CN117604111A - 用于小细胞肺癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用 - Google Patents
用于小细胞肺癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN117604111A CN117604111A CN202410089754.2A CN202410089754A CN117604111A CN 117604111 A CN117604111 A CN 117604111A CN 202410089754 A CN202410089754 A CN 202410089754A CN 117604111 A CN117604111 A CN 117604111A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- lung cancer
- small cell
- cell lung
- prrt1
- tmod2
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 208000000587 small cell lung carcinoma Diseases 0.000 title claims abstract description 98
- 206010041067 Small cell lung cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 96
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 title claims abstract description 35
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 title claims abstract description 19
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 title claims abstract description 19
- 102100028846 Proline-rich transmembrane protein 1 Human genes 0.000 claims abstract description 76
- 101000577771 Homo sapiens Proline-rich transmembrane protein 1 Proteins 0.000 claims abstract description 75
- 101000597772 Homo sapiens Tropomodulin-2 Proteins 0.000 claims abstract description 74
- 102100035293 Tropomodulin-2 Human genes 0.000 claims abstract description 74
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 48
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 31
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 29
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 28
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 25
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 22
- 208000005443 Circulating Neoplastic Cells Diseases 0.000 claims description 19
- 239000013068 control sample Substances 0.000 claims description 11
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 10
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 claims description 9
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 claims description 7
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 5
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 5
- 229920000742 Cotton Polymers 0.000 claims description 4
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 claims description 4
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 claims description 4
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 4
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 claims description 4
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 claims description 4
- 210000004915 pus Anatomy 0.000 claims description 4
- 230000028327 secretion Effects 0.000 claims description 4
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims description 4
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 3
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 abstract description 8
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 abstract description 4
- 229940079593 drug Drugs 0.000 abstract description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract description 2
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 12
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 11
- 238000000034 method Methods 0.000 description 7
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 7
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 6
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 5
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 5
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 5
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 5
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 5
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 5
- 208000002154 non-small cell lung carcinoma Diseases 0.000 description 5
- 238000011349 peptide receptor radionuclide therapy Methods 0.000 description 5
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 5
- 208000029729 tumor suppressor gene on chromosome 11 Diseases 0.000 description 4
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 3
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 3
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 3
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 3
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 3
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 3
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 3
- 238000003762 quantitative reverse transcription PCR Methods 0.000 description 3
- 102100033379 Carbohydrate sulfotransferase 14 Human genes 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 2
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101000943858 Homo sapiens Carbohydrate sulfotransferase 14 Proteins 0.000 description 2
- 101000632178 Homo sapiens Homeobox protein Nkx-2.1 Proteins 0.000 description 2
- 101000845269 Homo sapiens Transcription termination factor 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000915642 Homo sapiens Zinc finger protein 469 Proteins 0.000 description 2
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 2
- 108010070047 Notch Receptors Proteins 0.000 description 2
- 102000005650 Notch Receptors Human genes 0.000 description 2
- 102100031079 Transcription termination factor 1 Human genes 0.000 description 2
- 102100029042 Zinc finger protein 469 Human genes 0.000 description 2
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 2
- 238000011331 genomic analysis Methods 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 2
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 230000009456 molecular mechanism Effects 0.000 description 2
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 2
- 230000019907 positive regulation of Notch signaling pathway Effects 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N streptomycin Chemical compound CN[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@](C=O)(O)[C@H](C)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@H]1O UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N 0.000 description 2
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 1
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 1
- 101000738771 Homo sapiens Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C Proteins 0.000 description 1
- ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N L-Proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 230000005913 Notch signaling pathway Effects 0.000 description 1
- 229930182555 Penicillin Natural products 0.000 description 1
- JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N Penicillin G Chemical compound N([C@H]1[C@H]2SC([C@@H](N2C1=O)C(O)=O)(C)C)C(=O)CC1=CC=CC=C1 JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N 0.000 description 1
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N Proline Natural products OC(=O)C1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710100260 Proline-rich transmembrane protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 238000003559 RNA-seq method Methods 0.000 description 1
- 239000012980 RPMI-1640 medium Substances 0.000 description 1
- 102100037422 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C Human genes 0.000 description 1
- 102100036471 Tropomyosin beta chain Human genes 0.000 description 1
- 101710186456 Tropomyosin beta chain Proteins 0.000 description 1
- 101710186384 Tropomyosin-2 Proteins 0.000 description 1
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 1
- 210000002821 alveolar epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 230000010100 anticoagulation Effects 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 1
- 230000007321 biological mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000017531 blood circulation Effects 0.000 description 1
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 1
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 1
- 230000004709 cell invasion Effects 0.000 description 1
- 230000012292 cell migration Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 1
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 1
- 238000013211 curve analysis Methods 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 1
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 1
- 210000000981 epithelium Anatomy 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 239000013613 expression plasmid Substances 0.000 description 1
- 239000012091 fetal bovine serum Substances 0.000 description 1
- 230000003325 follicular Effects 0.000 description 1
- 238000003306 harvesting Methods 0.000 description 1
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 1
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 1
- 238000003119 immunoblot Methods 0.000 description 1
- 238000011396 initial chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000011173 large scale experimental method Methods 0.000 description 1
- 238000012177 large-scale sequencing Methods 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 description 1
- 239000011325 microbead Substances 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 210000004412 neuroendocrine cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 1
- 229940049954 penicillin Drugs 0.000 description 1
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 230000010473 stable expression Effects 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 229960005322 streptomycin Drugs 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 210000001685 thyroid gland Anatomy 0.000 description 1
- 108091005703 transmembrane proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000035160 transmembrane proteins Human genes 0.000 description 1
- 230000003827 upregulation Effects 0.000 description 1
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57423—Specifically defined cancers of lung
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/46—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
- G01N2333/47—Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/46—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
- G01N2333/47—Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups
- G01N2333/4701—Details
- G01N2333/4703—Regulators; Modulating activity
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
本发明涉及生物医药技术领域,特别是涉及一种用于小细胞肺癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用。更具体地,本发明涉及一种用于小细胞肺癌的诊断和预后判断的生物标志物,所述生物标志物是PRRT1和/或TMOD2。本发明人已发现,PRRT1和TMOD2在小细胞肺癌患者中的表达水平低于健康人群中的表达水平。更特别地,本发明人发现,PRRT1和/或TMOD2的低水平表达在用于诊断小细胞肺癌时具有良好的灵敏度和特异性,并且与小细胞肺癌患者的预后相关,因此可以作为用于小细胞肺癌诊断和预后判断的生物标志物。
Description
技术领域
本发明涉及生物医药技术领域,特别是涉及一种用于小细胞肺癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用。
背景技术
肺癌是最常见的恶性肿瘤之一,也是致死率最高的肿瘤。从病理分型上,肺癌有可分为小细胞肺癌(smallcell lung cancer,SCLC)和非小细胞肺癌(non-small cell lungcancer,NSCLC)。其中小细胞肺癌(small cell lung cancer,SCLC)起源于肺中的原始神经内分泌细胞,是一种高度致命的恶性肿瘤,占肺癌患者总数的15-20%。其较非小细胞肺癌有不同的生物学特性,如:瘤细胞倍增时间短、生长分数高、早期即可出现广泛转移。尽管小细胞肺癌对初始化疗治疗敏感,但多数患者不可避免地由于化疗耐药而复发,导致后续很难治疗并预后较差。小细胞肺癌的平均5年生存率低于7%,大多数患者出现转移性疾病并在12个月内死亡。由于小细胞肺癌很少通过手术治疗,很少有标本可用于研究。与非小细胞肺癌相比,小细胞肺癌的研究较少,近30年内小细胞肺癌的治疗没有显著临床进展。因此,进一步剖析小细胞肺癌发展过程中的分子机制,寻找鉴定新的诊断标志物,并且寻找小细胞肺癌治疗新靶点已成为小细胞肺癌防治的当务之急。目前已发现可潜在用于早期肺癌诊断和预后判断的几种生物标志物,包括TTF1,其表达于甲状腺滤泡上皮和肺泡上皮细胞的细胞核中,与肿瘤的分化程度呈正相关,分化越差则越可能表达缺失;TTF1是临床上区分肺癌亚型的最佳标志物之一。然而此生物标志物在小细胞肺癌诊断和预后判断中的应用仍需更深入研究。
循环肿瘤细胞是从原发肿瘤或者转移肿瘤上脱落下来、释放进入血液循环中的一群肿瘤细胞亚群。近些年的研究发现,一方面,循环肿瘤细胞在肿瘤发生的很早期就可能出现在患者的外周血中,这为癌症的早期诊断提供了帮助。另一方面,这些循环肿瘤细胞还可以用来预测癌症患者的预后,循环肿瘤细胞的发现往往预示着肿瘤的复发或转移,这也提示患者的预后不良。如何使用循环肿瘤细胞来对癌症尤其是特定癌症例如小细胞肺癌进行诊断或者预后,这也是我们未来在循环肿瘤细胞系列探索中的一个重要方向。使用循环肿瘤细胞进行诊断或预后的一大好处是其可以有效替代肿瘤活检,对于那些无法进行病理组织活检的患者,这是一个很好的替代指标,它可以帮助临床医生实时地对癌症的生物学特征进行动态监测和判断。然而,由于循环肿瘤细胞数量稀少,利用其作为诊断癌症尤其是特定癌症例如小细胞肺癌的手段存在挑战,并非所有的癌症相关标志物都可以在循环肿瘤细胞中被检测到。因此,寻找适用于借助循环肿瘤细胞进行诊断的生物标志物具有重要的临床价值。
发明内容
为了解决上述问题,本发明人已发现,PRRT1和TMOD2在小细胞肺癌患者中的表达水平低于健康人群中的表达水平。更特别地,本发明人发现,PRRT1和/或TMOD2的低水平表达在用于诊断小细胞肺癌时具有良好的灵敏度和特异性,并且与小细胞肺癌患者的预后相关,因此可以作为用于小细胞肺癌诊断和预后判断的生物标志物。
如本文所用,PRRT1是富含脯氨酸的跨膜蛋白1(proline rich transmembraneprotein 1,PRRT1)的简称,其NCBI Gene ID为80863。
如本文所用,TMOD2是原肌球调节蛋白2(tropomodulin 2,TMOD2)的简称,其NCBIGene ID为29767。
具体地,本发明提供了一种用于小细胞肺癌诊断的生物标志物,其中所述生物标志物是PRRT1和/或TMOD2。
在其他方面,本发明还提供了一种用于小细胞肺癌预后判断的生物标志物,其中所述生物标志物是PRRT1和/或TMOD2。
在其他方面,本发明还提供了一种用于小细胞肺癌诊断的试剂盒,所述试剂盒包含用于检测PRRT1和/或TMOD2表达的试剂。
在其他方面,本发明还提供了一种用于小细胞肺癌预后判断的试剂盒,所述试剂盒包含用于检测PRRT1和/或TMOD2表达的试剂。
在其他方面,本发明还提供了检测PRRT1和/或TMOD2表达的试剂在制备用于小细胞肺癌的诊断的工具中的用途。
在其他方面,本发明还提供了检测PRRT1和/或TMOD2表达的试剂在制备用于小细胞肺癌的预后判断的工具中的用途。
进一步地,所述小细胞肺癌的诊断包括以下步骤:
(1)收集待测受试者的样本,和收集对照样本;
(2)检测并比较待测受试者样本和对照样本中PRRT1和/或TMOD2的表达水平;
如果待测受试者的样本中PRRT1的表达水平与对照样本中PRRT1的表达水平相比降低,和/或待测受试者的样本中TMOD2的表达水平与对照样本中TMOD2的表达水平相比降低,则诊断所述待测受试者患有小细胞肺癌或处于患有小细胞肺癌的风险中。
进一步地,所述对照样本来源于健康人群或待测受试者的健康组织。
进一步地,所述小细胞肺癌的预后判断包括以下步骤:
(1)收集预后小细胞肺癌患者的样本为待测组,并以预前小细胞肺癌患者的样本为对照组;
(2)检测并比较待测组和对照组的样本中PRRT1和/或TMOD2的表达水平;
如果待测组样本中PRRT1的表达水平与对照组样本中PRRT1的表达水平相比升高,和/或待测组样本中TMOD2的表达水平与对照组样本中TMOD2的表达水平相比升高,则判断待测组的预后良好。
如本文所用,所述受试者包括哺乳动物,优选为灵长类哺乳动物,更优选为人。
如本文所用,所述待测受试者的样本包括受试者的临床生物样本,包括但不限于血清、血浆、全血、分泌物、棉拭子、脓液、体液、组织、器官、石蜡切片、肿瘤组织、活检样本、循环肿瘤细胞、循环肿瘤DNA或尿液脱落细胞中的一种或几种。在优选的实施方案中,所述待测受试者的样本包括待测受试者的肺组织,例如肺活检样本,所述对照样本来源于健康受试者的肺组织,例如肺活检样本,或待测受试者的健康组织,例如癌旁组织。在优选的实施方案中,所述待测受试者的样本为循环肿瘤细胞。
如本文所用,所述预后和预前小细胞肺癌患者的样本包括受试者的临床生物样本,包括但不限于血清、血浆、全血、分泌物、棉拭子、脓液、体液、组织、器官、石蜡切片、肿瘤组织、活检样本、循环肿瘤细胞、循环肿瘤DNA或尿液脱落细胞中的一种或几种。在优选的实施方案中,所述预后和预前小细胞肺癌患者的样本包括待测受试者的肺组织,例如肺活检样本。在优选的实施方案中,所述预后和预前小细胞肺癌患者的样本为循环肿瘤细胞。
如本文所用,检测待测受试者的样本中PRRT1和/或TMOD2的表达的试剂没有特别限制,并且是本领域技术人员熟知且容易获得的用于检测受试者样本中PRRT1和/或TMOD2在mRNA或蛋白质水平上的表达的试剂。例如,用于检测受试者样本中PRRT1和/或TMOD2的表达的试剂可以包括用于实时荧光定量PCR、酶联免疫吸附法(ELISA)、蛋白/肽段芯片检测、化学发光、免疫印迹、微珠免疫检测、微流控免疫的相应试剂。
本发明的有益效果
本发明人已发现,PRRT1和TMOD2在小细胞肺癌患者中的表达水平低于健康人群中的表达水平。更特别地,本发明人发现,PRRT1和/或TMOD2的低水平表达,尤其是这两者在联合使用时,在用于诊断小细胞肺癌时具有良好的灵敏度和特异性,并且与小细胞肺癌患者的预后相关,因此可以作为用于小细胞肺癌诊断和预后判断的生物标志物。此外,本发明还发现可以通过收获受试者的循环肿瘤细胞并检测其中PRRT1和TMOD2的表达水平来对小细胞肺癌进行诊断和预后判断。
附图说明
图1显示了PRRT1和TMOD2在小细胞肺癌组织样本和癌旁正常组织样本中的表达水平。
图2显示了PRRT1和TMOD2在小细胞肺癌患者循环肿瘤细胞中的表达水平。
图3显示了PRRT1和TMOD2在人小细胞肺癌细胞NCI-H446和人正常肺上皮细胞Beas-2b中的表达水平。
图4显示了在过表达PRRT1和/或TMOD2后,人小细胞肺癌细胞NCI-H446的迁移能力和侵袭能力的变化。
图5显示了在过表达PRRT1和/或TMOD2后,人小细胞肺癌细胞NCI-H446中Notch信号途径的活化。
图6显示了PRRT1和TMOD2单独和联合地在小细胞肺癌患者与健康人群中的ROC曲线分析。
图7显示了PRRT1和TMOD2单独和联合地在小细胞肺癌患者与健康人群中的Kaplan-Meier生存曲线分析。
具体实施方式
以下结合具体实施例来进一步说明本发明,但实施例并不对本发明做任何形式的限定。除非特别说明,本发明采用的试剂、方法和设备为本技术领域常规试剂、方法和设备。
实施例1:人小细胞肺癌与配对正常组织的表达谱芯片分析
肿瘤基因组图谱(TCGA)计划由美国National Cancer Institute(NCI)和National Human Genome Research Institute(NHGRI)于2006年联合启动的项目,利用大规模测序为主的基因组分析技术,针对36种癌症进行大规模实验,TCGA基因组分析中心(GCC)比对肿瘤和正常组织,寻找与各癌症或者亚型相关的基因突变、扩增或者缺失。为理解癌症的分子机制,提高人们对癌症发病分子基础的科学认识提供帮助。
TCGA标准方法下载120对小细胞肺癌组织和正常组织的全基因表达谱数据及临床信息,统计分析采用R语言(3.1.1版本)软件,需安装及加载的程序包(heatmap,venndiagram,hist等),然后用DESeq和edgeR程序包进行分析,找出差异表达的基因。最终筛选到在小细胞肺癌中显著低表达的两种基因,即PRRT1和TMOD2。
实施例2:PRRT1和TMOD2在小细胞肺癌中低表达
收集临床53例小细胞肺癌组织样本和35例癌旁正常组织样本,分别使用TRIzol法提取上述小细胞肺癌组织样本和癌旁正常组织样本的RNA,利用RT-qPCR方法分别检测PRRT1和TMOD2的mRNA水平。结果如图1所述,其证实PRRT1和TMOD2在小细胞肺癌中低表达。
实施例3:小细胞肺癌患者的循环肿瘤细胞中PRRT1和TMOD2表达水平的检测
1)抽取小细胞肺癌患者静脉血10mL于ACD抗凝管中,常规离心分离血浆备用;
2)对血浆中CTC细胞进行富集及分离,具体步骤为:通过向血浆中加入样本密度分离液(Cytelligen)提取血浆中单细胞层,之后加入免疫细胞去除磁珠对所提取单细胞层中的CD45+免疫细胞进行去除,通过差向富集对单细胞层中CTC进行浓缩及富集;
3)离心收获富集的CTC细胞,加入1ml的RNA裂解液吸至无酶EP管中;向EP管中加入200ul氯仿,剧烈震荡15秒,室温静止3min,反复3次;12000×g、4℃离心15min;将上层水相加入新的无酶的EP管,在EP管中加入等体积异丙醇,颠倒、混匀,静置10min;12000×g、4℃离心15min;弃掉EP管液体,加入75%的乙醇1ml,震荡EP管;12000×g、4℃离心5min;弃净上清后室温放置干燥;加入适量DEPC水溶解RNA;检测RNA的纯度和浓度并通过RT-qPCR检测CTC细胞中PRRT1和TMOD2的表达,并将其与收获自正常肺组织的细胞中PRRT1和TMOD2的表达进行比较,结果如图2所述,其证实PRRT1和TMOD2在小细胞肺癌患者CTC细胞中低表达。
实施例4:PRRT1和TMOD2影响小细胞肺癌细胞的侵袭及迁移
将人小细胞肺癌细胞NCI-H446和人正常肺上皮细胞Beas-2b用含10%胎牛血清的RPMI-1640培养基(含100U·mL-1青霉素和0.1mg·mL-1链霉素),于37℃,5%CO2恒温培养箱中培养。
将培养的细胞消化收集后如实施例3所述提取RNA并通过RT-qPCR检测正常细胞及癌细胞中PRRT1和TMOD2的表达。结果如图3所示,其显示PRRT1和TMOD2在人小细胞肺癌细胞NCI-H446中的表达低于在人正常肺上皮细胞Beas-2b中的表达。
构建PRRT1和TMOD2的cDNA序列(分别为SEQ ID No.1和SEQ ID No.2),连接于稳定表达质粒,进行病毒包装并转染小细胞肺癌细胞以得到过表达PRRT1和TMOD2的小细胞肺癌细胞(过表达结果如图3所示),然后进行Transwell细胞迁移及侵袭实验验证,结果如图4所示,其显示在过表达PRRT1和TMOD2后,人小细胞肺癌细胞NCI-H446的迁移能力和侵袭能力有所下降,其中PRRT1和TMOD2同时过表达时的下降更为显著。
实施例5:PRRT1和TMOD2的过表达激活人小细胞肺癌细胞NCI-H446中Notch信号途径的活化
在实施例3中,我们已经证明PRRT1和TMOD2的过表达抑制小细胞肺癌发展。为了进一步了解其生物学机制,我们对PRRT1和/或TMOD2过表达的小细胞肺癌细胞进行了RNA测序分析,结果发现NOTCH受体及其靶基因的表达显著上调(图5A-B)。蛋白质印迹测定证实了PRRT1和/或TMOD2过表达后NCI-H446细胞中NOTCH受体的上调,并且当ZNF469和CHST14同时过表达时,NOTCH受体的上调更为显著(图5C)。这些结果表明,ZNF469和CHST14可能通过激活小细胞肺癌细胞中NOTCH信号途径从而抑制小细胞肺癌的发生和进展。
实施例6:PRRT1和TMOD2的小细胞肺癌诊断价值
利用实施例2测定的PRRT1和TMOD2在小细胞肺癌组织样本和癌旁正常组织样本中的mRNA水平通过受试者工作曲线(ROC)对PRRT1和TMOD2的独立诊断及联合诊断实验结果进行分析。结果如图6所示,其显示PRRT1(灵敏度47.17%,特异性68.57%)和TMOD2(灵敏度54.72%,特异性71.43%)mRNA表达对小细胞肺癌具有比较一般的诊断效果,但联合诊断效果良好,ROC曲线下面积AUC(area under the ROC curve)=0.7697,灵敏度可达62.26%,特异性可达75%。从此结果可知,单独的PRRT1和TMOD2具有一定的诊断效用,但诊断特异性和灵敏度仍不足,而两者联合使用时可以实现良好的灵敏度和特异性。因此,PRRT1和TMOD2可以用于单独和联合诊断小细胞肺癌。
实施例7:PRRT1和TMOD2与小细胞肺癌临床预后的关系
利用实施例2测定的PRRT1和TMOD2在小细胞肺癌组织样本和癌旁正常组织样本中的mRNA水平,统计分析PRRT1和TMOD2与小细胞肺癌患者的整体生存率的关系。结果如图7所示,可以看出,PRRT1高表达(PRRT1High+TMOD2Low)或TMOD2高表达(PRRT1Low+TMOD2High)的小细胞肺癌患者组的五年总体生存率高于PRRT1和TMOD2低表达(PRRT1Low+TMOD2Low)的小细胞肺癌患者组,并且PRRT1高表达且同时TMOD2高表达(PRRT1High +TMOD2High)的小细胞肺癌患者组的五年总体生存率最高。这说明:PRRT1和/或TMOD2低表达与小细胞肺癌患者的不良预后有关。
需要说明的是,本发明的说明书及其附图中给出了本发明的较佳的实施例,但是,本发明可以通过许多不同的形式来实现,并不限于本说明书所描述的实施例,这些实施例不作为对本发明内容的额外限制,提供这些实施例的目的是使对本发明的公开内容的理解更加透彻全面。并且,上述各技术特征继续相互组合,形成未在上面列举的各种实施例,均视为本发明说明书记载的范围;进一步地,对本领域普通技术人员来说,可以根据上述说明加以改进或变换,而所有这些改进和变换都应属于本发明所附权利要求的保护范围。
Claims (10)
1.一种用于小细胞肺癌诊断的生物标志物,其特征在于,所述生物标志物是PRRT1和/或TMOD2。
2.一种用于小细胞肺癌预后判断的生物标志物,其特征在于,所述生物标志物是PRRT1和/或TMOD2。
3.一种用于小细胞肺癌诊断的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包含用于检测PRRT1和/或TMOD2表达的试剂。
4.一种用于小细胞肺癌预后判断的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包含用于检测PRRT1和/或TMOD2表达的试剂。
5.检测PRRT1和/或TMOD2表达的试剂在制备用于小细胞肺癌的诊断的工具中的用途。
6.检测PRRT1和/或TMOD2表达的试剂在制备用于小细胞肺癌的预后判断的工具中的用途。
7.根据权利要求5所述的用途,其特征在于,所述小细胞肺癌的诊断包括以下步骤:
(1)收集待测受试者的样本,和收集对照样本;
(2)检测并比较待测受试者样本和对照样本中PRRT1和/或TMOD2的表达水平;
如果待测受试者的样本中PRRT1的表达水平与对照样本中PRRT1的表达水平相比降低,和/或待测受试者的样本中TMOD2的表达水平与对照样本中TMOD2的表达水平相比降低,则诊断所述待测受试者患有小细胞肺癌或处于患有小细胞肺癌的风险中。
8.根据权利要求5所述的用途,其特征在于,所述对照样本来源于健康人群或待测受试者的健康组织,
所述待测受试者的样本为血清、血浆、全血、分泌物、棉拭子、脓液、体液、组织、器官、石蜡切片、肿瘤组织、活检样本、循环肿瘤细胞、循环肿瘤DNA或尿液脱落细胞中的一种或几种。
9.根据权利要求6所述的用途,其特征在于,所述小细胞肺癌的预后判断包括以下步骤:
(1)收集预后小细胞肺癌患者的样本为待测组,并以预前小细胞肺癌患者的样本为对照组;
(2)检测并比较待测组和对照组的样本中PRRT1和/或TMOD2的表达水平;
如果待测组样本中PRRT1的表达水平与对照组样本中PRRT1的表达水平相比升高,和/或待测组样本中TMOD2的表达水平与对照组样本中TMOD2的表达水平相比升高,则判断待测组的预后良好。
10.根据权利要求9所述的用途,其特征在于,所述预后和预前小细胞肺癌患者的样本为血清、血浆、全血、分泌物、棉拭子、脓液、体液、组织、器官、石蜡切片、肿瘤组织、活检样本、循环肿瘤细胞、循环肿瘤DNA或尿液脱落细胞中的一种或几种。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202410089754.2A CN117604111B (zh) | 2024-01-23 | 2024-01-23 | 用于小细胞肺癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202410089754.2A CN117604111B (zh) | 2024-01-23 | 2024-01-23 | 用于小细胞肺癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN117604111A true CN117604111A (zh) | 2024-02-27 |
CN117604111B CN117604111B (zh) | 2024-04-12 |
Family
ID=89952014
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202410089754.2A Active CN117604111B (zh) | 2024-01-23 | 2024-01-23 | 用于小细胞肺癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN117604111B (zh) |
Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101273144A (zh) * | 2005-07-27 | 2008-09-24 | 肿瘤疗法科学股份有限公司 | 诊断食道癌的方法 |
CN101283106A (zh) * | 2005-07-27 | 2008-10-08 | 肿瘤疗法科学股份有限公司 | 小细胞肺癌的诊断方法 |
US20130196876A1 (en) * | 2010-10-01 | 2013-08-01 | Universitatsklinikum Schleswig-Holstein | Differential diagnosis of pancreatic adenomas |
US20160109453A1 (en) * | 2013-05-24 | 2016-04-21 | Ait Austrian Institute Of Technology Gmbh | Lung Cancer Diagnostic Method and Means |
US20220244263A1 (en) * | 2019-05-28 | 2022-08-04 | The Regents Of The University Of California | Methods for treating small cell neuroendocrine and related cancers |
CN117286251A (zh) * | 2023-09-13 | 2023-12-26 | 中国科学院合肥物质科学研究院 | 生物标志物nedd4在小细胞肺癌中的应用 |
-
2024
- 2024-01-23 CN CN202410089754.2A patent/CN117604111B/zh active Active
Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101273144A (zh) * | 2005-07-27 | 2008-09-24 | 肿瘤疗法科学股份有限公司 | 诊断食道癌的方法 |
CN101283106A (zh) * | 2005-07-27 | 2008-10-08 | 肿瘤疗法科学股份有限公司 | 小细胞肺癌的诊断方法 |
US20130196876A1 (en) * | 2010-10-01 | 2013-08-01 | Universitatsklinikum Schleswig-Holstein | Differential diagnosis of pancreatic adenomas |
US20160109453A1 (en) * | 2013-05-24 | 2016-04-21 | Ait Austrian Institute Of Technology Gmbh | Lung Cancer Diagnostic Method and Means |
US20220244263A1 (en) * | 2019-05-28 | 2022-08-04 | The Regents Of The University Of California | Methods for treating small cell neuroendocrine and related cancers |
CN117286251A (zh) * | 2023-09-13 | 2023-12-26 | 中国科学院合肥物质科学研究院 | 生物标志物nedd4在小细胞肺癌中的应用 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
李晶晶等: ""不同病理类型肺癌 HRCT征象与三种血清肿瘤标志物的相关性"", 《放射学实践》, vol. 31, no. 7, 31 July 2016 (2016-07-31), pages 630 - 633 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN117604111B (zh) | 2024-04-12 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6630766B2 (ja) | 膵臓癌診断用組成物およびこれを用いた膵臓癌診断方法 | |
Brisuda et al. | Urinary cell-free DNA quantification as non-invasive biomarker in patients with bladder cancer | |
US10233502B2 (en) | Compositions for and methods of detecting, diagnosing, and prognosing thymic cancer | |
CN110541030B (zh) | 膀胱癌检测试剂盒及其应用 | |
CN114410785A (zh) | hsa_circ_0003045作为乳腺癌诊断和/或预后标志物的应用 | |
EP3473729A1 (en) | Mmp1 gene transcript for use as marker for diagnosis of ovarian cancer prognosis, and test method | |
CN117604111B (zh) | 用于小细胞肺癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用 | |
AU2018244758B2 (en) | Method and kit for diagnosing early stage pancreatic cancer | |
CN117604106B (zh) | 用于非小细胞肺癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用 | |
CN117604109B (zh) | 用于膀胱癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用 | |
CN117604112B (zh) | 用于胰腺癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用 | |
CN117625792B (zh) | 用于胃癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用 | |
CN117625791B (zh) | 用于结直肠癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用 | |
CN117625790B (zh) | 用于前列腺癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用 | |
Osei et al. | A review of current clinical biomarkers for prostate cancer: towards personalised and targeted therapy | |
CN117604110B (zh) | 用于乳腺癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用 | |
WO2022260166A1 (ja) | 癌診断用キット及びその使用 | |
WO2019095541A1 (zh) | 一种诊断预示乳腺癌骨转移的组合物及诊断预示方法 | |
CN117604107B (zh) | Foxo6和snx4联合用于诊断乳腺癌的用途 | |
KR102560020B1 (ko) | 암의 진단용 조성물 | |
CN117425827A (zh) | 用于诊断癌症的试剂盒及其用途 | |
CN116732179A (zh) | 一种非小细胞肺癌相关的lncRNA分子标记及其应用 | |
WO2016060382A1 (ko) | 췌장암 진단용 조성물 및 이를 이용한 췌장암 진단방법 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |