CN113249388A - 一种假俭草EoPHR2基因及其表达蛋白和应用 - Google Patents

一种假俭草EoPHR2基因及其表达蛋白和应用 Download PDF

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CN113249388A CN202110409231.8A CN202110409231A CN113249388A CN 113249388 A CN113249388 A CN 113249388A CN 202110409231 A CN202110409231 A CN 202110409231A CN 113249388 A CN113249388 A CN 113249388A
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Abstract

本发明公开了一种假俭草EoPHR2基因及其表达蛋白和应用,属于植物基因工程技术领域。本发明的以适应低磷土壤条件的假俭草为材料,通过同源基因预测和RACE技术克隆获得了低磷响应相关的EoPHR2基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所表达表达蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。采用原生质体瞬时表达体系观测到EoPHR2蛋白具有转录因子典型的细胞核定位。利用qRT‑PCR方法,分析发现EoPHR2基因在各组织器官及胁迫条件下具有不同的表达模式。基于拟南芥转基因植株的功能鉴定发现,转基因植株在低磷环境中相比野生型生长状态佳,具体为鲜重、根毛的长度和数量更高。

Description

一种假俭草EoPHR2基因及其表达蛋白和应用
技术领域
本发明属于植物基因工程技术领域,更具体地说,涉及一种假俭草EoPHR2基因及其表达蛋白和应用。
背景技术
磷元素作为植物必需的大量营养元素,是植物细胞内核酸和细胞膜脂质的结构组成部分,参与植物体内各种代谢过程,在植物的生长发育中发挥着重要作用。虽然在包括磷匮乏的酸性土壤在内的大多数类型土壤中,磷元素的实际总含量水平不低。然而,由于土壤中的磷素具有低流动性和高固定性的特点,往往造成实际能够被植物吸收利用的有效磷含量偏低。因此,磷素作为限制植物生长发育的重要因素,却是最难以被植物吸收利用的营养元素之一。植物对磷的吸收和利用均依赖于磷转运蛋白。以往的研究表明,一系列具有磷转运活性的蛋白参与了植物根系对磷素的吸收以及磷素在细胞器、细胞或组织器官间的运输分配。大部分磷转运蛋白(PT)基因的转录会受到低磷胁迫诱导,其转录受到低磷胁迫响应(phosphate starvation response,PHR)转录因子(transcription factors,TFs)的调控。
PHR(phosphate starvation response,PHR)转录因子属于MYB-CC蛋白家族,通过结合低磷胁迫诱导(phosphate starvation-induced,PSI)基因启动子区域的不完美回文序列(P1BS;GNATATNC)调控其表达。基于以往模式植物拟南芥以及水稻的研究结果,当前学术观点普遍认为,拟南芥基因AtPHR1及其在水稻中的直系同源基因OsPHR2位于植物体响应磷饥饿信号的分子调控通路的中心位置。目前,AtPHR1/OsPHR2转录因子(以下统一简称PHR1)作为植物体响应低磷逆境信号通路的上游节点,其下游调控通路研究较为清晰的已经有三类:(1)PHR1-miR399-PHO2调控通路;(2)PHR1-miR827-NLA调控通路;(3)PHR1转录因子直接靶向激活调控PHT磷转运蛋白以及植物体内磷平衡调节相关的功能蛋白。此外,玉米(Zea mays)、大豆(Glycine max)等物种的PHR1同源基因相关研究也陆续被报道,表明PHR1转录因子在植物响应低磷胁迫反应中普遍发挥重要作用。
假俭草[Eremochloa ophiuroides(Munro.)Hack.]是世界公认起源于中国的最好的暖季型草坪草,有“中国草坪草”的美誉,广泛分布于我国秦岭以南天然草山草坡和农田隙地以及毗邻的东南亚国家,在极度缺磷贫瘠的强酸性土壤上更是重要的建群种。探索假俭草这类天然适应低磷土壤条件植物的低磷逆境响应分子机制,对磷高效定向育种具有重要的指导意义。
发明内容
针对现有技术存在的上述问题,本发明所要解决的技术问题在于提供一种假俭草EoPHR2基因。本发明还要解决的一个技术问题在于提供所述假俭草EoPHR2基因的表达蛋白。本发明最后要解决的技术问题在于提供所述假俭草EoPHR2基因的应用。
为了解决上述技术问题,本发明所采用的技术方案如下:
一种假俭草EoPHR2基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
所述的假俭草EoPHR2基因的表达蛋白,其氨基酸序列如SEQ ID NO.2所不。
含有所述假俭草EoPHR2基因的载体或宿主菌。
所述的假俭草EoPHR2基因在促进植物生长中的应用。
所述的假俭草EoPHR2基因在提高植物耐低磷能力中的应用。
所述的假俭草EoPHR2基因在提高植物根数量或根长度中的应用。
相比于现有技术,本发明的有益效果为:
本申请通过RACE技术,首次从假俭草中克隆获得了一个AtPHR1/OsPHR2基因的直系同源基因EoPHR2基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所表达表达蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。采用原生质体瞬时表达体系观测到EoPHR2蛋白具有转录因子典型的细胞核定位。利用qRT-PCR方法,分析发现EoPHR2基因在各组织器官及胁迫条件下具有不同的表达模式。基于拟南芥转基因植株的功能鉴定发现,转基因植株在低磷环境中相比野生型生长状态佳,具体在磷缺乏条件下,转基因株系相对于野生型呈现出一定的生长优势,转基因植株鲜重高于野生型,且转基因植株具有较发达的侧根。即便在全磷浓度条件下,转基因拟南芥相较于野生型植株,植株鲜重差异不明显,但根系表型相对于野生型仍然具有明显优势。
附图说明
图1为EoPHR2蛋白氨基酸序列分析图,A:蛋白功能结构域;B:二级结构预测;C:三维结构预测模型;D:磷酸化位点分析;
图2为EoPHR2的系统进化树图;
图3为EoPHR2蛋白在原生质体中的定位图;
图4为EoPHR2基因的表达模式分析图:A:EoPHR2基因在不同组织器官间的表达模式;B:EoPHR2基因在不同胁迫条件下的表达模式;显著性标识**,***,****分别表示P<0.01,P<0.001,P<0.0001;
图5为EoPHR2基因的表型鉴定图:A:园土基质盆栽植株表型;B:不同磷浓度梯度处理下的植株鲜重(25株);C:不同磷浓度梯度处理下的植株表型。
具体实施方式
下面结合具体实施例对本发明进一步进行描述。以下实施例中,未详细叙述的操作均为常规生物学实验操作,可参照分子生物学实验手册以及现有公开的期刊文献等进行。
植物材料:
基因克隆和表达分析所用材料为假俭草(Eremochloa ophiuroides)的酸土抗性品系E041,采集自江苏省中国科学院植物研究所草坪草种质资源苗圃。转基因和原生质体分离转化所用材料为拟南芥Col-0盆栽苗,生长条件为温度23℃,16h光照,8h黑暗环境。
菌株和载体:
大肠杆菌(Escheriachia coli)菌株Top10、农杆菌菌株EHA105购自天根(北京)公司(Tiangen Biotech,Beijing,China);pMD19-T载体购自宝生物工程(大连)有限公司(TaKaRa,Dalian,China);植物过量表达载体pBI121-3HA以及原生质体瞬时表达载体p2GWF7.0由本实验室保存。
实施例1:
(1)假俭草EoPHR2基因克隆
采用RNAprep Pure多糖多酚植物总RNA提取试剂盒(Tiangen)提取假俭草总RNA。根据假俭草转录组测序数据(未公开)筛选获得EoPHR2基因参照序列。选用大连宝生物公司的SMART RACE试剂盒进行基因全长克隆,所涉及的3′RACE和5′RACE引物见表1。扩增产物在琼脂糖凝胶上进行电泳分析,将大小正确的条带切下,利用天根公司的DNA凝胶回收试剂盒回收纯化,连接pMD19-T vector,转化大肠杆菌Top10,挑取阳性克隆委托测序公司(金斯瑞)进行测序。
将所获得的3′和5′片段进行比对与拼接,获得EoPHR2基因的全长cDNA序列。通过NCBI ORF Finder在线程序查找序列的ORF,设计EoPHR2基因ORF片段的特异性引物(表1),进行PCR扩增并测序验证。测序分析结果表明EoPHR2基因全长为1991bp,含有246bp的5′UTR和458bp的3′UTR以及1287bp的开放阅读框(ORF),共编码429个氨基酸。
表1假俭草EoPHR2基因克隆及qRT-PCR引物
Figure BDA0003020892260000041
(2)EoPHR2基因序列分析
利用NCBI数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)的BlastP进行比对检索,下载其他植物中EoPHR2同源基因的氨基酸序列,使用ClustalX多序列比对软件,进行氨基酸序列的多重比对,预测其保守结构域。利用MEGA软件对EoPHR2及其同源蛋白构建系统发育进化树。利用SMART工具(http://smart.embl-heidelberg.de/)预测假俭草EoNLA蛋白的功能结构域。ProtParam在线工具(https://web.expasy.org/protparam/)预测分子量、等电点、不稳定系数。在线网站ProtScale(https://web.expasy.org/protsca/)预测蛋白质亲疏水性,蛋白的信号肽预测用SignalP 4.1(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-4.1/)分析,磷酸化位点预测采用NetPhos(http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/)分析,蛋白跨膜结构预测用TMHMM 2.0分析。SOPMA (https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)进行蛋白的二级结构预测。在线工具SWISSMODEL(https://www.swissmodel.expasy.org/)预测EoPHR2蛋白三级结构。
利用ProtParam在线软件对EoPHR2基因编码蛋白的理化性质进行预测,结果显示EoPHR2编码蛋白的理论等电点为4.99,脂肪酸系数为70.44,平均亲水率为-0.634,不稳定参数为55.58;进一步地,利用ExPASY ProtScale预测EoPHR2蛋白氨基酸序列的亲疏水性,结果显示亲水性氨基酸数量大于疏水性氨基酸数量,这表明EoPHR2蛋白可能为亲水性蛋白。SMART预测蛋白结构域显示,EoPHR2基因编码蛋白质N-端(222-243)有一个低复杂性结构域,中间有一个Myb_DNA-binding结构域(251-302),一个Myb-CC(coiled-coil)_LHEQLE结构域(334-380),该结构域位于Myb-CC型转录因子的C末端,携带高度保守的LHEQLE序列基序(图1A)。
SOPMA预测蛋白二级结构结果显示,EoPHR2编码的蛋白含有α-螺旋(Alphahelix)、延伸链(Extended strand)、无规则卷曲(Random coil)和β转角(Beta turn)等结构,其中无规则卷曲所占比例最高为65.03%,α-螺旋所占比例为26.57%,延伸链所占比例是6.06%,β转角占比为2.33%(图1B)。进一步地,利用SWISS MODEL构建EoPHR2蛋白的三维模型,预测其三维结构主要为随机卷曲,与二级结构预测结果相符(图1C)。
此外,DISPHOS预测结果表明,EoPHR2编码蛋白的丝氨酸、苏氨酸和络氨酸发生了磷酸化,丝氨酸磷酸化位点约占丝氨酸总数的59.615%,苏氨酸磷酸化位点约占苏氨酸总数的36.364%,络氨酸磷酸化位点约占络氨酸总数的50.000%(图1D)。
将EoPHR2基因编码氨基酸序列提交到NCBI数据库进行同源比对,结果显示其与高粱(Sorghum bicolor)、玉米(Zea mays)、意大利狗尾草(Setaria italica)、黍稷(Panicummiliaceum)、寡毛蕨(Dichanthelium oligosanthes)、野哈氏黍(Panicum halliivar.hallii)、弯叶画眉草(Eragrostis curvula)、无尾野生稻(Oryza meyerianavar.granulata)、二穗短柄草(Brachypodium distachyon)、山羊草(Aegilops tauschiisubsp.tauschii)、大麦(Hordeum vulgare)、硬粒小麦(Triticum turgidumsubsp.durum)、日本粳稻(Oryza sativa Japonica Group)、短柄野生稻(Oryzabrachyantha)等物种相比具有较高的同源性,相似度分别为92.09%、91.98%、85.28%、84.19%、84.20%、81.4%、78.19%、75.35%、73.09%、70.74%、70.51%、70.51%、73.15%、71.89%,多重序列比对结果显示EoPHR2基因编码蛋白序列的保守性较强。根据EoPHR2基因的氨基酸序列,利用MEGA6.0软件构建其与其它物种同源基因的系统进化树(N-J邻接法),结果显示其在不同物种间具有一定的保守性,EoPHR2与高粱、玉米等禾本科植物的进化关系较近,与高粱属于同一进化分支(图2)。
(3)EoPHR2蛋白的亚细胞定位
采用Gateway技术(Invitrogen)将EoPHR2基因的ORF序列构建至植物瞬时表达载体p2GWF7.0上,重组为EoPHR2::GFP融合基因。采用植物原生质体制备及转化试剂盒(中科瑞泰),进行拟南芥原生质体的分离和瞬时转化。以Pro35S::GFP为正对照,在450~490nm蓝光波长荧光显微镜的下观测各样品中GFP绿色荧光表达部位。
明确基因的细胞定位,可以帮助我们了解该基因发挥作用的位置,从而为剖析其生物学功能提供参考。通过SignalP 4.1预测分析EoPHR2蛋白的氨基酸序列,结果显示EoPHR2蛋白的S-score平均值为0.103,未发现信号肽序列,表明该蛋白为非分泌型蛋白;进一步地,通过实验对EoPHR2蛋白的亚细胞定位进行检测分析。通过分离获得拟南芥原生质体,使用PEG介导的转化方法,将构建的EoPHR2-GFP融合载体导入原生质体中,使该基因下游的绿色荧光蛋白GFP得到表达,观察荧光表达部位即可确定该基因在细胞中发挥生物学功能的位置。在488nm激发光下,通过观测GFP报告基因的荧光信号分析EoPHR2在植物细胞中的定位显示:EoPHR2-GFP融合蛋白的绿色荧光定位聚集在细胞核;同时,在仅含GFP的对照中,绿色荧光信号则没有明确的细胞定位(图3)。由此判断EoPHR2蛋白定位于细胞核中,这与其作为转录因子的功能定位相符合。
(4)EoPHR2基因的表达分析
使用FastStart Universal SYBR Green Master Mix(Roche)荧光定量试剂及ABIViiA7荧光定量PCR仪(ABI)进行qRT-PCR实验,采用相对定量法(Schmittgen,T.D.,andLivak,K.J.(2008).Analyzing real-time PCR data by the comparative CTmethod.Nature Protocols 3,1101)进行分析,管家基因Actin作为内参基因,实验重复三次。相关引物见表1。
利用实时荧光定量技术(qRT-PCR),对EoPHR2基因在假俭草抗性品系E041的不同器官组织以及低磷(10μM Pi)、高铝(1.5mM Al)和低磷高铝(10μM Pi,1.5mM Al)胁迫条件下的表达模式进行分析发现:正常营养条件下(对照),EoPHR2基因主要在根系组织中表达(图4A);低磷胁迫条件下,EoPHR2基因的表达量均未表现出显著差异;在高铝胁迫以及低磷高铝胁迫条件下,根、茎、叶组织中的EoPHR2基因表达量均呈现出显著上调,其中,根系组织内的基因表达量上调极显著。此外,在根系及叶片组织中,低磷高铝的混合胁迫条件相对于单一的高铝胁迫,对基因上调的诱导作用更加明显(图4B)。
(5)EoPHR2转基因拟南芥表型鉴定
采用Gateway技术(Invitrogens)将EoPHR2基因的ORF序列构建至植物过量表达载体pBI121-3HA,质粒转化农杆菌EHA105。通过农杆菌介导的拟南芥花序浸润法转化拟南芥,迭代筛选鉴定获得T3代纯合体(2个转基因株系,分别命名为EoPHR2-OV1和EoPHR2-OV2),并对转基因植株进行功能检测。
在粗放的园土基质盆栽条件下(泥炭∶蛭石∶珍珠岩=1∶1∶1混合基质;仅栽培时拌入1/10大比例稀释的MS营养液作为底肥;清水灌溉培养),两个株系的转基因拟南芥生长表型均优于野生型(图5A)。进一步地,采用MS琼脂固体培养基的无菌苗培养体系,通过精细化调整培养基的元素含量,模拟胁迫条件处理转基因植株并进行相关的表型测定:将野生型(WT)和转基因(EoPHR2-OV1,EoPHR2-OV2)拟南芥分别播种于0mM Pi(无磷)、0.0625mM Pi(低磷)、0.625mM Pi(半磷)和1.25mM Pi(全磷)四个磷浓度梯度条件下进行培养3周后,观察其生长表型,并称量植株鲜重,结果显示:在0mM Pi的无磷条件下,野生型及转基因拟南芥均表现出明显的生长抑制表型;在0.0625mM Pi的磷匮乏条件下,转基因株系相对于野生型开始呈现出一定的生长优势,转基因植株鲜重略高于野生型,且转基因植株具有较发达的侧根;在0.625mM Pi的半磷浓度条件下,转基因拟南芥相较于野生型植株呈现出较明显的生长优势,两个转基因株系的植株鲜重均明显高于野生型,且根系相对于野生型对照明显更加发达;在1.25mM Pi的全磷浓度条件下,转基因拟南芥相较于野生型植株,植株鲜重差异不明显,但根系表型相对于野生型仍然具有明显优势(图5B,C)。
序列表
<110> 江苏省中国科学院植物研究所
<120> 一种假俭草EoPHR2基因及其表达蛋白和应用
<130> 100
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 1991
<212> DNA
<213> Eremochloa ophiuroides (Munro.) Hack.
<400> 1
acatgggggc acgccaagcc aggccaggcg aggggggggg gggggggggg gggggttcgg 60
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cgccgcccgc agaggagaca caataatcct aggttaggag catacttcaa aagtcaagat 180
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ttgtagatgg agagattaag caccaaccag ctctacagtt ctggagttcc tgtaaccgta 300
ccaacatctc tgccttctat accagcgtct ctggatgaga gcttcccgag gcttgcagat 360
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tcaccagaag acagcgcaag cacaatgtca ggtgtttgac ttgtttttcc cccctttgtt 1800
aggtatcaag tagcatctgc taggcatttg attatggggc taattcaagt atttacaata 1860
atgtttagca cctgttgttt agagcttgtc atggtaccaa atatgatgaa ggatgtattg 1920
cctttatatg aactgcttcg gttcggtctc ccgaccgtag catcctctct tcgcaggaaa 1980
aaaaaaaaaa a 1991
<210> 2
<211> 429
<212> PRT
<213> Eremochloa ophiuroides (Munro.) Hack.
<400> 2
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1 5 10 15
Thr Val Pro Thr Ser Leu Pro Ser Ile Pro Ala Ser Leu Asp Glu Ser
20 25 30
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35 40 45
Arg Ser Thr Pro Leu Pro Pro His Gln Thr Thr Val Ala Pro Ile Arg
50 55 60
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65 70 75 80
Pro Ser Val Arg Phe Ser Ser Leu Ser Asn Pro Glu Gln Tyr Ser Asn
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100 105 110
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115 120 125
Phe Pro Arg Asp Ile Glu Pro Thr Trp Cys Pro Glu Pro Val Glu Ser
130 135 140
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145 150 155 160
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165 170 175
Trp Thr Glu Phe Met Asn Glu Asp Trp Lys Asp Met Val Asp Asn Pro
180 185 190
Thr Ser Thr Glu Ile Gln Gln Val Gly Gln Pro Val Gln Ser Ser Ile
195 200 205
Ser Val His Gln Pro Ala Thr Gln Gln Thr Val Ser Gln Ser Val Glu
210 215 220
Pro Leu Ala Val Val Ala Pro Ser Pro Leu Ala Val Val Ala Pro Ser
225 230 235 240
Pro Thr Ala Gly Ser Asn Thr Ala Lys Ala Arg Met Arg Trp Thr Pro
245 250 255
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260 265 270
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275 280 285
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290 295 300
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Ser Lys Asp Asp Ile Pro Ser Ile Asp Leu Lys Gly Ser Phe Asp Leu
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355 360 365
Lys Cys Leu Gln Met Met Leu Glu Gln Gln Cys Ile Pro Gly Thr Glu
370 375 380
Lys Ala Gln Asp Ala Ser Thr Pro Glu Asp Glu Leu Lys Leu Pro Ser
385 390 395 400
Glu Val Pro Glu Ser Ser Thr Val Lys Glu Val Pro Glu Asn Asn Gln
405 410 415
Asn Gly Ser Thr Lys Gln Thr Glu Ser Ala Asn Gly Gln
420 425

Claims (6)

1.一种假俭草EoPHR2基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
2.权利要求1所述的假俭草EoPHR2基因的表达蛋白,其氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。
3.含有权利要求1所述假俭草EoPHR2基因的载体或宿主菌。
4.权利要求1所述的假俭草EoPHR2基因在促进植物生长中的应用。
5.权利要求1所述的假俭草EoPHR2基因在提高植物耐低磷能力中的应用。
6.权利要求1所述的假俭草EoPHR2基因在提高植物根数量或根长度中的应用。
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