CN110343698B - 构建B2m定点敲入人B2M cDNA小鼠模型的方法 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种构建B2m定点敲入人B2M cDNA小鼠模型的方法。该方法包括如下步骤:利用CRISPR/Cas9技术在目的小鼠的基因组中B2m基因的起始密码子处定点敲入缺失起始密码子ATG的人源B2M cDNA。将Cas9mRNA、gRNA和同源重组载体(包含2kb 5’同源臂、Human B2M cDNA‑3×polyA和2kb 3’同源臂)显微注射到C57BL/6J小鼠的受精卵中,进而获得相应的小鼠模型。人源B2M cDNA小鼠对HSV‑1病毒或其它疱疹类DNA病毒易感,可用作动物模型筛查抗病毒药物或研究病毒与宿主相互作用的机理。

Description

构建B2m定点敲入人B2M cDNA小鼠模型的方法
技术领域
本发明涉及生物技术领域,具体涉及一种构建B2m定点敲入人B2M cDNA小鼠模型的方法。
背景技术
人的B2M的RNA转录本与鼠的不同,能促进HSV-1病毒的繁殖,因而人源B2M cDNA小鼠对HSV-1病毒或其它疱疹类DNA病毒易感,可用作动物模型筛查抗病毒药物或研究病毒与宿主相互作用的机理。
CRISPR-Cas9本是细菌用于对抗入侵的病毒及外源DNA一种适应性免疫防御机制,经科研人员的努力目前已发展成为最有力的基因编辑技术。目前,来自Streptococcuspyogenes的CRISPR-Cas9系统应用最为广泛。Cas9蛋白(含有两个核酸酶结构域,可以分别切割DNA两条单链。Cas9首先与crRNA及tracrRNA结合成复合物,然后通过PAM序列结合并侵入DNA,形成RNA-DNA复合结构,进而对目的DNA双链进行切割,使DNA双链断裂。由于PAM序列结构简单(5’-NGG-3’),几乎可以在所有的基因中找到大量靶点,因此得到广泛的应用。CRISPR-Cas9系统已经成功应用于植物、细菌、酵母、鱼类及哺乳动物细胞,是目前最高效的基因组编辑系统。
发明内容
本发明的目的是提供一种构建B2m定点敲入人源B2M cDNA的小鼠模型的方法。
本发明所提供的构建B2m定点敲入人源B2M cDNA的小鼠模型的方法,包括如下步骤:利用CRISPR/Cas9技术在目的小鼠的基因组中B2m基因的起始密码子处定点敲入缺失起始密码子ATG的人源B2M cDNA。缺失了ATG才能只表达人源B2M mRNA,但不会转录出B2M蛋白,以非编码核酸的形式发挥作用。
在本发明的一个实施例中,具体是利用CRISPR/Cas9技术将目的小鼠的基因组中自B2m基因的起始密码子起向3’端延伸包括B2m基因的起始密码子在内共计13个核苷酸替换为缺失起始密码子ATG的人源B2M cDNA及3xpolyA片段。只要是在目的小鼠的基因组中B2m基因的起始密码子处定点敲入缺失起始密码子ATG的人源B2M cDNA理论上即可实现发明目的,ATG的缺失确保转录出的人源B2M以非编码RNA的形式起作用,而3xpolyA片段的加入,使跟在人源B2M cDNA后面的鼠的B2m基因不会转录。
在所述方法中,作为被Cas9核酸酶切割的靶序列是所述目的小鼠的基因组中B2m基因中符合5’-NX-NGG-3’或5’-CCN-NX-3’序列排列规则的片段;N表示A、G、C和T中的任一种,14≤X≤30,且X为整数(如X=23),NX表示X个连续的脱氧核糖核苷酸。
进一步地,所述靶序列为SEQ ID No.1或SEQ ID No.2。
在所述方法中,作为定点敲入工具的同源重组载体上含有如下DNA片段A;所述DNA片段A自上游到下游依次包含5’同源臂、缺失起始密码子ATG的人源B2M cDNA、3个连续的polyA(3xpolyA片段)、3’同源臂;所述5’同源臂为位于所述目的小鼠的基因组中B2m基因的起始密码子上游的2kb序列;所述3’同源臂为位于所述目的小鼠的基因组中B2m基因的起始密码子下游的2kb序列。
进一步地,所述5’同源臂的序列为SEQ ID No.3的第1-2000位;所述缺失起始密码子ATG的人源B2M cDNA的序列为SEQ ID No.3的第2001-2984位;所述3个连续的polyA的序列为SEQ ID No.3的第3008-3758位;所述3’同源臂的序列为SEQ ID No.3的第3781-5780位。
更进一步地,所述DNA片段A的序列具体为SEQ ID No.3。
具体而言,本发明所提供的构建B2m定点敲入人源B2M cDNA小鼠模型的方法,可包括如下步骤:
(1)将Cas9mRNA、gRNA和前文所述的同源重组载体注射到所述目的小鼠的受精卵胞质中,得到F0代小鼠;
所述gRNA的序列为将SEQ ID No.1或SEQ ID No.2中的T替换为U后得到的序列;
(2)将步骤(1)获得的所述F0代小鼠与所述目的小鼠进行杂交,从F1代小鼠中获得B2m定点敲入人源B2M cDNA的杂合体小鼠。
根据需要,在步骤(2)之后,还可包括如下步骤:将雄性的所述杂合体小鼠与雌性的所述杂合体小鼠进行一次或多次杂交,从杂交后代中获得B2m定点敲入人源B2M cDNA的纯合体小鼠。
在步骤(1)中,所述Cas9mRNA和所述gRNA可为体外转录所得。
在步骤(1)中,所述Cas9mRNA的序列具体为SEQ ID No.4。所述同源重组载体具体为将SEQ ID No.3所示DNA片段插入到NM-322载体的第702位和第703位之间后得到的重组质粒。所述NM-322载体的全序列具体为SEQ ID No.5,由生工生物工程(上海)股份有限公司全基因合成。
在本发明中,所述目的小鼠具体为C57BL/6J小鼠。
另外,本发明还要求保护用于构建B2m定点敲入人源B2M cDNA小鼠模型的试剂盒。
本发明所要求保护的用于构建B2m定点敲入人源B2M cDNA小鼠模型的试剂盒,包括前文所述的Cas9mRNA、前文所述的gRNA和前文所述的同源重组载体。
所述试剂盒中还可包含记载有前文所述“构建B2m定点敲入人源B2M cDNA的小鼠模型的方法”相关内容的说明书。
再有,“利用全文所述方法构建得到的小鼠模型在筛查抗病毒药物或研究病毒与宿主相互作用的机理中的应用”,以及“利用全文所述方法构建得到的小鼠模型在作为筛查抗病毒药物或研究病毒与宿主相互作用的机理的动物模型中的应用”也属于本发明的保护范围。
本发明采用CRISPR/Cas9技术,通过同源重组的方式,在B2m基因ATG位点定点敲入人源B2M cDNA的表达框。将Cas9mRNA、gRNA和同源重组载体(包含2kb5’同源臂、Human B2McDNA-3×polyA和2kb 3’同源臂)显微注射到C57BL/6J小鼠的受精卵中,获得F0代小鼠。经长片段PCR鉴定,共获得3只正确同源重组的F0代小鼠;F0代小鼠与C57BL/6J小鼠交配获得6只阳性F1代小鼠。人源B2M cDNA小鼠对HSV-1病毒或其它疱疹类DNA病毒易感,可用作动物模型筛查抗病毒药物或研究病毒与宿主相互作用的机理。
附图说明
图1为B2m定点敲入人B2M cDNA小鼠模型的构建策略示意图。
图2为同源重组载体(donor vector)的质粒图谱。
图3为同源重组载体酶切鉴定及线性化电泳图。E:EcoRI酶切鉴定结果,理论条带大小为5.7kb、2.2kb、1.7kb、644bp、210bp、138bp和108bp(644bp、210bp、210bp、138bp和108bp条带因为产物量太少,无条带显示);M:1kb DNA ladder。
图4为体外转录所得gRNA1和gRNA2的电泳结果图。
图5为F0代小鼠基因型鉴定策略示意图(F1代小鼠PCR产物测序验证示意图)。
图6为同源重组阳性F0代小鼠PCR鉴定电泳图。25、30和38号为阳性F0小鼠,WT为野生型基因组;5arm为5’同源臂的PCR结果,3arm为3’同源臂的PCR结果;M为1kb DNA marker。
图7为同源重组阳性F1代小鼠PCR鉴定电泳图。数字为阳性F1小鼠,WT为野生型基因组;5arm为5’同源臂的PCR结果,3arm为3’同源臂的PCR结果;M为1kb DNA marker。
图8为F1代小鼠5’同源臂和3’同源臂PCR鉴定测序比对结果。A和B为F1代小鼠5’同源臂PCR鉴定测序比对结果,A为1#测序反应比对结果,B为2#测序反应比对结果;C和D为F1代小鼠3’同源臂PCR鉴定测序比对结果,C为3#测序反应比对结果,D为4#测序反应比对结果。
图9为接种HSV-1后,B2M KI鼠皮肤病变出现早(上图),皮损重(下图)。WT:野生型小鼠。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
实施例1、B2m定点敲入人B2M cDNA小鼠模型的构建
本发明设计策略示意图如图1所示。
目的基因名称(MGI号):B2m(88127)
目的基因MGI网址链接:http://www.informatics.jax.org/marker/MGI:88127
目的基因Ensembl网址链接:
http://asia.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Summary?db=core;g=ENSMUSG00000060802;r=2:122147686-122153083;t=ENSMUST00000102476
方案针对的转录本(Ensembl号):B2m-001(ENSMUST00000102476)
敲入位置:ATG处
敲入片段名称:人源B2M cDNA+3×polyA
一、小鼠B2m基因的靶位点的选择与gRNA的设计
利用CRISPER/Cas9技术敲除的靶标双链中的一条链具有如下结构:5’-CCN-NX-3’,PAM(NGG)中的N表示A、T、C和G中的任一种,Nx中的N表示A、T、C和G中的任一种,x=23。B2m基因的靶序列(gRNA)如表1所示,带下划线的碱基为PAM。
表1 B2m基因的靶序列(gRNA)
gRNA 序列(5’-3’)
gRNA1 GGTCGCTTCAGTCGTCAGCA <u>TGG</u>(SEQ ID No.1)
gRNA2 AGTCGTCAGCATGGCTCGCT <u>CGG</u>(SEQ ID No.2)
二、同源重组载体(donor vector)
同源重组载体(donor vector)的结构描述:将SEQ ID No.3所示DNA片段插入到NM-322载体的全序列(SEQ ID No.5)的第702位和第703位之间后得到的重组质粒。所述NM-322载体序列具体为SEQ ID No.5,由生工生物工程(上海)股份有限公司全基因合成。
同源重组载体(donor vector)的质粒图谱如图2所示,元件信息如表2所示。同源重组载体酶切鉴定及线性化电泳图如图3所示。
表2同源重组载体(donor vector)的元件信息
元件 名称
Amp 氨苄抗性筛选基因
5’arm 5’同源臂
Human B2M cDNA-3×PolyA 插入片段
3’arm 3’同源臂
三、Cas9mRNA和gRNA的体外转录
Cas9mRNA和gRNA来自IDT公司。
最终经体外转录所得的Cas9mRNA的核苷酸序列为SEQ ID No.4。
最终经体外转录所得的gRNA1的核苷酸序列为SEQ ID No.1中的T替换为U后得到的序列。
最终经体外转录所得的gRNA2的核苷酸序列为SEQ ID No.2中的T替换为U后得到的序列。
其中,gRNA1和gRNA2的电泳结果如图4所示。
四、注射受精卵获得F0代嵌合体小鼠
用水将步骤二构建的同源重组载体和步骤三体外转录获得的Cas9mRNA和gRNA(gRNA1或gRNA2)配制成100-500μl体系,使其中同源重组载体、Cas9mRNA和gRNA(gRNA1或gRNA2)的终浓度分别为0.1-50ng/μl,0.1-20ng/μl,0.1-100ng/μl。将配置好的样品注射到C57BL/6J小鼠的受精卵胞质中,于37℃培养24小时至二细胞期后移植到代孕雌鼠中,至F0代小鼠出生。
五、F0代小鼠基因型的鉴定
1、F0代小鼠基因组制备
F0代小鼠出生14天剪取鼠尾0.3cm,加400μl裂解液(由上海南方模式生物研究中心提供,产品目录号:NMS014)及40μl蛋白酶K(浓度为10mg/ml),56℃消化过夜。离心取上清,两倍体积无水乙醇沉淀,75%乙醇洗涤,稍晾干后溶解于100μl纯水中,50℃烘箱助溶1小时。
2、F0代小鼠基因型鉴定
F0代小鼠基因型鉴定策略示意图如图5所示。同源重组阳性小鼠PCR鉴定方案:5’臂同源重组阳性基因组应扩增出3.3kb片段,阴性基因组无条带。3’同源重组阳性基因组应扩增出5.0kb和3.8kb的片段,阴性基因组仅能扩增出5.0kb的片段。
(1)5’同源臂重组阳性F0代小鼠PCR鉴定方法
引物信息如表3所示。反应体系如表4所示。反应条件如表5所示。
表3 5’同源臂重组阳性F0代小鼠PCR鉴定引物
引物 序列(5’-3’) 引物类型
I TCCTTCTATTTCTGATGCTCCTT 正向
II ACCTCCATGATGCTGCTTACA 反向
表4 5’同源臂重组阳性F0代小鼠PCR鉴定反应体系
组分 体积(μl)
ddH<sub>2</sub>O 13.2
PrimeStar MAX PCR Buffer 2
2.5mM dNTP 2
引物I(10pmol/μl) 0.5
引物II(10pmol/μl) 0.5
PrimeStar MAX DNA Polymerase* 0.8
基因组DNA 1
总体积 20
注:*PrimeStar MAX(TaKaRa,Code No:R045A)。
表5 5’同源臂重组阳性F0代小鼠PCR鉴定反应条件:
步骤 温度(℃) 时间 备注
1 94 3min -
2 98 15sec -
3 56 15sec -
4 72 2min 重复步骤2-4共35个循环
5 72 5min -
6 12 - 保温
(2)3’同源臂重组阳性F0代小鼠PCR鉴定方法
引物信息如表6所示。反应体系如表7所示。反应条件如表8所示。
表6 3’同源臂重组阳性F0代小鼠PCR鉴定引物信息
引物 序列(5’-3’) 引物类型
III CTGGGTAGACACTGTAGGATTG 正向
IV TTGTAAGCAGTAAGGCAGATAGA 反向
表7 3’同源臂重组阳性F0代小鼠PCR鉴定反应体系
组分 体积(μl)
ddH<sub>2</sub>O 13.2
PrimeStar MAX PCR Buffer 2
2.5mM dNTP 2
引物III(10pmol/μl) 0.5
引物IV(10pmol/μl) 0.5
PrimeStar MAX DNA Polymerase* 0.8
基因组DNA 1
总体积 20
注:*PrimeStar MAX(TaKaRa,Code No:R045A)。
表8 3’同源臂重组阳性F0代小鼠PCR鉴定反应条件
步骤 温度(℃) 时间 备注
1 94 3min -
2 98 15sec -
3 56 15sec -
4 72 2min 重复步骤2-4共32个循环
5 72 5min -
6 12 - 保温
结果显示:经受精卵显微注射,本项目共获得41只F0代小鼠。通过长片段PCR的方式,对F0代小鼠的基因型进行鉴定,PCR结果经测序确认,该项目共获得3只正确同源重组的阳性F0代小鼠。双臂同源重组阳性的F0代小鼠为25、30和38号(所用gRNA为gRNA1),长片段PCR鉴定电泳结果如图6所示。
六、F1代小鼠获得及基因型鉴定
F0代阳性小鼠与野生型C57BL/6J小鼠交配,繁育获得F1代小鼠。
PCR鉴定策略及方法同F0代小鼠鉴定部分。F1代阳性小鼠PCR鉴定产物测序,共进行了4个测序反应。测序反应对应的区域,如图5所示。其中,5’同源臂鉴定,PCR产物测序共进行了2个测序反应,分别标注为:1、2;3’同源臂鉴定,PCR产物测序共进行了2个测序反应,分别标注为:3、4。
F1代小鼠5’和3’同源臂PCR鉴定电泳结果如图7所示。PCR鉴定阳性小鼠为:50、51、52、53、54、55号;经测序确认均为阳性。
测序比对结果以50号阳性小鼠为例:
(1)F1代小鼠5’同源臂PCR鉴定测序比对结果:1#测序反应比对结果如图8中A所示;2#测序反应比对结果如图8中B所示。
(2)F1代小鼠3’同源臂PCR鉴定测序比对结果:3#测序反应比对结果如图8中C所示;4#测序反应比对结果如图8中D所示。
F1代阳性小鼠编号和基本信息见表9。
表9 F1代阳性小鼠基本信息
编号 来源F0 性别 出生日期
50 38# 2015/9/14
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实施例2、B2m定点敲入人源B2M cDNA小鼠(hB2M KI鼠)加重HSV-1感染所致的皮肤损伤
实验分为C57野生型小鼠和hB2M KI鼠(即实施例1构建并鉴定为阳性的B2m定点敲入人源B2M cDNA小鼠)两组,每组3只小鼠。每只小鼠于胸部正中皮肤处接种105感染复数的HSV-1病毒(毒株名:hsvlsz2055,保有编号:hsvlsz2055,深圳市疾病控制中心),观查两组小鼠间出现HSV-1感染所致的皮肤损伤的时间及皮损的严重程度有无差异。
接种HSV-1三天后,hB2M KI组小鼠开始出现明显的皮肤损伤,表现为皮肤红肿,而野生型小鼠观察不到明显的病变。五天以后hB2M KI组小鼠皮肤病变明显加重,出现严重的溃烂,而且皮损难以愈合,野生型小鼠也出现了皮肤病变但病变程度远轻于hB2M KI组小鼠(图9),很快自行愈合。实验结果显示,hB2M KI鼠对HSV-1病毒易感,感染所致的皮肤损伤出现早,程度重,持续时间长,是筛查抗病毒药物或研究病毒与宿主相互作用的机理的良好动物模型。实验在P3实验室完成。
<110> 清华大学深圳研究生院;苏州吉玛基因股份有限公司
<120> 构建B2m定点敲入人B2M cDNA小鼠模型的方法
<130> GNCLN180364
<160> 5
<170> PatentIn version 3.5
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caatgtatct tatcatgtct ggatcataat cagccatacc acatttgtag aggttttact 3540
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cugcaagaga ucuucagcaa cgagauggcc aagguggacg acagcuucuu ccacagacug 420
gaagaguccu uccuggugga agaggauaag aagcacgagc ggcaccccau cuucggcaac 480
aucguggacg agguggccua ccacgagaag uaccccacca ucuaccaccu gagaaagaaa 540
cugguggaca gcaccgacaa ggccgaccug cggcugaucu aucuggcccu ggcccacaug 600
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gacaagcugu ucauccagcu ggugcagacc uacaaccagc uguucgagga aaaccccauc 720
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aggcaaaatg ccgcaaaaaa gggaataagg gcgacacgga aatgttgaat actcatactc 2820
ttcctttttc aatattattg aagcatttat cagggttatt gtctcatgag cggatacata 2880
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ccac 2944

Claims (12)

1.一种构建B2m定点敲入人源B2M cDNA的小鼠模型的方法,包括如下步骤:利用CRISPR/Cas9技术在目的小鼠的基因组中B2m基因的起始密码子处定点敲入缺失起始密码子ATG的人源B2M cDNA;
在所述方法中,作为定点敲入工具的同源重组载体上含有如下DNA片段A;所述DNA片段A自上游到下游依次包含5’同源臂、缺失起始密码子ATG的人源B2M cDNA、3个连续的polyA、3’同源臂;所述5’同源臂为位于所述目的小鼠的基因组中B2m基因的起始密码子上游的2kb序列;所述3’同源臂为位于所述目的小鼠的基因组中B2m基因的起始密码子下游的2kb序列。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于:在所述方法中,作为被Cas9核酸酶切割的靶序列是所述目的小鼠的基因组中B2m基因中符合5’-NX-NGG-3’或5’-CCN-NX-3’序列排列规则的片段;N表示A、G、C和T中的任一种,14≤X≤30,且X为整数,NX表示X个连续的脱氧核糖核苷酸。
3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于:所述靶序列为SEQ ID No.1或SEQ IDNo.2。
4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于:所述5’同源臂的序列为SEQ ID No.3的第1-2000位;所述缺失起始密码子ATG的人源B2M cDNA的序列为SEQ ID No.3的第2001-2984位;所述3个连续的polyA的序列为SEQ ID No.3的第3008-3758位;所述3’同源臂的序列为SEQ ID No.3的第3781-5780位。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于:所述DNA片段A的序列为SEQ ID No.3。
6.根据权利要求1-5中任一所述方法,其特征在于:所述方法包括如下步骤:
(1)将Cas9 mRNA、gRNA和权利要求1-5任一中所述的同源重组载体注射到所述目的小鼠的受精卵胞质中,得到F0代小鼠;
所述gRNA的序列为将SEQ ID No.1或SEQ ID No.2中的T替换为U后得到的序列;
(2)将步骤(1)获得的所述F0代小鼠与所述目的小鼠进行杂交,从F1代小鼠中获得B2m定点敲入人源B2M cDNA的杂合体小鼠。
7.根据权利要求6所述方法,其特征在于:在步骤(2)之后,还包括如下步骤:将雄性的所述杂合体小鼠与雌性的所述杂合体小鼠进行一次或多次杂交,从杂交后代中获得B2m定点敲入人源B2M cDNA的纯合体小鼠。
8.根据权利要求6所述的方法,其特征在于:所述Cas9 mRNA的序列为SEQ ID No.4。
9.根据权利要求6所述的方法,其特征在于:所述同源重组载体为将SEQ ID No.3所示DNA片段插入到NM-322载体的第702位和第703位之间后得到的重组质粒;所述NM-322载体的全序列为SEQ ID No.5。
10.用于构建B2m定点敲入人源B2M cDNA小鼠模型的试剂盒,包括权利要求6或8中所述的Cas9 mRNA、权利要求6中所述的gRNA和权利要求6或9中所述的同源重组载体。
11.由权利要求1-9中任一所述方法构建得到的小鼠模型在筛查抗病毒药物或研究病毒与宿主相互作用的机理中的应用。
12.由权利要求1-9中任一所述方法构建得到的小鼠模型在作为筛查抗病毒药物或研究病毒与宿主相互作用的机理的动物模型中的应用。
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