CN114788869B - 一种治疗复发或转移性鼻咽癌的药物及其疗效评估标志物 - Google Patents

一种治疗复发或转移性鼻咽癌的药物及其疗效评估标志物 Download PDF

Info

Publication number
CN114788869B
CN114788869B CN202210402344.XA CN202210402344A CN114788869B CN 114788869 B CN114788869 B CN 114788869B CN 202210402344 A CN202210402344 A CN 202210402344A CN 114788869 B CN114788869 B CN 114788869B
Authority
CN
China
Prior art keywords
patients
nasopharyngeal carcinoma
recurrent
cells
gemcitabine
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN202210402344.XA
Other languages
English (en)
Other versions
CN114788869A (zh
Inventor
陈明远
游瑞
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Sun Yat Sen University Cancer Center
Original Assignee
Sun Yat Sen University Cancer Center
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Sun Yat Sen University Cancer Center filed Critical Sun Yat Sen University Cancer Center
Priority to CN202210402344.XA priority Critical patent/CN114788869B/zh
Publication of CN114788869A publication Critical patent/CN114788869A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN114788869B publication Critical patent/CN114788869B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/435—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with one nitrogen as the only ring hetero atom
    • A61K31/44—Non condensed pyridines; Hydrogenated derivatives thereof
    • A61K31/4427—Non condensed pyridines; Hydrogenated derivatives thereof containing further heterocyclic ring systems
    • A61K31/444—Non condensed pyridines; Hydrogenated derivatives thereof containing further heterocyclic ring systems containing a six-membered ring with nitrogen as a ring heteroatom, e.g. amrinone
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7042—Compounds having saccharide radicals and heterocyclic rings
    • A61K31/7052—Compounds having saccharide radicals and heterocyclic rings having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. nucleosides, nucleotides
    • A61K31/706—Compounds having saccharide radicals and heterocyclic rings having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. nucleosides, nucleotides containing six-membered rings with nitrogen as a ring hetero atom
    • A61K31/7064—Compounds having saccharide radicals and heterocyclic rings having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. nucleosides, nucleotides containing six-membered rings with nitrogen as a ring hetero atom containing condensed or non-condensed pyrimidines
    • A61K31/7068—Compounds having saccharide radicals and heterocyclic rings having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. nucleosides, nucleotides containing six-membered rings with nitrogen as a ring hetero atom containing condensed or non-condensed pyrimidines having oxo groups directly attached to the pyrimidine ring, e.g. cytidine, cytidylic acid
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A61K39/39533—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals
    • A61K39/3955—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals against proteinaceous materials, e.g. enzymes, hormones, lymphokines
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P11/00—Drugs for disorders of the respiratory system
    • A61P11/02—Nasal agents, e.g. decongestants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Otolaryngology (AREA)
  • Pulmonology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Endocrinology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供了一种治疗复发或转移性鼻咽癌的药物及其疗效评估标志物，所述药物包含吉西他滨、VEGFR2抑制剂和抗PD‑1单抗。本发明首次发现吉西他滨、VEGFR2抑制剂和抗PD‑1单抗联合对复发和转移性鼻咽癌患者具有更好的治疗效果和可控的毒性。在纳入研究的41例患者中，使用吉西他滨、VEGFR2抑制剂和抗PD‑1单抗联合治疗的ORR为90.2%（95%CI:76.9%‑97.2%）；中位PFS为13.93个月（95%CI:NR‑NR）；12个月PFS率为72.0%（95%CI:57.1%‑86.9%）；显示出良好的抗肿瘤活性。并进一步利用基因组和转录组分析发现，11q13.3区相关基因，尤其是MRGPRF基因的表达水平可预测吉西他滨、VEGFR2抑制剂和抗PD‑1单抗联用对复发和转移性鼻咽癌患者的疗效，可帮助筛选对所述新型联合疗法有益的患者群体。

Description

一种治疗复发或转移性鼻咽癌的药物及其疗效评估标志物
技术领域
本发明属于生物医药技术领域，具体涉及一种治疗复发或转移性鼻咽癌的药物及其疗效评估标志物。
背景技术
鼻咽癌（Nasopharynx Cancer，NPC）在东南亚的患病率最高，男性的年龄标准化率为22.2至27.2/100000。地方性鼻咽癌局部复发和远处转移的发生率在10%到20%之间。吉西他滨联合顺铂已成为这些患者的一线治疗标准。最近，与单独使用吉西他滨和顺铂相比，联合使用PD-1抑制剂（卡瑞利珠单抗或特瑞普利单抗）加用吉西他滨和顺铂对鼻咽癌患者的生存率有好处。然而，由于其已知的副作用，包括严重的血液毒性、恶心、呕吐、肾脏和耳毒性，顺铂与较差的治疗依从性和生活质量相关。此外，尽管帕姆单抗或纳武单抗已被批准作为复发或转移性NPC的后续一线治疗，但单独使用PD-1抑制剂进行维持治疗的疗效有限。因此，需要一种与顺铂疗效相关且毒性较低，且能联合PD-1抑制剂作为长期维持治疗。
发明内容
基于此，本发明的目的在于提供一种治疗复发或转移性鼻咽癌的药物及其疗效评估标志物，所述药物在用于治疗复发和/或转移性鼻咽癌时显示出更低的毒性特征，高反应率和令人满意的PFS。
具体技术方案如下。
一种药物组合物，所述药物组合物包含吉西他滨、VEGFR2抑制剂和抗PD-1单抗。
在其中一些实施例中，所述VEGFR2抑制剂为阿帕替尼。
在其中一些实施例中，所述抗PD-1单抗为特瑞普利。
本发明还提供了上述药物组合物在制备治疗复发和/或转移性鼻咽癌的药物中的应用。
在其中一些实施例中，所述复发和/或转移性鼻咽癌的患者为MRGPRF基因低表达的患者。发明人经过研究发现，上述药物组合物对MRGPRF基因高表达的患者治疗效果较差。
在其中一些实施例中，所述复发和/或转移性鼻咽癌的患者为距离最后一次放疗间隔至少12个月的患者。发明人经过研究发现，距离最后一次放疗间隔小于12个月的患者在使用上述药物组合物治疗时，不良事件鼻咽壁坏死的发生率明显升高。
本发明还提供了一种治疗复发和/或转移性鼻咽癌的药物，所述药物包含上述药物组合物。
本发明还提供了人类染色体11q13.3区基因在评估上述药物组合物对复发和/或转移性鼻咽癌的疗效中的应用。
本发明还提供了检测人类染色体11q13.3区基因表达水平或区段变异的试剂在制备评估上述药物组合物对复发和/或转移性鼻咽癌的疗效的试剂盒中的应用。
在其中一些实施例中，所述人类染色体11q13.3区基因为MRGPRF基因。
发明人经过研究发现，人类染色体11q13.3区段扩增的情况可以预测上述药物组合物对复发和转移性鼻咽癌患者的治疗效果，因此，检测11q13.3区段扩增的情况及该区段内基因的表达情况的试剂可用于预测上述药物组合物对复发和转移性鼻咽癌患者的疗效。尤其是MRGPRF基因，其是排名最高的基因。
本发明还提供了一种评估上述药物组合物对复发和/或转移性鼻咽癌的疗效的试剂盒，所述试剂盒包含检测人类染色体11q13.3区基因表达水平或突变的试剂。
在其中一些实施例中，所述人类染色体11q13.3区基因为MRGPRF基因。
本发明首次发现吉西他滨、VEGFR2抑制剂和抗PD-1单抗联合对复发和转移性鼻咽癌患者具有更好的治疗效果，同时毒性低于吉西他滨加顺铂联合PD-1抑制剂治疗方案。在纳入研究的41例患者中，使用吉西他滨、VEGFR2抑制剂和抗PD-1单抗联合治疗的ORR为90.2%（95%CI:76.9%-97.2%）；中位PFS为13.93个月（95%CI:NR-NR）；12个月PFS率为72.0%（95%CI:57.1%-86.9%）；显示出良好的抗肿瘤活性。三者联合治疗后，外周血中CD28+和ICOS+CD4+、COS+CD8+T细胞显著增加，而PD1+CD4+、PD1+CD8+T细胞明显减少。并进一步利用基因组和转录分析发现，11q13.3区相关基因，尤其是MRGPRF基因的表达水平可预测吉西他滨、VEGFR2抑制剂和抗PD-1单抗联用对复发和转移性鼻咽癌患者的疗效，可帮助筛选对所述新型联合疗法有益的患者群体。
附图说明
图1为抗肿瘤活性纳入疗效评估人群。A： 响应持续时间，每个条的长度代表每个患者的治疗持续时间；B：目标病变从基线的最佳百分比变化，-30%变化的虚线表示RECIST版本1.1截止值以定义部分响应。
图2为Kaplan-Meier曲线的反应持续时间，无进展生存期和总生存期。A：在响应者（n=37）中评估响应的持续时间；B：在整个群体（n=41）中评估无进展存活时间；C：在整个群体（n=41）中评估总体存活。
图3为GAT疗法驱动的宿主系统免疫刺激效应结果。A-E：在11名患者的治疗前和治疗两个周期后宿主系统免疫细胞的频率和组成；F-J：响应于治疗的T细胞各亚群的变化；K-P：门控CD8+T细胞和CD4+T细胞，其频率和分布使用针对9种表型标记的抗体测定；Q-R：在预处理、两个治疗周期后和疾病进展中，在一名患者中连续分析宿主全身免疫细胞。
图4为综合基因组学分析结果。A：拷贝数变异负担；B：体细胞突变负担；C：新抗原负荷；D：微卫星不稳定性（MSI）评分与联合治疗后的无进展生存期无关；E：MATH评分与联合治疗后的无进展生存期无关；F：HLA接合性与无进展生存期无关；G-I：在11q13中获得收益是经常性的（GISTIC2 Q< 0.1），并与不良的无进展生存期和临床反应相关；J：11q13.3扩增肿瘤基因集富集分析（GSEA）；K：在达到临床反应的患者和未达到临床反应的患者之间的GSEA结果。
图5为MRGPRF表达与联合治疗后的无进展存活相关分析结果。A：11q13.3扩增相关的顶级基因是MRGPRF；B：MRGPRF表达与11q13扩增的相关性；C：在RNA-seq组中，高MRGPRF表达预测在联合治疗后不良的无进展存活；D：在免疫组织化学染色组中，高MRGPRF表达预测在联合治疗后不良的无进展存活；E：对高MRGPRF表达和低MRGPRF表达的患者进行基因集富集分析（GSEA）；F：该队列中MRGPRF表达与EMT评分之间的相关性；G：该队列中MRGPRF表达与基质评分之间的相关性；H：来自TCGA的头颈癌数据集中MRGPRF表达与EMT评分之间的相关性；J：用xCell去卷积RNA-seq方法测定在免疫浸润和未浸润样品中具有高相对比例的免疫区室；K-N：免疫浸润状态、血管密度和PD-L1 CPS与无进展生存期相关。
图6为连续循环肿瘤DNA（ctDNA）测序预测临床结果。A：通过连续循环肿瘤DNA（ctDNA）测序预测临床结果，ctDNA突变负荷评分与非同义组织突变负荷；B：ctDNA和EBVDNA的游泳图监测联合治疗；C-D：两个联合治疗周期后的连续ctDNA变化和ctDNA状态与无进展生存期相关。
具体实施方式
本发明下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，或按照制造厂商所建议的条件。实施例中所用到的各种常用化学试剂，均为市售产品。
除非另有定义，本发明所使用的所有的技术和科学术语与属于本发明的技术领域的技术人员通常理解的含义相同。本发明的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的，不用于限制本发明。
本发明的术语“包括”和“具有”以及它们任何变形，意图在于覆盖不排他的包含。例如包含了一系列步骤的过程、方法、装置、产品或设备没有限定于已列出的步骤或模块，而是可选地还包括没有列出的步骤，或可选地还包括对于这些过程、方法、产品或设备固有的其它步骤。
在本发明中提及的“多个”是指两个或两个以上。“和/或”，描述关联对象的关联关系，表示可以存在三种关系，例如，A和/或B，可以表示：单独存在A，同时存在A和B，单独存在B这三种情况。字符“/”一般表示前后关联对象是一种“或”的关系。
下面结合具体实施例进行说明，以下实施例中吉西他滨、VEGFR2抑制剂和抗PD-1单抗联合治疗的方法简称GAT疗法。
实施例1
1、病例信息
本发明试验的资格标准包括年龄18-70岁；NPC的组织学证实；不适合放疗和手术的转移性鼻咽癌或复发性鼻咽癌患者；入组前6个月无全身化疗；东部肿瘤协作组（ECOG）的表现状态为0或1；至少有一个可测量的病变由研究者用实体瘤疗效评估标准（RECIST）1.1版评估；和充足的器官功能。排除标准包括病史或活动性自身免疫性疾病；需要使用免疫抑制药物的医疗条件；活动性乙型肝炎或丙型肝炎病毒感染；不受控制的高血压和心脏病；先前用抗PD-1或抗PD-L1抗体治疗；有严重出血史或活动性严重出血史；以及怀孕或哺乳的患者。
预处理评估包括完整的病史和体格检查；血液学和生化分析；鼻咽镜检查；和磁共振成像（MRI）或对比增强计算机断层扫描（CT），如果患者有头颈部MRI的禁忌症。
18F-氟脱氧葡萄糖正电子发射断层扫描（18F-FDG-PET-CT）对于远处转移分期是强制性的。
根据上述标准，2019年8月至2020年4月期间，对54例复发或转移性NPC患者进行了筛查，其中41例符合条件的患者入选并接受了研究治疗。所有41名患者均纳入疗效和安全性分析（图1A）。
表1列出了基线人口统计数据和疾病特征。患者年龄中位数为46.0岁（IQR 37.8-55.0）。在本研究中，41名患者中有31名（75.6%）接受了一线治疗，而41名患者中有10名（24.4%）接受了后续的一线治疗。41例患者中有11例（26.8%）分期为局部复发，这使得患者不适合根据可切除区域进行手术或根据验证模型进行再放疗，而41例患者中有30例（73.2%）分期为有或无局部复发的远处转移。
表1 基线人口统计数据和疾病特征
Figure 774700DEST_PATH_IMAGE001
Data are presented as the median or n (%) unless otherwise stated.
41名患者中有23名（56.1%）因疾病进展（n=9）、不良事件（AE）限制（n=9）和撤回同意（n=5）而停止治疗。这九种AE限制包括G4鼻咽壁坏死（n=6）、G4血清肌酐升高（n=1）、G4肺炎（n=1）和G3肌炎（n=1）。不允许对特瑞普利单抗进行剂量调整。6名患者因阿帕替尼相关的毒性，包括G3鼻咽壁坏死（n=3）和G3出血（n=3），停止使用阿帕替尼并继续使用特瑞普利单抗进行研究。治疗的中位持续时间为8.5个月（IQR为6.5-14.6）。
、治疗方案
吉西他滨的体表面积为1000 mg/m2，在第1天和第8天静脉注射，每3周静脉注射一次，最多6个周期。特瑞普利单抗（240 mg）在第1天每3周静脉输注一次，直至疾病进展，死亡，剂量限制性毒性或患者要求停止。阿帕替尼（250 mg）每天口服一次，直至疾病进展，死亡，剂量限制性毒性或患者要求停止。在方案定义的疾病进展发生之前，不允许使用非方案抗癌药物。特瑞普利单抗的剂量修改是不允许的。
在6个周期的吉西他滨化疗期间每2个周期评估肿瘤反应，并且在基于RECIST v1的阿帕替尼和/或特瑞普利单抗维持治疗期间每3个月评估肿瘤反应。还通过鼻咽镜检查和MRI评估原发部位的肿瘤反应，并通过18F-FDG-PET-CT，CT或MRI评估远处病变的肿瘤反应。根据不良事件通用术语标准（CTCAE）v5对AE进行评分。
、方法
研究终点
主要终点是安全性。根据由不知情的影像科医师评估的RECIST 1.1，次要终点包括影像学证实的完全或部分反应；达到疾病控制的患者比例，定义为RECIST定义的客观反应或疾病稳定的患者；获得临床获益的患者比例，定义为持续至少6个月的确诊客观反应或疾病稳定的患者；PFS（中位数和6个月和12个月），从入选到RECIST定义的任何原因导致的进展或死亡；和反应持续时间，定义为首次记录对影像学观察到的疾病进展的客观反应的时间。影响评估结果进行了集中审查。
新抗原预测
为了鉴定新抗原，我们使用NetMHC和NetMHCpan来预测从8mers到11mers的新表位。预测结合亲和力<500nM且小于野生型肽的新表位为新抗原。
检测
MSI传感器用于估计每位患者的MSI状态。对于每个样本，我们注意到具有足够数据的位点总数（正常组织和肿瘤组织中至少20个跨越读数）和体细胞位点的数量。体细胞部位的百分比是MSI评分。
转录组分析
参考基因组的索引是使用Bowtie v2构建的。2.3. 通过HISAT2 v2将干净的读数与参考基因组（UCSC hg38）进行比对。0.5与配对端映射方法。HTseq用于计算映射到每个基因的读取数。为了定量目的，转录物/基因的相对丰度通过标准化度量，每百万个映射读数（FPKM）的每千碱基转录物片段来测量。然后，对所有样品进行主成分分析（PCA）以评估批次效应。
进行基因集富集分析（GSEA）。GSEA评估并确定先验定义的基因组是否显示与特定表型相关的基因表达的统计学显着累积变化。hallmark基因集（H）的分子特征数据库（MSigDB）用于富集分析。GSEA中的富集得分（ES）是通过首先对两种表型从最显着到最不显着的基因进行排名来计算的。
为了确定肿瘤免疫微环境的概况，我们应用计算方法xCell来估计细胞类型富集评分。xCell可以通过执行单样本基因集富集分析（ssGSEA）来确定细胞类型富集。对每个样品获得64种细胞的富集评分，即34种免疫细胞和30种基质及其他细胞。将每种细胞类型的总体和细胞类型特异性富集评分标准化为Z评分。
突变检测
Trimmomatic用于FASTQ文件质量控制（QC）。每个样本的读数都被映射到参考基因组hg19（人类基因组版本）19） 使用Burrows-Wheeler对准器（BWA-mem，v0.7.12）。VarScan2用于检测体细胞突变，并使用ANNOVAR进行注释。FACTERA在默认参数下鉴定基因组融合。拷贝数变异（CNVs）检测使用ADTEx(http://adtex.sourceforge.net)在默认参数下。如前所述，通过对目标基因的编码区中的所有碱基取代和插入缺失进行求和来确定小组TMB，包括同义改变以减少采样噪声并排除已知的驱动突变，因为它们在小组中过度表达。
多重染色和多光谱成像
使用PANO 7-plex IHC试剂盒（目录号0004100100；Panovue，Beijing，China）进行多重免疫荧光染色。CD31（CST3528）、PD-L1（CST13684）、CD8A（CST70306）、CD4（ZM0418）和pan-CK（CST4545S）依次应用抗体，然后是辣根过氧化物酶缀合的二抗和酪胺信号放大。每次TSA操作后，将载玻片在微波炉中进行热处理。在所有人抗原被标记后，细胞核用4'-6'-二脒基-2-苯基吲哚（DAPI，Sigma-Aldrich）染色。
为了获得多光谱图像，使用Mantra系统（PerkinElmer，Waltham，Massachusetts，USA）扫描染色的载玻片，其以相同的曝光时间在420nm至720nm的20nm波长间隔捕获荧光光谱；将扫描结果合并以构建单个堆栈图像。
免疫组织化学和评估
将32个石蜡包埋的切片染色用于MRGPRF（亲和力，AF9117）。通过两个评分评估染色结果：表达强度（从阴性到强阳性；0=阴性，1=弱阳性表达，2=中度阳性表达，3=强阳性表达）和表达区域的比例（范围从0%到100%；0=0-5%，1=6-25%，2=26-50%，3=51-75%和4=76-100%）。最终得分等于每个患者的表达强度评分乘以其相应面积评分。最终得分大于6分者即为MRGPRF基因高表达，小于或等于6分即为MRGPRF基因低表达。
所有染色结果均由一名鼻咽病理学家独立评估，该病理学家对患者的临床病理数据不知情。
大规模细胞计数数据分析
首先门控CD45-细胞以分离所有免疫细胞。然后，首先将数据标准化为基于珠子的标准化器。根据先前描述的方案进行CyTOF分析。所有分类和功能标记均用于聚类和可视化。X-shift算法用于聚类单元格。使用R包cytofkit通过t分布随机相邻嵌入（t-SNE）随机选择总共5000个细胞/样品用于可视化。细胞用经典标记注释。为了重新聚类每种细胞类型，应用了类似的方法，稍作修改。仅将每种细胞类型中表达的标记用于聚类和可视化。通过随机选择5000个细胞/样品使最大总细胞数超过5000个/样品的细胞类型可视化，而使用所有细胞使最大总细胞数小于5000个/样品的细胞类型可视化。来自每种亚型的细胞由特异性标记物定义。每个细胞类型和亚型中每个标记的中值用于通过层次聚类确定相关性。
统计分析
所有入选患者均纳入疗效和安全性分析，并提供患者的临床和人口学特征。对于安全性分析，报告了每个AE的频率。使用反向Kaplan-Meier方法计算中位随访时间。客观缓解率（ORR）的95%可信区间采用Clopper-Pearson方法计算。使用Kaplan-Meier方法分析反应持续时间，PFS和OS。Pearson相关性用于确定两个变量之间的关联。Wilcoxon秩和检验用于比较连续变量，卡方检验或Fisher精确检验用于比较分类变量，Kaplan-Meier曲线和对数秩检验用于比较生存相关变量。使用0.05的双侧显着性水平。我们使用R软件（v4.0.2，https://www.r-project.org/)。
、治疗中的不良事件及其危险因素
所有41名患者均纳入安全性分析（表2）。最常见的不良反应大多为1-2级，包括疲劳（n=39；95.1%）、恶心（37；90.2%）、血甘油三酯升高（n=25；60.8%）、甲状腺功能减退（n=22；53.7%）、高血压（n=22；53.7%）、中性粒细胞减少（n=16；38.9%）、白细胞减少（n=15；36.5%）、血胆固醇升高（n=13；31.7%）和瘙痒（n=14；34.1%）。3级及以上不良事件包括贫血（n=7；17.1%）患者、高血压（n=4；9.8%）和鼻咽壁坏死（n=9；21.9%）。
表2 不良事件和等级
Figure 691841DEST_PATH_IMAGE003
All data are presented as the no. (%).
为了进一步探索与抗血管生成药物引起的鼻咽壁坏死相关的临床特征，我们发现先前的放疗与鼻咽壁坏死显著相关，如7例（100.0%）曾接受过两个疗程放疗的患者出现鼻咽壁坏死，而未接受放疗的患者（0,0%）均未出现鼻咽壁坏死。我们还发现，从抗VEGFR2治疗开始到之前的放疗结束之间的间隔小于12个月的患者，其鼻咽坏死的发生率为72.7%，明显高于间隔至少12个月的患者（发生率为5.9%），差异具有统计学意义（P<0.001）。
、疗效
分析的数据截止日期是2021年3月30日。3例失访，3例死亡，35例存活。中位PFS随访时间为13.4个月（95%CI 12.7-14.1个月）。41例患者中有37例（90.2%）达到客观反应，41例患者中有14例（34.1%）达到完全缓解（CR），41例患者（100.0%）达到疾病控制。在23例确诊为客观反应的患者中，中位反应时间为1.50个月（IQR 1.33-2.21），中位反应持续时间为19.0个月（95%CI 10.5-27.5）。数据截止时，41名患者中有21名（51.2%）正在进行反应。
总体而言，接受至少一次基线后肿瘤评估的41名患者中有41名（100.0%）的目标病变大小从基线开始减少。从基线的中值变化为-68.0%（IQR-100.0%至-40.5%）（图1B）。16名患者记录了疾病进展。中位PFS持续时间为13.93个月（95%CI:NR-NR），12个月PFS率为72.0%（95%CI 57.1%-86.9%）（图2）。中位OS随访时间为15.67个月（95%CI 14.53-16.81个月）。未达到中位总生存期（OS），12个月OS率为94.3%（95%CI 86.6%-100.0%）（图2）。根据疾病分期或治疗方案，PFS结果无统计学差异。
、GAT疗法驱动的宿主系统免疫刺激效应
为了研究GAT治疗对这些患者全身免疫细胞组成的影响，我们首先对11名PBMC样本合格的患者在治疗前和治疗两个周期后进行单细胞质谱仪（CyTOF）检测外周血免疫细胞表型。
我们观察到，在两个周期的治疗后，主要淋巴细胞群（包括CD8+T细胞、CD4+T细胞和IgD+B细胞）的比例没有显著改变。然而，自然杀伤（NK）细胞的百分比显著降低，而单核细胞的百分比显著增加（图3A-3E）。
T细胞被认为是检查点阻断免疫治疗的主要靶点，为了更好地描述T细胞的激活状态，我们接下来评估了它们各自的亚群在治疗反应中的变化。我们观察了CD38+/HLA-DR+CD8+T细胞、CD28+/CCR4+CD8+T细胞、CD28+/CD161+/CD69+/CD127+CD8+T细胞、ICOS+/CD28+/CD38+/HLADR+CD4+T细胞和CD28+/CD161+/CD127+/CXCR3+/HLA DR-CD4+T细胞的比例经过两个周期的治疗后，细胞数量显著增加（图3F-3J）。然后，我们通过使用针对9种表型标记物的抗体（CD28、CTLA-4、GZMB、ICOS、Ki-67、PD-1、Tim-3、Treg和BTLA）来确定患者和时间点的CD8+和CD4+T细胞的频率和分布，从而对患者和时间点的CD8+和CD4+T细胞进行比较。结果发现，共抑制PD-1+CD8+/CD4+T细胞的百分比显著降低，而共刺激CD28+CD8+/CD4+T细胞和ICOS+CD8+/CD4+T细胞的百分比显著增加（图3K-3P）。
对一名患者的外周血免疫细胞P34在治疗前、两个疗程后和疾病进展时进行了连续分析。有趣的是，我们观察到CD4+T效应记忆细胞（TEM）（CD45RA-/CCR7-）、CD8+TEM和CD8+T效应细胞（TEFF）（CD45RA+/CCR7-）的比例持续增加，尤其是在疾病进展时，而单核细胞和浆细胞样树突状细胞（PDC）的比例降低。两个疗程后，NK细胞的比例显著降低，但在疾病进展时恢复正常（图3Q）。接下来，我们根据这些时间点研究了这些主要免疫亚群中所有标记物的平均表达水平，并观察到在这些治疗期间，主要在T细胞中的PD-1表达显著降低，甚至在疾病进展期间，而在这些治疗期间，主要在B细胞中的BTLA表达显著增加（图3R）。
、综合基因组学分析
综合基因组学分析显示11q13.3局灶性扩增可预测GAT治疗的不良结果。体细胞改变可导致新抗原的形成，每个肿瘤的新抗原总数（新抗原负荷）与几种肿瘤类型对PD-1阻断的反应有关。在我们的研究队列中，无论是总肿瘤突变负荷、拷贝数负荷、新抗原负荷、肿瘤异质性（MATH评分）还是微卫星不稳定性（MSI）状态都与GAT治疗的临床反应或改善的PFS相关（图4A-E）。种系因子，例如HLA I类基因型，可以影响呈递免疫原性抗原的能力，因此也可以影响对PD-1阻断的反应。然而，我们没有发现HLA I类杂合性与改善的PFS之间存在任何关联（图4F）。
根据以前的研究，NPC中的体细胞突变通常与细胞周期、NF-κB、染色质修饰、PI3K-AKT等途径和免疫相关途径（包括gasdermin和颗粒酶）有关，也参与其中。在我们的研究中发现了gasdermin改变与不良PFS之间的显着相关性。
我们通过确定：（1）它们是否显着复发（GISTIC2用于拷贝数改变）和（2）它们对存活率（PFS）具有显着影响，系统地评估了任何拷贝数改变是否与GAT治疗的临床结果相关。和对这些疗法的临床反应。在显着复发的体细胞拷贝数改变（SCNA）中，只有11q13.3扩增（20.7%的患者）与较差的PFS和临床反应相关（图4G-I）。此外，11q13.3在调整了临床特征（包括治疗方案和分期）后，多变量分析中3种扩增（HR=12.21，95%CI 2.05–72.6，P=0.006）仍然显著。
为了了解11q13.3的扩增在GAT对复发/转移性NPC治疗中的生物学意义，我们首先确定是否获得11q13.3与总拷贝数负担相关。接下来，我们检查了11q13.3的转录标志。11q13.3-扩增的肿瘤，通过它们在11q13.3中的差异表达对有序基因进行排序。11q13.3扩增肿瘤进行基因集富集分析（GSEA）。总体而言，11q13.3扩增的原发性肿瘤显着富集上皮-间质转化（EMT）和TGF-β途径，已被证明是对免疫疗法反应的阴性预测因子。相反，非扩增原发性肿瘤患者表现出较高的免疫反应程序表达，如炎症反应，干扰素α反应，干扰素γ反应和活化的CD4/CD8 T细胞（图4J）。同样，我们发现炎症反应，干扰素α反应，干扰素γ反应和通过NF-κB的TNFα信号传导是实现客观反应的患者中最显着富集的途径，而EMT是无反应患者中最显着富集的途径（图4K）。
我们使用Wilcoxon统计量对11q13.3中的基因进行排名。根据它们在扩增与非扩增肿瘤中的表达，排名最高且仅与11q13.3相关的基因是MRGPRF（MAS相关的GPR家族成员F）（图5A，B）。我们发现在RNA-seq和免疫组织化学染色组中，高MRGPRF表达可预测GAT治疗中较差的PFS（图5C-E）。此外，在调整临床特征后，多变量分析中高MRGPRF表达（HR=7.06 95%CI 1.71-29.14，P=0.007）仍然显著。鉴于这些结果，我们着手表征该基因的生物学功能。我们进行了标志性GSEA，发现高MRGPRF表达在EMT中显著富集（图5F）。
此外，我们观察到MRGPRF的表达与基质评分和EMT评分显着相关（图5G，5H）。类似地，我们发现具有高MRGPRF表达的患者的EMT评分显着高于来自癌症基因组图谱（TCGA）的头颈癌数据集中具有低表达的患者的EMT评分（图5I）。
为了检查CD8+T细胞浸润的模式，PD-L1结合NPC中的阳性评分（CPS）和血管密度并探讨它们与GAT治疗反应的关联，我们进行了CD8，CD4，CK，PD-L1，CD31免疫荧光分析29个肿瘤样本。肿瘤分为“免疫沙漠”（肿瘤中CD8+T细胞低于25%）或“免疫浸润”（肿瘤中CD8+T细胞处于或高于25%）（图5J）。通过匹配的大量转录组的免疫去卷积（使用xCell），我们观察到浸润的肿瘤富含抗肿瘤发生的活化CD4+记忆T细胞和活化的CD8+记忆T细胞，而沙漠肿瘤富含中性粒细胞和内皮细胞，证明转录组和表达特征之间的相关性（图5K）。有趣的是，我们观察到免疫浸润和高血管密度的患者在接受GAT治疗后PFS显着改善，而高PD-L1 CPS患者也表现出PFS益处（无统计学意义）（图5L-N）。
、连续ctDNA测序预测GAT治疗的PFS结果
由于预处理组织样本的异质性，我们假设对外周血的动态无创检测可能有助于确定可能从GAT治疗中受益的患者。为了验证这一假设，我们使用市售的474基因测序组监测血浆EBV DNA的拷贝数和测序的ctDNA，其中所有基因与20名患有该队列的合格样本的患者的肿瘤形态发生相关，在登记时和两次后联合治疗周期。我们首先将ctDNA突变负荷评分与组织中的突变负荷相关联，发现两种方法显示出总体一致性（Pearson's R=0.87，P<0.001）（图6A）。据报道，治疗后立即ctDNA的变化可预测对免疫治疗的反应。我们发现，经过两个周期的三联疗法，20名患者中只有1名未出现EBV DNA阴性。相反，6名患者在治疗后ctDNA保持阳性，其中5名患者发生疾病进展，而另外14名治疗后ctDNA阴性的患者在数据截止时保持反应（图6B）。
因此，我们观察到两个治疗周期后ctDNA阴性的患者PFS结果显著优于ctDNA阳性患者（图6C）。我们还观察到ctDNA maxAF增加的患者PFS结果显著低于ctDNA maxAF减少和连续的患者（P<0.001）（图4D）。
一名骨转移患者（P11）的TMB最高，为16.94个突变/Mb，同时治疗前bTMB最高，为34.39个突变/mL，新抗原负荷最高，为481个，MSI评分最高，为7.92。经过两个周期的治疗，ctDNA迅速变得检测不到，放射学评估显示部分反应。治疗约11个月后，该患者达到CR。此后，患者继续接受治疗并保持积极效果19.6个月。
上述结果表明，吉西他滨，阿帕替尼和特瑞普利的三联组合显示出有希望的抗肿瘤活性，高反应率和令人满意的PFS结果，并且在复发/转移性NPC患者中具有可控的毒性。11q13.3扩增与复发/转移性NPC患者联合治疗的PFS差相关，高EMT和抑制性免疫特征为11q13.3扩增肿瘤的特征。连续ctDNA测序可以帮助预测联合治疗的PFS结果。
以上所述实施例的各技术特征可以进行任意的组合，为使描述简洁，未对以上实施例中的各个技术特征所有可能的组合都进行描述，然而，只要这些技术特征的组合不存在矛盾，都应当认为是本说明书记载的范围。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对本发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围。因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。

Claims (1)

1.药物组合物在制备治疗MRGPRF基因低表达的复发和/或转移性鼻咽癌的药物中的应用，其特征在于，所述药物组合物包含吉西他滨、VEGFR2抑制剂和抗PD-1单抗；所述VEGFR2抑制剂为阿帕替尼，所述抗PD-1单抗为特瑞普利。
CN202210402344.XA 2022-04-18 2022-04-18 一种治疗复发或转移性鼻咽癌的药物及其疗效评估标志物 Active CN114788869B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202210402344.XA CN114788869B (zh) 2022-04-18 2022-04-18 一种治疗复发或转移性鼻咽癌的药物及其疗效评估标志物

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202210402344.XA CN114788869B (zh) 2022-04-18 2022-04-18 一种治疗复发或转移性鼻咽癌的药物及其疗效评估标志物

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN114788869A CN114788869A (zh) 2022-07-26
CN114788869B true CN114788869B (zh) 2023-06-06

Family

ID=82462135

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202210402344.XA Active CN114788869B (zh) 2022-04-18 2022-04-18 一种治疗复发或转移性鼻咽癌的药物及其疗效评估标志物

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN114788869B (zh)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN115957320A (zh) * 2022-12-28 2023-04-14 广州誉衡生物科技有限公司 抗-pd-1抗体及其在制备治疗鼻咽癌患者的药物中的用途

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2177615A1 (en) * 2008-10-10 2010-04-21 Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. Method for a genome wide identification of expression regulatory sequences and use of genes and molecules derived thereof for the diagnosis and therapy of metabolic and/or tumorous diseases
TWI814752B (zh) * 2017-11-17 2023-09-11 大陸商江蘇恆瑞醫藥股份有限公司 免疫治療劑、核苷類抗代謝物和鉑類聯合在製備治療腫瘤的藥物中的用途
US11419862B2 (en) * 2018-03-14 2022-08-23 Chia Tai Tianqing Pharmaceutical Group Co., Ltd. Quinoline derivative for treatment of nasopharyngeal carcinoma
CN113789379B (zh) * 2021-08-30 2022-08-23 远见生物科技（上海）有限公司 一种检测前列腺癌的诊断试剂盒及其检测方法与应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN114788869A (zh) 2022-07-26

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Figueiredo et al. Loss of BAP1 expression is associated with an immunosuppressive microenvironment in uveal melanoma, with implications for immunotherapy development
Braun et al. Interplay of somatic alterations and immune infiltration modulates response to PD-1 blockade in advanced clear cell renal cell carcinoma
Zhao et al. Immune and genomic correlates of response to anti-PD-1 immunotherapy in glioblastoma
CN111033631B (zh) 用于生成分子功能谱、对其进行可视化和分类的系统和方法
Cascone et al. Nodal immune flare mimics nodal disease progression following neoadjuvant immune checkpoint inhibitors in non-small cell lung cancer
JP7531217B2 (ja) 癌を査定および／または処置するためのセルフリーｄｎａ
Galdiero et al. Occurrence and significance of tumor‐associated neutrophils in patients with colorectal cancer
US20210174908A1 (en) Classification of tumor microenvironments
Casarrubios et al. Tumor microenvironment gene expression profiles associated to complete pathological response and disease progression in resectable NSCLC patients treated with neoadjuvant chemoimmunotherapy
WO2022037474A1 (zh) 免疫相关不良反应生物标志物及预测试剂盒
WO2022053065A1 (zh) 用于预测或评估肺癌患者的生物标志物、检测方法及应用
CN114788869B (zh) 一种治疗复发或转移性鼻咽癌的药物及其疗效评估标志物
CA3213049A1 (en) Targeted therapies in cancer
Travert et al. Immune oncology biomarkers in lung cancer: an overview
JP2023510113A (ja) 神経膠芽腫を処置するための方法
US20230184771A1 (en) Methods for treating bladder cancer
WO2021263115A1 (en) Compositions and methods for treating cancer, overcoming pd-1/pd-l1 blockade resistance, and determining resistance to checkpoint inhibitor treatment
KR20190037425A (ko) 소화기암 환자의 면역치료 반응성 예측용 cish 마커 및 이의 용도
Guo et al. Survival benefit and biomarker of PD‐1 inhibitor combination therapy in first‐line of advanced biliary tract cancer: A retrospective study
Jang et al. The Optimal Tumor Mutational Burden Cutoff Value as a Novel Marker for Predicting the Efficacy of Programmed Cell Death-1 Checkpoint Inhibitors in Advanced Gastric Cancer
You et al. Comprehensive Immune Landscape and Molecular Characteristics of Clinical Responses to Chemotherapy, Antiangiogenic Agents and PD-1 Inhibitors in Advanced Nasopharyngeal Cancer
Cheng et al. Efficacy and Predictors of Immune Checkpoint Inhibitors in Patients with Gallbladder Cancer
Kubelka-Sabit et al. Evaluation of PD-L1 expression in various formalin-fixed paraffin embedded tumour tissue samples using SP263, SP142 and QR1 antibody clones
Nimbalkar et al. Spatial Profiling Reveals Distinct Immune Microenvironment Specific to Premenopausal Triple Negative Breast Cancer
Liu et al. Germline polygenic risk scores are associated with immune gene expression signature and immune cell infiltration in breast cancer

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant