas d'autre microorganisme et n'est pas administrée en combinaison avec un autre agent thérapeutique.
De préférence, B. thetaiotaomicron est présent en une quantité thérapeutiquement efficace.
Tel qu'utilisé ici, le terme « quantité thérapeutiquement efficace » se réfère à une quantité de Bacteroides thetaiotaomicron et/ou d'extraits de celle-ci capable de prévenir ou de retarder l'apparition d'une infection, ou de guérir ou de réduire les effets d'une infection. Il est évident que la quantité à administrer peut être adaptée par l'homme du métier, en fonction du sujet à traiter, de la nature de l'infection, etc. En particulier, les doses et régimes d'administration dépendent de la nature, du stade de développement et de la sévérité de l'infection à traiter, ainsi que du poids, de l'âge et de l'état de santé général du sujet à traiter, ou encore du jugement du médecin prescripteur.
Tel qu'utilisé ici, le terme de « traitement » se réfère à tout acte visant à améliorer le statut médical d'une personne atteinte d'une infection. Le traitement peut viser aussi bien à une amélioration de l'état du patient, c'est-à-dire à une régression de l'infection ou de certains de ses symptômes, qu'à une éradication de l'infection ou de certains de ses symptômes. Le traitement peut également avoir pour effet d'empêcher ou de ralentir la progression d'une infection.
Tel qu'utilisé ici, le terme de « prévention » se réfère à tout acte visant à prévenir ou à retarder l'apparition d'une infection. Les termes de « prévention » et de « traitement prophylactique » sont équivalents et peuvent s'employer l'un pour l'autre dans le cadre de la présente invention. La prévention peut viser aussi bien des sujets présentant une prédisposition à des infections, de préférence à des infections intestinales, que des sujets non prédisposés.
Afin d'assurer une prévention et/ou un traitement efficace des infections, la composition selon l'invention peut être délivrée au niveau de son site d'action intestinal soit sous forme d'un suppositoire, soit sous forme d'un lavement, soit par voie orale, de préférence par voie orale. L'homme du métier est capable de sélectionner toute formulation, véhicule, excipient, diluent ou stabilisateur approprié. En particulier, des formulations de la composition incluent, sans y être limité, des formulations solides comme des cachets, des pilules, des capsules ou des gélules, des formulations liquides comme des boissons, ainsi que des suspensions. De préférence, la composition est délivrée oralement et parvient à son site d'action intestinal sans être endommagée par l'acidité de l'estomac, par exemple grâce à un enrobage gastro-résistant. Alternativement, la composition peut être administrée sous la forme d'un alicament, d'un complément alimentaire, d'un nutraceutique, d'un yaourt, d'une barre diététique, ou d'autres produits du même genre.
La composition selon l'invention peut être administrée à raison d'une dose unique, ou à raison de plusieurs doses en fonction de la formulation, du sujet, de son état de santé et de l'infection à traiter. Lorsque plusieurs doses de la composition sont administrées, celles-ci peuvent être réparties sur un ou plusieurs jours. De préférence, la composition selon l'invention est administrée à raison d'une dose unique par jour d'administration. Alternativement, le sujet reçoit plusieurs doses de la composition par jour de traitement.
La composition selon l'invention peut être administrée tous les jours, tous les deux jours, une fois par semaine, une fois par mois, ou une fois par an, de préférence une fois par jour. La périodicité de prise de la composition dépend de nombreux paramètres tels que la durée globale prévue de prise de la composition, l'âge du sujet et/ou la gravité de l'infection à prévenir ou à traiter. La périodicité de prise de la composition peut également évoluer au cours du temps, chez un sujet donné, notamment en fonction de l'évolution de son infection, de son risque d'infection, et/ou de son état de santé global.
La composition selon l'invention peut être administrée pendant une durée maximale d'environ 31 jours, pendant une période d'environ 1 à environ 24 mois ou pendant au moins deux ans.
Dans un premier mode de réalisation, la composition selon l'invention peut être administrée au sujet pendant une période de 1 à environ 31 jours, de préférence pendant une période d'environ 2 à environ 21 jours, de manière encore préférée pendant une période d'environ 7 à environ 14 jours. Une durée d'administration de la composition inférieure ou égale à un mois est particulièrement adaptée au traitement aigu d'une infection ou à la prévention d'un risque immédiat d'infection. Alternativement, la composition selon l'invention peut être administrée pendant toute la durée de l'infection ou toute la durée du risque d'infection.
Dans un deuxième mode de réalisation, la composition selon l'invention peut également être administrée au sujet pendant une période d'environ 1 à environ 24 mois, de préférence pendant une période d'environ 2 à environ 12 mois, de manière encore préférée pendant une période d'environ 3 à environ 6 mois. Une durée d'administration de la composition d'environ 1 à environ 24 mois est particulièrement adaptée à la prévention d'une infection. Alternativement, la composition selon l'invention peut être administrée pendant toute la période où le sujet présente un risque accru d'infection.
Dans un troisième mode de réalisation, la composition selon l'invention peut enfin être administrée au sujet pendant au moins deux ans, de préférence pendant au moins 5 ans, de manière encore préférée pendant au moins 8 ans. Une durée d'administration de la composition d'au moins deux ans est particulièrement adaptée à la prévention ou au traitement d'une infection chronique. Alternativement, la composition selon l'invention peut être administrée pendant toute la vie du sujet.
La composition selon l'invention peut être administrée pour la prévention ou le traitement de toute infection, de préférence une infection intestinale. Une infection intestinale est une infection touchant un des organes de l'intestin, à savoir l'œsophage, l'estomac, l'intestin grêle, le caecum, le colon, ou le rectum. Suivant l'organe de l'intestin touché, le nom donné à l'infection peut différer, on parle ainsi d'œsophagite lorsque l'œsophage est touché, de gastrite lorsque l'estomac est touché, d'entérite lorsque l'intestin grêle est touché, de colite pour le côlon, de sigmoïdite pour la partie basse du côlon, ou encore de rectite pour le rectum. L'infection intestinale selon l'invention est de préférence sélectionnée dans le groupe constitué de l'oesophagite, de la gastrite, de l'entérite, de la colite, de la sigmoïdite, de la rectite, de la péritonite, de la tuberculose intestinale, ou d'une combinaison de celles-ci.
Une infection intestinale peut être causée par différents microorganismes pathogènes, il peut s'agir de virus, de bactéries, de parasites, de levures ou de combinaisons de ceux-ci. Dans un mode de réalisation particulier, l'infection intestinale est causée par un virus, un parasite, une levure ou une combinaison de ceux-ci.
Dans un mode de réalisation particulier, l'infection intestinale est causée par un virus, de préférence un virus à l'exclusion du Rotavirus.
Dans un mode de réalisation préféré, l'infection intestinale est causée par un virus sélectionné dans le groupe constitué du Rotavirus, du Virus de Norwalk, de Γ Adénovirus, du Calicivirus, des Coronavirus, de l'Enterovirus, de l'Astrovirus, ou d'une combinaison de ceux-ci. Dans un mode de réalisation encore préféré, l'infection intestinale est causée par un virus sélectionné dans le groupe constitué du Virus de Norwalk, de l'Adénovirus, du Calicivirus, des Coronavirus, de l'Enterovirus, de l'Astrovirus, ou d'une combinaison de ceux-ci.
Dans un autre mode de réalisation particulier, l'infection intestinale est causée par une bactérie, de préférence l'infection intestinale est causée par une bactérie à l'exclusion des bactéries de l'espèce Clostridium difficile, de manière encore préférée à l'exclusion des bactéries du genre Clostridium. Alternativement, l'infection intestinale est causée par une bactérie à l'exclusion des bactéries des bactéries de l'espèce Salmonella enteritidis, de préférence à l'exclusion des bactéries du genre Salmonella. Dans un mode de réalisation préféré, l'infection intestinale est causée par une bactérie à l'exception des bactéries des espèces Salmonella enteritidis et Clostridium difficile. Dans un mode de réalisation tout particulièrement préféré, l'infection intestinale est causée par une bactérie à l'exception des bactéries des genres Salmonella et Clostridium.
Dans un autre mode de réalisation préféré, l'infection intestinale est causée par une bactérie sélectionnée dans le groupe constitué de Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Clostridium difficile, Clostridium perfengens, Clostridium botulinum, Salmonella enteritidis, Salmonella typhi, Salmonella paratyphi, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto gènes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, ou d'une combinaison de celles-ci.
De manière encore préférée, l'infection intestinale est causée par une bactérie sélectionnée dans le groupe constitué de Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Clostridium perfengens, Clostridium botulinum, Salmonella typhi, Salmonella paratyphi, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto gènes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, ou d'une combinaison de celles-ci.
De manière tout particulièrement préférée, l'infection intestinale est causée par une bactérie sélectionnée dans le groupe constitué de Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto gènes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, ou d'une combinaison de celles-ci.
Alternativement, l'infection intestinale est causée par une bactérie sélectionnée dans le groupe constitué de Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Clostridium difficile, Clostridium perfengens, Clostridium botulinum, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto gènes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, ou d'une combinaison de celles-ci.
Alternativement, l'infection intestinale peut encore être causée par une bactérie sélectionnée dans le groupe constitué de Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Salmonella enteritidis, Salmonella typhi, Salmonella paratyphi, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto gènes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, ou d'une combinaison de celles-ci. Dans un autre mode de réalisation particulier, l'infection intestinale est causée par un parasite, de préférence un parasite sélectionné dans le groupe constitué d' Entamoeba histolytica, Ascaris lumbricoides, Strongyloides stercoralis, Ancylostoma duodenale, Cyclospora cayetanensis, Cryptosporidium parvum, Microsporidium, Enterobius vermicularis, Giardia lamblia, Ancylostoma duodenale, Necator americanus, Taenia solium , Taenia saginata, Diphyllobothrium latum, Coccidie et Trichinella spiralis, ou d'une combinaison de ceux-ci.
Dans encore un autre mode de réalisation particulier, l'infection intestinale est causée par une levure, de préférence une levure sélectionnée dans le groupe constitué de Candida albicans, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida guillermondii, Torulopsis glabrata, ou d'une combinaison de celles-ci.
La composition selon l'invention peut être destinée à un usage pharmaceutique ou à un usage vétérinaire. Tels qu'utilisé ici, le terme de « sujet » fait référence à un animal, de préférence à un mammifère. Les termes de « sujet » et de « patient » sont équivalents et peuvent indifféremment être employés l'un pour l'autre dans le cadre de la présente invention.
Le sujet de l'invention peut-être sain ou atteint d'une infection. Dans un mode de réalisation particulier, le sujet de l'invention peut être atteint d'une infection, de préférence le sujet de l'invention est atteint d'une infection intestinale. Dans un mode de réalisation alternatif, le sujet de l'invention ne présente pas d'infection, de préférence, il ne présente pas d'infection intestinale. Cependant, le sujet peut présenter un risque accru d'infection.
Le sujet de l'invention peut être immunodéprimé, immunosupprimé, présenter un système immunitaire immature, présenter une microflore intestinale anormale, et/ou présenter une fragilité.
Dans un mode de réalisation préféré, le sujet de l'invention est immunodéprimé, immunosupprimé, présente un système immunitaire immature, et/ou présente une fragilité.
Dans un mode de réalisation tout particulièrement préféré, le sujet de l'invention est immunodéprimé, immunosupprimé, et/ou présente une fragilité. Le sujet de l'invention peut être immunodéprimé. Tel qu'utilisé ici, les termes « immunodéprimé » et « immunodéficient » sont équivalents et peuvent s'employer l'un pour l'autre. Le terme « immunodéprimé », tel qu'utilisé dans l'invention, se réfère à un état dans lequel le sujet présente des défenses immunitaires affaiblies. Les personnes immunodéprimées vont être incapables de gérer normalement des micro-organismes qui, en temps normal, ne présentent aucun danger.
Le sujet de l'invention peut être immuno supprimé. Tel qu'utilisé ici, le terme « immuno supprimé » se réfère à un état dans lequel le sujet n'a plus de défenses immunitaires.
Le sujet de l'invention peut présenter un système immunitaire immature. Tel qu'utilisé ici, le terme « système immunitaire immature » se réfère à un état dans lequel le système immunitaire n'est pas encore arrivé à maturité. Les défenses immunitaires d'un système immunitaire immature sont moins efficaces dans la lutte contre les pathogènes. En particulier, les nouveau-nés présentent un système immunitaire immature, tout particulièrement les nouveau-nés prématurés. Le système immunitaire d'un nouveau-né est d'autant plus immature qu'il est prématuré.
Le sujet de l'invention peut présenter une fragilité. Tel qu'utilisé ici, le terme « fragilité » se réfère à un syndrome clinique reflétant une diminution des capacités physiologiques de réserve qui altère les mécanismes d'adaptation au stress, son expression clinique est modulée par les co-morbidités et des facteurs psychologiques, sociaux, économiques et comportementaux. Le syndrome de fragilité est un marqueur de risque de mortalité et d'événements péjoratifs, notamment d'incapacités, de chutes, d'hospitalisation et d'entrée en institution. L'âge est un déterminant majeur de fragilité mais n'explique pas à lui seul ce syndrome. La prise en charge des déterminants de la fragilité peut réduire ou retarder ses conséquences.
Le sujet de l'invention peut présenter une microflore intestinale anormale. Tel qu'utilisé ici, le terme « microflore intestinale anormale » se réfère à une microflore intestinale impropre à protéger efficacement le sujet contre les infections intestinales. Un sujet peut présenter une microflore intestinale anormale suite à un traitement antibiotique. Cette microflore intestinale anormale peut également être la conséquence d'une anomalie congénitale.
Le sujet de l'invention peut être un mammifère non-humain ou bien un mammifère humain. Dans un mode de réalisation particulier, le sujet de l'invention est un humain. Il peut ainsi s'agir d'un nouveau-né, d'un enfant, d'un adolescent, d'un adulte ou d'une personne âgée. Dans un mode de réalisation préféré, le sujet est un humain nouveau-né ou un enfant, de manière encore préféré un humain nouveau-né. Dans un mode de réalisation alternatif, le sujet est une personne âgée. Tel qu'utilisé ici, le terme de « nouveau-né » se réfère à un être humain âgé de moins de 12 mois, de préférence âgé de moins de 6 mois, de manière encore préféré âgé de moins de 3 mois, et de manière tout particulièrement préféré âgé de moins d'un mois. Dans un autre mode de réalisation préféré, le sujet humain est un enfant. Tel qu'utilisé dans la présente invention, le terme « d'enfant » se réfère à un être humain âgée de 1 à 12 ans, de préférence à un être humain âgée de 1 à 8 ans, et de manière encore préféré à un être humain âgée de 1 à 5 ans. Dans encore un autre mode de réalisation préféré, le sujet humain est une personne âgée. Tel qu'utilisé dans la présente invention, le terme de « personne âgée » se réfère à un être humain âgée de 60 ans ou plus, de préférence à un être humain âgée de 65 ans ou plus, et de manière encore préféré à un être humain âgée de 70 ans ou plus.
Dans un mode de réalisation particulier, le sujet de l'invention est un mammifère prématuré, de préférence humain, de manière encore préféré un humain nouveau-né ou un enfant, de manière tout particulièrement préférée un humain nouveau-né.
Tel qu'utilisé ici, le terme « prématuré » se réfère à un sujet né avant terme, c'est à dire avant 40 semaines d'aménorrhée (SA), de préférence avant 37 SA. Le sujet prématuré peut être faiblement prématuré (de 35 à 37 SA), modérément prématuré (de 32 à 34 SA), un grand prématuré (de 27 à 31 SA), ou un prématuré extrême (de 22 à 26 SA).
Dans le domaine des applications vétérinaires, le sujet de l'invention peut être un mammifère non-humain, de préférence un animal de compagnie ou d'élevage, de manière encore préféré un animal sélectionné dans le groupe constitué des chiens, chats, chevaux, vaches, cochons, moutons, chèvres, lapins, hamsters, cochons d'inde, poules, poulets, et primates non-humains. De manière tout particulièrement préférée, le sujet de l'invention est de surcroit un nouveau-né. Tel qu'utilisé ici, le terme de « nouveau-né » se réfère à un animal âgé de moins de 12 mois, de préférence âgé de moins de 6 mois, de manière encore préféré âgé de moins de 3 mois, et de manière tout particulièrement préféré âgé de moins d'un mois. En particulier, le sujet de l'invention peut ne pas être sevré. Dans un deuxième aspect, la présente invention concerne également un kit de traitement ou de prévention d'une infection chez un sujet, de préférence un sujet immunodéprimé, immunosupprimé, présentant un système immunitaire immature, et/ou présentant une fragilité, ledit kit comprenant (i) une composition comprenant une quantité thérapeutiquement efficace de B. thetaiotaomicron et/ou d'un extrait de celle-ci, ainsi qu'optionnellement (ii) un prébiotique, (iii) un antibiotique, et/ou (iv) un autre microorganisme et/ou un extrait de celle-ci, et également de façon optionnel (v) une notice détaillant les précautions d'usage d'un tel kit. De préférence, les autres microorganismes sont au plus cinq, quatre, trois, deux ou une autre(s) espèce(s) de microorganismes et/ou extraits de celles-ci, en particulier de bactéries. Dans un mode particulier, le ou les microorganismes supplémentaires sont commensaux, de manière encore préféré une ou des levure(s) commensale(s) ou des extraits de celle(s)-ci.
De préférence, les autres microorganismes sont au plus cinq, quatre, trois, deux ou une autre(s) espèce(s) de microorganismes et/ou extraits de celles-ci, en particulier des bactéries. Dans un mode particulier, le ou les microorganismes supplémentaires sont commensaux, de manière encore préféré une ou des levure(s) commensale(s) ou des extraits de celle(s)-ci
Les modes de réalisation décrits pour le premier aspect de cette invention sont également compris dans ce second aspect.
Dans un troisième aspect, la présente invention concerne également l'utilisation d'un kit de traitement ou de prévention d'une infection chez un sujet, de préférence immunodéprimé, immunosupprimé, présentant un système immunitaire immature, et/ou présentant une fragilité, ledit kit comprenant (i) une composition comprenant une quantité thérapeutiquement efficace de B. thetaiotaomicron et/ou d'un extrait de celle-ci, ainsi qu'optionnellement (ii) un prébiotique, (iii) un antibiotique, et/ou (iv) un autre microorganisme et/ou un extrait de celle-ci, et également de façon optionnel (v) une notice détaillant les précautions d'usage d'un tel kit. De préférence, les autres microorganismes sont au plus cinq, quatre, trois, deux ou une autre(s) espèce(s) de microorganismes et/ou extraits de celles-ci, en particulier de bactéries. Dans un mode particulier, le ou les microorganismes supplémentaires sont commensaux, de manière encore préféré une ou des levure(s) commensale(s) ou des extraits de celle(s)-ci. Les modes de réalisation décrits pour le premier aspect de cette invention sont également compris dans ce troisième aspect.
Bien qu'ayant des sens différents, les termes « comprenant », « ayant », « contenant » et « consistant en » peuvent être remplacés l'un par l'autre dans toute la description de l'invention.
Dans le cadre de la présente description, toutes les molécules et cellules peuvent optionnellement être isolées et/ou purifiées.
D'autres caractéristiques et avantages de l'invention apparaîtront mieux à la lecture des exemples suivants donnés à titre illustratif et non limitatif.
EXEMPLES
Les inventeurs ont étudié l'effet de quatre bactéries du microbiote intestinal, Escherichia coli, Ruminococcus gnavus, Bacteroides thetaiotaomicwn, et Roseburia intestinalis, et de deux levures, Saccharomyces boulardii et Candida albicans, sur le système immunitaire colique en utilisant des modèles de souris monoxeniques. Des souris monoxéniques sont des souris dont l'intestin n'a été colonisé que par un seul microorganisme, en l'occurrence, une bactérie ou une levure.
Matériel et Méthodes
Microorganismes
Quatre bactéries et deux levures ont été utilisées dans cette étude : Escherichia coli AIEC LF82, Ruminococcus gnavus ATCC 29149, Bacteroides thetaiotaomicwn VPI- 5482 (ATCC 29148), Roseburia intestinalis Ll-82 (DSM 14610), Saccharomyces boulardii CNCM 1-745 (syn. HANSEN CBS 5926, Biocodex Laboratories) et Candida albicans SC5314.
Mono-associations
Des souris femelles axéniques (dépourvues de tout microorganisme) C3H/HeN (plateforme ANAXEM, INRA, France) ont été élevées dans des incubateurs stériles. Des suspensions bactériennes (108-109 ufc dans 400 μί), des suspensions de levures (107-108 ufc dans 400 μί), des fèces de souris conventionnelles, ou un milieu control ont été administrés à des souris de 6 semaines par gavage intra-gastrique (8 souris par groupe). Après 6 semaines d'implantation, les souris ont été euthanasiées et plusieurs échantillons ont été prélevés, à savoir les pièces et le contenu du jéjunum, de l'iléon, du caecum et du colon.
Histologie
Les échantillons de colon destinés aux études histologiques ont été fixés dans de l'acide paraformaldéhyde à 4 % (Electron Microscopy Sciences), puis inclues dans de la paraffine, avant d'être découpés en sections micro métriques. Ces sections ont ensuite été incubées en vue d'analyses histologiques et immunohistochimiques.
La quantification des immunoglobulines
Les fèces ont été homogénéisés dans du PBS (1 ml pour 100 mg) et centrifugées. Tous les surnageants ont été collectés puis congelés à -80°C jusqu'à leur utilisation. La quantification des immunoglobulines A a été réalisée par ELISA, en suivant les recommandations du fabriquant (MabTech).
Expression des gènes
L'ARN total a été isolé à partir des échantillons de colons grâce au kit RNeasy Mini (Qiagen), en suivant les recommandations du fabriquant. L'intégrité de l'ARN a été vérifiée sur un Bioanalyzer 2100 en utilisant des nanopuces RNA 6000 (Agilent Technologies), et tous les échantillons présentaient un résultat au test de calcul de l'intégrité de leur ARN supérieur à 8.
L'analyse des profils de transcription a été réalisée sur des échantillons de colons de souris en utilisant des puces à ADN G3 Mouse GE 8x60K de SurePrint (Design ID: 028005, Agilent Technologies). Les résultats de puces à ADN obtenus ont été soumis sur GEO (numéro d'accession : GSE63299). Par ailleurs, l'expression d'une sélection de gènes de souris a été étudiée dans des cellules de colon de souris par RT-qPCR.
Analyse des résultats et statistiques
Tous les résultats présentés sous la forme de graphiques sont exprimés sous la forme de moyennes ou de moyennes ± SEM (n=3 à 8 par groupe) et une comparaison statistique avec une condition contrôle a systématiquement été réalisée avec un test de Mann-Whitney.
Résultats
Analyse transcriptomique globale
Une analyse par une technique de puce à ADN (microarray) a été réalisée sur le colon de souris monocolonisées (6 groupes correspondant aux six microorganismes d'intérêts) ainsi que sur celui de souris axéniques (aucun microorganisme) et conventionalisées (colonisées par un microbiote entier normal). Le profil transcriptomique des souris monocolonisées avec B. thetaiotaomicron, contrairement à ceux obtenus avec d'autres microorganismes, est très proche de celui des souris conventionnalisées (cf. Figure 1).
Les annotations fonctionnelles des données de puces à ADN, réalisées grâce au logiciel Cytoscape, ont permis de montrer que B. thetaiotaomicron stimule tout particulièrement les gènes impliqués dans les fonctions immunitaires.
Stimulation de l'expression de gènes impliqués dans des fonctions immunitaires majeures par B. thetaiotaomicron
Les inventeurs ont confirmé par qPCR la stimulation de l'expression d'une sélection de gènes impliqués dans des fonctions immunitaires majeures par B. thetaiotaomicron (cf. Figure 2).
Analyse des populations immunitaires coliques et des immunoglobulines A luminales
Par une analyse immunohistochimique, les inventeurs ont montré que B. thetaiotaomicron induit une infiltration de la muqueuse colique par différentes populations de cellules immunitaires : des lymphocytes T, des lymphocytes B et des macrophages. Cela traduit une maturation du système immunitaire. De plus, B. thetaiotaomicron induit également la maturation du système des IgA au niveau de la muqueuse intestinale (cf. Figure 3). Bien que certains des aspects de maturation du système immunitaire soient également observés avec certains des autres microorganismes étudiés, B. thetaiotaomicron est le seul à avoir un impact global, sur tous les paramètres étudiés.
Les inventeurs ont ainsi découvert que la bactérie B. thetaiotaomicron, à elle seule, était parfaitement capable de maturer le système immunitaire intestinal de leur hôte.

Claims

REVENDICATIONS
1. Composition comprenant B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci pour son utilisation dans la prévention ou le traitement d'une infection chez un sujet immunodéprimé, immunosupprimé, présentant un système immunitaire immature, et/ou présentant une fragilité, et dans lequel la composition comprend au plus six espèces de bactéries et/ou des extraits de celles-ci.
2. Composition selon la revendication 1, dans laquelle le sujet est atteint d'une infection.
3. Composition selon la revendication 1 ou 2, dans laquelle ladite infection est une infection intestinale, de préférence sélectionnée dans le groupe constituée de l'œsophagite, la gastrite, l'entérite, la colite, la sigmoïdite, la rectite, la péritonite, ou une combinaison de celles-ci.
4. Composition selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, dans laquelle ladite infection est une infection bactérienne, virale, parasitaire, causée par une levure, ou une combinaison de celles-ci.
5. Composition selon la revendication 4, dans laquelle ladite infection est une infection bactérienne, de préférence sélectionnée dans le groupe constituée de Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Clostridium botulinum, Salmonella enteritidis, Salmonella typhi, Salmonella paratyphi, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fétus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto gènes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, ou d'une combinaison de celles-ci.
6. Composition selon la revendication 4, dans laquelle ladite infection est une infection virale, de préférence sélectionnée dans le groupe constituée du Rotavirus, du Virus de Norwalk, de l'Adénovirus, du Calicivirus, des Coronavirus, de l'Enterovirus, de l'Astrovirus, ou d'une combinaison de ceux-ci.
7. Composition selon la revendication 4, dans laquelle ladite infection est une infection causée par un parasite, de préférence sélectionné dans le groupe constituée d' ' Entamoeba histolytica, Ascaris lumbricoides, Strongyloides stercoralis, Ancylostoma duodenale, Cyclospora cayetanensis, Cryptosporidium parvum, Microsporidium, Enterobius vermicularis, Giardia lamblia, Ancylostoma duodenale, Necator americanus, Taenia solium , Taenia saginata, Diphyllobothrium latum, Coccidie et Trichinella spiralis, ou d'une combinaison de ceux-ci.
8. Composition selon la revendication 4, dans laquelle ladite infection est une infection causée par une levure, de préférence sélectionnée dans le groupe constituée de Candida albicans, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida guillermondii, Torulopsis glabrata, ou de combinaisons de celles-ci.
9. Composition selon l'une quelconque des revendications 1 à 8, dans laquelle ladite composition est administrée par voie orale.
10. Composition selon l'une quelconque des revendications 1 à 9, dans laquelle ledit sujet est un animal, de préférence un mammifère non humain, de manière encore préféré un mammifère sélectionné dans le groupe constitué des chiens, chats, chevaux, vaches, cochons, moutons, chèvres, lapins, hamsters, cochons d'inde, poules, poulets, et primates non-humains.
11. Composition selon la revendication 10, dans laquelle ledit animal est un nouveau- né.
12. Composition selon l'une quelconque des revendications 1 à 9, dans laquelle ledit sujet est un humain, de préférence sélectionné dans le groupe constitué d'un nouveau-né, d'un enfant et d'une personne âgée.
13. Composition selon l'une quelconque des revendications 1 à 12, dans laquelle ladite composition est un alicament ou un complément alimentaire.
14. Composition selon l'une quelconque des revendications 1 à 13, dans laquelle ladite composition est administrée en combinaison avec un prébiotique, de préférence sélectionné dans le groupe constitué de l'oligofructose, de l'inuline, des galacto-oligosaccharides, du lactulose, des oligosaccharides du lait maternel, des dérivés ou des combinaisons de ceux-ci.
15. Composition selon l'une quelconque des revendications 1 à 14, dans laquelle ladite composition est administrée en combinaison avec un antibiotique, de préférence sélectionné dans le groupe constitué de l'Amoxicilline, de l'Ampicilline, de la Vancomycine, de la Neomycine sulfate, de la Metronidazole, de Alatrofloxacine, de la Tetracycline, de la Moxifloxacine, de Azithromycine, de la Bacampicilline, de l'Oxacilline, de la Benzylpenicilline, de la Clarithromycine, de la Carbenicilline, de la Cefadroxile, de la Cephalexine, de la Cefditorene, de la Cefepime, de la Cefmetazole, de la Cefoperazone, de la Cefprozile, de la Cephalexine, de la Ciprofloxacine, de la Clarithromycine, de la Clindamycine, de la Daptomycine, de la Dicloxacilline, de l'Erythromycine, de la Fidaxomycine, de la Gemifloxacine, de la Sulfamethoxazole, de la Kanamycine, de la Levofloxacine, de la Lincomycine, de la Lomefloxacine, de l'Ofloxacine, de la Vancomycine, de la Meropeneme, du Metronidazole, de la Nafcilline, de la Nalidixice acide, de la Tobramycine, de la Piperacilline, de la Polymyxine, de la Trimethoprime, de la Rifampine, de la Streptomycine, de la Trovafloxacine, de dérivés ou de combinaisons de ceux-ci.
16. Composition selon l'une quelconque des revendications 1 à 15, dans laquelle ladite composition comprend en outre au moins une autre bactérie et/ou un extrait de celle-ci, de préférence une bactérie sélectionnée dans le groupe constitué Bacteroides ovatus, Bacteroides fragilis, Bacteroides intestinalis, Bacteroides vulgatus, Bacteroides caccae, Bacteroides massiliensis, Parabacteroides diastasonis, Odoribacter splanchnicus, Faecalibacterium prausnitzii, Escherichia coli, Ruminococcus gnavus, Roseburia intestinalis, Fusobacterium necrogenes, Bifidobacterium infantis, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium brève, Bifidobacterium lactis, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium bifidum, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus casei, Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus johnsonii, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus reuteri, Lactobacillus salivarius, Streptococcus thermophilus, Bacillus clausii, Enterococcus faecium, et des combinaisons de celles-ci.
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