CN115161178A - 用于样品收集、稳定化和保存的系统、方法和装置 - Google Patents
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Abstract
本文公开了包括用于使用者友好的样品收集的样品采集组件(SAC)、用于任选地分离血浆的分离组件以及用于稳定分析物的一个或多个稳定化组件的系统和方法。在特定的实施方式中,该系统和方法涉及样品收集和稳定化,以及任选的样品分离。其他实施方式可以进行收集、分离、稳定化或检测的任意组合。
Description
本申请是申请日为2016年09月09日、申请号为201680065140.4、发明名称为“用于样品收集、稳定化和保存的系统、方法和装置”的中国专利申请(其对应PCT申请的申请日为2016年09月09日、申请号为PCT/US2016/051157)的分案申请。
交叉引用
本申请要求于2015年9月9日提交的美国临时专利申请号62/216,312的优先权;并要求于2015年11月25日提交的美国临时专利申请号62/260,172的优先权;并要求于2016年7月26日提交的美国临时专利申请号62/367,056的优先权;并要求于2016年7月29日提交的美国临时专利申请号62/368,817的优先权;这些专利申请的全部公开内容通过引用并入本文。
背景技术
医疗诊断测试可以挽救生命;但不幸的是,他们并非对每个人都是简单可用的。医疗保健成本的增长和治疗的可用性可能使世界各地的个体难以接受适当的治疗。完成简单的血液项目可能需要多次就诊,首先进行血液收集,然后进行后续咨询或附加测试。医疗保健的有形成本的增长可能是额外的阻碍;许多患者无法承担多次就诊的时间和费用,因此可能推迟测试直到他们出现需要医治的症状。新的治疗模式可以通过减少时间、成本和可用性负担来满足患者的需求。改善患者对诊断的可及性可以提高在症状出现之前进行测试的可能性,进而可以使患者比之前可能的更早地接受治疗。早期检测可以利于早期治疗,进而可以确保患者的更好预后以及治疗成本的总体降低。
本文提供了改进的解决方案,使得患者能够在没有执业医师帮助或不访问医疗设施的情况下收集、制备、储存、检测以及分析其自身的血液样品。
发明内容
本发明大体涉及医疗系统、装置和方法,并且更具体地涉及用于对血液样品进行使用者调节的收集、分离和稳定化的系统和方法。具体而言,本文公开的系统、装置和方法提供了一种集成装置,其包括并入集成装置内的样品采集组件、样品分离组件和血液稳定化组件,该集成装置被配置用于在致动时从受试者收集血液,并稳定血液以便在装置内部或外部进一步加工。
这些实施方式和其他实施方式在与附图相关的以下描述中进一步详细描述。
在一个方面,公开了一种方法。所述方法涉及将具有标签的样品采集和稳定化系统部署至受试者,其中所述系统包括血液收集单元,其被配置用于从所述受试者收集血液样品;任选的分离模块,其用于分离来自所收集的血液样品的一种或多种组分;以及稳定化基质,其被配置用于稳定来自所收集的血液样品的所述一种或多种组分,其中所述标签包含与测定(assay)相关联的标记。所述方法还涉及收集所部署的经标记的样品采集和稳定化系统,基于所述标签对所述一种或多种稳定的组分进行一种或多种测定,以及提供关于进行的所述一种或多种测定的报告。所述方法还可以涉及在前述方法步骤中的一个步骤之前将所述稳定化基质从所述系统分隔开。所述标签可以处于所述稳定化基质上。任选地,当存在所述分离模块时,所述标签可以处于所述任选的分离模块上。所述稳定化基质可被配置用于进行多种测定。所述方法还可以涉及根据存在于部署的样品采集和稳定化系统中的所述标签来鉴别所述血液样品内的稳定的生物组分以及从该鉴别来确定要进行的稳定组分特异性测定。所述样品采集和稳定化系统可以标记有RFID发射器、颜色标记、条形码或者与所述样品标签不同的第二标记。
在另一方面,公开了一种用于对来自受试者的生物样品的一种或多种生物组分进行分析的方法。所述方法涉及获得采样装置,所述采样装置包括样品采集组件和稳定化基质,所述稳定化基质包含被配置用于选择性地稳定选自RNA、DNA和蛋白质的至少一种生物组分的一种或多种稳定化试剂。所述方法还涉及在远离上述方法步骤中的一个步骤的位置处在所述采样装置之中或之上对所述至少一种稳定的生物组分进行一种或多种测定。所述一种或多种稳定化试剂可被安设在固体基质上或者与该固体基质集成并且处于基本干燥的状态。所述固体基质可被配置用于将RNA在37摄氏度下大致稳定至少11天。在所述装置之中或之上进行的所述测定包括以下的一种或多种:PCR、DNA测序、RNA表达分析和RT-PCR。
在另一方面,公开了一种用于对来自受试者的生物样品的一种或多种生物组分进行分析的方法。所述方法涉及获得采样装置,所述采样装置包括样品采集组件和稳定化基质,所述稳定化基质包含被配置用于选择性地稳定选自RNA、DNA和蛋白质的一种或多种生物组分的一种或多种稳定化试剂。所述方法还涉及从所述采样装置移取具有所述一种或多种生物组分的所述稳定化基质;以及对所述稳定化基质进行一种或多种测定。可以在远离执行上述步骤中的一个步骤的位置处从所述采样装置移取所述稳定化基质。
在另一方面,公开了一种方法,所述方法涉及在环境条件下接收基本干燥的固体基质,所述固体基质包含选择性地稳定选自DNA、RNA和蛋白质的一种或多种生物组分的一种或多种稳定化试剂,以及直接在所述干燥固体基质外进行一种或多种测定以分析所述一种或多种选择性稳定的生物组分。所述稳定化试剂可以包括固体基底,所述固体基底包含处于含水量低于2%的基本干燥状态的松三糖(melezitose)。所述稳定化试剂可被耦合至样品采集组件,所述样品采集组件包括用于从所述生物样品提取核酸并储存该核酸的固体基质,其中所述固体基质具有至少为4的RNA完整性指数(RNA Integrity Number,RIN)。
在另一方面,公开了一种用于对生物样品进行即时医疗式(point-of-care)或自行实施式的收集和稳定化的装置,并在本文中示出了实施方式。所述装置包括样品采集组件,所述样品采集组件包括主体和柱塞,其中所述主体包括近端、远端、在所述近端与远端之间延伸的外主体表面、包括至少一个孔洞并附接至所述远端的基座以及限定在所述主体表面内的内腔,其中所述柱塞被安设在所述内腔内,其中所述柱塞包括近端、远端以及连接至任一端的至少一个针,其中所述至少一个针被配置用于当所述柱塞被致动时穿过所述基座中的所述至少一个孔洞。所述装置包括样品稳定化组件,所述样品稳定化组件包括被配置成使得生物样品的组分随着所述生物样品从收集点迁移通过所述基质而得以提取和稳定的试剂和基底;其中所述样品稳定化组件被安设在所述主体的内腔内,使得所述柱塞的致动驱动所述生物样品通过所述基质以进一步促进所述生物样品的分离。
在另一方面,公开了一种用于收集和稳定样品的套件。所述套件包括样品采集组件,所述样品采集组件具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件,以及样品稳定化组件,其中所述样品稳定化组件包括包含处于基本干燥状态的松三糖的固体基底。所述固体基底可以包含裂解试剂和生物分子稳定化试剂中的一种或多种。任选地,所述松三糖可以以在10%至30%范围内的浓度存在。所述固体基底可被配置用于保存酶活性。所述套件还可以包括血浆分离组件。
在另一方面,公开了一种用于收集和稳定生物样品的套件。所述套件包括样品采集组件,所述样品采集组件具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件,以及样品稳定化组件,所述样品稳定化组件包括用于选择性地稳定以下生物组分中的一种或多种的固体基质:RNA、DNA和蛋白质。所述固体基质可以选择性地稳定RNA,并且从所述固体基质获得的RNA可以具有大于4的RIN指数。所述套件还可以包括血浆分离组件。从所述固体基质获得的RNA可以具有至少为5或至少为6或至少为7的RIN或者具有大于7的RIN。所述固体基质还可以包含在所述固体基质中处于干燥状态的至少一种蛋白质变性剂。所述固体基质还可以包含在所述固体基质中处于干燥状态的至少一种还原剂。所述固体基质还可以包含在所述固体基质中处于干燥状态的至少一种UV保护剂。所述固体基质还可以包含以干燥状态存在于所述固体基质中的至少一种缓冲液。所述缓冲液可以是产生在3至6范围内的pH的酸滴定缓冲试剂。所述固体基质可以由纤维素、醋酸纤维素、玻璃纤维或其组合构成。所述固体基质可以是多孔基质。所述固体基质可以是不可溶解的干燥固体材料。所述固体基质可被配置用于在水合时提供酸性pH。所述固体基质可被配置用于从样品提取核酸以及将所述核酸以基本干燥的状态保存在环境温度下。所述样品采集组件可以连接至所述样品稳定化组件。
在另一方面,公开了一种用于收集和稳定样品的系统。所述系统包括样品采集组件,所述样品采集组件具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件,以及样品稳定化组件,其被耦合至所述样品采集组件,其中所述样品稳定化组件包括包含处于含水量低于2%的基本干燥状态的松三糖的固体基底。所述固体基底可以包含裂解试剂、一种或多种生物分子稳定化试剂或其组合。松三糖的浓度可以以10%至30%的范围存在。所述固体基底可被配置用于保存酶活性。
在另一方面,公开了一种用于收集和稳定生物样品的系统。所述系统包括样品采集组件,所述样品采集组件具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件,以及样品稳定化组件,其被耦合至所述样品采集组件,所述样品采集组件包括用于从所述生物样品提取核酸并储存该核酸的固体基质,其中从所述固体基质获得的RNA具有至少为4的RIN。从所述固体基质获得的RNA可以具有至少为5或至少为6或至少为7或者可以大于7的RIN。所述固体基质还可以包含以干燥状态存在于所述固体基质中的至少一种蛋白质变性剂。所述固体基质还可以包含在所述固体基质中处于干燥状态的至少一种还原剂。所述固体基质还可以包含在所述固体基质中处于干燥状态的至少一种UV保护剂。所述固体基质还可以包含安设在所述固体基质上或浸渍于所述固体基质内的至少一种缓冲液,其中所述固体基质是基本干燥的且含水量低于2%。所述缓冲液可以是产生在3至6范围内的pH的酸滴定缓冲试剂。所述固体基质可以由纤维素、醋酸纤维素、玻璃纤维或其组合构成。所述固体基质还可以是多孔基质。所述固体基质可以是不可溶解的干燥固体材料。所述固体基质可被配置用于在水合时提供酸性pH。所述固体基质可被配置用于从样品提取核酸以及将所述核酸以基本干燥的状态保存在环境温度下。所述样品采集组件可以连接至所述样品稳定化组件。
在另一方面,公开了一种用于收集和稳定生物样品的系统。所述系统包括样品采集组件,所述样品采集组件具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件,以及样品分离组件,其被耦合至所述样品采集组件,其中所述样品采集组件包括两个或更多个部分重叠的膜,所述膜被配置成使得所述生物样品的一种组分被收集在第一膜上并且所述样品的其余部分被收集在第二膜上。
在另一方面,公开了一种方法,所述方法涉及将经标记的样品采集和稳定化系统部署至受试者,其中所述系统包括血液收集单元,其被配置用于从所述受试者收集血液样品,任选的分离模块,其用于分离来自所收集的血液样品的一种或多种组分,以及稳定化基质,其被配置用于稳定来自所收集的血液样品的一种或多种组分,其中所述经标记的样品采集和稳定化系统包含与测定相关联的标记。所述方法还包括收集部署的经标记的样品采集和稳定化系统,基于所述标签对所述一种或多种稳定的组分进行一种或多种测定,以及提供关于进行的所述一种或多种测定的报告。所述方法还可以涉及在上述方法步骤中的一个步骤之前将所述稳定化基质从所述系统分隔开。任选地,所述标签可以处于所述稳定化基质上。任选地,当存在所述分离模块时,所述标签可以处于所述任选的分离模块上。所述稳定化基质可被配置用于进行多种测定。所述方法还可以涉及根据存在于部署的样品采集和稳定化系统中的所述标签来鉴别所述血液样品内的稳定的生物组分以及从该鉴别来确定要进行的稳定组分特异性测定。所述样品稳定化系统可以标记有RFID发射器、颜色标记、条形码或者与所述样品标签不同的第二标记。
在另一方面,公开了一种用于对来自受试者的生物样品的一种或多种生物组分进行分析的方法。所述方法涉及获得采样装置,所述采样装置包括样品采集组件和稳定化基质,所述稳定化基质包含被配置用于选择性地稳定选自RNA、DNA和蛋白质的至少一种生物组分的一种或多种稳定化试剂。所述方法还涉及在远离执行第一方法步骤的位置处在所述采样装置之中或之上对所稳定的生物组分进行一种或多种测定。所述一种或多种稳定化试剂可被安设在固体基质上或者与该固体基质集成并且可以处于基本干燥的状态。所述固体基质可被配置用于将RNA在37摄氏度下大致稳定至少11天。可以在所述装置之中或之上进行所述测定,并且所述测定可以包括以下的一种或多种:PCR、DNA测序、RNA表达分析和RT-PCR。
在另一方面,公开了一种用于对来自受试者的生物样品的一种或多种生物组分进行分析的方法。所述方法涉及获得采样装置,所述采样装置包括样品采集组件和稳定化基质,所述稳定化基质包含被配置用于选择性地稳定选自RNA、DNA、蛋白质及其组合的一种或多种生物组分的一种或多种稳定化试剂。所述方法还涉及从所述采样装置移取具有所述一种或多种生物组分的所述稳定化基质,以及在所述稳定化基质上或直接在所述稳定化基质外进行一种或多种测定。可以在远离上述方法步骤中的一个步骤的位置处从所述采样装置移取所述稳定化基质。
在另一方面,公开了一种方法,所述方法涉及在环境条件下接收基本干燥的固体基质,所述固体基质包含选择性地稳定选自DNA、RNA和蛋白质的一种或多种生物组分的一种或多种稳定化试剂,以及直接在所述干燥固体基质外进行一种或多种测定以分析所述选择性稳定的生物组分。所述稳定化试剂可以包括固体基底,所述固体基底包含处于含水量低于2%的基本干燥状态的松三糖。所述稳定化试剂可被耦合至所述样品采集组件,所述样品采集组件包括用于从所述生物样品提取核酸并储存该核酸的固体基质,其中从所述固体基质获得的RNA具有至少为4的RIN。
在另一方面,公开了一种用于对样品进行即时医疗式或自行实施式的收集和稳定化的装置,并在本文中示出了实施方式。所述装置包括样品采集组件,所述样品采集组件包括主体和柱塞,其中所述主体包括近端、远端、在所述近端与远端之间延伸的外主体表面、包括至少一个孔洞并附接至所述远端的基座以及限定在所述主体内的内腔,其中所述柱塞被安设在所述内腔内,其中所述柱塞包括近端、远端以及连接至任一端的至少一个针,其中所述至少一个针被配置用于当所述柱塞被致动时穿过所述基座中的所述至少一个孔洞。所述装置包括样品稳定化组件,所述样品稳定化组件包括被配置成使得生物样品的组分随着所述生物样品从收集点迁移通过所述基质而得以提取和稳定的试剂和基底,其中所述样品稳定化组件被安设在所述主体的内腔内,使得所述柱塞的致动驱动所述生物样品通过所述基质以进一步促进所述生物样品的分离。
在另一方面,公开了一种用于收集和稳定样品的套件。所述套件包括样品采集组件,所述样品采集组件具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件,以及样品稳定化组件,其中所述样品稳定化组件包括包含处于基本干燥状态的松三糖的固体基底。所述固体基底还可以包含裂解试剂和生物分子稳定化试剂中的一种或多种。所述松三糖可以以在10%至30%范围内的浓度存在。所述固体基底可被配置用于保存酶活性。所述套件还可以包括血浆分离组件。
援引并入
本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入于此,如同具体地和单个地指出通过引用而并入每一单个出版物、专利或专利申请。
附图说明
本发明的特征在随附权利要求书中阐明。通过参考对利用到本发明原理的说明性实施方式加以阐述的以下详细描述和附图,将会对本发明的特征和优点获得更好的理解;在附图中:
图1A-图1C图示了不同的样品采集组件和穿刺元件。
图2图示了样品采集组件的实施方式。
图3是描绘使用止血带提取血液样品的方法的流程图。
图4A-图4B图示了分离组件的实施方式。
图5图示了样品分离组件的另一个实施方式。
图6图示了具有稳定化基质的样品稳定化组件。
图7是可以在样品上进行的测试的非限制列表。
具体实施方式
简介
有助于提高生物样品测试和诊断测试的可用性的第一步可以涉及到开发能够快速收集样品、稳定和保存生物组分如DNA、RNA和/或蛋白质的系统和方法。这些生物组分一旦稳定就可以转移到可对生物组分进行一种或多种生物测定的实验室。更简单的样品收集可能对诊断临床病况格外有益。益处还在于让受试者在没有医师的帮助或不访问医疗设施的情况下收集、制备以及任选地分析其自身的血液样品或者让未经训练的个体收集并稳定来自受试者的生物样品。该领域的技术进展可以利用至少三个部分;首先,提供用于收集生物样品如血液的简单工具的新进展;第二,用于提供简单的使用者友好机构以分离、稳定和/或储存所收集的样品或样品组分的新系统、装置和方法;以及用于分析通过这些新方法提供的样品的新兼容方法。
新技术可以是使用者友好的且足够有效的,使得经训练和未经训练的终端使用者都可以对样品进行采集、收集、任选的分离和稳定化。这里公开了通过解决前述问题中的一些来克服当前限制的装置、系统和方法。
本文公开的装置、系统和方法可以提供更简单的样品收集系统,该样品收集系统具有使用者友好的样品收集、任选的样品分离、稳定化和储存。此外,装置、系统和方法可以为实验室提供用于更容易地接收、制备和分析样品的方法和工具。本文提供了一套兼容的方法、工具和系统,其可以使得样品能够被容易地收集、储存、预处理和制备以供分析,从而对于使用者、患者或样品提供者而言,可以用较少的努力来完成样品检测。本文公开的装置、系统和方法可以通过对收集、任选地分离和稳定生物样品的过程进行简化来减轻诊断测试的负担。
对血液样品收集的过程进行简化可以涉及分离样品组分的装置、系统和方法。在一些实施方式中,用于收集静脉血的方法可以依靠一名或多名专职的医疗专业人员来监督血液收集过程的每个步骤;从收集样品到收集后程序,该收集后程序可以包括分离步骤(包括离心)、随后标记并冷藏以稳定样品,直到它们被转移到实验室以供测试。在备选的实施方式中,本文公开的系统和方法可被配置成使得终端使用者可以自行实施血液样品收集并向检测设施提供稳定的样品以供分析。
本文提出的系统、装置和方法可以包括多个组件,包括(i)用于简单收集一种或多种生物样品(例如,血液、尿液或环境样品如水或土壤)的样品采集组件(SAC),(ii)用于稳定来自该一种或多种生物样品的生物分析物(例如,DNA、RNA或蛋白质)的一种或多种稳定化组件,以及(iii)任选地,用于分离一种或多种样品组分(例如,血浆或细胞)的分离组件。本文公开的系统或方法的其他组件可以包括用于加工样品和分析使用者提供的样品的一个或多个套件、装置、方法和系统。
装置、系统、方法和套件可以包括用于采集样品的样品采集组件(SAC),以及用于转移、收集和稳定样品的样品稳定化组件(SSC)。在一些情况下,可进一步装备样品稳定化组件以在将样品转移到固体基底以供稳定化之前分离样品的一种或多种组分。SAC可以易于使用,从而使得未经训练的专业人员能够在多个地点(从诊所到患者的家或办公室)收集样品。SAC甚至可以使得供体能够在家收集自己的样品,而无需访问可由经训练或未经训练的专业人员进行样品收集的医疗诊所或专用收集点。
非限制性实施方式可以包括用于样品采集、样品分离和样品稳定化的组件的集成和非集成组合。实施方式可以包括具有用于稳定样品组分的不同内部组件的单个集成装置。附加的集成装置可以包括单个单元或者两个或更多个单元,用于在选择性地稳定样品组分之前分离样品的组分。其他实施方式可以提供在系统或套件内的非集成组件;组件可以包括用于采集样品的样品采集组件和用于稳定并任选地分离样品的单独的样品收集组件。样品稳定化组件可以包括用于选择性地稳定和储存样品组分的固体稳定化基质,并且其还可以具有用于在稳定化之前分离样品的组件。在其他附加的非集成系统或套件中,样品稳定化组件可以与样品分离单元分离。其他实施方式可以提供用于在样品已被采集、分离并且样品的组分已被选择性稳定之后接收、制备和/或处理所稳定的样品的方法、装置、系统和套件。
术语“生物样品”和“生物学样品”在本文的整个说明书中可以互换使用。生物样品可以是血液或任何排泄液。生物样品的非限制性实例可以包括唾液、血液、血清、脑脊液、精液、粪便、血浆、尿液、细胞悬浮液,或细胞和病毒的悬浮液。在非限制性实例中,生物样品可以包括植物或真菌样品。本系统和方法可以应用于来自包括人在内的任何生物体的任何生物样品。从生物体获得的生物样品可以是血液、血清、血浆、滑液、尿液、组织液或淋巴液。生物样品可以含有全细胞、裂解的细胞、血浆、红细胞、皮肤细胞、非核酸(例如蛋白质)、包括循环肿瘤DNA(ctDNA)和无细胞DNA(cfDNA)在内的核酸(例如DNA/RNA)。若干实施方式可以公开用于收集血液样品的方法、装置和系统;然而,本文公开的系统和方法并不旨在限于从生物体获得生物样品。例如,所公开的实施方式可以用于从环境获得的样品上。环境样品的非限制性实例包括水样品、土壤样品和空气样品。在一些情况下,在本文提供的方法、组合物、套件、装置或系统中使用的样品不是生物样品。
出于描述本文公开的装置、方法、系统和套件的目的,使用该装置、方法、系统或套件来收集样品的任何个体均可被称为“终端使用者”。衍生出样品的个体、生物体或环境可被称为“供体”。一旦收集到样品,则可以将其部署至另一设施以供测试。在该设施处,样品可以经历基于所使用的装置、系统、方法或套件而选择的处理步骤。
样品采集组件(SAC)
本文所述的装置、系统、方法和套件可以包括一个或多个样品采集组件(SAC)。由本文提供的系统采集的样品可以是例如来自生物体的生物样品,例如,血液、血清、尿液、唾液、组织、毛发、皮肤细胞、精液,或是从环境采集的样品,例如,水样品、来自油井的油或来自食物例如牛奶的油。样品可以是液体、固体或者一种或多种液体与一种或多种固体的组合。
样品体积可以由单元的组件(包括但不限于装置收集室)、收集系统的材料性质、由使用者预先确定的样品设置、在装置制造期间确定的规格或其任意组合来固定。
SAC可以包括用于静脉抽血或毛细血管抽血的一个或多个装置。为了完成静脉抽血或毛细血管抽血,SAC可以包括一个或多个穿刺元件。一个或多个穿刺元件可以是中空的或实心的,并且一个或多个穿刺元件可被配置用于无痛且有效的样品转移;适应可以涉及使用具有特定组成、表面微结构、机械性质、结构形状或其组合的材料。一个或多个穿刺元件可以包括一个或多个针、微针或刺血针(包括压力激活的针或刺血针)。SAC可被任选地设计用于使对使用者造成的身体疼痛或不适最小化。SAC可以包括图1A中所示的微针技术,该技术可以允许对皮肤进行浅穿透以产生血流。本文考虑的样品(例如血液收集)的实例包括在US 9033898中描述的那些。SAC可以单次使用。在一些情况下,SAC可重复使用。
SAC可以收集例如<1mL的体积。例如,SAC可被配置用于收集例如少于1mL、500μl、400μl、300μl、200μl、100μl、90μl、80μl、70μl、60μl、50μl、40μl、30μl、20μl或10μl的血液体积。
SAC可被设计用于收集约1mL至约10mL或约1mL至约100mL的样品体积。SAC的实例包括尿杯、手指刺针(finger stick)或装置,诸如在例如美国公开号20130211289和美国公开号20150211967中描述的装置。
SAC可以是被设计用于收集、稳定和储存样品的集成装置的组件。SAC可以是作为套件或系统的一部分的单独组件。SAC可以包括用于收集样品的小瓶。
套件可以包括以下的一个或多个(例如,当SAC是非集成的但却是套件的一部分时):(i)一个或多个样品分离单元,(ii)一个或多个样品稳定化单元,(iii)一个或多个生物样品分离和/或稳定化组件。用于血液样品的套件可以包括毛细管或转移管,用于从刺入或切开的手指收集血滴并随后将血液分配到装置或分离单元上以稳定样品组分或分离该稳定的样品组分。
样品采集组件的一些实施方式在图1B、图1C和图2中示出。如图1B中所示,可以通过机械手段激活SAC。可以由供体或终端使用者执行手动激活。图1C图示了可以采用电手段激活的SAC。如图所示,SAC可以使用振动来诱导血流。
SAC可以使用柱塞来产生真空,该真空驱使样品进入装置中的一个或多个室中。如图2中所示,样品采集组件(SAC)可以具有近端、远端、外表面以及由主体215限定的内腔。附接至主体远端的基座可以包括外表面、内表面并且包括一个或多个孔洞240。另外,该装置可以具有包括近端和远端的柱塞220,并且该柱塞被配置成由使用者致动。一个或多个穿刺元件250可以固定至柱塞的表面,并且当使用者将SAC从装置主体的近端致动到远端时,一个或多个穿刺元件可以刺穿皮肤。收回穿刺元件时可以产生真空。血液可以通过一个或多个孔洞240汇集,并且该一个或多个孔洞可被配置用于将样品抽取至内腔中。样品可以例如通过自发的毛细管驱动的流动而移动至内腔中和装置内。自发的毛细管驱动的流动还可以用于为储库从表面(如人的皮肤)上的汇集处或液滴提取流体或者从另一个开放的微流体通道提取流体。自发的毛细管驱动的流动可以用于从刺血部位收集样品;其也可以用于使用复杂的开放微流体通道操纵来自装置内的储库或在样品收集与制备步骤之间的流体。在备选的实施方式中,自发的毛细管驱动的流动可以与使样品移动通过装置的其他手段组合。孔洞可以任选地适合于将样品从穿透的皮肤抽取至装置中或者任选地含有适合于将样品从穿透的皮肤抽取至装置中的材料或结构。例如,在一个实施方式中,一个或多个穿刺元件可以部分地缩回到一个或多个孔洞中,其中一个或多个穿刺元件本身的特性将样品抽取通过孔洞并进入样品室中,如果该一个或多个穿刺元件是中空的,则该抽取通过该一个或多个穿刺元件进行,如果该一个或多个穿刺元件是实心的,则该抽取在该一个或多个穿刺元件的侧面上进行。这些组件的实施方式可以在美国公开号20130211289中找到。
样品收集可以从汇集在皮肤表面处或上方的样品开始进行,该样品也可以任选地从皮肤下的一个或多个储库收集。例如,SAC可以产生刺血运动,该刺血运动切入表皮下的浅表血管丛中的小而众多的毛细血管中,例如在距离皮肤表面0.3-0.6mm的深度处。本公开内容提供了一种用于通过若干种不同的方法(包括振荡围绕伤口的环形圈以将伤口周围的血液泵送到伤口中以便通过针或毛细管,或振荡邻近伤口的桨状物或其他构件进行提取以实现所需的血液流动)在其他身体位置处机械地按摩刺血部位的系统。此外,将血滴从身体其他区域例如大腿的皮肤前往至测试装置上的小区域可能是困难的。本文所述的备选实施方式可以在针保留在伤口中并且该针被机械地操纵以促进体液样品在伤口中形成的情况下运作。
液体样品可以收集或汇集到收集室中,在收集室之后或替代收集室,可以任选地用具有优化的孔隙率和吸收率的一种或多种颗粒、材料、结构或过滤器吸收样品以将样品吸入装置中。用于将样品吸入本文的装置中的材料可以由任何吸收性或吸附性表面或具有改性表面的材料组成;任选的材料包括但不限于基于纸的介质、凝胶、珠、膜、基于聚合物的基质或其任何组合。例如,在一个实施方式中,SAC可以包括主体,该主体限定来自入口开口的流体流动路径,其中该流动路径包括多孔聚合物整料床,所述床被选择用于从通过入口开口和床所抽取或分配的基质吸收生物颗粒或分析物。该多孔聚合物整料可以吸收生物颗粒或分析物以用于后续的制备步骤。在多孔整料上收集样品的实例可以在美国公开号US20150211967中找到。
使用样品采集组件(SAC)的方法可以包括用SAC刺穿皮肤,然后手指挤压或推挤以提取血液样品。SAC可以与止血带或其他组件一起使用以促进样品采集。止血带、橡皮圈或弹性材料可以放置在受试者手的第一根、第二根或第三根手指周围。可以构建方法来提高样品质量。如图3中所示,步骤可以包括将止血带放置在供体手指的其中一根手指上以施加压力305并对该手指进行刺血以产生切口310。该方法还可以包括在仍然施加压力的同时在刺血之后任选地立即移除最开始的血液。可以通过将毛细管保持抵靠住由切口部位形成的血滴而从切口315收集血液。收集在毛细管中的血液可以分散到系统320的单独组件上,并且该组件的单独部分可被部署至不同的位置或设施325以供分析。在某些实施方式中,套件可以包括用于促进血液收集和效率的组件和说明书。方法还可以包括对手和手指进行准备以确保适当的血液流动(包括温度和位置)的步骤、将止血带应用于手指的方法、灭菌方法、刺血方法和实际血液收集方法。用于收集血液样品的方法在例如美国申请号14/450585中公开。
样品稳定化组件
使用样品采集组件例如本文所述的SAC采集的样品可以转移至样品稳定化组件(SSC)。SSC可以是样品在其上收集或向其转移以便稳定化和储存的任何装置或系统。该装置或系统可以包括用于收集和转移样品的通道和隔室,以及用于分离和稳定样品的一个或多个单元。
在非集成系统中,样品采集组件可以与样品稳定化组件物理地分离。在这些实施方式中,从样品采集组件到样品稳定化组件的转移可以通过各种手段来进行,该手段包括一个或多个:针、毛细管,或通过将样品从供体部位直接转移至样品稳定化组件。在样品采集组件是与样品稳定化组件分离的组件的情况下,可以使用自填充毛细管从样品采集组件进行收集,然后将样品转移至基底,从而实现将样品施加至基底。
样品稳定化组件可以与SAC集成。样品稳定化组件与SAC之间的集成可以通过共享的组装接口进行。样品可以通过通道(包括微通道)、自发毛细管流动、通过吸收材料进行的芯吸或允许以对终端使用者而言最小的努力使样品流动通过样品稳定化组件朝向或进入基底的其他手段而从样品采集组件移动。微通道可以由多种材料构成,该材料的性质包括具有表面微结构的适应形状和适于促进毛细管作用或样品转移通过装置的其他手段的材料性质。微通道可以包括在室之间转移样品的任何手段,包括被优化用于使用自发的毛细管流动来移动样品的开放微流体通道。微通道和包含微通道的装置的实例可以在包括美国公开号20140038306在内的许多并入的参考文献中找到。
样品稳定化组件可以包括具有多层的结构。其也可以具有用于接收转移至一个或多个层或者基底的接口。样品稳定化组件可被配置用于收集一个或多个样品、分离样品的组分、稳定一个或多个样品或其任意组合。例如,如由美国申请号US14/340693和US14/341074所提供的,SSC还可以包括层和毛细管通道的网络,该网络被配置用于在多个层之间以及向基底中转移样品。
SSC可以以各种方式耦合至基底。SSC可以以使得能够与用于将样品流体从集成装置转移至基底的层接触的方式耦合至基底。SSC可被配置成使得装置可以容易地从基底移除。系统还可以包括基底框架,该基底框架具有被配置用于在基底上接收样品的区域。基底可以以易于将基底从系统移除的方式附接至基底框架,并且基底框架可被设计成具有条形码以实现自动化或半自动化加工。系统还可以耦合至外部装置,其中该外部装置包括流体装置、分析仪器或两者。在一个或多个实施方式中,样品稳定化组件可以耦合至基底,其中SSC被配置用于将样品流体转移至基底。基底可以包括基底或样品分离组件。SSC可以直接附接至基底或附接至保持基底的基底框架。在一些实施方式中,SSC还可以耦合至基底框架和基底盖。基底框架和基底盖可以包括用来促进在感兴趣的区域处(例如在基底的中心处)向基底进行有效流体转移的特征。在一些实施方式中,SSC与样品储存基底一起包装,其中样品稳定化组件被预先附接至样品基底。在一些其他实施方式中,SSC和基底分开包装,其中使用者可以组装基底和SSC以供样品收集、转移、稳定化和储存。SSC还可以与样品采集组件(SAC)一起包装。
SSC可以是一次性的或可重复使用的。例如,SSC可以是单次使用的一次性装置,其被配置用于收集样品并将样品流体转移至基底并且促进将流体样品装载通过基底的期望区域。SSC可被配置成一次性使用,以减少或防止经由所收集的样品引起的污染或感染传播。SSC可被配置用于生物样品的可靠且可重复的收集、转移和储存。
在收集和转移生物样品之后,基底可被配置用于在生物样品组分被转移至稳定化基质以供储存之前对其进行分离。
样品分离
SSC可以包括样品分离单元,该样品分离单元包括用于分离样品组分的一个或多个基底、膜或过滤器。样品分离单元可以集成在样品稳定化组件内,或者其可以附接至样品稳定化组件或与样品稳定化组件分离。
样品分离可以在样品收集过程中的不同点进行。例如,在集成装置中,样品分离可以在SSC内进行,对于非集成装置,样品分离可以在向样品稳定化组件转移之前在SSC的外部进行。在其他情况下,样品可以移动通过SAC并进入样品分离单元,随后转移至SSC,该SSC可以将所分离的样品转移至一个或多个基底用于稳定和储存。
样品分离可以作为样品采集与向样品稳定化基质转移之间的中间步骤进行。在一些情况下,样品分离和稳定化可以在一个步骤中进行,而无需使用者干预。样品分离还可以与样品稳定化顺序进行或同时进行。
样品采集和稳定化可能需要使用者动作以在样品收集、任选的分离和稳定化过程中的一个或多个阶段之间进行。集成装置可能需要使用者动作以激活样品采集,并使样品在分离、稳定化和储存之间移动。或者,可能需要使用者动作以启动样品采集,以及样品收集、分离或稳定化过程中的一个或多个附加步骤。使用者动作可以包括任何数目的动作,包括按动按钮、敲击、晃动、内部部件破裂、转动或旋转装置的组件、迫使样品通过一个或多个室以及任何数目的其他机构。通过这些阶段的移动可以与样品收集串联进行,或者可以在样品收集之后进行。在加工阶段期间或之前的任何时间,可以将整个样品或样品的组分暴露于任何数目的技术或处理策略以对样品生物组分的细胞进行预处理;潜在的处理包括但不限于用试剂、去污剂、蒸发技术、机械应力或其任何组合进行的处理。
本文公开的装置、方法、系统和套件可以包括一个或多个样品分离单元。样品分离单元可以用于例如分离血浆与血液、分离细胞与水样品或分离细胞与无细胞组分。对于血液样品,可以使用一个或多个组件将血浆或特定细胞与血液样品的其他组分分离。或者,分离装置、方法和系统可以选择性地分离任何数目的样品组分,包括细胞、血浆、血小板、特定细胞类型、DNA、RNA、蛋白质、无机物质、药物或任何其他组分。
样品稳定化单元的非限制性实施方式也可以采用样品分离组件来分离其他非血浆组分。样品分离组件可以例如通过一个或多个通道(包括一个或多个微通道)、吸收材料的芯吸或允许样品流过装置的其他装置而连接到样品采集组件。用于分离样品的系统和方法是示例性的而非限制性的。
可以存在许多用于进行分离的方法,其中一些使用大小、可变形性、形状或其任何组合。可以通过一种或多种膜、室、过滤器、聚合物或其他材料进行分离。可以对装置的膜、基底、过滤器和其他组件进行化学处理以选择性地稳定组分、促进样品流动、干燥样品或其任何组合。备选的分离机制可以包括液-液萃取、固-液萃取以及靶元素或非靶元素的选择性沉淀、电荷分离、结合亲和力或其任何组合。分离阶段可以包括一个或多个步骤,每个步骤均依赖于不同的机制来分离样品。一种这样的机制可以使用大小、形状或变形来分离较大的组分与较小的组分。可以通过分选仪进行细胞分离,该分选仪可以例如依赖于一个或多个过滤器或其他尺寸排阻方法来分离样品的组分。还可以通过选择性结合进行分离,其中特定组分通过结合事件而分离,而未结合的洗脱物进入或穿过备选室。
在一些方法中,可以使用单个膜从批量样品分离和收集一种或多种样品组分。单个膜方法可以使用这样的装置,其中样品可以施加到膜的一端,并且基于膜孔的大小,随着样品流过,样品的第一组分(例如,细胞)可以与样品的第二组分(例如,血浆)分离。在装置操作之后,包含样品的第一组分(在该实例中为细胞)的膜可以与包含样品的第二组分(在该实例中为血浆)的部分分开,因此需要另外的步骤来分开该膜。在另一种方法中,可以使用两个单独的膜来分离和收集样品组分;具体来说,即用于分离一种组分(例如,血细胞)的第一膜,以及用于收集其他组分(例如,血浆)的第二膜。可以对这些膜进行布置,使得第一膜的远端接触第二膜的近端以便较大组分(例如,细胞)经由第一膜分离,而第二较小组分(例如,血浆)经由第二膜收集。
图4A-4B图示了可以用于在稳定化之前或与稳定化串联地分离样品的样品分离单元。样品分离单元可以包括框架400、分离膜452和收集膜454。框架可以包括靠近框架的第一外围部分而安设的内侧。内侧402由框架中的多个第一槽416形成。框架还包括围绕多个第一槽416的至少一部分安设的外侧404。外侧404由框架中的多个第二槽432形成。分离膜的远端420安设在外侧的下方,并且收集膜的近端安设在外侧和内侧中的至少一个的下方,使得收集膜的近端与分离膜的远端具有重叠的接触区域428。此外,外侧被配置用于在重叠的接触区域附近对分离膜和收集膜施加压力。框架400、分离膜452和收集膜454可以由不同的材料构成。框架400可以由聚合物材料如聚丙烯、尼龙(聚酰胺)、高密度聚乙烯(HDPE)和聚醚醚酮(PEEK)构成;并且框架400可以使用注塑技术进行制造且具有均匀的厚度。分离膜452可以包括合适的材料,如纤维素、玻璃纤维、醋酸纤维素、聚乙烯吡咯烷酮、聚砜、聚醚砜、聚酯或这些材料的组合;并且分离膜452可被设计成具有与框架400的几何形状(具体而言,即框架400的内侧402的几何形状)相匹配的几何形状。收集膜454可以包括合适的材料,如纤维素、玻璃纤维、醋酸纤维素、聚乙烯吡咯烷酮、聚砜、聚醚砜、聚酯或这些材料的组合;并且可以对该收集膜进行化学处理。其他实施方式和方法可以包括置换步骤,诸如通过向下按压460框架内侧402,以将分离膜452的远端458经由内侧402的第一中间槽416b插入框架外侧404的第二远端部分436的下方。该方法还可以包括置换外侧404和内侧402的步骤,例如通过向上推动466来施加压力,以将收集膜454的近端462经由外侧的第二中间槽432b插入外侧和内侧中的至少一个的下方,使得收集膜的近端与分离膜452的远端458具有重叠的接触区域468。
分离机械可以是任选的,例如其可以是模块化系统的一部分,其中使用者或制造商可以将筒匣插入样品路径内。在一个可能的实施方式中,样品可以从任何前述的收集装置转移至次级室中。可以通过使用者动作来促进转移,或者可以在没有使用者动作的情况下自发进行转移。
样品分离单元可以使用过滤膜来分离样品组分。图5图示了具有分离出生物样品的非细胞级分的过滤膜的样品分离单元。过滤膜502可以具有样品施加区510和转移区512。过滤膜可以经由转移区512与固体基质504直接接触。生物样品可以施加至过滤膜的样品施加区510,并且其可以在移动通过过滤膜时被过滤。过滤膜可以具有多个孔。一旦生物样品穿过过滤膜,生物样品内驻留的完整细胞可以被过滤膜保留,例如主要保留在样品施加区510处,并且非细胞级分可以穿过孔到达转移区512并被转移且收集到干燥的固体基质上。过滤膜可以具有可以在约0.01微米至约5微米范围内的孔径。过滤膜可以具有一定范围的孔径,例如,在约1微米至约2微米之间。孔径可以在约0.22微米至约2微米之间变化。当使用1微米孔径的过滤膜时,具有大于1微米的直径的任何其他循环真核细胞和/或病原细胞可以保留在过滤膜中,因此在过滤时不会到达干燥的固体基质。其他分离组件描述于美国公开号20150031035中。
过滤可以在样品收集过程中的各个点进行。可以例如在收集点本身处从生物样品过滤出样品的非细胞级分。无需事先对生物样品进行预处理即可进行过滤。可以在没有任何稳定化试剂的情况下进行进一步过滤。
过滤膜可以由多种材料制成。用于形成过滤膜的材料可以是天然材料、合成材料或经过合成改性的天然存在的材料。可以用于制作过滤膜的合适材料包括但不限于玻璃纤维、结合聚乙烯醇的玻璃纤维、聚醚砜、聚丙烯、聚偏二氟乙烯、聚碳酸酯、醋酸纤维素、硝化纤维素、亲水性膨胀聚(四氟乙烯)、阳极氧化铝、径迹蚀刻聚碳酸酯、电纺纳米纤维或聚乙烯吡咯烷酮。在一个实例中,过滤膜由结合聚乙烯醇的玻璃纤维过滤器(MF1TM膜,GEHealthcare)形成。在另一个实例中,过滤膜由不对称的聚醚砜(VividTM,PallCorporation)形成。在一些实施方式中,过滤膜可以由两种或更多种不同聚合物的组合形成。例如,过滤膜可以由聚醚砜和聚乙烯吡咯烷酮(PrimecareTM,iPOC)的组合形成。
过滤后,分离的非细胞级分可以借助物理相互作用收集到干燥的固体基质上。非细胞级分可以借助吸附或吸收收集到干燥的固体基质上。
稳定化基质
SSC可以用于转移、稳定和储存生物样品的目标组分,该生物样品可以包含目标组分如核酸、蛋白质及其各自的片段。SSC可以在基底上接收、提取和稳定这些分析物中的一种或多种,该基底可以耦合至样品稳定化组件或容纳在样品稳定化组件内。图6图示了具有用于保存或稳定样品的样品基底或基质615的样品稳定化组件610的实例。可以使用框架620将基底615在装置一侧上保持到位。可以收集样品并通过通道625将样品转移至安装的样品基底。
如本文所用的术语“目标组分”可以指一种或多种分子,例如,可以在给定的诊断测试中检测或测试的生物分子。用于特定测试的目标组分可能需要适当保存和稳定,以获得高质量的诊断结果。
样品的性质可以例如取决于材料例如生物材料的来源。例如,该来源可以来自一定范围的生物有机体,包括但不限于病毒、细菌、植物和动物。该来源可以是哺乳动物或人类受试者。对于哺乳动物和人类来源,样品可以选自组织、细胞、血液、血浆、唾液和尿液。在另一方面,生物样品选自生物分子、合成得到的生物分子、细胞组分和生物制药药物。
目标组分的组成、稳定性和质量可以根据其来源而有所不同,因此可以使用各种不同的基底来稳定样品的不同组分并使样品准备用于测试。目标组分的化学性质和特性可以根据样品的来源而有所不同,并且所需的样品稳定化程度可以取决于针对该样品预期的诊断项目。例如,一些项目可能需要高浓度低质量的样品,而其他项目则需要低浓度高质量的样品。高质量可重复的测试结果可能需要高质量的样品。基底的组成以及用于稳定样品的基底和方法在测定之间以及目标组分或分析物之间可以有所不同。
由于目标组分的性质可以不同,因此还可以针对特定的目标组分来选择基底或基质组成或者可以将基底或基质组成配置用于特定的目标组分。样品来源和/或针对特定样品所预期的诊断测试也可以是决定基底或基质组成的变量。例如,高质量诊断测试结果可能需要对目标组分进行高质量或有效的稳定化。在一些情况下,基底或稳定化基质的组成可被设计用于特异性地稳定特定的目标组分(例如,DNA、RNA或蛋白质)。基质还可被配置用于特定的诊断测试;例如,如果测试需要更高浓度的特定类型的目标组分,则基质可被设计用于选择性地释放该目标组分。
可以考虑使用不同类型的测试和基底组成进行样品加工。例如,被设计用于特定的目标组分或诊断测试的基底或基质可以具有颜色或代码,该颜色或代码指示其可被用于或可与其一起使用的测定类型。基底还可以并入一个或多个标签或标记,包括条形码、RFID或其他标识符,该标签或标记允许将来源于基底的样品或结果与特定的终端使用者或供体连接。
术语“基底”或“稳定化基质”可以指任何固体基质,包括基底或本文所述的样品分离组件。基底可以是任何固体材料,包括一种或多种可以吸收流体样品如血液的吸收材料。
基底或稳定化基质可以包含一种或多种不同的固体组分。该固体组分可以保持在小于10wt%水合的基本干燥的状态。固体基质基底的实例包括但不限于天然材料、合成材料或经过合成改性的天然存在的材料。基底可以包括纤维素、硝化纤维素、基于改性的多孔硝化纤维素或纤维素的基底、聚乙二醇改性的硝化纤维素、醋酸纤维素膜、硝化纤维素混合酯膜、玻璃纤维、聚醚砜膜、尼龙膜、聚烯烃膜、聚酯膜、聚碳酸酯膜、聚丙烯膜、聚偏二氟乙烯膜、聚乙烯膜、聚苯乙烯膜、聚氨酯膜、聚苯醚膜、聚(四氟乙烯-共-六氟丙烯)膜、玻璃纤维膜、石英纤维膜或其组合。可以充当干燥固体基质的合适材料包括但不限于纤维素、醋酸纤维素、硝化纤维素、羧甲基纤维素、石英纤维、亲水性聚合物、聚四氟乙烯、玻璃纤维和多孔陶瓷。亲水性聚合物可以是聚酯、聚酰胺或碳水化合物聚合物。
基底或基质可以包含浸渍在其中的一种或多种干燥的试剂。一种或多种干燥的试剂可以包括蛋白质稳定化试剂、核酸稳定化试剂、细胞裂解试剂或其组合。在一个实施方式中,基底安设在基底框架上。样品基底的非限制性实例可以包括多孔样品基底、WhatmanFTATM卡、纤维素卡或其组合。在一些实施方式中,基底可以包含至少一种稳定化试剂,该稳定化试剂保存至少一种生物样品分析物以供运输或储存。用于储存介质的合适试剂的非限制性实例可以包括单独的或与表面活性剂组合的弱碱、螯合剂和任选的尿酸或尿酸盐或离液序列高的盐(chaotropic salt)添加中的一种或多种。
在一些情况下,基底可以包括由纤维素组成的干燥固体基质。基于纤维素的干燥固体基质不含任何去污剂。基于纤维素的干燥固体基质可以未浸渍任何试剂。基于纤维素的干燥固体基质可以用离液序列高的盐浸渍。离液序列高的盐包括但不限于硫氰酸胍、氯化胍、盐酸胍、异硫氰酸胍、硫氰酸钠和碘化钠。在一些实施方式中,基于纤维素的干燥固体基质为FTATM Elute(GE Healthcare)。样品稳定化组件的实例可以例如在美国公开号US20130289265和美国公开号US20130289257中找到。
基底可以由一层或多层材料构成。基底可以布置成固体基质。层可被布置用于选择性地提取特定的生物样品组分。固体基质可以是单一材料,或者其可以由多种材料构成。
多个样品稳定化单元可以储存在单个样品稳定化组件中或附接至单个样品稳定化组件。单个样品稳定化单元可以储存在样品稳定化组件中。或者,两个或更多个样品稳定化单元可以联接在一起,使得生物样品的一种或多种组分可以移动通过不同的单元。任何提及的实施方式中的样品稳定化基质或基底可以具有均匀的或可变的组成。基底、样品稳定化单元或者基底或样品稳定化单元的组件可被标记用于指示其预期针对的目标组分类型,和/或样品预期用于的诊断测试。
基底可被构造成使得样品加工可以在样品稳定化组件内部或附近进行。在一些实施方式中,样品可以在暴露于一个或多个样品稳定化基质之前移动通过样品分离步骤。在一些实施方式中,采集、任选的分离和稳定化步骤串联进行。
对于以低浓度存在的目标组分,基底可被配置用于增强回收。在这些情况下,固体基底可以包括涂覆有增强生物材料从表面回收的化学混合物的至少一个表面。该化学混合物可以包括选自乙烯基聚合物和非离子型去污剂、乙烯基聚合物和蛋白质、非离子型合成聚合物和非离子型去污剂、非离子型合成聚合物和蛋白质、聚乙烯亚胺(PEI)和非离子型去污剂、非离子型去污剂和蛋白质以及聚乙烯亚胺(PEI)和蛋白质的组分。固体支持体可以选自纸、玻璃微纤维和膜。支持体可以是纸,例如纤维素纸,包括903Neonatal STD卡。固体支持体可以包括选自聚酯、聚醚砜(PES)、聚酰胺(尼龙)、聚丙烯、聚四氟乙烯(PTFE)、聚碳酸酯、硝化纤维素、醋酸纤维素和氧化铝的膜。乙烯基聚合物可以是聚乙烯吡咯烷酮(PVP)。非离子型去污剂可以是Tween 20。蛋白质可以选自白蛋白和酪蛋白。非离子型合成聚合物可以是聚-2-乙基-2-噁唑啉(PEOX)。化学混合物可以包括聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、Tween 20、白蛋白、聚-2-乙基-2-噁唑啉(PEOX)、聚乙烯亚胺(PEI)、聚乙烯亚胺(PEI)或酪蛋白的任意组合。本文还提供了用于从固体支持体回收材料例如生物材料的方法,其包括以下步骤:i)使例如如本文所述的固体支持体的表面与含有生物材料的样品接触;ii)对固体支持体表面上的样品进行干燥;iii)储存固体支持体;以及iv)从表面提取材料,例如生物材料。在其他方面,步骤iii)包括将纸支持体储存在约15℃至约40℃范围内的温度下。可以根据生物材料的热稳定性而将纸支持体储存在较低的温度下。制作基底的方法可以包括用增强生物材料从表面回收的化学混合物的溶液来涂覆支持体的至少一个表面,其中该化学混合物为选自下组的混合物:聚乙烯吡咯烷酮(PVP)和Tween 20、聚乙烯吡咯烷酮(PVP)和白蛋白、Tween 20和白蛋白、聚-2-乙基-2-噁唑啉(PEOX)和Tween20、聚-2-乙基-2-噁唑啉(PEOX)和白蛋白、聚乙烯亚胺(PEI)和Tween 20以及聚乙烯亚胺(PEI)和白蛋白。样品稳定化组件可以提供如本文所述的固体支持体用来增强材料例如生物材料从其表面的回收的用途,其中所公开的稳定化组件和方法在例如美国公开号US20130323723和美国公开号US2013330750中公开,其全部内容通过引用并入本文。
基底或固体基质可被配置用于选择性地保存包括RNA、DNA及其片段在内的核酸。用于选择性地稳定核酸的固体基质可以由以干燥状态浸渍和储存的至少一种蛋白质变性剂和至少一种酸或酸滴定缓冲试剂构成。基质可被配置用于在水合时提供酸性pH、从样品提取核酸和/或在环境温度下将核酸保存在基本干燥的状态。
用于提取和稳定核酸的稳定化基质可以包括在固体基质中处于干燥形式的试剂的任意组合,该试剂包括蛋白质变性剂、还原剂、缓冲液、自由基捕获剂、离液剂、去污剂或RNA酶抑制剂。RNA酶抑制剂可以包括三磷酸盐、焦磷酸盐、酸或酸滴定缓冲试剂。稳定化基质还可以用一种或多种试剂浸渍或者在一种或多种试剂存在的情况下进行浸渍,该一种或多种试剂包括酶抑制剂、自由基清除剂或螯合剂。固体基质可以包含蛋白质变性剂、还原剂、缓冲液和任选的自由基捕获剂或RNA酶抑制剂。
一种或多种试剂可以以干燥状态进行浸渍和储存。可以通过添加缓冲液、水或样品来任选地使一种或多种干燥的试剂再水合。基质还可以包含弱蛋白质变性剂或强蛋白质变性剂。在某些方面,固体基质为多孔的基于纤维素的纸,如市售的903、31-ETF或FTAEluteTM。该方法的执行允许在环境温度下以干燥形式(例如,在固体基质上)储存核酸,例如,RNA(可以是不能稳定储存的生物分子)。固体基质可被配置成使得基质的水合提供酸性pH。如上所述,在一个或多个实施方式中,可以通过生物分析仪经由对提取的RNA进行毛细管电泳来确定RNA质量。干燥固体基质可以允许包含核酸(例如,RNA、DNA)的一种或多种生物组分在环境条件下以干燥形式的储存延长。在其他方面,用于对来自样品的核酸(例如,RNA、DNA)进行环境提取和储存的干燥固体基质包含以干燥形式存在于固体基质中的硫氰酸盐、还原剂、缓冲液和任选的自由基捕获剂或RNA酶抑制剂。用于提取和储存来自样品的核酸(例如,RNA、DNA)的干燥固体基质包含至少一种金属硫氰酸盐,其中该至少一种金属硫氰酸盐不是硫氰酸胍(GuSCN)、还原剂、缓冲液和任选的自由基捕获剂或RNA酶抑制剂。固体基质可以包含处于干燥形式的核酸(例如,RNA、DNA),并且其可以经受处理从而以适用于对所收集的核酸样品进一步分析的完整形式从固体基质释放核酸。
可以将RNA质量定量为RIN指数,其中可以通过对提取的RNA内存在的各种RNA的量进行算法评估来计算RIN。高质量的细胞RNA可以展现出接近10的RIN值。在一个或多个实施方式中,从干燥基质提取的RNA具有至少为4的RIN值。在一些实施方式中,基质提供对生物样品的环境提取和稳定化并产生RIN值在约4至约10范围内的完整高质量RNA,或者在一些实施方式中,RIN值在约5至约8的范围内。基质可以是多孔的不可溶解的干燥材料,其被配置用于在水合时提供约2至约7的pH以用于提取RNA。基质可以以至少为4的RNA完整性指数(RIN)稳定所提取的RNA。
用于提取和储存来自样品的核酸的方法可以包括以下步骤:向包含蛋白质变性剂和酸或酸滴定缓冲试剂的干燥固体基质提供样品;在水合时产生酸性pH以便从样品提取核酸;将包含所提取的核酸的基质干燥;以及在环境温度下以基本干燥的状态将所提取的核酸储存在基质上。前述样品稳定化组件的实例可以例如在美国公开号US20130338351中找到。
样品稳定化单元可以包括用于收集和稳定非核酸组分例如蛋白质的固体基质。在这些情况下,基底可被配置用于提取和稳定来自生物样品的蛋白质或肽以供在环境温度下保存。在一个这样的实施方式中,用于收集、稳定和洗脱生物分子的固体基底可以包含处于基本干燥状态的三糖。该三糖可以选自松三糖、棉子糖、maltotriulose、异麦芽三糖、黑曲霉三糖、麦芽三糖、酮糖或其组合。固体基底的一个或多个实施方式还可以包括处于基本干燥状态的松三糖。松三糖可以是具有504.44g/mol的分子量的非还原性三糖。在一个或多个实施方式中,固体基质可以包含松三糖,其中松三糖的浓度为小于30%的量。松三糖可以浸渍在基底中;还可以用松三糖对基底进行被动涂覆或共价修饰。在一个或多个实例中,用一种或多种试剂,如一种或多种裂解试剂、一种或多种缓冲试剂或者一种或多种还原剂进一步浸渍基底。在一些实施方式中,一种或多种浸渍的试剂包括在基本干燥的状态下浸渍于基底中的细胞裂解试剂、诸如蛋白质稳定化试剂等生物分子稳定化试剂稳定化试剂、蛋白质储存化学品及其组合。上述系统的实例和其他实施方式在例如US20140234942中公开,其全部内容通过引用并入本文。
用于稳定蛋白质的其他基底可以包括含有纤维素纤维和/或玻璃纤维以及亲水性或水溶性支化碳水化合物聚合物的基于固体纸的基质。基于固体的基质的比表面重量可以为40-800g/m2。亲水性或水溶性支化碳水化合物聚合物可以是该基质的4-30wt%。亲水性或水溶性支化碳水化合物聚合物可以具有15-800kDa,如20-500kDa的平均分子量。支化碳水化合物聚合物可以包括右旋糖酐。右旋糖酐可以是支化(16)连接的葡聚糖。支化碳水化合物聚合物可以包括单糖或二糖与双官能团环氧化物试剂的共聚物。由于每个单糖/二糖上具有大量反应性羟基基团,因此这类聚合物可以是高度支化的。根据所使用的反应条件,支化度可以为约0.2直至几乎1。所述纸中水可提取物的含量可以为0-25wt%,例如,0.1-5wt%或3-20wt%。当碳水化合物聚合物与纸纤维共价偶联和/或与其自身交联时,可以获得极低量的可提取物。在一些实施方式中,纸包含5-300微摩尔/克,例如,5-50、5-100或50-300微摩尔/克的带负电荷或带正电荷的基团。带负电荷的基团可以是例如羧酸根基团、磺酸根基团或硫酸根基团,而带正电荷的基团可以是例如胺或季铵基团。这些基团的存在可以提高支化碳水化合物聚合物的保护作用。
用于移取样品的方法可以包括将具有样品例如生物样品的干燥纸储存至少一周,如至少一个月或至少一年的步骤。在一些实施方式中,该方法包括在储存后从所述纸提取至少一种蛋白质并分析所述蛋白质的步骤。可以例如通过冲压出具有干燥样品的纸的一小部分并将其浸入水性液体中来进行提取。在一些实施方式中,通过免疫测定法、质谱法或酶活性测定法对蛋白质进行同步分析。上文公开的基底的实例在例如美国申请号US20140302521中公开。
样品稳定化组件可以包含至少一种干燥的样品,例如,至少一种干燥的生物样品,如干燥的血液样品。血液和其他生物材料,例如血清、血浆、尿液、脑脊液、骨髓、活检物等,可被施加至样品稳定化组件并干燥以供储存和随后的分析或其他用途。干燥的样品,例如生物样品,可以是包含至少一种蛋白质或其他敏感生物分子的药物制剂或诊断试剂。在另一方面,样品稳定化组件可以包括纸卡,其中一个或多个样品施加区域被打印或以其他方式指示在卡上。在这些区域中可以存在指示剂染料,以显示是否施加了无色样品。装置还可以包括卡片保持器(card holder),以便例如促进在架台等(rack)中的自动化处理,并且装置可以包括各种形式的采样特征以促进样品的收集。
可在本文装置中使用的稳定化基质或稳定化组件的其他实例包括但不限于如美国专利号8,951,719中进一步说明的Gentegra-RNA、Gentegra-DNA(Gentegra,PleasantonCA);如美国专利号8,519,125中进一步说明的DNA Stable Plus;RNAgard血液系统(Biomatria,San Diego,CA)。
在一些实施方式中,固体基质可以选择性地稳定血浆组分。血浆组分可以包括可以选择性地稳定在固体基质上的无细胞DNA、无细胞RNA、蛋白质、激素和其他代谢物。可以从全血分离血浆组分并将其稳定在固体基质上。固体基质可以与各种不同的装置和技术重叠或者是该装置和技术的组件。可以使用各种不同的装置和技术从全血样品分离血浆组分。技术可以包括横向流动测定、垂直流动测定和离心。
固体基质可以与各种血浆分离装置或技术集成或者是该装置或技术的组件。固体基质可以与各种不同的装置,如血浆分离膜,例如VividTM血浆分离膜重叠或是该装置的组件。固体基质可以与血浆分离装置如血浆分离膜部分重叠。用于血浆分离的装置和技术的实例在通过引用并入本文的专利或专利公开文本中公开,包括US 6,045,899;US 5,906,742;US 6,565,782;US 7,125,493;US 6,939,468;EP 0,946,354;EP 0,846,024;US 6,440,306;US 6,110,369;US 5,979,670;US 5,846,422;US 6,277,281;EP 1,118,377;EP0,696,935;EP 1,089,077;US20130210078;US 20150031035。
在各种装置和技术中,可以使用分离膜。分离膜可以由聚碳酸酯、玻璃纤维或本领域技术人员认可的其他材料构成。膜可以包括固体基质。膜可以具有可变的孔径。分离膜可以具有约1μm、约2μm、约4μm、约6μm、约8μm、约10μm、约12μm、约14μm、约16μm、约18μm、约20μm的孔径。分离膜可以具有直径为约2μm至约4μm的孔。分离膜可以具有直径为约2μm的孔。
可以针对各种样品体积实施血浆分离。血浆样品体积可以根据固体基质所用于的应用而变化。样品体积可以大于约100μL、约150μL、约200μL、约250μL、约300μL、约350μL、约400μL、约450μL、约500μL、约550μL、约600μL、约650μL、约700μL、约750μL、约800μL、约850μL、约900μL、约950μL或约1000μL。样品体积可以在约250μL至约500μL的范围内。
生物组分的制备
在一些实施方式中,使用者或操作员可以例如在将样品发送到设施以供分析之前移取系统的组件以供分析。该设施可以是CLIA设施、实验室、医疗室或外部专用设施。在设施处,样品可以用于任何诊断测试,包括但不限于常见项目、甲状腺测试、癌症诊断测试、针对心血管疾病、遗传疾病/产前测试和传染病的测试和筛查。可适用测试的非限制性列表作为此次提交的图7包含在本文中。
用于采集、收集、分离和稳定样品的装置和系统可以是模块化的;包括不同的隔室或组件。不同的组件可以或不可以被轻易地移除或分离。可分离或可移除的组件可以包括样品基底或样品分离组件。
可以将本文的装置(例如,样品采集组件和样品稳定化组件)一起运输至实验室用于例如生物组分的进一步分析。或者,可以在没有样品采集组件的情况下将稳定化组件(例如,基底或基底)运送至实验室用于生物组分的进一步分析。在一些情况下,可以在部署的装置、系统或基底上进行处理和分析,并且可以将稳定化组件或者装置或系统的组件运输至医疗保健提供者或对测试结果感兴趣的其他方。一旦在用于分析的位置处接收到生物样品,则可以移取基底或样品分离组件的组件。可以对这些组件加标签和/或标记以指示稳定在基质上的组成或目标组分。使用标签作为标识符,可以对膜或基底进行分选并准备用于目标测试。
用于接收和加工样品的系统和过程可以根据所部署的样品的身份、稳定性、来源或其他特征而有所不同。生物样品组分的质量可以直接影响诊断测试结果的质量、可重复性和可靠性。用于样品采集、收集、稳定化和任选的分离的前述系统、装置和方法可以影响样品组成、稳定性、浓度和加工。例如,生物样品的体积、大小、数量、稳定性和纯度可以根据样品来源和用来收集样品的组件而有所不同。样品的质量以及延伸出的诊断结果的质量可以是针对用于采集样品的套件、系统、装置和方法而特定的;因此,还公开了用于在分析之前接收、加工、处理和/或制备生物样品的组分的方法、套件和系统。
从样品加工的组分可以包括但不限于DNA/RNA,包括无细胞DNA和循环肿瘤DNA、蛋白质、抗原、抗体、脂质(包括HDL/LDL)及其任意组合。可以使用任何常规的核酸提取方法来提取生物样品或目标组分。提取方法的非限制性实例可以包括但不限于电洗脱、明胶提取、二氧化硅或玻璃珠提取、硫氰酸胍-酚溶液提取、基于硫氰酸胍的提取、通过碘化钠或类似梯度的离心、与缓冲液一起离心或基于酚-氯仿的提取。对于核酸分析,提取步骤可以帮助去除杂质如蛋白质并浓缩循环核酸。可以使用诸如琼脂糖凝胶电泳、分光光度法、荧光测定法或液相色谱法等方法来检查提取的循环核酸。
可以使用各种方法在实验室设施中制备从样品提取的DNA或核苷酸,以减少误差并以有限样品大小产生显著的信号。可以对核酸样品进行处理或使其经受各种方法以有效扩增期望的靶核酸(例如,“DNA模板”或“核酸模板”)。修饰的引物可被设计用于最大限度减少或防止在用其他核酸扩增方法和套件时观察到的不需要的引物二聚体和嵌合产物的产生。新的引物设计方法可以避免产生假核酸扩增产物。所描述的用于分析样品的方法和套件可以包括“AT GenomiPhi”。ATGenomiPhi可以使用修饰的六聚体,该六聚体的通式为:+N+N(atN)(atN)(atN)*N,其中“+”在如上所述的LNA碱基之前,并且(atN)表示2-氨基-dA、2-氨基-dC、2-氨基-dG和2-硫代-dT的随机混合物。其他六聚体可以包括式(atN)(atN)(atN)(atN)(atN)*N,其中这两种六聚体设计之间的符号是一致的。在核酸扩增技术中使用这些六聚体可以通过经由提高引物的解链Tm来抑制随机六聚体彼此退火的能力、经由向引物添加LNA和2-氨基-dA来提高六聚体与靶核酸的结合效率以及通过向随机六聚体中并入2-硫代-dT来防止靶DNA与其自身退火,来解决、最大限度减少或消除与在传统方法中观察到的引物二聚体形成和嵌合核酸的产生相关的问题。此外,引物修饰可以增加引物与靶核酸的结合强度,并且允许使用更严格的杂交缓冲液,从而使引物二聚体和嵌合核酸产物产生的可能性进一步最小化。DNA扩增的这些及其他方法可以例如在美国申请号US20130210078中找到。
可以使用用于从生物样品产生单链DNA环的一种或多种方法来分析来源于样品的DNA。分析样品的实验室可以使用包括以下步骤的方法:用提取剂处理生物样品以释放核酸,由此形成样品混合物;中和该提取剂;使所释放的核酸变性以产生单链核酸;以及使该单链核酸与能够对单链DNA序列进行不依赖模板的分子内连接的连接酶接触以产生单链DNA环。该方法的步骤可以在没有任何中间的核酸分离或核酸纯化的情况下进行。在某些实施方式中,可以在单个反应器皿中以顺序方式进行这些步骤。在某些实施方式中,可以扩增单链DNA环以便能够对生物样品进行后续分析。在某些实施方式中,可以在中和步骤之前在固体基质上干燥样品混合物。在某些实施方式中,可以在变性步骤之前酶促地修复对DNA造成的损伤。在其他方面,提供了用于分析样品例如生物样品的方法。因此,对根据该方法的某些实施方式产生的单链DNA环进行扩增,并分析扩增产物。可以通过例如对所扩增产物进行靶向测序来进行分析。在另一方面,提供了用于从生物样品检测染色体重排断点的方法。因此,对根据本文所述的某些实施方式产生的单链DNA环进行扩增,并且例如通过测序来分析扩增产物。可以通过将该序列与已知参考序列进行比较来鉴别任何染色体重排断点。在又一方面,可以提供套件,该套件包含用于处理生物样品以释放核酸的提取剂;用于中和该提取剂的试剂;以及能够对单链DNA序列进行不依赖模板的分子内连接的连接酶。DNA扩增的这些及其他方法可以例如在PCT申请号WO US2015/50760中找到。
可以针对所收集的样品使用用于从线性DNA产生单链DNA环的方法。该方法可以包括以下步骤:提供线性DNA、通过在存在磷酸供体的情况下将该线性DNA与多核苷酸激酶一起温育而对该线性DNA进行末端修复以产生具有在5’末端的磷酸基团和在3’末端的羟基基团的可连接DNA序列,以及用连接酶对所修复的可连接DNA序列进行分子内连接以便产生单链DNA环。这些步骤可以在单个反应器皿中进行,而无需任何介于中间的分离或纯化步骤。磷酸供体可以是鸟苷三磷酸(GTP)、胞苷三磷酸(CTP)、尿苷三磷酸(UTP)、脱氧胸苷三磷酸(dTTP)或其组合。线性DNA可以是双链或单链DNA。DNA可以是片段化DNA如循环DNA的区段。如果可连接DNA为双链形式,则可能需要在分子内连接反应之前进行变性。连接反应可以采用能够对单链DNA序列进行不依赖模板的分子内连接的预腺苷酸化连接酶。在其他实施方式中,用于从线性DNA产生单链DNA环的方法可以在分子内连接步骤之前采用DNA预腺苷酸化步骤。线性DNA可以任选地在存在腺苷三磷酸(ATP)的情况下与多核苷酸激酶一起温育以产生包含在5’末端的磷酸基团和在3’末端的羟基基团的可连接DNA序列。如果线性DNA是高度片段化的形式,则可以优选从线性DNA产生可连接的DNA序列。然后可以在存在ATP的情况下将线性DNA或可连接DNA序列与腺苷酸化酶一起温育以产生5’腺苷酸化DNA序列。该5’腺苷酸化DNA序列可以与非腺苷酸化连接酶一起温育,该非腺苷酸化连接酶能够对5’腺苷酸化DNA序列进行不依赖模板的分子内连接以产生单链DNA环。该方法的所有步骤可以在单个反应器皿中进行,而无需任何介于中间的分离或纯化步骤。如果非腺苷酸化连接酶是依赖ATP的连接酶,则可以在分子内连接反应之前从反应混合物去除ATP(例如,通过用磷酸酶处理反应混合物)。如果5’腺苷酸化DNA为双链形式,则可能需要在分子内连接反应之前使其变性。DNA环化和扩增的这些及其他方法可以例如在美国申请号US20150031086中找到。
样品处理可以涉及制备RNA以供分析的步骤。该方法可以涉及核酸结构的产生及其随后在核酸的纯化和扩增中的使用。该方法可能需要包含双链区和单链区的DNA序列。该单链区可以与感兴趣的RNA序列互补。该RNA序列随后可以与DNA序列的单链区杂交,然后这两个序列可以相连接以产生RNA-DNA分子。方法可以包括将RNA的3’端与含有启动子序列的双链DNA寡核苷酸相连接的步骤。该双链DNA寡核苷酸可以在双链区内含有针对RNA聚合酶的启动子,该启动子后接着形成3’突出端的单链DNA区段。当该3’突出端含有一串胸苷残基时,双链DNA的单链部分可以与信使RNA(mRNA)poly(A)尾的3’端杂交。添加连接酶之后,mRNA可以具有一条与3’端连接的双链DNA序列。当添加RNA聚合酶时,RNA-DNA杂交分子可以有效地转录以合成cRNA。由于使用RNA聚合酶的转录反应可以将每个模板多次转录,因此该方法可以允许有效的RNA扩增。与上述方法类似的另一种方法可以涉及如所述地将DNA寡核苷酸与RNA连接。然而,DNA寡核苷酸可以附接至固体支持体或者含有亲和标签。这可以允许非常有效的共价附接和/或捕获RNA分子,从而可用于各种目的中的任一种。其他方法可以利用连接和随后的转录以在cRNA的5’端产生含有使用者定义序列的互补RNA。该序列“标签”可以放置在RNA聚合酶启动子与所连接的RNA分子的3’端之间。使用者定义序列可以用于cRNA的纯化或鉴别或其他序列特异性操作。如果随后根据所述方法连接并再扩增cRNA产物,则相对于原始有义模板,所得到的双重扩增产物可以是“有义的”,并且该新产物可以具有位于5’端的两个单独的使用者定义序列。这些序列可以用于合成cDNA,从而允许进行全长合成和定向克隆。本领域技术人员将会理解,无论是否具有使用者定义序列,这种双重扩增方法均可以提供显著增加的RNA数量,从而允许对先前认为过小的样品进行分析。用于DNA片段扩增的这些及其他方法可以例如在美国申请号US20080003602中找到。
用于分析生物样品的其他方法可以聚焦于存在于生物样品的感兴趣区域中的核酸,并且提供许多蛋白质的蛋白质表达信息并且增加DNA序列信息。用于样品分析的其他方法可以聚焦于异质样品的同质子部分(subsection)。可以从预先确定的选择标准准确鉴别混合群体内的特定细胞亚群并进行分析。可以鉴别突变,这对于诊断和/或预后或者药物靶标的进一步探究可能是有用的。用于DNA扩增的这些及其他方法可以例如在PCT申请号US2015/50760中找到。
核酸洗脱
在一些情况下,将样品(例如,生物样品)中的核酸,例如,DNA或RNA施加至稳定化基质(例如,核酸稳定化基质),任选地将样品在该稳定化基质上干燥,并且从该稳定化基质洗脱该稳定化基质上的核酸,例如,DNA或RNA。在一些情况下,将干燥的生物样品稳定在例如如本文所述的能够稳定核酸的稳定化基质上。在一些情况下,方法包括以下步骤:(a)使包含核酸例如DNA或RNA的样品(例如生物样品)接触核酸稳定化基质,例如散布在核酸稳定化基上,(b)任选地对在核酸稳定化基质上的样品例如生物样品进行干燥,(c)任选地使包含核酸的核酸稳定化基质与裂解缓冲液接触,(d)例如通过将包含核酸的核酸稳定化基质浸没在核酸结合缓冲液(任选地含有机溶剂)中而任选地使包含核酸的核酸稳定化基质与该结合缓冲液接触;(e)例如通过将包含核酸的核酸稳定化基质浸没在洗涤缓冲液中而任选地使核酸稳定化基质与洗涤缓冲液接触,以及(f)例如通过将包含核酸的核酸稳定化基质浸没在洗脱缓冲液中而使包含核酸的核酸稳定化基质与洗脱缓冲液接触,以便将核酸从稳定化基质洗脱。
在一些情况下,可以例如使用提取缓冲液从稳定化基质例如纸稳定化基质提取核酸,例如RNA或DNA。所提取的核酸例如RNA或DNA可以与第二基质(例如第二固体支持体,例如珠,例如磁珠)结合。与第二基质(例如第二固体支持体,例如珠,例如磁珠)的结合可以在结合缓冲液中进行。可以用一种或多种洗涤缓冲液来洗涤第二基质上的核酸,例如RNA或DNA。可以用包含例如DNA酶、RNA酶或蛋白酶的酶溶液处理第二基质上的核酸以降解特定类型的分子(例如,RNA、DNA或蛋白质)。可以使用例如洗脱缓冲液从固体基质洗脱固体基质上的核酸。
可以在包含样品例如干燥生物样品的稳定化基质的至少一部分上进行洗脱。在一些情况下,稳定化基质的一部分可以与稳定化基质的其余部分分离,例如,可以从稳定化基质冲压出稳定化基质的一部分,并且可以洗脱所分离部分中的核酸。冲孔(punch)的直径可以为约0.5mm、1mm、2mm、3mm、4mm、5mm、6mm、7mm、8mm、9mm、10mm、15mm、20mm、25mm、30mm、35mm、40mm、45mm、50mm、55mm或60mm。冲孔的直径可以为约10mm至约60mm、约10mm至约50mm、约10mm至约40mm、约10mm至约30mm、约10mm至约20mm、约1mm至约10mm、约2mm至约9mm、约3mm至约8mm、约4mm至约7mm、约5mm至约6mm、约3mm至约6mm、约1mm至约4mm、约1mm至约3mm或约1mm至约2mm。在一些情况下,包含核酸的稳定化基质在核酸从该稳定化基质洗脱之前未被分成部分。
在一些情况下,包含核酸的核酸稳定化基质可以与裂解缓冲液接触。在一些情况下,可以通过使稳定化基质与结合缓冲液接触来增强核酸与稳定化基质的结合以及核酸在稳定化基质的保留。在一些情况下,稳定化基质的一部分与核酸结合缓冲液接触。在一些情况下,核酸结合缓冲液可以包含珠。在一些情况下,稳定化基质与洗涤缓冲液接触,例如以去除杂质。在一些情况下,可以通过使稳定化基质与洗脱缓冲液接触来洗脱核酸。
在一些情况下,核酸裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以包括市售的缓冲液。例如,缓冲液可以包括由制造的由制造的缓冲液RLT、由制造的缓冲液RLN、由Promega制造的RNA裂解缓冲液(RLA)、由Promega制造的PureYieldTM细胞裂解液(CLA)、由Promega制造的PureYieldTM内毒素去除洗涤剂、由Zymo Research Corp制造的PureZOLTM RNA分离试剂(Bio-RadTM)、RNA裂解缓冲液或DNA/RNA结合缓冲液,或者由PierceTM制造的RNA捕获缓冲液。
在一些情况下,核酸裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以包含一种或多种缓冲剂(或pH缓冲液)、一种或多种盐、一种或多种还原剂、一种或多种螯合剂、一种或多种表面活性剂、一种或多种酶、一种或多种蛋白质变性剂、一种或多种封闭试剂、一种或多种有机溶剂或其任意组合。例如,核酸裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以包含一种或多种蛋白质变性剂以及一种或多种还原剂。核酸裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以包含一种或多种蛋白质变性剂、一种或多种还原剂以及一种或多种酶。核酸裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以包含一种或多种缓冲剂、一种或多种蛋白质变性剂、一种或多种还原剂以及一种或多种酶。核酸裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以包含一种或多种盐以及一种或多种缓冲液。核酸裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以包含一种或多种盐、一种或多种缓冲液以及一种或多种有机溶剂。核酸裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以包含一种或多种缓冲液以及一种或多种酶。核酸裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以包含一种或多种缓冲液以及一种或多种螯合剂。核酸裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以包含一种或多种缓冲液、一种或多种螯合剂以及一种或多种有机溶剂。
所述一种或多种缓冲剂可以是例如盐水、柠檬酸盐、磷酸盐、磷酸盐缓冲盐水、醋酸盐、甘氨酸、三(羟甲基)氨基甲烷(tris)盐酸盐、tris缓冲盐水(TBS)、3-[[1,3-二羟基-2-(羟甲基)丙烷-2-基]氨基]丙烷-1-磺酸(TAPS)、N-二羟乙基甘氨酸(bicine)、N-三(羟甲基)甲基甘氨酸(tricine)、3-[[1,3-二羟基-2-(羟甲基)丙烷-2-基]氨基]-2-羟基丙烷-1-磺酸(TAPSO)、4-(2-羟乙基)-1-哌嗪乙磺酸(HEPES)、哌嗪-N,N’-双(2-乙磺酸)(PIPES)、3-(N-吗啉代)丙磺酸(MOPS)、2-(N-吗啉代)乙磺酸(MES)、2-[[1,3-二羟基-2-(羟甲基)丙烷-2-基]氨基]乙磺酸(TES)、卡可酸盐、甘氨酸、碳酸盐或其任意组合。所述一种或多种缓冲剂可以以约0.1mM至约500mM、约0.1mM至约400mM、约0.1mM至约300mM、约0.1mM至约200mM、约0.1mM至约100mM、约0.1mM至约50mM、约0.1mM至约25mM、约0.1mM至约20mM、约0.1mM至约15mM、约0.1mM至约10mM、约0.1mM至约5mM、约0.1mM至约4mM、约0.1mM至约3mM、约0.1mM至约2mM、约0.1mM至约1mM、约0.1mM至约0.9mM、约0.1mM至约0.8mM、约0.1mM至约0.7mM、约0.1mM至约0.6mM、约0.1mM至约0.5mM、约0.1mM至约0.4mM、约0.1mM至约0.3mM或约0.1mM至约0.2mM的浓度存在。所述缓冲剂可以以小于500mM、小于400mM、小于300mM、小于200mM、小于100mM、小于50mM、小于25mM、小于20mM、小于15mM、小于10mM、小于5mM、小于4mM、小于3mM、小于2mM、小于1mM、小于0.9mM、小于0.8mM、小于0.7mM、小于0.6mM、小于0.5mM、小于0.4mM、小于0.3mM、小于0.2mM或小于0.1mM的浓度存在。所述缓冲剂可以以大于500mM、大于400mM、大于300mM、大于200mM、大于100mM、大于50mM、大于25mM、大于20mM、大于15mM、大于10mM、大于5mM、大于4mM、大于3mM、大于2mM、大于1mM、大于0.9mM、大于0.8mM、大于0.7mM、大于0.6mM、大于0.5mM、大于0.4mM、大于0.3mM、大于0.2mM或大于0.1mM的浓度存在。
所述一种或多种盐可以是例如氯化钠、醋酸钠、碳酸氢钠、硫酸氢钠、溴化钠、氯化钾、醋酸钾、碳酸氢钾、硫酸氢钾、溴酸钾、溴化钾或碳酸钾。所述一种或多种盐在缓冲液中的浓度可以为约0.1mM、5mM、10mM、25mM、50mM、100mM、250mM、500mM、750mM或1000mM。所述一种或多种盐在缓冲液中的浓度可以小于0.1mM、5mM、10mM、25mM、50mM、100mM、250mM、500mM、750mM或1000mM。所述一种或多种盐的浓度可以为至少0.1mM、5mM、10mM、25mM、50mM、100mM、250mM、500mM、750mM或1000mM。
所述一种或多种还原剂可以是例如β-巯基乙醇(BME)、2-氨基乙硫醇(2MEA-HCl(半胱胺-HCl))、二硫苏糖醇(DTT)、谷胱甘肽(GSH)、三(2-羧乙基)膦(TECP)或其任意组合。所述一种或多种还原剂的浓度可以为约0.1mM、0.5mM、1mM、10mM、50mM、100mM、250mM或500mM。所述一种或多种还原剂的浓度可以小于0.1mM、0.5mM、1mM、10mM、50mM、100mM、250mM或500mM。例如,DTT的浓度可以为约0.05mM至约100mM、约0.5mM至约50mM或约5mM至约10mM。TCEP的浓度可以为约0.05mM至约50mM、约0.5mM至约50mM或约0.5mM至约5mM。BME的浓度可以为约0.05%至约10%、约0.5%至约5%或约1%至约10%。GSH的浓度可以为约0.05mM至约25mM、约0.5mM至约10mM或约5mM至约10mM。所述一种或多种还原剂的浓度可以为约1mM、10mM、50mM、100mM、250mM或500mM。
所述一种或多种螯合剂可以是例如碳水化合物;脂质;类固醇;氨基酸或相关化合物;磷酸盐;核苷酸;四吡咯;铁草胺;离子载体(ionophor);酚醛树脂;或者合成螯合剂如2,2’-联吡啶、二巯基丙醇、乙二胺四乙酸(EDTA)、亚乙二氧基-二亚乙基-二次氮基-四乙酸、乙二醇-双-(2-氨乙基)-N,N,N’,N’-四乙酸(EGTA)、金属次氮基三乙酸(NTA)、水杨酸或三乙醇胺(TEA)。所述一种或多种螯合剂在缓冲液中的浓度可以为约0.1mM、1mM、5mM、10mM、20mM或25mM。所述一种或多种螯合剂在缓冲液中的浓度可以小于0.1mM、1mM、5mM、10mM、20mM或25mM。所述一种或多种螯合剂在缓冲液中的浓度可以大于0.1mM、1mM、5mM、10mM、20mM或25mM。
所述一种或多种表面活性剂可以是例如阴离子型、阳离子型、非离子型或两性型。所述一种或多种表面活性剂可以是聚乙氧基化醇;聚氧乙烯脱水山梨糖醇;辛基酚聚醚(octoxynol)如Triton X 100TM(聚乙二醇对-(1,1,3,3-四甲基丁基)-苯基醚);聚山梨醇酯如TweenTM 20(例如,聚山梨醇酯20)或TweenTM 80(聚山梨醇酯80);十二烷基硫酸钠;月桂基硫酸钠;壬基酚乙氧基化物如TergitolTM;环糊精;或其任意组合。所述一种或多种表面活性剂可以以相对于洗脱缓冲液的总体积按体积计小于0.001%、小于0.005%、小于0.01%、小于0.015%、小于0.02%、小于0.025%、小于0.03%、小于0.035%、小于0.04%、小于0.045%、小于0.05%、小于0.055%、小于0.06%、小于0.065%、小于0.07%、小于0.075%、小于0.08%、小于0.085%、小于0.09%、小于0.095%、小于0.1%、小于0.15%、小于0.2%、小于0.25%、小于0.3%、小于0.35%、小于0.4%、小于0.45%、小于0.5%、小于0.55%、小于0.6%、小于0.65%、小于0.7%、小于0.75%、小于0.8%、小于0.85%、小于0.9%、小于0.95%或小于0.1%的浓度存在。所述一种或多种表面活性剂的浓度可以为约0.01%、0.05%、0.1%、0.5%、1%、5%或10%。所述一种或多种表面活性剂的浓度可以小于0.01%、0.05%、0.1%、0.5%、1%、5%或10%。所述种或多种表面活性剂的浓度可以大于0.01%、0.05%、0.1%、0.5%、1%、5%或10%。
所述一种或多种蛋白质变性剂可以是例如离液剂,例如离液序列高的盐。所述离液剂可以是丁醇、乙醇、氯化胍、盐酸胍、异硫氰酸胍、高氯酸锂、醋酸锂、氯化镁、苯酚、丙醇、碘化钠、硫氰酸钠、硫脲、尿素或其任意组合。所述离液剂在缓冲液中的浓度可以为约0.1mM、1mM、10mM、100mM、1M、6M或8M。所述离液剂在缓冲液中的浓度可以为至少0.1mM、1mM、10mM、100mM、1M、6M或8M。所述离液剂在缓冲液中的浓度可以小于0.1mM、1mM、10mM、100mM、1M、6M或8M。
核酸裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液还可以包含一种或多种酶。裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以包含足以分别从彼此中去除DNA或RNA杂质的量的DNA酶或RNA酶。裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以包含裂解酶如卵清溶菌酶、T4溶菌酶等,以及诸如糖酶、植酸酶和蛋白酶(如胰蛋白酶、蛋白酶K、胃蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、木瓜蛋白酶、菠萝蛋白酶、枯草杆菌蛋白酶或弹性蛋白酶)等酶。蛋白酶可以是丝氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶、苏氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、谷氨酸蛋白酶或金属蛋白酶或天冬酰胺肽裂解酶。
核酸裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以是具有约2至约10、约2至约9、约2至约8、约2至约7、约2至约6、约2至约5、约2至约4或约2至约3的pH的水溶液。核酸裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以是具有约6至约8、约6至约7.9、约6至约7.8、约6至约7.7、约6至约7.6、约6至约7.5、约6至约7.4、约6至约7.3、约6至约7.2、约6至约7.1、约6至约7、约6至约6.9、约6至约6.8、约6至约6.7、约6至约6.6、约6至约6.5、约6至约6.4、约6至约6.3、约6至约6.2或约6至约6.1的pH的水溶液。核酸裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以是具有至少约3、至少约4、至少约5、至少约6、至少约7、至少约8、至少约9或至少约10的pH的水溶液。
核酸裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液还可以包含其他成分。例如,裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以包含使非特异性结合最小化的蛋白质封闭剂,如牛血清白蛋白、胎牛血清等。裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以包含来自与受试者不同的生物体的其他核酸(包括DNA或RNA),如细菌DNA、细菌DNA、酵母DNA、酵母RNA、包括灵长类动物核酸如人类或黑猩猩DNA在内的哺乳动物核酸,或者包括来自鱼类的核酸如鲱鱼、鲭鱼、磷虾或鲑鱼DNA等在内的非哺乳动物核酸。
裂解缓冲液、结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液可以包含一定量的一种或多种有机溶剂,例如以增强核酸与稳定化基质的结合。所述一种或多种有机溶剂可以是甲醇、乙醇、DMSO、DMF、二噁烷、四氢呋喃、丙醇、异丙醇、丁醇、叔丁醇或戊醇、丙酮等。在一些情况下,结合缓冲液可以包含相对于溶液的总体积按体积计少于0.01%、少于0.05%、少于0.1%、少于0.15%、少于0.2%、少于0.25%、少于0.3%、少于0.35%、少于0.4%、少于0.45%、少于0.5%、少于0.55%、少于0.6%、少于0.65%、少于0.7%、少于0.75%、少于0.8%、少于0.85%、少于0.9%、少于0.95%、少于1%、少于1.5%、少于2%、少于2.5%、少于3%、少于3.5%、少于4%、少于4.5%、少于5%、少于5.5%、少于6%、少于6.5%、少于7%、少于7.5%、少于8%、少于8.5%、少于9%、少于9.5%、少于10%、少于11%、少于12%、少于13%、少于14%、少于15%、少于16%、少于17%、少于18%、少于19%、少于20%、少于25%、少于30%、少于35%、少于40%、少于45%、少于50%、少于55%、少于60%、少于65%、少于70%、少于75%、少于80%、少于85%、少于90%、少于95%、少于99%或100%的有机溶剂。有机溶剂的浓度可以为至少0.1%、1%、10%、50%、75%或100%。有机溶剂的浓度可以为约0.1%、1%、10%、50%、75%或100%。
稳定化基质或稳定化基质的部分可以与一定体积的核酸结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液接触,该体积为小于5μL、小于10μL、小于15μL、小于20μL、小于25μL、小于30μL、小于35μL、小于40μL、小于45μL、小于50μL、小于55μL、小于60μL、小于65μL、小于70μL、小于75μL、小于80μL、小于85μL、小于90μL、小于95μL、小于100μL、小于110μL、小于120μL、小于130μL、小于140μL、小于150μL、小于160μL、小于170μL、小于180μL、小于190μL、小于200μL、小于250μL、小于300μL、小于350μL、小于400μL、小于450μL、小于500μL、小于550μL、小于600μL、小于650μL、小于700μL、小于750μL、小于800μL、小于850μL、小于900μL、小于950μL、小于1,000μL、小于1.5mL、小于2mL、小于2.5mL、小于3mL、小于3.5mL、小于4mL、小于4.5mL、小于5mL、小于5.5mL、小于6mL、小于6.5mL、小于7mL、小于7.5mL、小于8mL、小于8.5mL、小于9mL、小于9.5mL或小于10mL。稳定化基质或稳定化基质的部分可以与约0.1mL、0.2mL、0.5mL、0.7mL、1mL、2mL、5mL、7mL或10mL的缓冲液接触。稳定化基质或稳定化基质的部分可以与至少0.1mL、0.2mL、0.5mL、0.7mL、1mL、2mL、5mL、7mL或10mL的缓冲液接触。
与稳定化基质接触的结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液的体积可以取决于稳定化基质的表面积。结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液的量可以小于1μL/mm2、小于2μL/mm2、小于3μL/mm2、小于4μL/mm2、小于5μL/mm2、小于6μL/mm2、小于7μL/mm2、小于8μL/mm2、小于9μL/mm2、小于10μL/mm2、小于12μL/mm2、小于14μL/mm2、小于16μL/mm2、小于18μL/mm2、小于20μL/mm2、小于25μL/mm2、小于30μL/mm2、小于35μL/mm2、小于40μL/mm2、小于45μL/mm2、小于50μL/mm2、小于55μL/mm2、小于60μL/mm2、小于65μL/mm2、小于70μL/mm2、小于75μL/mm2、小于80μL/mm2、小于85μL/mm2、小于90μL/mm2、小于95μL/mm2、小于100μL/mm2、小于150μL/mm2、小于200μL/mm2、小于250μL/mm2、小于300μL/mm2、小于350μL/mm2、小于400μL/mm2、小于450μL/mm2、小于500μL/mm2、小于550μL/mm2、小于600μL/mm2、小于650μL/mm2、小于700μL/mm2、小于750μL/mm2、小于800μL/mm2、小于850μL/mm2、小于900μL/mm2、小于950μL/mm2或小于1,000μL/mm2。在一些情况下,结合缓冲液、洗涤缓冲液或洗脱缓冲液的量可以为约10μL/mm2至约1,000μL/mm2、约10μL/mm2至约900μL/mm2、约10μL/mm2至约800μL/mm2、约10μL/mm2至约700μL/mm2、约10μL/mm2至约600μL/mm2、约10μL/mm2至约500μL/mm2、约10μL/mm2至约400μL/mm2、约10μL/mm2至约300μL/mm2、约10μL/mm2至约200μL/mm2、约10μL/mm2至约100μL/mm2、约10μL/mm2至约90μL/mm2、约10μL/mm2至约80μL/mm2、约10μL/mm2至约70μL/mm2、约10μL/mm2至约60μL/mm2、约10μL/mm2至约50μL/mm2、约10μL/mm2至约40μL/mm2、约10μL/mm2至约30μL/mm2或约10μL/mm2至约20μL/mm2。
可以在存在或不存在来自搅拌源的搅拌的情况下进行核酸的裂解、结合、洗涤或洗脱。搅拌源可以是振动器、涡旋器、混合器、摇床等。在一些情况下,可以将搅拌源设置成恒定速度。该速度可以小于1转/分钟(rpm)、小于5rpm、小于10rpm、小于15rpm、小于20rpm、小于25rpm、小于30rpm、小于35rpm、小于40rpm、小于45rpm、小于50rpm、小于55rpm、小于60rpm、小于65rpm、小于70rpm、小于75rpm、小于80rpm、小于85rpm、小于90rpm、小于95rpm、小于100rpm、小于150rpm、小于200rpm、小于250rpm、小于300rpm、小于350rpm、小于400rpm、小于450rpm、小于500rpm、小于550rpm、小于600rpm、小于650rpm、小于700rpm、小于750rpm、小于800rpm、小于850rpm、小于900rpm、小于950rpm、小于1,000rpm、小于1,500rpm、小于2,000rpm、小于2,500rpm、小于3,000rpm、小于3,500rpm、小于4,000rpm、小于4,500rpm、小于5,000rpm、小于5,500rpm、小于6,000rpm、小于6,500rpm、小于7,000rpm、小于7,500rpm、小于8,000rpm、小于8,500rpm、小于9,000rpm、小于9,500rpm或小于10,000rpm。该速度可以为约50rpm、100rpm、200rpm、300rpm、400rpm、500rpm、600rpm、700rpm、800rpm、900rpm、1000rpm、1500rpm或5000rpm。该速度可以为至少50rpm、100rpm、200rpm、300rpm、400rpm、500rpm、600rpm、700rpm、800rpm、900rpm、1000rpm、1500rpm或5000rpm。
结合、洗涤或洗脱可以在约0℃、小于1℃、小于2℃、小于3℃、小于4℃、小于5℃、小于6℃、小于7℃、小于8℃、小于9℃、小于10℃、小于11℃、小于12℃、小于13℃、小于14℃、小于15℃、小于16℃、小于17℃、小于18℃、小于19℃、小于20℃、小于21℃、小于22℃、小于23℃、小于24℃、小于25℃、小于26℃、小于27℃、小于28℃、小于29℃、小于30℃、小于31℃、小于32℃、小于33℃、小于34℃、小于35℃、小于36℃、小于37℃、小于38℃、小于39℃、小于40℃、小于45℃、小于50℃、小于55℃、小于60℃、小于65℃、小于70℃、小于75℃、小于80℃、小于85℃、小于90℃、小于95℃或约100℃的温度下进行。在一些情况下,结合、洗涤或洗脱可以在约10℃至约100℃、约10℃至约95℃、约10℃至约90℃、约10℃至约85℃、约10℃至约80℃、约10℃至约75℃、约10℃至约70℃、约10℃至约65℃、约10℃至约60℃、约10℃至约55℃或约10℃至约50℃的温度下进行。在一些情况下,结合、洗涤或洗脱可以在约20℃至约50℃、约20℃至约48℃、约20℃至约46℃、约20℃至约44℃、约20℃至约42℃、约20℃至约40℃、约20℃至约38℃、约20℃至约36℃、约20℃至约34℃、约20℃至约32℃、约20℃至约30℃、约20℃至约28℃、约20℃至约26℃、约20℃至约24℃或约20℃至约22℃的温度下进行。该温度可以为约10℃、20℃、25℃、30℃、37℃、50℃或65℃。
裂解、结合、洗涤或洗脱可以进行少于1分钟、少于5分钟、少于10分钟、少于15分钟、少于20分钟、少于25分钟、少于30分钟、少于35分钟、少于40分钟、少于45分钟、少于50分钟、少于55分钟或少于60分钟。结合、洗涤或洗脱可以进行少于0.5小时、少于1小时、少于1.5小时、少于2小时、少于2.5小时、少于3小时、少于3.5小时、少于4小时、少于4.5小时、少于5小时、少于5.5小时、少于6小时、少于6.5小时、少于7小时、少于7.5小时、少于8小时、少于8.5小时、少于9小时、少于9.5小时、少于10小时、少于10.5小时、少于11小时、少于11.5小时或少于12小时、少于18小时、少于1天、少于1.5天、少于2天、少于2.5天、少于3天、少于3.5天、少于4天、少于4.5天、少于5天、少于5.5天、少于6天、少于6.5天或少于7天。裂解、结合、洗涤或洗脱可以进行约0.25hr、0.5hr、1hr、2hr、5hr、10hr、12hr、18hr、24hr、3天或1周或更久。裂解、结合、洗涤或洗脱可以进行至少0.25hr、0.5hr、1hr、2hr、5hr、10hr、12hr、18hr、24hr、3天或1周。
所洗脱的核酸可被转移至容器以供储存或进一步加工,或者可被转移至测定器皿以供表征。
蛋白质洗脱
可以从基质,例如本文所述的基质洗脱蛋白质。可以在洗脱之前将样品例如生物样品稳定在例如如本文所述的能够稳定蛋白质的稳定化基质上。洗脱可以包括使稳定化基质与洗脱缓冲液接触。接触可以包括在洗脱缓冲液中温育(例如,在搅拌下)稳定化基质以从稳定化基质洗脱蛋白质。在洗脱之前,稳定化基质可以与结合缓冲液和/或洗涤缓冲液接触。
可以在包含样品例如干燥生物样品的稳定化基质的至少一部分上进行洗脱。在一些情况下,稳定化基质的一部分可以与稳定化基质的其余部分分离并用于进一步加工。在一些情况下,该部分超过稳定化基质的5%、15%、25%、35%、45%、55%、65%、75%、85%或95%。在一些情况下,该部分少于稳定化基质的5%、15%、25%、35%、45%、55%、65%、75%、85%或95%。可以从稳定化基质冲压出稳定化基质的一部分,并且可以洗脱所分离部分中的蛋白质。分离以用于进一步加工的部分可以包含被施加至基质的样品的100%或约90%、80%、70%、60%、50%或更少。冲孔的直径可以为约0.5mm、1mm、2mm、3mm、4mm、5mm、6mm、7mm、8mm、9mm、10mm、15mm、20mm、25mm、30mm、35mm、40mm、45mm、50mm、55mm或60mm。冲孔的直径可以为至多0.5mm、1mm、2mm、3mm、4mm、5mm、6mm、7mm、8mm、9mm、10mm、15mm、20mm、25mm、30mm、35mm、40mm、45mm、50mm、55mm或60mm。冲孔的直径可以为约10mm至约60mm、约10mm至约60mm、约10mm至约60mm、约10mm至约30mm、约10mm至约20mm、约1mm至约10mm、约2mm至约9mm、约3mm至约8mm、约4mm至约7mm、约3mm至约6mm、约4mm至约5mm、约1mm至约4mm、约1mm至约3mm或约1mm至约2mm。在一些情况下,包含蛋白质的稳定化基质在核酸从该稳定化基质洗脱之前未被分离成部分。
可以通过使稳定化基质或稳定化基质的一部分与合适的洗脱缓冲液接触而从稳定化基质或稳定化基质的一部分洗脱蛋白质。洗脱缓冲液可以包含例如本文所述的一种或多种缓冲剂、一种或多种表面活性剂、一种或多种多元醇、一种或多种盐、一种或多种封闭剂、一种或多种还原剂、一种或多种有机溶剂、一种或多种螯合剂、一种或多种盐或其任意组合。例如,洗脱缓冲液可以包含一种或多种缓冲液以及一种或多种多元醇。洗脱缓冲液可以包含一种或多种缓冲液以及一种或多种表面活性剂。洗脱缓冲液可以包含一种或多种缓冲液以及一种或多种盐。洗脱缓冲液可以包含一种或多种缓冲液以及一种或多种还原剂。洗脱缓冲液可以包含一种或多种缓冲液、一种或多种表面活性剂以及一种或多种多元醇。洗脱缓冲液可以包含一种或多种缓冲液、一种或多种表面活性剂以及一种或多种盐。洗脱缓冲液可以包含一种或多种缓冲液、一种或多种盐以及一种或多种还原剂。洗脱缓冲液可以包含一种或多种缓冲液、一种或多种表面活性剂以及一种或多种螯合剂。洗脱缓冲液可以包含一种或多种缓冲液、一种或多种盐、一种或多种还原剂、一种或多种螯合剂、一种或多种表面活性剂以及一种或多种多元醇。
所述一种或多种缓冲剂可以是例如盐水、柠檬酸盐、磷酸盐、磷酸盐缓冲盐水(PBS)、醋酸盐、甘氨酸、三(羟甲基)氨基甲烷(tris)盐酸盐、tris缓冲盐水(TBS)、3-[[1,3-二羟基-2-(羟甲基)丙烷-2-基]氨基]丙烷-1-磺酸(TAPS)、N-二羟乙基甘氨酸(bicine)、N-三(羟甲基)甲基甘氨酸(tricine)、3-[[1,3-二羟基-2-(羟甲基)丙烷-2-基]氨基]-2-羟基丙烷-1-磺酸(TAPSO)、4-(2-羟乙基)-1-哌嗪乙磺酸(HEPES)、哌嗪-N,N′-双(2-乙磺酸)(PIPES)、3-(N-吗啉代)丙磺酸(MOPS)、2-(N-吗啉代)乙磺酸(MES)、2-[[1,3-二羟基-2-(羟甲基)丙烷-2-基]氨基]乙磺酸(TES)、卡可酸盐、甘氨酸、碳酸盐或其任意组合。所述缓冲剂可以以约0.1mM至约500mM、约0.1mM至约400mM、约0.1mM至约300mM、约0.1mM至约200mM、约0.1mM至约100mM、约0.1mM至约50mM、约0.1mM至约25mM、约0.1mM至约20mM、约0.1mM至约15mM、约0.1mM至约10mM、约0.1mM至约5mM、约0.1mM至约4mM、约0.1mM至约3mM、约0.1mM至约2mM、约0.1mM至约1mM、约0.1mM至约0.9mM、约0.1mM至约0.8mM、约0.1mM至约0.7mM、约0.1mM至约0.6mM、约0.1mM至约0.5mM、约0.1mM至约0.4mM、约0.1mM至约0.3mM或约0.1mM至约0.2mM的浓度存在。所述缓冲剂可以以小于500mM、小于400mM、小于300mM、小于200mM、小于100mM、小于50mM、小于25mM、小于20mM、小于15mM、小于10mM、小于5mM、小于4mM、小于3mM、小于2mM、小于1mM、小于0.9mM、小于0.8mM、小于0.7mM、小于0.6mM、小于0.5mM、小于0.4mM、小于0.3mM、小于0.2mM或小于0.1mM的浓度存在。所述缓冲剂可以以约0.1mM、1mM、10mM、25mM或50mM存在。所述缓冲剂可以以至少0.1mM、1mM、10mM、25mM或50mM存在。
一种或多种表面活性剂可以是例如阴离子型、阳离子型、非离子型或两性型。所述一种或多种表面活性剂可以是例如聚乙氧基化醇;聚氧乙烯脱水山梨糖醇;辛基酚聚醚如Triton X 100TM(聚乙二醇对-(1,1,3,3-四甲基丁基)-苯基醚);聚山梨醇酯如TweenTM 20(例如,聚山梨醇酯20)或TweenTM 80(聚山梨醇酯80);十二烷基硫酸钠;月桂基硫酸钠;壬基酚乙氧基化物如TergitolTM;环糊精;或其任意组合。所述一种或多种表面活性剂中的每一种均可以相对于洗脱缓冲液的总体积按体积计以小于0.001%、小于0.005%、小于0.01%、小于0.015%、小于0.02%、小于0.025%、小于0.03%、小于0.035%、小于0.04%、小于0.045%、小于0.05%、小于0.055%、小于0.06%、小于0.065%、小于0.07%、小于0.075%、小于0.08%、小于0.085%、小于0.09%、小于0.095%、小于0.1%、小于0.15%、小于0.2%、小于0.25%、小于0.3%、小于0.35%、小于0.4%、小于0.45%、小于0.5%、小于0.55%、小于0.6%、小于0.65%、小于0.7%、小于0.75%、小于0.8%、小于0.85%、小于0.9%、小于0.95%、小于0.1%、小于1%、小于2%或小于3%的浓度存在。所述一种或多种表面活性剂可以以约0.01%、0.05%、0.1%、0.5%、1%、5%或10%的浓度存在。所述一种或多种表面活性剂可以以至少0.01%、0.05%、0.1%、0.5%、1%、5%或10%的浓度存在。所述一种或多种表面活性剂可以以约0.01%至1%、约0.05%至1%、约0.1%至1%、约0.15%至1%、约0.2%至1%、约0.25%至1%、约0.3%至1%、约0.35%至1%、约0.4%至1%、约0.45%至1%、约0.5%至1%、约0.55%至1%、约0.6%至1%、约0.65%至1%、约0.7%至1%、约0.75%至1%、约0.8%至1%、约0.85%至1%、约0.9%至1%或约0.95%至1%的浓度存在。
所述洗脱缓冲液可以是具有约2至约10、约2至约9、约2至约8、约2至约7、约2至约6、约2至约5、约2至约4或约2至约3的pH的水溶液。洗脱缓冲液可以是具有约6至约8、约6至约7.9、约6至约7.8、约6至约7.7、约6至约7.6、约6至约7.5、约6至约7.4、约6至约7.3、约6至约7.2、约6至约7.1、约6至约7、约6至约6.9、约6至约6.8、约6至约6.7、约6至约6.6、约6至约6.5、约6至约6.4、约6至约6.3、约6至约6.2或约6至约6.1的pH的水溶液。洗脱缓冲液可以是具有至少约3、至少约4、至少约5、至少约6、至少约7、至少约8、至少约9或至少约10的pH的水溶液。该pH可以为约6、6.5、7、7.5、8或8.5。
在一些情况下,所述一种或多种多元醇可以是二醇如乙二醇或丙二醇,或者二醇聚合物如各种重量的聚乙二醇(PEG),如PEG300、PEG400、PEG600、PEG1000、PEG3000和PEG6000。在一些情况下,所述一种或多种多元醇可以是糖。在一些情况下,所述糖可以是蔗糖、葡萄糖、果糖、海藻糖、麦芽糖、半乳糖、乳糖或其任意组合。在一些情况下,所述一种或多种多元醇可以是糖醇。在一些情况下,所述糖醇可以是甘油、赤藓糖醇、苏糖醇、木糖醇、山梨糖醇等。
所述一种或多种盐可以是氯化钠、醋酸钠、碳酸氢钠、硫酸氢钠、溴化钠、氯化钾、醋酸钾、碳酸氢钾、硫酸氢钾、溴酸钾、溴化钾或碳酸钾。所述一种或多种盐的浓度可以为约0.1mM、5mM、10mM、25mM、50mM、100mM、250mM、500mM或750mM。所述一种或多种盐的浓度可以小于0.1mM、5mM、10mM、25mM、50mM、100mM、250mM、500mM或750mM。所述一种或多种盐的浓度可以为至少0.1mM、5mM、10mM、25mM、50mM、100mM、250mM、500mM、750mM或1000mM。
所述一种或多种封闭剂可以是牛血清白蛋白、胎牛血清等。
所述一种或多种有机溶剂可以是例如甲醇、乙醇、DMSO、DMF、二噁烷、四氢呋喃、丙醇、异丙醇、丁醇、叔丁醇或戊醇、丙酮等。洗脱缓冲液可以包含相对于溶液的总体积按体积计少于0.01%、少于0.05%、少于0.1%、少于0.15%、少于0.2%、少于0.25%、少于0.3%、少于0.35%、少于0.4%、少于0.45%、少于0.5%、少于0.55%、少于0.6%、少于0.65%、少于0.7%、少于0.75%、少于0.8%、少于0.85%、少于0.9%、少于0.95%、少于1%、少于1.5%、少于2%、少于2.5%、少于3%、少于3.5%、少于4%、少于4.5%、少于5%、少于5.5%、少于6%、少于6.5%、少于7%、少于7.5%、少于8%、少于8.5%、少于9%、少于9.5%、少于10%、少于11%、少于12%、少于13%、少于14%、少于15%、少于16%、少于17%、少于18%、少于19%、少于20%、少于25%、少于30%、少于35%、少于40%、少于45%、少于50%、少于55%、少于60%、少于65%、少于70%、少于75%、少于80%、少于85%、少于90%、少于95%、少于99%或100%的有机溶剂。所述一种或多种有机溶剂在洗脱缓冲液中的浓度可以为至少1%、5%、10%、50%、75%或100%。所述一种或多种有机溶剂在洗脱缓冲液中的浓度可以为约1%、5%、10%、50%、75%或100%。
稳定化基质或稳定化基质的部分可以与一定体积的洗脱缓冲液接触,该体积为约或小于5μL、小于10μL、小于15μL、小于20μL、小于25μL、小于30μL、小于35μL、小于40μL、小于45μL、小于50μL、小于55μL、小于60μL、小于65μL、小于70μL、小于75μL、小于80μL、小于85μL、小于90μL、小于95μL、小于100μL、小于110μL、小于120μL、小于130μL、小于140μL、小于150μL、小于160μL、小于170μL、小于180μL、小于190μL、小于200μL、小于250μL、小于300μL、小于350μL、小于400μL、小于450μL、小于500μL、小于550μL、小于600μL、小于650μL、小于700μL、小于750μL、小于800μL、小于850μL、小于900μL、小于950μL、小于1,000μL、小于1.5mL、小于2mL、小于2.5mL、小于3mL、小于3.5mL、小于4mL、小于4.5mL、小于5mL、小于5.5mL、小于6mL、小于6.5mL、小于7mL、小于7.5mL、小于8mL、小于8.5mL、小于9mL、小于9.5mL或小于10mL。稳定化基质或稳定化基质的部分可以与约0.1mL、0.2mL、0.5mL、0.7mL、1mL、2mL、5mL、7mL或10mL或更多的洗脱缓冲液接触。稳定化基质或稳定化基质的部分可以与至少0.1mL、0.2mL、0.5mL、0.7mL、1mL、2mL、5mL、7mL或10mL的洗脱缓冲液接触。
与稳定化基质接触的洗脱液的体积可以取决于稳定化基质的表面积。洗脱缓冲液的量可以小于1μL/mm2、小于2μL/mm2、小于3μL/mm2、小于4μL/mm2、小于5μL/mm2、小于6μL/mm2、小于7μL/mm2、小于8μL/mm2、小于9μL/mm2、小于10μL/mm2、小于12μL/mm2、小于14μL/mm2、小于16μL/mm2、小于18μL/mm2、小于20μL/mm2、小于25μL/mm2、小于30μL/mm2、小于35μL/mm2、小于40μL/mm2、小于45μL/mm2、小于50μL/mm2、小于55μL/mm2、小于60μL/mm2、小于65μL/mm2、小于70μL/mm2、小于75μL/mm2、小于80μL/mm2、小于85μL/mm2、小于90μL/mm2、小于95μL/mm2、小于100μL/mm2、小于150μL/mm2、小于200μL/mm2、小于250μL/mm2、小于300μL/mm2、小于350μL/mm2、小于400μL/mm2、小于450μL/mm2、小于500μL/mm2、小于550μL/mm2、小于600μL/mm2、小于650μL/mm2、小于700μL/mm2、小于750μL/mm2、小于800μL/mm2、小于850μL/mm2、小于900μL/mm2、小于950μL/mm2或小于1,000μL/mm2。在一些情况下,洗脱缓冲液的量可以为约10μL/mm2至约1,000μL/mm2、约10μL/mm2至约900μL/mm2、约10μL/mm2至约800μL/mm2、约10μL/mm2至约700μL/mm2、约10μL/mm2至约600μL/mm2、约10μL/mm2至约500μL/mm2、约10μL/mm2至约400μL/mm2、约10μL/mm2至约300μL/mm2、约10μL/mm2至约200μL/mm2、约10μL/mm2至约100μL/mm2、约10μL/mm2至约90μL/mm2、约10μL/mm2至约80μL/mm2、约10μL/mm2至约70μL/mm2、约10μL/mm2至约60μL/mm2、约10μL/mm2至约50μL/mm2、约10μL/mm2至约40μL/mm2、约10μL/mm2至约30μL/mm2或约10μL/mm2至约20μL/mm2。
可以通过在存在或不存在来自搅拌源的搅拌的情况下在洗脱缓冲液中温育稳定化基质而从该稳定化基质洗脱蛋白质。搅拌源可以是振动器、涡旋器、混合器、摇床等。在一些情况下,可以将搅拌源设置成恒定速度。该速度可以小于1转/分钟(rpm)、小于5rpm、小于10rpm、小于15rpm、小于20rpm、小于25rpm、小于30rpm、小于35rpm、小于40rpm、小于45rpm、小于50rpm、小于55rpm、小于60rpm、小于65rpm、小于70rpm、小于75rpm、小于80rpm、小于85rpm、小于90rpm、小于95rpm、小于100rpm、小于150rpm、小于200rpm、小于250rpm、小于300rpm、小于350rpm、小于400rpm、小于450rpm、小于500rpm、小于550rpm、小于600rpm、小于650rpm、小于700rpm、小于750rpm、小于800rpm、小于850rpm、小于900rpm、小于950rpm、小于1,000rpm、小于1,500rpm、小于2,000rpm、小于2,500rpm、小于3,000rpm、小于3,500rpm、小于4,000rpm、小于4,500rpm、小于5,000rpm、小于5,500rpm、小于6,000rpm、小于6,500rpm、小于7,000rpm、小于7,500rpm、小于8,000rpm、小于8,500rpm、小于9,000rpm、小于9,500rpm或小于10,000rpm。该速度可以为约50rpm、100rpm、200rpm、300rpm、400rpm、500rpm、600rpm、700rpm、800rpm、900rpm、1000rpm、1500rpm或5000rpm。该速度可以为至少50rpm、100rpm、200rpm、300rpm、400rpm、500rpm、600rpm、700rpm、800rpm、900rpm、1000rpm、1500rpm或5000rpm。
洗脱可以在约0℃、小于1℃、小于2℃、小于3℃、小于4℃、小于5℃、小于6℃、小于7℃、小于8℃、小于9℃、小于10℃、小于11℃、小于12℃、小于13℃、小于14℃、小于15℃、小于16℃、小于17℃、小于18℃、小于19℃、小于20℃、小于21℃、小于22℃、小于23℃、小于24℃、小于25℃、小于26℃、小于27℃、小于28℃、小于29℃、小于30℃、小于31℃、小于32℃、小于33℃、小于34℃、小于35℃、小于36℃、小于37℃、小于38℃、小于39℃、小于40℃、小于45℃、小于50℃、小于55℃、小于60℃、小于65℃、小于70℃、小于75℃、小于80℃、小于85℃、小于90℃、小于95℃或约100℃的温度下进行。洗脱可以在约10℃至约100℃、约10℃至约95℃、约10℃至约90℃、约10℃至约85℃、约10℃至约80℃、约10℃至约75℃、约10℃至约70℃、约10℃至约65℃、约10℃至约60℃、约10℃至约55℃、约10℃至约50℃、约20℃至约50℃、约20℃至约48℃、约20℃至约46℃、约20℃至约44℃、约20℃至约42℃、约20℃至约40℃、约20℃至约38℃、约20℃至约36℃、约20℃至约34℃、约20℃至约32℃、约20℃至约30℃、约20℃至约28℃、约20℃至约26℃、约20℃至约24℃或约20℃至约22℃的温度下进行。洗脱可以在约10℃、20℃、25℃、30℃、37℃、50℃或65℃下进行。
洗脱(例如,搅拌)可以进行少于1分钟、少于5分钟、少于10分钟、少于15分钟、少于20分钟、少于25分钟、少于30分钟、少于35分钟、少于40分钟、少于45分钟、少于50分钟、少于55分钟或少于60分钟。洗脱可以进行少于0.5小时、少于1小时、少于1.5小时、少于2小时、少于2.5小时、少于3小时、少于3.5小时、少于4小时、少于4.5小时、少于5小时、少于5.5小时、少于6小时、少于6.5小时、少于7小时、少于7.5小时、少于8小时、少于8.5小时、少于9小时、少于9.5小时、少于10小时、少于10.5小时、少于11小时、少于11.5小时或少于12小时。洗脱可以进行少于0.1天、少于0.2天、少于0.3天、少于0.4天、少于0.5天、少于0.6天、少于0.7天、少于0.8天、少于0.9天、少于1天、少于1.5天、少于2天、少于2.5天、少于3天、少于3.5天、少于4天、少于4.5天、少于5天、少于5.5天、少于6天、少于6.5天或少于7天。洗脱(例如,搅拌)可以进行约0.25hr、0.5hr、1hr、2hr、5hr、10hr、12hr、18hr、24hr、3天或1周。洗脱(例如,搅拌)可以进行至少0.25hr、0.5hr、1hr、2hr、5hr、10hr、12hr、18hr、24hr、3天或1周。表1列出了蛋白质洗脱缓冲液的实例。
表1蛋白质洗脱缓冲液的实例
所洗脱的蛋白质可被转移至容器以供储存或进一步加工,或者可被转移至测定器皿以供表征。
基质的使用
可以将样品施加至一个基质(例如,一层)。可以将样品施加至顶部基质,并且至少部分样品可以接触第二基质,例如,顶部基质下方的第二基质。可以将基质堆叠成例如具有约或至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、50或100层。该堆叠可以包含相同的基质,例如,该堆叠中的每个基质都可以具有相同的组成。该堆叠可以包含具有不同组成的基质,例如,被配置用于稳定核酸的基质可以位于被配置用于稳定蛋白质的基质上方,反之亦然。该堆叠中的基质类型是交替的;例如,被配置用于稳定蛋白质的基质,被配置用于稳定核酸的基质,然后是被配置用于稳定蛋白质的基质等。施加至顶部基质的体积可以穿过至少2、3、4、5、6、7、8、9或10层基质。使用多个基质可以增加期望的生物分子例如核酸或多肽的回收率。
样品可以穿过多个基质,但基质并不彼此接触。例如,可以将样品施加至被配置用于稳定核酸的基质,可以从被配置用于稳定核酸的基质洗脱核酸,并将该核酸施加至被配置用于稳定蛋白质的基质。被配置用于稳定蛋白质的基质可以用于例如从核酸去除污染物,例如,蛋白质污染物。可以将样品施加至被配置用于稳定蛋白质的基质,并且可以从被配置用于稳定蛋白质的基质洗脱蛋白质并将该蛋白质施加至被配置用于稳定核酸的基质。被配置用于稳定核酸的基质可以用于例如从蛋白质去除污染物,例如,核酸污染物。
本发明提供了包括但不限于以下实施方式:
1.一种方法,包括
(a)将具有标签的样品采集和稳定化系统部署至受试者,其中所述系统包括:(i)血液收集单元,其被配置用于收集包含来自所述受试者的组分的血液样品,以及(ii)稳定化基质,其被配置用于稳定来自所收集的血液样品的所述组分,其中所述标签包含与测定相关联的标记;
(b)收集所部署的经标记的样品采集和稳定化系统;
(c)基于所述标签对所稳定的组分进行测定;以及
(d)提供关于进行的所述测定的报告。
2.如实施方式1所述的方法,还包括在步骤(c)之前将所述稳定化基质从所述系统分离。
3.如实施方式1所述的方法,其中所述标签处于所述稳定化基质上。
4.如实施方式1所述的方法,其中所述样品采集和稳定化系统还包括分离模块,该分离模块用于从所收集的血液样品分离所述组分。
5.如实施方式4所述的方法,其中所述标签处于所述分离模块上。
6.如实施方式1所述的方法,其中所述稳定化基质被配置用于进行多种测定。
7.如实施方式1所述的方法,还包括根据存在于所部署的样品采集和稳定化系统中的所述标签来鉴别所述血液样品内的稳定的生物组分,以及从所述鉴别来确定要进行的稳定组分特异性测定。
8.如实施方式1所述的方法,其中所述样品采集和稳定化系统标记有RFID发射器、颜色标记、条形码或者与所述样品标签不同的第二标记。
9.一种用于对来自受试者的生物样品的一种或多种生物组分进行分析的方法,包括:
(a)获得采样装置,所述采样装置包括:(i)样品采集组件和(ii)稳定化基质,所述稳定化基质包含一种或多种稳定化试剂,该一种或多种稳定化试剂被配置用于选择性地稳定选自RNA、DNA和蛋白质的至少一种生物组分;以及
(b)在远离步骤(a)的位置处,在所述采样装置之中或之上对所述至少一种稳定的生物组分进行测定。
10.如实施方式9所述的方法,其中所述一种或多种稳定化试剂被安设在固体基质上或者与该固体基质集成并且处于基本干燥的状态。
11.如实施方式9所述的方法,其中所述固体基质被配置用于将RNA在37摄氏度下大致稳定至少11天。
12.如实施方式10所述的方法,其中在所述装置之中或之上进行的所述测定包括以下的一种或多种:聚合酶链反应(PCR)、DNA测序、RNA表达分析或逆转录RT-PCR。
13.一种用于对来自受试者的生物样品的一种或多种生物组分进行分析的方法,包括:
(a)获得采样装置,所述采样装置包括:(i)样品采集组件和(ii)稳定化基质,所述稳定化基质包含一种或多种稳定化试剂,该一种或多种稳定化试剂被配置用于选择性地稳定选自RNA、DNA和蛋白质的一种或多种生物组分;以及
(b)从所述采样装置移取具有所述一种或多种生物组分的所述稳定化基质;以及
(c)对所述稳定化基质进行一种或多种测定。
14.如实施方式13所述的方法,其中在远离步骤(a)的位置处从所述采样装置移取所述稳定化基质。
15.一种方法,包括:
(a)在环境条件下接收基本干燥的固体基质,所述固体基质包含一种或多种稳定化试剂,该一种或多种稳定化试剂选择性地稳定选自DNA、RNA和蛋白质的一种或多种生物组分;以及
(b)直接在所述干燥固体基质外进行一种或多种测定,以分析所述一种或多种选择性稳定的生物组分。
16.如实施方式15所述的方法,其中所述稳定化试剂包括固体基底,所述固体基底包含处于含水量低于2%的基本干燥状态的松三糖。
17.如实施方式15所述的方法,其中所述稳定化试剂被耦合至一样品采集组件,所述样品采集组件包括用于从所述生物样品提取核酸并储存该核酸的固体基质,其中从所述固体基质获得的RNA具有至少为4的RNA完整性指数(RIN)。
18.一种用于收集和稳定生物样品的装置,包括:
(a)样品采集组件,其包括主体和柱塞,其中所述主体包括近端、远端、在所述近端与远端之间延伸的外主体表面、包括至少一个孔洞并附接至所述远端的基座以及限定在所述主体表面内的内腔,其中所述柱塞被安设在所述内腔内,其中所述柱塞包括近端、远端以及连接至任一端的至少一个针,其中所述至少一个针被配置用于当所述柱塞被致动时穿过所述基座中的所述至少一个孔洞;
(b)样品稳定化组件,其包括被配置成使得生物样品的组分随着所述生物样品从收集点迁移通过所述基质而得以提取和稳定的试剂和基底;其中所述样品稳定化组件被安设在所述主体的所述内腔内,使得所述柱塞的致动驱动所述生物样品通过所述基质以进一步促进所述生物样品的分离。
19.一种用于收集和稳定样品的系统,包括:
(a)样品采集组件,其具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件;以及
(b)样品稳定化组件,其中所述样品稳定化组件包括固体基底,该固体基底包含处于基本干燥状态的松三糖。
20.如实施方式19所述的系统,其中所述固体基底还包含裂解试剂或生物分子稳定化试剂。
21.如实施方式19所述的系统,其中所述固体基底被浸入含有松三糖的液体溶液中,并且其中所述含有松三糖的液体溶液以在10%至30%范围内的浓度存在。
22.如实施方式19所述的系统,其中所述固体基底被配置用于保存酶活性。
23.如实施方式19所述的系统,其中所述套件还包括血浆分离组件。
24.一种用于收集和稳定生物样品的系统,包括:
(a)样品采集组件,其具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件;以及
(b)样品稳定化组件,其包括用于选择性地稳定RNA、DNA或蛋白质的固体基质。
25.如实施方式24所述的系统,其中所述固体基质选择性地稳定RNA,并且其中从所述固体基质获得的RNA具有大于4的RIN指数。
26.如实施方式24所述的系统,还包括血浆分离组件。
27.如实施方式24所述的系统,其中从所述固体基质获得的RNA具有至少为5的RIN。
28.如实施方式24所述的系统,其中从所述固体基质获得的RNA具有至少为6的RIN。
29.如实施方式24所述的系统,其中从所述固体基质获得的RNA具有至少为7的RIN。
30.如实施方式24所述的系统,其中从所述固体基质获得的RNA具有大于7的RIN。
31.如实施方式24所述的系统,其中所述固体基质还包含以干燥状态存在于所述固体基质中的至少一种蛋白质变性剂。
32.如实施方式24所述的系统,其中所述固体基质还包含在所述固体基质中处于干燥状态的至少一种还原剂。
33.如实施方式24所述的系统,其中所述固体基质还包含在所述固体基质中处于干燥状态的至少一种UV保护剂。
34.如实施方式24所述的系统,其中所述固体基质还包含以干燥状态存在于所述固体基质中的至少一种缓冲液。
35.如实施方式34所述的系统,其中所述缓冲液是酸滴定缓冲试剂,该酸滴定缓冲试剂产生在约3至约6范围内的pH。
36.如实施方式24所述的系统,其中所述固体基质是包含纤维素、醋酸纤维素、玻璃纤维或其组合的多孔基质。
37.如实施方式24所述的系统,其中所述固体基质是不可溶解的干燥固体材料。
38.如实施方式24所述的系统,其中所述固体基质被配置用于在水合时提供酸性pH。
39.如实施方式24所述的系统,其中所述固体基质被配置用于从样品中提取核酸以及将所述核酸以基本干燥的状态保存在环境温度下。
40.如实施方式24所述的系统,其中所述样品采集组件连接至所述样品稳定化组件。
41.一种用于收集和稳定样品的系统,包括:
(a)样品采集组件,其具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件;以及
(b)样品稳定化组件,其被耦合至所述样品采集组件,其中所述样品稳定化组件包括固体基底,该固体基底包含处于含水量低于2%的基本干燥状态的松三糖。
42.如实施方式41所述的系统,其中所述固体基底包含裂解试剂、一种或多种生物分子稳定化试剂或其组合。
43.如实施方式41所述的系统,其中所述固体基底被浸入含有松三糖的液体溶液中,并且其中松三糖以在约10%至约30%范围内的浓度存在于所述液体溶液中。
44.如实施方式41所述的系统,其中所述固体基底被配置用于保存酶活性。
45.一种用于收集和稳定生物样品的系统,包括:
(a)样品采集组件,其具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件;以及
(b)样品稳定化组件,其被耦合至所述样品采集组件,所述样品采集组件包括用于从所述生物样品提取核酸并储存该核酸的固体基质,其中从所述固体基质获得的RNA具有至少为4的RIN。
46.如实施方式45所述的系统,其中从所述固体基质获得的RNA具有至少为5的RIN。
47.如实施方式45所述的系统,其中从所述固体基质获得的RNA具有至少为6的RIN。
48.如实施方式45所述的系统,其中从所述固体基质获得的RNA具有至少为7的RIN。
49.如实施方式45所述的系统,其中从所述固体基质获得的RNA具有大于7的RIN。
50.如实施方式45所述的系统,其中所述固体基质还包含以干燥状态存在于所述固体基质中的至少一种蛋白质变性剂。
51.如实施方式45所述的系统,其中所述固体基质还包含在所述固体基质中处于干燥状态的至少一种还原剂。
52.如实施方式45所述的系统,其中所述固体基质还包含在所述固体基质中处于干燥状态的至少一种UV保护剂。
53.如实施方式45所述的系统,其中所述固体基质还包含安设在所述固体基质上或浸渍于所述固体基质内的至少一种缓冲液,其中所述固体基质是基本干燥的,其含水量低于2%。
54.如实施方式53所述的系统,其中所述至少一种缓冲液是酸滴定缓冲试剂,该酸滴定缓冲试剂产生在约3至约6范围内的pH。
55.如实施方式45所述的系统,其中所述固体基质是包含纤维素、醋酸纤维素、玻璃纤维或其组合的多孔基质。
56.如实施方式45所述的系统,其中所述固体基质是不可溶解的干燥固体材料。
57.如实施方式45所述的系统,其中所述固体基质被配置用于在水合时提供酸性pH。
58.如实施方式45所述的系统,其中所述固体基质被配置用于从样品提取核酸以及将所述核酸以基本干燥的状态保存在环境温度下。
59.如实施方式45所述的系统,其中所述样品采集组件连接至所述样品稳定化组件。
60.一种用于收集和稳定生物样品的系统,包括:
(a)样品采集组件,其具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件;以及
(b)样品分离组件,其被耦合至所述样品采集组件,其中所述样品采集组件包括两个或更多个部分重叠的膜,所述膜被配置成使得所述生物样品的一种组分被收集在第一膜上并且所述样品的其余部分被收集在第二膜上。
实施例
实施例1:用于标记样品的收集和制备的方法和套件
将样品采集和稳定化组件部署至终端使用者。样品稳定化组件被专门配置用于指定组的诊断测试;特别地,其被配置用于特定的目标组分。例如,DNA、RNA和蛋白质目标组分各自具有不同的基底组成和鉴别颜色。针对RNA目标组分配置的测试具有红色稳定化基质,针对DNA配置的测试具有绿色稳定化基质,并且针对蛋白质目标组分配置的测试具有蓝色稳定化基质。此外,每个部署的系统都具有独特的条形码;该条形码用于按类型(RNA/DNA/蛋白质)对样品进行分选和分离,以便对样品进行分批处理,并使样品结果与对应于该样品所来自的供体的识别信息相联系。样品稳定化组件具有多个条形码标签——一个永久地固定至样品稳定化组件的条形码标签和若干个便于加工的可移除粘性标签。这些标签显示出与所部署的系统相关联的独特条形码。在已经使用样品采集和稳定化系统来采集样品后,将系统返回到收集样品的设施。使用固定的条形码按照基底类型机械地分离所接收的系统。例如,将所有具有红色稳定化基质的样品稳定化组件都收集在一起并组装成96个样品的批次。基于样品颜色标签进行测定。将一批96个红色样品收集在一起,将来自每个样品的两个标记转移至两组96个无RNA酶的管,每个管按照其被扫入的顺序依次组装。对96个标记的样品管的每个架台进行相同的设置和组织。将96个样品中的每一个的样品稳定化组件按照其被扫入的顺序依次打开,移取红色基底并将其像过滤器一样放置到安设在具有相应样品条形码标签的无RNA酶样品管内的垫环(rim)上。该过程持续到96个样品中的每一个的基底都处于正确标记且相对应的96个样品管中为止。打开针对来自红色基底的目标组分所设计的“红色套件”,从而显露出具有无RNA酶的PCR缓冲液、试剂和其他分子组分的红顶容器,每个瓶子上还具有步骤编号,使得这些瓶子可以方便快速地用于对红色样品执行不同处理步骤。将“步骤1红色试剂”的等分试样添加至96个标记管中的每一个中的红色基底的顶部,关闭该管并将试剂放置几分钟以浸入基底中。在试剂和缓冲液浸入后,将样品离心——驱动基底的内容物进入在样品管底部形成的液体溶液中。再次将“步骤1红色试剂”的另一等分试样添加至基底的顶部并重复离心。打开该管并将固体基底从每个样品移除;然后向液体溶液添加“步骤2红色试剂”的等分试样,该“步骤2红色试剂”包含含有DNA分子的缓冲溶液,该DNA分子是部分双链的且具有与目标组分RNA互补的单链区。关闭该管并将其放置在PCR机器中,该PCR机器处于促进布朗运动而不诱导双链DNA分子变性的温度下;在该温度下,来自基底的RNA与DNA分子的单链区杂交。DNA分子在双链区内具有针对RNA聚合酶的启动子,并且单链区的3’突出端具有一串胸苷残基。来自红色基底的信使RNA(mRNA)的3’端的poly(A)尾与DNA分子的胸腺嘧啶残基突出端杂交。然后打开该管并向该管添加包含连接酶和缓冲液的“步骤3红色试剂”的等分试样。加热该样品,mRNA与双链DNA分子之间发生连接,从而形成双链RNA-DNA分子,其中整个mRNA作为该分子的一条链而并入。打开该管并向96个管中的每一个添加包含RNA聚合酶的“步骤4红色试剂”的等分试样,关闭该管并对样品运行32次重复变性和退火的PCR循环,从而扩增RNA模板并产生反义cRNA文库。将所扩增的cRNAPCR产物的等分试样转移至相应的96个空的标记样品管中的每一个,并将“步骤1红色试剂”的等分试样添加至第二架台的96个空标记管。重复步骤2-4,从而产生连接和聚合,这次产生mRNA的有义链。然后使用标准测序方案对这些有义链进行测序,使用标准基因表达谱方法分析结果,并使用条形码编号作为标识符来确定与给定结果相关联的供体。
还可使用用于进行类似批次分析的其他套件;绿色套件适用于选择性地稳定DNA的绿色基底组件,而蓝色套件适用于选择性地稳定蛋白质的蓝色基底组件。使用不同的方法处理来自这些不同基底中的每一个的样品。
实施例2:具有刺血针和止血带以及样品分离组件的套件
将套件部署至终端使用者或供体。套件包括用于温暖手部的晶体激活贮袋、刺血针、止血带、酒精棉片、纱布、压力激活刺血针、自填充毛细管以及具有集成的样品分离单元和样品稳定化基质的样品稳定化组件。终端使用者温暖供体的手部以在刺血之前促进对血液流动的刺激;这通过激活晶体激活的暖手贮袋并将其握在手部的手指之间来实现。使供体的手部放松并置于心脏和肌肉的下方,同时供体舒适地坐在椅子上,手和手臂松弛地置于椅臂上。将止血带放置在供体的非惯用手上,并在供体的中指上选择部位。将橡皮圈止血带绕在手指的小指周围,然后扭转以继续缠绕手指打环若干次,从而形成止血带。留下一个环以便于移除。在指尖处产生压力,指尖呈现轻微红色并且充血。对样品部位进行灭菌;首先选择指尖的一侧,然后用酒精棉片擦过该区域,再用一片无菌纱布干燥该区域。供体在刺血期间握住并拉动止血带的自由环。刺血过程可以取决于所提供的刺血针的类型和来源。移除刺血针的保护帽,并将刺血针放置在朝向经灭菌的手指的一侧。将刺血针放置成避开有茧并且含有更高密度的神经末梢的指尖中心。按下刺血针直到刺血针中的弹簧啮合并听到咔哒声,表明皮肤已被刺穿。刺血后立即移除血液的第一证据,并向手指施加轻微而恒定的压力。将自填充毛细管(例如,Safe-Tec Clinical Products,LLC,Ivyland PA)与切口部位保持水平并使用该自填充毛细管接触形成中的血滴,毛细管自填充至印在塑料轴杆上的黑线,然后自行停止。存在一个塑料球囊,并且其在填充步骤期间未被压缩。当所收集的血液到达黑线并停止填充时,从指尖撤除压力,并释放橡皮圈的自由环以减小手指止血带的压力。将血液分配至样品稳定化组件;将样品稳定化组件放置在平坦的表面上,并用无菌纱布擦净毛细管外部的血液。将经填充的毛细管在样品稳定化组件的底部上方保持竖直,缓慢分配所收集的样品并均匀地按压在经填充的毛细管的塑料球囊。在分配时,将毛细管在样品稳定化组件的底部上固定到位。当所有血液分配到样品稳定化组件上时,丢弃毛细管。在程序后,使血液采样组件不受干扰,同时完全移除手指止血带并清洁切口部位。使用无菌纱布向切口施加压力以止血,并将手抬高到心脏以上以帮助凝血。使样品稳定化组件在程序后的约5-10分钟不受干扰,并对其进行观察以确定血滴是否仍在过滤器上的凸起以及过滤器是否仍然呈现“润湿”。在这种情况下使用了分离组件,因此观察到凸起的“润湿”血滴,然后样品分离组件的顶部开始出现稻黄色血浆。样品分离的外观被用来指示样品可以放回储存容器中。使用条形码标签对血液采样组件进行标记,并保持在室温下。将储存容器密封并存放在邮包中。
虽然本文已经显示和描述了本发明的优选实施方式,但对于本领域技术人员而言显而易见的是,这样的实施方式仅作为示例提供。在不脱离本发明的情况下,本领域技术人员现将想到许多变化、改变和替换。应当理解,在实施本发明本的过程中可以采用本文描述的本发明实施方式的各种替代方案。以下权利要求旨在限定本发明的范围,并且由此涵盖这些权利要求及其等效项的范围内的方法和结构。
Claims (10)
1.一种方法,包括
(a)将具有标签的样品采集和稳定化系统部署至受试者,其中所述系统包括:(i)血液收集单元,其被配置用于收集包含来自所述受试者的组分的血液样品,以及(ii)稳定化基质,其被配置用于稳定来自所收集的血液样品的所述组分,其中所述标签包含与测定相关联的标记;
(b)收集所部署的经标记的样品采集和稳定化系统;
(c)基于所述标签对所稳定的组分进行测定;以及
(d)提供关于进行的所述测定的报告。
2.一种用于对来自受试者的生物样品的一种或多种生物组分进行分析的方法,包括:
(a)获得采样装置,所述采样装置包括:(i)样品采集组件和(ii)稳定化基质,所述稳定化基质包含一种或多种稳定化试剂,该一种或多种稳定化试剂被配置用于选择性地稳定选自RNA、DNA和蛋白质的至少一种生物组分;以及
(b)在远离步骤(a)的位置处,在所述采样装置之中或之上对所述至少一种稳定的生物组分进行测定。
3.一种用于对来自受试者的生物样品的一种或多种生物组分进行分析的方法,包括:
(a)获得采样装置,所述采样装置包括:(i)样品采集组件和(ii)稳定化基质,所述稳定化基质包含一种或多种稳定化试剂,该一种或多种稳定化试剂被配置用于选择性地稳定选自RNA、DNA和蛋白质的一种或多种生物组分;以及
(b)从所述采样装置移取具有所述一种或多种生物组分的所述稳定化基质;以及
(c)对所述稳定化基质进行一种或多种测定。
4.一种方法,包括:
(a)在环境条件下接收基本干燥的固体基质,所述固体基质包含一种或多种稳定化试剂,该一种或多种稳定化试剂选择性地稳定选自DNA、RNA和蛋白质的一种或多种生物组分;以及
(b)直接在所述干燥固体基质外进行一种或多种测定,以分析所述一种或多种选择性稳定的生物组分。
5.一种用于收集和稳定生物样品的装置,包括:
(a)样品采集组件,其包括主体和柱塞,其中所述主体包括近端、远端、在所述近端与远端之间延伸的外主体表面、包括至少一个孔洞并附接至所述远端的基座以及限定在所述主体表面内的内腔,其中所述柱塞被安设在所述内腔内,其中所述柱塞包括近端、远端以及连接至任一端的至少一个针,其中所述至少一个针被配置用于当所述柱塞被致动时穿过所述基座中的所述至少一个孔洞;
(b)样品稳定化组件,其包括被配置成使得生物样品的组分随着所述生物样品从收集点迁移通过所述基质而得以提取和稳定的试剂和基底;其中所述样品稳定化组件被安设在所述主体的所述内腔内,使得所述柱塞的致动驱动所述生物样品通过所述基质以进一步促进所述生物样品的分离。
6.一种用于收集和稳定样品的系统,包括:
(a)样品采集组件,其具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件;以及
(b)样品稳定化组件,其中所述样品稳定化组件包括固体基底,该固体基底包含处于基本干燥状态的松三糖。
7.一种用于收集和稳定生物样品的系统,包括:
(a)样品采集组件,其具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件;以及
(b)样品稳定化组件,其包括用于选择性地稳定RNA、DNA或蛋白质的固体基质。
8.一种用于收集和稳定样品的系统,包括:
(a)样品采集组件,其具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件;以及
(b)样品稳定化组件,其被耦合至所述样品采集组件,其中所述样品稳定化组件包括固体基底,该固体基底包含处于含水量低于2%的基本干燥状态的松三糖。
9.一种用于收集和稳定生物样品的系统,包括:
(a)样品采集组件,其具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件;以及
(b)样品稳定化组件,其被耦合至所述样品采集组件,所述样品采集组件包括用于从所述生物样品提取核酸并储存该核酸的固体基质,其中从所述固体基质获得的RNA具有至少为4的RIN。
10.一种用于收集和稳定生物样品的系统,包括:
(a)样品采集组件,其具有被配置用于穿透皮肤以暴露血液的一个或多个穿刺元件;以及
(b)样品分离组件,其被耦合至所述样品采集组件,其中所述样品采集组件包括两个或更多个部分重叠的膜,所述膜被配置成使得所述生物样品的一种组分被收集在第一膜上并且所述样品的其余部分被收集在第二膜上。
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