DK2771485T3 - Fremgangsmåde til identifikation af aptamerer - Google Patents
Fremgangsmåde til identifikation af aptamerer Download PDFInfo
- Publication number
- DK2771485T3 DK2771485T3 DK12780712.1T DK12780712T DK2771485T3 DK 2771485 T3 DK2771485 T3 DK 2771485T3 DK 12780712 T DK12780712 T DK 12780712T DK 2771485 T3 DK2771485 T3 DK 2771485T3
- Authority
- DK
- Denmark
- Prior art keywords
- oligonucleotides
- binding
- array
- amplification
- target structure
- Prior art date
Links
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/5308—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for analytes not provided for elsewhere, e.g. nucleic acids, uric acid, worms, mites
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1048—SELEX
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6811—Selection methods for production or design of target specific oligonucleotides or binding molecules
Claims (12)
1. Fremgangsmåde til identifikation af aptamerer omfattende tilvejebringelse af kontakt mellem en blanding af oligonukleotider og en aptamer-målstruktur og binding af i det mindste en del af oligonukleotiderne til målstrukturen, fraskillelse af de oligonukleotider, som er bundet til aptamer-målstrukturen, fra aptamer-målstrukturen og af ikke til aptamer-målstrukturen bundne oligonukleotider, - rumligt adskilt amplificering af alle oligonukleotider, som er bundet til aptamer-målstrukturen, og frembringelse af rumligt adskilte amplifikater til hvert oligonukleotid, idet hvert amplifikat fortrinsvis indeholder en type oligonukleotider, - tildeling af en specifik stedsmærkning til hvert af de rumligt adskilte amplifikater, således at hvert af de mærkede amplifikater kan identificeres entydigt ved hjælp af sin specifikke stedsmærkning, - sekventering af oligonukleotider af de mærkede amplifikater og allokering af den for amplifikatet specifikke stedsmærkning til sekvensen i typen af oligonukleotiderne i amplifikatet, fremstilling af et array af amplifikaterne, idet de amplificerede oligonukleotider påføres på i det mindste en første bærer, således at arrayet omfatter enkelte spots med ensartede sekvenser for hvert selekteret oligonukleotid, - analyse af bindingsegenskaberne for alle typer af de på arrayet af amplifikaterne placerede oligonukleotider til aptamer-målstrukturen og allokering af de analyserede bindingsegenskaber til de specifikke stedsmærkninger for amplifikaterne og til sekvenserne af de pågældende typer af oligonukleotider, idet arrayet af amplifikaterne til analysen af bindingsegenskaberne bringes i kontakt med aptamer-målstrukturen .
2. Fremgangsmåde ifølge krav 1, hvor den rumligt adskilte amplificering er en amplificering i en emulsion, en digital amplificering eller en amplificering til en fast fase, og/eller hvor den specifikke stedsmærkning er en optisk, spektroskopisk eller radioaktivt detekterbar mærkning.
3. Fremgangsmåde ifølge et af de foregående krav omfattende binding af oligonukleotiderne før, under eller efter den rumligt adskilte amplificering til fastfasepartikler, idet der opnås f astf asepartikler, hvortil der hver gang kun er bundet et amplifikat med en type oligonukleotider, eller omfattende binding af oligonukleotiderne før, under eller efter den rumligt adskilte amplificering til fastfasepartikler, idet der opnås f astf asepartikler, hvortil der hver gang kun er bundet et amplifikat med en type oligonukleotider, endvidere omfattende tilvejebringelse af kontakt mellem de fastfasepartikler, hvortil der hver gang er bundet et amplifikat med en type oligonukleotider, og aptamer-målstruktur, - konstatering af et positivt eller negativt bindingsresultat i aptamer-målstrukturen til oligonukleotider i amplifikatet, som er bundet til en fastfasepartikel, - selektion af fastfasepartikler, hvor der kan konstateres et positivt bindingsresultat.
4. Fremgangsmåde ifølge et af kravene 1-3 omfattende frembringelse af en kopi eller et derivat af arrayet i amplifikaterne ved, på eller i en anden bærer, idet der til hvert amplifikat af kopien eller derivatet allokeres en specifik stedsmærkning, - tilvejebringelse af kontakt mellem kopien eller derivatet af arrayet og aptamer-målstrukturen til analyse af bindingsegenskaberne.
5. Fremgangsmåde ifølge krav 4, idet den anden bærer har en bindingsadapter til oligonukleotider i amplifikaterne eller bindingsegenskaber til oligonukleotiderne i amplifikaterne, og der frembringes en kopi, idet oligonukleotiderne fra amplifikaterne bindes til bæreren ved hjælp af bindingsadapteren eller bindingsegenskaberne.
6. Fremgangsmåde ifølge krav 5 omfattende tilvejebringelse af i det mindste et rumligt begrænset amplifikationsmiddelområde for hvert oligonukleotid, som er adskilt fra amplifikationsmiddelområderne for de andre oligonukleotider, idet en med bindingsadapteren eller bindingsegenskaberne forsynet overflade på den anden bærer grænser op til amplifikationsmiddelområderne, amplificering af oligonukleotiderne ved hjælp af amplifikationsmidler i amplifikationsmiddelområderne til frembringelse af amplifikater i oligonukleotiderne, - binding af enkeltstrenge eller derivater af amplifikaterne til den anden bærer ved hjælp af bindingsadapteren eller bindingsegenskaberne, således at en rumlig placering af enkeltstrengene på den anden bærer svarer til den rumlige placering af amplifikaterne i det array, hvorfra enkeltstrengene stammer; og - fjernelse af den anden bærer med de dertil bundne enkeltstrenge fra arrayet.
7. Fremgangsmåde ifølge krav 6, hvor bindingen af kopierne eller derivaterne til den anden bærer sker samtidig med amplificeringen.
8. Fremgangsmåde ifølge krav 6 eller 7, hvor de rumligt begrænsede amplifikationsmiddelområder i det mindste delvis er defineret af mikro- eller nanostrukturer i den første bærer, som bærer arrayet, eller i den anden bærer, som bærer kopien eller derivatet.
9. Fremgangsmåde ifølge krav 6 eller 7, hvor de rumligt begrænsede amplifikationsmiddelområder i det mindste delvist er adskilt af fasegrænser mellem to væsker, en væske og en gas eller en fysisk grænse.
10. Fremgangsmåde ifølge krav 8, hvor frembringelsen af i det mindste et rumligt begrænset amplifikationsmiddelområde har en tilvejebringelse af den anden bærer med i det mindste en til hvert oligonukleotid allokeret fordybning, som er placeret i bindingsadapteren, en indføring af amplifikationsmidlet i fordybningerne og en lukning af fordybningerne ved hjælp af den første bærer, således at oligonukleotiderne er udsat for amplifikationsmiddelområdet, eller hvor frembringelsen af i det mindste et rumligt begrænset amplifikationsmiddelområde for hvert oligonukleotid har en tilvejebringelse af oligonukleotiderne i hver gang allokerede separate fordybninger i den første bærer, som bærer arrayet, en indføring af amplifikationsmidlet i fordybningerne og en lukning af fordybningerne ved hjælp af den anden bærer.
11. Fremgangsmåde ifølge i det mindste et af de foregående krav omfattende genindvindingen af en eller flere typer af oligonukleotider ved at løsne oligonukleotider fra den første bærer, den anden bærer og/eller af kopier af disse bærere eller omfattende fremstilling af yderligere oligonukleotider ved hjælp af amplificering af oligonukleotider, som er bundet på den første bærer, den anden bærer og/eller på kopier af disse bærere.
12. Fremgangsmåde til identifikation af aptamer-bindingspar, som binder til forskellige steder på en aptamer-målstruktur, omfattende trinnene i fremgangsmåden ifølge et af kravene 1-8 og endvidere omfattende: a) tilvejebringelse af kontakt mellem arrayet af amplifikaterne eller kopien af arrayet af amplifikaterne, som er opnået ved en fremgangsmåde ifølge et af kravene 1-9, og aptamer-målstrukturen og binding af aptamer-målstrukturen til de oligonukleotider, som er indeholdt i amplifikaterne af arrayet/kopien af arrayet, b) tilvejebringelse af kontakt mellem den i a) opnåede array eller kopien af arrayet og en blanding af oligonukleotider og binding af i det mindste en del af oligonukleotiderne til aptamer-målstrukturen, som allerede er bundet på arrayet, c) idet de pågældende bindingssteder i de bindende oligonukleotider fra blandingen af bindingsstederne i de på arrayet eksisterende oligonukleotider, som binder sig til den hver gang samme målstruktur, er forskellige, d) elution af de oligonukleotider, som i b) ikke er bundet til aptamer-målstrukturen, e) fjernelse af de i b) bundne oligonukleotider fra aptamer-målstrukturen, f) sekventering af de i d) opnåede oligonukleotider og fremstilling eller isolering af oligonukleotiderne i typeren form, g) tilvejebringelse af kontakt mellem et array af amplifikaterne eller kopien af arrayet af amplifikaterne, som er opnået ifølge en fremgangsmåde ifølge et af kravene 1-8, og aptamer-målstrukturen og binding af aptamer-målstrukturen til oligonukleotider, som er indeholdt i amplifikaterne af arrayet/kopien af arrayet, h) tilvejebringelse af kontakt mellem den i f) opnåede array eller kopien af arrayet og et typerent oligonukleotid fra e) og binding af oligonukleotidet til en eller flere aptamer-målstrukturer, som allerede er bundet på arrayet, i) analyse af, til hvilke(n) aptamer-målstruktur(er) på arrayet det typerene oligonukleotid er bundet, og allokering af denne målstruktur til det oligonukleotid i arrayet, hvortil målstrukturen er bundet, og dettes specifikke stedsmærkning i arrayet, j) eventuelt gentagelse en eller flere gange af trinnene g) og h) .
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| DE102011085473A DE102011085473A1 (de) | 2011-10-28 | 2011-10-28 | Verfahren zur Identifikation von Aptameren |
| PCT/EP2012/071155 WO2013060777A1 (de) | 2011-10-28 | 2012-10-25 | Verfahren zur identifikation von aptameren |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| DK2771485T3 true DK2771485T3 (da) | 2018-10-29 |
Family
ID=47115907
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| DK12780712.1T DK2771485T3 (da) | 2011-10-28 | 2012-10-25 | Fremgangsmåde til identifikation af aptamerer |
Country Status (9)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US9903859B2 (da) |
| EP (1) | EP2771485B1 (da) |
| JP (1) | JP6387302B2 (da) |
| DE (1) | DE102011085473A1 (da) |
| DK (1) | DK2771485T3 (da) |
| ES (1) | ES2691734T3 (da) |
| HK (1) | HK1200499A1 (da) |
| PT (1) | PT2771485T (da) |
| WO (1) | WO2013060777A1 (da) |
Families Citing this family (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| GB201515355D0 (en) | 2015-08-28 | 2015-10-14 | Ge Healthcare Ltd | A method and kit for analyte detection |
| EP3380634A1 (en) * | 2015-11-26 | 2018-10-03 | Dnae Group Holdings Limited | Single molecule controls |
| WO2022140158A1 (en) * | 2020-12-21 | 2022-06-30 | Illumina, Inc. | Selecting aptamers using sequencing |
Family Cites Families (18)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6143496A (en) | 1997-04-17 | 2000-11-07 | Cytonix Corporation | Method of sampling, amplifying and quantifying segment of nucleic acid, polymerase chain reaction assembly having nanoliter-sized sample chambers, and method of filling assembly |
| PT1496120E (pt) | 1997-07-07 | 2007-04-30 | Medical Res Council | Método de ordenamento in vitro |
| US20010031394A1 (en) | 1998-10-30 | 2001-10-18 | Christian P. Hansen | Lead alloy for lead-acid battery terminals |
| US6300070B1 (en) | 1999-06-04 | 2001-10-09 | Mosaic Technologies, Inc. | Solid phase methods for amplifying multiple nucleic acids |
| US7244559B2 (en) | 1999-09-16 | 2007-07-17 | 454 Life Sciences Corporation | Method of sequencing a nucleic acid |
| WO2005003375A2 (en) | 2003-01-29 | 2005-01-13 | 454 Corporation | Methods of amplifying and sequencing nucleic acids |
| WO2005024042A2 (en) * | 2003-09-04 | 2005-03-17 | The Regents Of The University Of California | Aptamers and methods for their in vitro selection and uses thereof |
| DE102005026839A1 (de) | 2005-06-10 | 2006-12-21 | Universität Tübingen | Verfahren und Vorrichtung zur quantitativen Bestimmung von Analyten in flüssigen Proben |
| WO2008022332A2 (en) * | 2006-08-18 | 2008-02-21 | Board Of Regents, The University Of Texas System | System, method and kit for replicating a dna array |
| EP2639579B1 (en) | 2006-12-14 | 2016-11-16 | Life Technologies Corporation | Apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays |
| US8338166B2 (en) | 2007-01-04 | 2012-12-25 | Lawrence Livermore National Security, Llc | Sorting, amplification, detection, and identification of nucleic acid subsequences in a complex mixture |
| US20110263459A1 (en) * | 2008-03-12 | 2011-10-27 | Borer Philip N | Direct selection of structurally defined aptamers |
| DE102009012169B3 (de) | 2009-03-06 | 2010-11-04 | Albert-Ludwigs-Universität Freiburg | Vorrichtung und Verfahren zum Herstellen eines Replikats oder eines Derivats aus einem Array von Molekülen und Anwendungen derselben |
| GB2487341A (en) * | 2009-11-02 | 2012-07-18 | Nugen Technologies Inc | Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence selection and amplification |
| US8680017B2 (en) * | 2010-02-13 | 2014-03-25 | Gregory Francis Lopreato | Lariat aptamer: aptamer candidate exclusion by nuclease digestion |
| WO2011127006A1 (en) * | 2010-04-05 | 2011-10-13 | Prognosys Biosciences, Inc. | Co-localization affinity assays |
| US8785132B2 (en) | 2010-04-23 | 2014-07-22 | Postech Academy-Industry Foundation | Aptamer sandwich assays |
| CN102639720B (zh) * | 2010-10-05 | 2015-03-18 | Pcl公司 | 用于筛选核酸适配子的多元微流体装置及利用此装置的核酸适配子的高通量筛选方法 |
-
2011
- 2011-10-28 DE DE102011085473A patent/DE102011085473A1/de not_active Ceased
-
2012
- 2012-10-25 PT PT12780712T patent/PT2771485T/pt unknown
- 2012-10-25 DK DK12780712.1T patent/DK2771485T3/da active
- 2012-10-25 WO PCT/EP2012/071155 patent/WO2013060777A1/de active Application Filing
- 2012-10-25 JP JP2014537613A patent/JP6387302B2/ja active Active
- 2012-10-25 US US14/354,597 patent/US9903859B2/en active Active
- 2012-10-25 EP EP12780712.1A patent/EP2771485B1/de active Active
- 2012-10-25 ES ES12780712.1T patent/ES2691734T3/es active Active
-
2015
- 2015-01-27 HK HK15100872.6A patent/HK1200499A1/xx unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PT2771485T (pt) | 2018-11-07 |
| US20140303030A1 (en) | 2014-10-09 |
| JP2014532396A (ja) | 2014-12-08 |
| JP6387302B2 (ja) | 2018-09-05 |
| WO2013060777A1 (de) | 2013-05-02 |
| EP2771485A1 (de) | 2014-09-03 |
| ES2691734T3 (es) | 2018-11-28 |
| HK1200499A1 (en) | 2015-08-07 |
| US9903859B2 (en) | 2018-02-27 |
| DE102011085473A1 (de) | 2013-05-02 |
| EP2771485B1 (de) | 2018-07-11 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US20240003892A1 (en) | Heterogeneous single cell profiling using molecular barcoding | |
| Kim et al. | Advances in aptamer screening and small molecule aptasensors | |
| AU2023203512A1 (en) | Measurement of protein expression using reagents with barcoded oligonucleotide sequences | |
| CN101802225B (zh) | 检测样品的多元分析 | |
| JP2022537048A (ja) | 試料中の分析物のシグナルコード化方法 | |
| Rödiger et al. | Nucleic acid detection based on the use of microbeads: a review | |
| Kim et al. | Homogeneous entropy-driven amplified detection of biomolecular interactions | |
| US7544793B2 (en) | Making nucleic acid sequences in parallel and use | |
| US8785132B2 (en) | Aptamer sandwich assays | |
| WO2012019765A1 (en) | Methods and systems for tracking samples and sample combinations | |
| US11667957B2 (en) | Methods and compositions for identifying ligands on arrays using indexes and barcodes | |
| WO2020167830A1 (en) | Determining expressions of transcript variants and polyadenylation sites | |
| DK2771485T3 (da) | Fremgangsmåde til identifikation af aptamerer | |
| EP4214151A1 (en) | Structure and methods for detection of sample analytes | |
| CN110892071A (zh) | 用于功能性寡核苷酸选择的方法和组合物 | |
| US20160362720A1 (en) | Marker for generating binding information on biomolecules and nucleic acids, preparation method therefor, and method and apparatus for analyzing biomolecule by using same | |
| US9938567B2 (en) | High-throughput RNA interaction assay | |
| US20220315983A1 (en) | Integration of a protein colocalization device (pcd) onto a microfluidic device | |
| US20230250487A1 (en) | Transmembrane sensors and molecular amplifiers for lysis-free detection of intracellular targets | |
| US20230193245A1 (en) | Methods and compositions for making and using peptide arrays | |
| Tan | Aptamer Biosensor Development to Enable Temporal Control and Flow Cytometry-Based Enantiopurity Analysis | |
| WO2023107598A1 (en) | Single-cell culture and sequencing with lipid-modified oligos | |
| WO2023147187A1 (en) | Substrate-based protein assay without protein substrate binding | |
| Evadé et al. | Aptamer-Mediated Nanoparticle Interactions: From Oligonucleotide–Protein Complexes to SELEX Screens |